FastQCFastQC Report
Wed 15 Feb 2017
OU_LexBC011_S51_L004_R1_001.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameOU_LexBC011_S51_L004_R1_001.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences60
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length64-76
%GC35

[FAIL]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[WARN]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
CGCGACCTCAGATCAGACGTGGCGACCCGCTGAATTTAAGCATATTAGTCAGCGGAGGAAAAAAAAAAAAAAAAA23.3333333333333335No Hit
TTAGTTCCGACCATAAACGATGCCGACCGGCGATGCGGCGGCGTTATTCCCATGACCCGCCGGGCAGCTTCCGGG11.6666666666666667No Hit
TTTTGGCCCTGATTCACTGTTTTGTTTGAAATTTAAAGTTATTTTCTTAC11.6666666666666667No Hit
AGATCCACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATAAAAAAAAAAAATTAAAAAAATAGAATAAAACAAGAGAGAGGA11.6666666666666667No Hit
GACCACAGACTGACTTTGAAATTATGTTAAGTGAAATATCAATGAAAATAAAGTTTACTATAAATAAAAAAAAAA11.6666666666666667No Hit
TTCGCCAACATCCTCCTCTACATCCAGAGGACCAAGAGCATGTTCCAGAGGACCACGTACAAGTAAAAAAAAAAA11.6666666666666667No Hit
TTGTGGGCCTTTCTCCGACCTTCTGGTGTGGCCGCCCTGGGGGCCAGGCC11.6666666666666667No Hit
GGGGCCTGCAGAGTCTTAGTTACTGATTTCATTTTCAATAAATGTAGGTTTGTTACATGAGTTTCCCAATAAAAA11.6666666666666667No Hit
GAAAATGGGTTGTTGCACTGTTTTTTTTTTGGTTTTATTGTTCTTTTTTGTTTTTTTCCTTTAAAATAAAAACAA11.6666666666666667No Hit
TTCGGTTTGGATAACATTATTTTGTGCAGTTAATCAAATTTGCCAAAGTCTTTATCTGCCCCTTTAACAAGTTC11.6666666666666667No Hit
GGGGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA11.6666666666666667No Hit
GCAAAGGAAGAGGAGCTTAATGCCAGGAACAGATTTTGCACTTCGTGGGCTCTCAATAAAAGTTAGTTTCCACAA11.6666666666666667No Hit
ATTGGAAAGCGGCTGTGCAGACATTCAATTGTTATTATTATGTCCTACAA11.6666666666666667No Hit
TGGGCTGCTATTGTTATTTCTCCTCTTTATTGGAAAAAGGCCTCAGTTTTAATTATTTTCTTCCCAAAATAAATC11.6666666666666667No Hit
CCTGGACAACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCAGA11.6666666666666667No Hit
TGGTGTGGGCTGCTGAGAGCTAAACCCAGCAATTTTCTATGATTTTTTCAGATATAGATAATAAACTTATGAAC11.6666666666666667No Hit
TTTAGGGCAGGCAGCTGTGCATGTTCTCTCAACTAAAGGTCTTGTGAGAG11.6666666666666667No Hit
ACCGCGGGCATGGTGGCGGGCGTCTGTAGCCCCAGCTACTGGGGAGGCTG11.6666666666666667No Hit
TGTGGCTGTGGCCACTGTGGATTTTTCGCAAGAACATTAAGAAACTACAAACTTCAAAAAAAAAAAAAAAAAACA11.6666666666666667No Hit
TTGAGTTTTGGGAGTTCTTTATGTATTGTGGATACAAGTTCCTTATTAGGTCTATGATTTGCAAATATTATCTTC11.6666666666666667No Hit
GCGGACCTCAGATCAGACGTGGCGACCCGCTGAATTTAAGCATATTAGTCAGCGGAGGAAAAAAAAAAAAAAAA11.6666666666666667No Hit
AAGACAATAAGTGGTGGTGTATCTTGTTTCTAATAAGATAAACTTTTTTG11.6666666666666667No Hit
TTTGCTGGTGTCGTGTAAATATTGGTATTTTAAAATAAAAACTGTTACAT11.6666666666666667No Hit
GTCAATTTGTGTTGCTGTGTTGGTTGTTGATGAAAATAATAAAATGATTGATTACATAAAAAAAAAAAAAAAAA11.6666666666666667No Hit
ATGTCCACATCGTCAAGACCAACACAACAGACTCAGTGAAGCAGAATCAG11.6666666666666667No Hit
TCAGCCTGGGTGATAGAGCGAGACTCTGTCTGAAAAAATAAATAAATAAACAATAACAAAAAAAAAGAAACAAAA11.6666666666666667No Hit
GAGTCTGGATGTTGCTCTCTAAAGACCTTTAATAAAATTTTGTACAAAGACAAAAAAAAAAAAAAAA11.6666666666666667No Hit
TCTGCAAACCTTAAACCTGCAAAATTTTCCTTTAATAAAATTTGCTTGTT11.6666666666666667No Hit
TGAAGGCGGCTGTGCAGACATTCAATTGTTATTATTATGTCCTACAAGCACAAAAAAAAAAAAAAAAAA11.6666666666666667No Hit
GATCGGGAAAAGATATGTGATTCTGTTGGACTGGCAAAACAGATAGCTTT11.6666666666666667No Hit
CGTTGAAATGTTGTGAAATGTTAAGTGTCTGGAAATTTTTTTTTCTAAGAAAAACTATTAAAGTACTTCCTAGT11.6666666666666667No Hit
AGTTAATGTTTGGATCGGAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAAAAAAAAAAAA11.6666666666666667No Hit
TGTCATCCAACAAGAAGAAATATGAAATTCCAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGATGGGAAGAGGGGACGGGGG11.6666666666666667No Hit
TTGGGGTGTCATCCTGTAAATATTCATGATAGTCTGTTTATATCCTATTGTATATAGTTGATACTGGATTGGGT11.6666666666666667No Hit
TGGGGGGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATAAAAAA11.6666666666666667No Hit
AGCGGCTGTGCAGACATTCAATTGTTATTATTATGTCCTACAAGCATTAATTAATAAAAAAAAAAAAAAAAAA11.6666666666666667No Hit
GGGGAGTATGGTTGCAAAGCTAAAAAAAAAAAAAAAAAACGAAAGGAAGG11.6666666666666667No Hit
TCCAAAACATCCACTTAAGTTCTTTGATTTGTACCATTCCTTCAAATAAAGAAATTTGGTACCCAAAAAAAAAAA11.6666666666666667No Hit
TGGTTGCAAAGCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAGCGGGGGGGGGCAGGG11.6666666666666667No Hit
GATGGCGGCTGTGCAGACATTCAATTGTTATTATTATGTCCTACAAGCAAAAAAAAAAAAAAAA11.6666666666666667No Hit
TAAGCGACATCAGATCAGACGTGGCGACCCGCTGAATTTAAGCATATTAGTCAGCGGAGGAAAAAAAAAAAAAAA11.6666666666666667No Hit
TGCTTTGGTGGAGTTAAAGACTTTTTCTCTGACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAAAAAAAACAGGGGGAGA11.6666666666666667No Hit
TGTGTGTGTGTGTATATATATAATGTGTCATAACCGTAAACAATAAACAATATCAAGAAAAAAAAAAAAAAAAA11.6666666666666667No Hit
TGTTGGGGGGGCCTGTGTCCTGGTGGCTTGAAGCCACATGGAGGGAGTTTCATTAAATGCTAACTACTTTTAAAA11.6666666666666667No Hit
CGCCATCTCAAAAAAAGAAAAGAAAAGAAAAGAAAAGAAAAGAAAAGAAAAGAAAAGAAAAAAAAAAAAAAAGG11.6666666666666667No Hit
ACGCGACCTCAGATCAGACGTGGCGACCCGCTGAATTTAAGCATATTAGTCAGCGGAGGAGAAAAAAAAAAAAAA11.6666666666666667No Hit
TGGAGTCTGGATGTTGCTCTCTAAAGACCTTTAATAAAATTTTGTACAAAAAAAAAAAAAAAAAA11.6666666666666667No Hit
TTTGTGGGATATTGAGTTTGTTCTTTATTCTTTTATCCCAGTGAAAATTGTTGATCTTGCTGTAGGGAAAAATTA11.6666666666666667No Hit
AAGGTAGCCAATGTTTCTCTTTTGGCCCTATACAAAGGCAAGAAGGAAAGACCAAGATCATAAATATTAATGGTG11.6666666666666667No Hit
AAGTTTCACGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGA11.6666666666666667No Hit
GCGACCTCAGATCAGACGTGGCGACCCGCTGAATTTAAGCATATTAGTCAGCGGAGGAAAAAAAAAAAAAAAAAA11.6666666666666667No Hit
CAGAGGCTCAGGTGGAGGGATCTCTTCAGCACAGGAATTTAAGGCTTCAG11.6666666666666667No Hit
TTTCTGGCATTTTGTAGATGTGGTTTGACTATTTCTGTATGTCTCCATCTATTGATGAGGGTCTCAAAAAAAAAA11.6666666666666667No Hit
GTTTTGGTCAGAATCTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA11.6666666666666667No Hit
AACAACTGCCTGCAAGATTTCTTAATGTTCACTAGTTATAACCATTGTTTAAACAGTGCTTTTTGTGTAATTTAA11.6666666666666667No Hit
TGGTGTTTGAGCTTTGTCATTGCTTGTCTCCCTGGCATGTGCCAGTTATA11.6666666666666667No Hit
TGTTTGGTGGAAATTTTTTGTTATGATGTCTGTGTGGAAAGCGGCTGTGC11.6666666666666667No Hit
CGTCACCACCAGCACAGGCGTTCCCGGGACTTACTAAAAGCTAAACAGACCAAAAAAAAAAAAAAAAAA11.6666666666666667No Hit
CAGACGGGGTGATGACTCAAGACCTGGTCCTTGGAGACCATTAGTCAAGCCAGGTGGATAAAAAAAAAAAAAAAA11.6666666666666667No Hit

[OK]Adapter Content

Adapter graph

[FAIL]Kmer Content

Kmer graph

SequenceCountPValueObs/Exp MaxMax Obs/Exp Position
CTTTTGG50.069.019
GCCCTAT50.069.025
CAAGATC50.069.053
TTTTGGC50.069.020
CAATGTT50.069.09
ACAAAGG50.069.032
CAAGAAG50.069.039
CCAATGT50.069.08
CCTATAC50.069.027
CTATACA50.069.028
TAAATAT50.069.061
TATACAA50.069.029
AGCCAAT50.069.06
GCAAGAA50.069.038
AGAAGGA50.069.041
TTTCTCT50.069.014
GGCAAGA50.069.037
CTCTTTT50.069.017
AAATATT50.069.062
TAGCCAA50.069.05