//------------------------------------------------------------------------------ // Programmer: Adam M Phillippy, The Institute for Genomic Research // File: sw_alignscore.hh // Date: 8 / 08 / 2002 // // Description: Scoring information for nucleotide and amino acid alignments // // Please report bugs and suggestions to //------------------------------------------------------------------------------ #ifndef __SW_ALIGNSCORE_HH #define __SW_ALIGNSCORE_HH //-- * equals O for easy hashing const char STOP_CHAR = 'O'; //-------------------------------------------------- Scoring Matrix Types ----// const int NUCLEOTIDE = 0; const int BLOSUM45 = 1; const int BLOSUM62 = 2; const int BLOSUM80 = 3; // dna scores 3,-7 m,mm by default. zero slope at 70% idy // substitute 7,-7 m,mm for zero slope at 50% idy const int GOOD_SCORE [4] = {3, 10, 8, 8}; const int OPEN_GAP_SCORE [4] = {-10, -10, -10, -10}; const int CONT_GAP_SCORE [4] = {-7, -1, -1, -1}; const int MATCH_SCORE [4][26][26] = {{ //A B C D E F G H I J K L M N O P Q R S T U V W X Y Z {+3,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7}, {-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7}, {-7,-7,+3,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7}, {-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7}, {-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7}, {-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7}, {-7,-7,-7,-7,-7,-7,+3,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7}, {-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7}, {-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7}, {-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7}, {-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7}, {-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7}, {-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7}, {-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7}, {-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7}, {-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7}, {-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7}, {-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7}, {-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7}, {-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,+3,-7,-7,-7,-7,-7,-7}, {-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7}, {-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7}, {-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7}, {-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7}, {-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7}, {-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7} },{ //A B C D E F G H I J K L M N O P Q R S T U V W X Y Z { 5,-1,-1,-2,-1,-2, 0,-2,-1, 0,-1,-1,-1,-1,-5,-1,-1,-2, 1, 0, 0, 0,-2, 0,-2,-1}, {-1, 4,-2, 5, 1,-3,-1, 0,-3,-1, 0,-3,-2, 4,-5,-2, 0,-1, 0, 0,-1,-3,-4,-1,-2, 2}, {-1,-2,12,-3,-3,-2,-3,-3,-3,-2,-3,-2,-2,-2,-5,-4,-3,-3,-1,-1,-2,-1,-5,-2,-3,-3}, {-2, 5,-3, 7, 2,-4,-1, 0,-4,-1, 0,-3,-3, 2,-5,-1, 0,-1, 0,-1,-1,-3,-4,-1,-2, 1}, {-1, 1,-3, 2, 6,-3,-2, 0,-3,-1, 1,-2,-2, 0,-5, 0, 2, 0, 0,-1,-1,-3,-3,-1,-2, 4}, {-2,-3,-2,-4,-3, 8,-3,-2, 0,-1,-3, 1, 0,-2,-5,-3,-4,-2,-2,-1,-1, 0, 1,-1, 3,-3}, { 0,-1,-3,-1,-2,-3, 7,-2,-4,-1,-2,-3,-2, 0,-5,-2,-2,-2, 0,-2,-1,-3,-2,-1,-3,-2}, {-2, 0,-3, 0, 0,-2,-2,10,-3,-1,-1,-2, 0, 1,-5,-2, 1, 0,-1,-2,-1,-3,-3,-1, 2, 0}, {-1,-3,-3,-4,-3, 0,-4,-3, 5,-1,-3, 2, 2,-2,-5,-2,-2,-3,-2,-1,-1, 3,-2,-1, 0,-3}, { 0,-1,-2,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-5,-1,-1,-1, 0, 0,-1,-1,-2,-1,-1,-1}, {-1, 0,-3, 0, 1,-3,-2,-1,-3,-1, 5,-3,-1, 0,-5,-1, 1, 3,-1,-1,-1,-2,-2,-1,-1, 1}, {-1,-3,-2,-3,-2, 1,-3,-2, 2,-1,-3, 5, 2,-3,-5,-3,-2,-2,-3,-1,-1, 1,-2,-1, 0,-2}, {-1,-2,-2,-3,-2, 0,-2, 0, 2,-1,-1, 2, 6,-2,-5,-2, 0,-1,-2,-1,-1, 1,-2,-1, 0,-1}, {-1, 4,-2, 2, 0,-2, 0, 1,-2,-1, 0,-3,-2, 6,-5,-2, 0, 0, 1, 0,-1,-3,-4,-1,-2, 0}, {-5,-5,-5,-5,-5,-5,-5,-5,-5,-5,-5,-5,-5,-5, 4,-5,-5,-5,-5,-5,-5,-5,-5,-5,-5,-5}, {-1,-2,-4,-1, 0,-3,-2,-2,-2,-1,-1,-3,-2,-2,-5, 9,-1,-2,-1,-1,-1,-3,-3,-1,-3,-1}, {-1, 0,-3, 0, 2,-4,-2, 1,-2,-1, 1,-2, 0, 0,-5,-1, 6, 1, 0,-1,-1,-3,-2,-1,-1, 4}, {-2,-1,-3,-1, 0,-2,-2, 0,-3,-1, 3,-2,-1, 0,-5,-2, 1, 7,-1,-1,-1,-2,-2,-1,-1, 0}, { 1, 0,-1, 0, 0,-2, 0,-1,-2, 0,-1,-3,-2, 1,-5,-1, 0,-1, 4, 2, 0,-1,-4, 0,-2, 0}, { 0, 0,-1,-1,-1,-1,-2,-2,-1, 0,-1,-1,-1, 0,-5,-1,-1,-1, 2, 5, 0, 0,-3, 0,-1,-1}, { 0,-1,-2,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-5,-1,-1,-1, 0, 0,-1,-1,-2,-1,-1,-1}, { 0,-3,-1,-3,-3, 0,-3,-3, 3,-1,-2, 1, 1,-3,-5,-3,-3,-2,-1, 0,-1, 5,-3,-1,-1,-3}, {-2,-4,-5,-4,-3, 1,-2,-3,-2,-2,-2,-2,-2,-4,-5,-3,-2,-2,-4,-3,-2,-3,15,-2, 3,-2}, { 0,-1,-2,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-5,-1,-1,-1, 0, 0,-1,-1,-2,-1,-1,-1}, {-2,-2,-3,-2,-2, 3,-3, 2, 0,-1,-1, 0, 0,-2,-5,-3,-1,-1,-2,-1,-1,-1, 3,-1, 8,-2}, {-1, 2,-3, 1, 4,-3,-2, 0,-3,-1, 1,-2,-1, 0,-5,-1, 4, 0, 0,-1,-1,-3,-2,-1,-2, 4} },{ //A B C D E F G H I J K L M N O P Q R S T U V W X Y Z { 4,-2, 0,-2,-1,-2, 0,-2,-1, 0,-1,-1,-1,-2,-4,-1,-1,-1, 1, 0, 0, 0,-3, 0,-2,-1}, {-2, 4,-3, 4, 1,-3,-1, 0,-3,-1, 0,-4,-3, 3,-4,-2, 0,-1, 0,-1,-1,-3,-4,-1,-3, 1}, { 0,-3, 9,-3,-4,-2,-3,-3,-1,-2,-3,-1,-1,-3,-4,-3,-3,-3,-1,-1,-2,-1,-2,-2,-2,-3}, {-2, 4,-3, 6, 2,-3,-1,-1,-3,-1,-1,-4,-3, 1,-4,-1, 0,-2, 0,-1,-1,-3,-4,-1,-3, 1}, {-1, 1,-4, 2, 5,-3,-2, 0,-3,-1, 1,-3,-2, 0,-4,-1, 2, 0, 0,-1,-1,-2,-3,-1,-2, 4}, {-2,-3,-2,-3,-3, 6,-3,-1, 0,-1,-3, 0, 0,-3,-4,-4,-3,-3,-2,-2,-1,-1, 1,-1, 3,-3}, { 0,-1,-3,-1,-2,-3, 6,-2,-4,-1,-2,-4,-3, 0,-4,-2,-2,-2, 0,-2,-1,-3,-2,-1,-3,-2}, {-2, 0,-3,-1, 0,-1,-2, 8,-3,-1,-1,-3,-2, 1,-4,-2, 0, 0,-1,-2,-1,-3,-2,-1, 2, 0}, {-1,-3,-1,-3,-3, 0,-4,-3, 4,-1,-3, 2, 1,-3,-4,-3,-3,-3,-2,-1,-1, 3,-3,-1,-1,-3}, { 0,-1,-2,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-4,-2,-1,-1, 0, 0,-1,-1,-2,-1,-1,-1}, {-1, 0,-3,-1, 1,-3,-2,-1,-3,-1, 5,-2,-1, 0,-4,-1, 1, 2, 0,-1,-1,-2,-3,-1,-2, 1}, {-1,-4,-1,-4,-3, 0,-4,-3, 2,-1,-2, 4, 2,-3,-4,-3,-2,-2,-2,-1,-1, 1,-2,-1,-1,-3}, {-1,-3,-1,-3,-2, 0,-3,-2, 1,-1,-1, 2, 5,-2,-4,-2, 0,-1,-1,-1,-1, 1,-1,-1,-1,-1}, {-2, 3,-3, 1, 0,-3, 0, 1,-3,-1, 0,-3,-2, 6,-4,-2, 0, 0, 1, 0,-1,-3,-4,-1,-2, 0}, {-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4, 4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4}, {-1,-2,-3,-1,-1,-4,-2,-2,-3,-2,-1,-3,-2,-2,-4, 7,-1,-2,-1,-1,-2,-2,-4,-2,-3,-1}, {-1, 0,-3, 0, 2,-3,-2, 0,-3,-1, 1,-2, 0, 0,-4,-1, 5, 1, 0,-1,-1,-2,-2,-1,-1, 3}, {-1,-1,-3,-2, 0,-3,-2, 0,-3,-1, 2,-2,-1, 0,-4,-2, 1, 5,-1,-1,-1,-3,-3,-1,-2, 0}, { 1, 0,-1, 0, 0,-2, 0,-1,-2, 0, 0,-2,-1, 1,-4,-1, 0,-1, 4, 1, 0,-2,-3, 0,-2, 0}, { 0,-1,-1,-1,-1,-2,-2,-2,-1, 0,-1,-1,-1, 0,-4,-1,-1,-1, 1, 5, 0, 0,-2, 0,-2,-1}, { 0,-1,-2,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-4,-2,-1,-1, 0, 0,-1,-1,-2,-1,-1,-1}, { 0,-3,-1,-3,-2,-1,-3,-3, 3,-1,-2, 1, 1,-3,-4,-2,-2,-3,-2, 0,-1, 4,-3,-1,-1,-2}, {-3,-4,-2,-4,-3, 1,-2,-2,-3,-2,-3,-2,-1,-4,-4,-4,-2,-3,-3,-2,-2,-3,11,-2, 2,-3}, { 0,-1,-2,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-4,-2,-1,-1, 0, 0,-1,-1,-2,-1,-1,-1}, {-2,-3,-2,-3,-2, 3,-3, 2,-1,-1,-2,-1,-1,-2,-4,-3,-1,-2,-2,-2,-1,-1, 2,-1, 7,-2}, {-1, 1,-3, 1, 4,-3,-2, 0,-3,-1, 1,-3,-1, 0,-4,-1, 3, 0, 0,-1,-1,-2,-3,-1,-2, 4} },{ //A B C D E F G H I J K L M N O P Q R S T U V W X Y Z { 5,-2,-1,-2,-1,-3, 0,-2,-2,-1,-1,-2,-1,-2,-6,-1,-1,-2, 1, 0,-1, 0,-3,-1,-2,-1}, {-2, 4,-4, 4, 1,-4,-1,-1,-4,-2,-1,-4,-3, 4,-6,-2, 0,-2, 0,-1,-2,-4,-5,-2,-3, 0}, {-1,-4, 9,-4,-5,-3,-4,-4,-2,-3,-4,-2,-2,-3,-6,-4,-4,-4,-2,-1,-3,-1,-3,-3,-3,-4}, {-2, 4,-4, 6, 1,-4,-2,-2,-4,-2,-1,-5,-4, 1,-6,-2,-1,-2,-1,-1,-2,-4,-6,-2,-4, 1}, {-1, 1,-5, 1, 6,-4,-3, 0,-4,-1, 1,-4,-2,-1,-6,-2, 2,-1, 0,-1,-1,-3,-4,-1,-3, 4}, {-3,-4,-3,-4,-4, 6,-4,-2,-1,-2,-4, 0, 0,-4,-6,-4,-4,-4,-3,-2,-2,-1, 0,-2, 3,-4}, { 0,-1,-4,-2,-3,-4, 6,-3,-5,-2,-2,-4,-4,-1,-6,-3,-2,-3,-1,-2,-2,-4,-4,-2,-4,-3}, {-2,-1,-4,-2, 0,-2,-3, 8,-4,-2,-1,-3,-2, 0,-6,-3, 1, 0,-1,-2,-2,-4,-3,-2, 2, 0}, {-2,-4,-2,-4,-4,-1,-5,-4, 5,-2,-3, 1, 1,-4,-6,-4,-3,-3,-3,-1,-2, 3,-3,-2,-2,-4}, {-1,-2,-3,-2,-1,-2,-2,-2,-2,-1,-1,-2,-1,-1,-6,-2,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-3,-1,-2,-1}, {-1,-1,-4,-1, 1,-4,-2,-1,-3,-1, 5,-3,-2, 0,-6,-1, 1, 2,-1,-1,-1,-3,-4,-1,-3, 1}, {-2,-4,-2,-5,-4, 0,-4,-3, 1,-2,-3, 4, 2,-4,-6,-3,-3,-3,-3,-2,-2, 1,-2,-2,-2,-3}, {-1,-3,-2,-4,-2, 0,-4,-2, 1,-1,-2, 2, 6,-3,-6,-3, 0,-2,-2,-1,-1, 1,-2,-1,-2,-2}, {-2, 4,-3, 1,-1,-4,-1, 0,-4,-1, 0,-4,-3, 6,-6,-3, 0,-1, 0, 0,-1,-4,-4,-1,-3, 0}, {-6,-6,-6,-6,-6,-6,-6,-6,-6,-6,-6,-6,-6,-6, 4,-6,-6,-6,-6,-6,-6,-6,-6,-6,-6,-6}, {-1,-2,-4,-2,-2,-4,-3,-3,-4,-2,-1,-3,-3,-3,-6, 8,-2,-2,-1,-2,-2,-3,-5,-2,-4,-2}, {-1, 0,-4,-1, 2,-4,-2, 1,-3,-1, 1,-3, 0, 0,-6,-2, 6, 1, 0,-1,-1,-3,-3,-1,-2, 3}, {-2,-2,-4,-2,-1,-4,-3, 0,-3,-1, 2,-3,-2,-1,-6,-2, 1, 6,-1,-1,-1,-3,-4,-1,-3, 0}, { 1, 0,-2,-1, 0,-3,-1,-1,-3,-1,-1,-3,-2, 0,-6,-1, 0,-1, 5, 1,-1,-2,-4,-1,-2, 0}, { 0,-1,-1,-1,-1,-2,-2,-2,-1,-1,-1,-2,-1, 0,-6,-2,-1,-1, 1, 5,-1, 0,-4,-1,-2,-1}, {-1,-2,-3,-2,-1,-2,-2,-2,-2,-1,-1,-2,-1,-1,-6,-2,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-3,-1,-2,-1}, { 0,-4,-1,-4,-3,-1,-4,-4, 3,-1,-3, 1, 1,-4,-6,-3,-3,-3,-2, 0,-1, 4,-3,-1,-2,-3}, {-3,-5,-3,-6,-4, 0,-4,-3,-3,-3,-4,-2,-2,-4,-6,-5,-3,-4,-4,-4,-3,-3,11,-3, 2,-4}, {-1,-2,-3,-2,-1,-2,-2,-2,-2,-1,-1,-2,-1,-1,-6,-2,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-3,-1,-2,-1}, {-2,-3,-3,-4,-3, 3,-4, 2,-2,-2,-3,-2,-2,-3,-6,-4,-2,-3,-2,-2,-2,-2, 2,-2, 7,-3}, {-1, 0,-4, 1, 4,-4,-3, 0,-4,-1, 1,-3,-2, 0,-6,-2, 3, 0, 0,-1,-1,-3,-4,-1,-3, 4} }}; #endif // #ifndef __SW_ALIGNSCORE_HH