MEME version 4.4 ALPHABET= ACGT strands: + - Background letter frequencies (from dataset with add-one prior applied): A 0.30400 C 0.19600 G 0.19600 T 0.30400 MOTIF ada log-odds matrix: alength= 4 w= 31 E= 8.7e-001 -823 -823 77 113 -823 176 77 -823 13 77 77 -823 13 -823 77 13 -823 176 77 -823 13 -823 176 -823 171 -823 -823 -823 13 77 -823 13 113 77 -823 -823 113 -823 77 -823 13 -823 176 -823 171 -823 -823 -823 171 -823 -823 -823 -823 -823 -823 171 13 -823 77 13 13 -823 -823 113 13 -823 77 13 113 -823 -823 13 13 -823 77 13 113 77 -823 -823 -823 -823 235 -823 -823 235 -823 -823 171 -823 -823 -823 171 -823 -823 -823 13 -823 77 13 13 77 77 -823 -823 77 -823 113 -823 77 77 13 -823 77 77 13 13 -823 -823 113 -823 -823 77 113 letter-probability matrix: alength= 4 w= 31 nsites= 3 E= 8.7e-001 0.000000 0.000000 0.333333 0.666667 0.000000 0.666667 0.333333 0.000000 0.333333 0.333333 0.333333 0.000000 0.333333 0.000000 0.333333 0.333333 0.000000 0.666667 0.333333 0.000000 0.333333 0.000000 0.666667 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.333333 0.333333 0.000000 0.333333 0.666667 0.333333 0.000000 0.000000 0.666667 0.000000 0.333333 0.000000 0.333333 0.000000 0.666667 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.333333 0.000000 0.333333 0.333333 0.333333 0.000000 0.000000 0.666667 0.333333 0.000000 0.333333 0.333333 0.666667 0.000000 0.000000 0.333333 0.333333 0.000000 0.333333 0.333333 0.666667 0.333333 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.333333 0.000000 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.000000 0.000000 0.333333 0.000000 0.666667 0.000000 0.333333 0.333333 0.333333 0.000000 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.000000 0.000000 0.666667 0.000000 0.000000 0.333333 0.666667 URL http://arep.med.harvard.edu/ecoli_matrices/ada.html MOTIF araC log-odds matrix: alength= 4 w= 48 E= 3.7e-013 75 -28 -28 -84 148 -923 -28 -923 75 -28 -923 16 -84 -28 72 16 -84 -28 72 16 -923 172 -923 16 75 -923 72 -84 -923 172 -923 16 175 -923 -923 -923 -84 -923 204 -923 -923 204 -923 -84 148 -923 -28 -923 75 -923 72 -84 16 -923 72 16 75 -923 -923 75 -84 -923 -28 116 75 -28 -923 16 116 -923 72 -923 -923 -923 -923 175 -923 172 72 -923 -84 172 -923 -84 175 -923 -923 -923 -923 -923 -923 175 175 -923 -923 -923 116 -28 -923 -84 16 -923 72 16 16 -28 -28 16 75 -923 -923 75 -923 -28 -28 116 75 -923 131 -923 -923 -28 204 -923 -923 172 -28 -84 -84 72 131 -923 -923 -923 172 16 75 -923 72 -84 75 -923 -28 16 75 72 -923 -84 75 72 -923 -84 75 -923 72 -84 16 -923 -28 75 -84 204 -923 -923 -923 204 -923 -84 16 -28 -923 75 -923 -28 72 75 116 -923 -28 -84 -84 72 -28 16 -84 -923 131 16 -923 131 131 -923 letter-probability matrix: alength= 4 w= 48 nsites= 6 E= 3.7e-013 0.500000 0.166667 0.166667 0.166667 0.833333 0.000000 0.166667 0.000000 0.500000 0.166667 0.000000 0.333333 0.166667 0.166667 0.333333 0.333333 0.166667 0.166667 0.333333 0.333333 0.000000 0.666667 0.000000 0.333333 0.500000 0.000000 0.333333 0.166667 0.000000 0.666667 0.000000 0.333333 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.166667 0.000000 0.833333 0.000000 0.000000 0.833333 0.000000 0.166667 0.833333 0.000000 0.166667 0.000000 0.500000 0.000000 0.333333 0.166667 0.333333 0.000000 0.333333 0.333333 0.500000 0.000000 0.000000 0.500000 0.166667 0.000000 0.166667 0.666667 0.500000 0.166667 0.000000 0.333333 0.666667 0.000000 0.333333 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.666667 0.333333 0.000000 0.166667 0.666667 0.000000 0.166667 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.666667 0.166667 0.000000 0.166667 0.333333 0.000000 0.333333 0.333333 0.333333 0.166667 0.166667 0.333333 0.500000 0.000000 0.000000 0.500000 0.000000 0.166667 0.166667 0.666667 0.500000 0.000000 0.500000 0.000000 0.000000 0.166667 0.833333 0.000000 0.000000 0.666667 0.166667 0.166667 0.166667 0.333333 0.500000 0.000000 0.000000 0.000000 0.666667 0.333333 0.500000 0.000000 0.333333 0.166667 0.500000 0.000000 0.166667 0.333333 0.500000 0.333333 0.000000 0.166667 0.500000 0.333333 0.000000 0.166667 0.500000 0.000000 0.333333 0.166667 0.333333 0.000000 0.166667 0.500000 0.166667 0.833333 0.000000 0.000000 0.000000 0.833333 0.000000 0.166667 0.333333 0.166667 0.000000 0.500000 0.000000 0.166667 0.333333 0.500000 0.666667 0.000000 0.166667 0.166667 0.166667 0.333333 0.166667 0.333333 0.166667 0.000000 0.500000 0.333333 0.000000 0.500000 0.500000 0.000000 URL http://arep.med.harvard.edu/ecoli_matrices/araC.html MOTIF arcA log-odds matrix: alength= 4 w= 15 E= 4.3e-028 -1045 -1045 328 -1045 -1045 -1045 -1045 133 -1045 -1045 -1045 133 122 -52 -1045 -1045 133 -1045 -1045 -1045 -1045 180 -52 52 -89 -52 -52 69 111 -52 -52 -1045 69 -1045 -1045 -15 85 -52 -52 -147 -15 -1045 -1045 69 -1045 47 228 -15 -89 -52 47 52 -47 47 -52 33 111 -1045 -1045 -147 letter-probability matrix: alength= 4 w= 15 nsites= 14 E= 4.3e-028 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.928571 0.071429 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.357143 0.071429 0.571429 0.214286 0.071429 0.071429 0.642857 0.857143 0.071429 0.071429 0.000000 0.642857 0.000000 0.000000 0.357143 0.714286 0.071429 0.071429 0.142857 0.357143 0.000000 0.000000 0.642857 0.000000 0.142857 0.500000 0.357143 0.214286 0.071429 0.142857 0.571429 0.285714 0.142857 0.071429 0.500000 0.857143 0.000000 0.000000 0.142857 URL http://arep.med.harvard.edu/ecoli_matrices/arcA.html MOTIF argR log-odds matrix: alength= 4 w= 18 E= 8.7e-043 75 -1073 -98 -38 -38 60 183 -170 -170 -98 -1073 110 -270 -98 292 -1073 88 -98 -98 -112 110 -1073 2 -270 -270 -1073 -1073 129 -12 -1073 -1073 75 -38 -1073 -1073 88 -170 -1073 -1073 120 -170 160 -1073 46 129 -1073 -98 -1073 -270 -98 -1073 120 -1073 2 183 29 -1073 302 -1073 -270 129 -1073 -1073 -270 -12 60 2 -12 62 -1073 -1073 10 letter-probability matrix: alength= 4 w= 18 nsites= 17 E= 8.7e-043 0.647059 0.000000 0.058824 0.294118 0.294118 0.176471 0.411765 0.117647 0.117647 0.058824 0.000000 0.823529 0.058824 0.058824 0.882353 0.000000 0.705882 0.058824 0.058824 0.176471 0.823529 0.000000 0.117647 0.058824 0.058824 0.000000 0.000000 0.941176 0.352941 0.000000 0.000000 0.647059 0.294118 0.000000 0.000000 0.705882 0.117647 0.000000 0.000000 0.882353 0.117647 0.352941 0.000000 0.529412 0.941176 0.000000 0.058824 0.000000 0.058824 0.058824 0.000000 0.882353 0.000000 0.117647 0.411765 0.470588 0.000000 0.941176 0.000000 0.058824 0.941176 0.000000 0.000000 0.058824 0.352941 0.176471 0.117647 0.352941 0.588235 0.000000 0.000000 0.411765 URL http://arep.med.harvard.edu/ecoli_matrices/argR.html MOTIF argR2 log-odds matrix: alength= 4 w= 39 E= 6.1e-022 85 -945 -945 -47 -47 47 206 -147 -945 -945 -945 133 -945 -945 328 -945 85 47 -945 -147 111 -945 -945 -147 -945 -945 -945 133 -47 -945 47 52 52 -945 -945 11 -147 -945 -945 111 -945 47 -945 111 133 -945 -945 -945 -945 47 -945 111 -147 47 206 -47 -945 328 -945 -945 111 -945 47 -945 11 -945 -945 52 133 -945 -945 -945 11 -945 -945 52 52 -945 -945 11 52 -945 -945 11 111 -945 -945 -147 -147 47 247 -147 -945 -945 -945 133 -945 -945 328 -945 52 47 47 -147 52 -945 147 -147 -945 -945 -945 133 -147 -945 147 52 -47 -945 -945 85 11 -945 -945 52 11 47 -945 11 111 -945 -945 -147 -945 -945 -945 133 -945 -945 -945 133 -945 279 47 -147 85 -945 -945 -47 -47 147 47 -47 -47 -945 -945 85 letter-probability matrix: alength= 4 w= 39 nsites= 7 E= 6.1e-022 0.714286 0.000000 0.000000 0.285714 0.285714 0.142857 0.428571 0.142857 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.714286 0.142857 0.000000 0.142857 0.857143 0.000000 0.000000 0.142857 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.285714 0.000000 0.142857 0.571429 0.571429 0.000000 0.000000 0.428571 0.142857 0.000000 0.000000 0.857143 0.000000 0.142857 0.000000 0.857143 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.142857 0.000000 0.857143 0.142857 0.142857 0.428571 0.285714 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.857143 0.000000 0.142857 0.000000 0.428571 0.000000 0.000000 0.571429 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.428571 0.000000 0.000000 0.571429 0.571429 0.000000 0.000000 0.428571 0.571429 0.000000 0.000000 0.428571 0.857143 0.000000 0.000000 0.142857 0.142857 0.142857 0.571429 0.142857 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.571429 0.142857 0.142857 0.142857 0.571429 0.000000 0.285714 0.142857 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.142857 0.000000 0.285714 0.571429 0.285714 0.000000 0.000000 0.714286 0.428571 0.000000 0.000000 0.571429 0.428571 0.142857 0.000000 0.428571 0.857143 0.000000 0.000000 0.142857 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.714286 0.142857 0.142857 0.714286 0.000000 0.000000 0.285714 0.285714 0.285714 0.142857 0.285714 0.285714 0.000000 0.000000 0.714286 URL http://arep.med.harvard.edu/ecoli_matrices/argR2.html MOTIF carP log-odds matrix: alength= 4 w= 25 E= 3.6e+000 -765 111 -765 89 89 -765 111 -765 -765 111 -765 89 -765 111 -765 89 -765 -765 -765 189 -765 -765 211 -765 -765 -765 111 89 89 -765 -765 89 89 111 -765 -765 89 111 -765 -765 189 -765 -765 -765 -765 211 -765 -765 89 -765 -765 89 -765 -765 -765 189 -765 -765 111 89 -765 111 -765 89 89 -765 -765 89 -765 -765 -765 189 -765 111 111 -765 89 -765 -765 89 -765 -765 211 -765 -765 211 -765 -765 -765 111 -765 89 89 111 -765 -765 -765 111 111 -765 letter-probability matrix: alength= 4 w= 25 nsites= 2 E= 3.6e+000 0.000000 0.500000 0.000000 0.500000 0.500000 0.000000 0.500000 0.000000 0.000000 0.500000 0.000000 0.500000 0.000000 0.500000 0.000000 0.500000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.500000 0.500000 0.500000 0.000000 0.000000 0.500000 0.500000 0.500000 0.000000 0.000000 0.500000 0.500000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.500000 0.000000 0.000000 0.500000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.500000 0.500000 0.000000 0.500000 0.000000 0.500000 0.500000 0.000000 0.000000 0.500000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.500000 0.500000 0.000000 0.500000 0.000000 0.000000 0.500000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.500000 0.000000 0.500000 0.500000 0.500000 0.000000 0.000000 0.000000 0.500000 0.500000 0.000000 URL http://arep.med.harvard.edu/ecoli_matrices/carP.html MOTIF cpxR log-odds matrix: alength= 4 w= 15 E= 1.8e-026 -1010 -1010 254 -1010 -1010 8 -1010 132 161 -1010 -1010 -1010 161 -1010 -1010 -1010 161 -1010 -1010 -1010 73 -92 67 -185 -27 67 8 -27 73 -92 8 -85 15 8 67 -85 -185 108 8 15 -1010 -1010 254 -1010 -185 -1010 -1010 147 115 67 -1010 -1010 147 -92 -1010 -1010 73 -92 108 -1010 letter-probability matrix: alength= 4 w= 15 nsites= 11 E= 1.8e-026 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.181818 0.000000 0.818182 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.545455 0.090909 0.272727 0.090909 0.272727 0.272727 0.181818 0.272727 0.545455 0.090909 0.181818 0.181818 0.363636 0.181818 0.272727 0.181818 0.090909 0.363636 0.181818 0.363636 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.090909 0.000000 0.000000 0.909091 0.727273 0.272727 0.000000 0.000000 0.909091 0.090909 0.000000 0.000000 0.545455 0.090909 0.363636 0.000000 URL http://arep.med.harvard.edu/ecoli_matrices/cpxR.html MOTIF crp log-odds matrix: alength= 4 w= 22 E= 2.1e-128 51 -318 -118 51 64 -218 -218 45 -36 -118 28 51 -294 62 -218 101 -195 -318 214 -195 -1226 -38 -1226 145 -1226 -1226 237 -294 141 -160 -160 -294 -1226 40 -60 101 -114 114 40 -62 -25 28 -118 45 -14 -18 121 -136 -25 -60 99 -36 -78 62 -86 45 -195 -160 -38 118 -78 186 -1226 -114 110 -318 28 -195 -36 182 -1226 -162 141 -118 -1226 -195 -95 -38 -38 81 -4 -86 -1226 91 -25 -38 -118 70 letter-probability matrix: alength= 4 w= 22 nsites= 49 E= 2.1e-128 0.448980 0.020408 0.081633 0.448980 0.489796 0.040816 0.040816 0.428571 0.244898 0.081633 0.224490 0.448980 0.040816 0.285714 0.040816 0.632653 0.081633 0.020408 0.816327 0.081633 0.000000 0.142857 0.000000 0.857143 0.000000 0.000000 0.959184 0.040816 0.836735 0.061224 0.061224 0.040816 0.000000 0.244898 0.122449 0.632653 0.142857 0.408163 0.244898 0.204082 0.265306 0.224490 0.081633 0.428571 0.285714 0.163265 0.428571 0.122449 0.265306 0.122449 0.367347 0.244898 0.183673 0.285714 0.102041 0.428571 0.081633 0.061224 0.142857 0.714286 0.183673 0.673469 0.000000 0.142857 0.673469 0.020408 0.224490 0.081633 0.244898 0.653061 0.000000 0.102041 0.836735 0.081633 0.000000 0.081633 0.163265 0.142857 0.142857 0.551020 0.306122 0.102041 0.000000 0.591837 0.265306 0.142857 0.081633 0.510204 URL http://arep.med.harvard.edu/ecoli_matrices/crp.html MOTIF cspA log-odds matrix: alength= 4 w= 20 E= 1.9e-002 -22 -865 26 78 -865 226 -865 -865 78 26 -865 -22 -865 -865 126 78 -22 -865 26 78 -22 126 -865 -22 178 -865 -865 -865 -865 -865 -865 178 -865 -865 -865 178 -865 -865 226 -865 -865 -865 226 -865 -22 126 26 -865 78 -865 26 -22 -22 26 26 -22 -865 -865 126 78 -22 -865 126 -22 -22 126 -865 -22 78 -865 -865 78 78 -865 -865 78 78 26 26 -865 letter-probability matrix: alength= 4 w= 20 nsites= 4 E= 1.9e-002 0.250000 0.000000 0.250000 0.500000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.500000 0.250000 0.000000 0.250000 0.000000 0.000000 0.500000 0.500000 0.250000 0.000000 0.250000 0.500000 0.250000 0.500000 0.000000 0.250000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.250000 0.500000 0.250000 0.000000 0.500000 0.000000 0.250000 0.250000 0.250000 0.250000 0.250000 0.250000 0.000000 0.000000 0.500000 0.500000 0.250000 0.000000 0.500000 0.250000 0.250000 0.500000 0.000000 0.250000 0.500000 0.000000 0.000000 0.500000 0.500000 0.000000 0.000000 0.500000 0.500000 0.250000 0.250000 0.000000 URL http://arep.med.harvard.edu/ecoli_matrices/cspA.html MOTIF cynR log-odds matrix: alength= 4 w= 21 E= 3.5e+000 61 152 -765 -765 -765 152 -765 61 -765 -765 152 61 161 -765 -765 -765 -765 -765 152 61 161 -765 -765 -765 61 152 -765 -765 -765 -765 152 61 -765 -765 -765 161 61 -765 -765 61 61 -765 -765 61 161 -765 -765 -765 -765 152 -765 61 -765 252 -765 -765 -765 152 -765 61 61 -765 -765 61 161 -765 -765 -765 -765 -765 -765 161 -765 -765 252 -765 61 -765 152 -765 61 152 -765 -765 letter-probability matrix: alength= 4 w= 21 nsites= 2 E= 3.5e+000 0.500000 0.500000 0.000000 0.000000 0.000000 0.500000 0.000000 0.500000 0.000000 0.000000 0.500000 0.500000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.500000 0.500000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.500000 0.500000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.500000 0.500000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.500000 0.000000 0.000000 0.500000 0.500000 0.000000 0.000000 0.500000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.500000 0.000000 0.500000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.500000 0.000000 0.500000 0.500000 0.000000 0.000000 0.500000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.500000 0.000000 0.500000 0.000000 0.500000 0.500000 0.000000 0.000000 URL http://arep.med.harvard.edu/ecoli_matrices/cynR.html MOTIF cysB log-odds matrix: alength= 4 w= 40 E= 7.7e+000 3 -823 -823 103 103 -823 -823 3 103 94 -823 -823 3 -823 -823 103 3 -823 94 3 -823 94 94 3 -823 94 194 -823 3 94 94 -823 -823 94 -823 103 -823 -823 94 103 -823 -823 94 103 3 194 -823 -823 3 -823 -823 103 -823 -823 94 103 103 -823 -823 3 103 -823 -823 3 -823 -823 94 103 103 94 -823 -823 3 94 -823 3 103 -823 94 -823 3 94 94 -823 103 94 -823 -823 3 94 -823 3 3 94 94 -823 -823 -823 94 103 -823 -823 94 103 3 94 94 -823 -823 94 -823 103 3 -823 -823 103 103 94 -823 -823 103 94 -823 -823 3 94 -823 3 -823 94 -823 103 3 194 -823 -823 -823 -823 -823 161 3 -823 -823 103 103 -823 94 -823 -823 252 -823 -823 3 94 -823 3 3 -823 -823 103 letter-probability matrix: alength= 4 w= 40 nsites= 3 E= 7.7e+000 0.333333 0.000000 0.000000 0.666667 0.666667 0.000000 0.000000 0.333333 0.666667 0.333333 0.000000 0.000000 0.333333 0.000000 0.000000 0.666667 0.333333 0.000000 0.333333 0.333333 0.000000 0.333333 0.333333 0.333333 0.000000 0.333333 0.666667 0.000000 0.333333 0.333333 0.333333 0.000000 0.000000 0.333333 0.000000 0.666667 0.000000 0.000000 0.333333 0.666667 0.000000 0.000000 0.333333 0.666667 0.333333 0.666667 0.000000 0.000000 0.333333 0.000000 0.000000 0.666667 0.000000 0.000000 0.333333 0.666667 0.666667 0.000000 0.000000 0.333333 0.666667 0.000000 0.000000 0.333333 0.000000 0.000000 0.333333 0.666667 0.666667 0.333333 0.000000 0.000000 0.333333 0.333333 0.000000 0.333333 0.666667 0.000000 0.333333 0.000000 0.333333 0.333333 0.333333 0.000000 0.666667 0.333333 0.000000 0.000000 0.333333 0.333333 0.000000 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.000000 0.000000 0.000000 0.333333 0.666667 0.000000 0.000000 0.333333 0.666667 0.333333 0.333333 0.333333 0.000000 0.000000 0.333333 0.000000 0.666667 0.333333 0.000000 0.000000 0.666667 0.666667 0.333333 0.000000 0.000000 0.666667 0.333333 0.000000 0.000000 0.333333 0.333333 0.000000 0.333333 0.000000 0.333333 0.000000 0.666667 0.333333 0.666667 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.333333 0.000000 0.000000 0.666667 0.666667 0.000000 0.333333 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.333333 0.333333 0.000000 0.333333 0.333333 0.000000 0.000000 0.666667 URL http://arep.med.harvard.edu/ecoli_matrices/cysB.html MOTIF cytR log-odds matrix: alength= 4 w= 18 E= 4.6e-002 -897 -897 -897 169 -897 6 165 -62 137 -897 -897 -62 -897 -897 -897 169 -62 -897 165 -62 -62 165 6 -897 169 -897 -897 -897 137 6 -897 -897 37 106 6 -897 -897 106 6 37 -897 6 106 37 -62 6 -897 96 -897 -897 106 96 -62 -897 106 37 37 6 -897 37 137 -897 6 -897 -62 106 6 -62 -62 6 106 -62 letter-probability matrix: alength= 4 w= 18 nsites= 5 E= 4.6e-002 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.200000 0.600000 0.200000 0.800000 0.000000 0.000000 0.200000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.200000 0.000000 0.600000 0.200000 0.200000 0.600000 0.200000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.800000 0.200000 0.000000 0.000000 0.400000 0.400000 0.200000 0.000000 0.000000 0.400000 0.200000 0.400000 0.000000 0.200000 0.400000 0.400000 0.200000 0.200000 0.000000 0.600000 0.000000 0.000000 0.400000 0.600000 0.200000 0.000000 0.400000 0.400000 0.400000 0.200000 0.000000 0.400000 0.800000 0.000000 0.200000 0.000000 0.200000 0.400000 0.200000 0.200000 0.200000 0.200000 0.400000 0.200000 URL http://arep.med.harvard.edu/ecoli_matrices/cytR.html MOTIF deoR log-odds matrix: alength= 4 w= 16 E= 4.5e-003 -823 -823 -823 141 -823 -823 300 -823 -823 -823 -823 141 -823 -823 141 83 141 -823 -823 -823 -17 -823 241 -823 141 -823 -823 -823 141 -823 -823 -823 -823 -823 -823 141 -17 -823 -823 83 -823 241 -823 -17 -823 -823 -823 141 141 -823 -823 -823 83 -823 -823 -17 -823 300 -823 -823 141 -823 -823 -823 letter-probability matrix: alength= 4 w= 16 nsites= 3 E= 4.5e-003 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.333333 0.666667 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.333333 0.000000 0.666667 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.333333 0.000000 0.000000 0.666667 0.000000 0.666667 0.000000 0.333333 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.666667 0.000000 0.000000 0.333333 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 URL http://arep.med.harvard.edu/ecoli_matrices/deoR.html MOTIF dnaA log-odds matrix: alength= 4 w= 15 E= 7.4e-016 -33 -965 143 -33 99 -965 -965 25 -965 -965 143 67 -965 -965 -57 147 -965 -965 -965 167 147 -965 -57 -965 -965 -965 -965 167 -133 201 -965 -133 -965 224 -965 -133 167 -965 -965 -965 -33 201 -965 -965 147 -57 -965 -965 25 -57 143 -965 -33 -57 143 -133 25 43 43 -133 letter-probability matrix: alength= 4 w= 15 nsites= 8 E= 7.4e-016 0.250000 0.000000 0.500000 0.250000 0.625000 0.000000 0.000000 0.375000 0.000000 0.000000 0.500000 0.500000 0.000000 0.000000 0.125000 0.875000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.875000 0.000000 0.125000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.125000 0.750000 0.000000 0.125000 0.000000 0.875000 0.000000 0.125000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.250000 0.750000 0.000000 0.000000 0.875000 0.125000 0.000000 0.000000 0.375000 0.125000 0.500000 0.000000 0.250000 0.125000 0.500000 0.125000 0.375000 0.250000 0.250000 0.125000 URL http://arep.med.harvard.edu/ecoli_matrices/dnaA.html MOTIF fadR log-odds matrix: alength= 4 w= 17 E= 5.9e-016 143 -72 -72 -945 70 -945 86 -89 -945 208 -945 -945 -945 -945 -945 192 -945 -945 208 -945 11 -945 160 -945 -945 -945 -945 192 11 160 -945 -945 -945 128 -72 11 -945 -945 208 -945 170 -72 -945 -945 -945 86 -945 111 -945 28 86 11 70 -945 -945 111 -89 -72 128 -89 -89 -945 -945 170 11 -72 -945 111 letter-probability matrix: alength= 4 w= 17 nsites= 7 E= 5.9e-016 0.714286 0.142857 0.142857 0.000000 0.428571 0.000000 0.428571 0.142857 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.285714 0.000000 0.714286 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.285714 0.714286 0.000000 0.000000 0.000000 0.571429 0.142857 0.285714 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.857143 0.142857 0.000000 0.000000 0.000000 0.428571 0.000000 0.571429 0.000000 0.285714 0.428571 0.285714 0.428571 0.000000 0.000000 0.571429 0.142857 0.142857 0.571429 0.142857 0.142857 0.000000 0.000000 0.857143 0.285714 0.142857 0.000000 0.571429 URL http://arep.med.harvard.edu/ecoli_matrices/fadR.html MOTIF farR log-odds matrix: alength= 4 w= 10 E= 2.7e-001 -865 114 -865 96 -865 -865 313 -865 -865 -865 114 96 96 -865 -865 -63 -865 -865 -865 137 -63 -865 -865 96 96 -865 114 -865 37 -865 -865 37 -63 -865 -865 96 -63 -865 114 37 letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 4 E= 2.7e-001 0.000000 0.250000 0.000000 0.750000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.250000 0.750000 0.750000 0.000000 0.000000 0.250000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.250000 0.000000 0.000000 0.750000 0.750000 0.000000 0.250000 0.000000 0.500000 0.000000 0.000000 0.500000 0.250000 0.000000 0.000000 0.750000 0.250000 0.000000 0.250000 0.500000 URL http://arep.med.harvard.edu/ecoli_matrices/farR.html MOTIF fhlA log-odds matrix: alength= 4 w= 27 E= 2.3e-001 -823 165 -823 21 -823 -823 224 -823 21 -823 -823 121 -823 165 -823 21 121 -823 65 -823 21 65 -823 21 21 -823 65 21 21 -823 -823 121 -823 165 -823 21 21 -823 165 -823 121 -823 -823 21 21 165 -823 -823 179 -823 -823 -823 -823 65 -823 121 -823 65 -823 121 21 -823 65 21 21 -823 -823 121 -823 224 -823 -823 -823 -823 224 -823 179 -823 -823 -823 -823 224 -823 -823 179 -823 -823 -823 -823 65 65 21 -823 65 -823 121 21 165 -823 -823 21 -823 -823 121 -823 -823 65 121 letter-probability matrix: alength= 4 w= 27 nsites= 3 E= 2.3e-001 0.000000 0.666667 0.000000 0.333333 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.333333 0.000000 0.000000 0.666667 0.000000 0.666667 0.000000 0.333333 0.666667 0.000000 0.333333 0.000000 0.333333 0.333333 0.000000 0.333333 0.333333 0.000000 0.333333 0.333333 0.333333 0.000000 0.000000 0.666667 0.000000 0.666667 0.000000 0.333333 0.333333 0.000000 0.666667 0.000000 0.666667 0.000000 0.000000 0.333333 0.333333 0.666667 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.333333 0.000000 0.666667 0.000000 0.333333 0.000000 0.666667 0.333333 0.000000 0.333333 0.333333 0.333333 0.000000 0.000000 0.666667 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.333333 0.333333 0.333333 0.000000 0.333333 0.000000 0.666667 0.333333 0.666667 0.000000 0.000000 0.333333 0.000000 0.000000 0.666667 0.000000 0.000000 0.333333 0.666667 URL http://arep.med.harvard.edu/ecoli_matrices/fhlA.html MOTIF fis log-odds matrix: alength= 4 w= 35 E= 2.5e-024 45 -186 46 -23 -23 94 -1089 26 -55 -186 -86 103 -155 46 46 26 -55 146 -186 -55 3 -186 114 -55 -23 46 -86 26 45 -86 46 -55 62 -28 -86 -23 -55 146 -86 -97 -155 -186 214 -1089 -97 72 72 -55 -55 -186 46 62 -255 94 -86 62 135 -1089 -28 -255 135 -186 -1089 -97 125 -186 -86 -155 103 -1089 -28 -55 91 -1089 -186 26 26 -86 -28 26 -255 14 -186 115 62 -186 114 -255 3 -186 46 26 -255 94 72 -23 -255 222 -1089 -255 103 -1089 14 -97 103 -186 -28 -97 26 -28 -1089 62 3 72 -1089 26 -23 14 14 3 -23 -186 14 62 -55 -86 -28 77 -1089 46 72 45 -97 72 114 -155 -55 46 -86 45 letter-probability matrix: alength= 4 w= 35 nsites= 19 E= 2.5e-024 0.421053 0.052632 0.263158 0.263158 0.263158 0.368421 0.000000 0.368421 0.210526 0.052632 0.105263 0.631579 0.105263 0.263158 0.263158 0.368421 0.210526 0.526316 0.052632 0.210526 0.315789 0.052632 0.421053 0.210526 0.263158 0.263158 0.105263 0.368421 0.421053 0.105263 0.263158 0.210526 0.473684 0.157895 0.105263 0.263158 0.210526 0.526316 0.105263 0.157895 0.105263 0.052632 0.842105 0.000000 0.157895 0.315789 0.315789 0.210526 0.210526 0.052632 0.263158 0.473684 0.052632 0.368421 0.105263 0.473684 0.789474 0.000000 0.157895 0.052632 0.789474 0.052632 0.000000 0.157895 0.736842 0.052632 0.105263 0.105263 0.631579 0.000000 0.157895 0.210526 0.578947 0.000000 0.052632 0.368421 0.368421 0.105263 0.157895 0.368421 0.052632 0.210526 0.052632 0.684211 0.473684 0.052632 0.421053 0.052632 0.315789 0.052632 0.263158 0.368421 0.052632 0.368421 0.315789 0.263158 0.052632 0.894737 0.000000 0.052632 0.631579 0.000000 0.210526 0.157895 0.631579 0.052632 0.157895 0.157895 0.368421 0.157895 0.000000 0.473684 0.315789 0.315789 0.000000 0.368421 0.263158 0.210526 0.210526 0.315789 0.263158 0.052632 0.210526 0.473684 0.210526 0.105263 0.157895 0.526316 0.000000 0.263158 0.315789 0.421053 0.157895 0.315789 0.421053 0.105263 0.210526 0.263158 0.105263 0.421053 URL http://arep.med.harvard.edu/ecoli_matrices/fis.html MOTIF flhCD log-odds matrix: alength= 4 w= 31 E= 1.6e-003 -823 31 131 -823 -823 -823 190 -823 -823 -823 190 -823 -823 -823 131 52 -823 31 131 -823 210 -823 -823 -823 210 -823 -823 -823 210 -823 -823 -823 152 -823 -823 52 -823 31 131 -823 210 -823 -823 -823 -823 31 131 -823 -823 -823 190 -823 -823 131 31 -823 -823 -823 190 -823 -823 -823 131 52 52 -823 31 52 152 -823 -823 52 -823 -823 -823 210 52 -823 -823 152 -823 31 -823 152 52 -823 131 -823 -823 -823 190 -823 -823 -823 131 52 -823 -823 190 -823 -823 131 31 -823 -823 -823 -823 210 52 -823 -823 152 52 31 -823 52 -823 131 -823 52 52 -823 31 52 letter-probability matrix: alength= 4 w= 31 nsites= 3 E= 1.6e-003 0.000000 0.333333 0.666667 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.666667 0.333333 0.000000 0.333333 0.666667 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.666667 0.000000 0.000000 0.333333 0.000000 0.333333 0.666667 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.333333 0.666667 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.666667 0.333333 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.666667 0.333333 0.333333 0.000000 0.333333 0.333333 0.666667 0.000000 0.000000 0.333333 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.333333 0.000000 0.000000 0.666667 0.000000 0.333333 0.000000 0.666667 0.333333 0.000000 0.666667 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.666667 0.333333 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.666667 0.333333 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.333333 0.000000 0.000000 0.666667 0.333333 0.333333 0.000000 0.333333 0.000000 0.666667 0.000000 0.333333 0.333333 0.000000 0.333333 0.333333 URL http://arep.med.harvard.edu/ecoli_matrices/flhCD.html MOTIF fnr log-odds matrix: alength= 4 w= 22 E= 1.0e-032 -74 -98 134 -1 26 102 2 -133 84 -1045 -98 -33 67 -98 -1045 -1 -233 -1045 -1045 137 -1045 -1045 -1045 148 -1045 -1045 272 -233 113 -1045 -1045 -74 -1045 -1045 -98 137 -74 60 -98 48 48 -98 -1045 26 67 160 -1045 -1045 -74 160 102 -233 67 2 102 -1045 -133 -98 -98 99 -1045 283 -1045 -1045 113 -1045 60 -1045 126 -1045 2 -1045 -1 2 -98 26 48 -98 -1045 26 26 -1045 -98 48 -133 -1045 134 48 letter-probability matrix: alength= 4 w= 22 nsites= 14 E= 1.0e-032 0.214286 0.071429 0.357143 0.357143 0.428571 0.285714 0.142857 0.142857 0.642857 0.000000 0.071429 0.285714 0.571429 0.071429 0.000000 0.357143 0.071429 0.000000 0.000000 0.928571 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.928571 0.071429 0.785714 0.000000 0.000000 0.214286 0.000000 0.000000 0.071429 0.928571 0.214286 0.214286 0.071429 0.500000 0.500000 0.071429 0.000000 0.428571 0.571429 0.428571 0.000000 0.000000 0.214286 0.428571 0.285714 0.071429 0.571429 0.142857 0.285714 0.000000 0.142857 0.071429 0.071429 0.714286 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.785714 0.000000 0.214286 0.000000 0.857143 0.000000 0.142857 0.000000 0.357143 0.142857 0.071429 0.428571 0.500000 0.071429 0.000000 0.428571 0.428571 0.000000 0.071429 0.500000 0.142857 0.000000 0.357143 0.500000 URL http://arep.med.harvard.edu/ecoli_matrices/fnr.html MOTIF fruR log-odds matrix: alength= 4 w= 16 E= 8.3e-042 -78 -1023 196 -1023 -1023 196 -36 -1023 -1023 -1023 -1023 181 -1023 -1023 222 -1023 181 -1023 -1023 -1023 181 -1023 -1023 -1023 -19 -1023 -136 122 -1023 210 -1023 -177 -1023 -136 210 -1023 22 -36 -136 54 -1023 -1023 -1023 181 -177 -136 -1023 154 22 122 -1023 -78 139 -1023 -1023 -19 22 22 64 -177 -1023 22 64 54 letter-probability matrix: alength= 4 w= 16 nsites= 12 E= 8.3e-042 0.166667 0.000000 0.833333 0.000000 0.000000 0.833333 0.166667 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.250000 0.000000 0.083333 0.666667 0.000000 0.916667 0.000000 0.083333 0.000000 0.083333 0.916667 0.000000 0.333333 0.166667 0.083333 0.416667 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.083333 0.083333 0.000000 0.833333 0.333333 0.500000 0.000000 0.166667 0.750000 0.000000 0.000000 0.250000 0.333333 0.250000 0.333333 0.083333 0.000000 0.250000 0.333333 0.416667 URL http://arep.med.harvard.edu/ecoli_matrices/fruR.html MOTIF fur log-odds matrix: alength= 4 w= 18 E= 4.0e-012 -77 -982 220 -77 55 -982 88 -77 -19 -12 -982 55 103 -12 -982 -177 123 -982 -982 -177 -982 -12 -982 123 -982 -982 247 -19 103 -12 -12 -982 -982 -982 -982 140 23 -982 -982 55 23 88 88 -177 -982 -12 88 81 -982 247 -12 -77 123 -982 -12 -982 -177 -12 -982 103 -982 -982 -982 140 -77 -982 -982 103 -177 -12 147 23 letter-probability matrix: alength= 4 w= 18 nsites= 9 E= 4.0e-012 0.222222 0.000000 0.555556 0.222222 0.555556 0.000000 0.222222 0.222222 0.333333 0.111111 0.000000 0.555556 0.777778 0.111111 0.000000 0.111111 0.888889 0.000000 0.000000 0.111111 0.000000 0.111111 0.000000 0.888889 0.000000 0.000000 0.666667 0.333333 0.777778 0.111111 0.111111 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.444444 0.000000 0.000000 0.555556 0.444444 0.222222 0.222222 0.111111 0.000000 0.111111 0.222222 0.666667 0.000000 0.666667 0.111111 0.222222 0.888889 0.000000 0.111111 0.000000 0.111111 0.111111 0.000000 0.777778 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.222222 0.000000 0.000000 0.777778 0.111111 0.111111 0.333333 0.444444 URL http://arep.med.harvard.edu/ecoli_matrices/fur.html MOTIF galR log-odds matrix: alength= 4 w= 16 E= 2.8e-022 3 38 38 -97 -945 -945 -945 183 -945 -945 218 -945 3 -945 -945 135 183 -945 -945 -945 183 -945 -945 -945 -97 96 96 -945 -945 218 -945 -945 -945 -945 218 -945 61 -62 -62 3 -945 -945 -945 183 -97 -945 -945 161 103 96 -945 -945 -945 218 -945 -945 161 -62 -945 -945 -945 170 -945 3 letter-probability matrix: alength= 4 w= 16 nsites= 7 E= 2.8e-022 0.285714 0.285714 0.285714 0.142857 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.285714 0.000000 0.000000 0.714286 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.142857 0.428571 0.428571 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.428571 0.142857 0.142857 0.285714 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.142857 0.000000 0.000000 0.857143 0.571429 0.428571 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.857143 0.142857 0.000000 0.000000 0.000000 0.714286 0.000000 0.285714 URL http://arep.med.harvard.edu/ecoli_matrices/galR.html MOTIF gcvA log-odds matrix: alength= 4 w= 20 E= 1.5e-002 -865 107 107 39 39 -865 -865 39 -61 -865 -865 98 -61 -865 107 39 98 107 -865 -865 39 107 -865 -61 139 -865 -865 -865 -61 -865 -865 98 98 -865 -865 -61 98 -865 -865 -61 39 -865 107 -61 -865 307 -865 -865 -865 -865 -865 139 139 -865 -865 -865 139 -865 -865 -865 -865 -865 -865 139 -61 -865 207 -61 -865 107 107 39 -865 207 207 -865 98 -865 -865 -61 letter-probability matrix: alength= 4 w= 20 nsites= 4 E= 1.5e-002 0.000000 0.250000 0.250000 0.500000 0.500000 0.000000 0.000000 0.500000 0.250000 0.000000 0.000000 0.750000 0.250000 0.000000 0.250000 0.500000 0.750000 0.250000 0.000000 0.000000 0.500000 0.250000 0.000000 0.250000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.250000 0.000000 0.000000 0.750000 0.750000 0.000000 0.000000 0.250000 0.750000 0.000000 0.000000 0.250000 0.500000 0.000000 0.250000 0.250000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.250000 0.000000 0.500000 0.250000 0.000000 0.250000 0.250000 0.500000 0.000000 0.500000 0.500000 0.000000 0.750000 0.000000 0.000000 0.250000 URL http://arep.med.harvard.edu/ecoli_matrices/gcvA.html MOTIF glpR log-odds matrix: alength= 4 w= 20 E= 6.2e-023 -38 -37 -37 62 84 -137 -37 -38 -38 21 -137 62 -1035 -1035 221 -197 -1035 95 -137 84 -1035 -1035 95 103 -1035 221 -1035 -197 -97 -1035 209 -1035 62 -1035 -137 62 35 -137 -137 62 135 -137 -1035 -97 35 -137 -1035 84 -197 63 -37 62 -97 -37 121 -38 62 95 -37 -1035 3 -137 -37 62 -97 209 -1035 -1035 162 -1035 -137 -1035 -97 -137 -37 103 -38 -1035 -37 103 letter-probability matrix: alength= 4 w= 20 nsites= 13 E= 6.2e-023 0.230769 0.153846 0.153846 0.461538 0.538462 0.076923 0.153846 0.230769 0.230769 0.230769 0.076923 0.461538 0.000000 0.000000 0.923077 0.076923 0.000000 0.384615 0.076923 0.538462 0.000000 0.000000 0.384615 0.615385 0.000000 0.923077 0.000000 0.076923 0.153846 0.000000 0.846154 0.000000 0.461538 0.000000 0.076923 0.461538 0.384615 0.076923 0.076923 0.461538 0.769231 0.076923 0.000000 0.153846 0.384615 0.076923 0.000000 0.538462 0.076923 0.307692 0.153846 0.461538 0.153846 0.153846 0.461538 0.230769 0.461538 0.384615 0.153846 0.000000 0.307692 0.076923 0.153846 0.461538 0.153846 0.846154 0.000000 0.000000 0.923077 0.000000 0.076923 0.000000 0.153846 0.076923 0.153846 0.615385 0.230769 0.000000 0.153846 0.615385 URL http://arep.med.harvard.edu/ecoli_matrices/glpR.html MOTIF hipB log-odds matrix: alength= 4 w= 30 E= 4.1e-008 -23 28 -865 76 -865 28 -865 135 76 -865 128 -865 -23 28 -865 76 -23 128 28 -865 76 -865 -865 76 -865 -865 -865 176 176 -865 -865 -865 -865 -865 -865 176 -865 228 -865 -865 -865 228 -865 -865 -865 28 128 -23 -865 228 -865 -865 -23 -865 28 76 -23 128 -865 -23 -23 -865 -865 135 135 28 -865 -865 -23 28 128 -865 -23 128 28 -865 -865 -865 228 -865 -865 -865 228 -865 176 -865 -865 -865 -865 -865 -865 176 176 -865 -865 -865 176 -865 -865 -865 176 -865 -865 -865 76 128 -865 -865 -23 28 28 -23 -865 28 28 76 -865 -865 128 76 letter-probability matrix: alength= 4 w= 30 nsites= 4 E= 4.1e-008 0.250000 0.250000 0.000000 0.500000 0.000000 0.250000 0.000000 0.750000 0.500000 0.000000 0.500000 0.000000 0.250000 0.250000 0.000000 0.500000 0.250000 0.500000 0.250000 0.000000 0.500000 0.000000 0.000000 0.500000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.250000 0.500000 0.250000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.250000 0.000000 0.250000 0.500000 0.250000 0.500000 0.000000 0.250000 0.250000 0.000000 0.000000 0.750000 0.750000 0.250000 0.000000 0.000000 0.250000 0.250000 0.500000 0.000000 0.250000 0.500000 0.250000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.500000 0.500000 0.000000 0.000000 0.250000 0.250000 0.250000 0.250000 0.000000 0.250000 0.250000 0.500000 0.000000 0.000000 0.500000 0.500000 URL http://arep.med.harvard.edu/ecoli_matrices/hipB.html MOTIF hns log-odds matrix: alength= 4 w= 11 E= 6.5e-013 -35 -26 74 -3 -135 155 32 -77 65 -1055 155 -1055 82 74 -26 -1055 -3 132 -26 -135 -135 -1055 -26 111 -77 -1055 174 -35 155 -1055 -1055 -1055 65 -1055 -26 -3 -1055 -1055 -1055 155 -77 32 -1055 82 letter-probability matrix: alength= 4 w= 11 nsites= 15 E= 6.5e-013 0.266667 0.133333 0.266667 0.333333 0.133333 0.466667 0.200000 0.200000 0.533333 0.000000 0.466667 0.000000 0.600000 0.266667 0.133333 0.000000 0.333333 0.400000 0.133333 0.133333 0.133333 0.000000 0.133333 0.733333 0.200000 0.000000 0.533333 0.266667 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.533333 0.000000 0.133333 0.333333 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.200000 0.200000 0.000000 0.600000 URL http://arep.med.harvard.edu/ecoli_matrices/hns.html MOTIF hu log-odds matrix: alength= 4 w= 16 E= 8.9e-003 -823 245 -823 -823 -823 -823 -823 165 7 -823 87 7 165 -823 -823 -823 -823 -823 -823 165 -823 -823 245 -823 -823 -823 245 -823 7 -823 87 7 107 -823 87 -823 -823 87 -823 107 -823 -823 186 7 165 -823 -823 -823 107 -823 87 -823 107 -823 -823 7 -823 -823 -823 165 107 87 -823 -823 letter-probability matrix: alength= 4 w= 16 nsites= 3 E= 8.9e-003 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.333333 0.000000 0.333333 0.333333 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.333333 0.000000 0.333333 0.333333 0.666667 0.000000 0.333333 0.000000 0.000000 0.333333 0.000000 0.666667 0.000000 0.000000 0.666667 0.333333 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.666667 0.000000 0.333333 0.000000 0.666667 0.000000 0.000000 0.333333 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.666667 0.333333 0.000000 0.000000 URL http://arep.med.harvard.edu/ecoli_matrices/hu.html MOTIF iclR log-odds matrix: alength= 4 w= 15 E= 9.9e-001 -765 176 -765 50 50 -765 176 -765 150 -765 -765 -765 150 -765 -765 -765 150 -765 -765 -765 150 -765 -765 -765 -765 176 -765 50 50 -765 176 -765 150 -765 -765 -765 -765 -765 -765 150 -765 -765 -765 150 -765 -765 -765 150 -765 276 -765 -765 -765 276 -765 -765 150 -765 -765 -765 letter-probability matrix: alength= 4 w= 15 nsites= 2 E= 9.9e-001 0.000000 0.500000 0.000000 0.500000 0.500000 0.000000 0.500000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.500000 0.000000 0.500000 0.500000 0.000000 0.500000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 URL http://arep.med.harvard.edu/ecoli_matrices/iclR.html MOTIF ihf log-odds matrix: alength= 4 w= 48 E= 8.4e-015 -81 108 24 -32 -32 91 -50 -13 4 108 -50 -81 87 -1134 24 -81 -54 72 72 -54 78 24 -9 -213 -54 50 -208 57 4 50 24 -54 33 -50 -109 19 -13 -50 50 4 68 -208 24 -54 87 -109 -50 -81 87 -9 -208 -81 4 24 50 -54 -113 -9 -109 87 -113 72 108 -54 -13 72 -208 19 -13 24 -109 33 33 -9 -109 4 33 50 -9 -81 19 -208 72 -13 57 -50 -50 -32 78 -208 -109 -13 78 -208 -109 -13 -54 -1134 -208 112 -213 200 -9 -154 145 -1134 -1134 -213 112 -208 -9 -213 -154 91 -9 33 57 -9 24 -113 57 -9 -50 -54 -54 50 124 -113 -213 -50 -1134 126 -113 -208 -1134 126 33 -109 124 -154 -32 50 50 -32 68 -9 -9 -113 -32 -109 91 4 -32 24 -50 33 -32 50 50 -32 46 -50 -50 -13 19 91 -109 -54 -13 -9 -9 19 19 -50 24 -13 4 24 -50 4 -13 -9 91 -54 -32 24 -50 33 19 24 91 -154 letter-probability matrix: alength= 4 w= 48 nsites= 26 E= 8.4e-015 0.192308 0.346154 0.192308 0.269231 0.269231 0.307692 0.115385 0.307692 0.346154 0.346154 0.115385 0.192308 0.615385 0.000000 0.192308 0.192308 0.230769 0.269231 0.269231 0.230769 0.576923 0.192308 0.153846 0.076923 0.230769 0.230769 0.038462 0.500000 0.346154 0.230769 0.192308 0.230769 0.423077 0.115385 0.076923 0.384615 0.307692 0.115385 0.230769 0.346154 0.538462 0.038462 0.192308 0.230769 0.615385 0.076923 0.115385 0.192308 0.615385 0.153846 0.038462 0.192308 0.346154 0.192308 0.230769 0.230769 0.153846 0.153846 0.076923 0.615385 0.153846 0.269231 0.346154 0.230769 0.307692 0.269231 0.038462 0.384615 0.307692 0.192308 0.076923 0.423077 0.423077 0.153846 0.076923 0.346154 0.423077 0.230769 0.153846 0.192308 0.384615 0.038462 0.269231 0.307692 0.500000 0.115385 0.115385 0.269231 0.576923 0.038462 0.076923 0.307692 0.576923 0.038462 0.076923 0.307692 0.230769 0.000000 0.038462 0.730769 0.076923 0.653846 0.153846 0.115385 0.923077 0.000000 0.000000 0.076923 0.730769 0.038462 0.153846 0.076923 0.115385 0.307692 0.153846 0.423077 0.500000 0.153846 0.192308 0.153846 0.500000 0.153846 0.115385 0.230769 0.230769 0.230769 0.384615 0.153846 0.076923 0.115385 0.000000 0.807692 0.153846 0.038462 0.000000 0.807692 0.423077 0.076923 0.384615 0.115385 0.269231 0.230769 0.230769 0.269231 0.538462 0.153846 0.153846 0.153846 0.269231 0.076923 0.307692 0.346154 0.269231 0.192308 0.115385 0.423077 0.269231 0.230769 0.230769 0.269231 0.461538 0.115385 0.115385 0.307692 0.384615 0.307692 0.076923 0.230769 0.307692 0.153846 0.153846 0.384615 0.384615 0.115385 0.192308 0.307692 0.346154 0.192308 0.115385 0.346154 0.307692 0.153846 0.307692 0.230769 0.269231 0.192308 0.115385 0.423077 0.384615 0.192308 0.307692 0.115385 URL http://arep.med.harvard.edu/ecoli_matrices/ihf.html MOTIF ilvY log-odds matrix: alength= 4 w= 27 E= 3.8e+000 57 -765 161 -765 157 -765 -765 -765 -765 161 -765 57 57 -765 161 -765 -765 -765 -765 157 57 -765 -765 57 -765 -765 161 57 -765 260 -765 -765 157 -765 -765 -765 157 -765 -765 -765 57 -765 -765 57 57 -765 -765 57 57 -765 -765 57 -765 161 -765 57 -765 161 -765 57 -765 -765 260 -765 -765 260 -765 -765 157 -765 -765 -765 157 -765 -765 -765 -765 -765 -765 157 57 -765 161 -765 57 -765 -765 57 57 -765 161 -765 57 -765 -765 57 -765 161 -765 57 -765 -765 161 57 -765 161 -765 57 letter-probability matrix: alength= 4 w= 27 nsites= 2 E= 3.8e+000 0.500000 0.000000 0.500000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.500000 0.000000 0.500000 0.500000 0.000000 0.500000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.500000 0.000000 0.000000 0.500000 0.000000 0.000000 0.500000 0.500000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.500000 0.000000 0.000000 0.500000 0.500000 0.000000 0.000000 0.500000 0.500000 0.000000 0.000000 0.500000 0.000000 0.500000 0.000000 0.500000 0.000000 0.500000 0.000000 0.500000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.500000 0.000000 0.500000 0.000000 0.500000 0.000000 0.000000 0.500000 0.500000 0.000000 0.500000 0.000000 0.500000 0.000000 0.000000 0.500000 0.000000 0.500000 0.000000 0.500000 0.000000 0.000000 0.500000 0.500000 0.000000 0.500000 0.000000 0.500000 URL http://arep.med.harvard.edu/ecoli_matrices/ilvY.html MOTIF lacI log-odds matrix: alength= 4 w= 21 E= 3.3e-003 127 -823 57 -823 127 -823 57 -823 27 57 -823 27 27 -823 -823 127 -823 -823 216 -823 -823 -823 -823 185 -823 -823 216 -823 185 -823 -823 -823 -823 -823 216 -823 -823 216 -823 -823 -823 -823 216 -823 27 57 57 -823 127 -823 57 -823 27 -823 -823 127 127 57 -823 -823 127 -823 57 -823 -823 216 -823 -823 185 -823 -823 -823 185 -823 -823 -823 -823 57 -823 127 -823 57 -823 127 letter-probability matrix: alength= 4 w= 21 nsites= 3 E= 3.3e-003 0.666667 0.000000 0.333333 0.000000 0.666667 0.000000 0.333333 0.000000 0.333333 0.333333 0.000000 0.333333 0.333333 0.000000 0.000000 0.666667 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.333333 0.333333 0.333333 0.000000 0.666667 0.000000 0.333333 0.000000 0.333333 0.000000 0.000000 0.666667 0.666667 0.333333 0.000000 0.000000 0.666667 0.000000 0.333333 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.333333 0.000000 0.666667 0.000000 0.333333 0.000000 0.666667 URL http://arep.med.harvard.edu/ecoli_matrices/lacI.html MOTIF lexA log-odds matrix: alength= 4 w= 20 E= 1.0e-082 -7 -168 -168 81 81 31 -10 -265 -1089 256 -1089 -1089 -1089 -1089 -1089 160 -1089 -1089 256 -1089 -265 -1089 -10 125 160 -1089 -1089 -1089 -1089 -168 -1089 152 116 -1089 64 -1089 16 -168 31 16 152 -1089 -168 -1089 16 31 -1089 35 105 -68 -168 -107 52 31 -168 -33 67 131 -1089 -265 -1089 256 -1089 -1089 160 -1089 -1089 -1089 -265 -1089 240 -265 -1089 64 -68 93 93 -168 -68 -65 letter-probability matrix: alength= 4 w= 20 nsites= 19 E= 1.0e-082 0.315789 0.052632 0.052632 0.578947 0.578947 0.210526 0.157895 0.052632 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.052632 0.000000 0.157895 0.789474 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.052632 0.000000 0.947368 0.736842 0.000000 0.263158 0.000000 0.368421 0.052632 0.210526 0.368421 0.947368 0.000000 0.052632 0.000000 0.368421 0.210526 0.000000 0.421053 0.684211 0.105263 0.052632 0.157895 0.473684 0.210526 0.052632 0.263158 0.526316 0.421053 0.000000 0.052632 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.052632 0.000000 0.894737 0.052632 0.000000 0.263158 0.105263 0.631579 0.631579 0.052632 0.105263 0.210526 URL http://arep.med.harvard.edu/ecoli_matrices/lexA.html MOTIF lrp log-odds matrix: alength= 4 w= 25 E= 9.9e-009 -9 93 -39 -35 13 20 -1081 33 -109 -139 20 78 -167 61 93 13 -1081 93 142 -9 13 -139 61 -9 -67 61 20 13 -35 -1081 93 33 -9 -39 -139 50 -1081 -1081 61 113 -167 20 -39 78 -167 -1081 -139 123 -35 -1081 -139 91 91 -139 -139 -67 -109 -1081 -1081 123 -267 61 61 50 -35 93 93 -109 -67 20 -39 50 -109 -39 120 13 -109 161 -1081 13 33 20 -1081 13 -167 -1081 20 103 -9 -139 61 13 -67 20 -39 50 -1081 61 20 78 letter-probability matrix: alength= 4 w= 25 nsites= 18 E= 9.9e-009 0.333333 0.277778 0.111111 0.277778 0.388889 0.166667 0.000000 0.444444 0.166667 0.055556 0.166667 0.611111 0.111111 0.222222 0.277778 0.388889 0.000000 0.277778 0.388889 0.333333 0.388889 0.055556 0.222222 0.333333 0.222222 0.222222 0.166667 0.388889 0.277778 0.000000 0.277778 0.444444 0.333333 0.111111 0.055556 0.500000 0.000000 0.000000 0.222222 0.777778 0.111111 0.166667 0.111111 0.611111 0.111111 0.000000 0.055556 0.833333 0.277778 0.000000 0.055556 0.666667 0.666667 0.055556 0.055556 0.222222 0.166667 0.000000 0.000000 0.833333 0.055556 0.222222 0.222222 0.500000 0.277778 0.277778 0.277778 0.166667 0.222222 0.166667 0.111111 0.500000 0.166667 0.111111 0.333333 0.388889 0.166667 0.444444 0.000000 0.388889 0.444444 0.166667 0.000000 0.388889 0.111111 0.000000 0.166667 0.722222 0.333333 0.055556 0.222222 0.388889 0.222222 0.166667 0.111111 0.500000 0.000000 0.222222 0.166667 0.611111 URL http://arep.med.harvard.edu/ecoli_matrices/lrp.html MOTIF malT log-odds matrix: alength= 4 w= 10 E= 5.0e-021 2 -60 99 -997 61 -160 72 -98 -997 -997 172 -997 -997 -997 172 -997 202 -997 -997 2 -997 -997 -1 183 -997 -997 172 -997 234 -997 -997 -997 -997 -997 172 -997 61 -160 -1 61 letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 10 E= 5.0e-021 0.200000 0.200000 0.600000 0.000000 0.300000 0.100000 0.500000 0.100000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.800000 0.000000 0.000000 0.200000 0.000000 0.000000 0.300000 0.700000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.300000 0.100000 0.300000 0.300000 URL http://arep.med.harvard.edu/ecoli_matrices/malT.html MOTIF marR log-odds matrix: alength= 4 w= 24 E= 5.6e-001 70 -765 -765 70 70 -765 -765 70 70 -765 -765 70 -765 -765 -765 170 170 -765 -765 -765 -765 237 -765 -765 -765 -765 -765 170 -765 -765 -765 170 -765 -765 237 -765 -765 237 -765 -765 -765 237 -765 -765 70 -765 -765 70 -765 -765 237 -765 -765 -765 237 -765 -765 -765 237 -765 -765 237 -765 -765 170 -765 -765 -765 170 -765 -765 -765 -765 137 -765 70 70 -765 -765 70 70 -765 -765 70 70 -765 -765 70 70 -765 -765 70 -765 -765 137 70 letter-probability matrix: alength= 4 w= 24 nsites= 2 E= 5.6e-001 0.500000 0.000000 0.000000 0.500000 0.500000 0.000000 0.000000 0.500000 0.500000 0.000000 0.000000 0.500000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.500000 0.000000 0.000000 0.500000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.500000 0.000000 0.500000 0.500000 0.000000 0.000000 0.500000 0.500000 0.000000 0.000000 0.500000 0.500000 0.000000 0.000000 0.500000 0.500000 0.000000 0.000000 0.500000 0.000000 0.000000 0.500000 0.500000 URL http://arep.med.harvard.edu/ecoli_matrices/marR.html MOTIF melR log-odds matrix: alength= 4 w= 18 E= 9.4e-003 162 -765 -765 -765 -765 -765 -765 162 -765 -765 -765 162 -765 251 -765 -765 -765 251 -765 -765 -765 251 -765 -765 162 -765 -765 -765 -765 -765 -765 162 162 -765 -765 -765 162 -765 -765 -765 162 -765 -765 -765 -765 251 -765 -765 -765 -765 -765 162 -765 251 -765 -765 162 -765 -765 -765 -765 -765 251 -765 162 -765 -765 -765 -765 -765 -765 162 letter-probability matrix: alength= 4 w= 18 nsites= 2 E= 9.4e-003 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 URL http://arep.med.harvard.edu/ecoli_matrices/melR.html MOTIF metJ log-odds matrix: alength= 4 w= 16 E= 1.5e-039 44 -162 119 -214 -56 -162 138 -56 166 -1055 -1055 -214 -1055 208 -1055 -114 85 -1055 96 -214 -1055 -1055 -162 166 -214 208 -162 -1055 -214 -62 -1055 144 118 -1055 -4 -114 44 -1055 70 -15 144 -162 -62 -1055 -214 208 -1055 -214 18 -1055 138 -114 -1055 -162 -4 131 18 155 -1055 -214 -1055 -1055 -1055 176 letter-probability matrix: alength= 4 w= 16 nsites= 15 E= 1.5e-039 0.400000 0.066667 0.466667 0.066667 0.200000 0.066667 0.533333 0.200000 0.933333 0.000000 0.000000 0.066667 0.000000 0.866667 0.000000 0.133333 0.533333 0.000000 0.400000 0.066667 0.000000 0.000000 0.066667 0.933333 0.066667 0.866667 0.066667 0.000000 0.066667 0.133333 0.000000 0.800000 0.666667 0.000000 0.200000 0.133333 0.400000 0.000000 0.333333 0.266667 0.800000 0.066667 0.133333 0.000000 0.066667 0.866667 0.000000 0.066667 0.333333 0.000000 0.533333 0.133333 0.000000 0.066667 0.200000 0.733333 0.333333 0.600000 0.000000 0.066667 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 URL http://arep.med.harvard.edu/ecoli_matrices/metJ.html MOTIF metJ3 log-odds matrix: alength= 4 w= 24 E= 3.9e-036 4 -106 126 -154 -154 -106 126 4 146 -106 -997 -154 -997 174 -997 4 127 -997 52 -997 -997 -997 -997 178 -997 211 -106 -997 -154 -997 -997 163 78 -997 94 -154 4 -997 94 4 163 -106 -997 -997 -997 211 -997 -154 46 -997 126 -154 -997 -997 -106 163 -154 194 -997 -154 -997 -997 -997 178 104 -997 52 -154 78 -997 94 -154 146 -997 -6 -997 -154 211 -997 -997 -154 -997 174 -54 -997 -106 -6 127 46 152 -997 -997 -997 -106 -997 163 letter-probability matrix: alength= 4 w= 24 nsites= 10 E= 3.9e-036 0.300000 0.100000 0.500000 0.100000 0.100000 0.100000 0.500000 0.300000 0.800000 0.100000 0.000000 0.100000 0.000000 0.700000 0.000000 0.300000 0.700000 0.000000 0.300000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.900000 0.100000 0.000000 0.100000 0.000000 0.000000 0.900000 0.500000 0.000000 0.400000 0.100000 0.300000 0.000000 0.400000 0.300000 0.900000 0.100000 0.000000 0.000000 0.000000 0.900000 0.000000 0.100000 0.400000 0.000000 0.500000 0.100000 0.000000 0.000000 0.100000 0.900000 0.100000 0.800000 0.000000 0.100000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.600000 0.000000 0.300000 0.100000 0.500000 0.000000 0.400000 0.100000 0.800000 0.000000 0.200000 0.000000 0.100000 0.900000 0.000000 0.000000 0.100000 0.000000 0.700000 0.200000 0.000000 0.100000 0.200000 0.700000 0.400000 0.600000 0.000000 0.000000 0.000000 0.100000 0.000000 0.900000 URL http://arep.med.harvard.edu/ecoli_matrices/metJ3.html MOTIF metR log-odds matrix: alength= 4 w= 15 E= 2.7e-015 18 156 -965 -140 -965 -965 -44 140 -965 -965 256 -965 118 -44 -965 -140 92 -965 -44 -40 60 -965 -44 18 -40 -44 -44 60 -965 -44 -965 140 -965 -44 -965 140 -965 115 -44 60 -965 115 -965 92 -965 -965 -965 160 -965 256 -965 -965 160 -965 -965 -965 -40 156 -44 -140 letter-probability matrix: alength= 4 w= 15 nsites= 8 E= 2.7e-015 0.375000 0.500000 0.000000 0.125000 0.000000 0.000000 0.125000 0.875000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.750000 0.125000 0.000000 0.125000 0.625000 0.000000 0.125000 0.250000 0.500000 0.000000 0.125000 0.375000 0.250000 0.125000 0.125000 0.500000 0.000000 0.125000 0.000000 0.875000 0.000000 0.125000 0.000000 0.875000 0.000000 0.375000 0.125000 0.500000 0.000000 0.375000 0.000000 0.625000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.250000 0.500000 0.125000 0.125000 URL http://arep.med.harvard.edu/ecoli_matrices/metR.html MOTIF modE log-odds matrix: alength= 4 w= 24 E= 1.9e-005 -823 229 -823 -823 -823 -823 229 -823 17 71 -823 17 -823 -823 -823 175 117 -823 71 -823 -823 -823 -823 175 175 -823 -823 -823 -823 -823 -823 175 117 -823 -823 17 -823 171 71 -823 117 -823 -823 17 17 71 -823 17 -823 -823 229 -823 17 171 -823 -823 -823 171 -823 17 -823 -823 -823 175 175 -823 -823 -823 -823 171 -823 17 175 -823 -823 -823 -823 -823 -823 175 175 -823 -823 -823 17 -823 171 -823 -823 229 -823 -823 -823 -823 229 -823 letter-probability matrix: alength= 4 w= 24 nsites= 3 E= 1.9e-005 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.333333 0.333333 0.000000 0.333333 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.666667 0.000000 0.333333 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.666667 0.000000 0.000000 0.333333 0.000000 0.666667 0.333333 0.000000 0.666667 0.000000 0.000000 0.333333 0.333333 0.333333 0.000000 0.333333 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.333333 0.666667 0.000000 0.000000 0.000000 0.666667 0.000000 0.333333 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.666667 0.000000 0.333333 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.333333 0.000000 0.666667 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 URL http://arep.med.harvard.edu/ecoli_matrices/modE.html MOTIF nagC log-odds matrix: alength= 4 w= 23 E= 8.4e-005 -923 52 152 38 -120 52 -923 80 -120 52 -923 80 80 -923 -923 -20 -20 -923 -923 80 -923 -923 -923 138 -923 -923 -923 138 -120 152 -923 38 80 -923 152 -923 -120 210 -923 -20 -923 152 152 -20 80 -923 52 -120 -120 -923 -923 112 -120 52 52 38 -120 252 52 -923 38 -923 210 -923 138 -923 -923 -923 138 -923 -923 -923 112 -923 -923 -120 38 -923 -923 38 112 -923 -923 -120 -20 -923 -923 80 -120 152 152 -120 letter-probability matrix: alength= 4 w= 23 nsites= 6 E= 8.4e-005 0.000000 0.166667 0.333333 0.500000 0.166667 0.166667 0.000000 0.666667 0.166667 0.166667 0.000000 0.666667 0.666667 0.000000 0.000000 0.333333 0.333333 0.000000 0.000000 0.666667 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.166667 0.333333 0.000000 0.500000 0.666667 0.000000 0.333333 0.000000 0.166667 0.500000 0.000000 0.333333 0.000000 0.333333 0.333333 0.333333 0.666667 0.000000 0.166667 0.166667 0.166667 0.000000 0.000000 0.833333 0.166667 0.166667 0.166667 0.500000 0.166667 0.666667 0.166667 0.000000 0.500000 0.000000 0.500000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.833333 0.000000 0.000000 0.166667 0.500000 0.000000 0.000000 0.500000 0.833333 0.000000 0.000000 0.166667 0.333333 0.000000 0.000000 0.666667 0.166667 0.333333 0.333333 0.166667 URL http://arep.med.harvard.edu/ecoli_matrices/nagC.html MOTIF narL log-odds matrix: alength= 4 w= 16 E= 9.8e-028 -1010 -1010 -121 165 92 -121 -121 -8 92 111 -1010 -1010 -167 137 -1010 33 -1010 78 -1010 114 -1010 224 -1010 -1010 -67 -121 37 65 65 -22 -121 -8 33 -121 -1010 92 150 -22 -1010 -1010 -167 -121 111 33 -167 -121 159 -67 -167 -1010 211 -1010 -1010 -1010 224 -1010 -1010 -1010 -1010 179 179 -1010 -1010 -1010 letter-probability matrix: alength= 4 w= 16 nsites= 11 E= 9.8e-028 0.000000 0.000000 0.090909 0.909091 0.545455 0.090909 0.090909 0.272727 0.545455 0.454545 0.000000 0.000000 0.090909 0.545455 0.000000 0.363636 0.000000 0.363636 0.000000 0.636364 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.181818 0.090909 0.272727 0.454545 0.454545 0.181818 0.090909 0.272727 0.363636 0.090909 0.000000 0.545455 0.818182 0.181818 0.000000 0.000000 0.090909 0.090909 0.454545 0.363636 0.090909 0.090909 0.636364 0.181818 0.090909 0.000000 0.909091 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 URL http://arep.med.harvard.edu/ecoli_matrices/narL.html MOTIF narP log-odds matrix: alength= 4 w= 16 E= 1.8e-025 -965 -965 -965 183 183 -965 -965 -965 -16 177 -965 -965 -965 199 -965 -116 -965 119 -965 83 -116 199 -965 -965 -16 -965 19 83 142 -965 -965 -16 83 -965 -965 83 142 19 -965 -965 -965 -965 199 -116 -965 19 119 -16 -116 -965 199 -965 -965 -965 219 -965 -965 -965 -965 183 183 -965 -965 -965 letter-probability matrix: alength= 4 w= 16 nsites= 8 E= 1.8e-025 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.250000 0.750000 0.000000 0.000000 0.000000 0.875000 0.000000 0.125000 0.000000 0.500000 0.000000 0.500000 0.125000 0.875000 0.000000 0.000000 0.250000 0.000000 0.250000 0.500000 0.750000 0.000000 0.000000 0.250000 0.500000 0.000000 0.000000 0.500000 0.750000 0.250000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.875000 0.125000 0.000000 0.250000 0.500000 0.250000 0.125000 0.000000 0.875000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 URL http://arep.med.harvard.edu/ecoli_matrices/narP.html MOTIF ntrC log-odds matrix: alength= 4 w= 17 E= 1.1e-014 73 -37 -897 73 -897 -897 195 -897 -897 195 -897 -897 173 -37 -897 -897 -897 195 -897 -897 -897 121 -897 73 205 -897 -897 -897 -27 -897 63 73 173 -897 -37 -897 73 -897 -897 131 -897 -897 -897 205 -897 -897 195 -897 -897 -897 195 -897 -897 -897 -897 205 -897 -897 195 -897 -897 195 -897 -897 173 -37 -897 -897 letter-probability matrix: alength= 4 w= 17 nsites= 5 E= 1.1e-014 0.400000 0.200000 0.000000 0.400000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.800000 0.200000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.600000 0.000000 0.400000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.200000 0.000000 0.400000 0.400000 0.800000 0.000000 0.200000 0.000000 0.400000 0.000000 0.000000 0.600000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.800000 0.200000 0.000000 0.000000 URL http://arep.med.harvard.edu/ecoli_matrices/ntrC.html MOTIF ompR log-odds matrix: alength= 4 w= 20 E= 1.4e-005 -13 -982 71 29 -71 -982 -29 87 29 -982 -982 61 29 -29 -982 29 -982 288 -982 -982 29 -29 -29 -13 -982 -29 71 87 -13 -29 -29 29 -71 -29 -29 61 -982 -29 -29 109 -71 -982 171 -13 29 -982 71 -13 61 71 -982 -71 146 -982 -982 -982 -13 229 -982 -982 109 -29 -982 -171 -71 -982 -29 87 29 -29 -29 -13 -71 71 129 -71 -13 -29 -982 61 letter-probability matrix: alength= 4 w= 20 nsites= 9 E= 1.4e-005 0.333333 0.000000 0.222222 0.444444 0.222222 0.000000 0.111111 0.666667 0.444444 0.000000 0.000000 0.555556 0.444444 0.111111 0.000000 0.444444 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.444444 0.111111 0.111111 0.333333 0.000000 0.111111 0.222222 0.666667 0.333333 0.111111 0.111111 0.444444 0.222222 0.111111 0.111111 0.555556 0.000000 0.111111 0.111111 0.777778 0.222222 0.000000 0.444444 0.333333 0.444444 0.000000 0.222222 0.333333 0.555556 0.222222 0.000000 0.222222 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.333333 0.666667 0.000000 0.000000 0.777778 0.111111 0.000000 0.111111 0.222222 0.000000 0.111111 0.666667 0.444444 0.111111 0.111111 0.333333 0.222222 0.222222 0.333333 0.222222 0.333333 0.111111 0.000000 0.555556 URL http://arep.med.harvard.edu/ecoli_matrices/ompR.html MOTIF oxyR log-odds matrix: alength= 4 w= 39 E= 5.8e-002 80 -865 23 -20 -20 -865 -865 138 -20 123 -865 -20 -20 23 23 -20 -865 -865 182 -20 -20 -865 123 -20 -865 123 -865 80 -865 182 -865 -20 -20 -865 123 -20 -865 23 23 80 80 -865 -865 80 -20 23 123 -865 -865 182 -865 -20 -20 -865 -865 138 180 -865 -865 -865 -865 -865 -865 180 -865 123 -865 80 -20 23 123 -865 -865 182 -865 -20 180 -865 -865 -865 -865 123 23 -20 -865 182 -865 -20 -20 123 -865 -20 138 -865 23 -865 -865 -865 -865 180 -20 23 23 -20 -865 -865 223 -865 -20 123 -865 -20 -865 23 23 80 -20 -865 123 -20 -20 -865 23 80 80 23 23 -865 138 -865 -865 -20 -20 123 -865 -20 -20 182 -865 -865 80 -865 -865 80 138 -865 23 -865 -865 23 -865 138 -865 23 23 80 letter-probability matrix: alength= 4 w= 39 nsites= 4 E= 5.8e-002 0.500000 0.000000 0.250000 0.250000 0.250000 0.000000 0.000000 0.750000 0.250000 0.500000 0.000000 0.250000 0.250000 0.250000 0.250000 0.250000 0.000000 0.000000 0.750000 0.250000 0.250000 0.000000 0.500000 0.250000 0.000000 0.500000 0.000000 0.500000 0.000000 0.750000 0.000000 0.250000 0.250000 0.000000 0.500000 0.250000 0.000000 0.250000 0.250000 0.500000 0.500000 0.000000 0.000000 0.500000 0.250000 0.250000 0.500000 0.000000 0.000000 0.750000 0.000000 0.250000 0.250000 0.000000 0.000000 0.750000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.500000 0.000000 0.500000 0.250000 0.250000 0.500000 0.000000 0.000000 0.750000 0.000000 0.250000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.500000 0.250000 0.250000 0.000000 0.750000 0.000000 0.250000 0.250000 0.500000 0.000000 0.250000 0.750000 0.000000 0.250000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.250000 0.250000 0.250000 0.250000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.250000 0.500000 0.000000 0.250000 0.000000 0.250000 0.250000 0.500000 0.250000 0.000000 0.500000 0.250000 0.250000 0.000000 0.250000 0.500000 0.500000 0.250000 0.250000 0.000000 0.750000 0.000000 0.000000 0.250000 0.250000 0.500000 0.000000 0.250000 0.250000 0.750000 0.000000 0.000000 0.500000 0.000000 0.000000 0.500000 0.750000 0.000000 0.250000 0.000000 0.000000 0.250000 0.000000 0.750000 0.000000 0.250000 0.250000 0.500000 URL http://arep.med.harvard.edu/ecoli_matrices/oxyR.html MOTIF pdhR log-odds matrix: alength= 4 w= 17 E= 2.8e+000 154 -765 -765 -765 55 -765 166 -765 -765 -765 -765 154 -765 -765 -765 154 -765 -765 266 -765 -765 -765 166 55 -765 -765 -765 154 154 -765 -765 -765 154 -765 -765 -765 55 -765 166 -765 154 -765 -765 -765 -765 166 -765 55 -765 166 166 -765 55 -765 -765 55 55 -765 166 -765 -765 166 -765 55 55 -765 -765 55 letter-probability matrix: alength= 4 w= 17 nsites= 2 E= 2.8e+000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.500000 0.000000 0.500000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.500000 0.500000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.500000 0.000000 0.500000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.500000 0.000000 0.500000 0.000000 0.500000 0.500000 0.000000 0.500000 0.000000 0.000000 0.500000 0.500000 0.000000 0.500000 0.000000 0.000000 0.500000 0.000000 0.500000 0.500000 0.000000 0.000000 0.500000 URL http://arep.med.harvard.edu/ecoli_matrices/pdhR.html MOTIF phoB log-odds matrix: alength= 4 w= 22 E= 3.6e-039 -81 215 -1055 -139 -239 -1055 -1055 141 -139 -1055 215 -81 -239 -1055 -117 131 -81 200 -1055 -81 131 -1055 -1055 -139 -1055 -1055 -117 141 93 -17 -1055 -81 61 -17 -1055 -7 107 -117 -1055 -81 -39 -117 -17 61 -239 229 -117 -139 -1055 -17 -1055 131 -1055 -1055 253 -139 -139 -1055 -1055 131 41 183 -1055 -1055 141 -1055 -117 -1055 -239 142 -117 41 41 115 -117 -139 41 -117 -117 19 61 -117 -17 -39 19 115 -1055 -39 letter-probability matrix: alength= 4 w= 22 nsites= 15 E= 3.6e-039 0.200000 0.666667 0.000000 0.133333 0.066667 0.000000 0.000000 0.933333 0.133333 0.000000 0.666667 0.200000 0.066667 0.000000 0.066667 0.866667 0.200000 0.600000 0.000000 0.200000 0.866667 0.000000 0.000000 0.133333 0.000000 0.000000 0.066667 0.933333 0.666667 0.133333 0.000000 0.200000 0.533333 0.133333 0.000000 0.333333 0.733333 0.066667 0.000000 0.200000 0.266667 0.066667 0.133333 0.533333 0.066667 0.733333 0.066667 0.133333 0.000000 0.133333 0.000000 0.866667 0.000000 0.000000 0.866667 0.133333 0.133333 0.000000 0.000000 0.866667 0.466667 0.533333 0.000000 0.000000 0.933333 0.000000 0.066667 0.000000 0.066667 0.400000 0.066667 0.466667 0.466667 0.333333 0.066667 0.133333 0.466667 0.066667 0.066667 0.400000 0.533333 0.066667 0.133333 0.266667 0.400000 0.333333 0.000000 0.266667 URL http://arep.med.harvard.edu/ecoli_matrices/phoB.html MOTIF phoB3 log-odds matrix: alength= 4 w= 33 E= 2.1e-018 -15 178 -982 -74 -982 -982 -982 143 -74 -982 210 -74 -173 -982 -982 126 -74 236 -982 -173 107 -982 -982 -74 -982 78 -982 107 85 78 -982 -173 58 -22 -982 -15 85 -982 -982 -15 26 -22 -982 26 -74 258 -982 -982 -173 -982 -982 126 -173 -982 258 -173 -74 -982 -982 107 -15 210 -982 -173 126 -982 -982 -173 -982 78 -982 107 107 -22 -982 -173 -15 -22 -982 58 85 -982 -982 -15 58 -22 -982 -15 -74 236 -22 -982 -173 -22 -982 107 -173 -982 236 -74 -74 -982 -982 107 26 178 -982 -173 107 -982 -22 -173 -173 178 -982 26 58 78 -982 -74 -15 78 -982 26 58 -982 78 -74 58 78 -982 -74 letter-probability matrix: alength= 4 w= 33 nsites= 9 E= 2.1e-018 0.333333 0.444444 0.000000 0.222222 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.222222 0.000000 0.555556 0.222222 0.111111 0.000000 0.000000 0.888889 0.222222 0.666667 0.000000 0.111111 0.777778 0.000000 0.000000 0.222222 0.000000 0.222222 0.000000 0.777778 0.666667 0.222222 0.000000 0.111111 0.555556 0.111111 0.000000 0.333333 0.666667 0.000000 0.000000 0.333333 0.444444 0.111111 0.000000 0.444444 0.222222 0.777778 0.000000 0.000000 0.111111 0.000000 0.000000 0.888889 0.111111 0.000000 0.777778 0.111111 0.222222 0.000000 0.000000 0.777778 0.333333 0.555556 0.000000 0.111111 0.888889 0.000000 0.000000 0.111111 0.000000 0.222222 0.000000 0.777778 0.777778 0.111111 0.000000 0.111111 0.333333 0.111111 0.000000 0.555556 0.666667 0.000000 0.000000 0.333333 0.555556 0.111111 0.000000 0.333333 0.222222 0.666667 0.111111 0.000000 0.111111 0.111111 0.000000 0.777778 0.111111 0.000000 0.666667 0.222222 0.222222 0.000000 0.000000 0.777778 0.444444 0.444444 0.000000 0.111111 0.777778 0.000000 0.111111 0.111111 0.111111 0.444444 0.000000 0.444444 0.555556 0.222222 0.000000 0.222222 0.333333 0.222222 0.000000 0.444444 0.555556 0.000000 0.222222 0.222222 0.555556 0.222222 0.000000 0.222222 URL http://arep.med.harvard.edu/ecoli_matrices/phoB3.html MOTIF purR log-odds matrix: alength= 4 w= 26 E= 4.3e-091 -28 -131 -31 86 -160 -131 139 -28 -101 28 2 40 57 -72 -31 -1 110 -131 28 -259 165 -230 -230 -259 21 2 50 -101 -259 -1110 209 -1110 99 50 -230 -160 172 -230 -230 -1110 179 -230 -1110 -1110 131 -72 -1110 -60 -1110 215 -1110 -1110 -1110 -1110 215 -1110 -101 -230 -31 121 -1110 -1110 -1110 186 -1110 -1110 -1110 186 -101 -230 160 -101 -1110 209 -230 -1110 -259 -72 169 -160 -160 50 -1110 110 21 -1110 86 -1 -1 -230 102 -28 21 28 2 -60 -28 -230 50 57 21 -31 2 -1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 26 nsites= 22 E= 4.3e-091 0.227273 0.090909 0.181818 0.500000 0.090909 0.090909 0.590909 0.227273 0.136364 0.272727 0.227273 0.363636 0.409091 0.136364 0.181818 0.272727 0.590909 0.090909 0.272727 0.045455 0.863636 0.045455 0.045455 0.045455 0.318182 0.227273 0.318182 0.136364 0.045455 0.000000 0.954545 0.000000 0.545455 0.318182 0.045455 0.090909 0.909091 0.045455 0.045455 0.000000 0.954545 0.045455 0.000000 0.000000 0.681818 0.136364 0.000000 0.181818 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.136364 0.045455 0.181818 0.636364 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.136364 0.045455 0.681818 0.136364 0.000000 0.954545 0.045455 0.000000 0.045455 0.136364 0.727273 0.090909 0.090909 0.318182 0.000000 0.590909 0.318182 0.000000 0.409091 0.272727 0.272727 0.045455 0.454545 0.227273 0.318182 0.272727 0.227273 0.181818 0.227273 0.045455 0.318182 0.409091 0.318182 0.181818 0.227273 0.272727 URL http://arep.med.harvard.edu/ecoli_matrices/purR.html MOTIF rhaS log-odds matrix: alength= 4 w= 50 E= 4.0e+000 100 100 -765 -765 -765 100 -765 100 -765 100 -765 100 -765 -765 -765 199 -765 -765 -765 199 -765 100 -765 100 -765 100 100 -765 -765 199 -765 -765 -765 199 -765 -765 -765 -765 -765 199 -765 -765 199 -765 -765 -765 100 100 -765 -765 -765 199 -765 -765 100 100 -765 100 100 -765 -765 199 -765 -765 -765 100 100 -765 100 100 -765 -765 100 100 -765 -765 -765 -765 100 100 -765 -765 100 100 -765 -765 100 100 -765 100 100 -765 -765 100 -765 100 -765 199 -765 -765 100 -765 100 -765 100 -765 -765 100 -765 -765 -765 199 -765 -765 -765 199 -765 -765 -765 199 100 100 -765 -765 -765 199 -765 -765 -765 -765 -765 199 -765 -765 199 -765 -765 -765 100 100 -765 199 -765 -765 199 -765 -765 -765 100 -765 100 -765 -765 -765 -765 199 100 100 -765 -765 199 -765 -765 -765 -765 199 -765 -765 -765 -765 199 -765 100 -765 100 -765 -765 100 100 -765 199 -765 -765 -765 100 -765 -765 100 -765 -765 100 100 100 -765 100 -765 100 -765 -765 100 letter-probability matrix: alength= 4 w= 50 nsites= 2 E= 4.0e+000 0.500000 0.500000 0.000000 0.000000 0.000000 0.500000 0.000000 0.500000 0.000000 0.500000 0.000000 0.500000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.500000 0.000000 0.500000 0.000000 0.500000 0.500000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.500000 0.500000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.500000 0.500000 0.000000 0.500000 0.500000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.500000 0.500000 0.000000 0.500000 0.500000 0.000000 0.000000 0.500000 0.500000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.500000 0.500000 0.000000 0.000000 0.500000 0.500000 0.000000 0.000000 0.500000 0.500000 0.000000 0.500000 0.500000 0.000000 0.000000 0.500000 0.000000 0.500000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.500000 0.000000 0.500000 0.000000 0.500000 0.000000 0.000000 0.500000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.500000 0.500000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.500000 0.500000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.500000 0.000000 0.500000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.500000 0.500000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.500000 0.000000 0.500000 0.000000 0.000000 0.500000 0.500000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.500000 0.000000 0.000000 0.500000 0.000000 0.000000 0.500000 0.500000 0.500000 0.000000 0.500000 0.000000 0.500000 0.000000 0.000000 0.500000 URL http://arep.med.harvard.edu/ecoli_matrices/rhaS.html MOTIF rpoD15 log-odds matrix: alength= 4 w= 27 E= 1.2e-022 -307 -34 -34 109 -307 -1140 -1140 162 -149 -134 157 -27 83 -134 -134 -8 -307 175 -134 -27 92 -76 -76 -75 -49 47 47 -27 -49 83 -34 -8 -75 83 -2 -8 -108 124 -34 -27 9 -76 -2 25 -27 24 -34 25 -27 47 -2 -8 -27 24 83 -75 -8 24 24 -27 73 -134 -76 -8 -49 47 -34 25 9 -2 47 -49 -207 47 112 -27 -49 -76 112 -27 -49 -2 83 -27 -307 -1140 -134 151 132 -234 -34 -307 -49 -76 -76 83 117 -134 -134 -108 73 24 -76 -108 -307 -134 -76 132 letter-probability matrix: alength= 4 w= 27 nsites= 27 E= 1.2e-022 0.037037 0.148148 0.148148 0.666667 0.037037 0.000000 0.000000 0.962963 0.111111 0.074074 0.555556 0.259259 0.555556 0.074074 0.074074 0.296296 0.037037 0.629630 0.074074 0.259259 0.592593 0.111111 0.111111 0.185185 0.222222 0.259259 0.259259 0.259259 0.222222 0.333333 0.148148 0.296296 0.185185 0.333333 0.185185 0.296296 0.148148 0.444444 0.148148 0.259259 0.333333 0.111111 0.185185 0.370370 0.259259 0.222222 0.148148 0.370370 0.259259 0.259259 0.185185 0.296296 0.259259 0.222222 0.333333 0.185185 0.296296 0.222222 0.222222 0.259259 0.518519 0.074074 0.111111 0.296296 0.222222 0.259259 0.148148 0.370370 0.333333 0.185185 0.259259 0.222222 0.074074 0.259259 0.407407 0.259259 0.222222 0.111111 0.407407 0.259259 0.222222 0.185185 0.333333 0.259259 0.037037 0.000000 0.074074 0.888889 0.777778 0.037037 0.148148 0.037037 0.222222 0.111111 0.111111 0.555556 0.703704 0.074074 0.074074 0.148148 0.518519 0.222222 0.111111 0.148148 0.037037 0.074074 0.111111 0.777778 URL http://arep.med.harvard.edu/ecoli_matrices/rpoD15.html MOTIF rpoD16 log-odds matrix: alength= 4 w= 28 E= 1.4e-060 -138 -307 -1223 139 -296 -307 -107 139 -164 -307 206 -116 49 -7 -207 4 -16 132 -26 -138 108 -207 -48 -116 -51 52 -26 21 -64 74 25 -16 -26 -7 -7 28 -116 10 39 43 -26 10 -26 28 -51 -7 39 21 -6 63 39 -79 -51 -7 39 21 -164 74 39 21 -138 74 10 28 -16 -7 39 -6 -26 -75 39 28 -6 -48 -7 28 -64 110 -26 -26 -79 74 -7 12 -16 25 74 -64 -238 -207 -75 128 120 -48 -1223 -138 -116 -107 -7 89 112 -48 -48 -296 108 -75 -7 -296 -396 -107 -207 139 letter-probability matrix: alength= 4 w= 28 nsites= 48 E= 1.4e-060 0.125000 0.020833 0.000000 0.854167 0.041667 0.020833 0.083333 0.854167 0.104167 0.020833 0.729167 0.145833 0.458333 0.166667 0.041667 0.333333 0.291667 0.437500 0.145833 0.125000 0.687500 0.041667 0.125000 0.145833 0.229167 0.250000 0.145833 0.375000 0.208333 0.291667 0.208333 0.291667 0.270833 0.166667 0.166667 0.395833 0.145833 0.187500 0.229167 0.437500 0.270833 0.187500 0.145833 0.395833 0.229167 0.166667 0.229167 0.375000 0.312500 0.270833 0.229167 0.187500 0.229167 0.166667 0.229167 0.375000 0.104167 0.291667 0.229167 0.375000 0.125000 0.291667 0.187500 0.395833 0.291667 0.166667 0.229167 0.312500 0.270833 0.104167 0.229167 0.395833 0.312500 0.125000 0.166667 0.395833 0.208333 0.375000 0.145833 0.270833 0.187500 0.291667 0.166667 0.354167 0.291667 0.208333 0.291667 0.208333 0.062500 0.041667 0.104167 0.791667 0.750000 0.125000 0.000000 0.125000 0.145833 0.083333 0.166667 0.604167 0.708333 0.125000 0.125000 0.041667 0.687500 0.104167 0.166667 0.041667 0.020833 0.083333 0.041667 0.854167 URL http://arep.med.harvard.edu/ecoli_matrices/rpoD16.html MOTIF rpoD17 log-odds matrix: alength= 4 w= 29 E= 3.2e-150 -260 -163 -185 142 -172 -211 -244 140 -218 -53 165 -54 75 47 -185 -94 -54 145 -144 -60 72 -53 -27 -66 -1 37 -19 -14 21 9 -74 6 -23 -12 -19 34 -23 32 15 -10 -23 52 21 -33 -38 26 42 -14 -48 52 37 -23 -43 42 15 -1 17 21 -12 -28 -28 15 73 -48 -54 21 -4 31 -33 32 -12 14 -28 52 -44 10 -33 47 26 -23 -110 52 56 -1 -72 21 88 -33 -101 26 47 21 -260 -53 -211 131 145 -211 -285 -201 -48 -85 -63 82 75 2 -35 -118 106 -44 -85 -160 -360 -112 -285 146 letter-probability matrix: alength= 4 w= 29 nsites= 116 E= 3.2e-150 0.051724 0.060345 0.051724 0.836207 0.094828 0.043103 0.034483 0.827586 0.068966 0.129310 0.586207 0.215517 0.525862 0.258621 0.051724 0.163793 0.215517 0.508621 0.068966 0.206897 0.517241 0.129310 0.155172 0.198276 0.310345 0.241379 0.163793 0.284483 0.362069 0.198276 0.112069 0.327586 0.267241 0.172414 0.163793 0.396552 0.267241 0.232759 0.206897 0.293103 0.267241 0.267241 0.215517 0.250000 0.241379 0.224138 0.250000 0.284483 0.224138 0.267241 0.241379 0.267241 0.232759 0.250000 0.206897 0.310345 0.353448 0.215517 0.172414 0.258621 0.258621 0.206897 0.310345 0.224138 0.215517 0.215517 0.181034 0.387931 0.250000 0.232759 0.172414 0.344828 0.258621 0.267241 0.137931 0.336207 0.250000 0.258621 0.224138 0.267241 0.146552 0.267241 0.275862 0.310345 0.189655 0.215517 0.344828 0.250000 0.155172 0.224138 0.258621 0.362069 0.051724 0.129310 0.043103 0.775862 0.853448 0.043103 0.025862 0.077586 0.224138 0.103448 0.120690 0.551724 0.525862 0.189655 0.146552 0.137931 0.655172 0.137931 0.103448 0.103448 0.025862 0.086207 0.025862 0.862069 URL http://arep.med.harvard.edu/ecoli_matrices/rpoD17.html MOTIF rpoD18 log-odds matrix: alength= 4 w= 30 E= 1.7e-043 -1173 -11 -169 130 -181 -269 -269 146 -339 -269 216 -181 100 -69 -11 -181 -81 130 -169 -7 85 -269 31 -81 51 -37 31 -81 30 31 -37 -40 -40 48 111 -181 -7 -37 31 6 -23 -37 31 19 6 -11 -11 6 -81 48 48 -7 -59 31 -11 30 6 11 11 -23 -81 76 -111 41 19 -37 -69 30 -81 11 31 30 6 -37 31 -7 6 11 48 -59 -107 111 63 -107 19 11 -11 -23 -40 11 76 -40 -81 -11 76 6 -1173 -111 -169 146 151 -1173 -269 -181 -107 63 -11 30 113 -111 -169 -81 100 -11 -11 -339 -107 -1173 -1173 146 letter-probability matrix: alength= 4 w= 30 nsites= 34 E= 1.7e-043 0.000000 0.176471 0.058824 0.764706 0.088235 0.029412 0.029412 0.852941 0.029412 0.029412 0.852941 0.088235 0.617647 0.117647 0.176471 0.088235 0.176471 0.470588 0.058824 0.294118 0.558824 0.029412 0.235294 0.176471 0.441176 0.147059 0.235294 0.176471 0.382353 0.235294 0.147059 0.235294 0.235294 0.264706 0.411765 0.088235 0.294118 0.147059 0.235294 0.323529 0.264706 0.147059 0.235294 0.352941 0.323529 0.176471 0.176471 0.323529 0.176471 0.264706 0.264706 0.294118 0.205882 0.235294 0.176471 0.382353 0.323529 0.205882 0.205882 0.264706 0.176471 0.323529 0.088235 0.411765 0.352941 0.147059 0.117647 0.382353 0.176471 0.205882 0.235294 0.382353 0.323529 0.147059 0.235294 0.294118 0.323529 0.205882 0.264706 0.205882 0.147059 0.411765 0.294118 0.147059 0.352941 0.205882 0.176471 0.264706 0.235294 0.205882 0.323529 0.235294 0.176471 0.176471 0.323529 0.323529 0.000000 0.088235 0.058824 0.852941 0.882353 0.000000 0.029412 0.088235 0.147059 0.294118 0.176471 0.382353 0.676471 0.088235 0.058824 0.176471 0.617647 0.176471 0.176471 0.029412 0.147059 0.000000 0.000000 0.852941 URL http://arep.med.harvard.edu/ecoli_matrices/rpoD18.html MOTIF rpoD19 log-odds matrix: alength= 4 w= 31 E= 2.0e-017 -195 -226 -126 137 -294 -67 -126 130 -95 6 133 -95 114 -67 -26 -294 5 144 -226 -136 86 -67 33 -195 -95 91 -67 22 -36 6 33 5 -136 55 55 5 -14 -26 -26 37 -14 6 6 5 -36 6 33 5 5 55 -126 5 -95 6 6 51 -136 74 74 -36 -63 55 33 -14 -63 -26 74 5 -14 -226 55 37 5 -126 33 22 -14 -26 -26 37 -136 -26 33 64 -14 6 74 -63 5 33 -67 5 -294 33 106 5 -95 33 74 -14 -294 -126 -67 130 157 -1129 -226 -294 -195 -67 -26 105 137 -126 -126 -294 75 6 -126 -63 -294 -26 -226 130 letter-probability matrix: alength= 4 w= 31 nsites= 25 E= 2.0e-017 0.080000 0.040000 0.080000 0.800000 0.040000 0.120000 0.080000 0.760000 0.160000 0.200000 0.480000 0.160000 0.680000 0.120000 0.160000 0.040000 0.320000 0.520000 0.040000 0.120000 0.560000 0.120000 0.240000 0.080000 0.160000 0.360000 0.120000 0.360000 0.240000 0.200000 0.240000 0.320000 0.120000 0.280000 0.280000 0.320000 0.280000 0.160000 0.160000 0.400000 0.280000 0.200000 0.200000 0.320000 0.240000 0.200000 0.240000 0.320000 0.320000 0.280000 0.080000 0.320000 0.160000 0.200000 0.200000 0.440000 0.120000 0.320000 0.320000 0.240000 0.200000 0.280000 0.240000 0.280000 0.200000 0.160000 0.320000 0.320000 0.280000 0.040000 0.280000 0.400000 0.320000 0.080000 0.240000 0.360000 0.280000 0.160000 0.160000 0.400000 0.120000 0.160000 0.240000 0.480000 0.280000 0.200000 0.320000 0.200000 0.320000 0.240000 0.120000 0.320000 0.040000 0.240000 0.400000 0.320000 0.160000 0.240000 0.320000 0.280000 0.040000 0.080000 0.120000 0.760000 0.920000 0.000000 0.040000 0.040000 0.080000 0.120000 0.160000 0.640000 0.800000 0.080000 0.080000 0.040000 0.520000 0.200000 0.080000 0.200000 0.040000 0.160000 0.040000 0.760000 URL http://arep.med.harvard.edu/ecoli_matrices/rpoD19.html MOTIF rpoE log-odds matrix: alength= 4 w= 36 E= 8.3e-002 -823 176 -823 13 -823 -823 176 13 -823 -823 234 -823 172 -823 -823 -823 172 -823 -823 -823 -823 234 -823 -823 -823 -823 -823 172 -823 -823 -823 172 -823 76 76 13 113 -823 -823 13 -823 76 176 -823 13 -823 176 -823 113 76 -823 -823 13 -823 -823 113 172 -823 -823 -823 113 -823 -823 13 113 76 -823 -823 113 -823 76 -823 113 -823 -823 13 13 76 76 -823 113 76 -823 -823 -823 176 76 -823 113 -823 76 -823 13 76 76 -823 -823 -823 -823 172 -823 234 -823 -823 -823 -823 -823 172 13 -823 176 -823 172 -823 -823 -823 13 76 -823 13 13 76 76 -823 113 76 -823 -823 113 -823 -823 13 13 76 -823 13 13 76 -823 13 13 76 76 -823 letter-probability matrix: alength= 4 w= 36 nsites= 3 E= 8.3e-002 0.000000 0.666667 0.000000 0.333333 0.000000 0.000000 0.666667 0.333333 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.333333 0.333333 0.333333 0.666667 0.000000 0.000000 0.333333 0.000000 0.333333 0.666667 0.000000 0.333333 0.000000 0.666667 0.000000 0.666667 0.333333 0.000000 0.000000 0.333333 0.000000 0.000000 0.666667 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.666667 0.000000 0.000000 0.333333 0.666667 0.333333 0.000000 0.000000 0.666667 0.000000 0.333333 0.000000 0.666667 0.000000 0.000000 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.000000 0.666667 0.333333 0.000000 0.000000 0.000000 0.666667 0.333333 0.000000 0.666667 0.000000 0.333333 0.000000 0.333333 0.333333 0.333333 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.333333 0.000000 0.666667 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.333333 0.333333 0.000000 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.000000 0.666667 0.333333 0.000000 0.000000 0.666667 0.000000 0.000000 0.333333 0.333333 0.333333 0.000000 0.333333 0.333333 0.333333 0.000000 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.000000 URL http://arep.med.harvard.edu/ecoli_matrices/rpoE.html MOTIF rpoH2 log-odds matrix: alength= 4 w= 50 E= 2.1e-011 -945 37 136 -96 136 -945 -63 -96 62 37 -63 -96 4 95 -945 4 4 -63 -945 104 4 -945 37 62 -96 37 -63 62 62 -945 -945 104 -96 -63 -945 136 62 -63 -63 4 62 37 -945 4 -945 95 37 4 -96 37 37 4 -96 -63 -945 136 -96 -63 -63 104 -96 -63 136 -96 -96 -63 -945 136 -96 95 -945 62 62 -63 37 -96 -945 136 -63 4 -945 95 95 -96 4 169 -945 -945 -945 -945 -945 184 -945 -945 -945 184 -945 -63 169 -96 162 -945 -945 -96 162 -63 -945 -945 136 -63 -63 -945 62 -63 -63 4 4 -63 -63 62 -96 -63 37 62 -945 37 95 4 -945 -945 169 4 -96 37 -63 62 -96 95 37 -96 4 37 95 -945 -96 136 -945 4 -96 37 37 4 -945 95 -63 62 -945 136 -945 62 4 -945 136 -96 -96 37 -63 62 -96 136 -63 -96 -96 169 -63 -945 -945 217 -945 -945 -945 195 -63 -945 184 -945 -945 -945 -945 -63 -945 162 62 37 -63 -96 -96 -945 -945 162 letter-probability matrix: alength= 4 w= 50 nsites= 7 E= 2.1e-011 0.000000 0.285714 0.571429 0.142857 0.714286 0.000000 0.142857 0.142857 0.428571 0.285714 0.142857 0.142857 0.285714 0.428571 0.000000 0.285714 0.285714 0.142857 0.000000 0.571429 0.285714 0.000000 0.285714 0.428571 0.142857 0.285714 0.142857 0.428571 0.428571 0.000000 0.000000 0.571429 0.142857 0.142857 0.000000 0.714286 0.428571 0.142857 0.142857 0.285714 0.428571 0.285714 0.000000 0.285714 0.000000 0.428571 0.285714 0.285714 0.142857 0.285714 0.285714 0.285714 0.142857 0.142857 0.000000 0.714286 0.142857 0.142857 0.142857 0.571429 0.142857 0.142857 0.571429 0.142857 0.142857 0.142857 0.000000 0.714286 0.142857 0.428571 0.000000 0.428571 0.428571 0.142857 0.285714 0.142857 0.000000 0.571429 0.142857 0.285714 0.000000 0.428571 0.428571 0.142857 0.285714 0.714286 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.142857 0.714286 0.142857 0.857143 0.000000 0.000000 0.142857 0.857143 0.142857 0.000000 0.000000 0.714286 0.142857 0.142857 0.000000 0.428571 0.142857 0.142857 0.285714 0.285714 0.142857 0.142857 0.428571 0.142857 0.142857 0.285714 0.428571 0.000000 0.285714 0.428571 0.285714 0.000000 0.000000 0.714286 0.285714 0.142857 0.285714 0.142857 0.428571 0.142857 0.428571 0.285714 0.142857 0.285714 0.285714 0.428571 0.000000 0.142857 0.571429 0.000000 0.285714 0.142857 0.285714 0.285714 0.285714 0.000000 0.428571 0.142857 0.428571 0.000000 0.571429 0.000000 0.428571 0.285714 0.000000 0.571429 0.142857 0.142857 0.285714 0.142857 0.428571 0.142857 0.571429 0.142857 0.142857 0.142857 0.714286 0.142857 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.857143 0.142857 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.142857 0.000000 0.857143 0.428571 0.285714 0.142857 0.142857 0.142857 0.000000 0.000000 0.857143 URL http://arep.med.harvard.edu/ecoli_matrices/rpoH2.html MOTIF rpoH3 log-odds matrix: alength= 4 w= 49 E= 3.3e-021 37 -75 124 -965 137 25 -965 -965 111 -75 -965 -21 111 -965 -75 -21 111 -965 -965 37 37 25 -965 37 79 -965 -75 37 79 -75 25 -121 -121 25 -965 111 -965 25 -75 111 -965 83 -75 79 -121 -965 157 -21 79 83 -75 -965 37 -75 -75 37 -121 -75 25 79 -21 83 -75 -21 -121 25 -75 79 -121 25 25 37 -21 25 83 -121 -121 124 83 -965 -121 124 25 -121 -965 157 83 -965 -965 -965 -965 179 -965 -965 -965 179 -965 -965 224 -965 160 -965 -965 -121 137 -75 -965 -121 111 -965 -75 -21 37 83 25 -965 -121 124 25 -121 -121 83 25 -21 -965 -75 25 111 -121 25 157 -965 79 -75 83 -965 37 -965 83 -21 79 -965 -75 37 -21 -75 -75 79 79 -75 -965 37 -121 157 -75 -121 37 25 83 -965 -21 25 -75 37 -121 205 -965 -965 -965 224 -965 -965 -965 205 -965 -121 -965 183 -965 -21 179 -965 -965 -965 -965 -965 -965 179 37 -75 -965 79 37 -965 -965 111 letter-probability matrix: alength= 4 w= 49 nsites= 8 E= 3.3e-021 0.375000 0.125000 0.500000 0.000000 0.750000 0.250000 0.000000 0.000000 0.625000 0.125000 0.000000 0.250000 0.625000 0.000000 0.125000 0.250000 0.625000 0.000000 0.000000 0.375000 0.375000 0.250000 0.000000 0.375000 0.500000 0.000000 0.125000 0.375000 0.500000 0.125000 0.250000 0.125000 0.125000 0.250000 0.000000 0.625000 0.000000 0.250000 0.125000 0.625000 0.000000 0.375000 0.125000 0.500000 0.125000 0.000000 0.625000 0.250000 0.500000 0.375000 0.125000 0.000000 0.375000 0.125000 0.125000 0.375000 0.125000 0.125000 0.250000 0.500000 0.250000 0.375000 0.125000 0.250000 0.125000 0.250000 0.125000 0.500000 0.125000 0.250000 0.250000 0.375000 0.250000 0.250000 0.375000 0.125000 0.125000 0.500000 0.375000 0.000000 0.125000 0.500000 0.250000 0.125000 0.000000 0.625000 0.375000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.875000 0.000000 0.000000 0.125000 0.750000 0.125000 0.000000 0.125000 0.625000 0.000000 0.125000 0.250000 0.375000 0.375000 0.250000 0.000000 0.125000 0.500000 0.250000 0.125000 0.125000 0.375000 0.250000 0.250000 0.000000 0.125000 0.250000 0.625000 0.125000 0.250000 0.625000 0.000000 0.500000 0.125000 0.375000 0.000000 0.375000 0.000000 0.375000 0.250000 0.500000 0.000000 0.125000 0.375000 0.250000 0.125000 0.125000 0.500000 0.500000 0.125000 0.000000 0.375000 0.125000 0.625000 0.125000 0.125000 0.375000 0.250000 0.375000 0.000000 0.250000 0.250000 0.125000 0.375000 0.125000 0.875000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.875000 0.000000 0.125000 0.000000 0.750000 0.000000 0.250000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.375000 0.125000 0.000000 0.500000 0.375000 0.000000 0.000000 0.625000 URL http://arep.med.harvard.edu/ecoli_matrices/rpoH3.html MOTIF rpoN log-odds matrix: alength= 4 w= 16 E= 1.3e-014 -923 -923 -923 176 -923 -923 228 -923 -923 -923 228 -923 -923 228 -923 -923 176 -923 -923 -923 -923 202 -923 -82 117 -923 70 -923 117 -30 -30 -923 117 -923 -923 18 76 -923 -923 76 76 -923 -30 18 18 -923 -923 117 -923 -30 -923 150 -923 -923 202 -82 -923 202 -923 -82 76 -923 -923 76 letter-probability matrix: alength= 4 w= 16 nsites= 6 E= 1.3e-014 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.833333 0.000000 0.166667 0.666667 0.000000 0.333333 0.000000 0.666667 0.166667 0.166667 0.000000 0.666667 0.000000 0.000000 0.333333 0.500000 0.000000 0.000000 0.500000 0.500000 0.000000 0.166667 0.333333 0.333333 0.000000 0.000000 0.666667 0.000000 0.166667 0.000000 0.833333 0.000000 0.000000 0.833333 0.166667 0.000000 0.833333 0.000000 0.166667 0.500000 0.000000 0.000000 0.500000 URL http://arep.med.harvard.edu/ecoli_matrices/rpoN.html MOTIF rpoS17 log-odds matrix: alength= 4 w= 29 E= 1.3e-008 -51 63 -11 -9 -1055 89 -69 71 -209 -1055 148 23 -109 89 -11 -9 90 63 -169 -209 49 31 -69 -51 -51 -11 89 -51 23 -11 31 -51 23 31 -169 23 49 -1055 -11 49 23 63 -169 -9 49 31 -11 -109 49 63 -169 -51 -109 -69 63 49 23 -11 -69 23 23 -69 -69 49 71 -11 -69 -51 90 -11 -69 -109 -51 -11 31 23 -209 89 63 -51 -9 -11 63 -51 -9 -11 31 -9 -109 148 -11 -209 -1055 -69 -169 149 171 -169 -1055 -1055 -109 112 -1055 49 90 -11 -69 -109 -9 148 -69 -1055 -1055 -1055 -1055 181 letter-probability matrix: alength= 4 w= 29 nsites= 15 E= 1.3e-008 0.200000 0.333333 0.200000 0.266667 0.000000 0.400000 0.133333 0.466667 0.066667 0.000000 0.600000 0.333333 0.133333 0.400000 0.200000 0.266667 0.533333 0.333333 0.066667 0.066667 0.400000 0.266667 0.133333 0.200000 0.200000 0.200000 0.400000 0.200000 0.333333 0.200000 0.266667 0.200000 0.333333 0.266667 0.066667 0.333333 0.400000 0.000000 0.200000 0.400000 0.333333 0.333333 0.066667 0.266667 0.400000 0.266667 0.200000 0.133333 0.400000 0.333333 0.066667 0.200000 0.133333 0.133333 0.333333 0.400000 0.333333 0.200000 0.133333 0.333333 0.333333 0.133333 0.133333 0.400000 0.466667 0.200000 0.133333 0.200000 0.533333 0.200000 0.133333 0.133333 0.200000 0.200000 0.266667 0.333333 0.066667 0.400000 0.333333 0.200000 0.266667 0.200000 0.333333 0.200000 0.266667 0.200000 0.266667 0.266667 0.133333 0.600000 0.200000 0.066667 0.000000 0.133333 0.066667 0.800000 0.933333 0.066667 0.000000 0.000000 0.133333 0.466667 0.000000 0.400000 0.533333 0.200000 0.133333 0.133333 0.266667 0.600000 0.133333 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 URL http://arep.med.harvard.edu/ecoli_matrices/rpoS17.html MOTIF rpoS18 log-odds matrix: alength= 4 w= 30 E= 2.4e-002 -945 165 -945 6 -945 92 -66 65 -945 -945 165 6 65 -66 -66 6 -93 33 33 6 -93 33 33 6 -93 -66 33 65 6 -66 33 6 65 -945 -66 65 65 33 -66 -93 -93 -66 -66 106 -945 133 33 -93 6 92 -945 6 6 33 33 -93 65 -66 -66 6 -93 -66 92 6 6 -945 33 65 -93 33 33 6 65 -66 33 -93 -945 -66 92 65 6 33 33 -93 -93 -66 92 6 -93 92 -945 65 -945 192 -66 -945 -945 -66 -945 165 138 -945 33 -945 6 -945 -945 138 165 -945 -66 -945 6 133 -945 -93 -945 -945 -66 165 letter-probability matrix: alength= 4 w= 30 nsites= 7 E= 2.4e-002 0.000000 0.714286 0.000000 0.285714 0.000000 0.428571 0.142857 0.428571 0.000000 0.000000 0.714286 0.285714 0.428571 0.142857 0.142857 0.285714 0.142857 0.285714 0.285714 0.285714 0.142857 0.285714 0.285714 0.285714 0.142857 0.142857 0.285714 0.428571 0.285714 0.142857 0.285714 0.285714 0.428571 0.000000 0.142857 0.428571 0.428571 0.285714 0.142857 0.142857 0.142857 0.142857 0.142857 0.571429 0.000000 0.571429 0.285714 0.142857 0.285714 0.428571 0.000000 0.285714 0.285714 0.285714 0.285714 0.142857 0.428571 0.142857 0.142857 0.285714 0.142857 0.142857 0.428571 0.285714 0.285714 0.000000 0.285714 0.428571 0.142857 0.285714 0.285714 0.285714 0.428571 0.142857 0.285714 0.142857 0.000000 0.142857 0.428571 0.428571 0.285714 0.285714 0.285714 0.142857 0.142857 0.142857 0.428571 0.285714 0.142857 0.428571 0.000000 0.428571 0.000000 0.857143 0.142857 0.000000 0.000000 0.142857 0.000000 0.857143 0.714286 0.000000 0.285714 0.000000 0.285714 0.000000 0.000000 0.714286 0.857143 0.000000 0.142857 0.000000 0.285714 0.571429 0.000000 0.142857 0.000000 0.000000 0.142857 0.857143 URL http://arep.med.harvard.edu/ecoli_matrices/rpoS18.html MOTIF soxS log-odds matrix: alength= 4 w= 35 E= 6.5e-013 -105 7 7 54 -105 -1045 48 95 27 7 -152 27 -105 80 -52 27 127 -52 -152 -205 -105 80 -52 27 -46 80 7 -46 -1045 -1045 229 -1045 -1045 229 -1045 -1045 154 -1045 -152 -205 -1045 129 -52 27 -205 7 48 54 -5 -1045 107 -5 54 -1045 -152 76 54 7 -152 -5 -5 48 7 -46 -5 -152 80 -5 -46 48 -52 27 -105 148 -152 -46 127 -52 -1045 -105 76 -152 -52 -5 27 -52 -52 27 -46 7 -1045 95 -5 7 -52 27 27 107 -1045 -46 -5 7 -1045 76 27 -52 -52 27 27 7 7 -46 -105 48 -52 54 54 80 -1045 -46 -5 7 48 -46 -105 -1045 -52 127 -105 107 -52 -5 -5 7 7 -5 -5 129 -1045 -46 letter-probability matrix: alength= 4 w= 35 nsites= 14 E= 6.5e-013 0.142857 0.214286 0.214286 0.428571 0.142857 0.000000 0.285714 0.571429 0.357143 0.214286 0.071429 0.357143 0.142857 0.357143 0.142857 0.357143 0.714286 0.142857 0.071429 0.071429 0.142857 0.357143 0.142857 0.357143 0.214286 0.357143 0.214286 0.214286 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.857143 0.000000 0.071429 0.071429 0.000000 0.500000 0.142857 0.357143 0.071429 0.214286 0.285714 0.428571 0.285714 0.000000 0.428571 0.285714 0.428571 0.000000 0.071429 0.500000 0.428571 0.214286 0.071429 0.285714 0.285714 0.285714 0.214286 0.214286 0.285714 0.071429 0.357143 0.285714 0.214286 0.285714 0.142857 0.357143 0.142857 0.571429 0.071429 0.214286 0.714286 0.142857 0.000000 0.142857 0.500000 0.071429 0.142857 0.285714 0.357143 0.142857 0.142857 0.357143 0.214286 0.214286 0.000000 0.571429 0.285714 0.214286 0.142857 0.357143 0.357143 0.428571 0.000000 0.214286 0.285714 0.214286 0.000000 0.500000 0.357143 0.142857 0.142857 0.357143 0.357143 0.214286 0.214286 0.214286 0.142857 0.285714 0.142857 0.428571 0.428571 0.357143 0.000000 0.214286 0.285714 0.214286 0.285714 0.214286 0.142857 0.000000 0.142857 0.714286 0.142857 0.428571 0.142857 0.285714 0.285714 0.214286 0.214286 0.285714 0.285714 0.500000 0.000000 0.214286 URL http://arep.med.harvard.edu/ecoli_matrices/soxS.html MOTIF torR log-odds matrix: alength= 4 w= 10 E= 1.9e-007 -865 237 -865 -865 -865 37 -865 129 -865 -865 237 -865 -865 -865 -865 170 -865 -865 -865 170 -865 237 -865 -865 170 -865 -865 -865 -865 -865 -865 170 129 37 -865 -865 -865 37 -865 129 letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 4 E= 1.9e-007 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.250000 0.000000 0.750000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.750000 0.250000 0.000000 0.000000 0.000000 0.250000 0.000000 0.750000 URL http://arep.med.harvard.edu/ecoli_matrices/torR.html MOTIF trpR log-odds matrix: alength= 4 w= 24 E= 9.8e-009 -29 -865 36 71 -29 -865 36 71 -865 36 -865 130 -865 -865 236 -865 -865 -865 -865 171 171 -865 -865 -865 -865 236 -865 -865 -865 -865 -865 171 71 136 -865 -865 -865 -865 236 -865 -29 36 -865 71 -865 -865 136 71 130 -865 -865 -29 171 -865 -865 -865 -29 194 -865 -865 -865 -865 36 130 130 -865 36 -865 -865 -865 236 -865 -865 -865 -865 171 71 -865 36 -29 -865 236 -865 -865 71 -865 136 -865 71 -865 36 -29 -865 -865 -865 171 letter-probability matrix: alength= 4 w= 24 nsites= 4 E= 9.8e-009 0.250000 0.000000 0.250000 0.500000 0.250000 0.000000 0.250000 0.500000 0.000000 0.250000 0.000000 0.750000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.500000 0.500000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.250000 0.250000 0.000000 0.500000 0.000000 0.000000 0.500000 0.500000 0.750000 0.000000 0.000000 0.250000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.250000 0.750000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.250000 0.750000 0.750000 0.000000 0.250000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.500000 0.000000 0.250000 0.250000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.500000 0.000000 0.500000 0.000000 0.500000 0.000000 0.250000 0.250000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 URL http://arep.med.harvard.edu/ecoli_matrices/trpR.html MOTIF tus log-odds matrix: alength= 4 w= 23 E= 9.8e-021 46 128 -923 -112 46 28 -923 -12 -12 -923 -923 88 -12 -923 -923 88 120 28 -923 -923 -923 -923 286 -923 -923 -923 28 120 146 -923 -923 -923 -923 -923 -923 146 -923 -923 286 -923 -923 -923 -923 146 -923 -923 -923 146 -923 -923 286 -923 -923 -923 -923 146 146 -923 -923 -923 146 -923 -923 -923 -923 286 -923 -923 -923 -923 28 120 146 -923 -923 -923 120 28 -923 -923 46 -923 128 -112 -12 28 128 -112 -112 -923 28 88 letter-probability matrix: alength= 4 w= 23 nsites= 6 E= 9.8e-021 0.500000 0.333333 0.000000 0.166667 0.500000 0.166667 0.000000 0.333333 0.333333 0.000000 0.000000 0.666667 0.333333 0.000000 0.000000 0.666667 0.833333 0.166667 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.166667 0.833333 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.166667 0.833333 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.833333 0.166667 0.000000 0.000000 0.500000 0.000000 0.333333 0.166667 0.333333 0.166667 0.333333 0.166667 0.166667 0.000000 0.166667 0.666667 URL http://arep.med.harvard.edu/ecoli_matrices/tus.html MOTIF tyrR log-odds matrix: alength= 4 w= 22 E= 5.1e-039 -150 -150 130 30 -92 82 130 -150 -1073 -1073 -1073 158 -1073 -1073 258 -1073 -250 -1073 -50 130 108 -50 -1073 -92 50 -50 -1073 30 67 8 -50 -92 -150 -50 130 8 108 -50 -150 -150 8 -50 8 8 82 -1073 8 -50 50 -50 8 -50 30 -50 50 -50 -50 -1073 -1073 120 -1073 -1073 -50 140 -1073 -150 8 120 140 -50 -1073 -1073 -1073 258 -1073 -1073 50 -1073 130 -150 -92 130 -50 -18 -18 8 -150 50 letter-probability matrix: alength= 4 w= 22 nsites= 17 E= 5.1e-039 0.117647 0.058824 0.411765 0.411765 0.176471 0.294118 0.411765 0.117647 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.058824 0.000000 0.117647 0.823529 0.705882 0.117647 0.000000 0.176471 0.470588 0.117647 0.000000 0.411765 0.529412 0.176471 0.117647 0.176471 0.117647 0.117647 0.411765 0.352941 0.705882 0.117647 0.058824 0.117647 0.352941 0.117647 0.176471 0.352941 0.588235 0.000000 0.176471 0.235294 0.470588 0.117647 0.176471 0.235294 0.411765 0.117647 0.235294 0.235294 0.235294 0.000000 0.000000 0.764706 0.000000 0.000000 0.117647 0.882353 0.000000 0.058824 0.176471 0.764706 0.882353 0.117647 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.470588 0.000000 0.411765 0.117647 0.176471 0.411765 0.117647 0.294118 0.294118 0.176471 0.058824 0.470588 URL http://arep.med.harvard.edu/ecoli_matrices/tyrR.html