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C CT 661.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=368.2578;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.12;MQ0=0;QD=18.91;RPA=5,6;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,29:34:84:704,84,0 chrI 29766 . CT C 476.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=297.8954;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.12;MQ0=0;QD=19.08;RPA=5,4;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,22:23:60:519,60,0 chrI 29791 . GT G 448.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=284.9074;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.75;MQ0=0;QD=19.52;RPA=3,2;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,21:21:48:491,48,0 chrI 29846 . T TTA 723.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=246.0599;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.57;MQ0=0;QD=34.47;SB=-4.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,19:20:57:766,57,0 chrI 29870 . C CG 634.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=384.1631;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.11;MQ0=0;QD=24.42;RPA=3,4;RU=G;SB=-2.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,23:26:69:677,69,0 chrI 29885 . ATT A 759.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=464.7900;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.42;MQ0=0;QD=24.51;RPA=8,6;RU=T;SB=-1.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,24:31:72:802,72,0 chrI 29946 . ACAGGGCATGAGTTACGTCAATCTCTGGTCAATC A 2895.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=502.2031;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=90.50;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,10:32:30:2938,30,0 chrI 29986 . CA C 1076.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=747.8392;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.20;MQ0=0;QD=22.44;RPA=7,6;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1119,129,0 chrI 30097 . A ATTT,ATTTT 1288.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.022;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=377.3577;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=35.34;MQ0=0;MQRankSum=0.666;QD=19.53;RPA=11,14,15;RU=T;ReadPosRankSum=-1.377;SB=-1.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:31,14,17:64:99:1367,304,198,269,0,181 chrI 30157 . CA C 1044.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=229.5914;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.75;MQ0=0;QD=22.23;RPA=5,4;RU=A;SB=-4.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,42:46:99:1087,126,0 chrI 30479 . T TC 1020.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=563.6297;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.14;MQ0=0;QD=27.59;RPA=1,2;RU=C;SB=-4.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,35:37:99:1063,105,0 chrI 30587 . ATCG A 1783.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=619.0559;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.84;MQ0=0;QD=42.48;SB=-5.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,36:42:99:1826,108,0 chrI 30644 . T TGA 833.24 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.853;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=440.7023;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.61;MQ0=0;MQRankSum=2.053;QD=29.76;RPA=1,2;RU=GA;ReadPosRankSum=0.851;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,20:28:9:872,0,9 chrI 30771 . T TA 509.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=216.5526;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.86;MQ0=0;QD=30.00;RPA=1,2;RU=A;SB=-9.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51:552,51,0 chrI 30871 . GA G 1359.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=63;FS=7.145;HaplotypeScore=282.0166;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.18;MQ0=0;MQRankSum=0.274;QD=21.59;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=1.307;SB=-2.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,54:63:99:1402,147,0 chrI 30961 . CTT C,CT 997.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=475.3142;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=38.38;MQ0=0;QD=20.79;SB=-4.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:3,10,0:48:82:1076,868,965,191,0,82 chrI 31028 . GA G 285.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.216;DP=42;FS=7.994;HaplotypeScore=680.6412;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.801;QD=6.81;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=1.508;SB=-2.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,14:42:99:325,0,777 chrI 31116 . CATATACATATATAT C 2718.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=203.3320;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.32;MQ0=0;QD=61.79;SB=-5.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,13:44:99:2761,111,0 chrI 31483 . C CCACACA 968.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=95.6633;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.29;MQ0=0;QD=30.28;RPA=11,14;RU=CA;SB=-1.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,5:32:54:1011,54,0 chrI 31561 . T TAA 578.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.484;DP=54;FS=8.146;HaplotypeScore=76.3823;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.993;QD=10.72;RPA=6,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.389;SB=-2.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,23:54:99:618,0,738 chrI 32999 . C CT 402.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.980;DP=136;FS=3.308;HaplotypeScore=734.7810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.37;MQ0=0;MQRankSum=0.190;QD=2.96;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=-1.012;SB=-6.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,34:136:99:442,0,1635 chrI 34870 . C CTCT 1180.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.030;DP=90;FS=6.203;HaplotypeScore=47.2011;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.734;QD=13.12;ReadPosRankSum=-0.113;SB=-5.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,31:90:99:1220,0,2712 chrI 35134 . TA T 686.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.349;DP=129;FS=0.730;HaplotypeScore=579.2642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.46;MQ0=0;MQRankSum=-2.302;QD=5.33;RPA=7,6;RU=A;ReadPosRankSum=-1.557;SB=-2.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,48:128:99:726,0,1256 chrI 36436 . CT C 1935.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=84.0322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=14.89;RPA=9,8;RU=T;SB=-6.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,95:130:99:1978,271,0 chrI 42085 . GA G 137.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.109;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=172.4009;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.96;MQ0=0;MQRankSum=0.474;QD=1.92;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.142;SB=-5.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,16:71:99:177,0,498 chrI 42838 . G GAA 307.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.226;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=50.1348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.848;QD=3.58;RPA=11,13;RU=A;ReadPosRankSum=-1.852;SB=-6.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,24:86:99:347,0,944 chrI 45030 . T TG 957.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.102;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=146.4850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.588;QD=14.97;RPA=3,4;RU=G;ReadPosRankSum=-0.761;SB=-2.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,43:64:99:997,0,426 chrI 45359 . A AG,AGG 521.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.348;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=65.7816;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.47;MQ0=0;MQRankSum=0.449;QD=8.56;RPA=10,11,12;RU=G;ReadPosRankSum=-1.091;SB=-2.193e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:34,6,6:61:99:600,303,262,136,0,107 chrI 45522 . ATG A 1897.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.078;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=187.4804;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.009;QD=21.09;RPA=2,1;RU=TG;ReadPosRankSum=-0.087;SB=-7.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,52:90:99:1937,0,923 chrI 56888 . G GT 1352.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.854;DP=125;FS=0.826;HaplotypeScore=508.8914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.767;QD=10.82;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=-0.791;SB=-4.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,78:125:99:1392,0,621 chrI 58643 . GT G 581.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.301;DP=69;FS=2.130;HaplotypeScore=51.8104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=2.178;QD=8.43;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=-1.139;SB=-2.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,26:69:99:621,0,1095 chrI 62611 . 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G GA 757.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.843;DP=144;FS=9.121;HaplotypeScore=94.5594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.85;MQ0=0;MQRankSum=1.800;QD=5.26;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=-1.052;SB=-2.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,55:144:99:797,0,1359 chrI 65761 . A AT 408.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.355;DP=106;FS=1.035;HaplotypeScore=81.3486;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.439;QD=3.86;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.426;SB=-8.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,31:106:99:448,0,838 chrI 67538 . A AAAT 1333.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.020;DP=94;FS=5.669;HaplotypeScore=69.2340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.923;QD=14.19;RPA=1,2;RU=AAT;ReadPosRankSum=-1.037;SB=-5.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,35:94:99:1373,0,2028 chrI 67975 . G GA 250.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.695;DP=109;FS=20.200;HaplotypeScore=116.8764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQ0=0;MQRankSum=0.496;QD=2.30;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.193;SB=-2.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,28:109:99:290,0,854 chrI 68621 . AT A 1086.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.886;DP=71;FS=15.146;HaplotypeScore=75.6930;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=0.518;QD=15.31;ReadPosRankSum=1.018;SB=-4.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,45:71:99:1126,0,301 chrI 69727 . AT A 1660.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=632.7056;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.63;MQ0=0;QD=18.87;RPA=3,2;RU=T;SB=-5.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,68:87:99:1703,195,0 chrI 69734 . TGG T 2211.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=492.5431;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.60;MQ0=0;QD=32.06;RPA=8,6;RU=G;SB=-7.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,62:69:99:2254,184,0 chrI 70406 . GA G 414.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.688;DP=76;FS=8.859;HaplotypeScore=79.3542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.302;QD=5.46;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.592;SB=-1.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,23:76:99:454,0,1189 chrI 70524 . CA C 1532.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=61.3707;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=24.73;RPA=4,3;RU=A;SB=-5.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,61:62:99:1575,171,0 chrI 71530 . TAA T 348.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.035;DP=79;FS=5.204;HaplotypeScore=56.8581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.021;QD=4.42;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.038;SB=-7.355e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,20:79:99:388,0,926 chrI 74999 . A ATTT,ATT 639.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.362;DP=68;FS=2.741;HaplotypeScore=74.0006;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=52.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.129;QD=9.41;RPA=14,17,16;RU=T;ReadPosRankSum=-0.195;SB=-1.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:46,9,9:68:99:718,148,118,204,0,158 chrI 77511 . GAGA G 1236.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.636;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=157.2259;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.23;MQ0=0;MQRankSum=1.444;QD=18.74;RPA=9,8;RU=AGA;ReadPosRankSum=0.289;SB=-5.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,38:66:99:1279,102,0 chrI 84701 . C CTTT 1444.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.539;DP=226;DS;FS=1.428;HaplotypeScore=134.2890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.329;QD=6.39;RPA=10,13;RU=T;ReadPosRankSum=-1.880;SB=-3.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:159,47:226:99:1484,0,3867 chrI 92602 . CT C 735.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.596;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=45.1668;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=0.170;QD=10.98;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.426;SB=-3.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,40:67:76:778,76,0 chrI 92798 . C CA 508.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.575;DP=137;FS=0.748;HaplotypeScore=226.0570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.567;QD=3.72;RPA=5,6;RU=A;ReadPosRankSum=0.102;SB=-1.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,38:137:99:548,0,1697 chrI 101249 . A ATT 258.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.745;DP=24;FS=2.865;HaplotypeScore=53.3969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.15;MQ0=1;MQRankSum=-2.500;QD=10.79;RPA=8,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.184;SB=-1.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,9:23:99:298,0,132 chrI 101450 . T TA 169.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.808;DP=72;FS=1.992;HaplotypeScore=58.8406;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=1.581;QD=2.36;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-1.517;SB=-9.001e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,14:72:99:209,0,283 chrI 106011 . G GT 673.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.859;DP=88;FS=1.061;HaplotypeScore=73.8707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.583;QD=7.66;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.006;SB=-1.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,44:88:99:713,0,376 chrI 108747 . GT G 682.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.821;DP=149;FS=5.669;HaplotypeScore=306.0468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=0.053;QD=4.58;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.420;SB=-3.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,37:149:99:722,0,363 chrI 110520 . AT A 2828.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=146.2388;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.93;MQ0=0;QD=18.02;RPA=9,8;RU=T;SB=-7.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,150:157:99:2871,396,0 chrI 110711 . GAGAGA G 6177 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=171.5160;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.03;MQ0=2;QD=53.71;SB=-6.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,96:113:99:6177,325,0 chrI 113050 . CGTTGTT C 1670.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=24.5015;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.85;MQ0=0;QD=35.55;RPA=9,7;RU=GTT;SB=-5.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,34:47:96:1713,96,0 chrI 118409 . GA G 49.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.700;DP=23;FS=1.971;HaplotypeScore=8.7676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQ0=0;MQRankSum=1.880;QD=2.17;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=0.184;SB=-1.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,7:23:89:89,0,339 chrI 124924 . G GCAACAACATCAACAACAT 1533.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.665;DP=53;FS=3.553;HaplotypeScore=67.1185;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.48;MQ0=0;MQRankSum=-5.014;QD=28.94;RPA=2,4;RU=CAACAACAT;ReadPosRankSum=0.892;SB=-2.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,16:53:99:1573,0,3070 chrI 126880 . C CTT 873.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.853;DP=178;FS=0.000;HaplotypeScore=377.0466;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=1.887;QD=4.91;RPA=15,17;RU=T;ReadPosRankSum=-1.258;SB=-2.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,56:176:99:913,0,159 chrI 128103 . AT A 524.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.024;DP=140;FS=1.636;HaplotypeScore=82.5434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=0.331;QD=3.75;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.488;SB=-2.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,49:140:99:564,0,714 chrI 128233 . TA T 582.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.413;DP=158;FS=1.536;HaplotypeScore=120.6753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-2.283;QD=3.69;RPA=6,5;RU=A;ReadPosRankSum=-0.612;SB=-2.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:115,42:158:99:622,0,1811 chrI 130789 . C CA 224.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.815;DP=58;FS=11.205;HaplotypeScore=136.9055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.199;QD=3.88;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.543;SB=-1.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,20:58:99:264,0,606 chrI 138748 . AT A 1847.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=515.7056;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.14;MQ0=0;QD=26.03;RPA=3,2;RU=T;SB=-5.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,64:71:99:1890,189,0 chrI 139108 . G GTA 1319.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=423.8610;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.57;MQ0=0;QD=18.33;RPA=5,6;RU=TA;SB=-5.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,27:72:99:1362,117,0 chrI 139404 . GTATA G,GTA 4924 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=165;FS=0.000;HaplotypeScore=86.8829;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.10;MQ0=0;QD=29.84;RPA=7,5,6;RU=TA;SB=-8.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:46,92,0:165:99:4924,816,620,2812,0,2519 chrI 142111 . CT C 2694.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=108.4316;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.16;MQ0=0;QD=22.27;RPA=5,4;RU=T;SB=-5.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,118:121:99:2737,318,0 chrI 142779 . T TGAC 5832 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=44.2512;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.65;MQ0=0;QD=49.01;SB=-1.546e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:119:99:5832,346,0 chrI 143575 . GA G 376.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.944;DP=94;FS=0.904;HaplotypeScore=144.3736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.102;QD=4.01;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.017;SB=-1.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,33:94:99:416,0,578 chrI 151874 . G GT 879.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=68.9995;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.59;MQ0=0;QD=20.46;RPA=6,7;RU=T;SB=-3.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,40:43:99:922,117,0 chrI 153968 . G GTCT 5743 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.539;DP=203;FS=6.088;HaplotypeScore=88.0885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.552;QD=28.29;ReadPosRankSum=0.008;SB=-2.390e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,127:203:99:5743,0,2050 chrI 154817 . GT G 1907.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.268;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=282.1027;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=1.518;QD=13.44;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.161;SB=-7.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,102:142:99:1950,265,0 chrI 154847 . G GT 2007.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.087;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=317.1406;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.100;QD=13.57;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.895;SB=-9.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:77,70:148:99:2050,244,0 chrI 154851 . T TC 1461.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.697;DP=152;FS=1.862;HaplotypeScore=359.9663;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.432;QD=9.62;ReadPosRankSum=2.289;SB=-6.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:101,51:152:99:1501,0,240 chrI 156451 . TG T 3851 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=817.7622;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.12;MQ0=0;QD=27.71;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.573e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,129:139:99:3851,376,0 chrI 156693 . G GT 1692.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.470;DP=222;FS=0.583;HaplotypeScore=594.6302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.28;MQ0=0;MQRankSum=3.351;QD=7.63;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.042;SB=-7.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,112:222:99:1732,0,807 chrI 159877 . AT A 3084.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.945;DP=242;DS;FS=15.271;HaplotypeScore=332.7657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.303;QD=12.75;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=-2.335;SB=-1.229e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,159:242:99:3124,0,1150 chrI 160074 . AT A 480.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.847;DP=63;FS=94.310;HaplotypeScore=125.3661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.61;MQ0=0;MQRankSum=4.937;QD=7.63;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=0.275;SB=0.534;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,28:63:99:520,0,464 chrI 160240 . A ATTTT 586.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=377.1385;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.15;MQ0=1;QD=36.69;SB=-2.300e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,12:15:39:629,39,0 chrI 160243 . A AC 300.96 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=396.0201;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.86;MQ0=1;QD=23.15;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,12:12:36:343,36,0 chrI 160246 . G GT 309.96 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=395.1325;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.86;MQ0=1;QD=23.84;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,12:12:36:352,36,0 chrI 160258 . A ATTTT 826.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=482.8840;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.20;MQ0=3;QD=33.08;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,12:22:66:869,66,0 chrI 160260 . A ATG 435.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=522.0508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.68;MQ0=4;QD=16.77;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,12:22:51:478,51,0 chrI 160280 . GT G 368.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=458.8645;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.20;MQ0=8;QD=12.72;RPA=2,1;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,16:20:39:411,39,0 chrI 166162 . AGGTTCTTATTTT A 9411 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.316;DP=109;FS=51.132;HaplotypeScore=1385.3309;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.120;QD=86.34;ReadPosRankSum=2.925;SB=-1.696e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,71:101:33:9408,0,33 chrI 166341 . A AT 2355.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-9.241;DP=194;FS=10.538;HaplotypeScore=496.3007;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.944;QD=12.14;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.979;SB=-8.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:75,119:194:99:2398,153,0 chrI 171848 . G GA 1220.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.940;DP=127;FS=1.749;HaplotypeScore=159.8699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.583;QD=9.61;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=1.355;SB=-5.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,65:127:99:1260,0,471 chrI 171866 . T TA 902.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.642;DP=126;FS=0.816;HaplotypeScore=217.3645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=0.765;QD=7.17;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.659;SB=-4.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,56:126:99:942,0,407 chrI 171961 . AT A 1204.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.293;DP=79;FS=9.348;HaplotypeScore=158.4775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=0.833;QD=15.25;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=1.333;SB=-5.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,52:79:99:1244,0,358 chrI 172008 . G GA 189.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.512;DP=88;FS=6.866;HaplotypeScore=242.0803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.373;QD=2.16;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.006;SB=-7.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,22:88:99:229,0,799 chrI 175805 . T TAA 1088.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.466;DP=165;FS=4.324;HaplotypeScore=235.7289;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.933;QD=6.60;RPA=6,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.864;SB=-3.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:119,46:165:99:1128,0,2455 chrI 175856 . TG T 1114.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.933;DP=152;FS=0.674;HaplotypeScore=309.3583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.034;QD=7.34;ReadPosRankSum=0.887;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:101,51:152:99:1154,0,2742 chrI 176540 . TGC T 453.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.260;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=48.8061;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.48;MQ0=0;MQRankSum=1.096;QD=9.87;RPA=2,1;RU=GC;ReadPosRankSum=0.095;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,17:44:99:493,0,928 chrI 178768 . TGAA T 3442 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.781;DP=105;FS=0.911;HaplotypeScore=142.3968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.244;QD=32.78;ReadPosRankSum=0.672;SB=-1.279e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,78:105:99:3442,0,1021 chrI 179139 . A ATT 1380.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=164.3854;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.78;MQ0=0;QD=19.45;RPA=8,10;RU=T;SB=-5.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,34:71:99:1423,148,0 chrI 179225 . CA C 457.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.200;DP=94;FS=6.614;HaplotypeScore=292.7535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=0.242;QD=4.87;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.726;SB=-1.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,34:94:99:497,0,735 chrI 179980 . G GT,GTT 2765.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.972;DP=168;FS=0.000;HaplotypeScore=667.2087;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=50.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.141;QD=16.46;RPA=8,9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.915;SB=-8.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:38,56,65:167:99:2844,1326,1015,956,0,753 chrI 180123 . T TTG 952.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.640;DP=88;FS=3.106;HaplotypeScore=812.2989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.36;MQ0=0;MQRankSum=-4.203;QD=10.83;ReadPosRankSum=-1.142;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,30:88:99:992,0,1444 chrI 180135 . GTACA G 2386.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.101;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=561.1439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.72;MQ0=0;MQRankSum=-3.546;QD=32.26;ReadPosRankSum=-0.291;SB=-1.158e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,42:74:99:2426,0,486 chrI 180161 . G GC 1032.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.980;DP=78;FS=3.608;HaplotypeScore=589.4306;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.86;MQ0=0;MQRankSum=-3.248;QD=13.24;RPA=5,6;RU=C;ReadPosRankSum=0.179;SB=-4.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,45:78:99:1072,0,469 chrI 180219 . AC A 1363.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.183;DP=97;FS=7.568;HaplotypeScore=414.3920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.10;MQ0=0;MQRankSum=-4.080;QD=14.06;ReadPosRankSum=0.886;SB=-5.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,55:96:99:1403,0,919 chrI 180275 . ATT ATTT,A 1105.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.099;DP=109;FS=6.112;HaplotypeScore=537.1923;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=47.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.284;QD=10.15;RPA=10,11,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.123;SB=-5.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:22,0,25:108:99:1184,637,855,683,0,1451 chrI 181085 . T TA 2379.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=478.7585;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.61;MQ0=0;QD=22.04;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.173e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,91:108:99:2422,255,0 chrI 181277 . T TA 932.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.176;DP=107;FS=1.696;HaplotypeScore=53.6380;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.16;MQ0=0;MQRankSum=1.988;QD=8.72;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=2.248;SB=-4.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,43:107:99:972,0,1456 chrI 181684 . TA T 605.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.132;DP=108;FS=1.898;HaplotypeScore=390.4182;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.94;MQ0=0;MQRankSum=-3.668;QD=5.61;RPA=6,5;RU=A;ReadPosRankSum=0.892;SB=-2.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,39:108:99:645,0,1066 chrI 181957 . TTA T 3489 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=53.0476;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.14;MQ0=0;QD=31.15;RPA=4,3;RU=TA;SB=-1.603e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,103:112:99:3489,298,0 chrI 183387 . AC A 530.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=39.7299;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.48;MQ0=0;QD=12.35;RPA=2,1;RU=C;SB=-1.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,42:23:57:573,57,0 chrI 183566 . AC A 1708.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.954;DP=131;FS=5.707;HaplotypeScore=1690.0632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.84;MQ0=0;MQRankSum=-4.810;QD=13.05;ReadPosRankSum=2.530;SB=-4.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,87:127:99:1748,0,810 chrI 183571 . A AGG 2781.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.836;DP=127;FS=2.024;HaplotypeScore=1574.8885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.90;MQ0=0;MQRankSum=-3.871;QD=21.91;ReadPosRankSum=1.168;SB=-6.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,87:123:99:2821,0,1006 chrI 183624 . A AG 1659.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=1131.4753;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.98;MQ0=0;QD=15.96;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,90:76:99:1702,218,0 chrI 183626 . A AG 1609.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.685;DP=109;FS=9.602;HaplotypeScore=1127.2097;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.498;QD=14.77;ReadPosRankSum=1.685;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,90:81:99:1652,206,0 chrI 184781 . C CT 1935.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=42.9188;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.15;MQ0=0;QD=29.33;SB=-8.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,60:66:99:1978,171,0 chrI 185806 . T TTG 2770.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.171;DP=139;FS=7.289;HaplotypeScore=111.1720;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.43;MQ0=0;MQRankSum=-3.388;QD=19.94;RPA=1,2;RU=TG;ReadPosRankSum=-0.228;SB=-9.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,78:136:99:2810,0,1481 chrI 185983 . CA C 843.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.380;DP=131;FS=5.925;HaplotypeScore=417.4398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.90;MQ0=0;MQRankSum=0.925;QD=6.44;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=2.366;SB=-4.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,47:131:99:883,0,1569 chrI 186521 . C CT 937.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.242;DP=91;FS=0.920;HaplotypeScore=248.6996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.21;MQ0=0;MQRankSum=-4.926;QD=10.31;RPA=3,4;RU=T;ReadPosRankSum=-0.929;SB=-3.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,50:91:99:977,0,677 chrI 186843 . C CT 2078.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.353;DP=132;FS=1.460;HaplotypeScore=791.2290;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.00;MQ0=0;MQRankSum=-8.313;QD=15.75;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=-1.364;SB=-8.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,72:132:99:2118,0,1217 chrI 186877 . C CT 2332.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.598;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=803.8213;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.85;MQ0=0;MQRankSum=-5.344;QD=14.95;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=0.539;SB=-9.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,100:156:99:2372,0,951 chrI 187445 . TG T 485.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.047;DP=85;FS=13.475;HaplotypeScore=491.5074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.67;MQ0=0;MQRankSum=-2.989;QD=5.72;RPA=3,2;RU=G;ReadPosRankSum=-1.591;SB=-1.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,27:85:99:525,0,1314 chrI 187542 . CA C 511.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.618;DP=48;FS=9.040;HaplotypeScore=878.7012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.59;MQ0=0;MQRankSum=-2.143;QD=10.67;ReadPosRankSum=3.116;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,29:47:99:551,0,449 chrI 187544 . GCC G 774.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.845;DP=49;FS=13.782;HaplotypeScore=851.8859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.73;MQ0=0;MQRankSum=-2.499;QD=15.82;ReadPosRankSum=3.147;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,29:48:99:814,0,767 chrI 189709 . T TA 445.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.303;DP=63;FS=17.435;HaplotypeScore=984.2075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.10;MQ0=0;MQRankSum=-3.647;QD=7.08;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=2.106;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,24:60:99:485,0,894 chrI 189743 . TTCCC T 1661.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.350;DP=61;FS=7.087;HaplotypeScore=1011.1372;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.036;QD=27.25;ReadPosRankSum=2.350;SB=-9.100e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,27:56:99:1704,101,0 chrI 189747 . CCCA C 2316.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=800.9864;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.60;MQ0=0;QD=43.72;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,23:49:99:2359,144,0 chrI 189750 . A AC 828.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.144;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=947.4589;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.072;QD=15.64;ReadPosRankSum=0.866;SB=-5.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,28:49:99:871,115,0 chrI 189764 . ACACCC A 1428.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.437;DP=66;FS=13.195;HaplotypeScore=848.0445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.28;MQ0=0;MQRankSum=-3.352;QD=21.65;RPA=2,1;RU=CACCC;ReadPosRankSum=2.011;SB=-4.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:56:99:1468,0,1362 chrI 189816 . C CA 556.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.486;DP=64;FS=20.932;HaplotypeScore=463.8195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.87;MQ0=0;MQRankSum=1.809;QD=8.70;ReadPosRankSum=0.637;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,33:54:99:596,0,482 chrI 189821 . CGT C 1201.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.707;DP=62;FS=26.573;HaplotypeScore=377.1746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.66;MQ0=0;MQRankSum=3.227;QD=19.39;ReadPosRankSum=1.189;SB=-4.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,33:52:99:1241,0,545 chrI 189970 . T TA 223.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.039;DP=54;FS=7.251;HaplotypeScore=114.3033;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.564;QD=4.15;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.637;SB=-1.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,19:54:99:263,0,450 chrI 192302 . ACT A 323.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.852;DP=72;FS=5.253;HaplotypeScore=456.2257;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.201;QD=4.50;ReadPosRankSum=2.263;SB=-9.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,26:70:99:363,0,814 chrI 192305 . ACTAC A 837.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.159;DP=73;FS=1.186;HaplotypeScore=414.0342;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.60;MQ0=0;MQRankSum=1.615;QD=11.48;ReadPosRankSum=0.599;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,26:71:99:877,0,1144 chrI 192338 . T TAA 1018.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=309.7802;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.59;MQ0=0;QD=20.80;RPA=3,5;RU=A;SB=-4.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,34:46:90:1061,90,0 chrI 193947 . T TAAC 1107.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.391;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=89.6537;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=0.021;QD=8.33;RPA=5,6;RU=AAC;ReadPosRankSum=-2.377;SB=-1.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,32:133:99:1147,0,2978 chrI 196683 . TC T 774.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.091;DP=71;FS=11.139;HaplotypeScore=163.4118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.55;MQ0=0;MQRankSum=0.345;QD=10.92;ReadPosRankSum=-0.859;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,33:71:99:814,0,1037 chrI 196828 . C CA 2378.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=551.2321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.49;MQ0=0;QD=27.34;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.185e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,85:87:99:2421,252,0 chrI 196872 . T TA 1545.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=1038.2127;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.96;MQ0=0;QD=17.57;RPA=7,8;RU=A;SB=-7.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,82:88:99:1588,209,0 chrI 196909 . TA T 2101.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=959.8682;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.36;MQ0=0;QD=25.32;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.011e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,80:83:99:2144,219,0 chrI 196924 . T TC 2254.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=911.6150;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.93;MQ0=0;QD=24.51;RPA=1,2;RU=C;SB=-1.125e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,71:92:99:2297,240,0 chrI 197532 . CTA C 1088.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.923;DP=102;FS=1.818;HaplotypeScore=438.3668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.829;QD=10.68;ReadPosRankSum=3.783;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,34:102:99:1128,0,1945 chrI 197611 . G GA 2930.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=910.7538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.82;MQ0=0;QD=23.45;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.086e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,120:125:99:2973,356,0 chrI 197919 . G GA 3561 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=843.5560;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.74;MQ0=0;QD=27.82;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.235e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,118:128:99:3561,355,0 chrI 198030 . C CA 2291.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=436.2992;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.79;MQ0=0;QD=32.28;SB=-1.101e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,61:71:99:2334,196,0 chrI 198368 . T TAA 401.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.250;DP=63;FS=4.206;HaplotypeScore=356.9071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.380;QD=6.38;RPA=8,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.287;SB=-1.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,19:63:99:441,0,911 chrI 198630 . TC T 126.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=177.7351;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=21.04;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:6:15:168,15,0 chrI 198633 . G GAA 144.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;HaplotypeScore=160.5257;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=28.85;RPA=1,3;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:186,15,0 chrI 198699 . C CG 630.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=313.4637;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.40;MQ0=0;QD=33.21;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57:673,57,0 chrI 198708 . CT C 463.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=326.0544;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.42;MQ0=0;QD=23.20;RPA=3,2;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,18:20:54:506,54,0 chrI 199058 . T TC 170.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=123.5811;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=28.35;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18:212,18,0 chrI 202458 . GTAA G 303.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=389.4241;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=33.67;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,6:9:21:345,21,0 chrI 202469 . C CAAA 284.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=316.6738;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=40.58;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21:326,21,0 chrI 202540 . CTTTT C 1369.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=867.2788;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=52.69;RPA=5,1;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,23:26:68:1412,68,0 chrI 202583 . AAGT A 625.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=446.5018;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=52.16;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36:668,36,0 chrI 202607 . T TG 380.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=585.1589;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=22.41;RPA=1,2;RU=G;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,15:17:45:423,45,0 chrI 202668 . G GAA 1582.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=1047.7539;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.80;MQ0=0;QD=33.68;RPA=4,6;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1625,141,0 chrI 202698 . A AT 1693.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=1671.5600;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.03;MQ0=0;QD=22.89;RPA=3,4;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,63:74:99:1736,209,0 chrI 203091 . CA C 998.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=256.6542;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.13;MQ0=0;QD=21.25;RPA=5,4;RU=A;SB=-4.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,43:46:99:1041,120,0 chrI 206374 . C CAA 177.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.468;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=303.7619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.134;QD=13.69;ReadPosRankSum=0.289;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,6:13:99:217,0,115 chrI 206380 . AAG A 183.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.855;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=302.7098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.817;QD=14.15;ReadPosRankSum=1.381;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,6:13:73:223,0,73 chrI 223488 . T TA 515.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.275;DP=166;FS=80.323;HaplotypeScore=33.2647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.26;MQ0=76;MQRankSum=4.199;QD=3.11;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=2.573;SB=0.053;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,66:66:99:555,0,375 chrI 225394 . GGAA G 1127.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.984;DP=165;FS=15.195;HaplotypeScore=30.0256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.13;MQ0=50;MQRankSum=0.244;QD=6.84;RPA=6,5;RU=GAA;ReadPosRankSum=1.182;SB=-1.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,74:67:99:1167,0,710 chrI 227621 . A AT 141.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=74.7484;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.80;MQ0=3;QD=9.47;RPA=6,7;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,14:12:24:184,24,0 chrII 178 . ATAC A 1131.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.615;DP=104;FS=67.061;HaplotypeScore=240.5428;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.670;QD=10.88;RPA=3,2;RU=TAC;ReadPosRankSum=4.010;SB=-5.072e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,34:102:99:1171,0,2334 chrII 5911 . CA C 187.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=96.5995;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.92;MQ0=0;QD=26.73;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,6:6:18:229,18,0 chrII 6174 . T TC 252.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.611;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=223.3098;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.81;MQ0=1;MQRankSum=0.967;QD=10.99;ReadPosRankSum=1.396;SB=-2.333e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,12:14:10:294,10,0 chrII 6186 . CACAT C 581.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.423;DP=15;FS=10.414;HaplotypeScore=169.3078;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.474;QD=38.80;ReadPosRankSum=1.423;SB=-3.005e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,11:11:29:621,0,29 chrII 6250 . GTA G 110.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.583;DP=23;FS=6.117;HaplotypeScore=169.7020;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.11;MQ0=0;MQRankSum=1.001;QD=4.82;RPA=3,2;RU=TA;ReadPosRankSum=1.950;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,5:17:99:150,0,444 chrII 6571 . AT A 1795.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.336;DP=223;DS;FS=86.911;HaplotypeScore=2600.4225;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.38;MQ0=0;MQRankSum=-7.191;QD=8.05;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=-1.504;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:127,94:175:99:1835,0,1668 chrII 6576 . T TC 2522.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.900;DP=227;DS;FS=90.730;HaplotypeScore=3129.0456;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.16;MQ0=0;MQRankSum=-8.537;QD=11.11;ReadPosRankSum=-1.331;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:113,99:183:99:2562,0,2138 chrII 6664 . AT A 660.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.808;DP=214;DS;FS=2.027;HaplotypeScore=2453.0767;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.15;MQ0=5;MQRankSum=0.661;QD=3.09;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=-0.503;SB=-5.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:101,109:132:99:700,0,2178 chrII 6698 . T TG 497.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.678;DP=71;DS;FS=11.488;HaplotypeScore=1230.1137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.94;MQ0=5;MQRankSum=2.644;QD=7.01;ReadPosRankSum=3.425;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,21:56:99:537,0,682 chrII 6781 . G GT 620.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.992;DP=102;FS=40.678;HaplotypeScore=1577.2404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.73;MQ0=7;MQRankSum=-0.945;QD=6.09;ReadPosRankSum=0.741;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,28:68:99:660,0,1463 chrII 7204 . C CG 3510 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.149;DP=145;FS=83.764;HaplotypeScore=1873.9808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.22;MQ0=0;MQRankSum=-4.515;QD=24.21;ReadPosRankSum=0.429;SB=-6.500e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,111:129:99:3510,0,734 chrII 7424 . CT C 825.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.378;DP=95;FS=36.200;HaplotypeScore=976.7083;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.17;MQ0=1;MQRankSum=-2.505;QD=8.69;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=-2.307;SB=-4.116e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,45:68:99:865,0,709 chrII 7527 . C CA 4507 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.670;DP=250;DS;FS=9.748;HaplotypeScore=1274.7417;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.98;MQ0=32;MQRankSum=2.391;QD=18.03;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=1.955;SB=-5.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,199:196:99:4507,481,0 chrII 7538 . G GT 4628 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.540;DP=250;DS;FS=9.128;HaplotypeScore=1176.1879;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.34;MQ0=41;MQRankSum=1.405;QD=18.51;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=1.655;SB=-5.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,230:188:99:4628,520,0 chrII 7912 . GA G 2146.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=343.7637;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.43;MQ0=11;QD=22.36;RPA=3,2;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,79:78:99:2189,216,0 chrII 8013 . ATAGT A 4617 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.691;DP=193;FS=95.163;HaplotypeScore=1347.3829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.71;MQ0=20;MQRankSum=-1.376;QD=23.92;ReadPosRankSum=0.926;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,84:153:99:4617,0,3045 chrII 8163 . A AT 325.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.724;DP=85;FS=84.779;HaplotypeScore=291.6258;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.09;MQ0=40;MQRankSum=4.724;QD=3.83;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=-3.103;SB=-3.011e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,17:31:99:365,0,445 chrII 8302 . CGG C 196.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=146.2858;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.10;MQ0=0;QD=21.79;RPA=6,4;RU=G;SB=-7.862e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,7:7:18:238,18,0 chrII 9520 . A AC 1359.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=34.4206;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;QD=33.17;RPA=1,2;RU=C;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:1402,120,0 chrII 10584 . G GT 882.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.036;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=320.1791;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.79;MQ0=0;MQRankSum=2.139;QD=8.57;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.292;SB=-3.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,47:103:99:922,0,681 chrII 10711 . CA C 1001.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.674;DP=88;FS=4.429;HaplotypeScore=225.3359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.151;QD=11.39;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=-0.795;SB=-4.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,40:88:99:1041,0,1221 chrII 12554 . A ATT 192.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.263;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=37.2403;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.639;QD=6.22;RPA=7,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.295;SB=-7.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,9:31:99:232,0,548 chrII 14146 . TAA T 1559.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.285;DP=126;FS=5.232;HaplotypeScore=85.9083;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=2.185;QD=12.38;RPA=7,5;RU=A;ReadPosRankSum=-0.070;SB=-3.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,55:126:99:1599,0,1920 chrII 23707 . G GTTTCTGTTATT 4814 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.394;DP=66;FS=3.625;HaplotypeScore=21.3262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.88;MQ0=0;MQRankSum=-5.554;QD=72.94;ReadPosRankSum=0.229;SB=-1.868e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,27:66:99:4814,0,2860 chrII 23803 . A AG 411.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.399;DP=39;FS=9.979;HaplotypeScore=103.6968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.949;QD=10.56;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=-0.742;SB=-1.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,16:39:99:451,0,511 chrII 24053 . G GT 263.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.420;DP=51;FS=1.477;HaplotypeScore=101.2680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.92;MQ0=0;MQRankSum=2.500;QD=5.18;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.040;SB=-1.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,15:51:99:303,0,139 chrII 24920 . CA C 2211.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=441.2298;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.79;MQ0=0;QD=20.48;RPA=9,8;RU=A;SB=-5.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,82:108:99:2254,290,0 chrII 24938 . G GA 2137.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=359.7597;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.90;MQ0=0;QD=24.02;RPA=6,7;RU=A;SB=-6.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,78:89:99:2180,252,0 chrII 35427 . A AT 271.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=52.2104;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=10.58;MQ0=49;QD=4.46;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:51,8:8:24:314,24,0 chrII 36507 . CT C 454.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.905;DP=89;FS=1.018;HaplotypeScore=103.5745;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.00;MQ0=0;MQRankSum=1.025;QD=5.11;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.648;SB=-1.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,33:89:99:494,0,640 chrII 37029 . T TA 528.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.884;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=29.4478;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=0.162;QD=8.01;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.094;SB=-1.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,31:66:99:568,0,356 chrII 38968 . G GT 90.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.423;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=35.7419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.03;MQ0=0;MQRankSum=0.423;QD=4.55;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.588;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,8:20:99:130,0,104 chrII 40588 . TAC T 65.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.367;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=79.9608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.97;MQ0=0;MQRankSum=2.879;QD=1.74;ReadPosRankSum=1.708;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,18:38:99:105,0,108 chrII 40802 . CA C 439.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=11.9914;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.49;MQ0=0;QD=15.71;RPA=8,7;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,22:28:60:482,60,0 chrII 43225 . A AT 752.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.116;DP=70;FS=9.703;HaplotypeScore=59.9043;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQ0=0;MQRankSum=0.567;QD=10.76;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=0.396;SB=-2.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,37:70:99:792,0,413 chrII 45219 . C CT 296.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.805;DP=51;FS=16.426;HaplotypeScore=111.6993;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.567;QD=5.82;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.383;SB=-9.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,16:51:99:336,0,219 chrII 45241 . G GAA 623.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.574;DP=54;FS=1.263;HaplotypeScore=133.0198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.354;QD=11.55;RPA=10,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.281;SB=-2.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,19:54:99:663,0,352 chrII 45368 . GGC G 942.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.896;DP=68;FS=7.033;HaplotypeScore=34.2153;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.563;QD=13.87;ReadPosRankSum=-0.257;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,27:68:99:982,0,1463 chrII 59405 . CT C 1010.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.637;DP=114;FS=3.824;HaplotypeScore=36.9528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.645;QD=8.87;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=0.518;SB=-4.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,54:114:99:1050,0,955 chrII 60579 . T TTTAGCGTC 3359 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.496;DP=92;FS=5.387;HaplotypeScore=137.5567;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.047;QD=36.51;RPA=1,2;RU=TTAGCGTC;ReadPosRankSum=-0.410;SB=-5.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,39:92:99:3359,0,2930 chrII 61038 . A AAAT 1292.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.860;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=436.7484;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.22;MQ0=0;MQRankSum=-6.182;QD=17.47;ReadPosRankSum=-1.337;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,25:74:99:1332,0,1583 chrII 61054 . G GT 514.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.935;DP=73;FS=3.654;HaplotypeScore=536.3674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.66;MQ0=0;MQRankSum=-6.350;QD=7.05;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=0.833;SB=-2.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,28:73:99:554,0,801 chrII 61069 . TG T 911.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.602;DP=83;FS=3.292;HaplotypeScore=579.8187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.69;MQ0=0;MQRankSum=6.533;QD=10.99;RPA=5,4;RU=G;ReadPosRankSum=0.915;SB=-2.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,40:83:99:951,0,350 chrII 62747 . A AG 218.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.723;DP=28;FS=1.598;HaplotypeScore=69.0158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.437;QD=7.82;RPA=8,9;RU=G;ReadPosRankSum=-0.283;SB=-1.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,10:28:99:258,0,272 chrII 62776 . GA G 505.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=56.8649;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.25;MQ0=0;QD=15.81;RPA=12,11;RU=A;SB=-1.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,27:32:77:548,77,0 chrII 63002 . GGAGCC G 1802.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.369;DP=66;FS=11.933;HaplotypeScore=103.9235;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.870;QD=27.32;RPA=2,1;RU=GAGCC;ReadPosRankSum=-0.333;SB=-8.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:66:99:1842,0,1881 chrII 63085 . AT A 485.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.630;DP=61;FS=15.976;HaplotypeScore=180.0144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.57;MQ0=0;MQRankSum=1.229;QD=7.97;RPA=7,6;RU=T;ReadPosRankSum=1.151;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:61:99:525,0,569 chrII 63167 . C CA 425.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.196;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=94.2374;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.081;QD=9.47;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=-0.433;SB=-1.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,18:45:99:465,0,587 chrII 63527 . T TG 403.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.250;DP=49;FS=4.677;HaplotypeScore=22.8064;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=1.222;QD=8.24;RPA=7,8;RU=G;ReadPosRankSum=1.559;SB=-1.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,19:49:99:443,0,402 chrII 65933 . G GAAGCACAAGCAC 1692.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.054;DP=54;FS=3.227;HaplotypeScore=88.9686;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.626;QD=31.35;RPA=4,6;RU=AAGCAC;ReadPosRankSum=-1.261;SB=-8.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,18:54:99:1732,0,1789 chrII 69628 . C CA 417.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.037;DP=93;FS=0.893;HaplotypeScore=120.5265;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.164;QD=4.49;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.094;SB=-2.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,32:93:99:457,0,569 chrII 71622 . TAGAAAAA T 876.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.830;DP=28;FS=6.152;HaplotypeScore=32.1043;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.509;QD=31.32;ReadPosRankSum=-0.070;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,12:28:99:916,0,1285 chrII 71825 . C CTTT 954.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.154;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=74.1711;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=2.229;QD=11.23;RPA=12,15;RU=T;ReadPosRankSum=-4.561;SB=-1.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,29:85:99:994,0,526 chrII 72368 . A ACAACAG 748.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.366;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=47.9111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.94;MQ0=0;MQRankSum=1.870;QD=20.80;ReadPosRankSum=0.198;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,16:36:99:788,0,336 chrII 74876 . C CA 3486 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=52.6608;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.87;MQ0=0;QD=21.92;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.117e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,150:159:99:3486,419,0 chrII 75103 . TA T 693.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.351;DP=128;FS=1.650;HaplotypeScore=52.5975;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=1.202;QD=5.42;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-2.094;SB=-3.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,45:128:99:733,0,920 chrII 80263 . C CT 914.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.304;DP=104;FS=2.931;HaplotypeScore=99.4960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=0.064;QD=8.80;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.004;SB=-5.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,56:104:99:954,0,548 chrII 84398 . C CAA 1036.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.817;DP=78;FS=2.706;HaplotypeScore=257.5570;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.96;MQ0=0;MQRankSum=0.147;QD=13.29;RPA=14,16;RU=A;ReadPosRankSum=-0.356;SB=-3.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:56,8:78:99:1079,123,0 chrII 87907 . AT A 428.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.118;DP=45;FS=2.807;HaplotypeScore=15.9041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQ0=0;MQRankSum=0.670;QD=9.53;RPA=6,5;RU=T;ReadPosRankSum=0.302;SB=-2.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,23:45:99:468,0,368 chrII 88125 . CT C 224.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.218;DP=63;FS=5.121;HaplotypeScore=185.9979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.26;MQ0=0;MQRankSum=2.958;QD=3.57;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.534;SB=-9.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,15:61:99:264,0,129 chrII 88484 . GGAGAA G 13378 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=211;FS=0.000;HaplotypeScore=74.6141;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.41;MQ0=0;QD=63.40;RPA=2,1;RU=GAGAA;SB=-1.817e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,202:210:99:13378,596,0 chrII 89351 . CT C 735.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.098;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=103.0891;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.690;QD=7.43;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=0.905;SB=-2.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,40:99:99:775,0,1115 chrII 90281 . T TG 820.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.279;DP=84;FS=8.211;HaplotypeScore=244.2305;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.03;MQ0=0;MQRankSum=-4.008;QD=9.77;ReadPosRankSum=-0.242;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,30:84:99:860,0,1404 chrII 92272 . C CT 320.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.837;DP=58;FS=1.210;HaplotypeScore=21.9019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=0.625;QD=5.53;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.012;SB=-1.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,20:58:99:360,0,394 chrII 93471 . C CT 684.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.631;DP=78;FS=9.365;HaplotypeScore=186.1128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.156;QD=8.78;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=0.407;SB=-1.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,33:78:99:724,0,579 chrII 96034 . GAA GAAA,G 1631.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.319;DP=101;FS=3.796;HaplotypeScore=73.3530;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.332;QD=16.16;RPA=12,13,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.548;SB=-5.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:27,0,50:101:99:1710,1411,1823,369,0,1036 chrII 96287 . GA G 198.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.522;DP=35;FS=3.153;HaplotypeScore=33.0682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.403;QD=5.68;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.059;SB=-2.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,16:35:99:238,0,283 chrII 101289 . T TA 91.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.310;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=13.5967;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=1.479;QD=4.38;RPA=5,6;RU=A;ReadPosRankSum=0.380;SB=-3.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,6:21:99:131,0,249 chrII 101340 . C CA 56.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.001;DP=12;FS=3.332;HaplotypeScore=13.0980;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.203;QD=4.75;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.248;SB=-5.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:12:40:96,0,40 chrII 111645 . T TCTC 1182.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.711;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=97.8493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.959;QD=21.51;RPA=1,2;RU=CTC;ReadPosRankSum=-1.004;SB=-5.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,27:55:99:1222,0,769 chrII 115246 . GAT G 1144.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.961;DP=55;FS=5.623;HaplotypeScore=62.0012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=1.388;QD=20.82;ReadPosRankSum=0.312;SB=-4.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,29:55:99:1184,0,1064 chrII 115437 . GAAAAA G 1526.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.110;DP=110;FS=0.901;HaplotypeScore=154.6371;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.98;MQ0=0;MQRankSum=2.064;QD=13.88;RPA=20,15;RU=A;ReadPosRankSum=2.943;SB=-4.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,20:110:99:1566,0,1450 chrII 116854 . CA C 747.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=216.1285;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.41;MQ0=0;QD=20.78;RPA=7,6;RU=A;SB=-2.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,33:36:96:790,96,0 chrII 117293 . GA G 358.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.652;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=58.4149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=1.382;QD=10.88;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=1.576;SB=-1.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,20:33:99:398,0,177 chrII 119975 . C CACT 2372.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.362;DP=122;FS=5.606;HaplotypeScore=411.4904;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.044;QD=19.45;RPA=2,3;RU=ACT;ReadPosRankSum=2.206;SB=-1.098e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,60:122:97:2412,0,97 chrII 119999 . T TTCG 1803.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.929;DP=93;FS=1.167;HaplotypeScore=344.3474;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.688;QD=19.40;ReadPosRankSum=4.437;SB=-6.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,29:93:99:1843,0,135 chrII 122381 . CA C 237.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.194;DP=30;FS=9.322;HaplotypeScore=68.4326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.097;QD=7.93;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.567;SB=-1.259e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,17:30:47:277,0,47 chrII 122429 . G GA 272.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.462;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=155.1432;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.07;MQ0=0;MQRankSum=-2.310;QD=9.41;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.178;SB=-2.333e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,11:29:10:314,10,0 chrII 127462 . CT C 195.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.823;DP=51;FS=6.930;HaplotypeScore=20.6546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=1.198;QD=3.84;RPA=8,7;RU=T;ReadPosRankSum=1.804;SB=-7.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,17:51:99:235,0,488 chrII 127636 . CT CTT,C 151.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.569;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=75.8147;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.43;MQ0=0;MQRankSum=1.569;QD=4.11;RPA=13,14,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.239;SB=-1.115e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:19,1,6:37:86:230,86,124,172,0,359 chrII 133943 . C CT 358.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.404;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=137.8773;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.652;QD=6.65;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.156;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,24:54:99:398,0,451 chrII 136039 . T TA 1241.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=89.8996;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.85;MQ0=0;QD=23.88;RPA=3,4;RU=A;SB=-4.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,49:52:99:1284,132,0 chrII 136348 . G GA 1019.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=17.5236;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=19.61;RPA=7,8;RU=A;SB=-4.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,47:52:99:1062,126,0 chrII 137522 . A AT 924.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.678;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=47.0628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQ0=0;MQRankSum=0.529;QD=9.44;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.588;SB=-2.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,52:98:99:964,0,599 chrII 138011 . CT C 225.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.147;DP=39;FS=3.492;HaplotypeScore=69.9966;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.321;QD=5.79;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.123;SB=-1.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:39:99:265,0,130 chrII 138274 . ATT ATTT,A 558.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.604;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=54.4963;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.48;MQ0=0;MQRankSum=0.505;QD=5.95;RPA=15,16,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.110;SB=-2.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:51,0,22:94:99:637,482,612,188,0,748 chrII 140295 . A AGT 374.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.244;DP=33;FS=6.306;HaplotypeScore=16.1022;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=0.111;QD=11.36;RPA=1,2;RU=GT;ReadPosRankSum=0.731;SB=-6.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,12:33:99:414,0,649 chrII 140850 . TG T 288.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.721;DP=41;FS=2.785;HaplotypeScore=46.6757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=-2.263;QD=7.05;RPA=5,4;RU=G;ReadPosRankSum=0.168;SB=-1.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,15:41:99:328,0,653 chrII 140964 . T TC 2145.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=140.2102;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.81;MQ0=0;QD=33.53;SB=-9.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,61:64:99:2188,172,0 chrII 142103 . G GT 555.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.772;DP=132;FS=5.351;HaplotypeScore=194.2862;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.270;QD=4.21;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.293;SB=-2.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,41:132:99:595,0,897 chrII 143864 . GA GAA,G 299.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.887;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=13.2729;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.193;QD=8.57;RPA=12,13,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.270;SB=-1.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:10,1,14:35:99:378,192,299,198,0,326 chrII 145899 . GAAAAAAAAAAAAAA G 1004.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.705;DP=30;FS=6.368;HaplotypeScore=40.4480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.597;QD=33.50;RPA=31,17;RU=A;ReadPosRankSum=2.983;SB=-3.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,9:29:99:1044,0,344 chrII 150403 . TAA T,TA 3603 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=122.9959;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.11;MQ0=0;QD=23.10;RPA=9,7,8;RU=A;SB=-1.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:5,72,0:156:99:3603,1500,1425,1669,0,1272 chrII 153815 . TA T 1630.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=27.2766;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.84;MQ0=0;QD=18.75;RPA=9,8;RU=A;SB=-5.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,76:87:99:1673,215,0 chrII 159928 . GT G 354.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.999;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=192.5930;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.517;QD=8.07;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=0.620;SB=-1.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,20:44:99:394,0,404 chrII 161483 . T TG 772.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.304;DP=136;FS=4.878;HaplotypeScore=337.8253;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.005;QD=5.68;ReadPosRankSum=2.046;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,50:136:99:812,0,600 chrII 162819 . A AT 163.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.122;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=105.9005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQ0=0;MQRankSum=0.225;QD=2.52;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.225;SB=-8.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,15:65:99:203,0,441 chrII 165010 . CTT C,CT 1863.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.866;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=409.2984;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=50.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.836;QD=17.75;RPA=12,10,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.367;SB=-8.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:11,57,0:105:99:1942,503,539,1072,0,902 chrII 165670 . GA G 917.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=170.1862;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.82;MQ0=0;QD=17.00;RPA=10,9;RU=A;SB=-2.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,43:54:99:960,127,0 chrII 166025 . CT C 981.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=114.7388;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.47;MQ0=0;QD=20.89;RPA=8,7;RU=T;SB=-3.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,43:47:99:1024,129,0 chrII 167264 . AT A 1778.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=165.2643;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.69;MQ0=0;QD=24.37;RPA=4,3;RU=T;SB=-4.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,70:73:99:1821,189,0 chrII 167275 . CA C 1396.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.632;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=215.0156;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=1.682;QD=18.38;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.381;SB=-3.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,64:76:99:1439,182,0 chrII 167385 . C CT 2550.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=334.3944;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=25.51;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.271e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,91:100:99:2593,264,0 chrII 169899 . C CAGAGGATACTA 4971 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=128.9260;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.54;MQ0=0;QD=99.42;SB=-1.133e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,31:50:99:4971,126,0 chrII 169960 . CTGCAAAATTATTCTGGATT C 1626.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=61.3421;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.07;MQ0=0;QD=58.11;RPA=2,1;RU=TGCAAAATTATTCTGGATT;SB=-2.599e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,8:28:30:1669,30,0 chrII 171274 . C CT 275.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.475;DP=57;FS=6.940;HaplotypeScore=24.9707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.864;QD=4.84;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.157;SB=-1.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,21:57:99:315,0,393 chrII 172371 . CT C 402.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.489;DP=68;FS=5.608;HaplotypeScore=327.3321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.592;QD=5.93;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.151;SB=-1.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,26:68:99:442,0,489 chrII 172395 . C CT 618.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.978;DP=66;FS=2.240;HaplotypeScore=183.9664;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=1.743;QD=9.38;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-1.492;SB=-2.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,31:66:99:658,0,423 chrII 174499 . GAAGAAA G 2703.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.636;DP=92;FS=5.924;HaplotypeScore=142.5674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.78;MQ0=0;MQRankSum=-2.033;QD=29.39;RPA=4,3;RU=AAGAAA;ReadPosRankSum=-0.407;SB=-1.330e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,43:92:99:2743,0,2027 chrII 174714 . ATTT A,AATTTTT 1935.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.901;DP=87;FS=10.127;HaplotypeScore=264.1697;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=52.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.357;QD=22.25;ReadPosRankSum=0.586;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:40,17,0:87:99:2014,1345,2187,780,0,1789 chrII 174802 . T TAA 715.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.531;DP=83;FS=7.815;HaplotypeScore=292.9421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.32;MQ0=0;MQRankSum=-2.136;QD=8.63;RPA=5,7;RU=A;ReadPosRankSum=-1.569;SB=-8.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,26:83:99:755,0,1255 chrII 174880 . T TA 3086.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=702.7331;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.05;MQ0=0;QD=28.85;SB=-4.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:107:99:3129,316,0 chrII 184206 . A AT 395.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.097;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=516.0104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.542;QD=3.67;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.522;SB=-1.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,33:108:99:435,0,922 chrII 184282 . CA C 978.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.565;DP=73;FS=12.898;HaplotypeScore=315.5689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.26;MQ0=0;MQRankSum=3.024;QD=13.41;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=-0.600;SB=-3.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,34:73:99:1018,0,978 chrII 191124 . CATT C 1077.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.529;DP=98;FS=5.963;HaplotypeScore=417.5000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.76;MQ0=0;MQRankSum=-4.708;QD=11.00;ReadPosRankSum=1.888;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,31:98:99:1117,0,3026 chrII 191128 . GTTT G 1064.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.479;DP=91;FS=4.513;HaplotypeScore=352.8773;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.88;MQ0=0;MQRankSum=-5.470;QD=11.70;ReadPosRankSum=1.228;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,31:91:99:1104,0,2843 chrII 191762 . TG T 723.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.280;DP=58;FS=2.415;HaplotypeScore=173.6912;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.399;QD=12.48;ReadPosRankSum=-0.399;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,26:58:99:763,0,772 chrII 191777 . G GT 811.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.101;DP=56;FS=4.292;HaplotypeScore=159.5700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.581;QD=14.50;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=-0.277;SB=-1.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,29:56:99:851,0,688 chrII 192232 . CTT C,CT 405.96 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.044;DP=36;FS=2.580;HaplotypeScore=64.1778;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=0.221;QD=11.28;RPA=13,11,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.044;SB=-1.709e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:15,13,0:36:63:484,63,113,260,0,262 chrII 193546 . C CAAT 4899 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.652;DP=234;FS=0.500;HaplotypeScore=78.3140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=0.363;QD=20.94;RPA=1,2;RU=AAT;ReadPosRankSum=-0.453;SB=-2.153e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:116,118:234:99:4899,0,4605 chrII 193715 . G GA 598.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=94.8787;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.97;MQ0=0;QD=13.02;RPA=10,11;RU=A;SB=-2.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,26:46:83:641,83,0 chrII 196362 . GA G 516.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.724;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=74.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.282;QD=6.54;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.981;SB=-1.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,36:79:99:556,0,451 chrII 197567 . AT A 676.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.988;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=297.0064;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.77;MQ0=0;MQRankSum=-5.001;QD=8.57;RPA=7,6;RU=T;ReadPosRankSum=-0.126;SB=-2.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,39:79:99:716,0,552 chrII 197596 . ATT A 724.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.202;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=357.8921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.26;MQ0=0;MQRankSum=-4.243;QD=14.22;RPA=6,4;RU=T;ReadPosRankSum=1.928;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,25:51:99:764,0,139 chrII 197606 . TA T 386.93 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.216;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=357.8690;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.65;MQ0=0;MQRankSum=-2.336;QD=10.18;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=1.258;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,19:38:9:428,9,0 chrII 197612 . TAAAAATC T 879.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.100;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=254.0759;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.917;QD=35.20;ReadPosRankSum=1.734;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,11:25:91:919,0,91 chrII 197708 . TGG T 939.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.576;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=436.2424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.87;MQ0=0;MQRankSum=1.576;QD=32.41;ReadPosRankSum=1.576;SB=-4.800e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,21:29:43:982,43,0 chrII 197720 . A AAAG 1107.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.237;DP=23;FS=7.697;HaplotypeScore=379.7330;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.84;MQ0=0;MQRankSum=2.019;QD=48.17;ReadPosRankSum=1.364;SB=-5.147e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,21:23:48:1147,0,48 chrII 197939 . A AGTGGGTGTGGGTGTGGT 1780.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.097;DP=37;FS=2.741;HaplotypeScore=192.0389;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.26;MQ0=1;MQRankSum=-0.895;QD=48.13;ReadPosRankSum=2.363;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,9:35:99:1820,0,1980 chrII 198429 . TA T 717.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=53.1848;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.25;MQ0=0;QD=19.40;RPA=9,8;RU=A;SB=-2.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,34:37:99:760,101,0 chrII 198720 . CT C 1023.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.644;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=227.4891;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.66;MQ0=0;MQRankSum=0.933;QD=21.79;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=1.111;SB=-4.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,41:46:96:1066,96,0 chrII 205754 . GGAAGAAGAAGAGGAA G 1943.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.215;DP=65;FS=1.253;HaplotypeScore=37.7317;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.78;MQ0=0;MQRankSum=-2.146;QD=29.91;RPA=2,1;RU=GAAGAAGAAGAGGAA;ReadPosRankSum=0.375;SB=-6.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,22:65:99:1983,0,2671 chrII 207021 . GTT G,GT 930.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.424;DP=83;FS=3.090;HaplotypeScore=39.9485;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.817;QD=11.22;RPA=14,12,13;RU=T;ReadPosRankSum=1.284;SB=-4.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:26,23,0:83:99:1009,441,513,404,0,312 chrII 211254 . TAAC T 1652.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.269;DP=107;FS=0.766;HaplotypeScore=67.7602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.338;QD=15.45;ReadPosRankSum=-0.276;SB=-7.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,42:107:99:1692,0,3053 chrII 212391 . 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A AT 2824.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=178.6130;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.30;MQ0=0;QD=23.94;RPA=6,7;RU=T;SB=-4.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,110:118:99:2867,324,0 chrII 235838 . TA T 2710.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=277.8806;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.56;MQ0=0;QD=25.10;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.153e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,105:108:99:2753,309,0 chrII 236427 . TTTC T 1880.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=354.3300;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.78;MQ0=0;QD=40.02;RPA=2,1;RU=TTC;SB=-1.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,44:47:99:1923,123,0 chrII 238382 . C CA 1128.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.405;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=121.3391;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=0.405;QD=19.81;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=1.364;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,47:57:99:1171,122,0 chrII 238920 . AT A 2021.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.009;DP=148;FS=22.514;HaplotypeScore=287.6977;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=0.237;QD=13.66;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=0.412;SB=-3.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,78:148:99:2061,0,1032 chrII 242639 . AT A 855.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=64;FS=4.491;HaplotypeScore=30.6117;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=1.655;QD=13.37;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.424;SB=-3.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,50:64:99:898,123,0 chrII 244228 . T TA 1228.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.302;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=115.8547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=0.783;QD=12.54;RPA=3,4;RU=A;ReadPosRankSum=-0.910;SB=-1.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,53:98:99:1268,0,940 chrII 245139 . C CA 674.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.284;DP=117;FS=2.729;HaplotypeScore=148.7525;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=1.057;QD=5.77;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.004;SB=-6.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,40:117:99:714,0,803 chrII 245763 . G GAAA,GAAAAAA 3936 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=229.3159;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=52.91;MQ0=0;QD=38.97;RPA=9,12,15;RU=A;SB=-1.419e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:20,47,18:101:99:3936,1143,899,1583,0,1439 chrII 246555 . C CTT 285.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.669;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=141.3992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.54;MQ0=0;MQRankSum=-2.298;QD=7.53;RPA=7,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.162;SB=-1.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,11:38:99:325,0,458 chrII 246613 . A AT 316.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.311;DP=48;FS=14.645;HaplotypeScore=190.7407;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.822;QD=6.60;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.599;SB=-1.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,21:48:99:356,0,448 chrII 246942 . CT C 5994 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=188;FS=0.000;HaplotypeScore=269.2007;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;QD=31.88;RPA=2,1;RU=T;SB=-2.053e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,186:188:99:5994,541,0 chrII 248758 . CT C 1449.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.609;DP=155;FS=3.552;HaplotypeScore=322.1158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQ0=0;MQRankSum=1.001;QD=9.35;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=0.704;SB=-4.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,69:155:99:1489,0,1827 chrII 249917 . GT G 511.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.339;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=92.7416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.366;QD=7.31;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.871;SB=-2.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,36:70:99:551,0,411 chrII 252559 . CT C 1816.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=472.0534;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.87;MQ0=0;QD=30.80;RPA=3,2;RU=T;SB=-5.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1859,171,0 chrII 254459 . C CT,CTTT 2621.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.083;DP=160;FS=2.315;HaplotypeScore=561.8137;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.00;MQ0=0;MQRankSum=0.861;QD=16.39;RPA=10,11,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.306;SB=-1.253e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:63,49,39:159:99:2700,1362,1142,915,0,1025 chrII 258993 . CATATAT C 6952 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=593.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.36;MQ0=0;QD=50.74;RPA=8,5;RU=AT;SB=-3.189e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,112:137:99:6952,307,0 chrII 267481 . A AT 923.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=171.4945;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;QD=12.83;RPA=8,9;RU=T;SB=-2.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,44:72:99:966,119,0 chrII 270387 . CCAG C 1170.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=55.2736;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.65;MQ0=0;QD=39.03;RPA=5,4;RU=CAG;SB=-3.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,27:30:81:1213,81,0 chrII 270857 . CT C 1031.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.465;DP=83;FS=1.752;HaplotypeScore=39.9140;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=0.601;QD=12.43;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.079;SB=-3.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,58:83:59:1074,59,0 chrII 272537 . TTCATCA T 3780 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=22.7579;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.21;MQ0=0;QD=41.54;RPA=8,6;RU=TCA;SB=-1.691e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,66:91:99:3780,162,0 chrII 274140 . CTTT C 1916.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.727;DP=89;FS=15.640;HaplotypeScore=584.4596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.44;MQ0=0;MQRankSum=-6.308;QD=21.54;RPA=4,1;RU=T;ReadPosRankSum=0.326;SB=-2.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,44:89:99:1956,0,1642 chrII 274310 . TAAA T 146.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.637;DP=14;FS=3.424;HaplotypeScore=86.6438;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.17;MQ0=0;MQRankSum=0.143;QD=10.50;ReadPosRankSum=2.637;SB=-4.800e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:14:99:186,0,251 chrII 274314 . TATATA T 274.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.495;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=58.6603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.198;QD=25.00;ReadPosRankSum=1.495;SB=-6.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:11:30:314,0,30 chrII 280999 . CT C 1468.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.230;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=114.5114;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.979;QD=14.26;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.979;SB=-4.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,70:103:99:1511,181,0 chrII 288704 . A ATT 1002.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.838;DP=67;FS=0.958;HaplotypeScore=176.2178;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.83;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=14.97;RPA=7,9;RU=T;ReadPosRankSum=3.817;SB=-4.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,35:67:99:1042,0,792 chrII 292097 . G GA 244.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.885;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=85.1669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.496;QD=5.70;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-2.084;SB=-1.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,11:43:99:284,0,195 chrII 292118 . GA G 252.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.141;DP=50;FS=10.043;HaplotypeScore=98.4540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.705;QD=5.06;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.528;SB=-6.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,21:50:99:292,0,243 chrII 292524 . T TC 2565.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.639;DP=166;FS=9.498;HaplotypeScore=144.0830;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.559;QD=15.46;ReadPosRankSum=0.060;SB=-1.124e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,88:166:99:2605,0,2199 chrII 292608 . G GT 926.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.119;DP=135;FS=3.555;HaplotypeScore=407.7987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.226;QD=6.87;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.464;SB=-4.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,47:135:99:966,0,1134 chrII 294163 . T TA 77.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.786;DP=34;FS=6.908;HaplotypeScore=38.6539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.06;MQ0=0;MQRankSum=1.623;QD=2.29;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-2.051;SB=-2.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,8:34:99:117,0,271 chrII 294365 . C CA 631.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.738;DP=72;FS=2.195;HaplotypeScore=25.7015;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.75;MQ0=0;MQRankSum=1.022;QD=8.78;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.261;SB=-2.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:72:99:671,0,396 chrII 296036 . TG T 1080.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.644;DP=83;FS=2.858;HaplotypeScore=120.1883;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQ0=0;MQRankSum=1.182;QD=13.02;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=-0.093;SB=-1.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,41:83:99:1120,0,1157 chrII 296282 . AG A 237.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.713;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=14.4920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=0.208;QD=8.50;RPA=3,2;RU=G;ReadPosRankSum=-0.675;SB=-1.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,11:28:99:277,0,411 chrII 299548 . CGAAGAG C 1352.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.949;DP=71;FS=2.509;HaplotypeScore=505.7453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.92;MQ0=0;MQRankSum=4.877;QD=19.06;RPA=4,3;RU=GAAGAG;ReadPosRankSum=-1.083;SB=-5.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,23:71:99:1392,0,731 chrII 299551 . AGAGGAA A,AGTGGAGGAA 2805.94 SnpCluster AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=347.6851;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=44.01;MQ0=0;QD=41.26;SB=-1.239e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:43,0,0:68:99:2884,1492,2222,1528,0,2468 chrII 299554 . G GGAAGAGAGC 2217.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.722;DP=67;FS=1.079;HaplotypeScore=427.6679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.19;MQ0=0;MQRankSum=-3.593;QD=33.10;ReadPosRankSum=0.405;SB=-9.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,17:67:99:2257,0,1548 chrII 300033 . GAAAAAA G,GA 1219.94 filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=146.4371;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.46;MQ0=0;QD=16.27;RPA=26,20,21;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:44,8,0:74:99:1298,187,149,303,0,213 chrII 301356 . TC T 2200.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.766;DP=137;FS=6.128;HaplotypeScore=573.5203;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.263;QD=16.07;ReadPosRankSum=-0.946;SB=-5.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:77,59:131:99:2243,238,0 chrII 307442 . T TA 339.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.803;DP=58;FS=1.154;HaplotypeScore=72.3160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.828;QD=5.86;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.443;SB=-1.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,20:58:99:379,0,359 chrII 307517 . C CA 746.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.750;DP=54;FS=14.493;HaplotypeScore=181.5902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.185;QD=13.83;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.033;SB=-2.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:54:99:786,0,531 chrII 310328 . G GT 455.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.986;DP=42;FS=1.235;HaplotypeScore=32.0081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.211;QD=10.86;RPA=3,4;RU=T;ReadPosRankSum=-0.324;SB=-2.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,22:42:99:495,0,413 chrII 311639 . G GT 858.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.548;DP=101;FS=1.916;HaplotypeScore=229.4572;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.01;MQ0=0;MQRankSum=0.176;QD=8.50;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=0.081;SB=-2.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,45:101:99:898,0,972 chrII 311665 . TA T 1156.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.363;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=235.6473;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.920;QD=10.42;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.125;SB=-3.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,48:111:99:1196,0,1235 chrII 316953 . A ACAAAC 1011.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.289;DP=42;FS=3.282;HaplotypeScore=112.9892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.19;MQ0=0;MQRankSum=2.786;QD=24.09;ReadPosRankSum=1.958;SB=-8.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,15:41:99:1051,0,431 chrII 321859 . C CTTA 2451.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.180;DP=142;FS=1.490;HaplotypeScore=607.0509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.49;MQ0=0;MQRankSum=-3.489;QD=17.27;RPA=2,3;RU=TTA;ReadPosRankSum=0.859;SB=-1.030e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,55:142:99:2491,0,2318 chrII 326647 . CT C 1526.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.128;DP=115;FS=0.708;HaplotypeScore=585.8592;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.48;MQ0=0;MQRankSum=0.402;QD=13.28;ReadPosRankSum=0.198;SB=-7.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,54:115:99:1566,0,1973 chrII 327315 . T TAA 3555 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=408.1652;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.44;MQ0=0;QD=39.94;RPA=1,3;RU=A;SB=-1.128e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,85:89:99:3555,253,0 chrII 332441 . TA T 2428.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.163;DP=235;FS=7.334;HaplotypeScore=1728.1177;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.86;MQ0=0;MQRankSum=-2.884;QD=10.34;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.660;SB=-1.057e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:124,111:235:99:2468,0,2416 chrII 333127 . A AC 1176.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.211;DP=98;FS=0.785;HaplotypeScore=158.7108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.10;MQ0=0;MQRankSum=0.535;QD=12.01;ReadPosRankSum=-0.754;SB=-5.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,43:97:99:1216,0,1377 chrII 333254 . TC T 2039.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=314.5345;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.20;MQ0=0;QD=29.14;RPA=2,1;RU=C;SB=-3.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:64:99:2082,178,0 chrII 334302 . TA T 564.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.278;DP=82;FS=0.984;HaplotypeScore=28.7494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=1.854;QD=6.89;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=0.354;SB=-1.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,38:82:99:604,0,659 chrII 337246 . G GTCAGTA 1213.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.395;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=32.3172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.248;QD=24.77;RPA=2,3;RU=TCAGTA;ReadPosRankSum=0.015;SB=-4.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,22:49:99:1253,0,1198 chrII 339648 . C CAT 674.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.124;DP=78;FS=9.337;HaplotypeScore=92.7436;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=-2.039;QD=8.65;RPA=4,5;RU=AT;ReadPosRankSum=0.981;SB=-7.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,22:78:99:714,0,930 chrII 341168 . AC A 1466.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.946;DP=132;FS=1.737;HaplotypeScore=392.2331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.73;MQ0=0;MQRankSum=0.221;QD=11.11;RPA=3,2;RU=C;ReadPosRankSum=-1.545;SB=-4.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,61:132:99:1506,0,1794 chrII 341546 . GT G 2037.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=245.1693;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.22;MQ0=0;QD=19.60;RPA=5,4;RU=T;SB=-7.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,84:104:99:2080,231,0 chrII 342440 . G GA 508.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.852;DP=76;FS=2.562;HaplotypeScore=90.3772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.17;MQ0=0;MQRankSum=0.238;QD=6.70;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.238;SB=-2.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,35:76:99:548,0,240 chrII 344186 . GTAT G 1262.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.393;DP=65;FS=2.263;HaplotypeScore=223.6960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.06;MQ0=0;MQRankSum=0.110;QD=19.43;RPA=3,2;RU=TAT;ReadPosRankSum=0.141;SB=-5.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:65:99:1302,0,994 chrII 344409 . AT A 964.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.448;DP=128;FS=2.350;HaplotypeScore=45.9094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=0.170;QD=7.54;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=0.385;SB=-4.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,51:128:99:1004,0,1534 chrII 344499 . CTT C 1815.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.278;DP=131;FS=6.719;HaplotypeScore=133.6999;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=0.979;QD=13.86;RPA=9,7;RU=T;ReadPosRankSum=1.102;SB=-3.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,67:131:99:1855,0,1724 chrII 349449 . TA T 739.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.797;DP=102;FS=0.804;HaplotypeScore=501.1364;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.18;MQ0=0;MQRankSum=-3.744;QD=7.25;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.020;SB=-3.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,46:102:99:779,0,862 chrII 349816 . A AAT 1090.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.777;DP=52;FS=6.439;HaplotypeScore=174.4542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.86;MQ0=0;MQRankSum=-2.635;QD=20.98;ReadPosRankSum=0.717;SB=-3.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,27:52:99:1130,0,682 chrII 349818 . CA C 723.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.477;DP=48;FS=6.807;HaplotypeScore=196.6224;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.65;MQ0=0;MQRankSum=-3.192;QD=15.08;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=1.230;SB=-2.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,26:48:99:763,0,484 chrII 350216 . T TG 938.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.135;DP=80;FS=6.612;HaplotypeScore=504.0714;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.21;MQ0=0;MQRankSum=-6.823;QD=11.74;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=1.014;SB=-1.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,30:80:99:978,0,1032 chrII 350378 . A AC 1291.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.090;DP=63;FS=1.145;HaplotypeScore=216.8178;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.573;QD=20.51;RPA=1,2;RU=C;ReadPosRankSum=1.202;SB=-4.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,42:63:99:1331,0,443 chrII 351083 . CA C 1198.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=77.8101;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.34;MQ0=0;QD=23.06;RPA=5,4;RU=A;SB=-5.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,47:52:99:1241,138,0 chrII 351230 . CA C 580.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.049;DP=103;FS=0.985;HaplotypeScore=42.3615;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.599;QD=5.64;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.398;SB=-2.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,36:103:99:620,0,416 chrII 351450 . ATGTAAGCTGTGGTTTGCCT A 5345 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.798;DP=111;FS=3.096;HaplotypeScore=163.0740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.91;MQ0=0;MQRankSum=-4.930;QD=48.15;RPA=2,1;RU=TGTAAGCTGTGGTTTGCCT;ReadPosRankSum=-0.170;SB=-2.426e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,35:111:99:5345,0,8570 chrII 353485 . CA C 187.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.807;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=34.1984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=1.178;QD=3.55;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.104;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,17:53:99:227,0,578 chrII 363108 . CA C 1435.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.929;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=339.3791;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.49;MQ0=0;MQRankSum=-5.256;QD=12.82;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=2.140;SB=-3.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,55:112:99:1475,0,1366 chrII 363123 . AAC A 2022.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.976;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=307.2838;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.67;MQ0=0;MQRankSum=-3.010;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.925;SB=-4.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,57:115:99:2062,0,2065 chrII 363508 . GA G 611.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.750;DP=82;FS=2.007;HaplotypeScore=142.4084;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.88;MQ0=2;MQRankSum=-3.483;QD=7.46;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=0.540;SB=-3.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,38:80:99:651,0,964 chrII 363517 . T TAC 930.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.896;DP=83;FS=2.044;HaplotypeScore=130.9364;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.74;MQ0=2;MQRankSum=-2.218;QD=11.22;ReadPosRankSum=1.144;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,25:81:99:970,0,1467 chrII 363755 . T TA 1618.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.710;DP=115;FS=1.546;HaplotypeScore=461.9892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.92;MQ0=0;MQRankSum=-2.192;QD=14.08;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.271;SB=-7.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,61:115:99:1658,0,1371 chrII 364024 . A AT 3073.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=125.1593;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.80;MQ0=0;QD=26.73;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.476e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,109:115:99:3116,304,0 chrII 369788 . C CT 366.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.398;DP=78;FS=2.926;HaplotypeScore=131.7884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.090;QD=4.70;RPA=14,15;RU=T;ReadPosRankSum=-1.501;SB=-1.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,31:78:79:406,0,79 chrII 371422 . GA G 151.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.155;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=10.5018;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=0.155;QD=5.43;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=-0.217;SB=-5.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,11:28:99:191,0,296 chrII 371596 . TA T 209.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.031;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=58.9403;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.64;MQ0=0;MQRankSum=0.154;QD=6.56;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=0.769;SB=-7.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,11:32:99:249,0,302 chrII 372351 . TGGAAGAAGATGCAGCCTC T 3143.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=27.1696;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.26;MQ0=0;QD=41.37;RPA=2,1;RU=GGAAGAAGATGCAGCCTC;SB=-7.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,53:76:99:3186,135,0 chrII 373224 . T TA 1194.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.131;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=110.8858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.007;QD=17.57;ReadPosRankSum=0.280;SB=-6.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,40:68:99:1234,0,698 chrII 373454 . G GTT 678.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.314;DP=85;FS=1.010;HaplotypeScore=249.5868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.471;QD=7.99;RPA=9,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.067;SB=-2.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,21:85:99:718,0,710 chrII 373698 . T TA 699.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.818;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=100.0022;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.91;MQ0=0;MQRankSum=0.520;QD=8.64;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-2.360;SB=-2.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,38:81:99:739,0,590 chrII 373847 . TG T 1136.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.713;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=35.1643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.956;QD=15.36;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=0.099;SB=-3.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,41:74:99:1176,0,882 chrII 378442 . CT C 516.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.271;DP=64;FS=3.736;HaplotypeScore=22.8273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=0.766;QD=8.08;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=1.557;SB=-2.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,28:64:99:556,0,599 chrII 380135 . TA T 828.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.568;DP=50;FS=3.340;HaplotypeScore=23.4044;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.413;QD=16.58;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.403;SB=-3.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,46:50:99:871,99,0 chrII 380871 . A AAAC 3655 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=168.2081;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.93;MQ0=0;QD=45.12;RPA=1,2;RU=AAC;SB=-1.600e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,76:81:99:3655,220,0 chrII 381376 . AG A 430.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.916;DP=49;FS=9.468;HaplotypeScore=116.7919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.63;MQ0=0;MQRankSum=1.930;QD=8.80;RPA=7,6;RU=G;ReadPosRankSum=-1.169;SB=-1.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,21:49:99:470,0,411 chrII 381543 . CGTGT C 1946.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.433;DP=73;FS=7.472;HaplotypeScore=1053.3031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.391;QD=26.67;RPA=3,1;RU=GT;ReadPosRankSum=6.268;SB=-9.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,48:73:99:1986,0,619 chrII 381550 . ACCCCTAACTCCGTG A 7041 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.308;DP=68;FS=9.855;HaplotypeScore=525.5912;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.31;MQ0=0;MQRankSum=-2.121;QD=103.54;ReadPosRankSum=6.336;SB=-3.434e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,48:68:99:7041,0,587 chrII 382925 . T TG 1227.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=171.8357;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.54;MQ0=0;QD=27.29;RPA=2,3;RU=G;SB=-3.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,36:45:99:1270,120,0 chrII 383052 . TA TAAA,T 1275.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.643;DP=95;FS=4.600;HaplotypeScore=104.4789;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.73;MQ0=0;MQRankSum=0.665;QD=13.43;RPA=12,14,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.054;SB=-5.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:28,1,38:95:99:1354,728,1363,735,0,1032 chrII 383176 . C CG 1225.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=128.5056;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.63;MQ0=0;QD=27.86;RPA=2,3;RU=G;SB=-4.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:44:99:1268,114,0 chrII 386013 . TA T 1245.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.817;DP=109;FS=4.344;HaplotypeScore=38.8485;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=0.383;QD=11.43;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=-0.355;SB=-2.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,56:109:99:1285,0,1222 chrII 386214 . A AAG 720.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.520;DP=64;FS=5.772;HaplotypeScore=47.0376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.01;MQ0=0;MQRankSum=1.319;QD=11.27;ReadPosRankSum=4.205;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,26:63:99:760,0,599 chrII 389425 . TC T 308.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=107.6452;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.24;MQ0=0;QD=23.77;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39:351,39,0 chrII 389429 . CG C 305.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=107.9291;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.24;MQ0=0;QD=23.54;SB=-9.698e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39:348,39,0 chrII 389487 . A ATCG 183.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.933;DP=17;FS=5.219;HaplotypeScore=81.1294;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.800;QD=10.82;ReadPosRankSum=0.933;SB=-3.400e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,5:17:99:223,0,404 chrII 391492 . GA G 1545.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=116.4574;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=21.18;RPA=8,7;RU=A;SB=-4.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,69:73:99:1588,200,0 chrII 392336 . C CT 1882.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.154;DP=114;FS=3.716;HaplotypeScore=52.6336;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.565;QD=16.52;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.010;SB=-4.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,91:114:99:1925,128,0 chrII 392511 . C CA 625.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.245;DP=49;FS=2.833;HaplotypeScore=95.8981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.03;MQ0=0;MQRankSum=0.641;QD=12.77;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.868;SB=-1.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,25:49:80:668,80,0 chrII 393339 . CG C 778.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.027;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=36.5551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=0.916;QD=13.43;ReadPosRankSum=-0.881;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,29:58:99:818,0,771 chrII 395368 . A AT 2271.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=195.0637;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=24.70;RPA=4,5;RU=T;SB=-2.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,88:92:99:2314,249,0 chrII 405812 . TG T 3537 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=715.9416;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.57;MQ0=0;QD=31.30;RPA=2,1;RU=G;SB=-8.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,106:113:99:3537,310,0 chrII 406430 . GAA G,GA 1665.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.427;DP=109;FS=1.911;HaplotypeScore=50.3840;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.538;QD=15.28;RPA=13,11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.269;SB=-5.262e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:9,15,0:109:65:1744,1347,1578,242,0,65 chrII 407076 . T TA 173.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.694;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=171.4278;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=0.900;QD=4.83;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.209;SB=-8.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,16:36:99:213,0,225 chrII 407545 . T TA 2916.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=1052.8998;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.18;MQ0=0;QD=27.26;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.181e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,102:107:99:2959,304,0 chrII 407561 . GAA G 3682 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=1109.4898;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.93;MQ0=0;QD=36.46;SB=-1.732e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,85:101:99:3682,262,0 chrII 407734 . CT C 1305.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=118.8901;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.84;MQ0=0;QD=15.73;RPA=10,9;RU=T;SB=-7.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,71:83:99:1348,179,0 chrII 414951 . G GA 1354.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.324;DP=89;FS=5.180;HaplotypeScore=89.0362;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=0.940;QD=15.22;ReadPosRankSum=0.440;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,45:89:99:1394,0,1227 chrII 415720 . TA T 1310.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=259.5091;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.41;MQ0=0;QD=27.31;RPA=2,1;RU=A;SB=-4.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,47:48:99:1353,135,0 chrII 417214 . TCC T 757.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.857;DP=65;FS=3.614;HaplotypeScore=71.9063;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.464;QD=11.66;RPA=7,5;RU=C;ReadPosRankSum=1.006;SB=-2.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,27:65:99:797,0,1269 chrII 418760 . ACT A 1177.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.170;DP=63;FS=6.511;HaplotypeScore=17.6628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.15;MQ0=0;MQRankSum=0.241;QD=18.70;RPA=2,1;RU=CT;ReadPosRankSum=1.363;SB=-6.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,35:63:99:1217,0,968 chrII 419357 . G GA 364.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.705;DP=40;FS=1.281;HaplotypeScore=99.0520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=0.382;QD=9.12;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.294;SB=-1.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:40:99:404,0,274 chrII 419386 . CA C 1131.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=58.7135;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.98;MQ0=0;QD=25.73;RPA=5,4;RU=A;SB=-5.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1174,129,0 chrII 420194 . CT C 2746.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=106.5079;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;QD=19.34;RPA=8,7;RU=T;SB=-7.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,120:142:99:2789,353,0 chrII 420372 . TGTA TGTAGTAGTAGTAGTA,T 4879 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=240.3529;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=50.24;MQ0=0;QD=39.99;RPA=7,11,6;RU=GTA;SB=-1.022e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:52,0,49:122:99:4879,1917,5502,3165,0,4435 chrII 423387 . G GGGAA 1087.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.900;DP=50;FS=1.184;HaplotypeScore=100.9783;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.17;MQ0=0;MQRankSum=-2.162;QD=21.76;ReadPosRankSum=-1.081;SB=-4.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,15:50:99:1127,0,1105 chrII 423438 . GA G 994.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.289;DP=56;FS=4.025;HaplotypeScore=108.8062;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.794;QD=17.77;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.938;SB=-3.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,48:56:99:1037,118,0 chrII 424938 . GT G 322.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.350;DP=55;FS=7.419;HaplotypeScore=54.9086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.147;QD=5.87;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.088;SB=-1.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,21:55:99:362,0,285 chrII 427659 . GTATT G 1662.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.255;DP=77;FS=3.922;HaplotypeScore=41.5565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.366;QD=21.60;RPA=2,1;RU=TATT;ReadPosRankSum=1.539;SB=-4.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,34:77:99:1702,0,1106 chrII 434300 . CAA C 647.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.484;DP=70;FS=9.307;HaplotypeScore=92.3840;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.013;QD=9.26;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=3.573;SB=-1.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,24:70:99:687,0,648 chrII 436904 . GA G 1333.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.679;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=177.5122;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=0.746;QD=12.47;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=-0.218;SB=-3.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,54:107:99:1373,0,1267 chrII 441315 . A AT 444.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.130;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=22.0596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.738;QD=6.36;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.685;SB=-1.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,33:70:99:484,0,465 chrII 444706 . GT G 2217.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=99.2787;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.41;MQ0=0;QD=18.96;RPA=9,8;RU=T;SB=-7.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,109:117:99:2260,290,0 chrII 452274 . G GA 170.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=26.2810;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.75;MQ0=0;QD=10.69;RPA=10,11;RU=A;SB=-9.675e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,14:16:27:213,27,0 chrII 452394 . G GAAGA 2178.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=118.5313;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.76;MQ0=0;QD=53.15;RPA=1,2;RU=AAGA;SB=-5.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,36:41:99:2221,117,0 chrII 452435 . CTT C,CT 317.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.037;DP=51;FS=3.680;HaplotypeScore=256.1726;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=48.95;MQ0=0;MQRankSum=0.600;QD=6.23;RPA=16,14,15;RU=T;ReadPosRankSum=0.600;SB=-1.252e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:23,15,0:50:87:396,87,115,214,0,185 chrII 452575 . ATAAG A 1142.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.940;DP=50;FS=17.006;HaplotypeScore=30.2124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.69;MQ0=0;MQRankSum=0.070;QD=22.86;ReadPosRankSum=0.329;SB=-5.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,23:50:99:1182,0,1328 chrII 453266 . TA T 1043.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.250;DP=116;FS=0.778;HaplotypeScore=44.7625;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=0.030;QD=9.00;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=-2.231;SB=-4.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,63:116:99:1083,0,915 chrII 453451 . A ATTT 2142.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.149;DP=97;FS=2.133;HaplotypeScore=399.1596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.47;MQ0=0;MQRankSum=0.530;QD=22.09;RPA=1,4;RU=T;ReadPosRankSum=-1.533;SB=-5.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,42:97:99:2182,0,2038 chrII 453454 . TA T 1060.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.106;DP=92;FS=2.173;HaplotypeScore=490.3845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.48;MQ0=0;MQRankSum=0.713;QD=11.53;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=-1.222;SB=-2.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,44:92:99:1100,0,1061 chrII 453657 . TG T 2905.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=239.1562;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;QD=28.21;RPA=4,3;RU=G;SB=-9.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,98:103:99:2948,289,0 chrII 454635 . A AT,ATT 602.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.764;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=50.8885;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.201;QD=17.23;RPA=9,10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.166;SB=-2.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:4,15,15:35:99:681,254,212,246,0,249 chrII 455756 . G GGCAACA 415.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.200;DP=23;FS=9.890;HaplotypeScore=22.4579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQ0=0;MQRankSum=0.101;QD=18.09;RPA=5,6;RU=GCAACA;ReadPosRankSum=0.811;SB=-1.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,7:23:99:455,0,396 chrII 456732 . A AT 52.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.208;DP=35;FS=3.304;HaplotypeScore=190.6733;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.061;QD=1.51;ReadPosRankSum=2.785;SB=-9.001e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,9:35:92:92,0,468 chrII 456733 . C CGCAAT 534.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.945;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=136.0450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.095;QD=15.73;ReadPosRankSum=1.208;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,9:34:99:574,0,847 chrII 460243 . CT C 2454.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=943.9931;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.46;MQ0=0;QD=22.73;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.048e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,97:108:99:2497,291,0 chrII 460270 . C CT 1854.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.092;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=944.6487;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.821;QD=18.74;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=2.345;SB=-7.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:50,49:99:99:1897,265,0 chrII 460271 . T TC 1792.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.508;DP=100;FS=1.900;HaplotypeScore=948.4467;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.98;MQ0=0;MQRankSum=-2.486;QD=17.93;ReadPosRankSum=3.305;SB=-6.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:51,49:100:99:1835,154,0 chrII 460752 . G GA 1195.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.868;DP=111;FS=1.085;HaplotypeScore=156.8853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.687;QD=10.77;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=2.024;SB=-1.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,47:111:99:1235,0,1469 chrII 460889 . G GT 1055.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.970;DP=123;FS=8.675;HaplotypeScore=150.3696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.98;MQ0=0;MQRankSum=0.283;QD=8.59;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=-1.940;SB=-4.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,55:123:99:1095,0,1149 chrII 462721 . G GA 709.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.491;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=108.1837;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.810;QD=9.34;RPA=5,6;RU=A;ReadPosRankSum=-0.233;SB=-1.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,35:76:99:749,0,641 chrII 464190 . TTGCGCC T 755.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.781;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=301.1175;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.55;MQ0=0;MQRankSum=0.980;QD=18.44;ReadPosRankSum=-0.548;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,27:39:99:795,0,490 chrII 465779 . A AT 144.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.266;DP=23;FS=1.829;HaplotypeScore=20.3875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.06;MQ0=0;MQRankSum=0.449;QD=6.30;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.367;SB=-6.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,11:23:99:184,0,144 chrII 466942 . G GA 205.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.782;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=36.0232;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.318;QD=7.63;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=1.588;SB=-8.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,12:27:99:245,0,227 chrII 467073 . CT C 206.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.941;DP=57;FS=1.146;HaplotypeScore=33.2751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.144;QD=3.63;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.782;SB=-9.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,17:57:99:246,0,582 chrII 474313 . CAT C 919.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.219;DP=104;FS=1.240;HaplotypeScore=360.1090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.696;QD=8.85;RPA=6,5;RU=AT;ReadPosRankSum=1.298;SB=-1.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,35:104:99:959,0,1046 chrII 477015 . G GT 3786 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=236;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=840.3329;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.95;MQ0=0;QD=16.04;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.466e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:146,89:236:99:3786,541,0 chrII 477019 . T TA 3669 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-4.324;DP=231;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=819.6906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=3.797;QD=15.88;ReadPosRankSum=5.748;SB=-1.696e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:106,114:231:99:3669,120,0 chrII 477089 . GTATATATATA G 8884 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=253.5842;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.36;MQ0=0;QD=64.38;RPA=10,5;RU=TA;SB=-2.406e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:57,79:138:99:8884,244,0 chrII 477508 . A AT 841 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.499;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=80.4896;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.78;MQ0=0;MQRankSum=0.767;QD=12.74;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.059;SB=-4.187e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,43:66:23:883,23,0 chrII 477609 . GT G 1140.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.008;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=145.4996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.61;MQ0=0;MQRankSum=0.113;QD=8.84;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=-1.623;SB=-1.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,69:129:99:1180,0,826 chrII 479153 . AG A 1662.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=193.4072;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.67;MQ0=0;QD=22.78;RPA=7,6;RU=G;SB=-4.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,71:73:99:1705,186,0 chrII 479272 . CA C 108.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.890;DP=30;FS=3.979;HaplotypeScore=92.3020;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.964;QD=3.63;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.964;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,9:30:99:148,0,114 chrII 486940 . T TG 593.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.749;DP=75;FS=8.698;HaplotypeScore=352.8496;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.564;QD=7.92;RPA=4,5;RU=G;ReadPosRankSum=0.446;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,27:75:99:633,0,933 chrII 487048 . T TA 102.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.268;DP=42;FS=1.932;HaplotypeScore=93.4476;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.021;QD=2.45;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.599;SB=-5.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,12:42:99:142,0,281 chrII 488455 . GA G 797.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6328;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.78;MQ0=0;QD=31.92;SB=-4.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:25:69:840,69,0 chrII 488698 . GA G 61.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.186;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=41.1470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.45;MQ0=0;MQRankSum=-2.359;QD=4.77;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=0.825;SB=-2.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,5:13:99:101,0,126 chrII 490686 . A AGGGGCCTTCCGTCCACGGCAC 2827.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=28.8184;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.23;MQ0=0;QD=166.35;SB=-4.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,6:17:48:2870,48,0 chrII 491216 . C CA 606.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.142;DP=126;FS=0.938;HaplotypeScore=206.0852;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.594;QD=4.82;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.054;SB=-1.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,40:126:99:646,0,1150 chrII 492950 . GA G 370.72 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.728;DP=112;FS=4.983;HaplotypeScore=99.0889;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=1.322;QD=3.31;RPA=19,18;RU=A;ReadPosRankSum=2.604;SB=-1.428e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,18:112:59:408,0,59 chrII 494315 . GA G 452.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.316;DP=74;FS=0.932;HaplotypeScore=40.3653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=0.772;QD=6.12;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.179;SB=-2.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,33:74:99:492,0,730 chrII 499336 . GA G 83.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.518;DP=23;FS=2.629;HaplotypeScore=29.8304;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.36;MQ0=0;MQRankSum=0.537;QD=3.65;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=2.023;SB=-3.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,11:23:99:123,0,205 chrII 499600 . ATAAATTTGGAGGCAGTCAATG A 2874.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.286;DP=36;FS=9.840;HaplotypeScore=73.0394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.43;MQ0=0;MQRankSum=-4.805;QD=79.86;ReadPosRankSum=0.019;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,14:36:99:2914,0,3552 chrII 501489 . GA G 792.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.752;DP=58;FS=9.721;HaplotypeScore=268.0924;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.24;MQ0=0;MQRankSum=5.237;QD=13.67;ReadPosRankSum=-2.259;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,26:58:32:832,0,32 chrII 501524 . C CAA 1481.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.131;DP=89;FS=7.207;HaplotypeScore=549.2946;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.69;MQ0=0;MQRankSum=-7.203;QD=16.65;RPA=1,3;RU=A;ReadPosRankSum=-0.382;SB=-7.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,41:89:99:1521,0,1393 chrII 504500 . A AG 836.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=11.1720;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.06;MQ0=0;QD=29.89;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:28:72:879,72,0 chrII 504673 . A AT 179.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.197;DP=32;FS=6.037;HaplotypeScore=75.1209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQ0=0;MQRankSum=0.943;QD=5.62;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.680;SB=-4.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,14:32:99:219,0,279 chrII 505510 . TCC T 1839.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=48.7383;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.37;MQ0=0;QD=31.72;RPA=3,1;RU=C;SB=-4.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,50:58:99:1882,138,0 chrII 515338 . C CTTT 1221.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.120;DP=75;FS=2.070;HaplotypeScore=186.6303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=-2.543;QD=16.29;RPA=3,6;RU=T;ReadPosRankSum=0.923;SB=-5.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,31:75:99:1261,0,1298 chrII 526700 . AG A 2387.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=385.1958;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.58;MQ0=0;QD=29.48;RPA=3,2;RU=G;SB=-1.081e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,73:81:99:2430,220,0 chrII 526831 . GA G 421.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.228;DP=93;FS=1.893;HaplotypeScore=58.9787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=0.758;QD=4.54;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.811;SB=-2.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,34:93:99:461,0,709 chrII 530863 . A AT 1839.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=22.6100;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.50;MQ0=0;QD=24.86;RPA=3,4;RU=T;SB=-3.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,69:74:99:1882,195,0 chrII 532340 . G GA 477.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.028;DP=74;FS=6.990;HaplotypeScore=46.2881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.41;MQ0=0;MQRankSum=1.065;QD=6.46;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=-0.312;SB=-2.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,27:74:99:517,0,677 chrII 532411 . GA G 2263.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=252.7294;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.50;MQ0=0;QD=25.73;RPA=5,4;RU=A;SB=-8.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,86:88:99:2306,255,0 chrII 533149 . G GA 1996.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.271;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=513.1760;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.92;MQ0=0;MQRankSum=0.805;QD=26.99;ReadPosRankSum=1.556;SB=-8.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,66:74:99:2039,199,0 chrII 533610 . C CCAGA 2185.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.046;DP=115;FS=1.917;HaplotypeScore=362.4639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.73;MQ0=0;MQRankSum=-2.717;QD=19.01;ReadPosRankSum=0.063;SB=-5.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,45:115:99:2225,0,3207 chrII 533611 . T TTA 1133.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.623;DP=115;FS=3.199;HaplotypeScore=466.7526;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.024;QD=9.86;ReadPosRankSum=0.541;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,45:115:99:1173,0,2454 chrII 535220 . TAA T 1438.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.528;DP=69;FS=5.200;HaplotypeScore=181.2909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.705;QD=20.85;RPA=4,2;RU=A;ReadPosRankSum=-0.029;SB=-6.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,39:69:99:1478,0,742 chrII 539767 . T TA 2429.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=124.0798;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;QD=21.89;RPA=5,6;RU=A;SB=-8.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,104:111:99:2472,282,0 chrII 541028 . G GACTTTATTTTC 1798.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.396;DP=56;FS=5.692;HaplotypeScore=299.2895;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.10;MQ0=0;MQRankSum=-3.950;QD=32.12;RPA=1,2;RU=ACTTTATTTTC;ReadPosRankSum=1.981;SB=-2.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,15:56:99:1838,0,2708 chrII 541062 . A ATCT 5491 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=880.9797;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.27;MQ0=0;QD=46.53;RPA=1,2;RU=TCT;SB=-1.660e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,112:118:99:5491,331,0 chrII 541068 . TC T 1833.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.564;DP=134;FS=4.798;HaplotypeScore=1394.2701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.34;MQ0=0;MQRankSum=-5.553;QD=13.69;ReadPosRankSum=0.373;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,65:134:99:1873,0,2063 chrII 541551 . ACTGTTACTGTAGTTATTG A 9103 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.507;DP=132;FS=7.153;HaplotypeScore=1588.9053;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.77;MQ0=0;MQRankSum=-4.409;QD=68.96;ReadPosRankSum=4.790;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,49:132:99:9103,0,8870 chrII 546130 . CT C 3671 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=770.6941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.97;MQ0=0;QD=31.92;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.683e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:115:99:3671,343,0 chrII 549616 . TG T 1030.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.021;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=121.1486;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=0.186;QD=12.13;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=-0.726;SB=-4.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,45:85:99:1070,0,958 chrII 553512 . G GA 309.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.889;DP=60;FS=7.031;HaplotypeScore=72.5153;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.684;QD=5.17;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.684;SB=-5.001e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,22:60:99:349,0,392 chrII 554707 . C CA 380.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.439;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=55.7892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-2.104;QD=4.95;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.782;SB=-1.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,25:77:99:420,0,628 chrII 555320 . C CT 177.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.592;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=39.1281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-2.620;QD=11.86;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=0.085;SB=-9.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,10:15:36:217,0,36 chrII 555345 . C CT 232.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=32.8611;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=25.89;RPA=1,2;RU=T;SB=-3.497e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,7:9:24:275,24,0 chrII 555566 . CT C 1172.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=242.9291;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.79;MQ0=0;QD=34.50;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:99:1215,99,0 chrII 555666 . T TC 685.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=68.1496;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.35;MQ0=0;QD=26.38;RPA=1,2;RU=C;SB=-2.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,23:26:66:728,66,0 chrII 556210 . GAT G 1714.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=131.8411;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.62;MQ0=0;QD=26.80;RPA=7,6;RU=AT;SB=-7.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,49:64:99:1757,156,0 chrII 558567 . T TC 1579.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=283.2539;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.70;MQ0=0;QD=31.60;SB=-7.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:50:99:1622,135,0 chrII 559930 . C CA 368.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.726;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=252.3830;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.680;QD=5.35;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.393;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,22:69:99:408,0,528 chrII 560006 . G GA 596.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.241;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=231.9207;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.97;MQ0=0;MQRankSum=-2.515;QD=9.48;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=-0.200;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,29:63:99:636,0,426 chrII 563010 . G GA 144.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=24.0382;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=10.29;RPA=2,3;RU=A;SB=-6.854e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,6:14:22:186,22,0 chrII 563134 . G GA 719.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.094;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=199.5016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.915;QD=10.43;ReadPosRankSum=0.766;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:69:99:759,0,600 chrII 572201 . CA C 579.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.030;DP=57;FS=1.178;HaplotypeScore=30.3096;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=1.490;QD=10.17;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.490;SB=-2.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,27:57:99:619,0,645 chrII 576030 . TAAAA T,TAAA 1203.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.511;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=119.9731;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.369;QD=27.36;RPA=16,12,15;RU=A;ReadPosRankSum=1.914;SB=-1.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:9,22,0:44:99:1282,156,425,954,0,888 chrII 581528 . C CA 456.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.659;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=279.7367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=1.924;QD=7.25;RPA=3,4;RU=A;ReadPosRankSum=-0.612;SB=-2.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,25:63:99:496,0,735 chrII 581553 . G GA 635.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.848;DP=94;FS=8.849;HaplotypeScore=324.3086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=1.449;QD=6.77;RPA=5,6;RU=A;ReadPosRankSum=-0.690;SB=-1.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,28:94:99:675,0,698 chrII 581631 . AGT A 1520.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.983;DP=117;FS=15.352;HaplotypeScore=215.3483;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.256;QD=13.00;RPA=2,1;RU=GT;ReadPosRankSum=0.391;SB=-6.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,53:117:99:1560,0,1907 chrII 583485 . AT ATT,A 925.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.398;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=472.5627;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.65;MQ0=0;MQRankSum=0.188;QD=11.87;RPA=11,12,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.942;SB=-7.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:26,0,31:77:99:1004,743,966,366,0,502 chrII 583527 . GTAAGATATCCTAAAAAACTAC G 4208 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.826;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=160.3176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.28;MQ0=0;MQRankSum=-4.280;QD=116.89;ReadPosRankSum=1.475;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,19:36:99:4208,0,3071 chrII 586331 . TA T 324.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.054;DP=65;FS=1.481;HaplotypeScore=88.6976;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.188;QD=5.00;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-2.093;SB=-1.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,19:65:99:364,0,198 chrII 586459 . G GA 595.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.446;DP=85;FS=2.942;HaplotypeScore=103.5560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.34;MQ0=0;MQRankSum=0.147;QD=7.01;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.809;SB=-3.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,38:85:99:635,0,698 chrII 589544 . AT A 91.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.740;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=74.2516;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.73;MQ0=0;MQRankSum=1.402;QD=3.17;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.334;SB=-5.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,11:29:99:131,0,216 chrII 591557 . CAAGAAAT C 1571.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.458;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=11.8564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.980;QD=38.34;ReadPosRankSum=0.928;SB=-6.500e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,19:41:99:1611,0,1955 chrII 592749 . AT A 610.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.253;DP=63;FS=6.180;HaplotypeScore=174.6779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.729;QD=9.70;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=1.496;SB=-2.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,25:63:99:650,0,903 chrII 593045 . G GA 201.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.341;DP=46;FS=4.982;HaplotypeScore=61.0835;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.006;QD=4.39;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.670;SB=-4.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,14:46:99:241,0,462 chrII 595459 . CCTTCGG C 1523.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.944;DP=40;FS=1.387;HaplotypeScore=166.5518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.109;QD=38.10;ReadPosRankSum=-1.109;SB=-6.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,19:40:99:1563,0,1295 chrII 595518 . T TA 1432.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=329.9918;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.93;MQ0=0;QD=30.49;RPA=1,2;RU=A;SB=-7.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,43:47:99:1475,126,0 chrII 595632 . G GA 317.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.065;DP=53;FS=11.416;HaplotypeScore=22.8888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=0.893;QD=6.00;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.173;SB=-1.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,21:53:99:357,0,482 chrII 597167 . T TA 592.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.814;DP=81;FS=6.220;HaplotypeScore=125.0996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.269;QD=7.32;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=1.809;SB=-4.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,35:81:99:632,0,863 chrII 603601 . CT C 579.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.230;DP=90;FS=3.228;HaplotypeScore=134.7187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.259;QD=6.44;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.755;SB=-2.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,39:90:99:619,0,601 chrII 605943 . AC A 923.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.629;DP=86;FS=5.000;HaplotypeScore=288.6310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.573;QD=10.74;RPA=3,2;RU=C;ReadPosRankSum=0.901;SB=-1.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,39:86:99:963,0,1167 chrII 607642 . GGA G 2304.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.295;DP=124;FS=8.564;HaplotypeScore=271.9752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=0.444;QD=18.59;RPA=2,1;RU=GA;ReadPosRankSum=-0.227;SB=-8.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,67:124:99:2344,0,1884 chrII 614429 . GTT G 1033.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.330;DP=71;FS=4.853;HaplotypeScore=158.1809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.827;QD=14.56;RPA=4,2;RU=T;ReadPosRankSum=0.114;SB=-4.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,31:71:99:1073,0,1175 chrII 615984 . GA G 221.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.342;DP=31;FS=1.657;HaplotypeScore=41.2501;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.244;QD=7.16;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.439;SB=-1.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,15:31:99:261,0,216 chrII 618749 . C CTCTA 646.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.135;DP=29;FS=3.427;HaplotypeScore=137.2894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.864;QD=22.31;RPA=1,2;RU=TCTA;ReadPosRankSum=2.390;SB=-1.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,13:29:99:686,0,849 chrII 618809 . T TA 832.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=122.6015;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.90;MQ0=0;QD=28.72;RPA=1,2;RU=A;SB=-3.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,26:29:75:875,75,0 chrII 620518 . G GA 1394.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.827;DP=102;FS=5.068;HaplotypeScore=575.6248;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.15;MQ0=0;MQRankSum=-2.829;QD=13.68;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=1.590;SB=-7.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,49:102:99:1434,0,1340 chrII 623274 . G GTTT 1831.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.692;DP=121;FS=6.662;HaplotypeScore=346.6440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.85;MQ0=0;MQRankSum=0.143;QD=15.14;RPA=5,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.030;SB=-5.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,48:121:99:1871,0,1837 chrII 628361 . C CT 1524.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=147.0214;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.86;MQ0=0;QD=20.61;RPA=7,8;RU=T;SB=-3.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,62:74:99:1567,186,0 chrII 628886 . C CA 682.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=67.7137;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.34;MQ0=0;QD=21.34;RPA=5,6;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:84:725,84,0 chrII 642993 . CAA C 870.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=147.7679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.55;MQ0=0;QD=25.62;RPA=11,9;RU=A;SB=-2.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,30:34:84:913,84,0 chrII 643272 . T TC 2433.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=20.8475;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.60;MQ0=0;QD=31.20;RPA=2,3;RU=C;SB=-5.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,77:78:99:2476,229,0 chrII 644106 . TAGCGTTTTGCTACTAACAA T 12991 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=144.0504;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.10;MQ0=0;QD=124.91;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,96:104:99:12991,286,0 chrII 645989 . AG A 1472.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=16.2886;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.09;MQ0=0;QD=28.33;RPA=2,1;RU=G;SB=-2.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,50:52:99:1515,145,0 chrII 647590 . AT A 1947.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.602;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=92.2816;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.164;QD=13.82;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.784;SB=-4.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,99:141:99:1990,257,0 chrII 649337 . TCAGCAG T 2275.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=21.7157;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.61;MQ0=0;QD=56.90;RPA=9,7;RU=CAG;SB=-1.109e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,34:40:99:2318,108,0 chrII 650247 . GACAC G 2513.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=36.2894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=64.36;MQ0=0;QD=26.19;RPA=7,5;RU=AC;SB=-1.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,80:96:99:2556,183,0 chrII 653039 . C CAA 1478.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.493;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=125.5573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=0.060;QD=22.06;RPA=11,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.777;SB=-4.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,46:67:99:1520,125,0 chrII 653233 . AT A 2522.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.019;DP=117;FS=5.120;HaplotypeScore=372.2449;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.287;QD=21.56;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=3.995;SB=-9.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,108:117:99:2565,273,0 chrII 655555 . G GAA 3835 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=161.3685;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.98;MQ0=0;QD=36.52;RPA=3,5;RU=A;SB=-1.402e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,100:105:99:3835,295,0 chrII 662564 . T TA 1220.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.684;DP=71;FS=6.151;HaplotypeScore=114.8201;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=1.551;QD=17.20;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.117;SB=-6.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,55:71:99:1263,113,0 chrII 662601 . GA G 1998.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.659;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=160.9707;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.128;QD=19.22;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.346;SB=-3.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,92:104:99:2041,257,0 chrII 673346 . A AT 182.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.966;DP=44;FS=2.618;HaplotypeScore=249.0895;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.83;MQ0=0;MQRankSum=0.387;QD=4.16;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.529;SB=-3.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,14:44:99:222,0,356 chrII 675258 . TG T 1736.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.247;DP=145;FS=6.382;HaplotypeScore=801.6836;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.35;MQ0=0;MQRankSum=1.353;QD=11.98;ReadPosRankSum=-0.693;SB=-8.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,61:145:99:1776,0,2342 chrII 676249 . CT C 508.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.466;DP=107;FS=5.397;HaplotypeScore=81.6547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=2.091;QD=4.76;RPA=8,7;RU=T;ReadPosRankSum=0.274;SB=-1.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,36:107:99:548,0,977 chrII 679522 . G GA 2945.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=241.7117;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.37;MQ0=0;QD=26.78;RPA=3,4;RU=A;SB=-8.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,106:110:99:2988,306,0 chrII 680339 . TAA T 1191.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.512;DP=69;FS=3.745;HaplotypeScore=145.5085;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.781;QD=17.27;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.804;SB=-5.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,37:69:99:1234,113,0 chrII 681870 . T TA 603.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.627;DP=89;FS=3.292;HaplotypeScore=32.0113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.18;MQ0=0;MQRankSum=0.143;QD=6.79;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.076;SB=-2.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,38:89:99:643,0,559 chrII 681991 . C CA 263.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.854;DP=37;FS=2.750;HaplotypeScore=52.8063;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=1.055;QD=7.11;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=0.251;SB=-1.149e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,10:37:20:305,20,0 chrII 682041 . GT G 131.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.837;DP=29;FS=3.925;HaplotypeScore=27.4032;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=0.093;QD=4.55;RPA=8,7;RU=T;ReadPosRankSum=0.775;SB=-2.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,10:29:99:171,0,257 chrII 684840 . A AT 303.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.373;DP=71;FS=4.536;HaplotypeScore=205.2783;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.409;QD=4.28;RPA=14,15;RU=T;ReadPosRankSum=-0.053;SB=-3.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,22:71:99:343,0,111 chrII 685360 . GA G 4022 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=172;FS=0.000;HaplotypeScore=154.4340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.09;MQ0=0;QD=23.38;RPA=7,6;RU=A;SB=-9.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,168:172:99:4022,488,0 chrII 686696 . C CT 543.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.454;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=121.5489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.775;QD=8.12;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=0.241;SB=-1.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,25:67:99:583,0,465 chrII 694611 . T TA 102.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.566;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.708;QD=5.42;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-1.106;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,9:19:29:142,0,29 chrII 694777 . T TA 204.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=9.0950;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=20.50;RPA=9,10;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30:247,30,0 chrII 698052 . CA C 1124.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=234.8674;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.09;MQ0=0;MQRankSum=1.591;QD=21.23;RPA=7,6;RU=A;ReadPosRankSum=0.672;SB=-5.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,43:53:99:1167,142,0 chrII 698075 . GA G 528.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.367;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=302.6497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.59;MQ0=0;MQRankSum=0.673;QD=8.81;RPA=17,16;RU=A;ReadPosRankSum=1.590;SB=-1.303e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,28:60:13:570,13,0 chrII 698343 . GA G 1683.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=90;FS=5.586;HaplotypeScore=42.3531;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=1.459;QD=18.71;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.957;SB=-4.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,80:90:99:1726,210,0 chrII 704567 . GT G 291.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.369;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=176.5925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.449;QD=6.21;RPA=7,6;RU=T;ReadPosRankSum=-0.449;SB=-1.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,18:47:99:331,0,452 chrII 707509 . CA C 507.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.300;DP=70;FS=0.979;HaplotypeScore=64.5775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=1.945;QD=7.26;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=0.894;SB=-2.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,28:70:99:547,0,785 chrII 720641 . C CT 321.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.706;DP=92;FS=1.088;HaplotypeScore=46.2483;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.806;QD=3.50;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.196;SB=-1.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,31:92:99:361,0,447 chrII 722349 . GT G 1066.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.982;DP=115;FS=5.589;HaplotypeScore=36.8108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.095;QD=9.28;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=-0.127;SB=-2.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,53:115:99:1106,0,1372 chrII 728454 . G GA 911.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.484;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=107.6020;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=0.396;QD=8.77;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=-0.004;SB=-4.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,49:104:99:951,0,844 chrII 732523 . AT A 362.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.476;DP=68;FS=7.502;HaplotypeScore=94.0408;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.649;QD=5.34;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.582;SB=-1.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,30:68:99:402,0,502 chrII 734729 . CT C 1676.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.033;DP=229;FS=7.805;HaplotypeScore=233.2158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=1.890;QD=7.32;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=-1.963;SB=-7.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:140,89:229:99:1716,0,2810 chrII 738469 . C CA 511.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.722;DP=81;FS=13.231;HaplotypeScore=37.1601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.664;QD=6.32;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.407;SB=-2.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,33:81:99:551,0,653 chrII 744718 . GT G 1294.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.804;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=41.8217;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.542;QD=16.39;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.702;SB=-4.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,69:79:99:1337,147,0 chrII 746362 . CATCTGCA C 2928.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=19.6840;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.93;MQ0=0;QD=63.67;RPA=2,1;RU=ATCTGCA;SB=-9.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,38:46:99:2971,108,0 chrII 747841 . GT G 2054.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=27.0950;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.20;MQ0=0;QD=28.94;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,64:71:99:2097,184,0 chrII 751216 . CA C 517.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.579;DP=42;FS=2.121;HaplotypeScore=76.1944;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=1.154;QD=12.33;RPA=15,14;RU=A;ReadPosRankSum=-1.397;SB=-2.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,29:42:40:560,40,0 chrII 757162 . AAT A 2621.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.253;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=58.0869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.521;QD=20.98;RPA=8,7;RU=AT;ReadPosRankSum=0.380;SB=-1.175e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,83:125:99:2664,209,0 chrII 768017 . CG C 2300.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=208.5562;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.18;MQ0=0;QD=29.88;RPA=3,2;RU=G;SB=-8.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,74:77:99:2343,217,0 chrII 768073 . A AT 2435.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=136.2239;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.24;MQ0=0;QD=25.37;RPA=4,5;RU=T;SB=-8.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,82:96:99:2478,264,0 chrII 768183 . TA T 2259.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=769.9251;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.68;MQ0=0;QD=20.36;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.057e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,97:111:99:2302,279,0 chrII 773703 . C CAA 1573.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.931;DP=76;FS=9.001;HaplotypeScore=30.5486;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=2;MQRankSum=1.766;QD=20.70;RPA=10,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.741;SB=-6.754e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,52:74:99:1615,129,0 chrII 774669 . CAAA C 354.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=22.0291;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.86;MQ0=0;QD=11.45;RPA=16,13;RU=A;SB=-6.999e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,9:31:35:397,35,0 chrII 777906 . A AT 254.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.589;DP=99;FS=2.473;HaplotypeScore=69.6820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.405;QD=2.58;RPA=15,16;RU=T;ReadPosRankSum=-1.252;SB=-1.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,16:99:99:294,0,362 chrII 780362 . G GCAA 1709.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=62;FS=9.445;HaplotypeScore=48.8002;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.01;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=27.58;RPA=6,7;RU=CAA;ReadPosRankSum=0.945;SB=-1.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,41:62:92:1752,92,0 chrII 785659 . G GA 1338.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=21.0815;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.10;MQ0=0;QD=27.89;RPA=2,3;RU=A;SB=-6.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,46:48:99:1381,132,0 chrII 795827 . TGATCCTGACGTTCGAAAAGCCCTTGAACAAG T 4740 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=49.9387;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.41;MQ0=0;QD=67.71;SB=-1.864e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,48:70:99:4740,104,0 chrII 802300 . TAA T,TA 2631.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=578.3582;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.26;MQ0=0;QD=17.90;RPA=10,8,9;RU=A;SB=-5.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:17,71,0:147:99:2710,901,811,1424,0,1144 chrII 808334 . C CA 2910.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=68.8521;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.80;MQ0=0;QD=18.42;RPA=8,9;RU=A;SB=-1.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,139:158:99:2953,383,0 chrII 809468 . G GAA,GA 2020.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.660;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=507.7442;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=38.87;MQ0=2;MQRankSum=-1.297;QD=13.65;RPA=14,16,15;RU=A;ReadPosRankSum=0.210;SB=-8.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:87,29,18:145:99:2099,508,456,930,0,715 chrIII 433 . CT C 94.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.186;DP=15;FS=12.175;HaplotypeScore=224.4551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.12;MQ0=1;MQRankSum=-0.143;QD=6.33;ReadPosRankSum=0.143;SB=-5.972e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,5:11:99:134,0,133 chrIII 507 . CACCA C 661.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.105;DP=30;FS=2.793;HaplotypeScore=340.3909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.68;MQ0=0;MQRankSum=0.301;QD=22.07;ReadPosRankSum=-1.837;SB=-2.001e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,16:23:99:701,0,195 chrIII 677 . TA T 577.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.312;DP=71;FS=9.767;HaplotypeScore=1040.3590;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.17;MQ0=3;MQRankSum=-0.394;QD=8.14;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=-0.426;SB=-5.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,21:57:99:617,0,843 chrIII 716 . TTC T 590.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.955;DP=71;FS=2.648;HaplotypeScore=1264.6575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.41;MQ0=1;MQRankSum=1.990;QD=8.32;ReadPosRankSum=-2.180;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,18:61:99:630,0,887 chrIII 757 . A AC 1469.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.542;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=1004.9740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.74;MQ0=1;MQRankSum=-0.463;QD=17.09;ReadPosRankSum=-0.587;SB=-7.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,72:58:99:1509,0,198 chrIII 761 . CA C 289.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.727;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=1068.3865;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.46;MQ0=1;MQRankSum=1.939;QD=3.37;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.222;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,20:57:99:329,0,1014 chrIII 806 . C CTA 1647.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.116;DP=163;FS=0.000;HaplotypeScore=949.4664;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.32;MQ0=10;MQRankSum=-0.531;QD=10.11;ReadPosRankSum=0.350;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,81:94:99:1687,0,1609 chrIII 1102 . G GA 651.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.226;DP=171;DS;FS=208.264;HaplotypeScore=973.9600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.12;MQ0=18;MQRankSum=-0.798;QD=3.81;ReadPosRankSum=1.901;SB=-3.011e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:136,28:86:99:691,0,1614 chrIII 5998 . CT C 879.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=130.2227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.22;MQ0=6;QD=19.13;RPA=7,6;RU=T;SB=-4.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,44:38:99:922,108,0 chrIII 9181 . A AT 94.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.003;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=18.1787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.17;MQ0=0;MQRankSum=0.540;QD=4.52;RPA=15,16;RU=T;ReadPosRankSum=0.077;SB=-2.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,8:20:50:134,0,50 chrIII 22174 . G GT 560.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.693;DP=74;FS=0.950;HaplotypeScore=115.6995;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQ0=0;MQRankSum=1.616;QD=7.58;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.024;SB=-2.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,30:74:99:600,0,702 chrIII 22370 . A ATG 1038.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.156;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=86.6476;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.260;QD=8.25;RPA=5,6;RU=TG;ReadPosRankSum=0.649;SB=-4.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,41:126:99:1078,0,1899 chrIII 23504 . G GA 715.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.143;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=69.1239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.38;MQ0=0;MQRankSum=0.380;QD=7.62;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.389;SB=-2.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,42:94:99:755,0,737 chrIII 23991 . A AT 384.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.722;DP=48;FS=4.260;HaplotypeScore=69.0408;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=1.589;QD=8.02;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.011;SB=-1.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,12:48:46:427,46,0 chrIII 27364 . C CTTTCT 3797 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-9.045;DP=157;FS=10.686;HaplotypeScore=233.2838;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.72;MQ0=0;MQRankSum=1.882;QD=24.18;RPA=2,3;RU=TTTCT;ReadPosRankSum=0.786;SB=-1.111e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,64:156:99:3797,0,3131 chrIII 29458 . ATTTGTTTATTTAT A 1086.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.942;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=67.0635;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.52;MQ0=0;MQRankSum=-2.900;QD=33.97;ReadPosRankSum=2.646;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,14:32:99:1126,0,1433 chrIII 29631 . C CTT 426.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.112;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=103.9190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.861;QD=12.94;RPA=3,5;RU=T;ReadPosRankSum=-0.345;SB=-3.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,14:33:99:466,0,473 chrIII 30781 . CT C 253.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.056;DP=57;FS=4.717;HaplotypeScore=46.2989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.758;QD=4.46;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.081;SB=-1.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,17:57:99:293,0,379 chrIII 31164 . G GTA 1464.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.263;DP=125;FS=3.877;HaplotypeScore=276.7494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.77;MQ0=0;MQRankSum=-3.907;QD=11.72;RPA=3,4;RU=TA;ReadPosRankSum=-0.284;SB=-5.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,52:125:99:1504,0,1494 chrIII 39640 . C CG 1316.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.016;DP=108;FS=9.298;HaplotypeScore=37.5625;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.344;QD=12.19;RPA=5,6;RU=G;ReadPosRankSum=0.138;SB=-5.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,56:108:99:1356,0,1127 chrIII 44541 . GAA G 167.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.248;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=98.8334;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=1.914;QD=3.00;RPA=20,18;RU=A;ReadPosRankSum=0.142;SB=-1.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,7:56:99:207,0,282 chrIII 48582 . A AT 885.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.883;DP=84;FS=3.055;HaplotypeScore=75.5540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.827;QD=10.55;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.430;SB=-4.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,44:84:99:925,0,660 chrIII 50587 . G GA 84.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.608;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=41.6198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.892;QD=5.00;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=1.468;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,6:17:90:124,0,90 chrIII 52436 . TATAC T 2017.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.372;DP=105;FS=4.181;HaplotypeScore=253.2888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.04;MQ0=0;MQRankSum=-4.516;QD=19.22;RPA=2,1;RU=ATAC;ReadPosRankSum=-0.166;SB=-4.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,47:105:99:2057,0,2816 chrIII 54924 . CA C 1403.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.045;DP=116;FS=6.964;HaplotypeScore=76.9255;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.149;QD=12.10;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.398;SB=-6.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,71:116:98:1446,98,0 chrIII 55695 . GATGCTA G 2096.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=66.5653;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.60;MQ0=0;QD=69.90;SB=-9.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,26:30:78:2139,78,0 chrIII 63401 . CG C 474.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.251;DP=45;FS=6.142;HaplotypeScore=96.5496;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.20;MQ0=0;MQRankSum=-2.405;QD=10.55;ReadPosRankSum=-1.549;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,23:45:99:514,0,637 chrIII 70635 . TCAAGGTCAAGGA T 1983.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.706;DP=35;FS=8.930;HaplotypeScore=11.9709;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.07;MQ0=0;MQRankSum=-2.738;QD=56.68;ReadPosRankSum=1.666;SB=-9.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,21:35:99:2023,0,1007 chrIII 71752 . CT C 844.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;DP=84;FS=0.872;HaplotypeScore=25.8926;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=1.675;QD=10.06;RPA=6,5;RU=T;ReadPosRankSum=2.675;SB=-4.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,38:84:99:884,0,695 chrIII 76009 . CT C 725.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.416;DP=117;FS=5.947;HaplotypeScore=47.2912;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQ0=0;MQRankSum=0.745;QD=6.20;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.033;SB=-1.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,49:117:99:765,0,550 chrIII 78480 . CT C 976.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.808;DP=63;FS=3.745;HaplotypeScore=43.6292;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=0.962;QD=15.51;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.654;SB=-3.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,49:63:99:1019,109,0 chrIII 78524 . CA C 553.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.025;DP=65;FS=1.075;HaplotypeScore=84.4141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=1.196;QD=8.52;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.212;SB=-2.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:65:99:593,0,446 chrIII 78799 . A AT 1577.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.086;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=53.1783;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.36;MQ0=0;MQRankSum=1.114;QD=15.32;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.696;SB=-5.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,72:103:99:1620,166,0 chrIII 82451 . GAA G 363.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0150;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.83;MQ0=0;QD=28.00;RPA=10,8;RU=A;SB=-3.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:36:406,36,0 chrIII 82699 . C CTATTCA,CTATT 1149.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=267.4607;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=37.34;MQ0=1;QD=52.27;SB=-4.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:2,2,18:21:99:1228,570,514,269,0,212 chrIII 83035 . CAAGT C 512.18 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.003;DP=14;FS=7.404;HaplotypeScore=184.8093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.34;MQ0=0;MQRankSum=-2.239;QD=36.58;ReadPosRankSum=2.003;SB=-2.248e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,12:12:10:551,0,10 chrIII 84122 . T TAC 352.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.041;DP=32;FS=18.195;HaplotypeScore=460.1962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.36;MQ0=10;MQRankSum=-0.322;QD=11.03;ReadPosRankSum=-0.107;SB=-3.002e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,10:12:54:392,0,54 chrIII 84172 . TC T 675.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=1021.6646;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.92;MQ0=6;QD=16.90;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,26:27:76:718,76,0 chrIII 84175 . A AG 703.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=967.2457;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.08;MQ0=6;QD=18.53;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,26:26:76:746,76,0 chrIII 84218 . AT A 865.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=794.5881;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.50;MQ0=0;QD=32.07;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,25:26:72:908,72,0 chrIII 84398 . TC T 145 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=276.9792;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=12.98;MQ0=12;QD=2.50;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:49,9:9:23:187,23,0 chrIII 84401 . A AG 153 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=305.1536;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=12.98;MQ0=12;QD=2.64;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:48,9:9:23:195,23,0 chrIII 84444 . AT A 1253.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=654.5423;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.75;MQ0=9;QD=18.72;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,35:35:99:1296,102,0 chrIII 84527 . A AT 415.37 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.504;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=428.4825;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.31;MQ0=1;MQRankSum=1.273;QD=15.38;ReadPosRankSum=-1.042;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,14:15:13:457,13,0 chrIII 84530 . TC T 368.75 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.504;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=432.9877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.31;MQ0=1;MQRankSum=0.579;QD=13.66;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=-1.042;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,14:15:10:410,10,0 chrIII 84553 . A AG 387.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.917;DP=32;FS=8.451;HaplotypeScore=656.4449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.33;MQ0=1;MQRankSum=-1.369;QD=12.12;ReadPosRankSum=0.274;SB=1.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,10:21:36:427,0,36 chrIII 84626 . ATATG A 436.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=34.0968;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.79;MQ0=0;QD=54.50;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,7:7:21:478,21,0 chrIII 90696 . A AT 498.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.578;DP=56;FS=12.553;HaplotypeScore=89.4639;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=14.98;MQ0=31;MQRankSum=1.542;QD=8.89;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=0.193;SB=-1.363e-01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,25:19:18:540,18,0 chrIII 90975 . A AT 555.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.693;DP=68;FS=35.720;HaplotypeScore=206.7569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.97;MQ0=0;MQRankSum=-3.727;QD=8.18;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.417;SB=-2.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:68:99:595,0,503 chrIII 90983 . C CT 1079.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.701;DP=69;FS=35.491;HaplotypeScore=158.0107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.73;MQ0=0;MQRankSum=-3.410;QD=15.65;ReadPosRankSum=-0.354;SB=-4.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,33:69:99:1119,0,820 chrIII 92744 . TAA T 2036.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.804;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=163.5613;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=0.258;QD=26.80;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.621;SB=-5.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,66:76:99:2079,190,0 chrIII 94503 . AAT A 948.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=137.1187;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.97;MQ0=0;QD=25.65;RPA=4,3;RU=AT;SB=-4.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,32:37:81:991,81,0 chrIII 95842 . C CT 759.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.716;DP=96;FS=5.652;HaplotypeScore=191.7140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=0.434;QD=7.92;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=-0.740;SB=-2.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,41:96:99:799,0,1028 chrIII 101203 . A ATT 826.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.336;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=212.7677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.913;QD=10.08;RPA=10,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.022;SB=-3.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,31:82:99:866,0,925 chrIII 104471 . C CAA,CA 688.49 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.030;DP=38;FS=3.043;HaplotypeScore=119.9251;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=47.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.817;QD=18.12;RPA=4,6,5;RU=A;ReadPosRankSum=0.746;SB=-3.645e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:10,14,14:38:37:764,110,37,319,0,243 chrIII 105664 . T TGTTTTCG 7437 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=132.8146;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.97;MQ0=0;QD=78.28;SB=-1.519e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,61:95:99:7437,259,0 chrIII 109951 . C CAAA 1170.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.311;DP=59;FS=1.005;HaplotypeScore=32.1896;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=0.600;QD=19.85;RPA=3,6;RU=A;ReadPosRankSum=-0.099;SB=-4.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:59:99:1210,0,1273 chrIII 114186 . CT C 352.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.826;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=89.8026;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.47;MQ0=0;MQRankSum=-2.386;QD=9.80;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=-1.694;SB=-2.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,15:36:99:392,0,568 chrIII 114918 . AT A 1679.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.650;DP=125;FS=10.025;HaplotypeScore=99.0932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.058;QD=13.44;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=0.634;SB=-3.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,65:125:99:1719,0,1393 chrIII 115204 . A AT 884.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.684;DP=106;FS=1.761;HaplotypeScore=149.2068;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=1.236;QD=8.35;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.948;SB=-3.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,45:106:99:924,0,817 chrIII 115548 . A AAT 1060.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.539;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=46.9468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=0.103;QD=11.79;RPA=4,5;RU=AT;ReadPosRankSum=0.795;SB=-4.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,44:90:99:1100,0,1055 chrIII 118841 . TA T 1028.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.655;DP=130;FS=3.463;HaplotypeScore=64.7359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.173;QD=7.92;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=-1.340;SB=-3.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,59:130:99:1068,0,1103 chrIII 123478 . C CA 172.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.043;DP=39;FS=9.918;HaplotypeScore=44.9638;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.699;QD=4.44;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.360;SB=-8.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,14:39:99:212,0,338 chrIII 126767 . A AG 1326.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.971;DP=92;FS=0.806;HaplotypeScore=120.0303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=0.301;QD=14.42;ReadPosRankSum=0.310;SB=-6.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,44:92:99:1366,0,1343 chrIII 127172 . T TACCC 1531.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.460;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=20.9828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.502;QD=22.87;ReadPosRankSum=-0.134;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,28:67:99:1571,0,1845 chrIII 127804 . CT C 19.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.036;DP=18;FS=6.990;HaplotypeScore=8.8089;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.365;QD=1.06;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.036;SB=-7.927e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,6:18:58:58,0,112 chrIII 130489 . TA T 484.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=103.0565;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=12.76;RPA=11,10;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,27:38:69:527,69,0 chrIII 130514 . TA T 64.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.106;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=92.6451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.164;QD=2.41;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.106;SB=-3.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,9:27:99:104,0,171 chrIII 130632 . A AAG 598.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.067;DP=56;FS=3.522;HaplotypeScore=15.3905;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=0.011;QD=10.70;RPA=2,3;RU=AG;ReadPosRankSum=-1.587;SB=-4.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,19:56:99:638,0,826 chrIII 131879 . T TA 1131.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.586;DP=79;FS=3.577;HaplotypeScore=128.4393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=1.467;QD=14.33;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=0.993;SB=-2.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,49:79:99:1171,0,575 chrIII 142547 . A AT 365.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.840;DP=57;FS=6.254;HaplotypeScore=143.3353;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.769;QD=6.42;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-1.476;SB=-1.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,22:57:99:405,0,530 chrIII 142564 . GA G 160.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.216;DP=50;FS=7.200;HaplotypeScore=156.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-2.521;QD=3.22;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.574;SB=-3.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,12:50:99:200,0,569 chrIII 148171 . G GAA 1093.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.433;DP=153;FS=1.737;HaplotypeScore=70.6495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.040;QD=7.15;RPA=10,12;RU=A;ReadPosRankSum=-1.789;SB=-2.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:105,33:153:99:1133,0,2005 chrIII 148278 . C CT 612.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.840;DP=67;FS=1.202;HaplotypeScore=28.4821;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=0.959;QD=9.15;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.452;SB=-1.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,31:67:99:652,0,335 chrIII 151108 . A AG 2421.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=19.6295;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.32;MQ0=0;QD=35.62;SB=-5.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:68:99:2464,196,0 chrIII 151547 . TATCAA T 401.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.302;DP=42;FS=97.901;HaplotypeScore=212.8426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.07;MQ0=0;MQRankSum=-2.179;QD=9.57;ReadPosRankSum=0.709;SB=4.637e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,15:42:99:441,0,1986 chrIII 151591 . TA T 308.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.517;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=481.8108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.05;MQ0=7;MQRankSum=-0.222;QD=4.35;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=1.628;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,20:57:99:348,0,1293 chrIII 155823 . TA T 398.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.141;DP=35;FS=3.038;HaplotypeScore=8.5707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.140;QD=11.40;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=0.460;SB=-5.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,20:35:99:438,0,296 chrIII 162712 . TA T 112.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.162;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=31.5731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.570;QD=2.40;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.204;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,14:47:99:152,0,394 chrIII 163163 . G GA 683.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.874;DP=89;FS=1.310;HaplotypeScore=44.2775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.492;QD=7.69;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.344;SB=-1.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,38:89:99:723,0,579 chrIII 163395 . GA G 659.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.858;DP=84;FS=4.857;HaplotypeScore=46.9913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.451;QD=7.86;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.494;SB=-2.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,40:84:99:699,0,478 chrIII 165437 . A AGTC 1532.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.297;DP=77;FS=2.311;HaplotypeScore=67.1352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.034;QD=19.91;ReadPosRankSum=0.394;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,32:77:99:1572,0,1756 chrIII 168615 . T TAA 454.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.154;DP=18;FS=39.329;HaplotypeScore=409.4793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.591;QD=25.28;ReadPosRankSum=2.366;SB=-3.010e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,13:18:99:494,0,188 chrIII 168619 . GAGAT G 716.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.154;DP=18;FS=39.329;HaplotypeScore=383.2569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.084;QD=39.83;ReadPosRankSum=2.760;SB=-3.010e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,13:18:99:756,0,266 chrIII 170234 . G GAA 709.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.016;DP=99;FS=9.673;HaplotypeScore=35.2598;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.830;QD=7.17;RPA=9,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.537;SB=-1.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,34:99:99:749,0,1085 chrIII 173551 . CT C 358.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.192;DP=44;FS=8.187;HaplotypeScore=66.6123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.280;QD=8.16;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.724;SB=-1.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:44:99:398,0,201 chrIII 177969 . GT G 463.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.003;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=38.9297;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.330;QD=5.39;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.817;SB=-2.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,35:86:99:503,0,764 chrIII 178453 . C CA 568.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.080;DP=68;FS=1.169;HaplotypeScore=100.9185;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.713;QD=8.37;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.617;SB=-1.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,27:68:99:608,0,416 chrIII 178604 . T TAG 1559.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.590;DP=106;FS=5.209;HaplotypeScore=36.1826;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.892;QD=14.72;RPA=2,3;RU=AG;ReadPosRankSum=-0.771;SB=-6.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,48:106:99:1599,0,1592 chrIII 179498 . C CAA 1360.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.286;DP=111;FS=0.750;HaplotypeScore=54.6074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.442;QD=12.26;RPA=9,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.020;SB=-6.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,47:111:99:1400,0,1306 chrIII 197460 . G GTAAAAGATTACATCTGA 18145 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=177;FS=0.000;HaplotypeScore=354.8725;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.23;MQ0=0;QD=102.51;SB=-8.422e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:72,93:177:99:18145,394,0 chrIII 199495 . AAT A 406.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.860;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=10.7057;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.12;MQ0=19;MQRankSum=-0.305;QD=9.04;RPA=8,7;RU=AT;ReadPosRankSum=0.416;SB=-9.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,14:26:99:446,0,292 chrIII 204418 . TCTTCCC T 3295 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=135.9491;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.14;MQ0=1;QD=54.02;SB=-1.434e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,39:60:99:3295,147,0 chrIII 204421 . TCCCCTT T 3295 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=128.2332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.04;MQ0=1;QD=55.85;SB=-1.434e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,0:58:99:3295,147,0 chrIII 204426 . TTCC T 1005.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.543;DP=55;FS=19.916;HaplotypeScore=337.0796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.26;MQ0=1;MQRankSum=0.168;QD=18.29;ReadPosRankSum=4.196;SB=-4.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,16:54:53:1045,0,53 chrIII 205530 . A AT 2266.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=94.6123;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.93;MQ0=0;QD=28.34;RPA=3,4;RU=T;SB=-4.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,77:80:99:2309,231,0 chrIII 205674 . CTT C 1383.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.443;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=202.6602;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=1.410;QD=26.61;RPA=12,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.927;SB=-1.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,42:52:99:1426,126,0 chrIII 205893 . TA T 137.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.423;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7270;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.26;MQ0=0;MQRankSum=0.847;QD=8.62;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=-0.741;SB=-6.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,9:16:99:177,0,139 chrIII 208086 . TTGACA T 5501 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.435;DP=177;FS=3.837;HaplotypeScore=145.4771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.737;QD=31.08;RPA=2,1;RU=TGACA;ReadPosRankSum=-0.842;SB=-2.392e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,93:177:99:5501,0,3776 chrIII 209618 . G GT 457.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.792;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=22.6668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=0.114;QD=9.54;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-1.792;SB=-1.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,23:48:99:497,0,320 chrIII 210472 . ATTC A 180.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.325;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=58.9418;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.358;QD=6.70;RPA=5,4;RU=TTC;ReadPosRankSum=-0.234;SB=-7.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,7:27:99:220,0,514 chrIII 210517 . G GA 323.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.640;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=90.2039;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.06;MQ0=0;MQRankSum=0.187;QD=9.53;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=-0.769;SB=-9.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,16:34:99:363,0,300 chrIII 211722 . G GAA 137.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.179;DP=23;FS=3.802;HaplotypeScore=13.4861;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=0.762;QD=6.00;RPA=15,17;RU=A;ReadPosRankSum=-0.762;SB=-2.679e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,10:23:35:177,0,35 chrIII 212106 . ACT A 97.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.637;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=143.0771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.98;MQ0=0;MQRankSum=-2.637;QD=7.54;ReadPosRankSum=2.359;SB=-3.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,7:13:99:137,0,214 chrIII 212109 . GAAGGAGTGGAGTCGAC G 1027.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.793;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=49.7776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.98;MQ0=0;MQRankSum=-2.793;QD=79.07;ReadPosRankSum=2.141;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,7:13:99:1067,0,767 chrIII 216599 . GT G 5713 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=240;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=67.2584;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.92;MQ0=0;QD=23.80;RPA=7,6;RU=T;SB=-2.480e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,228:240:99:5713,668,0 chrIII 220216 . A ATT 488.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.897;DP=67;FS=5.393;HaplotypeScore=63.9947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.152;QD=7.30;RPA=11,13;RU=T;ReadPosRankSum=-1.093;SB=-1.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,21:67:99:528,0,744 chrIII 224261 . T TTC 966.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.240;DP=48;FS=4.491;HaplotypeScore=68.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.10;MQ0=0;MQRankSum=0.865;QD=20.15;ReadPosRankSum=-0.334;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,24:48:99:1006,0,548 chrIII 225348 . G GT 380.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.538;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=108.9400;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.728;QD=9.29;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=0.247;SB=-1.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,18:41:99:420,0,295 chrIII 227483 . C CT 179.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.248;DP=46;FS=5.284;HaplotypeScore=24.5941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=0.567;QD=3.91;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-2.268;SB=-9.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,13:46:99:219,0,357 chrIII 227860 . C CTG 582.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.798;DP=52;FS=2.628;HaplotypeScore=96.8339;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=0.443;QD=11.21;ReadPosRankSum=1.876;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,19:52:99:622,0,1121 chrIII 228049 . T TAA 1154.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.709;DP=66;FS=1.708;HaplotypeScore=90.6751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.158;QD=17.50;ReadPosRankSum=0.140;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,31:66:99:1194,0,827 chrIII 228226 . G GA 124.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.249;DP=28;FS=7.025;HaplotypeScore=17.6078;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.77;MQ0=0;MQRankSum=0.178;QD=4.46;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.675;SB=-4.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,10:28:99:164,0,222 chrIII 229272 . CAAA C 328.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.673;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=122.0338;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.409;QD=6.71;RPA=14,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.404;SB=-9.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,12:49:99:368,0,826 chrIII 231005 . CT C 94.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.228;DP=61;FS=3.630;HaplotypeScore=136.5916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.80;MQ0=0;MQRankSum=0.230;QD=1.56;RPA=19,18;RU=T;ReadPosRankSum=1.381;SB=-2.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,10:59:99:134,0,228 chrIII 234569 . A AATGAAG 584.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.265;DP=30;FS=2.077;HaplotypeScore=49.7878;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.353;QD=19.50;RPA=3,4;RU=ATGAAG;ReadPosRankSum=-0.265;SB=-2.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,8:30:99:624,0,586 chrIII 236789 . T TC 1365.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.032;DP=108;FS=6.138;HaplotypeScore=488.0659;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.321;QD=12.65;RPA=1,2;RU=C;ReadPosRankSum=-2.769;SB=-5.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:75,29:108:99:1408,119,0 chrIII 236804 . CTT C 2721.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.561;DP=110;FS=2.649;HaplotypeScore=348.5870;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.97;MQ0=0;MQRankSum=0.506;QD=24.75;RPA=12,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.574;SB=-1.001e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,85:110:99:2764,229,0 chrIII 242447 . ATT A,AT 1402.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.678;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=189.3074;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=1.227;QD=13.24;RPA=16,14,15;RU=T;ReadPosRankSum=2.913;SB=-1.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:32,40,1:106:99:1481,399,512,722,0,625 chrIII 247980 . GTATATATATATA G 1342.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.995;DP=56;FS=1.999;HaplotypeScore=86.3718;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.97;MQ0=0;MQRankSum=0.924;QD=23.98;RPA=11,5;RU=TA;ReadPosRankSum=2.061;SB=-5.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,19:56:64:1382,0,64 chrIII 248847 . G GTT 1344.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.299;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=156.0541;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.529;QD=14.94;RPA=5,7;RU=T;ReadPosRankSum=-1.407;SB=-6.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,46:90:99:1384,0,948 chrIII 249269 . CA C 1858.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.562;DP=144;FS=1.378;HaplotypeScore=676.2182;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.11;MQ0=0;MQRankSum=-4.774;QD=12.91;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=-1.134;SB=-9.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,74:144:99:1898,0,1579 chrIII 252736 . GA G 616.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.576;DP=73;FS=2.124;HaplotypeScore=54.2102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.021;QD=8.45;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.479;SB=-3.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,39:73:99:656,0,478 chrIII 258828 . GT G 956.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=133.3935;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.32;MQ0=0;QD=30.87;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:31:81:999,81,0 chrIII 259458 . GC G 730.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=66.1357;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.43;MQ0=0;QD=33.23;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:22:63:773,63,0 chrIII 262128 . GGAC G 357.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.215;DP=28;FS=3.628;HaplotypeScore=206.0295;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.12;MQ0=0;MQRankSum=-3.617;QD=12.78;ReadPosRankSum=1.006;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,7:28:99:397,0,632 chrIII 263350 . T TA 519.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.349;DP=88;FS=2.355;HaplotypeScore=170.1749;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.191;QD=5.91;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.007;SB=-1.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,26:88:99:559,0,708 chrIII 264215 . GGTGCTGGTGCTGCTTCTGCTGCTGCTT G 5607 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=69.4444;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.89;MQ0=0;QD=136.76;SB=-2.781e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:41:99:5607,114,0 chrIII 264555 . A AT 365.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.500;DP=64;FS=16.146;HaplotypeScore=75.9054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.15;MQ0=0;MQRankSum=0.316;QD=5.72;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.032;SB=-5.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,22:64:99:405,0,625 chrIII 266551 . CTGAAGAAGAAAT C 2917.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.270;DP=64;FS=4.539;HaplotypeScore=20.3801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.61;MQ0=0;MQRankSum=-4.924;QD=45.59;ReadPosRankSum=3.105;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,28:64:99:2957,0,2903 chrIII 268900 . TTCTATTTTGAGC T 1296.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.623;DP=41;FS=5.297;HaplotypeScore=102.8950;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.17;MQ0=0;MQRankSum=-3.261;QD=31.63;ReadPosRankSum=-0.503;SB=-5.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,12:41:99:1336,0,3101 chrIII 271474 . TTCA T 809.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.192;DP=56;FS=2.913;HaplotypeScore=42.6024;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.552;QD=14.46;RPA=9,8;RU=TCA;ReadPosRankSum=1.197;SB=-2.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,22:56:99:849,0,589 chrIII 273025 . GAAA G,GAA 1077.27 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.034;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=173.6928;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.41;MQ0=0;MQRankSum=0.849;QD=14.36;RPA=19,16,18;RU=A;ReadPosRankSum=0.781;SB=-2.753e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:29,19,0:75:99:1155,253,347,695,0,571 chrIII 273357 . C CA 828.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.477;DP=46;FS=8.019;HaplotypeScore=172.3503;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.112;QD=18.02;ReadPosRankSum=-0.211;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,26:46:99:868,0,518 chrIII 273383 . A AT 644.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.933;DP=40;FS=1.641;HaplotypeScore=173.4960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.82;MQ0=0;MQRankSum=0.354;QD=16.12;ReadPosRankSum=-0.556;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,21:40:99:684,0,392 chrIII 273942 . GA G 491.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.075;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=130.0714;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQ0=0;MQRankSum=0.350;QD=6.74;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.655;SB=-2.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,32:73:99:531,0,387 chrIII 295296 . A AT 521.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.666;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=966.6566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.02;MQ0=0;MQRankSum=-6.287;QD=8.16;ReadPosRankSum=0.709;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,21:64:99:561,0,1255 chrIII 299045 . G GTTGGGTA 2900.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=63.8593;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.52;MQ0=0;QD=85.32;RPA=1,2;RU=TTGGGTA;SB=-1.064e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,32:34:99:2943,99,0 chrIII 304284 . TA T 705.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.197;DP=250;DS;FS=7.913;HaplotypeScore=161.1850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.827;QD=2.82;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.356;SB=-3.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:153,60:236:99:745,0,1902 chrIII 307742 . C CTTT 666.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.291;DP=84;FS=22.477;HaplotypeScore=832.7101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.50;MQ0=13;MQRankSum=0.714;QD=7.94;RPA=3,6;RU=T;ReadPosRankSum=4.601;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,20:68:99:706,0,1841 chrIII 307751 . CACTA C 2393.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.838;DP=104;FS=40.886;HaplotypeScore=1052.6612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.90;MQ0=13;MQRankSum=-0.132;QD=23.02;ReadPosRankSum=4.695;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,44:85:99:2433,0,2509 chrIII 316486 . TA T 188.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.382;DP=17;FS=5.643;HaplotypeScore=251.0676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.60;MQ0=1;MQRankSum=-0.566;QD=11.12;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=0.000;SB=9.067e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,11:13:58:228,0,58 chrIII 316519 . TAGTG T 422.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.370;DP=15;FS=6.021;HaplotypeScore=300.6693;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.90;MQ0=0;MQRankSum=-2.219;QD=28.20;ReadPosRankSum=-0.185;SB=0.020 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,9:14:35:462,0,35 chrIII 316533 . GGGT G 422.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.594;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=435.1629;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.45;MQ0=0;MQRankSum=-2.916;QD=15.67;ReadPosRankSum=2.463;SB=-5.300e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,6:25:99:462,0,240 chrIV 212 . CA C 120.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;HaplotypeScore=65.6567;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.06;MQ0=0;QD=24.10;SB=-3.854e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:12:162,12,0 chrIV 257 . T TA 177.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=63.0348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=22.13;ReadPosRankSum=0.742;SB=-1.041e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,7:7:17:216,0,17 chrIV 1321 . TG T 95.99 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=206.7528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=9.95;MQ0=48;MQRankSum=0.736;QD=1.60;ReadPosRankSum=0.736;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,10:7:21:135,0,21 chrIV 1339 . A ATT 315.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=212.4531;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=11.02;MQ0=43;QD=5.75;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,10:8:24:358,24,0 chrIV 17297 . TC T 3133.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=254.3624;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.52;MQ0=0;QD=34.06;RPA=2,1;RU=C;SB=-8.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:92:99:3176,271,0 chrIV 18356 . TACCGC T 420.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=291.0691;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.92;MQ0=0;QD=46.68;SB=-7.187e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:9:18:462,18,0 chrIV 18363 . A ATTTTG 406.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=247.5330;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.37;MQ0=0;QD=67.68;SB=-7.787e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18:448,18,0 chrIV 19688 . C CAT 1938.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=34.5938;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.99;MQ0=0;QD=37.29;RPA=1,2;RU=AT;SB=-6.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,50:52:99:1981,138,0 chrIV 20039 . A AT 1012.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=78.6571;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;QD=28.14;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:36:84:1055,84,0 chrIV 21056 . AT A 635.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=440.7654;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.16;MQ0=0;QD=14.45;RPA=6,5;RU=T;SB=-2.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,39:44:78:678,78,0 chrIV 21075 . TATA T 1705.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=418.7985;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.20;MQ0=0;QD=39.67;RPA=2,1;RU=ATA;SB=-4.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,39:43:99:1748,109,0 chrIV 22430 . GT G 1744.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=144.1530;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.97;MQ0=0;QD=34.90;RPA=2,1;RU=T;SB=-4.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:50:99:1787,147,0 chrIV 26389 . T TA 602.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.029;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=34.5242;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=0.972;QD=13.70;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.619;SB=-2.559e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,32:44:37:645,37,0 chrIV 32139 . TTC T 2048.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=47.1336;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.51;MQ0=0;QD=31.52;SB=-8.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,55:65:99:2091,186,0 chrIV 42599 . T TA 4261 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=38.6225;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;QD=33.82;SB=-2.081e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,125:126:99:4261,337,0 chrIV 43856 . CT C 213.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.171;DP=52;FS=3.245;HaplotypeScore=203.1319;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.91;MQ0=0;MQRankSum=-1.745;QD=4.11;RPA=17,16;RU=T;ReadPosRankSum=1.149;SB=-1.158e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,17:52:10:255,10,0 chrIV 43897 . A ATT 2856.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=368.8785;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.76;MQ0=0;QD=42.01;SB=-1.402e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,60:68:99:2899,196,0 chrIV 49338 . G GT 1066.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.314;DP=78;FS=5.136;HaplotypeScore=27.5070;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=1.139;QD=13.68;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.106;SB=-3.659e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,47:78:69:1109,69,0 chrIV 50590 . A ATTT,ATT 1443.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.372;DP=101;FS=2.374;HaplotypeScore=58.2855;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.362;QD=14.30;RPA=12,15,14;RU=T;ReadPosRankSum=-0.538;SB=-3.214e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:32,6,51:101:68:1522,419,517,77,0,68 chrIV 57089 . C CTAG 1886.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=70.5390;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.04;MQ0=0;QD=46.02;RPA=1,2;RU=TAG;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,36:41:99:1929,114,0 chrIV 60616 . G GTT 1123.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=24.0869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.77;MQ0=0;QD=28.82;RPA=10,12;RU=T;SB=-2.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,32:39:99:1166,105,0 chrIV 65935 . AT A 1482.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=15.7034;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=24.72;RPA=5,4;RU=T;SB=-7.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,58:60:99:1525,162,0 chrIV 66439 . G GT 1809.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.643;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=229.8733;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=1.061;QD=17.57;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.215;SB=-8.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,76:103:76:1852,76,0 chrIV 67849 . A AT 447.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=136.4116;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.98;MQ0=0;QD=21.33;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,17:21:57:490,57,0 chrIV 67976 . T TC 2096.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=160.9840;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.91;MQ0=0;QD=33.82;SB=-4.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:62:99:2139,180,0 chrIV 73916 . CATTCTTT C 8115 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=27.5733;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.04;MQ0=0;QD=73.77;RPA=2,1;RU=ATTCTTT;SB=-2.747e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,97:110:99:8115,292,0 chrIV 76735 . AT A 740.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.668;DP=91;FS=1.981;HaplotypeScore=35.0796;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=0.163;QD=8.14;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.307;SB=-3.509e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,41:91:32:783,32,0 chrIV 76825 . CA C 1051.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.035;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=19.5816;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.035;QD=20.63;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.813;SB=-2.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,47:51:99:1094,120,0 chrIV 82419 . AT A 564.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.306;DP=49;FS=6.698;HaplotypeScore=64.6985;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=0.842;QD=11.53;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.476;SB=-2.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,27:49:60:607,60,0 chrIV 88024 . T TA 2855.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.392;DP=142;FS=3.212;HaplotypeScore=321.6911;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.10;MQ0=0;MQRankSum=0.626;QD=20.11;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.880;SB=-7.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,121:142:99:2898,300,0 chrIV 89922 . T TA 3154.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=31.3572;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=27.20;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.264e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,111:116:99:3197,319,0 chrIV 94051 . CA C 1484.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=17.6775;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.70;MQ0=0;QD=19.29;RPA=8,7;RU=A;SB=-6.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,66:77:99:1527,183,0 chrIV 99222 . TA T 1460.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=139.8454;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.81;MQ0=0;QD=23.95;RPA=5,4;RU=A;SB=-4.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,58:61:99:1503,165,0 chrIV 99366 . CT C 2509.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=78.9172;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.99;MQ0=0;QD=21.27;RPA=4,3;RU=T;SB=-8.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,99:118:99:2552,261,0 chrIV 99407 . G GA 304.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.413;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=171.8063;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=0.718;QD=5.45;RPA=14,15;RU=A;ReadPosRankSum=0.849;SB=-1.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,15:56:45:344,0,45 chrIV 101105 . A ATTT,ATT 1484.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=30.2781;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=52.99;MQ0=0;QD=26.05;RPA=10,13,12;RU=T;SB=-3.488e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:6,9,40:57:75:1563,794,670,221,0,75 chrIV 103400 . A AT 1380.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=156.1776;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.97;MQ0=0;QD=26.56;RPA=3,4;RU=T;SB=-6.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,44:52:99:1423,144,0 chrIV 103533 . GA G 2400.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=165.8425;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.23;MQ0=0;QD=26.98;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.043e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:2443,261,0 chrIV 104862 . CT C 2302.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=210.2986;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.83;MQ0=0;QD=33.38;RPA=2,1;RU=T;SB=-2.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,65:69:99:2345,192,0 chrIV 106704 . GGTA G 1890.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=160.9992;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.85;MQ0=0;QD=47.27;SB=-9.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,38:40:99:1933,108,0 chrIV 106773 . C CA 1040.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=328.1485;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.84;MQ0=0;QD=23.13;RPA=6,7;RU=A;SB=-5.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,40:45:99:1083,120,0 chrIV 106907 . AT A 509.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.114;DP=47;FS=5.863;HaplotypeScore=114.6951;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.61;MQ0=0;MQRankSum=0.743;QD=10.85;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.495;SB=-1.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,29:47:71:552,71,0 chrIV 117115 . T TAGAA 6018 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=149.9788;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.60;MQ0=0;QD=63.35;SB=-1.478e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:95:99:6018,268,0 chrIV 117988 . AT A 1743.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=463.0407;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.06;MQ0=0;QD=19.82;RPA=7,6;RU=T;SB=-3.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,75:88:99:1786,210,0 chrIV 118035 . GT G 2175.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=594.2944;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.15;MQ0=0;QD=21.13;RPA=8,7;RU=T;SB=-9.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,95:103:99:2218,267,0 chrIV 125498 . C CA 1197.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=22.5809;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=20.65;RPA=7,8;RU=A;SB=-5.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,46:58:99:1240,144,0 chrIV 130746 . T TAA 1319.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=69.8896;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.46;MQ0=0;QD=32.19;RPA=4,6;RU=A;SB=-6.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:41:99:1362,108,0 chrIV 132183 . ATTT A 1770.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.042;DP=53;FS=4.667;HaplotypeScore=91.7821;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.42;MQ0=0;MQRankSum=1.056;QD=33.41;RPA=8,5;RU=T;ReadPosRankSum=1.395;SB=-5.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,39:53:92:1813,92,0 chrIV 132228 . A AT 1645.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=338.4452;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.86;MQ0=0;QD=29.39;RPA=2,3;RU=T;SB=-3.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,52:56:99:1688,159,0 chrIV 132472 . GT G 1119.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1706;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.44;MQ0=0;QD=26.67;RPA=5,4;RU=T;SB=-4.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:1162,123,0 chrIV 132892 . G GA 859.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=13.6850;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=23.24;RPA=7,8;RU=A;SB=-3.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:37:99:902,107,0 chrIV 135456 . CTTT C 1386.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.141;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=87.8958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.34;MQ0=0;MQRankSum=1.056;QD=20.09;RPA=18,15;RU=T;ReadPosRankSum=1.395;SB=-6.101e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,37:69:99:1428,119,0 chrIV 137865 . A AT 76.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.454;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=50.5911;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.61;MQ0=0;MQRankSum=3.416;QD=3.35;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=0.914;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,10:23:99:116,0,259 chrIV 144344 . C CT 1841.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.944;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=39.5334;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.961;QD=17.88;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.856;SB=-8.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,76:103:99:1884,106,0 chrIV 145806 . G GA 2841.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=298.2157;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.91;MQ0=0;QD=26.07;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.273e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,105:109:99:2884,309,0 chrIV 147682 . A ACG 1662.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=16.7955;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.78;MQ0=0;QD=38.67;SB=-6.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:43:99:1705,121,0 chrIV 157978 . CT C 2636.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.394;DP=175;FS=3.611;HaplotypeScore=184.1552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.416;QD=15.07;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.684;SB=-9.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,129:175:99:2679,228,0 chrIV 161484 . G GTTA 2081.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.212;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=99.5597;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=0.443;QD=23.66;RPA=6,7;RU=TTA;ReadPosRankSum=-1.174;SB=-1.388e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,43:88:25:2124,25,0 chrIV 163335 . AC A 6882 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=224;FS=0.000;HaplotypeScore=506.8568;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.98;MQ0=0;QD=30.72;SB=-2.466e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,223:224:99:6882,643,0 chrIV 164943 . C CTT 998.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=34.8406;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.50;MQ0=0;QD=18.16;RPA=12,14;RU=T;SB=-4.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,33:55:99:1041,106,0 chrIV 169340 . ATGGATGTAATGTAAGT A 8215 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=23.2646;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.42;MQ0=0;QD=126.38;SB=-2.735e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:65:99:8215,180,0 chrIV 169891 . TAAAA T 382.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=66.0401;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.43;MQ0=0;QD=34.82;RPA=18,14;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:11:30:425,30,0 chrIV 169915 . TA T 316.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=94.4052;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.85;MQ0=0;QD=15.85;RPA=13,12;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,12:20:53:359,53,0 chrIV 170362 . C CA 2776.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=53.1889;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;QD=23.34;RPA=7,8;RU=A;SB=-8.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,107:119:99:2819,327,0 chrIV 174736 . TTTG T 1100.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.794;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=16.3957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.231;QD=20.02;ReadPosRankSum=-0.090;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,30:55:99:1140,0,1022 chrIV 181921 . ATCTTCT A 1286.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.242;DP=67;FS=4.286;HaplotypeScore=77.3842;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=-2.719;QD=19.21;RPA=6,4;RU=TCT;ReadPosRankSum=0.853;SB=-5.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,27:67:99:1326,0,1569 chrIV 184671 . C CAA 1738.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.941;DP=164;FS=1.384;HaplotypeScore=174.9718;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=0.196;QD=10.60;RPA=3,5;RU=A;ReadPosRankSum=-0.453;SB=-5.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:110,54:164:99:1778,0,3541 chrIV 184754 . GA G 3478 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=132.2592;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.21;MQ0=0;QD=32.50;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.631e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,102:107:99:3478,292,0 chrIV 192678 . AT A 2500.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=28.2191;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.06;MQ0=0;QD=21.75;RPA=9,8;RU=T;SB=-7.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,106:115:99:2543,319,0 chrIV 194311 . C CT 616.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.350;DP=93;FS=6.094;HaplotypeScore=272.7602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.22;MQ0=0;MQRankSum=0.066;QD=6.63;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=-1.143;SB=-1.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,32:93:99:656,0,983 chrIV 198376 . TG T 2594.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=45.5795;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=33.70;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.148e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,76:77:99:2637,220,0 chrIV 201643 . A AT 2506.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=170.6825;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;QD=19.90;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.129e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:65,59:126:99:2549,337,0 chrIV 201646 . T TC 2303.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.414;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=188.8259;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-2.047;QD=18.73;ReadPosRankSum=2.315;SB=-1.134e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:64,56:123:99:2346,228,0 chrIV 202896 . G GT 554.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.726;DP=110;FS=7.130;HaplotypeScore=148.2521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.118;QD=5.05;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=-2.372;SB=-1.579e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,29:110:99:594,0,1088 chrIV 210795 . TC T 164.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.620;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=36.5034;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.44;MQ0=0;MQRankSum=0.231;QD=12.69;ReadPosRankSum=-0.849;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,8:13:99:204,0,111 chrIV 210847 . G GT 720.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=25.9143;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.45;MQ0=0;QD=27.73;RPA=4,5;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:78:763,78,0 chrIV 210984 . T TA 1258.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.619;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=26.9095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.423;QD=17.99;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.866;SB=-7.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,39:70:99:1301,143,0 chrIV 211214 . GA G 591.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.036;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=41.1524;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.249;QD=12.87;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.102;SB=-2.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,32:46:52:634,52,0 chrIV 212440 . G GTA 124.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.296;DP=26;FS=3.310;HaplotypeScore=86.6117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=0.618;QD=4.81;ReadPosRankSum=-0.795;SB=-6.400e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,9:26:99:164,0,99 chrIV 212608 . A AT 373.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.952;DP=59;FS=2.554;HaplotypeScore=174.2511;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.331;QD=6.34;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=1.810;SB=-4.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,21:59:99:413,0,602 chrIV 212685 . C CA 257.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.536;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=96.7328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.90;MQ0=0;MQRankSum=3.138;QD=6.45;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.377;SB=-3.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,15:40:99:297,0,149 chrIV 213154 . A AT 1232.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=53.0466;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.60;MQ0=0;QD=26.23;RPA=3,4;RU=T;SB=-5.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,45:47:99:1275,126,0 chrIV 213218 . A AT 291.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.707;DP=61;FS=25.112;HaplotypeScore=66.9185;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=0.298;QD=4.79;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.298;SB=-9.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,16:61:99:331,0,496 chrIV 213315 . C CTA 1159.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.912;DP=63;FS=4.337;HaplotypeScore=61.5135;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.81;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=18.41;RPA=5,6;RU=TA;ReadPosRankSum=-0.912;SB=-3.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,27:63:77:1202,77,0 chrIV 215724 . C CT 6260 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=234;FS=0.000;HaplotypeScore=289.8266;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.84;MQ0=0;QD=26.75;RPA=4,5;RU=T;SB=-3.012e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,223:234:99:6260,649,0 chrIV 216024 . TTGTTACCTCGTCACC T 6836 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.160;DP=99;FS=7.750;HaplotypeScore=96.3884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.28;MQ0=0;MQRankSum=-7.730;QD=69.05;ReadPosRankSum=1.252;SB=-8.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,43:99:99:6836,0,7019 chrIV 216418 . GT G 856.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.221;DP=76;FS=7.736;HaplotypeScore=259.7211;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.28;MQ0=0;MQRankSum=2.801;QD=11.28;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=1.533;SB=-3.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,31:76:99:896,0,1387 chrIV 216493 . TAAA TAAAAA,T 4862 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=174;FS=0.000;HaplotypeScore=474.6688;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.33;MQ0=0;QD=27.94;RPA=10,12,7;RU=A;SB=-1.918e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:40,0,74:174:99:4862,3128,3955,2134,0,4244 chrIV 217385 . TG T 1387.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.031;DP=81;FS=3.206;HaplotypeScore=420.2815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.642;QD=17.14;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=0.154;SB=-5.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,48:81:99:1427,0,847 chrIV 217566 . TGA T 1529.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.339;DP=82;FS=14.618;HaplotypeScore=119.2954;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.86;MQ0=1;MQRankSum=-1.035;QD=18.66;RPA=2,1;RU=GA;ReadPosRankSum=1.701;SB=-3.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,42:81:99:1569,0,1375 chrIV 217877 . A AT 520.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.646;DP=74;FS=26.645;HaplotypeScore=184.3420;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.072;QD=7.04;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.628;SB=-9.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,28:74:99:560,0,539 chrIV 226823 . ATATATATATATATATATATATATATATG A 240.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=14.8394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.02;MQ0=0;QD=6.69;SB=-2.075e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,11:36:6:281,6,0 chrIV 229533 . A ATAGTACTTC 8284 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=69.4044;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.21;MQ0=0;QD=101.02;SB=-3.445e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,69:82:99:8284,235,0 chrIV 229706 . A ATTT 3504 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=368.5890;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.79;MQ0=0;QD=39.82;RPA=3,6;RU=T;SB=-1.721e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,73:88:99:3504,220,0 chrIV 230558 . GT G 529.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.244;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=25.6357;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.544;QD=8.41;RPA=7,6;RU=T;ReadPosRankSum=-1.120;SB=-1.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:63:99:569,0,592 chrIV 232237 . G GT 198.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.432;DP=32;FS=1.744;HaplotypeScore=62.8039;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.29;MQ0=0;MQRankSum=0.421;QD=6.22;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=-0.288;SB=-6.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,12:32:99:238,0,353 chrIV 232306 . G GT 241.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.016;DP=37;FS=3.310;HaplotypeScore=37.2347;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.351;QD=6.54;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.686;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,16:37:99:281,0,227 chrIV 232542 . TAAAAGAAGTTTCCTCTTTCCTAAACTTA T 2602.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.992;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=10.2247;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.97;MQ0=0;MQRankSum=-3.934;QD=76.56;ReadPosRankSum=1.028;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,9:34:99:2642,0,4974 chrIV 233920 . C CT 426.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.289;DP=64;FS=4.176;HaplotypeScore=175.6133;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.743;QD=6.67;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.291;SB=-1.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,27:64:99:466,0,458 chrIV 234086 . AT A 749.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.897;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=442.2364;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.68;MQ0=0;MQRankSum=1.269;QD=9.15;ReadPosRankSum=-0.454;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,33:80:99:789,0,1286 chrIV 234091 . T TTA 1088.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.634;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=403.6416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.32;MQ0=0;MQRankSum=0.152;QD=14.33;ReadPosRankSum=-1.088;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,32:74:99:1128,0,1305 chrIV 234747 . G GT 2293.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=74.2709;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.08;MQ0=0;QD=31.00;RPA=2,3;RU=T;SB=-9.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2336,219,0 chrIV 236041 . AC A 3218.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=461.3701;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.18;MQ0=0;QD=36.99;SB=-7.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:3260,262,0 chrIV 236096 . A AT 767.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.408;DP=107;FS=12.006;HaplotypeScore=787.0524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.563;QD=7.18;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.312;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,42:107:99:807,0,964 chrIV 240005 . CAA C 335.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=25.1769;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.36;MQ0=0;QD=30.54;RPA=4,2;RU=A;SB=-1.808e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,9:11:27:378,27,0 chrIV 240138 . CATATAT C 1498.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.444;DP=49;FS=9.748;HaplotypeScore=96.7546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.18;MQ0=0;MQRankSum=0.239;QD=30.59;RPA=10,7;RU=AT;ReadPosRankSum=0.239;SB=-7.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,21:49:99:1538,0,147 chrIV 242007 . TC T 413.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.995;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=167.7770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.81;MQ0=0;MQRankSum=-4.055;QD=15.92;RPA=3,2;RU=C;ReadPosRankSum=2.027;SB=-1.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,15:26:99:453,0,224 chrIV 245889 . C CA 569.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.748;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=12.1639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.164;QD=11.40;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-2.303;SB=-2.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,29:50:99:609,0,232 chrIV 251252 . AT A 1311.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=50.4117;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.93;MQ0=0;QD=21.51;RPA=7,6;RU=T;SB=-4.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,57:61:99:1354,162,0 chrIV 251392 . CT C 2767.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=87.7975;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=26.11;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.279e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,103:106:99:2810,300,0 chrIV 256612 . T TA 885.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.431;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=52.1586;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.293;QD=18.08;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.811;SB=-2.079e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,43:49:24:928,24,0 chrIV 267474 . A AT 1743.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.990;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=31.8229;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=0.156;QD=22.95;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=0.608;SB=-8.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,70:76:99:1786,162,0 chrIV 270194 . C CA 1620.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.847;DP=130;FS=1.304;HaplotypeScore=311.9785;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.118;QD=12.47;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.423;SB=-6.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:68,57:130:99:1663,106,0 chrIV 271809 . CTGT C 902.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.053;DP=35;FS=3.188;HaplotypeScore=163.8944;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.93;MQ0=0;MQRankSum=0.150;QD=25.80;RPA=5,4;RU=TGT;ReadPosRankSum=1.553;SB=-4.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,22:35:56:945,56,0 chrIV 275006 . CG C 1681.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=129.4555;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.56;MQ0=0;QD=35.04;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,47:48:99:1724,138,0 chrIV 275108 . C CA 848.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.464;DP=78;FS=3.283;HaplotypeScore=134.1380;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.205;QD=10.88;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=-0.492;SB=-4.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,31:78:99:888,0,1109 chrIV 283285 . GA GAAA,G 777.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=84.5161;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.75;MQ0=0;QD=14.96;RPA=12,14,11;RU=A;SB=-2.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:17,1,17:52:99:856,397,641,561,0,703 chrIV 285379 . A ATATG 4814 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.246;DP=222;FS=0.580;HaplotypeScore=103.6339;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQ0=0;MQRankSum=1.153;QD=21.68;ReadPosRankSum=-0.175;SB=-1.622e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:110,97:222:99:4814,0,4150 chrIV 286882 . CTT C,CT 783.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=61.7660;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.40;MQ0=0;QD=12.44;RPA=14,12,13;RU=T;SB=-1.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:17,22,0:63:99:862,313,305,398,0,293 chrIV 289607 . TA T 738.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.531;DP=132;FS=4.735;HaplotypeScore=94.7274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.789;QD=5.60;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=-0.795;SB=-3.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,49:132:99:778,0,1439 chrIV 292326 . A ACT 2624.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.645;DP=138;FS=7.269;HaplotypeScore=1019.0218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.08;MQ0=0;MQRankSum=-6.870;QD=19.02;RPA=1,2;RU=CT;ReadPosRankSum=1.833;SB=-7.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,67:138:99:2664,0,2140 chrIV 292337 . CCA C 2670.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.833;DP=130;FS=3.629;HaplotypeScore=987.3471;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.50;MQ0=0;MQRankSum=-6.248;QD=20.55;ReadPosRankSum=-0.783;SB=-7.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,63:130:99:2710,0,267 chrIV 292338 . CAA C,CA 2398.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=961.7895;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=43.98;MQ0=0;QD=19.19;RPA=7,5,6;RU=A;SB=-7.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:67,0,0:125:99:2477,1314,1249,650,0,319 chrIV 292462 . A AT 1964.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=390.5106;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.44;MQ0=0;QD=22.85;RPA=3,4;RU=T;SB=-6.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,68:86:99:2007,198,0 chrIV 299741 . A ATGT 2817.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=98;FS=6.202;HaplotypeScore=302.2669;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.551;QD=28.75;RPA=4,5;RU=TGT;ReadPosRankSum=-0.638;SB=-1.384e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,57:98:69:2860,69,0 chrIV 300038 . GA G 1201.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.141;DP=74;FS=6.941;HaplotypeScore=46.9690;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.360;QD=16.24;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=-1.704;SB=-3.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,61:74:99:1244,120,0 chrIV 302323 . GAAA G 1385.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.983;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=224.1361;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.69;MQ0=0;MQRankSum=0.796;QD=23.90;RPA=12,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.639;SB=-4.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,33:58:99:1428,105,0 chrIV 302336 . TA T 1037.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=296.7109;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.44;MQ0=0;QD=17.59;RPA=10,9;RU=A;SB=-5.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,52:59:99:1080,140,0 chrIV 302347 . TA T 1508.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=320.4280;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.76;MQ0=0;QD=17.96;RPA=8,7;RU=A;SB=-4.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,80:83:99:1551,192,0 chrIV 309595 . G GGAAC 746.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.504;DP=17;FS=5.740;HaplotypeScore=198.2377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.736;QD=43.88;RPA=1,2;RU=GAAC;ReadPosRankSum=0.810;SB=-1.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,13:17:17:785,0,17 chrIV 309609 . TTAG T 976.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=331.5872;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.72;MQ0=0;QD=40.71;RPA=3,2;RU=TAG;SB=-2.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,21:24:63:1019,63,0 chrIV 309620 . CA C 797.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=361.8866;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.32;MQ0=0;QD=31.92;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:75:840,75,0 chrIV 310657 . AT A 1207.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.108;DP=65;FS=3.623;HaplotypeScore=109.9051;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=1.193;QD=18.58;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.239;SB=-2.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,56:65:99:1250,117,0 chrIV 312518 . C CT,CTT 2890.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.472;DP=121;FS=2.816;HaplotypeScore=66.8619;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.61;MQ0=0;MQRankSum=0.564;QD=23.89;RPA=10,11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.196;SB=-1.162e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:15,25,78:121:99:2969,1836,1590,385,0,173 chrIV 314192 . CT C 1265.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=22.7531;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=16.23;RPA=9,8;RU=T;SB=-3.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,63:78:99:1308,165,0 chrIV 315072 . C CT 306.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.765;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=32.7631;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=1.052;QD=9.00;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.244;SB=-1.517e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,10:34:8:347,8,0 chrIV 336148 . CT C 1404.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=44.8814;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=20.36;RPA=10,9;RU=T;SB=-5.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,66:69:99:1447,185,0 chrIV 340285 . GGATGA G 4214 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=129.1009;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=1;QD=43.44;RPA=7,6;RU=GATGA;SB=-1.623e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,67:96:99:4214,202,0 chrIV 340378 . GAA G 2409.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=649.4637;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.27;MQ0=0;QD=34.93;RPA=5,3;RU=A;SB=-5.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,62:69:99:2452,184,0 chrIV 340399 . C CAGTACA 6460 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=509.9125;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.68;MQ0=0;QD=74.25;SB=-1.677e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,74:87:99:6460,244,0 chrIV 340869 . GTTT G 5753 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=442.6630;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.66;MQ0=0;QD=50.03;RPA=5,2;RU=T;SB=-2.689e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,107:115:99:5753,322,0 chrIV 341398 . TC T 663.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=86.6396;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;QD=27.66;RPA=6,5;RU=C;SB=-2.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,23:24:69:706,69,0 chrIV 344004 . GTATATATATA G 3967 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=29.7928;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.39;MQ0=0;QD=52.20;RPA=13,8;RU=TA;SB=-5.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,37:76:99:3967,111,0 chrIV 350980 . T TGAAGAGGATGATGAAGAA 3791 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=26.3309;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.99;MQ0=0;QD=64.25;RPA=1,2;RU=GAAGAGGATGATGAAGAA;SB=-1.447e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,44:59:99:3791,120,0 chrIV 351277 . C CT 1036.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.506;DP=61;FS=4.586;HaplotypeScore=189.2432;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.205;QD=17.00;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.603;SB=-3.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,43:61:99:1079,113,0 chrIV 355376 . TAA T 3430 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=22.8071;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;QD=38.11;RPA=4,2;RU=A;SB=-9.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,87:90:99:3430,250,0 chrIV 357179 . G GA 1012.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=15.1142;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.82;MQ0=0;QD=18.09;RPA=8,9;RU=A;SB=-3.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,50:56:99:1055,123,0 chrIV 357278 . G GTT 1200.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=86.9913;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.39;MQ0=0;QD=19.69;RPA=10,12;RU=T;SB=-3.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,26:61:99:1243,123,0 chrIV 359679 . C CT 1982.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=281.7671;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.11;MQ0=0;QD=18.36;RPA=7,8;RU=T;SB=-6.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,79:108:99:2025,234,0 chrIV 362378 . TA T 1636.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=228.9329;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.01;MQ0=0;QD=16.05;RPA=11,10;RU=A;SB=-6.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,80:102:99:1679,209,0 chrIV 364972 . A AAG 2352.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.630;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=169.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.02;MQ0=0;MQRankSum=-1.325;QD=29.78;ReadPosRankSum=0.509;SB=-9.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,43:79:99:2395,198,0 chrIV 366513 . T TAA 632.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=73.0788;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.58;MQ0=0;QD=26.37;RPA=8,10;RU=A;SB=-2.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,20:24:58:675,58,0 chrIV 370877 . T TA 662.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.061;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=66.4245;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.95;MQ0=0;MQRankSum=0.915;QD=18.42;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.915;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,33:36:54:705,54,0 chrIV 375374 . G GT 2203.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=249.9713;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.02;MQ0=0;QD=25.93;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.060e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,80:85:99:2246,231,0 chrIV 376586 . T TTTC 2571.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=89.5209;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.84;MQ0=0;QD=43.59;SB=-9.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:59:99:2614,170,0 chrIV 381512 . AG A 2243.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=266.2830;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.28;MQ0=0;QD=30.74;RPA=2,1;RU=G;SB=-7.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,70:73:99:2286,202,0 chrIV 381708 . A AT 1833.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=63.7322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.91;MQ0=0;QD=29.11;RPA=2,3;RU=T;SB=-7.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,61:63:99:1876,177,0 chrIV 383397 . CA C 391.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=248.3444;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.95;MQ0=1;QD=28.00;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,13:13:38:434,38,0 chrIV 383400 . C CT 350.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=252.5026;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.95;MQ0=1;QD=25.07;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,13:13:38:393,38,0 chrIV 385964 . C CT 381.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.325;DP=34;FS=5.746;HaplotypeScore=211.5368;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.92;MQ0=0;MQRankSum=0.609;QD=11.23;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-1.969;SB=-1.759e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,20:34:47:424,47,0 chrIV 386154 . CAA C 1407.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=162.8402;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.53;MQ0=0;QD=27.61;RPA=10,8;RU=A;SB=-3.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,44:51:99:1450,129,0 chrIV 392110 . GTTT G,GTT 1532.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=176.5525;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=47.03;MQ0=0;QD=23.23;RPA=12,9,11;RU=T;SB=-6.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:15,30,0:66:99:1611,372,534,1037,0,897 chrIV 392146 . GACACACAC G,GACACAC 1487.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=199.5908;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=48.01;MQ0=0;QD=30.37;RPA=13,9,12;RU=AC;SB=-6.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:18,12,0:49:99:1566,447,1020,953,0,875 chrIV 392384 . GGAAGGAAGATTTATAAATCTT G 1959.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.894;DP=31;FS=1.619;HaplotypeScore=15.1186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.32;MQ0=0;MQRankSum=-3.951;QD=63.22;ReadPosRankSum=0.612;SB=-6.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,9:31:99:1999,0,3346 chrIV 392457 . CA C 827.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.420;DP=96;FS=7.896;HaplotypeScore=320.5811;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.26;MQ0=0;MQRankSum=0.320;QD=8.62;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.719;SB=-3.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,47:96:99:867,0,840 chrIV 394025 . G GAAAA 944.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.174;DP=78;FS=12.843;HaplotypeScore=136.7818;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.47;MQ0=1;MQRankSum=-4.544;QD=12.11;RPA=3,7;RU=A;ReadPosRankSum=-2.537;SB=-2.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,23:77:99:984,0,2094 chrIV 403511 . GT G 1551.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=22.7559;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.23;MQ0=0;QD=20.97;RPA=9,8;RU=T;SB=-6.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,71:74:99:1594,198,0 chrIV 407403 . GCC G 1387.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.024;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=23.5251;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.54;MQ0=0;MQRankSum=0.376;QD=18.76;RPA=4,2;RU=C;ReadPosRankSum=0.200;SB=-6.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,38:74:99:1427,0,1225 chrIV 408171 . CA C 396.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.144;DP=75;FS=13.180;HaplotypeScore=132.1995;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.200;QD=5.29;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.421;SB=-2.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,30:75:99:436,0,594 chrIV 409861 . T TC 749.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.691;DP=91;FS=4.408;HaplotypeScore=98.4084;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQ0=0;MQRankSum=0.189;QD=8.24;RPA=2,3;RU=C;ReadPosRankSum=0.973;SB=-2.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,34:91:99:789,0,1589 chrIV 410317 . A AT 277.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.017;DP=60;FS=7.941;HaplotypeScore=319.7492;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.65;MQ0=0;MQRankSum=-5.125;QD=4.63;ReadPosRankSum=0.060;SB=-7.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,18:60:99:317,0,1302 chrIV 410553 . C CAT 538.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.095;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=69.6509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.600;QD=14.97;RPA=1,2;RU=AT;ReadPosRankSum=0.478;SB=-1.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,18:36:99:578,0,480 chrIV 411335 . G GA 625.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.941;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=34.4567;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.124;QD=10.61;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=-0.466;SB=-1.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,31:59:99:665,0,470 chrIV 413191 . TA T 180.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.377;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=90.3155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.096;QD=8.62;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.833;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,12:21:88:220,0,88 chrIV 413919 . TA T 228.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.099;DP=48;FS=1.523;HaplotypeScore=15.7614;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.166;QD=4.77;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=0.573;SB=-9.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,19:48:99:268,0,327 chrIV 414888 . A AG 686.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.755;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=21.1267;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=0.451;QD=8.48;RPA=6,7;RU=G;ReadPosRankSum=1.635;SB=-8.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,33:81:99:726,0,1045 chrIV 417650 . TA T 586.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.360;DP=89;FS=1.864;HaplotypeScore=18.9910;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.61;MQ0=0;MQRankSum=0.284;QD=6.60;RPA=6,5;RU=A;ReadPosRankSum=-0.120;SB=-2.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,34:89:99:626,0,1098 chrIV 422107 . TA T 1206.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.320;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=25.5840;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQ0=0;MQRankSum=0.185;QD=10.50;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=0.366;SB=-1.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,63:115:99:1246,0,856 chrIV 422585 . G GA 428.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.748;DP=82;FS=0.952;HaplotypeScore=160.8799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.27;MQ0=0;MQRankSum=-2.444;QD=5.23;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=-0.421;SB=-2.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,26:82:99:468,0,876 chrIV 422749 . C CG 3707 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=660.9325;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.49;MQ0=0;QD=32.52;RPA=2,3;RU=G;SB=-1.699e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,111:114:99:3707,337,0 chrIV 422766 . C CTTCTTT 4799 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.624;DP=134;FS=0.664;HaplotypeScore=732.0223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.61;MQ0=0;MQRankSum=-7.880;QD=35.81;ReadPosRankSum=-0.477;SB=-2.174e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,47:134:99:4799,0,4880 chrIV 424089 . C CA 507.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.638;DP=62;FS=1.029;HaplotypeScore=81.4274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.665;QD=8.19;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.227;SB=-2.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,27:62:99:547,0,475 chrIV 428538 . TAA T 878.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.638;DP=75;FS=5.267;HaplotypeScore=92.4899;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.206;QD=11.72;RPA=10,8;RU=A;ReadPosRankSum=1.054;SB=-4.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,39:75:99:918,0,850 chrIV 428805 . AT ATT,A 334.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.371;DP=70;FS=15.124;HaplotypeScore=41.4670;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.101;QD=4.78;RPA=13,14,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.776;SB=-1.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:45,1,15:70:99:413,261,488,106,0,321 chrIV 431592 . T TTG 2749.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=99.3385;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.70;MQ0=0;QD=37.16;SB=-9.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,64:74:99:2792,201,0 chrIV 432137 . CAGTT C 3572 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=114.9862;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.69;MQ0=0;QD=54.95;RPA=2,1;RU=AGTT;SB=-3.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,63:65:99:3572,187,0 chrIV 433048 . G GA 282.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.776;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=160.5626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.75;MQ0=0;MQRankSum=-4.760;QD=5.24;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=-0.259;SB=-2.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,18:54:99:322,0,642 chrIV 433113 . AG A 843.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.725;DP=50;FS=4.334;HaplotypeScore=215.1959;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.707;QD=16.88;ReadPosRankSum=0.000;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,28:50:99:883,0,674 chrIV 434094 . A ATTT 4329 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=389.9293;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.49;MQ0=0;QD=34.09;RPA=6,9;RU=T;SB=-1.969e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,84:127:99:4329,298,0 chrIV 434239 . T TA 864.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.299;DP=100;FS=14.841;HaplotypeScore=320.0133;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.91;MQ0=0;MQRankSum=-1.002;QD=8.65;ReadPosRankSum=-0.221;SB=-4.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,30:100:99:904,0,2022 chrIV 434256 . T TA 2796.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=170.0103;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.79;MQ0=0;QD=24.53;RPA=5,6;RU=A;SB=-7.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,106:114:99:2839,312,0 chrIV 434352 . A AT 633.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.268;DP=84;FS=3.724;HaplotypeScore=437.0721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.19;MQ0=0;MQRankSum=-5.323;QD=7.55;RPA=3,4;RU=T;ReadPosRankSum=0.589;SB=-1.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,31:84:99:673,0,1091 chrIV 434392 . T TC 2087.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=290.3780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.73;MQ0=0;QD=34.23;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,56:61:99:2130,166,0 chrIV 434485 . T TA 162.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=37.9663;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.35;MQ0=1;QD=23.18;SB=-3.775e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:5:15:204,15,0 chrIV 435260 . T TCGAATAG 746.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.660;DP=28;FS=1.851;HaplotypeScore=201.7837;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.669;QD=26.68;ReadPosRankSum=0.205;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,8:28:99:786,0,1319 chrIV 435262 . G GAATA 394.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.559;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=192.8804;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.283;QD=15.80;ReadPosRankSum=-0.661;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,8:25:99:434,0,897 chrIV 435390 . AT A 257.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.202;DP=41;FS=5.012;HaplotypeScore=109.9005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.23;MQ0=0;MQRankSum=-4.088;QD=6.29;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=0.015;SB=-1.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,12:41:99:297,0,878 chrIV 435452 . T TA 1090.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=71.6582;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.74;MQ0=0;QD=24.79;RPA=3,4;RU=A;SB=-3.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,36:44:99:1133,111,0 chrIV 435656 . C CT 1740.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=66.0374;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.96;MQ0=0;QD=24.52;RPA=4,5;RU=T;SB=-4.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,59:71:99:1783,183,0 chrIV 435928 . TGACC T 2999.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=268.7823;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.65;MQ0=0;QD=36.58;RPA=2,1;RU=GACC;SB=-6.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,55:79:99:3042,168,0 chrIV 435980 . AC A 2419.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=243.0538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.46;MQ0=0;QD=36.67;SB=-1.186e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:63:99:2462,190,0 chrIV 436303 . GGAAC G 1302.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.642;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=590.7392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.74;MQ0=1;MQRankSum=-1.219;QD=14.98;ReadPosRankSum=0.017;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,23:86:99:1342,0,2750 chrIV 436314 . A AGG 3484 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=326.1538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.23;MQ0=1;QD=48.39;SB=-1.319e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:71:99:3484,214,0 chrIV 437148 . A ATAAT 2543.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=107.0245;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.56;MQ0=0;QD=57.82;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,38:44:99:2586,117,0 chrIV 441267 . CTGT C 1979.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.257;DP=100;FS=5.365;HaplotypeScore=255.3392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.882;QD=19.80;RPA=6,5;RU=TGT;ReadPosRankSum=0.931;SB=-5.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,47:100:99:2019,0,1120 chrIV 441311 . GTTATTA G 3554 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=332.6807;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.15;MQ0=0;QD=41.33;RPA=5,3;RU=TTA;SB=-1.190e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,48:86:99:3554,165,0 chrIV 443942 . G GA 1317.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=21.0839;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.57;MQ0=0;QD=21.26;RPA=7,8;RU=A;SB=-3.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,49:62:99:1360,156,0 chrIV 444097 . G GA 3709 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=123.9539;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=31.70;RPA=1,2;RU=A;SB=-7.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,106:117:99:3709,310,0 chrIV 449720 . T TA 851.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=257.8182;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.65;MQ0=0;QD=32.77;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:26:69:894,69,0 chrIV 449847 . TG T 998.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=116.4914;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.46;MQ0=0;QD=26.29;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,36:38:99:1041,110,0 chrIV 450188 . GTATA G 594.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=122.8110;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.13;MQ0=0;QD=14.87;RPA=11,9;RU=TA;SB=-4.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,10:40:39:637,39,0 chrIV 462010 . TC T 943.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.153;DP=65;FS=2.365;HaplotypeScore=20.3603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=1.916;QD=14.52;ReadPosRankSum=-0.725;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,35:65:99:983,0,860 chrIV 465158 . TTA T 540.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.444;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=9.0120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.263;QD=21.64;ReadPosRankSum=0.102;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,14:25:99:580,0,283 chrIV 465261 . TA T 1122.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.208;DP=61;FS=3.372;HaplotypeScore=57.1800;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.663;QD=18.41;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.762;SB=-5.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,56:61:99:1165,131,0 chrIV 465667 . CAA C,CA 1475.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.364;DP=89;FS=2.404;HaplotypeScore=416.7894;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=52.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.111;QD=16.58;RPA=12,10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.135;SB=-4.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:21,34,0:89:99:1554,597,714,669,0,553 chrIV 471707 . A AT 321.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.387;DP=81;FS=3.447;HaplotypeScore=38.8186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=0.754;QD=3.97;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.918;SB=-1.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,26:81:99:361,0,665 chrIV 476789 . A AT 915.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.839;DP=88;FS=5.795;HaplotypeScore=120.7396;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=0.456;QD=10.41;RPA=3,4;RU=T;ReadPosRankSum=0.230;SB=-3.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,44:88:99:955,0,931 chrIV 479545 . T TGCG 1429.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.033;DP=73;FS=16.135;HaplotypeScore=166.2417;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.83;MQ0=0;MQRankSum=0.336;QD=19.59;ReadPosRankSum=1.086;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,30:73:99:1469,0,1832 chrIV 482472 . GAA G 286.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.676;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=57.2353;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=0.895;QD=5.52;RPA=16,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.240;SB=-4.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,15:52:99:326,0,228 chrIV 482676 . AT A 2413.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=46.7508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=19.31;RPA=8,7;RU=T;SB=-8.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,108:125:99:2456,297,0 chrIV 485654 . CA CAAA,C 881.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=228.4881;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=48.12;MQ0=0;QD=16.96;RPA=10,12,9;RU=A;SB=-4.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:9,2,26:52:99:960,558,878,514,0,623 chrIV 488785 . TA T 686.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.422;DP=105;FS=6.201;HaplotypeScore=32.9600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=0.897;QD=6.54;RPA=6,5;RU=A;ReadPosRankSum=2.007;SB=-1.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,45:105:99:726,0,929 chrIV 489335 . TA T 124.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.290;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=9.5866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.079;QD=3.20;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.448;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,10:39:99:164,0,347 chrIV 503381 . G GTT 267.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.279;DP=61;FS=4.505;HaplotypeScore=78.0460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=0.714;QD=4.39;RPA=12,14;RU=T;ReadPosRankSum=-1.026;SB=-1.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,12:61:99:307,0,691 chrIV 504022 . C CT 639.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.438;DP=68;FS=3.241;HaplotypeScore=147.7886;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=0.208;QD=9.41;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=-0.087;SB=-1.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:68:99:679,0,631 chrIV 504697 . GTA G 1840.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.880;DP=136;FS=0.850;HaplotypeScore=48.5525;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.700;QD=13.54;RPA=3,2;RU=TA;ReadPosRankSum=1.398;SB=-4.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,58:136:99:1880,0,2421 chrIV 505516 . T TA 525.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.329;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=75.2195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.892;QD=8.91;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.604;SB=-2.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,30:59:99:565,0,237 chrIV 505688 . T TG 751.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.556;DP=82;FS=2.189;HaplotypeScore=20.1831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.842;QD=9.17;RPA=2,3;RU=G;ReadPosRankSum=-0.941;SB=-1.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,28:82:99:791,0,1173 chrIV 506725 . T TAA 816.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.008;DP=72;FS=2.347;HaplotypeScore=37.5278;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.467;QD=11.35;RPA=8,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.800;SB=-3.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,31:72:99:856,0,765 chrIV 507506 . G GT 356.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.917;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=107.0633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=0.150;QD=7.29;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.483;SB=-1.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,15:49:99:396,0,262 chrIV 507966 . GA G 269.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.573;DP=58;FS=1.962;HaplotypeScore=94.3255;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=0.387;QD=4.65;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.307;SB=-4.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,22:58:99:309,0,275 chrIV 509591 . GA G 1860.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.066;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=157.8493;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.089;QD=16.47;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=-1.732;SB=-1.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,78:113:99:1903,208,0 chrIV 509733 . CA C 1086.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.063;DP=77;FS=0.903;HaplotypeScore=95.9165;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.723;QD=14.12;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=-0.463;SB=-4.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,39:77:99:1126,0,863 chrIV 512749 . GC G 797.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.515;DP=65;FS=4.737;HaplotypeScore=90.9081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=0.120;QD=12.28;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=-0.408;SB=-9.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,28:65:99:837,0,867 chrIV 519721 . GA G 1035.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.846;DP=117;FS=1.773;HaplotypeScore=32.3909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.677;QD=8.85;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=-1.104;SB=-2.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,47:117:99:1075,0,1540 chrIV 520080 . C CT 927.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.903;DP=95;FS=19.283;HaplotypeScore=502.8502;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.76;MQ0=0;MQRankSum=-7.647;QD=9.77;ReadPosRankSum=-0.264;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,34:93:99:967,0,1806 chrIV 520082 . TG T 766.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.833;DP=91;FS=16.278;HaplotypeScore=506.9661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.39;MQ0=0;MQRankSum=-7.825;QD=8.43;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=0.083;SB=-3.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,34:91:99:806,0,1657 chrIV 521108 . A AT 1277.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=14.0611;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=22.03;RPA=8,9;RU=T;SB=-5.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,54:58:99:1320,153,0 chrIV 521286 . TA T 2400.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=30.1636;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.56;MQ0=0;QD=24.50;RPA=6,5;RU=A;SB=-4.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,96:98:99:2443,273,0 chrIV 521522 . G GA 608.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.069;DP=81;FS=1.016;HaplotypeScore=24.6214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=0.791;QD=7.52;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.237;SB=-1.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,34:81:99:648,0,749 chrIV 523025 . CT C 429.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.045;DP=108;FS=44.252;HaplotypeScore=655.1154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.82;MQ0=0;MQRankSum=5.850;QD=3.98;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.931;SB=-2.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,29:108:99:469,0,149 chrIV 523034 . T TG 1342.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.386;DP=101;FS=47.647;HaplotypeScore=616.9082;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.07;MQ0=0;MQRankSum=-5.603;QD=13.30;ReadPosRankSum=-1.574;SB=-2.300e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,49:101:99:1382,0,484 chrIV 523046 . TA T 867.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-5.783;DP=93;FS=33.517;HaplotypeScore=778.5273;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.19;MQ0=0;MQRankSum=5.381;QD=9.33;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=1.440;SB=-4.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,46:93:58:910,58,0 chrIV 525268 . C CT 548.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.702;DP=37;FS=5.775;HaplotypeScore=91.0107;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.301;QD=14.81;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.501;SB=-2.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,27:37:22:590,22,0 chrIV 538149 . TG T 678.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=806.2232;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=22.63;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:30:75:721,75,0 chrIV 538153 . C CG 734.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=777.2039;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=29.40;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:75:777,75,0 chrIV 541917 . G GA 675.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.768;DP=107;FS=1.301;HaplotypeScore=69.5646;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=0.004;QD=6.32;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.853;SB=-9.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,41:107:99:715,0,926 chrIV 542558 . CAA C,CA 1485.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.683;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=45.5870;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.346;QD=16.70;RPA=15,13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.247;SB=-6.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:15,31,0:88:99:1564,437,399,822,0,659 chrIV 546587 . CGCAAATCAAACATA C 1993.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.053;DP=30;FS=7.987;HaplotypeScore=36.7564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.47;MQ0=0;MQRankSum=-4.012;QD=66.47;ReadPosRankSum=1.060;SB=-5.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,14:30:99:2033,0,2328 chrIV 550807 . TA T 342.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.125;DP=50;FS=11.272;HaplotypeScore=40.3198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.647;QD=6.86;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.964;SB=-1.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:50:99:382,0,439 chrIV 551638 . C CA 92.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.604;DP=26;FS=1.833;HaplotypeScore=35.7216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.47;MQ0=0;MQRankSum=0.467;QD=3.58;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-2.270;SB=-3.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,10:26:99:132,0,253 chrIV 551819 . CA C 252.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.296;DP=60;FS=4.363;HaplotypeScore=85.9355;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.38;MQ0=0;MQRankSum=0.582;QD=4.22;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=1.154;SB=-1.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,22:59:99:292,0,364 chrIV 558164 . C CT 111.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.039;DP=29;FS=3.821;HaplotypeScore=15.4429;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=0.472;QD=3.86;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.913;SB=-4.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,9:29:99:151,0,207 chrIV 560869 . C CA 355.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.718;DP=32;FS=5.930;HaplotypeScore=40.3979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.286;QD=11.12;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.298;SB=-1.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,19:32:99:395,0,139 chrIV 561184 . C CT 488.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.862;DP=50;FS=1.303;HaplotypeScore=35.3815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQ0=0;MQRankSum=0.514;QD=9.78;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.879;SB=-1.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,26:50:99:528,0,347 chrIV 562609 . GA G 1202.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=23.5460;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=19.09;RPA=9,8;RU=A;SB=-5.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,56:63:99:1245,156,0 chrIV 562897 . G GA 224.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.061;DP=45;FS=3.279;HaplotypeScore=60.5958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=1.254;QD=5.00;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.344;SB=-4.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,15:45:99:264,0,412 chrIV 563012 . T TC 395.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.464;DP=42;FS=1.242;HaplotypeScore=286.5449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.26;MQ0=0;MQRankSum=-5.490;QD=9.43;ReadPosRankSum=-0.430;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,13:42:99:435,0,599 chrIV 563111 . CA C 561.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.301;DP=35;FS=1.402;HaplotypeScore=78.2285;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=0.173;QD=16.06;ReadPosRankSum=-0.867;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,19:35:99:601,0,480 chrIV 563497 . CAA C 465.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.236;DP=41;FS=1.475;HaplotypeScore=69.5130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=0.380;QD=11.37;RPA=11,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.790;SB=-2.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,18:41:99:505,0,414 chrIV 564870 . AG A 1091.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.694;DP=93;FS=7.929;HaplotypeScore=227.7336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.748;QD=11.74;ReadPosRankSum=1.126;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,41:93:99:1131,0,1556 chrIV 567579 . A AT 639.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.187;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=51.4820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=1.456;QD=5.52;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-2.182;SB=-8.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,41:116:99:679,0,805 chrIV 569035 . GA G 2623.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=346.8137;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.46;MQ0=0;QD=28.83;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,88:91:99:2666,238,0 chrIV 573796 . T TA 1155.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.109;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=125.7648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.114;QD=9.80;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=-0.381;SB=-4.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,58:118:99:1195,0,915 chrIV 576324 . G GTTTT 5429 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=272.1906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.97;MQ0=0;QD=40.51;RPA=8,12;RU=T;SB=-2.357e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,107:134:99:5429,369,0 chrIV 578273 . C CA 648.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.652;DP=74;FS=10.844;HaplotypeScore=215.7694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.943;QD=8.77;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.811;SB=-3.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,26:74:99:688,0,551 chrIV 578282 . TA T 633.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.108;DP=85;FS=2.007;HaplotypeScore=238.2504;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.72;MQ0=0;MQRankSum=-2.920;QD=7.46;RPA=7,6;RU=A;ReadPosRankSum=1.715;SB=-2.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,32:85:99:673,0,818 chrIV 578295 . G GAA 975.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.865;DP=86;FS=0.958;HaplotypeScore=209.2735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.322;QD=11.35;RPA=10,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.117;SB=-2.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,33:86:99:1015,0,806 chrIV 578452 . GTT G,GT 1148.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=17.6245;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.25;MQ0=0;QD=18.53;RPA=11,9,10;RU=T;SB=-1.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:12,25,0:62:99:1227,469,464,599,0,467 chrIV 578641 . TC T 581.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.437;DP=64;FS=3.613;HaplotypeScore=467.5684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.02;MQ0=0;MQRankSum=-2.603;QD=9.09;ReadPosRankSum=1.758;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,26:64:99:621,0,1220 chrIV 582694 . AT A 2030.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=92.2606;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.71;MQ0=0;QD=32.24;RPA=2,1;RU=T;SB=-6.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,60:63:99:2073,178,0 chrIV 584615 . G GGACGACGACGACGACGAC,GGACGACGACGACGAC 18516 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=216.2955;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=42.19;MQ0=0;QD=125.11;RPA=4,10,9;RU=GAC;SB=-4.228e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:28,27,87:148:99:18516,2380,2022,1869,0,1511 chrIV 587742 . TA T 742.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.243;DP=113;FS=3.644;HaplotypeScore=26.1906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.694;QD=6.57;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=1.174;SB=-9.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,48:113:99:782,0,1164 chrIV 588028 . AGG A 1718.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.192;DP=105;FS=0.917;HaplotypeScore=26.4631;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.662;QD=16.37;RPA=6,4;RU=G;ReadPosRankSum=-1.095;SB=-3.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,50:105:99:1758,0,1724 chrIV 588469 . C CA 332.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.103;DP=51;FS=21.723;HaplotypeScore=184.8687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.00;MQ0=0;MQRankSum=0.445;QD=6.53;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.445;SB=-6.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,19:51:99:372,0,462 chrIV 589651 . T TAA,TA 998.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.121;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=219.9234;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=50.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.995;QD=17.53;RPA=11,13,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.801;SB=-2.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:19,8,29:57:99:1077,559,527,273,0,171 chrIV 589690 . TA T 621.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=179.6210;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.94;MQ0=0;QD=15.55;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,28:40:84:664,84,0 chrIV 591602 . C CT 179.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.316;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=68.0798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.977;QD=3.46;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=-0.765;SB=-6.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,13:52:99:219,0,651 chrIV 591782 . AT A 748.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=42.3214;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.46;MQ0=0;QD=24.16;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:84:791,84,0 chrIV 591956 . T TC 371.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.627;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=86.3277;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=0.074;QD=13.78;RPA=4,5;RU=C;ReadPosRankSum=0.716;SB=-7.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,16:27:99:411,0,269 chrIV 592206 . T TG 988.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=132.3251;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.79;MQ0=0;QD=30.90;RPA=1,2;RU=G;SB=-2.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,28:32:84:1031,84,0 chrIV 592981 . GTT G 958.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.202;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=165.0045;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.630;QD=9.05;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.566;SB=-4.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,34:106:99:998,0,612 chrIV 593261 . GC G 952.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.163;DP=70;FS=7.268;HaplotypeScore=384.5438;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.674;QD=13.61;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=0.802;SB=-4.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,32:70:99:992,0,990 chrIV 593522 . G GA 369.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.263;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=146.4229;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.526;QD=8.04;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=1.168;SB=-8.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,20:46:99:409,0,378 chrIV 597052 . C CT,CTT 1057.95 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.510;DP=60;FS=3.087;HaplotypeScore=450.9237;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=43.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.043;QD=17.63;RPA=5,6,7;RU=T;ReadPosRankSum=0.607;SB=-5.428e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:13,25,16:60:64:1136,427,309,175,0,64 chrIV 597101 . C CA 2593.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=773.4723;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.75;MQ0=0;QD=39.91;SB=-9.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:99:2636,196,0 chrIV 597109 . C CA 1978.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=884.8513;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.52;MQ0=0;QD=27.11;RPA=3,4;RU=A;SB=-6.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,68:73:99:2021,198,0 chrIV 597125 . GA G 673.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.823;DP=85;FS=11.494;HaplotypeScore=917.3149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.712;QD=7.93;RPA=6,5;RU=A;ReadPosRankSum=0.326;SB=-1.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,38:85:99:713,0,852 chrIV 598146 . G GA 784.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.298;DP=90;FS=2.441;HaplotypeScore=326.6977;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=0.751;QD=8.72;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.597;SB=-1.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,41:90:99:824,0,751 chrIV 600480 . A AT 3340 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=690.8749;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.72;MQ0=0;QD=25.69;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.423e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,123:130:99:3340,369,0 chrIV 600768 . AAT A 3894 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=605.6874;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.04;MQ0=0;QD=36.06;SB=-1.928e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,104:108:99:3894,313,0 chrIV 607060 . GAA G 423.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.314;DP=44;FS=2.200;HaplotypeScore=29.3225;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.172;QD=9.64;RPA=8,6;RU=A;ReadPosRankSum=0.578;SB=-6.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:43:99:463,0,557 chrIV 611907 . CGCA C 709.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.881;DP=35;FS=5.188;HaplotypeScore=74.5275;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.018;QD=20.28;RPA=3,2;RU=GCA;ReadPosRankSum=-2.143;SB=-2.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,18:35:99:749,0,717 chrIV 613292 . C CT 391.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.887;DP=37;FS=7.877;HaplotypeScore=54.2424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.247;QD=10.59;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=1.609;SB=-8.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,18:37:99:431,0,319 chrIV 616414 . CA C 929.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.653;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=62.9586;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.483;QD=12.57;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=-1.245;SB=-1.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,47:74:99:969,0,474 chrIV 617276 . GTTTAA G 1821.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.175;DP=80;FS=1.010;HaplotypeScore=27.7033;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=0.584;QD=22.77;RPA=2,1;RU=TTTAA;ReadPosRankSum=1.530;SB=-6.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,31:80:99:1861,0,1849 chrIV 619961 . T TA 408.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.188;DP=72;FS=4.699;HaplotypeScore=36.1621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.382;QD=5.68;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=-0.886;SB=-1.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,24:72:99:448,0,677 chrIV 621879 . GAAAAAAA G 1477.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.488;DP=46;FS=1.533;HaplotypeScore=108.6213;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.55;MQ0=0;MQRankSum=0.960;QD=32.13;RPA=19,12;RU=A;ReadPosRankSum=3.047;SB=-5.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:46:99:1517,0,452 chrIV 626115 . TTA T 1140.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.228;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=301.7817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.20;MQ0=0;MQRankSum=-4.321;QD=16.54;RPA=2,1;RU=TA;ReadPosRankSum=0.335;SB=-3.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,33:69:99:1180,0,753 chrIV 626177 . G GAAA 1043.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.246;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=214.7991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.83;MQ0=0;MQRankSum=-2.757;QD=24.86;RPA=5,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.712;SB=-5.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,25:42:99:1083,0,354 chrIV 626607 . AT A 592.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.689;DP=56;FS=2.143;HaplotypeScore=28.5459;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=0.282;QD=10.59;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=0.301;SB=-7.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:56:99:632,0,582 chrIV 628654 . A AT 295.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.615;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=123.3595;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.884;QD=5.48;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.577;SB=-1.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,19:54:99:335,0,341 chrIV 629175 . T TA 636.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.450;DP=49;FS=7.245;HaplotypeScore=18.9535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=2.318;QD=13.00;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=-1.372;SB=-1.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,29:49:99:676,0,274 chrIV 629378 . AT A 458.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.034;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=18.4161;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.416;QD=9.00;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=-0.522;SB=-1.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,22:51:99:498,0,609 chrIV 629785 . A ACC 573.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.775;DP=57;FS=3.978;HaplotypeScore=207.2531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=-2.191;QD=10.07;RPA=2,4;RU=C;ReadPosRankSum=-0.316;SB=-2.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,16:57:99:613,0,1131 chrIV 629821 . C CT 1686.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=189.0695;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=20.57;RPA=9,10;RU=T;SB=-5.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,67:82:99:1729,206,0 chrIV 630606 . TC T 819.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.859;DP=63;FS=1.306;HaplotypeScore=130.8064;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=1.053;QD=13.02;ReadPosRankSum=0.937;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,28:63:99:859,0,1153 chrIV 630672 . C CT,CTGCTG 1908.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.663;DP=54;FS=4.260;HaplotypeScore=218.5059;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.89;MQ0=0;MQRankSum=0.139;QD=35.35;ReadPosRankSum=1.525;SB=-6.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:8,23,15:54:99:1987,1233,1170,472,0,387 chrIV 636347 . G GA 1052.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=95.9467;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.18;MQ0=0;QD=19.87;RPA=7,8;RU=A;SB=-2.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,45:53:99:1095,129,0 chrIV 636900 . A AT 1140.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.257;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=33.2802;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=19.34;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.027;SB=-4.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,51:59:99:1183,135,0 chrIV 637094 . A AT 368.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.204;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=55.1252;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=6.05;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-1.532;SB=-1.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,21:61:99:408,0,250 chrIV 645503 . G GT 269.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=290.2558;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.34;MQ0=1;QD=30.00;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,8:8:24:312,24,0 chrIV 645508 . AT A 267.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=290.4368;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.94;MQ0=2;QD=26.80;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,8:8:24:310,24,0 chrIV 645515 . GGT G 312.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=285.9435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.94;MQ0=2;QD=31.30;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,8:8:24:355,24,0 chrIV 645524 . A ATG 315.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=285.6665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.94;MQ0=2;QD=31.60;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,8:8:24:358,24,0 chrIV 645544 . GT G 246.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=292.5082;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.73;MQ0=3;QD=22.45;RPA=2,1;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,8:8:24:289,24,0 chrIV 645574 . GA G 354.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=57.0022;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.16;MQ0=10;QD=16.90;RPA=2,1;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,11:11:33:397,33,0 chrIV 651554 . CT C 947.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.122;DP=104;FS=6.980;HaplotypeScore=512.5169;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.59;MQ0=0;MQRankSum=-8.092;QD=9.12;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=-1.408;SB=-4.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,37:104:99:987,0,1962 chrIV 651568 . GC G 1039.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.746;DP=111;FS=2.284;HaplotypeScore=575.7357;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.75;MQ0=0;MQRankSum=-8.726;QD=9.37;RPA=7,6;RU=C;ReadPosRankSum=-2.789;SB=-1.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,47:111:99:1079,0,1338 chrIV 652146 . T TAA 1372.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.485;DP=79;FS=1.947;HaplotypeScore=290.0706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.52;MQ0=0;MQRankSum=-5.124;QD=17.38;RPA=2,4;RU=A;ReadPosRankSum=-0.328;SB=-4.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,38:79:99:1412,0,1340 chrIV 652961 . CT C 479.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.952;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=38.8473;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=0.273;QD=11.71;RPA=8,7;RU=T;ReadPosRankSum=-0.820;SB=-2.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,30:41:99:519,0,133 chrIV 653267 . GAC G 655.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.798;DP=50;FS=4.854;HaplotypeScore=181.1836;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.354;QD=13.12;RPA=4,3;RU=AC;ReadPosRankSum=-0.605;SB=-1.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,19:50:99:695,0,875 chrIV 653334 . G GT 383.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.928;DP=62;FS=1.731;HaplotypeScore=271.3578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.174;QD=6.19;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=-1.441;SB=-7.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,21:62:45:423,0,45 chrIV 654343 . A AACG 862.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.454;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=18.9417;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQ0=0;MQRankSum=0.770;QD=12.15;ReadPosRankSum=-0.169;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,25:71:99:902,0,1511 chrIV 657631 . T TAA 452.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.789;DP=44;FS=4.646;HaplotypeScore=23.2561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.679;QD=10.29;RPA=8,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.887;SB=-1.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,17:44:99:492,0,540 chrIV 665217 . ATT A 1067.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.753;DP=107;FS=8.244;HaplotypeScore=138.3558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.219;QD=9.98;RPA=9,7;RU=T;ReadPosRankSum=0.017;SB=-1.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,41:107:99:1107,0,1348 chrIV 667994 . GA G 519.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.358;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=118.2176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.30;MQ0=0;MQRankSum=1.832;QD=6.93;RPA=6,5;RU=A;ReadPosRankSum=-0.644;SB=-2.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,27:75:99:559,0,710 chrIV 668815 . GA G 80.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9176;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.64;MQ0=0;QD=16.05;RPA=9,8;RU=A;SB=-2.475e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:122,15,0 chrIV 671243 . C CTTTT 1461.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.405;DP=66;FS=1.008;HaplotypeScore=212.3086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.57;MQ0=0;MQRankSum=-3.444;QD=22.15;RPA=3,7;RU=T;ReadPosRankSum=-0.152;SB=-5.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,27:66:99:1501,0,1701 chrIV 677842 . TGA T 1152.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=88.1661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.55;MQ0=0;QD=28.82;SB=-3.400e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,37:40:99:1195,109,0 chrIV 678226 . G GTT 960.60 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=112.3268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;QD=16.85;RPA=11,13;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,27:57:99:1002,115,0 chrIV 680128 . CT C 634.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.215;DP=82;FS=2.048;HaplotypeScore=174.7994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.704;QD=7.74;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.368;SB=-2.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,39:82:99:674,0,488 chrIV 681887 . T TCCAGTAG 798.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.574;DP=36;FS=2.529;HaplotypeScore=60.4954;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.35;MQ0=0;MQRankSum=-2.667;QD=22.19;ReadPosRankSum=2.137;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,9:36:99:838,0,2162 chrIV 683656 . G GT 590.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.455;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=144.6029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.02;MQ0=0;MQRankSum=0.596;QD=10.37;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=-0.636;SB=-2.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:57:99:630,0,400 chrIV 683941 . T TA 2725.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=472.2802;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.83;MQ0=0;QD=22.91;RPA=3,4;RU=A;SB=-8.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,90:119:99:2768,277,0 chrIV 688062 . CT C 286.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.126;DP=69;FS=4.037;HaplotypeScore=50.3000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=0.320;QD=4.16;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.553;SB=-8.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,21:69:99:326,0,399 chrIV 688182 . C CT 775.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.601;DP=95;FS=3.509;HaplotypeScore=140.7478;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.652;QD=8.17;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.489;SB=-2.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,42:95:99:815,0,533 chrIV 690573 . C CT 1012.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.030;DP=133;FS=2.670;HaplotypeScore=80.9452;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.030;QD=7.62;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.134;SB=-9.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,55:133:99:1052,0,813 chrIV 693401 . TAA T 1106.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.504;DP=67;FS=11.908;HaplotypeScore=23.8552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.834;QD=16.52;RPA=5,3;RU=A;ReadPosRankSum=-0.913;SB=-3.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,36:67:99:1146,0,1036 chrIV 694047 . G GTTA 847.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.961;DP=50;FS=1.202;HaplotypeScore=157.4948;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.59;MQ0=0;MQRankSum=0.902;QD=16.96;RPA=1,2;RU=TTA;ReadPosRankSum=-0.902;SB=-4.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,20:50:99:887,0,983 chrIV 694246 . A AT 342.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.663;DP=55;FS=6.578;HaplotypeScore=181.7579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.90;MQ0=0;MQRankSum=-2.279;QD=6.24;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=-1.433;SB=-9.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,15:55:99:382,0,565 chrIV 694249 . A ATG 713.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.597;DP=53;FS=6.309;HaplotypeScore=142.7202;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.55;MQ0=0;MQRankSum=-2.365;QD=13.47;ReadPosRankSum=-0.679;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,15:53:99:753,0,860 chrIV 694634 . A ATT 961.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.125;DP=82;FS=8.273;HaplotypeScore=101.4562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.753;QD=11.73;RPA=10,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.411;SB=-2.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:82:99:1001,0,930 chrIV 698189 . T TG 434.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.531;DP=41;FS=7.202;HaplotypeScore=112.5782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.748;QD=10.61;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=1.735;SB=-7.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,17:41:99:474,0,631 chrIV 701136 . AGAGTATTTCCCCAGG A 2405.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.490;DP=48;FS=1.240;HaplotypeScore=63.9377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.69;MQ0=0;MQRankSum=-4.903;QD=50.12;ReadPosRankSum=0.942;SB=-1.194e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,19:48:99:2445,0,3443 chrIV 702952 . AT A 559.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.813;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=82.8493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.436;QD=9.82;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=-0.009;SB=-2.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:57:99:599,0,580 chrIV 713058 . AG A 1932.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.829;DP=111;FS=47.889;HaplotypeScore=567.9408;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.80;MQ0=0;MQRankSum=-4.956;QD=17.41;ReadPosRankSum=1.881;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,66:111:99:1972,0,1290 chrIV 713187 . T TA 768.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.291;DP=95;FS=20.687;HaplotypeScore=122.9824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=0.508;QD=8.09;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=2.442;SB=-3.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,43:95:99:808,0,976 chrIV 718493 . AT A 753.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.701;DP=73;FS=2.176;HaplotypeScore=165.4006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=0.568;QD=10.33;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=0.469;SB=-3.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,40:73:99:793,0,585 chrIV 718713 . GT G 1283.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.423;DP=92;FS=5.370;HaplotypeScore=166.9494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.267;QD=13.96;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=-1.204;SB=-3.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,45:92:99:1323,0,1096 chrIV 718747 . TA T 690.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.512;DP=79;FS=10.765;HaplotypeScore=213.4776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=2.263;QD=8.75;RPA=6,5;RU=A;ReadPosRankSum=0.606;SB=-2.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,39:79:99:730,0,516 chrIV 721179 . G GGTTGGCTTTTCA 1013.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.444;DP=44;FS=3.018;HaplotypeScore=35.5910;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.412;QD=23.04;RPA=1,2;RU=GTTGGCTTTTCA;ReadPosRankSum=1.444;SB=-3.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,15:44:99:1053,0,2064 chrIV 721724 . GA G 298.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.522;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=30.9491;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=0.718;QD=5.64;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.524;SB=-5.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,20:53:99:338,0,441 chrIV 722221 . G GA 107.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=51.3434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=6.00;RPA=11,12;RU=A;SB=-9.981e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,8:18:24:150,24,0 chrIV 722250 . TAA T 147.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.047;DP=27;FS=2.086;HaplotypeScore=118.9841;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.72;MQ0=0;MQRankSum=-3.588;QD=5.48;RPA=7,5;RU=A;ReadPosRankSum=-0.039;SB=-2.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,9:27:99:187,0,329 chrIV 722282 . AG A 431.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.951;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=129.8893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.36;MQ0=0;MQRankSum=-4.503;QD=12.34;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=-0.121;SB=-6.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,16:35:99:471,0,529 chrIV 727773 . T TA 3197.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=34.3339;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;QD=28.05;RPA=3,4;RU=A;SB=-9.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,109:114:99:3240,319,0 chrIV 728148 . A AC 707.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.283;DP=50;FS=9.277;HaplotypeScore=48.6272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=1.829;QD=14.16;RPA=2,3;RU=C;ReadPosRankSum=0.736;SB=-3.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,28:50:99:747,0,530 chrIV 733497 . A AT 762.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.726;DP=148;FS=4.345;HaplotypeScore=146.1553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.479;QD=5.16;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.003;SB=-2.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,41:148:99:802,0,850 chrIV 734082 . ATTATAC A 2190.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.115;DP=73;FS=7.519;HaplotypeScore=21.5281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=0.185;QD=30.01;ReadPosRankSum=0.442;SB=-6.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:73:99:2230,0,1650 chrIV 742290 . G GGTTATTGTC 2278.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.285;DP=94;FS=0.984;HaplotypeScore=70.2107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.66;MQ0=1;MQRankSum=-5.830;QD=24.24;RPA=1,2;RU=GTTATTGTC;ReadPosRankSum=-1.560;SB=-6.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,38:93:99:2318,0,3384 chrIV 746353 . CAA C,CA 962.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=44.3458;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.64;MQ0=0;MQRankSum=0.604;QD=15.79;RPA=13,11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.443;SB=-3.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:18,27,0:61:99:1041,257,225,581,0,489 chrIV 747529 . GCAACAGCAGCAACAGCAAC G,GCAGCAAC 3221.92 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.187;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=430.1561;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=46.08;MQ0=0;MQRankSum=1.137;QD=60.79;ReadPosRankSum=1.794;SB=-8.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:22,0,0:53:99:3300,1771,2608,347,0,280 chrIV 748524 . TAA T 143.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=15.2959;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.72;MQ0=0;QD=15.89;RPA=14,12;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,5:9:21:185,21,0 chrIV 750901 . CT C 892.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.642;DP=89;FS=13.130;HaplotypeScore=22.6075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.944;QD=10.03;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=1.033;SB=-3.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,42:89:99:932,0,955 chrIV 751579 . T TG 648.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.169;DP=69;FS=0.974;HaplotypeScore=34.6450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQ0=0;MQRankSum=0.317;QD=9.41;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=-1.045;SB=-2.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,26:69:99:688,0,1132 chrIV 753495 . A AT 728.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.141;DP=73;FS=6.603;HaplotypeScore=158.0603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.529;QD=9.99;ReadPosRankSum=-0.059;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,38:73:99:768,0,1052 chrIV 791925 . CA C 358.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.900;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=53.6346;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=0.372;QD=8.55;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.116;SB=-1.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,24:42:99:398,0,141 chrIV 794603 . T TG 1411.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=32.7251;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=28.24;RPA=4,5;RU=G;SB=-4.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,48:50:99:1454,141,0 chrIV 801680 . CTCTTCTTCTTCTTCT C 1390.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.070;DP=50;FS=1.533;HaplotypeScore=21.1681;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.03;MQ0=0;MQRankSum=-2.355;QD=27.82;RPA=13,8;RU=TCT;ReadPosRankSum=1.888;SB=-3.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,12:50:99:1430,0,2245 chrIV 801915 . TCATCTTCATCTTCATCTTCATCTC T 3178.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.548;DP=103;FS=7.007;HaplotypeScore=137.4117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.65;MQ0=0;MQRankSum=-4.402;QD=30.86;ReadPosRankSum=1.244;SB=-1.542e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,49:103:99:3218,0,7584 chrIV 808166 . G GA 762.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.802;DP=73;FS=3.303;HaplotypeScore=90.8628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-2.238;QD=10.45;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=2.631;SB=-3.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,31:73:81:802,0,81 chrIV 808170 . A AT 826.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.458;DP=75;FS=9.003;HaplotypeScore=98.9193;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.100;QD=11.03;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=2.371;SB=-2.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,32:75:99:869,101,0 chrIV 810728 . G GCATCATCATCAT 957.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=62.0717;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.87;MQ0=0;QD=28.18;RPA=8,12;RU=CAT;SB=-6.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,14:34:48:1000,48,0 chrIV 811642 . A AG 808.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.777;DP=81;FS=1.964;HaplotypeScore=51.8074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=0.899;QD=9.99;ReadPosRankSum=-0.041;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,33:81:99:848,0,1341 chrIV 812962 . CATATAT CATATATAT,C 1952.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=85.8924;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.65;MQ0=0;QD=51.39;RPA=9,10,6;RU=AT;SB=-7.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:7,0,26:38:99:2031,1941,2342,178,0,392 chrIV 813091 . TTG T 1464.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.108;DP=81;FS=6.171;HaplotypeScore=102.7524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.663;QD=18.09;ReadPosRankSum=0.446;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,39:81:99:1504,0,1666 chrIV 816631 . TAA T,TA 3023.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.134;DP=185;FS=0.000;HaplotypeScore=408.7131;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.41;MQ0=0;MQRankSum=2.309;QD=16.35;RPA=13,11,12;RU=A;ReadPosRankSum=3.910;SB=-1.437e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:41,81,0:185:99:3102,897,1070,1581,0,1327 chrIV 816828 . TA T 1120.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.024;DP=157;FS=2.257;HaplotypeScore=211.0371;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.830;QD=7.14;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=-0.011;SB=-3.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,70:157:99:1160,0,1537 chrIV 816853 . AAGT A 2154.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.131;DP=177;FS=6.479;HaplotypeScore=174.7788;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.67;MQ0=1;MQRankSum=-1.107;QD=12.17;RPA=4,3;RU=AGT;ReadPosRankSum=0.738;SB=-1.025e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:107,57:176:99:2194,0,3371 chrIV 817682 . AAT A 773.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.730;DP=73;FS=10.571;HaplotypeScore=31.8641;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.830;QD=10.60;RPA=3,2;RU=AT;ReadPosRankSum=0.150;SB=-2.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,23:73:99:813,0,809 chrIV 817729 . G GT 265.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.185;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=48.3481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.725;QD=7.19;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.476;SB=-6.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,15:37:99:305,0,251 chrIV 821075 . T TAAA,TA 1657.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.767;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=103.5985;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.28;MQ0=0;MQRankSum=0.994;QD=23.35;RPA=8,11,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.824;SB=-3.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:9,17,42:71:99:1736,827,947,704,0,554 chrIV 835638 . G GAA 469.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.220;DP=73;FS=1.064;HaplotypeScore=67.9657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.981;QD=6.44;RPA=13,15;RU=A;ReadPosRankSum=-0.854;SB=-2.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,16:72:99:509,0,484 chrIV 840497 . AT A 1407.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.602;DP=113;FS=55.743;HaplotypeScore=164.0702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=1.098;QD=12.46;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=-1.281;SB=-7.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,68:112:99:1447,0,865 chrIV 843550 . A AT 265.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.764;DP=53;FS=2.653;HaplotypeScore=303.4062;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.59;MQ0=0;MQRankSum=-5.593;QD=5.02;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=-0.867;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,17:53:99:305,0,1083 chrIV 843565 . CTTA C 939.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.913;DP=53;FS=2.814;HaplotypeScore=243.6503;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.07;MQ0=0;MQRankSum=-5.776;QD=17.74;ReadPosRankSum=1.003;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,19:53:99:979,0,1725 chrIV 845132 . T TC 1235.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.100;DP=76;FS=6.410;HaplotypeScore=260.6093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.99;MQ0=0;MQRankSum=0.997;QD=16.26;RPA=2,3;RU=C;ReadPosRankSum=1.052;SB=-5.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,43:76:99:1275,0,743 chrIV 849399 . G GTCT 955.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.106;DP=66;FS=2.328;HaplotypeScore=77.7812;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.123;QD=14.48;RPA=1,2;RU=TCT;ReadPosRankSum=-1.221;SB=-4.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,22:66:99:995,0,1661 chrIV 851071 . CTCCCCA C 1807.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.491;DP=47;FS=1.338;HaplotypeScore=113.7324;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.09;MQ0=0;MQRankSum=0.397;QD=38.47;RPA=2,1;RU=TCCCCA;ReadPosRankSum=0.331;SB=-4.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,24:47:99:1847,0,1522 chrIV 854086 . AT A 686.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.447;DP=100;FS=1.872;HaplotypeScore=65.6741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.80;MQ0=0;MQRankSum=1.799;QD=6.87;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.483;SB=-2.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,50:100:99:726,0,856 chrIV 864990 . C CT,CTT 718.94 filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.686;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=105.9339;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=48.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.762;QD=15.98;RPA=11,12,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.057;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:6,26,11:45:99:797,178,155,362,0,414 chrIV 867984 . TA T 161.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.366;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=36.3505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQ0=0;MQRankSum=0.027;QD=5.06;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.952;SB=-8.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,12:32:99:201,0,241 chrIV 868111 . CA C 374.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.338;DP=38;FS=1.527;HaplotypeScore=47.6366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.612;QD=9.87;RPA=6,5;RU=A;ReadPosRankSum=-0.269;SB=-1.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,20:38:99:414,0,263 chrIV 870568 . G GT 1045.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.915;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=116.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=1.112;QD=13.76;ReadPosRankSum=-2.196;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,34:76:99:1085,0,1403 chrIV 870706 . CT C 630.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.014;DP=93;FS=1.693;HaplotypeScore=460.6089;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.441;QD=6.78;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.749;SB=-7.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,34:93:99:670,0,227 chrIV 870855 . AG A 572.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.210;DP=40;FS=3.495;HaplotypeScore=31.4571;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.182;QD=14.32;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=0.507;SB=-1.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,20:40:99:612,0,342 chrIV 870950 . G GT 1320.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.097;DP=87;FS=3.755;HaplotypeScore=90.9657;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.118;QD=15.18;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.522;SB=-6.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,58:87:60:1363,60,0 chrIV 871818 . A AAAG 306.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=84.8088;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.39;MQ0=1;QD=18.00;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,6:16:21:348,21,0 chrIV 877701 . A AAT 266.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.933;DP=40;FS=33.015;HaplotypeScore=233.5883;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.17;MQ0=22;MQRankSum=-0.667;QD=6.67;ReadPosRankSum=2.267;SB=-2.994e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,10:15:99:306,0,209 chrIV 877705 . TA T 173.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.165;DP=39;FS=34.776;HaplotypeScore=210.0116;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.76;MQ0=21;MQRankSum=-0.965;QD=4.46;ReadPosRankSum=3.165;SB=-2.977e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,10:15:99:213,0,200 chrIV 877876 . GT G 487.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.158;DP=58;FS=3.068;HaplotypeScore=84.3506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.63;MQ0=0;MQRankSum=-5.846;QD=8.41;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=0.104;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,24:54:99:527,0,696 chrIV 878026 . G GA 1801.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.883;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=254.3042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.05;MQ0=0;MQRankSum=0.271;QD=17.84;ReadPosRankSum=-2.373;SB=-5.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,56:101:99:1841,0,1183 chrIV 884500 . CT C 97.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.520;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=26.8659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.896;QD=6.12;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.278;SB=-5.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,7:15:72:137,0,72 chrIV 884692 . TA T 497.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.117;DP=70;FS=4.116;HaplotypeScore=102.6880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=0.775;QD=7.11;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=0.621;SB=-8.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,29:70:99:537,0,861 chrIV 887046 . AT A 464.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.690;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=145.3063;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.55;MQ0=0;MQRankSum=1.120;QD=8.94;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=2.791;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,29:52:99:504,0,384 chrIV 892532 . CAA CAAAA,C 564.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.456;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=29.1319;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=51.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.317;QD=15.69;RPA=13,15,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.733;SB=-9.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:12,0,11:36:99:643,303,431,409,0,651 chrIV 905294 . TA T 348.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.993;DP=56;FS=7.684;HaplotypeScore=15.5801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=1.079;QD=6.23;RPA=6,5;RU=A;ReadPosRankSum=-0.744;SB=-1.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:56:99:388,0,382 chrIV 911454 . C CT 427.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.833;DP=97;FS=12.271;HaplotypeScore=144.3769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=1.216;QD=4.41;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.729;SB=-1.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,28:97:99:467,0,677 chrIV 911744 . TA T 541.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.655;DP=64;FS=9.867;HaplotypeScore=19.5513;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=0.940;QD=8.47;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.847;SB=-1.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,24:64:99:581,0,986 chrIV 914943 . AT A 413.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.264;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=138.6596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.792;QD=8.28;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=0.380;SB=-1.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,21:50:99:453,0,408 chrIV 921648 . C CT 491.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.210;DP=74;FS=3.332;HaplotypeScore=85.2198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.780;QD=6.65;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=0.107;SB=-2.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,31:74:99:531,0,633 chrIV 921813 . CAA C 225.02 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.778;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=54.3086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.81;MQ0=0;MQRankSum=1.202;QD=12.50;RPA=20,18;RU=A;ReadPosRankSum=2.051;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,10:18:16:264,0,16 chrIV 923065 . G GC 167.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.174;DP=51;FS=18.759;HaplotypeScore=202.4090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.28;MQ0=0;MQRankSum=0.715;QD=3.29;ReadPosRankSum=2.976;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,14:51:99:207,0,933 chrIV 923066 . T TGC 374.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.357;DP=51;FS=14.867;HaplotypeScore=181.0602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.040;QD=7.35;ReadPosRankSum=2.179;SB=-1.800e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,14:51:99:414,0,1191 chrIV 924026 . T TA 363.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.220;DP=51;FS=6.267;HaplotypeScore=81.2397;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.603;QD=7.14;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.785;SB=-1.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,21:51:99:403,0,447 chrIV 927319 . C CT 327.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.219;DP=43;FS=5.816;HaplotypeScore=21.1796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=0.758;QD=7.63;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-2.071;SB=-1.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,14:43:99:367,0,217 chrIV 927438 . G GT 1204.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=20.6389;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=19.13;RPA=9,10;RU=T;SB=-2.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,52:63:99:1247,150,0 chrIV 929171 . GT G 93.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.533;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=50.3787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.533;QD=3.03;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.271;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,11:31:70:133,0,70 chrIV 929184 . AT A 103.05 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=46.6083;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;QD=5.15;RPA=12,11;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,9:20:20:145,20,0 chrIV 929305 . TA T 133.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.193;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=26.1719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.627;QD=7.88;RPA=6,5;RU=A;ReadPosRankSum=-0.965;SB=-2.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,7:17:99:173,0,124 chrIV 929454 . GA G 525.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.822;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=29.9789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=1.012;QD=6.57;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.484;SB=-2.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,31:80:99:565,0,341 chrIV 930379 . TTA T 523.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.377;DP=50;FS=5.798;HaplotypeScore=22.7301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQ0=0;MQRankSum=0.431;QD=10.48;RPA=6,5;RU=TA;ReadPosRankSum=0.216;SB=-1.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,20:50:99:563,0,262 chrIV 930964 . CATATATAT C,CAT 1425.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=32.7470;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.96;MQ0=0;QD=38.54;RPA=11,7,8;RU=AT;SB=-3.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:15,7,0:37:99:1504,459,412,255,0,195 chrIV 936493 . AT A 1699.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.735;DP=132;FS=8.612;HaplotypeScore=883.2972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.02;MQ0=0;MQRankSum=2.696;QD=12.88;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=-0.972;SB=-7.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,79:132:99:1739,0,1122 chrIV 940960 . GA G 384.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.849;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=290.5123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.183;QD=5.27;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.036;SB=-9.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,24:73:99:424,0,653 chrIV 945281 . T TA 759.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.165;DP=69;FS=11.219;HaplotypeScore=14.9252;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQ0=0;MQRankSum=0.020;QD=11.01;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.140;SB=-2.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,39:69:99:799,0,445 chrIV 950553 . A AT 4833 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=170;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=230.7609;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.26;MQ0=0;QD=28.43;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.726e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,146:170:99:4833,400,0 chrIV 964572 . CT C 1551.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=19.7603;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.04;MQ0=0;QD=22.49;RPA=6,5;RU=T;SB=-3.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,62:69:99:1594,180,0 chrIV 976688 . TAA T 377.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.302;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=281.5761;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.302;QD=18.00;ReadPosRankSum=1.302;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,14:21:40:420,40,0 chrIV 976691 . TGATCAGCATATACGTC T 2337.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=81.5514;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.44;MQ0=0;QD=146.12;SB=-8.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,14:16:48:2380,48,0 chrIV 977331 . AT A 1458.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.268;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=35.9586;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.400;QD=18.47;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.087;SB=-7.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,69:79:99:1501,162,0 chrIV 992356 . TA T 400.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=278.3385;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.81;MQ0=16;QD=13.37;RPA=3,2;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,13:14:39:443,39,0 chrIV 992381 . GA G 142.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=113.6883;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.44;MQ0=10;QD=8.89;RPA=2,1;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,6:5:15:184,15,0 chrIV 992642 . AAGTT A 2026.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=27.3381;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.42;MQ0=3;QD=51.97;SB=-5.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,32:36:96:2069,96,0 chrIV 993018 . GT G 2003.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=661.5983;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.50;MQ0=0;QD=22.52;RPA=8,7;RU=T;SB=-5.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,77:89:99:2046,228,0 chrIV 1012110 . A AT 1472.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.069;DP=100;FS=2.416;HaplotypeScore=123.5816;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.455;QD=14.73;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.701;SB=-3.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,67:99:99:1515,127,0 chrIV 1013362 . C CA 2048.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.093;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=209.2766;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.89;MQ0=0;MQRankSum=0.761;QD=20.49;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.872;SB=-2.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,91:100:99:2091,231,0 chrIV 1014377 . CG C 1205.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=18.3578;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.33;MQ0=0;QD=28.71;RPA=3,2;RU=G;SB=-5.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,39:42:99:1248,108,0 chrIV 1016710 . TC T 1404.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.752;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=15.6962;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.275;QD=25.09;RPA=10,9;RU=C;ReadPosRankSum=0.948;SB=-5.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,52:56:99:1447,131,0 chrIV 1022798 . AT A 4125 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;FS=0.000;HaplotypeScore=46.9456;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=25.15;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.709e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,162:164:99:4125,421,0 chrIV 1038649 . GTCA G 2293.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=40.4512;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.80;MQ0=0;QD=21.05;RPA=10,9;RU=TCA;SB=-1.140e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:48,58:109:99:2336,162,0 chrIV 1052356 . AT A 1419.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=78.0523;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.71;MQ0=0;QD=24.07;RPA=6,5;RU=T;SB=-6.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:59:99:1462,165,0 chrIV 1054746 . CTTTTTAAAAAAAAAAAT C 4815 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.618;DP=69;FS=15.042;HaplotypeScore=196.8917;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.82;MQ0=0;MQRankSum=-5.224;QD=69.78;ReadPosRankSum=2.189;SB=-1.318e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,27:69:99:4815,0,2801 chrIV 1054847 . ATT A 423.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.362;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=78.3024;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.11;MQ0=0;MQRankSum=0.702;QD=13.25;RPA=12,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.693;SB=-1.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,17:32:80:463,0,80 chrIV 1055136 . G GA 1115.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.725;DP=85;FS=7.907;HaplotypeScore=151.1485;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=0.651;QD=13.13;RPA=3,4;RU=A;ReadPosRankSum=-0.025;SB=-3.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,47:85:99:1155,0,773 chrIV 1055183 . C CA 257.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.687;DP=51;FS=12.493;HaplotypeScore=265.4974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.024;QD=5.06;ReadPosRankSum=0.482;SB=-4.500e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,14:51:99:297,0,177 chrIV 1057730 . AT A 659.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.992;DP=73;FS=4.125;HaplotypeScore=267.1031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQ0=1;MQRankSum=0.258;QD=9.04;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=0.612;SB=-7.001e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,28:72:99:699,0,970 chrIV 1057873 . AT A 200.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.143;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=292.4364;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.87;MQ0=0;MQRankSum=2.143;QD=6.09;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=2.143;SB=-2.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,13:33:33:243,33,0 chrIV 1057929 . A ATTT,ATT 348.94 filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=94.7452;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=46.14;MQ0=0;QD=21.81;RPA=11,14,13;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:3,5,7:16:92:427,131,101,129,0,92 chrIV 1075461 . G GA 1383.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.920;DP=152;FS=7.029;HaplotypeScore=38.8407;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.794;QD=9.11;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=0.268;SB=-5.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,69:152:99:1423,0,1270 chrIV 1080944 . GTGTATGTAATGTTAAGCGCTAAATA G 2790.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=22.9918;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.14;MQ0=0;QD=90.03;RPA=2,1;RU=TGTATGTAATGTTAAGCGCTAAATA;SB=-2.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,22:31:60:2833,60,0 chrIV 1084521 . GA G 59.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.531;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=88.0205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.211;QD=0.44;RPA=15,14;RU=A;ReadPosRankSum=0.830;SB=-3.688e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,19:135:99:99,0,1182 chrIV 1084685 . GA G 635.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.730;DP=62;FS=1.752;HaplotypeScore=21.8454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;MQ0=0;MQRankSum=0.639;QD=10.25;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=1.138;SB=-3.165e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,40:62:6:675,6,0 chrIV 1090113 . GAAAAA G 926.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.726;DP=65;FS=1.408;HaplotypeScore=284.8637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.45;MQ0=0;MQRankSum=-5.299;QD=14.26;RPA=17,12;RU=A;ReadPosRankSum=3.712;SB=-2.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,15:65:99:966,0,1253 chrIV 1092652 . A AAG 2380.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.317;DP=121;FS=2.528;HaplotypeScore=36.3457;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.584;QD=19.68;ReadPosRankSum=1.763;SB=-9.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,68:121:99:2420,0,1301 chrIV 1101983 . C CTT 271.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.207;DP=52;FS=3.256;HaplotypeScore=31.8711;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.094;QD=5.23;RPA=12,14;RU=T;ReadPosRankSum=-2.356;SB=-1.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,9:52:99:311,0,400 chrIV 1105909 . ATT A,AT 497.72 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.681;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=73.2388;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.971;QD=5.93;RPA=16,14,15;RU=T;ReadPosRankSum=0.768;SB=-2.276e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:44,10,1:84:42:574,354,636,42,0,67 chrIV 1108233 . C CAT,CATAT 5020 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=165;FS=0.000;HaplotypeScore=53.7793;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.38;MQ0=0;QD=30.42;RPA=5,6,7;RU=AT;SB=-2.322e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:21,71,71:165:99:5020,1652,1284,2352,0,2156 chrIV 1108511 . T TC 2191.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=117.6055;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.70;MQ0=0;QD=34.79;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,60:63:99:2234,175,0 chrIV 1108600 . GAA G 621.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.870;DP=92;FS=6.992;HaplotypeScore=118.1658;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.260;QD=6.76;RPA=16,14;RU=A;ReadPosRankSum=2.237;SB=-1.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,25:92:99:661,0,481 chrIV 1109980 . C CT 573.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.352;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=116.0941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.15;MQ0=0;MQRankSum=0.915;QD=15.51;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=1.290;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,23:37:99:613,0,213 chrIV 1110188 . GA G 80.48 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;HaplotypeScore=1.0851;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.10;RPA=4,3;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:12:122,12,0 chrIV 1110371 . CA C 500.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.364;DP=60;FS=3.254;HaplotypeScore=172.7094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=2.015;QD=8.35;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=-1.964;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,30:60:99:540,0,143 chrIV 1111863 . AT A 3299 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=66.9802;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;QD=20.88;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.290e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,137:158:99:3299,392,0 chrIV 1114179 . A ATT 1465.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.737;DP=84;FS=0.916;HaplotypeScore=22.5362;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=-2.038;QD=17.45;RPA=1,3;RU=T;ReadPosRankSum=-0.014;SB=-3.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,38:84:99:1505,0,1705 chrIV 1135689 . G GA 198.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;DP=42;FS=3.315;HaplotypeScore=32.3613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=1.593;QD=4.74;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.458;SB=-9.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,10:42:99:238,0,210 chrIV 1150827 . AG A 5062 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=68.3435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.84;MQ0=0;QD=33.97;SB=-6.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,145:149:99:5062,419,0 chrIV 1150910 . A AG 4083 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=265.7165;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.59;MQ0=0;QD=27.97;RPA=2,3;RU=G;SB=-1.474e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,134:136:99:4083,373,0 chrIV 1151347 . CTCA C 1876.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.830;DP=87;FS=5.641;HaplotypeScore=853.1981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.29;MQ0=0;MQRankSum=-7.560;QD=21.57;ReadPosRankSum=0.451;SB=-6.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,37:87:99:1916,0,2550 chrIV 1151357 . ACC A 1039.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.219;DP=74;FS=8.427;HaplotypeScore=821.6194;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.44;MQ0=0;MQRankSum=-7.197;QD=14.05;RPA=3,1;RU=C;ReadPosRankSum=1.052;SB=-2.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,29:74:99:1079,0,1785 chrIV 1151364 . T TGG 1032.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.187;DP=76;FS=6.580;HaplotypeScore=823.0026;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.75;MQ0=0;MQRankSum=-6.702;QD=13.59;ReadPosRankSum=1.189;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,29:76:99:1072,0,1965 chrIV 1151372 . T TTGA 1534.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.367;DP=78;FS=6.427;HaplotypeScore=791.8825;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.20;MQ0=0;MQRankSum=-6.257;QD=19.68;ReadPosRankSum=1.268;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,31:78:99:1574,0,2228 chrIV 1161342 . AC A 145.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.140;DP=44;FS=5.724;HaplotypeScore=310.1161;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.12;MQ0=15;MQRankSum=-2.186;QD=3.32;ReadPosRankSum=-0.489;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,8:29:99:185,0,529 chrIV 1161352 . T TAG 366.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.476;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=237.4772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.50;MQ0=14;MQRankSum=-2.238;QD=8.34;ReadPosRankSum=-0.689;SB=-5.800e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,9:30:99:406,0,717 chrIV 1161363 . TC T 643.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.148;DP=58;FS=6.562;HaplotypeScore=302.9927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.40;MQ0=14;MQRankSum=-3.436;QD=11.10;ReadPosRankSum=-2.336;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,22:44:99:683,0,604 chrIV 1161639 . TA T 661.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.317;DP=67;FS=2.067;HaplotypeScore=34.4996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.628;QD=9.88;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=-0.811;SB=-2.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,29:67:99:701,0,1155 chrIV 1174179 . C CA 566.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.310;DP=52;FS=4.675;HaplotypeScore=105.4654;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=0.264;QD=10.90;RPA=5,6;RU=A;ReadPosRankSum=1.092;SB=-1.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,27:52:99:606,0,367 chrIV 1174453 . TAAA TA,T 1472.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.808;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=76.0959;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.89;MQ0=0;MQRankSum=0.269;QD=28.33;RPA=11,9,8;RU=A;ReadPosRankSum=1.270;SB=-4.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:4,0,26:52:99:1551,539,410,525,0,450 chrIV 1174736 . C CA 3180.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=544.6838;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.99;MQ0=0;QD=34.20;RPA=1,2;RU=A;SB=-8.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,86:93:99:3223,268,0 chrIV 1174764 . G GT 445.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.319;DP=85;FS=1.049;HaplotypeScore=495.4396;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.44;MQ0=0;MQRankSum=1.999;QD=5.25;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=0.346;SB=-1.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,26:85:99:485,0,942 chrIV 1174994 . CT C 977.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.787;DP=91;FS=1.291;HaplotypeScore=294.0992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.21;MQ0=0;MQRankSum=-2.395;QD=10.75;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=-0.342;SB=-1.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,40:91:99:1017,0,1085 chrIV 1178330 . CT C 202.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.303;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=155.1375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQ0=0;MQRankSum=1.241;QD=2.54;RPA=16,15;RU=T;ReadPosRankSum=0.694;SB=-5.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,16:80:99:242,0,319 chrIV 1201847 . A AT 1209.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.331;DP=133;FS=9.975;HaplotypeScore=39.5864;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=0.375;QD=9.10;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.932;SB=-4.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,65:133:99:1249,0,945 chrIV 1238256 . A AAT 774.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.301;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=30.4136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.008;QD=7.52;RPA=5,6;RU=AT;ReadPosRankSum=-2.230;SB=-3.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,27:103:99:814,0,1321 chrIV 1241111 . GA G 893.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=38.7267;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;QD=14.19;RPA=12,11;RU=A;SB=-1.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,39:63:99:936,127,0 chrIV 1242276 . GA G 196.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.581;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=47.5714;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.76;MQ0=0;MQRankSum=0.775;QD=7.30;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.093;SB=-1.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,13:27:99:236,0,133 chrIV 1272102 . CT C 499.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.084;DP=61;FS=1.263;HaplotypeScore=89.0222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=0.253;QD=8.20;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.734;SB=-2.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,32:61:99:539,0,228 chrIV 1274074 . G GA 1223.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=212.5617;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.86;MQ0=0;QD=22.67;RPA=6,7;RU=A;SB=-5.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,49:54:99:1266,141,0 chrIV 1276579 . C CAGTT 5859 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=213.4246;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.77;MQ0=0;QD=54.76;RPA=1,2;RU=AGTT;SB=-1.892e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,93:107:99:5859,298,0 chrIV 1277186 . AT A 2785.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=131.4808;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.99;MQ0=0;QD=27.31;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.355e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,97:102:99:2828,259,0 chrIV 1278552 . A AG 1996.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.683;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=161.2590;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.381;QD=17.52;ReadPosRankSum=2.299;SB=-9.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,66:114:99:2036,0,824 chrIV 1305680 . TG T 2343.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=122.9994;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;QD=32.11;RPA=2,1;RU=G;SB=-7.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,61:73:99:2386,213,0 chrIV 1305715 . A AT 1599.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=160.7488;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.14;MQ0=0;QD=22.22;RPA=5,6;RU=T;SB=-2.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,66:72:99:1642,180,0 chrIV 1315228 . C CA 678.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.914;DP=108;FS=8.583;HaplotypeScore=44.9514;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=1.049;QD=6.29;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.844;SB=-1.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,42:108:99:718,0,716 chrIV 1330230 . G GT 1578.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=17.2447;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;QD=28.71;RPA=2,3;RU=T;SB=-7.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:55:99:1621,150,0 chrIV 1340778 . AT A 1082.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=132.9804;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.14;MQ0=0;QD=18.05;RPA=9,8;RU=T;SB=-3.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,51:60:99:1125,132,0 chrIV 1341641 . TCCCC T 4897 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=135.9920;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.97;MQ0=0;QD=54.41;RPA=11,7;RU=C;SB=-1.373e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,84:90:99:4897,253,0 chrIV 1344490 . AAGG A 951.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.165;DP=67;FS=1.056;HaplotypeScore=194.3140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.20;MQ0=0;MQRankSum=5.760;QD=14.21;RPA=3,2;RU=AGG;ReadPosRankSum=0.851;SB=-2.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,22:67:99:991,0,502 chrIV 1345379 . C CA 1065.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=19.4195;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.09;MQ0=0;QD=34.39;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,29:31:84:1108,84,0 chrIV 1346537 . CTGCTGT C 4128 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=19.4405;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.32;MQ0=0;QD=55.04;RPA=4,3;RU=TGCTGT;SB=-8.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,58:75:99:4128,172,0 chrIV 1352752 . A AT 221.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=340.1967;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.60;MQ0=9;QD=11.10;RPA=2,3;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,7:10:27:264,27,0 chrIV 1352757 . TG T 304.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=342.1566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.16;MQ0=7;QD=16.05;RPA=2,1;RU=G;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,10:11:30:347,30,0 chrIV 1352794 . TC T 265.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=209.5744;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.31;MQ0=6;QD=17.73;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,8:8:24:308,24,0 chrIV 1359411 . A AT 1281.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=39.3359;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=18.31;RPA=8,9;RU=T;SB=-6.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,57:70:99:1324,156,0 chrIV 1366917 . A AT 682.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.836;DP=158;FS=1.634;HaplotypeScore=110.4126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.159;QD=4.32;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.944;SB=-2.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,47:158:99:722,0,895 chrIV 1379771 . CT C 602.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.213;DP=69;FS=2.176;HaplotypeScore=152.3564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.767;QD=8.74;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.412;SB=-2.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,37:69:99:642,0,506 chrIV 1385147 . C CA 371.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.867;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=76.0787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.791;QD=6.53;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=1.355;SB=-1.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,21:57:99:411,0,642 chrIV 1385310 . C CT 1127.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.587;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=177.9907;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=0.236;QD=12.00;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=-1.275;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,45:94:99:1167,0,1243 chrIV 1386663 . GT G 686.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.303;DP=111;FS=1.756;HaplotypeScore=33.0218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQ0=0;MQRankSum=0.603;QD=6.19;RPA=8,7;RU=T;ReadPosRankSum=1.288;SB=-3.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,45:111:99:726,0,1093 chrIV 1398960 . CA C 1889.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=119.5375;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;QD=21.24;RPA=8,7;RU=A;SB=-6.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,83:89:99:1932,234,0 chrIV 1399551 . A AT 1223.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.475;DP=113;FS=9.275;HaplotypeScore=27.7555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.261;QD=10.83;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=-0.449;SB=-8.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,55:113:99:1263,0,967 chrIV 1399679 . TA T 210.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.532;DP=50;FS=1.257;HaplotypeScore=63.1106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=0.077;QD=4.22;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.541;SB=-1.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,15:50:99:250,0,435 chrIV 1400688 . T TCTC 680.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.017;DP=39;FS=3.092;HaplotypeScore=64.8746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=0.613;QD=17.46;RPA=1,2;RU=CTC;ReadPosRankSum=-1.109;SB=-3.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:39:99:720,0,640 chrIV 1401450 . A AC 1981.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=251.7443;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.61;MQ0=0;QD=24.47;RPA=3,4;RU=C;SB=-1.006e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,74:81:99:2024,201,0 chrIV 1402036 . A AT 1790.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=19.5065;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.46;MQ0=0;QD=25.22;RPA=3,4;RU=T;SB=-7.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,68:71:99:1833,186,0 chrIV 1406169 . GT G 1143.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=143.5335;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.73;MQ0=0;QD=22.88;RPA=5,4;RU=T;SB=-2.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,43:50:99:1186,126,0 chrIV 1410138 . A AT 2950.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=27.1470;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;QD=27.58;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.167e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,99:107:99:2993,277,0 chrIV 1424802 . T TTA 6092 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=172;FS=0.000;HaplotypeScore=46.3226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=2;QD=35.42;RPA=3,4;RU=TA;SB=-1.709e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,162:170:99:6092,460,0 chrIV 1429311 . GTTT G 1940.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=71.5548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.83;MQ0=0;QD=36.62;RPA=7,4;RU=T;SB=-6.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,43:53:99:1983,126,0 chrIV 1431941 . C CATATATAT 122.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=20.5130;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.80;MQ0=0;QD=3.15;RPA=6,10;RU=AT;SB=-6.575e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,12:39:6:163,6,0 chrIV 1443639 . A ATT 1085.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=133.0881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.58;MQ0=0;QD=20.09;RPA=3,5;RU=T;SB=-1.968e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,20:54:99:1127,129,0 chrIV 1447514 . A AT 498.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.191;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=468.3221;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.33;MQ0=0;MQRankSum=-3.543;QD=8.32;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.841;SB=-2.539e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,22:60:44:538,0,44 chrIV 1447521 . T TA 557.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.078;DP=63;FS=2.116;HaplotypeScore=458.8528;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.19;MQ0=0;MQRankSum=2.106;QD=8.86;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.042;SB=-2.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,21:63:72:600,72,0 chrIV 1450500 . AC A 1336.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.016;DP=106;FS=4.900;HaplotypeScore=262.8240;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.947;QD=12.61;ReadPosRankSum=0.821;SB=-5.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,51:106:99:1376,0,1697 chrIV 1450690 . A AT 604.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.330;DP=69;FS=5.429;HaplotypeScore=209.7354;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.71;MQ0=0;MQRankSum=-2.781;QD=8.77;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=-0.803;SB=-1.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:69:99:644,0,495 chrIV 1451128 . A AT 398.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.271;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=173.5426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.220;QD=4.48;ReadPosRankSum=-0.406;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,27:89:99:438,0,1617 chrIV 1453159 . AT A 499.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.473;DP=67;FS=5.386;HaplotypeScore=92.6063;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.304;QD=7.46;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=-0.054;SB=-1.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,24:67:99:539,0,890 chrIV 1456594 . A AAAACAT 1974.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.170;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=35.0317;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=0.751;QD=25.32;ReadPosRankSum=-0.899;SB=-5.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,34:78:99:2014,0,1676 chrIV 1458171 . T TTGTTGC 1284.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.090;DP=63;FS=8.268;HaplotypeScore=573.4505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.693;QD=20.40;ReadPosRankSum=2.571;SB=-6.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,22:63:99:1324,0,969 chrIV 1459281 . G GT 451.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.382;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=16.6428;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.038;QD=6.46;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.466;SB=-1.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,27:70:99:491,0,782 chrIV 1459631 . C CT 720.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.447;DP=75;FS=5.338;HaplotypeScore=185.9469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.06;MQ0=0;MQRankSum=-1.308;QD=9.61;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=-0.877;SB=-2.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,36:75:99:760,0,585 chrIV 1462121 . TACTATA T 1335.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.248;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=123.6112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.54;MQ0=0;MQRankSum=-4.174;QD=19.36;RPA=2,1;RU=ACTATA;ReadPosRankSum=0.028;SB=-4.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,20:69:99:1375,0,2357 chrIV 1462274 . G GA 806.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.361;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=27.9908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=1.624;QD=7.76;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=1.129;SB=-3.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,43:104:99:846,0,1051 chrIV 1468506 . C CA 394.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.015;DP=89;FS=5.455;HaplotypeScore=126.2858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=2.160;QD=4.44;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=0.030;SB=-1.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,26:89:99:434,0,414 chrIV 1468657 . CA C 1038.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=51.5116;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;QD=24.16;RPA=6,5;RU=A;SB=-3.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:43:99:1081,120,0 chrIV 1468883 . GT G 568.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.477;DP=46;FS=12.363;HaplotypeScore=120.5519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.161;QD=12.37;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=-1.751;SB=-1.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,28:46:99:608,0,367 chrIV 1469091 . GA G 336.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.175;DP=78;FS=15.917;HaplotypeScore=206.9581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.653;QD=4.32;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.758;SB=-1.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,26:78:99:376,0,824 chrIV 1469241 . G GA 108.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.841;DP=27;FS=1.824;HaplotypeScore=46.2051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.388;QD=4.04;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=0.484;SB=-2.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,8:27:99:148,0,342 chrIV 1470478 . TA T 902.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.830;DP=98;FS=3.126;HaplotypeScore=45.9969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=1.535;QD=9.21;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.319;SB=-3.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,52:98:99:942,0,519 chrIV 1470991 . C CT 559.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.790;DP=44;FS=1.298;HaplotypeScore=10.4329;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.507;QD=12.73;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=-1.638;SB=-1.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,20:44:99:599,0,755 chrIV 1474784 . ATTT A 17.26 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DP=13;FS=4.771;HaplotypeScore=13.7119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.13;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=1.33;RPA=17,14;RU=T;ReadPosRankSum=0.736;SB=-1.455e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:13:10:56,0,10 chrIV 1476639 . TTC T 835.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.200;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=35.1565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.387;QD=17.79;ReadPosRankSum=0.951;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,21:47:99:875,0,669 chrIV 1478129 . C CCCTGTT 525.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.471;DP=26;FS=2.027;HaplotypeScore=8.2439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.965;QD=20.23;RPA=3,4;RU=CCTGTT;ReadPosRankSum=0.225;SB=-2.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,8:26:99:565,0,416 chrIV 1483402 . ATTT A 1793.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.092;DP=77;FS=4.556;HaplotypeScore=290.5190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.724;QD=23.30;RPA=7,4;RU=T;ReadPosRankSum=1.088;SB=-7.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,42:77:99:1833,0,1254 chrIV 1483526 . A AT 1315.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.104;DP=142;FS=5.763;HaplotypeScore=209.6925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.530;QD=9.27;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=-0.642;SB=-5.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,65:142:99:1355,0,1098 chrIV 1485263 . GA G 738.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.779;DP=61;FS=3.738;HaplotypeScore=50.6520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.978;QD=12.11;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=-2.121;SB=-1.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:61:99:778,0,688 chrIV 1485402 . C CAAA,CA 670.95 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.818;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=121.8014;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.49;MQ0=0;MQRankSum=0.043;QD=19.17;ReadPosRankSum=0.645;SB=-3.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:11,9,9:35:61:749,119,61,443,0,385 chrIV 1487183 . G GA 882.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.363;DP=100;FS=9.012;HaplotypeScore=80.5387;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=0.811;QD=8.83;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=-1.151;SB=-2.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,45:100:99:922,0,987 chrIV 1487384 . CA C 1068.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;DP=62;FS=3.002;HaplotypeScore=81.3690;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=0.607;QD=17.24;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.967;SB=-2.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,44:62:99:1111,115,0 chrIV 1487429 . AT A 497.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.921;DP=58;FS=14.418;HaplotypeScore=276.6963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.25;MQ0=0;MQRankSum=0.856;QD=8.59;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.596;SB=-1.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,30:58:99:537,0,349 chrIV 1489201 . TA T 478.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.012;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=64.7189;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.623;QD=8.26;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=1.237;SB=-1.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,24:58:99:518,0,808 chrIV 1490904 . CTT C,CT 1172.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=124.4063;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.05;MQ0=0;QD=20.95;RPA=9,7,8;RU=T;SB=-3.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:9,26,0:56:99:1251,470,419,612,0,482 chrIV 1492419 . G GA 400.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.760;DP=69;FS=5.406;HaplotypeScore=370.3354;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.99;MQ0=0;MQRankSum=0.039;QD=5.81;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=-1.118;SB=-2.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,24:69:99:440,0,627 chrIV 1492428 . AAT A 2562.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=181.9026;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.61;MQ0=0;QD=40.68;SB=-1.043e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,59:63:99:2605,184,0 chrIV 1492503 . T TG 1139.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.444;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=163.2435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.233;QD=14.25;ReadPosRankSum=-1.195;SB=-4.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,30:80:99:1179,0,1247 chrIV 1492673 . TATTA T 3351 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=79.3827;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.32;MQ0=0;QD=42.96;RPA=2,1;RU=ATTA;SB=-1.571e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,72:78:99:3351,175,0 chrIV 1492707 . AG A 1118.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.865;DP=89;FS=8.035;HaplotypeScore=322.1881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.867;QD=12.57;ReadPosRankSum=-1.532;SB=-4.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,37:89:99:1158,0,1537 chrIV 1492990 . C CA 559.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.583;DP=86;FS=4.638;HaplotypeScore=107.4088;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.705;QD=6.51;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=-2.149;SB=-2.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,31:86:99:599,0,805 chrIV 1493077 . AT A 1064.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.592;DP=85;FS=0.857;HaplotypeScore=280.0446;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.005;QD=12.53;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=0.275;SB=-5.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,41:85:99:1104,0,1207 chrIV 1493178 . C CT 452.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.797;DP=97;FS=0.972;HaplotypeScore=182.4256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.86;MQ0=0;MQRankSum=0.461;QD=4.67;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-1.039;SB=-1.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,34:97:99:492,0,840 chrIV 1493407 . TCTGAG T 2561.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.600;DP=88;FS=3.320;HaplotypeScore=103.6524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.465;QD=29.11;ReadPosRankSum=0.595;SB=-6.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,41:88:99:2601,0,2635 chrIV 1493845 . GA G 2120.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.951;DP=174;FS=5.646;HaplotypeScore=1469.9923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.32;MQ0=0;MQRankSum=-4.008;QD=12.19;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=0.467;SB=-8.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,91:174:99:2160,0,1813 chrIV 1496147 . A AT 281.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.353;DP=54;FS=3.311;HaplotypeScore=53.9686;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.667;QD=5.22;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.972;SB=-9.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,18:54:99:321,0,563 chrIV 1498006 . CCGGGACCGATTTTTTTTTTTTTA C 695.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.380;DP=15;FS=8.195;HaplotypeScore=28.8477;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.529;QD=46.40;ReadPosRankSum=0.135;SB=-3.192e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,5:15:99:735,0,1109 chrIV 1500589 . G GTT 1069.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.361;DP=103;FS=4.480;HaplotypeScore=28.7889;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQ0=1;MQRankSum=0.423;QD=10.39;RPA=7,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.249;SB=-3.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,37:101:99:1109,0,1023 chrIV 1500668 . C CT 726.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.272;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=56.7568;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.04;MQ0=0;MQRankSum=0.476;QD=8.45;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=2.406;SB=-2.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,38:86:99:766,0,451 chrIV 1501055 . G GAAAA,GAA 1585.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=414.5960;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=45.89;MQ0=0;QD=18.88;RPA=12,16,14;RU=A;SB=-1.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:22,11,28:84:99:1664,717,726,481,0,325 chrIV 1502887 . AC A 1170.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.470;DP=77;FS=4.711;HaplotypeScore=283.4085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.113;QD=15.21;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=2.068;SB=-3.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,41:77:99:1210,0,956 chrIV 1502990 . TTC T 834.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.880;DP=57;FS=18.881;HaplotypeScore=51.7320;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.03;MQ0=0;MQRankSum=0.027;QD=14.65;ReadPosRankSum=-0.870;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,23:57:99:874,0,1208 chrIV 1503838 . C CAGA 353.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=75.7518;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=39.33;RPA=1,2;RU=AGA;SB=-1.358e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,7:9:24:396,24,0 chrIV 1505479 . C CT 1468.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=135.4148;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=17.28;RPA=7,8;RU=T;SB=-7.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,59:85:99:1511,174,0 chrIV 1505853 . AT A 2430.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=668.2154;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.12;MQ0=0;QD=28.27;RPA=3,2;RU=T;SB=-9.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,78:86:99:2473,229,0 chrIV 1506383 . T TA 832.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.140;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=65.8284;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.03;MQ0=0;MQRankSum=1.537;QD=13.88;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.304;SB=-3.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,34:60:61:875,61,0 chrIV 1512588 . T TA 580.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.642;DP=43;FS=3.227;HaplotypeScore=38.0166;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.418;QD=13.51;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=-0.064;SB=-2.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,28:43:99:620,0,169 chrIV 1513956 . C CTTT,CTT 2622.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=59.7860;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.50;MQ0=0;QD=24.06;RPA=11,14,13;RU=T;SB=-1.261e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:24,26,52:109:99:2701,822,628,740,0,500 chrIV 1514595 . C CA 909.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.100;DP=100;FS=4.451;HaplotypeScore=256.1561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=0.223;QD=9.10;RPA=5,6;RU=A;ReadPosRankSum=-1.981;SB=-3.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,44:100:99:949,0,1014 chrIV 1514915 . AT A 1361.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.853;DP=127;FS=0.711;HaplotypeScore=151.3868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.321;QD=10.72;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=1.362;SB=-6.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,52:127:99:1401,0,1558 chrIV 1515034 . TAA T,TA 4995 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.612;DP=223;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=408.9262;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.452;QD=22.40;RPA=11,9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.070;SB=-1.261e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:25,113,0:222:99:4995,1815,1633,2451,0,1930 chrIV 1515941 . A AATAG 7212 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=706.2776;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.70;MQ0=0;QD=56.79;SB=-1.694e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,114:127:99:7212,346,0 chrIV 1516639 . A AT 2209.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.955;DP=172;FS=0.000;HaplotypeScore=1761.7515;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.316;QD=12.85;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=2.155;SB=-1.092e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:105,67:172:99:2252,302,0 chrIV 1516641 . T TG 2455.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.691;DP=176;FS=5.672;HaplotypeScore=1798.0100;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.19;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=13.95;ReadPosRankSum=4.503;SB=-1.134e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:79,90:176:99:2498,219,0 chrIV 1516655 . AG A 2349.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.684;DP=183;FS=8.976;HaplotypeScore=1904.7659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.05;MQ0=0;MQRankSum=-5.712;QD=12.84;ReadPosRankSum=-0.954;SB=-7.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,82:183:99:2389,0,2810 chrIV 1517680 . GT G 476.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.248;DP=92;FS=1.099;HaplotypeScore=393.7463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.225;QD=5.18;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.799;SB=-8.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,39:92:99:516,0,733 chrIV 1517858 . G GA 1423.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=127.7291;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.22;MQ0=0;QD=22.60;RPA=8,9;RU=A;SB=-3.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,53:63:99:1466,174,0 chrIV 1518000 . AC A 2068.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.880;DP=127;FS=0.718;HaplotypeScore=279.2262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.14;MQ0=0;MQRankSum=0.754;QD=16.29;ReadPosRankSum=0.152;SB=-7.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,72:127:99:2108,0,1337 chrIV 1518196 . GTTC G 1484.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.859;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=141.9746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.57;MQ0=0;MQRankSum=0.082;QD=15.31;ReadPosRankSum=-0.210;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,39:97:99:1524,0,2313 chrIV 1518948 . G GT 937.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.361;DP=70;FS=1.840;HaplotypeScore=236.0270;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.659;QD=13.40;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=1.391;SB=-3.279e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,44:70:51:980,51,0 chrIV 1521561 . TA T 1954.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=566.1412;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.79;MQ0=0;QD=25.06;RPA=5,4;RU=A;SB=-6.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,71:78:99:1997,204,0 chrIV 1521818 . C CAA,CA 1566.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.188;DP=94;FS=6.464;HaplotypeScore=998.6569;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=38.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.833;QD=16.67;RPA=11,13,12;RU=A;ReadPosRankSum=-1.251;SB=-7.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:30,28,30:94:99:1645,587,498,632,0,477 chrIV 1521847 . CAAGTGCTAATTATATCTTTTCCTTGACAA C 11144 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=281.8736;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.06;MQ0=0;QD=188.88;SB=-5.163e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,40:59:99:11144,154,0 chrIV 1522428 . A AT 1822.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=620.2699;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.48;MQ0=0;QD=29.40;SB=-6.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,52:62:99:1865,173,0 chrIV 1522430 . AT A 1821.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=605.0360;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.52;MQ0=0;QD=30.37;SB=-6.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,52:60:99:1864,174,0 chrIV 1522520 . T TG 1678.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=447.8300;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.82;MQ0=0;QD=30.53;SB=-7.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:55:99:1721,147,0 chrIV 1522851 . C CT 1737.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=263.8334;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.54;MQ0=0;QD=30.49;RPA=2,3;RU=T;SB=-7.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,55:57:99:1780,165,0 chrIV 1522916 . T TG 1166.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=256.0010;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.75;MQ0=0;QD=28.46;RPA=2,3;RU=G;SB=-5.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,35:41:99:1209,108,0 chrIV 1524923 . AG A 1239.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.848;DP=81;FS=6.110;HaplotypeScore=690.1104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.94;MQ0=10;MQRankSum=0.012;QD=15.31;ReadPosRankSum=1.035;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,51:50:99:1279,0,285 chrIV 1524932 . ATGGAG A 1538.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.619;DP=64;FS=6.284;HaplotypeScore=454.0524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.92;MQ0=10;MQRankSum=0.223;QD=24.05;RPA=2,1;RU=TGGAG;ReadPosRankSum=-3.187;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,25:36:99:1578,0,423 chrIV 1524971 . AT A 286.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.621;DP=115;FS=2.916;HaplotypeScore=1047.9098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.59;MQ0=5;MQRankSum=1.263;QD=2.50;ReadPosRankSum=-4.268;SB=-3.300e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,21:82:99:326,0,1776 chrIX 19803 . CAA C,CA 1953.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=57.9108;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=42.99;MQ0=1;QD=17.45;RPA=9,7,8;RU=A;SB=-8.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:7,35,0:105:99:2032,1263,1318,638,0,383 chrIX 21236 . TA T 432.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.957;DP=42;FS=8.034;HaplotypeScore=404.5347;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.73;MQ0=2;MQRankSum=-0.499;QD=10.31;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=-2.341;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,19:39:99:472,0,142 chrIX 21244 . TA T 199.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.676;DP=35;FS=6.495;HaplotypeScore=400.7690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.59;MQ0=2;MQRankSum=0.546;QD=5.71;RPA=6,5;RU=A;ReadPosRankSum=1.593;SB=-5.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,14:33:99:239,0,132 chrIX 21252 . C CTA 385.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=171.9291;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.50;MQ0=3;QD=20.31;SB=-4.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,7:16:40:428,40,0 chrIX 22809 . AAAAAAAT A 2205.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.842;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=113.4534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.14;MQ0=9;MQRankSum=4.205;QD=40.11;ReadPosRankSum=-0.674;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,34:45:99:2245,0,1064 chrIX 30450 . GA G 2065.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=148.6276;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.84;MQ0=0;QD=27.55;RPA=3,2;RU=A;SB=-5.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,69:75:99:2108,198,0 chrIX 30632 . G GAATATTGACATATATACTAAAA 13051 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=523.0529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.15;MQ0=0;QD=151.76;SB=-3.969e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,26:85:99:13051,205,0 chrIX 30802 . TAA T 1790.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.000;DP=77;FS=21.089;HaplotypeScore=982.7003;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.54;MQ0=0;MQRankSum=-4.354;QD=23.26;RPA=5,3;RU=A;ReadPosRankSum=4.456;SB=-5.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,47:77:85:1833,85,0 chrIX 30821 . A AAAT 2416.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.173;DP=72;FS=4.702;HaplotypeScore=898.7465;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.782;QD=33.57;ReadPosRankSum=1.006;SB=-7.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,34:72:99:2459,160,0 chrIX 30858 . A AT 982.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.652;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=507.9453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.766;QD=16.11;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.652;SB=-4.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,41:60:99:1025,109,0 chrIX 33577 . C CA 3163.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.119;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=1397.2016;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.283;QD=22.93;RPA=3,4;RU=A;ReadPosRankSum=0.198;SB=-8.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,130:138:99:3206,374,0 chrIX 37201 . C CTTTTT,CTTTTTT 1294.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.091;DP=38;FS=5.283;HaplotypeScore=130.1764;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=50.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.091;QD=34.08;RPA=11,16,17;RU=T;ReadPosRankSum=-0.321;SB=-3.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:21,5,8:38:84:1373,219,145,146,0,84 chrIX 37299 . CT C 3311 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.594;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=262.2343;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.524;QD=20.57;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.247;SB=-4.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,155:161:99:3311,423,0 chrIX 39043 . C CTAA 7877 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=11.184;DP=239;DS;FS=8.884;HaplotypeScore=767.1613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.10;MQ0=0;MQRankSum=-3.107;QD=32.96;RPA=1,2;RU=TAA;ReadPosRankSum=0.451;SB=-6.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,170:239:99:7877,0,2173 chrIX 39373 . T TA 592.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.986;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=289.0905;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.19;MQ0=0;MQRankSum=1.123;QD=12.35;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.173;SB=-1.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,29:48:6:633,6,0 chrIX 39412 . CA C 736.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=302.3765;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.55;MQ0=0;QD=19.39;RPA=5,4;RU=A;SB=-2.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,29:38:87:779,87,0 chrIX 41632 . GT G 1448.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=21.2766;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.42;MQ0=0;QD=25.87;RPA=3,2;RU=T;SB=-4.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,52:56:99:1491,144,0 chrIX 44284 . ACCACCACCG A 4500 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=123.9517;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.17;MQ0=0;QD=93.75;SB=-1.083e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,45:48:99:4500,129,0 chrIX 49527 . G GCAACAGCAA 8418 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=330.5661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.29;MQ0=0;QD=93.53;SB=-2.479e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,76:90:99:8418,265,0 chrIX 51318 . ATT A 3293 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=141.4783;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.77;MQ0=0;QD=28.63;RPA=11,9;RU=T;SB=-4.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,101:115:99:3293,310,0 chrIX 51552 . C CTT 371.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=18.4790;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.37;MQ0=0;QD=12.40;RPA=13,15;RU=T;SB=-3.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,8:30:47:414,47,0 chrIX 56788 . AAGC A 791.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.138;DP=63;FS=4.388;HaplotypeScore=48.5953;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.329;QD=12.57;RPA=8,7;RU=AGC;ReadPosRankSum=0.564;SB=-2.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,21:63:99:831,0,784 chrIX 57277 . C CAA 986.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.151;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=97.3208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=1.702;QD=10.17;RPA=16,18;RU=A;ReadPosRankSum=-2.415;SB=-4.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:54,36:95:50:1029,50,0 chrIX 68535 . C CG 882.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.695;DP=78;FS=0.961;HaplotypeScore=201.1431;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.59;MQ0=0;MQRankSum=-3.323;QD=11.32;ReadPosRankSum=0.708;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,32:78:99:922,0,1227 chrIX 69689 . GT G 993.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.723;DP=120;FS=1.007;HaplotypeScore=923.9477;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.25;MQ0=0;MQRankSum=-3.708;QD=8.28;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.829;SB=-3.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,62:120:99:1033,0,280 chrIX 83075 . T TA 3353 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=1594.5546;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.37;MQ0=0;QD=33.20;SB=-7.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:101:99:3353,295,0 chrIX 83080 . CT C 3038.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=1642.0944;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.24;MQ0=0;QD=29.79;RPA=4,3;RU=T;SB=-6.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:102:99:3081,304,0 chrIX 83182 . A AT 759.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.429;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=89.1048;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.65;MQ0=0;MQRankSum=1.469;QD=7.92;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.938;SB=-3.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,47:96:99:799,0,608 chrIX 88738 . A AT 418.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.480;DP=91;FS=0.957;HaplotypeScore=52.9064;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=0.873;QD=4.60;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.494;SB=-1.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,29:91:99:458,0,567 chrIX 89070 . C CT 982.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.760;DP=102;FS=1.846;HaplotypeScore=52.1254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQ0=0;MQRankSum=2.027;QD=9.64;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=-0.385;SB=-3.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,51:102:99:1022,0,720 chrIX 97064 . CT C 945.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=41.7271;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.84;MQ0=0;QD=16.31;RPA=9,8;RU=T;SB=-6.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,50:58:99:988,129,0 chrIX 100618 . AG A 2100.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=152.0726;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.24;MQ0=0;QD=30.45;RPA=3,2;RU=G;SB=-9.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,67:69:99:2143,199,0 chrIX 102536 . CTTTTTT C 3169.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.412;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=324.9417;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.24;MQ0=0;MQRankSum=0.064;QD=43.42;RPA=14,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.668;SB=-1.231e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,58:73:99:3212,151,0 chrIX 105433 . A AAAT 184.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=8.4307;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.87;MQ0=0;QD=30.70;RPA=3,4;RU=AAT;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:15:226,15,0 chrIX 122089 . GTTT G 2711.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=32.9612;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.24;MQ0=0;QD=33.48;RPA=12,9;RU=T;SB=-1.235e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,71:81:99:2754,205,0 chrIX 125862 . ATT A 4613 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=59.2707;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.59;MQ0=1;QD=28.65;RPA=10,8;RU=T;SB=-1.187e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,144:160:99:4613,427,0 chrIX 126009 . TC T 1942.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=25.4612;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=26.26;RPA=5,4;RU=C;SB=-4.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,72:74:99:1985,216,0 chrIX 126162 . AAT A 3627 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=50.9489;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.24;MQ0=0;QD=29.25;RPA=3,2;RU=AT;SB=-1.071e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,108:124:99:3627,289,0 chrIX 127338 . GT G 1482.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.421;DP=100;FS=4.733;HaplotypeScore=51.0547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.090;QD=14.83;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.437;SB=-3.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,77:100:99:1525,111,0 chrIX 127655 . AT A 1615.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=322.5780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.00;MQ0=0;QD=20.46;RPA=5,4;RU=T;SB=-2.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,72:79:99:1658,192,0 chrIX 127913 . C CTT 1980.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=28.6016;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.68;MQ0=0;QD=27.14;RPA=7,9;RU=T;SB=-5.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,52:73:99:2023,180,0 chrIX 128099 . GA G 2560.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=52.3664;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.90;MQ0=0;QD=18.56;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.298e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,128:138:99:2603,343,0 chrIX 128717 . TTCCTCC T 1316.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=23.7840;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;QD=38.73;RPA=5,3;RU=TCC;SB=-5.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,29:34:81:1359,81,0 chrIX 129603 . C CT 1155.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.826;DP=79;FS=8.025;HaplotypeScore=49.9072;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.369;QD=14.63;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.089;SB=-4.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,63:79:80:1198,80,0 chrIX 130294 . AT A 1521.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=166.0134;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.87;MQ0=0;QD=26.70;RPA=2,1;RU=T;SB=-6.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1564,162,0 chrIX 130566 . G GAA 1324.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=293.0254;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.70;MQ0=0;QD=30.81;RPA=8,10;RU=A;SB=-6.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,39:43:99:1367,122,0 chrIX 133980 . ATT A,AT 1000.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.837;DP=86;FS=4.771;HaplotypeScore=43.7733;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.12;MQ0=0;MQRankSum=1.346;QD=11.64;RPA=13,11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.910;SB=-1.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:23,35,0:86:99:1079,410,461,487,0,396 chrIX 134262 . CA C 2066.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=199.9330;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.44;MQ0=0;QD=22.71;RPA=7,6;RU=A;SB=-6.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,85:91:99:2109,265,0 chrIX 134329 . T TAA 3159.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=182.7345;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.23;MQ0=0;QD=29.26;RPA=7,9;RU=A;SB=-1.598e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,90:108:99:3202,280,0 chrIX 136215 . CT C 165.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.218;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=144.9119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.46;MQ0=0;MQRankSum=1.334;QD=4.61;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=-0.473;SB=-6.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,11:36:99:205,0,519 chrIX 137906 . GA G 463.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.538;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=91.7272;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.255;QD=9.87;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.614;SB=-1.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,25:47:80:506,80,0 chrIX 138041 . G GA 840.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.644;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=31.7146;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.75;MQ0=0;MQRankSum=0.311;QD=15.29;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.489;SB=-3.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,46:55:97:883,97,0 chrIX 138429 . ACCCCCCC A 2487.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=94.3397;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.04;MQ0=0;QD=82.93;RPA=14,7;RU=C;SB=-6.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:90:2530,90,0 chrIX 138515 . G GT 835.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=39;FS=5.883;HaplotypeScore=248.6022;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=1.174;QD=21.43;RPA=3,4;RU=T;ReadPosRankSum=-1.509;SB=-1.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,30:39:83:878,83,0 chrIX 138545 . T TA 1249.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=120.7060;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.35;MQ0=0;QD=32.05;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,34:39:99:1292,108,0 chrIX 139173 . A AT 2585.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.214;DP=130;FS=4.061;HaplotypeScore=254.8513;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.279;QD=19.89;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.376;SB=-9.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,110:130:99:2628,298,0 chrIX 139299 . C CCCGGCCTCTT 4589 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=110.6178;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.09;MQ0=0;QD=104.30;SB=-8.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,32:44:99:4589,129,0 chrIX 141760 . AT A 1705.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.481;DP=182;FS=0.000;HaplotypeScore=192.5919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=1.111;QD=9.37;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=0.242;SB=-5.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,91:182:99:1745,0,1847 chrIX 142373 . AT A,ATTT 875.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.284;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=172.2246;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.34;MQ0=0;MQRankSum=1.057;QD=13.69;RPA=12,11,14;RU=T;ReadPosRankSum=-1.095;SB=-2.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:24,20,4:64:99:954,680,931,343,0,654 chrIX 142395 . TC T 578.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.973;DP=59;FS=13.436;HaplotypeScore=235.6694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.78;MQ0=0;MQRankSum=-3.463;QD=9.81;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=0.274;SB=-1.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,21:59:99:618,0,771 chrIX 142495 . TA T 1150.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.727;DP=91;FS=12.316;HaplotypeScore=578.0928;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.54;MQ0=0;MQRankSum=-6.686;QD=12.65;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=-0.241;SB=-2.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,44:91:99:1190,0,1056 chrIX 148730 . AAT A 2157.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=40.3964;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=21.80;RPA=6,5;RU=AT;SB=-8.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,71:99:99:2200,193,0 chrIX 148906 . AT A 928.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=12.1314;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.25;MQ0=0;QD=21.60;RPA=6,5;RU=T;SB=-2.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,39:43:99:971,114,0 chrIX 149075 . GAA G 1127.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.448;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=72.6901;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.448;QD=20.51;RPA=12,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.080;SB=-5.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,25:55:99:1170,130,0 chrIX 149086 . AAC A 953.18 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.245;DP=64;FS=12.267;HaplotypeScore=84.4818;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.67;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=14.89;ReadPosRankSum=2.543;SB=-4.232e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,18:64:10:992,0,10 chrIX 151193 . GA G 703.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.924;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=39.3906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.83;MQ0=0;MQRankSum=1.451;QD=10.06;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=2.801;SB=-2.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,48:70:51:746,51,0 chrIX 151501 . GT G 2273.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=182.0801;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.31;MQ0=0;QD=28.42;SB=-1.149e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:80:99:2316,207,0 chrIX 155945 . GA G 1747.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.086;DP=106;FS=2.438;HaplotypeScore=92.1558;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.412;QD=16.49;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.756;SB=-4.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,88:106:99:1790,175,0 chrIX 160362 . G GA 945.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.566;DP=92;FS=3.812;HaplotypeScore=82.7869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.164;QD=10.27;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.160;SB=-3.891e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,44:92:18:987,18,0 chrIX 163000 . TC T 211.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.083;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=22.6827;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=0.047;QD=4.42;ReadPosRankSum=-0.675;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,12:48:99:251,0,832 chrIX 166646 . CAAT C 5166 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=182.3668;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.55;MQ0=0;QD=38.27;RPA=4,3;RU=AAT;SB=-2.217e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,119:135:99:5166,343,0 chrIX 169474 . CTGCTGTTGT C 213.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.665;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=28.2720;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.039;QD=10.19;ReadPosRankSum=-2.045;SB=-9.100e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,9:21:99:253,0,857 chrIX 169640 . A AT 481.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.322;DP=80;FS=0.906;HaplotypeScore=172.2089;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=0.262;QD=6.02;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.322;SB=-1.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,31:80:99:521,0,703 chrIX 169788 . TCC T 483.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.743;DP=34;FS=2.126;HaplotypeScore=79.9296;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.734;QD=14.23;RPA=9,7;RU=C;ReadPosRankSum=0.337;SB=-1.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,14:34:67:523,0,67 chrIX 171637 . GA G 507.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.409;DP=70;FS=5.399;HaplotypeScore=210.0941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=2.125;QD=7.26;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.414;SB=-2.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,39:70:99:547,0,413 chrIX 173250 . AT A 342.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.082;DP=55;FS=2.600;HaplotypeScore=93.7963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=6.24;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=-1.495;SB=-9.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,21:55:99:382,0,674 chrIX 173275 . A AT 824.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.758;DP=81;FS=2.223;HaplotypeScore=151.1887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.852;QD=10.18;RPA=3,4;RU=T;ReadPosRankSum=-0.417;SB=-2.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,39:81:99:864,0,752 chrIX 173370 . C CT 484.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.162;DP=73;FS=3.667;HaplotypeScore=106.2807;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.366;QD=6.64;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=0.646;SB=-2.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,23:73:99:524,0,536 chrIX 174322 . GA G 512.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.873;DP=43;FS=6.641;HaplotypeScore=168.5433;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.20;MQ0=0;MQRankSum=-3.717;QD=11.93;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=0.248;SB=-2.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,21:43:99:552,0,593 chrIX 175104 . A AT 337.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.373;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=929.0403;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.300;QD=5.28;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.864;SB=-3.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,22:62:99:377,0,600 chrIX 175122 . TCA T 2722.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=832.5462;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.91;MQ0=0;QD=41.26;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:66:99:2765,181,0 chrIX 175144 . ACTAAT A 386.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.553;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=962.1087;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.06;MQ0=0;MQRankSum=-2.109;QD=6.79;ReadPosRankSum=1.286;SB=-3.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,15:57:99:426,0,1960 chrIX 175151 . CTCTCTTCAAAAAGATCATTGTATG C 2604.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.466;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=644.9127;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.723;QD=51.08;ReadPosRankSum=2.157;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,15:51:99:2644,0,5992 chrIX 175987 . T TAGC 387.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.477;DP=31;FS=3.783;HaplotypeScore=64.5138;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=1.505;QD=12.52;RPA=3,4;RU=AGC;ReadPosRankSum=0.156;SB=-2.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,11:31:99:427,0,605 chrIX 177464 . CACATATATAT CATAT,C 1684.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=81.6664;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=47.02;MQ0=0;QD=48.14;SB=-8.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:20,0,10:35:99:1763,679,586,338,0,245 chrIX 177824 . ACT A 755.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.129;DP=49;FS=4.824;HaplotypeScore=71.5841;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.581;QD=15.43;ReadPosRankSum=-1.991;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,22:49:99:795,0,955 chrIX 179655 . CAA C 1023.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.529;DP=101;FS=16.202;HaplotypeScore=152.9180;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=0.750;QD=10.14;RPA=11,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.058;SB=-8.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,43:101:99:1063,0,1374 chrIX 182008 . A AT 975.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.200;DP=92;FS=6.690;HaplotypeScore=104.2636;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.74;MQ0=0;MQRankSum=1.169;QD=10.61;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=0.946;SB=-4.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,41:92:99:1015,0,872 chrIX 193260 . TTA T 561.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.925;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=65.3080;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.579;QD=10.60;RPA=2,1;RU=TA;ReadPosRankSum=0.136;SB=-2.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,20:53:99:601,0,1000 chrIX 196249 . TG T 928.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.351;DP=83;FS=3.638;HaplotypeScore=276.3602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.87;MQ0=0;MQRankSum=-2.252;QD=11.19;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=1.278;SB=-1.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,34:83:99:968,0,1110 chrIX 196311 . A ATT 1363.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.535;DP=108;FS=9.721;HaplotypeScore=247.7322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.852;QD=12.63;RPA=4,6;RU=T;ReadPosRankSum=0.032;SB=-4.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,46:108:99:1403,0,1626 chrIX 196397 . C CGT 908.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.425;DP=60;FS=2.401;HaplotypeScore=147.3437;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.81;MQ0=0;MQRankSum=-3.546;QD=15.15;ReadPosRankSum=1.616;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,23:60:99:948,0,1223 chrIX 197298 . CATTCCGTTTTATTCCTT C 1631.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.995;DP=46;FS=7.092;HaplotypeScore=77.4087;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.86;MQ0=0;MQRankSum=-3.837;QD=35.48;ReadPosRankSum=0.422;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,15:45:99:1671,0,3033 chrIX 197676 . CT C 1009.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=39.0108;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.90;MQ0=0;QD=14.85;RPA=10,9;RU=T;SB=-4.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,51:68:99:1052,143,0 chrIX 199527 . G GA 416.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.921;DP=36;FS=3.274;HaplotypeScore=43.5096;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.809;QD=11.58;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=-0.908;SB=-9.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,18:36:99:456,0,441 chrIX 203425 . T TG 4394 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=189.9206;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.32;MQ0=0;QD=33.04;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.443e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,132:133:99:4394,394,0 chrIX 203507 . ATTT AT,A 3725 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=82.1092;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.10;MQ0=0;QD=29.10;RPA=11,9,8;RU=T;SB=-8.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:18,0,55:128:99:3725,1205,875,1366,0,1076 chrIX 204781 . TAA T 191.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.196;DP=97;FS=2.702;HaplotypeScore=112.4474;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.26;MQ0=0;MQRankSum=0.928;QD=1.98;RPA=16,14;RU=A;ReadPosRankSum=0.258;SB=-6.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,13:97:99:231,0,891 chrIX 204879 . TG T 1034.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.400;DP=72;FS=1.104;HaplotypeScore=145.0766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.29;MQ0=0;MQRankSum=1.430;QD=14.37;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=-1.715;SB=-2.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,38:72:99:1074,0,777 chrIX 210740 . AT A 501.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.364;DP=69;FS=2.346;HaplotypeScore=164.0898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.17;MQ0=0;MQRankSum=1.104;QD=7.27;RPA=7,6;RU=T;ReadPosRankSum=-1.694;SB=-2.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,29:69:99:541,0,255 chrIX 212374 . GA G 548.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.897;DP=52;FS=1.221;HaplotypeScore=58.7512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=1.032;QD=10.56;RPA=7,6;RU=A;ReadPosRankSum=0.781;SB=-1.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,30:52:99:588,0,379 chrIX 214803 . CT C 738.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.156;DP=107;FS=6.799;HaplotypeScore=330.3164;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.174;QD=6.91;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.589;SB=-1.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,39:107:99:778,0,453 chrIX 216548 . GT G 437.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.410;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=25.3417;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.006;QD=6.64;RPA=6,5;RU=T;ReadPosRankSum=-0.291;SB=-1.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,27:66:99:477,0,740 chrIX 226377 . C CCCA 2788.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=620.9545;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.13;MQ0=0;QD=48.09;SB=-8.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:58:99:2831,168,0 chrIX 226384 . AAGT A 2109.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=611.5777;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.48;MQ0=0;QD=42.20;SB=-5.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,46:50:99:2152,147,0 chrIX 231496 . C CA 369.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.673;DP=72;FS=11.823;HaplotypeScore=41.8492;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=2.012;QD=5.14;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.024;SB=-9.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,26:72:99:409,0,557 chrIX 232195 . A AC 1018.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.554;DP=81;FS=16.705;HaplotypeScore=61.6790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=0.494;QD=12.58;RPA=2,3;RU=C;ReadPosRankSum=-0.403;SB=-4.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,40:81:99:1058,0,976 chrIX 240939 . GT G 1157.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=23.6866;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.84;MQ0=0;QD=17.28;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,55:67:99:1200,155,0 chrIX 241200 . TTTTC T 1507.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.392;DP=109;FS=1.825;HaplotypeScore=259.4900;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.802;QD=13.83;ReadPosRankSum=-1.384;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,28:109:99:1547,0,1460 chrIX 241204 . C CTT 944.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.675;DP=104;FS=5.229;HaplotypeScore=314.8459;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.51;MQ0=0;MQRankSum=1.289;QD=9.09;RPA=11,13;RU=T;ReadPosRankSum=-2.138;SB=-3.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,39:104:99:984,0,333 chrIX 247325 . A AG 567.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.527;DP=45;FS=4.336;HaplotypeScore=287.4426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.20;MQ0=0;MQRankSum=-5.551;QD=12.62;ReadPosRankSum=1.834;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,25:45:99:607,0,551 chrIX 247526 . A AG 330.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.767;DP=40;FS=1.440;HaplotypeScore=299.0200;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.19;MQ0=0;MQRankSum=-4.805;QD=8.27;ReadPosRankSum=0.741;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,14:40:99:370,0,569 chrIX 248934 . AT A 107 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.741;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=36.0875;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.348;QD=4.86;RPA=7,6;RU=T;ReadPosRankSum=1.393;SB=-3.001e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,7:22:23:149,23,0 chrIX 249032 . C CG 808.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=47.0141;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;QD=26.97;RPA=3,4;RU=G;SB=-3.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,27:30:81:851,81,0 chrIX 249625 . CT C 104.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.222;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=94.4437;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.844;QD=1.52;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=1.323;SB=-7.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,18:69:99:144,0,506 chrIX 254003 . TA T 240.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.050;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=79.9370;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.10;MQ0=0;MQRankSum=1.941;QD=4.55;RPA=15,14;RU=A;ReadPosRankSum=0.032;SB=-1.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,20:53:49:280,0,49 chrIX 256168 . G GT 1750.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.335;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=78.0844;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-2.048;QD=16.36;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.663;SB=-1.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,84:107:99:1793,121,0 chrIX 257005 . A AG 1600.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.365;DP=122;FS=3.353;HaplotypeScore=652.0873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.33;MQ0=0;MQRankSum=-6.817;QD=13.12;ReadPosRankSum=-0.013;SB=-7.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,58:122:99:1640,0,1672 chrIX 257480 . CA CAA,C 294.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.589;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=237.3222;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=41.15;MQ0=0;MQRankSum=1.300;QD=7.76;RPA=12,13,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.144;SB=-1.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:14,2,11:37:99:373,211,285,204,0,305 chrIX 257825 . TA T 529.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.844;DP=47;FS=1.170;HaplotypeScore=195.1237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.088;QD=11.28;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=-0.264;SB=-2.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,24:47:99:569,0,505 chrIX 258369 . T TAA 2589.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.458;DP=194;FS=5.900;HaplotypeScore=107.6142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.122;QD=13.35;RPA=2,4;RU=A;ReadPosRankSum=-0.856;SB=-6.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:110,83:194:99:2629,0,3586 chrIX 259948 . GAATGAAAA G 1265.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.734;DP=33;FS=3.133;HaplotypeScore=109.0982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.200;QD=38.36;ReadPosRankSum=3.879;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,14:33:99:1305,0,1494 chrIX 259952 . GAAAAAAAA G,GAAAAAAAAA 960.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.839;DP=33;FS=4.500;HaplotypeScore=133.5898;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.03;MQ0=0;MQRankSum=0.950;QD=29.12;RPA=10,2,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.280;SB=-2.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:16,0,0:33:99:1039,361,1850,744,0,816 chrIX 267870 . TA T 66.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.204;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=59.3837;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=0.449;QD=1.59;RPA=16,15;RU=A;ReadPosRankSum=-1.021;SB=-2.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,13:42:99:106,0,138 chrIX 268328 . CA C 639.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.806;DP=91;FS=10.104;HaplotypeScore=180.1681;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.454;QD=7.03;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.101;SB=-2.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,51:91:99:679,0,543 chrIX 268440 . A ATG 390.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.630;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=115.7013;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.342;QD=10.86;RPA=4,5;RU=TG;ReadPosRankSum=-0.126;SB=-1.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,15:36:99:430,0,466 chrIX 270689 . A AG 2285.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.165;DP=164;FS=10.192;HaplotypeScore=223.9456;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.561;QD=13.94;ReadPosRankSum=0.679;SB=-5.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,79:164:99:2325,0,2074 chrIX 271116 . TA T 507.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.033;DP=61;FS=2.555;HaplotypeScore=21.1170;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.738;QD=8.33;RPA=7,6;RU=A;ReadPosRankSum=0.084;SB=-2.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,36:61:99:547,0,337 chrIX 272821 . GA G 2101.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.120;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=45.5989;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.183;QD=15.92;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.669;SB=-2.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,126:132:99:2144,277,0 chrIX 274032 . CTA C 1425.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.556;DP=104;FS=2.143;HaplotypeScore=471.8085;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.055;QD=13.71;RPA=7,6;RU=TA;ReadPosRankSum=-0.375;SB=-7.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:55,45:104:70:1468,70,0 chrIX 274055 . TG T 1501.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.046;DP=77;FS=2.836;HaplotypeScore=408.3369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.084;QD=19.51;ReadPosRankSum=1.312;SB=-5.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,59:77:99:1541,0,281 chrIX 280120 . A AT 658.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.041;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=65.3172;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.168;QD=13.18;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.034;SB=-1.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,35:50:69:701,69,0 chrIX 285203 . AT A 769.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.865;DP=69;FS=2.171;HaplotypeScore=233.4524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.787;QD=11.16;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=1.948;SB=-3.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,33:69:99:809,0,910 chrIX 285797 . T TGCC 1145.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.830;DP=64;FS=3.747;HaplotypeScore=247.1972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.13;MQ0=0;MQRankSum=-2.024;QD=17.91;RPA=3,4;RU=GCC;ReadPosRankSum=0.053;SB=-4.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,27:64:99:1185,0,1169 chrIX 287679 . G GT 806.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.195;DP=103;FS=3.031;HaplotypeScore=35.8274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.554;QD=7.83;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=0.357;SB=-3.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,46:103:99:846,0,837 chrIX 287755 . AT A 529.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.227;DP=95;FS=5.002;HaplotypeScore=80.1050;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.461;QD=5.58;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.486;SB=-1.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,40:95:99:569,0,414 chrIX 289033 . T TC 443.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.190;DP=44;FS=1.331;HaplotypeScore=15.9015;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=1.236;QD=10.09;RPA=3,4;RU=C;ReadPosRankSum=0.475;SB=-1.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:44:99:483,0,423 chrIX 290193 . GAA G,GA 844.46 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.962;DP=84;FS=4.604;HaplotypeScore=132.4186;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.972;QD=10.05;RPA=17,15,16;RU=A;ReadPosRankSum=1.440;SB=-7.372e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:24,10,2:84:45:922,533,572,140,0,45 chrIX 300058 . TA T 997.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.432;DP=125;FS=0.695;HaplotypeScore=50.5763;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.402;QD=7.98;RPA=7,6;RU=A;ReadPosRankSum=-0.768;SB=-5.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,61:124:99:1037,0,1104 chrIX 300439 . TG T 2155.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=11.371;DP=192;FS=24.502;HaplotypeScore=1459.2887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.99;MQ0=0;MQRankSum=-9.423;QD=11.23;RPA=5,4;RU=G;ReadPosRankSum=-0.752;SB=-9.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,99:188:99:2195,0,2020 chrIX 300463 . CT C 1889.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.664;DP=183;FS=18.741;HaplotypeScore=1433.4969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.60;MQ0=1;MQRankSum=-8.396;QD=10.33;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=-0.689;SB=-8.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:100,83:173:99:1929,0,2283 chrIX 301065 . ATCT A 984.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.206;DP=95;FS=70.958;HaplotypeScore=302.0559;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.88;MQ0=0;MQRankSum=-7.216;QD=10.37;ReadPosRankSum=4.165;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,24:95:99:1024,0,3332 chrIX 302510 . GT G 425.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.217;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=24.4854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.050;QD=12.17;ReadPosRankSum=-1.017;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,15:35:99:465,0,626 chrIX 308558 . A AAT 936.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.511;DP=148;FS=0.842;HaplotypeScore=52.4990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.876;QD=6.33;RPA=5,6;RU=AT;ReadPosRankSum=-2.442;SB=-3.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,49:148:99:976,0,1766 chrIX 310500 . G GTTT,GTT 2301.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.044;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=193.7380;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=49.45;MQ0=0;MQRankSum=0.311;QD=26.77;RPA=11,14,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.755;SB=-4.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:22,30,24:86:99:2380,472,339,788,0,599 chrIX 310701 . T TG 1334.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=253.8936;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.57;MQ0=0;QD=30.34;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:44:99:1377,123,0 chrIX 310844 . C CA 410.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.990;DP=39;FS=1.341;HaplotypeScore=212.9979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.32;MQ0=0;MQRankSum=1.449;QD=10.54;ReadPosRankSum=0.334;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,15:39:99:450,0,640 chrIX 313884 . GA G 979.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.432;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=178.0395;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=1.238;QD=7.31;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=-0.263;SB=-1.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,63:134:99:1019,0,1272 chrIX 316417 . A AT 598.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.029;DP=75;FS=1.103;HaplotypeScore=122.7511;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.056;QD=7.99;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.621;SB=-1.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,35:75:99:638,0,539 chrIX 328101 . T TA 1851.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.318;DP=152;FS=2.193;HaplotypeScore=132.7345;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=0.495;QD=12.18;RPA=3,4;RU=A;ReadPosRankSum=-1.304;SB=-7.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,85:152:99:1891,0,1241 chrIX 332777 . CG C 335.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.575;DP=27;FS=6.239;HaplotypeScore=22.2306;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.779;QD=12.44;RPA=3,2;RU=G;ReadPosRankSum=0.356;SB=-1.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,16:27:99:375,0,263 chrIX 332900 . TA T 311.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.310;DP=43;FS=2.932;HaplotypeScore=92.0376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.225;QD=7.26;ReadPosRankSum=-0.859;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,16:43:99:351,0,679 chrIX 333081 . AT A 649.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.391;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=165.8652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.199;QD=9.56;ReadPosRankSum=-1.221;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,28:68:99:689,0,1133 chrIX 333170 . C CT 553.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.187;DP=59;FS=11.291;HaplotypeScore=28.4942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=1.381;QD=9.39;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=-0.989;SB=-2.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:59:99:593,0,464 chrIX 334329 . T TTCTGCTGCTTCA 2141.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=21.1105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.28;MQ0=0;QD=57.89;RPA=2,3;RU=TCTGCTGCTTCA;SB=-9.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,22:37:63:2184,63,0 chrIX 334380 . A AAAG 715.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.413;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=305.7211;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.21;MQ0=0;MQRankSum=-3.821;QD=17.05;ReadPosRankSum=2.595;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,11:42:99:755,0,1009 chrIX 334708 . T TA 1335.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=211.4225;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.54;MQ0=0;QD=17.58;RPA=7,8;RU=A;SB=-4.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,59:76:99:1378,165,0 chrIX 334775 . G GA 357.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.564;DP=58;FS=1.238;HaplotypeScore=164.3977;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.197;QD=6.17;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.831;SB=-1.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,21:58:99:397,0,290 chrIX 336340 . T TA 225.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.982;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=44.1272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.779;QD=5.79;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=-1.462;SB=-9.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,14:39:99:265,0,319 chrIX 336677 . T TAGGA 636.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.992;DP=48;FS=2.931;HaplotypeScore=220.1406;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.704;QD=13.27;ReadPosRankSum=1.040;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,11:48:99:676,0,1509 chrIX 336729 . T TC 913.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-5.258;DP=68;FS=18.219;HaplotypeScore=274.3793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.76;MQ0=0;MQRankSum=0.629;QD=13.44;RPA=1,2;RU=C;ReadPosRankSum=-0.900;SB=-4.554e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,30:68:30:956,30,0 chrIX 337211 . CA C 1617.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=422.9433;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.85;MQ0=0;QD=20.22;RPA=6,5;RU=A;SB=-3.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,68:80:99:1660,201,0 chrIX 337243 . CAAA C 3671 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=438.9428;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.56;MQ0=0;QD=39.90;RPA=8,5;RU=A;SB=-9.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,82:92:99:3671,250,0 chrIX 337314 . A AT 3915 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=372.0352;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.46;MQ0=0;QD=34.65;SB=-1.858e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,109:113:99:3915,328,0 chrIX 338044 . GGA G 998.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.232;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=233.2779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.697;QD=14.07;ReadPosRankSum=0.978;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,27:71:99:1038,0,1648 chrIX 338225 . A ATT 640.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.136;DP=103;FS=2.391;HaplotypeScore=54.7377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.948;QD=6.22;RPA=10,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.722;SB=-1.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,19:103:99:680,0,1286 chrIX 339321 . G GA 723.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=25.2452;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.31;MQ0=0;QD=28.96;RPA=2,3;RU=A;SB=-9.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:72:766,72,0 chrIX 342354 . CT C 670.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.163;DP=99;FS=3.427;HaplotypeScore=49.6951;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.931;QD=6.78;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.299;SB=-1.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,44:99:99:710,0,520 chrIX 353659 . T TA 710.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.949;DP=109;FS=0.870;HaplotypeScore=44.2562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.586;QD=6.52;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.857;SB=-2.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,48:109:99:750,0,544 chrIX 355926 . T TA 190.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.031;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=16.5969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=0.217;QD=5.79;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.209;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,15:33:99:230,0,123 chrIX 358236 . ACTTCTTCGGTTTTTTATTTTCCTGAACTCT A 4578 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.802;DP=61;FS=6.289;HaplotypeScore=23.0421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.76;MQ0=0;MQRankSum=-5.614;QD=75.05;ReadPosRankSum=2.519;SB=-6.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,26:61:99:4578,0,7242 chrIX 363042 . T TG 2160.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=31.1646;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.70;MQ0=0;QD=29.60;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,68:73:99:2203,177,0 chrIX 363071 . CTT C,CT 577.94 filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.398;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=93.7060;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=49.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.286;QD=17.51;RPA=13,11,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.174;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:3,16,0:33:99:656,218,219,311,0,249 chrIX 370195 . ATTT A 364.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.895;DP=56;FS=7.610;HaplotypeScore=74.9212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.754;QD=6.52;RPA=18,15;RU=T;ReadPosRankSum=3.086;SB=-1.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,11:56:99:404,0,559 chrIX 373043 . ACAC A 819.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.509;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=242.8173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.78;MQ0=0;MQRankSum=-5.534;QD=13.90;ReadPosRankSum=2.502;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,19:59:99:859,0,802 chrIX 379890 . T TA,TAAAAA 3014.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.210;DP=156;FS=1.828;HaplotypeScore=216.7448;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.150;QD=19.33;RPA=12,13,17;RU=A;ReadPosRankSum=-0.041;SB=-1.335e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:70,47,17:156:99:3093,1700,1495,976,0,1943 chrIX 383461 . ATG A 463.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;DP=46;FS=2.906;HaplotypeScore=112.6044;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.628;QD=10.09;RPA=3,2;RU=TG;ReadPosRankSum=-0.361;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,20:46:99:503,0,839 chrIX 384371 . A AC 443.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.317;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=33.8237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.517;QD=13.06;RPA=2,3;RU=C;ReadPosRankSum=0.000;SB=-1.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,19:34:99:483,0,270 chrIX 385518 . TTTGGACACC T 1262.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.899;DP=62;FS=1.565;HaplotypeScore=375.9296;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.91;MQ0=0;MQRankSum=-4.027;QD=20.37;ReadPosRankSum=0.744;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,14:62:99:1302,0,3773 chrIX 385530 . GCC G 69.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.690;DP=45;FS=1.805;HaplotypeScore=448.8280;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.36;MQ0=0;MQRankSum=-4.721;QD=1.55;ReadPosRankSum=2.778;SB=-8.001e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,14:45:99:109,0,1365 chrIX 385533 . TTTGGTGTTCTCGC T 1455.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.336;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=311.1768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.54;MQ0=0;MQRankSum=-5.359;QD=31.65;ReadPosRankSum=2.089;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,14:46:99:1495,0,3819 chrIX 385640 . A ATTT 347.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.231;DP=43;FS=16.250;HaplotypeScore=69.5295;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.041;QD=8.09;RPA=19,22;RU=T;ReadPosRankSum=-0.771;SB=-1.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,13:43:74:387,0,74 chrIX 385921 . TGTGCTAAACAATA T 1932.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.335;DP=44;FS=1.252;HaplotypeScore=99.2353;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.11;MQ0=0;MQRankSum=-4.815;QD=43.93;ReadPosRankSum=-0.739;SB=-7.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,17:44:99:1972,0,3075 chrIX 386226 . G GATTT 888.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.152;DP=39;FS=6.107;HaplotypeScore=68.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.82;MQ0=0;MQRankSum=-3.650;QD=22.79;ReadPosRankSum=-0.539;SB=-4.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,14:39:99:928,0,867 chrIX 386515 . T TGGA 525.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.000;DP=27;FS=1.643;HaplotypeScore=152.0122;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.45;MQ0=0;MQRankSum=-3.690;QD=19.48;RPA=2,3;RU=GGA;ReadPosRankSum=1.085;SB=-1.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,13:27:99:565,0,339 chrIX 386542 . T TA 182.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.940;DP=26;FS=2.318;HaplotypeScore=192.1738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.37;MQ0=0;MQRankSum=-3.152;QD=7.04;RPA=5,6;RU=A;ReadPosRankSum=0.131;SB=-1.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,12:26:99:222,0,211 chrIX 386612 . A AC 486.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.934;DP=35;FS=1.399;HaplotypeScore=115.2184;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.52;MQ0=0;MQRankSum=-2.591;QD=13.91;ReadPosRankSum=-1.766;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,16:35:99:526,0,520 chrIX 387615 . TG T 493.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.773;DP=47;FS=8.887;HaplotypeScore=168.0589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.25;MQ0=0;MQRankSum=-3.852;QD=10.51;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=1.333;SB=-1.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,19:47:99:533,0,683 chrIX 387791 . TA T 725.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.312;DP=61;FS=3.930;HaplotypeScore=277.8330;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.45;MQ0=0;MQRankSum=-3.447;QD=11.90;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=-1.149;SB=-2.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,35:61:99:765,0,471 chrIX 388026 . TTC T 316.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.514;DP=42;FS=1.886;HaplotypeScore=202.4238;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.67;MQ0=0;MQRankSum=-2.428;QD=7.55;ReadPosRankSum=0.462;SB=-2.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,14:42:99:356,0,853 chrIX 388296 . A AC 286.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=83.8965;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.31;MQ0=0;QD=17.93;RPA=4,5;RU=C;SB=-1.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,6:16:46:329,46,0 chrIX 388299 . C CT 339.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.178;DP=18;FS=7.375;HaplotypeScore=74.6781;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.47;MQ0=0;MQRankSum=0.070;QD=18.86;ReadPosRankSum=2.178;SB=-1.525e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,10:18:2:378,2,0 chrIX 388838 . TA T 265.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.502;DP=43;FS=9.923;HaplotypeScore=56.3107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.311;QD=6.19;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.582;SB=-1.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,15:43:99:305,0,650 chrIX 388916 . TA T 624.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.852;DP=53;FS=4.460;HaplotypeScore=282.1261;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.96;MQ0=0;MQRankSum=-4.403;QD=11.79;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=2.335;SB=-2.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:53:99:664,0,527 chrIX 388954 . T TG 561.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.980;DP=53;FS=1.342;HaplotypeScore=339.6671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.83;MQ0=0;MQRankSum=-5.519;QD=10.60;RPA=6,7;RU=G;ReadPosRankSum=-0.311;SB=-1.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,26:53:99:601,0,506 chrIX 389258 . AAAA AGAAA,A 735.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=178.8562;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.29;MQ0=0;QD=21.65;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:15,0,0:34:99:814,364,523,523,0,842 chrIX 389983 . GGTAGCCGAAGGTGCA G 4450 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=140.6102;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.37;MQ0=0;QD=130.88;SB=-1.207e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,26:34:78:4450,78,0 chrIX 392941 . A AGTT 340.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=58.6611;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.27;MQ0=0;QD=48.58;SB=-1.656e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21:382,21,0 chrIX 393031 . A AGTT 176.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;HaplotypeScore=28.6500;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.18;MQ0=0;QD=35.30;SB=-5.454e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:12:218,12,0 chrIX 393716 . T TC 2052.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=540.3288;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.75;MQ0=0;QD=31.11;SB=-8.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:66:99:2095,177,0 chrIX 393748 . TA T 707.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.720;DP=75;FS=0.912;HaplotypeScore=914.4690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.62;MQ0=0;MQRankSum=1.059;QD=9.44;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=1.059;SB=-3.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,29:75:99:747,0,1123 chrIX 393780 . AT A 1204.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.776;DP=92;FS=2.849;HaplotypeScore=954.1229;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.281;QD=13.10;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=0.458;SB=-5.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,54:92:99:1244,0,766 chrIX 393800 . C CT 2224.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=891.2976;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.40;MQ0=0;QD=21.39;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.111e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,88:104:99:2267,255,0 chrIX 394080 . T TAAAGA 2094.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.687;DP=78;FS=6.352;HaplotypeScore=108.6769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.33;MQ0=1;MQRankSum=0.450;QD=26.86;ReadPosRankSum=0.654;SB=-8.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,39:77:99:2134,0,2106 chrIX 394706 . C CA 1118.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=173.1541;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.92;MQ0=0;QD=21.94;RPA=8,9;RU=A;SB=-4.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,46:51:99:1161,141,0 chrIX 394799 . C CT 1532.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=235.3761;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.96;MQ0=0;QD=32.62;RPA=1,2;RU=T;SB=-7.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,44:47:99:1575,135,0 chrIX 394950 . GA G 237.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.068;DP=65;FS=2.573;HaplotypeScore=252.8140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.230;QD=3.66;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=-1.589;SB=-1.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,19:65:99:277,0,789 chrIX 394958 . CT C 130.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.761;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=259.5629;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.07;MQ0=0;MQRankSum=-3.622;QD=2.05;RPA=8,7;RU=T;ReadPosRankSum=-1.057;SB=-1.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,13:64:99:170,0,492 chrIX 395383 . TA T 462.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.514;DP=53;FS=2.544;HaplotypeScore=108.5818;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.396;QD=8.74;RPA=6,5;RU=A;ReadPosRankSum=0.160;SB=-2.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,31:53:99:502,0,424 chrIX 395617 . GTT G 1006.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.754;DP=54;FS=1.248;HaplotypeScore=77.9149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.87;MQ0=0;MQRankSum=0.847;QD=18.65;RPA=4,2;RU=T;ReadPosRankSum=0.721;SB=-3.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,28:54:99:1046,0,655 chrIX 396176 . C CATA 681.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.826;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=62.9294;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.48;MQ0=0;MQRankSum=-3.078;QD=19.48;ReadPosRankSum=0.892;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,15:35:99:721,0,974 chrIX 397178 . G GA 1256.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=120.0965;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=21.67;RPA=5,6;RU=A;SB=-5.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,48:58:99:1299,150,0 chrIX 400016 . GCAACAACAGCAACAA G 6277 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=381.7145;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.88;MQ0=0;QD=84.82;SB=-1.533e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,61:74:99:6277,210,0 chrIX 404199 . GAAT G 3654 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=56.2794;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.30;MQ0=0;QD=42.49;SB=-1.144e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,85:86:99:3654,211,0 chrIX 406124 . AT A 2259.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=142.3565;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.99;MQ0=0;QD=34.24;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2302,190,0 chrIX 411967 . TA T 1179.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.749;DP=108;FS=9.859;HaplotypeScore=209.6783;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQ0=0;MQRankSum=0.178;QD=10.93;ReadPosRankSum=0.206;SB=-5.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,51:108:99:1219,0,1438 chrIX 419479 . GTA G 414.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.651;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=83.3026;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=0.217;QD=10.36;RPA=8,7;RU=TA;ReadPosRankSum=1.519;SB=-1.307e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,14:40:12:456,12,0 chrIX 419544 . T TA 3216.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=778.1536;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.35;MQ0=0;QD=22.98;RPA=7,8;RU=A;SB=-8.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,130:140:99:3259,384,0 chrIX 419563 . AT A 2755.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;FS=0.000;HaplotypeScore=860.4831;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.69;MQ0=0;QD=16.91;RPA=2,1;RU=T;SB=-5.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:106,52:163:99:2798,406,0 chrIX 419564 . TTAA T 4048 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.112;DP=160;FS=33.155;HaplotypeScore=674.1683;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.83;MQ0=0;MQRankSum=0.565;QD=25.30;ReadPosRankSum=1.806;SB=-1.575e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,90:160:99:4048,0,467 chrIX 421791 . G GT 832.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.924;DP=80;FS=3.235;HaplotypeScore=25.2082;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=0.159;QD=10.41;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.135;SB=-3.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,45:80:99:872,0,427 chrIX 423632 . C CT 1365.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=212.1733;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.89;MQ0=0;MQRankSum=0.781;QD=22.39;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=1.325;SB=-3.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,53:61:99:1408,149,0 chrIX 423651 . CTTAGTTTTCT C 2229.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.825;DP=71;FS=3.812;HaplotypeScore=159.9703;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.52;MQ0=0;MQRankSum=-6.564;QD=31.41;ReadPosRankSum=1.366;SB=-5.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,22:71:99:2269,0,4600 chrIX 425237 . TAC T 1298.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.667;DP=52;FS=2.584;HaplotypeScore=234.4119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.789;QD=24.98;ReadPosRankSum=0.596;SB=-4.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,34:52:99:1338,0,672 chrIX 427210 . A AT 1567.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=364.1107;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.90;MQ0=0;QD=24.89;RPA=3,4;RU=T;SB=-6.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,54:63:99:1610,165,0 chrIX 427220 . G GCAC 2831.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=253.3681;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.68;MQ0=0;QD=45.68;RPA=1,2;RU=CAC;SB=-8.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,56:62:99:2874,169,0 chrIX 428011 . A AGT 2610.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.671;DP=127;FS=3.829;HaplotypeScore=285.4044;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.241;QD=20.56;ReadPosRankSum=0.861;SB=-8.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,67:127:99:2650,0,1451 chrIX 428570 . ATAACAATGTAGGAGAGGCCTT A 11695 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=450.1685;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.22;MQ0=0;QD=135.99;SB=-4.528e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,68:86:99:11695,202,0 chrIX 429697 . TA T 518.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.034;DP=62;FS=5.783;HaplotypeScore=191.4840;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.74;MQ0=0;MQRankSum=-2.978;QD=8.37;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=-1.771;SB=-1.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,26:62:99:558,0,693 chrIX 429901 . G GA 1410.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.449;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=324.1302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.22;MQ0=0;MQRankSum=-2.296;QD=10.94;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=-0.960;SB=-4.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,66:129:99:1450,0,1142 chrIX 429952 . T TG,TGA 1867.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.986;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=376.7669;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=51.01;MQ0=0;MQRankSum=0.115;QD=16.24;ReadPosRankSum=-2.383;SB=-6.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:78,5,27:115:99:1946,696,524,143,0,198 chrIX 432887 . G GA 109.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.200;DP=24;FS=14.706;HaplotypeScore=299.8569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.78;MQ0=4;MQRankSum=0.380;QD=4.58;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=1.898;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,6:19:99:149,0,265 chrIX 432900 . AG A 139.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.281;DP=22;FS=19.445;HaplotypeScore=324.0521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.70;MQ0=5;MQRankSum=0.212;QD=6.36;RPA=3,2;RU=G;ReadPosRankSum=0.847;SB=-8.141e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,7:16:99:179,0,246 chrIX 433038 . T TA 242.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.532;DP=38;FS=2.003;HaplotypeScore=191.3195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.38;MQ0=6;MQRankSum=1.449;QD=6.39;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=-0.453;SB=-9.999e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,24:27:99:282,0,125 chrIX 433264 . AT A 553.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=169.1169;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.89;MQ0=2;QD=14.20;RPA=12,11;RU=T;SB=-2.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,34:29:86:596,86,0 chrIX 433324 . TC T 172.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.178;DP=53;FS=8.467;HaplotypeScore=139.6886;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.78;MQ0=3;MQRankSum=0.025;QD=3.26;ReadPosRankSum=0.483;SB=-8.300e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,19:29:99:212,0,679 chrIX 438888 . G GT 595.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=191.7157;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.23;MQ0=0;QD=24.83;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,23:23:66:638,66,0 chrM 25304 . CTT C 433.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=25.6795;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.94;MQ0=0;QD=33.38;RPA=10,8;RU=T;SB=-1.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:36:476,36,0 chrM 25491 . G GTTATT 517.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=23.6437;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.93;MQ0=0;QD=57.55;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,8:9:24:560,24,0 chrM 26120 . AT A 281.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.738;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=12.2109;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=1.448;QD=12.22;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=-1.159;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,22:23:18:323,18,0 chrM 60725 . A ACAG 116.48 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=10.4658;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.34;MQ0=0;QD=12.94;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,5:9:12:158,12,0 chrM 60749 . TGAAA T 662.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=45.1230;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.51;MQ0=0;QD=55.25;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:33:705,33,0 chrM 80302 . AT A 144.16 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.589;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=145.3036;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=16.02;ReadPosRankSum=-1.067;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,5:9:8:185,8,0 chrV 7186 . AC A 2540.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=165.0739;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.65;MQ0=0;QD=31.37;RPA=3,2;RU=C;SB=-1.230e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,80:81:99:2583,235,0 chrV 7687 . A AT 812.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.021;DP=79;FS=4.820;HaplotypeScore=87.8363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQ0=0;MQRankSum=0.431;QD=10.29;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=-0.702;SB=-4.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,38:79:99:852,0,635 chrV 8831 . GA G 778.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.388;DP=115;FS=8.036;HaplotypeScore=31.6438;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQ0=0;MQRankSum=0.938;QD=6.77;RPA=7,6;RU=A;ReadPosRankSum=-0.256;SB=-4.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,47:115:99:818,0,1277 chrV 11366 . GA G 1615.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.157;DP=118;FS=14.615;HaplotypeScore=512.9134;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.63;MQ0=0;MQRankSum=1.684;QD=13.69;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=-0.015;SB=-4.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,62:118:99:1655,0,1545 chrV 12616 . C CAG 3417 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=522.7942;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.64;MQ0=0;QD=42.19;SB=-1.572e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:81:99:3417,223,0 chrV 13009 . CT C 371.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.905;DP=47;FS=2.835;HaplotypeScore=90.5101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.78;MQ0=0;MQRankSum=0.763;QD=7.91;RPA=7,6;RU=T;ReadPosRankSum=1.116;SB=-2.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,22:47:99:411,0,334 chrV 13493 . CT C 2480.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=12.701;DP=230;FS=20.008;HaplotypeScore=789.3197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.55;MQ0=0;MQRankSum=-3.475;QD=10.79;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=0.009;SB=-9.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:112,118:230:99:2520,0,2246 chrV 14542 . C CA 301.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.784;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=353.7945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.51;MQ0=0;MQRankSum=0.972;QD=5.92;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.031;SB=-3.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,19:51:99:341,0,455 chrV 14735 . AAAAAAAC A 1368.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=97.1553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.54;MQ0=0;QD=72.05;SB=-5.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,15:19:51:1411,51,0 chrV 14877 . ACC A 621.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=120.9705;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.85;MQ0=0;QD=31.10;RPA=5,3;RU=C;SB=-2.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,16:20:48:664,48,0 chrV 15170 . T TG 2122.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=403.9312;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.91;MQ0=0;QD=25.27;RPA=2,3;RU=G;SB=-2.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,78:84:99:2165,221,0 chrV 15600 . CT C 1368.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.607;DP=106;FS=7.885;HaplotypeScore=850.3295;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.67;MQ0=0;MQRankSum=-8.614;QD=12.91;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=-1.135;SB=-2.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,48:106:99:1408,0,1543 chrV 18096 . AT A 443.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.041;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=161.6370;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.32;MQ0=0;MQRankSum=2.155;QD=8.07;RPA=6,5;RU=T;ReadPosRankSum=0.299;SB=-5.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,25:55:99:483,0,493 chrV 18474 . TA T 687.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.308;DP=74;FS=0.970;HaplotypeScore=191.3536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.28;MQ0=0;MQRankSum=-2.083;QD=9.30;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=-0.992;SB=-3.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,31:74:99:727,0,1161 chrV 18920 . TGC T 238.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.551;DP=32;FS=1.484;HaplotypeScore=300.1344;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.49;MQ0=0;MQRankSum=-4.085;QD=7.47;ReadPosRankSum=0.360;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,12:32:99:278,0,781 chrV 18923 . ACCC A 314.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.551;DP=33;FS=1.484;HaplotypeScore=287.7115;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=-4.593;QD=9.54;ReadPosRankSum=0.275;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,12:33:99:354,0,917 chrV 18927 . ATGG A 382.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.697;DP=33;FS=3.326;HaplotypeScore=278.0959;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=-4.435;QD=11.61;ReadPosRankSum=0.580;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,12:33:99:422,0,1103 chrV 19437 . AT A 1493.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=225.8422;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.89;MQ0=0;QD=21.04;RPA=6,5;RU=T;SB=-2.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,65:67:99:1536,177,0 chrV 19574 . CAA C 573.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.215;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=145.5647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.83;MQ0=4;MQRankSum=1.303;QD=8.97;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=4.014;SB=-8.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,27:41:99:613,0,171 chrV 21337 . AATTG A 973.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.241;DP=45;FS=16.298;HaplotypeScore=200.5817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.28;MQ0=6;MQRankSum=-0.858;QD=21.64;ReadPosRankSum=2.517;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,18:35:99:1013,0,272 chrV 23230 . A ATT 315.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.009;DP=69;FS=8.008;HaplotypeScore=180.4004;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.276;QD=4.58;RPA=12,14;RU=T;ReadPosRankSum=-1.664;SB=-4.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,14:65:99:355,0,809 chrV 23777 . T TG 715.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.377;DP=54;FS=8.336;HaplotypeScore=515.6637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.21;MQ0=0;MQRankSum=-5.399;QD=13.26;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=1.075;SB=-2.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,30:54:99:755,0,502 chrV 23779 . CATA C 1116.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.838;DP=54;FS=8.572;HaplotypeScore=475.2088;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.79;MQ0=0;MQRankSum=-5.858;QD=20.68;ReadPosRankSum=1.221;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,30:54:99:1156,0,961 chrV 23783 . GTTCAATAA G 2699.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.103;DP=52;FS=5.796;HaplotypeScore=311.9657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.70;MQ0=0;MQRankSum=-6.121;QD=51.92;ReadPosRankSum=1.695;SB=-8.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,30:52:99:2739,0,2127 chrV 23875 . CA C 613.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.224;DP=66;FS=2.297;HaplotypeScore=134.0114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=1.335;QD=9.30;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.717;SB=-2.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,35:66:99:653,0,430 chrV 23907 . CA C 1231.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.397;DP=80;FS=4.479;HaplotypeScore=120.6902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=0.377;QD=15.40;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=0.377;SB=-4.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,43:80:99:1271,0,959 chrV 24278 . GT G 217.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.061;DP=66;FS=10.968;HaplotypeScore=132.1716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.272;QD=3.30;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.886;SB=-2.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,20:66:99:257,0,806 chrV 25397 . G GA 877.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.175;DP=50;FS=2.430;HaplotypeScore=228.5631;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.072;QD=17.56;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.643;SB=-2.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,37:50:98:920,98,0 chrV 29494 . AAAAT A 2425.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.143;DP=153;FS=7.904;HaplotypeScore=47.0508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.843;QD=15.86;RPA=2,1;RU=AAAT;ReadPosRankSum=-1.125;SB=-8.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,56:152:99:2465,0,4527 chrV 33787 . G GAA 147.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.841;DP=25;FS=2.066;HaplotypeScore=50.2774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.17;MQ0=0;MQRankSum=0.678;QD=5.92;ReadPosRankSum=-1.904;SB=-7.400e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,7:25:99:187,0,656 chrV 34087 . C CT 540.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.776;DP=63;FS=2.853;HaplotypeScore=91.9629;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.051;QD=8.59;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.564;SB=-2.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:580,0,292 chrV 34096 . G GT 567.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.000;DP=65;FS=7.878;HaplotypeScore=95.4795;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=1.020;QD=8.74;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.168;SB=-1.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,25:65:99:607,0,306 chrV 36289 . GT G 998.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.828;DP=139;FS=1.695;HaplotypeScore=176.2804;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.309;QD=7.19;RPA=15,14;RU=T;ReadPosRankSum=1.722;SB=-3.079e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,75:139:61:1041,61,0 chrV 39894 . TAA T 1481.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=20.3464;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.83;MQ0=0;QD=26.94;RPA=12,10;RU=A;SB=-6.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,48:55:99:1524,147,0 chrV 40008 . GA G 166.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4893;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=13.91;RPA=10,9;RU=A;SB=-2.298e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,10:12:27:209,27,0 chrV 42396 . A AT 2231.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=179.0433;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.03;MQ0=0;QD=25.95;RPA=5,6;RU=T;SB=-6.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,84:86:99:2274,249,0 chrV 42839 . G GGT 397.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.851;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=13.3461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=0.284;QD=11.37;RPA=5,6;RU=GT;ReadPosRankSum=-0.153;SB=-1.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,13:35:99:437,0,474 chrV 46382 . T TA 1549.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=195.5412;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.21;MQ0=0;QD=32.98;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:47:99:1592,138,0 chrV 46739 . GT G 1446.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=311.1824;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.39;MQ0=0;QD=25.39;RPA=4,3;RU=T;SB=-6.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,48:57:99:1489,153,0 chrV 46756 . C CCT 2022.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=282.9609;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.41;MQ0=0;QD=37.46;RPA=2,3;RU=CT;SB=-8.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,50:54:99:2065,150,0 chrV 51706 . TA T 703.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.906;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=144.6579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.241;QD=12.14;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.491;SB=-2.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,32:58:99:743,0,611 chrV 51896 . CTTTCATTA C 4061 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.341;DP=86;FS=7.590;HaplotypeScore=223.5666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.694;QD=47.22;ReadPosRankSum=0.337;SB=-5.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,47:86:99:4061,0,3470 chrV 52273 . TA T 568.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.599;DP=100;FS=3.181;HaplotypeScore=35.9299;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=1.134;QD=5.69;RPA=7,6;RU=A;ReadPosRankSum=-1.243;SB=-1.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,40:100:99:608,0,964 chrV 52435 . CA C 432.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.200;DP=57;FS=1.784;HaplotypeScore=110.8111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=0.234;QD=7.60;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.796;SB=-8.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,33:57:99:472,0,122 chrV 59430 . A AG 237.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.133;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=71.9203;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=0.028;QD=8.50;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=0.194;SB=-1.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,10:28:99:277,0,449 chrV 60906 . GTT G 1092.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.731;DP=67;FS=9.685;HaplotypeScore=176.2674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.39;MQ0=0;MQRankSum=1.430;QD=16.31;ReadPosRankSum=0.845;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,27:67:99:1132,0,1670 chrV 61016 . TG T 829.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.189;DP=78;FS=1.109;HaplotypeScore=184.4445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.974;QD=10.64;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=0.048;SB=-1.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,33:78:99:869,0,1170 chrV 61022 . A ATTT 1056.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.477;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=172.1106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.660;QD=13.55;RPA=8,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.085;SB=-2.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,29:78:99:1096,0,1531 chrV 61197 . AC A 1152.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.770;DP=99;FS=7.077;HaplotypeScore=317.3869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.83;MQ0=0;MQRankSum=-2.465;QD=11.65;ReadPosRankSum=-2.564;SB=-5.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,43:99:99:1192,0,1590 chrV 62815 . CT C 1729.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.617;DP=118;FS=5.407;HaplotypeScore=224.6831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.230;QD=14.66;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=0.809;SB=-3.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,69:118:99:1769,0,1043 chrV 63589 . AG A 586.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.157;DP=39;FS=4.879;HaplotypeScore=16.5796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=1.956;QD=15.05;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=0.500;SB=-3.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,23:39:99:626,0,431 chrV 64154 . CTT C,CTTTT 1929.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.371;DP=150;FS=5.211;HaplotypeScore=282.7863;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=50.85;MQ0=0;MQRankSum=0.907;QD=12.87;RPA=13,11,15;RU=T;ReadPosRankSum=-0.907;SB=-5.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:99,33,0:148:99:2008,1019,1799,1194,0,1745 chrV 67028 . G GTA 1727.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.691;DP=90;FS=3.267;HaplotypeScore=120.2125;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.620;QD=19.20;RPA=1,2;RU=TA;ReadPosRankSum=-0.293;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,47:90:99:1767,0,1358 chrV 67495 . T TAA 2079.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.400;DP=161;FS=4.082;HaplotypeScore=55.0722;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.32;MQ0=0;MQRankSum=-2.125;QD=12.92;RPA=5,7;RU=A;ReadPosRankSum=-1.563;SB=-7.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,69:161:99:2119,0,2051 chrV 69153 . G GC 336.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.512;DP=31;FS=1.527;HaplotypeScore=92.6813;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.22;MQ0=0;MQRankSum=0.122;QD=10.87;RPA=3,4;RU=C;ReadPosRankSum=1.000;SB=-1.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,14:31:99:376,0,306 chrV 69243 . G GT 1055.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=199.2669;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.08;MQ0=0;QD=32.00;RPA=1,2;RU=T;SB=-3.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,30:33:93:1098,93,0 chrV 69394 . TA T 538.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.360;DP=63;FS=1.025;HaplotypeScore=73.7118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.706;QD=8.56;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=0.584;SB=-2.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,32:63:99:578,0,536 chrV 69690 . G GA 81.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.359;DP=14;FS=10.964;HaplotypeScore=16.2124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=0.825;QD=5.85;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.466;SB=-1.049e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,6:14:84:121,0,84 chrV 70382 . G GA 655.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.923;DP=69;FS=2.737;HaplotypeScore=219.4969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.54;MQ0=0;MQRankSum=-2.996;QD=9.51;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.489;SB=-2.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,38:69:99:695,0,309 chrV 70400 . A AAG 1507.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.085;DP=72;FS=0.978;HaplotypeScore=140.6205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.56;MQ0=0;MQRankSum=-4.261;QD=20.94;ReadPosRankSum=1.692;SB=-6.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,42:72:99:1547,0,602 chrV 73474 . C CT 607.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.914;DP=127;FS=1.790;HaplotypeScore=454.3774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.308;QD=4.79;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.916;SB=-3.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,29:126:99:647,0,656 chrV 79216 . TTCA T 1062.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.597;DP=52;FS=1.450;HaplotypeScore=163.9652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.21;MQ0=0;MQRankSum=0.349;QD=20.44;RPA=6,5;RU=TCA;ReadPosRankSum=1.571;SB=-4.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,15:52:56:1102,0,56 chrV 80132 . G GAT 2101.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.318;DP=129;DS;FS=3.385;HaplotypeScore=761.3476;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.58;MQ0=0;MQRankSum=0.500;QD=16.29;RPA=6,7;RU=AT;ReadPosRankSum=-0.718;SB=-9.459e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,74:129:46:2141,0,46 chrV 81324 . CT C 484.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.729;DP=93;FS=5.604;HaplotypeScore=384.4918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=0.584;QD=5.21;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=-2.057;SB=-2.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,34:93:99:524,0,458 chrV 83200 . CTGT C 1222.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.564;DP=84;FS=4.787;HaplotypeScore=193.1290;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.64;MQ0=0;MQRankSum=2.257;QD=14.56;RPA=5,4;RU=TGT;ReadPosRankSum=0.846;SB=-9.001e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,36:84:99:1262,0,1112 chrV 84602 . G GA 215.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.836;DP=42;FS=5.403;HaplotypeScore=51.5924;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.454;QD=5.14;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.423;SB=-3.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,17:42:99:255,0,443 chrV 84912 . T TAA 349.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.699;DP=51;FS=7.557;HaplotypeScore=23.9268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=-2.041;QD=6.86;RPA=8,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.300;SB=-5.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,12:51:99:389,0,632 chrV 85646 . A AAC 334.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.945;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=32.5911;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.44;MQ0=0;MQRankSum=0.288;QD=10.47;RPA=4,5;RU=AC;ReadPosRankSum=-0.642;SB=-1.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,12:32:99:374,0,523 chrV 86258 . A ATT 513.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.936;DP=46;FS=3.107;HaplotypeScore=41.8161;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=0.622;QD=11.17;RPA=9,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.622;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,19:46:99:553,0,603 chrV 86783 . G GA 337.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.242;DP=51;FS=15.678;HaplotypeScore=118.8904;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.016;QD=6.63;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.902;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,19:51:99:377,0,452 chrV 86821 . G GT 886.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.041;DP=65;FS=18.992;HaplotypeScore=139.9180;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.563;QD=13.65;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=-1.134;SB=-3.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,37:65:99:926,0,671 chrV 89891 . C CT 895.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.698;DP=140;FS=0.724;HaplotypeScore=185.6817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=1.366;QD=6.40;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-1.462;SB=-2.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,55:140:99:935,0,1493 chrV 94088 . T TA 407.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.539;DP=57;FS=5.764;HaplotypeScore=396.7605;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.89;MQ0=0;MQRankSum=-5.760;QD=7.16;ReadPosRankSum=1.292;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:57:99:447,0,306 chrV 94089 . G GT 1253.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=325.5198;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.39;MQ0=0;QD=22.80;RPA=5,6;RU=T;SB=-6.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,23:55:99:1296,147,0 chrV 94334 . G GGA 1689.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.103;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=96.2781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.561;QD=23.15;ReadPosRankSum=0.425;SB=-7.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,38:73:99:1729,0,1330 chrV 94577 . A AT 1114.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.954;DP=139;FS=4.832;HaplotypeScore=115.4082;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=-2.052;QD=8.02;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-1.134;SB=-4.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,61:139:99:1154,0,1150 chrV 95822 . A AG 374.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.620;DP=35;FS=4.960;HaplotypeScore=8.9427;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=1.481;QD=10.71;RPA=4,5;RU=G;ReadPosRankSum=-1.412;SB=-1.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,17:35:99:414,0,418 chrV 98089 . G GAA 1151.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.013;DP=91;FS=14.135;HaplotypeScore=26.8514;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.121;QD=12.66;RPA=7,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.066;SB=-4.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,41:91:99:1191,0,1267 chrV 99584 . G GTCA 3155.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.900;DP=132;FS=3.611;HaplotypeScore=141.8195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.612;QD=23.91;ReadPosRankSum=-1.266;SB=-1.283e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,73:132:99:3195,0,2076 chrV 109295 . AT A 463.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.862;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=115.7184;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=1.272;QD=10.31;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=-0.979;SB=-1.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,25:45:99:503,0,466 chrV 117082 . G GA 361.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.965;DP=98;FS=6.512;HaplotypeScore=302.5948;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=1.866;QD=3.69;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=1.427;SB=-1.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,26:98:99:401,0,671 chrV 118179 . AG A 1307.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.134;DP=98;FS=4.334;HaplotypeScore=572.6487;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.45;MQ0=0;MQRankSum=-5.226;QD=13.35;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=-2.009;SB=-1.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,49:98:99:1347,0,1126 chrV 118197 . C CG 1510.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.080;DP=114;FS=3.781;HaplotypeScore=645.4204;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.64;MQ0=0;MQRankSum=-7.405;QD=13.25;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=0.032;SB=-1.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,52:114:99:1550,0,1607 chrV 118206 . ATG A 1775.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.988;DP=121;FS=0.861;HaplotypeScore=648.6481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.71;MQ0=0;MQRankSum=-7.095;QD=14.68;RPA=2,1;RU=TG;ReadPosRankSum=1.386;SB=-3.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,56:121:99:1815,0,2098 chrV 122439 . C CA 787.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.209;DP=100;FS=1.899;HaplotypeScore=75.1908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.120;QD=7.88;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.864;SB=-2.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,45:100:99:827,0,649 chrV 122728 . G GAAAA,GAA 1137.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.844;DP=87;FS=5.616;HaplotypeScore=36.4926;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.23;MQ0=0;MQRankSum=0.985;QD=13.08;RPA=16,20,18;RU=A;ReadPosRankSum=-0.834;SB=-2.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:37,35,5:85:97:1216,111,97,394,0,316 chrV 124293 . A ACTT 862.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.444;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=13.3882;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-3.402;QD=18.76;RPA=4,5;RU=CTT;ReadPosRankSum=-0.951;SB=-3.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,21:46:99:902,0,345 chrV 126489 . G GT 420.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.855;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=107.1297;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=0.251;QD=4.17;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.518;SB=-1.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,23:101:99:460,0,652 chrV 128407 . TATA T 619.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.271;DP=51;FS=7.323;HaplotypeScore=15.7475;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.642;QD=12.16;RPA=2,1;RU=ATA;ReadPosRankSum=-0.757;SB=-2.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,18:51:99:659,0,1058 chrV 131558 . TA T 966.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.475;DP=143;FS=5.094;HaplotypeScore=65.0641;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=2.670;QD=6.76;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.953;SB=-2.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,66:143:99:1006,0,885 chrV 132558 . G GCACACACACACACA 3721 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.079;DP=50;FS=7.819;HaplotypeScore=84.8368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.23;MQ0=0;MQRankSum=-5.733;QD=74.42;RPA=4,11;RU=CA;ReadPosRankSum=4.060;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,13:50:99:3721,0,1138 chrV 133007 . GTCTA G 1716.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.969;DP=82;FS=10.170;HaplotypeScore=78.8316;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.370;QD=20.94;RPA=2,1;RU=TCTA;ReadPosRankSum=0.000;SB=-3.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,35:82:99:1756,0,1680 chrV 135416 . G GAAA 992.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9652;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.90;MQ0=0;QD=41.37;RPA=5,8;RU=A;SB=-4.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,22:24:66:1035,66,0 chrV 135613 . AG A 474.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=377.2670;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.69;MQ0=4;QD=18.27;SB=-2.300e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,16:22:51:517,51,0 chrV 135617 . T TGG 663.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=315.8312;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.31;MQ0=5;QD=31.62;RPA=1,3;RU=G;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,16:16:48:706,48,0 chrV 135650 . G GT 172.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=190.1286;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.33;MQ0=10;QD=9.56;RPA=1,2;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,6:8:18:214,18,0 chrV 135939 . AG A 1939.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=218.6010;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.10;MQ0=1;MQRankSum=1.039;QD=31.29;ReadPosRankSum=1.039;SB=-7.500e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,54:61:99:1982,128,0 chrV 136256 . G GA 1083.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.682;DP=136;FS=1.480;HaplotypeScore=355.5039;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.50;MQ0=0;MQRankSum=-2.646;QD=7.97;RPA=5,6;RU=A;ReadPosRankSum=-3.076;SB=-4.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,50:136:99:1123,0,132 chrV 136506 . TA T 2695.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=457.4627;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.94;MQ0=0;QD=22.10;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.134e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,108:122:99:2738,300,0 chrV 137815 . G GA 2740.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=250.0138;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.42;MQ0=0;QD=26.10;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.253e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,101:105:99:2783,291,0 chrV 138737 . GT G 1777.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=111.6886;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.19;MQ0=0;QD=18.72;RPA=8,7;RU=T;SB=-5.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,84:95:99:1820,224,0 chrV 138884 . GAAATAAAAAATATA G 7479 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.125;DP=132;FS=2.556;HaplotypeScore=81.6814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.48;MQ0=0;MQRankSum=-6.051;QD=56.66;ReadPosRankSum=1.119;SB=-2.890e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,48:132:99:7479,0,6716 chrV 140380 . A AT,AG 1734.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=256.5567;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.65;MQ0=0;QD=28.44;SB=-4.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:2,25,34:61:99:1813,751,581,585,0,486 chrV 141103 . GT G 840.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=98.1633;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.32;MQ0=0;QD=17.16;RPA=10,9;RU=T;SB=-1.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,40:49:99:883,116,0 chrV 141566 . AT A 357.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.435;DP=59;FS=2.463;HaplotypeScore=111.5869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQ0=0;MQRankSum=0.432;QD=6.07;RPA=6,5;RU=T;ReadPosRankSum=0.786;SB=-1.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,22:59:99:397,0,651 chrV 148091 . GAA G,GA 548.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.598;DP=82;FS=2.482;HaplotypeScore=38.5823;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=0.906;QD=6.69;RPA=16,14,15;RU=A;ReadPosRankSum=3.642;SB=-1.499e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:30,9,1:82:76:627,377,615,127,0,76 chrV 152924 . G GAA 1478.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=55.7164;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.40;MQ0=0;QD=21.43;RPA=12,14;RU=A;SB=-2.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,31:69:99:1521,164,0 chrV 153026 . GA G 1420.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.052;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=101.6821;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=1.365;QD=20.01;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.682;SB=-3.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,65:71:99:1463,172,0 chrV 155858 . G GA 2057.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=53.6748;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;QD=30.72;RPA=2,3;RU=A;SB=-2.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,66:67:99:2100,195,0 chrV 159027 . CAAA CA,C 207.28 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.758;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=18.5569;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=50.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.071;QD=8.29;RPA=18,16,15;RU=A;ReadPosRankSum=2.758;SB=-4.918e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:13,0,5:25:47:285,70,47,101,0,150 chrV 162567 . GT G 671.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.921;DP=103;FS=4.356;HaplotypeScore=49.9278;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQ0=0;MQRankSum=0.250;QD=6.52;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.455;SB=-1.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,41:103:99:711,0,517 chrV 167423 . GA G 2532.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=123.3672;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.16;MQ0=0;QD=21.47;RPA=6,5;RU=A;SB=-5.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,113:118:99:2575,297,0 chrV 167691 . G GA 3553 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.094;DP=166;FS=0.000;HaplotypeScore=290.9023;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.477;QD=21.40;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.356;SB=-1.228e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,152:166:99:3553,380,0 chrV 175080 . G GA 1263.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=129.4209;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.77;MQ0=0;QD=21.42;RPA=6,7;RU=A;SB=-5.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,55:59:99:1306,147,0 chrV 177603 . C CGATTTGTAA 2173.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5148;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.04;MQ0=0;QD=103.52;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,11:21:63:2216,63,0 chrV 187395 . TTA T 2262.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=446.6064;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.75;MQ0=0;QD=26.94;RPA=3,2;RU=TA;SB=-4.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,62:84:99:2305,177,0 chrV 187784 . A AC 1000.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=319.0723;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.04;MQ0=0;QD=30.33;RPA=2,3;RU=C;SB=-3.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,32:33:96:1043,96,0 chrV 187920 . TTGCCTAGAACAA T 3789 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=246.7854;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.63;MQ0=0;QD=108.26;SB=-9.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,30:35:84:3789,84,0 chrV 189352 . A AT 431.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.419;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=12.7706;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.261;QD=8.64;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.419;SB=-2.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,30:50:40:474,40,0 chrV 191839 . GT G 5793 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=173;FS=0.000;HaplotypeScore=49.1688;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;QD=33.49;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.709e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,171:173:99:5793,511,0 chrV 196609 . TA T 703.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.940;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=116.3904;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.14;MQ0=0;MQRankSum=0.977;QD=9.64;RPA=16,15;RU=A;ReadPosRankSum=1.940;SB=-6.277e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,53:73:24:746,24,0 chrV 198800 . T TC 1630.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=37.8539;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.44;MQ0=0;QD=34.70;SB=-7.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1673,135,0 chrV 208551 . G GAAAA 8751 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=185;FS=0.000;HaplotypeScore=334.4056;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.16;MQ0=0;QD=47.30;RPA=7,11;RU=A;SB=-1.659e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,154:185:99:8751,510,0 chrV 208925 . GA G 6236 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=208;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=183.4851;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;QD=29.98;RPA=3,2;RU=A;SB=-2.755e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,205:208:99:6236,580,0 chrV 210547 . G GTTT 2240.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=176.4052;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.89;MQ0=0;QD=39.32;RPA=6,9;RU=T;SB=-9.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,47:57:99:2283,153,0 chrV 210690 . GT G 3095.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=78.7975;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=29.49;RPA=3,2;RU=T;SB=-7.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,100:105:99:3138,289,0 chrV 211776 . C CT 791.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=207.0157;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.85;MQ0=0;QD=22.00;RPA=7,8;RU=T;SB=-3.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,32:36:96:834,96,0 chrV 212443 . AG A 3102.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=899.0138;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.80;MQ0=0;QD=28.21;RPA=3,2;RU=G;SB=-1.373e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,98:110:99:3145,286,0 chrV 212485 . T TA 3719 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.087;DP=165;FS=0.000;HaplotypeScore=1112.2941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.063;QD=22.54;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.681;SB=-8.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,143:165:99:3719,410,0 chrV 213853 . A AGAAGAAGACGAAGAAGAC 4873 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=225.4843;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.59;MQ0=0;QD=76.14;RPA=1,3;RU=GAAGAAGAC;SB=-1.537e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,39:64:99:4873,141,0 chrV 221394 . TA T 56.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.780;DP=70;FS=1.237;HaplotypeScore=58.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=1.141;QD=0.81;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.111;SB=-1.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,13:70:96:96,0,817 chrV 221815 . CAAA C 3034.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.206;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=564.2659;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=32.29;RPA=11,8;RU=A;ReadPosRankSum=1.485;SB=-1.037e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,78:94:99:3077,227,0 chrV 221827 . C CG 2933.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=589.3002;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.15;MQ0=0;QD=32.24;SB=-9.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:2976,274,0 chrV 222505 . TA T 569.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=22.2297;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.62;MQ0=0;QD=24.78;RPA=4,3;RU=A;SB=-2.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:63:612,63,0 chrV 225280 . G GA 1368.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=307.9543;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;QD=24.45;RPA=5,6;RU=A;SB=-5.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,53:56:99:1411,156,0 chrV 225319 . AT A 100.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.555;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=132.0599;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.428;QD=3.26;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.000;SB=-1.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,9:31:99:140,0,128 chrV 225400 . G GA 117.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.468;DP=18;FS=2.632;HaplotypeScore=61.2514;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=-2.180;QD=6.55;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.825;SB=-5.321e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,8:18:51:157,0,51 chrV 225425 . A AT 773.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.427;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=203.4859;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.78;MQ0=0;MQRankSum=1.631;QD=18.00;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.223;SB=-5.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,33:43:93:816,93,0 chrV 225782 . TTATATATA T 1362.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.735;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=293.0876;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.29;MQ0=0;MQRankSum=1.327;QD=24.78;RPA=11,7;RU=TA;ReadPosRankSum=1.531;SB=-2.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,16:55:35:1405,35,0 chrV 234865 . C CAT 3141.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=130.3849;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.51;MQ0=0;QD=24.36;RPA=4,5;RU=AT;SB=-9.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,82:129:99:3184,250,0 chrV 237335 . G GA 363.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3251;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.33;RPA=8,9;RU=A;SB=-7.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,16:21:48:406,48,0 chrV 238196 . C CTT 1084.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=31.3363;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.35;MQ0=0;QD=23.08;RPA=9,11;RU=T;SB=-3.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,36:47:99:1127,108,0 chrV 241704 . TA T 458.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=113.6428;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.75;MQ0=0;QD=19.95;RPA=8,7;RU=A;SB=-4.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:63:501,63,0 chrV 241876 . AAAATAG A 1247.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=237.3944;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.22;MQ0=0;QD=36.70;SB=-5.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,29:34:78:1290,78,0 chrV 242328 . TC T 1397.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=125.0255;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.38;MQ0=0;QD=32.51;RPA=2,1;RU=C;SB=-5.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:43:99:1440,123,0 chrV 242690 . TG T 1100.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=122.3422;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.37;MQ0=0;QD=27.52;RPA=3,2;RU=G;SB=-4.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:40:99:1143,111,0 chrV 243735 . C CCGCTT 679.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=68.2170;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.77;MQ0=0;QD=61.82;SB=-6.399e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:11:30:722,30,0 chrV 243802 . TATCATC T 322.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=69.8162;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.96;MQ0=0;QD=40.37;RPA=3,1;RU=ATC;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24:365,24,0 chrV 246872 . A AT 3762 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=203.5975;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=39.19;SB=-1.662e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:3762,286,0 chrV 248362 . G GC 1755.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=160.6669;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.20;MQ0=0;QD=28.32;RPA=4,5;RU=C;SB=-5.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,59:62:99:1798,177,0 chrV 248412 . C CTGCAACTGAAGAA 7400 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=87.9512;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.39;MQ0=0;QD=139.62;SB=-3.382e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,36:53:99:7400,153,0 chrV 249753 . G GGTATACCTT 7458 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=242.1735;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.67;MQ0=0;QD=64.29;RPA=1,2;RU=GTATACCTT;SB=-3.107e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,77:116:99:7458,235,0 chrV 249929 . A AC 1070.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=37;FS=7.533;HaplotypeScore=218.3696;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.95;MQ0=2;MQRankSum=1.427;QD=28.94;ReadPosRankSum=-1.427;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,32:35:89:1113,89,0 chrV 250269 . C CTA 374.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.282;DP=15;FS=19.590;HaplotypeScore=59.5058;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.58;MQ0=0;MQRankSum=1.734;QD=24.93;ReadPosRankSum=-2.282;SB=-5.309e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,12:15:22:416,22,0 chrV 250490 . C CTTA 1937.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.029;DP=120;FS=0.783;HaplotypeScore=295.5932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.04;MQ0=0;MQRankSum=0.052;QD=16.15;RPA=3,4;RU=TTA;ReadPosRankSum=-1.020;SB=-9.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,51:120:99:1977,0,1800 chrV 251561 . GA G 767.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.206;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=52.4478;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=0.966;QD=11.29;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=1.378;SB=-2.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,47:68:54:810,54,0 chrV 256303 . GTATATATA G 2488.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=110.6948;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.00;MQ0=0;QD=38.89;RPA=12,8;RU=TA;SB=-3.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,26:64:87:2531,87,0 chrV 258177 . G GA 553.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.305;DP=89;FS=1.483;HaplotypeScore=50.7029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=1.606;QD=6.22;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.914;SB=-2.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,34:89:82:593,0,82 chrV 259747 . GA G 2247.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=388.5271;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.12;MQ0=0;QD=21.01;RPA=9,8;RU=A;SB=-7.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,102:107:99:2290,295,0 chrV 259981 . G GTCCAATGCT 5719 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=13.5039;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.78;MQ0=0;QD=102.13;SB=-1.101e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,41:56:99:5719,157,0 chrV 260179 . C CG 1128.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.578;DP=85;FS=0.980;HaplotypeScore=94.1877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.332;QD=13.28;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=-0.281;SB=-2.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,43:85:99:1168,0,1049 chrV 261332 . CA C 599.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=252.8781;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.50;MQ0=0;QD=15.38;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,12:39:88:642,88,0 chrV 261627 . G GT 586.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.393;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=18.0891;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.730;QD=10.67;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.326;SB=-8.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,30:55:99:626,0,237 chrV 261803 . CT C 371.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.846;DP=32;FS=5.710;HaplotypeScore=96.0279;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.74;MQ0=0;MQRankSum=0.377;QD=11.62;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=0.293;SB=-1.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,18:32:99:411,0,300 chrV 263748 . TG T 1336.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=11.9360;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.90;MQ0=0;QD=29.71;SB=-6.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1379,126,0 chrV 265961 . G GGT 463.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.923;DP=35;FS=10.789;HaplotypeScore=98.3693;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.33;MQ0=0;MQRankSum=0.416;QD=13.26;RPA=1,2;RU=GT;ReadPosRankSum=-0.813;SB=-1.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,9:35:99:503,0,639 chrV 266011 . C CGT 847.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.096;DP=57;FS=6.234;HaplotypeScore=81.8402;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.57;MQ0=0;MQRankSum=0.045;QD=14.88;RPA=2,3;RU=GT;ReadPosRankSum=-0.116;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,26:57:99:887,0,922 chrV 268848 . C CT 843.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.328;DP=74;FS=4.529;HaplotypeScore=69.2740;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.328;QD=11.40;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.707;SB=-4.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,48:74:43:886,43,0 chrV 269159 . GAA G 1643.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=35.3769;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.95;MQ0=0;QD=23.49;RPA=12,10;RU=A;SB=-7.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,56:70:99:1686,162,0 chrV 269977 . A AGG 1540.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=312.0131;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.30;MQ0=0;QD=31.45;SB=-6.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,38:49:99:1583,126,0 chrV 269978 . T TG 1102.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=295.2178;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.70;MQ0=0;QD=26.26;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,38:42:99:1145,120,0 chrV 270453 . CT C 545.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.166;DP=92;FS=0.939;HaplotypeScore=400.2688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.50;MQ0=0;MQRankSum=1.022;QD=5.93;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.117;SB=-1.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,33:92:99:585,0,871 chrV 284428 . CGT C 693.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=67.9652;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=28.91;RPA=11,10;RU=GT;SB=-3.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,19:24:69:736,69,0 chrV 288434 . TA T 901.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=15.2762;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.00;MQ0=0;QD=18.41;RPA=8,7;RU=A;SB=-3.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,44:49:99:944,117,0 chrV 289244 . A AT 76.18 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.563;DP=71;FS=10.296;HaplotypeScore=63.4708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.952;QD=1.07;RPA=15,16;RU=T;ReadPosRankSum=-0.049;SB=-4.018e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,10:71:99:115,0,477 chrV 295243 . A AT,ATT 721.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=19.7182;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.45;MQ0=0;QD=14.16;RPA=11,12,13;RU=T;SB=-2.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:15,20,13:51:99:800,341,251,286,0,216 chrV 308000 . GTTT G 6082 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=41.1793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.28;MQ0=0;QD=43.13;RPA=6,3;RU=T;SB=-1.499e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,130:141:99:6082,382,0 chrV 308181 . GT G 2402.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=198.5165;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.15;MQ0=0;QD=18.20;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.002e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,114:132:99:2445,314,0 chrV 309004 . G GTCATCATCATCA 2632.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.463;DP=107;FS=1.049;HaplotypeScore=56.2903;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.97;MQ0=0;MQRankSum=-4.731;QD=24.61;RPA=9,13;RU=TCA;ReadPosRankSum=-0.531;SB=-5.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,22:107:99:2672,0,4659 chrV 319639 . T TA 508.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.631;DP=76;FS=2.667;HaplotypeScore=52.9164;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=-1.149;QD=6.70;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-1.833;SB=-1.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,30:76:99:548,0,398 chrV 324168 . C CA 577.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=63.1588;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=0.981;QD=7.14;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.710;SB=-7.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,32:81:99:617,0,534 chrV 328320 . GA G 823.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.213;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=92.1740;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=1.299;QD=12.48;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.126;SB=-3.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,61:66:94:866,94,0 chrV 332992 . GA G 810.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=10.5511;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.53;MQ0=0;QD=21.34;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:38:99:853,108,0 chrV 335293 . AAAAGAGAGAAAAAATACAACAAGATACCAAACAGGACG A 3853 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=17.2930;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.39;MQ0=0;QD=56.66;SB=-8.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,64:68:99:3853,180,0 chrV 335406 . G GT 372.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.392;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=101.1869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.47;MQ0=0;MQRankSum=0.062;QD=7.94;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.434;SB=-1.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,16:47:99:412,0,171 chrV 349345 . ATT A 551.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=14.2200;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.88;MQ0=0;QD=18.40;RPA=10,8;RU=T;SB=-1.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,21:30:54:594,54,0 chrV 349449 . A AT 122.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.106;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=0.529;QD=5.12;RPA=3,4;RU=T;ReadPosRankSum=0.529;SB=-6.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,9:24:99:162,0,215 chrV 355008 . C CT 2102.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=216.5054;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.39;MQ0=1;QD=22.37;RPA=6,7;RU=T;SB=-7.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,87:88:99:2145,243,0 chrV 355237 . T TG 1961.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=167.9947;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.04;MQ0=0;QD=30.18;SB=-8.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,54:65:99:2004,162,0 chrV 355240 . G GC 1325.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.770;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=223.4852;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.898;QD=23.68;RPA=8,9;RU=C;ReadPosRankSum=-0.834;SB=-6.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,49:56:99:1368,133,0 chrV 357894 . CT C 1467.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.643;DP=92;FS=3.136;HaplotypeScore=238.0184;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=1.435;QD=15.96;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.990;SB=-6.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,79:92:99:1510,184,0 chrV 358045 . AT A 786.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.104;DP=123;FS=0.718;HaplotypeScore=138.4994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.307;QD=6.40;RPA=8,7;RU=T;ReadPosRankSum=-0.015;SB=-3.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,48:123:99:826,0,1299 chrV 359471 . AAAG A 1080.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;DP=56;FS=2.657;HaplotypeScore=15.9654;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.230;QD=19.30;RPA=2,1;RU=AAG;ReadPosRankSum=-0.551;SB=-2.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,30:56:99:1120,0,1022 chrV 360499 . A AT 572.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.735;DP=52;FS=1.387;HaplotypeScore=44.4612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.867;QD=11.02;RPA=3,4;RU=T;ReadPosRankSum=0.289;SB=-1.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:52:99:612,0,530 chrV 362360 . AAT A 4112 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=805.0501;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.78;MQ0=0;QD=31.63;RPA=3,2;RU=AT;SB=-1.453e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,115:130:99:4112,319,0 chrV 362649 . C CTTA 1712.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.713;DP=126;FS=5.667;HaplotypeScore=363.9413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.90;MQ0=0;MQRankSum=-4.554;QD=13.59;RPA=1,2;RU=TTA;ReadPosRankSum=-2.196;SB=-6.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,47:126:99:1752,0,3281 chrV 366655 . A ATT 1169.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.323;DP=64;FS=1.141;HaplotypeScore=26.3435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.163;QD=18.28;ReadPosRankSum=-0.177;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,28:64:99:1209,0,1418 chrV 372082 . C CT 1903.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=141.4660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.89;MQ0=0;QD=26.82;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,64:71:99:1946,180,0 chrV 372265 . A AG 1870.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=266.5318;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.56;MQ0=0;QD=33.41;RPA=1,2;RU=G;SB=-2.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,54:56:99:1913,165,0 chrV 374814 . TGCAA T,TA 3559 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.542;DP=93;FS=3.222;HaplotypeScore=231.4395;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.628;QD=38.27;ReadPosRankSum=1.351;SB=-1.674e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:12,41,0:93:99:3559,610,416,957,0,715 chrV 378140 . A AT 551.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.040;DP=62;FS=0.990;HaplotypeScore=15.1201;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.509;QD=8.90;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=-1.510;SB=-2.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,27:62:99:591,0,621 chrV 386277 . C CT 827.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.656;DP=76;FS=3.871;HaplotypeScore=46.0683;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=1.564;QD=10.89;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=0.337;SB=-1.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,32:76:99:867,0,887 chrV 390338 . AT A 448.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.802;DP=37;FS=7.555;HaplotypeScore=15.5775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.193;QD=12.13;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=-1.669;SB=-1.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,22:37:99:488,0,344 chrV 394965 . AT A 314.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=94.7797;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.571;QD=3.94;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.730;SB=-1.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,31:80:99:354,0,605 chrV 395202 . CA C 340.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.252;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=54.5854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.04;MQ0=0;MQRankSum=0.343;QD=5.50;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.809;SB=-1.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,23:62:99:380,0,310 chrV 400988 . CT C 489.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=49.5793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.25;MQ0=0;QD=12.89;RPA=11,10;RU=T;SB=-1.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,24:38:74:532,74,0 chrV 413363 . TA T 593.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.154;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=55.8216;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.286;QD=7.24;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.198;SB=-1.429e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,37:82:29:636,29,0 chrV 415743 . C CT 727.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.595;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=83.6725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.251;QD=6.50;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.836;SB=-3.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,45:112:99:767,0,522 chrV 422990 . 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TC T 683.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.818;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=16.6282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.86;MQ0=0;MQRankSum=0.295;QD=10.86;RPA=4,3;RU=C;ReadPosRankSum=1.155;SB=-3.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:723,0,606 chrV 432378 . GA G 584.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.190;DP=74;FS=8.902;HaplotypeScore=42.6045;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=0.663;QD=7.90;RPA=7,6;RU=A;ReadPosRankSum=-2.049;SB=-1.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,36:74:99:624,0,714 chrV 435946 . TG T 1028.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.271;DP=104;FS=64.540;HaplotypeScore=69.0136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.30;MQ0=2;MQRankSum=-7.845;QD=9.89;ReadPosRankSum=2.539;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,39:100:99:1068,0,1795 chrV 436602 . AT A 1298.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.512;DP=105;FS=3.872;HaplotypeScore=113.8993;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQ0=0;MQRankSum=-2.594;QD=12.37;ReadPosRankSum=-0.608;SB=-5.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,44:105:99:1338,0,1632 chrV 438667 . TC T 688.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.315;DP=92;FS=10.999;HaplotypeScore=223.0611;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.913;QD=7.49;ReadPosRankSum=-1.035;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,37:92:99:728,0,1236 chrV 438669 . TA T 568.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.565;DP=87;FS=10.624;HaplotypeScore=231.6901;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.917;QD=6.54;ReadPosRankSum=-1.829;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,37:87:99:608,0,1231 chrV 441153 . CT C 1082.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.823;DP=131;FS=3.368;HaplotypeScore=168.4111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.052;QD=8.27;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.057;SB=-4.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,67:131:99:1122,0,901 chrV 449320 . ACATC A 652.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=55.8909;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.60;MQ0=0;QD=59.36;SB=-2.919e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:11:33:695,33,0 chrV 449846 . TA T 747.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.047;DP=46;FS=12.273;HaplotypeScore=15.9181;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.19;MQ0=0;MQRankSum=2.930;QD=16.26;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=1.138;SB=-3.929e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,33:46:99:787,0,170 chrV 453290 . A AG 841.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.465;DP=57;FS=12.867;HaplotypeScore=16.5032;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=1.122;QD=14.77;RPA=2,3;RU=G;ReadPosRankSum=0.232;SB=-3.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,31:57:99:881,0,450 chrV 460341 . G GA 520.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3641;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.65;MQ0=0;QD=22.65;RPA=6,7;RU=A;SB=-8.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,21:23:63:563,63,0 chrV 461877 . C CCACCGCTTCCACCGCTTT 5013 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=19.4967;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.95;MQ0=0;QD=151.91;SB=-1.210e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,18:33:87:5013,87,0 chrV 462232 . GA G 1168.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=374.4705;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.94;MQ0=0;QD=22.92;RPA=7,6;RU=A;SB=-3.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1211,147,0 chrV 462428 . TG T 502.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=81.3758;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.39;MQ0=0;QD=29.59;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51:545,51,0 chrV 462951 . C CT 390.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.713;DP=84;FS=4.620;HaplotypeScore=70.6068;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.267;QD=4.65;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=-0.594;SB=-1.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,27:84:99:430,0,438 chrV 467991 . T TG 322.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.073;DP=38;FS=5.780;HaplotypeScore=27.7593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=1.733;QD=8.50;RPA=5,6;RU=G;ReadPosRankSum=-1.139;SB=-1.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,16:38:99:362,0,441 chrV 488179 . C CT 1910.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=338.8485;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.06;MQ0=0;QD=31.85;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1953,177,0 chrV 490231 . GTTCATGTTCATGTTCATA G 3025.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=336.2138;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.44;MQ0=0;QD=38.30;SB=-1.351e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,72:79:99:3068,180,0 chrV 491992 . TA T 918.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=44.7041;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.42;MQ0=0;QD=19.55;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,12:47:99:961,114,0 chrV 503927 . AT A 413.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.021;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=213.2464;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.36;MQ0=0;MQRankSum=0.483;QD=9.86;ReadPosRankSum=0.777;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,18:42:58:456,58,0 chrV 503930 . CAA C 222.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.461;DP=43;FS=1.875;HaplotypeScore=229.6787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.324;QD=5.19;RPA=14,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.666;SB=-9.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,9:43:99:262,0,126 chrV 504449 . AT A 2939.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=484.4485;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.84;MQ0=0;QD=21.00;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.403e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,131:140:99:2982,371,0 chrV 510328 . CA C 475.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=15.3499;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.19;MQ0=0;QD=14.87;RPA=11,10;RU=A;SB=-1.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,28:32:69:518,69,0 chrV 511644 . TGCCGCTGCCGCC T 2093.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=63.8234;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.57;MQ0=0;QD=87.25;SB=-7.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,18:24:54:2136,54,0 chrV 512151 . C CT 1601.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=27.6207;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.24;MQ0=0;QD=21.36;RPA=8,9;RU=T;SB=-8.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,63:75:99:1644,195,0 chrV 517556 . CTTAGAAG C 3493 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.251;DP=80;FS=9.654;HaplotypeScore=630.1208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.432;QD=43.66;ReadPosRankSum=6.651;SB=-1.224e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,50:80:99:3493,0,403 chrV 517564 . CCT C 932.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.676;DP=79;FS=5.049;HaplotypeScore=874.0160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.89;MQ0=0;MQRankSum=-2.837;QD=11.81;ReadPosRankSum=6.091;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,50:79:99:972,0,404 chrV 522970 . A AT 462.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.831;DP=73;FS=4.517;HaplotypeScore=190.4018;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.38;MQ0=0;MQRankSum=0.349;QD=6.34;RPA=16,17;RU=T;ReadPosRankSum=-0.470;SB=-2.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,24:72:99:502,0,141 chrV 526638 . T TC 2297.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=101.1946;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;QD=30.24;RPA=2,3;RU=C;SB=-1.103e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,73:76:99:2340,220,0 chrV 535293 . CTCA C 2872.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=39.6161;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.90;MQ0=0;QD=38.82;RPA=3,2;RU=TCA;SB=-1.395e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,64:74:99:2915,195,0 chrV 536020 . AT A 1516.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=78.6698;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.67;MQ0=0;QD=22.64;RPA=5,4;RU=T;SB=-7.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,64:67:99:1559,174,0 chrV 541194 . T TAGCC 4592 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=25.6630;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.85;MQ0=0;QD=54.67;RPA=1,2;RU=AGCC;SB=-1.638e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,77:84:99:4592,226,0 chrV 541518 . T TC 1966.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=52.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.92;MQ0=0;QD=25.88;SB=-8.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,63:76:99:2009,193,0 chrV 548081 . TA T 2190.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=160.4236;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.61;MQ0=0;QD=28.83;RPA=3,2;RU=A;SB=-9.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,72:76:99:2233,210,0 chrV 551283 . A AAG 4006 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=654.6046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.80;MQ0=0;QD=32.05;SB=-1.047e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,92:122:99:4006,334,0 chrV 551284 . 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TG T 2068.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=1045.1725;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.56;MQ0=0;QD=28.34;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:73:99:2111,204,0 chrV 561824 . C CG 1860.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=707.4750;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.54;MQ0=0;QD=27.78;RPA=2,3;RU=G;SB=-2.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,59:67:99:1903,180,0 chrV 562451 . AT A 2103.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=322.6697;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.50;MQ0=0;QD=29.22;SB=-7.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,60:72:99:2146,174,0 chrV 563148 . CT C 2279.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=415.3708;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.83;MQ0=0;QD=20.73;RPA=7,6;RU=T;SB=-6.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,99:110:99:2322,279,0 chrV 563257 . AT A 1775.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=428.4507;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.66;MQ0=0;QD=26.51;RPA=3,2;RU=T;SB=-3.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,62:67:99:1818,183,0 chrV 563427 . AC A 3626 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=849.5577;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.88;MQ0=0;QD=32.96;SB=-1.345e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:110:99:3626,304,0 chrV 563829 . C CT 2256.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=545.9950;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.74;MQ0=0;QD=25.36;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.125e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,74:89:99:2299,231,0 chrV 563866 . G GT 3085.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=383.5690;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.42;MQ0=0;QD=35.47;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.220e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:87:99:3128,262,0 chrV 564516 . C CA 630.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=217.4173;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.69;MQ0=0;QD=21.76;RPA=8,9;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,28:29:81:673,81,0 chrV 564696 . AG A 101.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;HaplotypeScore=42.3482;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.90;MQ0=0;QD=20.30;RPA=2,1;RU=G;SB=-3.454e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:12:143,12,0 chrV 565293 . C CGAA 4298 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=546.5378;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.36;MQ0=0;QD=55.82;SB=-9.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:77:99:4298,229,0 chrV 567121 . GT G 548.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.589;DP=32;FS=73.947;HaplotypeScore=226.5087;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.39;MQ0=0;MQRankSum=2.184;QD=17.16;ReadPosRankSum=-1.045;SB=-2.876e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,18:32:99:588,0,429 chrV 567175 . AC A 293.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=113.9895;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.87;MQ0=0;QD=32.66;SB=-3.598e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27:336,27,0 chrV 567545 . GC G 1435.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=334.8299;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.70;MQ0=0;QD=34.19;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:1478,126,0 chrV 567853 . G GAT 1492.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=357.9443;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.33;MQ0=0;QD=39.29;SB=-6.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:38:99:1535,111,0 chrV 567854 . GA G 942.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=412.7345;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.48;MQ0=0;QD=25.49;RPA=2,1;RU=A;SB=-4.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:99:985,108,0 chrV 568022 . A AG 1445.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.660;DP=107;FS=5.790;HaplotypeScore=1065.4490;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.618;QD=13.51;ReadPosRankSum=6.005;SB=-6.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,63:107:99:1488,159,0 chrV 569595 . T TC 110.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.637;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=289.0359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.79;MQ0=6;MQRankSum=-0.825;QD=3.70;ReadPosRankSum=1.932;SB=-7.879e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,13:11:64:150,0,64 chrV 569880 . T TA 1004.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.039;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=346.3853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.80;MQ0=10;MQRankSum=2.995;QD=17.63;ReadPosRankSum=2.693;SB=-3.900e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,36:42:41:1044,0,41 chrV 569893 . T TGA 320.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.308;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=223.7477;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.28;MQ0=7;MQRankSum=-0.571;QD=8.45;RPA=3,4;RU=GA;ReadPosRankSum=1.713;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,12:27:99:360,0,462 chrVI 5248 . C CT 145.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=75.8260;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.48;MQ0=3;QD=10.37;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,12:5:15:187,15,0 chrVI 5932 . A AC 668.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=79.9549;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.16;MQ0=0;QD=31.86;SB=-3.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:60:711,60,0 chrVI 6163 . TA T 256.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=185.3407;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.24;MQ0=0;QD=23.36;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:9:27:299,27,0 chrVI 6286 . CT C 118.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=63.7749;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=19.68;RPA=5,4;RU=T;SB=-5.162e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18:160,18,0 chrVI 6347 . T TC 549.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=187.6543;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.78;MQ0=0;QD=34.37;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48:592,48,0 chrVI 8304 . TAAA T 140.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=22.2758;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.62;MQ0=7;QD=10.79;RPA=17,14;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,6:6:15:182,15,0 chrVI 8322 . TC T 128.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=22.0931;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.06;MQ0=1;QD=14.25;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:6:15:170,15,0 chrVI 8704 . AT A 1227.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=146.9716;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.55;MQ0=3;QD=22.33;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,43:43:99:1270,126,0 chrVI 9029 . C CT 680.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=90.6078;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.46;MQ0=6;QD=17.02;RPA=3,4;RU=T;SB=-3.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,36:31:75:723,75,0 chrVI 11068 . CT C 158.99 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.938;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=92.5109;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.76;MQ0=3;MQRankSum=0.794;QD=5.30;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.217;SB=-1.009e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,17:21:20:198,0,20 chrVI 12751 . G GT 863.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=287.5500;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.59;MQ0=0;QD=25.41;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:24:72:906,72,0 chrVI 12778 . G GA 1027.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=352.2063;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.68;MQ0=38;QD=12.39;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,67:34:87:1070,87,0 chrVI 30997 . C CT 1146.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.948;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=181.4963;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.74;MQ0=0;MQRankSum=0.562;QD=13.82;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.597;SB=-4.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,54:83:99:1189,111,0 chrVI 31532 . AT A 1436.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.364;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=712.6871;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.442;QD=15.97;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.195;SB=-3.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,72:90:99:1479,160,0 chrVI 31615 . AT A 702.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=277.7968;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.90;MQ0=0;QD=17.15;RPA=7,6;RU=T;SB=-3.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,32:41:93:745,93,0 chrVI 32009 . TA T 1409.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=129.0959;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.33;MQ0=0;QD=21.69;RPA=8,7;RU=A;SB=-6.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,63:65:99:1452,191,0 chrVI 32355 . A AC 2338.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=31.4098;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.52;MQ0=0;QD=30.38;RPA=1,2;RU=C;SB=-9.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:77:99:2381,214,0 chrVI 32971 . AT A 2199.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=574.5092;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.62;MQ0=0;QD=25.00;RPA=2,1;RU=T;SB=-7.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,84:88:99:2242,225,0 chrVI 36663 . A AT 303.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.446;DP=65;FS=8.139;HaplotypeScore=44.5779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.149;QD=4.68;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.109;SB=-1.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,24:65:99:343,0,511 chrVI 42653 . CT C 615.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.901;DP=78;FS=2.860;HaplotypeScore=299.3017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.40;MQ0=0;MQRankSum=3.466;QD=7.90;RPA=7,6;RU=T;ReadPosRankSum=0.270;SB=-1.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,38:78:99:655,0,639 chrVI 44418 . GT G 1514.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.392;DP=115;FS=0.736;HaplotypeScore=43.0708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=0.854;QD=13.17;ReadPosRankSum=-0.742;SB=-7.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,56:115:99:1554,0,1576 chrVI 47992 . CTA C 440.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.892;DP=27;FS=1.643;HaplotypeScore=97.4689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.023;QD=16.33;ReadPosRankSum=-1.209;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,13:27:99:480,0,380 chrVI 48119 . G GTA 843.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.435;DP=33;FS=8.039;HaplotypeScore=88.6483;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.02;MQ0=0;MQRankSum=0.842;QD=25.57;ReadPosRankSum=0.281;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,20:33:99:883,0,456 chrVI 51261 . C CA 754.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.691;DP=96;FS=4.554;HaplotypeScore=384.4046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.70;MQ0=0;MQRankSum=-2.849;QD=7.86;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=1.588;SB=-2.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,42:96:99:794,0,796 chrVI 54493 . AG A 751.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.271;DP=173;FS=0.000;HaplotypeScore=647.1060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.023;QD=4.35;ReadPosRankSum=-0.708;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:111,48:173:99:791,0,333 chrVI 56188 . C CAAGGAAA 1348.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.854;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=43.1785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.607;QD=35.50;RPA=2,3;RU=AAGGAAA;ReadPosRankSum=-0.921;SB=-3.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,17:38:99:1388,0,793 chrVI 57943 . A AT 201.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=22.0667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.96;MQ0=0;QD=18.36;RPA=5,6;RU=T;SB=-8.388e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,10:11:27:244,27,0 chrVI 63949 . T TA 2437.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=34.2227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.51;MQ0=0;QD=23.67;RPA=4,5;RU=A;SB=-5.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,95:103:99:2480,264,0 chrVI 69076 . T TTC 413.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.733;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=13.8204;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.421;QD=18.00;RPA=1,2;RU=TC;ReadPosRankSum=-0.047;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,14:23:99:453,0,195 chrVI 74592 . G GTA 371.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=22.1577;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.96;MQ0=0;QD=9.07;RPA=6,7;RU=TA;SB=-1.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,10:40:36:414,36,0 chrVI 74705 . C CA 650.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.896;DP=61;FS=9.329;HaplotypeScore=20.9681;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.01;MQ0=0;MQRankSum=0.531;QD=10.67;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=1.001;SB=-1.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,31:61:99:690,0,484 chrVI 74843 . GA G 88.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.212;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=200.3172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.423;QD=4.04;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=-2.117;SB=-1.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,8:21:45:128,0,45 chrVI 74992 . TA T 1112.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.593;DP=90;FS=0.895;HaplotypeScore=268.7086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=2.780;QD=12.37;ReadPosRankSum=0.804;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,41:90:99:1152,0,1346 chrVI 75085 . C CTTGTCTTCTT 3839 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=467.2165;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.78;MQ0=0;QD=51.88;RPA=1,2;RU=TTGTCTTCTT;SB=-7.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:50,24:74:99:3839,126,0 chrVI 76002 . TC T 387.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=132.4831;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.92;MQ0=0;QD=16.87;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,17:23:56:430,56,0 chrVI 76007 . TTTTC T 698.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=112.6600;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.17;MQ0=0;QD=30.39;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,8:23:49:741,49,0 chrVI 76008 . TTTCT T 698.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=111.9583;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.17;MQ0=0;QD=30.39;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,0:23:49:741,49,0 chrVI 76169 . AT A 815.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=127.1994;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.37;MQ0=0;QD=19.90;RPA=10,9;RU=T;SB=-2.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:858,111,0 chrVI 83969 . T TAA 688.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.127;DP=92;FS=3.577;HaplotypeScore=94.2978;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=0.479;QD=7.49;RPA=9,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.437;SB=-2.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,33:92:99:728,0,1111 chrVI 84337 . CA C 667.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.302;DP=89;FS=3.117;HaplotypeScore=112.4468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=2.068;QD=7.51;RPA=7,6;RU=A;ReadPosRankSum=2.099;SB=-2.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,44:89:99:707,0,746 chrVI 87585 . TA T 530.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.092;DP=93;FS=0.895;HaplotypeScore=136.3554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.560;QD=5.71;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=-0.144;SB=-2.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,40:93:99:570,0,730 chrVI 91775 . G GAAT 1613.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.485;DP=90;FS=4.207;HaplotypeScore=34.7325;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.867;QD=17.93;ReadPosRankSum=0.047;SB=-6.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,36:90:99:1653,0,2096 chrVI 92733 . AT A 445.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.272;DP=101;FS=22.468;HaplotypeScore=309.3910;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.25;MQ0=0;MQRankSum=-5.184;QD=4.42;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=3.411;SB=-9.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,33:101:99:485,0,1411 chrVI 92736 . ATG A 864.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.935;DP=99;FS=17.786;HaplotypeScore=266.8379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.84;MQ0=0;MQRankSum=-5.992;QD=8.74;ReadPosRankSum=3.768;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,33:99:99:904,0,1876 chrVI 95460 . AT A 729.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.592;DP=70;FS=2.675;HaplotypeScore=62.1499;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=1.944;QD=10.43;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.873;SB=-2.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,56:70:82:772,82,0 chrVI 96701 . A ACAAGTG 3871 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=202.8213;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=46.08;RPA=1,2;RU=CAAGTG;SB=-1.290e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,57:84:99:3871,174,0 chrVI 97505 . CAA C 653.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.553;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=33.3832;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.953;QD=22.55;RPA=12,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.152;SB=-6.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:29:67:696,67,0 chrVI 97617 . TAA T 451.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.216;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=48.9714;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.81;MQ0=0;MQRankSum=0.899;QD=15.07;RPA=16,14;RU=A;ReadPosRankSum=1.498;SB=-4.890e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,8:30:24:494,24,0 chrVI 98681 . CCTCATAATACCA C 3728 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=274.0387;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.64;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=116.50;ReadPosRankSum=1.486;SB=-1.753e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,26:32:23:3728,23,0 chrVI 98707 . G GGATGACCTGTC 4315 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=523.2181;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.76;MQ0=0;QD=107.88;SB=-1.638e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,16:40:99:4315,114,0 chrVI 98766 . AT A 924.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=341.5969;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.40;MQ0=0;QD=18.14;RPA=11,10;RU=T;SB=-4.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:51:99:967,134,0 chrVI 100385 . ACAGGTG A 9235 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=709.1905;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.97;MQ0=0;QD=75.70;SB=-4.446e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,115:121:99:9235,352,0 chrVI 101478 . CCT C 698.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=99.9925;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.87;MQ0=0;QD=36.79;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,16:19:51:741,51,0 chrVI 101499 . C CA 646.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=125.8076;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.70;MQ0=0;QD=28.13;RPA=1,2;RU=A;SB=-3.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,20:23:60:689,60,0 chrVI 103252 . A AT 3752 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=117.1591;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.80;MQ0=0;QD=28.21;RPA=2,3;RU=T;SB=-6.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,131:133:99:3752,370,0 chrVI 103935 . TTATA T 986.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=161.8487;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.56;MQ0=0;QD=22.95;RPA=9,7;RU=TA;SB=-5.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,20:43:60:1029,60,0 chrVI 106277 . CTT C 145.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.850;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=51.9752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.30;MQ0=0;MQRankSum=0.472;QD=4.71;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.732;SB=-9.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,8:31:99:185,0,184 chrVI 106419 . TA T 251.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.241;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=69.6104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=6.81;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=0.241;SB=-8.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,18:37:99:291,0,332 chrVI 106582 . GA G 620.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.253;DP=38;FS=11.024;HaplotypeScore=108.5880;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.73;MQ0=0;MQRankSum=0.387;QD=16.32;ReadPosRankSum=-0.387;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,20:38:16:662,16,0 chrVI 106604 . A AG 350.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.181;DP=34;FS=8.557;HaplotypeScore=102.2235;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.23;MQ0=0;MQRankSum=0.963;QD=10.32;RPA=4,5;RU=G;ReadPosRankSum=0.419;SB=-1.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,19:34:99:390,0,269 chrVI 106842 . A AG 823.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.239;DP=72;FS=2.110;HaplotypeScore=347.3576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.85;MQ0=0;MQRankSum=0.103;QD=11.44;RPA=5,6;RU=G;ReadPosRankSum=-0.597;SB=-2.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,38:72:99:863,0,692 chrVI 106881 . GGGAAAA G 3193.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=200.9366;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.35;MQ0=0;QD=44.36;RPA=4,3;RU=GGAAAA;SB=-1.598e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,46:72:99:3236,147,0 chrVI 107185 . G GA 1152.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.045;DP=146;FS=8.579;HaplotypeScore=421.5352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.26;MQ0=0;MQRankSum=0.606;QD=7.90;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.350;SB=-4.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,57:146:99:1192,0,813 chrVI 107235 . C CAA 1615.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.325;DP=132;FS=5.824;HaplotypeScore=402.5209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.52;MQ0=0;MQRankSum=1.252;QD=12.24;RPA=8,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.885;SB=-4.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,52:132:99:1655,0,1536 chrVI 107683 . C CA 730.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.460;DP=118;FS=1.639;HaplotypeScore=405.6390;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.997;QD=6.19;ReadPosRankSum=-2.311;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,45:118:99:770,0,1511 chrVI 107763 . GT G 1203.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-4.249;DP=128;FS=6.090;HaplotypeScore=667.1877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.53;MQ0=0;MQRankSum=2.511;QD=9.41;RPA=7,6;RU=T;ReadPosRankSum=-2.453;SB=-4.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:82,43:128:99:1246,104,0 chrVI 107819 . G GTATGTATGTA 5327 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.224;DP=82;FS=2.142;HaplotypeScore=603.9975;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.00;MQ0=1;MQRankSum=-0.877;QD=64.96;ReadPosRankSum=3.694;SB=-1.324e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,16:81:99:5327,166,0 chrVI 107834 . T TTC 1033.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.145;DP=76;FS=0.983;HaplotypeScore=676.8393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.07;MQ0=1;MQRankSum=0.144;QD=13.60;ReadPosRankSum=0.598;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,21:75:99:1073,0,1125 chrVI 114106 . G GA 178.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.226;DP=42;FS=5.153;HaplotypeScore=116.2110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.657;QD=4.26;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.263;SB=-7.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,16:42:99:218,0,343 chrVI 115759 . TG T 653.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.611;DP=79;FS=7.855;HaplotypeScore=98.3612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.458;QD=8.28;RPA=3,2;RU=G;ReadPosRankSum=-0.416;SB=-2.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,27:78:99:693,0,958 chrVI 116056 . T TTCTC 1338.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.750;DP=100;FS=6.220;HaplotypeScore=457.5032;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.62;MQ0=0;MQRankSum=-2.870;QD=13.39;RPA=2,4;RU=TC;ReadPosRankSum=1.085;SB=-5.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,29:100:99:1378,0,2117 chrVI 118486 . CT C 637.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.675;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=136.1393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.778;QD=11.39;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=0.311;SB=-2.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,28:56:99:677,0,643 chrVI 118644 . AG A 431.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.826;DP=37;FS=1.560;HaplotypeScore=178.9086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.038;QD=11.67;RPA=3,2;RU=G;ReadPosRankSum=-1.111;SB=-1.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,20:37:99:471,0,350 chrVI 118854 . A AT 516.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.954;DP=58;FS=2.407;HaplotypeScore=88.6268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=0.745;QD=8.91;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=1.274;SB=-1.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:58:99:556,0,409 chrVI 118935 . AT A 431.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.306;DP=45;FS=6.729;HaplotypeScore=79.9731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.09;MQ0=0;MQRankSum=0.359;QD=9.60;RPA=7,6;RU=T;ReadPosRankSum=-0.564;SB=-1.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,24:45:99:471,0,326 chrVI 119126 . CTAG C 1921.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.870;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=257.4525;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.44;MQ0=0;MQRankSum=-2.024;QD=16.29;ReadPosRankSum=1.860;SB=-6.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,46:118:99:1961,0,3018 chrVI 119284 . GA G 151.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.422;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=258.3647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.22;MQ0=0;MQRankSum=1.898;QD=2.98;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=-1.287;SB=-5.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,14:51:99:191,0,235 chrVI 131288 . T TA 1380.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.681;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=127.9749;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=1.176;QD=22.27;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=-1.609;SB=-7.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,57:62:99:1423,143,0 chrVI 137267 . G GCCTT 1421.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.548;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=89.7909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.03;MQ0=0;MQRankSum=1.549;QD=19.22;RPA=1,2;RU=CCTT;ReadPosRankSum=-0.771;SB=-5.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,27:74:99:1461,0,1750 chrVI 143798 . A AT 339.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=339.7442;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.56;MQ0=19;QD=11.33;RPA=1,2;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,11:11:33:382,33,0 chrVI 143823 . T TA 156.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=258.8717;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.68;MQ0=4;QD=13.01;RPA=1,2;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,6:8:18:198,18,0 chrVI 147039 . GA G 752.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.794;DP=43;FS=7.824;HaplotypeScore=139.3765;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.79;MQ0=0;MQRankSum=-2.765;QD=17.51;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=-0.501;SB=-3.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,29:43:99:792,0,250 chrVI 147079 . T TTG 823.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.282;DP=43;FS=7.641;HaplotypeScore=190.6450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.78;MQ0=0;MQRankSum=-4.801;QD=19.16;ReadPosRankSum=0.609;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,22:43:99:863,0,598 chrVI 148490 . T TA 230.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.290;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=46.9040;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.19;MQ0=0;MQRankSum=-2.249;QD=6.08;ReadPosRankSum=-0.397;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,11:38:99:270,0,785 chrVI 148941 . C CT 229.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.276;DP=48;FS=8.017;HaplotypeScore=159.5814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.54;MQ0=0;MQRankSum=0.654;QD=4.79;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.861;SB=-4.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,17:48:99:269,0,244 chrVI 149845 . CT C 1414.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.528;DP=84;FS=9.420;HaplotypeScore=202.2247;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.69;MQ0=0;MQRankSum=-2.175;QD=16.84;ReadPosRankSum=-0.657;SB=-5.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,46:84:99:1454,0,1024 chrVI 152568 . CTA C 1089.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.655;DP=62;FS=1.553;HaplotypeScore=21.4648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.881;QD=17.58;RPA=3,2;RU=TA;ReadPosRankSum=-0.328;SB=-2.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,37:62:99:1129,0,505 chrVI 153292 . C CTTTA 1357.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.180;DP=58;FS=8.348;HaplotypeScore=91.2428;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.670;QD=23.41;RPA=1,2;RU=TTTA;ReadPosRankSum=-1.010;SB=-6.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:58:99:1397,0,1158 chrVI 155985 . GTTT G 936.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=57.4182;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.72;MQ0=0;QD=25.32;RPA=16,13;RU=T;SB=-4.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,22:37:87:979,87,0 chrVI 157760 . CT C 1450.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=160.9005;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.68;MQ0=0;QD=19.09;RPA=8,7;RU=T;SB=-7.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,67:76:99:1493,191,0 chrVI 157816 . AT A 1339.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=622.5861;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.06;MQ0=0;QD=17.40;RPA=8,7;RU=T;SB=-4.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,71:77:99:1382,179,0 chrVI 157828 . A ATCT 3044.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=483.3243;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.67;MQ0=0;QD=41.71;RPA=1,2;RU=TCT;SB=-7.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,63:73:99:3087,190,0 chrVI 157896 . C CT 2284.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=811.4056;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.08;MQ0=0;QD=33.12;SB=-5.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,63:69:99:2327,205,0 chrVI 159102 . A AT 490.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.384;DP=78;FS=8.674;HaplotypeScore=249.9633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.956;QD=6.29;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.242;SB=-1.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,31:78:99:530,0,371 chrVI 159212 . G GA 2247.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=292.8550;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.53;MQ0=0;QD=24.98;RPA=5,6;RU=A;SB=-7.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,87:90:99:2290,252,0 chrVI 160471 . A ATTAT 6376 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=168.2133;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.70;MQ0=0;QD=46.54;SB=-2.893e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,111:137:99:6376,322,0 chrVI 161459 . G GA 3071.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=330.6690;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.06;MQ0=0;QD=31.67;RPA=1,2;RU=A;SB=-3.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,88:97:99:3114,280,0 chrVI 161527 . CA C 2852.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=480.1912;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.64;MQ0=0;QD=26.42;RPA=4,3;RU=A;SB=-6.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,107:108:99:2895,312,0 chrVI 161715 . A AT 1810.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=33.1057;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.61;MQ0=0;QD=24.81;RPA=4,5;RU=T;SB=-2.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,72:73:99:1853,201,0 chrVI 161883 . C CTT 1781.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=186.9856;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.27;MQ0=0;QD=34.27;RPA=1,3;RU=T;SB=-7.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,40:48:99:1824,135,0 chrVI 162419 . A AG 3708 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=216.9229;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=34.33;SB=-1.550e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,101:108:99:3708,301,0 chrVI 164820 . C CT 322.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.789;DP=75;FS=23.993;HaplotypeScore=83.2809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=0.495;QD=4.31;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.110;SB=-6.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,25:75:99:362,0,527 chrVI 167855 . A AT 774.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.214;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=58.3193;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.98;MQ0=0;MQRankSum=0.136;QD=12.70;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-1.072;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,37:61:56:817,56,0 chrVI 168886 . A AAT 952.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.180;DP=62;FS=3.515;HaplotypeScore=111.7163;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.943;QD=15.37;ReadPosRankSum=-2.263;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,16:62:81:992,0,81 chrVI 169659 . AGGTATGGC A 6397 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=391.0858;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.25;MQ0=0;QD=75.26;RPA=2,1;RU=GGTATGGC;SB=-1.476e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,66:85:99:6397,205,0 chrVI 172412 . TA T 1824.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=162.9289;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.19;MQ0=0;QD=18.81;RPA=10,9;RU=A;SB=-7.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,88:97:99:1867,251,0 chrVI 174046 . CTTT C 291.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.952;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=69.1834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.77;MQ0=0;MQRankSum=0.023;QD=6.35;RPA=15,12;RU=T;ReadPosRankSum=2.855;SB=-6.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,10:46:99:331,0,347 chrVI 174112 . AAC A 719.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.473;DP=69;FS=1.037;HaplotypeScore=105.4820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.797;QD=10.43;RPA=2,1;RU=AC;ReadPosRankSum=0.024;SB=-3.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,29:69:99:759,0,1201 chrVI 176497 . GAA G 1239.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.310;DP=102;FS=5.196;HaplotypeScore=354.4498;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=0.772;QD=12.16;RPA=9,7;RU=A;ReadPosRankSum=1.218;SB=-5.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,50:102:99:1279,0,410 chrVI 176506 . AG A 1252.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.873;DP=100;FS=2.614;HaplotypeScore=359.1634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.96;MQ0=0;MQRankSum=0.396;QD=12.53;ReadPosRankSum=-0.366;SB=-6.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,43:100:99:1292,0,283 chrVI 179312 . TTTCTTCTTCTTCTTC T,TTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTC 7342 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=39.1858;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=47.96;MQ0=0;QD=71.28;RPA=10,5,16;RU=TTC;SB=-2.864e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:51,43,0:103:99:7342,2895,8681,4602,0,6139 chrVI 181927 . A AAC 1999.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.397;DP=124;FS=10.947;HaplotypeScore=133.8213;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=-3.125;QD=16.13;ReadPosRankSum=1.529;SB=-9.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,61:124:99:2039,0,1952 chrVI 182885 . T TGTGCGTGTGTGC 1048.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=16.0652;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.57;MQ0=0;QD=95.36;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,8:11:27:1091,27,0 chrVI 184282 . TC T 533.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.907;DP=37;FS=3.563;HaplotypeScore=207.9022;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.692;QD=14.43;RPA=5,4;RU=C;ReadPosRankSum=-1.647;SB=-1.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,23:37:99:573,0,271 chrVI 191469 . GTTT G 3715 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=969.5958;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.27;MQ0=0;QD=37.91;SB=-8.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,79:94:99:3715,225,0 chrVI 191499 . T TCA 1278.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=493.9172;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.56;MQ0=0;QD=23.68;SB=-4.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,44:41:99:1321,105,0 chrVI 192522 . GTTTCTATCGTGA G 2299.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=155.7966;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.34;MQ0=0;QD=88.46;SB=-5.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,19:26:54:2342,54,0 chrVI 193508 . TA TAA,T 1773.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.518;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=244.6576;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=1.494;QD=13.86;RPA=11,12,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.323;SB=-8.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:26,1,51:128:99:1852,970,1171,1092,0,1384 chrVI 194362 . T TAA 5033 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=306.8635;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.61;MQ0=0;QD=36.21;RPA=3,5;RU=A;SB=-2.392e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,133:139:99:5033,397,0 chrVI 194604 . TTA T 655.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.605;DP=98;FS=0.838;HaplotypeScore=458.4575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.144;QD=6.69;ReadPosRankSum=0.897;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,26:98:99:695,0,695 chrVI 199066 . C CT 3311 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=316.9201;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.60;MQ0=0;QD=29.04;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.154e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,103:114:99:3311,319,0 chrVI 199443 . GT G 2925.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=557.5086;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.80;MQ0=0;QD=23.60;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.421e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,115:124:99:2968,345,0 chrVI 199467 . G GA 2871.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=555.0472;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.30;MQ0=0;QD=25.64;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.355e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:66,46:112:99:2914,313,0 chrVI 199527 . AT A 2789.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=539.9128;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.74;MQ0=0;QD=24.26;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.056e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,103:115:99:2832,306,0 chrVI 203444 . AC A 731.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.134;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=30.8395;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.410;QD=9.51;ReadPosRankSum=-0.857;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,31:77:99:771,0,1383 chrVI 203706 . G GT 602.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.529;DP=102;FS=13.423;HaplotypeScore=112.9018;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.791;QD=5.91;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-2.445;SB=-1.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,37:102:99:642,0,743 chrVI 204889 . AG A 2343.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=628.9055;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.87;MQ0=0;QD=25.20;SB=-9.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,71:93:99:2386,216,0 chrVI 204901 . CAA C,CA 1213.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=680.3366;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=34.84;MQ0=0;QD=16.40;RPA=8,6,7;RU=A;SB=-5.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:11,15,0:74:99:1292,960,1040,302,0,134 chrVI 206719 . T TA 627.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.037;DP=79;FS=3.915;HaplotypeScore=135.0738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.32;MQ0=0;MQRankSum=0.686;QD=7.95;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=1.198;SB=-1.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,26:79:99:667,0,1262 chrVI 206951 . GA G 593.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.527;DP=95;FS=17.635;HaplotypeScore=160.8640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.68;MQ0=0;MQRankSum=0.802;QD=6.25;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.049;SB=-6.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,41:95:99:633,0,918 chrVI 216477 . A ATT 557.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.229;DP=61;FS=5.860;HaplotypeScore=65.3000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.009;QD=9.15;RPA=10,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.272;SB=-1.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,21:61:99:597,0,692 chrVI 220316 . A AG 1865.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=25.0490;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.55;MQ0=0;QD=23.62;RPA=6,7;RU=G;SB=-4.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,74:79:99:1908,207,0 chrVI 221489 . T TA 1418.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=105.9291;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.79;MQ0=0;QD=19.99;RPA=8,9;RU=A;SB=-7.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,64:71:99:1461,179,0 chrVI 221876 . GA G 949.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=32.4304;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;QD=18.63;RPA=9,8;RU=A;SB=-3.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,48:51:99:992,131,0 chrVI 222196 . ACTGGCG A 1448.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.373;DP=50;FS=1.506;HaplotypeScore=17.5263;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.81;MQ0=0;MQRankSum=2.263;QD=28.98;RPA=3,2;RU=CTGGCG;ReadPosRankSum=2.658;SB=-2.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:50:99:1488,0,1530 chrVI 223119 . G GAAAATTAAAAGA 1003.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.528;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=41.7825;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.10;MQ0=0;MQRankSum=-2.755;QD=20.08;ReadPosRankSum=0.614;SB=-9.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,12:50:99:1043,0,980 chrVI 224009 . C CA 153.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.874;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=44.5305;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.27;MQ0=0;MQRankSum=-2.007;QD=8.55;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.271;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,10:18:85:193,0,85 chrVI 224578 . GTCA G 950.98 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.121;DP=71;FS=6.466;HaplotypeScore=536.1393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.14;MQ0=0;MQRankSum=4.769;QD=13.39;RPA=5,4;RU=TCA;ReadPosRankSum=2.602;SB=-1.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,18:71:25:990,0,25 chrVI 224587 . A ATCTTTG 2098.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.391;DP=71;FS=1.781;HaplotypeScore=436.4052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.40;MQ0=0;MQRankSum=-4.611;QD=29.56;ReadPosRankSum=-0.992;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:71:99:2138,0,1216 chrVI 224892 . A AGTAG 333.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.635;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=9.1261;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.831;QD=22.26;RPA=1,2;RU=GTAG;ReadPosRankSum=-0.244;SB=-1.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,8:15:99:373,0,258 chrVI 224997 . A AG 302.48 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.899;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=132.7811;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.05;MQ0=0;MQRankSum=1.344;QD=21.61;ReadPosRankSum=-0.778;SB=-1.027e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,10:14:6:341,0,6 chrVI 225398 . T TGGTTTC 429.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.683;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=12.5594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.053;QD=21.50;RPA=3,4;RU=GGTTTC;ReadPosRankSum=-0.158;SB=-1.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,8:20:99:469,0,491 chrVI 226825 . AT A 561.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.474;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=177.5825;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.82;MQ0=0;MQRankSum=-2.734;QD=7.70;RPA=6,5;RU=T;ReadPosRankSum=1.861;SB=-1.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,33:73:99:601,0,744 chrVI 241524 . C CTT 889.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.577;DP=104;FS=2.034;HaplotypeScore=55.6494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.822;QD=8.56;RPA=10,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.924;SB=-2.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,27:104:99:929,0,846 chrVI 242037 . A AC 410.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.873;DP=46;FS=9.643;HaplotypeScore=39.2031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.122;QD=8.93;RPA=1,2;RU=C;ReadPosRankSum=-0.602;SB=-1.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,20:46:99:450,0,653 chrVI 245165 . ATTT ATTTT,A 556.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.763;DP=40;FS=6.021;HaplotypeScore=29.9924;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.208;QD=13.92;RPA=12,13,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.624;SB=-1.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:18,0,13:40:99:635,534,625,141,0,598 chrVI 248918 . AT A 2165.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.612;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=133.8531;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.38;MQ0=0;MQRankSum=0.332;QD=19.00;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.857;SB=-4.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,105:114:99:2208,270,0 chrVI 252064 . T TA 1184.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.682;DP=79;FS=3.917;HaplotypeScore=194.1724;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.67;MQ0=0;MQRankSum=1.632;QD=15.00;RPA=5,6;RU=A;ReadPosRankSum=1.180;SB=-5.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,36:79:99:1227,174,0 chrVI 252066 . A AG 1189.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.085;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=188.1032;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.553;QD=15.45;ReadPosRankSum=3.208;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,37:77:90:1232,90,0 chrVI 252309 . C CT 456.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.343;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=106.5764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.032;QD=5.78;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=-0.812;SB=-2.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,29:79:99:496,0,750 chrVI 255387 . T TA 1334.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.817;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=38.4097;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.44;MQ0=0;MQRankSum=0.896;QD=19.07;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.693;SB=-3.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,63:70:99:1377,142,0 chrVI 259471 . AT A 525.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.709;DP=85;FS=3.649;HaplotypeScore=90.7753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.629;QD=6.19;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=-1.029;SB=-2.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,28:85:99:565,0,1265 chrVI 259616 . A AT 1044.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.030;DP=117;FS=2.639;HaplotypeScore=160.4067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=1.362;QD=8.93;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=-1.665;SB=-4.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,51:117:99:1084,0,874 chrVI 262244 . CAA CAAA,C 1651.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.317;DP=122;FS=22.417;HaplotypeScore=70.6792;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.949;QD=13.54;RPA=14,15,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.321;SB=-7.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:30,1,49:122:99:1730,1191,1536,640,0,1617 chrVI 263950 . TA T 670.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.019;DP=76;FS=5.008;HaplotypeScore=25.8055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.652;QD=8.83;ReadPosRankSum=-0.588;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,30:76:99:710,0,1087 chrVI 265477 . G GT 2564.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=30.4595;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.70;MQ0=0;QD=35.62;SB=-1.191e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2607,214,0 chrVI 268602 . G GA 691.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.169;DP=68;FS=7.026;HaplotypeScore=30.6968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.169;QD=10.18;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=-0.282;SB=-2.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,34:68:99:731,0,586 chrVII 214 . A AC 347.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=10.9131;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.86;MQ0=1;QD=15.82;RPA=2,3;RU=C;SB=-3.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,19:13:36:390,36,0 chrVII 435 . AC A 1179.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.785;DP=111;FS=10.760;HaplotypeScore=629.4049;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.71;MQ0=5;MQRankSum=-3.346;QD=10.63;ReadPosRankSum=-1.774;SB=-2.100e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,58:79:99:1219,0,1034 chrVII 1519 . CT C 2032.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.385;DP=176;FS=5.002;HaplotypeScore=591.7149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.05;MQ0=0;MQRankSum=-4.730;QD=11.55;RPA=6,5;RU=T;ReadPosRankSum=1.143;SB=-8.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,96:176:99:2072,0,1213 chrVII 1730 . G GT 1661.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.570;DP=185;FS=9.248;HaplotypeScore=480.7519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.528;QD=8.98;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.938;SB=-7.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,87:185:99:1701,0,1356 chrVII 1768 . CGG C 4775 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=12.006;DP=202;FS=10.673;HaplotypeScore=471.8545;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.197;QD=23.64;ReadPosRankSum=0.478;SB=-2.139e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,115:202:99:4775,0,3382 chrVII 2259 . AAT A 519.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.583;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=121.3547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.819;QD=20.00;RPA=2,1;RU=AT;ReadPosRankSum=-0.567;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,14:26:79:559,0,79 chrVII 2637 . C CATAAAAA 6687 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.812;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=188.1319;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.06;MQ0=0;MQRankSum=-1.212;QD=58.66;ReadPosRankSum=0.333;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,64:114:99:6687,0,2254 chrVII 2716 . TA T 824.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.101;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=121.6286;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.009;QD=13.98;ReadPosRankSum=-0.827;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,31:59:99:864,0,622 chrVII 4525 . AG A 2660.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.063;DP=184;FS=1.654;HaplotypeScore=912.9624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.51;MQ0=0;MQRankSum=-2.285;QD=14.46;RPA=4,3;RU=G;ReadPosRankSum=0.640;SB=-5.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,99:184:99:2700,0,1773 chrVII 6010 . AT A 350.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.417;DP=40;FS=7.202;HaplotypeScore=16.3652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.016;QD=8.77;RPA=8,7;RU=T;ReadPosRankSum=1.353;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,22:40:99:390,0,296 chrVII 8151 . G GA 494.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=24.3666;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.50;MQ0=13;QD=13.38;RPA=1,2;RU=A;SB=-4.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,31:22:48:537,48,0 chrVII 8541 . AAG A 856.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.712;DP=75;FS=63.334;HaplotypeScore=841.9553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.15;MQ0=2;MQRankSum=-6.432;QD=11.43;ReadPosRankSum=0.953;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,24:73:99:896,0,1850 chrVII 8549 . A AG 657.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.824;DP=77;FS=66.905;HaplotypeScore=793.2603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.17;MQ0=3;MQRankSum=-6.292;QD=8.55;ReadPosRankSum=0.934;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,24:74:99:697,0,1563 chrVII 9095 . G GA 1208.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.103;DP=182;FS=4.899;HaplotypeScore=203.2671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.78;MQ0=0;MQRankSum=-4.246;QD=6.64;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=-0.711;SB=-5.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:125,57:182:99:1248,0,3132 chrVII 9154 . G GA 1574.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.602;DP=213;FS=0.000;HaplotypeScore=374.7817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.26;MQ0=0;MQRankSum=-4.504;QD=7.39;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=0.103;SB=-4.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:142,71:213:99:1614,0,3514 chrVII 9380 . CA C 1968.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.278;DP=127;FS=1.447;HaplotypeScore=411.4740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.08;MQ0=0;MQRankSum=-3.100;QD=15.50;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=-0.160;SB=-9.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,71:127:99:2008,0,1243 chrVII 9619 . CT C 632.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.463;DP=98;FS=14.569;HaplotypeScore=168.9906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-2.760;QD=6.46;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=-1.225;SB=-2.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,27:98:99:672,0,2088 chrVII 9988 . AG A 886.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.689;DP=158;FS=25.907;HaplotypeScore=645.8235;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.84;MQ0=0;MQRankSum=-4.497;QD=5.61;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=-0.277;SB=-3.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:106,48:157:99:926,0,3001 chrVII 11071 . A AT 329.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.519;DP=102;FS=1.047;HaplotypeScore=187.8541;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.20;MQ0=3;MQRankSum=-2.887;QD=3.23;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=1.537;SB=-1.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,32:88:99:369,0,1719 chrVII 11756 . A AT 297.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.028;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=421.2719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.33;MQ0=0;MQRankSum=-5.753;QD=4.66;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=0.835;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,24:59:99:337,0,928 chrVII 11769 . A AT 530.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.347;DP=68;FS=3.078;HaplotypeScore=506.1292;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.92;MQ0=0;MQRankSum=-6.364;QD=7.81;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=-0.261;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:61:99:570,0,645 chrVII 11783 . CA C 576.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.726;DP=74;FS=9.214;HaplotypeScore=517.2613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.82;MQ0=0;MQRankSum=-5.934;QD=7.80;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=0.983;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,37:67:99:616,0,757 chrVII 11881 . A AT 449.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.800;DP=51;FS=3.830;HaplotypeScore=243.2798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.56;MQ0=0;MQRankSum=-4.504;QD=8.82;ReadPosRankSum=0.088;SB=-3.100e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:51:99:489,0,697 chrVII 16461 . GA G 2021.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.898;DP=231;FS=3.351;HaplotypeScore=762.3995;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.90;MQ0=1;MQRankSum=-6.899;QD=8.75;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=0.487;SB=-9.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:116,109:230:99:2061,0,2142 chrVII 16642 . A AT 1076.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.977;DP=69;FS=3.432;HaplotypeScore=219.7752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.949;QD=15.61;ReadPosRankSum=0.987;SB=-4.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:69:99:1116,0,1070 chrVII 16867 . A AT 553.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.313;DP=74;FS=15.130;HaplotypeScore=213.0133;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.14;MQ0=0;MQRankSum=-3.457;QD=7.49;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.228;SB=-1.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,30:74:99:593,0,448 chrVII 17005 . AC A 262.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.433;DP=28;FS=4.494;HaplotypeScore=99.2553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.96;MQ0=0;MQRankSum=-3.923;QD=9.39;RPA=5,4;RU=C;ReadPosRankSum=-1.370;SB=-1.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,12:28:99:302,0,393 chrVII 17702 . T TG 1231.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.650;DP=136;FS=10.604;HaplotypeScore=775.7690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.02;MQ0=0;MQRankSum=-8.734;QD=9.06;ReadPosRankSum=0.472;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,57:136:99:1271,0,2292 chrVII 17704 . GA G 1261.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.682;DP=135;FS=10.723;HaplotypeScore=762.5294;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.34;MQ0=0;MQRankSum=-8.710;QD=9.35;ReadPosRankSum=0.578;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,57:135:99:1301,0,2338 chrVII 18465 . T TTCTTTTATGAA 4921 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.240;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=803.6864;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.83;MQ0=0;MQRankSum=-8.248;QD=49.21;ReadPosRankSum=1.189;SB=-8.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,27:100:99:4921,0,5300 chrVII 18479 . CA C 1287.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.370;DP=101;FS=2.697;HaplotypeScore=926.3225;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.41;MQ0=0;MQRankSum=-7.699;QD=12.75;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=0.810;SB=-1.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,52:101:99:1327,0,987 chrVII 19449 . CA C 737.04 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.628;DP=64;FS=9.054;HaplotypeScore=459.9140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.01;MQ0=0;MQRankSum=-6.278;QD=11.52;ReadPosRankSum=-2.720;SB=-3.931e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,7:64:99:776,0,862 chrVII 19571 . AG A 631.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.743;DP=67;FS=11.641;HaplotypeScore=217.4262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.24;MQ0=0;MQRankSum=-3.521;QD=9.43;ReadPosRankSum=-0.826;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,28:67:99:671,0,1140 chrVII 21517 . GAATGAC G 1150.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.509;DP=46;FS=7.200;HaplotypeScore=387.7239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.54;MQ0=0;MQRankSum=-5.484;QD=25.02;ReadPosRankSum=1.314;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,22:46:99:1190,0,1484 chrVII 23274 . TAA T 1010.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.194;DP=59;FS=3.945;HaplotypeScore=166.1856;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.77;MQ0=0;MQRankSum=-2.147;QD=17.14;RPA=3,1;RU=A;ReadPosRankSum=-0.227;SB=-2.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:59:99:1050,0,978 chrVII 23642 . C CACGACG 2063.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.578;DP=71;FS=1.556;HaplotypeScore=69.2647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=0.917;QD=29.07;RPA=5,7;RU=ACG;ReadPosRankSum=-1.220;SB=-2.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,33:71:99:2103,0,1835 chrVII 25552 . TTA T 2100.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.670;DP=165;FS=6.230;HaplotypeScore=198.3758;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.235;QD=12.73;RPA=3,2;RU=TA;ReadPosRankSum=-0.200;SB=-6.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,70:165:99:2140,0,2050 chrVII 32762 . A AT 744.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.498;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=101.0058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.213;QD=9.93;RPA=3,4;RU=T;ReadPosRankSum=0.337;SB=-3.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,34:75:99:784,0,688 chrVII 43266 . CAAAA C 1457.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.177;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=116.2284;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.015;QD=21.13;RPA=15,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.775;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:69:99:1497,0,1229 chrVII 49415 . CT C 706.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.014;DP=99;FS=2.934;HaplotypeScore=72.1651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.884;QD=7.14;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.104;SB=-3.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,44:99:99:746,0,560 chrVII 52604 . GAAAC G 2215.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.985;DP=120;FS=6.216;HaplotypeScore=369.8939;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.42;MQ0=0;MQRankSum=-2.249;QD=18.47;ReadPosRankSum=1.615;SB=-7.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,43:120:99:2255,0,2958 chrVII 52610 . AG A 1081.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.976;DP=119;FS=1.514;HaplotypeScore=492.6300;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.302;QD=9.09;ReadPosRankSum=1.255;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,43:119:99:1121,0,1653 chrVII 52694 . C CT 4824 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=187;FS=0.000;HaplotypeScore=209.0984;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;QD=25.80;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.777e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,177:187:99:4824,514,0 chrVII 53152 . T TGCC 484.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;DP=37;FS=3.419;HaplotypeScore=29.8511;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.419;QD=13.11;ReadPosRankSum=-0.237;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,13:37:99:524,0,785 chrVII 53637 . CA C 1400.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.937;DP=120;FS=6.438;HaplotypeScore=49.9499;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.834;QD=11.67;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=-0.300;SB=-1.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,58:120:99:1440,0,1449 chrVII 56225 . C CTT 122.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.932;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=34.4334;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.40;MQ0=0;MQRankSum=0.387;QD=4.92;RPA=13,15;RU=T;ReadPosRankSum=-0.143;SB=-8.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,6:25:99:162,0,125 chrVII 56250 . AT A 33.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.227;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=32.5125;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.40;MQ0=0;MQRankSum=1.359;QD=1.42;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.906;SB=-2.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,5:24:73:73,0,182 chrVII 69352 . TACACAC T 568.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.528;DP=68;FS=3.555;HaplotypeScore=115.9747;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=1.803;QD=8.37;RPA=17,14;RU=AC;ReadPosRankSum=1.262;SB=-2.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,16:68:99:608,0,2031 chrVII 73309 . CAT C 1701.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.965;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=269.3643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.84;MQ0=0;MQRankSum=-4.631;QD=13.73;ReadPosRankSum=0.320;SB=-6.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,47:124:99:1741,0,2881 chrVII 73728 . GTA G 1720.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.344;DP=177;FS=14.334;HaplotypeScore=164.3190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.10;MQ0=0;MQRankSum=0.495;QD=9.72;RPA=6,5;RU=TA;ReadPosRankSum=0.688;SB=-6.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:112,62:177:99:1760,0,1610 chrVII 73818 . C CA 698.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.025;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=26.1407;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.172;QD=7.44;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.677;SB=-1.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,36:93:99:738,0,554 chrVII 73989 . T TATA 1875.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.484;DP=111;FS=3.842;HaplotypeScore=118.5569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.89;MQ0=0;MQRankSum=-2.154;QD=16.90;RPA=1,2;RU=ATA;ReadPosRankSum=0.458;SB=-6.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,38:111:99:1915,0,1961 chrVII 75475 . AG A 275.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.961;DP=59;FS=1.145;HaplotypeScore=248.8729;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=0.397;QD=4.68;ReadPosRankSum=1.303;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,21:59:99:315,0,931 chrVII 75477 . AGAGAG A 1154.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.245;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=155.3946;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=20.26;ReadPosRankSum=2.043;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,21:57:99:1194,0,1811 chrVII 75686 . ATGTT A 1190.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.776;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=168.3542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.02;MQ0=0;MQRankSum=-1.001;QD=14.89;ReadPosRankSum=-0.215;SB=-5.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,27:80:99:1230,0,3007 chrVII 75903 . G GA 427.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.410;DP=60;FS=1.178;HaplotypeScore=21.0684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=0.870;QD=7.13;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=-1.050;SB=-1.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,23:60:99:467,0,478 chrVII 76042 . G GC 576.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.293;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=120.2974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.376;QD=9.62;RPA=4,5;RU=C;ReadPosRankSum=0.857;SB=-2.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,27:60:99:616,0,703 chrVII 76303 . C CA 694.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.227;DP=73;FS=1.972;HaplotypeScore=51.9906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.719;QD=9.52;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.593;SB=-2.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,37:73:99:734,0,626 chrVII 84285 . GT G 528.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.715;DP=72;FS=0.921;HaplotypeScore=92.4836;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=0.975;QD=7.35;RPA=8,7;RU=T;ReadPosRankSum=1.754;SB=-2.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,32:72:99:568,0,720 chrVII 87586 . C CT 119.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.292;DP=39;FS=3.645;HaplotypeScore=17.7392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.157;QD=3.08;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.461;SB=-6.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,11:39:99:159,0,318 chrVII 87891 . A AT 398.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.970;DP=67;FS=7.604;HaplotypeScore=97.4406;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=0.140;QD=5.95;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.933;SB=-1.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,26:67:99:438,0,543 chrVII 89813 . AT A 98.99 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.067;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.09;MQ0=0;MQRankSum=0.762;QD=9.00;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.666;SB=-2.401e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,7:11:21:138,0,21 chrVII 89899 . A AC 514.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.971;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=20.5007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-2.254;QD=13.55;ReadPosRankSum=-1.422;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,19:38:99:554,0,433 chrVII 92431 . T TAA 865.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.720;DP=88;FS=1.004;HaplotypeScore=117.8003;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.367;QD=9.84;RPA=11,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.914;SB=-2.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,34:88:99:905,0,739 chrVII 94561 . C CTT 2092.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.699;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=132.9785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.951;QD=17.89;RPA=2,4;RU=T;ReadPosRankSum=-1.005;SB=-8.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,62:117:99:2132,0,1834 chrVII 94684 . AT A 734.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.351;DP=92;FS=2.158;HaplotypeScore=30.8827;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.899;QD=7.99;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.309;SB=-2.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,45:92:99:774,0,674 chrVII 94980 . A AT 615.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.217;DP=77;FS=0.977;HaplotypeScore=73.4640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=0.917;QD=8.00;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=-0.778;SB=-2.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,33:77:99:655,0,762 chrVII 98613 . A ATTTTC 2372.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.177;DP=79;FS=3.209;HaplotypeScore=240.8574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.68;MQ0=0;MQRankSum=-3.718;QD=30.04;ReadPosRankSum=0.353;SB=-1.179e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,34:79:99:2412,0,2030 chrVII 98776 . CTT C 383.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.587;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=147.2772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.19;MQ0=0;MQRankSum=-2.138;QD=5.73;RPA=11,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.743;SB=-1.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,16:67:99:423,0,894 chrVII 107801 . C CT 660.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.447;DP=73;FS=1.484;HaplotypeScore=93.4954;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=0.946;QD=9.05;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.028;SB=-1.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,36:73:99:700,0,636 chrVII 107991 . G GT 266.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=12.1439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=0.817;QD=5.04;RPA=3,4;RU=T;ReadPosRankSum=-0.594;SB=-7.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,18:53:99:306,0,733 chrVII 112192 . T TA 264.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.796;DP=40;FS=1.901;HaplotypeScore=124.5894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.076;QD=6.62;RPA=5,6;RU=A;ReadPosRankSum=-2.190;SB=-6.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,15:40:99:304,0,363 chrVII 115607 . T TCATA 5242 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=343.2555;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.76;MQ0=0;QD=62.40;SB=-1.296e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,82:84:99:5242,250,0 chrVII 118304 . ATCATCATTG A 3061.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=96.4381;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.99;MQ0=0;QD=65.15;RPA=2,1;RU=TCATCATTG;SB=-2.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,36:47:93:3104,93,0 chrVII 121032 . G GA 621.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.525;DP=117;FS=0.759;HaplotypeScore=60.1697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQ0=0;MQRankSum=0.330;QD=5.32;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.601;SB=-2.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,43:117:99:661,0,1005 chrVII 121350 . C CA 2062.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=25.2101;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.51;MQ0=0;QD=24.85;RPA=4,5;RU=A;SB=-9.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,73:83:99:2105,225,0 chrVII 122345 . CT C 1277.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=233.1595;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.13;MQ0=0;QD=18.26;RPA=7,6;RU=T;SB=-3.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,56:70:99:1320,156,0 chrVII 122421 . CA C 3083.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=721.6916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.79;MQ0=0;QD=39.04;SB=-1.146e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:79:99:3126,235,0 chrVII 122514 . G GT 1979.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=304.5032;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=38.82;SB=-9.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:2022,154,0 chrVII 131462 . T TA 1028.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.645;DP=109;FS=1.649;HaplotypeScore=436.5699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.074;QD=9.44;RPA=3,4;RU=A;ReadPosRankSum=-0.775;SB=-3.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,48:109:99:1068,0,1247 chrVII 142037 . GTT G 1051.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.164;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=143.5279;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.84;MQ0=1;MQRankSum=-1.532;QD=16.97;ReadPosRankSum=-1.342;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,26:61:99:1091,0,1207 chrVII 144087 . T TA 461.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.939;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=259.7278;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.97;MQ0=0;MQRankSum=-4.299;QD=5.19;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=0.696;SB=-2.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,29:89:99:501,0,966 chrVII 144251 . TA T 501.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.393;DP=62;FS=3.657;HaplotypeScore=208.5711;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.844;QD=8.10;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=-0.455;SB=-2.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,29:62:99:541,0,644 chrVII 145773 . TA T 648.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.757;DP=66;FS=1.196;HaplotypeScore=232.6904;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.670;QD=9.83;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=1.539;SB=-1.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,36:66:99:688,0,485 chrVII 147855 . CAA C 1396.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.987;DP=102;FS=0.813;HaplotypeScore=35.8307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.658;QD=13.70;RPA=10,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.642;SB=-5.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,50:102:99:1436,0,1075 chrVII 148668 . A AT 1380.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.129;DP=119;FS=0.730;HaplotypeScore=176.7027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQ0=0;MQRankSum=0.718;QD=11.60;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.171;SB=-6.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,74:119:99:1420,0,697 chrVII 149266 . C CT 510.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.251;DP=88;FS=17.091;HaplotypeScore=210.6802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.10;MQ0=0;MQRankSum=-3.726;QD=5.81;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=0.397;SB=-1.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,29:88:99:550,0,956 chrVII 149631 . C CA 68.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.633;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=20.1579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.71;MQ0=0;MQRankSum=1.036;QD=5.31;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.365;SB=-3.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,7:13:46:108,0,46 chrVII 150209 . GA G 462.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.277;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=293.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.00;MQ0=0;MQRankSum=-4.886;QD=7.59;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.307;SB=-2.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,22:61:99:502,0,1002 chrVII 150215 . G GGTGC 1069.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.404;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=234.2367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.69;MQ0=0;MQRankSum=-4.640;QD=16.98;ReadPosRankSum=-0.054;SB=-5.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,21:63:99:1109,0,2019 chrVII 150559 . A AT 1381.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.531;DP=148;FS=0.689;HaplotypeScore=141.7976;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.882;QD=9.34;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=-0.327;SB=-3.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,70:148:99:1421,0,1509 chrVII 158391 . T TAGGAGC 929.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.750;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=41.8689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.382;QD=24.47;RPA=2,3;RU=AGGAGC;ReadPosRankSum=0.507;SB=-4.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,15:38:99:969,0,789 chrVII 158865 . GCAGCAA G 1663.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.230;DP=62;FS=1.758;HaplotypeScore=146.0587;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.110;QD=26.84;RPA=3,2;RU=CAGCAA;ReadPosRankSum=-1.110;SB=-2.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,24:62:99:1703,0,1648 chrVII 158910 . TCAGGCA T 1617.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=46;FS=6.368;HaplotypeScore=231.4453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.11;MQ0=0;MQRankSum=0.133;QD=35.17;RPA=3,2;RU=CAGGCA;ReadPosRankSum=1.200;SB=-3.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,18:46:71:1660,71,0 chrVII 160022 . A AT 1967.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=25.0535;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.83;MQ0=0;QD=25.89;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,73:76:99:2010,216,0 chrVII 163031 . CT C 231.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.107;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=17.2108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.249;QD=10.09;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=-0.533;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,10:23:99:271,0,187 chrVII 165436 . C CT 895.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.142;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=388.3486;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.02;MQ0=0;MQRankSum=-1.299;QD=9.63;RPA=3,4;RU=T;ReadPosRankSum=1.623;SB=-3.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,42:93:99:935,0,925 chrVII 165545 . C CA 267.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.678;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=102.4226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=0.161;QD=9.24;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.194;SB=-1.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,15:29:99:307,0,129 chrVII 166201 . G GA 472.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=75.7171;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.40;MQ0=0;QD=27.82;SB=-3.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,14:17:47:515,47,0 chrVII 167250 . CAAA C 94.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.582;DP=59;FS=2.817;HaplotypeScore=81.8094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.194;QD=1.61;RPA=19,16;RU=A;ReadPosRankSum=1.803;SB=-2.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,4:59:99:134,0,701 chrVII 167483 . C CT 1730.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=110.2646;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=21.91;RPA=6,7;RU=T;SB=-5.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,68:79:99:1773,204,0 chrVII 170659 . AAT A 1241.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=193.9617;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.15;MQ0=0;QD=21.05;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,23:59:99:1284,131,0 chrVII 173135 . TC T 3086.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=26.4862;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.50;MQ0=0;QD=35.89;SB=-1.288e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:86:99:3129,250,0 chrVII 180364 . G GAAAA,GAAA 1122.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=21.2308;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=62.55;MQ0=0;QD=35.09;RPA=9,13,12;RU=A;SB=-3.509e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:3,7,22:32:99:1201,222,138,260,0,176 chrVII 180554 . TG T 546.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.625;DP=72;FS=1.109;HaplotypeScore=18.5948;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=1;MQRankSum=-0.228;QD=7.60;ReadPosRankSum=1.067;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,28:71:99:586,0,1264 chrVII 185677 . A ATG 1158.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.175;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=334.2356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.29;MQ0=0;MQRankSum=-4.146;QD=17.56;ReadPosRankSum=0.612;SB=-5.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,29:66:99:1198,0,779 chrVII 185796 . GA G 1863.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=313.9348;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.02;MQ0=0;QD=24.53;RPA=5,4;RU=A;SB=-3.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,73:76:99:1906,207,0 chrVII 185835 . T TG 342.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.621;DP=56;FS=2.835;HaplotypeScore=437.7095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.70;MQ0=0;MQRankSum=0.258;QD=6.12;ReadPosRankSum=-0.775;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,20:56:99:382,0,207 chrVII 185968 . AT A 1215.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=387.1075;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.99;MQ0=1;QD=17.88;RPA=10,9;RU=T;SB=-4.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,53:67:99:1258,161,0 chrVII 185989 . GTT G 1132.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.962;DP=57;FS=1.063;HaplotypeScore=348.5640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.39;MQ0=0;MQRankSum=-3.983;QD=19.88;ReadPosRankSum=0.822;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:57:99:1172,0,1223 chrVII 187372 . CCACT C 1932.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=1593.7056;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.92;MQ0=0;QD=26.85;SB=-7.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,41:72:99:1975,129,0 chrVII 187377 . GATTACGGAGATTTTATATCTAGTCCGGAA G 11427 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=485.3067;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=278.71;SB=-4.439e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:11427,123,0 chrVII 190778 . GAA G,GA 1827.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.972;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=70.3447;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=0.591;QD=15.36;RPA=14,12,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.751;SB=-9.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:34,45,0:119:99:1906,617,690,893,0,739 chrVII 192193 . T TTTCTTCTTCTTC,TTTCTTCTTC 7103 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=276.2035;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=44.97;MQ0=0;QD=68.30;RPA=6,10,9;RU=TTC;SB=-2.941e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:33,50,19:104:99:7103,1071,857,1243,0,1029 chrVII 193646 . A AC 3717 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=209.0103;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.83;MQ0=0;QD=26.55;RPA=6,7;RU=C;SB=-1.216e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,130:140:99:3717,388,0 chrVII 197816 . G GT,GTT 598.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.114;DP=35;FS=4.472;HaplotypeScore=43.2015;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=0.371;QD=17.11;RPA=8,9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.495;SB=-1.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:7,18,10:35:99:677,267,213,272,0,253 chrVII 197994 . G GA 343.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.049;DP=36;FS=3.299;HaplotypeScore=183.5514;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.03;MQ0=0;MQRankSum=0.293;QD=9.55;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.544;SB=-8.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,14:36:46:386,46,0 chrVII 204597 . TCAAAAATC T 4006 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=241.8154;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.60;MQ0=0;QD=71.54;SB=-1.909e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,43:56:99:4006,129,0 chrVII 204933 . GTTGAAT G 7261 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=921.5745;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.01;MQ0=0;QD=87.48;SB=-2.215e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,82:83:99:7261,250,0 chrVII 204970 . C CA 1720.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.062;DP=100;FS=5.596;HaplotypeScore=1049.3643;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.70;MQ0=0;MQRankSum=2.066;QD=17.21;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=1.802;SB=-3.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,69:100:99:1763,188,0 chrVII 205177 . T TC 863.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.618;DP=93;FS=5.747;HaplotypeScore=607.9794;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.410;QD=9.29;RPA=4,5;RU=C;ReadPosRankSum=0.331;SB=-2.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,42:93:99:903,0,1203 chrVII 206499 . GA G 871.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=95.4710;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.43;MQ0=0;QD=19.82;RPA=10,9;RU=A;SB=-3.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:914,117,0 chrVII 206617 . A AT,ATT 988.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.688;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=136.2721;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.523;QD=16.48;RPA=10,11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.239;SB=-3.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:19,17,24:60:99:1067,507,427,310,0,285 chrVII 207415 . GT G 1361.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=34.1449;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;QD=34.92;SB=-5.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,37:39:99:1404,108,0 chrVII 208767 . G GTCGGCCGAATTTATAGAAAT 3745 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4921;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.16;MQ0=0;QD=98.55;SB=-1.793e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,8:38:75:3745,75,0 chrVII 210107 . T TA 1385.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=315.3778;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.35;MQ0=0;QD=18.99;RPA=6,7;RU=A;SB=-3.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,72:72:99:1428,165,0 chrVII 213794 . AT A 3595 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=90.1453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=29.23;SB=-1.338e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,108:123:99:3595,344,0 chrVII 213859 . GT G 1238.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.417;DP=82;FS=2.452;HaplotypeScore=155.4416;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=0.117;QD=15.11;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=2.451;SB=-3.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,57:82:99:1281,116,0 chrVII 224895 . TGTCTTC T 3478 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=700.5942;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.23;MQ0=0;QD=39.52;RPA=2,1;RU=GTCTTC;SB=-1.550e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,53:88:99:3478,160,0 chrVII 245641 . T TCAA 1883.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=32.5648;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;QD=23.55;RPA=13,14;RU=CAA;SB=-5.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,46:80:99:1926,138,0 chrVII 254321 . C CA 384.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.646;DP=51;FS=1.271;HaplotypeScore=189.9271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.85;MQ0=0;MQRankSum=-4.482;QD=7.55;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=1.737;SB=-1.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,15:51:99:424,0,1020 chrVII 254377 . G GT 235.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.541;DP=57;FS=6.465;HaplotypeScore=239.2195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.76;MQ0=0;MQRankSum=-3.927;QD=4.14;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.517;SB=-2.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,16:57:99:275,0,477 chrVII 269174 . TA T 231.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.530;DP=97;FS=10.900;HaplotypeScore=179.5630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.818;QD=2.39;ReadPosRankSum=-2.375;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,29:97:99:271,0,948 chrVII 269179 . TC T 782.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.859;DP=88;FS=6.341;HaplotypeScore=97.0382;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.209;QD=8.90;ReadPosRankSum=-1.800;SB=-3.001e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,36:88:99:822,0,1413 chrVII 270311 . A ATG 1674.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.092;DP=117;FS=2.937;HaplotypeScore=173.2405;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQ0=0;MQRankSum=1.884;QD=14.32;RPA=6,7;RU=TG;ReadPosRankSum=-0.411;SB=-2.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,61:117:99:1714,0,1247 chrVII 272322 . GTA G 244.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=19.5645;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.27;RPA=7,6;RU=TA;SB=-7.190e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,9:11:24:287,24,0 chrVII 274400 . ATT A,AT 787.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=47.7191;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.79;MQ0=0;QD=14.59;RPA=13,11,12;RU=T;SB=-6.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:12,23,0:54:99:866,276,244,450,0,354 chrVII 276935 . T TG 4690 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=74.5686;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=36.64;SB=-2.215e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,125:128:99:4690,370,0 chrVII 281605 . ATTT AT,A 1694.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.669;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=56.9518;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.00;MQ0=0;MQRankSum=1.102;QD=19.26;RPA=15,13,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.669;SB=-4.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:15,0,42:88:99:1773,679,525,469,0,418 chrVII 287219 . GA G 474.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.427;DP=88;FS=9.475;HaplotypeScore=180.7813;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.952;QD=5.40;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.530;SB=-2.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,37:88:99:514,0,650 chrVII 287343 . T TA 651.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.907;DP=66;FS=9.832;HaplotypeScore=136.5191;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.994;QD=9.88;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=-1.576;SB=-2.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:66:99:691,0,442 chrVII 288375 . GAT G 2333.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=25.3025;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.37;MQ0=0;QD=30.31;RPA=4,3;RU=AT;SB=-6.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,70:76:99:2376,190,0 chrVII 291647 . TA T 2356.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=364.0827;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.28;MQ0=0;QD=21.62;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.158e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,104:109:99:2399,279,0 chrVII 298093 . CATAT C 2346.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.924;DP=123;FS=34.606;HaplotypeScore=48.5047;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.187;QD=19.08;RPA=7,5;RU=AT;ReadPosRankSum=-0.049;SB=-1.108e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,54:123:99:2386,0,1302 chrVII 303588 . CA C 1699.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=70.4448;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.52;MQ0=0;QD=22.67;RPA=7,6;RU=A;SB=-8.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,69:75:99:1742,204,0 chrVII 311063 . CT C 707.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.819;DP=101;FS=3.029;HaplotypeScore=39.6902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.027;QD=7.01;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.866;SB=-1.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,42:101:99:747,0,942 chrVII 311210 . G GT 1246.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.529;DP=71;FS=2.114;HaplotypeScore=26.6843;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=1.478;QD=17.56;ReadPosRankSum=0.776;SB=-5.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,37:71:99:1286,0,1004 chrVII 316496 . C CA 544.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.500;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=25.6529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.796;QD=8.01;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.683;SB=-5.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,31:68:99:584,0,547 chrVII 319852 . A AT 674.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.619;DP=49;FS=9.531;HaplotypeScore=73.5292;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=-2.867;QD=13.77;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=0.964;SB=-2.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,33:49:99:714,0,191 chrVII 324048 . GCT G 341.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.876;DP=55;FS=29.693;HaplotypeScore=303.5277;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.96;MQ0=0;MQRankSum=-5.549;QD=6.22;ReadPosRankSum=0.914;SB=-5.001e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,16:55:99:381,0,1426 chrVII 324160 . G GCGCA 481.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.184;DP=33;FS=15.586;HaplotypeScore=174.4664;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.66;MQ0=0;MQRankSum=-4.418;QD=14.61;ReadPosRankSum=0.058;SB=-7.400e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,9:33:99:521,0,1218 chrVII 324162 . G GGC 235.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.476;DP=31;FS=15.869;HaplotypeScore=184.7872;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.49;MQ0=0;MQRankSum=-4.519;QD=7.61;ReadPosRankSum=0.818;SB=-2.400e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,9:31:99:275,0,774 chrVII 325122 . G GA 222.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.501;DP=54;FS=18.161;HaplotypeScore=199.7534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.86;MQ0=0;MQRankSum=-5.132;QD=4.13;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=-1.534;SB=-4.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,16:54:99:262,0,591 chrVII 325265 . CTTTT C,CTTT 2787.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.481;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=899.3876;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=48.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.453;QD=24.89;RPA=10,6,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.564;SB=-1.343e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:20,40,0:112:99:2866,1067,2031,1619,0,1414 chrVII 325276 . C CA 1197.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.598;DP=103;FS=0.755;HaplotypeScore=1054.5213;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.35;MQ0=0;MQRankSum=-8.605;QD=11.63;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=-0.290;SB=-5.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,47:103:99:1237,0,1511 chrVII 328408 . AC A 582.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.928;DP=51;FS=10.126;HaplotypeScore=332.9971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.37;MQ0=0;MQRankSum=-5.846;QD=11.43;RPA=3,2;RU=C;ReadPosRankSum=0.031;SB=-9.001e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,25:51:99:622,0,629 chrVII 328696 . T TTATG 1060.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.451;DP=58;FS=19.054;HaplotypeScore=161.6587;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.58;MQ0=0;MQRankSum=-2.680;QD=18.29;RPA=1,2;RU=TATG;ReadPosRankSum=-1.765;SB=-2.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,15:58:99:1100,0,1002 chrVII 328725 . G GA 675.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.631;DP=63;FS=9.266;HaplotypeScore=299.6814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.49;MQ0=0;MQRankSum=-5.208;QD=10.73;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=0.156;SB=-2.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,28:63:99:715,0,896 chrVII 341879 . TA T 1121.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=40.0179;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.06;MQ0=0;QD=22.00;RPA=8,7;RU=A;SB=-4.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,49:51:99:1164,141,0 chrVII 345521 . GAA G 2495.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.974;DP=171;FS=1.289;HaplotypeScore=149.1947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.122;QD=14.60;RPA=5,3;RU=A;ReadPosRankSum=0.908;SB=-9.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,83:171:99:2535,0,2392 chrVII 345871 . C CT 755.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.292;DP=166;FS=0.000;HaplotypeScore=268.0875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.590;QD=4.55;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.927;SB=-3.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:122,41:166:99:795,0,1385 chrVII 346016 . T TA 1938.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.629;DP=130;FS=2.451;HaplotypeScore=61.8857;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQ0=0;MQRankSum=0.611;QD=14.92;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.732;SB=-5.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,68:130:99:1978,0,1703 chrVII 347214 . C CAA 1200.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.108;DP=99;FS=2.800;HaplotypeScore=200.8822;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.16;MQ0=0;MQRankSum=-2.976;QD=12.13;RPA=4,6;RU=A;ReadPosRankSum=-0.207;SB=-5.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,40:99:99:1240,0,1640 chrVII 349638 . C CA 474.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.056;DP=49;FS=1.408;HaplotypeScore=15.5584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=1.056;QD=9.69;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=-1.056;SB=-1.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,24:49:99:514,0,279 chrVII 352415 . C CT 1107.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.688;DP=104;FS=10.495;HaplotypeScore=59.5451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=3.140;QD=10.65;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=-0.044;SB=-4.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,55:104:99:1147,0,771 chrVII 352895 . GA G 1812.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=93.5428;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.96;MQ0=0;QD=22.11;RPA=7,6;RU=A;SB=-8.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,76:82:99:1855,219,0 chrVII 357154 . A AT 214.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.470;DP=63;FS=2.983;HaplotypeScore=17.1962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.549;QD=3.41;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.369;SB=-8.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,19:63:99:254,0,643 chrVII 358116 . CAGAAGAAAA C 3582 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.578;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=220.4564;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.91;MQ0=0;MQRankSum=-1.735;QD=66.33;ReadPosRankSum=1.157;SB=-6.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,26:54:51:3582,51,0 chrVII 358121 . GAAAAAGAAG G,GAAGAAG 3633 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.247;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=208.9997;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=42.91;MQ0=0;MQRankSum=-1.247;QD=67.28;ReadPosRankSum=1.386;SB=-6.359e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:39,0,0:54:51:3633,102,51,2249,0,2124 chrVII 358133 . GAAGAAGAAA G 2514.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.247;DP=60;FS=8.274;HaplotypeScore=374.5659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.50;MQ0=0;MQRankSum=-2.393;QD=41.92;ReadPosRankSum=2.051;SB=-4.575e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,15:60:42:2554,0,42 chrVII 361971 . AT A 94.76 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.214;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=13.5738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.166;QD=2.71;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=2.166;SB=-2.338e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,10:35:4:133,0,4 chrVII 364146 . AT A 562.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.965;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=34.2092;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.744;QD=7.61;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.122;SB=-2.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,28:74:99:602,0,265 chrVII 366199 . ATATATAT A 4508 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.352;DP=99;FS=12.278;HaplotypeScore=133.5426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.450;QD=45.54;ReadPosRankSum=5.072;SB=-9.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,71:99:99:4508,0,392 chrVII 366778 . TAA T 198.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.654;DP=53;FS=8.670;HaplotypeScore=70.0424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.37;MQ0=0;MQRankSum=0.487;QD=3.75;RPA=18,16;RU=A;ReadPosRankSum=2.869;SB=-6.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,11:53:99:238,0,251 chrVII 368551 . G GA 973.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.034;DP=87;FS=6.022;HaplotypeScore=28.4483;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=-1.814;QD=11.20;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=-0.226;SB=-2.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,39:87:99:1013,0,1129 chrVII 376066 . AT A 620.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.937;DP=87;FS=7.492;HaplotypeScore=86.5954;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=0.840;QD=7.14;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.182;SB=-2.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,37:87:99:660,0,814 chrVII 379162 . TCAGCAG T 547.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.535;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7475;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=0.220;QD=19.57;RPA=8,6;RU=CAG;ReadPosRankSum=0.094;SB=-2.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,9:28:99:587,0,884 chrVII 383535 . G GAC 4684 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.915;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=348.3377;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.46;MQ0=0;MQRankSum=0.425;QD=42.97;ReadPosRankSum=1.275;SB=-2.143e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,104:109:99:4684,275,0 chrVII 388853 . AAAT A 3011.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-5.019;DP=125;FS=3.644;HaplotypeScore=163.5790;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.98;MQ0=0;MQRankSum=0.857;QD=24.10;RPA=3,2;RU=AAT;ReadPosRankSum=-1.859;SB=-1.416e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:72,53:125:99:3054,213,0 chrVII 393864 . G GA 1930.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.650;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=24.8152;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=1.472;QD=22.72;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.087;SB=-9.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,77:85:99:1973,215,0 chrVII 394474 . TGAC T 1787.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=133.8781;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.10;MQ0=0;QD=26.69;RPA=6,5;RU=GAC;SB=-7.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,42:67:99:1830,132,0 chrVII 394900 . GAA G 716.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=59.2112;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.99;MQ0=0;QD=31.17;RPA=11,9;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:69:759,69,0 chrVII 394958 . AT A 980.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=120.5736;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.17;MQ0=0;QD=22.29;RPA=9,8;RU=T;SB=-4.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,37:44:99:1023,126,0 chrVII 395867 . G GTA 1745.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.283;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=458.1847;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.37;MQ0=0;MQRankSum=0.283;QD=26.06;ReadPosRankSum=0.409;SB=-8.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,44:67:99:1788,154,0 chrVII 395930 . TA T 1957.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.084;DP=122;FS=2.748;HaplotypeScore=308.6929;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.55;MQ0=0;MQRankSum=0.784;QD=16.05;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=2.064;SB=-6.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,93:122:99:2000,253,0 chrVII 397834 . GAAAAA G 1255.61 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.594;DP=66;FS=38.157;HaplotypeScore=96.3564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.98;MQ0=0;MQRankSum=2.322;QD=19.02;RPA=20,15;RU=A;ReadPosRankSum=0.744;SB=-1.616e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,13:64:5:1294,0,5 chrVII 400195 . T TTA 1763.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=134.0265;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.76;MQ0=0;QD=42.00;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,39:42:99:1806,120,0 chrVII 400221 . TAA T 741.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=223.5794;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.25;MQ0=0;QD=19.53;RPA=13,11;RU=A;SB=-3.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,29:38:78:784,78,0 chrVII 400243 . A AT 537.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=144.4778;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.65;MQ0=0;QD=17.35;RPA=11,12;RU=T;SB=-1.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,23:31:77:580,77,0 chrVII 400713 . G GA 825.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.289;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=13.3659;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.16;MQ0=0;MQRankSum=0.385;QD=15.88;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.000;SB=-2.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,38:52:83:868,83,0 chrVII 402030 . TA T 225.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=145.6033;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.49;MQ0=15;QD=7.53;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.897e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,12:14:24:268,24,0 chrVII 409806 . C CT 1306.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.627;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=97.0661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.04;MQ0=0;MQRankSum=1.462;QD=16.14;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.779;SB=-5.349e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,56:81:99:1349,158,0 chrVII 409873 . G GC 973.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=82.8584;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;QD=21.64;RPA=6,7;RU=C;SB=-1.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,34:45:99:1016,105,0 chrVII 412208 . CA C 618.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.230;DP=74;FS=2.061;HaplotypeScore=78.6434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.980;QD=8.36;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.572;SB=-2.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:73:99:658,0,542 chrVII 412279 . GA G 1213.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=155.8255;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.23;MQ0=0;QD=20.93;RPA=7,6;RU=A;SB=-5.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,52:57:99:1256,147,0 chrVII 412434 . G GT 369.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.201;DP=44;FS=3.091;HaplotypeScore=148.1268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=1.346;QD=8.41;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=-1.160;SB=-9.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,19:44:99:409,0,673 chrVII 412630 . G GAA 956.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.395;DP=95;FS=2.030;HaplotypeScore=445.8198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.59;MQ0=0;MQRankSum=-2.278;QD=10.07;RPA=8,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.166;SB=-3.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,40:94:99:996,0,1297 chrVII 412892 . CT C 601.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.980;DP=58;FS=1.049;HaplotypeScore=219.0767;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.47;MQ0=0;MQRankSum=-2.894;QD=10.38;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=1.112;SB=-2.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,24:58:99:641,0,822 chrVII 413744 . C CCTTTCTTTGTTTT 1879.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.940;DP=72;FS=4.786;HaplotypeScore=141.4083;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.12;MQ0=0;MQRankSum=-2.664;QD=26.11;RPA=1,2;RU=CTTTCTTTGTTTT;ReadPosRankSum=1.091;SB=-9.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,25:72:99:1919,0,1120 chrVII 413965 . AG A 2076.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.099;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=82.4682;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=0.726;QD=21.86;ReadPosRankSum=-0.130;SB=-9.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:63,31:95:99:2119,253,0 chrVII 416009 . C CAA 1400.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.907;DP=153;FS=3.259;HaplotypeScore=70.4548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.389;QD=9.16;RPA=10,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.622;SB=-4.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,54:153:99:1440,0,1757 chrVII 416115 . A AT 397.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.656;DP=57;FS=4.579;HaplotypeScore=28.9692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.902;QD=6.98;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.359;SB=-1.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,24:57:99:437,0,324 chrVII 416657 . CTAT C 837.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.346;DP=75;FS=4.269;HaplotypeScore=49.0123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.452;QD=11.17;RPA=5,4;RU=TAT;ReadPosRankSum=0.463;SB=-4.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,37:75:99:877,0,735 chrVII 417241 . TC T 1039.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.532;DP=70;FS=6.766;HaplotypeScore=73.1950;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=2.431;QD=14.86;ReadPosRankSum=-1.610;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,36:70:99:1079,0,993 chrVII 417338 . A AT 717.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.922;DP=65;FS=3.724;HaplotypeScore=151.5404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=0.929;QD=11.05;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=-1.834;SB=-3.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,33:65:99:757,0,486 chrVII 419519 . GT G 969.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.180;DP=128;FS=7.610;HaplotypeScore=147.6379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=2.889;QD=7.58;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.455;SB=-3.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,60:128:99:1009,0,971 chrVII 420785 . AT A 328.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.764;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=77.8945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=1.351;QD=5.67;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=-2.141;SB=-1.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,20:58:99:368,0,532 chrVII 420806 . A ATT 478.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.417;DP=45;FS=1.376;HaplotypeScore=77.3885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=0.886;QD=10.64;RPA=9,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.067;SB=-2.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,18:45:99:518,0,389 chrVII 421669 . T TA 1009.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.271;DP=102;FS=9.109;HaplotypeScore=133.1159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.787;QD=9.90;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=-0.437;SB=-2.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,49:102:99:1049,0,1145 chrVII 422403 . A AT 147.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.055;DP=46;FS=3.583;HaplotypeScore=189.7106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.17;MQ0=0;MQRankSum=0.497;QD=3.22;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.271;SB=-7.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,13:46:99:187,0,343 chrVII 422624 . AG A 1172.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.588;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=184.0297;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.869;QD=13.48;ReadPosRankSum=0.386;SB=-3.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,38:87:99:1212,0,1434 chrVII 423259 . G GA 543.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.994;DP=78;FS=6.799;HaplotypeScore=85.1263;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.55;MQ0=0;MQRankSum=1.069;QD=6.97;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=-0.910;SB=-1.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,32:78:99:583,0,934 chrVII 423701 . AT A 373.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.451;DP=70;FS=1.268;HaplotypeScore=32.5006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.221;QD=5.34;RPA=6,5;RU=T;ReadPosRankSum=-0.762;SB=-6.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,26:70:99:413,0,771 chrVII 429793 . G GTAC 2806.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.591;DP=209;DS;FS=10.707;HaplotypeScore=525.1388;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.46;MQ0=0;MQRankSum=-4.255;QD=13.43;RPA=5,6;RU=TAC;ReadPosRankSum=0.156;SB=-1.066e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:139,61:209:99:2846,0,3643 chrVII 430869 . A AAGC 1114.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.925;DP=80;FS=3.468;HaplotypeScore=155.2814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.199;QD=13.94;RPA=5,6;RU=AGC;ReadPosRankSum=-1.862;SB=-4.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,28:80:99:1154,0,1321 chrVII 433202 . G GAA 716.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.263;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=210.7859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.998;QD=18.85;RPA=8,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.368;SB=-1.916e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,16:38:92:758,92,0 chrVII 433681 . CTA C 253.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.737;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.45;MQ0=0;MQRankSum=0.618;QD=12.70;RPA=2,1;RU=TA;ReadPosRankSum=-0.971;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,9:20:99:293,0,332 chrVII 434433 . A AT 658.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.845;DP=79;FS=11.050;HaplotypeScore=269.6543;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.071;QD=8.34;RPA=3,4;RU=T;ReadPosRankSum=1.500;SB=-3.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,30:79:99:698,0,876 chrVII 434600 . GA G 1275.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.998;DP=73;FS=0.947;HaplotypeScore=394.3555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.11;MQ0=0;MQRankSum=-5.586;QD=17.48;ReadPosRankSum=0.338;SB=-5.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,43:73:99:1315,0,865 chrVII 434708 . TC T 413.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.312;DP=62;FS=1.180;HaplotypeScore=301.3597;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.94;MQ0=0;MQRankSum=-6.329;QD=6.68;ReadPosRankSum=1.865;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,22:62:99:453,0,1042 chrVII 434947 . AT A 554.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.273;DP=73;FS=6.933;HaplotypeScore=62.2271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.06;MQ0=0;MQRankSum=-3.287;QD=7.60;RPA=6,5;RU=T;ReadPosRankSum=1.312;SB=-2.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,30:73:99:594,0,696 chrVII 435398 . CG C 1971.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.303;DP=108;FS=4.555;HaplotypeScore=287.9171;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.688;QD=18.26;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=0.523;SB=-6.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,69:108:99:2011,0,882 chrVII 436559 . G GGA 842.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.800;DP=70;FS=1.535;HaplotypeScore=65.6846;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.049;QD=12.04;ReadPosRankSum=0.454;SB=-6.800e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,25:70:99:882,0,1770 chrVII 437973 . G GA 2378.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.230;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=170.5693;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=0.826;QD=19.34;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.899;SB=-8.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,105:123:99:2421,258,0 chrVII 438101 . CT C 444.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.395;DP=48;FS=11.272;HaplotypeScore=49.1923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.714;QD=9.27;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=-0.783;SB=-1.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,18:48:99:484,0,504 chrVII 438696 . C CA 530.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.945;DP=79;FS=9.639;HaplotypeScore=182.7341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.71;MQ0=0;MQRankSum=0.212;QD=6.72;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-1.636;SB=-1.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,26:79:99:570,0,475 chrVII 438823 . A AT 587.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.835;DP=108;FS=8.274;HaplotypeScore=151.8968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.289;QD=5.44;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=-0.460;SB=-5.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,38:108:99:627,0,503 chrVII 440455 . AAT A 509.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.517;DP=75;FS=1.880;HaplotypeScore=83.2938;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.28;MQ0=0;MQRankSum=0.273;QD=6.80;ReadPosRankSum=-0.554;SB=-3.000e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,27:75:99:549,0,588 chrVII 440628 . AG A 339.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.109;DP=45;FS=66.928;HaplotypeScore=279.7721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.14;MQ0=0;MQRankSum=-5.138;QD=7.55;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=0.278;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,15:45:99:379,0,741 chrVII 440655 . G GT 639.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.583;DP=42;FS=58.075;HaplotypeScore=256.3916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.74;MQ0=0;MQRankSum=4.400;QD=15.24;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=-0.055;SB=-6.001e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,28:42:99:679,0,221 chrVII 443342 . A AT 1840.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.392;DP=111;FS=2.737;HaplotypeScore=61.6958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=0.450;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.867;SB=-9.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,62:111:99:1880,0,864 chrVII 459752 . C CTTTT 1718.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.024;DP=130;FS=4.647;HaplotypeScore=601.3738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.75;MQ0=0;MQRankSum=-5.458;QD=13.22;ReadPosRankSum=-2.071;SB=-6.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,22:130:99:1758,0,2853 chrVII 465593 . GT G 755.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.651;DP=55;FS=2.381;HaplotypeScore=40.7623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-2.066;QD=13.74;ReadPosRankSum=0.009;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,25:55:99:795,0,871 chrVII 465811 . GT G 380.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=46.4473;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.30;MQ0=0;QD=13.14;RPA=11,10;RU=T;SB=-1.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,18:29:59:423,59,0 chrVII 466985 . T TAGA 3350 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=90.5449;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.09;MQ0=0;QD=46.53;RPA=1,2;RU=AGA;SB=-1.441e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,66:72:99:3350,196,0 chrVII 467736 . T TAATAATAAC 786.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.955;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=31.3053;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.637;QD=21.86;RPA=1,2;RU=AATAATAAC;ReadPosRankSum=-2.494;SB=-1.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,21:36:99:826,0,194 chrVII 468885 . AT A 1195.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.186;DP=148;FS=3.539;HaplotypeScore=56.4686;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=8.08;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.605;SB=-3.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,69:148:99:1235,0,865 chrVII 469037 . GA G 646.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.187;DP=74;FS=6.744;HaplotypeScore=119.0840;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.280;QD=8.74;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.178;SB=-3.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,39:74:99:686,0,459 chrVII 469242 . A ATTGTTTTTGTTGTTG 6451 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.802;DP=149;FS=10.417;HaplotypeScore=42.2159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.360;QD=43.30;ReadPosRankSum=0.717;SB=-2.035e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,59:149:99:6451,0,4781 chrVII 479633 . G GGTGT 324.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.166;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=40.1122;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.296;QD=21.66;RPA=8,10;RU=GT;ReadPosRankSum=0.296;SB=-5.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,7:15:99:364,0,139 chrVII 483131 . TAA T,TA 1097.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.928;DP=57;FS=3.090;HaplotypeScore=42.3283;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.54;MQ0=0;MQRankSum=0.833;QD=19.26;RPA=14,12,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.595;SB=-5.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:6,31,0:57:99:1176,248,216,643,0,548 chrVII 484095 . CTTT CT,C 1662.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=25.8237;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.69;MQ0=0;MQRankSum=0.666;QD=23.76;RPA=13,11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.133;SB=-8.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:15,0,25:70:99:1741,564,413,605,0,533 chrVII 484222 . G GC 1691.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=24.8088;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;QD=36.78;SB=-5.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:46:99:1734,135,0 chrVII 484889 . TA T 1768.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.919;DP=152;FS=7.010;HaplotypeScore=248.9452;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.521;QD=11.64;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=0.153;SB=-7.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,85:152:99:1808,0,1376 chrVII 485313 . TAA T 1991.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=285.2263;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.16;MQ0=0;QD=27.67;RPA=9,7;RU=A;SB=-9.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,57:72:99:2034,177,0 chrVII 485506 . C CCCCCCCCT 900.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.306;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=81.5238;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.139;QD=25.74;ReadPosRankSum=-1.250;SB=-1.168e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,7:34:51:940,0,51 chrVII 485618 . A AT 502.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.512;DP=67;FS=17.024;HaplotypeScore=46.2343;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.289;QD=7.51;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=0.541;SB=-3.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,27:67:99:542,0,645 chrVII 485910 . C CA 612.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.513;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=76.9892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=0.114;QD=7.48;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.710;SB=-2.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,34:82:99:652,0,469 chrVII 492247 . G GT 976.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.753;DP=78;FS=2.046;HaplotypeScore=147.2492;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=0.595;QD=12.53;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=0.682;SB=-4.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,41:78:99:1016,0,739 chrVII 492422 . AC A 1968.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.881;DP=121;FS=5.147;HaplotypeScore=198.1807;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.690;QD=16.27;ReadPosRankSum=-1.069;SB=-5.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,70:121:99:2008,0,1394 chrVII 496729 . TA T 87.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.739;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=38.4996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.625;QD=5.50;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.625;SB=-2.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,7:16:34:127,0,34 chrVII 496888 . A AT 108.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.067;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=91.4146;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.61;MQ0=0;MQRankSum=-2.604;QD=5.74;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=0.984;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,7:19:99:148,0,169 chrVII 497421 . T TAA 990.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.601;DP=124;FS=1.580;HaplotypeScore=469.7814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.82;MQ0=0;MQRankSum=-3.011;QD=7.99;ReadPosRankSum=-0.915;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,38:124:99:1030,0,806 chrVII 498008 . ATCGGAG A 4552 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=112.8701;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;QD=52.93;RPA=3,2;RU=TCGGAG;SB=-1.141e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,68:86:99:4552,201,0 chrVII 502764 . CT C 473.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.108;DP=72;FS=0.997;HaplotypeScore=143.4287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.628;QD=6.58;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.065;SB=-2.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,33:72:99:513,0,438 chrVII 508600 . TTATC T 1772.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=94.9180;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.25;MQ0=0;QD=52.15;RPA=2,1;RU=TATC;SB=-9.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,27:34:96:1815,96,0 chrVII 508636 . TC T 916.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=264.9611;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.89;MQ0=0;QD=24.13;RPA=7,6;RU=C;SB=-4.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,31:38:96:959,96,0 chrVII 508694 . T TGA 2133.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=104.6185;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.31;MQ0=0;QD=42.68;SB=-9.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,43:50:99:2176,144,0 chrVII 517548 . G GTCA 748.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.228;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=41.3750;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.246;QD=21.40;RPA=1,2;RU=TCA;ReadPosRankSum=-0.151;SB=-3.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,17:35:99:788,0,667 chrVII 523740 . CA C 283.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.654;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=21.2906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.528;QD=4.58;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.905;SB=-1.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,22:62:99:323,0,668 chrVII 526818 . TAA T 2105.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.159;DP=87;FS=4.075;HaplotypeScore=201.7140;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.582;QD=24.21;RPA=12,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.392;SB=-8.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,66:87:99:2148,186,0 chrVII 529943 . C CATCCTCATCCCA 1943.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.021;DP=40;FS=3.399;HaplotypeScore=15.7046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.26;MQ0=0;MQRankSum=-3.577;QD=48.60;ReadPosRankSum=0.106;SB=-6.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,11:40:99:1983,0,1342 chrVII 530662 . T TACGACG 3411 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=221.1357;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.79;MQ0=0;QD=50.91;RPA=8,10;RU=ACG;SB=-1.251e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,47:67:99:3411,139,0 chrVII 531506 . CACAAATGGAA C 4444 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.233;DP=78;FS=0.867;HaplotypeScore=128.9123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.54;MQ0=0;MQRankSum=-6.953;QD=56.97;ReadPosRankSum=2.774;SB=-1.935e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,38:78:99:4444,0,4629 chrVII 534974 . G GA 2473.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=609.0170;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.20;MQ0=0;QD=27.19;RPA=2,3;RU=A;SB=-6.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,83:91:99:2516,243,0 chrVII 544381 . AG A 3176.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=368.5373;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.85;MQ0=0;QD=28.62;SB=-1.124e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:111:99:3219,285,0 chrVII 544711 . T TCCC,TTCC 2898.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=175.2201;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=48.55;MQ0=0;QD=48.32;SB=-9.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:1,29,28:60:99:2977,662,488,713,0,559 chrVII 545016 . AT A 1483.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=219.0295;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.56;MQ0=0;QD=23.55;RPA=5,4;RU=T;SB=-6.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,58:63:99:1526,168,0 chrVII 545277 . A ATTT 4484 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=680.3029;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.68;MQ0=0;QD=37.37;RPA=1,4;RU=T;SB=-1.413e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,94:120:99:4484,317,0 chrVII 546156 . A AT 3146.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=245.3115;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.19;MQ0=0;QD=24.98;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.255e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,119:126:99:3189,345,0 chrVII 546200 . C CTT 1170.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.035;DP=90;FS=3.093;HaplotypeScore=782.1955;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.953;QD=13.01;RPA=1,3;RU=T;ReadPosRankSum=3.780;SB=-4.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,34:90:99:1210,0,280 chrVII 546201 . TC T 2366.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=682.8273;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.55;MQ0=0;QD=26.60;SB=-7.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,47:89:99:2409,250,0 chrVII 546202 . C CCAAACAATCT 5341 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.365;DP=88;FS=14.843;HaplotypeScore=467.3238;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.23;MQ0=0;MQRankSum=-3.809;QD=60.69;ReadPosRankSum=4.306;SB=-2.547e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,34:88:65:5341,0,65 chrVII 546398 . TAAA T 5051 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=600.5161;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.75;MQ0=0;QD=49.04;RPA=5,2;RU=A;SB=-1.532e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,101:103:99:5051,295,0 chrVII 556068 . A AT 575.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.259;DP=42;FS=3.214;HaplotypeScore=86.9811;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.84;MQ0=0;MQRankSum=0.380;QD=13.71;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=0.289;SB=-2.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,28:42:99:615,0,202 chrVII 557761 . GA G 373.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.671;DP=52;FS=1.262;HaplotypeScore=18.9212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=7.19;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=1.427;SB=-1.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,21:52:99:413,0,753 chrVII 559414 . CT C 1197.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.270;DP=113;FS=3.873;HaplotypeScore=59.7266;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQ0=0;MQRankSum=0.417;QD=10.60;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=0.907;SB=-3.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,52:113:99:1237,0,1314 chrVII 560412 . CA C 538.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.555;DP=72;FS=0.977;HaplotypeScore=103.7701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.462;QD=7.49;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.728;SB=-2.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,23:72:99:578,0,1107 chrVII 560467 . A AAG 1070.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.776;DP=76;FS=2.068;HaplotypeScore=102.7010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.722;QD=14.09;RPA=1,2;RU=AG;ReadPosRankSum=0.094;SB=-4.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,32:76:99:1110,0,1259 chrVII 561841 . GGT G 1663.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9343;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.89;MQ0=0;QD=35.40;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,45:47:99:1706,120,0 chrVII 568556 . GT G 202.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.873;DP=23;FS=2.103;HaplotypeScore=58.6018;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.61;MQ0=0;MQRankSum=1.469;QD=8.82;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=-1.269;SB=-2.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,10:23:99:242,0,349 chrVII 574807 . AC A 716.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.516;DP=59;FS=2.109;HaplotypeScore=102.5885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.281;QD=12.15;ReadPosRankSum=0.701;SB=-1.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,26:59:99:756,0,1031 chrVII 581755 . C CCCTCT 1745.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.101;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=213.5916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.20;MQ0=2;MQRankSum=0.504;QD=21.82;RPA=1,2;RU=CCTCT;ReadPosRankSum=-0.184;SB=-7.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,28:78:99:1785,0,2427 chrVII 584200 . A AT 467.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.929;DP=44;FS=4.748;HaplotypeScore=56.5792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.59;MQ0=0;MQRankSum=0.951;QD=10.64;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=0.254;SB=-1.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,18:44:99:507,0,538 chrVII 591142 . T TAAA 875.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.928;DP=87;FS=4.264;HaplotypeScore=110.5429;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=0.098;QD=10.07;RPA=11,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.952;SB=-2.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,25:87:99:915,0,1417 chrVII 591949 . G GA 1088.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.878;DP=125;FS=5.511;HaplotypeScore=41.1727;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=0.104;QD=8.71;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.245;SB=-4.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,59:125:99:1128,0,1163 chrVII 592042 . G GA 1375.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.002;DP=175;FS=2.881;HaplotypeScore=65.1585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.414;QD=7.86;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.136;SB=-6.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,78:175:99:1415,0,1405 chrVII 593371 . TATATATATA T 4050 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=79.2849;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.63;MQ0=1;QD=45.00;SB=-8.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,57:88:99:4050,152,0 chrVII 596039 . AC A 1910.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.808;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=80.1873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=0.188;QD=14.81;ReadPosRankSum=0.339;SB=-9.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,64:129:99:1950,0,2098 chrVII 596337 . AT A 2878.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=198.7312;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;QD=27.95;RPA=2,1;RU=T;SB=-9.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,98:103:99:2921,265,0 chrVII 598978 . CG C 1872.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=64.6367;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;QD=34.68;SB=-6.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1915,153,0 chrVII 598999 . G GA 322.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.680;DP=61;FS=4.084;HaplotypeScore=192.2504;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.144;QD=5.29;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.878;SB=-1.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,15:61:67:362,0,67 chrVII 607300 . A AT 786.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.712;DP=109;FS=2.203;HaplotypeScore=382.6076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.285;QD=7.22;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.365;SB=-3.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,43:109:99:826,0,920 chrVII 607346 . C CT 1391.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.912;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=231.0106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.492;QD=11.05;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=-0.052;SB=-3.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,52:126:99:1431,0,1925 chrVII 607474 . T TG 718.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.925;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=250.8252;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=0.724;QD=9.34;RPA=2,3;RU=G;ReadPosRankSum=-1.822;SB=-1.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,29:77:99:758,0,1063 chrVII 609131 . A AT 415.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.542;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=58.9625;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.297;QD=8.67;RPA=3,4;RU=T;ReadPosRankSum=-0.717;SB=-1.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,22:48:99:455,0,302 chrVII 609709 . A AGG 1264.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.472;DP=81;FS=6.102;HaplotypeScore=467.9787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.07;MQ0=0;MQRankSum=-6.013;QD=15.62;ReadPosRankSum=0.250;SB=-6.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,34:81:99:1304,0,1698 chrVII 609711 . CA C 952.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.326;DP=77;FS=6.430;HaplotypeScore=487.4732;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.53;MQ0=0;MQRankSum=-5.745;QD=12.38;ReadPosRankSum=0.359;SB=-4.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,34:77:99:992,0,1345 chrVII 609718 . AGGG A 1131.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.281;DP=77;FS=15.094;HaplotypeScore=510.3444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.43;MQ0=0;MQRankSum=-6.176;QD=14.70;ReadPosRankSum=0.525;SB=-4.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,32:77:99:1171,0,1918 chrVII 609724 . A AG 432.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.397;DP=75;FS=7.899;HaplotypeScore=521.3120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.85;MQ0=0;MQRankSum=-6.165;QD=5.77;ReadPosRankSum=1.481;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,34:75:99:472,0,1118 chrVII 610237 . A AT 486.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.584;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=36.4431;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.22;MQ0=0;MQRankSum=0.397;QD=6.67;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.435;SB=-2.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,30:73:99:526,0,521 chrVII 611510 . C CA 138.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.119;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=37.4650;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=0.290;QD=3.09;RPA=14,15;RU=A;ReadPosRankSum=-1.861;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,13:45:99:178,0,238 chrVII 616171 . A ATT 339.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.247;DP=100;FS=7.276;HaplotypeScore=88.4572;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=0.041;QD=3.40;RPA=17,19;RU=T;ReadPosRankSum=0.186;SB=-6.999e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,18:100:99:379,0,416 chrVII 637679 . A AT 1376 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.336;DP=117;FS=1.143;HaplotypeScore=199.4224;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=1.138;QD=11.76;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-1.226;SB=-4.726e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,79:117:18:1415,0,18 chrVII 640463 . AT A 345.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.182;DP=49;FS=6.644;HaplotypeScore=102.2965;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.817;QD=7.06;RPA=6,5;RU=T;ReadPosRankSum=-0.642;SB=-1.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,22:49:99:385,0,402 chrVII 640541 . C CA 347.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.502;DP=30;FS=5.792;HaplotypeScore=18.4508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.371;QD=11.60;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=0.851;SB=-1.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,14:30:99:387,0,382 chrVII 640797 . CT C 57.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.336;DP=29;FS=12.886;HaplotypeScore=100.1462;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.574;QD=2.00;ReadPosRankSum=0.986;SB=-2.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,9:29:97:97,0,572 chrVII 640799 . CATT C 275.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.218;DP=32;FS=13.325;HaplotypeScore=86.7756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.10;MQ0=0;MQRankSum=0.258;QD=8.62;ReadPosRankSum=0.430;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,9:32:99:315,0,872 chrVII 643888 . AC A 772.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.769;DP=61;FS=2.831;HaplotypeScore=14.5712;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=2.172;QD=12.67;RPA=4,3;RU=C;ReadPosRankSum=-0.177;SB=-1.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:61:99:812,0,615 chrVII 649438 . G GA 626.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.580;DP=101;FS=1.758;HaplotypeScore=43.0592;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQ0=0;MQRankSum=0.570;QD=6.21;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.775;SB=-2.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,40:101:99:666,0,872 chrVII 650957 . G GAA 234.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.971;DP=50;FS=1.320;HaplotypeScore=39.8524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.69;MQ0=0;MQRankSum=-2.085;QD=4.70;RPA=13,15;RU=A;ReadPosRankSum=-1.799;SB=-1.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,7:50:99:274,0,369 chrVII 653228 . C CTTT 646.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.074;DP=81;FS=12.553;HaplotypeScore=44.9179;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.78;MQ0=0;MQRankSum=1.590;QD=7.99;RPA=16,19;RU=T;ReadPosRankSum=1.867;SB=-1.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:57,23:81:58:689,58,0 chrVII 656821 . GT G 1104.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.540;DP=102;FS=0.837;HaplotypeScore=33.4777;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.258;QD=10.83;RPA=6,5;RU=T;ReadPosRankSum=-0.622;SB=-4.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,55:102:99:1144,0,637 chrVII 661827 . TA T 898.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.406;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=141.5320;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.849;QD=12.84;ReadPosRankSum=0.038;SB=-4.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,41:70:99:938,0,606 chrVII 666167 . C CT 409.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.621;DP=75;FS=8.841;HaplotypeScore=30.4887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.430;QD=5.47;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.211;SB=-1.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,29:75:99:449,0,532 chrVII 676341 . AT A 41.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.155;DP=45;FS=1.631;HaplotypeScore=31.7595;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.52;MQ0=0;MQRankSum=0.495;QD=0.93;RPA=15,14;RU=T;ReadPosRankSum=-0.071;SB=-2.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,7:45:81:81,0,327 chrVII 677723 . G GA 97.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.537;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=75.7601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=1.610;QD=4.26;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.206;SB=-3.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,8:23:99:137,0,184 chrVII 678167 . CA C 29.97 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.133;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=30.7788;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.61;MQ0=0;MQRankSum=1.133;QD=1.58;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.246;SB=-1.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,5:19:69:69,0,216 chrVII 687677 . TG T 771.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.855;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=17.1561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQ0=0;MQRankSum=0.503;QD=12.25;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=-1.335;SB=-3.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,32:63:99:811,0,905 chrVII 697261 . CAA C 1647.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.542;DP=91;FS=2.930;HaplotypeScore=23.1074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.09;MQ0=0;MQRankSum=-2.134;QD=18.11;RPA=5,3;RU=A;ReadPosRankSum=0.106;SB=-7.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,49:91:99:1687,0,1071 chrVII 698446 . C CA 1365.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.544;DP=86;FS=1.934;HaplotypeScore=130.7625;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.388;QD=15.88;ReadPosRankSum=-1.105;SB=-4.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,42:86:99:1405,0,1170 chrVII 700594 . A AT 504.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.816;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=302.4522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.04;MQ0=0;MQRankSum=5.003;QD=10.31;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=0.847;SB=-1.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:49:99:544,0,481 chrVII 700932 . C CA 655.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.929;DP=88;FS=1.082;HaplotypeScore=20.1717;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.91;MQ0=0;MQRankSum=-1.417;QD=7.45;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=-0.362;SB=-1.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,37:88:99:695,0,880 chrVII 702451 . G GA 2163.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.540;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=44.9193;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=-2.354;QD=13.61;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=-1.083;SB=-5.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,85:159:99:2203,0,1614 chrVII 702711 . ATT A 535.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.887;DP=50;FS=9.155;HaplotypeScore=76.2717;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.279;QD=10.72;RPA=12,10;RU=T;ReadPosRankSum=2.247;SB=-1.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,22:50:99:575,0,500 chrVII 715716 . G GAA 719.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.876;DP=104;FS=5.869;HaplotypeScore=96.2003;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.444;QD=6.92;RPA=14,16;RU=A;ReadPosRankSum=-2.044;SB=-1.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,18:104:99:759,0,604 chrVII 720390 . T TACACAAGG 5274 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=146.3939;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.47;MQ0=0;QD=83.71;SB=-1.871e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,44:63:99:5274,157,0 chrVII 733109 . A ATTTTT 646.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.067;DP=75;FS=21.569;HaplotypeScore=103.0326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.56;MQ0=0;MQRankSum=1.067;QD=8.63;RPA=20,25;RU=T;ReadPosRankSum=0.927;SB=-7.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,13:74:99:686,0,510 chrVII 736553 . TA T 57.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.272;DP=35;FS=2.029;HaplotypeScore=22.1630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.16;MQ0=0;MQRankSum=0.996;QD=1.66;RPA=15,14;RU=A;ReadPosRankSum=1.268;SB=-4.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,12:35:97:97,0,146 chrVII 738524 . A AT 2391.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.828;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=440.1200;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.431;QD=30.67;ReadPosRankSum=0.979;SB=-1.129e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:78:99:2434,203,0 chrVII 738874 . TA T 1827.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=556.2526;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.31;MQ0=0;QD=24.37;SB=-6.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,64:75:99:1870,207,0 chrVII 738876 . TC T 1612.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.897;DP=72;FS=12.143;HaplotypeScore=569.6514;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.941;QD=22.40;ReadPosRankSum=2.867;SB=-5.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,64:72:99:1655,180,0 chrVII 739245 . CACTT C 1842.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.767;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=580.4327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.59;MQ0=0;MQRankSum=0.596;QD=28.35;RPA=2,1;RU=ACTT;ReadPosRankSum=0.880;SB=-9.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,30:65:99:1885,143,0 chrVII 739249 . TAC T 1785.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.262;DP=65;FS=3.395;HaplotypeScore=584.2594;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.394;QD=27.48;ReadPosRankSum=2.854;SB=-6.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,31:65:99:1828,152,0 chrVII 741881 . CT C 1198.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=49.2313;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.19;MQ0=0;QD=19.98;RPA=7,6;RU=T;SB=-4.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,53:60:99:1241,144,0 chrVII 742244 . C CAA 2194.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=773.8482;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.57;MQ0=0;QD=25.23;RPA=5,7;RU=A;SB=-9.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,39:87:99:2237,238,0 chrVII 742247 . A AAG 2204.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.796;DP=95;FS=4.229;HaplotypeScore=879.7104;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.176;QD=23.21;ReadPosRankSum=3.844;SB=-1.088e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:51,44:95:99:2247,166,0 chrVII 745512 . G GC 1476.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.867;DP=83;FS=9.644;HaplotypeScore=110.9015;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.69;MQ0=0;MQRankSum=1.817;QD=17.79;RPA=1,2;RU=C;ReadPosRankSum=1.175;SB=-2.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,50:83:99:1516,0,861 chrVII 745750 . CACA C 1394.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.288;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=348.1315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.09;MQ0=0;MQRankSum=-6.109;QD=15.85;RPA=2,1;RU=ACA;ReadPosRankSum=-0.484;SB=-7.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,34:88:99:1434,0,1886 chrVII 746575 . CTTTTTTTTT C 945.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.802;DP=65;FS=14.236;HaplotypeScore=161.7649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.888;QD=14.55;RPA=25,16;RU=T;ReadPosRankSum=3.518;SB=-3.682e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,11:65:58:985,0,58 chrVII 754390 . C CT 310.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.492;DP=32;FS=3.220;HaplotypeScore=33.6555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.076;QD=9.72;RPA=3,4;RU=T;ReadPosRankSum=1.095;SB=-1.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:32:99:350,0,416 chrVII 757682 . A AT 863.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.010;DP=93;FS=4.669;HaplotypeScore=65.7058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.039;QD=9.29;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=-0.337;SB=-2.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,41:93:99:903,0,858 chrVII 762410 . C CA 1035.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.072;DP=101;FS=1.757;HaplotypeScore=101.7203;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=1.256;QD=10.26;RPA=5,6;RU=A;ReadPosRankSum=-0.730;SB=-3.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,52:101:99:1075,0,823 chrVII 763406 . A AT 317.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.188;DP=32;FS=3.831;HaplotypeScore=76.1942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.287;QD=9.94;ReadPosRankSum=-0.192;SB=-9.100e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,13:32:99:357,0,452 chrVII 763583 . C CAAT 1168.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.649;DP=62;FS=4.657;HaplotypeScore=117.2537;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.251;QD=18.85;RPA=2,3;RU=AAT;ReadPosRankSum=-0.234;SB=-3.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:62:99:1208,0,1072 chrVII 765774 . GA G 397.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=20.5859;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.97;MQ0=0;QD=12.06;RPA=14,13;RU=A;SB=-8.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,26:33:64:440,64,0 chrVII 765920 . CA C 646.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.287;DP=101;FS=11.283;HaplotypeScore=47.4326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=2.893;QD=6.41;RPA=7,6;RU=A;ReadPosRankSum=-2.493;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,38:101:99:686,0,1120 chrVII 765979 . G GA 275.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.440;DP=37;FS=1.480;HaplotypeScore=32.4060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.06;MQ0=0;MQRankSum=0.427;QD=7.46;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.629;SB=-6.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,13:37:99:315,0,321 chrVII 767446 . G GT 1079.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.066;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=282.3520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.422;QD=9.23;RPA=3,4;RU=T;ReadPosRankSum=-0.234;SB=-5.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,50:117:99:1119,0,1422 chrVII 770373 . T TGA 1050.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.040;DP=74;FS=1.149;HaplotypeScore=40.1002;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.180;QD=14.20;RPA=2,3;RU=GA;ReadPosRankSum=-0.227;SB=-3.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,32:74:99:1090,0,863 chrVII 772172 . T TTTTCGGTTCTGCAAC 4070 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.897;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=81.2097;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.51;MQ0=0;MQRankSum=-7.158;QD=49.04;ReadPosRankSum=0.408;SB=-7.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,16:83:99:4070,0,7473 chrVII 774230 . T TC 1225.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.861;DP=116;FS=3.993;HaplotypeScore=180.1323;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.91;MQ0=0;MQRankSum=-1.618;QD=10.57;RPA=1,2;RU=C;ReadPosRankSum=0.033;SB=-2.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,48:116:99:1265,0,1554 chrVII 774766 . CT C 1292.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.213;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=26.8905;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=0.517;QD=18.74;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.246;SB=-3.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,59:69:99:1335,147,0 chrVII 777580 . G GTTTGTTTTA 737.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.414;DP=35;FS=15.279;HaplotypeScore=13.1961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.363;QD=21.08;ReadPosRankSum=-0.540;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,5:35:99:777,0,1842 chrVII 778063 . T TC 316.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.826;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=88.1916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.382;QD=9.32;RPA=1,2;RU=C;ReadPosRankSum=-0.237;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,13:34:99:356,0,566 chrVII 778177 . C CA 448.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.408;DP=45;FS=2.714;HaplotypeScore=115.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.755;QD=9.98;RPA=3,4;RU=A;ReadPosRankSum=-0.402;SB=-1.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,21:45:99:488,0,506 chrVII 778763 . G GA 794.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.021;DP=88;FS=0.923;HaplotypeScore=148.3266;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.44;MQ0=0;MQRankSum=0.751;QD=9.03;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.012;SB=-3.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,42:88:99:834,0,515 chrVII 778931 . TC T 526.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.437;DP=85;FS=16.294;HaplotypeScore=259.2685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.52;MQ0=0;MQRankSum=-6.567;QD=6.20;ReadPosRankSum=1.953;SB=-1.300e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,23:85:99:566,0,1736 chrVII 778937 . AATATT A 1112.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.415;DP=80;FS=27.988;HaplotypeScore=192.6397;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.99;MQ0=0;MQRankSum=-6.044;QD=13.91;ReadPosRankSum=1.349;SB=-1.400e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,20:80:99:1152,0,3151 chrVII 779788 . AC A 941.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.866;DP=87;FS=0.829;HaplotypeScore=503.3449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.62;MQ0=0;MQRankSum=-6.727;QD=10.83;RPA=5,4;RU=C;ReadPosRankSum=0.161;SB=-4.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,39:87:99:981,0,1092 chrVII 779839 . GA G 1054.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.290;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=516.0536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.16;MQ0=0;MQRankSum=-5.971;QD=13.88;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=2.929;SB=-4.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,38:76:99:1094,0,1048 chrVII 779845 . C CA 958.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.162;DP=78;FS=0.927;HaplotypeScore=556.1264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.81;MQ0=0;MQRankSum=-5.806;QD=12.29;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=1.562;SB=-4.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,41:78:99:998,0,881 chrVII 779886 . GT G 532.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.074;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=352.1997;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.40;MQ0=0;MQRankSum=-3.919;QD=7.72;RPA=6,5;RU=T;ReadPosRankSum=1.636;SB=-2.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,28:69:99:572,0,604 chrVII 779991 . GT G 515.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.069;DP=76;FS=2.329;HaplotypeScore=210.9891;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.81;MQ0=0;MQRankSum=-2.352;QD=6.79;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.065;SB=-1.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,31:76:99:555,0,692 chrVII 780065 . C CT 582.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.297;DP=84;FS=5.107;HaplotypeScore=189.6095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.25;MQ0=0;MQRankSum=-3.681;QD=6.94;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=-1.183;SB=-1.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,30:84:99:622,0,902 chrVII 780146 . TA T 558.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.528;DP=71;FS=2.150;HaplotypeScore=209.5297;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.27;MQ0=0;MQRankSum=-2.560;QD=7.87;RPA=6,5;RU=A;ReadPosRankSum=1.019;SB=-2.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,36:71:99:598,0,564 chrVII 780355 . T TAG 965.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.485;DP=90;FS=3.234;HaplotypeScore=194.3608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.969;QD=10.73;RPA=1,2;RU=AG;ReadPosRankSum=1.410;SB=-3.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,27:90:99:1005,0,1927 chrVII 780395 . C CA 308.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.053;DP=67;FS=8.637;HaplotypeScore=140.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.857;QD=4.61;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=-1.533;SB=-1.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,19:67:99:348,0,927 chrVII 781647 . GA G 181.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.236;DP=34;FS=6.576;HaplotypeScore=70.8565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.768;QD=5.35;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.027;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:34:99:221,0,203 chrVII 784027 . G GT,GTT 1868.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.897;DP=167;FS=1.051;HaplotypeScore=297.0895;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.436;QD=11.19;RPA=12,13,14;RU=T;ReadPosRankSum=-1.377;SB=-7.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:87,44,27:167:99:1947,559,588,660,0,931 chrVII 784113 . G GT 965.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.269;DP=152;FS=2.892;HaplotypeScore=160.9809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=1.572;QD=6.36;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-1.753;SB=-2.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,55:152:99:1005,0,844 chrVII 785333 . G GA 389.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.664;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=78.0631;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.60;MQ0=0;MQRankSum=1.457;QD=8.30;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.842;SB=-1.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,23:47:70:429,0,70 chrVII 785493 . TG T 917.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.799;DP=74;FS=5.467;HaplotypeScore=32.3334;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=1.272;QD=12.40;RPA=4,3;RU=G;ReadPosRankSum=0.385;SB=-3.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,37:74:99:957,0,770 chrVII 788496 . T TC 848.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.867;DP=86;FS=4.233;HaplotypeScore=437.7344;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.45;MQ0=0;MQRankSum=-5.137;QD=9.87;ReadPosRankSum=0.926;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,48:86:99:888,0,937 chrVII 790386 . C CTATA,CTA 739.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.149;DP=57;FS=5.764;HaplotypeScore=77.5071;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.82;MQ0=1;MQRankSum=-0.098;QD=12.98;RPA=6,8,7;RU=TA;ReadPosRankSum=-0.952;SB=-3.759e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:35,9,13:56:99:818,287,449,185,0,243 chrVII 790438 . T TAA 2146.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=121.7619;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.53;MQ0=0;QD=29.82;RPA=2,4;RU=A;SB=-6.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,63:72:99:2189,174,0 chrVII 801946 . A ATG 1583.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.042;DP=115;FS=2.305;HaplotypeScore=32.9080;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.65;MQ0=0;MQRankSum=3.308;QD=13.77;ReadPosRankSum=-1.246;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,57:115:99:1623,0,1436 chrVII 802237 . C CT 690.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.756;DP=140;FS=2.591;HaplotypeScore=188.7249;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.84;MQ0=0;MQRankSum=-2.321;QD=4.94;ReadPosRankSum=-0.118;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,48:140:99:730,0,2417 chrVII 805050 . G GT 332.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.385;DP=56;FS=3.272;HaplotypeScore=43.3379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-2.527;QD=5.95;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=1.242;SB=-1.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,19:56:99:372,0,226 chrVII 807334 . G GTTTCTTCTT 2863.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.481;DP=98;FS=0.956;HaplotypeScore=87.0249;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.00;MQ0=0;MQRankSum=-3.240;QD=29.22;RPA=2,3;RU=TTTCTTCTT;ReadPosRankSum=1.267;SB=-1.002e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,42:98:99:2903,0,1777 chrVII 808498 . T TA 208.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.673;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=98.3252;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.202;QD=6.33;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.469;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,13:33:99:248,0,146 chrVII 810043 . AC A 793.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.303;DP=53;FS=17.468;HaplotypeScore=157.2481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=2.424;QD=14.98;RPA=3,2;RU=C;ReadPosRankSum=-2.048;SB=-2.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,32:53:99:833,0,428 chrVII 810730 . AT A 1908.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.225;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=95.1910;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.523;QD=13.93;ReadPosRankSum=2.202;SB=-6.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,67:137:99:1948,0,2173 chrVII 823581 . C CT 832.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.258;DP=110;FS=10.630;HaplotypeScore=156.9486;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.78;MQ0=0;MQRankSum=1.012;QD=7.57;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=-1.559;SB=-4.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,46:110:99:872,0,1026 chrVII 823795 . AT A 217.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.284;DP=48;FS=1.399;HaplotypeScore=85.9712;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.18;MQ0=0;MQRankSum=1.205;QD=4.54;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.304;SB=-1.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,12:48:99:257,0,292 chrVII 823831 . GT G 320.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.909;DP=50;FS=5.254;HaplotypeScore=71.5878;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.97;MQ0=0;MQRankSum=0.365;QD=6.42;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.063;SB=-1.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,21:50:99:360,0,414 chrVII 828714 . C CA 269.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.466;DP=42;FS=1.394;HaplotypeScore=14.6396;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=0.224;QD=6.43;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=1.294;SB=-1.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,17:42:99:309,0,346 chrVII 828924 . GA G 1460.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.898;DP=99;FS=16.199;HaplotypeScore=63.3478;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=1.307;QD=14.76;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=-1.262;SB=-1.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,54:99:99:1500,0,1284 chrVII 836033 . C CA 3439 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.111;DP=236;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=72.9455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.752;QD=14.57;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=-0.544;SB=-1.672e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,133:236:99:3439,0,2430 chrVII 836826 . G GA 251.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.432;DP=39;FS=1.423;HaplotypeScore=74.6128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.397;QD=6.46;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.742;SB=-7.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,18:39:99:291,0,294 chrVII 836852 . GA G 163.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.266;DP=41;FS=1.875;HaplotypeScore=168.1165;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.40;MQ0=0;MQRankSum=2.289;QD=4.00;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.054;SB=-5.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,14:41:99:203,0,143 chrVII 836865 . A AT 242.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.439;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=193.6895;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.48;MQ0=0;MQRankSum=-2.053;QD=5.28;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.313;SB=-5.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,12:46:99:282,0,307 chrVII 836877 . T TAA,TA 723.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.418;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=153.1823;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.95;MQ0=0;MQRankSum=0.578;QD=14.48;RPA=9,11,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.523;SB=-1.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:15,16,19:50:99:802,315,274,342,0,270 chrVII 840600 . GAAA G 1003.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.217;DP=66;FS=9.783;HaplotypeScore=68.0059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.44;MQ0=0;MQRankSum=0.488;QD=15.21;RPA=14,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.349;SB=-2.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,28:66:99:1043,0,632 chrVII 842650 . GT G 1217.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.601;DP=101;FS=0.786;HaplotypeScore=177.2528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.032;QD=12.06;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=-0.450;SB=-5.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,46:101:99:1257,0,1236 chrVII 845307 . A AT 776.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.455;DP=60;FS=40.531;HaplotypeScore=238.3766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.04;MQ0=0;MQRankSum=1.162;QD=12.95;ReadPosRankSum=0.697;SB=-4.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,30:60:99:816,0,863 chrVII 845880 . TGACCC T 1178.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.466;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=150.7879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.746;QD=24.56;RPA=2,1;RU=GACCC;ReadPosRankSum=0.452;SB=-4.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,19:48:99:1218,0,1524 chrVII 846682 . T TATCA 654.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.604;DP=38;FS=4.499;HaplotypeScore=198.0505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.25;MQ0=0;MQRankSum=-4.269;QD=17.24;RPA=1,2;RU=ATCA;ReadPosRankSum=0.837;SB=-4.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,13:38:99:694,0,908 chrVII 846870 . TAA T,TA 719.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=20.9949;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.41;MQ0=1;QD=20.57;RPA=10,8,9;RU=A;SB=-1.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:1,14,0:34:99:798,380,361,332,0,242 chrVII 848452 . AT A 379.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.810;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=52.5672;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=1.019;QD=4.22;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.161;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,29:90:99:419,0,991 chrVII 848540 . GA G 31.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.408;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=42.8239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.53;MQ0=0;MQRankSum=1.186;QD=2.00;RPA=16,15;RU=A;ReadPosRankSum=-0.466;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,7:15:30:71,0,30 chrVII 850800 . GA G 326.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.878;DP=54;FS=3.885;HaplotypeScore=90.3815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.94;MQ0=0;MQRankSum=2.113;QD=6.05;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=1.262;SB=-8.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,19:54:99:366,0,152 chrVII 850848 . GT G 539.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.421;DP=46;FS=9.155;HaplotypeScore=160.4413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.717;QD=11.74;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=1.395;SB=-2.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,20:46:99:579,0,574 chrVII 850902 . G GA 485.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.172;DP=67;FS=12.820;HaplotypeScore=244.8488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.09;MQ0=0;MQRankSum=-3.620;QD=7.25;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.168;SB=-7.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,28:67:99:525,0,567 chrVII 853509 . ATT A 507.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.098;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=80.1708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.18;MQ0=0;MQRankSum=0.730;QD=9.96;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.655;SB=-2.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,20:51:99:547,0,244 chrVII 855140 . TA T 438.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.730;DP=73;FS=2.627;HaplotypeScore=290.0409;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.07;MQ0=0;MQRankSum=0.234;QD=6.01;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=1.637;SB=-8.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,28:73:99:478,0,585 chrVII 856944 . AG A 956.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=40.5491;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;QD=25.18;RPA=5,4;RU=G;SB=-4.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,34:38:96:999,96,0 chrVII 857305 . GA G 493.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=43.1008;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.01;MQ0=0;QD=15.44;RPA=9,8;RU=A;SB=-2.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,28:32:66:536,66,0 chrVII 857593 . AT A 2380.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=166.3249;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.11;MQ0=0;QD=29.04;RPA=2,1;RU=T;SB=-8.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,80:82:99:2423,211,0 chrVII 857748 . T TG 1091.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=180.8460;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.89;MQ0=0;QD=28.00;RPA=2,3;RU=G;SB=-2.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,35:39:99:1134,105,0 chrVII 858669 . T TA 5122 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=439.2157;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.38;MQ0=0;QD=32.62;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.115e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,153:157:99:5122,442,0 chrVII 858812 . T TA 2234.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=303.7323;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.46;MQ0=0;QD=22.35;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.027e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,86:100:99:2277,249,0 chrVII 859014 . T TGA 511.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.550;DP=62;FS=23.905;HaplotypeScore=246.0057;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.76;MQ0=0;MQRankSum=1.069;QD=8.26;RPA=7,8;RU=GA;ReadPosRankSum=-1.229;SB=-2.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,17:62:99:551,0,797 chrVII 859043 . ATG A 923.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.594;DP=62;FS=13.868;HaplotypeScore=213.4532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.519;QD=14.90;RPA=3,2;RU=TG;ReadPosRankSum=-0.915;SB=-4.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,26:62:99:963,0,846 chrVII 859452 . G GCA 1330.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.960;DP=91;FS=7.082;HaplotypeScore=122.1839;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.56;MQ0=0;MQRankSum=1.458;QD=14.63;RPA=6,7;RU=CA;ReadPosRankSum=0.536;SB=-2.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,45:91:99:1370,0,1110 chrVII 859745 . GA G 704.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.941;DP=74;FS=2.280;HaplotypeScore=131.6968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.48;MQ0=0;MQRankSum=0.285;QD=9.53;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.892;SB=-2.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,32:74:99:744,0,976 chrVII 870130 . G GT 2395.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=705.1836;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.83;MQ0=0;QD=16.52;SB=-9.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:77,66:145:99:2438,377,0 chrVII 870132 . C CTT 2122.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=715.8588;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.70;MQ0=0;QD=15.06;RPA=8,10;RU=T;SB=-6.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:82,58:141:99:2165,220,0 chrVII 876475 . TTC T 1013.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.380;DP=70;FS=2.440;HaplotypeScore=105.4463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.29;MQ0=0;MQRankSum=0.664;QD=14.49;ReadPosRankSum=-2.414;SB=-3.100e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,25:67:69:1053,0,69 chrVII 878701 . A AT 357.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.166;DP=54;FS=11.812;HaplotypeScore=33.4047;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.83;MQ0=0;MQRankSum=1.561;QD=6.63;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=0.138;SB=-1.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,20:54:99:397,0,415 chrVII 879568 . G GA 1150.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=113.8286;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.64;MQ0=0;QD=20.93;RPA=7,8;RU=A;SB=-4.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,48:55:99:1193,143,0 chrVII 880029 . ATT A 1332.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.321;DP=73;FS=0.925;HaplotypeScore=88.4412;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.489;QD=18.26;RPA=7,5;RU=T;ReadPosRankSum=0.167;SB=-6.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,43:73:99:1372,0,751 chrVII 880142 . G GA 384.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.620;DP=45;FS=7.282;HaplotypeScore=22.5752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=0.983;QD=8.55;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.197;SB=-1.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,19:45:99:424,0,207 chrVII 882287 . T TA 941.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.465;DP=75;FS=2.440;HaplotypeScore=93.5577;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=0.113;QD=12.56;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=0.894;SB=-2.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,38:75:99:981,0,682 chrVII 882405 . T TTTA 1142.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.008;DP=74;FS=2.046;HaplotypeScore=169.7506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.06;MQ0=0;MQRankSum=-5.603;QD=15.45;ReadPosRankSum=0.727;SB=-5.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,24:74:99:1182,0,1674 chrVII 882662 . A AG 947.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.575;DP=93;FS=0.871;HaplotypeScore=766.0796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.46;MQ0=0;MQRankSum=-5.431;QD=10.19;ReadPosRankSum=-1.494;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,35:89:99:987,0,1540 chrVII 882742 . TA T 994.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.891;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=331.9050;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.625;QD=7.77;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.339;SB=-3.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,51:126:99:1034,0,1700 chrVII 883859 . A AAACTAAAAAAAAGACT 4814 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.112;DP=118;FS=19.019;HaplotypeScore=33.9056;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.54;MQ0=0;MQRankSum=-6.094;QD=40.80;RPA=1,2;RU=AACTAAAAAAAAGACT;ReadPosRankSum=2.131;SB=-2.235e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,32:110:99:4814,0,7219 chrVII 884398 . A AT 1052.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.541;DP=108;FS=3.671;HaplotypeScore=269.7453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.651;QD=9.75;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=-2.053;SB=-4.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,51:108:99:1092,0,894 chrVII 885740 . A AT 684.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.666;DP=90;FS=0.832;HaplotypeScore=276.0782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.58;MQ0=0;MQRankSum=0.438;QD=7.61;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=-0.092;SB=-3.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,37:90:99:724,0,813 chrVII 885994 . GAT G 2425.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=345.8397;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.98;MQ0=0;QD=30.32;RPA=6,5;RU=AT;SB=-6.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,67:80:99:2468,202,0 chrVII 887887 . T TA 2206.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=23.6058;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.53;MQ0=0;QD=32.46;SB=-8.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,65:68:99:2249,178,0 chrVII 888714 . A AG 306.14 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.628;DP=35;FS=6.967;HaplotypeScore=153.0024;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.717;QD=8.75;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=-1.673;SB=-1.464e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,14:35:11:345,0,11 chrVII 888717 . A ATGG 566.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.723;DP=30;FS=2.251;HaplotypeScore=127.7736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.942;QD=18.90;ReadPosRankSum=1.861;SB=-4.000e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,14:30:99:606,0,433 chrVII 888805 . C CA 680.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.131;DP=56;FS=5.975;HaplotypeScore=136.0772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.592;QD=12.16;ReadPosRankSum=-0.647;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,23:56:99:720,0,1022 chrVII 888842 . CA C 1023.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.591;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=125.3264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=1.739;QD=13.30;RPA=7,6;RU=A;ReadPosRankSum=-0.152;SB=-2.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,50:77:99:1063,0,325 chrVII 890929 . CGTCTTCTATGGATTCATTATCTTCGTTTTT C 4787 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.234;DP=189;FS=0.640;HaplotypeScore=51.5398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.42;MQ0=0;MQRankSum=-4.551;QD=25.33;ReadPosRankSum=-0.586;SB=-1.551e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:124,61:189:99:4787,0,18300 chrVII 893857 . G GA 632.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.603;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=160.0432;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.780;QD=9.74;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=-1.407;SB=-1.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:65:99:672,0,465 chrVII 894461 . G GAA 2201.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=179.3183;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.99;MQ0=0;QD=34.41;RPA=4,6;RU=A;SB=-1.070e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,57:64:99:2244,181,0 chrVII 904867 . T TA 762.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.544;DP=74;FS=2.200;HaplotypeScore=106.9186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=0.615;QD=10.31;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=-0.958;SB=-2.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,41:74:99:802,0,579 chrVII 905227 . C CA 381.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.338;DP=68;FS=6.459;HaplotypeScore=103.8955;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.444;QD=5.62;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.590;SB=-5.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,27:68:99:421,0,625 chrVII 908884 . T TA 5662 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=177;FS=0.000;HaplotypeScore=685.3497;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.13;MQ0=0;QD=31.99;SB=-1.758e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,153:177:99:5662,451,0 chrVII 908890 . GTT G 4699 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;FS=0.000;HaplotypeScore=727.1724;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.48;MQ0=0;QD=27.97;RPA=8,6;RU=T;SB=-1.105e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,141:168:99:4699,403,0 chrVII 909185 . AAT A 2594.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.803;DP=145;FS=0.664;HaplotypeScore=331.1120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.09;MQ0=0;MQRankSum=0.215;QD=17.90;ReadPosRankSum=0.944;SB=-1.131e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,78:145:99:2634,0,2336 chrVII 910112 . CTTTTTTTT C,CT 2015.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.641;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=123.0688;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.57;MQ0=1;MQRankSum=1.185;QD=27.24;RPA=24,16,17;RU=T;ReadPosRankSum=1.641;SB=-3.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:46,20,0:73:99:2094,453,414,224,0,119 chrVII 911627 . AT A 219.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.964;DP=29;FS=10.193;HaplotypeScore=92.7139;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=1.496;QD=7.59;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=0.408;SB=-8.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,14:29:99:259,0,295 chrVII 911812 . T TA 378.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.764;DP=52;FS=3.191;HaplotypeScore=203.8288;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.92;MQ0=0;MQRankSum=2.696;QD=7.29;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.111;SB=-1.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,21:52:42:418,0,42 chrVII 911822 . AC A 442.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.330;DP=55;FS=3.066;HaplotypeScore=202.0805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-2.607;QD=8.05;ReadPosRankSum=-1.139;SB=-9.800e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,17:55:99:482,0,353 chrVII 920086 . TA T 1088.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=500.3321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.56;MQ0=0;QD=19.45;RPA=6,5;RU=A;SB=-2.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,48:56:99:1131,132,0 chrVII 920105 . GA G 1161.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=513.8365;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.65;MQ0=0;QD=21.92;RPA=7,6;RU=A;SB=-2.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,46:53:99:1204,144,0 chrVII 920124 . A AT 2446.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=443.2183;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.63;MQ0=0;QD=32.20;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,58:76:99:2489,204,0 chrVII 920914 . GA G 475.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.363;DP=93;FS=8.014;HaplotypeScore=143.6476;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.989;QD=5.12;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=2.261;SB=-2.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,35:93:99:515,0,799 chrVII 922075 . AT A 641.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.293;DP=57;FS=2.839;HaplotypeScore=107.7300;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.926;QD=11.26;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=0.961;SB=-1.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:57:99:681,0,605 chrVII 922495 . G GA 526.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.194;DP=67;FS=2.269;HaplotypeScore=28.8648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.745;QD=7.87;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.168;SB=-2.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:67:99:566,0,421 chrVII 930945 . G GAA 1152.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=274.8808;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.29;MQ0=0;QD=18.01;RPA=7,9;RU=A;SB=-3.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,18:64:99:1195,126,0 chrVII 931063 . G GT 1080.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.419;DP=150;FS=19.050;HaplotypeScore=521.5059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.11;MQ0=0;MQRankSum=-2.714;QD=7.21;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=-0.265;SB=-5.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,63:150:99:1120,0,1697 chrVII 931280 . TG T 118.48 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=31.6514;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.01;MQ0=2;QD=6.58;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,5:5:12:160,12,0 chrVII 945074 . G GATA 1043.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.637;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=65.7768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.147;QD=15.82;RPA=3,4;RU=ATA;ReadPosRankSum=-1.170;SB=-4.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,22:66:99:1083,0,697 chrVII 947118 . 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AT A 699.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.808;DP=54;FS=1.304;HaplotypeScore=252.9337;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.499;QD=12.96;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=-0.852;SB=-1.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:54:99:739,0,514 chrVII 953791 . G GCA 1947.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=148.2498;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.03;MQ0=0;QD=35.42;RPA=2,3;RU=CA;SB=-7.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,48:55:99:1990,144,0 chrVII 953964 . C CTAA 1543.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.715;DP=74;FS=2.110;HaplotypeScore=188.7230;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=-2.260;QD=20.86;RPA=1,2;RU=TAA;ReadPosRankSum=-0.058;SB=-4.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,39:74:99:1583,0,1284 chrVII 958309 . A AGTAT 2364.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=204.4286;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.40;MQ0=0;QD=47.30;RPA=1,2;RU=GTAT;SB=-1.087e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,40:50:99:2407,120,0 chrVII 959202 . A AT 168.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.587;DP=32;FS=3.524;HaplotypeScore=43.8394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=0.047;QD=5.28;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=-0.517;SB=-9.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,12:32:99:208,0,363 chrVII 959586 . CG C 1912.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=81.7130;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.18;MQ0=0;QD=36.09;SB=-6.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1955,153,0 chrVII 959779 . AATATATAT A 5657 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=180.4918;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.26;MQ0=0;QD=52.38;RPA=11,7;RU=AT;SB=-2.527e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,66:108:99:5657,190,0 chrVII 962950 . TGAAG T 1891.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.564;DP=113;FS=7.348;HaplotypeScore=31.2764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=1;MQRankSum=-1.025;QD=16.74;ReadPosRankSum=0.770;SB=-5.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,55:111:99:1931,0,3025 chrVII 963056 . G GT 1895.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=22.7692;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;QD=30.09;RPA=1,2;RU=T;SB=-6.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,53:63:99:1938,164,0 chrVII 968722 . AT ATT,A 339.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.088;DP=50;FS=5.658;HaplotypeScore=110.3630;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.69;MQ0=0;MQRankSum=0.854;QD=6.80;RPA=12,13,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.029;SB=-7.744e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:15,0,25:50:79:418,341,535,79,0,185 chrVII 968778 . G GAA 655.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.027;DP=83;FS=3.425;HaplotypeScore=232.6825;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.63;MQ0=0;MQRankSum=0.245;QD=7.90;RPA=10,12;RU=A;ReadPosRankSum=-1.808;SB=-3.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,17:83:99:695,0,691 chrVII 979753 . C CTCTAG 2488.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.073;DP=94;FS=15.249;HaplotypeScore=77.7366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.932;QD=26.48;ReadPosRankSum=1.241;SB=-7.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,36:94:99:2528,0,3260 chrVII 982259 . G GAAAA 1036.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=125.7174;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.31;MQ0=0;QD=19.94;RPA=14,18;RU=A;SB=-5.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,27:52:99:1079,101,0 chrVII 984347 . AT A 2262.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=337.2467;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.60;MQ0=0;QD=19.85;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.088e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,101:114:99:2305,281,0 chrVII 984539 . C CT 641.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.678;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=258.0752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.94;MQ0=0;MQRankSum=-1.296;QD=8.68;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-1.678;SB=-2.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,35:74:99:681,0,554 chrVII 984730 . C CG 407.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.677;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=101.4941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.40;MQ0=0;MQRankSum=0.758;QD=7.85;RPA=6,7;RU=G;ReadPosRankSum=1.002;SB=-1.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,20:52:99:447,0,413 chrVII 987105 . G GT 147.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=50.8030;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.32;MQ0=0;QD=11.38;RPA=11,12;RU=T;SB=-8.676e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,9:13:26:190,26,0 chrVII 987325 . C CT 1339.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=247.6435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.78;MQ0=0;QD=30.45;RPA=1,2;RU=T;SB=-5.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,39:44:99:1382,117,0 chrVII 987365 . T TTG 1456.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=271.8908;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.39;MQ0=0;QD=35.54;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,33:41:99:1499,116,0 chrVII 987689 . G GA 505.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=45.0298;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.70;MQ0=0;QD=21.08;RPA=6,7;RU=A;SB=-2.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:66:548,66,0 chrVII 989675 . ATT A,AT 739.73 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.238;DP=58;FS=4.649;HaplotypeScore=73.4760;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.91;MQ0=1;MQRankSum=-0.347;QD=12.75;RPA=16,14,15;RU=T;ReadPosRankSum=1.634;SB=-2.256e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:21,26,0:57:43:817,95,43,516,0,444 chrVII 990314 . G GA 900.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.893;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=141.5801;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.94;MQ0=0;MQRankSum=0.109;QD=15.02;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.500;SB=-4.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,37:60:84:943,84,0 chrVII 991134 . GAA G 3548 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=28.2798;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.23;MQ0=0;QD=32.25;RPA=8,6;RU=A;SB=-3.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,106:110:99:3548,301,0 chrVII 993818 . A ATGTT 2848.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=13.2123;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=54.79;RPA=1,2;RU=TGTT;SB=-9.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,48:52:99:2891,144,0 chrVII 994378 . G GT 417.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.955;DP=61;FS=8.122;HaplotypeScore=35.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.261;QD=6.85;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.324;SB=-2.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,20:61:99:457,0,307 chrVII 994786 . TA T 1438.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=303.3976;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.56;MQ0=0;QD=27.15;SB=-5.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,50:53:99:1481,141,0 chrVII 995086 . AT A 1878.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=491.4293;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.26;MQ0=0;QD=30.31;RPA=2,1;RU=T;SB=-3.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,58:62:99:1921,172,0 chrVII 995284 . AT A 1207.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.600;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=390.6166;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.28;MQ0=0;MQRankSum=0.999;QD=21.19;RPA=8,7;RU=T;ReadPosRankSum=0.933;SB=-4.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,51:57:99:1250,139,0 chrVII 996370 . AG A 2864.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.688;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=494.4555;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.855;QD=34.94;ReadPosRankSum=1.601;SB=-1.022e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,78:82:99:2907,201,0 chrVII 996481 . C CT 1796.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=297.7368;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;QD=22.46;RPA=6,7;RU=T;SB=-5.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,61:80:99:1839,213,0 chrVII 996699 . GT G 4425 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.566;DP=173;FS=3.306;HaplotypeScore=50.5810;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.757;QD=25.58;RPA=6,5;RU=T;ReadPosRankSum=0.923;SB=-2.036e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,169:173:99:4425,474,0 chrVII 996829 . C CA 1855.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=18.5782;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.36;MQ0=0;QD=26.14;RPA=4,5;RU=A;SB=-6.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,64:71:99:1898,201,0 chrVII 1000394 . G GA 683.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.584;DP=85;FS=0.982;HaplotypeScore=303.0371;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.06;MQ0=0;MQRankSum=0.365;QD=8.05;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.504;SB=-2.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,41:85:99:723,0,657 chrVII 1010897 . CT C 241.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.204;DP=41;FS=3.304;HaplotypeScore=35.1869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=5.90;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.783;SB=-1.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,14:41:99:281,0,218 chrVII 1017880 . TAAA T 4002 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=31.4956;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.57;MQ0=0;QD=50.66;RPA=4,1;RU=A;SB=-1.213e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:4002,226,0 chrVII 1048438 . CCTG C 1511.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.261;DP=108;FS=40.466;HaplotypeScore=834.0077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.867;QD=14.00;ReadPosRankSum=-0.540;SB=-2.300e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,36:108:99:1551,0,3433 chrVII 1048542 . AAAG A 2202.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=108.7742;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.24;MQ0=0;QD=37.98;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,32:58:99:2245,171,0 chrVII 1048639 . GA G 75.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.256;DP=156;FS=2.227;HaplotypeScore=132.3518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.04;MQ0=0;MQRankSum=1.272;QD=0.49;RPA=15,14;RU=A;ReadPosRankSum=1.811;SB=-4.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:111,20:156:99:115,0,1118 chrVII 1048774 . G GTT 2076.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.968;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=106.5273;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.274;QD=24.15;RPA=9,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.204;SB=-1.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,62:86:99:2119,170,0 chrVII 1050199 . GA G 1218.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.372;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=44.9298;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.791;QD=16.04;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.403;SB=-3.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,62:76:99:1261,112,0 chrVII 1050785 . ATT A 1759.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=32.2951;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.89;MQ0=0;QD=26.67;RPA=11,9;RU=T;SB=-3.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,59:66:99:1802,166,0 chrVII 1051813 . ATT A 602.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.158;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=94.2040;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.946;QD=16.30;RPA=12,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.788;SB=-1.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,15:36:62:645,62,0 chrVII 1052317 . A AT 927.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=17.2041;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.83;MQ0=0;QD=22.63;RPA=4,5;RU=T;SB=-4.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,35:41:99:970,102,0 chrVII 1052718 . CT C 1301.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=46.3274;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.30;MQ0=0;QD=23.67;RPA=5,4;RU=T;SB=-3.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,52:55:99:1344,144,0 chrVII 1052792 . CAAA C 3285 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=44.3755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.91;MQ0=0;QD=46.27;RPA=5,2;RU=A;SB=-5.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,64:71:99:3285,193,0 chrVII 1057590 . TA T 2142.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=359.6670;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.67;MQ0=0;QD=24.92;RPA=4,3;RU=A;SB=-4.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,79:86:99:2185,222,0 chrVII 1063282 . G GA 308.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=81.1435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=15.45;RPA=10,11;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,11:20:50:351,50,0 chrVII 1063485 . AC A 153.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=13.2171;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.78;MQ0=0;QD=25.52;RPA=2,1;RU=C;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18:195,18,0 chrVII 1065443 . TTA T 498.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=243.1248;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=7.80;RPA=6,5;RU=TA;SB=-7.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,19:64:45:541,45,0 chrVII 1066858 . AG A 5032 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=238.0968;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.78;MQ0=0;QD=33.77;SB=-1.118e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,148:149:99:5032,424,0 chrVII 1067115 . CA C 3228.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=579.6643;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.54;MQ0=0;QD=20.56;RPA=10,9;RU=A;SB=-1.100e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,149:157:99:3270,404,0 chrVII 1069959 . A ATTATAACGGTC 7310 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=157.9903;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.17;MQ0=0;QD=100.14;SB=-3.080e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,45:73:99:7310,178,0 chrVII 1072707 . G GA 2841.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=444.5682;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.67;MQ0=0;QD=26.31;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.141e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,103:108:99:2884,292,0 chrVII 1073343 . AT A 883.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=226.5688;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.77;MQ0=0;QD=19.22;RPA=8,7;RU=T;SB=-4.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,38:46:99:926,111,0 chrVII 1073447 . TG T 2918.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=369.5943;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.08;MQ0=0;QD=34.34;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.154e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:85:99:2961,253,0 chrVII 1073587 . C CT 2942.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=660.8684;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.91;MQ0=0;QD=26.75;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.377e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,99:110:99:2985,306,0 chrVII 1073664 . TG T 691.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=142.0050;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.50;MQ0=0;QD=28.83;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,19:24:63:734,63,0 chrVII 1081044 . T TC 1457.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.606;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=28.3435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.09;MQ0=29;MQRankSum=1.689;QD=16.95;ReadPosRankSum=1.522;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,60:55:81:1500,81,0 chrVII 1082736 . T TAGTGAGATGGC 527.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.191;DP=42;FS=6.154;HaplotypeScore=71.3214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.869;QD=12.57;RPA=1,2;RU=AGTGAGATGGC;ReadPosRankSum=0.779;SB=-2.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,7:26:99:567,0,480 chrVII 1083000 . CT C 250.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=206.6000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.00;MQ0=0;QD=22.82;SB=-7.490e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:9:24:293,24,0 chrVII 1083208 . AT A 218.48 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.393;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=348.2187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.741;QD=18.21;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=-0.348;SB=-6.238e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,9:12:6:257,0,6 chrVII 1083258 . TCAATACCA T 442.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=206.3183;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.58;MQ0=0;MQRankSum=1.495;QD=49.19;ReadPosRankSum=1.495;SB=-9.533e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,5:8:10:484,10,0 chrVII 1083269 . TTCC T 194.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.742;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=199.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.47;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=24.28;ReadPosRankSum=0.742;SB=-4.575e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,5:7:15:236,15,0 chrVII 1084142 . 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A AT 101.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.682;DP=104;FS=3.310;HaplotypeScore=230.6262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.17;MQ0=31;MQRankSum=2.040;QD=0.98;ReadPosRankSum=-3.366;SB=-4.900e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,28:28:99:141,0,224 chrVIII 5867 . A AGGTTTT 365.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=103.4430;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=15.28;MQ0=0;QD=8.12;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:5:15:407,15,0 chrVIII 6255 . CT C 66.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.336;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=131.5561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.66;MQ0=3;MQRankSum=2.450;QD=4.19;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=0.851;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,5:11:99:106,0,106 chrVIII 8308 . A AT 1217.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=705.9398;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.34;MQ0=0;QD=19.64;RPA=6,7;RU=T;SB=-4.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,48:62:99:1260,144,0 chrVIII 10240 . C CT 604.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=165.0582;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.58;MQ0=0;QD=20.86;RPA=1,2;RU=T;SB=-2.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,25:29:75:647,75,0 chrVIII 10909 . G GAA 1461.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=36.3840;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.52;MQ0=0;QD=24.37;RPA=9,11;RU=A;SB=-7.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,45:60:99:1504,143,0 chrVIII 11853 . C CAA,CA 532.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=35.1240;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=40.02;MQ0=0;QD=13.32;RPA=10,12,11;RU=A;SB=-1.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:11,17,8:38:87:611,143,87,331,0,268 chrVIII 12359 . TC T 191.48 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.423;DP=22;FS=10.414;HaplotypeScore=545.0803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.158;QD=8.70;ReadPosRankSum=1.423;SB=-3.516e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,11:16:6:230,0,6 chrVIII 12370 . T TGGG 480.98 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.423;DP=22;FS=10.414;HaplotypeScore=391.5249;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.34;MQ0=0;MQRankSum=0.158;QD=21.86;ReadPosRankSum=1.423;SB=-3.011e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,11:12:24:520,0,24 chrVIII 12373 . AGTT A 455.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.451;DP=21;FS=14.150;HaplotypeScore=395.8489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.592;QD=21.71;ReadPosRankSum=1.944;SB=-2.495e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,11:13:86:495,0,86 chrVIII 12488 . A AT 604.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=596.8990;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.88;MQ0=0;QD=18.90;RPA=3,4;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,30:24:66:647,66,0 chrVIII 12540 . T TC 1188.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=1183.8353;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.07;MQ0=0;QD=32.13;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,33:34:99:1231,102,0 chrVIII 12558 . AG A 983.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=980.8114;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.25;MQ0=0;QD=32.80;RPA=2,1;RU=G;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:29:87:1026,87,0 chrVIII 14781 . CG C 3395 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=290.1605;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.20;MQ0=0;QD=33.95;SB=-1.139e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,91:100:99:3395,279,0 chrVIII 15408 . TG T 1870.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=30.8175;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.42;MQ0=0;QD=27.51;SB=-8.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,65:68:99:1913,196,0 chrVIII 17134 . G GA 2106.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=716.2149;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.94;MQ0=0;QD=27.72;RPA=3,4;RU=A;SB=-8.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,73:76:99:2149,219,0 chrVIII 17534 . A AT 545.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.507;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=196.3098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.66;MQ0=0;MQRankSum=0.077;QD=7.48;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.194;SB=-1.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,22:73:99:585,0,315 chrVIII 18411 . CT C 1148.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=18.5493;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=17.41;RPA=8,7;RU=T;SB=-5.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,57:66:99:1191,149,0 chrVIII 18612 . GA G 1889.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=178.3277;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=18.53;RPA=7,6;RU=A;SB=-7.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,75:102:99:1932,231,0 chrVIII 18662 . CT C 2572.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=171.5259;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.48;MQ0=0;QD=24.27;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.011e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,97:106:99:2615,285,0 chrVIII 19077 . TA T 1909.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=313.2228;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.40;MQ0=0;QD=30.81;RPA=3,2;RU=A;SB=-7.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,58:62:99:1952,174,0 chrVIII 32861 . GT G 205.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=74.6560;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.22;MQ0=0;QD=14.71;RPA=9,8;RU=T;SB=-2.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,10:14:36:248,36,0 chrVIII 32871 . AT A 164.14 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.453;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=79.5754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.83;MQ0=0;MQRankSum=1.020;QD=10.26;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.793;SB=-2.408e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,11:16:11:203,0,11 chrVIII 36249 . CT C 746.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.286;DP=81;FS=2.726;HaplotypeScore=268.6311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.44;MQ0=0;MQRankSum=-6.245;QD=9.22;ReadPosRankSum=-3.911;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,29:81:99:786,0,1631 chrVIII 38627 . C CT 399.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.503;DP=50;FS=7.005;HaplotypeScore=92.3846;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.484;QD=8.00;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.719;SB=-1.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:50:99:439,0,333 chrVIII 38647 . C CTT 291.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.452;DP=49;FS=5.992;HaplotypeScore=135.4019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.70;MQ0=0;MQRankSum=-2.203;QD=5.96;RPA=12,14;RU=T;ReadPosRankSum=0.015;SB=-1.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,11:49:99:331,0,442 chrVIII 38662 . ATT A 504.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.382;DP=55;FS=9.329;HaplotypeScore=127.5201;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.97;MQ0=1;MQRankSum=-1.651;QD=9.18;RPA=7,5;RU=T;ReadPosRankSum=0.299;SB=-2.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,19:54:99:544,0,695 chrVIII 39528 . CTAGT C 1534.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.551;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=136.6504;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.76;MQ0=0;MQRankSum=-2.152;QD=21.93;RPA=2,1;RU=TAGT;ReadPosRankSum=-1.959;SB=-4.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,30:70:99:1574,0,1752 chrVIII 39562 . C CTT 525.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.324;DP=91;FS=0.964;HaplotypeScore=213.5827;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=0.206;QD=5.78;RPA=9,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.053;SB=-2.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,23:91:99:565,0,1147 chrVIII 39756 . G GC 333.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.295;DP=29;FS=23.158;HaplotypeScore=131.4012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.157;QD=11.52;RPA=1,2;RU=C;ReadPosRankSum=1.312;SB=-5.424e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,14:29:99:373,0,112 chrVIII 39958 . C CAA 231.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.835;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=96.1967;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.780;QD=4.83;RPA=8,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.496;SB=-7.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,10:48:99:271,0,736 chrVIII 48099 . G GA 1073.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.456;DP=90;FS=5.381;HaplotypeScore=176.6006;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=0.333;QD=11.93;RPA=14,15;RU=A;ReadPosRankSum=0.456;SB=-4.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,52:90:30:1116,30,0 chrVIII 48241 . AACAGCACAACA AACAACA,A 4168 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=251.6797;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=52.72;MQ0=0;QD=57.89;RPA=2,-1,1;RU=ACAGCACAACA;SB=-3.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:25,0,0:72:99:4168,980,1281,2008,0,1871 chrVIII 49483 . T TCAA 493.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.016;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=31.3232;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.37;MQ0=0;MQRankSum=-2.430;QD=19.76;RPA=1,2;RU=CAA;ReadPosRankSum=0.966;SB=-2.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,10:25:99:533,0,316 chrVIII 50980 . CT C 1429.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.142;DP=215;FS=0.602;HaplotypeScore=127.6346;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.947;QD=6.65;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-2.200;SB=-5.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:100,97:215:99:1469,0,1182 chrVIII 52025 . A ACAGCAGCAGCAGCAGCAGCAG 4118 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=11.7380;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.32;MQ0=0;QD=164.72;RPA=3,10;RU=CAG;SB=-1.138e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,9:25:57:4118,57,0 chrVIII 53019 . G GTTTTT 1688.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.707;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=355.5086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.26;MQ0=1;MQRankSum=2.410;QD=23.46;RPA=3,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.264;SB=-8.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,32:70:99:1728,0,1685 chrVIII 54364 . T TGCTAGTGTGG 1366.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.942;DP=36;FS=6.107;HaplotypeScore=32.2178;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.55;MQ0=0;MQRankSum=-3.732;QD=37.97;RPA=1,2;RU=GCTAGTGTGG;ReadPosRankSum=1.898;SB=-6.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,16:36:99:1406,0,1394 chrVIII 56206 . G GA 218.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.350;DP=46;FS=4.891;HaplotypeScore=194.5980;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.91;MQ0=0;MQRankSum=-2.587;QD=4.76;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.577;SB=-1.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,15:46:99:258,0,324 chrVIII 56421 . T TA 1069.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.433;DP=108;FS=8.414;HaplotypeScore=1986.5292;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.64;MQ0=0;MQRankSum=6.564;QD=9.91;ReadPosRankSum=-0.071;SB=-5.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,51:108:99:1109,0,1331 chrVIII 57519 . GATA G 1107.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.212;DP=73;FS=4.895;HaplotypeScore=127.1100;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.298;QD=15.18;RPA=4,3;RU=ATA;ReadPosRankSum=-1.464;SB=-4.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,20:73:99:1147,0,497 chrVIII 58394 . T TAAC 1500.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.896;DP=113;FS=2.190;HaplotypeScore=378.0589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.32;MQ0=1;MQRankSum=0.804;QD=13.28;RPA=8,9;RU=AAC;ReadPosRankSum=0.787;SB=-3.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,42:112:99:1540,0,1605 chrVIII 58900 . C CT,CTT 953.11 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.568;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=64.1316;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.20;MQ0=0;MQRankSum=0.743;QD=14.66;RPA=14,15,16;RU=T;ReadPosRankSum=1.568;SB=-1.555e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:22,10,27:64:51:1031,611,519,142,0,51 chrVIII 62601 . CT C 2097.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=300.5935;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=20.77;RPA=10,9;RU=T;SB=-2.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,94:101:99:2140,275,0 chrVIII 62830 . ATT A 156.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.566;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=77.7965;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.506;QD=5.61;RPA=7,5;RU=T;ReadPosRankSum=-0.792;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,9:28:99:196,0,432 chrVIII 62843 . TG T 170.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.566;DP=25;FS=3.617;HaplotypeScore=95.3557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.519;QD=6.84;ReadPosRankSum=-1.767;SB=-3.000e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,8:25:99:210,0,410 chrVIII 62922 . GA G 404.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.448;DP=47;FS=2.329;HaplotypeScore=236.3038;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.529;QD=8.62;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=1.852;SB=-4.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,21:47:99:444,0,584 chrVIII 64335 . C CA 385.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.419;DP=41;FS=17.685;HaplotypeScore=96.6955;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=0.501;QD=9.41;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=1.079;SB=-1.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:41:99:425,0,368 chrVIII 66128 . CGATTATGATTAT C 4820 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.050;DP=121;FS=0.985;HaplotypeScore=188.6471;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.13;MQ0=0;MQRankSum=-7.418;QD=39.83;RPA=6,4;RU=GATTAT;ReadPosRankSum=1.268;SB=-9.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,51:121:99:4820,0,4756 chrVIII 66563 . TTGCTGCTGCTGC T 1578.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.756;DP=45;FS=7.454;HaplotypeScore=65.7723;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.73;MQ0=0;MQRankSum=-2.659;QD=35.09;RPA=5,1;RU=TGC;ReadPosRankSum=0.532;SB=-2.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,18:45:99:1618,0,1728 chrVIII 67586 . C CTCTT 3524 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=125.2746;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.92;MQ0=0;QD=53.39;RPA=1,2;RU=TCTT;SB=-9.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,62:66:99:3524,184,0 chrVIII 69042 . C CTCGCTA 2033.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.176;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=53.2283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.373;QD=24.80;RPA=3,4;RU=TCGCTA;ReadPosRankSum=-1.711;SB=-6.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,32:82:99:2073,0,1774 chrVIII 70108 . AT A 1088.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.664;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=18.6331;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.08;MQ0=0;MQRankSum=1.393;QD=20.55;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.917;SB=-4.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,51:53:99:1131,133,0 chrVIII 70194 . G GAA 744.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.070;DP=85;FS=2.102;HaplotypeScore=98.3735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.707;QD=8.76;RPA=8,10;RU=A;ReadPosRankSum=-2.539;SB=-2.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,27:84:99:784,0,1059 chrVIII 71920 . TTTCC T 3382 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.276;DP=125;FS=1.784;HaplotypeScore=309.3456;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.692;QD=27.06;ReadPosRankSum=1.074;SB=-9.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,58:125:99:3382,0,1950 chrVIII 74371 . GC G 1043.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.679;DP=62;FS=7.256;HaplotypeScore=163.1628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.599;QD=16.84;ReadPosRankSum=-0.543;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,33:62:99:1083,0,912 chrVIII 74649 . A AT 561.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.970;DP=85;FS=8.521;HaplotypeScore=637.1468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.32;MQ0=0;MQRankSum=2.337;QD=6.61;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=-0.611;SB=-1.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,26:85:99:601,0,1220 chrVIII 74964 . A AG 396.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=193.1008;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.02;MQ0=0;MQRankSum=-1.101;QD=9.02;RPA=3,4;RU=G;ReadPosRankSum=0.720;SB=-1.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,18:44:99:436,0,442 chrVIII 75188 . G GA 331.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.379;DP=54;FS=2.555;HaplotypeScore=13.7180;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=1.092;QD=6.15;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=1.942;SB=-1.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,20:54:99:371,0,517 chrVIII 78630 . G GA 560.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.206;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=151.3440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=0.163;QD=11.00;RPA=5,6;RU=A;ReadPosRankSum=0.119;SB=-2.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,28:51:99:600,0,340 chrVIII 78674 . C CA 345.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.403;DP=56;FS=3.203;HaplotypeScore=111.6888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.800;QD=6.18;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.439;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,21:56:99:385,0,336 chrVIII 78754 . TA T 216.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.862;DP=33;FS=10.965;HaplotypeScore=119.7886;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.764;QD=6.57;RPA=7,6;RU=A;ReadPosRankSum=-0.240;SB=-1.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,16:33:99:256,0,296 chrVIII 78883 . T TAA,TA 262.95 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.151;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=20.2202;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=0.151;QD=7.97;RPA=11,13,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.256;SB=-5.297e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:18,5,7:33:67:341,67,126,111,0,120 chrVIII 80497 . C CGG 510.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.003;DP=71;FS=2.244;HaplotypeScore=318.7677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.05;MQ0=0;MQRankSum=0.042;QD=7.20;ReadPosRankSum=-0.099;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,15:71:99:550,0,395 chrVIII 80622 . A AT 934.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.259;DP=121;FS=2.616;HaplotypeScore=40.6970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=0.217;QD=7.73;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.362;SB=-3.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,53:121:99:974,0,872 chrVIII 85272 . A AT 303.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.415;DP=39;FS=7.128;HaplotypeScore=154.8879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.345;QD=7.79;ReadPosRankSum=-0.422;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,12:39:99:343,0,522 chrVIII 85273 . GAAA G,GAA 634.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=117.9107;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=40.54;MQ0=0;QD=16.28;RPA=12,9,11;RU=A;SB=-1.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:7,11,0:39:99:713,359,569,313,0,233 chrVIII 92580 . A AT,ATTT 1566.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.520;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=310.2677;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=46.33;MQ0=0;MQRankSum=0.115;QD=22.07;RPA=9,10,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.924;SB=-2.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:23,23,21:71:99:1645,939,813,534,0,562 chrVIII 93906 . TC T 124.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;HaplotypeScore=145.2795;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=24.85;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:166,15,0 chrVIII 98248 . AT A 347.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.286;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=150.9996;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.313;QD=12.89;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.971;SB=-4.290e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,17:27:24:390,24,0 chrVIII 98265 . G GA 451.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.866;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=193.8792;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.032;QD=14.55;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.233;SB=-1.102e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,22:31:17:493,17,0 chrVIII 98276 . G GAA,GA 872.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.126;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=223.6191;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=38.00;MQ0=0;MQRankSum=1.473;QD=19.84;RPA=7,9,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.780;SB=-3.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:9,22,12:44:89:951,180,89,428,0,331 chrVIII 100505 . AT A 219.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;DP=40;FS=2.980;HaplotypeScore=24.4346;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=1.672;QD=5.50;RPA=15,14;RU=T;ReadPosRankSum=-0.995;SB=-4.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,18:40:99:259,0,170 chrVIII 108771 . A AT 488.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=42.7360;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.06;MQ0=0;QD=24.45;RPA=3,4;RU=T;SB=-9.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,19:20:54:531,54,0 chrVIII 111530 . CTATATATATA C 2071.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=134.2966;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.75;MQ0=0;QD=45.04;RPA=13,8;RU=TA;SB=-1.004e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,18:46:57:2114,57,0 chrVIII 115390 . ATT A 3597 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=491.2825;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.31;MQ0=0;QD=22.91;RPA=13,11;RU=T;SB=-1.695e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,117:157:99:3597,331,0 chrVIII 116358 . C CT 1058.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=292.8102;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.20;MQ0=0;QD=32.09;SB=-7.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:33:84:1101,84,0 chrVIII 116430 . GGT G 673.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.246;DP=27;FS=24.409;HaplotypeScore=610.3401;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.12;MQ0=2;MQRankSum=1.201;QD=24.93;ReadPosRankSum=2.246;SB=-3.054e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,22:24:17:712,0,17 chrVIII 116435 . A AC 513.16 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.246;DP=27;FS=24.409;HaplotypeScore=626.4912;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.12;MQ0=2;MQRankSum=1.828;QD=19.01;ReadPosRankSum=1.306;SB=-4.202e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,22:24:2:551,0,2 chrVIII 116455 . ATTC A 706.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.583;DP=26;FS=28.325;HaplotypeScore=529.1045;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.89;MQ0=2;MQRankSum=-0.189;QD=27.19;ReadPosRankSum=-0.567;SB=-3.011e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,14:21:99:746,0,127 chrVIII 116838 . GT G 1701.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=324.3718;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.81;MQ0=0;QD=21.82;RPA=6,5;RU=T;SB=-4.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,70:78:99:1744,201,0 chrVIII 116904 . GT G 2078.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.397;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=590.9928;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.469;QD=20.38;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.794;SB=-1.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,95:102:99:2121,262,0 chrVIII 117231 . TA T 1280.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.270;DP=137;FS=7.421;HaplotypeScore=244.1770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.51;MQ0=0;MQRankSum=2.356;QD=9.35;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=-0.434;SB=-4.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,60:137:99:1320,0,1295 chrVIII 117456 . G GAA 544.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.230;DP=60;FS=2.485;HaplotypeScore=234.6142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.423;QD=9.08;RPA=8,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.310;SB=-2.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,20:60:99:584,0,732 chrVIII 117502 . G GA 1412.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.313;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=320.8916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.468;QD=19.90;ReadPosRankSum=1.379;SB=-6.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,42:71:99:1452,0,739 chrVIII 117672 . A AT 565.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.714;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=97.7211;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.521;QD=5.29;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.137;SB=-2.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,37:107:99:605,0,727 chrVIII 119546 . A AATGGAAACAATTTTACGGAC 6117 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.274;DP=94;FS=15.525;HaplotypeScore=46.7900;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.62;MQ0=0;MQRankSum=-7.568;QD=65.07;ReadPosRankSum=0.276;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,23:94:99:6117,0,11154 chrVIII 119665 . A ACCCC 613.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.982;DP=30;FS=14.537;HaplotypeScore=9.7602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.371;QD=20.47;RPA=4,8;RU=C;ReadPosRankSum=-1.811;SB=-3.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,14:30:99:653,0,835 chrVIII 120062 . G GT 162.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.281;DP=28;FS=5.563;HaplotypeScore=23.9419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=0.986;QD=5.82;RPA=14,15;RU=T;ReadPosRankSum=0.394;SB=-9.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,8:28:51:202,0,51 chrVIII 121733 . G GA 900.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=44.0161;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.00;MQ0=0;QD=25.74;RPA=2,3;RU=A;SB=-6.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,32:35:93:943,93,0 chrVIII 122633 . T TAA 139.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.919;DP=22;FS=1.971;HaplotypeScore=19.8855;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.98;MQ0=0;MQRankSum=0.584;QD=6.36;ReadPosRankSum=-1.440;SB=-5.300e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,5:22:99:179,0,668 chrVIII 123640 . TAGC T 1160.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.596;DP=53;FS=12.519;HaplotypeScore=18.3272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.53;MQ0=0;MQRankSum=1.148;QD=21.91;RPA=2,1;RU=AGC;ReadPosRankSum=-0.487;SB=-4.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,28:53:99:1200,0,1035 chrVIII 123771 . C CT 74.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.992;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=30.0237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.05;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=3.57;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.362;SB=-5.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,6:21:99:114,0,172 chrVIII 123958 . G GAGAAA 1372.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.043;DP=47;FS=2.493;HaplotypeScore=114.4232;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.01;MQ0=1;MQRankSum=-0.813;QD=29.21;ReadPosRankSum=-0.681;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,16:46:32:1415,32,0 chrVIII 125832 . GAAAA G,GAAA 538.49 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.450;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=299.1681;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=46.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.161;QD=6.99;RPA=20,16,19;RU=A;ReadPosRankSum=1.737;SB=-1.115e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:50,6,0:76:40:614,40,691,390,0,405 chrVIII 126150 . GT GTT,G 245.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.031;DP=56;FS=2.004;HaplotypeScore=229.7759;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=49.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.324;QD=4.39;RPA=13,14,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.029;SB=-1.086e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:28,2,8:56:99:324,113,218,206,0,417 chrVIII 126710 . A ATAT 2147.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.744;DP=90;FS=4.281;HaplotypeScore=63.0066;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.28;MQ0=0;MQRankSum=0.318;QD=23.87;ReadPosRankSum=0.640;SB=-1.003e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,48:90:99:2187,0,1776 chrVIII 131553 . C CT 999.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.585;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=200.3952;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.01;MQ0=0;MQRankSum=0.848;QD=17.86;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.922;SB=-2.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,45:56:99:1042,116,0 chrVIII 131649 . AAAGC A 1015.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.127;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=66.8061;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.365;QD=17.52;RPA=2,1;RU=AAGC;ReadPosRankSum=1.133;SB=-3.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,21:58:99:1055,0,1969 chrVIII 133006 . AT A 774.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.131;DP=77;FS=1.313;HaplotypeScore=240.3549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.11;MQ0=0;MQRankSum=2.813;QD=10.06;RPA=8,7;RU=T;ReadPosRankSum=1.346;SB=-1.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,44:77:63:814,0,63 chrVIII 133014 . T TTA 681.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.782;DP=69;FS=2.842;HaplotypeScore=230.1108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.52;MQ0=0;MQRankSum=-3.074;QD=9.88;ReadPosRankSum=-0.687;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,19:69:99:721,0,910 chrVIII 133853 . AG A 2330.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.740;DP=118;FS=29.096;HaplotypeScore=205.0297;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.51;MQ0=0;MQRankSum=6.695;QD=19.75;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=-0.595;SB=-1.143e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,82:109:99:2370,0,362 chrVIII 134272 . G GCA 1505.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.995;DP=134;FS=51.756;HaplotypeScore=690.4895;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.74;MQ0=0;MQRankSum=-8.902;QD=11.24;RPA=1,2;RU=CA;ReadPosRankSum=-0.244;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,43:134:99:1545,0,2997 chrVIII 134391 . CT C 271.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.152;DP=82;FS=28.263;HaplotypeScore=28.3428;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.388;QD=3.32;RPA=7,6;RU=T;ReadPosRankSum=-1.301;SB=-7.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,21:82:99:311,0,1169 chrVIII 136669 . AT A 884.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=109.3676;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.16;MQ0=0;QD=17.35;RPA=9,8;RU=T;SB=-3.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,45:51:99:927,117,0 chrVIII 138557 . A AG 444.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.312;DP=52;FS=1.243;HaplotypeScore=116.1879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=0.609;QD=8.56;RPA=5,6;RU=G;ReadPosRankSum=-0.041;SB=-1.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,21:52:99:484,0,489 chrVIII 141650 . G GA 131.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.770;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=69.9908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.652;QD=2.87;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-1.670;SB=-4.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,15:46:99:171,0,443 chrVIII 143948 . A AC 744.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.482;DP=117;FS=1.644;HaplotypeScore=232.3303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.14;MQ0=0;MQRankSum=-2.832;QD=6.37;ReadPosRankSum=-0.718;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,46:117:99:784,0,1700 chrVIII 144505 . T TGCAGCAGCAGCA 1141.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.880;DP=29;FS=5.076;HaplotypeScore=12.9944;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.41;MQ0=0;MQRankSum=-2.500;QD=39.38;RPA=7,11;RU=GCA;ReadPosRankSum=0.246;SB=-4.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,10:29:99:1181,0,1076 chrVIII 149683 . T TA 1621.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=359.7242;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.98;MQ0=0;QD=24.21;RPA=3,4;RU=A;SB=-6.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,58:67:99:1664,168,0 chrVIII 150538 . CAA C 3106.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=115.3146;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.19;MQ0=0;QD=46.37;SB=-1.346e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:3149,199,0 chrVIII 150606 . AT A 1268.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=341.7320;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.83;MQ0=0;QD=17.87;RPA=9,8;RU=T;SB=-5.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,55:71:99:1311,167,0 chrVIII 150847 . AT A 1093.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=102.2147;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.22;MQ0=0;QD=21.04;RPA=8,7;RU=T;SB=-4.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,49:52:99:1136,138,0 chrVIII 151383 . G GA 1324.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.127;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=171.2977;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=1.480;QD=18.40;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.775;SB=-4.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,54:72:98:1367,98,0 chrVIII 151579 . CT C 1207.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=191.9892;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.92;MQ0=0;QD=19.17;RPA=9,8;RU=T;SB=-4.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,54:63:99:1250,161,0 chrVIII 161688 . A ATT 2406.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=80.5389;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.10;MQ0=0;QD=35.92;RPA=5,7;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2449,202,0 chrVIII 167558 . CA C 1178.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=476.3567;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.17;MQ0=0;QD=29.47;RPA=2,1;RU=A;SB=-7.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,35:40:99:1221,105,0 chrVIII 167647 . CAT C 881.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=88.4614;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.26;MQ0=0;QD=36.75;SB=-4.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:66:924,66,0 chrVIII 168780 . GTA G 671.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.921;DP=65;FS=1.489;HaplotypeScore=141.7416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.53;MQ0=0;MQRankSum=0.411;QD=10.34;RPA=7,6;RU=TA;ReadPosRankSum=-1.077;SB=-2.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,23:65:99:711,0,252 chrVIII 169196 . TTGCTGC T 2585.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.464;DP=92;FS=1.008;HaplotypeScore=227.1887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=1.966;QD=28.11;RPA=3,1;RU=TGC;ReadPosRankSum=-1.264;SB=-4.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,33:92:99:2625,0,1552 chrVIII 170523 . CT C 400.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=14.8807;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=16.04;RPA=9,8;RU=T;SB=-7.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,19:25:56:443,56,0 chrVIII 173113 . GA G 165.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.164;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=69.5315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.33;MQ0=0;MQRankSum=-2.980;QD=8.30;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=-0.122;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,9:20:99:205,0,232 chrVIII 173119 . GA G 89.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.348;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=94.4252;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.17;MQ0=0;MQRankSum=1.393;QD=4.05;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.044;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,8:22:18:131,18,0 chrVIII 173184 . G GA 225.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.018;DP=39;FS=1.441;HaplotypeScore=87.3401;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.069;QD=5.79;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.491;SB=-8.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,15:39:99:265,0,323 chrVIII 174970 . CA C 618.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=46.5545;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.34;MQ0=0;QD=19.34;RPA=7,6;RU=A;SB=-2.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,31:32:78:661,78,0 chrVIII 175373 . GA G 409.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.692;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=27.3314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.412;QD=6.83;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=0.225;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,24:60:99:449,0,814 chrVIII 176829 . C CT 379.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.603;DP=65;FS=1.139;HaplotypeScore=136.9367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=1.454;QD=5.85;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.514;SB=-9.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,19:65:99:419,0,606 chrVIII 176845 . TAA T 586.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.941;DP=78;FS=1.351;HaplotypeScore=149.4792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.000;QD=7.53;RPA=17,15;RU=A;ReadPosRankSum=0.607;SB=-1.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,25:78:99:626,0,497 chrVIII 177249 . G GTGCAGA 791.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.792;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9641;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.634;QD=34.43;ReadPosRankSum=-0.238;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,13:23:99:831,0,440 chrVIII 183971 . A AG 1101.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.782;DP=67;FS=2.329;HaplotypeScore=279.9235;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.08;MQ0=0;MQRankSum=1.281;QD=16.45;ReadPosRankSum=0.364;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,35:67:99:1141,0,777 chrVIII 184019 . AAACTTTGGC A 2519.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.864;DP=70;FS=9.052;HaplotypeScore=227.2910;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.49;MQ0=0;MQRankSum=-4.407;QD=36.00;ReadPosRankSum=-0.225;SB=-7.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,21:70:99:2559,0,3503 chrVIII 186870 . AC A 554.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.155;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=116.3560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.492;QD=10.67;ReadPosRankSum=-0.716;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,28:52:99:594,0,683 chrVIII 187695 . T TG 1292.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=49.6537;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.67;MQ0=0;QD=36.94;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,32:35:99:1335,105,0 chrVIII 187717 . GA GAA,G 325.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.193;DP=40;FS=2.251;HaplotypeScore=119.2793;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=0.810;QD=8.15;RPA=11,12,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.424;SB=-1.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:15,0,16:40:99:404,249,375,169,0,307 chrVIII 187814 . G GA 239.98 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.553;DP=36;FS=9.394;HaplotypeScore=31.4165;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.298;QD=6.67;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-1.575;SB=-1.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,9:36:24:279,0,24 chrVIII 187898 . AG A 783.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.556;DP=48;FS=1.245;HaplotypeScore=75.0012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.421;QD=16.33;RPA=3,2;RU=G;ReadPosRankSum=0.248;SB=-2.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,29:48:99:823,0,371 chrVIII 189097 . GA GAAAA,G 1222.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.294;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=201.7495;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=52.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.202;QD=12.35;RPA=13,16,12;RU=A;ReadPosRankSum=-1.185;SB=-4.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:44,2,32:98:99:1301,429,1234,896,0,1265 chrVIII 189768 . GA G 907.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=22.7641;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;QD=17.46;RPA=10,9;RU=A;SB=-3.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,47:52:99:950,125,0 chrVIII 192694 . C CAA,CA 2674.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.017;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=538.0740;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=51.95;MQ0=0;MQRankSum=1.360;QD=17.48;RPA=14,16,15;RU=A;ReadPosRankSum=-1.860;SB=-1.271e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:76,50,18:147:67:2753,188,67,1558,0,1366 chrVIII 192740 . T TTCAA 8717 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=323.5856;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.55;MQ0=0;QD=53.81;RPA=1,2;RU=TCAA;SB=-2.231e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,147:150:99:8717,433,0 chrVIII 195369 . TGTATC T 2048.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.537;DP=82;FS=0.958;HaplotypeScore=31.6690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.376;QD=24.99;RPA=2,1;RU=GTATC;ReadPosRankSum=1.343;SB=-8.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,32:82:99:2088,0,1822 chrVIII 198474 . GTTT G 845.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.829;DP=86;FS=1.017;HaplotypeScore=346.7593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.324;QD=9.84;RPA=14,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.169;SB=-2.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,32:86:99:885,0,530 chrVIII 201764 . CAAGT C 1195.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.743;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=70.3513;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=0.231;QD=18.12;ReadPosRankSum=0.469;SB=-5.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,22:66:99:1235,0,2117 chrVIII 202095 . AT A 827.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.963;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=183.7785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=0.175;QD=8.72;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=1.185;SB=-4.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,44:95:99:867,0,938 chrVIII 207414 . CT C 548.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.404;DP=77;FS=1.251;HaplotypeScore=32.6140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=1.363;QD=7.13;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=0.287;SB=-6.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,29:77:99:588,0,955 chrVIII 210269 . AT A 481.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.408;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=53.5524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.046;QD=5.30;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.190;SB=-2.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,34:91:99:521,0,584 chrVIII 212265 . C CT,CTT 538.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=45.6986;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=50.19;MQ0=0;QD=19.25;RPA=9,10,11;RU=T;SB=-1.965e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:4,8,15:28:90:617,352,292,142,0,90 chrVIII 218178 . CAT C 1900.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.634;DP=143;FS=0.758;HaplotypeScore=171.7935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.12;MQ0=0;MQRankSum=-3.743;QD=13.29;ReadPosRankSum=-2.069;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,57:143:99:1940,0,3041 chrVIII 221382 . G GAAA 964.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.263;DP=92;FS=11.139;HaplotypeScore=60.9783;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=0.887;QD=10.49;RPA=11,14;RU=A;ReadPosRankSum=-1.854;SB=-3.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,29:92:99:1004,0,1022 chrVIII 222559 . T TA 3598 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;FS=0.000;HaplotypeScore=157.7201;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=21.67;RPA=8,9;RU=A;SB=-1.589e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,148:166:99:3598,431,0 chrVIII 229162 . A AT 593.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.449;DP=59;FS=2.568;HaplotypeScore=135.0067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.580;QD=10.07;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=-1.246;SB=-1.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,30:59:99:633,0,413 chrVIII 230956 . G GA 331.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.213;DP=49;FS=9.995;HaplotypeScore=26.8643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=1.443;QD=6.77;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.261;SB=-8.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,17:49:99:371,0,833 chrVIII 233314 . GAA G 1230.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.982;DP=127;FS=1.347;HaplotypeScore=236.2163;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=0.596;QD=9.69;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.526;SB=-6.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,53:127:99:1270,0,1178 chrVIII 234753 . ATTT A 1341.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.226;DP=117;FS=1.908;HaplotypeScore=129.9025;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=1.314;QD=11.47;RPA=15,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.430;SB=-5.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,41:117:99:1381,0,1104 chrVIII 237735 . CT C 336.75 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.180;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=73.2067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.98;MQ0=0;MQRankSum=1.130;QD=5.35;RPA=16,15;RU=T;ReadPosRankSum=0.025;SB=-1.326e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,22:63:1:373,0,1 chrVIII 250334 . G GAT 1085.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.135;DP=79;FS=11.531;HaplotypeScore=148.6377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.81;MQ0=0;MQRankSum=-2.599;QD=13.75;RPA=1,2;RU=AT;ReadPosRankSum=0.318;SB=-2.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,34:79:99:1125,0,1304 chrVIII 252929 . ATCATCG A 2224.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.164;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=256.5278;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=19.02;RPA=3,2;RU=TCATCG;ReadPosRankSum=0.421;SB=-4.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,46:117:99:2264,0,2768 chrVIII 255909 . GAA G 501.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.616;DP=63;FS=6.106;HaplotypeScore=41.7836;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.85;MQ0=0;MQRankSum=0.634;QD=7.97;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.045;SB=-1.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,21:63:99:541,0,666 chrVIII 262097 . TATC T 854.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.563;DP=88;FS=5.212;HaplotypeScore=325.8053;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.882;QD=9.72;ReadPosRankSum=0.901;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,26:88:99:894,0,1093 chrVIII 266877 . C CCA 887.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.353;DP=64;FS=5.303;HaplotypeScore=21.8292;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.333;QD=13.87;RPA=4,5;RU=CA;ReadPosRankSum=0.303;SB=-4.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,29:64:99:927,0,964 chrVIII 271769 . GTTTT G 437.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.409;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=13.2112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.531;QD=19.91;RPA=12,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.367;SB=-2.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,10:22:99:477,0,436 chrVIII 271840 . C CT,CTTT 955.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.443;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=89.2115;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=52.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.443;QD=20.34;RPA=11,12,14;RU=T;ReadPosRankSum=-1.733;SB=-1.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:11,21,10:47:99:1034,423,325,476,0,562 chrVIII 271867 . T TA 384.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.538;DP=44;FS=2.011;HaplotypeScore=191.5181;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.57;MQ0=0;MQRankSum=-3.824;QD=8.75;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=-2.501;SB=-1.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,17:44:99:424,0,687 chrVIII 271942 . CT C 429.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.739;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=130.3872;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.387;QD=11.62;RPA=6,5;RU=T;ReadPosRankSum=-0.306;SB=-2.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,22:37:99:469,0,214 chrVIII 276435 . C CA 90.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.386;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=32.2785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.94;MQ0=0;MQRankSum=-1.109;QD=5.05;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=0.965;SB=-2.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,6:18:56:130,0,56 chrVIII 280619 . A AC 581.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.447;DP=59;FS=2.266;HaplotypeScore=63.7781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.969;QD=9.86;RPA=4,5;RU=C;ReadPosRankSum=0.430;SB=-2.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,26:59:99:621,0,707 chrVIII 282569 . CT C 321.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.928;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=121.1420;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.79;MQ0=0;MQRankSum=0.623;QD=5.37;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.291;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:60:99:361,0,261 chrVIII 283622 . C CA 582.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.017;DP=80;FS=10.758;HaplotypeScore=190.8657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.910;QD=7.29;RPA=5,6;RU=A;ReadPosRankSum=0.039;SB=-3.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,30:80:99:622,0,941 chrVIII 284732 . GA G 1938.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.085;DP=157;FS=3.902;HaplotypeScore=49.0898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=1.580;QD=12.35;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=-0.764;SB=-7.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,86:157:99:1978,0,1574 chrVIII 289438 . A AT 386.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.745;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=35.6302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.156;QD=6.91;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.409;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,24:56:99:426,0,500 chrVIII 290235 . T TA 678.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.925;DP=77;FS=2.089;HaplotypeScore=86.4865;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.227;QD=8.82;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.642;SB=-3.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,41:77:99:718,0,441 chrVIII 291329 . CG C 1444.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=977.8274;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.04;MQ0=0;QD=32.11;SB=-7.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,40:45:99:1487,123,0 chrVIII 291336 . A AG 1320.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=1022.3100;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=30.72;SB=-6.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:43:99:1363,108,0 chrVIII 291365 . AT A 716.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=1010.6669;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.71;MQ0=0;QD=21.73;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:33:78:759,78,0 chrVIII 291367 . G GCC 982.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=835.3477;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.63;MQ0=0;QD=37.81;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:78:1025,78,0 chrVIII 291371 . GA G 881.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=863.0933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.65;MQ0=0;QD=32.67;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:81:924,81,0 chrVIII 293287 . A AAAAAAC 387.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.464;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=61.6475;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.64;MQ0=0;MQRankSum=0.900;QD=6.26;ReadPosRankSum=3.119;SB=-6.300e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,13:62:99:427,0,442 chrVIII 298687 . C CAG 2893.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.233;DP=161;FS=7.099;HaplotypeScore=50.4064;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=0.218;QD=17.97;RPA=1,2;RU=AG;ReadPosRankSum=1.713;SB=-1.158e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,81:161:99:2933,0,2439 chrVIII 314997 . G GA 1182.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.067;DP=118;FS=0.708;HaplotypeScore=45.3180;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.264;QD=10.03;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.604;SB=-5.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,61:118:99:1222,0,833 chrVIII 323234 . GA G 184.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.371;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=16.0436;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.371;QD=5.14;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.764;SB=-7.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,14:36:99:224,0,269 chrVIII 326640 . G GTTTT 3121.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.386;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=128.7061;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.294;QD=24.02;RPA=3,7;RU=T;ReadPosRankSum=1.029;SB=-2.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,63:130:99:3161,0,3096 chrVIII 328187 . G GT 202.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.802;DP=39;FS=2.920;HaplotypeScore=22.2035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.922;QD=5.20;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.106;SB=-1.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,14:39:99:242,0,463 chrVIII 336196 . ATACT A 3003.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=14.5947;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.25;MQ0=2;QD=54.62;SB=-1.177e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,50:53:99:3046,144,0 chrVIII 340058 . TTATATATATATATATATATATA T 7629 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.282;DP=69;FS=2.906;HaplotypeScore=180.3321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.941;QD=110.57;RPA=16,5;RU=TA;ReadPosRankSum=2.070;SB=-3.609e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,38:69:93:7629,93,0 chrVIII 341138 . AACG A 1058.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.443;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=17.2883;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.010;QD=22.06;ReadPosRankSum=0.526;SB=-4.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:48:99:1098,0,1162 chrVIII 344320 . G GT 3742 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=43.5961;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;QD=27.93;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.707e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,130:134:99:3742,358,0 chrVIII 352526 . CT C 772.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.136;DP=104;FS=1.775;HaplotypeScore=33.0748;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=0.500;QD=7.43;RPA=8,7;RU=T;ReadPosRankSum=-0.462;SB=-2.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,45:104:99:812,0,972 chrVIII 360784 . GA G 467.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.646;DP=60;FS=6.281;HaplotypeScore=25.0406;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.087;QD=7.80;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.608;SB=-2.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,28:60:99:507,0,318 chrVIII 362929 . T TA 1089.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.863;DP=156;FS=3.247;HaplotypeScore=144.0054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.142;QD=6.99;RPA=5,6;RU=A;ReadPosRankSum=-1.436;SB=-3.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,61:156:99:1129,0,1723 chrVIII 372886 . T TTGCTGTTGCTGTTGC 3621 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.654;DP=86;FS=3.266;HaplotypeScore=39.5664;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.87;MQ0=0;MQRankSum=-6.648;QD=42.10;RPA=1,2;RU=TGCTGTTGCTGTTGC;ReadPosRankSum=-0.305;SB=-5.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,29:86:99:3621,0,4482 chrVIII 375406 . GAA G,GA 1483.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.581;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=40.4210;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=61.05;MQ0=1;MQRankSum=0.739;QD=14.84;RPA=11,9,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.273;SB=-7.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:25,47,0:99:99:1562,484,547,823,0,728 chrVIII 375509 . TA T 171.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.564;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=33.0188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.637;QD=5.93;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.637;SB=-6.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,13:29:99:211,0,182 chrVIII 377894 . AT A 1155.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.043;DP=118;FS=4.733;HaplotypeScore=73.0920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=1.415;QD=9.80;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=-1.340;SB=-3.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,50:118:99:1195,0,1550 chrVIII 378120 . GTGTTTTTGTTTTTGTTTTTGTTTT G,GTGTTTTTGTTTTTGTTTT 5317 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=303.8883;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.06;MQ0=0;QD=37.18;RPA=8,4,7;RU=TGTTTT;SB=-1.173e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:77,12,0:143:99:5317,1647,8555,3244,0,3123 chrVIII 379942 . G GAA,GA 1851.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.106;DP=109;FS=1.582;HaplotypeScore=215.7477;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.619;QD=16.99;RPA=11,13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.619;SB=-9.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:24,35,46:109:99:1930,686,679,689,0,563 chrVIII 380087 . TA T 235.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.985;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=70.5781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.585;QD=5.13;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=0.985;SB=-1.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,14:46:99:275,0,621 chrVIII 382367 . T TA 963.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.094;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=259.1086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.80;MQ0=0;MQRankSum=0.593;QD=8.03;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.122;SB=-2.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,52:119:99:1003,0,734 chrVIII 382579 . A AG 1395.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=344.5802;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.68;MQ0=0;QD=31.73;SB=-6.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:41:99:1438,115,0 chrVIII 382644 . TA T 1113.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=495.7280;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.26;MQ0=0;QD=20.25;RPA=5,4;RU=A;SB=-4.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,49:54:99:1156,138,0 chrVIII 382653 . CT C 1686.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=424.9181;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.14;MQ0=0;QD=29.09;RPA=3,2;RU=T;SB=-5.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,53:58:99:1729,162,0 chrVIII 383093 . A AT 1505.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.379;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=1144.4277;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.36;MQ0=0;MQRankSum=-2.913;QD=10.61;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=0.636;SB=-4.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,66:142:99:1545,0,1208 chrVIII 383181 . A ATG 5138 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=1508.4434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.69;MQ0=0;QD=32.11;RPA=1,2;RU=TG;SB=-1.414e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,129:160:99:5138,382,0 chrVIII 384944 . GA G 520.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.976;DP=108;FS=11.378;HaplotypeScore=54.0748;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=0.513;QD=4.82;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.239;SB=-2.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,38:108:99:560,0,1019 chrVIII 386036 . C CA 863.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.524;DP=94;FS=7.611;HaplotypeScore=667.6014;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.85;MQ0=0;MQRankSum=-2.975;QD=9.19;ReadPosRankSum=-3.337;SB=-4.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,32:94:99:903,0,1933 chrVIII 386040 . TG T 723.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.288;DP=90;FS=11.153;HaplotypeScore=671.0920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.937;QD=8.04;ReadPosRankSum=-1.637;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,32:90:99:763,0,1890 chrVIII 386095 . ACTTCTTCTT A 2914.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=407.0631;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.78;MQ0=0;QD=49.41;RPA=9,6;RU=CTT;SB=-5.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,29:59:87:2957,87,0 chrVIII 386538 . AT A 753.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.265;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=40.6190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.35;MQ0=0;MQRankSum=0.795;QD=9.08;RPA=6,5;RU=T;ReadPosRankSum=-2.002;SB=-1.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,41:83:99:793,0,729 chrVIII 387730 . T TA 903.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.277;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=304.9551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.290;QD=15.07;RPA=3,4;RU=A;ReadPosRankSum=0.546;SB=-2.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,38:60:99:943,0,404 chrVIII 389095 . T TGAA 1752.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.514;DP=54;FS=51.646;HaplotypeScore=218.2034;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.47;MQ0=0;MQRankSum=2.104;QD=32.46;RPA=3,4;RU=GAA;ReadPosRankSum=-2.011;SB=-1.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,44:54:99:1792,0,142 chrVIII 391752 . T TAA,TA 422.71 filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=79.4269;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.07;MQ0=0;QD=18.38;RPA=11,13,12;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:2,14,5:23:39:499,90,39,266,0,211 chrVIII 394229 . A AT 316.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.346;DP=43;FS=4.561;HaplotypeScore=90.4233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=0.302;QD=7.37;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=-0.092;SB=-1.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,18:43:99:356,0,577 chrVIII 395169 . CTGT C 1291.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.998;DP=71;FS=2.218;HaplotypeScore=123.2043;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.163;QD=18.20;RPA=2,1;RU=TGT;ReadPosRankSum=0.799;SB=-4.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,31:71:99:1331,0,1603 chrVIII 396945 . GAAAA G 635.99 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.713;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=53.3985;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=1.393;QD=16.74;RPA=19,15;RU=A;ReadPosRankSum=1.597;SB=-3.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,11:38:20:675,0,20 chrVIII 399050 . T TACTATTTCTAATTGGA 4029 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.590;DP=68;FS=3.914;HaplotypeScore=288.9028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.12;MQ0=0;MQRankSum=-6.590;QD=59.25;ReadPosRankSum=2.700;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,19:68:99:4029,0,5726 chrVIII 399235 . GA G 2563.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=230.2478;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.60;MQ0=0;QD=27.57;RPA=4,3;RU=A;SB=-4.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,90:93:99:2606,264,0 chrVIII 402060 . AT A 442.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.389;DP=77;FS=7.257;HaplotypeScore=107.4171;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.42;MQ0=0;MQRankSum=-3.047;QD=5.75;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.677;SB=-2.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,30:77:99:482,0,640 chrVIII 402076 . A ATT 587.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.817;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=100.0468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.470;QD=8.05;RPA=8,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.009;SB=-3.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,19:73:99:627,0,734 chrVIII 406835 . AT A 831.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.105;DP=83;FS=6.266;HaplotypeScore=27.7006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQ0=0;MQRankSum=1.947;QD=10.02;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=-0.381;SB=-2.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,42:83:99:871,0,843 chrVIII 410935 . CT C 626.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.391;DP=89;FS=8.108;HaplotypeScore=80.6455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.260;QD=7.04;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.320;SB=-3.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,40:89:99:666,0,663 chrVIII 417913 . C CTTTTGGAGG 1808.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.020;DP=43;FS=8.338;HaplotypeScore=81.9796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.00;MQ0=0;MQRankSum=-5.020;QD=42.07;ReadPosRankSum=1.360;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,16:43:99:1848,0,2470 chrVIII 420557 . GGTTGCTGTTGTTGCT G 4792 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=108.4358;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.54;MQ0=0;QD=57.73;RPA=3,2;RU=GTTGCTGTTGTTGCT;SB=-8.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,52:83:99:4792,146,0 chrVIII 423642 . G GTATAT 731.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.668;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=57.5104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.165;QD=11.62;RPA=2,3;RU=TATAT;ReadPosRankSum=-1.284;SB=-2.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,18:63:99:771,0,1303 chrVIII 436963 . A AT 474.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.656;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=106.0303;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.193;QD=14.82;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.119;SB=-2.039e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,26:32:13:516,13,0 chrVIII 440333 . T TGAG 2862.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=127.4182;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.39;MQ0=0;QD=46.18;RPA=1,2;RU=GAG;SB=-1.371e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,59:62:99:2905,175,0 chrVIII 442027 . GA G 1332.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.769;DP=135;FS=3.625;HaplotypeScore=38.0755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQ0=0;MQRankSum=0.876;QD=9.87;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=1.172;SB=-4.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,77:135:99:1372,0,950 chrVIII 442153 . CGTA C 939.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.269;DP=64;FS=3.737;HaplotypeScore=148.6094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=0.697;QD=14.69;ReadPosRankSum=-0.066;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,24:64:99:979,0,1727 chrVIII 447736 . A AT 3201.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=723.8564;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.76;MQ0=0;QD=22.08;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.522e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,129:145:99:3244,369,0 chrVIII 451138 . TA T 1505.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.264;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=179.7242;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.76;MQ0=0;MQRankSum=1.124;QD=17.31;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.311;SB=-3.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,80:87:99:1548,196,0 chrVIII 453634 . T TC 2547.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=395.6992;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=22.16;RPA=7,8;RU=C;SB=-1.180e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,86:115:99:2590,276,0 chrVIII 455850 . T TA 1288.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.350;DP=87;FS=1.561;HaplotypeScore=199.6319;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.178;QD=14.82;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.817;SB=-5.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,62:86:80:1331,80,0 chrVIII 456110 . G GA 2107.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.060;DP=93;FS=3.163;HaplotypeScore=32.4490;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.538;QD=22.67;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.856;SB=-9.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,84:92:99:2150,238,0 chrVIII 464743 . C CT 605.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.246;DP=39;FS=8.405;HaplotypeScore=59.1736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.180;QD=15.54;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=0.169;SB=-1.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,22:39:99:645,0,453 chrVIII 466216 . GT G 1824.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.820;DP=154;FS=4.591;HaplotypeScore=677.3806;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.89;MQ0=0;MQRankSum=0.215;QD=11.85;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=2.771;SB=-3.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,74:153:99:1864,0,2066 chrVIII 466481 . T TTAA 3344 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=537.8966;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.77;MQ0=0;QD=45.19;SB=-1.664e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,63:73:99:3344,196,0 chrVIII 466969 . T TACA 2627.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.562;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=909.4848;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.66;MQ0=0;MQRankSum=0.447;QD=19.91;RPA=2,3;RU=ACA;ReadPosRankSum=0.945;SB=-9.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,59:130:99:2667,0,191 chrVIII 466974 . C CA 1894.30 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.623;DP=135;FS=25.800;HaplotypeScore=926.0721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.25;MQ0=0;MQRankSum=1.051;QD=14.03;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=4.594;SB=-6.883e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,52:133:8:1933,0,8 chrVIII 467075 . AT A 971.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.582;DP=154;FS=11.544;HaplotypeScore=44.8687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.01;MQ0=0;MQRankSum=1.069;QD=6.31;RPA=8,7;RU=T;ReadPosRankSum=0.952;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,61:153:99:1011,0,1349 chrVIII 469177 . G GA 282.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.759;DP=50;FS=4.677;HaplotypeScore=66.0336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=0.693;QD=5.66;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.911;SB=-1.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,19:50:99:322,0,370 chrVIII 472611 . CTT C 437.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.670;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=114.2897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=1.390;QD=5.76;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.772;SB=-4.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,21:76:99:477,0,982 chrVIII 474628 . CA C 481.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.613;DP=48;FS=1.329;HaplotypeScore=23.3616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.785;QD=10.04;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=0.443;SB=-1.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,27:48:99:521,0,334 chrVIII 475549 . CAA C,CA 197.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.996;DP=44;FS=3.245;HaplotypeScore=39.3770;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.33;MQ0=0;MQRankSum=1.129;QD=4.50;RPA=15,13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.465;SB=-9.937e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:24,6,0:44:87:276,87,183,92,0,88 chrVIII 488371 . CA C 329.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.121;DP=50;FS=15.347;HaplotypeScore=97.5355;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=1.749;QD=6.60;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.626;SB=-3.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,22:50:99:369,0,257 chrVIII 497367 . A AG 637.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.937;DP=45;FS=2.815;HaplotypeScore=57.2465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.031;QD=14.18;RPA=4,5;RU=G;ReadPosRankSum=-0.584;SB=-2.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,27:45:99:677,0,402 chrVIII 497405 . CA C 614.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.110;DP=63;FS=1.099;HaplotypeScore=113.1879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQ0=0;MQRankSum=1.294;QD=9.76;RPA=7,6;RU=A;ReadPosRankSum=0.817;SB=-2.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,37:63:99:654,0,357 chrVIII 498771 . CGGTGA C 410.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.628;DP=28;FS=4.129;HaplotypeScore=35.7738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=0.307;QD=14.68;RPA=2,1;RU=GGTGA;ReadPosRankSum=0.648;SB=-1.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,8:28:99:450,0,823 chrVIII 501242 . G GA 1003.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.178;DP=118;FS=6.633;HaplotypeScore=39.5647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.894;QD=8.51;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.159;SB=-4.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,55:118:99:1043,0,983 chrVIII 504320 . G GAAA 719.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.085;DP=70;FS=3.912;HaplotypeScore=35.7858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.677;QD=10.29;RPA=9,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.403;SB=-4.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,20:70:99:759,0,1384 chrVIII 508827 . A AT 499.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.380;DP=97;FS=7.908;HaplotypeScore=71.0081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=1.597;QD=5.15;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=-0.853;SB=-1.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,36:97:99:539,0,580 chrVIII 512211 . GAAAAA G 598.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.758;DP=33;FS=2.331;HaplotypeScore=30.3827;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.303;QD=18.15;RPA=17,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.910;SB=-3.169e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,9:33:99:638,0,134 chrVIII 517167 . CT C 635.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.734;DP=76;FS=4.821;HaplotypeScore=21.8634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.664;QD=8.37;RPA=6,5;RU=T;ReadPosRankSum=-1.181;SB=-3.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,34:76:99:675,0,767 chrVIII 517417 . AAG A 844.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.179;DP=68;FS=4.084;HaplotypeScore=131.7358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.290;QD=12.43;ReadPosRankSum=0.123;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,21:68:93:884,0,93 chrVIII 518737 . TC T 331.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=42.6447;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.91;MQ0=0;QD=13.28;RPA=8,7;RU=C;SB=-1.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,5:25:53:374,53,0 chrVIII 519135 . A AT 2125.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=339.6581;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.30;MQ0=0;QD=36.03;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:59:99:2168,169,0 chrVIII 521040 . T TC 612.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.289;DP=55;FS=1.157;HaplotypeScore=134.2768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.155;QD=11.14;RPA=2,3;RU=C;ReadPosRankSum=-0.381;SB=-2.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:55:99:652,0,665 chrVIII 521724 . T TTA 761.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.699;DP=63;FS=7.675;HaplotypeScore=21.4197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.450;QD=12.09;RPA=1,2;RU=TA;ReadPosRankSum=0.783;SB=-2.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,23:63:99:801,0,1188 chrVIII 522477 . AC A 1418.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.048;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=30.5040;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQ0=0;MQRankSum=1.128;QD=14.33;ReadPosRankSum=-1.165;SB=-5.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,47:99:99:1458,0,1534 chrVIII 522597 . C CAT 2643.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.033;DP=163;FS=4.909;HaplotypeScore=49.5083;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.97;MQ0=1;MQRankSum=-0.954;QD=16.22;RPA=1,2;RU=AT;ReadPosRankSum=1.204;SB=-6.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,75:161:99:2683,0,3107 chrVIII 524810 . ACTTT A 753.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.814;DP=44;FS=3.192;HaplotypeScore=67.9178;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.06;MQ0=0;MQRankSum=2.228;QD=17.14;ReadPosRankSum=0.189;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,23:44:99:793,0,705 chrVIII 525590 . A ACG 244.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.611;DP=48;FS=26.578;HaplotypeScore=719.3814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.24;MQ0=6;MQRankSum=1.195;QD=5.10;ReadPosRankSum=0.220;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,8:29:99:284,0,674 chrVIII 528683 . A AT 368.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.195;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=224.3545;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.18;MQ0=1;MQRankSum=-0.352;QD=3.80;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=0.986;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,30:94:99:408,0,1741 chrVIII 532339 . T TACA 296.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.501;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=9.1058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=15.03;MQ0=38;MQRankSum=0.353;QD=4.87;RPA=5,6;RU=ACA;ReadPosRankSum=0.088;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,12:22:99:336,0,361 chrVIII 540616 . AT A 82.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.967;DP=93;FS=7.761;HaplotypeScore=20.3428;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=13.37;MQ0=47;MQRankSum=0.039;QD=0.89;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.887;SB=-3.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,24:25:99:122,0,203 chrVIII 541637 . C CA 69.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.623;DP=134;FS=1.532;HaplotypeScore=28.7352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=14.80;MQ0=52;MQRankSum=0.170;QD=0.52;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.566;SB=-3.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:109,20:40:99:109,0,449 chrVIII 552033 . GGAA G 524.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.493;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=18.1046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.04;MQ0=64;MQRankSum=0.622;QD=5.15;RPA=6,5;RU=GAA;ReadPosRankSum=-1.244;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,37:31:99:564,0,583 chrVIII 554072 . TA T 292.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.381;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=207.7745;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.858;QD=1.91;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.604;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,35:152:99:332,0,963 chrVIII 554275 . A AT 1382.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=300.2531;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.63;MQ0=0;QD=14.11;RPA=4,5;RU=T;SB=-2.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,90:66:99:1425,170,0 chrVIII 556403 . GAGA G 4368 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.282;DP=207;FS=4.061;HaplotypeScore=1472.8469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.85;MQ0=1;MQRankSum=2.504;QD=21.10;ReadPosRankSum=5.176;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,114:139:99:4368,0,235 chrVIII 556441 . A AG 1287.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.608;DP=145;FS=12.026;HaplotypeScore=1173.5433;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.88;MQ0=1;MQRankSum=-5.298;QD=8.88;ReadPosRankSum=4.749;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,64:89:99:1327,0,962 chrVIII 556484 . T TATC 2215.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.872;DP=63;FS=12.632;HaplotypeScore=1766.7095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.45;MQ0=1;MQRankSum=0.093;QD=35.16;ReadPosRankSum=0.352;SB=-4.132e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,31:61:1:2253,1,0 chrVIII 556489 . T TAC 1137.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.891;DP=53;FS=4.065;HaplotypeScore=1705.2850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.80;MQ0=1;MQRankSum=-0.615;QD=21.47;ReadPosRankSum=1.529;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,31:52:99:1177,0,260 chrVIII 556515 . TGA T 595.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.171;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=1870.2146;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.28;MQ0=0;MQRankSum=2.005;QD=10.46;ReadPosRankSum=1.313;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,19:57:99:635,0,852 chrVIII 556522 . GTAGTGATGGTGA GTGGTGA,G 4397 filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.510;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=1399.3008;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=27.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.383;QD=82.96;ReadPosRankSum=-1.917;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:10,0,19:53:99:4397,1530,1442,99,0,104 chrVIII 556531 . GTGA G 1636.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.746;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=1715.2721;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.94;MQ0=0;MQRankSum=0.169;QD=24.43;ReadPosRankSum=3.176;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,24:65:99:1679,122,0 chrVIII 556657 . A AG 881.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.869;DP=89;FS=21.507;HaplotypeScore=468.8477;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.88;MQ0=3;MQRankSum=-1.320;QD=9.91;ReadPosRankSum=-1.001;SB=-1.800e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,42:58:99:921,0,472 chrX 23034 . TC T 2008.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=485.3689;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.46;MQ0=0;QD=29.54;RPA=2,1;RU=C;SB=-5.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,66:68:99:2051,175,0 chrX 23988 . GT G 913.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=292.2907;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.38;MQ0=0;QD=33.85;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:78:956,78,0 chrX 26518 . TC T 1213.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=203.6796;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.02;MQ0=0;QD=31.13;RPA=2,1;RU=C;SB=-5.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:39:99:1256,105,0 chrX 28303 . GCCAA G 3095.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=313.1209;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.09;MQ0=0;QD=55.28;SB=-1.416e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,48:56:99:3138,147,0 chrX 28329 . CG C 1460.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=581.2878;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.34;MQ0=0;QD=24.76;RPA=3,2;RU=G;SB=-7.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,50:59:99:1503,154,0 chrX 28946 . C CT 585.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.009;DP=59;FS=1.809;HaplotypeScore=149.0198;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.427;QD=9.92;RPA=14,15;RU=T;ReadPosRankSum=-0.804;SB=-2.034e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,18:59:20:627,20,0 chrX 29312 . GT G 3814 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=663.9732;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.88;MQ0=0;QD=34.36;SB=-1.123e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:111:99:3814,316,0 chrX 29446 . TAGCGCTA T 6965 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=607.9953;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.83;MQ0=0;QD=62.19;RPA=2,1;RU=AGCGCTA;SB=-2.982e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,86:112:99:6965,250,0 chrX 29870 . G GC 2636.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=210.1931;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.38;MQ0=0;QD=35.16;RPA=1,2;RU=C;SB=-1.225e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,74:75:99:2679,226,0 chrX 30874 . CGTAAA C 1900.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=66.6611;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.57;MQ0=0;QD=55.91;RPA=2,1;RU=GTAAA;SB=-8.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,32:34:93:1943,93,0 chrX 31312 . G GT 1378.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=215.6487;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.22;MQ0=0;QD=21.89;RPA=8,9;RU=T;SB=-5.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,51:63:99:1421,170,0 chrX 31341 . T TAA 2744.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=158.9039;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.76;MQ0=0;QD=33.07;RPA=5,7;RU=A;SB=-8.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,79:83:99:2787,226,0 chrX 31479 . A AT 1855.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=134.3887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.00;MQ0=0;QD=19.96;RPA=7,8;RU=T;SB=-7.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,71:93:99:1898,216,0 chrX 32844 . A AT 2060.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=27.7112;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=28.23;RPA=2,3;RU=T;SB=-8.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,70:73:99:2103,198,0 chrX 33209 . C CTT 1548.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.924;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=251.8054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.67;MQ0=0;MQRankSum=0.115;QD=22.45;RPA=11,13;RU=T;ReadPosRankSum=-1.675;SB=-2.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,38:69:99:1591,137,0 chrX 33346 . CT C 558.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.442;DP=60;FS=3.003;HaplotypeScore=77.9173;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.64;MQ0=0;MQRankSum=1.503;QD=9.32;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=2.563;SB=-2.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,41:60:51:601,51,0 chrX 35867 . GA G 675.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=190.7909;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.88;MQ0=0;QD=17.79;RPA=7,6;RU=A;SB=-2.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,36:38:90:718,90,0 chrX 36400 . TG T 454.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=107.7885;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.67;MQ0=0;QD=15.69;RPA=3,2;RU=G;SB=-2.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,21:29:45:497,45,0 chrX 37825 . GT G 1957.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.660;DP=122;FS=5.250;HaplotypeScore=56.9762;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.382;QD=16.05;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.529;SB=-8.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,97:122:99:2000,238,0 chrX 37982 . T TTG 914.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=89.8170;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.37;MQ0=0;QD=35.19;RPA=1,2;RU=TG;SB=-3.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,23:26:69:957,69,0 chrX 41329 . AT A 2468.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.114;DP=184;DS;FS=7.941;HaplotypeScore=59.4655;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.87;MQ0=0;MQRankSum=0.961;QD=13.42;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.767;SB=-9.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,154:184:99:2511,305,0 chrX 47535 . GA G 1613.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=76.5589;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.38;MQ0=0;QD=19.21;RPA=10,9;RU=A;SB=-7.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,73:84:99:1656,223,0 chrX 59054 . GAAAA G 493.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.488;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=100.9252;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.65;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=16.47;RPA=21,17;RU=A;ReadPosRankSum=1.488;SB=-2.379e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,10:30:35:536,35,0 chrX 59084 . T TG 1393.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=173.2006;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.94;MQ0=0;QD=30.30;SB=-4.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,42:46:99:1436,126,0 chrX 59582 . GA G 3000.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=384.4079;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.67;MQ0=0;QD=27.53;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.184e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,107:109:99:3043,318,0 chrX 59640 . T TAATA 6596 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=2264.8161;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.31;MQ0=0;QD=53.63;SB=-2.989e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,86:123:99:6596,337,0 chrX 59658 . G GTAGAAA 10386 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=2392.8613;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.72;MQ0=0;QD=78.09;SB=-4.338e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,111:133:99:10386,391,0 chrX 59669 . A AT 3969 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=2814.0773;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.73;MQ0=0;QD=27.56;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.361e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,128:144:99:3969,385,0 chrX 60220 . CT C 1209.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.544;DP=65;FS=2.962;HaplotypeScore=271.3695;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.132;QD=18.61;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.432;SB=-5.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,58:65:99:1252,126,0 chrX 60697 . G GT 551.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.473;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=164.7844;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.263;QD=9.68;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.263;SB=-1.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,29:57:60:594,60,0 chrX 67697 . C CA 1585.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.463;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=467.0056;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.051;QD=18.23;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.668;SB=-8.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,60:87:99:1628,172,0 chrX 71229 . C CCAATT 3062.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=382.2621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.15;MQ0=0;QD=50.21;RPA=1,2;RU=CAATT;SB=-1.193e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,45:61:99:3105,135,0 chrX 71276 . G GAA 899.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=434.3162;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.36;MQ0=0;QD=14.75;RPA=12,14;RU=A;SB=-3.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,17:61:94:942,94,0 chrX 74615 . CTT C 2481.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=64.0788;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.75;MQ0=0;QD=26.69;RPA=10,8;RU=T;SB=-2.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,79:93:99:2524,232,0 chrX 78980 . C CTT 263.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.293;DP=42;FS=4.901;HaplotypeScore=274.6039;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.12;MQ0=0;MQRankSum=-3.299;QD=6.28;ReadPosRankSum=1.670;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,13:42:99:303,0,305 chrX 78981 . C CCTCTTCT 1087.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.492;DP=41;FS=7.067;HaplotypeScore=194.6480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.76;MQ0=0;MQRankSum=-3.033;QD=26.54;ReadPosRankSum=2.275;SB=-4.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,13:41:99:1127,0,405 chrX 79553 . GA G 560.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.467;DP=37;FS=3.358;HaplotypeScore=79.1958;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=0.400;QD=15.16;RPA=6,5;RU=A;ReadPosRankSum=0.133;SB=-2.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,33:37:56:603,56,0 chrX 79590 . TA T 450.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=123.1422;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.92;MQ0=0;QD=19.61;RPA=8,7;RU=A;SB=-2.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,22:23:63:493,63,0 chrX 79972 . A AT 647.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.907;DP=32;FS=2.993;HaplotypeScore=26.0199;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.895;QD=20.25;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.584;SB=-3.166e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,29:32:51:690,51,0 chrX 83886 . A AT 5022 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=188;FS=0.000;HaplotypeScore=590.3872;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.68;MQ0=0;QD=26.71;RPA=3,4;RU=T;SB=-2.161e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,168:188:99:5022,496,0 chrX 83936 . AT A 4435 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=649.2201;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.80;MQ0=0;QD=29.18;SB=-1.955e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,143:152:99:4435,452,0 chrX 85527 . CTT C 1304.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=91.6735;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.64;MQ0=0;QD=28.37;RPA=11,9;RU=T;SB=-2.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,43:46:99:1347,129,0 chrX 90279 . G GA 1817.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=201.4248;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.51;MQ0=0;QD=31.34;SB=-7.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,48:58:99:1860,156,0 chrX 91769 . G GAA 1179.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=101.3398;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.65;MQ0=0;QD=36.87;RPA=2,4;RU=A;SB=-2.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,29:32:90:1222,90,0 chrX 101045 . G GA 802.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.159;DP=45;FS=8.486;HaplotypeScore=28.9604;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.94;MQ0=0;MQRankSum=-1.178;QD=17.84;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.369;SB=-2.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,37:45:75:845,75,0 chrX 104611 . TA T 1532.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.397;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=285.4652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.014;QD=12.99;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.068;SB=-5.905e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,79:118:99:1572,212,0 chrX 106211 . AT A 1081.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=128.6565;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.49;MQ0=0;QD=16.39;RPA=8,7;RU=T;SB=-5.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,52:66:99:1124,144,0 chrX 109915 . G GAA,GAAA 2147.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=68.5812;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.59;MQ0=0;QD=25.27;RPA=12,14,15;RU=A;SB=-6.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:13,11,53:85:98:2226,868,668,292,0,98 chrX 111163 . C CA 732.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.817;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=39.2215;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.315;QD=19.29;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.107;SB=-3.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,29:38:59:775,59,0 chrX 111275 . CA C 835.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.417;DP=59;FS=3.212;HaplotypeScore=162.3444;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.315;QD=14.17;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.417;SB=-4.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,45:59:99:878,105,0 chrX 111290 . AG A 1496.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=114.6237;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.56;MQ0=0;QD=26.73;RPA=3,2;RU=G;SB=-5.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,49:56:99:1539,141,0 chrX 111408 . A AT 1754.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=27.4024;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=22.79;RPA=5,6;RU=T;SB=-6.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,71:77:99:1797,192,0 chrX 111538 . CACA C 2355.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=17.9222;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.69;MQ0=0;QD=47.12;RPA=3,2;RU=ACA;SB=-1.176e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,45:50:99:2398,147,0 chrX 113474 . A AT,ATT 495.03 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.250;DP=59;FS=6.532;HaplotypeScore=173.1453;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=51.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.324;QD=8.39;RPA=14,15,16;RU=T;ReadPosRankSum=-1.805;SB=-2.258e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:30,9,18:58:53:573,274,231,76,0,53 chrX 114886 . CTGTTGT C 1618.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.048;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=642.0604;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.322;QD=39.49;ReadPosRankSum=3.189;SB=-8.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,20:41:68:1661,68,0 chrX 114895 . CTGCTGTTGCTGT C 3166.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.181;DP=46;FS=2.755;HaplotypeScore=593.9117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.614;QD=68.85;ReadPosRankSum=5.405;SB=-1.585e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,20:46:99:3206,0,447 chrX 114920 . G GCTTCTTCTT 3172.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=718.0814;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.65;MQ0=0;QD=56.66;RPA=5,8;RU=CTT;SB=-1.546e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,21:56:99:3215,102,0 chrX 115930 . T TA 1840.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=230.0040;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.35;MQ0=0;QD=18.05;RPA=6,7;RU=A;SB=-5.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,79:102:99:1883,213,0 chrX 116400 . C CAA 2449.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=279.6195;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.96;MQ0=0;QD=37.69;RPA=3,5;RU=A;SB=-8.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,60:65:99:2492,193,0 chrX 116504 . AT A 2381.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=276.6037;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.54;MQ0=0;QD=30.15;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.080e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,75:79:99:2424,211,0 chrX 120433 . C CAAT 1574.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.821;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=304.5506;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.10;MQ0=0;MQRankSum=0.274;QD=20.19;RPA=4,5;RU=AAT;ReadPosRankSum=0.638;SB=-5.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,44:78:75:1617,75,0 chrX 121937 . GT G 785.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=14.1430;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.67;MQ0=0;QD=18.28;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,39:43:99:828,105,0 chrX 122041 . C CG 2197.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=397.3917;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.05;MQ0=0;QD=34.34;SB=-1.017e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2240,189,0 chrX 122613 . A AGAT 3342 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=148.7202;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.07;MQ0=0;QD=41.78;RPA=1,2;RU=GAT;SB=-1.297e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,71:80:99:3342,199,0 chrX 122693 . TGGCTTG T 2717.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=442.0705;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.14;MQ0=0;QD=66.29;SB=-9.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,34:41:99:2760,114,0 chrX 122702 . CAGT C 1331.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=522.2818;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.29;MQ0=0;QD=37.00;SB=-5.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,30:36:99:1374,102,0 chrX 123519 . AT A 671.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=381.5198;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.67;MQ0=0;QD=23.17;RPA=5,4;RU=T;SB=-3.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,25:29:75:714,75,0 chrX 123552 . GT G 672.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=392.2291;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.86;MQ0=0;QD=21.71;RPA=7,6;RU=T;SB=-3.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,29:31:87:715,87,0 chrX 123779 . G GAA 752.99 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.025;DP=49;FS=5.370;HaplotypeScore=51.8843;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.66;MQ0=0;MQRankSum=0.277;QD=15.37;RPA=12,14;RU=A;ReadPosRankSum=-1.938;SB=-2.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,14:49:21:792,0,21 chrX 126726 . ATT A 795.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=16.3626;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.36;MQ0=0;QD=27.45;RPA=5,3;RU=T;SB=-6.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,26:29:69:838,69,0 chrX 126805 . C CT 375.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.639;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=66.6611;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.33;MQ0=0;MQRankSum=0.822;QD=13.92;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.004;SB=-4.899e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,16:27:36:418,36,0 chrX 129078 . CT C 1437.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.834;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=56.9543;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=0.346;QD=12.40;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.552;SB=-6.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,80:116:99:1480,161,0 chrX 130674 . GC G 2886.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=201.3622;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.02;MQ0=0;QD=28.03;RPA=5,4;RU=C;SB=-1.343e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,99:103:99:2929,289,0 chrX 131054 . GT G 2374.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=42.7152;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.01;MQ0=0;QD=17.86;RPA=9,8;RU=T;SB=-9.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,117:133:99:2417,319,0 chrX 133939 . GT G 1853.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=140.9868;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.79;MQ0=0;QD=24.72;RPA=5,4;RU=T;SB=-7.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,73:75:99:1896,213,0 chrX 134031 . CT C 749.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.644;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=90.0444;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.23;MQ0=1;MQRankSum=1.644;QD=12.93;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.377;SB=-3.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,38:57:92:792,92,0 chrX 134112 . GAAAAAA G,GA 1720.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=84.0750;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=52.51;MQ0=0;QD=47.80;RPA=17,11,12;RU=A;SB=-3.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:3,8,0:36:65:1799,595,526,163,0,65 chrX 134179 . GAAA G 3483 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.575;DP=104;FS=6.892;HaplotypeScore=162.8408;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.73;MQ0=0;MQRankSum=0.945;QD=33.49;RPA=12,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.669;SB=-6.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,93:104:99:3483,258,0 chrX 135953 . GA G 1520.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=20.9923;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.29;MQ0=0;QD=20.55;RPA=8,7;RU=A;SB=-7.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,72:74:99:1563,200,0 chrX 136293 . C CAAAAGGAACGAAGA 2621.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=17.1321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.03;MQ0=0;QD=57.00;RPA=1,2;RU=AAAAGGAACGAAGA;SB=-9.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,24:46:57:2664,57,0 chrX 136809 . GT G 1325.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=50.7338;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.58;MQ0=0;QD=22.10;RPA=5,4;RU=T;SB=-5.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,58:60:99:1368,150,0 chrX 136911 . GAAAAA G 999.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.583;DP=38;FS=9.874;HaplotypeScore=75.4209;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.121;QD=26.29;RPA=19,14;RU=A;ReadPosRankSum=1.279;SB=-5.086e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,9:38:20:1041,20,0 chrX 139750 . G GA 404.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.947;DP=78;FS=1.003;HaplotypeScore=163.2808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.91;MQ0=0;MQRankSum=1.039;QD=5.19;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=-0.296;SB=-1.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,25:78:99:444,0,893 chrX 140211 . GA G 957.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=154.2158;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.95;MQ0=0;QD=20.38;RPA=8,7;RU=A;SB=-3.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,45:47:99:1000,131,0 chrX 144785 . C CT 2756.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=308.7051;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.51;MQ0=0;QD=27.57;RPA=2,3;RU=T;SB=-7.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,95:100:99:2799,274,0 chrX 144800 . A AT 2475.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=310.5715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.85;MQ0=0;QD=25.53;RPA=2,3;RU=T;SB=-9.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,85:97:99:2518,241,0 chrX 144923 . C CT 1656.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.186;DP=89;FS=11.832;HaplotypeScore=271.9022;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=1.552;QD=18.62;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.620;SB=-3.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,74:89:99:1699,157,0 chrX 145019 . GAA G 1466.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=68.0243;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.18;MQ0=0;QD=27.17;RPA=11,9;RU=A;SB=-7.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,47:54:99:1509,141,0 chrX 146986 . AT A 329.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.494;DP=34;FS=3.453;HaplotypeScore=65.7073;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.908;QD=9.70;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=-2.458;SB=-1.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,18:34:99:369,0,256 chrX 147955 . CA C 804.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.742;DP=94;FS=5.566;HaplotypeScore=184.3669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.10;MQ0=0;MQRankSum=1.330;QD=8.56;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=-0.110;SB=-3.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,38:94:99:844,0,1170 chrX 156186 . TA T 2327.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=42.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.21;MQ0=0;QD=20.24;RPA=7,6;RU=A;SB=-8.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,108:115:99:2370,296,0 chrX 159429 . CA C 861.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.779;DP=83;FS=12.682;HaplotypeScore=49.7929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=0.189;QD=10.39;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.779;SB=-3.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,45:83:46:901,0,46 chrX 159916 . GA G 3763 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=999.0980;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.65;MQ0=0;QD=25.26;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.512e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,142:149:99:3763,426,0 chrX 160183 . C CT 2819.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=1223.9664;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.05;MQ0=0;QD=35.25;SB=-1.041e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,76:80:99:2862,223,0 chrX 160258 . GT G 1821.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=1183.7876;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.19;MQ0=0;QD=18.40;RPA=8,7;RU=T;SB=-7.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,78:99:99:1864,236,0 chrX 160310 . 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GT G 903.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.335;DP=69;FS=5.086;HaplotypeScore=103.1278;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.138;QD=13.10;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.550;SB=-3.479e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,46:69:71:946,71,0 chrX 173313 . C CT 2756.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=438.2434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.60;MQ0=0;QD=32.06;SB=-8.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,82:86:99:2799,244,0 chrX 173515 . TA T 3724 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.672;DP=216;FS=0.000;HaplotypeScore=491.2841;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.199;QD=17.24;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.531;SB=-1.664e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,188:216:99:3724,424,0 chrX 180812 . A AT 2921.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.789;DP=142;FS=2.430;HaplotypeScore=62.3200;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.309;QD=20.58;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.683;SB=-1.165e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,125:142:99:2964,304,0 chrX 181281 . A AT 2559.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=117.2837;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.40;MQ0=0;QD=20.64;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.277e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,112:124:99:2602,298,0 chrX 181829 . G GTACATTTTT 3983 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=27.2099;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.01;MQ0=0;QD=86.59;SB=-1.118e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,32:46:99:3983,123,0 chrX 191578 . GA G 823.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=46.1699;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;QD=16.82;RPA=11,10;RU=A;SB=-4.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,41:49:99:866,119,0 chrX 195285 . TA T 1470.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=78.1145;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.56;MQ0=0;QD=19.10;RPA=7,6;RU=A;SB=-4.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,68:77:99:1513,191,0 chrX 196083 . CT C 439.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.114;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=143.3979;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.61;MQ0=0;MQRankSum=0.371;QD=9.36;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.609;SB=-2.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,25:47:61:482,61,0 chrX 198579 . TA T 435.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.58;MQ0=6;QD=16.15;RPA=7,6;RU=A;SB=-2.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,20:21:60:478,60,0 chrX 201149 . T TA 356.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.005;DP=94;FS=1.038;HaplotypeScore=26.3035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.126;QD=3.80;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.676;SB=-8.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,25:93:99:396,0,963 chrX 204114 . A AAATAT 307.76 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;DP=9;FS=3.680;HaplotypeScore=37.5689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.96;MQ0=1;MQRankSum=0.742;QD=34.20;ReadPosRankSum=0.742;SB=-6.928e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:7:4:346,0,4 chrX 204212 . T TC 796.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=195.8259;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.47;MQ0=20;QD=8.86;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:62,20:26:75:839,75,0 chrX 204216 . G GAATAT 1292.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=74.7172;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=15.37;MQ0=18;QD=15.58;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:65,18:20:54:1335,54,0 chrX 207452 . GGCATT G 4772 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=104.2506;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;QD=60.41;RPA=2,1;RU=GCATT;SB=-1.150e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,72:79:99:4772,217,0 chrX 207747 . GAA G 1987.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=137.2754;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.25;MQ0=0;QD=22.34;RPA=13,11;RU=A;SB=-8.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,69:89:99:2030,195,0 chrX 209539 . TA T 3430 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;FS=0.000;HaplotypeScore=53.4394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;QD=20.42;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.663e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,152:168:99:3430,407,0 chrX 211991 . CT C 2207.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=33.2957;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.85;MQ0=0;QD=18.40;RPA=8,7;RU=T;SB=-6.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,99:120:99:2250,290,0 chrX 217454 . GAA G 2078.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.492;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=63.8313;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.059;QD=23.36;RPA=12,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.770;SB=-4.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,65:89:99:2121,208,0 chrX 217532 . GA G 3318 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=122.9878;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.42;MQ0=0;QD=21.00;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.614e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,148:158:99:3318,410,0 chrX 218872 . C CA 1361.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=15.2358;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.44;MQ0=0;QD=27.80;RPA=4,5;RU=A;SB=-6.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:49:99:1404,144,0 chrX 220402 . C CT 1596.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=237.6440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.56;MQ0=0;QD=25.76;RPA=4,5;RU=T;SB=-3.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,59:62:99:1639,171,0 chrX 223657 . C CTTCTTCTT 8205 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=77.9253;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.26;MQ0=0;QD=94.31;SB=-1.880e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,67:87:99:8205,247,0 chrX 228713 . A AAAT 1087.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=196.9547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.39;MQ0=0;QD=40.29;RPA=1,2;RU=AAT;SB=-3.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,21:27:66:1130,66,0 chrX 231029 . A AT 2711.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=26.8306;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.52;MQ0=0;QD=33.07;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.314e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,76:82:99:2754,229,0 chrX 233869 . C CT 2332.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=277.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.29;MQ0=0;QD=24.82;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.002e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,83:94:99:2375,246,0 chrX 234152 . TA T 1809.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=178.3078;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.74;MQ0=0;QD=24.46;RPA=3,2;RU=A;SB=-6.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,67:74:99:1852,171,0 chrX 234222 . T TA 1751.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.071;DP=86;FS=4.162;HaplotypeScore=307.4227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.08;MQ0=0;MQRankSum=0.356;QD=20.37;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.166;SB=-6.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,76:86:99:1794,196,0 chrX 236429 . A AT 1522.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=126.0149;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.00;MQ0=0;QD=28.20;RPA=4,5;RU=T;SB=-2.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:54:99:1565,159,0 chrX 245297 . TTAATAACAATAA T 1151.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=42.2818;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.98;MQ0=0;QD=67.76;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,15:17:36:1194,36,0 chrX 254622 . TA T 1997.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=291.1387;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.50;MQ0=0;QD=32.75;SB=-5.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:61:99:2040,174,0 chrX 256880 . CA C 3013.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=237.6532;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.56;MQ0=0;QD=32.76;SB=-8.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,86:92:99:3056,249,0 chrX 265708 . C CA 1534.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.037;DP=88;FS=5.992;HaplotypeScore=45.4883;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.61;MQ0=0;MQRankSum=1.426;QD=17.44;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.753;SB=-3.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,79:88:84:1577,84,0 chrX 265872 . GTT G 437.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.415;DP=56;FS=4.228;HaplotypeScore=166.0706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.109;QD=7.82;RPA=18,16;RU=T;ReadPosRankSum=0.283;SB=-1.552e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,14:55:37:477,0,37 chrX 269905 . TA T 2020.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.032;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=218.6249;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=1.009;QD=14.23;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.151;SB=-7.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,113:142:99:2063,179,0 chrX 278038 . G GA 448.06 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.457;DP=46;FS=11.679;HaplotypeScore=25.0842;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.370;QD=9.74;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.832;SB=-7.609e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,24:46:14:487,0,14 chrX 280770 . CTT C 1839.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.690;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=96.9107;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.20;MQ0=0;MQRankSum=0.772;QD=12.52;RPA=15,13;RU=T;ReadPosRankSum=1.690;SB=-4.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:61,66:147:99:1882,183,0 chrX 283419 . A ATTT 675.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.980;DP=35;FS=4.586;HaplotypeScore=41.6297;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.075;QD=19.31;RPA=11,14;RU=T;ReadPosRankSum=1.131;SB=-1.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,21:35:46:718,46,0 chrX 285366 . GTTTCGTCGTCTTCTCCA G 15268 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=34.0281;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.35;MQ0=0;QD=164.17;SB=-6.778e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,89:93:99:15268,259,0 chrX 289722 . T TA 786.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=24.2948;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.52;MQ0=0;QD=20.71;RPA=7,8;RU=A;SB=-2.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,36:38:96:829,96,0 chrX 291152 . C CA 1002.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=73.6442;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.61;MQ0=0;QD=33.43;RPA=1,2;RU=A;SB=-4.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:87:1045,87,0 chrX 294488 . T TC 1028.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=183.7280;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.34;MQ0=0;QD=34.30;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:84:1071,84,0 chrX 309995 . TGTA T 2028.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=25.9457;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.47;MQ0=0;QD=32.21;RPA=4,3;RU=GTA;SB=-8.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,45:63:99:2071,132,0 chrX 314905 . TTTC T 2374.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=88.9027;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.61;MQ0=0;QD=41.67;SB=-1.176e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,50:57:99:2417,153,0 chrX 314950 . AT A 1426.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=382.1730;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.22;MQ0=0;QD=16.79;RPA=10,9;RU=T;SB=-6.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,69:85:99:1469,200,0 chrX 315657 . GA G 1503.61 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.565;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=142.4921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.117;QD=11.14;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.478;SB=-5.706e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,88:135:5:1542,0,5 chrX 316988 . G GTA 1715.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.699;DP=77;FS=0.896;HaplotypeScore=119.3199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.28;MQ0=0;MQRankSum=0.369;QD=22.29;ReadPosRankSum=0.974;SB=-7.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,44:77:99:1755,0,1117 chrX 317080 . GTATATA G,GTATA 3735 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=94.7663;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.27;MQ0=0;QD=31.92;RPA=9,6,8;RU=TA;SB=-1.651e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:54,46,0:117:99:3735,449,566,2669,0,2592 chrX 319847 . GAA G 1712.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.172;DP=137;FS=0.681;HaplotypeScore=113.2132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.18;MQ0=0;MQRankSum=0.046;QD=12.50;RPA=12,10;RU=A;ReadPosRankSum=2.068;SB=-6.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,71:137:99:1752,0,1484 chrX 327878 . A AT 1696.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=147.1535;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.79;MQ0=0;QD=30.30;SB=-7.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:56:99:1739,132,0 chrX 329322 . AC A 584.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.641;DP=77;FS=4.150;HaplotypeScore=258.2693;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.547;QD=7.60;ReadPosRankSum=0.547;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,31:77:99:624,0,142 chrX 329324 . TTC T 745.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.099;DP=78;FS=4.279;HaplotypeScore=239.8866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.959;QD=9.56;ReadPosRankSum=1.080;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,31:78:99:785,0,1341 chrX 330220 . T TCC,TC 1493.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=154.4628;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.77;MQ0=0;QD=23.71;RPA=7,9,8;RU=C;SB=-6.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:14,25,24:63:99:1572,644,553,705,0,560 chrX 330281 . TA T 642.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.839;DP=94;FS=0.854;HaplotypeScore=107.2272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.269;QD=6.84;RPA=7,6;RU=A;ReadPosRankSum=0.050;SB=-2.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,40:94:99:682,0,949 chrX 337388 . TA T 476.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.683;DP=70;FS=5.378;HaplotypeScore=123.4587;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQ0=0;MQRankSum=1.384;QD=6.81;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=2.228;SB=-1.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,36:70:99:516,0,445 chrX 338042 . AG A 431.99 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.231;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=47.1940;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=0.492;QD=12.00;RPA=7,6;RU=G;ReadPosRankSum=0.049;SB=-2.207e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:36:21:471,0,21 chrX 339752 . GTA G 1163.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.610;DP=91;FS=3.195;HaplotypeScore=103.9145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.892;QD=12.79;RPA=5,4;RU=TA;ReadPosRankSum=-0.524;SB=-5.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,39:91:99:1203,0,1065 chrX 342313 . AT A 703.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=58.5636;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.90;MQ0=0;QD=24.27;RPA=4,3;RU=T;SB=-3.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,27:29:78:746,78,0 chrX 342348 . ATTTTT A 294.08 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.002;DP=42;FS=5.219;HaplotypeScore=90.8528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.85;MQ0=0;MQRankSum=0.530;QD=7.00;RPA=23,18;RU=T;ReadPosRankSum=1.237;SB=-9.705e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,5:42:99:333,0,147 chrX 349508 . G GA 790.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.442;DP=89;FS=1.966;HaplotypeScore=34.6319;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.811;QD=8.89;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.470;SB=-3.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,43:89:99:830,0,622 chrX 350757 . G GT 944.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.866;DP=103;FS=5.508;HaplotypeScore=234.8928;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=1.132;QD=9.17;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=1.330;SB=-4.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,52:103:99:984,0,839 chrX 354332 . A AT 619.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=53.0081;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.48;MQ0=0;QD=21.38;RPA=7,8;RU=T;SB=-2.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,26:29:75:662,75,0 chrX 354995 . T TC 277.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=530.8630;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.47;MQ0=2;QD=23.16;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,10:10:30:320,30,0 chrX 355000 . T TTC 426.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=515.9993;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.47;MQ0=2;QD=35.58;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,10:10:30:469,30,0 chrX 355012 . TTAATA T 806.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=509.4885;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.98;MQ0=4;QD=42.47;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,12:14:36:849,36,0 chrX 355023 . TG T 402.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=450.6359;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.87;MQ0=4;QD=22.39;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,12:12:36:445,36,0 chrX 355954 . GC G 932.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.672;DP=136;FS=2.418;HaplotypeScore=201.3685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.276;QD=6.86;ReadPosRankSum=1.399;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,40:136:99:972,0,3115 chrX 355956 . T TAA 942.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.472;DP=135;FS=0.699;HaplotypeScore=208.0589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=-2.561;QD=6.98;RPA=4,6;RU=A;ReadPosRankSum=0.802;SB=-4.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,40:135:99:982,0,2793 chrX 358020 . ATCTCTCTCATTGAT A 5086 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.189;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=132.8513;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.17;MQ0=0;MQRankSum=-7.189;QD=41.69;ReadPosRankSum=3.346;SB=-2.488e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,32:122:99:5086,0,9856 chrX 358092 . A ATT 890.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.583;DP=94;FS=3.521;HaplotypeScore=319.7957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.73;MQ0=0;MQRankSum=-2.073;QD=9.48;RPA=4,6;RU=T;ReadPosRankSum=0.496;SB=-1.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,30:94:99:930,0,1459 chrX 359824 . GA G 166.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.242;DP=57;FS=5.449;HaplotypeScore=140.7417;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.82;MQ0=0;MQRankSum=0.810;QD=2.93;RPA=15,14;RU=A;ReadPosRankSum=0.961;SB=-7.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,12:57:99:206,0,185 chrX 361635 . T TCAC 418.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.769;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=72.8335;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=0.769;QD=15.52;RPA=3,4;RU=CAC;ReadPosRankSum=1.077;SB=-5.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,10:27:99:458,0,287 chrX 374280 . AAC A 927.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.636;DP=67;FS=5.519;HaplotypeScore=294.8965;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.56;MQ0=0;MQRankSum=-3.625;QD=13.85;ReadPosRankSum=-0.282;SB=-4.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,29:67:99:967,0,1272 chrX 374410 . G GC 485.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.980;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=232.3883;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.831;QD=9.17;ReadPosRankSum=-0.651;SB=-4.000e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,22:51:99:525,0,852 chrX 374412 . AG A 427.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.907;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=229.1302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.921;QD=8.39;ReadPosRankSum=-0.714;SB=-3.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,22:49:99:467,0,864 chrX 376292 . TA T 209.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.093;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=61.0184;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.062;QD=4.37;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.920;SB=-1.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,19:48:99:249,0,434 chrX 377813 . A ATT 2112.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.183;DP=151;FS=1.326;HaplotypeScore=684.4209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.71;MQ0=0;MQRankSum=-4.630;QD=13.99;RPA=1,3;RU=T;ReadPosRankSum=1.074;SB=-9.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,68:151:99:2152,0,2633 chrX 377910 . C CTT 2727.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.465;DP=167;FS=24.222;HaplotypeScore=1204.1084;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.97;MQ0=0;MQRankSum=-6.751;QD=16.34;RPA=4,6;RU=T;ReadPosRankSum=-0.755;SB=-6.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,83:167:99:2767,0,1980 chrX 377943 . TGA T 1795.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.316;DP=137;FS=18.990;HaplotypeScore=1079.1424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.08;MQ0=0;MQRankSum=-6.943;QD=13.11;ReadPosRankSum=3.544;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,62:137:99:1835,0,2295 chrX 378340 . C CA 1164.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.684;DP=90;FS=4.456;HaplotypeScore=306.0234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.02;MQ0=0;MQRankSum=-1.925;QD=12.94;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=0.822;SB=-3.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,47:90:99:1204,0,921 chrX 378441 . GT G 385.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.210;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=19.9580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.591;QD=5.59;RPA=7,6;RU=T;ReadPosRankSum=1.738;SB=-2.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,22:68:99:425,0,790 chrX 378544 . A ATT 1549.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.424;DP=150;FS=8.818;HaplotypeScore=491.8164;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.936;QD=10.33;RPA=6,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.474;SB=-5.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,55:150:99:1589,0,1712 chrX 383673 . AT A 180.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.976;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=9.2712;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=0.497;QD=4.76;RPA=6,5;RU=T;ReadPosRankSum=0.350;SB=-3.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,14:38:99:220,0,467 chrX 388260 . CAAA CAAAA,C 1401.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.136;DP=85;FS=6.540;HaplotypeScore=153.4257;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=0.712;QD=16.49;RPA=15,16,12;RU=A;ReadPosRankSum=-1.288;SB=-4.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:41,0,26:85:99:1480,1054,1236,547,0,1669 chrX 389859 . A AT 131.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.206;DP=33;FS=6.107;HaplotypeScore=24.7012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.950;QD=4.00;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.537;SB=-3.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,10:33:99:171,0,337 chrX 390996 . GA G 759.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.132;DP=99;FS=0.806;HaplotypeScore=38.9858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.438;QD=7.68;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.277;SB=-3.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,50:99:99:799,0,711 chrX 391256 . AG A 750.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.277;DP=83;FS=8.420;HaplotypeScore=222.8943;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.683;QD=9.05;ReadPosRankSum=-2.775;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,40:82:99:790,0,1323 chrX 391437 . CT C 1190.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=53.5044;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.12;MQ0=0;QD=22.47;RPA=7,6;RU=T;SB=-5.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:53:99:1233,153,0 chrX 391631 . GA G 619.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=66.9545;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.80;MQ0=0;QD=22.14;RPA=5,4;RU=A;SB=-2.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,27:28:75:662,75,0 chrX 391758 . GA G 385.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.472;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=160.0270;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=1.185;QD=6.89;RPA=6,5;RU=A;ReadPosRankSum=0.645;SB=-1.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,29:56:99:425,0,456 chrX 395708 . A AC 2430.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=72.8578;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.16;MQ0=0;QD=35.23;SB=-1.181e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,67:69:99:2473,190,0 chrX 396715 . TA T 664.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.497;DP=105;FS=8.369;HaplotypeScore=299.3897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.90;MQ0=0;MQRankSum=0.894;QD=6.33;RPA=6,5;RU=A;ReadPosRankSum=1.746;SB=-1.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,38:105:99:704,0,900 chrX 396952 . CT C 931.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.124;DP=167;FS=1.398;HaplotypeScore=56.8044;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=0.591;QD=5.58;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.279;SB=-4.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,62:166:99:971,0,1193 chrX 404066 . ACAG A 1930.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=59.9834;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.16;MQ0=0;QD=32.73;RPA=8,7;RU=CAG;SB=-8.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,44:59:99:1973,132,0 chrX 405274 . C CA 224.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.831;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=179.9615;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.535;QD=4.79;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.014;SB=-7.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,17:47:99:264,0,308 chrX 414136 . T TA 1120.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.569;DP=101;FS=6.783;HaplotypeScore=435.5369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.18;MQ0=0;MQRankSum=0.221;QD=11.10;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=-0.664;SB=-4.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,55:101:99:1160,0,670 chrX 414914 . C CT 670.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.085;DP=83;FS=5.729;HaplotypeScore=30.1734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQ0=0;MQRankSum=0.112;QD=8.08;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.162;SB=-1.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,35:83:99:710,0,528 chrX 417192 . C CA 1050.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.071;DP=99;FS=2.858;HaplotypeScore=27.9766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.658;QD=10.62;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=0.331;SB=-4.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,49:99:99:1090,0,812 chrX 424422 . C CA 351.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.417;DP=45;FS=1.777;HaplotypeScore=94.8533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.98;MQ0=0;MQRankSum=1.760;QD=7.82;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=0.081;SB=-3.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,19:45:99:391,0,399 chrX 424743 . GTTC G 799.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.974;DP=65;FS=2.640;HaplotypeScore=119.4177;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=0.282;QD=12.31;RPA=4,3;RU=TTC;ReadPosRankSum=0.591;SB=-1.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,22:65:99:839,0,1377 chrX 436489 . AT A 109.16 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.003;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=95.9238;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.61;MQ0=0;MQRankSum=-2.003;QD=8.40;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=2.003;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,7:13:8:150,8,0 chrX 436504 . T TTTTG 391.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.835;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=56.2080;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.825;QD=30.15;RPA=1,2;RU=TTTG;ReadPosRankSum=1.239;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,8:13:99:431,0,163 chrX 436624 . G GT,GTT 360.94 filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.060;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=41.0510;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=52.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.300;QD=15.04;RPA=11,12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.659;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:5,12,7:24:99:439,131,113,170,0,181 chrX 438674 . GA G 1200.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.810;DP=147;FS=12.650;HaplotypeScore=88.6070;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=1.526;QD=8.17;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=0.683;SB=-5.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,66:147:99:1240,0,1809 chrX 448869 . T TAC 454.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=52.1828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=66.18;MQ0=0;QD=20.68;SB=-4.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:63:497,63,0 chrX 453526 . GA G 1078.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.659;DP=149;FS=4.159;HaplotypeScore=77.1446;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.046;QD=7.24;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.729;SB=-4.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,67:149:99:1118,0,1292 chrX 457903 . CAAAAAAAAA C 1749.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;DP=37;FS=9.072;HaplotypeScore=55.3095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.40;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=47.30;RPA=21,12;RU=A;ReadPosRankSum=3.491;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,19:37:99:1789,0,427 chrX 458442 . G GT 629.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.311;DP=61;FS=15.671;HaplotypeScore=19.2742;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=1.488;QD=10.33;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.703;SB=-1.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,30:61:99:669,0,241 chrX 459766 . T TA 851.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.846;DP=74;FS=1.588;HaplotypeScore=147.5890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=0.148;QD=11.51;ReadPosRankSum=0.049;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,34:74:99:891,0,1143 chrX 460338 . AGTCAACAACT A 8211 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.223;DP=136;FS=5.720;HaplotypeScore=173.4784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.19;MQ0=0;MQRankSum=-8.754;QD=60.38;ReadPosRankSum=0.289;SB=-2.404e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,80:136:99:8211,0,6078 chrX 460377 . GA G 1213.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.669;DP=91;FS=2.030;HaplotypeScore=563.0704;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.71;MQ0=0;MQRankSum=-6.414;QD=13.34;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.915;SB=-3.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,45:91:99:1253,0,777 chrX 462616 . TC T 502.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.722;DP=58;FS=2.594;HaplotypeScore=229.3904;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.47;MQ0=0;MQRankSum=-3.083;QD=8.67;RPA=4,3;RU=C;ReadPosRankSum=0.375;SB=-1.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,22:58:99:542,0,621 chrX 462833 . C CT 472.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.226;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=65.9735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.117;QD=11.82;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=-0.323;SB=-2.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,21:40:99:512,0,493 chrX 464387 . C CA 95.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.398;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=71.1873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.398;QD=4.00;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=0.543;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,8:24:40:135,0,40 chrX 486263 . G GA 1576.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.429;DP=111;FS=1.839;HaplotypeScore=168.6073;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=0.237;QD=14.21;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.361;SB=-4.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,54:111:99:1616,0,1440 chrX 486349 . A AG 1516.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.158;DP=106;FS=1.662;HaplotypeScore=148.4468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=1.101;QD=14.31;ReadPosRankSum=0.213;SB=-6.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,48:106:99:1556,0,1390 chrX 486535 . G GAA 1236.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.656;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=80.1002;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.59;MQ0=0;MQRankSum=0.839;QD=14.22;RPA=6,8;RU=A;ReadPosRankSum=-2.419;SB=-3.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,41:87:99:1276,0,1074 chrX 491023 . GA G 1272.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=24.5921;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.54;MQ0=0;QD=18.72;RPA=9,8;RU=A;SB=-5.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,58:68:99:1315,176,0 chrX 521978 . AAT A 1165.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.095;DP=90;FS=2.987;HaplotypeScore=27.0652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.279;QD=12.96;RPA=2,1;RU=AT;ReadPosRankSum=0.836;SB=-4.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,36:90:99:1205,0,1710 chrX 523904 . TAAA T 1481.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.363;DP=121;FS=2.026;HaplotypeScore=188.1575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=3.654;QD=12.25;RPA=16,13;RU=A;ReadPosRankSum=1.083;SB=-5.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,35:121:99:1521,0,1021 chrX 525795 . A AT 226.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.410;DP=56;FS=12.784;HaplotypeScore=171.1509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.76;MQ0=0;MQRankSum=4.010;QD=4.05;ReadPosRankSum=-0.862;SB=-2.001e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,14:55:99:266,0,393 chrX 526729 . CT C 269.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.883;DP=38;FS=7.928;HaplotypeScore=49.8978;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=0.047;QD=7.10;ReadPosRankSum=0.926;SB=-5.300e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,12:38:99:309,0,892 chrX 526799 . TTA T 1125.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.395;DP=80;FS=14.371;HaplotypeScore=51.1214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=0.517;QD=14.07;ReadPosRankSum=-1.429;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,35:80:99:1165,0,1618 chrX 528517 . AT A 970.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.487;DP=120;FS=1.604;HaplotypeScore=204.3848;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=1.007;QD=8.09;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.701;SB=-4.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,59:120:99:1010,0,850 chrX 529521 . C CT 314.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.128;DP=71;FS=3.640;HaplotypeScore=304.4921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.65;MQ0=0;MQRankSum=-5.485;QD=4.44;ReadPosRankSum=-0.854;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,22:71:99:354,0,1297 chrX 529537 . A AT 633.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.708;DP=77;FS=0.977;HaplotypeScore=283.8626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.96;MQ0=0;MQRankSum=-5.859;QD=8.23;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=-0.519;SB=-3.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,25:77:99:673,0,1231 chrX 529735 . GA G 373.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.749;DP=72;FS=21.787;HaplotypeScore=53.8028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.884;QD=5.19;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=3.342;SB=-7.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,29:72:99:413,0,531 chrX 533814 . GT G 1089.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.426;DP=133;FS=1.512;HaplotypeScore=160.6306;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=0.735;QD=8.20;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=-1.012;SB=-4.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,61:133:99:1129,0,1402 chrX 533912 . TA T 485.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.317;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=73.5805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=0.148;QD=5.46;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.585;SB=-1.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,34:89:99:525,0,550 chrX 538525 . C CT 506.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.520;DP=44;FS=37.123;HaplotypeScore=75.0429;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.302;QD=11.52;ReadPosRankSum=1.591;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,14:44:99:546,0,889 chrX 542676 . T TG 358.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.462;DP=31;FS=8.557;HaplotypeScore=46.5646;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.157;QD=11.58;RPA=2,3;RU=G;ReadPosRankSum=-0.284;SB=-1.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,15:31:99:398,0,384 chrX 542941 . T TA 836.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.262;DP=102;FS=0.970;HaplotypeScore=37.1060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.414;QD=8.21;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=-0.215;SB=-2.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,46:102:99:876,0,750 chrX 543291 . AT A 948.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.014;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=168.5828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.29;MQ0=0;MQRankSum=-3.172;QD=8.32;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=-1.476;SB=-2.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,46:114:99:988,0,1634 chrX 548539 . CAA C 2910.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=248.6944;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.62;MQ0=0;QD=23.48;RPA=10,8;RU=A;SB=-9.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,96:123:99:2953,276,0 chrX 555085 . G GA 555.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.037;DP=129;FS=2.990;HaplotypeScore=175.2787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.870;QD=4.31;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-1.435;SB=-2.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,34:129:99:595,0,582 chrX 568755 . T TA 683.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.015;DP=123;FS=8.346;HaplotypeScore=105.9741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.925;QD=5.56;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.857;SB=-3.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,35:123:99:723,0,326 chrX 570599 . G GT,GTT 890.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=59;FS=3.445;HaplotypeScore=94.0899;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.27;MQ0=0;MQRankSum=0.578;QD=15.10;RPA=11,12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.660;SB=-4.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:25,14,17:59:99:969,415,325,284,0,211 chrX 570786 . AAT A 478.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.382;DP=42;FS=2.869;HaplotypeScore=80.4089;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.005;QD=11.40;ReadPosRankSum=-0.581;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,13:42:99:518,0,383 chrX 572214 . AT A 277.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.943;DP=74;FS=7.272;HaplotypeScore=58.6152;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQ0=0;MQRankSum=0.438;QD=3.76;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.490;SB=-4.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,25:74:99:317,0,824 chrX 575252 . G GA 453.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.480;DP=110;FS=12.441;HaplotypeScore=61.7675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.04;MQ0=0;MQRankSum=2.012;QD=4.13;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-1.214;SB=-1.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,27:110:99:493,0,599 chrX 576840 . TA T 964.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=77.4909;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.95;MQ0=0;QD=25.39;RPA=2,1;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,32:38:87:1007,87,0 chrX 580241 . G GCCC 698.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.320;DP=76;FS=5.300;HaplotypeScore=190.8726;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.59;MQ0=0;MQRankSum=-3.612;QD=9.20;RPA=7,10;RU=C;ReadPosRankSum=-1.366;SB=-1.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,13:76:99:738,0,1542 chrX 580252 . T TC 1236.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.258;DP=107;FS=0.804;HaplotypeScore=260.7444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=4.181;QD=11.56;ReadPosRankSum=3.212;SB=-6.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,45:107:99:1276,0,582 chrX 581795 . T TGTAG 2096.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.213;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=133.5055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=0.097;QD=24.38;RPA=1,2;RU=GTAG;ReadPosRankSum=-0.979;SB=-2.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,41:86:99:2136,0,2236 chrX 582424 . CT C 2026.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=297.1642;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.92;MQ0=0;QD=34.95;SB=-7.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,53:58:99:2069,171,0 chrX 582469 . 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CATATATATACCTATATATAATAT C 4768 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.900;DP=57;FS=2.080;HaplotypeScore=75.6740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.28;MQ0=0;MQRankSum=-2.219;QD=83.65;ReadPosRankSum=1.860;SB=-1.660e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,19:57:99:4768,0,531 chrX 604524 . GAT G 4099 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=57.2211;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.38;MQ0=1;QD=37.26;RPA=3,2;RU=AT;SB=-7.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,103:109:99:4099,310,0 chrX 606508 . CT C 975.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=166.2357;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.91;MQ0=0;QD=26.38;RPA=2,1;RU=T;SB=-4.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,32:37:87:1018,87,0 chrX 606609 . GT G 1528.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=259.3779;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.87;MQ0=0;QD=37.29;SB=-6.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:41:99:1571,120,0 chrX 606780 . 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A AAT,AT 1741.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=437.4416;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=41.21;MQ0=0;QD=26.80;SB=-5.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:10,23,31:65:99:1820,775,923,876,0,712 chrX 607874 . G GT 1817.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=289.2914;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.40;MQ0=0;QD=34.96;SB=-7.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:52:99:1860,147,0 chrX 608049 . A AT 2455.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.772;DP=128;FS=2.958;HaplotypeScore=501.6583;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.495;QD=19.19;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.410;SB=-4.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,108:128:99:2498,253,0 chrX 608565 . AT A 2315.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.165;DP=178;FS=0.000;HaplotypeScore=395.6062;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.170;QD=13.01;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.183;SB=-9.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,130:178:99:2358,285,0 chrX 610838 . CA C 5369 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=198;FS=0.000;HaplotypeScore=420.6791;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.38;MQ0=1;QD=27.12;RPA=4,3;RU=A;SB=-2.610e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,196:197:99:5369,559,0 chrX 612980 . AT A 1089.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.000;DP=93;FS=3.163;HaplotypeScore=130.5057;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.11;MQ0=0;MQRankSum=0.515;QD=11.72;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=0.578;SB=-7.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,43:93:99:1129,0,1165 chrX 613110 . AT A 271.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.133;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=106.6140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=0.471;QD=9.71;RPA=8,7;RU=T;ReadPosRankSum=0.582;SB=-1.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,15:28:99:311,0,187 chrX 617534 . A AG 1067.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.378;DP=74;FS=2.206;HaplotypeScore=23.8623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.054;QD=14.43;ReadPosRankSum=1.497;SB=-4.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,36:74:99:1107,0,858 chrX 618022 . A AT 677.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.112;DP=87;FS=0.957;HaplotypeScore=61.4655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.30;MQ0=1;MQRankSum=0.177;QD=7.79;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=0.926;SB=-2.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,39:84:99:717,0,554 chrX 620086 . C CT 577.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.838;DP=50;FS=1.303;HaplotypeScore=280.7283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.59;MQ0=0;MQRankSum=-4.299;QD=11.56;ReadPosRankSum=1.180;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,19:50:99:617,0,1015 chrX 620114 . GTCCT G 921.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.876;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=373.0670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.24;MQ0=0;MQRankSum=-5.896;QD=15.63;ReadPosRankSum=1.439;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,19:59:99:961,0,1831 chrX 620121 . GCTAACGCAAA G 2067.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.838;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=213.3193;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.72;MQ0=0;MQRankSum=-5.858;QD=40.55;ReadPosRankSum=1.529;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,19:51:99:2107,0,3678 chrX 620343 . AATAT A 1418.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.774;DP=79;FS=6.612;HaplotypeScore=209.1175;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.398;QD=17.96;ReadPosRankSum=0.489;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,31:79:99:1458,0,1746 chrX 620479 . C CA 452.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.468;DP=39;FS=1.386;HaplotypeScore=17.2918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.262;QD=11.61;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=-1.732;SB=-1.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,20:39:99:492,0,354 chrX 620582 . T TC 1138.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.335;DP=72;FS=2.992;HaplotypeScore=41.6868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.576;QD=15.82;ReadPosRankSum=0.399;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,34:72:99:1178,0,573 chrX 620733 . AT A 849.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.351;DP=82;FS=3.311;HaplotypeScore=123.7879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.261;QD=10.37;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=1.207;SB=-3.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,34:82:99:889,0,840 chrX 621454 . TG T 337.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.925;DP=39;FS=1.331;HaplotypeScore=18.4049;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.83;MQ0=0;MQRankSum=0.578;QD=8.67;RPA=4,3;RU=G;ReadPosRankSum=0.032;SB=-1.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,15:39:99:377,0,579 chrX 636894 . 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CT C 1503.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=367.2855;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.95;MQ0=0;QD=20.60;RPA=7,6;RU=T;SB=-6.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,64:73:99:1546,186,0 chrX 677390 . TTA T 589.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=301.4699;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.32;MQ0=0;QD=9.36;RPA=8,7;RU=TA;SB=-1.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,20:63:57:632,57,0 chrX 697010 . CT C 2493.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.708;DP=164;FS=3.005;HaplotypeScore=267.1340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.84;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=15.21;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.888;SB=-1.159e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,132:164:99:2536,324,0 chrX 698212 . A AT 3211.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.677;DP=143;FS=3.761;HaplotypeScore=45.9149;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.577;QD=22.46;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.137;SB=-1.321e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,123:143:99:3254,354,0 chrX 701771 . CACACACACATAC C,CAC 6832 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=98.4029;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=39.28;MQ0=0;QD=66.98;SB=-1.535e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:52,0,0:89:99:6832,1951,1909,365,0,139 chrX 701905 . A AC 5894 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=211;FS=0.000;HaplotypeScore=1102.1652;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.22;MQ0=0;QD=27.93;SB=-1.978e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,188:191:99:5894,472,0 chrX 702817 . G GA 2822.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.242;DP=120;FS=11.802;HaplotypeScore=168.2942;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.490;QD=23.52;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=0.719;SB=-1.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,112:114:99:2865,294,0 chrX 702908 . T TG 1523.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=374.8289;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.66;MQ0=0;QD=20.32;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,68:56:99:1566,141,0 chrX 708494 . A AC 799.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=205.7659;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.33;MQ0=0;QD=32.00;RPA=2,3;RU=C;SB=-6.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:75:842,75,0 chrX 708513 . CT C 769.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=228.2228;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.10;MQ0=0;QD=27.50;RPA=3,2;RU=T;SB=-6.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,26:28:75:812,75,0 chrX 714191 . G GT 275.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.439;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=305.4677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=0.732;QD=16.23;ReadPosRankSum=3.367;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,10:17:99:315,0,170 chrX 714197 . GA G 236.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.367;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=122.0228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.439;QD=13.94;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=3.074;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,10:17:99:276,0,204 chrX 745496 . T TG 115.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.453;DP=50;FS=4.619;HaplotypeScore=126.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.12;MQ0=11;MQRankSum=2.485;QD=2.32;RPA=2,3;RU=G;ReadPosRankSum=0.420;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,12:23:99:155,0,440 chrXI 457 . C CA 339.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=147.7107;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.33;MQ0=2;QD=12.59;SB=-1.139e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:11:30:382,30,0 chrXI 472 . C CA 349.02 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.302;DP=38;FS=4.559;HaplotypeScore=302.0863;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.38;MQ0=2;MQRankSum=0.238;QD=9.18;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=0.556;SB=-5.387e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,30:19:16:388,0,16 chrXI 508 . A AT 179.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.239;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=437.7212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.08;MQ0=4;MQRankSum=1.173;QD=4.19;ReadPosRankSum=-0.178;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,8:25:99:219,0,101 chrXI 526 . C CTA 1245.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.168;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=450.5205;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.11;MQ0=6;MQRankSum=0.168;QD=23.07;ReadPosRankSum=-1.509;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:31:88:1288,88,0 chrXI 730 . A AT 447.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.501;DP=70;FS=31.356;HaplotypeScore=586.4012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.16;MQ0=3;MQRankSum=-0.886;QD=6.40;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=-0.248;SB=-3.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,26:36:99:487,0,318 chrXI 736 . AC A 513.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.596;DP=64;FS=35.831;HaplotypeScore=561.6250;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.76;MQ0=4;MQRankSum=-1.162;QD=8.03;ReadPosRankSum=-1.633;SB=-2.900e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,26:35:99:553,0,369 chrXI 1143 . T TG 907.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.430;DP=153;FS=13.087;HaplotypeScore=2057.3677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.47;MQ0=40;MQRankSum=-0.282;QD=5.93;ReadPosRankSum=3.179;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:119,34:96:99:947,0,1339 chrXI 1155 . TC T 1735.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.375;DP=168;FS=16.606;HaplotypeScore=2273.8185;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.23;MQ0=46;MQRankSum=-1.923;QD=10.33;ReadPosRankSum=1.393;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:122,46:105:99:1775,0,1212 chrXI 1394 . TC T 468.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.096;DP=51;FS=14.418;HaplotypeScore=380.2597;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.91;MQ0=14;MQRankSum=1.994;QD=9.20;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=-0.323;SB=-1.868e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,20:33:99:508,0,234 chrXI 3318 . GA G 679.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=193.9288;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.09;MQ0=0;QD=22.67;RPA=5,4;RU=A;SB=-2.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,26:30:78:722,78,0 chrXI 3343 . G GA 675.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=189.2551;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.99;MQ0=0;QD=26.00;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,24:26:75:718,75,0 chrXI 3352 . C CAA 611.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=228.3805;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.17;MQ0=0;QD=20.40;RPA=8,10;RU=A;SB=-2.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,16:30:63:654,63,0 chrXI 3477 . CA C 1610.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=41.8497;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;QD=28.26;RPA=2,1;RU=A;SB=-7.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:57:99:1653,150,0 chrXI 7652 . GATA G 2865.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=458.8910;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.21;MQ0=0;QD=42.15;RPA=2,1;RU=ATA;SB=-1.094e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:68:99:2908,195,0 chrXI 7663 . C CT 345.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.024;DP=73;FS=3.469;HaplotypeScore=733.8220;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.84;MQ0=0;MQRankSum=-4.514;QD=4.74;ReadPosRankSum=0.430;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,24:73:99:385,0,1029 chrXI 8331 . T TA 1260.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.345;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=291.4886;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.121;QD=11.78;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.442;SB=-5.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,53:107:99:1303,99,0 chrXI 11931 . TA T 928.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.274;DP=122;FS=1.546;HaplotypeScore=190.6167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.556;QD=7.61;RPA=6,5;RU=A;ReadPosRankSum=-0.034;SB=-4.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,53:122:99:968,0,1168 chrXI 12343 . CTT C 1977.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.087;DP=96;FS=1.725;HaplotypeScore=287.3338;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.647;QD=20.60;ReadPosRankSum=1.786;SB=-9.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,48:96:99:2017,0,1463 chrXI 12693 . T TG,TC 2966.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=695.4260;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=46.79;MQ0=0;QD=27.99;SB=-8.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:10,45,45:106:99:3045,1018,745,1087,0,847 chrXI 13354 . A AT 1224.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.025;DP=84;FS=9.234;HaplotypeScore=570.3318;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.928;QD=14.58;ReadPosRankSum=1.781;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,38:84:99:1264,0,1332 chrXI 13740 . TC T 958.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.624;DP=118;FS=2.600;HaplotypeScore=361.9223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.57;MQ0=0;MQRankSum=-2.384;QD=8.13;ReadPosRankSum=0.037;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,46:118:99:998,0,1870 chrXI 16950 . GTT G 903.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.445;DP=100;FS=7.288;HaplotypeScore=113.2022;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.319;QD=9.04;RPA=6,4;RU=T;ReadPosRankSum=0.200;SB=-4.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,37:100:99:943,0,1731 chrXI 18399 . GT G 1791.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=22.8809;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.43;MQ0=0;QD=21.85;RPA=8,7;RU=T;SB=-8.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,76:82:99:1834,222,0 chrXI 18764 . GA G 1278.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.897;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=142.8640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=0.651;QD=9.62;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=-1.213;SB=-5.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,58:133:99:1318,0,1825 chrXI 19282 . GATTA G 2888.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.235;DP=80;FS=1.909;HaplotypeScore=457.0460;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.39;MQ0=0;MQRankSum=0.641;QD=36.11;ReadPosRankSum=3.317;SB=-1.194e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,61:79:99:2931,141,0 chrXI 19287 . GGA G 1691.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.979;DP=74;FS=7.592;HaplotypeScore=587.3704;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.10;MQ0=0;MQRankSum=0.020;QD=22.86;ReadPosRankSum=3.955;SB=-6.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,61:73:99:1734,172,0 chrXI 19388 . CTT C 3348 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=523.5380;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.70;MQ0=0;QD=29.37;RPA=9,7;RU=T;SB=-1.451e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,102:114:99:3348,292,0 chrXI 19607 . GA G 1369.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=372.9000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.61;MQ0=0;QD=26.35;RPA=2,1;RU=A;SB=-2.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,43:51:99:1412,123,0 chrXI 19855 . TA T 657.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=9.8892;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.68;MQ0=0;QD=20.56;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,31:32:87:700,87,0 chrXI 20173 . C CACTCAATCCAAGA 5694 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=195.5010;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.59;MQ0=0;QD=111.65;SB=-2.587e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,19:50:99:5694,126,0 chrXI 20203 . C CA 413.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.199;DP=51;FS=4.453;HaplotypeScore=381.5339;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=8.12;RPA=5,6;RU=A;ReadPosRankSum=0.263;SB=-2.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,23:51:72:453,0,72 chrXI 20319 . G GA 751.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.290;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=393.9222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.60;MQ0=0;MQRankSum=-4.043;QD=9.06;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=1.268;SB=-1.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,40:83:99:791,0,834 chrXI 20533 . TC T 1919.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=489.2548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.15;MQ0=0;QD=28.23;RPA=3,2;RU=C;SB=-5.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:68:99:1962,186,0 chrXI 21247 . A AT 585.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.146;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=696.8494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.48;MQ0=0;MQRankSum=1.853;QD=4.76;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=-1.894;SB=-2.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,33:123:99:625,0,205 chrXI 21945 . GC G 1133.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=43.6054;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.45;MQ0=0;QD=24.65;RPA=7,6;RU=C;SB=-4.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,34:46:99:1176,123,0 chrXI 22132 . GT G 3676 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=682.9775;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.79;MQ0=0;QD=26.83;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.781e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,129:137:99:3676,370,0 chrXI 24434 . AT A 2202.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=580.1750;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.81;MQ0=0;QD=27.54;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.106e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,75:80:99:2245,216,0 chrXI 24728 . G GA 611.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.100;DP=66;FS=0.996;HaplotypeScore=44.7594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.81;MQ0=0;MQRankSum=1.278;QD=9.27;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=0.238;SB=-2.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,33:66:99:651,0,504 chrXI 24905 . TA T 1894.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.855;DP=136;FS=13.059;HaplotypeScore=147.5439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=0.193;QD=13.93;ReadPosRankSum=-0.497;SB=-9.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,72:136:99:1934,0,1725 chrXI 25077 . TA T 519.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.379;DP=63;FS=1.070;HaplotypeScore=646.4439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.65;MQ0=0;MQRankSum=-2.874;QD=8.25;RPA=7,6;RU=A;ReadPosRankSum=-1.256;SB=-2.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:63:99:559,0,500 chrXI 25095 . TGGCATGGCATAC T 7247 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=203.4052;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.55;MQ0=0;QD=96.63;SB=-2.994e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,64:75:99:7247,171,0 chrXI 34159 . T TAC 1424.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.283;DP=101;FS=11.172;HaplotypeScore=32.0750;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.23;MQ0=0;MQRankSum=0.899;QD=14.11;ReadPosRankSum=-1.257;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,59:101:99:1464,0,810 chrXI 36666 . GT G 537.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.280;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=87.7494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.244;QD=9.78;RPA=7,6;RU=T;ReadPosRankSum=-0.818;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,28:55:99:577,0,501 chrXI 38152 . A AT 308.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.372;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=70.3722;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=0.130;QD=5.94;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.237;SB=-1.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,21:52:99:348,0,464 chrXI 38174 . GT G 382.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.396;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=44.5176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.444;QD=10.35;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=-0.225;SB=-1.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,16:37:99:422,0,599 chrXI 38633 . GAAGA G 1445.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.615;DP=58;FS=4.332;HaplotypeScore=142.7126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.05;MQ0=0;MQRankSum=2.828;QD=24.93;RPA=2,1;RU=AAGA;ReadPosRankSum=-0.626;SB=-6.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,19:58:99:1485,0,273 chrXI 38637 . A AAGAAG 1500.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.099;DP=58;FS=10.201;HaplotypeScore=143.6006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.12;MQ0=0;MQRankSum=2.338;QD=25.88;ReadPosRankSum=-2.839;SB=-4.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,33:58:99:1540,0,683 chrXI 42394 . T TA 596.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.054;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=167.7272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.54;MQ0=0;MQRankSum=0.202;QD=11.71;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=-0.202;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,26:51:99:636,0,555 chrXI 46509 . C CAA 391.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.818;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=18.1442;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.310;QD=9.33;RPA=8,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.044;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,16:42:99:431,0,634 chrXI 63834 . T TA 816.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;DP=137;FS=0.827;HaplotypeScore=50.2407;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.003;QD=5.96;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=-1.379;SB=-1.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,48:137:99:856,0,1311 chrXI 66439 . T TTTC 3497 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=131.7032;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.28;MQ0=0;QD=40.20;RPA=1,2;RU=TTC;SB=-1.656e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,67:87:99:3497,217,0 chrXI 67700 . C CT 308.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.113;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=121.3971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.680;QD=11.88;ReadPosRankSum=-2.260;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,12:26:99:348,0,415 chrXI 68355 . GGAA G 443.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.093;DP=16;FS=8.129;HaplotypeScore=215.3673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.83;MQ0=0;MQRankSum=1.660;QD=27.75;ReadPosRankSum=2.237;SB=-5.821e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,9:16:61:483,0,61 chrXI 68361 . TGCGGAA T 728.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.729;DP=16;FS=6.117;HaplotypeScore=195.3868;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.061;QD=45.54;ReadPosRankSum=2.122;SB=-1.084e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,9:16:11:770,11,0 chrXI 68454 . G GCC 956.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=120.1972;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.96;MQ0=0;QD=45.57;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:21:63:999,63,0 chrXI 68468 . T TG 1055.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=139.4277;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.58;MQ0=0;QD=36.41;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:29:87:1098,87,0 chrXI 70585 . G GA 103.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=35.5248;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.94;MQ0=0;QD=8.59;RPA=8,9;RU=A;SB=-2.487e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,8:12:18:145,18,0 chrXI 78823 . GTT G 1705.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=169.0072;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.48;MQ0=0;QD=37.09;RPA=3,1;RU=T;SB=-7.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,25:46:99:1748,138,0 chrXI 78838 . TA T 1089.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=272.5773;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.61;MQ0=0;QD=17.30;RPA=10,9;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,60:63:99:1132,146,0 chrXI 80839 . C CTT 2823.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.513;DP=162;FS=2.178;HaplotypeScore=662.7306;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.368;QD=17.43;RPA=5,7;RU=T;ReadPosRankSum=1.721;SB=-1.171e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,95:162:99:2863,0,1486 chrXI 80905 . CT CTT,C 1066.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.840;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=256.0681;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.62;MQ0=0;MQRankSum=1.249;QD=9.79;RPA=12,13,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.421;SB=-5.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:42,2,33:109:99:1145,588,813,657,0,1023 chrXI 83812 . A AT 748.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=372.4741;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.00;MQ0=0;QD=21.40;RPA=5,6;RU=T;SB=-2.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,29:35:90:791,90,0 chrXI 83878 . C CA 1291.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=408.8487;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.78;MQ0=0;QD=23.93;RPA=5,6;RU=A;SB=-4.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,51:54:99:1334,150,0 chrXI 84293 . TA T 1042.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=413.6790;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.96;MQ0=0;QD=16.05;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,21:61:99:1085,125,0 chrXI 84294 . AATTT A 1141.02 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.015;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=391.3290;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.783;QD=17.55;ReadPosRankSum=0.346;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,18:61:16:1180,0,16 chrXI 89276 . G GTAA 4782 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.397;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=799.3470;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.758;QD=48.80;ReadPosRankSum=0.902;SB=-1.799e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,92:98:99:4782,280,0 chrXI 92108 . C CA 240.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.796;DP=20;FS=2.029;HaplotypeScore=91.4521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.91;MQ0=0;MQRankSum=0.515;QD=12.05;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=0.515;SB=-9.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,12:20:99:280,0,115 chrXI 92266 . ATG A 1182.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.013;DP=64;FS=9.765;HaplotypeScore=883.8063;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.392;QD=18.48;ReadPosRankSum=0.541;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,29:64:99:1222,0,1061 chrXI 92279 . A AT 1311.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=785.5955;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.68;MQ0=0;QD=23.85;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,23:55:99:1354,149,0 chrXI 92298 . G GT 896.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=535.2710;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.40;MQ0=0;QD=24.24;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,33:37:99:939,99,0 chrXI 92655 . A AT,ATT 734.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.714;DP=40;FS=4.175;HaplotypeScore=194.5128;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=39.82;MQ0=0;MQRankSum=1.631;QD=18.37;RPA=10,11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.427;SB=-2.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:6,14,19:40:99:813,385,313,246,0,211 chrXI 92697 . C CT 375.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.965;DP=59;FS=2.664;HaplotypeScore=309.3271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.13;MQ0=0;MQRankSum=-3.114;QD=6.37;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=-0.075;SB=-9.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,21:59:99:415,0,699 chrXI 92714 . G GTT 936.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.447;DP=83;FS=2.734;HaplotypeScore=348.2170;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.424;QD=11.29;RPA=5,7;RU=T;ReadPosRankSum=-1.028;SB=-1.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,33:83:99:976,0,1179 chrXI 94462 . TA T 678.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.081;DP=81;FS=6.160;HaplotypeScore=185.7175;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.74;MQ0=0;MQRankSum=1.227;QD=8.38;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=-0.146;SB=-8.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,35:81:99:718,0,671 chrXI 96630 . C CT 2625.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=184.0645;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.37;MQ0=0;QD=22.83;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.315e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,97:115:99:2668,291,0 chrXI 98195 . AG A 214.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.644;DP=18;FS=3.522;HaplotypeScore=88.3994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.489;QD=11.94;RPA=5,4;RU=G;ReadPosRankSum=1.644;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,10:18:99:254,0,180 chrXI 98218 . CA C 647.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=55.4241;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=30.86;RPA=2,1;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,20:21:60:690,60,0 chrXI 98349 . AT A 62.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.221;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=137.3214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.33;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=2.62;RPA=7,6;RU=T;ReadPosRankSum=0.956;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,7:24:46:102,0,46 chrXI 98642 . AG A 470.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.029;DP=40;FS=3.497;HaplotypeScore=207.5531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.15;MQ0=0;MQRankSum=3.236;QD=11.77;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=-0.167;SB=-1.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:40:99:510,0,535 chrXI 109847 . A AT 696.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.132;DP=93;FS=3.372;HaplotypeScore=579.8317;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.73;MQ0=0;MQRankSum=-6.204;QD=7.49;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.116;SB=-2.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,42:91:99:736,0,643 chrXI 113003 . GA G 1078.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=78.1586;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.51;MQ0=0;QD=20.75;RPA=7,6;RU=A;SB=-4.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,49:52:99:1121,132,0 chrXI 115411 . TAG T 706.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.210;DP=81;FS=15.497;HaplotypeScore=35.0359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.339;QD=8.73;RPA=2,1;RU=AG;ReadPosRankSum=-1.436;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,24:81:99:746,0,1048 chrXI 122415 . C CA 617.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.134;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=18.6356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.41;MQ0=0;MQRankSum=0.281;QD=12.61;RPA=3,4;RU=A;ReadPosRankSum=-2.647;SB=-2.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,30:49:99:657,0,336 chrXI 126103 . GGAA G 505.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.714;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=178.4690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.69;MQ0=0;MQRankSum=4.526;QD=6.93;RPA=10,9;RU=GAA;ReadPosRankSum=1.393;SB=-2.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,18:73:99:545,0,866 chrXI 136494 . A AT 937.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.693;DP=97;FS=4.257;HaplotypeScore=53.9069;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=0.475;QD=9.67;RPA=3,4;RU=T;ReadPosRankSum=1.840;SB=-3.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,45:97:99:977,0,972 chrXI 137170 . CGCTGTATA C 2561.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.190;DP=59;FS=5.854;HaplotypeScore=26.3565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=0.753;QD=43.42;ReadPosRankSum=-2.078;SB=-7.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,32:59:99:2601,0,2208 chrXI 141600 . TA T 1106.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=18.0570;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.91;MQ0=0;QD=20.89;RPA=8,7;RU=A;SB=-2.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,52:53:99:1149,144,0 chrXI 142856 . G GT 1002.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.285;DP=145;FS=2.201;HaplotypeScore=67.2884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.103;QD=6.92;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.367;SB=-4.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,60:145:99:1042,0,1219 chrXI 143378 . C CA 809.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.882;DP=69;FS=2.204;HaplotypeScore=77.5535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.055;QD=11.74;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=-0.250;SB=-3.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,41:69:99:849,0,374 chrXI 144725 . A ACCG 283.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.327;DP=22;FS=1.871;HaplotypeScore=130.3264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.59;MQ0=0;MQRankSum=-3.470;QD=12.91;ReadPosRankSum=-2.245;SB=-7.800e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,6:22:99:323,0,496 chrXI 144779 . A ACCG 387.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.690;DP=31;FS=1.655;HaplotypeScore=254.4040;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.02;MQ0=0;MQRankSum=-2.335;QD=12.52;ReadPosRankSum=-0.176;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,7:30:99:427,0,774 chrXI 144790 . CGTT C 350.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.324;DP=26;FS=5.102;HaplotypeScore=223.0027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.03;MQ0=0;MQRankSum=-2.614;QD=13.50;ReadPosRankSum=2.162;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,8:25:99:390,0,746 chrXI 144844 . CGTT C 285.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.109;DP=25;FS=4.834;HaplotypeScore=326.6331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.347;QD=11.44;ReadPosRankSum=-0.634;SB=-2.100e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,7:24:99:325,0,579 chrXI 145633 . TA TAA,T 1455.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=248.2371;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.75;MQ0=0;QD=16.00;RPA=11,12,10;RU=A;SB=-3.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:9,1,53:91:99:1534,1101,1380,634,0,711 chrXI 145726 . A AC 155.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.383;DP=60;FS=4.473;HaplotypeScore=216.4020;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.883;QD=2.60;ReadPosRankSum=-0.937;SB=-6.000e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,15:60:99:195,0,603 chrXI 145727 . T TA 1439.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=101.5181;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.55;MQ0=0;QD=24.41;RPA=5,6;RU=A;SB=-6.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,44:59:99:1482,168,0 chrXI 146380 . T TG 2219.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=58.9566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.43;MQ0=0;QD=36.39;SB=-9.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,58:61:99:2262,175,0 chrXI 146625 . AGT A 1845.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=483.4722;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.62;MQ0=0;QD=36.20;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,45:51:99:1888,129,0 chrXI 146917 . G GT 1909.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=927.6453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.22;MQ0=0;QD=23.29;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,57:82:99:1952,236,0 chrXI 146922 . GT G 1483.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=692.9855;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.18;MQ0=0;QD=24.73;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1526,173,0 chrXI 147108 . G GA 1506.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.912;DP=87;FS=2.748;HaplotypeScore=147.9054;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.161;QD=17.32;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.520;SB=-5.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,71:87:99:1549,167,0 chrXI 162425 . TA T 875.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.346;DP=52;FS=5.693;HaplotypeScore=76.8198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.461;QD=16.85;ReadPosRankSum=-0.169;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,28:52:99:915,0,514 chrXI 162682 . G GT 622.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.454;DP=82;FS=1.934;HaplotypeScore=31.1978;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=1.025;QD=7.60;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.066;SB=-2.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,37:82:99:662,0,733 chrXI 165087 . TAGA T 615.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.936;DP=28;FS=12.842;HaplotypeScore=7.5673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.161;QD=22.00;RPA=2,1;RU=AGA;ReadPosRankSum=-0.290;SB=-3.269e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,16:28:99:655,0,319 chrXI 167456 . TG T 593.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.329;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=14.9848;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.374;QD=12.37;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=-2.168;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:48:99:633,0,661 chrXI 171227 . G GA 4141 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;FS=0.000;HaplotypeScore=547.3427;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.48;MQ0=0;QD=24.65;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.722e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,155:168:99:4141,456,0 chrXI 179184 . GA G 1022.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=265.6595;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.77;MQ0=0;QD=23.25;RPA=8,7;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:44:99:1065,129,0 chrXI 180295 . CAA C 1016.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.047;DP=65;FS=1.231;HaplotypeScore=141.9853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.972;QD=15.65;RPA=3,1;RU=A;ReadPosRankSum=-2.769;SB=-3.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,24:65:99:1056,0,190 chrXI 182668 . G GT 166.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.211;DP=42;FS=1.503;HaplotypeScore=24.3851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.290;QD=3.98;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.647;SB=-5.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,10:42:99:206,0,242 chrXI 188678 . C CA 163.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.662;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=57.6919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.91;MQ0=0;MQRankSum=2.341;QD=3.15;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.566;SB=-1.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,15:52:99:203,0,291 chrXI 188972 . CA C 1616.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.275;DP=120;FS=5.962;HaplotypeScore=91.8971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.663;QD=13.47;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=0.679;SB=-7.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,60:120:99:1656,0,1654 chrXI 195054 . AT A 318.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.917;DP=52;FS=9.499;HaplotypeScore=231.5823;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.81;MQ0=0;MQRankSum=1.317;QD=6.13;RPA=8,7;RU=T;ReadPosRankSum=-1.650;SB=-2.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:52:99:358,0,262 chrXI 196211 . GAAAAAA G 1502.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.288;DP=79;FS=5.153;HaplotypeScore=272.4889;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.38;MQ0=0;MQRankSum=1.931;QD=19.02;RPA=17,11;RU=A;ReadPosRankSum=2.343;SB=-4.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,28:79:99:1542,0,1512 chrXI 196848 . TTTGCAG T 1711.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=42.7373;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.25;MQ0=0;QD=48.91;RPA=3,2;RU=TTGCAG;SB=-8.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,27:35:75:1754,75,0 chrXI 200393 . C CTTTATT 4323 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=178.8115;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.93;MQ0=0;QD=61.76;SB=-1.565e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,62:70:99:4323,186,0 chrXI 200868 . GGC G 449.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.754;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=40.4961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.449;QD=11.54;RPA=2,1;RU=GC;ReadPosRankSum=0.770;SB=-7.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,15:39:99:489,0,728 chrXI 203074 . C CATT 902.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.455;DP=43;FS=14.768;HaplotypeScore=191.4133;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.96;MQ0=0;MQRankSum=0.855;QD=21.00;ReadPosRankSum=2.289;SB=-4.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,13:42:3:942,3,0 chrXI 203079 . T TTTC 889.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.844;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=216.7254;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.61;MQ0=0;MQRankSum=0.844;QD=22.82;ReadPosRankSum=1.809;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,14:38:47:932,47,0 chrXI 203124 . C CAT 1830.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=216.4264;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.90;MQ0=0;QD=39.80;SB=-9.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,23:46:99:1873,129,0 chrXI 203127 . T TC 303.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.468;DP=52;FS=25.007;HaplotypeScore=378.9136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.68;MQ0=0;MQRankSum=0.540;QD=5.85;ReadPosRankSum=1.164;SB=-4.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,19:52:99:343,0,250 chrXI 203143 . TG T 984.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.806;DP=63;FS=16.499;HaplotypeScore=290.5300;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.494;QD=15.63;ReadPosRankSum=-0.339;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,34:63:99:1024,0,911 chrXI 212442 . A ATC 420.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.819;DP=54;FS=3.056;HaplotypeScore=26.5303;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.11;MQ0=0;MQRankSum=0.945;QD=7.78;ReadPosRankSum=0.693;SB=-1.982e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,25:54:15:462,15,0 chrXI 213285 . G GC 1607.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=319.2120;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.78;MQ0=0;QD=27.25;RPA=1,2;RU=C;SB=-6.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,55:59:99:1650,153,0 chrXI 213587 . T TCC,TC 2058.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=428.9144;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=46.52;MQ0=0;QD=28.20;RPA=5,7,6;RU=C;SB=-6.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:1,30,42:73:99:2137,1089,992,813,0,610 chrXI 217046 . CG C 474.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.000;DP=37;FS=5.023;HaplotypeScore=90.3208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.48;MQ0=0;MQRankSum=-2.261;QD=12.84;ReadPosRankSum=0.644;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,16:37:99:514,0,542 chrXI 217058 . T TG 429.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.917;DP=38;FS=5.278;HaplotypeScore=98.9319;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.742;QD=11.31;RPA=2,3;RU=G;ReadPosRankSum=-0.362;SB=-2.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,18:38:99:469,0,431 chrXI 217107 . GAA G 203.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.693;DP=28;FS=12.316;HaplotypeScore=50.2183;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.619;QD=7.28;RPA=16,14;RU=A;ReadPosRankSum=2.271;SB=-7.967e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,7:27:99:243,0,185 chrXI 219888 . G GA 590.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.240;DP=71;FS=2.156;HaplotypeScore=225.5934;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.487;QD=8.32;ReadPosRankSum=0.915;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,21:71:99:630,0,1485 chrXI 223175 . T TA 228.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;DP=62;FS=4.581;HaplotypeScore=94.9971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=0.064;QD=3.69;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.902;SB=-1.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,19:62:99:268,0,357 chrXI 223251 . T TG 2185.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=335.4213;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.06;MQ0=0;QD=27.32;RPA=3,4;RU=G;SB=-4.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,76:80:99:2228,222,0 chrXI 226092 . AATGAAATAG A 4676 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.517;DP=187;FS=2.856;HaplotypeScore=219.6631;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.92;MQ0=0;MQRankSum=-5.561;QD=25.01;ReadPosRankSum=0.350;SB=-2.218e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:112,75:187:99:4676,0,8339 chrXI 230043 . GA G 2352.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=205.9251;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.43;MQ0=0;QD=17.56;RPA=9,8;RU=A;SB=-8.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,129:134:99:2395,299,0 chrXI 231529 . CG C 190.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.062;DP=20;FS=6.767;HaplotypeScore=55.0504;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.65;MQ0=0;MQRankSum=0.718;QD=9.55;RPA=7,6;RU=G;ReadPosRankSum=0.643;SB=-8.089e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,10:20:86:230,0,86 chrXI 231612 . G GAAA,GA 344.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.193;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=30.9337;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.349;QD=13.27;RPA=10,13,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.964;SB=-1.129e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:10,6,7:26:99:423,130,156,208,0,177 chrXI 231771 . CT C 417.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.339;DP=41;FS=2.318;HaplotypeScore=108.2629;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.085;QD=10.19;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=0.296;SB=-5.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,19:41:99:457,0,542 chrXI 232038 . GA G 231.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.660;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=33.5072;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.46;MQ0=0;MQRankSum=-2.168;QD=10.54;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=0.746;SB=-2.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,13:22:99:271,0,183 chrXI 232113 . AT A 660.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.226;DP=61;FS=2.653;HaplotypeScore=89.0017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQ0=0;MQRankSum=0.404;QD=10.84;RPA=8,7;RU=T;ReadPosRankSum=1.775;SB=-5.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,37:61:99:700,0,289 chrXI 232203 . CA C 229.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.690;DP=39;FS=1.677;HaplotypeScore=16.7049;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.150;QD=5.90;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.027;SB=-2.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,14:39:99:269,0,382 chrXI 232439 . GC G 687.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.740;DP=54;FS=8.535;HaplotypeScore=18.8005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.295;QD=12.74;RPA=5,4;RU=C;ReadPosRankSum=-0.713;SB=-1.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,30:54:99:727,0,486 chrXI 232606 . AAAT A 3022.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=153.5988;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.51;MQ0=0;QD=45.80;SB=-1.035e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,65:66:99:3065,181,0 chrXI 234032 . C CA 768.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.288;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=128.5017;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.79;MQ0=0;MQRankSum=0.044;QD=17.88;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.133;SB=-2.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,35:43:93:811,93,0 chrXI 234058 . CT C 937.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=142.5925;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.45;MQ0=0;QD=21.81;RPA=3,2;RU=T;SB=-3.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,35:43:90:980,90,0 chrXI 234086 . AT A 299.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=125.2397;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.50;MQ0=0;QD=12.50;RPA=10,9;RU=T;SB=-9.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,18:24:45:342,45,0 chrXI 234164 . T TTTA 499.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=56.3632;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.32;MQ0=0;QD=33.33;SB=-6.000e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,11:15:42:542,42,0 chrXI 234262 . AT A 803.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.600;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=249.9255;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.839;QD=12.37;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.396;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,36:65:40:846,40,0 chrXI 235323 . AATGGTTACG A 2769.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=122.4831;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.19;MQ0=0;QD=95.52;SB=-1.114e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,27:29:78:2812,78,0 chrXI 237327 . A AT 497.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.637;DP=65;FS=2.381;HaplotypeScore=152.3677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=1.547;QD=7.66;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.059;SB=-1.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:65:99:537,0,414 chrXI 237424 . G GA 730.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.338;DP=124;FS=2.910;HaplotypeScore=164.9604;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=5.89;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.265;SB=-2.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,51:124:99:770,0,757 chrXI 240695 . ACATTTT A 1812.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.146;DP=78;FS=0.933;HaplotypeScore=258.7849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.83;MQ0=0;MQRankSum=-5.924;QD=23.24;ReadPosRankSum=2.102;SB=-5.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,27:78:99:1852,0,3218 chrXI 245665 . AAG A 1414.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.884;DP=93;FS=2.948;HaplotypeScore=129.9226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.27;MQ0=0;MQRankSum=0.385;QD=15.21;ReadPosRankSum=-0.609;SB=-6.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,41:93:99:1454,0,1636 chrXI 246028 . ATT A,AT 1139.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.905;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=113.5387;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.21;MQ0=0;MQRankSum=0.066;QD=15.83;RPA=13,11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.773;SB=-3.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:12,26,0:72:99:1218,462,550,528,0,417 chrXI 246110 . C CA 562.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.889;DP=70;FS=1.836;HaplotypeScore=212.3995;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=0.375;QD=8.04;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=1.454;SB=-2.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,35:70:99:602,0,648 chrXI 247692 . C CTTGTT 2585.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=43.2001;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.92;MQ0=0;QD=61.57;SB=-8.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,35:42:99:2628,117,0 chrXI 247905 . C CA 281.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.724;DP=36;FS=5.449;HaplotypeScore=244.1046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.30;MQ0=0;MQRankSum=-3.854;QD=7.83;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=0.652;SB=-9.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,15:36:99:321,0,357 chrXI 247955 . AT A 124.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.562;DP=43;FS=5.930;HaplotypeScore=341.6450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.54;MQ0=0;MQRankSum=3.489;QD=2.91;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.094;SB=-6.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,16:43:99:164,0,366 chrXI 247977 . GA G 668.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.665;DP=49;FS=1.243;HaplotypeScore=298.6496;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.13;MQ0=0;MQRankSum=-4.630;QD=13.65;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.241;SB=-1.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,26:49:99:708,0,456 chrXI 248806 . T TA 1271.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.176;DP=131;FS=0.692;HaplotypeScore=66.6294;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=1.265;QD=9.71;RPA=5,6;RU=A;ReadPosRankSum=-1.523;SB=-5.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,57:131:99:1311,0,1127 chrXI 258709 . GC G 561.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.165;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=12.5538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=14.05;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=1.706;SB=-2.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,21:40:99:601,0,507 chrXI 259074 . T TA 596.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.890;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=112.9557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=1.915;QD=6.22;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.231;SB=-2.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,42:96:99:636,0,705 chrXI 259245 . G GA 639.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.419;DP=112;FS=0.897;HaplotypeScore=102.8266;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=0.692;QD=5.71;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.060;SB=-1.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,41:112:99:679,0,952 chrXI 260061 . C CT 2918.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=567.5109;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.89;MQ0=0;QD=28.62;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.272e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,99:102:99:2961,292,0 chrXI 260071 . A AT 1096.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.504;DP=109;FS=2.655;HaplotypeScore=738.2109;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.23;MQ0=0;MQRankSum=0.146;QD=10.06;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=-1.761;SB=-4.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,54:109:99:1136,0,911 chrXI 260785 . GC G 811.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.045;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=89.1930;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=12.49;RPA=3,2;RU=C;ReadPosRankSum=2.355;SB=-1.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,34:65:99:851,0,574 chrXI 260957 . A AC 1090.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.741;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=464.4079;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.06;MQ0=0;MQRankSum=-4.208;QD=11.73;ReadPosRankSum=-0.460;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,36:93:99:1130,0,1356 chrXI 260979 . GAA G,GA 1465.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.761;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=391.2616;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.23;MQ0=0;MQRankSum=0.387;QD=16.29;RPA=11,9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.362;SB=-6.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:23,30,0:90:99:1544,647,746,605,0,499 chrXI 261184 . TC T 911.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.354;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=36.6355;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.02;MQ0=0;MQRankSum=2.225;QD=16.89;ReadPosRankSum=0.075;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,31:54:99:951,0,554 chrXI 261949 . A ATATT 2576.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.302;DP=102;FS=1.792;HaplotypeScore=29.0792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.70;MQ0=0;MQRankSum=-2.123;QD=25.26;RPA=1,2;RU=TATT;ReadPosRankSum=-1.790;SB=-1.233e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,47:102:99:2616,0,1841 chrXI 262158 . AGTT A 2521.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.259;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=207.5527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=1.483;QD=22.12;RPA=2,1;RU=GTT;ReadPosRankSum=0.994;SB=-1.038e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,59:114:99:2561,0,2117 chrXI 266052 . A AC 548.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.584;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=81.3271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.307;QD=11.68;RPA=3,4;RU=C;ReadPosRankSum=0.057;SB=-9.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,24:47:99:588,0,500 chrXI 266089 . TA T 320.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.103;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=168.5380;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.96;MQ0=0;MQRankSum=0.421;QD=5.18;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.354;SB=-2.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,22:62:99:360,0,340 chrXI 270911 . G GC 1146.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.815;DP=86;FS=0.910;HaplotypeScore=223.2353;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.67;MQ0=0;MQRankSum=2.245;QD=13.34;RPA=2,3;RU=C;ReadPosRankSum=-0.597;SB=-3.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,46:86:99:1186,0,833 chrXI 271514 . C CA 2664.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.035;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=291.6601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=0.610;QD=19.45;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.807;SB=-7.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,120:137:99:2707,294,0 chrXI 271769 . TAA T,TA 2570.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=239.0986;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.41;MQ0=0;QD=19.33;RPA=11,9,10;RU=A;SB=-1.009e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:22,64,0:132:99:2649,822,699,1402,0,1124 chrXI 273359 . T TA 2909.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=32.7881;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=24.66;RPA=2,3;RU=A;SB=-9.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,111:118:99:2952,295,0 chrXI 273779 . G GCAATGA 6549 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=32.4087;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.14;MQ0=0;QD=69.67;RPA=1,2;RU=CAATGA;SB=-2.389e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,80:94:99:6549,256,0 chrXI 277040 . A AT,ATT 1279.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.630;DP=143;FS=14.396;HaplotypeScore=223.0920;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.20;MQ0=0;MQRankSum=0.217;QD=8.95;RPA=14,15,16;RU=T;ReadPosRankSum=-1.117;SB=-6.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:81,47,13:141:99:1358,163,109,680,0,813 chrXI 278242 . GA G 1355.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.763;DP=162;FS=2.946;HaplotypeScore=607.2113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.42;MQ0=0;MQRankSum=-3.163;QD=8.37;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.137;SB=-6.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,77:162:99:1395,0,1220 chrXI 278266 . T TAA 1855.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.873;DP=151;FS=2.080;HaplotypeScore=526.9185;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.60;MQ0=0;MQRankSum=-3.687;QD=12.29;RPA=7,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.361;SB=-8.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,65:151:99:1895,0,2018 chrXI 278806 . G GC 1255.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.599;DP=85;FS=1.516;HaplotypeScore=419.6478;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.15;MQ0=0;MQRankSum=-6.589;QD=14.78;ReadPosRankSum=-1.163;SB=-9.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,40:82:99:1295,0,1191 chrXI 279085 . GA G 1230.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.003;DP=124;FS=3.511;HaplotypeScore=346.6964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.39;MQ0=0;MQRankSum=-2.164;QD=9.93;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=-0.124;SB=-6.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,59:121:99:1270,0,834 chrXI 280162 . GA G 1584.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.086;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=94.9126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=2.429;QD=10.49;RPA=15,14;RU=A;ReadPosRankSum=0.977;SB=-2.671e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,89:148:99:1626,122,0 chrXI 280388 . G GTGATGA 2975.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.368;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=33.9995;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.066;QD=31.66;RPA=2,4;RU=TGA;ReadPosRankSum=-1.417;SB=-2.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,25:94:99:3015,0,1570 chrXI 280468 . TAA T 749.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.035;DP=57;FS=3.998;HaplotypeScore=24.8859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.25;MQ0=1;MQRankSum=-1.283;QD=13.16;RPA=11,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.749;SB=-2.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:56:99:789,0,252 chrXI 284736 . AT A 463.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.281;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=126.8201;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=0.650;QD=9.87;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=2.085;SB=-9.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,21:47:99:503,0,431 chrXI 285019 . GA G 552.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.338;DP=80;FS=1.975;HaplotypeScore=39.1280;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.866;QD=6.91;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.264;SB=-2.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,36:80:99:592,0,525 chrXI 287733 . GA G 1120.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.156;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=51.6000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.360;QD=8.01;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.417;SB=-3.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,66:140:99:1160,0,1088 chrXI 302194 . G GAGTTTCTGATCCTCACTAA 3641 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.301;DP=59;FS=2.523;HaplotypeScore=46.2216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.73;MQ0=0;MQRankSum=-4.549;QD=61.71;ReadPosRankSum=-0.117;SB=-1.018e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,13:59:99:3641,0,4991 chrXI 302363 . T TTAGG 3212.98 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.066;DP=121;FS=1.661;HaplotypeScore=38.4555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=1;MQRankSum=-1.005;QD=26.55;RPA=1,2;RU=TAGG;ReadPosRankSum=-1.553;SB=-1.391e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,63:120:99:3252,0,2019 chrXI 303028 . C CTT 1398.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.686;DP=142;FS=6.095;HaplotypeScore=46.7118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.214;QD=9.85;RPA=7,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.119;SB=-3.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,52:140:99:1438,0,1858 chrXI 304852 . T TC 875.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.471;DP=92;FS=4.526;HaplotypeScore=135.1293;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.63;MQ0=0;MQRankSum=-2.251;QD=9.52;RPA=3,4;RU=C;ReadPosRankSum=2.692;SB=-2.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,40:92:99:915,0,1202 chrXI 305127 . CA C 723.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.734;DP=82;FS=0.922;HaplotypeScore=73.2935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=0.737;QD=8.83;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=-1.421;SB=-2.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,29:82:99:763,0,1249 chrXI 306688 . GA G 424.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.338;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=147.2780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.546;QD=6.97;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=0.553;SB=-1.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,21:61:99:464,0,861 chrXI 306853 . A ATTTG 2157.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.212;DP=82;FS=0.954;HaplotypeScore=189.5237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.84;MQ0=0;MQRankSum=-2.054;QD=26.32;ReadPosRankSum=-0.083;SB=-5.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,40:82:99:2197,0,2091 chrXI 306980 . AT A 1716.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.829;DP=125;FS=1.865;HaplotypeScore=120.5837;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.540;QD=13.74;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=0.250;SB=-3.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,68:125:99:1756,0,1543 chrXI 307266 . CA C 2279.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.635;DP=120;FS=5.242;HaplotypeScore=193.8761;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.20;MQ0=0;MQRankSum=1.700;QD=19.00;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=1.117;SB=-6.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:71,49:120:99:2322,311,0 chrXI 307855 . G GC 1402.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.207;DP=113;FS=2.441;HaplotypeScore=55.0642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.177;QD=12.42;RPA=1,2;RU=C;ReadPosRankSum=1.201;SB=-6.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,53:113:99:1442,0,1619 chrXI 308786 . TGCACC T 4971 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=134.1877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.11;MQ0=0;QD=67.18;RPA=2,1;RU=GCACC;SB=-1.196e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,72:74:99:4971,217,0 chrXI 308900 . CT C 263.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.512;DP=33;FS=1.428;HaplotypeScore=37.0837;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=1.057;QD=8.00;RPA=6,5;RU=T;ReadPosRankSum=0.642;SB=-1.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,15:33:99:303,0,357 chrXI 308929 . G GA 315.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.055;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=80.1243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.555;QD=6.72;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.111;SB=-1.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,16:47:99:355,0,157 chrXI 309621 . A AT,ATT 1884.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=111.2026;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.30;MQ0=0;QD=22.18;RPA=8,9,10;RU=T;SB=-9.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:12,42,31:85:99:1963,777,559,879,0,753 chrXI 309693 . GTT GTTT,G 1004.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.196;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=191.1447;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.27;MQ0=0;MQRankSum=0.197;QD=11.82;RPA=13,14,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.722;SB=-4.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:28,0,24:85:99:1083,707,879,465,0,1064 chrXI 310035 . GAA G,GA 1254.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=60.1001;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.83;MQ0=0;QD=19.01;RPA=10,8,9;RU=A;SB=-3.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:7,34,0:66:99:1333,371,288,751,0,617 chrXI 310563 . T TTAATAACAA 4031 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=88.7733;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.76;MQ0=0;QD=79.04;SB=-1.912e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,43:51:99:4031,126,0 chrXI 311225 . G GT 194.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.496;DP=33;FS=3.315;HaplotypeScore=241.2965;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.33;MQ0=0;MQRankSum=-2.840;QD=5.91;ReadPosRankSum=0.603;SB=-5.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,11:33:99:234,0,598 chrXI 311227 . GTC G 300.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.723;DP=32;FS=3.452;HaplotypeScore=225.6530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.90;MQ0=0;MQRankSum=-2.704;QD=9.41;ReadPosRankSum=0.310;SB=-8.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,11:32:99:340,0,554 chrXI 313387 . G GAAA 1924.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=306.8941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.72;MQ0=0;QD=48.12;SB=-5.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,38:40:99:1967,111,0 chrXI 314144 . C CA 140.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.206;DP=41;FS=3.716;HaplotypeScore=263.8724;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.32;MQ0=0;MQRankSum=2.143;QD=3.44;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.159;SB=-2.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,11:41:99:180,0,423 chrXI 314774 . CT C 948.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.964;DP=50;FS=1.532;HaplotypeScore=355.0404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.90;MQ0=0;MQRankSum=1.818;QD=18.98;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=-0.159;SB=-2.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,35:50:99:988,0,221 chrXI 315394 . TA T 3166.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=88.9822;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.57;MQ0=0;QD=21.84;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.513e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,140:144:99:3209,395,0 chrXI 315610 . T TC 957.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.351;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=223.5821;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.51;MQ0=0;MQRankSum=0.500;QD=14.51;RPA=1,2;RU=C;ReadPosRankSum=-0.888;SB=-4.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,37:66:99:997,0,691 chrXI 316163 . GA G 261.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.799;DP=40;FS=5.579;HaplotypeScore=171.8338;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.42;MQ0=0;MQRankSum=0.302;QD=6.55;RPA=7,6;RU=A;ReadPosRankSum=0.302;SB=-4.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,17:40:99:301,0,402 chrXI 316240 . CTT C 1021.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.427;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=403.4895;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.76;MQ0=0;MQRankSum=0.102;QD=24.93;RPA=10,8;RU=T;ReadPosRankSum=-1.427;SB=-4.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,32:41:98:1064,98,0 chrXI 316283 . CA C 996.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=556.9445;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.78;MQ0=0;QD=20.35;RPA=8,7;RU=A;SB=-5.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,28:49:99:1039,134,0 chrXI 316288 . A AAAT 1462.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=609.4983;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.49;MQ0=0;QD=26.60;SB=-6.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,17:55:99:1505,146,0 chrXI 316294 . A AAT 2010.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=534.8866;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.40;MQ0=0;QD=35.28;SB=-1.008e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,31:57:99:2053,156,0 chrXI 316401 . TA T 1546.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=273.2415;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.36;MQ0=0;QD=31.57;RPA=2,1;RU=A;SB=-5.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1589,141,0 chrXI 317063 . T TTG 3811 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=358.0158;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.59;MQ0=0;QD=43.80;SB=-1.894e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,76:87:99:3811,235,0 chrXI 317104 . G GA 1789.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=305.0187;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.94;MQ0=0;QD=25.57;RPA=3,4;RU=A;SB=-8.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,65:70:99:1832,192,0 chrXI 321677 . CT C 606.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.577;DP=73;FS=2.130;HaplotypeScore=186.9561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.167;QD=8.31;RPA=7,6;RU=T;ReadPosRankSum=-1.090;SB=-2.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,34:73:99:646,0,651 chrXI 322694 . CA C 163.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.400;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1767;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.400;QD=7.81;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.400;SB=-9.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,9:21:99:203,0,260 chrXI 325448 . ATT A 436.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.609;DP=32;FS=3.078;HaplotypeScore=23.5063;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.090;QD=13.66;RPA=6,4;RU=T;ReadPosRankSum=-1.609;SB=-7.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:32:99:476,0,310 chrXI 327725 . A ATT 1027.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.557;DP=97;FS=2.899;HaplotypeScore=96.9512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.37;MQ0=0;MQRankSum=0.551;QD=10.60;RPA=12,14;RU=T;ReadPosRankSum=-2.605;SB=-1.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,41:97:99:1067,0,484 chrXI 335138 . A AT 53.98 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.495;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=92.0623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.198;QD=3.37;ReadPosRankSum=-0.922;SB=-7.004e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,5:16:24:93,0,24 chrXI 335175 . AGTTTT A 665.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.890;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=44.1179;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.890;QD=37.00;RPA=2,1;RU=GTTTT;ReadPosRankSum=-0.047;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,12:18:99:705,0,348 chrXI 336362 . GTA G 5547 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=205;FS=0.000;HaplotypeScore=68.3769;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.83;MQ0=1;QD=27.06;RPA=6,5;RU=TA;SB=-2.617e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,170:204:99:5547,478,0 chrXI 337467 . TTGTTGC T 907.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.775;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=145.8362;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.93;MQ0=0;MQRankSum=-2.708;QD=23.89;RPA=3,2;RU=TGTTGC;ReadPosRankSum=0.178;SB=-4.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,13:38:99:947,0,961 chrXI 337592 . GGGA G 582.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.095;DP=31;FS=1.826;HaplotypeScore=198.2688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.476;QD=18.81;ReadPosRankSum=-0.270;SB=-9.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,13:31:99:622,0,811 chrXI 338912 . G GTGAATATGT 7884 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.833;DP=145;FS=1.054;HaplotypeScore=380.5345;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.21;MQ0=0;MQRankSum=-8.961;QD=54.37;ReadPosRankSum=0.821;SB=-7.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,69:145:99:7884,0,6349 chrXI 340690 . AG A 178.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.768;DP=34;FS=1.451;HaplotypeScore=163.3463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.47;MQ0=0;MQRankSum=-3.373;QD=5.26;ReadPosRankSum=-0.207;SB=-8.900e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,12:34:99:218,0,470 chrXI 340693 . ACGG A 478.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.827;DP=34;FS=3.120;HaplotypeScore=132.6500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.47;MQ0=0;MQRankSum=-3.995;QD=14.09;ReadPosRankSum=0.524;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,12:34:99:518,0,951 chrXI 340699 . AC A 157.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.710;DP=36;FS=5.748;HaplotypeScore=181.7352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.93;MQ0=0;MQRankSum=-4.158;QD=4.39;ReadPosRankSum=0.190;SB=-8.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,11:36:99:197,0,520 chrXI 341027 . G GAAA 261.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.849;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=22.4443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.93;MQ0=0;MQRankSum=-2.489;QD=7.70;RPA=11,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.381;SB=-1.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,7:34:99:301,0,478 chrXI 347097 . C CTA 552.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.188;DP=76;FS=6.084;HaplotypeScore=24.3543;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;MQ0=0;MQRankSum=0.410;QD=7.28;RPA=5,6;RU=TA;ReadPosRankSum=0.366;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,26:76:99:592,0,772 chrXI 349220 . TC T 942.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.552;DP=115;FS=8.201;HaplotypeScore=266.6403;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.635;QD=8.20;ReadPosRankSum=-0.184;SB=-4.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,44:115:99:982,0,1815 chrXI 351197 . CT C 679.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.893;DP=99;FS=4.881;HaplotypeScore=89.2483;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-2.015;QD=6.87;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-2.692;SB=-1.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,46:99:99:719,0,590 chrXI 355180 . GA G 237.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.485;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=529.9151;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.33;MQ0=0;MQRankSum=-3.279;QD=3.61;ReadPosRankSum=1.288;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,24:66:99:277,0,741 chrXI 355182 . GA G 844.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.479;DP=66;FS=3.075;HaplotypeScore=481.4513;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.66;MQ0=0;MQRankSum=0.254;QD=12.80;RPA=15,14;RU=A;ReadPosRankSum=0.028;SB=-4.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,24:65:94:887,94,0 chrXI 355247 . CG C 501.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.351;DP=34;FS=1.377;HaplotypeScore=145.8616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.35;MQ0=0;MQRankSum=0.991;QD=14.76;ReadPosRankSum=0.558;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,18:33:99:541,0,494 chrXI 355272 . A AT 430.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.512;DP=46;FS=1.216;HaplotypeScore=126.7593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.24;MQ0=0;MQRankSum=0.565;QD=9.37;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=0.775;SB=-2.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,23:45:99:470,0,326 chrXI 355968 . G GCA 445.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.019;DP=28;FS=1.580;HaplotypeScore=32.5399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.76;MQ0=0;MQRankSum=-2.257;QD=15.93;ReadPosRankSum=-0.027;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,12:28:99:485,0,461 chrXI 356100 . C CAACCG 2061.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.754;DP=69;FS=12.225;HaplotypeScore=244.5161;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.66;MQ0=0;MQRankSum=-6.318;QD=29.88;ReadPosRankSum=-0.838;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,32:69:99:2101,0,1965 chrXI 356150 . G GT 617.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.709;DP=80;FS=7.534;HaplotypeScore=411.2382;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.71;MQ0=0;MQRankSum=-3.082;QD=7.72;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.000;SB=-1.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,35:80:99:657,0,523 chrXI 356443 . C CT 283.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.539;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=34.5777;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.010;QD=4.98;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.966;SB=-8.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,22:57:99:323,0,536 chrXI 356653 . C CTCT 1688.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.830;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=24.7308;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.602;QD=21.65;RPA=2,3;RU=TCT;ReadPosRankSum=-0.451;SB=-6.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,38:78:99:1728,0,1062 chrXI 357984 . TA T 458.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.345;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=292.2968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQ0=0;MQRankSum=0.250;QD=4.68;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-2.178;SB=-9.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,33:98:99:498,0,561 chrXI 358089 . G GA 773.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.145;DP=66;FS=3.611;HaplotypeScore=63.4330;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.22;MQ0=0;MQRankSum=0.159;QD=11.73;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.641;SB=-3.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,29:66:99:813,0,999 chrXI 358427 . AC A 699.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.713;DP=60;FS=1.076;HaplotypeScore=160.0918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.59;MQ0=0;MQRankSum=0.625;QD=11.67;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=-0.079;SB=-3.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,21:60:99:739,0,434 chrXI 358455 . C CT 831.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.627;DP=66;FS=2.891;HaplotypeScore=170.4849;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.519;QD=12.61;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-1.269;SB=-1.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,39:66:59:874,59,0 chrXI 359572 . T TA 595.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.405;DP=87;FS=4.554;HaplotypeScore=35.5272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=0.098;QD=6.85;RPA=5,6;RU=A;ReadPosRankSum=-0.808;SB=-1.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,34:87:99:635,0,901 chrXI 364491 . GT G 112.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.722;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=8.4468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.818;QD=5.65;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.433;SB=-1.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,10:20:99:152,0,130 chrXI 371457 . G GT 486.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.251;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=172.4008;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=-2.154;QD=5.87;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.150;SB=-1.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,27:83:99:526,0,552 chrXI 374338 . GAATT G 1545.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.136;DP=67;FS=1.054;HaplotypeScore=219.9978;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.28;MQ0=0;MQRankSum=-4.017;QD=23.07;RPA=2,1;RU=AATT;ReadPosRankSum=-0.288;SB=-6.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,31:67:99:1585,0,1314 chrXI 374471 . A AAT 1902.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.401;DP=106;FS=0.898;HaplotypeScore=248.3145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.60;MQ0=0;MQRankSum=-2.886;QD=17.95;ReadPosRankSum=1.133;SB=-4.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,49:106:99:1942,0,1739 chrXI 374488 . C CT 937.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.299;DP=126;FS=14.740;HaplotypeScore=351.6634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.82;MQ0=0;MQRankSum=-3.002;QD=7.44;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.250;SB=-4.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,50:126:99:977,0,751 chrXI 379015 . T TG 5077 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=169;FS=0.000;HaplotypeScore=1311.0819;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.97;MQ0=0;QD=30.04;RPA=2,3;RU=G;SB=-2.018e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,155:169:99:5077,466,0 chrXI 379079 . GC G 6079 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=181;FS=0.000;HaplotypeScore=1492.9520;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.51;MQ0=0;QD=33.59;SB=-2.652e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,174:181:99:6079,517,0 chrXI 379084 . A AAT 7674 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=176;FS=0.000;HaplotypeScore=1317.6709;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.87;MQ0=0;QD=43.60;SB=-3.334e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,159:176:99:7674,491,0 chrXI 379134 . A ATT 6406 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=1297.7576;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.57;MQ0=0;QD=40.80;RPA=1,3;RU=T;SB=-2.091e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,147:157:99:6406,439,0 chrXI 379623 . GC G 799.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=112.7492;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.32;MQ0=0;QD=27.58;RPA=3,2;RU=C;SB=-3.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,27:29:78:842,78,0 chrXI 379758 . AT A 1121.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=25.0803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.84;MQ0=0;QD=18.70;RPA=7,6;RU=T;SB=-2.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,57:60:99:1164,141,0 chrXI 379843 . CAAG C 374.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.176;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=83.2102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.387;QD=12.10;RPA=2,1;RU=AAG;ReadPosRankSum=1.866;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,8:31:99:414,0,278 chrXI 381193 . GGCCGCAGCAGCCGTGGCA G 1206.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.274;DP=36;FS=9.381;HaplotypeScore=14.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.58;MQ0=0;MQRankSum=-2.349;QD=33.53;ReadPosRankSum=-1.557;SB=-4.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,16:36:99:1246,0,1640 chrXI 381508 . TTGTTGTTGTTGTTGC T 7434 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=81.6230;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.72;MQ0=0;QD=116.16;RPA=2,1;RU=TGTTGTTGTTGTTGC;SB=-3.269e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,56:64:99:7434,165,0 chrXI 381658 . TTGC T 721.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=17.0504;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=63.18;MQ0=0;QD=31.39;RPA=5,4;RU=TGC;SB=-2.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,22:23:63:764,63,0 chrXI 382201 . A AT 112.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.140;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=44.4081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.80;MQ0=0;MQRankSum=1.830;QD=4.34;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.093;SB=-3.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,9:26:99:152,0,230 chrXI 382529 . GT G 146.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.266;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=175.4139;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.98;MQ0=0;MQRankSum=-4.069;QD=3.50;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=-1.430;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,14:42:99:186,0,365 chrXI 382547 . TTG T 270.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=75.1795;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.89;MQ0=0;QD=14.26;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,6:19:27:313,27,0 chrXI 382677 . G GT 115.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.630;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=19.6430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=0.783;QD=3.31;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.910;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,10:35:99:155,0,266 chrXI 385127 . TGATTTC T 257.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.129;DP=33;FS=20.017;HaplotypeScore=27.0160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.414;QD=7.82;ReadPosRankSum=0.334;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,12:32:99:297,0,301 chrXI 385574 . GTAA G 1596.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=167.7243;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.20;MQ0=0;QD=38.02;RPA=2,1;RU=TAA;SB=-6.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,36:42:99:1639,108,0 chrXI 385587 . G GT 559.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.057;DP=51;FS=2.270;HaplotypeScore=303.6932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.145;QD=10.97;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.286;SB=-2.505e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,27:51:42:599,42,0 chrXI 386888 . GGAGGAAGAAGAAGAAGAGGAT G 1941.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.620;DP=83;FS=3.541;HaplotypeScore=30.9240;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.648;QD=23.40;ReadPosRankSum=-0.848;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,31:83:99:1981,0,5317 chrXI 387325 . G GA 214.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.139;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=76.7737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.514;QD=2.99;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.209;SB=-1.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,20:72:99:254,0,411 chrXI 387380 . A AAGCGG 1234.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.070;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=95.7500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.34;MQ0=0;MQRankSum=-2.538;QD=25.73;RPA=1,2;RU=AGCGG;ReadPosRankSum=0.211;SB=-2.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,21:48:99:1274,0,1385 chrXI 387545 . C CA 515.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.121;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=21.9439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=0.132;QD=8.60;RPA=3,4;RU=A;ReadPosRankSum=-1.220;SB=-2.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,24:60:99:555,0,765 chrXI 389108 . GA G 1474.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=737.2655;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=24.18;RPA=5,4;RU=A;SB=-7.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,56:61:99:1517,165,0 chrXI 389144 . ATTG A 1831.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.222;DP=112;FS=4.192;HaplotypeScore=857.0504;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.982;QD=16.36;ReadPosRankSum=2.161;SB=-7.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,40:112:99:1871,0,2535 chrXI 389153 . T TAA 1557.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.440;DP=106;FS=1.716;HaplotypeScore=789.0814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.462;QD=14.70;ReadPosRankSum=3.461;SB=-6.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,40:106:99:1597,0,2610 chrXI 389243 . GA G 2204.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=257.9737;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.71;MQ0=0;QD=24.50;RPA=6,5;RU=A;SB=-9.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,89:90:99:2247,255,0 chrXI 393512 . GAA G 4997 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=748.0642;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.77;MQ0=0;QD=32.45;RPA=7,5;RU=A;SB=-1.921e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,134:154:99:4997,415,0 chrXI 393544 . C CA 4362 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=1086.2818;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.88;MQ0=0;QD=29.67;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.558e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,141:147:99:4362,427,0 chrXI 394452 . T TGAAAGAAAGCAG 3415 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=41.4953;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.73;MQ0=0;QD=69.69;RPA=1,2;RU=GAAAGAAAGCAG;SB=-1.589e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,34:49:99:3415,102,0 chrXI 407997 . C CA 397.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.051;DP=64;FS=1.153;HaplotypeScore=22.2644;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=0.803;QD=6.22;RPA=5,6;RU=A;ReadPosRankSum=1.449;SB=-9.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,27:64:99:437,0,682 chrXI 411481 . T TA 2268.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=11.644;DP=188;FS=0.685;HaplotypeScore=366.0548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.057;QD=12.07;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=-0.995;SB=-4.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,92:188:99:2308,0,2298 chrXI 411523 . G GT 2243.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.904;DP=233;DS;FS=1.826;HaplotypeScore=393.9171;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=0.589;QD=9.63;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=-1.298;SB=-8.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:122,107:233:99:2283,0,2053 chrXI 427134 . AG A 1716.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.201;DP=103;FS=7.086;HaplotypeScore=183.7529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.93;MQ0=0;MQRankSum=0.425;QD=16.67;ReadPosRankSum=-0.246;SB=-4.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,60:103:99:1756,0,1183 chrXI 427235 . GAATTAATGTGTAAAG GAAATTAATGTGTAAAG,G 2814.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=207.7076;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.12;MQ0=0;QD=36.09;SB=-6.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:39,0,0:78:99:2893,1768,2181,1253,0,5813 chrXI 427266 . GT G 2008.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=342.9684;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.52;MQ0=0;QD=30.44;RPA=2,1;RU=T;SB=-4.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:66:99:2051,180,0 chrXI 430550 . T TA 539.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.560;DP=71;FS=1.017;HaplotypeScore=124.5168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.663;QD=7.61;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=2.243;SB=-2.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,22:71:99:579,0,1185 chrXI 430725 . C CT 743.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.297;DP=120;FS=4.352;HaplotypeScore=53.0288;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.994;QD=6.20;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.458;SB=-3.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,46:120:99:783,0,714 chrXI 431269 . A AT 635.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.122;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=106.7272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.927;QD=13.83;ReadPosRankSum=0.141;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,21:46:99:675,0,750 chrXI 431308 . ATTTAAAATTGAAGCT A 2081.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.026;DP=54;FS=7.663;HaplotypeScore=144.9661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=-5.058;QD=38.55;RPA=2,1;RU=TTTAAAATTGAAGCT;ReadPosRankSum=-0.517;SB=-1.057e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,14:54:99:2121,0,3174 chrXI 431573 . A ATTT 1786.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.613;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=408.1413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.31;MQ0=0;MQRankSum=-4.019;QD=15.68;RPA=8,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.062;SB=-2.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,47:114:99:1826,0,1748 chrXI 432365 . GA G 344.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.149;DP=38;FS=6.831;HaplotypeScore=12.2061;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.90;MQ0=0;MQRankSum=1.374;QD=9.08;RPA=6,5;RU=A;ReadPosRankSum=1.010;SB=-2.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,20:38:99:384,0,320 chrXI 432846 . GAAA G 1256.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.455;DP=61;FS=6.199;HaplotypeScore=65.8395;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.27;MQ0=0;MQRankSum=1.743;QD=20.61;RPA=11,8;RU=A;ReadPosRankSum=1.405;SB=-2.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,35:61:99:1296,0,676 chrXI 435143 . TA T 1093.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.435;DP=116;FS=15.434;HaplotypeScore=83.0911;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=0.055;QD=9.43;RPA=7,6;RU=A;ReadPosRankSum=-0.280;SB=-3.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,57:116:99:1133,0,918 chrXI 438685 . C CTTT 997.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.466;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=41.6916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=1.111;QD=12.02;RPA=9,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.445;SB=-7.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,27:83:99:1037,0,1363 chrXI 451568 . GGAACAC G 2722.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=15.4880;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.73;MQ0=0;QD=63.32;RPA=2,1;RU=GAACAC;SB=-1.073e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,37:43:99:2765,108,0 chrXI 454128 . A ACC 4648 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=37.6935;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.80;MQ0=0;QD=39.73;RPA=1,3;RU=C;SB=-7.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,108:117:99:4648,325,0 chrXI 454341 . C CT 328.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.778;DP=55;FS=3.151;HaplotypeScore=49.0928;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=2.230;QD=5.98;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-2.778;SB=-6.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,18:55:99:368,0,392 chrXI 457179 . TTC T 1517.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.253;DP=97;FS=1.848;HaplotypeScore=134.1383;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.02;MQ0=0;MQRankSum=-2.052;QD=15.65;ReadPosRankSum=0.799;SB=-7.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,53:97:99:1557,0,1390 chrXI 458138 . A ATAAAG 4107 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=1272.5884;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.01;MQ0=0;QD=58.67;SB=-1.266e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,16:70:99:4107,179,0 chrXI 458672 . A ATT 949.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.548;DP=113;FS=8.469;HaplotypeScore=200.1533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.44;MQ0=0;MQRankSum=-2.418;QD=8.41;RPA=4,6;RU=T;ReadPosRankSum=1.733;SB=-5.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,30:112:99:989,0,941 chrXI 463687 . TGA T 839.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.699;DP=55;FS=9.264;HaplotypeScore=144.1760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.31;MQ0=0;MQRankSum=0.697;QD=15.27;RPA=3,2;RU=GA;ReadPosRankSum=0.514;SB=-4.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:53:99:879,0,663 chrXI 464441 . TACTACCGCTAGTCCA T 1789.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.708;DP=30;FS=4.365;HaplotypeScore=53.0124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.82;MQ0=0;MQRankSum=-2.372;QD=59.67;ReadPosRankSum=0.033;SB=-6.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,18:30:99:1829,0,977 chrXI 465041 . T TTA 583.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.390;DP=57;FS=10.084;HaplotypeScore=76.4504;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.95;MQ0=0;MQRankSum=-2.194;QD=10.25;RPA=2,3;RU=TA;ReadPosRankSum=-0.677;SB=-1.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,19:57:99:623,0,697 chrXI 465117 . C CAT 875.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.469;DP=43;FS=39.757;HaplotypeScore=47.9454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.67;MQ0=0;MQRankSum=-2.077;QD=20.37;RPA=1,2;RU=AT;ReadPosRankSum=-2.024;SB=-3.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,24:43:99:915,0,593 chrXI 466696 . T TTTG 2547.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.064;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=40.2379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.607;QD=19.60;RPA=1,2;RU=TTG;ReadPosRankSum=-0.685;SB=-1.108e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,58:130:99:2587,0,2435 chrXI 469271 . C CA 792.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.101;DP=84;FS=1.891;HaplotypeScore=26.6821;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.919;QD=9.44;RPA=5,6;RU=A;ReadPosRankSum=1.057;SB=-3.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,36:84:99:832,0,708 chrXI 469378 . G GA 1966.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.357;DP=236;DS;FS=4.126;HaplotypeScore=233.2722;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=2.035;QD=8.33;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=-1.196;SB=-7.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:128,107:236:99:2006,0,2245 chrXI 473688 . T TA 2195.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.739;DP=112;FS=2.922;HaplotypeScore=383.1618;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.85;MQ0=0;MQRankSum=0.724;QD=19.61;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.190;SB=-9.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,92:112:99:2238,242,0 chrXI 476160 . TTA T 2050.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=130.2706;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.75;MQ0=0;QD=20.72;RPA=6,5;RU=TA;SB=-5.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,71:99:99:2093,178,0 chrXI 479147 . G GCAA 1167.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.655;DP=56;FS=8.135;HaplotypeScore=84.9223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.635;QD=20.86;RPA=2,3;RU=CAA;ReadPosRankSum=0.225;SB=-4.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,29:56:99:1207,0,915 chrXI 485104 . CA C 850.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.930;DP=148;FS=0.678;HaplotypeScore=317.1298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=0.083;QD=5.75;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=1.188;SB=-3.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,60:148:99:890,0,2119 chrXI 487685 . C CA 1203.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.552;DP=91;FS=3.191;HaplotypeScore=294.4032;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=1.443;QD=13.23;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=-0.930;SB=-5.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,55:91:99:1243,0,488 chrXI 489800 . AT A 606.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.668;DP=111;FS=6.808;HaplotypeScore=361.7134;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.05;MQ0=0;MQRankSum=0.107;QD=5.47;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.139;SB=-2.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,42:111:99:646,0,990 chrXI 489841 . T TA 247.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.472;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=333.0720;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.35;MQ0=0;MQRankSum=0.295;QD=3.40;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=0.742;SB=-1.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,20:73:99:287,0,434 chrXI 489991 . AC A 1307.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=1880.8126;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.55;MQ0=0;QD=12.34;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,73:104:99:1350,198,0 chrXI 489993 . TAATCGTTATCTATTAC T 11696 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=680.8803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.97;MQ0=0;QD=155.95;SB=-1.965e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,72:73:99:11696,217,0 chrXI 490239 . T TA 4174 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=623.7824;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.34;MQ0=0;QD=35.37;SB=-2.054e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,114:118:99:4174,334,0 chrXI 490453 . C CTA 3465 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=167.2046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.90;MQ0=0;QD=36.86;RPA=1,2;RU=TA;SB=-1.468e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,86:94:99:3465,253,0 chrXI 491247 . T TA 559.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.611;DP=64;FS=16.424;HaplotypeScore=41.0868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=0.771;QD=8.75;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.466;SB=-2.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:64:99:599,0,445 chrXI 491392 . CCAAGAAAGG C 1503.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.409;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=49.0851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.59;MQ0=0;MQRankSum=-3.238;QD=34.98;ReadPosRankSum=0.723;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,11:43:99:1543,0,1262 chrXI 493667 . CA C 1330.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.692;DP=108;FS=5.084;HaplotypeScore=43.1938;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQ0=0;MQRankSum=1.666;QD=12.32;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=-0.940;SB=-1.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,53:108:99:1370,0,1270 chrXI 495887 . T TACA 5141 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.884;DP=198;FS=15.695;HaplotypeScore=270.0818;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.442;QD=25.96;ReadPosRankSum=-0.186;SB=-1.821e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,106:198:99:5141,0,3906 chrXI 506763 . T TGCGTTC 3047.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=32.2497;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.91;MQ0=0;QD=80.21;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,35:38:99:3090,105,0 chrXI 510691 . G GT 452.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.562;DP=77;FS=5.328;HaplotypeScore=90.7341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.513;QD=5.88;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.647;SB=-9.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,33:77:99:492,0,669 chrXI 511837 . A AT 443.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.161;DP=69;FS=1.129;HaplotypeScore=170.7063;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.917;QD=6.43;ReadPosRankSum=-0.751;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,28:69:99:483,0,157 chrXI 513237 . TA T 506.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.013;DP=70;FS=2.167;HaplotypeScore=101.7987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=0.783;QD=7.24;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=1.122;SB=-2.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,27:70:99:546,0,865 chrXI 513279 . GT G 881.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.533;DP=87;FS=7.082;HaplotypeScore=82.1694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.488;QD=10.14;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=-0.195;SB=-1.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,45:87:99:921,0,743 chrXI 513682 . AT A 1195.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.586;DP=126;FS=22.395;HaplotypeScore=316.6386;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.49;MQ0=0;MQRankSum=-4.613;QD=9.49;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=-1.375;SB=-1.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,58:126:99:1235,0,1450 chrXI 513754 . A AT 1467.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.462;DP=129;FS=4.281;HaplotypeScore=925.1113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.11;MQ0=0;MQRankSum=-2.232;QD=11.38;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=-0.126;SB=-1.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,58:129:99:1507,0,1458 chrXI 513774 . C CT 2769.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=699.7701;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.30;MQ0=0;QD=29.47;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,91:94:99:2812,274,0 chrXI 513788 . T TTA 2123.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.951;DP=105;FS=13.765;HaplotypeScore=858.4438;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.62;MQ0=0;MQRankSum=-6.011;QD=20.23;RPA=1,2;RU=TA;ReadPosRankSum=1.791;SB=-2.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,56:105:99:2163,0,1124 chrXI 513854 . GT G 1751.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.117;DP=120;FS=3.607;HaplotypeScore=362.9231;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.479;QD=14.60;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=-0.292;SB=-7.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,67:120:99:1791,0,1036 chrXI 514543 . GATATTTTTATTAATAATTATTATTTATTTTTTTTTAT G 2515.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.600;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=155.6306;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.533;QD=53.53;ReadPosRankSum=1.600;SB=-8.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,12:47:73:2558,73,0 chrXI 514544 . ATATTTTTATTAATAATTATTATTTATTTTTTTTTATA ACTATTTTTATTAATAATTATTATTTATTTTTTTTTATA,A 2721.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=124.8759;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=36.87;MQ0=0;QD=57.91;SB=-1.011e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:13,0,0:47:99:2800,2056,1987,315,0,242 chrXI 514755 . CT C 890.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.416;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=104.1093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=0.228;QD=9.79;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=-0.406;SB=-1.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,36:91:99:930,0,1451 chrXI 516887 . C CA 643.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=9.7899;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.90;MQ0=0;QD=22.21;RPA=7,8;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:84:686,84,0 chrXI 518060 . A AT 606.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=85.8268;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.81;MQ0=1;QD=18.97;RPA=4,5;RU=T;SB=-3.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,24:31:72:649,72,0 chrXI 518072 . CTTT C,CTT 708.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=222.4995;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=41.09;MQ0=0;QD=15.08;RPA=13,10,12;RU=T;SB=-3.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:15,18,0:47:99:787,242,372,475,0,404 chrXI 521818 . G GA 645.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.540;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=239.4315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.59;MQ0=0;MQRankSum=0.886;QD=6.15;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.011;SB=-3.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,41:105:99:685,0,953 chrXI 523661 . T TTGCTGCTGCTGC 2531.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=28.1816;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.06;MQ0=0;QD=66.63;RPA=4,8;RU=TGC;SB=-1.171e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,23:37:66:2574,66,0 chrXI 527743 . T TAA 2968.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=163.4062;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.78;MQ0=0;QD=41.82;RPA=1,3;RU=A;SB=-9.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,69:71:99:3011,211,0 chrXI 530616 . A AG 2725.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=363.7106;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.16;MQ0=0;QD=27.82;RPA=2,3;RU=G;SB=-1.165e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,88:98:99:2768,270,0 chrXI 530669 . TTGATTTC T 6653 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=178.3213;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.07;MQ0=0;QD=71.54;SB=-2.368e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,79:93:99:6653,241,0 chrXI 549470 . CT C 1589.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=615.3494;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.71;MQ0=0;QD=17.67;RPA=9,8;RU=T;SB=-5.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,73:90:99:1632,203,0 chrXI 557499 . GA G 1014.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=49.0323;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.79;MQ0=0;QD=15.61;RPA=10,9;RU=A;SB=-4.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,55:65:99:1057,137,0 chrXI 565205 . A AT 3500 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=38.6597;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.64;MQ0=0;QD=29.66;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.104e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,116:118:99:3500,337,0 chrXI 566099 . CT C 758.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.056;DP=68;FS=7.093;HaplotypeScore=169.9376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.95;MQ0=0;MQRankSum=-3.556;QD=11.16;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=0.772;SB=-1.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:68:99:798,0,753 chrXI 567100 . TGCAGCAGCA T,TGCAGCAGCAGCAGCA 1116.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=49.8858;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=51.42;MQ0=0;QD=58.79;RPA=8,5,10;RU=GCA;SB=-5.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:4,7,0:19:99:1195,592,1376,642,0,848 chrXI 570166 . TAA T 3136.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=350.3961;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.30;MQ0=0;QD=26.14;RPA=10,8;RU=A;SB=-1.510e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,107:120:99:3179,288,0 chrXI 570203 . TAA T 6011 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=277.9378;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.22;MQ0=0;QD=38.04;SB=-1.905e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,149:158:99:6011,421,0 chrXI 570304 . GA G 562.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.308;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=91.4469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.100;QD=5.63;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.892;SB=-1.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,36:100:99:602,0,777 chrXI 571473 . C CA 268.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.635;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=56.3277;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.52;MQ0=0;MQRankSum=0.603;QD=7.91;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.894;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,18:34:99:308,0,238 chrXI 571562 . TA T 1878.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=270.2028;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.07;MQ0=0;QD=23.78;RPA=7,6;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1921,225,0 chrXI 574798 . TA T 2417.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=170.4023;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.15;MQ0=0;QD=21.59;RPA=7,6;RU=A;SB=-3.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,107:112:99:2460,299,0 chrXI 576163 . GA G 786.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=62.8259;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.84;MQ0=0;QD=21.86;RPA=5,4;RU=A;SB=-2.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,34:36:90:829,90,0 chrXI 576172 . GA G 267.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.462;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=103.5083;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=1.648;QD=8.12;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=1.416;SB=-1.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,14:33:99:307,0,376 chrXI 576521 . C CGTT 391.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.164;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=157.0447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=1;MQRankSum=4.919;QD=6.53;ReadPosRankSum=-1.778;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,23:59:99:431,0,628 chrXI 577635 . ATCT A 774.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.142;DP=53;FS=6.711;HaplotypeScore=16.6468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.545;QD=14.62;ReadPosRankSum=-0.332;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,23:53:99:814,0,1178 chrXI 580899 . ATG A 81.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.054;DP=15;FS=3.332;HaplotypeScore=37.6777;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.001;QD=5.46;ReadPosRankSum=-0.573;SB=-6.404e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,5:15:40:121,0,40 chrXI 580931 . C CT 181.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.164;DP=15;FS=2.363;HaplotypeScore=20.7689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.796;QD=12.13;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=-1.653;SB=-1.057e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,10:15:88:221,0,88 chrXI 581277 . TA T 11.30 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.300;DP=10;FS=3.680;HaplotypeScore=11.3874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=1.13;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.550;SB=4.996e-05;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:50:50,0,76 chrXI 581324 . TC T 171.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.713;DP=24;FS=2.192;HaplotypeScore=15.5733;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;MQ0=0;MQRankSum=0.589;QD=7.17;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=-1.519;SB=-2.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,11:24:99:211,0,371 chrXI 581891 . CTT C 1426.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.016;DP=118;FS=16.485;HaplotypeScore=552.6469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.96;MQ0=0;MQRankSum=-6.233;QD=12.09;RPA=11,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.260;SB=-5.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,54:118:99:1466,0,1109 chrXI 584832 . A AT 456.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.759;DP=91;FS=9.712;HaplotypeScore=87.3524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=0.624;QD=5.02;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.725;SB=-2.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,32:91:99:496,0,492 chrXI 589673 . A AT 618.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=71.7949;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.17;MQ0=0;QD=22.11;RPA=7,8;RU=T;SB=-2.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,27:28:81:661,81,0 chrXI 596999 . A AT 972.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.683;DP=93;FS=4.171;HaplotypeScore=187.7624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.89;MQ0=0;MQRankSum=1.034;QD=10.46;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=-0.651;SB=-4.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,44:93:99:1012,0,1040 chrXI 612369 . GA G 1715.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=181.5596;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.44;MQ0=0;QD=22.29;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,71:77:99:1758,195,0 chrXI 612405 . T TA 302.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.679;DP=70;FS=4.643;HaplotypeScore=273.8229;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.30;MQ0=0;MQRankSum=0.050;QD=4.33;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.579;SB=-8.001e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,21:70:99:342,0,308 chrXI 613087 . C CAGA 1271.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=143.5940;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.14;MQ0=0;QD=39.75;RPA=2,3;RU=AGA;SB=-3.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,30:32:87:1314,87,0 chrXI 613128 . GA G 37.17 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=209.9498;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.46;MQ0=0;QD=2.19;RPA=2,1;RU=A;SB=-2.188e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,5:17:16:79,16,0 chrXI 613636 . T TAGAAGA 696.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=152.1080;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.01;MQ0=0;QD=46.46;RPA=4,6;RU=AGA;SB=-3.059e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,7:15:39:739,39,0 chrXI 613682 . ACTGCTGTCACTGCTGCTGCTGCTGCTG A 5291 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=188.4189;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.20;MQ0=0;QD=188.96;SB=-1.527e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,18:27:78:5291,78,0 chrXI 613793 . GGAGGAA G 1782.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=90.8536;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.70;MQ0=0;QD=50.94;SB=-5.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,19:35:98:1825,98,0 chrXI 613967 . A AT 277.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.214;DP=48;FS=11.677;HaplotypeScore=102.4718;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.76;MQ0=0;MQRankSum=1.179;QD=5.79;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.491;SB=-3.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,13:48:99:317,0,217 chrXI 613990 . G GAAAA,GAAA 1018.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=64.6266;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=47.90;MQ0=0;QD=24.85;RPA=12,16,15;RU=A;SB=-5.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:19,11,7:41:83:1097,164,83,265,0,179 chrXI 614069 . CT C 394.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.750;DP=45;FS=6.806;HaplotypeScore=61.2136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.00;MQ0=0;MQRankSum=2.959;QD=8.78;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=-0.063;SB=-9.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:45:99:434,0,475 chrXI 614186 . AC A 4826 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=618.1819;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.34;MQ0=0;QD=33.05;SB=-1.500e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,140:146:99:4826,403,0 chrXI 614247 . T TA 1352.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.929;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=370.2378;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.402;QD=19.61;ReadPosRankSum=2.510;SB=-6.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,56:69:99:1395,172,0 chrXI 614514 . C CTT 636.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.156;DP=79;FS=5.881;HaplotypeScore=230.2963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.11;MQ0=1;MQRankSum=-0.485;QD=8.06;RPA=8,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.247;SB=-3.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,28:78:99:676,0,694 chrXI 614866 . A AT 282.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.645;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=107.4409;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.11;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=6.29;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.748;SB=-8.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,19:45:99:322,0,409 chrXI 615692 . TTTCT T,TT 1870.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=27.1271;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=50.02;MQ0=0;QD=34.65;SB=-9.400e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:28,0,0:53:99:1949,608,463,347,0,203 chrXI 618466 . AT A 1973.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=156.0848;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.77;MQ0=0;QD=22.95;RPA=6,5;RU=T;SB=-8.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,84:86:99:2016,231,0 chrXI 618691 . T TA 2643.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=35.7402;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.91;MQ0=0;QD=29.71;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.019e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,82:89:99:2686,235,0 chrXI 618946 . GAA G 1203.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.445;DP=67;FS=6.119;HaplotypeScore=101.1856;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.979;QD=17.97;RPA=14,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.068;SB=-3.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,38:67:80:1246,80,0 chrXI 625529 . T TACA 6165 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=51.3243;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.51;MQ0=0;QD=46.01;RPA=2,3;RU=ACA;SB=-2.682e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,125:134:99:6165,382,0 chrXI 626218 . C CCA 5611 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=44.0959;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.95;MQ0=0;QD=40.96;SB=-2.576e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,132:137:99:5611,397,0 chrXI 626626 . G GTTT 775.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.538;DP=66;FS=1.102;HaplotypeScore=60.5249;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.117;QD=11.76;RPA=10,13;RU=T;ReadPosRankSum=-1.596;SB=-3.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,17:66:99:815,0,780 chrXI 626765 . C CA 1945.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=15.5537;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.04;SB=-8.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1988,162,0 chrXI 627509 . CAAT C 4992 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=574.5381;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.50;MQ0=0;QD=46.65;SB=-1.513e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,105:107:99:4992,312,0 chrXI 630488 . TA T 1340.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=71.0932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=33.52;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:40:99:1383,111,0 chrXI 630517 . G GC 548.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.145;DP=41;FS=1.986;HaplotypeScore=141.2831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=1.760;QD=13.39;RPA=5,6;RU=C;ReadPosRankSum=-1.509;SB=-9.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,24:41:99:588,0,330 chrXI 631098 . TA T 1150.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.236;DP=166;FS=11.924;HaplotypeScore=131.7024;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.439;QD=6.93;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.103;SB=-3.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,78:166:99:1190,0,909 chrXI 635448 . A AT 92.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.610;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=26.7404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.26;MQ0=1;MQRankSum=0.244;QD=2.32;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.415;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,7:39:99:132,0,105 chrXI 638298 . C CG 2151.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.495;DP=140;FS=20.906;HaplotypeScore=203.6960;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.449;QD=15.37;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=4.097;SB=-6.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:77,63:140:93:2194,93,0 chrXI 638299 . G GA 2405.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.489;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=206.0319;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=1.547;QD=16.37;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.573;SB=-4.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:76,69:147:99:2448,375,0 chrXI 638422 . AT A 762.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.440;DP=144;FS=7.704;HaplotypeScore=77.8976;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.151;QD=5.30;RPA=15,14;RU=T;ReadPosRankSum=-0.031;SB=-2.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,51:144:99:802,0,404 chrXI 639998 . C CA 171.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.394;DP=64;FS=1.238;HaplotypeScore=114.7575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=0.084;QD=2.69;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.397;SB=-8.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,21:64:99:211,0,514 chrXI 640324 . TC T 712.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.312;DP=64;FS=1.167;HaplotypeScore=23.9121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.551;QD=11.14;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=-0.056;SB=-2.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,30:64:99:752,0,849 chrXI 644727 . A ATT 2762.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.699;DP=117;FS=3.596;HaplotypeScore=57.1327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.115;QD=23.62;RPA=11,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.676;SB=-1.323e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,87:117:99:2805,263,0 chrXI 661186 . AT A 149.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=38.1736;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.21;MQ0=4;QD=12.50;RPA=9,8;RU=T;SB=-4.790e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,11:8:24:192,24,0 chrXI 661401 . G GAAA 448.14 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.470;DP=32;FS=2.948;HaplotypeScore=20.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.50;MQ0=4;MQRankSum=1.201;QD=14.00;RPA=14,17;RU=A;ReadPosRankSum=-1.514;SB=-1.384e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,19:28:11:487,0,11 chrXI 663654 . ATC A 277.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=42.6911;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.00;MQ0=0;QD=39.58;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,6:7:21:319,21,0 chrXI 663728 . GA G 186.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=61.7458;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.75;MQ0=7;QD=11.69;RPA=7,6;RU=A;SB=-2.498e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:9:27:229,27,0 chrXI 665801 . T TTCG 485.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.392;DP=46;FS=44.698;HaplotypeScore=552.4130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.48;MQ0=9;MQRankSum=3.858;QD=10.56;ReadPosRankSum=-1.529;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,15:28:99:525,0,579 chrXI 665803 . TAG T 400.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.308;DP=45;FS=39.678;HaplotypeScore=539.9140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.25;MQ0=9;MQRankSum=2.872;QD=8.91;ReadPosRankSum=-0.974;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,15:27:99:440,0,557 chrXI 665928 . G GA 485.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.022;DP=49;FS=51.385;HaplotypeScore=439.4714;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.03;MQ0=1;MQRankSum=2.026;QD=9.92;RPA=3,4;RU=A;ReadPosRankSum=-0.309;SB=-8.301e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,22:39:99:525,0,151 chrXI 666237 . AG A 377.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.925;DP=78;FS=19.028;HaplotypeScore=541.7229;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.03;MQ0=7;MQRankSum=-0.575;QD=4.85;ReadPosRankSum=-0.575;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,39:43:99:417,0,667 chrXI 666245 . AG A 407.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.024;DP=76;FS=16.173;HaplotypeScore=527.6125;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.12;MQ0=6;MQRankSum=-0.352;QD=5.37;ReadPosRankSum=0.705;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,15:43:99:447,0,644 chrXI 666556 . GT G 348.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=144.5949;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.98;MQ0=0;QD=19.39;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,14:15:33:391,33,0 chrXII 381 . ATAC A 754.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.022;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=120.5554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=12.92;MQ0=91;MQRankSum=-1.490;QD=6.56;RPA=3,2;RU=TAC;ReadPosRankSum=2.681;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,23:22:99:794,0,138 chrXII 411 . G GAA 201.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.242;DP=178;FS=0.000;HaplotypeScore=236.6454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=14.62;MQ0=127;MQRankSum=-1.856;QD=1.13;RPA=9,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.892;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:129,10:44:99:241,0,700 chrXII 515 . ATAG A 243.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.760;DP=124;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=109.0168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=13.40;MQ0=92;MQRankSum=-1.064;QD=1.97;ReadPosRankSum=0.684;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:108,14:25:99:283,0,457 chrXII 552 . AT A 215.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=44.5704;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.50;MQ0=5;QD=13.50;RPA=2,1;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,10:9:24:258,24,0 chrXII 5676 . AC A 77.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.356;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=74.3203;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.67;MQ0=11;MQRankSum=-0.968;QD=1.81;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=2.647;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,11:16:99:117,0,225 chrXII 5681 . ACC A 120.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.648;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=69.9702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.91;MQ0=11;MQRankSum=-0.295;QD=2.88;RPA=3,1;RU=C;ReadPosRankSum=2.180;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,9:16:99:160,0,300 chrXII 6018 . ATAC A 362.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.187;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=123.1691;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.91;MQ0=26;MQRankSum=0.501;QD=6.26;RPA=3,2;RU=TAC;ReadPosRankSum=0.764;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,12:26:99:402,0,740 chrXII 6048 . G GA 172.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.610;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=188.4974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.95;MQ0=39;MQRankSum=2.155;QD=1.90;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.436;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,32:43:99:212,0,319 chrXII 13802 . TGC T 133.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=97.9406;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.90;MQ0=3;QD=13.32;RPA=4,3;RU=GC;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,5:5:15:175,15,0 chrXII 14561 . AT A 986.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.917;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=36.8659;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=0.450;QD=13.71;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.117;SB=-1.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,62:72:99:1029,111,0 chrXII 16636 . G GA 638.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.488;DP=109;FS=31.033;HaplotypeScore=198.5061;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.536;QD=5.86;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=0.165;SB=-2.001e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,30:109:99:678,0,1631 chrXII 19945 . TG T 1168.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=192.8403;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.89;MQ0=0;QD=34.38;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:99:1211,99,0 chrXII 20119 . CA C 1546.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=1000.6497;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.51;MQ0=0;QD=20.90;RPA=8,7;RU=A;SB=-5.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,72:74:99:1589,209,0 chrXII 20565 . CTTACA C 4394 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=218.8207;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.81;MQ0=0;QD=67.60;SB=-2.097e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,63:65:99:4394,184,0 chrXII 20975 . TA T 1745.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=497.0100;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.60;MQ0=0;QD=21.29;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,80:82:99:1788,233,0 chrXII 22739 . TC T 911.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.683;DP=84;FS=0.885;HaplotypeScore=210.4739;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.06;MQ0=0;MQRankSum=0.367;QD=10.86;ReadPosRankSum=0.377;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,36:84:99:951,0,1326 chrXII 22811 . GATTTCTTC G 4547 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=146.0948;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.84;MQ0=0;QD=58.29;RPA=2,1;RU=ATTTCTTC;SB=-1.628e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,52:78:99:4547,150,0 chrXII 23508 . T TA 2143.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=148.7223;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.81;MQ0=0;QD=25.22;RPA=3,4;RU=A;SB=-7.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,75:85:99:2186,228,0 chrXII 25385 . TA T 419.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.171;DP=37;FS=3.680;HaplotypeScore=403.7074;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.635;QD=11.35;ReadPosRankSum=0.100;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,17:37:61:462,61,0 chrXII 27269 . G GGCCAAGA 4313 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=67.0616;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.25;MQ0=0;QD=71.88;RPA=1,2;RU=GCCAAGA;SB=-1.619e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,47:60:99:4313,153,0 chrXII 28304 . A AT 2153.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=449.4637;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.90;MQ0=0;QD=24.48;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.008e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,83:88:99:2196,249,0 chrXII 29739 . GA G 158.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.733;DP=41;FS=1.421;HaplotypeScore=128.9910;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.572;QD=3.88;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.481;SB=-7.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,13:41:99:198,0,389 chrXII 30250 . G GA 398.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.076;DP=51;FS=4.638;HaplotypeScore=63.9711;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.693;QD=7.82;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.581;SB=-1.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,27:51:99:438,0,289 chrXII 32319 . CAA C,CA 1695.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=28.8507;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.51;MQ0=0;QD=18.04;RPA=11,9,10;RU=A;SB=-4.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:11,51,0:94:99:1774,511,473,969,0,768 chrXII 34146 . G GA 1011.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.985;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=66.6257;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.790;QD=9.12;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=0.090;SB=-3.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,50:111:99:1051,0,626 chrXII 35378 . C CA 255.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.425;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=56.1060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=0.663;QD=4.20;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.401;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,20:61:99:295,0,589 chrXII 35406 . G GA 171.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.652;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=55.8249;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.681;QD=3.51;RPA=5,6;RU=A;ReadPosRankSum=-0.370;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,13:49:99:211,0,382 chrXII 36038 . G GAAACACCAGCA 1285.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.836;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=9.0125;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.68;MQ0=0;MQRankSum=-3.799;QD=51.44;ReadPosRankSum=0.076;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,11:25:99:1325,0,960 chrXII 36595 . C CT 299.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.409;DP=59;FS=3.350;HaplotypeScore=81.1289;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQ0=0;MQRankSum=0.176;QD=5.08;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.440;SB=-1.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,19:59:99:339,0,196 chrXII 36658 . T TA 361.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.286;DP=48;FS=3.014;HaplotypeScore=150.1271;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.602;QD=7.53;RPA=3,4;RU=A;ReadPosRankSum=-0.575;SB=-1.355e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,18:48:11:403,11,0 chrXII 36723 . GAA G 205.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.429;DP=30;FS=7.384;HaplotypeScore=60.6104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.53;MQ0=0;MQRankSum=0.387;QD=6.87;RPA=11,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.951;SB=-1.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,11:30:99:245,0,288 chrXII 37136 . TA T 366.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.948;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=75.5819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=0.507;QD=10.19;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=-0.507;SB=-1.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,17:36:99:406,0,367 chrXII 41223 . CATATATATATATATATATATATAT C 1516.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=21.4172;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.17;MQ0=0;QD=31.60;RPA=19,7;RU=AT;SB=-2.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,12:48:30:1559,30,0 chrXII 46573 . C CAA 275.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=39.3100;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.80;MQ0=0;QD=16.23;RPA=10,12;RU=A;SB=-1.568e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,9:17:32:318,32,0 chrXII 46679 . G GAA 1580.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=124.2002;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.32;MQ0=0;QD=38.56;RPA=2,4;RU=A;SB=-4.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:41:99:1623,120,0 chrXII 46703 . A ATT 723.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=144.2968;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.39;MQ0=0;QD=16.84;RPA=12,14;RU=T;SB=-2.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,14:43:88:766,88,0 chrXII 48661 . GA G 1314.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=130.4403;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.80;MQ0=0;QD=22.29;RPA=5,4;RU=A;SB=-2.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,52:59:99:1357,159,0 chrXII 48673 . TAA T 1155.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=157.5693;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.73;MQ0=0;QD=20.28;RPA=12,10;RU=A;SB=-2.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,40:57:99:1198,123,0 chrXII 48850 . G GT 611.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=274.0113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.24;MQ0=0;QD=27.82;SB=-9.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,17:22:57:654,57,0 chrXII 48853 . GCC G 631.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.097;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=253.1545;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.060;QD=30.09;ReadPosRankSum=2.216;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,15:21:53:674,53,0 chrXII 63802 . GT G 1575.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=210.9778;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.63;MQ0=0;QD=25.84;RPA=3,2;RU=T;SB=-8.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:61:99:1618,159,0 chrXII 63982 . CAA C 2477.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.938;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=91.2666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.18;MQ0=0;MQRankSum=1.098;QD=18.35;RPA=15,13;RU=A;ReadPosRankSum=1.420;SB=-6.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,75:134:99:2519,184,0 chrXII 64667 . TCG T 183.73 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=69.7461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.46;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=15.31;ReadPosRankSum=0.742;SB=-7.525e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:9:0:221,0,0 chrXII 64671 . C CTT 143.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=65.4942;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=23.86;RPA=2,4;RU=T;SB=-5.842e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,5:6:16:185,16,0 chrXII 64895 . TCG T 233.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=238.1035;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=29.13;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:8:21:275,21,0 chrXII 64899 . C CTT 238.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=215.3031;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=34.00;RPA=2,4;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21:280,21,0 chrXII 65123 . TCG T 625.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.930;DP=58;FS=51.838;HaplotypeScore=527.4362;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.60;MQ0=0;MQRankSum=-4.677;QD=10.79;ReadPosRankSum=2.091;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,22:54:99:665,0,1150 chrXII 65127 . C CTT 637.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.061;DP=55;FS=60.504;HaplotypeScore=492.7455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.63;MQ0=0;MQRankSum=-4.998;QD=11.60;RPA=2,4;RU=T;ReadPosRankSum=2.574;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,22:54:99:677,0,1136 chrXII 65534 . A AT 199.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.552;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=75.1641;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.70;MQ0=0;MQRankSum=0.091;QD=8.67;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.004;SB=-7.578e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,13:23:2:238,2,0 chrXII 66619 . C CTTT,CTTTT 3355 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.641;DP=159;FS=4.968;HaplotypeScore=277.3111;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=0.456;QD=21.10;RPA=13,16,17;RU=T;ReadPosRankSum=-1.428;SB=-9.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:44,78,11:158:99:3355,439,157,841,0,610 chrXII 68559 . T TTTCTA 4003 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=24.2555;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.69;MQ0=0;QD=54.09;RPA=1,2;RU=TTCTA;SB=-1.802e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,69:74:99:4003,195,0 chrXII 76922 . G GAA 911.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.083;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=39.2116;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.516;QD=24.65;RPA=8,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.408;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,29:37:64:954,64,0 chrXII 80216 . C CT 1539.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.681;DP=86;FS=7.442;HaplotypeScore=25.8376;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=0.681;QD=17.91;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.237;SB=-3.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,65:86:99:1582,152,0 chrXII 80711 . A AT 1008.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=86.3775;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.66;MQ0=0;QD=22.42;RPA=7,8;RU=T;SB=-5.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,41:45:99:1051,123,0 chrXII 81023 . C CTTTA 1418.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=102.8805;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.07;MQ0=0;QD=47.30;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,19:30:75:1461,75,0 chrXII 81192 . TC T 514.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=50.6923;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=25.75;RPA=4,3;RU=C;SB=-1.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,17:20:57:557,57,0 chrXII 81207 . T TA 480.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=58.2382;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=24.05;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,19:20:57:523,57,0 chrXII 81387 . T TAA 935.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=27.9990;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.79;MQ0=0;QD=21.77;RPA=11,13;RU=A;SB=-3.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,19:43:99:978,103,0 chrXII 84320 . T TGCGGATGCGGAC 8956 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=597.4360;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.63;MQ0=0;QD=113.37;SB=-2.497e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,38:79:99:8956,228,0 chrXII 86842 . ATT A 1286.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=279.1847;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.90;MQ0=0;QD=23.83;RPA=11,9;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,45:54:99:1329,132,0 chrXII 91990 . CA C 1127.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=491.7551;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.296;QD=26.23;ReadPosRankSum=-0.465;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:42:90:1170,90,0 chrXII 91993 . A AC 1158.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=487.1885;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.18;MQ0=0;QD=27.59;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:41:99:1201,122,0 chrXII 92047 . TA T 1474.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=405.4142;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.09;MQ0=0;QD=30.73;SB=-6.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1517,138,0 chrXII 92395 . 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A ATT 2182.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=95.9858;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.68;MQ0=0;QD=31.19;RPA=5,7;RU=T;SB=-1.096e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,64:69:99:2225,184,0 chrXII 95322 . CT C 45.48 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=9.0789;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.53;MQ0=0;QD=6.50;RPA=5,4;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,5:7:12:87,12,0 chrXII 97755 . G GA 908.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=28.9698;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.90;MQ0=0;QD=23.92;RPA=8,9;RU=A;SB=-4.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,35:38:99:951,114,0 chrXII 97900 . A AAT 1442.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=81.2439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;QD=15.68;RPA=3,4;RU=AT;SB=-5.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,77:92:99:1485,141,0 chrXII 100550 . CT C 1302.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=138.1553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.37;MQ0=0;QD=17.14;RPA=9,8;RU=T;SB=-6.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,73:76:99:1345,185,0 chrXII 108046 . CT CTT,C 523.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.091;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=120.2284;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.15;MQ0=0;MQRankSum=0.274;QD=7.82;RPA=12,13,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.641;SB=-2.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:36,1,11:67:99:602,268,336,425,0,604 chrXII 108352 . C CAA 942.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.327;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=24.8212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.35;MQ0=0;MQRankSum=0.037;QD=19.24;ReadPosRankSum=-0.231;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,25:49:99:982,0,760 chrXII 109468 . A AT 604.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.167;DP=69;FS=4.064;HaplotypeScore=255.8022;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.22;MQ0=0;MQRankSum=0.616;QD=8.77;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.349;SB=-3.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,35:69:99:644,0,308 chrXII 111590 . CT C 1112.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=66.3895;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.35;MQ0=0;QD=19.87;RPA=7,6;RU=T;SB=-5.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,50:56:99:1155,147,0 chrXII 112010 . G GTA 1548.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.655;DP=90;FS=9.392;HaplotypeScore=482.9772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.62;MQ0=0;MQRankSum=-4.639;QD=17.21;ReadPosRankSum=-1.383;SB=-6.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,35:90:99:1588,0,1774 chrXII 112163 . CAT C 1591.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.494;DP=142;FS=5.529;HaplotypeScore=840.2744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.42;MQ0=0;MQRankSum=-7.899;QD=11.21;RPA=2,1;RU=AT;ReadPosRankSum=0.402;SB=-2.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,49:142:99:1631,0,2921 chrXII 112176 . GAAA G 3845 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.633;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=679.2557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.38;MQ0=0;MQRankSum=1.501;QD=26.70;RPA=14,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.544;SB=-9.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,104:144:99:3845,298,0 chrXII 112502 . CT C 1045.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=114.2298;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.52;MQ0=0;QD=23.24;RPA=5,4;RU=T;SB=-4.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1088,126,0 chrXII 121725 . GT G 439.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.064;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=52.9674;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.57;MQ0=0;MQRankSum=1.220;QD=9.56;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.733;SB=-2.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,29:46:55:482,55,0 chrXII 123487 . C CTTG 1354.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-4.583;DP=50;FS=5.909;HaplotypeScore=227.0342;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.61;MQ0=0;MQRankSum=0.702;QD=27.10;RPA=6,7;RU=TTG;ReadPosRankSum=0.612;SB=-4.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,33:50:30:1397,30,0 chrXII 124877 . TAG T 1115.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.529;DP=67;FS=11.851;HaplotypeScore=19.4035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=0.783;QD=16.66;RPA=2,1;RU=AG;ReadPosRankSum=-1.275;SB=-5.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,37:67:99:1155,0,936 chrXII 124986 . GT G 1369.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.917;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=31.8108;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.050;QD=14.42;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.217;SB=-3.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,76:95:99:1412,171,0 chrXII 125356 . GA G 768.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.730;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=13.5634;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.091;QD=18.76;RPA=7,6;RU=A;ReadPosRankSum=-0.274;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,38:41:87:811,87,0 chrXII 127351 . TGA T 3493 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=465.9865;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.57;MQ0=0;QD=32.05;SB=-1.478e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,81:109:99:3493,270,0 chrXII 127406 . C CT 1631.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.490;DP=84;FS=3.949;HaplotypeScore=545.6322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.940;QD=19.43;ReadPosRankSum=1.917;SB=-6.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,67:84:99:1674,201,0 chrXII 129169 . G GA 277.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.060;DP=36;FS=1.402;HaplotypeScore=63.5239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.258;QD=7.72;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.337;SB=-1.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,18:36:99:317,0,194 chrXII 130128 . 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AC A 377.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.135;DP=40;FS=8.199;HaplotypeScore=64.9459;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.793;QD=9.45;ReadPosRankSum=-0.536;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,16:40:99:417,0,711 chrXII 131008 . CT C 282.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.851;DP=39;FS=6.103;HaplotypeScore=72.4713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.94;MQ0=0;MQRankSum=0.281;QD=7.26;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=-0.911;SB=-1.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,15:38:99:322,0,463 chrXII 131587 . G GA 1164.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.417;DP=140;FS=1.423;HaplotypeScore=40.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQ0=0;MQRankSum=0.941;QD=8.32;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.839;SB=-5.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,63:140:99:1204,0,963 chrXII 132251 . G GA 182.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.730;DP=39;FS=5.278;HaplotypeScore=320.8599;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.04;MQ0=0;MQRankSum=-2.167;QD=4.69;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=4.603;SB=-1.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,15:38:83:222,0,83 chrXII 132253 . G GAAGAA,GGAA 1375.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.289;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=175.3672;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=46.04;MQ0=0;MQRankSum=1.251;QD=35.28;ReadPosRankSum=-0.096;SB=-5.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:12,10,12:38:99:1454,396,353,481,0,432 chrXII 136433 . AT A 1979.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=33.6965;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.79;MQ0=0;QD=20.00;RPA=6,5;RU=T;SB=-9.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,86:99:99:2022,251,0 chrXII 137918 . AT A 1826.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=100.0367;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=24.36;RPA=5,4;RU=T;SB=-4.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,74:75:99:1869,219,0 chrXII 150873 . A AAT 603.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.909;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=101.4702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.86;MQ0=0;MQRankSum=-3.521;QD=20.13;ReadPosRankSum=3.399;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,16:30:99:643,0,197 chrXII 150960 . G GT 117.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.000;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=38.8332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.713;QD=4.72;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.713;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,10:25:99:157,0,202 chrXII 159745 . C CAAAA 1332.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.317;DP=73;FS=3.459;HaplotypeScore=65.0744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.54;MQ0=0;MQRankSum=-2.844;QD=18.26;RPA=8,12;RU=A;ReadPosRankSum=-2.985;SB=-6.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,35:73:99:1372,0,1141 chrXII 161651 . TA T 59.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.837;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=27.0526;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.58;MQ0=0;MQRankSum=0.694;QD=1.50;RPA=16,15;RU=A;ReadPosRankSum=0.857;SB=-1.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,8:40:99:99,0,122 chrXII 168786 . A AT 1119.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.750;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=37.3710;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.024;QD=8.75;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=1.779;SB=-5.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,60:128:99:1159,0,765 chrXII 170280 . A AT 982.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.813;DP=128;FS=0.718;HaplotypeScore=141.6516;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.280;QD=7.68;RPA=3,4;RU=T;ReadPosRankSum=0.454;SB=-3.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,47:128:99:1022,0,1643 chrXII 170322 . A AT 1128.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.297;DP=130;FS=1.511;HaplotypeScore=394.6156;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.478;QD=8.68;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=-0.927;SB=-5.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,53:130:99:1168,0,1253 chrXII 170747 . G GAA 532.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.405;DP=45;FS=4.771;HaplotypeScore=136.4277;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.12;MQ0=0;MQRankSum=-4.466;QD=11.84;ReadPosRankSum=-0.229;SB=-4.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,15:45:99:572,0,1131 chrXII 170980 . GA G 351.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.619;DP=51;FS=1.473;HaplotypeScore=148.9704;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.41;MQ0=0;MQRankSum=-2.034;QD=6.90;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=-0.218;SB=-5.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,21:51:99:391,0,619 chrXII 171179 . C CATATT 1417.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.856;DP=59;FS=7.530;HaplotypeScore=54.1188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.57;MQ0=0;MQRankSum=1.349;QD=24.03;ReadPosRankSum=-0.008;SB=-6.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,23:59:99:1457,0,1930 chrXII 171936 . GA G 209.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.108;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=58.1645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.87;MQ0=0;MQRankSum=1.468;QD=5.38;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.910;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,17:39:99:249,0,424 chrXII 181518 . AC A 227.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.391;DP=24;FS=3.680;HaplotypeScore=12.7108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.391;QD=9.50;RPA=8,7;RU=C;ReadPosRankSum=0.107;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,12:24:99:267,0,183 chrXII 185314 . T TA 124.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.527;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=15.1353;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=0.971;QD=3.91;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.305;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,13:32:99:164,0,228 chrXII 187137 . AT A 946.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=12.7717;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.77;MQ0=0;QD=24.28;RPA=3,2;RU=T;SB=-3.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,33:39:93:989,93,0 chrXII 187501 . C CT 214.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.228;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=26.6070;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.253;QD=5.97;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.493;SB=-7.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,14:36:99:254,0,212 chrXII 187605 . AT A 418.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.279;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=29.4436;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.96;MQ0=0;MQRankSum=1.010;QD=8.73;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=0.329;SB=-2.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,25:48:99:458,0,462 chrXII 193400 . C CT 528.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.023;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=48.3167;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.076;QD=12.90;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.162;SB=-2.109e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,24:41:47:571,47,0 chrXII 195201 . GAA G,GA 1965.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=26.0262;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.35;MQ0=0;QD=20.48;RPA=10,8,9;RU=A;SB=-3.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:12,55,0:96:99:2044,754,711,1035,0,807 chrXII 195306 . CT C 954.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=20.8829;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.379;QD=15.16;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.530;SB=-3.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,50:63:99:997,121,0 chrXII 196591 . ATT A 350.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.701;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=31.0552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.701;QD=10.32;RPA=15,13;RU=T;ReadPosRankSum=1.725;SB=-7.896e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,14:34:64:390,0,64 chrXII 196750 . ATTT A 873.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.263;DP=54;FS=2.795;HaplotypeScore=165.7260;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.47;MQ0=0;MQRankSum=0.110;QD=16.18;RPA=15,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.110;SB=-3.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,19:54:63:916,63,0 chrXII 198532 . TA T 529.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.718;DP=78;FS=4.722;HaplotypeScore=196.9309;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=0.245;QD=6.79;RPA=6,5;RU=A;ReadPosRankSum=-0.515;SB=-1.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,35:78:99:569,0,731 chrXII 201844 . TA T 518.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.139;DP=74;FS=1.504;HaplotypeScore=65.9871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.831;QD=7.01;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.356;SB=-6.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,40:74:99:558,0,437 chrXII 202974 . AC A 693.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.981;DP=90;FS=9.796;HaplotypeScore=343.2784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=-5.259;QD=7.71;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=-0.348;SB=-3.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,30:90:99:733,0,1662 chrXII 203008 . TG T 628.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.681;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=244.5158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.53;MQ0=0;MQRankSum=-5.063;QD=9.68;ReadPosRankSum=0.768;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,24:65:99:668,0,1406 chrXII 204055 . A AT 977.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.432;DP=58;FS=3.010;HaplotypeScore=71.7198;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=0.461;QD=16.86;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=0.655;SB=-4.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,21:58:99:1020,99,0 chrXII 204794 . AT A 1205.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.678;DP=134;FS=1.794;HaplotypeScore=258.7279;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.996;QD=9.00;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=0.557;SB=-3.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,63:134:99:1245,0,1548 chrXII 208656 . T TAAGA 1272.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.852;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=82.2509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.13;MQ0=0;MQRankSum=0.288;QD=23.57;ReadPosRankSum=0.842;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:54:99:1312,0,1052 chrXII 208734 . T TA 488.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.790;DP=46;FS=6.661;HaplotypeScore=93.6921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.91;MQ0=0;MQRankSum=-2.178;QD=10.63;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=-0.390;SB=-1.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,23:46:99:528,0,475 chrXII 215438 . AT A 264.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=41.3751;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=9.98;MQ0=67;QD=3.49;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:67,9:9:27:307,27,0 chrXII 221524 . AT A 1168.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.194;DP=119;FS=1.660;HaplotypeScore=36.5069;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.884;QD=9.82;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=0.307;SB=-5.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,58:119:99:1208,0,1246 chrXII 223058 . A AT 410.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.872;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=199.9795;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.72;MQ0=0;MQRankSum=-4.532;QD=7.21;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.170;SB=-1.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,22:56:99:450,0,212 chrXII 223074 . C CTT 607.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.881;DP=41;FS=1.377;HaplotypeScore=179.2079;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.14;MQ0=0;MQRankSum=-4.497;QD=14.83;RPA=4,6;RU=T;ReadPosRankSum=-0.577;SB=-3.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,21:40:99:647,0,399 chrXII 224124 . GA G 565.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.415;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=89.2963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=0.574;QD=7.45;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=0.057;SB=-2.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,31:76:99:605,0,882 chrXII 225364 . T TA 763.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.479;DP=82;FS=3.002;HaplotypeScore=185.7398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.578;QD=9.32;ReadPosRankSum=0.760;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,37:82:99:803,0,1213 chrXII 229882 . GT G 294.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.125;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=16.9692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.193;QD=5.17;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.465;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,27:57:99:334,0,435 chrXII 231227 . T TA 299.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.302;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=97.5682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.024;QD=6.25;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=0.096;SB=-1.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,19:48:99:339,0,565 chrXII 232112 . CT C 532.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.182;DP=110;FS=3.975;HaplotypeScore=193.7168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=0.354;QD=4.85;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.938;SB=-2.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,41:110:99:572,0,1080 chrXII 232144 . G GTT 673.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.821;DP=98;FS=9.205;HaplotypeScore=147.5422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.270;QD=6.88;RPA=10,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.036;SB=-1.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,23:98:99:713,0,1162 chrXII 232239 . AGCCTAACCAG A 2101.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.630;DP=41;FS=9.728;HaplotypeScore=117.8526;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.70;MQ0=0;MQRankSum=-5.133;QD=51.27;ReadPosRankSum=1.743;SB=-9.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,18:41:99:2141,0,1904 chrXII 239171 . GA G 1304.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=290.0167;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.29;MQ0=0;QD=20.39;RPA=7,6;RU=A;SB=-2.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,56:64:99:1347,173,0 chrXII 239220 . G GA 2551.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=269.7693;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.31;MQ0=0;QD=26.31;RPA=4,5;RU=A;SB=-3.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,96:97:99:2594,273,0 chrXII 241569 . CT C 576.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.618;DP=62;FS=2.350;HaplotypeScore=35.4582;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=1.123;QD=9.31;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=0.409;SB=-2.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,33:62:99:616,0,522 chrXII 241800 . CCT C 1749.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.497;DP=111;FS=0.812;HaplotypeScore=149.5547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.218;QD=15.77;ReadPosRankSum=1.560;SB=-5.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,50:111:99:1789,0,1974 chrXII 243827 . CATAT C 315.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.751;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=20.1210;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.89;MQ0=0;MQRankSum=0.751;QD=26.27;RPA=9,7;RU=AT;ReadPosRankSum=0.751;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,10:12:15:357,15,0 chrXII 245256 . AATATAT A,AAT 1815.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=38.5453;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.87;RPA=10,7,8;RU=AT;SB=-2.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:47,7,0:87:99:1894,914,896,278,0,170 chrXII 246208 . AG A 791.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.729;DP=159;FS=2.501;HaplotypeScore=347.9971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.625;QD=4.98;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=1.027;SB=-2.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,57:159:99:831,0,1834 chrXII 248521 . CAT C 2909.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=313.5837;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.82;MQ0=0;QD=24.05;RPA=5,4;RU=AT;SB=-1.413e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,100:121:99:2952,261,0 chrXII 248700 . AT A 805.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.181;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=209.2867;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.851;QD=10.33;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.129;SB=-3.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,57:78:99:848,106,0 chrXII 250864 . T TA 608.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.699;DP=75;FS=7.298;HaplotypeScore=112.8846;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.169;QD=8.12;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.336;SB=-1.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,37:75:99:648,0,502 chrXII 251194 . GAA G 466.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.011;DP=69;FS=9.072;HaplotypeScore=42.2783;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=2.260;QD=6.77;RPA=18,16;RU=A;ReadPosRankSum=1.488;SB=-9.001e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,17:69:99:506,0,310 chrXII 252851 . GCGTCGTCCTCACCAT G 1169.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.195;DP=24;FS=1.808;HaplotypeScore=74.2024;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.65;MQ0=0;MQRankSum=-3.802;QD=48.75;ReadPosRankSum=1.195;SB=-4.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,8:24:99:1209,0,1946 chrXII 259721 . C CT 664.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.142;DP=61;FS=2.501;HaplotypeScore=89.8387;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.083;QD=10.90;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.195;SB=-2.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,26:61:51:707,51,0 chrXII 260584 . C CT 574.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.206;DP=92;FS=0.920;HaplotypeScore=129.4289;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.430;QD=6.25;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.430;SB=-1.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,35:92:99:614,0,637 chrXII 263050 . CA C 1795.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=222.5587;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;QD=28.97;RPA=3,2;RU=A;SB=-2.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,60:62:99:1838,174,0 chrXII 280996 . G GAAA 1185.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.766;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=38.2453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.437;QD=9.80;RPA=17,20;RU=A;ReadPosRankSum=-1.197;SB=-5.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:73,30:121:76:1228,76,0 chrXII 281805 . A AG 3025.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.711;DP=116;FS=5.947;HaplotypeScore=372.2632;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.63;MQ0=0;MQRankSum=1.090;QD=26.09;ReadPosRankSum=4.249;SB=-1.450e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,94:116:99:3068,255,0 chrXII 282562 . C CT 1673.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=227.7364;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.64;MQ0=0;QD=24.26;RPA=5,6;RU=T;SB=-3.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,64:69:99:1716,189,0 chrXII 282650 . CT C 953.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=195.4386;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.84;MQ0=0;QD=20.74;RPA=6,5;RU=T;SB=-3.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,44:46:99:996,123,0 chrXII 282684 . ATT A 1295.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=224.2729;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.23;MQ0=0;QD=28.80;RPA=8,6;RU=T;SB=-6.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,39:45:99:1338,126,0 chrXII 282693 . AT A 677.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.928;DP=56;FS=6.318;HaplotypeScore=349.3812;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.42;MQ0=0;MQRankSum=0.586;QD=12.11;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.074;SB=-3.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,38:56:65:720,65,0 chrXII 282706 . GT G 630.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.050;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=324.3626;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.446;QD=12.62;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.545;SB=-3.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,31:50:85:673,85,0 chrXII 283781 . G GA 219.05 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.470;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=198.2511;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.16;MQ0=0;MQRankSum=0.401;QD=8.11;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.203;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,11:27:20:261,20,0 chrXII 289357 . CT C 1588.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.060;DP=173;FS=6.373;HaplotypeScore=688.1422;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.07;MQ0=0;MQRankSum=-3.415;QD=9.18;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.281;SB=-5.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:60,104:173:26:1631,26,0 chrXII 292153 . G GA 1694.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.490;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=65.5572;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.17;MQ0=0;MQRankSum=0.472;QD=14.36;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.815;SB=-4.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,83:118:99:1737,102,0 chrXII 306616 . GA G 1580.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=164.8699;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.13;MQ0=0;QD=26.80;RPA=3,2;RU=A;SB=-3.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,46:59:99:1623,162,0 chrXII 306620 . TA T 789.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.301;DP=59;FS=6.628;HaplotypeScore=251.9614;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.527;QD=13.39;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.055;SB=-1.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,43:59:99:832,121,0 chrXII 315793 . C CT 1053.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.104;DP=86;FS=6.699;HaplotypeScore=180.3328;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.80;MQ0=0;MQRankSum=0.795;QD=12.26;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.749;SB=-5.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,50:86:66:1096,66,0 chrXII 315836 . A AT 895.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.011;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=238.9422;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.57;MQ0=0;MQRankSum=1.917;QD=14.00;ReadPosRankSum=2.946;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,41:64:99:938,117,0 chrXII 320335 . G GA 342.76 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.651;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=60.0265;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.260;QD=9.26;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.911;SB=-1.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,16:37:4:381,0,4 chrXII 322104 . ATT A 1181.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.668;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=198.7722;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.93;MQ0=0;MQRankSum=1.155;QD=14.95;RPA=15,13;RU=T;ReadPosRankSum=1.668;SB=-5.741e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,45:79:89:1223,89,0 chrXII 326441 . CT C 2283.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=276.7694;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;QD=32.17;SB=-8.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,66:71:99:2326,202,0 chrXII 332429 . C CG 824.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=51.7733;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=27.50;RPA=3,4;RU=G;SB=-1.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,26:30:81:867,81,0 chrXII 332524 . CAA C 3335 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=187.4370;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.20;MQ0=0;QD=38.33;RPA=4,2;RU=A;SB=-5.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:87:99:3335,241,0 chrXII 339676 . TTATATATATA T 10384 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=186;FS=0.000;HaplotypeScore=67.0657;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.13;MQ0=0;QD=55.83;RPA=10,5;RU=TA;SB=-4.415e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:56,126:186:99:10384,346,0 chrXII 342931 . G GAT 5016 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=198;FS=0.000;HaplotypeScore=409.6338;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;QD=25.33;RPA=4,5;RU=AT;SB=-1.112e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,158:198:99:5016,427,0 chrXII 348919 . G GTT 341.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.194;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=55.7413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.04;MQ0=0;MQRankSum=0.194;QD=6.45;RPA=17,19;RU=T;ReadPosRankSum=-2.517;SB=-3.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,15:53:87:381,0,87 chrXII 371365 . GA G 1431.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.542;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=217.8386;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=1.495;QD=17.05;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.403;SB=-2.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,73:84:99:1474,212,0 chrXII 379760 . TGAA T 3012.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=26.4574;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.55;MQ0=0;QD=36.74;RPA=3,2;RU=GAA;SB=-1.048e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,73:82:99:3055,205,0 chrXII 380619 . CA C 1633.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=18.7031;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;QD=26.35;RPA=4,3;RU=A;SB=-8.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,61:62:99:1676,180,0 chrXII 382278 . AT A 2465.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=179.9999;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.35;MQ0=0;QD=18.82;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.249e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,123:131:99:2508,344,0 chrXII 385536 . G GA 2102.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=295.8687;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.79;MQ0=0;QD=24.45;RPA=3,4;RU=A;SB=-8.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,75:86:99:2145,216,0 chrXII 385575 . GAA G 2385.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=405.7867;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.12;MQ0=0;QD=30.59;RPA=5,3;RU=A;SB=-1.137e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,70:78:99:2428,196,0 chrXII 390717 . A AC 1429.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=149.2895;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.17;MQ0=0;QD=35.75;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:1472,117,0 chrXII 391392 . GC G 563.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.373;DP=38;FS=3.401;HaplotypeScore=517.1182;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.554;QD=14.84;ReadPosRankSum=3.641;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,23:38:29:606,29,0 chrXII 391396 . TTGCATTATCA T 2357.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.319;DP=36;FS=5.618;HaplotypeScore=317.3995;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.773;QD=65.50;ReadPosRankSum=4.565;SB=-8.869e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,23:36:37:2397,0,37 chrXII 391719 . G GC 2432.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=557.3510;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.16;MQ0=0;QD=32.44;RPA=2,3;RU=C;SB=-8.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,73:75:99:2475,220,0 chrXII 391836 . G GAA 1065.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=300.1932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.53;MQ0=0;QD=20.11;RPA=9,11;RU=A;SB=-5.767e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,24:53:99:1107,114,0 chrXII 392174 . G GT 1191.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=518.8202;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.41;MQ0=0;QD=32.22;RPA=1,2;RU=T;SB=-3.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:99:1234,108,0 chrXII 392399 . GT G 829.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=544.4026;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.20;MQ0=0;QD=21.28;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,31:39:93:872,93,0 chrXII 392460 . T TA 301.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=225.4607;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.30;MQ0=0;QD=27.45;RPA=1,2;RU=A;SB=-6.798e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,10:11:30:344,30,0 chrXII 392710 . T TA 467.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.131;DP=26;FS=5.836;HaplotypeScore=247.7163;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.678;QD=18.00;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.226;SB=-1.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,23:26:47:510,47,0 chrXII 392749 . A AC 1449.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=378.6559;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.86;MQ0=0;QD=30.21;RPA=3,4;RU=C;SB=-1.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,47:48:99:1492,141,0 chrXII 392874 . CT C 467.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=150.4409;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=31.20;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:42:510,42,0 chrXII 392954 . CA C 448.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=214.2678;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=19.52;RPA=7,6;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,19:23:60:491,60,0 chrXII 393197 . CACCTACT C 1709.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.899;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=676.5103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.67;MQ0=0;MQRankSum=1.554;QD=58.96;ReadPosRankSum=3.899;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,22:29:99:1749,0,265 chrXII 393205 . GCATCA G 1188.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.594;DP=26;FS=2.556;HaplotypeScore=714.0059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.533;QD=45.73;ReadPosRankSum=3.091;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,22:26:99:1228,0,132 chrXII 394058 . T TAAGAA 1029.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=139.6506;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.76;MQ0=0;QD=54.21;SB=-4.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,12:19:45:1072,45,0 chrXII 394094 . C CT 374.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=146.0898;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.37;MQ0=0;QD=31.25;RPA=1,2;RU=T;SB=-3.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36:417,36,0 chrXII 394106 . CT C 455.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=210.0181;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.43;MQ0=0;QD=20.73;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:63:498,63,0 chrXII 394236 . TG T 1721.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.203;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=819.2160;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.529;QD=24.60;ReadPosRankSum=1.713;SB=-8.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,62:70:99:1764,186,0 chrXII 394523 . G GA 1506.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.971;DP=73;FS=2.631;HaplotypeScore=390.2225;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.478;QD=20.64;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.881;SB=-5.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,65:73:99:1549,140,0 chrXII 394623 . AG A 989.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=143.0585;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.49;MQ0=0;QD=33.00;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:90:1032,90,0 chrXII 394693 . GAAA G 1673.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=151.2741;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.10;MQ0=0;QD=33.48;RPA=13,10;RU=A;SB=-5.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,44:49:99:1716,135,0 chrXII 395580 . A AT 6329 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.717;DP=243;FS=0.000;HaplotypeScore=1251.3661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.291;QD=26.05;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=-0.383;SB=-2.591e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,230:243:99:6329,654,0 chrXII 402605 . GC G 3013.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=28.4580;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.26;MQ0=0;QD=29.55;RPA=3,2;RU=C;SB=-1.355e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:102:99:3056,289,0 chrXII 402737 . A ATT 1370.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=46.0014;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.01;MQ0=0;QD=17.35;RPA=13,15;RU=T;SB=-6.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,20:78:99:1413,158,0 chrXII 404333 . A AT 896.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=10.1778;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=24.24;RPA=4,5;RU=T;SB=-4.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,35:37:99:939,99,0 chrXII 412549 . TA T 1291.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=416.8324;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.54;MQ0=0;QD=21.18;SB=-6.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,49:61:99:1334,126,0 chrXII 412561 . C CGT 1377.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=511.7299;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.86;MQ0=0;QD=28.71;SB=-6.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,36:48:99:1420,126,0 chrXII 412563 . T TG 776.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.293;DP=45;FS=2.541;HaplotypeScore=551.9962;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.766;QD=17.27;ReadPosRankSum=2.662;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,36:45:76:819,76,0 chrXII 412958 . A AT 944.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.587;DP=61;FS=6.854;HaplotypeScore=1054.3418;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.91;MQ0=0;MQRankSum=0.449;QD=15.49;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=4.563;SB=-2.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,25:61:97:987,97,0 chrXII 412960 . G GTCACTTTACGATT 5978 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=269.2578;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.16;MQ0=0;QD=124.54;SB=-1.883e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,24:48:99:5978,132,0 chrXII 421504 . GGGGT G 3617 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.896;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=31.6078;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.27;MQ0=0;MQRankSum=1.374;QD=56.52;ReadPosRankSum=1.613;SB=-8.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,56:64:99:3617,153,0 chrXII 423554 . C CTT 544.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.707;DP=71;FS=1.843;HaplotypeScore=83.8820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=0.683;QD=7.68;RPA=15,17;RU=T;ReadPosRankSum=-2.635;SB=-9.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,22:71:99:584,0,215 chrXII 425324 . G GCCT 1883.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=64.6652;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.69;MQ0=0;QD=48.31;SB=-7.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,35:39:99:1926,108,0 chrXII 426662 . CA C 30.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.879;DP=157;FS=1.034;HaplotypeScore=275.0497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.996;QD=0.20;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.068;SB=-6.001e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:117,22:157:70:70,0,1737 chrXII 432101 . G GGA 6652 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=169.3428;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.58;MQ0=0;QD=41.84;SB=-2.573e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,149:159:99:6652,463,0 chrXII 434097 . AAT A 267.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=57.9707;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;QD=11.17;RPA=7,6;RU=AT;SB=-6.895e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,13:24:27:310,27,0 chrXII 441523 . CT C 72.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.666;DP=95;FS=1.928;HaplotypeScore=51.0086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.544;QD=0.77;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.104;SB=-5.001e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,15:95:99:112,0,990 chrXII 460002 . CAAA CA,C 2316.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.597;DP=250;DS;FS=8.541;HaplotypeScore=326.2865;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=41.01;MQ0=0;MQRankSum=2.097;QD=9.27;RPA=17,15,14;RU=A;ReadPosRankSum=3.155;SB=-5.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:102,4,48:249:99:2395,399,546,433,0,1323 chrXII 460191 . ACCGCGTCGCCGCGTCG A 28776 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.862;DP=248;DS;FS=23.178;HaplotypeScore=583.4166;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.84;MQ0=0;MQRankSum=-8.232;QD=116.03;RPA=3,1;RU=CCGCGTCG;ReadPosRankSum=6.334;SB=-5.608e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,180:239:99:28776,0,7385 chrXII 460262 . G GTA 3652 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.600;DP=250;DS;FS=3.416;HaplotypeScore=656.4425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.612;QD=14.61;RPA=3,4;RU=TA;ReadPosRankSum=-3.403;SB=-1.808e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:148,102:249:99:3652,0,231 chrXII 460383 . TAAAAAAAAAAAAAA TAAAAA,T 16896 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.988;DP=247;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1572.7489;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=34.99;MQ0=0;MQRankSum=-2.107;QD=68.40;RPA=22,13,8;RU=A;ReadPosRankSum=3.757;SB=-3.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:77,0,84:245:99:16896,3162,4498,2487,0,6688 chrXII 460414 . CTGTT C 8097 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.258;DP=250;DS;FS=7.771;HaplotypeScore=1913.6478;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.15;MQ0=0;MQRankSum=-5.442;QD=32.39;ReadPosRankSum=5.270;SB=-1.300e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:116,130:250:99:8097,0,1779 chrXII 460420 . ACTGT A 6759 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.306;DP=249;DS;FS=80.506;HaplotypeScore=1631.3720;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.43;MQ0=0;MQRankSum=-3.073;QD=27.14;ReadPosRankSum=4.069;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:149,100:248:99:6759,0,4207 chrXII 460712 . ATAGTAAATAGTAACTTACATACAT A 32767 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=668.0311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.31;MQ0=2;QD=131.07;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,213:248:99:32767,709,0 chrXII 460917 . T TA 237.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8719;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=7.85;MQ0=236;QD=0.95;RPA=6,7;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:89,160:14:33:280,33,0 chrXII 491062 . AG A 3522 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=983.5264;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.50;MQ0=0;QD=32.02;SB=-1.673e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,109:110:99:3522,326,0 chrXII 491369 . ATT A 2121.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=64.7976;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.38;MQ0=0;QD=28.29;RPA=7,5;RU=T;SB=-9.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,67:75:99:2164,192,0 chrXII 491513 . CT C 2084.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.775;DP=162;FS=13.778;HaplotypeScore=445.1162;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.81;MQ0=0;MQRankSum=1.377;QD=12.87;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.185;SB=-6.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,111:162:99:2127,253,0 chrXII 494372 . G GA 3073.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=145.6142;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.72;MQ0=0;QD=24.99;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.467e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,122:123:99:3116,363,0 chrXII 495314 . T TC 3974 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=245.8900;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=31.79;SB=-1.967e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,120:125:99:3974,346,0 chrXII 498714 . ATTTAT A 2410.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=119.3443;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;QD=50.23;SB=-9.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,41:48:99:2453,120,0 chrXII 504386 . T TG 391.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.888;DP=38;FS=4.982;HaplotypeScore=46.1551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=0.875;QD=10.31;RPA=5,6;RU=G;ReadPosRankSum=2.228;SB=-1.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,18:38:99:431,0,377 chrXII 506065 . G GTT 1799.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.346;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=23.4969;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=1.199;QD=25.00;RPA=11,13;RU=T;ReadPosRankSum=-1.306;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,54:72:99:1842,159,0 chrXII 507626 . C CT 1054.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=17.3731;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=18.84;RPA=7,8;RU=T;SB=-2.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,43:56:99:1097,129,0 chrXII 510208 . GT G 850.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=13.2316;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.61;MQ0=0;QD=25.03;RPA=3,2;RU=T;SB=-3.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,30:34:87:893,87,0 chrXII 510429 . G GGA 715.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=146.5446;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.09;MQ0=0;QD=39.78;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54:758,54,0 chrXII 510431 . TTC T 710.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=153.7206;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.38;MQ0=0;QD=37.42;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,18:19:54:753,54,0 chrXII 510855 . G GC 455.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=20.7230;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.90;MQ0=0;QD=26.82;RPA=1,2;RU=C;SB=-1.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:17:42:498,42,0 chrXII 511516 . AAAC A 646.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.451;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=554.2050;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.12;MQ0=0;MQRankSum=-3.097;QD=14.06;ReadPosRankSum=1.009;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,15:46:99:686,0,114 chrXII 511530 . GCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAA G 3041.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.983;DP=39;FS=3.166;HaplotypeScore=285.8729;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.42;MQ0=0;MQRankSum=-4.357;QD=78.00;ReadPosRankSum=1.717;SB=-1.005e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,15:39:99:3081,0,1592 chrXII 511545 . GCAGCAACAGCAACAAAGCATC G,GCAGCAACAAAGCATC 2447.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=331.6853;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=46.18;MQ0=0;QD=59.71;SB=-1.008e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:29,0,0:41:99:2526,1283,3609,420,0,306 chrXII 513997 . CA C 522.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.866;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=110.4453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.19;MQ0=0;MQRankSum=0.975;QD=12.16;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.542;SB=-2.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,29:43:74:565,74,0 chrXII 514965 . CT C 485.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.256;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=217.2232;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.30;MQ0=0;MQRankSum=1.354;QD=6.75;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.695;SB=-7.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,29:72:50:528,50,0 chrXII 515195 . GA G 1317.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=138.3633;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=18.56;RPA=9,8;RU=A;SB=-4.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,67:71:99:1360,190,0 chrXII 516979 . GCAT G 1548.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.111;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=55.0288;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.036;QD=14.34;RPA=2,1;RU=CAT;ReadPosRankSum=-0.545;SB=-6.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,45:108:99:1588,0,2156 chrXII 517892 . TA T 1528.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=113.2916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.85;MQ0=0;QD=16.44;RPA=10,9;RU=A;SB=-5.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,83:93:99:1571,220,0 chrXII 520459 . AT A 1362.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.629;DP=138;FS=2.293;HaplotypeScore=40.4371;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQ0=0;MQRankSum=0.683;QD=9.88;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=-0.796;SB=-5.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,74:138:99:1402,0,1347 chrXII 522226 . A AT 399.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.207;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=231.8554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.02;MQ0=0;MQRankSum=-1.960;QD=8.33;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.718;SB=-2.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:48:99:439,0,292 chrXII 522256 . TCAAA T 2935.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=78.2989;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.52;MQ0=0;QD=49.76;SB=-1.198e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,55:59:99:2978,153,0 chrXII 527967 . C CT 638.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.553;DP=171;FS=3.130;HaplotypeScore=106.8586;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=1.879;QD=3.74;RPA=14,15;RU=T;ReadPosRankSum=0.033;SB=-2.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:111,39:171:99:678,0,905 chrXII 530729 . AT A 292.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.771;DP=41;FS=2.869;HaplotypeScore=114.5953;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=0.033;QD=7.15;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=0.501;SB=-1.225e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,11:41:26:335,26,0 chrXII 535172 . C CA 437.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.976;DP=79;FS=2.190;HaplotypeScore=78.3376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.681;QD=5.54;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.887;SB=-1.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,22:79:99:477,0,358 chrXII 536885 . CT C 491.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.520;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=189.5483;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.66;MQ0=0;MQRankSum=0.458;QD=10.04;RPA=6,5;RU=T;ReadPosRankSum=0.313;SB=-2.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,30:49:99:531,0,339 chrXII 539598 . C CT 270.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.313;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=32.5503;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.235;QD=8.74;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=1.097;SB=-3.199e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,15:31:32:310,0,32 chrXII 540622 . T TA 1109.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.453;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=146.2887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.19;MQ0=0;MQRankSum=0.592;QD=8.41;ReadPosRankSum=-0.387;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,69:132:99:1149,0,1338 chrXII 543544 . GT G 1340.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=43.6717;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.77;MQ0=0;QD=34.38;SB=-4.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:39:99:1383,111,0 chrXII 546061 . A AG 1283.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=23.0920;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.03;MQ0=0;QD=28.53;RPA=2,3;RU=G;SB=-3.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,44:45:99:1326,120,0 chrXII 549492 . A AATTGATGATTAAAAAGT 11413 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.007;DP=138;FS=11.525;HaplotypeScore=103.4932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.87;MQ0=0;MQRankSum=-9.329;QD=82.70;ReadPosRankSum=0.502;SB=-3.954e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,33:138:99:11413,0,8992 chrXII 552039 . TA T 448.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.098;DP=40;FS=5.388;HaplotypeScore=60.2601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.047;QD=11.22;RPA=7,6;RU=A;ReadPosRankSum=0.204;SB=-1.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,25:40:99:488,0,204 chrXII 552741 . A AAG 1702.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.030;DP=117;FS=19.630;HaplotypeScore=606.8846;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.809;QD=14.56;ReadPosRankSum=0.230;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,49:117:99:1742,0,1553 chrXII 552743 . C CTCT 3907 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=372.8460;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.12;MQ0=0;QD=34.58;RPA=1,2;RU=TCT;SB=-7.535e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,48:113:99:3907,298,0 chrXII 553703 . G GTATA 1371.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.936;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=292.8487;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.67;MQ0=1;MQRankSum=4.247;QD=19.60;ReadPosRankSum=-1.531;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,36:69:99:1411,0,563 chrXII 555317 . TACA T 382.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.082;DP=28;FS=9.356;HaplotypeScore=13.8555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.520;QD=13.68;RPA=4,3;RU=ACA;ReadPosRankSum=-0.027;SB=-1.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,12:28:99:422,0,558 chrXII 555558 . GCAA G,GCAACAACAA 1005.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=26.3225;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.23;MQ0=0;QD=47.90;RPA=5,4,7;RU=CAA;SB=-4.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:2,8,0:21:99:1084,822,1107,317,0,682 chrXII 556591 . GT G 294.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=27.4719;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.44;MQ0=0;QD=22.69;RPA=4,3;RU=T;SB=-5.599e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,12:13:36:337,36,0 chrXII 559220 . G GCAACAA 766.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.178;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=35.7531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.059;QD=15.04;RPA=6,8;RU=CAA;ReadPosRankSum=-1.206;SB=-2.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,14:51:99:806,0,989 chrXII 563476 . TACAC T,TAC 2341.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=109.5268;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.12;MQ0=0;QD=25.46;RPA=11,9,10;RU=AC;SB=-1.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:21,33,0:92:99:2420,884,854,1105,0,940 chrXII 563747 . TA T 697.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.882;DP=60;FS=6.755;HaplotypeScore=49.3671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQ0=0;MQRankSum=1.664;QD=11.63;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=1.100;SB=-3.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,37:60:99:737,0,493 chrXII 566362 . ATTAT A 2246.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.728;DP=121;FS=4.674;HaplotypeScore=123.5830;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.384;QD=18.57;RPA=2,1;RU=TTAT;ReadPosRankSum=1.128;SB=-1.046e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,40:121:99:2286,0,2977 chrXII 566430 . TTC T 3027.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.872;DP=172;FS=5.689;HaplotypeScore=289.4652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=1.563;QD=17.60;ReadPosRankSum=-0.903;SB=-1.295e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,94:172:99:3067,0,2647 chrXII 568017 . CTT C,CT 993.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.282;DP=104;FS=2.788;HaplotypeScore=273.8886;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.540;QD=9.56;RPA=14,12,13;RU=T;ReadPosRankSum=1.626;SB=-4.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:46,28,0:104:99:1072,357,507,498,0,389 chrXII 568117 . AGTAC A 1201.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.297;DP=58;FS=2.289;HaplotypeScore=182.7464;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.600;QD=20.72;ReadPosRankSum=0.683;SB=-6.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,23:58:99:1241,0,1971 chrXII 571868 . ATT A 1775.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=84.4182;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.69;MQ0=0;QD=35.52;RPA=3,1;RU=T;SB=-5.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,42:50:99:1818,129,0 chrXII 582046 . T TA 624.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.690;DP=73;FS=1.133;HaplotypeScore=22.7970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.269;QD=8.56;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.138;SB=-1.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,39:73:99:664,0,394 chrXII 585646 . T TA 787.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.712;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=145.4204;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.420;QD=8.38;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.649;SB=-1.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,46:94:99:827,0,654 chrXII 586241 . C CT 343.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.803;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=206.9335;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.995;QD=4.53;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.229;SB=-1.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,22:75:99:383,0,446 chrXII 589085 . CA C 441.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.465;DP=60;FS=2.439;HaplotypeScore=166.2642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.60;MQ0=0;MQRankSum=0.101;QD=7.37;RPA=6,5;RU=A;ReadPosRankSum=-0.288;SB=-1.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,27:60:99:481,0,628 chrXII 589114 . A AT 706.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.425;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=193.5405;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.523;QD=9.82;RPA=3,4;RU=T;ReadPosRankSum=-0.394;SB=-3.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,34:72:99:746,0,523 chrXII 599011 . CT C 273.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=168.0009;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=27.40;RPA=3,2;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30:316,30,0 chrXII 599083 . G GC 2162.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=203.3875;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.88;MQ0=0;QD=35.46;SB=-4.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:61:99:2205,178,0 chrXII 602695 . C CA 957.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.106;DP=63;FS=5.675;HaplotypeScore=24.9633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.006;QD=15.21;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=-0.973;SB=-4.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:997,0,447 chrXII 605064 . C CACTTT 2625.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=18.2534;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.45;MQ0=1;MQRankSum=1.141;QD=49.55;RPA=1,2;RU=ACTTT;ReadPosRankSum=0.634;SB=-1.109e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,41:52:99:2668,118,0 chrXII 605282 . T TA 518.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.977;DP=83;FS=5.785;HaplotypeScore=198.1791;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.643;QD=6.25;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.290;SB=-2.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,31:83:99:558,0,276 chrXII 605682 . CAGTA C 5223 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=276.6396;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.49;MQ0=0;QD=47.92;RPA=2,1;RU=AGTA;SB=-1.458e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:55,53:107:99:5223,307,0 chrXII 605687 . AGTAT A 5322 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.512;DP=110;FS=2.436;HaplotypeScore=261.7277;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.512;QD=48.38;ReadPosRankSum=3.311;SB=-1.385e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:56,54:108:99:5322,238,0 chrXII 607136 . CT C 2056.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=12.192;DP=225;FS=5.268;HaplotypeScore=1025.3167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.82;MQ0=5;MQRankSum=-2.177;QD=9.14;RPA=6,5;RU=T;ReadPosRankSum=0.871;SB=-6.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:109,116:218:99:2096,0,1898 chrXII 611827 . AT A 1236.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=270.5534;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.38;MQ0=0;QD=23.34;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,47:53:99:1279,141,0 chrXII 612158 . GAA G 2976.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=751.1052;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.56;MQ0=0;QD=27.56;RPA=13,11;RU=A;SB=-1.170e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,98:108:99:3019,302,0 chrXII 614331 . A AT 322.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=36.8728;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.91;MQ0=0;QD=21.53;RPA=2,3;RU=T;SB=-6.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:39:365,39,0 chrXII 616278 . TA T 2935.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=127.9212;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;QD=21.28;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.069e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,133:138:99:2978,386,0 chrXII 625064 . T TAAAA,TAA 2093.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=301.9225;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=51.92;MQ0=0;QD=21.37;RPA=12,16,14;RU=A;SB=-9.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:26,10,44:98:99:2172,639,529,689,0,480 chrXII 626434 . G GAA,GAAA 545.99 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=91.1015;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.30;MQ0=0;QD=13.65;RPA=14,16,17;RU=A;SB=-2.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:22,8,6:40:55:624,203,143,116,0,55 chrXII 628328 . TA T 1981.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=545.2148;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.90;MQ0=0;QD=16.94;RPA=8,7;RU=A;SB=-7.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,100:117:99:2024,271,0 chrXII 628589 . A AAT 491.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.972;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=41.2949;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.495;QD=5.47;RPA=5,6;RU=AT;ReadPosRankSum=-2.102;SB=-9.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,25:90:99:531,0,813 chrXII 633829 . CT C 1298.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.200;DP=126;FS=2.837;HaplotypeScore=116.2147;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.768;QD=10.31;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=-0.278;SB=-3.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,68:126:99:1338,0,1104 chrXII 634030 . TG T 831.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.065;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=38.5100;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=0.184;QD=15.41;RPA=4,3;RU=G;ReadPosRankSum=0.143;SB=-3.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,35:54:99:871,0,386 chrXII 634100 . GA G 379.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.489;DP=52;FS=2.696;HaplotypeScore=49.1151;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.628;QD=7.31;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.012;SB=-1.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,29:52:99:419,0,327 chrXII 636551 . GTT GTTT,G 377.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.370;DP=69;FS=2.170;HaplotypeScore=82.0896;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=51.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.769;QD=5.48;RPA=16,17,14;RU=T;ReadPosRankSum=-0.484;SB=-2.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:38,0,13:69:99:456,287,376,182,0,429 chrXII 640091 . C CTT 429.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.248;DP=50;FS=3.317;HaplotypeScore=138.1433;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.69;MQ0=0;MQRankSum=0.379;QD=8.60;RPA=9,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.536;SB=-6.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,16:50:99:469,0,515 chrXII 640114 . G GC 1648.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=71.0896;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.98;MQ0=0;QD=32.33;RPA=1,2;RU=C;SB=-2.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,50:51:99:1691,144,0 chrXII 644385 . A AC 1781.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.201;DP=88;FS=18.953;HaplotypeScore=30.3617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.943;QD=20.25;ReadPosRankSum=1.893;SB=-7.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,57:88:99:1821,0,421 chrXII 645231 . TAA T,TA 1069.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.044;DP=109;FS=1.727;HaplotypeScore=157.9684;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.940;QD=9.82;RPA=16,14,15;RU=A;ReadPosRankSum=-0.371;SB=-2.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:40,18,1:109:84:1148,762,1072,179,0,84 chrXII 645754 . T TTCTC 1604.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=340.8105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.55;MQ0=0;QD=29.18;RPA=7,9;RU=TC;SB=-7.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,16:55:99:1647,113,0 chrXII 645780 . T TCCTTTC 2152.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=258.0551;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.88;MQ0=0;QD=44.85;RPA=2,3;RU=CCTTTC;SB=-6.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,21:48:96:2195,96,0 chrXII 646385 . G GAAA 1122.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=78.2038;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.54;MQ0=0;QD=23.89;RPA=13,16;RU=A;SB=-3.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,11:47:99:1165,120,0 chrXII 657265 . G GTGAAT 9398 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=589.9848;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.06;MQ0=0;QD=74.59;SB=-4.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,117:126:99:9398,379,0 chrXII 657882 . AC A 2833.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=1125.1335;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.98;MQ0=0;QD=29.83;SB=-1.196e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:95:99:2876,265,0 chrXII 657926 . GTT G,GT 1671.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=1031.0752;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=37.32;MQ0=0;QD=14.54;RPA=12,10,11;RU=T;SB=-7.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:31,42,0:115:99:1750,750,791,786,0,564 chrXII 665555 . G GT 1329.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.507;DP=203;FS=4.332;HaplotypeScore=78.5900;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.015;QD=6.55;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-1.332;SB=-4.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:133,65:203:99:1369,0,1468 chrXII 666013 . ACAACATCAGTAGAACTAGCTTTCAAAG A 5523 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=103.4631;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.62;MQ0=0;QD=57.53;RPA=2,1;RU=CAACATCAGTAGAACTAGCTTTCAAAG;SB=-1.158e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:63,33:96:87:5523,87,0 chrXII 667982 . A AT 2346.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.487;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=43.3025;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=1.452;QD=18.63;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.612;SB=-8.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,106:126:99:2389,273,0 chrXII 669123 . AC A 2620.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=296.9572;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.30;MQ0=0;QD=27.59;RPA=3,2;RU=C;SB=-9.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,92:95:99:2663,253,0 chrXII 669182 . C CT 2267.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=241.3333;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.74;MQ0=0;QD=27.00;RPA=2,3;RU=T;SB=-9.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,74:84:99:2310,222,0 chrXII 669715 . GGAA G 2334.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;DP=111;FS=4.450;HaplotypeScore=38.5625;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.22;MQ0=0;MQRankSum=0.465;QD=21.04;ReadPosRankSum=-1.193;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,54:111:99:2374,0,2411 chrXII 670301 . AGT A 3931 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=651.3985;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.63;MQ0=0;QD=42.73;SB=-1.509e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:92:99:3931,268,0 chrXII 672902 . ATC A 1169.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.367;DP=90;FS=1.882;HaplotypeScore=80.9207;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.80;MQ0=0;MQRankSum=3.084;QD=13.00;ReadPosRankSum=1.012;SB=-5.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,38:90:99:1209,0,1597 chrXII 673332 . T TA 1252.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=440.2896;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.88;MQ0=0;QD=24.57;RPA=3,4;RU=A;SB=-2.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,44:51:99:1295,144,0 chrXII 673374 . TTG T 1454.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.553;DP=82;FS=3.663;HaplotypeScore=970.8399;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.13;MQ0=0;MQRankSum=1.818;QD=17.74;ReadPosRankSum=0.648;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:50,31:82:99:1497,177,0 chrXII 673375 . TGT T,TT 2337.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=865.3108;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=36.88;MQ0=0;MQRankSum=1.689;QD=27.83;ReadPosRankSum=0.476;SB=-6.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:38,0,0:84:99:2416,1092,912,583,0,360 chrXII 673423 . CA C 2592.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=818.7864;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.54;MQ0=0;QD=21.97;RPA=6,5;RU=A;SB=-7.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,110:118:99:2635,326,0 chrXII 674046 . A AT 915.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.018;DP=123;FS=3.161;HaplotypeScore=377.6526;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.459;QD=7.45;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.003;SB=-1.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,43:123:99:955,0,815 chrXII 674080 . AT A 791.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.459;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=612.2533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.112;QD=6.77;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.046;SB=-2.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,54:117:99:831,0,920 chrXII 680023 . A AT 1747.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=158.7048;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.48;MQ0=0;QD=21.32;RPA=9,10;RU=T;SB=-3.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,73:82:99:1790,219,0 chrXII 680979 . AC A 1199.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.973;DP=87;FS=1.815;HaplotypeScore=589.3495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.18;MQ0=0;MQRankSum=0.106;QD=13.79;RPA=3,2;RU=C;ReadPosRankSum=-0.973;SB=-5.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,48:87:99:1239,0,921 chrXII 680988 . AC A 2813.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=439.4109;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.39;MQ0=0;QD=30.59;RPA=2,1;RU=C;SB=-1.154e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,82:92:99:2856,247,0 chrXII 681146 . G GAA,GA 2533.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.491;DP=126;FS=2.414;HaplotypeScore=167.9038;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=1.134;QD=20.11;RPA=9,11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.652;SB=-1.098e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:24,30,69:126:99:2612,1331,1183,761,0,488 chrXII 682671 . A AG 3174.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=39.1782;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.37;MQ0=0;QD=30.82;RPA=1,2;RU=G;SB=-9.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,94:103:99:3217,280,0 chrXII 685663 . C CCGT 7779 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=98.4932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.29;MQ0=0;QD=55.56;SB=-3.720e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,130:140:99:7779,400,0 chrXII 687408 . CT C 1447.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=157.4035;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.19;MQ0=0;QD=23.35;RPA=5,4;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,55:62:99:1490,171,0 chrXII 687472 . G GA 147.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.680;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=95.6131;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=0.566;QD=4.23;RPA=14,15;RU=A;ReadPosRankSum=0.906;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,14:35:43:187,0,43 chrXII 687607 . AC A 645.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=328.5256;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.08;MQ0=0;QD=12.92;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:688,129,0 chrXII 687852 . TA T 322.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=22.2525;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.38;MQ0=0;QD=20.18;RPA=6,5;RU=A;SB=-7.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,15:16:45:365,45,0 chrXII 688702 . C CT 1740.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=126.5700;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.48;MQ0=0;QD=24.52;RPA=4,5;RU=T;SB=-6.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,65:71:99:1783,192,0 chrXII 696960 . A AATGAG 1432.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.690;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=224.7239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.85;MQ0=0;MQRankSum=0.878;QD=17.69;RPA=5,6;RU=ATGAG;ReadPosRankSum=0.859;SB=-6.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,26:81:99:1472,0,1081 chrXII 699901 . TA T 1644.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=434.8611;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.45;MQ0=0;QD=19.82;RPA=7,6;RU=A;SB=-3.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,75:83:99:1687,218,0 chrXII 699927 . TA T 1259.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.427;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=413.3437;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.09;MQ0=0;MQRankSum=1.682;QD=15.00;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=1.331;SB=-1.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,56:84:99:1302,193,0 chrXII 704138 . TAAAAA T,TAA 2364.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.675;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=61.4488;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.79;MQ0=0;MQRankSum=1.675;QD=24.89;RPA=19,14,16;RU=A;ReadPosRankSum=1.675;SB=-1.109e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:31,33,0:95:99:2443,391,375,940,0,768 chrXII 704451 . AT A 828.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.193;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=79.9106;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.00;MQ0=0;MQRankSum=1.501;QD=9.87;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.193;SB=-3.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,64:84:99:871,116,0 chrXII 706157 . GTATATTGTGTGTGCGTTT G 7086 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.832;DP=124;FS=0.773;HaplotypeScore=112.1344;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.36;MQ0=0;MQRankSum=-7.929;QD=57.15;ReadPosRankSum=1.324;SB=-3.104e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,42:124:99:7086,0,11740 chrXII 708692 . TCTGAGCTTGTACTAC T 4560 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=23.0288;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.07;MQ0=0;QD=80.00;RPA=2,1;RU=CTGAGCTTGTACTAC;SB=-3.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,34:57:99:4560,99,0 chrXII 709117 . AGAAGTTGAAGCAGAT A 1554.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=95.9874;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.83;MQ0=0;QD=77.75;RPA=2,1;RU=GAAGTTGAAGCAGAT;SB=-2.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,14:20:39:1597,39,0 chrXII 710407 . GT G 1572.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=123.6100;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.61;MQ0=0;QD=22.15;RPA=5,4;RU=T;SB=-6.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,69:71:99:1615,192,0 chrXII 710918 . G GC 3211.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=246.7428;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.79;MQ0=0;QD=35.69;SB=-1.300e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,84:90:99:3254,253,0 chrXII 712186 . G GTTT,GTT 1026.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.077;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=107.7351;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=0.328;QD=18.34;RPA=12,15,14;RU=T;ReadPosRankSum=-0.983;SB=-3.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:19,20,13:56:99:1105,216,163,346,0,269 chrXII 712833 . A AC 1388.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=12.3644;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.74;MQ0=0;QD=33.07;SB=-7.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:42:99:1431,117,0 chrXII 712996 . GAGCCAGTTTAAAGATATATTGCGTTT G 4194 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=197.0825;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=209.70;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:20:48:4194,48,0 chrXII 713115 . AT A 1851.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=260.2520;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.69;MQ0=0;QD=20.58;RPA=7,6;RU=T;SB=-5.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,84:90:99:1894,245,0 chrXII 713307 . ATT A 2096.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=174.9561;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.30;MQ0=0;QD=29.53;RPA=11,9;RU=T;SB=-6.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,65:71:99:2139,198,0 chrXII 718114 . T TAAA 543.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=101.5788;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.44;MQ0=0;QD=19.43;RPA=12,15;RU=A;SB=-3.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,12:28:55:586,55,0 chrXII 719533 . GT G 479.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.903;DP=50;FS=2.623;HaplotypeScore=77.1747;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.668;QD=9.60;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=-0.474;SB=-1.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,24:50:99:519,0,575 chrXII 719563 . A AT 183.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.585;DP=54;FS=12.125;HaplotypeScore=106.4701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.994;QD=3.41;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.343;SB=-8.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,15:54:99:223,0,249 chrXII 722481 . GT G 208.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.144;DP=52;FS=3.005;HaplotypeScore=136.6543;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.239;QD=4.02;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.588;SB=-9.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,21:52:99:248,0,289 chrXII 722835 . A ATTT 941.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.856;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=111.3910;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.61;MQ0=0;MQRankSum=-2.000;QD=12.39;RPA=9,12;RU=T;ReadPosRankSum=-2.491;SB=-4.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,25:76:99:981,0,1080 chrXII 723168 . CAAAA C,CAA 1012.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.311;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=93.4524;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=51.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.377;QD=18.76;RPA=14,10,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.933;SB=-2.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:25,14,0:54:99:1091,428,645,411,0,311 chrXII 724552 . A AT 675.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.252;DP=81;FS=2.104;HaplotypeScore=199.8931;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.006;QD=8.35;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.028;SB=-2.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,38:81:99:715,0,572 chrXII 724612 . CT C 1856.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=114.2030;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=16.88;RPA=9,8;RU=T;SB=-8.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,94:110:99:1899,262,0 chrXII 725704 . GA G 1138.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.552;DP=99;FS=2.018;HaplotypeScore=261.9801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.270;QD=11.50;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=1.244;SB=-3.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,57:99:99:1178,0,693 chrXII 728213 . C CA 805.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=47;FS=3.854;HaplotypeScore=41.5061;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.66;MQ0=0;MQRankSum=1.631;QD=17.15;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=-0.917;SB=-3.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,35:47:81:848,81,0 chrXII 728268 . AG A 486.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.378;DP=34;FS=5.287;HaplotypeScore=30.3939;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=14.32;ReadPosRankSum=0.594;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,15:34:99:526,0,538 chrXII 732227 . CA C 1018.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.570;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=233.6605;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.279;QD=10.40;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=0.555;SB=-4.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,49:98:99:1058,0,1098 chrXII 732527 . A AC 1574.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=41.4805;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.94;MQ0=0;QD=24.23;RPA=5,6;RU=C;SB=-6.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,56:65:99:1617,165,0 chrXII 734884 . TA T 542.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.062;DP=66;FS=1.583;HaplotypeScore=213.3155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.54;MQ0=0;MQRankSum=-6.031;QD=8.23;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=-2.058;SB=-8.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,28:66:99:582,0,724 chrXII 743995 . GA GAA,G 1753.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.991;DP=129;FS=2.142;HaplotypeScore=68.5149;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.670;QD=13.60;RPA=11,12,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.934;SB=-8.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:21,2,51:129:99:1832,954,1177,1068,0,1405 chrXII 745601 . CT C 1485.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.647;DP=169;FS=0.000;HaplotypeScore=416.0309;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.54;MQ0=0;MQRankSum=-2.127;QD=8.79;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=-0.753;SB=-6.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,79:169:99:1525,0,2176 chrXII 746533 . A AT 1114.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.388;DP=93;FS=9.372;HaplotypeScore=26.6542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQ0=0;MQRankSum=0.027;QD=11.99;RPA=3,4;RU=T;ReadPosRankSum=-1.234;SB=-1.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,47:93:99:1154,0,789 chrXII 747476 . GT G 2510.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.497;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=355.0439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.41;MQ0=0;MQRankSum=1.012;QD=20.92;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=1.252;SB=-7.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,114:120:99:2553,291,0 chrXII 747497 . C CA 1396.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.243;DP=103;FS=8.378;HaplotypeScore=479.5831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.74;MQ0=0;MQRankSum=2.264;QD=13.56;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=-1.687;SB=-6.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,53:103:99:1436,0,1110 chrXII 747710 . G GT 1741.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=17.9859;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=27.65;RPA=2,3;RU=T;SB=-6.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,50:63:99:1784,168,0 chrXII 747822 . A AT 1076.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.157;DP=112;FS=15.992;HaplotypeScore=428.1893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.88;MQ0=0;MQRankSum=-5.056;QD=9.62;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=0.719;SB=-3.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,39:112:99:1116,0,1444 chrXII 748908 . TA T 984.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.021;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=25.7935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.56;MQ0=0;MQRankSum=0.921;QD=13.13;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.307;SB=-2.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,44:75:99:1024,0,537 chrXII 757390 . AGT A 1228.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.436;DP=97;FS=13.077;HaplotypeScore=481.9147;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.99;MQ0=0;MQRankSum=-4.390;QD=12.67;ReadPosRankSum=0.286;SB=-6.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,45:97:99:1268,0,2071 chrXII 757398 . AAG A 1066.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.636;DP=105;FS=15.010;HaplotypeScore=511.3335;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.65;MQ0=0;MQRankSum=-4.660;QD=10.16;ReadPosRankSum=-0.344;SB=-4.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,44:105:99:1106,0,2097 chrXII 757413 . CA C 693.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.457;DP=118;FS=16.931;HaplotypeScore=557.8636;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.54;MQ0=0;MQRankSum=-3.892;QD=5.88;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.735;SB=-3.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,48:118:99:733,0,1105 chrXII 757586 . G GT,GTT 1500.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=154.7826;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.58;MQ0=0;QD=19.24;RPA=10,11,12;RU=T;SB=-6.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:15,22,39:78:99:1579,849,688,373,0,216 chrXII 759341 . GA G 1148.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.556;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=133.0675;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=1.321;QD=14.54;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.323;SB=-5.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,55:79:99:1191,150,0 chrXII 760762 . GCC G 1819.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=62.3684;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.75;MQ0=0;QD=41.36;SB=-7.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:44:99:1862,120,0 chrXII 764195 . AT A 285.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.772;DP=63;FS=11.861;HaplotypeScore=118.2483;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.431;QD=4.54;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=2.307;SB=-1.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,21:63:99:325,0,749 chrXII 766106 . CA C 1866.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.298;DP=133;FS=0.843;HaplotypeScore=321.6695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.837;QD=14.04;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=-0.119;SB=-4.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,81:133:99:1906,0,875 chrXII 766503 . TAAA T 176.14 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.621;DP=35;FS=6.008;HaplotypeScore=139.8467;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.555;QD=5.03;RPA=25,22;RU=A;ReadPosRankSum=2.799;SB=-5.053e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,6:35:11:215,0,11 chrXII 770972 . G GCAT 1113.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.103;DP=83;FS=4.691;HaplotypeScore=40.7348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.37;MQ0=0;MQRankSum=1.023;QD=13.42;RPA=4,5;RU=CAT;ReadPosRankSum=-0.660;SB=-3.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,30:83:99:1153,0,1474 chrXII 771882 . A AAGTC 2402.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.102;DP=93;FS=4.218;HaplotypeScore=32.0576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.37;MQ0=0;MQRankSum=0.105;QD=25.84;ReadPosRankSum=0.574;SB=-6.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,40:93:99:2442,0,2833 chrXII 779107 . A AAT 595.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.506;DP=55;FS=6.057;HaplotypeScore=21.0347;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=10.84;RPA=3,4;RU=AT;ReadPosRankSum=-1.088;SB=-2.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,23:55:99:635,0,425 chrXII 781653 . GA G 530.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.516;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=205.5309;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.24;MQ0=0;MQRankSum=-2.899;QD=8.70;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=-1.200;SB=-1.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,27:61:99:570,0,756 chrXII 783118 . T TGC 1351.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.860;DP=82;FS=6.714;HaplotypeScore=25.6142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=0.425;QD=16.49;ReadPosRankSum=-0.394;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,33:82:99:1391,0,1842 chrXII 784382 . G GC 1201.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=27.6725;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.39;MQ0=0;QD=26.13;RPA=2,3;RU=C;SB=-3.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,43:46:99:1244,111,0 chrXII 784454 . C CT 123.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.668;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=138.8090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.49;MQ0=0;MQRankSum=0.791;QD=3.54;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.216;SB=-2.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,10:35:99:163,0,307 chrXII 784523 . GT GTT,G 702.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=83.6722;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.00;MQ0=0;QD=14.64;RPA=10,11,9;RU=T;SB=-1.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:8,0,21:48:99:781,414,497,471,0,586 chrXII 784855 . GA G 458.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.725;DP=68;FS=1.017;HaplotypeScore=237.4033;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.917;QD=6.75;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=1.154;SB=-1.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,31:68:99:498,0,524 chrXII 786255 . 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TAAA T 1278.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.777;DP=72;FS=8.109;HaplotypeScore=170.6585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.84;MQ0=0;MQRankSum=-3.136;QD=17.76;RPA=8,5;RU=A;ReadPosRankSum=0.963;SB=-3.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,36:72:99:1318,0,1347 chrXII 793081 . T TA 1214.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.981;DP=92;FS=7.375;HaplotypeScore=269.1573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.82;MQ0=0;MQRankSum=-2.608;QD=13.21;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=-0.026;SB=-3.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,44:92:99:1254,0,1076 chrXII 793122 . TA T 858.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.200;DP=102;FS=0.784;HaplotypeScore=282.2456;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.06;MQ0=0;MQRankSum=-4.154;QD=8.42;RPA=6,5;RU=A;ReadPosRankSum=0.425;SB=-3.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,51:102:99:898,0,894 chrXII 793185 . A AT 900.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.133;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=175.4681;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.869;QD=6.83;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-1.058;SB=-2.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,49:132:99:940,0,865 chrXII 794023 . G GTA 609.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.528;DP=47;FS=6.142;HaplotypeScore=181.6952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.818;QD=12.98;RPA=2,3;RU=TA;ReadPosRankSum=-1.020;SB=-5.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,20:47:99:649,0,738 chrXII 794052 . G GT 910.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.587;DP=81;FS=3.412;HaplotypeScore=228.2928;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.309;QD=11.25;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=0.899;SB=-2.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,42:81:99:950,0,731 chrXII 794670 . GA G 1112.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.793;DP=114;FS=3.874;HaplotypeScore=386.8704;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.412;QD=9.76;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=0.392;SB=-4.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,59:114:99:1152,0,1127 chrXII 797261 . AT A 374.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.345;DP=96;FS=2.201;HaplotypeScore=98.4851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.892;QD=3.91;RPA=8,7;RU=T;ReadPosRankSum=0.728;SB=-1.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,30:96:99:414,0,656 chrXII 802485 . ATTT A 215.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.797;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=23.1701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.01;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=15.43;RPA=13,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.715;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,7:14:99:255,0,154 chrXII 805656 . GA G 307.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.486;DP=52;FS=2.701;HaplotypeScore=45.9392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.056;QD=5.92;RPA=6,5;RU=A;ReadPosRankSum=0.240;SB=-1.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,20:52:99:347,0,627 chrXII 806932 . C CT 427.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.822;DP=74;FS=5.213;HaplotypeScore=459.7594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.10;MQ0=0;MQRankSum=-6.240;QD=5.78;ReadPosRankSum=-0.422;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,23:74:99:467,0,1603 chrXII 807323 . TAA T 552.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.401;DP=72;FS=21.374;HaplotypeScore=268.8192;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.87;MQ0=0;MQRankSum=-5.521;QD=7.68;RPA=11,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.225;SB=-1.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,27:72:99:592,0,940 chrXII 809221 . A AT 913.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.722;DP=62;FS=9.331;HaplotypeScore=154.0286;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.657;QD=14.74;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=0.235;SB=-1.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,40:62:99:953,0,301 chrXII 809313 . A AT 445.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.715;DP=54;FS=2.675;HaplotypeScore=98.7798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=1.445;QD=8.26;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.213;SB=-1.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,24:54:99:485,0,270 chrXII 815867 . CTT C 298.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.638;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=150.6130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.12;MQ0=0;MQRankSum=-3.902;QD=7.47;RPA=4,2;RU=T;ReadPosRankSum=0.773;SB=-9.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,12:40:99:338,0,853 chrXII 815905 . T TAC 282.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.427;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=232.7171;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.65;MQ0=0;MQRankSum=-4.552;QD=9.13;ReadPosRankSum=0.312;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,13:31:99:322,0,531 chrXII 817783 . G GA 1214.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.609;DP=122;FS=2.519;HaplotypeScore=335.8953;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.02;MQ0=0;MQRankSum=-1.781;QD=9.96;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=-0.187;SB=-5.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,50:122:99:1254,0,1563 chrXII 818744 . GA G 427.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.812;DP=80;FS=20.299;HaplotypeScore=309.2425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.42;MQ0=0;MQRankSum=-4.769;QD=5.35;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.328;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,23:80:99:467,0,1545 chrXII 819069 . CTT C 1942.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-9.638;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=638.0859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.55;MQ0=0;MQRankSum=5.877;QD=11.99;RPA=12,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.326;SB=-5.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,83:162:99:1982,0,640 chrXII 819563 . G GA 1151.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-9.263;DP=123;FS=4.460;HaplotypeScore=394.7556;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.340;QD=9.37;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=-1.118;SB=-4.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,59:123:99:1191,0,994 chrXII 820468 . AG A 1765.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.364;DP=154;FS=2.222;HaplotypeScore=317.6595;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.97;MQ0=0;MQRankSum=-2.069;QD=11.47;RPA=4,3;RU=G;ReadPosRankSum=-0.365;SB=-7.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,77:154:99:1805,0,1641 chrXII 823381 . TGG T 543.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=83.1321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.85;MQ0=0;QD=34.00;RPA=9,7;RU=G;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48:586,48,0 chrXII 823433 . AG A 173.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.086;DP=28;FS=4.150;HaplotypeScore=165.2136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.81;MQ0=0;MQRankSum=0.264;QD=6.21;ReadPosRankSum=-0.695;SB=-3.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,8:28:99:213,0,413 chrXII 823566 . GA G 176.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.008;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=13.3715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.099;QD=4.54;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.217;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,15:39:99:216,0,267 chrXII 828135 . C CT 226.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.489;DP=20;FS=2.527;HaplotypeScore=18.2435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=0.400;QD=11.35;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=-1.999;SB=-2.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,10:20:99:266,0,202 chrXII 828345 . T TGG 532.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.357;DP=49;FS=2.999;HaplotypeScore=27.9224;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.85;MQ0=0;MQRankSum=-2.213;QD=10.88;RPA=7,9;RU=G;ReadPosRankSum=0.770;SB=-2.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,18:49:99:572,0,745 chrXII 829417 . A ATG 1028.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=234.2865;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.44;MQ0=0;QD=16.87;SB=-4.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,49:61:96:1071,96,0 chrXII 830629 . ATTTT A,ATTT 1597.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=247.7141;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=46.93;MQ0=0;QD=29.59;RPA=9,5,8;RU=T;SB=-8.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:5,26,0:54:99:1676,469,920,1090,0,959 chrXII 833737 . GT G 1054.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.662;DP=58;FS=3.071;HaplotypeScore=335.9963;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.21;MQ0=0;MQRankSum=1.541;QD=18.19;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=0.661;SB=-5.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,32:58:99:1097,130,0 chrXII 833744 . A AAT 505.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.027;DP=57;FS=7.859;HaplotypeScore=395.9890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.290;QD=8.88;ReadPosRankSum=-0.540;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,12:57:99:545,0,656 chrXII 835608 . CAAG C 2630.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=47.3605;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.37;MQ0=0;QD=40.48;RPA=2,1;RU=AAG;SB=-9.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,61:65:99:2673,174,0 chrXII 837956 . GA G 385.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.566;DP=57;FS=1.427;HaplotypeScore=68.4744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=1.631;QD=6.77;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.878;SB=-9.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,26:57:99:425,0,309 chrXII 839880 . G GA 2052.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.337;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=222.3851;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=0.044;QD=23.33;ReadPosRankSum=2.098;SB=-7.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,83:88:99:2095,238,0 chrXII 845725 . G GTTTAGAAGCCTTTACATGTAA 15609 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=86.9987;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.46;MQ0=0;QD=150.09;SB=-2.567e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:64,30:104:99:15609,250,0 chrXII 849645 . CTAT C 2018.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=430.5661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.60;MQ0=0;QD=22.94;RPA=7,6;RU=TAT;SB=-9.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,47:88:99:2061,156,0 chrXII 852137 . GT G 2030.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=58.8368;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=17.51;RPA=11,10;RU=T;SB=-6.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,107:116:99:2073,309,0 chrXII 852458 . CA C 2761.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=251.1339;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.56;MQ0=0;QD=22.10;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.372e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,112:125:99:2804,332,0 chrXII 852480 . G GA 3053.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=251.5196;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.54;MQ0=0;QD=24.63;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.218e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,111:124:99:3096,342,0 chrXII 855738 . A AT 474.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.243;DP=67;FS=4.043;HaplotypeScore=199.8964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=0.960;QD=7.09;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.475;SB=-2.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,27:67:99:514,0,279 chrXII 856318 . CA C 1281.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.786;DP=75;FS=4.887;HaplotypeScore=199.6877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.94;MQ0=0;MQRankSum=0.241;QD=17.09;ReadPosRankSum=-0.650;SB=-4.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,38:75:99:1321,0,814 chrXII 856361 . AT A 1016.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.999;DP=94;FS=5.500;HaplotypeScore=405.5462;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.40;MQ0=0;MQRankSum=-2.135;QD=10.82;RPA=7,6;RU=T;ReadPosRankSum=1.428;SB=-4.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,48:94:99:1056,0,739 chrXII 861593 . A AT 2856.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=51.2362;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.12;MQ0=0;QD=24.01;RPA=3,4;RU=T;SB=-7.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,108:119:99:2899,303,0 chrXII 863696 . CTCA C 712.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=72.7680;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.48;MQ0=0;QD=24.58;RPA=8,7;RU=TCA;SB=-9.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,20:29:54:755,54,0 chrXII 872807 . G GTT 3604 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=62.8940;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.20;MQ0=0;QD=25.38;RPA=8,10;RU=T;SB=-1.148e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,97:142:99:3604,325,0 chrXII 873639 . CATATATATATATAAAT C 5959 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=489.4550;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.94;MQ0=0;QD=54.67;SB=-2.228e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:55,53:109:99:5959,143,0 chrXII 875488 . TA T 763.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=36.4011;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.92;MQ0=0;QD=26.34;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,27:29:81:806,81,0 chrXII 877207 . G GT 494.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.750;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=43.7126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.75;MQ0=0;MQRankSum=0.598;QD=7.86;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=-1.054;SB=-2.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,26:63:99:534,0,541 chrXII 877562 . AAG A 869.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.024;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=473.7098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.32;MQ0=0;MQRankSum=-2.509;QD=11.76;RPA=6,5;RU=AG;ReadPosRankSum=-0.083;SB=-2.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,30:74:99:909,0,948 chrXII 877775 . GGA G 492.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.422;DP=25;FS=3.909;HaplotypeScore=142.9440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.465;QD=19.72;ReadPosRankSum=-0.301;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,14:25:99:532,0,434 chrXII 885072 . A AT 533.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.745;DP=68;FS=0.999;HaplotypeScore=180.7922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.16;MQ0=0;MQRankSum=0.571;QD=7.85;RPA=3,4;RU=T;ReadPosRankSum=-0.555;SB=-2.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,21:68:99:573,0,666 chrXII 885247 . AT A 1811.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-8.835;DP=120;FS=0.800;HaplotypeScore=747.3228;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.17;MQ0=0;MQRankSum=1.777;QD=15.10;ReadPosRankSum=-2.141;SB=-7.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:62,57:120:80:1854,80,0 chrXII 892960 . G GA 443.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.587;DP=79;FS=2.131;HaplotypeScore=24.2161;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.670;QD=5.62;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.570;SB=-1.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,30:79:99:483,0,607 chrXII 899162 . AT A 517.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.477;DP=89;FS=10.145;HaplotypeScore=264.5598;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.86;MQ0=0;MQRankSum=0.645;QD=5.82;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.436;SB=-2.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,40:89:99:557,0,708 chrXII 902882 . TA T 406.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.971;DP=44;FS=5.023;HaplotypeScore=79.6801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=0.332;QD=9.25;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.206;SB=-1.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,23:44:99:446,0,438 chrXII 915075 . CGT C 2511.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=195.7532;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.78;MQ0=1;QD=26.17;RPA=8,7;RU=GT;SB=-9.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,79:95:99:2554,229,0 chrXII 922015 . TA T 363.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.199;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=68.2416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.01;MQ0=0;MQRankSum=-2.400;QD=6.87;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=-0.284;SB=-1.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,24:53:99:403,0,560 chrXII 928464 . T TG 1429.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=18.8377;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=26.00;RPA=2,3;RU=G;SB=-2.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,49:55:99:1472,147,0 chrXII 932243 . ATT ATTT,A 660.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.217;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=323.6089;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=46.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.300;QD=17.86;RPA=8,9,6;RU=T;ReadPosRankSum=-0.650;SB=-2.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:3,0,13:37:99:739,348,384,455,0,801 chrXII 932631 . C CT 202.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.354;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=80.6826;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.012;QD=5.80;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-2.640;SB=-8.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,16:35:99:242,0,271 chrXII 933763 . CT C 1442.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.400;DP=172;FS=2.697;HaplotypeScore=191.0622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.442;QD=8.39;RPA=8,7;RU=T;ReadPosRankSum=0.599;SB=-2.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,85:172:99:1482,0,1304 chrXII 941016 . AC A 1051.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.515;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=126.0946;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.004;QD=12.99;ReadPosRankSum=-0.430;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,42:81:99:1091,0,1118 chrXII 948003 . G GA 1666.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=38.0257;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;QD=34.02;SB=-7.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1709,135,0 chrXII 950305 . CT C 969.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.604;DP=87;FS=4.280;HaplotypeScore=223.4670;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.69;MQ0=0;MQRankSum=1.438;QD=11.15;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.867;SB=-2.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,46:87:53:1012,53,0 chrXII 950338 . C CT 391.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.018;DP=83;FS=6.103;HaplotypeScore=381.5799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.25;MQ0=0;MQRankSum=-5.338;QD=4.72;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=-0.637;SB=-1.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,25:83:99:431,0,1162 chrXII 950357 . CT C 308.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.393;DP=72;FS=1.365;HaplotypeScore=335.1705;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.84;MQ0=0;MQRankSum=-2.234;QD=4.29;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.206;SB=-7.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,24:72:99:348,0,561 chrXII 950840 . GA GAA,G 1036.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.339;DP=77;FS=2.819;HaplotypeScore=364.1854;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.79;MQ0=0;MQRankSum=0.339;QD=13.47;RPA=10,11,9;RU=A;ReadPosRankSum=-2.131;SB=-3.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:21,0,29:77:99:1115,546,690,690,0,927 chrXII 951123 . AT A 417.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.553;DP=68;FS=1.054;HaplotypeScore=54.4680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.16;MQ0=0;MQRankSum=1.199;QD=6.15;ReadPosRankSum=-1.125;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,24:68:99:457,0,1295 chrXII 958210 . GT G 998.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.685;DP=79;FS=8.335;HaplotypeScore=159.6665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.432;QD=12.65;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=0.061;SB=-3.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,49:79:99:1038,0,611 chrXII 959119 . GA G 373.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.258;DP=44;FS=6.483;HaplotypeScore=161.2606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.101;QD=8.50;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=0.226;SB=-1.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,18:44:99:413,0,599 chrXII 959123 . TTC T 447.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.315;DP=44;FS=9.020;HaplotypeScore=151.4894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.590;QD=10.18;ReadPosRankSum=1.563;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,18:44:99:487,0,806 chrXII 962958 . TA T 359.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.379;DP=90;FS=3.885;HaplotypeScore=26.2986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=0.654;QD=4.00;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.217;SB=-1.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,35:86:99:399,0,801 chrXII 963655 . CGGAGA C 3167.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.591;DP=95;FS=11.957;HaplotypeScore=142.1246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.43;MQ0=0;MQRankSum=0.197;QD=33.35;ReadPosRankSum=0.557;SB=-1.239e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,48:95:99:3207,0,2850 chrXII 971856 . AT A 1393.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.781;DP=172;FS=2.166;HaplotypeScore=377.0650;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=1.437;QD=8.10;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=1.038;SB=-4.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,76:172:99:1433,0,1562 chrXII 975700 . G GT 1916.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=521.3157;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.01;MQ0=0;QD=23.96;RPA=3,4;RU=T;SB=-7.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,67:80:99:1959,201,0 chrXII 975970 . CA C 296.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.182;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=174.2890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.23;MQ0=0;MQRankSum=2.332;QD=7.24;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=1.034;SB=-9.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,22:41:88:336,0,88 chrXII 981389 . ATG A 368.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.999;DP=179;FS=35.965;HaplotypeScore=321.3401;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=12.35;MQ0=117;MQRankSum=2.308;QD=2.06;ReadPosRankSum=-1.883;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:167,12:39:99:408,0,852 chrXII 981406 . CCA C 646.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.168;DP=175;FS=53.059;HaplotypeScore=384.5386;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=13.59;MQ0=108;MQRankSum=5.144;QD=3.70;ReadPosRankSum=4.094;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:154,18:45:99:686,0,974 chrXII 981418 . A AC 454.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.511;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=362.1018;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=12.45;MQ0=110;MQRankSum=1.490;QD=2.92;ReadPosRankSum=3.022;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:142,13:30:69:494,0,69 chrXII 981524 . ATCGT A 690.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=315.4099;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=11.18;MQ0=70;QD=8.32;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:69,13:13:39:733,39,0 chrXII 981544 . TC T 1008.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=695.6703;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.75;MQ0=58;QD=11.47;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:54,30:30:90:1051,90,0 chrXII 981839 . AC A 320.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.711;DP=88;FS=14.184;HaplotypeScore=331.1607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.70;MQ0=0;MQRankSum=-4.299;QD=3.65;ReadPosRankSum=-0.006;SB=-2.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,25:88:99:360,0,1662 chrXII 1000203 . ACATTATTTTT A 7096 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.361;DP=216;FS=1.407;HaplotypeScore=227.4937;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.30;MQ0=0;MQRankSum=-10.802;QD=32.85;RPA=2,1;RU=CATTATTTTT;ReadPosRankSum=3.089;SB=-1.871e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:141,70:216:99:7096,0,9237 chrXII 1000245 . A ATT 2341.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.782;DP=227;FS=6.039;HaplotypeScore=815.7395;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.50;MQ0=0;MQRankSum=-7.953;QD=10.32;RPA=8,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.373;SB=-5.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:142,84:227:99:2381,0,2690 chrXII 1002214 . GAAAA G 924.38 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.096;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=207.3991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.32;MQ0=0;MQRankSum=1.123;QD=13.59;RPA=19,15;RU=A;ReadPosRankSum=1.251;SB=-3.386e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,15:68:99:963,0,354 chrXII 1006047 . T TGAAAAA 951.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.200;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=113.5951;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.63;MQ0=0;MQRankSum=-2.231;QD=17.96;ReadPosRankSum=-0.504;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,13:53:99:991,0,1487 chrXII 1006331 . C CA 832.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.129;DP=73;FS=6.076;HaplotypeScore=304.7773;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.42;MQ0=0;MQRankSum=-3.646;QD=11.41;RPA=3,4;RU=A;ReadPosRankSum=0.871;SB=-3.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,36:73:99:872,0,733 chrXII 1011372 . CT C 210.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.584;DP=96;FS=1.366;HaplotypeScore=131.9071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.635;QD=2.20;RPA=15,14;RU=T;ReadPosRankSum=3.007;SB=-7.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,22:96:99:250,0,216 chrXII 1011933 . GC G 141.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.120;DP=47;FS=5.395;HaplotypeScore=224.0078;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.77;MQ0=0;MQRankSum=0.978;QD=3.02;ReadPosRankSum=1.063;SB=-3.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,16:47:99:181,0,765 chrXII 1011935 . TGC T 302.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.832;DP=46;FS=8.346;HaplotypeScore=206.1384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.50;MQ0=0;MQRankSum=0.236;QD=6.59;ReadPosRankSum=0.261;SB=-6.400e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,16:46:99:342,0,948 chrXII 1012226 . T TAC 238.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.016;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=15.8431;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.35;MQ0=0;MQRankSum=0.312;QD=18.38;ReadPosRankSum=1.093;SB=-7.900e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,7:13:99:278,0,217 chrXII 1012321 . C CG 154.98 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.929;DP=14;FS=11.761;HaplotypeScore=106.9330;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.929;QD=11.07;RPA=2,3;RU=G;ReadPosRankSum=1.134;SB=-2.038e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,8:14:23:194,0,23 chrXII 1012324 . C CG 350.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=89.8587;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.08;MQ0=0;QD=27.00;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,11:13:39:393,39,0 chrXII 1012328 . A AGCC 523.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=67.7138;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.51;MQ0=0;QD=47.63;RPA=1,2;RU=GCC;SB=-1.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33:566,33,0 chrXII 1013815 . C CT 1213.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.433;DP=126;FS=1.530;HaplotypeScore=113.9508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.550;QD=9.63;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.225;SB=-5.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,65:126:99:1253,0,722 chrXII 1013863 . AT A 768.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.490;DP=95;FS=4.424;HaplotypeScore=109.9647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.259;QD=8.09;ReadPosRankSum=-1.552;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,29:95:99:808,0,1451 chrXII 1014227 . GTC G 375.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.018;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=108.5497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.767;QD=11.39;RPA=3,2;RU=TC;ReadPosRankSum=0.686;SB=-1.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,12:33:99:415,0,560 chrXII 1019116 . GAA G,GA 201.04 filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.053;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=106.9076;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=44.89;MQ0=0;MQRankSum=0.590;QD=4.28;RPA=15,13,14;RU=A;ReadPosRankSum=2.704;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:26,6,0:47:56:279,144,276,56,0,60 chrXII 1026686 . CTT C 468.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.419;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=73.4921;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.05;MQ0=0;MQRankSum=0.630;QD=14.21;RPA=17,15;RU=T;ReadPosRankSum=0.158;SB=-4.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,11:33:58:511,58,0 chrXII 1026770 . T TA 436.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.110;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=141.8184;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.411;QD=8.09;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.270;SB=-2.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:54:99:476,0,343 chrXII 1028973 . C CG 1936.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.732;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=482.9723;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.390;QD=23.34;ReadPosRankSum=1.638;SB=-7.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,74:83:99:1979,228,0 chrXII 1030472 . A ATC 3332 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=22.8356;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.51;MQ0=0;QD=43.84;SB=-1.371e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:76:99:3332,214,0 chrXII 1030686 . AT A 725.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.987;DP=84;FS=2.321;HaplotypeScore=225.2244;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.33;MQ0=0;MQRankSum=0.558;QD=8.64;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=-1.317;SB=-3.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,41:84:99:765,0,458 chrXII 1032618 . C CA 1129.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.413;DP=95;FS=0.845;HaplotypeScore=56.3811;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=1.278;QD=11.89;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=0.470;SB=-5.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,50:95:99:1169,0,893 chrXII 1039210 . G GAA 2851.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.118;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=449.1150;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.64;MQ0=0;MQRankSum=0.387;QD=19.53;RPA=10,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.160;SB=-1.195e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:69,64:146:99:2894,274,0 chrXII 1043537 . G GT 1777.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=155.0210;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.70;MQ0=0;QD=27.78;RPA=1,2;RU=T;SB=-5.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,60:64:99:1820,177,0 chrXII 1052065 . AAAT A 5735 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=45.4279;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.38;MQ0=0;QD=40.96;RPA=2,1;RU=AAT;SB=-6.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,135:140:99:5735,391,0 chrXII 1053323 . TAATC T 338.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=42.1528;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.24;MQ0=0;QD=24.14;RPA=2,1;RU=AATC;SB=-1.128e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,12:14:21:380,21,0 chrXII 1054794 . GC G 4743 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;FS=0.000;HaplotypeScore=57.6867;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.17;MQ0=0;QD=29.10;RPA=3,2;RU=C;SB=-8.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,158:163:99:4743,472,0 chrXII 1054954 . GA G 2576.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=222.4620;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.30;RPA=4,3;RU=A;SB=-6.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,96:98:99:2619,285,0 chrXII 1057102 . C CA 1532.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.261;DP=161;FS=1.474;HaplotypeScore=283.1392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.871;QD=9.52;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=-1.197;SB=-4.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,71:161:99:1572,0,1429 chrXII 1058757 . GA G 2322.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=59.1972;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.80;MQ0=0;QD=31.82;SB=-8.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,69:73:99:2365,199,0 chrXII 1059123 . T TA,TTA 742.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.035;DP=70;FS=17.993;HaplotypeScore=113.8916;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=44.62;MQ0=0;MQRankSum=1.070;QD=10.61;ReadPosRankSum=-0.242;SB=-7.100e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:24,22,19:46:99:821,362,307,206,0,350 chrXII 1063687 . CG C 453.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=274.7260;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.29;MQ0=24;QD=9.46;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,17:17:48:496,48,0 chrXII 1063766 . G GT 182.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.105;DP=58;FS=12.979;HaplotypeScore=588.2432;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.51;MQ0=16;MQRankSum=1.411;QD=3.15;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=1.317;SB=-8.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,13:35:99:222,0,292 chrXII 1064621 . G GT 465.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.190;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=753.1536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.90;MQ0=7;MQRankSum=-1.344;QD=4.44;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=-3.192;SB=-8.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,30:75:99:505,0,1243 chrXII 1064961 . A AG 668.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=254.7753;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.44;MQ0=1;QD=25.73;RPA=1,2;RU=G;SB=-3.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,25:21:60:711,60,0 chrXII 1064991 . A AT 119.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.331;DP=34;FS=1.744;HaplotypeScore=419.8051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.47;MQ0=1;MQRankSum=-0.839;QD=3.53;ReadPosRankSum=-0.127;SB=-2.900e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,8:29:99:159,0,641 chrXII 1065139 . G GT 540.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.418;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=258.0539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.82;MQ0=2;MQRankSum=0.019;QD=15.03;ReadPosRankSum=1.241;SB=-3.800e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,18:34:99:580,0,172 chrXIII 8440 . C CA 329.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.274;DP=65;FS=45.284;HaplotypeScore=286.5949;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.61;MQ0=0;MQRankSum=-5.731;QD=5.08;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=1.087;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,19:65:99:369,0,1046 chrXIII 8882 . T TA 880.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.369;DP=86;FS=5.503;HaplotypeScore=266.9272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.50;MQ0=0;MQRankSum=-4.843;QD=10.24;ReadPosRankSum=2.901;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,30:86:99:920,0,1530 chrXIII 9133 . G GA 816.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.874;DP=97;FS=4.548;HaplotypeScore=149.1816;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.73;MQ0=0;MQRankSum=-2.456;QD=8.42;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=0.268;SB=-3.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,43:97:99:856,0,883 chrXIII 9226 . CA C 705.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.568;DP=86;FS=3.247;HaplotypeScore=207.2446;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.05;MQ0=0;MQRankSum=-4.937;QD=8.21;RPA=6,5;RU=A;ReadPosRankSum=-0.437;SB=-2.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,38:86:99:745,0,960 chrXIII 9528 . A ATT 466.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.501;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=170.5129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.57;MQ0=0;MQRankSum=-2.373;QD=7.53;RPA=13,15;RU=T;ReadPosRankSum=-0.777;SB=-1.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,18:62:99:506,0,536 chrXIII 10148 . TA T 426.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.203;DP=59;FS=1.133;HaplotypeScore=21.4012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQ0=0;MQRankSum=0.949;QD=7.24;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=0.117;SB=-2.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,30:59:99:466,0,450 chrXIII 13802 . T TGAG 1652.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.595;DP=96;FS=8.565;HaplotypeScore=271.1970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.41;MQ0=0;MQRankSum=-5.630;QD=17.22;ReadPosRankSum=0.673;SB=-5.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,36:96:99:1692,0,2564 chrXIII 14024 . CG C 1201.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.449;DP=101;FS=5.447;HaplotypeScore=61.7262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.150;QD=11.90;RPA=3,2;RU=G;ReadPosRankSum=-1.703;SB=-5.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,48:101:99:1241,0,1315 chrXIII 14911 . GA G 1093.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.182;DP=80;FS=0.920;HaplotypeScore=288.3966;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.99;MQ0=0;MQRankSum=-2.533;QD=13.67;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=-0.678;SB=-4.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,41:80:99:1133,0,933 chrXIII 21958 . GTATATATATATATA G 3820 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=37.2973;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.22;MQ0=0;QD=70.74;RPA=11,4;RU=TA;SB=-4.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,43:54:99:3820,117,0 chrXIII 23864 . G GC 1170.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.422;DP=106;FS=1.641;HaplotypeScore=733.6768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.83;MQ0=0;MQRankSum=2.698;QD=11.05;RPA=2,3;RU=C;ReadPosRankSum=-1.582;SB=-5.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,42:106:99:1210,0,578 chrXIII 23878 . A AGAGAG 4036 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.341;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=494.3507;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.858;QD=34.20;RPA=1,2;RU=GAGAG;ReadPosRankSum=1.331;SB=-1.521e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,56:118:99:4036,0,3072 chrXIII 24874 . AATT A 892.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.445;DP=43;FS=1.221;HaplotypeScore=13.1443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.343;QD=20.77;ReadPosRankSum=1.004;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,18:43:99:932,0,1154 chrXIII 26795 . G GAA 1804.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=239.8981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.39;MQ0=0;QD=41.98;RPA=2,4;RU=A;SB=-4.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,42:43:99:1847,129,0 chrXIII 26816 . GACCCT G 2787.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=159.3097;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.71;MQ0=0;QD=63.36;RPA=2,1;RU=ACCCT;SB=-6.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,31:44:99:2830,129,0 chrXIII 33830 . G GGA 1193.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.135;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=232.8234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.626;QD=16.82;ReadPosRankSum=-1.062;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,26:71:99:1233,0,1488 chrXIII 33870 . C CT 1400.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.810;DP=92;FS=0.866;HaplotypeScore=162.4036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.32;MQ0=0;MQRankSum=-2.124;QD=15.23;ReadPosRankSum=0.939;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,43:92:99:1440,0,1340 chrXIII 34017 . TA T 83.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.249;DP=34;FS=2.197;HaplotypeScore=28.1063;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.107;QD=2.47;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.386;SB=-9.001e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,13:34:99:123,0,217 chrXIII 41950 . GAAA G 646.14 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.522;DP=97;FS=9.887;HaplotypeScore=71.4565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.00;MQ0=0;MQRankSum=1.235;QD=6.66;RPA=20,17;RU=A;ReadPosRankSum=2.243;SB=-3.122e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,22:97:99:685,0,135 chrXIII 43866 . CT C 671.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.145;DP=112;FS=2.977;HaplotypeScore=174.3967;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.11;MQ0=0;MQRankSum=1.258;QD=6.00;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.884;SB=-2.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,37:112:99:711,0,482 chrXIII 53771 . T TGAACTG 1816.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.739;DP=44;FS=4.388;HaplotypeScore=115.0488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.32;MQ0=0;MQRankSum=-3.251;QD=41.29;ReadPosRankSum=0.134;SB=-8.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,20:44:99:1856,0,1646 chrXIII 53802 . TACC T 990.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.778;DP=48;FS=2.597;HaplotypeScore=210.5257;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.65;MQ0=0;MQRankSum=-3.691;QD=20.65;RPA=2,1;RU=ACC;ReadPosRankSum=0.000;SB=-4.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,22:48:99:1030,0,1078 chrXIII 54642 . C CT 83.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.493;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=18.1061;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.972;QD=4.42;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.296;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,7:19:99:123,0,221 chrXIII 58770 . AT A 544.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.276;DP=129;FS=7.816;HaplotypeScore=157.1326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=0.540;QD=4.22;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.635;SB=-1.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,41:129:99:584,0,747 chrXIII 58897 . CT C 692.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.699;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=111.8792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-3.406;QD=6.03;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.980;SB=-2.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,47:115:99:732,0,824 chrXIII 62439 . G GA 391.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.195;DP=88;FS=11.284;HaplotypeScore=38.4028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=0.889;QD=4.45;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.583;SB=-1.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,27:88:99:431,0,814 chrXIII 65927 . CTGTTGT C 1351.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.333;DP=89;FS=3.708;HaplotypeScore=24.3949;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=2.442;QD=15.19;RPA=9,7;RU=TGT;ReadPosRankSum=0.551;SB=-6.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,26:89:99:1391,0,2875 chrXIII 70292 . A AC 267.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.170;DP=23;FS=1.808;HaplotypeScore=15.3737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.86;MQ0=0;MQRankSum=1.139;QD=11.65;RPA=4,5;RU=C;ReadPosRankSum=0.400;SB=-6.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,12:23:99:307,0,289 chrXIII 71311 . GCCT G 908.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.032;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=26.3746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.592;QD=25.97;RPA=2,1;RU=CCT;ReadPosRankSum=0.647;SB=-4.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,20:35:99:948,0,628 chrXIII 77135 . T TA 1101.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.499;DP=68;FS=1.039;HaplotypeScore=22.2088;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.990;QD=16.21;ReadPosRankSum=-0.097;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,39:68:99:1141,0,554 chrXIII 77896 . CAA C 3534 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=389.6954;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.24;MQ0=0;QD=38.00;RPA=5,3;RU=A;SB=-9.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,92:93:99:3534,268,0 chrXIII 85889 . GA G 2124.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.300;DP=224;FS=3.205;HaplotypeScore=69.8875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=0.206;QD=9.49;RPA=7,6;RU=A;ReadPosRankSum=-0.781;SB=-9.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:104,119:224:99:2164,0,1999 chrXIII 86794 . T TA 114.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.827;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=47.4211;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.643;QD=4.11;RPA=5,6;RU=A;ReadPosRankSum=1.378;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,8:28:99:154,0,351 chrXIII 90850 . A AT 314.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.262;DP=36;FS=8.439;HaplotypeScore=69.6750;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=0.436;QD=8.75;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.537;SB=-3.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,16:36:99:354,0,132 chrXIII 94308 . AT A,ATTT 483.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.975;DP=42;FS=10.280;HaplotypeScore=222.8091;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=50.49;MQ0=0;MQRankSum=0.108;QD=11.52;RPA=13,12,15;RU=T;ReadPosRankSum=1.516;SB=-3.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:17,17,0:42:99:562,310,414,308,0,555 chrXIII 94322 . GAAA G 676.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.881;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=197.0210;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.81;MQ0=0;MQRankSum=-3.656;QD=19.91;RPA=7,4;RU=A;ReadPosRankSum=-1.423;SB=-8.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,12:34:99:716,0,721 chrXIII 95396 . G GA 814.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.340;DP=120;FS=5.176;HaplotypeScore=64.5189;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.778;QD=6.79;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=-0.554;SB=-1.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,44:120:99:854,0,1383 chrXIII 95516 . T TA 588.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.539;DP=38;FS=11.344;HaplotypeScore=85.2006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.045;QD=15.50;ReadPosRankSum=-0.399;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,19:38:99:628,0,450 chrXIII 95588 . CAA C 125.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.946;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=40.3618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.055;QD=4.06;RPA=12,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.712;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,8:31:99:165,0,594 chrXIII 95659 . C CA 199.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.960;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=30.5334;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.209;QD=2.94;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-2.104;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,16:68:99:239,0,910 chrXIII 97583 . A ATT 272.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.934;DP=49;FS=1.348;HaplotypeScore=225.1374;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.05;MQ0=0;MQRankSum=-3.284;QD=5.57;RPA=10,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.050;SB=-1.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,10:49:99:312,0,478 chrXIII 99274 . C CA 455.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.829;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=16.3754;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.980;QD=13.03;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.226;SB=-2.328e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,24:35:47:498,47,0 chrXIII 99599 . CATATAT C 2798.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=293.2769;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.41;MQ0=0;QD=45.14;RPA=9,6;RU=AT;SB=-9.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,43:62:99:2841,120,0 chrXIII 104412 . T TA 1153.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.140;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=145.9412;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.994;QD=10.78;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=0.652;SB=-5.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,52:107:99:1193,0,1336 chrXIII 108637 . CA C 3185.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.632;DP=191;DS;FS=3.040;HaplotypeScore=331.8110;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=1.568;QD=16.68;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.445;SB=-1.570e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,151:191:99:3228,413,0 chrXIII 110970 . A AAAACAATCAGGC,AAAAAGCAGGC 6642 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=37.9911;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=43.88;MQ0=1;QD=77.23;SB=-3.016e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:35,27,14:85:99:6642,1263,1396,2392,0,2235 chrXIII 111799 . C CA 387.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.472;DP=82;FS=1.055;HaplotypeScore=31.6431;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.605;QD=4.73;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.404;SB=-1.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,28:82:99:427,0,671 chrXIII 120604 . GTTCTTCTTC G 4686 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.315;DP=125;FS=9.498;HaplotypeScore=342.1903;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.85;MQ0=0;MQRankSum=-5.430;QD=37.49;RPA=7,4;RU=TTC;ReadPosRankSum=0.487;SB=-1.690e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,43:125:99:4686,0,2095 chrXIII 122771 . C CT 1194.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.706;DP=115;FS=7.889;HaplotypeScore=642.0572;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.469;QD=10.39;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=-1.624;SB=-4.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,44:114:99:1234,0,1844 chrXIII 122775 . TCCC T 2225.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.484;DP=112;FS=7.639;HaplotypeScore=540.4773;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.38;MQ0=0;MQRankSum=-2.062;QD=19.87;ReadPosRankSum=-0.809;SB=-8.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,45:111:99:2265,0,2779 chrXIII 122959 . GACACTTTTTTGCTTA G 2900.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=33.2818;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.64;MQ0=0;QD=107.44;SB=-9.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:78:2943,78,0 chrXIII 124042 . A AT 1807.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=708.6984;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.94;MQ0=0;QD=21.27;RPA=2,3;RU=T;SB=-8.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,65:85:99:1850,208,0 chrXIII 124563 . G GC 4550 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=292.6654;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.78;MQ0=0;QD=37.92;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:120:99:4550,358,0 chrXIII 129676 . G GA 516.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.574;DP=74;FS=2.155;HaplotypeScore=37.2655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=6.99;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-1.602;SB=-2.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,25:74:99:556,0,472 chrXIII 132696 . AATTATGGGAGATCGTTGATG A 6075 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=199.0978;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.84;MQ0=0;QD=116.83;SB=-1.905e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,29:52:87:6075,87,0 chrXIII 141600 . GT G 2044.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=199.4833;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.25;MQ0=0;QD=24.94;RPA=4,3;RU=T;SB=-9.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,77:82:99:2087,213,0 chrXIII 141723 . G GA 382.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=11.9686;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=0.683;QD=8.15;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.650;SB=-1.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,22:47:99:422,0,247 chrXIII 141812 . GC G 1939.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=85.3011;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.33;MQ0=0;QD=28.95;RPA=4,3;RU=C;SB=-9.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,63:67:99:1982,180,0 chrXIII 141967 . C CA 3025.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=377.8765;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.65;MQ0=0;QD=28.28;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.249e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,99:107:99:3068,301,0 chrXIII 159085 . GT G 1618.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=388.6491;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.75;MQ0=0;QD=17.22;RPA=9,8;RU=T;SB=-8.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,72:94:99:1661,209,0 chrXIII 163391 . G GA 1193.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.864;DP=66;FS=2.653;HaplotypeScore=29.2335;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=1.797;QD=18.09;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.723;SB=-4.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,50:66:99:1236,110,0 chrXIII 165375 . TTCTC T,TTC 1499.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=13.2916;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.56;MQ0=0;QD=37.50;RPA=7,5,6;RU=TC;SB=-1.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:3,17,0:40:99:1578,659,633,639,0,532 chrXIII 167431 . GA G 500.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.193;DP=47;FS=1.256;HaplotypeScore=62.9250;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=0.038;QD=10.66;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=-0.642;SB=-2.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,20:47:99:540,0,585 chrXIII 167952 . T TA 469.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.432;DP=46;FS=3.097;HaplotypeScore=176.3351;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.54;MQ0=0;MQRankSum=-3.844;QD=10.22;ReadPosRankSum=-0.794;SB=-9.400e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,15:46:99:509,0,847 chrXIII 168067 . A AT 798.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.304;DP=89;FS=9.155;HaplotypeScore=161.1374;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.23;MQ0=0;MQRankSum=-2.776;QD=8.98;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=2.367;SB=-2.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,38:89:99:838,0,916 chrXIII 168885 . AT A 505.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.457;DP=96;FS=10.456;HaplotypeScore=64.8801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.13;MQ0=2;MQRankSum=-2.984;QD=5.27;RPA=8,7;RU=T;ReadPosRankSum=0.758;SB=-1.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,37:89:99:545,0,863 chrXIII 169103 . A ATTT 1365.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.826;DP=145;FS=9.161;HaplotypeScore=137.5019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=4.048;QD=9.42;RPA=8,11;RU=T;ReadPosRankSum=-3.521;SB=-1.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,44:145:99:1405,0,2381 chrXIII 169473 . ATTATTATTG A 9521 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.962;DP=185;FS=12.220;HaplotypeScore=1151.0610;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.88;MQ0=0;MQRankSum=1.244;QD=51.46;ReadPosRankSum=2.357;SB=-4.725e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,115:183:99:9521,0,539 chrXIII 169808 . GA G 1654.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=169.6215;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.54;MQ0=0;QD=23.98;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,67:69:99:1697,192,0 chrXIII 169938 . GA G 417.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.896;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=113.3354;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.460;QD=6.53;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=0.350;SB=-1.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,24:64:99:457,0,921 chrXIII 171487 . C CT 553.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.336;DP=67;FS=1.882;HaplotypeScore=108.6623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.438;QD=8.27;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.864;SB=-8.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,29:67:99:593,0,219 chrXIII 175894 . TTCTTTTTCATCA T 6767 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.597;DP=169;FS=0.645;HaplotypeScore=770.1250;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.45;MQ0=0;MQRankSum=-9.127;QD=40.04;ReadPosRankSum=0.481;SB=-3.095e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:114,51:169:99:6767,0,10315 chrXIII 178325 . T TA 1222.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.650;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=19.8136;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.588;QD=19.11;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=1.155;SB=-5.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,57:64:99:1265,118,0 chrXIII 179822 . C CT 319.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.936;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=80.6445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.054;QD=7.62;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.531;SB=-2.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,17:42:99:359,0,283 chrXIII 179862 . C CT 246.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.026;DP=43;FS=3.921;HaplotypeScore=50.8846;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=0.758;QD=5.74;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.572;SB=-2.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,17:43:99:286,0,394 chrXIII 183702 . AT A 572.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=110.7528;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;QD=28.65;RPA=3,2;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,19:20:57:615,57,0 chrXIII 183720 . G GA 612.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=124.4512;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.42;MQ0=0;QD=29.19;RPA=3,4;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63:655,63,0 chrXIII 184027 . A ATTT 2894.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=14.8313;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.60;MQ0=0;QD=52.64;SB=-6.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,50:55:99:2937,157,0 chrXIII 191937 . C CTGAGA 1069.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.215;DP=36;FS=3.771;HaplotypeScore=74.1769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.17;MQ0=0;MQRankSum=0.643;QD=29.72;RPA=4,5;RU=TGAGA;ReadPosRankSum=-1.106;SB=-4.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,18:36:99:1109,0,493 chrXIII 192137 . C CA 450.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.183;DP=58;FS=6.019;HaplotypeScore=118.6320;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.28;MQ0=0;MQRankSum=-2.927;QD=7.78;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.471;SB=-1.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,25:58:99:490,0,473 chrXIII 195892 . T TAAG 7342 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=639.0693;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.86;MQ0=0;QD=45.89;SB=-3.449e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,143:157:99:7342,412,0 chrXIII 196231 . CTACAA C 4127 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-9.888;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=303.9344;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.16;MQ0=0;MQRankSum=0.672;QD=29.27;ReadPosRankSum=0.156;SB=-1.069e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,61:141:99:4127,0,4637 chrXIII 201934 . C CTA 832.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=600.9084;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.37;MQ0=26;QD=18.51;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,18:18:54:875,54,0 chrXIII 206136 . A AT 1114.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.186;DP=75;FS=21.814;HaplotypeScore=461.3583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.47;MQ0=0;MQRankSum=-7.197;QD=14.87;ReadPosRankSum=1.769;SB=-7.001e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,34:75:99:1154,0,1240 chrXIII 208862 . A AT 686.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=10.3533;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.37;MQ0=0;QD=23.69;RPA=8,9;RU=T;SB=-2.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,28:29:84:729,84,0 chrXIII 209069 . CTTT C 768.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.595;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=130.0204;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.595;QD=21.97;RPA=14,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.595;SB=-3.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,19:35:38:811,38,0 chrXIII 209199 . AC A 1015.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=172.5258;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.90;MQ0=0;QD=29.03;RPA=5,4;RU=C;SB=-1.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,33:35:99:1058,99,0 chrXIII 209248 . GAT G 1645.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=221.9262;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.28;MQ0=0;QD=31.06;RPA=5,4;RU=AT;SB=-3.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,44:53:99:1688,135,0 chrXIII 216270 . C CA 599.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.710;DP=64;FS=0.956;HaplotypeScore=63.7052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.358;QD=9.37;RPA=5,6;RU=A;ReadPosRankSum=1.317;SB=-3.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,29:64:99:639,0,690 chrXIII 216359 . AG A 588.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.560;DP=69;FS=5.262;HaplotypeScore=240.6148;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.54;MQ0=0;MQRankSum=-4.633;QD=8.54;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=-0.178;SB=-2.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,23:69:99:628,0,1247 chrXIII 216368 . T TG 658.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.143;DP=66;FS=5.369;HaplotypeScore=221.3617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.97;MQ0=0;MQRankSum=-3.781;QD=9.98;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=-1.910;SB=-2.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,24:66:99:698,0,1076 chrXIII 221252 . TTA T 421.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.298;DP=68;FS=2.114;HaplotypeScore=24.0663;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=6.21;RPA=6,5;RU=TA;ReadPosRankSum=-0.835;SB=-1.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,18:68:99:461,0,273 chrXIII 225560 . AT A 392.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.390;DP=81;FS=5.422;HaplotypeScore=396.3632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.78;MQ0=0;MQRankSum=-4.482;QD=4.85;RPA=6,5;RU=T;ReadPosRankSum=-1.542;SB=-2.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,33:81:99:432,0,789 chrXIII 226971 . GA G 450.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.977;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=70.5821;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.775;QD=6.44;RPA=6,5;RU=A;ReadPosRankSum=-0.272;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,28:70:99:490,0,876 chrXIII 229617 . G GA 861.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.681;DP=120;FS=1.635;HaplotypeScore=65.4655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.485;QD=7.18;RPA=5,6;RU=A;ReadPosRankSum=0.244;SB=-3.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,45:120:99:901,0,1309 chrXIII 233275 . G GTATTTATT 277.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=14.4146;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.13;MQ0=0;QD=5.43;RPA=4,6;RU=TATT;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,19:51:18:319,18,0 chrXIII 234635 . TA T 779.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=152.5246;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.46;MQ0=0;QD=21.67;SB=-3.000e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,29:36:84:822,84,0 chrXIII 236652 . CT C 1334.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.667;DP=92;FS=9.962;HaplotypeScore=61.6320;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.836;QD=14.51;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.982;SB=-3.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,72:92:99:1377,140,0 chrXIII 238303 . TACAACAACA T 2489.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=138.0751;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.64;MQ0=0;QD=80.32;RPA=7,4;RU=ACA;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,25:31:75:2532,75,0 chrXIII 238950 . TA T 313.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.300;DP=26;FS=4.416;HaplotypeScore=23.1176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.233;QD=12.08;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=-1.967;SB=-8.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,15:26:88:353,0,88 chrXIII 239353 . CATATATATATATATAT C 4502 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=86.4419;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.45;MQ0=0;QD=77.62;RPA=16,8;RU=AT;SB=-1.905e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,28:58:87:4502,87,0 chrXIII 241854 . C CTTT 354.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=55.5561;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.86;MQ0=0;QD=11.83;RPA=13,16;RU=T;SB=-3.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,12:27:42:397,42,0 chrXIII 245959 . C CT 483.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.604;DP=76;FS=11.139;HaplotypeScore=70.7523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.04;MQ0=0;MQRankSum=0.354;QD=6.37;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.896;SB=-1.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,29:76:99:523,0,667 chrXIII 247502 . TTA T 287.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=50.7627;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.84;MQ0=1;QD=7.78;RPA=6,5;RU=TA;SB=-1.449e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,20:36:30:330,30,0 chrXIII 248147 . C CGAT 365.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.357;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=159.7929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.21;MQ0=0;MQRankSum=0.370;QD=11.09;RPA=4,5;RU=GAT;ReadPosRankSum=-1.061;SB=-1.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,11:33:99:405,0,631 chrXIII 251590 . C CGTTT 1191.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.168;DP=74;FS=1.036;HaplotypeScore=268.2779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.490;QD=16.11;RPA=1,2;RU=GTTT;ReadPosRankSum=-0.068;SB=-5.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,26:74:99:1231,0,1795 chrXIII 251659 . A AT 1008.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.174;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=134.5572;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.168;QD=29.68;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=-1.174;SB=-2.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,25:34:84:1051,84,0 chrXIII 251661 . G GA 97.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.270;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=223.6395;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.810;QD=2.80;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.579;SB=-3.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,9:35:88:137,0,88 chrXIII 255043 . A ATAGCACTGATAGCACTGG 6166 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.652;DP=80;FS=6.782;HaplotypeScore=24.9128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.81;MQ0=0;MQRankSum=-5.952;QD=77.08;ReadPosRankSum=-0.679;SB=-2.736e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,35:80:99:6166,0,3667 chrXIII 257223 . A ATCC 1688.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.585;DP=92;FS=3.279;HaplotypeScore=29.1135;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=0.886;QD=18.36;RPA=3,4;RU=TCC;ReadPosRankSum=0.397;SB=-7.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,41:92:99:1728,0,1128 chrXIII 259390 . T TC 5469 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=183;FS=0.000;HaplotypeScore=49.9672;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=29.89;RPA=2,3;RU=C;SB=-2.482e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,167:183:99:5469,490,0 chrXIII 261667 . TA T 833.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.481;DP=79;FS=3.713;HaplotypeScore=78.4912;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=1.364;QD=10.56;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.866;SB=-2.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,49:79:99:873,0,449 chrXIII 262725 . CA C 674.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=68.0193;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.95;MQ0=0;QD=20.45;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,30:33:90:717,90,0 chrXIII 263068 . A AAT 3084.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=217.8537;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.00;MQ0=0;QD=41.13;SB=-1.479e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:75:99:3127,208,0 chrXIII 263321 . A AGT 2149.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=37.2161;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.05;MQ0=0;QD=34.13;RPA=4,5;RU=GT;SB=-1.015e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,56:63:99:2192,169,0 chrXIII 264337 . A AT 3586 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=126.5815;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.79;MQ0=0;QD=31.18;SB=-1.650e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,86:115:99:3586,283,0 chrXIII 268058 . AT A 168.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=90.1779;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.32;MQ0=0;QD=10.56;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.035e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,9:16:24:211,24,0 chrXIII 268101 . GT G 248.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=40.6600;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.96;MQ0=0;QD=22.63;RPA=6,5;RU=T;SB=-7.797e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33:291,33,0 chrXIII 268384 . TA T 735.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=56.6201;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.94;MQ0=0;QD=32.00;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:63:778,63,0 chrXIII 272284 . C CACAACA 1541.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=18.0090;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.00;MQ0=1;QD=49.74;RPA=5,7;RU=ACA;SB=-6.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,23:30:69:1584,69,0 chrXIII 272748 . A AT 1030.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.836;DP=131;FS=0.715;HaplotypeScore=671.1701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.239;QD=7.87;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.088;SB=-5.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,46:131:99:1070,0,900 chrXIII 272762 . GT G 3484 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=463.2591;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.95;MQ0=0;QD=25.81;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.710e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,124:135:99:3484,378,0 chrXIII 272928 . A AC 855.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.715;DP=80;FS=13.858;HaplotypeScore=87.2037;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.938;QD=10.70;RPA=5,6;RU=C;ReadPosRankSum=-0.285;SB=-3.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,31:80:99:895,0,661 chrXIII 274004 . G GA 811.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.010;DP=132;FS=11.203;HaplotypeScore=217.3628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.759;QD=6.15;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.608;SB=-4.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,49:132:99:851,0,1200 chrXIII 275577 . C CT 783.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.919;DP=78;FS=1.016;HaplotypeScore=20.9472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.040;QD=10.05;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=0.214;SB=-1.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,33:78:99:823,0,1056 chrXIII 275801 . T TAATA 1475.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.034;DP=62;FS=1.186;HaplotypeScore=380.3076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.52;MQ0=0;MQRankSum=-5.333;QD=23.81;RPA=1,2;RU=AATA;ReadPosRankSum=0.175;SB=-3.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,25:62:99:1515,0,1213 chrXIII 277274 . TA T 1519.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.071;DP=174;FS=5.793;HaplotypeScore=353.6313;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.665;QD=8.74;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=1.897;SB=-3.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,87:174:99:1559,0,1367 chrXIII 279901 . C CT 3124.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.838;DP=158;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=368.8060;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.92;MQ0=1;MQRankSum=1.648;QD=19.78;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.000;SB=-9.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:57,99:157:99:3167,353,0 chrXIII 279911 . A ATT 3009.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=372.6969;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.64;MQ0=1;QD=22.80;RPA=9,11;RU=T;SB=-1.086e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,76:131:99:3052,265,0 chrXIII 280725 . GGAAGCAGAGGCAGAGGCA G 5311 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.776;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=167.5659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.55;MQ0=0;MQRankSum=-4.068;QD=46.59;ReadPosRankSum=2.262;SB=-6.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,54:114:99:5311,0,7272 chrXIII 284751 . GA G 568.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.879;DP=70;FS=7.357;HaplotypeScore=18.7039;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.76;MQ0=0;MQRankSum=2.071;QD=8.13;RPA=7,6;RU=A;ReadPosRankSum=0.030;SB=-1.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,34:70:99:608,0,615 chrXIII 287916 . A ACC 877.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.477;DP=46;FS=4.631;HaplotypeScore=154.8043;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.602;QD=19.09;RPA=5,7;RU=C;ReadPosRankSum=-1.553;SB=-3.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,26:46:99:917,0,572 chrXIII 295061 . GA G 756.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.523;DP=100;FS=7.380;HaplotypeScore=51.0050;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=2.429;QD=7.57;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.992;SB=-3.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,47:100:99:796,0,922 chrXIII 297065 . T TG 3852 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=47.7826;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.66;MQ0=0;QD=37.04;SB=-4.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:104:99:3852,301,0 chrXIII 300587 . T TA 3551 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=104.5595;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.04;MQ0=0;QD=36.61;SB=-1.232e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,84:97:99:3551,271,0 chrXIII 300758 . A AG 2344.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.558;DP=158;FS=5.402;HaplotypeScore=51.0535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQ0=0;MQRankSum=0.318;QD=14.84;ReadPosRankSum=1.199;SB=-8.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,80:158:99:2384,0,1737 chrXIII 305187 . CTTT C 2457.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=148.7596;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.33;MQ0=0;QD=40.97;RPA=7,4;RU=T;SB=-3.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,55:60:99:2500,159,0 chrXIII 305332 . GCTGGGATTGCAGTTGCTGTTGAGA G 1771.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.465;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=58.7534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.39;MQ0=0;MQRankSum=-3.531;QD=28.13;ReadPosRankSum=-1.182;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,23:63:99:1811,0,7017 chrXIII 305685 . G GT 2301.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.426;DP=187;FS=5.017;HaplotypeScore=218.1885;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.10;MQ0=0;MQRankSum=2.105;QD=12.31;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.063;SB=-1.049e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:50,122:187:62:2344,62,0 chrXIII 307307 . T TATAA,TATA 1394.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.408;DP=33;FS=4.260;HaplotypeScore=24.7737;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.16;MQ0=0;MQRankSum=0.866;QD=42.27;ReadPosRankSum=0.758;SB=-5.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:1,9,21:33:99:1473,336,251,262,0,175 chrXIII 309395 . TAA T 6041 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=205;FS=0.000;HaplotypeScore=191.9944;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.03;MQ0=0;QD=29.47;RPA=11,9;RU=A;SB=-2.745e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,194:205:99:6041,556,0 chrXIII 312171 . G GA 1983.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=27.9725;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.20;MQ0=0;QD=24.49;RPA=3,4;RU=A;SB=-6.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,76:81:99:2026,201,0 chrXIII 321132 . C CA 1224.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=19.2743;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;QD=19.14;RPA=7,8;RU=A;SB=-6.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,51:64:99:1267,144,0 chrXIII 321328 . CATATATAT C 4680 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=62.0512;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.89;MQ0=0;QD=31.62;RPA=11,7;RU=AT;SB=-1.289e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:87,54:147:99:4680,160,0 chrXIII 323104 . C CAT 1509.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.923;DP=148;FS=10.841;HaplotypeScore=42.2714;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.459;QD=10.20;RPA=5,6;RU=AT;ReadPosRankSum=-2.202;SB=-2.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:101,46:148:99:1549,0,1633 chrXIII 323216 . C CA 612.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.227;DP=110;FS=3.312;HaplotypeScore=69.4205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=0.217;QD=5.57;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-3.473;SB=-1.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,23:110:99:652,0,512 chrXIII 328637 . A AT 1129.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.251;DP=162;FS=6.542;HaplotypeScore=47.8828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.293;QD=6.98;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.154;SB=-4.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,66:162:99:1169,0,1174 chrXIII 330994 . C CA 825.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.613;DP=89;FS=0.862;HaplotypeScore=168.3460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=2.321;QD=9.28;RPA=5,6;RU=A;ReadPosRankSum=-0.483;SB=-3.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,42:89:99:865,0,884 chrXIII 337473 . C CA 427.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;DP=58;FS=1.142;HaplotypeScore=66.3944;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.669;QD=7.38;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.692;SB=-2.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,20:58:99:467,0,213 chrXIII 344221 . A AT 467.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.557;DP=54;FS=7.095;HaplotypeScore=47.3592;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.217;QD=8.67;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=0.519;SB=-1.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:54:99:507,0,542 chrXIII 348323 . A ATT 240.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.650;DP=38;FS=3.680;HaplotypeScore=34.8402;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.02;MQ0=0;MQRankSum=-2.550;QD=6.34;RPA=12,14;RU=T;ReadPosRankSum=-1.883;SB=-3.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,9:38:99:280,0,524 chrXIII 348436 . A ATT 626.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.142;DP=56;FS=6.646;HaplotypeScore=25.8306;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.066;QD=11.20;RPA=9,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.368;SB=-7.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,24:56:99:666,0,727 chrXIII 352374 . AT A 228.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.850;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=18.4196;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=1.285;QD=4.67;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.771;SB=-7.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,17:49:99:268,0,298 chrXIII 353477 . CT C 1118.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=17.6568;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.21;MQ0=0;QD=21.94;RPA=6,5;RU=T;SB=-2.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,50:51:99:1161,135,0 chrXIII 353678 . A ATTT,ATT 665.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=55.3526;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.28;MQ0=0;QD=17.52;RPA=14,17,16;RU=T;SB=-1.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:20,6,11:38:87:744,254,190,153,0,87 chrXIII 353767 . A AG 891.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=51.8535;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.06;MQ0=0;QD=28.77;RPA=1,2;RU=G;SB=-3.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,30:31:84:934,84,0 chrXIII 354593 . G GCAA 1848.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=13.0088;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=38.52;RPA=4,5;RU=CAA;SB=-4.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,34:48:99:1891,123,0 chrXIII 354750 . AT A 1162.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=49.1862;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.59;MQ0=3;QD=27.05;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,39:39:99:1205,111,0 chrXIII 354821 . CA C 1648.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=68.8664;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=3;QD=24.98;RPA=5,4;RU=A;SB=-5.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,64:62:99:1691,180,0 chrXIII 356112 . A AGAGGAAGAG 1433.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=48.6577;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.95;MQ0=0;QD=47.80;RPA=2,3;RU=GAGGAAGAG;SB=-5.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,13:30:51:1476,51,0 chrXIII 357004 . T TAC 628.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.380;DP=43;FS=13.752;HaplotypeScore=868.4486;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.42;MQ0=2;MQRankSum=-1.284;QD=14.63;ReadPosRankSum=2.802;SB=0.085 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,13:41:93:668,0,93 chrXIII 357047 . GT G 646.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=693.4525;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.54;MQ0=11;QD=18.48;RPA=2,1;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,24:23:57:689,57,0 chrXIII 363140 . CT C 1397.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=27.1772;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.65;MQ0=0;QD=17.05;RPA=9,8;RU=T;SB=-5.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,66:82:99:1440,185,0 chrXIII 370618 . C CA 185.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.614;DP=59;FS=1.317;HaplotypeScore=38.9537;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=1.529;QD=3.15;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-1.384;SB=-8.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,17:59:99:225,0,462 chrXIII 371385 . C CT 1197.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.009;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=29.8356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.525;QD=12.10;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=0.050;SB=-3.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,57:99:99:1237,0,533 chrXIII 371798 . AT A 1490.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=568.0258;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.77;MQ0=0;QD=16.38;RPA=8,7;RU=T;SB=-4.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,72:91:99:1533,191,0 chrXIII 372555 . ACTAATAAATCTT A 5916 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=145.2270;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.49;MQ0=0;QD=75.85;RPA=2,1;RU=CTAATAAATCTT;SB=-1.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,50:78:99:5916,144,0 chrXIII 379089 . T TGA 2346.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.604;DP=114;FS=6.354;HaplotypeScore=25.4191;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.08;MQ0=0;MQRankSum=-3.060;QD=20.59;ReadPosRankSum=-0.041;SB=-1.099e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,58:114:99:2386,0,1997 chrXIII 380311 . GAA G 2313.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.577;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=206.7787;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=0.133;QD=27.22;RPA=14,12;RU=A;ReadPosRankSum=-1.421;SB=-1.023e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,77:85:99:2356,200,0 chrXIII 386028 . AT A 4660 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.715;DP=216;FS=3.468;HaplotypeScore=65.4061;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.450;QD=21.57;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.316;SB=-2.115e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,204:216:99:4660,578,0 chrXIII 387095 . AT A 81.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.111;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=126.4889;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.90;MQ0=0;MQRankSum=2.088;QD=2.05;RPA=19,18;RU=T;ReadPosRankSum=1.288;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,6:39:53:121,0,53 chrXIII 388684 . TTATATATATATATA T 1656.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=21.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.34;MQ0=0;QD=28.57;RPA=14,7;RU=TA;SB=-5.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,16:58:45:1699,45,0 chrXIII 392683 . AG A 4215 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=45.6017;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.74;MQ0=0;QD=30.99;SB=-1.588e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,131:136:99:4215,358,0 chrXIII 394870 . TAA T,TA 3080.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=618.1983;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.12;MQ0=0;QD=22.17;RPA=10,8,9;RU=A;SB=-1.068e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:9,60,0:139:99:3159,1424,1439,1396,0,1041 chrXIII 396553 . G GA 1240.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=87.5108;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.95;MQ0=0;QD=24.33;RPA=5,6;RU=A;SB=-4.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,47:51:99:1283,135,0 chrXIII 399471 . TA T 1709.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=166.4316;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.79;MQ0=0;QD=18.79;RPA=8,7;RU=A;SB=-8.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,82:91:99:1752,218,0 chrXIII 406257 . TAA T 1534.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.190;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=87.5259;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.755;QD=23.26;RPA=12,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.076;SB=-5.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,53:66:99:1577,147,0 chrXIII 407943 . ATTGACAGCG A 1322.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.841;DP=26;FS=5.706;HaplotypeScore=49.7892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.98;MQ0=0;MQRankSum=-3.453;QD=50.88;ReadPosRankSum=-1.130;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,15:26:99:1362,0,807 chrXIII 409001 . CA C 1490.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.749;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=66.5968;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.31;MQ0=0;MQRankSum=1.107;QD=15.37;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.101;SB=-3.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,76:97:99:1533,133,0 chrXIII 409194 . GACAACAGCATCAACA G 4489 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=56;FS=4.771;HaplotypeScore=12.7686;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.348;QD=80.16;RPA=2,1;RU=ACAACAGCATCAACA;ReadPosRankSum=0.193;SB=-1.252e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,24:55:84:4489,84,0 chrXIII 409869 . CCCATCA C 477.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.037;DP=17;FS=3.090;HaplotypeScore=5.6222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.278;QD=28.12;RPA=3,2;RU=CCATCA;ReadPosRankSum=-0.278;SB=-1.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,8:17:99:517,0,278 chrXIII 410428 . CAATAATAATAATAATAACAGC C,CAATAATAATAATAACAGC 10589 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.639;DP=184;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=515.3334;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=51.06;MQ0=0;MQRankSum=0.081;QD=57.55;ReadPosRankSum=1.569;SB=-6.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:74,0,0:184:99:10589,4564,20716,5376,0,4952 chrXIII 411264 . A ATT 2860.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=81.5180;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.42;MQ0=0;QD=36.21;RPA=2,4;RU=T;SB=-9.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,73:79:99:2903,212,0 chrXIII 411379 . CTTT C,CTT 992.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.443;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=213.2825;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.520;QD=9.55;RPA=12,9,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.212;SB=-2.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:66,16,0:104:99:1071,344,790,608,0,553 chrXIII 411461 . GT GTT,G 504.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.159;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=130.2725;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=0.541;QD=8.28;RPA=12,13,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.032;SB=-2.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:31,0,18:61:99:583,413,558,222,0,316 chrXIII 412244 . CT C 735.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.686;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=53.5165;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.341;QD=7.08;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.258;SB=-3.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,49:104:99:775,0,911 chrXIII 413560 . C CA 483.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.095;DP=37;FS=1.579;HaplotypeScore=8.4726;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=0.032;QD=13.08;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=-0.095;SB=-1.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,18:37:99:523,0,481 chrXIII 413669 . C CCATA 1961.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.894;DP=63;FS=3.656;HaplotypeScore=16.7996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.566;QD=31.14;RPA=1,2;RU=CATA;ReadPosRankSum=0.822;SB=-7.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,32:63:99:2001,0,1231 chrXIII 420077 . AT A 1286.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.626;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=271.5655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQ0=0;MQRankSum=0.085;QD=15.14;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=-1.330;SB=-6.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,51:85:99:1326,0,895 chrXIII 420283 . GA G 729.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.429;DP=81;FS=9.933;HaplotypeScore=205.0404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.883;QD=9.01;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=1.214;SB=-3.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,39:81:99:769,0,808 chrXIII 420582 . T TAA,TA 1961.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=260.3636;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=52.65;MQ0=0;QD=25.15;RPA=5,7,6;RU=A;SB=-8.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:14,38,26:78:99:2040,595,436,1045,0,862 chrXIII 420789 . CTT C 3279 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=393.9687;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.93;MQ0=0;QD=29.81;RPA=6,4;RU=T;SB=-5.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,92:110:99:3279,271,0 chrXIII 420968 . TC T 252.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.986;DP=31;FS=3.707;HaplotypeScore=78.3252;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.61;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=8.16;RPA=4,3;RU=C;ReadPosRankSum=-1.453;SB=-1.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,11:31:99:292,0,415 chrXIII 421112 . TC T 152.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=45.8345;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.86;MQ0=0;QD=15.20;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,7:10:21:194,21,0 chrXIII 424855 . C CTT 1326.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.205;DP=136;FS=6.134;HaplotypeScore=508.3361;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=0.498;QD=9.76;ReadPosRankSum=-0.194;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,52:136:99:1366,0,562 chrXIII 426064 . A AT 531.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.073;DP=63;FS=8.491;HaplotypeScore=120.2646;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=0.294;QD=8.44;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=-0.667;SB=-1.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,25:63:99:571,0,499 chrXIII 426076 . AT A 1339.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=102.9551;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;QD=19.14;RPA=9,8;RU=T;SB=-3.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,58:70:99:1382,176,0 chrXIII 426224 . A AT,ATT 656.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.862;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=205.4448;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.974;QD=10.77;RPA=12,13,14;RU=T;ReadPosRankSum=-1.252;SB=-2.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:37,15,9:61:99:735,195,154,265,0,275 chrXIII 431096 . CA C 696.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.901;DP=80;FS=1.182;HaplotypeScore=22.1382;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=1.932;QD=8.71;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=-1.400;SB=-1.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,33:80:99:736,0,1005 chrXIII 431536 . GT G 623.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.815;DP=43;FS=4.771;HaplotypeScore=48.4951;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=1.121;QD=14.51;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.815;SB=-2.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,31:43:74:666,74,0 chrXIII 431601 . TTC T 370.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.872;DP=32;FS=1.906;HaplotypeScore=34.6582;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.077;QD=11.59;ReadPosRankSum=0.308;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,12:32:99:410,0,500 chrXIII 432230 . TGA T 771.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.717;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=53.7049;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.17;MQ0=0;MQRankSum=-2.750;QD=19.30;ReadPosRankSum=0.492;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,21:40:99:811,0,544 chrXIII 432244 . TA T 438.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.557;DP=47;FS=1.309;HaplotypeScore=103.6665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.391;QD=9.34;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=-0.366;SB=-2.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,28:47:99:478,0,254 chrXIII 432601 . AT A 485.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.087;DP=64;FS=2.232;HaplotypeScore=354.3083;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.79;MQ0=0;MQRankSum=1.734;QD=7.59;ReadPosRankSum=1.781;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,19:64:99:525,0,1270 chrXIII 432740 . T TTTG 2093.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.617;DP=91;FS=0.846;HaplotypeScore=137.6392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.94;MQ0=0;MQRankSum=-2.034;QD=23.01;ReadPosRankSum=-1.378;SB=-9.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,38:91:99:2133,0,534 chrXIII 433352 . CGTATCGATT C 7252 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=341.7033;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.75;MQ0=0;QD=67.15;RPA=2,1;RU=GTATCGATT;SB=-2.566e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,78:108:99:7252,232,0 chrXIII 434636 . AT A 831.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.056;DP=83;FS=1.055;HaplotypeScore=241.7134;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=-2.148;QD=10.02;RPA=8,7;RU=T;ReadPosRankSum=0.716;SB=-1.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,42:83:99:871,0,625 chrXIII 434658 . T TA 3622 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=147.6672;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.13;MQ0=0;QD=27.86;RPA=3,4;RU=A;SB=-6.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,126:130:99:3622,361,0 chrXIII 437392 . A AC 330.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.280;DP=46;FS=3.062;HaplotypeScore=46.9629;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=0.751;QD=7.19;RPA=6,7;RU=C;ReadPosRankSum=-0.297;SB=-8.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,19:46:99:370,0,558 chrXIII 437643 . AGTTCAAAAATTAGAATTG A 2920.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.683;DP=53;FS=1.174;HaplotypeScore=13.7446;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.81;MQ0=0;MQRankSum=-3.618;QD=55.11;ReadPosRankSum=1.365;SB=-1.453e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,17:53:99:2960,0,4993 chrXIII 440652 . ATTG A 777.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.203;DP=40;FS=2.864;HaplotypeScore=32.2895;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.684;QD=19.45;RPA=2,1;RU=TTG;ReadPosRankSum=-1.140;SB=-3.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,18:40:99:817,0,884 chrXIII 442239 . CT CTT,C 872.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.651;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=203.3934;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=52.46;MQ0=0;MQRankSum=1.551;QD=10.39;RPA=12,13,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.684;SB=-4.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:25,5,31:84:99:951,619,844,423,0,639 chrXIII 462693 . C CCTTTT 2297.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=37.4272;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=63.21;MQ0=0;QD=42.55;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,47:54:99:2340,138,0 chrXIII 463236 . C CA 1689.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=543.1237;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.97;MQ0=0;QD=27.70;RPA=3,4;RU=A;SB=-4.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,57:61:99:1732,168,0 chrXIII 463381 . C CT 319.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=219.5823;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.84;MQ0=0;QD=18.82;RPA=1,2;RU=T;SB=-3.399e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,14:12:30:362,30,0 chrXIII 463403 . AC A 757.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=453.5890;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.96;MQ0=0;QD=23.69;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:27:63:800,63,0 chrXIII 463488 . AC A 3419 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=248.5127;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.89;MQ0=0;QD=35.61;SB=-1.116e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:96:99:3419,268,0 chrXIII 463919 . A AT 949.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=13.7901;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.16;MQ0=0;QD=19.39;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,42:49:99:992,111,0 chrXIII 466093 . C CT 2550.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=43.7912;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.11;MQ0=0;QD=21.62;RPA=6,7;RU=T;SB=-9.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,99:118:99:2593,288,0 chrXIII 468236 . CT C 905.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=58.9453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.82;MQ0=0;QD=21.07;RPA=7,6;RU=T;SB=-5.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,37:43:99:948,117,0 chrXIII 468258 . A AT 153.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.285;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=134.5902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.499;QD=3.28;RPA=14,15;RU=T;ReadPosRankSum=-1.074;SB=-1.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,10:47:99:193,0,372 chrXIII 469782 . CT C 1721.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.214;DP=119;FS=4.721;HaplotypeScore=288.9799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=0.741;QD=14.47;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=-0.655;SB=-7.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,63:119:99:1761,0,1318 chrXIII 469826 . G GA 842.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-5.475;DP=82;FS=6.507;HaplotypeScore=429.4355;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.09;MQ0=0;MQRankSum=2.078;QD=10.27;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.751;SB=-2.601e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,35:82:18:884,18,0 chrXIII 472604 . C CA 405.13 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.300;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=21.6983;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.63;MQ0=0;MQRankSum=0.779;QD=16.21;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.419;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,20:25:17:447,17,0 chrXIII 475726 . G GAA 330.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.349;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=36.2097;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.85;MQ0=0;MQRankSum=1.156;QD=10.34;RPA=16,18;RU=A;ReadPosRankSum=-1.735;SB=-9.452e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,17:32:24:373,24,0 chrXIII 478241 . AT A 546.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.197;DP=89;FS=0.891;HaplotypeScore=120.6201;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.987;QD=6.15;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.235;SB=-2.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,37:89:99:586,0,772 chrXIII 478296 . C CT 490.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.040;DP=67;FS=1.067;HaplotypeScore=154.8358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.07;MQ0=0;MQRankSum=1.059;QD=7.33;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=-0.222;SB=-2.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,28:67:99:530,0,535 chrXIII 480268 . CT C 1309.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.263;DP=124;FS=0.874;HaplotypeScore=82.4783;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=1.059;QD=10.56;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=-1.734;SB=-3.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,75:124:99:1349,0,602 chrXIII 481050 . A AC 174.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.563;DP=36;FS=12.161;HaplotypeScore=88.9896;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.55;MQ0=0;MQRankSum=-3.214;QD=4.86;ReadPosRankSum=-1.904;SB=-6.001e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,11:36:99:214,0,732 chrXIII 481875 . T TA 1010.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.720;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=181.1308;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.55;MQ0=0;MQRankSum=-3.130;QD=10.01;RPA=3,4;RU=A;ReadPosRankSum=-1.394;SB=-5.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,45:101:99:1050,0,1049 chrXIII 481989 . C CA 1548.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.158;DP=109;FS=4.943;HaplotypeScore=138.7444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.208;QD=14.21;RPA=3,4;RU=A;ReadPosRankSum=1.401;SB=-5.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,62:109:99:1588,0,985 chrXIII 482113 . GA G 554.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.078;DP=65;FS=5.699;HaplotypeScore=19.4966;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=0.671;QD=8.54;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=1.498;SB=-2.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,36:65:99:594,0,460 chrXIII 483743 . GAAAAA G 621.06 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.785;DP=71;FS=4.476;HaplotypeScore=115.8211;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.15;MQ0=0;MQRankSum=0.163;QD=8.75;RPA=23,18;RU=A;ReadPosRankSum=1.733;SB=-1.201e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,9:71:99:660,0,357 chrXIII 494984 . TA T 842.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.234;DP=75;FS=6.968;HaplotypeScore=177.2153;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=0.086;QD=11.24;ReadPosRankSum=1.997;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,34:75:99:882,0,1132 chrXIII 507326 . GT G 1234.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.726;DP=177;FS=12.809;HaplotypeScore=270.8110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.324;QD=6.98;RPA=8,7;RU=T;ReadPosRankSum=0.854;SB=-4.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:105,71:177:99:1274,0,1806 chrXIII 507386 . G GTA 1282.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.923;DP=155;FS=9.864;HaplotypeScore=278.2962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=8.28;RPA=5,6;RU=TA;ReadPosRankSum=-1.151;SB=-2.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:113,41:155:99:1322,0,1575 chrXIII 509281 . A ATT 907.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.394;DP=61;FS=2.535;HaplotypeScore=20.6991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-2.414;QD=14.88;RPA=3,5;RU=T;ReadPosRankSum=-0.212;SB=-3.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,29:61:99:947,0,684 chrXIII 511310 . T TA 654.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.380;DP=59;FS=8.412;HaplotypeScore=29.6248;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=0.843;QD=11.10;RPA=5,6;RU=A;ReadPosRankSum=0.732;SB=-5.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,31:59:99:694,0,408 chrXIII 511585 . CT C 647.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.173;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=26.6297;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.399;QD=7.81;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.641;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,40:83:99:687,0,625 chrXIII 512087 . GTT G 391.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.085;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=141.5315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.56;MQ0=0;MQRankSum=-2.352;QD=7.40;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.683;SB=-1.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,19:53:99:431,0,589 chrXIII 512547 . A AAGTT 805.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.765;DP=60;FS=15.510;HaplotypeScore=173.2199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.69;MQ0=0;MQRankSum=-5.785;QD=13.43;RPA=1,2;RU=AGTT;ReadPosRankSum=0.470;SB=-3.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,16:60:99:845,0,1834 chrXIII 512572 . ATTT A 481.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.406;DP=57;FS=35.848;HaplotypeScore=160.3741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.74;MQ0=0;MQRankSum=-5.592;QD=8.46;RPA=10,7;RU=T;ReadPosRankSum=1.933;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,16:57:99:521,0,1428 chrXIII 514095 . C CT 412.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.942;DP=52;FS=2.932;HaplotypeScore=176.3328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.81;MQ0=0;MQRankSum=-2.001;QD=7.94;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-2.329;SB=-1.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,25:52:99:452,0,237 chrXIII 514293 . A AT 54.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.065;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=58.0133;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=1.130;QD=1.53;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=-1.711;SB=-2.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,5:36:94:94,0,235 chrXIII 515583 . ACAACAACAACTT A 1211.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.633;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=14.3371;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.21;MQ0=0;MQRankSum=-3.456;QD=28.86;ReadPosRankSum=-0.373;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,14:42:99:1251,0,2503 chrXIII 535671 . G GT 229.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.754;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=69.1950;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=0.535;QD=5.11;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-1.022;SB=-1.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,17:45:99:269,0,413 chrXIII 535720 . T TC 131.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.048;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=75.5950;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.95;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=4.71;ReadPosRankSum=1.727;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,10:28:99:171,0,514 chrXIII 536190 . TA T 576.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.135;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=100.3505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=7.49;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.643;SB=-3.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,38:77:99:616,0,664 chrXIII 558682 . CAA C 390.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.736;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=8.9480;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.347;QD=18.62;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.579;SB=-2.109e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,14:21:40:433,40,0 chrXIII 558882 . TA T 1244.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=288.1007;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.27;MQ0=0;QD=28.95;RPA=2,1;RU=A;SB=-2.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,41:43:99:1287,114,0 chrXIII 559048 . TAA T 1714.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.215;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=159.9565;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=0.219;QD=23.82;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.060;SB=-1.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,53:72:99:1757,173,0 chrXIII 559097 . T TA 1591.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=275.0361;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.83;MQ0=0;QD=18.51;RPA=10,11;RU=A;SB=-6.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,57:86:99:1634,208,0 chrXIII 562854 . A AT 5100 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=180;FS=0.000;HaplotypeScore=1024.4525;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.36;MQ0=0;MQRankSum=1.335;QD=28.33;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=-0.077;SB=-2.023e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,159:180:99:5100,464,0 chrXIII 562891 . CT C 2968.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=997.3093;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.08;MQ0=0;QD=21.51;RPA=5,4;RU=T;SB=-9.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,111:138:99:3011,327,0 chrXIII 571250 . CAAAA C 5702 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.642;DP=178;FS=2.218;HaplotypeScore=191.8219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.017;QD=32.03;RPA=16,12;RU=A;ReadPosRankSum=2.692;SB=-1.189e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,116:178:99:5702,330,0 chrXIII 572872 . GAA G 3663 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=263.4381;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.10;MQ0=0;QD=28.62;RPA=8,6;RU=A;SB=-1.061e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,107:128:99:3663,316,0 chrXIII 574322 . CT C 3691 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=27.8993;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.76;MQ0=0;QD=33.55;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.677e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:110:99:3691,319,0 chrXIII 578714 . A AC 2752.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=29.2487;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.36;MQ0=0;QD=35.29;SB=-1.303e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:78:99:2795,220,0 chrXIII 587686 . CTATTAT C 1159.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=206.9416;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.75;MQ0=0;QD=34.12;RPA=7,5;RU=TAT;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,10:34:99:1202,102,0 chrXIII 587715 . G GTTA 4112 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=195.1417;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.69;MQ0=0;QD=41.96;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,87:98:99:4112,280,0 chrXIII 609678 . TTCC T 706.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.935;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=538.0618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.83;MQ0=13;MQRankSum=-0.764;QD=15.71;ReadPosRankSum=-1.047;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,15:25:99:746,0,412 chrXIII 609686 . A AC 347.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.188;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=618.0903;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.18;MQ0=13;MQRankSum=-0.520;QD=7.40;ReadPosRankSum=-0.246;SB=-5.000e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,14:27:99:387,0,320 chrXIII 609691 . AAGAG A 836.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.077;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=549.4262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.01;MQ0=13;MQRankSum=-0.860;QD=18.19;ReadPosRankSum=1.470;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,15:26:99:876,0,556 chrXIII 609809 . CCAG C 731.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.071;DP=39;FS=48.654;HaplotypeScore=374.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.66;MQ0=0;MQRankSum=-3.119;QD=18.77;ReadPosRankSum=2.516;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,12:37:99:771,0,612 chrXIII 625708 . CT C 35.18 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.001;DP=30;FS=6.455;HaplotypeScore=33.6678;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.83;MQ0=0;MQRankSum=0.573;QD=1.17;RPA=20,19;RU=T;ReadPosRankSum=0.248;SB=-4.760e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,8:30:10:74,0,10 chrXIII 628843 . TAA T 737.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=44.9005;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.89;MQ0=0;QD=28.38;RPA=11,9;RU=A;SB=-3.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:72:780,72,0 chrXIII 645333 . C CA 1284.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=20.5897;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=25.70;RPA=2,3;RU=A;SB=-2.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1327,123,0 chrXIII 651503 . CA C 2163.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=330.2029;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.77;MQ0=0;QD=23.78;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.026e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,82:91:99:2206,240,0 chrXIII 652533 . C CT 716 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.739;DP=117;FS=1.494;HaplotypeScore=63.6615;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.921;QD=6.12;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=-0.511;SB=-2.366e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,31:117:19:755,0,19 chrXIII 667202 . CAAA CA,C 627.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.371;DP=43;FS=10.300;HaplotypeScore=33.9648;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=1.634;QD=14.60;RPA=17,15,14;RU=A;ReadPosRankSum=2.154;SB=-1.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:16,0,19:43:92:706,316,258,106,0,92 chrXIII 674863 . G GAA,GA 530.97 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.291;DP=65;FS=8.084;HaplotypeScore=182.1173;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.430;QD=8.17;RPA=17,19,18;RU=A;ReadPosRankSum=-2.360;SB=-8.203e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:42,6,16:63:61:609,140,259,61,0,78 chrXIII 675387 . G GT 1644.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.291;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=46.2433;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=1.803;QD=19.35;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.454;SB=-3.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,70:85:99:1687,133,0 chrXIII 685884 . CA C 2908.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=36.8002;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.76;MQ0=0;QD=20.06;RPA=9,8;RU=A;SB=-5.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,131:145:99:2951,380,0 chrXIII 687366 . GTT G,GT 1056.27 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.096;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=42.6015;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=0.096;QD=13.04;RPA=13,11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.014;SB=-5.003e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:17,11,0:81:47:1134,898,1115,138,0,47 chrXIII 698679 . TAAA T,TAA 788.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=56;FS=4.313;HaplotypeScore=119.2359;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.83;MQ0=0;MQRankSum=0.963;QD=14.09;RPA=17,14,16;RU=A;ReadPosRankSum=1.540;SB=-3.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:20,18,0:56:99:867,99,399,514,0,527 chrXIII 703444 . ATTT A 704.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.805;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=136.4815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.036;QD=19.58;RPA=5,2;RU=T;ReadPosRankSum=1.602;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,18:36:99:744,0,739 chrXIII 715603 . GA G 1668.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.834;DP=151;FS=4.339;HaplotypeScore=320.6426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.914;QD=11.05;ReadPosRankSum=0.247;SB=-5.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,62:151:99:1708,0,2571 chrXIII 718367 . AT A 1000.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=90.7301;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=16.41;RPA=11,10;RU=T;SB=-4.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,49:61:99:1043,139,0 chrXIII 751553 . CA C 2232.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.596;DP=109;FS=6.469;HaplotypeScore=33.3020;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=0.136;QD=20.49;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.374;SB=-4.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,99:109:99:2275,278,0 chrXIII 752958 . AT A 93.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.696;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=12.9267;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.30;MQ0=0;MQRankSum=0.348;QD=6.68;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.044;SB=-2.141e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,7:13:4:133,4,0 chrXIII 756953 . ATTTCTTATTTCTTATTCTTTTTCTTATTCTT A 2659.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.614;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=11.0197;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.63;MQ0=0;MQRankSum=0.896;QD=50.19;ReadPosRankSum=1.614;SB=-1.084e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,40:53:83:2702,83,0 chrXIII 759679 . C CT 2008.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=23.7124;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.81;MQ0=0;QD=26.09;RPA=3,4;RU=T;SB=-7.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,74:77:99:2051,201,0 chrXIII 763192 . G GA 1009.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=151.9029;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=22.44;RPA=6,7;RU=A;SB=-3.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,38:45:99:1052,114,0 chrXIII 763221 . G GA 1363.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=134.2837;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;QD=29.02;RPA=2,3;RU=A;SB=-6.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,45:47:99:1406,129,0 chrXIII 768170 . G GT 2060.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.872;DP=101;FS=6.086;HaplotypeScore=371.6921;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.849;QD=20.41;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.965;SB=-6.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,81:101:99:2103,193,0 chrXIII 768214 . G GA 2877.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.181;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=506.5475;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.24;MQ0=0;MQRankSum=0.472;QD=29.37;ReadPosRankSum=1.457;SB=-1.156e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,85:98:99:2920,258,0 chrXIII 768315 . AT A 2196.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=569.2426;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.39;MQ0=0;QD=28.53;RPA=2,1;RU=T;SB=-8.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,69:77:99:2239,193,0 chrXIII 768605 . AT A 357.16 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.738;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=143.6150;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.78;MQ0=14;MQRankSum=-1.738;QD=12.76;ReadPosRankSum=1.159;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,11:12:2:395,0,2 chrXIII 768617 . GT G 311.09 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.738;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=148.2817;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.14;MQ0=16;MQRankSum=-1.738;QD=10.37;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=1.448;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,11:12:1:349,1,0 chrXIII 768621 . G GA 311.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=151.3087;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.14;MQ0=16;QD=10.40;RPA=2,3;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,11:12:33:354,33,0 chrXIII 770561 . A AT 1010 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.038;DP=97;FS=1.421;HaplotypeScore=48.1909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQ0=0;MQRankSum=0.040;QD=10.41;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=1.054;SB=-2.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,53:97:18:1049,0,18 chrXIII 774724 . CAAA C 2932.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=339.6958;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.37;MQ0=0;QD=34.92;RPA=12,9;RU=A;SB=-9.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,76:84:99:2975,217,0 chrXIII 774965 . A AAG 1459.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=29.3794;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.64;MQ0=0;QD=34.76;RPA=2,3;RU=AG;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,35:42:99:1502,108,0 chrXIII 775114 . GAAA G 2874.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=56.1826;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.52;MQ0=0;QD=37.34;RPA=12,9;RU=A;SB=-4.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,70:77:99:2917,213,0 chrXIII 775274 . T TG 896.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=10.6351;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.50;RPA=1,2;RU=G;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,23:26:78:939,78,0 chrXIII 777207 . AT A 4340 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=174;FS=0.000;HaplotypeScore=37.9302;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.47;MQ0=0;QD=24.94;RPA=4,3;RU=T;SB=-2.073e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,158:174:99:4340,442,0 chrXIII 779300 . CTT C 1399.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.520;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=168.6918;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.389;QD=15.38;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.813;SB=-6.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,45:91:99:1442,142,0 chrXIII 779631 . A ACTC 2741.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=133.3371;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.72;MQ0=0;QD=35.15;RPA=3,4;RU=CTC;SB=-8.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,61:78:99:2784,175,0 chrXIII 782253 . G GA 3162.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=424.1247;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.19;MQ0=0;QD=29.29;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.296e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,104:108:99:3205,313,0 chrXIII 784362 . A AG 1687.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.264;DP=65;FS=3.085;HaplotypeScore=337.0008;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=25.97;RPA=4,5;RU=G;ReadPosRankSum=0.910;SB=-8.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,55:65:99:1730,148,0 chrXIII 784454 . G GA 2209.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=28.2016;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=26.63;RPA=4,5;RU=A;SB=-6.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,80:83:99:2252,234,0 chrXIII 789974 . G GA 3567 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.237;DP=160;FS=2.914;HaplotypeScore=496.4260;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.08;MQ0=0;MQRankSum=0.746;QD=22.29;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.659;SB=-1.497e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,135:160:99:3567,377,0 chrXIII 798261 . GT G 843.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=123.5868;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.29;MQ0=0;QD=18.35;RPA=7,6;RU=T;SB=-2.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,38:46:99:886,105,0 chrXIII 798468 . G GT 2192.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=507.2397;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.61;MQ0=0;QD=28.11;RPA=4,5;RU=T;SB=-4.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,76:78:99:2235,228,0 chrXIII 801577 . GTTT G 3823 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=235.4229;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.68;MQ0=0;QD=38.62;RPA=9,6;RU=T;SB=-5.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,81:98:99:3823,256,0 chrXIII 801594 . G GT 2023.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.469;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=386.2144;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.95;MQ0=0;MQRankSum=0.680;QD=24.09;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.724;SB=-3.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,70:83:99:2066,212,0 chrXIII 804926 . TAAG T 3110.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=509.1628;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.26;MQ0=0;QD=38.89;RPA=6,5;RU=AAG;SB=-1.501e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,71:80:99:3153,214,0 chrXIII 805223 . T TA 2829.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=597.2022;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.08;MQ0=0;QD=25.27;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.231e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,102:112:99:2872,297,0 chrXIII 805306 . TA T 3415 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=913.2425;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.98;MQ0=0;QD=22.47;RPA=8,7;RU=A;SB=-2.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,144:152:99:3415,428,0 chrXIII 807691 . TTATG T 2746.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=205.7751;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.77;MQ0=0;QD=51.83;RPA=2,1;RU=TATG;SB=-9.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,50:53:99:2789,141,0 chrXIII 808194 . C CCAAA,CCAA 1943.11 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=187.1856;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=50.77;MQ0=0;QD=44.16;SB=-6.601e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,28,9:44:50:2021,179,50,473,0,345 chrXIII 808535 . AT A 106.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=47.7932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.35;MQ0=0;QD=7.07;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.492e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,6:14:20:148,20,0 chrXIII 808538 . G GCAA 248.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=39.9666;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.22;MQ0=0;QD=31.01;SB=-3.587e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,6:8:18:290,18,0 chrXIII 810832 . G GAA 2875.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=52.9989;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.51;MQ0=0;QD=25.91;RPA=9,11;RU=A;SB=-1.074e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,72:111:99:2918,276,0 chrXIII 811237 . GGTTGTTGTT G 3658 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=38.8440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.65;MQ0=0;QD=69.02;RPA=9,6;RU=GTT;SB=-7.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,40:53:99:3658,114,0 chrXIII 815480 . C CA 304.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.310;DP=42;FS=5.340;HaplotypeScore=51.2630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.380;QD=7.26;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.225;SB=-1.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,19:42:99:344,0,208 chrXIII 822673 . T TC 2724.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=198.4314;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.38;MQ0=0;QD=26.98;RPA=3,4;RU=C;SB=-6.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,86:101:99:2767,262,0 chrXIII 837704 . TTA T 357.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.411;DP=56;FS=13.204;HaplotypeScore=320.0846;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.23;MQ0=0;MQRankSum=-5.013;QD=6.39;RPA=3,2;RU=TA;ReadPosRankSum=-2.091;SB=-1.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,14:56:99:397,0,1274 chrXIII 840038 . T TG 3174.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=362.5132;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.73;MQ0=0;QD=35.67;SB=-6.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:89:99:3217,253,0 chrXIII 852529 . T TGTC 2618.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=21.0541;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.12;MQ0=0;QD=51.35;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,45:51:99:2661,144,0 chrXIII 854478 . CTT C,CT 1143.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.362;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=199.7197;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.67;MQ0=0;MQRankSum=0.064;QD=11.67;RPA=14,12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.234;SB=-2.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:35,32,0:98:99:1222,412,437,585,0,478 chrXIII 854821 . GTTTTTAATA G 2126.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.653;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=14.9870;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.64;MQ0=0;MQRankSum=-4.378;QD=34.87;ReadPosRankSum=1.053;SB=-6.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,28:61:99:2166,0,2894 chrXIII 856903 . C CAA,CAAA 1515.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=56.1125;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.75;MQ0=0;QD=25.27;RPA=11,13,14;RU=A;SB=-6.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:6,12,37:60:99:1594,670,534,248,0,101 chrXIII 860894 . C CT 699.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.023;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=48.0805;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=0.625;QD=14.58;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.903;SB=-3.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,28:48:49:742,49,0 chrXIII 861205 . CAAA C 1707.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.578;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=167.1446;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.962;QD=25.88;RPA=13,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.885;SB=-5.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,39:66:99:1750,130,0 chrXIII 863738 . T TA 1331.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.105;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=30.9121;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.440;QD=15.49;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.272;SB=-5.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,51:86:99:1374,131,0 chrXIII 865450 . CAT C 726.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=92.6806;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.51;MQ0=0;QD=13.22;RPA=8,7;RU=AT;SB=-1.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,22:55:66:769,66,0 chrXIII 886520 . TA T 740.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=54;FS=5.268;HaplotypeScore=69.7380;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.67;MQ0=0;MQRankSum=1.264;QD=13.72;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.545;SB=-2.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,40:54:99:783,101,0 chrXIII 886585 . CT C 2048.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=219.0161;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.06;MQ0=0;QD=26.96;RPA=5,4;RU=T;SB=-7.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,73:76:99:2091,216,0 chrXIII 886952 . A AT 2819.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=32.9507;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=24.31;RPA=5,6;RU=T;SB=-6.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,105:116:99:2862,306,0 chrXIII 892733 . CTA C 544.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7357;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.29;MQ0=0;QD=20.96;RPA=5,4;RU=TA;SB=-2.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,15:26:48:587,48,0 chrXIII 892823 . G GA 705.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.267;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=103.2523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.774;QD=11.03;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-1.028;SB=-1.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,30:64:60:745,0,60 chrXIII 901415 . GAA G 2441.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=28.6756;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.169;QD=25.44;RPA=11,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.083;SB=-6.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,85:95:99:2484,234,0 chrXIII 904192 . GAT G 2601.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=254.1414;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.05;MQ0=0;QD=26.82;RPA=5,4;RU=AT;SB=-1.203e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,78:97:99:2644,217,0 chrXIII 906967 . A AT 2974.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.837;DP=144;FS=2.793;HaplotypeScore=44.1306;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.114;QD=20.66;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.899;SB=-1.157e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,119:144:99:3017,310,0 chrXIII 907795 . T TC 988.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=76.5799;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.04;MQ0=0;QD=30.90;RPA=1,2;RU=C;SB=-4.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,29:32:87:1031,87,0 chrXIII 914827 . GTT G,GT 318.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.255;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=62.7287;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.74;MQ0=0;MQRankSum=1.473;QD=9.97;RPA=13,11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.818;SB=-1.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:13,5,0:32:69:397,234,358,89,0,69 chrXIII 915305 . AT A 579.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.163;DP=50;FS=4.246;HaplotypeScore=80.9515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.45;MQ0=0;MQRankSum=1.494;QD=11.60;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=0.022;SB=-2.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,25:50:99:619,0,608 chrXIII 915934 . AT A 1436.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=101.8153;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.84;MQ0=0;QD=22.45;RPA=6,5;RU=T;SB=-5.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,60:64:99:1479,168,0 chrXIII 917288 . GGTTTAGA G 5870 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=16.1358;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.46;MQ0=0;QD=66.70;SB=-1.672e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,60:72:99:5870,205,0 chrXIII 917449 . T TA 4091 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.548;DP=201;FS=4.978;HaplotypeScore=609.5500;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.87;MQ0=0;MQRankSum=0.592;QD=20.35;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.983;SB=-1.732e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,167:195:99:4091,386,0 chrXIII 919420 . CT C 556.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=53.4369;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.56;MQ0=1;QD=25.32;RPA=3,2;RU=T;SB=-2.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,19:20:54:599,54,0 chrXIII 921418 . C CT,CTT 337.36 filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.725;DP=45;FS=2.414;HaplotypeScore=41.5604;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=37.34;MQ0=5;MQRankSum=1.116;QD=7.50;RPA=14,15,16;RU=T;ReadPosRankSum=1.076;SB=-4.341e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:19,16,8:36:49:415,49,117,129,0,298 chrXIII 922205 . G GA 264.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=405.7221;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.34;MQ0=1;QD=29.44;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,8:8:24:307,24,0 chrXIII 922236 . ACT A 849.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=959.3446;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=44.73;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57:892,57,0 chrXIII 923363 . CG C 179.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=115.4603;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.17;MQ0=0;QD=22.38;RPA=4,3;RU=G;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:7:21:221,21,0 chrXIV 6624 . C CA 75.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.713;DP=32;FS=14.270;HaplotypeScore=150.8772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.12;MQ0=3;MQRankSum=1.528;QD=2.37;ReadPosRankSum=0.880;SB=-3.399e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,8:20:99:115,0,300 chrXIV 7072 . G GT 208.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.256;DP=18;FS=4.150;HaplotypeScore=299.7613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.06;MQ0=2;MQRankSum=1.092;QD=11.61;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=1.855;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,11:15:99:248,0,139 chrXIV 7088 . C CT 163.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.788;DP=18;FS=3.802;HaplotypeScore=304.5879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.06;MQ0=2;MQRankSum=1.309;QD=9.11;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=0.689;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,10:15:99:203,0,115 chrXIV 7098 . CATAA C 402.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.945;DP=16;FS=8.451;HaplotypeScore=281.1515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.58;MQ0=0;MQRankSum=0.766;QD=25.19;ReadPosRankSum=-0.648;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,10:15:99:442,0,311 chrXIV 7107 . C CT 180.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.074;DP=17;FS=7.160;HaplotypeScore=303.7411;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.95;MQ0=0;MQRankSum=0.811;QD=10.65;ReadPosRankSum=-0.660;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,6:15:99:220,0,192 chrXIV 7127 . TC T 1203.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=387.4134;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.17;MQ0=6;QD=22.72;SB=-3.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,39:34:99:1246,99,0 chrXIV 7144 . ACC A 1102.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.294;DP=112;FS=12.139;HaplotypeScore=578.6054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.16;MQ0=7;MQRankSum=-1.562;QD=9.85;ReadPosRankSum=4.738;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,41:82:99:1142,0,1729 chrXIV 7148 . A AT 825.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.983;DP=117;FS=18.086;HaplotypeScore=577.4052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.96;MQ0=8;MQRankSum=-1.031;QD=7.06;ReadPosRankSum=4.061;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,41:82:99:865,0,1399 chrXIV 7478 . A AT,AC 1090.96 filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=83;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=77.2895;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=25.02;MQ0=8;QD=13.14;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:2,52,21:43:59:1169,157,59,662,0,574 chrXIV 10232 . TC T 107.29 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=32.7769;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.69;MQ0=1;QD=11.92;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,7:8:14:149,14,0 chrXIV 10610 . AAT A 769.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=133.1842;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.82;MQ0=9;QD=20.81;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,20:27:78:812,78,0 chrXIV 10936 . C CT 171.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=51.9819;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.68;MQ0=2;QD=19.00;RPA=3,4;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,7:7:21:213,21,0 chrXIV 23552 . CA C 1483.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.840;DP=78;FS=7.401;HaplotypeScore=169.7027;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.34;MQ0=0;MQRankSum=0.600;QD=19.03;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=1.011;SB=-6.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,72:78:99:1526,164,0 chrXIV 23902 . G GT 821.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.824;DP=123;FS=2.729;HaplotypeScore=397.3804;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.48;MQ0=0;MQRankSum=2.807;QD=6.68;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.403;SB=-2.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,35:123:99:861,0,759 chrXIV 24003 . C CCCTTTTTTA 6969 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.361;DP=143;FS=8.148;HaplotypeScore=107.3516;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.48;MQ0=0;MQRankSum=-9.184;QD=48.73;ReadPosRankSum=0.832;SB=-1.797e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,57:143:99:6969,0,7577 chrXIV 28475 . CA C 804.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.578;DP=77;FS=5.158;HaplotypeScore=36.1755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.383;QD=10.45;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=-1.362;SB=-2.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,37:77:99:844,0,900 chrXIV 28953 . C CCATCAT 4454 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.879;DP=128;FS=6.129;HaplotypeScore=35.6112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.93;MQ0=0;MQRankSum=-3.545;QD=34.80;RPA=5,7;RU=CAT;ReadPosRankSum=-1.295;SB=-1.851e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,62:128:99:4454,0,3023 chrXIV 31618 . A AC 2480.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.342;DP=149;FS=8.904;HaplotypeScore=181.9932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.557;QD=16.65;RPA=1,2;RU=C;ReadPosRankSum=-0.677;SB=-1.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,82:149:99:2520,0,1815 chrXIV 33228 . ATTT A 997.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=77.1560;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.57;MQ0=0;QD=23.21;RPA=7,4;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,23:43:72:1040,72,0 chrXIV 43257 . AT A 625.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.113;DP=50;FS=3.002;HaplotypeScore=94.0853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.160;QD=12.52;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=1.919;SB=-6.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,28:50:99:665,0,435 chrXIV 48345 . TTTTA T 1542.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.649;DP=86;FS=0.900;HaplotypeScore=424.4829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.46;MQ0=0;MQRankSum=1.182;QD=17.94;ReadPosRankSum=-1.271;SB=-4.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,33:86:99:1582,0,1326 chrXIV 51868 . ATATC A 2012.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=114.4018;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.92;MQ0=0;QD=38.71;RPA=2,1;RU=TATC;SB=-9.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,37:52:99:2055,114,0 chrXIV 56333 . A AT 48.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.313;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=12.5237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=0.696;QD=3.77;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.696;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,5:13:88:88,0,141 chrXIV 58892 . CT C 2675.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=37.9979;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.06;MQ0=0;QD=20.74;RPA=7,6;RU=T;SB=-6.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,118:129:99:2718,335,0 chrXIV 59729 . G GTCC 701.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.355;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=15.2246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.620;QD=25.07;ReadPosRankSum=-1.631;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,14:28:99:741,0,747 chrXIV 62523 . TA T 640.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.412;DP=82;FS=1.178;HaplotypeScore=206.3208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.771;QD=7.82;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=0.172;SB=-9.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,33:82:99:680,0,997 chrXIV 62542 . CT C 626.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.838;DP=75;FS=3.458;HaplotypeScore=223.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.200;QD=8.36;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=1.564;SB=-1.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,29:75:99:666,0,842 chrXIV 62762 . G GT 803.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.162;DP=87;FS=0.909;HaplotypeScore=136.2668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=9.24;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=-0.437;SB=-2.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,33:87:99:843,0,1216 chrXIV 62810 . G GA 963.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.933;DP=89;FS=0.832;HaplotypeScore=250.1259;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.02;MQ0=0;MQRankSum=-3.459;QD=10.83;RPA=3,4;RU=A;ReadPosRankSum=1.077;SB=-3.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,44:89:99:1003,0,967 chrXIV 63356 . A AAAGCTTTGTG 4957 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=170.0862;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.71;MQ0=0;QD=66.09;SB=-1.543e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:51,23:60:99:4957,163,0 chrXIV 63359 . G GCTT 2256.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.576;DP=98;FS=1.864;HaplotypeScore=755.5510;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.39;MQ0=0;MQRankSum=-2.529;QD=23.03;ReadPosRankSum=3.349;SB=-9.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:55,19:81:99:2299,99,0 chrXIV 64425 . AT A 719.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.243;DP=63;FS=6.385;HaplotypeScore=40.9994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=0.040;QD=11.43;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=0.375;SB=-2.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,29:63:99:759,0,870 chrXIV 64561 . A ATTTTGTT 1218.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.549;DP=67;FS=4.191;HaplotypeScore=37.2860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.249;QD=18.19;RPA=2,3;RU=TTTTGTT;ReadPosRankSum=0.609;SB=-4.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,19:67:99:1258,0,2195 chrXIV 64974 . A AT 158.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.624;DP=40;FS=1.493;HaplotypeScore=132.2695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=1.199;QD=3.97;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.712;SB=-9.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,13:40:99:198,0,401 chrXIV 65024 . AC A 644.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=69.3079;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.39;MQ0=0;QD=23.03;RPA=4,3;RU=C;SB=-2.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,23:28:66:687,66,0 chrXIV 65238 . TA T 279.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.996;DP=80;FS=5.248;HaplotypeScore=175.0045;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=1.824;QD=3.50;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=1.089;SB=-1.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,25:80:99:319,0,886 chrXIV 65561 . G GTATA 2423.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.095;DP=119;FS=1.713;HaplotypeScore=347.8703;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=20.37;RPA=4,6;RU=TA;ReadPosRankSum=-2.045;SB=-1.116e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,42:119:99:2463,0,2084 chrXIV 65588 . T TA 2415.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.463;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=414.6291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.219;QD=18.44;ReadPosRankSum=-0.301;SB=-1.161e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,78:131:99:2455,0,1551 chrXIV 66362 . TAA T 1375.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=28.6074;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.32;MQ0=0;QD=22.19;RPA=12,10;RU=A;SB=-6.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,52:62:99:1418,138,0 chrXIV 68786 . C CT 766.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.025;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=24.1986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.189;QD=11.45;RPA=3,4;RU=T;ReadPosRankSum=0.698;SB=-3.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,39:67:99:806,0,578 chrXIV 70051 . GCAA G 422.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.815;DP=28;FS=1.583;HaplotypeScore=34.3979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.126;QD=15.11;RPA=2,1;RU=CAA;ReadPosRankSum=0.437;SB=-2.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,12:28:99:462,0,464 chrXIV 70113 . C CT 295.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.860;DP=69;FS=2.194;HaplotypeScore=239.4209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=2.453;QD=4.29;ReadPosRankSum=3.627;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,24:69:99:335,0,1172 chrXIV 70114 . C CCATCT 1293.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.841;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=139.2874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.326;QD=18.75;ReadPosRankSum=2.607;SB=-5.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,25:69:99:1333,0,2241 chrXIV 84037 . ATT A 956.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.164;DP=80;FS=6.457;HaplotypeScore=102.7357;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.879;QD=11.96;RPA=11,9;RU=T;ReadPosRankSum=2.751;SB=-4.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,37:80:99:996,0,780 chrXIV 84081 . A ATTTT 1173.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.455;DP=86;FS=3.501;HaplotypeScore=138.8870;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.560;QD=13.65;RPA=7,11;RU=T;ReadPosRankSum=-2.040;SB=-4.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,20:86:99:1213,0,1582 chrXIV 87325 . TA T 719.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.077;DP=119;FS=7.958;HaplotypeScore=331.6383;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.449;QD=6.05;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=-0.822;SB=-2.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,54:119:99:759,0,1147 chrXIV 89064 . GA G 749.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.974;DP=82;FS=10.171;HaplotypeScore=99.2226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.14;MQ0=0;MQRankSum=2.231;QD=9.15;RPA=6,5;RU=A;ReadPosRankSum=1.101;SB=-8.001e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,44:82:99:789,0,809 chrXIV 89323 . CT C 932.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.671;DP=170;FS=0.745;HaplotypeScore=521.9223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.03;MQ0=0;MQRankSum=3.696;QD=5.49;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.671;SB=-4.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:100,60:170:99:972,0,216 chrXIV 89339 . TCA T 2009.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.529;DP=155;FS=3.995;HaplotypeScore=424.1224;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.364;QD=12.97;RPA=2,1;RU=CA;ReadPosRankSum=2.277;SB=-9.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:109,45:155:99:2049,0,2678 chrXIV 90529 . A ATAACGGCGG 2762.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.888;DP=74;FS=1.065;HaplotypeScore=47.5619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.48;MQ0=0;MQRankSum=-3.979;QD=37.34;RPA=1,2;RU=TAACGGCGG;ReadPosRankSum=-0.769;SB=-7.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:74:99:2802,0,2382 chrXIV 94849 . A ATTAC 644.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.418;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=24.3059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=0.297;QD=19.54;ReadPosRankSum=-0.363;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,13:33:99:684,0,502 chrXIV 95116 . C CAA,CA 1097.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.299;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=76.5591;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.938;QD=16.64;RPA=9,11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.083;SB=-1.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:16,15,33:66:99:1176,426,342,391,0,275 chrXIV 96192 . T TA 1962.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.260;DP=150;FS=2.302;HaplotypeScore=675.3628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.49;MQ0=0;MQRankSum=0.404;QD=13.09;RPA=3,4;RU=A;ReadPosRankSum=1.554;SB=-8.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,81:150:99:2002,0,1023 chrXIV 96445 . CGATAA C 2796.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.261;DP=114;FS=19.019;HaplotypeScore=190.0402;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.80;MQ0=0;MQRankSum=-7.981;QD=24.53;ReadPosRankSum=2.745;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,42:114:99:2836,0,4934 chrXIV 102328 . A AC 219.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=11.5961;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=13.16;MQ0=27;QD=6.44;RPA=1,2;RU=C;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,7:7:21:261,21,0 chrXIV 102793 . ATTT ATTTT,A 1881.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=83.7792;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=49.70;MQ0=0;QD=22.40;RPA=8,9,5;RU=T;SB=-8.559e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:14,0,19:84:99:1960,841,814,1309,0,2700 chrXIV 104955 . G GA 1955.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.274;DP=182;FS=6.159;HaplotypeScore=408.7318;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.783;QD=10.75;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=1.120;SB=-3.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,88:182:99:1995,0,1661 chrXIV 105053 . AT A 4514 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=224;FS=0.000;HaplotypeScore=670.7289;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.66;MQ0=0;QD=20.15;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.708e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,201:224:99:4514,580,0 chrXIV 106212 . TAGC T 580.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.083;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=10.4231;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.747;QD=17.61;ReadPosRankSum=-0.041;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,16:33:99:620,0,731 chrXIV 107294 . GA G 82.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.694;DP=22;FS=2.596;HaplotypeScore=28.5602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.44;MQ0=0;MQRankSum=0.318;QD=3.77;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=2.858;SB=-1.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,8:22:99:122,0,115 chrXIV 116771 . G GA 308.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.483;DP=57;FS=6.673;HaplotypeScore=119.8152;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.207;QD=5.42;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.547;SB=-1.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,13:57:99:348,0,313 chrXIV 118938 . TAG T 4259 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.557;DP=177;FS=0.601;HaplotypeScore=788.6980;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.649;QD=24.06;ReadPosRankSum=-1.245;SB=-1.428e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,101:177:99:4259,0,2851 chrXIV 118942 . AG A 3137.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.639;DP=176;FS=0.597;HaplotypeScore=898.7210;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.450;QD=17.83;ReadPosRankSum=-0.603;SB=-1.115e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,101:176:99:3177,0,2184 chrXIV 118987 . GAAAAAA G,GAAAAA 1552.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.763;DP=107;FS=2.276;HaplotypeScore=709.5493;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=47.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.211;QD=14.51;RPA=17,11,16;RU=A;ReadPosRankSum=2.297;SB=-5.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:60,20,0:107:99:1631,182,1352,1174,0,1120 chrXIV 119033 . C CT 511.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.206;DP=46;FS=3.670;HaplotypeScore=339.2383;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.50;MQ0=0;MQRankSum=-4.010;QD=11.13;RPA=3,4;RU=T;ReadPosRankSum=0.367;SB=-6.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:46:99:551,0,397 chrXIV 129315 . G GCA 1070.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.532;DP=88;FS=3.354;HaplotypeScore=79.6689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.985;QD=12.17;RPA=2,3;RU=CA;ReadPosRankSum=0.149;SB=-5.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,31:88:99:1110,0,1691 chrXIV 135899 . C CATACATATAT 2020.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.120;DP=141;FS=21.281;HaplotypeScore=98.8931;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.641;QD=14.33;ReadPosRankSum=-3.265;SB=-9.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,27:141:99:2060,0,5247 chrXIV 137507 . G GCAT 805.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.483;DP=40;FS=1.320;HaplotypeScore=12.9600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=0.250;QD=20.15;RPA=2,3;RU=CAT;ReadPosRankSum=-1.483;SB=-4.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,21:40:99:845,0,589 chrXIV 138052 . GA G 416.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.345;DP=64;FS=1.519;HaplotypeScore=222.6338;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.817;QD=6.52;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.463;SB=-8.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,32:64:99:456,0,479 chrXIV 138448 . G GA 722.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.433;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=28.5433;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.10;MQ0=0;MQRankSum=0.975;QD=21.91;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.083;SB=-2.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,31:33:73:765,73,0 chrXIV 139391 . GT G 226.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.123;DP=27;FS=1.705;HaplotypeScore=17.2419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.765;QD=8.41;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=0.074;SB=-8.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,11:27:99:266,0,427 chrXIV 140432 . T TAG 834.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.990;DP=54;FS=1.117;HaplotypeScore=158.3164;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.94;MQ0=0;MQRankSum=-2.730;QD=15.46;RPA=1,2;RU=AG;ReadPosRankSum=0.630;SB=-3.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,25:54:99:874,0,847 chrXIV 145389 . GT G 647.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=19.8964;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=18.00;RPA=10,9;RU=T;SB=-2.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,32:36:93:690,93,0 chrXIV 145535 . TA T 336.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.050;DP=70;FS=1.178;HaplotypeScore=29.2191;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=0.430;QD=4.81;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.450;SB=-1.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,27:70:99:376,0,453 chrXIV 156766 . GA G 1063.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.096;DP=102;FS=0.861;HaplotypeScore=396.2038;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.525;QD=10.43;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=1.570;SB=-3.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,54:102:99:1103,0,913 chrXIV 157417 . GT G 1722.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=126.8772;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.63;MQ0=0;QD=19.36;RPA=8,7;RU=T;SB=-3.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,76:89:99:1765,218,0 chrXIV 168003 . C CA 664.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.028;DP=49;FS=6.439;HaplotypeScore=66.4786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.645;QD=13.57;ReadPosRankSum=0.235;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,22:49:99:704,0,768 chrXIV 169372 . GA G 200.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.807;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=20.7200;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.41;MQ0=0;MQRankSum=0.146;QD=3.79;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.701;SB=-8.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,19:53:99:240,0,456 chrXIV 172391 . G GA 878.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.113;DP=95;FS=0.864;HaplotypeScore=75.9315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.032;QD=9.25;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.129;SB=-2.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,46:95:99:918,0,715 chrXIV 172492 . CA C 821.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.042;DP=171;FS=0.000;HaplotypeScore=83.4508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=1.268;QD=4.81;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.365;SB=-2.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,54:171:99:861,0,1096 chrXIV 174733 . C CAA 545.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.976;DP=79;FS=1.020;HaplotypeScore=90.2163;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.115;QD=6.91;RPA=11,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.188;SB=-1.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,24:79:99:585,0,829 chrXIV 174986 . AT A 474.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.204;DP=49;FS=4.581;HaplotypeScore=45.4943;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.026;QD=9.69;RPA=6,5;RU=T;ReadPosRankSum=0.538;SB=-1.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,25:49:99:514,0,349 chrXIV 181319 . A ACC 175.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.666;DP=28;FS=4.761;HaplotypeScore=32.1658;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQ0=0;MQRankSum=1.198;QD=6.28;RPA=2,4;RU=C;ReadPosRankSum=-1.057;SB=-9.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,7:28:99:215,0,553 chrXIV 187561 . AC A 479.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.755;DP=69;FS=7.918;HaplotypeScore=90.6895;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQ0=0;MQRankSum=0.781;QD=6.96;RPA=5,4;RU=C;ReadPosRankSum=-0.229;SB=-2.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,26:69:99:519,0,881 chrXIV 187639 . GA G 183.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.850;DP=41;FS=2.087;HaplotypeScore=69.3249;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.68;MQ0=0;MQRankSum=0.765;QD=4.49;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.617;SB=-5.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,13:41:99:223,0,177 chrXIV 191300 . C CT 181.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.476;DP=48;FS=1.383;HaplotypeScore=86.9462;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.341;QD=3.79;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.795;SB=-6.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,16:48:99:221,0,312 chrXIV 196146 . ATC A 352.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.636;DP=47;FS=6.923;HaplotypeScore=291.7861;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.90;MQ0=0;MQRankSum=-2.388;QD=7.51;RPA=2,1;RU=TC;ReadPosRankSum=-1.147;SB=-1.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,22:47:43:392,0,43 chrXIV 196307 . T TG 271.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.014;DP=39;FS=1.979;HaplotypeScore=133.1093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=0.860;QD=6.97;RPA=6,7;RU=G;ReadPosRankSum=0.178;SB=-4.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,14:39:99:311,0,541 chrXIV 197764 . GTCC G 918.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=62.7935;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.52;MQ0=0;QD=41.77;RPA=3,2;RU=TCC;SB=-4.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,20:22:57:961,57,0 chrXIV 198221 . AT A 330.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.926;DP=50;FS=1.413;HaplotypeScore=186.4123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.06;MQ0=0;MQRankSum=-1.734;QD=6.62;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.990;SB=-9.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:50:99:370,0,421 chrXIV 198236 . ATT A,AT 811.95 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.520;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=161.7804;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=50.07;MQ0=0;MQRankSum=0.403;QD=15.32;RPA=13,11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.155;SB=-1.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:15,22,0:53:64:890,150,64,491,0,401 chrXIV 206645 . A AT 519.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.100;DP=74;FS=2.348;HaplotypeScore=140.5976;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=0.009;QD=7.03;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.777;SB=-2.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,34:74:99:559,0,362 chrXIV 214098 . G GAGA 3436 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=112.6983;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.15;MQ0=0;QD=52.86;SB=-1.249e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:3436,193,0 chrXIV 218712 . CA C 2852.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=136.5091;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=24.59;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.397e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,113:116:99:2895,333,0 chrXIV 218946 . CAA C 5060 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=121.3301;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.59;MQ0=0;QD=37.76;RPA=4,2;RU=A;SB=-2.497e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,128:134:99:5060,376,0 chrXIV 220510 . GA G 455.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=98.1953;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.30;MQ0=0;QD=19.82;RPA=9,8;RU=A;SB=-2.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:66:498,66,0 chrXIV 224579 . C CA 1251.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=384.1856;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.67;MQ0=0;QD=21.96;RPA=6,7;RU=A;SB=-5.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,48:57:99:1294,144,0 chrXIV 227098 . A ATT 656.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.856;DP=51;FS=1.117;HaplotypeScore=56.6092;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.05;MQ0=0;MQRankSum=0.031;QD=12.88;RPA=8,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.608;SB=-3.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,23:51:99:696,0,631 chrXIV 229899 . AT A 1322.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=192.0867;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.40;MQ0=0;QD=19.46;RPA=7,6;RU=T;SB=-4.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,62:68:99:1365,171,0 chrXIV 229975 . G GTA 2562.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=53.1783;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.92;MQ0=0;QD=36.61;RPA=2,3;RU=TA;SB=-1.299e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,61:70:99:2605,190,0 chrXIV 230680 . T TAA 3731 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.591;DP=135;FS=31.873;HaplotypeScore=546.7228;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.30;MQ0=0;MQRankSum=-3.069;QD=27.64;ReadPosRankSum=3.353;SB=-1.010e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,125:135:99:3731,323,0 chrXIV 230801 . GA G 1108.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.321;DP=73;FS=4.771;HaplotypeScore=100.6894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=1.155;QD=15.19;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.706;SB=-3.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,58:73:99:1151,135,0 chrXIV 230941 . CT C 4044 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=260.1557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.08;MQ0=0;QD=38.88;SB=-1.991e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:4044,313,0 chrXIV 249961 . GT G 1086.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.306;DP=109;FS=5.318;HaplotypeScore=314.5264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=1.152;QD=9.97;RPA=7,6;RU=T;ReadPosRankSum=-0.732;SB=-4.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,59:109:99:1126,0,837 chrXIV 251874 . AT A 1207.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.143;DP=80;FS=2.631;HaplotypeScore=37.4128;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.780;QD=15.10;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.216;SB=-3.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,60:80:99:1250,152,0 chrXIV 255080 . TA T 1213.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.388;DP=112;FS=0.941;HaplotypeScore=174.8497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=-2.299;QD=10.84;ReadPosRankSum=0.708;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,48:112:99:1253,0,1400 chrXIV 258264 . GAA G,GA 1390.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=124.8064;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.39;MQ0=0;QD=22.08;RPA=10,8,9;RU=A;SB=-1.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:1,26,0:63:99:1469,443,282,599,0,430 chrXIV 258353 . A AAAGT 2157.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=65.6376;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.72;MQ0=0;QD=56.79;SB=-7.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,32:38:99:2200,108,0 chrXIV 263349 . ATTT A,ATT 1340.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.604;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=117.5219;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.11;MQ0=0;MQRankSum=1.027;QD=17.41;RPA=13,10,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.192;SB=-6.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:24,28,0:77:99:1419,456,681,817,0,694 chrXIV 263555 . GA G 388.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.802;DP=72;FS=5.239;HaplotypeScore=124.1597;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=0.865;QD=5.40;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.806;SB=-1.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,30:72:99:428,0,517 chrXIV 269872 . A ACT 3139.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=23.5049;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.84;MQ0=0;QD=44.22;SB=-9.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,69:71:99:3182,205,0 chrXIV 280309 . G GA 439.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.937;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=17.4972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.402;QD=8.80;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=-1.035;SB=-8.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,25:50:99:479,0,334 chrXIV 281793 . GA G 1343.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=24.1796;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;QD=16.59;RPA=8,7;RU=A;SB=-4.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,75:81:99:1386,179,0 chrXIV 281884 . GAA G,GA 1135.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.066;DP=76;FS=3.543;HaplotypeScore=27.8307;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.800;QD=14.95;RPA=12,10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.600;SB=-4.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:31,29,0:76:99:1214,291,360,674,0,558 chrXIV 283468 . A AT 174.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.360;DP=44;FS=10.966;HaplotypeScore=40.7693;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=0.141;QD=3.98;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.266;SB=-8.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,12:44:99:214,0,375 chrXIV 290022 . CGAAGACATCGGT C 1671.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=15.6327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.42;MQ0=0;QD=33.44;RPA=3,2;RU=GAAGACATCGGT;SB=-3.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,40:50:99:1714,108,0 chrXIV 295586 . CA C 505.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.920;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=20.3882;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQ0=0;MQRankSum=0.280;QD=6.57;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=0.269;SB=-2.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,28:77:99:545,0,1188 chrXIV 297763 . TA T 933.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=160.1357;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.71;MQ0=0;QD=16.98;RPA=9,8;RU=A;SB=-3.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,49:55:99:976,131,0 chrXIV 297859 . G GCTCGTTAA 6355 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=47.6869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.18;MQ0=0;QD=99.30;SB=-3.113e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,61:64:99:6355,190,0 chrXIV 300959 . G GA 164.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.705;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=106.4495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=1.139;QD=8.68;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.271;SB=-6.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,11:19:67:204,0,67 chrXIV 301186 . GTTT G 183.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.244;DP=14;FS=6.892;HaplotypeScore=14.2589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.380;QD=13.14;RPA=10,7;RU=T;ReadPosRankSum=1.635;SB=-1.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,7:14:99:223,0,151 chrXIV 302223 . G GC 847.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.680;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=173.2460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.999;QD=9.02;RPA=1,2;RU=C;ReadPosRankSum=-1.334;SB=-1.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,31:94:99:887,0,1736 chrXIV 302331 . TG T 405.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.728;DP=86;FS=1.930;HaplotypeScore=363.0815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.27;MQ0=0;MQRankSum=-3.878;QD=4.72;ReadPosRankSum=-0.346;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,26:86:99:445,0,702 chrXIV 302332 . G GT 835.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.556;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=320.7150;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.27;MQ0=0;MQRankSum=3.109;QD=9.72;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.238;SB=-3.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,41:86:62:875,0,62 chrXIV 312328 . AACG A 3228.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=145.9276;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.91;MQ0=0;QD=42.48;RPA=3,2;RU=ACG;SB=-1.102e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,68:76:99:3271,199,0 chrXIV 317360 . A ATCT 1899.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.059;DP=88;FS=2.936;HaplotypeScore=29.0401;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.232;QD=21.59;ReadPosRankSum=0.997;SB=-9.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,42:88:99:1939,0,1820 chrXIV 319247 . GA G 864.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.810;DP=120;FS=4.134;HaplotypeScore=41.8502;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.446;QD=7.21;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.199;SB=-2.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,58:120:99:904,0,792 chrXIV 319853 . G GTGA 4698 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=83.2493;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=36.70;RPA=4,5;RU=TGA;SB=-1.875e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,105:128:99:4698,298,0 chrXIV 331699 . GA G 1631.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.345;DP=133;FS=7.034;HaplotypeScore=247.1385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.837;QD=12.27;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=-0.507;SB=-7.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,58:133:99:1671,0,1775 chrXIV 331790 . CT C 3418 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=758.3174;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.10;MQ0=0;QD=21.91;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.508e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,148:155:99:3418,413,0 chrXIV 331802 . CATTAGTACG C 5260 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.969;DP=151;FS=12.059;HaplotypeScore=517.1528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.21;MQ0=0;MQRankSum=-9.019;QD=34.83;ReadPosRankSum=2.084;SB=-2.376e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,51:150:99:5260,0,7886 chrXIV 332683 . TCAA T 2221.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=41.3921;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.28;MQ0=0;QD=34.72;RPA=5,4;RU=CAA;SB=-1.000e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,51:64:99:2264,150,0 chrXIV 337997 . CA C 1656.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.390;DP=84;FS=14.848;HaplotypeScore=107.0110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.391;QD=19.73;ReadPosRankSum=1.203;SB=-6.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,51:84:99:1696,0,848 chrXIV 338071 . AC A 1669.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.987;DP=113;FS=25.277;HaplotypeScore=50.8148;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.310;QD=14.78;RPA=5,4;RU=C;ReadPosRankSum=0.336;SB=-6.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,68:113:99:1709,0,943 chrXIV 342497 . A AT 681.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.808;DP=77;FS=3.160;HaplotypeScore=18.1641;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.917;QD=8.86;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=-0.927;SB=-3.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,34:77:99:721,0,771 chrXIV 343407 . CA C 323.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.945;DP=45;FS=7.073;HaplotypeScore=44.7993;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=0.398;QD=7.20;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=0.621;SB=-9.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,19:45:99:363,0,309 chrXIV 343458 . TA T 473.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.527;DP=52;FS=10.186;HaplotypeScore=47.4046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=1.416;QD=9.11;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=-1.045;SB=-2.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,25:52:99:513,0,367 chrXIV 346206 . C CTT 1738.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;DP=88;FS=5.178;HaplotypeScore=39.9282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.664;QD=19.76;ReadPosRankSum=-1.882;SB=-4.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,39:88:99:1778,0,1051 chrXIV 347694 . GA G 497.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.052;DP=59;FS=6.502;HaplotypeScore=116.9819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.401;QD=8.44;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=0.398;SB=-9.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:59:99:537,0,607 chrXIV 349346 . A AC 926.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.279;DP=73;FS=3.431;HaplotypeScore=21.3354;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.034;QD=12.70;RPA=3,4;RU=C;ReadPosRankSum=-0.115;SB=-4.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,39:73:99:966,0,703 chrXIV 351519 . T TG 1376.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.355;DP=88;FS=3.192;HaplotypeScore=24.9232;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.132;QD=15.65;ReadPosRankSum=-1.556;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,41:88:99:1416,0,966 chrXIV 351636 . C CA 1077.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.944;DP=103;FS=1.755;HaplotypeScore=44.4551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.448;QD=10.47;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=-2.409;SB=-4.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,53:103:99:1117,0,633 chrXIV 354445 . TGGAATGGTG T 1347.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.350;DP=39;FS=8.049;HaplotypeScore=16.6513;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.35;MQ0=0;MQRankSum=-3.683;QD=34.56;ReadPosRankSum=1.983;SB=-6.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,15:39:99:1387,0,1941 chrXIV 355289 . AT A 194.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.785;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=56.0937;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=0.646;QD=8.12;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=-1.385;SB=-8.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,11:24:99:234,0,295 chrXIV 356923 . GTT G,GT 2010.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=195.7047;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.71;MQ0=0;QD=23.38;RPA=7,5,6;RU=T;SB=-3.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:7,35,0:86:99:2089,1049,1077,870,0,641 chrXIV 359095 . C CT 423.14 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.178;DP=20;FS=7.375;HaplotypeScore=75.6884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.632;QD=21.16;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=0.351;SB=-1.702e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,17:20:11:462,0,11 chrXIV 359583 . GAAAAA G 1930.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.257;DP=61;FS=2.832;HaplotypeScore=38.7219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.992;QD=31.66;RPA=10,5;RU=A;ReadPosRankSum=1.975;SB=-6.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,44:61:99:1970,0,661 chrXIV 373628 . AT A 2470.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=513.9575;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.89;MQ0=0;QD=22.26;RPA=8,7;RU=T;SB=-9.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,106:111:99:2513,294,0 chrXIV 373683 . CAAA C 4995 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=372.1677;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.92;MQ0=0;MQRankSum=1.229;QD=38.13;RPA=10,7;RU=A;ReadPosRankSum=0.459;SB=-2.461e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,113:131:99:4995,348,0 chrXIV 380954 . G GAA 255.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.220;DP=55;FS=3.102;HaplotypeScore=90.2714;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=1.942;QD=4.65;RPA=15,17;RU=A;ReadPosRankSum=-2.809;SB=-1.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,16:55:99:295,0,266 chrXIV 382231 . TA T 262.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.226;DP=54;FS=4.377;HaplotypeScore=30.9317;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.21;MQ0=0;MQRankSum=0.366;QD=4.87;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.302;SB=-5.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,23:54:99:302,0,230 chrXIV 389775 . T TC 627.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.863;DP=61;FS=1.064;HaplotypeScore=19.5862;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=10.29;RPA=3,4;RU=C;ReadPosRankSum=-2.292;SB=-2.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,26:61:99:667,0,784 chrXIV 400712 . TA T 1786.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=157.7947;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.80;MQ0=0;QD=27.92;RPA=3,2;RU=A;SB=-4.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:64:99:1829,177,0 chrXIV 412447 . G GA 2026.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=655.7352;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.73;MQ0=0;QD=23.57;RPA=7,8;RU=A;SB=-5.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,78:86:99:2069,237,0 chrXIV 412493 . A AT 3305 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=745.2933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.48;MQ0=0;QD=29.77;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.000e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,99:111:99:3305,283,0 chrXIV 412573 . AT A 2367.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=1150.3093;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.91;MQ0=0;QD=29.60;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.195e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,74:80:99:2410,219,0 chrXIV 412585 . C CG 2129.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=1023.7579;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.42;MQ0=0;QD=31.32;SB=-1.072e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,54:68:99:2172,177,0 chrXIV 412652 . GGA G 2201.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=169.3064;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.47;MQ0=0;QD=40.78;SB=-1.018e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,42:54:99:2244,150,0 chrXIV 415096 . CT C 90.16 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.740;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=63.6445;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.25;MQ0=0;MQRankSum=1.109;QD=4.29;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.185;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,5:21:8:131,8,0 chrXIV 415775 . AG A 1151.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=307.2742;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.10;MQ0=0;QD=27.43;RPA=5,4;RU=G;SB=-2.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:42:99:1194,117,0 chrXIV 416362 . A AT 5334 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=53.8988;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.38;MQ0=0;QD=34.19;SB=-1.946e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,152:156:99:5334,421,0 chrXIV 416686 . CTT C 1516.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.667;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=273.5004;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.88;MQ0=0;MQRankSum=1.209;QD=21.07;RPA=12,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.667;SB=-5.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,26:72:99:1559,156,0 chrXIV 416703 . A ATG 2660.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=181.6040;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.70;MQ0=0;QD=43.62;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,27:61:99:2703,165,0 chrXIV 418915 . GTA G 2703.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.156;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=64.4495;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=0.924;QD=18.27;RPA=8,7;RU=TA;ReadPosRankSum=1.775;SB=-1.332e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:52,87:148:99:2746,214,0 chrXIV 424825 . A AAG 6375 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=66.9885;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.24;MQ0=0;QD=40.61;SB=-3.037e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,142:157:99:6375,421,0 chrXIV 427014 . TATATAA T 2267.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=134.8461;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;QD=42.00;SB=-8.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,47:54:99:2310,117,0 chrXIV 430018 . G GAA 2015.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=91.3457;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.92;MQ0=0;QD=27.24;RPA=8,10;RU=A;SB=-1.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,57:74:99:2058,181,0 chrXIV 437227 . C CA 775.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.263;DP=68;FS=13.217;HaplotypeScore=37.8992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=0.833;QD=11.41;RPA=3,4;RU=A;ReadPosRankSum=1.201;SB=-2.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:68:99:815,0,727 chrXIV 437493 . C CTT 1302.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.621;DP=68;FS=2.107;HaplotypeScore=102.6435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.30;MQ0=0;MQRankSum=0.545;QD=19.16;RPA=1,3;RU=T;ReadPosRankSum=1.406;SB=-5.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,33:68:99:1342,0,1165 chrXIV 437525 . TG T 939.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.136;DP=76;FS=1.975;HaplotypeScore=208.1385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.765;QD=12.37;RPA=3,2;RU=G;ReadPosRankSum=-1.133;SB=-4.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,36:76:99:979,0,969 chrXIV 438549 . A AT 902.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.032;DP=64;FS=7.652;HaplotypeScore=420.8121;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.748;QD=14.11;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.674;SB=-3.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,41:64:29:945,29,0 chrXIV 439397 . G GAT,GT 1611.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=39.7747;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.47;MQ0=0;QD=29.31;SB=-7.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:8,22,24:55:99:1690,661,756,910,0,775 chrXIV 440569 . A ATT 563.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.645;DP=51;FS=2.793;HaplotypeScore=34.7071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.997;QD=11.06;RPA=9,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.094;SB=-1.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,21:51:99:603,0,538 chrXIV 441344 . C CG 3458 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=138.3700;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;QD=34.93;RPA=1,2;RU=G;SB=-3.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:99:99:3458,289,0 chrXIV 442493 . CTCTT C 1506.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.976;DP=83;FS=15.927;HaplotypeScore=93.4475;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.28;MQ0=0;MQRankSum=0.018;QD=18.16;RPA=3,2;RU=TCTT;ReadPosRankSum=0.979;SB=-2.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,34:83:99:1546,0,1714 chrXIV 443122 . AT A 236.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.505;DP=40;FS=3.080;HaplotypeScore=119.0522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.31;MQ0=2;MQRankSum=0.023;QD=5.92;RPA=8,7;RU=T;ReadPosRankSum=-2.112;SB=-4.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:36:99:276,0,232 chrXIV 444651 . CTT C 463.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.032;DP=70;FS=6.117;HaplotypeScore=137.0351;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.76;MQ0=0;MQRankSum=0.157;QD=6.63;RPA=15,13;RU=T;ReadPosRankSum=1.294;SB=-9.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,15:69:99:503,0,571 chrXIV 446354 . A AC 534.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.349;DP=37;FS=10.482;HaplotypeScore=56.3457;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=1.861;QD=14.46;RPA=7,8;RU=C;ReadPosRankSum=-0.607;SB=-9.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,24:37:99:574,0,175 chrXIV 447205 . G GGT 967.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.283;DP=64;FS=5.747;HaplotypeScore=24.0727;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=1.111;QD=15.12;RPA=1,2;RU=GT;ReadPosRankSum=-0.007;SB=-2.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,28:64:99:1007,0,1291 chrXIV 452175 . C CTT 802.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.416;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.359;QD=22.30;ReadPosRankSum=-0.275;SB=-4.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,22:36:99:842,0,382 chrXIV 462386 . TA T 603.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.143;DP=88;FS=3.204;HaplotypeScore=259.1750;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.11;MQ0=0;MQRankSum=0.373;QD=6.86;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.362;SB=-2.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,40:88:99:643,0,601 chrXIV 472575 . AG A 1280.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=250.7848;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.88;MQ0=1;QD=24.17;RPA=9,8;RU=G;SB=-5.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,47:52:99:1323,138,0 chrXIV 473368 . TC T 1134.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.200;DP=87;FS=14.112;HaplotypeScore=458.0843;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.63;MQ0=0;MQRankSum=0.048;QD=13.05;RPA=3,2;RU=C;ReadPosRankSum=1.240;SB=-3.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,45:87:99:1174,0,926 chrXIV 474635 . T TACTTGTGAAGGA 5058 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.746;DP=82;FS=3.240;HaplotypeScore=179.1444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.48;MQ0=0;MQRankSum=-6.882;QD=61.68;ReadPosRankSum=2.021;SB=-2.084e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,28:82:99:5058,0,3756 chrXIV 476709 . GT G 901.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=59.5470;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.48;MQ0=0;QD=19.61;RPA=7,6;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,42:46:99:944,120,0 chrXIV 476823 . A ATTGAGAAC 3031.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.825;DP=96;FS=12.724;HaplotypeScore=95.2669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.26;MQ0=0;MQRankSum=-2.804;QD=31.58;ReadPosRankSum=-0.128;SB=-5.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,27:96:99:3071,0,4581 chrXIV 478368 . T TA 1019.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.226;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=112.8693;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.700;QD=14.17;RPA=3,4;RU=A;ReadPosRankSum=1.209;SB=-2.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,45:72:99:1059,0,439 chrXIV 479911 . CACAAAT C 1501.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.329;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=235.5163;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.45;MQ0=0;MQRankSum=1.472;QD=31.96;ReadPosRankSum=-1.626;SB=-6.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,23:47:99:1541,0,1750 chrXIV 480999 . AC ACC,A 1774.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=115.4438;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.92;MQ0=0;QD=23.05;RPA=7,8,6;RU=C;SB=-7.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:3,0,39:77:99:1853,1055,1226,984,0,1167 chrXIV 483057 . CT C 1206.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.712;DP=139;FS=13.854;HaplotypeScore=179.4656;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=1.191;QD=8.68;RPA=7,6;RU=T;ReadPosRankSum=-1.482;SB=-1.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,71:139:99:1246,0,899 chrXIV 483153 . GT G 697.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.644;DP=91;FS=16.484;HaplotypeScore=205.3465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.632;QD=7.67;RPA=7,6;RU=T;ReadPosRankSum=1.741;SB=-2.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,41:91:99:737,0,826 chrXIV 483540 . T TA 420.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.682;DP=61;FS=2.693;HaplotypeScore=19.5105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=1.770;QD=6.90;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.187;SB=-1.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,28:61:99:460,0,346 chrXIV 493546 . TA T 392.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.381;DP=44;FS=2.246;HaplotypeScore=19.5969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=0.975;QD=8.93;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=-0.271;SB=-1.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,23:44:99:432,0,425 chrXIV 495472 . T TTTGAAGAAA 7134 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=66.3236;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.64;MQ0=0;QD=100.48;SB=-2.765e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,53:71:99:7134,196,0 chrXIV 498360 . GTTTT G,GTTT 881.49 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.194;DP=62;FS=6.502;HaplotypeScore=46.1838;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.15;MQ0=0;MQRankSum=-2.198;QD=14.22;RPA=16,12,15;RU=T;ReadPosRankSum=0.970;SB=-2.925e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:29,19,0:62:40:957,40,548,723,0,706 chrXIV 498639 . AT A 415.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.646;DP=55;FS=15.590;HaplotypeScore=23.0793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=1.148;QD=7.56;RPA=8,7;RU=T;ReadPosRankSum=1.824;SB=-2.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:55:99:455,0,530 chrXIV 499556 . GA G 1775.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=145.2038;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.11;MQ0=0;QD=19.30;RPA=10,9;RU=A;SB=-8.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,85:92:99:1818,247,0 chrXIV 500314 . CT C 3401 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=119.0273;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=23.46;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.128e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,141:145:99:3401,402,0 chrXIV 500476 . GT G 2387.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=38.6117;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.92;MQ0=0;QD=22.11;RPA=6,5;RU=T;SB=-6.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,101:108:99:2430,291,0 chrXIV 500770 . GT G 2474.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.827;DP=126;FS=5.138;HaplotypeScore=570.6199;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.453;QD=19.64;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=-1.264;SB=-7.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,112:126:99:2517,306,0 chrXIV 500869 . AT A 718.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.455;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=18.2008;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=2.139;QD=9.22;RPA=7,6;RU=T;ReadPosRankSum=-0.655;SB=-3.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,41:78:99:758,0,628 chrXIV 501129 . ATTT AT,A 2414.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.300;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=196.0909;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=51.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.316;QD=24.64;RPA=12,10,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.531;SB=-6.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:26,0,34:98:99:2493,787,567,946,0,784 chrXIV 501317 . C CT 379.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.170;DP=64;FS=1.629;HaplotypeScore=305.4171;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.99;MQ0=0;MQRankSum=-5.167;QD=5.94;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=0.607;SB=-2.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,22:64:99:419,0,869 chrXIV 501328 . CT C 557.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.115;DP=71;FS=3.550;HaplotypeScore=366.3574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.07;MQ0=0;MQRankSum=-3.861;QD=7.86;RPA=6,5;RU=T;ReadPosRankSum=0.973;SB=-3.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,32:71:99:597,0,862 chrXIV 502858 . A AT 1802.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=174.8774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.75;MQ0=0;QD=36.06;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,48:50:99:1845,141,0 chrXIV 502927 . C CAA 3426 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=248.0966;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.64;MQ0=0;QD=40.79;RPA=1,3;RU=A;SB=-6.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,81:84:99:3426,241,0 chrXIV 503013 . CAAAA C,CA 1786.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.657;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=163.5401;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=47.86;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=30.29;RPA=14,10,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.657;SB=-7.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:13,25,0:59:99:1865,441,348,537,0,410 chrXIV 503040 . CTTT C 244.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.220;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=264.4309;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.94;MQ0=0;MQRankSum=-1.484;QD=4.90;RPA=14,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.033;SB=-1.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,11:50:99:284,0,309 chrXIV 505523 . A AT 707.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.581;DP=88;FS=0.995;HaplotypeScore=37.8010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.823;QD=8.05;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.512;SB=-1.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,42:88:99:747,0,553 chrXIV 505850 . CT C 814.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.342;DP=103;FS=4.497;HaplotypeScore=26.1579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.039;QD=7.91;RPA=7,6;RU=T;ReadPosRankSum=0.571;SB=-2.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,50:103:99:854,0,866 chrXIV 507334 . TAG T 1342.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.961;DP=73;FS=6.403;HaplotypeScore=191.6876;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.342;QD=18.40;RPA=2,1;RU=AG;ReadPosRankSum=0.295;SB=-6.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,38:73:99:1382,0,1232 chrXIV 510229 . AG A 290.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.102;DP=41;FS=1.423;HaplotypeScore=230.9131;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.18;MQ0=0;MQRankSum=-4.500;QD=7.10;ReadPosRankSum=0.665;SB=-7.800e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:41:99:330,0,518 chrXIV 510328 . CT C 482.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.416;DP=55;FS=2.541;HaplotypeScore=179.7005;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.98;MQ0=0;MQRankSum=1.394;QD=8.78;RPA=15,14;RU=T;ReadPosRankSum=0.318;SB=-1.778e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,29:55:27:525,27,0 chrXIV 512431 . G GT 594.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.679;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=228.9542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=1.512;QD=9.44;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=0.890;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,27:63:99:634,0,683 chrXIV 515710 . TA T 1550.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.036;DP=97;FS=7.434;HaplotypeScore=51.0832;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.916;QD=15.99;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.109;SB=-4.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,83:97:99:1593,174,0 chrXIV 515985 . CTCTTCT C 5256 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=179.6037;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;QD=47.35;RPA=9,7;RU=TCT;SB=-1.495e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,83:111:99:5256,226,0 chrXIV 516865 . ATT A,AT 1098.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=55.7873;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.56;MQ0=0;QD=14.27;RPA=12,10,11;RU=T;SB=-2.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:20,33,0:75:99:1177,413,385,599,0,466 chrXIV 517141 . TA T 1602.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=31.2023;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.10;MQ0=0;QD=19.55;RPA=8,7;RU=A;SB=-7.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,78:82:99:1645,212,0 chrXIV 517916 . AG A 2803.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=11.326;DP=197;FS=12.233;HaplotypeScore=628.0863;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.856;QD=14.23;ReadPosRankSum=-2.092;SB=-1.367e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,103:197:99:2843,0,2878 chrXIV 525277 . G GA 461.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.335;DP=41;FS=36.854;HaplotypeScore=189.5405;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.91;MQ0=0;MQRankSum=-1.915;QD=11.27;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.192;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,17:41:99:501,0,662 chrXIV 525442 . GT G 1240.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=364.4283;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.26;MQ0=0;QD=31.02;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:1283,117,0 chrXIV 525464 . T TG 2404.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=712.5981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.13;MQ0=0;QD=31.64;RPA=2,3;RU=G;SB=-1.160e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,73:76:99:2447,220,0 chrXIV 525533 . GA G 1538.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.305;DP=105;FS=34.338;HaplotypeScore=1059.7743;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.64;MQ0=0;MQRankSum=-5.093;QD=14.66;ReadPosRankSum=1.981;SB=-6.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,50:105:99:1578,0,1504 chrXIV 525545 . GTATA G 2170.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.909;DP=122;FS=0.901;HaplotypeScore=960.1551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.62;MQ0=0;MQRankSum=-4.689;QD=17.79;RPA=3,1;RU=TA;ReadPosRankSum=1.961;SB=-5.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,38:122:99:2210,0,1690 chrXIV 525982 . CA C 1589.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.492;DP=130;FS=2.461;HaplotypeScore=266.3072;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.629;QD=12.23;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=-1.191;SB=-6.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,59:130:99:1629,0,2015 chrXIV 527489 . CCAG C 1240.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=45.6967;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.53;MQ0=0;QD=34.47;RPA=5,4;RU=CAG;SB=-5.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,28:36:87:1283,87,0 chrXIV 529352 . T TGACGATGACGAC 685.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.377;DP=34;FS=3.093;HaplotypeScore=163.2944;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.93;MQ0=0;MQRankSum=-2.532;QD=20.18;ReadPosRankSum=-0.038;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,9:34:99:725,0,1882 chrXIV 529707 . TG T 1868.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.060;DP=149;FS=6.004;HaplotypeScore=39.4079;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.489;QD=12.54;ReadPosRankSum=1.005;SB=-4.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,80:149:99:1908,0,2080 chrXIV 539821 . G GTT 1736.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.215;DP=121;FS=1.538;HaplotypeScore=48.9826;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.646;QD=14.36;RPA=6,8;RU=T;ReadPosRankSum=-1.421;SB=-6.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,57:121:99:1776,0,1564 chrXIV 553108 . AGTAAATTCATGTATCACTCGC A 5432 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.498;DP=108;FS=6.281;HaplotypeScore=86.7266;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.61;MQ0=2;MQRankSum=-6.265;QD=50.30;ReadPosRankSum=3.047;SB=-1.932e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,27:106:99:5432,0,11122 chrXIV 556940 . G GA 3009.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=395.6414;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.32;MQ0=0;QD=25.08;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.342e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,114:120:99:3052,339,0 chrXIV 559420 . GA G 1245.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=194.6968;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=20.77;RPA=7,6;RU=A;SB=-5.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,52:60:99:1288,161,0 chrXIV 559470 . CG C 1453.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=252.3925;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.17;MQ0=0;QD=29.08;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,45:50:99:1496,129,0 chrXIV 559578 . A ATCG 2537.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=20.7581;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.38;MQ0=0;QD=55.17;SB=-7.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,40:46:99:2580,132,0 chrXIV 560599 . AG A 4382 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=618.6182;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.84;MQ0=0;QD=27.05;SB=-1.307e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,124:162:99:4382,468,0 chrXIV 560681 . GA G 655.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.032;DP=98;FS=13.100;HaplotypeScore=66.1079;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=1.389;QD=6.69;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=0.815;SB=-2.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,42:98:99:695,0,875 chrXIV 560932 . T TC 834.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;DP=110;FS=60.586;HaplotypeScore=145.5593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.83;MQ0=0;MQRankSum=-2.030;QD=7.59;ReadPosRankSum=1.465;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,32:110:99:874,0,2123 chrXIV 568313 . T TAAA 736.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.385;DP=107;FS=2.705;HaplotypeScore=82.6828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.28;MQ0=0;MQRankSum=-2.721;QD=6.89;RPA=12,15;RU=A;ReadPosRankSum=-0.141;SB=-8.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,19:107:99:776,0,1786 chrXIV 572943 . TC T 272.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.285;DP=30;FS=9.859;HaplotypeScore=33.9657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.45;MQ0=11;MQRankSum=-0.457;QD=9.10;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=-1.632;SB=-1.489e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,13:19:99:312,0,103 chrXIV 573991 . A AT 446.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.476;DP=46;FS=9.243;HaplotypeScore=355.2019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.70;MQ0=1;MQRankSum=-1.175;QD=9.72;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=1.894;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,19:37:99:486,0,256 chrXIV 573997 . C CG 840.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.609;DP=37;FS=14.472;HaplotypeScore=316.4360;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.89;MQ0=1;MQRankSum=-1.733;QD=22.73;RPA=2,3;RU=G;ReadPosRankSum=1.486;SB=-9.012e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,29:31:50:883,50,0 chrXIV 574111 . TA T 436.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.107;DP=83;FS=2.810;HaplotypeScore=260.7916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.80;MQ0=0;MQRankSum=-2.003;QD=5.26;RPA=7,6;RU=A;ReadPosRankSum=-1.132;SB=-1.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,33:83:99:476,0,1038 chrXIV 575614 . G GA 269.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.338;DP=57;FS=7.663;HaplotypeScore=31.0366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQ0=0;MQRankSum=1.648;QD=4.74;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.014;SB=-2.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,21:57:99:309,0,324 chrXIV 577027 . TTCGGTGGTTAAACAA T 7259 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=15.7573;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.12;MQ0=0;QD=103.70;RPA=2,1;RU=TCGGTGGTTAAACAA;SB=-1.844e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,61:70:99:7259,171,0 chrXIV 579066 . GTCGTAATA G 1531.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.872;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=116.0916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.13;MQ0=0;MQRankSum=-2.055;QD=37.37;ReadPosRankSum=1.375;SB=-4.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,16:41:99:1571,0,2199 chrXIV 586272 . TG T 545.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.334;DP=57;FS=1.162;HaplotypeScore=94.6186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.827;QD=9.58;RPA=4,3;RU=G;ReadPosRankSum=0.009;SB=-2.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,25:57:99:585,0,807 chrXIV 598230 . G GC 366.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.937;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=61.5472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.44;MQ0=3;MQRankSum=0.472;QD=11.84;RPA=2,3;RU=C;ReadPosRankSum=-0.346;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,17:24:99:406,0,237 chrXIV 602388 . C CTT 661.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.580;DP=93;FS=2.830;HaplotypeScore=269.2195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.33;MQ0=1;MQRankSum=-1.260;QD=7.12;RPA=7,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.679;SB=-1.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,27:77:99:701,0,911 chrXIV 602399 . TTTC T 1244.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.935;DP=73;FS=2.730;HaplotypeScore=241.0739;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.64;MQ0=1;MQRankSum=-1.761;QD=17.05;ReadPosRankSum=1.583;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,32:68:99:1284,0,1830 chrXIV 604387 . T TA 152.16 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.348;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1062;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.393;QD=8.45;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.696;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,12:18:8:193,8,0 chrXIV 604649 . A AT 607.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.585;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=24.3385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.070;QD=8.81;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.386;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,34:69:99:647,0,439 chrXIV 605054 . A AT 330.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.004;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=70.5700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=1.475;QD=6.62;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.407;SB=-1.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,19:50:99:370,0,332 chrXIV 605157 . C CGCTCGGAGCAACAAGAAAGCCCGAGCTGT 5008 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=19.3328;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.14;MQ0=0;QD=238.48;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,5:21:54:5008,54,0 chrXIV 605720 . CTATATATATATATATATATATATATATATATACATA C 8832 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.049;DP=84;FS=6.305;HaplotypeScore=27.3318;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.16;MQ0=0;MQRankSum=-2.468;QD=105.14;ReadPosRankSum=2.561;SB=-3.532e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,41:84:33:8832,33,0 chrXIV 627317 . GTACA G 1803.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.046;DP=78;FS=1.987;HaplotypeScore=19.9184;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.919;QD=23.13;RPA=2,1;RU=TACA;ReadPosRankSum=0.834;SB=-5.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,36:78:99:1843,0,2157 chrXIV 627417 . C CATTAGATACTTTT 7767 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=17.0658;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.97;MQ0=0;QD=136.26;SB=-3.627e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,35:57:99:7767,166,0 chrXIV 628629 . A AC 515.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.935;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=103.1373;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.446;QD=7.59;ReadPosRankSum=0.547;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,32:68:99:555,0,1144 chrXIV 628838 . TA T 246.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.362;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=121.0545;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.453;QD=11.23;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=1.721;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,11:22:53:286,0,53 chrXIV 629360 . C CT 741.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.310;DP=77;FS=4.921;HaplotypeScore=295.4716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.260;QD=9.64;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=-0.460;SB=-1.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,40:77:99:781,0,907 chrXIV 629363 . A AT 777.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.370;DP=76;FS=4.844;HaplotypeScore=285.9885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.57;MQ0=0;MQRankSum=1.003;QD=10.24;ReadPosRankSum=0.309;SB=-1.800e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,40:76:99:817,0,1033 chrXIV 629427 . GT G 880.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.741;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=263.4613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.071;QD=9.58;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=0.128;SB=-2.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,44:92:99:920,0,980 chrXIV 631789 . A AT 366.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.871;DP=36;FS=3.225;HaplotypeScore=214.5318;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.25;MQ0=0;MQRankSum=1.639;QD=10.19;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=-0.315;SB=-1.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,19:36:99:406,0,325 chrXIV 631823 . A AT 258.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.248;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=175.7499;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.387;QD=7.85;ReadPosRankSum=-0.947;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,12:33:99:298,0,511 chrXIV 632112 . ATTC A 2189.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.843;DP=93;FS=76.128;HaplotypeScore=493.9523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.08;MQ0=1;MQRankSum=-3.176;QD=23.55;ReadPosRankSum=0.980;SB=-8.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,49:92:99:2229,0,2006 chrXIV 632141 . AT A 996.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.639;DP=92;FS=120.824;HaplotypeScore=551.2815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.01;MQ0=0;MQRankSum=-4.077;QD=10.84;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=0.988;SB=-1.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,47:87:99:1036,0,1199 chrXIV 632246 . AT A 264.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.346;DP=36;FS=76.996;HaplotypeScore=129.4991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.084;QD=7.36;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=0.721;SB=-3.007e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,12:36:99:304,0,711 chrXIV 635717 . GT GTT,G 797.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.316;DP=79;FS=2.416;HaplotypeScore=236.6380;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.574;QD=10.10;RPA=12,13,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.346;SB=-1.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:25,3,27:79:99:876,445,688,477,0,757 chrXIV 643444 . A AC 1018.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.800;DP=120;FS=9.508;HaplotypeScore=40.0904;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQ0=0;MQRankSum=1.193;QD=8.49;RPA=5,6;RU=C;ReadPosRankSum=-0.748;SB=-4.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,47:120:99:1058,0,1656 chrXIV 647314 . A AT 598.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.071;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=79.5051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.146;QD=4.64;RPA=14,15;RU=T;ReadPosRankSum=-1.219;SB=-2.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,41:129:99:638,0,499 chrXIV 651855 . C CTT 1807.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.648;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=171.1911;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.80;MQ0=1;MQRankSum=1.395;QD=29.64;ReadPosRankSum=1.648;SB=-6.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,41:60:99:1850,119,0 chrXIV 651921 . G GAA 218.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=66.5635;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.59;MQ0=0;QD=18.25;RPA=8,10;RU=A;SB=-6.992e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,6:12:25:261,25,0 chrXIV 651952 . T TA,TTA 976.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=384.3520;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=37.51;MQ0=0;MQRankSum=1.386;QD=25.71;ReadPosRankSum=-0.462;SB=-3.900e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:2,21,14:38:99:1055,470,415,394,0,370 chrXIV 651986 . AT A 606.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.382;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=787.1865;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.778;QD=9.34;ReadPosRankSum=1.914;SB=-8.001e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,30:65:45:649,45,0 chrXIV 651987 . TA T 1370.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.056;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=715.9794;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.52;MQ0=0;MQRankSum=1.285;QD=21.09;RPA=7,6;RU=A;ReadPosRankSum=1.676;SB=-2.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,31:65:99:1413,168,0 chrXIV 652015 . T TCCA 1783.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.687;DP=79;FS=4.976;HaplotypeScore=773.7719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.79;MQ0=0;MQRankSum=-3.697;QD=22.58;RPA=1,2;RU=CCA;ReadPosRankSum=-1.261;SB=-3.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,38:79:99:1823,0,1435 chrXIV 652054 . ACTCTCTGCTCG A 1647.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.696;DP=52;FS=7.647;HaplotypeScore=250.7447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.61;MQ0=0;MQRankSum=-4.328;QD=31.69;RPA=2,1;RU=CTCTCTGCTCG;ReadPosRankSum=1.127;SB=-1.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,14:52:99:1687,0,1787 chrXIV 653306 . G GA 576.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=12.3136;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=23.08;RPA=6,7;RU=A;SB=-2.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,23:25:69:619,69,0 chrXIV 654648 . AT A 649.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.319;DP=116;FS=6.328;HaplotypeScore=178.4321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.69;MQ0=0;MQRankSum=0.652;QD=5.60;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.949;SB=-4.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,52:116:99:689,0,816 chrXIV 661560 . G GA 1754.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=56.0216;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.12;MQ0=0;QD=25.07;RPA=5,6;RU=A;SB=-7.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,67:70:99:1797,195,0 chrXIV 661737 . TA T 1237.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=163.7119;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.39;MQ0=0;QD=21.72;RPA=7,6;RU=A;SB=-6.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,54:57:99:1280,159,0 chrXIV 661755 . AAT A 1447.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=177.8363;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.73;MQ0=0;QD=22.62;RPA=6,5;RU=AT;SB=-5.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,43:64:99:1490,129,0 chrXIV 661809 . G GT 1761.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.080;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=106.6357;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.879;QD=22.88;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=-0.828;SB=-4.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,67:77:99:1804,182,0 chrXIV 662249 . GTTGTTC GTTGTTCTTGTTCTTGTTC,G 988.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=15.0160;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.31;MQ0=0;QD=19.02;RPA=5,7,4;RU=TTGTTC;SB=-5.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:31,0,6:52:99:1067,373,827,745,0,1603 chrXIV 662666 . CA C 484.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.691;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=88.1950;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.342;QD=7.03;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=-0.062;SB=-2.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,32:68:99:524,0,754 chrXIV 662768 . GAAA GA,G 1864.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.928;DP=112;FS=5.282;HaplotypeScore=125.9738;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.400;QD=16.65;RPA=16,14,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.312;SB=-7.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:44,0,32:112:99:1943,662,490,597,0,614 chrXIV 662853 . GAA G,GA 1621.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.094;DP=91;FS=3.129;HaplotypeScore=129.0250;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.83;MQ0=0;MQRankSum=1.685;QD=17.82;RPA=12,10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.094;SB=-8.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:14,46,0:91:99:1700,561,554,865,0,690 chrXIV 663609 . TC T 75.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.458;DP=25;FS=9.791;HaplotypeScore=89.1962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.431;QD=3.04;ReadPosRankSum=2.087;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,9:25:99:115,0,393 chrXIV 663611 . TTTC T 231.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.113;DP=25;FS=6.629;HaplotypeScore=73.9653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.406;QD=9.28;ReadPosRankSum=0.637;SB=-5.300e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,9:25:99:271,0,478 chrXIV 663738 . T TA 893.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.641;DP=98;FS=2.890;HaplotypeScore=108.4744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=0.810;QD=9.12;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.195;SB=-4.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,40:98:99:933,0,658 chrXIV 664062 . C CT 1132.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.873;DP=92;FS=2.271;HaplotypeScore=358.0521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=0.193;QD=12.31;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=0.465;SB=-5.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,42:92:99:1172,0,1412 chrXIV 664986 . G GTCTTT 6711 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=712.5556;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.32;MQ0=0;QD=63.91;RPA=1,2;RU=TCTTT;SB=-1.901e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,98:105:99:6711,295,0 chrXIV 665296 . C CAG 1876.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=124.3517;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.21;MQ0=0;QD=36.10;RPA=1,2;RU=AG;SB=-8.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,49:52:99:1919,138,0 chrXIV 668114 . AAT A 2370.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=394.9872;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.20;MQ0=0;QD=32.04;SB=-9.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,72:74:99:2413,195,0 chrXIV 668273 . T TG 3420 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.385;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=352.5040;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.91;MQ0=0;MQRankSum=0.962;QD=30.27;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=1.700;SB=-1.196e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,87:113:99:3420,292,0 chrXIV 676044 . T TA 52.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.637;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=22.7939;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.34;MQ0=0;MQRankSum=0.143;QD=3.31;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.466;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,7:16:92:92,0,109 chrXIV 678603 . GAAAAAA G,GAAAA 2309.94 filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=197.1127;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.44;MQ0=0;QD=35.54;RPA=15,9,13;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:5,24,0:65:99:2388,917,1609,1188,0,1022 chrXIV 678661 . CT C 1428.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=302.4279;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.03;MQ0=0;QD=22.68;RPA=4,3;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,48:63:99:1471,153,0 chrXIV 690071 . ATTT A,ATT 1716.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=34.4228;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.09;MQ0=0;QD=22.59;RPA=14,11,13;RU=T;SB=-7.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:15,40,0:76:99:1795,356,472,1192,0,1029 chrXIV 691292 . TA T 1974.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=226.7243;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.97;MQ0=0;QD=21.24;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,85:93:99:2017,248,0 chrXIV 691436 . A AT 1177.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.626;DP=96;FS=10.113;HaplotypeScore=36.4973;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.257;QD=12.27;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=-2.086;SB=-1.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,50:96:99:1217,0,739 chrXIV 691534 . G GA 616.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.776;DP=65;FS=2.094;HaplotypeScore=75.7402;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.226;QD=9.49;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=-2.219;SB=-6.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,28:65:99:656,0,425 chrXIV 692520 . CAAA C,CAA 3206.93 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.992;DP=165;FS=1.782;HaplotypeScore=94.0549;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.244;QD=19.44;RPA=14,11,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.016;SB=-1.110e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:48,60,0:165:99:3285,751,1435,1996,0,1783 chrXIV 692960 . CTTTT C,CT 6504 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.636;DP=221;FS=0.000;HaplotypeScore=76.6940;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.70;MQ0=0;MQRankSum=2.649;QD=29.43;RPA=13,9,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.732;SB=-1.998e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:53,93,0:221:99:6504,1789,1432,1797,0,1397 chrXIV 697531 . A AT 1586.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.658;DP=234;FS=9.571;HaplotypeScore=294.7718;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=0.577;QD=6.78;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.062;SB=-6.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:122,96:234:99:1626,0,1354 chrXIV 701530 . GGGA G 513.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.142;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=68.3800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.934;QD=16.58;RPA=6,5;RU=GGA;ReadPosRankSum=-0.156;SB=-2.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,14:31:99:553,0,407 chrXIV 703106 . TTTTTC T 2650.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.994;DP=135;FS=6.178;HaplotypeScore=220.9843;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.490;QD=19.64;RPA=4,3;RU=TTTTC;ReadPosRankSum=1.179;SB=-9.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,56:135:99:2690,0,2915 chrXIV 703556 . TC T 1166.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.249;DP=115;FS=9.354;HaplotypeScore=512.9591;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.402;QD=10.15;RPA=3,2;RU=C;ReadPosRankSum=-0.794;SB=-3.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,51:115:99:1206,0,1616 chrXIV 704183 . GTGC G 506.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.539;DP=33;FS=9.015;HaplotypeScore=87.2024;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.54;MQ0=0;MQRankSum=-3.663;QD=15.36;ReadPosRankSum=0.832;SB=-6.900e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,13:33:99:546,0,884 chrXIV 708439 . C CG 703.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.834;DP=45;FS=6.795;HaplotypeScore=20.5268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.430;QD=15.64;ReadPosRankSum=0.809;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:45:99:743,0,618 chrXIV 711251 . AT A 1062.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.532;DP=70;FS=4.607;HaplotypeScore=99.7942;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.07;MQ0=0;MQRankSum=0.400;QD=15.19;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.066;SB=-3.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,58:70:99:1105,148,0 chrXIV 711336 . A AT 935.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-5.880;DP=85;FS=5.740;HaplotypeScore=108.9857;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.205;QD=11.01;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.905;SB=-4.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,42:85:57:978,57,0 chrXIV 711615 . AT A 3176.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=45.7852;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;QD=22.53;RPA=7,6;RU=T;SB=-8.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,134:141:99:3219,395,0 chrXIV 713938 . GT G 446.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.269;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=142.3564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.367;QD=4.86;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.156;SB=-1.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,34:92:99:486,0,440 chrXIV 716022 . G GA 641.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.184;DP=49;FS=1.189;HaplotypeScore=61.3496;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=13.10;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=1.232;SB=-3.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,31:49:99:681,0,297 chrXIV 718580 . CAAA CA,C 1866.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=36.7421;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.99;MQ0=0;QD=28.29;RPA=11,9,8;RU=A;SB=-8.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:7,0,42:66:99:1945,914,758,413,0,261 chrXIV 718835 . CT C 1047.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.044;DP=74;FS=16.092;HaplotypeScore=19.6644;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.107;QD=14.16;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=-0.031;SB=-4.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,38:74:99:1087,0,921 chrXIV 719304 . C CTT 1507.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.714;DP=138;FS=4.580;HaplotypeScore=57.8467;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.389;QD=10.93;RPA=10,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.096;SB=-6.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,56:138:99:1547,0,1447 chrXIV 720276 . CTGTTGCTGCTGTTGT C 1710.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.305;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=48.9883;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.63;MQ0=0;MQRankSum=-2.452;QD=50.32;RPA=2,1;RU=TGTTGCTGCTGTTGT;ReadPosRankSum=-0.320;SB=-3.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,11:34:99:1750,0,1131 chrXIV 721034 . CA C 437.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.069;DP=31;FS=3.188;HaplotypeScore=20.5380;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.069;QD=14.13;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.485;SB=-2.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,28:31:50:480,50,0 chrXIV 721791 . GA G 685.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.466;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=337.8106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.60;MQ0=0;MQRankSum=-2.761;QD=6.24;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.148;SB=-9.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,48:110:99:725,0,906 chrXIV 721814 . T TA 881.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.728;DP=117;FS=3.247;HaplotypeScore=355.7125;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.71;MQ0=0;MQRankSum=-2.091;QD=7.54;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=0.671;SB=-1.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,48:117:99:921,0,1099 chrXIV 722231 . GA G 551.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.068;DP=61;FS=23.360;HaplotypeScore=164.5695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.516;QD=9.05;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.101;SB=-3.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,33:61:99:591,0,310 chrXIV 725341 . TGGCCA T 2526.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.944;DP=90;FS=16.483;HaplotypeScore=345.0410;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.86;MQ0=0;MQRankSum=-4.056;QD=28.08;ReadPosRankSum=1.286;SB=-1.239e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,43:90:99:2566,0,2570 chrXIV 725530 . T TA 1226.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.199;DP=126;FS=1.594;HaplotypeScore=171.9144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.191;QD=9.74;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=-0.974;SB=-4.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,52:126:99:1266,0,1693 chrXIV 725644 . A ATT 1087.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.759;DP=124;FS=0.807;HaplotypeScore=73.7312;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.270;QD=8.77;RPA=10,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.801;SB=-3.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,36:124:99:1127,0,1203 chrXIV 726121 . TAA T 519.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.302;DP=48;FS=20.920;HaplotypeScore=36.7404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.24;MQ0=1;MQRankSum=-2.440;QD=10.83;RPA=9,7;RU=A;ReadPosRankSum=2.239;SB=-2.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,23:47:99:559,0,546 chrXIV 726392 . GT G 586.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=125.0341;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.23;MQ0=1;QD=20.24;RPA=3,2;RU=T;SB=-3.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,20:23:60:629,60,0 chrXIV 726426 . GCATGAT G 387.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.329;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=333.4432;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.106;QD=13.38;ReadPosRankSum=1.694;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,6:22:99:427,0,478 chrXIV 726437 . AT A 62.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.383;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=308.2185;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.71;MQ0=2;MQRankSum=1.133;QD=2.62;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=1.133;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,6:15:90:102,0,90 chrXIV 726445 . TAA T 162.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.589;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=273.6092;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.10;MQ0=3;MQRankSum=-1.067;QD=6.52;ReadPosRankSum=0.572;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,6:12:48:202,0,48 chrXIV 727428 . G GT 971.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.107;DP=94;FS=2.487;HaplotypeScore=190.5090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.94;MQ0=0;MQRankSum=-1.704;QD=10.34;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=-0.683;SB=-2.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,48:94:99:1011,0,1076 chrXIV 727482 . A AT 581.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.579;DP=65;FS=5.994;HaplotypeScore=172.7843;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.198;QD=8.95;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=-0.754;SB=-1.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,23:65:99:621,0,249 chrXIV 730572 . T TA 910.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.797;DP=96;FS=5.638;HaplotypeScore=305.2075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.929;QD=9.49;RPA=3,4;RU=A;ReadPosRankSum=-1.725;SB=-4.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,37:96:99:950,0,1073 chrXIV 730589 . AG A 731.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.709;DP=91;FS=9.312;HaplotypeScore=384.1856;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.16;MQ0=0;MQRankSum=-4.042;QD=8.04;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=-0.069;SB=-3.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,36:91:99:771,0,1494 chrXIV 730900 . ATTCTG A 1105.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.330;DP=45;FS=1.676;HaplotypeScore=73.7467;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.89;MQ0=0;MQRankSum=-2.025;QD=24.58;ReadPosRankSum=-1.047;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,18:45:99:1145,0,1438 chrXIV 733250 . CA C 622.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.493;DP=86;FS=21.793;HaplotypeScore=262.4288;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.56;MQ0=0;MQRankSum=-2.027;QD=7.24;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.738;SB=-6.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,39:86:99:662,0,774 chrXIV 739459 . CT C 308.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.738;DP=38;FS=8.039;HaplotypeScore=10.3884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.387;QD=8.13;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=0.198;SB=-1.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,18:38:99:348,0,359 chrXIV 742505 . C CA 736.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.946;DP=99;FS=1.770;HaplotypeScore=295.5456;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.128;QD=7.44;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=-1.050;SB=-3.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,45:99:99:776,0,886 chrXIV 742787 . AG A 697.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.053;DP=76;FS=3.439;HaplotypeScore=163.2465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.64;MQ0=0;MQRankSum=0.088;QD=9.18;ReadPosRankSum=-0.112;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,29:76:99:737,0,1383 chrXIV 743946 . G GA 924.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.370;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=333.8809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.112;QD=10.51;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=0.849;SB=-4.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,44:88:99:964,0,636 chrXIV 744080 . GCA G 495.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.239;DP=41;FS=26.100;HaplotypeScore=154.8782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.94;MQ0=0;MQRankSum=-3.383;QD=12.10;RPA=3,2;RU=CA;ReadPosRankSum=-0.014;SB=-2.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,16:41:99:535,0,852 chrXIV 746082 . TC T 945.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.734;DP=70;FS=1.001;HaplotypeScore=93.3829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.70;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=13.51;RPA=5,4;RU=C;ReadPosRankSum=-0.677;SB=-3.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:70:99:985,0,618 chrXIV 746165 . CT C 1246.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.794;DP=84;FS=7.726;HaplotypeScore=166.6724;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.743;QD=14.84;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=1.366;SB=-5.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,48:84:99:1286,0,767 chrXIV 746279 . AT A 444.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.098;DP=60;FS=2.386;HaplotypeScore=775.8810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.20;MQ0=0;MQRankSum=-4.569;QD=7.42;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.832;SB=-2.498e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:60:36:484,0,36 chrXIV 746408 . A AGC 2662.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=1130.6851;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.83;MQ0=0;QD=34.58;SB=-1.266e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,52:77:99:2705,226,0 chrXIV 746410 . T TGCACTA 4156 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=665.3118;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.20;MQ0=0;QD=72.91;SB=-1.826e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,51:57:99:4156,163,0 chrXIV 746780 . T TA 381.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.037;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=172.6967;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.51;MQ0=0;MQRankSum=-2.746;QD=4.44;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.002;SB=-1.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,29:86:99:421,0,766 chrXIV 753326 . T TG 652.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.305;DP=58;FS=2.259;HaplotypeScore=478.4596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.61;MQ0=0;MQRankSum=-6.084;QD=11.26;ReadPosRankSum=1.400;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,24:58:99:692,0,894 chrXIV 753335 . AG A 738.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.469;DP=61;FS=2.230;HaplotypeScore=503.3998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.53;MQ0=0;MQRankSum=-5.456;QD=12.11;ReadPosRankSum=-0.374;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,27:61:99:778,0,970 chrXIV 763294 . G GT 481.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.017;DP=63;FS=2.997;HaplotypeScore=36.7428;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=0.069;QD=7.65;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=-1.112;SB=-1.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,25:63:99:521,0,675 chrXIV 763982 . CCTTTCGCTGCAAAAGACCCACG C 4674 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.660;DP=63;FS=5.545;HaplotypeScore=105.4623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.18;MQ0=0;MQRankSum=-2.609;QD=74.19;ReadPosRankSum=1.308;SB=-9.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:63:99:4674,0,5560 chrXIV 772580 . G GTGT 905.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=15.2750;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.25;MQ0=0;QD=37.75;RPA=2,3;RU=TGT;SB=-4.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,20:23:57:948,57,0 chrXIV 774549 . A AT 120.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.162;DP=54;FS=1.606;HaplotypeScore=65.9328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.41;MQ0=4;MQRankSum=0.348;QD=2.24;RPA=18,19;RU=T;ReadPosRankSum=0.673;SB=-2.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,9:50:99:160,0,166 chrXIV 779375 . GAA G 1485.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.172;DP=83;FS=20.234;HaplotypeScore=240.0650;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.50;MQ0=0;MQRankSum=-3.969;QD=17.90;RPA=6,4;RU=A;ReadPosRankSum=1.100;SB=-3.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,47:83:99:1525,0,702 chrXIV 781403 . AAT A 541.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.989;DP=44;FS=8.139;HaplotypeScore=241.1307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.647;QD=12.32;RPA=2,1;RU=AT;ReadPosRankSum=1.647;SB=-1.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,17:41:99:581,0,522 chrXIV 781414 . CG C 292.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.648;DP=39;FS=11.349;HaplotypeScore=281.9010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.561;QD=7.51;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=-0.139;SB=-5.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,17:36:99:332,0,601 chrXIV 781506 . TA T 402.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=136.1502;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.06;MQ0=1;QD=18.32;RPA=3,2;RU=A;SB=-2.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,13:16:47:445,47,0 chrXIV 781512 . T TA 326.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=143.7284;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.56;MQ0=1;QD=15.57;RPA=3,4;RU=A;SB=-5.999e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,11:16:36:369,36,0 chrXIV 783347 . TG T 119.29 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=137.2767;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=14.50;MQ0=8;MQRankSum=-0.736;QD=2.91;ReadPosRankSum=0.736;SB=-6.814e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,29:7:14:161,14,0 chrXIV 783353 . T TA 108.24 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=175.9532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.19;MQ0=8;MQRankSum=-0.736;QD=1.75;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.736;SB=-6.620e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,29:12:9:147,0,9 chrXV 431 . C CAT 389.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=115.5347;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.15;MQ0=0;QD=22.94;SB=-4.900e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,10:11:32:432,32,0 chrXV 497 . G GT 134.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.568;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=360.7401;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=14.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.365;QD=5.19;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=-1.568;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,6:12:99:174,0,110 chrXV 521 . TACTTTCACATTCCACTCCATG T 1099.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.133;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=325.9648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=15.30;MQ0=0;MQRankSum=-2.267;QD=36.67;ReadPosRankSum=2.267;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,5:14:99:1139,0,1299 chrXV 548 . TC T 565.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.122;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=524.1694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.933;QD=12.86;ReadPosRankSum=1.582;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,23:25:55:605,0,55 chrXV 565 . A ACT 283.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.899;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=492.9212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.775;QD=7.47;ReadPosRankSum=-0.713;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,15:23:99:323,0,525 chrXV 567 . AT A 140.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.271;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=507.4545;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.271;QD=3.81;ReadPosRankSum=-1.085;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,15:23:99:180,0,408 chrXV 11950 . CAG C 3580 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=3098.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.85;MQ0=0;QD=40.22;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,84:88:99:3580,262,0 chrXV 11957 . G GAT 3588 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=3082.3719;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.85;MQ0=0;QD=40.77;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,84:87:99:3588,256,0 chrXV 12954 . CT C 1966.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.031;DP=135;FS=2.581;HaplotypeScore=390.9270;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.485;QD=14.57;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.455;SB=-6.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,110:135:99:2009,222,0 chrXV 14017 . GA G 1762.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.775;DP=130;FS=4.006;HaplotypeScore=496.5152;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.367;QD=13.56;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.425;SB=-6.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,93:129:99:1805,234,0 chrXV 14564 . GA G 2056.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=77.6443;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.77;MQ0=0;QD=20.57;RPA=8,7;RU=A;SB=-4.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,85:100:99:2099,266,0 chrXV 14693 . C CT 5006 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=217;FS=0.000;HaplotypeScore=60.8276;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.54;MQ0=0;QD=23.07;RPA=8,9;RU=T;SB=-2.496e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,206:217:99:5006,602,0 chrXV 16005 . GAA G,GA 1807.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.143;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=47.2763;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.27;MQ0=1;MQRankSum=-1.651;QD=17.06;RPA=10,8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.488;SB=-5.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:22,29,0:105:99:1886,1133,1181,600,0,385 chrXV 16299 . GA G 2834.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.477;DP=151;FS=1.502;HaplotypeScore=977.0215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.92;MQ0=0;MQRankSum=-3.337;QD=18.77;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=1.189;SB=-9.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,96:151:99:2874,0,1297 chrXV 16813 . GA G 7397 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=248;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=101.6699;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=29.83;RPA=3,2;RU=A;SB=-2.378e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,242:248:99:7397,689,0 chrXV 17819 . T TG 1157.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=1461.5091;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.74;MQ0=0;QD=31.30;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:99:1200,111,0 chrXV 17842 . A AT 2752.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=3826.9546;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.81;MQ0=0;QD=28.09;SB=-5.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:98:99:2795,282,0 chrXV 17843 . ACG A 3058.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=3370.4880;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.89;MQ0=0;QD=35.16;SB=-7.500e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:3101,262,0 chrXV 17871 . AT A 2430.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=3869.9351;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.60;MQ0=0;QD=25.59;RPA=6,5;RU=T;SB=-2.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,90:95:99:2473,273,0 chrXV 17891 . A AC 2646.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=4455.1784;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.62;MQ0=0;QD=25.95;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,82:102:99:2689,276,0 chrXV 17892 . T TG 2257.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=3759.1697;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.66;MQ0=0;QD=26.56;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,83:85:99:2300,249,0 chrXV 17894 . C CT 2199.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=3747.9731;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.66;MQ0=0;QD=25.88;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,82:85:99:2242,246,0 chrXV 17972 . GT G 2271.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=4081.3806;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.19;MQ0=0;QD=23.92;SB=-1.127e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,83:95:99:2314,253,0 chrXV 17990 . C CA 2555.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=4048.2844;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.11;MQ0=0;QD=29.38;SB=-1.189e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:87:99:2598,245,0 chrXV 17996 . GCC G 2531.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=2508.1427;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.31;MQ0=0;QD=45.21;SB=-1.222e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:56:99:2574,166,0 chrXV 19180 . TA T 152.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=105.8551;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.40;MQ0=0;QD=10.93;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,6:14:27:195,27,0 chrXV 21756 . A AG 1108.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.559;DP=110;FS=21.138;HaplotypeScore=429.6260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.11;MQ0=0;MQRankSum=-6.196;QD=10.08;ReadPosRankSum=0.048;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,40:109:99:1148,0,1614 chrXV 21811 . T TG 535.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.737;DP=97;FS=16.861;HaplotypeScore=533.3327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.13;MQ0=0;MQRankSum=-7.445;QD=5.53;ReadPosRankSum=1.477;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,25:97:99:575,0,1381 chrXV 21818 . T TGC 636.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.852;DP=93;FS=6.710;HaplotypeScore=485.7331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.26;MQ0=0;MQRankSum=-6.861;QD=6.85;ReadPosRankSum=4.385;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,25:93:99:676,0,2066 chrXV 22478 . A AT 1141.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.073;DP=158;FS=7.429;HaplotypeScore=558.8776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.02;MQ0=1;MQRankSum=-8.753;QD=7.23;ReadPosRankSum=-0.570;SB=-5.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,45:136:99:1181,0,2422 chrXV 24698 . TG T 1036.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.342;DP=117;FS=24.696;HaplotypeScore=881.0470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.19;MQ0=0;MQRankSum=-5.769;QD=8.86;ReadPosRankSum=0.307;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,51:104:99:1076,0,2200 chrXV 24703 . T TC 989.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.143;DP=117;FS=22.331;HaplotypeScore=890.1995;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.49;MQ0=0;MQRankSum=-5.013;QD=8.46;ReadPosRankSum=-0.234;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,46:104:99:1029,0,2032 chrXV 24819 . A ATC 2329.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.372;DP=149;FS=33.888;HaplotypeScore=623.3130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.16;MQ0=0;MQRankSum=-9.138;QD=15.64;RPA=1,2;RU=TC;ReadPosRankSum=1.559;SB=-1.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,64:137:99:2369,0,2018 chrXV 24888 . TA T 691.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.366;DP=164;FS=114.022;HaplotypeScore=345.2883;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.96;MQ0=0;MQRankSum=-7.721;QD=4.22;RPA=6,5;RU=A;ReadPosRankSum=1.895;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:115,49:159:99:731,0,2267 chrXV 24997 . T TAA 860.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.105;DP=62;FS=1.439;HaplotypeScore=260.1825;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.71;MQ0=0;MQRankSum=-5.878;QD=13.89;RPA=3,5;RU=A;ReadPosRankSum=0.500;SB=-1.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,27:62:99:900,0,783 chrXV 25034 . AC A 297.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.963;DP=34;FS=20.969;HaplotypeScore=144.4048;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.75;MQ0=0;MQRankSum=-4.007;QD=8.76;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=-0.199;SB=-1.001e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,12:33:99:337,0,480 chrXV 25162 . AGAG A 745.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.139;DP=131;FS=14.940;HaplotypeScore=360.7983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.79;MQ0=1;MQRankSum=-4.472;QD=5.69;ReadPosRankSum=-2.200;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,42:90:99:785,0,3275 chrXV 27008 . C CAAAAA 151.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9142;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.68;MQ0=10;QD=8.90;RPA=11,16;RU=A;SB=-3.475e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,6:5:15:193,15,0 chrXV 28562 . AAAAAGAAT A 1615.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.157;DP=61;FS=31.018;HaplotypeScore=182.0411;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.51;MQ0=12;MQRankSum=-0.484;QD=26.49;ReadPosRankSum=0.902;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,27:49:99:1655,0,1119 chrXV 32019 . TAA T 626.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.661;DP=62;FS=12.372;HaplotypeScore=207.8581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.56;MQ0=0;MQRankSum=0.236;QD=10.11;RPA=3,1;RU=A;ReadPosRankSum=1.744;SB=-8.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,21:62:99:666,0,1052 chrXV 32031 . G GA 470.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.100;DP=62;FS=7.843;HaplotypeScore=152.9671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.627;QD=7.60;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=-0.851;SB=-1.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,25:62:99:510,0,551 chrXV 32351 . TA T 333.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.881;DP=62;FS=4.121;HaplotypeScore=320.6842;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.19;MQ0=0;MQRankSum=-5.495;QD=5.39;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=-1.614;SB=-9.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,20:62:99:373,0,686 chrXV 32396 . G GT 608.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.841;DP=67;FS=2.073;HaplotypeScore=328.3217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.66;MQ0=0;MQRankSum=-4.904;QD=9.09;ReadPosRankSum=-2.563;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,30:67:99:648,0,1080 chrXV 32775 . G GTTCT 2465.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.066;DP=108;FS=10.880;HaplotypeScore=543.5293;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.19;MQ0=0;MQRankSum=-6.320;QD=22.83;RPA=1,2;RU=TTCT;ReadPosRankSum=-0.280;SB=-6.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,46:108:99:2505,0,2214 chrXV 32815 . C CTT 1681.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.188;DP=98;FS=1.771;HaplotypeScore=747.6796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.52;MQ0=0;MQRankSum=-7.949;QD=17.16;RPA=1,3;RU=T;ReadPosRankSum=0.147;SB=-5.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,39:98:99:1721,0,1509 chrXV 43012 . TGTTTCTTCCAAATATATCCATGCTCTCGGTGTGCCACTTCTGGG T 4101 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=116.6140;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.97;MQ0=0;QD=62.14;SB=-7.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,21:66:60:4101,60,0 chrXV 43157 . CT C 539.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.003;DP=72;FS=1.493;HaplotypeScore=912.7049;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.044;QD=7.50;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=0.649;SB=-9.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,25:72:99:579,0,1189 chrXV 43492 . TG T 2094.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=452.7019;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.00;MQ0=0;QD=30.36;SB=-6.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,66:69:99:2137,185,0 chrXV 43549 . G GA 647.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.994;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=365.0841;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.41;MQ0=0;MQRankSum=1.807;QD=9.26;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=3.372;SB=-2.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:70:99:687,0,501 chrXV 47909 . TA TAA,T 1378.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.338;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=162.2714;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.899;QD=13.26;RPA=10,11,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.899;SB=-4.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:27,1,43:104:99:1457,747,887,884,0,1177 chrXV 54269 . AATC A 1042.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.566;DP=65;FS=6.246;HaplotypeScore=21.4420;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.225;QD=16.05;RPA=2,1;RU=ATC;ReadPosRankSum=-1.783;SB=-1.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,28:65:99:1082,0,1391 chrXV 56366 . G GA 1086.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.195;DP=110;FS=5.851;HaplotypeScore=379.8304;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.87;MQ0=0;MQRankSum=0.411;QD=9.88;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.384;SB=-3.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,57:110:99:1126,0,762 chrXV 60061 . GTT G 488.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.914;DP=61;FS=3.854;HaplotypeScore=197.3215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.986;QD=8.02;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.852;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,18:61:99:528,0,517 chrXV 63075 . T TCAC 1870.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.163;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=60.0174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.53;MQ0=0;MQRankSum=3.161;QD=15.46;ReadPosRankSum=-1.121;SB=-8.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,56:121:99:1910,0,2078 chrXV 70058 . AT A 1735.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=71.7721;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.02;MQ0=0;QD=20.19;RPA=10,9;RU=T;SB=-7.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,83:86:99:1778,237,0 chrXV 71152 . C CT 422.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.991;DP=60;FS=8.562;HaplotypeScore=39.9417;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=1.809;QD=7.05;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.216;SB=-1.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,20:60:99:462,0,346 chrXV 73391 . TA T 2945.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=454.4744;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.24;MQ0=0;QD=32.02;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.463e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,90:92:99:2988,256,0 chrXV 77216 . TG T 1049.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.058;DP=126;FS=0.793;HaplotypeScore=333.6373;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.625;QD=8.33;ReadPosRankSum=0.919;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,44:126:99:1089,0,2590 chrXV 77349 . GAT G 2262.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.859;DP=183;FS=0.690;HaplotypeScore=810.8022;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.10;MQ0=0;MQRankSum=-10.559;QD=12.37;RPA=3,2;RU=AT;ReadPosRankSum=-0.592;SB=-4.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:108,72:183:99:2302,0,3147 chrXV 79521 . C CT 805.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.371;DP=132;FS=5.053;HaplotypeScore=95.0954;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.050;QD=6.11;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-2.010;SB=-3.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,55:132:99:845,0,814 chrXV 85382 . CT C 172.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.176;DP=43;FS=14.079;HaplotypeScore=39.7467;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.480;QD=4.02;RPA=15,14;RU=T;ReadPosRankSum=1.010;SB=-9.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,13:43:99:212,0,230 chrXV 87297 . G GA 1438.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=293.3696;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.82;MQ0=0;QD=24.81;RPA=3,4;RU=A;SB=-5.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,56:58:99:1481,150,0 chrXV 91920 . CT C 591.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.619;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=116.1266;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.262;QD=11.17;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=1.182;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,21:53:99:631,0,953 chrXV 92462 . CA C 3778 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;FS=0.000;HaplotypeScore=372.4824;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.42;MQ0=0;QD=23.18;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.638e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,155:163:99:3778,444,0 chrXV 92494 . T TAA 4778 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=167;FS=0.000;HaplotypeScore=319.0305;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.79;MQ0=0;QD=28.61;RPA=8,10;RU=A;SB=-2.192e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,137:167:99:4778,430,0 chrXV 92644 . GA G 2263.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=806.0697;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.60;MQ0=0;QD=28.66;SB=-1.080e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,65:79:99:2306,199,0 chrXV 93845 . T TAA,TA 683.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.279;DP=61;FS=5.427;HaplotypeScore=142.5999;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.732;QD=11.21;RPA=12,14,13;RU=A;ReadPosRankSum=-1.233;SB=-3.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:28,10,23:61:99:762,368,397,190,0,129 chrXV 94027 . AT A 1253.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=264.4773;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.69;MQ0=0;QD=22.39;RPA=4,3;RU=T;SB=-3.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,46:56:99:1296,135,0 chrXV 94613 . GAA G 2229.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.381;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=529.6292;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.534;QD=22.52;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.730;SB=-6.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,80:99:99:2272,220,0 chrXV 94666 . A AT 4861 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=170;FS=0.000;HaplotypeScore=1675.2300;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.83;MQ0=0;QD=28.59;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.945e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,165:170:99:4861,486,0 chrXV 96928 . C CG 1857.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=316.5468;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.18;MQ0=0;QD=23.82;RPA=6,7;RU=G;SB=-6.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,67:78:99:1900,195,0 chrXV 109077 . T TC 493.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.689;DP=67;FS=4.333;HaplotypeScore=129.4856;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.54;MQ0=0;MQRankSum=0.852;QD=7.37;RPA=1,2;RU=C;ReadPosRankSum=0.465;SB=-7.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,21:67:99:533,0,1187 chrXV 110086 . GT G 568.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.081;DP=41;FS=2.919;HaplotypeScore=30.0761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.515;QD=13.88;ReadPosRankSum=-0.190;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,21:41:99:608,0,562 chrXV 110687 . T TA 1281.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=103.9998;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.83;MQ0=0;QD=25.14;RPA=5,6;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:51:99:1324,147,0 chrXV 110931 . G GA 738.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.139;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=261.2768;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.42;MQ0=0;MQRankSum=0.149;QD=20.53;ReadPosRankSum=1.337;SB=-2.500e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,30:36:95:781,95,0 chrXV 110946 . TAAGA T 2799.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=150.5837;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.52;MQ0=0;QD=54.90;SB=-6.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,50:51:99:2842,141,0 chrXV 111095 . TAGCAA T 1482.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=357.0789;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=54.92;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,24:27:69:1525,69,0 chrXV 111119 . CT C 1139.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=478.0959;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.93;MQ0=0;QD=33.53;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:99:1182,102,0 chrXV 111216 . GA G 2570.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=633.9469;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.41;MQ0=0;QD=24.49;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.185e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,100:105:99:2613,291,0 chrXV 113270 . A AT 3160.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=312.4983;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.67;MQ0=0;QD=25.09;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.477e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,110:125:99:3203,310,0 chrXV 113874 . AT A 753.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=88.4930;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.07;MQ0=0;QD=10.19;RPA=9,8;RU=T;SB=-4.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,55:74:99:796,107,0 chrXV 113935 . CA C 1491.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=413.8974;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.92;MQ0=0;QD=31.74;RPA=3,2;RU=A;SB=-5.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,46:47:99:1534,138,0 chrXV 114133 . G GT 543.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.734;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=83.2248;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.92;MQ0=0;MQRankSum=1.589;QD=15.54;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=1.300;SB=-1.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,18:35:59:586,59,0 chrXV 128252 . G GTA 2044.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.035;DP=115;FS=7.085;HaplotypeScore=36.9186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.82;MQ0=0;MQRankSum=-2.557;QD=17.78;RPA=1,2;RU=TA;ReadPosRankSum=0.724;SB=-2.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,58:115:99:2084,0,1621 chrXV 129212 . C CT 1040.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.106;DP=112;FS=6.965;HaplotypeScore=50.1388;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=0.521;QD=9.29;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.883;SB=-2.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,48:112:99:1080,0,140 chrXV 136025 . GA G 3052.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=281.6806;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=25.23;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.158e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,117:121:99:3095,345,0 chrXV 136376 . GA G 2226.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=91.4008;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;QD=21.21;RPA=9,8;RU=A;SB=-8.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,102:105:99:2269,296,0 chrXV 138046 . GTA G 250.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=24.8679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.88;MQ0=0;QD=4.33;RPA=6,5;RU=TA;SB=-1.248e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,20:58:27:293,27,0 chrXV 141471 . G GAA,GA 1159.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.977;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=91.4942;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.336;QD=8.29;RPA=15,17,16;RU=A;ReadPosRankSum=-2.424;SB=-4.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:95,17,20:140:99:1238,310,484,337,0,335 chrXV 141555 . GT G 2072.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=96.7676;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=18.34;RPA=8,7;RU=T;SB=-9.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,98:113:99:2115,266,0 chrXV 144166 . C CA 229.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.302;DP=45;FS=5.748;HaplotypeScore=103.4747;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.07;MQ0=0;MQRankSum=0.491;QD=5.11;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.680;SB=-1.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,19:45:99:269,0,286 chrXV 147203 . CTA C 975.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=112.8526;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.98;MQ0=0;QD=20.77;RPA=4,3;RU=TA;SB=-1.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,36:47:87:1018,87,0 chrXV 158961 . GT G 513.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=57.7629;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.56;MQ0=0;QD=19.04;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,25:27:69:556,69,0 chrXV 160743 . CT C 1156.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=154.5601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.18;MQ0=0;QD=15.85;RPA=8,7;RU=T;SB=-4.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,67:64:99:1199,152,0 chrXV 160981 . AG A 1605.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.253;DP=76;FS=4.082;HaplotypeScore=56.1793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.346;QD=21.13;ReadPosRankSum=-1.093;SB=-5.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,39:76:99:1648,185,0 chrXV 162054 . A AT 1845.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=393.7536;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.75;MQ0=0;QD=31.29;RPA=1,2;RU=T;SB=-9.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,52:59:99:1888,165,0 chrXV 165370 . AT A 1334.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.587;DP=148;FS=13.748;HaplotypeScore=229.6296;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=2.390;QD=9.02;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.594;SB=-2.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,77:148:99:1374,0,984 chrXV 165467 . GT G 777.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.712;DP=89;FS=19.970;HaplotypeScore=374.2726;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.36;MQ0=0;MQRankSum=-3.539;QD=8.74;RPA=7,6;RU=T;ReadPosRankSum=3.912;SB=-3.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,48:89:99:817,0,423 chrXV 167003 . TTTA T 2572.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.812;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=361.2053;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.692;QD=17.99;ReadPosRankSum=1.660;SB=-1.251e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,69:143:99:2612,0,2880 chrXV 170473 . C CT 431.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.370;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=13.7282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.079;QD=10.54;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=-0.488;SB=-1.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,17:41:99:471,0,658 chrXV 180383 . G GT 2308.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=280.6296;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.76;MQ0=0;QD=24.05;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.035e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,84:96:99:2351,255,0 chrXV 180408 . A AT 2097.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=314.5552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.41;MQ0=0;QD=25.90;RPA=3,4;RU=T;SB=-9.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,72:81:99:2140,222,0 chrXV 180441 . AT A 1420.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=262.3876;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.98;MQ0=0;QD=19.74;RPA=5,4;RU=T;SB=-4.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,66:72:99:1463,165,0 chrXV 181607 . G GA 1677.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=381.2115;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.94;MQ0=0;QD=30.51;RPA=1,2;RU=A;SB=-8.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,51:55:99:1720,147,0 chrXV 181654 . AC A 1493.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=364.6476;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.90;MQ0=0;QD=27.67;RPA=5,4;RU=C;SB=-5.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:54:99:1536,156,0 chrXV 189467 . ATTT A 1059.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=13.9658;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.12;MQ0=0;QD=30.28;RPA=13,10;RU=T;SB=-3.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,25:35:81:1102,81,0 chrXV 193675 . C CTTTTT 1205.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.583;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=52.8573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=1.167;QD=11.82;RPA=12,17;RU=T;ReadPosRankSum=-0.969;SB=-3.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,27:102:99:1245,0,1603 chrXV 194895 . C CA 692.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.964;DP=132;FS=0.835;HaplotypeScore=150.8657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.308;QD=5.25;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-1.604;SB=-2.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,29:132:99:732,0,565 chrXV 206047 . C CAT,CATAT 6793 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=230;FS=0.000;HaplotypeScore=280.1929;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.42;MQ0=0;QD=29.53;RPA=5,6,7;RU=AT;SB=-2.261e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:85,88,57:230:99:6793,2345,1863,3040,0,2745 chrXV 212166 . AG A 603.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.186;DP=56;FS=2.551;HaplotypeScore=73.4857;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.144;QD=10.79;RPA=3,2;RU=G;ReadPosRankSum=-0.619;SB=-2.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,27:56:99:643,0,604 chrXV 213812 . AT A 3308 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=165;FS=0.000;HaplotypeScore=645.7306;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.09;MQ0=0;MQRankSum=1.519;QD=20.05;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.186;SB=-1.349e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,152:165:99:3308,409,0 chrXV 213883 . A AT 585.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.936;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=464.1791;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.23;MQ0=0;MQRankSum=0.447;QD=6.58;ReadPosRankSum=-0.244;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,17:88:99:625,0,236 chrXV 216270 . GGTC G 3878 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=155.6766;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.98;MQ0=0;QD=50.36;RPA=2,1;RU=GTC;SB=-1.472e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,75:77:99:3878,226,0 chrXV 216604 . GTCACCA G 785.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.054;DP=38;FS=1.376;HaplotypeScore=16.1373;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.669;QD=20.68;RPA=2,1;RU=TCACCA;ReadPosRankSum=-0.199;SB=-2.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,16:38:99:825,0,1108 chrXV 216898 . A AATT 49.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.421;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.08;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=3.84;ReadPosRankSum=0.000;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:13:67:89,0,67 chrXV 217068 . A AT 162.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.566;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=36.1690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.622;QD=4.29;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=-0.160;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,12:38:99:202,0,537 chrXV 218793 . GC G 1396.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.534;DP=121;FS=0.687;HaplotypeScore=37.1808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.005;QD=11.55;RPA=3,2;RU=C;ReadPosRankSum=0.944;SB=-6.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,56:121:99:1436,0,1713 chrXV 226598 . T TC 1651.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.903;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=262.0914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.757;QD=12.71;RPA=1,2;RU=C;ReadPosRankSum=-0.992;SB=-2.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,57:130:99:1691,0,1484 chrXV 227300 . CGATGATGATGATGAT C 759.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.732;DP=56;FS=3.106;HaplotypeScore=98.9168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.14;MQ0=0;MQRankSum=0.414;QD=13.57;RPA=12,7;RU=GAT;ReadPosRankSum=-0.679;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,18:56:99:799,0,2133 chrXV 228425 . C CT 1021.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=38.5797;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.86;MQ0=0;QD=17.62;RPA=8,9;RU=T;SB=-2.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,47:58:99:1064,129,0 chrXV 231806 . G GA 784.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.058;DP=105;FS=6.357;HaplotypeScore=40.8295;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQ0=0;MQRankSum=0.980;QD=7.48;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.126;SB=-1.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,50:105:99:824,0,717 chrXV 233686 . AT A 2838.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=174.4479;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=29.27;SB=-1.338e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:97:99:2881,265,0 chrXV 233865 . A AT 567.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=14.7065;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.91;MQ0=0;QD=18.32;RPA=8,9;RU=T;SB=-2.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,28:31:76:610,76,0 chrXV 234107 . T TG 339.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.537;DP=24;FS=1.685;HaplotypeScore=67.1755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.775;QD=14.17;RPA=4,5;RU=G;ReadPosRankSum=-1.550;SB=-1.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,14:24:99:379,0,209 chrXV 236202 . ACAAGCT A 2094.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=65.0633;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.40;MQ0=0;QD=45.54;RPA=5,4;RU=CAAGCT;SB=-9.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,31:46:93:2137,93,0 chrXV 236982 . A ACAGCAACAG 5261 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=482.7096;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.07;MQ0=0;QD=79.71;SB=-5.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,21:66:99:5261,186,0 chrXV 237009 . GCAA G 3115.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=871.1110;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.32;MQ0=0;QD=36.66;RPA=3,2;RU=CAA;SB=-3.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,73:85:99:3158,207,0 chrXV 243129 . TA T 156.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.222;DP=45;FS=4.887;HaplotypeScore=31.7328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQ0=0;MQRankSum=0.294;QD=3.49;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.696;SB=-6.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,14:45:99:196,0,416 chrXV 254953 . CCT C 636.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.102;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=174.1353;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.669;QD=19.91;ReadPosRankSum=-1.034;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,19:32:99:676,0,447 chrXV 256152 . TA T 1370.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.975;DP=133;FS=2.477;HaplotypeScore=172.5988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=0.096;QD=10.31;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=0.215;SB=-4.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,70:133:99:1410,0,1281 chrXV 259218 . CT C 654.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.923;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=79.2031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=-1.182;QD=5.55;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=2.388;SB=-1.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,41:118:99:694,0,533 chrXV 259459 . GA G 1526.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.370;DP=106;FS=4.625;HaplotypeScore=122.6106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.784;QD=14.41;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=0.299;SB=-2.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,55:106:99:1566,0,1295 chrXV 266217 . GA G 1696.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.647;DP=107;FS=14.825;HaplotypeScore=480.2251;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.825;QD=15.86;RPA=7,6;RU=A;ReadPosRankSum=3.568;SB=-8.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,87:107:31:1736,0,31 chrXV 271953 . CT C 425.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.143;DP=69;FS=3.707;HaplotypeScore=133.3665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.54;MQ0=0;MQRankSum=1.782;QD=6.17;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.008;SB=-1.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:69:99:465,0,419 chrXV 277876 . CAT C 618.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=36.2772;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.86;MQ0=0;QD=13.75;RPA=7,6;RU=AT;SB=-3.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,22:45:57:661,57,0 chrXV 281770 . C CT 1023.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.168;DP=84;FS=3.250;HaplotypeScore=33.5148;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=0.318;QD=12.19;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=0.555;SB=-4.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,48:84:99:1063,0,488 chrXV 290573 . CT C,CTTT 951.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.210;DP=87;FS=10.043;HaplotypeScore=84.8029;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.12;MQ0=0;MQRankSum=0.500;QD=10.94;RPA=13,12,15;RU=T;ReadPosRankSum=1.210;SB=-1.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:36,29,2:87:99:1030,574,746,531,0,963 chrXV 292246 . CAA C 1063.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.635;DP=100;FS=8.895;HaplotypeScore=49.4904;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=1;MQRankSum=0.053;QD=10.64;RPA=10,8;RU=A;ReadPosRankSum=2.236;SB=-3.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,45:99:99:1103,0,1223 chrXV 296473 . GC G 597.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.409;DP=55;FS=5.783;HaplotypeScore=16.6173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=1.168;QD=10.87;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=-1.869;SB=-2.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,24:55:99:637,0,790 chrXV 298968 . AT A 712.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.523;DP=73;FS=1.055;HaplotypeScore=24.7661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.285;QD=9.77;RPA=6,5;RU=T;ReadPosRankSum=-1.808;SB=-2.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,39:73:99:752,0,555 chrXV 299706 . AT A 388.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=30.2153;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.511;QD=6.27;RPA=8,7;RU=T;ReadPosRankSum=1.961;SB=-7.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,28:62:99:428,0,623 chrXV 301070 . GTC G 1203.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.570;DP=87;FS=2.488;HaplotypeScore=123.1417;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=0.955;QD=13.84;ReadPosRankSum=-0.866;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,36:87:99:1243,0,1780 chrXV 301304 . ATGTG A 800.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.266;DP=92;FS=12.416;HaplotypeScore=93.9002;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=0.126;QD=8.71;RPA=8,6;RU=TG;ReadPosRankSum=0.830;SB=-3.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,26:92:99:840,0,1571 chrXV 323107 . GAGGT G 1496.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.525;DP=68;FS=8.767;HaplotypeScore=72.2931;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.658;QD=22.01;RPA=2,1;RU=AGGT;ReadPosRankSum=-0.502;SB=-6.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,31:68:99:1536,0,1796 chrXV 325064 . GT G 1717.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.748;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=42.9806;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=1.647;QD=17.18;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.620;SB=-8.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,83:100:99:1760,216,0 chrXV 333432 . GA G 1325.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.283;DP=132;FS=2.995;HaplotypeScore=67.1074;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=1.540;QD=10.05;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.712;SB=-5.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,91:132:58:1368,58,0 chrXV 338929 . TTCAG T 2572.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.380;DP=88;FS=3.381;HaplotypeScore=24.7745;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.822;QD=29.24;ReadPosRankSum=0.252;SB=-5.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,48:88:99:2612,0,2170 chrXV 340510 . A AT 1358.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.456;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=98.9366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.162;QD=10.22;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=0.116;SB=-4.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,60:133:99:1398,0,1837 chrXV 340806 . ATAAATT A 1050.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.881;DP=51;FS=3.998;HaplotypeScore=345.2556;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.54;MQ0=0;MQRankSum=-4.773;QD=20.61;ReadPosRankSum=-0.450;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,13:51:99:1090,0,1127 chrXV 343483 . CG C 714.42 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.791;DP=59;FS=13.401;HaplotypeScore=102.6250;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=1.526;QD=12.11;ReadPosRankSum=-0.834;SB=-2.904e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,25:59:1:752,0,1 chrXV 343649 . GA G 633.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=14.0312;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.80;MQ0=0;QD=19.81;RPA=10,9;RU=A;SB=-1.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,30:32:92:676,92,0 chrXV 348630 . GA G 362.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.565;DP=72;FS=1.128;HaplotypeScore=29.7852;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.375;QD=5.04;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.009;SB=-1.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,34:72:99:402,0,443 chrXV 349257 . C CT 781.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.339;DP=101;FS=6.350;HaplotypeScore=37.4471;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=2.221;QD=7.74;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=0.972;SB=-6.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,44:101:99:821,0,832 chrXV 349509 . GT G 1433.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.529;DP=106;FS=18.215;HaplotypeScore=321.9049;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.476;QD=13.53;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=0.543;SB=-6.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,54:106:99:1473,0,962 chrXV 349580 . GAA G 1045.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.447;DP=129;FS=4.639;HaplotypeScore=217.9635;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.48;MQ0=0;MQRankSum=-2.969;QD=8.11;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.263;SB=-4.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,47:129:99:1085,0,1015 chrXV 356864 . AT A 1081.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=28.0907;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;QD=16.65;RPA=9,8;RU=T;SB=-4.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,52:65:99:1124,149,0 chrXV 357337 . GA GAA,G 657.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.866;DP=57;FS=6.478;HaplotypeScore=175.6957;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.780;QD=11.54;RPA=10,11,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.040;SB=-1.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:15,1,22:57:99:736,388,480,431,0,595 chrXV 367554 . GTA G 2853.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=30.0736;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.99;MQ0=0;QD=35.23;RPA=3,2;RU=TA;SB=-1.025e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,76:81:99:2896,220,0 chrXV 368065 . G GTT 3710 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=544.5476;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.00;MQ0=0;QD=32.26;SB=-1.384e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,102:115:99:3710,314,0 chrXV 370433 . A ATT 3459 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.196;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=70.2359;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.009;QD=25.07;RPA=9,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.648;SB=-1.124e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,108:138:99:3459,305,0 chrXV 370888 . C CG 6755 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=182;FS=0.000;HaplotypeScore=53.4595;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=0;QD=37.12;SB=-2.764e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,174:182:99:6755,515,0 chrXV 371479 . C CT 1986.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.106;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=77.9420;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.355;QD=23.10;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.146;SB=-9.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,82:86:99:2029,225,0 chrXV 372343 . A AT 1171.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.106;DP=65;FS=3.100;HaplotypeScore=344.7223;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.318;QD=18.03;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=0.389;SB=-5.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,47:65:99:1214,122,0 chrXV 382987 . GAA G 1201.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.200;DP=92;FS=0.895;HaplotypeScore=37.3033;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.30;MQ0=0;MQRankSum=0.034;QD=13.06;RPA=7,5;RU=A;ReadPosRankSum=0.303;SB=-3.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,46:92:99:1241,0,1138 chrXV 383410 . AT A 536.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.707;DP=66;FS=7.118;HaplotypeScore=21.3058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=0.981;QD=8.14;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=-1.514;SB=-1.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,30:66:99:576,0,756 chrXV 384491 . CA C 2636.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=270.1437;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=25.60;RPA=5,4;RU=A;SB=-8.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,99:103:99:2679,297,0 chrXV 384574 . C CT 568.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.213;DP=65;FS=4.636;HaplotypeScore=578.7790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.74;MQ0=0;MQRankSum=-3.028;QD=8.75;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=2.899;SB=-2.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:65:99:608,0,377 chrXV 384584 . TA T 1953.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=418.7335;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.59;MQ0=0;QD=33.69;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,52:58:99:1996,157,0 chrXV 384806 . G GA 267.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.843;DP=27;FS=2.269;HaplotypeScore=212.1397;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.006;QD=9.92;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=1.278;SB=-6.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,9:27:99:307,0,331 chrXV 384957 . TA T 519.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=137.9574;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.17;MQ0=0;QD=24.76;RPA=4,3;RU=A;SB=-2.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:21:60:562,60,0 chrXV 385319 . C CT 1241.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=275.6419;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.50;MQ0=0;QD=23.88;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,48:52:99:1284,144,0 chrXV 385523 . AT A 968.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=422.5127;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.67;MQ0=0;QD=28.50;SB=-7.800e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:34:81:1011,81,0 chrXV 385645 . C CT 738.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.922;DP=63;FS=7.678;HaplotypeScore=463.5377;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.713;QD=11.73;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.080;SB=-3.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,35:63:96:781,96,0 chrXV 385733 . GC G 2118.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=273.7816;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.41;MQ0=0;QD=33.63;RPA=2,1;RU=C;SB=-6.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,62:63:99:2161,187,0 chrXV 385955 . TA T 1351.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.670;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=645.3387;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.19;MQ0=0;MQRankSum=0.928;QD=20.80;RPA=6,5;RU=A;ReadPosRankSum=1.052;SB=-6.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,58:65:99:1394,151,0 chrXV 386086 . TA T 1947.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=502.2961;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.52;MQ0=0;QD=29.97;RPA=2,1;RU=A;SB=-7.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,61:65:99:1990,183,0 chrXV 386646 . CT C 990.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.722;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=25.0095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=0.938;QD=17.39;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.155;SB=-3.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,50:57:99:1033,118,0 chrXV 389452 . ACAT A 7560 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=171;FS=0.000;HaplotypeScore=600.3975;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.65;MQ0=0;QD=44.21;RPA=3,2;RU=CAT;SB=-1.362e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,145:171:99:7560,464,0 chrXV 389478 . A AT 7258 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=194;FS=0.000;HaplotypeScore=781.7287;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.57;MQ0=0;QD=37.41;SB=-1.546e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,182:194:99:7258,563,0 chrXV 389603 . A AT 3852 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=707.4276;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.67;MQ0=0;QD=38.14;SB=-1.607e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,99:101:99:3852,292,0 chrXV 389607 . C CA 2917.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=827.4939;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.07;MQ0=0;QD=28.33;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.298e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,98:103:99:2960,294,0 chrXV 389708 . A AT 3487 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=65.9650;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=29.06;RPA=3,4;RU=T;SB=-6.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,119:120:99:3487,352,0 chrXV 391987 . A AT 451.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=41.5084;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.22;MQ0=0;QD=22.60;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:57:494,57,0 chrXV 392113 . G GAA 460.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.221;DP=47;FS=11.812;HaplotypeScore=45.9763;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.333;QD=9.81;RPA=10,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.835;SB=-1.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,12:47:99:500,0,232 chrXV 392395 . G GA 2233.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=26.6778;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;QD=26.28;RPA=3,4;RU=A;SB=-7.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,81:85:99:2276,237,0 chrXV 397394 . T TA 435.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.697;DP=57;FS=2.881;HaplotypeScore=15.2395;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.514;QD=7.65;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.925;SB=-9.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:57:99:475,0,313 chrXV 397478 . GA G 392.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.214;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=35.6936;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.007;QD=7.70;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.458;SB=-2.014e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,26:51:2:431,2,0 chrXV 407924 . G GGCACGTGTTGCAATATAATACTA,GGCACGTGTTGCAAAATAATACTA 11894 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=16.2264;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=36.06;MQ0=0;QD=182.98;SB=-5.838e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:35,8,15:65:99:11894,721,535,542,0,355 chrXV 410001 . GT G 550.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.931;DP=66;FS=14.726;HaplotypeScore=86.3253;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=0.374;QD=8.35;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=0.298;SB=-1.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,28:66:99:590,0,798 chrXV 410742 . G GT 1323.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.944;DP=143;FS=18.769;HaplotypeScore=345.9718;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.34;MQ0=0;MQRankSum=0.706;QD=9.26;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.810;SB=-4.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,71:143:99:1363,0,736 chrXV 412503 . GA G 436.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.002;DP=41;FS=2.958;HaplotypeScore=127.7218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.209;QD=10.66;RPA=6,5;RU=A;ReadPosRankSum=0.806;SB=-2.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,24:41:99:476,0,298 chrXV 412675 . ATTT A 427.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.273;DP=26;FS=4.771;HaplotypeScore=69.7375;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.10;MQ0=0;MQRankSum=0.810;QD=16.43;RPA=15,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.810;SB=-1.261e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,15:26:19:469,19,0 chrXV 412908 . TA T 821.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=110.3700;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=17.49;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,39:47:99:864,102,0 chrXV 413693 . GT G 2195.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.735;DP=171;FS=4.841;HaplotypeScore=292.0257;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.372;QD=12.84;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=-0.108;SB=-1.004e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,78:171:99:2235,0,2400 chrXV 413751 . GA G 1182.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.915;DP=123;FS=0.742;HaplotypeScore=348.4647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.197;QD=9.62;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=0.058;SB=-4.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,56:123:99:1222,0,1121 chrXV 414171 . G GT 2779.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.331;DP=205;FS=0.541;HaplotypeScore=291.1494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.406;QD=13.56;ReadPosRankSum=1.977;SB=-1.051e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,95:205:99:2819,0,2907 chrXV 414229 . CG C 1128.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.021;DP=99;FS=3.572;HaplotypeScore=192.7123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=0.028;QD=11.40;RPA=3,2;RU=G;ReadPosRankSum=-0.408;SB=-1.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,45:99:99:1168,0,1342 chrXV 416138 . T TTAA 1114.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.928;DP=56;FS=3.917;HaplotypeScore=225.0415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.22;MQ0=0;MQRankSum=-5.042;QD=19.91;ReadPosRankSum=0.402;SB=-4.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,23:56:99:1154,0,1017 chrXV 416295 . TTA T 1359.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.475;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=55.3923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.311;QD=22.29;ReadPosRankSum=0.407;SB=-4.900e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:61:99:1399,0,1174 chrXV 416337 . TA T 346.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.009;DP=35;FS=5.302;HaplotypeScore=87.9187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.312;QD=9.91;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=-0.231;SB=-3.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,13:35:99:386,0,174 chrXV 417837 . T TC 810.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.186;DP=77;FS=0.915;HaplotypeScore=157.3452;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.558;QD=10.53;RPA=3,4;RU=C;ReadPosRankSum=0.464;SB=-4.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,35:77:99:850,0,963 chrXV 418071 . ATTGT A 778.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.869;DP=41;FS=13.687;HaplotypeScore=39.7115;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.071;QD=19.00;RPA=2,1;RU=TTGT;ReadPosRankSum=1.328;SB=-3.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,16:41:99:818,0,1164 chrXV 418280 . GA G 748.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.359;DP=53;FS=5.649;HaplotypeScore=45.7254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=0.101;QD=14.13;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=-0.285;SB=-7.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,28:53:99:788,0,588 chrXV 421716 . CT C 323.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.102;DP=44;FS=3.083;HaplotypeScore=78.9193;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=0.392;QD=7.36;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=0.041;SB=-1.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,17:44:99:363,0,703 chrXV 422078 . CT C 847.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.580;DP=64;FS=12.628;HaplotypeScore=70.4602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=13.25;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=-0.917;SB=-1.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,33:64:99:887,0,716 chrXV 422214 . T TC 360.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.182;DP=62;FS=8.032;HaplotypeScore=525.9145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.48;MQ0=0;MQRankSum=-6.198;QD=5.82;ReadPosRankSum=1.351;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,19:62:99:400,0,1368 chrXV 422216 . GA G 340.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.182;DP=63;FS=8.032;HaplotypeScore=528.0901;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.61;MQ0=0;MQRankSum=-6.198;QD=5.41;ReadPosRankSum=1.955;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,19:63:99:380,0,1415 chrXV 422221 . ATT A 649.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.182;DP=63;FS=10.290;HaplotypeScore=488.5476;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.61;MQ0=0;MQRankSum=-6.198;QD=10.32;ReadPosRankSum=2.352;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,19:63:99:689,0,1757 chrXV 422225 . AAATAAATT A 1775.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.230;DP=62;FS=11.023;HaplotypeScore=374.7308;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.63;MQ0=0;MQRankSum=-6.108;QD=28.64;ReadPosRankSum=2.794;SB=-8.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,19:62:99:1815,0,4043 chrXV 422603 . G GA 811.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.272;DP=86;FS=6.172;HaplotypeScore=211.2438;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.173;QD=9.44;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.944;SB=-3.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,41:86:99:851,0,545 chrXV 422652 . C CA 707.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.267;DP=79;FS=12.778;HaplotypeScore=226.9492;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.955;QD=8.96;RPA=3,4;RU=A;ReadPosRankSum=-0.271;SB=-3.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,33:79:99:747,0,917 chrXV 424824 . TA T 721.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.281;DP=93;FS=3.595;HaplotypeScore=310.2287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.27;MQ0=0;MQRankSum=-3.525;QD=7.76;RPA=6,5;RU=A;ReadPosRankSum=0.897;SB=-2.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,41:93:99:761,0,684 chrXV 426244 . CT C 136.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.339;DP=34;FS=3.834;HaplotypeScore=13.8372;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.215;QD=4.03;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.523;SB=-7.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,12:34:99:176,0,223 chrXV 427299 . T TA 715.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.233;DP=68;FS=5.796;HaplotypeScore=95.5212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=0.709;QD=10.53;RPA=3,4;RU=A;ReadPosRankSum=-0.597;SB=-2.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:68:99:755,0,451 chrXV 427395 . T TC 1075.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.829;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=295.0878;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.17;MQ0=0;MQRankSum=0.438;QD=14.16;ReadPosRankSum=0.270;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,36:76:99:1115,0,991 chrXV 427529 . AG A 1295.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.816;DP=111;FS=0.761;HaplotypeScore=140.1927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=0.257;QD=11.68;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=1.804;SB=-5.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,53:111:99:1335,0,1389 chrXV 429940 . C CT 251.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.945;DP=36;FS=5.632;HaplotypeScore=32.1097;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=0.455;QD=7.00;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.059;SB=-1.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,16:36:99:291,0,286 chrXV 433621 . G GA 481.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.560;DP=63;FS=9.720;HaplotypeScore=142.2725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.110;QD=7.65;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.750;SB=-1.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,29:63:99:521,0,387 chrXV 436844 . T TA 375.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.972;DP=29;FS=1.757;HaplotypeScore=104.8298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.250;QD=12.96;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.528;SB=-1.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,17:29:99:415,0,162 chrXV 438785 . C CT 1299.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.377;DP=135;FS=5.468;HaplotypeScore=401.0834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.03;MQ0=0;MQRankSum=-2.117;QD=9.63;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=-1.022;SB=-5.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,64:135:99:1339,0,1109 chrXV 443755 . A AT 1311.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=243.8583;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.79;MQ0=0;QD=26.24;RPA=3,4;RU=T;SB=-5.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:50:99:1354,138,0 chrXV 444498 . A ATTTTTT 747.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.445;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=34.2473;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=0.867;QD=15.56;RPA=18,24;RU=T;ReadPosRankSum=0.433;SB=-1.127e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,18:46:22:789,22,0 chrXV 446899 . A AT 232.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.716;DP=63;FS=6.463;HaplotypeScore=62.6666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.373;QD=3.70;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.735;SB=-1.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,21:63:99:272,0,506 chrXV 457827 . G GT 1228.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=15.3547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.04;MQ0=0;QD=26.72;RPA=2,3;RU=T;SB=-4.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:46:99:1271,126,0 chrXV 458419 . GA G 858.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.910;DP=78;FS=0.961;HaplotypeScore=116.9002;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.195;QD=11.01;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=-0.973;SB=-2.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,34:78:99:898,0,1017 chrXV 460534 . A AAT 800.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.489;DP=37;FS=2.984;HaplotypeScore=53.4765;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.11;MQ0=0;MQRankSum=1.178;QD=21.65;ReadPosRankSum=-0.700;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,23:37:99:840,0,461 chrXV 462157 . A ATT 1288.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=89.0187;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.86;MQ0=0;QD=23.87;RPA=10,12;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,20:54:99:1331,150,0 chrXV 462165 . T TTC 1317.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.824;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=80.0954;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=1.452;QD=24.41;ReadPosRankSum=1.845;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,28:54:99:1360,111,0 chrXV 462267 . T TG 552.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0695;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.84;MQ0=0;QD=27.65;RPA=5,6;RU=G;SB=-3.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60:595,60,0 chrXV 463620 . C CA 3224.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=820.7575;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.83;MQ0=0;QD=24.42;RPA=5,6;RU=A;SB=-7.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,122:132:99:3266,366,0 chrXV 464193 . AT A 933.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=596.1283;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.16;MQ0=0;QD=19.87;RPA=7,6;RU=T;SB=-3.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,41:47:99:976,117,0 chrXV 464204 . ATT A 1214.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=562.7549;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.32;MQ0=0;QD=28.25;RPA=8,6;RU=T;SB=-4.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,38:43:99:1257,111,0 chrXV 464228 . TA T 1377.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=766.6158;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.11;MQ0=0;QD=23.76;RPA=5,4;RU=A;SB=-7.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,55:58:99:1420,159,0 chrXV 464395 . T TTATTAAAATAGAGC 3877 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=33.8945;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.59;MQ0=0;QD=121.16;SB=-7.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,17:32:84:3877,84,0 chrXV 464593 . AT A 1069.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=195.4515;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.75;MQ0=0;QD=19.81;RPA=8,7;RU=T;SB=-5.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,49:54:99:1112,138,0 chrXV 466190 . G GA 604.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.410;DP=65;FS=1.087;HaplotypeScore=130.1800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQ0=0;MQRankSum=2.185;QD=9.31;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.157;SB=-2.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,34:65:99:644,0,422 chrXV 467927 . A AT 4545 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=292.5942;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=33.42;SB=-1.988e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,128:136:99:4545,358,0 chrXV 469286 . A AC 3010.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=305.4926;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.91;MQ0=0;QD=31.69;SB=-7.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,92:95:99:3053,273,0 chrXV 471732 . A AT 2395.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=31.1680;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=32.82;SB=-9.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,72:73:99:2438,193,0 chrXV 479258 . T TC 227.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=36.9522;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.00;MQ0=0;QD=9.91;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,9:23:29:270,29,0 chrXV 479417 . T TA 485.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=17.5734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.97;MQ0=1;QD=13.88;RPA=8,9;RU=A;SB=-2.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,19:34:66:528,66,0 chrXV 479892 . TGAA T 2069.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=28.1514;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.25;MQ0=0;MQRankSum=1.511;QD=35.69;RPA=3,2;RU=GAA;ReadPosRankSum=-0.184;SB=-5.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,51:58:99:2112,122,0 chrXV 486874 . C CA 1564.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.552;DP=189;FS=0.579;HaplotypeScore=70.2263;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.585;QD=8.28;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.772;SB=-7.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,94:189:99:1604,0,1064 chrXV 489778 . CATAT C 1643.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=261.7144;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.68;MQ0=0;QD=19.57;RPA=9,7;RU=AT;SB=-1.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:54,27:84:99:1686,136,0 chrXV 489787 . AT A 373.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.596;DP=76;FS=4.937;HaplotypeScore=375.1288;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.42;MQ0=0;MQRankSum=2.543;QD=4.92;ReadPosRankSum=3.257;SB=-4.000e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,21:76:35:413,0,35 chrXV 489789 . AT A 480.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.460;DP=72;FS=6.296;HaplotypeScore=359.7643;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.45;MQ0=0;MQRankSum=2.099;QD=6.67;ReadPosRankSum=4.335;SB=-4.384e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,21:72:19:522,19,0 chrXV 489976 . TA T 654.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=96.3018;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.45;MQ0=0;QD=19.85;RPA=5,4;RU=A;SB=-3.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,30:33:78:697,78,0 chrXV 491013 . CAAAA C 3051.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.682;DP=76;FS=4.075;HaplotypeScore=115.0569;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.43;MQ0=0;MQRankSum=1.130;QD=40.16;RPA=14,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.230;SB=-1.208e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,62:76:99:3094,188,0 chrXV 494508 . C CAT 934.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.077;DP=108;FS=5.907;HaplotypeScore=243.6896;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.695;QD=8.66;ReadPosRankSum=-0.642;SB=-6.300e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,29:108:99:974,0,2034 chrXV 497200 . T TCA 996.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=24.9211;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.98;MQ0=0;QD=39.88;SB=-4.900e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:66:1039,66,0 chrXV 504675 . G GGC 1581.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=30.1746;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.71;MQ0=0;QD=40.56;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,36:39:99:1624,111,0 chrXV 506072 . CTGACTA C 8121 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=221.8022;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.70;MQ0=0;QD=78.09;SB=-2.959e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,100:104:99:8121,295,0 chrXV 507825 . TA T 1894.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=146.1620;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.26;MQ0=0;QD=19.34;RPA=8,7;RU=A;SB=-5.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,92:98:99:1937,245,0 chrXV 511568 . C CA 244.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.193;DP=25;FS=4.102;HaplotypeScore=22.0855;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.578;QD=9.80;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.578;SB=-1.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,8:25:30:287,30,0 chrXV 511735 . G GCT 4289 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=283.9265;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.75;MQ0=0;QD=36.35;SB=-1.489e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,115:118:99:4289,331,0 chrXV 513038 . A AT 753.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=62.5393;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=24.32;RPA=4,5;RU=T;SB=-2.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,29:31:87:796,87,0 chrXV 513231 . CA C 695.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=66.8989;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.25;MQ0=0;QD=20.47;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,31:34:84:738,84,0 chrXV 514806 . A AT 1284.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=197.4081;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.85;MQ0=0;QD=29.88;RPA=2,3;RU=T;SB=-5.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,42:43:99:1327,126,0 chrXV 514857 . C CT 1348.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=198.6279;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.07;MQ0=0;QD=36.46;SB=-6.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,34:37:99:1391,108,0 chrXV 514910 . GAA G 412.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.735;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=246.3474;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.58;MQ0=0;MQRankSum=1.085;QD=16.52;RPA=11,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.085;SB=-6.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,15:25:42:455,42,0 chrXV 514926 . G GAAA 581.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.835;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=338.4635;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.39;MQ0=0;MQRankSum=1.091;QD=19.37;RPA=2,5;RU=A;ReadPosRankSum=-0.835;SB=-2.522e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,5:30:52:623,52,0 chrXV 514967 . T TC 1214.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=400.6882;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.47;MQ0=0;QD=30.37;RPA=1,2;RU=C;SB=-4.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,39:40:99:1257,117,0 chrXV 515084 . T TG 1004.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=630.6898;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.15;MQ0=0;QD=29.56;RPA=1,2;RU=G;SB=-4.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,30:34:93:1047,93,0 chrXV 515165 . TAAC T 2708.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=727.4594;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=50.17;SB=-7.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,50:54:99:2751,159,0 chrXV 515184 . C CT 1627.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=721.4423;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.27;MQ0=0;QD=29.60;RPA=2,3;RU=T;SB=-3.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,53:55:99:1670,156,0 chrXV 516304 . AC A 5085 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=1649.7989;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.81;MQ0=0;QD=33.68;RPA=2,1;RU=C;SB=-2.374e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,142:151:99:5085,439,0 chrXV 516328 . AT A 6643 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=184;FS=0.000;HaplotypeScore=1764.5135;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.05;MQ0=0;QD=36.10;SB=-2.947e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,180:184:99:6643,536,0 chrXV 517544 . CTT C 3045.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=452.5913;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.49;MQ0=0;MQRankSum=0.823;QD=35.01;RPA=5,3;RU=T;ReadPosRankSum=0.087;SB=-6.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,83:87:99:3088,234,0 chrXV 520511 . G GAAA 802.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.224;DP=30;FS=12.466;HaplotypeScore=123.1909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.09;MQ0=0;MQRankSum=-3.222;QD=26.77;ReadPosRankSum=1.060;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,16:30:99:842,0,694 chrXV 520950 . G GAA 2007.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.924;DP=176;FS=3.018;HaplotypeScore=282.7897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.43;MQ0=0;MQRankSum=1.503;QD=11.41;RPA=10,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.241;SB=-6.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,60:176:99:2047,0,1513 chrXV 520978 . CT C 1779.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.966;DP=194;FS=1.889;HaplotypeScore=309.2437;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.51;MQ0=0;MQRankSum=4.317;QD=9.18;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=2.076;SB=-7.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:108,86:194:99:1819,0,2191 chrXV 521062 . G GAAA 1249.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.512;DP=92;FS=4.891;HaplotypeScore=62.2494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.432;QD=13.59;RPA=9,12;RU=A;ReadPosRankSum=-1.778;SB=-5.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,30:92:99:1289,0,1174 chrXV 521258 . GA G 774.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.543;DP=118;FS=2.128;HaplotypeScore=121.8078;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.72;MQ0=0;MQRankSum=1.633;QD=6.57;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.214;SB=-1.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,55:118:99:814,0,954 chrXV 522252 . G GA 2210.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=25.4200;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.10;MQ0=0;QD=26.01;RPA=3,4;RU=A;SB=-3.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,79:85:99:2253,234,0 chrXV 522705 . TTA T 1701.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=42.1509;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=34.73;RPA=3,2;RU=TA;SB=-3.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,44:49:99:1744,132,0 chrXV 522778 . AT A 905.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=104.5803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;QD=21.07;RPA=5,4;RU=T;SB=-2.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,37:43:99:948,108,0 chrXV 522809 . ATG A 422.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.045;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=81.9521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.48;MQ0=1;MQRankSum=-3.407;QD=7.83;ReadPosRankSum=-3.487;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,14:53:99:462,0,556 chrXV 524973 . CTG C 1527.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=151.5438;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.88;MQ0=0;QD=33.22;RPA=3,2;RU=TG;SB=-2.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,39:46:99:1570,117,0 chrXV 534515 . GCAGCAACAACAACAA G 4790 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=128.1428;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.80;MQ0=0;QD=116.83;SB=-9.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,35:41:99:4790,105,0 chrXV 535166 . T TAAC 4031 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.540;DP=119;FS=7.849;HaplotypeScore=222.1531;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.24;MQ0=0;MQRankSum=0.163;QD=33.87;RPA=8,9;RU=AAC;ReadPosRankSum=0.389;SB=-1.488e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,99:119:99:4031,209,0 chrXV 536849 . TTTTC T 1484.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=148.6679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;QD=41.25;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,17:36:99:1527,102,0 chrXV 536928 . CT C 1538.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=213.7643;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.69;MQ0=0;QD=18.32;RPA=7,6;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,66:84:99:1581,192,0 chrXV 537248 . TTG T 520.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=45.3686;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.69;MQ0=0;QD=32.56;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,15:16:47:563,47,0 chrXV 537259 . ATTT A 201.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=77.3755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.69;MQ0=0;QD=12.56;RPA=15,12;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,5:16:21:243,21,0 chrXV 546512 . C CTT 586.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.230;DP=80;FS=2.621;HaplotypeScore=106.6338;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.55;MQ0=0;MQRankSum=1.010;QD=7.34;RPA=10,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.170;SB=-2.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,23:80:99:626,0,608 chrXV 548566 . GC G 1140.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.093;DP=80;FS=5.446;HaplotypeScore=147.0048;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.883;QD=14.26;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=-0.162;SB=-1.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,44:80:99:1180,0,892 chrXV 550450 . G GT 334.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.407;DP=34;FS=4.041;HaplotypeScore=81.4706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.719;QD=9.85;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=-0.692;SB=-4.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,16:34:99:374,0,428 chrXV 550529 . AT A 575.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.639;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=122.7663;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.76;MQ0=0;MQRankSum=0.421;QD=11.29;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.515;SB=-1.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,25:51:85:618,85,0 chrXV 550563 . A AT 249.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.642;DP=47;FS=7.420;HaplotypeScore=139.0430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.99;MQ0=0;MQRankSum=1.693;QD=5.32;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=0.554;SB=-9.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,15:47:99:289,0,250 chrXV 560701 . G GA 596.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.757;DP=55;FS=12.616;HaplotypeScore=14.2856;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=1.577;QD=10.85;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=-0.347;SB=-2.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:55:99:636,0,781 chrXV 560809 . GA G 273.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.074;DP=55;FS=1.317;HaplotypeScore=129.2061;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.150;QD=4.98;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.122;SB=-9.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,16:55:99:313,0,291 chrXV 561027 . GA GAA,G 1195.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=30.4688;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.41;MQ0=0;QD=15.95;RPA=9,10,8;RU=A;SB=-5.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:8,1,31:75:99:1274,565,623,862,0,1110 chrXV 564437 . TA T 2324.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.250;DP=187;FS=5.738;HaplotypeScore=403.9761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=1.426;QD=12.43;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=1.289;SB=-8.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,99:187:99:2364,0,2259 chrXV 569671 . G GTT 2440.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=311.8461;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.28;MQ0=1;QD=29.41;RPA=8,10;RU=T;SB=-1.063e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,66:82:99:2483,224,0 chrXV 569695 . AT A 1593.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.203;DP=113;FS=1.781;HaplotypeScore=553.4167;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.17;MQ0=0;MQRankSum=0.668;QD=14.11;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.330;SB=-7.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,85:113:99:1636,143,0 chrXV 572170 . G GT,GTT 1432.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.819;DP=100;FS=2.219;HaplotypeScore=155.2558;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.81;MQ0=0;MQRankSum=0.863;QD=14.33;RPA=13,14,15;RU=T;ReadPosRankSum=-1.016;SB=-3.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:27,35,33:100:99:1511,556,449,543,0,540 chrXV 577841 . C CT 1252.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=222.6084;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.86;MQ0=0;QD=25.06;RPA=3,4;RU=T;SB=-6.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,45:49:99:1295,132,0 chrXV 577892 . AC A 607.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.073;DP=58;FS=4.124;HaplotypeScore=232.7933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.222;QD=10.48;RPA=4,3;RU=C;ReadPosRankSum=-0.774;SB=-2.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,23:58:99:647,0,693 chrXV 579517 . ACAT A 744.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.271;DP=57;FS=4.274;HaplotypeScore=21.0630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.37;MQ0=0;MQRankSum=5.014;QD=13.07;RPA=8,7;RU=CAT;ReadPosRankSum=-0.366;SB=-7.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,21:57:99:784,0,607 chrXV 580086 . GT G 599.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.199;DP=76;FS=7.490;HaplotypeScore=89.2027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.079;QD=7.89;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=-0.831;SB=-5.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,30:76:99:639,0,888 chrXV 589865 . A ATT 1075.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.245;DP=63;FS=2.349;HaplotypeScore=207.9014;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.266;QD=17.08;RPA=5,7;RU=T;ReadPosRankSum=0.422;SB=-4.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,36:63:99:1115,0,554 chrXV 592958 . G GT 980.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.306;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=141.8719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=0.488;QD=10.33;RPA=3,4;RU=T;ReadPosRankSum=0.242;SB=-4.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,45:95:99:1020,0,1035 chrXV 594280 . T TAA 2081.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.062;DP=136;FS=6.729;HaplotypeScore=541.6162;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.669;QD=15.31;RPA=3,5;RU=A;ReadPosRankSum=-0.228;SB=-4.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,65:136:99:2121,0,1878 chrXV 594301 . GA G 995.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.534;DP=127;FS=2.258;HaplotypeScore=584.7474;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.86;MQ0=0;MQRankSum=-2.036;QD=7.84;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.790;SB=-1.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,57:127:99:1035,0,1035 chrXV 600875 . G GAT 554.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.078;DP=38;FS=1.547;HaplotypeScore=237.9240;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.00;MQ0=0;MQRankSum=-4.059;QD=14.60;ReadPosRankSum=-0.080;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,19:38:99:594,0,617 chrXV 601085 . C CT 778.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.074;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=98.3002;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.50;MQ0=0;MQRankSum=2.090;QD=13.67;RPA=3,4;RU=T;ReadPosRankSum=-2.071;SB=-2.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,34:57:99:818,0,394 chrXV 605112 . CA C 982.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.217;DP=82;FS=4.643;HaplotypeScore=23.6064;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=1.577;QD=11.99;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=0.652;SB=-4.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,49:82:99:1022,0,563 chrXV 605262 . G GA 821.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.277;DP=127;FS=3.570;HaplotypeScore=562.6338;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.93;MQ0=0;MQRankSum=0.884;QD=6.47;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.243;SB=-4.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,48:127:99:861,0,953 chrXV 606336 . TA T 656.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.705;DP=85;FS=4.499;HaplotypeScore=397.7561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.48;MQ0=0;MQRankSum=-2.304;QD=7.73;RPA=6,5;RU=A;ReadPosRankSum=0.421;SB=-3.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,34:85:99:696,0,847 chrXV 606364 . C CT 1176.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.545;DP=108;FS=1.662;HaplotypeScore=847.6627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.24;MQ0=0;MQRankSum=-5.163;QD=10.90;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=-0.664;SB=-6.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,50:108:99:1216,0,1159 chrXV 606414 . TG T 4360 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=825.2559;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.99;MQ0=0;QD=36.33;SB=-1.804e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,117:120:99:4360,346,0 chrXV 606443 . AT A 1311.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.329;DP=125;FS=0.746;HaplotypeScore=826.0816;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.10;MQ0=0;MQRankSum=-2.586;QD=10.50;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=-1.571;SB=-5.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,52:125:99:1351,0,1398 chrXV 608546 . GA G 1128.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.803;DP=145;FS=1.347;HaplotypeScore=187.6092;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.625;QD=7.79;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=1.662;SB=-5.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,70:145:99:1168,0,1326 chrXV 608649 . A AT 1965.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.825;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=362.1846;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.09;MQ0=0;MQRankSum=0.454;QD=20.48;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.577;SB=-3.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,76:96:99:2008,227,0 chrXV 609382 . TATTAGAAGC T 6993 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=96.4174;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.74;MQ0=0;QD=76.85;RPA=2,1;RU=ATTAGAAGC;SB=-2.942e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,75:91:99:6993,217,0 chrXV 612516 . T TA 1610.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=18.6342;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.94;MQ0=0;QD=28.77;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1653,141,0 chrXV 618738 . C CAT 2574.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=130.9098;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.32;MQ0=0;QD=22.20;RPA=4,5;RU=AT;SB=-1.163e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:54,61:116:99:2617,219,0 chrXV 618930 . G GA 1237.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.818;DP=175;FS=2.029;HaplotypeScore=711.3792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.91;MQ0=0;MQRankSum=-4.931;QD=7.07;RPA=5,6;RU=A;ReadPosRankSum=-0.827;SB=-4.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:109,66:175:99:1277,0,2054 chrXV 618967 . GA G 776.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.182;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=580.7692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.32;MQ0=0;MQRankSum=-4.170;QD=5.08;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=1.124;SB=-3.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:107,46:153:99:816,0,1626 chrXV 619075 . AC A 2006.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.301;DP=123;FS=13.362;HaplotypeScore=125.0322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.630;QD=16.32;ReadPosRankSum=-0.348;SB=-8.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,63:123:99:2046,0,1875 chrXV 624475 . ATT A 441.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=83.6519;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.19;MQ0=0;QD=19.22;RPA=10,8;RU=T;SB=-1.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,15:23:45:484,45,0 chrXV 624724 . T TC 1503.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=26.7586;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;QD=30.69;RPA=2,3;RU=C;SB=-6.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,48:49:99:1546,141,0 chrXV 626533 . T TTGAGCAC 8555 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=768.2629;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.51;MQ0=0;QD=88.20;SB=-3.806e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,84:97:99:8555,283,0 chrXV 631788 . TG T 2593.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=28.3213;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.34;MQ0=0;QD=28.20;RPA=6,5;RU=G;SB=-7.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,88:92:99:2636,264,0 chrXV 636852 . G GA 1079.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=132.5703;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;QD=22.04;RPA=6,7;RU=A;SB=-2.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,45:49:99:1122,129,0 chrXV 638644 . T TA 1468.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=96.6529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=21.29;RPA=7,8;RU=A;SB=-5.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,61:69:99:1511,177,0 chrXV 638742 . A AAT 4061 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.076;DP=180;FS=3.176;HaplotypeScore=272.2501;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.202;QD=22.56;RPA=5,6;RU=AT;ReadPosRankSum=-0.061;SB=-1.645e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:52,126:180:55:4061,55,0 chrXV 639373 . CTA C 295.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.084;DP=37;FS=1.655;HaplotypeScore=108.0769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.15;MQ0=0;MQRankSum=-2.887;QD=8.00;RPA=2,1;RU=TA;ReadPosRankSum=-1.280;SB=-1.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,10:37:99:335,0,634 chrXV 644403 . AT A 2123.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=104;FS=3.680;HaplotypeScore=341.5864;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=1.313;QD=20.42;RPA=7,6;RU=T;ReadPosRankSum=0.857;SB=-9.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,95:104:99:2166,264,0 chrXV 649129 . G GA 391.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.891;DP=57;FS=2.581;HaplotypeScore=21.9563;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.605;QD=6.88;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.165;SB=-1.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,26:57:99:431,0,341 chrXV 657168 . C CG 497.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.086;DP=60;FS=5.732;HaplotypeScore=244.3478;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.05;MQ0=0;MQRankSum=-5.594;QD=8.30;RPA=5,6;RU=G;ReadPosRankSum=0.445;SB=-2.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,23:60:99:537,0,696 chrXV 657250 . T TG 861.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.411;DP=58;FS=2.207;HaplotypeScore=233.8140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.83;MQ0=0;MQRankSum=-3.427;QD=14.86;ReadPosRankSum=2.082;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:901,0,720 chrXV 662016 . A AT 139.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.244;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=32.3863;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=0.952;QD=4.12;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.220;SB=-5.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,11:34:99:179,0,216 chrXV 665699 . T TAA 479.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.744;DP=48;FS=4.945;HaplotypeScore=33.0118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.691;QD=10.00;RPA=9,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.664;SB=-2.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,17:48:99:519,0,528 chrXV 667555 . GTATATATAGATATATATATATA G 3906 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;DP=75;FS=2.682;HaplotypeScore=24.5618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.01;MQ0=0;MQRankSum=-3.633;QD=52.08;ReadPosRankSum=3.567;SB=-9.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,21:75:99:3906,0,148 chrXV 667734 . TA T 16.08 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.729;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=42.0704;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.99;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=1.07;RPA=15,14;RU=A;ReadPosRankSum=0.729;SB=-5.437e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,5:15:55:55,0,59 chrXV 670429 . GA G 820.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.141;DP=123;FS=3.780;HaplotypeScore=107.4288;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQ0=0;MQRankSum=1.627;QD=6.67;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=-0.776;SB=-3.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,58:122:99:860,0,920 chrXV 670724 . A AG 1294.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.872;DP=98;FS=6.818;HaplotypeScore=85.5572;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=1.302;QD=13.21;ReadPosRankSum=0.978;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,43:98:99:1334,0,1205 chrXV 673205 . AT A 419.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.155;DP=71;FS=11.110;HaplotypeScore=31.9997;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.886;QD=5.92;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.489;SB=-8.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,28:71:99:459,0,169 chrXV 675393 . AC A 1848.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.996;DP=93;FS=13.756;HaplotypeScore=167.9793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=1.603;QD=19.88;ReadPosRankSum=-2.469;SB=-5.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,61:93:99:1888,0,900 chrXV 675536 . CGTTTA C 1309.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=58;FS=1.413;HaplotypeScore=17.5552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.35;MQ0=0;MQRankSum=0.549;QD=22.59;ReadPosRankSum=1.230;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,23:58:99:1349,0,1460 chrXV 677094 . GCAC G 181.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.050;DP=17;FS=6.245;HaplotypeScore=12.7855;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.02;MQ0=0;MQRankSum=-2.060;QD=10.70;RPA=3,2;RU=CAC;ReadPosRankSum=-0.050;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,5:17:99:221,0,464 chrXV 678094 . CAA C 803.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.991;DP=75;FS=7.143;HaplotypeScore=326.1701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.722;QD=10.72;RPA=5,3;RU=A;ReadPosRankSum=-0.748;SB=-3.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,27:75:99:843,0,1319 chrXV 678393 . GAA G 1084.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=170.8159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.90;MQ0=0;QD=23.59;RPA=12,10;RU=A;SB=-3.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,14:46:99:1127,120,0 chrXV 678403 . AAAT A 1349.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.455;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=148.0709;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.15;MQ0=0;MQRankSum=0.292;QD=25.00;ReadPosRankSum=2.833;SB=-4.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,35:54:51:1392,51,0 chrXV 678660 . T TG 850.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.081;DP=80;FS=4.610;HaplotypeScore=95.2548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.10;MQ0=0;MQRankSum=2.739;QD=10.64;RPA=4,5;RU=G;ReadPosRankSum=-1.351;SB=-1.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,39:80:99:890,0,960 chrXV 678956 . CCG C 4664 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=670.2393;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.75;MQ0=0;QD=43.19;SB=-1.999e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,102:108:99:4664,313,0 chrXV 678988 . CG C 4005 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=727.9450;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.55;MQ0=0;QD=36.74;SB=-1.925e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,108:109:99:4005,322,0 chrXV 680779 . CA C 1641.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=152.7542;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.49;MQ0=0;QD=18.87;RPA=7,6;RU=A;SB=-5.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,71:87:99:1684,204,0 chrXV 681378 . C CAA,CA 1141.21 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.553;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=191.1180;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=50.68;MQ0=0;MQRankSum=0.405;QD=21.53;RPA=9,11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.405;SB=-1.746e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:7,34,10:53:48:1219,141,48,743,0,638 chrXV 682436 . G GAA,GA 1211.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=434.6584;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=41.10;MQ0=0;QD=23.31;RPA=7,9,8;RU=A;SB=-5.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:5,19,28:52:99:1290,580,483,479,0,339 chrXV 682471 . AAGACCACTTG A 7770 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=310.6271;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.51;MQ0=0;QD=83.55;RPA=2,1;RU=AGACCACTTG;SB=-2.837e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:52,40:93:99:7770,231,0 chrXV 682476 . CACTTGAGACC C 7770 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=307.8934;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.21;MQ0=0;QD=84.46;SB=-2.837e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:52,0:92:99:7770,231,0 chrXV 682481 . GAGACCA G 4008 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.361;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=648.5816;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.68;MQ0=0;MQRankSum=-4.822;QD=45.55;ReadPosRankSum=5.733;SB=-1.500e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,38:88:99:4008,0,403 chrXV 683622 . C CT 2901.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=172.6963;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.65;MQ0=0;QD=26.38;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.382e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,108:110:99:2944,315,0 chrXV 683929 . T TA 2355.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=34.2314;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;QD=28.39;RPA=1,2;RU=A;SB=-6.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,78:83:99:2398,210,0 chrXV 690586 . A ATTTT 944.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.943;DP=54;FS=3.038;HaplotypeScore=122.8128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.55;MQ0=0;MQRankSum=0.272;QD=17.50;RPA=8,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.619;SB=-4.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,13:54:99:984,0,252 chrXV 698533 . G GT 469.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.364;DP=90;FS=3.122;HaplotypeScore=228.5946;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.295;QD=5.22;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.256;SB=-1.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,26:90:99:509,0,773 chrXV 698756 . G GT 826.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.755;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=36.5176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.835;QD=7.73;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=-1.226;SB=-2.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,42:107:99:866,0,963 chrXV 701982 . C CT 557.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.013;DP=63;FS=2.357;HaplotypeScore=19.3963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=1.050;QD=8.86;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=-0.534;SB=-2.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,31:63:99:597,0,414 chrXV 702879 . A AT 1018.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.324;DP=153;FS=4.848;HaplotypeScore=362.2512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.042;QD=6.66;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.924;SB=-3.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,63:153:99:1058,0,854 chrXV 703764 . C CT 313.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.268;DP=14;FS=6.368;HaplotypeScore=12.8101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.268;QD=22.43;ReadPosRankSum=1.775;SB=-5.411e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,11:14:76:353,0,76 chrXV 710273 . A AT 168.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.842;DP=36;FS=9.031;HaplotypeScore=12.6851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.39;MQ0=0;MQRankSum=1.516;QD=4.69;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.318;SB=-6.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,12:36:99:208,0,403 chrXV 710359 . T TA 783.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.489;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=37.1387;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.200;QD=16.00;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.200;SB=-2.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,37:49:93:826,93,0 chrXV 711615 . G GTTTT 3116.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.920;DP=167;FS=1.385;HaplotypeScore=523.8083;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.73;MQ0=0;MQRankSum=-5.804;QD=18.66;RPA=7,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.241;SB=-1.364e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,63:167:99:3156,0,2786 chrXV 715336 . A ATTT 712.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.624;DP=55;FS=3.208;HaplotypeScore=61.0457;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.29;MQ0=0;MQRankSum=0.992;QD=12.96;RPA=7,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.816;SB=-1.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,21:55:99:752,0,911 chrXV 718545 . G GT 519.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.487;DP=61;FS=10.676;HaplotypeScore=160.9882;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=0.468;QD=8.52;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.083;SB=-1.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,29:61:99:559,0,410 chrXV 718575 . G GA 377.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.916;DP=60;FS=4.433;HaplotypeScore=239.1954;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.767;QD=6.30;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.009;SB=-8.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,24:60:99:417,0,514 chrXV 718634 . A AT 615.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.924;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=245.3979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.58;MQ0=0;MQRankSum=-2.950;QD=8.21;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.885;SB=-1.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,34:75:99:655,0,669 chrXV 720202 . GAAAA G 1712.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.634;DP=101;FS=16.484;HaplotypeScore=256.7882;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.96;MQ0=0;MQRankSum=2.633;QD=16.96;RPA=13,9;RU=A;ReadPosRankSum=3.535;SB=-4.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,32:101:99:1752,0,1495 chrXV 720358 . A AT 451.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.360;DP=62;FS=6.238;HaplotypeScore=83.1859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.216;QD=7.29;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.335;SB=-1.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,26:62:99:491,0,527 chrXV 721800 . ATT A,AT 1950.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.019;DP=102;FS=3.931;HaplotypeScore=289.3217;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.693;QD=19.13;RPA=11,9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.759;SB=-7.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:10,39,0:102:99:2029,942,938,832,0,608 chrXV 721829 . C CTT 1370.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.731;DP=120;FS=1.630;HaplotypeScore=391.7664;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.19;MQ0=0;MQRankSum=-2.248;QD=11.42;RPA=9,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.952;SB=-6.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,46:120:99:1410,0,1019 chrXV 724863 . AT A 884.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=11.7529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.26;MQ0=0;QD=21.07;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,40:42:99:927,117,0 chrXV 724940 . GT G 389.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.914;DP=60;FS=1.628;HaplotypeScore=107.0857;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.273;QD=6.50;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.693;SB=-4.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,23:60:99:429,0,353 chrXV 727374 . A AT 2322.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=34.6770;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.34;MQ0=0;QD=23.00;RPA=6,7;RU=T;SB=-8.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,97:101:99:2365,273,0 chrXV 736360 . A AT 1028.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.335;DP=107;FS=2.798;HaplotypeScore=32.8402;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.753;QD=9.62;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=-0.318;SB=-1.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,51:107:99:1068,0,949 chrXV 738211 . GA G 1346.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.087;DP=89;FS=2.475;HaplotypeScore=37.0457;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.464;QD=15.13;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.595;SB=-5.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,78:89:99:1389,140,0 chrXV 741689 . G GA 1045.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.899;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=96.2645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=0.586;QD=10.67;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=-0.489;SB=-4.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,53:98:99:1085,0,872 chrXV 741753 . T TA 812.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.231;DP=73;FS=0.914;HaplotypeScore=108.3293;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.231;QD=11.14;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=0.282;SB=-3.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,30:73:99:852,0,875 chrXV 741984 . G GT 732.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.410;DP=77;FS=2.084;HaplotypeScore=32.5171;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.242;QD=9.52;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=-0.385;SB=-2.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,35:77:99:772,0,544 chrXV 742445 . TA T 812.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=108.1065;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.46;MQ0=0;QD=21.97;RPA=8,7;RU=A;SB=-3.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,36:37:99:855,108,0 chrXV 742492 . T TA 1220.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=148.8722;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.01;MQ0=0;QD=27.75;SB=-5.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,42:44:99:1263,117,0 chrXV 744448 . G GA 390.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.488;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=113.6099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=1.581;QD=6.01;RPA=3,4;RU=A;ReadPosRankSum=0.589;SB=-1.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,22:65:99:430,0,932 chrXV 745306 . C CAAA 1066.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.888;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=163.7317;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.02;MQ0=0;MQRankSum=1.099;QD=17.78;RPA=14,17;RU=A;ReadPosRankSum=-0.817;SB=-1.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,10:60:99:1109,105,0 chrXV 745320 . A AAAG,AAAA 1517.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=182.1531;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.33;MQ0=0;QD=22.66;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:28,16,3:67:99:1596,365,336,392,0,266 chrXV 746559 . CA C 93.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.318;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=109.6673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.227;QD=1.84;RPA=15,14;RU=A;ReadPosRankSum=2.012;SB=-5.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,8:51:99:133,0,209 chrXV 751669 . TTGG T 956.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.845;DP=62;FS=9.939;HaplotypeScore=22.9060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.942;QD=15.43;RPA=4,3;RU=TGG;ReadPosRankSum=-0.029;SB=-3.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,27:62:99:996,0,1059 chrXV 758102 . CT CTT,C 281.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.073;DP=27;FS=3.222;HaplotypeScore=15.1104;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.578;QD=10.44;RPA=11,12,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.413;SB=-1.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:7,0,8:27:99:360,139,169,253,0,361 chrXV 759633 . A AG 886.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.132;DP=83;FS=9.323;HaplotypeScore=480.9826;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.964;QD=10.69;RPA=2,3;RU=G;ReadPosRankSum=1.314;SB=-3.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,22:83:99:926,0,431 chrXV 759644 . ATAT A 1971.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.137;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=379.5608;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.37;MQ0=0;MQRankSum=0.217;QD=24.65;ReadPosRankSum=0.812;SB=-8.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,38:80:99:2014,175,0 chrXV 760705 . ATT ATTT,A 761.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.452;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=28.2761;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.983;QD=12.29;RPA=12,13,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.047;SB=-2.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:19,0,27:62:99:840,645,763,261,0,454 chrXV 761366 . G GA 262.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.083;DP=43;FS=4.715;HaplotypeScore=67.0159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.644;QD=6.12;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.578;SB=-7.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,14:43:99:302,0,251 chrXV 761551 . GAA G 1438.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.525;DP=101;FS=1.368;HaplotypeScore=123.4803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=0.353;QD=14.25;RPA=10,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.252;SB=-1.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,54:101:99:1478,0,983 chrXV 762569 . GT G 348.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.060;DP=26;FS=3.653;HaplotypeScore=28.7326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQ0=0;MQRankSum=1.260;QD=13.42;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=-0.026;SB=-1.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,14:26:99:388,0,340 chrXV 766698 . G GT 1290.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.389;DP=125;FS=20.281;HaplotypeScore=307.5988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.006;QD=10.33;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=0.812;SB=-1.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,67:125:99:1330,0,892 chrXV 768666 . TGAC T 507.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.236;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=83.4266;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.07;MQ0=0;MQRankSum=2.060;QD=9.77;RPA=7,6;RU=GAC;ReadPosRankSum=0.982;SB=-2.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,20:52:99:547,0,691 chrXV 769933 . AT A 574.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.026;DP=88;FS=1.187;HaplotypeScore=158.4317;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=0.258;QD=6.53;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.194;SB=-1.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,39:88:99:614,0,464 chrXV 770624 . GTTT G 344.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.143;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=109.2489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.85;MQ0=0;MQRankSum=0.766;QD=4.26;RPA=18,15;RU=T;ReadPosRankSum=1.167;SB=-1.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,20:81:99:384,0,729 chrXV 772405 . AG A 325.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.768;DP=27;FS=2.269;HaplotypeScore=8.9708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=0.680;QD=12.07;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=-0.571;SB=-9.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,14:27:99:365,0,325 chrXV 775403 . CTT C 2333.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.737;DP=148;FS=1.341;HaplotypeScore=199.3040;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.601;QD=15.77;RPA=4,2;RU=T;ReadPosRankSum=0.862;SB=-1.112e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,71:148:99:2373,0,2556 chrXV 775469 . AT A 641.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.182;DP=76;FS=1.020;HaplotypeScore=128.6648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.546;QD=8.45;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=0.345;SB=-2.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,32:76:99:681,0,721 chrXV 779815 . A AT 2152.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.679;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=767.4609;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.42;MQ0=0;MQRankSum=0.879;QD=30.32;ReadPosRankSum=1.519;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,56:71:99:2195,187,0 chrXV 779940 . A AT 260.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.504;DP=38;FS=13.222;HaplotypeScore=14.3207;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.855;QD=6.87;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.118;SB=-1.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,13:38:99:300,0,203 chrXV 781913 . C CTG 2335.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=372.8608;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.78;MQ0=0;QD=40.28;RPA=1,2;RU=TG;SB=-8.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,54:58:99:2378,166,0 chrXV 783492 . T TC 351.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.892;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=259.6818;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.33;MQ0=0;MQRankSum=0.455;QD=10.35;RPA=1,2;RU=C;ReadPosRankSum=-2.313;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,14:34:99:391,0,562 chrXV 783508 . GA G 1033.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=179.5547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.49;MQ0=0;QD=32.31;RPA=2,1;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,30:32:96:1076,96,0 chrXV 787005 . GA G 2835.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=607.3849;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.70;MQ0=0;QD=19.56;RPA=9,8;RU=A;SB=-6.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,133:145:99:2878,376,0 chrXV 789933 . TA T 1280.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.289;DP=120;FS=0.811;HaplotypeScore=123.2308;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.596;QD=10.67;ReadPosRankSum=-1.574;SB=-5.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,47:120:99:1320,0,1547 chrXV 795453 . A AG 1388.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.308;DP=79;FS=23.115;HaplotypeScore=94.3141;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.54;MQ0=0;MQRankSum=0.868;QD=17.58;RPA=2,3;RU=G;ReadPosRankSum=-0.752;SB=-2.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,51:79:99:1431,131,0 chrXV 797581 . GT G 302.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.060;DP=58;FS=10.538;HaplotypeScore=28.3189;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=0.512;QD=5.22;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.717;SB=-1.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,21:58:99:342,0,414 chrXV 798499 . GA G 789.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.386;DP=61;FS=3.468;HaplotypeScore=69.2849;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.953;QD=12.95;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.733;SB=-3.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,48:61:95:832,95,0 chrXV 800880 . T TA 856.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.270;DP=113;FS=3.923;HaplotypeScore=100.3034;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.368;QD=7.58;RPA=5,6;RU=A;ReadPosRankSum=0.883;SB=-4.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,53:113:99:896,0,995 chrXV 804922 . A AT 389.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.274;DP=134;FS=11.954;HaplotypeScore=135.5071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=0.911;QD=2.91;RPA=16,17;RU=T;ReadPosRankSum=-1.100;SB=-1.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,21:134:99:429,0,757 chrXV 805014 . TATACTA T 4610 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.202;DP=137;FS=7.399;HaplotypeScore=281.1707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.38;MQ0=0;MQRankSum=0.610;QD=33.65;ReadPosRankSum=1.087;SB=-1.749e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,69:137:99:4610,0,4109 chrXV 807247 . A AATAG 1185.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.988;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=77.9999;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.056;QD=23.25;ReadPosRankSum=0.851;SB=-6.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,22:51:99:1225,0,1246 chrXV 807942 . T TA 509.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.329;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=370.0041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.914;QD=6.14;RPA=3,4;RU=A;ReadPosRankSum=0.298;SB=-1.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,33:83:99:549,0,852 chrXV 813962 . T TCC 501.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=25.1409;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.18;MQ0=0;QD=16.73;RPA=8,10;RU=C;SB=-3.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,17:30:51:544,51,0 chrXV 815967 . CCACTCT C 3191.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=101.9065;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.26;MQ0=0;QD=63.84;RPA=2,1;RU=CACTCT;SB=-1.237e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,44:50:99:3234,135,0 chrXV 820810 . AT A 893.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.869;DP=85;FS=0.972;HaplotypeScore=217.9640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.187;QD=10.52;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=0.452;SB=-3.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,41:85:99:933,0,772 chrXV 822432 . A AT 1902.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=26.5070;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.09;MQ0=0;QD=27.98;RPA=2,3;RU=T;SB=-7.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,64:68:99:1945,186,0 chrXV 825953 . AT A 427.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.131;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=25.8149;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.131;QD=14.27;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.829;SB=-1.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,26:30:44:470,44,0 chrXV 830600 . G GTT 570.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.275;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=78.4709;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=0.474;QD=6.88;RPA=10,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.026;SB=-2.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,24:83:99:610,0,876 chrXV 830833 . CTT C 178.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.231;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=52.5418;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=1.157;QD=11.13;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.077;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,5:16:21:220,21,0 chrXV 832084 . GT G 227.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.221;DP=36;FS=1.428;HaplotypeScore=47.8959;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=1.036;QD=6.33;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=0.307;SB=-1.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,13:36:99:267,0,465 chrXV 832311 . A AT 692.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.803;DP=74;FS=3.715;HaplotypeScore=211.7522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.06;MQ0=0;MQRankSum=1.072;QD=9.36;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=-0.796;SB=-2.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,33:74:99:732,0,726 chrXV 834319 . TA T 795.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.794;DP=113;FS=5.288;HaplotypeScore=96.9916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.335;QD=7.04;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=2.270;SB=-3.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,54:113:99:835,0,678 chrXV 842495 . AT A 1908.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=38.0117;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;QD=20.98;RPA=8,7;RU=T;SB=-7.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,84:91:99:1951,245,0 chrXV 847250 . C CT 628.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.039;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=28.0858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQ0=0;MQRankSum=0.744;QD=8.74;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=-0.769;SB=-2.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,32:72:99:668,0,606 chrXV 850190 . TAA T 1369.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=156.2812;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.24;MQ0=0;QD=21.08;RPA=11,9;RU=A;SB=-4.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,56:65:99:1412,135,0 chrXV 850738 . GA G 2047.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=101.5443;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.38;MQ0=0;QD=29.68;RPA=3,2;RU=A;SB=-6.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,67:69:99:2090,192,0 chrXV 850792 . AT A 1717.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=258.8727;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.77;MQ0=0;QD=22.03;RPA=6,5;RU=T;SB=-8.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,72:78:99:1760,210,0 chrXV 859581 . C CTGTTGCGCT 1295.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6751;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.45;MQ0=0;QD=56.35;RPA=1,2;RU=TGTTGCGCT;SB=-6.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,17:23:54:1338,54,0 chrXV 860584 . A AT 960.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=117.6920;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.35;MQ0=0;QD=34.32;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:28:78:1003,78,0 chrXV 860846 . C CTT 398.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=22.7082;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=16.62;RPA=7,9;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,13:24:42:441,42,0 chrXV 860962 . G GA 460.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6550;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.61;RPA=1,2;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,15:18:45:503,45,0 chrXV 867448 . GT G 1468.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=89.9522;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.16;MQ0=0;QD=24.48;RPA=4,3;RU=T;SB=-6.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:60:99:1511,156,0 chrXV 887012 . T TGAA 3141.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.626;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=143.3455;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.722;QD=34.53;RPA=4,5;RU=GAA;ReadPosRankSum=0.385;SB=-1.452e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,70:91:99:3184,169,0 chrXV 888848 . GTTT GT,G 458.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.665;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=176.9945;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=52.13;MQ0=0;MQRankSum=0.271;QD=9.18;RPA=24,22,21;RU=T;ReadPosRankSum=2.208;SB=-2.387e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:27,0,10:50:99:537,170,136,106,0,107 chrXV 892648 . G GT 789.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.739;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=34.9207;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.37;MQ0=0;MQRankSum=1.692;QD=15.49;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.835;SB=-3.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,40:51:71:832,71,0 chrXV 894338 . A AT 643.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.658;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=47.3585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=1;MQRankSum=-0.672;QD=9.33;RPA=14,15;RU=T;ReadPosRankSum=0.672;SB=-4.399e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,30:68:32:683,0,32 chrXV 904740 . A AG 2306.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=23.6063;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.15;MQ0=0;QD=30.35;SB=-8.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,73:76:99:2349,199,0 chrXV 908671 . A AG 1669.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=17.1189;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.86;MQ0=0;QD=26.93;RPA=1,2;RU=G;SB=-4.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,59:62:99:1712,150,0 chrXV 949236 . T TA 834.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=15.2595;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;QD=18.15;RPA=8,9;RU=A;SB=-3.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,42:46:99:877,108,0 chrXV 949440 . CT C 2584.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=276.6872;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.09;MQ0=0;QD=23.50;RPA=6,5;RU=T;SB=-2.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,98:110:99:2627,294,0 chrXV 954193 . A AC 628.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=81.9576;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.23;MQ0=0;QD=31.45;RPA=1,2;RU=C;SB=-3.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60:671,60,0 chrXV 960334 . A AT 1378.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=216.7777;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.99;MQ0=0;QD=23.78;RPA=7,8;RU=T;SB=-6.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,56:58:99:1421,168,0 chrXV 960639 . GA G 1289.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=129.8484;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;QD=33.08;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:39:99:1332,108,0 chrXV 960775 . TA T 23.50 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=13.3261;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=1.96;RPA=15,14;RU=A;ReadPosRankSum=0.736;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:12:6:62,0,6 chrXV 966571 . C CT 643.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.972;DP=79;FS=3.318;HaplotypeScore=111.5456;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=1.018;QD=8.15;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=-0.281;SB=-2.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,36:79:99:683,0,730 chrXV 968269 . G GGTGCGTGGGC 817.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.963;DP=35;FS=7.574;HaplotypeScore=114.8417;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.37;MQ0=0;MQRankSum=-2.811;QD=23.37;RPA=1,2;RU=GTGCGTGGGC;ReadPosRankSum=-1.064;SB=-1.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,5:35:99:857,0,741 chrXV 969124 . GA G 587.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.145;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=212.6263;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.07;MQ0=0;MQRankSum=1.380;QD=16.33;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=-0.738;SB=-3.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,21:36:99:627,0,433 chrXV 969256 . G GT 512.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.411;DP=79;FS=6.381;HaplotypeScore=572.5491;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.69;MQ0=0;MQRankSum=-2.828;QD=6.49;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=-0.411;SB=-2.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,29:79:99:552,0,1136 chrXV 969416 . A ACTT 904.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.186;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=159.0506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.08;MQ0=0;MQRankSum=-2.669;QD=14.84;ReadPosRankSum=0.848;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,21:61:99:944,0,1425 chrXV 970202 . G GAAAAA 1227.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.772;DP=77;FS=2.649;HaplotypeScore=533.2644;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.73;MQ0=0;MQRankSum=-4.237;QD=15.95;RPA=4,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.261;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,24:77:99:1267,0,2838 chrXV 970485 . GT G 769.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=152.4177;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=8.43;MQ0=221;QD=3.08;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:229,21:21:63:812,63,0 chrXV 974134 . G GC 863.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.279;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=493.1521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.03;MQ0=49;MQRankSum=0.054;QD=8.91;ReadPosRankSum=-1.916;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,36:40:99:903,0,185 chrXV 974138 . TG T 981.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.483;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=460.9276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.55;MQ0=51;MQRankSum=-0.283;QD=9.72;ReadPosRankSum=-1.283;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,43:39:99:1021,0,233 chrXV 976779 . A AT 462.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.941;DP=65;FS=10.504;HaplotypeScore=18.6957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.900;QD=7.12;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.355;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,29:65:99:502,0,346 chrXV 976990 . AT A 484.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.202;DP=69;FS=7.628;HaplotypeScore=146.8611;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.748;QD=7.03;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.857;SB=-1.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,29:69:99:524,0,325 chrXV 977029 . C CT 265.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.382;DP=55;FS=3.303;HaplotypeScore=149.1956;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.402;QD=4.84;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.017;SB=-1.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,15:55:99:305,0,170 chrXV 978149 . CAA C 747.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.484;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=72.3457;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.662;QD=7.19;RPA=12,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.714;SB=-2.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,36:104:99:787,0,924 chrXV 978413 . G GAAA 929.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.319;DP=81;FS=7.180;HaplotypeScore=111.3891;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.724;QD=11.48;RPA=9,12;RU=A;ReadPosRankSum=-1.644;SB=-1.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,26:81:99:969,0,1276 chrXV 979485 . A AATAC 2709.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.992;DP=108;FS=12.323;HaplotypeScore=187.3684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.459;QD=25.09;RPA=1,2;RU=ATAC;ReadPosRankSum=0.347;SB=-5.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,55:108:99:2749,0,2150 chrXV 979753 . T TCATG 3966 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.304;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=71.5645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.251;QD=29.60;RPA=1,2;RU=CATG;ReadPosRankSum=-1.885;SB=-1.521e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,68:134:99:3966,0,2897 chrXV 979898 . AG A 1342.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.138;DP=105;FS=1.718;HaplotypeScore=141.6645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.008;QD=12.79;ReadPosRankSum=0.030;SB=-6.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,49:105:99:1382,0,1349 chrXV 980591 . A AAT 1022.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=95.2702;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.03;MQ0=0;QD=44.48;SB=-4.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,14:23:69:1065,69,0 chrXV 980618 . ACT A 1261.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.026;DP=74;FS=2.074;HaplotypeScore=253.2741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.824;QD=17.05;ReadPosRankSum=-1.028;SB=-6.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,37:74:99:1301,0,1451 chrXV 981539 . ATTTT A 2267.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=267.8812;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.08;MQ0=0;QD=51.54;RPA=10,6;RU=T;SB=-9.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,42:44:99:2310,127,0 chrXV 984799 . 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CTT C 636.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.238;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=135.7790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.33;MQ0=0;MQRankSum=0.372;QD=8.06;RPA=12,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.697;SB=-3.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,26:79:99:676,0,886 chrXV 998267 . TG T 651.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.867;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=318.5008;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.439;QD=7.49;ReadPosRankSum=1.954;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,37:87:99:691,0,1614 chrXV 1003469 . G GT 815.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.180;DP=109;FS=2.651;HaplotypeScore=227.8411;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.34;MQ0=0;MQRankSum=-2.563;QD=7.49;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=-1.518;SB=-3.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,46:109:99:855,0,998 chrXV 1004108 . 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AT A 165.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.859;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=56.9490;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.549;QD=3.46;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.065;SB=-5.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,15:48:99:205,0,248 chrXV 1012866 . T TAAC 809.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.489;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=10.8773;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.839;QD=19.28;RPA=1,2;RU=AAC;ReadPosRankSum=0.321;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,17:42:99:849,0,824 chrXV 1016055 . T TTCTTGG,TCCTTGG 2823.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=38.6828;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=51.38;MQ0=0;QD=78.44;SB=-1.407e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:3,15,16:36:99:2902,386,281,446,0,340 chrXV 1019122 . A AC 481.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.287;DP=54;FS=2.499;HaplotypeScore=219.4233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.17;MQ0=0;MQRankSum=-4.845;QD=8.93;RPA=1,2;RU=C;ReadPosRankSum=-0.770;SB=-2.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,21:54:99:521,0,826 chrXV 1019588 . CTT C,CT 597.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.059;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=62.8039;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=0.789;QD=9.34;RPA=15,13,14;RU=T;ReadPosRankSum=1.555;SB=-2.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:30,16,0:64:99:676,212,342,292,0,254 chrXV 1019976 . TA T 296.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.917;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=189.9767;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=1.099;QD=7.81;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=-0.738;SB=-2.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,20:38:99:336,0,381 chrXV 1031350 . C CT 1819.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=104.2677;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.51;MQ0=0;QD=21.16;RPA=7,8;RU=T;SB=-4.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,79:86:99:1862,220,0 chrXV 1036615 . GT G 407.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=31.3648;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;QD=10.46;RPA=12,11;RU=T;SB=-1.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,21:39:64:450,64,0 chrXV 1039718 . TG T 663.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=38.6002;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.54;MQ0=0;QD=21.42;RPA=8,7;RU=G;SB=-3.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,27:31:75:706,75,0 chrXV 1045479 . CA C 1510.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.408;DP=101;FS=24.121;HaplotypeScore=231.1816;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.95;MQ0=0;MQRankSum=-3.394;QD=14.96;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=-0.099;SB=-4.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,51:101:99:1550,0,1309 chrXV 1045626 . TA T 841.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.374;DP=95;FS=13.694;HaplotypeScore=223.3489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.72;MQ0=0;MQRankSum=-5.882;QD=8.86;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=0.409;SB=-2.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,42:95:99:881,0,1119 chrXV 1047814 . ATGCTTGAC A 3713 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.495;DP=78;FS=1.975;HaplotypeScore=30.7210;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.262;QD=47.60;ReadPosRankSum=0.239;SB=-1.812e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,43:78:99:3713,0,2808 chrXV 1051019 . TA T 472.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.859;DP=71;FS=5.279;HaplotypeScore=47.6617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQ0=0;MQRankSum=0.569;QD=6.66;RPA=7,6;RU=A;ReadPosRankSum=1.283;SB=-2.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,34:71:99:512,0,639 chrXV 1053326 . G GAA 697.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.258;DP=63;FS=6.138;HaplotypeScore=111.7567;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.87;MQ0=0;MQRankSum=-3.299;QD=11.08;RPA=3,5;RU=A;ReadPosRankSum=-0.287;SB=-1.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,27:63:99:737,0,995 chrXV 1055368 . G GA 1228.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.719;DP=98;FS=2.837;HaplotypeScore=375.6814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.472;QD=12.54;RPA=3,4;RU=A;ReadPosRankSum=0.174;SB=-5.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,53:98:99:1268,0,788 chrXV 1055376 . CT C 922.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.187;DP=112;FS=5.331;HaplotypeScore=487.6518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.42;MQ0=0;MQRankSum=-3.312;QD=8.24;RPA=8,7;RU=T;ReadPosRankSum=0.823;SB=-4.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,55:112:99:962,0,730 chrXV 1057039 . G GA 304.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.277;DP=43;FS=4.536;HaplotypeScore=67.0128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.365;QD=7.09;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.248;SB=-1.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,19:43:99:344,0,365 chrXV 1057968 . T TA 570.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.304;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=24.2345;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=0.486;QD=14.64;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-1.093;SB=-1.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,26:39:37:613,37,0 chrXV 1058392 . T TA 1217.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.006;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=375.3505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.802;QD=9.59;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=2.058;SB=-3.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,62:127:99:1257,0,1207 chrXV 1058396 . T TA 1741.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.406;DP=128;FS=1.552;HaplotypeScore=344.1356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=-2.572;QD=13.61;ReadPosRankSum=1.374;SB=-5.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,67:128:99:1781,0,1429 chrXV 1058879 . AT A 303.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.196;DP=57;FS=8.402;HaplotypeScore=118.8464;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.970;QD=5.33;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.818;SB=-3.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:57:99:343,0,346 chrXV 1063690 . C CA 762.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.057;DP=91;FS=4.275;HaplotypeScore=101.1407;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.391;QD=8.38;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=0.997;SB=-3.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,38:91:99:802,0,987 chrXV 1063805 . TACTACACCTCACC T 4827 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.023;DP=58;FS=16.206;HaplotypeScore=178.8990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.06;MQ0=0;MQRankSum=-6.344;QD=83.22;ReadPosRankSum=0.957;SB=-8.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,32:58:99:4827,0,3659 chrXV 1063875 . A AAT 1409.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.644;DP=92;FS=2.111;HaplotypeScore=419.8094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.32;MQ0=0;MQRankSum=-3.001;QD=15.33;RPA=1,2;RU=AT;ReadPosRankSum=-0.396;SB=-4.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,44:92:99:1449,0,1381 chrXV 1064914 . A AT 667.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.174;DP=75;FS=7.208;HaplotypeScore=238.6312;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.627;QD=8.91;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=0.770;SB=-1.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,34:75:99:707,0,706 chrXV 1065931 . CAGAAAT C 4501 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.327;DP=154;FS=11.451;HaplotypeScore=618.5655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.04;MQ0=0;MQRankSum=-5.137;QD=29.23;ReadPosRankSum=1.488;SB=-1.777e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,82:154:99:4501,0,3735 chrXV 1066059 . G GAGATTATA 3309 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.434;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=302.1276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.87;MQ0=0;MQRankSum=-7.116;QD=40.85;ReadPosRankSum=0.842;SB=-8.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,24:81:99:3309,0,3329 chrXV 1070455 . AT A 191.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.195;DP=55;FS=32.279;HaplotypeScore=81.6576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.86;MQ0=1;MQRankSum=0.634;QD=3.49;ReadPosRankSum=-0.781;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,14:52:99:231,0,947 chrXV 1078226 . GA G 135.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.404;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=63.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.32;MQ0=7;MQRankSum=-0.370;QD=5.04;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=0.370;SB=-3.899e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,13:17:37:175,0,37 chrXV 1079486 . AT A 2364.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.247;DP=226;FS=13.654;HaplotypeScore=80.7105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.82;MQ0=1;MQRankSum=-0.937;QD=10.46;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.361;SB=-1.048e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,158:218:99:2404,0,329 chrXVI 12909 . CT C 180.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0306;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.86;MQ0=7;QD=10.05;RPA=8,7;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,13:9:27:223,27,0 chrXVI 16931 . AT ATT,A 1025.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.168;DP=231;FS=19.036;HaplotypeScore=573.4510;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=52.19;MQ0=0;MQRankSum=2.138;QD=4.44;RPA=15,16,14;RU=T;ReadPosRankSum=-0.749;SB=-3.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:124,13,41:227:95:1104,95,907,695,0,2183 chrXVI 19806 . A AT 523.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.071;DP=193;FS=15.532;HaplotypeScore=67.7022;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=0.511;QD=2.71;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.197;SB=-1.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:139,48:193:99:563,0,2360 chrXVI 19930 . C CTT 642.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.151;DP=129;FS=5.064;HaplotypeScore=155.1809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.19;MQ0=0;MQRankSum=0.633;QD=4.98;RPA=11,13;RU=T;ReadPosRankSum=-2.262;SB=-1.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,17:129:99:682,0,1560 chrXVI 22664 . T TAA,TA 1465.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.500;DP=125;FS=0.928;HaplotypeScore=95.7240;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.005;QD=11.73;RPA=9,11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-2.183;SB=-6.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:46,25,51:125:99:1544,512,976,188,0,369 chrXVI 24982 . A AC 3322 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=13.345;DP=246;DS;FS=2.936;HaplotypeScore=1139.1185;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.12;MQ0=0;MQRankSum=-10.051;QD=13.50;ReadPosRankSum=-0.836;SB=-1.392e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:130,114:246:99:3322,0,4159 chrXVI 26112 . A AG 3427 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=1096.8065;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.00;MQ0=3;QD=23.16;SB=-1.046e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,145:101:99:3427,295,0 chrXVI 29604 . CA C 697.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.371;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=38.5616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.828;QD=6.91;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.658;SB=-3.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,47:101:99:737,0,775 chrXVI 44495 . TAAA T 889.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.571;DP=80;FS=2.356;HaplotypeScore=72.8030;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.704;QD=11.12;RPA=12,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.200;SB=-4.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,32:80:99:929,0,1115 chrXVI 46581 . A AT 628.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.314;DP=89;FS=20.317;HaplotypeScore=390.8818;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.424;QD=7.07;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.788;SB=-2.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,32:89:99:668,0,331 chrXVI 46594 . ATTTTTT A 1448.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.327;DP=86;FS=4.259;HaplotypeScore=313.7306;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.594;QD=16.85;RPA=16,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.354;SB=-4.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,21:86:99:1488,0,1572 chrXVI 53165 . A ACG 1546.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.346;DP=108;FS=33.454;HaplotypeScore=176.7659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.02;MQ0=0;MQRankSum=-3.008;QD=14.32;ReadPosRankSum=1.405;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,39:107:99:1586,0,2531 chrXVI 55604 . CAT C 1958.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.543;DP=99;FS=6.747;HaplotypeScore=146.3413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.14;MQ0=0;MQRankSum=-3.997;QD=19.79;ReadPosRankSum=0.337;SB=-7.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,50:99:99:1998,0,1776 chrXVI 56451 . T TACTATCAA 5423 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.318;DP=77;FS=24.770;HaplotypeScore=280.6981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.68;MQ0=6;MQRankSum=0.183;QD=70.43;ReadPosRankSum=-0.717;SB=-6.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,33:66:99:5423,0,139 chrXVI 56733 . T TA 125 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=134.2209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=10.20;MQ0=37;MQRankSum=-0.736;QD=2.84;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.736;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,5:6:19:164,0,19 chrXVI 56755 . C CT 178.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=125.4747;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=12.68;MQ0=27;MQRankSum=-1.067;QD=5.11;ReadPosRankSum=-0.572;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,6:8:52:218,0,52 chrXVI 62951 . T TA 810.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.442;DP=96;FS=76.335;HaplotypeScore=326.6878;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.44;MQ0=0;MQRankSum=-2.996;QD=8.45;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=-1.083;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,30:95:99:850,0,1775 chrXVI 62973 . C CT 822.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.711;DP=99;FS=35.149;HaplotypeScore=383.1282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.72;MQ0=0;MQRankSum=-6.074;QD=8.31;ReadPosRankSum=0.287;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,30:97:99:862,0,2154 chrXVI 63240 . TC T 1289.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.275;DP=124;FS=4.719;HaplotypeScore=133.9709;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.885;QD=10.40;RPA=4,3;RU=C;ReadPosRankSum=0.746;SB=-4.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,59:124:99:1329,0,1371 chrXVI 73060 . G GT 1565.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=179.7930;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.32;MQ0=0;QD=31.96;RPA=1,2;RU=T;SB=-7.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,47:49:99:1608,138,0 chrXVI 73929 . GT G 1144.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=21.4505;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.79;MQ0=0;QD=19.41;RPA=10,9;RU=T;SB=-2.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,51:59:99:1187,155,0 chrXVI 74183 . T TA 427.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.042;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=54.4369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.94;MQ0=0;MQRankSum=1.730;QD=3.69;RPA=15,16;RU=A;ReadPosRankSum=-1.572;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,32:116:99:467,0,251 chrXVI 74300 . TA T 2057.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=155.1191;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.83;MQ0=0;QD=27.08;RPA=4,3;RU=A;SB=-7.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,72:76:99:2100,210,0 chrXVI 74739 . ATAT A 1308.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.451;DP=85;FS=4.986;HaplotypeScore=63.3413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.136;QD=15.40;RPA=2,1;RU=TAT;ReadPosRankSum=0.387;SB=-4.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,34:85:99:1348,0,1566 chrXVI 75455 . TGC T 262.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.856;DP=23;FS=7.765;HaplotypeScore=60.7002;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=0.102;QD=11.43;ReadPosRankSum=0.785;SB=-2.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,9:23:99:302,0,292 chrXVI 76181 . A ATTTTGC 942.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.643;DP=47;FS=1.333;HaplotypeScore=18.5618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.084;QD=20.06;RPA=2,3;RU=TTTTGC;ReadPosRankSum=0.978;SB=-3.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,12:47:99:982,0,1545 chrXVI 76565 . C CA 392.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.140;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=63.0614;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.24;MQ0=0;MQRankSum=1.686;QD=8.02;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.634;SB=-1.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,21:49:99:432,0,134 chrXVI 76573 . AAAC A 631.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.720;DP=65;FS=4.575;HaplotypeScore=73.1358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=1.875;QD=9.72;RPA=5,4;RU=AAC;ReadPosRankSum=-1.291;SB=-1.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,29:65:99:671,0,698 chrXVI 79445 . CT C 1427.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=125.8969;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.43;MQ0=0;QD=19.56;RPA=8,7;RU=T;SB=-6.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,64:73:99:1470,180,0 chrXVI 85402 . CA C 83.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.003;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=18.4711;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=0.825;QD=3.46;RPA=17,16;RU=A;ReadPosRankSum=1.768;SB=-3.867e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,6:24:5:123,5,0 chrXVI 88342 . AT A 673.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.723;DP=76;FS=0.889;HaplotypeScore=23.0074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.193;QD=8.87;RPA=8,7;RU=T;ReadPosRankSum=-1.894;SB=-3.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,38:76:99:713,0,708 chrXVI 95161 . C CA 941.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.847;DP=117;FS=6.312;HaplotypeScore=37.1477;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=1.014;QD=8.05;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.392;SB=-4.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,49:117:99:981,0,984 chrXVI 99029 . AC A 1857.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=347.3890;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.74;MQ0=0;QD=31.49;RPA=3,2;RU=C;SB=-4.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,55:59:99:1900,168,0 chrXVI 99323 . GT G 4511 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=237.1014;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.18;MQ0=0;QD=34.70;SB=-2.101e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,128:130:99:4511,358,0 chrXVI 99466 . A AAAT 3942 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=118.6687;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.65;MQ0=0;QD=41.06;SB=-1.383e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,53:96:99:3942,259,0 chrXVI 99954 . TGAA T 3331 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=25.1848;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.36;MQ0=1;QD=42.71;RPA=2,1;RU=GAA;SB=-5.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,75:77:99:3331,205,0 chrXVI 101482 . A AG 2686.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=325.8862;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.30;MQ0=0;QD=35.35;SB=-1.284e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:76:99:2729,214,0 chrXVI 104922 . A AT 13.18 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;DP=15;FS=3.680;HaplotypeScore=20.2715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.03;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=0.88;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.550;SB=-2.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,6:15:52:52,0,66 chrXVI 105744 . C CA 1854.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.491;DP=133;FS=1.450;HaplotypeScore=535.1448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.22;MQ0=0;MQRankSum=0.945;QD=13.95;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=-1.213;SB=-6.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,64:133:99:1894,0,2002 chrXVI 105757 . T TA 2102.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.398;DP=152;FS=6.638;HaplotypeScore=785.8378;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.068;QD=13.84;ReadPosRankSum=-0.435;SB=-8.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,72:152:99:2142,0,1837 chrXVI 115228 . G GA 1170.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=135.0846;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;QD=25.46;RPA=6,7;RU=A;SB=-4.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,44:46:99:1213,135,0 chrXVI 115881 . C CCAA 1646.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=48.8110;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.57;MQ0=0;QD=36.60;RPA=3,4;RU=CAA;SB=-5.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,35:45:99:1689,108,0 chrXVI 117720 . C CT 2618.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=39.7107;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;QD=25.43;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.317e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,99:103:99:2661,297,0 chrXVI 121581 . AT A 563.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.463;DP=56;FS=1.072;HaplotypeScore=67.3881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=0.878;QD=10.07;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=0.953;SB=-2.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,28:56:99:603,0,526 chrXVI 125440 . G GC 2372.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=20.8516;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.94;MQ0=0;QD=37.08;SB=-8.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:64:99:2415,187,0 chrXVI 128555 . AG A 1754.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=64;FS=4.616;HaplotypeScore=93.9150;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.37;MQ0=0;MQRankSum=1.165;QD=27.42;RPA=3,2;RU=G;ReadPosRankSum=1.291;SB=-5.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,59:64:99:1797,155,0 chrXVI 128655 . TATC T 1352.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=164.5384;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.31;MQ0=0;QD=42.28;RPA=3,2;RU=ATC;SB=-4.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,28:32:84:1395,84,0 chrXVI 138809 . A AT 1505.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.131;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=85.1229;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=0.332;QD=12.76;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.937;SB=-5.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,78:118:76:1548,76,0 chrXVI 139607 . TATAC T 218.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.748;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=85.4942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.33;MQ0=0;MQRankSum=1.438;QD=6.08;ReadPosRankSum=2.569;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,15:36:99:258,0,494 chrXVI 144689 . AGGAAACGTC A 3130.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=17.1026;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.11;MQ0=0;QD=55.91;RPA=4,3;RU=GGAAACGTC;SB=-1.252e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,33:56:96:3173,96,0 chrXVI 153278 . GA G 1275.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.090;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=76.0836;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.51;MQ0=1;MQRankSum=-2.077;QD=13.15;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.528;SB=-1.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,61:96:83:1318,83,0 chrXVI 166006 . G GT 166.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=3.6521;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.91;MQ0=0;QD=11.13;RPA=10,11;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,9:15:27:209,27,0 chrXVI 176140 . GA G 981.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.829;DP=69;FS=3.617;HaplotypeScore=22.8524;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.678;QD=14.23;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.377;SB=-4.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,44:69:99:1024,111,0 chrXVI 181192 . GT G 454.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.414;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=46.2725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.369;QD=3.73;RPA=15,14;RU=T;ReadPosRankSum=2.985;SB=-6.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,30:122:99:494,0,105 chrXVI 182597 . T TA 3316 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.540;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=56.5509;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.689;QD=21.82;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.298;SB=-1.391e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,136:152:99:3316,327,0 chrXVI 185395 . CTGTTGT C 3895 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=329.0470;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.63;MQ0=0;QD=37.82;RPA=8,6;RU=TGT;SB=-1.108e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,73:103:99:3895,222,0 chrXVI 188149 . T TA 1511.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.479;DP=143;FS=2.655;HaplotypeScore=46.2565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=1.417;QD=10.57;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=1.310;SB=-3.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,65:143:99:1551,0,1947 chrXVI 188703 . C CA 405.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.662;DP=59;FS=2.612;HaplotypeScore=46.2947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.876;QD=6.88;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.090;SB=-1.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,23:59:99:445,0,504 chrXVI 188767 . TG T 860.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.484;DP=74;FS=1.102;HaplotypeScore=132.4492;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.483;QD=11.63;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=1.578;SB=-2.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,33:74:99:900,0,1136 chrXVI 188788 . TA T 687.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.838;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=161.4399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=1.260;QD=9.69;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=-1.436;SB=-1.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,31:71:99:727,0,774 chrXVI 188829 . AT ATT,A 229.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.185;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=77.5164;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.001;QD=6.39;RPA=12,13,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.852;SB=-1.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:18,1,9:36:99:308,172,309,120,0,241 chrXVI 188952 . CT C 670.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.063;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=82.6962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.48;MQ0=0;MQRankSum=1.130;QD=10.17;RPA=6,5;RU=T;ReadPosRankSum=1.319;SB=-3.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:66:99:710,0,508 chrXVI 197765 . A ATTATTG 577.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.954;DP=29;FS=2.141;HaplotypeScore=7.2311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.62;MQ0=0;MQRankSum=1.244;QD=19.93;RPA=1,2;RU=TTATTG;ReadPosRankSum=-0.178;SB=-7.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,12:29:99:617,0,466 chrXVI 202644 . C CT 107.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.800;DP=44;FS=3.401;HaplotypeScore=58.1611;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQ0=0;MQRankSum=1.155;QD=2.45;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-2.292;SB=-4.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,12:44:99:147,0,449 chrXVI 209962 . AT A 256.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.052;DP=42;FS=3.921;HaplotypeScore=20.3469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=1.984;QD=6.12;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.569;SB=-9.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,21:42:99:296,0,288 chrXVI 212014 . GT G 773.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.564;DP=85;FS=3.217;HaplotypeScore=75.7672;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.73;MQ0=0;MQRankSum=0.017;QD=9.11;RPA=7,6;RU=T;ReadPosRankSum=-0.856;SB=-3.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,41:85:99:813,0,657 chrXVI 212901 . TAAAAA T,TAAAA 1516.94 filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.639;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=37.5423;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=0.983;QD=21.98;RPA=18,13,17;RU=A;ReadPosRankSum=1.358;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:32,25,0:69:75:1595,75,1053,1310,0,1237 chrXVI 215801 . TA T 328.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.202;DP=35;FS=3.645;HaplotypeScore=18.4070;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.652;QD=9.40;RPA=7,6;RU=A;ReadPosRankSum=0.607;SB=-9.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,21:35:99:368,0,213 chrXVI 228815 . G GA 947.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.600;DP=84;FS=4.241;HaplotypeScore=82.4719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.289;QD=11.29;RPA=3,4;RU=A;ReadPosRankSum=-1.224;SB=-4.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,41:84:99:987,0,989 chrXVI 241565 . G GTGT 5743 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=43.3240;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.66;MQ0=0;QD=51.74;SB=-2.316e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,106:111:99:5743,325,0 chrXVI 241882 . TA T 2498.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=229.8213;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.08;MQ0=0;QD=25.76;RPA=4,3;RU=A;SB=-5.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,91:97:99:2541,258,0 chrXVI 241891 . CT C 636.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.089;DP=80;FS=2.367;HaplotypeScore=346.0401;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.28;MQ0=0;MQRankSum=0.650;QD=7.96;RPA=7,6;RU=T;ReadPosRankSum=0.454;SB=-1.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,34:80:99:676,0,782 chrXVI 246835 . GA G 1043.02 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.253;DP=104;FS=9.870;HaplotypeScore=105.2051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQ0=0;MQRankSum=1.427;QD=10.03;RPA=15,14;RU=A;ReadPosRankSum=0.540;SB=-5.431e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,60:104:16:1082,0,16 chrXVI 246962 . 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T TG 354.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.818;DP=54;FS=4.070;HaplotypeScore=241.8507;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.70;MQ0=0;MQRankSum=0.933;QD=6.57;RPA=5,6;RU=G;ReadPosRankSum=0.144;SB=-1.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,18:54:99:394,0,860 chrXVI 259609 . G GTT 72.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.545;DP=20;FS=2.398;HaplotypeScore=15.5499;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.276;QD=3.65;RPA=12,14;RU=T;ReadPosRankSum=-1.524;SB=-2.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,6:20:99:112,0,174 chrXVI 260943 . T TTTTTGTTTGAA 4979 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.688;DP=89;FS=6.740;HaplotypeScore=128.0499;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.73;MQ0=0;MQRankSum=-6.092;QD=55.94;RPA=1,2;RU=TTTTGTTTGAA;ReadPosRankSum=-0.223;SB=-5.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,45:89:99:4979,0,2774 chrXVI 267971 . GT G 1439.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.456;DP=169;FS=6.030;HaplotypeScore=112.8287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.838;QD=8.52;RPA=6,5;RU=T;ReadPosRankSum=0.356;SB=-4.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,77:169:99:1479,0,1779 chrXVI 276079 . CAT C 644.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.904;DP=82;FS=1.134;HaplotypeScore=77.3589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.78;MQ0=0;MQRankSum=0.755;QD=7.87;RPA=7,6;RU=AT;ReadPosRankSum=1.053;SB=-2.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,23:82:99:684,0,787 chrXVI 276662 . T TTTC 1892.04 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.556;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=38.3609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=2;MQRankSum=0.286;QD=21.02;RPA=9,10;RU=TTC;ReadPosRankSum=-2.307;SB=-9.019e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,51:87:15:1931,0,15 chrXVI 278068 . 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A AG 1566.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=39.7372;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.74;MQ0=0;QD=32.64;RPA=1,2;RU=G;SB=-5.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1609,135,0 chrXVI 296837 . CT C 376.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.874;DP=72;FS=1.199;HaplotypeScore=83.3979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.43;MQ0=0;MQRankSum=1.965;QD=5.24;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=3.177;SB=-1.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,30:72:99:416,0,353 chrXVI 299725 . GA G 212.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.869;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=87.5535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.695;QD=8.19;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=0.695;SB=-9.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,13:26:99:252,0,221 chrXVI 301276 . TA T 2201.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=329.5643;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.90;MQ0=0;QD=17.20;RPA=8,7;RU=A;SB=-9.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,111:128:99:2244,274,0 chrXVI 302892 . C CT 139.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.634;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=39.2621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQ0=0;MQRankSum=0.453;QD=3.89;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.815;SB=-3.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,11:36:92:179,0,92 chrXVI 302994 . GAA G 159.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.289;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.825;QD=6.67;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.000;SB=-3.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,10:24:99:199,0,102 chrXVI 304088 . A AGTT 3359 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.162;DP=147;FS=0.626;HaplotypeScore=44.7807;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.95;MQ0=0;MQRankSum=0.255;QD=22.85;RPA=1,2;RU=GTT;ReadPosRankSum=-1.305;SB=-1.454e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,70:147:99:3359,0,3071 chrXVI 306362 . GA G 538.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.373;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=163.2068;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQ0=0;MQRankSum=0.622;QD=6.34;RPA=6,5;RU=A;ReadPosRankSum=-1.172;SB=-1.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,36:85:99:578,0,977 chrXVI 318974 . TA T 722.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;DP=67;FS=1.102;HaplotypeScore=17.7606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.573;QD=10.79;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.909;SB=-3.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,39:67:99:762,0,538 chrXVI 320885 . AC A 760.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.928;DP=62;FS=2.204;HaplotypeScore=30.8504;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.827;QD=12.27;ReadPosRankSum=0.282;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,28:62:99:800,0,1062 chrXVI 320957 . A AC 696.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.555;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=34.1863;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.135;QD=11.81;ReadPosRankSum=0.367;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,23:59:99:736,0,1038 chrXVI 322052 . C CG 856.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.214;DP=81;FS=0.894;HaplotypeScore=45.8086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.694;QD=10.58;ReadPosRankSum=0.641;SB=-3.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,29:81:99:896,0,1662 chrXVI 323762 . A AT 753.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.209;DP=98;FS=1.067;HaplotypeScore=181.7878;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.943;QD=7.69;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=0.141;SB=-1.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,37:98:99:793,0,965 chrXVI 323885 . T TC 1322.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.570;DP=103;FS=3.831;HaplotypeScore=241.8538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=0.003;QD=12.84;RPA=2,3;RU=C;ReadPosRankSum=1.620;SB=-1.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,50:103:99:1362,0,1322 chrXVI 323994 . ATT A 1034.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.975;DP=57;FS=1.059;HaplotypeScore=171.8273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.30;MQ0=0;MQRankSum=-3.086;QD=18.16;RPA=4,2;RU=T;ReadPosRankSum=-0.531;SB=-5.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,28:57:99:1074,0,702 chrXVI 324163 . CAA C 395.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.133;DP=25;FS=3.831;HaplotypeScore=101.4107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.84;MQ0=0;MQRankSum=-2.302;QD=15.84;RPA=9,7;RU=A;ReadPosRankSum=-0.028;SB=-2.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,15:25:99:435,0,279 chrXVI 326293 . G GT 493.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.941;DP=82;FS=11.524;HaplotypeScore=285.7165;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.656;QD=6.02;ReadPosRankSum=0.284;SB=-6.100e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,32:82:99:533,0,1394 chrXVI 327668 . GA G 846.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.739;DP=90;FS=5.849;HaplotypeScore=75.0348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.098;QD=9.41;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.921;SB=-4.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,49:90:99:886,0,643 chrXVI 329095 . GA G 147.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.086;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=50.1288;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.525;QD=4.77;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.131;SB=-4.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,18:31:99:187,0,210 chrXVI 338812 . GA G 831.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.726;DP=108;FS=9.709;HaplotypeScore=228.5992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.113;QD=7.70;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=-1.984;SB=-3.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,48:108:99:871,0,979 chrXVI 344854 . TA T 705.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.385;DP=55;FS=5.175;HaplotypeScore=93.6850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.401;QD=12.84;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=-0.379;SB=-1.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,31:55:99:745,0,450 chrXVI 345518 . C CA 1227.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.302;DP=136;FS=3.101;HaplotypeScore=143.4442;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.431;QD=9.03;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.199;SB=-5.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,63:136:99:1267,0,1197 chrXVI 347675 . AG A 824.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.362;DP=76;FS=3.896;HaplotypeScore=246.2852;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.61;MQ0=0;MQRankSum=0.180;QD=10.85;RPA=9,8;RU=G;ReadPosRankSum=1.372;SB=-3.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,39:76:79:864,0,79 chrXVI 348398 . G GA 775.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.155;DP=123;FS=5.993;HaplotypeScore=182.1674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=0.247;QD=6.31;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.017;SB=-1.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,51:123:99:815,0,1086 chrXVI 352475 . A AT 619.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.750;DP=90;FS=10.791;HaplotypeScore=257.7373;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.122;QD=6.89;RPA=3,4;RU=T;ReadPosRankSum=-0.491;SB=-3.327e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,33:90:64:659,0,64 chrXVI 359454 . G GTT 572.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.347;DP=35;FS=15.605;HaplotypeScore=189.1209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.98;MQ0=0;MQRankSum=-4.519;QD=16.37;RPA=2,4;RU=T;ReadPosRankSum=1.205;SB=-5.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,17:35:99:612,0,374 chrXVI 359549 . GA G 179.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.595;DP=35;FS=3.632;HaplotypeScore=181.9273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.841;QD=5.14;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.130;SB=-2.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,14:35:99:219,0,320 chrXVI 359898 . C CA 520.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.642;DP=51;FS=1.473;HaplotypeScore=109.5004;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.149;QD=10.22;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=0.540;SB=-1.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:51:99:560,0,355 chrXVI 370710 . A AT 247.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.000;DP=26;FS=1.871;HaplotypeScore=35.0168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.333;QD=9.54;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=0.527;SB=-1.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,11:26:99:287,0,365 chrXVI 377078 . C CT 269.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.185;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=102.8107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.32;MQ0=0;MQRankSum=1.391;QD=4.29;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.529;SB=-1.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,22:58:99:309,0,462 chrXVI 378268 . A AG 842.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.417;DP=59;FS=2.392;HaplotypeScore=191.0596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.68;MQ0=0;MQRankSum=-2.269;QD=14.29;ReadPosRankSum=-0.620;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:57:99:882,0,562 chrXVI 378890 . G GCAATTTTACAC 2070.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=41.1195;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.53;MQ0=0;QD=115.05;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,13:18:48:2113,48,0 chrXVI 379429 . G GTTGTTGTTGTTA 3434 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.422;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=216.6721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.796;QD=32.70;ReadPosRankSum=1.080;SB=-1.401e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,41:105:99:3434,0,1879 chrXVI 381324 . CTATCAGGAG C 1433.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.886;DP=33;FS=8.984;HaplotypeScore=7.2754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.99;MQ0=0;MQRankSum=-2.296;QD=43.45;ReadPosRankSum=0.560;SB=-6.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,15:33:99:1473,0,1909 chrXVI 383323 . GA GAAAA,G 3960 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.590;DP=202;FS=3.589;HaplotypeScore=473.6024;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.043;QD=19.60;RPA=11,14,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.837;SB=-1.764e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:57,5,84:202:99:3960,1841,4135,2425,0,2906 chrXVI 386559 . AT A 630.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.511;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=33.3227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.360;QD=11.67;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.852;SB=-2.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,36:54:5:670,5,0 chrXVI 393885 . GCCGGTT G 2633.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.819;DP=86;FS=5.888;HaplotypeScore=216.7072;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=1.345;QD=30.63;ReadPosRankSum=0.680;SB=-1.314e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,37:86:99:2673,0,3362 chrXVI 396604 . CT C 1574.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=28.2480;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;QD=19.21;RPA=10,9;RU=T;SB=-1.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,69:82:99:1617,209,0 chrXVI 398024 . GTTC G 1039.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=21.3298;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.06;MQ0=0;QD=23.64;RPA=9,8;RU=TTC;SB=-2.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,25:44:75:1082,75,0 chrXVI 404723 . TA T 113.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.791;DP=17;FS=3.310;HaplotypeScore=44.6040;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.927;QD=6.70;RPA=7,6;RU=A;ReadPosRankSum=0.772;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,8:17:99:153,0,142 chrXVI 404733 . AT A 45.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.793;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=55.0237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.27;MQ0=0;MQRankSum=-2.793;QD=2.55;RPA=8,7;RU=T;ReadPosRankSum=2.367;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,5:18:85:85,0,147 chrXVI 405194 . TAGA T 579.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.767;DP=33;FS=4.378;HaplotypeScore=44.2025;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.81;MQ0=0;MQRankSum=-2.336;QD=17.57;RPA=2,1;RU=AGA;ReadPosRankSum=-1.083;SB=-1.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,14:33:99:619,0,823 chrXVI 406826 . G GA 967.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.764;DP=72;FS=2.074;HaplotypeScore=108.8197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.112;QD=13.44;ReadPosRankSum=0.046;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,27:72:99:1007,0,1034 chrXVI 406959 . G GTT 2273.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.107;DP=204;FS=1.873;HaplotypeScore=715.2236;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.870;QD=11.15;RPA=7,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.076;SB=-9.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:112,87:203:99:2313,0,2566 chrXVI 409092 . TA T 1687.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.320;DP=99;FS=1.938;HaplotypeScore=89.3714;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQ0=0;MQRankSum=0.088;QD=17.05;ReadPosRankSum=-0.674;SB=-4.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,61:99:99:1727,0,1131 chrXVI 411655 . GC G 922.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.643;DP=45;FS=3.006;HaplotypeScore=31.0881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=1.449;QD=20.51;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=0.139;SB=-2.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,30:45:99:962,0,381 chrXVI 412746 . C CA 931.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.428;DP=104;FS=3.238;HaplotypeScore=45.7817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.140;QD=8.96;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-2.307;SB=-2.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,50:104:99:971,0,763 chrXVI 418071 . A AT 408.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.366;DP=55;FS=6.683;HaplotypeScore=64.1349;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=0.197;QD=7.44;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=0.531;SB=-6.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,21:55:99:448,0,640 chrXVI 425242 . A AG 748.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.130;DP=77;FS=2.104;HaplotypeScore=78.3022;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.68;MQ0=0;MQRankSum=1.625;QD=9.73;ReadPosRankSum=0.631;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,36:77:99:788,0,518 chrXVI 426048 . GA G 1692.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=26.4532;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.08;MQ0=0;QD=19.46;RPA=9,8;RU=A;SB=-5.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,74:87:99:1735,215,0 chrXVI 427833 . CA C 149.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.064;DP=24;FS=3.468;HaplotypeScore=16.7658;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.836;QD=6.25;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.216;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,11:24:99:189,0,158 chrXVI 429750 . G GA 334.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.352;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=118.3939;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.222;QD=5.40;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.846;SB=-1.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,25:62:99:374,0,364 chrXVI 431787 . T TA 491.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.782;DP=46;FS=9.700;HaplotypeScore=18.0826;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=2.100;QD=10.69;RPA=3,4;RU=A;ReadPosRankSum=0.107;SB=-1.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,23:46:99:531,0,374 chrXVI 431997 . A AG 516.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.146;DP=48;FS=1.511;HaplotypeScore=34.4052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.347;QD=10.77;RPA=4,5;RU=G;ReadPosRankSum=0.114;SB=-1.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,22:48:99:556,0,333 chrXVI 432333 . G GAT 1327.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.358;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=70.4203;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.680;QD=20.43;ReadPosRankSum=2.308;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,31:65:99:1367,0,1227 chrXVI 436384 . A AT 2526.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=418.8267;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.16;MQ0=0;QD=30.45;SB=-1.159e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,69:83:99:2569,202,0 chrXVI 443793 . CCT C 2257.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.858;DP=140;FS=11.091;HaplotypeScore=228.3653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.399;QD=16.13;RPA=2,1;RU=CT;ReadPosRankSum=1.053;SB=-7.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,62:140:99:2297,0,2608 chrXVI 444154 . ATACTAAT A 2728.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.369;DP=85;FS=3.165;HaplotypeScore=131.1832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=0.161;QD=32.11;ReadPosRankSum=0.713;SB=-1.105e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,40:85:99:2768,0,3244 chrXVI 444542 . C CT 2076.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=66.5345;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.89;MQ0=0;QD=24.43;RPA=5,6;RU=T;SB=-9.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,78:85:99:2119,228,0 chrXVI 445448 . A AT 435.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.692;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=143.7862;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=0.326;QD=5.81;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.433;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,28:75:99:475,0,724 chrXVI 450415 . AC A 2286.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=170.8352;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.28;MQ0=0;QD=32.21;RPA=2,1;RU=C;SB=-2.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2329,207,0 chrXVI 451141 . T TG 1872.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=94.6719;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.35;MQ0=0;QD=39.02;SB=-9.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1915,144,0 chrXVI 451649 . G GA 269.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.902;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=30.7964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.111;QD=5.51;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.997;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,19:49:99:309,0,263 chrXVI 453463 . GA GAA,G 853.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.783;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=120.0047;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=0.177;QD=15.81;RPA=9,10,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.480;SB=-3.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:6,1,24:54:99:932,449,561,560,0,744 chrXVI 453758 . TA T 301.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.897;DP=34;FS=1.580;HaplotypeScore=13.2995;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=0.408;QD=8.88;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=-1.985;SB=-1.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,16:34:99:341,0,401 chrXVI 455090 . GA G 1442.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=355.9477;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.72;MQ0=0;QD=21.22;RPA=8,7;RU=A;SB=-2.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,62:68:99:1485,177,0 chrXVI 455132 . CT C 397.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.004;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=276.2143;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.88;MQ0=0;MQRankSum=0.502;QD=5.77;RPA=8,7;RU=T;ReadPosRankSum=-0.201;SB=-3.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,26:69:99:437,0,798 chrXVI 455694 . CTACTAT C 368.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=66.5401;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.19;MQ0=0;QD=20.50;RPA=3,2;RU=TACTAT;SB=-4.890e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,10:18:24:411,24,0 chrXVI 456671 . GC G 285.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.992;DP=37;FS=1.377;HaplotypeScore=22.8692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.815;QD=7.73;RPA=4,3;RU=C;ReadPosRankSum=-1.276;SB=-1.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,13:37:99:325,0,586 chrXVI 456724 . A ATT 915.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.425;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=27.0626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.770;QD=16.07;RPA=1,3;RU=T;ReadPosRankSum=-0.088;SB=-8.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,26:57:99:955,0,1254 chrXVI 458616 . A AT 400.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.177;DP=80;FS=2.424;HaplotypeScore=195.6341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.250;QD=5.01;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.292;SB=-1.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,23:80:99:440,0,463 chrXVI 458706 . TG T 2313.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.918;DP=159;FS=1.327;HaplotypeScore=138.6016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.494;QD=14.55;ReadPosRankSum=1.029;SB=-1.071e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,77:159:99:2353,0,2219 chrXVI 462405 . AGT A 2088.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=20.9807;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.83;MQ0=0;QD=33.69;RPA=5,4;RU=GT;SB=-8.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,57:62:99:2131,165,0 chrXVI 472725 . A AG 2341.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=232.2258;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.19;MQ0=0;QD=34.95;SB=-5.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,55:67:99:2384,193,0 chrXVI 472726 . A AG 467.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.898;DP=65;FS=3.242;HaplotypeScore=400.1594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=0.597;QD=7.20;RPA=6,7;RU=G;ReadPosRankSum=0.900;SB=-5.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,25:65:99:507,0,156 chrXVI 472924 . G GA 1681.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=140.6430;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;QD=26.70;RPA=5,6;RU=A;SB=-4.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,62:63:99:1724,183,0 chrXVI 477146 . AG A 320.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.581;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=32.6327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.332;QD=8.92;RPA=6,5;RU=G;ReadPosRankSum=-0.249;SB=-1.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,16:36:99:360,0,355 chrXVI 480253 . CA C 1834.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=345.3197;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.50;MQ0=0;QD=20.85;RPA=8,7;RU=A;SB=-2.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,85:88:99:1877,228,0 chrXVI 481304 . ATT A 689.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.430;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=32.4493;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=0.193;QD=20.91;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.039;SB=-5.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,27:33:67:732,67,0 chrXVI 482069 . CT C 650.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.950;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=47.4298;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.174;QD=19.73;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.062;SB=-2.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,29:32:67:693,67,0 chrXVI 482775 . C CT,CTT 2210.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.488;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=325.3631;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=49.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.392;QD=19.23;RPA=11,12,13;RU=T;ReadPosRankSum=1.024;SB=-9.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:46,14,48:115:92:2289,1257,1077,254,0,92 chrXVI 485926 . T TGACACACACACACA,TGACACACACA 4840 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=190.3250;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=52.76;MQ0=0;QD=74.46;SB=-1.119e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:5,40,5:65:99:4840,351,161,649,0,459 chrXVI 487213 . TA T 1530.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=159.4011;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.93;MQ0=0;QD=22.85;RPA=8,7;RU=A;SB=-7.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,65:67:99:1573,192,0 chrXVI 488388 . ATTTC A 1694.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.347;DP=86;FS=3.248;HaplotypeScore=113.3697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.95;MQ0=0;MQRankSum=0.090;QD=19.71;RPA=3,2;RU=TTTC;ReadPosRankSum=-0.246;SB=-7.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,40:86:99:1734,0,1749 chrXVI 488579 . TA T 1112.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.608;DP=73;FS=1.715;HaplotypeScore=159.1227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=0.847;QD=15.25;ReadPosRankSum=1.117;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:73:99:1152,0,1080 chrXVI 488778 . CA C 394.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=13.9597;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=19.75;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,18:20:54:437,54,0 chrXVI 488828 . G GA 927.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.684;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=36.6533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.584;QD=10.79;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=0.506;SB=-1.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,44:86:99:967,0,758 chrXVI 490095 . A ATTGGGCTTGAGC 2599.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.303;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=141.8290;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.48;MQ0=0;MQRankSum=-3.895;QD=31.32;RPA=1,2;RU=TTGGGCTTGAGC;ReadPosRankSum=-0.190;SB=-1.301e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,30:83:99:2639,0,2549 chrXVI 491804 . CT C 75.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.177;DP=20;FS=4.832;HaplotypeScore=46.9700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.19;MQ0=0;MQRankSum=0.059;QD=3.80;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=1.002;SB=-2.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,6:20:55:115,0,55 chrXVI 491839 . G GA 144.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.341;DP=29;FS=3.796;HaplotypeScore=48.4204;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.50;MQ0=0;MQRankSum=0.093;QD=5.00;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.023;SB=-8.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,9:29:99:184,0,233 chrXVI 491941 . T TAA 767.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.950;DP=72;FS=6.004;HaplotypeScore=78.1504;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.761;QD=10.67;RPA=3,5;RU=A;ReadPosRankSum=-0.070;SB=-2.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,27:72:99:807,0,1347 chrXVI 500406 . AC A 1181.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.832;DP=135;FS=21.591;HaplotypeScore=375.7571;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.625;QD=8.76;ReadPosRankSum=0.524;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,54:135:99:1221,0,2380 chrXVI 500581 . G GAAA 5128 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=55.8500;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.29;MQ0=0;QD=34.42;RPA=8,11;RU=A;SB=-1.983e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,119:149:99:5128,383,0 chrXVI 501019 . CTTGCTGTTGTTGTTG C 5037 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.195;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=222.9438;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.647;QD=42.33;RPA=2,1;RU=TTGCTGTTGTTGTTG;ReadPosRankSum=-0.270;SB=-1.121e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,39:119:99:5037,0,6770 chrXVI 502842 . CA C 255.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.988;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4644;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.595;QD=12.19;ReadPosRankSum=1.671;SB=-3.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,10:21:99:295,0,375 chrXVI 503385 . GAAAAAA G 343.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.712;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=97.6661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.10;MQ0=2;MQRankSum=2.997;QD=6.88;RPA=23,17;RU=A;ReadPosRankSum=2.434;SB=-9.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,15:47:99:383,0,312 chrXVI 510161 . CT C 1902.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=50.2531;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.75;MQ0=0;QD=20.46;RPA=7,6;RU=T;SB=-9.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,76:93:99:1945,230,0 chrXVI 510617 . C CT 865.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.435;DP=76;FS=1.247;HaplotypeScore=365.7483;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.672;QD=11.39;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=0.146;SB=-1.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,39:76:99:905,0,572 chrXVI 511831 . TA T 1524.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=152.5274;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.06;MQ0=0;QD=29.33;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:52:99:1567,144,0 chrXVI 520684 . T TA 888.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.993;DP=69;FS=5.450;HaplotypeScore=31.8781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.526;QD=12.88;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=-1.771;SB=-8.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,33:69:99:928,0,787 chrXVI 522054 . ACAG A 1637.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.698;DP=94;FS=2.359;HaplotypeScore=787.6787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.20;MQ0=0;MQRankSum=4.061;QD=17.43;RPA=6,5;RU=CAG;ReadPosRankSum=3.212;SB=-1.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,33:94:99:1677,0,140 chrXVI 526860 . T TGTAGAAGCGGTGACAACA 1114.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.442;DP=23;FS=4.359;HaplotypeScore=33.6038;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.87;MQ0=0;MQRankSum=-3.532;QD=48.48;ReadPosRankSum=0.543;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,6:23:99:1154,0,1288 chrXVI 527238 . G GA 297.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.034;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=69.7610;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.999;QD=9.31;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=-0.622;SB=-1.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,16:32:99:337,0,315 chrXVI 527471 . AT A 1066.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.116;DP=93;FS=0.816;HaplotypeScore=361.5860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.44;MQ0=0;MQRankSum=0.111;QD=11.47;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=1.145;SB=-3.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,48:93:99:1106,0,1040 chrXVI 528757 . T TATTACA 5101 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.959;DP=160;FS=1.614;HaplotypeScore=56.2377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.170;QD=31.88;RPA=1,2;RU=ATTACA;ReadPosRankSum=0.620;SB=-1.100e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,75:160:99:5101,0,4506 chrXVI 528974 . TC T 2121.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=141.7262;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.92;MQ0=0;QD=22.57;RPA=2,1;RU=C;SB=-8.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:53,36:93:99:2164,240,0 chrXVI 529418 . GTA G 744.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.045;DP=70;FS=1.098;HaplotypeScore=65.8826;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.55;MQ0=0;MQRankSum=0.207;QD=10.64;RPA=3,2;RU=TA;ReadPosRankSum=-0.224;SB=-2.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,26:70:99:784,0,1139 chrXVI 534827 . G GA 448.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.330;DP=63;FS=1.073;HaplotypeScore=39.5861;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.740;QD=7.13;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.330;SB=-1.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:63:99:488,0,421 chrXVI 535784 . AT A 944.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.606;DP=110;FS=2.649;HaplotypeScore=366.8900;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.57;MQ0=0;MQRankSum=-3.604;QD=8.59;ReadPosRankSum=-0.393;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,35:110:99:984,0,1870 chrXVI 535825 . G GT 626.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.831;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=254.3788;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.963;QD=7.74;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.031;SB=-1.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,32:81:99:666,0,418 chrXVI 544393 . CT C 473.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.778;DP=54;FS=6.439;HaplotypeScore=178.9710;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.89;MQ0=0;MQRankSum=2.990;QD=8.78;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=-0.521;SB=-2.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,23:54:99:513,0,552 chrXVI 544447 . C CTA 843.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.681;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=211.9979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.62;MQ0=0;MQRankSum=-4.732;QD=14.55;RPA=1,2;RU=TA;ReadPosRankSum=-0.546;SB=-2.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,22:58:99:883,0,793 chrXVI 551902 . A AAT 310.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.346;DP=23;FS=3.796;HaplotypeScore=8.0413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.094;QD=13.52;ReadPosRankSum=-0.283;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,9:23:99:350,0,573 chrXVI 556007 . T TC 84.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.219;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=64.9384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.12;MQ0=0;MQRankSum=-2.219;QD=7.08;ReadPosRankSum=0.361;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,6:12:75:124,0,75 chrXVI 557969 . TC T 2605.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.639;DP=163;FS=21.911;HaplotypeScore=124.6854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.504;QD=15.99;ReadPosRankSum=-1.350;SB=-8.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,84:163:99:2645,0,2703 chrXVI 558046 . T TTC 940.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.350;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=249.1824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.374;QD=9.23;RPA=2,3;RU=TC;ReadPosRankSum=1.664;SB=-6.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,20:102:99:980,0,693 chrXVI 560138 . A AT 317.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.112;DP=29;FS=6.435;HaplotypeScore=79.3358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.335;QD=10.96;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=-1.081;SB=9.946e-03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,19:29:43:357,0,43 chrXVI 560347 . ATGGG A 203.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.528;DP=19;FS=40.655;HaplotypeScore=77.6315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.86;MQ0=0;MQRankSum=2.083;QD=10.74;ReadPosRankSum=0.602;SB=-2.745e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,5:19:99:243,0,653 chrXVI 563527 . C CTTGTATTAT 5170 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=170;FS=0.000;HaplotypeScore=223.5423;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.24;MQ0=0;QD=30.41;RPA=3,4;RU=TTGTATTAT;SB=-1.544e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:72,96:170:99:5170,258,0 chrXVI 564015 . AT A 1361.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=16.6009;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.19;MQ0=0;QD=21.62;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,54:63:99:1404,132,0 chrXVI 565501 . G GC 787.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.192;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=214.3412;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.123;QD=11.59;RPA=1,2;RU=C;ReadPosRankSum=-0.195;SB=-3.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,25:68:99:827,0,965 chrXVI 565687 . G GC 701.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.796;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=151.5725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.680;QD=16.71;ReadPosRankSum=0.257;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,24:42:99:741,0,431 chrXVI 569007 . CTAGAAAAGTCGAAATCGATATTA C 2307.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.021;DP=45;FS=5.282;HaplotypeScore=123.4637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.29;MQ0=0;MQRankSum=-2.183;QD=51.29;ReadPosRankSum=0.298;SB=-9.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,13:45:99:2347,0,5822 chrXVI 572049 . T TC 984.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.318;DP=115;FS=71.236;HaplotypeScore=959.6513;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.12;MQ0=0;MQRankSum=-8.186;QD=8.56;ReadPosRankSum=0.797;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,34:115:99:1024,0,2530 chrXVI 572203 . ATT A 802.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.575;DP=88;FS=31.731;HaplotypeScore=146.4638;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.433;QD=9.12;RPA=6,4;RU=T;ReadPosRankSum=1.408;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,29:88:99:842,0,1594 chrXVI 572340 . A AT 1062.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.357;DP=102;FS=16.370;HaplotypeScore=168.6962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.36;MQ0=0;MQRankSum=-6.033;QD=10.42;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=0.007;SB=-2.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,51:102:99:1102,0,997 chrXVI 572731 . G GAAA 470.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.149;DP=50;FS=3.127;HaplotypeScore=30.9392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=0.977;QD=9.42;RPA=10,13;RU=A;ReadPosRankSum=-1.142;SB=-1.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,10:50:99:510,0,483 chrXVI 572996 . G GA 521.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.989;DP=76;FS=5.675;HaplotypeScore=43.2640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQ0=0;MQRankSum=0.977;QD=6.87;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.018;SB=-9.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,32:76:99:561,0,599 chrXVI 575156 . CAT C 1717.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.239;DP=117;FS=1.044;HaplotypeScore=167.1257;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQ0=0;MQRankSum=1.482;QD=14.68;RPA=8,7;RU=AT;ReadPosRankSum=1.495;SB=-8.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,60:117:99:1757,0,410 chrXVI 575799 . T TC 601.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.172;DP=60;FS=2.371;HaplotypeScore=176.9275;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.292;QD=10.03;RPA=4,5;RU=C;ReadPosRankSum=0.575;SB=-2.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,26:60:99:641,0,641 chrXVI 576354 . AT A 999.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.067;DP=95;FS=4.680;HaplotypeScore=313.2343;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.58;MQ0=0;MQRankSum=-2.663;QD=10.53;RPA=8,7;RU=T;ReadPosRankSum=0.367;SB=-3.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,54:95:99:1039,0,646 chrXVI 581372 . C CA 762.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.043;DP=62;FS=28.742;HaplotypeScore=340.8113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.40;MQ0=0;MQRankSum=-4.709;QD=12.31;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=0.561;SB=-4.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,34:62:99:802,0,605 chrXVI 581587 . AC A 547.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.449;DP=60;FS=3.859;HaplotypeScore=526.6069;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.09;MQ0=0;MQRankSum=-6.289;QD=9.13;ReadPosRankSum=0.665;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,26:60:99:587,0,1066 chrXVI 581589 . TCG T 797.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.542;DP=59;FS=3.876;HaplotypeScore=491.8413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.86;MQ0=0;MQRankSum=-6.176;QD=13.52;ReadPosRankSum=0.908;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,26:59:99:837,0,1404 chrXVI 581621 . C CT 600.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.141;DP=82;FS=2.213;HaplotypeScore=699.7090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.39;MQ0=0;MQRankSum=-6.337;QD=7.33;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=0.650;SB=-2.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,34:81:99:640,0,786 chrXVI 581678 . CT C 377.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.112;DP=71;FS=6.408;HaplotypeScore=360.9468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.79;MQ0=0;MQRankSum=-4.657;QD=5.32;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=0.055;SB=-1.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,20:70:99:417,0,1227 chrXVI 582137 . C CTT 777.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.346;DP=66;FS=3.707;HaplotypeScore=83.2943;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.750;QD=11.79;RPA=6,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.487;SB=-3.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,28:66:99:817,0,872 chrXVI 586599 . GA G 583.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.549;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=55.1403;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=0.256;QD=12.69;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.720;SB=-2.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,31:46:52:626,52,0 chrXVI 586993 . C CT 1231.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.261;DP=55;FS=3.096;HaplotypeScore=19.3855;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=0.452;QD=22.40;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.071;SB=-5.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,50:55:99:1274,111,0 chrXVI 587395 . C CT 2672.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=133.9592;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=21.21;RPA=6,7;RU=T;SB=-3.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,105:126:99:2715,297,0 chrXVI 589297 . TGA T 1672.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.516;DP=164;FS=15.958;HaplotypeScore=1117.9553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.26;MQ0=0;MQRankSum=-8.408;QD=10.20;ReadPosRankSum=4.163;SB=-7.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,47:164:99:1712,0,3522 chrXVI 589310 . G GTC 1643.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.220;DP=131;FS=16.495;HaplotypeScore=1091.7458;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.26;MQ0=0;MQRankSum=-8.806;QD=12.55;ReadPosRankSum=5.876;SB=-6.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,47:131:99:1683,0,3161 chrXVI 589866 . G GT 781.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.205;DP=92;FS=0.891;HaplotypeScore=620.8970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.07;MQ0=0;MQRankSum=-6.882;QD=8.50;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=-0.664;SB=-3.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,32:92:99:821,0,1113 chrXVI 589884 . TAC T 1275.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.845;DP=80;FS=0.960;HaplotypeScore=426.1360;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.38;MQ0=0;MQRankSum=-6.614;QD=15.95;ReadPosRankSum=0.622;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,34:80:99:1315,0,1509 chrXVI 589896 . CT C 305.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.330;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=504.0052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.87;MQ0=0;MQRankSum=-2.910;QD=3.69;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.730;SB=-1.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,23:83:99:345,0,335 chrXVI 589924 . A AT 1310.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.362;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=264.1771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.11;MQ0=0;MQRankSum=-3.478;QD=15.42;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=0.197;SB=-6.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,46:85:99:1350,0,818 chrXVI 591382 . G GCT 330.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.550;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=28.3249;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.09;MQ0=0;MQRankSum=0.038;QD=12.73;RPA=1,2;RU=CT;ReadPosRankSum=-0.340;SB=-6.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,10:26:99:370,0,377 chrXVI 594151 . AAGG A 2387.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.459;DP=88;FS=14.229;HaplotypeScore=85.8815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.937;QD=27.14;ReadPosRankSum=-0.240;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,45:88:99:2427,0,1509 chrXVI 595701 . AGG A 565.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.688;DP=53;FS=4.589;HaplotypeScore=107.6682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.79;MQ0=0;MQRankSum=0.670;QD=10.68;ReadPosRankSum=1.010;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,21:53:99:605,0,872 chrXVI 595704 . AG A 308.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.534;DP=49;FS=1.345;HaplotypeScore=133.6008;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.082;QD=6.31;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=1.207;SB=-7.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,21:49:99:348,0,600 chrXVI 600560 . GAAAA G,GA 885.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=90.4927;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=51.87;MQ0=0;QD=23.31;RPA=13,9,10;RU=A;SB=-1.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:4,16,0:38:99:964,345,335,239,0,172 chrXVI 607467 . GAAAA G 3679 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=188.0545;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.90;MQ0=0;QD=42.78;RPA=14,10;RU=A;SB=-1.618e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,66:86:99:3679,232,0 chrXVI 607482 . CA C 656.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.801;DP=92;FS=0.870;HaplotypeScore=496.4803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.54;MQ0=0;MQRankSum=0.947;QD=7.14;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=1.604;SB=-3.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,36:92:99:696,0,541 chrXVI 607677 . T TA 596.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.014;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=12.9291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.226;QD=15.31;ReadPosRankSum=0.642;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,19:39:99:636,0,655 chrXVI 607820 . CTTTT C,CTTT 1590.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.677;DP=78;FS=2.904;HaplotypeScore=163.1475;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.397;QD=20.40;RPA=15,11,14;RU=T;ReadPosRankSum=0.583;SB=-7.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:21,30,0:78:99:1669,293,770,1154,0,1060 chrXVI 607997 . CTTT CT,C 1259.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=127.6213;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.72;MQ0=0;QD=21.72;RPA=14,12,11;RU=T;SB=-5.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:16,0,21:58:99:1338,505,388,376,0,309 chrXVI 608694 . G GC 933.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.492;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=24.7615;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQ0=0;MQRankSum=0.615;QD=15.06;ReadPosRankSum=0.535;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,29:62:99:973,0,891 chrXVI 613260 . AT A 1271.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.113;DP=163;FS=7.957;HaplotypeScore=44.5785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=-2.113;QD=7.80;RPA=6,5;RU=T;ReadPosRankSum=1.835;SB=-2.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,66:163:99:1311,0,1772 chrXVI 614712 . T TG 1053.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.750;DP=66;FS=4.896;HaplotypeScore=129.1025;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=2.815;QD=15.97;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=-1.411;SB=-5.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:66:99:1093,0,823 chrXVI 614823 . A AG 1060.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.919;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=85.9459;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=0.171;QD=11.92;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=-1.415;SB=-2.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,40:89:99:1100,0,1472 chrXVI 615022 . CA C 1206.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.745;DP=112;FS=9.262;HaplotypeScore=27.4605;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=1.206;QD=10.78;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=-0.327;SB=-6.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,52:112:99:1246,0,1357 chrXVI 615257 . TA T 364.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.641;DP=121;FS=3.855;HaplotypeScore=223.1005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.72;MQ0=0;MQRankSum=0.153;QD=3.02;RPA=17,16;RU=A;ReadPosRankSum=-0.956;SB=-7.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,27:121:99:404,0,662 chrXVI 619088 . G GAT 525.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.857;DP=96;FS=8.155;HaplotypeScore=192.1169;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.798;QD=5.48;RPA=4,5;RU=AT;ReadPosRankSum=0.395;SB=-1.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,30:96:99:565,0,1289 chrXVI 619145 . T TC 798.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.763;DP=72;FS=2.145;HaplotypeScore=384.9611;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.57;MQ0=0;MQRankSum=-3.054;QD=11.10;ReadPosRankSum=1.543;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,33:72:99:838,0,637 chrXVI 619148 . T TTC 1032.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.630;DP=68;FS=2.241;HaplotypeScore=343.6621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.03;MQ0=0;MQRankSum=-2.698;QD=15.19;ReadPosRankSum=1.062;SB=-3.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,33:68:99:1072,0,727 chrXVI 619424 . AT A 418.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.933;DP=44;FS=5.153;HaplotypeScore=122.4883;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.421;QD=9.52;RPA=6,5;RU=T;ReadPosRankSum=0.892;SB=-1.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:44:99:458,0,282 chrXVI 619604 . AT A 416.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.983;DP=38;FS=1.421;HaplotypeScore=131.9004;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.583;QD=10.97;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=2.817;SB=-1.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,21:38:99:456,0,325 chrXVI 619782 . TG T 665.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.185;DP=57;FS=9.903;HaplotypeScore=219.6819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.049;QD=11.68;ReadPosRankSum=0.435;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,24:57:99:705,0,1054 chrXVI 619939 . ATCGTCCCCAGTTTTTCC A 1665.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.476;DP=34;FS=25.621;HaplotypeScore=94.4880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.22;MQ0=0;MQRankSum=-3.056;QD=49.00;ReadPosRankSum=-0.387;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,11:34:99:1705,0,3518 chrXVI 620255 . CAAA C 755.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.450;DP=40;FS=15.933;HaplotypeScore=130.8345;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.137;QD=18.90;RPA=15,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.508;SB=-2.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,20:40:99:795,0,173 chrXVI 622396 . AT A 620.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.526;DP=87;FS=6.437;HaplotypeScore=333.1961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.46;MQ0=0;MQRankSum=-4.941;QD=7.14;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=0.899;SB=-1.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,32:87:99:660,0,1272 chrXVI 623394 . A AT 641.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.504;DP=76;FS=2.095;HaplotypeScore=51.9750;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.705;QD=8.45;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=0.275;SB=-3.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,30:76:99:681,0,697 chrXVI 627152 . A AT 580.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.115;DP=96;FS=5.888;HaplotypeScore=128.8744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.70;MQ0=0;MQRankSum=3.880;QD=6.05;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.483;SB=-2.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,36:95:99:620,0,884 chrXVI 627564 . C CT 218.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.378;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=188.0673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.020;QD=4.87;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.793;SB=-1.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,14:45:99:258,0,308 chrXVI 631285 . C CATAT 1079.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=315.5793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.72;MQ0=0;QD=20.00;RPA=5,7;RU=AT;SB=-4.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,15:54:65:1122,65,0 chrXVI 631326 . T TACCTATGCTAGTTTCC 10309 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=137.0217;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.16;MQ0=0;QD=171.82;SB=-2.631e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,47:60:99:10309,175,0 chrXVI 633860 . T TA 1419.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.868;DP=163;FS=0.000;HaplotypeScore=72.6739;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.537;QD=8.71;RPA=5,6;RU=A;ReadPosRankSum=-0.748;SB=-2.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,73:163:99:1459,0,1675 chrXVI 637334 . C CAT 9529 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=248;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=313.1722;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.06;MQ0=0;QD=38.42;RPA=1,2;RU=AT;SB=-3.085e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,234:248:99:9529,653,0 chrXVI 639361 . GA G 175.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.237;DP=31;FS=1.510;HaplotypeScore=15.0608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.704;QD=5.68;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.315;SB=-9.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,15:31:99:215,0,267 chrXVI 643580 . T TTTC 162.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.159;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=18.11;ReadPosRankSum=0.000;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:9:99:202,0,109 chrXVI 643732 . GA G 128.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.561;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=53.3616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQ0=0;MQRankSum=0.460;QD=3.58;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.328;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,12:36:99:168,0,178 chrXVI 646233 . ACT A 276.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.133;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=17.8486;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.133;QD=18.46;ReadPosRankSum=1.200;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,9:15:55:316,0,55 chrXVI 648653 . C CAA 841.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.476;DP=77;FS=6.301;HaplotypeScore=66.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.04;MQ0=0;MQRankSum=0.556;QD=10.93;RPA=11,13;RU=A;ReadPosRankSum=1.194;SB=-3.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,31:77:99:881,0,790 chrXVI 653959 . AT ATT,A 1434.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.648;DP=107;FS=6.111;HaplotypeScore=84.3470;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.094;QD=13.41;RPA=12,13,11;RU=T;ReadPosRankSum=-2.165;SB=-7.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:20,3,58:107:99:1513,1102,1476,573,0,699 chrXVI 657438 . GA G 1611.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=244.9318;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.02;MQ0=0;QD=20.67;RPA=10,9;RU=A;SB=-6.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,71:78:99:1654,212,0 chrXVI 657480 . C CAG 775.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.367;DP=55;FS=1.264;HaplotypeScore=210.0259;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.400;QD=14.11;RPA=5,6;RU=AG;ReadPosRankSum=0.428;SB=-3.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,23:55:99:815,0,460 chrXVI 659089 . CAT C 1098.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.393;DP=74;FS=13.007;HaplotypeScore=192.8897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=14.85;ReadPosRankSum=0.235;SB=-4.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,32:74:99:1138,0,958 chrXVI 675808 . GA G 183.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.099;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=60.2294;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.690;QD=7.08;RPA=15,14;RU=A;ReadPosRankSum=-1.183;SB=-6.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,13:26:63:223,0,63 chrXVI 677053 . C CTT 261.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.318;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=49.4138;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.120;QD=6.89;RPA=11,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.124;SB=-1.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,7:38:99:301,0,332 chrXVI 677139 . T TTTC 902.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.588;DP=45;FS=3.035;HaplotypeScore=61.6403;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.254;QD=20.07;ReadPosRankSum=1.595;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,20:45:99:942,0,1079 chrXVI 679448 . G GTT 752.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.272;DP=92;FS=4.460;HaplotypeScore=46.9850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.178;QD=8.18;RPA=12,14;RU=T;ReadPosRankSum=-0.901;SB=-3.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,28:92:99:792,0,814 chrXVI 679998 . A ACGG 635.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.006;DP=51;FS=1.184;HaplotypeScore=124.0930;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.46;MQ0=0;MQRankSum=1.918;QD=12.47;ReadPosRankSum=-0.274;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,19:51:99:675,0,1356 chrXVI 680943 . T TA 196.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.869;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=9.0819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.340;QD=9.38;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=-0.794;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,10:21:99:236,0,222 chrXVI 681149 . T TTTA 1457.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.524;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=199.6335;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.616;QD=19.18;ReadPosRankSum=-1.804;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,29:76:99:1497,0,623 chrXVI 689666 . T TA 820.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.696;DP=69;FS=1.105;HaplotypeScore=28.3808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=0.238;QD=11.90;ReadPosRankSum=-0.516;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,29:69:99:860,0,751 chrXVI 689966 . A AT 533.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.582;DP=67;FS=3.609;HaplotypeScore=118.2592;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=0.490;QD=7.97;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=0.059;SB=-2.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,29:67:99:573,0,695 chrXVI 695616 . TAAAA T,TAAA 2583.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.463;DP=113;FS=5.333;HaplotypeScore=274.5243;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.682;QD=22.87;RPA=15,11,14;RU=A;ReadPosRankSum=2.360;SB=-1.035e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:37,47,0:113:99:2662,513,1878,1736,0,1695 chrXVI 696346 . A ATCCTCATCGTCTTCC 1374.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.168;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=33.9443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.70;MQ0=0;MQRankSum=-3.234;QD=50.92;ReadPosRankSum=-0.178;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,13:27:99:1414,0,898 chrXVI 698526 . G GAA 252.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.704;DP=52;FS=6.120;HaplotypeScore=182.8058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.833;QD=4.86;RPA=17,19;RU=A;ReadPosRankSum=1.509;SB=-5.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,5:52:99:292,0,269 chrXVI 700256 . CA C 374.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.717;DP=34;FS=16.802;HaplotypeScore=79.8512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.69;MQ0=0;MQRankSum=1.208;QD=11.03;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=2.115;SB=-2.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,19:34:99:414,0,362 chrXVI 711365 . CAT C 1287.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.420;DP=115;FS=0.995;HaplotypeScore=52.0679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.424;QD=11.20;RPA=6,5;RU=AT;ReadPosRankSum=-0.169;SB=-3.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,46:115:99:1327,0,985 chrXVI 728633 . CTTTATTCGTT C 5283 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=15.6820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.37;MQ0=0;QD=78.85;RPA=2,1;RU=TTTATTCGTT;SB=-7.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,47:67:99:5283,138,0 chrXVI 730271 . AT A 1293.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.473;DP=110;FS=0.894;HaplotypeScore=253.9307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.220;QD=11.76;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=0.890;SB=-2.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,53:110:99:1333,0,1252 chrXVI 744003 . GA G 2128.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=238.9191;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.72;MQ0=0;QD=27.65;RPA=4,3;RU=A;SB=-8.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,72:77:99:2171,216,0 chrXVI 746899 . AT A 1573.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=19.9157;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.31;MQ0=0;QD=22.17;RPA=6,5;RU=T;SB=-5.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,68:71:99:1616,186,0 chrXVI 753179 . GA G 1181.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=161.3910;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.88;MQ0=0;QD=22.73;RPA=6,5;RU=A;SB=-6.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,49:52:99:1224,141,0 chrXVI 753245 . GCC G,GC 1273.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=83.1291;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.36;MQ0=0;QD=23.16;RPA=11,9,10;RU=C;SB=-6.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:11,29,0:55:99:1352,347,283,795,0,678 chrXVI 754378 . TGGG T 1545.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=10.7392;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;QD=41.78;RPA=10,7;RU=G;SB=-5.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,35:37:99:1588,102,0 chrXVI 770513 . G GA 1419.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.164;DP=111;FS=9.473;HaplotypeScore=31.9808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.52;MQ0=0;MQRankSum=0.728;QD=12.79;RPA=3,4;RU=A;ReadPosRankSum=1.102;SB=-6.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,64:111:99:1459,0,1020 chrXVI 770637 . T TA 1017.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.410;DP=69;FS=5.503;HaplotypeScore=90.2886;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=0.146;QD=14.75;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=-0.054;SB=-3.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,36:69:99:1057,0,706 chrXVI 789682 . CA C 598.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.559;DP=66;FS=5.056;HaplotypeScore=24.3633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=0.443;QD=9.08;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.937;SB=-2.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,34:66:99:638,0,507 chrXVI 789990 . TA T 1559.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.513;DP=153;FS=1.368;HaplotypeScore=203.5116;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.55;MQ0=0;MQRankSum=-2.662;QD=10.20;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=0.295;SB=-7.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,75:152:99:1599,0,1562 chrXVI 790073 . T TA 873.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.889;DP=97;FS=2.396;HaplotypeScore=146.9655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.779;QD=9.01;RPA=5,6;RU=A;ReadPosRankSum=0.165;SB=-2.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,39:96:99:913,0,714 chrXVI 798028 . G GC 1876.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.765;DP=105;FS=1.814;HaplotypeScore=225.5017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=1.029;QD=17.88;ReadPosRankSum=0.643;SB=-6.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,57:105:99:1916,0,1089 chrXVI 802209 . GA G 139.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.645;DP=54;FS=10.976;HaplotypeScore=45.3122;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQ0=0;MQRankSum=0.571;QD=2.59;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.461;SB=-2.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,18:54:99:179,0,334 chrXVI 804552 . T TGAG 2125.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.686;DP=133;FS=3.358;HaplotypeScore=153.0346;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.657;QD=15.98;ReadPosRankSum=1.236;SB=-9.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,46:133:99:2165,0,3543 chrXVI 810751 . A AT 330.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.106;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=243.7766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.042;QD=3.80;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=-1.629;SB=-1.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,23:87:99:370,0,1123 chrXVI 812473 . G GT 324.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.910;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=14.2336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=1.350;QD=6.63;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=0.499;SB=-1.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,16:49:99:364,0,475 chrXVI 815642 . GT G 2061.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.197;DP=158;FS=2.178;HaplotypeScore=40.4608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.87;MQ0=0;MQRankSum=0.513;QD=13.05;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=-1.429;SB=-8.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,77:158:99:2101,0,1696 chrXVI 821527 . T TC 726.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.937;DP=82;FS=26.873;HaplotypeScore=264.4874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.904;QD=8.87;RPA=1,2;RU=C;ReadPosRankSum=0.487;SB=-5.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,27:82:99:766,0,1100 chrXVI 822411 . G GA 535.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.062;DP=56;FS=5.910;HaplotypeScore=18.9851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=0.276;QD=9.57;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=0.258;SB=-1.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,26:56:99:575,0,615 chrXVI 824564 . AT A 508.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.439;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=26.1129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.066;QD=9.60;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=1.758;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,26:53:99:548,0,551 chrXVI 825363 . TA T 453.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.672;DP=62;FS=2.415;HaplotypeScore=39.4789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.094;QD=7.32;RPA=7,6;RU=A;ReadPosRankSum=-0.144;SB=-2.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:62:99:493,0,466 chrXVI 828203 . CT C 717.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.182;DP=98;FS=2.020;HaplotypeScore=152.8511;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.513;QD=7.33;RPA=7,6;RU=T;ReadPosRankSum=-0.769;SB=-2.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,41:98:99:757,0,801 chrXVI 829386 . TA T 276.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.635;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=78.9058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.600;QD=8.39;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=1.268;SB=-1.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,15:33:99:316,0,396 chrXVI 829673 . CT C 315.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.374;DP=41;FS=4.536;HaplotypeScore=133.9629;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.01;MQ0=0;MQRankSum=-4.443;QD=7.71;RPA=6,5;RU=T;ReadPosRankSum=0.207;SB=-6.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,18:41:99:355,0,360 chrXVI 829838 . T TA 553.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.262;DP=69;FS=2.186;HaplotypeScore=17.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.180;QD=8.03;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=0.443;SB=-1.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,31:69:99:593,0,488 chrXVI 832925 . TTCCTCCC T 1123.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.901;DP=39;FS=15.199;HaplotypeScore=317.5383;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.24;MQ0=0;MQRankSum=-4.871;QD=28.82;ReadPosRankSum=2.994;SB=-2.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,11:39:99:1163,0,737 chrXVI 835077 . C CCAA 2221.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.204;DP=96;FS=4.073;HaplotypeScore=121.2355;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.746;QD=23.15;RPA=8,9;RU=CAA;ReadPosRankSum=-0.780;SB=-2.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,59:96:45:2264,45,0 chrXVI 837643 . ATT A 389.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.315;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=61.5423;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.945;QD=13.93;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.449;SB=-1.979e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,14:28:37:432,37,0 chrXVI 837870 . A AT 971.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.445;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=229.7521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.725;QD=8.38;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=2.128;SB=-8.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,52:115:99:1011,0,1148 chrXVI 843164 . GA G 870.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.715;DP=118;FS=2.740;HaplotypeScore=79.6366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.217;QD=7.38;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=-0.547;SB=-2.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,49:118:99:910,0,1488 chrXVI 844169 . T TA 2089.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.097;DP=160;FS=4.783;HaplotypeScore=103.3540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.33;MQ0=0;MQRankSum=1.209;QD=13.06;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=-0.878;SB=-7.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,80:160:99:2129,0,1492 chrXVI 844218 . T TA 687.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.400;DP=96;FS=11.321;HaplotypeScore=114.5011;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.57;MQ0=0;MQRankSum=0.497;QD=7.17;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.573;SB=-3.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,36:96:99:727,0,674 chrXVI 846960 . G GAA 1455.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.226;DP=158;FS=5.153;HaplotypeScore=68.5738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.65;MQ0=2;MQRankSum=0.119;QD=9.21;RPA=10,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.420;SB=-6.459e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,48:154:99:1495,0,1654 chrXVI 856401 . TG T 407.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=75.7524;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.42;MQ0=10;QD=18.54;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,12:12:36:450,36,0 chrXVI 856412 . CA C 504.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=78.8700;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.68;MQ0=7;QD=24.05;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,14:14:42:547,42,0 chrXVI 856998 . C CA 1835.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.621;DP=163;FS=4.355;HaplotypeScore=37.8837;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.086;QD=11.26;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=0.849;SB=-2.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,90:162:99:1875,0,1322 chrXVI 857189 . GT G 557.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.162;DP=57;FS=2.183;HaplotypeScore=41.0752;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.51;MQ0=0;MQRankSum=0.393;QD=9.79;RPA=15,14;RU=T;ReadPosRankSum=-0.579;SB=-2.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,30:57:35:600,35,0 chrXVI 860017 . G GTTT 571.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.283;DP=67;FS=3.788;HaplotypeScore=33.5692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.76;MQ0=0;MQRankSum=0.300;QD=8.54;RPA=11,14;RU=T;ReadPosRankSum=0.933;SB=-2.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,16:67:99:611,0,1186 chrXVI 864021 . G GT 469.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.568;DP=59;FS=8.539;HaplotypeScore=78.2167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=2.308;QD=7.97;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.159;SB=-2.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:59:99:509,0,453 chrXVI 870179 . G GA 326.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.895;DP=63;FS=1.113;HaplotypeScore=74.3673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=0.033;QD=5.19;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.299;SB=-1.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,20:63:99:366,0,505 chrXVI 870388 . CA C 3660 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=134.9512;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;QD=23.61;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.556e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,148:155:99:3660,414,0 chrXVI 876085 . C CT 654.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.181;DP=97;FS=2.949;HaplotypeScore=61.3741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=2.130;QD=6.75;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.845;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,38:97:99:694,0,1005 chrXVI 876797 . 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A AT 986.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.972;DP=114;FS=9.341;HaplotypeScore=256.1330;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.511;QD=8.66;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.032;SB=-1.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,46:114:99:1026,0,807 chrXVI 880281 . GAA G 824.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.803;DP=74;FS=2.767;HaplotypeScore=126.1658;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.84;MQ0=0;MQRankSum=-5.226;QD=11.15;RPA=3,1;RU=A;ReadPosRankSum=3.231;SB=-2.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,24:74:99:864,0,1868 chrXVI 881242 . C CAAATTATA 7629 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.684;DP=195;FS=7.398;HaplotypeScore=290.8223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.727;QD=39.12;RPA=1,2;RU=AAATTATA;ReadPosRankSum=-0.055;SB=-3.019e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:113,81:195:99:7629,0,6741 chrXVI 882369 . C CA 2287.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.854;DP=156;FS=7.639;HaplotypeScore=240.6932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.68;MQ0=0;MQRankSum=0.572;QD=14.67;ReadPosRankSum=-0.374;SB=-6.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,73:156:99:2327,0,2356 chrXVI 883061 . ATGC A 2195.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.151;DP=111;FS=5.288;HaplotypeScore=92.5815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.09;MQ0=0;MQRankSum=-2.998;QD=19.78;RPA=2,1;RU=TGC;ReadPosRankSum=0.835;SB=-1.114e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,50:111:99:2235,0,1912 chrXVI 887933 . ATT A 126.43 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.846;DP=43;FS=2.105;HaplotypeScore=35.8079;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.128;QD=2.94;RPA=15,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.846;SB=-1.024e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,6:43:99:164,0,221 chrXVI 899836 . A AG 320.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.579;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=14.9189;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=0.517;QD=7.83;RPA=2,3;RU=G;ReadPosRankSum=0.767;SB=-8.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,15:41:99:360,0,685 chrXVI 908183 . GCAA G 1328.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=165.5564;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.25;MQ0=0;QD=45.83;SB=-5.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,28:29:84:1371,84,0 chrXVI 909717 . T TA 244.04 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.449;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=34.6021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=1.575;QD=6.26;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-1.197;SB=-8.274e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,14:39:15:283,0,15 chrXVI 909771 . TA T 361.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.281;DP=45;FS=10.571;HaplotypeScore=36.2097;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.281;QD=8.04;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=-0.149;SB=-1.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,25:45:99:401,0,430 chrXVI 911146 . A AT 285.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.220;DP=46;FS=1.544;HaplotypeScore=10.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.101;QD=6.22;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=-0.901;SB=-8.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,13:46:99:325,0,184 chrXVI 911942 . TA T 407.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.416;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=17.6695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.466;QD=5.91;RPA=6,5;RU=A;ReadPosRankSum=1.066;SB=-2.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,27:69:99:447,0,755 chrXVI 912589 . CAACT C 2871.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.285;DP=155;FS=10.202;HaplotypeScore=55.0634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=0.385;QD=18.53;RPA=2,1;RU=AACT;ReadPosRankSum=0.644;SB=-1.325e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,60:155:99:2911,0,3165 chrXVI 913751 . ATGAAGATGAAGTTAAAGATCGCGT A 1579.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.119;DP=101;FS=8.921;HaplotypeScore=386.8325;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.10;MQ0=0;MQRankSum=-6.075;QD=15.64;ReadPosRankSum=1.853;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,28:101:99:1619,0,6921 chrXVI 919140 . A AT 355.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.507;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=24.4831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=0.955;QD=4.88;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.460;SB=-1.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,22:73:99:395,0,454 chrXVI 920510 . GA G 723.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.286;DP=59;FS=3.655;HaplotypeScore=247.0852;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.193;QD=12.27;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=-0.581;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,33:59:99:763,0,567 chrXVI 920552 . C CT 606.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.220;DP=75;FS=1.345;HaplotypeScore=266.7319;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.086;QD=8.09;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.239;SB=-7.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,33:75:99:646,0,590 chrXVI 920625 . CA C 2055.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=128.0942;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.35;MQ0=0;QD=22.11;RPA=9,8;RU=A;SB=-6.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,90:93:99:2098,263,0 chrXVI 921001 . C CAAAAAGCACCG 1319.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.881;DP=36;FS=7.887;HaplotypeScore=130.5480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.02;MQ0=0;MQRankSum=-2.572;QD=36.67;ReadPosRankSum=0.857;SB=-5.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,10:36:99:1359,0,2096 chrXVI 921161 . CA C 1133.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.227;DP=99;FS=5.612;HaplotypeScore=188.7598;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.749;QD=11.45;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.219;SB=-4.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,44:99:99:1173,0,1087 chrXVI 921556 . CCT C 1465.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.299;DP=79;FS=3.169;HaplotypeScore=202.9548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.67;MQ0=0;MQRankSum=0.349;QD=18.56;RPA=2,1;RU=CT;ReadPosRankSum=1.114;SB=-7.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,40:79:99:1505,0,1232 chrXVI 921772 . G GT 616.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.399;DP=99;FS=4.572;HaplotypeScore=362.2477;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=0.161;QD=6.23;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.058;SB=-2.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,36:99:99:656,0,813 chrXVI 922730 . CA CAA,C 1498.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.353;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=30.7582;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=0.214;QD=17.84;RPA=8,9,7;RU=A;ReadPosRankSum=1.020;SB=-6.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:13,0,29:84:99:1577,683,786,1062,0,1344 chrXVI 922863 . AT ATT,A 3508 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.919;DP=235;FS=0.000;HaplotypeScore=572.8624;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.52;MQ0=0;MQRankSum=0.395;QD=14.93;RPA=11,12,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.617;SB=-1.394e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:66,8,69:235:99:3508,1426,1736,2422,0,3305 chrXVI 922883 . C CCTA 3330 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.369;DP=208;FS=0.000;HaplotypeScore=617.5341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.40;MQ0=0;MQRankSum=0.027;QD=16.01;ReadPosRankSum=-0.078;SB=-1.261e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:138,69:208:99:3330,0,6482 chrXVI 923582 . T TG 588.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.109;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=332.5360;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.357;QD=5.45;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=1.669;SB=-2.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,27:108:99:628,0,2360 chrXVI 924011 . CA C 1826.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=382.5784;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.24;MQ0=0;QD=19.03;RPA=9,8;RU=A;SB=-5.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,80:96:99:1869,236,0 chrXVI 924193 . T TA 6135 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=175;FS=0.000;HaplotypeScore=482.9000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.92;MQ0=0;QD=35.06;RPA=1,2;RU=A;SB=-2.461e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,170:175:99:6135,508,0 chrXVI 924260 . GA G 1740.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.634;DP=147;FS=1.609;HaplotypeScore=407.0213;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.427;QD=11.84;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=1.191;SB=-7.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,85:147:99:1780,0,531 chrXVI 927079 . AT A 1691.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.100;DP=156;FS=30.694;HaplotypeScore=727.3727;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.64;MQ0=0;MQRankSum=-3.998;QD=10.85;RPA=6,5;RU=T;ReadPosRankSum=1.409;SB=-4.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,92:156:99:1731,0,791 chrXVI 927218 . AT A 2351.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.976;DP=216;FS=7.061;HaplotypeScore=291.7739;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.843;QD=10.89;RPA=8,7;RU=T;ReadPosRankSum=0.698;SB=-5.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,137:216:99:2391,0,768 chrXVI 927526 . AAC A 1214.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.325;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=559.6205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.20;MQ0=0;MQRankSum=-6.161;QD=13.81;ReadPosRankSum=0.400;SB=-4.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,29:88:99:1254,0,1949 chrXVI 927565 . GT G 1947.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.035;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=708.3368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.98;MQ0=0;MQRankSum=6.497;QD=12.82;ReadPosRankSum=0.086;SB=-4.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,63:152:99:1987,0,3064 chrXVI 927823 . G GTT 589.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.185;DP=116;FS=19.540;HaplotypeScore=161.0747;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.331;QD=5.09;RPA=9,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.515;SB=-1.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,28:116:99:629,0,1919 chrXVI 928861 . A AT 2588.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.519;DP=176;FS=6.321;HaplotypeScore=564.7480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.537;QD=14.71;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=0.506;SB=-1.094e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,111:176:99:2628,0,1016 chrXVI 928896 . G GT 1080.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.835;DP=192;FS=6.188;HaplotypeScore=664.6709;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.77;MQ0=0;MQRankSum=-3.691;QD=5.63;RPA=3,4;RU=T;ReadPosRankSum=0.349;SB=-3.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:134,56:192:99:1120,0,2934 chrXVI 929702 . CGG C 761.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.681;DP=81;FS=9.608;HaplotypeScore=645.8684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.97;MQ0=0;MQRankSum=-6.695;QD=9.41;RPA=6,4;RU=G;ReadPosRankSum=2.114;SB=-1.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,25:81:99:801,0,1467 chrXVI 929990 . G GA 2040.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.682;DP=171;FS=2.036;HaplotypeScore=294.1437;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.415;QD=11.94;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=-0.063;SB=-8.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:100,71:171:99:2080,0,2826 chrXVI 930099 . TACG T 4375 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=12.358;DP=223;FS=2.256;HaplotypeScore=1714.8128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.79;MQ0=0;MQRankSum=-7.216;QD=19.62;ReadPosRankSum=4.647;SB=-7.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,118:223:99:4375,0,4073 chrXVI 930104 . TACTAC T 7152 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=11.531;DP=245;FS=1.357;HaplotypeScore=1658.1780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.68;MQ0=0;MQRankSum=-8.481;QD=29.19;ReadPosRankSum=5.403;SB=-1.122e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:125,118:245:99:7152,0,6680 chrXVI 933177 . TAG T 1454.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.652;DP=140;FS=13.532;HaplotypeScore=534.6526;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.099;QD=10.39;ReadPosRankSum=-0.780;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,49:140:99:1494,0,3546 chrXVI 936612 . T TA 957.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.325;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=169.4212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.678;QD=6.79;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=-2.133;SB=-4.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,51:141:99:997,0,1823 chrXVI 937343 . TTACTA T 5323 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.660;DP=153;FS=2.266;HaplotypeScore=389.8008;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.02;MQ0=0;MQRankSum=-1.750;QD=34.79;ReadPosRankSum=-0.680;SB=-2.393e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,97:153:99:5323,0,3066 chrXVI 937565 . AG A 4087 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.193;DP=216;FS=0.000;HaplotypeScore=307.5583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.075;QD=18.92;ReadPosRankSum=-0.235;SB=-1.413e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,149:216:99:4087,0,1768 chrXVI 937780 . A AG 3396 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=11.283;DP=223;DS;FS=2.668;HaplotypeScore=1082.2694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.935;QD=15.23;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=-1.329;SB=-1.519e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,135:223:99:3396,0,1486 chrXVI 939038 . T TA 1247.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.583;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=111.7761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.11;MQ0=0;MQRankSum=0.848;QD=21.52;ReadPosRankSum=1.019;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,40:58:99:1287,0,524 chrXVI 939183 . GA GAAAA,G 285.95 filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.415;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=62.5437;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=48.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.685;QD=11.00;RPA=16,19,15;RU=A;ReadPosRankSum=-0.411;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:5,1,5:25:67:364,67,199,321,0,457 chrXVI 941354 . GA G 2402.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.789;DP=141;FS=0.636;HaplotypeScore=414.5382;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.668;QD=17.04;ReadPosRankSum=-0.199;SB=-9.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,78:141:99:2442,0,1866 chrXVI 942358 . AG A 2621.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=11.678;DP=216;FS=77.934;HaplotypeScore=840.1781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.66;MQ0=0;MQRankSum=-2.758;QD=12.14;RPA=3,2;RU=G;ReadPosRankSum=-0.215;SB=-5.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:115,98:216:99:2661,0,2369 chrXVI 942970 . C CT 261.38 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.393;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=54.2648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=12.83;MQ0=27;MQRankSum=-1.393;QD=6.38;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=1.044;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,15:11:7:300,0,7