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##########################     Trinity PBS job submission with multi part dependencies    ########################################
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### Author: Josh Bowden, Alexie Papanicolaou, CSIRO
### Version 1.0
### Chrysalis P3 script (only run if Chrysalis P3 has not completed)
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if [[ $MEM_P3 =~ ^([0-9]+) ]]; then
        let MEM_BASE="${BASH_REMATCH[1]}"
        let ALIGN_MEM=$MEM_BASE-5
        if [ $ALIGN_MEM -le 0 ];then
                let ALIGN_MEM=$MEM_BASE-2
                if [ $ALIGN_MEM -le 0 ];then
			echo "Memory requested for MEM_P3 is too low. Ask for at least 5 gigabytes"
			exit 1
                fi
        fi
        ALIGN_MEM="$ALIGN_MEM"G
else
        echo No memory given: "$MEM_P3"
        exit 1
fi

JOBSTRING3=""$HASHBANG"
"$NODESCPUS"
 cd "$OUTPUTDIR"
 ulimit -s unlimited
 export OMP_NUM_THREADS="$NCPU_P3"
 export KMP_AFFINITY=scatter
 # this runs Chrysalis::ReadsToTranscripts if it has not completed in the previous step
 "$STANDARD_JOB_DETAILS" --JM "$ALIGN_MEM" --CPU "$NCPU_P3" --no_run_quantifygraph
"

# Write the JOBSTRING3 to a file for later execution
echo "${JOBSTRING3}" | cat -> ""$JOBNAME3".sh"