#!/usr/bin/perl

BEGIN {
    unshift (@INC, "/raid/home/ghon/histone-predictions3/scripts/fast_pmf_cycle");
}

use strict;
use fast_pmf_cycle;

fast_pmf_cycle::init(3, 10, 5, 1, 2, 3);

print("\nmotif:\n");
for (my $i=0 ; $i < 3 ; $i++) {
    for (my $j=0 ; $j < 10 ; $j++) {
	fast_pmf_cycle::set_motif_mean($i, $j, $i*$j);
    }
}
for (my $i=0 ; $i < 3 ; $i++) {
    print("i = $i:\t");
    for (my $j=0 ; $j < 10 ; $j++) {
	print(fast_pmf_cycle::get_motif_mean($i, $j) . "\t");
    }
    print("\n");
}

print("\nbg_mean:\n");
for (my $i=0 ; $i < 3 ; $i++) {
    fast_pmf_cycle::set_bg_mean($i, $i+1);
}
for (my $i=0 ; $i < 3 ; $i++) {
    print(fast_pmf_cycle::get_bg_mean($i) . "\t");
}
print("\n");

print("\nregion:\n");
for (my $i=0 ; $i < 3 ; $i++) {
    for (my $j=0 ; $j < 10+5+1 ; $j++) {
	fast_pmf_cycle::set_region($i, $j, ($i+$j)*2);
    }
}
for (my $i=0 ; $i < 3 ; $i++) {
    print("i = $i:\t");
    for (my $j=0 ; $j < 10+5+1 ; $j++) {
	print(fast_pmf_cycle::get_region($i, $j) . "\t");
    }
    print("\n");
}

print("hello world\n");