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A AG 1428.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=34.0907;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.08;MQ0=0;QD=35.72;RPA=1,2;RU=G;SB=-7.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,37:40:99:1471,119,0 chrII 220817 . CTTTTTT C 2906.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=258.1176;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.57;MQ0=0;QD=80.75;RPA=9,3;RU=T;SB=-1.008e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,35:36:99:2949,105,0 chrII 220863 . TG T 2005.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=443.4430;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;QD=40.94;SB=-9.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,46:49:99:2048,144,0 chrII 227159 . A AT 1777.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=99.9862;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.90;MQ0=0;QD=31.19;RPA=6,7;RU=T;SB=-7.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,55:57:99:1820,165,0 chrII 235838 . TA T 1118.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=117.4333;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.53;MQ0=0;QD=27.97;RPA=5,4;RU=A;SB=-4.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,36:40:99:1161,108,0 chrII 236427 . TTTC T 2396.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=544.4245;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.69;MQ0=0;QD=51.00;RPA=2,1;RU=TTC;SB=-6.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:2439,141,0 chrII 238382 . C CA 443.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=50.0952;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.72;MQ0=0;QD=29.60;RPA=7,8;RU=A;SB=-9.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45:486,45,0 chrII 238920 . AT A 1577.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=129.7418;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=35.86;RPA=3,2;RU=T;SB=-5.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,43:44:99:1620,129,0 chrII 242639 . AT A 725.76 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.036;DP=52;FS=4.270;HaplotypeScore=80.4498;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.173;QD=13.96;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.080;SB=-3.908e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,34:52:4:764,0,4 chrII 245763 . G GAAA 1488.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.546;DP=68;FS=14.986;HaplotypeScore=206.1597;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.45;MQ0=0;MQRankSum=3.277;QD=21.90;RPA=9,12;RU=A;ReadPosRankSum=-2.219;SB=-4.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:68:99:1528,0,701 chrII 246942 . CT C 2186.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=172.9562;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.50;MQ0=0;QD=33.65;RPA=2,1;RU=T;SB=-3.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:65:99:2229,175,0 chrII 248758 . CT C 1443.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=117.8708;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.70;MQ0=0;QD=32.82;RPA=4,3;RU=T;SB=-6.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1486,132,0 chrII 252559 . CT C 2400.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=617.7834;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.66;MQ0=0;QD=36.38;RPA=3,2;RU=T;SB=-7.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2443,199,0 chrII 255862 . A AG 710.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=39.3724;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.43;MQ0=0;QD=30.91;RPA=7,8;RU=G;SB=-3.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:69:753,69,0 chrII 256875 . T TAA 1979.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=147.8549;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;QD=38.82;RPA=9,11;RU=A;SB=-8.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:51:99:2022,147,0 chrII 266205 . ATTG A 1281.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=705.6304;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=55.74;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:69:1324,69,0 chrII 266214 . A AACG 1417.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=692.0341;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=61.65;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:69:1460,69,0 chrII 266450 . A AT 1095.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=105.3809;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.10;MQ0=0;QD=30.44;RPA=7,8;RU=T;SB=-5.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,35:36:99:1138,105,0 chrII 267399 . G GT 1715.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=70.2807;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.35;MQ0=0;QD=27.68;RPA=6,7;RU=T;SB=-4.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,53:62:99:1758,162,0 chrII 270387 . CCAG C 1721.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=49.9108;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.56;MQ0=0;QD=38.27;RPA=5,4;RU=CAG;SB=-5.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,34:45:99:1764,108,0 chrII 270720 . GTGT G 942.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.58;MQ0=0;QD=55.47;SB=-4.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,16:17:51:985,51,0 chrII 270857 . CT C 1549.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.895;DP=69;FS=2.591;HaplotypeScore=24.5677;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.712;QD=22.46;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.652;SB=-5.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,62:69:99:1592,108,0 chrII 272537 . TTCATCA T 2405.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3450;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.48;MQ0=0;QD=42.21;RPA=8,6;RU=TCA;SB=-1.202e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,33:57:99:2448,102,0 chrII 273835 . C CT 2131.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=29.5008;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.37;MQ0=0;QD=30.90;RPA=7,8;RU=T;SB=-9.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,67:69:99:2174,202,0 chrII 274224 . CT C 1222.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.081;DP=71;FS=7.071;HaplotypeScore=76.2402;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.693;QD=17.22;RPA=15,14;RU=T;ReadPosRankSum=0.541;SB=-2.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,48:71:47:1265,47,0 chrII 274310 . TAA T 2089.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=238.2428;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.04;MQ0=0;QD=39.43;RPA=3,1;RU=A;SB=-1.054e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,29:53:99:2132,159,0 chrII 274338 . C CCGTTCAAGTTT 5086 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=296.7174;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.20;MQ0=0;QD=108.21;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,29:47:99:5086,120,0 chrII 275640 . T TAGCTAAA 6887 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=16.4671;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=86.09;SB=-2.918e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,69:80:99:6887,223,0 chrII 275988 . TG T 2006.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=236.0495;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;QD=37.17;SB=-8.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:2049,163,0 chrII 278434 . A ACCATATACATAT 3128.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=14.9581;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.77;MQ0=0;QD=54.89;RPA=1,2;RU=CCATATACATAT;SB=-5.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,33:57:99:3171,99,0 chrII 280691 . T TA 1763.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=182.0583;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.94;MQ0=0;QD=29.40;RPA=2,3;RU=A;SB=-8.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,48:60:99:1806,144,0 chrII 383176 . C CG 1584.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=9.1851;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.85;MQ0=0;QD=36.86;RPA=2,3;RU=G;SB=-6.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1627,129,0 chrII 389425 . TC T 1304.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.490;DP=54;FS=11.530;HaplotypeScore=350.3399;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.76;MQ0=0;MQRankSum=1.675;QD=24.17;ReadPosRankSum=2.451;SB=-5.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,39:54:99:1347,108,0 chrII 389429 . 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GA G 1219.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=18.1023;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;QD=27.73;RPA=9,8;RU=A;SB=-3.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,43:44:99:1262,132,0 chrII 723663 . CAAAA C 3041.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=41.5308;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.31;MQ0=0;QD=49.06;RPA=15,11;RU=A;SB=-8.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,53:62:99:3084,177,0 chrII 726585 . A ATG 3163.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=267.8805;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=44.56;SB=-1.313e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,60:71:99:3206,193,0 chrII 726988 . GAT G 3190.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=242.9870;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=41.44;RPA=3,2;RU=AT;SB=-1.141e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,72:77:99:3233,217,0 chrII 727085 . GT G 1396.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=165.0873;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.80;MQ0=0;QD=31.04;RPA=5,4;RU=T;SB=-2.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:45:99:1439,132,0 chrII 746362 . CATCTGCA C 3745 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=8.3082;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.09;MQ0=0;QD=79.68;RPA=2,1;RU=ATCTGCA;SB=-1.264e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,41:47:99:3745,123,0 chrII 809794 . AT A 245.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.543;DP=44;FS=16.368;HaplotypeScore=38.6961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.15;MQ0=4;MQRankSum=0.575;QD=5.59;RPA=19,18;RU=T;ReadPosRankSum=1.362;SB=-7.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,15:39:78:285,0,78 chrIII 748 . GTA G 178.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=151.8514;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=29.70;RPA=3,2;RU=TA;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,5:6:15:220,15,0 chrIII 757 . A AC 150.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=154.6452;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=25.04;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:15:192,15,0 chrIII 1250 . GT G 135.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;HaplotypeScore=110.9882;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.03;MQ0=0;QD=27.05;RPA=4,3;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:177,15,0 chrIII 1365 . AG A 905.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=510.2354;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=31.24;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,25:29:75:948,75,0 chrIII 1904 . C CA 528.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.589;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=48.5439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=0.144;QD=18.24;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.289;SB=-1.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,22:29:61:571,61,0 chrIII 2128 . GTA G 927.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.589;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=435.8157;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.734;QD=30.93;RPA=3,2;RU=TA;ReadPosRankSum=-1.589;SB=-3.502e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,23:30:30:970,30,0 chrIII 3705 . TG T 1902.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.525;DP=51;FS=5.850;HaplotypeScore=113.4629;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.525;QD=37.31;ReadPosRankSum=-1.594;SB=-4.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:51:99:1945,110,0 chrIII 4087 . A AC 400.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=457.1817;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.03;MQ0=0;QD=26.73;RPA=2,3;RU=C;SB=-1.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45:443,45,0 chrIII 4144 . GT G 686.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=774.3772;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=31.23;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,21:22:63:729,63,0 chrIII 8352 . C CTT 696.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.231;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=138.1174;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.54;MQ0=6;MQRankSum=-1.617;QD=16.59;ReadPosRankSum=-1.733;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,30:36:62:739,62,0 chrIII 8575 . CAAA C 422.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=196.1435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.14;MQ0=5;QD=16.27;RPA=20,17;RU=A;SB=-4.699e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,15:20:30:465,30,0 chrIII 9182 . T TTTA 2183.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.328;DP=53;FS=3.010;HaplotypeScore=177.6934;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.97;MQ0=1;MQRankSum=-0.327;QD=41.21;ReadPosRankSum=-0.368;SB=-1.073e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,31:51:99:2226,114,0 chrIII 9203 . AAT A 1434.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=250.1556;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.35;MQ0=1;QD=27.60;RPA=6,5;RU=AT;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,40:50:99:1477,114,0 chrIII 11324 . AG A 158.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=91.0921;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.48;MQ0=0;QD=26.37;SB=-7.629e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:6:15:200,15,0 chrIII 11495 . A AG 1708.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=50.3013;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.79;MQ0=0;QD=39.74;SB=-6.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1751,129,0 chrIII 14087 . AT A 1156.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=764.6066;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.97;MQ0=0;QD=35.06;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:99:1199,99,0 chrIII 14115 . A ATAG 1497.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=710.9301;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.97;MQ0=0;QD=51.65;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,26:29:81:1540,81,0 chrIII 14153 . AGCCTTGGGAAAAT A 3758 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=478.8269;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.50;MQ0=0;QD=144.54;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,24:26:72:3758,72,0 chrIII 14236 . T TG 771.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=239.6214;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.06;MQ0=0;QD=33.56;RPA=2,3;RU=G;SB=-2.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:69:814,69,0 chrIII 14303 . CA C 1315.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=406.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.96;MQ0=0;QD=28.00;RPA=9,8;RU=A;SB=-2.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,46:47:99:1358,138,0 chrIII 14590 . GA G 616.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=209.0368;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.22;MQ0=0;QD=32.47;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,18:19:54:659,54,0 chrIII 15038 . T TC 1236.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=352.3356;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.98;MQ0=0;QD=31.72;RPA=4,5;RU=C;SB=-6.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:99:1279,117,0 chrIII 17192 . AT A 1971.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=130.0103;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.55;MQ0=0;QD=35.21;RPA=3,2;RU=T;SB=-9.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:2014,168,0 chrIII 18468 . T TCTGAAC 4116 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4422;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.86;MQ0=1;QD=82.32;SB=-1.574e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,38:49:99:4116,144,0 chrIII 19674 . TTCA T 2695.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=55.1685;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.15;MQ0=0;QD=49.02;RPA=4,3;RU=TCA;SB=-9.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:55:99:2738,163,0 chrIII 22370 . A ATG 3019.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.192;DP=92;FS=4.613;HaplotypeScore=324.6808;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.11;MQ0=0;MQRankSum=0.449;QD=32.83;RPA=5,6;RU=TG;ReadPosRankSum=0.321;SB=-9.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,79:92:99:3062,204,0 chrIII 29458 . ATTTGTTTATTTAT A 5067 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=131.0041;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.90;MQ0=0;QD=112.60;SB=-2.510e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,43:45:99:5067,129,0 chrIII 29631 . C CTT 2292.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=568.0650;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.32;MQ0=0;QD=38.22;RPA=3,5;RU=T;SB=-3.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:60:99:2335,175,0 chrIII 37788 . C CAT 2020.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=122.4392;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.23;MQ0=1;QD=32.08;RPA=4,5;RU=AT;SB=-5.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,53:62:99:2063,160,0 chrIII 39640 . C CG 1590.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=140.1451;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;QD=26.97;RPA=5,6;RU=G;SB=-8.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,51:59:99:1633,153,0 chrIII 40884 . C CCAAAAAAAAAAAAAA 1574.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.302;DP=22;FS=11.761;HaplotypeScore=60.7652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=0.217;QD=71.59;ReadPosRankSum=-1.519;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,7:22:99:1614,0,122 chrIII 41096 . A AG 2240.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=134.3037;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;QD=30.28;RPA=3,4;RU=G;SB=-9.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,68:74:99:2283,205,0 chrIII 41315 . G GA 1006.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=11.8944;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.93;MQ0=0;QD=25.17;RPA=9,10;RU=A;SB=-4.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,38:40:99:1049,114,0 chrIII 41571 . T TCCAAATGCTACGCAG 2443.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=13.4026;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.94;MQ0=0;QD=35.42;RPA=2,3;RU=CCAAATGCTACGCAG;SB=-1.092e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,45:69:99:2486,135,0 chrIII 43611 . C CTA 1998.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.264;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=263.8041;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.115;QD=28.15;RPA=3,4;RU=TA;ReadPosRankSum=1.575;SB=-1.006e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,63:71:99:2041,155,0 chrIII 48582 . A AT 1659.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=128.6444;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.00;MQ0=0;QD=27.67;RPA=7,8;RU=T;SB=-4.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:60:99:1702,177,0 chrIII 50320 . A AATAT 529.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=24.6522;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.82;MQ0=0;QD=17.67;RPA=13,15;RU=AT;SB=-2.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,15:30:45:572,45,0 chrIII 78480 . CT C 1497.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=92.3703;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;QD=24.97;RPA=10,9;RU=T;SB=-3.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,52:60:99:1540,159,0 chrIII 78524 . CA C 1259.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=140.8870;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.98;MQ0=0;QD=21.00;RPA=9,8;RU=A;SB=-4.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,44:60:99:1302,132,0 chrIII 78799 . A AT 1115.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.678;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=28.5998;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.678;QD=22.77;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.904;SB=-4.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,45:49:99:1158,108,0 chrIII 82451 . GAA G 1916.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=12.9563;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;QD=38.34;RPA=10,8;RU=A;SB=-6.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1959,150,0 chrIII 84075 . AATAAAAATCAACT A 1054.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=373.9423;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=150.58;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21:1096,21,0 chrIII 84122 . T TAC 361.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=581.6406;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.13;MQ0=4;QD=27.84;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,9:9:27:404,27,0 chrIII 84172 . TC T 150.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=305.7795;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.62;MQ0=4;QD=16.69;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,5:5:15:192,15,0 chrIII 84175 . A AG 147.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=306.0874;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.62;MQ0=4;QD=16.36;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,5:5:15:189,15,0 chrIII 84398 . TC T 293.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=375.7507;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=11.76;MQ0=41;QD=4.90;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:51,9:9:27:336,27,0 chrIII 84401 . A AG 279.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=377.1718;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=11.76;MQ0=41;QD=4.67;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:51,9:9:27:322,27,0 chrIII 84444 . AT A 370.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=404.9097;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=15.60;MQ0=20;QD=9.05;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,11:11:30:413,30,0 chrIII 84638 . A AT 340.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=67.0675;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=34.10;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30:383,30,0 chrIII 84641 . TC T 315.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=69.5287;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=31.60;RPA=2,1;RU=C;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30:358,30,0 chrIII 84804 . AT A 160.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=63.5969;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=26.68;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18:202,18,0 chrIII 84807 . AAT A 189.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=60.6801;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=31.52;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18:231,18,0 chrIII 90696 . A AT 477.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=332.9820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.00;MQ0=9;QD=18.38;RPA=1,2;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,14:16:48:520,48,0 chrIII 90975 . A AT 1126.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.657;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=203.4371;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.377;QD=16.82;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.356;SB=-5.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,43:65:99:1169,130,0 chrIII 90983 . C CT 1942.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.144;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=147.7959;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.686;QD=36.66;ReadPosRankSum=1.471;SB=-9.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,43:53:99:1985,155,0 chrIII 91477 . G GA 418.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=335.7569;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.05;MQ0=0;QD=23.28;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,5:18:54:461,54,0 chrIII 94503 . AAT A 1682.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=213.2808;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;QD=38.25;RPA=4,3;RU=AT;SB=-6.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,41:44:99:1725,126,0 chrIII 139499 . T TTTC 2024.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=12.0063;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.23;MQ0=0;QD=43.08;RPA=7,8;RU=TTC;SB=-5.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,43:47:99:2067,132,0 chrIII 151554 . T TA 150.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;HaplotypeScore=9.2375;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=30.05;RPA=1,2;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:192,15,0 chrIII 162712 . TA T 1004.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=103.0701;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.30;MQ0=0;QD=27.92;RPA=10,9;RU=A;SB=-4.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:99:1047,108,0 chrIII 163163 . G GA 1680.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.019;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=204.0404;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=1.500;QD=23.68;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.095;SB=-7.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,59:71:99:1723,161,0 chrIII 163192 . A AT 2033.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=173.1609;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.98;MQ0=0;QD=30.82;RPA=3,4;RU=T;SB=-7.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,64:66:99:2076,192,0 chrIII 206761 . G GA 1088.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.165;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=9.7215;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.568;QD=24.75;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.743;SB=-5.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,41:44:96:1131,96,0 chrIII 273025 . GA G 116.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.282;DP=39;FS=2.114;HaplotypeScore=61.1056;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQ0=0;MQRankSum=0.564;QD=3.00;RPA=19,18;RU=A;ReadPosRankSum=-0.423;SB=-1.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,9:39:99:156,0,301 chrIV 344004 . G GTA 804.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.980;DP=52;FS=3.520;HaplotypeScore=77.0951;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.316;QD=15.48;RPA=13,14;RU=TA;ReadPosRankSum=0.316;SB=-2.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,15:52:99:844,0,254 chrIV 403511 . G GT 1527.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.069;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=11.8173;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=31.18;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.216;SB=-5.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,46:49:99:1570,108,0 chrIV 548546 . G GT 323.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.748;DP=26;FS=6.990;HaplotypeScore=57.4402;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.88;MQ0=0;MQRankSum=0.992;QD=12.43;RPA=19,20;RU=T;ReadPosRankSum=-1.937;SB=-1.651e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,16:26:1:361,1,0 chrIV 688062 . C CTT 1521.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=45.9810;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.72;MQ0=0;QD=30.44;RPA=14,16;RU=T;SB=-6.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,37:50:99:1564,123,0 chrIV 817531 . T TA 1012.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.625;DP=41;FS=3.010;HaplotypeScore=10.9829;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;MQRankSum=0.650;QD=24.71;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.433;SB=-4.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,31:41:86:1055,86,0 chrIV 1105909 . A AT 112.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.416;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=39.0457;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.098;QD=2.63;RPA=16,17;RU=T;ReadPosRankSum=-0.687;SB=-5.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,8:43:99:152,0,641 chrIV 1150910 . A AG 2342.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=12.7388;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.93;MQ0=0;QD=37.79;RPA=2,3;RU=G;SB=-7.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,58:62:99:2385,175,0 chrIV 1305680 . TG T 1758.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9975;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.90;MQ0=0;QD=36.64;RPA=2,1;RU=G;SB=-4.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:48:99:1801,132,0 chrIV 1515034 . TA T 1271.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9620;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.58;RPA=11,10;RU=A;SB=-5.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,40:43:99:1314,120,0 chrIV 1518948 . G GT 806.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.146;DP=41;FS=8.109;HaplotypeScore=26.2059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.05;MQ0=0;MQRankSum=0.681;QD=19.68;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=-1.070;SB=-1.162e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,28:41:35:846,0,35 chrIV 1525376 . TG T 815.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.179;DP=34;FS=36.123;HaplotypeScore=1182.9215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.04;MQ0=1;MQRankSum=1.200;QD=24.00;RPA=3,2;RU=G;ReadPosRankSum=2.639;SB=-3.011e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,22:33:55:855,0,55 chrIV 1525391 . GT G 632.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.615;DP=35;FS=18.079;HaplotypeScore=907.7688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.97;MQ0=3;MQRankSum=-0.732;QD=18.08;ReadPosRankSum=1.635;SB=-1.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,16:30:99:672,0,288 chrIV 1525427 . G GT 224.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.037;DP=35;FS=30.819;HaplotypeScore=472.2300;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.24;MQ0=3;MQRankSum=-2.640;QD=6.43;ReadPosRankSum=1.287;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,5:31:99:264,0,562 chrIV 1525435 . T TG 301.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.643;DP=38;FS=20.733;HaplotypeScore=429.4217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.34;MQ0=2;MQRankSum=-3.223;QD=7.95;RPA=2,3;RU=G;ReadPosRankSum=0.729;SB=-6.001e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,9:36:99:341,0,641 chrIX 39373 . T TA 2082.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=49.5271;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;QD=28.93;RPA=11,12;RU=A;SB=-5.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,63:72:99:2125,198,0 chrIX 57277 . C CA 413.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.771;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=18.8812;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.76;MQ0=0;MQRankSum=1.257;QD=10.10;RPA=16,17;RU=A;ReadPosRankSum=-0.446;SB=-2.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,21:41:61:453,0,61 chrIX 105433 . A AAAT 1915.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=19.7950;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.56;MQ0=0;QD=53.22;RPA=3,4;RU=AAT;SB=-7.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,34:36:99:1958,108,0 chrIX 122089 . G GT 877.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.256;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=28.3893;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.842;QD=23.73;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-1.427;SB=-2.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,32:37:33:920,33,0 chrIX 241032 . G GA 218.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.717;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=54.5616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=64.33;MQ0=0;MQRankSum=3.037;QD=7.55;RPA=21,22;RU=A;ReadPosRankSum=-0.239;SB=-4.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,13:29:63:258,0,63 chrIX 254003 . TA T 559.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.578;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=37.5131;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.908;QD=14.36;RPA=15,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.743;SB=-2.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,20:39:30:602,30,0 chrM 4496 . TTTAA T 1430.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8058;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.65;MQ0=0;QD=51.11;RPA=5,4;RU=TTAA;SB=-4.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,26:28:78:1473,78,0 chrM 12221 . G GAATT 2046.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=30.8106;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.69;MQ0=0;QD=48.74;RPA=3,4;RU=AATT;SB=-8.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,38:41:99:2089,117,0 chrM 20288 . T TG 2624.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.874;DP=174;DS;FS=3.686;HaplotypeScore=312.7601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.455;QD=15.09;RPA=9,10;RU=G;ReadPosRankSum=0.677;SB=-5.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:77,76:174:99:2667,265,0 chrM 20345 . GA G 8197 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=242;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=111.8062;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;QD=33.87;RPA=3,2;RU=A;SB=-3.947e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,226:242:99:8197,725,0 chrM 33618 . T TTC 2310.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=10.4978;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.20;MQ0=0;QD=49.17;SB=-5.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:2353,141,0 chrM 33779 . AC A 967.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=34.2763;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.57;MQ0=1;QD=24.82;RPA=10,9;RU=C;SB=-2.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,35:38:99:1010,107,0 chrM 43084 . A AT 1904.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=20.0029;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.94;MQ0=0;QD=27.61;RPA=8,9;RU=T;SB=-9.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,65:69:99:1947,198,0 chrM 44795 . A AT 1892.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=8.4601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;QD=26.66;RPA=8,9;RU=T;SB=-8.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,64:71:99:1935,198,0 chrM 67400 . T TC 1508.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.022;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=27.0199;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.87;MQ0=0;MQRankSum=0.716;QD=25.58;RPA=9,10;RU=C;ReadPosRankSum=-0.239;SB=-2.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,55:59:99:1551,113,0 chrM 68632 . TTAGTA T 1550.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=14.2107;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;QD=41.92;RPA=2,1;RU=TAGTA;SB=-7.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,26:35:72:1593,72,0 chrM 73114 . AG A 946.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.310;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=118.7565;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.37;MQ0=0;MQRankSum=2.025;QD=24.28;RPA=6,5;RU=G;ReadPosRankSum=1.030;SB=-2.939e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,32:39:50:989,50,0 chrM 73136 . TC T 952.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.617;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=119.3030;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.25;MQ0=0;MQRankSum=1.386;QD=30.74;RPA=3,2;RU=C;ReadPosRankSum=1.502;SB=-2.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,28:31:85:995,85,0 chrM 81471 . T TAATTA 1983.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.238;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=16.0707;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.24;MQ0=0;MQRankSum=0.743;QD=33.07;RPA=9,10;RU=AATTA;ReadPosRankSum=-1.238;SB=-6.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,34:59:42:2026,42,0 chrV 118577 . CAT C 249.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.583;DP=46;FS=5.946;HaplotypeScore=45.5740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.262;QD=5.43;RPA=13,12;RU=AT;ReadPosRankSum=-0.023;SB=-7.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,9:46:99:289,0,629 chrV 132565 . CAT C 1106.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.193;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=55.4229;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQ0=0;MQRankSum=1.174;QD=16.52;RPA=11,10;RU=AT;ReadPosRankSum=0.433;SB=-6.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,31:67:72:1146,0,72 chrV 138737 . GT G 1617.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.663;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=11.9362;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=1.663;QD=30.53;RPA=8,7;RU=T;ReadPosRankSum=1.663;SB=-5.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,49:53:99:1660,119,0 chrV 175628 . TTCTGCTGCCCCAAGCTCA T 5404 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=14.1174;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.18;MQ0=0;QD=105.96;SB=-2.548e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,39:51:99:5404,117,0 chrV 204573 . C CG 209.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.382;DP=48;FS=63.484;HaplotypeScore=13.5960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.48;MQ0=0;MQRankSum=3.677;QD=4.37;RPA=3,4;RU=G;ReadPosRankSum=-2.775;SB=7.822e-03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,15:48:99:249,0,611 chrV 261464 . C CAA 235.61 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.579;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=13.5723;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.08;MQ0=0;MQRankSum=0.869;QD=8.73;RPA=22,24;RU=A;ReadPosRankSum=-1.738;SB=-4.647e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,11:27:5:274,0,5 chrV 272558 . GT G 1175.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=18.9152;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.19;MQ0=0;QD=26.13;RPA=12,11;RU=T;SB=-5.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,36:45:99:1218,114,0 chrV 420527 . CG C 633.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.120;DP=85;FS=29.164;HaplotypeScore=43.9299;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.55;MQ0=0;MQRankSum=-6.848;QD=7.46;ReadPosRankSum=-1.449;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,27:85:99:673,0,2494 chrVI 4808 . AC A 239.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.937;DP=32;FS=5.436;HaplotypeScore=169.4836;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.88;MQ0=0;MQRankSum=-4.164;QD=7.50;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=0.950;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,8:31:99:279,0,786 chrVI 4815 . C CCA 403.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.678;DP=33;FS=2.032;HaplotypeScore=162.4937;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.04;MQ0=0;MQRankSum=-3.095;QD=12.24;RPA=2,3;RU=CA;ReadPosRankSum=0.253;SB=-1.001e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,8:32:99:443,0,830 chrVI 11068 . CT C 795.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.270;DP=81;FS=19.293;HaplotypeScore=46.5711;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.71;MQ0=5;MQRankSum=-2.730;QD=9.83;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.056;SB=-1.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,33:75:99:835,0,861 chrVI 97864 . C CTT 1908.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=57.3617;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.37;MQ0=0;QD=36.02;RPA=10,12;RU=T;SB=-5.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,43:53:99:1951,142,0 chrVI 106277 . C CTT 1554.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=37.3665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=66.83;MQ0=0;QD=25.49;RPA=13,15;RU=T;SB=-1.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,51:61:99:1597,150,0 chrVI 241524 . C CT 1721.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.161;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=19.2946;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.678;QD=25.70;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.251;SB=-5.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,55:67:44:1764,44,0 chrVI 259049 . AT A 1863.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=180.5124;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;QD=37.28;SB=-5.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,46:50:99:1906,139,0 chrVII 214 . A AC 520.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9631;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.30;MQ0=2;QD=26.05;RPA=2,3;RU=C;SB=-1.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,16:18:42:563,42,0 chrVII 69352 . TACACAC T 2728.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=340.9789;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.84;MQ0=0;QD=36.88;RPA=17,14;RU=AC;SB=-6.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,36:74:99:2771,127,0 chrVII 73309 . CAT C 1997.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=234.5320;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=49.95;SB=-9.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:40:99:2040,117,0 chrVII 73728 . GTA G 1429.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=141.9101;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;QD=26.48;RPA=6,5;RU=TA;SB=-6.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,32:54:99:1472,114,0 chrVII 73818 . C CA 1760.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=65.3567;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=32.61;RPA=7,8;RU=A;SB=-5.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,50:54:99:1803,153,0 chrVII 73989 . T TATA 1893.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=96.8998;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.96;MQ0=0;QD=52.61;RPA=1,2;RU=ATA;SB=-7.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,34:36:99:1936,102,0 chrVII 75474 . TAGAGAGAG T 3587 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=87.1709;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.86;MQ0=0;QD=79.71;RPA=10,6;RU=AG;SB=-1.357e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,36:45:99:3587,108,0 chrVII 75903 . G GA 1477.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5865;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;QD=32.84;RPA=7,8;RU=A;SB=-6.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,43:45:99:1520,129,0 chrVII 76042 . G GC 1458.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=253.4118;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=35.58;RPA=4,5;RU=C;SB=-6.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:41:99:1501,120,0 chrVII 76303 . C CA 1372.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=84.3245;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.26;MQ0=0;QD=32.69;RPA=7,8;RU=A;SB=-3.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,40:42:99:1415,120,0 chrVII 76587 . GA G 1358.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=310.6504;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.82;MQ0=0;QD=30.89;RPA=5,4;RU=A;SB=-5.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,38:44:99:1401,117,0 chrVII 366778 . TAA T 537.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=27.1748;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.93;RPA=18,16;RU=A;SB=-2.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,9:30:57:580,57,0 chrVII 368551 . G GA 2674.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=11.2846;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.29;MQ0=0;QD=38.21;RPA=2,3;RU=A;SB=-5.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,67:70:99:2717,202,0 chrVII 376066 . AT A 2077.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=101.9985;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.16;MQ0=0;QD=31.01;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.025e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,65:67:99:2120,198,0 chrVII 378026 . AATGATG A 3625 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=106.6874;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.83;MQ0=0;QD=64.73;RPA=6,4;RU=ATG;SB=-1.268e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,48:56:99:3625,144,0 chrVII 379162 . TCAGCAG T 2197.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=10.0124;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.76;MQ0=0;QD=53.61;RPA=8,6;RU=CAG;SB=-9.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,27:41:84:2240,84,0 chrVII 383535 . G GAC 3823 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=394.1041;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.16;MQ0=0;QD=51.66;SB=-1.806e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:3823,223,0 chrVII 388855 . AT A 1931.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.485;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=36.6832;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.804;QD=34.50;ReadPosRankSum=0.371;SB=-9.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,29:56:99:1974,163,0 chrVII 394474 . TGAC T 1729.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=109.2554;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.83;MQ0=0;QD=44.36;RPA=6,5;RU=GAC;SB=-5.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,35:39:99:1772,105,0 chrVII 394900 . GAA G 1671.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=605.9367;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.32;MQ0=0;QD=37.15;RPA=11,9;RU=A;SB=-7.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,41:45:99:1714,123,0 chrVII 397834 . GA G 468.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.642;DP=59;FS=6.864;HaplotypeScore=103.1836;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=65.28;MQ0=0;MQRankSum=3.344;QD=7.95;RPA=20,19;RU=A;ReadPosRankSum=-1.324;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,33:59:99:508,0,102 chrVII 405085 . CG C 1601.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8368;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.86;MQ0=1;QD=35.60;RPA=2,1;RU=G;SB=-2.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:40:99:1644,120,0 chrVII 496729 . T TA 1038.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.359;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=24.1025;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.027;QD=20.78;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-1.797;SB=-4.556e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,37:50:30:1081,30,0 chrVII 582530 . TA T 56.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.396;DP=36;FS=1.906;HaplotypeScore=36.3373;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.030;QD=1.58;RPA=17,16;RU=A;ReadPosRankSum=1.795;SB=-1.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,7:36:96:96,0,442 chrVII 700000 . A AT 136.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.724;DP=43;FS=5.315;HaplotypeScore=62.0775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;MQ0=0;MQRankSum=3.093;QD=3.19;RPA=23,24;RU=T;ReadPosRankSum=1.670;SB=-7.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,11:43:99:176,0,123 chrVII 733109 . AT A 204.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.458;DP=62;FS=15.065;HaplotypeScore=76.7862;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=1.077;QD=3.31;RPA=20,19;RU=T;ReadPosRankSum=1.844;SB=-6.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,12:62:99:244,0,739 chrVII 910112 . C CTTTT 498.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.296;DP=49;FS=31.652;HaplotypeScore=53.4491;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.65;MQ0=0;MQRankSum=3.443;QD=10.18;RPA=24,28;RU=T;ReadPosRankSum=2.656;SB=-3.760e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,18:49:99:538,0,252 chrVII 1006276 . G GC 2610.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.586;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=306.2723;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=1.049;QD=36.26;ReadPosRankSum=-0.659;SB=-8.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:50,21:72:99:2653,207,0 chrVII 1006278 . CG C 2399.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=317.9796;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=35.29;SB=-6.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,22:68:99:2442,192,0 chrVIII 93 . TA T 142.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=34.7847;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.02;MQ0=2;QD=11.84;RPA=13,12;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,8:9:18:184,18,0 chrVIII 2292 . G GC 570.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.473;DP=29;FS=3.245;HaplotypeScore=28.5992;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.88;MQ0=0;MQRankSum=1.576;QD=19.69;RPA=11,12;RU=C;ReadPosRankSum=-0.158;SB=-2.619e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,22:27:31:613,31,0 chrVIII 17534 . 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TTA T 707.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=55.9596;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.53;MQ0=0;QD=16.09;RPA=11,10;RU=TA;SB=-2.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,18:44:63:750,63,0 chrVIII 549799 . TCA T 135.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.407;DP=28;FS=48.894;HaplotypeScore=56.0779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.18;MQ0=5;MQRankSum=3.170;QD=4.86;ReadPosRankSum=-3.407;SB=-2.943e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,7:22:99:175,0,624 chrVIII 562385 . AT A 176.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.697;DP=47;FS=2.114;HaplotypeScore=198.6493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.40;MQ0=19;MQRankSum=0.954;QD=3.77;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.716;SB=-1.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,16:24:99:216,0,423 chrVIII 562468 . T TG 471.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.398;DP=39;FS=17.527;HaplotypeScore=351.7707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.224;QD=12.10;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=1.535;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,14:36:99:511,0,493 chrVIII 562478 . 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A AT 1561.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=64.5292;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.37;MQ0=0;QD=40.05;RPA=1,2;RU=T;SB=-7.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:99:1604,117,0 chrX 521978 . AAT A 2955.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=18.6513;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.39;MQ0=2;QD=44.79;RPA=2,1;RU=AT;SB=-1.389e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,65:63:99:2998,190,0 chrX 523904 . TAAA T 1501.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=43.4749;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.65;MQ0=0;QD=41.72;RPA=16,13;RU=A;SB=-4.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:36:99:1544,107,0 chrX 524836 . TA T 1828.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=164.0559;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.84;MQ0=0;QD=32.09;RPA=4,3;RU=A;SB=-6.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:57:99:1871,153,0 chrX 531980 . G GA 1199.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=11.0816;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.53;MQ0=0;QD=29.27;RPA=8,9;RU=A;SB=-2.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,38:41:99:1242,117,0 chrX 533814 . GT G 1316.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=118.7554;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.37;MQ0=0;QD=30.63;RPA=5,4;RU=T;SB=-3.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,39:43:99:1359,117,0 chrX 533912 . T TA 871.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=47.9183;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.42;RPA=10,11;RU=A;SB=-4.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,25:33:90:914,90,0 chrX 537754 . A ATTT 3609 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=339.1033;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.88;MQ0=0;QD=52.30;RPA=6,9;RU=T;SB=-6.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,67:69:99:3609,202,0 chrX 538483 . AT A 1449.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=77.4671;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.61;MQ0=0;QD=31.52;RPA=3,2;RU=T;SB=-6.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,38:46:99:1492,114,0 chrX 538633 . AT A 753.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=384.9283;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.81;MQ0=0;QD=24.32;RPA=12,11;RU=T;SB=-3.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,26:31:81:796,81,0 chrX 539490 . CAAGTTTGTGACACCTTATAATAA C 3675 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=125.8195;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.66;MQ0=0;QD=167.05;SB=-5.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,14:22:45:3675,45,0 chrX 539583 . TG T 2662.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=530.3434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.10;MQ0=0;QD=39.16;RPA=2,1;RU=G;SB=-5.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:68:99:2705,202,0 chrX 539699 . T TC 2325.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=377.9900;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.98;MQ0=0;QD=43.07;SB=-8.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:2368,163,0 chrX 542676 . T TG 1867.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=194.2778;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.41;MQ0=0;QD=37.36;RPA=2,3;RU=G;SB=-2.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:50:99:1910,147,0 chrX 542941 . T TA 1281.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1284;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.89;MQ0=0;QD=27.28;RPA=6,7;RU=A;SB=-6.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,39:47:99:1324,117,0 chrX 543291 . AT A 1704.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=211.8816;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=35.52;RPA=4,3;RU=T;SB=-7.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,47:48:99:1747,141,0 chrX 543944 . GTGACTTT G 4116 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=185.5888;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.02;MQ0=0;QD=89.48;SB=-1.843e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,43:46:99:4116,132,0 chrX 548539 . CA C 1271.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=124.6234;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.102;QD=28.27;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.394;SB=-5.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,43:45:99:1314,99,0 chrX 566912 . G GTAT 1968.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=28.1886;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=42.80;RPA=6,7;RU=TAT;SB=-7.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,38:46:99:2011,117,0 chrX 568755 . TA T 914.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9690;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.42;RPA=13,12;RU=A;SB=-4.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,31:36:96:957,96,0 chrX 570599 . G GTTT,GTT 2341.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=143.7796;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.77;MQ0=0;QD=33.46;RPA=11,14,13;RU=T;SB=-9.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:7,8,51:70:99:2420,1285,1131,362,0,177 chrX 570786 . AAT A 2213.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.667;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=165.4035;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.490;QD=41.00;ReadPosRankSum=1.013;SB=-1.031e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,49:54:99:2256,122,0 chrX 640784 . G GA 1256.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=27.8326;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.75;MQ0=0;QD=29.23;RPA=10,11;RU=A;SB=-4.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,41:43:99:1299,123,0 chrX 715123 . AGTAGTCGAT A 1432.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.234;DP=73;FS=3.406;HaplotypeScore=1032.4070;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.00;MQ0=11;MQRankSum=3.663;QD=19.63;ReadPosRankSum=-1.531;SB=-4.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,35:54:99:1472,0,620 chrXI 457 . C CA 1416.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3200;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.21;MQ0=0;QD=45.71;SB=-4.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:93:1459,93,0 chrXI 68454 . 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GT G 468.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7897;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.55;MQ0=0;QD=42.63;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33:511,33,0 chrXII 552 . AT A 392.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=20.9546;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.71;MQ0=2;QD=30.23;RPA=2,1;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,11:11:33:435,33,0 chrXII 11195 . TAC T 2128.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.423;DP=127;FS=20.294;HaplotypeScore=213.1234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.56;MQ0=39;MQRankSum=-3.147;QD=16.76;RPA=2,1;RU=AC;ReadPosRankSum=3.397;SB=-2.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,61:85:99:2168,0,1069 chrXII 11284 . AC A 479.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.004;DP=41;FS=10.481;HaplotypeScore=209.9250;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.09;MQ0=5;MQRankSum=3.620;QD=11.71;RPA=3,2;RU=C;ReadPosRankSum=-0.791;SB=-1.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,16:32:99:519,0,241 chrXII 187137 . 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T TA 1842.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.945;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=190.8686;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=1.207;QD=27.10;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.155;SB=-7.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,65:68:99:1885,173,0 chrXII 585942 . A AAT 1844.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.360;DP=62;FS=9.461;HaplotypeScore=72.2308;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=66.81;MQ0=0;MQRankSum=1.911;QD=29.76;ReadPosRankSum=0.742;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,47:62:99:1887,151,0 chrXII 586241 . C CT 1065.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=179.1436;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.96;MQ0=0;QD=23.69;RPA=8,9;RU=T;SB=-5.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,37:45:99:1108,114,0 chrXII 589085 . CA C 1411.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=379.0361;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.68;MQ0=0;QD=26.64;RPA=6,5;RU=A;SB=-6.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,49:53:99:1454,156,0 chrXII 589114 . A AT 1817.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=390.6625;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=32.46;RPA=3,4;RU=T;SB=-7.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,54:56:99:1860,165,0 chrXII 599083 . G GC 855.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=57.5765;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.31;MQ0=0;QD=38.91;SB=-4.100e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:66:898,66,0 chrXII 599489 . T TAAC 2484.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=322.7279;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.15;MQ0=0;QD=51.77;RPA=1,2;RU=AAC;SB=-4.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,46:48:99:2527,138,0 chrXII 602122 . C CTGT 1576.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=126.6779;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.25;MQ0=0;QD=41.50;RPA=5,6;RU=TGT;SB=-5.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,32:38:96:1619,96,0 chrXII 602909 . T TATAG 4873 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=206.6680;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=58.01;RPA=1,2;RU=ATAG;SB=-6.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,77:84:99:4873,235,0 chrXII 603693 . A AC 1568.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=89.9220;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.08;MQ0=0;QD=34.87;RPA=2,3;RU=C;SB=-6.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1611,135,0 chrXII 605064 . C CACTTT 3917 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=34.3372;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.30;MQ0=0;QD=68.72;RPA=1,2;RU=ACTTT;SB=-1.138e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,54:57:99:3917,163,0 chrXII 625064 . T TAAAA 1518.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=145.8143;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.52;MQ0=0;QD=43.40;RPA=12,16;RU=A;SB=-7.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,27:35:93:1561,93,0 chrXII 626434 . G GAAAA 1506.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=167.4623;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.88;MQ0=0;QD=43.06;RPA=14,18;RU=A;SB=-5.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,25:35:99:1549,104,0 chrXII 628328 . TA T 1357.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=480.9449;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.79;MQ0=0;QD=23.82;RPA=8,7;RU=A;SB=-6.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,52:57:99:1400,159,0 chrXII 633829 . CT C 1423.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=94.4071;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=28.48;RPA=5,4;RU=T;SB=-4.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:50:99:1466,147,0 chrXII 634030 . TG T 2458.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=63.9369;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.68;RPA=4,3;RU=G;SB=-9.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,67:73:99:2501,217,0 chrXII 634100 . GA G 1406.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=201.5245;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.57;MQ0=0;QD=23.85;RPA=9,8;RU=A;SB=-5.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,54:59:99:1449,168,0 chrXII 636551 . GTT G,GT 964.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.577;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=56.8275;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=61.62;MQ0=0;MQRankSum=1.578;QD=17.54;RPA=16,14,15;RU=T;ReadPosRankSum=0.192;SB=-2.819e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:20,28,0:55:77:1043,126,77,665,0,577 chrXII 640091 . C CTT 1641.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=178.8203;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.89;MQ0=0;QD=30.41;RPA=9,11;RU=T;SB=-2.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,40:54:99:1684,142,0 chrXII 640114 . G GC 2318.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=204.4994;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.70;MQ0=0;QD=35.68;RPA=1,2;RU=C;SB=-5.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,53:65:99:2361,190,0 chrXII 644385 . A AC 1701.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=13.7772;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.15;MQ0=0;QD=40.52;SB=-6.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:1744,126,0 chrXII 645231 . TA T 735.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.325;DP=50;FS=2.989;HaplotypeScore=221.3072;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.64;MQ0=0;MQRankSum=0.207;QD=14.72;RPA=16,15;RU=A;ReadPosRankSum=1.329;SB=-3.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,36:50:74:778,74,0 chrXII 645754 . T TTCTC 2643.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=257.0194;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.68;MQ0=0;QD=46.39;RPA=7,9;RU=TC;SB=-1.320e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,33:56:99:2686,140,0 chrXII 645780 . T TCCTTTC 3565 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=245.9822;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.25;MQ0=0;QD=62.54;RPA=2,3;RU=CCTTTC;SB=-1.213e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,39:56:99:3565,138,0 chrXII 646385 . G GAAA 1951.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=128.0425;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=65.48;MQ0=0;QD=34.86;RPA=13,16;RU=A;SB=-3.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,49:56:99:1994,162,0 chrXII 657364 . A ATGTCT 691.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.574;DP=37;FS=11.212;HaplotypeScore=214.4011;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.10;MQ0=0;MQRankSum=-4.221;QD=18.70;ReadPosRankSum=2.278;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,11:36:99:731,0,2000 chrXII 657926 . GT G 751.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.133;DP=54;FS=8.071;HaplotypeScore=16.3345;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.712;QD=13.93;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.713;SB=-1.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,33:54:65:794,65,0 chrXII 666013 . ACAACATCAGTAGAACTAGCTTTCAAAG A 2454.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.542;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.07;MQ0=0;MQRankSum=0.578;QD=52.23;RPA=2,1;RU=CAACATCAGTAGAACTAGCTTTCAAAG;ReadPosRankSum=1.542;SB=-1.171e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,17:47:49:2497,49,0 chrXII 667982 . A AT 1714.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=11.8986;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.51;MQ0=0;QD=27.22;RPA=8,9;RU=T;SB=-5.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,60:63:99:1757,180,0 chrXII 669123 . AC A 1871.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=342.0655;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=33.43;RPA=3,2;RU=C;SB=-6.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:56:99:1914,162,0 chrXII 669182 . C CT 1576.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=173.9696;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;QD=34.28;RPA=2,3;RU=T;SB=-6.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1619,138,0 chrXII 669715 . GGAA G 3378 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=11.9318;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.85;MQ0=0;QD=54.48;SB=-9.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:3378,187,0 chrXII 670301 . AGT A 2326.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=429.1784;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.25;MQ0=0;QD=43.90;SB=-8.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:53:99:2369,153,0 chrXII 672902 . ATC A 3717 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=29.2501;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.31;MQ0=4;QD=42.72;SB=-1.203e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,84:81:99:3717,244,0 chrXII 673332 . T TA 1392.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=571.3303;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.97;MQ0=0;QD=30.95;RPA=3,4;RU=A;SB=-3.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,36:45:99:1435,132,0 chrXII 673375 . TG T 1292.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=568.7794;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.53;MQ0=0;QD=35.92;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,31:36:99:1335,105,0 chrXII 673423 . CA C 1423.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=414.6280;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.59;MQ0=0;QD=26.87;RPA=6,5;RU=A;SB=-6.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,51:53:99:1466,153,0 chrXII 674046 . A AT 1287.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=137.5931;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=28.00;RPA=7,8;RU=T;SB=-4.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,36:46:99:1330,135,0 chrXII 674080 . AT A 779.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=190.6022;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;QD=22.94;RPA=9,8;RU=T;SB=-2.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,32:34:96:822,96,0 chrXII 680023 . A AT 982.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.378;DP=43;FS=5.958;HaplotypeScore=97.4732;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.75;MQ0=0;MQRankSum=1.927;QD=22.86;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.025;SB=-4.735e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,38:43:63:1025,63,0 chrXII 680988 . AC A 2565.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=289.8583;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;QD=37.19;RPA=2,1;RU=C;SB=-1.043e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,68:69:99:2608,205,0 chrXII 681146 . G GAA 1840.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.536;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=101.6288;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.49;MQ0=0;MQRankSum=0.817;QD=31.74;RPA=9,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.425;SB=-5.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,53:58:99:1883,121,0 chrXII 682672 . G GA 1687.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=26.8075;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=35.17;RPA=2,3;RU=A;SB=-4.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1730,144,0 chrXII 685663 . C CCGT 3233.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=97.3391;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.41;MQ0=0;QD=62.17;SB=-1.122e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:3274,157,0 chrXII 687408 . CT C 829.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=94.7224;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=27.67;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,29:30:87:872,87,0 chrXII 687472 . G GA 157.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.133;DP=16;FS=5.219;HaplotypeScore=29.9447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.11;MQ0=0;MQRankSum=0.267;QD=9.87;RPA=14,15;RU=A;ReadPosRankSum=-0.267;SB=-8.336e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,7:16:71:197,0,71 chrXII 687559 . A ATT 1049.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=389.9015;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.85;MQ0=0;QD=19.81;RPA=3,5;RU=T;SB=-3.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,18:53:99:1092,125,0 chrXII 687608 . C CA 515.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=86.3019;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.89;MQ0=0;QD=36.85;SB=-2.559e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,13:13:39:558,39,0 chrXII 687852 . TA T 526.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=73.5082;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;QD=26.35;RPA=6,5;RU=A;SB=-2.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60:569,60,0 chrXII 688702 . C CT 2033.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=179.3911;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=30.82;RPA=4,5;RU=T;SB=-9.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:66:99:2076,192,0 chrXII 699901 . TA T 785.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=237.0698;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.85;MQ0=0;QD=26.20;RPA=7,6;RU=A;SB=-8.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:90:828,90,0 chrXII 699927 . TA T 829.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.283;DP=49;FS=6.513;HaplotypeScore=332.0597;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.239;QD=16.94;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=1.937;SB=-2.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,24:49:94:872,94,0 chrXII 699936 . AG A 540.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.521;DP=60;FS=19.678;HaplotypeScore=387.8284;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.83;MQ0=0;MQRankSum=2.827;QD=9.02;ReadPosRankSum=-1.794;SB=-8.648e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,27:60:52:583,52,0 chrXII 704138 . TAA T 121.76 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.024;DP=43;FS=2.688;HaplotypeScore=18.8755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=1.090;QD=2.83;RPA=19,17;RU=A;ReadPosRankSum=1.401;SB=-8.255e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,7:43:99:160,0,164 chrXII 704451 . AT A 649.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.443;DP=44;FS=2.191;HaplotypeScore=23.8678;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.171;QD=14.76;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.758;SB=-3.114e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,32:44:7:690,7,0 chrXII 708692 . TCTGAGCTTGTACTAC T 2398.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=83.4480;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.59;MQ0=0;QD=37.48;RPA=2,1;RU=CTGAGCTTGTACTAC;SB=-9.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,19:64:57:2441,57,0 chrXII 709117 . AGAAGTTGAAGCAGAT A 5542 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=315.3106;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.89;MQ0=0;QD=145.84;RPA=2,1;RU=GAAGTTGAAGCAGAT;SB=-1.949e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,37:38:99:5542,111,0 chrXII 710407 . GT G 1522.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=116.4167;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;QD=26.72;RPA=5,4;RU=T;SB=-6.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,53:57:99:1565,159,0 chrXII 710918 . G GC 3574 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=329.3934;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;QD=42.05;SB=-1.474e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:85:99:3574,256,0 chrXII 712186 . G GTT 1168.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.386;DP=45;FS=3.358;HaplotypeScore=89.1118;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.433;QD=25.98;RPA=12,14;RU=T;ReadPosRankSum=-0.433;SB=-5.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,33:45:82:1211,82,0 chrXII 712833 . A AC 1377.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=12.4889;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.53;MQ0=0;QD=37.24;SB=-6.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:99:1420,111,0 chrXII 712996 . GAGCCAGTTTAAAGATATATTGCGTTT G 6829 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=341.4569;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.20;MQ0=0;QD=220.29;SB=-1.454e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:31:72:6829,72,0 chrXII 713115 . AT A 973.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=145.0347;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.93;MQ0=0;QD=26.32;RPA=7,6;RU=T;SB=-4.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:99:1016,111,0 chrXII 713307 . ATT A 1388.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=125.5343;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=33.07;RPA=11,9;RU=T;SB=-5.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,39:42:99:1431,117,0 chrXII 718114 . T TAAAA 951.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=113.9585;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.48;MQ0=0;QD=36.61;RPA=12,16;RU=A;SB=-4.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,17:26:57:994,57,0 chrXII 719533 . GT G 1693.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=140.3489;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.41;MQ0=0;QD=33.88;RPA=3,2;RU=T;SB=-4.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,48:50:99:1736,144,0 chrXII 722481 . GT G 1143.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.805;DP=81;FS=11.326;HaplotypeScore=487.9578;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.262;QD=14.12;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.381;SB=-2.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,56:81:43:1186,43,0 chrXII 722835 . A ATTT,ATT 1996.15 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=162.8578;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.08;MQ0=0;QD=38.39;RPA=9,12,11;RU=T;SB=-8.522e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:3,38,7:52:49:2074,195,49,1048,0,902 chrXII 723168 . CAAAA C 2020.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=212.9982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;QD=49.29;RPA=14,10;RU=A;SB=-7.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,29:41:99:2063,123,0 chrXII 723209 . G GT 892.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.912;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=321.1835;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.368;QD=21.26;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=-0.638;SB=-2.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,29:42:90:935,90,0 chrXII 724612 . CT C 1021.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=52.6519;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.55;MQ0=0;QD=21.74;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,42:47:99:1064,123,0 chrXII 725704 . GA G 915.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=96.8095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=27.76;RPA=5,4;RU=A;SB=-4.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,32:33:96:958,96,0 chrXII 728213 . C CA 840.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=48.1550;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=27.13;RPA=6,7;RU=A;SB=-3.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,26:31:87:883,87,0 chrXII 728268 . AG A 1085.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=41.3423;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.36;MQ0=0;QD=36.20;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:30:90:1128,90,0 chrXII 734598 . C CT 788.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.200;DP=80;FS=62.311;HaplotypeScore=161.9548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.713;QD=9.86;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=-3.176;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,27:80:99:828,0,1657 chrXII 734923 . 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G GT 1211.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=278.4437;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.30;MQ0=0;QD=28.86;SB=-4.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:42:99:1254,123,0 chrXII 757390 . AGT A 1744.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.774;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=561.7370;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.01;MQ0=0;MQRankSum=0.627;QD=37.13;ReadPosRankSum=1.659;SB=-4.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,42:47:99:1787,124,0 chrXII 757398 . AAG A 1644.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=589.8553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.53;MQ0=0;QD=33.57;SB=-6.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,42:49:99:1687,142,0 chrXII 757413 . CA C 1173.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=621.9199;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.09;MQ0=0;QD=24.46;RPA=9,8;RU=A;SB=-5.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,47:48:99:1216,141,0 chrXII 757472 . TAGAGATAG T 2891.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=237.2296;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.93;MQ0=0;QD=61.53;SB=-1.438e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,21:47:99:2934,117,0 chrXII 757586 . G GT 1236.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.247;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=217.3680;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=1.386;QD=20.28;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.317;SB=-2.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,46:61:99:1279,142,0 chrXII 759341 . GA G 883.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.938;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=37.3879;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.272;QD=19.22;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.514;SB=-4.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,39:46:65:926,65,0 chrXII 760762 . GCC G 2215.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=73.8247;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.88;MQ0=0;QD=48.17;SB=-7.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:2258,138,0 chrXII 764195 . AT A 1507.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=10.4081;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.44;MQ0=0;QD=30.77;RPA=4,3;RU=T;SB=-2.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1550,147,0 chrXII 766106 . CA C 1806.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=280.6739;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.86;MQ0=0;QD=29.62;RPA=4,3;RU=A;SB=-2.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:61:99:1849,174,0 chrXII 769162 . CATAT C 2393.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=128.1368;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.63;MQ0=0;QD=38.00;RPA=9,7;RU=AT;SB=-4.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,48:63:99:2436,147,0 chrXII 784382 . G GC 1962.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=25.8607;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;QD=36.35;RPA=2,3;RU=C;SB=-5.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:54:99:2005,162,0 chrXII 786255 . G GT 1428.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.668;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=237.7676;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.706;QD=25.07;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.155;SB=-5.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,52:57:99:1471,137,0 chrXII 787598 . TA T 1934.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=34.0145;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;QD=33.95;RPA=3,2;RU=A;SB=-9.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,56:57:99:1977,165,0 chrXII 792150 . CT C 1890.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=87.3263;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.92;MQ0=0;QD=37.82;SB=-6.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1933,150,0 chrXII 792777 . G GTT 1614.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=125.9035;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.81;MQ0=0;QD=43.65;RPA=2,4;RU=T;SB=-5.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:99:1657,111,0 chrXII 793081 . 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TG T 304.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.442;DP=18;FS=45.028;HaplotypeScore=651.6114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=1.992;QD=16.94;ReadPosRankSum=0.091;SB=-3.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,11:18:99:344,0,236 chrXII 793893 . C CA 261.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.442;DP=18;FS=45.028;HaplotypeScore=655.8542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=0.725;QD=14.55;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=-0.272;SB=-3.007e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,11:18:99:301,0,211 chrXII 793895 . CAGGA C 595.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.442;DP=18;FS=45.028;HaplotypeScore=622.5106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=0.906;QD=33.11;ReadPosRankSum=-1.540;SB=-3.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,11:18:99:635,0,430 chrXII 793997 . AT A 643.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=164.6114;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=15.33;RPA=13,12;RU=T;SB=-7.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,28:42:84:686,84,0 chrXII 794121 . 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A AT 1592.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.666;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=160.3804;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.466;QD=30.06;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=1.399;SB=-3.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,51:53:99:1635,127,0 chrXII 815867 . CTT C 2505.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=696.6653;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.00;MQ0=0;QD=44.75;RPA=4,2;RU=T;SB=-3.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,55:56:99:2548,166,0 chrXII 815905 . T TAC 1263.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.377;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=812.6919;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.16;MQ0=0;MQRankSum=-2.317;QD=27.48;ReadPosRankSum=1.646;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,31:46:99:1306,102,0 chrXII 817783 . G GA 1254.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=272.6904;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.70;MQ0=0;QD=33.03;RPA=2,3;RU=A;SB=-2.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,37:38:99:1297,108,0 chrXII 818744 . GA G 836.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=349.1157;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.22;MQ0=0;QD=33.48;RPA=3,2;RU=A;SB=-2.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,22:25:72:879,72,0 chrXII 818798 . TCA T 1119 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.595;DP=29;FS=10.969;HaplotypeScore=536.7675;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.733;QD=38.59;ReadPosRankSum=-1.595;SB=-4.304e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,24:29:23:1161,23,0 chrXII 820468 . AG A 935.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=132.8859;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=32.27;RPA=4,3;RU=G;SB=-4.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,28:29:84:978,84,0 chrXII 823381 . TG T 1673.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=492.1325;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.06;MQ0=0;QD=29.89;RPA=9,8;RU=G;SB=-4.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,55:56:99:1716,165,0 chrXII 823566 . G GAA 1733.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=39.3358;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=33.35;RPA=11,13;RU=A;SB=-4.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,46:52:99:1776,149,0 chrXII 827963 . C CATAT 1752.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.609;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=29.1789;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.140;QD=38.11;RPA=6,8;RU=AT;ReadPosRankSum=1.264;SB=-8.062e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,31:46:42:1795,42,0 chrXII 828345 . T TGG 1128.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=26.5730;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;QD=32.26;RPA=7,9;RU=G;SB=-4.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,28:35:82:1171,82,0 chrXII 829417 . A ATG 1360.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.369;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=100.1289;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.95;MQ0=0;MQRankSum=0.504;QD=35.81;ReadPosRankSum=1.243;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,35:38:91:1403,91,0 chrXII 830629 . AT A 1290.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=328.5955;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.49;MQ0=0;MQRankSum=1.602;QD=24.36;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.079;SB=-6.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,52:53:99:1333,145,0 chrXII 835608 . CAAG C 2532.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=87.5575;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.64;MQ0=0;QD=46.05;RPA=2,1;RU=AAG;SB=-1.021e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:55:99:2575,161,0 chrXII 855738 . AT A 586.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=81.4133;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=20.96;RPA=10,9;RU=T;SB=-3.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,25:28:77:629,77,0 chrXII 856361 . AT A 1319.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=84.4721;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.44;MQ0=0;QD=22.76;RPA=7,6;RU=T;SB=-6.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,50:58:99:1362,150,0 chrXII 856771 . CGTAAAAGAT C 7520 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=34.1791;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.61;MQ0=0;QD=105.92;SB=-1.872e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,68:71:99:7520,205,0 chrXII 881947 . C CAT 824.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.142;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=29.9988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.27;MQ0=0;MQRankSum=0.986;QD=15.57;RPA=11,12;RU=AT;ReadPosRankSum=2.128;SB=-2.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,26:53:52:864,0,52 chrXII 1012324 . C CG 1065.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=147.5821;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.73;MQ0=0;QD=34.39;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,23:31:93:1108,93,0 chrXII 1012328 . A AGCC 1392.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=103.6924;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.29;MQ0=0;QD=53.58;RPA=1,2;RU=GCC;SB=-5.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:78:1435,78,0 chrXIII 70292 . A AC 994.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=34.2900;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=63.02;MQ0=0;QD=34.31;RPA=4,5;RU=C;SB=-5.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:86:1037,86,0 chrXIII 71311 . GCCT G 2821.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=137.2441;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.67;MQ0=0;QD=55.33;RPA=2,1;RU=CCT;SB=-1.110e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:51:99:2864,148,0 chrXIII 77135 . T TA 1867.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4540;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.31;MQ0=0;QD=40.61;SB=-7.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1910,138,0 chrXIII 77896 . CAA C 2110.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=208.7455;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.22;MQ0=0;QD=44.91;RPA=5,3;RU=A;SB=-6.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,46:47:99:2153,138,0 chrXIII 85889 . GA G 1260.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9509;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;QD=31.52;RPA=7,6;RU=A;SB=-4.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,38:40:99:1303,114,0 chrXIII 86794 . T TA 670.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=119.0580;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.55;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60:713,60,0 chrXIII 90850 . A ATT 1486.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=276.0418;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.52;MQ0=0;QD=32.33;RPA=11,13;RU=T;SB=-6.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,38:46:99:1529,127,0 chrXIII 94308 . AT A 955.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.035;DP=41;FS=7.782;HaplotypeScore=15.3141;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=0.242;QD=23.32;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.347;SB=-3.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,34:41:60:998,60,0 chrXIII 95588 . CA C 626.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=13.7118;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=21.62;RPA=12,11;RU=A;SB=-1.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,21:29:66:669,66,0 chrXIII 95727 . CTATATA C 4407 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=27.8517;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.15;MQ0=0;QD=49.52;RPA=10,7;RU=TA;SB=-1.888e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,58:89:99:4407,178,0 chrXIII 167431 . GA G 1980.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7586;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=38.84;RPA=3,2;RU=A;SB=-7.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:51:99:2023,150,0 chrXIII 167952 . T TA 2354.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=160.9496;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.97;MQ0=0;QD=42.05;SB=-8.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:56:99:2397,163,0 chrXIII 168067 . A AT 1414.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=145.9273;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.94;MQ0=0;QD=34.51;RPA=5,6;RU=T;SB=-4.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:1457,123,0 chrXIII 168885 . A AT 906.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=199.7954;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.65;MQ0=0;QD=31.27;RPA=8,9;RU=T;SB=-4.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:87:949,87,0 chrXIII 169103 . A AT 1555.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=57.2676;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;QD=30.51;RPA=8,9;RU=T;SB=-5.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,48:51:99:1598,147,0 chrXIII 169479 . ATTG A 1591.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=184.2041;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.29;MQ0=0;QD=43.03;RPA=7,6;RU=TTG;SB=-5.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,22:37:99:1634,102,0 chrXIII 169507 . ATGT A 1916.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=164.3153;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.59;MQ0=0;QD=46.76;RPA=5,4;RU=TGT;SB=-5.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,36:41:99:1959,120,0 chrXIII 169808 . GA G 1789.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=15.3737;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;QD=33.15;RPA=6,5;RU=A;SB=-5.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,52:54:99:1832,156,0 chrXIII 175882 . TA T 1664.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.926;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=538.8019;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.957;QD=28.22;ReadPosRankSum=3.809;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,47:59:99:1707,141,0 chrXIII 175885 . TTC T 1948.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.709;DP=61;FS=1.767;HaplotypeScore=553.5690;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.897;QD=31.95;ReadPosRankSum=4.506;SB=-5.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,47:61:96:1991,96,0 chrXIII 175912 . G GTCTTCTTCTTCT 3818 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=415.7380;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.86;MQ0=0;QD=68.18;RPA=7,11;RU=TCT;SB=-1.749e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,23:56:99:3818,105,0 chrXIII 178325 . T TA 1079.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1112;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.31;MQ0=0;QD=30.86;RPA=6,7;RU=A;SB=-3.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,33:35:99:1122,99,0 chrXIII 179693 . A AACT 2014.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=26.3481;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.09;MQ0=0;QD=33.58;RPA=6,7;RU=ACT;SB=-4.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,37:60:99:2057,123,0 chrXIII 192005 . T TCA 1538.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.131;DP=53;FS=97.816;HaplotypeScore=517.2198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.09;MQ0=0;MQRankSum=0.768;QD=29.04;ReadPosRankSum=2.161;SB=-2.925e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,33:53:99:1578,0,546 chrXIII 192137 . C CA 1548.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=453.4513;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=26.71;RPA=8,9;RU=A;SB=-7.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,48:58:99:1591,144,0 chrXIII 192469 . C CT 591.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=316.1423;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.68;MQ0=0;QD=16.44;RPA=11,12;RU=T;SB=-2.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,20:36:63:634,63,0 chrXIII 195892 . T TAAG 2147.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.288;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=101.9375;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.66;MQ0=0;MQRankSum=0.933;QD=55.08;ReadPosRankSum=-0.133;SB=-9.272e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,36:39:55:2190,55,0 chrXIII 196048 . C CA 1377.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=76.3129;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.54;MQ0=0;QD=29.32;RPA=8,9;RU=A;SB=-6.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,41:47:99:1420,129,0 chrXIII 196231 . CTACAA C 5186 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=18.4043;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.82;MQ0=0;QD=78.58;SB=-1.849e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,65:66:99:5186,199,0 chrXIII 201934 . C CTA 383.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=369.3197;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=14.73;MQ0=23;QD=12.39;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,8:8:24:426,24,0 chrXIII 208862 . A AT 1765.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=180.4341;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;QD=30.45;RPA=8,9;RU=T;SB=-4.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,54:58:99:1808,162,0 chrXIII 209199 . AC A 1756.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=183.2002;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.09;MQ0=0;QD=35.86;RPA=5,4;RU=C;SB=-7.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,46:49:99:1799,141,0 chrXIII 209248 . GAT G 1774.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=239.2952;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.47;MQ0=0;QD=32.27;RPA=5,4;RU=AT;SB=-7.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,45:55:99:1817,135,0 chrXIII 209900 . G GACA 4719 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=246.1079;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.14;MQ0=0;QD=60.50;SB=-2.320e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:78:99:4719,235,0 chrXIII 216270 . C CA 1218.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=148.1408;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.26;MQ0=0;QD=33.86;RPA=5,6;RU=A;SB=-3.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:99:1261,108,0 chrXIII 216359 . AG A 1400.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=252.1518;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;QD=41.20;RPA=2,1;RU=G;SB=-6.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:99:1443,102,0 chrXIII 216368 . T TG 1422.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=253.5864;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=39.53;RPA=1,2;RU=G;SB=-6.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,34:36:99:1465,108,0 chrXIII 221252 . TTA T 1963.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=15.5116;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.91;MQ0=0;QD=33.29;RPA=6,5;RU=TA;SB=-7.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,48:59:99:2006,144,0 chrXIII 908558 . T TCAA 1969.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.130;DP=148;FS=10.435;HaplotypeScore=829.4350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.20;MQ0=0;MQRankSum=3.240;QD=13.31;RPA=1,2;RU=CAA;ReadPosRankSum=-1.408;SB=-9.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,46:140:99:2009,0,4492 chrXIII 918120 . C CT 197.93 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.401;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=25.1465;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.89;MQ0=0;MQRankSum=0.401;QD=7.07;RPA=19,20;RU=T;ReadPosRankSum=-0.668;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,12:28:9:239,9,0 chrXIII 921418 . CT C 588.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.896;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=27.3975;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.48;MQ0=4;MQRankSum=1.614;QD=15.92;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.179;SB=-2.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,24:32:52:631,52,0 chrXIV 6617 . AC A 671.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.320;DP=70;FS=18.085;HaplotypeScore=227.1813;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.27;MQ0=17;MQRankSum=-2.909;QD=9.60;RPA=3,2;RU=C;ReadPosRankSum=-3.543;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,22:52:99:711,0,1130 chrXIV 6636 . CA C 680.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.317;DP=34;FS=3.471;HaplotypeScore=178.3303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.65;MQ0=1;MQRankSum=1.950;QD=20.03;ReadPosRankSum=2.592;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,18:29:99:720,0,244 chrXIV 7478 . A AT 833.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6645;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.30;MQ0=2;QD=32.08;SB=-4.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:20:60:876,60,0 chrXIV 20328 . AG A 1570.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2712;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.83;MQ0=0;QD=40.28;SB=-7.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:39:99:1613,114,0 chrXIV 129414 . TTA T 2449.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=16.7062;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.13;MQ0=0;QD=37.69;RPA=6,5;RU=TA;SB=-1.145e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,57:65:99:2492,172,0 chrXIV 312328 . AACG A 2045.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=13.0089;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;QD=51.15;RPA=3,2;RU=ACG;SB=-7.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,35:40:99:2088,108,0 chrXIV 439397 . G GT 1626.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=12.2655;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=35.37;RPA=6,7;RU=T;SB=-7.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,45:46:99:1669,135,0 chrXIV 510328 . C CT 79.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.321;DP=30;FS=3.961;HaplotypeScore=77.9478;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=0.846;QD=2.67;RPA=15,16;RU=T;ReadPosRankSum=1.429;SB=-2.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,5:30:99:119,0,509 chrXIV 784079 . GT G 283.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.202;DP=19;FS=2.963;HaplotypeScore=146.5459;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.84;MQ0=2;MQRankSum=0.919;QD=14.95;ReadPosRankSum=1.344;SB=-9.001e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,10:15:99:323,0,100 chrXIV 784092 . TG T 214.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.530;DP=20;FS=6.286;HaplotypeScore=151.6370;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.77;MQ0=4;MQRankSum=0.766;QD=10.75;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=-1.120;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,8:15:99:254,0,211 chrXV 60213 . C CTTTTTTT 637.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.000;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=43.7329;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.19;MQ0=0;MQRankSum=3.000;QD=19.33;RPA=24,31;RU=T;ReadPosRankSum=-0.403;SB=-3.009e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,17:33:45:677,0,45 chrXV 216898 . AT A 249.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.263;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=422.3330;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.953;QD=3.29;RPA=18,17;RU=T;ReadPosRankSum=-2.139;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,10:76:99:289,0,901 chrXV 288064 . TA T 1554.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=227.3617;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.58;MQ0=0;QD=27.77;RPA=10,9;RU=A;SB=-7.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,52:56:99:1597,162,0 chrXV 292246 . CAA C 2156.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.165;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=246.2515;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.409;QD=33.70;RPA=10,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.976;SB=-1.074e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,54:64:99:2199,161,0 chrXV 299706 . AT A 2014.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=1046.3933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.63;MQ0=0;QD=31.00;RPA=8,7;RU=T;SB=-3.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2057,195,0 chrXV 301070 . GTC G 1599.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=267.6228;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.40;MQ0=0;QD=50.00;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:96:1642,96,0 chrXV 301214 . A AAATAG 3446 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=148.5130;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.27;MQ0=0;QD=80.14;SB=-1.015e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:3446,129,0 chrXV 301302 . ATATGTGTG A 4500 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=201.9648;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.74;MQ0=0;QD=81.82;SB=-9.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,24:55:99:4500,157,0 chrXV 301304 . ATGTGTGTG A,ATG 3379 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=277.3293;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=48.05;MQ0=0;QD=64.98;RPA=8,4,5;RU=TG;SB=-5.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:28,1,0:52:99:3379,570,438,332,0,199 chrXV 301346 . TA T 1229.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=384.5919;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.08;MQ0=0;QD=27.95;RPA=8,7;RU=A;SB=-2.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,40:44:99:1272,123,0 chrXV 304940 . C CT 1536.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.704;DP=56;FS=2.730;HaplotypeScore=329.5712;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=0.315;QD=27.45;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.334;SB=-4.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,49:56:92:1579,92,0 chrXV 307241 . GTCATCGTCTTCA G 3635 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6534;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.56;MQ0=0;QD=88.66;RPA=2,1;RU=TCATCGTCTTCA;SB=-1.434e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,35:41:99:3635,105,0 chrXV 307922 . CT C 2536.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=72.9825;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.73;MQ0=0;QD=43.00;SB=-1.186e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:59:99:2579,175,0 chrXV 309087 . TTATA T 4586 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=215.6169;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.51;MQ0=0;QD=53.95;RPA=7,5;RU=TA;SB=-1.186e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,75:85:99:4586,226,0 chrXV 312985 . CTA C 3323 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=97.2966;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.25;MQ0=0;QD=44.31;RPA=3,2;RU=TA;SB=-1.623e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,74:75:99:3323,223,0 chrXV 315600 . A AT 1109.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=159.6825;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=35.81;RPA=1,2;RU=T;SB=-3.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,25:31:87:1152,87,0 chrXV 315630 . CTTTT C 1349.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=228.2314;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=36.49;RPA=18,14;RU=T;SB=-2.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,23:37:81:1392,81,0 chrXV 316429 . GCT G 682.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.211;DP=46;FS=8.199;HaplotypeScore=666.1662;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.34;MQ0=0;MQRankSum=-2.241;QD=14.85;ReadPosRankSum=2.127;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,13:46:99:722,0,716 chrXV 316433 . ACCGACGAGGCT A 2088.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.595;DP=39;FS=10.831;HaplotypeScore=445.6282;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.51;MQ0=0;MQRankSum=1.732;QD=53.56;ReadPosRankSum=0.920;SB=-7.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,13:39:66:2131,66,0 chrXV 323107 . GAGGT G 3706 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=166.1442;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.01;MQ0=0;QD=61.77;RPA=2,1;RU=AGGT;SB=-1.339e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:60:99:3706,169,0 chrXV 325064 . GT G 2021.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.538;DP=75;FS=9.425;HaplotypeScore=26.1917;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.96;MQ0=0;MQRankSum=0.659;QD=26.96;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.436;SB=-6.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,70:75:99:2064,154,0 chrXV 326195 . CATATAT C 2657.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.413;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=104.3675;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.24;MQ0=0;MQRankSum=0.165;QD=42.87;RPA=13,10;RU=AT;ReadPosRankSum=-0.248;SB=-7.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,33:62:99:2700,115,0 chrXV 326500 . TGAAAATTACTTTCACATGTTTTAGTG T 3719 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=148.4070;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.59;MQ0=0;QD=148.76;SB=-5.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,24:25:72:3719,72,0 chrXV 326639 . TA T 1128.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=669.7413;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.88;MQ0=0;QD=31.36;RPA=7,6;RU=A;SB=-5.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,33:36:99:1171,108,0 chrXV 326668 . T TG 1422.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=458.5649;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.28;MQ0=0;QD=43.12;SB=-6.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,31:33:99:1465,99,0 chrXV 333248 . A AT 1606.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=183.4125;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;QD=34.93;RPA=5,6;RU=T;SB=-8.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1649,138,0 chrXV 333432 . G GA 879.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.638;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=336.3951;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=1.646;QD=17.25;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-1.578;SB=-3.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,19:51:51:922,51,0 chrXV 340510 . A AT 2041.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=45.3669;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.98;MQ0=0;QD=37.81;RPA=2,3;RU=T;SB=-3.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:54:99:2084,160,0 chrXV 340806 . ATAAATT A 2918.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=898.8990;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.40;MQ0=0;QD=59.57;SB=-7.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,37:49:99:2961,111,0 chrXV 343483 . CG C 2816.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=95.8069;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.99;MQ0=0;QD=43.34;SB=-1.238e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2859,196,0 chrXV 343649 . GA G 1858.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.466;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=15.0869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.346;QD=28.60;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.199;SB=-7.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:65:99:1901,162,0 chrXV 344858 . CCGT C 1507.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.227;DP=40;FS=12.073;HaplotypeScore=1045.0627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.27;MQ0=0;MQRankSum=0.613;QD=37.70;ReadPosRankSum=-4.094;SB=-3.747e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,28:38:99:1547,0,116 chrXV 345038 . CCGT C 550.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=346.8674;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.97;MQ0=0;QD=39.35;SB=-1.759e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,10:13:32:593,32,0 chrXV 347482 . AT A 2444.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=54.8636;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.76;MQ0=0;QD=34.44;RPA=4,3;RU=T;SB=-7.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,68:71:99:2487,208,0 chrXV 347956 . T TG 2483.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=301.0624;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.39;MQ0=0;QD=44.36;SB=-1.136e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:2526,169,0 chrXV 348630 . GA G 919.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=136.7173;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=25.55;RPA=11,10;RU=A;SB=-4.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,32:36:96:962,96,0 chrXV 349580 . G GA 1221.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.849;DP=58;FS=12.982;HaplotypeScore=25.6484;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.197;QD=21.07;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.936;SB=-3.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,43:58:57:1264,57,0 chrXV 560701 . G GA 2313.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=18.5062;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.35;MQ0=0;QD=37.32;RPA=2,3;RU=A;SB=-9.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,60:62:99:2356,181,0 chrXV 560809 . G GA 1073.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.144;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=266.5876;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.029;QD=18.84;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.548;SB=-4.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,31:57:70:1116,70,0 chrXV 561027 . GA G 890.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=13.6149;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.55;MQ0=0;QD=15.10;RPA=9,8;RU=A;SB=-3.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,30:59:90:933,90,0 chrXV 564437 . TA T 1540.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=121.6875;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.27;MQ0=0;QD=38.52;RPA=2,1;RU=A;SB=-6.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:1583,120,0 chrXV 569671 . G GTT 1417.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=188.8188;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=39.39;RPA=8,10;RU=T;SB=-6.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,30:36:99:1460,106,0 chrXV 569695 . AT A 1027.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=351.5492;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.21;MQ0=0;QD=22.35;RPA=11,10;RU=T;SB=-2.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,36:46:99:1070,111,0 chrXV 572170 . G GTT 1511.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=123.1145;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.47;MQ0=0;QD=30.24;RPA=13,15;RU=T;SB=-3.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,37:49:99:1554,126,0 chrXV 574955 . AT A 1543.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=11.5366;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.93;MQ0=0;QD=28.07;RPA=9,8;RU=T;SB=-5.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,51:55:99:1586,156,0 chrXV 577841 . C CT 1515.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=183.0955;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.25;MQ0=0;QD=36.09;RPA=3,4;RU=T;SB=-3.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:1558,126,0 chrXV 578511 . T TA 3188.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=23.4923;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=37.52;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.542e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:3231,256,0 chrXV 579517 . ACAT A 1808.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=10.6842;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;QD=36.92;RPA=8,7;RU=CAT;SB=-5.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,37:49:99:1851,111,0 chrXV 581681 . A AAAAG 2378.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.182;DP=47;FS=4.674;HaplotypeScore=62.5091;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=63.55;MQ0=0;MQRankSum=0.404;QD=50.62;RPA=1,2;RU=AAAG;ReadPosRankSum=-0.135;SB=-8.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,39:47:99:2421,117,0 chrXV 722778 . T TTC 1533.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=23.7246;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.99;MQ0=0;QD=51.13;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:90:1576,90,0 chrXVI 39008 . TATAAC T 4402 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=15.8555;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=1;QD=77.23;SB=-1.280e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,55:56:99:4402,166,0 chrXVI 40127 . G GAA 1175.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=31.1635;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.15;MQ0=0;QD=28.68;RPA=10,12;RU=A;SB=-1.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,29:41:95:1218,95,0 chrXVI 144689 . AGGAAACGTC A 3500 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=10.5099;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.72;MQ0=0;QD=85.37;RPA=4,3;RU=GGAAACGTC;SB=-8.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,32:41:96:3500,96,0 chrXVI 481304 . AT A 1713.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.474;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=37.2534;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.762;QD=26.37;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.309;SB=-4.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,54:65:99:1756,108,0