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python /oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/code/SAMstats.py ChIPExo-RpoD_wt_glycerol_NH4Cl_O2_3_anti-rpod.SE.a.bam SAMstats-ChIPExo-RpoD_wt_glycerol_NH4Cl_O2_3_anti-rpod.SE.a -bam /oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/genomes/Bacteria/Escherichia_coli_str._K-12_substr._MG1655-ASM584v2/GCA_000005845.2_ASM584v2_genomic.chrom.sizes /oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/samtools-0.1.18/samtools -paired