LICENSE
MANIFEST.in
README.md
setup.py
slamdunk/__init__.py
slamdunk/alleyoop.py
slamdunk/slamdunk.py
slamdunk/splash.py
slamdunk/version.py
slamdunk.egg-info/PKG-INFO
slamdunk.egg-info/SOURCES.txt
slamdunk.egg-info/dependency_links.txt
slamdunk.egg-info/entry_points.txt
slamdunk.egg-info/requires.txt
slamdunk.egg-info/top_level.txt
slamdunk/dunks/__init__.py
slamdunk/dunks/deduplicator.py
slamdunk/dunks/dump.py
slamdunk/dunks/filter.py
slamdunk/dunks/mapper.py
slamdunk/dunks/simulator.py
slamdunk/dunks/snps.py
slamdunk/dunks/stats.py
slamdunk/dunks/tcounter.py
slamdunk/plot/PCAPlotter.R
slamdunk/plot/SNPeval.R
slamdunk/plot/__init__.py
slamdunk/plot/checkLibraries.R
slamdunk/plot/compute_context_TC_rates.R
slamdunk/plot/compute_conversion_rate_mle.R
slamdunk/plot/compute_halflifes.R
slamdunk/plot/compute_overall_rates.R
slamdunk/plot/compute_sample_comparison_statistics.R
slamdunk/plot/conversion_per_read_position.R
slamdunk/plot/eval_conversion_rate_plots.R
slamdunk/plot/eval_halflife_per_gene_plots.R
slamdunk/plot/eval_halflifes_error_plot.R
slamdunk/plot/globalRatePlotter.R
slamdunk/plot/merge_rate_files.R
slamdunk/plot/splash_eval_count_files.R
slamdunk/slamseq/SlamSeqFile.py
slamdunk/slamseq/__init__.py
slamdunk/test/__init__.py
slamdunk/test/test_sample.py
slamdunk/utils/BedReader.py
slamdunk/utils/SNPtools.py
slamdunk/utils/__init__.py
slamdunk/utils/misc.py