#replicate rep pct_gen_enrich auc ch_div elbow_pt jsd syn_auc syn_elbow_pt syn_jsd syn_x_intcpt x_intcpt diff_enrich num_reads est_frag_len corr_est_frag_len phantom_peak corr_phantom_peak argmin_corr min_corr NSC RSC rep1 rep1-pr1 rep1-pr2 rep2 rep2-pr1 rep2-pr2 pooled ppr1 ppr2 FRiP FRiP Nt N1 N2 Np N_opt N_consv opt_set consv_set rescue_ratio self_consistency_ratio reproducibility_test FRiP Nt N1 N2 Np N_opt N_consv opt_set consv_set rescue_ratio self_consistency_ratio reproducibility_test FRiP FRiP Nt N1 N2 Np N_opt N_consv opt_set consv_set rescue_ratio self_consistency_ratio reproducibility_test FRiP Nt N1 N2 Np N_opt N_consv opt_set consv_set rescue_ratio self_consistency_ratio reproducibility_test ENCSR000DYY rep1 0.252132693 0.483973178 0.213685637 1.58E-32 0.54003007 0.503521718 0.131322466 0.235609655 32.86796195 19.38384486 0.16729796 15000000 115 0.184167395 35 0.1788299 1500 0.169829 1.084428 1.592996 6943 15512 15432 2661 17941 17722 2939 3446 3405 0.0135003 0.0113972 2151 3718 1871 2250 2250 2151 pooled_pseudo_rep rep1-rep2 1.046025105 1.987172635 pass 0.00804495 988 1215 981 1170 1170 988 pooled_pseudo_rep rep1-rep2 1.184210526 1.23853211 pass 0.110256 0.0233078 44586 28483 1380 46431 46431 44586 pooled_pseudo_rep rep1-rep2 1.041380702 20.63985507 borderline 0.00989336 4264 3150 724 4309 4309 4264 pooled_pseudo_rep rep1-rep2 1.010553471 4.350828729 ENCSR000DYY rep2 0.267794706 0.485241345 0.189308121 1.74E-38 0.572486775 0.508152582 0.123414545 0.223687678 35.09758604 16.35202817 0.141650006 15000000 120 0.179301539 30 0.1765952 1500 0.170512 1.051548 1.444895 0.00736188 0.00675346 0.00565469 0.0957948 0.00579872 0.00452891 ENCSR000DZQ rep1 0.219677502 0.48632862 0.202171644 5.53E-45 0.613242592 0.503188891 0.143340672 0.32734492 28.6902158 15.65310687 0.135777708 15000000 135 0.235554805 35 0.2137206 1500 0.1669892 1.410599 1.467227 26151 31427 31491 49187 51165 51109 36615 38836 38774 0.0934094 0.0890215 23680 21769 38267 31586 31586 23680 pooled_pseudo_rep rep1-rep2 1.333868243 1.757866691 pass 0.0703767 11546 11040 20612 18524 18524 11546 pooled_pseudo_rep rep1-rep2 1.604365148 1.867028986 pass 0.190209 0.109307 78601 64922 65126 90789 90789 78601 pooled_pseudo_rep rep1-rep2 1.15506164 1.003142232 pass 0.0830626 32865 23767 32448 39034 39034 32865 pooled_pseudo_rep rep1-rep2 1.187707287 1.365254344 ENCSR000DZQ rep2 0.180115556 0.48442522 0.254003607 1.75E-34 0.654922087 0.522720568 0.220326175 0.394343464 22.11530387 24.31145729 0.208299284 15000000 110 0.347926179 35 0.3011489 1500 0.1544455 2.252745 1.318856 0.211855 0.201671 0.169234 0.283183 0.202664 0.169659 ENCSR000EAA rep1 0.213894504 0.482348868 0.280264468 1.06E-26 0.64123485 0.484086432 0.145742725 0.266075203 34.17190818 27.60018399 0.243879393 14157406 140 0.175296376 30 0.1731669 1500 0.167184 1.048524 1.355932 28702 159241 159027 34848 167499 167292 15027 33233 32994 0.0223807 0.0147799 7694 16085 20695 8753 8753 7694 pooled_pseudo_rep rep1-rep2 1.137639719 1.286602425 pass 0.00111288 223 452 736 306 306 223 pooled_pseudo_rep rep1-rep2 1.372197309 1.628318584 pass 0.148161 0.038926 76669 48550 60236 78574 78574 76669 pooled_pseudo_rep rep1-rep2 1.02484707 1.240700309 pass 0.00181953 7436 1008 2541 8317 8317 7436 pooled_pseudo_rep rep1-rep2 1.118477676 2.520833333 ENCSR000EAA rep2 0.205492067 0.482404223 0.293111997 7.12E-27 0.649268055 0.513930416 0.153615721 0.276594218 33.13686837 29.33583011 0.258590545 14275920 150 0.178611248 30 0.1754571 1500 0.1677527 1.064729 1.409393 0.0321942 0.0225943 0.00202326 0.166044 0.0523995 0.00488027 ENCSR000EFS rep1 0.197197324 0.481389331 0.34232687 5.83E-24 0.613452519 0.505155317 0.11745683 0.266419731 37.11648346 30.08427447 0.275321321 9893620 110 0.143500505 40 0.1342652 1500 0.1221732 1.174567 1.763752 217127 159385 158902 184481 231733 230563 98970 145558 145694 0.138053 0.0650242 55121 35541 62727 58692 58692 55121 pooled_pseudo_rep rep1-rep2 1.064784746 1.764919389 pass 0.0328767 14816 8885 21904 19093 19093 14816 pooled_pseudo_rep rep1-rep2 1.288674406 2.465278559 borderline 0.174812 0.0434146 67248 21380 60854 72649 72649 67248 pooled_pseudo_rep rep1-rep2 1.080314656 2.846304958 borderline 0.0235267 17801 6340 16226 21406 21406 17801 pooled_pseudo_rep rep1-rep2 1.202516713 2.559305994 ENCSR000EFS rep2 0.224739735 0.486600345 0.214097494 7.32E-47 0.659172608 0.489302948 0.120299331 0.299635531 30.55116819 23.62266743 0.203965865 15000000 110 0.196999087 40 0.1896593 1500 0.1743741 1.12975 1.480189 0.13445 0.0907867 0.0577089 0.166078 0.0721974 0.0379211 ENCSR000EFU rep1 0.261121083 0.486591844 0.187900611 8.43E-47 0.605601251 0.494683675 0.042734044 0.238650528 35.90770412 17.27713967 0.151053263 15000000 140 0.178455106 35 0.1778642 1500 0.1738331 1.026588 1.14659 44417 49591 49498 96776 161732 161051 22868 86169 85175 0.0237397 0.00811638 9888 5489 17575 12651 12651 9888 pooled_pseudo_rep rep1-rep2 1.279429612 3.201858262 borderline 0.00420217 2342 1479 2969 2807 2807 2342 pooled_pseudo_rep rep1-rep2 1.198548249 2.007437458 borderline 0.105893 0.0168745 41098 28404 19304 44015 44015 41098 pooled_pseudo_rep rep1-rep2 1.07097669 1.47140489 pass 0.00394891 3655 2022 2334 3930 3930 3655 pooled_pseudo_rep rep1-rep2 1.075239398 1.154302671 ENCSR000EFU rep2 0.238525468 0.484297827 0.240790205 6.46E-34 0.619726335 0.492925021 0.065555662 0.244740523 35.5494288 22.67506837 0.199542098 13935587 100 0.170720093 35 0.1696248 1500 0.163692 1.042935 1.184626 0.0521795 0.0209092 0.00901713 0.11948 0.0187001 0.0062474 ENCSR000EFY rep1 0.236489502 0.486850997 0.202081676 1.07E-48 0.634183304 0.51703403 0.089650558 0.280535086 33.29421361 20.56718941 0.179319137 15000000 110 0.186807338 40 0.1839077 1500 0.1753222 1.065509 1.33774 125746 186309 185077 75010 144338 143708 60007 123544 122994 0.0830491 0.0459124 31305 36493 21405 37944 37944 31305 pooled_pseudo_rep rep1-rep2 1.212074748 1.704882037 pass 0.0244815 6866 10741 3418 8760 8760 6866 pooled_pseudo_rep rep1-rep2 1.275852024 3.142480983 borderline 0.144732 0.0496285 61337 53051 14669 64612 64612 61337 pooled_pseudo_rep rep1-rep2 1.053393547 3.616538278 borderline 0.0172049 10528 8129 2220 11361 11361 10528 pooled_pseudo_rep rep1-rep2 1.07912234 3.661711712 ENCSR000EFY rep2 0.206748056 0.481442796 0.330285061 4.20E-24 0.598571697 0.487679314 0.093266119 0.248015332 37.22944415 27.87743625 0.2538306 9961497 120 0.132383656 35 0.1298038 1500 0.1236698 1.070461 1.420591 0.0653159 0.0326243 0.0112434 0.153536 0.0218421 0.00671804 ENCSR000EGR rep1 0.173437271 0.474521094 0.443013831 1.37E-12 0.706574112 0.492451274 0.118998072 0.244504149 28.39491857 31.04130991 0.274073327 7048343 105 0.124130489 35 0.1151188 1500 0.08684777 1.429288 1.31876 126498 512000 512000 512000 512000 512000 186656 108915 109716 0.101307 0.0551825 11146 28178 52007 9065 11146 11146 rep1-rep2 rep1-rep2 1.229564258 1.845659735 pass 0.0417638 3874 4726 1929 4390 4390 3874 pooled_pseudo_rep rep1-rep2 1.133195663 2.44997408 borderline 0.127062 0.0364241 7389 6662 2376 10461 10461 7389 pooled_pseudo_rep rep1-rep2 1.415753147 2.803872054 borderline 0.0319405 3563 3738 1506 4357 4357 3563 pooled_pseudo_rep rep1-rep2 1.222845916 2.482071713 ENCSR000EGR rep2 0.135134929 0.465329102 0.605843167 1.01E-06 0.624546658 0.499172952 0.125814432 0.180282458 37.19605577 42.81344088 0.476482642 3828920 90 0.067403923 30 0.05869436 1500 0.050934 1.323358 2.122315 0.228768 0.0558724 0.0198609 0.0830843 0.0187219 0.015809 ENCSR000EGW rep1 0.190385438 0.480630142 0.361230292 4.46E-22 0.640838988 0.527992075 0.145634596 0.275713339 34.6287492 32.77426953 0.294240982 9158908 115 0.151666281 40 0.1344507 1500 0.1124273 1.349017 1.781693 206773 129890 129829 80952 120321 119062 99033 180356 178595 0.165113 0.0955093 40553 34880 31952 45227 45227 40553 pooled_pseudo_rep rep1-rep2 1.115256578 1.091637456 pass 0.075714 22569 18517 18745 24885 24885 22569 pooled_pseudo_rep rep1-rep2 1.102618636 1.01231301 pass 0.180654 0.0736512 53443 24877 27162 56029 56029 53443 pooled_pseudo_rep rep1-rep2 1.048388002 1.091851911 pass 0.0605129 26006 15174 16784 26535 26535 26006 pooled_pseudo_rep rep1-rep2 1.02034146 1.106102544 ENCSR000EGW rep2 0.211094091 0.48246971 0.299465786 4.43E-27 0.56879206 0.489945302 0.126263608 0.270281629 26.39761363 27.71763604 0.237307574 11173730 115 0.163325143 40 0.1521545 1500 0.1336057 1.222442 1.602232 0.101293 0.0761904 0.0618995 0.171797 0.0646696 0.0532881 ENCSR412CTM rep1 0.252745487 0.487782418 0.180469197 1.51E-56 0.573838304 0.507967704 0.042487458 0.262480726 32.06744053 16.35387911 0.14130315 15000000 115 0.183194075 40 0.1810084 1500 0.1747175 1.048516 1.347432 94845 80375 80837 71555 180468 177636 103014 79146 79042 0.0445677 0.0156879 12801 12764 16435 17563 17563 12801 pooled_pseudo_rep rep1-rep2 1.372002187 1.287605766 pass 0.00732949 2129 2086 1843 2602 2602 2129 pooled_pseudo_rep rep1-rep2 1.222170033 1.131850244 pass 0.104458 0.0206408 30821 33124 21884 40441 40441 30821 pooled_pseudo_rep rep1-rep2 1.31212485 1.513617255 pass 0.00609293 2420 2154 1841 2772 2772 2420 pooled_pseudo_rep rep1-rep2 1.145454545 1.170016295 ENCSR412CTM rep2 0.246887298 0.4863003 0.20520059 8.58E-45 0.545682103 0.520349722 0.046105114 0.254874635 33.84822082 19.17089423 0.167013076 15000000 125 0.184560403 40 0.1800626 1500 0.1742304 1.059289 1.771201 0.0381207 0.0152912 0.00656888 0.110458 0.0160117 0.00539204