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T TG 1582.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.674;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=2326.6066;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.77;MQ0=2;MQRankSum=1.674;QD=19.54;ReadPosRankSum=1.204;SB=-8.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,57:59:99:1625,147,0 chrI 27771 . TG T 1122.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.668;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=2162.7205;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.32;MQ0=1;MQRankSum=1.668;QD=16.04;ReadPosRankSum=1.668;SB=-6.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,57:54:99:1165,126,0 chrI 28008 . C CA 2222.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=352.2939;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.70;MQ0=0;QD=28.14;RPA=2,3;RU=A;SB=-3.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,78:79:99:2265,231,0 chrI 29283 . CT C 975.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=95.1401;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=1.664;QD=13.37;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.985;SB=-4.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,53:73:99:1018,140,0 chrI 29455 . T TC 1212.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=296.9115;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.63;MQ0=1;QD=28.88;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,39:41:99:1255,120,0 chrI 29461 . TG T 1083.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=299.2177;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.44;MQ0=1;QD=27.10;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,38:39:99:1126,114,0 chrI 29977 . AT A 2201.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=928.1987;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.89;MQ0=0;QD=30.58;SB=-5.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,68:72:99:2244,193,0 chrI 29982 . TG T 1408.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=1000.0133;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.74;MQ0=0;QD=20.42;SB=-4.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,62:69:99:1451,187,0 chrI 30076 . A AT 1081.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=703.8944;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=20.81;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,42:52:99:1124,137,0 chrI 30097 . A ATAAATTTT,ATAAATTTTT 2340.40 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=412.7599;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=30.11;MQ0=0;QD=55.72;SB=-9.211e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:16,5,12:42:40:2417,253,169,124,0,40 chrI 30157 . CA C 687.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=325.6467;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=20.23;RPA=5,4;RU=A;SB=-3.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,33:34:89:730,89,0 chrI 30405 . T TACTTCTTG 2441.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.990;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=347.9085;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.23;MQ0=0;MQRankSum=1.238;QD=59.56;RPA=2,3;RU=ACTTCTTG;ReadPosRankSum=-0.867;SB=-9.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,27:41:63:2484,63,0 chrI 30771 . T TA 2325.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=468.3823;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.79;MQ0=0;QD=28.37;RPA=1,2;RU=A;SB=-9.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,79:82:99:2368,228,0 chrI 31094 . A AT 1576.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=694.7435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.91;MQ0=0;QD=25.43;RPA=2,3;RU=T;SB=-7.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,59:62:99:1619,177,0 chrI 31116 . CATATACATATATATATAT C 5874 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=376.1850;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.53;MQ0=0;QD=97.90;SB=-1.842e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,29:60:99:5874,132,0 chrI 31120 . TACATATATATATATATAT T 5874 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=370.6958;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.06;MQ0=0;QD=99.56;SB=-1.842e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,0:59:99:5874,132,0 chrI 31483 . C CCACA 622.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.734;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=32.2370;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.091;QD=15.97;RPA=11,13;RU=CA;ReadPosRankSum=1.552;SB=-8.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,26:39:44:665,44,0 chrI 34748 . G GT 2461.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=52.2025;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.19;MQ0=0;QD=23.67;RPA=4,5;RU=T;SB=-9.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,99:104:99:2504,297,0 chrI 36421 . A AT 1301.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.732;DP=113;FS=2.366;HaplotypeScore=378.2147;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.011;QD=11.52;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.649;SB=-3.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:48,64:112:99:1344,127,0 chrI 36436 . CT C 1740.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=412.6010;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.18;MQ0=0;QD=16.12;RPA=9,8;RU=T;SB=-4.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,79:107:99:1783,252,0 chrI 42776 . TA T 823.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=28.9989;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=16.16;RPA=5,4;RU=A;SB=-3.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,49:51:99:866,107,0 chrI 45359 . 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A AT 2047.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=43.9522;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.98;MQ0=0;QD=23.81;RPA=2,3;RU=T;SB=-3.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,76:86:99:2090,222,0 chrI 65639 . C CA 1335.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=80.3101;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=23.86;RPA=3,4;RU=A;SB=-5.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,52:56:99:1378,156,0 chrI 68621 . AT A 1074.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=24.3128;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.14;MQ0=0;QD=23.37;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1117,111,0 chrI 69727 . AT A 1104.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=265.7049;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.91;MQ0=0;QD=22.10;RPA=3,2;RU=T;SB=-4.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,39:50:99:1147,126,0 chrI 69734 . TG T 855.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=250.1170;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.37;MQ0=0;QD=19.02;RPA=8,7;RU=G;SB=-3.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,37:45:99:898,105,0 chrI 70179 . 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A AT 689.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.060;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=166.6887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.00;MQ0=0;MQRankSum=0.698;QD=12.54;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.456;SB=-2.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,43:55:48:732,48,0 chrI 70999 . A AG 154.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=32.3461;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.59;MQ0=0;QD=10.27;SB=-9.609e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,9:15:21:196,21,0 chrI 71119 . A AG 1389.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=31.8906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.62;MQ0=0;QD=26.73;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:52:99:1432,138,0 chrI 71530 . TAAAA T 2002.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=125.7839;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.00;MQ0=0;QD=41.73;RPA=13,9;RU=A;SB=-7.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,44:48:99:2045,123,0 chrI 74999 . ATTT A 1358.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=84.4754;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.84;MQ0=0;QD=21.23;RPA=14,11;RU=T;SB=-2.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,37:63:99:1401,117,0 chrI 77494 . CGAA C 1140.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=168.6718;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.57;MQ0=0;QD=25.35;RPA=5,4;RU=GAA;SB=-3.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,35:45:93:1183,93,0 chrI 77525 . GA G 16.08 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.219;DP=42;FS=1.623;HaplotypeScore=351.2541;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.438;QD=0.38;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=3.983;SB=-1.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,14:42:55:55,0,429 chrI 77528 . GAAGAA G 569.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.846;DP=40;FS=1.451;HaplotypeScore=290.0528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.052;QD=14.25;ReadPosRankSum=4.322;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,14:40:65:609,0,65 chrI 79567 . A ATT 7574 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.356;DP=195;FS=3.035;HaplotypeScore=91.7951;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.19;MQ0=1;MQRankSum=0.960;QD=38.84;ReadPosRankSum=0.564;SB=-3.735e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,190:194:99:7574,484,0 chrI 84701 . C CTT 3285 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.881;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=88.0298;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.617;QD=20.92;RPA=10,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.615;SB=-3.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,108:157:99:3285,315,0 chrI 92602 . CT C 548.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.815;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=54.1152;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.12;MQ0=0;MQRankSum=0.714;QD=11.20;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.019;SB=-2.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,35:49:76:591,76,0 chrI 99937 . GTAATAGTAAGCTTC G 2951.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=71.7506;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.49;MQ0=0;QD=77.68;RPA=2,1;RU=TAATAGTAAGCTTC;SB=-1.172e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,22:38:66:2994,66,0 chrI 101450 . TA T 700.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=230.5475;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.69;MQ0=0;QD=11.13;RPA=13,12;RU=A;SB=-3.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,41:63:99:743,117,0 chrI 108747 . GT G 1354.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.769;DP=129;FS=2.000;HaplotypeScore=124.9762;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=0.356;QD=10.50;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.677;SB=-6.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,92:129:99:1397,138,0 chrI 110520 . AT A 1697.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=82.7277;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=16.49;RPA=9,8;RU=T;SB=-3.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,97:103:99:1740,238,0 chrI 110711 . GAGAGA G 5236 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=220.1188;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.70;MQ0=1;QD=55.12;SB=-9.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,90:93:99:5236,253,0 chrI 113069 . G GTTA 1327.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=25.6377;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.10;MQ0=0;QD=30.18;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,41:44:99:1370,106,0 chrI 126880 . C CTTTTCTTT 5438 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=138.2843;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.18;MQ0=0;QD=45.32;SB=-8.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,73:119:99:5426,287,0 chrI 128103 . A AT 467.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.570;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=58.5032;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.745;QD=5.03;RPA=14,15;RU=T;ReadPosRankSum=-1.322;SB=-1.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,36:93:99:507,0,116 chrI 138748 . AT A 1819.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=63.9976;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.41;MQ0=0;QD=23.95;RPA=3,2;RU=T;SB=-8.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,73:76:99:1862,201,0 chrI 138888 . CGAT C 2033.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=790.8284;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.74;MQ0=0;QD=39.88;SB=-5.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,50:51:99:2076,141,0 chrI 138894 . CTGTCTTCTCAATCTTCA C 7269 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=268.9405;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.81;MQ0=0;QD=145.38;SB=-1.695e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,41:50:99:7269,123,0 chrI 139200 . TA T 1021.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=172.3835;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.93;MQ0=0;QD=19.65;RPA=3,2;RU=A;SB=-4.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,46:44:99:1064,108,0 chrI 139271 . C CTA 3108.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=189.6546;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.95;MQ0=0;QD=43.18;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,70:72:99:3151,208,0 chrI 139346 . A AT 1189.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.292;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=266.5866;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.362;QD=11.44;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.072;SB=-5.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,64:104:86:1232,86,0 chrI 139404 . GTATA G 3442 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=119.0846;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.02;MQ0=0;QD=33.42;RPA=7,5;RU=TA;SB=-4.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,75:97:99:3442,210,0 chrI 142779 . T TGAC 3616 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=32.9056;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.77;MQ0=0;QD=46.36;SB=-7.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,76:78:99:3616,214,0 chrI 143565 . GT G 1548.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=140.0586;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.70;MQ0=0;QD=22.45;RPA=3,2;RU=T;SB=-4.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,65:69:99:1591,159,0 chrI 151626 . TAC T 1079.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=14.4214;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.91;MQ0=0;QD=34.84;RPA=2,1;RU=AC;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:93:1122,93,0 chrI 152105 . C CT 296.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.035;DP=94;FS=2.133;HaplotypeScore=161.5654;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.749;QD=3.16;RPA=19,20;RU=T;ReadPosRankSum=1.225;SB=-2.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,18:94:93:336,0,93 chrI 154817 . GT G 1033.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.398;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=66.5045;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.32;MQ0=0;MQRankSum=0.811;QD=11.75;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.569;SB=-3.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,73:88:99:1076,136,0 chrI 154969 . C CT 1335.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=29.1315;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.15;MQ0=0;QD=21.21;RPA=4,5;RU=T;SB=-4.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,60:63:99:1378,159,0 chrI 156451 . TG T 2953.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=506.6902;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.43;MQ0=0;QD=27.61;RPA=2,1;RU=G;SB=-9.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,103:107:99:2996,295,0 chrI 159877 . AT A 4786 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=213;FS=0.000;HaplotypeScore=439.4195;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.34;MQ0=0;QD=22.47;RPA=5,4;RU=T;SB=-2.235e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,206:213:99:4786,581,0 chrI 160074 . AT A 1250.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=31.0934;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.82;MQ0=0;QD=18.40;RPA=4,3;RU=T;SB=-3.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,59:68:99:1293,147,0 chrI 166148 . ATTTCTATTCCAACAGG A 9978 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=1660.8907;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.80;MQ0=0;QD=142.54;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:9978,190,0 chrI 169227 . 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AT A 751.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=86.4589;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=24.26;RPA=2,1;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,22:31:90:794,90,0 chrI 176473 . AT A 793.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=130.3624;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;QD=21.46;SB=-3.500e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,35:37:72:836,72,0 chrI 178459 . GT G 845.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.655;DP=55;FS=4.491;HaplotypeScore=240.5811;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.115;QD=15.38;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.424;SB=-3.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,50:55:99:888,113,0 chrI 179139 . A AT 955.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.086;DP=63;FS=8.857;HaplotypeScore=31.9853;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.278;QD=15.17;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.693;SB=-3.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,48:63:99:998,104,0 chrI 179980 . G GT 1734.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.218;DP=105;FS=3.164;HaplotypeScore=495.4081;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.87;MQ0=0;MQRankSum=0.473;QD=16.52;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.673;SB=-5.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,91:105:99:1777,224,0 chrI 180135 . GTACA G 2778.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=129.5406;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.38;MQ0=0;QD=47.91;SB=-9.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,46:58:99:2821,144,0 chrI 180217 . AAAC A 3707 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=395.9102;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.49;MQ0=0;QD=44.13;SB=-1.682e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,82:84:99:3707,243,0 chrI 180275 . AT A 1203.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=242.6054;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.90;MQ0=0;QD=13.84;RPA=10,9;RU=T;SB=-3.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,71:87:99:1246,181,0 chrI 180829 . T TC 1598.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=852.0258;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.44;MQ0=0;QD=23.17;SB=-7.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,65:69:99:1641,180,0 chrI 181085 . T TA 2622.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=443.1803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.15;MQ0=0;QD=24.98;RPA=2,3;RU=A;SB=-9.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,92:105:99:2665,282,0 chrI 181277 . T TA 3036.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=200.5169;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.63;MQ0=0;QD=25.96;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.291e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,114:117:99:3079,301,0 chrI 181957 . TTA T 1584.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.663;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=36.8425;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.15;MQ0=1;MQRankSum=-1.594;QD=22.64;RPA=4,3;RU=TA;ReadPosRankSum=1.663;SB=-7.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,60:69:99:1627,146,0 chrI 182509 . T TA 707.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.247;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=119.5424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.11;MQ0=0;MQRankSum=1.059;QD=10.57;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.953;SB=-1.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,39:67:30:750,30,0 chrI 183079 . T TA 1840.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=39.8419;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.06;MQ0=0;QD=19.80;RPA=6,7;RU=A;SB=-5.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,82:93:99:1883,231,0 chrI 183387 . AC A 1920.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=255.0584;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.47;MQ0=0;QD=26.31;RPA=2,1;RU=C;SB=-9.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,65:73:99:1963,189,0 chrI 183722 . C CG 273.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=96.1889;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.00;MQ0=0;QD=24.91;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:9:27:316,27,0 chrI 183931 . G GC 888.96 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.972;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=1644.9079;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.549;QD=20.20;ReadPosRankSum=-0.380;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,33:44:99:931,106,0 chrI 183934 . C CTG 914.96 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.917;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=1381.1697;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.917;QD=25.42;ReadPosRankSum=-0.815;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,33:36:89:957,89,0 chrI 183938 . AT A 475.96 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=1367.3326;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.97;MQ0=0;QD=14.00;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,33:34:94:518,94,0 chrI 183941 . CCT C 1081.96 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=1306.8026;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.97;MQ0=0;QD=31.82;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:99:1124,99,0 chrI 184258 . A AAT 1222.96 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=2030.0539;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.57;MQ0=0;QD=27.18;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:45:99:1265,132,0 chrI 184259 . C CG 248.96 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=711.0715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=14.64;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:49:291,49,0 chrI 184261 . GACA G 662.96 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=669.6740;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=39.00;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51:705,51,0 chrI 184346 . GAGA G 724.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=530.3205;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=42.64;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,14:17:45:767,45,0 chrI 186843 . C CT 2428.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.393;DP=157;FS=32.758;HaplotypeScore=1571.6497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.37;MQ0=0;MQRankSum=-3.918;QD=15.47;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=0.240;SB=-6.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,87:157:99:2468,0,1262 chrI 186877 . C CT 4153 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=171;FS=0.000;HaplotypeScore=1745.8483;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.09;MQ0=0;QD=24.29;RPA=2,3;RU=T;SB=-7.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,160:171:99:4153,453,0 chrI 186890 . G GAA 4969 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=1462.7689;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.68;MQ0=0;QD=30.86;RPA=5,7;RU=A;SB=-8.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,144:161:99:4969,430,0 chrI 187543 . AGCC A 2733.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=1308.4680;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.73;MQ0=1;QD=51.58;SB=-1.156e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,52:52:99:2776,154,0 chrI 187766 . C CA 527.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.605;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=936.7496;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.348;QD=16.00;ReadPosRankSum=1.091;SB=-2.228e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,14:28:45:570,45,0 chrI 187770 . G GAT 447.76 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.488;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=483.5070;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.28;MQ0=0;MQRankSum=0.744;QD=29.85;ReadPosRankSum=1.240;SB=-1.667e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,14:14:4:486,0,4 chrI 187778 . T TCGA 633.30 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.488;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=464.9531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.736;QD=42.22;ReadPosRankSum=1.240;SB=-2.213e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,14:14:8:672,0,8 chrI 187784 . G GGCA 633.08 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.488;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=464.8728;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.28;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=42.21;ReadPosRankSum=-0.496;SB=-2.201e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,14:14:13:672,0,13 chrI 189743 . TTCCC T 2943.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=1182.2378;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.20;MQ0=0;QD=36.35;SB=-6.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:69:99:2986,172,0 chrI 189750 . A AC 1267.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=1194.1255;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.68;MQ0=0;QD=19.21;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:58:99:1310,170,0 chrI 189784 . TTTACCGTGATGAAGA T 4323 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.494;DP=67;FS=3.832;HaplotypeScore=849.1132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.657;QD=64.52;ReadPosRankSum=-0.299;SB=-1.692e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,39:55:84:4323,0,84 chrI 189816 . C CA 1138.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.666;DP=70;FS=6.021;HaplotypeScore=1038.8659;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.800;QD=16.27;ReadPosRankSum=0.133;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,58:59:99:1181,121,0 chrI 189821 . CGT C 1791.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.393;DP=60;FS=5.936;HaplotypeScore=786.7044;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.85;MQ0=0;MQRankSum=0.238;QD=29.87;ReadPosRankSum=1.121;SB=-4.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,59:54:99:1834,113,0 chrI 192551 . CA C 630.30 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.361;DP=78;FS=5.965;HaplotypeScore=196.8458;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=1.018;QD=8.08;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=2.637;SB=-2.053e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,42:78:8:669,0,8 chrI 196428 . GC G 1336.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=145.1491;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.01;MQ0=0;QD=27.85;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1379,126,0 chrI 196460 . C CA 460.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.787;DP=59;FS=5.291;HaplotypeScore=259.5298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.52;MQ0=0;MQRankSum=0.378;QD=7.80;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-1.988;SB=-2.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,27:59:32:502,32,0 chrI 196909 . TA T 1646.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=370.5656;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.50;MQ0=0;QD=25.34;RPA=3,2;RU=A;SB=-7.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,61:65:99:1689,177,0 chrI 197812 . CT C 1999.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=384.0299;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.93;MQ0=0;QD=29.85;RPA=2,1;RU=T;SB=-8.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,65:67:99:2042,195,0 chrI 198368 . TA T 818.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=420.9759;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.38;MQ0=0;QD=17.42;RPA=8,7;RU=A;SB=-2.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,44:47:99:861,122,0 chrI 199058 . T TC 166.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=125.6027;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=27.68;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18:208,18,0 chrI 202458 . GTAA G 201.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;HaplotypeScore=216.4235;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.03;MQ0=0;QD=40.25;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:243,15,0 chrI 202469 . C CAAA 190.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;HaplotypeScore=217.5492;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.03;MQ0=0;QD=38.05;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:232,15,0 chrI 202500 . AT A 427.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=700.9676;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.49;MQ0=0;QD=22.52;RPA=2,1;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57:470,57,0 chrI 202504 . A AG 510.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=692.6178;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.49;MQ0=0;QD=26.89;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57:553,57,0 chrI 202540 . CTTTT C 1058.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.419;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=775.9655;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=0.158;QD=46.04;RPA=5,1;RU=T;ReadPosRankSum=0.946;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,17:23:61:1101,61,0 chrI 202583 . AAGT A 441.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=336.4914;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=49.11;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27:484,27,0 chrI 202607 . T TA 165.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=277.7610;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.51;MQ0=0;QD=20.63;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:8:21:207,21,0 chrI 202668 . G GAA 826.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=588.0165;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.37;MQ0=0;QD=29.53;RPA=4,6;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,26:28:78:869,78,0 chrI 202698 . A AT 936.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=927.1413;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.38;MQ0=0;QD=22.85;RPA=3,4;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,34:41:99:979,115,0 chrI 202896 . TCCTC T 1452.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=48.1983;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.33;MQ0=0;QD=48.43;SB=-6.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:81:1495,81,0 chrI 203091 . CA C 961.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=251.4991;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.91;MQ0=0;QD=18.86;RPA=5,4;RU=A;SB=-4.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,47:51:99:1004,120,0 chrI 204220 . T TAG 174.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=203.8975;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.17;MQ0=0;QD=29.04;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:5:15:216,15,0 chrI 204230 . T TC 124.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=208.8389;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.17;MQ0=0;QD=20.70;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:5:15:166,15,0 chrI 208126 . G GA 181.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=60.9333;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.70;MQ0=2;QD=7.87;RPA=1,2;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,14:15:21:223,21,0 chrI 210060 . C CTT 598.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=53.3220;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.23;MQ0=3;QD=26.04;RPA=3,5;RU=T;SB=-3.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,22:20:54:641,54,0 chrI 210314 . GT G 27.94 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=36.6532;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.57;MQ0=2;QD=2.79;RPA=7,6;RU=T;SB=-2.221e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,9:7:9:69,9,0 chrI 220136 . TC T 205.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.442;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=31.9403;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.97;MQ0=30;MQRankSum=0.996;QD=3.17;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=0.634;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:21:99:245,0,167 chrI 220667 . ATTG A 491.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=96.9931;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.09;MQ0=9;QD=9.46;RPA=5,4;RU=TTG;SB=-1.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,26:34:42:534,42,0 chrI 221007 . CT C 59.48 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=13.8083;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=11.29;MQ0=48;QD=0.77;RPA=5,4;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,61:9:12:101,12,0 chrI 223712 . TA T 4682 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=242;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=481.0339;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.49;MQ0=10;QD=19.35;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.799e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,238:232:99:4682,658,0 chrI 224487 . A AG 156.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=15.1382;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=10.09;MQ0=55;QD=2.36;RPA=1,2;RU=G;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,64:7:21:198,21,0 chrI 225394 . GGAAGAA G 2095.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=187.6015;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.16;MQ0=24;QD=16.90;RPA=6,4;RU=GAA;SB=-7.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,93:42:90:2138,90,0 chrII 5911 . CA C 325.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=171.3363;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=29.63;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:30:368,30,0 chrII 5922 . AC A 103.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.143;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=211.6019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.83;MQ0=1;MQRankSum=-0.143;QD=8.00;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=2.181;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,5:12:99:143,0,179 chrII 6571 . AT A 844.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.481;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=1418.8791;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.385;QD=15.94;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=-1.059;SB=-6.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,47:41:92:887,92,0 chrII 6576 . T TC 1262.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.547;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=1667.7658;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.638;QD=21.78;ReadPosRankSum=-1.368;SB=-7.000e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,57:45:99:1305,103,0 chrII 6612 . G GA 1998.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.675;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=2387.8004;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.213;QD=30.29;ReadPosRankSum=1.675;SB=-3.500e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,60:60:99:2041,161,0 chrII 6664 . AT A 903.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.896;DP=176;FS=10.554;HaplotypeScore=2660.7186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.11;MQ0=7;MQRankSum=-0.877;QD=5.14;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=-3.654;SB=-6.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:112,64:143:99:943,0,2712 chrII 6781 . G GT 625.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.473;DP=76;FS=19.703;HaplotypeScore=1306.1574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.02;MQ0=4;MQRankSum=-1.469;QD=8.24;ReadPosRankSum=-0.592;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:50:99:665,0,612 chrII 6854 . A ACG 431.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.782;DP=70;FS=24.096;HaplotypeScore=387.5165;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.84;MQ0=3;MQRankSum=1.300;QD=6.17;ReadPosRankSum=-4.799;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,9:46:99:471,0,848 chrII 8013 . ATAGT A 364.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;DP=24;FS=9.031;HaplotypeScore=155.7306;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.14;MQ0=12;MQRankSum=-0.747;QD=15.21;ReadPosRankSum=0.747;SB=-2.943e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,7:8:40:404,0,40 chrII 8163 . A AT 1572.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.480;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=977.5131;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.98;MQ0=14;MQRankSum=1.669;QD=21.26;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=-0.598;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,55:55:99:1615,131,0 chrII 8302 . CGG C 285.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=151.6586;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.34;MQ0=1;QD=31.78;RPA=6,4;RU=G;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,8:8:24:328,24,0 chrII 9520 . A AC 2400.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=241.0769;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.38;MQ0=0;QD=32.45;RPA=1,2;RU=C;SB=-7.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,69:74:99:2443,208,0 chrII 10584 . GT G 2663.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=597.8044;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.61;MQ0=0;QD=20.98;RPA=8,7;RU=T;SB=-4.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,119:127:99:2706,341,0 chrII 10711 . CA C 2371.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=512.4443;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.95;MQ0=0;QD=24.71;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.018e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,74:96:99:2414,211,0 chrII 14146 . TAA T 3010.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=33.7955;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.42;MQ0=0;QD=30.11;RPA=7,5;RU=A;SB=-6.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,90:100:99:3053,262,0 chrII 23569 . CA C 3175.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=192.1411;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.83;MQ0=0;QD=23.35;RPA=6,5;RU=A;SB=-6.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,130:136:99:3218,378,0 chrII 23707 . G GTTTCTGTTATT 11686 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=96.3940;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.49;MQ0=0;QD=113.46;SB=-5.749e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,61:103:99:11686,283,0 chrII 23803 . A AG 1671.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=85.4197;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.72;MQ0=0;QD=32.78;RPA=1,2;RU=G;SB=-6.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,47:51:99:1714,150,0 chrII 24920 . CA C 2013.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=134.3575;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;QD=19.94;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,91:101:99:2056,266,0 chrII 28695 . CT C 388.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.256;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=23.3553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=1.468;QD=7.63;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.322;SB=-1.179e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,27:51:35:431,35,0 chrII 35427 . A AT 156.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=33.9229;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=12.89;MQ0=17;QD=7.10;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,5:5:15:198,15,0 chrII 40582 . GATATATAC G 531.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=195.4986;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=65.15;MQ0=0;QD=7.71;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,44:69:68:574,68,0 chrII 40802 . CA C 916.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=37.3092;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.22;MQ0=0;QD=18.71;RPA=8,7;RU=A;SB=-2.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,42:49:99:959,120,0 chrII 43225 . A AT 1778.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=93.6899;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=22.52;RPA=5,6;RU=T;SB=-7.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,75:79:99:1821,201,0 chrII 45219 . C CT 735.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.565;DP=55;FS=1.922;HaplotypeScore=117.6334;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.812;QD=13.38;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.247;SB=-3.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,41:55:25:778,25,0 chrII 45953 . TTCA T 850.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.547;DP=45;FS=3.142;HaplotypeScore=95.1475;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.415;QD=18.91;ReadPosRankSum=0.868;SB=-4.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,22:45:70:893,70,0 chrII 61038 . A AAAT 2651.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=614.2939;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.92;MQ0=0;QD=39.58;SB=-8.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,46:67:99:2694,168,0 chrII 61054 . G GT 1510.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=744.8339;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.19;MQ0=0;QD=25.18;RPA=5,6;RU=T;SB=-5.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,57:60:99:1553,171,0 chrII 62776 . GA G 452.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.164;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=64.0439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.40;MQ0=0;MQRankSum=0.970;QD=11.05;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.000;SB=-7.394e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,29:41:33:495,33,0 chrII 62939 . T TG 1544.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=307.2133;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.12;MQ0=0;QD=29.71;RPA=3,4;RU=G;SB=-7.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,47:52:99:1587,147,0 chrII 63002 . GGAGCC G 2994.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=290.5344;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.96;MQ0=0;QD=62.39;RPA=2,1;RU=GAGCC;SB=-1.089e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,44:48:99:3037,135,0 chrII 63167 . C CA 1492.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=99.0760;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.40;MQ0=0;QD=29.27;RPA=2,3;RU=A;SB=-7.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,50:51:99:1535,144,0 chrII 63661 . G GA 817 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.878;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=30.7892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.34;MQ0=0;MQRankSum=0.635;QD=13.18;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.039;SB=-1.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,39:62:18:856,0,18 chrII 72362 . ACAG A 867.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.462;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=298.5124;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.462;QD=21.70;ReadPosRankSum=-1.173;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,11:37:96:910,96,0 chrII 72389 . ACAACAG A 1416.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.282;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=293.0521;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.443;QD=27.78;ReadPosRankSum=0.766;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,33:48:99:1459,118,0 chrII 74876 . C CA 4195 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.514;DP=194;FS=0.000;HaplotypeScore=921.6935;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.661;QD=21.62;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.472;SB=-1.126e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,176:194:99:4195,471,0 chrII 88125 . CT C 890.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.894;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=278.7713;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.011;QD=10.24;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.007;SB=-3.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,46:87:41:933,41,0 chrII 88481 . TGAG T 6913 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=893.0957;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.53;MQ0=0;QD=44.60;RPA=2,1;RU=GAG;SB=-1.686e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,131:155:99:6913,439,0 chrII 88491 . AGAAGAA A 5037 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.935;DP=151;FS=5.763;HaplotypeScore=1090.9128;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.54;MQ0=0;MQRankSum=-2.034;QD=33.36;ReadPosRankSum=2.217;SB=-1.146e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,0:151:99:5037,410,0 chrII 88494 . AG A 3340 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.252;DP=151;FS=5.623;HaplotypeScore=1260.2724;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.54;MQ0=0;MQRankSum=-2.004;QD=22.12;ReadPosRankSum=2.103;SB=-9.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,131:151:99:3340,431,0 chrII 89351 . CT C 2224.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=80.0723;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.11;MQ0=0;QD=25.28;RPA=5,4;RU=T;SB=-8.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,86:88:99:2267,255,0 chrII 96034 . GA G 1890.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.239;DP=115;FS=3.053;HaplotypeScore=64.7703;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.038;QD=16.44;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.269;SB=-9.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,96:114:99:1933,241,0 chrII 96287 . GA G 803.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=80.5124;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;QD=17.87;RPA=11,10;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,42:44:99:846,116,0 chrII 101289 . T TA 1028.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=31.2716;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.23;MQ0=0;QD=25.10;RPA=5,6;RU=A;SB=-5.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,39:41:99:1071,117,0 chrII 101340 . C CA 283.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=41.6758;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=11.36;RPA=11,12;RU=A;SB=-1.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,12:25:46:326,46,0 chrII 111645 . T TCTC 2078.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=55.6607;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.65;MQ0=0;QD=38.50;RPA=1,2;RU=CTC;SB=-5.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,39:54:99:2121,129,0 chrII 117293 . GA G 552.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=35.8356;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.10;MQ0=0;QD=17.84;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,29:31:78:595,78,0 chrII 119975 . C CACT 4509 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=484.5345;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.87;MQ0=0;QD=41.37;RPA=2,3;RU=ACT;SB=-1.608e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,76:109:99:4509,306,0 chrII 127636 . CT C 203.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.162;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=44.0361;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.89;MQ0=0;MQRankSum=0.969;QD=7.85;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.714;SB=-9.698e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,16:26:25:246,25,0 chrII 133026 . T TGAAGAGGATGAAGACAATGGTGATGGA 13140 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=154.2589;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.27;MQ0=0;QD=170.65;SB=-3.410e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:51,17:77:99:13140,181,0 chrII 133888 . TATATAC T 45.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=17.1220;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=67.64;MQ0=0;QD=5.75;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,7:8:3:85,3,0 chrII 136039 . T TA 1700.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=26.4958;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.41;MQ0=0;QD=24.30;RPA=3,4;RU=A;SB=-6.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,64:70:99:1743,177,0 chrII 136467 . AATAT A 696.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=20.3251;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.85;MQ0=0;QD=13.40;RPA=8,6;RU=AT;SB=-2.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,17:52:42:739,42,0 chrII 137522 . ATT A 4402 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=54.4556;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.80;MQ0=0;QD=29.95;RPA=10,8;RU=T;SB=-6.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,138:147:99:4402,406,0 chrII 138011 . CT C 356 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.888;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=93.6110;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.888;QD=10.47;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.306;SB=-1.845e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,25:34:23:398,23,0 chrII 138274 . A AT 509.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.155;DP=102;FS=6.169;HaplotypeScore=54.6877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.385;QD=5.00;RPA=15,16;RU=T;ReadPosRankSum=-1.652;SB=-4.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,43:102:70:549,0,70 chrII 141047 . GTT G 1484.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=88.7896;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.57;MQ0=0;QD=21.84;RPA=10,8;RU=T;SB=-4.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,62:68:99:1527,144,0 chrII 143245 . A AGGTAT 4080 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=73.7382;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.82;MQ0=0;QD=65.81;RPA=1,2;RU=GGTAT;SB=-1.578e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,56:62:99:4080,175,0 chrII 150337 . A AAC 2411.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.706;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=250.8450;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.235;QD=21.73;RPA=6,7;RU=AC;ReadPosRankSum=0.401;SB=-1.029e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:77,33:111:99:2454,230,0 chrII 150403 . TA T 3451 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=173;FS=0.000;HaplotypeScore=157.7002;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.93;MQ0=0;QD=19.95;RPA=9,8;RU=A;SB=-2.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,159:173:99:3451,453,0 chrII 151274 . G GT 879.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.040;DP=76;FS=5.140;HaplotypeScore=39.9130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.850;QD=11.58;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.985;SB=-1.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,51:76:33:922,33,0 chrII 153609 . AT A 335.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.871;DP=38;FS=8.073;HaplotypeScore=15.5971;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.502;QD=8.82;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.320;SB=-1.211e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,21:38:20:377,20,0 chrII 162819 . AT A 534.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=61.2151;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.33;MQ0=0;QD=12.74;RPA=12,11;RU=T;SB=-6.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,32:42:80:577,80,0 chrII 167264 . AT A 1904.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=53.9582;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.79;MQ0=0;QD=24.74;RPA=4,3;RU=T;SB=-2.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,65:77:99:1947,204,0 chrII 167385 . C CT 2524.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=489.2110;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.02;MQ0=0;QD=27.45;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.242e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,85:92:99:2567,258,0 chrII 169977 . AT A 40.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.532;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=239.1820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.413;QD=1.95;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=3.532;SB=-1.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,10:21:65:80,0,65 chrII 169981 . GCAAAATTATTCTGGATTT G 1822.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.413;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=118.9167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.31;MQ0=0;MQRankSum=0.774;QD=55.24;ReadPosRankSum=1.711;SB=-5.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,10:33:46:1862,0,46 chrII 172371 . CT C 1739.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=602.1934;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.36;MQ0=0;QD=18.91;RPA=9,8;RU=T;SB=-8.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,79:92:99:1782,230,0 chrII 174499 . GAAGAAA G 4389 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=34.1324;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.21;MQ0=0;QD=48.23;RPA=4,3;RU=AAGAAA;SB=-1.582e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,58:91:99:4389,187,0 chrII 174714 . ATT A 832.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.327;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=71.5582;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.85;MQ0=0;MQRankSum=1.769;QD=11.57;RPA=17,15;RU=T;ReadPosRankSum=2.327;SB=-1.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,27:71:84:875,84,0 chrII 174880 . T TA 3062.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=465.5063;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.97;MQ0=0;QD=30.33;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,99:101:99:3105,293,0 chrII 184206 . A AT 2712.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.518;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=437.6599;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.08;MQ0=0;MQRankSum=0.536;QD=19.24;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.782;SB=-9.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,119:141:99:2755,316,0 chrII 193546 . C CAAT 11176 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.655;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1031.9149;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.541;QD=44.70;RPA=1,2;RU=AAT;ReadPosRankSum=0.603;SB=-4.195e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,227:250:99:11176,623,0 chrII 193715 . GAA G 1381.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=107.2145;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.29;MQ0=0;QD=22.66;RPA=10,8;RU=A;SB=-5.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,44:61:99:1424,132,0 chrII 195736 . CA C 3610 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.078;DP=170;FS=0.000;HaplotypeScore=549.2832;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.682;QD=21.24;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=-1.397;SB=-6.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,161:170:99:3610,435,0 chrII 196362 . GA G 1668.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=144.9311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.64;MQ0=0;MQRankSum=1.294;QD=16.20;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.285;SB=-7.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,80:103:99:1711,225,0 chrII 197567 . A AT 2603.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.244;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=258.1228;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.39;MQ0=0;MQRankSum=0.221;QD=22.26;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.430;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,103:117:99:2646,284,0 chrII 197596 . AT A 305.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=400.2734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.11;MQ0=0;QD=4.19;RPA=6,5;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,45:73:42:348,42,0 chrII 197612 . T TA 206.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=90.9501;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.61;MQ0=0;QD=14.78;RPA=5,6;RU=A;SB=-2.698e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,9:14:27:249,27,0 chrII 197757 . TCC T 528.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=42.0424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.24;MQ0=1;QD=37.78;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,13:13:36:571,36,0 chrII 205751 . AGAGGAAGAAGAAGAG A 4563 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=317.4151;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.05;MQ0=0;QD=67.10;SB=-1.449e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,6:68:99:4563,196,0 chrII 205763 . AGAGGAAGAAGAAGAA A,AGAAGAAGAAGAA 3385 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=493.6692;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=40.98;MQ0=0;QD=45.13;RPA=2,1,-1;RU=GAGGAAGAAGAAGAA;SB=-1.036e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:40,0,0:75:99:3385,476,582,1520,0,1317 chrII 205775 . AGAAGAG A 3091.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.684;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=582.2544;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.41;MQ0=0;MQRankSum=1.444;QD=37.25;ReadPosRankSum=1.107;SB=-9.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:50,33:83:99:3134,202,0 chrII 207021 . GT G 581.04 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.080;DP=74;FS=3.370;HaplotypeScore=49.1932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=0.307;QD=7.85;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=1.490;SB=-2.737e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,40:74:31:620,0,31 chrII 212519 . T TA 1601.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.310;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=54.8861;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.103;QD=15.86;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.769;SB=-5.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,87:101:99:1644,149,0 chrII 220817 . CT C 994.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=17.8337;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.76;MQ0=0;QD=15.79;RPA=9,8;RU=T;SB=-3.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,50:63:99:1037,134,0 chrII 221036 . T TC 1261.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=370.4537;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.16;MQ0=1;QD=30.78;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,37:39:99:1304,102,0 chrII 226901 . CT C 1486.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=1002.9124;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.17;MQ0=6;QD=27.04;RPA=3,2;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,49:48:99:1529,144,0 chrII 226952 . 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AT A 4952 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=183;FS=0.000;HaplotypeScore=378.2259;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.61;MQ0=0;QD=27.06;RPA=3,2;RU=T;SB=-7.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,164:183:99:4952,472,0 chrII 245763 . G GAAA 3191.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=57.7808;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.43;MQ0=0;QD=33.96;RPA=9,12;RU=A;SB=-1.215e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,75:94:99:3234,223,0 chrII 246942 . CT C 5854 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=185;FS=0.000;HaplotypeScore=61.9353;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.30;MQ0=0;QD=31.64;RPA=2,1;RU=T;SB=-2.735e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,182:185:99:5854,520,0 chrII 252262 . AG A 3889 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=984.5691;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.70;MQ0=0;QD=31.36;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.856e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,122:124:99:3889,343,0 chrII 252413 . 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TG T 1575.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=127.1291;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;QD=29.18;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:54:99:1618,135,0 chrII 270387 . CCAG C 1821.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=14.7106;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.70;MQ0=0;QD=40.49;RPA=5,4;RU=CAG;SB=-7.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,39:45:99:1864,120,0 chrII 270660 . G GAA 725.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.905;DP=55;FS=2.470;HaplotypeScore=29.0895;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.46;MQ0=0;MQRankSum=-2.372;QD=13.19;RPA=13,15;RU=A;ReadPosRankSum=-0.611;SB=-1.714e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,27:55:4:765,4,0 chrII 270744 . T TA 989.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.100;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=34.5070;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.580;QD=17.07;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.620;SB=-8.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,48:58:86:1032,86,0 chrII 272537 . TTCA T 2839.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=134.5325;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.36;MQ0=0;QD=24.70;RPA=8,7;RU=TCA;SB=-1.171e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,74:115:99:2882,208,0 chrII 274140 . CTTT C 1876.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=364.2926;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.73;MQ0=0;QD=42.66;RPA=4,1;RU=T;SB=-3.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,40:44:99:1919,114,0 chrII 274310 . TAAA T 445.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=215.0304;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.34;MQ0=0;QD=24.78;SB=-9.900e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,9:18:42:488,42,0 chrII 274314 . TATATA T 560.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.869;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=187.6184;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.83;MQ0=0;MQRankSum=0.869;QD=35.06;ReadPosRankSum=0.869;SB=-1.259e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,9:16:26:603,26,0 chrII 288704 . A AT 2205.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.669;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=709.1058;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.614;QD=24.24;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.748;SB=-1.099e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,88:91:99:2248,241,0 chrII 292523 . T TC 4927 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=433.0318;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.55;MQ0=0;QD=33.52;SB=-2.192e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,132:147:99:4927,424,0 chrII 292608 . G GT 3152.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=610.7860;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.77;MQ0=0;QD=23.18;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.329e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,130:136:99:3195,369,0 chrII 296036 . TG T 2247.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=189.0447;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.10;MQ0=0;QD=29.97;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,72:75:99:2290,204,0 chrII 296282 . AG A 986.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=12.9157;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=30.84;RPA=3,2;RU=G;SB=-3.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:93:1029,93,0 chrII 299551 . A AGTG 2574.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.247;DP=67;FS=4.238;HaplotypeScore=590.9988;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.94;MQ0=0;MQRankSum=-2.461;QD=38.43;ReadPosRankSum=3.477;SB=-1.168e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,35:66:94:2617,94,0 chrII 299554 . GGAA G,GGAAGAGAGCGAA 4228 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=435.0660;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=33.95;MQ0=0;QD=66.06;SB=-1.900e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:21,6,0:63:99:4228,3915,4719,337,0,202 chrII 300033 . GAAAAAA G,GA 465.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.519;DP=61;FS=9.031;HaplotypeScore=95.4718;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.45;MQ0=0;MQRankSum=1.519;QD=7.64;RPA=26,20,21;RU=A;ReadPosRankSum=1.519;SB=-6.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:43,7,0:61:82:544,102,111,121,0,82 chrII 307442 . T TA 855.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.544;DP=67;FS=2.280;HaplotypeScore=224.9263;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.588;QD=12.78;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.893;SB=-4.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,35:67:69:898,69,0 chrII 307517 . C CA 1632.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=139.0477;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.42;MQ0=0;QD=34.02;RPA=1,2;RU=A;SB=-4.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,45:48:99:1675,141,0 chrII 310328 . G GT 1371.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=42.8388;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.01;MQ0=0;QD=26.38;RPA=3,4;RU=T;SB=-4.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,48:52:99:1414,144,0 chrII 311411 . T TTGCAACGTGGAACTATAA 11690 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=90.3233;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.24;MQ0=0;QD=179.85;SB=-3.903e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,46:65:99:11690,187,0 chrII 311639 . G GT 2295.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=400.3245;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.43;MQ0=0;QD=23.92;RPA=6,7;RU=T;SB=-6.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,86:96:99:2338,264,0 chrII 311665 . TA T 2752.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=428.4790;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.06;MQ0=0;QD=26.73;RPA=3,2;RU=A;SB=-9.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,94:103:99:2795,264,0 chrII 321859 . C CTTA 5022 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=663.2703;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.86;MQ0=0;QD=38.93;RPA=2,3;RU=TTA;SB=-1.429e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,102:129:99:5022,307,0 chrII 326158 . C CT 1202.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.205;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=179.6380;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.431;QD=23.13;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=1.582;SB=-4.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,49:52:99:1245,111,0 chrII 326775 . T TA 2681.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.376;DP=123;FS=6.492;HaplotypeScore=40.8954;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.178;QD=21.80;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.372;SB=-5.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,117:123:99:2724,297,0 chrII 332400 . GT G 4633 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=198;FS=0.000;HaplotypeScore=66.1131;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.08;MQ0=0;QD=23.40;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.764e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,197:198:99:4633,543,0 chrII 334302 . TA T 1326.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=22.6965;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.11;RPA=8,7;RU=A;SB=-5.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,62:66:99:1369,176,0 chrII 342440 . G GA 863.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.832;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=79.6883;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.129;QD=13.93;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-1.470;SB=-2.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,35:62:92:906,92,0 chrII 349449 . 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A AC 2934.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.692;DP=93;FS=3.324;HaplotypeScore=297.6870;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=31.56;RPA=1,2;RU=C;ReadPosRankSum=0.967;SB=-1.297e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,83:93:99:2977,223,0 chrII 350526 . T TGTAA 8646 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=185;FS=0.000;HaplotypeScore=1166.4164;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.11;MQ0=0;QD=46.74;RPA=1,2;RU=GTAA;SB=-2.671e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,143:185:99:8646,430,0 chrII 351083 . CA C 1676.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=53.0742;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.69;MQ0=0;QD=23.29;RPA=5,4;RU=A;SB=-5.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,66:72:99:1719,192,0 chrII 351230 . CA C 1358.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.227;DP=132;FS=2.098;HaplotypeScore=160.7128;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.753;QD=10.30;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.466;SB=-6.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,75:132:99:1401,121,0 chrII 351450 . ATGTAAGCTGTGGTTTGCCT A 10956 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=30.0229;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.95;MQ0=0;QD=112.95;RPA=2,1;RU=TGTAAGCTGTGGTTTGCCT;SB=-4.617e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,69:97:99:10956,193,0 chrII 351835 . T TA 1611.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=22.9935;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.29;MQ0=0;QD=20.67;RPA=7,8;RU=A;SB=-5.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,75:78:99:1654,192,0 chrII 353485 . CA C 654.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.822;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=32.6703;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.359;QD=13.94;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.232;SB=-3.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,36:47:46:697,46,0 chrII 353614 . ATATATATATATATATATATATGTGTGTGTG A 2112.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=51.2662;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.61;MQ0=0;QD=78.26;SB=-6.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:27:51:2155,51,0 chrII 363123 . AAC A 4501 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=239.3346;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.51;MQ0=0;QD=38.47;SB=-8.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,107:117:99:4501,325,0 chrII 363220 . AT A 2772.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=217.6158;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;QD=26.66;RPA=3,2;RU=T;SB=-9.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,98:104:99:2815,288,0 chrII 364024 . A AT 3477 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=173.9967;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=27.16;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.442e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,121:128:99:3477,334,0 chrII 368208 . GA G 2222.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=35.8201;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.06;MQ0=0;QD=20.21;RPA=8,7;RU=A;SB=-9.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,100:110:99:2265,287,0 chrII 369788 . C CT,CTT 991.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.941;DP=85;FS=2.809;HaplotypeScore=45.1120;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.81;MQ0=0;MQRankSum=0.941;QD=11.67;RPA=14,15,16;RU=T;ReadPosRankSum=-0.701;SB=-4.189e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:35,9,38:85:99:1070,510,419,169,0,101 chrII 372351 . TGGAAGAAGATGCAGCCTC T 4082 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=33.9222;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.11;MQ0=0;QD=45.87;RPA=2,1;RU=GGAAGAAGATGCAGCCTC;SB=-1.816e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,66:89:99:4082,180,0 chrII 380871 . A AAAC 2700.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=116.4996;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.85;MQ0=0;QD=40.31;RPA=1,2;RU=AAC;SB=-1.368e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,58:67:99:2743,167,0 chrII 381537 . CAACTCCGTGTGTACCCCT C 8813 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=26.7881;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.93;MQ0=0;QD=112.99;RPA=2,1;RU=AACTCCGTGTGTACCCCT;SB=-3.485e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,49:78:99:8813,147,0 chrII 382925 . T TG 1434.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=194.3153;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.17;MQ0=0;QD=28.70;RPA=2,3;RU=G;SB=-6.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,39:50:99:1477,135,0 chrII 383065 . GA G 2638.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=157.9536;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=23.56;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.014e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,81:112:99:2681,293,0 chrII 383176 . C CG 1631.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=82.3253;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.69;MQ0=0;QD=26.75;RPA=2,3;RU=G;SB=-4.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,52:61:99:1674,150,0 chrII 383873 . A AAAT 4910 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=35.0535;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.56;MQ0=0;QD=45.05;RPA=1,2;RU=AAT;SB=-2.093e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,102:109:99:4910,295,0 chrII 389425 . TC T 446.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=124.4006;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.24;MQ0=0;QD=18.62;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:23:60:489,60,0 chrII 389429 . CG C 457.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=120.1517;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.46;MQ0=0;QD=21.81;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,20:20:57:500,57,0 chrII 392511 . C CA 894.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.212;DP=61;FS=2.591;HaplotypeScore=132.7525;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.350;QD=14.67;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.912;SB=-3.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,33:61:99:937,118,0 chrII 393340 . G GA 622.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.913;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=23.0543;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.972;QD=12.21;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.029;SB=-1.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,25:51:40:665,40,0 chrII 406032 . AT A 1528.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=147.3766;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.30;MQ0=2;QD=19.86;RPA=7,6;RU=T;SB=-3.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,71:70:99:1571,192,0 chrII 406430 . GA G 1502.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.555;DP=102;FS=7.546;HaplotypeScore=67.6740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.50;MQ0=0;MQRankSum=1.478;QD=14.73;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=2.432;SB=-5.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,81:102:99:1545,156,0 chrII 407734 . CT C 860.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=19.9169;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.98;MQ0=0;QD=15.65;RPA=10,9;RU=T;SB=-2.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,42:55:99:903,119,0 chrII 415648 . AT A 1540.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=220.0138;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.47;MQ0=0;QD=34.24;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1583,129,0 chrII 415720 . TA T 684.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=234.7354;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.88;MQ0=0;QD=25.37;RPA=2,1;RU=A;SB=-2.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,25:27:75:727,75,0 chrII 415764 . C CT,CTT 382.95 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.355;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=234.7768;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=46.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.111;QD=6.60;RPA=17,18,19;RU=T;ReadPosRankSum=-0.555;SB=-1.779e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:39,9,6:53:66:461,149,138,66,0,105 chrII 417166 . A AT 1055.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=292.7854;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.49;MQ0=0;QD=25.14;RPA=2,3;RU=T;SB=-3.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,35:42:99:1098,102,0 chrII 417204 . T TTAAGTG 2028.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=199.1734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.32;MQ0=0;QD=67.63;RPA=1,2;RU=TAAGTG;SB=-1.033e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,24:30:78:2071,78,0 chrII 418630 . TA T 923.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=16.8323;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.75;MQ0=0;QD=22.00;RPA=5,4;RU=A;SB=-4.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:966,111,0 chrII 419386 . CA C 948.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=13.0703;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;QD=24.97;RPA=5,4;RU=A;SB=-3.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,37:38:99:991,111,0 chrII 423438 . GA G 921.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=31.8358;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;QD=19.21;RPA=9,8;RU=A;SB=-3.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,44:48:99:964,125,0 chrII 429267 . A AT 549.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.785;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=50.5434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.91;MQ0=0;MQRankSum=0.845;QD=11.96;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.658;SB=-2.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,26:46:57:592,57,0 chrII 434300 . 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G GA 84.42 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=23.9858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.53;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=6.03;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.742;SB=-2.566e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,8:14:1:122,0,1 chrII 452394 . G GAAGA 1852.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=148.6559;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.06;MQ0=0;QD=46.32;RPA=1,2;RU=AAGA;SB=-8.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,32:40:96:1895,96,0 chrII 452435 . CT C 237.98 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.777;DP=54;FS=5.849;HaplotypeScore=263.1310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.279;QD=4.41;RPA=16,15;RU=T;ReadPosRankSum=2.630;SB=-7.489e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:54:22:277,0,22 chrII 453314 . GA G 4070 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;FS=0.000;HaplotypeScore=58.8324;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.25;MQ0=0;QD=24.52;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.253e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,159:166:99:4070,456,0 chrII 453657 . TG T 2433.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=473.6731;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.23;MQ0=0;QD=29.68;RPA=4,3;RU=G;SB=-9.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,76:82:99:2476,229,0 chrII 453720 . CTTCAGG C 5367 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=200.9548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.36;MQ0=0;QD=62.41;SB=-2.022e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,71:86:99:5367,208,0 chrII 454635 . A AT 685.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.031;DP=41;FS=2.590;HaplotypeScore=16.3419;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.560;QD=16.73;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.854;SB=-2.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,29:41:37:728,37,0 chrII 455756 . GGCAACA G 1161.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9114;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.98;MQ0=0;QD=52.82;RPA=5,4;RU=GCAACA;SB=-5.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,19:22:54:1204,54,0 chrII 460243 . CT C 3367 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=1373.7952;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.43;MQ0=0;QD=23.88;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.626e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,131:141:99:3367,396,0 chrII 460258 . C CTATTTGTTGGTTCTA 18187 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=555.4265;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.21;MQ0=0;QD=134.72;SB=-8.333e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:63,69:135:99:18187,361,0 chrII 460270 . C CT 3581 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=1400.2726;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.52;MQ0=0;QD=25.76;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.756e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,139:139:99:3581,399,0 chrII 462749 . C CT 1427.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.229;DP=88;FS=5.752;HaplotypeScore=37.1929;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.010;QD=16.22;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.627;SB=-1.198e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,65:88:10:1469,10,0 chrII 467073 . CT C 1273.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.235;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=134.6414;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.00;MQ0=0;MQRankSum=0.176;QD=16.99;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.294;SB=-6.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,60:75:99:1316,138,0 chrII 467104 . TA T 1396.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=134.8652;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.51;MQ0=0;QD=18.63;RPA=8,7;RU=A;SB=-5.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,64:75:99:1439,182,0 chrII 476436 . A ATT 2105.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=161.8634;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.16;MQ0=0;QD=30.52;RPA=7,9;RU=T;SB=-9.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,55:69:99:2148,187,0 chrII 476447 . CT C 1413.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.291;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=257.5230;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.418;QD=18.13;RPA=7,6;RU=T;ReadPosRankSum=1.813;SB=-6.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,63:78:99:1456,172,0 chrII 477015 . G GT 4845 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.017;DP=227;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=516.6613;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.640;QD=21.34;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-1.402;SB=-1.282e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,196:227:99:4845,543,0 chrII 477089 . GTATATATATA G 6723 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=245.8280;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.23;MQ0=0;QD=48.37;RPA=10,5;RU=TA;SB=-1.896e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:83,55:139:99:6723,187,0 chrII 477508 . A AT 813.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.977;DP=62;FS=1.941;HaplotypeScore=33.3748;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.339;QD=13.13;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.020;SB=-3.748e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,39:62:48:856,48,0 chrII 479272 . C CAA 301.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.300;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=59.8448;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.46;MQ0=0;MQRankSum=0.419;QD=10.04;RPA=14,16;RU=A;ReadPosRankSum=0.180;SB=-3.058e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,5:30:5:341,5,0 chrII 480328 . TC T 2952.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=253.9915;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.42;MQ0=0;QD=30.13;RPA=2,1;RU=C;SB=-9.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:2995,280,0 chrII 487059 . AT A 1496.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=38.8065;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=25.81;SB=-7.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,39:58:99:1539,150,0 chrII 490686 . A AGGGGCCTTCCGTCCACGGCAC 3083.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=19.0439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.53;MQ0=0;QD=171.33;SB=-6.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,8:18:48:3126,48,0 chrII 491090 . C CT 886.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.776;DP=90;FS=11.044;HaplotypeScore=73.5255;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQ0=0;MQRankSum=1.056;QD=9.86;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-1.150;SB=-3.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,52:90:99:926,0,140 chrII 492950 . GAAA GA,G 1965.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.709;DP=138;FS=10.432;HaplotypeScore=138.4206;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=0.668;QD=14.25;RPA=19,17,16;RU=A;ReadPosRankSum=-1.726;SB=-7.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:72,1,29:138:99:2044,728,541,512,0,596 chrII 494315 . GA G 1275.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=64;FS=3.395;HaplotypeScore=32.8455;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=1.674;QD=19.94;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.088;SB=-5.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,61:64:99:1318,164,0 chrII 499600 . ATAAATTTGGAGGCAGTCAATG A 2794.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9744;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.83;MQ0=0;QD=174.69;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,13:16:39:2837,39,0 chrII 504355 . CCACACA C 1372.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=27.2876;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.45;MQ0=0;QD=68.65;RPA=10,7;RU=CA;SB=-1.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,18:20:57:1415,57,0 chrII 505412 . CA C 1732.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.032;DP=179;FS=8.937;HaplotypeScore=208.7785;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.75;MQ0=0;MQRankSum=1.315;QD=9.68;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=3.655;SB=-3.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:73,93:177:49:1775,49,0 chrII 513674 . C CAT 2095.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=35.7756;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.26;MQ0=0;QD=22.54;RPA=5,6;RU=AT;SB=-8.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,69:93:99:2138,168,0 chrII 530863 . A AT 2244.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=24.7016;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.06;MQ0=0;QD=26.10;RPA=3,4;RU=T;SB=-5.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,84:86:99:2287,231,0 chrII 532411 . GA G 2695.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=109.5175;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.40;MQ0=0;QD=24.96;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.098e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,105:108:99:2738,306,0 chrII 537784 . C CA 2962.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=437.2526;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.14;MQ0=0;MQRankSum=0.982;QD=22.97;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.058;SB=-1.085e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,121:129:99:3005,336,0 chrII 539226 . GA G 22.99 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.866;DP=61;FS=6.909;HaplotypeScore=134.9947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.559;QD=0.38;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=-1.369;SB=-7.999e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,10:61:62:62,0,575 chrII 539767 . 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C CT 1474.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=88.2064;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;QD=32.78;RPA=1,2;RU=T;SB=-6.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,44:45:99:1517,132,0 chrII 555666 . T TC 1131.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=13.8567;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=33.29;RPA=1,2;RU=C;SB=-5.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:99:1174,99,0 chrII 556210 . GAT G 1905.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=95.9573;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.33;MQ0=1;QD=20.72;RPA=7,6;RU=AT;SB=-8.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,59:91:99:1948,171,0 chrII 559930 . C CA 719.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.173;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=123.6970;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.32;MQ0=0;MQRankSum=0.311;QD=14.40;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.725;SB=-2.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,34:50:67:762,67,0 chrII 571328 . 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CA C 883.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=191.5463;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.42;MQ0=0;QD=18.81;RPA=10,9;RU=A;SB=-3.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,42:47:99:926,122,0 chrII 618809 . T TA 2120.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=260.7496;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.50;MQ0=0;QD=32.14;RPA=1,2;RU=A;SB=-9.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,64:66:99:2163,187,0 chrII 623063 . CGCTGTTCTTGTT C 7609 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=207.5504;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.20;MQ0=0;QD=102.82;SB=-1.966e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,61:74:99:7609,184,0 chrII 642993 . CA C 637.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.625;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=18.9531;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.34;MQ0=0;MQRankSum=1.300;QD=15.95;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.625;SB=-3.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,37:40:90:680,90,0 chrII 643272 . T TC 3541 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=431.6176;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.31;MQ0=0;QD=33.09;RPA=2,3;RU=C;SB=-6.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,105:107:99:3541,316,0 chrII 645241 . AT A 2718.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=44.5618;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.78;MQ0=0;QD=21.24;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.231e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,117:128:99:2761,324,0 chrII 649337 . TCAG T 1364.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=93.2433;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.72;MQ0=0;QD=30.33;RPA=9,8;RU=CAG;SB=-4.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,34:45:99:1407,99,0 chrII 650247 . G GACAC 4261 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.660;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=222.1765;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=63.26;MQ0=0;MQRankSum=1.263;QD=36.42;RPA=7,9;RU=AC;ReadPosRankSum=1.083;SB=-2.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,94:117:99:4261,276,0 chrII 653039 . C CA 1740.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.949;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=61.0885;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.574;QD=15.83;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.563;SB=-1.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,85:110:35:1783,35,0 chrII 653329 . TC T 2340.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=66.6486;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.87;MQ0=0;QD=33.93;RPA=2,1;RU=C;SB=-6.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,67:69:99:2383,199,0 chrII 655555 . G GAA 2246.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=29.0382;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.60;MQ0=0;QD=38.74;RPA=3,5;RU=A;SB=-1.015e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,57:58:99:2289,175,0 chrII 662564 . T TA 1540.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.474;DP=81;FS=9.081;HaplotypeScore=39.3804;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.22;MQ0=0;MQRankSum=0.801;QD=19.02;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.207;SB=-7.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,71:81:99:1583,132,0 chrII 679399 . C CTAT 2115.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=113.7135;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.39;MQ0=0;QD=35.27;RPA=2,3;RU=TAT;SB=-5.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,49:60:99:2158,135,0 chrII 680339 . TAA T 1476.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.406;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=184.9970;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.98;MQ0=0;MQRankSum=1.082;QD=19.69;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.170;SB=-4.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,55:75:99:1519,154,0 chrII 681991 . C CA 238.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.969;DP=28;FS=2.884;HaplotypeScore=30.3681;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.224;QD=8.53;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=1.416;SB=-5.371e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,8:28:9:280,9,0 chrII 682041 . GT G 514.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=24.0255;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=19.81;RPA=8,7;RU=T;SB=-2.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,24:26:71:557,71,0 chrII 694611 . 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TCC T 1102.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=37.0815;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.42;MQ0=0;QD=36.77;RPA=3,1;RU=C;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,27:30:75:1145,75,0 chrII 701871 . C CTA 1302.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=35.1002;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.64;MQ0=1;QD=19.74;RPA=5,6;RU=TA;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,40:65:99:1345,105,0 chrII 704437 . T TTC 2514.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=198.0204;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.59;MQ0=0;QD=35.42;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,59:71:99:2557,192,0 chrII 704660 . TA T 1382.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=17.6738;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;QD=21.28;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:65:99:1425,179,0 chrII 707065 . AT A 1407.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=58.6788;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.94;MQ0=0;QD=18.29;RPA=6,5;RU=T;SB=-2.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,61:77:99:1450,177,0 chrII 712763 . A AAT 6661 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=294.9073;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.13;MQ0=0;QD=42.97;SB=-8.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,143:155:99:6661,439,0 chrII 714609 . TA T 807.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.625;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=44.0668;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.468;QD=12.24;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.248;SB=-4.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,49:66:85:850,85,0 chrII 718931 . GC G 1334.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=18.8536;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=35.13;SB=-5.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,37:38:99:1377,108,0 chrII 720641 . C CT 1171.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.298;DP=105;FS=4.626;HaplotypeScore=56.3462;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.503;QD=11.16;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.051;SB=-5.363e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,76:105:14:1213,14,0 chrII 721119 . CA C 3133.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=1001.5073;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.83;MQ0=0;QD=28.23;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.378e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,100:111:99:3176,292,0 chrII 721265 . GAA G 1583.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.638;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=47.5254;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.72;MQ0=0;MQRankSum=0.535;QD=17.60;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=2.329;SB=-7.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,58:90:99:1626,132,0 chrII 732523 . AT A 1018.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=349.8616;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.96;MQ0=0;QD=15.92;RPA=11,10;RU=T;SB=-4.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,53:64:99:1061,148,0 chrII 736128 . AT A 2265.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=45.7287;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=18.73;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.088e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,111:121:99:2308,302,0 chrII 746362 . CATCTGCA C 3182.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=13.3335;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.49;MQ0=0;QD=66.31;RPA=2,1;RU=ATCTGCA;SB=-9.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,40:48:99:3225,114,0 chrII 747841 . GT G 2477.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=30.6101;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.84;MQ0=0;QD=31.77;RPA=2,1;RU=T;SB=-2.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,77:78:99:2520,220,0 chrII 751231 . AT A 928.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.780;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=81.6904;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.606;QD=18.21;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=0.520;SB=-4.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,14:51:99:971,109,0 chrII 757162 . AAT A 2319.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=57.5196;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.47;MQ0=0;QD=19.02;RPA=8,7;RU=AT;SB=-9.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,69:122:99:2362,213,0 chrII 761076 . CT C 1852.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=1600.7100;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=19.10;RPA=3,2;RU=T;SB=-6.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:65,31:97:99:1895,244,0 chrII 761081 . A AAT 2629.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=1593.1815;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.22;MQ0=0;QD=25.05;SB=-1.330e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,57:105:99:2672,231,0 chrII 761111 . A AT 3289 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=1317.6811;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.77;MQ0=0;QD=26.31;RPA=3,4;RU=T;SB=-6.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,113:125:99:3289,334,0 chrII 767793 . GA G 757.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.790;DP=88;FS=7.148;HaplotypeScore=45.1164;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.72;MQ0=0;MQRankSum=1.984;QD=8.61;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=2.447;SB=-3.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,54:88:27:800,27,0 chrII 768073 . A AT 2517.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=40.6939;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;QD=25.69;RPA=4,5;RU=T;SB=-5.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,88:98:99:2560,270,0 chrII 768183 . TA T 2514.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=332.4218;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.11;MQ0=0;QD=20.78;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.177e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,109:121:99:2557,311,0 chrII 773703 . C CA 2086.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.763;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=48.2167;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=1;MQRankSum=-2.486;QD=17.84;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.211;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,95:116:99:2129,128,0 chrII 773801 . A ATTT 608.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=51.2696;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.12;MQ0=0;QD=15.61;RPA=11,14;RU=T;SB=-4.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,11:39:55:651,55,0 chrII 777906 . ATTT A 4972 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.412;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=336.8207;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.60;MQ0=0;MQRankSum=0.978;QD=32.50;RPA=15,12;RU=T;ReadPosRankSum=2.394;SB=-1.318e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,112:153:99:4972,386,0 chrII 779864 . A ACAACAACAACAGTCC 4853 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=71.3259;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.56;MQ0=0;QD=101.10;SB=-1.795e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,27:48:99:4853,123,0 chrII 780362 . G GCAA 2486.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.525;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=430.9940;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.052;QD=30.33;RPA=6,7;RU=CAA;ReadPosRankSum=0.577;SB=-7.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,58:82:99:2529,154,0 chrII 780407 . ACAG A 1436.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.237;DP=73;FS=1.571;HaplotypeScore=712.5481;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.56;MQ0=0;MQRankSum=0.303;QD=19.68;RPA=3,2;RU=CAG;ReadPosRankSum=5.290;SB=-2.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,28:73:58:1479,58,0 chrII 780422 . ACAACAG A 2965.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=613.2868;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.75;MQ0=1;QD=37.07;SB=-7.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,27:79:99:3008,201,0 chrII 784713 . C CT,CTT 1153.96 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.829;DP=143;FS=8.226;HaplotypeScore=117.6969;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.158;QD=8.07;RPA=14,15,16;RU=T;ReadPosRankSum=-0.309;SB=-4.927e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:84,43,8:142:59:1232,85,59,629,0,789 chrII 784824 . G GA 618.04 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.282;DP=86;FS=2.267;HaplotypeScore=368.0351;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.460;QD=7.19;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-1.113;SB=-8.631e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,33:86:15:657,0,15 chrII 785532 . G GA 1842.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=117.0129;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.71;MQ0=0;QD=24.57;RPA=4,5;RU=A;SB=-9.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,70:75:99:1885,198,0 chrII 785659 . G GA 1721.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=96.6097;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.31;MQ0=0;QD=29.69;RPA=2,3;RU=A;SB=-8.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,52:58:99:1764,165,0 chrII 785854 . A ATT 1016.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=170.1648;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.66;MQ0=0;QD=15.41;RPA=12,14;RU=T;SB=-3.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,20:66:99:1059,116,0 chrII 786732 . A AT 3421 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=167;FS=0.000;HaplotypeScore=76.7628;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;QD=20.49;RPA=8,9;RU=T;SB=-1.048e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,136:167:99:3421,402,0 chrII 788596 . T TA 4006 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=40.7794;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.29;MQ0=0;QD=33.66;SB=-1.341e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,115:119:99:4006,328,0 chrII 796572 . A ACT 1288.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=513.0601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.17;MQ0=0;QD=32.22;RPA=2,3;RU=CT;SB=-4.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,34:40:99:1331,105,0 chrII 796607 . TATG T 2235.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=597.3021;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=43.00;RPA=2,1;RU=ATG;SB=-8.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,47:52:99:2278,138,0 chrII 799093 . CT C 2078.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=341.9313;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.63;MQ0=0;QD=21.00;RPA=6,5;RU=T;SB=-9.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,80:99:99:2121,249,0 chrII 799164 . TA T 2802.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=241.3359;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.66;MQ0=0;QD=30.80;RPA=2,1;RU=A;SB=-7.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,87:91:99:2845,253,0 chrII 802300 . TAA T 1468.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.227;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=537.4557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.072;QD=25.77;RPA=10,8;RU=A;ReadPosRankSum=1.155;SB=-3.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,50:57:99:1511,140,0 chrII 802527 . CA C 1002.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=251.3321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.41;MQ0=0;QD=19.29;RPA=8,7;RU=A;SB=-4.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,47:52:99:1045,132,0 chrII 802958 . A AAT 1833.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=483.7972;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.87;MQ0=0;QD=42.65;SB=-5.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,39:43:99:1876,123,0 chrII 802962 . TGG T 1741.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=453.7706;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.75;MQ0=0;QD=44.67;SB=-4.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:99:1784,117,0 chrII 807118 . CT C 888.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=68.8281;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.66;MQ0=27;QD=10.97;RPA=8,7;RU=T;SB=-2.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,74:47:99:931,117,0 chrII 807369 . GA G 3603 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=42.1996;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.03;MQ0=4;QD=29.06;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.442e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,118:117:99:3603,313,0 chrII 808116 . A AG 154.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=26.8592;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.83;MQ0=9;QD=9.63;RPA=2,3;RU=G;SB=-3.387e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,13:7:18:196,18,0 chrII 808291 . TA T 1392.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=243.8921;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.75;MQ0=9;QD=24.44;RPA=2,1;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:40:99:1435,120,0 chrII 809423 . C CTGAT 4812 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=105.4166;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.41;MQ0=11;QD=47.64;RPA=1,2;RU=TGAT;SB=-3.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,88:89:99:4812,232,0 chrII 809484 . CT C 658.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.701;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=158.3022;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.97;MQ0=10;MQRankSum=-0.407;QD=8.67;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.629;SB=-1.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,46:57:60:701,60,0 chrIII 365 . AACACT A 189.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.555;DP=15;FS=23.314;HaplotypeScore=168.6939;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.35;MQ0=0;MQRankSum=1.954;QD=12.66;ReadPosRankSum=-1.791;SB=-2.745e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,5:13:99:229,0,154 chrIII 711 . TTG T 311.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.747;DP=37;FS=14.880;HaplotypeScore=367.3044;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.988;QD=8.43;ReadPosRankSum=-0.304;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,15:21:99:351,0,308 chrIII 744 . TAC T 86.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.457;DP=20;FS=19.590;HaplotypeScore=346.7471;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.326;QD=4.35;ReadPosRankSum=1.371;SB=-8.141e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,5:17:99:126,0,325 chrIII 757 . A AC 131.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.791;DP=17;FS=9.890;HaplotypeScore=303.0040;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.54;MQ0=0;MQRankSum=0.101;QD=7.76;ReadPosRankSum=-0.312;SB=-1.189e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,6:14:99:171,0,172 chrIII 761 . CA C 229.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.423;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=293.2512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.54;MQ0=0;MQRankSum=0.085;QD=13.53;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=-0.592;SB=-1.339e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,10:14:54:269,0,54 chrIII 799 . TC T 140.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.054;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=218.9620;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.02;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=9.40;ReadPosRankSum=1.203;SB=-3.500e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,7:9:68:180,0,68 chrIII 806 . C CTA 206.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=203.3702;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.33;MQ0=0;QD=14.72;SB=-3.993e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:8:21:248,21,0 chrIII 1082 . A ACT 207.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.589;DP=41;FS=6.021;HaplotypeScore=58.7977;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=15.95;MQ0=6;MQRankSum=-1.067;QD=5.07;ReadPosRankSum=0.572;SB=0.010 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,26:8:65:247,0,65 chrIII 4087 . A AC 201.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.182;DP=50;FS=70.613;HaplotypeScore=328.4147;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.57;MQ0=7;MQRankSum=-5.045;QD=4.04;RPA=2,3;RU=C;ReadPosRankSum=4.550;SB=0.513;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,14:43:99:241,0,334 chrIII 4194 . TA T 1643.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.193;DP=164;FS=85.474;HaplotypeScore=881.5536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.29;MQ0=0;MQRankSum=-4.138;QD=10.02;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=5.569;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,69:160:99:1683,0,1718 chrIII 4292 . AT A 1611.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.038;DP=208;FS=18.066;HaplotypeScore=425.5063;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.39;MQ0=0;MQRankSum=-3.028;QD=7.75;ReadPosRankSum=0.151;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,111:180:99:1651,0,2494 chrIII 4695 . T TC 694.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=374.0579;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.85;MQ0=1;QD=14.48;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,27:41:63:737,63,0 chrIII 4744 . A AT 2870.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=628.7967;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.55;MQ0=3;QD=27.87;RPA=2,3;RU=T;SB=-3.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:95:99:2913,283,0 chrIII 5998 . C CT 487.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.456;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=234.2159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.18;MQ0=11;MQRankSum=-0.763;QD=9.76;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.069;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,37:38:53:530,53,0 chrIII 6093 . T TC 3198.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.591;DP=167;FS=0.000;HaplotypeScore=809.5512;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.35;MQ0=15;MQRankSum=-0.695;QD=19.16;RPA=1,2;RU=C;ReadPosRankSum=-0.082;SB=-1.455e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:82,84:151:99:3241,413,0 chrIII 6454 . TGCCC T 874.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.864;DP=142;FS=9.995;HaplotypeScore=583.5617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.97;MQ0=6;MQRankSum=-1.317;QD=6.16;ReadPosRankSum=-3.951;SB=-4.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,35:53:99:914,0,313 chrIII 8352 . CCT C 563.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.640;DP=48;FS=2.682;HaplotypeScore=125.5779;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.25;MQ0=5;MQRankSum=2.488;QD=11.75;ReadPosRankSum=1.279;SB=-1.469e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,27:28:35:606,35,0 chrIII 8575 . CAAA C 600.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=281.3217;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.86;MQ0=8;QD=8.59;RPA=20,17;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,35:53:53:643,53,0 chrIII 9181 . A AT 594.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.440;DP=100;FS=5.141;HaplotypeScore=83.8676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.74;MQ0=1;MQRankSum=0.231;QD=5.95;RPA=15,16;RU=T;ReadPosRankSum=0.142;SB=-6.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,50:94:99:634,0,130 chrIII 11495 . A AG 1543.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=19.8101;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.43;MQ0=0;QD=30.88;SB=-5.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:45:99:1586,135,0 chrIII 14115 . A ATAG 1676.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=379.8419;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.83;MQ0=0;QD=43.00;SB=-5.100e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,31:39:99:1719,99,0 chrIII 14156 . CTTGGGAAAATGCGTG C 948.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=170.6185;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.26;MQ0=0;QD=72.93;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,6:13:18:990,18,0 chrIII 14236 . T TG 1368.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=234.9240;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.14;MQ0=0;QD=29.76;RPA=2,3;RU=G;SB=-2.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,44:46:99:1411,135,0 chrIII 14303 . CA C 1321.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=367.0332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.51;MQ0=0;QD=17.63;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,68:75:99:1364,193,0 chrIII 14590 . GA G 682.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=211.1783;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.90;MQ0=0;QD=23.55;RPA=3,2;RU=A;SB=-2.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,28:29:72:725,72,0 chrIII 15038 . T TC 1454.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=454.0878;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.21;MQ0=0;QD=25.53;RPA=4,5;RU=C;SB=-6.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,56:57:99:1497,162,0 chrIII 15438 . AT A 3590 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=972.2686;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.40;MQ0=0;QD=28.72;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.243e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,120:125:99:3590,346,0 chrIII 15552 . C CT 2638.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=429.6458;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.95;MQ0=0;QD=25.37;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.274e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,94:104:99:2681,288,0 chrIII 17192 . AT A 2225.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=31.6566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.54;MQ0=0;QD=26.82;RPA=3,2;RU=T;SB=-8.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,82:83:99:2268,231,0 chrIII 18468 . T TCTGAAC 6367 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=210.6068;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.71;MQ0=0;QD=71.54;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,70:89:99:6367,241,0 chrIII 18612 . C CG 1729.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=125.2016;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;QD=27.46;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,46:63:99:1772,163,0 chrIII 19674 . TTCA T 4979 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=117.8372;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.68;MQ0=0;QD=37.72;RPA=4,3;RU=TCA;SB=-2.414e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,122:132:99:4979,349,0 chrIII 23504 . 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TTTATTTATTTGTTGG T 657.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.936;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=165.3487;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.514;QD=31.33;ReadPosRankSum=3.838;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,9:21:99:697,0,567 chrIII 29498 . G GT 819.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=204.0257;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.10;MQ0=0;QD=26.45;RPA=3,4;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,22:31:90:862,90,0 chrIII 29631 . C CTT 1119.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=150.4181;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.06;MQ0=0;QD=30.27;RPA=3,5;RU=T;SB=-6.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,32:37:96:1162,96,0 chrIII 30537 . GATTTTCAATAAAGGA G 5387 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=51.2752;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.29;MQ0=0;QD=128.26;SB=-1.995e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,37:42:99:5387,111,0 chrIII 37788 . C CAT 737.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=32.1112;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.39;MQ0=0;QD=16.04;RPA=4,5;RU=AT;SB=-5.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,23:46:72:780,72,0 chrIII 39640 . C CG 1373.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=23.6297;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=24.98;RPA=5,6;RU=G;SB=-6.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,54:55:99:1416,156,0 chrIII 41096 . A AG 3339 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.643;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=59.0562;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.962;QD=26.50;RPA=3,4;RU=G;ReadPosRankSum=-0.341;SB=-9.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,117:126:99:3339,325,0 chrIII 41315 . GA G 2887.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;FS=0.000;HaplotypeScore=572.2537;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.66;MQ0=0;QD=17.40;RPA=9,8;RU=A;SB=-7.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,155:166:99:2930,414,0 chrIII 41356 . TC T 6157 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.714;DP=223;FS=0.000;HaplotypeScore=701.7263;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.501;QD=27.61;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=0.202;SB=-2.701e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,206:223:99:6157,559,0 chrIII 41390 . C CT 5409 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.189;DP=229;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=621.8600;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.849;QD=23.62;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=-0.662;SB=-2.684e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,204:229:99:5409,587,0 chrIII 41819 . GC G 1882.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=225.9779;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.96;MQ0=0;QD=30.37;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,60:61:99:1925,174,0 chrIII 43611 . C CTA 795.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.362;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=140.4963;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.609;QD=12.63;RPA=3,4;RU=TA;ReadPosRankSum=1.609;SB=-4.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,21:63:67:838,67,0 chrIII 48582 . A AT 1650.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=126.8337;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.36;MQ0=0;QD=19.89;RPA=7,8;RU=T;SB=-6.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,77:83:99:1693,212,0 chrIII 50544 . CA C 76.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=38.1722;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;QD=7.61;RPA=8,7;RU=A;SB=-2.284e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,8:10:17:118,17,0 chrIII 50664 . A AG 141.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=15.3636;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.53;MQ0=0;QD=20.15;RPA=5,6;RU=G;SB=-8.355e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21:183,21,0 chrIII 52436 . TATAC T 6059 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=354.1065;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.15;MQ0=0;QD=45.22;RPA=2,1;RU=ATAC;SB=-4.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,134:134:99:6059,334,0 chrIII 54924 . CAA C 2920.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=467.9659;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.48;MQ0=0;QD=21.01;RPA=13,11;RU=A;SB=-1.295e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,97:139:99:2963,313,0 chrIII 57238 . AC A 216.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=66.0415;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.12;MQ0=0;QD=10.85;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,18:20:45:259,45,0 chrIII 60739 . A AT 3716 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;FS=0.000;HaplotypeScore=122.9497;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;QD=22.39;RPA=7,8;RU=T;SB=-8.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,159:166:99:3716,473,0 chrIII 61353 . AG A 1013.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=16.5382;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.35;RPA=6,5;RU=G;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,38:40:99:1056,114,0 chrIII 68340 . G GA 2000.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=50.1632;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;QD=21.06;RPA=8,9;RU=A;SB=-8.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,90:95:99:2043,257,0 chrIII 71391 . T TC 1655.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=44.3645;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.79;MQ0=0;QD=27.15;RPA=2,3;RU=C;SB=-1.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,59:61:99:1698,171,0 chrIII 71427 . AT A 732.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=77.0121;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.22;MQ0=0;QD=12.86;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,48:57:99:775,110,0 chrIII 71752 . CT C 1922.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=201.6155;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.93;MQ0=0;QD=19.62;RPA=6,5;RU=T;SB=-8.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,94:98:99:1965,248,0 chrIII 76009 . CT C 1468.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=41.4186;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;QD=15.14;RPA=10,9;RU=T;SB=-3.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,77:97:99:1511,220,0 chrIII 78799 . A AT 1192.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.250;DP=91;FS=2.452;HaplotypeScore=50.5291;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.183;QD=13.11;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.517;SB=-3.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,61:91:99:1235,121,0 chrIII 82273 . T TAA 860.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.174;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=139.6990;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.32;MQ0=0;MQRankSum=0.839;QD=25.32;RPA=8,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.727;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,24:34:73:903,73,0 chrIII 82439 . A AT 327.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=130.9479;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.20;MQ0=0;QD=27.33;RPA=2,3;RU=T;SB=-2.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36:370,36,0 chrIII 82451 . GAA G 228.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=140.8871;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.20;MQ0=0;QD=19.08;RPA=10,8;RU=A;SB=-3.098e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,8:12:27:271,27,0 chrIII 83348 . GT G 1194.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=116.5089;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.56;MQ0=0;QD=26.55;RPA=3,2;RU=T;SB=-4.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,43:45:99:1237,120,0 chrIII 84058 . C CTA 1235.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=542.5189;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.97;MQ0=0;QD=17.91;RPA=3,4;RU=TA;SB=-3.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,23:66:99:1278,114,0 chrIII 84064 . AT A 526.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.719;DP=65;FS=35.628;HaplotypeScore=714.7466;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.748;QD=8.11;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=-3.855;SB=-2.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:63:90:566,0,90 chrIII 84070 . G GT 526.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.182;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=544.1843;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.26;MQ0=0;MQRankSum=1.429;QD=10.75;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=-0.072;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,24:47:99:566,0,327 chrIII 84122 . T TAC 337.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.041;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=463.4127;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.38;MQ0=1;MQRankSum=-0.967;QD=19.88;ReadPosRankSum=0.537;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,10:14:47:377,0,47 chrIII 84172 . TC T 600.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=1056.7990;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.10;MQ0=1;QD=18.78;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,28:30:83:643,83,0 chrIII 84175 . A AG 633.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=986.9216;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.04;MQ0=1;QD=21.13;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,28:28:83:676,83,0 chrIII 84218 . AT A 962.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=947.2165;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.97;MQ0=5;QD=26.03;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,31:32:84:1005,84,0 chrIII 84444 . AT A 916.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.614;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=453.1302;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.73;MQ0=5;MQRankSum=-1.733;QD=26.97;ReadPosRankSum=1.614;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,28:29:52:959,52,0 chrIII 90670 . A AT 163.30 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.751;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=301.3545;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.18;MQ0=13;MQRankSum=-0.751;QD=7.10;ReadPosRankSum=0.751;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,8:9:8:202,0,8 chrIII 90673 . TC T 135.30 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.751;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=302.0375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.18;MQ0=13;MQRankSum=0.751;QD=5.88;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=0.751;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,8:9:8:174,0,8 chrIII 90696 . A AG 433.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=513.5526;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.36;MQ0=2;QD=25.53;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,12:14:42:476,42,0 chrIII 90717 . GC G 146.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.308;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=498.3615;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.07;MQ0=2;MQRankSum=0.683;QD=6.39;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=3.098;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,8:20:99:186,0,215 chrIII 90725 . A ACG 257.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.366;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=338.4704;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.28;MQ0=1;MQRankSum=0.772;QD=15.17;ReadPosRankSum=2.289;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,8:15:99:297,0,259 chrIII 90745 . TAC T 209.17 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.742;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=245.0095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.29;MQ0=1;MQRankSum=-0.742;QD=19.02;ReadPosRankSum=-0.742;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,6:9:16:251,16,0 chrIII 90982 . TC T 1811.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=25.4976;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.68;MQ0=1;QD=27.45;RPA=2,1;RU=C;SB=-8.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,64:64:99:1854,192,0 chrIII 92744 . TA T 759.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=138.3869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;QD=11.86;RPA=13,12;RU=A;SB=-2.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,43:64:99:801,135,0 chrIII 101876 . CTTTTT C 1049.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=77.5950;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.39;MQ0=0;QD=22.34;RPA=19,14;RU=T;SB=-2.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,24:47:69:1092,69,0 chrIII 104471 . C CAA,CA 587.58 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.837;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=134.8939;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=50.27;MQ0=0;MQRankSum=0.076;QD=10.88;RPA=4,6,5;RU=A;ReadPosRankSum=-1.232;SB=-1.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:20,5,29:54:44:665,151,127,108,0,44 chrIII 105664 . T TGTTTTCG 10375 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=62.5516;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.36;MQ0=0;QD=78.01;SB=-1.232e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,95:133:99:10375,352,0 chrIII 108894 . CAT C 1645.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=50.4820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.57;MQ0=0;QD=13.72;RPA=8,7;RU=AT;SB=-8.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:58,54:119:99:1688,162,0 chrIII 112857 . GT G 3552 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.554;DP=128;FS=3.358;HaplotypeScore=951.1183;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.666;QD=27.75;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=0.548;SB=-1.626e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,121:128:99:3552,321,0 chrIII 114186 . CT C 1481.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=221.3422;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.28;MQ0=0;QD=30.24;RPA=2,1;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1524,141,0 chrIII 114376 . TAC T 1305.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=251.5223;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.03;MQ0=0;QD=31.85;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,36:41:99:1348,108,0 chrIII 114918 . AT A 3205.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=659.3456;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.57;MQ0=0;QD=23.93;RPA=3,2;RU=T;SB=-9.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,121:134:99:3248,331,0 chrIII 115548 . A AAT 1925.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=64.6489;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;QD=22.66;RPA=4,5;RU=AT;SB=-7.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,76:85:99:1968,165,0 chrIII 123478 . C CA 1034.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=127.4716;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.64;MQ0=0;QD=18.82;RPA=9,10;RU=A;SB=-5.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,49:55:99:1077,145,0 chrIII 126767 . A AG 2833.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=196.8319;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.27;MQ0=0;QD=32.20;SB=-9.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,79:88:99:2876,247,0 chrIII 127172 . T TACCC 3089.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=26.4779;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.04;MQ0=0;QD=50.66;SB=-1.057e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,53:61:99:3132,166,0 chrIII 127574 . G GA 467.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.818;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=16.2686;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.625;QD=16.14;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.395;SB=-1.518e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,24:29:37:510,37,0 chrIII 127804 . CT C 101.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.044;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=11.3167;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=1.044;QD=6.78;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.348;SB=-5.353e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,10:15:10:143,10,0 chrIII 128418 . CA C 1886.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=755.3235;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.14;MQ0=0;QD=17.47;RPA=9,8;RU=A;SB=-7.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,97:108:99:1929,271,0 chrIII 128435 . G GATTTT 4966 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=438.7970;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.24;MQ0=0;QD=48.69;RPA=2,3;RU=ATTTT;SB=-1.717e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,79:102:99:4966,238,0 chrIII 130514 . TAAA T 146.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=8.9038;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.49;MQ0=0;QD=6.08;RPA=12,9;RU=A;SB=-4.280e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,16:24:21:188,21,0 chrIII 133281 . AG A 2009.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=200.7138;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.94;MQ0=0;QD=25.12;RPA=3,2;RU=G;SB=-8.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,75:80:99:2052,219,0 chrIII 136895 . GT G 4405 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=53.6885;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;QD=33.12;SB=-1.967e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,130:133:99:4405,379,0 chrIII 139499 . TTTC T 2226.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=41.5318;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.66;MQ0=0;QD=28.92;RPA=7,6;RU=TTC;SB=-9.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,56:77:99:2269,171,0 chrIII 142647 . GA G 793.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=81.5432;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.66;MQ0=0;QD=18.46;RPA=6,5;RU=A;SB=-2.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,36:43:99:836,108,0 chrIII 142665 . GA G 263.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.347;DP=43;FS=4.559;HaplotypeScore=122.9647;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.12;MQ0=0;MQRankSum=1.387;QD=6.14;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=-1.214;SB=-7.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,26:43:37:306,37,0 chrIII 143118 . A AAG 6030 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=212;FS=0.000;HaplotypeScore=350.1676;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.91;MQ0=2;QD=28.44;RPA=4,5;RU=AG;SB=-2.712e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,173:210:99:6030,508,0 chrIII 148164 . A AT 4198 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.363;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=278.6683;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.306;QD=31.56;ReadPosRankSum=-0.369;SB=-1.259e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,120:133:99:4198,332,0 chrIII 148171 . GA G 2264.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.925;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=483.6818;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.975;QD=16.06;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.408;SB=-6.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,119:141:99:2307,290,0 chrIII 149300 . TA T 2229.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=49.1397;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.56;MQ0=0;QD=18.13;RPA=9,8;RU=A;SB=-4.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,113:123:99:2272,319,0 chrIII 149509 . C CT 1334.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=305.7795;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.30;MQ0=0;QD=21.19;RPA=4,5;RU=T;SB=-2.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,57:63:99:1377,162,0 chrIII 149895 . G GC 3095.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=304.3619;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.98;MQ0=0;QD=31.92;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,93:92:99:3138,262,0 chrIII 151108 . A AG 5975 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=169;FS=0.000;HaplotypeScore=238.0145;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.08;MQ0=0;QD=35.36;SB=-1.865e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,168:169:99:5975,496,0 chrIII 151492 . TA T 1785.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=147.5899;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.09;MQ0=0;QD=27.06;RPA=3,2;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,64:66:99:1828,186,0 chrIII 153973 . CAT C 824.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=109.0986;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.56;MQ0=0;QD=10.31;RPA=6,5;RU=AT;SB=-4.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,33:80:78:867,78,0 chrIII 157462 . G GA 1907.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=251.2314;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.11;MQ0=0;QD=24.46;RPA=3,4;RU=A;SB=-9.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,72:78:99:1950,213,0 chrIII 158451 . C CA 1179.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=94.0957;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.47;MQ0=0;QD=25.11;RPA=1,2;RU=A;SB=-3.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,36:47:99:1222,111,0 chrIII 158486 . ATT A 1537.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=114.6397;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.61;MQ0=0;QD=25.63;RPA=11,9;RU=T;SB=-6.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,57:60:99:1580,162,0 chrIII 162712 . TA T 740.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=28.7720;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=15.12;RPA=10,9;RU=A;SB=-8.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,42:49:99:783,113,0 chrIII 163192 . A AT 1893.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=74.0820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;QD=23.10;RPA=3,4;RU=T;SB=-7.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,70:82:99:1936,210,0 chrIII 163270 . AG A 1706.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=69.3334;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.15;MQ0=0;QD=27.53;SB=-6.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,60:62:99:1749,153,0 chrIII 163395 . GA G 911.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.122;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=37.2473;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=0.069;QD=13.82;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.160;SB=-4.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,48:66:99:954,115,0 chrIII 164372 . A ATCG 3584 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=93.4164;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.56;MQ0=0;QD=40.27;RPA=2,3;RU=TCG;SB=-1.077e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,77:89:99:3584,235,0 chrIII 167039 . C CAG 3288 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=333.3157;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.31;MQ0=0;QD=33.90;RPA=1,2;RU=AG;SB=-1.062e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,78:97:99:3288,253,0 chrIII 168612 . G GAAT 1399.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.834;DP=40;FS=49.821;HaplotypeScore=960.5920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.39;MQ0=1;MQRankSum=0.759;QD=35.00;RPA=1,2;RU=AAT;ReadPosRankSum=1.810;SB=-3.011e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,33:39:99:1439,0,168 chrIII 168619 . GAGAT G 1797.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.717;DP=40;FS=49.821;HaplotypeScore=920.7987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.39;MQ0=1;MQRankSum=1.966;QD=44.95;ReadPosRankSum=2.627;SB=-3.010e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,33:39:99:1837,0,264 chrIII 169184 . A AT 815.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=22.2926;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.89;MQ0=0;QD=21.47;RPA=3,4;RU=T;SB=-2.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,32:38:93:858,93,0 chrIII 170501 . TTC T 2865.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=573.9305;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.13;MQ0=0;QD=34.12;SB=-1.199e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,74:84:99:2908,225,0 chrIII 172819 . G GT 3362 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=59.7499;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=24.01;RPA=4,5;RU=T;SB=-9.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,130:140:99:3362,372,0 chrIII 173551 . CT C 1030.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.309;DP=69;FS=3.680;HaplotypeScore=155.6268;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=0.495;QD=14.94;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.114;SB=-4.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,57:69:99:1073,142,0 chrIII 177969 . GT G 1437.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.506;DP=97;FS=8.151;HaplotypeScore=52.2315;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=1.567;QD=14.82;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.872;SB=-5.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,80:97:99:1480,190,0 chrIII 178604 . T TAG 4245 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=303.6799;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.70;MQ0=0;QD=32.91;RPA=2,3;RU=AG;SB=-1.333e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,109:129:99:4245,331,0 chrIII 179498 . C CA 2203.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=87.5492;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;QD=20.04;RPA=9,10;RU=A;SB=-8.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,97:110:99:2246,298,0 chrIII 197460 . G GTAAAAGATTACATCTGA 19135 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=177;FS=0.000;HaplotypeScore=171.8440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.95;MQ0=0;QD=108.11;SB=-8.294e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,130:177:99:19135,379,0 chrIII 204418 . TCTTCCC T 2462.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=19.1205;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.63;MQ0=0;QD=47.36;SB=-1.216e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,46:51:99:2505,129,0 chrIII 205530 . A AT 1562.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=476.1925;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.69;MQ0=0;QD=20.57;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,60:76:99:1605,177,0 chrIII 205674 . CTT C 567.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.800;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=160.7404;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.600;QD=18.32;RPA=12,10;RU=T;ReadPosRankSum=2.237;SB=-8.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,21:31:61:610,61,0 chrIII 207966 . T TG 2009.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=163.4426;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.37;MQ0=0;QD=32.42;SB=-5.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,57:62:99:2052,168,0 chrIII 208002 . C CT 1708.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=340.3855;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.08;MQ0=0;QD=23.74;RPA=2,3;RU=T;SB=-5.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,64:72:99:1751,180,0 chrIII 208089 . AC A 2897.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.396;DP=179;FS=7.860;HaplotypeScore=1442.3360;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.25;MQ0=0;MQRankSum=3.120;QD=16.19;ReadPosRankSum=4.263;SB=-1.204e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,153:179:99:2940,401,0 chrIII 208091 . ATGAC A 7847 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.834;DP=171;FS=10.795;HaplotypeScore=901.3176;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.07;MQ0=0;MQRankSum=1.964;QD=45.89;ReadPosRankSum=4.049;SB=-2.948e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,153:171:99:7847,413,0 chrIII 209732 . G GT 1156.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=222.7149;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.38;MQ0=0;QD=19.95;RPA=8,9;RU=T;SB=-2.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,48:58:99:1199,147,0 chrIII 209788 . C CAAA 1121.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.664;DP=71;FS=4.590;HaplotypeScore=266.3914;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.438;QD=15.80;RPA=14,17;RU=A;ReadPosRankSum=0.788;SB=-5.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:48,13:71:58:1164,58,0 chrIII 210472 . ATTC A 975.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.600;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=214.2888;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.35;MQ0=0;MQRankSum=0.800;QD=27.88;RPA=5,4;RU=TTC;ReadPosRankSum=-0.533;SB=-3.006e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,25:35:34:1018,34,0 chrIII 210517 . G GA 1107.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.417;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=199.2927;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.64;MQ0=0;MQRankSum=1.181;QD=20.90;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=0.472;SB=-2.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,47:53:99:1150,107,0 chrIII 211624 . C CTGCTTCTTT 6201 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=156.5493;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.76;MQ0=0;QD=76.56;SB=-2.396e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,77:81:99:6201,222,0 chrIII 211722 . GA G 147.41 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.708;DP=54;FS=21.103;HaplotypeScore=38.0951;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.67;MQ0=0;MQRankSum=0.112;QD=2.73;RPA=15,14;RU=A;ReadPosRankSum=0.932;SB=-2.947e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,9:54:34:186,0,34 chrIII 213869 . C CTA 384.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=137.2346;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.77;MQ0=0;QD=12.42;RPA=5,6;RU=TA;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,11:31:39:427,39,0 chrIII 213958 . CT C 1547.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=246.5355;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.12;MQ0=0;QD=17.20;RPA=9,8;RU=T;SB=-4.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,83:90:99:1590,225,0 chrIII 216599 . GT G 5038 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=244;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=96.0316;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.08;MQ0=0;QD=20.65;RPA=7,6;RU=T;SB=-2.474e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,235:244:99:5038,663,0 chrIII 220216 . AT A 990.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.880;DP=75;FS=2.133;HaplotypeScore=183.2487;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=1.294;QD=13.21;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.500;SB=-4.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,58:75:99:1033,108,0 chrIII 223344 . CT C 1155.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.780;DP=85;FS=2.631;HaplotypeScore=80.6423;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.054;QD=13.60;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.797;SB=-4.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,69:85:99:1198,156,0 chrIII 224261 . T TTC 1842.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=170.2082;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.48;MQ0=0;QD=34.77;SB=-9.500e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,46:53:99:1885,153,0 chrIII 225123 . AT A 1724.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=681.1436;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.62;MQ0=0;QD=28.28;RPA=3,2;RU=T;SB=-6.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,60:61:99:1767,180,0 chrIII 225348 . G GT 585.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=66.8031;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.16;MQ0=0;QD=20.93;RPA=4,5;RU=T;SB=-2.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,24:28:72:628,72,0 chrIII 227483 . CT C 868.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=114.5294;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.48;MQ0=0;QD=15.24;RPA=10,9;RU=T;SB=-2.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,45:57:99:911,135,0 chrIII 228066 . G GAA 1126.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=381.7901;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.62;MQ0=0;QD=45.08;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:75:1169,75,0 chrIII 228946 . GA G 917.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=105.1120;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.68;MQ0=0;QD=12.75;RPA=6,5;RU=A;SB=-4.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,68:72:99:960,123,0 chrIII 228964 . G GTTT,GTTTT 1285.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.962;DP=67;FS=3.547;HaplotypeScore=143.7912;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=49.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.347;QD=19.19;RPA=14,17,18;RU=T;ReadPosRankSum=-0.962;SB=-5.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:34,15,11:67:99:1364,188,116,283,0,253 chrIII 229272 . CAA C 1188.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=62.3914;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.76;MQ0=0;QD=16.99;RPA=14,12;RU=A;SB=-5.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,43:70:99:1231,124,0 chrIII 231005 . CTTT CT,C 918.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.414;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=158.3931;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=51.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.478;QD=15.84;RPA=19,17,16;RU=T;ReadPosRankSum=1.815;SB=-3.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:24,0,17:57:99:997,366,262,179,0,129 chrIII 234912 . A AAGAAGAAGAAGAATAAGT 13098 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=317.0167;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.60;MQ0=0;QD=125.94;SB=-3.832e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:51,44:104:99:13098,253,0 chrIII 236778 . G GTT 2063.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.691;DP=100;FS=4.006;HaplotypeScore=294.7900;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.102;QD=20.64;RPA=11,13;RU=T;ReadPosRankSum=-1.610;SB=-7.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,49:100:99:2106,217,0 chrIII 236804 . CTT C 2044.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.546;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=300.0823;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.546;QD=19.66;RPA=12,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.214;SB=-1.042e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,75:104:99:2087,215,0 chrIII 242447 . ATTT A 2671.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.033;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=189.3902;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.00;MQ0=0;MQRankSum=2.191;QD=26.72;RPA=16,13;RU=T;ReadPosRankSum=3.172;SB=-4.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,65:100:99:2714,203,0 chrIII 247980 . GTATATATA G 676.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=56.7380;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.84;MQ0=0;QD=19.34;RPA=11,7;RU=TA;SB=-3.367e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,18:35:33:719,33,0 chrIII 249301 . AGCCAGATCCTGACCCTCCAAATCC A 4258 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.502;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=775.3615;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.301;QD=43.01;ReadPosRankSum=1.639;SB=-7.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,79:99:99:4258,167,0 chrIII 250178 . T TA 713.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=97.6279;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=17.85;RPA=6,7;RU=A;SB=-2.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,33:40:99:756,99,0 chrIII 262958 . A AAT 7029 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=206;FS=0.000;HaplotypeScore=547.2176;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.73;MQ0=0;QD=34.12;RPA=1,2;RU=AT;SB=-8.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,182:206:99:7029,554,0 chrIII 264222 . GTGCTGCTTCTGC G 962.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=82.7383;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.55;MQ0=0;QD=25.34;RPA=3,2;RU=TGCTGCTTCTGC;SB=-4.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,26:38:69:1005,69,0 chrIII 269995 . CACTCAAGTGTCTGCT C 5056 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.381;DP=92;FS=11.494;HaplotypeScore=547.8496;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.83;MQ0=0;MQRankSum=-4.806;QD=54.96;ReadPosRankSum=2.381;SB=-1.862e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,32:92:99:5056,0,7316 chrIII 271193 . ACAT A 1699.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=224.9564;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.64;MQ0=0;QD=27.87;RPA=6,5;RU=CAT;SB=-7.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,48:61:99:1742,129,0 chrIII 271474 . TTCA T 2087.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=142.4705;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.59;MQ0=0;QD=22.21;RPA=9,8;RU=TCA;SB=-1.048e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,55:94:99:2130,165,0 chrIII 273025 . GAAA G 1285.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=261.6254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.45;MQ0=0;QD=16.49;RPA=19,16;RU=A;SB=-1.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,31:78:99:1328,122,0 chrIII 273383 . A AT 1268.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=210.2248;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.98;MQ0=0;QD=29.51;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:43:99:1311,114,0 chrIII 273850 . AG A 2409.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=537.3964;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.69;MQ0=0;QD=29.04;SB=-1.203e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:83:99:2452,240,0 chrIII 273942 . GA G 1287.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.632;DP=84;FS=3.617;HaplotypeScore=322.2663;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.582;QD=15.33;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.527;SB=-5.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,68:84:99:1330,193,0 chrIII 290527 . A AT 1601.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.891;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=108.1461;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.534;QD=19.07;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-1.287;SB=-7.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,72:84:99:1644,188,0 chrIII 290589 . TA T 1444.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.728;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=96.7212;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=1.531;QD=18.29;RPA=7,6;RU=A;ReadPosRankSum=-0.075;SB=-6.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,70:79:99:1487,183,0 chrIII 291201 . G GA 3079.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=1038.1711;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.14;MQ0=0;QD=25.04;SB=-1.418e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,116:123:99:3122,352,0 chrIII 291257 . TG T 2257.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=587.4135;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.72;MQ0=0;QD=27.20;RPA=2,1;RU=G;SB=-6.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,73:83:99:2300,214,0 chrIII 292455 . T TC 831.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=98.4274;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.26;MQ0=0;QD=30.81;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:27:75:874,75,0 chrIII 292655 . TA T 525.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=40.8428;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.04;RPA=3,2;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,21:25:63:568,63,0 chrIII 292718 . G GAAC 1878.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=23.4691;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.81;MQ0=0;QD=48.18;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,34:39:99:1921,117,0 chrIII 292842 . TA T 322.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=43.8207;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.45;MQ0=0;QD=14.68;RPA=4,3;RU=A;SB=-5.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,14:19:39:365,39,0 chrIII 295557 . T TTC 3494 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=192.7872;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.65;MQ0=0;QD=37.57;SB=-1.676e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,88:93:99:3494,250,0 chrIII 297004 . AG A 1986.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=145.6503;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.80;MQ0=0;QD=26.14;SB=-3.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,75:76:99:2029,213,0 chrIII 299751 . TAA T 1260.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=19.2545;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.98;MQ0=0;QD=27.41;RPA=6,4;RU=A;SB=-2.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,40:46:99:1303,114,0 chrIII 299933 . AATGGCGATTATATTC A 6778 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=215.7727;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.53;MQ0=0;QD=90.37;RPA=2,1;RU=ATGGCGATTATATTC;SB=-2.188e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,47:75:99:6778,135,0 chrIII 301272 . CA C 1526.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=29.9002;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.21;MQ0=0;QD=23.86;RPA=4,3;RU=A;SB=-7.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,61:64:99:1569,174,0 chrIII 302535 . T TC 1802.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=422.9483;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.30;MQ0=0;QD=20.26;RPA=3,4;RU=C;SB=-5.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,64:89:99:1845,192,0 chrIII 302739 . AT A 2260.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=190.4826;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=28.26;RPA=2,1;RU=T;SB=-9.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2303,219,0 chrIII 303957 . CT C 442.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=407.6189;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=27.69;RPA=2,1;RU=T;SB=-6.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:42:485,42,0 chrIII 304022 . T TATAG 1943.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=646.0354;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.51;MQ0=1;QD=45.21;RPA=1,2;RU=ATAG;SB=-8.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,36:41:99:1986,111,0 chrIII 304078 . C CACTAAGTCTTT 6503 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=483.0998;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.57;MQ0=1;QD=114.09;SB=-4.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,47:56:99:6503,162,0 chrIII 304284 . TA T 848.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.338;DP=170;FS=8.086;HaplotypeScore=1233.1870;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.51;MQ0=1;MQRankSum=-3.863;QD=4.99;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=2.727;SB=-1.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,55:168:99:888,0,622 chrIII 304299 . C CT 1349.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.331;DP=191;FS=36.534;HaplotypeScore=2448.0224;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.49;MQ0=1;MQRankSum=-4.304;QD=7.07;ReadPosRankSum=1.454;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:141,49:187:99:1389,0,160 chrIII 304312 . C CT 1551.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=11.238;DP=209;FS=47.542;HaplotypeScore=2958.3538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.53;MQ0=1;MQRankSum=-5.997;QD=7.43;ReadPosRankSum=-1.283;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:141,63:205:99:1591,0,3834 chrIII 304338 . GA G 5238 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=249;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=2793.3618;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.25;MQ0=0;QD=21.04;RPA=5,4;RU=A;SB=-6.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,230:242:99:5238,641,0 chrIII 305588 . GA G 340.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.190;DP=129;FS=2.676;HaplotypeScore=395.5264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.74;MQ0=39;MQRankSum=-0.726;QD=2.64;RPA=7,6;RU=A;ReadPosRankSum=-0.410;SB=-9.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,50:80:99:380,0,787 chrIII 306368 . ATTT A 4375 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=1373.4105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.35;MQ0=0;QD=37.08;RPA=5,2;RU=T;SB=-1.159e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,104:96:99:4375,259,0 chrIII 307441 . CGT C 1002.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.364;DP=38;FS=2.965;HaplotypeScore=183.5582;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.88;MQ0=2;MQRankSum=0.045;QD=26.39;ReadPosRankSum=1.561;SB=-3.989e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,31:28:51:1045,51,0 chrIII 307602 . G GA 236.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.018;DP=121;FS=50.760;HaplotypeScore=514.3257;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.40;MQ0=21;MQRankSum=2.728;QD=1.96;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=1.381;SB=-9.299e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,38:50:99:276,0,869 chrIII 308240 . C CTTT,CTT 1067.58 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=108.2320;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=50.09;MQ0=0;QD=16.68;RPA=13,16,15;RU=T;SB=-2.356e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:28,27,5:62:44:1145,136,44,466,0,362 chrIII 309030 . T TA 791.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.478;DP=66;FS=4.322;HaplotypeScore=524.1175;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.881;QD=12.00;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.433;SB=-2.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,49:66:32:834,32,0 chrIII 309060 . C CAAA 909.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=218.5901;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.55;MQ0=0;QD=20.22;RPA=10,13;RU=A;SB=-3.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,17:45:80:952,80,0 chrIII 310209 . A AT 4611 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=177;FS=0.000;HaplotypeScore=736.0001;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;QD=26.05;RPA=3,4;RU=T;SB=-2.214e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,172:177:99:4611,501,0 chrIII 310632 . TCTTAAAG T 9169 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=95.3859;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.05;MQ0=0;QD=79.04;SB=-3.221e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,106:116:99:9169,319,0 chrIII 310750 . AG A 2197.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.683;DP=81;FS=5.290;HaplotypeScore=2001.1961;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=27.14;ReadPosRankSum=-0.122;SB=-5.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,69:81:99:2240,178,0 chrIII 310762 . T TAA 2013.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.664;DP=60;FS=3.854;HaplotypeScore=1575.2973;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=33.57;RPA=1,3;RU=A;ReadPosRankSum=-1.597;SB=-8.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,46:60:99:2056,111,0 chrIII 313726 . TA T 2045.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=73.7528;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.10;MQ0=0;QD=17.79;RPA=7,6;RU=A;SB=-5.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,103:115:99:2088,278,0 chrIII 314662 . CT C 928.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.822;DP=78;FS=86.728;HaplotypeScore=397.9442;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.62;MQ0=8;MQRankSum=1.235;QD=11.91;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=0.039;SB=-3.011e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,45:48:99:968,0,122 chrIII 315909 . AG A 328.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.180;DP=81;FS=33.606;HaplotypeScore=682.0172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.07;MQ0=10;MQRankSum=0.554;QD=4.06;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=3.453;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,18:46:99:368,0,481 chrIII 316064 . TG T 836.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.185;DP=156;FS=66.083;HaplotypeScore=884.6676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.14;MQ0=4;MQRankSum=1.967;QD=5.37;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=0.254;SB=-7.598e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,48:66:99:876,0,284 chrIII 316082 . A AG 687.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.203;DP=144;FS=49.269;HaplotypeScore=879.8563;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.70;MQ0=5;MQRankSum=1.313;QD=4.78;ReadPosRankSum=2.195;SB=-3.903e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,39:59:99:727,0,452 chrIII 316100 . G GGGGAA,GTAGAA 1438.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=548.3023;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=17.55;MQ0=1;QD=15.99;SB=-7.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:63,9,15:29:99:1517,372,294,404,0,326 chrIII 316116 . A AG 263.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.134;DP=57;FS=11.139;HaplotypeScore=470.2151;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.54;MQ0=1;MQRankSum=-1.470;QD=4.61;ReadPosRankSum=-1.737;SB=-5.309e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,42:20:22:305,22,0 chrIII 316123 . AG A 260.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.333;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=424.6617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.71;MQ0=1;MQRankSum=-1.344;QD=4.66;ReadPosRankSum=1.202;SB=-3.300e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,16:20:98:300,0,98 chrIII 316134 . C CG 124.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.085;DP=50;FS=6.107;HaplotypeScore=342.6412;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=15.72;MQ0=1;MQRankSum=-1.648;QD=2.50;ReadPosRankSum=2.324;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,6:21:99:164,0,346 chrIII 316374 . T TG 149.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.313;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=354.8021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.89;MQ0=2;MQRankSum=0.212;QD=4.97;RPA=2,3;RU=G;ReadPosRankSum=-1.092;SB=-5.099e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,10:17:17:188,0,17 chrIII 316530 . TGTGG T 246.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.158;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=310.6977;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.33;MQ0=2;MQRankSum=-0.578;QD=9.88;ReadPosRankSum=2.258;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,5:19:63:286,0,63 chrIV 1321 . TG T 346.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.602;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=540.1457;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.15;MQ0=1;MQRankSum=0.231;QD=12.39;ReadPosRankSum=0.046;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,15:22:99:386,0,140 chrIV 1339 . A ACT,ATT 927.94 filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=490.3871;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=25.09;MQ0=1;QD=34.37;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:1,6,20:23:66:1006,397,328,135,0,66 chrIV 2935 . G GC 119.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=108.7221;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=10.44;MQ0=40;QD=2.34;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,11:5:15:161,15,0 chrIV 2937 . CT C 94.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=111.2489;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=10.44;MQ0=40;QD=1.85;RPA=3,2;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,11:5:15:136,15,0 chrIV 3510 . A AT 1209.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=98.8911;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.29;MQ0=22;QD=15.51;RPA=5,6;RU=T;SB=-3.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,72:50:99:1252,141,0 chrIV 4721 . CTT C 1574.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.762;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=281.3710;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.97;MQ0=2;MQRankSum=-0.069;QD=29.17;RPA=10,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.455;SB=-6.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,50:52:99:1617,146,0 chrIV 10991 . TA T 1932.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=169.6534;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.22;MQ0=16;QD=28.01;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,67:53:99:1975,156,0 chrIV 17297 . TC T 2825.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.118;DP=113;FS=46.761;HaplotypeScore=360.6618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.90;MQ0=2;MQRankSum=3.717;QD=25.01;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=0.133;SB=-9.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,95:110:51:2865,0,51 chrIV 18356 . TACCGC T 561.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=407.1405;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.79;MQ0=0;QD=31.22;SB=-7.097e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:16:24:604,24,0 chrIV 18363 . A ATTTTG 541.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=299.7563;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.79;MQ0=0;QD=60.22;SB=-7.697e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:8:24:584,24,0 chrIV 19036 . T TAA 2313.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=166.5724;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.71;MQ0=0;MQRankSum=0.027;QD=35.06;RPA=4,6;RU=A;ReadPosRankSum=1.622;SB=-5.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,61:66:99:2356,185,0 chrIV 19322 . A ATTT 2518.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=293.5686;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.24;MQ0=0;QD=42.69;RPA=4,7;RU=T;SB=-1.010e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,54:59:99:2561,163,0 chrIV 19355 . T TA 1311.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=505.9870;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.65;MQ0=0;QD=20.50;RPA=7,8;RU=A;SB=-6.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,54:64:99:1354,159,0 chrIV 19841 . A AACTCAACTCATTCCTAC 14384 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=425.9842;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.45;MQ0=0;QD=182.08;SB=-6.414e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,50:79:99:14384,235,0 chrIV 21056 . AT A 1369.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=569.6334;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.39;MQ0=0;QD=20.45;RPA=6,5;RU=T;SB=-6.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,64:67:99:1412,165,0 chrIV 21075 . TATA T 2427.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.471;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=554.7088;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.21;MQ0=0;MQRankSum=1.340;QD=36.79;RPA=2,1;RU=ATA;ReadPosRankSum=1.471;SB=-1.039e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,50:66:99:2470,156,0 chrIV 28838 . C CT 1130.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=137.1636;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.70;MQ0=0;QD=24.06;RPA=3,4;RU=T;SB=-3.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,42:47:99:1173,117,0 chrIV 29117 . CT C 451.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.799;DP=38;FS=11.015;HaplotypeScore=406.7995;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.54;MQ0=0;MQRankSum=1.295;QD=11.89;ReadPosRankSum=3.714;SB=-7.100e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,31:38:45:494,45,0 chrIV 29119 . CTTGCT C 1724.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.643;DP=38;FS=2.667;HaplotypeScore=282.5608;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.83;MQ0=0;MQRankSum=0.362;QD=45.39;ReadPosRankSum=2.476;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,31:38:61:1767,61,0 chrIV 32139 . TTC T 1595.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=28.6457;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.40;MQ0=0;QD=29.55;SB=-7.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,48:54:99:1638,146,0 chrIV 42506 . A AT 2686.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=273.5295;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.70;MQ0=0;QD=22.97;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.170e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,105:117:99:2729,315,0 chrIV 42590 . TAC T 5989 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=171;FS=0.000;HaplotypeScore=117.1601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.36;MQ0=0;QD=35.02;RPA=3,2;RU=AC;SB=-2.621e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,149:171:99:5989,442,0 chrIV 42684 . G GT 2621.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=48.4642;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=26.22;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.145e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,83:100:99:2664,265,0 chrIV 43855 . TC T 333.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=65.4382;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.20;MQ0=0;QD=14.52;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,13:23:50:376,50,0 chrIV 43887 . G GAA 672.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.780;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=110.9025;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.819;QD=13.46;RPA=13,15;RU=A;ReadPosRankSum=-1.507;SB=-3.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,27:50:51:712,0,51 chrIV 46248 . C CT 2763.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=278.2182;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.91;MQ0=0;QD=24.46;RPA=5,6;RU=T;SB=-5.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,110:113:99:2806,309,0 chrIV 50660 . AT A 2566.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=50.9226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.43;MQ0=0;QD=21.57;RPA=6,5;RU=T;SB=-6.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,105:119:99:2609,303,0 chrIV 57073 . GA G 560.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.578;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=55.8412;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.998;QD=13.36;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.628;SB=-6.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,28:42:78:603,78,0 chrIV 60616 . G GT 863.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.173;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=20.7959;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.087;QD=19.20;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.433;SB=-2.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,41:45:97:906,97,0 chrIV 62172 . CT C 1132.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.031;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=46.6154;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.031;QD=11.00;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.472;SB=-5.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,77:103:99:1175,138,0 chrIV 65318 . GT G 1516.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=159.4789;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=23.34;RPA=6,5;RU=T;SB=-7.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,61:65:99:1559,180,0 chrIV 67849 . A AT 394.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=74.8778;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.41;MQ0=0;QD=21.94;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,14:18:51:437,51,0 chrIV 67976 . T TC 2298.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=190.5110;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=31.07;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,71:74:99:2341,210,0 chrIV 73916 . CATTCTTT C 6524 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=36.0721;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.71;MQ0=0;QD=64.59;RPA=2,1;RU=ATTCTTT;SB=-2.204e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,87:101:99:6524,247,0 chrIV 76735 . AT A 728.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=22.1456;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.14;MQ0=0;QD=11.04;RPA=12,11;RU=T;SB=-2.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,42:66:99:771,107,0 chrIV 76825 . CA C 639.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=14.3825;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;QD=18.82;RPA=10,9;RU=A;SB=-2.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,30:34:90:682,90,0 chrIV 80661 . G GA 2133.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=254.9721;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.19;MQ0=0;QD=27.01;RPA=2,3;RU=A;SB=-6.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,73:79:99:2176,207,0 chrIV 83184 . GT G 2746.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=367.6010;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.12;MQ0=0;QD=28.03;RPA=3,2;RU=T;SB=-9.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,92:98:99:2789,259,0 chrIV 88140 . G GTT 2465.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=17.9642;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.32;MQ0=0;QD=39.77;RPA=2,4;RU=T;SB=-6.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2508,187,0 chrIV 101273 . A AT 3046.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=111.4301;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.06;MQ0=0;QD=23.08;RPA=5,6;RU=T;SB=-5.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,126:132:99:3089,339,0 chrIV 103533 . GA G 1706.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=127.0933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=24.04;RPA=5,4;RU=A;SB=-7.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,67:71:99:1749,195,0 chrIV 106907 . AT A 643.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.426;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=170.3611;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.125;QD=9.91;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.626;SB=-2.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,43:65:54:686,54,0 chrIV 117115 . T TAGAA 5735 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=29.4209;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.87;MQ0=0;QD=61.01;SB=-1.176e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:94:99:5735,265,0 chrIV 132472 . GT G 851.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=87.4481;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.25;MQ0=0;QD=23.03;RPA=5,4;RU=T;SB=-3.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,36:37:99:894,99,0 chrIV 135456 . CTTTT C 2627.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=44.3818;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.28;MQ0=0;QD=30.21;RPA=18,14;RU=T;SB=-9.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,52:87:99:2670,183,0 chrIV 144344 . CTTT C 3725 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=26.4961;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.51;MQ0=0;QD=41.85;RPA=9,6;RU=T;SB=-1.562e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,85:89:99:3725,253,0 chrIV 147840 . T TG 386.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=44.0847;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=21.50;RPA=5,6;RU=G;SB=-1.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,16:18:48:429,48,0 chrIV 156048 . CT C 2577.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=156.4905;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=19.83;RPA=8,7;RU=T;SB=-5.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,116:130:99:2620,326,0 chrIV 157978 . CTT C 4167 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.736;DP=180;FS=2.556;HaplotypeScore=80.3437;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.16;MQ0=0;MQRankSum=0.135;QD=23.15;RPA=12,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.306;SB=-1.422e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,148:180:99:4167,367,0 chrIV 161484 . G GTTA 1406.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.155;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=196.8673;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.963;QD=16.95;RPA=6,7;RU=TTA;ReadPosRankSum=0.578;SB=-2.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,37:83:64:1449,64,0 chrIV 170362 . C CA 2373.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=30.8520;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.24;MQ0=0;QD=22.40;RPA=7,8;RU=A;SB=-5.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,99:106:99:2416,279,0 chrIV 181921 . ATCTTCT A 3595 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=85.5888;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;QD=47.30;RPA=6,4;RU=TCT;SB=-1.541e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,59:76:99:3595,153,0 chrIV 198376 . TG T 2251.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=22.1446;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.31;MQ0=0;QD=31.72;RPA=2,1;RU=G;SB=-6.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,67:71:99:2294,201,0 chrIV 201643 . A AT 4591 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=175;FS=0.000;HaplotypeScore=288.4894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.37;MQ0=0;QD=26.23;RPA=4,5;RU=T;SB=-2.011e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,165:175:99:4591,484,0 chrIV 210795 . TC T 165.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=28.7983;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=20.75;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24:208,24,0 chrIV 210847 . G GT 302.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=20.1264;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.44;MQ0=0;QD=23.30;RPA=4,5;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,12:13:36:345,36,0 chrIV 210984 . T TA 1530.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.773;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=129.7076;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.00;MQ0=0;MQRankSum=0.879;QD=17.20;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.039;SB=-1.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,67:89:99:1573,172,0 chrIV 211214 . G GA 419.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.153;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=47.8902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=2.633;QD=9.54;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-1.110;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,27:44:73:459,0,73 chrIV 212685 . C CA 540.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=19.4071;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.17;MQ0=0;QD=13.87;RPA=10,11;RU=A;SB=-9.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,26:39:72:583,72,0 chrIV 213315 . C CTA 1672.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.864;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=31.0915;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.443;QD=22.31;RPA=5,6;RU=TA;ReadPosRankSum=-1.144;SB=-5.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,57:75:87:1715,87,0 chrIV 215724 . 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A ATAGTACTTC 8191 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=253.2185;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.60;MQ0=0;QD=103.68;SB=-2.870e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,67:79:99:8191,223,0 chrIV 232169 . A AT 317.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=66.8767;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.35;MQ0=0;QD=15.90;RPA=9,10;RU=T;SB=-9.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,9:20:45:360,45,0 chrIV 232306 . GT G 775.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=108.5496;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.07;MQ0=0;QD=18.05;RPA=11,10;RU=T;SB=-2.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,41:43:99:818,110,0 chrIV 236041 . AC A 2278.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=411.7812;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.52;MQ0=0;QD=35.61;SB=-5.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2321,193,0 chrIV 240005 . CAA C 590.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=72.8898;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.08;MQ0=0;QD=31.10;RPA=4,2;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,17:19:51:633,51,0 chrIV 242007 . TC T 1120.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=342.7000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.75;MQ0=0;QD=30.30;RPA=3,2;RU=C;SB=-3.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,35:37:99:1163,105,0 chrIV 242372 . C CT 960.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=37.2125;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.07;MQ0=0;QD=20.45;RPA=8,9;RU=T;SB=-4.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,43:47:99:1003,120,0 chrIV 244840 . A AGAGCAG 5251 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=27.9809;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.79;MQ0=0;QD=61.78;RPA=1,2;RU=GAGCAG;SB=-1.621e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,72:85:99:5251,214,0 chrIV 245067 . C CA 3563 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=289.9086;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.69;MQ0=0;QD=27.62;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.734e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,122:129:99:3563,337,0 chrIV 251252 . AT A 1610.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=23.5762;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.03;MQ0=0;QD=22.07;RPA=7,6;RU=T;SB=-6.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,69:73:99:1653,204,0 chrIV 256612 . T TAA 2719.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.538;DP=98;FS=3.110;HaplotypeScore=166.6048;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.304;QD=27.75;RPA=9,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.097;SB=-1.349e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,80:98:99:2762,225,0 chrIV 270194 . CA C 1366.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.576;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=96.8509;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.312;QD=11.78;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=2.342;SB=-5.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,65:116:99:1409,162,0 chrIV 271809 . CTGT C 2530.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=30.9838;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;QD=32.87;RPA=5,4;RU=TGT;SB=-1.154e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,60:77:99:2573,178,0 chrIV 275006 . CG C 1240.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=16.0643;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.48;MQ0=0;QD=29.55;RPA=2,1;RU=G;SB=-3.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:42:99:1283,108,0 chrIV 285372 . C CATAT 6009 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=189;FS=0.000;HaplotypeScore=100.5125;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.66;MQ0=0;QD=31.79;RPA=4,6;RU=AT;SB=-1.610e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,140:189:99:6009,350,0 chrIV 286882 . CTT C,CT 478.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.093;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=50.9003;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.121;QD=7.48;RPA=14,12,13;RU=T;ReadPosRankSum=2.307;SB=-1.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:24,12,0:64:99:557,312,489,149,0,100 chrIV 292338 . CA C 3981 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=176;FS=0.000;HaplotypeScore=61.0361;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;QD=22.62;RPA=7,6;RU=A;SB=-9.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,166:176:99:3981,485,0 chrIV 292462 . A AT 2242.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=69.1228;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.46;MQ0=0;QD=21.78;RPA=3,4;RU=T;SB=-5.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,70:103:99:2285,231,0 chrIV 294855 . CT C 1761.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=30.0750;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.40;MQ0=0;QD=23.81;RPA=5,4;RU=T;SB=-6.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,68:74:99:1804,198,0 chrIV 302272 . T TAAGAAA 4330 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=237.5329;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.39;MQ0=0;QD=50.35;RPA=2,3;RU=AAGAAA;SB=-5.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,56:86:99:4330,196,0 chrIV 302323 . GAAA G 1019.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=336.2672;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.65;MQ0=0;QD=20.40;RPA=12,9;RU=A;SB=-4.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,25:50:81:1062,81,0 chrIV 302347 . TA T 781.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=175.0142;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.87;MQ0=0;QD=16.29;RPA=8,7;RU=A;SB=-2.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,42:48:99:824,105,0 chrIV 303010 . A AT 349 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.149;DP=34;FS=2.006;HaplotypeScore=76.6150;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=1.825;QD=10.26;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.014;SB=-1.398e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,23:34:19:388,0,19 chrIV 310246 . T TAA 2633.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=258.3111;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.07;MQ0=0;QD=29.93;RPA=3,5;RU=A;SB=-9.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,73:88:99:2676,216,0 chrIV 310253 . A AT 1992.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=334.2826;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.29;MQ0=0;QD=22.39;RPA=7,8;RU=T;SB=-8.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,81:89:99:2035,234,0 chrIV 310657 . AT A 797.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=67.3476;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.47;MQ0=0;QD=18.56;RPA=9,8;RU=T;SB=-3.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,38:43:99:840,110,0 chrIV 312518 . C CT 2260.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.331;DP=146;FS=1.180;HaplotypeScore=301.6118;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.444;QD=15.49;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.518;SB=-1.096e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,119:146:99:2303,108,0 chrIV 314192 . CTT C 1836.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=300.8336;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.35;MQ0=0;QD=27.01;RPA=9,7;RU=T;SB=-4.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,59:68:99:1879,174,0 chrIV 315072 . C CT 381.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.199;DP=34;FS=4.771;HaplotypeScore=39.8268;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.313;QD=11.23;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.286;SB=-1.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,12:34:40:424,40,0 chrIV 315175 . AAACTGGTCATAGCGG A 3604 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=49.8204;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.55;MQ0=0;QD=102.97;SB=-9.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,33:35:99:3604,99,0 chrIV 320123 . A AT 2402.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.655;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=405.0319;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.757;QD=20.90;ReadPosRankSum=1.655;SB=-8.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,107:115:99:2445,280,0 chrIV 321583 . CA C 653.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.103;DP=39;FS=3.724;HaplotypeScore=154.8992;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.38;MQ0=0;MQRankSum=0.683;QD=16.77;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.418;SB=-2.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,34:39:73:696,73,0 chrIV 321785 . A AT 1670.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=488.5314;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.80;MQ0=0;QD=24.57;RPA=4,5;RU=T;SB=-8.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,64:68:99:1713,180,0 chrIV 321880 . T TC 2438.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.539;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=243.6805;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.063;QD=28.36;ReadPosRankSum=-1.063;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,62:86:99:2481,201,0 chrIV 322623 . CA C 3643 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=222.0006;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.79;MQ0=0;QD=25.48;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.815e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,140:143:99:3643,379,0 chrIV 323696 . ATATATATATATG A 5241 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=861.7291;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.63;MQ0=0;QD=59.56;SB=-1.452e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,61:88:99:5241,174,0 chrIV 326416 . AG A 2720.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=89.3832;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;QD=31.28;SB=-1.053e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:2763,253,0 chrIV 330640 . GA G 870.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=252.6873;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.61;MQ0=0;QD=20.74;RPA=6,5;RU=A;SB=-3.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,38:42:99:913,105,0 chrIV 330690 . C CA 1495.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=198.3248;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.89;MQ0=0;QD=28.77;RPA=2,3;RU=A;SB=-6.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,49:52:99:1538,144,0 chrIV 333953 . TC T 2252.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=22.0806;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.61;MQ0=0;QD=31.73;RPA=2,1;RU=C;SB=-1.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,68:71:99:2295,196,0 chrIV 334084 . GA G 2675.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=287.3186;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.35;MQ0=0;QD=31.12;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.082e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,81:86:99:2718,235,0 chrIV 336148 . CT C 1783.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.337;DP=103;FS=6.502;HaplotypeScore=217.8209;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.071;QD=17.32;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.367;SB=-8.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,87:103:99:1826,215,0 chrIV 336206 . CTTTTT C 6910 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=240.8861;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.94;MQ0=0;QD=44.29;RPA=18,13;RU=T;SB=-2.513e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,107:156:99:6910,373,0 chrIV 338220 . AT A 2086.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=205.4858;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.07;MQ0=0;QD=19.69;RPA=6,5;RU=T;SB=-8.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,90:106:99:2129,249,0 chrIV 340285 . GGATGA G 6370 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=254.1089;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;QD=40.32;RPA=7,6;RU=GATGA;SB=-1.706e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:58,97:157:99:6370,310,0 chrIV 340378 . GAA G 2591.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=660.4824;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.22;MQ0=0;QD=32.81;RPA=5,3;RU=A;SB=-5.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,68:79:99:2634,205,0 chrIV 340399 . C CAGTACA 5242 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=513.7869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.14;MQ0=0;QD=63.16;SB=-7.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,57:83:99:5242,223,0 chrIV 340869 . GTTT G 6622 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=949.3497;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.24;MQ0=0;QD=49.79;RPA=5,2;RU=T;SB=-3.202e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,128:133:99:6622,382,0 chrIV 344004 . GTATATATATA G 4327 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=43.7222;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.91;MQ0=0;QD=50.91;RPA=13,8;RU=TA;SB=-6.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,35:85:99:4327,117,0 chrIV 344227 . CT C 751.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.210;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=92.4500;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.94;MQ0=0;MQRankSum=0.776;QD=13.43;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.031;SB=-1.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,45:56:70:794,70,0 chrIV 345167 . GA G 2706.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=396.8830;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.03;MQ0=0;QD=30.08;RPA=3,2;RU=A;SB=-4.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:2749,253,0 chrIV 350980 . T TGAAGAGGATGATGAA 4497 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=39.9683;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.44;MQ0=0;QD=48.35;RPA=1,2;RU=GAAGAGGATGATGAA;SB=-1.250e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,63:93:99:4497,171,0 chrIV 351277 . C CT 1292.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.234;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=88.7443;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.320;QD=17.47;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-2.322;SB=-3.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,59:74:99:1335,129,0 chrIV 355376 . TAA T 3769 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=45.9242;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.95;MQ0=0;QD=37.69;RPA=4,2;RU=A;SB=-1.118e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,96:100:99:3769,277,0 chrIV 355508 . CT C 705.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.490;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=110.6129;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.36;MQ0=0;MQRankSum=0.686;QD=10.86;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.033;SB=-3.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,48:65:77:748,77,0 chrIV 357278 . G GT 819.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.471;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=68.5022;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.548;QD=15.47;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.202;SB=-2.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,32:52:79:862,79,0 chrIV 359679 . C CTT 3637 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=271.7225;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.06;MQ0=0;QD=29.33;RPA=7,9;RU=T;SB=-5.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,107:124:99:3637,315,0 chrIV 364901 . CT C 1476.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=205.8255;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=18.46;RPA=7,6;RU=T;SB=-6.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,75:80:99:1519,186,0 chrIV 364972 . A AAG 3074.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.649;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=348.4038;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.106;QD=32.03;ReadPosRankSum=1.357;SB=-1.450e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,62:96:99:3117,243,0 chrIV 366513 . T TA 592.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.248;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4032;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.818;QD=17.97;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.592;SB=-3.009e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,29:33:39:635,39,0 chrIV 369259 . CAAAAAAA C 1497.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.841;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=121.7450;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.14;MQ0=0;MQRankSum=2.024;QD=26.27;RPA=24,17;RU=A;ReadPosRankSum=2.267;SB=-2.611e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,10:54:15:1539,15,0 chrIV 373676 . G GT 1353.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=229.9920;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.80;MQ0=0;QD=21.49;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,53:63:99:1396,159,0 chrIV 375374 . G GT 2334.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=214.3306;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.80;MQ0=0;QD=25.94;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.090e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,82:90:99:2377,249,0 chrIV 375587 . GT G 4109 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=679.5809;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.91;MQ0=0;QD=33.41;SB=-1.023e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:123:99:4109,343,0 chrIV 376575 . A AT 891.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.513;DP=73;FS=5.590;HaplotypeScore=70.7034;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.633;QD=12.21;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.895;SB=-3.715e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,51:73:4:931,4,0 chrIV 381512 . AG A 1467.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=293.4526;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.58;MQ0=0;QD=26.21;RPA=2,1;RU=G;SB=-6.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,51:56:99:1510,141,0 chrIV 381708 . A AT 2222.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=218.6152;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.92;MQ0=0;QD=29.64;RPA=2,3;RU=T;SB=-5.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,73:75:99:2265,216,0 chrIV 383397 . CA C 1493.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=5.213;DP=72;FS=27.200;HaplotypeScore=1234.7392;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.97;MQ0=2;MQRankSum=1.149;QD=20.74;ReadPosRankSum=0.150;SB=-4.411e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,57:68:1:1531,1,0 chrIV 383400 . C CT 1323.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.213;DP=72;FS=27.200;HaplotypeScore=1251.3454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.97;MQ0=2;MQRankSum=1.099;QD=18.39;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=-0.133;SB=-3.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,57:68:99:1363,0,181 chrIV 384467 . G GAACT 245.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.762;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=469.3703;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.16;MQ0=0;MQRankSum=1.128;QD=10.69;ReadPosRankSum=0.916;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,6:23:99:285,0,868 chrIV 384521 . G GAAC 337.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.193;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=541.8966;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.37;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=14.08;ReadPosRankSum=1.729;SB=-1.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,6:24:99:377,0,479 chrIV 384845 . G GAGC 741.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.629;DP=43;FS=6.543;HaplotypeScore=272.9165;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.075;QD=17.26;ReadPosRankSum=-0.272;SB=-1.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,13:43:99:781,0,1338 chrIV 385964 . C CT 571.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.248;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=178.9618;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.076;QD=16.34;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.904;SB=-2.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,26:35:71:614,71,0 chrIV 386154 . CAA C 1155.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=234.0213;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.54;MQ0=0;QD=30.42;RPA=10,8;RU=A;SB=-3.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,36:38:99:1198,108,0 chrIV 386402 . G GC 1100.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=32.3658;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.68;MQ0=0;QD=28.23;RPA=2,3;RU=C;SB=-3.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,36:39:99:1143,105,0 chrIV 386748 . G GT 545.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=28.5815;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;QD=17.61;RPA=10,11;RU=T;SB=-2.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,23:31:74:588,74,0 chrIV 389135 . CT C 2546.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=32.4721;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.31;MQ0=0;QD=26.81;RPA=2,1;RU=T;SB=-8.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,83:95:99:2589,226,0 chrIV 390546 . A ATCG 3007.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.947;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=845.5212;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.71;MQ0=0;MQRankSum=0.993;QD=33.42;ReadPosRankSum=1.686;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,53:90:99:3050,213,0 chrIV 390562 . TCG T 1503.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.343;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=1024.5579;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.55;MQ0=0;MQRankSum=0.484;QD=16.00;ReadPosRankSum=2.367;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:56,37:94:99:1546,215,0 chrIV 390565 . TC T 462.17 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-6.489;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=1104.5689;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.47;MQ0=0;MQRankSum=0.673;QD=4.92;ReadPosRankSum=4.680;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:56,37:94:16:504,16,0 chrIV 392110 . GTTT G 2340.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=468.4612;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.71;MQ0=0;QD=36.01;RPA=12,9;RU=T;SB=-1.035e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,56:65:99:2383,175,0 chrIV 392146 . GACACACACAC G 5165 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=340.6998;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.24;MQ0=0;QD=74.86;RPA=13,8;RU=AC;SB=-2.278e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,45:69:99:5165,135,0 chrIV 392457 . CA C 2265.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=63.5233;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.306;QD=20.79;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=1.698;SB=-9.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,103:109:99:2308,280,0 chrIV 394025 . G GAA 1759.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.604;DP=82;FS=3.071;HaplotypeScore=242.0839;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.617;QD=21.46;RPA=3,5;RU=A;ReadPosRankSum=-0.335;SB=-8.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,67:82:99:1802,178,0 chrIV 403511 . G GTT 1405.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=141.6938;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.04;MQ0=0;QD=24.67;RPA=9,11;RU=T;SB=-5.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,39:57:99:1448,132,0 chrIV 407403 . GCC G 4293 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=252.0313;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.48;MQ0=0;QD=41.68;RPA=4,2;RU=C;SB=-2.092e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,101:103:99:4293,301,0 chrIV 409861 . T TC 3049.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=205.4350;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.86;MQ0=0;QD=29.33;RPA=2,3;RU=C;SB=-8.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,102:104:99:3092,298,0 chrIV 410149 . T TGCAGTGG 4422 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=16.7643;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.26;MQ0=0;QD=81.89;SB=-2.208e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,46:54:99:4422,144,0 chrIV 410456 . A AT 551.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=116.8224;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.06;MQ0=0;QD=17.81;RPA=6,7;RU=T;SB=-2.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,23:31:69:594,69,0 chrIV 410553 . C CAT 1076.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=164.3066;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.62;MQ0=0;QD=29.92;RPA=1,2;RU=AT;SB=-3.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,28:36:84:1119,84,0 chrIV 411335 . G GA 957.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.091;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=73.9734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.274;QD=20.38;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=0.547;SB=-4.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,33:47:86:1000,86,0 chrIV 411785 . ACC A 3063.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=38.4121;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.35;MQ0=0;QD=32.95;RPA=9,7;RU=C;SB=-1.543e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,84:93:99:3106,253,0 chrIV 413191 . TA T 397.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=152.8158;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.70;MQ0=0;QD=15.31;RPA=10,9;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:60:440,60,0 chrIV 413919 . TA T 1072.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=34.7161;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.21;MQ0=0;QD=15.78;RPA=8,7;RU=A;SB=-4.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,56:68:99:1115,143,0 chrIV 417650 . TA T 2437.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=34.0807;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.88;MQ0=0;QD=22.37;RPA=6,5;RU=A;SB=-9.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,100:109:99:2480,291,0 chrIV 422107 . TA T 2465.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=32.8577;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.96;MQ0=0;QD=21.44;RPA=5,4;RU=A;SB=-5.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,99:115:99:2508,279,0 chrIV 422585 . G GA 2049.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=267.9310;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.28;MQ0=0;MQRankSum=1.559;QD=22.53;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=1.083;SB=-6.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,77:91:99:2092,236,0 chrIV 422749 . C CG 2617.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=1064.2970;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.44;MQ0=0;QD=28.15;RPA=2,3;RU=G;SB=-1.158e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,92:93:99:2660,250,0 chrIV 422766 . C CTTCTTT 8874 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=723.7688;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.82;MQ0=0;QD=85.33;SB=-4.271e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:104:99:8874,304,0 chrIV 425896 . CA C 1140.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=62.7322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.51;MQ0=0;QD=20.37;RPA=4,3;RU=A;SB=-2.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,43:56:99:1183,123,0 chrIV 428538 . TA T 1300.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.391;DP=91;FS=3.300;HaplotypeScore=150.5313;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.671;QD=14.30;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.676;SB=-6.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,72:91:99:1343,160,0 chrIV 428805 . AT A 863.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.549;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=89.3358;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=1.295;QD=10.94;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.413;SB=-3.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,48:79:84:906,84,0 chrIV 431592 . T TTG 4341 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=60.4909;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.68;MQ0=0;QD=38.76;SB=-1.546e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,109:112:99:4341,310,0 chrIV 432137 . CAGTT C 3611 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=28.5690;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;QD=52.33;RPA=2,1;RU=AGTT;SB=-1.057e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,65:69:99:3611,195,0 chrIV 433048 . G GA 1184.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=263.1174;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.99;MQ0=0;QD=20.08;RPA=6,7;RU=A;SB=-2.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,51:59:99:1227,152,0 chrIV 434094 . A AATT 3677 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=125.8045;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.45;MQ0=0;QD=49.03;SB=-1.823e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,58:75:99:3677,202,0 chrIV 434239 . T TA 2331.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=215.7206;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.91;MQ0=0;QD=34.29;SB=-5.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,62:68:99:2374,187,0 chrIV 434256 . T TA 2027.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=268.4594;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.29;MQ0=0;QD=23.31;RPA=5,6;RU=A;SB=-5.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,82:87:99:2070,228,0 chrIV 434392 . T TC 1223.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=173.6575;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.03;MQ0=0;QD=32.21;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,32:38:99:1266,102,0 chrIV 435260 . T TCGAATAGTGAA 2847.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=197.6499;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.52;MQ0=0;QD=79.11;SB=-8.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,16:36:75:2890,75,0 chrIV 435452 . T TA 1621.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=145.5413;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.43;MQ0=0;QD=25.34;RPA=3,4;RU=A;SB=-7.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,58:64:99:1664,168,0 chrIV 435658 . T TC 2992.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=167.0255;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.28;MQ0=0;QD=34.01;SB=-1.052e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:88:99:3035,253,0 chrIV 435928 . TGACC T 3005.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=330.5464;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.09;MQ0=0;QD=33.40;RPA=2,1;RU=GACC;SB=-3.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,65:85:99:3048,168,0 chrIV 436303 . GGAAC G 2852.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=542.5334;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.97;MQ0=0;QD=31.70;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:48,42:89:99:2895,150,0 chrIV 436314 . A AGG 2342.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=403.9499;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.43;MQ0=0;QD=44.21;SB=-7.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,51:52:99:2385,150,0 chrIV 437148 . A ATAAT 5315 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=208.1663;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.08;MQ0=0;QD=59.72;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,79:89:99:5315,247,0 chrIV 441267 . CTGT C 2985.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=395.1807;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.27;MQ0=0;QD=23.89;RPA=6,5;RU=TGT;SB=-8.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:53,65:125:99:3028,214,0 chrIV 441311 . GTTATTA G 3067.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=449.7332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.62;MQ0=0;QD=35.67;RPA=5,3;RU=TTA;SB=-1.238e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,61:86:99:3110,173,0 chrIV 443832 . CG C 3868 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.392;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=160.7215;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.54;MQ0=0;MQRankSum=0.065;QD=32.78;ReadPosRankSum=0.359;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,117:118:99:3868,281,0 chrIV 444097 . G GA 3227.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=63.6368;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.13;MQ0=0;QD=32.60;RPA=1,2;RU=A;SB=-5.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,97:99:99:3269,286,0 chrIV 449720 . T TA 491.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=125.0861;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.32;MQ0=0;QD=24.60;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,16:20:48:534,48,0 chrIV 449855 . GA G 1111.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=117.4329;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.35;MQ0=0;QD=22.24;RPA=7,6;RU=A;SB=-2.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,46:50:99:1154,138,0 chrIV 452907 . C CA 278.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=12.1870;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.24;MQ0=0;QD=14.68;RPA=10,11;RU=A;SB=-4.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,14:19:41:321,41,0 chrIV 461749 . GA G 693.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=14.9516;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.49;MQ0=0;MQRankSum=1.040;QD=16.14;RPA=6,5;RU=A;ReadPosRankSum=0.693;SB=-1.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,33:43:63:736,63,0 chrIV 465667 . CAA C 2442.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.433;DP=105;FS=3.064;HaplotypeScore=429.7826;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.97;MQ0=0;MQRankSum=0.235;QD=23.27;RPA=12,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.518;SB=-1.217e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,80:105:99:2485,222,0 chrIV 471707 . A AT 894.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.657;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=139.5148;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.76;MQ0=0;MQRankSum=0.899;QD=11.47;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-1.245;SB=-4.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,50:75:87:934,0,87 chrIV 476521 . TA T 883.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=20.9118;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.24;MQ0=0;QD=21.05;RPA=6,5;RU=A;SB=-2.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,36:40:99:926,108,0 chrIV 476652 . T TG 5048 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=410.5980;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.44;MQ0=0;QD=34.81;SB=-1.348e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,141:145:99:5048,403,0 chrIV 478330 . CT C 1520.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=139.6538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=0;QD=23.40;RPA=6,5;RU=T;SB=-6.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,61:65:99:1563,180,0 chrIV 482472 . GAAA G 1094.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.625;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=34.9354;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=0.433;QD=19.55;RPA=16,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.650;SB=-5.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,27:56:75:1137,75,0 chrIV 482676 . AT A 1891.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=225.6404;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;QD=19.11;RPA=8,7;RU=T;SB=-8.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,85:99:99:1934,242,0 chrIV 485654 . CA C 424.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=64.0737;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;QD=12.88;RPA=10,9;RU=A;SB=-1.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,27:33:63:467,63,0 chrIV 486694 . AT A 1668.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=18.3889;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.78;MQ0=0;QD=26.92;RPA=2,1;RU=T;SB=-5.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:62:99:1711,153,0 chrIV 488785 . T TA 2769.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=112.5330;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.49;MQ0=0;QD=20.22;RPA=6,7;RU=A;SB=-9.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,127:137:99:2812,321,0 chrIV 488972 . ATT A 4521 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=86.0250;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.07;MQ0=0;QD=32.29;RPA=7,5;RU=T;SB=-1.492e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,129:140:99:4521,385,0 chrIV 489335 . TA T 514.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=142.6154;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.33;MQ0=0;QD=16.61;RPA=9,8;RU=A;SB=-2.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,24:31:72:557,72,0 chrIV 489355 . CA C 924.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=190.6084;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.28;MQ0=0;QD=20.55;RPA=9,8;RU=A;SB=-4.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,43:45:99:967,125,0 chrIV 503381 . GT G 1000.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.760;DP=72;FS=3.052;HaplotypeScore=256.9225;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.00;MQ0=0;MQRankSum=0.612;QD=13.90;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.130;SB=-1.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,54:72:91:1043,91,0 chrIV 504697 . GTA G 5279 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=56.8473;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.13;MQ0=1;QD=35.91;RPA=3,2;RU=TA;SB=-1.926e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,144:145:99:5279,403,0 chrIV 505233 . CATATATATAT C 2607.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=315.5664;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.93;MQ0=0;QD=39.51;RPA=10,5;RU=AT;SB=-6.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,29:65:75:2650,75,0 chrIV 505516 . TA T 642.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=257.0855;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.91;MQ0=0;QD=14.29;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,43:43:84:685,84,0 chrIV 506579 . TA T 419.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=7.4902;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.15;MQ0=0;QD=15.00;RPA=10,9;RU=A;SB=-2.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,23:28:60:462,60,0 chrIV 506937 . TA T 211.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.116;DP=20;FS=3.310;HaplotypeScore=18.9777;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.47;MQ0=0;MQRankSum=1.273;QD=10.55;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.579;SB=-9.003e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,16:20:21:253,21,0 chrIV 507493 . CA C 1263.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=315.0752;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.21;MQ0=0;QD=21.07;RPA=8,7;RU=A;SB=-2.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,53:60:99:1306,153,0 chrIV 509591 . GA G 1486.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=177.8376;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.29;MQ0=0;QD=18.59;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,64:80:99:1529,189,0 chrIV 509733 . CA C 2072.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=211.9446;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;QD=28.79;RPA=3,2;RU=A;SB=-9.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,68:72:99:2115,195,0 chrIV 512965 . AT A 321.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=27.0937;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.55;MQ0=0;QD=16.95;RPA=7,6;RU=T;SB=-4.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:45:364,45,0 chrIV 513640 . A AT 286.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=57.5243;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.00;MQ0=0;QD=26.09;RPA=3,4;RU=T;SB=-2.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33:329,33,0 chrIV 519387 . G GA 137.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=31.9250;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.67;MQ0=12;QD=6.24;RPA=1,2;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,5:8:15:179,15,0 chrIV 519493 . AT A 532.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=960.0742;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.54;MQ0=41;QD=8.60;RPA=2,1;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,20:20:60:575,60,0 chrIV 519521 . CG C 1333.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.350;DP=102;FS=30.704;HaplotypeScore=2107.3607;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.17;MQ0=49;MQRankSum=2.350;QD=13.08;ReadPosRankSum=2.097;SB=-8.155e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:53,48:49:69:1376,69,0 chrIV 519537 . A AG 1529.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.359;DP=111;FS=31.556;HaplotypeScore=2295.6342;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.49;MQ0=49;MQRankSum=2.359;QD=13.78;ReadPosRankSum=0.023;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:57,53:54:89:1572,89,0 chrIV 519541 . TA T 1553.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.369;DP=123;FS=32.625;HaplotypeScore=2670.4126;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.99;MQ0=52;MQRankSum=2.369;QD=12.63;ReadPosRankSum=-0.506;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:61,62:63:99:1596,104,0 chrIV 519556 . C CA 1497.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.307;DP=128;FS=57.175;HaplotypeScore=2800.6992;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.69;MQ0=53;MQRankSum=2.957;QD=11.70;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.743;SB=-1.683e-03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:81,47:63:40:1540,40,0 chrIV 519559 . CA C 1222.42 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.272;DP=115;FS=53.623;HaplotypeScore=2014.6056;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.53;MQ0=53;MQRankSum=2.128;QD=10.63;ReadPosRankSum=0.912;SB=-4.464e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,47:50:1:1260,0,1 chrIV 519899 . GTTTTTTTTTTTT G 579.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=255.5319;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.28;MQ0=0;QD=52.66;RPA=23,11;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,5:11:15:621,15,0 chrIV 520080 . C CT 2671.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=845.7004;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.05;MQ0=0;QD=30.02;SB=-6.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,75:89:99:2714,258,0 chrIV 520082 . TG T 2038.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=769.2318;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.63;MQ0=0;QD=26.83;RPA=2,1;RU=G;SB=-5.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,75:76:99:2081,222,0 chrIV 521049 . A AT 1715.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=74.1752;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.58;MQ0=0;QD=20.19;RPA=6,7;RU=T;SB=-3.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,68:85:99:1758,198,0 chrIV 521108 . A AT 803.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=216.4375;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.92;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=19.61;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.743;SB=-2.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,34:41:82:846,82,0 chrIV 521126 . G GA 874.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=209.5759;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.40;MQ0=0;QD=21.87;RPA=6,7;RU=A;SB=-3.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,33:40:99:917,105,0 chrIV 521186 . AT A 1169.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=362.6169;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.85;MQ0=0;QD=24.37;RPA=5,4;RU=T;SB=-5.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,45:48:99:1212,132,0 chrIV 521212 . G GC 1565.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=498.2422;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.67;MQ0=0;QD=26.54;RPA=4,5;RU=C;SB=-6.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,55:59:99:1608,165,0 chrIV 521269 . T TAATTCGAACTTAGTTGACCAAAACA 15132 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=398.9851;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.96;MQ0=0;QD=204.49;SB=-3.101e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,32:74:99:15132,199,0 chrIV 522926 . T TA 521.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=549.0276;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.44;MQ0=0;QD=20.88;RPA=1,2;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,17:25:60:564,60,0 chrIV 522931 . TG T 432.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=443.4258;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.27;MQ0=0;QD=25.47;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51:475,51,0 chrIV 522980 . TGA T 301.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=234.3919;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=33.55;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27:344,27,0 chrIV 522985 . TA T 216.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=273.0688;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.03;MQ0=0;QD=21.70;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,9:10:30:259,30,0 chrIV 522992 . AT A 321.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=290.5596;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.12;MQ0=0;QD=29.27;RPA=3,2;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33:364,33,0 chrIV 523034 . T TG 661.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=645.3947;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.11;MQ0=0;QD=31.52;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,18:21:57:704,57,0 chrIV 523065 . GA G 308.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=457.7965;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.14;MQ0=0;QD=22.07;RPA=4,3;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:14:33:351,33,0 chrIV 523072 . GA G 316.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=386.0524;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.97;MQ0=0;QD=28.81;RPA=3,2;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33:359,33,0 chrIV 538149 . TG T 816.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=1007.2627;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=20.42;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:40:99:859,99,0 chrIV 538153 . C CG 845.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=952.6193;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=25.64;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:99:888,99,0 chrIV 538733 . GTATATATATATATA G 1275.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=56.9245;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.64;MQ0=0;QD=51.04;RPA=15,8;RU=TA;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,9:25:30:1318,30,0 chrIV 542558 . CA C 1234.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.084;DP=96;FS=3.522;HaplotypeScore=81.3068;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=1.740;QD=12.86;RPA=15,14;RU=A;ReadPosRankSum=2.213;SB=-5.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,58:96:99:1276,196,0 chrIV 544999 . AT A 2843.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=1058.4689;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.28;MQ0=0;QD=25.39;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.054e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,96:112:99:2886,304,0 chrIV 545017 . A ATTGT 6105 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=896.0536;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.65;MQ0=0;QD=50.04;RPA=1,2;RU=TTGT;SB=-2.327e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,101:122:99:6105,313,0 chrIV 546555 . TCT T,TT 1233.07 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.591;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=42.1353;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.32;MQ0=0;MQRankSum=1.237;QD=24.18;ReadPosRankSum=-1.450;SB=-5.595e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:26,0,0:51:51:1311,719,628,192,0,51 chrIV 550807 . TA T 1049.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=33.8038;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.59;MQ0=0;QD=17.50;RPA=10,9;RU=A;SB=-5.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,53:60:99:1092,143,0 chrIV 551638 . C CA 611.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=50.5030;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.76;MQ0=0;QD=18.54;RPA=9,10;RU=A;SB=-2.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,26:33:81:654,81,0 chrIV 553142 . AGAAAATAAAAGATGAAGGTATAT A 7673 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=64.3042;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.05;MQ0=0;QD=111.20;SB=-1.541e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,55:69:99:7673,153,0 chrIV 558300 . A AAT 424.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=17.8607;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=8.17;RPA=5,6;RU=AT;SB=-2.159e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,13:52:39:467,39,0 chrIV 560996 . A AAC 1471.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=33.4008;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.55;MQ0=0;QD=30.04;RPA=6,7;RU=AC;SB=-3.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,36:49:99:1514,129,0 chrIV 561048 . C CAA,CAAA 1169.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=99.6032;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.92;MQ0=0;QD=22.50;RPA=11,13,14;RU=A;SB=-2.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:15,25,6:52:75:1248,194,75,450,0,358 chrIV 561184 . C CT 1320.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.480;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=82.8182;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.976;QD=21.66;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.094;SB=-2.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,56:61:99:1363,140,0 chrIV 562609 . GA G 1364.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=33.5713;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.09;MQ0=0;QD=17.73;RPA=9,8;RU=A;SB=-5.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,64:77:99:1407,182,0 chrIV 562897 . G GA 979.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=88.3551;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.68;MQ0=0;QD=20.00;RPA=9,10;RU=A;SB=-2.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,44:49:99:1022,123,0 chrIV 563012 . T TC 1188.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.290;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=556.1135;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.258;QD=23.31;ReadPosRankSum=1.216;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,31:51:99:1231,121,0 chrIV 563111 . CA C 1439.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=76.5217;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.84;MQ0=0;QD=30.00;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:48:99:1482,126,0 chrIV 563497 . 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G GA 1193.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=320.1927;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.80;MQ0=0;MQRankSum=-2.564;QD=16.36;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.358;SB=-2.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,47:73:99:1236,135,0 chrIV 578452 . GT G 989.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=26.0254;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.17;MQ0=0;QD=15.23;RPA=11,10;RU=T;SB=-2.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,48:65:99:1032,142,0 chrIV 579236 . AT A 1215.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=408.1501;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.49;MQ0=0;QD=19.30;RPA=5,4;RU=T;SB=-3.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,44:63:99:1258,147,0 chrIV 579248 . AT A 1187.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=326.7955;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.45;MQ0=0;QD=22.41;RPA=4,3;RU=T;SB=-4.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,50:53:99:1230,138,0 chrIV 580490 . 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AGG A 4826 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=234.4285;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.44;MQ0=0;QD=38.30;RPA=6,4;RU=G;SB=-8.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,120:126:99:4826,364,0 chrIV 588683 . T TA 1508.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=334.7005;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.41;MQ0=0;QD=27.44;RPA=2,3;RU=A;SB=-3.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:55:99:1551,157,0 chrIV 589651 . T TA 770.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.052;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=258.7216;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.63;MQ0=0;MQRankSum=0.328;QD=12.64;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.707;SB=-1.436e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,42:61:31:813,31,0 chrIV 589690 . TA T 405.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=142.5118;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.45;MQ0=0;QD=10.41;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,29:39:60:448,60,0 chrIV 591782 . AT A 942.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=47.1312;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=23.57;RPA=5,4;RU=T;SB=-2.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,39:40:99:985,111,0 chrIV 592206 . T TG 1062.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=112.6097;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.24;MQ0=0;QD=28.73;RPA=1,2;RU=G;SB=-5.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,33:37:96:1105,96,0 chrIV 592545 . ATGCAACTGCAAATGCAAC A 2690.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=29.9195;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.49;MQ0=1;QD=39.00;SB=-1.134e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,58:68:99:2733,153,0 chrIV 592981 . GT G 1126.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.391;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=74.0597;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.67;MQ0=0;MQRankSum=2.329;QD=10.15;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.485;SB=-2.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,69:111:99:1169,157,0 chrIV 593205 . GT G 1966.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=280.0607;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.24;MQ0=0;QD=34.51;SB=-4.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,54:57:99:2009,162,0 chrIV 593261 . GC G 1887.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=448.8427;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.34;MQ0=0;QD=29.50;RPA=2,1;RU=C;SB=-3.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,55:64:99:1930,162,0 chrIV 596902 . GA G 2479.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=279.5833;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.28;MQ0=0;QD=21.95;RPA=8,7;RU=A;SB=-6.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,109:113:99:2522,317,0 chrIV 597101 . C CA 3358 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=858.2025;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.09;MQ0=0;QD=37.31;SB=-1.202e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,85:90:99:3358,262,0 chrIV 597109 . C CA 2703.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=960.2305;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.33;MQ0=0;QD=28.77;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.010e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,92:94:99:2746,276,0 chrIV 600480 . A AT 3701 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=345.5301;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.43;MQ0=0;QD=25.01;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.573e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,142:148:99:3701,417,0 chrIV 600768 . AAT A 4598 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=691.5003;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.65;MQ0=0;QD=35.10;SB=-2.195e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,127:130:99:4598,370,0 chrIV 604250 . T TGATGATGATGAC 12004 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.845;DP=185;FS=0.000;HaplotypeScore=338.4302;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.47;MQ0=0;MQRankSum=2.874;QD=64.89;ReadPosRankSum=1.600;SB=-6.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,135:185:99:12004,367,0 chrIV 607042 . GAA G 352.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.820;DP=41;FS=5.563;HaplotypeScore=81.5515;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.627;QD=8.59;RPA=17,15;RU=A;ReadPosRankSum=2.585;SB=-5.303e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,13:41:21:394,21,0 chrIV 607060 . GAA G 1337.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.578;DP=50;FS=11.461;HaplotypeScore=69.6424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.27;MQ0=0;MQRankSum=0.330;QD=26.76;RPA=8,6;RU=A;ReadPosRankSum=1.238;SB=-6.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,44:50:99:1380,106,0 chrIV 611907 . CGCA C 2197.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=117.4556;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.95;MQ0=0;QD=46.77;RPA=3,2;RU=GCA;SB=-5.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:2240,135,0 chrIV 613292 . C CT 692.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=118.1146;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.96;MQ0=0;QD=22.35;RPA=4,5;RU=T;SB=-2.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,28:31:78:735,78,0 chrIV 613364 . T TA 2802.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=517.5477;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.98;MQ0=0;QD=33.77;RPA=1,2;RU=A;SB=-9.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,82:83:99:2845,247,0 chrIV 617276 . GTTTAA G 5246 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=45.1480;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.32;MQ0=0;QD=55.81;RPA=2,1;RU=TTTAA;SB=-1.747e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,80:94:99:5246,244,0 chrIV 617484 . A ACTCTTC 4676 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=85.2767;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;QD=53.75;RPA=3,4;RU=CTCTTC;SB=-1.796e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,67:87:99:4676,199,0 chrIV 619961 . T TA 1230.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=430.2382;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.81;MQ0=0;QD=17.34;RPA=6,7;RU=A;SB=-2.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,54:71:99:1273,147,0 chrIV 621879 . GAAAAAAA G 2176.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.433;DP=55;FS=4.771;HaplotypeScore=48.2699;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=0.260;QD=39.58;RPA=19,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.693;SB=-6.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,39:55:99:2219,111,0 chrIV 624927 . G GA 2749.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=424.6380;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.97;MQ0=0;QD=37.67;SB=-1.154e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:73:99:2792,214,0 chrIV 626607 . AT A 1811.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=22.7225;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.29;MQ0=0;QD=25.52;RPA=4,3;RU=T;SB=-2.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,70:71:99:1854,198,0 chrIV 629157 . C CT 1006.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=214.7105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.62;MQ0=0;QD=19.74;RPA=7,8;RU=T;SB=-3.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,46:51:99:1049,123,0 chrIV 629821 . C CT 1623.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.848;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=137.9239;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.97;MQ0=0;MQRankSum=1.431;QD=19.33;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.375;SB=-6.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,71:84:99:1666,151,0 chrIV 630148 . 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GA G 609.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.587;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=31.6917;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.656;QD=10.70;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.140;SB=-6.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,35:56:62:652,62,0 chrIV 645240 . TG T 459.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=74.5764;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.22;MQ0=0;QD=27.06;SB=-3.500e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:17:48:502,48,0 chrIV 651502 . C CT 1024.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.631;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=452.4955;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.733;QD=30.15;ReadPosRankSum=0.612;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,33:34:64:1067,64,0 chrIV 651554 . CT C 1699.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=778.9610;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=31.48;RPA=2,1;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:54:99:1742,153,0 chrIV 651568 . GC G 1627.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=858.3774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.52;MQ0=0;QD=23.59;RPA=7,6;RU=C;SB=-1.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,60:69:99:1670,180,0 chrIV 651898 . CTG C 7837 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=200;FS=0.000;HaplotypeScore=535.5715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.89;MQ0=0;QD=39.19;SB=-3.665e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,195:200:99:7837,572,0 chrIV 652146 . T TAA 4757 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=850.3891;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.34;MQ0=0;QD=38.06;RPA=2,4;RU=A;SB=-1.407e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,119:125:99:4757,355,0 chrIV 652961 . CT C 1023.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=50.3745;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;QD=17.36;RPA=8,7;RU=T;SB=-5.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,55:59:99:1066,135,0 chrIV 654338 . TCAA T 1058.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=180.2115;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.51;MQ0=1;QD=15.35;RPA=6,5;RU=CAA;SB=-5.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,31:57:87:1101,87,0 chrIV 654811 . CTACCT C 2898.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=324.7657;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.40;MQ0=0;QD=53.68;RPA=2,1;RU=TACCT;SB=-4.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,46:54:99:2941,135,0 chrIV 657606 . TCA T 1559.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=12.3772;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.31;MQ0=0;QD=33.19;RPA=2,1;RU=CA;SB=-4.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,41:47:99:1602,114,0 chrIV 658030 . TA T 1101.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=70.7024;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.50;MQ0=0;QD=28.26;RPA=2,1;RU=A;SB=-4.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:99:1144,105,0 chrIV 658113 . CT C 517.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.387;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=91.4314;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.08;MQ0=0;MQRankSum=0.559;QD=11.02;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=2.023;SB=-2.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,26:47:76:560,76,0 chrIV 665217 . ATT A 2811.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=240.0301;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.12;MQ0=0;QD=27.30;RPA=9,7;RU=T;SB=-1.320e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,86:103:99:2854,256,0 chrIV 667986 . AT A 2961.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=24.5832;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.43;MQ0=0;QD=32.91;SB=-1.299e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,87:90:99:3004,250,0 chrIV 671243 . C CT 1270.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=321.0969;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.45;MQ0=0;QD=24.44;RPA=3,4;RU=T;SB=-5.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,46:52:99:1313,135,0 chrIV 676047 . A AG 2637.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=40.5547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.86;MQ0=0;QD=23.14;RPA=6,7;RU=G;SB=-7.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,101:114:99:2680,297,0 chrIV 677842 . TGA T 1345.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=114.1863;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.56;MQ0=0;QD=26.92;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,46:50:99:1388,130,0 chrIV 678226 . G GTTT,GTT 1374.97 filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.209;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=51.1096;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=52.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.817;QD=22.54;RPA=11,14,13;RU=T;ReadPosRankSum=-1.144;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:10,7,37:61:58:1453,594,529,175,0,58 chrIV 680128 . CT C 1636.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.688;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=45.2980;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.48;MQ0=0;MQRankSum=1.421;QD=16.88;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.199;SB=-5.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,86:97:99:1679,222,0 chrIV 681887 . T TCCAGTAG 1671.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=84.3223;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.64;MQ0=0;QD=88.00;SB=-9.300e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,17:19:54:1714,54,0 chrIV 683941 . T TA 2340.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=256.1824;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.63;MQ0=0;QD=23.65;RPA=3,4;RU=A;SB=-2.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,80:99:99:2383,246,0 chrIV 687863 . C CT 2727.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.485;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=665.5871;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.76;MQ0=0;MQRankSum=0.124;QD=21.82;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.619;SB=-7.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,113:125:99:2770,312,0 chrIV 688005 . G GAA 411.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=28.0074;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.15;MQ0=0;QD=17.91;RPA=12,14;RU=A;SB=-1.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,7:23:48:454,48,0 chrIV 688062 . C CT 555.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.052;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=87.4230;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.92;MQ0=0;MQRankSum=0.936;QD=9.11;RPA=14,15;RU=T;ReadPosRankSum=-1.932;SB=-2.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,30:61:44:598,44,0 chrIV 691379 . GT G 681.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.734;DP=26;FS=8.653;HaplotypeScore=80.9719;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.35;MQ0=0;MQRankSum=1.419;QD=26.23;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=-1.576;SB=-6.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,22:26:49:724,49,0 chrIV 693401 . TAA T 2263.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=152.8487;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.09;MQ0=0;QD=32.34;RPA=5,3;RU=A;SB=-5.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,66:70:99:2306,183,0 chrIV 694246 . A AT 825.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=249.6089;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.47;MQ0=0;QD=18.77;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,36:44:99:868,111,0 chrIV 694249 . A ATG 1493.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=181.4915;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.36;MQ0=0;QD=38.31;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,37:39:99:1536,111,0 chrIV 694634 . AT A 1532.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=145.5968;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.18;MQ0=0;QD=19.16;RPA=10,9;RU=T;SB=-2.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,68:80:99:1575,211,0 chrIV 694840 . A ACAG 1067.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=73.6343;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.56;MQ0=0;QD=34.45;RPA=6,7;RU=CAG;SB=-3.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,23:31:75:1110,75,0 chrIV 713058 . AG A 3034.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=523.6676;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.43;MQ0=0;QD=33.35;SB=-8.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,90:91:99:3077,271,0 chrIV 713187 . T TA 2262.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=244.0790;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.46;MQ0=0;QD=25.72;RPA=4,5;RU=A;SB=-7.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,84:88:99:2305,243,0 chrIV 718490 . GTTATT G 3897 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=141.6148;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.80;MQ0=1;QD=59.05;SB=-1.619e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,61:65:99:3897,178,0 chrIV 718747 . TA T 1859.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=200.9687;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.17;MQ0=0;QD=20.90;RPA=6,5;RU=A;SB=-6.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,80:89:99:1902,222,0 chrIV 721724 . GA G 824.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=15.9985;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;QD=17.19;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,41:48:99:867,111,0 chrIV 722221 . G GA 156.60 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.107;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=20.4158;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=0.474;QD=7.12;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-1.423;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,13:22:11:198,11,0 chrIV 722250 . 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G GCAGCAACAACAGCAACAA,GCAGCAGCAGCAGCAACAA 5603 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=370.0895;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=38.57;MQ0=0;QD=90.37;SB=-1.821e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:21,29,12:62:99:5603,433,307,1478,0,1331 chrIV 750901 . CT C 2755.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=42.2179;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.17;MQ0=0;QD=25.28;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.293e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,108:109:99:2798,315,0 chrIV 763988 . G GA 1826.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=193.5177;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.41;MQ0=0;QD=18.83;RPA=9,10;RU=A;SB=-3.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,81:97:99:1869,230,0 chrIV 766575 . A ATT 2309.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.447;DP=90;FS=3.660;HaplotypeScore=208.2631;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.58;MQ0=0;MQRankSum=0.688;QD=25.67;RPA=1,3;RU=T;ReadPosRankSum=0.261;SB=-1.008e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,76:90:99:2352,213,0 chrIV 766982 . C CTCA 5529 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=299.7221;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.01;MQ0=0;QD=34.77;RPA=6,7;RU=TCA;SB=-7.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,126:159:99:5529,365,0 chrIV 770058 . GC G 2118.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.501;DP=62;FS=4.994;HaplotypeScore=256.1230;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.328;QD=34.18;ReadPosRankSum=1.559;SB=-6.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,57:62:99:2161,171,0 chrIV 781986 . CT C 2253.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.907;DP=145;FS=3.222;HaplotypeScore=50.2849;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.808;QD=15.54;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.511;SB=-1.068e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,120:145:99:2296,288,0 chrIV 790278 . T TA 1458.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=276.2674;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.14;MQ0=0;QD=22.11;RPA=7,8;RU=A;SB=-6.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,60:66:99:1501,174,0 chrIV 794603 . T TG 1599.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=44.5429;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.79;MQ0=0;QD=23.19;RPA=4,5;RU=G;SB=-8.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,60:69:99:1642,168,0 chrIV 795607 . TA T 3017.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=338.6277;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.60;MQ0=0;QD=35.93;SB=-1.468e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:84:99:3060,247,0 chrIV 801680 . CTCTTCTTCTTCTTCT C 3358 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=24.8664;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.96;MQ0=0;QD=67.16;RPA=13,8;RU=TCT;SB=-1.533e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,30:50:87:3358,87,0 chrIV 802850 . TGAC T 744.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.475;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=619.3715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.657;QD=17.32;ReadPosRankSum=3.475;SB=-5.300e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:43:99:784,0,353 chrIV 802854 . TAGAGATG T 1481.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.252;DP=39;FS=11.663;HaplotypeScore=515.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.26;MQ0=0;MQRankSum=1.947;QD=38.00;ReadPosRankSum=4.328;SB=-2.037e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,20:39:33:1521,0,33 chrIV 803134 . T TA 115.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=28.3436;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.94;MQ0=0;QD=16.44;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:6:18:157,18,0 chrIV 806445 . G GA 1330.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=137.0291;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.55;MQ0=0;QD=33.27;RPA=1,2;RU=A;SB=-3.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:1373,120,0 chrIV 807907 . A AT 1627.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=165.5454;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.38;MQ0=0;QD=21.14;RPA=6,7;RU=T;SB=-4.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,67:77:99:1670,189,0 chrIV 808170 . A AT 2087.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=273.8832;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.97;MQ0=0;QD=19.16;RPA=9,10;RU=T;SB=-7.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,84:109:99:2130,260,0 chrIV 810728 . G GCATCATCATCAT 2768.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=140.3655;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.56;MQ0=0;QD=57.69;RPA=8,12;RU=CAT;SB=-1.220e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,37:48:99:2811,111,0 chrIV 811890 . CT C 423.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=16.5883;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.95;MQ0=0;QD=15.70;RPA=10,9;RU=T;SB=-2.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,22:27:62:466,62,0 chrIV 812962 . CATATAT C 2216.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=71.5947;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.12;MQ0=0;QD=59.92;RPA=9,6;RU=AT;SB=-3.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,34:37:93:2259,93,0 chrIV 813091 . TTG T 3882 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=35.2431;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.40;MQ0=0;QD=39.61;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,95:98:99:3882,274,0 chrIV 816631 . TA T 2288.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.914;DP=221;FS=7.093;HaplotypeScore=552.9618;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.762;QD=10.36;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.450;SB=-9.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:74,126:221:85:2331,85,0 chrIV 816853 . AAGT A 6572 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=199;FS=0.000;HaplotypeScore=263.2573;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.34;MQ0=1;QD=33.03;RPA=4,3;RU=AGT;SB=-3.268e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,168:197:99:6572,442,0 chrIV 817531 . T TA 1975.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.339;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=48.3320;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.724;QD=17.03;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.468;SB=-4.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,81:116:99:2018,194,0 chrIV 817682 . AAT A 1764.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=25.1828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.02;MQ0=0;QD=24.86;RPA=3,2;RU=AT;SB=-8.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,49:71:99:1807,147,0 chrIV 821075 . T TAA 2082.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=126.1953;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.11;MQ0=0;QD=25.72;RPA=8,10;RU=A;SB=-2.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,57:81:99:2125,200,0 chrIV 821122 . G GTT 2336.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=164.3719;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.13;MQ0=0;QD=27.82;RPA=6,8;RU=T;SB=-3.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,69:84:99:2379,202,0 chrIV 831722 . GA G 1250.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=37.6181;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;QD=20.18;RPA=9,8;RU=A;SB=-2.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,58:61:99:1293,167,0 chrIV 834038 . T TTCA 2070.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=22.3630;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.32;MQ0=0;QD=35.10;RPA=4,5;RU=TCA;SB=-8.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,48:59:99:2113,138,0 chrIV 835638 . G GAA,GA 1034.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.520;DP=87;FS=2.864;HaplotypeScore=96.8575;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.658;QD=11.90;RPA=13,15,14;RU=A;ReadPosRankSum=-1.213;SB=-4.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:25,37,15:86:99:1113,192,124,524,0,428 chrIV 838087 . T TAATAACAAG 511.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=43.0251;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.43;MQ0=0;QD=56.89;SB=-1.478e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,8:9:27:554,27,0 chrIV 838275 . C CA 404.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.604;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=21.3173;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=63.72;MQ0=0;MQRankSum=1.604;QD=11.55;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.307;SB=-2.407e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,26:35:8:445,8,0 chrIV 840422 . AATATATATAT A 1889.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=123.9011;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.92;MQ0=0;QD=32.59;RPA=11,6;RU=AT;SB=-3.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,16:58:60:1932,60,0 chrIV 840497 . AT A 2849.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=249.5358;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;QD=25.00;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.239e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,111:114:99:2892,333,0 chrIV 843519 . TTCATAT T 502.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=90.2596;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.24;MQ0=0;QD=31.44;SB=-2.318e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,0:16:24:545,24,0 chrIV 843550 . A AT 1315.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=676.2175;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.29;MQ0=0;QD=24.37;RPA=1,2;RU=T;SB=-2.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,52:54:99:1358,158,0 chrIV 843565 . CTTA C 3137.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=518.9092;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.43;MQ0=0;MQRankSum=1.609;QD=56.03;ReadPosRankSum=0.309;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,55:56:99:3180,143,0 chrIV 845132 . T TC 2328.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=264.4563;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.48;MQ0=0;QD=28.75;RPA=2,3;RU=C;SB=-1.052e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,77:81:99:2371,225,0 chrIV 849399 . G GTCT 3211.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=191.2664;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.60;MQ0=0;QD=43.40;RPA=1,2;RU=TCT;SB=-1.576e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,63:74:99:3254,193,0 chrIV 851071 . CTCCCCA C 3858 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=262.4299;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.70;MQ0=0;QD=65.39;RPA=2,1;RU=TCCCCA;SB=-4.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,51:59:99:3858,150,0 chrIV 851108 . C CA 716.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.021;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=531.8247;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.730;QD=11.56;RPA=5,6;RU=A;ReadPosRankSum=0.772;SB=-1.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,34:62:99:759,106,0 chrIV 854086 . AT A 1700.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=27.5678;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=20.49;RPA=9,8;RU=T;SB=-5.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,79:83:99:1743,224,0 chrIV 861698 . CAA C 2355.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=136.9818;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.81;MQ0=0;QD=39.93;RPA=3,1;RU=A;SB=-7.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,55:59:99:2398,166,0 chrIV 864380 . A ATGCCTCGATGCCTCCATC 5803 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=18.9234;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.45;MQ0=0;QD=113.78;RPA=1,2;RU=TGCCTCGATGCCTCCATC;SB=-1.595e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,35:51:99:5803,102,0 chrIV 864990 . C CTTT,CTT 1550.95 filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=259.7453;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=39.38;MQ0=0;QD=28.72;RPA=11,14,13;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,38,10:54:61:1629,188,61,721,0,580 chrIV 867984 . TA T 823.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=39.4588;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;QD=14.21;RPA=11,10;RU=A;SB=-3.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,39:58:99:866,121,0 chrIV 868127 . G GA 1585.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=128.9865;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.78;MQ0=0;QD=29.92;RPA=2,3;RU=A;SB=-6.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,52:53:99:1628,153,0 chrIV 870568 . G GT 3301 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=36.3526;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.18;MQ0=0;QD=37.09;SB=-8.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:89:99:3301,256,0 chrIV 870950 . G GT 1619.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.192;DP=93;FS=8.518;HaplotypeScore=153.9500;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.103;QD=17.42;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.379;SB=-7.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,75:93:99:1662,137,0 chrIV 877876 . GT G 1830.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=190.3726;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.02;MQ0=0;QD=24.09;RPA=5,4;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,71:69:99:1873,207,0 chrIV 877971 . C CT 802.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.044;DP=128;FS=68.288;HaplotypeScore=320.2625;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.62;MQ0=7;MQRankSum=-2.015;QD=6.27;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=-3.014;SB=-2.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,31:110:99:842,0,1881 chrIV 884286 . AT A 160.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=43.3910;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.42;MQ0=0;QD=14.63;RPA=11,10;RU=T;SB=-8.875e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,10:11:27:203,27,0 chrIV 884500 . CT C 190.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=28.7046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.99;MQ0=0;QD=14.69;RPA=9,8;RU=T;SB=-4.698e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,11:11:30:233,30,0 chrIV 886990 . A ATATT 324.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=69.5677;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=65.01;MQ0=0;QD=9.28;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,13:35:30:367,30,0 chrIV 887096 . GA G 170.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=44.5270;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.32;MQ0=0;QD=10.69;RPA=13,12;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,7:16:32:213,32,0 chrIV 889367 . GT G 1732.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=151.3246;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.92;MQ0=0;QD=22.51;RPA=6,5;RU=T;SB=-5.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,75:77:99:1775,213,0 chrIV 889525 . GA G 1608.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=66.0684;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.22;MQ0=0;QD=29.80;RPA=3,2;RU=A;SB=-6.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:54:99:1651,150,0 chrIV 892532 . CAA C 492.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.953;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=27.1542;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.30;MQ0=0;MQRankSum=0.819;QD=17.00;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.567;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,21:29:51:535,51,0 chrIV 894993 . CAA C 233.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=7.5058;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=64.93;MQ0=0;QD=12.31;RPA=12,10;RU=A;SB=-1.278e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,16:19:27:276,27,0 chrIV 911454 . CT C 1858.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=228.0102;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.78;MQ0=0;QD=15.36;RPA=10,9;RU=T;SB=-2.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,87:121:99:1901,255,0 chrIV 911744 . TA T 1917.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=20.6965;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.50;MQ0=0;QD=28.21;RPA=3,2;RU=A;SB=-6.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,63:68:99:1960,183,0 chrIV 913853 . CA C 1733.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=189.1025;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.78;MQ0=0;QD=27.97;RPA=2,1;RU=A;SB=-7.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,59:62:99:1776,168,0 chrIV 917515 . TA T 900.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=115.5871;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.98;MQ0=0;QD=17.33;RPA=11,10;RU=A;SB=-3.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,46:52:99:943,128,0 chrIV 921648 . C CT 1393.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=24.8699;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.65;MQ0=0;QD=21.12;RPA=5,6;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,58:66:99:1436,159,0 chrIV 921813 . CAAA C 585.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=87.7802;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.80;MQ0=0;QD=29.30;RPA=20,17;RU=A;SB=-2.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:20:51:628,51,0 chrIV 923047 . A ACTG 1227.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=147.9708;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.25;MQ0=0;QD=22.74;RPA=6,7;RU=CTG;SB=-5.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,32:54:90:1270,90,0 chrIV 924026 . T TA 851.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=140.1022;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.97;MQ0=0;QD=20.28;RPA=8,9;RU=A;SB=-3.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,36:42:99:894,105,0 chrIV 927438 . G GT 1311.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=34.5456;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=18.22;RPA=9,10;RU=T;SB=-4.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,55:72:99:1354,165,0 chrIV 929153 . TA T 361.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=39.6395;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.66;MQ0=0;QD=13.41;RPA=11,10;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,24:27:57:404,57,0 chrIV 929171 . GT G 134.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=66.6909;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.77;MQ0=0;QD=6.14;RPA=11,10;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,12:22:24:177,24,0 chrIV 929184 . AT A 108.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=43.7045;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.12;MQ0=0;QD=9.00;RPA=12,11;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,8:12:21:150,21,0 chrIV 929454 . GA G 1173.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.182;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=41.8528;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=1.964;QD=16.08;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=2.167;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,55:73:99:1216,136,0 chrIV 930964 . CATATATATAT C 1734.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=69.1799;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.04;MQ0=0;QD=69.40;RPA=11,6;RU=AT;SB=-8.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,16:25:48:1777,48,0 chrIV 940887 . T TA 2204.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=32.6948;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.08;MQ0=0;QD=26.89;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.084e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,80:82:99:2247,213,0 chrIV 950553 . A AT 4593 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=171;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=73.9874;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.93;MQ0=0;QD=26.86;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.251e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,145:171:99:4593,403,0 chrIV 955783 . TAAGAA T 1445.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=77.6738;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.64;MQ0=0;QD=53.55;SB=-6.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,25:27:66:1488,66,0 chrIV 955986 . GAAAA G 1932.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.405;DP=67;FS=7.618;HaplotypeScore=97.2406;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.25;MQ0=0;MQRankSum=0.948;QD=28.85;RPA=16,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.817;SB=-3.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,53:67:99:1975,129,0 chrIV 957539 . A AC 2473.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=42.1603;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=24.74;RPA=5,6;RU=C;SB=-1.045e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,84:100:99:2516,273,0 chrIV 957628 . CTTTT C 4235 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=38.9165;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.71;MQ0=0;QD=47.06;RPA=12,8;RU=T;SB=-1.965e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,83:90:99:4235,247,0 chrIV 967966 . AT A 2224.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=169.1872;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.88;MQ0=0;QD=21.39;RPA=7,6;RU=T;SB=-5.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,91:104:99:2267,278,0 chrIV 968049 . G GTACTA 4804 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=72.9103;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.36;MQ0=0;QD=53.38;SB=-1.523e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,60:90:99:4804,226,0 chrIV 977331 . ATTT A 2296.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=111.1330;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.45;MQ0=0;QD=38.28;RPA=11,8;RU=T;SB=-9.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,55:60:99:2339,165,0 chrIV 979570 . TCC T 2545.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=397.3535;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.77;MQ0=0;QD=36.90;RPA=3,1;RU=C;SB=-8.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,67:69:99:2588,178,0 chrIV 979794 . A AT 3315 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=946.4273;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.89;MQ0=0;QD=30.41;RPA=1,2;RU=T;SB=-9.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,102:109:99:3315,286,0 chrIV 979841 . CAT C 3642 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=1109.4139;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.50;MQ0=0;QD=38.74;RPA=2,1;RU=AT;SB=-1.452e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,87:94:99:3642,262,0 chrIV 980121 . AT A 3566 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=406.4860;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.06;MQ0=0;QD=27.86;RPA=3,2;RU=T;SB=-9.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,114:128:99:3566,340,0 chrIV 980200 . ATT A 4605 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=568.0856;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.49;MQ0=0;QD=30.70;RPA=7,5;RU=T;SB=-1.927e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,132:149:99:4605,394,0 chrIV 980211 . AT A 3735 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=686.2375;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.85;MQ0=0;QD=24.57;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.461e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,145:151:99:3735,417,0 chrIV 980440 . C CA 2240.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=314.4065;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.20;MQ0=0;QD=32.48;RPA=1,2;RU=A;SB=-6.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,65:69:99:2283,193,0 chrIV 980505 . AG A 2504.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=362.2194;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.83;MQ0=0;QD=25.30;RPA=6,5;RU=G;SB=-3.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,89:99:99:2547,264,0 chrIV 980959 . AAT A 920.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=197.4431;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.45;MQ0=0;QD=34.11;SB=-8.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,22:27:69:963,69,0 chrIV 980968 . T TA 509.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=197.3032;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.23;MQ0=0;QD=20.40;RPA=5,6;RU=A;SB=-5.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,18:25:60:552,60,0 chrIV 993018 . GT G 1981.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=776.2615;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.57;MQ0=0;QD=19.24;RPA=8,7;RU=T;SB=-6.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,83:103:99:2024,236,0 chrIV 993984 . A ACC 1256.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=253.9354;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.81;MQ0=0;QD=35.91;RPA=4,6;RU=C;SB=-4.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,33:35:99:1299,102,0 chrIV 995565 . AT A 2688.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=367.8996;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.56;MQ0=0;QD=25.86;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,97:104:99:2731,282,0 chrIV 995594 . A AT 3530 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=321.8869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.32;MQ0=0;QD=37.16;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:95:99:3530,280,0 chrIV 995816 . A ATATT 717.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=302.9247;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.74;MQ0=0;QD=13.55;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,34:53:78:760,78,0 chrIV 1002291 . AT A 1167.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.808;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=54.3432;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.433;QD=9.73;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.609;SB=-3.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,78:120:67:1210,67,0 chrIV 1004000 . G GT 2394.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=94.0308;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;QD=32.36;SB=-1.007e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:74:99:2437,195,0 chrIV 1005567 . TG T 3201.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=158.4743;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=27.60;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.473e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,106:116:99:3244,283,0 chrIV 1010893 . G GAAAAA 2943.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.590;DP=128;FS=0.707;HaplotypeScore=1046.7888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.14;MQ0=0;MQRankSum=5.545;QD=23.00;ReadPosRankSum=1.487;SB=-9.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,70:128:99:2983,0,3373 chrIV 1011365 . GC G 1621.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=221.6876;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.15;MQ0=0;QD=30.60;RPA=2,1;RU=C;SB=-7.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:53:99:1664,144,0 chrIV 1012110 . A AT 1297.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.078;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=190.3545;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.44;MQ0=0;MQRankSum=1.298;QD=14.26;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.422;SB=-3.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,52:90:99:1340,154,0 chrIV 1013362 . CA C 1780.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.007;DP=93;FS=5.323;HaplotypeScore=316.0587;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.67;MQ0=0;MQRankSum=0.135;QD=19.15;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.195;SB=-2.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,87:93:99:1823,206,0 chrIV 1013843 . G GCACCTACGC 3614 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=14.0557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.38;MQ0=0;QD=90.35;SB=-1.421e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,29:40:99:3614,102,0 chrIV 1013977 . TC T 1549.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=222.7214;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.03;MQ0=0;QD=25.00;RPA=9,8;RU=C;SB=-6.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,56:62:99:1592,171,0 chrIV 1016332 . CT C 577.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=71.8924;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.44;MQ0=0;QD=19.27;RPA=7,6;RU=T;SB=-2.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,28:30:75:620,75,0 chrIV 1016710 . TCCC T 1920.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=62.6783;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.84;MQ0=0;QD=45.74;RPA=10,7;RU=C;SB=-7.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:42:99:1963,123,0 chrIV 1016749 . A AACTTATCACTTGTAAATACCAATG 9725 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=354.9682;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.09;MQ0=0;QD=221.02;SB=-3.026e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,11:44:99:9725,123,0 chrIV 1021881 . G GA 1101.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=18.3354;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;QD=24.49;RPA=6,7;RU=A;SB=-5.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1144,129,0 chrIV 1022353 . GT G 818.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=50.1730;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.43;MQ0=0;QD=18.61;RPA=9,8;RU=T;SB=-2.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,41:44:99:861,111,0 chrIV 1030406 . G GT 3895 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=294.5246;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.96;MQ0=0;QD=34.17;SB=-1.710e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:114:99:3895,316,0 chrIV 1035649 . CA C 2563.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=633.3293;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.67;MQ0=0;QD=30.16;RPA=2,1;RU=A;SB=-9.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,78:85:99:2606,229,0 chrIV 1038255 . G GT 3686 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=195.5357;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.32;MQ0=0;QD=24.91;RPA=4,5;RU=T;SB=-9.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,138:148:99:3686,390,0 chrIV 1038649 . GTCATCA G 5228 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=242.1591;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.85;MQ0=0;QD=43.57;RPA=10,8;RU=TCA;SB=-2.525e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,87:120:99:5228,237,0 chrIV 1052356 . AT A 1397.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=24.5627;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.15;MQ0=0;QD=22.19;RPA=6,5;RU=T;SB=-6.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,59:63:99:1440,168,0 chrIV 1054751 . TA T 916.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=254.4430;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.03;MQ0=0;QD=14.55;RPA=11,10;RU=A;SB=-3.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,43:63:99:959,136,0 chrIV 1055183 . C CA 1415.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.547;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=152.3089;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.670;QD=25.28;ReadPosRankSum=1.361;SB=-6.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1458,164,0 chrIV 1055926 . G GA 1646.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.827;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=175.4314;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.35;MQ0=0;MQRankSum=0.827;QD=19.15;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.276;SB=-3.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,74:86:99:1689,183,0 chrIV 1056082 . GCTGCTGCCGCTGCTA G 4410 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=62.4331;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.08;MQ0=0;QD=107.56;SB=-1.407e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,38:41:99:4410,111,0 chrIV 1057929 . A AT 230.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.496;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=10.1805;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.248;QD=15.33;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.744;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,13:15:22:272,22,0 chrIV 1059951 . GAAA G 1548.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.512;DP=106;FS=27.490;HaplotypeScore=403.3288;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.049;QD=14.61;RPA=5,2;RU=A;ReadPosRankSum=-0.869;SB=-4.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,30:106:99:1588,0,2289 chrIV 1067616 . C CA 1705.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.510;DP=84;FS=9.314;HaplotypeScore=32.8407;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.11;MQ0=0;MQRankSum=0.049;QD=20.31;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.345;SB=-5.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,72:84:99:1748,177,0 chrIV 1068416 . TA T 156.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=21.1508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=13.08;RPA=7,6;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,8:12:24:199,24,0 chrIV 1073672 . A AC 6079 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=176;FS=0.000;HaplotypeScore=471.2522;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.41;MQ0=0;QD=34.54;SB=-2.767e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,167:176:99:6079,496,0 chrIV 1075461 . G GA 3140.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=439.9037;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.50;MQ0=0;QD=22.12;RPA=6,7;RU=A;SB=-9.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,121:142:99:3183,366,0 chrIV 1078465 . A AAT 5422 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.849;DP=174;FS=4.408;HaplotypeScore=1034.6154;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.639;QD=31.16;RPA=1,2;RU=AT;ReadPosRankSum=1.383;SB=-1.880e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,152:174:99:5422,443,0 chrIV 1078659 . C CT 4190 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=158.6825;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.30;MQ0=0;QD=32.99;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.145e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,122:127:99:4190,379,0 chrIV 1079010 . ATT A 77.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.238;DP=42;FS=3.163;HaplotypeScore=59.2198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.995;QD=1.86;RPA=20,18;RU=T;ReadPosRankSum=-0.386;SB=-2.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,5:41:99:117,0,385 chrIV 1080944 . GTGTATGTAATGTTAAGCGCTAAATA G 2211.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=47.7284;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.15;MQ0=0;QD=51.44;RPA=2,1;RU=TGTATGTAATGTTAAGCGCTAAATA;SB=-4.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,20:43:63:2254,63,0 chrIV 1084536 . AT A 2872.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.289;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=340.7458;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.485;QD=18.18;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=0.873;SB=-8.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,104:158:99:2915,350,0 chrIV 1084685 . GAA G 2026.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=41.5225;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=23.57;RPA=14,12;RU=A;SB=-9.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,67:86:99:2069,207,0 chrIV 1087004 . G GT 7033 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=194;FS=0.000;HaplotypeScore=76.3516;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.01;MQ0=0;QD=36.25;SB=-3.225e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,177:194:99:7033,550,0 chrIV 1090113 . GAA G 372.98 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.026;DP=58;FS=2.599;HaplotypeScore=306.6560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.501;QD=6.43;RPA=17,15;RU=A;ReadPosRankSum=1.414;SB=-2.687e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,10:58:39:412,0,39 chrIV 1092650 . G GA 2076.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.119;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=49.0560;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.683;QD=15.73;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.162;SB=-6.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,104:132:99:2119,171,0 chrIV 1095562 . GA G 756.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=85.3312;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.60;MQ0=0;QD=30.28;RPA=3,2;RU=A;SB=-9.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:72:799,72,0 chrIV 1101745 . C CT 384.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=64.8942;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.88;MQ0=0;QD=24.06;RPA=6,7;RU=T;SB=-8.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48:427,48,0 chrIV 1101983 . CT C 246.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=68.0091;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.14;MQ0=0;QD=16.46;RPA=12,11;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,13:15:41:289,41,0 chrIV 1105909 . ATT A,AT 666.18 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.839;DP=85;FS=6.221;HaplotypeScore=59.1913;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=0.172;QD=7.84;RPA=16,14,15;RU=T;ReadPosRankSum=1.160;SB=-2.203e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:32,10,2:85:52:744,515,821,54,0,52 chrIV 1108233 . C CAT 4065 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.290;DP=172;FS=2.248;HaplotypeScore=51.7786;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.361;QD=23.63;RPA=5,6;RU=AT;ReadPosRankSum=0.629;SB=-1.881e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,137:172:99:4065,260,0 chrIV 1108511 . T TC 2613.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=283.0111;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.98;MQ0=0;QD=33.51;SB=-6.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:78:99:2656,217,0 chrIV 1108600 . GAAA G 2192.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.783;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=129.6210;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.38;MQ0=0;MQRankSum=1.245;QD=18.74;RPA=16,13;RU=A;ReadPosRankSum=2.555;SB=-5.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,61:117:99:2235,113,0 chrIV 1111863 . AT A 3209.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=75.2446;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;QD=21.69;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.102e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,137:148:99:3252,398,0 chrIV 1111980 . CCTATTTATGTTGAAGCTT C 11126 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=24.5463;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.05;MQ0=0;QD=132.45;RPA=2,1;RU=CTATTTATGTTGAAGCTT;SB=-3.320e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,67:84:99:11126,202,0 chrIV 1114425 . T TA 2132.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=205.6766;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.90;MQ0=0;QD=24.52;RPA=3,4;RU=A;SB=-9.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,73:87:99:2175,231,0 chrIV 1120526 . A AAAAGAAATAAGATCT 3431 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=6.7653;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.71;MQ0=0;QD=137.24;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,23:25:69:3431,69,0 chrIV 1126223 . CTATA C,CTA 2750.01 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=498.2755;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.18;MQ0=0;QD=23.31;RPA=7,5,6;RU=TA;SB=-1.257e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:36,7,0:118:54:2828,2401,2416,302,0,54 chrIV 1130896 . T TA 138.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.223;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=49.2143;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.76;MQ0=0;MQRankSum=2.117;QD=4.09;ReadPosRankSum=1.376;SB=-5.985e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,21:33:25:181,25,0 chrIV 1135619 . AT A 1200.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.743;DP=84;FS=4.740;HaplotypeScore=569.6481;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.88;MQ0=0;MQRankSum=0.378;QD=14.30;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.134;SB=-5.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,60:84:99:1243,105,0 chrIV 1135634 . GTT G 2594.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=438.5963;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.54;MQ0=0;QD=31.65;RPA=5,3;RU=T;SB=-1.279e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,76:82:99:2637,208,0 chrIV 1149541 . T TA 6291 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=227;FS=0.000;HaplotypeScore=716.0948;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.71;MQ0=0;QD=27.71;RPA=2,3;RU=A;SB=-2.569e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,219:227:99:6291,610,0 chrIV 1150910 . A AG 2940.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=325.2018;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.73;MQ0=0;QD=26.26;RPA=2,3;RU=G;SB=-1.146e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,99:104:99:2983,280,0 chrIV 1151657 . TC T 1382.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=460.0944;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.75;MQ0=0;QD=19.76;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,38:70:99:1425,175,0 chrIV 1151676 . AT A 1732.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=374.6640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.62;MQ0=0;QD=22.80;RPA=3,2;RU=T;SB=-7.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,65:76:99:1775,171,0 chrIV 1156457 . TA T 355.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=105.2326;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.81;MQ0=0;QD=10.79;RPA=12,11;RU=A;SB=-1.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,22:33:58:398,58,0 chrIV 1156518 . T TAA 519.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=44.8824;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.17;MQ0=0;QD=20.80;RPA=10,12;RU=A;SB=-2.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,14:25:54:562,54,0 chrIV 1156743 . T TG 644.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=26.8744;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.30;MQ0=0;QD=28.04;RPA=3,4;RU=G;SB=-1.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:66:687,66,0 chrIV 1156939 . G GT 439.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=148.5353;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.75;MQ0=0;QD=24.44;RPA=4,5;RU=T;SB=-2.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,17:18:51:482,51,0 chrIV 1156989 . A ATTCCATT 1431.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=113.3957;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.75;MQ0=0;QD=79.55;SB=-6.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,15:18:48:1474,48,0 chrIV 1157318 . C CA 1332.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=155.8105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.15;MQ0=0;QD=32.51;RPA=1,2;RU=A;SB=-5.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:41:99:1375,117,0 chrIV 1157818 . CA C 1026.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=102.8893;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.83;MQ0=0;QD=22.33;RPA=9,8;RU=A;SB=-2.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1069,138,0 chrIV 1159294 . T TC 1765.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=356.5653;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.93;MQ0=0;QD=32.11;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,47:55:99:1808,151,0 chrIV 1159336 . C CT 284.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.116;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=419.0736;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.40;MQ0=0;MQRankSum=0.347;QD=10.55;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.504;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,13:27:31:327,31,0 chrIV 1159346 . C CCTA 771.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=355.6303;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.42;MQ0=0;QD=38.60;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,16:20:51:814,51,0 chrIV 1161342 . AC A 354.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=387.9365;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.12;MQ0=7;QD=16.90;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,12:14:36:397,36,0 chrIV 1161352 . T TAG 491.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=334.5316;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.78;MQ0=6;QD=24.60;SB=-2.100e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,9:14:36:534,36,0 chrIV 1161363 . TC T 795.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=319.5626;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.07;MQ0=5;QD=26.53;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,17:25:75:838,75,0 chrIV 1161404 . G GTT 1716.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=362.1600;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.80;MQ0=1;QD=31.80;RPA=7,9;RU=T;SB=-6.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,45:53:99:1759,150,0 chrIV 1161612 . T TCTCAATA 3401 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.654;DP=49;FS=3.647;HaplotypeScore=172.4750;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.394;QD=69.41;ReadPosRankSum=0.787;SB=-1.516e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,43:49:43:3401,43,0 chrIV 1162494 . ATGGTTGG A 2027.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=85.3331;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.76;MQ0=0;QD=67.60;RPA=2,1;RU=TGGTTGG;SB=-8.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,25:30:72:2070,72,0 chrIV 1162780 . C CA 1046.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=552.9599;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.49;MQ0=0;QD=27.55;RPA=3,4;RU=A;SB=-3.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,36:38:99:1089,108,0 chrIV 1162787 . G GATACGGAAAATTTGGAAAGAA 7521 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=173.7771;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.09;MQ0=0;QD=183.44;SB=-2.424e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,21:41:99:7521,114,0 chrIV 1163373 . C CG 1021.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.644;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=326.4031;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.044;QD=22.22;ReadPosRankSum=1.555;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,32:44:94:1064,94,0 chrIV 1163378 . AC A 989.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.042;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=347.2122;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.225;QD=23.02;ReadPosRankSum=1.648;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,30:41:99:1032,117,0 chrIV 1164786 . GA G 554.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=136.4458;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.32;MQ0=0;QD=17.90;RPA=8,7;RU=A;SB=-2.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,26:31:75:597,75,0 chrIV 1165350 . A ATT 970.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=42.9957;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=21.58;RPA=9,11;RU=T;SB=-4.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,20:45:99:1013,99,0 chrIV 1165481 . T TCG 1342.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=86.8378;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.49;MQ0=0;QD=38.37;SB=-5.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,32:35:96:1385,96,0 chrIV 1166195 . G GA 2075.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=580.9740;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.97;MQ0=0;QD=32.95;SB=-6.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,58:63:99:2118,180,0 chrIV 1166609 . G GT 896.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.644;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=145.5642;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=1.466;QD=18.69;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.933;SB=-2.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,43:48:99:939,101,0 chrIV 1166960 . TTA T 848.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=201.2610;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.29;MQ0=0;QD=19.74;RPA=6,5;RU=TA;SB=-3.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,30:43:75:891,75,0 chrIV 1168663 . A ATTT 1569.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=12.3238;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.00;MQ0=0;QD=37.38;RPA=2,5;RU=T;SB=-5.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,36:42:99:1612,105,0 chrIV 1174453 . TA T 1060.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.171;DP=69;FS=4.805;HaplotypeScore=32.8023;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.459;QD=15.38;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.852;SB=-4.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,55:69:83:1103,83,0 chrIV 1174994 . CT C 1681.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=364.0954;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.83;MQ0=0;QD=29.51;RPA=4,3;RU=T;SB=-4.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,55:57:99:1724,162,0 chrIV 1175203 . ACCAG A 6187 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=310.6782;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.27;MQ0=1;QD=64.45;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:95:99:6187,280,0 chrIV 1175920 . CT C 628.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=63.7180;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.82;MQ0=0;QD=19.65;RPA=8,7;RU=T;SB=-3.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,28:32:84:671,84,0 chrIV 1178330 . CT C 518.08 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.040;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=268.7836;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.367;QD=6.82;RPA=16,15;RU=T;ReadPosRankSum=-0.550;SB=-1.611e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,33:76:13:557,0,13 chrIV 1189684 . GA G 1830.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=193.7460;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;QD=31.03;RPA=3,2;RU=A;SB=-6.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1873,174,0 chrIV 1189983 . TAA T 1359.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=123.2527;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.50;MQ0=0;QD=24.73;RPA=6,4;RU=A;SB=-3.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,50:55:99:1402,120,0 chrIV 1196605 . C CAA 2056.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.681;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=767.5283;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.491;QD=26.37;RPA=2,4;RU=A;ReadPosRankSum=1.681;SB=-8.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,57:78:99:2099,193,0 chrIV 1196658 . A AT 2495.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=655.7077;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.00;MQ0=0;QD=23.55;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.166e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,86:106:99:2538,258,0 chrIV 1201847 . A AT 2607.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=251.7394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.49;MQ0=0;QD=21.03;RPA=8,9;RU=T;SB=-8.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,111:124:99:2650,314,0 chrIV 1212811 . A AG 728.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=9.7047;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.25;MQ0=0;QD=26.03;RPA=3,4;RU=G;SB=-1.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,27:28:78:771,78,0 chrIV 1212964 . A AT 1315.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.478;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=35.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=1.254;QD=18.80;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.358;SB=-2.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,67:70:99:1358,150,0 chrIV 1217729 . CGAAAAT C 4790 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=85.1463;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.59;MQ0=0;QD=59.88;RPA=2,1;RU=GAAAAT;SB=-1.679e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,69:80:99:4790,199,0 chrIV 1219117 . G GC 2008.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=15.4928;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.25;MQ0=0;QD=35.87;SB=-5.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:2051,166,0 chrIV 1222748 . TC T 1068.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.257;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=146.9888;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.849;QD=16.97;ReadPosRankSum=-1.325;SB=-5.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,52:63:99:1111,145,0 chrIV 1228938 . GA G 1187.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=20.1720;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=23.29;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,48:51:99:1230,129,0 chrIV 1229214 . TAC T 888.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=13.0987;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.22;MQ0=0;QD=26.94;RPA=5,4;RU=AC;SB=-6.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,29:33:81:931,81,0 chrIV 1233618 . 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GAA G 837.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.370;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=79.4579;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.624;QD=23.28;RPA=11,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.624;SB=-3.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,27:36:81:880,81,0 chrIV 1243001 . GT G 1537.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=44.1186;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.07;MQ0=0;QD=33.43;RPA=2,1;RU=T;SB=-3.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,45:46:99:1580,132,0 chrIV 1243077 . G GT 1335.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=136.7325;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.20;MQ0=0;QD=21.21;RPA=8,9;RU=T;SB=-4.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,59:63:99:1378,165,0 chrIV 1248091 . CA C 2161.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=175.7488;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.44;MQ0=0;QD=28.45;RPA=3,2;RU=A;SB=-2.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2204,204,0 chrIV 1252244 . A AG 690.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.996;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=155.9291;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.79;MQ0=0;MQRankSum=0.493;QD=16.07;ReadPosRankSum=2.774;SB=-3.309e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,31:43:64:733,64,0 chrIV 1254534 . AT A 979.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=158.9768;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.73;MQ0=0;QD=14.41;RPA=13,12;RU=T;SB=-6.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,54:68:99:1022,146,0 chrIV 1257252 . AT A 1332.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=458.0515;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.10;MQ0=0;QD=21.50;RPA=7,6;RU=T;SB=-5.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,55:62:99:1375,165,0 chrIV 1266255 . C CT 1268.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.115;DP=96;FS=3.314;HaplotypeScore=65.3826;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=1.639;QD=13.22;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-1.077;SB=-1.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,67:96:89:1311,89,0 chrIV 1269267 . TGAA T 812.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=17.8217;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.72;MQ0=0;QD=26.22;RPA=5,4;RU=GAA;SB=-3.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,20:31:57:855,57,0 chrIV 1269508 . G GAAA 2908.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=87.1969;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.53;MQ0=0;QD=26.21;RPA=9,12;RU=A;SB=-1.371e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,74:108:99:2951,231,0 chrIV 1272102 . CT C 626.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=62.4619;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;QD=13.93;RPA=11,10;RU=T;SB=-3.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,37:45:92:669,92,0 chrIV 1274074 . G GA 1403.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=23.5290;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.85;MQ0=0;QD=21.94;RPA=6,7;RU=A;SB=-6.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,62:64:99:1446,165,0 chrIV 1277186 . AT A 2661.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=158.7617;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.24;MQ0=0;QD=25.84;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.280e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,99:103:99:2704,256,0 chrIV 1278545 . G GA 1222.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.796;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=160.2086;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=0.174;QD=12.87;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.462;SB=-6.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,53:95:53:1265,53,0 chrIV 1279164 . A AACACAC 3966 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=228.2578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;QD=38.13;RPA=7,10;RU=AC;SB=-1.937e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,58:104:99:3950,184,0 chrIV 1283813 . CT C 995.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=106.2301;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.53;RPA=8,7;RU=T;SB=-2.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,47:51:99:1038,132,0 chrIV 1302220 . C CTT 3396 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.487;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=63.8923;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.843;QD=23.58;RPA=9,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.518;SB=-7.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,103:144:99:3396,289,0 chrIV 1303168 . CAA C 3522 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=188.7323;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.59;MQ0=0;QD=38.70;RPA=3,1;RU=A;SB=-9.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,86:91:99:3522,250,0 chrIV 1305680 . TG T 1810.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=37.7634;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.09;MQ0=0;QD=27.03;RPA=2,1;RU=G;SB=-7.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,62:66:99:1853,177,0 chrIV 1315228 . C CA 1560.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.239;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=305.6939;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.564;QD=12.90;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.657;SB=-4.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,72:121:47:1603,47,0 chrIV 1330230 . G GT 1939.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=33.8701;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.44;MQ0=0;QD=27.32;RPA=2,3;RU=T;SB=-7.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,69:71:99:1982,189,0 chrIV 1330404 . CT C 1772.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=100.6404;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;QD=29.55;RPA=3,2;RU=T;SB=-9.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,52:60:99:1815,165,0 chrIV 1330454 . AT A 1605.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=156.3894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.12;MQ0=0;QD=20.86;RPA=8,7;RU=T;SB=-8.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,73:77:99:1648,206,0 chrIV 1330700 . C CT 2231.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=101.2861;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;QD=28.61;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.112e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,69:78:99:2274,202,0 chrIV 1334562 . TA T 2960.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=37.1056;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=33.65;SB=-1.378e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:88:99:3003,244,0 chrIV 1334778 . C CT 3120.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=239.9949;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.83;MQ0=0;QD=31.21;SB=-1.031e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,95:100:99:3163,280,0 chrIV 1338120 . GC G 3874 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=51.5855;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.90;MQ0=0;QD=28.07;RPA=7,6;RU=C;SB=-4.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,136:138:99:3874,408,0 chrIV 1339443 . AT A 2653.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=144.3845;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=20.26;RPA=5,4;RU=T;SB=-9.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,124:131:99:2696,303,0 chrIV 1340778 . AT A 932.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.346;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=25.7886;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.25;MQ0=0;MQRankSum=0.962;QD=14.81;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.423;SB=-4.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,53:63:99:975,109,0 chrIV 1341639 . AC A 1786.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=939.3564;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.26;MQ0=0;QD=23.21;SB=-7.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,57:76:99:1829,168,0 chrIV 1341641 . TCCCCCCCCC T 6023 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=411.6215;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.67;MQ0=0;QD=98.74;RPA=11,2;RU=C;SB=-2.469e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:60:99:6023,169,0 chrIV 1341924 . AT A 1593.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=25.8384;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.70;MQ0=0;QD=20.18;RPA=6,5;RU=T;SB=-5.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,69:79:99:1636,189,0 chrIV 1344328 . T TA 2193.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.693;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=31.4399;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=1.653;QD=21.10;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=1.142;SB=-3.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,98:104:99:2236,240,0 chrIV 1345379 . C CA 1473.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=17.6822;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.94;MQ0=0;QD=35.95;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:1516,117,0 chrIV 1346537 . CTGCTGT C 5193 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=32.0050;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.56;MQ0=0;QD=55.84;RPA=4,3;RU=TGCTGT;SB=-6.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,77:93:99:5193,223,0 chrIV 1352454 . TAA T 3825 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=47.6026;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.01;MQ0=1;QD=25.33;RPA=8,6;RU=A;SB=-6.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,137:150:99:3825,346,0 chrIV 1352723 . 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TG T 294.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=603.8500;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.63;MQ0=8;QD=11.34;RPA=2,1;RU=G;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,14:17:30:337,30,0 chrIV 1352794 . TC T 180.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=151.7329;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.89;MQ0=4;QD=16.37;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,7:6:18:222,18,0 chrIV 1352975 . A ATG 218.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=15.8771;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.32;MQ0=0;QD=31.16;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:18:260,18,0 chrIV 1353681 . TC T 5765 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;FS=0.000;HaplotypeScore=832.5794;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.43;MQ0=0;QD=34.94;SB=-1.824e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,157:165:99:5765,463,0 chrIV 1353718 . T TC 3853 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=692.9090;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.45;MQ0=0;QD=26.57;RPA=2,3;RU=C;SB=-1.481e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,128:145:99:3853,367,0 chrIV 1359411 . A AT 1147.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=144.1239;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;QD=17.66;RPA=8,9;RU=T;SB=-2.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,49:65:99:1190,141,0 chrIV 1359500 . CT C 1632.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=31.3014;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.00;MQ0=0;QD=23.33;RPA=6,5;RU=T;SB=-5.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,69:70:99:1675,198,0 chrIV 1359872 . GT G 2324.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=206.6951;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.02;MQ0=0;QD=25.27;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.138e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,89:92:99:2367,264,0 chrIV 1360055 . CT C 2094.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=192.4071;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.68;MQ0=0;QD=28.31;RPA=3,2;RU=T;SB=-9.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:74:99:2137,198,0 chrIV 1365705 . CA C 3126.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=230.7592;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=24.24;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.500e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,124:129:99:3169,366,0 chrIV 1382264 . AT A 3542 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=34.0855;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.98;MQ0=0;QD=32.80;RPA=2,1;RU=T;SB=-7.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:108:99:3542,301,0 chrIV 1383592 . G GA 1484.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.692;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=73.9584;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.478;QD=19.29;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.103;SB=-5.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,66:77:99:1527,152,0 chrIV 1385028 . TAAAGATACAGATTC T 18201 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=47.8883;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.24;MQ0=0;QD=132.85;SB=-6.195e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,123:137:99:18201,364,0 chrIV 1385147 . C CA 1835.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=23.5114;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;QD=25.15;RPA=4,5;RU=A;SB=-8.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,64:73:99:1878,198,0 chrIV 1385310 . C CT 2465.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=239.9729;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.91;MQ0=0;QD=32.88;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,66:75:99:2508,211,0 chrIV 1385858 . T TC 2014.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=180.5905;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.66;MQ0=0;QD=27.60;RPA=3,4;RU=C;SB=-7.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,72:73:99:2057,210,0 chrIV 1385998 . T TTAATA 2958.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=310.5745;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.19;MQ0=0;QD=47.73;RPA=1,2;RU=TAATA;SB=-1.288e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,42:62:99:3001,132,0 chrIV 1386670 . T TTTC 4818 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=279.8557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.23;MQ0=0;QD=41.18;SB=-1.504e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,74:117:99:4818,324,0 chrIV 1386697 . G GA 1292.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.780;DP=83;FS=2.176;HaplotypeScore=492.1562;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.78;MQ0=0;MQRankSum=0.577;QD=15.58;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.611;SB=-6.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,59:83:99:1335,112,0 chrIV 1388828 . TA T 2112.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=59.9031;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.82;MQ0=0;QD=19.21;RPA=10,9;RU=A;SB=-7.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,101:110:99:2155,286,0 chrIV 1398960 . CA C 1536.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=131.2812;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.23;MQ0=0;QD=18.52;RPA=8,7;RU=A;SB=-6.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,72:83:99:1579,197,0 chrIV 1399551 . A AT 2181.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=223.3011;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.86;MQ0=0;QD=22.73;RPA=2,3;RU=T;SB=-2.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,84:96:99:2224,222,0 chrIV 1400688 . T TCTC 1575.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=81.5385;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.42;MQ0=0;QD=35.02;RPA=1,2;RU=CTC;SB=-7.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,38:45:99:1618,109,0 chrIV 1401450 . A AC 1906.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=218.0028;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.08;MQ0=0;QD=23.54;RPA=3,4;RU=C;SB=-8.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,75:81:99:1949,207,0 chrIV 1407458 . G GA 3708 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=195.5348;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;QD=34.33;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.546e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,107:108:99:3708,316,0 chrIV 1410138 . A AT 3360 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=218.7028;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=28.00;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.462e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,95:120:99:3360,322,0 chrIV 1410192 . T TAGTG 6403 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=182.7231;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.07;MQ0=0;QD=51.22;RPA=2,3;RU=AGTG;SB=-1.940e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,107:125:99:6403,331,0 chrIV 1411307 . GAA G 1157.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=326.2632;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.83;MQ0=0;QD=31.30;RPA=3,1;RU=A;SB=-5.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,28:37:84:1200,84,0 chrIV 1411627 . A AT 1372.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=244.8331;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.00;MQ0=0;QD=19.07;RPA=7,8;RU=T;SB=-5.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,58:72:99:1415,167,0 chrIV 1411873 . CA C 1633.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=77.4606;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=25.94;RPA=4,3;RU=A;SB=-6.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1676,174,0 chrIV 1412225 . GA G 588.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.291;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=47.5450;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=2.240;QD=8.54;RPA=15,14;RU=A;ReadPosRankSum=0.606;SB=-2.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,36:69:66:631,66,0 chrIV 1420281 . T TA 2588.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=26.6105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=30.46;RPA=1,2;RU=A;SB=-8.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,79:85:99:2631,230,0 chrIV 1424802 . T TTA 5367 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=169;FS=0.000;HaplotypeScore=332.4575;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.40;MQ0=0;QD=31.76;RPA=3,4;RU=TA;SB=-1.676e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,143:169:99:5367,421,0 chrIV 1427295 . A AT 2378.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=29.0366;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=23.32;RPA=7,8;RU=T;SB=-9.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,96:102:99:2421,279,0 chrIV 1428237 . A AAACAGAAG 9887 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=44.1719;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.24;MQ0=0;QD=92.40;SB=-9.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,95:107:99:9887,304,0 chrIV 1428338 . G GA 1676.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.056;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=227.7040;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.21;MQ0=0;MQRankSum=0.782;QD=25.41;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=0.168;SB=-2.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,60:66:99:1719,159,0 chrIV 1429311 . GTTT G 2086.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=132.9640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.48;MQ0=0;QD=43.48;RPA=7,4;RU=T;SB=-7.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,42:48:99:2129,126,0 chrIV 1431941 . C CATATAT 696.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=90.8922;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.50;MQ0=0;QD=10.25;RPA=6,9;RU=AT;SB=-3.549e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,26:68:36:739,36,0 chrIV 1443538 . G GA 326.98 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.190;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=88.7169;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.20;MQ0=0;MQRankSum=0.526;QD=8.38;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-1.024;SB=-1.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,20:39:24:366,0,24 chrIV 1443639 . A AT 696.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=91.9330;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;QD=17.87;RPA=3,4;RU=T;SB=-2.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,33:39:90:739,90,0 chrIV 1451259 . GTT G 1572.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.266;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=24.5375;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.999;QD=24.97;RPA=11,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.600;SB=-6.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,51:63:99:1615,135,0 chrIV 1456071 . G GAA 2953.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=27.0956;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.98;MQ0=0;QD=35.59;RPA=2,4;RU=A;SB=-6.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,77:83:99:2996,220,0 chrIV 1461879 . AT A 2686.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=700.5779;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.28;MQ0=0;QD=21.50;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.226e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,113:125:99:2729,324,0 chrIV 1462852 . T TTTTTTCTTGATCTTCTTGGCCTTC 8763 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=18.8149;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.78;MQ0=0;QD=156.48;SB=-4.138e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,33:56:99:8763,138,0 chrIV 1466418 . GTTT G 266.42 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.934;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=28.8270;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=0.156;QD=13.32;RPA=17,14;RU=T;ReadPosRankSum=1.246;SB=-8.204e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,8:20:1:304,0,1 chrIV 1468490 . G GT 1192.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=73.9678;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=17.54;RPA=9,10;RU=T;SB=-4.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,55:68:99:1235,152,0 chrIV 1468657 . CA C 1322.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=75.4633;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.20;MQ0=0;QD=20.67;RPA=6,5;RU=A;SB=-4.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,60:64:99:1365,159,0 chrIV 1469091 . G GA 1021.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.905;DP=78;FS=5.793;HaplotypeScore=74.6233;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.35;MQ0=0;MQRankSum=0.212;QD=13.10;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.328;SB=-3.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,49:78:91:1064,91,0 chrIV 1470478 . T TA 1218.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.355;DP=86;FS=1.434;HaplotypeScore=55.9882;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=1.609;QD=14.17;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.355;SB=-6.129e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,63:86:38:1261,38,0 chrIV 1478129 . C CCCTGTT 918.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=15.1236;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.31;MQ0=0;QD=36.76;RPA=3,4;RU=CCTGTT;SB=-4.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,15:25:42:961,42,0 chrIV 1478581 . C CTCTCTTTTTCAAAGGCACGCA 5346 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=10.1562;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.63;MQ0=0;QD=190.93;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:28:81:5346,81,0 chrIV 1483402 . ATTT A 3739 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=212.5764;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.22;MQ0=0;QD=41.54;RPA=7,4;RU=T;SB=-1.844e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,82:90:99:3739,235,0 chrIV 1487384 . CA C 822.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.870;DP=67;FS=10.126;HaplotypeScore=63.1174;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.026;QD=12.28;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.975;SB=-1.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,47:67:89:865,89,0 chrIV 1489201 . TA T 1833.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=228.5876;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.25;MQ0=0;QD=24.13;RPA=4,3;RU=A;SB=-2.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,64:76:99:1876,198,0 chrIV 1489248 . CA C 1133.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=297.3209;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.86;MQ0=0;QD=16.68;RPA=9,8;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,63:68:99:1176,152,0 chrIV 1490904 . CT C 1346.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=29.2697;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.33;MQ0=0;QD=18.20;RPA=9,8;RU=T;SB=-5.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,65:74:99:1389,182,0 chrIV 1492503 . T TG 2626.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=49.1344;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;QD=35.03;SB=-8.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,66:75:99:2669,211,0 chrIV 1492673 . TATTA T 4250 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=135.7608;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.03;MQ0=0;QD=43.81;RPA=2,1;RU=ATTA;SB=-1.948e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,90:97:99:4250,232,0 chrIV 1492990 . C CA 2096.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=28.2005;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.48;MQ0=0;QD=23.83;RPA=7,8;RU=A;SB=-8.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,85:88:99:2139,246,0 chrIV 1496147 . A AT 1319.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=37.9418;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.04;MQ0=0;QD=21.29;RPA=7,8;RU=T;SB=-2.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,55:62:99:1362,156,0 chrIV 1496683 . G GC 1442.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=16.5045;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.80;MQ0=0;QD=24.88;RPA=6,7;RU=C;SB=-4.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,54:58:99:1485,159,0 chrIV 1513956 . C CT,CTT 2126.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.680;DP=115;FS=1.695;HaplotypeScore=60.0885;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.440;QD=18.50;RPA=11,12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.424;SB=-1.052e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:27,17,63:115:99:2205,1273,1138,240,0,167 chrIV 1514595 . C CA 2936.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=511.8400;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.79;MQ0=0;QD=25.54;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.239e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,111:115:99:2979,324,0 chrIV 1515034 . TA T 3975 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.677;DP=217;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=469.8353;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.07;MQ0=0;MQRankSum=0.491;QD=18.32;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.195;SB=-1.249e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,185:217:99:3975,531,0 chrIV 1515941 . A AATAG 7690 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=288.0219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.29;MQ0=0;QD=55.72;SB=-1.505e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,127:138:99:7690,382,0 chrIV 1516639 . A AT 5527 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.426;DP=241;FS=0.000;HaplotypeScore=1091.6298;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.709;QD=22.93;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=2.062;SB=-2.356e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,221:241:99:5527,620,0 chrIV 1517343 . GT G 1863.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=17.1731;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;QD=31.59;RPA=3,2;RU=T;SB=-9.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1906,171,0 chrIV 1517858 . G GA 1880.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.311;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=29.4921;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.288;QD=22.66;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.244;SB=-7.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,69:83:99:1923,210,0 chrIV 1518018 . C CA 5970 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=179;FS=0.000;HaplotypeScore=62.3535;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=33.35;RPA=1,2;RU=A;SB=-2.779e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,174:179:99:5970,499,0 chrIV 1518948 . G GTTT 2039.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.577;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=84.7652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.052;QD=22.17;RPA=13,16;RU=T;ReadPosRankSum=-1.627;SB=-2.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,48:92:99:2082,145,0 chrIV 1519615 . CTTGA C 3856 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=23.2577;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.56;MQ0=0;QD=56.71;SB=-1.898e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,64:68:99:3856,187,0 chrIV 1522318 . CTAGT C 3037.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=21.2797;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=50.63;SB=-1.407e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,56:60:99:3080,159,0 chrIV 1522515 . C CT 1086.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.844;DP=76;FS=2.419;HaplotypeScore=54.6135;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.261;QD=14.30;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-2.071;SB=-2.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,47:76:88:1129,88,0 chrIV 1523162 . GA G 138.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=257.7528;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=23.04;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,5:6:15:180,15,0 chrIV 1523166 . T TC 80.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;HaplotypeScore=258.8580;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=16.05;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:122,15,0 chrIV 1523203 . C CT 115.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;HaplotypeScore=255.3700;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=23.05;RPA=2,3;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:157,15,0 chrIV 1523208 . TA T 53.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;HaplotypeScore=261.5542;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=10.65;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:95,15,0 chrIV 1524905 . T TC 827.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.845;DP=175;DS;FS=46.790;HaplotypeScore=1846.5602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.72;MQ0=4;MQRankSum=-0.128;QD=4.73;ReadPosRankSum=2.535;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:112,44:135:99:867,0,1693 chrIV 1524923 . AG A 1841.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.193;DP=247;DS;FS=39.458;HaplotypeScore=2942.8446;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.48;MQ0=7;MQRankSum=-1.125;QD=7.46;ReadPosRankSum=3.386;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:158,86:209:99:1881,0,3151 chrIV 1525049 . AT A 1493.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.334;DP=201;DS;FS=41.631;HaplotypeScore=1851.9389;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.84;MQ0=11;MQRankSum=2.186;QD=7.43;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=1.159;SB=-5.203e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:123,76:133:99:1533,0,1592 chrIV 1525108 . AG A 3896 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=182;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=2347.4665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.23;MQ0=2;QD=21.41;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,136:141:99:3896,313,0 chrIV 1525255 . G GA 932.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.025;DP=95;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1561.9661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.77;MQ0=3;MQRankSum=2.181;QD=9.82;ReadPosRankSum=-0.336;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,21:62:99:972,0,579 chrIV 1525292 . AG A 219.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.821;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=1069.4551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.22;MQ0=1;MQRankSum=0.821;QD=3.55;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=0.320;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,13:52:99:259,0,783 chrIV 1525376 . TG T 112.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.289;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=433.5866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.49;MQ0=0;MQRankSum=0.825;QD=5.95;RPA=3,2;RU=G;ReadPosRankSum=1.932;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,9:15:68:152,0,68 chrIV 1525435 . T TG 201.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.887;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=415.6033;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.62;MQ0=0;MQRankSum=0.986;QD=7.77;RPA=2,3;RU=G;ReadPosRankSum=-0.099;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,7:21:32:241,0,32 chrIV 1525441 . GGT G 93.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.634;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=417.2591;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.33;MQ0=0;MQRankSum=1.268;QD=3.76;RPA=4,3;RU=GT;ReadPosRankSum=0.091;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,5:20:99:133,0,113 chrIX 19803 . CAA C 1261.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=46.4889;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.39;MQ0=0;QD=27.43;RPA=9,7;RU=A;SB=-3.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,40:46:99:1304,120,0 chrIX 21244 . TA T 22.11 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=67.8875;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.71;MQ0=23;MQRankSum=-1.231;QD=0.69;RPA=6,5;RU=A;ReadPosRankSum=-1.231;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,5:9:5:62,5,0 chrIX 23269 . GC G 179.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=53.2641;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.63;MQ0=0;QD=29.85;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18:221,18,0 chrIX 23279 . ATG A 220.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=49.1576;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.63;MQ0=0;QD=36.68;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18:262,18,0 chrIX 26201 . AC A 1198.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=94.7075;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.67;MQ0=0;QD=24.98;RPA=6,5;RU=C;SB=-5.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,46:48:99:1241,135,0 chrIX 26542 . A AT 607.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.347;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=277.8260;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.386;QD=17.88;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.271;SB=-2.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,29:34:67:650,67,0 chrIX 26901 . CA C 800.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=144.3713;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.35;MQ0=0;QD=19.07;RPA=8,7;RU=A;SB=-9.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:42:99:843,110,0 chrIX 27110 . TC T 244.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=271.4894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.88;MQ0=0;QD=17.50;SB=-3.597e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:14:24:287,24,0 chrIX 27115 . T TG 258.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=170.0207;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.78;MQ0=0;QD=32.37;SB=-3.497e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24:301,24,0 chrIX 27191 . A AT 682.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=303.2876;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.94;MQ0=0;QD=23.55;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,24:29:81:725,81,0 chrIX 27197 . T TC 981.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=266.1611;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.94;MQ0=0;QD=33.86;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,26:29:87:1024,87,0 chrIX 27554 . A ATATGATTTGAAG 6167 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=102.6145;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.03;MQ0=0;QD=102.78;SB=-9.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,31:60:99:6167,135,0 chrIX 27969 . C CGAT 2249.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=271.2454;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.50;MQ0=0;QD=46.87;RPA=1,2;RU=GAT;SB=-8.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,46:48:99:2292,138,0 chrIX 28951 . TA T 3463 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=208.2927;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.28;MQ0=0;QD=30.65;SB=-1.623e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,107:113:99:3463,292,0 chrIX 30139 . T TA 3038.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=120.9200;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;QD=34.93;SB=-6.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,85:87:99:3081,247,0 chrIX 30450 . GA G 2060.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=153.3142;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.12;MQ0=0;QD=28.62;RPA=3,2;RU=A;SB=-5.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,68:72:99:2103,198,0 chrIX 30632 . G GAATATTGACATATATACTAAAA 16210 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=755.3544;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.10;MQ0=0;QD=133.97;SB=-5.277e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,28:121:99:16210,300,0 chrIX 30802 . TAA T 2015.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.708;DP=63;FS=6.215;HaplotypeScore=855.8617;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.29;MQ0=0;MQRankSum=-2.778;QD=32.00;RPA=5,3;RU=A;ReadPosRankSum=2.812;SB=-9.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,53:63:99:2058,136,0 chrIX 30821 . A AAT 2353.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=844.7014;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.09;MQ0=0;QD=32.69;SB=-1.184e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,44:71:99:2396,187,0 chrIX 36389 . T TA 941.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.315;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=85.4762;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.654;QD=14.27;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.866;SB=-4.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,42:65:99:984,111,0 chrIX 37201 . C CTTTT 1181.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=43.2462;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.51;MQ0=0;QD=31.09;RPA=11,15;RU=T;SB=-4.636e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,21:38:82:1221,82,0 chrIX 39373 . T TA 951.98 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.275;DP=80;FS=2.258;HaplotypeScore=36.7936;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.339;QD=11.90;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-2.604;SB=-1.062e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,55:80:22:991,0,22 chrIX 41597 . G GA 1569.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=52.0025;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.07;MQ0=0;QD=22.75;RPA=8,9;RU=A;SB=-6.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,66:69:99:1612,192,0 chrIX 49527 . G GCAACAGCAA 6345 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=271.7226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.31;MQ0=0;QD=84.60;SB=-1.350e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,53:75:99:6345,208,0 chrIX 51318 . ATTT A 6033 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=572.3943;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.32;MQ0=0;QD=40.49;RPA=11,8;RU=T;SB=-6.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,138:149:99:6033,412,0 chrIX 51552 . C CT 150.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=16.5726;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=9.44;RPA=13,14;RU=T;SB=3.653e-03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,9:16:27:193,27,0 chrIX 57245 . T TTA 3523 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=185.1500;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.60;MQ0=0;QD=31.74;RPA=2,3;RU=TA;SB=-7.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,92:111:99:3523,271,0 chrIX 57277 . CAA C,CA 785.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.706;DP=144;FS=9.251;HaplotypeScore=332.5169;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.73;MQ0=0;MQRankSum=0.332;QD=5.46;RPA=16,14,15;RU=A;ReadPosRankSum=4.530;SB=-1.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:79,19,0:144:96:864,403,1114,96,0,171 chrIX 69689 . GT G 785.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.770;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=331.8580;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.304;QD=10.34;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.055;SB=-3.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,50:76:63:828,63,0 chrIX 76013 . C CT,CTT 985.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.462;DP=106;FS=13.595;HaplotypeScore=110.8380;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.274;QD=9.30;RPA=14,15,16;RU=T;ReadPosRankSum=-1.550;SB=-5.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:44,52,5:106:67:1064,120,67,362,0,414 chrIX 87845 . CA C 2214.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=178.1226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.36;MQ0=0;QD=32.10;RPA=2,1;RU=A;SB=-3.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,68:69:99:2257,199,0 chrIX 89756 . GA G 3181.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=237.3304;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.64;MQ0=0;QD=21.65;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.394e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,141:147:99:3224,398,0 chrIX 89868 . 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AG A 2281.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=165.3026;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.26;MQ0=0;QD=28.89;RPA=3,2;RU=G;SB=-9.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,74:79:99:2324,217,0 chrIX 102536 . CTTTTT C 2640.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.668;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=166.9478;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.34;MQ0=0;MQRankSum=1.476;QD=37.73;RPA=14,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.064;SB=-5.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,56:70:99:2683,115,0 chrIX 105335 . G GACA 2337.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.589;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=341.0817;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=67.04;MQ0=0;MQRankSum=2.882;QD=19.01;RPA=5,6;RU=ACA;ReadPosRankSum=1.212;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,106:123:99:2380,185,0 chrIX 122089 . 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TTCCTCC T 2438.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=20.5743;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.85;MQ0=0;QD=46.02;RPA=5,3;RU=TCC;SB=-7.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,49:53:99:2481,135,0 chrIX 130294 . AT A 1125.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=85.2957;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=0;QD=26.81;RPA=2,1;RU=T;SB=-4.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:1168,117,0 chrIX 133980 . ATT A 1684.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.371;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=40.8059;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.175;QD=19.82;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.020;SB=-3.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,66:85:99:1727,175,0 chrIX 134262 . CA C 2033.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=196.8876;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.22;MQ0=0;QD=21.41;RPA=7,6;RU=A;SB=-8.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:95:99:2076,257,0 chrIX 136215 . CT C 774.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=314.6123;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.79;MQ0=0;QD=19.87;RPA=3,2;RU=T;SB=-9.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,32:39:90:817,90,0 chrIX 137150 . T TTAC 110.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=18;FS=5.756;HaplotypeScore=213.2428;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.04;MQ0=0;MQRankSum=0.817;QD=6.16;ReadPosRankSum=-1.670;SB=-3.100e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,5:18:99:150,0,369 chrIX 138041 . G GAA 1081.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=36.5994;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.64;MQ0=0;QD=25.76;RPA=9,11;RU=A;SB=-4.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,28:42:99:1124,110,0 chrIX 138115 . T TA 1594.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.331;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=48.9913;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.46;MQ0=0;MQRankSum=0.879;QD=17.92;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.527;SB=-2.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,77:89:99:1637,182,0 chrIX 138429 . ACCCCCCC A 3301 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=253.1589;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.47;MQ0=0;QD=76.77;RPA=14,7;RU=C;SB=-6.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,37:43:99:3301,117,0 chrIX 138545 . T TA 2682.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=149.8388;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.73;MQ0=0;QD=34.84;SB=-1.119e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,74:77:99:2725,214,0 chrIX 138966 . A AGG 1144.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=247.2516;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.64;MQ0=0;QD=36.93;RPA=4,6;RU=G;SB=-5.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,30:31:90:1187,90,0 chrIX 139173 . A ATT 3514 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=50.9777;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.43;MQ0=0;QD=30.82;RPA=8,10;RU=T;SB=-8.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,99:114:99:3514,309,0 chrIX 139299 . C CCCGGCCACTT 2957.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=13.9766;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.26;MQ0=0;QD=95.42;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,17:31:81:3000,81,0 chrIX 139383 . G GA 1007.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=185.6347;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.29;MQ0=0;QD=24.58;RPA=3,4;RU=A;SB=-3.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,35:41:99:1050,108,0 chrIX 142373 . AT A 1126.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.593;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=194.5274;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.593;QD=15.44;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.070;SB=-5.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,63:73:99:1169,111,0 chrIX 144100 . A AC 2215.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=98.9954;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.09;MQ0=0;QD=32.12;RPA=1,2;RU=C;SB=-3.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,68:69:99:2258,193,0 chrIX 148730 . AAT A 2304.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=380.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.21;MQ0=0;QD=24.01;RPA=6,5;RU=AT;SB=-7.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,70:96:99:2347,202,0 chrIX 148906 . AT A 760.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=125.9778;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.54;MQ0=0;QD=24.55;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:93:803,93,0 chrIX 149018 . TC T 1484.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=138.9853;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.95;MQ0=0;QD=28.56;RPA=4,3;RU=C;SB=-6.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,49:52:99:1527,150,0 chrIX 149075 . GA G 775.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.698;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=111.8649;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.10;MQ0=0;MQRankSum=1.698;QD=12.72;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.077;SB=-3.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,48:61:48:818,48,0 chrIX 151474 . A AT 3542 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=595.4182;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.54;MQ0=0;QD=36.90;SB=-1.452e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,94:96:99:3542,280,0 chrIX 151501 . GT G 3585 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=800.4389;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.87;MQ0=0;QD=30.64;SB=-1.423e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,107:117:99:3585,323,0 chrIX 155895 . T TA 3751 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=165.6207;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;QD=29.54;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.867e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,116:127:99:3751,322,0 chrIX 155956 . AG A 2813.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.583;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=217.8758;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.34;MQ0=0;MQRankSum=0.279;QD=27.59;ReadPosRankSum=-1.173;SB=-9.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,85:102:99:2856,272,0 chrIX 157168 . CTATCCGA C 6929 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=153.6248;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.98;MQ0=0;QD=79.64;SB=-1.236e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,80:87:99:6929,241,0 chrIX 160843 . T TAAAA,TAAA 3233.06 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=140.8870;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.04;MQ0=0;QD=26.29;RPA=13,17,16;RU=A;SB=-1.080e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:15,5,85:123:37:3310,897,646,319,0,37 chrIX 166646 . CAAT C 6079 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=175;FS=0.000;HaplotypeScore=399.7635;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.10;MQ0=0;QD=34.74;RPA=4,3;RU=AAT;SB=-2.541e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,143:175:99:6079,412,0 chrIX 169474 . CTGCTGTTGT C 1678.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=110.3044;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.83;MQ0=0;QD=59.96;SB=-5.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,27:28:84:1721,84,0 chrIX 169640 . A AT 1964.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.190;DP=94;FS=4.006;HaplotypeScore=379.0954;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=0.981;QD=20.90;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.897;SB=-7.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,89:94:99:2007,227,0 chrIX 169788 . TCC T 873.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=12.7433;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.75;MQ0=0;QD=26.48;RPA=9,7;RU=C;SB=-1.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,24:33:78:916,78,0 chrIX 171578 . TG T 3316 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=892.5272;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.96;MQ0=0;QD=34.19;SB=-1.215e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,92:97:99:3316,277,0 chrIX 171637 . GA G 1367.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.580;DP=80;FS=3.078;HaplotypeScore=602.2496;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.56;MQ0=0;MQRankSum=1.328;QD=17.10;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=2.113;SB=-6.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,69:80:99:1410,168,0 chrIX 174322 . GA G 1808.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=334.3510;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.74;MQ0=0;QD=30.66;RPA=2,1;RU=A;SB=-4.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,55:59:99:1851,165,0 chrIX 175122 . TCA T 2106.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=1256.6454;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.02;MQ0=0;QD=34.54;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,54:61:99:2149,157,0 chrIX 175144 . ACTAAT A 1464.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.368;DP=47;FS=8.195;HaplotypeScore=1223.8051;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.00;MQ0=0;MQRankSum=0.473;QD=31.17;ReadPosRankSum=-1.208;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,32:47:86:1507,86,0 chrIX 175151 . CTCTCTTCAAAAAGATCATTGTATG C 6124 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=597.7298;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=191.38;SB=-8.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:96:6124,96,0 chrIX 176005 . CAGT C 1130.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=154.5821;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.70;MQ0=1;QD=39.00;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,26:27:72:1173,72,0 chrIX 177464 . CACAT C 982.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=15.9332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.08;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,9:35:92:1025,92,0 chrIX 179655 . CAA C 2726.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.109;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=226.7456;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.499;QD=27.55;RPA=11,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.460;SB=-5.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,93:99:99:2769,262,0 chrIX 182008 . A AT 2155.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=46.5899;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.34;MQ0=0;QD=28.75;RPA=1,2;RU=T;SB=-8.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2198,193,0 chrIX 196225 . GT G 1617.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=149.6161;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.25;MQ0=0;QD=23.11;RPA=6,5;RU=T;SB=-5.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,69:70:99:1660,198,0 chrIX 197515 . C CAT 550.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=549.5481;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.94;MQ0=0;QD=11.48;RPA=5,6;RU=AT;SB=-3.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,18:47:48:593,48,0 chrIX 197676 . CT C 495.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.134;DP=40;FS=6.854;HaplotypeScore=123.5528;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.758;QD=12.40;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.204;SB=-1.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,28:40:38:538,38,0 chrIX 197705 . ATTT A 2166.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=111.6365;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.79;MQ0=0;QD=42.49;RPA=5,2;RU=T;SB=-9.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,49:51:99:2209,132,0 chrIX 204781 . T TA 586.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.040;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=77.2647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.086;QD=4.70;RPA=16,17;RU=A;ReadPosRankSum=-0.365;SB=-3.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,27:125:54:626,0,54 chrIX 205199 . G GT 823.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.121;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=105.9514;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.89;MQ0=0;MQRankSum=1.529;QD=19.62;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=-0.408;SB=-2.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,35:42:76:866,76,0 chrIX 212332 . C CGGCT 3069.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=122.1465;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.56;MQ0=0;QD=52.93;RPA=1,2;RU=GGCT;SB=-1.062e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,52:58:99:3112,159,0 chrIX 214803 . C CT 2324.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.480;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=159.8357;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.160;QD=19.70;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.431;SB=-4.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,97:118:99:2367,256,0 chrIX 226377 . C CCCA 2047.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=463.5298;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.46;MQ0=0;QD=46.54;SB=-6.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,36:44:99:2090,123,0 chrIX 226384 . AAGT A 1555.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=462.4239;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.76;MQ0=0;QD=42.05;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,33:37:99:1598,108,0 chrIX 233034 . CT C 2951.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=637.7177;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.05;MQ0=0;QD=19.29;RPA=11,10;RU=T;SB=-5.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,134:153:99:2994,397,0 chrIX 235512 . GC G 1596.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=17.4122;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.56;MQ0=0;QD=29.04;RPA=3,2;RU=C;SB=-6.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,53:55:99:1639,156,0 chrIX 240939 . GT G 1153.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=23.2315;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.93;MQ0=0;QD=16.97;RPA=7,6;RU=T;SB=-2.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,56:68:99:1196,152,0 chrIX 241190 . CTTTCT C 4126 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=42.9899;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=42.98;RPA=3,2;RU=TTTCT;SB=-1.052e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,64:96:99:4126,225,0 chrIX 245576 . A AT 1201.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=172.6054;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.33;MQ0=0;QD=27.32;RPA=2,3;RU=T;SB=-6.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,41:44:99:1244,117,0 chrIX 248948 . A AT 122.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3483;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=11.09;RPA=10,11;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,6:11:21:164,21,0 chrIX 249032 . C CG 948.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=13.1614;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.53;MQ0=0;QD=27.91;RPA=3,4;RU=G;SB=-3.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,33:34:99:991,99,0 chrIX 249625 . CT C 461.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.715;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=119.1292;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.791;QD=5.77;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=1.732;SB=-1.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,41:80:30:501,0,30 chrIX 249833 . C CT 1570.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=36.6196;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.53;MQ0=0;QD=20.67;RPA=8,9;RU=T;SB=-6.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,71:76:99:1613,192,0 chrIX 254003 . TA T 386.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=36.1273;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.21;MQ0=0;QD=8.06;RPA=15,14;RU=A;SB=-8.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,24:48:69:429,69,0 chrIX 254828 . AATTTTGACC A 4920 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=47.5184;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.97;MQ0=0;QD=73.43;RPA=3,2;RU=ATTTTGACC;SB=-1.013e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,53:67:99:4920,156,0 chrIX 256786 . TG T 2762.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=28.7841;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.99;MQ0=0;QD=30.70;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.031e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,88:90:99:2805,247,0 chrIX 257336 . T TC 1560.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=138.8794;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.73;MQ0=0;QD=24.78;RPA=5,6;RU=C;SB=-2.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,57:63:99:1603,168,0 chrIX 259952 . G GA 935.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.339;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=225.6214;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.394;QD=17.33;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.575;SB=-3.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,41:54:99:978,108,0 chrIX 267870 . T TA 170.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.888;DP=65;FS=1.983;HaplotypeScore=47.8301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.135;QD=2.63;RPA=16,17;RU=A;ReadPosRankSum=-0.781;SB=-6.399e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,9:65:75:210,0,75 chrIX 268328 . CA C 1946.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.553;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=151.4178;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.405;QD=17.08;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.737;SB=-6.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,109:113:99:1989,255,0 chrIX 268614 . A AG 866.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=160.1481;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.23;MQ0=0;QD=22.81;RPA=4,5;RU=G;SB=-2.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,35:38:93:909,93,0 chrIX 270689 . A AG 4738 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=335.4217;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.46;MQ0=0;QD=35.89;SB=-1.000e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,132:132:99:4738,384,0 chrIX 272821 . GA G 1859.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=44.9629;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.90;MQ0=0;QD=15.37;RPA=10,9;RU=A;SB=-1.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,113:121:99:1902,262,0 chrIX 280097 . GT G 919.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=17.9391;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.27;MQ0=0;QD=23.00;RPA=5,4;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:962,111,0 chrIX 284749 . ATTGTGGCCGTTG A 12612 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=183;FS=0.000;HaplotypeScore=85.2980;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.00;MQ0=0;QD=68.92;RPA=2,1;RU=TTGTGGCCGTTG;SB=-5.418e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:53,130:183:99:12612,382,0 chrIX 285203 . 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T TC 1546.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=23.6781;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.98;MQ0=0;QD=26.22;RPA=3,4;RU=C;SB=-5.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,54:59:99:1589,153,0 chrIX 290193 . GAAA GA,G 1623.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.456;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=109.3666;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.101;QD=15.18;RPA=17,15,14;RU=A;ReadPosRankSum=2.532;SB=-1.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:34,0,12:107:95:1702,202,95,896,0,1074 chrIX 292086 . C CT 953.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=124.7960;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.70;MQ0=0;QD=24.46;RPA=3,4;RU=T;SB=-3.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,38:39:99:996,102,0 chrIX 292280 . CT C 942.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=274.7512;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.24;MQ0=0;QD=15.21;RPA=11,10;RU=T;SB=-2.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,45:62:99:985,144,0 chrIX 293856 . C CTCAAATTCAAATTCAAAT 8027 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=124.3786;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.89;MQ0=0;QD=113.06;RPA=2,5;RU=TCAAAT;SB=-3.356e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,53:71:99:8027,156,0 chrIX 300379 . C CG 973.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=466.7659;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.15;MQ0=0;QD=22.65;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,31:43:99:1016,106,0 chrIX 300439 . TG T 464.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=263.2631;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.48;MQ0=1;QD=20.22;RPA=5,4;RU=G;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,21:20:54:507,54,0 chrIX 300463 . CT C 1284.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=366.7987;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.70;MQ0=1;QD=29.88;RPA=2,1;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,42:40:99:1327,117,0 chrIX 310500 . G GT 1591.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.960;DP=107;FS=1.667;HaplotypeScore=94.2448;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=0.069;QD=14.88;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.771;SB=-4.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,73:107:65:1634,65,0 chrIX 310701 . T TG 1278.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=253.3937;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.30;MQ0=0;QD=31.97;SB=-5.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:40:99:1321,114,0 chrIX 313884 . GA G 3092.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=360.2271;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;QD=20.48;RPA=8,7;RU=A;SB=-3.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,144:151:99:3135,412,0 chrIX 316340 . GT G 2896.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=1013.3949;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.86;MQ0=0;QD=27.07;RPA=4,3;RU=T;SB=-7.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,105:107:99:2939,309,0 chrIX 316370 . AC A 2918.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=865.8797;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.94;MQ0=0;QD=31.05;SB=-5.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:94:99:2961,268,0 chrIX 316417 . A AT 1543.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=623.9684;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.00;MQ0=0;QD=21.15;RPA=7,8;RU=T;SB=-3.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,63:73:99:1586,186,0 chrIX 325128 . AC A 4108 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=678.3005;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.11;MQ0=0;QD=25.36;RPA=5,4;RU=C;SB=-9.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,149:162:99:4108,438,0 chrIX 333081 . AT A 1961.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=160.8056;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.03;MQ0=0;QD=30.18;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,63:65:99:2004,186,0 chrIX 334708 . T TA 1442.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=265.9586;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.28;MQ0=0;QD=18.74;RPA=7,8;RU=A;SB=-2.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,60:77:99:1485,176,0 chrIX 334775 . G GA 603.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.495;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=171.2455;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.609;QD=12.58;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.867;SB=-2.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,40:48:60:646,60,0 chrIX 336677 . T TAAGA 1890.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=180.3588;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.08;MQ0=0;QD=61.00;SB=-7.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,25:31:90:1933,90,0 chrIX 337211 . CA C 1948.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=601.9376;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.37;MQ0=0;QD=21.90;RPA=6,5;RU=A;SB=-5.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,85:89:99:1991,242,0 chrIX 337243 . CAAA C 3623 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=520.0975;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.88;MQ0=0;QD=37.74;RPA=8,5;RU=A;SB=-1.215e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,86:96:99:3623,247,0 chrIX 337314 . A AT 3233.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=320.4410;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.00;MQ0=0;QD=33.68;SB=-1.570e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,92:96:99:3278,274,0 chrIX 338225 . A AT 1899.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.087;DP=108;FS=3.509;HaplotypeScore=54.5036;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.948;QD=17.59;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.538;SB=-2.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,94:108:99:1942,184,0 chrIX 342354 . CT C 1852.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.564;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=54.7768;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.615;QD=15.70;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.525;SB=-3.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,100:118:99:1895,240,0 chrIX 355926 . T TAA 616.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=27.7492;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.73;RPA=11,13;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,18:26:63:659,63,0 chrIX 363071 . CTTT C 814.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=11.7648;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;QD=33.96;RPA=13,10;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,22:24:65:857,65,0 chrIX 368430 . AGTCTGTGGCATCATACCAGTT A 1010.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=11.7852;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.58;MQ0=0;QD=30.64;RPA=3,2;RU=GTCTGTGGCATCATACCAGTT;SB=-4.919e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,10:33:27:1053,27,0 chrIX 370195 . ATTTTTT A 2956.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=208.7941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.27;MQ0=0;QD=46.94;RPA=18,12;RU=T;SB=-1.339e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,36:63:99:2999,135,0 chrIX 370239 . T TTGTTAATTGATG 8368 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=280.5747;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.77;MQ0=0;QD=108.68;RPA=1,2;RU=TGTTAATTGATG;SB=-2.249e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,47:77:99:8368,196,0 chrIX 379890 . T TA 2589.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.121;DP=181;FS=9.050;HaplotypeScore=408.6546;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=0.274;QD=14.31;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-2.078;SB=-9.039e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:60,113:181:99:2632,237,0 chrIX 382459 . AC A 748.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=37.7028;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.35;MQ0=0;QD=25.83;RPA=6,5;RU=C;SB=-3.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,27:29:84:791,84,0 chrIX 382906 . C CGAT 1530.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=13.7171;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=37.34;RPA=2,3;RU=GAT;SB=-6.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:41:99:1573,111,0 chrIX 384371 . A AC 812.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=64.3870;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.69;MQ0=0;QD=26.22;RPA=2,3;RU=C;SB=-2.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,28:31:81:855,81,0 chrIX 385921 . TGTGCTAAACAATA T 2380.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=207.4837;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.63;MQ0=0;QD=79.37;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,23:30:69:2423,69,0 chrIX 386226 . G GATTT 1591.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=69.2054;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.99;MQ0=0;QD=54.90;SB=-4.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:29:72:1634,72,0 chrIX 386515 . T TGGA 1208.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=267.0433;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.61;MQ0=0;QD=39.00;RPA=2,3;RU=GGA;SB=-3.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,25:31:78:1251,78,0 chrIX 386543 . A AG 676.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=291.5662;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=29.43;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,20:23:66:719,66,0 chrIX 386612 . A AC 986.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=228.0342;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.79;MQ0=0;QD=34.03;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:29:84:1029,84,0 chrIX 388296 . A AC 600.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=42.9040;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=25.04;RPA=4,5;RU=C;SB=-2.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,23:24:66:643,66,0 chrIX 389257 . GAAA G 1841.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=298.3661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.95;MQ0=0;QD=34.11;RPA=13,10;RU=A;SB=-7.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,47:54:99:1884,138,0 chrIX 389983 . GGTAGCCGAAGGTGCA G 5144 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=135.0699;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.47;MQ0=0;QD=160.75;SB=-1.895e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,29:32:93:5144,93,0 chrIX 392941 . A AGTT 1049.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=259.5620;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.53;MQ0=0;QD=47.73;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,20:22:63:1092,63,0 chrIX 392971 . A AGTT 924.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=267.4793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=48.68;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,18:19:54:967,54,0 chrIX 393001 . A AGTT 986.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=281.9266;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.43;MQ0=0;QD=47.00;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,18:21:63:1029,63,0 chrIX 393031 . A AGTT 1774.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=235.8339;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.08;MQ0=0;QD=49.30;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:36:99:1817,102,0 chrIX 393716 . T TC 4108 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=713.9413;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.24;MQ0=0;QD=32.60;SB=-1.613e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,120:126:99:4108,334,0 chrIX 393800 . C CT 2220.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=705.5786;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.26;MQ0=0;QD=20.76;RPA=5,6;RU=T;SB=-8.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,87:107:99:2263,249,0 chrIX 394706 . C CA 613.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=100.4832;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.03;MQ0=0;QD=16.59;RPA=8,9;RU=A;SB=-2.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,30:37:81:656,81,0 chrIX 394799 . C CT 1304.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=52.9220;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=31.07;RPA=1,2;RU=T;SB=-5.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,34:42:99:1347,117,0 chrIX 397178 . G GA 1788.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=26.8568;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=24.18;RPA=5,6;RU=A;SB=-7.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,70:74:99:1831,201,0 chrIX 399998 . A ACAACAG 3510 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=256.5582;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.83;MQ0=2;QD=35.82;RPA=1,2;RU=CAACAG;SB=-1.155e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,58:93:99:3510,198,0 chrIX 404199 . GAAT G 5063 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=129.7611;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.45;MQ0=0;QD=43.65;SB=-1.510e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,115:116:99:5063,295,0 chrIX 406070 . C CT 744.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.815;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=83.5885;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.733;QD=16.55;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.019;SB=-9.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,33:45:78:787,78,0 chrIX 406124 . AT A 2792.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=288.1454;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=33.25;SB=-4.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,81:84:99:2835,241,0 chrIX 419554 . CA C 2263.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=322.0469;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.82;MQ0=0;QD=21.77;RPA=9,8;RU=A;SB=-2.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:73,31:104:99:2306,287,0 chrIX 420931 . GA G 1915.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.753;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=47.3291;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.619;QD=17.74;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.124;SB=-1.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,102:108:99:1958,217,0 chrIX 421791 . G GTT 1627.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=122.2929;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.77;MQ0=0;QD=29.07;RPA=7,9;RU=T;SB=-7.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,48:56:99:1670,147,0 chrIX 423632 . C CT 2296.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=119.6969;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.47;MQ0=0;QD=25.81;RPA=4,5;RU=T;SB=-9.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,86:89:99:2339,249,0 chrIX 424944 . GT G 1646.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=111.3823;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.37;MQ0=0;QD=20.59;RPA=6,5;RU=T;SB=-8.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,71:80:99:1689,201,0 chrIX 428570 . ATAACAATGTAGGAGAGGCCTT A 14017 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=486.8687;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.02;MQ0=0;QD=146.01;SB=-6.958e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,90:96:99:14017,262,0 chrIX 428834 . TG T 3705 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=471.1898;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.63;MQ0=0;QD=30.12;SB=-1.761e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:122:99:3705,328,0 chrIX 429164 . GGCTGCTAGAGCTGCTTCT G 9788 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=361.0917;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.91;MQ0=0;QD=148.30;SB=-3.673e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,51:66:99:9788,154,0 chrIX 429716 . T TTA 918.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=21.7533;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.867;QD=14.14;RPA=5,6;RU=TA;ReadPosRankSum=-1.238;SB=-3.339e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,37:65:49:961,49,0 chrIX 429952 . T TGA 3776 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=96.5480;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.14;MQ0=0;QD=37.39;SB=-1.113e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:101:99:3776,288,0 chrIX 433600 . A AC 1219.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.896;DP=174;FS=2.667;HaplotypeScore=142.6576;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.78;MQ0=15;MQRankSum=2.854;QD=7.01;RPA=3,4;RU=C;ReadPosRankSum=1.107;SB=-4.765e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,147:51:55:1262,55,0 chrIX 438465 . CG C 1033.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.405;DP=138;FS=11.514;HaplotypeScore=1605.3544;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.68;MQ0=0;MQRankSum=-9.501;QD=7.49;ReadPosRankSum=0.894;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,61:130:99:1073,0,2074 chrIX 438516 . GA G 484.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.066;DP=97;FS=65.516;HaplotypeScore=828.0116;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.01;MQ0=0;MQRankSum=-5.921;QD=5.00;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.618;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,24:96:99:524,0,1622 chrIX 439027 . CT C 3133.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.850;DP=172;FS=17.121;HaplotypeScore=802.1293;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.23;MQ0=10;MQRankSum=5.699;QD=18.22;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=1.439;SB=-1.314e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,133:160:71:3173,0,71 chrIX 439347 . T TC 661.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.110;DP=139;FS=12.792;HaplotypeScore=998.7455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.49;MQ0=10;MQRankSum=0.145;QD=4.76;ReadPosRankSum=2.601;SB=-3.900e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,73:88:99:701,0,1373 chrIX 439366 . AG A 864.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.102;DP=175;FS=24.574;HaplotypeScore=1254.6318;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.05;MQ0=8;MQRankSum=-1.283;QD=4.94;ReadPosRankSum=0.922;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:133,37:112:99:904,0,2020 chrIX 439375 . ATGGAG A 2858.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.585;DP=186;FS=29.842;HaplotypeScore=1167.7810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.35;MQ0=9;MQRankSum=0.560;QD=15.37;RPA=2,1;RU=TGGAG;ReadPosRankSum=1.685;SB=-3.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:154,31:124:99:2898,0,3845 chrIX 439407 . GT G 2361.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-9.325;DP=250;DS;FS=39.066;HaplotypeScore=2065.1385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.34;MQ0=8;MQRankSum=-0.308;QD=9.45;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=-2.020;SB=-7.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:156,94:201:99:2401,0,2761 chrIX 439414 . AG A 2007.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.633;DP=250;DS;FS=56.401;HaplotypeScore=2126.8093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.59;MQ0=7;MQRankSum=0.225;QD=8.03;ReadPosRankSum=2.813;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:148,98:205:99:2047,0,4018 chrIX 439493 . AT A 1681.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.760;DP=249;DS;FS=0.884;HaplotypeScore=1499.8583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.96;MQ0=4;MQRankSum=0.978;QD=6.75;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=1.957;SB=-2.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:163,83:162:99:1721,0,2414 chrIX 439706 . TC T 320.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.391;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=345.2371;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.27;MQ0=2;MQRankSum=-1.174;QD=13.96;ReadPosRankSum=0.839;SB=-1.000e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,12:19:60:360,0,60 chrM 16434 . T TG 7334 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=538.0415;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.31;MQ0=0;QD=29.34;SB=-2.100e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,246:250:99:7334,662,0 chrM 17294 . TAGA T 1527.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=11.3884;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.32;MQ0=0;QD=47.75;RPA=2,1;RU=AGA;SB=-5.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,31:32:93:1570,93,0 chrM 20504 . G GGT 470.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=41.7188;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.19;MQ0=0;QD=13.85;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,5:34:39:513,39,0 chrM 25304 . CTT C 165.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=15.4245;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.20;MQ0=0;QD=23.59;RPA=10,8;RU=T;SB=-3.687e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:18:207,18,0 chrM 25500 . TA T 183.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6838;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.44;MQ0=0;QD=23.00;RPA=7,6;RU=A;SB=-8.477e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24:226,24,0 chrM 26120 . AT A 275.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6834;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.72;MQ0=0;QD=18.40;RPA=9,8;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:36:318,36,0 chrM 40744 . T TTA 102.48 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5936;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=64.48;MQ0=0;QD=14.64;RPA=5,6;RU=TA;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:12:144,12,0 chrM 60570 . T TAA 789.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=161.4405;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.61;MQ0=0;QD=23.23;RPA=3,5;RU=A;SB=-7.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,26:34:75:832,75,0 chrM 74431 . G GCGGAC 8490 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=248;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=4462.7984;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=34.23;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,11:248:99:8490,711,0 chrM 74437 . C CT 4816 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.120;DP=243;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=4761.5988;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=1.400;QD=19.82;ReadPosRankSum=3.807;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,228:243:99:4816,602,0 chrV 7186 . AC A 3313 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=258.9856;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.82;MQ0=0;QD=29.06;RPA=3,2;RU=C;SB=-1.457e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,110:114:99:3313,310,0 chrV 14616 . AAATATAAACAC A 890.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=11.7347;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;QD=28.74;SB=-3.985e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,30:31:36:933,36,0 chrV 14724 . CAAAA C 1647.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.126;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=65.5491;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.83;MQ0=0;MQRankSum=0.776;QD=27.93;RPA=17,13;RU=A;ReadPosRankSum=1.827;SB=-6.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,33:59:99:1690,110,0 chrV 14877 . ACC A 1659.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=300.6009;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.09;MQ0=0;QD=34.58;RPA=5,3;RU=C;SB=-4.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,42:48:99:1702,126,0 chrV 14941 . TC T 1318.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.718;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=425.4240;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.618;QD=23.98;ReadPosRankSum=-0.664;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,41:55:99:1361,153,0 chrV 15170 . T TG 3136.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=497.9151;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.86;MQ0=0;QD=26.36;RPA=2,3;RU=G;SB=-6.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,117:119:99:3179,327,0 chrV 16002 . A AG 2490.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=114.5479;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.98;MQ0=0;QD=33.66;SB=-1.123e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,72:74:99:2533,211,0 chrV 16072 . AT A 474.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.457;DP=54;FS=6.217;HaplotypeScore=85.2002;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-1.032;QD=8.80;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.275;SB=-1.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,23:54:34:517,34,0 chrV 18746 . GA G 1656.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.548;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=280.8481;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.285;QD=18.01;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.110;SB=-7.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,86:92:99:1699,209,0 chrV 19235 . A AGG 1134.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.195;DP=100;FS=25.018;HaplotypeScore=1177.3974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.96;MQ0=0;MQRankSum=-8.121;QD=11.35;ReadPosRankSum=2.102;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,34:100:99:1174,0,2516 chrV 19237 . A AT 680.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.997;DP=96;FS=24.858;HaplotypeScore=1035.5854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.36;MQ0=0;MQRankSum=-7.910;QD=7.09;ReadPosRankSum=2.900;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,34:96:99:720,0,1876 chrV 19273 . T TGA 1389.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.473;DP=109;FS=52.301;HaplotypeScore=1532.4827;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.09;MQ0=0;MQRankSum=-8.214;QD=12.75;ReadPosRankSum=-1.339;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,32:109:99:1429,0,2274 chrV 19574 . CAAA C 1303.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.684;DP=184;FS=2.929;HaplotypeScore=148.3974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.407;QD=7.09;RPA=13,10;RU=A;ReadPosRankSum=5.007;SB=-1.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:112,52:157:99:1343,0,2629 chrV 23230 . AT A 1136.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.651;DP=90;FS=2.049;HaplotypeScore=46.9263;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.73;MQ0=0;MQRankSum=0.234;QD=12.62;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.831;SB=-5.491e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,62:89:99:1178,125,0 chrV 23846 . AC A 2853.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=160.4125;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.29;MQ0=0;QD=30.04;SB=-1.313e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:2896,253,0 chrV 24191 . CT C 2467.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=198.4257;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.83;MQ0=0;QD=31.24;RPA=2,1;RU=T;SB=-9.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,75:79:99:2510,223,0 chrV 24278 . GT G 1637.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.057;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=62.3065;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.517;QD=19.50;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.922;SB=-5.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,78:84:99:1680,205,0 chrV 31460 . CATATATATAT CAT,C 2231.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=28.5495;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.92;MQ0=0;QD=30.16;RPA=11,7,6;RU=AT;SB=-7.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:45,0,5:74:84:2310,165,84,780,0,766 chrV 34105 . C CT 1801.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=63.7750;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.94;MQ0=0;QD=21.98;RPA=7,8;RU=T;SB=-3.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,71:81:99:1844,210,0 chrV 36289 . GT G 710.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.704;DP=122;FS=1.765;HaplotypeScore=65.8283;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.764;QD=5.82;RPA=15,14;RU=T;ReadPosRankSum=2.152;SB=-2.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,63:122:18:752,18,0 chrV 39894 . TAA T 1262.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.657;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=21.6702;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.61;MQ0=0;MQRankSum=0.678;QD=22.96;RPA=12,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.000;SB=-5.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,48:55:99:1305,132,0 chrV 40008 . GA G 171.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0728;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=9.55;RPA=10,9;RU=A;SB=-1.057e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,14:18:30:214,30,0 chrV 42396 . A AT 2554.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=213.7462;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.57;MQ0=0;QD=24.33;RPA=5,6;RU=T;SB=-6.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,95:105:99:2597,288,0 chrV 42686 . T TC 1450.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=36.7492;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=21.03;RPA=7,8;RU=C;SB=-5.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,52:69:99:1493,168,0 chrV 42839 . GGT G 1246.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=22.4354;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.94;MQ0=0;QD=30.41;RPA=5,4;RU=GT;SB=-3.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,31:41:99:1289,105,0 chrV 46382 . T TA 1242.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=194.0062;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.96;MQ0=0;QD=31.07;SB=-4.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:40:99:1285,111,0 chrV 46739 . GT G 1464.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=274.4252;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.24;MQ0=0;QD=24.83;RPA=4,3;RU=T;SB=-5.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,51:59:99:1507,159,0 chrV 46756 . C CCT 2146.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=242.9486;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.08;MQ0=0;QD=38.34;RPA=2,3;RU=CT;SB=-9.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,53:56:99:2189,166,0 chrV 52435 . CAA C 1443.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=166.0062;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.56;MQ0=0;QD=19.78;RPA=13,11;RU=A;SB=-9.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,57:73:99:1486,150,0 chrV 59359 . GT G 298.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.460;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=85.0560;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.03;MQ0=0;MQRankSum=0.209;QD=7.27;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.380;SB=-1.252e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,11:41:17:340,17,0 chrV 59430 . A AG 921.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=157.4756;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.61;MQ0=0;QD=31.79;RPA=1,2;RU=G;SB=-3.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,28:29:84:964,84,0 chrV 60906 . GTT G 3126.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=19.6011;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.15;MQ0=0;QD=45.32;SB=-8.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:68:99:3169,205,0 chrV 62141 . T TCATATA 7295 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=596.7270;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.54;MQ0=0;QD=70.14;SB=-9.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:104:99:7295,280,0 chrV 62474 . AATTATC A 4852 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.652;DP=76;FS=8.253;HaplotypeScore=108.4042;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.15;MQ0=1;MQRankSum=2.304;QD=63.84;ReadPosRankSum=2.146;SB=-1.900e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,61:73:99:4852,125,0 chrV 62599 . AG A 3293 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=493.0674;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.48;MQ0=0;QD=31.97;RPA=2,1;RU=G;SB=-2.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,102:103:99:3293,301,0 chrV 62794 . AT A 3351 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=560.8719;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.06;MQ0=0;QD=31.32;SB=-8.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,94:107:99:3351,301,0 chrV 62815 . CT C 3608 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=635.1077;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.60;MQ0=0;QD=27.97;RPA=4,3;RU=T;SB=-9.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,119:129:99:3608,355,0 chrV 63048 . TC T 3080.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=61.6239;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.35;MQ0=0;QD=32.09;SB=-1.056e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,94:96:99:3123,286,0 chrV 64154 . CTT C,CT 1322.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.389;DP=180;FS=2.481;HaplotypeScore=424.0312;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=50.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.074;QD=7.35;RPA=13,11,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.208;SB=-5.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:111,15,0:178:90:1401,763,1092,266,0,90 chrV 67575 . G GA 4077 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=319.0624;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.44;MQ0=0;QD=31.60;SB=-1.969e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,113:129:99:4077,328,0 chrV 69243 . G GT 891.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=130.9283;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.61;MQ0=0;QD=29.73;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,29:30:81:934,81,0 chrV 70400 . A AAG 2938.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=100.9753;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.79;MQ0=0;QD=37.20;SB=-7.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:79:99:2981,220,0 chrV 73474 . CT C 1478.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.011;DP=118;FS=2.087;HaplotypeScore=45.8623;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.76;MQ0=0;MQRankSum=1.079;QD=12.53;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.839;SB=-7.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,93:118:99:1521,145,0 chrV 79230 . CA C 439.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.544;DP=61;FS=16.729;HaplotypeScore=245.4667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=-2.920;QD=7.21;ReadPosRankSum=5.435;SB=-1.972e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,26:61:99:479,0,165 chrV 79232 . TCA T 844.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.995;DP=62;FS=12.159;HaplotypeScore=202.7669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.362;QD=13.63;ReadPosRankSum=4.975;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,26:62:31:884,0,31 chrV 79498 . C CA 1553.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.574;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=102.8447;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.721;QD=20.45;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.103;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,72:76:99:1596,141,0 chrV 81212 . GTTATTA G 457.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=59.4611;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;QD=15.79;RPA=8,6;RU=TTA;SB=-1.699e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,10:29:27:500,27,0 chrV 84933 . AC A 1143.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=171.8250;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.25;MQ0=0;QD=30.92;RPA=2,1;RU=C;SB=-1.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:37:99:1186,108,0 chrV 86392 . TGCAG T 2362.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=114.9340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.66;MQ0=0;QD=52.51;RPA=2,1;RU=GCAG;SB=-1.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,43:45:99:2405,120,0 chrV 86696 . C CT 660.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=30.0306;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;QD=17.39;RPA=8,9;RU=T;SB=-2.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,28:38:86:703,86,0 chrV 86821 . G GT 1884.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=194.0076;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.02;MQ0=0;QD=26.55;RPA=2,3;RU=T;SB=-3.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,63:71:99:1927,189,0 chrV 89858 . C CA 1809.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=215.8473;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.55;MQ0=0;QD=27.42;RPA=1,2;RU=A;SB=-7.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1852,192,0 chrV 93968 . C CT 2686.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=118.9083;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.79;MQ0=0;QD=18.40;RPA=6,7;RU=T;SB=-9.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,121:146:99:2729,312,0 chrV 94334 . G GGA 2707.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=159.5297;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.34;MQ0=0;QD=43.68;SB=-8.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:62:99:2750,172,0 chrV 99584 . G GTCA 7595 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=178;FS=0.000;HaplotypeScore=305.0402;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.89;MQ0=0;QD=42.67;SB=-2.081e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,135:175:99:7595,454,0 chrV 100303 . A AC 3075.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=292.9588;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.30;MQ0=0;QD=32.38;SB=-5.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,91:95:99:3118,259,0 chrV 100573 . TAAAA T,TA 644.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.493;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=93.3617;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=48.38;MQ0=0;MQRankSum=2.100;QD=12.17;RPA=22,18,19;RU=A;ReadPosRankSum=1.892;SB=-3.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:24,8,0:53:84:723,84,197,152,0,132 chrV 101725 . A AT 747.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=39.5087;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.07;MQ0=0;QD=19.18;RPA=9,10;RU=T;SB=-3.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,37:39:98:790,98,0 chrV 115960 . CT C 993.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.063;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=339.3739;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.10;MQ0=0;MQRankSum=0.219;QD=10.46;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.860;SB=-4.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,58:95:99:1036,116,0 chrV 118179 . AG A 2300.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=704.3491;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.14;MQ0=0;QD=28.76;RPA=2,1;RU=G;SB=-7.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,73:80:99:2343,228,0 chrV 118197 . C CG 3165.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=911.1689;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.87;MQ0=0;QD=30.44;RPA=1,2;RU=G;SB=-9.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,101:104:99:3208,289,0 chrV 118206 . ATG A 4580 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=965.4390;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.50;MQ0=0;QD=34.18;RPA=2,1;RU=TG;SB=-1.507e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,130:134:99:4580,355,0 chrV 120370 . CT C 3169.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=613.6379;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.32;MQ0=0;QD=20.45;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.447e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,151:155:99:3212,421,0 chrV 122728 . GAAAA G 4135 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.396;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=58.3199;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.28;MQ0=0;MQRankSum=0.474;QD=31.81;RPA=16,12;RU=A;ReadPosRankSum=2.396;SB=-1.349e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,81:130:99:4135,261,0 chrV 124293 . 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G GCACA 1748.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=271.9586;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.73;MQ0=0;QD=31.23;RPA=4,6;RU=CA;SB=-2.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,48:56:99:1791,132,0 chrV 133007 . GTCTA G 4069 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=169.2407;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.20;MQ0=0;QD=50.23;RPA=2,1;RU=TCTA;SB=-6.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,75:81:99:4069,214,0 chrV 135416 . G GA 1263.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=102.4844;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.24;MQ0=0;QD=23.41;RPA=5,6;RU=A;SB=-4.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,48:54:99:1306,144,0 chrV 135553 . AAAAC A 6757 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=297.9732;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.82;MQ0=0;QD=59.80;SB=-3.002e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:113:99:6757,322,0 chrV 136506 . 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G GA 600.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.427;DP=54;FS=5.244;HaplotypeScore=33.1017;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.583;QD=11.11;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-2.330;SB=-2.541e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,26:54:17:642,17,0 chrV 153026 . GA G 964.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=31.5385;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=14.40;RPA=10,9;RU=A;SB=-1.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,53:67:99:1007,140,0 chrV 155858 . G GA 1836.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=52.8318;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=29.16;RPA=2,3;RU=A;SB=-6.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,60:63:99:1879,177,0 chrV 159027 . CA C 49.13 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.666;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=16.5263;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.21;MQ0=0;MQRankSum=1.666;QD=1.17;RPA=18,17;RU=A;ReadPosRankSum=1.666;SB=-3.453e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,7:41:17:91,17,0 chrV 162567 . GT G 1548.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.258;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=47.1549;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.23;MQ0=0;MQRankSum=1.585;QD=15.34;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=2.290;SB=-2.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,78:101:99:1591,185,0 chrV 175080 . G GA 1852.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.545;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=46.5758;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.468;QD=23.16;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=1.451;SB=-8.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,78:80:99:1895,198,0 chrV 176596 . AT A 2435.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=35.6134;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.87;MQ0=0;QD=24.36;RPA=5,4;RU=T;SB=-8.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,99:100:99:2478,288,0 chrV 176805 . CT C 2097.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=34.6360;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.31;MQ0=0;QD=26.22;RPA=3,2;RU=T;SB=-8.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,77:80:99:2140,204,0 chrV 177603 . C CGATTTGTAA 5548 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=18.6821;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.19;MQ0=0;QD=102.74;SB=-2.474e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,38:54:99:5548,157,0 chrV 187784 . A AC 1155.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=349.2322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.50;MQ0=0;QD=28.90;RPA=2,3;RU=C;SB=-5.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,38:40:99:1198,114,0 chrV 187920 . TTGCCTAGAACAA T 2326.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=97.4569;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.66;MQ0=0;QD=86.18;SB=-1.031e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,21:27:57:2369,57,0 chrV 191839 . GT G 6108 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=195;FS=5.666;HaplotypeScore=548.0695;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=1.548;QD=31.32;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=-1.235;SB=-1.664e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,190:195:99:6108,534,0 chrV 191906 . TC T 4324 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=510.4996;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.42;MQ0=0;QD=27.54;RPA=2,1;RU=C;SB=-1.070e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,138:157:99:4324,403,0 chrV 192701 . T TTGTTTC 4100 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=157.0489;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.45;MQ0=0;QD=51.90;SB=-1.598e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:49,30:79:99:4100,210,0 chrV 192706 . T TC 1070.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.252;DP=82;FS=2.292;HaplotypeScore=453.4633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.54;MQ0=0;MQRankSum=0.606;QD=13.06;ReadPosRankSum=5.308;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,22:82:99:1110,0,328 chrV 192792 . GA G 1293.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=46.0771;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.17;MQ0=0;QD=28.13;SB=-5.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1336,114,0 chrV 198800 . T TC 2149.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=46.4004;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.49;MQ0=0;QD=33.59;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,62:64:99:2192,181,0 chrV 212110 . GA G 762.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=11.2881;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.33;MQ0=0;QD=23.12;RPA=5,4;RU=A;SB=-3.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,32:33:93:805,93,0 chrV 221394 . TA T 1039.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.901;DP=82;FS=2.691;HaplotypeScore=48.1495;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.608;QD=12.68;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.784;SB=-4.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,56:82:99:1082,137,0 chrV 221815 . CA C 2047.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=478.2884;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.88;MQ0=0;QD=18.62;RPA=11,10;RU=A;SB=-8.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,100:109:99:2090,294,0 chrV 223127 . A ATTT 541.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.531;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=71.1345;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.123;QD=27.10;RPA=11,14;RU=T;ReadPosRankSum=-0.510;SB=-1.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,9:20:43:584,43,0 chrV 223235 . T TTA 5614 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=749.7444;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.47;MQ0=0;QD=36.69;RPA=2,3;RU=TA;SB=-2.076e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,146:153:99:5614,424,0 chrV 225400 . G GA 99.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=14.1405;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.48;MQ0=0;QD=8.26;RPA=11,12;RU=A;SB=-4.562e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,6:12:18:141,18,0 chrV 225444 . TC T 499.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=16.1067;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;QD=26.31;RPA=6,5;RU=C;SB=-2.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57:542,57,0 chrV 225532 . AG A 365.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=6.7330;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=22.87;RPA=5,4;RU=G;SB=-5.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,10:16:42:408,42,0 chrV 232281 . CTTT C 2997.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=185.9996;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.20;MQ0=0;QD=31.89;RPA=12,9;RU=T;SB=-8.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,78:94:99:3040,230,0 chrV 234930 . A AATT 6150 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.316;DP=156;FS=3.310;HaplotypeScore=659.1786;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.81;MQ0=0;MQRankSum=0.785;QD=39.42;ReadPosRankSum=1.709;SB=-2.843e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,128:156:99:6150,430,0 chrV 234931 . G GAA 4456 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.856;DP=157;FS=25.219;HaplotypeScore=818.3954;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.86;MQ0=0;MQRankSum=4.203;QD=28.38;ReadPosRankSum=4.848;SB=-1.922e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,127:157:99:4456,273,0 chrV 237191 . 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GT G 86.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.034;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=150.7299;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.034;QD=7.24;ReadPosRankSum=1.034;SB=-4.943e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,5:12:9:128,9,0 chrV 241869 . AAAATAGAAAATAG A 698.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=90.2020;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.96;MQ0=0;MQRankSum=0.751;QD=58.19;ReadPosRankSum=0.751;SB=-1.393e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,5:12:15:740,15,0 chrV 241882 . G GA 157.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=151.8450;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.11;MQ0=0;QD=12.15;RPA=4,5;RU=A;SB=-5.594e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,5:13:26:200,26,0 chrV 241934 . A AG 1313.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=248.2701;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;QD=28.56;RPA=1,2;RU=G;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,41:46:99:1356,123,0 chrV 242437 . 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C CTGCAACTGAAGAA 7593 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=175.2163;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.22;MQ0=0;QD=135.59;SB=-2.551e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,32:56:99:7593,159,0 chrV 248471 . T TA 3545 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=305.9034;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.10;MQ0=0;QD=35.10;SB=-1.257e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,95:101:99:3545,289,0 chrV 249037 . TA T 2782.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=527.8791;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.46;MQ0=0;QD=24.20;SB=-1.087e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,107:115:99:2825,273,0 chrV 249753 . G GGTATACCTT 8282 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=376.6532;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.52;MQ0=0;MQRankSum=1.338;QD=67.33;RPA=1,2;RU=GTATACCTT;ReadPosRankSum=1.260;SB=-1.649e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,88:123:99:8282,252,0 chrV 249929 . A AC 1381.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=605.0597;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.11;MQ0=1;QD=28.20;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,45:48:99:1424,138,0 chrV 250490 . C CTTA 3507 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=277.4261;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.00;MQ0=0;QD=35.79;RPA=3,4;RU=TTA;SB=-1.634e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,74:98:99:3507,226,0 chrV 251561 . GA G 624.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.310;DP=52;FS=3.753;HaplotypeScore=34.7659;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.548;QD=12.02;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=1.978;SB=-9.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,36:52:55:667,55,0 chrV 253919 . A AG 3739 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.675;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=563.3508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.590;QD=28.98;ReadPosRankSum=1.505;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,124:129:99:3739,363,0 chrV 254468 . G GA 2956.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.411;DP=104;FS=4.305;HaplotypeScore=58.4207;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.72;MQ0=0;MQRankSum=0.196;QD=28.43;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=-0.089;SB=-1.025e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,103:104:99:2999,260,0 chrV 256303 . GTATATATATA G 5866 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=34.1306;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.43;MQ0=0;QD=61.10;RPA=12,7;RU=TA;SB=-7.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,54:96:99:5866,166,0 chrV 258177 . G GA 327.30 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.046;DP=54;FS=2.246;HaplotypeScore=37.7976;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.94;MQ0=0;MQRankSum=1.510;QD=6.06;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=1.123;SB=-1.728e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,24:54:8:366,0,8 chrV 259747 . GAA G 2797.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=341.4917;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.60;MQ0=0;QD=29.45;RPA=9,7;RU=A;SB=-1.024e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,87:95:99:2840,270,0 chrV 259981 . G GTCCAATGCT 4215 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=12.9173;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.25;MQ0=0;QD=102.80;SB=-1.157e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,27:41:99:4215,114,0 chrV 260179 . C CG 2296.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=140.6969;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;QD=28.71;RPA=1,2;RU=G;SB=-7.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,71:80:99:2339,208,0 chrV 261627 . G GT 1561.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=29.6299;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=21.69;RPA=8,9;RU=T;SB=-1.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,67:72:99:1604,191,0 chrV 261803 . CT C 1280.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=106.6215;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.01;MQ0=0;QD=24.17;RPA=4,3;RU=T;SB=-5.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,51:53:99:1323,141,0 chrV 263748 . TG T 1610.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=19.2725;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.32;MQ0=0;QD=28.77;SB=-6.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:56:99:1653,159,0 chrV 264585 . T TA 1263.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=63.6976;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;QD=23.85;RPA=5,6;RU=A;SB=-4.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,51:53:99:1306,144,0 chrV 264848 . A AT 1799.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=21.3068;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.30;MQ0=0;QD=28.12;RPA=1,2;RU=T;SB=-4.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,60:64:99:1842,174,0 chrV 266246 . CT C 462.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=74.2104;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.41;MQ0=0;QD=14.03;RPA=11,10;RU=T;SB=-6.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,23:33:71:505,71,0 chrV 266413 . T TG 8190 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=582.7327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;QD=32.76;SB=-3.070e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,249:250:99:8190,677,0 chrV 268335 . GA G 31.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.042;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=54.1341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=0.335;QD=0.63;RPA=16,15;RU=A;ReadPosRankSum=2.138;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,9:51:71:71,0,339 chrV 269159 . G GA 669.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.080;DP=58;FS=8.215;HaplotypeScore=424.2627;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.73;MQ0=0;MQRankSum=0.890;QD=11.55;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.170;SB=-3.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,33:58:51:712,51,0 chrV 270453 . CT C 1830.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.148;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=247.9278;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.109;QD=17.61;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.292;SB=-2.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,93:104:99:1873,241,0 chrV 274156 . GAA G 2230.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.202;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=143.1421;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.80;MQ0=0;MQRankSum=0.112;QD=23.99;RPA=11,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.697;SB=-8.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,83:93:99:2273,223,0 chrV 278274 . GAT G 2317.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=35.7952;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.73;MQ0=0;QD=20.88;RPA=5,4;RU=AT;SB=-7.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,76:86:99:2360,199,0 chrV 280774 . AT A 4310 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=587.1149;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.82;MQ0=0;QD=29.72;RPA=2,1;RU=T;SB=-2.016e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,140:145:99:4310,415,0 chrV 284696 . G GA 489.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.722;DP=28;FS=8.846;HaplotypeScore=67.8632;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.867;QD=17.50;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.289;SB=-6.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,23:28:50:532,50,0 chrV 287402 . CT C 2416.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=168.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=23.70;RPA=4,3;RU=T;SB=-5.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,99:102:99:2459,267,0 chrV 291599 . TTC T 1968.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=61;FS=3.090;HaplotypeScore=77.7140;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.31;MQ0=0;MQRankSum=0.850;QD=32.28;ReadPosRankSum=-1.480;SB=-9.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,55:61:99:2011,159,0 chrV 291632 . C CT 580.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;DP=62;FS=19.044;HaplotypeScore=195.5480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.68;MQ0=0;MQRankSum=0.706;QD=9.37;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=-1.478;SB=-1.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,23:62:30:620,0,30 chrV 298057 . TATATAA T 1476.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=102.6512;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=64.43;MQ0=0;QD=24.62;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,50:60:90:1519,90,0 chrV 301614 . T TAA 2724.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=225.2434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.24;MQ0=0;QD=37.33;RPA=2,4;RU=A;SB=-9.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,67:73:99:2767,208,0 chrV 301647 . A ATTC 3936 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=327.6075;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.04;MQ0=0;QD=38.59;SB=-1.714e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,81:102:99:3936,232,0 chrV 303364 . GT G 1751.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=367.8460;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.00;MQ0=0;QD=19.47;RPA=5,4;RU=T;SB=-7.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,72:90:99:1794,207,0 chrV 303417 . TA T 613.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=249.2680;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.29;MQ0=0;QD=16.59;RPA=7,6;RU=A;SB=-2.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,28:37:84:656,84,0 chrV 303524 . AT A 777.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.211;DP=59;FS=3.112;HaplotypeScore=428.6259;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.254;QD=13.19;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.366;SB=-3.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,43:59:86:820,86,0 chrV 303657 . AT A 1155.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=30.0256;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.79;MQ0=0;QD=19.59;RPA=9,8;RU=T;SB=-5.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,57:59:99:1198,161,0 chrV 305606 . C CT 3846 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=42.8484;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.40;MQ0=0;QD=35.61;SB=-6.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,107:107:99:3846,319,0 chrV 308000 . GTTT G 6361 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=46.4589;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.31;MQ0=0;QD=46.09;RPA=6,3;RU=T;SB=-1.283e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,138:138:99:6361,400,0 chrV 308181 . GT G 1656.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=306.3583;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=16.57;RPA=9,8;RU=T;SB=-5.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,86:100:99:1699,230,0 chrV 308390 . CA C 2515.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=36.1346;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.02;MQ0=0;QD=26.21;RPA=3,2;RU=A;SB=-9.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,91:96:99:2558,244,0 chrV 309019 . A ATCG 6742 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.710;DP=171;FS=4.188;HaplotypeScore=650.8828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.89;MQ0=0;MQRankSum=0.909;QD=39.43;ReadPosRankSum=-0.087;SB=-2.362e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,162:171:99:6742,469,0 chrV 311724 . CTGGTT C 2942.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=15.4622;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.28;MQ0=0;QD=66.89;SB=-1.256e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:44:99:2985,126,0 chrV 314042 . CA C 1468.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=298.4079;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.72;MQ0=0;QD=20.40;RPA=7,6;RU=A;SB=-7.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,63:72:99:1511,191,0 chrV 314457 . CA C 3758 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=183;FS=0.000;HaplotypeScore=64.9218;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.99;MQ0=0;QD=20.54;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.597e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,173:183:99:3758,492,0 chrV 316709 . AT A 1147.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.167;DP=82;FS=9.435;HaplotypeScore=140.6852;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.227;QD=14.00;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.440;SB=-5.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,68:82:99:1190,125,0 chrV 319639 . TA T 1409.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.069;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=54.8429;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=1.409;QD=13.82;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.855;SB=-4.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,91:102:99:1452,200,0 chrV 322493 . G GA 939.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=40.4598;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;QD=21.86;RPA=6,7;RU=A;SB=-3.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,39:43:99:982,111,0 chrV 324247 . G GT 972.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.267;DP=51;FS=11.856;HaplotypeScore=63.0383;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=1.691;QD=19.08;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.311;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,44:51:82:1015,82,0 chrV 326031 . G GTTTC 4814 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=55.1481;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.37;MQ0=0;QD=59.43;SB=-1.535e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,79:81:99:4814,241,0 chrV 328320 . GA G 938.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=165.9171;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.90;MQ0=0;QD=14.45;RPA=10,9;RU=A;SB=-4.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,60:64:99:981,137,0 chrV 332992 . GA G 903.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=17.2601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=21.02;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:43:99:946,125,0 chrV 333149 . AT A 575.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=209.2092;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.78;MQ0=0;MQRankSum=1.040;QD=13.71;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=-1.155;SB=-2.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,30:42:79:618,79,0 chrV 337339 . AT A 1945.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=83.1449;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.65;MQ0=0;QD=23.45;RPA=5,4;RU=T;SB=-5.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,79:83:99:1988,228,0 chrV 337452 . GAA G 2924.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=47.3339;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.01;MQ0=0;QD=23.40;RPA=11,9;RU=A;SB=-6.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,107:125:99:2967,294,0 chrV 337696 . AT A 719.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=128.5137;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;QD=13.33;RPA=11,10;RU=T;SB=-3.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,42:54:99:762,112,0 chrV 339604 . CA C 1779.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=353.0679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=22.53;RPA=6,5;RU=A;SB=-7.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,74:79:99:1822,222,0 chrV 342667 . A AT 1346.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=143.7646;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.83;MQ0=0;QD=25.41;RPA=3,4;RU=T;SB=-6.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,50:53:99:1389,144,0 chrV 349345 . ATT A 1102.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=48.6773;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.18;MQ0=0;QD=26.90;RPA=10,8;RU=T;SB=-3.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,37:41:99:1145,108,0 chrV 351576 . GT G 2759.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=741.2356;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.04;MQ0=0;QD=24.42;RPA=5,4;RU=T;SB=-9.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,105:113:99:2802,321,0 chrV 351607 . AAAAAAGAAT A 11205 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=228.8812;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.01;MQ0=0;QD=98.29;SB=-3.326e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,98:114:99:11205,334,0 chrV 353274 . GT G 1959.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.510;DP=126;FS=6.141;HaplotypeScore=51.4694;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.030;QD=15.56;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.330;SB=-9.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,97:126:99:2002,222,0 chrV 354376 . T TA 157.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=53.9704;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.24;MQ0=0;QD=19.75;RPA=7,8;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24:200,24,0 chrV 355008 . C CT 677.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=309.5638;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.40;MQ0=0;QD=15.07;RPA=6,7;RU=T;SB=-2.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,32:44:81:720,81,0 chrV 355025 . AGTG A 937.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=283.3864;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.05;MQ0=0;QD=36.08;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,18:26:63:980,63,0 chrV 355030 . A ACAC 950.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.315;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=253.0970;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.576;QD=41.35;ReadPosRankSum=1.261;SB=-3.827e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,18:23:41:993,41,0 chrV 355237 . T TG 2028.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=160.6415;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.92;MQ0=0;QD=32.21;SB=-9.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,55:63:99:2071,166,0 chrV 355240 . G GC 1321.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=228.8413;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.19;MQ0=0;QD=23.19;RPA=8,9;RU=C;SB=-6.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,52:57:99:1364,153,0 chrV 357894 . CT C 857.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=148.3698;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.49;MQ0=0;QD=12.26;RPA=11,10;RU=T;SB=-3.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,53:70:99:900,130,0 chrV 358045 . AT A 3339 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.709;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=345.2459;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.04;MQ0=0;MQRankSum=1.500;QD=21.27;RPA=8,7;RU=T;ReadPosRankSum=0.477;SB=-1.016e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,148:157:99:3339,418,0 chrV 360499 . A AT 1836.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=39.1885;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.80;MQ0=0;QD=27.42;RPA=3,4;RU=T;SB=-3.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,66:67:99:1879,195,0 chrV 362360 . AAT A 3364 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=1024.4220;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.44;MQ0=0;QD=31.15;RPA=3,2;RU=AT;SB=-1.294e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,101:108:99:3364,294,0 chrV 362649 . C CTTA 5583 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=457.6182;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.51;MQ0=0;QD=47.31;RPA=1,2;RU=TTA;SB=-2.477e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,112:118:99:5583,331,0 chrV 366655 . A ATT 2695.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=45.3000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.32;MQ0=0;QD=46.48;SB=-5.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:58:99:2738,172,0 chrV 372082 . C CT 1934.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=29.4483;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.67;MQ0=0;QD=28.04;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,67:69:99:1977,192,0 chrV 372265 . A AG 1838.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=241.2079;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.14;MQ0=0;QD=32.26;RPA=1,2;RU=G;SB=-3.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,56:57:99:1881,165,0 chrV 374814 . TGCA T 2865.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.240;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=386.5490;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.24;MQ0=0;MQRankSum=0.817;QD=33.72;ReadPosRankSum=4.035;SB=-1.163e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,73:85:99:2908,198,0 chrV 377471 . C CTGT 2336.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=244.4047;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.621;QD=41.00;ReadPosRankSum=-1.405;SB=-5.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,53:57:99:2379,155,0 chrV 382501 . CA C 144.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=29.6995;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=18.01;RPA=3,2;RU=A;SB=-9.116e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,6:8:18:186,18,0 chrV 382523 . CA C 75.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.751;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=34.7556;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.751;QD=6.91;RPA=18,17;RU=A;ReadPosRankSum=0.751;SB=-3.603e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,7:11:3:115,3,0 chrV 386354 . AT A 1598.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=93.3070;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.47;MQ0=0;QD=24.23;RPA=2,1;RU=T;SB=-7.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1641,156,0 chrV 394965 . A AT 669.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.238;DP=56;FS=3.554;HaplotypeScore=89.9852;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.35;MQ0=0;MQRankSum=1.634;QD=11.96;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.347;SB=-2.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,37:56:84:712,84,0 chrV 395202 . CAAA C 1616.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=82.2753;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.33;MQ0=0;QD=35.93;RPA=12,9;RU=A;SB=-5.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,42:45:99:1659,126,0 chrV 396407 . AT A 2046.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.260;DP=103;FS=3.534;HaplotypeScore=487.4649;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.905;QD=19.87;RPA=6,5;RU=T;ReadPosRankSum=0.709;SB=-8.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,93:103:99:2089,237,0 chrV 396428 . A AT 1770.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.850;DP=106;FS=3.466;HaplotypeScore=569.3356;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.67;MQ0=0;MQRankSum=0.150;QD=16.71;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.050;SB=-4.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,71:106:99:1813,179,0 chrV 399456 . G GAA 2837.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=92.1031;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.17;MQ0=0;QD=41.73;SB=-1.158e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,62:68:99:2880,178,0 chrV 400988 . CT C 706.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=22.3104;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.82;MQ0=0;QD=16.07;RPA=11,10;RU=T;SB=-3.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,35:44:99:749,107,0 chrV 406418 . C CTTT 1573.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=52.6529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.11;MQ0=0;QD=24.21;RPA=11,14;RU=T;SB=-8.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,36:64:99:1616,135,0 chrV 406867 . CT C 912.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=25.2243;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.83;MQ0=0;QD=23.41;RPA=4,3;RU=T;SB=-8.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,37:39:99:955,102,0 chrV 407127 . GA G 1283.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.238;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=215.3322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.747;QD=14.93;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.568;SB=-4.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,72:86:99:1326,113,0 chrV 409531 . AC A 1741.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=246.8947;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.46;MQ0=0;QD=31.67;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:55:99:1784,147,0 chrV 410181 . GA G 2020.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=33.7319;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.43;MQ0=0;QD=20.83;RPA=8,7;RU=A;SB=-5.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,94:97:99:2063,269,0 chrV 413363 . TAAA T 1436.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.564;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=45.0144;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.564;QD=20.53;RPA=14,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.887;SB=-4.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,43:70:99:1479,103,0 chrV 414432 . CA C 2457.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=223.9967;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.50;MQ0=0;QD=27.31;RPA=4,3;RU=A;SB=-9.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,89:90:99:2500,249,0 chrV 420744 . ATGTTAATCAGATATATGGTAGAAAGCTCTAACTTTTTACCCT A 6471 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=15.0558;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.44;MQ0=0;QD=124.44;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,30:52:87:6471,87,0 chrV 423672 . AT A 2329.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=35.8157;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.07;MQ0=0;QD=22.62;RPA=5,4;RU=T;SB=-6.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,92:103:99:2372,273,0 chrV 424564 . A AT 681.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=41.3238;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.28;MQ0=0;QD=18.94;RPA=9,10;RU=T;SB=-3.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,35:36:90:724,90,0 chrV 430464 . T TAA 3664 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=199.1735;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.27;MQ0=0;QD=40.26;SB=-8.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:91:99:3664,229,0 chrV 431015 . GA G 1279.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.247;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=104.6236;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.09;MQ0=0;MQRankSum=1.956;QD=14.22;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.019;SB=-5.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,83:90:99:1322,164,0 chrV 433177 . TC T 155.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=46.9521;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.96;MQ0=0;QD=8.66;SB=-9.780e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,5:18:30:198,30,0 chrV 433180 . A AAT 193.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.791;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=42.2550;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.474;QD=14.85;ReadPosRankSum=0.474;SB=-7.380e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,6:13:21:235,21,0 chrV 434529 . T TA 92.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;HaplotypeScore=1.3934;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.01;MQ0=0;QD=18.45;RPA=6,7;RU=A;SB=-5.029e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:134,15,0 chrV 435548 . GTAACAAAA G 3299 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.094;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=273.1039;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.94;MQ0=0;MQRankSum=-1.459;QD=65.98;ReadPosRankSum=-1.733;SB=-1.535e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,37:49:12:3299,12,0 chrV 435946 . TG T 1515.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=76.2277;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.39;MQ0=0;QD=30.94;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,46:49:99:1558,132,0 chrV 442844 . G GA 5323 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.714;DP=203;FS=4.749;HaplotypeScore=696.6143;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.06;MQ0=0;MQRankSum=-1.224;QD=26.22;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=0.227;SB=-1.708e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,196:203:99:5323,548,0 chrV 443199 . A AG 2526.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=48.0221;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.18;MQ0=0;QD=23.62;SB=-1.244e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,103:98:99:2569,225,0 chrV 449557 . A AT 122.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=16.4948;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.96;MQ0=0;QD=20.37;RPA=1,2;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:5:15:164,15,0 chrV 449619 . A ACC 221.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=87.4646;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=36.85;RPA=1,3;RU=C;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18:263,18,0 chrV 449846 . TA T 712.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=131.4063;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.67;MQ0=0;QD=20.37;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,28:35:81:755,81,0 chrV 449892 . C CA 574.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=196.7715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.09;MQ0=0;QD=15.13;RPA=10,11;RU=A;SB=-9.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,24:38:85:617,85,0 chrV 450195 . AT A 2211.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=146.9776;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.96;MQ0=0;QD=30.30;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.039e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,69:73:99:2254,201,0 chrV 450306 . C CA 3736 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=258.9785;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.07;MQ0=0;QD=33.66;SB=-1.436e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,98:111:99:3736,298,0 chrV 451284 . G GA 2614.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=32.5825;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;QD=29.38;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.281e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,80:89:99:2657,241,0 chrV 451544 . CA C 1900.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.720;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=43.4507;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.175;QD=18.46;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.798;SB=-6.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,89:103:99:1943,241,0 chrV 455098 . A AT 362.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=14.1394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.19;MQ0=0;QD=13.44;RPA=11,12;RU=T;SB=-6.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,18:27:53:405,53,0 chrV 456074 . TA T 2409.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=509.0111;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.37;MQ0=0;QD=22.95;RPA=6,5;RU=A;SB=-5.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,101:105:99:2452,297,0 chrV 460341 . 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TA T 1490.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=78.5953;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.12;MQ0=0;QD=25.71;RPA=2,1;RU=A;SB=-5.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,52:58:99:1533,156,0 chrV 465142 . GT G 1108.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=48.9376;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=17.89;RPA=8,7;RU=T;SB=-4.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,50:62:99:1151,149,0 chrV 468982 . C CTT 2855.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.196;DP=163;FS=10.862;HaplotypeScore=673.1626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.622;QD=17.52;RPA=11,13;RU=T;ReadPosRankSum=1.645;SB=-6.628e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:54,83:159:99:2897,246,0 chrV 469190 . ATATTGAGCAC A 9279 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.312;DP=124;FS=10.414;HaplotypeScore=861.8878;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.557;QD=74.83;ReadPosRankSum=-1.102;SB=-8.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,102:121:99:9279,177,0 chrV 469569 . CTCTG C 6129 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=449.5606;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.31;MQ0=0;QD=54.72;RPA=2,1;RU=TCTG;SB=-2.466e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,107:112:99:6129,322,0 chrV 469607 . CTATCG C 7881 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=568.3107;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.06;MQ0=0;QD=50.85;SB=-3.210e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,110:155:99:7881,421,0 chrV 472423 . A AT 1168.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.306;DP=58;FS=4.065;HaplotypeScore=94.0174;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=0.306;QD=20.15;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.529;SB=-4.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,53:58:99:1211,134,0 chrV 482870 . G GT 896.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=19.2971;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.21;MQ0=0;QD=19.93;RPA=8,9;RU=T;SB=-4.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,41:45:99:939,116,0 chrV 487274 . T TA 2348.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=36.8451;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.33;MQ0=0;QD=20.43;RPA=8,9;RU=A;SB=-1.124e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,94:113:99:2391,286,0 chrV 487465 . A AT 3352 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=1025.3240;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.84;MQ0=0;QD=22.35;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.657e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,135:149:99:3352,414,0 chrV 487470 . A AT 4438 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.456;DP=165;FS=1.670;HaplotypeScore=962.8751;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.78;MQ0=0;MQRankSum=0.258;QD=26.90;ReadPosRankSum=3.588;SB=-2.174e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,142:164:99:4438,390,0 chrV 487609 . CATTTGTTAGATTTGA C 1934.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=10.2575;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.06;MQ0=0;QD=92.14;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,10:21:48:1977,48,0 chrV 487743 . T TG 4999 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=663.9965;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.29;MQ0=0;QD=30.86;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.800e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,147:162:99:4999,466,0 chrV 488179 . C CT 1686.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=266.6449;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.46;MQ0=0;QD=30.12;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1729,165,0 chrV 490237 . G GTTCATA 3598 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.765;DP=152;FS=29.644;HaplotypeScore=871.3360;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.14;MQ0=0;MQRankSum=1.589;QD=23.67;ReadPosRankSum=-1.819;SB=-1.210e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,117:151:99:3598,285,0 chrV 492341 . G GA 699.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=53.6284;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.67;MQ0=0;QD=18.42;RPA=5,6;RU=A;SB=-2.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,28:38:84:742,84,0 chrV 498773 . A AT 2925.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=40.9017;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.34;MQ0=0;QD=24.59;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.186e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,114:119:99:2968,318,0 chrV 498946 . AAAT A 4287 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=687.6956;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.27;MQ0=0;QD=40.83;SB=-2.060e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,84:105:99:4287,285,0 chrV 503930 . CA C 64.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.246;DP=33;FS=9.034;HaplotypeScore=31.9282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.104;QD=1.97;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.208;SB=-5.001e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,8:33:99:104,0,259 chrV 504457 . TA T 5656 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=200;FS=0.000;HaplotypeScore=313.3091;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=28.28;RPA=2,1;RU=A;SB=-2.567e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,184:200:99:5656,565,0 chrV 504512 . TA T 3457 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=492.8379;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.23;MQ0=0;QD=24.69;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.008e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,134:140:99:3457,372,0 chrV 510328 . CA C 796.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=21.4612;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;QD=15.04;RPA=11,10;RU=A;SB=-3.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,42:53:99:839,119,0 chrV 522810 . T TG 1741.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=63.6276;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.70;MQ0=0;QD=29.03;RPA=1,2;RU=G;SB=-7.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,59:60:99:1784,162,0 chrV 522970 . A AT 478.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.537;DP=68;FS=2.797;HaplotypeScore=182.5961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.561;QD=7.04;RPA=16,17;RU=T;ReadPosRankSum=1.086;SB=-2.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,27:66:99:518,0,111 chrV 526638 . T TC 1720.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=46.9256;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.71;MQ0=0;QD=28.21;RPA=2,3;RU=C;SB=-6.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,56:61:99:1763,165,0 chrV 536020 . AT A 1846.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=91.4969;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.53;MQ0=0;QD=21.99;RPA=5,4;RU=T;SB=-8.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,82:84:99:1889,219,0 chrV 536204 . A AG 4528 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=47.4646;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.13;MQ0=0;QD=31.66;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.579e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,135:143:99:4528,403,0 chrV 540780 . TTAA T 4656 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=103.9008;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.43;MQ0=0;QD=39.79;SB=-1.720e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,112:117:99:4656,301,0 chrV 541518 . T TC 1776.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.146;DP=79;FS=3.080;HaplotypeScore=60.7731;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.209;QD=22.49;ReadPosRankSum=0.779;SB=-8.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,65:79:99:1819,179,0 chrV 545193 . GGGGGGGGGGA G 3143.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=86.5162;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.27;MQ0=0;QD=92.47;SB=-7.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,29:34:87:3186,87,0 chrV 545373 . TA T 549.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=27.9192;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.37;MQ0=0;QD=12.50;RPA=11,10;RU=A;SB=-2.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,37:44:84:592,84,0 chrV 551284 . T TA 4544 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=308.9291;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=36.06;SB=-7.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,125:126:99:4544,373,0 chrV 553272 . CTTAT C 3462 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=503.3524;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.47;MQ0=0;QD=36.83;RPA=6,5;RU=TTAT;SB=-6.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,74:94:99:3462,211,0 chrV 554180 . GA G 1432.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=318.0917;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.27;MQ0=0;QD=31.84;SB=-5.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:45:99:1475,120,0 chrV 555344 . CA C 428.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.945;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=113.3576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.76;MQ0=0;MQRankSum=0.025;QD=8.08;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.378;SB=-1.393e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,29:53:16:470,16,0 chrV 559301 . C CA 2733.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=54.7956;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.80;MQ0=0;QD=25.79;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.049e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,103:106:99:2776,285,0 chrV 563829 . C CT 1686.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=23.8795;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.09;MQ0=0;QD=25.18;RPA=3,4;RU=T;SB=-7.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,62:67:99:1729,174,0 chrV 564516 . C CA 957.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=19.4435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;QD=22.28;RPA=8,9;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,41:43:99:1000,117,0 chrV 565000 . AG A 622.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=54.2976;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.65;MQ0=0;QD=31.15;RPA=2,1;RU=G;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60:665,60,0 chrV 565293 . C CAAA 3450 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=19.0181;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.38;MQ0=0;QD=51.49;RPA=1,4;RU=A;SB=-1.051e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,63:67:99:3450,196,0 chrV 567763 . G GA 3512 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=1162.8532;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.78;MQ0=0;QD=36.21;SB=-8.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,89:97:99:3512,271,0 chrV 567811 . AG A 1919.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=1218.5184;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.67;MQ0=0;QD=23.13;RPA=3,2;RU=G;SB=-5.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,67:83:99:1962,202,0 chrV 568531 . ACAAACTGCAG A 9472 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=165.5961;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.86;MQ0=0;QD=110.14;SB=-4.496e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,80:86:99:9472,241,0 chrV 569878 . T TC 1139.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.372;DP=185;DS;FS=13.651;HaplotypeScore=1553.8714;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.51;MQ0=10;MQRankSum=1.464;QD=6.16;ReadPosRankSum=-1.802;SB=-6.500e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:126,49:136:99:1179,0,2079 chrV 569897 . AG A 938.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.687;DP=170;DS;FS=26.243;HaplotypeScore=2066.7875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.60;MQ0=5;MQRankSum=0.826;QD=5.52;ReadPosRankSum=-3.413;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:124,44:137:99:978,0,2050 chrV 569898 . G GA 994.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.875;DP=168;DS;FS=36.623;HaplotypeScore=2047.4047;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.66;MQ0=4;MQRankSum=0.641;QD=5.92;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=1.430;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:131,37:136:99:1034,0,1616 chrV 569932 . AG A 1337.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.722;DP=163;DS;FS=89.602;HaplotypeScore=2880.0397;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.16;MQ0=0;MQRankSum=0.849;QD=8.21;ReadPosRankSum=2.630;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:114,49:142:99:1377,0,1042 chrV 569933 . GT G 2136.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.277;DP=163;DS;FS=77.367;HaplotypeScore=2793.6955;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.16;MQ0=0;MQRankSum=1.114;QD=13.11;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=1.872;SB=-1.001e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:110,52:142:99:2176,0,718 chrV 569940 . AG A 2737.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.889;DP=146;DS;FS=139.755;HaplotypeScore=2528.5214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.73;MQ0=0;MQRankSum=1.054;QD=18.75;ReadPosRankSum=2.008;SB=-2.036e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,112:125:99:2777,0,512 chrV 569950 . TGTA T 4559 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=2497.1531;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.87;MQ0=0;QD=32.80;RPA=2,1;RU=GTA;SB=-3.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,106:120:99:4559,291,0 chrV 569977 . TATC T 1934.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.366;DP=75;FS=5.638;HaplotypeScore=1539.0735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.321;QD=25.80;ReadPosRankSum=0.993;SB=-4.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,52:62:99:1974,0,230 chrV 569985 . TAC T 1518.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.885;DP=59;FS=6.172;HaplotypeScore=1159.9350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.57;MQ0=0;MQRankSum=0.462;QD=25.75;ReadPosRankSum=1.450;SB=-3.800e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,52:48:99:1558,0,116 chrV 570020 . AT A 2180.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.690;DP=179;FS=0.000;HaplotypeScore=3563.1219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.03;MQ0=4;MQRankSum=0.934;QD=12.18;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=0.876;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,86:148:99:2220,0,1488 chrV 570083 . T TG 1696.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.367;DP=176;FS=134.471;HaplotypeScore=1241.8516;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.56;MQ0=12;MQRankSum=-4.834;QD=9.64;RPA=2,3;RU=G;ReadPosRankSum=-3.541;SB=-1.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,97:122:99:1736,0,1162 chrV 570216 . AGG A 762.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.007;DP=133;FS=9.731;HaplotypeScore=727.3371;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.59;MQ0=8;MQRankSum=2.421;QD=5.74;RPA=3,1;RU=G;ReadPosRankSum=2.628;SB=-2.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,27:66:99:802,0,568 chrV 570272 . A AG 676 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.732;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=551.0902;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.23;MQ0=1;MQRankSum=-1.936;QD=7.95;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=1.678;SB=-5.278e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,48:32:23:718,23,0 chrVI 5172 . CTACAA C 395.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=109.2135;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.54;MQ0=0;QD=43.89;SB=-7.982e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,6:7:20:437,20,0 chrVI 5213 . T TTCCAC 831.06 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.519;DP=19;FS=12.041;HaplotypeScore=313.2986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.434;QD=43.74;RPA=1,2;RU=TCCAC;ReadPosRankSum=0.651;SB=-3.096e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,16:16:14:870,0,14 chrVI 5230 . TC T 456.98 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.522;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=442.5668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.77;MQ0=4;MQRankSum=0.075;QD=13.44;ReadPosRankSum=0.373;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,21:21:22:496,0,22 chrVI 5247 . A AC 366.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=394.1468;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.27;MQ0=4;QD=12.23;RPA=1,2;RU=C;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,13:18:49:409,49,0 chrVI 5248 . C CT 329.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=429.1675;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.37;MQ0=4;QD=10.31;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,15:20:52:372,52,0 chrVI 5495 . ATTC A 526.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.662;DP=102;FS=10.063;HaplotypeScore=490.2845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.33;MQ0=24;MQRankSum=0.306;QD=5.17;ReadPosRankSum=3.958;SB=-4.900e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,23:61:99:566,0,1607 chrVI 5705 . TA T 254.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.236;DP=66;FS=16.234;HaplotypeScore=474.2546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.52;MQ0=3;MQRankSum=-2.944;QD=3.86;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=2.564;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,14:36:99:294,0,348 chrVI 5825 . GA G 1233.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.368;DP=104;FS=150.993;HaplotypeScore=1362.4309;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.73;MQ0=1;MQRankSum=5.582;QD=11.87;ReadPosRankSum=3.322;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,51:88:99:1273,0,1232 chrVI 5894 . A ATATATT,AGGTTTT 4090 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.368;DP=84;FS=19.598;HaplotypeScore=1276.5149;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=21.96;MQ0=1;MQRankSum=1.416;QD=48.69;ReadPosRankSum=-0.827;SB=-1.912e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:6,12,32:70:99:4090,2216,2514,441,0,734 chrVI 6322 . AC A 946.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.264;DP=104;FS=17.923;HaplotypeScore=469.8430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.07;MQ0=8;MQRankSum=1.053;QD=9.11;ReadPosRankSum=-0.424;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,40:84:99:986,0,1464 chrVI 8111 . CA C 207.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.993;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=37.1973;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.72;MQ0=13;MQRankSum=-0.176;QD=4.62;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=1.796;SB=-1.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,18:21:99:247,0,218 chrVI 8640 . GTT G 84.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=48.1331;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.78;MQ0=2;QD=3.52;RPA=12,10;RU=T;SB=-3.054e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,6:10:12:126,12,0 chrVI 8694 . TA T 611.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.307;DP=63;FS=4.298;HaplotypeScore=159.1860;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.15;MQ0=8;MQRankSum=1.875;QD=9.71;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.663;SB=-4.701e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,45:45:28:654,28,0 chrVI 11195 . TTG T 1376.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.367;DP=98;FS=16.307;HaplotypeScore=296.2298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.74;MQ0=8;MQRankSum=0.032;QD=14.05;RPA=2,1;RU=TG;ReadPosRankSum=0.205;SB=-3.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,44:85:99:1416,0,1560 chrVI 11238 . AT A 1088.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.860;DP=99;FS=36.981;HaplotypeScore=447.2722;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.07;MQ0=9;MQRankSum=0.741;QD=11.00;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=-0.512;SB=-2.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,58:86:99:1128,0,606 chrVI 14286 . CAAA C 539.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=48.9157;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.11;MQ0=1;QD=15.00;RPA=13,10;RU=A;SB=-4.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,28:22:42:582,42,0 chrVI 14914 . G GC 1425.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=299.8234;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.09;MQ0=3;QD=24.17;RPA=2,3;RU=C;SB=-1.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,56:48:99:1468,141,0 chrVI 16574 . GT G 830.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=30.9377;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.39;MQ0=0;QD=15.98;RPA=10,9;RU=T;SB=-3.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,43:52:99:873,119,0 chrVI 20484 . T TATA 898.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=112.6642;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.91;MQ0=0;QD=27.24;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,17:33:60:941,60,0 chrVI 20506 . T TCA 381.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.510;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=296.2622;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.531;QD=18.16;ReadPosRankSum=1.327;SB=-8.787e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,10:21:13:423,13,0 chrVI 20508 . T TTTCCATAC 1247.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=169.3548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.40;MQ0=0;QD=78.00;SB=-9.400e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,10:16:48:1290,48,0 chrVI 20630 . A ATT 1581.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=232.4613;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.74;MQ0=0;QD=32.28;RPA=4,6;RU=T;SB=-6.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,43:49:99:1624,135,0 chrVI 20836 . G GA 1358.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=110.5528;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.08;MQ0=0;QD=24.71;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,53:55:99:1401,153,0 chrVI 25313 . A AT 1273.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=163.2582;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;QD=16.99;RPA=5,6;RU=T;SB=-6.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,64:75:99:1316,157,0 chrVI 25742 . A AT 1521.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=33.6657;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;QD=21.44;RPA=8,9;RU=T;SB=-7.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,69:71:99:1564,200,0 chrVI 25929 . AG A 4854 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=458.7088;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=30.92;SB=-1.247e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,157:157:99:4854,430,0 chrVI 26165 . C CTT 3482 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=195.5105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.43;MQ0=1;QD=26.58;RPA=9,11;RU=T;SB=-7.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,106:130:99:3482,326,0 chrVI 27117 . CTT C 3094.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=421.5341;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.72;MQ0=0;QD=40.19;SB=-1.507e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,63:77:99:3137,220,0 chrVI 27175 . A AT 2220.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=217.2797;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.98;MQ0=0;QD=28.47;RPA=1,2;RU=T;SB=-7.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,72:78:99:2263,210,0 chrVI 27549 . T TTCTACAACTAAC 6132 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=135.9106;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.98;MQ0=0;QD=105.72;SB=-1.647e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,31:58:99:6132,150,0 chrVI 31532 . AT A 1097.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.263;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=46.1817;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.208;QD=13.39;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.097;SB=-1.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,60:82:99:1140,102,0 chrVI 32524 . CTT C 3639 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=231.4173;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.50;MQ0=1;QD=33.69;RPA=5,3;RU=T;SB=-1.728e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,105:107:99:3639,295,0 chrVI 32925 . A AT 1675.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.146;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=252.4056;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.925;QD=18.83;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.471;SB=-3.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,76:89:99:1718,182,0 chrVI 47992 . CTA C 1676.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=246.2869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.82;MQ0=0;QD=39.00;SB=-8.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:43:99:1719,120,0 chrVI 54492 . C CA 1519.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.872;DP=152;FS=1.371;HaplotypeScore=405.4214;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.012;QD=10.00;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.793;SB=-7.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:54,92:152:99:1562,177,0 chrVI 65113 . T TA 1152.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.700;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=640.6256;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.401;QD=11.89;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.350;SB=-2.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,62:97:82:1195,82,0 chrVI 66238 . C CGAT 2405.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=84.4904;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.36;MQ0=0;QD=35.38;RPA=4,5;RU=GAT;SB=-6.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,55:68:99:2448,165,0 chrVI 69076 . T TTC 1216.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=144.7219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.95;MQ0=0;QD=35.79;RPA=1,2;RU=TC;SB=-4.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,33:34:93:1259,93,0 chrVI 74485 . G GAAA 990.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.374;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=38.9714;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.129;QD=22.52;RPA=11,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.584;SB=-1.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,25:44:72:1033,72,0 chrVI 74592 . G GTA 535.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=27.4018;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.69;MQ0=0;QD=10.72;RPA=6,7;RU=TA;SB=-5.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,17:50:54:578,54,0 chrVI 74843 . GA G 349.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=159.8179;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.77;MQ0=0;QD=23.33;RPA=5,4;RU=A;SB=-2.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45:392,45,0 chrVI 75085 . C CTTGTCTTCTT 4019 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=423.9593;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.31;MQ0=0;QD=65.89;RPA=1,2;RU=TTGTCTTCTT;SB=-1.412e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,30:61:99:4019,120,0 chrVI 75151 . T TCC 544.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=98.2794;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.20;MQ0=0;QD=22.71;RPA=5,7;RU=C;SB=-2.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,13:24:48:587,48,0 chrVI 75891 . CT C 460.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=10.6022;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.14;MQ0=0;QD=20.95;RPA=4,3;RU=T;SB=-2.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,20:22:54:503,54,0 chrVI 83969 . T TAA 2229.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.592;DP=88;FS=5.411;HaplotypeScore=88.8451;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.557;QD=25.34;RPA=9,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.338;SB=-6.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,73:88:99:2272,195,0 chrVI 87585 . TA T 1054.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=269.4625;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.76;MQ0=0;QD=18.84;RPA=8,7;RU=A;SB=-3.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,53:56:99:1097,143,0 chrVI 87975 . GTGC G 1148.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.790;DP=99;FS=67.423;HaplotypeScore=481.5288;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.64;MQ0=0;MQRankSum=-3.226;QD=11.61;ReadPosRankSum=0.999;SB=-4.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,31:99:99:1188,0,3117 chrVI 91775 . G GAAT 5186 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=59.6010;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.46;MQ0=0;QD=46.72;SB=-2.084e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,101:111:99:5186,298,0 chrVI 92733 . AT A 980.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.992;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=477.7248;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.620;QD=14.22;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=2.540;SB=-3.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,59:69:99:1023,123,0 chrVI 92736 . ATG A 1744.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.314;DP=76;FS=2.173;HaplotypeScore=435.8640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.735;QD=22.96;ReadPosRankSum=2.787;SB=-6.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,59:76:99:1787,143,0 chrVI 95460 . AT A 787.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.961;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=65.8042;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=0.123;QD=9.16;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=2.247;SB=-2.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,53:86:87:830,87,0 chrVI 96701 . ACAAGTG A 4638 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=112.6847;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.39;MQ0=0;QD=50.41;SB=-8.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,73:92:99:4638,205,0 chrVI 97544 . C CATAT 2708.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=134.4715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=36.12;RPA=5,7;RU=AT;SB=-4.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,62:75:99:2751,161,0 chrVI 97864 . C CT 935.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.581;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=140.9217;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.59;MQ0=0;MQRankSum=0.220;QD=13.37;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.141;SB=-2.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,48:70:99:978,105,0 chrVI 98766 . AT A 634.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.510;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=184.1683;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.714;QD=14.43;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.510;SB=-3.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,37:44:79:677,79,0 chrVI 98982 . TA T 756.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=38.7609;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.67;MQ0=0;QD=21.03;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,33:36:93:799,93,0 chrVI 99153 . C CA 208.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.369;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=163.4766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.369;QD=3.53;RPA=17,18;RU=A;ReadPosRankSum=-1.308;SB=-7.002e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,11:59:17:247,0,17 chrVI 101479 . CT C 1372.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=32.5271;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.25;MQ0=0;QD=18.31;RPA=8,7;RU=T;SB=-6.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,72:75:99:1415,185,0 chrVI 104569 . A AT 129.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.793;DP=23;FS=3.802;HaplotypeScore=23.5369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.59;MQ0=0;MQRankSum=2.533;QD=5.65;ReadPosRankSum=-2.141;SB=-1.386e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,12:23:53:169,0,53 chrVI 104575 . AAT A 34.75 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=27.9167;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.380;QD=2.67;ReadPosRankSum=1.380;SB=-2.033e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,5:13:10:76,10,0 chrVI 106277 . C CTT 405.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=27.7205;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=12.30;RPA=13,15;RU=T;SB=-1.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,20:33:61:448,61,0 chrVI 106582 . GA G 1401.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=17.3698;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=31.86;SB=-5.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:44:99:1444,126,0 chrVI 106881 . GGGAAAA G 4376 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=148.4719;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=46.06;RPA=4,3;RU=GGAAAA;SB=-1.775e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,70:95:99:4376,205,0 chrVI 107185 . G GA 2253.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.201;DP=142;FS=1.684;HaplotypeScore=102.3375;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.201;QD=15.87;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.334;SB=-1.091e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,112:142:99:2296,228,0 chrVI 107770 . T TA 1142.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=342.4263;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.57;MQ0=0;QD=16.81;RPA=11,12;RU=A;SB=-8.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,48:68:99:1185,160,0 chrVI 110110 . AAG A 3011.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=55.7297;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.56;MQ0=0;QD=32.39;SB=-7.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,74:93:99:3054,265,0 chrVI 110236 . C CTTTTTT 3379 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=264.7427;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.08;MQ0=0;QD=62.57;RPA=4,10;RU=T;SB=-1.280e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,37:54:99:3379,150,0 chrVI 110299 . TCAGC T 5297 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=256.6423;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.41;MQ0=0;QD=52.97;RPA=2,1;RU=CAGC;SB=-2.591e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,93:100:99:5297,280,0 chrVI 111479 . T TC 1961.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.234;DP=89;FS=7.123;HaplotypeScore=49.7198;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.017;QD=22.04;ReadPosRankSum=0.087;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,77:89:99:2004,183,0 chrVI 111733 . CCTCAT C 2780.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=101.2216;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.40;MQ0=0;QD=51.50;RPA=2,1;RU=CTCAT;SB=-1.023e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,48:54:99:2823,135,0 chrVI 112326 . C CA 875.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=161.9856;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.27;MQ0=0;QD=22.46;RPA=7,8;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:99:918,114,0 chrVI 114106 . G GA 845.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.325;DP=51;FS=3.076;HaplotypeScore=70.6807;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.148;QD=16.59;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.030;SB=-4.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,32:51:86:888,86,0 chrVI 114205 . C CA 938.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.830;DP=65;FS=4.117;HaplotypeScore=342.5326;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.132;QD=14.45;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.249;SB=-3.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,51:65:77:981,77,0 chrVI 114460 . A AT 2569.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=49.5545;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.49;MQ0=0;QD=31.34;RPA=1,2;RU=T;SB=-9.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:82:99:2612,235,0 chrVI 114954 . GT G 3317 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;FS=0.000;HaplotypeScore=256.4700;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=20.10;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.352e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,156:165:99:3317,419,0 chrVI 118644 . AG A 1786.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=117.3341;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.33;MQ0=0;QD=25.90;RPA=3,2;RU=G;SB=-5.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,68:69:99:1829,195,0 chrVI 131288 . T TA 819.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=20.4528;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=19.52;RPA=6,7;RU=A;SB=-2.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,38:42:99:862,105,0 chrVI 137325 . TA T 1208.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=211.1446;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.89;MQ0=0;QD=17.52;RPA=9,8;RU=A;SB=-5.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,62:69:99:1251,167,0 chrVI 137700 . TATTCA T 3575 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.974;DP=222;FS=3.024;HaplotypeScore=548.6648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.08;MQ0=0;MQRankSum=-3.625;QD=16.10;ReadPosRankSum=2.202;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:155,66:217:99:3575,0,9193 chrVI 137727 . T TA 1425.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.728;DP=176;FS=1.147;HaplotypeScore=713.2507;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.33;MQ0=3;MQRankSum=0.886;QD=8.10;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=-4.025;SB=-1.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:108,67:166:99:1465,0,2425 chrVI 143577 . ATTTAC A 2347.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=796.8969;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.15;MQ0=87;QD=18.34;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:96,30:41:99:2390,117,0 chrVI 143586 . ACTAG A 1889.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=747.5287;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=15.36;MQ0=80;QD=16.73;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:83,30:33:99:1932,99,0 chrVI 143611 . T TA 906.37 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.061;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=1300.0553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.33;MQ0=72;MQRankSum=-0.172;QD=8.02;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=-2.690;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:81,27:41:13:948,13,0 chrVI 143798 . A AT 611.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=557.0635;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.04;MQ0=3;QD=26.61;RPA=1,2;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,20:20:60:654,60,0 chrVI 143823 . T TA 407.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=421.6629;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.47;MQ0=3;QD=22.66;RPA=1,2;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,13:15:42:450,42,0 chrVI 143940 . TC T 2756.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=197.2154;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.28;MQ0=0;QD=32.82;SB=-1.352e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:84:99:2799,243,0 chrVI 144111 . GTGA G 4251 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=177.5130;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.09;MQ0=0;QD=43.82;RPA=2,1;RU=TGA;SB=-7.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,90:97:99:4251,265,0 chrVI 147079 . T TTG 1207.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=180.0054;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.39;MQ0=0;QD=33.55;SB=-6.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,31:36:87:1250,87,0 chrVI 148490 . T TA 1124.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=211.1815;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.44;MQ0=0;QD=28.12;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:40:96:1167,96,0 chrVI 148662 . C CA 137.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=111.6823;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.20;MQ0=0;QD=11.50;RPA=8,9;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,6:12:24:180,24,0 chrVI 148941 . C CTT 438.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=97.7154;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.15;MQ0=0;QD=17.56;RPA=11,13;RU=T;SB=-9.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,14:25:50:481,50,0 chrVI 154502 . A AT 401.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.980;DP=31;FS=4.075;HaplotypeScore=29.6947;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.96;MQ0=0;MQRankSum=0.980;QD=12.97;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.829;SB=-1.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,24:31:47:444,47,0 chrVI 155985 . GTTT G 884.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=47;FS=4.314;HaplotypeScore=53.1986;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.47;MQ0=0;MQRankSum=1.238;QD=18.83;RPA=16,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.371;SB=-3.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,25:47:68:927,68,0 chrVI 157816 . AT A 1743.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=521.5610;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.06;MQ0=0;QD=18.75;RPA=8,7;RU=T;SB=-6.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,86:93:99:1786,233,0 chrVI 157828 . A ATCT 4293 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=377.6217;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.66;MQ0=0;QD=45.67;RPA=1,2;RU=TCT;SB=-1.277e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,85:94:99:4293,262,0 chrVI 157896 . C CT 1727.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=503.3929;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.21;MQ0=0;QD=32.00;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:54:99:1770,162,0 chrVI 159212 . G GA 1325.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=224.3599;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.38;MQ0=0;QD=23.68;RPA=5,6;RU=A;SB=-4.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,54:56:99:1368,156,0 chrVI 160392 . TA T 3504 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=94.8305;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;QD=25.58;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.321e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,132:137:99:3504,381,0 chrVI 160471 . A ATTAT 5850 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=137.3938;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.00;MQ0=0;QD=43.33;SB=-2.833e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,102:135:99:5850,313,0 chrVI 161527 . CA C 1383.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=100.7654;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.18;MQ0=0;QD=26.11;RPA=4,3;RU=A;SB=-2.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,52:53:99:1426,153,0 chrVI 161889 . GT G 1057.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=623.5022;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=28.59;RPA=2,1;RU=T;SB=-3.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:37:99:1100,102,0 chrVI 161949 . AC A 800.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=489.2604;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.06;MQ0=0;QD=28.61;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,26:25:72:843,72,0 chrVI 161952 . ATTATTC A 1189.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.487;DP=27;FS=14.241;HaplotypeScore=430.2045;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.94;MQ0=0;MQRankSum=2.009;QD=44.07;ReadPosRankSum=2.392;SB=-6.302e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,21:24:26:1232,26,0 chrVI 161960 . TC T 326.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=404.1870;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.69;MQ0=0;QD=14.86;SB=-2.400e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,21:19:53:369,53,0 chrVI 167381 . AAT A 2118.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=553.0587;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.89;MQ0=0;QD=21.62;RPA=6,5;RU=AT;SB=-1.069e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,65:98:99:2161,193,0 chrVI 167855 . ATT A 517.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=54.2245;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.65;MQ0=0;QD=21.58;RPA=12,10;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,16:24:60:560,60,0 chrVI 168319 . TTTTGCATGCACCGTGATCCTGTTAC T 5221 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=88.8579;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.82;MQ0=0;QD=73.54;RPA=2,1;RU=TTTGCATGCACCGTGATCCTGTTAC;SB=-1.077e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,30:71:84:5221,84,0 chrVI 169660 . GGT G 2341.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.681;DP=89;FS=2.076;HaplotypeScore=2054.5261;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.89;MQ0=0;MQRankSum=0.691;QD=26.31;ReadPosRankSum=4.797;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,78:89:74:2384,74,0 chrVI 169663 . ATGGCGG A 5176 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.966;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=1774.8588;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.89;MQ0=0;MQRankSum=0.870;QD=58.16;ReadPosRankSum=4.616;SB=-7.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,77:89:69:5176,69,0 chrVI 172412 . TA T 1897.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.349;DP=132;FS=2.627;HaplotypeScore=109.2666;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.039;QD=14.38;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.013;SB=-7.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,109:132:99:1940,234,0 chrVI 174046 . CTT C 320.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.773;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=34.0116;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.73;MQ0=0;MQRankSum=1.335;QD=8.02;RPA=15,13;RU=T;ReadPosRankSum=1.054;SB=-1.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,17:39:26:363,26,0 chrVI 179312 . TTTC T 2420.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=49.5716;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.46;MQ0=0;QD=22.21;RPA=10,9;RU=TTC;SB=-1.043e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,76:109:99:2463,195,0 chrVI 181927 . A AAC 4653 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=368.7494;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.33;MQ0=0;QD=38.78;SB=-2.212e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,116:120:99:4653,337,0 chrVI 182885 . T TGTGTGCGTGTGTGC 2572.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=38.4441;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.88;MQ0=0;QD=122.52;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,14:21:57:2615,57,0 chrVI 190180 . A ACAG 987.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=183.2035;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.51;MQ0=0;QD=31.87;RPA=3,4;RU=CAG;SB=-1.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,26:31:72:1030,72,0 chrVI 191470 . TTTA T 5620 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=538.9547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.25;MQ0=0;QD=34.69;RPA=2,1;RU=TTA;SB=-2.516e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,144:162:99:5620,370,0 chrVI 193508 . T TA 1656.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.493;DP=118;FS=1.618;HaplotypeScore=75.0813;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.639;QD=14.04;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.267;SB=-7.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,89:118:99:1699,155,0 chrVI 194606 . ATT A 3699 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=352.1436;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.84;MQ0=0;QD=24.02;RPA=12,10;RU=T;SB=-1.843e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,121:154:99:3699,360,0 chrVI 199527 . AT A 2506.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=280.1205;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.72;MQ0=0;QD=23.21;RPA=4,3;RU=T;SB=-5.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,101:108:99:2549,279,0 chrVI 203706 . G GT 2070.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.167;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=190.3481;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.936;QD=18.83;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.372;SB=-9.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,94:110:99:2113,242,0 chrVI 204840 . C CAT 7246 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=245;FS=0.000;HaplotypeScore=1436.9315;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.68;MQ0=0;QD=29.58;RPA=2,3;RU=AT;SB=-2.153e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:48,197:245:99:7246,590,0 chrVI 206951 . GA G 2446.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.250;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=344.7511;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.612;QD=20.22;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.828;SB=-2.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,117:121:99:2489,319,0 chrVI 213033 . T TATC 7931 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=203;FS=0.000;HaplotypeScore=1161.5728;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.85;MQ0=0;QD=39.07;RPA=1,2;RU=ATC;SB=-3.067e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,172:203:99:7931,496,0 chrVI 220404 . T TA 2485.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=53.7232;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.09;MQ0=0;QD=20.72;RPA=5,6;RU=A;SB=-8.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,108:120:99:2528,297,0 chrVI 221876 . G GAA 1355.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.155;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=380.4869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.217;QD=25.11;RPA=9,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.938;SB=-3.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,46:54:99:1398,122,0 chrVI 221916 . T TG 1562.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=532.0623;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.78;MQ0=0;QD=31.90;SB=-5.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:48:99:1605,138,0 chrVI 221931 . GA G 1131.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=606.3556;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.80;MQ0=0;QD=21.77;RPA=6,5;RU=A;SB=-4.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,50:51:99:1174,141,0 chrVI 221940 . C CT 1406.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=792.2027;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.25;MQ0=0;QD=17.37;RPA=2,3;RU=T;SB=-7.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,66:80:99:1449,185,0 chrVI 221962 . TC T 2471.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=494.6384;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.10;MQ0=0;QD=26.02;RPA=5,4;RU=C;SB=-1.223e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,93:94:99:2514,270,0 chrVI 222196 . ACTGGCG A 2384.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=100.5554;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;QD=59.62;RPA=3,2;RU=CTGGCG;SB=-5.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,36:40:99:2427,108,0 chrVI 224003 . A AAAG 1237.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=109.3256;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;QD=39.93;SB=-4.900e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,23:31:84:1280,84,0 chrVI 224009 . C CA 617.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=161.2469;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.73;MQ0=0;QD=21.31;RPA=8,9;RU=A;SB=-2.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,28:29:84:660,84,0 chrVI 224578 . GTCA G 2274.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=32.2630;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=30.33;RPA=5,4;RU=TCA;SB=-6.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,64:75:99:2317,177,0 chrVI 224892 . A AGTAG 1471.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=33.1490;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.02;MQ0=0;QD=43.29;RPA=1,2;RU=GTAG;SB=-6.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,27:34:78:1514,78,0 chrVI 224997 . A AG 1007.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=31.9057;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;QD=33.60;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,28:30:84:1050,84,0 chrVI 226131 . CA C 266.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.050;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=38.3515;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.141;QD=4.68;RPA=15,14;RU=A;ReadPosRankSum=2.510;SB=-5.899e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,17:57:36:309,36,0 chrVI 226671 . AG A 2216.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=29.6163;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=29.56;SB=-9.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:75:99:2259,196,0 chrVI 226825 . AT A 1581.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=402.0418;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.83;MQ0=0;QD=21.38;RPA=6,5;RU=T;SB=-4.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:74:99:1624,195,0 chrVI 227471 . AG A 1454.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=100.4363;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.14;MQ0=0;QD=20.21;RPA=2,1;RU=G;SB=-7.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,62:72:99:1497,143,0 chrVI 234197 . CA C 1965.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=100.0604;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.99;MQ0=0;QD=24.57;RPA=4,3;RU=A;SB=-7.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,79:80:99:2008,213,0 chrVI 241524 . C CT 1585.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.540;DP=101;FS=16.447;HaplotypeScore=59.7175;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=0.798;QD=15.70;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.952;SB=-5.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,75:101:99:1628,123,0 chrVI 245165 . AT A 699.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.213;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=31.2197;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=0.780;QD=14.89;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.866;SB=-3.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,36:47:94:742,94,0 chrVI 245875 . GA G 1160.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=161.3670;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.33;MQ0=0;QD=23.69;RPA=4,3;RU=A;SB=-3.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,45:49:99:1203,129,0 chrVI 248918 . AT A 2284.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=100.4266;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.85;MQ0=0;QD=18.43;RPA=9,8;RU=T;SB=-4.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,103:124:99:2327,308,0 chrVI 249050 . GT G 2823.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=515.6053;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.22;MQ0=0;QD=32.09;SB=-1.189e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:88:99:2866,258,0 chrVI 250081 . AG A 5709 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=197;FS=0.000;HaplotypeScore=72.4222;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.21;MQ0=0;QD=28.98;RPA=2,1;RU=G;SB=-2.237e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,193:197:99:5709,541,0 chrVI 252064 . T TA 2167.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=200.7721;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.00;MQ0=0;QD=21.68;RPA=5,6;RU=A;SB=-9.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,93:100:99:2210,258,0 chrVI 252309 . C CT 1964.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=446.2865;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.73;MQ0=0;QD=21.59;RPA=6,7;RU=T;SB=-9.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,86:91:99:2007,243,0 chrVI 253474 . ATG A 2194.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=46.5987;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.62;MQ0=0;QD=22.40;RPA=4,3;RU=TG;SB=-4.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:50,45:98:99:2237,218,0 chrVI 255349 . C CG 1206.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=183.2310;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.58;MQ0=0;QD=25.68;RPA=6,7;RU=G;SB=-2.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,46:47:99:1249,138,0 chrVI 255387 . TA T 1200.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=302.7679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.98;MQ0=0;QD=19.06;RPA=9,8;RU=A;SB=-4.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,61:63:99:1243,167,0 chrVI 256108 . GGTT G 2579.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=74.2717;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.02;MQ0=0;QD=44.48;RPA=2,1;RU=GTT;SB=-7.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,56:58:99:2622,163,0 chrVI 258735 . TAGTGGTGGTTAAAGAA T 14210 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=68.2559;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.10;MQ0=0;QD=139.31;SB=-5.430e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,83:102:99:14210,247,0 chrVI 259963 . A AGGAATCT 7263 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=795.9506;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.05;MQ0=0;QD=72.63;SB=-3.501e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,73:100:99:7263,256,0 chrVI 262258 . AT A 3015.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=480.4342;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.65;MQ0=0;QD=18.85;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.529e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:77,70:160:99:3058,372,0 chrVI 262331 . TG T 3497 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=354.2027;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.82;MQ0=0;QD=28.43;RPA=3,2;RU=G;SB=-1.677e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,118:123:99:3497,334,0 chrVI 265378 . C CTT 1820.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.163;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=95.2133;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=0.336;QD=21.94;RPA=10,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.801;SB=-4.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,48:83:99:1863,160,0 chrVI 265477 . G GT 2550.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=100.1792;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.53;MQ0=0;QD=34.94;SB=-1.178e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,71:73:99:2593,211,0 chrVI 267078 . G GT 1416.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=1546.2210;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.35;MQ0=0;QD=24.02;RPA=2,3;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,53:59:99:1459,162,0 chrVI 267115 . TA T 788.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=1304.8740;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=28.18;RPA=2,1;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:84:831,84,0 chrVII 473 . GC G 559.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.755;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=1535.0021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.80;MQ0=5;MQRankSum=-0.229;QD=7.27;RPA=3,2;RU=C;ReadPosRankSum=0.497;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,33:59:99:599,0,894 chrVII 478 . TCTC T 1768.96 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=1385.3756;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.71;MQ0=5;QD=23.59;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,30:57:99:1811,132,0 chrVII 483 . CT C 281.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.771;DP=92;FS=5.812;HaplotypeScore=1631.8842;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.71;MQ0=6;MQRankSum=-0.359;QD=3.06;ReadPosRankSum=3.366;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,33:65:99:321,0,400 chrVII 485 . CA C 352.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.382;DP=93;FS=5.892;HaplotypeScore=1641.2345;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.76;MQ0=6;MQRankSum=-0.412;QD=3.80;ReadPosRankSum=2.590;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,33:66:99:392,0,901 chrVII 498 . CT C 1181.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.480;DP=93;FS=2.652;HaplotypeScore=1317.6319;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.26;MQ0=10;MQRankSum=-2.341;QD=12.71;ReadPosRankSum=1.785;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,59:56:99:1221,0,418 chrVII 1082 . CA C 2511.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=1140.6772;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.539;QD=23.92;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=1.078;SB=-1.050e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,95:100:99:2554,251,0 chrVII 1519 . CT C 2162.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=457.0827;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.72;MQ0=0;QD=23.51;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.067e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,88:92:99:2205,252,0 chrVII 2036 . AG A 1440.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=296.2720;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.73;MQ0=0;QD=30.66;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,43:47:99:1483,126,0 chrVII 4525 . AG A 2826.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=358.7211;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.77;MQ0=0;QD=28.85;RPA=4,3;RU=G;SB=-7.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,92:98:99:2869,274,0 chrVII 7303 . TA T 247.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=145.1424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.29;MQ0=3;QD=10.78;RPA=12,11;RU=A;SB=-6.499e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,14:19:39:290,39,0 chrVII 7564 . CT C 977.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=266.1986;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.32;MQ0=0;QD=21.73;RPA=4,3;RU=T;SB=-5.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,43:36:99:1020,99,0 chrVII 8026 . CA C 199.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.393;DP=13;FS=6.990;HaplotypeScore=102.3806;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.49;MQ0=0;MQRankSum=0.696;QD=15.31;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=-0.696;SB=-2.810e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,11:11:1:237,1,0 chrVII 8151 . G GA 285.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=60.1084;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.63;MQ0=0;QD=17.87;RPA=1,2;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,8:12:33:328,33,0 chrVII 8311 . T TC 85.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.377;DP=43;FS=4.964;HaplotypeScore=212.8384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.87;MQ0=10;MQRankSum=-3.114;QD=2.00;ReadPosRankSum=1.535;SB=-3.500e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,13:23:99:125,0,308 chrVII 8339 . T TA 59.02 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=166.1925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.45;MQ0=4;MQRankSum=0.731;QD=3.28;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=0.731;SB=-4.730e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,8:8:16:98,0,16 chrVII 8344 . TG T 147.16 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=156.6905;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.49;MQ0=3;MQRankSum=0.742;QD=10.51;ReadPosRankSum=0.742;SB=-6.286e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,8:7:2:185,0,2 chrVII 8541 . AAG A 1178.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.279;DP=49;FS=95.692;HaplotypeScore=1045.5880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.59;MQ0=2;MQRankSum=-2.684;QD=24.06;ReadPosRankSum=0.995;SB=-3.011e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,30:47:99:1218,0,519 chrVII 8549 . A AG 994.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.739;DP=50;FS=113.725;HaplotypeScore=1002.2360;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.43;MQ0=2;MQRankSum=-2.779;QD=19.90;ReadPosRankSum=2.417;SB=-3.011e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,30:48:99:1034,0,518 chrVII 8617 . TTC T 396.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.704;DP=38;FS=84.235;HaplotypeScore=396.1710;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.29;MQ0=7;MQRankSum=-0.060;QD=10.45;ReadPosRankSum=-2.084;SB=-3.011e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,14:31:99:436,0,743 chrVII 8627 . A AG 170.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.318;DP=37;FS=71.152;HaplotypeScore=429.6687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.86;MQ0=7;MQRankSum=-1.308;QD=4.62;ReadPosRankSum=-1.900;SB=-3.006e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,10:30:99:210,0,500 chrVII 8841 . G GC 1649.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=469.7209;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.39;MQ0=0;QD=25.38;RPA=2,3;RU=C;SB=-4.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,51:64:99:1692,165,0 chrVII 9095 . G GA 3832 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=353.6675;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.92;MQ0=0;QD=29.25;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.364e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,127:131:99:3832,373,0 chrVII 10682 . T TA 855.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.605;DP=111;FS=0.826;HaplotypeScore=225.3307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.05;MQ0=8;MQRankSum=-5.126;QD=7.71;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=-2.930;SB=-3.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,48:102:99:895,0,811 chrVII 10864 . TC T 1146.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.129;DP=49;FS=1.829;HaplotypeScore=871.7921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.41;MQ0=1;MQRankSum=0.510;QD=23.41;ReadPosRankSum=1.990;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,38:46:99:1186,0,115 chrVII 10894 . AT A 585.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=646.0956;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.58;MQ0=5;QD=11.72;RPA=10,9;RU=T;SB=-2.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,43:35:81:628,81,0 chrVII 11071 . A AT 1409.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.163;DP=111;FS=103.572;HaplotypeScore=686.5176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.89;MQ0=3;MQRankSum=-0.562;QD=12.70;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=0.438;SB=-1.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,57:102:99:1449,0,356 chrVII 20015 . A AC 196.30 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.699;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=371.4795;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.453;QD=3.64;ReadPosRankSum=2.190;SB=-1.129e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,15:54:8:235,0,8 chrVII 20916 . A AC 1392.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=668.1794;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.84;MQ0=0;QD=21.43;SB=-6.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,57:65:99:1435,181,0 chrVII 21891 . C CA 1148.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=318.5516;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.78;MQ0=0;QD=28.72;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,29:40:99:1191,120,0 chrVII 21893 . AG A 1019.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=316.8496;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.43;MQ0=0;QD=26.84;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,29:38:99:1062,114,0 chrVII 23642 . C CACGACGACGACG 7508 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=170.4273;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.53;MQ0=0;QD=82.51;RPA=5,9;RU=ACG;SB=-1.951e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,64:91:99:7508,193,0 chrVII 25552 . TTA T 3667 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=95.5508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.37;MQ0=0;QD=30.56;RPA=3,2;RU=TA;SB=-8.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,108:120:99:3667,289,0 chrVII 32762 . A AT 2126.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=32.3641;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.85;MQ0=0;QD=23.63;RPA=3,4;RU=T;SB=-8.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,79:90:99:2169,228,0 chrVII 35312 . GTATT G 3943 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=170.8315;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.48;MQ0=0;QD=47.51;RPA=2,1;RU=TATT;SB=-1.400e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,67:83:99:3943,202,0 chrVII 35350 . AC A 2806.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=355.5111;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.32;MQ0=0;QD=28.35;RPA=2,1;RU=C;SB=-6.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,93:99:99:2849,253,0 chrVII 43266 . CAAAA C 2824.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.556;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=194.3490;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=1.556;QD=43.46;RPA=15,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.380;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,55:65:99:2867,166,0 chrVII 49415 . CT C 2364.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.011;DP=127;FS=3.049;HaplotypeScore=71.7283;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=1.241;QD=18.62;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.658;SB=-1.128e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,111:127:99:2407,291,0 chrVII 52694 . C CT 5027 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=202;FS=0.000;HaplotypeScore=64.3111;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.30;MQ0=0;QD=24.89;RPA=4,5;RU=T;SB=-2.103e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,189:202:99:5027,546,0 chrVII 56225 . C CTTTT 551.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=61.4586;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.65;MQ0=0;QD=27.60;RPA=13,17;RU=T;SB=-2.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,7:20:42:594,42,0 chrVII 56250 . AT A 281 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.519;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=100.4741;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.302;QD=8.26;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.519;SB=-1.071e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,17:34:23:323,23,0 chrVII 61961 . A AT 1676.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.019;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=187.1200;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.754;QD=16.60;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.061;SB=-5.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,85:101:99:1719,161,0 chrVII 64453 . TA T 1988.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=31.3089;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;QD=20.50;RPA=5,4;RU=A;SB=-9.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,94:97:99:2031,231,0 chrVII 67460 . AT A 2113.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=281.0719;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.59;MQ0=0;QD=30.20;SB=-7.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,58:70:99:2156,177,0 chrVII 69392 . C CTA 701.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.810;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=172.5443;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.116;QD=14.33;RPA=1,2;RU=TA;ReadPosRankSum=1.119;SB=-3.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,29:49:33:744,33,0 chrVII 73728 . G GTA 1793.99 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.179;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=224.7572;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.83;MQ0=0;MQRankSum=-2.536;QD=13.39;RPA=6,7;RU=TA;ReadPosRankSum=0.060;SB=-5.929e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,53:134:21:1833,0,21 chrVII 73989 . T TATA 4418 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=134.3725;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.64;MQ0=0;QD=42.08;RPA=1,2;RU=ATA;SB=-1.714e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,98:105:99:4418,268,0 chrVII 75474 . TAGAGAG T 4711 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=173.5843;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.93;MQ0=0;QD=54.15;RPA=10,7;RU=AG;SB=-1.941e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,64:87:99:4711,193,0 chrVII 75686 . ATGTT A 5851 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=536.9112;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.56;MQ0=0;QD=55.72;SB=-1.729e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:105:99:5851,283,0 chrVII 75903 . G GA 1097.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=28.1586;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.19;MQ0=0;QD=19.61;RPA=7,8;RU=A;SB=-4.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,48:56:99:1140,138,0 chrVII 76709 . GAA G,GA 945.96 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.578;DP=67;FS=5.363;HaplotypeScore=175.4783;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.845;QD=14.12;RPA=13,11,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.904;SB=-3.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:12,9,0:67:59:1024,767,914,146,0,59 chrVII 77930 . AT A 1393.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.125;DP=91;FS=2.562;HaplotypeScore=118.7650;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.153;QD=15.32;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.403;SB=-3.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,71:91:99:1436,150,0 chrVII 84763 . C CTT 467.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=168.7147;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.85;MQ0=0;QD=7.93;RPA=13,15;RU=T;SB=-1.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,34:58:62:510,62,0 chrVII 89490 . 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G GCATTT 5880 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=502.0072;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.65;MQ0=0;QD=66.82;SB=-2.471e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,76:88:99:5880,265,0 chrVII 102487 . T TA 431.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.437;DP=60;FS=2.703;HaplotypeScore=76.6913;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.04;MQ0=0;MQRankSum=1.036;QD=7.20;RPA=14,15;RU=A;ReadPosRankSum=1.102;SB=-1.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,30:60:37:474,37,0 chrVII 107991 . G GT 1913.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=23.4147;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;QD=26.22;RPA=3,4;RU=T;SB=-7.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,69:73:99:1956,204,0 chrVII 112949 . A ATCGTCG 1959.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.550;DP=93;FS=19.136;HaplotypeScore=710.6589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.60;MQ0=0;MQRankSum=3.065;QD=21.07;RPA=1,3;RU=TCG;ReadPosRankSum=0.272;SB=-6.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,28:93:99:1999,0,766 chrVII 115607 . T TCATA 5858 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=411.6433;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.03;MQ0=0;QD=62.32;SB=-1.005e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,91:94:99:5858,280,0 chrVII 117640 . AT A 2253.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=425.8931;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.02;MQ0=0;QD=20.49;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.072e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,100:110:99:2296,264,0 chrVII 122474 . AT A 2674.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=101.5701;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.28;MQ0=0;QD=23.67;RPA=6,5;RU=T;SB=-8.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,109:113:99:2717,309,0 chrVII 145458 . G GT 448.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=6.8710;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.64;MQ0=0;QD=24.94;RPA=4,5;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54:491,54,0 chrVII 149266 . C CT 1835.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=351.1522;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.54;MQ0=0;QD=22.67;RPA=6,7;RU=T;SB=-5.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,73:81:99:1878,219,0 chrVII 150209 . GA G 2603.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=867.1602;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.75;MQ0=0;QD=29.59;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.125e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,84:88:99:2646,244,0 chrVII 150216 . G GTGCA 4730 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=636.1615;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.20;MQ0=0;QD=58.40;SB=-2.009e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,72:81:99:4730,226,0 chrVII 150559 . A AT 3980 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;FS=0.000;HaplotypeScore=233.6063;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.44;MQ0=0;QD=24.42;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.333e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,154:163:99:3980,450,0 chrVII 154579 . TAAA T 2522.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=343.7180;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.21;MQ0=0;QD=22.33;RPA=16,13;RU=A;SB=-1.172e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,60:113:99:2565,222,0 chrVII 158910 . TCAGGCA T 4197 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.959;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=1117.9494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.85;MQ0=0;MQRankSum=4.222;QD=31.56;RPA=3,2;RU=CAGGCA;ReadPosRankSum=2.598;SB=-1.136e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,70:133:99:4197,0,182 chrVII 163031 . CT C 422.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=11.0394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.15;RPA=5,4;RU=T;SB=-8.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,16:20:51:465,51,0 chrVII 163205 . AT A 527.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=132.1521;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.90;MQ0=0;QD=24.00;RPA=2,1;RU=T;SB=-6.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,21:22:54:570,54,0 chrVII 165436 . C CT 2055.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=207.7075;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.04;MQ0=0;QD=25.70;RPA=3,4;RU=T;SB=-8.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,75:80:99:2098,222,0 chrVII 166201 . G GGGA 820.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=75.9608;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.30;MQ0=0;QD=41.05;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,14:20:54:863,54,0 chrVII 167250 . CAAA CA,C 839.95 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.236;DP=83;FS=6.368;HaplotypeScore=88.3972;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=50.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.621;QD=10.12;RPA=19,17,16;RU=A;ReadPosRankSum=-0.193;SB=-1.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:46,0,8:83:64:918,154,64,471,0,557 chrVII 167483 . C CT 1265.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=91.7049;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=22.61;RPA=6,7;RU=T;SB=-6.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,53:56:99:1308,153,0 chrVII 173154 . A ATTG 1921.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=256.4469;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.55;MQ0=0;QD=35.59;RPA=2,3;RU=TTG;SB=-8.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,40:54:99:1964,123,0 chrVII 175455 . AC A 5800 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=210;FS=0.000;HaplotypeScore=73.0971;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=0;QD=27.62;RPA=4,3;RU=C;SB=-2.563e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,194:210:99:5800,568,0 chrVII 180158 . A ATT 1924.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=24.6421;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.13;MQ0=2;QD=28.31;RPA=8,10;RU=T;SB=-7.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,57:65:99:1967,175,0 chrVII 180364 . G GAA 1197.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=86.4784;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.97;MQ0=0;QD=26.04;RPA=9,11;RU=A;SB=-5.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,27:46:99:1240,117,0 chrVII 181347 . TAAC T 2701.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=31.7941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;QD=33.36;RPA=3,2;RU=AAC;SB=-1.217e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,72:81:99:2744,186,0 chrVII 185801 . AT A 2321.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=226.5031;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.42;MQ0=0;QD=31.38;RPA=2,1;RU=T;SB=-4.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,67:74:99:2364,208,0 chrVII 185835 . TA T 1281.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=380.9030;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.09;MQ0=0;QD=20.68;SB=-5.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,54:62:99:1324,159,0 chrVII 190778 . GAA G 3909 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.638;DP=190;FS=0.000;HaplotypeScore=154.3119;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=0.177;QD=20.57;RPA=14,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.449;SB=-1.882e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,115:190:99:3909,355,0 chrVII 192211 . CCT C 1391.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.263;DP=154;FS=6.650;HaplotypeScore=1236.3202;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.00;MQ0=0;MQRankSum=-3.171;QD=9.04;ReadPosRankSum=-2.710;SB=-6.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:100,50:153:99:1431,0,3737 chrVII 192216 . CG C 869.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.798;DP=153;FS=4.508;HaplotypeScore=1290.2487;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.51;MQ0=0;MQRankSum=-3.593;QD=5.69;ReadPosRankSum=-3.710;SB=-3.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,55:152:99:909,0,3206 chrVII 197816 . G GT 843.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.644;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=19.3171;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.84;MQ0=0;MQRankSum=1.377;QD=17.58;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.666;SB=-2.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,38:48:93:886,93,0 chrVII 204285 . TG T 2270.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=291.6711;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.41;MQ0=0;QD=30.28;SB=-8.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,71:75:99:2313,196,0 chrVII 204597 . TCAAAAATC T 3307 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=167.8005;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.79;MQ0=0;QD=78.74;SB=-1.605e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,34:42:99:3307,105,0 chrVII 204675 . TTATGTTCAATCTC T 5149 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=442.1111;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.31;MQ0=0;QD=122.60;SB=-2.550e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,36:42:99:5149,108,0 chrVII 204933 . GTTGAAT G 5936 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=722.1016;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.23;MQ0=0;QD=87.29;SB=-1.755e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:68:99:5936,205,0 chrVII 204970 . C CA 1837.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.321;DP=99;FS=1.798;HaplotypeScore=937.4064;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.79;MQ0=0;MQRankSum=0.211;QD=18.57;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.088;SB=-6.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,75:99:99:1880,210,0 chrVII 205637 . 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GT G 4009 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.699;DP=108;FS=3.177;HaplotypeScore=259.1062;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.81;MQ0=0;MQRankSum=0.980;QD=37.12;ReadPosRankSum=0.817;SB=-1.887e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,105:108:99:4009,281,0 chrVII 208767 . G GTCGGCCGAATTTCTATAA 2473.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=78.4886;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.62;MQ0=0;QD=74.97;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,1:33:63:2516,63,0 chrVII 213794 . AT A 2095.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=57.6133;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.95;MQ0=0;QD=26.20;SB=-5.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,68:80:99:2138,213,0 chrVII 224895 . TGTCTTC T 4885 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.907;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=1355.1407;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.80;MQ0=0;MQRankSum=1.174;QD=35.40;RPA=2,1;RU=GTCTTC;ReadPosRankSum=2.134;SB=-2.196e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:62,73:138:99:4885,209,0 chrVII 241207 . CCATTCTAGTTATGACCTTTATCTAT C 10832 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=98.8677;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.34;MQ0=0;QD=164.12;SB=-1.327e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,62:66:99:10832,180,0 chrVII 245069 . GA G 2251.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=36.8134;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.99;MQ0=0;QD=23.22;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.064e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,93:97:99:2294,237,0 chrVII 245641 . TCAACAACAACAA T 5190 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=99.6361;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.42;MQ0=0;QD=68.29;RPA=13,9;RU=CAA;SB=-2.548e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,50:76:99:5190,135,0 chrVII 254321 . C CA 1761.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=494.4554;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.99;MQ0=0;QD=34.55;RPA=1,2;RU=A;SB=-6.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1804,153,0 chrVII 254378 . T TG 1529.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.817;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=396.3726;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.93;MQ0=0;MQRankSum=0.317;QD=28.87;ReadPosRankSum=1.471;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,44:52:99:1572,116,0 chrVII 269174 . TA T 497.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.975;DP=58;FS=25.527;HaplotypeScore=237.1155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.92;MQ0=0;MQRankSum=0.756;QD=8.59;ReadPosRankSum=-4.014;SB=0.534 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,35:58:75:537,0,75 chrVII 269179 . TC T 1353.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=147.5194;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.13;MQ0=0;QD=24.18;SB=-3.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,46:56:99:1396,153,0 chrVII 270311 . A ATGTG 5240 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=61.1539;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.87;MQ0=0;QD=48.52;RPA=6,8;RU=TG;SB=-6.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,101:108:99:5240,300,0 chrVII 272322 . GTA G 264.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7897;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;QD=24.09;RPA=7,6;RU=TA;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,10:11:27:307,27,0 chrVII 274363 . A ACC 1959.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=104.7384;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.60;MQ0=0;MQRankSum=1.228;QD=32.67;RPA=7,9;RU=C;ReadPosRankSum=-0.031;SB=-9.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,54:60:99:2002,162,0 chrVII 274400 . ATTT A 1248.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.510;DP=49;FS=8.325;HaplotypeScore=173.2291;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.408;QD=25.49;RPA=13,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.223;SB=-1.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,32:49:82:1291,82,0 chrVII 274526 . C CT 953.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.168;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=308.8268;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;MQRankSum=0.846;QD=19.08;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.201;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,39:50:99:996,104,0 chrVII 276935 . T TG 4726 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=157.3872;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;QD=35.27;SB=-1.899e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,128:134:99:4726,373,0 chrVII 280179 . C CTGCTGTTGCTGTTGTTGCTGT 5464 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=147.7131;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.44;MQ0=0;QD=165.58;SB=-2.424e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:33:99:5464,99,0 chrVII 280618 . A AT 2315.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.395;DP=107;FS=2.953;HaplotypeScore=412.0272;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.753;QD=21.64;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=1.191;SB=-1.053e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,97:107:99:2358,212,0 chrVII 281605 . ATTTT A 1870.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.102;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=98.3952;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.85;MQ0=0;MQRankSum=0.630;QD=28.78;RPA=15,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.654;SB=-5.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,41:65:99:1913,113,0 chrVII 286031 . A AT 1308.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=234.4113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.67;MQ0=0;QD=25.67;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,49:51:99:1351,147,0 chrVII 286296 . CA C 2175.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=30.4619;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=25.30;RPA=4,3;RU=A;SB=-9.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,79:86:99:2218,228,0 chrVII 287343 . T TAA 2751.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=420.4043;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.53;MQ0=0;QD=26.21;RPA=6,8;RU=A;SB=-1.256e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,90:105:99:2794,241,0 chrVII 288375 . GAT G 2525.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=28.4930;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.68;MQ0=0;QD=29.37;RPA=4,3;RU=AT;SB=-9.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,79:86:99:2568,214,0 chrVII 291647 . TA T 2387.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.012;DP=123;FS=6.765;HaplotypeScore=247.5648;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.05;MQ0=0;MQRankSum=1.006;QD=19.41;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=1.953;SB=-1.068e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,117:123:99:2430,282,0 chrVII 298107 . TACAT T,TAT 2102.11 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.412;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=33.9331;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.019;QD=25.95;ReadPosRankSum=-0.361;SB=-8.272e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:41,0,0:81:50:2180,1436,1378,220,0,50 chrVII 301531 . A AT 1779.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=203.0614;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.19;MQ0=0;QD=24.05;RPA=4,5;RU=T;SB=-7.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,69:74:99:1822,198,0 chrVII 303588 . CA C 1188.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=52.0704;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.83;MQ0=0;QD=19.49;RPA=7,6;RU=A;SB=-5.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,53:61:99:1231,147,0 chrVII 307066 . TA T 390.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=67.1995;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.38;MQ0=0;QD=20.58;RPA=5,4;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,16:19:48:433,48,0 chrVII 311210 . G GT 3344 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=144.0465;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.76;MQ0=0;QD=36.35;SB=-1.501e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,89:92:99:3344,268,0 chrVII 313232 . A AT 2192.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=29.8603;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.52;MQ0=0;QD=32.25;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.023e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:68:99:2235,196,0 chrVII 318195 . GA G 1750.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=43.6840;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.44;MQ0=0;QD=22.45;RPA=6,5;RU=A;SB=-5.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,72:78:99:1793,204,0 chrVII 318336 . GA G 2919.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=645.5889;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.04;MQ0=0;QD=21.95;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.292e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,117:133:99:2962,324,0 chrVII 318676 . T TC 6536 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=185;FS=0.000;HaplotypeScore=213.5102;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.61;MQ0=0;QD=35.33;SB=-2.770e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,175:185:99:6536,533,0 chrVII 319858 . T TTC 3075.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=25.2704;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.51;MQ0=1;QD=42.14;SB=-8.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,68:72:99:3118,211,0 chrVII 320838 . TA T 2769.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=452.9101;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.37;MQ0=0;QD=26.63;RPA=3,2;RU=A;SB=-3.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,100:104:99:2812,271,0 chrVII 321049 . G GAA 1851.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.708;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=643.0070;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.98;MQ0=0;MQRankSum=1.586;QD=24.69;RPA=4,6;RU=A;ReadPosRankSum=-0.171;SB=-6.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,45:75:99:1894,203,0 chrVII 321744 . AT A 993.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=52.6629;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;QD=33.13;SB=-3.800e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:81:1036,81,0 chrVII 323364 . T TGTTTTG 2503.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.798;DP=84;FS=2.643;HaplotypeScore=242.3672;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.57;MQ0=1;MQRankSum=2.517;QD=29.81;ReadPosRankSum=2.892;SB=-1.114e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,32:81:99:2546,129,0 chrVII 323580 . TTG T 638.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=177.9276;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.34;MQ0=0;QD=37.59;SB=-4.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:15:45:681,45,0 chrVII 323727 . C CA 342.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=198.0614;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.20;MQ0=0;QD=28.58;RPA=2,3;RU=A;SB=-9.399e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36:385,36,0 chrVII 323740 . GA G 231.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=224.2852;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.50;MQ0=0;QD=17.84;RPA=4,3;RU=A;SB=-9.088e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,11:13:27:274,27,0 chrVII 323927 . T TTA 214.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=62.1307;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.37;MQ0=0;QD=35.68;SB=-8.862e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18:256,18,0 chrVII 324160 . G GCGCA 1018.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=190.4186;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.92;MQ0=0;QD=50.95;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,18:20:57:1061,57,0 chrVII 324162 . G GGC 543.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=223.3211;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.64;MQ0=0;QD=28.63;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,18:19:54:586,54,0 chrVII 324464 . TA T 397.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=171.7448;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.58;MQ0=0;QD=16.58;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,22:24:54:440,54,0 chrVII 324564 . ACAAT A 1074.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.614;DP=47;FS=8.568;HaplotypeScore=509.3969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.68;MQ0=0;MQRankSum=0.261;QD=22.87;ReadPosRankSum=3.788;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,23:47:99:1114,0,134 chrVII 324572 . CAAG C 1057.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.203;DP=43;FS=2.730;HaplotypeScore=488.1290;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.09;MQ0=0;MQRankSum=0.179;QD=24.60;ReadPosRankSum=1.058;SB=-9.598e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,23:43:32:1100,32,0 chrVII 325122 . G GA 623.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=244.1108;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.20;MQ0=0;QD=20.13;RPA=7,8;RU=A;SB=-2.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,27:31:81:666,81,0 chrVII 325265 . CTTTT C 6058 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=2245.5527;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.86;MQ0=0;QD=43.58;RPA=10,6;RU=T;SB=-2.916e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,120:139:99:6058,361,0 chrVII 325276 . C CA 4761 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=2491.5390;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.13;MQ0=0;QD=31.95;RPA=1,2;RU=A;SB=-2.058e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,149:149:99:4761,448,0 chrVII 326257 . T TA 27.98 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.263;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=74.6531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.368;QD=1.22;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=1.628;SB=-8.127e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,7:23:67:67,0,77 chrVII 326260 . T TA 321.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.651;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=48.2938;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.96;MQ0=0;MQRankSum=0.434;QD=14.63;RPA=5,6;RU=A;ReadPosRankSum=1.085;SB=-2.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,8:22:42:364,42,0 chrVII 326735 . A ATT 1476.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=59.6172;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.46;MQ0=0;QD=23.82;RPA=10,12;RU=T;SB=-7.039e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,46:62:99:1519,146,0 chrVII 328325 . AGG A 698.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=303.2234;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=33.28;RPA=3,1;RU=G;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:21:57:741,57,0 chrVII 328408 . AC A 1164.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=566.4306;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.78;MQ0=0;QD=27.09;RPA=3,2;RU=C;SB=-2.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:43:99:1207,120,0 chrVII 328696 . T TTATG 2193.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=223.6656;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.11;MQ0=0;QD=42.19;RPA=1,2;RU=TATG;SB=-8.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,34:52:99:2236,117,0 chrVII 328725 . G GA 1542.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=383.2747;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.60;MQ0=0;QD=29.11;RPA=2,3;RU=A;SB=-7.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,51:53:99:1585,150,0 chrVII 334720 . CT C 3322 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=600.8958;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.81;MQ0=0;QD=36.11;SB=-1.658e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:92:99:3322,268,0 chrVII 341879 . TA T 471.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3194;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.78;MQ0=0;QD=18.15;RPA=8,7;RU=A;SB=-2.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:63:514,63,0 chrVII 343175 . AC A 3317 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.402;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=119.0266;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.08;MQ0=0;MQRankSum=0.752;QD=31.59;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=-1.382;SB=-7.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,104:105:99:3317,261,0 chrVII 345521 . GAA G 4997 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=186.2643;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.08;MQ0=1;QD=32.88;RPA=5,3;RU=A;SB=-1.963e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,131:151:99:4997,397,0 chrVII 345871 . C CT 1985.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.444;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=190.8331;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.84;MQ0=1;MQRankSum=1.314;QD=15.40;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.255;SB=-7.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,84:128:99:2028,184,0 chrVII 352895 . GA G 1452.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=182.6557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.78;MQ0=0;QD=23.06;RPA=7,6;RU=A;SB=-6.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,62:63:99:1495,180,0 chrVII 357322 . AT A 1962.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.683;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=96.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=0.756;QD=25.17;ReadPosRankSum=-0.171;SB=-7.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,51:78:99:2005,209,0 chrVII 361971 . AT A 896.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=141.5260;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.82;MQ0=0;QD=15.46;RPA=10,9;RU=T;SB=-4.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,45:58:99:939,128,0 chrVII 364146 . AT A 911.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.928;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=221.9039;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.023;QD=12.67;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.356;SB=-3.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,51:72:99:954,109,0 chrVII 365718 . A AATTTGGT 3650 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=188.3969;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.61;MQ0=0;QD=84.88;SB=-9.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:43:99:3650,123,0 chrVII 366199 . ATATATAT A 8563 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=183.8614;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.42;MQ0=0;QD=68.50;SB=-1.599e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,123:125:99:8563,340,0 chrVII 366778 . TAAAAA T,TA 1398.21 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.767;DP=63;FS=8.879;HaplotypeScore=176.0225;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.95;MQ0=0;MQRankSum=2.082;QD=22.19;RPA=18,13,14;RU=A;ReadPosRankSum=2.398;SB=-4.442e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:25,7,0:63:48:1476,536,564,127,0,48 chrVII 368551 . G GA 2618.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=205.7164;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.03;MQ0=0;QD=30.10;RPA=2,3;RU=A;SB=-9.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,85:87:99:2661,256,0 chrVII 376066 . AT A 1634.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.688;DP=85;FS=4.320;HaplotypeScore=140.1368;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.498;QD=19.23;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.356;SB=-5.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,75:85:99:1677,193,0 chrVII 378026 . AATGATG A 4272 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=129.7757;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.27;MQ0=0;QD=48.00;RPA=6,4;RU=ATG;SB=-1.502e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,64:89:99:4272,189,0 chrVII 379162 . TCAGCAG T 2404.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=18.2739;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;QD=58.66;RPA=8,6;RU=CAG;SB=-1.005e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,35:40:99:2447,105,0 chrVII 388855 . AT A 2010.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=199.7698;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.22;MQ0=0;QD=23.11;SB=-8.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,47:87:99:2053,227,0 chrVII 394474 . TGAC T 1868.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=274.6219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.20;MQ0=0;QD=28.32;RPA=6,5;RU=GAC;SB=-8.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,53:66:99:1911,150,0 chrVII 394900 . 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TAA T 923.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=227.2150;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.77;MQ0=0;QD=15.66;RPA=13,11;RU=A;SB=-5.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,38:58:99:966,99,0 chrVII 400713 . G GA 635.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=10.9075;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.16;MQ0=0;QD=17.19;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,29:37:81:678,81,0 chrVII 402381 . CA C 502.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=384.5189;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.10;MQ0=1;QD=23.95;RPA=2,1;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,19:17:51:545,51,0 chrVII 402416 . TG T 750.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=532.3690;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=28.88;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:78:793,78,0 chrVII 402441 . AG A 1056.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=690.2020;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.90;MQ0=0;QD=23.49;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,38:44:99:1099,122,0 chrVII 402959 . 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CAAA C 3355 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=289.2050;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.06;MQ0=0;QD=49.34;RPA=5,2;RU=A;SB=-1.102e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,62:68:99:3355,193,0 chrVII 412630 . GA G 1333.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=205.0465;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=18.03;RPA=8,7;RU=A;SB=-4.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,65:74:99:1376,173,0 chrVII 413965 . AGA A,AA 3635 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.076;DP=145;FS=3.808;HaplotypeScore=100.4926;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=0.187;QD=25.07;ReadPosRankSum=0.383;SB=-1.459e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:88,0,0:145:99:3635,1543,1226,572,0,178 chrVII 419300 . T TA 1667.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.708;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=181.8194;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=1.488;QD=20.10;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=1.049;SB=-8.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,76:83:99:1710,188,0 chrVII 421669 . T TA 1470.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=24.7280;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.65;MQ0=0;QD=20.43;RPA=2,3;RU=A;SB=-7.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,68:72:99:1513,147,0 chrVII 422624 . AG A 2841.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=381.2042;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.56;MQ0=0;QD=33.43;SB=-1.411e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,78:85:99:2884,229,0 chrVII 423259 . G GA 2005.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=249.7318;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.92;MQ0=0;QD=23.06;RPA=4,5;RU=A;SB=-8.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,84:87:99:2048,222,0 chrVII 423701 . AT A 1268.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=29.8711;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.10;MQ0=0;QD=18.94;RPA=6,5;RU=T;SB=-5.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,62:67:99:1311,153,0 chrVII 429806 . 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AT A 897.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.499;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=137.9720;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=1.975;QD=10.20;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.213;SB=-1.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,48:88:99:940,111,0 chrVII 440452 . AAAAAT A 1616.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.181;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=48.9869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.11;MQ0=0;MQRankSum=0.866;QD=29.94;ReadPosRankSum=0.787;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,36:54:99:1659,126,0 chrVII 440628 . AG A 1751.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=705.9929;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.18;MQ0=0;QD=29.69;RPA=2,1;RU=G;SB=-4.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,54:59:99:1794,159,0 chrVII 440925 . T TC 2058.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=344.1875;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.18;MQ0=0;QD=27.82;SB=-9.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,68:74:99:2101,216,0 chrVII 443342 . 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GT G 527.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.773;DP=45;FS=6.105;HaplotypeScore=27.3277;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=2.773;QD=11.73;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.367;SB=-2.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,35:45:26:570,26,0 chrVII 466985 . T TAGA 2977.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=21.1376;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.02;MQ0=0;QD=44.45;RPA=1,2;RU=AGA;SB=-1.488e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,62:67:99:3020,178,0 chrVII 469242 . ATTG A 5153 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;FS=0.000;HaplotypeScore=92.1850;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.77;MQ0=0;QD=31.42;RPA=8,7;RU=TTG;SB=-7.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,132:164:99:5153,367,0 chrVII 479689 . G GGTGT 545.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=38.0637;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.94;MQ0=0;QD=45.50;RPA=5,7;RU=GT;SB=-1.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,11:12:30:588,30,0 chrVII 484095 . CT C 998.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.604;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=45.6068;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=0.604;QD=13.50;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.293;SB=-4.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,53:74:99:1041,104,0 chrVII 485313 . TAA T 1713.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=338.6906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.77;MQ0=0;QD=28.57;RPA=9,7;RU=A;SB=-5.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,55:60:99:1756,150,0 chrVII 498008 . ATCGGAG A 6160 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=112.0621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.01;MQ0=0;QD=60.99;RPA=3,2;RU=TCGGAG;SB=-1.482e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,88:101:99:6160,259,0 chrVII 502764 . CT C 963.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.175;DP=64;FS=2.603;HaplotypeScore=30.6962;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.866;QD=15.06;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.828;SB=-3.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,48:64:99:1006,100,0 chrVII 506881 . GA G 1891.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=21.1826;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.82;MQ0=0;QD=28.67;RPA=2,1;RU=A;SB=-8.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,60:66:99:1934,171,0 chrVII 508600 . TTATC T 1334.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=45.6046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;QD=44.50;RPA=2,1;RU=TATC;SB=-3.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,20:30:69:1377,69,0 chrVII 508636 . TC T 708.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=148.6919;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.94;MQ0=0;QD=23.63;RPA=7,6;RU=C;SB=-2.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,27:30:78:751,78,0 chrVII 508694 . T TGA 1201.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=48.3032;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.86;MQ0=0;QD=38.77;SB=-5.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,26:31:84:1244,84,0 chrVII 517548 . G GTCA 2297.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=157.1019;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.14;MQ0=0;QD=37.67;RPA=1,2;RU=TCA;SB=-9.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,43:61:99:2340,147,0 chrVII 522941 . CAAA C 3281 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=363.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.67;MQ0=0;QD=48.25;RPA=5,2;RU=A;SB=-1.166e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,64:68:99:3281,187,0 chrVII 523519 . GT G 1126.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.609;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=35.5765;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=1.609;QD=15.23;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.114;SB=-4.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,60:74:99:1169,143,0 chrVII 523740 . CA C 1952.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.325;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=42.1503;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.061;QD=18.08;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.428;SB=-8.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,89:108:99:1995,230,0 chrVII 526675 . C CT 1778.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=183.3495;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.56;MQ0=0;QD=23.72;RPA=6,7;RU=T;SB=-6.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,71:75:99:1821,213,0 chrVII 526818 . TAA T 1928.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=187.9738;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=22.96;RPA=12,10;RU=A;SB=-6.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,64:84:99:1971,189,0 chrVII 528674 . C CG 38.94 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0142;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.35;MQ0=0;QD=3.00;RPA=5,6;RU=G;SB=-2.021e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,5:13:9:80,9,0 chrVII 529602 . TTCA T 3961 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=395.6022;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.03;MQ0=0;QD=46.06;SB=-1.443e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:86:99:3961,234,0 chrVII 530018 . C CCATATCCTT 8736 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.489;DP=205;FS=0.000;HaplotypeScore=1792.1983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.58;MQ0=0;MQRankSum=2.894;QD=42.61;ReadPosRankSum=-3.037;SB=-3.571e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:109,83:205:99:8736,0,7509 chrVII 531506 . CACAAATGGAA C 7824 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=25.2575;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.90;MQ0=0;QD=107.18;SB=-2.618e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,66:73:99:7824,196,0 chrVII 534974 . G GA 2578.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=74.2170;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.70;MQ0=0;QD=29.31;RPA=2,3;RU=A;SB=-6.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,85:88:99:2621,255,0 chrVII 535209 . G GTAA 935.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=48.3062;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.29;MQ0=0;QD=37.44;SB=-5.400e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,17:25:54:978,54,0 chrVII 535759 . C CAA 225.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=47.6493;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.52;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,5:6:18:267,18,0 chrVII 544557 . GA G 997.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=13.4415;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.92;MQ0=0;QD=32.19;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,30:31:84:1040,84,0 chrVII 545016 . AT A 1481.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=29.5867;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=19.50;RPA=5,4;RU=T;SB=-6.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,61:76:99:1524,168,0 chrVII 547489 . A AGG 1783.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=19.9510;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.64;MQ0=0;QD=37.96;RPA=2,4;RU=G;SB=-5.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,45:47:99:1826,135,0 chrVII 548070 . CT C 1059.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.668;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=211.1923;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.95;MQ0=0;MQRankSum=1.604;QD=12.93;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.449;SB=-3.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,52:82:99:1102,143,0 chrVII 555175 . CA C 1440.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=106.3652;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.73;MQ0=0;QD=34.31;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:1483,123,0 chrVII 555347 . GA G 757.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=14.2494;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.42;MQ0=0;QD=15.79;RPA=11,10;RU=A;SB=-6.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,42:48:99:800,110,0 chrVII 556068 . A AT 1042.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=165.2525;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=24.25;RPA=5,6;RU=T;SB=-3.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,41:43:99:1085,123,0 chrVII 558064 . CT C 1430.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=14.6030;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.77;MQ0=0;QD=34.07;RPA=2,1;RU=T;SB=-5.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:1473,123,0 chrVII 561841 . GGT G 2821.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=94.1596;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.37;MQ0=0;QD=37.13;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:76:99:2864,211,0 chrVII 577405 . AT A 3114.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.145;DP=170;FS=0.000;HaplotypeScore=341.0697;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=0.879;QD=18.32;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.145;SB=-1.023e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,152:170:99:3157,381,0 chrVII 580336 . CT C 4230 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=126.6795;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=36.15;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:117:99:4230,340,0 chrVII 582027 . 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TATATATATATA T 8610 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=115.4088;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.91;MQ0=1;QD=69.44;SB=-1.577e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,99:123:99:8610,235,0 chrVII 596337 . AT A 2419.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=79.2304;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;QD=28.81;RPA=2,1;RU=T;SB=-4.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,82:84:99:2462,232,0 chrVII 596640 . T TA 2401.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=35.6782;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;QD=22.04;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.097e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,105:109:99:2444,296,0 chrVII 598939 . C CTCCGTAAGCCG 4627 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=21.4054;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.37;MQ0=0;QD=115.68;SB=-1.521e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,25:40:99:4627,114,0 chrVII 598999 . 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C CT 2561.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.693;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=48.2768;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.031;QD=20.02;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.630;SB=-6.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,119:128:99:2604,305,0 chrVII 637679 . A AT,ATT 2390.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.375;DP=130;FS=12.867;HaplotypeScore=185.0711;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.644;QD=18.39;RPA=12,13,14;RU=T;ReadPosRankSum=-0.337;SB=-8.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:28,17,76:130:99:2469,1487,1283,278,0,100 chrVII 639673 . GAAAA G,GA 1412.35 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.742;DP=85;FS=14.597;HaplotypeScore=187.3719;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.78;MQ0=0;MQRankSum=2.182;QD=16.62;RPA=23,19,20;RU=A;ReadPosRankSum=1.781;SB=-3.571e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:32,7,0:85:46:1490,501,513,153,0,46 chrVII 640541 . 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TA T 857.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=55.0040;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;QD=19.95;RPA=8,7;RU=A;SB=-2.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,38:43:99:900,114,0 chrVII 649438 . G GA 814.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.262;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=304.2448;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.691;QD=14.55;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.645;SB=-3.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,37:56:72:857,72,0 chrVII 649464 . A AT 1347.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=434.7078;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.60;MQ0=0;QD=20.42;RPA=6,7;RU=T;SB=-5.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,56:66:99:1390,162,0 chrVII 649555 . G GTT 1663.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=233.1102;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.50;MQ0=0;QD=18.09;RPA=13,15;RU=T;SB=-3.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:61,25:92:99:1706,217,0 chrVII 650957 . 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TA T 2866.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.202;DP=144;FS=2.866;HaplotypeScore=1084.4283;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.99;MQ0=0;MQRankSum=1.220;QD=19.91;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=1.604;SB=-1.231e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,134:144:99:2909,338,0 chrVII 656821 . GT G 1760.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=292.3176;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.27;MQ0=0;QD=20.72;RPA=6,5;RU=T;SB=-6.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,75:85:99:1803,207,0 chrVII 660399 . A ATG 5192 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=474.7888;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.15;MQ0=0;QD=40.56;SB=-2.036e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,114:128:99:5192,346,0 chrVII 660440 . A AT 3082.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=640.0954;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.91;MQ0=0;QD=28.03;RPA=2,3;RU=T;SB=-3.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,97:110:99:3125,307,0 chrVII 660964 . G GA 2607.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=153.0679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.35;MQ0=0;QD=33.01;RPA=1,2;RU=A;SB=-4.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,75:79:99:2650,226,0 chrVII 661145 . GAACGT G 4358 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=324.3361;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.20;MQ0=0;QD=56.60;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,70:77:99:4358,196,0 chrVII 661245 . T TTCCC 202.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=46.1578;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.21;MQ0=0;QD=14.44;SB=-3.762e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,6:14:18:244,18,0 chrVII 661427 . T TC 725.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=130.0246;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.49;MQ0=0;QD=24.20;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:29:63:768,63,0 chrVII 666167 . C CTT 1641.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=24.1889;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.86;MQ0=0;QD=25.66;RPA=8,10;RU=T;SB=-1.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,52:64:99:1684,153,0 chrVII 670014 . CAT C 263.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=160.9629;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.06;MQ0=0;QD=4.47;RPA=7,6;RU=AT;SB=-1.029e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,17:59:27:306,27,0 chrVII 675513 . T TA 1096.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=19.8840;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.18;MQ0=0;QD=20.31;RPA=5,6;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,51:54:99:1139,132,0 chrVII 678070 . CT C 62.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.103;DP=45;FS=1.906;HaplotypeScore=136.8971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.077;QD=1.40;RPA=18,17;RU=T;ReadPosRankSum=0.051;SB=-1.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,8:43:99:102,0,145 chrVII 678100 . A AT 478.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=112.0373;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.02;MQ0=0;QD=16.52;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,19:29:58:521,58,0 chrVII 694409 . T TAA 3720 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=40.8185;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.12;MQ0=0;QD=33.51;RPA=7,9;RU=A;SB=-1.171e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,107:111:99:3720,325,0 chrVII 696365 . AAACAAGAAAAGG A 5673 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=118.1915;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.87;MQ0=0;QD=68.35;RPA=2,1;RU=AACAAGAAAAGG;SB=-2.810e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,66:83:99:5673,186,0 chrVII 697261 . CAA C 3387 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=33.8405;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.20;MQ0=0;QD=36.82;RPA=5,3;RU=A;SB=-1.522e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,87:92:99:3387,262,0 chrVII 698446 . C CA 3361 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=207.4335;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.51;MQ0=0;QD=35.76;SB=-1.363e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,91:94:99:3361,262,0 chrVII 702069 . A ATT 2967.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=397.4649;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.78;MQ0=0;QD=30.92;RPA=6,8;RU=T;SB=-1.199e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,85:96:99:3010,256,0 chrVII 702672 . GT G 1252.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=253.5753;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.49;MQ0=0;QD=29.83;RPA=2,1;RU=T;SB=-3.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,39:42:99:1295,117,0 chrVII 702711 . ATT A 1302.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.654;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=266.4989;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.82;MQ0=0;MQRankSum=0.394;QD=26.59;RPA=12,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.575;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,44:49:99:1345,128,0 chrVII 707041 . C CAA 1217.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.461;DP=75;FS=12.143;HaplotypeScore=80.7531;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.20;MQ0=0;MQRankSum=1.596;QD=16.24;RPA=13,15;RU=A;ReadPosRankSum=-0.427;SB=-2.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,21:75:99:1260,103,0 chrVII 707103 . T TA 1438.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=71.9756;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.81;MQ0=0;QD=20.85;RPA=5,6;RU=A;SB=-2.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,57:69:99:1481,171,0 chrVII 712338 . C CA 3035.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=300.5890;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.74;MQ0=0;QD=12.14;RPA=3,4;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,246:123:99:3078,330,0 chrVII 712998 . AC A 3292 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=462.5904;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.96;MQ0=0;QD=24.75;RPA=8,7;RU=C;SB=-1.633e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,125:133:99:3292,351,0 chrVII 715716 . GAAA G 2684.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.488;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=359.1859;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.439;QD=28.87;RPA=14,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.220;SB=-1.250e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,76:93:99:2727,169,0 chrVII 719963 . AAT A 2612.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=152.7690;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.98;MQ0=0;QD=34.84;RPA=3,2;RU=AT;SB=-8.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,73:75:99:2655,211,0 chrVII 720390 . T TACACAAGG 5910 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=146.5818;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.96;MQ0=0;QD=90.92;SB=-9.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,55:65:99:5910,184,0 chrVII 724964 . AGAAATTTTTTTCACTAATGAGAAG A 8657 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=182.8413;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.78;MQ0=0;QD=188.20;SB=-3.286e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,34:46:99:8657,102,0 chrVII 725670 . G GTCA 5185 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=133.1720;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.34;MQ0=0;QD=43.94;RPA=1,2;RU=TCA;SB=-2.159e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,95:118:99:5185,307,0 chrVII 726535 . C CTT 2124.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.438;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=547.9087;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.563;QD=18.97;RPA=11,13;RU=T;ReadPosRankSum=-1.138;SB=-7.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,70:112:99:2167,133,0 chrVII 726604 . AC A 3421 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=990.3876;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.35;MQ0=0;QD=33.21;SB=-1.284e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:103:99:3421,277,0 chrVII 726618 . T TTA 2960.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=885.8319;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.65;MQ0=0;QD=30.21;SB=-5.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,67:98:99:3003,221,0 chrVII 727060 . TA T 1150.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=81.3768;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=17.71;RPA=8,7;RU=A;SB=-4.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,59:65:99:1193,147,0 chrVII 727338 . GT G 1118.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=405.5677;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.18;MQ0=0;QD=16.70;RPA=9,8;RU=T;SB=-5.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,55:66:99:1161,149,0 chrVII 733109 . ATTT AT,A 454.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.223;DP=56;FS=2.793;HaplotypeScore=184.7832;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.037;QD=8.12;RPA=20,18,17;RU=T;ReadPosRankSum=1.594;SB=-2.273e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:35,0,7:56:75:533,92,75,189,0,288 chrVII 733167 . T TTCTTCTTCTCTTCTTC 6989 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=129.4856;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.07;MQ0=0;QD=118.46;RPA=1,3;RU=TCTTCTTC;SB=-1.144e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,36:59:99:6989,123,0 chrVII 733567 . TA T 4371 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=63.2341;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.68;MQ0=0;QD=27.84;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.720e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,151:157:99:4371,397,0 chrVII 735220 . 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G GA 847.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.111;DP=50;FS=3.123;HaplotypeScore=250.4336;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.51;MQ0=0;MQRankSum=0.222;QD=16.96;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.666;SB=-3.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,40:50:93:890,93,0 chrVII 738874 . TA T 1971.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=581.1183;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;QD=24.05;SB=-4.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,72:82:99:2014,222,0 chrVII 738876 . TC T 1777.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.906;DP=83;FS=18.431;HaplotypeScore=610.0576;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.203;QD=21.42;ReadPosRankSum=2.906;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,72:82:99:1820,194,0 chrVII 739249 . TAC T 3291 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=79.3198;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.93;MQ0=0;QD=40.63;SB=-1.215e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:3291,226,0 chrVII 739861 . A AT 2299.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=35.2708;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.81;MQ0=0;QD=25.00;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.094e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,91:92:99:2342,243,0 chrVII 741881 . CT C 1284.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=19.1951;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.40;MQ0=0;QD=21.06;RPA=7,6;RU=T;SB=-2.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,55:61:99:1327,159,0 chrVII 742244 . C CAA 1973.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=476.6738;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.43;MQ0=0;QD=28.61;RPA=5,7;RU=A;SB=-8.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,56:69:99:2016,171,0 chrVII 745750 . CACA C 4731 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=698.5090;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.50;MQ0=0;QD=46.38;RPA=2,1;RU=ACA;SB=-1.963e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,99:102:99:4731,292,0 chrVII 746575 . CTTTTTTTTTTT C 1984.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.467;DP=63;FS=5.787;HaplotypeScore=270.3671;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.93;MQ0=0;MQRankSum=-2.150;QD=31.50;RPA=25,14;RU=T;ReadPosRankSum=0.921;SB=-9.805e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,21:62:2:2023,2,0 chrVII 753296 . AGACGAT A 1364.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=24.9701;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.60;MQ0=0;QD=26.25;RPA=6,5;RU=GACGAT;SB=-5.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,30:52:78:1407,78,0 chrVII 754390 . C CT 700.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=70.8481;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.16;MQ0=0;QD=25.96;RPA=3,4;RU=T;SB=-3.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:78:743,78,0 chrVII 755263 . GA G 1533.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=22.1036;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.44;MQ0=0;QD=22.56;RPA=7,6;RU=A;SB=-3.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,65:68:99:1576,189,0 chrVII 757682 . A AT 2130.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=49.4887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.86;MQ0=0;QD=22.67;RPA=4,5;RU=T;SB=-4.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,83:94:99:2173,234,0 chrVII 763406 . A AT 2594.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=156.9973;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.22;MQ0=0;QD=35.07;SB=-1.109e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,72:74:99:2637,211,0 chrVII 765774 . GA G 280.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.369;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=19.2077;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=0.091;QD=10.03;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=-1.552;SB=-8.694e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,18:28:33:323,33,0 chrVII 766973 . CT C 1827.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=472.2154;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.65;MQ0=0;QD=35.84;SB=-5.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1870,150,0 chrVII 766998 . GGCCACTCACCTT G 4086 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=224.5793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.42;MQ0=0;QD=102.15;SB=-1.719e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,27:40:99:4086,105,0 chrVII 767237 . T TA 2525.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=557.8042;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.36;MQ0=0;QD=28.70;RPA=2,3;RU=A;SB=-9.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,82:88:99:2568,250,0 chrVII 767446 . G GT 3881 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=93.7584;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;QD=27.14;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.884e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,136:143:99:3881,403,0 chrVII 770414 . G GAA 1747.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=19.7946;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.97;MQ0=0;QD=33.61;RPA=4,6;RU=A;SB=-7.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:52:99:1790,147,0 chrVII 772172 . T TTTTCGGTTCTGCAAC 7079 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=117.6813;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.18;MQ0=0;QD=131.09;SB=-1.385e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,27:54:99:7079,147,0 chrVII 774766 . CT C 1110.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=29.5698;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;QD=17.09;RPA=9,8;RU=T;SB=-3.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,55:65:99:1153,146,0 chrVII 777580 . G GTTTGTTTTA 2599.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=10.8087;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.76;MQ0=0;QD=74.28;SB=-6.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:35:87:2642,87,0 chrVII 778039 . A AC 749.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=52.8518;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.02;MQ0=0;QD=35.71;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63:792,63,0 chrVII 778177 . C CA 1139.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=214.3680;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.10;MQ0=0;QD=23.75;RPA=3,4;RU=A;SB=-5.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,45:48:99:1182,123,0 chrVII 778763 . G GAA 3510 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=324.2580;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.28;MQ0=0;QD=29.01;RPA=7,9;RU=A;SB=-1.327e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,97:121:99:3510,308,0 chrVII 778931 . TC T 2108.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=605.7681;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.29;MQ0=0;QD=35.15;SB=-1.060e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,57:60:99:2151,175,0 chrVII 778937 . AATATT A 3354 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=462.4000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.62;MQ0=0;QD=58.84;SB=-1.542e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,47:57:99:3354,147,0 chrVII 779694 . C CTT 3599 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=250.7850;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.50;MQ0=0;QD=24.32;RPA=6,8;RU=T;SB=-5.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,108:148:99:3599,322,0 chrVII 779788 . AC A 1396.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=471.1167;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.63;MQ0=0;QD=25.87;RPA=5,4;RU=C;SB=-6.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,47:54:99:1439,141,0 chrVII 779839 . GA G 652.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=312.5313;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.62;MQ0=0;QD=26.12;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,21:25:60:695,60,0 chrVII 779845 . C CA 594.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=285.4558;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.90;MQ0=0;QD=24.79;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,21:24:63:637,63,0 chrVII 779886 . GT G 886.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=287.5857;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.51;MQ0=0;QD=22.17;RPA=6,5;RU=T;SB=-2.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,37:40:99:929,105,0 chrVII 779991 . GT G 1421.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=408.2668;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.16;MQ0=0;QD=18.96;RPA=9,8;RU=T;SB=-4.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,70:75:99:1464,185,0 chrVII 780146 . TA T 521.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=324.2382;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.01;MQ0=0;QD=17.40;RPA=6,5;RU=A;SB=-2.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,26:30:66:564,66,0 chrVII 780239 . AT A 1586.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=863.2917;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.53;MQ0=0;QD=22.04;SB=-6.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:72:99:1629,169,0 chrVII 780395 . C CA 2030.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=181.8836;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.71;MQ0=0;QD=23.62;RPA=4,5;RU=A;SB=-3.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,78:86:99:2073,225,0 chrVII 781647 . 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G GA 464.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.297;DP=37;FS=2.755;HaplotypeScore=14.9497;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.486;QD=12.55;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.188;SB=-2.001e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,26:37:15:506,15,0 chrVII 790436 . T TAC 2962.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=225.8004;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.78;MQ0=0;QD=31.19;SB=-8.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,89:95:99:3005,241,0 chrVII 801946 . A ATG 3004.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=178.6696;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.14;MQ0=0;QD=28.35;SB=-7.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,95:106:99:3047,231,0 chrVII 802237 . C CT 2101.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.229;DP=113;FS=2.436;HaplotypeScore=279.2991;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.69;MQ0=0;MQRankSum=1.247;QD=18.60;ReadPosRankSum=0.318;SB=-5.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,91:113:99:2144,257,0 chrVII 807474 . G GGATGAA 1874.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=71.9314;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.45;MQ0=0;QD=34.09;RPA=3,4;RU=GATGAA;SB=-9.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,34:55:84:1917,84,0 chrVII 807865 . CAAA CA,C 276.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.185;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=74.4028;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=45.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.829;QD=8.39;RPA=19,17,16;RU=A;ReadPosRankSum=-0.355;SB=-1.602e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:21,0,6:33:96:355,115,96,96,0,161 chrVII 807907 . G GA 779.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.942;DP=47;FS=9.108;HaplotypeScore=100.8180;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.923;QD=16.59;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.478;SB=-2.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,35:47:69:822,69,0 chrVII 808485 . TA T 481.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=40.3793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.97;MQ0=0;QD=20.95;RPA=9,8;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,15:23:66:524,66,0 chrVII 808498 . T TA 263.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=62.7458;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;QD=10.56;RPA=9,10;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,7:25:39:306,39,0 chrVII 811036 . G GA 3603 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=289.5306;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=31.06;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.532e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,111:116:99:3603,310,0 chrVII 823555 . A AT 3340 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=114.2015;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.19;MQ0=0;QD=21.14;RPA=6,7;RU=T;SB=-3.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,139:158:99:3340,396,0 chrVII 823734 . ATT A 1972.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=125.3562;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.03;MQ0=0;QD=25.62;RPA=10,8;RU=T;SB=-5.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,61:77:99:2015,183,0 chrVII 823785 . CT C 891.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=250.6708;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.19;MQ0=0;QD=12.05;RPA=9,8;RU=T;SB=-4.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,55:74:99:934,120,0 chrVII 823795 . AT A 845.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.566;DP=61;FS=8.109;HaplotypeScore=195.4406;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.427;QD=13.87;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.320;SB=-3.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,40:61:97:888,97,0 chrVII 832769 . G GTGCGCC 2898.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=66.8773;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.39;MQ0=0;MQRankSum=1.185;QD=67.42;ReadPosRankSum=1.459;SB=-7.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,33:43:94:2941,94,0 chrVII 836033 . C CA 7041 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=240;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=493.4417;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.72;MQ0=0;QD=29.34;RPA=2,3;RU=A;SB=-2.669e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,235:240:99:7041,683,0 chrVII 836826 . G GA 747.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.602;DP=46;FS=7.134;HaplotypeScore=92.8688;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.229;QD=16.26;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.686;SB=-2.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,36:46:68:790,68,0 chrVII 836865 . A AT 541.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=112.0779;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.52;MQ0=0;QD=18.07;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,17:30:73:584,73,0 chrVII 836877 . T TA 479.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=111.8504;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.14;MQ0=0;QD=14.54;RPA=9,10;RU=A;SB=-9.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,23:33:66:522,66,0 chrVII 840600 . GA G 28.98 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.925;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=384.3765;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.063;QD=0.34;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.649;SB=-2.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,15:84:68:68,0,678 chrVII 842650 . GT G 2764.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=405.1212;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.30;MQ0=0;QD=28.50;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.364e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,90:97:99:2807,253,0 chrVII 845307 . A AT 2243.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=507.9515;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.92;MQ0=0;QD=28.40;SB=-5.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:79:99:2286,225,0 chrVII 845880 . TGACCC T 3534 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=158.8057;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.88;MQ0=0;QD=65.44;RPA=2,1;RU=GACCC;SB=-1.104e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,51:54:99:3534,154,0 chrVII 846682 . T TATCA 1612.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=506.4754;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.57;MQ0=0;MQRankSum=1.135;QD=41.36;RPA=1,2;RU=ATCA;ReadPosRankSum=-1.494;SB=-1.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,28:39:68:1655,68,0 chrVII 846870 . TAA T 1368.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=73.8745;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.68;MQ0=0;QD=29.76;RPA=10,8;RU=A;SB=-1.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,43:46:99:1411,126,0 chrVII 848452 . AT A 1399.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.308;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=36.8713;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.566;QD=16.87;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.239;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,73:83:99:1442,153,0 chrVII 848540 . GA G 307.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.514;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=49.8338;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.770;QD=12.32;RPA=16,15;RU=A;ReadPosRankSum=1.085;SB=-2.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,17:25:37:350,37,0 chrVII 850800 . GA G 231.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.701;DP=39;FS=7.106;HaplotypeScore=139.4673;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.39;MQ0=0;MQRankSum=0.441;QD=5.93;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.315;SB=-1.632e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,15:39:14:273,14,0 chrVII 850848 . GT G 1338.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=414.5244;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.80;MQ0=0;QD=25.75;RPA=2,1;RU=T;SB=-5.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,50:52:99:1381,120,0 chrVII 850854 . AT A 1065.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.455;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=540.4568;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.139;QD=17.19;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.109;SB=-5.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,51:62:99:1108,125,0 chrVII 850867 . AAAG A 2668.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=388.9644;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.08;MQ0=0;QD=44.48;SB=-1.168e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,59:60:99:2711,175,0 chrVII 854973 . C CCT 1631.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=127.0597;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.63;MQ0=0;QD=35.48;RPA=2,3;RU=CT;SB=-3.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,40:46:99:1674,123,0 chrVII 855048 . GTTAT G 3109.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=193.8885;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.10;MQ0=0;QD=49.36;SB=-6.100e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,57:63:99:3152,166,0 chrVII 855250 . ACC A 727.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6759;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.23;MQ0=0;QD=40.44;RPA=4,2;RU=C;SB=-4.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54:770,54,0 chrVII 856430 . CA C 57.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.719;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=86.9231;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.367;QD=0.76;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.328;SB=-3.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,11:76:97:97,0,634 chrVII 856944 . AG A 1385.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=21.3543;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.72;RPA=5,4;RU=G;SB=-5.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,48:50:99:1428,141,0 chrVII 858669 . T TA 4543 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=575.4758;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.98;MQ0=0;QD=31.33;RPA=1,2;RU=A;SB=-8.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,140:145:99:4543,415,0 chrVII 858915 . CA C 1945.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=24.9173;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.98;MQ0=0;QD=23.45;RPA=4,3;RU=A;SB=-5.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,78:83:99:1988,210,0 chrVII 870130 . G GT 3874 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.431;DP=166;FS=4.827;HaplotypeScore=428.2506;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=0.484;QD=23.34;ReadPosRankSum=0.764;SB=-1.251e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,154:166:99:3874,464,0 chrVII 874249 . ATTC A 2397.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=22.3356;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.27;MQ0=0;QD=42.82;RPA=2,1;RU=TTC;SB=-8.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,52:56:99:2440,147,0 chrVII 876369 . AG A 1307.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=236.8214;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.58;MQ0=0;QD=31.90;RPA=2,1;RU=G;SB=-7.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,39:41:99:1350,117,0 chrVII 876475 . TTC T 1623.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=33.7298;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.35;MQ0=0;QD=33.14;SB=-3.800e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,47:49:99:1666,133,0 chrVII 878684 . G GA 731.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.257;DP=47;FS=6.762;HaplotypeScore=100.1667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.054;QD=15.57;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.271;SB=-1.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,40:47:31:774,31,0 chrVII 878701 . A AT 1013.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=112.2673;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.20;MQ0=0;QD=18.11;RPA=1,2;RU=T;SB=-3.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,44:56:99:1056,99,0 chrVII 878913 . C CA 386.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.468;DP=33;FS=75.734;HaplotypeScore=365.3639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.750;QD=11.73;ReadPosRankSum=-3.271;SB=-3.010e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,13:33:99:426,0,454 chrVII 879568 . G GA 1854.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.332;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=184.9879;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.400;QD=19.95;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.533;SB=-7.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,80:93:99:1897,209,0 chrVII 885994 . GAT G 2426.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=154.9540;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.83;MQ0=0;QD=26.97;RPA=6,5;RU=AT;SB=-7.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,77:90:99:2469,214,0 chrVII 887887 . T TA 1708.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=20.1503;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.80;MQ0=0;QD=28.48;SB=-7.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:60:99:1751,144,0 chrVII 904952 . AT A 3087.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=105.7938;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=23.75;RPA=3,2;RU=T;SB=-9.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,118:130:99:3130,304,0 chrVII 905227 . C CA 1437.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=140.9068;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.30;MQ0=0;QD=20.25;RPA=8,9;RU=A;SB=-3.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,67:71:99:1480,183,0 chrVII 908884 . T TA 5196 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=171;FS=0.000;HaplotypeScore=639.6244;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.21;MQ0=0;QD=30.39;SB=-1.134e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,143:171:99:5196,433,0 chrVII 908890 . GTT G 4120 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=656.9525;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.86;MQ0=0;QD=26.75;RPA=8,6;RU=T;SB=-6.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,123:154:99:4120,358,0 chrVII 910250 . CA C 818.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=136.1391;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.11;MQ0=0;QD=23.40;RPA=8,7;RU=A;SB=-2.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:99:861,105,0 chrVII 915039 . C CT 1164.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=381.3917;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.10;MQ0=0;QD=29.12;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,36:40:99:1207,114,0 chrVII 915042 . TCA T 1589.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=314.4877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.75;MQ0=0;QD=44.17;SB=-5.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:99:1632,108,0 chrVII 919773 . G GA 371.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.401;DP=35;FS=6.576;HaplotypeScore=23.8643;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=1.284;QD=10.60;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-2.327;SB=-1.881e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,22:35:5:411,5,0 chrVII 920086 . TA T 1449.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=348.2062;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=17.26;RPA=6,5;RU=A;SB=-3.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,67:84:99:1492,174,0 chrVII 920124 . A AT 3352 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=321.9359;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.86;MQ0=0;QD=35.66;SB=-4.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,91:94:99:3352,271,0 chrVII 920914 . G GAA,GAAA 1968.97 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=53.5922;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=51.88;MQ0=0;QD=24.92;RPA=11,13,14;RU=A;SB=-9.349e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:11,52,8:79:58:2047,264,58,924,0,749 chrVII 922075 . AT A 1399.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=226.8629;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.98;MQ0=0;QD=26.41;RPA=4,3;RU=T;SB=-3.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,51:53:99:1442,147,0 chrVII 930949 . A AAAAAAGG 1837.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=121.1091;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.45;MQ0=0;QD=52.51;SB=-5.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,8:35:87:1880,87,0 chrVII 931063 . G GT 1893.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=394.7539;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.33;MQ0=0;QD=23.10;RPA=4,5;RU=T;SB=-2.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,74:82:99:1936,213,0 chrVII 931968 . CT C 438.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=505.6082;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.24;MQ0=2;QD=25.82;RPA=3,2;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,15:15:45:481,45,0 chrVII 932019 . ATGTTGTGTACACATTATAT A 2941.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=326.0805;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=210.14;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42:2984,42,0 chrVII 939703 . AT A 2520.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=115;FS=4.370;HaplotypeScore=565.4707;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.44;MQ0=0;MQRankSum=1.509;QD=21.92;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=-1.062;SB=-9.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,99:115:99:2563,266,0 chrVII 939794 . AT A 1573.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;DP=95;FS=6.198;HaplotypeScore=280.6968;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.707;QD=16.57;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.148;SB=-7.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,75:95:99:1616,176,0 chrVII 944925 . A AT 971.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=44.7606;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.19;MQ0=0;QD=19.44;RPA=5,6;RU=T;SB=-3.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,40:50:99:1014,114,0 chrVII 947127 . G GAA,GA 1564.96 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=99.3147;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.23;MQ0=0;QD=23.01;RPA=9,11,10;RU=A;SB=-3.945e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:15,39,9:68:59:1643,213,59,997,0,836 chrVII 947344 . G GA 2284.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=32.9864;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=24.57;RPA=5,6;RU=A;SB=-9.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,87:93:99:2327,264,0 chrVII 949256 . T TATATATAC 178.93 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=8.4710;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=64.48;MQ0=0;QD=8.52;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,11:21:9:220,9,0 chrVII 951871 . T TAA 1480.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=259.1322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.75;MQ0=1;QD=23.89;RPA=8,10;RU=A;SB=-4.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,46:61:99:1523,139,0 chrVII 952375 . GT G 6675 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=210;FS=0.000;HaplotypeScore=323.3657;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.06;MQ0=0;QD=31.79;RPA=2,1;RU=T;SB=-2.886e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,204:210:99:6675,584,0 chrVII 953791 . G GCA 2322.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=132.7898;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.75;MQ0=0;QD=36.30;RPA=2,3;RU=CA;SB=-1.023e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,56:64:99:2365,175,0 chrVII 953920 . T TA 1602.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=425.2576;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.02;MQ0=0;QD=23.92;RPA=3,4;RU=A;SB=-7.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,62:67:99:1645,171,0 chrVII 963056 . G GT 2038.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=23.8868;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.36;MQ0=0;QD=33.98;RPA=1,2;RU=T;SB=-4.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:2081,178,0 chrVII 968722 . AT A 884.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=213.0638;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.05;MQ0=0;QD=14.51;RPA=12,11;RU=T;SB=-3.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,51:61:99:927,120,0 chrVII 968891 . 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G GA 512.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=106.6123;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.39;MQ0=0;QD=17.69;RPA=8,9;RU=A;SB=-2.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,23:29:69:555,69,0 chrVII 974193 . G GA 1044.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.953;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=52.6539;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.266;QD=16.33;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.515;SB=-6.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,50:64:76:1087,76,0 chrVII 974302 . G GA 467.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.207;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=31.7089;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=9.16;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-2.765;SB=-1.737e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,24:51:22:509,22,0 chrVII 977255 . T TA 1330.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.866;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=38.2747;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.058;QD=16.23;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.328;SB=-5.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,73:82:99:1373,156,0 chrVII 977882 . G GAAA 425.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=86.6107;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=63.43;MQ0=0;QD=12.91;RPA=5,8;RU=A;SB=-4.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,27:33:39:468,39,0 chrVII 979753 . C CTCTAG 6294 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=78.8034;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.85;MQ0=0;QD=64.89;SB=-2.250e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,80:97:99:6294,256,0 chrVII 982249 . C CAAAAA 236.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.051;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=163.4313;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.377;QD=6.58;RPA=4,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.837;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,6:36:99:276,0,216 chrVII 985833 . T TA 570.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.100;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=278.3713;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.504;QD=12.69;ReadPosRankSum=3.739;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,32:45:56:613,56,0 chrVII 987105 . G GTT 272.98 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.369;DP=19;FS=3.736;HaplotypeScore=16.6941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.091;QD=14.37;RPA=11,13;RU=T;ReadPosRankSum=1.004;SB=-5.356e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,11:19:22:312,0,22 chrVII 987325 . C CT 1069.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=101.1673;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.07;MQ0=0;QD=28.92;RPA=1,2;RU=T;SB=-9.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,34:37:96:1112,96,0 chrVII 987689 . G GA 918.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=67.8417;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.40;MQ0=0;QD=22.41;RPA=6,7;RU=A;SB=-2.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:41:99:961,114,0 chrVII 988894 . CCAG C 2480.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=436.0991;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.87;MQ0=0;QD=28.19;RPA=7,6;RU=CAG;SB=-6.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,59:88:99:2523,177,0 chrVII 995086 . AT A 1743.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=308.8413;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.30;MQ0=0;QD=28.59;RPA=2,1;RU=T;SB=-4.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:61:99:1786,162,0 chrVII 995209 . GAGGCATTTCCTACAACCTCTTGAATAAAATAGTGGA G 3927 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=52.9191;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;QD=119.00;SB=-5.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,30:33:72:3927,72,0 chrVII 996829 . C CA 2094.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=29.1540;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.82;MQ0=0;QD=24.94;RPA=4,5;RU=A;SB=-9.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,82:84:99:2137,234,0 chrVII 1000394 . G GA 1417.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=178.7917;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=17.51;RPA=9,10;RU=A;SB=-6.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,71:81:99:1460,189,0 chrVII 1010910 . T TTC 1631.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.663;DP=57;FS=5.528;HaplotypeScore=213.1894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=28.62;ReadPosRankSum=-0.554;SB=-4.345e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,25:56:99:1673,126,0 chrVII 1010962 . GA G 864.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=250.4206;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=15.73;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,47:54:99:907,122,0 chrVII 1011803 . GTT G 309.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.822;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=79.0828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.091;QD=18.23;RPA=15,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.274;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,11:17:34:352,34,0 chrVII 1011868 . GTC G 1155.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=50.3236;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.42;MQ0=0;QD=34.00;RPA=4,3;RU=TC;SB=-7.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,31:34:93:1198,93,0 chrVII 1012220 . A AT 2113.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.870;DP=117;FS=1.970;HaplotypeScore=58.6815;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.655;QD=18.07;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.589;SB=-9.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,84:117:99:2156,246,0 chrVII 1012425 . TA T 1236.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=53.5795;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=10.66;RPA=11,10;RU=A;SB=-5.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,80:116:99:1279,175,0 chrVII 1014104 . A AC 1062.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=165.6487;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;QD=26.57;RPA=3,4;RU=C;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,37:40:99:1105,111,0 chrVII 1017880 . TAAA T 4850 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=35.8322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;QD=49.49;RPA=4,1;RU=A;SB=-1.471e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:4850,277,0 chrVII 1024993 . A AT 2288.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.355;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=190.5827;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.13;MQ0=0;MQRankSum=0.945;QD=16.47;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.909;SB=-6.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,110:139:99:2331,224,0 chrVII 1031609 . GTA G 2585.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=190.8787;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.07;MQ0=1;QD=25.86;RPA=4,3;RU=TA;SB=-4.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,82:99:99:2628,217,0 chrVII 1048438 . CCTG C 1560.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.927;DP=93;FS=17.122;HaplotypeScore=646.5358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.587;QD=16.78;ReadPosRankSum=-0.595;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,31:93:99:1600,0,2813 chrVII 1048534 . C CA 844.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=20.6246;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.73;MQ0=0;QD=19.20;RPA=10,11;RU=A;SB=-4.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,38:44:99:887,116,0 chrVII 1048774 . G GT 1360.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.353;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=26.2173;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.412;QD=18.90;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.216;SB=-9.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,56:72:99:1403,143,0 chrVII 1050785 . AT A 1003.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.177;DP=60;FS=8.451;HaplotypeScore=51.1806;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=0.035;QD=16.73;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.672;SB=-1.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,55:60:99:1046,123,0 chrVII 1051826 . CCTT C 743.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=63.6624;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.88;MQ0=0;QD=23.25;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,14:30:59:786,59,0 chrVII 1051832 . C CT 167.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=118.0094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.79;MQ0=0;QD=6.72;RPA=13,14;RU=T;SB=-8.987e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,9:23:35:210,35,0 chrVII 1052792 . CAAA C 4538 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=182.3627;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.06;MQ0=0;QD=45.84;RPA=5,2;RU=A;SB=-1.059e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,98:99:99:4538,268,0 chrVII 1057590 . TA T 970.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=142.6701;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.67;MQ0=0;QD=22.58;RPA=4,3;RU=A;SB=-2.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,39:43:99:1013,105,0 chrVII 1061618 . CT C 1592.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=69.0822;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=23.43;RPA=7,6;RU=T;SB=-7.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,65:68:99:1635,195,0 chrVII 1063730 . AAT A 415.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3345;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.61;MQ0=0;QD=12.60;RPA=7,6;RU=AT;SB=-5.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,16:33:42:458,42,0 chrVII 1065443 . TTA T 465.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=145.0088;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.02;MQ0=0;QD=10.13;RPA=6,5;RU=TA;SB=-6.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,20:46:45:508,45,0 chrVII 1066345 . T TG 4177 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=878.8633;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.31;MQ0=0;QD=36.64;SB=-1.842e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:114:99:4177,325,0 chrVII 1067115 . CA C 2522.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.441;DP=138;FS=4.393;HaplotypeScore=533.1860;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.38;MQ0=0;MQRankSum=0.756;QD=18.28;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.441;SB=-9.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,124:138:99:2565,314,0 chrVII 1072707 . G GA 3081.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=37.1673;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=27.03;RPA=3,4;RU=A;SB=-9.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,109:114:99:3124,322,0 chrVII 1073937 . CAA C 1564.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=42.9629;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.67;MQ0=0;QD=23.36;RPA=13,11;RU=A;SB=-5.956e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,51:67:99:1607,128,0 chrVII 1078366 . CT C 321.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=35.9278;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.90;MQ0=37;QD=5.85;RPA=8,7;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:16:45:364,45,0 chrVII 1078617 . GA G 805.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=67.8301;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.97;MQ0=5;QD=26.00;RPA=2,1;RU=A;SB=-3.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:26:75:848,75,0 chrVII 1079364 . A AG 3561 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=232.6687;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.02;MQ0=13;QD=25.99;RPA=2,3;RU=G;SB=-4.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,131:119:99:3561,343,0 chrVII 1079540 . AC A 1780.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=373.8822;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.50;MQ0=11;QD=24.07;RPA=2,1;RU=C;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,70:60:99:1823,159,0 chrVII 1081200 . A AT 1615.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=565.1285;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.29;MQ0=0;QD=28.35;RPA=2,3;RU=T;SB=-4.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,55:56:99:1658,162,0 chrVII 1082758 . GT G 222.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.378;DP=100;FS=19.041;HaplotypeScore=377.0150;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.48;MQ0=2;MQRankSum=1.005;QD=2.23;RPA=6,5;RU=T;ReadPosRankSum=-0.298;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,36:71:99:262,0,954 chrVII 1083221 . A AG 3359 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.512;DP=235;FS=12.351;HaplotypeScore=6214.7606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.10;MQ0=0;MQRankSum=-2.506;QD=14.29;ReadPosRankSum=2.734;SB=-8.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:115,117:212:99:3359,0,2421 chrVII 1083265 . CA C 3314 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.034;DP=237;DS;FS=8.722;HaplotypeScore=6733.3594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.01;MQ0=0;MQRankSum=0.168;QD=13.98;ReadPosRankSum=-0.223;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,152:229:99:3314,0,666 chrVII 1083268 . TTTCC T 9812 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.930;DP=232;DS;FS=6.478;HaplotypeScore=5955.8073;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.99;MQ0=0;MQRankSum=0.316;QD=42.29;ReadPosRankSum=-1.719;SB=-6.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,193:225:99:9812,293,0 chrVII 1083310 . C CA 2620.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.952;DP=243;DS;FS=10.786;HaplotypeScore=3864.3597;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.97;MQ0=2;MQRankSum=0.779;QD=10.79;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=-0.004;SB=-2.001e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,140:211:99:2660,0,1669 chrVII 1083391 . GTA G 329.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.460;DP=53;FS=5.402;HaplotypeScore=377.0810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.77;MQ0=4;MQRankSum=-1.771;QD=6.23;RPA=3,2;RU=TA;ReadPosRankSum=4.457;SB=-1.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,16:35:99:369,0,668 chrVII 1083447 . AG A 469.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.538;DP=28;FS=11.290;HaplotypeScore=264.4213;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.77;MQ0=0;MQRankSum=0.564;QD=16.79;ReadPosRankSum=0.987;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,19:25:26:512,26,0 chrVII 1083692 . T TA 1859.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.997;DP=117;DS;FS=4.814;HaplotypeScore=2936.8493;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.68;MQ0=2;MQRankSum=-0.499;QD=15.90;ReadPosRankSum=1.404;SB=-1.500e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,51:110:99:1902,121,0 chrVII 1083698 . T TG 2831.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=2103.9702;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.61;MQ0=1;QD=30.13;SB=-7.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:52,37:90:99:2874,267,0 chrVII 1083967 . A AG 410.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.723;DP=68;FS=7.495;HaplotypeScore=874.7945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.56;MQ0=0;MQRankSum=0.312;QD=6.04;ReadPosRankSum=0.473;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,22:68:99:450,0,379 chrVII 1083974 . A AG 892.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.171;DP=58;FS=7.059;HaplotypeScore=739.4206;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.66;MQ0=0;MQRankSum=0.903;QD=15.40;ReadPosRankSum=0.146;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,31:58:99:932,0,339 chrVII 1083984 . C CT 205.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.243;DP=35;FS=2.876;HaplotypeScore=515.3356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.99;MQ0=0;MQRankSum=0.577;QD=5.88;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=1.280;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,9:35:99:245,0,511 chrVII 1084142 . CA C 263.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=184.5408;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.09;MQ0=0;QD=18.86;RPA=2,1;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,8:10:27:306,27,0 chrVII 1084213 . CA C 592.96 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=718.7692;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.82;MQ0=0;QD=17.97;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,25:26:60:635,60,0 chrVII 1084216 . G GTTA 912.96 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=565.7975;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.46;MQ0=0;QD=36.52;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,24:20:60:955,60,0 chrVII 1084223 . A AC 316.06 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.957;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=751.0537;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.263;QD=9.30;ReadPosRankSum=-2.313;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,17:25:14:355,0,14 chrVII 1084259 . T TG 186.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.032;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=880.6773;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.161;QD=4.25;RPA=2,3;RU=G;ReadPosRankSum=2.317;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,12:31:99:226,0,495 chrVII 1084263 . TG T 763.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=769.9409;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.51;MQ0=0;QD=17.77;RPA=4,3;RU=G;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,29:30:87:806,87,0 chrVII 1084300 . TG T 156.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.139;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=509.2747;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.735;QD=5.23;RPA=4,3;RU=G;ReadPosRankSum=0.401;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,10:24:99:196,0,329 chrVIII 5065 . AC A 295.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.620;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=118.0483;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=15.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.592;QD=14.80;ReadPosRankSum=-0.254;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,12:14:63:335,0,63 chrVIII 5204 . TC T 693.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=140.6846;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.48;MQ0=4;QD=25.70;SB=-4.400e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,25:21:62:736,62,0 chrVIII 5470 . ATTC A 1101.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.984;DP=86;FS=50.966;HaplotypeScore=939.9899;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.52;MQ0=4;MQRankSum=0.301;QD=12.81;ReadPosRankSum=-0.761;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,30:65:99:1141,0,1752 chrVIII 5915 . TG T 144.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=129.4774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.00;MQ0=0;QD=24.02;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18:186,18,0 chrVIII 7942 . C CT 1760.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.702;DP=118;FS=2.674;HaplotypeScore=1377.1130;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.50;MQ0=0;MQRankSum=0.035;QD=14.92;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.759;SB=-1.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,78:118:99:1803,102,0 chrVIII 11853 . C CA 1862.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.574;DP=141;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=505.9891;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.150;QD=13.21;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.905;SB=-7.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,91:132:99:1905,138,0 chrVIII 11865 . CTTT C 2724.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.078;DP=113;DS;FS=4.882;HaplotypeScore=428.2013;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.16;MQ0=0;MQRankSum=0.516;QD=24.11;RPA=12,9;RU=T;ReadPosRankSum=2.785;SB=-7.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,74:104:97:2767,97,0 chrVIII 12295 . TA T 126.05 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.751;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=204.2434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.21;MQ0=1;MQRankSum=0.751;QD=9.70;ReadPosRankSum=0.751;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,8:10:20:168,20,0 chrVIII 12297 . TGTTTGTTA T 614.37 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.751;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=154.6776;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.21;MQ0=1;MQRankSum=0.751;QD=47.26;ReadPosRankSum=0.751;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,8:10:13:656,13,0 chrVIII 12357 . AT A 288.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.678;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=649.7060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.96;MQ0=2;MQRankSum=2.073;QD=8.50;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=-0.888;SB=-3.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,12:22:31:328,0,31 chrVIII 12370 . T TGGG 413.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.758;DP=25;FS=11.809;HaplotypeScore=413.3695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.09;MQ0=2;MQRankSum=2.333;QD=16.56;ReadPosRankSum=0.354;SB=-8.143e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,10:14:99:453,0,185 chrVIII 12373 . AGTT A 395.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.758;DP=25;FS=11.809;HaplotypeScore=415.0992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.09;MQ0=2;MQRankSum=1.344;QD=15.84;ReadPosRankSum=-1.202;SB=-8.142e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,10:14:99:435,0,172 chrVIII 12488 . A AT 999.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=962.9528;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.48;MQ0=0;QD=27.03;RPA=3,4;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,35:37:99:1042,105,0 chrVIII 12540 . T TC 1790.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=1474.1959;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.62;MQ0=0;QD=35.82;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:50:99:1833,147,0 chrVIII 12558 . AG A 850.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=799.7786;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=32.73;RPA=2,1;RU=G;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:78:893,78,0 chrVIII 12627 . C CG 400.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.023;DP=37;FS=67.682;HaplotypeScore=365.0735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.94;MQ0=1;MQRankSum=-0.833;QD=10.84;ReadPosRankSum=1.111;SB=-2.994e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,21:33:99:440,0,326 chrVIII 12629 . GA G 425.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.023;DP=36;FS=67.682;HaplotypeScore=334.0723;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.93;MQ0=1;MQRankSum=-0.198;QD=11.83;ReadPosRankSum=1.230;SB=-3.012e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,21:32:36:465,0,36 chrVIII 13116 . A ATGGTATTAATAGT 6932 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=40.2529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.91;MQ0=0;QD=56.36;RPA=1,2;RU=TGGTATTAATAGT;SB=-2.161e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:72,49:123:99:6932,154,0 chrVIII 15408 . TG T 1621.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=62.3355;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.65;MQ0=0;QD=23.51;SB=-7.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,57:69:99:1664,186,0 chrVIII 16362 . G GTAGAAAATTA 2730.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=176.6721;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.12;MQ0=0;QD=54.62;RPA=1,2;RU=TAGAAAATTA;SB=-5.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,35:50:93:2773,93,0 chrVIII 17134 . G GA 2096.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=706.6370;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.86;MQ0=0;QD=26.88;RPA=3,4;RU=A;SB=-9.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,75:78:99:2139,216,0 chrVIII 17534 . A AT 912.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.137;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=52.3085;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=1.262;QD=11.41;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.236;SB=-4.448e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,44:80:39:955,39,0 chrVIII 18166 . T TG 2272.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=412.6121;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.52;MQ0=0;QD=30.31;RPA=2,3;RU=G;SB=-4.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,73:75:99:2315,214,0 chrVIII 18411 . CT C 1292.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=32.0299;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.90;MQ0=0;QD=18.74;RPA=8,7;RU=T;SB=-6.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,62:69:99:1335,179,0 chrVIII 18612 . GA G 1710.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=196.8810;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.55;MQ0=0;QD=17.82;RPA=7,6;RU=A;SB=-7.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,76:96:99:1753,230,0 chrVIII 18662 . CT C 2371.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=265.7891;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.57;MQ0=0;QD=23.03;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.127e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,96:103:99:2414,282,0 chrVIII 32861 . GT G 291.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=83.5915;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.60;MQ0=0;QD=17.17;RPA=9,8;RU=T;SB=-2.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:50:334,50,0 chrVIII 32871 . AT A 303.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.274;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=88.4135;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.639;QD=12.67;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.187;SB=-2.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,22:24:36:346,36,0 chrVIII 34608 . T TC 1589.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=179.2614;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=24.09;RPA=4,5;RU=C;SB=-3.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,59:66:99:1632,165,0 chrVIII 36226 . T TAA 219.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.611;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=107.9537;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.67;MQ0=0;MQRankSum=2.041;QD=12.94;ReadPosRankSum=-0.752;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,8:17:24:262,24,0 chrVIII 36247 . GC G 977.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=182.3904;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.98;MQ0=0;QD=21.26;RPA=2,1;RU=C;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,45:46:99:1020,99,0 chrVIII 38627 . C CT 1296.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=137.5847;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.85;MQ0=0;QD=20.59;RPA=7,8;RU=T;SB=-6.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,47:63:99:1339,156,0 chrVIII 38647 . C CT 573.16 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.563;DP=58;FS=6.030;HaplotypeScore=236.9633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.463;QD=9.88;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-1.958;SB=-2.802e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,31:58:2:611,0,2 chrVIII 38662 . ATT A 1378.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=183.3477;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.46;MQ0=1;QD=24.19;RPA=7,5;RU=T;SB=-6.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,42:56:99:1421,126,0 chrVIII 39528 . CTAGT C 2855.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=202.4995;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.52;MQ0=0;QD=46.06;RPA=2,1;RU=TAGT;SB=-5.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,52:62:99:2898,157,0 chrVIII 39562 . C CT 1441.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.027;DP=100;FS=1.557;HaplotypeScore=335.8633;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.87;MQ0=0;MQRankSum=1.958;QD=14.42;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.810;SB=-6.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,77:100:76:1484,76,0 chrVIII 39774 . TA T 935.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=147.8929;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.94;MQ0=0;QD=31.20;SB=-4.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:87:978,87,0 chrVIII 48099 . GA G 968.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.547;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=222.2144;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.578;QD=11.14;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.641;SB=-3.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,59:87:99:1011,121,0 chrVIII 48235 . AACAACAACAGCACA AACA,A 9001 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=493.9008;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=39.79;MQ0=0;QD=70.32;SB=-4.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:48,0,0:128:99:9001,453,194,2088,0,2768 chrVIII 49173 . GAGT G 1754.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=141.7253;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.86;MQ0=0;QD=27.00;RPA=4,3;RU=AGT;SB=-5.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,45:65:99:1797,117,0 chrVIII 49483 . T TCATCAA 4696 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=141.5059;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.48;MQ0=0;QD=55.25;SB=-2.096e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,70:85:99:4696,237,0 chrVIII 50980 . C CT 2149.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.144;DP=207;FS=2.673;HaplotypeScore=433.5477;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=1.044;QD=10.39;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.407;SB=-9.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,125:207:96:2189,0,96 chrVIII 52022 . A ACAACAGCAGCAGCAG 7942 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=31.5643;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.06;MQ0=0;QD=130.20;SB=-1.017e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,39:61:99:7942,162,0 chrVIII 54383 . AT A 708.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=81.4257;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;QD=13.38;RPA=9,8;RU=T;SB=-2.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,39:53:99:751,104,0 chrVIII 54456 . G GA 1283.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=42.6934;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=22.93;RPA=6,7;RU=A;SB=-6.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,53:56:99:1326,153,0 chrVIII 55882 . A ACTT 6191 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=60.3207;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.20;MQ0=0;QD=40.46;RPA=1,2;RU=CTT;SB=-2.417e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,131:153:99:6191,376,0 chrVIII 58394 . T TAACAACAACAAC 9554 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=314.4304;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.74;MQ0=0;QD=80.29;RPA=8,12;RU=AAC;SB=-2.788e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,94:119:99:9554,277,0 chrVIII 58900 . CT C 1030.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=151.0311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.18;MQ0=0;QD=16.11;RPA=14,13;RU=T;SB=-1.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,56:64:99:1073,157,0 chrVIII 59082 . AT A 1434.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=222.6062;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.95;MQ0=0;QD=15.43;RPA=13,12;RU=T;SB=-1.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,78:93:99:1477,233,0 chrVIII 62601 . 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T TTCA 4696 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=387.0562;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.26;MQ0=0;QD=48.92;RPA=1,2;RU=TCA;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,92:96:99:4696,277,0 chrVIII 76082 . AT A 1451.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=758.1598;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.37;MQ0=0;QD=14.10;RPA=6,5;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,56:103:99:1494,185,0 chrVIII 85273 . GAAA G 1150.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=29.0972;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.20;MQ0=0;QD=28.77;RPA=12,9;RU=A;SB=-2.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,31:40:93:1193,93,0 chrVIII 94728 . TAC T 1437.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=355.8125;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=36.87;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:99:1480,117,0 chrVIII 94737 . 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G GA 2265.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=420.8899;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.20;MQ0=0;QD=33.82;SB=-9.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,60:67:99:2308,187,0 chrVIII 119546 . A AATGGAAACAATTTTACGGAC 9451 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=58.7999;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.94;MQ0=0;QD=201.09;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,33:47:99:9451,129,0 chrVIII 119627 . A ATTT 1041.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=29.7578;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=43.41;RPA=3,6;RU=T;SB=-4.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,21:24:66:1084,66,0 chrVIII 121733 . G GA 673.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8783;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=28.08;RPA=2,3;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:69:716,69,0 chrVIII 122633 . T TAA 327.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=25.1076;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.94;MQ0=0;QD=29.82;SB=-8.995e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:11:27:370,27,0 chrVIII 123640 . TAGC T 2471.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=227.3496;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.00;MQ0=0;QD=43.37;RPA=2,1;RU=AGC;SB=-5.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,53:57:99:2514,160,0 chrVIII 123771 . C CT 735.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.013;DP=49;FS=6.140;HaplotypeScore=24.9748;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=1.405;QD=15.02;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.490;SB=-3.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,23:49:82:778,82,0 chrVIII 125832 . GAAAAA G 1832.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.641;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=496.3805;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.724;QD=19.09;RPA=20,15;RU=A;ReadPosRankSum=-0.724;SB=-5.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:64,22:94:85:1875,85,0 chrVIII 126150 . GT G 753.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=140.9404;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.85;MQ0=0;QD=12.78;RPA=13,12;RU=T;SB=-3.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,45:59:99:796,123,0 chrVIII 129478 . 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CT C 1144.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.415;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=154.0599;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.52;MQ0=0;MQRankSum=0.050;QD=8.61;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=1.560;SB=-2.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,90:133:99:1187,116,0 chrVIII 141650 . GA G 668.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.368;DP=48;FS=5.006;HaplotypeScore=29.3697;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=1.094;QD=13.94;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.547;SB=-1.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,39:48:88:711,88,0 chrVIII 143948 . A AC 2142.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.971;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=445.7311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.54;MQ0=0;MQRankSum=1.504;QD=19.48;ReadPosRankSum=1.161;SB=-7.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,105:110:99:2185,267,0 chrVIII 146232 . C CA 2379.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=39.1486;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.44;MQ0=0;QD=21.64;RPA=6,7;RU=A;SB=-4.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,98:110:99:2422,276,0 chrVIII 148158 . CAA C 2434.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=189.5693;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.65;MQ0=0;QD=27.99;RPA=7,5;RU=A;SB=-1.078e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,80:87:99:2477,225,0 chrVIII 148244 . TTTGTG T 666.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=743.7281;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.28;MQ0=0;QD=14.82;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,22:45:54:709,54,0 chrVIII 148250 . CTCCAAAAAAAGAAGGATAAATCATT C 5042 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=266.9107;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=229.18;SB=-2.365e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:66:5042,66,0 chrVIII 148462 . CG C 3383 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=412.5487;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.09;MQ0=0;QD=35.61;SB=-1.420e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:95:99:3383,280,0 chrVIII 148576 . TC T 1762.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=99.3548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.55;MQ0=0;QD=25.55;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,68:69:99:1805,189,0 chrVIII 149140 . T TC 1243.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=49.4039;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.27;MQ0=0;QD=33.62;SB=-6.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:37:99:1286,108,0 chrVIII 149257 . C CATAT 1534.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=171.3771;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.76;MQ0=0;QD=37.44;RPA=4,6;RU=AT;SB=-5.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,37:41:93:1577,93,0 chrVIII 150606 . A AT 907.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.326;DP=51;FS=2.881;HaplotypeScore=145.6351;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.28;MQ0=0;MQRankSum=0.279;QD=17.80;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.443;SB=-1.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,39:51:69:950,69,0 chrVIII 150670 . C CAA 1432.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=252.7778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.80;MQ0=0;QD=20.77;RPA=12,14;RU=A;SB=-4.959e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,35:69:99:1474,152,0 chrVIII 150847 . AT A 1091.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=47.6780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.83;MQ0=0;QD=18.83;RPA=8,7;RU=T;SB=-5.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,54:58:99:1134,152,0 chrVIII 151383 . G GA 1691.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.722;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=128.2116;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.337;QD=21.15;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.289;SB=-6.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,71:80:99:1734,193,0 chrVIII 151579 . CT C 1624.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=38.1333;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;QD=18.68;RPA=9,8;RU=T;SB=-5.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,83:87:99:1667,229,0 chrVIII 157494 . T TA 1108.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=14.7254;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.77;MQ0=0;QD=25.20;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,41:44:93:1151,93,0 chrVIII 161688 . 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TTGCTGC T 2981.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=26.3095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=48.88;RPA=3,1;RU=TGC;SB=-8.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,34:61:99:3024,168,0 chrVIII 170523 . CT C 586.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=19.1792;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.96;MQ0=0;QD=17.79;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:86:629,86,0 chrVIII 170619 . T TAA 246.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=34.0626;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.17;MQ0=0;QD=11.76;RPA=13,15;RU=A;SB=-1.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,5:21:34:289,34,0 chrVIII 173119 . GA G 89.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=60.7299;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.30;MQ0=0;QD=3.30;RPA=13,12;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,14:27:21:131,21,0 chrVIII 174970 . CA C 818.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=51.2725;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;QD=19.97;RPA=7,6;RU=A;SB=-4.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:41:99:861,111,0 chrVIII 176845 . TAA T,TA 486.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.178;DP=61;FS=2.532;HaplotypeScore=57.7313;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.878;QD=7.98;RPA=17,15,16;RU=A;ReadPosRankSum=-2.507;SB=-1.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:22,9,0:61:67:565,346,506,96,0,67 chrVIII 178110 . AT A 2603.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=970.6883;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.33;MQ0=0;QD=18.60;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.001e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,131:140:99:2646,379,0 chrVIII 184019 . AAACTTTGGC A 5389 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=21.9161;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.67;MQ0=0;QD=97.98;SB=-2.128e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:55:99:5389,150,0 chrVIII 187695 . T TG 1550.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=89.0817;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.16;MQ0=0;QD=33.72;SB=-6.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,43:46:99:1593,129,0 chrVIII 187717 . G GA 615.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.254;DP=54;FS=1.635;HaplotypeScore=175.7499;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.473;QD=11.40;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.193;SB=-3.072e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,34:54:12:657,12,0 chrVIII 187814 . G GA 290.24 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.060;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=28.9662;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.600;QD=6.18;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.600;SB=-1.602e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,15:47:9:329,0,9 chrVIII 189768 . GA G 929.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.601;DP=63;FS=3.285;HaplotypeScore=28.9414;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.035;QD=14.76;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.672;SB=-4.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,53:63:99:972,121,0 chrVIII 194028 . C CAT 1364.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.911;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=250.8327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.65;MQ0=0;MQRankSum=0.224;QD=17.28;RPA=1,2;RU=AT;ReadPosRankSum=1.000;SB=-4.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,39:79:66:1407,66,0 chrVIII 195369 . TGTATC T 4516 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=42.2035;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.24;MQ0=0;QD=47.54;RPA=2,1;RU=GTATC;SB=-2.059e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,81:95:99:4516,199,0 chrVIII 197240 . TC T 934.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=19.5133;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.36;MQ0=0;QD=25.97;SB=-3.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:36:81:977,81,0 chrVIII 198474 . GT G 522.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.920;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=41.8113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.862;QD=7.58;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.139;SB=-2.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,46:69:39:565,39,0 chrVIII 201616 . GAGA G 2069.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=211.5125;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.40;MQ0=0;QD=39.06;RPA=2,1;RU=AGA;SB=-5.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,44:53:99:2112,129,0 chrVIII 202095 . AT A 1438.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=93.9707;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.93;MQ0=0;QD=19.45;RPA=4,3;RU=T;SB=-7.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,62:74:99:1481,162,0 chrVIII 202539 . G GAA 5996 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=1583.0948;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.16;MQ0=0;QD=37.48;RPA=1,3;RU=A;SB=-1.689e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,152:160:99:5996,472,0 chrVIII 202549 . TC T 5095 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.398;DP=183;FS=4.075;HaplotypeScore=2104.5484;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.592;QD=27.84;ReadPosRankSum=1.409;SB=-2.100e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,157:183:99:5095,479,0 chrVIII 210269 . AT A 572.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.087;DP=57;FS=5.261;HaplotypeScore=42.5222;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=1.530;QD=10.05;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.028;SB=-3.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,39:57:40:615,40,0 chrVIII 212265 . C CT 450.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=75.3749;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.49;MQ0=0;QD=17.34;RPA=9,10;RU=T;SB=-1.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,24:26:60:493,60,0 chrVIII 220013 . GC G 2938.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=44.7947;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.77;MQ0=0;QD=33.78;SB=-1.291e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:87:99:2981,244,0 chrVIII 221382 . GA G 1358.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.150;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=58.6755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=1.583;QD=14.16;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.317;SB=-5.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,82:96:99:1401,180,0 chrVIII 222559 . T TA 3517 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=54.4505;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.16;MQ0=0;QD=22.12;RPA=8,9;RU=A;SB=-1.532e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,146:159:99:3517,417,0 chrVIII 222696 . GT G 680.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=35.8191;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;QD=22.70;RPA=4,3;RU=T;SB=-2.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,27:30:78:723,78,0 chrVIII 222734 . GT G 674.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=59.3570;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=1.540;QD=16.46;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.540;SB=-3.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,34:41:97:717,97,0 chrVIII 229162 . A AT 1747.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=239.3883;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.84;MQ0=0;QD=24.62;RPA=5,6;RU=T;SB=-7.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,65:71:99:1790,195,0 chrVIII 230956 . G GA 1815.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=156.4109;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.83;MQ0=0;QD=28.82;RPA=1,2;RU=A;SB=-7.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,57:63:99:1858,165,0 chrVIII 233314 . GAA G 3143.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.170;DP=149;FS=4.001;HaplotypeScore=386.0378;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.273;QD=21.10;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.332;SB=-3.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,116:148:99:3186,328,0 chrVIII 234753 . ATT A 1810.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.688;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=97.3269;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=1.377;QD=18.11;RPA=15,13;RU=T;ReadPosRankSum=1.688;SB=-8.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,58:100:99:1853,182,0 chrVIII 237735 . CTT C 858.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.034;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=142.1417;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.780;QD=14.56;RPA=16,14;RU=T;ReadPosRankSum=2.183;SB=-3.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,31:59:86:901,86,0 chrVIII 238967 . C CA 547.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.953;DP=77;FS=1.632;HaplotypeScore=72.5118;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=1.438;QD=7.11;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.884;SB=-2.474e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,31:77:2:586,2,0 chrVIII 242066 . T TC 1976.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=169.6552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.40;MQ0=0;QD=31.89;SB=-8.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,48:62:99:2019,165,0 chrVIII 242157 . CA C 1115.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=21.5907;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.34;MQ0=0;QD=22.32;RPA=6,5;RU=A;SB=-5.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1158,144,0 chrVIII 242492 . T TG 1026.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=68.4769;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;QD=22.33;RPA=6,7;RU=G;SB=-2.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,39:46:99:1069,114,0 chrVIII 245617 . C CTATT 5105 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=257.3433;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.94;MQ0=0;QD=48.16;RPA=2,3;RU=TATT;SB=-1.642e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,96:106:99:5105,274,0 chrVIII 248394 . T TA 2190.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=259.4155;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.90;MQ0=0;QD=31.75;RPA=1,2;RU=A;SB=-5.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,67:69:99:2233,192,0 chrVIII 252929 . ATCATCG A 4912 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=174.2455;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.51;MQ0=0;QD=45.91;RPA=3,2;RU=TCATCG;SB=-9.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,88:107:99:4912,243,0 chrVIII 255909 . 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T TA 1607.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=275.7994;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.90;MQ0=0;QD=29.78;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,47:54:99:1650,156,0 chrVIII 271875 . GT G 873.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=386.0771;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.10;MQ0=0;QD=14.57;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,40:60:99:916,119,0 chrVIII 271942 . CT C 966.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=206.1125;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.60;MQ0=0;QD=21.02;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,44:46:99:1009,126,0 chrVIII 276435 . CA C 73.73 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=22.9675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.91;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=5.67;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.747;SB=-4.125e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,7:13:0:111,0,0 chrVIII 277807 . CT C 1890.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.331;DP=120;FS=3.979;HaplotypeScore=244.5830;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=0.638;QD=15.76;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.222;SB=-7.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,101:120:99:1933,262,0 chrVIII 280619 . A AC 960.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=16.8091;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.86;MQ0=0;QD=20.89;RPA=4,5;RU=C;SB=-4.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,39:46:99:1003,105,0 chrVIII 282569 . CT C 308.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.711;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=26.9302;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.209;QD=9.33;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.794;SB=-2.093e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,26:33:21:350,21,0 chrVIII 282652 . GT G 626.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.101;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=119.3341;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.96;MQ0=0;MQRankSum=0.168;QD=11.40;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.235;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,39:55:81:669,81,0 chrVIII 283466 . G GA 1415.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.553;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=141.4747;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.195;QD=21.78;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.956;SB=-6.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,46:65:99:1458,151,0 chrVIII 283683 . A AT 3171.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=204.6757;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.87;MQ0=0;QD=38.22;SB=-1.572e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,80:83:99:3214,247,0 chrVIII 290559 . TAA T 2558.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=190.4568;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.78;MQ0=0;QD=31.59;RPA=5,3;RU=A;SB=-1.290e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,74:81:99:2601,211,0 chrVIII 290621 . A AT 2063.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=320.6507;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.43;MQ0=0;QD=26.80;RPA=3,4;RU=T;SB=-8.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,70:77:99:2106,213,0 chrVIII 290749 . C CA 2165.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=495.2546;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.12;MQ0=0;QD=35.51;SB=-8.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,58:61:99:2208,177,0 chrVIII 291329 . CG C 1569.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=879.7082;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.78;MQ0=0;QD=32.71;SB=-7.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,45:48:99:1612,138,0 chrVIII 291336 . A AG 1383.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=933.5381;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.80;MQ0=0;QD=29.45;SB=-6.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:47:99:1426,114,0 chrVIII 291365 . AT A 720.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=892.8834;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=22.53;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:32:84:763,84,0 chrVIII 291367 . G GCC 1040.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=776.1990;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=37.18;SB=-5.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:84:1083,84,0 chrVIII 291371 . GA G 1043.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=889.5055;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=29.00;SB=-4.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:99:1086,102,0 chrVIII 293075 . GA G 576.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.628;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=30.4441;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.733;QD=13.74;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.418;SB=-2.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,33:42:93:619,93,0 chrVIII 293471 . GAA G 1707.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=241.1362;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.89;MQ0=0;QD=46.16;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:99:1750,111,0 chrVIII 293528 . AT A 380.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=263.1685;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.12;MQ0=0;QD=14.65;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,20:26:54:423,54,0 chrVIII 293538 . CT C 372.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=212.6993;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.10;MQ0=0;QD=15.54;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,18:24:51:415,51,0 chrVIII 293785 . G GT 950.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=109.1529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.64;MQ0=0;QD=22.12;RPA=4,5;RU=T;SB=-2.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,42:43:99:993,111,0 chrVIII 294449 . TGA T 2293.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=497.9663;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.53;MQ0=0;QD=38.88;SB=-5.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:59:99:2336,174,0 chrVIII 296602 . T TC 1320.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=209.0338;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.72;MQ0=0;QD=35.70;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,35:37:99:1363,108,0 chrVIII 314033 . AT A 1874.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.402;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=152.4007;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.797;QD=27.17;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=-0.632;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,64:69:99:1917,158,0 chrVIII 316080 . AG A 5593 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=185;FS=0.000;HaplotypeScore=676.2749;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.36;MQ0=0;QD=30.23;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.108e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,173:185:99:5593,505,0 chrVIII 316509 . C CA 2541.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=496.4938;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.78;MQ0=0;QD=19.55;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.145e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,120:130:99:2584,291,0 chrVIII 323234 . GA G 536.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.915;DP=45;FS=2.896;HaplotypeScore=32.2572;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.281;QD=11.93;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.622;SB=-2.449e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,33:45:57:579,57,0 chrVIII 323398 . AT A 2418.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=458.0027;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.54;MQ0=0;QD=20.50;RPA=6,5;RU=T;SB=-4.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,108:118:99:2461,317,0 chrVIII 324636 . TG T 905.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=69.1166;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.80;MQ0=0;QD=24.49;RPA=5,4;RU=G;SB=-3.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,35:37:96:948,96,0 chrVIII 325418 . TC T 1070.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=14.9875;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;QD=27.46;RPA=3,2;RU=C;SB=-5.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,38:39:99:1113,102,0 chrVIII 326640 . G GTTTT 5891 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=183.0611;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.72;MQ0=0;QD=53.55;RPA=3,7;RU=T;SB=-2.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,109:110:99:5891,319,0 chrVIII 336196 . ATACT A 3310 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=69.0954;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.93;MQ0=1;QD=55.17;SB=-1.440e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,56:59:99:3310,165,0 chrVIII 340068 . A AG 145.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=61.9132;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=8.06;SB=-5.662e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,7:18:18:187,18,0 chrVIII 344320 . G GT 4089 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=56.9944;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.84;MQ0=0;QD=27.63;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.294e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,140:148:99:4089,406,0 chrVIII 352526 . CT C 2146.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.077;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=926.0961;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.386;QD=21.47;RPA=8,7;RU=T;ReadPosRankSum=0.885;SB=-6.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,93:100:99:2189,258,0 chrVIII 359606 . CT C 2360.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=420.1472;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.70;MQ0=0;QD=23.15;RPA=5,4;RU=T;SB=-8.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,95:102:99:2403,279,0 chrVIII 360784 . G GA 645.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.138;DP=60;FS=4.980;HaplotypeScore=114.9910;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=0.641;QD=10.77;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.465;SB=-2.935e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,27:60:62:685,0,62 chrVIII 365379 . GTCA G 1631.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=473.8007;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.33;MQ0=0;QD=20.40;RPA=7,6;RU=TCA;SB=-7.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,34:80:99:1674,135,0 chrVIII 365421 . GTCA G 1801.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=503.5928;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.22;MQ0=0;QD=25.38;RPA=5,4;RU=TCA;SB=-5.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,50:71:99:1844,162,0 chrVIII 371618 . A AT 1207.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.898;DP=70;FS=3.522;HaplotypeScore=32.0327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.064;QD=17.26;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.219;SB=-5.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,53:70:99:1250,141,0 chrVIII 372612 . CG C 4417 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=189.2711;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.39;MQ0=0;QD=31.78;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.830e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,138:139:99:4417,397,0 chrVIII 375406 . GA G 1360.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.122;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=57.0917;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=0.952;QD=11.63;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.391;SB=-6.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,94:117:99:1403,191,0 chrVIII 377829 . C CT 2327.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=492.6095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.55;MQ0=0;QD=29.47;RPA=2,3;RU=T;SB=-8.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,69:79:99:2370,226,0 chrVIII 377894 . AT A 3439 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=559.4800;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.90;MQ0=0;QD=27.73;RPA=3,2;RU=T;SB=-3.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,119:124:99:3439,337,0 chrVIII 378120 . GTGTTTTTGTTTTTGTTTTTGTTTT G 3613 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=421.0278;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.386;QD=41.53;RPA=8,4;RU=TGTTTT;ReadPosRankSum=0.693;SB=-6.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,47:87:35:3613,0,35 chrVIII 381424 . GA G 789.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=27.0313;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=14.90;RPA=11,10;RU=A;SB=-1.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,48:53:99:832,124,0 chrVIII 384944 . G GA 1459.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.676;DP=105;FS=12.838;HaplotypeScore=57.4008;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=0.460;QD=13.90;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.148;SB=-5.544e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,64:105:82:1502,82,0 chrVIII 386095 . ACTTCTTCTTCTT A 5139 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=22.3805;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.17;MQ0=0;QD=88.60;RPA=9,5;RU=CTT;SB=-1.657e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,44:58:99:5139,129,0 chrVIII 387722 . A AT 875.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=46.9786;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.28;MQ0=0;QD=22.46;RPA=8,9;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,37:39:99:918,108,0 chrVIII 389612 . GA G 723.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=49.0992;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.23;MQ0=0;QD=32.91;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:63:766,63,0 chrVIII 390060 . ATTAATTAATG A 10218 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=476.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.63;MQ0=0;QD=70.96;SB=-4.972e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,97:144:99:10218,271,0 chrVIII 392120 . GAAATTCCAAAA G 4758 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=61.3006;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.19;MQ0=0;QD=132.17;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:99:4758,108,0 chrVIII 396945 . GAAAA G,GAA 453.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.776;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=76.2466;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=51.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.776;QD=12.97;RPA=19,15,17;RU=A;ReadPosRankSum=-0.867;SB=-1.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:16,5,0:35:99:532,191,250,193,0,144 chrVIII 399076 . GA G 1656.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=311.2783;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.15;MQ0=0;QD=18.21;RPA=9,8;RU=A;SB=-2.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,82:91:99:1699,241,0 chrVIII 399194 . GA G 1370.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=455.3445;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.51;MQ0=0;QD=20.46;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,62:67:99:1413,179,0 chrVIII 399211 . G GA 2223.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=404.8126;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.89;MQ0=0;QD=30.47;RPA=1,2;RU=A;SB=-2.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,67:73:99:2266,198,0 chrVIII 406835 . AT A 1621.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=35.9760;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=23.17;RPA=4,3;RU=T;SB=-7.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,65:70:99:1664,180,0 chrVIII 410935 . CT C 863.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.431;DP=57;FS=3.840;HaplotypeScore=30.9210;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.431;QD=15.16;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.205;SB=-3.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,48:57:99:906,112,0 chrVIII 417913 . C CTTTTGGAGG 3770 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=14.3341;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.53;MQ0=0;QD=87.67;SB=-1.481e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,29:43:99:3770,111,0 chrVIII 420550 . CTGTTGTGGTTGCTGT C 4241 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.181;DP=83;FS=3.715;HaplotypeScore=224.2304;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.44;MQ0=0;MQRankSum=-3.864;QD=51.10;ReadPosRankSum=1.517;SB=-4.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,57:83:76:4241,76,0 chrVIII 423045 . T TAGTCTAAC 5754 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=77.4344;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.56;MQ0=0;QD=89.91;SB=-2.834e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,49:64:99:5754,175,0 chrVIII 436963 . A AT 622.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.650;DP=40;FS=3.590;HaplotypeScore=110.6770;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.86;MQ0=0;MQRankSum=0.758;QD=15.57;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.108;SB=-2.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,29:40:74:665,74,0 chrVIII 440333 . T TGAG 1805.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=93.6868;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=40.13;RPA=1,2;RU=GAG;SB=-7.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,37:45:99:1848,108,0 chrVIII 442153 . 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A AT 1720.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.199;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=348.9176;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.412;QD=25.31;ReadPosRankSum=1.466;SB=-5.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,62:68:99:1763,189,0 chrVIII 451138 . TA T 1043.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.021;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=170.1674;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.29;MQ0=1;MQRankSum=-0.638;QD=11.11;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.844;SB=-2.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,68:93:99:1086,128,0 chrVIII 452869 . TACATGGATGATAAGAAA T 7444 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=180.0493;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.08;MQ0=0;QD=120.06;SB=-3.019e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,45:59:99:7444,129,0 chrVIII 453638 . C CT 3644 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=400.0106;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.28;MQ0=0;QD=33.13;SB=-1.412e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:110:99:3644,301,0 chrVIII 458020 . T TC 1328.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=348.1526;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.70;MQ0=0;QD=26.58;RPA=1,2;RU=C;SB=-6.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,44:50:99:1371,133,0 chrVIII 458068 . TA T 1026.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=354.8242;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.34;MQ0=0;QD=20.54;RPA=7,6;RU=A;SB=-4.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,48:50:99:1069,140,0 chrVIII 458755 . C CA 1358.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.984;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=42.5297;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.019;QD=17.88;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.212;SB=-6.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,62:76:99:1401,149,0 chrVIII 461758 . ATATC A 966.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.538;DP=114;FS=2.452;HaplotypeScore=503.6507;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.95;MQ0=0;MQRankSum=0.563;QD=8.48;ReadPosRankSum=0.188;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:66,38:114:99:1009,155,0 chrVIII 461760 . ATC A 2534.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=320.3200;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.37;MQ0=0;QD=24.61;SB=-9.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:55,43:103:99:2577,246,0 chrVIII 461834 . G GAT 3979 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=111.2396;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.41;MQ0=0;QD=44.71;SB=-5.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,86:89:99:3979,262,0 chrVIII 464533 . T TGGCCTTAGATTTATA 8129 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=261.4159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.72;MQ0=0;QD=100.36;RPA=1,2;RU=GGCCTTAGATTTATA;SB=-4.004e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:58,22:81:99:8129,178,0 chrVIII 464743 . C CT 753.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=51.1085;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;QD=30.16;RPA=1,2;RU=T;SB=-6.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:69:796,69,0 chrVIII 466216 . GT G 5377 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=180;FS=0.000;HaplotypeScore=1134.3558;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.28;MQ0=0;QD=29.87;RPA=3,2;RU=T;SB=-8.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,172:180:99:5377,499,0 chrVIII 466481 . T TTAA 5675 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=97.6461;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.60;MQ0=0;QD=44.34;SB=-1.792e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,112:127:99:5675,331,0 chrVIII 466742 . AT A 3489 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=1366.5244;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.16;MQ0=0;QD=29.82;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.690e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,108:117:99:3489,313,0 chrVIII 466974 . C CA 3885 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=700.9033;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.51;MQ0=0;QD=30.83;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.165e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,119:123:99:3885,349,0 chrVIII 467079 . T TTTTTCC 6695 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=42.0059;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=53.13;RPA=1,2;RU=TTTTCC;SB=-9.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:50,67:126:99:6695,336,0 chrVIII 467921 . C CT 1979.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.570;DP=96;FS=8.832;HaplotypeScore=49.0436;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.407;QD=20.62;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.338;SB=-4.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,86:96:99:2022,208,0 chrVIII 472611 . CT C 556.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.325;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=38.7278;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=1.245;QD=8.70;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=2.057;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,42:64:50:599,50,0 chrVIII 474628 . CA C 572.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=9.7259;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.22;RPA=5,4;RU=A;SB=-2.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:72:615,72,0 chrVIII 475549 . CAA C 883.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.770;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=61.0556;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.40;MQ0=1;MQRankSum=0.578;QD=14.73;RPA=15,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.866;SB=-4.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,31:59:99:926,101,0 chrVIII 475601 . GA G 908.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=75.9531;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.16;MQ0=0;QD=15.67;RPA=8,7;RU=A;SB=-3.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,53:58:99:951,128,0 chrVIII 488380 . AAAC A 2816.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=206.3007;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.51;MQ0=0;QD=38.07;SB=-8.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,65:74:99:2859,201,0 chrVIII 497405 . CA C 1093.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=125.1027;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.56;MQ0=0;QD=18.86;RPA=7,6;RU=A;SB=-4.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,53:58:99:1136,146,0 chrVIII 501221 . C CT 2447.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=589.9850;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.99;MQ0=0;QD=24.24;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.068e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,97:101:99:2490,279,0 chrVIII 504320 . GAAA G 3544 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=31.6455;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=41.69;RPA=9,6;RU=A;SB=-4.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:3544,253,0 chrVIII 508827 . A AAAAAAT 1702.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=13.4404;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.33;MQ0=0;QD=27.47;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,30:61:99:1745,125,0 chrVIII 512227 . AAGT A 2339.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=317.2563;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.95;MQ0=4;QD=37.74;SB=-1.079e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,49:57:99:2382,161,0 chrVIII 516616 . GAA G 2459.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=360.1936;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.63;MQ0=0;QD=23.65;RPA=10,8;RU=A;SB=-1.228e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,82:104:99:2502,243,0 chrVIII 518744 . CCA C 1276.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.202;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=40.3773;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.260;QD=28.38;ReadPosRankSum=1.932;SB=-5.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,32:45:91:1319,91,0 chrVIII 519135 . A AT 2146.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=230.3186;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.66;MQ0=0;QD=32.04;SB=-5.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:67:99:2189,169,0 chrVIII 522597 . C CAT 7697 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=200;FS=0.000;HaplotypeScore=465.4094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.84;MQ0=1;QD=38.49;RPA=1,2;RU=AT;SB=-1.175e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,189:199:99:7697,548,0 chrVIII 522934 . CT C 1367.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.135;DP=105;FS=7.478;HaplotypeScore=573.7550;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.85;MQ0=0;MQRankSum=1.365;QD=13.03;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.280;SB=-5.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,72:105:99:1410,172,0 chrVIII 522960 . T TGAAC 3737 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=397.2824;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.91;MQ0=0;QD=46.71;RPA=1,2;RU=GAAC;SB=-1.771e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,57:80:99:3737,190,0 chrVIII 524394 . TC T 1497.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=599.1952;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.68;MQ0=0;QD=27.24;SB=-4.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,48:55:99:1540,135,0 chrVIII 524417 . TG T 812.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=576.8148;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.64;MQ0=0;QD=18.91;SB=-7.800e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,37:43:99:855,102,0 chrVIII 524803 . AT A 249.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=82.7954;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.19;MQ0=0;QD=12.50;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.229e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,10:20:36:292,36,0 chrVIII 524846 . GATACGTC G 2195.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=170.6408;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.67;MQ0=0;QD=84.46;SB=-8.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:26:75:2238,75,0 chrVIII 524926 . AT A 977.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=392.7476;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.99;MQ0=0;QD=19.96;RPA=5,4;RU=T;SB=-9.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,41:49:99:1020,123,0 chrVIII 525294 . C CA 128.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=161.3304;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=8.06;RPA=2,3;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,5:16:27:171,27,0 chrVIII 525297 . 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G GC 885.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=163.3689;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.38;MQ0=4;QD=20.14;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,40:26:72:928,72,0 chrVIII 530915 . GT G 519.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=144.7848;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.70;MQ0=4;QD=13.33;RPA=7,6;RU=T;SB=-2.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,37:26:72:562,72,0 chrVIII 530986 . TA T 362.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=139.0638;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.41;MQ0=0;QD=9.31;RPA=10,9;RU=A;SB=-1.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,32:25:57:405,57,0 chrVIII 540616 . AT A 243.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=24.1638;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=13.74;MQ0=33;QD=3.75;RPA=10,9;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,59:16:42:286,42,0 chrVIII 540896 . 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GA G 523.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.077;DP=107;FS=7.903;HaplotypeScore=159.9630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.86;MQ0=29;MQRankSum=-0.312;QD=4.90;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=4.700;SB=-2.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,40:72:99:563,0,1074 chrVIII 552033 . GGAAGAA G 1587.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=104.2496;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.80;MQ0=44;QD=20.36;RPA=6,4;RU=GAA;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,58:30:72:1630,72,0 chrVIII 554064 . CGAAAAAATAAA C,CA 7129 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=976.3248;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=32.67;MQ0=0;QD=75.04;SB=-4.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:1,24,0:94:99:7129,769,508,564,0,299 chrVIII 554150 . CT C 347.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.838;DP=33;FS=8.300;HaplotypeScore=569.9677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.244;QD=10.54;ReadPosRankSum=-0.376;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,17:32:88:387,0,88 chrVIII 554154 . A AG 321.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.020;DP=37;FS=1.399;HaplotypeScore=616.4355;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.446;QD=8.70;ReadPosRankSum=0.941;SB=-9.400e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,18:36:99:361,0,505 chrVIII 556041 . C CTT 1737.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.802;DP=104;FS=20.968;HaplotypeScore=562.9208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.69;MQ0=0;MQRankSum=1.757;QD=16.71;RPA=6,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.338;SB=-5.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,54:97:99:1777,0,786 chrVIII 556364 . T TGCA 269.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=85.9402;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.98;MQ0=1;MQRankSum=-0.751;QD=15.88;ReadPosRankSum=-0.751;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,8:13:29:309,0,29 chrVIII 556400 . TGA T 370.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=248.2833;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.73;MQ0=0;QD=26.50;RPA=4,3;RU=GA;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,13:11:33:413,33,0 chrVIII 556425 . G GGGGAA 2239.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.630;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=830.1753;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.770;QD=40.00;ReadPosRankSum=0.023;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,14:53:71:2282,71,0 chrVIII 556427 . G GGAATA 2949.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.697;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=783.3336;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.517;QD=50.00;ReadPosRankSum=0.247;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,33:56:93:2992,93,0 chrVIII 556441 . A AG 465.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.189;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=1004.7357;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.22;MQ0=0;MQRankSum=-5.820;QD=7.52;ReadPosRankSum=-0.179;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,26:59:99:505,0,363 chrVIII 556448 . AG A 781.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.103;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=1262.4813;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.49;MQ0=0;MQRankSum=-5.439;QD=11.01;ReadPosRankSum=-3.321;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,28:68:99:821,0,1290 chrVIII 556459 . C CG 809.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.103;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=1326.6935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.54;MQ0=0;MQRankSum=-5.801;QD=10.95;ReadPosRankSum=-4.355;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,29:71:99:849,0,1327 chrVIII 556489 . T TAC 397.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.336;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=923.9205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.78;MQ0=0;MQRankSum=-4.786;QD=7.65;ReadPosRankSum=5.288;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,14:52:99:437,0,1118 chrVIII 556515 . TGA T 552.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=486.0298;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.52;MQ0=0;QD=26.33;SB=-8.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,16:21:42:595,42,0 chrVIII 562385 . ATTTT A 309.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=96.3410;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.82;MQ0=1;QD=22.14;RPA=12,8;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,12:10:27:352,27,0 chrVIII 562509 . TG T 59.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.702;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=144.7594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.02;MQ0=3;MQRankSum=0.124;QD=2.31;RPA=3,2;RU=G;ReadPosRankSum=0.702;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,7:23:99:99,0,274 chrX 19220 . AT A 219.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.256;DP=49;FS=56.838;HaplotypeScore=294.2804;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.07;MQ0=22;MQRankSum=-2.595;QD=4.49;ReadPosRankSum=0.986;SB=-3.000e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,10:26:99:259,0,434 chrX 19409 . C CT 455.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=187.6531;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=15.16;MQ0=44;QD=6.00;RPA=5,6;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,31:17:48:498,48,0 chrX 23988 . GT G 1671.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=647.5270;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.44;MQ0=0;QD=34.83;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1714,141,0 chrX 28946 . CTT C 1644.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.679;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=131.0440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=1.306;QD=18.91;RPA=14,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.679;SB=-7.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,56:87:99:1687,165,0 chrX 29870 . G GC 2113.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=228.4664;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.21;MQ0=0;QD=33.03;RPA=1,2;RU=C;SB=-9.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,59:64:99:2156,178,0 chrX 31341 . T TAA 3329 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=191.5396;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.10;MQ0=0;QD=33.97;RPA=5,7;RU=A;SB=-6.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,91:98:99:3329,272,0 chrX 31479 . A AT 1434.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=414.4286;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.31;MQ0=0;QD=17.94;RPA=7,8;RU=T;SB=-5.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,60:80:99:1477,171,0 chrX 36381 . G GA 182.98 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.012;DP=57;FS=15.849;HaplotypeScore=224.3302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.30;MQ0=0;MQRankSum=-2.362;QD=3.21;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-2.712;SB=-5.669e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,14:57:23:222,0,23 chrX 37825 . GT G 2601.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.371;DP=156;FS=9.357;HaplotypeScore=366.7942;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.482;QD=16.68;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.080;SB=-1.233e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,131:156:99:2644,244,0 chrX 41329 . AT A 2691.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.913;DP=181;FS=4.048;HaplotypeScore=252.4511;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.394;QD=14.87;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.778;SB=-1.063e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,150:181:99:2734,351,0 chrX 47535 . 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C CT 2281.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.048;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=157.4380;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.94;MQ0=0;MQRankSum=0.476;QD=18.86;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.739;SB=-1.035e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,102:121:99:2324,200,0 chrX 67825 . GA G 3313 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=43.0551;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;QD=21.80;RPA=7,6;RU=A;SB=-3.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,135:152:99:3313,401,0 chrX 71018 . CTT C 2014.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=26.1183;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.49;MQ0=1;QD=30.07;RPA=9,7;RU=T;SB=-2.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,63:66:99:2057,186,0 chrX 71276 . G GA 925.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.149;DP=88;FS=6.567;HaplotypeScore=107.8485;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=0.472;QD=10.52;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-1.131;SB=-4.394e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,51:88:68:965,0,68 chrX 74615 . 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TC T 1113.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=257.7878;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.79;MQ0=0;QD=29.31;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:38:96:1156,96,0 chrX 85527 . CT C 1277.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.301;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=363.9679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.56;MQ0=0;MQRankSum=0.443;QD=15.03;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.015;SB=-1.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,69:85:99:1320,135,0 chrX 91897 . T TA 1911.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=30.3144;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.14;MQ0=0;QD=24.83;RPA=5,6;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,75:77:99:1954,216,0 chrX 101045 . G GA 349.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.228;DP=30;FS=11.690;HaplotypeScore=16.4586;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.776;QD=11.64;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.141;SB=-1.281e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,18:30:5:389,5,0 chrX 106394 . CA C 2444.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=111.3786;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.83;MQ0=0;QD=24.45;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.175e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,95:100:99:2487,226,0 chrX 109915 . G GA 1475.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.998;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=76.4343;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=2.172;QD=14.76;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.365;SB=-4.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,76:100:99:1518,180,0 chrX 111163 . C CA 1342.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=61.9086;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=20.98;RPA=8,9;RU=A;SB=-6.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,53:64:99:1385,168,0 chrX 111408 . A AT 1700.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=30.0668;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.56;MQ0=0;QD=22.68;RPA=5,6;RU=T;SB=-6.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,68:75:99:1743,189,0 chrX 113474 . AT A 441.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.626;DP=57;FS=4.377;HaplotypeScore=84.2825;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.448;QD=7.75;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=2.239;SB=-2.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,25:56:3:481,3,0 chrX 114871 . A ATGTTGCTGC 3094.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=17.1356;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.19;MQ0=0;QD=54.30;RPA=1,2;RU=TGTTGCTGC;SB=-1.123e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,42:57:99:3137,132,0 chrX 118966 . C CA 2839.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=119.6904;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;QD=24.27;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.130e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,109:117:99:2882,315,0 chrX 121937 . GT G 1292.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=22.4879;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.93;MQ0=0;QD=18.74;RPA=8,7;RU=T;SB=-2.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,65:69:99:1335,168,0 chrX 123774 . GA G 1614.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=32.3647;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.49;MQ0=0;QD=29.36;RPA=3,2;RU=A;SB=-2.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,53:55:99:1657,153,0 chrX 126726 . ATT A 912.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=56.7206;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.83;MQ0=0;QD=22.82;RPA=5,3;RU=T;SB=-2.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,27:40:81:955,81,0 chrX 129078 . CT C 1472.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.019;DP=108;FS=4.027;HaplotypeScore=54.9519;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.378;QD=13.64;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.492;SB=-6.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,82:108:99:1515,128,0 chrX 131054 . GT G 2643.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=48.1834;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;QD=18.89;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.069e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,125:140:99:2686,352,0 chrX 134041 . T TTC 1210.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=86.7056;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.28;MQ0=0;QD=23.74;RPA=3,4;RU=TC;SB=-4.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,25:51:99:1253,111,0 chrX 134112 . GAAAAA G 1712.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.038;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=131.5889;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.49;MQ0=0;MQRankSum=1.245;QD=40.76;RPA=17,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.999;SB=-3.471e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,24:42:72:1754,72,0 chrX 134179 . GAAA G 2131.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=185.5457;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.11;MQ0=0;QD=31.35;RPA=12,9;RU=A;SB=-3.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,62:68:99:2174,161,0 chrX 134261 . T TAGG 2594.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=107.4046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.00;MQ0=0;QD=44.74;RPA=1,2;RU=AGG;SB=-1.036e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,50:58:99:2637,153,0 chrX 135953 . GA G 2160.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=259.7097;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.37;MQ0=0;QD=21.40;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.074e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,97:101:99:2203,284,0 chrX 144785 . C CT 2836.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=279.6200;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.76;MQ0=0;QD=28.09;RPA=2,3;RU=T;SB=-9.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,100:101:99:2879,280,0 chrX 144800 . A AT 2583.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=309.5391;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.05;MQ0=0;QD=25.84;RPA=2,3;RU=T;SB=-9.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,93:100:99:2626,255,0 chrX 145019 . GAA G 1708.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=87.0777;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.02;MQ0=0;QD=26.29;RPA=11,9;RU=A;SB=-6.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,55:65:99:1751,165,0 chrX 146986 . AT A 880.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=181.5050;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.82;MQ0=0;QD=24.47;RPA=5,4;RU=T;SB=-2.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:36:99:923,102,0 chrX 147955 . CA C 1629.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=86.8795;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.59;MQ0=0;QD=23.97;RPA=4,3;RU=A;SB=-7.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,63:68:99:1672,174,0 chrX 153267 . A AT 919.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4824;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.87;MQ0=0;QD=24.86;RPA=3,4;RU=T;SB=-6.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,35:37:99:962,99,0 chrX 159429 . C CAAAA,CAAA 1834.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.115;DP=78;FS=3.085;HaplotypeScore=185.9446;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=45.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.866;QD=23.52;RPA=13,17,16;RU=A;ReadPosRankSum=-1.617;SB=-9.149e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:58,5,10:75:99:1913,375,221,358,0,189 chrX 159480 . 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CAAA C 2332.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=16.2172;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.32;MQ0=0;QD=48.60;RPA=4,1;RU=A;SB=-1.076e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,47:48:99:2375,135,0 chrX 161835 . T TA 523.76 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.459;DP=57;FS=8.363;HaplotypeScore=28.2399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.049;QD=9.19;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.146;SB=-2.098e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,32:57:4:562,0,4 chrX 164198 . G GT 5231 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;FS=0.000;HaplotypeScore=231.6027;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.91;MQ0=0;QD=31.14;RPA=2,3;RU=T;SB=-7.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,166:168:99:5231,487,0 chrX 165551 . AT A 1162.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=14.2038;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.19;MQ0=0;QD=21.94;RPA=6,5;RU=T;SB=-2.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,49:53:99:1205,141,0 chrX 172470 . G GTTATAA 13603 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=186;FS=0.000;HaplotypeScore=61.2640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.00;MQ0=0;QD=73.13;SB=-5.796e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,155:186:99:13603,497,0 chrX 173179 . GT G 997.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.460;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=522.6657;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.295;QD=13.67;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.509;SB=-2.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,50:73:99:1040,109,0 chrX 173202 . GGAA G 4084 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=361.2218;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.75;MQ0=0;QD=52.36;SB=-1.103e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,70:78:99:4084,231,0 chrX 173273 . G GA 1658.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.898;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=421.6659;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.134;QD=13.49;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.928;SB=-4.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,69:123:79:1701,79,0 chrX 173314 . C CT 2910.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=171.2851;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.37;MQ0=0;QD=33.85;SB=-7.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,77:86:99:2953,229,0 chrX 173515 . TA T 4315 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.106;DP=249;DS;FS=1.729;HaplotypeScore=367.5730;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.282;QD=17.33;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=2.831;SB=-1.974e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,215:249:99:4315,535,0 chrX 177910 . GATAT G 718.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=26.2409;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.34;MQ0=0;QD=16.72;RPA=6,4;RU=AT;SB=-1.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,21:43:45:761,45,0 chrX 178042 . CT C 909.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=114.7909;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;QD=17.84;RPA=9,8;RU=T;SB=-5.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,43:51:99:952,128,0 chrX 180134 . A AT 2645.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=36.7545;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;QD=27.00;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.172e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,96:98:99:2688,238,0 chrX 181281 . A AT 2964.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=45.3313;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.23;MQ0=0;QD=21.18;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.393e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,130:140:99:3007,348,0 chrX 181447 . T TG 1955.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=50.1224;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=29.19;RPA=3,4;RU=G;SB=-3.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,62:67:99:1998,186,0 chrX 189030 . CTCT C 838.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=96.6587;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.62;MQ0=0;QD=22.67;RPA=6,5;RU=TCT;SB=-3.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,28:37:78:881,78,0 chrX 189614 . T TA 1339.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=146.9557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.00;MQ0=0;QD=27.35;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,48:49:99:1382,144,0 chrX 195285 . TA T 1567.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=58.3201;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.93;MQ0=0;QD=19.36;RPA=7,6;RU=A;SB=-4.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,71:81:99:1610,203,0 chrX 197239 . T TAAAAAAA 1234.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=73.6870;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.87;MQ0=0;QD=56.13;RPA=6,13;RU=A;SB=-4.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,17:22:57:1277,57,0 chrX 203768 . A AAT 393.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.448;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=17.8519;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=15.49;MQ0=35;MQRankSum=-0.869;QD=6.14;ReadPosRankSum=-1.448;SB=-4.775e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,13:17:15:435,15,0 chrX 204114 . A AT 2287.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=546.4287;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.41;MQ0=1;QD=36.90;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:60:99:2330,181,0 chrX 204132 . TA T 2586.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=866.6304;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.12;MQ0=1;QD=30.43;RPA=2,1;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,79:82:99:2629,232,0 chrX 204259 . GTAGAAA G 533.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=45.2596;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=13.87;MQ0=11;QD=16.15;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,11:8:21:575,21,0 chrX 204719 . CA C 1093.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=45.1678;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.92;MQ0=0;QD=23.78;RPA=4,3;RU=A;SB=-5.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,43:46:99:1136,117,0 chrX 205450 . TCAA T 2332.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.700;DP=49;FS=4.168;HaplotypeScore=15.7603;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.700;QD=47.61;RPA=2,1;RU=CAA;ReadPosRankSum=-0.479;SB=-8.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,46:49:88:2375,88,0 chrX 207452 . GGCATT G 4958 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=31.9268;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;QD=55.09;RPA=2,1;RU=GCATT;SB=-1.303e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,79:90:99:4958,223,0 chrX 207747 . GAA G 2492.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.824;DP=105;FS=4.619;HaplotypeScore=152.3397;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.23;MQ0=0;MQRankSum=0.659;QD=23.74;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.141;SB=-8.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,89:105:99:2535,244,0 chrX 209539 . TA T 3138.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=170;FS=0.000;HaplotypeScore=51.5354;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.27;MQ0=0;QD=18.46;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.236e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,147:170:99:3181,378,0 chrX 211991 . CT C 2484.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=355.5502;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.12;MQ0=0;QD=18.27;RPA=8,7;RU=T;SB=-7.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,116:136:99:2527,323,0 chrX 217454 . GAA G 1887.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.188;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=53.3063;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.253;QD=22.75;RPA=12,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.617;SB=-4.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,52:83:99:1930,187,0 chrX 217532 . GA G 3025.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=98.1821;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=20.45;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.281e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,142:148:99:3068,377,0 chrX 218872 . C CA 1412.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=19.7143;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;QD=26.17;RPA=4,5;RU=A;SB=-6.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,52:54:99:1455,153,0 chrX 223539 . CT C 2601.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=449.9954;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.16;MQ0=0;QD=30.98;RPA=2,1;RU=T;SB=-5.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,75:84:99:2644,229,0 chrX 223657 . C CTTCTTCTT 10309 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=235.1699;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.79;MQ0=0;QD=93.72;SB=-2.295e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,91:110:99:10309,304,0 chrX 226830 . AT A 1124.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=140.4797;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.72;MQ0=0;QD=19.40;RPA=8,7;RU=T;SB=-2.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,51:58:99:1167,149,0 chrX 227132 . AT A 1500.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=135.3384;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.10;MQ0=0;QD=20.85;RPA=6,5;RU=T;SB=-5.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,66:72:99:1543,191,0 chrX 231029 . 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A AT 2287.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=27.1183;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.79;MQ0=0;QD=27.90;RPA=4,5;RU=T;SB=-8.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,80:82:99:2330,243,0 chrX 245297 . TTAATAACAATAA T 1272.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=145.9189;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.56;MQ0=0;QD=45.46;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,24:28:48:1315,48,0 chrX 247176 . T TA 2547.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=153.4229;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;QD=19.01;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.238e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,110:133:99:2590,306,0 chrX 251756 . GATGACGGA G 14900 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=210;FS=0.000;HaplotypeScore=489.1765;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.90;MQ0=0;QD=70.95;RPA=2,1;RU=ATGACGGA;SB=-3.128e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,161:210:99:14900,499,0 chrX 265708 . 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TA T 1651.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.691;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=106.0799;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.526;QD=16.36;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.361;SB=-6.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,82:101:99:1694,227,0 chrX 278038 . G GA 704.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.621;DP=58;FS=1.984;HaplotypeScore=30.0160;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.515;QD=12.15;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.155;SB=-3.262e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,35:58:33:747,33,0 chrX 280770 . CT C 686.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.023;DP=120;FS=3.190;HaplotypeScore=104.0457;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=0.413;QD=5.72;RPA=15,14;RU=T;ReadPosRankSum=1.371;SB=-1.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:52,51:120:75:729,75,0 chrX 283419 . AT A 472.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.267;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=117.3941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.333;QD=12.45;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.800;SB=-2.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,28:38:53:515,53,0 chrX 283464 . AT A 893.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=124.5781;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.06;MQ0=0;QD=30.83;RPA=2,1;RU=T;SB=-3.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,28:29:84:936,84,0 chrX 283507 . A AT 1359.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=158.5880;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.79;MQ0=0;QD=21.25;RPA=5,6;RU=T;SB=-3.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,52:64:99:1402,153,0 chrX 285366 . GTTTCGTCGTCTTCTCCA G 14157 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=31.5299;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.81;MQ0=0;QD=144.46;SB=-3.127e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,90:98:99:14157,265,0 chrX 289587 . T TAA,TA 413.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.678;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=54.6809;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.47;MQ0=0;MQRankSum=0.442;QD=8.81;RPA=17,19,18;RU=A;ReadPosRankSum=-1.738;SB=-8.383e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:35,5,5:47:71:492,71,80,176,0,152 chrX 290379 . GGAAGCA G 398.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.732;DP=33;FS=3.312;HaplotypeScore=256.0963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.592;QD=12.09;ReadPosRankSum=0.301;SB=-3.100e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,11:33:99:438,0,1430 chrX 291152 . C CA 1362.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=86.4892;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.76;MQ0=0;QD=34.07;RPA=1,2;RU=A;SB=-4.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:1405,117,0 chrX 293091 . A AGAAGTAGTACTG 1673.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=152.7090;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.62;MQ0=0;QD=88.10;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,9:19:42:1716,42,0 chrX 293472 . G GGAC 461.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=131.2966;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.77;MQ0=0;QD=30.80;SB=-3.000e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,10:15:33:504,33,0 chrX 294488 . T TC 864.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=238.4442;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.58;MQ0=0;QD=33.27;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:72:907,72,0 chrX 294918 . A AT 2502.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=257.7890;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.28;MQ0=0;QD=28.77;SB=-1.063e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,68:87:99:2545,216,0 chrX 295081 . G GT 2766.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=111;FS=3.724;HaplotypeScore=436.0124;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.78;MQ0=0;MQRankSum=0.822;QD=24.93;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=1.207;SB=-1.168e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,99:111:99:2809,289,0 chrX 309995 . TGTA T 2896.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=30.3421;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.49;MQ0=0;QD=30.82;RPA=4,3;RU=GTA;SB=-9.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,63:94:99:2939,190,0 chrX 315018 . AG A 3855 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=489.3078;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.81;MQ0=1;QD=32.13;SB=-1.184e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,102:119:99:3855,334,0 chrX 315026 . A AAT 4415 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=441.2354;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.13;MQ0=1;QD=36.49;RPA=1,2;RU=AT;SB=-1.491e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,98:120:99:4415,322,0 chrX 315657 . GA G 1443.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.201;DP=129;FS=1.646;HaplotypeScore=62.0720;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.036;QD=11.19;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.833;SB=-5.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,84:129:99:1486,105,0 chrX 316988 . G GTA 2513.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=23.4364;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.35;MQ0=0;QD=39.90;SB=-1.182e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,57:63:99:2556,172,0 chrX 317080 . GTATATA G 5179 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=90.8452;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.61;MQ0=0;QD=35.47;RPA=9,6;RU=TA;SB=-2.478e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:70,67:146:99:5179,232,0 chrX 322779 . C CA 1841.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=319.9623;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.83;MQ0=0;QD=25.58;RPA=2,3;RU=A;SB=-7.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,61:72:99:1884,177,0 chrX 327878 . A AT 2127.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=135.7649;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.35;MQ0=0;QD=32.74;SB=-7.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:99:2170,174,0 chrX 338042 . AG A 1076.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=23.1579;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.24;MQ0=0;QD=20.32;RPA=7,6;RU=G;SB=-4.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,39:53:99:1119,117,0 chrX 342313 . AT A 830.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=155.2493;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.55;MQ0=0;QD=23.74;RPA=4,3;RU=T;SB=-3.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,33:35:90:873,90,0 chrX 342348 . ATTTTTT A 1241.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.246;DP=41;FS=6.214;HaplotypeScore=122.4728;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.574;QD=30.29;RPA=23,17;RU=T;ReadPosRankSum=0.366;SB=-5.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,17:41:34:1284,34,0 chrX 349444 . G GT 1579.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=85;FS=3.658;HaplotypeScore=142.2875;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.879;QD=18.59;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.359;SB=-6.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,71:85:99:1622,172,0 chrX 349508 . G GA 1543.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.237;DP=76;FS=4.771;HaplotypeScore=81.1919;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.84;MQ0=0;MQRankSum=1.677;QD=20.32;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.027;SB=-4.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,63:76:99:1586,165,0 chrX 352352 . 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TA T 2697.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=350.3034;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.63;MQ0=0;QD=30.31;SB=-1.130e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,86:89:99:2740,220,0 chrX 355883 . CG C 2188.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=345.6735;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.77;MQ0=0;QD=35.88;SB=-9.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2231,178,0 chrX 356123 . TCGAAAC T 4665 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=23.4895;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.98;MQ0=0;QD=74.05;SB=-2.162e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,56:63:99:4665,172,0 chrX 358214 . T TC 526.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.228;DP=41;FS=21.973;HaplotypeScore=230.9980;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.03;MQ0=0;MQRankSum=-2.781;QD=12.85;ReadPosRankSum=2.903;SB=-1.088e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,21:40:6:567,6,0 chrX 359824 . GAAA GA,G 1117.27 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.632;DP=76;FS=2.746;HaplotypeScore=126.9380;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.327;QD=14.70;RPA=15,13,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.675;SB=-4.463e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:28,0,8:76:47:1195,170,47,727,0,751 chrX 360911 . C CT 132.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.741;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=15.7260;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.91;MQ0=0;MQRankSum=1.393;QD=9.43;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.393;SB=-7.878e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,7:14:19:174,19,0 chrX 361643 . ACCG A 1437.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=20.6674;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.81;MQ0=0;QD=42.29;SB=-5.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,30:34:93:1480,93,0 chrX 374747 . GTTATTAGTCAGAAATAAATGTAAATTTC G 6289 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=270.8978;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.34;MQ0=0;QD=98.27;SB=-3.128e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,29:64:72:6289,72,0 chrX 376217 . T TCTTA 4838 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=53.2533;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.08;MQ0=0;QD=54.98;RPA=1,2;RU=CTTA;SB=-1.513e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,73:88:99:4838,244,0 chrX 376292 . TA T 717.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.148;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=129.6238;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.33;MQ0=0;MQRankSum=0.962;QD=11.05;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.838;SB=-3.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,47:65:70:760,70,0 chrX 377943 . TGA T 2365.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=894.8791;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.05;MQ0=0;QD=29.95;SB=-6.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:79:99:2408,205,0 chrX 378441 . G GT 1867.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=26.0234;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.046;QD=23.35;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.182;SB=-8.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,77:80:99:1910,224,0 chrX 380104 . C CT 1317.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=20.9105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=25.84;RPA=2,3;RU=T;SB=-6.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,48:51:99:1360,132,0 chrX 383673 . AT A 959.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=61.7605;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.67;MQ0=0;QD=20.87;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,45:46:99:1002,120,0 chrX 388260 . CA C 517.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.271;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=223.9408;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.76;MQ0=0;MQRankSum=0.487;QD=8.35;RPA=15,14;RU=A;ReadPosRankSum=0.325;SB=-2.564e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,29:62:52:558,52,0 chrX 390996 . G GA 2364.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.245;DP=134;FS=3.731;HaplotypeScore=73.3015;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.00;MQ0=0;MQRankSum=0.673;QD=17.65;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.748;SB=-1.063e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,95:134:99:2407,226,0 chrX 391256 . AG A 2672.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=242.0923;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.01;MQ0=0;QD=26.73;SB=-9.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,97:100:99:2715,282,0 chrX 391437 . CT C 2156.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=37.5088;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;QD=21.57;RPA=7,6;RU=T;SB=-6.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,95:100:99:2199,272,0 chrX 391631 . GA G 671.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=54.1103;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.58;MQ0=0;QD=24.89;RPA=5,4;RU=A;SB=-2.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:81:714,81,0 chrX 395708 . A AC 2195.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=20.0750;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.52;MQ0=0;QD=34.86;SB=-1.088e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,58:63:99:2238,178,0 chrX 396952 . CTT C 3358 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=37.9883;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.25;MQ0=0;QD=27.75;RPA=11,9;RU=T;SB=-1.406e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,105:121:99:3358,319,0 chrX 400209 . AGGTACTGGG A 4115 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=307.3120;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.97;MQ0=0;QD=69.75;RPA=2,1;RU=GGTACTGGG;SB=-1.539e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,41:59:99:4115,150,0 chrX 404066 . ACAGCAG A 3624 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=25.0400;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=53.29;RPA=8,6;RU=CAG;SB=-1.506e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,46:68:99:3624,147,0 chrX 405574 . C CA 746.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=115.6826;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.37;MQ0=0;QD=17.78;RPA=8,9;RU=A;SB=-3.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,31:42:95:789,95,0 chrX 415042 . A AT 1348.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=97.3267;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.21;MQ0=0;QD=20.44;RPA=7,8;RU=T;SB=-6.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,55:66:99:1391,159,0 chrX 417192 . C CA 2004.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=28.4707;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.09;MQ0=0;QD=23.59;RPA=4,5;RU=A;SB=-8.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,77:85:99:2047,216,0 chrX 424743 . GTTC G 2171.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=183.0963;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.35;MQ0=0;QD=38.78;RPA=4,3;RU=TTC;SB=-8.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,50:56:99:2214,141,0 chrX 436260 . TA T 843.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=35.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.65;MQ0=0;QD=20.58;RPA=7,6;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,37:41:99:886,111,0 chrX 436351 . ATT A 41.73 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=69.6261;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.04;MQ0=0;QD=3.79;RPA=5,3;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,6:11:6:82,6,0 chrX 436461 . 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GA G 1965.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.133;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=31.4771;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=1.504;QD=20.06;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.971;SB=-7.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,94:98:99:2008,246,0 chrX 457903 . CAAAAAAAAA C 1335.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.542;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6539;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.79;MQ0=0;MQRankSum=0.193;QD=70.31;RPA=21,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.578;SB=-9.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,16:18:35:1378,35,0 chrX 458442 . G GT 1521.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=20.6006;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.75;MQ0=0;QD=21.74;RPA=7,8;RU=T;SB=-7.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,63:70:99:1564,180,0 chrX 459766 . T TA 2304.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=21.7828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.92;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:66:99:2347,193,0 chrX 460307 . 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TAAA TA,T 1550.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.065;DP=95;FS=5.576;HaplotypeScore=257.6596;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.88;MQ0=0;MQRankSum=1.375;QD=16.33;RPA=16,14,13;RU=A;ReadPosRankSum=1.437;SB=-4.627e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:46,0,11:95:76:1629,244,76,950,0,926 chrX 524684 . C CA 267.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4223;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.92;MQ0=0;QD=16.75;RPA=10,11;RU=A;SB=-4.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,13:16:39:310,39,0 chrX 525702 . GAA G 636.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.545;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=143.1030;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.82;MQ0=0;MQRankSum=0.227;QD=12.47;RPA=17,15;RU=A;ReadPosRankSum=1.834;SB=-1.692e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,16:51:18:678,18,0 chrX 526276 . AG A 7475 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=215;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=310.3333;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.98;MQ0=0;QD=34.77;SB=-3.314e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,212:215:99:7475,629,0 chrX 526799 . TTA T 2265.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=43.8595;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.01;MQ0=0;QD=31.91;SB=-1.025e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:71:99:2308,177,0 chrX 528517 . AT A 3009.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;FS=0.000;HaplotypeScore=605.0649;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.29;MQ0=0;QD=18.24;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.344e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,140:165:99:3052,405,0 chrX 529502 . TA T 1780.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=698.5730;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.71;MQ0=0;QD=23.75;RPA=4,3;RU=A;SB=-8.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,72:75:99:1823,195,0 chrX 529522 . A AT 1251.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.615;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=823.2394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.904;QD=16.47;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.082;SB=-5.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,59:76:91:1294,91,0 chrX 529537 . A AT 2781.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=779.6236;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.99;MQ0=0;QD=33.12;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.296e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,82:84:99:2824,238,0 chrX 529735 . GA G 1224.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=79.5162;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.56;MQ0=0;QD=17.01;RPA=11,10;RU=A;SB=-5.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,61:72:99:1267,176,0 chrX 539490 . CAAGTTTGTGACACCTTATAATAA C 7237 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.625;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=107.5569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.733;QD=126.96;ReadPosRankSum=-0.433;SB=-2.681e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,31:57:99:7237,0,154 chrX 539583 . TG T 3796 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.696;DP=122;FS=4.449;HaplotypeScore=123.8101;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=31.11;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=-1.466;SB=-1.216e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,119:122:99:3796,316,0 chrX 541093 . C CTCAACA 3201.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=955.9203;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.72;MQ0=0;QD=64.04;SB=-4.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,3:50:99:3244,138,0 chrX 541490 . AT A 1855.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=28.2653;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.18;MQ0=0;QD=30.43;RPA=3,2;RU=T;SB=-6.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,58:61:99:1898,171,0 chrX 549971 . T TA 614.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=33.3728;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=21.96;RPA=4,5;RU=A;SB=-2.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,26:28:69:657,69,0 chrX 550041 . TAA T 1110.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=96.2048;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.80;MQ0=0;QD=32.68;RPA=6,4;RU=A;SB=-2.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,32:34:96:1153,96,0 chrX 550151 . CTT C 1349.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.014;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=38.0450;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.043;QD=23.68;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.820;SB=-3.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,43:57:99:1392,142,0 chrX 555085 . G GA 1573.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.637;DP=139;FS=4.801;HaplotypeScore=212.2438;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.479;QD=11.32;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.843;SB=-8.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:57,67:139:81:1616,81,0 chrX 568755 . TA T 1342.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.082;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=363.6193;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.965;QD=10.41;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.477;SB=-6.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,80:129:99:1385,162,0 chrX 570599 . G GTT 1042.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.310;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=98.0992;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.211;QD=19.68;RPA=11,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.211;SB=-5.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,25:53:88:1085,88,0 chrX 576840 . TA T 1078.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=184.2154;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.59;MQ0=0;QD=25.09;RPA=2,1;RU=A;SB=-6.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,39:43:99:1121,99,0 chrX 582424 . CT C 2709.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=348.3640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.11;MQ0=0;QD=34.74;SB=-1.110e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,70:78:99:2752,226,0 chrX 582469 . GA G 3038.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=428.6528;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.66;MQ0=0;QD=28.67;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.537e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,98:106:99:3081,286,0 chrX 586417 . 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TTCTA T 2107.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=266.8121;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.01;MQ0=0;QD=44.85;RPA=2,1;RU=TCTA;SB=-2.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,37:47:99:2150,111,0 chrX 620341 . AAAAT A 2391.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=103.0502;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.05;MQ0=0;QD=54.36;SB=-7.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,38:44:99:2434,129,0 chrX 620479 . C CA 1030.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=15.8804;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.80;MQ0=0;QD=23.98;RPA=4,5;RU=A;SB=-2.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,38:43:99:1073,114,0 chrX 620733 . AT A 2560.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=245.8924;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.938;QD=24.16;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=-0.938;SB=-9.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,96:106:99:2603,284,0 chrX 637007 . A AAG 917.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=190.2522;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.20;MQ0=0;QD=17.00;SB=-4.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,21:54:81:960,81,0 chrX 639256 . T TC 489.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=77.2522;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.98;MQ0=0;QD=28.82;RPA=1,2;RU=C;SB=-1.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:45:532,45,0 chrX 639708 . ACCCCCCCCCCCCC A 2066.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=47.4958;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.58;MQ0=0;QD=98.43;RPA=19,6;RU=C;SB=-8.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,16:21:48:2109,48,0 chrX 639990 . AACACACACACACACACACAC A 4277 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.734;DP=41;FS=6.628;HaplotypeScore=161.0339;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.583;QD=104.32;RPA=19,9;RU=AC;ReadPosRankSum=1.583;SB=-6.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,19:41:99:4277,0,130 chrX 640552 . G GA 2005.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=132.1083;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.05;MQ0=0;QD=22.04;RPA=7,8;RU=A;SB=-4.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,81:91:99:2048,237,0 chrX 640784 . G GA 2317.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.180;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=187.7429;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.649;QD=15.45;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.356;SB=-7.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,109:150:99:2360,226,0 chrX 641702 . TAC T 3341 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=500.9650;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.83;MQ0=0;QD=31.82;RPA=7,6;RU=AC;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,101:105:99:3341,289,0 chrX 641890 . T TA 234 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.347;DP=21;FS=4.771;HaplotypeScore=46.7207;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=0.347;QD=11.14;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-1.736;SB=-5.904e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,10:21:23:276,23,0 chrX 641916 . GA G 310.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=49.8754;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.81;MQ0=0;QD=18.29;RPA=5,4;RU=A;SB=-8.099e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,13:17:39:353,39,0 chrX 646562 . A AG 2702.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=539.9260;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.10;MQ0=0;QD=33.37;RPA=1,2;RU=G;SB=-9.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,73:81:99:2745,223,0 chrX 646596 . AT A 3154.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=488.6986;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.36;MQ0=0;QD=35.85;SB=-1.559e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,87:88:99:3197,259,0 chrX 647070 . C CA 3034.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=99.9679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.07;MQ0=0;QD=25.50;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.258e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,112:119:99:3077,333,0 chrX 649224 . A ATT 1863.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.717;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=330.8895;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.78;MQ0=0;MQRankSum=0.817;QD=21.93;RPA=12,14;RU=T;ReadPosRankSum=-0.083;SB=-1.383e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,57:85:99:1904,139,0 chrX 652698 . T TA 1867.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=52.1226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.241;QD=17.46;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.644;SB=-7.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,80:107:99:1910,226,0 chrX 654284 . C CT 2023.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=294.8183;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.53;MQ0=0;QD=24.99;RPA=5,6;RU=T;SB=-9.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,74:81:99:2066,228,0 chrX 654355 . A ATG 2938.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=555.1075;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.40;MQ0=0;QD=31.60;SB=-1.276e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,63:93:99:2981,216,0 chrX 654375 . A AG 2493.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=465.1328;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.91;MQ0=0;QD=29.00;SB=-8.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:86:99:2536,229,0 chrX 654550 . AT A 1700.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=176.1829;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;QD=26.58;RPA=3,2;RU=T;SB=-8.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,53:64:99:1743,168,0 chrX 658661 . CTCTT C 8661 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=60.2976;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=53.46;SB=-3.553e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,151:162:99:8661,457,0 chrX 662862 . GA G 1088.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=16.1418;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.56;MQ0=0;QD=19.10;RPA=8,7;RU=A;SB=-4.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,55:57:99:1131,144,0 chrX 663646 . GA G 927.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=84.5425;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.14;MQ0=0;QD=16.57;RPA=10,9;RU=A;SB=-3.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,51:56:99:970,131,0 chrX 663739 . G GA 1315.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=21.8747;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.34;MQ0=0;QD=23.09;RPA=7,8;RU=A;SB=-5.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,50:56:99:1358,156,0 chrX 663939 . AT A 1307.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=159.8442;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.97;MQ0=0;QD=14.37;RPA=8,7;RU=T;SB=-5.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,64:91:99:1350,176,0 chrX 665216 . CT C 2213.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=85.3174;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.67;MQ0=0;QD=28.38;RPA=3,2;RU=T;SB=-7.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,76:78:99:2256,208,0 chrX 672750 . G GTTT 3500 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=258.9223;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.90;MQ0=0;QD=42.17;RPA=3,6;RU=T;SB=-1.662e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,75:83:99:3500,226,0 chrX 672798 . CT C 842.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=337.2865;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.74;MQ0=0;QD=13.60;RPA=10,9;RU=T;SB=-4.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,41:62:99:885,122,0 chrX 677404 . ATATG A 3118.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=448.3063;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=25.78;SB=-5.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,81:121:99:3161,204,0 chrX 697010 . CT C 3099.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.369;DP=191;FS=6.895;HaplotypeScore=59.0783;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.008;QD=16.23;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.302;SB=-1.362e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,158:191:99:3142,402,0 chrX 700841 . TA T 1571.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=144.5024;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.99;MQ0=0;QD=22.14;RPA=6,5;RU=A;SB=-5.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,66:71:99:1614,189,0 chrX 701746 . TCACACACACACACACACA T 9381 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=70.4141;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.29;MQ0=0;QD=80.87;RPA=17,8;RU=CA;SB=-3.991e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,85:114:99:9381,229,0 chrX 702817 . G GA 3617 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=126.0112;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=25.47;RPA=6,7;RU=A;SB=-6.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,134:141:99:3617,407,0 chrX 703479 . G GA 563.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.312;DP=33;FS=5.119;HaplotypeScore=87.2404;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.472;QD=17.09;ReadPosRankSum=0.758;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,25:33:71:606,71,0 chrX 711699 . AGCGTTATTTCTCAATTCCATCTTTGTGCC A 18424 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=29.1679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.35;MQ0=0;QD=169.03;SB=-5.945e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,107:109:99:18424,310,0 chrX 717235 . 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TA T 2398.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=263.6740;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.30;MQ0=0;QD=21.81;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.115e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,104:110:99:2441,311,0 chrX 724826 . CT C 1559.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=347.6469;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.27;MQ0=0;QD=28.89;RPA=3,2;RU=T;SB=-7.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1602,147,0 chrX 728432 . T TA 1537.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=632.3860;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.26;MQ0=0;QD=14.37;RPA=3,4;RU=A;SB=-2.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,95:68:99:1580,168,0 chrX 745242 . AG A 327.13 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.739;DP=32;FS=4.393;HaplotypeScore=115.8404;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.02;MQ0=14;MQRankSum=-0.158;QD=10.22;ReadPosRankSum=1.423;SB=-1.001e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,14:11:17:369,17,0 chrX 745253 . C CG 457.98 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.317;DP=51;FS=11.389;HaplotypeScore=234.9537;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.25;MQ0=18;MQRankSum=0.436;QD=8.98;ReadPosRankSum=0.087;SB=-6.991e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,11:21:25:497,0,25 chrX 745309 . T TGTG 6324 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.741;DP=215;FS=14.676;HaplotypeScore=817.9065;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.96;MQ0=34;MQRankSum=-1.195;QD=29.41;RPA=3,4;RU=GTG;ReadPosRankSum=1.705;SB=-9.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:54,159:153:99:6324,256,0 chrX 745608 . T TA 275.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=260.1154;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=23.00;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,9:12:30:318,30,0 chrX 745666 . TGG T 95.99 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.054;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=255.5263;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.248;QD=10.67;ReadPosRankSum=-0.248;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:9:21:135,0,21 chrXI 96 . TGA T 170.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.466;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=431.4090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.466;QD=14.25;ReadPosRankSum=1.532;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:12:99:210,0,153 chrXI 99 . T TC 106.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.262;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=407.1015;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=0.715;QD=9.72;RPA=1,2;RU=C;ReadPosRankSum=1.708;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:11:58:146,0,58 chrXI 123 . CA C 266.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=300.6285;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=33.37;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24:309,24,0 chrXI 392 . CCACA C 2232.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=208.2660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.03;MQ0=0;QD=50.75;RPA=3,1;RU=CA;SB=-1.076e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,37:36:99:2275,108,0 chrXI 457 . C CA 275.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=134.1514;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.10;MQ0=0;QD=19.71;SB=-4.995e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:13:27:318,27,0 chrXI 467 . AC A 163.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.054;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=90.8933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.001;QD=18.22;ReadPosRankSum=-0.248;SB=-3.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:9:85:203,0,85 chrXI 723 . T TG 108.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.133;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=341.3982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.333;QD=5.45;ReadPosRankSum=-0.667;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,5:15:83:148,0,83 chrXI 730 . A AT 229.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=340.2777;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.71;MQ0=0;QD=12.78;RPA=1,2;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,6:15:33:272,33,0 chrXI 1147 . TAA T 460.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=673.5986;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.28;MQ0=1;QD=17.73;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,17:22:45:503,45,0 chrXI 1152 . G GTA 532.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=518.0211;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.92;MQ0=1;QD=29.61;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,17:15:45:575,45,0 chrXI 1394 . TC T 187.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=72.4547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.54;MQ0=11;QD=8.50;RPA=2,1;RU=C;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,11:8:21:229,21,0 chrXI 2126 . GCAACAC G 850.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=402.9317;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.32;MQ0=3;QD=50.06;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,12:14:42:893,42,0 chrXI 2137 . AGCG A 442.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.526;DP=17;FS=6.990;HaplotypeScore=419.0236;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.24;MQ0=2;MQRankSum=-0.361;QD=26.06;ReadPosRankSum=2.526;SB=-2.744e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,12:15:56:482,0,56 chrXI 2506 . A AG 230.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.254;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=121.9054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.11;MQ0=6;MQRankSum=-0.930;QD=8.25;RPA=3,4;RU=G;ReadPosRankSum=-0.592;SB=-2.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,17:16:55:270,0,55 chrXI 3318 . GA G 2025.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=456.1334;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.61;MQ0=0;QD=23.56;RPA=5,4;RU=A;SB=-3.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,79:86:99:2068,228,0 chrXI 8331 . TA T 2170.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.747;DP=184;FS=1.286;HaplotypeScore=659.4319;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.616;QD=11.80;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.546;SB=-7.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:53,123:184:99:2213,170,0 chrXI 11273 . C CA 4301 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=50.2509;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.07;MQ0=0;QD=29.87;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.178e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,142:144:99:4301,418,0 chrXI 13741 . CT C 2916.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=217.1956;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.80;MQ0=0;QD=27.52;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.473e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,104:106:99:2959,283,0 chrXI 14273 . T TA 3593 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=34.2052;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=33.27;SB=-1.089e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:108:99:3593,289,0 chrXI 18399 . GT G 1531.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=151.2206;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.59;MQ0=0;QD=21.89;RPA=8,7;RU=T;SB=-4.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,69:70:99:1574,197,0 chrXI 19143 . A AT 4708 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=197;FS=0.000;HaplotypeScore=75.9604;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.24;MQ0=0;QD=23.90;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.933e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,187:197:99:4708,463,0 chrXI 19388 . CTT C 2876.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=700.6492;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.51;MQ0=0;QD=29.66;RPA=9,7;RU=T;SB=-4.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,87:96:99:2919,259,0 chrXI 20173 . C CACTCAATCCAAGA 6054 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=126.5380;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.54;MQ0=0;QD=128.81;SB=-1.801e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,23:47:99:6054,135,0 chrXI 21247 . A AT 1167.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.707;DP=83;FS=3.132;HaplotypeScore=297.4920;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.328;QD=14.07;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=1.294;SB=-3.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,57:83:99:1210,152,0 chrXI 21945 . GC G 1530.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=21.5602;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.06;MQ0=0;QD=24.30;RPA=7,6;RU=C;SB=-4.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,59:63:99:1573,168,0 chrXI 22132 . GT G 2863.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=282.9861;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.63;MQ0=0;QD=25.34;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.085e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,105:113:99:2906,300,0 chrXI 25077 . TA T 830.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=68.8490;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.16;MQ0=0;QD=16.62;RPA=7,6;RU=A;SB=-2.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:873,111,0 chrXI 32767 . G GCTGATA 5795 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=199.4308;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.50;MQ0=0;QD=81.62;SB=-1.724e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,57:71:99:5795,205,0 chrXI 34478 . 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C CA 1125.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=86.4202;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.26;MQ0=0;QD=20.85;RPA=8,9;RU=A;SB=-2.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:54:99:1168,146,0 chrXI 46711 . AAAAATAG A 176.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7989;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.88;MQ0=0;QD=25.18;SB=-2.075e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:15:218,15,0 chrXI 63834 . T TA 3193.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=46.5648;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.09;MQ0=0;QD=22.49;RPA=6,7;RU=A;SB=-6.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,129:142:99:3236,375,0 chrXI 66439 . T TTTC 3620 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=181.1988;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.45;MQ0=0;QD=45.25;RPA=1,2;RU=TTC;SB=-1.504e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,74:80:99:3620,226,0 chrXI 67700 . C CT 685.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=178.5526;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.36;MQ0=0;QD=29.82;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:57:728,57,0 chrXI 67822 . 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AT A 1719.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=855.2143;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.45;MQ0=0;QD=18.70;RPA=9,8;RU=T;SB=-4.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,79:92:99:1762,230,0 chrXI 74277 . AG A 2778.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.900;DP=134;FS=2.589;HaplotypeScore=509.0958;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.27;MQ0=0;MQRankSum=1.861;QD=20.74;ReadPosRankSum=2.884;SB=-8.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,123:134:99:2821,361,0 chrXI 74279 . TA T 2703.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.946;DP=136;FS=2.592;HaplotypeScore=513.3052;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.00;MQ0=0;MQRankSum=2.258;QD=19.88;ReadPosRankSum=2.946;SB=-9.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,123:136:99:2746,342,0 chrXI 74916 . T TAGTGC 3218.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=21.2715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.04;MQ0=0;QD=58.53;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,46:55:99:3261,144,0 chrXI 78799 . TTATATA T 1833.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=260.5394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.40;MQ0=0;QD=25.47;RPA=11,8;RU=TA;SB=-6.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,11:72:93:1876,93,0 chrXI 78837 . AT A 1464.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.394;DP=87;FS=2.273;HaplotypeScore=611.3048;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.19;MQ0=3;MQRankSum=-1.672;QD=16.84;ReadPosRankSum=-0.181;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,60:84:99:1507,135,0 chrXI 80905 . CT C 1670.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.593;DP=115;FS=16.799;HaplotypeScore=59.3775;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.485;QD=14.53;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=2.564;SB=-6.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,83:115:99:1713,167,0 chrXI 82809 . T TA 1413.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=22.5390;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.13;MQ0=0;QD=19.91;RPA=5,6;RU=A;SB=-2.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,63:71:99:1456,162,0 chrXI 83812 . A AT 771.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=274.2312;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.68;MQ0=0;QD=24.90;RPA=5,6;RU=T;SB=-3.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,30:31:90:814,90,0 chrXI 83878 . C CA 1063.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=349.9362;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.53;MQ0=0;QD=24.18;RPA=5,6;RU=A;SB=-4.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,42:44:99:1106,123,0 chrXI 83970 . C CA 2763.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=479.6737;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.97;MQ0=0;QD=32.90;RPA=1,2;RU=A;SB=-2.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:79:99:2806,235,0 chrXI 84295 . ATTT A 1480.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=115.3370;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.39;MQ0=1;QD=24.68;RPA=11,8;RU=T;SB=-3.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,35:55:99:1523,117,0 chrXI 86111 . TG T 1828.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=17.1185;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.42;MQ0=0;QD=32.09;RPA=2,1;RU=G;SB=-6.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,55:57:99:1871,162,0 chrXI 89276 . G GTAA 6482 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=1000.1810;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.51;MQ0=0;QD=51.44;SB=-2.144e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,120:126:99:6482,367,0 chrXI 92108 . C CA 521.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=96.8659;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.22;MQ0=0;QD=24.86;RPA=4,5;RU=A;SB=-2.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,20:21:60:564,60,0 chrXI 92266 . ATG A 2524.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=694.0282;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.47;MQ0=0;QD=40.73;SB=-5.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:62:99:2567,169,0 chrXI 92298 . G GT 996.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=574.5756;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.74;MQ0=0;QD=23.19;RPA=3,4;RU=T;SB=-3.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,38:43:99:1039,111,0 chrXI 92655 . 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CATATATATAT C 410.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=33.2082;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.45;MQ0=0;QD=10.52;RPA=12,7;RU=AT;SB=-1.128e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,10:39:15:452,15,0 chrXI 136494 . A AT 2052.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=85.4647;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.41;MQ0=0;QD=22.07;RPA=3,4;RU=T;SB=-8.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,84:93:99:2095,219,0 chrXI 136887 . C CAA 1860.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=288.1897;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.86;MQ0=0;QD=35.11;RPA=3,5;RU=A;SB=-8.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,49:53:99:1903,147,0 chrXI 137159 . CT C 901.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=271.5739;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=20.04;RPA=10,9;RU=T;SB=-4.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,41:45:99:944,125,0 chrXI 137199 . T TA 1061.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=422.2752;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.68;MQ0=0;QD=20.42;RPA=6,7;RU=A;SB=-4.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,46:52:99:1104,129,0 chrXI 141600 . TA T 662.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=11.1690;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=18.42;RPA=8,7;RU=A;SB=-2.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,35:36:93:705,93,0 chrXI 142818 . A AT 2121.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=33.4897;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;QD=25.26;RPA=4,5;RU=T;SB=-8.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,79:84:99:2164,234,0 chrXI 144725 . A ACCG 363.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.781;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=192.0785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.65;MQ0=0;MQRankSum=-3.543;QD=12.55;ReadPosRankSum=-2.137;SB=-8.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,9:29:99:403,0,392 chrXI 145727 . T TA 1878.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=37.3052;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=23.20;RPA=5,6;RU=A;SB=-7.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,79:81:99:1921,216,0 chrXI 146380 . T TG 1910.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=40.0714;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.64;MQ0=0;QD=34.74;SB=-9.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,53:55:99:1953,150,0 chrXI 146917 . G GT 2167.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=1124.3684;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.92;MQ0=0;QD=23.82;SB=-5.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,64:91:99:2210,269,0 chrXI 146922 . GT G 1754.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=862.6642;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.24;MQ0=0;QD=26.19;SB=-6.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,64:67:99:1797,200,0 chrXI 147048 . GA G 2367.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=154.8735;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.18;MQ0=0;QD=31.16;RPA=2,1;RU=A;SB=-9.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,73:76:99:2410,211,0 chrXI 158529 . ATC A 2301.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=193.5254;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.94;MQ0=0;QD=38.37;RPA=2,1;RU=TC;SB=-7.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:60:99:2344,171,0 chrXI 162372 . GT G 1202.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=116.4099;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.98;MQ0=0;QD=27.34;RPA=3,2;RU=T;SB=-2.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,38:44:99:1245,123,0 chrXI 162425 . TA T 1929.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=118.5113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=31.64;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,56:61:99:1972,162,0 chrXI 162682 . G GT 2705.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=60.4160;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=21.82;RPA=8,9;RU=T;SB=-7.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,112:124:99:2748,343,0 chrXI 163554 . TAATA T 12595 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.716;DP=246;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=160.0954;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.66;MQ0=0;MQRankSum=0.728;QD=51.20;ReadPosRankSum=1.716;SB=-4.973e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,233:246:99:12595,632,0 chrXI 165087 . TAGA T 1867.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=14.9032;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.36;MQ0=0;QD=43.44;RPA=2,1;RU=AGA;SB=-2.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1910,114,0 chrXI 171227 . G GA 4504 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=188;FS=0.000;HaplotypeScore=328.4246;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=23.96;RPA=4,5;RU=A;SB=-2.052e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,168:188:99:4504,492,0 chrXI 173898 . C CAT 415.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=174.8541;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.74;MQ0=0;QD=13.42;RPA=6,7;RU=AT;SB=-3.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,11:31:42:458,42,0 chrXI 173951 . TA T 2124.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=187.1815;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.30;MQ0=0;QD=34.84;SB=-5.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2167,178,0 chrXI 179184 . GA G 1221.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=247.0429;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.17;MQ0=0;QD=21.82;RPA=8,7;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,54:56:99:1264,159,0 chrXI 180295 . CAA C 1787.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=81.5113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.79;MQ0=0;QD=28.38;RPA=3,1;RU=A;SB=-5.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,61:63:99:1830,156,0 chrXI 188972 . CA C 3743 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=295.5292;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;QD=31.72;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.495e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,113:118:99:3743,334,0 chrXI 189036 . AT A 1227.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=182.3096;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;QD=17.30;RPA=9,8;RU=T;SB=-3.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,57:71:99:1270,164,0 chrXI 193261 . GAGAACCAAATTAC G 12510 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=175.8186;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.87;MQ0=0;QD=134.52;SB=-6.235e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,92:93:99:12510,274,0 chrXI 196211 . GAAA GA,G 1143.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.667;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=128.8626;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.556;QD=15.25;RPA=17,15,14;RU=A;ReadPosRankSum=0.948;SB=-5.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:34,0,10:75:99:1222,223,122,552,0,603 chrXI 196848 . TTTGCAG T 1881.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=18.1409;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.33;MQ0=0;QD=50.86;RPA=3,2;RU=TTGCAG;SB=-9.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,30:37:84:1924,84,0 chrXI 200393 . C CTTTATT 3587 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=313.9296;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.13;MQ0=0;QD=61.84;SB=-1.470e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,48:58:99:3587,153,0 chrXI 200868 . GGC G 1133.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=59.4933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.41;MQ0=0;QD=39.10;RPA=2,1;RU=GC;SB=-4.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:84:1176,84,0 chrXI 202170 . T TTA 1474.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.269;DP=59;FS=3.108;HaplotypeScore=635.4650;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.26;MQ0=0;MQRankSum=0.654;QD=25.00;RPA=1,2;RU=TA;ReadPosRankSum=1.501;SB=-6.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,40:59:99:1517,125,0 chrXI 202174 . T TACC 2405.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=542.5340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.51;MQ0=0;QD=43.74;SB=-1.170e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,40:55:99:2448,153,0 chrXI 202440 . CTGAACTATAAA C 3860 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=106.3691;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.43;MQ0=0;QD=107.22;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,32:36:96:3860,96,0 chrXI 203074 . C CTTT 792.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=165.3244;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.39;MQ0=0;QD=26.43;RPA=5,8;RU=T;SB=-2.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,15:30:66:835,66,0 chrXI 203124 . C CAT 2154.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=148.4424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.08;MQ0=0;QD=45.85;SB=-8.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,46:47:99:2197,141,0 chrXI 212350 . GT G 2155.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=37.2469;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.81;MQ0=0;QD=22.23;RPA=8,7;RU=T;SB=-9.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,95:97:99:2198,275,0 chrXI 213285 . G GC 2402.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=165.2899;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.43;MQ0=0;QD=31.21;RPA=1,2;RU=C;SB=-9.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,70:77:99:2445,220,0 chrXI 213592 . C CCG 3707 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=577.3285;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.86;MQ0=0;QD=42.61;SB=-1.021e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,75:87:99:3707,250,0 chrXI 217107 . GAA G 622.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.336;DP=43;FS=3.033;HaplotypeScore=40.9929;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.618;QD=14.49;RPA=16,14;RU=A;ReadPosRankSum=-1.101;SB=-1.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,21:43:67:665,67,0 chrXI 219666 . T TA 2886.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=408.2558;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=27.24;RPA=2,3;RU=A;SB=-9.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,101:106:99:2929,292,0 chrXI 219888 . G GA 3001.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=280.7508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.04;MQ0=0;QD=31.94;SB=-1.306e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,73:94:99:3044,256,0 chrXI 223251 . T TG 2504.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=185.8577;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.37;MQ0=0;QD=28.79;RPA=3,4;RU=G;SB=-7.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,84:87:99:2547,252,0 chrXI 230043 . GA G 2114.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=36.8477;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.05;MQ0=0;QD=15.78;RPA=9,8;RU=A;SB=-9.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,126:134:99:2157,281,0 chrXI 232543 . GTAA G 1774.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=294.2037;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=22.76;RPA=7,6;RU=TAA;SB=-8.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,41:78:99:1817,138,0 chrXI 232606 . AAAT A 2876.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=311.2179;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.71;MQ0=0;QD=45.67;SB=-9.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,60:63:99:2919,177,0 chrXI 234032 . C CA 283.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.351;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=22.0550;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=1.756;QD=13.50;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.773;SB=-6.910e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,14:21:11:325,11,0 chrXI 234086 . AT A 182.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=37.9648;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=14.07;RPA=10,9;RU=T;SB=-1.127e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,11:13:30:225,30,0 chrXI 234157 . AT A 420.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=37.4797;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=17.54;RPA=10,9;RU=T;SB=-2.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,21:24:63:463,63,0 chrXI 234262 . A AT 389.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.626;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=175.7977;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.71;MQ0=0;MQRankSum=0.354;QD=6.50;RPA=14,15;RU=T;ReadPosRankSum=-0.326;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,17:60:99:429,0,105 chrXI 237424 . G GA 2085.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.659;DP=127;FS=2.895;HaplotypeScore=66.6060;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.48;MQ0=0;MQRankSum=0.162;QD=16.42;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.460;SB=-9.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,97:127:99:2128,260,0 chrXI 240682 . ATCATCATCGTCAACATTT A 8076 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=141.0320;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.28;MQ0=0;QD=72.76;RPA=2,1;RU=TCATCATCGTCAACATTT;SB=-3.147e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,77:111:99:8076,226,0 chrXI 242787 . CTT C 1777.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.086;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=52.0248;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.182;QD=23.39;RPA=12,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.587;SB=-8.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,60:76:99:1820,175,0 chrXI 246028 . AT A 1278.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.945;DP=87;FS=7.432;HaplotypeScore=65.2534;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=1.544;QD=14.70;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.035;SB=-2.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,67:87:99:1321,131,0 chrXI 247692 . C CTTGTT 3757 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=24.1003;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.72;MQ0=0;QD=57.80;SB=-1.727e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,45:65:99:3757,177,0 chrXI 247955 . AT A 803.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=268.0848;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.68;MQ0=0;QD=17.11;RPA=10,9;RU=T;SB=-2.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,41:47:99:846,111,0 chrXI 248274 . C CAA 1619.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=111.7329;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.54;MQ0=0;QD=38.57;RPA=2,4;RU=A;SB=-1.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,40:42:99:1662,120,0 chrXI 255584 . CT C 1289.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.954;DP=77;FS=2.447;HaplotypeScore=26.9038;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.016;QD=16.75;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.328;SB=-3.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,70:77:99:1332,119,0 chrXI 257976 . GC G 3333 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=643.0374;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.09;MQ0=0;QD=29.24;RPA=2,1;RU=C;SB=-1.542e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,109:114:99:3333,295,0 chrXI 260061 . C CT 2414.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=189.3152;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.43;MQ0=0;QD=25.42;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.194e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,86:95:99:2457,243,0 chrXI 260957 . A AC 1842.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=158.4451;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.75;MQ0=0;QD=30.21;SB=-9.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,54:61:99:1885,156,0 chrXI 261949 . A ATATT 6093 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=149.0481;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.81;MQ0=1;QD=48.74;RPA=1,2;RU=TATT;SB=-1.618e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,105:123:99:6093,319,0 chrXI 266089 . TAA T 1564.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.130;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=35.5077;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.70;MQ0=0;MQRankSum=0.298;QD=25.66;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.023;SB=-3.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,49:61:99:1607,153,0 chrXI 271769 . TA T 2031.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.179;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=208.3521;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=0.609;QD=15.28;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.777;SB=-7.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,99:133:99:2074,256,0 chrXI 277040 . A AT 1107.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.307;DP=122;FS=3.382;HaplotypeScore=392.0127;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.118;QD=9.08;RPA=14,15;RU=T;ReadPosRankSum=-0.140;SB=-2.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:72,44:121:52:1150,52,0 chrXI 277081 . CT C 3163.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=388.5566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.34;MQ0=0;QD=24.34;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.108e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,123:130:99:3206,354,0 chrXI 277968 . C CT 2476.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=41.2400;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.31;MQ0=0;QD=22.72;RPA=5,6;RU=T;SB=-8.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,105:109:99:2519,288,0 chrXI 278242 . GA G 3185.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=1158.7986;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.82;MQ0=0;QD=20.55;RPA=10,9;RU=A;SB=-1.441e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,145:155:99:3228,410,0 chrXI 278266 . T TAAA 5558 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=873.5845;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.97;MQ0=0;QD=36.09;RPA=7,10;RU=A;SB=-2.702e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,119:154:99:5558,393,0 chrXI 278806 . G GC 1646.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=340.0790;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.83;MQ0=0;QD=31.67;SB=-7.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,45:49:99:1689,135,0 chrXI 279085 . GA G 2780.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=648.6847;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.23;MQ0=0;QD=22.07;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.050e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,118:126:99:2823,353,0 chrXI 280388 . G GTGATGA 4268 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=25.5180;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.43;MQ0=0;QD=58.47;RPA=2,4;RU=TGA;SB=-2.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,40:73:99:4268,190,0 chrXI 280468 . TA T 1136.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=80.5150;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.68;MQ0=0;QD=14.21;RPA=11,10;RU=A;SB=-1.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,66:80:99:1179,163,0 chrXI 280982 . CAT C 652.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=81.1440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=31.09;RPA=6,5;RU=AT;SB=-1.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,19:21:60:695,60,0 chrXI 286448 . TAAA T 430.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=28.6937;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.38;MQ0=0;QD=22.68;RPA=15,12;RU=A;SB=-6.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,10:19:39:473,39,0 chrXI 299419 . G GA 645.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=13.6356;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.92;MQ0=0;QD=18.46;RPA=8,9;RU=A;SB=-1.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,33:35:87:688,87,0 chrXI 302194 . G GAGTTTCTGATCCTCACTAA 6624 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=71.3097;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.77;MQ0=0;QD=147.20;SB=-1.102e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,15:44:99:6624,111,0 chrXI 303028 . C CTTT 3875 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=194.3959;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.60;MQ0=0;QD=36.90;RPA=7,10;RU=T;SB=-8.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,85:104:99:3875,276,0 chrXI 304852 . T TC 3089.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=459.3964;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.24;MQ0=0;QD=28.61;RPA=3,4;RU=C;SB=-6.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,105:108:99:3132,307,0 chrXI 307266 . CA C 2346.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.699;DP=129;FS=6.829;HaplotypeScore=80.3260;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.81;MQ0=0;MQRankSum=1.209;QD=18.19;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=1.144;SB=-4.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,114:129:99:2389,291,0 chrXI 307855 . G GC 3543 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=89.8360;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.10;MQ0=0;QD=33.74;RPA=1,2;RU=C;SB=-1.531e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:105:99:3543,307,0 chrXI 308142 . A AT 1855.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=36.5495;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.440;QD=22.09;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=-1.474;SB=-6.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,80:84:99:1898,197,0 chrXI 308786 . TGCACC T 5686 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=269.8716;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.22;MQ0=0;QD=66.89;RPA=2,1;RU=GCACC;SB=-1.788e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,82:85:99:5686,250,0 chrXI 308929 . G GA 639.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.217;DP=40;FS=3.291;HaplotypeScore=44.5509;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=0.217;QD=16.00;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.542;SB=-2.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,22:40:73:682,73,0 chrXI 309621 . A ATT 2216.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=39.2342;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.38;MQ0=0;QD=30.37;RPA=8,10;RU=T;SB=-1.032e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,65:73:99:2259,204,0 chrXI 309693 . GT G 776.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.663;DP=94;FS=7.198;HaplotypeScore=177.7193;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=0.924;QD=8.26;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.663;SB=-1.661e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,56:94:5:816,5,0 chrXI 310035 . GA G 1841.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.617;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=209.9316;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.896;QD=16.59;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.453;SB=-3.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,95:111:99:1884,235,0 chrXI 310563 . T TTAATAACAA 5211 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=121.8372;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.52;MQ0=0;QD=64.33;SB=-2.143e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,60:81:99:5211,166,0 chrXI 313387 . G GAAA 1832.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=260.8528;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.26;MQ0=0;QD=49.54;SB=-6.500e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:99:1875,108,0 chrXI 313984 . G GA 96.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.421;DP=36;FS=29.068;HaplotypeScore=212.3086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.30;MQ0=0;MQRankSum=-4.384;QD=2.69;ReadPosRankSum=-1.169;SB=-1.278e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,9:36:99:136,0,233 chrXI 314144 . C CA 419.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.694;DP=23;FS=3.979;HaplotypeScore=141.3341;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.561;QD=18.26;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=1.214;SB=-1.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,19:23:36:462,36,0 chrXI 315394 . TA T 2718.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=45.9932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=20.92;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.290e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,123:130:99:2761,353,0 chrXI 316237 . AATC A 2315.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=444.1898;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.95;MQ0=0;QD=42.11;SB=-5.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:55:99:2358,159,0 chrXI 316283 . CA C 1407.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=729.7149;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.92;MQ0=0;QD=19.03;RPA=8,7;RU=A;SB=-3.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,71:74:99:1450,185,0 chrXI 316294 . A AAT 2431.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=607.5704;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.11;MQ0=0;QD=33.78;SB=-5.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,57:72:99:2474,175,0 chrXI 316401 . TA T 1974.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=297.1831;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.16;MQ0=0;QD=30.86;RPA=2,1;RU=A;SB=-5.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,62:64:99:2017,178,0 chrXI 317063 . T TTG 3048.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=219.1004;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.23;MQ0=0;QD=42.35;SB=-1.437e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,64:72:99:3091,196,0 chrXI 317104 . G GA 2209.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=322.1320;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.51;MQ0=0;QD=26.31;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.048e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,82:84:99:2252,231,0 chrXI 320823 . GTTT G 303.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.117;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=122.4954;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.30;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=3.90;RPA=20,17;RU=T;ReadPosRankSum=0.982;SB=-2.001e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,8:77:99:343,0,136 chrXI 321747 . G GTT 1799.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.577;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=742.8716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.57;MQ0=0;MQRankSum=1.010;QD=21.17;RPA=9,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.192;SB=-8.583e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,58:85:99:1841,161,0 chrXI 321765 . ACTGCACAGCTTGCTATCCCG A 5030 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=282.6808;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.02;MQ0=0;QD=88.25;RPA=2,1;RU=CTGCACAGCTTGCTATCCCG;SB=-1.848e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,22:57:75:5030,75,0 chrXI 323140 . G GAATTATA 7047 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=148.5886;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.02;MQ0=0;QD=77.44;SB=-2.414e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,81:91:99:7047,241,0 chrXI 325448 . ATT A 527.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2522;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.80;MQ0=0;QD=31.06;RPA=6,4;RU=T;SB=-3.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,16:17:48:570,48,0 chrXI 327725 . A AT,ATT 1256.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.474;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=113.4949;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.73;MQ0=0;MQRankSum=0.280;QD=12.96;RPA=12,13,14;RU=T;ReadPosRankSum=-0.280;SB=-3.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:20,65,9:97:86:1335,194,86,650,0,660 chrXI 335103 . G GAA 218.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=47.4376;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.07;MQ0=0;QD=6.44;RPA=16,18;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,7:34:30:261,30,0 chrXI 335175 . AGTTTT A 705.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=29.2012;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.07;MQ0=0;QD=58.83;RPA=2,1;RU=GTTTT;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36:748,36,0 chrXI 336362 . GTA G 5030 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=191;FS=0.000;HaplotypeScore=60.5771;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.59;MQ0=7;QD=26.34;RPA=6,5;RU=TA;SB=-1.475e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,154:184:99:5030,445,0 chrXI 337557 . TGGTTGC T 1772.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.334;DP=43;FS=5.798;HaplotypeScore=678.9000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=1.272;QD=41.23;ReadPosRankSum=2.141;SB=-3.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,28:43:99:1815,109,0 chrXI 337589 . GTTGGGA G 3953 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=502.3596;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.82;MQ0=1;QD=71.87;SB=-6.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,46:54:99:3953,151,0 chrXI 338912 . G GTGAATATGT 16578 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=385.7719;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.79;MQ0=0;QD=102.33;SB=-3.263e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,131:162:99:16578,469,0 chrXI 341027 . G GA 482.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.276;DP=47;FS=4.746;HaplotypeScore=85.1510;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.628;QD=10.27;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-2.033;SB=-2.165e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,28:47:12:524,12,0 chrXI 345978 . CT C 2933.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=47.5908;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;QD=27.17;RPA=2,1;RU=T;SB=-8.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,98:108:99:2976,271,0 chrXI 347097 . C CTATA 682.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=17.3700;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.86;MQ0=0;QD=14.85;RPA=5,7;RU=TA;SB=-2.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,19:46:42:725,42,0 chrXI 349220 . TC T 3081.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=587.6245;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.21;MQ0=0;QD=24.46;SB=-1.265e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,108:126:99:3124,327,0 chrXI 351197 . CT C 1161.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.335;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=51.8193;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.618;QD=13.51;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.135;SB=-2.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,59:86:99:1204,137,0 chrXI 355272 . A AT 763.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=104.5223;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.25;MQ0=0;QD=22.47;RPA=6,7;RU=T;SB=-3.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,31:34:93:806,93,0 chrXI 355968 . G GCA 1653.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=78.3098;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.64;MQ0=0;QD=41.35;SB=-6.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,34:40:99:1696,119,0 chrXI 356100 . C CAACCG 5307 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=351.7928;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.60;MQ0=0;QD=63.94;SB=-9.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,72:83:99:5307,226,0 chrXI 356150 . G GT 1587.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=638.2255;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.69;MQ0=0;QD=19.13;RPA=7,8;RU=T;SB=-2.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,69:83:99:1630,192,0 chrXI 356443 . CT C 1491.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=94.0103;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;QD=21.62;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,68:69:99:1534,192,0 chrXI 356653 . C CTCT 5434 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=39.8059;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.48;MQ0=0;QD=44.54;RPA=2,3;RU=TCT;SB=-1.637e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,118:122:99:5434,343,0 chrXI 358089 . G GA 1780.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=71.1822;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.32;MQ0=0;QD=30.19;RPA=1,2;RU=A;SB=-7.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,56:59:99:1823,162,0 chrXI 358427 . AC A 1235.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.485;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=71.8442;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.743;QD=22.07;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=-0.908;SB=-2.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,33:56:99:1278,122,0 chrXI 359572 . T TAA 2627.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=27.3238;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.56;MQ0=1;QD=30.56;RPA=5,7;RU=A;SB=-1.186e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,76:85:99:2670,223,0 chrXI 362447 . T TAGGAG 4831 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=104.4841;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.65;MQ0=0;QD=60.39;SB=-2.387e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,59:80:99:4831,214,0 chrXI 364266 . AG A 3307 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=140.1470;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;QD=37.16;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:89:99:3307,259,0 chrXI 364491 . GT G 388.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=122.3564;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.72;MQ0=0;QD=14.96;RPA=12,11;RU=T;SB=-2.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,22:26:60:431,60,0 chrXI 371457 . G GT 1230.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.470;DP=73;FS=6.984;HaplotypeScore=192.1292;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.76;MQ0=0;MQRankSum=1.597;QD=16.86;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.314;SB=-2.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,57:73:99:1273,117,0 chrXI 379015 . T TG 5911 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.163;DP=202;FS=4.126;HaplotypeScore=1098.0898;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.507;QD=29.26;RPA=2,3;RU=G;ReadPosRankSum=1.196;SB=-2.179e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,182:202:99:5911,531,0 chrXI 379079 . GC G 7990 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=236;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1755.1584;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.78;MQ0=0;QD=33.86;SB=-2.668e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,227:236:99:7990,658,0 chrXI 379084 . A AAT 9325 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=239;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1652.0406;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.54;MQ0=0;QD=39.02;SB=-3.362e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,203:239:99:9325,612,0 chrXI 379134 . A ATT 8328 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=213;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1326.6720;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.30;MQ0=0;QD=39.10;RPA=1,3;RU=T;SB=-2.928e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,189:213:99:8328,587,0 chrXI 379623 . GC G 1464.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=246.6940;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.25;MQ0=0;QD=29.30;RPA=3,2;RU=C;SB=-3.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,47:50:99:1507,141,0 chrXI 382677 . GT G 496.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.581;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=15.9289;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.181;QD=11.83;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.892;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,28:42:34:539,34,0 chrXI 385127 . TGA T 982.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.165;DP=60;FS=16.232;HaplotypeScore=88.2751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.469;QD=16.38;ReadPosRankSum=-0.444;SB=0.788 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,41:60:84:1022,0,84 chrXI 385574 . GTAA G 2586.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=48.8403;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.65;MQ0=0;QD=36.96;RPA=2,1;RU=TAA;SB=-1.079e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,59:70:99:2629,171,0 chrXI 387148 . GTGA G 1103.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=177.1856;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=15.77;RPA=10,9;RU=TGA;SB=-5.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,25:70:81:1146,81,0 chrXI 387223 . TA T 1489.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=39.2286;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=27.09;RPA=3,2;RU=A;SB=-5.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1532,159,0 chrXI 387325 . G GAGA 2989.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=73.6008;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.38;MQ0=0;QD=34.37;SB=-7.500e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,48:87:99:3032,230,0 chrXI 392446 . A AAT 760.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=75.1351;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;QD=11.53;RPA=4,5;RU=AT;SB=-1.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,20:66:66:803,66,0 chrXI 392468 . C CAT 894.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=128.2861;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.90;MQ0=0;QD=22.37;RPA=5,6;RU=AT;SB=-4.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,31:40:78:937,78,0 chrXI 405115 . TAGAGG T 7783 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=331.5340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.15;MQ0=0;QD=57.65;SB=-2.959e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,123:135:99:7783,364,0 chrXI 407997 . C CA 1764.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=23.4658;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.61;MQ0=0;QD=23.53;RPA=5,6;RU=A;SB=-3.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,74:75:99:1807,207,0 chrXI 427028 . AG A 3762 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=38.0798;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=32.71;SB=-1.548e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:115:99:3762,328,0 chrXI 427235 . G GA 2322.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=204.4077;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.00;MQ0=0;QD=26.40;RPA=2,3;RU=A;SB=-9.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,75:88:99:2365,237,0 chrXI 427266 . GT G 2286.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=141.4498;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=30.09;RPA=2,1;RU=T;SB=-5.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,69:76:99:2329,205,0 chrXI 428783 . GA G 153.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=15.6060;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=9.06;RPA=11,10;RU=A;SB=-8.775e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:27:196,27,0 chrXI 431308 . ATTTAAAATTGAAGCT A 4629 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=22.2696;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.22;MQ0=0;QD=71.22;RPA=2,1;RU=TTTAAAATTGAAGCT;SB=-1.105e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,29:65:90:4629,90,0 chrXI 431507 . A AT 3147.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=41.1113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.90;MQ0=0;QD=23.49;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.141e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,128:134:99:3190,363,0 chrXI 432365 . GA G 964.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=92.5190;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.91;MQ0=0;QD=23.54;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:41:99:1007,119,0 chrXI 432846 . GAAA G 1853.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=205.5443;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.19;MQ0=0;QD=33.71;RPA=11,8;RU=A;SB=-2.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,48:55:99:1896,138,0 chrXI 436965 . GC G 4392 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=451.5695;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.65;MQ0=0;QD=36.60;SB=-1.515e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,115:120:99:4392,355,0 chrXI 448269 . A AT 2210.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=269.5509;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.78;MQ0=0;QD=28.35;SB=-8.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,64:78:99:2253,198,0 chrXI 448283 . T TG 2836.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=328.1195;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.57;MQ0=0;QD=31.52;RPA=1,2;RU=G;SB=-8.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,87:90:99:2879,250,0 chrXI 450308 . TA T 2498.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.579;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=66.4580;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=1.273;QD=17.35;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.281;SB=-3.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,132:144:99:2541,294,0 chrXI 451568 . GGAACAC G 2733.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=20.6357;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.94;MQ0=0;QD=55.80;RPA=2,1;RU=GAACAC;SB=-7.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,41:49:99:2776,117,0 chrXI 454128 . A ACC 4012 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=35.1341;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.31;MQ0=0;QD=41.36;RPA=1,3;RU=C;SB=-6.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,90:97:99:4012,274,0 chrXI 457179 . TTC T 2833.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=35.9526;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.99;MQ0=1;QD=32.95;SB=-1.290e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,81:85:99:2876,208,0 chrXI 457498 . CAAAATGAACGAAGTA C 8703 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=432.4975;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.13;MQ0=0;QD=111.58;SB=-2.555e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,69:78:99:8703,199,0 chrXI 457727 . GA G 2533.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=539.3937;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.43;MQ0=0;QD=24.13;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.278e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,101:105:99:2576,285,0 chrXI 458138 . A ATAAAG 5100 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=1379.4395;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.94;MQ0=0;QD=60.00;SB=-1.451e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:61,20:81:99:5100,222,0 chrXI 458672 . A ATT 2565.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=30.7979;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.42;MQ0=0;QD=25.16;RPA=4,6;RU=T;SB=-2.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,79:102:99:2608,220,0 chrXI 463261 . C CTTT 148.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.516;DP=57;FS=2.622;HaplotypeScore=14.3772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.31;MQ0=1;MQRankSum=0.615;QD=2.61;RPA=22,25;RU=T;ReadPosRankSum=-1.398;SB=-3.498e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,12:56:49:188,0,49 chrXI 463841 . AT A 814.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.085;DP=69;FS=6.505;HaplotypeScore=331.1160;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.59;MQ0=0;MQRankSum=1.405;QD=11.81;ReadPosRankSum=3.954;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,47:69:44:857,44,0 chrXI 463843 . AT A 837.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.509;DP=63;FS=6.505;HaplotypeScore=316.6803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.337;QD=13.30;ReadPosRankSum=2.888;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,47:63:77:880,77,0 chrXI 464456 . A AACT 416.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.823;DP=28;FS=1.922;HaplotypeScore=175.9763;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.760;QD=14.89;RPA=3,4;RU=ACT;ReadPosRankSum=-0.988;SB=-1.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,12:28:99:456,0,364 chrXI 465041 . T TTA 1168.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=100.5695;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.98;MQ0=0;QD=22.48;RPA=2,3;RU=TA;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,39:52:99:1211,99,0 chrXI 465117 . C CAT 844.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=51.9999;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=35.21;RPA=1,2;RU=AT;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,20:24:63:887,63,0 chrXI 466696 . T TTTG 6645 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=43.0185;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.02;MQ0=0;QD=45.51;RPA=1,2;RU=TTG;SB=-2.732e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,132:146:99:6645,394,0 chrXI 468689 . AT A 1306.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.045;DP=80;FS=2.635;HaplotypeScore=322.6680;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.095;QD=16.34;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.551;SB=-4.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,69:80:99:1349,146,0 chrXI 469271 . C CA 2276.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=191.3706;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=25.58;RPA=5,6;RU=A;SB=-6.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,86:89:99:2319,261,0 chrXI 473688 . T TA 1820.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.642;DP=92;FS=4.551;HaplotypeScore=135.8617;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.04;MQ0=0;MQRankSum=1.687;QD=19.79;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.337;SB=-6.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,81:92:99:1863,222,0 chrXI 476160 . TTA T 1681.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=165.1752;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.50;MQ0=0;QD=21.84;RPA=6,5;RU=TA;SB=-4.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,52:77:99:1724,150,0 chrXI 485106 . AT A 2344.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=46.2289;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;QD=18.18;RPA=9,8;RU=T;SB=-7.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,119:129:99:2387,311,0 chrXI 489841 . T TA 769.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.097;DP=82;FS=4.732;HaplotypeScore=255.9493;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.129;QD=9.39;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=1.132;SB=-2.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,34:82:48:812,48,0 chrXI 489991 . AC A 935.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=1225.6666;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.36;MQ0=0;QD=12.48;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,51:75:99:978,146,0 chrXI 489993 . TAATCGTTATCTATTAC T 8502 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=417.9008;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.02;MQ0=0;QD=154.58;SB=-8.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,51:55:99:8502,159,0 chrXI 490239 . T TA 2714.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=502.3625;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.66;MQ0=0;QD=31.21;SB=-9.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,82:87:99:2757,226,0 chrXI 490453 . C CTA 3209.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=156.9522;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.88;MQ0=0;QD=35.27;RPA=1,2;RU=TA;SB=-1.311e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,83:91:99:3252,241,0 chrXI 493667 . CA C 2213.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=251.2904;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.34;MQ0=0;QD=29.13;RPA=3,2;RU=A;SB=-3.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,74:76:99:2256,213,0 chrXI 493698 . C CTG 2400.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.395;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=250.6013;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=0.722;QD=25.54;RPA=6,7;RU=TG;ReadPosRankSum=0.914;SB=-1.087e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,71:94:99:2443,179,0 chrXI 495887 . T TACA 8793 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=173;FS=0.000;HaplotypeScore=280.9103;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.14;MQ0=0;QD=50.83;SB=-3.850e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,169:173:99:8793,497,0 chrXI 506763 . T TGTGTTC 3678 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=14.6775;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.06;MQ0=0;QD=81.73;SB=-9.000e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:45:99:3678,129,0 chrXI 509743 . A AATATGC 7297 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=185.0066;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.88;MQ0=0;QD=66.94;SB=-3.285e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,98:108:99:7297,283,0 chrXI 510691 . G GTT 1893.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=130.0507;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.42;MQ0=0;QD=22.28;RPA=10,12;RU=T;SB=-7.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,46:85:99:1936,197,0 chrXI 513682 . AT A 2407.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=328.7411;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.56;MQ0=0;QD=25.08;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,91:96:99:2450,264,0 chrXI 513754 . A AT 4667 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=191;FS=0.000;HaplotypeScore=1315.0623;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.93;MQ0=0;QD=24.43;RPA=2,3;RU=T;SB=-7.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,163:191:99:4667,484,0 chrXI 513774 . C CT 5055 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=173;FS=0.000;HaplotypeScore=1146.6016;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.67;MQ0=0;QD=29.22;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.136e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,161:173:99:5055,496,0 chrXI 513856 . TTTGCTTAG T 11625 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=154.8574;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.29;MQ0=0;QD=83.63;SB=-4.641e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,122:139:99:11625,367,0 chrXI 514543 . GATATTTTTATTAATAATTATTATTTATTTTTTTTTAT G 3714 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=24.6360;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.32;MQ0=0;QD=65.16;SB=-1.049e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,22:57:60:3714,60,0 chrXI 517042 . A AT 556.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=56.0390;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.89;RPA=7,8;RU=T;SB=-7.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,24:28:72:599,72,0 chrXI 518060 . A AT 721.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=106.4305;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.50;MQ0=0;QD=17.61;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,32:41:84:764,84,0 chrXI 518072 . CTTT C 1063.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=195.2850;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.10;MQ0=0;QD=19.70;RPA=13,10;RU=T;SB=-4.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,37:54:90:1106,90,0 chrXI 519367 . G GA 525.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=47;FS=4.688;HaplotypeScore=42.2904;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=0.216;QD=11.18;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.302;SB=-2.623e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,26:47:14:567,14,0 chrXI 523661 . T TTGCTGCTGC 2952.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=45.4641;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.89;MQ0=0;QD=52.73;RPA=4,7;RU=TGC;SB=-1.385e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,32:56:99:2995,102,0 chrXI 524058 . TCG T 102.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.588;DP=24;FS=3.274;HaplotypeScore=57.9254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.26;MQ0=0;MQRankSum=-2.742;QD=4.29;ReadPosRankSum=1.107;SB=-8.130e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,7:24:85:142,0,85 chrXI 525218 . TATTATC T 2223.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=63.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=63.35;MQ0=0;QD=51.72;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,42:43:99:2266,105,0 chrXI 527743 . T TAA 2806.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=52.9755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.06;MQ0=0;QD=36.93;RPA=1,3;RU=A;SB=-9.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,68:76:99:2849,205,0 chrXI 530616 . A AG 1949.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=54.0593;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.14;MQ0=0;QD=27.86;RPA=2,3;RU=G;SB=-9.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,68:70:99:1992,195,0 chrXI 530806 . G GAAT 519.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=11.0652;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.75;MQ0=0;QD=14.86;RPA=6,7;RU=AAT;SB=-1.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,9:35:39:562,39,0 chrXI 532541 . GA G 2114.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=221.2087;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.15;MQ0=0;QD=21.58;RPA=6,5;RU=A;SB=-7.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,92:98:99:2157,258,0 chrXI 549470 . CT C 1826.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=595.0913;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.48;MQ0=0;QD=20.08;RPA=9,8;RU=T;SB=-7.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,86:91:99:1869,242,0 chrXI 557499 . GA G 743.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=32.5884;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;QD=14.31;RPA=10,9;RU=A;SB=-3.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,42:52:99:786,104,0 chrXI 560656 . TG T 6194 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=191;FS=0.000;HaplotypeScore=424.3537;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=32.43;SB=-2.757e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,190:191:99:6194,559,0 chrXI 570151 . C CA 2359.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=455.3825;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.74;MQ0=0;QD=22.06;RPA=6,7;RU=A;SB=-3.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,95:107:99:2402,282,0 chrXI 570166 . TAA T 3045.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=561.4557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.542;QD=26.26;RPA=10,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.752;SB=-7.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,103:116:99:3088,270,0 chrXI 570203 . TAA T 5531 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;FS=0.000;HaplotypeScore=461.2268;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.30;MQ0=1;QD=33.93;SB=-2.675e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,150:162:99:5531,391,0 chrXI 570304 . GA G 1472.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=39.5243;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=17.96;RPA=10,9;RU=A;SB=-5.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,65:82:99:1515,200,0 chrXI 573437 . GT G 1865.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=121.4566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=25.22;RPA=4,3;RU=T;SB=-3.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:74:99:1908,201,0 chrXI 574798 . TA T 2046.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=230.0160;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=19.31;RPA=7,6;RU=A;SB=-5.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,99:106:99:2089,263,0 chrXI 576163 . GA G 827.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=17.2846;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.29;MQ0=0;MQRankSum=1.631;QD=19.25;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=1.427;SB=-1.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,39:43:80:870,80,0 chrXI 576492 . ATCGTCGTCGTCG A 2512.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=38.2904;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.87;MQ0=0;QD=27.02;RPA=13,9;RU=TCG;SB=-1.192e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,51:91:99:2555,144,0 chrXI 580897 . ATATG A 350.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=62.3467;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.50;MQ0=0;QD=20.65;SB=-6.098e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,5:17:27:393,27,0 chrXI 580899 . ATG A 187 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=67.7726;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQ0=0;QD=11.69;SB=-2.897e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,5:16:27:229,27,0 chrXI 580931 . C CT 333.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=43.6284;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.66;MQ0=0;QD=23.85;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42:376,42,0 chrXI 581078 . G GA 48.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.001;DP=13;FS=8.451;HaplotypeScore=48.8323;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.45;MQ0=0;MQRankSum=0.573;QD=3.69;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-1.001;SB=-1.554e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:13:17:87,0,17 chrXI 583607 . CG C 3941 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=586.1135;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.51;MQ0=0;QD=35.19;SB=-1.909e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,105:112:99:3941,328,0 chrXI 583613 . AC A 3344 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=649.9373;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.72;MQ0=0;QD=28.58;SB=-1.555e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,114:117:99:3344,324,0 chrXI 589583 . A ATT 1844.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=191.6804;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.18;MQ0=0;QD=35.48;RPA=1,3;RU=T;SB=-6.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,43:52:99:1887,132,0 chrXI 596999 . A AT 3363 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=290.5592;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.96;MQ0=0;QD=29.76;RPA=2,3;RU=T;SB=-9.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,111:113:99:3363,328,0 chrXI 613087 . C CAGA 1469.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=13.4373;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.54;MQ0=0;QD=37.69;RPA=2,3;RU=AGA;SB=-4.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,34:39:96:1512,96,0 chrXI 613313 . AGAATCTGATTCG A 1547.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=8.2426;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.90;MQ0=0;QD=77.40;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:57:1590,57,0 chrXI 613636 . TAGA T 550.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=144.3960;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.09;MQ0=0;QD=30.61;RPA=4,3;RU=AGA;SB=-1.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,11:18:42:593,42,0 chrXI 613786 . AGG A 461.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.681;DP=40;FS=2.325;HaplotypeScore=250.3268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.571;QD=11.55;ReadPosRankSum=3.142;SB=-3.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,23:40:99:501,0,147 chrXI 613789 . AGGAG A 931.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.772;DP=41;FS=5.506;HaplotypeScore=201.8277;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.84;MQ0=0;MQRankSum=1.649;QD=22.73;ReadPosRankSum=3.682;SB=-8.900e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,20:41:40:974,40,0 chrXI 614026 . G GT 525.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=16.9362;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.97;MQ0=0;QD=19.48;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,24:27:69:568,69,0 chrXI 617557 . CTT C 83.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.309;DP=53;FS=3.010;HaplotypeScore=111.2904;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.65;MQ0=0;MQRankSum=0.135;QD=1.58;RPA=20,18;RU=T;ReadPosRankSum=0.831;SB=-6.382e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,8:53:30:123,0,30 chrXI 618466 . AT A 2237.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=35.1158;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.84;MQ0=0;QD=21.52;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.040e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,98:104:99:2280,270,0 chrXI 618691 . T TA 3086.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=33.4603;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;QD=30.26;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.091e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,96:102:99:3129,283,0 chrXI 618946 . GA G 896.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.797;DP=91;FS=1.850;HaplotypeScore=96.9275;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.505;QD=9.86;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.949;SB=-2.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,54:91:62:939,62,0 chrXI 624964 . G GTCA 3311 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=309.2400;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.41;MQ0=0;MQRankSum=0.525;QD=46.63;ReadPosRankSum=0.315;SB=-1.576e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,67:71:99:3311,192,0 chrXI 626218 . C CCA 6663 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=57.7978;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.55;MQ0=0;QD=42.17;SB=-2.639e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,157:158:99:6663,470,0 chrXI 626765 . C CA 1987.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=30.7449;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;QD=32.59;SB=-7.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,55:61:99:2030,169,0 chrXI 627509 . CAAT C 5343 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=326.6224;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.37;MQ0=0;QD=45.28;SB=-1.604e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,115:118:99:5343,334,0 chrXI 631098 . TA T 2263.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.353;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=63.3935;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.05;MQ0=0;MQRankSum=1.273;QD=16.53;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.160;SB=-4.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,117:137:99:2306,293,0 chrXI 632832 . C CAA 493.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=45;FS=4.102;HaplotypeScore=49.3134;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.062;QD=10.96;RPA=14,16;RU=A;ReadPosRankSum=-0.503;SB=-2.092e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,22:45:47:535,47,0 chrXI 635459 . TC T 48.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.501;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=54.5060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=1.236;QD=2.13;ReadPosRankSum=-1.766;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,6:23:77:88,0,77 chrXI 635468 . CT C 144.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.522;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=40.1483;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.35;MQ0=0;MQRankSum=1.565;QD=7.58;RPA=17,16;RU=T;ReadPosRankSum=-0.075;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,5:19:22:186,22,0 chrXI 638299 . G GA 3957 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.037;DP=177;FS=4.357;HaplotypeScore=70.1439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.41;MQ0=0;MQRankSum=0.743;QD=22.36;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.640;SB=-7.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,165:177:99:3957,452,0 chrXI 638422 . ATTT AT,A 2087.95 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.963;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=60.1463;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.418;QD=17.69;RPA=15,13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.473;SB=-5.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:36,0,15:118:63:2166,241,63,1334,0,1341 chrXI 639971 . C CT 1438.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=27.1277;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;QD=24.39;RPA=4,5;RU=T;SB=-3.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,57:59:99:1481,159,0 chrXI 642822 . AT A 2638.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=559.9318;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.33;MQ0=0;QD=29.00;SB=-1.273e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,89:91:99:2681,247,0 chrXI 642846 . A AT 2879.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=376.0426;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.65;MQ0=0;QD=34.29;SB=-1.432e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,71:84:99:2922,241,0 chrXI 643022 . C CA 2314.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=165.2777;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.47;MQ0=0;QD=24.11;RPA=3,4;RU=A;SB=-8.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,88:96:99:2357,249,0 chrXI 643871 . TTACTCCCGGTG T 10051 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=193.6278;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.80;MQ0=0;QD=83.07;SB=-4.272e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,87:121:99:10051,247,0 chrXI 644727 . AT A 1497.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.148;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=66.2211;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.53;MQ0=0;MQRankSum=0.214;QD=17.22;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.148;SB=-6.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,75:87:99:1540,175,0 chrXI 649942 . TTTAC T 7893 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=130.3051;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;QD=52.62;SB=-7.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,145:150:99:7893,397,0 chrXI 650625 . A AT 2216.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=134.3576;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.35;MQ0=0;QD=34.11;SB=-5.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,62:65:99:2259,180,0 chrXI 651317 . G GA 2058.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=94.9066;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.00;MQ0=0;QD=23.40;RPA=4,5;RU=A;SB=-6.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,79:88:99:2101,228,0 chrXI 652114 . T TA 1535.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=43.2749;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.98;MQ0=0;QD=25.18;RPA=3,4;RU=A;SB=-6.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,59:61:99:1578,165,0 chrXI 652349 . AT A 602.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=56.4556;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=15.87;RPA=10,9;RU=T;SB=-1.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,34:38:86:645,86,0 chrXI 652686 . CT C 1823.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=28.6792;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.22;MQ0=0;QD=24.00;RPA=6,5;RU=T;SB=-3.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,74:76:99:1866,219,0 chrXI 658095 . C CAAAAA 1546.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=177.4223;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.27;MQ0=0;QD=33.63;RPA=10,15;RU=A;SB=-5.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,23:46:98:1589,98,0 chrXI 661186 . AT A 1296.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=307.8244;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.32;MQ0=6;QD=17.53;RPA=9,8;RU=T;SB=-4.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,67:63:99:1339,173,0 chrXI 661401 . GA G 195.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.120;DP=80;FS=4.265;HaplotypeScore=358.1213;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.58;MQ0=4;MQRankSum=-1.424;QD=2.45;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.349;SB=-4.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,25:61:99:235,0,592 chrXI 663312 . G GAAAAA 895.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.432;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=244.6396;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.74;MQ0=2;MQRankSum=-1.583;QD=16.90;ReadPosRankSum=-0.980;SB=-8.000e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,10:26:63:938,63,0 chrXI 663640 . A AG 272.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=94.6221;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.95;MQ0=12;QD=6.82;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.209e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,22:13:31:315,31,0 chrXI 663728 . G GA 2088.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=464.3767;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.34;MQ0=7;QD=17.26;RPA=7,8;RU=A;SB=-8.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,115:93:99:2131,255,0 chrXI 664001 . TTGC T 968.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=69.5512;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.97;MQ0=10;QD=10.77;RPA=2,1;RU=TGC;SB=-1.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,88:25:66:1011,66,0 chrXI 664634 . G GATA 1356.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.973;DP=142;FS=16.060;HaplotypeScore=616.9043;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.41;MQ0=47;MQRankSum=-2.162;QD=9.56;RPA=1,2;RU=ATA;ReadPosRankSum=-1.456;SB=-2.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,48:95:99:1396,0,1302 chrXI 665429 . G GGATA 2593.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=226.0164;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.30;MQ0=0;QD=50.86;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:43:99:2636,117,0 chrXI 665488 . C CAGTAA 390.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.105;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=313.0147;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.76;MQ0=2;MQRankSum=-2.150;QD=9.77;ReadPosRankSum=3.788;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,18:23:99:430,0,394 chrXI 666032 . G GTA 235.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.627;DP=48;FS=25.233;HaplotypeScore=172.5242;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.76;MQ0=12;MQRankSum=2.608;QD=4.92;RPA=2,3;RU=TA;ReadPosRankSum=-1.468;SB=0.168;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,12:19:99:275,0,197 chrXI 666203 . A AG 210.10 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=100.2151;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=14.85;MQ0=3;MQRankSum=-0.747;QD=16.16;ReadPosRankSum=-0.747;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,12:8:12:249,0,12 chrXI 666245 . AG A 394.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.594;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=308.6889;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=15.62;MQ0=3;MQRankSum=-0.085;QD=15.80;ReadPosRankSum=1.104;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,21:15:31:434,0,31 chrXI 666296 . G GCA 263.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.231;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=384.6856;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.077;QD=13.20;ReadPosRankSum=-1.003;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,12:13:74:303,0,74 chrXI 666298 . GGA G 227.05 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.382;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=362.3907;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.106;QD=11.95;ReadPosRankSum=-1.106;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,11:12:20:269,20,0 chrXI 666315 . G GAT 174.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.831;DP=22;FS=3.802;HaplotypeScore=394.2539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.40;MQ0=2;MQRankSum=0.380;QD=7.95;ReadPosRankSum=-1.461;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,8:13:99:214,0,177 chrXI 666317 . TA T 101.18 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.633;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=368.5600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.07;MQ0=2;MQRankSum=-1.036;QD=5.33;ReadPosRankSum=-0.633;SB=-4.356e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,8:12:10:140,0,10 chrXI 666379 . C CA 159.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=65.4296;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.41;MQ0=2;QD=15.91;RPA=1,2;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,9:7:18:201,18,0 chrXII 5687 . A ACCCACAC,AC 800.94 filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.853;DP=37;FS=11.549;HaplotypeScore=178.1483;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=29.95;MQ0=6;MQRankSum=1.452;QD=21.65;ReadPosRankSum=0.751;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:13,12,12:27:71:879,71,95,235,0,222 chrXII 6048 . GA G 82.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=31.3579;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=13.18;MQ0=0;QD=8.21;RPA=9,8;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:6:18:124,18,0 chrXII 11490 . T TTAC 228.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=140.9058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.44;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=20.82;RPA=1,2;RU=TAC;ReadPosRankSum=0.742;SB=-5.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:8:27:268,0,27 chrXII 11598 . C CT 501.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.542;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=327.5205;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.46;MQ0=1;MQRankSum=1.542;QD=20.08;ReadPosRankSum=1.542;SB=-3.900e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,15:20:32:544,32,0 chrXII 13771 . AG A 554.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.419;DP=51;FS=49.925;HaplotypeScore=713.4766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.45;MQ0=8;MQRankSum=1.380;QD=10.88;RPA=4,3;RU=G;ReadPosRankSum=-0.120;SB=-3.011e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:38:73:594,0,73 chrXII 13802 . TGC T 617.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.865;DP=39;FS=91.692;HaplotypeScore=627.3558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.007;QD=15.85;RPA=4,3;RU=GC;ReadPosRankSum=1.314;SB=-3.011e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,22:35:99:657,0,402 chrXII 13815 . GAC G 364.98 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.739;DP=42;FS=55.474;HaplotypeScore=704.8443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.53;MQ0=1;MQRankSum=0.446;QD=8.69;ReadPosRankSum=3.537;SB=-3.020e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,13:39:22:404,0,22 chrXII 19914 . CT C 387.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.281;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=56.1354;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.00;MQ0=0;MQRankSum=0.356;QD=4.04;RPA=16,15;RU=T;ReadPosRankSum=0.498;SB=-3.197e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,40:96:26:430,26,0 chrXII 20975 . TA T 780.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=277.3656;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.95;MQ0=0;QD=20.55;SB=-4.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:99:823,113,0 chrXII 22442 . 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G GC 2887.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=35.2049;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.86;MQ0=0;QD=28.31;RPA=3,4;RU=C;SB=-6.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,83:102:99:2930,271,0 chrXII 32319 . CA C 1266.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.299;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=45.8873;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.626;QD=14.73;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.107;SB=-2.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,74:86:99:1309,189,0 chrXII 32559 . C CA 1354.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=125.7523;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.68;MQ0=0;QD=25.09;RPA=5,6;RU=A;SB=-3.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,52:54:99:1397,153,0 chrXII 35378 . C CA 1476.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.015;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=168.4066;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.615;QD=18.46;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.215;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,72:80:99:1519,155,0 chrXII 35406 . 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ATG A 2338.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.388;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=758.9011;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.015;QD=26.28;ReadPosRankSum=2.388;SB=-6.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,70:89:99:2381,228,0 chrXII 48661 . GA G 1311.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=107.2724;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.23;MQ0=0;QD=18.74;RPA=5,4;RU=A;SB=-4.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,62:70:99:1354,170,0 chrXII 48673 . TA T 725.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=169.5477;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.97;MQ0=0;QD=11.17;RPA=12,11;RU=A;SB=-2.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,42:65:99:768,128,0 chrXII 48811 . C CA 427.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.734;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=53.2786;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=1.239;QD=17.12;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.239;SB=-1.887e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,19:25:39:470,39,0 chrXII 52606 . TG T 833.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=245.5163;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.60;MQ0=0;QD=26.90;SB=-6.300e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,28:31:90:876,90,0 chrXII 52618 . CTT C 912.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.776;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=333.8209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.125;QD=19.42;RPA=15,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.776;SB=-2.992e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,29:47:99:955,102,0 chrXII 53039 . AAAT A 2225.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=266.3059;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.13;MQ0=0;QD=31.35;RPA=5,4;RU=AAT;SB=-4.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,47:71:99:2268,171,0 chrXII 53074 . G GT 2037.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=521.6584;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.37;MQ0=0;QD=25.16;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,74:81:99:2080,219,0 chrXII 63802 . GT G 2071.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=110.6962;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.97;MQ0=0;QD=25.58;RPA=3,2;RU=T;SB=-8.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,76:81:99:2114,210,0 chrXII 63982 . CAA C 2534.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=109.8767;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.39;MQ0=0;QD=17.60;RPA=15,13;RU=A;SB=-1.100e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,94:144:99:2576,221,0 chrXII 65534 . A ATT 353.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=82.1326;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.53;MQ0=0;QD=18.63;RPA=11,13;RU=T;SB=-1.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,12:19:44:396,44,0 chrXII 66619 . C CT 1875.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.778;DP=193;FS=9.656;HaplotypeScore=355.9564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=1.824;QD=9.72;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=-0.300;SB=-5.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:103,74:192:78:1918,78,0 chrXII 80216 . CT C 1456.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=54.7737;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.33;MQ0=0;QD=16.94;RPA=9,8;RU=T;SB=-5.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,76:86:99:1499,217,0 chrXII 80323 . GT G 1970.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.556;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=277.9385;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=1.598;QD=14.93;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.817;SB=-1.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,118:132:99:2013,260,0 chrXII 81192 . TC T 878.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=131.3669;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.24;MQ0=0;QD=28.35;RPA=4,3;RU=C;SB=-4.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,30:31:90:921,90,0 chrXII 81387 . TA T 666.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.165;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=80.4609;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.97;MQ0=0;MQRankSum=1.320;QD=10.76;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.238;SB=-3.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,34:62:98:709,98,0 chrXII 81402 . T TA 667.76 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.545;DP=70;FS=3.536;HaplotypeScore=121.9488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.353;QD=9.54;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.508;SB=-2.626e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,26:70:4:706,0,4 chrXII 83835 . AT A 3393 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=275.4373;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.89;MQ0=0;QD=24.95;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.227e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,118:136:99:3393,325,0 chrXII 84299 . GA G 112.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.980;DP=60;FS=14.805;HaplotypeScore=387.0825;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.01;MQ0=0;MQRankSum=-4.440;QD=1.88;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=-2.208;SB=-7.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,18:59:99:152,0,1210 chrXII 84519 . CT C 1350.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.129;DP=113;FS=5.325;HaplotypeScore=293.5907;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.574;QD=11.96;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.010;SB=-5.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,84:113:99:1393,162,0 chrXII 84759 . C CT 992.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=39.7921;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.40;MQ0=0;MQRankSum=0.310;QD=13.79;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.859;SB=-4.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,53:72:38:1035,38,0 chrXII 86634 . TG T 1029.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=26.9088;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.31;MQ0=0;QD=33.22;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,30:31:84:1072,84,0 chrXII 86724 . T TA 126.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=65.1786;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.61;MQ0=0;QD=5.77;RPA=17,18;RU=A;SB=3.653e-03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,6:22:27:169,27,0 chrXII 86842 . 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CT C 106.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=15.5259;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.46;MQ0=0;QD=13.26;RPA=5,4;RU=T;SB=-2.487e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:8:18:148,18,0 chrXII 97490 . TA T 4208 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=188.9592;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.40;MQ0=0;QD=26.14;RPA=3,2;RU=A;SB=-7.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,158:161:99:4208,430,0 chrXII 99028 . A AT 1246.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=22.2893;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.95;MQ0=0;QD=21.88;RPA=4,5;RU=T;SB=-5.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,49:57:99:1289,138,0 chrXII 100550 . CTT C 2061.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=32.0588;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.53;MQ0=1;QD=23.98;RPA=9,7;RU=T;SB=-9.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,82:84:99:2104,204,0 chrXII 105568 . GA G 107.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7591;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=9.75;RPA=3,2;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:15:149,15,0 chrXII 105616 . T TA 21 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.409;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=43.7553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=0.837;QD=0.41;RPA=14,15;RU=A;ReadPosRankSum=-1.538;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,6:51:60:60,0,294 chrXII 108046 . CT C 402.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.133;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=133.8101;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.90;MQ0=0;MQRankSum=0.388;QD=7.90;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.453;SB=-1.625e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,27:51:35:445,35,0 chrXII 108512 . G GA 553.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7497;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.15;MQ0=0;QD=19.78;RPA=8,9;RU=A;SB=-7.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,26:28:72:596,72,0 chrXII 112176 . 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C CGACTGTGACTGT 2462.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=154.8483;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;QD=48.29;RPA=3,5;RU=GACTGT;SB=-1.204e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,16:51:72:2505,72,0 chrXII 130903 . C CTTT,CTT 3042.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.688;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=523.0579;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=50.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.792;QD=25.57;RPA=12,15,14;RU=T;ReadPosRankSum=1.088;SB=-6.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:30,56,26:119:99:3121,366,223,1204,0,1007 chrXII 130928 . GA G 1623.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.521;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=707.6404;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.27;MQ0=0;MQRankSum=0.253;QD=15.32;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=1.056;SB=-4.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,76:106:99:1666,238,0 chrXII 132271 . AGAG A 1412.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=281.4715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.36;MQ0=1;QD=38.19;RPA=2,1;RU=GAG;SB=-6.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,33:35:93:1455,93,0 chrXII 136433 . AT A 1716.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=28.8593;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;QD=18.07;RPA=6,5;RU=T;SB=-7.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,79:95:99:1759,230,0 chrXII 137918 . AT A 2319.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=243.6258;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.49;MQ0=0;QD=22.97;RPA=5,4;RU=T;SB=-6.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,100:101:99:2362,287,0 chrXII 140629 . AT A 562.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=37.7159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.98;MQ0=0;QD=17.06;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,30:33:75:605,75,0 chrXII 150858 . GTT G 195.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.001;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=112.8021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.61;MQ0=0;MQRankSum=0.573;QD=17.82;ReadPosRankSum=1.203;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:11:78:235,0,78 chrXII 150873 . A AAT 923.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.250;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=522.7863;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.231;QD=34.22;ReadPosRankSum=0.694;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,18:27:47:966,47,0 chrXII 150978 . T TC 1116.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=244.1929;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.53;MQ0=0;QD=31.91;RPA=1,2;RU=C;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,34:35:99:1159,102,0 chrXII 151141 . ATTTG A 1437.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=139.9870;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.93;MQ0=0;QD=38.86;RPA=2,1;RU=TTTG;SB=-5.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,35:37:90:1480,90,0 chrXII 167917 . GA G 1515.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.150;DP=103;FS=3.770;HaplotypeScore=32.0245;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.492;QD=14.72;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.577;SB=-6.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,86:103:99:1558,216,0 chrXII 169774 . GAGTACAA G 4950 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=134.3586;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.96;MQ0=0;QD=46.70;RPA=2,1;RU=AGTACAA;SB=-6.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,72:106:99:4950,190,0 chrXII 169862 . AT A 2966.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=244.4226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;QD=29.97;RPA=2,1;RU=T;SB=-4.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,94:99:99:3009,280,0 chrXII 170280 . A AT 2217.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=213.0574;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.14;MQ0=0;QD=27.05;RPA=3,4;RU=T;SB=-9.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,78:82:99:2260,234,0 chrXII 170322 . A AT 2910.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=739.6226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.30;MQ0=0;QD=25.09;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.141e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,106:116:99:2953,318,0 chrXII 170747 . G GAA 1736.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=284.3608;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.83;MQ0=0;QD=43.42;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,37:40:99:1779,114,0 chrXII 171179 . C CATATT 3852 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=24.9142;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.00;MQ0=0;QD=67.58;SB=-1.924e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,55:57:99:3852,165,0 chrXII 171936 . GA G 1212.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=611.5028;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.52;MQ0=0;QD=18.95;RPA=9,8;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,63:64:99:1255,181,0 chrXII 177574 . G GA 5334 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.693;DP=250;DS;FS=4.532;HaplotypeScore=92.7167;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.93;MQ0=0;MQRankSum=1.211;QD=21.34;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.659;SB=-1.936e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,234:250:99:5334,588,0 chrXII 179753 . T TA 679.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=174.8167;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.81;MQ0=0;MQRankSum=1.238;QD=18.89;ReadPosRankSum=1.362;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,25:36:73:722,73,0 chrXII 181518 . AC A 504.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=14.4501;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.85;MQ0=0;QD=21.04;RPA=8,7;RU=C;SB=-7.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,21:24:60:547,60,0 chrXII 185314 . T TA 191.09 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.691;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4612;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.480;QD=10.62;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.099;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,12:18:1:229,1,0 chrXII 187137 . 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AT A 185.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.071;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=22.4326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.567;QD=7.14;RPA=15,14;RU=T;ReadPosRankSum=0.945;SB=-3.935e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,13:26:11:227,11,0 chrXII 198532 . TA T 1744.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=260.1920;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.99;MQ0=0;QD=18.76;RPA=6,5;RU=A;SB=-7.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,88:93:99:1787,239,0 chrXII 201844 . TA T 641.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=95.5130;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.25;MQ0=0;QD=14.59;RPA=11,10;RU=A;SB=-1.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,40:44:99:684,106,0 chrXII 202974 . AC A 2470.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=707.0656;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.09;MQ0=0;QD=28.08;RPA=2,1;RU=C;SB=-9.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,76:88:99:2513,229,0 chrXII 204055 . A AT 1445.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=165.3907;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;QD=25.37;RPA=1,2;RU=T;SB=-6.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,35:57:99:1488,148,0 chrXII 204794 . AT A 3636 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=409.3504;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.25;MQ0=0;QD=23.16;RPA=4,3;RU=T;SB=-8.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,151:157:99:3636,443,0 chrXII 208656 . T TAAGA 2463.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=111.8110;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.33;MQ0=0;QD=54.75;SB=-6.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,37:45:99:2506,120,0 chrXII 215438 . AT A 357.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=56.0448;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.94;MQ0=3;QD=23.86;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,12:12:36:400,36,0 chrXII 221524 . AT A 2919.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=43.3425;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=26.55;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.223e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,108:110:99:2962,297,0 chrXII 222490 . GAAC G 3904 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=445.6265;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.61;MQ0=0;QD=42.43;SB=-1.824e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,88:91:99:3904,250,0 chrXII 223058 . A AT 1332.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=217.9015;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.42;MQ0=0;QD=22.22;RPA=7,8;RU=T;SB=-6.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,55:60:99:1375,167,0 chrXII 224124 . GA G 2057.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=432.4895;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.01;MQ0=0;QD=23.12;RPA=4,3;RU=A;SB=-7.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,85:89:99:2100,240,0 chrXII 229882 . GT G 612.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=16.8243;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.34;MQ0=0;QD=14.25;RPA=9,8;RU=T;SB=-4.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,41:43:95:655,95,0 chrXII 230754 . T TA 1300.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=21.7950;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.90;MQ0=0;QD=22.43;RPA=6,7;RU=A;SB=-6.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,54:58:99:1343,156,0 chrXII 232112 . CTT C 2395.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=325.9612;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.73;MQ0=1;QD=23.49;RPA=9,7;RU=T;SB=-7.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,77:101:99:2438,240,0 chrXII 232144 . G GT 1422.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.860;DP=83;FS=1.987;HaplotypeScore=286.7984;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.89;MQ0=1;MQRankSum=-0.885;QD=17.14;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.035;SB=-6.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,61:82:99:1465,135,0 chrXII 232247 . C CA 1586.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=502.3838;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.50;MQ0=0;QD=26.02;RPA=1,2;RU=A;SB=-8.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,53:61:99:1629,157,0 chrXII 239171 . GA G 908.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=110.9206;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;QD=18.55;RPA=7,6;RU=A;SB=-2.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,46:49:99:951,128,0 chrXII 241569 . CT C 1349.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=20.5461;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.14;MQ0=0;QD=22.88;RPA=5,4;RU=T;SB=-4.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:59:99:1392,168,0 chrXII 243827 . CATAT C 913.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=80.4344;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=43.52;RPA=9,7;RU=AT;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:21:57:956,57,0 chrXII 245256 . AATAT A 2686.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=41.6019;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.49;MQ0=0;QD=27.14;RPA=10,8;RU=AT;SB=-3.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,54:99:99:2729,163,0 chrXII 246208 . AG A 2181.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.178;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=492.2931;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.014;QD=14.94;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=0.568;SB=-5.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,125:146:99:2224,352,0 chrXII 248521 . CAT C 3023.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=202.0092;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;QD=20.71;RPA=5,4;RU=AT;SB=-9.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,114:146:99:3066,288,0 chrXII 248700 . A AT 878.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.602;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=189.1780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=0.845;QD=11.72;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.089;SB=-3.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,46:75:93:921,93,0 chrXII 253093 . GA G 439.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.702;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=48.3293;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.030;QD=6.87;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.731;SB=-1.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,32:64:55:479,0,55 chrXII 259721 . C CT 722.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.451;DP=58;FS=1.893;HaplotypeScore=40.8812;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.138;QD=12.46;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.054;SB=-2.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,39:58:38:765,38,0 chrXII 260952 . A AAC 2332.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=53.1555;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.75;MQ0=0;QD=29.16;RPA=3,4;RU=AC;SB=-8.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,66:80:99:2375,190,0 chrXII 263307 . CAA C 1366.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.835;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=48.8984;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.945;QD=20.10;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.537;SB=-2.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,56:68:99:1409,146,0 chrXII 273941 . T TA 1033.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=10.0701;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=32.31;RPA=1,2;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,31:32:93:1076,93,0 chrXII 274127 . AC A 1979.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.619;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=275.2593;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.54;MQ0=0;MQRankSum=0.824;QD=31.43;ReadPosRankSum=1.675;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,62:63:99:2022,146,0 chrXII 280996 . G GAA 873.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.154;DP=146;FS=2.357;HaplotypeScore=18.5936;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.96;MQ0=0;MQRankSum=0.693;QD=5.98;RPA=17,19;RU=A;ReadPosRankSum=-2.705;SB=-2.434e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:81,42:146:35:915,35,0 chrXII 281803 . G GAA 2313.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=202.2729;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.41;MQ0=0;QD=25.71;RPA=6,8;RU=A;SB=-1.106e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:52,33:90:99:2356,208,0 chrXII 281815 . TC T 1666.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=304.5474;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.61;MQ0=0;QD=19.61;SB=-7.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:49,33:85:99:1709,222,0 chrXII 282684 . ATT A 853.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=205.6380;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.54;MQ0=0;QD=22.47;RPA=8,6;RU=T;SB=-3.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,31:38:87:896,87,0 chrXII 282693 . AT A 455.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=259.6658;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.56;MQ0=0;QD=12.00;RPA=11,10;RU=T;SB=-1.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,24:38:81:498,81,0 chrXII 282715 . 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AAT A 1435.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.663;DP=53;FS=3.680;HaplotypeScore=93.5659;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.60;MQ0=0;MQRankSum=1.455;QD=27.09;ReadPosRankSum=1.039;SB=-5.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,25:53:99:1478,125,0 chrXII 292153 . G GA 1286.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.895;DP=81;FS=5.257;HaplotypeScore=33.5051;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.658;QD=15.89;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.282;SB=-3.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,52:81:99:1329,119,0 chrXII 293727 . AT A 2457.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=40.4991;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;QD=27.31;RPA=2,1;RU=T;SB=-9.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:90:99:2500,246,0 chrXII 302122 . GA G 3160.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.173;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=208.8395;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=0.056;QD=23.95;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=0.866;SB=-1.156e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,130:132:99:3203,343,0 chrXII 306620 . T TAA 938.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.578;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=45.2319;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.413;QD=17.72;RPA=12,14;RU=A;ReadPosRankSum=0.000;SB=-2.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,33:53:95:981,95,0 chrXII 315793 . C CT 1080.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.736;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=46.9501;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=0.135;QD=13.01;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.800;SB=-5.021e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,55:83:89:1122,89,0 chrXII 320335 . GA G 559.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.032;DP=54;FS=2.776;HaplotypeScore=40.4200;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.732;QD=10.37;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.159;SB=-2.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,39:54:67:602,67,0 chrXII 322104 . ATTT A 2857.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.689;DP=109;FS=4.171;HaplotypeScore=62.7230;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.07;MQ0=0;MQRankSum=1.219;QD=26.22;RPA=15,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.689;SB=-1.072e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,92:109:99:2900,236,0 chrXII 322222 . T TC 1510.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=144.5985;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;QD=25.18;RPA=4,5;RU=C;SB=-2.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,49:60:99:1553,147,0 chrXII 327719 . T TG 1168.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=13.5784;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.00;MQ0=0;QD=24.35;RPA=6,7;RU=G;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,43:48:99:1211,126,0 chrXII 329729 . GGTTGCT G 1119.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=18.8458;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.03;MQ0=0;QD=22.86;RPA=5,4;RU=GTTGCT;SB=-5.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,21:49:57:1162,57,0 chrXII 339676 . TTATA T 750.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=128.2583;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.94;MQ0=0;QD=16.33;RPA=10,8;RU=TA;SB=-2.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,16:46:51:793,51,0 chrXII 341070 . C CAACA 3991 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=29.1591;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.88;MQ0=0;QD=48.67;RPA=1,2;RU=AACA;SB=-1.854e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,74:82:99:3991,220,0 chrXII 342873 . GTA G 5292 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=249;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=177.2772;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.56;MQ0=0;QD=21.25;RPA=6,5;RU=TA;SB=-1.761e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:52,189:249:99:5292,502,0 chrXII 343851 . G GT 599 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.041;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=29.2469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.53;MQ0=0;MQRankSum=-2.167;QD=11.98;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.636;SB=-2.309e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,35:50:24:641,24,0 chrXII 345332 . C CATT 6452 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=791.4961;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.40;MQ0=0;QD=44.19;SB=-1.270e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,117:146:99:6452,370,0 chrXII 346105 . G GA 2416.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.287;DP=140;FS=1.886;HaplotypeScore=753.7381;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.74;MQ0=0;MQRankSum=0.391;QD=17.26;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.647;SB=-9.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,103:140:99:2459,233,0 chrXII 348735 . C CA 504.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.866;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=141.6492;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.487;QD=8.71;RPA=15,16;RU=A;ReadPosRankSum=-1.786;SB=-2.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,13:58:55:547,55,0 chrXII 348919 . G GT,GTT 439.58 filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.456;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=101.8055;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.80;MQ0=0;MQRankSum=0.624;QD=11.88;RPA=17,18,19;RU=T;ReadPosRankSum=-1.179;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:21,7,8:37:44:517,253,202,83,0,44 chrXII 369387 . AT A 897.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=31.3177;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=15.48;RPA=10,9;RU=T;SB=-6.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,50:58:99:940,144,0 chrXII 369471 . A AG 828.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=12.6160;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-3.800e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,24:26:75:871,75,0 chrXII 369580 . TA T 58.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=39.4650;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.59;MQ0=0;QD=5.29;RPA=11,10;RU=A;SB=-3.742e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:10:16:100,16,0 chrXII 370487 . AT A 302.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.246;DP=46;FS=12.648;HaplotypeScore=35.5759;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.097;QD=6.59;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.052;SB=-5.503e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,25:46:25:345,25,0 chrXII 373457 . TAC T 1754.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=480.0198;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.16;MQ0=0;QD=33.75;SB=-6.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:52:99:1797,147,0 chrXII 373549 . A AT 2561.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=615.5496;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.47;MQ0=0;QD=23.50;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.110e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,102:109:99:2604,300,0 chrXII 373665 . A ACG 1289.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.759;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=815.1499;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.213;QD=19.53;ReadPosRankSum=3.410;SB=-4.601e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,39:66:21:1331,21,0 chrXII 373666 . T TGGACGTGGAC 5922 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=570.5229;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.78;MQ0=0;QD=89.73;SB=-1.988e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,39:66:99:5922,181,0 chrXII 373998 . C CAATAA 789.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=383.8955;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.53;MQ0=0;QD=34.35;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,1:23:51:832,51,0 chrXII 375388 . A AGTGTTACCG 5600 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=700.0545;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.41;MQ0=0;QD=101.82;SB=-2.134e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,33:55:99:5600,160,0 chrXII 377750 . T TG 3143.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=364.7569;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.02;MQ0=0;QD=38.34;SB=-1.053e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,79:82:99:3186,238,0 chrXII 380619 . CA C 1617.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=29.0620;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.09;MQ0=0;QD=24.51;RPA=4,3;RU=A;SB=-8.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,65:66:99:1660,186,0 chrXII 385536 . G GA 3110.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=368.8187;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.44;MQ0=0;QD=26.59;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.242e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,104:117:99:3153,324,0 chrXII 385575 . GAA G 3194.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=414.7755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.20;MQ0=0;QD=31.63;RPA=5,3;RU=A;SB=-1.152e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,97:101:99:3237,271,0 chrXII 386417 . T TA 608.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=101.2238;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.03;MQ0=0;QD=16.92;RPA=9,10;RU=A;SB=-2.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,30:36:81:651,81,0 chrXII 390717 . A AC 2325.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=183.4058;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.91;MQ0=0;QD=33.71;SB=-6.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,66:69:99:2368,193,0 chrXII 391836 . G GAA,GA 1992.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.612;DP=115;FS=2.271;HaplotypeScore=337.5000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.295;QD=17.33;RPA=9,11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.658;SB=-2.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:43,7,65:115:99:2071,444,246,403,0,156 chrXII 392360 . GTGT G 2066.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=206.9147;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;QD=39.75;SB=-9.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,40:52:99:2109,129,0 chrXII 392460 . T TA 1753.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=561.1806;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.74;MQ0=0;QD=29.73;RPA=1,2;RU=A;SB=-7.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,55:59:99:1796,156,0 chrXII 392749 . A AC 2497.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=166.0684;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.30;MQ0=0;QD=28.39;RPA=3,4;RU=C;SB=-1.165e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,79:87:99:2540,243,0 chrXII 392810 . GTT G 2208.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=122.4030;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.02;MQ0=0;QD=24.01;RPA=9,7;RU=T;SB=-9.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,71:91:99:2251,219,0 chrXII 392954 . CA C 1631.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=27.7051;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.62;MQ0=0;QD=17.18;RPA=7,6;RU=A;SB=-4.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,84:95:99:1674,227,0 chrXII 393993 . TAA T 1532.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=134.0657;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.04;MQ0=0;QD=22.88;RPA=12,10;RU=A;SB=-7.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,58:67:99:1575,165,0 chrXII 394523 . G GA 2693.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.068;DP=127;FS=3.000;HaplotypeScore=308.5811;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.72;MQ0=0;MQRankSum=0.154;QD=21.21;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.291;SB=-5.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,111:127:99:2736,294,0 chrXII 394693 . G GAA,GAAA 1299.07 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.492;DP=73;FS=4.380;HaplotypeScore=98.0387;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.843;QD=17.80;RPA=13,15,16;RU=A;ReadPosRankSum=-0.211;SB=-1.711e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:21,33,7:73:38:1375,121,38,489,0,471 chrXII 402605 . GC G 3315 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=288.1749;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.49;MQ0=0;QD=28.83;RPA=3,2;RU=C;SB=-1.511e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,110:115:99:3315,316,0 chrXII 402737 . A AT 858.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.044;DP=83;FS=4.117;HaplotypeScore=139.6488;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.864;QD=10.35;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=-1.449;SB=-3.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,34:83:78:901,78,0 chrXII 404333 . A AT 721.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=15.5910;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=22.56;RPA=4,5;RU=T;SB=-2.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,30:32:84:764,84,0 chrXII 408174 . GC G 2508.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.582;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=195.2464;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.43;MQ0=0;MQRankSum=1.280;QD=31.36;ReadPosRankSum=1.381;SB=-4.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,76:80:99:2551,169,0 chrXII 408382 . G GT 2887.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.046;DP=163;FS=2.204;HaplotypeScore=498.3668;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=1.837;QD=17.72;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.013;SB=-9.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,129:163:99:2930,319,0 chrXII 421490 . AGGGGGAGG A,AG 3498 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=118.4884;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.38;MQ0=0;QD=72.88;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:5,7,0:48:75:3498,937,814,199,0,75 chrXII 424618 . CGAAAATCAA C 2505.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=27.7881;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.91;MQ0=0;QD=43.96;RPA=4,3;RU=GAAAATCAA;SB=-7.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,36:57:93:2548,93,0 chrXII 425324 . G GCCT 2003.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=22.9788;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.72;MQ0=0;QD=48.88;SB=-7.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,37:41:99:2046,114,0 chrXII 426662 . C CG 2520.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=777.3243;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.13;MQ0=0;QD=29.31;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,85:86:99:2563,255,0 chrXII 427269 . GT G 3858 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=677.4042;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.23;MQ0=0;QD=30.62;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.537e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,122:126:99:3858,361,0 chrXII 432101 . G GGA 5602 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=62.7386;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.73;MQ0=0;QD=42.12;SB=-2.633e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,128:133:99:5602,379,0 chrXII 434097 . AAT A 153.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=40.2711;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=9.01;RPA=7,6;RU=AT;SB=-9.616e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,11:17:18:195,18,0 chrXII 440342 . A AT 1476.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=185.9834;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;QD=17.58;RPA=9,10;RU=T;SB=-5.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,66:84:99:1519,189,0 chrXII 441523 . CT C 791.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.906;DP=84;FS=6.252;HaplotypeScore=33.7653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.144;QD=9.43;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=2.511;SB=-6.717e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,57:84:99:833,99,0 chrXII 442818 . TC T 1549.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=28.3211;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.15;MQ0=0;QD=24.60;RPA=8,7;RU=C;SB=-5.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,59:63:99:1592,174,0 chrXII 447844 . C CA 97.14 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.666;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5729;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.89;MQ0=0;MQRankSum=0.762;QD=6.94;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-1.179;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,8:14:11:136,0,11 chrXII 448398 . GGTT G 1975.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=83.2450;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.65;MQ0=0;QD=37.28;RPA=3,2;RU=GTT;SB=-9.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,47:53:99:2018,132,0 chrXII 448641 . C CA 1668.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=107.5897;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.94;MQ0=0;QD=22.25;RPA=6,7;RU=A;SB=-3.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,62:75:99:1711,195,0 chrXII 449950 . C CTT 2366.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.914;DP=116;FS=2.907;HaplotypeScore=73.0204;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.073;QD=20.40;RPA=11,13;RU=T;ReadPosRankSum=-2.106;SB=-1.086e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,77:116:99:2409,211,0 chrXII 450662 . AT A 3526 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=179.0754;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.75;MQ0=0;MQRankSum=1.270;QD=25.55;ReadPosRankSum=1.010;SB=-1.175e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,112:138:99:3526,356,0 chrXII 451044 . G GA 3297 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=734.2241;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.25;MQ0=0;QD=23.72;RPA=8,9;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,137:139:99:3297,404,0 chrXII 459803 . CTTTTTTTTTTTTT C 1190.18 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.809;DP=249;DS;FS=147.317;HaplotypeScore=92.7817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.68;MQ0=0;MQRankSum=5.242;QD=4.78;RPA=29,16;RU=T;ReadPosRankSum=5.586;SB=-6.042e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,165:246:10:1229,0,10 chrXII 460002 . CAAAAAAAA C 11863 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.712;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=98.3783;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.42;MQ0=0;MQRankSum=0.199;QD=47.45;RPA=17,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.956;SB=-4.115e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,231:250:99:11863,517,0 chrXII 460191 . ACCGCGTCGCCGCGTCG A 29736 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=502.3627;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.28;MQ0=0;QD=118.94;RPA=3,1;RU=CCGCGTCG;SB=-9.708e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,225:247:99:29736,629,0 chrXII 460383 . TAAAAAAAAAAA T 19343 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.219;DP=240;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1064.1438;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.86;MQ0=0;MQRankSum=1.762;QD=80.60;RPA=22,11;RU=A;ReadPosRankSum=4.477;SB=-5.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:67,142:240:99:19343,458,0 chrXII 460415 . TG T 5514 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1327.8362;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.77;MQ0=0;QD=22.06;SB=-7.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:52,198:250:99:5514,607,0 chrXII 460477 . AT A 2753.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.501;DP=250;DS;FS=4.061;HaplotypeScore=718.0698;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.87;MQ0=0;MQRankSum=0.783;QD=11.02;RPA=8,7;RU=T;ReadPosRankSum=-0.244;SB=-1.062e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,247:250:99:2796,387,0 chrXII 460676 . GAAAA G 8752 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=252.6985;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.64;MQ0=30;QD=35.01;RPA=16,12;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:62,134:218:99:8752,594,0 chrXII 490637 . T TC 2298.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.479;DP=126;FS=14.254;HaplotypeScore=1019.6674;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.013;QD=18.25;ReadPosRankSum=4.864;SB=-6.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,98:126:99:2341,160,0 chrXII 490638 . T TTACC 5415 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.410;DP=124;FS=5.410;HaplotypeScore=699.6054;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.655;QD=43.67;ReadPosRankSum=4.493;SB=-1.427e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,98:124:99:5415,163,0 chrXII 494419 . TG T 3624 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=303.2415;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.41;MQ0=0;QD=29.46;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.510e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,112:123:99:3624,343,0 chrXII 494429 . 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T TC 942.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=88.5795;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.91;MQ0=0;QD=30.42;RPA=1,2;RU=C;SB=-1.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,30:31:84:985,84,0 chrXII 513997 . CA C 284.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.734;DP=37;FS=6.435;HaplotypeScore=26.3098;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.70;MQ0=0;MQRankSum=0.946;QD=7.70;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.473;SB=-4.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,21:37:41:327,41,0 chrXII 514965 . CT C 811.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.943;DP=69;FS=3.619;HaplotypeScore=36.2253;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=0.597;QD=11.77;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.404;SB=-1.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,49:69:86:854,86,0 chrXII 515195 . GA G 1690.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=85.2590;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=18.58;RPA=9,8;RU=A;SB=-6.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,86:91:99:1733,257,0 chrXII 517892 . TA T 1051.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.791;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=23.0313;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.55;MQ0=0;MQRankSum=1.174;QD=13.49;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.144;SB=-3.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,66:78:99:1094,128,0 chrXII 527967 . C CT 1503.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.444;DP=160;FS=3.522;HaplotypeScore=114.9984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.04;MQ0=0;MQRankSum=0.894;QD=9.40;RPA=14,15;RU=T;ReadPosRankSum=-0.395;SB=-5.708e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:91,55:160:29:1545,29,0 chrXII 530531 . GT G 950.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=24.8394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.80;MQ0=0;QD=14.63;RPA=9,8;RU=T;SB=-3.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,52:65:99:993,145,0 chrXII 534904 . C CA 2057.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=23.8607;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.96;MQ0=0;QD=27.44;RPA=3,4;RU=A;SB=-5.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,74:75:99:2100,216,0 chrXII 536885 . CT C 880.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=252.7477;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.17;MQ0=0;QD=20.02;RPA=6,5;RU=T;SB=-4.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,41:44:99:923,120,0 chrXII 536950 . C CTT 1779.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=39.8043;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.26;MQ0=0;QD=37.08;RPA=4,6;RU=T;SB=-1.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:48:99:1822,144,0 chrXII 538461 . C CAT 2061.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.985;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=251.4897;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.02;MQ0=0;MQRankSum=-1.456;QD=20.22;RPA=5,6;RU=AT;ReadPosRankSum=0.929;SB=-7.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,66:102:61:2104,61,0 chrXII 539610 . TG T 463.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.576;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=118.5687;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.79;MQ0=0;MQRankSum=0.630;QD=14.50;ReadPosRankSum=0.946;SB=-4.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,11:32:54:506,54,0 chrXII 540614 . CAT C 3203.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=287.4234;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.03;MQ0=0;QD=26.70;RPA=4,3;RU=AT;SB=-1.040e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,100:120:99:3246,300,0 chrXII 541457 . G GTTTGAGCTTTCCTTT 2046.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=12.4610;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.53;MQ0=0;QD=63.97;RPA=1,2;RU=TTTGAGCTTTCCTTT;SB=-6.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,21:32:57:2089,57,0 chrXII 543544 . GT G 1391.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=31.6214;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.77;MQ0=0;QD=34.80;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:1434,114,0 chrXII 546061 . A AG 1637.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=16.2123;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;QD=30.33;RPA=2,3;RU=G;SB=-5.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,52:54:99:1680,150,0 chrXII 549492 . A AATTGATGATTAAAAAGT 19443 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=41.1203;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.76;MQ0=0;QD=159.37;SB=-6.979e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:68,51:122:99:19443,325,0 chrXII 550360 . C CA 594.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.579;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=45.7719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.02;MQ0=0;MQRankSum=2.555;QD=10.26;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=0.852;SB=-2.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,37:58:50:634,0,50 chrXII 552039 . TA T 656.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=76.9338;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.88;MQ0=0;QD=18.25;RPA=7,6;RU=A;SB=-3.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,33:36:95:699,95,0 chrXII 552743 . C CTCT 5471 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=109.0575;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.35;MQ0=0;QD=45.21;RPA=1,2;RU=TCT;SB=-9.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,105:121:99:5471,322,0 chrXII 553693 . A ATG 1931.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.824;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=133.7745;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=0.312;QD=22.46;RPA=6,7;RU=TG;ReadPosRankSum=1.335;SB=-7.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,68:86:99:1974,149,0 chrXII 555326 . AACAACC A 3366 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=129.7278;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.30;MQ0=0;QD=61.20;SB=-1.556e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,52:55:99:3366,147,0 chrXII 555558 . GCAACAA G 2907.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=22.3177;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.29;MQ0=0;QD=60.58;RPA=5,3;RU=CAA;SB=-1.457e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,42:48:99:2950,123,0 chrXII 563476 . TACAC T 3096.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.488;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=61.1960;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.488;QD=31.93;RPA=11,9;RU=AC;ReadPosRankSum=-1.000;SB=-2.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,69:97:99:3139,208,0 chrXII 563657 . C CAA 1718.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=12.5612;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=38.20;RPA=2,4;RU=A;SB=-1.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,42:45:99:1761,126,0 chrXII 566355 . T TA 3980 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=991.8487;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.00;MQ0=0;QD=32.89;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.759e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,114:121:99:3980,340,0 chrXII 566362 . ATTAT A 5355 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=858.2380;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.19;MQ0=0;QD=44.26;RPA=2,1;RU=TTAT;SB=-2.642e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,94:121:99:5355,292,0 chrXII 566427 . A AT 3923 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=599.7125;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.68;MQ0=0;QD=24.37;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.546e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,149:161:99:3923,448,0 chrXII 574096 . A AT 2623.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=40.5535;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.37;MQ0=0;QD=23.02;RPA=6,7;RU=T;SB=-9.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,106:114:99:2666,309,0 chrXII 578151 . CT C 1397.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=23.5198;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;QD=17.26;RPA=8,7;RU=T;SB=-6.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,71:81:99:1440,202,0 chrXII 579119 . C CTCT 4051 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=42.6669;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.84;MQ0=0;QD=42.20;RPA=1,2;RU=TCT;SB=-1.578e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,89:96:99:4051,247,0 chrXII 585646 . T TA 1901.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.605;DP=92;FS=7.377;HaplotypeScore=204.9658;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=0.887;QD=20.67;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.042;SB=-3.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,81:91:99:1944,225,0 chrXII 585942 . A AT 530.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.758;DP=47;FS=5.082;HaplotypeScore=49.6400;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.40;MQ0=0;MQRankSum=0.217;QD=11.30;ReadPosRankSum=-0.217;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,34:46:74:573,74,0 chrXII 586241 . C CT 1097.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.372;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=210.1190;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.577;QD=18.30;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.794;SB=-4.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,50:60:99:1140,124,0 chrXII 589085 . CA C 1257.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=311.0128;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.63;MQ0=0;QD=20.29;RPA=6,5;RU=A;SB=-3.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,59:62:99:1300,170,0 chrXII 589114 . A AT 1522.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=315.7242;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.41;MQ0=0;QD=24.97;RPA=3,4;RU=T;SB=-7.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,57:61:99:1565,159,0 chrXII 599083 . G GC 3678 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=328.2351;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.74;MQ0=0;QD=37.15;SB=-1.000e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,93:99:99:3678,292,0 chrXII 599489 . T TAAC 5716 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=730.5699;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.48;MQ0=0;QD=44.66;RPA=1,2;RU=AAC;SB=-2.693e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,118:128:99:5716,349,0 chrXII 602122 . C CTGT 987.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=91.3703;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.80;MQ0=0;QD=29.94;RPA=5,6;RU=TGT;SB=-4.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,25:33:69:1030,69,0 chrXII 602909 . T TATAG 2350.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=23.5382;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.27;MQ0=0;QD=36.73;RPA=1,2;RU=ATAG;SB=-9.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,45:64:99:2393,123,0 chrXII 603270 . GAC G 1517.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=175.3561;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.37;MQ0=0;QD=36.14;RPA=2,1;RU=AC;SB=-7.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,39:42:99:1560,114,0 chrXII 603693 . A AC 1261.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=12.5634;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.02;MQ0=0;QD=28.04;RPA=2,3;RU=C;SB=-3.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,40:45:99:1304,120,0 chrXII 605064 . C CACTTT 1422.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=29.9597;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.61;MQ0=1;QD=41.85;RPA=1,2;RU=ACTTT;SB=-2.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,18:31:66:1465,66,0 chrXII 605228 . C CA 1869.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=376.6401;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.89;MQ0=0;QD=25.97;RPA=4,5;RU=A;SB=-5.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,69:72:99:1912,207,0 chrXII 605282 . T TAA 668.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=215.1906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.89;MQ0=0;QD=17.60;RPA=10,12;RU=A;SB=-2.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,22:38:82:711,82,0 chrXII 605685 . TAAG T 4598 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.402;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=413.9809;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.86;MQ0=0;MQRankSum=0.299;QD=42.57;ReadPosRankSum=2.402;SB=-7.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,104:108:99:4598,279,0 chrXII 605689 . TA T 2548.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.894;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=618.8789;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.59;MQ0=0;MQRankSum=0.913;QD=22.96;ReadPosRankSum=2.797;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,104:111:99:2591,283,0 chrXII 612158 . GAA G 1617.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=296.5383;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.92;MQ0=0;QD=20.74;RPA=13,11;RU=A;SB=-3.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,58:78:99:1660,167,0 chrXII 616278 . TA T 2225.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=42.4824;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;QD=18.86;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.124e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,109:118:99:2268,316,0 chrXII 625064 . T TA 1895.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.079;DP=131;FS=5.773;HaplotypeScore=71.6632;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=0.874;QD=14.47;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=1.072;SB=-8.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,95:131:99:1938,182,0 chrXII 626434 . G GAA 405.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=116.1664;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.92;MQ0=0;QD=9.44;RPA=14,16;RU=A;SB=-2.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,11:42:54:448,54,0 chrXII 633829 . CT C 1746.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=28.7860;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=21.05;RPA=5,4;RU=T;SB=-6.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,79:83:99:1789,219,0 chrXII 636551 . GT G 198 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.921;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=61.5631;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=0.780;QD=3.88;RPA=16,15;RU=T;ReadPosRankSum=2.102;SB=-1.168e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,14:51:37:237,0,37 chrXII 640114 . G GC 1197.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=60.7567;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.70;MQ0=0;QD=32.38;RPA=1,2;RU=C;SB=-2.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,36:37:99:1240,102,0 chrXII 641311 . GAA G,GA 880.97 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.018;DP=111;FS=8.907;HaplotypeScore=62.9520;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.651;QD=7.94;RPA=15,13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-3.072;SB=-4.549e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:32,15,1:111:57:959,668,1073,113,0,57 chrXII 645231 . TA T 1018.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.199;DP=133;FS=1.983;HaplotypeScore=123.0961;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.41;MQ0=0;MQRankSum=1.477;QD=7.66;RPA=16,15;RU=A;ReadPosRankSum=1.261;SB=-2.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:51,67:131:99:1061,121,0 chrXII 646385 . G GA 782.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.503;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=101.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=1.402;QD=10.44;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.669;SB=-4.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,50:75:45:825,45,0 chrXII 657265 . G GTGAAT 8116 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=590.3030;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.08;MQ0=0;QD=73.12;SB=-1.271e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,106:110:99:8116,328,0 chrXII 657926 . GTTT G 5302 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;FS=0.000;HaplotypeScore=380.9580;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.71;MQ0=0;QD=32.53;RPA=12,9;RU=T;SB=-2.511e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,144:162:99:5302,422,0 chrXII 668004 . T TG 855.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.955;DP=108;FS=10.091;HaplotypeScore=834.6772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.989;QD=7.93;ReadPosRankSum=4.551;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,50:108:99:895,0,105 chrXII 668005 . T TTGTTGTTGTTG 7329 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.188;DP=107;FS=9.481;HaplotypeScore=349.5453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.662;QD=68.50;ReadPosRankSum=1.203;SB=-1.746e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:57,48:107:99:7329,168,0 chrXII 669849 . CCAAGA C 3608 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.133;DP=72;FS=7.975;HaplotypeScore=788.3415;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.61;MQ0=0;MQRankSum=0.159;QD=50.11;ReadPosRankSum=2.380;SB=-5.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,58:72:99:3608,196,0 chrXII 669866 . AAGCCG A 3575 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.236;DP=71;FS=13.102;HaplotypeScore=836.9024;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.599;QD=50.35;ReadPosRankSum=1.579;SB=-6.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,57:71:99:3575,186,0 chrXII 680023 . A AT 1797.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.099;DP=90;FS=2.516;HaplotypeScore=33.4319;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=0.815;QD=19.98;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.667;SB=-5.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,79:90:99:1840,187,0 chrXII 682671 . A AG 3600 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=194.0949;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=30.25;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.077e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,106:119:99:3600,316,0 chrXII 682727 . AG A 2693.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=317.2507;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.51;MQ0=0;QD=30.27;RPA=3,2;RU=G;SB=-1.237e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,83:89:99:2736,250,0 chrXII 685663 . C CCGT 6156 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=127.3157;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.46;MQ0=0;QD=53.07;SB=-2.596e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,103:116:99:6156,322,0 chrXII 687472 . G GAAAAAAAA 516.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1888;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.71;MQ0=0;QD=15.67;RPA=14,22;RU=A;SB=-1.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,19:33:35:559,35,0 chrXII 691451 . A AT 1787.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=99.4363;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.33;MQ0=0;QD=23.84;RPA=6,7;RU=T;SB=-6.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,72:75:99:1830,210,0 chrXII 699927 . TA T 403.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=175.7529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.49;MQ0=1;QD=9.62;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,24:40:71:446,71,0 chrXII 701123 . GGCTGTTGTTGCCATTATTGCA G 16507 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=25.3128;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.91;MQ0=0;QD=187.58;SB=-6.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,75:88:99:16507,226,0 chrXII 704138 . TAAA TA,T 761.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.314;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=44.4961;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.77;MQ0=0;MQRankSum=0.449;QD=7.77;RPA=19,17,16;RU=A;ReadPosRankSum=0.587;SB=-3.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:52,0,13:98:99:840,229,140,315,0,348 chrXII 708180 . T TTTATG 5843 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=191.7655;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.53;MQ0=0;QD=54.10;RPA=1,2;RU=TTATG;SB=-9.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,88:108:99:5843,259,0 chrXII 709123 . T TGAAGCAGATGAAGTA 2197.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=7.6193;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.71;MQ0=0;QD=75.79;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,26:29:78:2240,78,0 chrXII 712186 . 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A ATT 1863.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=167.3283;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.41;MQ0=0;QD=27.41;RPA=9,11;RU=T;SB=-7.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,57:68:99:1906,177,0 chrXII 723168 . CAA C 547.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.951;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=45.0203;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.668;QD=11.91;RPA=14,12;RU=A;ReadPosRankSum=-1.256;SB=-2.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,21:46:43:590,43,0 chrXII 732227 . CA C 2160.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=529.4894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.97;MQ0=0;QD=24.56;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.056e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,85:88:99:2203,252,0 chrXII 732527 . A AC 1792.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=134.1416;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.28;MQ0=0;QD=25.25;RPA=5,6;RU=C;SB=-5.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,63:71:99:1835,186,0 chrXII 734006 . GA G 3528 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=216.6500;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.90;MQ0=0;QD=30.68;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.759e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,112:115:99:3528,331,0 chrXII 734884 . TA T 675.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=218.8377;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.06;MQ0=0;QD=12.75;RPA=3,2;RU=A;SB=-4.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,37:50:75:718,75,0 chrXII 734892 . ACCGTCTGACAGACGGTG A 1662.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=110.3854;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.63;MQ0=0;QD=51.97;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,11:29:27:1705,27,0 chrXII 734923 . ATTT A 668.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=212.6385;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.94;MQ0=0;QD=25.73;RPA=15,12;RU=T;SB=-7.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,22:24:57:711,57,0 chrXII 745373 . G GC 1515.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.213;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=335.5095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-2.056;QD=17.83;ReadPosRankSum=3.405;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,73:85:99:1558,187,0 chrXII 747476 . GT G 2315.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=150.6403;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.36;MQ0=0;QD=20.14;RPA=5,4;RU=T;SB=-7.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,109:115:99:2358,293,0 chrXII 748908 . TA T 1766.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=20.5197;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.88;MQ0=0;QD=23.56;RPA=3,2;RU=A;SB=-4.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:75:99:1809,186,0 chrXII 751939 . A AT 2067.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=16.9058;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.73;MQ0=0;QD=35.05;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:2110,168,0 chrXII 757586 . G GTT 1352.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=60.3709;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.73;MQ0=0;QD=23.33;RPA=10,12;RU=T;SB=-3.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,40:58:99:1395,141,0 chrXII 759341 . GA G 1060.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.195;DP=75;FS=4.210;HaplotypeScore=26.1475;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.53;MQ0=0;MQRankSum=1.493;QD=14.15;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.777;SB=-3.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,66:75:99:1103,149,0 chrXII 760762 . GCC G 1854.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=65.0258;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.43;MQ0=0;QD=40.33;SB=-7.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:46:99:1897,129,0 chrXII 766454 . AG A 1432.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=127.1886;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.89;MQ0=0;QD=26.54;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:54:99:1475,147,0 chrXII 771882 . A AAGTC 5115 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=25.0516;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.72;MQ0=1;QD=63.94;SB=-1.699e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:79:99:5115,229,0 chrXII 779107 . A AAT 1478.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=23.5495;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=22.41;RPA=3,4;RU=AT;SB=-3.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,57:66:99:1521,120,0 chrXII 784382 . G GC 1491.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=14.7786;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.54;MQ0=0;QD=30.45;RPA=2,3;RU=C;SB=-6.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:49:99:1534,138,0 chrXII 784523 . G GT 410.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.992;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=54.0277;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.888;QD=12.45;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.306;SB=-1.989e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,21:33:33:453,33,0 chrXII 784855 . GA G 1119.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=224.2403;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.27;MQ0=0;QD=16.00;RPA=9,8;RU=A;SB=-3.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,60:70:99:1162,169,0 chrXII 786255 . G GT 1603.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=496.1181;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.33;MQ0=0;QD=16.88;RPA=9,10;RU=T;SB=-6.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,76:95:99:1646,211,0 chrXII 786353 . T TA 2412.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=711.4466;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.40;MQ0=0;QD=22.76;RPA=6,7;RU=A;SB=-6.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,91:106:99:2455,279,0 chrXII 792777 . G GTT 6106 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=60.5362;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.34;MQ0=0;QD=38.65;RPA=2,4;RU=T;SB=-1.048e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,153:158:99:6106,454,0 chrXII 793081 . T TA 2363.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=22.9802;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=31.95;RPA=1,2;RU=A;SB=-8.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2406,199,0 chrXII 793990 . A ATTT 1630.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=82.5534;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.55;MQ0=0;QD=37.07;RPA=5,8;RU=T;SB=-7.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,37:42:99:1673,108,0 chrXII 795232 . AG A 2822.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=455.3937;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.48;MQ0=0;QD=25.66;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.132e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,104:110:99:2865,273,0 chrXII 797261 . A AT 1560.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=37.9871;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.12;MQ0=0;QD=16.61;RPA=8,9;RU=T;SB=-6.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,74:94:99:1603,195,0 chrXII 805152 . TG T 3310 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=331.0257;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.52;MQ0=0;QD=35.59;SB=-1.195e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:3310,274,0 chrXII 809313 . A AT 625.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.502;DP=37;FS=4.771;HaplotypeScore=14.0793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=0.347;QD=16.92;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.231;SB=-1.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,30:37:70:668,70,0 chrXII 809779 . A AT 1375.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=15.4788;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.41;MQ0=0;QD=27.52;RPA=2,3;RU=T;SB=-4.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,45:50:99:1418,132,0 chrXII 815834 . GT G 979.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=201.7908;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.18;MQ0=0;QD=16.33;RPA=7,6;RU=T;SB=-2.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,51:60:99:1022,140,0 chrXII 815897 . C CCT 1097.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=99.8711;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.23;MQ0=0;QD=30.50;RPA=2,3;RU=CT;SB=-5.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,26:36:81:1140,81,0 chrXII 817783 . G GA 3961 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=199.3819;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.96;MQ0=0;QD=28.70;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.455e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,131:138:99:3961,376,0 chrXII 818466 . C CT 2523.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=253.9603;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.73;MQ0=0;QD=18.56;RPA=8,9;RU=T;SB=-1.201e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,108:129:99:2566,312,0 chrXII 819016 . T TAG 6498 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=187;FS=0.000;HaplotypeScore=1499.4879;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.18;MQ0=0;MQRankSum=0.177;QD=34.75;ReadPosRankSum=1.378;SB=-3.014e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,167:187:99:6498,520,0 chrXII 819017 . TA T 4019 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.049;DP=177;FS=2.787;HaplotypeScore=1726.8073;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.515;QD=22.71;ReadPosRankSum=0.925;SB=-1.509e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,167:177:99:4019,496,0 chrXII 819069 . CTTT C 4386 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=1103.4653;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.63;MQ0=0;QD=28.12;RPA=12,9;RU=T;SB=-1.120e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,121:156:99:4386,352,0 chrXII 822123 . G GA 1911.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=28.3875;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.48;RPA=8,9;RU=A;SB=-9.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,78:89:99:1954,239,0 chrXII 823381 . TGG T 1108.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=128.0867;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.91;MQ0=0;QD=31.68;RPA=9,7;RU=G;SB=-7.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,32:35:96:1151,96,0 chrXII 823566 . G GA 113.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.751;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5830;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.751;QD=8.70;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.751;SB=-2.207e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,9:13:8:154,8,0 chrXII 828345 . T TG 2333.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=52.2960;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=24.06;RPA=7,8;RU=G;SB=-1.072e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,82:97:99:2376,249,0 chrXII 829398 . CATATATGT C 2111.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=280.5669;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.35;MQ0=0;QD=32.49;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,16:65:99:2154,131,0 chrXII 830629 . AT A 826.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=215.5049;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.65;MQ0=0;QD=15.31;RPA=9,8;RU=T;SB=-2.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,48:54:99:869,128,0 chrXII 837956 . G GA 875.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.167;DP=60;FS=3.973;HaplotypeScore=31.0528;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.05;MQ0=0;MQRankSum=0.328;QD=14.60;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.460;SB=-3.614e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,44:60:31:918,31,0 chrXII 839459 . AT A 793.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.897;DP=69;FS=3.337;HaplotypeScore=20.7482;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=0.813;QD=11.51;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.021;SB=-1.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,53:69:73:836,73,0 chrXII 839880 . G GA 1906.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=234.0141;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.90;MQ0=0;QD=24.45;SB=-5.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,74:78:99:1949,222,0 chrXII 849641 . T TTTACTA 702.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=101.8665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=66.40;MQ0=0;QD=15.98;RPA=1,2;RU=TTACTA;SB=-1.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,33:44:75:745,75,0 chrXII 856361 . AT A 2370.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=39.5436;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;QD=20.62;RPA=7,6;RU=T;SB=-9.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,113:115:99:2413,328,0 chrXII 856771 . CGTAAAAGAT C 4855 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=17.8002;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.48;MQ0=0;QD=77.06;SB=-2.420e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,48:63:99:4855,144,0 chrXII 861593 . A AT 3056.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=42.2830;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.08;MQ0=0;QD=26.35;RPA=3,4;RU=T;SB=-7.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,114:116:99:3099,316,0 chrXII 862597 . AT A 2257.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=50.5584;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.98;MQ0=0;QD=18.06;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.081e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,119:125:99:2300,316,0 chrXII 863696 . CTCA C 960.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=12.0946;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.10;MQ0=0;QD=33.14;RPA=8,7;RU=TCA;SB=-2.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,25:29:72:1003,72,0 chrXII 872807 . G GT 2270.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=316.5569;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.87;MQ0=0;QD=18.77;RPA=8,9;RU=T;SB=-6.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,99:121:99:2313,290,0 chrXII 873682 . AT A 874.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.663;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=136.3689;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.485;QD=15.91;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.624;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,54:55:99:917,129,0 chrXII 877699 . GGTAGTACAGTGTTATAATGCCGGCAATTACC G 4956 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0519;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.22;MQ0=0;QD=177.00;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,20:28:57:4956,57,0 chrXII 898552 . TA T 1573.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=122.0451;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=0.688;QD=19.43;RPA=6,5;RU=A;ReadPosRankSum=-0.451;SB=-5.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,68:81:99:1616,191,0 chrXII 898613 . CA C 1925.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=76.9127;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=32.10;SB=-7.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,57:60:99:1968,168,0 chrXII 902819 . A AT 1366.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=153.5539;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=27.34;RPA=3,4;RU=T;SB=-6.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,46:50:99:1409,144,0 chrXII 902882 . TA T 1287.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.479;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=186.7227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.627;QD=21.83;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.479;SB=-6.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,54:59:99:1330,109,0 chrXII 915075 . CGT C 2341.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=173.6249;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.38;MQ0=0;QD=24.65;RPA=8,7;RU=GT;SB=-7.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,76:95:99:2384,222,0 chrXII 922015 . TA T 1161.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=203.0829;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.25;MQ0=0;QD=21.13;RPA=4,3;RU=A;SB=-3.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,53:55:99:1204,144,0 chrXII 928464 . T TG 1230.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=10.5218;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.26;MQ0=0;QD=29.31;RPA=2,3;RU=G;SB=-1.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:42:99:1273,117,0 chrXII 932243 . ATT A 1563.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=897.3551;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.28;MQ0=0;QD=22.67;RPA=8,6;RU=T;SB=-3.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,53:69:99:1606,155,0 chrXII 932270 . GTACGGA G 2289.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.230;DP=57;FS=10.919;HaplotypeScore=871.0583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.40;MQ0=0;MQRankSum=0.670;QD=40.17;ReadPosRankSum=4.838;SB=-4.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:57:99:2329,0,321 chrXII 932282 . GGATGTATACT G 3315 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.592;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=646.3900;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.778;QD=65.00;ReadPosRankSum=1.435;SB=-6.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,29:51:71:3315,71,0 chrXII 932631 . C CT 1109.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.460;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=102.5110;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.33;MQ0=0;MQRankSum=0.106;QD=21.76;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.813;SB=-5.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,49:51:99:1152,127,0 chrXII 933763 . CT C 2879.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.212;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=217.5908;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.533;QD=18.95;RPA=8,7;RU=T;ReadPosRankSum=-0.511;SB=-2.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,143:152:99:2922,388,0 chrXII 934212 . TA T 1280.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=277.9477;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.60;MQ0=0;QD=27.85;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,44:46:99:1323,132,0 chrXII 934270 . ATT A 3200.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=187.3507;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.45;MQ0=0;QD=40.01;RPA=3,1;RU=T;SB=-1.258e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,77:80:99:3243,235,0 chrXII 934342 . C CA 3536 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=198.3675;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.31;MQ0=0;QD=23.26;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.724e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,138:152:99:3536,408,0 chrXII 937372 . TA T 928.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.540;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=32.6893;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=1.236;QD=13.46;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.672;SB=-2.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,53:69:99:971,121,0 chrXII 941016 . AC A 1806.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=184.4999;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.79;MQ0=0;QD=29.14;SB=-5.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,60:62:99:1849,177,0 chrXII 941045 . TA T 415.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.707;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=200.0759;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.125;QD=9.24;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.291;SB=-2.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,34:45:44:458,44,0 chrXII 948003 . G GA 1994.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=143.9096;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.28;MQ0=0;QD=36.94;SB=-9.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,52:54:99:2037,157,0 chrXII 950305 . 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CTTT C 4859 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=186.7470;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.906;QD=39.83;RPA=6,3;RU=T;ReadPosRankSum=-1.001;SB=-2.420e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,118:122:99:4859,278,0 chrXII 975700 . G GT 2200.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=804.5201;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.55;MQ0=0;QD=24.73;RPA=3,4;RU=T;SB=-9.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,76:89:99:2243,228,0 chrXII 975970 . C CG 546.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=68.5557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.42;MQ0=0;QD=24.86;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,17:22:51:589,51,0 chrXII 981389 . ATG A 408.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=239.8397;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.51;MQ0=0;QD=34.08;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36:451,36,0 chrXII 981406 . CCA C 673.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=273.7858;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.16;MQ0=0;QD=42.12;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48:716,48,0 chrXII 981414 . A AG 568.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=284.2263;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.16;MQ0=0;QD=35.56;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48:611,48,0 chrXII 981544 . TC T 941.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.787;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=638.0773;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.21;MQ0=3;MQRankSum=2.411;QD=26.17;ReadPosRankSum=1.033;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,30:33:31:984,31,0 chrXII 981839 . AC A 1603.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=523.5289;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.41;MQ0=0;QD=20.56;SB=-4.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,72:78:99:1646,203,0 chrXII 1000203 . ACATTATTTTT A 14772 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=193;FS=0.000;HaplotypeScore=309.1961;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.48;MQ0=0;QD=76.54;RPA=2,1;RU=CATTATTTTT;SB=-4.437e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:58,135:193:99:14772,409,0 chrXII 1000245 . A AT 4351 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.806;DP=222;FS=0.000;HaplotypeScore=1539.6778;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.672;QD=19.60;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.050;SB=-1.641e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,182:222:99:4351,480,0 chrXII 1002214 . GAAA GA,G 892.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.689;DP=84;FS=1.846;HaplotypeScore=246.5113;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=52.38;MQ0=0;MQRankSum=1.836;QD=10.63;RPA=19,17,16;RU=A;ReadPosRankSum=-0.031;SB=-1.788e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:43,2,9:84:78:971,133,78,474,0,600 chrXII 1006047 . T TGAA 1757.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.414;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=260.9026;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.46;MQ0=0;MQRankSum=2.470;QD=22.54;ReadPosRankSum=3.393;SB=-4.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,49:78:99:1800,149,0 chrXII 1006331 . C CA 2168.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=609.5419;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.51;MQ0=0;QD=26.13;RPA=3,4;RU=A;SB=-6.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,76:83:99:2211,222,0 chrXII 1011527 . AAG A 2886.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=205.0186;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.29;MQ0=0;QD=36.09;RPA=2,1;RU=AG;SB=-1.176e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,79:80:99:2929,232,0 chrXII 1011600 . T TA 1575.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.853;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=198.9385;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.98;MQ0=0;MQRankSum=0.078;QD=21.01;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.112;SB=-3.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,64:75:99:1618,180,0 chrXII 1011933 . GC G 313.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.042;DP=28;FS=11.727;HaplotypeScore=162.0842;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.501;QD=11.18;ReadPosRankSum=2.636;SB=-7.213e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,20:28:18:355,18,0 chrXII 1011935 . TGC T 503.16 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.039;DP=29;FS=5.333;HaplotypeScore=169.7524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.213;QD=17.35;ReadPosRankSum=3.134;SB=-1.161e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,20:29:2:541,0,2 chrXII 1011952 . CTGT C 865.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=155.5882;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.83;MQ0=0;QD=28.87;RPA=6,5;RU=TGT;SB=-1.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,23:30:66:908,66,0 chrXII 1012226 . T TAC 945.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=40.4716;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.19;MQ0=0;QD=41.13;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,22:23:66:988,66,0 chrXII 1012321 . C CG 432.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=165.3177;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.59;MQ0=0;QD=22.79;RPA=2,3;RU=G;SB=-1.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,17:19:51:475,51,0 chrXII 1012324 . C CG 504.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=160.2942;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.38;MQ0=0;QD=26.58;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,17:19:54:547,54,0 chrXII 1012328 . A AGCC 915.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=125.1718;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.50;MQ0=0;QD=45.80;RPA=1,2;RU=GCC;SB=-4.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,18:20:57:958,57,0 chrXII 1013863 . AT A 2353.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=39.0187;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.70;MQ0=0;QD=23.54;SB=-9.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,65:100:99:2396,278,0 chrXII 1014199 . T TTG 1082.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.149;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=113.5781;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.040;QD=27.07;RPA=7,8;RU=TG;ReadPosRankSum=0.050;SB=-2.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,32:40:72:1125,72,0 chrXII 1014227 . GTC G 1368.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=118.9193;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.28;MQ0=0;QD=32.59;RPA=3,2;RU=TC;SB=-2.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,37:42:99:1411,108,0 chrXII 1014486 . T TAA 564.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=61.5049;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.87;MQ0=0;QD=20.92;RPA=5,7;RU=A;SB=-1.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,19:27:54:607,54,0 chrXII 1019116 . GAA G,GA 490.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.368;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=32.0122;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.469;QD=7.44;RPA=15,13,14;RU=A;ReadPosRankSum=0.102;SB=-1.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:15,13,0:66:99:569,291,513,155,0,123 chrXII 1026686 . CTT C 420.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.037;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=65.8559;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.818;QD=13.15;RPA=17,15;RU=T;ReadPosRankSum=1.364;SB=-5.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,13:32:52:463,52,0 chrXII 1028428 . A AT 1726.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=357.7075;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.32;MQ0=0;QD=18.98;RPA=8,9;RU=T;SB=-4.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,75:91:99:1769,216,0 chrXII 1028445 . CA C 1849.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=352.9348;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.92;MQ0=0;QD=20.33;RPA=5,4;RU=A;SB=-5.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,81:91:99:1892,231,0 chrXII 1028974 . C CT 2213.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=155.4279;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.11;MQ0=0;QD=24.60;RPA=4,5;RU=T;SB=-9.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:90:99:2256,246,0 chrXII 1030472 . A ATC 4641 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=38.0163;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.23;MQ0=0;QD=43.78;SB=-1.960e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,103:106:99:4641,292,0 chrXII 1038916 . TA T 3483 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;FS=0.000;HaplotypeScore=733.7046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.29;MQ0=0;QD=21.11;RPA=6,5;RU=A;SB=-8.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,153:165:99:3483,451,0 chrXII 1038946 . ATACTT A 8368 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=416.6568;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.71;MQ0=0;QD=61.08;SB=-1.945e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,106:137:99:8368,385,0 chrXII 1043537 . G GT 2123.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=179.7141;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.79;MQ0=0;QD=29.10;RPA=1,2;RU=T;SB=-7.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,70:73:99:2166,210,0 chrXII 1053323 . TAATC T 326.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=28.7326;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.65;MQ0=0;QD=36.33;RPA=2,1;RU=AATC;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,8:9:24:369,24,0 chrXII 1054794 . GC G 5572 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=193;FS=0.000;HaplotypeScore=67.0501;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.70;MQ0=0;QD=28.87;RPA=3,2;RU=C;SB=-1.229e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,189:193:99:5572,559,0 chrXII 1054954 . GA G 3723 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=412.7843;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.14;MQ0=0;QD=24.99;RPA=4,3;RU=A;SB=-9.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,144:149:99:3723,426,0 chrXII 1057102 . C CA 4664 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=196;FS=0.000;HaplotypeScore=688.5751;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.46;MQ0=0;QD=23.80;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.401e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,173:196:99:4664,504,0 chrXII 1059415 . T TATAG 5011 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=237.9274;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.65;MQ0=0;QD=45.55;RPA=1,2;RU=ATAG;SB=-2.127e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,101:103:99:5011,259,0 chrXII 1059690 . A AC 3635 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.986;DP=167;FS=1.354;HaplotypeScore=445.6621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.21;MQ0=2;MQRankSum=2.130;QD=21.77;ReadPosRankSum=0.721;SB=-1.473e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:64,91:160:99:3635,258,0 chrXII 1062370 . A AT 218.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.107;DP=21;FS=4.973;HaplotypeScore=95.8756;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.611;QD=10.39;ReadPosRankSum=-1.182;SB=-2.980e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,19:12:1:256,1,0 chrXII 1062467 . C CAG 592.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=236.4657;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.46;MQ0=4;QD=17.44;SB=-4.500e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,30:17:45:635,45,0 chrXII 1062550 . A ACT 1679.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.139;DP=77;FS=11.952;HaplotypeScore=800.7329;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.00;MQ0=0;MQRankSum=1.893;QD=21.82;ReadPosRankSum=3.129;SB=-8.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,56:54:99:1719,0,452 chrXII 1062589 . AT A 538.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.879;DP=107;FS=60.948;HaplotypeScore=890.0146;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.81;MQ0=3;MQRankSum=0.129;QD=5.04;ReadPosRankSum=-1.395;SB=-5.480e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,30:72:99:578,0,275 chrXII 1063605 . A AT 119.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.524;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=48.9274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=15.81;MQ0=22;MQRankSum=1.256;QD=2.26;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=-2.680;SB=-7.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,15:14:70:159,0,70 chrXII 1063771 . TG T 458.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.793;DP=28;FS=12.330;HaplotypeScore=401.5755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.41;MQ0=1;MQRankSum=0.731;QD=16.37;ReadPosRankSum=1.926;SB=-5.942e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,23:19:13:500,13,0 chrXII 1063931 . C CTA 262.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.393;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=347.0674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.67;MQ0=0;MQRankSum=1.044;QD=16.38;ReadPosRankSum=-1.741;SB=-1.505e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,11:10:17:301,0,17 chrXII 1063934 . ATT A 202 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.393;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=352.9989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.67;MQ0=0;MQRankSum=0.348;QD=12.62;ReadPosRankSum=-1.393;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,11:10:19:241,0,19 chrXII 1064362 . G GA 3869 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.375;DP=230;DS;FS=35.291;HaplotypeScore=1534.0268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.22;MQ0=11;MQRankSum=6.160;QD=16.82;ReadPosRankSum=-0.283;SB=-1.143e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,146:176:99:3869,0,516 chrXII 1064562 . TG T 469.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.887;DP=99;FS=9.294;HaplotypeScore=1346.3914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.95;MQ0=2;MQRankSum=-2.035;QD=4.75;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=-0.661;SB=-7.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,30:69:99:509,0,470 chrXII 1064580 . AG A 1531.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.400;DP=121;FS=1.955;HaplotypeScore=1738.7717;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.85;MQ0=2;MQRankSum=1.179;QD=12.66;ReadPosRankSum=0.205;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,70:92:99:1571,0,1160 chrXII 1064589 . ATGGAG A 3767 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.222;DP=117;FS=23.613;HaplotypeScore=1568.0690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.50;MQ0=1;MQRankSum=1.604;QD=32.20;RPA=2,1;RU=TGGAG;ReadPosRankSum=1.891;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,54:94:99:3767,0,890 chrXII 1064621 . G GT 1077.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.467;DP=103;FS=8.327;HaplotypeScore=1639.6881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.64;MQ0=2;MQRankSum=2.528;QD=10.47;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=-1.370;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,48:83:99:1117,0,625 chrXII 1064629 . G GA 1318.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.472;DP=85;FS=8.409;HaplotypeScore=1406.2392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.94;MQ0=2;MQRankSum=3.971;QD=15.52;ReadPosRankSum=-1.773;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,45:70:99:1358,0,669 chrXII 1064702 . GAT GGGTAT,G 811.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.351;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=391.6841;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=24.64;MQ0=0;MQRankSum=1.953;QD=20.30;ReadPosRankSum=0.250;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:16,0,7:25:99:890,255,339,513,0,488 chrXII 1064770 . TG T 865.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.827;DP=119;FS=20.288;HaplotypeScore=776.1651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.40;MQ0=6;MQRankSum=3.651;QD=7.28;RPA=3,2;RU=G;ReadPosRankSum=2.576;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,50:65:99:905,0,646 chrXII 1064816 . GA G 92.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.156;DP=71;FS=15.268;HaplotypeScore=713.7952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.61;MQ0=1;MQRankSum=1.455;QD=1.31;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=3.269;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,10:34:99:132,0,498 chrXII 1065026 . TTAG T 287.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.747;DP=10;FS=9.031;HaplotypeScore=57.2424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.05;MQ0=1;MQRankSum=0.747;QD=28.70;ReadPosRankSum=0.747;SB=-2.986e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:8:17:326,0,17 chrXII 1065038 . GT G 121.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.166;DP=13;FS=11.761;HaplotypeScore=65.3689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.22;MQ0=3;MQRankSum=1.386;QD=9.38;ReadPosRankSum=2.166;SB=4.202e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,6:10:42:161,0,42 chrXII 1065113 . GT G 82.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.135;DP=20;FS=6.892;HaplotypeScore=222.8164;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.55;MQ0=2;MQRankSum=1.309;QD=4.15;ReadPosRankSum=-0.529;SB=-6.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,6:17:99:122,0,112 chrXII 1065139 . G GT 941.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.562;DP=99;FS=1.904;HaplotypeScore=689.1064;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.11;MQ0=6;MQRankSum=1.971;QD=9.51;ReadPosRankSum=0.544;SB=-9.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,32:78:99:981,0,703 chrXII 1065150 . GGT G 907.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.909;DP=116;FS=1.311;HaplotypeScore=850.7109;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.37;MQ0=4;MQRankSum=-0.195;QD=7.83;RPA=3,2;RU=GT;ReadPosRankSum=1.331;SB=-8.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,33:97:99:947,0,693 chrXII 1065154 . T TGTGG 3338 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.212;DP=142;FS=2.467;HaplotypeScore=616.6822;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.72;MQ0=3;MQRankSum=0.348;QD=23.51;ReadPosRankSum=2.100;SB=-4.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,55:118:99:3338,0,416 chrXIII 8440 . C CA 1651.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=785.2772;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.11;MQ0=0;QD=28.00;RPA=4,5;RU=A;SB=-2.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:59:99:1694,174,0 chrXIII 8882 . T TA 2791.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=442.2145;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.18;MQ0=0;QD=34.05;SB=-9.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,80:82:99:2834,232,0 chrXIII 9133 . G GA 2034.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=228.9700;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.45;MQ0=0;QD=23.94;RPA=6,7;RU=A;SB=-6.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,83:85:99:2077,234,0 chrXIII 9226 . CA C 1334.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=188.1943;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;QD=19.63;RPA=6,5;RU=A;SB=-6.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,58:68:99:1377,162,0 chrXIII 9528 . AT A 842.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.308;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=332.0686;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.50;MQ0=0;MQRankSum=0.530;QD=13.82;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.662;SB=-3.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,42:61:99:885,122,0 chrXIII 10148 . TA T 1668.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=356.4156;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.45;MQ0=0;QD=18.75;RPA=8,7;RU=A;SB=-7.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,79:89:99:1711,218,0 chrXIII 13570 . T TTG 5324 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.335;DP=175;FS=7.076;HaplotypeScore=929.0354;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.16;MQ0=0;MQRankSum=1.750;QD=30.42;ReadPosRankSum=1.993;SB=-2.362e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,143:175:99:5324,482,0 chrXIII 13571 . CT C 3738 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.709;DP=172;FS=6.712;HaplotypeScore=1082.9453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.41;MQ0=0;MQRankSum=0.014;QD=21.73;ReadPosRankSum=3.583;SB=-1.593e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,143:172:99:3738,459,0 chrXIII 13785 . GTATGTATA G 11113 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=537.7833;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.52;MQ0=0;QD=94.18;SB=-2.716e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,114:118:99:11113,340,0 chrXIII 14504 . CT C 1742.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=304.9141;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.90;MQ0=0;QD=21.26;RPA=5,4;RU=T;SB=-3.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,73:82:99:1785,200,0 chrXIII 21841 . G GA 1910.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=24.8020;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.35;MQ0=0;QD=23.02;RPA=7,8;RU=A;SB=-5.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1953,228,0 chrXIII 23878 . A AGAGAG 7875 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=549.9316;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.41;MQ0=0;QD=65.63;RPA=1,2;RU=GAGAG;SB=-2.133e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,105:120:99:7875,355,0 chrXIII 24874 . AATT A 2063.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=11.5655;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.06;MQ0=0;QD=51.60;SB=-6.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:40:99:2106,111,0 chrXIII 26591 . CT C 195.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=68.3259;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.85;MQ0=0;QD=14.00;RPA=11,10;RU=T;SB=-8.494e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,12:14:33:238,33,0 chrXIII 26716 . AT A 16.08 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.187;DP=34;FS=4.771;HaplotypeScore=81.4302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=0.634;QD=0.47;RPA=17,16;RU=T;ReadPosRankSum=-0.187;SB=-1.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,6:34:55:55,0,195 chrXIII 26795 . G GAA 2302.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=347.8767;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.09;MQ0=0;QD=41.12;RPA=2,4;RU=A;SB=-1.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,53:56:99:2345,166,0 chrXIII 26816 . GACCCT G 3790 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=237.2974;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.65;MQ0=0;QD=63.17;RPA=2,1;RU=ACCCT;SB=-3.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,46:60:99:3790,172,0 chrXIII 33870 . C CT 3561 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=180.8493;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;QD=32.97;SB=-1.375e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,101:108:99:3561,289,0 chrXIII 34017 . TA T 343.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=35.2015;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=9.55;RPA=13,12;RU=A;SB=-1.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,18:36:59:386,59,0 chrXIII 41950 . GAAAA G,GAA 490.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.789;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=38.2490;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.60;MQ0=0;MQRankSum=1.581;QD=6.21;RPA=20,16,18;RU=A;ReadPosRankSum=2.981;SB=-1.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:45,6,0:79:72:569,329,726,126,0,72 chrXIII 43866 . CTT C 1921.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.427;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=152.5312;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.126;QD=21.12;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.728;SB=-8.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,61:91:99:1964,199,0 chrXIII 43908 . A AT,ATT 2082.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.549;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=237.5807;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.02;MQ0=0;MQRankSum=0.193;QD=19.84;RPA=12,13,14;RU=T;ReadPosRankSum=-0.163;SB=-6.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:57,12,31:105:87:2161,1154,962,258,0,87 chrXIII 44374 . TCAACAA T 3184.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=18.9424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.77;MQ0=0;QD=61.25;RPA=4,2;RU=CAA;SB=-1.241e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,48:52:99:3227,135,0 chrXIII 53771 . T TGAACTG 3087.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=33.8947;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.14;MQ0=0;QD=83.46;SB=-1.540e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,34:37:99:3130,108,0 chrXIII 54642 . C CT 481.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=9.5111;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.47;MQ0=0;QD=20.95;RPA=9,10;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,22:23:63:524,63,0 chrXIII 57572 . C CAT 929.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=21.9842;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.39;MQ0=0;QD=15.76;RPA=4,5;RU=AT;SB=-2.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,37:59:78:972,78,0 chrXIII 62439 . G GA 2054.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.477;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=114.1229;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.098;QD=16.84;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.431;SB=-5.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,98:122:99:2097,170,0 chrXIII 65927 . CTGTTGTTGT C 6299 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=31.3205;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.77;MQ0=1;QD=68.47;RPA=9,6;RU=TGT;SB=-3.107e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,70:91:99:6299,196,0 chrXIII 67691 . C CAT 3410 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;FS=0.000;HaplotypeScore=625.2822;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.83;MQ0=0;QD=20.79;RPA=3,4;RU=AT;SB=-1.516e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:76,88:164:99:3410,277,0 chrXIII 68092 . TG T 1243.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=412.5424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.78;MQ0=0;QD=25.39;RPA=5,4;RU=G;SB=-3.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,44:49:99:1286,126,0 chrXIII 70292 . A AC 480.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=8.2970;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.57;MQ0=0;QD=25.31;RPA=4,5;RU=C;SB=-1.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,17:19:51:523,51,0 chrXIII 77135 . T TA 2498.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=43.6306;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;QD=24.50;SB=-1.215e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,76:102:99:2541,219,0 chrXIII 86794 . T TA 907.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=89.9255;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.70;MQ0=0;QD=21.12;RPA=5,6;RU=A;SB=-2.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,39:43:99:950,108,0 chrXIII 86892 . GGA G 1821.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=21.4311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;QD=44.44;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:1864,123,0 chrXIII 94303 . A AT 654.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=65.9319;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.20;MQ0=0;QD=26.20;RPA=1,2;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,23:25:63:697,63,0 chrXIII 94308 . A AT 303.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.102;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=101.2298;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.735;QD=11.26;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=0.714;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,15:27:31:346,31,0 chrXIII 95588 . C CAA 1037.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.311;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=26.9046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.022;QD=20.35;RPA=12,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.755;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,35:51:82:1080,82,0 chrXIII 99274 . C CA 566.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.584;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=59.5253;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.440;QD=10.70;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.662;SB=-2.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,23:53:59:609,59,0 chrXIII 99599 . CATAT C 681.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=96.9230;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=18.43;RPA=9,7;RU=AT;SB=-3.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,17:37:42:724,42,0 chrXIII 103864 . GT G 4070 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=217;FS=0.000;HaplotypeScore=82.6931;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;QD=18.76;RPA=10,9;RU=T;SB=-2.022e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,200:217:99:4070,553,0 chrXIII 108637 . CA C 3053.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.694;DP=185;DS;FS=2.070;HaplotypeScore=72.9895;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.02;MQ0=0;MQRankSum=0.683;QD=16.51;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.717;SB=-1.533e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,156:185:99:3096,363,0 chrXIII 110970 . A AAAACAATCAGGC 7731 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=27.6388;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.97;MQ0=2;QD=90.95;SB=-3.189e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,42:82:99:7731,201,0 chrXIII 111799 . CA C 1788.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=96.9339;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;QD=18.44;RPA=10,9;RU=A;SB=-8.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,91:97:99:1831,248,0 chrXIII 119887 . C CTT 1546.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=64.9128;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.06;MQ0=1;QD=30.94;RPA=7,9;RU=T;SB=-5.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,43:49:99:1589,132,0 chrXIII 120618 . T TCTTCTTCTTCTA 10083 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.595;DP=144;FS=3.043;HaplotypeScore=81.1057;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.011;QD=70.02;ReadPosRankSum=1.699;SB=-4.730e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,110:144:99:10083,338,0 chrXIII 122395 . A AT 1896.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=204.3171;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.35;MQ0=0;QD=27.90;RPA=1,2;RU=T;SB=-9.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,63:68:99:1939,180,0 chrXIII 122778 . C CGTTCCTGTTCTTATT 12237 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=62.5125;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.62;MQ0=0;QD=128.81;SB=-5.092e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,60:95:99:12237,259,0 chrXIII 122959 . GACACTTTTTTGCTTA G 3871 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=44.7742;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.16;MQ0=0;QD=110.60;SB=-7.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,21:35:96:3871,96,0 chrXIII 133261 . CA C 702.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=37.1825;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.30;MQ0=0;QD=30.56;RPA=2,1;RU=A;SB=-3.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:66:745,66,0 chrXIII 135265 . GAT G 1741.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=389.4954;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.31;MQ0=0;QD=19.79;RPA=6,5;RU=AT;SB=-8.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,69:88:99:1784,159,0 chrXIII 141600 . GT G 3136.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=646.5975;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.94;MQ0=0;QD=25.30;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.281e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,121:124:99:3179,336,0 chrXIII 141812 . GC G 1759.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=30.8140;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.23;MQ0=0;QD=27.94;RPA=4,3;RU=C;SB=-2.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,61:63:99:1802,174,0 chrXIII 141967 . C CA 2805.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=79.7674;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.67;MQ0=0;QD=28.06;RPA=3,4;RU=A;SB=-9.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,99:100:99:2848,285,0 chrXIII 143058 . GGAAGAA G,GGAAGACGAAGAA 3060.94 SnpCluster AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=263.3682;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.58;MQ0=0;QD=42.51;SB=-1.304e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:37,30,0:72:99:3139,1537,2447,358,0,196 chrXIII 143063 . AAGAAGA ACGAGAAGA,A 1796.94 SnpCluster AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.718;DP=72;FS=5.109;HaplotypeScore=368.5762;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=52.50;MQ0=0;MQRankSum=1.311;QD=24.96;ReadPosRankSum=3.876;SB=-6.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:48,0,0:72:99:1875,1519,1893,279,0,1266 chrXIII 143064 . A AAGAAGAAGAC 2975.16 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.755;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=296.6397;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.76;MQ0=0;MQRankSum=-3.671;QD=45.08;ReadPosRankSum=3.671;SB=-1.399e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,18:66:2:3013,0,2 chrXIII 146087 . TCCATACA T 5305 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.534;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=461.3507;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.049;QD=50.52;RPA=3,2;RU=CCATACA;ReadPosRankSum=0.693;SB=-1.707e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,72:105:99:5305,125,0 chrXIII 148703 . GC G 2845.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=165.0905;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=35.14;SB=-1.237e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2888,235,0 chrXIII 158396 . TAAA T 134.48 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.793;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=29.8202;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.380;QD=3.54;RPA=24,21;RU=A;ReadPosRankSum=2.793;SB=-3.655e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,11:38:6:173,0,6 chrXIII 158979 . C CT 1991.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.530;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=563.2929;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.587;QD=20.12;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.332;SB=-6.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,82:99:99:2034,210,0 chrXIII 159085 . GT G 1343.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=463.9889;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.85;MQ0=0;QD=16.80;RPA=9,8;RU=T;SB=-5.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,60:80:99:1386,182,0 chrXIII 162119 . AT A 3366 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=37.6771;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.05;MQ0=0;QD=25.50;RPA=4,3;RU=T;SB=-9.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,127:132:99:3366,357,0 chrXIII 163391 . G GA 1775.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=204.2124;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=20.65;RPA=8,9;RU=A;SB=-6.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,70:86:99:1818,213,0 chrXIII 163441 . AT A 2082.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=288.8470;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.82;MQ0=0;QD=21.04;RPA=7,6;RU=T;SB=-8.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,92:99:99:2125,263,0 chrXIII 164392 . G GT 323.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.595;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=41.6425;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=63.23;MQ0=0;MQRankSum=1.456;QD=6.75;RPA=25,26;RU=T;ReadPosRankSum=-0.763;SB=-4.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,24:48:61:366,61,0 chrXIII 165375 . TTCTC T 2617.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=209.7517;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.67;MQ0=0;QD=46.75;RPA=7,5;RU=TC;SB=-1.154e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,48:56:99:2660,144,0 chrXIII 165400 . AATAT A 2101.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=281.9247;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.62;MQ0=0;QD=36.24;RPA=4,2;RU=AT;SB=-7.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,44:58:99:2144,129,0 chrXIII 167530 . G GC 1203.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=16.9303;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;QD=30.87;RPA=1,2;RU=C;SB=-4.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,36:39:99:1246,108,0 chrXIII 167844 . CT C 3085.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=44.5930;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.92;MQ0=0;QD=23.38;RPA=5,4;RU=T;SB=-8.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,128:132:99:3128,357,0 chrXIII 167952 . T TA 2337.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=281.7144;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.06;MQ0=0;QD=35.42;SB=-8.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,62:66:99:2380,190,0 chrXIII 168067 . A AT 2339.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=635.4606;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.38;MQ0=0;QD=24.37;RPA=5,6;RU=T;SB=-5.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,85:96:99:2382,255,0 chrXIII 168345 . T TTA 152.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=27.1874;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.24;MQ0=0;QD=3.38;RPA=1,2;RU=TA;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,15:45:18:194,18,0 chrXIII 168548 . A AG 204.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=171.9072;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=15.05;MQ0=19;QD=7.85;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,6:7:21:246,21,0 chrXIII 169103 . A AT 3213.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=127.0923;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;QD=19.96;RPA=8,9;RU=T;SB=-3.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,136:161:99:3256,391,0 chrXIII 169479 . ATTG A 4441 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=216;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=264.8498;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=63.75;MQ0=0;QD=20.56;RPA=7,6;RU=TTG;SB=-1.476e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:68,146:216:99:4441,393,0 chrXIII 169808 . GA G 1542.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=20.0076;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.93;MQ0=0;QD=22.36;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,68:69:99:1585,186,0 chrXIII 175882 . TA T 3029.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.793;DP=172;FS=10.466;HaplotypeScore=1183.3346;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.120;QD=17.62;ReadPosRankSum=2.778;SB=-1.279e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,134:172:99:3072,391,0 chrXIII 175885 . TTC T 4092 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=5.685;DP=184;FS=4.318;HaplotypeScore=1248.7219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.156;QD=22.24;ReadPosRankSum=3.599;SB=-1.585e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:50,134:184:99:4092,370,0 chrXIII 175912 . G GTCTTCT 10230 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=197;FS=0.000;HaplotypeScore=883.7140;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.56;MQ0=0;QD=51.93;RPA=7,9;RU=TCT;SB=-4.984e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:49,139:197:99:10230,444,0 chrXIII 178325 . T TA 1337.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=37.5504;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.12;MQ0=0;QD=19.39;RPA=6,7;RU=A;SB=-5.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,57:69:99:1380,153,0 chrXIII 183702 . AT A 451.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=90.8790;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=25.11;RPA=3,2;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:48:494,48,0 chrXIII 183720 . G GA 540.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=111.7227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.48;MQ0=0;QD=24.59;RPA=3,4;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,20:22:57:583,57,0 chrXIII 184027 . A ATTT 2653.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=229.4839;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.80;MQ0=0;QD=47.39;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,46:56:99:2696,147,0 chrXIII 184078 . GC G 2309.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=363.7837;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.88;MQ0=0;QD=34.48;SB=-9.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,62:67:99:2352,193,0 chrXIII 192469 . C CT 141.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.157;DP=31;FS=5.119;HaplotypeScore=268.8418;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.231;QD=4.58;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-2.700;SB=4.550e-03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,11:31:44:181,0,44 chrXIII 195892 . T TAAG 7810 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=170;FS=0.000;HaplotypeScore=504.0976;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.12;MQ0=0;QD=45.94;SB=-2.829e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,154:168:99:7810,448,0 chrXIII 196231 . CTACAA C 7577 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=42.0897;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.74;MQ0=0;QD=62.62;SB=-2.623e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,108:121:99:7577,328,0 chrXIII 201934 . C CTA 861.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=562.2559;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=45.37;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57:904,57,0 chrXIII 206412 . TGTGC T 6238 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=377.6856;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.19;MQ0=0;QD=57.23;SB=-6.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:109:99:6238,295,0 chrXIII 208862 . A AT 662.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=13.1771;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=21.39;RPA=8,9;RU=T;SB=-1.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,28:31:81:705,81,0 chrXIII 209069 . CTT C 256.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=40.6914;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.89;MQ0=0;QD=10.71;RPA=14,12;RU=T;SB=-8.294e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,17:24:30:299,30,0 chrXIII 209181 . GA G 819.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=179.6171;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.80;MQ0=0;QD=19.07;RPA=6,5;RU=A;SB=-2.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,34:43:99:862,102,0 chrXIII 209199 . AC A 1046.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=227.1535;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.84;MQ0=0;QD=25.54;RPA=5,4;RU=C;SB=-2.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,36:41:99:1089,111,0 chrXIII 209248 . GAT G 1284.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=273.6003;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.77;MQ0=0;QD=26.77;RPA=5,4;RU=AT;SB=-2.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,39:48:99:1327,108,0 chrXIII 209870 . AATG A 2304.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=149.7694;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.77;MQ0=0;QD=18.74;RPA=11,10;RU=ATG;SB=-9.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:57,66:123:99:2347,174,0 chrXIII 216270 . C CA 2177.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=311.7271;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=25.62;RPA=5,6;RU=A;SB=-9.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,75:85:99:2220,240,0 chrXIII 216368 . T TG 2580.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=149.1808;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.80;MQ0=0;QD=32.26;RPA=1,2;RU=G;SB=-8.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,77:80:99:2623,223,0 chrXIII 221252 . TTA T 1337.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=24.1626;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.15;MQ0=0;QD=16.52;RPA=6,5;RU=TA;SB=-3.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,44:80:99:1380,123,0 chrXIII 224327 . A AT 3918 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=786.2230;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.18;MQ0=0;QD=30.14;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.329e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,127:130:99:3918,373,0 chrXIII 236652 . CTT C 2501.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.571;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=44.5113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.76;MQ0=0;MQRankSum=1.168;QD=24.29;RPA=12,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.564;SB=-9.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,84:103:99:2544,254,0 chrXIII 238303 . TACA T 1469.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=34.5947;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;QD=35.00;RPA=7,6;RU=ACA;SB=-4.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,39:42:99:1512,102,0 chrXIII 241854 . C CTT 363.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=28.0534;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;QD=15.82;RPA=13,15;RU=T;SB=-1.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,13:23:44:406,44,0 chrXIII 247502 . TTA T 736.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=110.7101;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.44;MQ0=0;QD=14.17;RPA=6,5;RU=TA;SB=-2.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,30:52:69:779,69,0 chrXIII 261649 . CA C 2728.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=34.3893;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.91;MQ0=0;QD=32.11;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.333e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:2771,247,0 chrXIII 262725 . CA C 1179.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=152.4016;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.74;MQ0=0;QD=21.07;RPA=8,7;RU=A;SB=-3.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,52:56:99:1222,155,0 chrXIII 263068 . A AAT 2776.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=158.6874;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;QD=41.45;SB=-1.227e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:67:99:2819,193,0 chrXIII 264337 . A AT 3477 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=45.8330;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.79;MQ0=0;QD=27.38;SB=-1.667e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,95:127:99:3477,292,0 chrXIII 267972 . GTTAAATAAAGCGA G 1726.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=64.3670;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.07;MQ0=0;QD=95.94;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,12:18:36:1769,36,0 chrXIII 268048 . CA C 176.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=78.2520;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.07;MQ0=0;QD=14.67;RPA=4,3;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,8:12:21:218,21,0 chrXIII 268058 . A AT 100.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=23.5129;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.14;MQ0=0;QD=14.32;RPA=5,6;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,5:7:15:142,15,0 chrXIII 268170 . A AT 608.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=110.8123;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.62;MQ0=0;QD=21.75;RPA=5,6;RU=T;SB=-5.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,24:28:72:651,72,0 chrXIII 272762 . GT G 2861.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=43.8072;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.08;MQ0=0;QD=23.65;RPA=5,4;RU=T;SB=-9.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,115:121:99:2904,327,0 chrXIII 275577 . C CT 2904.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=117.4278;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.78;MQ0=0;QD=28.48;RPA=2,3;RU=T;SB=-6.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,101:102:99:2947,280,0 chrXIII 277274 . TA T 3039.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=171;FS=0.000;HaplotypeScore=334.9072;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.73;MQ0=0;QD=17.78;RPA=8,7;RU=A;SB=-4.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,156:171:99:3082,403,0 chrXIII 287260 . G GA 875.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=15.2121;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.26;MQ0=0;QD=23.67;RPA=5,6;RU=A;SB=-3.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,33:37:99:918,99,0 chrXIII 287916 . A AC 951.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=199.2072;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.26;MQ0=0;QD=25.73;RPA=5,6;RU=C;SB=-4.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,36:37:99:994,102,0 chrXIII 289726 . C CTT 6247 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=418.6370;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.24;MQ0=0;QD=41.65;RPA=1,3;RU=T;SB=-3.014e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,138:150:99:6247,427,0 chrXIII 289729 . A AT 3608 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=674.2952;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=25.06;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.707e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,136:144:99:3608,414,0 chrXIII 297002 . AT A 1116.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=79.9408;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=18.02;RPA=9,8;RU=T;SB=-2.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,55:62:99:1159,155,0 chrXIII 297065 . T TG 3076.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=84.8559;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=34.19;SB=-6.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,84:90:99:3119,247,0 chrXIII 300587 . T TA 2842.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=25.8346;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.52;MQ0=0;QD=34.25;SB=-1.270e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2885,232,0 chrXIII 305187 . CTTT C 4309 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=236.8251;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.13;MQ0=0;QD=43.09;RPA=7,4;RU=T;SB=-8.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,90:100:99:4309,265,0 chrXIII 307305 . C CAT 1195.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=25.5972;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.09;MQ0=0;QD=30.67;RPA=1,2;RU=AT;SB=-6.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,36:39:96:1238,96,0 chrXIII 309395 . TA T 3214.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.098;DP=202;FS=2.070;HaplotypeScore=70.3459;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.870;QD=15.92;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.060;SB=-1.573e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,163:202:99:3257,386,0 chrXIII 312171 . G GA 1927.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=146.6450;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.22;MQ0=0;QD=21.66;RPA=3,4;RU=A;SB=-6.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,77:89:99:1970,201,0 chrXIII 312248 . G GT 1824.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.624;DP=90;FS=2.943;HaplotypeScore=408.5959;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.681;QD=20.28;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.272;SB=-8.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,71:90:99:1867,184,0 chrXIII 321140 . T TA 1725.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=30.3480;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.52;MQ0=0;QD=19.84;RPA=6,7;RU=A;SB=-3.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,75:87:99:1768,195,0 chrXIII 321328 . CATATATATATAT C 16962 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=214;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=190.3604;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.08;MQ0=0;QD=79.26;RPA=11,5;RU=AT;SB=-7.761e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:75,137:213:99:16962,400,0 chrXIII 323216 . CA C 1749.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.623;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=78.9635;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.06;MQ0=0;MQRankSum=0.123;QD=12.87;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=3.229;SB=-6.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,99:136:99:1792,236,0 chrXIII 331971 . T TA 574.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.301;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=46.1291;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.645;QD=17.97;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.420;SB=-5.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,26:32:43:617,43,0 chrXIII 332031 . C CAA 981.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=45.5364;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.55;MQ0=0;QD=29.76;RPA=8,10;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,26:33:93:1024,93,0 chrXIII 337486 . AG A 1282.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.180;DP=56;FS=11.311;HaplotypeScore=206.5814;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.94;MQ0=0;MQRankSum=0.701;QD=22.91;ReadPosRankSum=0.460;SB=-5.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,30:56:99:1325,119,0 chrXIII 339298 . G GT 3012.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=176.1544;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=33.11;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.350e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,87:91:99:3055,262,0 chrXIII 340845 . T TA 2072.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=196.7816;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;QD=20.94;RPA=5,6;RU=A;SB=-4.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,91:99:99:2115,231,0 chrXIII 341683 . C CT 3328 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=274.4783;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.12;MQ0=0;QD=30.53;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.024e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,107:109:99:3328,316,0 chrXIII 342609 . GCTATGCAAAACT G 5367 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=67.4374;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.52;MQ0=0;QD=101.26;SB=-1.464e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,51:53:99:5367,138,0 chrXIII 343657 . GA G 2464.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=32.3516;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.16;MQ0=0;QD=22.01;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.063e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,107:112:99:2507,300,0 chrXIII 343937 . AC A 1225.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=22.4038;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.13;MQ0=0;QD=24.52;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:50:99:1268,108,0 chrXIII 344093 . G GATAT 3090.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=264.5313;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=39.13;RPA=5,7;RU=AT;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,66:79:99:3133,172,0 chrXIII 344221 . A AT 1046.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=39.2896;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=21.81;RPA=5,6;RU=T;SB=-8.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,43:48:99:1089,123,0 chrXIII 348566 . CT C 111.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.606;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=58.3475;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.42;MQ0=0;MQRankSum=1.944;QD=5.29;RPA=15,14;RU=T;ReadPosRankSum=1.775;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,11:21:18:153,18,0 chrXIII 352374 . AT A 649.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=14.1754;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;QD=14.13;RPA=9,8;RU=T;SB=-2.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,37:46:92:692,92,0 chrXIII 353678 . ATT A 848.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=17.6266;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.97;MQ0=0;QD=20.21;RPA=14,12;RU=T;SB=-1.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,31:42:87:891,87,0 chrXIII 354554 . G GCAA 1808.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.213;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=37.9914;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.511;QD=24.78;RPA=6,7;RU=CAA;ReadPosRankSum=0.383;SB=-3.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,45:73:49:1851,49,0 chrXIII 354852 . G GC 1546.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=65.5155;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=24.95;RPA=3,4;RU=C;SB=-3.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,57:62:99:1589,159,0 chrXIII 354901 . C CT 731.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.403;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=104.5221;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.427;QD=16.27;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.208;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,31:45:58:774,58,0 chrXIII 355602 . CGAA C 2171.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=205.3015;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.52;MQ0=0;QD=32.42;RPA=4,3;RU=GAA;SB=-4.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,61:67:99:2214,150,0 chrXIII 363140 . CT C 1962.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=47.7578;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.93;MQ0=0;QD=18.01;RPA=9,8;RU=T;SB=-5.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,92:108:99:2005,266,0 chrXIII 367523 . GAATGTAAAC G 8318 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=457.1161;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.66;MQ0=0;QD=82.36;SB=-2.419e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,84:101:99:8318,238,0 chrXIII 367941 . CA C 3341 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=520.3379;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.97;MQ0=0;QD=35.54;SB=-8.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,92:94:99:3341,271,0 chrXIII 368014 . CT C 4295 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=484.7023;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.80;MQ0=0;QD=32.54;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.948e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,127:132:99:4295,379,0 chrXIII 371006 . CT C 1420.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=144.0320;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.37;MQ0=0;QD=17.76;RPA=11,10;RU=T;SB=-3.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,67:80:99:1463,205,0 chrXIII 371410 . G GA 2883.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=434.7767;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.01;MQ0=0;QD=22.89;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.090e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,109:126:99:2926,321,0 chrXIII 371798 . AT A 2663.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=697.9537;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.35;MQ0=0;QD=18.12;RPA=8,7;RU=T;SB=-9.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,130:147:99:2706,345,0 chrXIII 372555 . ACTAATAAATCTT A 4987 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=115.5585;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.80;MQ0=0;QD=71.24;RPA=2,1;RU=CTAATAAATCTT;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,43:70:99:4987,126,0 chrXIII 380311 . GAAA G 2650.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.683;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=199.8299;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.12;MQ0=0;MQRankSum=0.396;QD=35.82;RPA=14,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.891;SB=-6.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,65:74:99:2693,188,0 chrXIII 386028 . AT A 4332 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=200;FS=0.000;HaplotypeScore=60.9339;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.20;MQ0=0;QD=21.66;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.412e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,195:200:99:4332,573,0 chrXIII 388684 . TTATATATATATATATA T 4700 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=30.2420;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.86;MQ0=0;QD=58.02;RPA=14,6;RU=TA;SB=-7.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:55,25:81:99:4700,108,0 chrXIII 392683 . AG A 4549 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=50.1476;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.18;MQ0=0;QD=31.59;SB=-1.508e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,140:144:99:4549,400,0 chrXIII 394880 . AC A 3066.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.629;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=401.9513;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.04;MQ0=0;MQRankSum=1.218;QD=26.44;ReadPosRankSum=-0.154;SB=-1.117e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,95:116:99:3109,300,0 chrXIII 396553 . G GA 2008.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=150.5693;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=25.11;RPA=5,6;RU=A;SB=-5.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,78:80:99:2051,219,0 chrXIII 399471 . TA T 1528.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=275.4500;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.61;MQ0=0;QD=16.27;RPA=8,7;RU=A;SB=-4.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,76:94:99:1571,206,0 chrXIII 406257 . TAA T 1894.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.289;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=299.8584;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.864;QD=22.56;RPA=12,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.712;SB=-6.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,66:84:99:1937,185,0 chrXIII 409001 . CA C 1784.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.759;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=60.9413;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.487;QD=16.38;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.058;SB=-6.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,91:109:99:1827,239,0 chrXIII 409194 . GACAACAGCATCAACA G 6334 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=33.4826;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.97;MQ0=0;QD=65.98;RPA=2,1;RU=ACAACAGCATCAACA;SB=-1.940e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,65:96:99:6334,192,0 chrXIII 409588 . C CAATAATAATAAT 558.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=18.8671;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.71;MQ0=0;QD=9.81;RPA=5,9;RU=AAT;SB=-4.799e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,17:57:30:601,30,0 chrXIII 410428 . CAAT C 6503 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=228;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=602.9153;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.21;MQ0=0;QD=28.52;RPA=5,4;RU=AAT;SB=-3.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:64,162:228:99:6503,463,0 chrXIII 411264 . A ATT 3917 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=40.0186;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.91;MQ0=0;QD=39.17;RPA=2,4;RU=T;SB=-1.342e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,97:100:99:3917,286,0 chrXIII 411379 . CTTT C 1349.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=181.2686;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.08;MQ0=0;QD=18.24;RPA=12,9;RU=T;SB=-5.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,29:74:99:1392,110,0 chrXIII 411461 . GT G 807.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.772;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=55.3115;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.188;QD=11.88;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.063;SB=-2.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,48:68:71:850,71,0 chrXIII 420077 . AT A 2009.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=258.6319;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.95;MQ0=0;QD=29.56;RPA=2,1;RU=T;SB=-7.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,65:68:99:2052,192,0 chrXIII 420582 . T TA 1264.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=161.6729;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.81;MQ0=0;QD=21.44;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,51:59:99:1307,141,0 chrXIII 420789 . CTT C 3785 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=556.5054;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.89;MQ0=0;QD=32.35;RPA=6,4;RU=T;SB=-6.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,110:116:99:3785,319,0 chrXIII 421112 . TC T 145.05 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.747;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=29.3910;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.22;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=18.13;ReadPosRankSum=-0.747;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,7:8:20:187,20,0 chrXIII 421308 . C CT 914.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=185.6204;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.72;MQ0=0;QD=24.73;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,36:37:99:957,108,0 chrXIII 424855 . CAT C 8512 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=207;FS=0.000;HaplotypeScore=250.6707;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.95;MQ0=0;QD=41.12;SB=-1.338e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,200:207:99:8512,598,0 chrXIII 426076 . AT A 1096.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=26.3875;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.20;MQ0=0;QD=16.13;RPA=9,8;RU=T;SB=-2.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,52:68:99:1139,152,0 chrXIII 426224 . A AT 767.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.380;DP=54;FS=3.468;HaplotypeScore=159.8899;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.479;QD=14.22;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-1.056;SB=-3.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,27:54:97:810,97,0 chrXIII 431096 . 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CGTATCGATT C 8203 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=155.7710;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.13;MQ0=0;QD=65.62;RPA=2,1;RU=GTATCGATT;SB=-1.848e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,86:125:99:8203,259,0 chrXIII 434636 . AT A 2175.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.347;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=312.3433;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.627;QD=17.69;RPA=8,7;RU=T;ReadPosRankSum=0.577;SB=-6.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,98:123:99:2218,268,0 chrXIII 434658 . T TA 4040 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=272.8226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.73;MQ0=0;QD=26.06;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.277e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,145:155:99:4040,415,0 chrXIII 437397 . C CA 1609.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=43.6132;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.40;MQ0=0;QD=37.44;SB=-8.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:43:99:1652,126,0 chrXIII 442239 . CT C 1277.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.202;DP=94;FS=2.199;HaplotypeScore=44.8804;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.775;QD=13.60;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.030;SB=-4.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,73:94:99:1320,118,0 chrXIII 448902 . C CG 3004.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=579.8481;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.05;MQ0=0;QD=30.66;RPA=2,3;RU=G;SB=-1.192e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,94:98:99:3047,283,0 chrXIII 462693 . C CCTTTTT 1764.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=27.2998;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.49;MQ0=0;MQRankSum=1.313;QD=46.45;ReadPosRankSum=-1.733;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,28:38:95:1807,95,0 chrXIII 463236 . C CA 1320.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=408.2058;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.81;MQ0=0;QD=25.90;RPA=3,4;RU=A;SB=-4.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,45:51:99:1363,135,0 chrXIII 463381 . C CT 281.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=211.3308;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.63;MQ0=0;QD=17.62;RPA=1,2;RU=T;SB=-6.698e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,10:14:30:324,30,0 chrXIII 463403 . AC A 999.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=552.0165;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.70;MQ0=0;QD=25.64;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:37:90:1042,90,0 chrXIII 463488 . AC A 3916 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=318.3959;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.30;MQ0=0;QD=32.63;SB=-1.329e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:120:99:3916,316,0 chrXIII 463919 . A AT 812.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=12.0907;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.48;MQ0=0;QD=19.36;RPA=7,8;RU=T;SB=-7.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,39:42:99:855,99,0 chrXIII 466093 . C CT 2795.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.770;DP=129;FS=3.802;HaplotypeScore=42.4302;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.706;QD=21.67;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=-0.449;SB=-1.181e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,106:129:99:2838,300,0 chrXIII 468236 . CT C 702.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.381;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=134.6852;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.98;MQ0=0;MQRankSum=2.096;QD=18.02;RPA=7,6;RU=T;ReadPosRankSum=0.036;SB=-5.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,31:39:85:745,85,0 chrXIII 468258 . A AT 462.94 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.477;DP=44;FS=5.341;HaplotypeScore=169.0886;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=0.276;QD=10.52;RPA=14,15;RU=T;ReadPosRankSum=-0.728;SB=-2.034e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,25:44:3:501,0,3 chrXIII 472637 . GA G 479.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.600;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=20.5372;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=1.600;QD=12.31;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.600;SB=-2.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,29:39:73:522,73,0 chrXIII 475726 . G GAA 622.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.973;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=17.3777;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=0.973;QD=11.31;RPA=16,18;RU=A;ReadPosRankSum=-1.259;SB=-1.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,6:55:18:664,18,0 chrXIII 477648 . G GT 3512 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=175.7829;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.81;MQ0=0;QD=29.51;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.258e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,111:119:99:3512,334,0 chrXIII 480268 . CT C 780.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=45.1690;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=17.75;RPA=9,8;RU=T;SB=-4.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,41:44:99:823,110,0 chrXIII 481989 . C CA 3500 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=42.6370;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;QD=27.78;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.273e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,121:126:99:3500,349,0 chrXIII 482113 . GA G 1115.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=19.3740;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;QD=17.17;RPA=9,8;RU=A;SB=-5.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,54:65:99:1158,152,0 chrXIII 483743 . GAAA G,GAA 484.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.418;DP=88;FS=6.173;HaplotypeScore=108.0286;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.00;MQ0=0;MQRankSum=0.896;QD=5.51;RPA=23,20,22;RU=A;ReadPosRankSum=1.614;SB=-1.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:53,12,0:88:97:563,97,144,351,0,300 chrXIII 507326 . GT G 3944 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=183;FS=0.000;HaplotypeScore=536.6612;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.35;MQ0=0;QD=21.55;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.534e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,170:183:99:3944,495,0 chrXIII 507386 . G GTA 2225.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=443.1304;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.44;MQ0=0;QD=17.12;RPA=5,6;RU=TA;SB=-3.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:68,58:130:99:2268,189,0 chrXIII 511262 . GA G 3067.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=360.7876;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.85;MQ0=0;QD=35.67;SB=-8.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,83:86:99:3110,253,0 chrXIII 511310 . T TA 1547.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=180.2630;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.69;MQ0=0;QD=21.80;RPA=5,6;RU=A;SB=-4.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,60:71:99:1590,171,0 chrXIII 511585 . CT C 1769.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=193.8735;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=21.07;RPA=9,8;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,77:84:99:1812,230,0 chrXIII 512090 . T TG 1437.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=59.3535;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.94;MQ0=0;QD=32.68;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:44:99:1480,123,0 chrXIII 512552 . A AG 904.18 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.011;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=690.5582;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.962;QD=16.15;ReadPosRankSum=2.949;SB=-3.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,44:56:10:943,0,10 chrXIII 512555 . A ATTC 2063.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.784;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=573.0382;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.452;QD=39.69;ReadPosRankSum=1.404;SB=-8.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,41:52:99:2106,127,0 chrXIII 512572 . ATT A 1870.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=581.2184;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.50;MQ0=0;QD=28.78;RPA=10,8;RU=T;SB=-8.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,61:65:99:1913,177,0 chrXIII 514073 . AT A 830.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=147.9014;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.57;MQ0=0;QD=14.84;RPA=12,11;RU=T;SB=-1.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,39:56:99:873,128,0 chrXIII 514095 . C CT 1200.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=130.0815;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.14;MQ0=0;QD=17.41;RPA=8,9;RU=T;SB=-5.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,54:69:99:1243,150,0 chrXIII 514293 . A AT 423.48 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.047;DP=41;FS=4.384;HaplotypeScore=105.2013;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.60;MQ0=0;MQRankSum=0.242;QD=10.33;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=2.659;SB=-1.594e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,20:41:6:462,0,6 chrXIII 535671 . G GT 1302.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.883;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=103.4870;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.17;MQ0=0;MQRankSum=1.013;QD=21.02;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.294;SB=-1.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,51:62:99:1345,136,0 chrXIII 536190 . TA T 901.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=20.0631;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=18.41;RPA=9,8;RU=A;SB=-2.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,44:49:99:944,128,0 chrXIII 538627 . ACACACTCACTCACACATG A 7396 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=162.0816;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.16;MQ0=0;QD=113.78;SB=-2.619e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,63:65:99:7396,190,0 chrXIII 539498 . ACTG A 1156.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=59.0713;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.88;MQ0=0;QD=34.03;RPA=8,7;RU=CTG;SB=-4.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,27:34:84:1199,84,0 chrXIII 540509 . GC G 1717.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=152.0194;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.08;MQ0=0;QD=32.41;RPA=2,1;RU=C;SB=-2.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1760,153,0 chrXIII 540947 . T TA 1417.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=28.1574;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=23.63;RPA=4,5;RU=A;SB=-6.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,54:60:99:1460,153,0 chrXIII 541435 . T TAACAACAACAACAAC 21650 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=172;FS=0.000;HaplotypeScore=64.1849;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.18;MQ0=0;QD=125.87;RPA=3,8;RU=AAC;SB=-1.001e+04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,132:172:99:21650,451,0 chrXIII 545146 . G GATAA 7473 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=69.0124;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.04;MQ0=0;QD=56.61;SB=-2.927e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,120:132:99:7473,361,0 chrXIII 550889 . T TA 4839 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=179;FS=0.000;HaplotypeScore=314.8989;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=27.03;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.988e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,169:179:99:4839,457,0 chrXIII 552264 . ATCATATTCC A 6350 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=218.6755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.88;MQ0=0;QD=89.44;SB=-3.156e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,66:71:99:6350,181,0 chrXIII 552461 . G GA 4734 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.601;DP=168;FS=0.000;HaplotypeScore=398.6623;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.066;QD=28.18;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=-1.030;SB=-1.650e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,162:168:99:4734,467,0 chrXIII 552919 . AT A 2791.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=39.6170;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.86;MQ0=0;QD=22.70;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.120e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,115:123:99:2834,321,0 chrXIII 554567 . CT C 1554.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.866;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=241.0176;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.28;MQ0=0;MQRankSum=1.059;QD=19.44;RPA=8,7;RU=T;ReadPosRankSum=0.385;SB=-7.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,75:80:99:1597,188,0 chrXIII 558682 . CAA C 562.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.743;DP=29;FS=3.680;HaplotypeScore=36.2064;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.64;MQ0=0;MQRankSum=0.578;QD=19.41;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.239;SB=-2.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,25:29:56:605,56,0 chrXIII 559048 . TAA T 2346.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.899;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=117.6346;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.174;QD=22.79;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.217;SB=-6.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,88:103:99:2389,238,0 chrXIII 559980 . CT C 505.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.680;DP=42;FS=2.037;HaplotypeScore=27.7128;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.032;QD=12.04;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.485;SB=-2.705e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,29:42:11:547,11,0 chrXIII 562633 . A AAT 2455.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=302.2164;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.63;MQ0=0;QD=32.32;RPA=1,2;RU=AT;SB=-1.014e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,58:76:99:2498,184,0 chrXIII 562854 . A AT 3632 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=728.3005;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.60;MQ0=0;QD=26.13;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.595e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,112:139:99:3632,346,0 chrXIII 562891 . CT C 2072.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=675.7832;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.61;MQ0=0;QD=19.93;RPA=5,4;RU=T;SB=-5.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,80:104:99:2115,243,0 chrXIII 563042 . TA T 3006.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=2990.7778;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.12;MQ0=0;QD=27.34;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.399e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,104:110:99:3049,298,0 chrXIII 563074 . C CG 2950.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=2879.6640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.91;MQ0=0;QD=27.58;SB=-1.478e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,88:107:99:2993,309,0 chrXIII 571250 . CAA C 2150.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.140;DP=158;FS=5.311;HaplotypeScore=236.4525;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.824;QD=13.61;RPA=16,14;RU=A;ReadPosRankSum=1.414;SB=-2.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:75,58:157:99:2193,196,0 chrXIII 573265 . C CT 3495 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=886.8951;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.24;MQ0=0;QD=31.49;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.353e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,97:111:99:3495,313,0 chrXIII 586909 . AT A 848.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.652;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=17.4627;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.491;QD=16.65;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.491;SB=-2.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,45:51:99:891,112,0 chrXIII 587715 . G GTTGTTA 6193 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=716.4537;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.79;MQ0=1;QD=58.42;RPA=4,5;RU=TTGTTA;SB=-7.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,97:104:99:6193,302,0 chrXIII 588667 . TGTTGCG T 2167.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.892;DP=84;FS=5.027;HaplotypeScore=678.1589;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.25;MQ0=0;MQRankSum=2.803;QD=25.81;ReadPosRankSum=2.402;SB=-1.010e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,55:84:76:2210,76,0 chrXIII 601230 . AG A 3191.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=685.2856;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.56;MQ0=0;QD=25.95;RPA=7,6;RU=G;SB=-1.473e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,109:123:99:3234,342,0 chrXIII 601268 . G GA 2140.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.872;DP=141;FS=1.506;HaplotypeScore=842.7995;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.96;MQ0=0;MQRankSum=0.665;QD=15.18;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.214;SB=-8.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,95:141:99:2183,159,0 chrXIII 603551 . TA T 1274.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=80.8274;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.49;MQ0=0;QD=31.10;SB=-5.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:41:99:1317,108,0 chrXIII 605850 . GA G 688.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=82.3722;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.97;MQ0=0;QD=19.68;RPA=7,6;RU=A;SB=-3.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,33:35:90:731,90,0 chrXIII 608538 . GC G 2656.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=149.6643;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.62;MQ0=0;QD=24.83;RPA=6,5;RU=C;SB=-8.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,99:107:99:2699,279,0 chrXIII 609752 . GTTC G 2080.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.140;DP=178;DS;FS=0.726;HaplotypeScore=3690.3965;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.57;MQ0=1;MQRankSum=-0.039;QD=11.69;RPA=2,1;RU=TTC;ReadPosRankSum=3.419;SB=-4.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:113,59:173:99:2120,0,3719 chrXIII 609769 . AAGAG A 1585.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.599;DP=132;DS;FS=6.364;HaplotypeScore=2343.9189;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.16;MQ0=0;MQRankSum=-3.817;QD=12.01;ReadPosRankSum=3.346;SB=-4.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,35:131:99:1625,0,5389 chrXIII 611332 . T TGTTA 12997 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=247;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=539.1899;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.53;MQ0=0;QD=52.62;SB=-6.309e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,226:247:99:12997,659,0 chrXIII 618182 . C CA 1100.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.052;DP=79;FS=6.099;HaplotypeScore=108.9284;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.939;QD=13.94;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.620;SB=-1.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,40:79:94:1143,94,0 chrXIII 619398 . CA C 821.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=51.0898;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.28;MQ0=0;QD=21.63;RPA=6,5;RU=A;SB=-4.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,35:38:99:864,105,0 chrXIII 623305 . GA G 1202.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=16.6248;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.10;MQ0=0;QD=19.09;RPA=9,8;RU=A;SB=-4.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,60:63:99:1245,161,0 chrXIII 623396 . A AG 1036.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.445;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=93.1550;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.43;MQ0=0;MQRankSum=0.442;QD=28.03;ReadPosRankSum=2.799;SB=-4.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,30:37:91:1079,91,0 chrXIII 624079 . A AT 249.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.584;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=11.3836;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.86;MQ0=0;MQRankSum=0.265;QD=10.87;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.540;SB=-6.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,18:23:31:289,0,31 chrXIII 625420 . AAAGAAAAAAAGAAAAAAAG A 4714 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.585;DP=108;FS=3.485;HaplotypeScore=213.3811;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.81;MQ0=0;MQRankSum=0.517;QD=43.65;ReadPosRankSum=-0.719;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,85:107:99:4714,241,0 chrXIII 625633 . A ATT 868.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=27.0172;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.68;MQ0=0;QD=20.21;RPA=10,12;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,26:43:83:911,83,0 chrXIII 625915 . A AG 994.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=199.5091;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.16;MQ0=0;QD=31.09;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,29:32:87:1037,87,0 chrXIII 626754 . G GA 701.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.134;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=15.3779;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.65;MQ0=0;MQRankSum=1.061;QD=14.62;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.915;SB=-1.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,34:48:60:744,60,0 chrXIII 628843 . TAA T 841.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=68.7500;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.71;MQ0=0;QD=25.51;RPA=11,9;RU=A;SB=-5.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,32:33:87:884,87,0 chrXIII 632332 . G GA 2844.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=76.5735;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=24.96;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.156e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,108:114:99:2887,312,0 chrXIII 650999 . G GT 2032.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.574;DP=108;FS=6.692;HaplotypeScore=51.3263;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.406;QD=18.82;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.190;SB=-9.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,90:108:99:2075,231,0 chrXIII 652249 . CT C 1181.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=341.8508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.88;MQ0=0;MQRankSum=1.399;QD=17.38;RPA=7,6;RU=T;ReadPosRankSum=1.266;SB=-4.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,47:67:99:1224,149,0 chrXIII 652258 . GT G 1207.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=279.9566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.50;MQ0=0;QD=21.57;RPA=6,5;RU=T;SB=-4.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,52:55:99:1250,149,0 chrXIII 652533 . CT C 828.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.235;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=120.4028;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.92;MQ0=0;MQRankSum=-2.512;QD=6.79;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.903;SB=-2.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:62,53:122:80:871,80,0 chrXIII 652808 . GA G 2377.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.510;DP=124;FS=2.602;HaplotypeScore=185.7269;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=2.856;QD=19.18;RPA=7,6;RU=A;ReadPosRankSum=2.164;SB=-8.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,114:124:99:2420,251,0 chrXIII 652952 . A ACAGTAATATT 8768 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=228.2809;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.01;MQ0=0;QD=76.91;RPA=1,2;RU=CAGTAATATT;SB=-3.307e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,90:114:99:8768,253,0 chrXIII 654160 . TATA T 6286 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;FS=0.000;HaplotypeScore=53.1139;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.28;MQ0=0;QD=37.42;RPA=2,1;RU=ATA;SB=-1.913e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,142:168:99:6286,403,0 chrXIII 654916 . AATATATAT A 2521.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=193.9593;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.60;MQ0=0;QD=36.55;RPA=9,5;RU=AT;SB=-1.251e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,34:69:93:2564,93,0 chrXIII 661888 . A AT 1519.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=22.8613;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;QD=29.80;RPA=2,3;RU=T;SB=-6.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:51:99:1562,144,0 chrXIII 667202 . CAAAAA C 1782.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.648;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=40.0811;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.27;MQ0=0;MQRankSum=0.146;QD=34.29;RPA=17,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.317;SB=-6.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,36:52:55:1825,55,0 chrXIII 670410 . T TATC 4514 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=58.6000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.83;MQ0=0;QD=34.20;RPA=5,6;RU=ATC;SB=-2.018e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,106:132:99:4514,310,0 chrXIII 675387 . GT G 1199.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.362;DP=67;FS=5.328;HaplotypeScore=26.2849;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.831;QD=17.91;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=-1.001;SB=-1.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,59:67:99:1242,121,0 chrXIII 687366 . GT G 853.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.547;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=145.6802;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.975;QD=11.70;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.309;SB=-3.598e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,46:73:99:896,102,0 chrXIII 688905 . AT A 935.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=24.8084;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.77;MQ0=0;QD=17.66;RPA=11,10;RU=T;SB=-3.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,48:53:99:978,138,0 chrXIII 696641 . C CA 1751.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=36.0581;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.77;MQ0=0;QD=21.37;RPA=9,10;RU=A;SB=-3.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,74:82:99:1794,213,0 chrXIII 698428 . A AT 2705.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.985;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=113.2950;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=0.360;QD=23.74;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=2.032;SB=-2.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,107:114:99:2748,273,0 chrXIII 698679 . TAA T,TA 1051.37 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.602;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=40.4497;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.275;QD=16.96;RPA=17,15,16;RU=A;ReadPosRankSum=0.817;SB=-2.834e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:10,36,0:62:47:1129,124,47,699,0,586 chrXIII 703444 . ATTT A 2108.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=196.4354;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.43;MQ0=0;QD=46.87;RPA=5,2;RU=T;SB=-1.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:2151,126,0 chrXIII 703560 . CTTTCTGAAATACG C 3167.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=126.4458;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.31;MQ0=0;QD=126.72;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,22:25:66:3210,66,0 chrXIII 713795 . TA T 1361.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=340.7833;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.63;MQ0=0;QD=22.70;RPA=4,3;RU=A;SB=-3.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:60:99:1404,147,0 chrXIII 715519 . A AT 7429 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=233;FS=0.000;HaplotypeScore=193.2856;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=31.88;RPA=1,2;RU=T;SB=-3.369e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,232:233:99:7429,662,0 chrXIII 718367 . AT A 878.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=25.2388;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;QD=17.23;RPA=11,10;RU=T;SB=-2.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,44:51:99:921,130,0 chrXIII 732783 . C CA 4721 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;FS=0.000;HaplotypeScore=50.8995;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.88;MQ0=0;QD=28.10;RPA=4,5;RU=A;SB=-2.116e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,165:168:99:4721,490,0 chrXIII 739163 . G GC 2802.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=201.5467;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.28;MQ0=0;QD=33.77;RPA=1,2;RU=C;SB=-1.148e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,82:83:99:2845,244,0 chrXIII 739845 . CT C 2039.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=20.3615;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.28;MQ0=0;QD=32.38;RPA=2,1;RU=T;SB=-8.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,61:63:99:2082,178,0 chrXIII 749705 . GT G 1170.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=14.7141;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.52;RPA=4,3;RU=T;SB=-5.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,43:52:99:1213,126,0 chrXIII 751553 . CA C 2001.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.155;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=38.4638;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.089;QD=18.54;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.637;SB=-5.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,100:108:99:2044,239,0 chrXIII 752958 . AT A 182.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=28.3766;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=15.25;RPA=12,11;RU=T;SB=-3.999e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,11:12:33:225,33,0 chrXIII 756533 . CAT C 990.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=133.1852;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.10;MQ0=0;QD=24.77;RPA=4,3;RU=AT;SB=-4.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,32:40:87:1033,87,0 chrXIII 756613 . T TC 738.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=277.0088;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.45;MQ0=0;QD=28.42;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,22:26:69:781,69,0 chrXIII 756991 . A AT 49.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.077;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=83.5143;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.50;MQ0=0;MQRankSum=1.003;QD=2.50;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=-2.392;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,10:20:83:89,0,83 chrXIII 756996 . T TA 462.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=32.4492;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.54;MQ0=0;QD=19.29;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:45:505,45,0 chrXIII 758843 . T TA 3784 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=63.0553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.05;MQ0=0;QD=31.02;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.728e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,116:122:99:3784,328,0 chrXIII 759081 . C CG 632.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.975;DP=46;FS=2.694;HaplotypeScore=190.6783;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.250;QD=13.76;ReadPosRankSum=0.918;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,29:46:76:675,76,0 chrXIII 759082 . A AT 632.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.936;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=181.8136;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.09;MQ0=0;MQRankSum=1.771;QD=14.05;ReadPosRankSum=2.332;SB=-1.146e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,29:45:16:674,16,0 chrXIII 759285 . AG A 1450.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=174.5443;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.40;MQ0=0;QD=27.90;SB=-5.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,48:52:99:1493,147,0 chrXIII 759298 . TA T 1251.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=198.7198;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.89;MQ0=0;QD=26.64;RPA=3,2;RU=A;SB=-4.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,43:47:99:1294,120,0 chrXIII 759679 . C CT 1643.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=21.3423;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.79;MQ0=0;QD=25.29;RPA=3,4;RU=T;SB=-4.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:65:99:1686,168,0 chrXIII 762557 . CAA C 2742.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=39.4029;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.48;MQ0=1;QD=32.27;RPA=6,4;RU=A;SB=-1.075e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,78:84:99:2785,229,0 chrXIII 762728 . AC A 2765.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=392.4256;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.42;MQ0=0;QD=31.43;SB=-1.153e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:2808,232,0 chrXIII 762845 . AGGG A 3155.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=532.1250;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.44;MQ0=0;QD=49.31;SB=-1.129e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:64:99:3198,169,0 chrXIII 763192 . G GA 978.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=102.0547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;QD=24.47;RPA=6,7;RU=A;SB=-4.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,35:40:99:1021,114,0 chrXIII 763221 . G GA 1555.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=130.3441;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.77;MQ0=0;QD=28.81;RPA=2,3;RU=A;SB=-5.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,52:54:99:1598,150,0 chrXIII 768214 . G GA 2826.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=374.2860;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.83;MQ0=0;QD=31.41;SB=-1.220e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,84:90:99:2869,258,0 chrXIII 768315 . AT A 2619.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=346.4898;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.02;MQ0=0;QD=29.77;RPA=2,1;RU=T;SB=-6.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,83:88:99:2662,238,0 chrXIII 768605 . AT A 187.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=68.0212;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.46;MQ0=4;QD=18.71;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,6:6:18:229,18,0 chrXIII 768617 . GT G 160.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=70.7460;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.46;MQ0=4;QD=16.01;RPA=2,1;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,6:6:18:202,18,0 chrXIII 768621 . G GA 135.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=73.2365;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.46;MQ0=4;QD=13.51;RPA=2,3;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,6:6:18:177,18,0 chrXIII 769250 . CATGAT C 5245 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=565.0691;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.43;MQ0=0;QD=58.28;SB=-1.580e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,78:90:99:5245,232,0 chrXIII 769500 . TA T 1802.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=612.3146;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.74;MQ0=0;QD=17.01;RPA=7,6;RU=A;SB=-4.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,88:106:99:1845,228,0 chrXIII 769567 . A AT 2276.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=179.4180;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.12;MQ0=0;QD=26.79;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.083e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,76:85:99:2319,222,0 chrXIII 770561 . A AT 1401.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.310;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=634.1970;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.647;QD=12.63;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.416;SB=-2.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,71:111:99:1444,102,0 chrXIII 774028 . TC T 1283.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=90.8537;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.75;MQ0=0;QD=23.33;SB=-5.779e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,46:55:99:1325,158,0 chrXIII 774724 . CAA C 1452.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.880;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=470.5761;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.01;MQ0=0;MQRankSum=1.404;QD=21.06;RPA=12,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.832;SB=-5.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,55:69:99:1495,147,0 chrXIII 774965 . A AAG 1208.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=29.4419;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.52;MQ0=0;QD=34.54;RPA=2,3;RU=AG;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,29:35:96:1251,96,0 chrXIII 775114 . GAAA G 1904.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=30.3157;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.25;MQ0=0;QD=33.42;RPA=12,9;RU=A;SB=-8.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,54:57:99:1947,141,0 chrXIII 775274 . T TG 1054.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=56.2519;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.61;MQ0=0;QD=31.97;RPA=1,2;RU=G;SB=-7.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:33:93:1097,93,0 chrXIII 777598 . CT C 2743.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=283.0333;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.90;MQ0=0;QD=23.86;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.294e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,108:115:99:2786,297,0 chrXIII 777667 . GA G 3108.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=117.1036;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.61;MQ0=0;QD=22.69;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.139e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,127:137:99:3151,357,0 chrXIII 779300 . CTT C 1300.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.353;DP=82;FS=1.951;HaplotypeScore=59.4330;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.10;MQ0=0;MQRankSum=0.344;QD=15.87;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.702;SB=-5.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,46:82:86:1343,86,0 chrXIII 779631 . A ACTC 2336.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=62.1651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.94;MQ0=0;QD=37.69;RPA=3,4;RU=CTC;SB=-7.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,53:62:99:2379,159,0 chrXIII 782253 . G GA 2474.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=332.0706;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.85;MQ0=0;QD=26.61;RPA=3,4;RU=A;SB=-8.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,83:92:99:2517,249,0 chrXIII 784454 . G GA 2064.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=28.0097;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.64;MQ0=0;QD=25.18;RPA=4,5;RU=A;SB=-4.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,79:82:99:2107,219,0 chrXIII 789974 . G GAA 3335 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.102;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=234.6288;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.78;MQ0=0;MQRankSum=0.272;QD=30.05;RPA=8,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.543;SB=-1.042e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,94:111:99:3335,266,0 chrXIII 798261 . GT G 1000.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=13.3130;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.28;MQ0=0;QD=19.25;RPA=7,6;RU=T;SB=-4.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,48:52:99:1043,132,0 chrXIII 798468 . G GT 1924.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=469.4316;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.37;MQ0=0;QD=24.68;RPA=4,5;RU=T;SB=-5.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,70:78:99:1967,207,0 chrXIII 801574 . TTTG T 3008.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.647;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=96.5987;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.262;QD=32.35;ReadPosRankSum=0.107;SB=-4.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,71:93:99:3051,238,0 chrXIII 804926 . TAAG T 2691.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=338.9163;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.96;MQ0=0;QD=34.51;RPA=6,5;RU=AAG;SB=-1.092e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,66:78:99:2734,193,0 chrXIII 805223 . T TA 2193.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=442.0026;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.50;MQ0=0;QD=23.09;RPA=4,5;RU=A;SB=-7.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,81:95:99:2236,237,0 chrXIII 805306 . 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G GCAA 183.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.054;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=115.8487;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.59;MQ0=1;MQRankSum=2.054;QD=13.14;ReadPosRankSum=-0.573;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:10:59:223,0,59 chrXIII 808962 . GC G 1589.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=243.4575;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.37;MQ0=0;QD=24.09;RPA=2,1;RU=C;SB=-5.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,61:66:99:1632,177,0 chrXIII 810832 . G GA 2443.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.899;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=45.4982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=19.71;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.233;SB=-1.043e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,93:124:99:2486,288,0 chrXIII 811237 . GGTT G 1675.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=91.8358;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.26;MQ0=0;QD=29.40;RPA=9,8;RU=GTT;SB=-6.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,42:57:99:1718,129,0 chrXIII 811636 . 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GA G 268.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=12.0131;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.68;MQ0=0;QD=15.82;RPA=11,10;RU=A;SB=-1.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,14:17:44:311,44,0 chrXIII 852529 . T TGTC 3614 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=20.4442;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.13;MQ0=0;QD=48.19;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:74:99:3614,202,0 chrXIII 854422 . CT C 1668.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.565;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=193.3471;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.38;MQ0=0;MQRankSum=0.862;QD=15.17;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.232;SB=-1.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,76:110:99:1711,197,0 chrXIII 854478 . CTTT C 2891.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.690;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=240.5518;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.127;QD=27.03;RPA=14,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.479;SB=-7.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,79:107:99:2934,217,0 chrXIII 855378 . A AT 2956.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=32.0255;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.69;MQ0=0;QD=27.64;RPA=2,3;RU=T;SB=-6.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:2999,286,0 chrXIII 856903 . C CA 1481.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.227;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=41.6355;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=1.055;QD=15.44;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-1.399;SB=-7.156e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,68:96:75:1524,75,0 chrXIII 859174 . TTA T 439.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=30.9883;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.26;MQ0=0;QD=20.00;RPA=5,4;RU=TA;SB=-1.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,19:22:42:482,42,0 chrXIII 860894 . C CT 734.18 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.263;DP=59;FS=6.826;HaplotypeScore=49.1391;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.844;QD=12.44;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.844;SB=-1.871e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,33:59:10:773,0,10 chrXIII 861205 . C CA 192.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=36.6061;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.240;QD=6.20;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-1.488;SB=-8.634e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,6:31:19:234,19,0 chrXIII 865450 . CAT C 555.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=138.0298;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.18;MQ0=0;QD=12.09;RPA=8,7;RU=AT;SB=-1.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,19:46:54:598,54,0 chrXIII 874073 . CG C 2662.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=3480.2367;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.87;MQ0=1;QD=23.78;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,93:111:99:2705,281,0 chrXIII 874077 . G GA 2983.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=3293.6506;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.85;MQ0=1;QD=31.41;SB=-4.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,93:94:99:3026,282,0 chrXIII 874559 . CTTTTT C 1400.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.998;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=155.0763;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.60;MQ0=0;MQRankSum=0.473;QD=26.43;RPA=20,15;RU=T;ReadPosRankSum=0.788;SB=-6.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,18:53:78:1443,78,0 chrXIII 886520 . TAA T 1536.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=87.8699;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.91;MQ0=0;QD=25.20;RPA=11,9;RU=A;SB=-3.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,53:61:99:1579,153,0 chrXIII 886585 . CT C 1294.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=163.7029;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.29;MQ0=0;QD=26.98;RPA=5,4;RU=T;SB=-4.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,46:48:99:1337,144,0 chrXIII 886952 . A AT 2952.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=38.0650;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;QD=24.40;RPA=5,6;RU=T;SB=-8.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,113:121:99:2995,327,0 chrXIII 892733 . CTA C 527.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.15;MQ0=0;QD=26.40;RPA=5,4;RU=TA;SB=-2.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,17:20:48:570,48,0 chrXIII 898316 . G GA 1994.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.784;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=57.1522;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.05;MQ0=0;MQRankSum=0.784;QD=19.95;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.650;SB=-8.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,88:100:99:2037,229,0 chrXIII 899344 . TA T 2973.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=48.8216;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;QD=19.31;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.139e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,138:154:99:3016,389,0 chrXIII 901415 . GAAA G 4714 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=214.0443;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.94;MQ0=0;QD=33.20;RPA=11,8;RU=A;SB=-1.357e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,134:142:99:4714,346,0 chrXIII 904192 . GAT G 3675 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=46.5318;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.89;MQ0=0;QD=23.86;RPA=5,4;RU=AT;SB=-1.219e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,123:154:99:3675,313,0 chrXIII 909696 . TCAGTGCTCCTTCAACATC T 5508 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=26.5482;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.51;MQ0=0;QD=134.34;SB=-2.696e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,31:41:93:5508,93,0 chrXIII 914756 . AG A 1307.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=427.8275;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.62;MQ0=0;QD=24.68;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,50:53:99:1350,140,0 chrXIII 914814 . AT A 602.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.408;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=222.5065;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.56;MQ0=0;MQRankSum=1.408;QD=14.71;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.408;SB=-2.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,33:41:73:645,73,0 chrXIII 914827 . 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C CTCCG 6572 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=1004.2715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.53;MQ0=0;QD=63.81;SB=-6.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,97:103:99:6572,304,0 chrXIII 916082 . ATT A 2595.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=1177.5906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.76;MQ0=0;QD=30.19;RPA=7,5;RU=T;SB=-3.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,75:86:99:2638,223,0 chrXIII 916135 . G GGA 1325.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=601.6761;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.40;MQ0=0;QD=34.89;SB=-5.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,30:38:99:1368,111,0 chrXIII 916843 . AG A 2718.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=93;FS=3.876;HaplotypeScore=92.3624;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.01;MQ0=0;MQRankSum=1.523;QD=29.24;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=0.104;SB=-1.073e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,87:93:99:2761,217,0 chrXIII 917449 . T TA 3553 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.670;DP=167;FS=0.000;HaplotypeScore=621.1854;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.721;QD=21.28;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=-1.075;SB=-1.424e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,144:164:99:3553,387,0 chrXIII 918046 . G GA 158.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.143;DP=46;FS=10.274;HaplotypeScore=86.4954;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.94;MQ0=0;MQRankSum=-3.799;QD=3.46;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=-0.045;SB=-5.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,12:46:99:198,0,468 chrXIII 919420 . CT C 1245.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=155.9439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.81;MQ0=0;QD=22.65;RPA=3,2;RU=T;SB=-2.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,46:51:99:1288,123,0 chrXIII 919436 . A AT 456.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.815;DP=49;FS=2.599;HaplotypeScore=183.5295;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.84;MQ0=7;MQRankSum=1.377;QD=9.33;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.023;SB=-7.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,28:39:95:496,0,95 chrXIII 921418 . CT C 814.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.458;DP=153;FS=1.707;HaplotypeScore=122.4218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.25;MQ0=7;MQRankSum=-0.864;QD=5.33;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=2.345;SB=-1.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,56:138:99:854,0,1042 chrXIII 921839 . TGAC T 3535 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=837.0599;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.63;MQ0=2;QD=51.99;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,65:65:99:3535,190,0 chrXIII 921879 . T TA 2412.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=1151.6382;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.48;MQ0=5;QD=27.74;RPA=2,3;RU=A;SB=-2.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,83:79:99:2455,232,0 chrXIII 921890 . T TA 972.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.029;DP=88;FS=12.575;HaplotypeScore=1208.8783;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.80;MQ0=9;MQRankSum=-1.305;QD=11.06;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=-2.570;SB=-1.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,39:76:99:1012,0,1017 chrXIII 923047 . CA C 1505.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=211.4044;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.10;MQ0=1;QD=19.82;RPA=2,1;RU=A;SB=-7.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,69:74:99:1548,184,0 chrXIII 923230 . AG A 880.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=247.1683;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.65;MQ0=0;QD=24.47;RPA=4,3;RU=G;SB=-2.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,33:36:96:923,96,0 chrXIII 923265 . C CA 425.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=139.6139;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.44;MQ0=0;QD=28.40;RPA=1,2;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,14:14:39:468,39,0 chrXIII 923571 . T TA 2961.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.536;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=2566.7727;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.872;QD=18.99;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=1.658;SB=-1.390e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:84,72:150:99:3004,396,0 chrXIII 923572 . A AG 2836.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.436;DP=160;FS=17.350;HaplotypeScore=2611.8006;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.092;QD=17.73;ReadPosRankSum=3.776;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:83,68:154:99:2879,311,0 chrXIII 923632 . A AT 3102.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.159;DP=139;FS=102.445;HaplotypeScore=2783.1726;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.99;MQ0=0;MQRankSum=-3.776;QD=22.32;ReadPosRankSum=-4.109;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,65:134:99:3142,0,680 chrXIII 923880 . AG A 472.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.271;DP=94;FS=78.950;HaplotypeScore=666.7614;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.75;MQ0=3;MQRankSum=-0.537;QD=5.03;ReadPosRankSum=-4.131;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,23:89:99:512,0,1792 chrXIII 924178 . T TG 153.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.381;DP=18;FS=5.756;HaplotypeScore=300.7477;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.08;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=8.55;RPA=2,3;RU=G;ReadPosRankSum=0.000;SB=-8.088e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,7:14:63:193,0,63 chrXIII 924213 . TGG T 597.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.503;DP=26;FS=26.881;HaplotypeScore=718.9531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.29;MQ0=0;MQRankSum=1.570;QD=23.00;RPA=4,2;RU=G;ReadPosRankSum=2.171;SB=-2.495e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,16:24:99:637,0,113 chrXIII 924253 . TA T 617.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=716.6479;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.10;MQ0=0;QD=25.75;RPA=3,2;RU=A;SB=-3.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,17:21:60:660,60,0 chrXIV 10021 . CA C 550.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.681;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=77.1032;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.24;MQ0=8;MQRankSum=0.518;QD=6.89;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=-0.028;SB=-1.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,40:58:99:590,0,586 chrXIV 10549 . G GT 840.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.536;DP=126;FS=3.005;HaplotypeScore=520.2576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.40;MQ0=10;MQRankSum=2.133;QD=6.67;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.535;SB=-2.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,51:106:99:880,0,684 chrXIV 12975 . C CT,CA 951.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=322.2393;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=33.43;MQ0=1;QD=13.41;SB=-4.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:8,16,42:54:99:1030,563,483,300,0,327 chrXIV 17268 . T TG 2243.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=319.1916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.48;MQ0=0;QD=32.06;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.034e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,68:69:99:2286,199,0 chrXIV 23552 . CA C 1894.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=224.1436;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=18.22;RPA=9,8;RU=A;SB=-9.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,93:104:99:1937,257,0 chrXIV 23902 . G GT 1956.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.211;DP=117;FS=5.691;HaplotypeScore=79.6338;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=1.811;QD=16.73;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-2.337;SB=-8.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,102:117:99:1999,228,0 chrXIV 43257 . AT A 1743.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=213.0429;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.41;MQ0=0;QD=25.65;RPA=4,3;RU=T;SB=-4.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,62:68:99:1786,180,0 chrXIV 49230 . AT A 1975.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=226.6026;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;QD=19.18;RPA=7,6;RU=T;SB=-8.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,95:103:99:2018,251,0 chrXIV 51868 . ATATC A 2559.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=34.0915;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.89;MQ0=0;QD=31.60;RPA=2,1;RU=TATC;SB=-9.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,59:81:99:2602,147,0 chrXIV 56038 . CT C 1100.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=133.7984;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=22.94;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,46:48:99:1143,138,0 chrXIV 56332 . A AT 286.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=75.6133;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.72;MQ0=1;QD=16.88;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,11:16:39:329,39,0 chrXIV 58892 . CT C 3223.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=58.9421;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=21.07;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.033e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,142:153:99:3265,404,0 chrXIV 59729 . G GTCC 2037.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=11.6766;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.77;MQ0=0;QD=56.61;SB=-7.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:99:2080,108,0 chrXIV 62523 . 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T TA 1660.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=495.2343;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.36;MQ0=0;QD=24.79;RPA=4,5;RU=A;SB=-3.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,64:64:99:1703,180,0 chrXIV 63342 . GA G 1110.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=732.5426;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.65;MQ0=0;QD=14.62;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,67:61:99:1153,146,0 chrXIV 63356 . A AAAGCTTTGTG 5227 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=350.5364;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.05;MQ0=0;QD=71.60;SB=-9.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,52:58:99:5227,150,0 chrXIV 64844 . TG T 1885.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=257.1828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.21;MQ0=0;QD=29.01;RPA=3,2;RU=G;SB=-4.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,62:65:99:1928,177,0 chrXIV 65024 . AC A 978.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=194.0420;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.08;MQ0=0;QD=26.46;RPA=4,3;RU=C;SB=-4.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:99:1021,102,0 chrXIV 65301 . CA C 2674.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=61.7023;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.62;MQ0=0;QD=25.24;RPA=4,3;RU=A;SB=-4.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,102:106:99:2717,294,0 chrXIV 65561 . G GTA 3757 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.105;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=915.2394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.115;QD=26.27;RPA=4,5;RU=TA;ReadPosRankSum=0.247;SB=-1.587e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,95:143:99:3757,279,0 chrXIV 65588 . T TA 4288 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=867.6720;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.26;MQ0=0;QD=34.58;SB=-2.055e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:124:99:4288,340,0 chrXIV 66362 . TAA T 1976.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=46.5080;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.22;MQ0=0;QD=24.41;RPA=12,10;RU=A;SB=-8.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,66:81:99:2019,198,0 chrXIV 68786 . C CT 2046.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.637;DP=83;FS=4.483;HaplotypeScore=33.5940;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=0.973;QD=24.66;RPA=3,4;RU=T;ReadPosRankSum=1.258;SB=-7.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,79:83:99:2089,200,0 chrXIV 71646 . T TA 2173.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=157.8729;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=23.38;RPA=5,6;RU=A;SB=-6.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,88:93:99:2216,249,0 chrXIV 84037 . AT A 957.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.597;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=29.0198;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=0.713;QD=15.70;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.461;SB=-4.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,49:61:99:1000,127,0 chrXIV 86089 . C CT 1970.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.994;DP=154;FS=7.513;HaplotypeScore=150.0300;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.22;MQ0=0;MQRankSum=0.942;QD=12.80;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-3.317;SB=-8.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,111:154:99:2013,174,0 chrXIV 87325 . TA T 2012.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=224.1321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.79;MQ0=0;QD=18.64;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.014e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,101:108:99:2055,266,0 chrXIV 89064 . GA G 2556.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=200.2972;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;QD=21.85;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,110:117:99:2599,315,0 chrXIV 94849 . A ATTAC 2615.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=61.3652;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.40;MQ0=0;QD=45.89;SB=-6.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,47:57:99:2658,135,0 chrXIV 95116 . C CAA 1240.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=51.4922;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.11;MQ0=0;QD=18.80;RPA=9,11;RU=A;SB=-2.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,40:66:99:1283,124,0 chrXIV 96657 . TA T 842.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=310.4389;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.82;MQ0=9;QD=17.94;RPA=3,2;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,30:37:87:885,87,0 chrXIV 102793 . ATT A 1775.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=30.7160;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.03;MQ0=0;QD=28.64;RPA=8,6;RU=T;SB=-7.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,56:62:99:1818,162,0 chrXIV 105053 . AT A 3154.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.536;DP=174;FS=3.711;HaplotypeScore=160.2678;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.437;QD=18.13;RPA=8,7;RU=T;ReadPosRankSum=0.676;SB=-1.315e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,157:174:99:3197,396,0 chrXIV 107294 . GA G 145.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.250;DP=25;FS=18.031;HaplotypeScore=38.5780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.83;MQ0=0;MQRankSum=0.150;QD=5.84;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.950;SB=-1.093e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,8:25:33:185,0,33 chrXIV 107426 . CAA C 1069.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=175.0795;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.79;MQ0=0;QD=27.43;RPA=5,3;RU=A;SB=-4.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,32:39:90:1112,90,0 chrXIV 110754 . ATACTGTTTCAG A 4057 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=123.3219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.85;MQ0=0;QD=79.55;SB=-1.938e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:4057,150,0 chrXIV 116771 . G GA 527.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=147.7361;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.82;MQ0=0;QD=11.48;RPA=12,13;RU=A;SB=-8.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,27:46:82:570,82,0 chrXIV 118938 . TAG T 7774 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=187;FS=0.000;HaplotypeScore=1263.1499;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.34;MQ0=0;QD=41.57;SB=-2.958e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,172:187:99:7774,521,0 chrXIV 118942 . AG A 5950 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=180;FS=0.000;HaplotypeScore=1441.3796;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.81;MQ0=0;QD=33.06;SB=-2.297e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,172:180:99:5950,523,0 chrXIV 118987 . GAAAAAA G 3079.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.849;DP=121;FS=9.012;HaplotypeScore=1307.0267;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.683;QD=25.45;RPA=17,11;RU=A;ReadPosRankSum=3.098;SB=-1.361e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:61,49:121:13:3121,13,0 chrXIV 119033 . C CT 1583.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=836.1036;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=24.37;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,56:65:99:1626,162,0 chrXIV 129422 . A ATCAT 2866.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.657;DP=84;FS=49.287;HaplotypeScore=206.0849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.967;QD=34.13;ReadPosRankSum=-2.189;SB=-3.011e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,36:84:99:2906,0,112 chrXIV 131514 . T TGGA 888.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=10.7427;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=32.92;RPA=3,4;RU=GGA;SB=-3.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,16:27:69:931,69,0 chrXIV 131640 . TGGA T 1091.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=15.6637;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.67;MQ0=0;QD=34.12;RPA=6,5;RU=GGA;SB=-3.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,25:32:75:1134,75,0 chrXIV 135521 . CA C 1476.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=184.3948;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.81;MQ0=0;QD=18.70;RPA=10,9;RU=A;SB=-5.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,76:79:99:1519,206,0 chrXIV 137725 . C CA 1675.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=59.4913;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.87;MQ0=0;QD=20.95;RPA=8,9;RU=A;SB=-6.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,73:80:99:1718,212,0 chrXIV 137944 . C CCG 279.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=82.9020;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=31.11;RPA=2,3;RU=CG;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,8:9:24:322,24,0 chrXIV 137997 . CA C 746.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=1060.1220;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.63;MQ0=0;QD=28.73;SB=-6.100e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:78:789,78,0 chrXIV 138005 . TC T 1419.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=1770.1679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.80;MQ0=0;QD=29.58;RPA=4,3;RU=C;SB=-5.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1462,144,0 chrXIV 138031 . CA C 1642.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=1943.0553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.65;MQ0=0;QD=29.87;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,54:55:99:1685,160,0 chrXIV 138056 . A AC 1023.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.427;DP=70;FS=4.466;HaplotypeScore=2284.5124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.764;QD=14.63;ReadPosRankSum=2.417;SB=-9.989e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,32:70:53:1063,0,53 chrXIV 138060 . A AAAAAG 2760.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=2215.5752;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.58;MQ0=0;QD=40.01;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,32:69:99:2803,194,0 chrXIV 138101 . C CGT 1158.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.125;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=916.6777;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.033;QD=29.72;ReadPosRankSum=2.125;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,32:39:99:1201,106,0 chrXIV 138159 . CT C 663.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=585.8045;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.56;MQ0=0;QD=30.18;SB=-7.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:22:57:706,57,0 chrXIV 140416 . G GA 1002.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.604;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=14.9068;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.491;QD=20.06;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.766;SB=-2.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,45:50:99:1045,105,0 chrXIV 145389 . GT G 665.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.968;DP=46;FS=2.795;HaplotypeScore=15.0137;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.07;MQ0=0;MQRankSum=1.209;QD=14.48;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.623;SB=-2.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,38:46:61:708,61,0 chrXIV 154923 . GAAA GA,G 483.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.583;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=153.9644;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=50.80;MQ0=0;MQRankSum=0.980;QD=8.20;RPA=25,23,22;RU=A;ReadPosRankSum=1.583;SB=-1.203e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:35,0,7:59:91:562,168,108,134,0,91 chrXIV 157417 . GT G 2734.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=313.3697;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.26;MQ0=0;QD=20.26;RPA=8,7;RU=T;SB=-6.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,115:135:99:2777,333,0 chrXIV 157978 . A AC 2215.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=154.6027;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.12;MQ0=0;QD=24.90;RPA=5,6;RU=C;SB=-8.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,84:89:99:2258,252,0 chrXIV 168003 . C CA 1225.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=75.9733;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.57;MQ0=0;QD=33.13;SB=-5.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:37:99:1268,102,0 chrXIV 169372 . GA G 997.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.666;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=120.5343;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.64;MQ0=0;MQRankSum=0.999;QD=15.35;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.333;SB=-2.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,53:65:99:1040,131,0 chrXIV 169791 . AT A 1685.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=302.5064;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.94;MQ0=0;QD=22.48;RPA=5,4;RU=T;SB=-6.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,71:75:99:1728,198,0 chrXIV 172354 . CT C 1288.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.107;DP=96;FS=3.614;HaplotypeScore=65.4707;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.053;QD=13.43;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.147;SB=-2.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,68:96:99:1331,152,0 chrXIV 172492 . CAA C,CA 1599.96 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.116;DP=129;FS=2.415;HaplotypeScore=68.4109;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.064;QD=12.40;RPA=12,10,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.733;SB=-5.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:30,17,0:129:59:1678,1336,1607,246,0,59 chrXIV 174733 . C CA 1245.30 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.421;DP=97;FS=9.228;HaplotypeScore=209.3614;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.52;MQ0=0;MQRankSum=0.284;QD=12.84;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.562;SB=-3.743e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,62:97:8:1284,0,8 chrXIV 174793 . AT A 2138.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=226.7581;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.08;MQ0=0;QD=24.59;RPA=3,2;RU=T;SB=-9.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,80:87:99:2181,213,0 chrXIV 175206 . C CA 777.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.029;DP=63;FS=2.854;HaplotypeScore=103.4526;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.26;MQ0=0;MQRankSum=0.375;QD=12.35;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.375;SB=-2.632e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,43:63:85:820,85,0 chrXIV 179405 . GA G 2969.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=29.9081;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.19;MQ0=0;QD=30.31;RPA=3,2;RU=A;SB=-8.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:3012,283,0 chrXIV 187639 . GA G 381.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.576;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=17.8482;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=1.419;QD=10.05;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.576;SB=-1.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,22:38:61:424,61,0 chrXIV 197764 . GTCC G 1395.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=95.2149;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.10;MQ0=0;QD=41.06;RPA=3,2;RU=TCC;SB=-6.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,30:34:87:1438,87,0 chrXIV 198014 . AG A 815.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=11.2348;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.33;MQ0=0;QD=26.32;RPA=5,4;RU=G;SB=-3.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,30:31:87:858,87,0 chrXIV 214098 . G GAGA 3511 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=193.5852;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.57;MQ0=0;QD=51.63;SB=-1.426e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,65:68:99:3511,199,0 chrXIV 218712 . CA C 2388.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=37.7652;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;QD=22.97;RPA=5,4;RU=A;SB=-8.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,98:104:99:2431,279,0 chrXIV 218946 . CAA C 4102 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=126.6927;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.70;MQ0=0;QD=36.30;RPA=4,2;RU=A;SB=-1.706e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,109:113:99:4102,307,0 chrXIV 220510 . GA G 609.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=131.4092;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.02;MQ0=0;QD=19.68;RPA=9,8;RU=A;SB=-2.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,30:31:87:652,87,0 chrXIV 227098 . A AT 1555.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.522;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=45.4674;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.105;QD=21.61;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.157;SB=-7.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,68:72:99:1598,175,0 chrXIV 229899 . AT A 1461.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=185.7847;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.54;MQ0=0;QD=19.49;RPA=7,6;RU=T;SB=-4.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,67:75:99:1504,189,0 chrXIV 229975 . G GTA 2421.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=69.1279;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.61;MQ0=0;QD=32.29;RPA=2,3;RU=TA;SB=-1.118e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,59:75:99:2464,184,0 chrXIV 230681 . T TAA 4282 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=236.2950;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.10;MQ0=0;QD=30.81;RPA=7,9;RU=A;SB=-2.000e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,116:139:99:4282,370,0 chrXIV 230941 . CT C 4325 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=378.0882;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.51;MQ0=0;QD=35.74;SB=-1.756e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:121:99:4325,346,0 chrXIV 235956 . C CTT 1201.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.902;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=31.7082;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=63.75;MQ0=0;MQRankSum=1.982;QD=19.08;RPA=13,15;RU=T;ReadPosRankSum=-0.701;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,45:63:67:1244,67,0 chrXIV 246345 . A AC 3791 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=731.9379;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.82;MQ0=0;QD=35.10;SB=-1.000e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:108:99:3791,310,0 chrXIV 251874 . AT A 816.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.259;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=31.8934;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=1.415;QD=11.84;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.898;SB=-1.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,50:69:43:859,43,0 chrXIV 258264 . GA G 1029.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=153.9814;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.83;MQ0=0;QD=19.07;RPA=10,9;RU=A;SB=-1.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,49:54:99:1072,145,0 chrXIV 263349 . ATT A 1373.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.926;DP=74;FS=16.024;HaplotypeScore=163.8702;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.296;QD=18.57;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=2.172;SB=-4.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,54:74:99:1416,124,0 chrXIV 269872 . A ACT 1903.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=14.1617;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.64;MQ0=0;QD=40.51;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,43:47:99:1946,132,0 chrXIV 270046 . GA G 1169.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=221.6550;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.81;MQ0=0;QD=20.17;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,53:58:99:1212,153,0 chrXIV 270187 . C CCTTTCCTTT 5132 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=399.9966;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.80;MQ0=0;QD=90.04;SB=-1.560e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,48:56:99:5132,162,0 chrXIV 271068 . TCAA T 5516 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=309.6176;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.00;MQ0=0;QD=46.35;SB=-1.615e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,114:119:99:5516,328,0 chrXIV 272430 . G GT 4209 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=239.5420;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.55;MQ0=0;QD=32.13;RPA=1,2;RU=T;SB=-2.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,125:131:99:4209,361,0 chrXIV 273762 . 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G GCTCGTTAA 5678 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=31.6550;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.43;MQ0=0;QD=91.58;SB=-2.043e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,56:62:99:5678,181,0 chrXIV 300772 . G GA 189.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.159;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=25.8704;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.28;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=14.57;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.579;SB=-2.362e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,11:13:13:231,13,0 chrXIV 300959 . G GAA 119.30 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;DP=15;FS=6.021;HaplotypeScore=30.1608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.38;MQ0=1;MQRankSum=-0.747;QD=7.95;RPA=9,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.747;SB=-3.221e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,7:14:8:158,0,8 chrXIV 302223 . G GC 2044.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=251.4691;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.48;MQ0=0;QD=31.46;RPA=1,2;RU=C;SB=-6.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,56:65:99:2087,181,0 chrXIV 302331 . TG T 969.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=326.5493;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.82;MQ0=0;QD=17.96;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,47:54:99:1012,141,0 chrXIV 302458 . AG A 1994.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.390;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=287.1576;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.347;QD=20.78;ReadPosRankSum=-1.689;SB=-9.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,67:96:99:2037,231,0 chrXIV 302656 . TA T 2877.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=569.3243;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.68;MQ0=0;QD=23.98;RPA=4,3;RU=A;SB=-9.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,110:120:99:2920,315,0 chrXIV 304694 . C CTT 2292.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=197.2910;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.39;MQ0=0;QD=35.28;RPA=2,4;RU=T;SB=-7.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,58:65:99:2335,175,0 chrXIV 304898 . C CT 1446.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.090;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=34.9503;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=0.573;QD=18.55;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.663;SB=-6.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,62:78:99:1489,113,0 chrXIV 306260 . GAGA G 3582 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=819.3196;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.78;MQ0=0;QD=42.64;RPA=2,1;RU=AGA;SB=-1.613e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,74:84:99:3582,223,0 chrXIV 306439 . GATAGTGATA G 7249 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=110.8283;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.99;MQ0=0;QD=92.94;SB=-2.924e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,72:78:99:7249,211,0 chrXIV 307228 . CT C 78.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.971;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=78.3194;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=1.516;QD=0.79;RPA=16,15;RU=T;ReadPosRankSum=0.995;SB=-2.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,13:100:99:118,0,723 chrXIV 312328 . AACG A 2979.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=249.1173;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.11;MQ0=0;QD=45.15;RPA=3,2;RU=ACG;SB=-5.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:66:99:3022,190,0 chrXIV 317360 . A ATCT 3850 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=80.9784;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=49.36;SB=-1.905e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,76:78:99:3850,226,0 chrXIV 319853 . G GTGA 6294 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.803;DP=183;FS=5.717;HaplotypeScore=197.6310;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.02;MQ0=0;MQRankSum=0.276;QD=34.39;RPA=4,5;RU=TGA;ReadPosRankSum=-0.377;SB=-1.578e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,145:183:99:6294,368,0 chrXIV 326497 . C CTT 3871 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=119.5890;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.07;MQ0=0;QD=41.18;SB=-1.748e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,86:94:99:3871,256,0 chrXIV 331790 . CT C 4350 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=199;FS=0.000;HaplotypeScore=70.2632;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.40;MQ0=0;QD=21.86;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.613e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,184:199:99:4350,521,0 chrXIV 332683 . TCAA T 2881.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=76.1694;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.90;MQ0=0;QD=34.72;RPA=5,4;RU=CAA;SB=-1.408e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,69:83:99:2924,199,0 chrXIV 333303 . TACA T 2253.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=371.1487;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.04;MQ0=0;QD=34.68;RPA=5,4;RU=ACA;SB=-8.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,50:65:99:2296,156,0 chrXIV 335931 . C CT 536.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=24.5129;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;QD=15.79;RPA=10,11;RU=T;SB=-1.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,27:34:75:579,75,0 chrXIV 337762 . C CTT 4645 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=39.4202;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.13;MQ0=0;QD=33.42;RPA=5,7;RU=T;SB=-2.002e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,129:139:99:4645,388,0 chrXIV 338071 . AC A 3062.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=44.6713;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.24;MQ0=0;QD=27.85;RPA=5,4;RU=C;SB=-1.210e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,106:110:99:3105,313,0 chrXIV 340325 . AG A 2411.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=513.1529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.59;MQ0=0;QD=28.71;RPA=3,2;RU=G;SB=-8.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,81:84:99:2454,235,0 chrXIV 342497 . A AT 1927.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=26.1228;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=0;QD=22.95;RPA=5,6;RU=T;SB=-9.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,78:84:99:1970,222,0 chrXIV 343407 . CA C 972.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=112.8892;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=20.70;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,46:47:99:1015,126,0 chrXIV 344026 . C CTGT 2589.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=34.5141;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=38.66;RPA=3,4;RU=TGT;SB=-5.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,59:67:99:2632,177,0 chrXIV 346206 . C CTT 4196 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=104.2652;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.62;MQ0=0;QD=38.15;SB=-1.059e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:110:99:4196,289,0 chrXIV 348899 . TC T 2173.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=701.0414;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.46;MQ0=0;QD=27.17;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:80:99:2216,219,0 chrXIV 349160 . T TCA 1251.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=14.2727;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.12;MQ0=0;QD=33.84;RPA=2,3;RU=CA;SB=-5.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,33:37:96:1294,96,0 chrXIV 349826 . A AT 1068.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.599;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=222.4576;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=16.70;ReadPosRankSum=1.666;SB=-4.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,49:64:99:1111,138,0 chrXIV 349827 . A AC 1102.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.597;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=218.9049;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.07;MQ0=0;MQRankSum=0.034;QD=17.23;ReadPosRankSum=1.597;SB=-4.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,49:64:99:1145,134,0 chrXIV 350686 . A AT 1363.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=305.6062;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.21;MQ0=0;QD=19.77;RPA=9,10;RU=T;SB=-5.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,63:69:99:1406,176,0 chrXIV 351570 . AC A 2765.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=130.8316;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.28;MQ0=0;QD=27.94;SB=-1.338e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,97:99:99:2808,264,0 chrXIV 352764 . A AT 128.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=37.1917;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.751;QD=8.05;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.751;SB=-4.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,11:16:6:169,6,0 chrXIV 354445 . TGGAATGGTG T 4463 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=22.7708;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.11;MQ0=0;QD=81.15;SB=-1.663e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,48:55:99:4463,138,0 chrXIV 355090 . TAAA T 1395.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=153.2086;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.86;MQ0=0;QD=34.05;RPA=7,4;RU=A;SB=-6.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,35:41:93:1438,93,0 chrXIV 355289 . AT A 629.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9150;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.80;MQ0=0;QD=22.50;RPA=4,3;RU=T;SB=-2.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,27:28:75:672,75,0 chrXIV 355500 . C CA 922.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=16.3099;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.56;MQ0=0;QD=23.67;RPA=4,5;RU=A;SB=-4.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,37:39:99:965,105,0 chrXIV 356923 . GT G 1833.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=627.0737;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.52;MQ0=0;QD=22.37;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,72:82:99:1876,230,0 chrXIV 357434 . TTACAA T 6447 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=401.9494;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.03;MQ0=0;QD=42.98;RPA=2,1;RU=TACAA;SB=-2.741e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,111:150:99:6447,313,0 chrXIV 359095 . C CT 643.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=113.7785;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.40;MQ0=0;QD=29.27;RPA=2,3;RU=T;SB=-2.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:66:686,66,0 chrXIV 359583 . GAAAAA G 2584.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=178.3847;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.68;MQ0=0;QD=47.87;RPA=10,5;RU=A;SB=-4.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,48:54:99:2627,129,0 chrXIV 373628 . AT A 2647.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=647.7033;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.59;MQ0=0;QD=22.25;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.093e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,117:119:99:2690,321,0 chrXIV 373682 . GCAA G 5114 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=650.8636;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.72;MQ0=0;QD=36.01;SB=-2.464e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,118:142:99:5114,362,0 chrXIV 374077 . AG A 1864.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=549.5267;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.92;MQ0=0;QD=25.20;SB=-9.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,69:74:99:1907,204,0 chrXIV 374119 . G GT 2192.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=456.6322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.19;MQ0=0;QD=24.64;RPA=3,4;RU=T;SB=-6.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,83:89:99:2235,228,0 chrXIV 374969 . AT A 743.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=12.8731;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.46;MQ0=0;QD=18.15;RPA=8,7;RU=T;SB=-3.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:41:99:786,104,0 chrXIV 375142 . G GAA,GA 1932.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.303;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=70.5637;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.039;QD=19.93;RPA=11,13,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.996;SB=-9.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:18,59,14:97:77:2011,263,77,1135,0,937 chrXIV 379435 . C CT 1174.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.597;DP=66;FS=2.424;HaplotypeScore=179.5246;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.63;MQ0=0;MQRankSum=0.160;QD=17.80;ReadPosRankSum=0.889;SB=-4.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,55:66:99:1217,140,0 chrXIV 382231 . TA T 943.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.723;DP=71;FS=11.802;HaplotypeScore=209.9634;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.25;MQ0=1;MQRankSum=0.163;QD=13.30;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.864;SB=-1.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,48:70:99:986,117,0 chrXIV 383748 . CT C 2351.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=314.8873;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.45;MQ0=0;QD=20.28;RPA=6,5;RU=T;SB=-6.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,106:116:99:2394,288,0 chrXIV 389775 . T TC 1994.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=24.4132;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.85;MQ0=0;QD=28.10;RPA=3,4;RU=C;SB=-9.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,69:71:99:2037,201,0 chrXIV 398375 . GAT G 961.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=124.6673;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.75;MQ0=0;QD=18.50;RPA=4,3;RU=AT;SB=-3.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,34:52:81:1004,81,0 chrXIV 398513 . GAT G 768.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=231.0434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.25;MQ0=0;QD=12.82;RPA=8,7;RU=AT;SB=-1.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,21:60:72:811,72,0 chrXIV 400712 . TA T 3197.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=743.8507;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.84;MQ0=0;QD=28.81;RPA=3,2;RU=A;SB=-6.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,109:111:99:3240,319,0 chrXIV 412435 . T TA 1496.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.972;DP=101;FS=5.034;HaplotypeScore=247.8113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;MQRankSum=2.588;QD=14.82;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.906;SB=-4.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,73:101:99:1539,118,0 chrXIV 412653 . GAA G 1694.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.493;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=35.2816;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=0.597;QD=25.30;RPA=12,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.673;SB=-7.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,54:67:99:1737,166,0 chrXIV 415096 . CTT C 173.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=27.3931;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.63;MQ0=3;MQRankSum=0.751;QD=8.65;RPA=14,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.751;SB=-2.995e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,5:15:22:215,22,0 chrXIV 415775 . AG A 1028.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=320.7553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.51;MQ0=0;QD=25.10;RPA=5,4;RU=G;SB=-2.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,36:41:99:1071,108,0 chrXIV 416362 . A AT 5196 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=173;FS=0.000;HaplotypeScore=67.0444;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.52;MQ0=0;QD=30.03;SB=-2.410e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,147:173:99:5196,418,0 chrXIV 416703 . A ATG 3568 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=85.0106;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.80;MQ0=0;QD=39.21;SB=-4.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,83:91:99:3568,229,0 chrXIV 417352 . GA G 2751.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=209.1655;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.73;MQ0=0;QD=26.72;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,102:103:99:2794,294,0 chrXIV 418528 . ACC A 4738 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=929.0819;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.06;MQ0=0;QD=40.15;RPA=3,1;RU=C;SB=-1.973e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,112:118:99:4738,334,0 chrXIV 418556 . T TA 3822 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=1212.1791;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.60;MQ0=0;QD=25.48;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.904e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,143:150:99:3822,411,0 chrXIV 418915 . GTATA G,GTA 2811.96 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.542;DP=147;FS=3.156;HaplotypeScore=59.7113;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.504;QD=19.13;RPA=8,6,7;RU=TA;ReadPosRankSum=-0.400;SB=-1.354e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:57,9,0:147:59:2890,2480,2663,293,0,59 chrXIV 424825 . A AAG 5351 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=49.2378;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.22;MQ0=1;QD=40.23;SB=-2.101e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,120:132:99:5351,373,0 chrXIV 429228 . CGGTAACAATGGA C 6395 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=21.8176;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.56;MQ0=0;QD=108.39;SB=-2.060e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:59:99:6395,141,0 chrXIV 429776 . TTATATA T 1887.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=109.0328;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.10;MQ0=0;QD=41.95;RPA=10,7;RU=TA;SB=-3.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,26:45:84:1930,84,0 chrXIV 430018 . G GA 1890.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.039;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=261.3945;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=0.563;QD=20.78;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.823;SB=-3.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,80:91:99:1933,218,0 chrXIV 437227 . C CA 2491.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=119.9704;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.37;MQ0=0;QD=26.80;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.010e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,89:93:99:2534,264,0 chrXIV 437432 . A AT 1429.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.881;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=349.3845;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.38;MQ0=0;MQRankSum=0.508;QD=16.44;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.299;SB=-6.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,64:86:99:1472,143,0 chrXIV 437493 . C CTT 4152 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=502.7773;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.35;MQ0=0;QD=42.37;RPA=1,3;RU=T;SB=-1.412e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,95:98:99:4152,292,0 chrXIV 437525 . TG T 2738.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=768.5417;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.96;MQ0=0;QD=29.77;RPA=3,2;RU=G;SB=-1.228e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,90:92:99:2781,259,0 chrXIV 438483 . ATCCTGAAACAT A 4424 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=11.4056;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.81;MQ0=0;QD=107.90;SB=-7.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,36:41:99:4424,108,0 chrXIV 439397 . G GATT 2578.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=68.2198;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.53;MQ0=0;QD=49.60;SB=-7.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,50:52:99:2621,147,0 chrXIV 440569 . A AT 1060.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.794;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=28.0606;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.361;QD=19.65;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.444;SB=-5.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,50:54:99:1103,122,0 chrXIV 441274 . GATATATATATATGTAGCTAAGAT G 6748 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=339.6271;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.07;MQ0=0;QD=73.35;SB=-1.877e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:61,29:92:99:6748,99,0 chrXIV 441295 . GATATATATATATGTATATATTCG G,GATATATATATGTATATATTCG 2698.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=494.0257;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=34.31;MQ0=0;QD=65.83;SB=-8.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:29,0,0:41:99:2777,178,1343,2295,0,2229 chrXIV 441344 . C CG 2996.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=401.4299;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.48;MQ0=0;QD=31.22;RPA=1,2;RU=G;SB=-2.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,91:96:99:3039,272,0 chrXIV 442493 . CTCTT C 4032 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=35.6416;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.12;MQ0=0;QD=45.30;RPA=3,2;RU=TCTT;SB=-1.140e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,82:89:99:4032,226,0 chrXIV 443122 . AT A 664.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=231.7384;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.00;MQ0=1;QD=15.46;RPA=8,7;RU=T;SB=-2.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,34:40:95:707,95,0 chrXIV 444571 . CT C 1263.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=61.9780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.77;MQ0=0;QD=23.85;RPA=5,4;RU=T;SB=-4.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,51:53:99:1306,150,0 chrXIV 449681 . AT A 2879.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=371.7789;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.29;MQ0=0;QD=26.67;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.254e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,97:108:99:2922,285,0 chrXIV 452175 . C CTT 2274.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=70.9570;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.47;MQ0=0;QD=42.92;SB=-9.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:52:99:2317,153,0 chrXIV 472575 . AG A 1117.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=267.2499;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.10;MQ0=0;QD=23.79;RPA=9,8;RU=G;SB=-3.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,44:47:99:1160,126,0 chrXIV 474635 . T TACTTGTGAAGGA 9219 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=95.4787;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.90;MQ0=0;QD=124.58;SB=-4.126e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,58:74:99:9219,205,0 chrXIV 476709 . GT G 1830.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=164.4229;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.29;MQ0=0;QD=22.60;RPA=7,6;RU=T;SB=-2.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,80:81:99:1873,239,0 chrXIV 476823 . A ATTGAGAAC 8496 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=95.8260;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.55;MQ0=0;QD=80.91;SB=-7.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,78:105:99:8496,256,0 chrXIV 478368 . T TA 1989.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=166.0209;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.58;MQ0=0;QD=27.26;RPA=3,4;RU=A;SB=-3.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,70:73:99:2032,207,0 chrXIV 479461 . T TC 324.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.120;DP=27;FS=9.777;HaplotypeScore=21.3940;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.37;MQ0=0;MQRankSum=0.493;QD=12.04;ReadPosRankSum=2.463;SB=-4.015e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,12:27:30:367,30,0 chrXIV 480999 . A AC 2559.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.908;DP=104;FS=9.201;HaplotypeScore=46.4824;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=1.071;QD=24.61;RPA=7,8;RU=C;ReadPosRankSum=2.179;SB=-8.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,99:104:99:2602,243,0 chrXIV 486640 . G GT 540.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.228;DP=37;FS=2.558;HaplotypeScore=29.9907;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=0.647;QD=14.62;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.711;SB=-1.688e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,28:37:32:583,32,0 chrXIV 493546 . TA T 1454.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=236.9556;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.32;MQ0=0;QD=25.09;RPA=5,4;RU=A;SB=-5.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,56:58:99:1497,168,0 chrXIV 493747 . C CT 252.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0909;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.36;MQ0=0;QD=23.00;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.437e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,10:11:30:295,30,0 chrXIV 495472 . T TTTGAAGAAA 8024 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=176.3869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.48;MQ0=0;QD=96.67;SB=-3.088e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,53:83:99:8024,226,0 chrXIV 498360 . GTTT G 1058.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=50.2902;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.64;MQ0=0;QD=19.25;RPA=16,13;RU=T;SB=-5.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,23:55:96:1101,96,0 chrXIV 498639 . AT A 1262.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=44.6267;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.35;MQ0=0;QD=21.41;RPA=8,7;RU=T;SB=-5.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,57:59:99:1305,170,0 chrXIV 499074 . A ATCT 2600.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.554;DP=73;FS=8.473;HaplotypeScore=301.2241;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.40;MQ0=0;MQRankSum=2.792;QD=35.63;ReadPosRankSum=3.004;SB=-1.176e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,52:73:99:2643,132,0 chrXIV 499075 . A AC 1267.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.327;DP=71;FS=1.935;HaplotypeScore=420.8949;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.56;MQ0=0;MQRankSum=2.375;QD=17.86;ReadPosRankSum=2.888;SB=-4.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,52:71:99:1310,133,0 chrXIV 499497 . A AT 887.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.207;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=85.0315;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.266;QD=16.14;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.447;SB=-3.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,39:55:82:930,82,0 chrXIV 499556 . GAA G 2004.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=266.8825;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.13;MQ0=0;QD=27.09;RPA=10,8;RU=A;SB=-9.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,63:74:99:2047,193,0 chrXIV 500641 . A ATT 3538 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=677.3577;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.52;MQ0=0;QD=35.38;RPA=1,3;RU=T;SB=-1.595e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,78:100:99:3538,256,0 chrXIV 500770 . GT G 2055.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=347.2613;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.50;MQ0=0;QD=20.36;RPA=9,8;RU=T;SB=-7.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,94:101:99:2098,275,0 chrXIV 501129 . ATT A 1994.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=172.6857;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.02;MQ0=0;QD=25.58;RPA=12,10;RU=T;SB=-3.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,66:78:99:2037,193,0 chrXIV 501431 . ATCT A 5300 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=483.0438;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.36;MQ0=0;QD=48.62;SB=-2.493e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,105:109:99:5300,304,0 chrXIV 502927 . C CAA 3778 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=140.3940;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.75;MQ0=0;QD=41.07;RPA=1,3;RU=A;SB=-1.117e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,91:92:99:3778,265,0 chrXIV 503013 . CAA C 518.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.520;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=96.6733;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.171;QD=11.79;RPA=14,12;RU=A;ReadPosRankSum=2.537;SB=-1.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,21:44:36:561,36,0 chrXIV 503040 . CTT C 177.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=81.7914;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.45;MQ0=0;QD=6.14;RPA=14,12;RU=T;SB=-1.055e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,8:29:24:220,24,0 chrXIV 507334 . TAG T 1928.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=200.2429;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.68;MQ0=0;QD=37.82;RPA=2,1;RU=AG;SB=-8.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,49:51:99:1971,138,0 chrXIV 510229 . AG A 1115.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=545.7907;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.53;MQ0=0;QD=19.93;SB=-4.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,48:56:99:1158,157,0 chrXIV 510328 . CTT C 625.02 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.150;DP=54;FS=2.222;HaplotypeScore=240.8090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.193;QD=11.57;RPA=15,13;RU=T;ReadPosRankSum=1.278;SB=-3.105e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,26:54:16:664,0,16 chrXIV 512431 . G GT 950.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=204.6481;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.38;MQ0=0;QD=24.38;RPA=4,5;RU=T;SB=-4.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,37:39:99:993,108,0 chrXIV 512460 . CATATATAT C 745.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=220.8608;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.74;MQ0=0;QD=24.06;RPA=12,8;RU=AT;SB=-1.879e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,7:31:27:788,27,0 chrXIV 515710 . TA T 1584.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=288.4905;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.17;MQ0=0;QD=15.85;RPA=11,10;RU=A;SB=-3.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,78:100:99:1627,236,0 chrXIV 515752 . TG T 3216.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=335.1774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.93;MQ0=0;QD=32.49;SB=-9.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,89:99:99:3259,268,0 chrXIV 515985 . CTCTTCT C 5287 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=273.4124;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.26;MQ0=0;QD=53.95;RPA=9,7;RU=TCT;SB=-1.226e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,86:98:99:5287,232,0 chrXIV 516865 . ATT A 1278.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.655;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=153.0280;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.49;MQ0=0;MQRankSum=0.115;QD=19.68;RPA=12,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.500;SB=-3.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,54:65:99:1321,130,0 chrXIV 517141 . 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T TAAG 1759.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=205.9563;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.73;MQ0=0;QD=40.93;RPA=1,2;RU=AAG;SB=-4.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,35:43:99:1802,105,0 chrXIV 525442 . GT G 986.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=204.8421;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.32;MQ0=0;QD=28.20;RPA=3,2;RU=T;SB=-2.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,34:35:96:1029,96,0 chrXIV 525464 . T TG 2345.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=582.4842;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.52;MQ0=0;QD=29.70;RPA=2,3;RU=G;SB=-8.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,76:79:99:2388,231,0 chrXIV 527489 . CCAG C 1401.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=107.5715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;QD=29.83;RPA=5,4;RU=CAG;SB=-6.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,34:47:99:1444,99,0 chrXIV 529352 . T TGACGATGACGACCGCAATGGCGGTGAA 5454 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=11.4418;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.37;MQ0=0;QD=170.44;SB=-1.356e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,7:32:78:5454,78,0 chrXIV 532584 . GA G 1293.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.043;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=202.5030;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.507;QD=12.44;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.522;SB=-6.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,75:104:99:1336,160,0 chrXIV 539821 . G GTT 2477.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=41.4633;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.68;MQ0=0;QD=30.59;RPA=6,8;RU=T;SB=-7.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,75:81:99:2520,217,0 chrXIV 545952 . A AT 6129 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=215;FS=0.000;HaplotypeScore=96.2286;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.35;MQ0=0;QD=28.51;RPA=2,3;RU=T;SB=-2.982e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,208:215:99:6129,589,0 chrXIV 546870 . C CA 1530.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=94.3600;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.42;MQ0=0;QD=27.34;RPA=3,4;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,55:56:99:1573,159,0 chrXIV 553233 . A AT 5017 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=175;FS=0.000;HaplotypeScore=58.7765;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.10;MQ0=0;QD=28.67;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.902e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,174:175:99:5017,487,0 chrXIV 559420 . GA G 1229.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=208.0490;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.13;MQ0=0;QD=20.85;RPA=7,6;RU=A;SB=-5.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,49:59:99:1272,161,0 chrXIV 559470 . CG C 1642.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=294.0199;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.84;MQ0=0;QD=29.34;SB=-7.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,50:56:99:1685,150,0 chrXIV 559575 . G GTCA 2398.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=27.5377;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.17;MQ0=0;QD=42.09;RPA=1,2;RU=TCA;SB=-6.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,43:57:99:2441,147,0 chrXIV 560599 . AG A 5929 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=215;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=905.7347;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.25;MQ0=0;QD=27.58;SB=-1.604e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,178:215:99:5929,627,0 chrXIV 560932 . T TC 5044 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=179.9409;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.59;MQ0=0;QD=34.79;SB=-2.075e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,136:145:99:5044,388,0 chrXIV 568048 . AAG A 3122.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=515.3204;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.80;MQ0=0;QD=41.09;SB=-4.500e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:3165,223,0 chrXIV 568221 . AT A 2081.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=613.9989;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.28;MQ0=1;QD=21.92;SB=-6.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:69,24:94:99:2124,259,0 chrXIV 568313 . T TAA 1874.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=228.0713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.23;MQ0=0;QD=18.20;RPA=12,14;RU=A;SB=-7.635e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,63:103:99:1917,211,0 chrXIV 569854 . CA C 664.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=28.9921;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.09;MQ0=1;QD=9.78;RPA=9,8;RU=A;SB=-2.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,58:47:95:707,95,0 chrXIV 570384 . G GAA,GA 538.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=146.8656;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=27.41;MQ0=3;QD=16.33;RPA=8,10,9;RU=A;SB=-1.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:7,12,13:30:99:617,218,167,288,0,223 chrXIV 572424 . CGCGCCTCTTCAAGTAGACTA C 4308 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=11.2446;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.12;MQ0=20;QD=67.31;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,32:22:60:4308,60,0 chrXIV 573997 . C CG 878.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.269;DP=47;FS=22.974;HaplotypeScore=269.8148;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.98;MQ0=4;MQRankSum=-1.444;QD=18.70;RPA=2,3;RU=G;ReadPosRankSum=2.033;SB=-1.173e-02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,32:42:29:921,29,0 chrXIV 575614 . GA G 787.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=48.6245;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.19;MQ0=0;MQRankSum=1.648;QD=13.59;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.056;SB=-3.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,43:58:99:830,109,0 chrXIV 576631 . AT A 2085.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.143;DP=133;FS=4.811;HaplotypeScore=47.3224;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.383;QD=15.68;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.461;SB=-6.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,105:133:99:2128,296,0 chrXIV 577027 . TTCGGTGGTTAAACAA T 7274 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=23.3520;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.52;MQ0=0;QD=96.99;RPA=2,1;RU=TCGGTGGTTAAACAA;SB=-1.854e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,60:75:99:7274,174,0 chrXIV 579948 . ACAACAG A 2735.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=25.8982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.83;MQ0=0;QD=42.09;RPA=4,3;RU=CAACAG;SB=-4.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,46:65:99:2778,135,0 chrXIV 583638 . A AGATAATTGT 9308 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=36.2759;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.38;MQ0=0;QD=90.37;RPA=1,2;RU=GATAATTGT;SB=-2.130e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,94:103:99:9308,265,0 chrXIV 599799 . GA G 291.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.699;DP=74;FS=6.662;HaplotypeScore=576.9758;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.11;MQ0=14;MQRankSum=-4.260;QD=3.95;ReadPosRankSum=3.735;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,21:53:99:331,0,856 chrXIV 599801 . GGTGGTAGTCTACTT G 2859.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.831;DP=67;FS=8.221;HaplotypeScore=316.4187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.05;MQ0=10;MQRankSum=-4.911;QD=42.69;ReadPosRankSum=3.541;SB=-1.390e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,21:50:99:2899,0,3996 chrXIV 599822 . GCGC G 927.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.226;DP=56;FS=2.742;HaplotypeScore=510.3364;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.74;MQ0=8;MQRankSum=-4.815;QD=16.57;ReadPosRankSum=-0.176;SB=-4.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,21:43:99:967,0,836 chrXIV 599879 . TA T 140.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.067;DP=37;FS=15.142;HaplotypeScore=212.1807;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.18;MQ0=3;MQRankSum=-1.669;QD=3.81;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=1.603;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,13:30:99:180,0,291 chrXIV 601858 . G GT,GTT 511.94 filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=90.8893;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=28.38;MQ0=7;QD=13.47;RPA=8,9,10;RU=T;SB=-8.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:4,24,7:29:99:590,202,136,288,0,242 chrXIV 602678 . A AT 1021.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.155;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=165.6472;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=1.227;QD=12.62;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.433;SB=-5.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,47:80:99:1064,123,0 chrXIV 604387 . T TA 265.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=13.9877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.81;MQ0=0;QD=13.30;RPA=10,11;RU=A;SB=-6.599e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,15:20:39:308,39,0 chrXIV 604649 . A AT 1073.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=14.4073;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.60;MQ0=0;QD=20.65;RPA=8,9;RU=T;SB=-9.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,49:52:99:1116,135,0 chrXIV 611709 . C CT 2946.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=33.4552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.49;MQ0=0;QD=24.36;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.491e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,117:121:99:2989,342,0 chrXIV 622520 . TATCTTG T 5047 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=23.1112;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.41;MQ0=0;QD=67.29;SB=-2.377e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,64:75:99:5047,187,0 chrXIV 622656 . GT G 3001.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=360.6304;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.90;MQ0=0;QD=35.74;SB=-1.138e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:3044,250,0 chrXIV 627317 . GTACA G 3388 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.675;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=29.4227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.164;QD=44.00;RPA=2,1;RU=TACA;ReadPosRankSum=-0.426;SB=-1.185e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,66:77:99:3388,123,0 chrXIV 627417 . C CATTAGATACTTTT 12275 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=43.2125;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.85;MQ0=0;QD=122.75;SB=-4.948e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,56:100:99:12275,268,0 chrXIV 631825 . T TA 1565.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=166.3070;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.74;MQ0=0;QD=29.55;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:53:99:1608,135,0 chrXIV 632063 . GTA G 875.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.021;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=323.8375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.557;QD=14.36;RPA=2,1;RU=TA;ReadPosRankSum=0.248;SB=-4.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,25:55:99:915,0,809 chrXIV 632134 . GT G 360.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.634;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=151.6100;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.16;MQ0=0;MQRankSum=-2.497;QD=15.69;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=1.230;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,18:23:75:400,0,75 chrXIV 632245 . GA G 1523.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=254.5063;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.19;MQ0=0;QD=33.13;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:43:99:1566,129,0 chrXIV 635717 . G GT 1540.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.289;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=236.1362;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.196;QD=14.68;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-1.298;SB=-1.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,60:105:99:1583,167,0 chrXIV 635873 . GA G 1180.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.883;DP=74;FS=5.482;HaplotypeScore=249.0522;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=1.471;QD=15.96;RPA=7,6;RU=A;ReadPosRankSum=1.013;SB=-3.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,66:74:99:1223,147,0 chrXIV 643444 . A AC 3030.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=279.8049;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;QD=25.26;RPA=5,6;RU=C;SB=-9.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,117:120:99:3073,333,0 chrXIV 647314 . A AT 893.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.419;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=58.8918;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.460;QD=9.41;RPA=14,15;RU=T;ReadPosRankSum=0.140;SB=-4.786e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,53:95:27:936,27,0 chrXIV 651855 . C CTT 939.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=102.7209;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.60;MQ0=0;QD=22.93;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,21:41:67:982,67,0 chrXIV 651921 . G GA 368.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=206.6781;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.14;MQ0=0;QD=21.70;RPA=8,9;RU=A;SB=-7.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51:411,51,0 chrXIV 651949 . G GTAT 1099.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=429.6809;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.00;MQ0=0;QD=47.82;RPA=1,2;RU=TAT;SB=-5.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:69:1142,69,0 chrXIV 651986 . A ACTTTT 1495.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=665.5768;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=65.04;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:69:1538,69,0 chrXIV 651987 . TAAAAAA T 1601.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=654.9628;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=69.65;RPA=7,1;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:69:1644,69,0 chrXIV 652015 . T TCCA 1372.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=755.1813;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=45.77;RPA=1,2;RU=CCA;SB=-1.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,28:30:90:1415,90,0 chrXIV 652054 . ACTCTCTGCTCG A 578.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=52.9681;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=64.25;RPA=2,1;RU=CTCTCTGCTCG;SB=-2.483e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,5:9:15:620,15,0 chrXIV 653160 . T TATAC 2268.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=24.3501;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.36;MQ0=0;QD=38.46;RPA=3,4;RU=ATAC;SB=-4.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,48:59:99:2311,131,0 chrXIV 653306 . G GA 521.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=20.6969;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.31;MQ0=0;QD=20.88;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,21:25:66:564,66,0 chrXIV 654586 . A AAT 739.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=21.6747;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.13;MQ0=0;QD=17.21;RPA=5,6;RU=AT;SB=-5.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,20:43:66:782,66,0 chrXIV 661560 . G GA 1296.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=14.9259;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.32;MQ0=0;QD=24.47;RPA=5,6;RU=A;SB=-6.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,48:53:99:1339,150,0 chrXIV 661737 . TA T 714.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=190.4431;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.40;MQ0=0;QD=17.02;RPA=7,6;RU=A;SB=-3.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,33:42:98:757,98,0 chrXIV 661809 . G GT 3080.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=134.0172;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.70;MQ0=0;QD=24.45;RPA=6,7;RU=T;SB=-9.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,123:126:99:3123,357,0 chrXIV 662249 . GTTGTTC G 2119.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=20.7793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.94;MQ0=0;QD=37.19;RPA=5,4;RU=TTGTTC;SB=-9.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,40:57:96:2162,96,0 chrXIV 662666 . CA C 1456.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=52.4993;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.78;MQ0=0;QD=19.69;RPA=8,7;RU=A;SB=-6.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,67:74:99:1499,191,0 chrXIV 662768 . GAAA G 1865.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.489;DP=75;FS=6.767;HaplotypeScore=198.9039;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=24.87;RPA=16,13;RU=A;ReadPosRankSum=1.550;SB=-3.989e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,49:75:99:1907,147,0 chrXIV 662793 . TC T 2707.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=285.8602;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.80;MQ0=0;QD=26.81;RPA=2,1;RU=C;SB=-1.011e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,88:101:99:2750,265,0 chrXIV 664103 . C CA 2974.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=276.6143;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.94;MQ0=0;QD=21.56;RPA=8,9;RU=A;SB=-5.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,129:138:99:3017,365,0 chrXIV 665296 . C CAG 3937 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=44.8001;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.49;MQ0=0;QD=37.14;RPA=1,2;RU=AG;SB=-1.722e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,100:106:99:3937,292,0 chrXIV 668112 . AAAAT A 4280 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.694;DP=92;FS=2.976;HaplotypeScore=273.5867;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.26;MQ0=0;MQRankSum=1.827;QD=46.52;ReadPosRankSum=1.629;SB=-2.017e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,51:92:99:4280,240,0 chrXIV 668247 . C CA 3119.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=536.5148;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.74;MQ0=0;QD=25.57;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.068e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,115:122:99:3162,351,0 chrXIV 668274 . GA G 2593.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=619.7751;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.95;MQ0=0;QD=19.07;RPA=10,9;RU=A;SB=-4.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,121:136:99:2636,352,0 chrXIV 674780 . AT A 2984.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.288;DP=184;FS=1.191;HaplotypeScore=93.8333;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.305;QD=16.22;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.118;SB=-1.358e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,155:184:99:3027,256,0 chrXIV 678603 . GAAAA G 2088.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=48.1071;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.32;MQ0=0;QD=42.63;RPA=15,11;RU=A;SB=-2.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,41:49:99:2131,141,0 chrXIV 687218 . CAA C 2452.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=196.0582;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.11;MQ0=0;QD=19.47;RPA=13,11;RU=A;SB=-9.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,88:126:99:2495,246,0 chrXIV 690071 . ATTT A 2000.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=26.5368;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.22;MQ0=0;QD=31.26;RPA=14,11;RU=T;SB=-8.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,51:64:99:2043,156,0 chrXIV 691292 . TA T 1824.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=204.1694;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.49;MQ0=0;QD=20.51;RPA=2,1;RU=A;SB=-9.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,80:89:99:1867,233,0 chrXIV 691436 . A AT 2166.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=144.8850;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.86;MQ0=0;QD=25.20;RPA=4,5;RU=T;SB=-4.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,82:86:99:2209,237,0 chrXIV 691534 . G GA 906.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=91.6755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=21.59;RPA=7,8;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,37:42:99:949,114,0 chrXIV 692520 . CAAAA C 7717 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=191;FS=0.000;HaplotypeScore=105.6104;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.43;MQ0=2;QD=40.40;RPA=14,10;RU=A;SB=-2.743e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,154:189:99:7717,484,0 chrXIV 692960 . CTTTTT C 8247 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=176;FS=0.000;HaplotypeScore=61.5415;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;QD=46.86;RPA=13,8;RU=T;SB=-2.426e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,149:176:99:8247,424,0 chrXIV 701530 . GGGA G 1207.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=48.0753;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.58;MQ0=0;QD=35.53;RPA=6,5;RU=GGA;SB=-3.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,31:34:93:1250,93,0 chrXIV 703106 . TTTTTC T 5562 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=269.4429;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.57;MQ0=0;QD=44.85;RPA=4,3;RU=TTTTC;SB=-2.645e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,108:122:99:5562,298,0 chrXIV 703556 . TC T 3846 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=705.7841;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.34;MQ0=0;QD=29.36;RPA=3,2;RU=C;SB=-1.543e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,125:131:99:3846,373,0 chrXIV 704183 . GTGC G 2168.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=133.5946;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.11;MQ0=0;QD=51.64;SB=-1.084e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:42:99:2211,117,0 chrXIV 708439 . C CG 1601.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=17.9169;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.20;MQ0=0;QD=33.37;SB=-6.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,45:48:99:1644,135,0 chrXIV 711232 . ATT A 1413.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.022;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=158.0388;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.54;MQ0=0;MQRankSum=1.686;QD=20.49;RPA=14,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.112;SB=-6.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,45:69:99:1456,152,0 chrXIV 711251 . AT A 1916.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=260.9591;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.61;MQ0=0;QD=17.12;RPA=9,8;RU=T;SB=-9.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,94:112:99:1959,263,0 chrXIV 711337 . T TC 3966 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=65.2949;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=32.51;SB=-1.172e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,107:122:99:3966,340,0 chrXIV 711615 . AT A 3985 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=179;FS=0.000;HaplotypeScore=62.9730;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;QD=22.26;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.321e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,167:179:99:3985,494,0 chrXIV 713938 . G GT 940.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.388;DP=76;FS=1.738;HaplotypeScore=42.3175;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.41;MQ0=0;MQRankSum=0.887;QD=12.38;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=-0.665;SB=-4.814e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,50:76:79:981,79,0 chrXIV 716022 . G GA 1214.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=127.1434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;QD=26.41;RPA=4,5;RU=A;SB=-5.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,45:46:99:1257,135,0 chrXIV 716675 . GT G 313.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=24.5142;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.65;MQ0=0;QD=15.70;RPA=9,8;RU=T;SB=-4.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,17:20:48:356,48,0 chrXIV 716710 . ATT A 275.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=26.5117;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.09;MQ0=0;QD=18.40;RPA=11,9;RU=T;SB=-1.249e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,11:15:30:318,30,0 chrXIV 718411 . G GA 1839.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.763;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=45.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.951;QD=16.43;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.951;SB=-3.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,75:112:99:1882,127,0 chrXIV 718580 . CAAA C 2319.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=48.0362;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.56;MQ0=0;QD=31.35;RPA=11,8;RU=A;SB=-1.078e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,58:74:99:2362,183,0 chrXIV 718835 . CT C 2291.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=27.9235;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.89;MQ0=0;QD=31.40;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.080e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,71:73:99:2334,202,0 chrXIV 719304 . C CTT 3309 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.665;DP=133;FS=2.904;HaplotypeScore=426.5336;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.113;QD=24.88;RPA=10,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.456;SB=-1.488e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,98:133:99:3309,269,0 chrXIV 720276 . CTGTTGCTGCTGTTGT C 1149.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.738;DP=33;FS=3.802;HaplotypeScore=19.0644;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.59;MQ0=0;MQRankSum=0.579;QD=34.85;RPA=2,1;RU=TGTTGCTGCTGTTGT;ReadPosRankSum=-0.290;SB=-5.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,14:33:99:1189,0,104 chrXIV 720390 . CTGT C 1104.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.174;DP=55;FS=5.752;HaplotypeScore=119.8145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.795;QD=20.09;ReadPosRankSum=-0.563;SB=-5.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,29:55:99:1144,0,1078 chrXIV 721034 . CA C 480.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.091;DP=38;FS=3.522;HaplotypeScore=23.5916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.091;QD=12.66;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.476;SB=-1.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,26:38:56:523,56,0 chrXIV 721791 . GAA G 3301 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=504.7037;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.58;MQ0=0;QD=29.47;RPA=11,9;RU=A;SB=-1.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,106:112:99:3301,313,0 chrXIV 721916 . T TAAAAAAA 704.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=84.7946;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.42;MQ0=0;QD=14.10;RPA=15,22;RU=A;SB=-3.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,8:48:59:747,59,0 chrXIV 722231 . GA G 799.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=111.7003;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.44;MQ0=0;QD=17.39;RPA=10,9;RU=A;SB=-1.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,39:44:99:842,110,0 chrXIV 725343 . GCCAAA G 3807 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=128.5332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.30;MQ0=0;QD=55.17;RPA=2,1;RU=CCAAA;SB=-1.717e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,58:69:99:3807,175,0 chrXIV 725644 . A ATT 1796.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.696;DP=82;FS=3.260;HaplotypeScore=51.3871;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.805;QD=21.91;RPA=10,12;RU=T;ReadPosRankSum=-2.107;SB=-4.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,64:82:99:1839,139,0 chrXIV 726121 . TAA T 1148.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=195.5811;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.77;MQ0=1;QD=28.72;RPA=9,7;RU=A;SB=-5.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,37:39:99:1191,108,0 chrXIV 726426 . GCATGAT G 373.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;HaplotypeScore=158.9297;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=74.65;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:415,15,0 chrXIV 726437 . AT A 81.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;HaplotypeScore=188.1339;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=16.25;RPA=4,3;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:123,15,0 chrXIV 726445 . TAA T 245.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=188.0870;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.13;MQ0=1;QD=30.63;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,7:7:21:287,21,0 chrXIV 727428 . G GT 2768.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=409.4908;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.35;MQ0=0;QD=28.25;RPA=2,3;RU=T;SB=-6.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,95:98:99:2811,274,0 chrXIV 727445 . AG A 2222.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=420.4720;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.85;MQ0=0;QD=27.79;RPA=2,1;RU=G;SB=-5.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,70:80:99:2265,205,0 chrXIV 727482 . A AT 361.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=219.1649;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.10;MQ0=0;QD=11.68;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,17:31:36:404,36,0 chrXIV 733250 . CA C 1572.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=255.5466;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.61;MQ0=0;QD=19.91;RPA=9,8;RU=A;SB=-4.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,70:79:99:1615,203,0 chrXIV 739807 . GC G 1918.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=27.0665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.32;MQ0=0;QD=30.46;RPA=2,1;RU=C;SB=-9.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1961,171,0 chrXIV 743946 . G GA 1737.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=524.7291;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;QD=23.49;RPA=4,5;RU=A;SB=-5.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,66:74:99:1780,192,0 chrXIV 744080 . 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A AGC 1747.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=856.6874;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.89;MQ0=0;QD=31.78;SB=-8.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,44:55:99:1790,156,0 chrXIV 746410 . T TGCACTA 3433 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=574.0039;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.52;MQ0=0;QD=73.04;SB=-1.626e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,44:47:99:3433,135,0 chrXIV 746780 . T TA 1608.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.750;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=322.5834;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.217;QD=17.49;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.817;SB=-5.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,81:92:99:1651,179,0 chrXIV 750186 . GCGC G 3233.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=159.9819;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.43;MQ0=0;QD=46.19;SB=-7.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,66:70:99:3276,193,0 chrXIV 751266 . GT G 126.10 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=93.7511;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.91;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=9.01;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=0.747;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,12:9:12:165,0,12 chrXIV 751271 . G GA 178.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.666;DP=14;FS=6.532;HaplotypeScore=92.5035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.59;MQ0=0;MQRankSum=1.666;QD=12.78;ReadPosRankSum=1.666;SB=0.107 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,12:9:48:218,0,48 chrXIV 755112 . T TA 756.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.383;DP=49;FS=8.403;HaplotypeScore=54.0604;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.97;MQ0=0;MQRankSum=2.175;QD=15.45;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.311;SB=-2.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,44:41:75:799,75,0 chrXIV 755415 . G GATTTGT 4642 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=576.5467;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.12;MQ0=0;QD=61.08;SB=-8.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,61:64:99:4642,178,0 chrXIV 763294 . G GT 1703.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=24.4255;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.98;MQ0=0;QD=25.82;RPA=5,6;RU=T;SB=-5.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,65:66:99:1746,195,0 chrXIV 764741 . GAT G 390.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=111.2762;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.85;MQ0=0;QD=7.82;RPA=9,8;RU=AT;SB=-2.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,13:50:42:433,42,0 chrXIV 769584 . TATG T 4165 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=214.1939;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.06;MQ0=0;QD=38.56;RPA=3,2;RU=ATG;SB=-1.704e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,101:108:99:4165,265,0 chrXIV 772192 . C CG 706.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=76.5858;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.81;MQ0=0;QD=22.09;RPA=4,5;RU=G;SB=-2.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,27:32:84:749,84,0 chrXIV 772580 . G GTGT 1493.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=249.1485;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.09;MQ0=0;QD=34.74;RPA=2,3;RU=TGT;SB=-4.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,33:40:96:1536,96,0 chrXIV 772612 . CAAAA C,CA 439.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.390;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=229.0233;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=42.11;MQ0=1;MQRankSum=-0.946;QD=9.36;RPA=20,16,17;RU=A;ReadPosRankSum=1.614;SB=-1.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:32,4,0:40:80:518,157,243,80,0,99 chrXIV 776299 . A ATT 600.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.312;DP=56;FS=73.634;HaplotypeScore=336.4964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.43;MQ0=1;MQRankSum=-4.351;QD=10.73;RPA=1,3;RU=T;ReadPosRankSum=-2.093;SB=-8.701e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,19:52:99:640,0,663 chrXIV 776301 . AT A 191.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.864;DP=58;FS=67.624;HaplotypeScore=397.5441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.39;MQ0=1;MQRankSum=5.135;QD=3.31;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.725;SB=0.013;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,20:54:99:231,0,233 chrXIV 776346 . CTGATTATTTT C 4609 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=441.7034;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.47;MQ0=0;QD=49.56;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,70:75:99:4609,181,0 chrXIV 776990 . A AG 1821.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=23.8222;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.41;MQ0=0;QD=30.37;RPA=1,2;RU=G;SB=-6.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,59:60:99:1864,168,0 chrXIV 778850 . TGCA T 3903 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=744.6435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.89;MQ0=0;QD=41.08;RPA=2,1;RU=GCA;SB=-8.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,86:95:99:3903,244,0 chrXIV 779308 . CA C 472.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.562;DP=86;FS=10.968;HaplotypeScore=692.5463;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.02;MQ0=0;MQRankSum=2.030;QD=5.50;RPA=24,23;RU=A;ReadPosRankSum=1.101;SB=-3.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,37:86:52:515,52,0 chrXIV 779375 . GAA G 3137.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=403.0777;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.38;MQ0=0;QD=30.76;RPA=6,4;RU=A;SB=-9.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,94:102:99:3180,268,0 chrXIV 779551 . G GAT 4402 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=222.7740;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.99;MQ0=0;QD=36.38;RPA=1,2;RU=AT;SB=-6.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,118:121:99:4402,316,0 chrXIV 781504 . CT C 564.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.226;DP=42;FS=5.893;HaplotypeScore=249.9728;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.43;MQ0=0;MQRankSum=-2.055;QD=13.45;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=-0.881;SB=-1.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,23:41:99:604,0,478 chrXIV 781512 . T TA 465.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.038;DP=41;FS=16.113;HaplotypeScore=347.1357;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.412;QD=11.37;RPA=3,4;RU=A;ReadPosRankSum=-0.193;SB=-2.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:40:99:505,0,318 chrXIV 781567 . GGT G 909.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.560;DP=52;FS=74.868;HaplotypeScore=789.1100;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.71;MQ0=0;MQRankSum=0.363;QD=17.50;ReadPosRankSum=-2.563;SB=-3.000e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,25:47:99:949,0,185 chrXIV 781573 . C CAT 916.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.477;DP=51;FS=71.866;HaplotypeScore=735.6027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.53;MQ0=0;MQRankSum=0.708;QD=17.98;ReadPosRankSum=-2.770;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,23:46:99:956,0,599 chrXIV 781719 . G GA 448.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.428;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=394.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.48;MQ0=9;MQRankSum=1.156;QD=7.88;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.289;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,32:28:99:488,0,165 chrXIV 781856 . GC G 112.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=181.4972;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.55;MQ0=6;QD=10.20;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,5:5:15:154,15,0 chrXIV 781861 . T TTA 161.23 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=176.5616;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.55;MQ0=6;QD=14.66;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,5:5:15:203,15,0 chrXIV 781868 . CA C 127.23 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=180.0093;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.55;MQ0=6;QD=11.57;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,5:5:15:169,15,0 chrXIV 781870 . CTA C 137.23 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=178.9779;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.55;MQ0=6;QD=12.48;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,5:5:15:179,15,0 chrXIV 782332 . A AAT 1055.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=60.3026;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.61;MQ0=1;QD=40.61;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,25:25:75:1098,75,0 chrXIV 783624 . A AG 184.18 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.751;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=173.2156;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.23;MQ0=0;MQRankSum=0.751;QD=11.51;ReadPosRankSum=-0.751;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,10:9:10:223,0,10 chrXIV 783663 . A AGT 832.73 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.564;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=502.8518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.91;MQ0=5;MQRankSum=2.175;QD=16.01;ReadPosRankSum=-0.671;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,30:32:0:870,0,0 chrXIV 783688 . T TGTG 1146.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.753;DP=231;FS=12.487;HaplotypeScore=1296.9431;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.88;MQ0=14;MQRankSum=1.827;QD=4.97;RPA=3,4;RU=GTG;ReadPosRankSum=2.534;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:179,52:136:99:1186,0,3708 chrXIV 783829 . T TA 89.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.773;DP=37;DS;FS=12.882;HaplotypeScore=236.5947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.80;MQ0=6;MQRankSum=2.846;QD=2.43;ReadPosRankSum=2.268;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,7:20:99:129,0,433 chrXIV 783875 . T TG 105.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.133;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=250.2769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.365;QD=8.15;RPA=2,3;RU=G;ReadPosRankSum=-0.365;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,6:10:63:145,0,63 chrXIV 783883 . G GGTA 347.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.555;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=277.9111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.555;QD=23.20;RPA=1,2;RU=GTA;ReadPosRankSum=-0.370;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,6:12:99:387,0,112 chrXIV 784034 . GGTA G 240.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.579;DP=14;FS=5.229;HaplotypeScore=342.6389;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.28;MQ0=0;MQRankSum=0.290;QD=17.21;ReadPosRankSum=-0.290;SB=-6.896e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,5:13:25:283,25,0 chrXIV 784163 . T TG 253.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.077;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=211.9463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.93;MQ0=3;MQRankSum=-0.234;QD=8.19;RPA=2,3;RU=G;ReadPosRankSum=1.733;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,10:22:99:293,0,103 chrXV 113 . C CT 323.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=275.2778;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.41;MQ0=0;QD=24.92;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,9:12:30:366,30,0 chrXV 172 . AC A 292.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.312;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=617.4285;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.180;QD=10.85;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=0.694;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,12:26:99:332,0,369 chrXV 211 . CA C 433.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.519;DP=19;FS=12.041;HaplotypeScore=511.3120;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.98;MQ0=0;MQRankSum=0.651;QD=22.84;ReadPosRankSum=0.217;SB=-1.408e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,15:19:40:476,40,0 chrXV 424 . TC T 2100.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.834;DP=209;FS=12.623;HaplotypeScore=2173.6183;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.00;MQ0=32;MQRankSum=1.274;QD=10.05;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=1.396;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:108,100:146:99:2140,0,331 chrXV 460 . TTG T 1811.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.018;DP=216;FS=7.896;HaplotypeScore=2573.3159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.08;MQ0=28;MQRankSum=1.251;QD=8.39;ReadPosRankSum=-1.368;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:148,66:161:99:1851,0,3599 chrXV 548 . TC T 2051.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.524;DP=239;DS;FS=33.454;HaplotypeScore=2222.4398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.33;MQ0=3;MQRankSum=-1.912;QD=8.59;ReadPosRankSum=0.256;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:121,115:183:99:2091,0,2987 chrXV 565 . A AC 1838.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.039;DP=204;DS;FS=50.146;HaplotypeScore=2078.4416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.88;MQ0=2;MQRankSum=-3.564;QD=9.01;ReadPosRankSum=0.930;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,87:149:99:1878,0,1479 chrXV 1962 . GA G 774.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.658;DP=82;FS=34.080;HaplotypeScore=411.0673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.55;MQ0=20;MQRankSum=-0.083;QD=9.45;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=-2.204;SB=-2.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,65:47:99:814,0,185 chrXV 4549 . C CA 2721.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=199.6479;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.90;MQ0=0;QD=33.60;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.352e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,80:81:99:2764,237,0 chrXV 4952 . CT C 2479.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=80.3467;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.07;MQ0=0;QD=31.00;RPA=2,1;RU=T;SB=-8.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:80:99:2522,220,0 chrXV 10414 . A AT 7095 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=238;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=172.9763;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.12;MQ0=0;QD=29.81;RPA=1,2;RU=T;SB=-3.515e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,233:238:99:7095,634,0 chrXV 10638 . AT A 5169 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=180;FS=0.000;HaplotypeScore=545.8725;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.72;MQ0=0;QD=28.72;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.707e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,171:180:99:5169,475,0 chrXV 11490 . A ATTT 1859.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.395;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=95.6087;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.77;MQ0=1;MQRankSum=0.423;QD=39.57;RPA=4,7;RU=T;ReadPosRankSum=0.761;SB=-4.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,43:44:77:1902,77,0 chrXV 11950 . CAG CTAAAG,C 6886 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=176;FS=0.000;HaplotypeScore=4956.5505;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=28.75;MQ0=0;QD=39.13;SB=-3.366e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:1,0,143:174:99:6886,1531,1023,934,0,430 chrXV 11957 . G GAT 5801 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.459;DP=160;FS=6.645;HaplotypeScore=4880.5715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.72;MQ0=0;MQRankSum=1.108;QD=36.26;ReadPosRankSum=2.535;SB=-2.402e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,141:158:99:5801,433,0 chrXV 12954 . C CT 1095.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.839;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=451.7590;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.258;QD=12.89;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.989;SB=-1.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,62:85:36:1138,36,0 chrXV 13184 . A AT 1598.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=22.8877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.95;MQ0=0;QD=24.98;RPA=3,4;RU=T;SB=-7.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,58:64:99:1641,171,0 chrXV 14693 . C CT 3092.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.037;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=57.6465;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=0.336;QD=21.04;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.814;SB=-1.541e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,128:147:99:3135,333,0 chrXV 15877 . G GA 2390.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.555;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=136.3192;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.884;QD=20.61;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=1.661;SB=-1.162e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,100:116:99:2433,270,0 chrXV 16299 . GA G 3280 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=580.1284;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.74;MQ0=0;QD=33.47;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.250e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,96:98:99:3280,280,0 chrXV 16813 . GA G 7063 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=236;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=856.6481;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.06;MQ0=0;QD=29.93;RPA=3,2;RU=A;SB=-2.803e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,229:236:99:7063,656,0 chrXV 19348 . TG T 4374 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=176;FS=0.000;HaplotypeScore=383.2534;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.35;MQ0=0;QD=24.85;SB=-1.355e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,166:176:99:4374,447,0 chrXV 31443 . T TCAA 824.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=140.3188;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.44;MQ0=0;QD=43.42;RPA=1,2;RU=CAA;SB=-4.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,17:18:51:867,51,0 chrXV 32019 . TAA T 2206.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=329.3479;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.35;MQ0=0;QD=31.98;RPA=3,1;RU=A;SB=-7.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,61:69:99:2249,153,0 chrXV 32351 . TA T 974.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=435.0147;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.58;MQ0=0;QD=21.19;RPA=5,4;RU=A;SB=-3.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,42:46:99:1017,114,0 chrXV 32396 . G GT 935.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.200;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=432.2307;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.400;QD=24.00;ReadPosRankSum=1.466;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,36:39:99:978,108,0 chrXV 32775 . G GTTCT 5344 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=895.0248;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.69;MQ0=0;QD=54.53;RPA=1,2;RU=TTCT;SB=-2.227e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,83:98:99:5344,271,0 chrXV 32815 . C CTT 4943 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=1453.3277;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.44;MQ0=0;QD=40.85;RPA=1,3;RU=T;SB=-1.913e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,111:121:99:4943,346,0 chrXV 36505 . TAC T 3177.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=210.6740;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.01;MQ0=0;QD=43.53;SB=-1.459e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:73:99:3220,202,0 chrXV 39941 . A AT 4832 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.708;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=583.1696;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.26;MQ0=0;MQRankSum=0.577;QD=31.58;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=1.560;SB=-2.136e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,150:153:99:4832,389,0 chrXV 43492 . TG T 1833.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=464.4797;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.89;MQ0=0;QD=29.11;SB=-5.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:63:99:1876,186,0 chrXV 45897 . AATT A 307.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4821;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=19.25;RPA=7,6;RU=ATT;SB=-4.398e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,9:16:27:350,27,0 chrXV 55102 . CATACTGCGTTATACTGCGTT C 2547.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=10.1702;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.14;MQ0=0;QD=82.19;RPA=4,2;RU=ATACTGCGTT;SB=-1.106e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,17:31:54:2590,54,0 chrXV 60061 . GTT G 1615.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.141;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=37.7020;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.35;MQ0=0;MQRankSum=0.905;QD=24.86;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.596;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,48:65:99:1658,161,0 chrXV 63056 . G GTCA 1843.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.402;DP=102;FS=1.937;HaplotypeScore=102.0224;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.31;MQ0=0;MQRankSum=0.460;QD=18.08;RPA=10,11;RU=TCA;ReadPosRankSum=-1.580;SB=-7.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,54:102:43:1883,0,43 chrXV 70058 . AT A 1806.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=91.0710;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=20.30;RPA=10,9;RU=T;SB=-7.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,85:89:99:1849,245,0 chrXV 77349 . GAT G 5783 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;FS=0.000;HaplotypeScore=1128.9171;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.13;MQ0=0;QD=34.42;RPA=3,2;RU=AT;SB=-1.762e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,154:168:99:5783,448,0 chrXV 77390 . TA T 2659.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=1239.9288;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.61;MQ0=0;QD=21.45;RPA=5,4;RU=A;SB=-7.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,97:124:99:2702,300,0 chrXV 79521 . C CT 1940.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.571;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=133.9289;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.490;QD=16.59;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.121;SB=-8.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,80:117:99:1983,232,0 chrXV 81378 . AT A 567.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=249.6849;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.72;MQ0=0;QD=22.72;RPA=3,2;RU=T;SB=-3.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,20:25:57:610,57,0 chrXV 81638 . ATATG A 6563 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.244;DP=205;FS=0.000;HaplotypeScore=330.5628;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.32;MQ0=0;MQRankSum=0.044;QD=32.01;ReadPosRankSum=1.665;SB=-1.784e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,174:205:99:6563,444,0 chrXV 83362 . C CGA 1629.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=88.3779;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.80;MQ0=1;QD=31.96;RPA=2,3;RU=GA;SB=-4.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,43:50:99:1672,123,0 chrXV 83483 . TG T 3734 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=679.3532;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.21;MQ0=0;QD=32.19;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.845e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,107:116:99:3734,322,0 chrXV 83503 . 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T TAA 6628 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=226;FS=0.000;HaplotypeScore=454.3677;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.41;MQ0=0;QD=29.33;RPA=8,10;RU=A;SB=-3.236e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,185:226:99:6628,600,0 chrXV 92644 . GA G 2423.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=950.5654;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.00;MQ0=1;QD=30.30;SB=-1.193e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:78:99:2466,208,0 chrXV 94096 . AT A 2655.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=168.7558;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.21;MQ0=0;QD=29.84;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.025e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:2698,253,0 chrXV 94613 . GAA G 2244.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.578;DP=108;FS=6.133;HaplotypeScore=591.6040;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.079;QD=20.79;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.970;SB=-5.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,87:108:99:2287,214,0 chrXV 94666 . A AT 4386 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=1482.0621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.66;MQ0=0;QD=29.24;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.771e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,148:150:99:4386,437,0 chrXV 94815 . ACCCCC A 3160.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=328.1336;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.61;MQ0=0;QD=52.68;RPA=14,9;RU=C;SB=-1.002e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,46:60:99:3203,144,0 chrXV 103993 . GTT G 2311.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=147.3916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.67;MQ0=0;QD=27.85;RPA=9,7;RU=T;SB=-5.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,70:83:99:2354,211,0 chrXV 106323 . AAT A 2481.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=123.3845;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.80;MQ0=0;QD=21.96;RPA=7,6;RU=AT;SB=-5.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,78:113:99:2524,214,0 chrXV 110861 . TGATG T 2926.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=72.5760;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=49.61;RPA=2,1;RU=GATG;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,18:59:99:2969,166,0 chrXV 110864 . TGGAT T 2926.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=72.8291;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=48.78;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,0:60:99:2969,166,0 chrXV 113874 . AT A 450.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=26.6659;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=10.74;RPA=9,8;RU=T;SB=-4.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,33:42:65:493,65,0 chrXV 136025 . GA G 3174.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=37.8853;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;QD=25.00;RPA=5,4;RU=A;SB=-8.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,120:127:99:3217,357,0 chrXV 141471 . G GA 855.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.571;DP=128;FS=6.103;HaplotypeScore=118.8149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.414;QD=6.69;RPA=15,16;RU=A;ReadPosRankSum=-1.490;SB=-3.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,35:128:71:895,0,71 chrXV 141555 . GT G 1827.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=48.7649;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;QD=18.46;RPA=8,7;RU=T;SB=-5.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,90:99:99:1870,233,0 chrXV 145188 . TTC T 458.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=13.3415;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=63.29;MQ0=0;QD=28.68;RPA=3,2;RU=TC;SB=-1.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,13:16:45:501,45,0 chrXV 147203 . CTA C 935.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=122.1926;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=19.50;RPA=4,3;RU=TA;SB=-1.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,26:48:81:978,81,0 chrXV 147246 . CA C 1955.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=230.7376;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.03;MQ0=0;QD=32.60;SB=-9.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,54:60:99:1998,172,0 chrXV 160743 . CT C 988.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=76.4636;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.60;MQ0=0;QD=17.35;RPA=8,7;RU=T;SB=-2.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,49:57:99:1031,129,0 chrXV 160931 . AT A 1050.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=100.2323;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=19.46;RPA=7,6;RU=T;SB=-2.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,50:54:99:1093,132,0 chrXV 170473 . C CT 1284.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=17.1904;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=31.34;RPA=1,2;RU=T;SB=-6.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:41:99:1327,114,0 chrXV 180517 . AT A 1382.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=114.5822;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=0;QD=26.60;RPA=4,3;RU=T;SB=-3.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1425,147,0 chrXV 188984 . AGTT A 2619.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=140.2309;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.71;MQ0=0;QD=40.31;RPA=2,1;RU=GTT;SB=-1.192e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,56:65:99:2662,162,0 chrXV 189467 . ATT A 641.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=161.1030;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.16;MQ0=0;QD=19.45;RPA=13,11;RU=T;SB=-2.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,23:33:68:684,68,0 chrXV 193685 . T TTTTTC,TTTTC 4584 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=133.0243;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.57;MQ0=0;QD=36.97;SB=-2.061e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:25,9,65:124:96:4584,1009,730,377,0,96 chrXV 194895 . C CAAAA,CAAA 4160 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.494;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=91.7483;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.99;MQ0=0;MQRankSum=0.815;QD=30.59;RPA=12,16,15;RU=A;ReadPosRankSum=-1.426;SB=-1.426e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:38,75,15:136:79:4160,361,79,1180,0,887 chrXV 200319 . TC T 2594.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=151.2825;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.17;MQ0=0;QD=28.83;RPA=5,4;RU=C;SB=-6.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,87:90:99:2637,259,0 chrXV 213812 . AT A 2450.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=276.1486;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=19.77;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.142e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,116:124:99:2493,323,0 chrXV 216270 . GGTC G 4532 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=204.0332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.25;MQ0=0;QD=47.71;RPA=2,1;RU=GTC;SB=-1.285e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,92:95:99:4532,262,0 chrXV 220727 . 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TAA T 2472.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=857.6089;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.80;MQ0=0;QD=39.89;SB=-8.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,57:62:99:2515,181,0 chrXV 227872 . T TGA 2194.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=856.1504;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.83;MQ0=0;QD=38.51;RPA=1,2;RU=GA;SB=-6.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,52:57:99:2237,165,0 chrXV 228423 . T TA 677.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.340;DP=35;FS=5.509;HaplotypeScore=92.7537;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.924;QD=19.37;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.340;SB=-1.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,31:35:81:720,81,0 chrXV 230020 . CTT C,CT 625.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.878;DP=130;FS=7.601;HaplotypeScore=414.4571;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=49.64;MQ0=0;MQRankSum=-2.465;QD=4.81;RPA=17,15,16;RU=T;ReadPosRankSum=1.164;SB=-2.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:68,15,0:130:99:704,311,774,157,0,154 chrXV 231806 . GA G 2249.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=43.7375;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=19.74;RPA=10,9;RU=A;SB=-2.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,104:114:99:2292,304,0 chrXV 233686 . AT A 3340 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=198.4877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.65;MQ0=0;QD=30.93;SB=-1.339e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:108:99:3340,307,0 chrXV 233865 . A AT 485.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=17.5873;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.32;MQ0=0;QD=16.20;RPA=8,9;RU=T;SB=-2.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,23:30:66:528,66,0 chrXV 234039 . A AC 1458.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=145.6293;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.60;MQ0=0;QD=29.18;RPA=1,2;RU=C;SB=-3.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,45:49:99:1501,132,0 chrXV 234107 . T TG 1111.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=161.1461;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.77;MQ0=0;QD=24.17;RPA=4,5;RU=G;SB=-5.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,40:46:99:1154,120,0 chrXV 235389 . A ACAACAG 1447.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.290;DP=85;FS=11.144;HaplotypeScore=274.8911;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.65;MQ0=0;MQRankSum=5.374;QD=17.03;ReadPosRankSum=-1.453;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,34:85:99:1487,0,609 chrXV 236286 . GCAAGCA G 802.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=14.2049;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.74;MQ0=0;QD=21.70;RPA=5,4;RU=CAAGCA;SB=-2.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,19:37:51:845,51,0 chrXV 236991 . G GCAACAA 4643 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=432.6730;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.90;MQ0=0;QD=59.53;SB=-1.319e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,66:77:99:4643,202,0 chrXV 238200 . CATACTTTTG C 928.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1963;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.78;MQ0=0;QD=61.93;RPA=2,1;RU=ATACTTTTG;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,10:15:33:971,33,0 chrXV 242800 . GTAA G 586.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=107.2409;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.89;MQ0=0;QD=15.45;RPA=6,5;RU=TAA;SB=-8.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,16:38:45:629,45,0 chrXV 242848 . G GT 1040.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=30.0460;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.58;MQ0=0;QD=28.13;RPA=3,4;RU=T;SB=-2.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:99:1083,111,0 chrXV 253989 . T TA 1945.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=426.4647;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.50;MQ0=0;QD=22.11;RPA=6,7;RU=A;SB=-8.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,81:88:99:1988,231,0 chrXV 256152 . TA T 3867 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=51.3523;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=24.17;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.698e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,153:160:99:3867,429,0 chrXV 259459 . GA G 3770 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=34.6709;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.82;MQ0=0;QD=32.50;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.165e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:116:99:3770,328,0 chrXV 269425 . A ATCTTCATCTTCCGCT 3139.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.211;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=183.4540;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.498;QD=59.25;RPA=1,2;RU=TCTTCATCTTCCGCT;ReadPosRankSum=-1.165;SB=-8.387e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,32:53:25:3182,25,0 chrXV 269653 . CG C 2685.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=467.3703;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.86;MQ0=0;QD=33.57;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:80:99:2728,234,0 chrXV 270656 . C CT 1057.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.226;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=101.9928;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.657;QD=20.35;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-1.205;SB=-3.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,45:52:99:1100,114,0 chrXV 271805 . TA T 859.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.238;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=182.8607;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.51;MQ0=0;MQRankSum=0.990;QD=13.87;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.650;SB=-4.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,50:62:99:902,119,0 chrXV 271953 . CT C 600.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.625;DP=43;FS=3.010;HaplotypeScore=452.5241;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.625;QD=13.98;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.516;SB=-2.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,37:43:71:643,71,0 chrXV 271973 . T TCAG 739.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.240;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=626.1263;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.17;MQ0=0;MQRankSum=0.226;QD=11.56;ReadPosRankSum=3.670;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,25:64:99:779,0,689 chrXV 271974 . T TTTTTTCC 2030.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.026;DP=65;FS=8.798;HaplotypeScore=503.3202;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.84;MQ0=0;MQRankSum=1.078;QD=31.25;ReadPosRankSum=3.170;SB=-6.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,25:65:99:2070,0,333 chrXV 274382 . AG A 2280.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=167.0725;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=25.63;RPA=6,5;RU=G;SB=-6.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,82:89:99:2323,237,0 chrXV 274779 . C CT 2339.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=196.3482;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.24;MQ0=1;QD=22.72;RPA=6,7;RU=T;SB=-7.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,100:102:99:2382,279,0 chrXV 277875 . TCATATA T 2252.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=124.6459;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=53.64;SB=-1.052e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,25:42:99:2295,102,0 chrXV 281886 . A AG 2093.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=168.2798;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.69;MQ0=0;QD=36.74;SB=-6.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,55:57:99:2136,168,0 chrXV 282006 . A AG 4222 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=450.5342;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;QD=30.59;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.716e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,129:138:99:4222,373,0 chrXV 282238 . CT C 1335.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=27.0269;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=19.36;RPA=6,5;RU=T;SB=-2.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,64:69:99:1378,159,0 chrXV 285598 . T TA 2463.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.613;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=218.5489;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.015;QD=27.38;RPA=3,4;RU=A;ReadPosRankSum=1.573;SB=-6.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,86:90:99:2506,245,0 chrXV 287987 . A AT 1142.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.067;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=158.3921;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.427;QD=17.86;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.551;SB=-8.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,52:64:99:1185,118,0 chrXV 288282 . AT A 430.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=73.6439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.31;MQ0=0;QD=12.31;RPA=7,6;RU=T;SB=-2.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,32:35:57:473,57,0 chrXV 290573 . CT C 918.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.833;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=58.0166;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.115;QD=11.21;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.287;SB=-1.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,52:82:73:961,73,0 chrXV 292246 . 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ACTGTTAGTT A 5124 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=289.6615;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=106.75;SB=-1.568e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:5124,144,0 chrXV 298968 . AT A 1231.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=99.6370;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.25;MQ0=0;QD=21.61;RPA=6,5;RU=T;SB=-3.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,49:57:99:1274,147,0 chrXV 299034 . GT G 1101.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=182.2557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.10;MQ0=0;QD=20.41;RPA=5,4;RU=T;SB=-4.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,49:54:99:1144,126,0 chrXV 299706 . AT A 1615.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=182.4245;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.38;MQ0=0;QD=19.95;RPA=8,7;RU=T;SB=-2.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,78:81:99:1658,209,0 chrXV 300684 . TGAAA T 2977.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=332.4854;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.25;MQ0=0;QD=56.19;SB=-1.483e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:53:99:3020,153,0 chrXV 301070 . GTC G 5034 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=628.5616;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.45;MQ0=0;QD=43.40;SB=-1.394e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,114:116:99:5034,340,0 chrXV 301214 . A AAATAG 6466 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=156.0640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.97;MQ0=0;QD=62.17;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,81:104:99:6466,277,0 chrXV 301304 . ATGTG A 3651 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=63.4243;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.61;MQ0=0;QD=36.51;RPA=8,6;RU=TG;SB=-1.343e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,55:99:99:3651,220,0 chrXV 303175 . GT G 1077.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.666;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=46.4931;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.533;QD=15.85;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.333;SB=-4.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,49:68:99:1120,132,0 chrXV 304940 . C CT 1076.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.485;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=25.4342;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=0.139;QD=18.57;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.594;SB=-4.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,47:58:99:1119,126,0 chrXV 307241 . GTCATCGTCTTCA G 5393 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=27.6438;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.54;MQ0=0;QD=79.31;RPA=2,1;RU=TCATCGTCTTCA;SB=-9.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,34:68:99:5393,162,0 chrXV 312985 . CTA C 2413.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=148.8461;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.86;MQ0=0;QD=25.41;RPA=3,2;RU=TA;SB=-7.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,74:95:99:2456,204,0 chrXV 315030 . C CTT 1523.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.901;DP=67;FS=1.396;HaplotypeScore=225.8899;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.309;QD=22.75;ReadPosRankSum=1.835;SB=-7.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,46:67:71:1566,71,0 chrXV 315031 . C CT 873.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.317;DP=69;FS=1.358;HaplotypeScore=292.8999;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.27;MQ0=0;MQRankSum=1.495;QD=12.67;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=2.624;SB=-4.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,46:69:61:916,61,0 chrXV 315600 . A AT 1508.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=119.1948;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.67;MQ0=0;QD=29.02;RPA=1,2;RU=T;SB=-6.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,49:52:99:1551,144,0 chrXV 316411 . ACGAGGC A 986.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.932;DP=27;FS=21.426;HaplotypeScore=273.8807;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.45;MQ0=0;MQRankSum=-2.010;QD=36.55;ReadPosRankSum=2.243;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,17:27:99:1026,0,422 chrXV 316418 . TTACCGAC T 1181.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.932;DP=26;FS=21.426;HaplotypeScore=247.6506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.44;MQ0=0;MQRankSum=-2.651;QD=45.46;ReadPosRankSum=3.932;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,17:26:99:1221,0,447 chrXV 323107 . GAGGT G 3788 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=133.0779;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.10;MQ0=0;QD=56.54;RPA=2,1;RU=AGGT;SB=-1.428e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:3788,196,0 chrXV 325064 . GT G 1593.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=25.2797;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=19.68;RPA=10,9;RU=T;SB=-7.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,77:81:99:1636,215,0 chrXV 326195 . CATATATAT C 1010.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=52.8219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=17.74;RPA=13,9;RU=AT;SB=-2.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,15:57:51:1053,51,0 chrXV 326434 . TCATCACTG T 778.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=112.4421;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.07;MQ0=0;QD=64.92;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:12:24:821,24,0 chrXV 326668 . T TG 668.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=82.1614;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.72;MQ0=0;QD=27.87;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,21:24:63:711,63,0 chrXV 333432 . G GAA,GA 1084.99 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.517;DP=118;FS=1.721;HaplotypeScore=346.4229;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.51;MQ0=0;MQRankSum=0.940;QD=9.19;RPA=13,15,14;RU=A;ReadPosRankSum=0.000;SB=-5.341e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:39,6,68:118:55:1163,705,725,150,0,55 chrXV 340289 . T TAA 2328.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=185.7762;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.89;MQ0=0;QD=26.47;RPA=8,10;RU=A;SB=-2.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,67:88:99:2371,217,0 chrXV 340510 . A AT 3422 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.435;DP=124;FS=2.598;HaplotypeScore=239.5086;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.49;MQ0=0;MQRankSum=0.350;QD=27.60;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=0.350;SB=-1.230e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,118:124:99:3422,282,0 chrXV 343483 . CG C 1642.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=30.6919;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.43;MQ0=0;QD=32.86;SB=-7.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1685,141,0 chrXV 344858 . CCGT C 348.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.637;DP=27;FS=4.100;HaplotypeScore=299.9348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.179;QD=12.92;ReadPosRankSum=0.298;SB=-7.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,9:24:99:388,0,776 chrXV 344930 . CCGT C 366.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.612;DP=34;FS=3.992;HaplotypeScore=472.7209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.49;MQ0=1;MQRankSum=-0.941;QD=10.79;ReadPosRankSum=0.612;SB=-7.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,9:32:99:406,0,590 chrXV 345038 . CCGT C 735.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=343.4773;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.10;MQ0=1;QD=32.00;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,15:18:45:778,45,0 chrXV 347482 . AT A 942.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=17.4482;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;QD=23.57;RPA=4,3;RU=T;SB=-2.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,39:40:99:985,102,0 chrXV 347956 . T TG 2626.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=233.8811;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.03;MQ0=0;QD=33.68;SB=-1.243e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,74:78:99:2669,223,0 chrXV 348587 . TC T 1598.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=213.0318;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.34;MQ0=0;QD=23.17;SB=-6.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,48:69:99:1641,175,0 chrXV 348630 . GA G 924.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.438;DP=70;FS=5.260;HaplotypeScore=175.7983;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=1.364;QD=13.21;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.995;SB=-2.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,51:70:99:967,115,0 chrXV 349580 . GAA G 2820.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=50.4581;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.85;MQ0=0;QD=18.56;RPA=13,11;RU=A;SB=-1.143e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,110:152:99:2863,261,0 chrXV 356864 . AT A 1512.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=29.5597;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.41;MQ0=0;QD=19.91;RPA=9,8;RU=T;SB=-7.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,70:76:99:1555,206,0 chrXV 368066 . C CTT 3530 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=130.5088;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.97;MQ0=0;QD=32.99;RPA=4,6;RU=T;SB=-1.345e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,99:107:99:3530,295,0 chrXV 370888 . C CG 5661 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=49.5660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.56;MQ0=0;QD=35.38;SB=-2.321e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,158:160:99:5661,463,0 chrXV 371524 . TA T 2448.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=260.9763;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.54;MQ0=0;QD=22.68;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.140e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,101:108:99:2491,223,0 chrXV 383126 . GA G 2137.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.586;DP=122;FS=4.521;HaplotypeScore=277.9092;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=0.901;QD=17.52;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-2.559;SB=-2.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,101:122:99:2180,257,0 chrXV 386646 . CT C 1462.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=33.3168;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=20.04;RPA=10,9;RU=T;SB=-5.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,71:73:99:1505,200,0 chrXV 389452 . ACAT A 8190 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=185;FS=0.000;HaplotypeScore=646.7114;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.10;MQ0=0;QD=44.27;RPA=3,2;RU=CAT;SB=-1.176e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,165:185:99:8190,503,0 chrXV 389478 . A AT 7448 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=211;FS=0.000;HaplotypeScore=860.6007;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.40;MQ0=0;QD=35.30;SB=-1.578e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,192:211:99:7448,569,0 chrXV 389603 . A AT 2927.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=369.4656;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.95;MQ0=0;QD=38.53;SB=-1.207e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,72:76:99:2970,223,0 chrXV 389607 . C CA 1972.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=471.7937;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.62;MQ0=0;QD=25.96;RPA=2,3;RU=A;SB=-8.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,67:76:99:2015,201,0 chrXV 389708 . A AT 3384 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=45.3261;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.13;MQ0=0;QD=27.07;RPA=3,4;RU=T;SB=-5.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,119:125:99:3384,346,0 chrXV 391987 . A AT 640.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=10.1960;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.40;MQ0=0;QD=18.31;RPA=6,7;RU=T;SB=-2.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,31:35:81:683,81,0 chrXV 397082 . GTCA G 3394 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=27.9138;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.52;MQ0=0;QD=49.91;SB=-9.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,65:68:99:3394,196,0 chrXV 397394 . TA T 1511.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=30.4822;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=18.67;RPA=9,8;RU=A;SB=-4.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,73:81:99:1554,200,0 chrXV 397478 . GA G 566.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.640;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=31.8732;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.085;QD=12.06;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.195;SB=-2.778e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,26:47:41:609,41,0 chrXV 410147 . TA T 2187.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=265.2269;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.14;MQ0=0;QD=28.79;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.030e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,75:76:99:2230,216,0 chrXV 410742 . G GT 2096.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=407.4426;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.76;MQ0=0;QD=19.78;RPA=7,8;RU=T;SB=-2.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,89:106:99:2139,258,0 chrXV 412675 . AT A 161.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=15.7186;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.25;MQ0=0;QD=5.06;RPA=15,14;RU=T;SB=-3.998e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,17:32:32:204,32,0 chrXV 414171 . G GT 6796 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=212;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=485.5793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.58;MQ0=0;QD=32.06;SB=-1.582e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:51,149:212:99:6796,577,0 chrXV 414229 . CG C 4469 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=486.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.17;MQ0=0;QD=30.20;RPA=3,2;RU=G;SB=-5.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,139:148:99:4469,400,0 chrXV 417837 . T TC 1950.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=68.7283;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;QD=30.01;RPA=3,4;RU=C;SB=-7.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:65:99:1993,195,0 chrXV 418353 . G GA 968.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=12.6999;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=21.06;RPA=6,7;RU=A;SB=-4.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,33:46:99:1011,120,0 chrXV 418498 . T TA 2820.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=413.5230;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=22.57;RPA=4,5;RU=A;SB=-9.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,117:125:99:2863,312,0 chrXV 422652 . C CA 1592.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=181.6806;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.36;MQ0=0;QD=24.14;RPA=3,4;RU=A;SB=-5.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,65:66:99:1635,171,0 chrXV 423979 . GA G 1399 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=43.3115;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;QD=14.28;RPA=12,11;RU=A;SB=-5.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,72:98:99:1441,206,0 chrXV 426244 . CT C 763.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=13.9827;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.21;MQ0=0;QD=16.61;RPA=10,9;RU=T;SB=-3.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,39:46:99:806,107,0 chrXV 427905 . TTCATCG T 2033.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.894;DP=87;FS=5.424;HaplotypeScore=877.0500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.91;MQ0=0;MQRankSum=2.383;QD=23.38;ReadPosRankSum=0.325;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,52:87:99:2073,0,274 chrXV 427935 . GTCGTCA G 1841.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=731.8342;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.444;QD=34.11;ReadPosRankSum=1.444;SB=-4.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,23:54:89:1884,89,0 chrXV 429940 . C CT 1457.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=113.2042;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.40;MQ0=0;QD=20.53;RPA=7,8;RU=T;SB=-7.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,63:71:99:1500,180,0 chrXV 432058 . CT C 2542.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=23.9436;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.06;MQ0=0;QD=35.32;SB=-9.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2585,205,0 chrXV 433621 . G GA 632.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.036;DP=46;FS=12.771;HaplotypeScore=24.6143;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.432;QD=13.74;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.389;SB=-8.527e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,32:46:15:674,15,0 chrXV 436846 . C CT 1185.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=98.1130;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=26.35;RPA=4,5;RU=T;SB=-5.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,44:45:99:1228,132,0 chrXV 444498 . ATTT AT,A 664.97 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.834;DP=56;FS=4.058;HaplotypeScore=128.0705;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=1.244;QD=11.87;RPA=18,16,15;RU=T;ReadPosRankSum=1.936;SB=-2.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:32,0,4:56:57:743,129,57,371,0,399 chrXV 448417 . AAC A 2613.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.840;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=53.7893;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.10;MQ0=0;MQRankSum=1.417;QD=33.95;ReadPosRankSum=1.627;SB=-4.100e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,67:76:99:2656,176,0 chrXV 457827 . G GT 1727.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=89.4533;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=25.79;RPA=2,3;RU=T;SB=-6.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1770,177,0 chrXV 462157 . A AT 923.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.655;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=25.1393;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=1.270;QD=18.48;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.577;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,40:50:99:966,123,0 chrXV 462267 . T TG 973.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=11.8474;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=27.05;RPA=5,6;RU=G;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:99:1016,108,0 chrXV 463620 . C CA 2736.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=38.8536;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;QD=25.11;RPA=5,6;RU=A;SB=-9.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,105:109:99:2779,312,0 chrXV 464204 . ATT A 890.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=321.9579;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.29;MQ0=0;QD=28.74;RPA=8,6;RU=T;SB=-2.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,28:31:81:933,81,0 chrXV 464228 . TA T 1344.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=614.4094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.47;MQ0=0;QD=24.02;RPA=5,4;RU=A;SB=-6.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,53:55:99:1387,156,0 chrXV 464325 . G GA 2671.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.640;DP=80;FS=4.949;HaplotypeScore=315.0707;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.30;MQ0=0;MQRankSum=0.993;QD=33.40;ReadPosRankSum=1.363;SB=-8.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,76:80:99:2714,186,0 chrXV 464395 . T TTATTAAAATAGAGC 5003 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=78.2399;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.47;MQ0=0;QD=125.08;SB=-6.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,23:40:99:5003,111,0 chrXV 467927 . A AT 5469 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=52.9012;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=33.76;SB=-2.537e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,157:162:99:5469,430,0 chrXV 469286 . A AC 3397 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=36.1925;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;QD=35.02;SB=-7.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:97:99:3397,286,0 chrXV 479254 . A AT 198.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=16.1989;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.16;MQ0=0;QD=9.95;RPA=4,5;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,16:20:27:241,27,0 chrXV 483090 . G GT 1158.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.249;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=44.3862;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.141;QD=13.63;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.011;SB=-1.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,61:85:69:1201,69,0 chrXV 489778 . CATAT C 2774.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=48.7658;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;QD=30.16;RPA=9,7;RU=AT;SB=-2.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,53:92:99:2817,157,0 chrXV 491013 . CAAAA C 2706.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=39.2707;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.07;MQ0=0;QD=41.01;RPA=14,10;RU=A;SB=-8.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,56:66:99:2749,177,0 chrXV 493208 . TG T 1690.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=22.0973;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=30.74;RPA=2,1;RU=G;SB=-4.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:55:99:1733,150,0 chrXV 494898 . A AT 4265 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;FS=0.000;HaplotypeScore=64.7063;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.89;MQ0=0;QD=26.17;RPA=2,3;RU=T;SB=-2.044e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,154:163:99:4265,415,0 chrXV 504672 . A AG 1212.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=69.7311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.34;MQ0=0;QD=24.26;RPA=5,6;RU=G;SB=-3.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,47:50:99:1255,132,0 chrXV 511735 . G GCT 4377 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=293.2756;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.39;MQ0=0;QD=37.73;SB=-2.087e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:116:99:4377,337,0 chrXV 514857 . C CT 2044.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=41.9780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=37.18;SB=-9.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,51:55:99:2087,162,0 chrXV 514910 . G GAA 893.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=104.1442;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.78;MQ0=0;QD=22.92;RPA=11,13;RU=A;SB=-1.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,24:39:94:936,94,0 chrXV 515035 . G GT 1898.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=55.3733;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.53;MQ0=0;QD=23.16;RPA=6,7;RU=T;SB=-9.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,80:82:99:1941,225,0 chrXV 520173 . TG T 1243.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=70.8579;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;QD=30.34;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:41:99:1286,117,0 chrXV 521062 . GA G 1792.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=186.3380;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.43;MQ0=0;QD=18.48;RPA=9,8;RU=A;SB=-7.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,79:97:99:1835,233,0 chrXV 522252 . G GA 2433.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=116.4050;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.14;MQ0=0;QD=26.46;RPA=3,4;RU=A;SB=-3.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,87:92:99:2476,258,0 chrXV 522809 . ATG A 440.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.059;DP=67;FS=9.490;HaplotypeScore=35.3600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.02;MQ0=0;MQRankSum=-3.894;QD=6.58;ReadPosRankSum=-2.209;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,27:65:99:480,0,706 chrXV 531368 . GC G 923.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=75.6723;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.90;MQ0=0;QD=28.00;RPA=3,2;RU=C;SB=-2.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,32:33:90:966,90,0 chrXV 533639 . C CTAG 1873.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=112.8690;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.59;MQ0=0;QD=37.48;RPA=1,2;RU=TAG;SB=-8.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,36:50:99:1916,114,0 chrXV 535166 . T TAACAAC 8229 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;FS=0.000;HaplotypeScore=55.4048;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.40;MQ0=0;QD=50.18;RPA=8,10;RU=AAC;SB=-2.851e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,124:164:99:8229,382,0 chrXV 536839 . CTT C 483.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=12.8271;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.78;MQ0=0;QD=22.00;RPA=13,11;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,16:22:51:526,51,0 chrXV 536934 . TTC T 1229.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=21.2261;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.06;MQ0=0;QD=31.54;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,36:39:99:1272,110,0 chrXV 537250 . GT G 630.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=86.9412;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=21.03;RPA=8,7;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,11:30:89:673,89,0 chrXV 548566 . GC G 2514.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=143.6455;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.11;MQ0=0;QD=33.09;RPA=2,1;RU=C;SB=-3.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:76:99:2557,223,0 chrXV 548768 . CA C 1090.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=10.9772;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.19;MQ0=0;QD=28.71;RPA=3,2;RU=A;SB=-5.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:99:1133,108,0 chrXV 566769 . AAT A 4106 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.586;DP=106;FS=4.807;HaplotypeScore=48.6482;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.74;MQ0=1;MQRankSum=0.117;QD=38.74;ReadPosRankSum=0.032;SB=-6.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,102:105:99:4106,188,0 chrXV 571814 . GA G 1884.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.751;DP=68;FS=17.782;HaplotypeScore=692.1839;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.404;QD=27.72;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.346;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,66:68:99:1927,150,0 chrXV 571828 . C CGTAAAG 4242 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=596.4732;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.05;MQ0=0;QD=62.38;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,49:68:99:4242,172,0 chrXV 571865 . GACATTAAT G 4678 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=416.8259;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.27;MQ0=0;QD=88.26;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:53:99:4678,147,0 chrXV 572170 . G GT 1042.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.725;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=163.1102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.65;MQ0=0;MQRankSum=0.725;QD=13.04;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=0.165;SB=-2.947e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,49:80:83:1085,83,0 chrXV 577841 . C CT 1581.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=180.5796;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.51;MQ0=0;QD=27.28;RPA=3,4;RU=T;SB=-8.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,55:58:99:1624,165,0 chrXV 578511 . T TA 5751 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=218;FS=0.000;HaplotypeScore=71.3251;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.67;MQ0=0;QD=26.38;RPA=3,4;RU=A;SB=-2.577e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,210:218:99:5751,595,0 chrXV 579517 . ACAT A 1977.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=31.5649;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.60;MQ0=0;QD=31.40;RPA=8,7;RU=CAT;SB=-2.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,50:63:99:2020,141,0 chrXV 581681 . A AAAAG 333.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.30;MQ0=0;QD=33.40;RPA=1,2;RU=AAAG;SB=-1.737e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:10:30:376,30,0 chrXV 594280 . T TAA 4344 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=473.6230;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.92;MQ0=0;QD=35.32;RPA=3,5;RU=A;SB=-5.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,111:123:99:4344,340,0 chrXV 594663 . T TGTTGG 3023.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=14.5791;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.08;MQ0=0;QD=68.73;SB=-7.800e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,38:44:99:3066,120,0 chrXV 601085 . C CT 2996.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=232.2210;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.40;MQ0=0;QD=26.76;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.401e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,108:112:99:3039,313,0 chrXV 606302 . A AT 1903.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=431.0330;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.57;MQ0=0;QD=19.83;RPA=6,7;RU=T;SB=-7.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,81:96:99:1946,231,0 chrXV 608649 . A AT 1801.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.593;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=340.4581;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.18;MQ0=0;MQRankSum=0.076;QD=18.77;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.015;SB=-3.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,82:96:99:1844,193,0 chrXV 609382 . TATTAGAAGC T 6230 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=136.9079;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.70;MQ0=0;QD=70.80;RPA=2,1;RU=ATTAGAAGC;SB=-2.984e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,60:88:99:6230,184,0 chrXV 618738 . C CATATAT 3641 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=255.0490;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.66;MQ0=0;QD=46.09;RPA=4,7;RU=AT;SB=-1.626e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,45:79:99:3641,147,0 chrXV 619447 . AC A 1828.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=357.8442;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.50;MQ0=0;QD=31.53;RPA=3,2;RU=C;SB=-3.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,56:58:99:1871,171,0 chrXV 619646 . TTATTATCATA T 3722 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=176.7894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.52;MQ0=0;QD=112.79;SB=-7.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:33:90:3722,90,0 chrXV 619765 . T TAG 1966.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=263.3481;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.44;MQ0=0;QD=40.98;RPA=1,2;RU=AG;SB=-4.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,46:48:99:2009,138,0 chrXV 624475 . AT A 252.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1429;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.40;MQ0=0;QD=11.00;RPA=10,9;RU=T;SB=-1.349e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,17:23:39:295,39,0 chrXV 626533 . T TTGAGCAC 12215 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=947.3967;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.47;MQ0=0;QD=86.02;SB=-5.829e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,110:142:99:12215,415,0 chrXV 626541 . G GA 3592 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=1657.2371;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.23;MQ0=0;QD=25.12;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.611e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,138:143:99:3592,411,0 chrXV 636852 . G GA 1139.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=129.3517;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=18.39;RPA=6,7;RU=A;SB=-2.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,47:62:99:1182,138,0 chrXV 639384 . T TA 1469.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=301.0557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.54;MQ0=0;QD=24.50;RPA=3,4;RU=A;SB=-6.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,56:60:99:1512,156,0 chrXV 642299 . T TG 2209.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=197.2195;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.51;MQ0=0;QD=29.47;RPA=2,3;RU=G;SB=-1.111e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,73:75:99:2252,208,0 chrXV 642737 . C CA 1859.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=43.6955;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.92;MQ0=0;QD=23.25;RPA=4,5;RU=A;SB=-7.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,74:80:99:1902,204,0 chrXV 644403 . AT A 2799.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=378.6957;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.55;MQ0=0;QD=21.21;RPA=7,6;RU=T;SB=-7.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,118:132:99:2842,344,0 chrXV 649129 . GA G 1284.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=20.3170;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.36;MQ0=0;QD=18.90;RPA=10,9;RU=A;SB=-4.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,65:68:99:1327,176,0 chrXV 657103 . T TGGGGG 745.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=61.2546;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.44;MQ0=0;QD=28.69;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,6:26:51:788,51,0 chrXV 657250 . T TG 2295.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=319.0063;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.61;MQ0=0;QD=33.27;SB=-8.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,68:69:99:2338,195,0 chrXV 662028 . TA T 697.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=70.0776;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.09;MQ0=0;QD=18.86;RPA=6,5;RU=A;SB=-3.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,30:37:92:740,92,0 chrXV 663806 . T TA 1061.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.346;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=120.6145;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.808;QD=17.41;RPA=5,6;RU=A;ReadPosRankSum=1.501;SB=-4.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,41:60:99:1104,110,0 chrXV 663944 . AACCGG A 5581 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=242.9011;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.22;MQ0=0;QD=62.71;RPA=2,1;RU=ACCGG;SB=-2.769e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,82:89:99:5581,247,0 chrXV 665146 . A ATAC 671.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.496;DP=26;FS=11.461;HaplotypeScore=31.4874;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.03;MQ0=3;MQRankSum=1.488;QD=25.81;ReadPosRankSum=-0.496;SB=-1.196e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,13:22:8:712,8,0 chrXV 665416 . GA G 1585.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=94.2013;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.21;MQ0=0;QD=21.43;RPA=7,6;RU=A;SB=-5.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,70:74:99:1628,195,0 chrXV 667734 . TAA T 182.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=36.1789;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=15.25;RPA=15,13;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,7:12:24:225,24,0 chrXV 669123 . C CTTTTCCTTTTCGTTTTCG 7572 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=23.8080;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.42;MQ0=0;QD=148.47;SB=-3.278e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,27:51:99:7572,144,0 chrXV 670429 . GA G 2092.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.657;DP=101;FS=4.867;HaplotypeScore=262.3792;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.27;MQ0=0;MQRankSum=1.431;QD=20.72;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=1.356;SB=-6.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,98:99:99:2135,268,0 chrXV 670723 . G GAAAAA 2703.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.438;DP=74;FS=2.962;HaplotypeScore=141.1064;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.182;QD=36.54;RPA=11,16;RU=A;ReadPosRankSum=-1.438;SB=-1.082e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,36:73:99:2746,147,0 chrXV 670767 . GAAAA G 719.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.476;DP=75;FS=15.332;HaplotypeScore=267.9202;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.48;MQ0=0;MQRankSum=1.427;QD=9.60;RPA=19,15;RU=A;ReadPosRankSum=3.037;SB=-3.252e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,17:73:99:759,0,173 chrXV 673205 . AT A 501.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=38.7861;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.56;MQ0=0;QD=13.57;RPA=12,11;RU=T;SB=-2.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,27:37:78:544,78,0 chrXV 673631 . G GC 1418.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=242.2827;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.73;MQ0=0;QD=34.61;SB=-6.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:1461,117,0 chrXV 675721 . G GT 1401.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.191;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=275.1704;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.271;QD=17.75;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.137;SB=-4.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,65:79:99:1444,167,0 chrXV 678393 . GAA G 1253.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=18.0870;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.32;MQ0=0;QD=27.26;RPA=12,10;RU=A;SB=-3.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,39:46:99:1296,123,0 chrXV 678660 . TGG T 3190.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=131.1970;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.04;MQ0=0;QD=35.46;RPA=4,2;RU=G;SB=-3.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,84:89:99:3233,226,0 chrXV 680779 . CA C 1640.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=24.3057;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.63;MQ0=0;QD=20.26;RPA=7,6;RU=A;SB=-3.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,72:81:99:1683,201,0 chrXV 682222 . C CCATTTT 6648 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=40.8476;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.68;MQ0=0;QD=59.36;SB=-3.202e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,96:112:99:6648,289,0 chrXV 682436 . G GA 1650.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=502.1161;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.75;MQ0=0;QD=22.31;RPA=7,8;RU=A;SB=-5.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,67:74:99:1693,201,0 chrXV 682471 . AAGACCACTTG A 7041 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=161.6300;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.01;MQ0=0;QD=93.88;RPA=2,1;RU=AGACCACTTG;SB=-2.270e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,61:75:99:7041,187,0 chrXV 698289 . AT A 1115.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.586;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=205.2958;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.287;QD=11.87;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.692;SB=-5.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,72:94:66:1158,66,0 chrXV 700712 . AAAGAAAAAAGAG A 9124 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=31.7841;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.56;MQ0=0;QD=86.90;RPA=2,1;RU=AAGAAAAAAGAG;SB=-3.465e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,84:105:99:9124,244,0 chrXV 701735 . ACACTTTTTAC A 5191 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=15.9558;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.95;MQ0=0;QD=112.85;SB=-2.538e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,43:46:99:5191,132,0 chrXV 710308 . TC T 2212.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=190.9514;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.90;MQ0=0;QD=30.74;RPA=2,1;RU=C;SB=-3.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,69:71:99:2255,202,0 chrXV 710359 . T TA 683.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.291;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=130.2852;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.89;MQ0=0;MQRankSum=0.347;QD=13.68;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.458;SB=-2.208e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,34:49:33:726,33,0 chrXV 715336 . A AT 627.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3698;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;QD=20.93;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,26:30:81:670,81,0 chrXV 717016 . CA C 995.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=106.9312;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.17;MQ0=0;QD=21.65;RPA=5,4;RU=A;SB=-4.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,42:46:99:1038,114,0 chrXV 720202 . GAAAA G 3863 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=46.0552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.49;MQ0=0;QD=36.79;RPA=13,9;RU=A;SB=-1.928e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,78:105:99:3863,232,0 chrXV 721800 . ATT A 3800 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.310;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=754.3200;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.350;QD=28.15;RPA=11,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.510;SB=-1.840e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,115:135:99:3800,361,0 chrXV 721829 . 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G GT 1389.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=17.8230;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.79;MQ0=0;QD=24.39;RPA=7,8;RU=T;SB=-4.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1432,168,0 chrXV 741753 . T TA 1850.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=26.5040;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;QD=27.22;RPA=2,3;RU=A;SB=-8.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,52:67:99:1893,189,0 chrXV 741984 . G GT 2183.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=32.3104;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.84;MQ0=0;QD=23.74;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.093e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,87:92:99:2226,258,0 chrXV 742445 . TA T 1118.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=134.8365;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.48;MQ0=0;QD=19.98;RPA=8,7;RU=A;SB=-4.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,53:56:99:1161,144,0 chrXV 742492 . T TA 1286.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=176.8277;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.20;MQ0=0;MQRankSum=0.551;QD=27.38;ReadPosRankSum=1.496;SB=-5.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,43:47:99:1329,125,0 chrXV 744448 . G GA 1627.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=159.5314;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.32;MQ0=0;QD=25.84;RPA=3,4;RU=A;SB=-5.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,62:63:99:1670,174,0 chrXV 745306 . C CAA,CAAA 1087.97 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.471;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=68.2223;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.77;MQ0=0;MQRankSum=0.041;QD=15.11;RPA=14,16,17;RU=A;ReadPosRankSum=0.613;SB=-2.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:23,38,7:72:58:1166,118,58,409,0,408 chrXV 751669 . TTGG T 2714.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.247;DP=75;FS=4.771;HaplotypeScore=25.0345;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.137;QD=36.20;RPA=4,3;RU=TGG;ReadPosRankSum=1.127;SB=-9.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,67:75:99:2757,142,0 chrXV 759644 . AT A 835.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=243.3731;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.24;MQ0=0;QD=14.67;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,28:57:99:878,124,0 chrXV 759646 . AT A 617.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.016;DP=53;FS=4.536;HaplotypeScore=246.7383;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.68;MQ0=0;MQRankSum=1.252;QD=11.66;ReadPosRankSum=2.950;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,24:53:57:660,57,0 chrXV 761551 . GA G 1143.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.640;DP=63;FS=5.726;HaplotypeScore=21.1684;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.05;MQ0=0;MQRankSum=0.640;QD=18.16;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.170;SB=-1.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,56:63:99:1186,119,0 chrXV 762569 . GT G 993.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=71.8361;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.94;MQ0=0;QD=27.61;RPA=2,1;RU=T;SB=-4.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,33:36:93:1036,93,0 chrXV 763037 . A AAAT 1727.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=18.2885;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.69;MQ0=1;QD=37.56;RPA=1,2;RU=AAT;SB=-5.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,42:45:99:1770,108,0 chrXV 768266 . GAA G 1218.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.413;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=167.4570;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.19;MQ0=0;MQRankSum=1.719;QD=19.66;RPA=14,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.544;SB=-4.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,26:62:99:1261,129,0 chrXV 768281 . TA T 581.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.383;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=218.7907;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.82;MQ0=0;MQRankSum=-2.328;QD=8.95;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.324;SB=-2.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,36:64:50:624,50,0 chrXV 768666 . TGAC T 2566.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=207.5974;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=63.35;MQ0=0;QD=26.74;RPA=7,6;RU=GAC;SB=-4.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,69:96:99:2609,207,0 chrXV 769810 . T TA 325.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.228;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=25.2073;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.506;QD=9.57;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.502;SB=-5.481e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,18:34:15:367,15,0 chrXV 769933 . AT A 1250.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.922;DP=85;FS=2.933;HaplotypeScore=70.9423;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.27;MQ0=0;MQRankSum=0.672;QD=14.72;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=2.517;SB=-3.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,64:85:99:1293,150,0 chrXV 770624 . GTT G,GT 574.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.310;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=64.6623;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.57;MQ0=0;MQRankSum=1.315;QD=7.28;RPA=18,16,17;RU=T;ReadPosRankSum=2.310;SB=-2.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:26,26,0:78:95:653,125,95,365,0,284 chrXV 772325 . GA G 2291.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=22.0804;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.14;MQ0=0;QD=32.74;RPA=2,1;RU=A;SB=-3.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,68:70:99:2334,199,0 chrXV 775403 . CTT C 4346 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=246.4958;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.25;MQ0=0;QD=37.15;RPA=4,2;RU=T;SB=-1.422e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,113:117:99:4346,310,0 chrXV 775469 . AT A 1679.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=233.8296;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.19;MQ0=0;QD=21.27;RPA=5,4;RU=T;SB=-2.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,66:79:99:1722,195,0 chrXV 779815 . A AT 2115.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=434.7565;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.89;MQ0=0;QD=32.55;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:99:2158,174,0 chrXV 781913 . C CTG 2357.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=208.6776;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.92;MQ0=0;QD=39.97;RPA=1,2;RU=TG;SB=-8.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,55:59:99:2400,166,0 chrXV 783508 . GA G 770.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=101.6964;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.02;MQ0=0;QD=30.84;RPA=2,1;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:72:813,72,0 chrXV 787005 . GA G 2739.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=549.6817;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.19;MQ0=0;QD=20.30;RPA=9,8;RU=A;SB=-6.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,126:135:99:2782,359,0 chrXV 795455 . G GGA 2208.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.546;DP=74;FS=2.898;HaplotypeScore=41.9971;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.723;QD=29.85;ReadPosRankSum=1.675;SB=-9.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,61:74:99:2251,180,0 chrXV 798499 . GA G 918.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=24.3624;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.98;MQ0=0;QD=13.72;RPA=11,10;RU=A;SB=-4.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,49:67:99:961,133,0 chrXV 804279 . AG A 1536.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=189.6784;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.36;MQ0=0;QD=26.50;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,46:58:99:1579,161,0 chrXV 804922 . A AT 519.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.996;DP=98;FS=4.611;HaplotypeScore=109.6347;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.405;QD=5.31;RPA=16,17;RU=T;ReadPosRankSum=1.080;SB=-2.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,18:98:99:559,0,287 chrXV 807247 . A AATAG 3050.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=94.0213;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.58;MQ0=0;QD=44.87;SB=-9.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,51:68:99:3093,151,0 chrXV 813962 . TC T 970.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=100.6346;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.71;MQ0=0;QD=22.07;RPA=8,7;RU=C;SB=-2.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,40:44:99:1013,105,0 chrXV 815967 . CCACTCT C 2658.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=88.8839;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.86;MQ0=0;QD=55.39;RPA=2,1;RU=CACTCT;SB=-1.058e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,41:48:99:2701,114,0 chrXV 818557 . C CA 2159.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=122.3715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.90;MQ0=0;QD=36.00;SB=-7.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:2202,174,0 chrXV 820810 . AT A 1654.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=139.1380;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.20;MQ0=0;QD=23.64;RPA=4,3;RU=T;SB=-3.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,67:70:99:1697,174,0 chrXV 830833 . CTT C 460.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=76.9118;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.30;MQ0=0;QD=27.12;RPA=13,11;RU=T;SB=-3.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,10:17:51:503,51,0 chrXV 830852 . A AT 254.08 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.303;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=105.5007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.118;QD=12.10;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.355;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,16:21:13:293,0,13 chrXV 832293 . A ATT 2460.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=123.7616;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.65;MQ0=0;QD=30.76;RPA=6,8;RU=T;SB=-1.198e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,72:80:99:2503,214,0 chrXV 832712 . CT C 2142.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=140.8530;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.59;MQ0=0;QD=32.97;SB=-9.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,60:65:99:2185,174,0 chrXV 834319 . TA T 1710.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.315;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=142.1538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.273;QD=14.75;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.315;SB=-8.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,97:116:99:1753,223,0 chrXV 849334 . C CA 2951.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.521;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=1127.7228;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.46;MQ0=0;MQRankSum=0.226;QD=22.88;ReadPosRankSum=1.491;SB=-1.087e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:129:99:2994,337,0 chrXV 850190 . TA T 1324.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.039;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=38.3596;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=16.16;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.572;SB=-2.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,72:82:99:1367,169,0 chrXV 860398 . AC A 1819.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=62.2634;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.33;MQ0=0;QD=27.58;RPA=2,1;RU=C;SB=-7.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:66:99:1862,171,0 chrXV 860890 . T TTA 332.99 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.516;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=15.2015;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.361;QD=12.33;RPA=6,7;RU=TA;ReadPosRankSum=1.516;SB=-1.709e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,9:27:20:372,0,20 chrXV 867008 . A AC 3214.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=216.2109;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=30.05;RPA=1,2;RU=C;SB=-8.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,104:107:99:3257,286,0 chrXV 868057 . C CAT 919.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.954;DP=49;FS=2.844;HaplotypeScore=409.7921;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.704;QD=18.76;RPA=7,8;RU=AT;ReadPosRankSum=-0.873;SB=-4.039e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,27:49:22:961,22,0 chrXV 869003 . C CT 855.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.466;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=23.2776;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=1.022;QD=16.46;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.111;SB=-4.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,41:52:94:898,94,0 chrXV 874716 . CA C 1995.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.078;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=299.3863;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.655;QD=17.98;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=-1.155;SB=-9.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,93:111:99:2038,244,0 chrXV 877718 . G GT 1930.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=203.1171;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.75;MQ0=0;QD=25.08;RPA=4,5;RU=T;SB=-8.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,72:77:99:1973,216,0 chrXV 892648 . G GTT 1786.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=49.0666;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.30;MQ0=0;QD=26.67;RPA=10,12;RU=T;SB=-4.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,57:67:99:1829,174,0 chrXV 894338 . A AT 720.10 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=56.0574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=1.075;QD=11.80;RPA=14,15;RU=T;ReadPosRankSum=-0.350;SB=-8.413e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,41:61:12:759,0,12 chrXV 895720 . CCTT C 2473.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=204.5052;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.30;MQ0=0;QD=34.84;RPA=5,4;RU=CTT;SB=-1.253e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,64:71:99:2516,174,0 chrXV 901655 . AT A 1899.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=145.8066;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=19.00;RPA=10,9;RU=T;SB=-5.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,93:100:99:1942,257,0 chrXV 903142 . C CT 2453.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.443;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=324.8211;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.96;MQ0=0;MQRankSum=0.454;QD=24.79;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=-1.237;SB=-1.242e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,83:99:99:2496,219,0 chrXV 903654 . TA T 3537 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=530.7713;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.40;MQ0=0;QD=31.86;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.116e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,103:111:99:3537,307,0 chrXV 905844 . G GT 1243.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.565;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=193.8803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.278;QD=16.16;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.068;SB=-7.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,67:77:99:1286,130,0 chrXV 907919 . TGCATGGGAACCA T 4013 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=77.0180;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.71;MQ0=0;QD=93.33;SB=-6.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,36:43:99:4013,105,0 chrXV 908671 . A AG 1900.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=393.8437;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.94;MQ0=0;QD=29.70;RPA=1,2;RU=G;SB=-6.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1943,171,0 chrXV 911625 . A AATAAC 4256 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=23.1926;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.44;MQ0=0;QD=56.75;SB=-7.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,57:75:99:4256,181,0 chrXV 912661 . T TG 2790.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=426.6661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.13;MQ0=0;QD=29.69;RPA=2,3;RU=G;SB=-1.190e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,90:94:99:2833,268,0 chrXV 922929 . C CT 739.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=56.8947;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.24;MQ0=0;QD=22.42;RPA=5,6;RU=T;SB=-4.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,31:33:90:782,90,0 chrXV 925072 . C CAA,CA 1250.21 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.436;DP=94;FS=2.306;HaplotypeScore=76.0328;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=0.371;QD=13.30;RPA=15,17,16;RU=A;ReadPosRankSum=-0.403;SB=-5.443e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:23,45,13:94:68:1328,140,68,731,0,620 chrXV 930498 . CA C 1911.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.969;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=517.4627;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.85;MQ0=0;MQRankSum=1.864;QD=18.04;RPA=7,6;RU=A;ReadPosRankSum=1.302;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,63:106:99:1954,222,0 chrXV 930508 . G GAAA 3700 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.385;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=413.7948;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.53;MQ0=0;MQRankSum=0.564;QD=31.90;RPA=11,14;RU=A;ReadPosRankSum=0.324;SB=-4.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,79:116:99:3700,210,0 chrXV 931340 . G GA 899.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=122.6744;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.54;MQ0=0;QD=20.00;RPA=6,7;RU=A;SB=-4.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,35:45:99:942,113,0 chrXV 931347 . T TA 819.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=159.0211;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.34;MQ0=0;QD=15.77;RPA=9,10;RU=A;SB=-4.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,31:52:99:862,111,0 chrXV 931522 . G GTA 2010.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=198.7662;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.70;MQ0=0;QD=35.28;RPA=1,2;RU=TA;SB=-9.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,54:57:99:2053,141,0 chrXV 931682 . A ATCTC 3942 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=101.8960;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.50;MQ0=0;QD=48.07;RPA=3,5;RU=TC;SB=-1.582e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,73:82:99:3942,205,0 chrXV 944458 . CT C 477.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.256;DP=38;FS=22.617;HaplotypeScore=120.0511;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.35;MQ0=0;MQRankSum=1.038;QD=12.58;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=2.399;SB=-4.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,22:37:49:520,49,0 chrXV 949235 . T TC 637.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.509;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=88.1459;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.509;QD=17.24;ReadPosRankSum=1.174;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,31:37:85:680,85,0 chrXV 949435 . G GT 4557 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=1260.0493;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.08;MQ0=0;QD=30.58;RPA=2,3;RU=T;SB=-4.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,144:149:99:4557,439,0 chrXV 949440 . CT C 3953 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=1418.9813;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.09;MQ0=0;QD=25.84;RPA=6,5;RU=T;SB=-4.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,149:153:99:3953,441,0 chrXV 949499 . TA T 1490.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=583.2786;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.35;MQ0=0;QD=27.61;RPA=2,1;RU=A;SB=-2.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,47:54:99:1533,135,0 chrXV 954193 . A AC 665.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=46.0342;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.71;RPA=1,2;RU=C;SB=-2.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63:708,63,0 chrXV 956882 . A AT 1989.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.188;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=249.6772;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.16;MQ0=0;MQRankSum=0.518;QD=18.26;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.706;SB=-3.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,84:109:99:2032,185,0 chrXV 960639 . GA G 1408.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=240.7124;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=33.55;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:42:99:1451,117,0 chrXV 966334 . ATT A 1580.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=283.1312;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.56;MQ0=0;QD=32.26;RPA=9,7;RU=T;SB=-1.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,48:49:99:1623,144,0 chrXV 966571 . C CT 1699.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=350.3941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=23.29;RPA=6,7;RU=T;SB=-2.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,71:73:99:1742,204,0 chrXV 967942 . A AT 266.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.072;DP=37;FS=4.925;HaplotypeScore=47.9354;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.01;MQ0=0;MQRankSum=0.577;QD=7.20;RPA=15,16;RU=T;ReadPosRankSum=-1.189;SB=-1.363e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,12:37:14:308,14,0 chrXV 968269 . G GGTGCGTGGGC 1002.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=26.0403;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.86;MQ0=0;QD=62.69;RPA=1,2;RU=GTGCGTGGGC;SB=-4.648e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,9:16:27:1045,27,0 chrXV 969378 . TA T 1625.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=507.8570;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.36;MQ0=0;QD=31.27;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:52:99:1668,138,0 chrXV 969636 . AT A 2622.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=328.4570;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.84;MQ0=0;QD=26.49;RPA=3,2;RU=T;SB=-8.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,88:99:99:2665,247,0 chrXV 969715 . AT A 2496.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=63.1230;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.14;MQ0=0;QD=23.34;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.098e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,101:107:99:2539,279,0 chrXV 970202 . G GAAAAA 4919 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=1178.3260;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.63;MQ0=0;QD=60.73;RPA=4,9;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,79:81:99:4919,235,0 chrXV 970485 . GT G 1765.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=328.5329;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.92;MQ0=11;QD=30.45;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,47:47:99:1808,141,0 chrXV 974134 . G GC 445.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=165.0649;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.57;MQ0=17;QD=5.79;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,74:14:42:488,42,0 chrXV 974138 . TG T 501.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=159.4126;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=14.91;MQ0=32;QD=4.92;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,91:14:42:544,42,0 chrXV 976305 . A AAAG 5105 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=163.9915;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.29;MQ0=0;QD=56.72;SB=-1.420e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:90:99:5105,271,0 chrXV 976493 . AAT A 848.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=31.0694;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.60;MQ0=0;QD=29.27;RPA=2,1;RU=AT;SB=-1.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,23:29:69:891,69,0 chrXV 976554 . A AG 1094.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=301.4757;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.42;MQ0=0;QD=24.89;RPA=6,7;RU=G;SB=-8.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,42:44:99:1137,123,0 chrXV 976687 . G GATA 645.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=10.0971;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.86;MQ0=0;QD=17.94;RPA=2,3;RU=ATA;SB=-2.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,10:36:45:688,45,0 chrXV 976990 . AT A 819.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=220.1972;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.95;MQ0=0;QD=16.73;RPA=12,11;RU=T;SB=-2.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,34:49:99:862,113,0 chrXV 977029 . C CT,CTT 1129.98 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=202.6367;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.26;MQ0=0;QD=18.52;RPA=12,13,14;RU=T;SB=-5.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:16,9,34:61:56:1208,745,624,177,0,56 chrXV 978149 . CAA C 2162.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.966;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=201.5299;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.52;MQ0=0;MQRankSum=1.431;QD=19.31;RPA=12,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.245;SB=-3.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,91:112:99:2205,210,0 chrXV 979485 . A AATAC 4771 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=350.6665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.82;MQ0=0;QD=42.60;RPA=1,2;RU=ATAC;SB=-1.519e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,91:112:99:4771,238,0 chrXV 979898 . AG A 3331 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=439.6900;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.17;MQ0=0;MQRankSum=1.359;QD=31.42;ReadPosRankSum=-1.019;SB=-1.218e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,103:106:99:3331,294,0 chrXV 980591 . A AAT 283.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=43.1385;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.91;MQ0=0;QD=40.43;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21:325,21,0 chrXV 980787 . C CT 1059.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=22.7241;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.82;MQ0=0;QD=18.60;RPA=7,8;RU=T;SB=-3.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,47:57:99:1102,132,0 chrXV 981539 . ATTTT A 3075.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=257.8735;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.40;MQ0=0;QD=52.13;RPA=10,6;RU=T;SB=-1.052e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,57:59:99:3118,172,0 chrXV 984788 . T TA 290.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.274;DP=38;FS=3.245;HaplotypeScore=39.3398;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.552;QD=7.66;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-1.734;SB=-1.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,16:38:34:333,34,0 chrXV 988843 . A AAG 4003 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=50.1810;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.54;MQ0=0;QD=33.64;RPA=3,4;RU=AG;SB=-1.571e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,105:119:99:4003,322,0 chrXV 989706 . G GAA 859.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.575;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=162.5371;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.212;QD=14.83;RPA=13,15;RU=A;ReadPosRankSum=0.575;SB=-5.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,38:58:57:902,57,0 chrXV 994943 . C CT 926.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.535;DP=83;FS=9.704;HaplotypeScore=134.7157;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.388;QD=11.17;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.829;SB=-2.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,48:83:32:969,32,0 chrXV 1003290 . A AGTAC 6929 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=43.6722;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;QD=50.21;RPA=1,2;RU=GTAC;SB=-3.158e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,120:138:99:6929,352,0 chrXV 1004065 . CT C 379.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=42.6020;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.66;MQ0=0;QD=34.54;SB=-1.579e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33:422,33,0 chrXV 1004260 . T TA 402.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.569;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=80.7951;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.06;MQ0=0;MQRankSum=0.413;QD=8.22;ReadPosRankSum=1.569;SB=-5.000e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,14:49:58:445,58,0 chrXV 1004261 . T TA 145.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.827;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=91.5648;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.54;MQ0=0;MQRankSum=0.189;QD=4.29;ReadPosRankSum=0.441;SB=-5.099e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,13:34:34:188,34,0 chrXV 1004731 . CT C 397.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=17.3586;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.88;MQ0=0;QD=19.90;RPA=6,5;RU=T;SB=-5.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,17:20:51:440,51,0 chrXV 1005030 . A AT 820.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=19.3467;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.94;MQ0=0;QD=18.24;RPA=8,9;RU=T;SB=-4.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,38:45:99:863,108,0 chrXV 1012866 . T TAAC 1728.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=11.7203;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.38;MQ0=0;QD=44.33;RPA=1,2;RU=AAC;SB=-9.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,35:38:99:1771,105,0 chrXV 1012978 . TA T 756.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=67.7227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.80;MQ0=0;QD=23.65;RPA=6,5;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:93:799,93,0 chrXV 1013025 . CTATATA C 284.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=64.5308;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.72;RPA=9,6;RU=TA;SB=-2.375e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,5:17:15:326,15,0 chrXV 1016055 . T TTCTTGG 2733.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=40.0592;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.06;MQ0=0;QD=78.11;SB=-1.092e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,29:35:99:2776,99,0 chrXV 1019100 . G GAAAGCCAGTGATCA 5018 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=196.0735;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.04;MQ0=0;QD=139.39;SB=-2.355e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,26:36:99:5018,102,0 chrXV 1019122 . A AC 1965.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=502.8618;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.22;MQ0=0;QD=30.25;RPA=1,2;RU=C;SB=-7.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:65:99:2008,177,0 chrXV 1019588 . 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CTGTTGT C 1445.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=169.8210;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.52;MQ0=0;QD=34.43;RPA=11,9;RU=TGT;SB=-6.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,21:42:84:1488,84,0 chrXV 1039487 . CT C 2844.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=128.8364;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.26;MQ0=0;QD=22.76;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.045e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,106:125:99:2887,300,0 chrXV 1039718 . TG T 719.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=28.1576;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.96;MQ0=0;QD=24.00;RPA=8,7;RU=G;SB=-3.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,27:30:81:762,81,0 chrXV 1044946 . TA T 1364.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=28.0873;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.18;MQ0=0;QD=19.78;RPA=9,8;RU=A;SB=-5.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:69:99:1407,182,0 chrXV 1045479 . 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AT A 802.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=416.3385;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.31;MQ0=0;QD=23.62;RPA=3,2;RU=T;SB=-3.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,24:34:90:845,90,0 chrXV 1058392 . T TA 2578.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=695.9489;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.51;MQ0=0;QD=21.86;RPA=2,3;RU=A;SB=-6.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,102:118:99:2621,315,0 chrXV 1058396 . T TA 3430 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.011;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=642.9422;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.25;MQ0=0;MQRankSum=0.098;QD=27.44;ReadPosRankSum=2.232;SB=-8.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,116:125:99:3430,321,0 chrXV 1058879 . AT A 1220.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.969;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=230.5463;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.439;QD=16.28;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.558;SB=-4.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,66:75:99:1263,153,0 chrXV 1060154 . T TTCA 1803.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=824.1801;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.34;MQ0=0;QD=25.41;RPA=4,5;RU=TCA;SB=-4.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,47:71:99:1846,129,0 chrXV 1060374 . G GA 2187.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=130.2729;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;QD=22.33;RPA=6,7;RU=A;SB=-5.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,89:98:99:2230,264,0 chrXV 1060555 . G GGAA 3041.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=29.1874;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.27;MQ0=0;QD=38.02;RPA=2,3;RU=GAA;SB=-6.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,57:80:99:3084,193,0 chrXV 1060763 . TCAGCAGAAGAAGTCTCAG T 2476.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=155.3223;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.31;MQ0=0;QD=30.58;RPA=2,1;RU=CAGCAGAAGAAGTCTCAG;SB=-8.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,40:81:99:2519,114,0 chrXV 1061185 . CA C 1433.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.073;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=47.4115;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=0.122;QD=16.29;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.049;SB=-7.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,73:88:99:1476,186,0 chrXV 1063875 . A AAT 2862.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=404.5137;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.79;MQ0=0;QD=32.53;RPA=1,2;RU=AT;SB=-1.004e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,70:88:99:2905,220,0 chrXV 1063905 . TA T 2302.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=410.8241;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.60;MQ0=0;QD=20.38;RPA=7,6;RU=A;SB=-7.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,101:113:99:2345,287,0 chrXV 1064109 . AT A 2746.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=93.3583;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.41;MQ0=0;QD=32.70;SB=-1.187e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:84:99:2789,232,0 chrXV 1064789 . GA G 491.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.446;DP=97;FS=98.971;HaplotypeScore=450.6682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.64;MQ0=0;MQRankSum=-7.338;QD=5.07;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=0.262;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,29:97:99:531,0,1485 chrXV 1064800 . TC T 587.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.699;DP=102;FS=93.542;HaplotypeScore=499.1666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.30;MQ0=0;MQRankSum=-7.708;QD=5.76;RPA=4,3;RU=C;ReadPosRankSum=-0.544;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,30:102:99:627,0,1546 chrXV 1064850 . CTTT C 1412.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.004;DP=120;FS=71.716;HaplotypeScore=748.9549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.42;MQ0=0;MQRankSum=-7.561;QD=11.77;RPA=4,1;RU=T;ReadPosRankSum=2.025;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,32:120:99:1452,0,3482 chrXV 1064914 . A AT 2637.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=1131.0241;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.14;MQ0=0;QD=23.34;RPA=5,6;RU=T;SB=-7.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,102:113:99:2680,303,0 chrXV 1065907 . AG A 2556.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-4.928;DP=199;FS=5.221;HaplotypeScore=1637.8079;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.67;MQ0=0;MQRankSum=4.032;QD=12.85;ReadPosRankSum=0.475;SB=-5.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:112,86:199:99:2599,150,0 chrXV 1065931 . CAGAAAT C 5399 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.157;DP=196;FS=61.716;HaplotypeScore=1692.2723;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.17;MQ0=0;MQRankSum=-3.726;QD=27.55;ReadPosRankSum=0.251;SB=-2.405e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,93:196:99:5399,0,4696 chrXV 1066059 . G GAGATTATA 7875 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=745.8494;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.29;MQ0=0;QD=84.68;SB=-2.047e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,54:93:99:7875,256,0 chrXV 1070663 . A AT 525.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.153;DP=69;FS=37.129;HaplotypeScore=247.9115;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.54;MQ0=15;MQRankSum=0.159;QD=7.62;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=4.806;SB=-8.057e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,40:49:99:565,0,250 chrXV 1070833 . CG C 1387.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=261.6214;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.74;MQ0=3;QD=33.05;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:39:99:1430,114,0 chrXV 1071028 . TAAAA T 1484.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=343.5738;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.66;MQ0=1;QD=39.08;RPA=13,9;RU=A;SB=-7.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,31:35:93:1527,93,0 chrXV 1071491 . GAGCC G 1441.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.022;DP=73;FS=110.811;HaplotypeScore=839.2776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.08;MQ0=2;MQRankSum=4.434;QD=19.75;ReadPosRankSum=-1.355;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,31:71:99:1481,0,1890 chrXV 1071499 . TTCCAGAA T 2436.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.865;DP=66;FS=118.712;HaplotypeScore=674.4523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.99;MQ0=2;MQRankSum=4.406;QD=36.92;ReadPosRankSum=-1.222;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,31:64:99:2476,0,2975 chrXV 1071687 . AT A 1120.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.247;DP=106;FS=21.357;HaplotypeScore=375.0990;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.75;MQ0=26;MQRankSum=2.051;QD=10.58;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=-1.123;SB=-1.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,65:46:31:1163,31,0 chrXV 1071763 . A AT 219.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.442;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=50.7660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.82;MQ0=36;MQRankSum=3.442;QD=3.61;ReadPosRankSum=0.362;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,21:20:99:259,0,219 chrXV 1073283 . GAAA G 2903.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=276.2547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.91;MQ0=11;QD=27.92;RPA=7,4;RU=A;SB=-8.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,94:75:99:2946,196,0 chrXV 1074077 . TA T 847.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=187.3998;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.64;MQ0=0;QD=16.00;RPA=11,10;RU=A;SB=-3.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,41:53:99:890,123,0 chrXV 1074149 . TA T 712.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=286.2988;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.91;MQ0=0;MQRankSum=0.821;QD=12.51;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.730;SB=-2.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,40:55:94:755,94,0 chrXV 1079486 . AT A 200.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=85.6112;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.26;MQ0=4;QD=11.82;RPA=11,10;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,11:13:33:243,33,0 chrXVI 12828 . TA T 42.48 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=13.3705;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.91;MQ0=1;QD=4.72;RPA=13,12;RU=A;SB=-4.075e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,5:8:12:84,12,0 chrXVI 13174 . TAA T 1158.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.721;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=273.9950;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.81;MQ0=3;MQRankSum=-1.298;QD=18.69;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.240;SB=-8.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,43:52:99:1201,118,0 chrXVI 16367 . CTGGTGG C 1321.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=14.3664;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.29;MQ0=1;QD=50.84;RPA=8,6;RU=TGG;SB=-1.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,20:25:60:1364,60,0 chrXVI 16995 . CTTTT C,CT 1906.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.860;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=392.5769;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=50.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.874;QD=18.34;RPA=17,13,14;RU=T;ReadPosRankSum=1.198;SB=-4.617e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:45,13,0:104:97:1985,772,913,213,0,97 chrXVI 17276 . ATTTGTT A 10627 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=126.0729;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.86;MQ0=1;QD=66.01;SB=-5.212e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,148:155:99:10627,415,0 chrXVI 17897 . A AT 3007.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=400.4299;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.60;MQ0=4;QD=25.93;RPA=2,3;RU=T;SB=-5.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,112:105:99:3050,304,0 chrXVI 19619 . A AT 712.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=302.1772;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.56;MQ0=0;QD=32.41;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:22:63:755,63,0 chrXVI 19887 . G GT 1321.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=407.1275;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.77;MQ0=0;MQRankSum=0.538;QD=18.62;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.119;SB=-4.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,54:71:99:1364,168,0 chrXVI 19930 . CT C 799.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.023;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=369.8000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.65;MQ0=0;MQRankSum=0.250;QD=14.28;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.433;SB=-3.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,41:56:65:842,65,0 chrXVI 20166 . A ATTTATGACGCCAGT 8065 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=504.2186;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.31;MQ0=0;QD=126.02;SB=-3.488e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:64:99:8065,175,0 chrXVI 20445 . CTA C 2457.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=86.3951;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.53;MQ0=0;QD=39.64;RPA=2,1;RU=TA;SB=-9.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,61:62:99:2500,178,0 chrXVI 20703 . G GT 1613.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.068;DP=83;FS=3.827;HaplotypeScore=641.6979;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.28;MQ0=0;MQRankSum=1.805;QD=19.45;ReadPosRankSum=2.952;SB=-6.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,72:83:99:1656,201,0 chrXVI 20873 . C CA 1098.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=432.8138;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.06;MQ0=0;QD=24.42;RPA=4,5;RU=A;SB=-2.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,42:45:99:1141,126,0 chrXVI 21432 . CAA C 1670.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=142.9836;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.69;MQ0=0;QD=33.42;RPA=5,3;RU=A;SB=-3.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,44:50:99:1713,132,0 chrXVI 22264 . C CT 2182.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=211.9310;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.16;MQ0=0;QD=26.30;RPA=3,4;RU=T;SB=-9.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:83:99:2225,234,0 chrXVI 22349 . G GT 2317.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=478.4778;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.47;MQ0=0;QD=28.27;RPA=1,2;RU=T;SB=-9.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,70:82:99:2360,207,0 chrXVI 22664 . T TAA 1380.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=81.8732;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.27;MQ0=0;QD=19.45;RPA=9,11;RU=A;SB=-7.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,39:71:99:1423,147,0 chrXVI 24803 . AG A 1433.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.511;DP=109;FS=6.908;HaplotypeScore=332.3762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.823;QD=13.16;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=-0.468;SB=-6.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,47:109:99:1473,0,1290 chrXVI 24935 . A AT 844.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.943;DP=139;FS=4.837;HaplotypeScore=1840.4279;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.91;MQ0=0;MQRankSum=-7.305;QD=6.08;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=0.465;SB=-4.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,49:139:99:884,0,1267 chrXVI 24948 . G GA 1045.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.011;DP=132;FS=0.690;HaplotypeScore=1815.5117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.52;MQ0=0;MQRankSum=-7.820;QD=7.92;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=3.332;SB=-4.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,48:132:99:1085,0,693 chrXVI 24982 . A AC 3344 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=13.231;DP=246;FS=2.180;HaplotypeScore=2366.1993;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.74;MQ0=0;MQRankSum=-9.458;QD=13.59;ReadPosRankSum=0.122;SB=-1.557e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:123,119:246:99:3344,0,3735 chrXVI 26069 . G GT 3404 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=494.6974;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=24.31;RPA=5,6;RU=T;SB=-6.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,133:138:99:3404,393,0 chrXVI 26191 . C CT 3521 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=850.2326;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.32;MQ0=0;QD=21.87;RPA=3,4;RU=T;SB=-8.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,132:148:99:3521,381,0 chrXVI 28263 . TC T 1253.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=329.4807;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.89;MQ0=0;QD=23.66;RPA=6,5;RU=C;SB=-3.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,49:53:99:1296,138,0 chrXVI 28407 . C CA 1482.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.145;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=165.3320;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.06;MQ0=0;MQRankSum=0.851;QD=22.47;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=1.615;SB=-4.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,62:66:99:1525,173,0 chrXVI 28988 . TA T 1672.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=510.3271;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.64;MQ0=0;QD=24.25;RPA=4,3;RU=A;SB=-4.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,60:69:99:1715,183,0 chrXVI 29000 . GA G 1779.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=553.7294;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.50;MQ0=0;QD=26.57;RPA=3,2;RU=A;SB=-4.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,59:67:99:1822,168,0 chrXVI 29604 . CA C 2347.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.898;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=311.9066;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.513;QD=17.39;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.770;SB=-1.054e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,117:135:99:2390,299,0 chrXVI 40127 . G GAA 2370.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=73.4453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.05;MQ0=0;QD=17.69;RPA=10,12;RU=A;SB=-1.142e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,75:134:99:2411,248,0 chrXVI 41010 . G GA 2494.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=543.7444;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.50;MQ0=0;QD=27.12;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.214e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,90:92:99:2537,267,0 chrXVI 42940 . A AT 616.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=27.6671;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.75;MQ0=0;QD=22.85;RPA=3,4;RU=T;SB=-5.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:69:659,69,0 chrXVI 44495 . TAAA T 1808.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=99.4098;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.08;MQ0=0;QD=28.26;RPA=12,9;RU=A;SB=-9.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,60:64:99:1851,141,0 chrXVI 46594 . 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CAT C 3535 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=191.0260;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.03;MQ0=0;QD=40.63;SB=-1.367e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,83:87:99:3535,241,0 chrXVI 63068 . G GT 556.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.226;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=100.1752;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.48;MQ0=0;MQRankSum=0.226;QD=24.22;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=0.829;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,22:23:44:599,44,0 chrXVI 63088 . G GA 604.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.576;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=551.4866;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.419;QD=25.21;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=1.103;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,16:24:32:647,32,0 chrXVI 63090 . G GAA 277.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=163.5561;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.77;MQ0=0;QD=16.35;RPA=4,6;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,9:17:28:320,28,0 chrXVI 63125 . ATT A 275.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=141.4184;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.29;MQ0=0;QD=25.09;RPA=7,5;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,10:11:30:318,30,0 chrXVI 64013 . A AAT 266.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=57.3091;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.09;MQ0=0;QD=24.27;RPA=1,2;RU=AT;SB=-1.258e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,8:11:24:309,24,0 chrXVI 64099 . GA G 1173.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=608.0078;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.76;MQ0=0;QD=28.63;RPA=2,1;RU=A;SB=-3.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,38:41:99:1216,108,0 chrXVI 64173 . TAACTGCTA T 3903 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=834.6360;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=83.04;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:47:99:3903,111,0 chrXVI 64240 . C CA 1653.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=532.0231;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.53;MQ0=0;QD=29.02;RPA=2,3;RU=A;SB=-2.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,55:57:99:1696,165,0 chrXVI 64353 . TTTCTTTGAAAACACCAG T 8368 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=429.1673;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.83;MQ0=0;QD=107.28;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,67:78:99:8368,193,0 chrXVI 64707 . AT A 901.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=117.8808;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.83;MQ0=0;QD=15.29;RPA=8,7;RU=T;SB=-4.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,50:59:99:944,120,0 chrXVI 73060 . G GT 1957.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=141.1922;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.49;MQ0=0;QD=30.12;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,62:65:99:2000,180,0 chrXVI 73929 . GT G 1236.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=37.5280;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;QD=17.93;RPA=10,9;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,64:69:99:1279,170,0 chrXVI 74072 . C CA 846.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=63.3914;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;QD=21.72;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,32:39:99:889,108,0 chrXVI 74183 . T TA 727 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.936;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=48.2631;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.280;QD=7.20;RPA=15,16;RU=A;ReadPosRankSum=-1.544;SB=-2.887e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:66,29:101:23:769,23,0 chrXVI 76354 . CCT C 1811.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=82.7711;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.00;MQ0=0;QD=22.64;RPA=9,8;RU=CT;SB=-6.851e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,52:80:99:1853,168,0 chrXVI 79147 . A ATTTTCCTCG 4198 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=48.3268;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.19;MQ0=0;QD=97.63;SB=-2.064e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,31:43:99:4198,120,0 chrXVI 79445 . CT C 1588.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=244.0247;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.45;MQ0=0;QD=18.48;RPA=8,7;RU=T;SB=-6.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,72:86:99:1631,209,0 chrXVI 79513 . G GT 2589.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=284.4998;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.23;MQ0=0;QD=30.47;RPA=1,2;RU=T;SB=-8.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,75:85:99:2632,235,0 chrXVI 85401 . TCAAAA T 1935.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=219.1647;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.08;MQ0=0;QD=39.51;SB=-7.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,37:49:99:1978,125,0 chrXVI 88155 . T TC 3058.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=125.5730;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;QD=32.20;RPA=1,2;RU=C;SB=-1.231e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,93:95:99:3101,265,0 chrXVI 96421 . CTTAT C 6052 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=373.0997;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.72;MQ0=0;QD=48.42;RPA=2,1;RU=TTAT;SB=-1.955e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,120:124:99:6052,322,0 chrXVI 99029 . AC A 1852.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=322.2813;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.57;MQ0=0;QD=30.88;RPA=3,2;RU=C;SB=-6.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,58:60:99:1895,174,0 chrXVI 99456 . G GA 1175.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.896;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=42.5108;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.314;QD=13.52;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.000;SB=-5.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,62:87:99:1218,149,0 chrXVI 99954 . TGAA T 2932.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=32.1508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.39;MQ0=0;QD=40.74;RPA=2,1;RU=GAA;SB=-8.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,67:72:99:2975,190,0 chrXVI 101482 . A AG 2626.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=27.8073;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.37;MQ0=0;QD=31.27;SB=-1.204e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,82:84:99:2669,232,0 chrXVI 105744 . C CA 3620 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=487.5805;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.88;MQ0=0;QD=34.15;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.137e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,103:106:99:3620,316,0 chrXVI 105755 . A AT 2330.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.877;DP=123;FS=2.635;HaplotypeScore=658.0582;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.946;QD=18.95;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.675;SB=-7.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,100:123:99:2373,293,0 chrXVI 105983 . GA G 690.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=213.4058;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.56;MQ0=0;QD=17.27;RPA=7,6;RU=A;SB=-3.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,31:40:90:733,90,0 chrXVI 115228 . G GA 994.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=44.5525;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=22.11;RPA=6,7;RU=A;SB=-2.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,40:45:99:1037,123,0 chrXVI 115881 . C CCAA 2160.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=34.9057;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.03;MQ0=0;QD=31.32;RPA=3,4;RU=CAA;SB=-5.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,51:69:99:2203,153,0 chrXVI 117204 . G GCAACAGCAACAACAACAGCACCTA 3963 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=10.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.51;MQ0=0;QD=180.14;SB=-1.477e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:22:66:3963,66,0 chrXVI 120046 . C CA 1141.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=121.7243;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.62;MQ0=0;QD=17.84;RPA=9,10;RU=A;SB=-2.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,49:64:99:1184,155,0 chrXVI 120080 . A AT 1135.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=111.3052;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.42;MQ0=0;QD=22.27;RPA=8,9;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,49:51:99:1178,149,0 chrXVI 125440 . G GC 2680.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=72.3203;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;QD=32.30;SB=-1.351e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:83:99:2723,238,0 chrXVI 126538 . TATATAC T 1473.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=27.3883;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=30.08;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,15:49:69:1516,69,0 chrXVI 132310 . G GT 376.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=24.3651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=31.41;RPA=1,2;RU=T;SB=-3.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36:419,36,0 chrXVI 135687 . A AT 1596.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=157.1052;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.77;MQ0=0;QD=20.47;RPA=9,10;RU=T;SB=-2.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,72:78:99:1639,209,0 chrXVI 137446 . GATA G 3207.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=173.9349;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.64;MQ0=0;QD=49.35;SB=-1.175e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,62:65:99:3250,184,0 chrXVI 138308 . A AT 137.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4057;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.78;MQ0=0;QD=7.67;RPA=9,10;RU=T;SB=-2.397e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,17:18:24:180,24,0 chrXVI 138809 . A AT 1427.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.130;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=147.2889;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.935;QD=12.10;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.364;SB=-3.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,76:118:99:1470,172,0 chrXVI 143516 . C CG 2139.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=105.9868;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.63;MQ0=0;QD=33.97;SB=-7.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,62:63:99:2182,178,0 chrXVI 144689 . AGGAAACGTC A 2070.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=63.2339;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.28;MQ0=0;QD=49.31;RPA=4,3;RU=GGAAACGTC;SB=-5.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,23:42:69:2113,69,0 chrXVI 153278 . GAAA G 3673 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=50.3333;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.85;MQ0=0;MQRankSum=0.866;QD=32.50;RPA=13,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.036;SB=-6.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,100:113:99:3673,275,0 chrXVI 156310 . T TTTTC 6763 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=551.1281;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.29;MQ0=0;QD=57.80;SB=-3.084e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,111:117:99:6763,346,0 chrXVI 162389 . TA T 58.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.818;DP=26;FS=5.229;HaplotypeScore=149.4806;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=2.166;QD=2.27;ReadPosRankSum=2.166;SB=5.010e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,6:26:46:98,0,46 chrXVI 162391 . TATA T 273.94 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.876;DP=23;FS=12.465;HaplotypeScore=118.9255;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=1.395;QD=11.91;ReadPosRankSum=1.876;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,6:23:3:312,0,3 chrXVI 162602 . C CAGA 4413 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=238.1616;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.48;MQ0=0;QD=45.97;RPA=1,2;RU=AGA;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,92:96:99:4413,277,0 chrXVI 166016 . T TA 696.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=11.0936;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.38;MQ0=0;QD=27.88;RPA=1,2;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,23:25:75:739,75,0 chrXVI 167763 . CTGATCTCA C 7086 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=28.7335;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.81;MQ0=0;QD=86.41;RPA=2,1;RU=TGATCTCA;SB=-1.510e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,75:82:99:7086,223,0 chrXVI 169530 . A AT 820.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.029;DP=64;FS=14.308;HaplotypeScore=230.7837;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.220;QD=12.83;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.111;SB=-2.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,38:64:43:863,43,0 chrXVI 176002 . GT G 3580 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=514.9397;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.38;MQ0=0;QD=25.76;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.277e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,134:138:99:3580,373,0 chrXVI 176140 . GA G 1095.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.425;DP=79;FS=3.819;HaplotypeScore=134.6584;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.752;QD=13.87;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.425;SB=-4.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,53:79:99:1138,134,0 chrXVI 181192 . GT G 395.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.933;DP=98;FS=2.097;HaplotypeScore=46.9926;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.348;QD=4.04;RPA=15,14;RU=T;ReadPosRankSum=-0.165;SB=-7.987e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,31:98:36:435,0,36 chrXVI 182597 . T TAA 2781.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=37.2773;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.46;MQ0=0;QD=25.29;RPA=9,11;RU=A;SB=-1.060e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,93:110:99:2824,269,0 chrXVI 185389 . CTGTTGCTGTTGT C 4549 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=96.4975;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.37;MQ0=0;QD=61.47;SB=-1.719e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,66:74:99:4549,201,0 chrXVI 187313 . C CCTT 1920.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.255;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=280.2128;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.90;MQ0=0;MQRankSum=1.255;QD=17.79;RPA=10,11;RU=CTT;ReadPosRankSum=-0.339;SB=-7.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,63:108:65:1963,65,0 chrXVI 188685 . GA G 1237.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=102.0698;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.02;MQ0=0;QD=27.51;RPA=3,2;RU=A;SB=-6.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,39:45:99:1280,123,0 chrXVI 188703 . C CA 952.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.787;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=141.5552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.315;QD=18.69;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.394;SB=-3.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,45:51:99:995,108,0 chrXVI 188788 . TA T 1198.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=37.0434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=23.06;RPA=4,3;RU=A;SB=-2.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,46:52:99:1241,138,0 chrXVI 192966 . CAAAAAAA C 1153.30 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.734;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=151.1360;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=1.569;QD=23.54;RPA=20,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.413;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,15:49:8:1192,0,8 chrXVI 195615 . AT A 2923.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=263.7753;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.36;MQ0=0;QD=22.15;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.480e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,121:132:99:2966,351,0 chrXVI 197824 . GA G 640.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=55.8051;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=17.80;RPA=11,10;RU=A;SB=-2.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,33:36:92:683,92,0 chrXVI 198912 . AT A 1444.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=63.3346;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;QD=18.29;RPA=10,9;RU=T;SB=-4.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,68:79:99:1487,197,0 chrXVI 202644 . C CT 481.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=25.0847;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.34;MQ0=0;QD=15.06;RPA=9,10;RU=T;SB=-2.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,25:32:69:524,69,0 chrXVI 209962 . ATTT A 1458.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=94.0365;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.19;MQ0=0;QD=33.93;RPA=11,8;RU=T;SB=-6.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,40:43:99:1501,108,0 chrXVI 210284 . T TC 4710 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=598.5121;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.98;MQ0=0;QD=34.89;SB=-1.324e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,135:135:99:4710,403,0 chrXVI 210518 . CA C 1078.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=25.8300;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;QD=17.40;RPA=9,8;RU=A;SB=-3.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,52:62:99:1121,146,0 chrXVI 211972 . A ATAAGTGCTTAT 3340 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=325.5660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.69;MQ0=0;QD=72.61;RPA=1,2;RU=TAAGTGCTTAT;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,14:46:99:3340,105,0 chrXVI 212033 . TTA T 2178.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=281.2028;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.36;MQ0=0;QD=34.59;RPA=2,1;RU=TA;SB=-4.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,59:63:99:2221,169,0 chrXVI 212045 . A AC 2490.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=305.3063;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.55;MQ0=0;QD=28.63;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,73:87:99:2533,202,0 chrXVI 212901 . TAA T 415.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.867;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=18.0742;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.685;QD=6.50;RPA=18,16;RU=A;ReadPosRankSum=1.141;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,15:64:30:455,30,0 chrXVI 215231 . A ATAT 1948.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=132.0727;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.45;MQ0=0;QD=48.72;SB=-9.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,35:40:99:1991,108,0 chrXVI 215286 . C CA 1392.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=154.1943;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.18;MQ0=0;QD=24.44;RPA=3,4;RU=A;SB=-4.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,51:57:99:1435,153,0 chrXVI 215359 . AT A 1608.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=191.3774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.33;MQ0=0;QD=25.54;SB=-6.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,49:63:99:1651,159,0 chrXVI 215689 . G GA 982.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.161;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=285.6644;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.310;QD=10.68;RPA=14,15;RU=A;ReadPosRankSum=-0.096;SB=-4.646e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:48,35:91:82:1024,82,0 chrXVI 228815 . G GA 2629.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=395.8557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.20;MQ0=0;QD=26.04;RPA=3,4;RU=A;SB=-7.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,93:101:99:2672,288,0 chrXVI 228832 . G GA 4346 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=306.1969;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.78;MQ0=0;QD=36.83;SB=-1.093e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,115:118:99:4346,349,0 chrXVI 239118 . GTATATATA G 2547.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=24.4995;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.99;MQ0=0;QD=36.40;RPA=10,6;RU=TA;SB=-9.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,31:70:90:2590,90,0 chrXVI 241565 . G GTGT 6554 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=318.7815;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.83;MQ0=0;QD=48.91;SB=-2.231e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,126:134:99:6554,377,0 chrXVI 241882 . TA T 2492.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=219.9267;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.01;MQ0=0;QD=25.70;RPA=4,3;RU=A;SB=-6.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,85:97:99:2535,250,0 chrXVI 246835 . GA G 472.38 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.461;DP=70;FS=1.684;HaplotypeScore=59.0755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=0.424;QD=6.75;RPA=15,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.166;SB=-2.359e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,36:70:7:511,0,7 chrXVI 246962 . TA T 1346.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=32.8920;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.83;MQ0=0;QD=15.48;RPA=8,7;RU=A;SB=-6.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,73:87:99:1389,176,0 chrXVI 250580 . C CT 1230.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=16.5002;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.21;MQ0=0;QD=27.35;RPA=1,2;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1273,114,0 chrXVI 252297 . CATCATT C 5186 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.860;DP=108;FS=10.617;HaplotypeScore=1646.6262;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.54;MQ0=0;MQRankSum=0.452;QD=48.02;ReadPosRankSum=-2.482;SB=-1.480e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,75:108:99:5186,229,0 chrXVI 252331 . A ATCT 5156 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.587;DP=125;FS=10.544;HaplotypeScore=1652.6781;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.204;QD=41.25;ReadPosRankSum=1.375;SB=-1.503e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,100:125:99:5156,221,0 chrXVI 254324 . T TA 4186 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=362.3962;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.31;MQ0=0;QD=27.18;SB=-1.892e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,147:154:99:4186,394,0 chrXVI 254760 . TG T 1126.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=312.4372;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.96;MQ0=0;QD=23.48;RPA=5,4;RU=G;SB=-4.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,45:48:99:1169,123,0 chrXVI 260986 . CT C 1016.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=22.8791;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.13;MQ0=0;QD=16.67;RPA=11,10;RU=T;SB=-6.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,54:61:99:1059,143,0 chrXVI 276079 . CAT C 1483.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=27.3747;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.83;MQ0=0;QD=22.15;RPA=7,6;RU=AT;SB=-5.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,52:67:99:1526,132,0 chrXVI 276662 . T TTTC 2399.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.894;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=30.9311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.75;MQ0=6;MQRankSum=-0.559;QD=24.00;RPA=9,10;RU=TTC;ReadPosRankSum=0.950;SB=-1.031e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,65:92:99:2442,145,0 chrXVI 281798 . TTTC T 3449 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=200.3402;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.73;MQ0=0;QD=35.56;RPA=2,1;RU=TTC;SB=-1.003e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,86:97:99:3449,249,0 chrXVI 282651 . CT C 1512.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.523;DP=123;FS=7.260;HaplotypeScore=49.7089;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.497;QD=12.30;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.753;SB=-3.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,76:123:99:1555,164,0 chrXVI 286154 . TA T 1680.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=222.7471;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.58;MQ0=0;QD=21.83;RPA=8,7;RU=A;SB=-6.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,74:77:99:1723,218,0 chrXVI 292532 . C CG 989.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=217.7037;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.70;MQ0=0;QD=25.38;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,36:39:99:1032,102,0 chrXVI 296837 . CTT C,CT 513.93 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.034;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=88.7505;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.02;MQ0=0;MQRankSum=0.502;QD=6.34;RPA=14,12,13;RU=T;ReadPosRankSum=2.483;SB=-2.517e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:31,9,0:81:42:591,392,604,62,0,42 chrXVI 298478 . A AT 955.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=464.1145;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.06;MQ0=0;QD=21.73;SB=-9.400e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:44:99:998,123,0 chrXVI 299725 . GA G 687.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=120.1232;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.78;MQ0=0;QD=19.11;RPA=8,7;RU=A;SB=-2.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,35:36:93:730,93,0 chrXVI 301276 . TA T 2635.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=729.4833;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.48;MQ0=0;QD=19.53;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.084e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,123:135:99:2678,338,0 chrXVI 302994 . GA G 233.24 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.180;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=81.2254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQ0=0;MQRankSum=0.950;QD=8.04;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=-1.621;SB=-4.020e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,24:29:9:272,0,9 chrXVI 304088 . A AGTT 9951 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=207;FS=0.000;HaplotypeScore=72.5074;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.46;MQ0=0;QD=48.07;RPA=1,2;RU=GTT;SB=-4.867e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,196:207:99:9951,584,0 chrXVI 306362 . GA G 2174.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=139.9042;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.78;MQ0=0;QD=22.42;RPA=6,5;RU=A;SB=-5.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,93:97:99:2217,258,0 chrXVI 320885 . AC A 2957.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=41.6099;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;QD=29.00;SB=-1.040e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,92:102:99:3000,282,0 chrXVI 323994 . ATT A 3362 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=498.2774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.37;MQ0=0;QD=36.95;RPA=4,2;RU=T;SB=-1.495e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,81:91:99:3362,241,0 chrXVI 324163 . CAA C 726.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=185.5105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.30;MQ0=0;QD=25.07;RPA=9,7;RU=A;SB=-2.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,24:29:72:769,72,0 chrXVI 326302 . T TTA 3065.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=586.2572;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.32;MQ0=0;MQRankSum=0.897;QD=36.07;ReadPosRankSum=0.313;SB=-8.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,76:85:99:3108,238,0 chrXVI 327668 . GA G 1419.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=93.5911;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=18.68;RPA=10,9;RU=A;SB=-4.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,68:76:99:1462,194,0 chrXVI 329095 . GA G 577.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=75.3741;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.35;MQ0=0;QD=14.45;RPA=10,9;RU=A;SB=-1.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,34:40:83:620,83,0 chrXVI 338812 . GA G 1717.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=158.5711;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.39;MQ0=0;QD=19.09;RPA=8,7;RU=A;SB=-7.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,78:90:99:1760,224,0 chrXVI 345518 . C CA 3233.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.957;DP=164;FS=3.102;HaplotypeScore=74.6047;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.375;QD=19.71;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.078;SB=-1.538e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,145:164:99:3277,403,0 chrXVI 347675 . AG A 2136.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=306.3075;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.32;MQ0=0;QD=22.73;RPA=9,8;RU=G;SB=-5.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,89:94:99:2179,256,0 chrXVI 348398 . G GA 2436.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.723;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=246.3280;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.982;QD=18.05;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.162;SB=-6.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,115:135:99:2479,295,0 chrXVI 359454 . G GTT 1396.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=267.3184;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.32;MQ0=0;QD=31.75;RPA=2,4;RU=T;SB=-1.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,36:44:99:1439,123,0 chrXVI 359487 . G GTT 393.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=193.7069;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.14;MQ0=0;QD=13.13;RPA=13,15;RU=T;SB=-5.001e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,9:30:51:436,51,0 chrXVI 359549 . GA G 609.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=209.3096;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.96;MQ0=0;QD=16.49;RPA=10,9;RU=A;SB=-4.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,34:37:87:652,87,0 chrXVI 359654 . ATT A 319.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=146.4540;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.45;MQ0=0;QD=12.31;RPA=10,8;RU=T;SB=-1.539e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,12:26:36:362,36,0 chrXVI 359898 . C CA 1248.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=129.4503;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.26;MQ0=0;QD=21.17;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,51:59:99:1291,153,0 chrXVI 361642 . A ATT 4015 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=235.5461;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.75;MQ0=0;QD=27.50;RPA=7,9;RU=T;SB=-1.663e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,124:146:99:4015,370,0 chrXVI 370796 . CT C 640.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.772;DP=49;FS=6.388;HaplotypeScore=33.8931;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.07;MQ0=0;MQRankSum=0.772;QD=13.08;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-2.116;SB=-2.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,37:48:69:683,69,0 chrXVI 373283 . A ACAT 1498.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=23.2919;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.85;MQ0=0;QD=39.45;RPA=3,4;RU=CAT;SB=-2.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,33:38:99:1541,99,0 chrXVI 377078 . C CT,CTT 1015.40 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=72.3715;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.06;MQ0=0;QD=22.56;RPA=9,10,11;RU=T;SB=-3.367e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:6,6,30:45:40:1092,698,593,141,0,40 chrXVI 378890 . G GCAATTTTACAC 3457 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=56.4986;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.81;MQ0=0;QD=115.23;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,21:30:84:3457,84,0 chrXVI 379426 . ATTG A 3047.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=168.0388;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.86;MQ0=0;QD=23.27;RPA=5,4;RU=TTG;SB=-1.389e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,80:131:99:3090,214,0 chrXVI 381613 . AC A 471.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=38.1936;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.16;MQ0=0;QD=31.46;SB=-7.500e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:15:42:514,42,0 chrXVI 383323 . GA G 3281 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.661;DP=181;FS=2.329;HaplotypeScore=332.4121;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.478;QD=18.13;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.661;SB=-1.427e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,148:181:99:3281,405,0 chrXVI 386559 . AT A 866.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.408;DP=63;FS=5.424;HaplotypeScore=38.8914;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.118;QD=13.76;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.623;SB=-3.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,46:63:80:909,80,0 chrXVI 393885 . GCCGGTT G 5730 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=43.3959;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;QD=71.63;SB=-2.534e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,75:80:99:5730,217,0 chrXVI 396604 . CT C 1367.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=27.9853;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.13;MQ0=0;QD=19.27;RPA=10,9;RU=T;SB=-2.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,66:71:99:1410,188,0 chrXVI 404730 . AT A 318.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=47.8596;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.22;MQ0=0;QD=22.78;RPA=2,1;RU=T;SB=-3.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,10:14:36:361,36,0 chrXVI 404733 . AT A 132.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=64.1627;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.45;MQ0=0;QD=10.23;RPA=8,7;RU=T;SB=-2.297e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,8:13:25:175,25,0 chrXVI 406582 . GA G 3998 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=52.5749;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.35;MQ0=0;QD=26.30;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.614e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,146:152:99:3998,415,0 chrXVI 406826 . G GA 2922.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=233.2002;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.00;MQ0=0;QD=32.48;SB=-1.061e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,70:90:99:2965,244,0 chrXVI 406959 . G GT 3590 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=170;FS=0.000;HaplotypeScore=760.8867;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.06;MQ0=0;QD=21.12;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.322e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,148:170:99:3590,449,0 chrXVI 407659 . CAT C 8067 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=198;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=233.1201;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.76;MQ0=0;QD=40.74;RPA=2,1;RU=AT;SB=-4.031e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,191:198:99:8067,572,0 chrXVI 409092 . TA T 3444 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=38.9824;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=30.75;SB=-7.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,109:112:99:3444,319,0 chrXVI 411655 . GC G 1924.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=34.0191;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.85;MQ0=0;QD=33.19;RPA=2,1;RU=C;SB=-6.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1967,174,0 chrXVI 426048 . GA G 2024.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=35.4109;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.72;MQ0=0;QD=20.05;RPA=9,8;RU=A;SB=-5.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,91:101:99:2067,266,0 chrXVI 427810 . GA G 1137.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=47.5707;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.07;RPA=7,6;RU=A;SB=-2.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,51:54:99:1180,144,0 chrXVI 431638 . CA C 1171.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=373.1660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.65;MQ0=0;QD=14.83;RPA=9,8;RU=A;SB=-5.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,76:79:99:1214,158,0 chrXVI 431787 . T TA 1231.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=247.0928;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.26;MQ0=0;QD=24.64;RPA=3,4;RU=A;SB=-5.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,45:50:99:1274,138,0 chrXVI 432333 . G GAT 3779 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=258.1979;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.88;MQ0=0;QD=43.94;SB=-9.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:86:99:3779,241,0 chrXVI 436384 . A AT 2199.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=289.8968;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.14;MQ0=0;QD=30.99;SB=-1.098e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,68:71:99:2242,181,0 chrXVI 436612 . A AC 1558.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=22.1135;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.55;MQ0=0;QD=25.98;RPA=4,5;RU=C;SB=-7.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,51:59:99:1601,168,0 chrXVI 444542 . C CT 2012.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=28.2138;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.98;MQ0=0;QD=23.14;RPA=5,6;RU=T;SB=-9.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,81:87:99:2055,240,0 chrXVI 450415 . AC A 3574 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=490.3595;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.92;MQ0=0;QD=31.35;RPA=2,1;RU=C;SB=-4.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,111:114:99:3574,330,0 chrXVI 451141 . T TG 1935.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=106.3087;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.31;MQ0=0;QD=35.85;SB=-7.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:54:99:1978,153,0 chrXVI 451804 . A AT 1616.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.592;DP=86;FS=2.856;HaplotypeScore=161.2270;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.27;MQ0=0;MQRankSum=0.080;QD=18.80;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.016;SB=-7.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,69:86:99:1659,184,0 chrXVI 453577 . GCGCGA G 1296.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=19.1769;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.17;MQ0=0;QD=51.88;RPA=4,3;RU=CGCGA;SB=-4.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,21:25:63:1339,63,0 chrXVI 453822 . GTAGTCGCTTTCC G 2667.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=54.4947;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.75;MQ0=0;QD=74.11;RPA=2,1;RU=TAGTCGCTTTCC;SB=-9.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,27:36:72:2710,72,0 chrXVI 455066 . TC T 2673.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=525.0994;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.96;MQ0=0;QD=33.01;SB=-8.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,73:81:99:2716,223,0 chrXVI 455090 . GA G 1401.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=623.3367;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.28;MQ0=0;QD=21.24;RPA=8,7;RU=A;SB=-3.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,62:66:99:1444,177,0 chrXVI 455132 . CT C 892.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=389.2809;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.77;MQ0=0;QD=13.53;RPA=8,7;RU=T;SB=-7.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,51:66:99:935,117,0 chrXVI 455694 . CTACTAT C 1216.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=176.2665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.35;MQ0=0;QD=32.89;RPA=3,2;RU=TACTAT;SB=-9.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,26:37:63:1259,63,0 chrXVI 456671 . GC G 987.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=116.6769;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=27.44;RPA=4,3;RU=C;SB=-4.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,34:36:99:1030,102,0 chrXVI 456724 . A ATT 2357.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=71.4241;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;QD=40.65;RPA=1,3;RU=T;SB=-1.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:58:99:2400,175,0 chrXVI 458616 . A AT 1070.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.066;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=144.7763;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.493;QD=10.50;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.225;SB=-5.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,60:102:89:1113,89,0 chrXVI 462407 . TGTGTGTGTGAGTGC T 5634 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=19.5410;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.62;MQ0=2;QD=102.44;SB=-2.035e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,44:53:99:5634,129,0 chrXVI 462794 . T TTTGTGC 2118.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.942;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=132.7249;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.751;QD=46.06;RPA=2,3;RU=TTGTGC;ReadPosRankSum=-1.051;SB=-9.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,40:46:99:2161,107,0 chrXVI 466439 . CT C 2386.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=345.0294;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.12;MQ0=0;QD=31.00;SB=-9.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,75:77:99:2429,222,0 chrXVI 480185 . GT G 3753 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=137.9032;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.39;MQ0=0;QD=28.65;RPA=3,2;RU=T;SB=-5.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,116:131:99:3753,355,0 chrXVI 480253 . CA C 2397.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=391.4076;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.11;MQ0=0;QD=19.34;RPA=8,7;RU=A;SB=-2.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,114:124:99:2440,311,0 chrXVI 480290 . AC A 2312.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=207.1359;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.02;MQ0=0;QD=22.24;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:56,48:104:99:2355,269,0 chrXVI 480503 . CA C 1493.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=172.5140;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.27;MQ0=0;QD=28.73;RPA=2,1;RU=A;SB=-5.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,47:51:99:1536,141,0 chrXVI 481223 . GCA G 1277.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=12.1442;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.26;MQ0=0;QD=37.59;RPA=2,1;RU=CA;SB=-3.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:99:1320,99,0 chrXVI 481304 . AT A 233 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.075;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=25.5648;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.820;QD=8.03;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.416;SB=-2.096e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,14:29:23:275,23,0 chrXVI 482069 . CT C 605.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4903;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;QD=20.20;RPA=9,8;RU=T;SB=-2.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:84:648,84,0 chrXVI 482409 . G GA 480.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.040;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=24.4905;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.18;MQ0=0;MQRankSum=1.040;QD=14.15;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.456;SB=-2.139e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,28:34:52:523,52,0 chrXVI 482775 . CT C 655.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=24.4020;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.15;MQ0=0;MQRankSum=0.788;QD=10.25;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.263;SB=-2.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,47:64:91:698,91,0 chrXVI 485926 . T TGA 2931.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=847.6267;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.87;MQ0=0;QD=31.53;SB=-1.202e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,57:93:99:2974,267,0 chrXVI 485941 . C CACACAA 4834 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.716;DP=99;FS=11.892;HaplotypeScore=679.8831;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.968;QD=48.83;ReadPosRankSum=4.186;SB=-2.281e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,71:99:99:4834,178,0 chrXVI 488778 . CA C 587.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=15.8628;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=20.27;RPA=9,8;RU=A;SB=-2.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,28:29:81:630,81,0 chrXVI 490095 . A ATTGGGCTTGAGC 4925 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=91.5976;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.37;MQ0=0;QD=71.38;RPA=1,2;RU=TTGGGCTTGAGC;SB=-2.434e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,50:69:99:4925,141,0 chrXVI 491607 . A ACT 1996.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=21.4627;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.44;MQ0=0;QD=33.85;RPA=2,3;RU=CT;SB=-6.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,55:58:99:2039,154,0 chrXVI 491804 . CT C 27.98 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.033;DP=30;FS=2.048;HaplotypeScore=20.5658;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.429;QD=0.93;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.165;SB=-2.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,6:30:67:67,0,236 chrXVI 500407 . C CT 4378 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=332.8468;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.31;MQ0=0;QD=31.96;SB=-1.643e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,136:137:99:4378,403,0 chrXVI 500581 . G GAAAA 5145 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=240.0671;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.73;MQ0=3;QD=36.49;RPA=8,12;RU=A;SB=-1.761e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:56,66:138:99:5145,348,0 chrXVI 510161 . CT C 1262.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=27.6436;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=16.62;RPA=7,6;RU=T;SB=-6.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,57:76:99:1305,159,0 chrXVI 511831 . TA T 1059.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=11.6292;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.45;MQ0=0;QD=28.65;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:99:1102,105,0 chrXVI 520684 . T TA 1726.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=29.7260;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.54;MQ0=0;QD=26.17;RPA=1,2;RU=A;SB=-3.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,63:66:99:1769,162,0 chrXVI 521078 . CCAATAACAATAA C 901.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=29.5251;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=112.75;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,7:8:24:944,24,0 chrXVI 522078 . AAAT A 1919.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.997;DP=121;FS=2.734;HaplotypeScore=1666.6490;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.16;MQ0=1;MQRankSum=0.098;QD=15.87;ReadPosRankSum=-0.877;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,33:120:99:1959,0,1580 chrXVI 522083 . A AACAACC 4016 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.872;DP=121;FS=1.751;HaplotypeScore=1531.0156;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.16;MQ0=1;MQRankSum=-0.380;QD=33.19;ReadPosRankSum=-4.533;SB=-1.339e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,43:120:99:4016,0,914 chrXVI 526860 . T TGTAGAAGCGGTGACAACA 4822 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=89.7548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.49;MQ0=0;QD=137.77;SB=-7.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,27:35:96:4822,96,0 chrXVI 529418 . GTA G 2116.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=72.8812;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.95;MQ0=0;QD=33.60;RPA=3,2;RU=TA;SB=-6.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,60:63:99:2159,165,0 chrXVI 535682 . T TTA 715.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=20.9022;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.96;MQ0=0;QD=13.26;RPA=5,6;RU=TA;SB=-2.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,27:54:60:758,60,0 chrXVI 544046 . CA C 2438.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.496;DP=91;FS=7.140;HaplotypeScore=166.1680;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=0.866;QD=26.80;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=-1.142;SB=-4.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,89:91:99:2481,235,0 chrXVI 556007 . T TC 138.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=72.0396;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=19.73;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:18:180,18,0 chrXVI 556031 . T TA 533.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=253.4354;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.71;MQ0=0;QD=19.78;RPA=6,7;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,26:27:69:576,69,0 chrXVI 557969 . TC T 4059 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=150.1060;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.80;MQ0=0;QD=35.30;SB=-1.187e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,112:115:99:4059,331,0 chrXVI 558046 . T TTC 2094.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.466;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=239.5968;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.19;MQ0=0;MQRankSum=0.080;QD=23.28;RPA=2,3;RU=TC;ReadPosRankSum=-1.626;SB=-2.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,44:89:99:2137,189,0 chrXVI 560143 . TC T 2806.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=170.9007;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.79;MQ0=0;QD=26.73;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:105:99:2849,291,0 chrXVI 560812 . A AT 62.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=37.0134;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.01;MQ0=0;QD=10.41;SB=-9.542e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:6:12:104,12,0 chrXVI 563511 . C CGTATTACTT 7795 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=221;FS=0.000;HaplotypeScore=378.0029;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.04;MQ0=0;QD=35.27;RPA=2,3;RU=GTATTACTT;SB=-3.461e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:49,165:221:99:7795,464,0 chrXVI 564015 . AT A 817.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=10.4117;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=22.11;RPA=3,2;RU=T;SB=-9.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,32:37:84:860,84,0 chrXVI 565213 . CATATACA C 3737 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=167.6655;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.56;MQ0=0;QD=67.95;SB=-7.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,49:55:99:3737,141,0 chrXVI 565687 . G GC 1339.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.652;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=210.1407;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.007;QD=30.45;ReadPosRankSum=1.571;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,42:44:99:1382,108,0 chrXVI 569007 . CTAGAAAAGTCGAAATCGATATTA C 6299 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=91.6323;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.59;MQ0=0;QD=149.98;SB=-2.604e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,29:42:87:6299,87,0 chrXVI 572340 . A AT 2327.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=241.8578;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;QD=23.28;RPA=5,6;RU=T;SB=-3.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,96:98:99:2370,276,0 chrXVI 572731 . G GAAA 1076.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=22.9520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;QD=23.92;RPA=10,13;RU=A;SB=-5.153e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,30:45:99:1117,101,0 chrXVI 572996 . G GA 1263.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.040;DP=83;FS=5.770;HaplotypeScore=49.1158;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.595;QD=15.23;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.093;SB=-2.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,71:83:99:1306,111,0 chrXVI 575799 . T TC 1239.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=281.4141;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.98;MQ0=0;QD=22.14;RPA=4,5;RU=C;SB=-4.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,45:56:99:1282,129,0 chrXVI 575833 . A ATACTGCTCACT 2601.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=193.2083;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.32;MQ0=0;QD=76.53;RPA=1,2;RU=TACTGCTCACT;SB=-8.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,18:34:81:2644,81,0 chrXVI 576354 . AT A 1719.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=279.6068;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.73;MQ0=0;QD=21.50;RPA=8,7;RU=T;SB=-8.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,78:80:99:1762,221,0 chrXVI 581372 . C CA 1006.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=467.8096;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.69;MQ0=0;QD=22.38;RPA=2,3;RU=A;SB=-5.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,44:45:99:1049,121,0 chrXVI 581587 . AC A 1288.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=920.8406;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.88;MQ0=0;QD=24.32;SB=-5.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:53:99:1331,141,0 chrXVI 581589 . TCG T 1737.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=818.7463;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=36.98;SB=-7.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1780,141,0 chrXVI 581621 . C CT 1548.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=1108.1337;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.54;MQ0=0;QD=20.38;RPA=6,7;RU=T;SB=-4.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,70:76:99:1591,192,0 chrXVI 581678 . CT C 1414.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=623.6199;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.13;MQ0=0;QD=24.40;RPA=3,2;RU=T;SB=-2.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,48:58:99:1457,141,0 chrXVI 582137 . C CT 1969.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=366.5463;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.18;MQ0=0;QD=20.31;RPA=6,7;RU=T;SB=-9.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,80:97:99:2012,240,0 chrXVI 585589 . AT A 2926.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=345.5490;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.77;MQ0=0;QD=28.42;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.199e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,102:103:99:2969,285,0 chrXVI 586599 . GAA G 890.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=53.0271;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.24;MQ0=0;QD=22.27;RPA=13,11;RU=A;SB=-3.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,32:40:93:933,93,0 chrXVI 587000 . T TTTA 2418.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=163.1066;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.83;MQ0=0;QD=39.66;SB=-1.155e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,57:61:99:2461,174,0 chrXVI 587301 . C CT 999.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=10.5482;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=30.30;RPA=1,2;RU=T;SB=-4.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,26:33:93:1042,93,0 chrXVI 587395 . C CT 1543.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=31.0695;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.62;MQ0=0;QD=15.75;RPA=6,7;RU=T;SB=-3.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,75:98:99:1586,195,0 chrXVI 589365 . A AATGTT 5580 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.911;DP=121;FS=2.085;HaplotypeScore=924.9608;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.456;QD=46.12;ReadPosRankSum=3.376;SB=-1.648e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:49,70:121:99:5580,273,0 chrXVI 589367 . C CATG 3767 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.820;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=992.8712;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.42;MQ0=0;MQRankSum=-2.121;QD=39.24;ReadPosRankSum=1.957;SB=-1.100e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,70:96:99:3767,248,0 chrXVI 589492 . T TG 3178.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=446.5065;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.75;MQ0=0;QD=36.12;SB=-1.195e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:88:99:3221,250,0 chrXVI 589866 . G GT 2642.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=1406.9257;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.72;MQ0=0;QD=26.17;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.038e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,87:101:99:2685,270,0 chrXVI 589884 . TAC T 3595 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=1063.2390;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.80;MQ0=0;QD=34.24;SB=-1.550e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,82:105:99:3595,235,0 chrXVI 589896 . C CA 2355.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=947.7833;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.51;MQ0=0;QD=24.29;SB=-9.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,53:97:99:2398,248,0 chrXVI 589924 . A AT 2732.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=392.6219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.25;MQ0=0;QD=31.41;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.206e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,84:87:99:2775,247,0 chrXVI 591382 . G GCT 1289.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=69.2551;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.03;MQ0=0;QD=33.08;RPA=1,2;RU=CT;SB=-6.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,34:39:96:1332,96,0 chrXVI 592129 . G GAA,GA 1048.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.335;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=310.7275;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=49.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.498;QD=13.28;RPA=14,16,15;RU=A;ReadPosRankSum=-1.454;SB=-2.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:46,20,10:79:65:1127,157,65,676,0,584 chrXVI 600560 . GAA G 694.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.970;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=64.6690;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=0.582;QD=14.18;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.228;SB=-5.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,39:49:54:737,54,0 chrXVI 606364 . ATTGTTG A 931.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=90.7351;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.78;MQ0=2;QD=38.83;RPA=7,5;RU=TTG;SB=-4.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,12:21:45:974,45,0 chrXVI 606386 . CTGT C 833.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.945;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=118.0065;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.19;MQ0=2;MQRankSum=-0.441;QD=36.26;ReadPosRankSum=1.197;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,18:20:53:876,53,0 chrXVI 607467 . GAAAA G 1888.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.270;DP=51;FS=5.393;HaplotypeScore=120.8434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.57;MQ0=0;MQRankSum=0.269;QD=37.04;RPA=14,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.115;SB=-4.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,43:51:99:1931,120,0 chrXVI 607677 . T TA 1415.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=19.9141;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=29.50;SB=-5.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,43:48:99:1458,117,0 chrXVI 607820 . CTTT C 1497.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.648;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=142.3102;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.32;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=24.16;RPA=15,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.648;SB=-6.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,40:62:99:1540,118,0 chrXVI 607997 . CTTT C 1700.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=158.3907;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.69;MQ0=0;QD=32.71;RPA=14,11;RU=T;SB=-7.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,39:52:99:1743,129,0 chrXVI 608694 . G GC 2370.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=163.9842;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.04;MQ0=0;QD=32.93;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,69:72:99:2413,202,0 chrXVI 610229 . CT C 876.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.337;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=114.6707;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.139;QD=22.49;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=1.535;SB=-4.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,34:39:99:919,101,0 chrXVI 614770 . G GGTTATT 3696 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=194.2141;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.73;MQ0=0;QD=62.64;RPA=1,2;RU=GTTATT;SB=-1.441e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,38:59:99:3696,147,0 chrXVI 615022 . CA C 2929.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=59.2490;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.33;MQ0=0;QD=26.64;RPA=4,3;RU=A;SB=-9.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:110:99:2972,306,0 chrXVI 615257 . T TA 424.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.235;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=229.8460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.560;QD=3.57;RPA=17,18;RU=A;ReadPosRankSum=0.176;SB=-6.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,21:119:99:464,0,206 chrXVI 619088 . G GAT 2125.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=472.4741;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.03;MQ0=0;QD=21.92;RPA=4,5;RU=AT;SB=-8.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,73:97:99:2168,171,0 chrXVI 619145 . T TC 1457.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=422.0710;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.15;MQ0=0;QD=22.43;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,51:65:99:1500,177,0 chrXVI 619148 . T TTC 1623.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=381.3993;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.96;MQ0=0;MQRankSum=1.669;QD=26.19;ReadPosRankSum=0.472;SB=-4.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,51:62:99:1666,158,0 chrXVI 619424 . AT A 934.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=224.7011;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.80;MQ0=0;QD=20.78;RPA=6,5;RU=T;SB=-2.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,41:45:99:977,114,0 chrXVI 619445 . TA T 858.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=323.7091;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.33;MQ0=0;QD=17.18;RPA=7,6;RU=A;SB=-3.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,47:50:99:901,111,0 chrXVI 619782 . TG T 1866.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=266.4869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.19;MQ0=0;QD=32.75;SB=-9.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:57:99:1909,159,0 chrXVI 619939 . ATCGTCCCCAGTTTTTCC A 7497 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=354.0350;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.01;MQ0=0;QD=110.25;SB=-2.937e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,56:68:99:7497,162,0 chrXVI 621826 . T TAAAA 2954.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=116.3309;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.69;MQ0=0;QD=46.17;RPA=2,6;RU=A;SB=-7.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,53:64:99:2997,165,0 chrXVI 621903 . CA C 532.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.607;DP=55;FS=7.364;HaplotypeScore=104.2344;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=1.457;QD=9.69;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.971;SB=-2.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,34:55:49:575,49,0 chrXVI 622396 . AT A 578.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=204.4724;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.78;MQ0=0;QD=22.27;RPA=4,3;RU=T;SB=-3.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,21:26:63:621,63,0 chrXVI 623198 . GA G 912.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.942;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=147.4911;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.82;MQ0=0;MQRankSum=0.942;QD=14.05;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.746;SB=-4.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,52:65:85:955,85,0 chrXVI 623272 . A AT 781.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=271.4702;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.45;MQ0=0;QD=15.04;RPA=7,8;RU=T;SB=-3.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,35:52:99:824,102,0 chrXVI 623394 . A AT 1240.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=35.9943;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.22;MQ0=0;QD=19.70;RPA=1,2;RU=T;SB=-5.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,30:63:99:1283,127,0 chrXVI 627564 . C CT 802.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=152.0613;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.76;MQ0=0;QD=17.84;RPA=8,9;RU=T;SB=-3.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,37:45:99:845,108,0 chrXVI 630425 . CAAATGG C 4022 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=200.3704;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.14;MQ0=0;QD=67.03;SB=-1.664e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,55:60:99:4022,166,0 chrXVI 631326 . T TACCTATGCTAGTTTCC 8416 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=35.5745;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.25;MQ0=0;QD=182.96;SB=-5.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,43:46:99:8416,138,0 chrXVI 637334 . C CAT 8879 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=204.0338;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.58;MQ0=0;QD=35.52;RPA=1,2;RU=AT;SB=-2.093e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,242:250:99:8879,647,0 chrXVI 639136 . G GA 1284.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.680;DP=78;FS=4.216;HaplotypeScore=138.5173;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=1.522;QD=16.47;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.472;SB=-4.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,63:78:99:1327,176,0 chrXVI 639360 . T TA 283.98 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.567;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=260.7475;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.348;QD=5.92;ReadPosRankSum=1.540;SB=-9.800e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,18:48:25:323,0,25 chrXVI 643570 . CT C 308.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=37.2842;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.93;MQ0=0;QD=17.16;RPA=11,10;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:48:351,48,0 chrXVI 643732 . GAA G 457.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=21.2052;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.27;MQ0=0;QD=13.08;RPA=13,11;RU=A;SB=-6.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,27:35:51:500,51,0 chrXVI 645576 . G GCCTGCCGAAAACCA 2329.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=18.0949;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.70;MQ0=0;QD=68.53;RPA=1,2;RU=CCTGCCGAAAACCA;SB=-1.145e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,15:34:51:2372,51,0 chrXVI 646234 . CTT C 387.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.302;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=45.7903;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.519;QD=18.47;RPA=14,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.434;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,15:21:44:430,44,0 chrXVI 646415 . T TTAC 942.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=44.2888;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.67;MQ0=0;QD=32.52;RPA=1,2;RU=TAC;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,26:29:63:985,63,0 chrXVI 650129 . T TA 169.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.579;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=12.0457;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.869;QD=8.05;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=0.000;SB=-2.084e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,12:21:17:211,17,0 chrXVI 650390 . GAA G 469.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=45.8134;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=26.11;RPA=12,10;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,16:18:48:512,48,0 chrXVI 653960 . T TTTTTA 3646 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.678;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=459.9925;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.325;QD=46.15;ReadPosRankSum=1.570;SB=-1.721e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,49:79:99:3646,171,0 chrXVI 653978 . G GA 2468.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=626.2714;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.12;MQ0=0;QD=24.21;RPA=3,4;RU=A;SB=-6.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,95:102:99:2511,267,0 chrXVI 654104 . TG T 2134.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=201.7139;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.28;MQ0=0;QD=27.02;RPA=2,1;RU=G;SB=-5.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,70:79:99:2177,213,0 chrXVI 654112 . C CT 1616.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=239.5602;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.69;MQ0=0;QD=22.15;RPA=7,8;RU=T;SB=-3.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,69:73:99:1659,207,0 chrXVI 657438 . GA G 1619.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=377.5299;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.15;MQ0=0;QD=16.70;RPA=10,9;RU=A;SB=-5.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,80:97:99:1662,223,0 chrXVI 659091 . TA T 1718.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.806;DP=112;FS=4.293;HaplotypeScore=71.6303;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.128;QD=15.35;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.450;SB=-6.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,89:112:99:1761,233,0 chrXVI 672209 . TA T 2635.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=409.9530;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=17.93;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.251e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,130:147:99:2678,347,0 chrXVI 672254 . G GA 2861.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.525;DP=176;FS=6.613;HaplotypeScore=255.9746;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=0.492;QD=16.26;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.003;SB=-9.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,145:176:99:2904,196,0 chrXVI 675808 . GAA G 479.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.819;DP=29;FS=3.056;HaplotypeScore=190.7877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.449;QD=16.55;RPA=15,13;RU=A;ReadPosRankSum=1.449;SB=-2.496e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,19:29:37:522,37,0 chrXVI 675830 . C CA 664.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=262.7698;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.77;MQ0=0;QD=20.15;RPA=9,10;RU=A;SB=-2.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,32:33:92:707,92,0 chrXVI 677138 . C CTTT 1934.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=23.0462;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.34;MQ0=0;QD=45.00;RPA=2,5;RU=T;SB=-5.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,40:43:99:1977,120,0 chrXVI 680007 . G GCAA 2863.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=29.3761;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=43.39;RPA=2,3;RU=CAA;SB=-8.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,64:66:99:2906,187,0 chrXVI 681149 . T TTTA 3164.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=283.6577;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.34;MQ0=0;QD=43.36;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:73:99:3207,201,0 chrXVI 685749 . A AT 1039.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.752;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=25.2218;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.189;QD=16.77;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.383;SB=-3.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,48:62:99:1082,110,0 chrXVI 689563 . TG T 2968.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=282.6418;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.10;MQ0=0;QD=28.28;RPA=3,2;RU=G;SB=-1.097e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,102:105:99:3011,300,0 chrXVI 692459 . C CA 2664.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=325.2438;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.55;MQ0=0;QD=23.58;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.232e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,108:113:99:2707,315,0 chrXVI 695616 . TAA T,TA 1062.96 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.242;DP=87;FS=10.437;HaplotypeScore=333.2320;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.58;MQ0=0;MQRankSum=0.210;QD=12.22;RPA=15,13,14;RU=A;ReadPosRankSum=0.500;SB=-3.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:28,9,0:87:59:1141,423,333,223,0,59 chrXVI 696343 . A ATCATCCTCATCGTCT 2282.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=68.9973;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.11;MQ0=0;QD=65.23;RPA=1,2;RU=TCATCCTCATCGTCT;SB=-7.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,33:35:87:2325,87,0 chrXVI 698526 . G GAAA 587.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.575;DP=50;FS=7.132;HaplotypeScore=128.9052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.275;QD=11.76;RPA=17,20;RU=A;ReadPosRankSum=1.025;SB=-8.133e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,10:50:99:627,0,99 chrXVI 711365 . 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CCAG C 4433 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=156.2546;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.07;MQ0=0;QD=49.81;SB=-1.893e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,87:89:99:4433,259,0 chrXVI 744003 . GA G 1650.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=229.1966;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.96;MQ0=0;QD=24.28;RPA=4,3;RU=A;SB=-7.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,62:68:99:1693,177,0 chrXVI 746899 . AT A 1715.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=133.2897;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.86;MQ0=0;QD=22.00;RPA=6,5;RU=T;SB=-5.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,74:78:99:1758,210,0 chrXVI 747276 . AAT A 2557.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=23.0391;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.92;MQ0=0;QD=37.62;RPA=2,1;RU=AT;SB=-5.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,64:68:99:2600,181,0 chrXVI 753208 . G GA 1408.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=306.4419;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.51;MQ0=0;QD=23.10;RPA=5,6;RU=A;SB=-4.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,57:61:99:1451,168,0 chrXVI 753245 . GCCCCC G 3957 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=166.7479;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.82;MQ0=0;QD=56.53;RPA=11,6;RU=C;SB=-1.561e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,57:70:99:3957,184,0 chrXVI 754378 . TGGG T 1770.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=17.1456;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.25;MQ0=0;QD=36.89;RPA=10,7;RU=G;SB=-4.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,41:48:99:1813,120,0 chrXVI 758471 . G GT 1298.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=86.9178;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.99;MQ0=0;QD=21.65;RPA=6,7;RU=T;SB=-4.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,57:60:99:1341,162,0 chrXVI 767576 . AT A 1336.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=59.8612;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.43;MQ0=0;QD=18.31;RPA=10,9;RU=T;SB=-1.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,65:73:99:1379,184,0 chrXVI 770513 . G GA 3583 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=41.8976;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.06;MQ0=0;QD=26.54;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.725e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,130:135:99:3583,381,0 chrXVI 770637 . T TA 1632.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=281.6157;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.27;MQ0=0;QD=29.16;RPA=1,2;RU=A;SB=-7.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,53:56:99:1675,147,0 chrXVI 770676 . AG A 1440.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=284.1363;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.35;MQ0=0;QD=30.66;RPA=2,1;RU=G;SB=-5.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,40:47:99:1483,132,0 chrXVI 774827 . CCTT C 1664.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=36.0448;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.71;MQ0=0;QD=21.35;RPA=8,7;RU=CTT;SB=-7.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,46:78:99:1707,129,0 chrXVI 775448 . A AT 2261.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=26.8634;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.67;MQ0=0;QD=30.16;RPA=1,2;RU=T;SB=-8.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,73:75:99:2304,202,0 chrXVI 775673 . GT G 2428.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=206.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.40;MQ0=0;QD=23.36;RPA=6,5;RU=T;SB=-5.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,102:104:99:2471,288,0 chrXVI 776566 . A AT 1964.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.240;DP=120;FS=5.310;HaplotypeScore=125.5646;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.55;MQ0=0;MQRankSum=0.853;QD=16.37;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.818;SB=-8.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,92:120:99:2007,208,0 chrXVI 776934 . TTTTC T 994.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=272.6479;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.35;MQ0=0;QD=36.85;RPA=4,3;RU=TTTC;SB=-5.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,20:27:60:1037,60,0 chrXVI 776966 . T TG 1446.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=337.1638;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.04;MQ0=0;QD=35.29;SB=-4.000e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:41:99:1489,117,0 chrXVI 777035 . TA T 2514.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=1133.5404;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.55;MQ0=0;QD=24.90;RPA=5,4;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,96:101:99:2557,285,0 chrXVI 777053 . C CTTG 4252 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=876.1359;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.03;MQ0=0;QD=46.73;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,82:91:99:4252,247,0 chrXVI 777058 . A AG 2301.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=987.9972;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=28.07;RPA=3,4;RU=G;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,80:82:99:2344,240,0 chrXVI 780364 . C CA 2925.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=48.0120;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;QD=25.01;RPA=4,5;RU=A;SB=-9.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,114:117:99:2968,333,0 chrXVI 786020 . T TA 3936 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=300.7506;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.97;MQ0=0;QD=36.44;SB=-1.885e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,107:108:99:3936,307,0 chrXVI 786176 . T TA 3087.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=369.5006;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.48;MQ0=0;QD=19.30;RPA=8,9;RU=A;SB=-1.334e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,137:160:99:3130,398,0 chrXVI 786508 . A AGCATGTCAGACATGTCAG 3988 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=17.0615;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.35;MQ0=0;QD=84.85;SB=-8.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,28:47:99:3988,99,0 chrXVI 787516 . CA C 2525.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=809.1207;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.80;MQ0=0;QD=21.96;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.010e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,109:115:99:2568,320,0 chrXVI 787565 . G GA 3409 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=1127.1883;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.93;MQ0=0;QD=21.17;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.670e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,143:161:99:3409,422,0 chrXVI 794695 . TC T 2671.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=570.9911;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.73;MQ0=0;QD=26.46;SB=-8.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,94:101:99:2714,273,0 chrXVI 798028 . G GC 3067.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=86;FS=4.877;HaplotypeScore=35.0791;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=1.565;QD=35.67;ReadPosRankSum=1.023;SB=-9.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,82:86:99:3110,244,0 chrXVI 800320 . TCTGTTG T 2200.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=83.5520;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.25;MQ0=0;QD=75.90;SB=-1.112e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,28:29:84:2243,84,0 chrXVI 802209 . GAA G 482.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=90.8385;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.69;MQ0=0;QD=14.64;RPA=13,11;RU=A;SB=-1.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,22:33:56:525,56,0 chrXVI 804552 . T TGAG 6137 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=78.6274;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.06;MQ0=0;QD=51.57;SB=-2.222e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,114:119:99:6137,349,0 chrXVI 810751 . A AT 507.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=90.2714;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.47;MQ0=0;QD=14.94;RPA=6,7;RU=T;SB=-4.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,25:34:66:550,66,0 chrXVI 812473 . G GT 1117.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=111.6487;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.69;MQ0=0;QD=17.75;RPA=4,5;RU=T;SB=-4.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,50:63:99:1160,132,0 chrXVI 812491 . TA T 939.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=127.7163;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.52;MQ0=0;QD=19.58;RPA=10,9;RU=A;SB=-4.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,42:48:99:982,131,0 chrXVI 814358 . CA C 469.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.372;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=35.8742;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.06;MQ0=0;MQRankSum=0.540;QD=13.82;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.624;SB=-1.659e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,29:34:44:512,44,0 chrXVI 814896 . 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ATTT A 3828 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=634.1757;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.35;MQ0=0;QD=33.29;RPA=15,12;RU=T;SB=-1.573e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,91:115:99:3828,299,0 chrXVI 821527 . T TC 904.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.030;DP=53;FS=3.053;HaplotypeScore=243.4497;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.34;MQ0=0;MQRankSum=0.502;QD=17.07;RPA=1,2;RU=C;ReadPosRankSum=0.561;SB=-4.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,20:53:99:947,107,0 chrXVI 825001 . AT A 1436.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=426.3123;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.41;MQ0=0;QD=17.31;RPA=10,9;RU=T;SB=-3.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,68:83:99:1479,202,0 chrXVI 828203 . CT C 2606.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=442.6488;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.48;MQ0=0;QD=23.07;RPA=7,6;RU=T;SB=-6.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,110:113:99:2649,323,0 chrXVI 829386 . 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CCAA C 2107.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=38.1494;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;QD=26.02;RPA=8,7;RU=CAA;SB=-5.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,56:81:99:2150,162,0 chrXVI 837643 . AT A 189.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=86.2683;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=7.92;RPA=13,12;RU=T;SB=-2.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,15:24:33:232,33,0 chrXVI 837820 . GCTTATGTTTG G 1267.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=83.0105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.69;MQ0=0;QD=25.88;RPA=2,1;RU=CTTATGTTTG;SB=-4.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,0:49:60:1310,60,0 chrXVI 837870 . A AT 2726.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=118.6762;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.04;MQ0=0;QD=23.51;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,113:116:99:2769,330,0 chrXVI 844169 . T TA 5141 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=199;FS=0.000;HaplotypeScore=206.6978;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.38;MQ0=0;QD=25.83;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.722e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,171:199:99:5141,469,0 chrXVI 844218 . T TA 2574.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.334;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=238.4993;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.061;QD=19.96;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.912;SB=-9.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,102:129:99:2617,317,0 chrXVI 856412 . CA C 280.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=33.8545;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.41;MQ0=0;QD=31.22;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27:323,27,0 chrXVI 856998 . C CA 3789 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=54.4124;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.95;MQ0=0;QD=23.68;RPA=4,5;RU=A;SB=-7.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,149:160:99:3789,429,0 chrXVI 857189 . GT G 530.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.215;DP=61;FS=1.786;HaplotypeScore=25.1634;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.16;MQ0=0;MQRankSum=1.249;QD=8.69;RPA=15,14;RU=T;ReadPosRankSum=1.417;SB=-2.761e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,38:61:8:571,8,0 chrXVI 868527 . A AT 47.48 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=2.0462;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=7.91;RPA=10,11;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,5:6:12:89,12,0 chrXVI 870388 . CA C 3067.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=59.5048;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=22.39;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.489e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,123:137:99:3110,366,0 chrXVI 876797 . G GA 3475 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=384.6561;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.10;MQ0=0;QD=28.02;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.678e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,122:124:99:3475,349,0 chrXVI 880281 . GAA G 1539.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=258.5338;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.48;MQ0=1;QD=28.52;RPA=3,1;RU=A;SB=-5.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,30:52:99:1582,141,0 chrXVI 880286 . AG A 934.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.028;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=301.9625;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.20;MQ0=1;MQRankSum=-0.193;QD=18.70;ReadPosRankSum=1.019;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,30:48:99:977,116,0 chrXVI 880672 . GT G 781.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.578;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=97.2589;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.091;QD=19.07;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=0.064;SB=-1.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:33:51:824,51,0 chrXVI 881557 . AG A 6409 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=227;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=79.3484;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.13;MQ0=0;QD=28.23;RPA=4,3;RU=G;SB=-3.168e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,221:227:99:6409,640,0 chrXVI 882369 . C CA 4918 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=364.4589;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.23;MQ0=0;QD=33.46;SB=-2.370e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,129:147:99:4918,412,0 chrXVI 883061 . ATGC A 4750 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=327.9612;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.90;MQ0=0;QD=36.54;RPA=2,1;RU=TGC;SB=-1.398e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,109:130:99:4750,301,0 chrXVI 886454 . GTT G 636.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.216;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=71.2993;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.07;MQ0=0;MQRankSum=0.584;QD=10.98;RPA=16,14;RU=T;ReadPosRankSum=2.529;SB=-5.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,22:58:38:679,38,0 chrXVI 887933 . ATT A,AT 613.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.863;DP=60;FS=3.079;HaplotypeScore=38.2840;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=1.013;QD=10.23;RPA=15,13,14;RU=T;ReadPosRankSum=-0.621;SB=-3.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:21,10,0:60:99:692,418,448,188,0,114 chrXVI 895946 . A AG 5214 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=244.0003;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.06;MQ0=0;QD=36.21;SB=-2.372e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,144:144:99:5214,421,0 chrXVI 897038 . C CA 2816.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.292;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=54.5534;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=1.347;QD=19.29;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.082;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,138:146:99:2859,353,0 chrXVI 899836 . A AG 1664.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=29.6038;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.01;MQ0=0;QD=25.23;RPA=2,3;RU=G;SB=-5.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,55:66:99:1707,165,0 chrXVI 899972 . TG T 1064.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=233.6378;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;QD=24.77;RPA=6,5;RU=G;SB=-5.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,39:43:99:1107,120,0 chrXVI 900544 . TA T 2855.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.072;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=233.2163;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.18;MQ0=0;MQRankSum=0.613;QD=28.00;ReadPosRankSum=-0.974;SB=-9.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,75:102:99:2898,275,0 chrXVI 901586 . A AAT 4710 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.512;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=401.1327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.110;QD=29.44;RPA=1,2;RU=AT;ReadPosRankSum=-0.605;SB=-1.796e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,127:160:99:4710,351,0 chrXVI 901903 . TC T 2187.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=39.6285;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.00;MQ0=0;QD=24.31;RPA=7,6;RU=C;SB=-6.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,84:90:99:2230,249,0 chrXVI 906734 . C CAT 371.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=16.9849;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;QD=7.75;RPA=6,7;RU=AT;SB=-1.559e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,17:48:36:414,36,0 chrXVI 907060 . 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A AT 2008.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=299.8145;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.01;MQ0=0;QD=25.43;RPA=3,4;RU=T;SB=-6.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,74:79:99:2051,216,0 chrXVI 911942 . TA T 1061.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=25.1467;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;QD=19.31;RPA=6,5;RU=A;SB=-3.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,48:55:99:1104,129,0 chrXVI 912564 . TA T 2608.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.415;DP=160;FS=6.338;HaplotypeScore=583.9414;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.185;QD=16.31;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.064;SB=-1.236e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,124:160:99:2651,329,0 chrXVI 912589 . CAACT C 7457 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=319.8969;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.96;MQ0=0;QD=47.20;RPA=2,1;RU=AACT;SB=-3.634e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,127:158:99:7457,391,0 chrXVI 919140 . A AT 1351.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=24.1779;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=18.78;RPA=7,8;RU=T;SB=-5.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,61:72:99:1394,174,0 chrXVI 920552 . C CT 1294.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.038;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=127.4885;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.474;QD=19.92;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.474;SB=-2.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,61:65:99:1337,133,0 chrXVI 921161 . CA C 3743 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=371.9732;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.60;MQ0=0;QD=29.24;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.652e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,123:128:99:3743,352,0 chrXVI 921772 . G GT 2099.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.151;DP=121;FS=1.879;HaplotypeScore=299.9875;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.03;MQ0=0;MQRankSum=1.687;QD=17.36;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.210;SB=-8.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,103:121:99:2142,220,0 chrXVI 922863 . A AT 2975.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.088;DP=200;FS=11.694;HaplotypeScore=1427.8410;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.872;QD=14.88;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.111;SB=-9.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:58,132:200:99:3018,293,0 chrXVI 922883 . C CCTA 9685 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=191;FS=0.000;HaplotypeScore=750.3515;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.95;MQ0=0;QD=50.71;SB=-3.505e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,173:191:99:9685,542,0 chrXVI 924011 . CA C 1436.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=32.9399;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.58;MQ0=0;QD=19.68;RPA=9,8;RU=A;SB=-6.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,66:73:99:1479,194,0 chrXVI 924193 . T TA 5812 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=178;FS=0.000;HaplotypeScore=382.5791;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.23;MQ0=0;QD=32.65;RPA=1,2;RU=A;SB=-2.859e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,174:178:99:5812,514,0 chrXVI 927079 . AT A 2579.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=855.2896;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.73;MQ0=0;QD=21.32;RPA=6,5;RU=T;SB=-7.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,104:121:99:2622,309,0 chrXVI 927218 . AT A 3027.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;FS=0.000;HaplotypeScore=241.1141;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.98;MQ0=0;QD=18.58;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.015e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,152:163:99:3070,392,0 chrXVI 928775 . G GA 3082.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=234.1781;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=27.53;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.179e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,108:112:99:3125,313,0 chrXVI 928861 . A AT 2935.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=1034.5844;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.59;MQ0=0;QD=24.47;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.418e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,114:120:99:2978,333,0 chrXVI 928896 . G GT 3150.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=976.7196;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.82;MQ0=0;QD=24.81;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.523e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,112:127:99:3193,342,0 chrXVI 929289 . AACTTTTTTAT A 5525 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=389.8028;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.02;MQ0=0;QD=96.93;SB=-1.335e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,47:57:99:5525,142,0 chrXVI 929702 . CGG C 1305.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=632.7455;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.53;MQ0=0;QD=29.68;RPA=6,4;RU=G;SB=-3.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,36:44:99:1348,105,0 chrXVI 929728 . AGTG A 1760.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.979;DP=51;FS=10.366;HaplotypeScore=749.7835;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.39;MQ0=0;MQRankSum=1.371;QD=34.53;ReadPosRankSum=1.197;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,43:51:99:1803,102,0 chrXVI 929734 . GA G 1049.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.135;DP=46;FS=10.559;HaplotypeScore=730.4871;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.458;QD=22.83;ReadPosRankSum=2.074;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,43:46:90:1092,90,0 chrXVI 929990 . G GA 4444 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=367.9762;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.18;MQ0=0;QD=32.44;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.584e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,131:137:99:4444,391,0 chrXVI 930099 . TACG T 5536 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.038;DP=157;FS=4.610;HaplotypeScore=2108.1780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.48;MQ0=0;MQRankSum=0.563;QD=35.26;ReadPosRankSum=4.019;SB=-1.455e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,142:157:99:5536,326,0 chrXVI 930104 . TACTAC T 8378 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.225;DP=180;FS=4.502;HaplotypeScore=2011.2995;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.04;MQ0=0;MQRankSum=-3.387;QD=46.54;ReadPosRankSum=8.146;SB=-2.208e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,142:180:99:8378,0,378 chrXVI 932905 . AC A 1578.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=82.5375;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.30;MQ0=0;QD=29.79;RPA=2,1;RU=C;SB=-2.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,52:53:99:1621,144,0 chrXVI 933177 . TAG T 3520 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=128.6061;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.24;MQ0=0;QD=37.45;SB=-1.038e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:93:99:3520,265,0 chrXVI 936117 . TC T 4089 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=271.9994;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=35.25;SB=-1.133e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:116:99:4089,334,0 chrXVI 936612 . T TA 1981.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=329.9213;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.17;MQ0=0;QD=22.52;RPA=4,5;RU=A;SB=-9.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,82:88:99:2024,231,0 chrXVI 937343 . TTACTA T 5259 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=340.1485;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.51;MQ0=0;QD=52.07;SB=-2.048e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,98:101:99:5259,250,0 chrXVI 939038 . T TA 1665.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=49.7062;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;QD=33.32;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:50:99:1708,135,0 chrXVI 939183 . GA G 273.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=150.5512;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.83;MQ0=0;QD=17.12;RPA=16,15;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:45:316,45,0 chrXVI 941354 . GA G 2975.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=500.5181;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.40;MQ0=0;QD=32.35;SB=-1.012e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:92:99:3018,259,0 chrXVI 941962 . GA G 6699 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=214;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=469.3593;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.07;MQ0=0;QD=31.30;RPA=2,1;RU=A;SB=-3.101e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,209:214:99:6699,584,0 chrXVI 942668 . TG T 1615.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1123.9501;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.62;MQ0=1;QD=18.79;RPA=4,3;RU=G;SB=-2.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,60:79:99:1658,171,0 chrXVI 942677 . G GGA 1680.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.443;DP=80;DS;FS=43.642;HaplotypeScore=1452.7859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.556;QD=21.01;ReadPosRankSum=3.040;SB=-2.943e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,42:75:76:1720,0,76 chrXVI 942679 . T TGGA 2335.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.799;DP=79;DS;FS=48.264;HaplotypeScore=1386.8690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.244;QD=29.57;ReadPosRankSum=2.740;SB=-2.989e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,42:75:99:2375,0,130 chrXVI 942702 . GT G 1749.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.672;DP=67;DS;FS=17.559;HaplotypeScore=1264.0066;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=26.12;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=1.611;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,60:65:99:1792,141,0 chrXVI 942709 . A AG 1968.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1213.3412;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.68;MQ0=1;QD=29.83;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,61:62:99:2011,166,0 chrXVI 942719 . C CT 943.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.385;DP=64;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1275.2316;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.93;MQ0=1;MQRankSum=0.732;QD=14.75;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=2.765;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,39:60:99:983,0,252 chrXVI 942775 . TGGC T 311.06 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.470;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=274.4778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.470;QD=14.81;ReadPosRankSum=-0.935;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,7:15:14:350,0,14 chrXVI 942786 . GTA G 110.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.361;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=322.7897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.536;QD=3.83;ReadPosRankSum=0.206;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,7:20:99:150,0,175 chrXVI 942787 . TAG T 13.18 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.805;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=332.4187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.41;MQ0=0;MQRankSum=0.139;QD=0.44;ReadPosRankSum=0.602;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,0:20:52:52,0,282 chrXVI 942790 . TG T 69.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.879;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=327.5855;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.610;QD=2.33;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=-1.220;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,7:20:99:109,0,193 chrXVI 942793 . T TAG 285.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.905;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=327.6071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.67;MQ0=0;MQRankSum=0.635;QD=9.86;ReadPosRankSum=0.423;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,11:20:83:325,0,83 chrXVI 942797 . ATAG A 310.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.204;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=209.2593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.910;QD=12.96;ReadPosRankSum=1.936;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,11:16:99:350,0,159