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A AG 562.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=77.2119;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.71;MQ0=0;QD=25.59;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,20:22:54:605,54,0 chrI 71116 . GAA G 583.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=11.8506;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.16;MQ0=0;QD=21.63;RPA=12,10;RU=A;SB=-2.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,20:27:63:626,63,0 chrI 71530 . TAAAA T 2210.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=168.7648;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.58;MQ0=0;QD=36.85;RPA=13,9;RU=A;SB=-9.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,47:60:99:2253,138,0 chrI 77494 . CGAA C 1719.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=227.2223;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.14;MQ0=0;QD=27.74;RPA=5,4;RU=GAA;SB=-5.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,31:62:99:1762,130,0 chrI 77528 . GA G 124.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.421;DP=59;FS=6.522;HaplotypeScore=681.6726;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.56;MQ0=0;MQRankSum=-3.970;QD=2.12;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=5.608;SB=-6.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,25:59:99:164,0,314 chrI 77531 . GAA G 548.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.502;DP=60;FS=1.722;HaplotypeScore=728.8116;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.374;QD=9.13;ReadPosRankSum=3.459;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,25:60:19:590,19,0 chrI 77569 . C CACACCAGCAGCA 4231 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=450.3491;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.43;MQ0=0;QD=76.93;SB=-1.961e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,39:55:99:4231,141,0 chrI 79567 . A ATT 5219 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=59.6725;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.38;MQ0=2;QD=38.95;SB=-1.731e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,130:132:99:5219,340,0 chrI 84701 . C CT 2132.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.178;DP=151;FS=1.266;HaplotypeScore=81.0870;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.88;MQ0=0;MQRankSum=1.778;QD=14.13;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.112;SB=-6.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,108:151:99:2175,126,0 chrI 92300 . GT G 2080.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=274.4466;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.79;MQ0=0;QD=21.45;RPA=7,6;RU=T;SB=-3.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,93:97:99:2123,269,0 chrI 92602 . CTT C,CT 382.49 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.134;DP=48;FS=3.522;HaplotypeScore=134.4752;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.41;MQ0=0;MQRankSum=0.045;QD=7.97;RPA=12,10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.937;SB=-8.249e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:21,6,0:48:37:458,338,482,70,0,37 chrI 100007 . AT A 572.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.294;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=204.3199;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.86;MQ0=0;MQRankSum=0.686;QD=7.96;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=-2.059;SB=-1.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,37:72:68:615,68,0 chrI 101450 . TA T 687.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.141;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=208.9254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.43;MQ0=0;MQRankSum=0.634;QD=11.47;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.056;SB=-2.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,36:60:99:730,112,0 chrI 106011 . G GT 1097.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.554;DP=62;FS=3.892;HaplotypeScore=55.2536;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.624;QD=17.71;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.554;SB=-4.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,53:62:99:1140,128,0 chrI 108747 . GT G 1220.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.655;DP=95;FS=2.097;HaplotypeScore=102.4334;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.552;QD=12.85;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.090;SB=-4.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,74:95:99:1263,107,0 chrI 110520 . AT A 1678.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=113.1821;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=18.25;RPA=9,8;RU=T;SB=-4.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,84:92:99:1721,238,0 chrI 110711 . GAGAGA G 3911 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=124.2405;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.58;MQ0=1;QD=53.58;SB=-1.534e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,49:72:99:3911,193,0 chrI 110729 . G GA 843.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=401.1932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.07;MQ0=1;QD=12.41;RPA=8,9;RU=A;SB=-3.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,41:67:99:886,111,0 chrI 113050 . CGTTGTT C 2055.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.321;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=31.2910;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.229;QD=35.45;RPA=9,7;RU=GTT;ReadPosRankSum=1.144;SB=-9.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,39:58:98:2098,98,0 chrI 128103 . ATT A,AT 1167.71 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.161;DP=94;FS=2.147;HaplotypeScore=73.0509;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=2.054;QD=12.42;RPA=14,12,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.800;SB=-5.647e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:11,13,0:93:39:1244,970,1239,195,0,39 chrI 128193 . GA G 2078.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.914;DP=138;FS=8.141;HaplotypeScore=215.2134;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=1.389;QD=15.06;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.553;SB=-7.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,115:138:99:2121,270,0 chrI 128233 . TA T 1701.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=186.7655;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.63;MQ0=0;QD=19.12;RPA=6,5;RU=A;SB=-6.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,73:89:99:1744,213,0 chrI 159877 . AT A 4408 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=186;FS=0.000;HaplotypeScore=401.0420;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.73;MQ0=0;QD=23.70;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.825e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,182:186:99:4408,513,0 chrI 160074 . AT A 1049.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=21.5643;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.37;MQ0=0;QD=19.81;RPA=4,3;RU=T;SB=-4.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,49:53:99:1092,117,0 chrI 166148 . ATTTCTATTCCAACAGG A 8884 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.674;DP=71;FS=17.709;HaplotypeScore=1658.9966;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.90;MQ0=6;MQRankSum=0.147;QD=125.13;ReadPosRankSum=1.380;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,64:65:83:8884,83,0 chrI 175578 . C CA 1851.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=33.3389;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.85;MQ0=0;QD=24.05;RPA=5,6;RU=A;SB=-8.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,73:77:99:1894,207,0 chrI 175856 . TG T 2231.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=452.4725;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.38;MQ0=0;QD=25.65;SB=-7.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:87:99:2274,219,0 chrI 178459 . GT G 994.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=32.2834;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=16.86;RPA=10,9;RU=T;SB=-3.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,50:59:99:1037,143,0 chrI 179139 . A ATT 1441.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=164.9815;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.99;MQ0=0;QD=29.43;RPA=8,10;RU=T;SB=-5.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,44:49:99:1484,131,0 chrI 179980 . 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TTCCC T 271.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=181.9727;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.28;MQ0=0;QD=20.85;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:9:18:313,18,0 chrI 189750 . A AC 91.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=140.5759;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.05;MQ0=0;QD=9.11;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:6:18:133,18,0 chrI 223388 . GA G 1067.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=399.7379;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.72;MQ0=0;QD=28.10;RPA=3,2;RU=A;SB=-2.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,36:37:99:1110,105,0 chrI 223712 . TA T 2159.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=194.2498;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.52;MQ0=4;QD=20.19;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.053e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,103:102:99:2202,298,0 chrI 225394 . GGAAGAA G 1649.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=58.9892;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.88;MQ0=34;QD=21.43;RPA=6,4;RU=GAA;SB=-8.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,61:26:69:1692,69,0 chrII 5911 . CA C 300.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=191.1450;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.52;MQ0=0;QD=23.15;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:9:27:343,27,0 chrII 6186 . CACAT C 2304.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=266.6894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.86;MQ0=3;QD=51.22;SB=-1.168e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,40:38:99:2347,105,0 chrII 6285 . TTCTAC T 577.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.534;DP=17;FS=9.249;HaplotypeScore=136.8604;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.059;QD=34.00;ReadPosRankSum=3.123;SB=-1.966e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,11:15:99:617,0,191 chrII 6307 . TC T 225.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.797;DP=23;FS=34.776;HaplotypeScore=165.6130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.90;MQ0=7;MQRankSum=-0.386;QD=9.82;ReadPosRankSum=2.007;SB=-2.977e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,11:14:99:265,0,194 chrII 6571 . AT A 1338.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.727;DP=181;FS=17.677;HaplotypeScore=3175.8936;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.98;MQ0=0;MQRankSum=0.183;QD=7.40;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=-1.136;SB=-1.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,78:146:99:1378,0,1999 chrII 6576 . T TC 2030.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.060;DP=183;FS=1.261;HaplotypeScore=3334.9491;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.04;MQ0=0;MQRankSum=0.093;QD=11.10;ReadPosRankSum=-0.675;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,89:149:99:2070,0,1983 chrII 7319 . GT G 936.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.524;DP=170;FS=0.952;HaplotypeScore=756.6668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.39;MQ0=1;MQRankSum=-2.310;QD=5.51;ReadPosRankSum=1.320;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:125,39:132:99:976,0,3014 chrII 7527 . C CA 1428.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.212;DP=140;FS=94.692;HaplotypeScore=691.1152;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.79;MQ0=9;MQRankSum=2.305;QD=10.21;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=3.662;SB=-4.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,93:107:99:1468,0,536 chrII 7538 . G GT 1667.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.544;DP=154;FS=52.773;HaplotypeScore=700.8616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.22;MQ0=14;MQRankSum=2.648;QD=10.83;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=4.867;SB=-6.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,103:113:99:1707,0,209 chrII 8013 . ATAGT A 2068.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.547;DP=106;FS=22.272;HaplotypeScore=588.3845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.79;MQ0=22;MQRankSum=0.995;QD=19.52;ReadPosRankSum=4.911;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,37:62:99:2108,0,676 chrII 8027 . GC G 119.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=178.8863;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=11.76;MQ0=27;QD=2.43;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,6:7:15:161,15,0 chrII 8033 . A AT 135.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=176.7781;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=11.10;MQ0=29;QD=2.82;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,5:5:15:177,15,0 chrII 9042 . AG A 294.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=61.9155;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.07;MQ0=0;QD=6.28;SB=-8.001e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:45:67:337,67,0 chrII 9520 . A AC 1752.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=190.6739;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.73;MQ0=0;QD=33.71;RPA=1,2;RU=C;SB=-1.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:52:99:1795,150,0 chrII 10711 . CA C 2443.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=422.9564;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.08;MQ0=0;QD=28.75;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.036e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,74:85:99:2486,220,0 chrII 14146 . TAA T 3759 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=39.5122;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.39;MQ0=0;QD=33.27;RPA=7,5;RU=A;SB=-9.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,107:113:99:3759,316,0 chrII 23707 . G GTTTCTGTTATT 7436 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=33.2809;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.25;MQ0=0;QD=119.94;SB=-3.618e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,45:62:99:7436,169,0 chrII 23803 . A AG 1407.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=76.2010;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=29.33;RPA=1,2;RU=G;SB=-6.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,40:48:99:1450,126,0 chrII 24071 . T TA 635.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.063;DP=43;FS=3.099;HaplotypeScore=46.7883;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.72;MQ0=0;MQRankSum=0.584;QD=14.79;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.117;SB=-1.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,33:43:50:678,50,0 chrII 24920 . CA C 2215.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=581.6394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.25;MQ0=0;QD=18.16;RPA=9,8;RU=A;SB=-6.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,72:122:99:2258,284,0 chrII 24938 . G GA 2548.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=385.3005;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.81;MQ0=0;QD=23.60;RPA=6,7;RU=A;SB=-7.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,77:108:99:2591,294,0 chrII 28695 . CT C 523.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.203;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=38.5971;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.06;MQ0=0;MQRankSum=0.291;QD=10.69;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.208;SB=-1.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,32:49:62:566,62,0 chrII 35427 . A AT 463.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=91.6976;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.65;MQ0=5;QD=25.78;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,13:13:39:506,39,0 chrII 36372 . TC T 1727.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=299.5356;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.00;MQ0=0;QD=36.00;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,46:48:99:1770,138,0 chrII 37029 . TA T 1577.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=28.6939;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.98;MQ0=0;QD=19.97;RPA=8,7;RU=A;SB=-6.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,72:79:99:1620,201,0 chrII 38757 . T TA 545.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.371;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=12.3953;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.124;QD=17.61;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.867;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,26:31:62:588,62,0 chrII 38837 . A AT 62.48 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=16.1987;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=6.25;RPA=7,8;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,5:10:12:104,12,0 chrII 40802 . CA C 673.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=20.6580;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.30;MQ0=0;QD=18.72;RPA=8,7;RU=A;SB=-2.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,29:36:87:716,87,0 chrII 43225 . A AT 1106.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=96.9746;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.13;MQ0=0;QD=18.15;RPA=5,6;RU=T;SB=-5.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,54:61:99:1149,129,0 chrII 45250 . A AG 2423.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.369;DP=86;FS=10.560;HaplotypeScore=292.4901;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.42;MQ0=0;MQRankSum=2.213;QD=28.19;ReadPosRankSum=1.538;SB=-6.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,76:86:99:2466,205,0 chrII 45952 . TTTCA T 2211.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.329;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=203.5426;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.99;MQ0=0;MQRankSum=1.079;QD=27.65;ReadPosRankSum=1.860;SB=-9.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,45:80:99:2254,158,0 chrII 59405 . CT C 2642.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=37.0108;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.91;MQ0=0;QD=24.47;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.001e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,101:108:99:2685,297,0 chrII 60579 . T TTTAGCGTC 6565 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=208.9037;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.97;MQ0=1;QD=81.05;RPA=1,2;RU=TTAGCGTC;SB=-2.892e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,60:80:99:6565,214,0 chrII 61038 . A AAAT 1813.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=456.9366;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.24;MQ0=0;QD=36.28;SB=-4.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,32:50:99:1856,117,0 chrII 61054 . G GT 1251.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=612.7937;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.98;MQ0=0;QD=25.04;RPA=5,6;RU=T;SB=-6.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:50:99:1294,147,0 chrII 62747 . A AG 1016.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.520;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=119.4511;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.347;QD=21.64;RPA=8,9;RU=G;ReadPosRankSum=-0.520;SB=-3.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,34:47:93:1059,93,0 chrII 62776 . GA G 529.38 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.266;DP=50;FS=2.013;HaplotypeScore=141.8625;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=0.555;QD=10.59;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.088;SB=-2.694e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,37:50:7:568,0,7 chrII 63002 . GGAGCC G 4318 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=127.2194;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.68;MQ0=0;QD=62.58;RPA=2,1;RU=GAGCC;SB=-1.961e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,62:69:99:4318,190,0 chrII 63167 . C CA 1432.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=214.4554;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.74;MQ0=0;QD=25.59;RPA=2,3;RU=A;SB=-6.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,49:56:99:1475,138,0 chrII 63527 . T TG 1185.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.578;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=23.1634;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=0.192;QD=22.81;RPA=7,8;RU=G;ReadPosRankSum=-0.500;SB=-5.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,43:52:99:1228,107,0 chrII 69628 . C CA 1046.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.255;DP=78;FS=1.298;HaplotypeScore=159.7242;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.150;QD=13.42;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.079;SB=-5.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,50:78:9:1088,9,0 chrII 71825 . CT C 1111.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.266;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=45.7761;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=1.354;QD=11.83;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.428;SB=-3.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,56:94:86:1154,86,0 chrII 72362 . A ACAACAC 5000 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=526.7881;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.10;MQ0=0;QD=51.02;SB=-1.964e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:62,30:98:99:5000,258,0 chrII 72371 . A ACAG 2998.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.687;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=752.3869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.29;MQ0=0;MQRankSum=0.511;QD=29.12;ReadPosRankSum=3.362;SB=-1.046e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:65,38:103:99:3041,206,0 chrII 74876 . C CA 2393.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=43.6383;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=20.12;RPA=7,8;RU=A;SB=-8.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,107:119:99:2436,290,0 chrII 88484 . GGAGAA G 9311 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=55.6258;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.66;MQ0=0;QD=60.86;RPA=2,1;RU=GAGAA;SB=-1.429e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,141:153:99:9311,421,0 chrII 116854 . CA C 1678.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=471.8389;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.66;MQ0=0;QD=23.32;RPA=7,6;RU=A;SB=-4.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,69:72:99:1721,207,0 chrII 117293 . GA G 1119.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=134.2192;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.82;MQ0=0;QD=20.74;RPA=9,8;RU=A;SB=-3.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,47:54:99:1162,141,0 chrII 119999 . T TTCG 2703.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.237;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=35.8832;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.52;MQ0=0;MQRankSum=-2.024;QD=42.25;ReadPosRankSum=-0.192;SB=-1.307e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,41:64:99:2746,129,0 chrII 122381 . CA C 852.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=48.1345;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=18.54;RPA=11,10;RU=A;SB=-2.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,40:46:99:895,124,0 chrII 122429 . G GA 300.02 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.825;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=99.6743;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=1.663;QD=7.50;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-3.123;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,20:40:16:339,0,16 chrII 122638 . TTA T 241.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=28.3006;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=18.61;RPA=6,5;RU=TA;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,8:13:26:284,26,0 chrII 127462 . CT C 1477.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=22.5683;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.89;MQ0=0;QD=20.25;RPA=8,7;RU=T;SB=-6.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,66:73:99:1520,189,0 chrII 127636 . C CT 431.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.602;DP=43;FS=2.623;HaplotypeScore=20.7888;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.27;MQ0=0;MQRankSum=0.602;QD=10.05;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=0.602;SB=-1.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,25:43:47:474,47,0 chrII 133892 . TAC T 167.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=83.1849;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=10.50;RPA=2,1;RU=AC;SB=-6.190e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,8:16:24:210,24,0 chrII 133943 . C CT 918.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.846;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=124.9327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.02;MQ0=0;MQRankSum=-1.571;QD=19.14;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.571;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,46:48:99:961,104,0 chrII 136039 . T TA 1851.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=27.7358;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=23.74;RPA=3,4;RU=A;SB=-5.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,66:78:99:1894,192,0 chrII 136348 . G GA 993.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=15.9080;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.03;MQ0=0;QD=19.49;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,45:51:99:1036,125,0 chrII 137522 . A AT 1475.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.218;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=37.4662;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.35;MQ0=0;MQRankSum=0.551;QD=18.22;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.044;SB=-1.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,66:81:99:1518,139,0 chrII 138011 . CT C 506.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.752;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=80.4892;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.65;MQ0=0;MQRankSum=0.740;QD=11.02;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.117;SB=-1.919e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,27:46:47:549,47,0 chrII 138274 . ATT A,AT 1302.11 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.672;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=86.0238;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=1.307;QD=13.15;RPA=15,13,14;RU=T;ReadPosRankSum=0.821;SB=-6.031e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:44,44,0:99:50:1380,131,50,915,0,793 chrII 139890 . C CT 1623.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=24.9609;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.96;MQ0=0;QD=24.61;RPA=5,6;RU=T;SB=-4.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,63:66:99:1666,183,0 chrII 140850 . TG T 1405.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=123.2344;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.70;MQ0=0;QD=24.67;RPA=5,4;RU=G;SB=-6.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,48:57:99:1448,147,0 chrII 140964 . T TC 2781.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=116.1969;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;QD=35.67;SB=-1.121e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2824,226,0 chrII 142029 . A AT 2491.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.809;DP=161;FS=5.159;HaplotypeScore=277.0518;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=0.540;QD=15.48;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.099;SB=-1.097e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:50,106:161:99:2534,196,0 chrII 143864 . G GA 527.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.357;DP=48;FS=11.748;HaplotypeScore=22.6470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.647;QD=11.00;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-1.281;SB=-3.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,28:48:69:567,0,69 chrII 145899 . GAAAAAAAAAAAAAA G 1993.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.107;DP=55;FS=2.087;HaplotypeScore=44.9528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.15;MQ0=3;MQRankSum=2.939;QD=36.25;RPA=31,17;RU=A;ReadPosRankSum=3.499;SB=-9.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,21:52:99:2033,0,214 chrII 159983 . TTTG T 1698.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=29.0283;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.68;MQ0=0;QD=37.75;SB=-7.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,39:45:99:1741,120,0 chrII 164040 . T TA 2913.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=151.9024;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.18;MQ0=0;QD=25.79;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.203e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,109:113:99:2956,315,0 chrII 165010 . CT C 875.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.599;DP=78;FS=10.223;HaplotypeScore=271.1638;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.04;MQ0=0;MQRankSum=-2.211;QD=11.23;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.461;SB=-3.128e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,55:78:10:917,10,0 chrII 165670 . GA G 1502.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=223.2396;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.50;MQ0=0;QD=20.04;RPA=10,9;RU=A;SB=-5.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,66:75:99:1545,197,0 chrII 166025 . CT C 1154.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=256.0827;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.32;MQ0=0;QD=22.21;RPA=8,7;RU=T;SB=-5.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,48:52:99:1197,144,0 chrII 167264 . AT A 1399.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=146.3635;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.03;MQ0=0;QD=25.00;RPA=4,3;RU=T;SB=-5.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,52:56:99:1442,150,0 chrII 167275 . CA C 1042.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=184.8302;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.28;MQ0=0;QD=17.98;RPA=11,10;RU=A;SB=-2.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,43:58:99:1085,149,0 chrII 167385 . C CT 2225.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=293.0911;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.81;MQ0=0;QD=25.88;RPA=3,4;RU=T;SB=-9.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,77:86:99:2268,228,0 chrII 167978 . C CAAAA 702.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.037;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=50.4388;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=1.289;QD=13.77;RPA=16,20;RU=A;ReadPosRankSum=-0.540;SB=-1.001e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,23:51:18:744,18,0 chrII 169899 . C CAGAGGATACTA 4706 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=114.5528;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.61;MQ0=0;QD=109.44;SB=-1.342e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,27:43:99:4706,114,0 chrII 169960 . CTGCAAAATTATTCTGGATT C 2766.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=68.1331;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.09;MQ0=0;QD=86.47;RPA=2,1;RU=TGCAAAATTATTCTGGATT;SB=-7.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,14:32:42:2809,42,0 chrII 171274 . C CT 582.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.486;DP=38;FS=4.472;HaplotypeScore=19.6206;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.114;QD=15.34;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.990;SB=-1.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,29:38:61:625,61,0 chrII 172371 . CT C 1217.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=410.3022;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.30;MQ0=0;QD=17.65;RPA=9,8;RU=T;SB=-4.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,55:68:99:1260,161,0 chrII 184282 . CA C 2417.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=311.3538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.14;MQ0=0;QD=30.61;RPA=2,1;RU=A;SB=-9.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,78:79:99:2460,223,0 chrII 191124 . CATT C 2808.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.760;DP=73;FS=8.286;HaplotypeScore=836.2794;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.91;MQ0=0;MQRankSum=2.217;QD=38.48;ReadPosRankSum=3.265;SB=-9.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,62:73:99:2851,129,0 chrII 191128 . GTTT G 2811.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.786;DP=69;FS=5.365;HaplotypeScore=757.0366;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.51;MQ0=0;MQRankSum=0.542;QD=40.75;ReadPosRankSum=3.083;SB=-9.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,63:69:99:2854,121,0 chrII 191688 . GA G 1385.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=83.6805;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.48;MQ0=0;QD=21.32;RPA=7,6;RU=A;SB=-6.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,62:65:99:1428,171,0 chrII 191762 . TG T 1747.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=324.5412;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.37;MQ0=0;QD=30.14;SB=-8.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,51:58:99:1790,165,0 chrII 191777 . G GT 1872.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=299.2765;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.35;MQ0=0;QD=30.70;RPA=1,2;RU=T;SB=-7.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,48:61:99:1915,165,0 chrII 192232 . CTTT C 2185.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=110.6011;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.05;MQ0=0;QD=29.15;RPA=13,10;RU=T;SB=-7.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,61:75:99:2228,175,0 chrII 193546 . C CAAT 11405 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=245;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=683.5008;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.18;MQ0=0;QD=46.55;RPA=1,2;RU=AAT;SB=-4.641e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,236:245:99:11405,671,0 chrII 196362 . GA G 1174.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.976;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=83.7699;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.94;MQ0=0;MQRankSum=1.039;QD=17.28;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.724;SB=-4.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,58:68:99:1217,140,0 chrII 197596 . AT A 758.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=204.4672;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.84;MQ0=0;QD=17.65;RPA=6,5;RU=T;SB=-5.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,39:43:93:801,93,0 chrII 197613 . AAAAATC A 1064.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=148.3131;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.72;MQ0=0;QD=31.32;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,14:34:60:1107,60,0 chrII 197699 . C CTTAA 889.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=165.8126;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.89;MQ0=0;QD=40.45;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,9:22:54:932,54,0 chrII 197708 . TGGA T 462.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=189.2986;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=27.23;SB=-9.997e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,9:17:33:505,33,0 chrII 198429 . TA T 1180.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=190.5772;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.41;MQ0=0;QD=17.37;RPA=9,8;RU=A;SB=-5.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,59:68:99:1223,158,0 chrII 198720 . CT C 1911.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=334.6949;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.63;MQ0=0;QD=26.93;RPA=4,3;RU=T;SB=-7.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,69:71:99:1954,201,0 chrII 205754 . GGAAGAAGAAGAGGAA G 4366 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=26.8153;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.06;MQ0=0;QD=58.21;RPA=2,1;RU=GAAGAAGAAGAGGAA;SB=-1.443e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,53:75:99:4366,150,0 chrII 205965 . AG A 1713.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=66.1041;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=1.678;QD=23.48;RPA=7,6;RU=G;ReadPosRankSum=1.624;SB=-7.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,64:73:99:1756,188,0 chrII 207021 . GTT G,GT 649.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.472;DP=67;FS=4.334;HaplotypeScore=33.3322;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.067;QD=9.70;RPA=14,12,13;RU=T;ReadPosRankSum=1.721;SB=-3.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:24,10,0:67:85:728,477,681,111,0,85 chrII 211254 . TAAC T 5240 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=74.0796;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.80;MQ0=0;QD=48.97;SB=-2.335e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,104:107:99:5240,298,0 chrII 212391 . C CT 1450.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=55.3416;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.98;RPA=1,2;RU=T;SB=-4.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,41:44:99:1493,126,0 chrII 212519 . T TA 1198.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.401;DP=91;FS=5.082;HaplotypeScore=138.0029;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.526;QD=13.18;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.901;SB=-4.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,64:91:77:1241,77,0 chrII 220702 . A AC 2657.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=33.2044;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.85;MQ0=0;QD=30.55;RPA=3,4;RU=C;SB=-9.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,84:87:99:2700,253,0 chrII 220817 . CT C 904.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=22.6964;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.58;MQ0=0;QD=15.88;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,41:57:99:947,120,0 chrII 227159 . A AT 933.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=72.1297;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.02;MQ0=0;QD=22.24;RPA=6,7;RU=T;SB=-4.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,39:42:99:976,111,0 chrII 236068 . GC G 2543.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=27.2963;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.70;MQ0=0;QD=27.96;RPA=5,4;RU=C;SB=-9.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,87:91:99:2586,258,0 chrII 236938 . AT A 827.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=13.0941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.20;MQ0=0;QD=20.70;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,37:40:99:870,102,0 chrII 237032 . G GTA 692.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=16.9602;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;QD=16.12;RPA=5,6;RU=TA;SB=-2.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,18:43:57:735,57,0 chrII 237816 . T TA 2752.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=470.6483;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.28;MQ0=0;QD=26.47;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.291e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,100:104:99:2795,288,0 chrII 238105 . GA G 1213.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=321.7451;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.86;MQ0=0;QD=21.68;RPA=7,6;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,53:56:99:1256,153,0 chrII 238382 . C CA 874.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=83.4155;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.44;MQ0=0;QD=20.83;RPA=7,8;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,35:42:99:917,105,0 chrII 238920 . AT A 4758 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=175;FS=0.000;HaplotypeScore=314.1661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.90;MQ0=0;QD=27.19;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.636e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,155:175:99:4758,451,0 chrII 245763 . G GAAA 2898.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=346.1507;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.60;MQ0=0;QD=32.57;RPA=9,12;RU=A;SB=-1.353e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,61:89:99:2941,214,0 chrII 246942 . CT C 3748 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=60.7452;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.88;MQ0=0;QD=30.98;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.484e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,119:121:99:3748,334,0 chrII 248501 . T TA 2719.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=37.6859;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.68;MQ0=0;QD=26.67;RPA=3,4;RU=A;SB=-9.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,98:102:99:2762,282,0 chrII 251196 . C CAATG 3856 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=80.6121;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.52;MQ0=0;QD=58.42;RPA=1,2;RU=AATG;SB=-9.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,61:66:99:3856,190,0 chrII 251593 . CTT C 796.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=240.9602;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.42;MQ0=0;QD=11.07;RPA=16,14;RU=T;SB=-2.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,28:72:90:839,90,0 chrII 256875 . T TAA 1263.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=48.2669;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.56;MQ0=0;QD=22.98;RPA=9,11;RU=A;SB=-4.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,40:55:99:1306,123,0 chrII 258993 . CATATAT C 6928 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=735.1916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.91;MQ0=0;QD=54.13;RPA=8,5;RU=AT;SB=-2.325e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,103:128:99:6928,295,0 chrII 259085 . TTTTTCTGATC T 9376 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=54.1389;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.59;MQ0=4;QD=86.02;SB=-3.996e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,73:104:99:9376,247,0 chrII 263158 . CG C 523.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=102.6739;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.75;RPA=2,1;RU=G;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,15:16:48:566,48,0 chrII 263168 . CG C 1116.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=104.5079;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.11;MQ0=0;QD=31.91;SB=-7.400e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:93:1159,93,0 chrII 269660 . AT A 1782.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.355;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=253.7505;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.023;QD=15.78;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.897;SB=-7.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,97:113:99:1825,223,0 chrII 270387 . CCAG C 1437.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=30.7942;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.59;MQ0=0;QD=35.95;RPA=5,4;RU=CAG;SB=-7.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,32:40:99:1480,99,0 chrII 270857 . CT C 675.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.176;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=24.7072;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.227;QD=13.00;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.426;SB=-2.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,34:52:58:718,58,0 chrII 272537 . TTCATCA T 4163 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=34.6339;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.63;MQ0=0;QD=41.22;RPA=8,6;RU=TCA;SB=-1.957e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,73:100:99:4163,183,0 chrII 274140 . CTTT C 2136.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=364.6077;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.57;MQ0=0;QD=44.52;RPA=4,1;RU=T;SB=-5.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,42:48:99:2179,126,0 chrII 274310 . TAAA T 735.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=280.1373;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.45;MQ0=0;QD=27.26;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,12:27:71:778,71,0 chrII 274314 . TATATA T 730.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.887;DP=26;FS=10.843;HaplotypeScore=271.1437;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.80;MQ0=0;MQRankSum=0.962;QD=28.11;ReadPosRankSum=2.887;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,12:26:25:773,25,0 chrII 280999 . CT C 1483.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.164;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=97.6120;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=0.122;QD=15.96;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.956;SB=-4.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,69:93:99:1526,166,0 chrII 288704 . A AT 1771.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=432.9712;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.18;MQ0=0;QD=23.01;RPA=7,8;RU=T;SB=-8.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,72:77:99:1814,213,0 chrII 290352 . C CA 1112.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.197;DP=88;FS=15.945;HaplotypeScore=68.0590;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.384;QD=12.65;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.159;SB=-2.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,44:88:43:1155,43,0 chrII 290439 . T TA 1880.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.425;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=52.0489;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.074;QD=19.19;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.338;SB=-7.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,79:98:99:1923,213,0 chrII 292401 . GA G 1960.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=25.6530;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.89;MQ0=0;QD=24.21;RPA=5,4;RU=A;SB=-6.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,71:80:99:2003,222,0 chrII 292524 . T TC 4771 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=167.4042;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.33;MQ0=0;QD=35.08;SB=-2.085e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,113:136:99:4771,385,0 chrII 292608 . G GTT 3560 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=727.9219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.55;MQ0=0;QD=29.67;RPA=7,9;RU=T;SB=-1.736e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,103:120:99:3560,310,0 chrII 296036 . TG T 2797.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=230.1021;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.85;MQ0=0;QD=33.31;RPA=2,1;RU=G;SB=-6.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:84:99:2840,250,0 chrII 296282 . AG A 1565.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=24.9071;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=27.47;RPA=3,2;RU=G;SB=-7.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,51:57:99:1608,153,0 chrII 299551 . A AGTG 3871 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.998;DP=90;FS=9.355;HaplotypeScore=853.3905;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.05;MQ0=0;MQRankSum=-2.867;QD=43.01;ReadPosRankSum=3.119;SB=-1.801e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,63:90:99:3871,174,0 chrII 299554 . G GGAAGAGAGC 6369 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=589.2238;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.44;MQ0=0;QD=70.77;SB=-3.104e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,41:90:99:6342,218,0 chrII 300033 . GAAAAAA G,GA 1150.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=87.0024;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.59;MQ0=0;QD=20.19;RPA=26,20,21;RU=A;SB=-6.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:35,6,0:57:99:1229,227,175,202,0,122 chrII 301356 . TC T 3103.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=427.4251;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.31;MQ0=0;QD=27.71;SB=-7.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,106:108:99:3146,289,0 chrII 307442 . TA T 1134.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=119.0782;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.82;MQ0=0;QD=18.02;RPA=10,9;RU=A;SB=-5.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,54:63:99:1177,155,0 chrII 307565 . AGT A 2286.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=123.2526;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=38.76;RPA=2,1;RU=GT;SB=-9.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,57:59:99:2329,166,0 chrII 307654 . AT A 380.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.131;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=137.9619;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.57;MQ0=0;MQRankSum=1.583;QD=11.20;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.583;SB=-1.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,18:34:60:423,60,0 chrII 310328 . G GT 1640.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=65.0056;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.21;MQ0=0;QD=27.35;RPA=3,4;RU=T;SB=-6.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:60:99:1683,171,0 chrII 311411 . T TTGCAACGTGGAACTATAA 11253 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=113.5101;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.83;MQ0=0;QD=163.09;SB=-4.036e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,36:69:99:11253,196,0 chrII 311639 . G GT 2182.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=360.8369;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.03;MQ0=0;QD=22.28;RPA=6,7;RU=T;SB=-8.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,82:98:99:2225,257,0 chrII 311665 . TA T 2511.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=375.5323;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.41;MQ0=0;QD=27.91;RPA=3,2;RU=A;SB=-8.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,79:90:99:2554,238,0 chrII 316952 . A AAC,AAA 931.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.040;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=97.5519;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.87;MQ0=0;MQRankSum=0.685;QD=16.94;ReadPosRankSum=-1.491;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:15,29,9:55:99:1010,147,178,581,0,524 chrII 321859 . C CTTA 4860 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=670.4757;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.36;MQ0=0;QD=39.19;RPA=2,3;RU=TTA;SB=-1.612e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,91:124:99:4860,292,0 chrII 337246 . G GTCAGTA 3089.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=23.7037;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.04;MQ0=0;QD=49.84;RPA=2,3;RU=TCAGTA;SB=-1.469e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,50:62:99:3132,138,0 chrII 342440 . G GAA,GAAA 1366.03 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=89.8470;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=51.07;MQ0=0;QD=21.02;RPA=11,13,14;RU=A;SB=-6.898e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:12,43,6:65:53:1444,197,53,682,0,548 chrII 363108 . CA C 2833.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=522.3511;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.09;MQ0=0;QD=31.49;RPA=3,2;RU=A;SB=-9.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,86:90:99:2876,256,0 chrII 363123 . AAC A 3689 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=496.5854;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.11;MQ0=0;QD=41.92;SB=-1.203e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,83:88:99:3689,256,0 chrII 363508 . GA G 1578.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=265.0649;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.00;MQ0=1;QD=22.24;RPA=4,3;RU=A;SB=-6.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,62:68:99:1621,168,0 chrII 363517 . T TAC 2269.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=219.1575;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.52;MQ0=1;QD=35.47;SB=-8.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,50:61:99:2312,156,0 chrII 363755 . T TA 2489.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=488.6910;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.60;MQ0=0;QD=30.00;RPA=1,2;RU=A;SB=-6.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,78:83:99:2532,211,0 chrII 363840 . A AC 746.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.324;DP=89;FS=12.745;HaplotypeScore=323.7809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.91;MQ0=0;MQRankSum=-3.524;QD=8.39;ReadPosRankSum=0.403;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,26:88:99:786,0,1769 chrII 364024 . A AT 2417.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=194.2172;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.46;MQ0=0;QD=25.45;RPA=2,3;RU=T;SB=-9.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,81:95:99:2460,232,0 chrII 367921 . G GT 1627.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=117.1880;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=20.87;RPA=8,9;RU=T;SB=-4.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,63:78:99:1670,204,0 chrII 369788 . C CT 402.02 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.627;DP=76;FS=1.693;HaplotypeScore=88.2526;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.14;MQ0=0;MQRankSum=0.806;QD=5.29;RPA=14,15;RU=T;ReadPosRankSum=-1.199;SB=-1.889e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,20:76:16:441,0,16 chrII 371596 . TA T 1265.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=180.4721;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.18;MQ0=0;QD=25.32;RPA=2,1;RU=A;SB=-4.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,46:50:99:1308,123,0 chrII 372351 . TGGAAGAAGATGCAGCCTC T 4464 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=40.4675;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.31;MQ0=0;QD=37.20;RPA=2,1;RU=GGAAGAAGATGCAGCCTC;SB=-1.919e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,78:120:99:4464,218,0 chrII 373454 . G GTT 2027.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=272.4026;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.67;MQ0=0;QD=22.53;RPA=9,11;RU=T;SB=-7.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,64:90:99:2070,190,0 chrII 373847 . TG T 2579.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=53.6662;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.91;MQ0=0;QD=31.85;RPA=2,1;RU=G;SB=-4.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,79:81:99:2622,226,0 chrII 378442 . CT C 1181.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=26.9876;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.18;RPA=5,4;RU=T;SB=-5.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,47:51:99:1224,135,0 chrII 378522 . AG A 2632.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=40.5498;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;QD=36.57;SB=-8.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,71:72:99:2675,208,0 chrII 380135 . TA T 645.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=12.6590;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.91;MQ0=0;QD=16.56;RPA=10,9;RU=A;SB=-2.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,35:39:90:688,90,0 chrII 380871 . A AAAC 3712 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=483.9804;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.51;MQ0=0;QD=41.71;RPA=1,2;RU=AAC;SB=-1.720e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,76:89:99:3712,223,0 chrII 381376 . AG A 1522.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=248.0908;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.55;MQ0=0;QD=21.15;RPA=7,6;RU=G;SB=-2.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,58:72:99:1565,171,0 chrII 381543 . CGTGT C 1741.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.816;DP=61;FS=9.627;HaplotypeScore=899.8485;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.027;QD=28.56;RPA=3,1;RU=GT;ReadPosRankSum=5.195;SB=-6.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,42:61:99:1781,0,512 chrII 381550 . ACCCCTAACTCCGTG A 6151 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.699;DP=57;FS=16.095;HaplotypeScore=452.9875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.118;QD=107.91;ReadPosRankSum=5.681;SB=-2.349e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,42:57:99:6151,0,444 chrII 382747 . G GTTA 7116 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=71.8867;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.36;MQ0=0;QD=53.10;SB=-1.689e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,124:134:99:7116,385,0 chrII 382925 . T TG 1993.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=466.1004;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.94;MQ0=0;QD=28.08;RPA=2,3;RU=G;SB=-4.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,56:71:99:2036,192,0 chrII 383052 . T TA 1081.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.772;DP=76;FS=7.076;HaplotypeScore=179.1103;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.82;MQ0=0;MQRankSum=1.255;QD=14.24;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.196;SB=-5.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,45:76:62:1124,62,0 chrII 383176 . C CG 1238.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=118.7508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.67;MQ0=0;QD=26.93;RPA=2,3;RU=G;SB=-5.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,39:46:99:1281,117,0 chrII 386207 . C CAAAAA 477.94 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.999;DP=33;FS=14.548;HaplotypeScore=13.6186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.057;QD=14.48;RPA=19,24;RU=A;ReadPosRankSum=-0.057;SB=-1.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,15:33:3:516,0,3 chrII 389425 . TC T 846.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=304.8994;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=23.53;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,33:36:99:889,106,0 chrII 389429 . CG C 817.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=300.8841;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.31;MQ0=0;QD=23.37;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,33:35:99:860,102,0 chrII 401034 . A AC 1276.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=13.6350;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.09;MQ0=0;QD=27.76;RPA=3,4;RU=C;SB=-5.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,44:46:99:1319,129,0 chrII 415720 . TA T 1774.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=332.3377;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.53;MQ0=0;QD=27.73;RPA=2,1;RU=A;SB=-6.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,63:64:99:1817,185,0 chrII 419386 . CA C 846.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=10.3200;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.77;MQ0=0;QD=21.17;RPA=5,4;RU=A;SB=-3.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,36:40:96:889,96,0 chrII 423387 . G GGA 1968.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.540;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=171.8608;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.604;QD=32.28;ReadPosRankSum=0.192;SB=-8.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,36:61:99:2011,151,0 chrII 423438 . GA G 1045.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=99.9160;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.31;MQ0=0;QD=20.51;RPA=9,8;RU=A;SB=-3.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,48:51:99:1088,138,0 chrII 429267 . A AT 1188.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=54.5321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=0.901;QD=14.68;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.325;SB=-6.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,54:81:92:1231,92,0 chrII 430978 . T TTTG 3195.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=203.6785;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.85;MQ0=0;QD=34.37;RPA=3,4;RU=TTG;SB=-1.220e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,71:89:99:3238,220,0 chrII 434296 . GAAACAAAAAAAA G 9918 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=192.3623;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.05;MQ0=0;QD=122.44;SB=-2.660e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,77:81:99:9918,230,0 chrII 436904 . GA G 3303 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=265.9570;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.39;MQ0=0;QD=30.03;RPA=3,2;RU=A;SB=-8.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,103:110:99:3303,301,0 chrII 444706 . GT G 1618.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=33.9986;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=17.41;RPA=9,8;RU=T;SB=-7.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,80:93:99:1661,209,0 chrII 452274 . G GAAA 372.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.274;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=50.5296;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.085;QD=18.65;RPA=10,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.934;SB=-1.179e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,6:20:28:415,28,0 chrII 452394 . G GAAGA 1542.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=144.3237;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.58;MQ0=0;QD=48.22;RPA=1,2;RU=AAGA;SB=-5.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,28:32:81:1585,81,0 chrII 452435 . CT C 251.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.752;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=249.5495;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.54;MQ0=0;MQRankSum=1.006;QD=5.59;RPA=16,15;RU=T;ReadPosRankSum=1.901;SB=-1.143e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,25:45:10:293,10,0 chrII 453451 . A ATTT 3226.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=326.6571;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.73;MQ0=0;QD=50.41;RPA=1,4;RU=T;SB=-7.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,59:64:99:3268,187,0 chrII 453454 . TA T 1741.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=463.2704;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.63;MQ0=0;QD=27.65;RPA=3,2;RU=A;SB=-4.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,60:63:99:1784,174,0 chrII 453657 . TG T 2908.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=117.3322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=28.80;RPA=4,3;RU=G;SB=-1.326e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,98:101:99:2951,283,0 chrII 454635 . A ATT 1673.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=192.8836;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.40;MQ0=0;QD=22.02;RPA=9,11;RU=T;SB=-7.962e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,37:76:99:1715,167,0 chrII 454702 . AT A 2271.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=219.5173;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.68;MQ0=0;QD=21.04;RPA=7,6;RU=T;SB=-5.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,98:108:99:2314,276,0 chrII 455659 . G GCACAACCACATC 2472.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=10.5760;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.05;MQ0=0;QD=77.28;SB=-4.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,24:32:72:2515,72,0 chrII 456732 . A AT 760.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.179;DP=79;FS=15.282;HaplotypeScore=783.9833;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.78;MQ0=0;MQRankSum=1.964;QD=9.63;ReadPosRankSum=2.766;SB=-1.869e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,49:79:60:800,0,60 chrII 456733 . C CGCAAT 2721.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.856;DP=76;FS=2.700;HaplotypeScore=563.4170;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.85;MQ0=0;MQRankSum=1.041;QD=35.82;ReadPosRankSum=4.688;SB=-6.518e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,49:76:42:2761,0,42 chrII 474313 . CAT C 2521.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=314.6597;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.03;MQ0=0;QD=25.47;RPA=6,5;RU=AT;SB=-8.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,79:99:99:2564,225,0 chrII 477089 . GTATATATATA G 5556 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=31.4336;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.35;MQ0=0;QD=53.42;RPA=10,5;RU=TA;SB=-2.601e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,59:104:99:5556,165,0 chrII 479153 . AG A 2109.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=133.3966;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.28;MQ0=0;QD=22.21;RPA=7,6;RU=G;SB=-4.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,87:95:99:2152,234,0 chrII 479272 . CAAA CA,C 1005.98 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=306.9115;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=48.73;MQ0=0;QD=18.29;RPA=14,12,11;RU=A;SB=-3.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:17,0,8:55:56:1084,166,56,480,0,378 chrII 490686 . A AGGGGCCTTCCGTCCACGGCAC 6344 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=51.7728;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.27;MQ0=0;QD=162.67;SB=-1.465e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,15:39:93:6344,93,0 chrII 491216 . CA C 1339.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=97.1492;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=19.14;RPA=10,9;RU=A;SB=-3.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,61:70:99:1382,182,0 chrII 492950 . GAA G 457.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.534;DP=103;FS=3.745;HaplotypeScore=121.2021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.205;QD=4.45;RPA=19,17;RU=A;ReadPosRankSum=2.162;SB=-1.749e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,14:103:99:497,0,599 chrII 501524 . C CAA 4263 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=1029.7800;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.35;MQ0=0;QD=35.53;RPA=1,3;RU=A;SB=-1.905e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,104:120:99:4263,340,0 chrII 504500 . A AG 1364.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=16.3587;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.05;MQ0=0;QD=33.29;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:41:99:1407,114,0 chrII 505510 . TCC T 3148.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=47.7212;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.83;MQ0=0;QD=37.94;RPA=3,1;RU=C;SB=-8.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,82:83:99:3191,232,0 chrII 535220 . TAA T 2240.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=407.2374;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.84;MQ0=0;QD=35.01;RPA=4,2;RU=A;SB=-9.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,59:64:99:2283,160,0 chrII 539767 . T TA 2515.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=155.8575;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.03;MQ0=0;QD=21.88;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.110e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,108:115:99:2558,285,0 chrII 541062 . A ATCT 4857 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=264.9609;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.26;MQ0=0;QD=47.62;RPA=1,2;RU=TCT;SB=-2.264e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,100:102:99:4857,286,0 chrII 541604 . CATTTTTATT C 5556 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=896.8847;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.90;MQ0=0;QD=38.05;SB=-1.339e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,131:146:99:5556,350,0 chrII 549705 . A AAGTG 5603 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=89.8282;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.57;MQ0=0;QD=53.88;RPA=1,2;RU=AGTG;SB=-2.604e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,92:104:99:5603,280,0 chrII 555345 . C CT 1717.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=267.8849;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.18;MQ0=0;QD=31.81;RPA=1,2;RU=T;SB=-8.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,52:54:99:1760,147,0 chrII 555353 . CG C 1693.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=275.3983;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.45;MQ0=0;QD=32.58;RPA=2,1;RU=G;SB=-8.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,48:52:99:1736,147,0 chrII 555666 . T TC 1336.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=115.4362;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.20;MQ0=0;QD=28.45;RPA=1,2;RU=C;SB=-6.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,42:47:99:1379,123,0 chrII 558567 . T TC 2583.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=323.5810;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.12;MQ0=0;QD=34.92;SB=-1.069e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,69:74:99:2626,205,0 chrII 559930 . C CA 567.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.518;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=124.8099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.584;QD=14.18;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.428;SB=-2.592e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,26:40:49:609,49,0 chrII 571328 . CAAA CA,C 548.01 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.847;DP=94;FS=5.011;HaplotypeScore=67.5345;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.97;MQ0=0;MQRankSum=0.386;QD=5.83;RPA=18,16,15;RU=A;ReadPosRankSum=1.482;SB=-2.288e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:56,0,8:94:57:626,57,64,226,0,576 chrII 572201 . CA C 1967.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=19.2179;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.91;MQ0=0;QD=27.72;RPA=3,2;RU=A;SB=-8.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:71:99:2010,186,0 chrII 576030 . TAAA TA,T 1193.98 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.347;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=49.8289;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.02;MQ0=0;MQRankSum=0.038;QD=18.37;RPA=16,14,13;RU=A;ReadPosRankSum=-1.193;SB=-2.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:16,0,8:65:56:1272,186,56,719,0,649 chrII 576332 . T TTAAA 3016.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=99.8697;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.99;MQ0=0;QD=56.92;SB=-1.480e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,47:53:99:3059,150,0 chrII 579031 . TA T 1936.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=217.1109;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=22.79;RPA=5,4;RU=A;SB=-8.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,82:85:99:1979,231,0 chrII 580112 . T TTTCCTTTTG 5350 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=29.3012;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.85;MQ0=0;QD=61.49;RPA=3,4;RU=TTCCTTTTG;SB=-2.086e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,63:87:99:5350,186,0 chrII 589544 . AT A 800.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=20.5634;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.39;MQ0=0;QD=16.69;RPA=11,10;RU=T;SB=-3.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,42:48:99:843,113,0 chrII 592749 . AT A 1975.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=157.4078;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.77;MQ0=0;QD=29.94;RPA=3,2;RU=T;SB=-7.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:64:99:2018,183,0 chrII 598985 . AAT A 1775.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=100.1209;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.78;MQ0=0;QD=22.48;RPA=4,3;RU=AT;SB=-6.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,61:79:99:1818,147,0 chrII 602108 . G GT 2381.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=385.0783;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.03;MQ0=0;QD=21.27;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.177e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,102:112:99:2424,288,0 chrII 605943 . 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GA G 1211.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.179;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=140.8988;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=1.075;QD=19.24;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.613;SB=-4.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,57:63:99:1254,147,0 chrII 618809 . T TA 1754.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=130.1350;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.44;MQ0=0;QD=31.91;RPA=1,2;RU=A;SB=-7.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,53:55:99:1797,150,0 chrII 628361 . C CT 1255.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=60;FS=3.441;HaplotypeScore=117.9496;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=1.209;QD=20.93;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-1.079;SB=-5.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,53:60:99:1298,135,0 chrII 628558 . GTT G 386.94 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.829;DP=27;FS=21.335;HaplotypeScore=13.0202;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.58;MQ0=0;MQRankSum=0.355;QD=14.33;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=2.014;SB=-3.982e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,15:27:3:425,0,3 chrII 628663 . GC G 627.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=56.3920;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.82;MQ0=0;QD=29.90;RPA=4,3;RU=C;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63:670,63,0 chrII 628886 . C CA 388.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=36.6437;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.12;MQ0=0;QD=20.47;RPA=5,6;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,18:19:51:431,51,0 chrII 630090 . CT C 1256.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=250.7615;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.86;MQ0=0;QD=25.14;SB=-5.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,17:50:99:1299,138,0 chrII 630094 . A AG 1421.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=221.4034;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.54;MQ0=0;QD=29.62;SB=-7.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,17:48:99:1464,138,0 chrII 642993 . CAAA C 1850.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=52;FS=3.745;HaplotypeScore=281.5330;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.038;QD=35.60;RPA=11,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.423;SB=-7.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,42:52:99:1893,126,0 chrII 643272 . T TC 2291.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=23.3303;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.49;MQ0=0;QD=30.97;RPA=2,3;RU=C;SB=-9.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,72:74:99:2334,214,0 chrII 644106 . TAGCGTTTTGCTACTAACAA T 9115 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=128.6506;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.89;MQ0=0;QD=123.18;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,65:74:99:9115,190,0 chrII 645989 . AG A 1906.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=24.4481;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.45;MQ0=0;QD=29.80;RPA=2,1;RU=G;SB=-3.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,62:64:99:1949,183,0 chrII 646091 . CATATATACATATATACATACATATATATATAT C 828.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=20.5562;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.22;MQ0=0;QD=17.64;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,34:47:74:871,74,0 chrII 647590 . AT A 1738.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.220;DP=112;FS=3.233;HaplotypeScore=56.2468;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.10;MQ0=0;MQRankSum=0.807;QD=15.53;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.484;SB=-4.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,91:112:99:1781,206,0 chrII 649337 . TCAGCAG T 3685 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=35.5406;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.96;MQ0=0;QD=47.86;RPA=9,7;RU=CAG;SB=-1.631e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,60:77:99:3685,165,0 chrII 650257 . CACACAT C 5098 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.215;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=36.9727;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.70;MQ0=0;MQRankSum=0.458;QD=49.02;ReadPosRankSum=1.294;SB=-1.152e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,101:104:99:5098,253,0 chrII 653039 . C CAAA 3111.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=158.1195;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.15;MQ0=0;QD=31.75;RPA=11,14;RU=A;SB=-7.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,68:98:99:3154,256,0 chrII 653233 . AT A 3495 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.351;DP=141;FS=5.230;HaplotypeScore=458.6748;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.834;QD=24.79;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=2.985;SB=-1.341e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,136:140:99:3495,368,0 chrII 655555 . G GAA 3876 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=180.1290;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.30;MQ0=0;QD=35.56;RPA=3,5;RU=A;SB=-1.624e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,96:109:99:3876,301,0 chrII 658555 . GA G 3457 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=42.1217;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.85;MQ0=0;QD=30.87;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.652e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,109:112:99:3457,319,0 chrII 662564 . T TA 1700.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.638;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=50.6156;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.319;QD=20.01;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.182;SB=-7.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,75:85:99:1743,205,0 chrII 673346 . A AT 792.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.228;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=249.7640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.526;QD=15.25;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-2.378;SB=-1.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,43:52:52:835,52,0 chrII 679522 . G GA 2423.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=214.6756;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;QD=24.73;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.025e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,91:98:99:2466,249,0 chrII 680339 . TAA T 832.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=96.5719;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.70;MQ0=0;QD=17.35;RPA=13,11;RU=A;SB=-3.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,32:48:87:875,87,0 chrII 681870 . T TA 1281.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.558;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=31.8205;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.382;QD=18.85;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.675;SB=-3.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,48:68:99:1324,154,0 chrII 681991 . C CAA,CAAA 805.67 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.363;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=57.5686;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.69;MQ0=0;MQRankSum=1.007;QD=15.80;RPA=13,15,16;RU=A;ReadPosRankSum=0.685;SB=-3.747e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:24,15,5:50:47:881,125,47,329,0,301 chrII 682041 . GT G 706.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=50.4140;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.44;MQ0=0;QD=18.13;RPA=8,7;RU=T;SB=-2.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,33:39:93:749,93,0 chrII 684840 . A AT 515.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.689;DP=77;FS=1.636;HaplotypeScore=241.0166;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=1.586;QD=6.70;RPA=14,15;RU=T;ReadPosRankSum=-2.899;SB=-1.659e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,33:77:31:555,0,31 chrII 685360 . GA G 2432.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=78.3497;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=23.85;RPA=7,6;RU=A;SB=-7.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,101:102:99:2475,297,0 chrII 694611 . T TA 457.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.559;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=31.7835;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=1.162;QD=10.65;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.043;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,29:43:57:500,57,0 chrII 694777 . T TA 275.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=17.6893;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.34;MQ0=0;QD=17.25;RPA=9,10;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,15:16:39:318,39,0 chrII 698052 . CA C 924.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=63.4581;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;QD=18.50;RPA=7,6;RU=A;SB=-3.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,42:50:99:967,116,0 chrII 698075 . GA G 173.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.230;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=166.2314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.499;QD=3.22;RPA=17,16;RU=A;ReadPosRankSum=-0.115;SB=-3.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,11:53:99:213,0,148 chrII 698343 . GA G 1702.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=27.0795;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;QD=19.13;RPA=9,8;RU=A;SB=-3.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,74:89:99:1745,218,0 chrII 700169 . AT A 40.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.249;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=100.4480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.53;MQ0=0;MQRankSum=0.675;QD=1.32;RPA=15,14;RU=T;ReadPosRankSum=-1.599;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,7:31:80:80,0,203 chrII 702006 . CATATATATATATATATATATATATAT C 3673 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=306.0526;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.85;MQ0=0;QD=55.65;RPA=18,5;RU=AT;SB=-1.120e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,43:66:99:3673,111,0 chrII 704438 . T TA 793.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.207;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=81.4957;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=2.200;QD=10.88;RPA=14,15;RU=A;ReadPosRankSum=0.012;SB=-2.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,32:73:30:836,30,0 chrII 720641 . C CT 1515.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.097;DP=127;FS=3.852;HaplotypeScore=79.8770;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=0.149;QD=11.94;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-2.189;SB=-7.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,85:127:99:1558,112,0 chrII 723663 . CAA C,CA 978.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.222;DP=124;FS=9.858;HaplotypeScore=93.7977;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=1.345;QD=7.89;RPA=15,13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.668;SB=-3.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:43,19,0:124:99:1057,657,1167,144,0,136 chrII 734746 . G GA 3926 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.882;DP=195;FS=3.952;HaplotypeScore=72.7677;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.49;MQ0=0;MQRankSum=1.580;QD=20.13;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.144;SB=-1.530e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,171:195:99:3926,457,0 chrII 744718 . GT G 600.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=11.7255;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.97;MQ0=0;QD=17.68;RPA=11,10;RU=T;SB=-6.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,33:34:87:643,87,0 chrII 746362 . CATCTGCA C 3635 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=16.1045;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.32;MQ0=0;QD=66.09;RPA=2,1;RU=ATCTGCA;SB=-1.570e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,42:55:99:3635,126,0 chrII 747841 . 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CG C 2213.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=220.6025;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.10;MQ0=0;QD=28.38;RPA=3,2;RU=G;SB=-9.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,68:78:99:2256,205,0 chrII 768073 . A AT 2134.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=152.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.92;MQ0=0;QD=25.12;RPA=4,5;RU=T;SB=-7.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,74:85:99:2177,231,0 chrII 768183 . TA T 2207.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=731.4159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.35;MQ0=0;QD=20.07;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.010e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,91:110:99:2250,270,0 chrII 773703 . C CA 1655.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.962;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=47.9443;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=1;MQRankSum=-0.805;QD=15.48;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.400;SB=-2.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,79:106:99:1698,125,0 chrII 773801 . A AT 735.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=105.8540;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.80;MQ0=0;QD=11.50;RPA=11,12;RU=T;SB=-3.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,30:64:99:778,102,0 chrII 774669 . CAA C 366.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.563;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=46.3751;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=0.955;QD=7.65;RPA=16,14;RU=A;ReadPosRankSum=2.261;SB=-9.556e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,10:48:3:406,3,0 chrII 777906 . ATTT AT,A 2886.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.749;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=491.6384;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=51.00;MQ0=0;MQRankSum=0.628;QD=22.73;RPA=15,13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.092;SB=-1.146e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:19,0,19:127:98:2965,392,98,1832,0,1639 chrII 779864 . A ACAACAACAGTCC 6294 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=154.1407;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.46;MQ0=0;QD=96.83;SB=-1.725e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,41:65:99:6294,172,0 chrII 780407 . ACAG A 1498.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.659;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=716.8088;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.69;MQ0=0;MQRankSum=0.480;QD=20.26;RPA=3,2;RU=CAG;ReadPosRankSum=3.979;SB=-4.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:50,24:74:77:1541,77,0 chrII 780425 . ACAG A 2258.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=693.8602;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.55;MQ0=0;QD=27.89;SB=-8.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,34:79:99:2301,207,0 chrII 782384 . GA G 3733 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=343.4874;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.42;MQ0=0;QD=23.33;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.191e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,151:160:99:3733,393,0 chrII 784713 . C CT 720.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.371;DP=89;FS=3.340;HaplotypeScore=70.9621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.078;QD=8.10;RPA=14,15;RU=T;ReadPosRankSum=0.495;SB=-3.395e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:54,27:89:41:763,41,0 chrII 784824 . G GA 696.08 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.075;DP=83;FS=1.610;HaplotypeScore=376.4718;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.852;QD=8.39;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=1.210;SB=-3.483e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,42:83:13:735,0,13 chrII 785532 . G GA 1354.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=138.7438;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;QD=23.77;RPA=4,5;RU=A;SB=-6.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,51:57:99:1397,150,0 chrII 785659 . G GA 1447.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=130.9408;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.10;MQ0=0;QD=25.86;RPA=2,3;RU=A;SB=-6.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,50:56:99:1490,141,0 chrII 786658 . A AT 4165 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=291.8088;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.84;MQ0=0;QD=29.54;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.721e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,130:141:99:4165,394,0 chrII 788591 . G GT 1668.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=33.3374;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.43;MQ0=0;QD=20.35;RPA=7,8;RU=T;SB=-6.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,72:82:99:1711,204,0 chrII 794523 . GT G 1856.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=33.2151;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.34;MQ0=0;QD=29.48;RPA=2,1;RU=T;SB=-8.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:63:99:1899,162,0 chrII 796572 . A ACT 2485.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=959.2852;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=36.03;RPA=2,3;RU=CT;SB=-7.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,62:69:99:2528,190,0 chrII 796607 . TATG T 4046 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=1175.6988;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=42.59;RPA=2,1;RU=ATG;SB=-1.874e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,84:95:99:4046,250,0 chrII 799093 . CT C 1412.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=193.3711;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.70;MQ0=0;QD=21.41;RPA=6,5;RU=T;SB=-6.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,54:66:99:1455,168,0 chrII 799164 . TA T 1775.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=245.0044;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.88;MQ0=0;QD=28.64;RPA=2,1;RU=A;SB=-6.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,57:62:99:1818,162,0 chrII 802300 . TAA T 1437.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=198.6426;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.28;MQ0=0;QD=23.19;RPA=10,8;RU=A;SB=-4.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,51:61:99:1480,138,0 chrII 807369 . GA G 1000.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.173;DP=151;FS=26.076;HaplotypeScore=57.2075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.41;MQ0=4;MQRankSum=-5.239;QD=6.63;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=-0.126;SB=-2.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:100,46:147:99:1040,0,2877 chrII 808334 . C CA 1147.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=57.5823;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.12;MQ0=3;QD=17.94;RPA=8,9;RU=A;SB=-1.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,55:61:99:1190,150,0 chrII 809423 . C CTGAT 3356 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.442;DP=147;FS=7.420;HaplotypeScore=157.5804;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.77;MQ0=3;MQRankSum=-1.969;QD=22.83;RPA=1,2;RU=TGAT;ReadPosRankSum=1.930;SB=-4.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,61:143:99:3356,0,3441 chrII 809466 . CG C 1520.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.510;DP=161;FS=8.322;HaplotypeScore=551.5690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.24;MQ0=5;MQRankSum=-1.946;QD=9.45;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=-0.085;SB=-7.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:104,53:154:99:1560,0,919 chrII 809468 . G GAAA 1713.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.413;DP=177;FS=5.956;HaplotypeScore=557.2416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.62;MQ0=6;MQRankSum=0.095;QD=9.68;RPA=14,17;RU=A;ReadPosRankSum=-3.394;SB=-7.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:129,24:169:99:1753,0,1042 chrII 809792 . TTA T 43.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.046;DP=77;FS=24.154;HaplotypeScore=42.2519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.63;MQ0=12;MQRankSum=-0.263;QD=0.57;ReadPosRankSum=-2.366;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,18:58:83:83,0,357 chrIII 258 . CACA C 392.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.245;DP=66;FS=11.162;HaplotypeScore=313.5254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.49;MQ0=7;MQRankSum=0.238;QD=5.95;ReadPosRankSum=3.236;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,15:44:99:432,0,1213 chrIII 276 . ACC A 163.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.586;DP=65;FS=5.593;HaplotypeScore=308.1096;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.20;MQ0=8;MQRankSum=-1.288;QD=2.52;RPA=3,1;RU=C;ReadPosRankSum=1.600;SB=-4.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,7:41:99:203,0,400 chrIII 321 . CACA C 722.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.213;DP=97;FS=45.403;HaplotypeScore=577.3316;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.63;MQ0=3;MQRankSum=0.583;QD=7.45;ReadPosRankSum=3.814;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,27:56:99:762,0,987 chrIII 349 . CA C 408.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.981;DP=103;FS=3.469;HaplotypeScore=980.6570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.69;MQ0=3;MQRankSum=1.887;QD=3.97;ReadPosRankSum=0.713;SB=-2.500e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,25:65:99:448,0,634 chrIII 359 . CACCCTAACACT CAACCCTAACACT,C 2737.94 SnpCluster AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.350;DP=88;FS=8.944;HaplotypeScore=720.1459;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=25.12;MQ0=2;MQRankSum=1.912;QD=31.11;ReadPosRankSum=0.242;SB=-1.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:66,0,6:59:99:2816,2569,3110,208,0,244 chrIII 361 . CCCTAACACTAC C 2565.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.027;DP=88;FS=12.900;HaplotypeScore=756.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.03;MQ0=2;MQRankSum=0.565;QD=29.16;RPA=2,1;RU=CCTAACACTAC;ReadPosRankSum=-0.359;SB=0.168;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,0:58:71:2605,0,71 chrIII 363 . CTAACACTACCC C 2562.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.834;DP=82;FS=24.579;HaplotypeScore=756.5913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.69;MQ0=2;MQRankSum=1.502;QD=31.26;RPA=2,1;RU=TAACACTACCC;ReadPosRankSum=1.120;SB=0.168;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,0:57:99:2602,0,160 chrIII 369 . CTACCCTAACAC C 2562.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.999;DP=81;FS=27.903;HaplotypeScore=742.7618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.50;MQ0=2;MQRankSum=-0.053;QD=31.64;ReadPosRankSum=0.964;SB=0.168 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,0:55:99:2602,0,160 chrIII 6262 . C CT 229.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=45.9976;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.46;MQ0=0;QD=16.43;RPA=3,4;RU=T;SB=-2.998e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:9:27:272,27,0 chrIII 8575 . CAAA C 652.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=477.5524;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.69;MQ0=10;QD=7.34;RPA=20,17;RU=A;SB=-3.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:48,32:68:54:695,54,0 chrIII 9181 . A AT 402.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.068;DP=92;FS=5.835;HaplotypeScore=90.7672;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.314;QD=4.38;RPA=15,16;RU=T;ReadPosRankSum=-1.893;SB=-8.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,24:88:99:442,0,290 chrIII 18612 . C CT 907.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.724;DP=71;FS=6.256;HaplotypeScore=46.8878;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=-2.044;QD=12.79;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.511;SB=-4.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,43:71:80:950,80,0 chrIII 22384 . C CTA 1327.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=18.9304;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.18;MQ0=0;QD=24.14;RPA=6,7;RU=TA;SB=-5.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,40:55:99:1370,114,0 chrIII 23991 . A AT 646.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.306;DP=59;FS=4.393;HaplotypeScore=58.0968;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.74;MQ0=0;MQRankSum=0.306;QD=10.97;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.917;SB=-2.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,39:59:77:689,77,0 chrIII 27658 . TAAAAAA T,TA 694.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.049;DP=72;FS=5.836;HaplotypeScore=188.5831;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.70;MQ0=0;MQRankSum=1.463;QD=9.65;RPA=23,17,18;RU=A;ReadPosRankSum=1.965;SB=-1.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:48,11,0:71:99:773,120,207,180,0,143 chrIII 30780 . T TG 756.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.805;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=274.5661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.098;QD=8.60;ReadPosRankSum=3.076;SB=-3.419e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,49:88:43:799,43,0 chrIII 38957 . G GA 1624.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.419;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=43.3848;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.26;MQ0=0;MQRankSum=1.474;QD=14.25;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.419;SB=-4.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,84:114:99:1667,156,0 chrIII 50542 . ATC A 342.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=166.5855;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.97;MQ0=0;QD=16.33;SB=-3.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,11:21:47:385,47,0 chrIII 50546 . A AC 212.75 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.185;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=206.3565;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.355;QD=8.86;ReadPosRankSum=1.422;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,9:24:10:254,10,0 chrIII 50587 . G GA 444.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.776;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=242.8931;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.74;MQ0=0;MQRankSum=1.228;QD=10.85;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.453;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,22:41:37:487,37,0 chrIII 52350 . A ATT 810.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=17.3527;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.64;MQ0=0;QD=27.03;RPA=7,9;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,24:30:75:853,75,0 chrIII 57238 . AC A 404.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.605;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=68.2071;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=1.220;QD=14.46;ReadPosRankSum=1.605;SB=-2.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,19:28:58:447,58,0 chrIII 68340 . G GA 1606.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=44.9020;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.82;MQ0=0;QD=20.34;RPA=8,9;RU=A;SB=-8.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,74:79:99:1649,201,0 chrIII 71427 . A AT 600.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=19.2891;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=12.79;RPA=9,10;RU=T;SB=-7.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,31:47:83:643,83,0 chrIII 71752 . CT C 1445.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=17.8289;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=22.59;RPA=6,5;RU=T;SB=-6.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,62:64:99:1488,177,0 chrIII 76009 . CT C 1677.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.342;DP=113;FS=7.270;HaplotypeScore=39.1003;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=0.909;QD=14.85;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.953;SB=-2.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,80:113:99:1720,214,0 chrIII 78480 . CTT C 1034.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=36.9155;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.00;MQ0=0;QD=24.07;RPA=10,8;RU=T;SB=-4.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,31:43:99:1077,102,0 chrIII 78524 . C CAAA 1823.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=88.9338;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.47;MQ0=0;QD=31.45;RPA=9,12;RU=A;SB=-7.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,42:58:99:1866,138,0 chrIII 78799 . A ATT 1047.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=55.3954;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;QD=15.41;RPA=10,12;RU=T;SB=-2.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,35:68:99:1090,113,0 chrIII 82699 . C CTATTCA 1411.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=514.4955;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.46;MQ0=0;QD=70.60;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:20:60:1454,60,0 chrIII 84122 . T TAC 502.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=575.7355;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.36;MQ0=4;QD=29.59;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,13:13:39:545,39,0 chrIII 84172 . TC T 1207.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.603;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=1942.6627;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.95;MQ0=4;MQRankSum=1.506;QD=21.57;ReadPosRankSum=1.281;SB=-3.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,44:52:99:1250,131,0 chrIII 84175 . A AG 1233.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.452;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=1642.5776;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.10;MQ0=3;MQRankSum=-0.678;QD=25.18;ReadPosRankSum=1.130;SB=-3.400e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,45:46:99:1276,133,0 chrIII 84218 . AT A 1336.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=1256.3268;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.69;MQ0=0;QD=31.83;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,39:41:99:1379,111,0 chrIII 84398 . TC T 167.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=289.4832;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.62;MQ0=8;QD=9.33;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,10:10:26:210,26,0 chrIII 84401 . A AG 196.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=314.7660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.62;MQ0=8;QD=10.94;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,10:10:28:239,28,0 chrIII 84444 . AT A 1534.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=754.5310;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.02;MQ0=3;QD=34.11;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,42:42:99:1577,126,0 chrIII 84527 . A AT 762.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=713.7484;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.54;MQ0=2;QD=28.26;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,25:25:75:805,75,0 chrIII 84530 . TC T 682.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=721.7613;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.54;MQ0=2;QD=25.29;RPA=2,1;RU=C;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,25:25:75:725,75,0 chrIII 84553 . A AG 628.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=801.8834;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.19;MQ0=2;QD=28.59;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,13:20:54:671,54,0 chrIII 91287 . A AATATAT 498.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.393;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=38.8413;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.348;QD=13.47;RPA=8,11;RU=AT;ReadPosRankSum=-1.741;SB=-1.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,7:37:13:540,13,0 chrIII 92744 . TAA T 2011.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.713;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=177.0063;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.439;QD=22.36;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.699;SB=-4.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,70:90:99:2054,201,0 chrIII 94503 . AAT A 1922.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=272.4784;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.24;MQ0=0;QD=27.47;RPA=4,3;RU=AT;SB=-9.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,64:70:99:1965,165,0 chrIII 105664 . T TGTTTTCG 12060 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=56.0359;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.22;MQ0=0;QD=78.31;SB=-2.484e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,118:154:99:12060,406,0 chrIII 130489 . TA T 798.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.330;DP=63;FS=6.232;HaplotypeScore=228.1494;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.238;QD=12.68;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.073;SB=-1.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,42:63:99:841,100,0 chrIII 130514 . TA T 668.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.242;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=165.9128;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=1.114;QD=11.95;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.223;SB=-3.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,42:56:69:711,69,0 chrIII 151108 . A AG 5959 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;FS=0.000;HaplotypeScore=61.4563;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.11;MQ0=0;QD=35.47;SB=-1.751e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,164:168:99:5959,482,0 chrIII 162712 . TA T 697.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=36.5854;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.51;RPA=10,9;RU=A;SB=-1.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,37:45:99:740,101,0 chrIII 163395 . GA G 900.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.808;DP=54;FS=3.108;HaplotypeScore=17.2786;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.38;MQ0=0;MQRankSum=1.501;QD=16.68;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.962;SB=-4.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,44:54:99:943,111,0 chrIII 177969 . GT G 1791.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.439;DP=112;FS=5.420;HaplotypeScore=48.9097;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.66;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=16.00;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.045;SB=-6.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,98:112:99:1834,198,0 chrIII 178453 . C CA 1069.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.903;DP=56;FS=5.791;HaplotypeScore=22.5309;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=0.471;QD=19.11;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.000;SB=-5.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,44:56:99:1112,100,0 chrIII 190273 . TTATA T 123.48 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2838;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.94;MQ0=0;QD=7.72;RPA=7,5;RU=TA;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,6:16:12:165,12,0 chrIII 197465 . A AGATTACATCTGATAAAG 21842 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=167;FS=0.000;HaplotypeScore=413.1624;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.19;MQ0=0;QD=130.79;SB=-9.052e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,58:167:99:21842,412,0 chrIII 204418 . TCTTCCC T 4348 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=49.8438;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=63.76;MQ0=0;QD=51.76;SB=-2.054e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,78:84:99:4348,219,0 chrIII 205672 . AG A 726.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.002;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=424.5345;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.25;MQ0=0;MQRankSum=0.326;QD=14.25;ReadPosRankSum=-0.186;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,35:51:96:769,96,0 chrIII 205885 . GTAAAAAATA G 1330.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.735;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=278.0779;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.771;QD=47.53;ReadPosRankSum=0.578;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,17:28:34:1373,34,0 chrIII 206819 . C CA 3623 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.222;DP=204;FS=10.737;HaplotypeScore=85.6367;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.310;QD=17.76;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.222;SB=-1.028e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,166:204:99:3623,389,0 chrIII 207966 . T TG 2574.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=289.9729;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.06;MQ0=0;QD=32.19;SB=-6.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,74:80:99:2617,217,0 chrIII 208002 . C CT 2462.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=480.8315;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.85;MQ0=0;QD=25.93;RPA=2,3;RU=T;SB=-7.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,82:95:99:2505,246,0 chrIII 208089 . AC A 2618.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.659;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=1157.5583;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.976;QD=19.26;ReadPosRankSum=2.818;SB=-1.180e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,123:136:99:2661,344,0 chrIII 208091 . ATGAC A 6533 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.708;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=732.1921;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.06;MQ0=0;MQRankSum=0.010;QD=50.64;ReadPosRankSum=2.391;SB=-2.989e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,122:129:99:6533,357,0 chrIII 209732 . G GT 1158.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=308.2771;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.24;MQ0=0;QD=20.70;RPA=8,9;RU=T;SB=-2.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,48:56:99:1201,147,0 chrIII 210472 . ATTC A 1387.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=234.5355;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.22;MQ0=0;QD=30.17;RPA=5,4;RU=TTC;SB=-4.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,34:46:96:1430,96,0 chrIII 210517 . G GA 1362.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=186.1846;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.98;MQ0=0;QD=23.50;RPA=4,5;RU=A;SB=-4.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,49:58:99:1405,153,0 chrIII 211613 . C CTCTTCT 4284 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=22.4523;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.49;MQ0=1;QD=62.09;RPA=4,6;RU=TCT;SB=-1.676e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,61:68:99:4284,181,0 chrIII 212106 . ACT A 619.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.897;DP=38;FS=7.444;HaplotypeScore=657.5112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.75;MQ0=0;MQRankSum=0.268;QD=16.32;ReadPosRankSum=4.021;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,30:38:29:659,0,29 chrIII 212109 . GAAGGAGTGGAGTCGAC G 4738 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.629;DP=37;FS=7.396;HaplotypeScore=245.5057;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.74;MQ0=0;MQRankSum=0.191;QD=128.05;ReadPosRankSum=3.799;SB=-2.207e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,30:37:16:4738,0,16 chrIII 213879 . A ATG 2494.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=302.5228;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.102;QD=29.70;ReadPosRankSum=-1.579;SB=-9.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,48:84:99:2537,190,0 chrIII 213958 . CT C 2651.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.530;DP=144;FS=8.004;HaplotypeScore=219.6375;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=18.42;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.751;SB=-3.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,126:144:99:2694,333,0 chrIII 216599 . GT G 5126 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=230;FS=0.000;HaplotypeScore=207.8641;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.93;MQ0=0;QD=22.29;RPA=7,6;RU=T;SB=-2.165e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,223:230:99:5126,626,0 chrIII 218357 . A AG 2459.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=157.9023;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.55;MQ0=0;QD=34.17;RPA=1,2;RU=G;SB=-6.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,71:72:99:2502,214,0 chrIII 220216 . A AT,ATT 1079.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=46.3946;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.71;MQ0=0;QD=17.70;RPA=11,12,13;RU=T;SB=-5.218e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:14,11,31:61:99:1158,626,502,231,0,116 chrIII 223344 . CT C 1498.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=118.2125;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.85;MQ0=0;QD=14.84;RPA=12,11;RU=T;SB=-5.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,76:101:99:1541,221,0 chrIII 224261 . T TTC 1877.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=114.5925;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.22;MQ0=0;QD=36.11;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,36:52:99:1920,143,0 chrIII 224832 . AT A 1379.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=409.7811;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.82;MQ0=0;QD=31.36;SB=-3.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1422,120,0 chrIII 225123 . AT A 1115.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=317.6714;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.54;MQ0=0;QD=29.37;RPA=3,2;RU=T;SB=-3.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:99:1158,111,0 chrIII 225348 . G GT 1373.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=222.3903;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.71;MQ0=0;QD=24.98;RPA=4,5;RU=T;SB=-6.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,52:55:99:1416,153,0 chrIII 228054 . T TA 1525.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.199;DP=72;FS=5.825;HaplotypeScore=190.2841;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.679;QD=21.19;ReadPosRankSum=1.359;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,70:72:99:1568,189,0 chrIII 228946 . GA G 1105.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=72.8414;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.36;MQ0=0;QD=16.76;RPA=6,5;RU=A;SB=-4.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,58:66:99:1148,138,0 chrIII 228964 . G GTTTTT,GTTT 1706.45 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=180.2171;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=50.44;MQ0=0;QD=21.33;RPA=14,19,17;RU=T;SB=-5.415e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:48,16,6:79:99:1784,288,177,577,0,450 chrIII 229272 . CAA C,CA 435.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.173;DP=57;FS=1.986;HaplotypeScore=88.1109;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.09;MQ0=0;MQRankSum=1.468;QD=7.65;RPA=14,12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.432;SB=-2.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:22,9,0:57:71:514,302,509,71,0,79 chrIII 236804 . CT C 1254.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.647;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=97.5497;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.510;QD=11.62;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.992;SB=-6.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,68:108:99:1297,101,0 chrIII 237078 . CT C 2467.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=35.0604;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.14;MQ0=0;QD=24.44;RPA=4,3;RU=T;SB=-8.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,93:101:99:2510,264,0 chrIII 242447 . ATTT A 2160.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.678;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=186.1919;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.20;MQ0=0;MQRankSum=1.678;QD=25.13;RPA=16,13;RU=T;ReadPosRankSum=1.678;SB=-4.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,49:86:99:2203,180,0 chrIII 247980 . GTATATATA G 772.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=42.2040;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.69;MQ0=0;QD=20.89;RPA=11,7;RU=TA;SB=-9.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,17:37:39:815,39,0 chrIII 248847 . G GTT 3188.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=278.4594;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.96;MQ0=0;QD=28.99;RPA=5,7;RU=T;SB=-1.615e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,96:110:99:3231,291,0 chrIII 249269 . CA C 4306 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=1193.1233;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.69;MQ0=0;QD=27.60;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.751e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,150:156:99:4306,415,0 chrIII 258828 . GT G 1556.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=205.8458;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.06;MQ0=0;QD=31.14;SB=-5.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,46:50:99:1599,132,0 chrIII 259458 . GC G 797.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=87.8736;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.92;SB=-3.500e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:69:840,69,0 chrIII 263350 . T TAA 2180.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=106.1417;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.88;MQ0=0;QD=25.36;RPA=8,10;RU=A;SB=-1.091e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,73:86:99:2223,209,0 chrIII 264215 . GGTGCTGGTGCTGCTT G 4607 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=64.4413;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.76;MQ0=0;QD=90.33;SB=-2.239e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,48:51:99:4607,138,0 chrIII 267200 . A AT 2195.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=405.5921;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.38;MQ0=0;QD=30.08;RPA=1,2;RU=T;SB=-6.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,65:73:99:2238,196,0 chrIII 267373 . C CA 4207 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=203.0189;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.32;MQ0=0;QD=34.77;SB=-1.847e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,119:121:99:4207,343,0 chrIII 268880 . GCCT G 1091.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.107;DP=88;FS=190.072;HaplotypeScore=1091.6671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.10;MQ0=0;MQRankSum=-3.712;QD=12.41;RPA=2,1;RU=CCT;ReadPosRankSum=0.152;SB=-3.008e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,28:87:99:1131,0,2188 chrIII 268900 . TTCTATTTTGAGC T 4259 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.816;DP=83;FS=153.338;HaplotypeScore=864.9547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.05;MQ0=0;MQRankSum=0.213;QD=51.31;ReadPosRankSum=2.830;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,32:82:99:4259,0,4037 chrIII 271193 . ACAT A 2991.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=182.9398;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.26;MQ0=0;QD=33.24;RPA=6,5;RU=CAT;SB=-1.108e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,70:90:99:3034,205,0 chrIII 271474 . T TTCATCATCA 6929 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=163.0401;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.71;MQ0=0;QD=54.56;RPA=9,12;RU=TCA;SB=-3.171e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:52,72:127:99:6929,232,0 chrIII 273025 . GAA G,GA 449.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.365;DP=77;FS=6.443;HaplotypeScore=213.5229;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.81;MQ0=0;MQRankSum=0.014;QD=5.84;RPA=19,17,18;RU=A;ReadPosRankSum=2.420;SB=-2.379e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:35,11,0:75:99:528,223,454,112,0,121 chrIII 273357 . C CA 2430.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=388.7579;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.14;MQ0=0;QD=36.83;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:66:99:2473,196,0 chrIII 273383 . A AT 1717.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=409.5270;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.18;MQ0=0;QD=31.81;SB=-5.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,48:54:99:1760,156,0 chrIII 289559 . C CTGACT 5162 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=346.4573;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.18;MQ0=0;QD=60.02;RPA=1,2;RU=TGACT;SB=-2.335e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,78:86:99:5162,235,0 chrIII 289715 . AT A 1061.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=348.8809;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.81;MQ0=0;QD=17.41;RPA=11,10;RU=T;SB=-3.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,50:61:99:1104,154,0 chrIII 289732 . G GAA 2588.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=362.3316;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.84;MQ0=0;QD=34.99;RPA=2,4;RU=A;SB=-7.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,64:74:99:2631,199,0 chrIII 289760 . C CA 1854.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=406.5968;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.43;MQ0=0;QD=28.11;RPA=2,3;RU=A;SB=-6.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,61:66:99:1897,183,0 chrIII 290527 . A AT 1375.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=59.5203;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=1.613;QD=19.11;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.418;SB=-4.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,62:72:99:1418,150,0 chrIII 290990 . A AG 2431.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.641;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=118.4987;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.56;MQ0=0;MQRankSum=0.729;QD=27.33;ReadPosRankSum=0.957;SB=-1.124e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,66:89:99:2474,201,0 chrIII 291201 . G GA 2326.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=1129.6796;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.72;MQ0=0;QD=24.24;SB=-1.120e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,80:96:99:2369,257,0 chrIII 291257 . TG T 1812.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=804.1083;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=28.33;RPA=2,1;RU=G;SB=-4.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,56:64:99:1855,165,0 chrIII 291331 . T TA 1675.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=350.1671;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.05;MQ0=0;QD=30.47;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,48:55:99:1718,153,0 chrIII 291423 . GT G 1753.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=125.9583;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.16;MQ0=0;QD=33.73;SB=-3.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:52:99:1796,141,0 chrIII 291579 . TG T 112.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=158.2902;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=6.28;SB=-6.090e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,17:18:24:155,24,0 chrIII 291582 . AGAAATAT A 915.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=77.9510;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=50.89;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,17:18:52:958,52,0 chrIII 291876 . CA C 2653.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=169.5971;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.19;MQ0=0;QD=31.22;RPA=2,1;RU=A;SB=-4.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,82:85:99:2696,244,0 chrIII 292655 . TA T 689.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=91.5206;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=25.55;RPA=3,2;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,25:27:75:732,75,0 chrIII 292718 . G GAAC 1575.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=91.7987;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=49.25;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,30:32:96:1618,96,0 chrIII 294854 . TA T 1729.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=55.6325;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.48;MQ0=0;QD=19.88;RPA=7,6;RU=A;SB=-6.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,80:87:99:1772,221,0 chrIII 295258 . TC T 2043.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.277;DP=203;FS=0.548;HaplotypeScore=2619.3524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.95;MQ0=0;MQRankSum=0.677;QD=10.07;ReadPosRankSum=0.720;SB=-1.037e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:108,88:202:99:2083,0,2752 chrIII 295301 . A AG 1219.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.774;DP=154;FS=2.345;HaplotypeScore=2729.7055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.19;MQ0=0;MQRankSum=-5.017;QD=7.92;ReadPosRankSum=1.627;SB=-5.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:104,48:154:99:1259,0,3178 chrIII 295557 . T TTC 3036.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=28.8964;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.33;MQ0=0;QD=37.04;SB=-1.292e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,79:82:99:3079,226,0 chrIII 296794 . C CA 1226.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=252.7889;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.25;MQ0=0;QD=21.53;RPA=3,4;RU=A;SB=-2.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,50:57:99:1269,157,0 chrIII 296846 . T TA 966.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.871;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=196.0587;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.49;MQ0=0;MQRankSum=1.397;QD=15.11;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.448;SB=-3.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,58:64:97:1009,97,0 chrIII 299045 . G GTTGGGTA 6941 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=281.4170;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.94;MQ0=0;QD=75.45;RPA=1,2;RU=TTGGGTA;SB=-2.371e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,70:92:99:6941,241,0 chrIII 299933 . AATGGCGATTATATTC A 6014 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=19.2555;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.44;MQ0=0;QD=97.00;RPA=2,1;RU=ATGGCGATTATATTC;SB=-1.017e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,39:62:99:6014,117,0 chrIII 301272 . CA C 700.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=626.3997;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=25.96;RPA=4,3;RU=A;SB=-5.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,26:27:78:743,78,0 chrIII 302127 . AT A 613.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=979.4971;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=19.81;RPA=4,3;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,25:31:75:656,75,0 chrIII 302135 . C CG 819.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=650.6065;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=32.80;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:75:862,75,0 chrIII 302536 . C CT 1045.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=583.1897;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=36.07;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:29:87:1088,87,0 chrIII 302639 . G GT 1037.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=1116.9779;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=23.59;RPA=1,2;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,42:44:99:1080,132,0 chrIII 302646 . TA T 1120.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=1069.5781;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=26.69;RPA=4,3;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:1163,126,0 chrIII 302673 . C CAGAA 1407.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.585;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=1538.1899;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=1.379;QD=21.01;ReadPosRankSum=2.980;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,20:67:99:1447,0,980 chrIII 302674 . T TATTCTTCA 2621.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.023;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=1432.5938;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=0.225;QD=38.56;ReadPosRankSum=0.555;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,20:68:99:2661,0,407 chrIII 302787 . C CA 487.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=194.5822;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.94;MQ0=0;QD=22.18;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,20:16:48:530,48,0 chrIII 302795 . CT C 626.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=186.9116;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.86;MQ0=0;QD=25.08;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:18:54:669,54,0 chrIII 304284 . TA TAA,T 2158.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.915;DP=234;FS=2.521;HaplotypeScore=488.9211;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=51.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.380;QD=9.23;RPA=13,14,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.935;SB=-1.077e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:76,5,113:219:99:2237,1665,2408,746,0,1296 chrIII 304338 . GA G 985.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.579;DP=246;DS;FS=81.692;HaplotypeScore=644.3101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.07;MQ0=0;MQRankSum=-5.740;QD=4.01;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=1.024;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:179,67:229:99:1025,0,3253 chrIII 306368 . ATTT A 2606.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.440;DP=138;FS=11.740;HaplotypeScore=1144.7912;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.25;MQ0=0;MQRankSum=-9.072;QD=18.89;RPA=5,2;RU=T;ReadPosRankSum=4.792;SB=-1.135e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,63:132:99:2646,0,2613 chrIII 307427 . ACT A 157.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.575;DP=50;FS=26.881;HaplotypeScore=359.1891;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.19;MQ0=6;MQRankSum=-3.133;QD=3.16;ReadPosRankSum=1.364;SB=-4.649e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,22:23:99:197,0,658 chrIII 307439 . C CA 299.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.666;DP=45;FS=30.983;HaplotypeScore=334.5811;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.88;MQ0=4;MQRankSum=3.172;QD=6.67;ReadPosRankSum=-1.480;SB=6.047e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,19:23:99:339,0,182 chrIII 307440 . GCGT G 582.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.841;DP=45;FS=35.569;HaplotypeScore=305.9398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.88;MQ0=4;MQRankSum=3.324;QD=12.95;ReadPosRankSum=-1.065;SB=-8.100e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,19:23:99:622,0,330 chrIII 307602 . G GA 269.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.029;DP=80;FS=3.452;HaplotypeScore=236.5422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.56;MQ0=13;MQRankSum=-0.377;QD=3.37;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=1.131;SB=-3.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,40:32:99:309,0,474 chrIII 315819 . AT A 2176.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.808;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=2966.4961;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.74;MQ0=6;MQRankSum=2.111;QD=13.69;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=-0.623;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,116:99:65:2219,65,0 chrIII 315881 . AT A 624.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.889;DP=79;FS=7.917;HaplotypeScore=1808.4816;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.88;MQ0=9;MQRankSum=3.387;QD=7.91;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=-1.068;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,29:49:99:664,0,473 chrIII 315890 . T TG 562.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.057;DP=75;FS=15.336;HaplotypeScore=1864.0450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.77;MQ0=8;MQRankSum=3.281;QD=7.51;ReadPosRankSum=0.219;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,29:51:99:602,0,663 chrIII 315897 . ACG A 986.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.209;DP=76;FS=22.319;HaplotypeScore=1871.0560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.10;MQ0=8;MQRankSum=1.957;QD=12.99;ReadPosRankSum=3.029;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,29:53:99:1026,0,394 chrIII 316082 . A AG 3600 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.781;DP=232;DS;FS=35.237;HaplotypeScore=824.5271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.76;MQ0=4;MQRankSum=1.044;QD=15.52;ReadPosRankSum=6.841;SB=-1.236e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,150:143:99:3600,0,983 chrIII 316163 . A AGT 1576.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.155;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=496.1306;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.01;MQ0=0;MQRankSum=1.320;QD=29.20;ReadPosRankSum=1.155;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,35:43:99:1619,122,0 chrIII 316374 . T TG 926.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.273;DP=130;FS=15.842;HaplotypeScore=682.4851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.14;MQ0=3;MQRankSum=0.183;QD=7.13;RPA=2,3;RU=G;ReadPosRankSum=1.830;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,50:96:99:966,0,1106 chrIII 316463 . GT G 938.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.832;DP=86;FS=30.681;HaplotypeScore=398.6138;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.36;MQ0=3;MQRankSum=-3.540;QD=10.92;ReadPosRankSum=0.127;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,56:50:99:978,0,460 chrIV 296 . A AC 184.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.466;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=104.4810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.92;MQ0=3;MQRankSum=0.694;QD=9.25;RPA=2,3;RU=C;ReadPosRankSum=2.083;SB=-3.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,7:13:96:224,0,96 chrIV 1267 . AGCT A 218.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=172.4075;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=6.24;MQ0=63;QD=3.12;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:64,6:5:15:260,15,0 chrIV 1271 . ATTG A 193.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=174.9231;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=6.29;MQ0=62;QD=2.80;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:61,6:5:15:235,15,0 chrIV 17297 . TC T 2370.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.317;DP=110;FS=64.494;HaplotypeScore=383.2156;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.28;MQ0=4;MQRankSum=5.106;QD=21.55;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=1.032;SB=-7.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,85:105:99:2410,0,338 chrIV 18680 . GT G 136.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.347;DP=25;FS=46.411;HaplotypeScore=393.7018;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.122;QD=5.48;ReadPosRankSum=-1.674;SB=-2.984e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,15:19:99:176,0,121 chrIV 18683 . G GC 253.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=387.0785;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.33;MQ0=0;QD=10.16;SB=-5.297e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,15:19:44:296,44,0 chrIV 19036 . T TAA 1855.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=208.8803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.49;MQ0=0;QD=33.14;RPA=4,6;RU=A;SB=-5.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,50:56:99:1898,150,0 chrIV 19322 . A ATTT 1566.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=164.7548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.15;MQ0=0;QD=39.17;RPA=4,7;RU=T;SB=-5.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,35:40:99:1609,102,0 chrIV 19355 . T TA 875.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=242.8970;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.79;MQ0=0;QD=20.37;RPA=7,8;RU=A;SB=-3.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,39:43:99:918,108,0 chrIV 19768 . C CAAATTATAGCTACA 2558.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=191.7684;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.82;MQ0=0;QD=50.18;RPA=1,2;RU=AAATTATAGCTACA;SB=-1.206e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,18:51:54:2601,54,0 chrIV 21056 . AT A 898.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=453.7785;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.75;MQ0=0;QD=19.13;RPA=6,5;RU=T;SB=-2.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,39:47:99:941,105,0 chrIV 21075 . TATA T 1845.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=401.9833;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.36;MQ0=0;QD=43.95;RPA=2,1;RU=ATA;SB=-6.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,40:42:99:1888,117,0 chrIV 28838 . C CT 936.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=192.0881;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.02;MQ0=0;QD=25.32;RPA=3,4;RU=T;SB=-4.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:99:979,99,0 chrIV 32139 . TTC T 2018.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=89.3721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;QD=32.56;SB=-9.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,52:62:99:2061,180,0 chrIV 32246 . C CA 1593.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=135.4624;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;QD=23.44;RPA=7,8;RU=A;SB=-7.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,60:68:99:1636,186,0 chrIV 42506 . A AT 2649.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=292.7519;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.40;MQ0=0;QD=22.46;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.225e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,107:118:99:2692,309,0 chrIV 42590 . TAC T 6007 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=167;FS=0.000;HaplotypeScore=95.7172;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.81;MQ0=0;QD=35.97;RPA=3,2;RU=AC;SB=-2.854e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,149:167:99:6007,439,0 chrIV 42684 . G GT 1925.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=46.9534;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;QD=25.68;RPA=3,4;RU=T;SB=-8.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,62:75:99:1968,198,0 chrIV 43855 . TCT T,TT 991.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=163.3708;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=52.74;MQ0=0;QD=21.56;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:12,0,0:46:76:1070,314,206,187,0,76 chrIV 48029 . CAT C 236.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=50.9181;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.81;MQ0=0;QD=21.54;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:27:279,27,0 chrIV 50515 . C CA 2273.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=532.5978;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.21;MQ0=0;QD=25.55;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.034e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,84:89:99:2316,249,0 chrIV 50590 . A ATT 1641.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.213;DP=79;FS=5.006;HaplotypeScore=384.3667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.808;QD=20.78;RPA=12,14;RU=T;ReadPosRankSum=-1.732;SB=-4.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,42:78:99:1684,140,0 chrIV 56898 . GTTTGCAGAAAGAACAAACC G 10544 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=301.5104;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.44;MQ0=0;QD=162.22;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:65:99:10544,151,0 chrIV 56981 . C CTAT 1222.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=601.8637;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=37.06;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,21:33:69:1265,69,0 chrIV 57073 . GAA G 1304.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=39.7941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.10;MQ0=0;MQRankSum=1.417;QD=26.10;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.417;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,40:50:99:1347,128,0 chrIV 60623 . T TTC 2681.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=188.6249;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.03;MQ0=0;QD=40.03;SB=-1.304e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,61:67:99:2724,187,0 chrIV 67849 . A ATT 724.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=65.8493;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.50;MQ0=0;QD=30.21;RPA=7,9;RU=T;SB=-1.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,20:24:66:767,66,0 chrIV 67976 . T TC 2149.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=177.7774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.26;MQ0=0;QD=31.62;SB=-7.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:68:99:2192,195,0 chrIV 68661 . CTACTATCCCGTTTAG C 9490 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=20.2046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.26;MQ0=0;QD=120.13;RPA=2,1;RU=TACTATCCCGTTTAG;SB=-3.903e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,64:79:99:9490,178,0 chrIV 73916 . CATTCTTT C 8031 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=37.3269;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.41;MQ0=0;QD=77.22;RPA=2,1;RU=ATTCTTT;SB=-2.410e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,100:104:99:8031,292,0 chrIV 76825 . CA C 744.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=76.0455;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.30;MQ0=0;QD=17.74;RPA=10,9;RU=A;SB=-3.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,35:42:99:787,99,0 chrIV 79228 . GA G 2611.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=26.7499;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=30.02;RPA=3,2;RU=A;SB=-8.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,85:87:99:2654,235,0 chrIV 80699 . AG A 2873.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=169.6532;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.49;MQ0=0;QD=36.38;SB=-6.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:79:99:2916,223,0 chrIV 81053 . TC T 2159.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=481.7645;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.42;MQ0=0;QD=30.86;RPA=2,1;RU=C;SB=-8.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:70:99:2202,193,0 chrIV 82419 . ATTT A 2169.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=33.2329;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.22;MQ0=0;QD=32.88;RPA=14,11;RU=T;SB=-1.022e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,59:66:99:2212,165,0 chrIV 83119 . CA C 2871.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=83.4450;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.69;MQ0=0;QD=27.61;RPA=4,3;RU=A;SB=-8.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,99:104:99:2914,292,0 chrIV 83422 . A AT 808.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=231.4867;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.52;MQ0=0;QD=32.36;SB=-7.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:25:72:851,72,0 chrIV 86099 . GT G 1245.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=187.6996;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.30;MQ0=0;QD=28.32;RPA=4,3;RU=T;SB=-2.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1288,129,0 chrIV 88140 . G GTT 2926.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=31.1970;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.86;MQ0=0;QD=38.51;RPA=2,4;RU=T;SB=-1.463e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,74:76:99:2969,220,0 chrIV 95840 . C CT 2169.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=178.3032;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=22.60;RPA=7,8;RU=T;SB=-3.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,80:96:99:2212,255,0 chrIV 98276 . A AG 3939 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=207.2911;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.47;MQ0=0;QD=37.16;SB=-1.576e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,103:106:99:3939,304,0 chrIV 101105 . AT A 1184.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=508.5524;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.10;MQ0=0;QD=17.69;RPA=10,9;RU=T;SB=-5.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,60:67:99:1227,170,0 chrIV 101116 . GT G 2257.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=451.8338;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.38;MQ0=0;QD=32.72;SB=-1.083e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,64:69:99:2300,192,0 chrIV 101164 . A AT 2550.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=514.8487;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.77;MQ0=0;QD=26.30;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.092e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,85:97:99:2593,273,0 chrIV 101199 . C CT 3173.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=398.1995;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.80;MQ0=0;QD=24.42;RPA=6,7;RU=T;SB=-9.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,118:130:99:3216,360,0 chrIV 101273 . A AT 2648.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=188.3895;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.54;MQ0=0;QD=21.89;RPA=5,6;RU=T;SB=-6.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,107:121:99:2691,291,0 chrIV 103533 . GA G 2423.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=27.2332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=26.06;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.211e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,90:93:99:2466,261,0 chrIV 106704 . GGTA G 3546 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=156.5916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.43;MQ0=0;QD=50.66;SB=-1.636e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,67:70:99:3546,202,0 chrIV 106773 . C CA 1330.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=220.1236;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.15;MQ0=0;QD=21.13;RPA=6,7;RU=A;SB=-5.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,54:63:99:1373,153,0 chrIV 106907 . AT A 624.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.879;DP=67;FS=9.412;HaplotypeScore=143.9186;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.83;MQ0=0;MQRankSum=1.240;QD=9.31;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.654;SB=-1.771e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,36:67:22:666,22,0 chrIV 116123 . C CA 1037.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.941;DP=67;FS=5.136;HaplotypeScore=39.3733;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.21;MQ0=0;MQRankSum=0.974;QD=15.49;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-1.470;SB=-3.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,55:67:71:1080,71,0 chrIV 117115 . T TAGAA 5201 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=21.6976;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.77;MQ0=0;QD=59.78;SB=-2.092e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:86:99:5201,238,0 chrIV 117396 . 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C CAT 1265.17 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.193;DP=100;FS=18.205;HaplotypeScore=147.3020;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.87;MQ0=4;MQRankSum=2.030;QD=12.65;ReadPosRankSum=-0.889;SB=-3.802e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,62:91:16:1307,16,0 chrIV 132892 . G GA 1215.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=12.9317;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.60;MQ0=0;QD=23.38;RPA=7,8;RU=A;SB=-3.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1258,147,0 chrIV 135456 . CTTT CT,C 778.14 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.025;DP=68;FS=3.144;HaplotypeScore=89.6887;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.02;MQ0=0;MQRankSum=0.529;QD=11.44;RPA=18,16,15;RU=T;ReadPosRankSum=1.737;SB=-3.482e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:28,0,7:68:41:855,129,41,507,0,541 chrIV 144344 . CTTT C 4923 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=41.3750;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.49;MQ0=0;QD=40.02;RPA=9,6;RU=T;SB=-2.067e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,109:123:99:4923,325,0 chrIV 148054 . 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TTTG T 2516.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=27.1098;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.09;MQ0=0;QD=39.95;SB=-5.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,60:63:99:2559,159,0 chrIV 184754 . GA G 3293 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=180.6689;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.92;MQ0=0;QD=32.60;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.631e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,94:101:99:3293,274,0 chrIV 192640 . A AT 2478.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=205.6478;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;QD=21.37;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.017e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,95:116:99:2521,291,0 chrIV 192678 . AT A 2787.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=245.5648;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.10;MQ0=0;QD=19.77;RPA=9,8;RU=T;SB=-9.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,120:141:99:2830,352,0 chrIV 198376 . TG T 2134.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=67.3015;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.32;MQ0=0;QD=31.87;RPA=2,1;RU=G;SB=-4.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,65:67:99:2177,186,0 chrIV 201643 . A AT 3462 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=206.4029;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.26;MQ0=0;QD=26.23;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.458e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,125:132:99:3462,363,0 chrIV 202896 . G GT 1788.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.798;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=267.6455;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.512;QD=19.03;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=-1.036;SB=-6.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,68:94:99:1831,228,0 chrIV 210847 . G GT 743.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=49.4794;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.06;MQ0=0;QD=25.65;RPA=4,5;RU=T;SB=-2.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:84:786,84,0 chrIV 210984 . T TA 579.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=12.0892;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;QD=17.06;RPA=9,10;RU=A;SB=-5.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,19:34:77:622,77,0 chrIV 211214 . GA G 719.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.770;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=54.3906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=0.096;QD=16.74;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.481;SB=-2.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,39:43:83:762,83,0 chrIV 212228 . TTAAAG T 1197.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=132.0046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.16;MQ0=0;QD=46.08;RPA=2,1;RU=TAAAG;SB=-4.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,18:26:54:1240,54,0 chrIV 212685 . C CA 532.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.317;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=31.5388;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=0.347;QD=16.65;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.763;SB=-1.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,26:32:51:575,51,0 chrIV 213154 . A AT 1464.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=81.5794;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.18;MQ0=0;QD=25.26;RPA=3,4;RU=T;SB=-6.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,56:58:99:1507,150,0 chrIV 213315 . C CTA 2209.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=37.5407;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.09;MQ0=0;QD=27.97;RPA=5,6;RU=TA;SB=-7.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,57:79:99:2252,184,0 chrIV 226825 . ATATATATATATATATATATATATATG A 550.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=11.4711;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.20;MQ0=0;QD=18.97;SB=-2.823e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,14:29:21:592,21,0 chrIV 229533 . A ATAGTACTTC 5213 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=44.4206;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.78;MQ0=0;QD=94.78;SB=-1.929e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,44:55:99:5213,141,0 chrIV 229706 . A ATTT 3671 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=366.8225;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.38;MQ0=0;QD=39.05;RPA=3,6;RU=T;SB=-1.700e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,73:94:99:3671,229,0 chrIV 230558 . GT G 1818.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=47.4093;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.84;MQ0=0;QD=24.25;RPA=7,6;RU=T;SB=-6.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,72:75:99:1861,216,0 chrIV 239995 . TG T 628.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=138.8869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.27;MQ0=0;QD=26.21;RPA=3,2;RU=G;SB=-1.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,22:24:60:671,60,0 chrIV 240005 . CAA C 991.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=126.2376;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.16;MQ0=0;QD=38.15;RPA=4,2;RU=A;SB=-2.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,24:26:72:1034,72,0 chrIV 240135 . T TA 749.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=69.8140;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.51;MQ0=0;QD=34.09;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:63:792,63,0 chrIV 242007 . TC T 1605.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=479.2776;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.42;MQ0=0;QD=32.12;RPA=3,2;RU=C;SB=-7.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,45:50:99:1648,144,0 chrIV 244840 . A AGAGCAG 6439 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=28.0740;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.12;MQ0=2;QD=59.62;RPA=1,2;RU=GAGCAG;SB=-2.530e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,89:105:99:6439,256,0 chrIV 251252 . AT A 1836.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=207.8212;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.98;MQ0=0;QD=22.40;RPA=7,6;RU=T;SB=-8.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,76:82:99:1879,210,0 chrIV 256573 . CG C 1736.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=199.9413;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.20;MQ0=0;QD=37.76;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1779,138,0 chrIV 256579 . T TTA 870.94 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.434;DP=50;FS=3.751;HaplotypeScore=295.2291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.06;MQ0=0;MQRankSum=-1.637;QD=17.42;RPA=7,8;RU=TA;ReadPosRankSum=0.768;SB=-1.308e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,26:50:3:909,0,3 chrIV 256612 . TA T 1256.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=196.9743;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.05;MQ0=0;QD=20.61;RPA=9,8;RU=A;SB=-6.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,56:61:99:1299,162,0 chrIV 271796 . GAT G 1156.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.685;DP=82;FS=1.188;HaplotypeScore=784.8456;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.397;QD=14.11;ReadPosRankSum=2.343;SB=-5.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,42:82:99:1196,0,273 chrIV 271799 . CATGTTGTTGCTGT C 5317 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=410.1213;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.70;MQ0=0;QD=66.46;SB=-2.584e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,33:80:99:5317,211,0 chrIV 271809 . CTGTTGTTGTTGTT CTGTTGTTGTT,C 2783.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=524.5514;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=39.90;MQ0=0;QD=41.55;SB=-1.398e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:42,0,0:67:99:2862,682,521,977,0,2106 chrIV 275006 . CG C 2462.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=194.4638;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.21;MQ0=0;QD=35.19;RPA=2,1;RU=G;SB=-3.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,68:69:99:2505,205,0 chrIV 275108 . C CA 2776.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=334.9088;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.29;MQ0=0;QD=30.86;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.183e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,87:90:99:2819,262,0 chrIV 283285 . GA G 913.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.566;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=20.5854;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=-2.074;QD=14.06;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.858;SB=-2.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,40:65:89:956,89,0 chrIV 285372 . C CAT 6029 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=230;FS=0.000;HaplotypeScore=95.9491;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;QD=26.21;RPA=4,5;RU=AT;SB=-2.594e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:54,174:230:99:6029,487,0 chrIV 286882 . CTTT C 1907.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=149.3141;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=24.46;RPA=14,11;RU=T;SB=-7.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,49:78:99:1950,150,0 chrIV 292326 . A ACT 4659 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=1166.6816;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.60;MQ0=0;QD=41.60;RPA=1,2;RU=CT;SB=-1.105e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,105:112:99:4659,313,0 chrIV 292337 . CCA C 5733 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=1232.5604;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.30;MQ0=0;QD=45.86;SB=-1.332e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,118:125:99:5733,367,0 chrIV 292462 . A AT 1766.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=219.6613;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.77;MQ0=0;QD=23.88;RPA=3,4;RU=T;SB=-7.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,63:74:99:1809,180,0 chrIV 309595 . G GGAAC 2440.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=366.3697;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.49;MQ0=0;QD=55.48;RPA=1,2;RU=GAAC;SB=-6.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,35:44:99:2483,123,0 chrIV 309609 . TTAG T 1469.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=598.0540;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.77;MQ0=0;QD=32.67;RPA=3,2;RU=TAG;SB=-2.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,31:45:96:1512,96,0 chrIV 309620 . CA C 1130.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=528.3888;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.99;MQ0=0;QD=31.42;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:99:1173,108,0 chrIV 314192 . CT C 1232.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=26.5288;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;QD=16.89;RPA=9,8;RU=T;SB=-3.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,64:73:99:1275,159,0 chrIV 315072 . C CT,CTT 530.97 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.069;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=59.6308;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.50;MQ0=0;MQRankSum=0.763;QD=15.17;RPA=11,12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-1.179;SB=-2.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:11,7,16:35:58:609,336,290,88,0,58 chrIV 321785 . A AT 1479.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=264.7272;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.18;MQ0=0;QD=23.12;RPA=4,5;RU=T;SB=-4.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,56:64:99:1522,159,0 chrIV 321880 . T TTC 3583 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=286.6904;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.94;MQ0=0;QD=35.83;SB=-5.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,75:100:99:3583,257,0 chrIV 322550 . A ATTT 3324 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=189.7747;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.29;MQ0=0;QD=44.32;RPA=4,7;RU=T;SB=-1.413e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,69:75:99:3324,208,0 chrIV 323696 . ATATATATATATG A 6778 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=876.8421;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.73;MQ0=0;QD=67.11;SB=-1.850e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,83:101:99:6778,225,0 chrIV 326416 . AG A 2013.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=76.9852;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.05;MQ0=0;QD=33.02;SB=-9.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2056,177,0 chrIV 330640 . GA G 1166.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=301.7598;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.60;MQ0=0;QD=22.02;RPA=6,5;RU=A;SB=-3.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,47:53:99:1209,135,0 chrIV 330690 . C CA 1814.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=205.3244;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.70;MQ0=0;QD=28.81;RPA=2,3;RU=A;SB=-7.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,59:63:99:1857,174,0 chrIV 336148 . CT C 1920.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.329;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=123.0900;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.121;QD=19.60;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.611;SB=-9.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,85:98:99:1963,231,0 chrIV 336206 . CTTTT C 4338 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.402;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=210.5274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.25;MQ0=0;MQRankSum=2.043;QD=28.54;RPA=18,14;RU=T;ReadPosRankSum=2.402;SB=-2.071e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:57,71:152:99:4303,274,0 chrIV 338220 . AT A 1505.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=14.8893;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.99;MQ0=0;QD=22.48;RPA=6,5;RU=T;SB=-8.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,59:67:99:1548,171,0 chrIV 340285 . GGATGA G 3670 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.382;DP=95;FS=4.284;HaplotypeScore=100.5533;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=1.674;QD=38.63;RPA=7,6;RU=GATGA;ReadPosRankSum=1.674;SB=-1.366e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,56:95:99:3670,173,0 chrIV 340378 . GAA G 2363.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=155.8609;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.57;MQ0=0;QD=31.52;RPA=5,3;RU=A;SB=-7.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,68:75:99:2406,184,0 chrIV 344004 . GTATATATATA G 5832 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=44.0707;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.72;MQ0=0;QD=64.09;RPA=13,8;RU=TA;SB=-1.434e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,52:91:99:5832,166,0 chrIV 344227 . C CT 845.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.238;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=193.8753;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=13.43;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.495;SB=-2.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,42:63:99:888,99,0 chrIV 351277 . C CT 1009.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.146;DP=72;FS=2.524;HaplotypeScore=248.4175;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=0.438;QD=14.03;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.938;SB=-3.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,44:72:75:1052,75,0 chrIV 357278 . G GT 830.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.826;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=80.5311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.74;MQ0=0;MQRankSum=1.877;QD=15.39;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.075;SB=-3.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,36:54:66:873,66,0 chrIV 366513 . T TAA 1635.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=146.8485;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.53;MQ0=0;QD=28.70;RPA=8,10;RU=A;SB=-7.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,51:57:99:1678,144,0 chrIV 368819 . TA T 1138.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=23.3105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.66;MQ0=0;QD=22.33;RPA=8,7;RU=A;SB=-5.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,47:51:99:1181,141,0 chrIV 369299 . A AG 810.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=201.3104;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.47;MQ0=0;QD=14.48;RPA=5,6;RU=G;SB=-1.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,27:55:93:853,93,0 chrIV 370874 . AAT A 1017.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=52.7344;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.17;MQ0=0;QD=36.36;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,23:28:75:1060,75,0 chrIV 370934 . CT C 363.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=82.0840;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=24.26;RPA=4,3;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,14:15:42:406,42,0 chrIV 376575 . AT A 1275.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=27.1337;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.24;MQ0=0;QD=16.15;RPA=11,10;RU=T;SB=-5.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,67:79:99:1318,173,0 chrIV 383942 . GT G 270.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.565;DP=56;FS=27.744;HaplotypeScore=994.3796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.35;MQ0=0;MQRankSum=1.015;QD=4.84;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=-0.124;SB=-1.001e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,15:54:99:310,0,838 chrIV 383946 . AGT A 478.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.402;DP=47;FS=25.056;HaplotypeScore=942.6773;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.22;MQ0=0;MQRankSum=0.471;QD=10.19;ReadPosRankSum=-0.599;SB=-3.100e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,15:45:99:518,0,764 chrIV 383952 . C CGCT 729.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.086;DP=47;FS=19.870;HaplotypeScore=953.1780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.22;MQ0=0;MQRankSum=0.939;QD=15.53;ReadPosRankSum=-0.622;SB=-6.800e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,15:45:99:769,0,1337 chrIV 385964 . C CTT 665.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=172.2253;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;QD=19.03;RPA=7,9;RU=T;SB=-2.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,14:35:82:708,82,0 chrIV 386154 . CAA C 1374.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.523;DP=54;FS=4.973;HaplotypeScore=171.0186;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.909;QD=25.46;RPA=10,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.028;SB=-4.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,43:54:99:1417,111,0 chrIV 386288 . A AT 1641.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=23.5773;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;QD=22.80;RPA=5,6;RU=T;SB=-4.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,67:72:99:1684,189,0 chrIV 390534 . ATCGTTATCGTTATTGTTGTTGTTG A 9427 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=28.8286;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.21;MQ0=0;QD=134.67;SB=-7.300e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,68:70:99:9427,178,0 chrIV 392110 . GT G 732.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.207;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=137.7616;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.325;QD=12.64;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.211;SB=-3.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,35:58:73:775,73,0 chrIV 392146 . GACACACAC G,GAC 2956.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=97.8492;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.52;MQ0=0;QD=49.28;RPA=13,9,10;RU=AC;SB=-1.094e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:19,7,0:60:99:3035,1234,1203,249,0,116 chrIV 403511 . G GT 1299.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.368;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=33.7635;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.152;QD=20.00;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.760;SB=-6.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,58:65:99:1342,145,0 chrIV 410887 . AT A 261.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=19.8448;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.32;MQ0=0;QD=10.91;RPA=14,13;RU=T;SB=-8.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,14:24:44:304,44,0 chrIV 422749 . C CG 2579.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=26.2095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=29.32;RPA=2,3;RU=G;SB=-1.135e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,79:88:99:2622,244,0 chrIV 431592 . T TTG 2631.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=48.6127;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.00;MQ0=0;QD=36.05;SB=-1.269e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,65:73:99:2674,187,0 chrIV 432137 . CAGTT C 2372.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=80.4279;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.03;MQ0=0;QD=53.93;RPA=2,1;RU=AGTT;SB=-7.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:44:99:2415,129,0 chrIV 434094 . A ATTT 3643 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=249.5192;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.30;MQ0=0;QD=34.70;RPA=6,9;RU=T;SB=-1.670e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,69:105:99:3643,252,0 chrIV 434256 . T TA 2139.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=67.6931;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.73;MQ0=0;QD=22.53;RPA=5,6;RU=A;SB=-8.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,86:95:99:2182,237,0 chrIV 434392 . T TC 1990.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=28.3746;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.61;MQ0=0;QD=34.33;SB=-6.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,53:58:99:2033,154,0 chrIV 434485 . T TA 475.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=93.8833;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.52;MQ0=2;QD=31.73;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:13:39:518,39,0 chrIV 435390 . AT A 861.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=41.8493;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.83;MQ0=0;QD=30.78;RPA=2,1;RU=T;SB=-4.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,27:27:78:904,78,0 chrIV 435452 . T TA 1471.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=142.1722;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.37;MQ0=0;QD=24.53;RPA=3,4;RU=A;SB=-6.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,52:60:99:1514,150,0 chrIV 435656 . C CT 1602.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=20.9472;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.38;MQ0=0;QD=25.85;RPA=4,5;RU=T;SB=-4.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,56:60:99:1645,171,0 chrIV 435928 . TGACC T 2229.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=190.6233;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.32;MQ0=0;QD=40.54;RPA=2,1;RU=GACC;SB=-4.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,37:55:99:2272,114,0 chrIV 435980 . AC A 1845.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=224.3756;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.87;MQ0=0;QD=34.18;SB=-8.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:54:99:1888,144,0 chrIV 436314 . A AGG 2846.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=167.9074;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.64;MQ0=0;QD=43.80;SB=-8.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:65:99:2889,187,0 chrIV 437148 . A ATAAT 3724 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=230.4819;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.64;MQ0=0;QD=53.97;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,54:69:99:3724,175,0 chrIV 441311 . GTTATTA G 4931 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=241.5923;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;QD=40.09;RPA=5,3;RU=TTA;SB=-2.087e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,100:123:99:4931,255,0 chrIV 443942 . G GA 1415.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=19.8465;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=22.84;RPA=7,8;RU=A;SB=-5.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,51:62:99:1458,168,0 chrIV 444097 . G GA 3527 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=67.6716;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=32.66;RPA=1,2;RU=A;SB=-9.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,92:108:99:3527,295,0 chrIV 446437 . A ATT 2291.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=20.9082;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.85;MQ0=0;QD=35.26;RPA=1,3;RU=T;SB=-4.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,56:65:99:2334,166,0 chrIV 449720 . T TA 896.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=276.9258;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.14;MQ0=0;QD=25.63;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,27:35:80:939,80,0 chrIV 449847 . TG T 695.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.135;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=114.0015;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.79;MQ0=0;MQRankSum=1.494;QD=21.09;ReadPosRankSum=1.494;SB=-2.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,27:33:77:738,77,0 chrIV 452907 . C CA 560.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.125;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=23.6919;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.60;MQ0=0;MQRankSum=0.873;QD=12.19;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.289;SB=-5.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,30:46:42:603,42,0 chrIV 471743 . TGAA T 4139 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=175.4145;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.61;MQ0=0;QD=51.74;SB=-1.243e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,77:80:99:4139,235,0 chrIV 478970 . C CAT 3500 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.404;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=47.8679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.513;QD=28.69;RPA=4,5;RU=AT;ReadPosRankSum=-1.039;SB=-7.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,100:122:99:3500,248,0 chrIV 486783 . C CAA,CAAA 1472.97 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=48.0157;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.80;MQ0=0;QD=25.84;RPA=10,12,13;RU=A;SB=-7.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:4,46,5:57:58:1551,204,58,700,0,566 chrIV 503381 . G GT 816.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.099;DP=57;FS=2.717;HaplotypeScore=219.4242;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.930;QD=14.33;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.479;SB=-3.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,28:57:84:859,84,0 chrIV 504022 . C CT 1700.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=32.6102;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.09;MQ0=0;QD=20.25;RPA=6,7;RU=T;SB=-5.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,76:84:99:1743,198,0 chrIV 505454 . G GT 789.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.481;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=169.5401;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.385;QD=18.37;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.059;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,34:43:83:832,83,0 chrIV 505871 . C CT 1684.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=331.1250;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.95;MQ0=0;QD=27.62;RPA=2,3;RU=T;SB=-5.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,54:61:99:1727,162,0 chrIV 506725 . T TA 1208.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=20.1713;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=21.59;RPA=8,9;RU=A;SB=-4.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,49:56:99:1251,149,0 chrIV 506937 . T TAA 554.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=77.2710;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.41;MQ0=0;QD=14.60;RPA=14,16;RU=A;SB=-2.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,10:38:66:597,66,0 chrIV 506995 . A AC 1325.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.389;DP=42;FS=3.078;HaplotypeScore=60.4288;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=0.776;QD=31.57;ReadPosRankSum=1.893;SB=-6.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,34:42:88:1368,88,0 chrIV 507368 . 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CT C 1128.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=123.1152;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.89;MQ0=0;QD=19.81;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,51:57:99:1171,120,0 chrIV 521108 . A AT 1061.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.800;DP=57;FS=13.119;HaplotypeScore=74.6455;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.212;QD=18.63;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.335;SB=-1.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,49:57:94:1104,94,0 chrIV 523046 . TA T 2575.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=77.8710;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.19;MQ0=0;QD=18.14;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.139e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,122:142:99:2618,323,0 chrIV 525268 . C CT 948.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=107.2287;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.81;MQ0=0;QD=15.82;RPA=10,11;RU=T;SB=-4.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,45:60:99:991,128,0 chrIV 538149 . 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AT A 1317.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.663;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=136.0429;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=2.416;QD=12.92;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.832;SB=-5.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,62:102:99:1360,119,0 chrIV 560996 . A AACACAC 3711 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=22.8030;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.05;MQ0=0;QD=62.90;RPA=6,9;RU=AC;SB=-1.638e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,37:59:99:3711,153,0 chrIV 561118 . T TA 1081.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=12.3656;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.47;MQ0=0;QD=21.21;RPA=6,7;RU=A;SB=-3.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,45:51:99:1124,126,0 chrIV 562609 . GA G 885.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=12.5655;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.07;MQ0=0;QD=17.72;RPA=9,8;RU=A;SB=-4.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,41:50:99:928,117,0 chrIV 563111 . CA C 1610.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=14.9352;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.16;MQ0=0;QD=35.80;SB=-8.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1653,129,0 chrIV 576025 . C CA 1039.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=39.8039;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=16.77;RPA=10,11;RU=A;SB=-4.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,40:62:99:1082,137,0 chrIV 576459 . A ATC 4023 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=430.9899;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.19;MQ0=0;QD=46.78;SB=-1.796e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,81:86:99:4023,250,0 chrIV 578273 . C CA 1799.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=388.9995;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.51;MQ0=0;QD=22.78;RPA=7,8;RU=A;SB=-4.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,69:79:99:1842,213,0 chrIV 578295 . G GAAAAA 3653 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=257.1668;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.30;MQ0=0;QD=45.66;RPA=10,15;RU=A;SB=-8.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,47:80:99:3653,192,0 chrIV 582694 . AT A 1451.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=80.0567;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.93;MQ0=0;QD=27.92;RPA=2,1;RU=T;SB=-3.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,49:52:99:1494,129,0 chrIV 584615 . G GGACGACGACGACGACGACGAC 6205 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=37.9047;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.62;MQ0=0;QD=117.08;RPA=4,11;RU=GAC;SB=-1.961e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,30:53:99:6205,99,0 chrIV 587742 . TA T 2200.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=36.5551;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;QD=18.50;RPA=8,7;RU=A;SB=-6.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,100:119:99:2243,267,0 chrIV 588028 . AGG A 4183 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=34.2273;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.00;MQ0=0;QD=38.38;RPA=6,4;RU=G;SB=-8.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,102:109:99:4183,298,0 chrIV 589651 . T TA 810.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.453;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=255.4689;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.91;MQ0=0;MQRankSum=1.826;QD=12.67;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.350;SB=-3.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,46:64:3:850,3,0 chrIV 591782 . AT A 1184.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=77.3160;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.76;MQ0=0;QD=23.70;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,46:50:99:1227,132,0 chrIV 592206 . T TG 2015.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=297.8349;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.99;MQ0=0;QD=32.00;RPA=1,2;RU=G;SB=-9.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,60:63:99:2058,171,0 chrIV 592545 . ATGCAAC A 2079.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.901;DP=107;FS=0.944;HaplotypeScore=663.4520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.33;MQ0=0;MQRankSum=0.774;QD=19.44;ReadPosRankSum=-3.870;SB=-8.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,27:107:92:2119,0,92 chrIV 593261 . GC G 2515.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=454.3195;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.88;MQ0=0;QD=33.10;RPA=2,1;RU=C;SB=-8.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,71:76:99:2558,211,0 chrIV 593360 . TG T 1635.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=138.2152;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.19;MQ0=0;QD=30.87;RPA=2,1;RU=G;SB=-8.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:53:99:1678,153,0 chrIV 596902 . GA G 2076.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=345.1110;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.29;MQ0=0;QD=21.19;RPA=8,7;RU=A;SB=-8.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,79:98:99:2119,255,0 chrIV 596925 . G GA 1676.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=334.7984;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.62;MQ0=0;QD=19.96;RPA=7,8;RU=A;SB=-8.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,66:84:99:1719,198,0 chrIV 597052 . C CTTT 1632.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=273.7395;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.24;MQ0=0;QD=29.69;RPA=5,8;RU=T;SB=-4.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,32:55:99:1675,128,0 chrIV 597101 . C CA 2685.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=670.9122;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.52;MQ0=0;QD=36.79;SB=-1.119e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,66:73:99:2728,208,0 chrIV 597109 . C CA 1914.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=721.1415;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.19;MQ0=0;QD=25.88;RPA=3,4;RU=A;SB=-7.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,63:74:99:1957,195,0 chrIV 600480 . A AT 3187.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=449.2537;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.49;MQ0=0;QD=23.27;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.505e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,120:137:99:3230,360,0 chrIV 600768 . AAT A 3647 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=673.8625;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.87;MQ0=0;QD=34.73;SB=-1.693e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,96:105:99:3647,280,0 chrIV 607060 . GAA G 2237.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.365;DP=92;FS=5.786;HaplotypeScore=86.2971;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.40;MQ0=0;MQRankSum=1.398;QD=24.33;RPA=8,6;RU=A;ReadPosRankSum=0.937;SB=-4.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,79:89:99:2280,199,0 chrIV 611907 . CGCA C 2401.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=223.4479;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.41;MQ0=0;QD=44.48;RPA=3,2;RU=GCA;SB=-1.083e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:54:99:2444,144,0 chrIV 613285 . G GT 1130.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=256.8609;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.30;MQ0=0;QD=20.20;RPA=6,7;RU=T;SB=-3.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,43:56:99:1173,135,0 chrIV 613292 . C CT 1225.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=264.1038;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.47;MQ0=0;QD=23.13;RPA=4,5;RU=T;SB=-3.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,46:53:99:1268,135,0 chrIV 616414 . 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A AT 2781.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=131.7737;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=26.00;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.223e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,103:107:99:2824,294,0 chrIV 621879 . GAAA G 603.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.990;DP=42;FS=11.442;HaplotypeScore=64.5167;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=1.126;QD=14.38;RPA=19,16;RU=A;ReadPosRankSum=1.672;SB=-2.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,13:41:30:646,30,0 chrIV 622049 . C CTT 1349.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=54.8847;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=22.88;RPA=9,11;RU=T;SB=-6.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,43:59:99:1392,134,0 chrIV 624927 . G GA 2518.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=396.4473;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.40;MQ0=0;QD=37.04;SB=-8.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:68:99:2561,193,0 chrIV 629821 . C CT 1394.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.820;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=35.1141;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=1.277;QD=16.61;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.223;SB=-6.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,63:84:99:1437,102,0 chrIV 630833 . GT G 53.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.444;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=26.7800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.194;QD=1.86;RPA=16,15;RU=T;ReadPosRankSum=-1.399;SB=-1.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,7:29:93:93,0,217 chrIV 639892 . G GT 596.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=87.7434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;QD=12.44;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,35:48:76:639,76,0 chrIV 645102 . GA G 826.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.553;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=35.2676;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.36;MQ0=0;MQRankSum=2.029;QD=13.78;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.397;SB=-2.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,39:60:90:869,90,0 chrIV 645240 . TG T 620.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=46.4318;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.94;MQ0=0;QD=28.23;SB=-8.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,20:22:63:663,63,0 chrIV 645497 . G GA 105.48 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=36.8238;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.98;MQ0=1;QD=15.07;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,5:6:12:147,12,0 chrIV 645587 . G GT 309.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.488;DP=37;FS=11.461;HaplotypeScore=318.4955;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.14;MQ0=19;MQRankSum=-1.240;QD=8.35;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=1.488;SB=-6.817e-02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,13:17:21:351,21,0 chrIV 651502 . C CT 1014.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.503;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=462.2453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.733;QD=32.74;ReadPosRankSum=0.391;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,30:31:84:1057,84,0 chrIV 651554 . CT C 2089.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=953.8131;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.99;MQ0=0;QD=32.66;RPA=2,1;RU=T;SB=-3.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:64:99:2132,181,0 chrIV 651568 . GC G 1872.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=1013.9279;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.48;MQ0=0;QD=25.31;RPA=7,6;RU=C;SB=-1.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,65:74:99:1915,192,0 chrIV 652146 . T TAA 4475 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=951.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.36;MQ0=0;QD=35.52;RPA=2,4;RU=A;SB=-1.556e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,108:126:99:4475,334,0 chrIV 652961 . CT C 1381.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=22.7244;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.85;MQ0=1;QD=17.49;RPA=8,7;RU=T;SB=-6.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,70:77:99:1424,171,0 chrIV 653267 . GAC G 1771.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=401.1093;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.03;MQ0=0;QD=29.53;RPA=4,3;RU=AC;SB=-5.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,46:59:99:1814,135,0 chrIV 653335 . TC T 1853.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=247.0745;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.49;MQ0=0;QD=28.52;SB=-6.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,55:65:99:1896,176,0 chrIV 654356 . ACAG A 2408.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=297.4581;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.65;MQ0=3;QD=31.29;SB=-9.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,53:74:99:2451,195,0 chrIV 654811 . CTACCT C 3043.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=293.3699;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.20;MQ0=0;QD=57.43;RPA=2,1;RU=TACCT;SB=-8.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,44:53:99:3086,129,0 chrIV 657606 . TCA T 1830.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=14.8011;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.68;MQ0=0;QD=38.96;RPA=2,1;RU=CA;SB=-8.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,44:47:99:1873,129,0 chrIV 665217 . ATT A 2641.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=217.3615;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.35;MQ0=0;QD=28.11;RPA=9,7;RU=T;SB=-1.054e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,81:94:99:2684,235,0 chrIV 667986 . AT A 2542.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=18.3515;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.14;MQ0=0;QD=33.46;SB=-6.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,73:76:99:2585,205,0 chrIV 668813 . AAG A 579.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=31.5714;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.23;MQ0=0;QD=36.25;SB=-7.900e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48:622,48,0 chrIV 668948 . T TA 118.16 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.688;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=115.1495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=1.425;QD=3.19;ReadPosRankSum=1.776;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,20:37:2:156,0,2 chrIV 671243 . C CT 2137.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=291.4269;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.75;MQ0=0;QD=27.77;RPA=3,4;RU=T;SB=-6.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,76:77:99:2180,219,0 chrIV 677843 . GAA G 1340.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=16.9919;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.70;MQ0=0;QD=27.94;RPA=10,8;RU=A;SB=-2.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,43:48:99:1383,123,0 chrIV 678226 . GT G 752.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.264;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=108.9671;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.890;QD=14.48;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.702;SB=-7.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,40:52:86:795,86,0 chrIV 680128 . CT C 1110.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.397;DP=67;FS=6.785;HaplotypeScore=44.7201;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.023;QD=16.58;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.802;SB=-4.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,53:67:99:1153,127,0 chrIV 681887 . T TCCAGTAG 3530 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=193.9881;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.90;MQ0=0;QD=80.23;SB=-1.043e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,34:44:99:3530,120,0 chrIV 683941 . T TA 2558.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.630;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=337.8955;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=1.693;QD=24.14;RPA=3,4;RU=A;ReadPosRankSum=-0.591;SB=-7.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,97:106:99:2601,248,0 chrIV 687863 . C CT 1831.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.208;DP=82;FS=5.963;HaplotypeScore=193.3730;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.547;QD=22.34;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.901;SB=-4.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,78:82:99:1874,200,0 chrIV 688005 . G GA 340.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.347;DP=32;FS=5.229;HaplotypeScore=50.1702;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.694;QD=10.66;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-1.561;SB=-9.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,12:32:37:383,37,0 chrIV 688062 . C CT,CTT 623.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.269;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=171.2611;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=49.79;MQ0=0;MQRankSum=0.057;QD=9.75;RPA=14,15,16;RU=T;ReadPosRankSum=1.004;SB=-2.797e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:31,24,7:64:69:702,100,69,335,0,375 chrIV 691301 . TTATTTA T 4692 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=269.2651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.09;MQ0=0;QD=62.56;SB=-3.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,68:75:99:4692,199,0 chrIV 693401 . TAA T 2675.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=22.1569;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.45;MQ0=0;QD=37.17;RPA=5,3;RU=A;SB=-8.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,71:72:99:2718,211,0 chrIV 694047 . G GTTA 4119 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=392.8976;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.73;MQ0=0;QD=44.29;RPA=1,2;RU=TTA;SB=-1.669e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,73:93:99:4119,244,0 chrIV 694246 . A AT 1646.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=512.8040;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.48;MQ0=0;QD=20.33;RPA=2,3;RU=T;SB=-7.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,61:81:99:1689,195,0 chrIV 694249 . A ATG 2953.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=383.7940;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.14;MQ0=0;QD=38.36;SB=-1.255e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,60:77:99:2996,217,0 chrIV 694840 . A ACAG 1475.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.554;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=169.7505;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.20;MQ0=0;MQRankSum=0.173;QD=29.52;RPA=6,7;RU=CAG;ReadPosRankSum=-0.725;SB=-5.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,34:50:39:1518,39,0 chrIV 701136 . AGAGTATTTCCCCAGG A 8323 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=121.9334;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.96;MQ0=0;QD=138.72;SB=-3.843e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:60:99:8323,165,0 chrIV 713058 . AG A 3667 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=871.7240;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.63;MQ0=0;QD=33.64;SB=-1.283e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,99:109:99:3667,319,0 chrIV 713187 . T TA 1605.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=213.6839;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.10;MQ0=0;QD=23.97;RPA=4,5;RU=A;SB=-5.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,60:67:99:1648,171,0 chrIV 720543 . A AAAGACAAAAGCAAGCT 3413 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=12.1179;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.36;MQ0=0;QD=71.10;RPA=1,2;RU=AAGACAAAAGCAAGCT;SB=-1.456e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,32:48:96:3413,96,0 chrIV 721191 . AGTTGGCTTTTCG A 2966.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=44.0340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.13;MQ0=0;QD=70.64;SB=-1.017e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,37:42:99:3009,105,0 chrIV 721724 . GA G 1223.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=22.2332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.65;MQ0=0;QD=19.12;RPA=9,8;RU=A;SB=-3.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,56:64:99:1266,156,0 chrIV 722221 . G GA 227.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.992;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=46.4058;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.744;QD=7.86;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-1.240;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,14:29:36:270,36,0 chrIV 722250 . TAA T 300.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.256;DP=15;FS=18.195;HaplotypeScore=90.8897;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.967;QD=20.01;RPA=7,5;RU=A;ReadPosRankSum=-2.256;SB=-1.621e-01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,11:15:17:342,17,0 chrIV 722932 . C CTTAT 1250.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.375;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=260.6893;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.377;QD=20.51;RPA=1,2;RU=TTAT;ReadPosRankSum=-0.776;SB=-4.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,17:61:94:1293,94,0 chrIV 727773 . T TA 2455.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=30.6290;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.51;MQ0=0;QD=26.99;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.163e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,83:91:99:2498,249,0 chrIV 732978 . T TA 2026.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=86.3174;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.99;MQ0=0;QD=22.52;RPA=7,8;RU=A;SB=-6.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,80:90:99:2069,237,0 chrIV 733063 . TG T 3117.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=299.1023;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;QD=34.26;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.180e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,87:91:99:3160,271,0 chrIV 733497 . A ATT 2713.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=84.0012;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;QD=22.62;RPA=11,13;RU=T;SB=-4.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,85:120:99:2756,262,0 chrIV 746353 . CA C 533.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.035;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=34.1931;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.094;QD=11.36;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.094;SB=-2.779e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,30:47:39:576,39,0 chrIV 747085 . G GCAACAACAACAACAA 5088 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=121.0856;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.19;MQ0=0;QD=69.70;RPA=7,12;RU=CAA;SB=-1.758e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,45:73:99:5088,129,0 chrIV 748524 . TAA T 801.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=15.6832;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.13;MQ0=0;QD=27.65;RPA=14,12;RU=A;SB=-9.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,27:29:81:844,81,0 chrIV 751436 . T TA 1279.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.340;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=167.3583;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.471;QD=19.69;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.948;SB=-6.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,50:65:99:1322,134,0 chrIV 751579 . T TG 2983.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=170.1159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.54;MQ0=0;QD=32.43;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.140e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,88:92:99:3026,256,0 chrIV 753495 . A AT 2073.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=234.4475;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.020;QD=23.30;ReadPosRankSum=1.080;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,81:88:99:2116,239,0 chrIV 770059 . CT C 2124.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=31.9314;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.33;MQ0=0;QD=22.61;RPA=8,7;RU=T;SB=-5.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,86:94:99:2167,258,0 chrIV 771502 . AC A 5500 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=172;FS=0.000;HaplotypeScore=50.4292;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=31.98;SB=-1.135e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,170:172:99:5500,499,0 chrIV 776051 . TA T 5072 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=510.9655;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;QD=33.81;SB=-2.338e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,146:150:99:5072,406,0 chrIV 781986 . CT C 1957.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.176;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=34.3248;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.318;QD=17.03;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.619;SB=-8.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,93:115:99:2000,214,0 chrIV 794603 . T TG 1535.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=22.4341;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.37;MQ0=0;QD=26.48;RPA=4,5;RU=G;SB=-5.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,53:58:99:1578,156,0 chrIV 795607 . TA T 3943 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=510.1956;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.95;MQ0=0;QD=36.17;SB=-1.903e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:109:99:3943,310,0 chrIV 801680 . CTCTTCTTCT C 2375.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=22.0556;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.01;MQ0=0;QD=40.27;RPA=13,10;RU=TCT;SB=-6.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,35:59:87:2418,87,0 chrIV 801927 . TCATCTTCATCTC T 6031 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.591;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=286.5803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=58.55;ReadPosRankSum=0.591;SB=-2.925e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:71,30:103:99:6031,241,0 chrIV 802850 . TGAC T 591.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.536;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=424.4934;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.315;QD=25.74;ReadPosRankSum=3.466;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,17:23:99:631,0,114 chrIV 802854 . TAGAGATG T 1373.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.583;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=351.2481;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.678;QD=59.74;ReadPosRankSum=1.583;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,17:23:51:1416,51,0 chrIV 803160 . A AT 127.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=26.3423;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.15;MQ0=4;QD=14.14;RPA=2,3;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,5:5:15:169,15,0 chrIV 803169 . AC A 99.48 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=29.1011;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.22;MQ0=6;QD=9.04;RPA=2,1;RU=C;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,5:5:12:141,12,0 chrIV 806445 . G GA 1659.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=250.9014;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.05;MQ0=0;QD=28.13;RPA=1,2;RU=A;SB=-8.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,46:59:99:1702,150,0 chrIV 806484 . T TC 1640.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=743.7201;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.65;MQ0=0;QD=20.77;RPA=1,2;RU=C;SB=-5.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,68:79:99:1683,202,0 chrIV 807907 . A AT 1485.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=157.7062;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.58;MQ0=0;QD=18.57;RPA=6,7;RU=T;SB=-6.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,58:80:99:1528,171,0 chrIV 808170 . A AT 1974.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=34.5064;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.86;MQ0=0;QD=19.36;RPA=9,10;RU=T;SB=-5.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,76:102:99:2017,243,0 chrIV 812962 . CATAT C,CAT 1556.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=147.5743;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.86;MQ0=0;QD=25.52;RPA=9,7,8;RU=AT;SB=-6.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:12,5,0:61:74:1635,1329,1345,218,0,74 chrIV 813091 . TTG T 3956 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=29.9019;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.25;MQ0=0;QD=41.21;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,91:96:99:3956,271,0 chrIV 817531 . T TA 2030.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.222;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=37.6959;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.04;MQ0=0;MQRankSum=0.756;QD=17.21;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.233;SB=-5.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,95:118:99:2073,106,0 chrIV 817682 . AAT A 1553.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=15.8728;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.65;MQ0=0;QD=28.78;RPA=3,2;RU=AT;SB=-6.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,37:54:99:1596,126,0 chrIV 821075 . T TAAA 2059.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.599;DP=65;FS=5.699;HaplotypeScore=46.4977;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.27;MQ0=0;MQRankSum=0.600;QD=31.69;RPA=8,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.666;SB=-4.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,48:65:99:2102,147,0 chrIV 835638 . G GA 737.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.006;DP=86;FS=1.165;HaplotypeScore=95.9517;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.83;MQ0=0;MQRankSum=0.680;QD=8.58;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.661;SB=-2.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,34:86:99:777,0,131 chrIV 836091 . AT A 2236.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=284.9030;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.25;MQ0=0;QD=30.64;RPA=2,1;RU=T;SB=-9.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,71:73:99:2279,199,0 chrIV 838087 . T TAACAAG 908.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=88.2304;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.39;MQ0=0;QD=45.45;RPA=1,2;RU=AACAAG;SB=-4.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,18:20:54:951,54,0 chrIV 838275 . C CA 454.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=16.3080;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=16.25;RPA=10,11;RU=A;SB=-7.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,15:28:63:497,63,0 chrIV 840497 . AT A 1816.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=107.3480;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;QD=25.24;RPA=5,4;RU=T;SB=-4.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,69:72:99:1859,204,0 chrIV 842083 . TTCA T 2363.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=329.8991;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.44;MQ0=0;QD=45.46;RPA=2,1;RU=TCA;SB=-1.162e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:52:99:2406,150,0 chrIV 843550 . A AT 632.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=352.7960;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=23.44;RPA=1,2;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:27:78:675,78,0 chrIV 843565 . CTTA C 1655.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=286.6635;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=55.20;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:87:1698,87,0 chrIV 845132 . T TC 2199.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=269.1771;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.96;MQ0=0;QD=28.57;RPA=2,3;RU=C;SB=-1.060e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,70:77:99:2242,207,0 chrIV 845414 . TA T 2653.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=302.3872;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.08;MQ0=0;QD=18.18;RPA=10,9;RU=A;SB=-1.269e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,121:146:99:2696,344,0 chrIV 849399 . G GTCT 2788.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=207.0895;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.28;MQ0=0;QD=47.27;RPA=1,2;RU=TCT;SB=-1.315e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,53:59:99:2831,160,0 chrIV 854086 . AT A 2047.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=180.1053;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.48;RPA=9,8;RU=T;SB=-6.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,81:100:99:2090,257,0 chrIV 854120 . GA G 2635.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=182.0184;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.10;MQ0=0;QD=24.18;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.004e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,100:109:99:2678,300,0 chrIV 867984 . TA T 1272.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=242.1926;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.60;MQ0=0;QD=17.93;RPA=11,10;RU=A;SB=-3.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,63:71:99:1315,162,0 chrIV 868111 . CA C 1191.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=25.0435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.15;MQ0=0;QD=22.07;RPA=6,5;RU=A;SB=-4.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,51:54:99:1234,141,0 chrIV 871818 . A AAAG 780.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=58.1865;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.35;MQ0=0;QD=35.50;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,7:21:51:823,51,0 chrIV 871823 . T TAC 230.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=99.2246;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.55;MQ0=0;QD=15.33;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,5:14:22:272,22,0 chrIV 884286 . A AT 565.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=63.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.78;MQ0=0;QD=17.69;RPA=11,12;RU=T;SB=-2.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,26:32:77:608,77,0 chrIV 884500 . CT C 637.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=17.6462;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.49;MQ0=0;QD=18.23;RPA=9,8;RU=T;SB=-2.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,30:34:84:680,84,0 chrIV 927319 . C CTT 1115.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=30.2929;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.36;MQ0=0;QD=20.29;RPA=10,12;RU=T;SB=-4.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,22:55:99:1158,115,0 chrIV 927438 . G GT 1213.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.331;DP=67;FS=5.726;HaplotypeScore=24.0697;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.523;QD=18.12;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.464;SB=-1.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,55:67:99:1256,120,0 chrIV 929184 . AT A 204.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=19.3392;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.45;MQ0=0;QD=10.25;RPA=12,11;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,12:20:33:247,33,0 chrIV 950553 . A AT 4368 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;FS=0.000;HaplotypeScore=210.6691;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;QD=26.31;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.666e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,127:166:99:4368,364,0 chrIV 955986 . GA G 768.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.008;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=273.9933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.00;MQ0=0;MQRankSum=1.534;QD=7.84;RPA=16,15;RU=A;ReadPosRankSum=1.231;SB=-3.859e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:63,30:97:4:808,4,0 chrIV 957628 . CT C 1207.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.893;DP=101;FS=6.738;HaplotypeScore=63.3222;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.969;QD=11.96;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.247;SB=-3.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,67:101:66:1250,66,0 chrIV 960216 . TG T 2067.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=571.8481;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.11;MQ0=0;QD=25.53;SB=-4.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,66:81:99:2110,203,0 chrIV 960218 . TGG T 2666.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=493.8216;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.20;MQ0=0;QD=37.56;RPA=3,1;RU=G;SB=-5.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,66:71:99:2709,213,0 chrIV 960412 . C CT 964.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.069;DP=63;FS=1.738;HaplotypeScore=110.4331;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.867;QD=15.30;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.592;SB=-4.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,51:63:22:1006,22,0 chrIV 974328 . C CAT 1025.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=47;FS=3.310;HaplotypeScore=14.0173;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.21;MQ0=0;MQRankSum=0.462;QD=21.83;RPA=4,5;RU=AT;ReadPosRankSum=-0.462;SB=-4.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,32:47:52:1068,52,0 chrIV 977331 . AT A 1204.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.152;DP=70;FS=3.245;HaplotypeScore=28.0982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.672;QD=17.21;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.638;SB=-5.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,60:70:99:1247,145,0 chrIV 1002291 . AT A 1197.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.745;DP=94;FS=2.766;HaplotypeScore=53.8683;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.137;QD=12.74;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.647;SB=-4.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,67:94:99:1240,139,0 chrIV 1012110 . A ATT 2336.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.219;DP=113;FS=5.778;HaplotypeScore=135.0743;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.692;QD=20.68;RPA=11,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.617;SB=-5.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:50,49:110:99:2379,213,0 chrIV 1013362 . C CA 1366.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.538;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=126.9941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.254;QD=21.36;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.299;SB=-4.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,61:64:99:1409,149,0 chrIV 1014377 . CG C 832.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=11.6277;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;QD=25.24;RPA=3,2;RU=G;SB=-3.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,29:33:78:875,78,0 chrIV 1035649 . CAATGCATCA C 6058 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=625.3586;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.45;MQ0=0;QD=94.66;SB=-2.810e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,54:64:99:6058,163,0 chrIV 1035661 . TC T 1772.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=1006.9877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.85;MQ0=0;QD=32.24;RPA=2,1;RU=C;SB=-8.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,54:55:99:1815,165,0 chrIV 1037059 . TCC T 2219.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=106.5159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.00;MQ0=0;QD=40.36;SB=-1.060e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:55:99:2262,151,0 chrIV 1038255 . G GT 2683.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=120.6515;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.01;MQ0=0;QD=23.14;RPA=4,5;RU=T;SB=-9.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,104:116:99:2726,288,0 chrIV 1038649 . GTCATCA G 3402 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=189.1173;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.39;MQ0=0;MQRankSum=0.693;QD=36.58;RPA=10,8;RU=TCA;ReadPosRankSum=-0.139;SB=-1.337e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,54:93:99:3402,145,0 chrIV 1054746 . CTTTTTAAAAAAAAAAAT C 6308 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=225.1038;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.68;MQ0=0;QD=116.81;SB=-2.038e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,37:54:99:6308,114,0 chrIV 1054847 . AT A 1246.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.160;DP=96;FS=2.946;HaplotypeScore=70.2239;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.51;MQ0=0;MQRankSum=1.334;QD=12.99;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.715;SB=-5.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,66:96:99:1289,137,0 chrIV 1055136 . G GA 3343 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=150.8841;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.90;MQ0=0;QD=28.09;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.068e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,112:119:99:3343,334,0 chrIV 1056075 . C CGCT 1544.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=378.7167;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.80;MQ0=0;QD=35.11;RPA=4,5;RU=GCT;SB=-5.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,28:44:99:1587,105,0 chrIV 1057882 . TTTC T 810.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=83.9946;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.25;MQ0=0;QD=23.85;RPA=2,1;RU=TTC;SB=-2.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,31:34:66:853,66,0 chrIV 1059951 . GAAA G 1253.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.782;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=522.1795;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.91;MQ0=0;MQRankSum=-2.624;QD=13.48;RPA=5,2;RU=A;ReadPosRankSum=-1.340;SB=-5.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,28:93:99:1293,0,2062 chrIV 1067616 . C CA 1783.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=144.3628;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.43;MQ0=0;QD=20.74;RPA=8,9;RU=A;SB=-7.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,70:86:99:1826,218,0 chrIV 1071391 . GT G 2065.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=209.2583;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.62;MQ0=0;QD=24.31;RPA=6,5;RU=T;SB=-8.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,79:85:99:2108,234,0 chrIV 1073672 . A AC 4002 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=786.4843;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.62;MQ0=0;QD=33.92;SB=-1.481e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,104:118:99:4002,319,0 chrIV 1075461 . G GA 2792.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=360.5502;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.66;MQ0=0;QD=23.47;RPA=6,7;RU=A;SB=-9.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,102:119:99:2835,320,0 chrIV 1078881 . G GA 1630.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=125.9326;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=23.64;RPA=6,7;RU=A;SB=-6.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,62:69:99:1673,186,0 chrIV 1079010 . ATTT AT,A 829.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.177;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=82.6423;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=0.032;QD=12.97;RPA=20,18,17;RU=T;ReadPosRankSum=-3.048;SB=-2.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:31,0,8:64:99:908,187,115,394,0,441 chrIV 1080944 . GTGTATGTAATGTTAAGCGCTAAATA G 2380.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=21.8001;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.24;MQ0=0;QD=91.58;RPA=2,1;RU=TGTATGTAATGTTAAGCGCTAAATA;SB=-4.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,10:26:33:2423,33,0 chrIV 1081067 . A AT 1021.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=105.6040;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.13;MQ0=0;QD=18.25;RPA=9,10;RU=T;SB=-2.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,48:56:99:1064,129,0 chrIV 1084685 . GA G 871.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.009;DP=58;FS=9.525;HaplotypeScore=32.5486;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.258;QD=15.03;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=-1.013;SB=-4.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,47:58:60:914,60,0 chrIV 1087309 . GT G 2382.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=518.3696;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.71;MQ0=0;QD=33.56;SB=-9.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:71:99:2425,192,0 chrIV 1090113 . GAAAA G 1510.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.856;DP=65;FS=8.720;HaplotypeScore=420.8279;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.419;QD=23.25;RPA=17,13;RU=A;ReadPosRankSum=1.522;SB=-7.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,26:65:77:1553,77,0 chrIV 1095357 . GA G 1499.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=17.3852;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.34;MQ0=0;QD=23.44;RPA=6,5;RU=A;SB=-5.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,62:64:99:1542,171,0 chrIV 1105909 . AT A 648.24 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.096;DP=80;FS=7.589;HaplotypeScore=51.2043;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=0.452;QD=8.10;RPA=16,15;RU=T;ReadPosRankSum=0.780;SB=-1.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,43:80:9:687,0,9 chrIV 1108511 . T TC 3326 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=415.5754;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.16;MQ0=0;QD=36.96;SB=-9.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:90:99:3326,262,0 chrIV 1108600 . GAAA GA,G 1225.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=120.8422;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.39;MQ0=0;QD=10.95;RPA=16,14,13;RU=A;SB=-3.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:48,0,12:112:75:1304,206,75,739,0,882 chrIV 1110188 . GA G 321.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9170;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.83;RPA=4,3;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36:364,36,0 chrIV 1111863 . AT A 2337.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=77.2482;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.08;MQ0=0;MQRankSum=1.695;QD=20.51;RPA=7,6;RU=T;ReadPosRankSum=1.695;SB=-1.039e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,100:113:99:2380,275,0 chrIV 1111980 . CCTATTTATGTTGAAGCTT C 10648 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=21.3231;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.60;MQ0=0;QD=134.78;RPA=2,1;RU=CTATTTATGTTGAAGCTT;SB=-3.341e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,60:79:99:10648,181,0 chrIV 1114425 . T TA 2702.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=259.5211;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.65;MQ0=0;QD=26.24;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.361e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,97:103:99:2745,289,0 chrIV 1120526 . A AAAAGAAATAAGATCT 6942 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=20.7854;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.70;MQ0=0;QD=117.66;SB=-1.144e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,32:59:99:6942,156,0 chrIV 1126223 . CTA C 2748.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=520.6048;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.08;MQ0=0;QD=24.33;RPA=7,6;RU=TA;SB=-1.010e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,74:113:99:2791,240,0 chrIV 1130896 . T TA 234.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.508;DP=39;FS=2.783;HaplotypeScore=96.9863;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.51;MQ0=0;MQRankSum=2.063;QD=6.02;ReadPosRankSum=1.944;SB=-4.400e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,21:38:48:274,0,48 chrIV 1135519 . AT A 1454.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=16.9554;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.98;MQ0=0;QD=25.09;RPA=5,4;RU=T;SB=-5.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,53:58:99:1497,159,0 chrIV 1135689 . GA G 807.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.549;DP=59;FS=3.340;HaplotypeScore=49.2418;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.96;MQ0=0;MQRankSum=0.972;QD=13.69;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.648;SB=-3.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,42:59:97:850,97,0 chrIV 1149541 . T TA 4946 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=170;FS=0.000;HaplotypeScore=579.3373;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.64;MQ0=0;QD=29.09;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.667e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,166:170:99:4946,466,0 chrIV 1150910 . A AG 2764.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=298.2137;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.39;MQ0=1;QD=26.84;RPA=2,3;RU=G;SB=-1.317e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,99:94:99:2807,259,0 chrIV 1151676 . AT A 1507.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=178.1629;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.78;MQ0=0;QD=28.45;RPA=3,2;RU=T;SB=-7.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,50:53:99:1550,141,0 chrIV 1156457 . TA T 544.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.135;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=129.0085;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.299;QD=10.69;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.614;SB=-2.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,38:51:62:587,62,0 chrIV 1156518 . T TAA 1084.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=57.5437;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.76;MQ0=0;QD=24.11;RPA=10,12;RU=A;SB=-3.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,21:45:99:1127,116,0 chrIV 1156743 . T TG 1007.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=50.4716;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=29.65;RPA=3,4;RU=G;SB=-4.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,33:34:99:1050,99,0 chrIV 1156939 . G GT 679.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=148.4976;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.17;MQ0=0;QD=24.28;RPA=4,5;RU=T;SB=-2.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,25:28:75:722,75,0 chrIV 1156989 . A ATTTCATT 2542.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=122.0639;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.92;MQ0=0;QD=79.47;SB=-9.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,23:32:90:2585,90,0 chrIV 1166609 . G GT 1252.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=245.9396;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=20.54;RPA=7,8;RU=T;SB=-4.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,57:61:99:1295,155,0 chrIV 1166960 . TTA T 1763.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=252.8615;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.48;MQ0=0;QD=28.00;RPA=6,5;RU=TA;SB=-6.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,52:63:99:1806,150,0 chrIV 1174179 . C CA 1773.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=136.3919;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.12;MQ0=0;QD=25.34;RPA=5,6;RU=A;SB=-7.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:70:99:1816,195,0 chrIV 1174453 . TAAA T 2735.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=191.5534;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.96;MQ0=0;QD=33.78;RPA=11,8;RU=A;SB=-1.168e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,64:81:99:2778,198,0 chrIV 1174736 . C CA 3765 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=566.4639;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.07;MQ0=0;QD=35.52;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.565e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,103:106:99:3765,313,0 chrIV 1229214 . TAC T 1464.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=26.2851;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.11;MQ0=0;QD=25.70;RPA=5,4;RU=AC;SB=-3.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,49:57:99:1507,138,0 chrIV 1233618 . GTTAA G 2457.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=315.9101;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.97;MQ0=0;QD=50.16;RPA=3,2;RU=TTAA;SB=-6.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,44:49:99:2500,132,0 chrIV 1236280 . A AT 821.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.878;DP=57;FS=3.245;HaplotypeScore=221.9511;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.52;MQ0=0;MQRankSum=0.878;QD=14.42;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=2.250;SB=-1.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,40:57:71:864,71,0 chrIV 1237589 . CT C 862.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=86.1719;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=15.69;RPA=12,11;RU=T;SB=-4.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,43:55:99:905,119,0 chrIV 1241185 . GT G 2335.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=35.3856;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.55;MQ0=0;QD=24.59;RPA=5,4;RU=T;SB=-4.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,88:95:99:2378,252,0 chrIV 1242116 . T TG 1620.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=165.5107;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.41;MQ0=0;QD=25.33;RPA=5,6;RU=G;SB=-6.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,58:64:99:1663,171,0 chrIV 1242276 . GAA G 705.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=68.7726;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;QD=20.17;RPA=11,9;RU=A;SB=-3.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,24:35:69:748,69,0 chrIV 1243001 . GT G 2740.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=25.3579;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.42;MQ0=0;QD=34.70;RPA=2,1;RU=T;SB=-2.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,75:79:99:2783,229,0 chrIV 1246059 . G GA 4410 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=43.1649;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.25;MQ0=0;QD=31.50;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.087e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,139:140:99:4410,415,0 chrIV 1252244 . A AG 934.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.953;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=147.5992;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.43;MQ0=0;MQRankSum=1.213;QD=19.48;ReadPosRankSum=0.953;SB=-4.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,43:48:99:977,117,0 chrIV 1254534 . AT A 1013.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.529;DP=74;FS=5.936;HaplotypeScore=186.3705;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.98;MQ0=0;MQRankSum=0.577;QD=13.70;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.917;SB=-2.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,50:74:99:1056,127,0 chrIV 1257252 . AT A 1593.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=192.8202;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.38;MQ0=0;QD=23.10;RPA=7,6;RU=T;SB=-5.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,62:69:99:1636,192,0 chrIV 1261422 . G GTTT 2874.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=298.6202;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.48;MQ0=0;QD=49.57;RPA=1,4;RU=T;SB=-4.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,53:58:99:2917,163,0 chrIV 1266255 . C CTT 1885.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.688;DP=97;FS=5.846;HaplotypeScore=113.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=0.214;QD=19.44;RPA=12,14;RU=T;ReadPosRankSum=-0.546;SB=-4.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,61:97:99:1928,165,0 chrIV 1266982 . A AATC 2370.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=89.6542;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.55;MQ0=0;QD=44.74;RPA=1,2;RU=ATC;SB=-1.036e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,48:53:99:2413,138,0 chrIV 1269267 . TGAA T 1321.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=10.0874;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.07;MQ0=0;QD=34.79;RPA=5,4;RU=GAA;SB=-5.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,32:38:90:1364,90,0 chrIV 1269508 . G GAAA 2753.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.418;DP=111;FS=6.428;HaplotypeScore=120.8555;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.31;MQ0=0;MQRankSum=1.777;QD=24.81;RPA=9,12;RU=A;ReadPosRankSum=2.354;SB=-1.340e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,74:110:99:2796,197,0 chrIV 1272102 . CT C 738.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=167.1858;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.55;MQ0=0;QD=13.68;RPA=11,10;RU=T;SB=-3.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,35:54:99:781,104,0 chrIV 1274074 . G GA 1755.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=36.1773;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.93;MQ0=0;QD=21.95;RPA=6,7;RU=A;SB=-6.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,74:80:99:1798,201,0 chrIV 1277186 . AT A 2680.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=213.1492;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.22;MQ0=0;QD=27.64;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.327e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,94:97:99:2723,247,0 chrIV 1277597 . G GA 1012.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.356;DP=60;FS=3.882;HaplotypeScore=25.4527;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.130;QD=16.88;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.000;SB=-4.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,49:60:99:1055,110,0 chrIV 1278545 . G GA 1324.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.756;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=162.1279;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=0.938;QD=12.99;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=0.993;SB=-6.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,62:102:92:1367,92,0 chrIV 1279164 . AAC A 3117.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=283.0545;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;QD=25.35;RPA=7,6;RU=AC;SB=-1.238e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,97:123:99:3160,265,0 chrIV 1279422 . T TAATGCGCAC 5571 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=166.6963;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.93;MQ0=0;QD=88.43;RPA=1,2;RU=AATGCGCAC;SB=-2.134e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,54:63:99:5571,163,0 chrIV 1283813 . CT C 422.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=117.3707;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.98;MQ0=0;QD=12.44;RPA=8,7;RU=T;SB=-2.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,22:34:58:465,58,0 chrIV 1289138 . A AT 2490.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=282.4112;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=26.50;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.148e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,92:94:99:2533,264,0 chrIV 1302220 . C CTTT 5058 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=79.4497;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.03;MQ0=0;QD=32.63;RPA=9,12;RU=T;SB=-1.381e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,119:154:99:5058,366,0 chrIV 1305680 . TG T 1614.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=82.1287;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.82;MQ0=0;QD=31.67;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,42:51:99:1657,141,0 chrIV 1305715 . A AT 877.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=150.8285;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.61;MQ0=0;QD=17.92;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,41:49:99:920,102,0 chrIV 1319345 . TA T 4598 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=505.7295;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.80;MQ0=0;QD=32.61;RPA=2,1;RU=A;SB=-2.116e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,132:141:99:4598,388,0 chrIV 1330230 . G GT 2235.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=30.0157;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;QD=27.60;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.122e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,77:81:99:2278,214,0 chrIV 1334562 . TA T 2857.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=36.3765;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=34.43;SB=-1.288e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:83:99:2900,226,0 chrIV 1334749 . GA G 1427.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=228.2363;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.47;MQ0=0;QD=19.83;RPA=6,5;RU=A;SB=-7.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,65:72:99:1470,160,0 chrIV 1334776 . A ACCCCC,ACCCC 1286.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=178.4650;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=42.16;MQ0=0;QD=22.98;RPA=7,12,11;RU=C;SB=-5.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:31,8,12:56:99:1365,308,235,211,0,139 chrIV 1339443 . 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A AT 1398.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=99.3084;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=21.20;RPA=8,9;RU=T;SB=-3.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,58:66:99:1441,171,0 chrIV 1345379 . C CA 1171.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=11.0440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.28;MQ0=0;QD=34.47;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:96:1214,96,0 chrIV 1346537 . CTGCTGT C 3552 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=41.1238;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.01;MQ0=0;QD=54.65;RPA=4,3;RU=TGCTGT;SB=-6.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,52:65:99:3552,153,0 chrIV 1352454 . TAA T 3994 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=44.4282;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.32;MQ0=1;QD=26.10;RPA=8,6;RU=A;SB=-8.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,129:152:99:3994,346,0 chrIV 1352723 . 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T TA 1528.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.830;DP=102;FS=3.933;HaplotypeScore=62.0693;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.189;QD=14.99;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.325;SB=-6.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,72:102:99:1571,100,0 chrIV 1398960 . CA C 1883.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=134.4791;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.41;MQ0=0;QD=20.04;RPA=8,7;RU=A;SB=-8.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,83:94:99:1926,231,0 chrIV 1401450 . A AC 2159.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=34.6086;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.670;QD=23.48;RPA=3,4;RU=C;ReadPosRankSum=-0.439;SB=-8.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,83:92:99:2202,220,0 chrIV 1404363 . TA T 2755.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=37.5835;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.98;MQ0=0;QD=21.87;RPA=7,6;RU=A;SB=-9.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,116:126:99:2798,327,0 chrIV 1406435 . CA C 2822.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=162.2774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.11;MQ0=0;QD=35.73;SB=-1.126e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:79:99:2865,223,0 chrIV 1410138 . A AT 3984 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=266.0036;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=30.41;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.522e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,126:131:99:3984,370,0 chrIV 1411307 . GAA G 2040.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=370.4762;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.78;MQ0=0;QD=39.25;RPA=3,1;RU=A;SB=-9.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,47:52:99:2083,141,0 chrIV 1412326 . GT G 2249.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=37.5178;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.57;MQ0=0;QD=18.91;RPA=9,8;RU=T;SB=-4.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,103:119:99:2292,281,0 chrIV 1414308 . 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T TTA 4246 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=915.3811;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.72;MQ0=0;QD=30.99;RPA=3,4;RU=TA;SB=-1.571e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,100:137:99:4246,325,0 chrIV 1428180 . CT C 1368.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=215.1064;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.55;MQ0=0;QD=20.74;RPA=7,6;RU=T;SB=-6.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,57:66:99:1411,162,0 chrIV 1428237 . A AAACAGAAG 11856 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=304.6431;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.55;MQ0=0;QD=89.82;SB=-3.588e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,97:132:99:11856,367,0 chrIV 1428338 . G GA 2505.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=512.3891;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.27;MQ0=0;QD=25.83;RPA=4,5;RU=A;SB=-6.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,87:97:99:2548,270,0 chrIV 1429311 . 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T TA 701.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.102;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=108.3286;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=0.249;QD=15.60;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.817;SB=-3.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,36:45:59:744,59,0 chrIV 1450500 . AC A 2124.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=160.6396;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.69;MQ0=0;QD=33.73;SB=-1.066e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,62:63:99:2167,187,0 chrIV 1450690 . A AT 1826.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=417.8124;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.24;MQ0=0;QD=22.84;RPA=5,6;RU=T;SB=-7.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,68:80:99:1869,204,0 chrIV 1451128 . A AT 1130.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.107;DP=69;FS=2.008;HaplotypeScore=301.1201;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.488;QD=16.39;ReadPosRankSum=1.821;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,46:69:99:1173,120,0 chrIV 1453159 . 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TACTATA T 3179.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=275.4971;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.77;MQ0=0;QD=57.82;RPA=2,1;RU=ACTATA;SB=-9.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,46:55:99:3222,129,0 chrIV 1462274 . G GA 1813.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=29.4475;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;QD=21.85;RPA=6,7;RU=A;SB=-7.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,68:83:99:1856,207,0 chrIV 1466418 . GTTT G 763.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.605;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=89.8949;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.05;MQ0=0;MQRankSum=1.605;QD=15.58;RPA=17,14;RU=T;ReadPosRankSum=1.605;SB=-4.136e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,19:49:72:805,72,0 chrIV 1468506 . C CA 766.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.066;DP=64;FS=3.779;HaplotypeScore=90.0152;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.092;QD=11.98;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=0.670;SB=-3.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,31:64:9:808,9,0 chrIV 1468657 . CA C 1486.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=84.9743;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.97;MQ0=0;QD=23.23;RPA=6,5;RU=A;SB=-4.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,61:64:99:1529,171,0 chrIV 1468883 . GT G 1314.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=244.7846;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.81;MQ0=0;QD=26.30;RPA=5,4;RU=T;SB=-3.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:50:99:1357,144,0 chrIV 1469091 . GA G 1308.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.169;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=160.0579;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.508;QD=15.96;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.525;SB=-4.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,66:82:99:1351,117,0 chrIV 1469241 . G GA 1247.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=256.5454;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.45;MQ0=0;QD=22.69;RPA=4,5;RU=A;SB=-5.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,49:55:99:1290,146,0 chrIV 1470478 . TA T 1869.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=61.1121;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.65;MQ0=0;QD=19.48;RPA=11,10;RU=A;SB=-9.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,88:96:99:1912,248,0 chrIV 1470991 . C CT 2043.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=18.1286;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;QD=32.97;RPA=1,2;RU=T;SB=-5.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,60:62:99:2086,172,0 chrIV 1471484 . C CATATAT 345.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=93.0385;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.03;MQ0=0;QD=10.79;RPA=5,8;RU=AT;SB=-1.543e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,12:32:15:387,15,0 chrIV 1476640 . TCC T 1329.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=37.5574;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.32;MQ0=0;QD=29.55;RPA=8,6;RU=C;SB=-5.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,36:45:99:1372,105,0 chrIV 1485402 . C CA 671.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.232;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=187.6273;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.95;MQ0=0;MQRankSum=0.549;QD=16.00;ReadPosRankSum=0.915;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,32:42:79:714,79,0 chrIV 1487384 . CA C 768.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.945;DP=61;FS=4.561;HaplotypeScore=60.2211;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.135;QD=12.59;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.101;SB=-3.651e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,39:61:21:810,21,0 chrIV 1487534 . CAT C 3521 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=351.4592;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.46;MQ0=0;QD=30.89;RPA=3,2;RU=AT;SB=-1.715e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,99:114:99:3521,268,0 chrIV 1492503 . T TG 2613.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=20.2389;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;QD=37.88;SB=-8.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,68:69:99:2656,205,0 chrIV 1493233 . CTGGATTCTTTTGTACTAACCTCTA C 10544 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=138.8963;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.48;MQ0=0;QD=175.73;SB=-5.267e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,45:60:99:10544,132,0 chrIV 1494413 . CAA C 1257.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.980;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=32.8647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.213;QD=15.92;RPA=15,13;RU=A;ReadPosRankSum=2.130;SB=-6.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,43:79:99:1300,114,0 chrIV 1496147 . A AT 1520.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=46.5124;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.28;MQ0=0;QD=22.70;RPA=7,8;RU=T;SB=-4.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,60:67:99:1563,180,0 chrIV 1503915 . GTCTC G 546.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.100;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=343.0249;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.274;QD=39.07;ReadPosRankSum=1.369;SB=-9.900e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,12:14:94:586,0,94 chrIV 1503920 . AGC A 302.99 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.526;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=391.0825;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=0.217;QD=18.94;ReadPosRankSum=1.371;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,12:16:21:342,0,21 chrIV 1505479 . C CT 1867.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=55.5046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=1.498;QD=21.23;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.592;SB=-8.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,73:88:99:1910,218,0 chrIV 1505853 . AT A 2480.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=20.0242;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.10;MQ0=0;QD=31.01;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.249e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,77:80:99:2523,229,0 chrIV 1513956 . C CTT 1973.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.673;DP=112;FS=2.095;HaplotypeScore=43.3100;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=1.049;QD=17.62;RPA=11,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.982;SB=-1.013e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,62:112:91:2016,91,0 chrIV 1514595 . C CA 2268.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=340.6663;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;QD=25.49;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.139e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,85:89:99:2311,252,0 chrIV 1515034 . TA T 3138.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.800;DP=183;FS=0.000;HaplotypeScore=351.2062;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.345;QD=17.15;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.628;SB=-8.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,145:183:99:3181,361,0 chrIV 1515941 . A AATAG 6777 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=248.7855;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.70;MQ0=0;QD=57.43;SB=-1.214e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,109:118:99:6777,325,0 chrIV 1516202 . ATCTT A 6515 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=48.5892;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.92;MQ0=0;QD=53.84;RPA=2,1;RU=TCTT;SB=-3.057e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,112:121:99:6515,322,0 chrIV 1516639 . A AT 4127 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=167;FS=0.000;HaplotypeScore=789.5570;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.70;MQ0=0;QD=24.71;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.352e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,155:166:99:4127,466,0 chrIV 1517343 . GT G 1502.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=17.7383;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.77;MQ0=0;QD=28.36;RPA=3,2;RU=T;SB=-6.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:53:99:1545,135,0 chrIV 1517858 . G GA 1829.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=23.5565;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.87;MQ0=0;QD=22.87;RPA=8,9;RU=A;SB=-3.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,76:80:99:1872,219,0 chrIV 1518948 . G GTTT 1683.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=56.8708;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.69;MQ0=0;QD=24.06;RPA=13,16;RU=T;SB=-4.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,38:70:99:1726,138,0 chrIV 1519615 . CTTGA C 3939 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=24.6211;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=57.09;SB=-1.927e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:69:99:3939,199,0 chrIV 1522318 . CTAGT C 3455 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=16.0334;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.26;MQ0=0;QD=55.73;SB=-1.344e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,53:61:99:3455,169,0 chrIV 1523162 . GA G 211.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=369.0336;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=23.45;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,7:9:21:253,21,0 chrIV 1523166 . T TC 137.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=366.7507;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=19.58;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21:179,21,0 chrIV 1523203 . C CT 177.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=395.9725;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=22.13;RPA=2,3;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:21:219,21,0 chrIV 1523208 . TA T 121.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=401.5927;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=15.13;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,7:8:21:163,21,0 chrIV 1524923 . AG A 2675.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.573;DP=242;DS;FS=0.673;HaplotypeScore=1835.7806;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.99;MQ0=24;MQRankSum=2.240;QD=11.06;ReadPosRankSum=-0.712;SB=-7.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:144,95:174:99:2715,0,2555 chrIV 1525037 . T TGTG 1929.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.763;DP=187;DS;FS=1.714;HaplotypeScore=1253.4446;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.69;MQ0=12;MQRankSum=1.627;QD=10.32;RPA=3,4;RU=GTG;ReadPosRankSum=3.802;SB=-6.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:134,51:138:99:1969,0,1483 chrIV 1525117 . TA T 133.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.684;DP=19;FS=4.260;HaplotypeScore=222.6921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.94;MQ0=2;MQRankSum=1.920;QD=7.05;ReadPosRankSum=-1.221;SB=-8.131e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,12:9:72:173,0,72 chrIV 1525137 . T TGGG 195.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.383;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=266.1825;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.76;MQ0=1;MQRankSum=1.133;QD=9.80;ReadPosRankSum=0.741;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,7:10:99:235,0,107 chrIV 1525138 . A ACATG 271.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.383;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=258.5094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.76;MQ0=1;MQRankSum=2.072;QD=13.60;ReadPosRankSum=1.133;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,7:10:99:311,0,182 chrIV 1525149 . G GGGTA 344.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.637;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=278.6666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.387;QD=16.43;ReadPosRankSum=2.359;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,7:11:97:384,0,97 chrIV 1525217 . G GGTGA 976.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.397;DP=69;FS=2.943;HaplotypeScore=1232.7637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.42;MQ0=3;MQRankSum=0.336;QD=14.16;ReadPosRankSum=1.454;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,27:51:99:1016,0,1027 chrIV 1525226 . T TA 955.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.793;DP=76;FS=4.536;HaplotypeScore=1507.2410;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.05;MQ0=3;MQRankSum=-1.558;QD=12.58;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=1.322;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,37:57:99:995,0,280 chrIV 1525229 . TACAC T 2197.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=1285.8669;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.43;MQ0=3;QD=31.40;SB=-2.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,37:54:99:2240,134,0 chrIV 1525255 . G GA 1917.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.715;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=1751.9132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.08;MQ0=0;MQRankSum=-2.240;QD=25.92;ReadPosRankSum=-0.367;SB=-3.900e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,57:66:99:1957,0,111 chrIV 1525292 . AG A 487.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.214;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=1833.1216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.23;MQ0=0;MQRankSum=1.030;QD=5.74;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=2.362;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,21:75:99:527,0,1456 chrIV 1525312 . A AG 1218.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.093;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=1360.2083;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.23;MQ0=0;MQRankSum=-2.357;QD=17.41;ReadPosRankSum=1.060;SB=-2.800e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,54:62:49:1261,49,0 chrIV 1525316 . GA G 1104.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.076;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=1307.5247;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.906;QD=16.25;ReadPosRankSum=0.949;SB=-2.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,52:60:41:1144,0,41 chrIV 1525371 . T TG 92.98 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.278;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=503.6016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.20;MQ0=0;MQRankSum=0.278;QD=7.15;RPA=2,3;RU=G;ReadPosRankSum=1.398;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,6:12:26:132,0,26 chrIV 1525392 . TG T 55.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.743;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=649.0130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.62;MQ0=16;MQRankSum=1.356;QD=1.02;RPA=3,2;RU=G;ReadPosRankSum=2.351;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,6:30:95:95,0,369 chrIV 1525398 . T TG 310.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.961;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=582.9815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.25;MQ0=16;MQRankSum=2.275;QD=5.55;RPA=2,3;RU=G;ReadPosRankSum=-0.070;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,8:30:99:350,0,118 chrIV 1525415 . TG T 88.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.252;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=599.7306;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.28;MQ0=17;MQRankSum=-1.036;QD=1.51;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=-0.476;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,14:33:99:128,0,440 chrIV 1525427 . G GGT 365.93 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.313;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=382.5018;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.43;MQ0=10;MQRankSum=-0.470;QD=8.51;RPA=1,2;RU=GT;ReadPosRankSum=0.078;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,7:26:9:407,9,0 chrIV 1525434 . GT G 159.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.165;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=395.2060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.15;MQ0=7;MQRankSum=-2.803;QD=4.00;ReadPosRankSum=-0.598;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,12:26:99:199,0,286 chrIV 1525456 . GGTGTGGT G 753.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.452;DP=36;FS=24.362;HaplotypeScore=337.7291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.34;MQ0=1;MQRankSum=1.960;QD=20.94;ReadPosRankSum=0.050;SB=0.412 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,10:28:99:793,0,125 chrIX 19803 . CAA C 1493.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.698;DP=123;FS=0.714;HaplotypeScore=150.5174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.42;MQ0=0;MQRankSum=0.832;QD=12.15;RPA=9,7;RU=A;ReadPosRankSum=1.397;SB=-5.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,58:122:99:1533,0,1671 chrIX 21244 . TA T 238.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.103;DP=98;FS=33.445;HaplotypeScore=247.0468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.64;MQ0=33;MQRankSum=-3.513;QD=2.44;RPA=6,5;RU=A;ReadPosRankSum=-0.110;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,20:64:99:278,0,870 chrIX 21252 . C CTA 438.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.424;DP=102;FS=29.300;HaplotypeScore=226.0673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.07;MQ0=37;MQRankSum=-3.860;QD=4.30;ReadPosRankSum=0.535;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,11:64:99:478,0,1408 chrIX 22809 . AAAAAAAT A 1817.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=54.1684;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.67;MQ0=6;QD=56.81;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,28:26:75:1860,75,0 chrIX 23516 . G GCT 562.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.291;DP=29;FS=44.205;HaplotypeScore=567.7454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.97;MQ0=3;MQRankSum=-2.194;QD=19.41;ReadPosRankSum=1.567;SB=-3.011e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,16:22:99:602,0,171 chrIX 23519 . GTA G 514.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.262;DP=30;FS=43.085;HaplotypeScore=503.7594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.14;MQ0=3;MQRankSum=-3.344;QD=17.17;ReadPosRankSum=1.858;SB=-3.011e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,16:21:99:554,0,169 chrIX 23626 . A AGTG 1332.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=499.7702;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.87;MQ0=0;QD=36.03;SB=-1.900e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,27:33:93:1375,93,0 chrIX 23629 . A AGTT 1064.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=499.7427;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.17;MQ0=0;QD=27.31;SB=-5.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,9:36:99:1107,105,0 chrIX 26201 . AC A 1519.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=119.1033;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.05;MQ0=0;QD=23.75;RPA=6,5;RU=C;SB=-5.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,59:64:99:1562,165,0 chrIX 26542 . A AT 1063.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=505.9600;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.55;MQ0=0;QD=17.44;RPA=9,10;RU=T;SB=-3.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,49:61:99:1106,140,0 chrIX 26901 . CA C 1057.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=203.5307;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.58;MQ0=0;QD=20.35;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,47:52:99:1100,138,0 chrIX 27013 . A AT 1055.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=362.7226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.01;MQ0=0;QD=24.56;RPA=3,4;RU=T;SB=-3.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,36:43:99:1098,114,0 chrIX 27110 . TC T 595.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=409.2481;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.51;MQ0=0;QD=29.80;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:20:51:638,51,0 chrIX 27115 . T TG 594.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=362.5328;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.05;MQ0=0;QD=35.00;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51:637,51,0 chrIX 27191 . A AT 626.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=230.6044;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.31;MQ0=0;QD=24.11;RPA=4,5;RU=T;SB=-8.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,24:26:72:669,72,0 chrIX 27196 . C CT 480.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=285.8739;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.13;MQ0=0;QD=16.58;RPA=9,10;RU=T;SB=-7.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,22:29:66:523,66,0 chrIX 30139 . T TA 3722 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=153.8059;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.29;MQ0=0;QD=33.84;SB=-1.634e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:110:99:3722,307,0 chrIX 30450 . GA G 2921.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=193.8475;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.66;MQ0=0;QD=29.22;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.402e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,98:100:99:2964,271,0 chrIX 30632 . G GAATATTGACATATATACTAAAA 13986 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=720.0019;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.96;MQ0=0;QD=135.79;SB=-5.207e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,20:103:99:13986,256,0 chrIX 30802 . TAA T 2155.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.326;DP=78;FS=9.344;HaplotypeScore=1002.6431;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.07;MQ0=0;MQRankSum=-2.851;QD=27.64;RPA=5,3;RU=A;ReadPosRankSum=3.495;SB=-1.006e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,55:78:99:2198,140,0 chrIX 30821 . A AAT 2553.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=899.8825;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.55;MQ0=0;QD=31.92;SB=-1.154e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,40:80:99:2596,217,0 chrIX 39003 . CTT C 1805.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=19.0232;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.97;MQ0=0;QD=30.61;RPA=6,4;RU=T;SB=-4.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,51:59:99:1848,150,0 chrIX 41698 . G GT 1410.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=24.7546;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.36;MQ0=0;QD=20.16;RPA=8,9;RU=T;SB=-5.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,59:70:99:1453,176,0 chrIX 49527 . G GCAACAGCAA 8812 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=334.3927;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.54;MQ0=0;QD=97.91;SB=-3.140e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,72:90:99:8812,268,0 chrIX 51552 . C CT 415.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.963;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=38.7078;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.578;QD=9.67;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=-0.706;SB=-1.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,25:43:53:458,53,0 chrIX 57277 . C CAAAA 910.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=53.0563;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.44;MQ0=0;QD=14.69;RPA=16,20;RU=A;SB=-1.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,20:61:92:953,92,0 chrIX 68236 . A ATATC 7473 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=1068.5019;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.89;MQ0=0;QD=53.76;RPA=1,2;RU=TATC;SB=-2.303e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,117:139:99:7473,373,0 chrIX 68382 . C CT 1501.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.756;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=268.8578;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.49;MQ0=0;MQRankSum=-2.219;QD=19.01;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=-1.408;SB=-4.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,58:79:99:1544,159,0 chrIX 68535 . C CG 2773.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=503.5099;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.79;MQ0=0;QD=36.50;SB=-1.283e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,69:76:99:2816,223,0 chrIX 69035 . A AT 1753.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=309.9497;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.17;MQ0=0;QD=29.73;RPA=1,2;RU=T;SB=-6.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,53:59:99:1796,153,0 chrIX 69689 . GTTTTT G 7642 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=1350.1900;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.62;MQ0=0;QD=50.61;RPA=13,8;RU=T;SB=-2.426e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,126:151:99:7642,376,0 chrIX 76013 . C CTTT,CTT 1578.97 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.110;DP=111;FS=3.260;HaplotypeScore=94.8819;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.14;MQ0=0;MQRankSum=0.264;QD=14.22;RPA=14,17,16;RU=T;ReadPosRankSum=0.229;SB=-4.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:39,5,58:111:57:1657,550,439,216,0,57 chrIX 88738 . AT A 2016.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=135.5411;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.97;MQ0=0;QD=18.01;RPA=10,9;RU=T;SB=-8.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,96:112:99:2059,269,0 chrIX 89868 . T TAA 4027 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=34.8519;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.95;MQ0=0;QD=35.64;RPA=2,4;RU=A;SB=-1.692e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,106:113:99:4027,313,0 chrIX 97064 . CT C 737.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=16.1816;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=1.529;QD=15.70;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.631;SB=-2.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,40:47:89:780,89,0 chrIX 97282 . GA G 1187.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.086;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=68.7132;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=1.028;QD=12.77;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.969;SB=-2.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,60:93:99:1230,149,0 chrIX 97361 . C CA 1385.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=39.2484;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=24.32;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,47:57:99:1428,150,0 chrIX 100618 . AG A 2029.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=126.7853;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.73;MQ0=0;QD=30.76;RPA=3,2;RU=G;SB=-7.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:66:99:2072,189,0 chrIX 102480 . C CT 2390.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=253.1111;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.34;MQ0=0;QD=26.86;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.105e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,82:89:99:2433,237,0 chrIX 102536 . CTTTT C 2482.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=314.6828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.40;MQ0=0;QD=34.49;RPA=14,10;RU=T;SB=-1.062e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,44:72:99:2525,159,0 chrIX 105433 . A AAAT 388.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7773;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.45;MQ0=0;QD=35.36;RPA=3,4;RU=AAT;SB=-4.899e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:30:431,30,0 chrIX 122089 . GTTT G 3136.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=32.2670;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.03;MQ0=0;QD=34.86;RPA=12,9;RU=T;SB=-1.130e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,80:90:99:3179,232,0 chrIX 160843 . T TA 1107.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.147;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=75.5065;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.223;QD=9.31;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=0.776;SB=-4.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,68:119:41:1147,0,41 chrIX 166074 . C CA 1060.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=27.9532;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=21.22;RPA=6,7;RU=A;SB=-2.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,42:49:99:1103,123,0 chrIX 166646 . CAAT C 5918 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=45.7455;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.40;MQ0=0;QD=41.68;RPA=4,3;RU=AAT;SB=-2.498e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,131:142:99:5918,373,0 chrIX 171637 . GA G 1183.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=24.6155;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.60;MQ0=0;QD=17.41;RPA=10,9;RU=A;SB=-5.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,61:68:99:1226,162,0 chrIX 174091 . G GC 2657.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=279.2316;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.51;MQ0=0;QD=32.81;RPA=1,2;RU=C;SB=-8.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,79:81:99:2700,229,0 chrIX 174163 . CACATAT C 3430 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.980;DP=63;FS=2.598;HaplotypeScore=583.8097;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.42;MQ0=0;MQRankSum=-2.216;QD=54.44;ReadPosRankSum=3.060;SB=-1.008e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,45:63:42:3430,42,0 chrIX 174170 . GCATGTCA G 3423 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.505;DP=66;FS=2.815;HaplotypeScore=560.5281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.67;MQ0=0;MQRankSum=-2.016;QD=51.86;ReadPosRankSum=6.179;SB=-9.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,45:66:99:3423,0,810 chrIX 174322 . GA G 2306.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=446.1283;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.27;MQ0=0;QD=31.60;RPA=2,1;RU=A;SB=-9.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2349,202,0 chrIX 175103 . A AT 1352.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.489;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=708.7933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.60;MQ0=1;MQRankSum=0.213;QD=20.50;ReadPosRankSum=1.307;SB=-4.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,55:63:99:1395,164,0 chrIX 175122 . TCA T 3432 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=765.6434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.09;MQ0=0;QD=46.38;SB=-7.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,71:74:99:3432,217,0 chrIX 179655 . CAA C 2327.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.178;DP=90;FS=6.446;HaplotypeScore=224.7328;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.406;QD=25.87;RPA=11,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.178;SB=-5.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,79:90:99:2370,203,0 chrIX 179719 . A AAT 799.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=338.3369;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.19;MQ0=0;QD=11.94;RPA=6,7;RU=AT;SB=-2.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,22:67:69:842,69,0 chrIX 197676 . CT C 477.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.179;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=180.3318;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.040;QD=11.12;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.317;SB=-1.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,31:41:51:520,51,0 chrIX 199527 . G GA 1848.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=38.0623;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;QD=26.80;RPA=2,3;RU=A;SB=-5.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,59:69:99:1891,180,0 chrIX 203425 . T TG 4166 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=48.4888;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.25;MQ0=0;QD=32.55;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.969e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,124:128:99:4166,364,0 chrIX 203507 . ATT A 2551.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=59.9049;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.50;MQ0=0;QD=27.44;RPA=11,9;RU=T;SB=-1.160e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,80:93:99:2594,241,0 chrIX 204781 . TA T 883.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.047;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=68.7147;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.703;QD=7.43;RPA=16,15;RU=A;ReadPosRankSum=0.328;SB=-4.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:59,54:119:76:926,76,0 chrIX 210740 . AT A 1484.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=19.9697;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.96;MQ0=0;QD=22.50;RPA=7,6;RU=T;SB=-4.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,63:66:99:1527,180,0 chrIX 210892 . G GA 2342.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.958;DP=116;FS=6.520;HaplotypeScore=42.5533;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.629;QD=20.20;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.410;SB=-1.136e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,98:116:99:2385,248,0 chrIX 220764 . A AT 1348.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=34.6233;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.85;MQ0=0;QD=22.48;RPA=8,9;RU=T;SB=-6.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,56:60:99:1391,170,0 chrIX 226377 . C CCCA 2166.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=542.5678;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.83;MQ0=0;QD=50.39;SB=-8.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,34:43:99:2209,126,0 chrIX 226384 . AAGT A 1497.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=507.6989;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.42;MQ0=0;QD=44.06;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,32:34:99:1540,99,0 chrIX 226568 . T TAA 2562.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=396.1764;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.70;MQ0=0;QD=32.44;RPA=5,7;RU=A;SB=-9.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,71:79:99:2605,211,0 chrIX 231117 . T TA 3778 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=522.7454;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.90;MQ0=0;QD=26.99;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.616e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,133:140:99:3778,382,0 chrIX 232073 . CT C 1301.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=148.6335;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.52;MQ0=0;QD=15.88;RPA=10,9;RU=T;SB=-6.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,72:82:99:1344,178,0 chrIX 233034 . CT C 2262.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=473.9591;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.91;MQ0=0;QD=19.18;RPA=11,10;RU=T;SB=-6.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,100:118:99:2305,293,0 chrIX 240939 . GT G 918.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=16.6843;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.21;MQ0=0;QD=17.34;RPA=7,6;RU=T;SB=-3.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,40:53:99:961,117,0 chrIX 241204 . CT C 1616.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.157;DP=104;FS=4.094;HaplotypeScore=48.9407;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.27;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=15.55;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.597;SB=-6.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,88:104:99:1659,205,0 chrIX 245962 . CTT C 422.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.542;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=245.8038;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.88;MQ0=0;MQRankSum=1.542;QD=11.75;RPA=20,18;RU=T;ReadPosRankSum=1.542;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,16:36:49:465,49,0 chrIX 247325 . A AG 829.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.693;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=381.6277;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.73;MQ0=0;MQRankSum=1.040;QD=23.71;ReadPosRankSum=1.502;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,31:35:86:872,86,0 chrIX 247500 . GCCA G 953.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=789.7184;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.96;MQ0=0;QD=34.07;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,11:28:75:996,75,0 chrIX 247502 . C CTTT 1109.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=742.2221;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.88;MQ0=0;QD=42.69;SB=-5.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,15:26:66:1152,66,0 chrIX 247522 . T TTC 1143.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=863.2167;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.80;MQ0=0;QD=31.78;SB=-5.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,18:36:99:1186,102,0 chrIX 247526 . A AG 1061.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=777.9245;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.59;MQ0=0;QD=32.18;SB=-5.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:33:99:1104,99,0 chrIX 248948 . A ATT 666.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=156.4125;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.82;MQ0=0;QD=14.19;RPA=10,12;RU=T;SB=-2.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,15:47:68:709,68,0 chrIX 249032 . C CG 1675.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=28.5716;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;QD=29.40;RPA=3,4;RU=G;SB=-2.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,53:57:99:1718,159,0 chrIX 249625 . CT C 505.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.327;DP=71;FS=8.648;HaplotypeScore=102.6394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.799;QD=7.13;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=1.186;SB=-2.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,36:71:3:545,3,0 chrIX 254003 . TA T 59.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=74.0216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.097;QD=1.43;RPA=15,14;RU=A;ReadPosRankSum=1.130;SB=-4.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,11:42:99:99,0,256 chrIX 256168 . G GT 1811.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.348;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=166.2523;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.995;QD=15.76;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.545;SB=-4.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,85:115:99:1854,132,0 chrIX 257005 . A AG 5409 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=1496.6142;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.38;MQ0=0;QD=33.81;SB=-2.354e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,155:160:99:5409,454,0 chrIX 259948 . GAATGAAAA G 3799 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=195.8352;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.32;MQ0=0;QD=86.34;SB=-1.603e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,38:44:99:3799,117,0 chrIX 260038 . C CT 1482.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.357;DP=76;FS=3.844;HaplotypeScore=304.7383;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.11;MQ0=0;MQRankSum=0.302;QD=19.51;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.467;SB=-6.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,69:76:99:1525,165,0 chrIX 260947 . C CATAT 2455.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.455;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=42.2045;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.069;QD=29.24;RPA=5,7;RU=AT;ReadPosRankSum=1.109;SB=-7.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,39:84:99:2498,140,0 chrIX 268117 . T TGC 2456.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=194.4553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.61;MQ0=0;QD=43.10;SB=-1.150e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:57:99:2499,166,0 chrIX 268193 . C CA 2067.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=352.7421;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.44;MQ0=0;QD=25.53;RPA=3,4;RU=A;SB=-8.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,69:81:99:2110,213,0 chrIX 268328 . CA C 1644.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=150.0060;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;QD=17.50;RPA=10,9;RU=A;SB=-5.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,81:94:99:1687,225,0 chrIX 268614 . A AG 1351.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=119.5613;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.83;MQ0=0;QD=24.14;RPA=4,5;RU=G;SB=-4.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,43:56:99:1394,138,0 chrIX 270689 . A AG 4983 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=686.9031;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.50;MQ0=0;QD=32.78;SB=-1.232e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,149:152:99:4983,419,0 chrIX 272821 . GA G 2822.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.257;DP=170;FS=0.000;HaplotypeScore=52.6226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.21;MQ0=0;MQRankSum=0.009;QD=16.61;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.382;SB=-5.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,154:170:99:2865,345,0 chrIX 274032 . C CTA 1367.76 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.072;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=248.7607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.604;QD=13.15;RPA=7,8;RU=TA;ReadPosRankSum=0.097;SB=-3.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,41:104:4:1406,0,4 chrIX 277534 . CCTT C 1275.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=64.8015;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.02;MQ0=0;QD=37.53;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,31:34:81:1318,81,0 chrIX 287679 . G GT 2379.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.424;DP=101;FS=9.731;HaplotypeScore=104.3010;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=1.245;QD=23.56;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=2.397;SB=-6.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,96:101:99:2422,250,0 chrIX 287755 . ATTT A 3837 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.613;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=113.4260;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.299;QD=31.71;RPA=13,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.047;SB=-1.340e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,87:121:99:3837,281,0 chrIX 289033 . T TC 1317.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=107.9329;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.56;MQ0=0;QD=27.46;RPA=3,4;RU=C;SB=-5.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,40:48:99:1360,129,0 chrIX 289168 . AC A 1900.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=237.3592;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.16;MQ0=0;QD=32.22;RPA=2,1;RU=C;SB=-5.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1943,174,0 chrIX 290193 . GAAA GA,G 1728.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.963;DP=126;FS=2.645;HaplotypeScore=95.9639;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.50;MQ0=0;MQRankSum=0.328;QD=13.72;RPA=17,15,14;RU=A;ReadPosRankSum=2.390;SB=-6.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:42,2,18:126:99:1807,258,170,827,0,1029 chrIX 292086 . C CT 1308.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=264.8385;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;QD=26.18;RPA=3,4;RU=T;SB=-5.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,45:50:99:1351,135,0 chrIX 292120 . CT C 1029.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=266.6175;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.05;MQ0=0;QD=20.60;RPA=9,8;RU=T;SB=-4.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,46:50:99:1072,137,0 chrIX 292280 . CT C 1018.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.597;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=176.8463;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.325;QD=16.43;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.597;SB=-4.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,50:62:99:1061,128,0 chrIX 293851 . G GCAAACTCAAATTCAAATT 3288 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=25.6528;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.44;MQ0=0;QD=54.80;RPA=1,2;RU=CAAACTCAAATTCAAATT;SB=-9.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,19:60:57:3288,57,0 chrIX 295904 . AT A 2398.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=380.3390;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.32;MQ0=0;QD=23.52;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.120e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,88:102:99:2441,270,0 chrIX 295994 . GAT G 3892 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=303.7586;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.32;MQ0=0;QD=30.41;RPA=5,4;RU=AT;SB=-5.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,115:128:99:3892,316,0 chrIX 300700 . TA T 910.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.793;DP=93;FS=58.851;HaplotypeScore=1038.4898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.27;MQ0=0;MQRankSum=-6.305;QD=9.80;ReadPosRankSum=4.382;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,32:93:99:950,0,1868 chrIX 300705 . A AG 918.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.818;DP=93;FS=48.011;HaplotypeScore=1037.4005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.18;MQ0=0;MQRankSum=-5.803;QD=9.88;ReadPosRankSum=4.143;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,32:93:99:958,0,1859 chrIX 300712 . G GTT 1248.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.793;DP=98;FS=47.401;HaplotypeScore=1007.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.29;MQ0=0;MQRankSum=-5.485;QD=12.74;ReadPosRankSum=2.868;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,32:98:99:1288,0,2390 chrIX 301065 . ATCT A 2363.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.699;DP=112;FS=117.911;HaplotypeScore=629.2269;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.90;MQ0=0;MQRankSum=-8.706;QD=21.11;ReadPosRankSum=4.267;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,51:112:99:2403,0,2572 chrIX 310500 . G GTTT,GTT 2229.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=193.0948;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=50.40;MQ0=0;QD=29.34;RPA=11,14,13;RU=T;SB=-7.995e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:12,44,12:76:91:2308,261,91,1069,0,885 chrIX 310701 . T TG 1837.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=336.0002;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.35;MQ0=0;QD=32.24;SB=-8.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,55:57:99:1880,163,0 chrIX 310844 . C CA 1729.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=316.9958;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.84;MQ0=0;QD=32.64;SB=-8.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:53:99:1772,153,0 chrIX 334708 . T TA 1422.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=279.0564;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.63;MQ0=0;QD=17.57;RPA=7,8;RU=A;SB=-7.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,58:81:99:1465,171,0 chrIX 334775 . G GA 1633.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=261.1581;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=19.22;RPA=8,9;RU=A;SB=-6.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,79:85:99:1676,201,0 chrIX 337211 . CA C 1687.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=308.9957;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.72;MQ0=0;QD=21.10;RPA=6,5;RU=A;SB=-4.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,70:80:99:1730,201,0 chrIX 338225 . A AT 1131.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.878;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=47.2629;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=2.275;QD=13.64;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.751;SB=-4.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,61:83:50:1174,50,0 chrIX 342354 . CT C 1515.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=27.8872;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.84;MQ0=0;QD=16.84;RPA=10,9;RU=T;SB=-6.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,75:90:99:1558,203,0 chrIX 353659 . T TA 1286.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.021;DP=83;FS=3.065;HaplotypeScore=40.2394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.474;QD=15.51;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.762;SB=-6.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,64:83:99:1329,132,0 chrIX 355815 . CA C 320.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1595;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.24;MQ0=0;QD=16.89;RPA=11,10;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,17:19:48:363,48,0 chrIX 356047 . TG T 929.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=83.1985;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.65;MQ0=0;QD=29.06;RPA=2,1;RU=G;SB=-3.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:93:972,93,0 chrIX 360684 . G GT 1349.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=80.1728;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.61;MQ0=0;QD=25.96;RPA=3,4;RU=T;SB=-6.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,48:52:99:1392,144,0 chrIX 363042 . T TG 2216.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=90.3966;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.67;MQ0=0;QD=31.22;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,59:71:99:2259,180,0 chrIX 363071 . CTT C 700.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.317;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=145.8602;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.763;QD=21.90;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.179;SB=-6.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,23:32:71:743,71,0 chrIX 368455 . T TGAG 810.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=207.1555;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.75;MQ0=0;QD=40.55;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:20:54:853,54,0 chrIX 370195 . AT A 42.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.765;DP=49;FS=1.527;HaplotypeScore=53.7264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.025;QD=0.88;RPA=18,17;RU=T;ReadPosRankSum=1.258;SB=-1.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,6:49:82:82,0,193 chrIX 379890 . T TAAA 3734 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=230.1293;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.54;MQ0=0;QD=24.41;RPA=12,15;RU=A;SB=-1.734e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,90:153:99:3734,299,0 chrIX 380949 . AACA AA,A 713.35 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.614;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=191.5361;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=40.96;MQ0=0;MQRankSum=1.016;QD=18.29;ReadPosRankSum=0.060;SB=-2.392e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:12,0,0:39:46:791,128,46,280,0,216 chrIX 381860 . GA G 2153.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=221.6384;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=21.33;RPA=8,7;RU=A;SB=-8.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,96:101:99:2196,272,0 chrIX 382459 . AC A 935.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=84.0048;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.49;MQ0=0;QD=26.74;RPA=6,5;RU=C;SB=-4.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,32:35:99:978,99,0 chrIX 382914 . A ATG 850.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.070;DP=54;FS=26.094;HaplotypeScore=279.3308;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.27;MQ0=0;MQRankSum=2.365;QD=15.76;ReadPosRankSum=3.176;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,29:54:56:893,56,0 chrIX 382915 . A AT 424.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.473;DP=51;FS=6.066;HaplotypeScore=318.1688;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.038;QD=8.32;ReadPosRankSum=4.825;SB=-9.033e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,29:51:14:466,14,0 chrIX 384315 . CAA C 860.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=73.6760;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.56;MQ0=0;MQRankSum=0.116;QD=23.27;RPA=12,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.116;SB=-3.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,30:37:85:903,85,0 chrIX 384371 . A AC 1819.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.673;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=175.5667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.68;MQ0=0;MQRankSum=1.254;QD=29.84;RPA=2,3;RU=C;ReadPosRankSum=0.657;SB=-7.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,58:61:99:1862,160,0 chrIX 385518 . TTTGGACACC T 3089.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=558.0436;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.85;MQ0=0;QD=64.37;SB=-5.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,26:48:99:3132,105,0 chrIX 385530 . GCC G 585.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=726.8264;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=22.54;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:71:628,71,0 chrIX 385533 . TTTGGTGTTCTCGC T 3405 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=449.1811;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=130.96;SB=-6.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:78:3405,78,0 chrIX 385640 . A ATTTTT 336.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=67.7496;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.81;MQ0=0;QD=11.62;RPA=19,24;RU=T;SB=-1.889e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,7:29:38:379,38,0 chrIX 385921 . TGTGCTAAACAATA T 2707.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=81.8823;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.69;MQ0=0;QD=87.35;SB=-9.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,26:31:75:2750,75,0 chrIX 386226 . G GATTT 2394.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=161.2119;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.34;MQ0=0;QD=59.87;SB=-4.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:40:99:2437,108,0 chrIX 386515 . T TGGA 1425.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=304.8583;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.84;MQ0=0;QD=38.54;RPA=2,3;RU=GGA;SB=-5.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,30:37:90:1468,90,0 chrIX 386542 . T TA 683.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=467.9655;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.64;MQ0=0;QD=18.00;RPA=5,6;RU=A;SB=-2.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,28:38:84:726,84,0 chrIX 386612 . A AC 1156.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=240.3564;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.96;MQ0=0;QD=32.14;SB=-5.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,31:36:99:1199,99,0 chrIX 388296 . A AC 1110.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=23.2497;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.79;MQ0=0;QD=28.49;RPA=4,5;RU=C;SB=-3.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,38:39:99:1153,111,0 chrIX 389258 . A AG 477.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.284;DP=33;FS=14.907;HaplotypeScore=145.4513;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.78;MQ0=0;MQRankSum=0.963;QD=14.48;ReadPosRankSum=2.327;SB=-9.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,25:33:37:520,37,0 chrIX 389270 . A AG 485.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=137.4625;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.70;MQ0=0;QD=15.68;RPA=1,2;RU=G;SB=-2.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,9:31:69:528,69,0 chrIX 389397 . TGAA T 4120 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=227.5805;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.91;MQ0=0;QD=45.27;RPA=2,1;RU=GAA;SB=-1.952e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,88:91:99:4120,253,0 chrIX 389982 . TGG T 2010.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.027;DP=79;FS=4.068;HaplotypeScore=1417.2513;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.914;QD=25.46;ReadPosRankSum=4.027;SB=-7.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,66:79:94:2053,94,0 chrIX 389985 . TAGCCGAAGGTGCA T 9531 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=681.3957;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.18;MQ0=0;QD=120.65;SB=-3.814e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,66:79:99:9531,202,0 chrIX 392941 . A AGTT 2349.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.320;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=432.8396;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.27;MQ0=1;MQRankSum=0.901;QD=37.30;ReadPosRankSum=2.470;SB=-7.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,47:61:99:2389,0,233 chrIX 392971 . A AGTT 818.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.573;DP=66;FS=2.523;HaplotypeScore=621.5693;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.50;MQ0=2;MQRankSum=0.447;QD=12.41;ReadPosRankSum=1.309;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,20:62:99:858,0,1928 chrIX 393001 . A AGTT 2447.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.648;DP=78;FS=2.565;HaplotypeScore=757.8288;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.16;MQ0=2;MQRankSum=0.282;QD=31.38;ReadPosRankSum=-0.007;SB=-8.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,49:75:99:2487,0,670 chrIX 393031 . A AGTT 3509 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=549.3065;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.42;MQ0=1;QD=50.86;SB=-1.719e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,64:68:99:3509,199,0 chrIX 397177 . T TA 1572.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.299;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=245.2075;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=0.271;QD=20.97;ReadPosRankSum=1.570;SB=-7.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,68:75:99:1615,185,0 chrIX 399523 . TA T 1879.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=410.7531;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.68;MQ0=0;QD=22.65;RPA=6,5;RU=A;SB=-7.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,76:83:99:1922,222,0 chrIX 400016 . GCAACAACAGCAACAA G 9004 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=433.5885;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.61;MQ0=0;QD=84.94;SB=-2.355e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,102:106:99:9004,292,0 chrIX 404199 . GAAT G 4712 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=42.6221;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.37;MQ0=0;QD=47.60;SB=-2.073e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:99:99:4712,262,0 chrIX 419544 . T TA 2165.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=709.0510;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.87;MQ0=0;QD=24.61;RPA=7,8;RU=A;SB=-2.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,84:88:99:2208,249,0 chrIX 419564 . TTAA T 5452 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=435.5256;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.35;MQ0=0;QD=53.98;SB=-5.900e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,97:101:99:5452,286,0 chrIX 423632 . C CT 1974.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=89.5168;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;QD=24.38;RPA=4,5;RU=T;SB=-7.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,76:81:99:2017,213,0 chrIX 425237 . TAC T 1417.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.955;DP=74;FS=6.763;HaplotypeScore=231.6697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.63;MQ0=0;MQRankSum=0.657;QD=19.16;ReadPosRankSum=-1.137;SB=-6.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,36:74:99:1457,0,1294 chrIX 426135 . G GC 2815.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=350.0274;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.19;MQ0=0;QD=33.93;RPA=1,2;RU=C;SB=-1.300e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2858,241,0 chrIX 427210 . A AT 1884.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=138.4178;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.69;MQ0=0;QD=25.47;RPA=3,4;RU=T;SB=-7.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,70:74:99:1927,198,0 chrIX 428011 . A AGT 3227.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=27.2096;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.78;MQ0=0;QD=37.52;SB=-1.214e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,77:86:99:3269,220,0 chrIX 428570 . ATAACAATGTAGGAGAGGCCTT A 9772 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=476.7789;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.83;MQ0=0;QD=117.73;SB=-3.586e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,61:83:99:9772,177,0 chrIX 429164 . GGCTGCTAGAGCTGCTTCT G 8865 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=311.5048;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.32;MQ0=0;QD=158.30;SB=-3.036e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,46:56:99:8865,135,0 chrIX 429716 . T TTA 1651.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.372;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=42.2818;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=1.083;QD=19.90;RPA=5,6;RU=TA;ReadPosRankSum=-1.444;SB=-7.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,41:83:99:1694,108,0 chrIX 429952 . T TGA 3044.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=77.2039;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.94;MQ0=0;QD=33.10;SB=-9.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,79:92:99:3087,255,0 chrIX 432345 . A ATC 151.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9537;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.97;MQ0=2;QD=15.12;RPA=2,3;RU=TC;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,8:7:15:193,15,0 chrIX 433039 . A AG 434.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=60.1680;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.30;MQ0=10;QD=10.61;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,36:20:42:477,42,0 chrIX 433264 . AT A 191.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=70.6641;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.87;MQ0=1;QD=9.14;RPA=12,11;RU=T;SB=-2.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:11:33:234,33,0 chrIX 434501 . AG A 2003.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=169.0143;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.23;MQ0=0;QD=22.52;RPA=4,3;RU=G;SB=-2.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,77:89:99:2046,210,0 chrIX 435077 . G GTAGCATGGTAGAT 10720 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=176.8165;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.66;MQ0=0;QD=127.62;SB=-2.107e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,54:84:99:10720,238,0 chrIX 436970 . CTG C 2439.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=22.6745;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.27;MQ0=0;QD=34.37;RPA=3,2;RU=TG;SB=-1.015e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,68:65:99:2482,184,0 chrIX 437435 . CA C 721.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=623.3309;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.02;MQ0=0;QD=22.56;RPA=2,1;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,28:30:75:764,75,0 chrIX 437440 . A AT 789.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=633.2660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.34;MQ0=0;QD=25.48;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,27:30:81:832,81,0 chrIX 438434 . TA T 270.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.771;DP=40;FS=26.668;HaplotypeScore=936.9060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.23;MQ0=1;MQRankSum=1.308;QD=6.77;ReadPosRankSum=1.124;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,13:38:99:310,0,628 chrIX 438465 . CG C 640.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.998;DP=49;FS=8.537;HaplotypeScore=1074.0147;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.13;MQ0=1;MQRankSum=0.972;QD=13.08;ReadPosRankSum=1.089;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,30:47:99:680,0,484 chrIX 438516 . GA G 298.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.510;DP=24;FS=3.979;HaplotypeScore=497.4345;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.54;MQ0=0;MQRankSum=0.116;QD=12.46;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=2.507;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,12:24:99:338,0,188 chrIX 438530 . A AT 180.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.070;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=506.5812;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.263;QD=5.66;RPA=3,4;RU=T;ReadPosRankSum=1.142;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,10:32:99:220,0,336 chrIX 438604 . TA T 267.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.343;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=455.3102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.115;QD=7.88;ReadPosRankSum=-2.916;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,12:34:99:307,0,599 chrIX 438645 . AT A 93.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.450;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=259.9559;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.268;QD=8.54;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=-0.336;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:11:99:133,0,152 chrIX 439086 . AAAG A 554.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.974;DP=47;FS=4.630;HaplotypeScore=523.3720;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.09;MQ0=20;MQRankSum=2.308;QD=11.81;ReadPosRankSum=0.359;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,13:26:99:594,0,495 chrIX 439093 . A AGG 352.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.180;DP=51;FS=9.467;HaplotypeScore=575.6826;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.36;MQ0=20;MQRankSum=1.834;QD=6.92;ReadPosRankSum=0.534;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,13:28:99:392,0,611 chrIX 439095 . AGG A 345.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.180;DP=51;FS=9.467;HaplotypeScore=576.4268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.36;MQ0=20;MQRankSum=2.577;QD=6.78;ReadPosRankSum=0.580;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,13:28:99:385,0,419 chrIX 439349 . T TG 108.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.143;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=272.0779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.16;MQ0=13;MQRankSum=-0.387;QD=2.53;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=-1.031;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,7:19:99:148,0,154 chrIX 439366 . AG A 128.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.983;DP=37;FS=10.086;HaplotypeScore=279.4712;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.66;MQ0=11;MQRankSum=-0.421;QD=3.49;ReadPosRankSum=-0.796;SB=-6.800e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,19:18:99:168,0,404 chrIX 439375 . ATGGAG A 905.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.302;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=189.5584;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.20;MQ0=10;MQRankSum=0.217;QD=29.23;RPA=2,1;RU=TGGAG;ReadPosRankSum=1.519;SB=-1.349e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,20:16:26:948,26,0 chrIX 439407 . GT G 207.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.529;DP=25;FS=5.315;HaplotypeScore=263.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.87;MQ0=5;MQRankSum=-0.722;QD=8.32;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=-1.588;SB=-2.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,6:17:99:247,0,202 chrIX 439414 . AG A 137.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.462;DP=24;FS=5.528;HaplotypeScore=281.6269;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.10;MQ0=3;MQRankSum=-3.367;QD=5.75;ReadPosRankSum=0.653;SB=-7.800e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,6:18:99:177,0,368 chrIX 439493 . AT A 141.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.654;DP=56;FS=11.137;HaplotypeScore=284.7279;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.43;MQ0=4;MQRankSum=2.498;QD=2.54;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=-0.273;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,16:35:99:181,0,754 chrM 13751 . ATTTTTT A 922.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=31.4449;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.96;MQ0=0;QD=61.53;RPA=11,5;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45:965,45,0 chrM 17294 . TAGA T 11967 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=94.7465;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.89;MQ0=0;QD=47.87;RPA=2,1;RU=AGA;SB=-2.063e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,241:250:99:11967,710,0 chrM 20345 . GA G 914.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=126.6743;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.91;MQ0=0;QD=23.46;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,32:39:87:957,87,0 chrM 21109 . A AT 240.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.995;DP=24;FS=16.510;HaplotypeScore=218.2303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.729;QD=10.04;ReadPosRankSum=1.729;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,9:24:99:280,0,360 chrM 21112 . T TG 227.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.995;DP=25;FS=16.510;HaplotypeScore=219.8184;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.848;QD=9.12;ReadPosRankSum=0.894;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,9:25:99:267,0,501 chrM 21149 . A AAAT 173.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.450;DP=12;FS=21.004;HaplotypeScore=28.3724;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.098;QD=14.50;RPA=2,3;RU=AAT;ReadPosRankSum=0.103;SB=-2.745e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:12:99:213,0,209 chrM 22265 . G GATAAAA 1241.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=43.9424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.97;MQ0=0;QD=23.43;RPA=4,5;RU=ATAAAA;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,19:53:51:1284,51,0 chrM 29276 . T TA 172.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1008.5939;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=4.68;RPA=4,5;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,11:37:24:215,24,0 chrM 40744 . T TTA 203.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=13.1146;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=63.55;MQ0=0;QD=5.64;RPA=5,6;RU=TA;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,25:36:21:245,21,0 chrM 41907 . AATTATT A 7881 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=486.8021;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.43;MQ0=0;QD=63.05;RPA=4,2;RU=ATT;SB=-1.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,107:125:99:7881,319,0 chrM 74431 . G GCGGAC 9512 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=248;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=4388.2106;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.24;MQ0=0;QD=38.35;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,11:248:99:9512,727,0 chrM 74437 . C CT 5075 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.464;DP=238;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=4648.8918;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.834;QD=21.32;ReadPosRankSum=3.423;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,227:238:99:5075,616,0 chrM 74556 . A ATT 622.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.041;DP=30;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=690.8521;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.347;QD=20.77;RPA=1,3;RU=T;ReadPosRankSum=-1.561;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,10:30:38:665,38,0 chrM 74559 . A ATTTT 586.42 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.501;DP=17;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=448.6776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.27;MQ0=0;MQRankSum=1.240;QD=34.50;RPA=1,5;RU=T;ReadPosRankSum=-0.979;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,9:17:1:624,0,1 chrM 79152 . A AT 108.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5276;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.65;RPA=8,9;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:150,15,0 chrV 6660 . A AT 367.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.318;DP=23;FS=11.847;HaplotypeScore=79.0345;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.99;MQ0=1;MQRankSum=0.913;QD=16.00;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=-0.211;SB=-7.101e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,17:21:29:410,29,0 chrV 6757 . AG A 1028.98 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.584;DP=55;FS=1.361;HaplotypeScore=95.2166;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.077;QD=18.71;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=-0.567;SB=-3.358e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,35:55:22:1068,0,22 chrV 6839 . C CAAA 1109.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=74.4994;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=46.25;RPA=3,6;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:72:1152,72,0 chrV 7186 . AC A 2441.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=151.0357;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.24;MQ0=0;QD=31.31;RPA=3,2;RU=C;SB=-8.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,76:78:99:2484,226,0 chrV 7687 . A AT 2261.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=191.1767;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=24.06;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.080e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,87:94:99:2304,252,0 chrV 8831 . GA G 2153.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=32.3266;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.13;MQ0=0;QD=20.51;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.054e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,95:105:99:2196,272,0 chrV 12616 . C CAG 3054.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=669.6288;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.62;MQ0=0;QD=43.03;SB=-1.390e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:71:99:3097,196,0 chrV 13009 . CT C 1120.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=160.3683;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.17;MQ0=0;QD=18.68;RPA=7,6;RU=T;SB=-5.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,51:60:99:1163,144,0 chrV 13493 . CT C 5177 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=211;FS=0.000;HaplotypeScore=1061.7619;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.53;MQ0=0;QD=24.54;RPA=5,4;RU=T;SB=-2.538e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,200:211:99:5177,591,0 chrV 15170 . T TG 2209.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.173;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=289.1633;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.632;QD=24.83;RPA=2,3;RU=G;ReadPosRankSum=2.018;SB=-2.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,81:89:99:2252,220,0 chrV 16072 . ATT A 939.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.024;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=60.9501;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.35;MQ0=0;MQRankSum=0.975;QD=15.16;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.595;SB=-4.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,31:62:82:982,82,0 chrV 18474 . TA T 1976.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=149.0520;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.50;MQ0=0;QD=25.35;RPA=2,1;RU=A;SB=-7.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,68:78:99:2019,177,0 chrV 18920 . TGC T 916.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=639.8617;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.79;MQ0=0;QD=28.65;SB=-4.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:32:93:959,93,0 chrV 18923 . ACCC A 1075.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=602.4033;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.11;MQ0=0;QD=37.10;SB=-5.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:87:1118,87,0 chrV 18927 . ATGG A 1275.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=582.4454;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.11;MQ0=0;QD=44.00;SB=-6.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:87:1318,87,0 chrV 19437 . AT A 1353.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=210.7840;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.55;MQ0=0;QD=23.34;RPA=6,5;RU=T;SB=-9.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,57:56:99:1396,165,0 chrV 19542 . A AGAAAAG 2356.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=410.4556;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.67;MQ0=0;QD=31.01;RPA=1,2;RU=GAAAAG;SB=-1.093e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,40:55:99:2399,114,0 chrV 23229 . C CT 238.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.553;DP=35;FS=2.483;HaplotypeScore=158.1219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.064;QD=6.80;ReadPosRankSum=-0.128;SB=-8.757e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,21:31:16:280,16,0 chrV 24278 . GT G 1744.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=266.2193;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.73;MQ0=0;QD=19.83;RPA=9,8;RU=T;SB=-7.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,85:88:99:1787,236,0 chrV 25397 . G GA 931.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.365;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=320.5354;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.890;QD=13.13;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.515;SB=-2.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,39:71:83:974,83,0 chrV 33475 . CT C 43.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.592;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=49.8536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.499;QD=0.85;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.048;SB=-3.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,9:52:83:83,0,453 chrV 33613 . T TA 2628.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.640;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=179.3211;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.889;QD=19.05;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.140;SB=-1.060e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,115:138:99:2671,310,0 chrV 34324 . T TA 1265.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.585;DP=78;FS=2.776;HaplotypeScore=125.6969;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.432;QD=16.23;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.226;SB=-5.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,64:78:99:1308,134,0 chrV 36289 . GTTT GT,G 1450.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=159.6579;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.40;MQ0=0;QD=14.37;RPA=15,13,12;RU=T;SB=-4.587e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:31,0,14:101:99:1529,233,107,817,0,806 chrV 39894 . TA T 1582.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.425;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=41.0887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.28;MQ0=0;MQRankSum=1.218;QD=14.79;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.042;SB=-7.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,85:107:99:1625,213,0 chrV 40008 . GA G 512.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=20.7306;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.02;MQ0=0;QD=14.25;RPA=10,9;RU=A;SB=-2.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,30:36:75:555,75,0 chrV 42396 . A AT 2278.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.945;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=194.1209;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.039;QD=23.49;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=1.024;SB=-5.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,92:97:99:2321,240,0 chrV 42839 . GGT G 1886.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=85.5832;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.78;MQ0=0;QD=27.35;RPA=5,4;RU=GT;SB=-9.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,53:69:99:1929,156,0 chrV 46382 . T TA 1556.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=212.6115;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.43;MQ0=0;QD=33.13;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,45:47:99:1599,138,0 chrV 46739 . GT G 1906.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=368.4655;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.07;MQ0=0;QD=25.43;RPA=4,3;RU=T;SB=-7.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,64:75:99:1949,204,0 chrV 46756 . C CCT 2536.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=314.5331;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.98;MQ0=0;QD=36.77;RPA=2,3;RU=CT;SB=-1.233e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,65:69:99:2579,190,0 chrV 52435 . CAAA C 2260.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=181.2017;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.79;MQ0=0;QD=27.91;RPA=13,10;RU=A;SB=-2.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,61:81:99:2303,186,0 chrV 59430 . A AG 889.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=98.5985;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=30.69;RPA=1,2;RU=G;SB=-2.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,27:29:81:932,81,0 chrV 61016 . TG T 1428.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=195.8926;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.85;MQ0=0;QD=27.48;RPA=2,1;RU=G;SB=-5.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,45:52:99:1471,141,0 chrV 61022 . A ATTT 1771.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=178.6081;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.55;MQ0=0;QD=32.81;RPA=8,11;RU=T;SB=-8.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,40:53:99:1814,135,0 chrV 61132 . A AGATATTTCTAT 8752 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=332.8652;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.70;MQ0=0;QD=78.85;RPA=1,2;RU=GATATTTCTAT;SB=-3.707e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:59,49:111:99:8752,235,0 chrV 61197 . AC A 2972.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=259.2804;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.78;MQ0=0;QD=32.31;SB=-1.442e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,81:92:99:3015,259,0 chrV 61686 . C CTTTT 1225.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=144.8393;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.45;MQ0=0;QD=16.79;RPA=15,19;RU=T;SB=-2.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,29:72:99:1268,113,0 chrV 64154 . C CTT 1261.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.434;DP=120;FS=6.097;HaplotypeScore=35.7043;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.32;MQ0=0;MQRankSum=0.717;QD=10.51;RPA=13,15;RU=T;ReadPosRankSum=0.657;SB=-2.671e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:55,53:117:99:1303,134,0 chrV 67028 . G GTA 2331.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=19.3588;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.98;MQ0=0;QD=37.02;RPA=1,2;RU=TA;SB=-2.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,57:63:99:2374,166,0 chrV 67495 . T TAA 3642 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=50.9938;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.18;MQ0=0;QD=30.86;RPA=5,7;RU=A;SB=-1.682e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,107:117:99:3642,307,0 chrV 69243 . G GT 1465.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=180.4070;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.85;MQ0=0;QD=31.19;RPA=1,2;RU=T;SB=-4.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,40:47:99:1508,132,0 chrV 69394 . TA T 2180.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=38.4731;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.20;MQ0=0;QD=21.17;RPA=8,7;RU=A;SB=-7.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,100:103:99:2223,284,0 chrV 69690 . G GA 929.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.330;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=91.8587;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.39;MQ0=0;MQRankSum=0.165;QD=17.55;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.495;SB=-4.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,46:53:99:972,102,0 chrV 70382 . GA G 1635.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=386.3897;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.81;MQ0=0;QD=16.87;RPA=9,8;RU=A;SB=-3.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,84:97:99:1678,226,0 chrV 73474 . C CT 1627.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.163;DP=126;FS=17.071;HaplotypeScore=196.6011;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.20;MQ0=0;MQRankSum=0.447;QD=12.92;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.957;SB=-8.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,93:126:99:1670,129,0 chrV 79216 . TTCATCA T 1774.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.064;DP=72;FS=3.707;HaplotypeScore=175.8249;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.89;MQ0=0;MQRankSum=1.604;QD=24.65;RPA=6,4;RU=TCA;ReadPosRankSum=1.668;SB=-7.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,25:71:99:1817,141,0 chrV 79230 . CA C 407.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.092;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=404.9373;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.22;MQ0=0;MQRankSum=1.504;QD=5.10;ReadPosRankSum=5.269;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,34:79:99:447,0,161 chrV 79232 . TCA T 813.98 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.685;DP=77;FS=12.176;HaplotypeScore=359.0032;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.11;MQ0=0;MQRankSum=0.246;QD=10.57;ReadPosRankSum=4.860;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,34:76:25:853,0,25 chrV 79498 . C CAAAAA 2845.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=216.8187;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.15;MQ0=0;QD=36.96;RPA=9,14;RU=A;SB=-8.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:50,16:75:99:2888,165,0 chrV 80132 . G GAT 2299.61 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.359;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=638.0750;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.92;MQ0=0;MQRankSum=1.311;QD=19.65;RPA=6,7;RU=AT;ReadPosRankSum=0.736;SB=-1.159e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,74:117:5:2338,0,5 chrV 81194 . GTTATTATTATTATTATTGTTATTA G 12387 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=308.4860;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.27;MQ0=0;QD=80.44;SB=-6.100e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,118:154:99:12387,333,0 chrV 84891 . 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AC A 1346.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=473.8907;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.96;MQ0=0;QD=28.66;RPA=2,1;RU=C;SB=-1.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,44:47:99:1389,123,0 chrV 99584 . G GTCA 6385 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=327.0307;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.69;MQ0=0;QD=46.27;SB=-2.772e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,130:138:99:6385,379,0 chrV 99793 . GA G 1989.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=31.1541;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=22.87;RPA=5,4;RU=A;SB=-8.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,81:87:99:2032,231,0 chrV 100303 . A AC 3486 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=649.9205;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.39;MQ0=0;QD=34.51;SB=-1.038e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,94:101:99:3486,286,0 chrV 100573 . 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ATG A 2950.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=798.3618;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.16;MQ0=0;QD=32.08;RPA=2,1;RU=TG;SB=-1.184e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,76:92:99:2993,223,0 chrV 118577 . CATATATAT C 6420 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.305;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=1086.4061;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.69;MQ0=0;MQRankSum=0.012;QD=49.77;RPA=13,9;RU=AT;ReadPosRankSum=0.500;SB=-2.618e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:56,73:129:99:6420,238,0 chrV 120370 . CT C 2749.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=996.9619;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.05;MQ0=0;QD=20.37;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.103e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,125:135:99:2792,356,0 chrV 122728 . GAAAAA G 6939 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=355.8048;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.66;MQ0=0;QD=43.92;RPA=16,11;RU=A;SB=-2.640e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,109:158:99:6939,352,0 chrV 128407 . TATA T 1915.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=18.0973;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.23;MQ0=0;QD=31.93;RPA=2,1;RU=ATA;SB=-9.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,49:60:99:1958,126,0 chrV 130938 . C CA 1320.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=62.8827;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=23.59;RPA=5,6;RU=A;SB=-4.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,50:56:99:1363,156,0 chrV 131073 . GA G 1182.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=155.5223;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=19.72;RPA=7,6;RU=A;SB=-4.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,50:60:99:1225,153,0 chrV 131558 . TA T 1961.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.460;DP=134;FS=10.164;HaplotypeScore=288.7598;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.13;MQ0=0;MQRankSum=0.084;QD=14.64;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.278;SB=-5.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,106:134:99:2004,253,0 chrV 133007 . GTCTA G 3901 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=181.8181;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.24;MQ0=0;QD=50.01;RPA=2,1;RU=TCTA;SB=-1.055e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,71:78:99:3901,202,0 chrV 135374 . C CAG 1762.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=106.5051;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.60;MQ0=0;QD=30.40;RPA=2,3;RU=AG;SB=-8.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,44:58:99:1805,135,0 chrV 135416 . G GAAAA 1946.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=98.2588;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.87;MQ0=0;QD=44.25;RPA=5,9;RU=A;SB=-7.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,30:44:99:1989,126,0 chrV 135608 . T TA 1017.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=770.7997;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.70;MQ0=1;QD=24.24;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,10:41:99:1060,99,0 chrV 136256 . G GA 1840.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.450;DP=102;FS=16.401;HaplotypeScore=250.8197;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.213;QD=18.05;RPA=5,6;RU=A;ReadPosRankSum=0.611;SB=-6.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,84:102:99:1883,226,0 chrV 136506 . TA T 1764.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=343.3632;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.44;MQ0=0;QD=19.40;RPA=7,6;RU=A;SB=-8.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,77:91:99:1807,204,0 chrV 137815 . G GA 2403.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=255.3826;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.20;MQ0=0;QD=23.80;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.079e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,89:101:99:2446,267,0 chrV 138737 . GT G 1398.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=77.6080;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;QD=17.27;RPA=8,7;RU=T;SB=-2.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,74:81:99:1441,182,0 chrV 140075 . CTAA C 2905.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=108.3201;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.57;MQ0=0;QD=44.03;RPA=3,2;RU=TAA;SB=-8.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,62:66:99:2948,190,0 chrV 140315 . T TTTTTG 2524.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=201.1773;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.45;MQ0=0;QD=40.08;RPA=4,5;RU=TTTTG;SB=-1.051e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,39:63:99:2567,126,0 chrV 140380 . A AT 1951.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=374.8741;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.61;MQ0=0;QD=25.03;RPA=4,5;RU=T;SB=-6.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,72:78:99:1994,216,0 chrV 141103 . GT G 1173.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.264;DP=75;FS=2.502;HaplotypeScore=176.7317;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.590;QD=15.65;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.181;SB=-3.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,60:75:99:1216,111,0 chrV 152126 . G GA 1275.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=399.7409;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.09;MQ0=0;QD=22.39;RPA=5,6;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,55:57:99:1318,162,0 chrV 152922 . C CA 461.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.178;DP=63;FS=1.813;HaplotypeScore=143.0954;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.05;MQ0=0;MQRankSum=1.032;QD=7.33;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=-0.783;SB=-2.199e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,23:63:45:504,45,0 chrV 153026 . GA G 1362.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.166;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=30.8371;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.276;QD=17.04;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.166;SB=-3.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,66:80:99:1405,154,0 chrV 155858 . G GA 1975.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=25.9727;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;QD=29.94;RPA=2,3;RU=A;SB=-6.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,65:66:99:2018,192,0 chrV 159027 . 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CTTT C 2389.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=115.1265;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.44;MQ0=0;QD=28.79;RPA=12,9;RU=T;SB=-1.013e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,68:83:99:2432,189,0 chrV 237191 . T TG 2331.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=31.7752;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.82;MQ0=0;QD=31.94;SB=-1.099e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,67:73:99:2374,195,0 chrV 238196 . C CT 946.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=40.9544;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.829;QD=15.78;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.075;SB=-3.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,40:60:99:989,115,0 chrV 241704 . TA T 690.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=37.5556;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.67;RPA=8,7;RU=A;SB=-9.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,36:37:96:733,96,0 chrV 241867 . 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T TA 1899.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=178.4239;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.69;MQ0=0;QD=20.43;RPA=6,7;RU=A;SB=-9.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,78:93:99:1942,228,0 chrV 261627 . G GT 1285.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=18.8951;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.93;MQ0=0;QD=22.96;RPA=8,9;RU=T;SB=-3.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,53:56:99:1328,162,0 chrV 261803 . CT C 1038.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=157.3988;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.14;MQ0=0;QD=23.61;RPA=4,3;RU=T;SB=-4.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,41:44:99:1081,114,0 chrV 263748 . TG T 1510.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=70.2357;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.26;MQ0=0;QD=30.22;SB=-6.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1553,144,0 chrV 264585 . T TA 1002.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=18.4157;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.80;RPA=5,6;RU=A;SB=-3.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,37:46:99:1045,117,0 chrV 264848 . A AT 1544.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=24.2789;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=27.10;RPA=1,2;RU=T;SB=-5.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,53:57:99:1587,147,0 chrV 265978 . C CT 551.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.193;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=83.0897;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.064;QD=19.71;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.321;SB=-2.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,27:28:58:594,58,0 chrV 266246 . CT C 221.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=53.2799;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.33;MQ0=0;QD=11.10;RPA=11,10;RU=T;SB=-6.599e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,13:20:38:264,38,0 chrV 266413 . T TG 7694 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=217;FS=0.000;HaplotypeScore=497.5569;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.51;MQ0=0;QD=35.46;SB=-2.462e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,208:217:99:7694,623,0 chrV 268848 . C CT 586.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.000;DP=68;FS=2.005;HaplotypeScore=37.1095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.23;MQ0=0;MQRankSum=0.955;QD=8.63;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.911;SB=-2.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,40:68:30:629,30,0 chrV 269159 . GA G 810.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.193;DP=62;FS=3.108;HaplotypeScore=33.5769;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.11;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=13.08;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.909;SB=-4.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,49:62:95:853,95,0 chrV 269977 . A AGG 1522.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=292.4812;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.45;MQ0=0;QD=33.84;SB=-7.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:45:99:1565,120,0 chrV 269978 . T TG 997.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=272.7489;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.56;MQ0=0;QD=26.97;SB=-5.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:99:1040,111,0 chrV 270453 . CT C 1288.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=302.5324;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.97;MQ0=0;QD=16.32;RPA=10,9;RU=T;SB=-4.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,65:79:99:1331,181,0 chrV 272558 . GT G 1840.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.282;DP=148;FS=1.527;HaplotypeScore=566.1880;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.45;MQ0=0;MQRankSum=1.157;QD=12.44;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.214;SB=-7.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,96:148:99:1883,164,0 chrV 277455 . A AAT 1186.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=120.1241;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.49;MQ0=0;QD=21.20;RPA=1,2;RU=AT;SB=-4.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,46:56:99:1229,111,0 chrV 278274 . GAT G 4006 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=45.9550;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.11;MQ0=0;QD=26.18;RPA=5,4;RU=AT;SB=-1.900e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,120:153:99:4006,331,0 chrV 284428 . CGT C 426.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.504;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=29.9015;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.347;QD=23.72;RPA=11,10;RU=GT;ReadPosRankSum=0.810;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,15:18:32:469,32,0 chrV 284696 . G GA 733.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.513;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=19.3206;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=0.873;QD=14.68;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.411;SB=-1.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,33:50:50:776,50,0 chrV 289244 . A AT 390 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.418;DP=51;FS=10.431;HaplotypeScore=49.2549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=7.65;RPA=15,16;RU=T;ReadPosRankSum=0.418;SB=-1.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,25:51:18:429,0,18 chrV 291632 . C CT 480.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.138;DP=53;FS=2.343;HaplotypeScore=33.9112;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=0.778;QD=9.08;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=-0.577;SB=-1.299e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,29:53:25:523,25,0 chrV 292652 . A AT 1926.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.352;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=213.3819;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.338;QD=18.89;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.465;SB=-7.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,83:102:99:1969,223,0 chrV 295268 . TGC T 2463.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=27.4159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.81;MQ0=0;QD=34.70;RPA=3,2;RU=GC;SB=-1.154e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,66:71:99:2506,193,0 chrV 301647 . A ATTC 5262 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=38.4436;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.92;MQ0=0;QD=45.36;SB=-2.377e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,107:116:99:5262,316,0 chrV 303364 . GT G 1704.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=390.4034;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.18;MQ0=0;QD=21.58;RPA=5,4;RU=T;SB=-6.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,70:79:99:1747,198,0 chrV 303417 . TA T 696.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=302.8361;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.90;MQ0=0;QD=17.00;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,34:41:96:739,96,0 chrV 303524 . AT A 659.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=314.1790;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.39;MQ0=0;QD=14.67;RPA=11,10;RU=T;SB=-2.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,34:45:98:702,98,0 chrV 303657 . AT A 1083.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=23.2615;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.31;MQ0=0;QD=17.77;RPA=9,8;RU=T;SB=-4.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,56:61:99:1126,149,0 chrV 303745 . C CTTT,CTTTT 1361.96 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=47.6492;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=49.51;MQ0=0;QD=26.71;RPA=10,13,14;RU=T;SB=-4.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:23,7,16:51:60:1440,506,406,166,0,60 chrV 306594 . CCCGCTTTAAGAGT C 5723 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=12.7297;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.21;MQ0=0;QD=102.20;SB=-1.876e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,54:44:99:5723,120,0 chrV 308000 . GTTT G 4454 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=30.1542;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;QD=44.10;RPA=6,3;RU=T;SB=-1.339e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,92:101:99:4454,277,0 chrV 308181 . GT G 2266.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=380.9207;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;QD=18.14;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.083e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,103:125:99:2309,305,0 chrV 308268 . G GA 2663.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=43.5300;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;QD=25.37;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.034e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,97:105:99:2706,282,0 chrV 308388 . ATCAAATACAT A 6109 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=125.7633;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.33;MQ0=0;QD=100.15;SB=-2.989e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,50:61:99:6109,163,0 chrV 309002 . G GCATCATCATCATCAT 4537 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.296;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=289.0022;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.97;MQ0=0;MQRankSum=0.072;QD=47.76;ReadPosRankSum=-2.010;SB=-1.597e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:71,20:95:99:4537,131,0 chrV 312924 . TTC T 2317.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=142.9444;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.13;MQ0=0;QD=39.29;SB=-6.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,57:59:99:2360,166,0 chrV 314042 . CA C 1946.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=669.0151;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.78;MQ0=0;QD=21.40;RPA=7,6;RU=A;SB=-9.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,72:91:99:1989,225,0 chrV 314091 . C CA 3811 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=861.3172;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.36;MQ0=0;QD=30.49;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.528e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,121:125:99:3811,367,0 chrV 314457 . CA C 3024.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=52.9153;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;QD=18.91;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.377e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,142:160:99:3067,392,0 chrV 316709 . ATT A 1967.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=133.4696;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=0.853;QD=24.30;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.957;SB=-8.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,68:81:99:2010,198,0 chrV 328320 . GA G 810.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.650;DP=57;FS=3.010;HaplotypeScore=77.6656;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.650;QD=14.23;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.650;SB=-4.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,50:57:99:853,105,0 chrV 332992 . GA G 1102.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=26.8945;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.98;MQ0=0;QD=19.70;RPA=8,7;RU=A;SB=-3.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,51:56:99:1145,149,0 chrV 335293 . AAAAGAGAGAAAAAATACAACAAGATACCAAACAGGACG A 6670 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=29.0183;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.27;MQ0=0;QD=62.34;SB=-2.375e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,103:107:99:6670,290,0 chrV 349345 . ATT A 1732.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=26.7169;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.67;MQ0=0;QD=27.95;RPA=10,8;RU=T;SB=-8.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,57:62:99:1775,165,0 chrV 355008 . C CT 1601.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=161.8923;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.94;MQ0=0;QD=23.22;RPA=6,7;RU=T;SB=-7.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,65:69:99:1644,192,0 chrV 355237 . T TG 2480.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=188.6736;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.52;MQ0=0;QD=31.01;SB=-1.039e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,72:80:99:2523,202,0 chrV 355240 . G GC 1481.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.578;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=281.3060;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.69;MQ0=0;MQRankSum=1.096;QD=20.58;RPA=8,9;RU=C;ReadPosRankSum=0.498;SB=-7.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,61:72:99:1524,134,0 chrV 357894 . CT C 1501.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.592;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=204.8409;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.655;QD=14.87;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.796;SB=-7.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,87:101:99:1544,198,0 chrV 359471 . AAAG A 2424.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=25.7920;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.69;MQ0=0;QD=39.75;RPA=2,1;RU=AAG;SB=-7.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,55:61:99:2467,159,0 chrV 362360 . AAT A 3466 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=41.7835;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.89;MQ0=1;QD=32.39;RPA=3,2;RU=AT;SB=-7.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,100:106:99:3466,274,0 chrV 372082 . C CT 1921.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=144.9718;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.83;MQ0=0;QD=25.97;RPA=2,3;RU=T;SB=-3.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,70:74:99:1964,195,0 chrV 372265 . A AG 1758.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=243.8085;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.45;MQ0=0;QD=33.83;RPA=1,2;RU=G;SB=-6.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1801,153,0 chrV 374814 . TGCA T 2652.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.198;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=177.0565;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.71;MQ0=0;MQRankSum=0.268;QD=34.45;ReadPosRankSum=1.914;SB=-1.171e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,71:77:99:2695,195,0 chrV 382523 . CA C 62.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.176;DP=31;FS=1.829;HaplotypeScore=32.0554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.458;QD=2.03;RPA=18,17;RU=A;ReadPosRankSum=0.599;SB=-4.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,8:31:99:102,0,147 chrV 394074 . GT G 772.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=125.1531;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.02;MQ0=0;QD=18.85;RPA=9,8;RU=T;SB=-3.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,39:41:99:815,110,0 chrV 395202 . CA C 430.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.908;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=24.1003;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-2.098;QD=10.01;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.282;SB=-1.663e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,25:43:25:472,25,0 chrV 400988 . CT C 1229.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=31.3736;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;QD=16.18;RPA=11,10;RU=T;SB=-3.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,62:76:99:1272,181,0 chrV 406418 . C CT 819.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.621;DP=94;FS=2.896;HaplotypeScore=81.8688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=2.494;QD=8.72;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.341;SB=-3.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,35:94:38:859,0,38 chrV 413363 . TA T 417.14 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.277;DP=68;FS=2.519;HaplotypeScore=62.3716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=1.338;QD=6.13;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=-1.144;SB=-9.516e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,25:68:11:456,0,11 chrV 422990 . CA C 565.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.533;DP=48;FS=6.606;HaplotypeScore=23.8842;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=1.883;QD=11.79;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.959;SB=-5.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,30:48:57:608,57,0 chrV 423359 . GT G 1821.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=141.3809;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=21.95;RPA=7,6;RU=T;SB=-6.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,80:83:99:1864,230,0 chrV 423672 . AT A 2043.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=37.9498;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.32;MQ0=0;QD=22.71;RPA=5,4;RU=T;SB=-6.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,82:90:99:2086,237,0 chrV 430574 . A AG 1770.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=263.0967;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.35;MQ0=0;QD=21.08;SB=-7.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,66:84:99:1813,204,0 chrV 435945 . A AT 2608.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.548;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=882.3779;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.87;MQ0=0;MQRankSum=0.774;QD=25.83;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=-1.585;SB=-1.105e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,84:101:99:2651,263,0 chrV 438667 . TC T 1748.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=349.5326;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.55;MQ0=0;QD=20.82;SB=-5.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,67:84:99:1791,202,0 chrV 438669 . TA T 1537.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=379.3696;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.11;MQ0=0;QD=19.72;SB=-5.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,64:78:99:1580,205,0 chrV 438774 . AT A 891.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.655;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=86.0955;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=1.501;QD=15.93;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.578;SB=-4.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,47:56:99:934,118,0 chrV 449892 . C CA 1010.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.712;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=28.0635;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.81;MQ0=0;MQRankSum=0.789;QD=16.31;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.712;SB=-3.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,50:62:92:1053,92,0 chrV 456074 . TA T 1696.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=374.5877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.73;MQ0=0;QD=21.21;RPA=6,5;RU=A;SB=-7.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,70:80:99:1739,209,0 chrV 460341 . G GA 1076.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=114.9038;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.60;MQ0=0;QD=18.57;RPA=6,7;RU=A;SB=-2.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,38:58:99:1119,129,0 chrV 460466 . A AGGGGG 5262 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=435.0790;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.91;MQ0=0;QD=72.08;SB=-2.388e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,68:73:99:5262,208,0 chrV 461877 . C CCACCGCTTCCACCGCTTT 15504 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=36.4136;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.94;MQ0=0;QD=166.71;SB=-3.925e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:48,39:93:99:15504,265,0 chrV 462951 . C CTTTTTTT 2187.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=79.9951;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.16;MQ0=0;QD=32.18;RPA=13,20;RU=T;SB=-1.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,38:68:99:2230,142,0 chrV 472423 . A ATT 1473.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=234.0958;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.83;MQ0=0;QD=24.16;RPA=8,10;RU=T;SB=-7.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,51:61:99:1516,140,0 chrV 482870 . G GT 1646.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=36.3735;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.40;MQ0=0;QD=20.33;RPA=8,9;RU=T;SB=-7.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,71:81:99:1689,209,0 chrV 487274 . T TA 2569.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=48.2454;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.89;MQ0=0;QD=20.08;RPA=8,9;RU=A;SB=-9.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,113:128:99:2612,318,0 chrV 487473 . AAG A 3572 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=868.1826;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.25;MQ0=0;QD=38.83;SB=-1.419e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,86:91:99:3572,254,0 chrV 487796 . A AT 2430.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=282.0310;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.94;MQ0=0;QD=22.10;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.105e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,97:110:99:2473,261,0 chrV 488179 . C CT 1959.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=285.6985;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.18;MQ0=0;QD=31.61;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2002,186,0 chrV 490225 . GTTCATGTTCATGTTCATGTTCATA G 5986 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=437.5009;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.02;MQ0=0;QD=63.01;SB=-2.635e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,83:95:99:5986,228,0 chrV 490880 . G GA 2030.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=103.4126;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=27.08;RPA=2,3;RU=A;SB=-4.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,67:75:99:2073,204,0 chrV 492128 . TC T 1392.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=100.3689;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.58;MQ0=0;QD=28.43;SB=-6.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,48:49:99:1435,141,0 chrV 492341 . G GA 852.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=46.6252;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.39;MQ0=0;QD=20.80;RPA=5,6;RU=A;SB=-2.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,35:41:99:895,105,0 chrV 498773 . A AT 2265.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=31.1168;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.29;MQ0=0;QD=25.75;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.094e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,85:88:99:2308,252,0 chrV 503930 . CAA C 693.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.411;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=170.1586;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.534;QD=14.77;RPA=14,12;RU=A;ReadPosRankSum=2.223;SB=-3.319e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,24:47:40:736,40,0 chrV 504449 . AT A 2789.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=157.5615;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;QD=20.36;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.059e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,131:137:99:2832,368,0 chrV 510020 . C CT 746.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.615;DP=79;FS=3.763;HaplotypeScore=105.8455;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.140;QD=9.44;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.000;SB=-3.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,47:79:22:788,22,0 chrV 510328 . CA C 940.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=20.3920;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.577;QD=15.18;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.794;SB=-3.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,52:62:99:983,119,0 chrV 517533 . TAAGCCTTAG T 3761 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=246.8848;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.45;MQ0=0;QD=51.52;RPA=3,2;RU=AAGCCTTAG;SB=-1.317e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,44:73:99:3761,123,0 chrV 522810 . T TG 1548.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=71.9450;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.60;MQ0=0;QD=25.82;RPA=1,2;RU=G;SB=-6.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,57:60:99:1591,147,0 chrV 522970 . A AT 385.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.731;DP=90;FS=16.222;HaplotypeScore=173.4690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.17;MQ0=0;MQRankSum=0.614;QD=4.29;RPA=16,17;RU=T;ReadPosRankSum=0.241;SB=-1.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,21:90:99:425,0,299 chrV 526638 . T TC 1513.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=30.0472;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.34;MQ0=0;QD=25.66;RPA=2,3;RU=C;SB=-5.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,51:59:99:1556,147,0 chrV 536020 . AT A 1884.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=105.9356;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.77;MQ0=0;QD=22.99;RPA=5,4;RU=T;SB=-9.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,79:82:99:1927,219,0 chrV 541246 . A AT 2101.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=155.0825;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.43;MQ0=0;QD=22.60;RPA=5,6;RU=T;SB=-9.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,87:93:99:2144,243,0 chrV 545195 . GGGGGGGGA G 1420.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=28.6628;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.08;MQ0=0;QD=71.05;SB=-6.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,18:20:57:1463,57,0 chrV 548081 . TA T 2528.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=278.7675;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.08;MQ0=0;QD=26.62;RPA=3,2;RU=A;SB=-7.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,89:95:99:2571,247,0 chrV 551283 . A AAG 2780.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=517.7348;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.44;MQ0=0;QD=27.53;SB=-8.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,74:96:99:2823,255,0 chrV 551284 . T TA 2330.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=532.5054;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.50;MQ0=0;QD=25.61;SB=-6.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,82:86:99:2373,243,0 chrV 551421 . GC G 2934.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=815.1128;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.86;MQ0=0;QD=27.69;RPA=5,4;RU=C;SB=-1.279e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,100:106:99:2977,295,0 chrV 553272 . C CTTAT 1017.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=231.3608;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.75;MQ0=0;QD=29.08;RPA=6,7;RU=TTAT;SB=-1.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,21:35:63:1060,63,0 chrV 554306 . G GACACTATATA 7176 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=577.3312;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.67;MQ0=0;QD=102.51;SB=-3.294e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,44:70:99:7176,196,0 chrV 561259 . TG T 1526.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=646.7567;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.57;MQ0=0;QD=28.81;SB=-8.800e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,47:53:99:1569,145,0 chrV 561758 . G GTA 2239.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=821.2211;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.12;MQ0=0;QD=40.73;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:55:99:2282,165,0 chrV 561783 . TG T 1526.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=816.5502;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.49;MQ0=0;QD=26.79;SB=-9.400e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,52:57:99:1569,156,0 chrV 561824 . C CG 1450.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=471.4282;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.78;MQ0=0;QD=29.02;RPA=2,3;RU=G;SB=-3.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,47:50:99:1493,141,0 chrV 562451 . AT A 2640.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=359.8308;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.61;MQ0=0;QD=31.44;SB=-7.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,74:84:99:2683,214,0 chrV 563148 . CT C 1445.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=241.1340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.85;MQ0=0;QD=20.96;RPA=7,6;RU=T;SB=-6.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,64:69:99:1488,186,0 chrV 563257 . AT A 1788.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=484.6067;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.37;MQ0=0;QD=21.55;RPA=3,2;RU=T;SB=-3.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,71:83:99:1831,189,0 chrV 563427 . AC A 2771.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=620.8689;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.64;MQ0=0;QD=34.22;SB=-1.344e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:81:99:2814,238,0 chrV 563829 . C CT 2170.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=503.2878;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.72;MQ0=0;QD=25.84;RPA=3,4;RU=T;SB=-9.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,76:84:99:2213,231,0 chrV 563866 . G GT 3183.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=419.7404;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.52;MQ0=0;QD=32.82;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.234e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,92:97:99:3226,280,0 chrV 564516 . C CA 362.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=155.2820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.98;MQ0=0;QD=19.10;RPA=8,9;RU=A;SB=-2.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,18:19:48:405,48,0 chrV 565293 . C CAAA 4551 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=31.5325;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.34;MQ0=0;QD=51.72;RPA=1,4;RU=A;SB=-2.228e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:88:99:4551,262,0 chrV 566800 . GC G 106.48 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=47.0527;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.00;MQ0=0;QD=17.75;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:12:148,12,0 chrV 567121 . GT G 260.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.028;DP=26;FS=49.057;HaplotypeScore=178.5353;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.42;MQ0=0;MQRankSum=0.184;QD=10.04;ReadPosRankSum=-2.556;SB=-6.419e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,10:26:99:300,0,522 chrV 567175 . AC A 330.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=115.5056;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.33;MQ0=0;QD=30.09;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:11:30:373,30,0 chrV 567545 . GC G 1828.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=398.2830;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.86;MQ0=0;QD=33.87;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:54:99:1871,159,0 chrV 567853 . G GAT 2238.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=463.1534;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.75;MQ0=0;QD=39.98;SB=-7.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,53:56:99:2281,166,0 chrV 567854 . GA G 1368.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=544.9033;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.90;MQ0=0;QD=24.89;RPA=2,1;RU=A;SB=-5.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:55:99:1411,159,0 chrV 568022 . A AG 1706.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.381;DP=118;FS=4.167;HaplotypeScore=1173.0434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.705;QD=14.47;ReadPosRankSum=5.502;SB=-8.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,78:118:99:1749,179,0 chrV 569540 . C CA 322.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.928;DP=31;FS=11.027;HaplotypeScore=435.4975;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.13;MQ0=2;MQRankSum=1.031;QD=10.42;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=-0.041;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,21:21:99:362,0,141 chrV 569595 . T TC 1036 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.553;DP=63;FS=13.994;HaplotypeScore=1213.6918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.48;MQ0=3;MQRankSum=-0.642;QD=16.44;ReadPosRankSum=0.254;SB=-2.254e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,37:43:18:1075,0,18 chrV 569880 . T TG 749.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.236;DP=198;DS;FS=16.401;HaplotypeScore=761.0204;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.93;MQ0=30;MQRankSum=-1.552;QD=3.79;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=-2.166;SB=-3.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:148,37:129:99:789,0,2409 chrV 569944 . G GTA 678.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.838;DP=46;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=375.1979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.12;MQ0=3;MQRankSum=-1.034;QD=14.76;RPA=2,3;RU=TA;ReadPosRankSum=0.110;SB=-1.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,25:33:99:718,0,214 chrV 569950 . TGTA T 1392.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=349.0749;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.11;MQ0=4;QD=27.31;RPA=2,1;RU=GTA;SB=-6.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,38:36:90:1435,90,0 chrV 570272 . A AG 1052.18 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.621;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=849.7510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.11;MQ0=1;MQRankSum=0.699;QD=16.44;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=0.194;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,44:43:10:1091,0,10 chrV 570562 . A AT 68.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.219;DP=34;FS=21.004;HaplotypeScore=36.6288;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=11.40;MQ0=15;MQRankSum=-2.219;QD=2.03;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=-0.729;SB=-2.745e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,5:9:78:108,0,78 chrVI 5172 . CTACAA C 357.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.158;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=155.9115;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.52;MQ0=2;MQRankSum=1.423;QD=21.00;ReadPosRankSum=1.107;SB=-1.533e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,5:11:19:399,19,0 chrVI 5175 . CAATAG C,CAG 415.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=144.3653;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=23.52;MQ0=2;QD=24.47;SB=-1.452e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:9,0,0:11:76:494,238,223,109,0,76 chrVI 5189 . A AC 95.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.388;DP=21;FS=6.368;HaplotypeScore=249.6222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.52;MQ0=3;MQRankSum=1.531;QD=4.57;ReadPosRankSum=-0.674;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,7:15:99:135,0,292 chrVI 5248 . C CT 128 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=146.4227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.95;MQ0=4;MQRankSum=-0.736;QD=11.64;ReadPosRankSum=-0.736;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,7:6:18:167,0,18 chrVI 5850 . G GT 278.37 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.203;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=261.8744;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.30;MQ0=0;MQRankSum=0.401;QD=12.65;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=-0.935;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,12:22:13:320,13,0 chrVI 5942 . TG T 138.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.166;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=270.5549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=11.58;ReadPosRankSum=0.895;SB=-3.000e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,9:11:69:178,0,69 chrVI 5985 . GT G 404.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.074;DP=29;FS=3.522;HaplotypeScore=547.1623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.52;MQ0=0;MQRankSum=0.512;QD=13.96;ReadPosRankSum=0.317;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,16:27:99:444,0,373 chrVI 6390 . TA T 220.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.696;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=217.5501;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.74;MQ0=5;MQRankSum=0.990;QD=5.14;RPA=6,5;RU=A;ReadPosRankSum=1.604;SB=-9.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,19:36:99:260,0,114 chrVI 8304 . TAAAA T 355.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=32.7240;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.20;MQ0=14;QD=12.28;RPA=17,13;RU=A;SB=-4.898e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,12:11:27:398,27,0 chrVI 8640 . GTT G 90.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=36.8913;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.71;MQ0=11;QD=4.75;RPA=12,10;RU=T;SB=-3.075e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,16:7:15:132,15,0 chrVI 11241 . TCACA T 2085.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=262.8670;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.65;MQ0=3;QD=41.72;RPA=9,7;RU=CA;SB=-6.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:40:99:2128,120,0 chrVI 12474 . G GTA 1613.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.434;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=339.2442;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.82;MQ0=47;MQRankSum=0.171;QD=11.37;RPA=5,6;RU=TA;ReadPosRankSum=-0.329;SB=-6.106e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,96:94:28:1656,28,0 chrVI 14286 . CAAA C 454.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=69.0055;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.53;MQ0=2;QD=11.97;RPA=13,10;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,21:27:38:497,38,0 chrVI 14914 . G GC 1925.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=677.2790;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.69;MQ0=1;QD=22.93;RPA=2,3;RU=C;SB=-8.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,77:70:99:1968,192,0 chrVI 16574 . GT G 1646.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.420;DP=93;FS=2.956;HaplotypeScore=835.6214;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.76;MQ0=0;MQRankSum=2.004;QD=17.71;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.203;SB=-7.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,83:93:99:1689,228,0 chrVI 16585 . CCT C 858.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.518;DP=97;FS=95.458;HaplotypeScore=909.5864;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.40;MQ0=0;MQRankSum=-6.780;QD=8.86;ReadPosRankSum=-0.079;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,30:97:99:898,0,1983 chrVI 16707 . TC T 411.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.870;DP=109;FS=27.012;HaplotypeScore=1008.7519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.34;MQ0=0;MQRankSum=-7.608;QD=3.78;ReadPosRankSum=0.512;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,31:109:99:451,0,1943 chrVI 16709 . TA T 394.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.870;DP=107;FS=27.012;HaplotypeScore=1000.2946;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.19;MQ0=0;MQRankSum=-7.402;QD=3.69;ReadPosRankSum=0.345;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,31:107:99:434,0,2010 chrVI 18732 . GC GCC,G 2853.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=787.6058;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=47.42;MQ0=0;QD=22.12;RPA=7,8,6;RU=C;SB=-8.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:6,0,66:129:99:2932,1768,2077,1481,0,1780 chrVI 18749 . A AT 1842.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.820;DP=156;FS=0.703;HaplotypeScore=1154.2670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.635;QD=11.81;RPA=3,4;RU=T;ReadPosRankSum=-1.130;SB=-5.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,80:156:99:1882,0,1109 chrVI 18821 . T TA 1600.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.452;DP=173;FS=8.515;HaplotypeScore=883.2325;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.58;MQ0=0;MQRankSum=-6.129;QD=9.25;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=1.357;SB=-7.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:100,72:173:99:1640,0,2242 chrVI 19695 . GC G 1467.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.458;DP=100;FS=2.743;HaplotypeScore=249.9853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.33;MQ0=0;MQRankSum=-3.656;QD=14.68;ReadPosRankSum=1.504;SB=-5.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,50:100:99:1507,0,1285 chrVI 20257 . ATTGACAAC A 4705 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.579;DP=105;FS=18.401;HaplotypeScore=245.8296;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.70;MQ0=0;MQRankSum=4.313;QD=44.81;ReadPosRankSum=0.000;SB=-1.498e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,53:105:99:4705,0,3962 chrVI 20484 . T TATA 3340 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=614.1529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.87;MQ0=0;QD=39.76;SB=-8.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,64:84:99:3340,202,0 chrVI 20503 . T TCATCAATTTC 5149 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=459.2125;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.82;MQ0=0;QD=88.78;SB=-1.694e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,18:58:99:5149,138,0 chrVI 20508 . T TTTCCATAC 3400 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.266;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=714.7125;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.733;QD=62.96;ReadPosRankSum=1.666;SB=-1.010e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,16:54:99:3400,137,0 chrVI 20630 . A ATT 2971.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=306.1223;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.67;MQ0=0;QD=33.39;RPA=4,6;RU=T;SB=-1.240e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,75:89:99:3014,250,0 chrVI 20729 . T TG 1340.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.155;DP=105;FS=4.270;HaplotypeScore=936.3994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.50;MQ0=0;MQRankSum=-4.386;QD=12.77;ReadPosRankSum=0.773;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,45:105:99:1380,0,204 chrVI 20836 . G GA 3596 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=362.6359;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.87;MQ0=0;QD=25.15;RPA=4,5;RU=A;SB=-3.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,135:143:99:3596,393,0 chrVI 22967 . TTATGA T 2773.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.724;DP=114;FS=2.590;HaplotypeScore=199.0258;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.944;QD=24.33;ReadPosRankSum=1.381;SB=-1.117e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,47:114:99:2813,0,3393 chrVI 23343 . C CT 1583.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-9.887;DP=190;FS=3.815;HaplotypeScore=530.8785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=1.696;QD=8.34;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-2.053;SB=-7.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,93:190:99:1623,0,987 chrVI 25313 . A AT 1272.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.885;DP=166;FS=5.291;HaplotypeScore=280.8788;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.279;QD=7.67;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=-0.435;SB=-5.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,76:166:99:1312,0,1202 chrVI 25825 . C CA 3597 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.971;DP=218;FS=1.477;HaplotypeScore=445.8155;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.73;MQ0=0;MQRankSum=0.185;QD=16.50;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.040;SB=-1.395e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:58,145:218:99:3597,362,0 chrVI 25929 . AG A 3004.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=12.339;DP=227;FS=2.835;HaplotypeScore=1216.2018;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.32;MQ0=0;MQRankSum=-4.913;QD=13.24;ReadPosRankSum=-1.225;SB=-7.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:110,117:227:99:3044,0,2904 chrVI 26165 . CT C 1646.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=11.447;DP=210;FS=5.407;HaplotypeScore=589.4754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=0.678;QD=7.84;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.531;SB=-3.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:105,103:210:99:1686,0,1425 chrVI 27175 . A AT 3963 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=66.9794;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.31;MQ0=0;QD=30.72;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.468e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,126:129:99:3963,358,0 chrVI 27549 . T TTCTACAACTAAC 11170 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=249.3462;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.94;MQ0=0;QD=118.83;SB=-4.125e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,66:94:99:11170,253,0 chrVI 27969 . A AT 952.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.506;DP=110;FS=6.543;HaplotypeScore=198.5169;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.75;MQ0=0;MQRankSum=1.495;QD=8.66;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=0.020;SB=-2.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,50:110:99:992,0,556 chrVI 30082 . C CCA 194.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.014;DP=55;FS=3.424;HaplotypeScore=128.0513;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.56;MQ0=0;MQRankSum=0.596;QD=3.53;RPA=1,2;RU=CA;ReadPosRankSum=-2.624;SB=-7.580e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,20:55:21:236,21,0 chrVI 30997 . CT C 647.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.348;DP=47;FS=3.522;HaplotypeScore=133.2092;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.674;QD=13.79;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.866;SB=-2.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,39:47:82:690,82,0 chrVI 31532 . AT A 1251.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=28.9554;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;QD=17.39;RPA=11,10;RU=T;SB=-2.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,64:72:99:1294,184,0 chrVI 32524 . CTT C 2564.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=176.7478;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.84;MQ0=1;QD=32.47;RPA=5,3;RU=T;SB=-1.163e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,72:78:99:2607,208,0 chrVI 32705 . C CTTG 3739 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=173.1664;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.55;MQ0=0;QD=51.93;SB=-1.496e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,69:72:99:3739,211,0 chrVI 36663 . AT A 1226.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=26.3467;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.08;MQ0=0;QD=17.78;RPA=9,8;RU=T;SB=-6.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,64:69:99:1269,173,0 chrVI 38778 . C CAT 3040.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;FS=0.000;HaplotypeScore=72.4308;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.65;MQ0=0;QD=18.10;RPA=4,5;RU=AT;SB=-1.409e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,120:168:99:3083,285,0 chrVI 44418 . GT G 3743 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=42.7213;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.64;MQ0=0;QD=32.83;SB=-1.551e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:114:99:3743,325,0 chrVI 47992 . CTA C 2596.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=486.1406;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.75;MQ0=0;QD=38.76;SB=-1.238e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,63:67:99:2639,184,0 chrVI 51171 . C CT 2035.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.164;DP=125;FS=2.155;HaplotypeScore=55.9475;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.02;MQ0=1;MQRankSum=0.663;QD=16.29;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.424;SB=-1.005e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,86:124:99:2078,213,0 chrVI 56116 . C CA 903.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.298;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=24.0334;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.202;QD=17.06;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.202;SB=-4.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,38:53:84:946,84,0 chrVI 63949 . T TA 2434.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=234.5915;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.16;MQ0=0;QD=25.10;RPA=4,5;RU=A;SB=-7.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,93:97:99:2477,273,0 chrVI 65133 . CT C 921.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=194.5363;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.21;MQ0=0;QD=13.97;RPA=6,5;RU=T;SB=-4.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,45:66:99:964,117,0 chrVI 74485 . G GA 542.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.653;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=71.6045;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=0.457;QD=11.29;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.366;SB=-1.063e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,22:48:21:584,21,0 chrVI 74592 . G GTATA 798.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=79.2061;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;QD=19.49;RPA=6,8;RU=TA;SB=-1.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,20:41:48:841,48,0 chrVI 75085 . C CTTGTCTTCTT 3113.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=352.3158;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.36;MQ0=0;QD=62.28;RPA=1,2;RU=TTGTCTTCTT;SB=-1.106e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,23:50:90:3156,90,0 chrVI 75912 . C CTT 387.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.029;DP=53;FS=7.005;HaplotypeScore=59.1599;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=1.010;QD=7.32;RPA=15,17;RU=T;ReadPosRankSum=-0.029;SB=-1.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,22:52:9:429,9,0 chrVI 80386 . T TCTATGTCATGGG 9182 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=35.3412;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.34;MQ0=0;QD=103.17;RPA=1,2;RU=CTATGTCATGGG;SB=-3.012e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,67:89:99:9182,220,0 chrVI 82509 . A AC 2225.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=198.3891;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.24;MQ0=0;QD=27.15;RPA=2,3;RU=C;SB=-1.039e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,73:82:99:2268,222,0 chrVI 82529 . TA T 2067.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=251.2582;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.51;MQ0=0;QD=21.77;RPA=2,1;RU=A;SB=-7.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,79:95:99:2110,204,0 chrVI 83969 . T TA 1297.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.434;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=56.0435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=0.299;QD=18.81;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.299;SB=-5.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,63:69:99:1340,153,0 chrVI 87585 . TA T 1700.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=226.3579;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.40;MQ0=0;QD=18.49;RPA=8,7;RU=A;SB=-6.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,87:92:99:1743,230,0 chrVI 87975 . GTGC G 1541.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.557;DP=122;FS=44.063;HaplotypeScore=577.1931;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.001;QD=12.64;ReadPosRankSum=0.126;SB=-4.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,39:122:99:1581,0,3661 chrVI 91775 . G GAAT 5043 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=216.2177;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.29;MQ0=0;QD=49.44;SB=-2.161e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,95:102:99:5043,292,0 chrVI 95239 . G GA 405.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=219.8656;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.79;MQ0=0;QD=15.04;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,19:27:71:448,71,0 chrVI 95460 . AT A 612.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.016;DP=66;FS=4.139;HaplotypeScore=51.0832;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=0.016;QD=9.28;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.462;SB=-2.695e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,49:66:2:651,2,0 chrVI 97505 . CA C 1102.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.381;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=219.7970;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.40;MQ0=0;MQRankSum=0.254;QD=14.32;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.826;SB=-2.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,46:77:99:1145,124,0 chrVI 97544 . C CATAT 4286 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=139.4436;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=41.21;RPA=5,7;RU=AT;SB=-1.264e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,80:104:99:4286,248,0 chrVI 97617 . TAA T 2444.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=590.5638;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.03;MQ0=0;MQRankSum=1.254;QD=19.25;RPA=16,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.737;SB=-7.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:51,74:127:99:2487,254,0 chrVI 97864 . C CT 1318.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.918;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=293.2057;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.175;QD=13.60;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.472;SB=-6.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,69:97:99:1361,99,0 chrVI 99153 . CAA C,CA 707.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.711;DP=108;FS=2.187;HaplotypeScore=61.0154;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.79;MQ0=0;MQRankSum=1.921;QD=6.55;RPA=17,15,16;RU=A;ReadPosRankSum=-0.997;SB=-1.106e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:44,16,1:108:99:786,462,845,125,0,100 chrVI 100206 . TA T 2533.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=26.8280;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.44;MQ0=0;QD=32.49;SB=-1.204e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,76:78:99:2576,217,0 chrVI 106277 . C CTT 405.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=25.5702;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.69;MQ0=0;QD=11.28;RPA=13,15;RU=T;SB=-1.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,17:36:61:448,61,0 chrVI 106881 . GGGAAAA G 4133 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=59.7475;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;QD=37.23;RPA=4,3;RU=GGAAAA;SB=-1.754e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:51,57:111:99:4133,187,0 chrVI 107817 . A ATGTATGTATGTG 4650 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=72.7409;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.62;MQ0=0;QD=80.17;SB=-8.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,39:58:99:4650,144,0 chrVI 110109 . T TA 633.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.263;DP=70;FS=5.009;HaplotypeScore=267.2076;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.232;QD=9.06;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=0.533;SB=-1.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,31:70:69:676,69,0 chrVI 110144 . CA C 1516.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=284.8631;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.47;MQ0=0;QD=21.98;RPA=4,3;RU=A;SB=-5.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,67:69:99:1559,171,0 chrVI 110299 . TCAGC T 4046 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=193.9526;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.76;MQ0=0;QD=51.87;RPA=2,1;RU=CAGC;SB=-1.494e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,71:78:99:4046,208,0 chrVI 111719 . A AT 1893.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=615.6387;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.20;MQ0=0;QD=28.27;RPA=1,2;RU=T;SB=-8.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,60:67:99:1936,180,0 chrVI 111736 . CA C 963.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.412;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=644.7763;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.86;MQ0=0;MQRankSum=1.363;QD=16.34;ReadPosRankSum=3.939;SB=-4.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,50:59:92:1006,92,0 chrVI 111738 . TCTCA T 2467.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.219;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=487.5467;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.91;MQ0=0;MQRankSum=2.743;QD=40.46;ReadPosRankSum=3.297;SB=-1.172e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,50:61:99:2510,109,0 chrVI 112326 . C CA 905.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=146.0718;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;QD=21.07;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,42:43:99:948,114,0 chrVI 114954 . GT G 3367 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=228.9261;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;QD=21.31;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.655e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,149:158:99:3367,431,0 chrVI 118644 . AG A 1957.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=204.8831;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=26.82;RPA=3,2;RU=G;SB=-5.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:73:99:2000,201,0 chrVI 118895 . G GT 1835.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=99.7150;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.81;MQ0=0;QD=24.48;RPA=4,5;RU=T;SB=-4.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,70:75:99:1878,201,0 chrVI 119125 . AC A 3393 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=668.4035;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.41;MQ0=0;QD=23.56;SB=-1.056e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,134:144:99:3393,419,0 chrVI 119127 . TAG T 4741 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=539.6202;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.30;MQ0=0;QD=31.61;SB=-1.415e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,134:150:99:4741,423,0 chrVI 119284 . GAA G 1021.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.590;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=373.7747;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.962;QD=15.25;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.831;SB=-4.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,38:67:96:1064,96,0 chrVI 131288 . T TA 1297.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=22.3694;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=22.77;RPA=6,7;RU=A;SB=-4.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,53:57:99:1340,156,0 chrVI 143870 . CAGT C 309.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.281;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=290.9415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.529;QD=16.31;ReadPosRankSum=-3.387;SB=-4.001e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,10:19:99:349,0,190 chrVI 143893 . TA T 418.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.697;DP=34;FS=52.438;HaplotypeScore=408.6599;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.81;MQ0=0;MQRankSum=-4.547;QD=12.32;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=1.778;SB=4.637e-03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,21:34:99:458,0,290 chrVI 144956 . T TA 4176 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=706.3781;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.75;MQ0=0;QD=27.84;RPA=1,2;RU=A;SB=-2.031e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,136:150:99:4176,397,0 chrVI 148504 . C CT 803.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=100.0903;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.72;MQ0=0;QD=22.33;RPA=4,5;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,31:36:93:846,93,0 chrVI 155985 . GTTTT G 978.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=20.8504;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=27.97;RPA=16,12;RU=T;SB=-1.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,20:35:64:1021,64,0 chrVI 157816 . AT A 1787.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=531.8914;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.68;MQ0=0;QD=18.43;RPA=8,7;RU=T;SB=-7.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,86:97:99:1830,242,0 chrVI 157828 . A ATCT 4127 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=401.9002;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.28;MQ0=0;QD=45.35;RPA=1,2;RU=TCT;SB=-1.935e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,82:91:99:4127,253,0 chrVI 157896 . C CT 1413.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=550.2094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.42;MQ0=0;QD=29.46;SB=-7.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:48:99:1456,132,0 chrVI 158301 . A AC 1567.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=310.4778;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.77;MQ0=0;QD=26.13;RPA=2,3;RU=C;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,51:60:99:1610,156,0 chrVI 159212 . G GA 1679.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=144.4519;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=23.33;RPA=5,6;RU=A;SB=-8.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,64:72:99:1722,195,0 chrVI 160392 . TA T 3012.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=113.0804;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;QD=24.70;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.080e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,116:122:99:3055,333,0 chrVI 160471 . A ATTAT 5305 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=121.8781;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.47;MQ0=0;QD=46.54;SB=-2.522e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,88:114:99:5305,292,0 chrVI 161297 . CT C 1186.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=154.1087;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.08;MQ0=0;QD=23.74;RPA=5,4;RU=T;SB=-5.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:50:99:1229,144,0 chrVI 161459 . G GA 2480.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=284.4979;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;QD=31.01;RPA=1,2;RU=A;SB=-4.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,74:80:99:2523,226,0 chrVI 161527 . CA C 2056.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=308.5752;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.07;MQ0=0;QD=26.04;RPA=4,3;RU=A;SB=-5.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,78:79:99:2099,228,0 chrVI 161715 . A AT 1556.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=19.6204;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.69;MQ0=0;QD=25.95;RPA=4,5;RU=T;SB=-3.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,59:60:99:1599,174,0 chrVI 161883 . C CTT 823.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=105.4980;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.04;MQ0=0;QD=35.82;RPA=1,3;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,22:22:63:866,63,0 chrVI 162075 . TGA T 1338.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.105;DP=121;FS=262.447;HaplotypeScore=630.4918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.71;MQ0=0;MQRankSum=-8.573;QD=11.07;ReadPosRankSum=4.762;SB=-1.815e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,36:117:99:1378,0,2384 chrVI 167381 . AAT A 1192.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=390.6811;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.46;MQ0=0;QD=17.29;RPA=6,5;RU=AT;SB=-5.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,38:69:99:1235,114,0 chrVI 168334 . GATCCT G 495.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.224;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=428.6152;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.234;QD=13.05;ReadPosRankSum=4.034;SB=-8.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,16:38:99:535,0,770 chrVI 168340 . GTTACTTTGCATGCACCGTGA G 2768.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.881;DP=36;FS=1.830;HaplotypeScore=198.5294;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.522;QD=76.92;ReadPosRankSum=4.377;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,16:36:99:2808,0,542 chrVI 168886 . A AAT 2162.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=60.0875;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.86;MQ0=0;QD=37.95;SB=-5.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:57:99:2205,163,0 chrVI 169659 . AGGTATGGC A 8053 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=495.9287;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.57;MQ0=0;QD=73.21;RPA=2,1;RU=GGTATGGC;SB=-2.205e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,90:110:99:8053,268,0 chrVI 172412 . TA T 2082.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.462;DP=122;FS=2.743;HaplotypeScore=52.5134;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.343;QD=17.07;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-2.000;SB=-8.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,106:122:99:2125,260,0 chrVI 174046 . CTTT C 1342.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=132.9677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.64;MQ0=0;QD=23.97;RPA=15,12;RU=T;SB=-3.489e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,31:56:99:1384,112,0 chrVI 174112 . AAC A 3804 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=335.6894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.52;MQ0=0;QD=36.23;RPA=2,1;RU=AC;SB=-1.592e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,100:105:99:3804,295,0 chrVI 176506 . AG A 2415.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.022;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=297.6533;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.07;MQ0=0;MQRankSum=1.155;QD=27.77;ReadPosRankSum=0.089;SB=-1.214e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,83:87:99:2458,230,0 chrVI 179312 . T TTTCTTCTTCTTCTTCTTC 3676 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=52.5834;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.52;MQ0=0;QD=53.28;RPA=10,16;RU=TTC;SB=-1.818e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,46:69:99:3676,135,0 chrVI 182885 . T TGTGCGTGTGTGC 3191.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=14.5353;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.94;MQ0=1;QD=88.67;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,26:35:90:3234,90,0 chrVI 191470 . TTTA T 3138.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=548.4052;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.72;MQ0=0;QD=36.08;RPA=2,1;RU=TTA;SB=-8.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,75:84:99:3181,208,0 chrVI 191499 . T TCA 885.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=308.7243;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.35;MQ0=0;QD=23.94;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,32:28:78:928,78,0 chrVI 192522 . GTTTCTATCGTGA G 2556.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=155.5934;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.16;MQ0=0;QD=121.76;SB=-1.007e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,19:21:57:2599,57,0 chrVI 193508 . TA T 2370.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.851;DP=148;FS=3.476;HaplotypeScore=209.8210;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=1.028;QD=16.02;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.851;SB=-1.054e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,131:148:99:2413,327,0 chrVI 194362 . T TAA 5079 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=336.9482;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.94;MQ0=0;QD=36.54;RPA=3,5;RU=A;SB=-2.186e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,135:139:99:5079,400,0 chrVI 194604 . TTA T 2583.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.290;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=571.0405;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=22.28;ReadPosRankSum=1.032;SB=-1.293e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,84:116:99:2626,266,0 chrVI 199066 . C CT 2982.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=194.2195;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;QD=27.88;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.110e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:3025,295,0 chrVI 199443 . GT G 2925.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=442.0926;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.63;MQ0=0;QD=24.38;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.483e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,106:120:99:2968,330,0 chrVI 199527 . AT A 2151.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=404.7677;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.47;MQ0=0;QD=23.91;RPA=4,3;RU=T;SB=-7.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,83:90:99:2194,240,0 chrVI 203706 . G GT 1450.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.239;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=136.9715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=2.031;QD=17.69;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.986;SB=-5.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,69:82:99:1493,139,0 chrVI 204889 . AG A 2118.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=500.6246;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.25;MQ0=0;QD=24.93;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,67:85:99:2161,201,0 chrVI 204901 . CAA C 1722.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=523.8746;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.44;MQ0=0;QD=26.51;RPA=8,6;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,56:65:99:1765,162,0 chrVI 205945 . G GC 575.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.064;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=215.4084;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=1.605;QD=16.00;RPA=3,4;RU=C;ReadPosRankSum=-0.835;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,23:36:63:618,63,0 chrVI 206719 . T TA 2276.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=315.2053;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.53;MQ0=0;QD=27.43;RPA=1,2;RU=A;SB=-8.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,76:83:99:2319,219,0 chrVI 206951 . GA G 2185.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=352.9372;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.87;MQ0=0;QD=19.18;RPA=9,8;RU=A;SB=-7.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,107:114:99:2228,301,0 chrVI 210067 . A ATTT 117.24 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.393;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=30.4937;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=0.348;QD=3.66;RPA=16,19;RU=T;ReadPosRankSum=0.348;SB=-5.097e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,8:32:9:156,0,9 chrVI 226131 . CAAA C 1423.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.083;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=150.4950;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.24;MQ0=0;MQRankSum=0.578;QD=17.16;RPA=15,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.320;SB=-4.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,38:83:99:1466,110,0 chrVI 226238 . G GAAAA 4339 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=140.9880;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.33;MQ0=0;QD=44.73;RPA=5,9;RU=A;SB=-1.411e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,81:97:99:4339,235,0 chrVI 226612 . A AAAAATATAGG 6909 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=77.1604;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.10;MQ0=0;QD=49.35;RPA=2,3;RU=AAAATATAGG;SB=-3.246e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:99,40:140:99:6909,247,0 chrVI 226671 . AG A 2887.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=203.8565;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.21;MQ0=0;QD=29.77;SB=-1.463e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,84:97:99:2930,262,0 chrVI 226825 . AT A 1642.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=235.5412;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.27;MQ0=0;QD=21.62;RPA=6,5;RU=T;SB=-4.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,75:76:99:1685,207,0 chrVI 226929 . GA G 1163.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.418;DP=80;FS=4.624;HaplotypeScore=41.0270;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.374;QD=14.55;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.060;SB=-3.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,65:80:99:1206,148,0 chrVI 227351 . TACGCAC T 3770 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=28.4918;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.81;MQ0=0;QD=54.64;RPA=3,2;RU=ACGCAC;SB=-2.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,63:69:99:3770,177,0 chrVI 232991 . TC T 653.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.867;DP=94;FS=9.569;HaplotypeScore=1148.0788;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.155;QD=6.96;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=6.670;SB=-2.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,50:94:99:693,0,294 chrVI 232994 . TCATTTTCATTCTCA T 8687 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=377.2255;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.37;MQ0=0;QD=95.46;SB=-3.845e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,50:91:99:8687,228,0 chrVI 233008 . A ATCT 1823.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-5.989;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=1054.4189;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.34;MQ0=0;MQRankSum=0.901;QD=21.45;ReadPosRankSum=0.543;SB=-5.482e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:61,24:85:17:1865,17,0 chrVI 237134 . C CATA 3373 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.114;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=234.8185;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=1.526;QD=33.73;RPA=2,3;RU=ATA;ReadPosRankSum=0.577;SB=-4.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,90:100:99:3373,240,0 chrVI 241524 . C CTT 1900.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=43.0363;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.66;MQ0=0;QD=20.66;RPA=10,12;RU=T;SB=-9.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,46:92:99:1943,207,0 chrVI 242037 . A AC 1318.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=87.9083;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=27.48;RPA=1,2;RU=C;SB=-6.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,41:48:99:1361,120,0 chrVI 245961 . AT A 1196.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.521;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=72.1996;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.594;QD=11.62;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.085;SB=-4.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,83:103:99:1239,134,0 chrVI 265378 . C CTTT 2230.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=57.1109;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.52;MQ0=0;QD=27.89;RPA=10,13;RU=T;SB=-3.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,40:80:99:2273,159,0 chrVI 265477 . G GT 2038.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=26.2605;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.97;MQ0=0;QD=35.77;SB=-8.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,56:57:99:2081,168,0 chrVI 267577 . A AG 2319.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=169.9763;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=31.78;SB=-9.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,69:73:99:2362,199,0 chrVI 268215 . T TAA 964.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=120.3773;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.85;MQ0=0;QD=19.30;RPA=1,3;RU=A;SB=-9.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,42:50:87:1007,87,0 chrVII 355 . TA T 275.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=352.9919;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.13;MQ0=0;QD=13.14;RPA=2,1;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,18:13:27:318,27,0 chrVII 381 . AT A 443.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=464.8292;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.26;MQ0=0;QD=14.80;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,25:18:52:486,52,0 chrVII 385 . 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CT C 2128.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=356.4828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.15;MQ0=0;QD=31.78;RPA=2,1;RU=T;SB=-8.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,58:67:99:2171,192,0 chrVII 9811 . A AGG 1166.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=408.2267;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.42;MQ0=0;QD=34.32;SB=-8.100e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,26:34:93:1209,93,0 chrVII 9815 . A AT 798.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.362;DP=34;FS=9.102;HaplotypeScore=447.0072;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.72;MQ0=0;MQRankSum=1.129;QD=23.50;ReadPosRankSum=2.297;SB=-2.300e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,26:34:86:841,86,0 chrVII 9988 . AG A 1801.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=782.3629;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.32;MQ0=0;QD=23.71;RPA=2,1;RU=G;SB=-7.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,64:75:99:1844,189,0 chrVII 10094 . G GA 346.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=300.4966;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.34;MQ0=0;QD=23.13;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,13:15:33:389,33,0 chrVII 10168 . GA G 882.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=330.0029;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.63;MQ0=0;QD=36.79;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:72:925,72,0 chrVII 10626 . T TG 672.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=421.0434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.22;MQ0=0;QD=22.43;RPA=2,3;RU=G;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,27:28:75:715,75,0 chrVII 10630 . CT C 787.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=377.7300;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.49;MQ0=0;QD=29.18;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:25:75:830,75,0 chrVII 10670 . AT A 801.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=484.6809;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.02;MQ0=0;QD=25.87;RPA=2,1;RU=T;SB=-9.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,29:29:78:844,78,0 chrVII 10682 . T TAAAA 1080.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=412.0711;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.80;MQ0=0;QD=38.61;RPA=4,8;RU=A;SB=-1.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,21:26:60:1123,60,0 chrVII 10864 . TC T 187.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=277.7246;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.18;MQ0=0;QD=23.39;SB=-3.687e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:8:18:229,18,0 chrVII 10894 . ATT A 222.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=164.6608;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.84;MQ0=0;QD=22.30;RPA=10,8;RU=T;SB=-3.397e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,9:10:24:265,24,0 chrVII 10966 . G GC 1281.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=424.4402;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.49;MQ0=1;QD=37.70;SB=-7.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,33:33:99:1324,99,0 chrVII 11071 . A AT 1660.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=492.5911;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.18;MQ0=2;QD=21.02;RPA=2,3;RU=T;SB=-3.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,69:61:99:1703,159,0 chrVII 11756 . A AT 935.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=747.2294;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.24;MQ0=0;QD=16.71;RPA=1,2;RU=T;SB=-2.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,43:51:99:978,127,0 chrVII 11769 . A AT 1109.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=843.9666;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.51;MQ0=0;QD=19.47;RPA=4,5;RU=T;SB=-2.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,48:51:99:1152,126,0 chrVII 11783 . CA C 1144.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=770.4142;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.93;MQ0=0;QD=20.09;RPA=5,4;RU=A;SB=-7.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,53:49:99:1187,129,0 chrVII 11881 . A AT 1389.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=573.6536;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.990;QD=22.06;ReadPosRankSum=1.609;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,61:63:99:1432,164,0 chrVII 12170 . 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T TAA 810.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.037;DP=49;FS=3.110;HaplotypeScore=34.8745;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.256;QD=16.55;RPA=11,13;RU=A;ReadPosRankSum=1.208;SB=-3.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,32:49:36:853,36,0 chrVII 21517 . GAATGAC G 4085 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=1118.6540;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.99;MQ0=0;QD=62.85;SB=-1.595e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,60:65:99:4085,174,0 chrVII 23274 . TAA T 2716.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=387.9990;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.26;MQ0=0;QD=33.96;RPA=3,1;RU=A;SB=-7.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,70:80:99:2759,193,0 chrVII 23642 . C CACGACG 3886 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=112.8670;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.95;MQ0=0;QD=54.73;RPA=5,7;RU=ACG;SB=-9.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,53:71:99:3886,159,0 chrVII 23812 . TA T 1974.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=160.8747;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.42;MQ0=0;QD=21.01;RPA=8,7;RU=A;SB=-8.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,91:94:99:2017,248,0 chrVII 25552 . TTA T 4576 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=48.7871;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.93;MQ0=0;QD=31.78;RPA=3,2;RU=TA;SB=-1.517e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,134:144:99:4576,358,0 chrVII 43266 . CAA C 1223.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=123.9173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.26;MQ0=0;QD=17.24;RPA=15,13;RU=A;SB=-4.703e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,37:71:83:1266,83,0 chrVII 44508 . A AAT 1060.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.202;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=23.0428;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.343;QD=16.56;RPA=7,8;RU=AT;ReadPosRankSum=-1.259;SB=-3.304e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,34:64:5:1100,5,0 chrVII 49415 . CT C 2159.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.414;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=59.0292;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=2.414;QD=18.30;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=2.241;SB=-9.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,100:118:99:2202,246,0 chrVII 52694 . C CT 3961 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;FS=0.000;HaplotypeScore=48.3147;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.57;MQ0=0;QD=24.01;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.793e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,149:165:99:3961,421,0 chrVII 55804 . T TG 2460.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=383.1764;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.45;MQ0=0;QD=23.89;RPA=4,5;RU=G;SB=-7.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,92:103:99:2503,267,0 chrVII 56224 . G GT 307.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.440;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=237.1743;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.32;MQ0=0;MQRankSum=-2.159;QD=7.70;ReadPosRankSum=0.300;SB=-1.529e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,14:40:30:350,30,0 chrVII 56250 . A AT 455.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=131.4105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.02;MQ0=0;QD=10.36;RPA=10,11;RU=T;SB=-1.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,24:43:64:498,64,0 chrVII 61961 . A AT 1983.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.751;DP=124;FS=14.540;HaplotypeScore=199.8453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.85;MQ0=0;MQRankSum=2.048;QD=16.00;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=2.622;SB=-8.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,103:124:99:2026,215,0 chrVII 65309 . TATC T 2674.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=21.8557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.76;MQ0=0;QD=38.21;RPA=5,4;RU=ATC;SB=-1.105e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,63:70:99:2717,178,0 chrVII 65726 . CATG C 5197 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=264.4606;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.14;MQ0=0;QD=49.50;SB=-1.390e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,101:105:99:5197,298,0 chrVII 67459 . TA T 3078.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=168.2899;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.32;MQ0=0;QD=34.99;SB=-1.483e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,86:88:99:3121,244,0 chrVII 69352 . TACACACACACACAC T 6653 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=436.5389;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.04;MQ0=0;QD=73.11;RPA=17,10;RU=AC;SB=-2.253e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,43:91:99:6653,132,0 chrVII 69394 . ATC A 5808 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=167;FS=0.000;HaplotypeScore=1205.7510;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.72;MQ0=0;QD=34.78;SB=-1.661e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,164:167:99:5808,431,0 chrVII 73926 . A AT 1126.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=155.3856;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.48;MQ0=0;QD=27.49;SB=-5.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,15:41:99:1169,120,0 chrVII 73928 . GA G 1019.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=166.5307;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.80;MQ0=0;QD=23.72;SB=-5.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,15:43:99:1062,111,0 chrVII 75475 . AG A 1555.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=7.298;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=923.0508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.15;MQ0=0;MQRankSum=2.698;QD=13.77;ReadPosRankSum=6.239;SB=-6.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,81:113:99:1598,124,0 chrVII 75477 . AGAGAG A 5100 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=7.322;DP=111;FS=3.277;HaplotypeScore=569.1645;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.21;MQ0=0;MQRankSum=2.142;QD=45.95;ReadPosRankSum=6.708;SB=-1.985e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,81:111:98:5100,98,0 chrVII 75686 . ATGTT A 3521 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=263.2248;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.28;MQ0=0;QD=55.02;SB=-1.215e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:64:99:3521,169,0 chrVII 76620 . CG C 2212.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=80.0457;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.82;MQ0=0;QD=35.69;SB=-7.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:62:99:2255,178,0 chrVII 76709 . GA G 821.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.149;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=123.8812;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=0.686;QD=12.27;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.701;SB=-3.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,42:67:60:864,60,0 chrVII 77930 . AT A 2143.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.766;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=233.4533;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.314;QD=15.76;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.927;SB=-3.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,115:136:99:2186,229,0 chrVII 84763 . C CT 412.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.194;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=100.5658;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.297;QD=6.76;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=0.000;SB=-1.711e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,37:61:13:454,13,0 chrVII 89490 . GA G 512.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=10.1749;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.97;MQ0=0;QD=16.03;RPA=11,10;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,30:32:75:555,75,0 chrVII 89899 . A AC 1339.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=51.7624;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.06;MQ0=0;QD=28.51;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:47:99:1382,120,0 chrVII 92431 . T TAA 2078.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.453;DP=93;FS=2.672;HaplotypeScore=143.8715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.60;MQ0=0;MQRankSum=1.014;QD=22.35;RPA=11,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.359;SB=-8.079e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,68:93:99:2121,148,0 chrVII 94684 . AT A 1374.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=292.4700;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;QD=18.58;RPA=10,9;RU=T;SB=-4.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,67:74:99:1417,191,0 chrVII 98613 . A ATTTTC 4983 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=370.9168;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.77;MQ0=0;QD=63.88;SB=-2.461e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,65:78:99:4983,214,0 chrVII 102487 . T TA 464.16 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.071;DP=56;FS=4.590;HaplotypeScore=67.5001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=-1.061;QD=8.29;RPA=14,15;RU=A;ReadPosRankSum=-1.249;SB=-1.851e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,17:56:2:502,0,2 chrVII 107991 . G GT 1224.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=11.9714;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=24.02;RPA=3,4;RU=T;SB=-4.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,46:51:99:1267,132,0 chrVII 110616 . TA T 1847.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=24.0966;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.16;MQ0=0;QD=21.74;RPA=7,6;RU=A;SB=-8.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,82:85:99:1890,228,0 chrVII 111351 . AT A 137.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=69.6097;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.74;MQ0=10;QD=9.15;RPA=2,1;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,5:5:15:179,15,0 chrVII 111455 . CTA C 175.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;HaplotypeScore=45.9033;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=35.05;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:217,15,0 chrVII 111462 . CGT C 182.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;HaplotypeScore=45.1934;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=36.45;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:224,15,0 chrVII 111547 . ACGG A 1221.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.044;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=240.9378;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.856;QD=33.03;ReadPosRankSum=4.614;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,24:37:99:1261,0,552 chrVII 112192 . T TA 1955.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=378.9001;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.70;MQ0=0;QD=22.74;RPA=5,6;RU=A;SB=-4.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,76:86:99:1998,219,0 chrVII 112943 . A ATCGTCGTCGTCGTCGTCGTCGTCG 8333 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=30.7227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.59;MQ0=0;QD=143.67;RPA=1,9;RU=TCG;SB=-4.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,37:57:99:8333,156,0 chrVII 115607 . T TCATA 4160 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=311.3078;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.28;MQ0=2;QD=55.47;SB=-1.918e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,66:73:99:4160,199,0 chrVII 122345 . CT C 937.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=230.7553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.72;MQ0=0;QD=14.89;RPA=7,6;RU=T;SB=-3.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,48:63:99:980,117,0 chrVII 122421 . CA C 2610.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=691.3630;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.65;MQ0=0;QD=37.84;SB=-1.153e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2653,205,0 chrVII 122514 . G GT 2782.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=381.1146;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.96;MQ0=0;QD=38.12;SB=-8.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,70:72:99:2825,217,0 chrVII 142037 . GTT G 3190.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=28.5298;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.84;MQ0=0;MQRankSum=0.866;QD=37.99;ReadPosRankSum=0.385;SB=-1.515e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,76:84:99:3233,166,0 chrVII 149266 . C CT 1744.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=440.3698;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.71;MQ0=0;QD=22.09;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,67:79:99:1787,207,0 chrVII 149631 . C CA 372.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.262;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=14.1324;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.611;QD=11.28;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-2.182;SB=-1.924e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,17:33:17:414,17,0 chrVII 150209 . GA G 2209.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=748.7338;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.62;MQ0=0;QD=29.47;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.024e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,68:75:99:2252,208,0 chrVII 150215 . G GGTGC 3850 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=580.7076;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.13;MQ0=0;QD=54.23;SB=-1.756e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,63:71:99:3850,193,0 chrVII 150537 . A ATCTT 5827 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=631.3764;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.90;MQ0=0;QD=52.50;RPA=1,2;RU=TCTT;SB=-2.088e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,86:111:99:5827,301,0 chrVII 150559 . A AT 3059.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=662.4338;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.23;MQ0=0;QD=24.88;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.122e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,118:123:99:3102,342,0 chrVII 154579 . TAAAA T 3354 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.687;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=98.3417;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.86;MQ0=0;MQRankSum=0.638;QD=28.67;RPA=16,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.687;SB=-9.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,72:117:99:3354,221,0 chrVII 158910 . TCAGGCA T 4220 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.367;DP=142;FS=17.118;HaplotypeScore=1758.9179;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.71;MQ0=0;MQRankSum=4.079;QD=29.72;RPA=3,2;RU=CAGGCA;ReadPosRankSum=3.852;SB=-1.351e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:101,41:142:12:4220,12,0 chrVII 163031 . CT C 618.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=61.3956;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.19;MQ0=0;QD=22.92;RPA=5,4;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,26:27:72:661,72,0 chrVII 167250 . CAA C 88.14 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.230;DP=60;FS=1.617;HaplotypeScore=99.9181;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.290;QD=1.47;RPA=19,17;RU=A;ReadPosRankSum=1.704;SB=-5.616e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,4:60:99:127,0,412 chrVII 167483 . C CT 1158.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=15.6127;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.92;MQ0=0;QD=22.29;RPA=6,7;RU=T;SB=-5.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,48:52:99:1201,138,0 chrVII 167622 . CAA C,CA 341.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.320;DP=48;FS=3.388;HaplotypeScore=122.5778;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.48;MQ0=0;MQRankSum=2.579;QD=7.12;RPA=17,15,16;RU=A;ReadPosRankSum=2.399;SB=-1.484e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:32,8,0:48:69:420,69,95,237,0,201 chrVII 173135 . TC T 1921.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=17.5064;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.72;MQ0=0;QD=32.58;SB=-6.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:59:99:1964,153,0 chrVII 180364 . G GAA 1109.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=36.1168;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.40;MQ0=0;QD=23.12;RPA=9,11;RU=A;SB=-5.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,36:48:99:1152,112,0 chrVII 185796 . GA G 1195.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=242.8401;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.86;MQ0=0;QD=23.92;RPA=5,4;RU=A;SB=-3.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,45:50:99:1238,138,0 chrVII 185835 . T TG 1138.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.577;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=355.2143;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.917;QD=21.90;ReadPosRankSum=0.713;SB=-5.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,41:52:99:1181,147,0 chrVII 185968 . AT A 1250.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=157.1175;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.24;MQ0=0;QD=18.95;RPA=10,9;RU=T;SB=-4.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,59:66:99:1293,170,0 chrVII 187372 . CCACT C 1576.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=1443.6219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.89;MQ0=0;QD=21.60;SB=-6.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,36:73:99:1619,103,0 chrVII 187377 . GATTACGGAGATTTTATATCTAGTCCGGAA G 9909 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=427.4260;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=275.25;SB=-3.393e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:99:9909,108,0 chrVII 190778 . GA G 1490.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;DP=137;FS=9.103;HaplotypeScore=77.5541;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=0.418;QD=10.88;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.643;SB=-7.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:50,75:137:99:1533,111,0 chrVII 193646 . A AC 2867.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=168.2053;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.37;MQ0=0;QD=24.51;RPA=6,7;RU=C;SB=-1.332e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,105:117:99:2910,306,0 chrVII 196910 . CA C 1551.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=521.8972;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.35;MQ0=0;QD=27.23;SB=-7.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,54:57:99:1594,171,0 chrVII 196914 . AT A 1012.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.114;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=574.7861;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.804;QD=17.77;ReadPosRankSum=1.485;SB=-4.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,54:57:99:1055,154,0 chrVII 196917 . T TG 1014.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.962;DP=57;FS=3.174;HaplotypeScore=574.5411;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.35;MQ0=0;MQRankSum=0.257;QD=17.81;ReadPosRankSum=1.604;SB=-4.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,54:57:99:1057,149,0 chrVII 196989 . AACCACGCACC A 2728.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=599.2312;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=54.58;SB=-1.211e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,26:50:78:2771,78,0 chrVII 197001 . TTAAATGTAAA T 2803.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=424.3337;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=107.84;SB=-1.256e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:78:2846,78,0 chrVII 197228 . C CG 1404.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=535.8365;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.06;MQ0=0;QD=22.66;SB=-7.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,56:62:99:1447,171,0 chrVII 197230 . CACTTCA C 4136 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=262.0413;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.09;MQ0=0;QD=68.93;SB=-1.984e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,56:60:99:4136,174,0 chrVII 197816 . G GT 1083.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=118.5257;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.17;MQ0=0;QD=22.58;RPA=8,9;RU=T;SB=-5.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,44:48:99:1126,135,0 chrVII 206341 . G GT 720.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.429;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=27.3969;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.551;QD=14.71;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-1.653;SB=-2.758e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,38:49:39:763,39,0 chrVII 206499 . GA G 386.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=57.0080;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.00;MQ0=0;QD=16.12;RPA=10,9;RU=A;SB=-1.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,19:24:57:429,57,0 chrVII 206617 . A ATT 789.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.286;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=55.2529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.08;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=20.26;RPA=10,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.503;SB=-1.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,20:39:56:832,56,0 chrVII 208767 . G GTCGGCCGAATTTCTATAAAT 4394 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=58.7553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.16;MQ0=0;QD=125.54;SB=-1.326e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,7:35:84:4394,84,0 chrVII 210125 . C CT 1362.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=81.1299;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.02;MQ0=0;QD=20.04;RPA=8,9;RU=T;SB=-3.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,63:68:99:1405,168,0 chrVII 210401 . CA C 2652.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=40.1550;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.47;MQ0=0;QD=24.34;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.176e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,105:109:99:2695,297,0 chrVII 224895 . TGTCTTC T 3419 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.467;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=1184.2260;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.58;MQ0=0;MQRankSum=2.053;QD=30.53;RPA=2,1;RU=GTCTTC;ReadPosRankSum=1.121;SB=-1.497e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:52,57:112:99:3419,144,0 chrVII 241275 . TA T 1980.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=18.9953;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.38;MQ0=0;QD=24.46;RPA=5,4;RU=A;SB=-3.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,77:81:99:2023,225,0 chrVII 245641 . TCAA T 1274.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=130.3897;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=1.523;QD=20.24;RPA=13,12;RU=CAA;ReadPosRankSum=1.628;SB=-5.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,28:63:71:1317,71,0 chrVII 245694 . G GA 1010.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=87.7346;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=21.98;RPA=4,5;RU=A;SB=-3.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,41:46:99:1053,111,0 chrVII 249654 . A ATTAT 3672 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=25.9120;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.76;MQ0=0;QD=39.48;RPA=1,2;RU=TTAT;SB=-7.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,73:93:99:3672,202,0 chrVII 252806 . C CAT 2442.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.138;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=235.8083;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.57;MQ0=0;MQRankSum=0.495;QD=23.95;RPA=5,6;RU=AT;ReadPosRankSum=1.188;SB=-1.110e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,62:102:99:2485,175,0 chrVII 270311 . A ATG 2732.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.211;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=119.0322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.127;QD=30.71;RPA=6,7;RU=TG;ReadPosRankSum=0.845;SB=-6.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,83:89:99:2775,209,0 chrVII 272322 . GTA G 237.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=26.3683;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.65;MQ0=0;QD=14.87;RPA=7,6;RU=TA;SB=-3.497e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,14:16:24:280,24,0 chrVII 276935 . T TG 3973 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=42.1855;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=36.45;SB=-1.894e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,107:109:99:3973,316,0 chrVII 280081 . G GC 46.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=181.2690;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.72;MQ0=0;QD=3.92;SB=-4.269e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:12:26:89,26,0 chrVII 280087 . TGTTGA T 139.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=171.7448;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=12.72;SB=-7.684e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:11:32:182,32,0 chrVII 281605 . ATT A 1192.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.235;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=76.9744;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.03;MQ0=0;MQRankSum=0.809;QD=15.49;RPA=15,13;RU=T;ReadPosRankSum=2.854;SB=-3.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,48:77:99:1235,116,0 chrVII 287219 . GA G 2184.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=149.4658;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.99;MQ0=0;QD=17.48;RPA=10,9;RU=A;SB=-8.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,110:125:99:2227,301,0 chrVII 288375 . GAT G 2245.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=26.6556;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=27.73;RPA=4,3;RU=AT;SB=-5.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,68:81:99:2288,187,0 chrVII 291647 . TA T 1815.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=395.8713;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.19;MQ0=0;QD=18.72;RPA=8,7;RU=A;SB=-9.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,88:97:99:1858,213,0 chrVII 298093 . CATAT C 4705 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=36.1200;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;QD=43.17;RPA=7,5;RU=AT;SB=-2.076e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,97:109:99:4705,268,0 chrVII 303588 . CA C 1555.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=68.1082;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;QD=21.61;RPA=7,6;RU=A;SB=-7.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,67:72:99:1598,192,0 chrVII 310365 . G GA 1819.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=53.7318;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.08;MQ0=0;QD=20.00;RPA=7,8;RU=A;SB=-8.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,73:91:99:1862,221,0 chrVII 311210 . G GT 2173.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=51.2888;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;QD=37.48;SB=-8.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:2216,166,0 chrVII 319852 . A AT 1397.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=123.8928;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.83;MQ0=0;QD=24.10;RPA=6,7;RU=T;SB=-4.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,54:58:99:1440,165,0 chrVII 321660 . GGA G 862.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=65.4036;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.38;MQ0=0;QD=37.52;RPA=2,1;RU=GA;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,21:23:63:905,63,0 chrVII 325265 . CT C 1899.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=200.3352;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.53;MQ0=0;QD=17.27;RPA=10,9;RU=T;SB=-7.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,95:110:99:1942,254,0 chrVII 326269 . CA C 10.39 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.520;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=87.1565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.214;QD=0.27;RPA=18,17;RU=A;ReadPosRankSum=2.023;SB=-2.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,7:38:49:49,0,274 chrVII 341812 . AG A 2041.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=45.2410;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.67;MQ0=0;QD=29.17;RPA=4,3;RU=G;SB=-5.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,64:70:99:2084,195,0 chrVII 341879 . TA T 1568.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=55.7707;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.98;MQ0=0;QD=21.20;RPA=8,7;RU=A;SB=-6.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,67:74:99:1611,198,0 chrVII 345180 . AT A 3835 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=51.8426;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;QD=30.44;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.735e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,125:126:99:3835,352,0 chrVII 352895 . GA G 2077.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=120.0417;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.55;MQ0=0;QD=22.34;RPA=7,6;RU=A;SB=-9.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,89:93:99:2120,258,0 chrVII 358123 . A AG 1199.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=5.347;DP=92;FS=8.362;HaplotypeScore=397.2932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=2.500;QD=13.04;ReadPosRankSum=4.705;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,49:92:56:1242,56,0 chrVII 358124 . A AAG 1829.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.396;DP=92;FS=3.892;HaplotypeScore=334.9883;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=3.508;QD=19.89;ReadPosRankSum=3.396;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,49:92:70:1872,70,0 chrVII 361971 . A AT 537.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.045;DP=45;FS=4.102;HaplotypeScore=27.2238;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.401;QD=11.95;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.669;SB=-9.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,31:45:51:580,51,0 chrVII 376066 . AT A 1573.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=123.1591;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;QD=17.89;RPA=9,8;RU=T;SB=-7.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,73:88:99:1616,203,0 chrVII 378026 . AATGATG A 5424 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=174.2346;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.41;MQ0=0;QD=54.24;RPA=6,4;RU=ATG;SB=-2.187e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,80:100:99:5424,229,0 chrVII 379162 . TCAGCAGCAG T 4120 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=22.2360;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.40;MQ0=0;QD=79.23;RPA=8,5;RU=CAG;SB=-1.411e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,41:52:99:4120,123,0 chrVII 388855 . AT A 2953.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=83.8634;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=24.02;SB=-1.486e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:52,71:123:99:2996,320,0 chrVII 388942 . C CCTAG 6657 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=56.3423;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.07;MQ0=0;QD=48.95;RPA=1,2;RU=CTAG;SB=-1.112e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,115:136:99:6657,331,0 chrVII 394474 . TGAC T 1607.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=121.6411;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.55;MQ0=0;QD=27.72;RPA=6,5;RU=GAC;SB=-6.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,45:58:99:1650,123,0 chrVII 394900 . 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A AT 976.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.746;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=235.5001;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.413;QD=13.96;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.000;SB=-5.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,46:70:88:1019,88,0 chrVII 400450 . AT A 545.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.124;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=60.3645;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.743;QD=16.54;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.114;SB=-1.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,29:33:59:588,59,0 chrVII 400713 . G GA 1369.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=23.2469;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.66;MQ0=0;QD=20.15;RPA=7,8;RU=A;SB=-6.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,58:68:99:1412,168,0 chrVII 401504 . G GA 1154.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.416;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=19.6107;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.693;QD=20.62;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.485;SB=-4.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,50:56:99:1197,125,0 chrVII 402441 . 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TG T 394.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=58.3930;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.52;MQ0=5;QD=15.19;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,22:17:39:437,39,0 chrVII 412208 . CAA C 2383.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=90.7763;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.03;MQ0=0;QD=29.80;RPA=9,7;RU=A;SB=-1.080e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,75:80:99:2426,216,0 chrVII 412279 . GA G 1300.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=221.9799;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.65;MQ0=0;QD=20.98;RPA=7,6;RU=A;SB=-3.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,60:62:99:1343,159,0 chrVII 412630 . G GAA 2080.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=418.4100;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.61;MQ0=0;QD=24.48;RPA=8,10;RU=A;SB=-4.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,65:85:99:2123,190,0 chrVII 412892 . CT C 1449.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=256.7031;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.83;MQ0=0;QD=29.59;RPA=3,2;RU=T;SB=-7.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,46:49:99:1492,135,0 chrVII 413744 . C CCTTTCTTTGTTTT 3082.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=179.3909;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.34;MQ0=0;QD=46.71;RPA=1,2;RU=CTTTCTTTGTTTT;SB=-1.515e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,36:66:99:3125,99,0 chrVII 413965 . AGA A,AA 3419 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=80.3566;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=62.09;MQ0=0;QD=26.30;SB=-1.347e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:31,0,0:130:99:3419,1297,973,577,0,208 chrVII 416657 . CTAT C 1911.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=25.5989;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.49;MQ0=0;QD=25.84;RPA=5,4;RU=TAT;SB=-9.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,61:74:99:1954,138,0 chrVII 417241 . TC T 2967.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=154.8270;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.54;MQ0=0;QD=34.11;SB=-1.404e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:87:99:3010,247,0 chrVII 431445 . TTATTA T 311.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=29.1677;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=63.51;MQ0=0;QD=51.85;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18:353,18,0 chrVII 433202 . G GAA 687.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.069;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=168.3864;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.595;QD=20.85;RPA=8,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.733;SB=-1.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,20:33:52:730,52,0 chrVII 435686 . TA T 1659.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=16.1981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.73;MQ0=0;QD=29.12;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,54:57:99:1702,150,0 chrVII 438823 . A AT 801 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.654;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=54.4876;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.013;QD=9.54;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=-1.427;SB=-3.098e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,40:84:23:843,23,0 chrVII 440655 . G GT 1280.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=168.5788;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.67;MQ0=0;QD=27.85;RPA=2,3;RU=T;SB=-2.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,42:46:99:1323,129,0 chrVII 440676 . G GA 1422.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=250.5093;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.65;MQ0=0;QD=24.12;RPA=6,7;RU=A;SB=-2.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,55:59:99:1465,171,0 chrVII 443342 . A AT 2108.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.135;DP=79;FS=3.452;HaplotypeScore=115.5331;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.02;MQ0=0;MQRankSum=0.714;QD=26.70;ReadPosRankSum=1.100;SB=-9.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,54:78:99:2151,182,0 chrVII 443590 . G GTACATATCTGGT 4334 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=160.6819;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.20;MQ0=0;QD=67.72;RPA=1,2;RU=TACATATCTGGT;SB=-2.102e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,45:63:99:4334,129,0 chrVII 448884 . CTGCTGCTGCTGCTGTTGCTGT C 12069 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=165.0375;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.02;MQ0=0;QD=140.34;SB=-5.495e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,64:86:99:12069,193,0 chrVII 459752 . C CT,CTT 2263.71 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.886;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=1040.4893;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=49.66;MQ0=0;MQRankSum=0.740;QD=13.97;ReadPosRankSum=1.454;SB=-8.748e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:41,107,10:162:39:2340,302,39,913,0,723 chrVII 465593 . GT G 1323.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=43.0549;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=34.84;SB=-6.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:38:99:1366,105,0 chrVII 465811 . GT G 629.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.888;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=98.3664;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.391;QD=12.35;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.386;SB=-3.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,37:51:56:672,56,0 chrVII 466985 . T TAGA 3831 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=231.1687;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.83;MQ0=0;QD=43.53;RPA=1,2;RU=AGA;SB=-1.903e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,74:88:99:3831,223,0 chrVII 467730 . CAATAAT C 463.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.725;DP=32;FS=17.076;HaplotypeScore=37.7061;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=2.606;QD=14.50;RPA=4,2;RU=AAT;ReadPosRankSum=-2.606;SB=-2.957e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,27:32:93:503,0,93 chrVII 468885 . AT A 2498.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=49.0672;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=18.51;RPA=10,9;RU=T;SB=-1.173e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,116:135:99:2541,336,0 chrVII 469037 . GA G 1258.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=153.8223;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.56;MQ0=0;QD=18.25;RPA=10,9;RU=A;SB=-6.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,61:69:99:1301,169,0 chrVII 469245 . G GTTT 5107 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=35.9838;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.22;MQ0=0;QD=41.52;RPA=2,5;RU=T;SB=-1.626e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,121:123:99:5107,352,0 chrVII 482781 . GA G 3197.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=64.5665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.13;MQ0=0;QD=21.18;RPA=6,5;RU=A;SB=-7.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,133:151:99:3240,375,0 chrVII 483131 . TA T 689.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=35.9792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;QD=13.02;RPA=14,13;RU=A;SB=-3.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,33:53:99:732,111,0 chrVII 484095 . CTTT C 2061.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.340;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=38.4544;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.490;QD=32.22;RPA=13,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.079;SB=-1.029e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,51:64:99:2104,138,0 chrVII 484222 . G GC 1826.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=25.1680;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.04;MQ0=0;QD=36.54;SB=-8.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,44:50:99:1869,144,0 chrVII 484889 . TA T 2474.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=189.1980;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.39;MQ0=0;QD=26.05;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.177e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,90:95:99:2517,258,0 chrVII 485313 . TAA T 1077.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=143.5656;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.10;MQ0=0;QD=25.67;RPA=9,7;RU=A;SB=-3.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,34:42:99:1120,99,0 chrVII 485506 . C CCCCCCCCT 1550.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=14.5768;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.20;MQ0=0;QD=67.43;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,15:23:51:1593,51,0 chrVII 485618 . A AT 1265.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=106.9722;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.48;MQ0=0;QD=22.61;RPA=6,7;RU=T;SB=-2.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,49:56:99:1308,147,0 chrVII 485676 . CT C 1372.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=70.3123;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.94;MQ0=0;QD=33.49;RPA=2,1;RU=T;SB=-3.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:41:99:1415,120,0 chrVII 485910 . C CA 1145.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=65.4701;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.63;MQ0=0;QD=17.91;RPA=8,9;RU=A;SB=-4.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,50:64:99:1188,144,0 chrVII 492247 . G GT 2087.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=63.0631;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;QD=27.84;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.022e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,69:75:99:2130,204,0 chrVII 492422 . AC A 3931 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=267.0909;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.40;MQ0=0;QD=36.40;SB=-1.868e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:108:99:3931,316,0 chrVII 496729 . TA T 127.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.467;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=46.4057;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.86;MQ0=0;MQRankSum=-2.335;QD=5.12;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.311;SB=-1.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,11:25:27:167,0,27 chrVII 496888 . A AT 575.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=221.8789;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.87;MQ0=0;QD=20.57;RPA=5,6;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,23:28:69:618,69,0 chrVII 496949 . T TTA 121.48 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=128.6871;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.04;MQ0=0;QD=11.04;RPA=2,3;RU=TA;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,5:11:12:163,12,0 chrVII 497421 . T TA 2724.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=751.9085;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.15;MQ0=0;QD=22.71;SB=-1.172e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,118:120:99:2767,338,0 chrVII 498008 . ATCGGAG A 4877 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=112.4909;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.29;MQ0=0;QD=55.42;RPA=3,2;RU=TCGGAG;SB=-1.308e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,70:88:99:4877,211,0 chrVII 508600 . TTATC T 2945.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=179.6839;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.95;MQ0=0;QD=52.61;RPA=2,1;RU=TATC;SB=-1.354e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,49:56:99:2988,153,0 chrVII 508636 . TC T 1244.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=415.9000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.38;MQ0=0;QD=23.49;RPA=7,6;RU=C;SB=-5.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,40:53:99:1287,132,0 chrVII 508694 . T TGA 2415.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=113.6832;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.35;MQ0=0;QD=42.39;SB=-8.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,50:57:99:2458,162,0 chrVII 523519 . GTT G 2173.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.050;DP=87;FS=7.360;HaplotypeScore=39.2733;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.017;QD=24.99;RPA=12,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.383;SB=-8.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,73:87:99:2216,194,0 chrVII 523740 . CA C 1216.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=227.9146;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.92;MQ0=0;QD=19.01;RPA=9,8;RU=A;SB=-5.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,56:64:99:1259,159,0 chrVII 526818 . TAA T 1804.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.675;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=183.9375;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.23;MQ0=0;MQRankSum=1.617;QD=21.49;RPA=12,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.577;SB=-6.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,59:84:99:1847,176,0 chrVII 528674 . C CG 823.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.427;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=20.0433;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.22;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=19.16;RPA=5,6;RU=G;ReadPosRankSum=-1.121;SB=-1.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,36:43:72:866,72,0 chrVII 529943 . C CATCCTCATCCCA 14485 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=61.2320;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.81;MQ0=0;QD=107.30;SB=-6.991e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,119:135:99:14485,367,0 chrVII 530662 . T TACGACG 3082.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=188.5137;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.40;MQ0=0;QD=44.68;RPA=8,10;RU=ACG;SB=-1.415e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,42:69:99:3125,126,0 chrVII 531119 . C CAT 900.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=98.9489;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.42;MQ0=0;QD=19.17;RPA=3,4;RU=AT;SB=-1.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,22:47:72:943,72,0 chrVII 531506 . CACAAATGGAA C 5781 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=25.6934;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.31;MQ0=0;QD=115.62;SB=-8.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:50:99:5781,141,0 chrVII 534974 . G GA 2088.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=468.5496;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.82;MQ0=0;QD=29.42;RPA=2,3;RU=A;SB=-4.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,67:71:99:2131,201,0 chrVII 535209 . G GTAA 1379.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=90.6149;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.64;MQ0=0;QD=44.51;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,25:31:78:1422,78,0 chrVII 535592 . A AT 900.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=13.1068;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.08;MQ0=0;QD=37.54;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:72:943,72,0 chrVII 535759 . C CAA 271.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=72.4696;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.10;MQ0=1;QD=27.10;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,7:9:21:313,21,0 chrVII 541926 . CT C 1093.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=209.0872;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.41;MQ0=0;QD=21.04;RPA=5,4;RU=T;SB=-2.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,47:52:99:1136,123,0 chrVII 544381 . AG A 3852 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=484.3976;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.97;MQ0=0;QD=29.63;SB=-1.633e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,124:130:99:3852,328,0 chrVII 544711 . T TTCC 4246 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=206.5315;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.02;MQ0=0;QD=58.16;SB=-1.685e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:4246,220,0 chrVII 545016 . AT A 1844.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=275.2038;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.03;MQ0=0;QD=22.50;RPA=5,4;RU=T;SB=-9.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,74:82:99:1887,210,0 chrVII 545277 . A ATTT 3452 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=509.7107;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.75;MQ0=0;QD=37.93;RPA=1,4;RU=T;SB=-1.083e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,81:91:99:3452,246,0 chrVII 546156 . A AT 2352.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=266.1740;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.67;MQ0=0;QD=25.58;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.187e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,85:92:99:2395,258,0 chrVII 546200 . C CTT 1378.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.422;DP=98;FS=4.617;HaplotypeScore=893.6250;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.95;MQ0=0;MQRankSum=-2.665;QD=14.07;RPA=1,3;RU=T;ReadPosRankSum=5.483;SB=-3.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,44:98:99:1418,0,224 chrVII 546201 . TC T 2360.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=819.6877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.95;MQ0=0;QD=24.09;SB=-7.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:48,48:98:99:2403,262,0 chrVII 546202 . C CCAAACAATCT 6589 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.676;DP=96;FS=5.186;HaplotypeScore=475.1167;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.35;MQ0=0;MQRankSum=-2.414;QD=68.64;ReadPosRankSum=3.532;SB=-2.041e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:52,44:96:36:6589,36,0 chrVII 546398 . TAAA T 4465 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=542.7220;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.51;MQ0=0;QD=49.07;RPA=5,2;RU=A;SB=-1.648e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,90:91:99:4465,268,0 chrVII 547489 . A AGG 2489.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=27.5860;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.60;MQ0=0;QD=38.31;RPA=2,4;RU=G;SB=-1.175e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,61:65:99:2532,181,0 chrVII 548070 . CTT C 1685.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.547;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=182.7330;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=1.114;QD=25.16;RPA=11,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.176;SB=-6.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,54:67:99:1728,163,0 chrVII 555358 . 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A AAG 3004.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=277.8267;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.80;MQ0=0;QD=39.03;RPA=1,2;RU=AG;SB=-1.406e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,71:77:99:3047,217,0 chrVII 561653 . C CA 316.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=54.9675;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.78;MQ0=0;QD=21.13;RPA=5,6;RU=A;SB=-8.099e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,13:15:39:359,39,0 chrVII 568515 . C CAT 1296.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=394.1739;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.23;MQ0=0;QD=28.82;RPA=1,2;RU=AT;SB=-8.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,30:45:93:1339,93,0 chrVII 568556 . GT G 1442.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=290.4250;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.88;MQ0=0;QD=30.70;RPA=3,2;RU=T;SB=-5.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,44:47:99:1485,132,0 chrVII 582530 . 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AT A 2834.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=107.2680;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.07;MQ0=0;QD=26.74;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.046e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,102:106:99:2877,265,0 chrVII 596640 . T TA 2257.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=159.1080;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.79;MQ0=0;QD=22.14;RPA=7,8;RU=A;SB=-8.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,96:102:99:2300,273,0 chrVII 598939 . C CTCCGTAAGCCG 4647 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=86.8734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.20;MQ0=0;QD=119.15;SB=-2.022e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:39:99:4647,114,0 chrVII 607346 . C CT 3415 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=395.4327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=31.33;RPA=1,2;RU=T;SB=-4.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,107:109:99:3415,301,0 chrVII 607474 . T TG 4686 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=874.7820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.03;MQ0=0;QD=31.66;RPA=2,3;RU=G;SB=-1.137e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,140:148:99:4686,433,0 chrVII 609109 . TA T 692.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.049;DP=64;FS=2.227;HaplotypeScore=106.3765;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.698;QD=10.83;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=-1.024;SB=-3.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,42:64:61:735,61,0 chrVII 609273 . AT A 1110.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=304.6954;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.37;MQ0=0;QD=18.52;RPA=9,8;RU=T;SB=-3.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,53:60:99:1153,149,0 chrVII 609311 . AG A 1730.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=417.0526;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.09;MQ0=0;QD=28.85;RPA=3,2;RU=G;SB=-3.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,45:60:99:1773,171,0 chrVII 609420 . G GA 1227.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=190.9925;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.30;MQ0=0;QD=18.33;RPA=9,10;RU=A;SB=-5.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,55:67:99:1270,163,0 chrVII 609723 . GA G 1448.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=303.6560;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.14;MQ0=0;QD=20.41;RPA=10,9;RU=A;SB=-5.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,66:71:99:1491,194,0 chrVII 616171 . A AT 329.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.108;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=71.3464;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.613;QD=3.98;RPA=17,18;RU=T;ReadPosRankSum=-0.871;SB=-5.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,15:83:99:369,0,205 chrVII 620034 . A ATTTT 3433 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=29.9216;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.53;MQ0=0;QD=48.35;RPA=3,7;RU=T;SB=-1.343e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,60:71:99:3433,184,0 chrVII 636966 . C CT 2594.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.410;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=51.9862;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.366;QD=20.43;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.031;SB=-1.269e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,116:127:99:2637,289,0 chrVII 637679 . A AT 1191.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.397;DP=115;FS=2.128;HaplotypeScore=147.3739;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.55;MQ0=0;MQRankSum=0.014;QD=10.36;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.089;SB=-5.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,57:115:99:1231,0,115 chrVII 639673 . GAAAA G 2387.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.622;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=493.7189;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.45;MQ0=1;MQRankSum=0.412;QD=20.24;RPA=23,19;RU=A;ReadPosRankSum=1.622;SB=-8.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:58,46:117:99:2430,158,0 chrVII 640463 . AT A 1413.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=203.3227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.18;MQ0=0;QD=21.75;RPA=6,5;RU=T;SB=-7.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,58:65:99:1456,168,0 chrVII 640541 . C CA 1035.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=29.1290;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.78;RPA=2,3;RU=A;SB=-4.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,33:36:99:1078,102,0 chrVII 640797 . CT C 1031.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.089;DP=62;FS=2.419;HaplotypeScore=474.0683;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.48;MQ0=0;MQRankSum=1.565;QD=16.64;ReadPosRankSum=3.171;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,56:62:99:1074,139,0 chrVII 640799 . CATT C 2153.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.696;DP=61;FS=6.744;HaplotypeScore=358.2073;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.35;MQ0=0;MQRankSum=0.916;QD=35.31;ReadPosRankSum=2.713;SB=-5.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,56:61:99:2196,137,0 chrVII 643888 . AC A 2341.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=29.0549;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;QD=27.23;RPA=4,3;RU=C;SB=-1.029e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,79:86:99:2384,220,0 chrVII 646945 . GA G 1233.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.286;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=93.4501;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.381;QD=17.38;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.858;SB=-5.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,63:70:99:1276,115,0 chrVII 647027 . TA T 3152.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=512.3623;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.48;MQ0=0;QD=27.42;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.351e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,111:114:99:3195,295,0 chrVII 649092 . TA T 1387.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=300.8965;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.88;MQ0=0;QD=21.35;RPA=5,4;RU=A;SB=-3.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,55:60:99:1430,156,0 chrVII 649124 . TA T 1142.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=450.2907;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.79;MQ0=0;QD=18.43;RPA=7,6;RU=A;SB=-3.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,54:58:99:1185,141,0 chrVII 649191 . C CGTTT 3534 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=276.7356;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.39;MQ0=0;QD=57.00;SB=-1.652e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,51:61:99:3534,166,0 chrVII 649342 . TA T 1341.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=104.3747;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=20.33;RPA=8,7;RU=A;SB=-4.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,56:66:99:1384,173,0 chrVII 649438 . G GA 1305.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.131;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=563.5767;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.59;MQ0=0;MQRankSum=0.078;QD=13.60;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.479;SB=-4.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,65:94:42:1348,42,0 chrVII 649464 . 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G GTT 4598 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=271.2397;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.70;MQ0=0;QD=36.20;RPA=3,5;RU=T;SB=-9.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,120:126:99:4598,352,0 chrVII 653228 . C CT 264.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=179.9910;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.45;MQ0=0;QD=4.42;RPA=16,17;RU=T;SB=-4.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,17:60:55:307,55,0 chrVII 653814 . TA T 2235.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.255;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=951.3894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.65;MQ0=0;MQRankSum=0.353;QD=19.11;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.451;SB=-7.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,101:117:99:2278,252,0 chrVII 670014 . CAT C 767.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=47.3215;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=13.47;RPA=7,6;RU=AT;SB=-3.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,28:57:78:810,78,0 chrVII 678338 . 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C CTA 1572.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.682;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=99.5169;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.025;QD=23.83;RPA=6,7;RU=TA;ReadPosRankSum=-1.036;SB=-7.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,40:66:77:1615,77,0 chrVII 790438 . T TAA 2576.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=100.0313;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.18;MQ0=0;QD=33.04;RPA=2,4;RU=A;SB=-1.042e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,70:78:99:2619,207,0 chrVII 794370 . A AT 1369.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=31.0117;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.40;MQ0=0;QD=22.10;RPA=6,7;RU=T;SB=-5.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,55:62:99:1412,162,0 chrVII 794505 . A AT 2032.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.927;DP=100;FS=7.584;HaplotypeScore=370.4097;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.20;MQ0=0;MQRankSum=0.040;QD=20.33;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.806;SB=-3.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,80:100:99:2075,234,0 chrVII 800514 . G GACGAAGA 1661.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=12.7513;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;QD=69.25;RPA=2,3;RU=ACGAAGA;SB=-2.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,20:24:60:1704,60,0 chrVII 801946 . A ATG 2121.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=323.0924;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.35;MQ0=0;QD=23.84;SB=-5.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,77:89:99:2164,174,0 chrVII 806220 . G GA 1057.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.826;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=34.1535;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=-1.021;QD=14.90;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.535;SB=-3.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,47:71:87:1100,87,0 chrVII 807865 . CAA C,CA 160.97 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.066;DP=41;FS=3.039;HaplotypeScore=84.7591;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=50.66;MQ0=1;MQRankSum=-0.066;QD=3.93;RPA=19,17,18;RU=A;ReadPosRankSum=0.199;SB=-9.908e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:24,7,0:40:61:239,61,159,98,0,90 chrVII 811036 . G GA 3057.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=186.9784;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.03;MQ0=0;QD=33.98;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.359e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,87:90:99:3100,256,0 chrVII 823555 . A AT 2007.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=155.5063;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.29;MQ0=0;QD=23.08;RPA=6,7;RU=T;SB=-5.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,77:87:99:2050,237,0 chrVII 823734 . AT A 1296.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.924;DP=79;FS=6.021;HaplotypeScore=178.8252;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.54;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=16.42;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.173;SB=-2.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,62:79:99:1339,154,0 chrVII 823785 . CT C 937.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.578;DP=65;FS=3.979;HaplotypeScore=121.3626;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.115;QD=14.43;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.655;SB=-3.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,44:65:99:980,110,0 chrVII 832769 . 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A AT 2041.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=432.3432;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.56;MQ0=0;QD=27.59;SB=-7.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,62:74:99:2084,207,0 chrVII 845472 . TC T 2272.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=15.2995;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.82;MQ0=0;QD=33.43;RPA=2,1;RU=C;SB=-8.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2315,202,0 chrVII 845880 . TGACCC T 3751 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=101.6594;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.46;MQ0=0;QD=63.58;RPA=2,1;RU=GACCC;SB=-1.200e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,53:59:99:3751,163,0 chrVII 846682 . T TATCA 2859.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=791.4299;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.66;MQ0=0;QD=50.17;RPA=1,2;RU=ATCA;SB=-5.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,48:57:99:2902,144,0 chrVII 846870 . 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TG T 1607.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=395.1904;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.90;MQ0=0;QD=28.71;RPA=4,3;RU=G;SB=-7.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,55:56:99:1650,162,0 chrVII 888552 . G GAA 359.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=148.0154;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.11;MQ0=0;QD=27.69;RPA=2,4;RU=A;SB=-1.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,7:13:39:402,39,0 chrVII 888556 . A ATATATATG 692.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.826;DP=20;FS=8.195;HaplotypeScore=197.6413;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.32;MQ0=0;MQRankSum=0.967;QD=34.60;ReadPosRankSum=0.322;SB=-1.201e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,7:20:5:732,5,0 chrVII 888577 . TA T 902.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=316.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=26.56;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,33:34:87:945,87,0 chrVII 894236 . CA C 1739.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=48.4914;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=19.33;RPA=9,8;RU=A;SB=-6.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,81:90:99:1782,227,0 chrVII 894461 . G GAA 2029.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=158.8123;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.04;MQ0=0;QD=32.22;RPA=4,6;RU=A;SB=-8.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,55:63:99:2072,166,0 chrVII 905164 . T TA 2357.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=19.9286;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.87;MQ0=0;QD=30.62;RPA=1,2;RU=A;SB=-7.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,74:77:99:2400,205,0 chrVII 908884 . T TA 5080 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;FS=0.000;HaplotypeScore=630.9288;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.92;MQ0=0;QD=30.79;SB=-1.632e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,134:165:99:5080,415,0 chrVII 908890 . GTT G 3894 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=636.1014;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.61;MQ0=0;QD=27.81;RPA=8,6;RU=T;SB=-1.050e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,117:140:99:3894,340,0 chrVII 909185 . AAT A 4699 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=460.4090;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.67;MQ0=0;QD=38.52;SB=-2.340e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,114:122:99:4699,337,0 chrVII 910112 . CTTTTTTTT C 2599 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.025;DP=74;FS=9.369;HaplotypeScore=103.6146;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=1.857;QD=35.12;RPA=24,16;RU=T;ReadPosRankSum=0.074;SB=-8.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,38:74:95:2641,95,0 chrVII 914928 . G GA 592.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.807;DP=81;FS=3.491;HaplotypeScore=64.0994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.049;QD=7.32;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.523;SB=-1.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,39:81:99:632,0,121 chrVII 920086 . TA T 1577.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=813.6869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.07;MQ0=0;QD=20.23;RPA=6,5;RU=A;SB=-2.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,74:78:99:1620,186,0 chrVII 920105 . GA G 2050.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=943.5259;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.50;MQ0=0;QD=22.05;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,88:93:99:2093,249,0 chrVII 920124 . A AT 3949 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=843.4235;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.45;MQ0=0;QD=35.58;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,106:111:99:3949,313,0 chrVII 920914 . G GAA,GA 1529.21 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.500;DP=96;FS=2.408;HaplotypeScore=179.5065;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.346;QD=15.93;RPA=11,13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.346;SB=-6.443e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:25,10,58:96:48:1607,1049,1011,218,0,48 chrVII 930945 . 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G GA 3387 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=183.9781;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;QD=26.26;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.367e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,126:129:99:3387,378,0 chrVII 973759 . T TA 2756.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=231.2946;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=1.501;QD=32.82;ReadPosRankSum=0.531;SB=-1.004e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,81:84:99:2799,214,0 chrVII 974135 . G GA 1477.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=55.8190;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;QD=19.45;RPA=8,9;RU=A;SB=-5.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,61:76:99:1520,183,0 chrVII 974193 . G GA 1409.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.933;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=107.8656;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.572;QD=16.79;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.039;SB=-2.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,56:84:99:1452,171,0 chrVII 974806 . TA T 3680 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=41.9896;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.53;MQ0=0;QD=26.10;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.542e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,137:141:99:3680,399,0 chrVII 977255 . T TA 1231.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.114;DP=75;FS=3.865;HaplotypeScore=32.6017;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.114;QD=16.43;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.114;SB=-4.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,63:75:99:1274,143,0 chrVII 977899 . TAA T 690.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.067;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=122.9985;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.17;MQ0=0;MQRankSum=1.067;QD=16.85;RPA=14,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.133;SB=-3.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,29:41:74:733,74,0 chrVII 979753 . C CTCTAG 5095 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=158.6360;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.89;MQ0=0;QD=69.79;SB=-1.511e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,65:73:99:5095,205,0 chrVII 987105 . G GT 344.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=37.6225;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.84;MQ0=0;QD=11.90;RPA=11,12;RU=T;SB=-1.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,10:28:56:387,56,0 chrVII 987325 . C CT 1033.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=81.7796;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=30.41;RPA=1,2;RU=T;SB=-3.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:34:93:1076,93,0 chrVII 987689 . G GA 596.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=50.9290;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.44;MQ0=0;QD=20.58;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,26:29:72:639,72,0 chrVII 988894 . CCAG C 2109.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=362.4952;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.18;MQ0=0;QD=32.97;RPA=7,6;RU=CAG;SB=-9.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,47:64:99:2152,141,0 chrVII 989675 . ATT A 829.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.286;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=34.6691;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.93;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=20.75;RPA=16,14;RU=T;ReadPosRankSum=-1.286;SB=-3.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,28:40:89:872,89,0 chrVII 993818 . A ATGTT 2658.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=20.7281;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;QD=43.59;RPA=1,2;RU=TGTT;SB=-3.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,42:61:99:2701,138,0 chrVII 994378 . G GT 785.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.708;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=42.2468;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.50;MQ0=0;MQRankSum=1.294;QD=13.79;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.432;SB=-2.949e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,35:57:26:828,26,0 chrVII 994786 . TA T 1366.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=259.3899;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.89;MQ0=0;QD=29.72;SB=-4.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1409,135,0 chrVII 995086 . AT A 1450.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=374.0474;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.35;MQ0=0;QD=30.23;RPA=2,1;RU=T;SB=-2.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,46:48:99:1493,135,0 chrVII 995284 . AT A 1223.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=394.8683;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.48;MQ0=0;QD=21.47;RPA=8,7;RU=T;SB=-5.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,53:57:99:1266,156,0 chrVII 996370 . AG A 2301.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=405.5793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.66;MQ0=0;QD=32.42;SB=-1.018e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:71:99:2344,193,0 chrVII 996481 . C CT 1523.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=238.4954;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.31;MQ0=0;QD=21.77;RPA=6,7;RU=T;SB=-5.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,56:70:99:1566,177,0 chrVII 996699 . GT G 4029 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;FS=0.000;HaplotypeScore=49.3496;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.98;MQ0=0;QD=24.72;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.895e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,158:163:99:4029,459,0 chrVII 996829 . C CA 1762.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.155;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=19.7971;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=0.367;QD=23.82;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=-0.472;SB=-6.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,65:74:99:1805,170,0 chrVII 1006142 . AC A 4242 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=812.0280;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.62;MQ0=0;QD=34.21;SB=-2.038e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,124:124:99:4242,370,0 chrVII 1006276 . G GC 1651.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=328.8896;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.29;MQ0=0;QD=25.03;SB=-6.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,19:66:99:1694,179,0 chrVII 1006278 . CG C 1433.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.160;DP=67;FS=8.629;HaplotypeScore=353.8096;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.248;QD=21.40;ReadPosRankSum=3.278;SB=-6.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,19:67:99:1476,154,0 chrVII 1010897 . C CT 457.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.103;DP=56;FS=2.245;HaplotypeScore=214.9163;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.433;QD=8.17;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=-0.762;SB=-1.165e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,18:54:4:497,4,0 chrVII 1011803 . GTT G,GT 312.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.080;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=50.8785;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=52.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.525;QD=10.43;RPA=15,13,14;RU=T;ReadPosRankSum=0.803;SB=-2.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:10,9,0:30:99:391,183,300,111,0,106 chrVII 1014104 . A AC 1359.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=212.3618;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.18;MQ0=0;QD=28.33;RPA=3,4;RU=C;SB=-9.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,44:48:99:1402,132,0 chrVII 1017880 . TAAA T 4052 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=29.4602;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.93;MQ0=0;QD=48.82;RPA=4,1;RU=A;SB=-1.604e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,80:83:99:4052,229,0 chrVII 1021962 . C CTT 434.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.419;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=37.6396;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.27;MQ0=1;MQRankSum=-0.158;QD=12.43;RPA=13,15;RU=T;ReadPosRankSum=0.630;SB=-2.049e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,10:34:29:477,29,0 chrVII 1024887 . AAG A 1951.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.013;DP=62;FS=4.232;HaplotypeScore=88.2947;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.23;MQ0=1;MQRankSum=1.013;QD=31.48;ReadPosRankSum=1.471;SB=-7.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,37:61:99:1994,138,0 chrVII 1024993 . A ATT 4205 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=173;FS=0.000;HaplotypeScore=234.6162;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.06;MQ0=0;QD=24.31;RPA=11,13;RU=T;SB=-1.192e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,129:172:99:4205,417,0 chrVII 1031609 . GTA G 3778 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=262.0281;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.09;MQ0=1;QD=27.18;RPA=4,3;RU=TA;SB=-1.045e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,107:137:99:3778,310,0 chrVII 1048438 . CCTG C 1950.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.138;DP=112;FS=9.982;HaplotypeScore=585.9526;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.366;QD=17.42;ReadPosRankSum=0.123;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,33:112:99:1990,0,3124 chrVII 1048534 . C CA 1078.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.049;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=30.8629;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=0.632;QD=16.60;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.470;SB=-2.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,47:65:79:1121,79,0 chrVII 1048774 . G GT 1414.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.706;DP=95;FS=3.273;HaplotypeScore=42.8191;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=0.336;QD=14.89;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.150;SB=-1.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,56:95:92:1457,92,0 chrVII 1050785 . AT A 1369.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.236;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=51.5069;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.40;MQ0=0;MQRankSum=1.869;QD=16.51;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.200;SB=-3.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,70:83:99:1412,157,0 chrVII 1051832 . C CT,CTT 775.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.921;DP=85;FS=4.212;HaplotypeScore=115.1227;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.96;MQ0=0;MQRankSum=0.252;QD=9.13;RPA=13,14,15;RU=T;ReadPosRankSum=-1.709;SB=-2.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:35,43,6:85:72:854,118,72,397,0,440 chrVII 1052792 . CAAA C 2680.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=90.7943;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.95;MQ0=0;QD=47.03;RPA=5,2;RU=A;SB=-7.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:2723,162,0 chrVII 1057590 . TA T 2115.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=328.6506;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.71;MQ0=0;QD=25.49;RPA=4,3;RU=A;SB=-4.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,76:83:99:2158,222,0 chrVII 1063457 . G GTT 519.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=51.8558;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=37.14;RPA=3,5;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42:562,42,0 chrVII 1063485 . AC A 482.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=61.2090;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;QD=32.20;RPA=2,1;RU=C;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45:525,45,0 chrVII 1065443 . T TTA 359.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=15.2788;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.46;MQ0=0;QD=9.73;RPA=6,7;RU=TA;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,10:37:33:402,33,0 chrVII 1069959 . A ATTATAACGGTC 8016 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=162.6541;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.75;MQ0=0;QD=106.88;SB=-3.535e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,48:75:99:8016,190,0 chrVII 1072707 . G GA 2047.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=319.7503;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.40;MQ0=0;QD=24.67;RPA=3,4;RU=A;SB=-7.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,79:83:99:2090,210,0 chrVII 1073343 . AT A 1247.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=309.9239;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.77;MQ0=0;QD=19.50;RPA=8,7;RU=T;SB=-5.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,53:64:99:1290,159,0 chrVII 1073447 . TG T 2975.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=439.5780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.97;MQ0=0;QD=32.00;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.465e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,89:93:99:3018,265,0 chrVII 1073587 . C CT 3068.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=785.5815;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.71;MQ0=0;QD=27.16;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.148e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,102:113:99:3111,322,0 chrVII 1073664 . TG T 2017.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=395.9765;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.70;MQ0=0;QD=32.55;SB=-7.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,55:62:99:2060,166,0 chrVII 1073937 . CA C 69.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.907;DP=55;FS=2.926;HaplotypeScore=91.6708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.41;MQ0=0;MQRankSum=1.422;QD=1.27;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.366;SB=-3.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,10:55:99:109,0,518 chrVII 1078617 . GA G 820.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=69.4100;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.66;MQ0=2;QD=30.41;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:25:72:863,72,0 chrVII 1080716 . G GAA 568.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=201.7901;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.97;MQ0=11;MQRankSum=1.038;QD=11.16;RPA=4,6;RU=A;ReadPosRankSum=1.325;SB=-1.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,22:31:40:611,40,0 chrVII 1081039 . AT A 99.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.752;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=42.8833;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.97;MQ0=25;MQRankSum=-0.717;QD=1.41;RPA=16,15;RU=T;ReadPosRankSum=0.892;SB=-5.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,8:44:99:139,0,299 chrVII 1082806 . GA G 1338.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.552;DP=117;FS=17.540;HaplotypeScore=446.1295;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.35;MQ0=6;MQRankSum=-1.869;QD=11.44;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=2.877;SB=-3.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,77:104:99:1378,0,293 chrVII 1083167 . TA T 870.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.272;DP=75;FS=16.520;HaplotypeScore=2001.5523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.363;QD=11.61;ReadPosRankSum=-0.819;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,35:67:99:910,0,1116 chrVII 1083208 . AT A 740.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.272;DP=62;FS=16.906;HaplotypeScore=1914.2897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.117;QD=11.95;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=-0.402;SB=-2.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,37:60:99:780,0,365 chrVII 1083221 . A AG 369.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.013;DP=45;FS=14.343;HaplotypeScore=1439.0077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.23;MQ0=0;MQRankSum=1.881;QD=8.22;ReadPosRankSum=1.801;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,14:44:99:409,0,922 chrVII 1083265 . CATTTTCCC C 974.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=895.7831;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.66;MQ0=0;QD=33.62;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,0:29:75:1017,75,0 chrVII 1083268 . TTTCC T 1153.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=764.3983;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.50;MQ0=0;QD=44.38;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,17:26:73:1196,73,0 chrVII 1083269 . TTCC T 1060.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=773.6887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.50;MQ0=0;QD=40.81;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,8:26:74:1103,74,0 chrVII 1083348 . AC A 842.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.953;DP=56;FS=10.494;HaplotypeScore=445.7084;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.34;MQ0=0;MQRankSum=2.655;QD=15.05;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=0.661;SB=-3.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,34:51:99:882,0,128 chrVII 1083629 . C CT 388.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.618;DP=25;FS=12.155;HaplotypeScore=566.8397;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.18;MQ0=0;MQRankSum=1.007;QD=15.56;ReadPosRankSum=0.560;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,13:21:99:428,0,218 chrVII 1083698 . T TG 1197.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=1018.3783;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.93;MQ0=2;QD=21.78;SB=-1.809e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,43:42:99:1240,114,0 chrVII 1083933 . A AG 1733.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.139;DP=106;FS=11.482;HaplotypeScore=1019.2711;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.27;MQ0=0;MQRankSum=2.756;QD=16.36;ReadPosRankSum=0.686;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,58:94:99:1773,0,1104 chrVII 1083967 . A AG 793.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.789;DP=119;FS=0.885;HaplotypeScore=1102.4214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.62;MQ0=0;MQRankSum=0.247;QD=6.67;ReadPosRankSum=-0.137;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,46:95:99:833,0,1677 chrVII 1083974 . A AG 2633.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.392;DP=115;FS=54.026;HaplotypeScore=858.3605;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.73;MQ0=1;MQRankSum=0.067;QD=22.90;ReadPosRankSum=-1.113;SB=-5.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,90:93:99:2673,0,196 chrVII 1084142 . CA C 1019.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=33.7063;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.77;MQ0=0;QD=32.90;RPA=2,1;RU=A;SB=-2.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:90:1062,90,0 chrVII 1084340 . TA T 473.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.463;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=285.0278;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.21;MQ0=0;MQRankSum=0.821;QD=10.53;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=1.261;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:39:99:513,0,309 chrVIII 93 . TA T 201.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5937;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.75;MQ0=1;QD=13.46;RPA=13,12;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,11:14:33:244,33,0 chrVIII 5204 . TC T 717.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.415;DP=56;FS=15.605;HaplotypeScore=274.5867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.75;MQ0=20;MQRankSum=-1.712;QD=12.82;ReadPosRankSum=3.166;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:30:99:757,0,212 chrVIII 5509 . G GA 273.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.442;DP=36;FS=4.102;HaplotypeScore=376.9361;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.69;MQ0=1;MQRankSum=3.170;QD=7.61;ReadPosRankSum=1.268;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,11:18:99:313,0,207 chrVIII 5680 . TA T 274.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.365;DP=84;FS=1.321;HaplotypeScore=345.8219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.09;MQ0=11;MQRankSum=1.184;QD=3.27;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=-4.916;SB=-1.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,25:45:99:314,0,589 chrVIII 5915 . 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A AT 1764.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=591.9880;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.03;MQ0=0;QD=22.06;RPA=6,7;RU=T;SB=-7.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,68:80:99:1807,189,0 chrVIII 11853 . C CAA 3910 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.246;DP=178;FS=0.000;HaplotypeScore=879.7401;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.590;QD=21.97;RPA=10,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.246;SB=-1.945e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,96:173:99:3910,298,0 chrVIII 11865 . CTTT C 4591 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.604;DP=160;FS=3.050;HaplotypeScore=944.8052;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.187;QD=28.69;RPA=12,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.121;SB=-2.216e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,110:156:99:4591,266,0 chrVIII 12488 . A AT 799.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=698.2500;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.72;MQ0=0;QD=14.81;RPA=3,4;RU=T;SB=-9.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,45:28:81:842,81,0 chrVIII 12540 . T TC 981.38 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.765;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=851.9288;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.67;MQ0=3;MQRankSum=2.558;QD=20.88;ReadPosRankSum=-0.760;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,27:30:7:1020,0,7 chrVIII 12558 . AG A 473.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.627;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=602.9329;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.58;MQ0=3;MQRankSum=2.404;QD=12.47;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=-1.957;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,16:22:52:513,0,52 chrVIII 13000 . G GA 1068.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.559;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=182.1861;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.64;MQ0=0;MQRankSum=1.386;QD=24.86;ReadPosRankSum=1.299;SB=-4.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,38:43:99:1111,112,0 chrVIII 13116 . A ATGGTATTAATAGT 8142 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=37.1382;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.38;MQ0=0;QD=72.05;RPA=1,2;RU=TGGTATTAATAGT;SB=-1.755e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:52,60:112:99:8142,178,0 chrVIII 15408 . TG T 1911.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.630;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=71.0336;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.815;QD=24.20;ReadPosRankSum=-1.579;SB=-9.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,74:79:99:1954,199,0 chrVIII 16362 . G GTAGAAAATTA 2721.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=326.3615;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.54;MQ0=0;QD=50.41;RPA=1,2;RU=TAGAAAATTA;SB=-1.180e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,39:54:93:2764,93,0 chrVIII 17134 . G GA 2019.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=733.1493;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.01;MQ0=0;QD=27.30;RPA=3,4;RU=A;SB=-9.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,67:74:99:2062,198,0 chrVIII 17534 . A AT 678.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.321;DP=54;FS=6.263;HaplotypeScore=28.5108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.490;QD=12.57;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.460;SB=-3.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,31:54:46:718,0,46 chrVIII 18166 . T TG 1632.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=345.7723;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.83;MQ0=0;QD=28.65;RPA=2,3;RU=G;SB=-6.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,50:57:99:1675,147,0 chrVIII 18379 . G GT 1870.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=151.1578;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.00;MQ0=0;QD=27.51;RPA=3,4;RU=T;SB=-8.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,60:68:99:1913,183,0 chrVIII 18411 . CT C 1226.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=249.0677;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;QD=18.04;RPA=8,7;RU=T;SB=-5.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,57:68:99:1269,153,0 chrVIII 18612 . GA G 1343.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=279.3796;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.01;MQ0=0;QD=17.68;RPA=7,6;RU=A;SB=-5.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,55:76:99:1386,165,0 chrVIII 18667 . TC T 2742.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=258.4072;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.71;MQ0=0;QD=32.27;SB=-1.276e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,81:85:99:2785,247,0 chrVIII 32861 . GT G 305.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=76.4868;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.10;MQ0=0;QD=20.40;RPA=9,8;RU=T;SB=-2.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45:348,45,0 chrVIII 32871 . AT A 379.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=77.1460;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.94;MQ0=0;QD=20.00;RPA=10,9;RU=T;SB=-2.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:54:422,54,0 chrVIII 34608 . T TC 1665.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=105.7866;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.24;MQ0=0;QD=24.14;RPA=4,5;RU=C;SB=-3.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,57:69:99:1708,162,0 chrVIII 36196 . T TAA 211.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=137.0696;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.68;MQ0=0;QD=16.23;RPA=3,5;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,5:13:21:253,21,0 chrVIII 36199 . ATAAG A 182.38 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.278;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=134.1293;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.39;MQ0=0;MQRankSum=1.246;QD=15.20;ReadPosRankSum=-2.520;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:12:7:221,0,7 chrVIII 36226 . T TAA 423.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.465;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=209.2737;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.465;QD=17.63;ReadPosRankSum=-0.863;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,12:23:18:465,18,0 chrVIII 36249 . CT C 1091.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=223.5145;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.86;MQ0=0;QD=35.22;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:90:1134,90,0 chrVIII 38627 . C CT 1195.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=321.1521;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;QD=19.93;RPA=7,8;RU=T;SB=-4.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,46:60:99:1238,135,0 chrVIII 38647 . C CTT 1500.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.193;DP=78;FS=7.809;HaplotypeScore=434.5815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.620;QD=19.24;RPA=12,14;RU=T;ReadPosRankSum=-0.850;SB=-5.805e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,42:78:4:1540,4,0 chrVIII 38662 . ATT A 2100.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.386;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=394.1555;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.11;MQ0=3;MQRankSum=1.328;QD=23.87;RPA=7,5;RU=T;ReadPosRankSum=1.444;SB=-7.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,63:85:99:2143,176,0 chrVIII 39528 . CTAGT C 4057 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=260.3217;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.18;MQ0=0;QD=53.38;RPA=2,1;RU=TAGT;SB=-1.297e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,66:76:99:4057,208,0 chrVIII 39562 . C CT 1260.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.582;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=471.8955;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.437;QD=14.01;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.073;SB=-5.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,56:90:97:1303,97,0 chrVIII 39756 . G GC 878.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=178.5229;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.81;MQ0=0;QD=25.85;RPA=1,2;RU=C;SB=-2.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,27:34:87:921,87,0 chrVIII 48099 . G GA 1082.60 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.055;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=234.4030;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.60;MQ0=0;MQRankSum=0.221;QD=10.61;RPA=14,15;RU=A;ReadPosRankSum=0.455;SB=-4.972e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,41:102:37:1121,0,37 chrVIII 48244 . AGC A 4702 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=1028.7468;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.22;MQ0=0;QD=45.65;SB=-8.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,93:103:99:4702,307,0 chrVIII 49465 . A ACAT 2689.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.475;DP=90;FS=7.406;HaplotypeScore=138.6894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.90;MQ0=0;MQRankSum=0.399;QD=29.89;RPA=6,7;RU=CAT;ReadPosRankSum=1.235;SB=-1.088e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,55:90:99:2732,101,0 chrVIII 52028 . G GCAGCAGCAGCAACAA 6873 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=19.2529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.82;MQ0=0;QD=137.46;SB=-2.635e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,26:50:99:6873,135,0 chrVIII 54383 . AT A 1222.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=48.7863;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.96;MQ0=0;QD=18.25;RPA=9,8;RU=T;SB=-5.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,56:67:99:1265,158,0 chrVIII 55882 . A ACTT 5431 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=38.4030;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.54;MQ0=0;QD=43.45;RPA=1,2;RU=CTT;SB=-1.808e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,92:125:99:5431,319,0 chrVIII 56622 . 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G GA 2338.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=364.1709;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.39;MQ0=0;QD=35.98;SB=-1.189e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,59:65:99:2381,187,0 chrVIII 121733 . G GA 1459.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=271.6278;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.85;MQ0=0;QD=26.07;RPA=2,3;RU=A;SB=-2.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,47:56:99:1502,138,0 chrVIII 121750 . T TC 1811.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=254.2127;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.15;MQ0=0;QD=33.55;SB=-3.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:54:99:1854,144,0 chrVIII 122057 . G GA 941.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.652;DP=54;FS=4.030;HaplotypeScore=169.9118;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.94;MQ0=0;MQRankSum=1.330;QD=17.44;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.846;SB=-3.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,35:54:99:984,107,0 chrVIII 122634 . 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CAA C 2535.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=241.8606;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.52;MQ0=0;QD=32.10;RPA=7,5;RU=A;SB=-1.214e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,74:79:99:2578,217,0 chrVIII 148576 . TC T 2165.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=89.4221;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.70;MQ0=0;QD=29.27;SB=-8.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,73:74:99:2208,210,0 chrVIII 148979 . C CA 2414.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=556.8970;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.82;MQ0=0;QD=25.69;RPA=4,5;RU=A;SB=-2.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,85:94:99:2457,246,0 chrVIII 149140 . T TC 1988.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=158.4477;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=35.52;SB=-9.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,52:56:99:2031,165,0 chrVIII 149257 . C CATAT 2844.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=387.8912;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.19;MQ0=0;QD=38.45;RPA=4,6;RU=AT;SB=-6.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,55:74:99:2887,156,0 chrVIII 150847 . AT A 1340.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=184.0256;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.60;MQ0=0;QD=17.64;RPA=8,7;RU=T;SB=-5.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,56:76:99:1383,171,0 chrVIII 151579 . CT C 1325.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.969;DP=80;FS=5.948;HaplotypeScore=26.3297;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.851;QD=16.57;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.321;SB=-3.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,62:80:99:1368,149,0 chrVIII 157457 . CT C 960.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=115.4481;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.62;MQ0=0;QD=20.89;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,44:46:99:1003,123,0 chrVIII 161688 . 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G GTGCAGA 3138.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=85.3210;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.21;MQ0=0;QD=64.06;SB=-1.170e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,42:49:99:3181,132,0 chrVIII 183971 . A AG 2048.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=157.3484;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.15;MQ0=0;QD=35.33;SB=-7.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,56:58:99:2091,165,0 chrVIII 186870 . AC A 2067.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=192.2048;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.33;MQ0=0;QD=33.90;SB=-7.900e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:61:99:2110,163,0 chrVIII 187029 . GAAAAA G,GA 455.92 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.606;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=27.9316;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=2.251;QD=10.86;RPA=22,17,18;RU=A;ReadPosRankSum=2.606;SB=-2.229e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:30,4,0:42:42:533,156,150,79,0,42 chrVIII 187695 . T TG 1854.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=93.6120;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.70;MQ0=0;QD=36.37;SB=-9.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,46:51:99:1897,150,0 chrVIII 187717 . GA G 862.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=163.5525;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;QD=17.26;RPA=11,10;RU=A;SB=-3.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,44:50:99:905,119,0 chrVIII 187814 . G GAA,GAAA 1374.01 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=68;FS=3.979;HaplotypeScore=47.9590;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.14;MQ0=0;MQRankSum=0.603;QD=20.21;RPA=13,15,16;RU=A;ReadPosRankSum=-0.904;SB=-5.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:45,6,11:68:54:1452,506,405,139,0,54 chrVIII 187898 . AG A 1797.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=134.9041;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.65;MQ0=0;QD=30.47;RPA=3,2;RU=G;SB=-6.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,57:59:99:1840,162,0 chrVIII 189097 . GA G 1508.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.130;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=267.2366;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=2.863;QD=13.47;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=2.832;SB=-7.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,87:112:99:1551,133,0 chrVIII 189768 . GA G 1538.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=32.5735;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;QD=16.73;RPA=10,9;RU=A;SB=-7.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,74:92:99:1581,200,0 chrVIII 192694 . C CAA 2143.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.380;DP=108;FS=4.423;HaplotypeScore=356.0009;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.176;QD=19.85;RPA=14,16;RU=A;ReadPosRankSum=-0.100;SB=-7.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,47:101:99:2186,123,0 chrVIII 192740 . T TTCAA 6074 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=224.3675;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.37;MQ0=0;QD=52.82;RPA=1,2;RU=TCAA;SB=-2.006e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,101:105:99:6074,295,0 chrVIII 198474 . GTTT G 1502.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=77.0348;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.03;MQ0=0;QD=25.47;RPA=14,11;RU=T;SB=-7.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,43:59:99:1545,113,0 chrVIII 207414 . CT C 2111.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=26.6257;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.87;MQ0=0;QD=23.47;RPA=5,4;RU=T;SB=-5.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,85:90:99:2154,237,0 chrVIII 210269 . AT A 1007.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.015;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=52.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.422;QD=14.00;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.453;SB=-2.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,46:72:66:1050,66,0 chrVIII 210679 . TA T 1126.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=78.0487;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.79;MQ0=0;QD=21.26;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,49:53:99:1169,138,0 chrVIII 212265 . C CT 3455 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.392;DP=176;FS=0.000;HaplotypeScore=337.8566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.913;QD=19.63;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.506;SB=-9.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,151:176:99:3455,322,0 chrVIII 218178 . CAT C 6546 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=389.5708;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.15;MQ0=0;QD=42.78;SB=-2.384e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,152:153:99:6546,448,0 chrVIII 221382 . G GAAA 3398 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.142;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=75.6970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=0.236;QD=30.61;RPA=11,14;RU=A;ReadPosRankSum=1.220;SB=-1.682e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,69:111:99:3363,256,0 chrVIII 222559 . T TA 3206.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=48.4270;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.05;MQ0=0;QD=22.74;RPA=8,9;RU=A;SB=-1.565e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,129:141:99:3249,360,0 chrVIII 229199 . G GAAA 537.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.828;DP=53;FS=15.855;HaplotypeScore=60.6333;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=1.514;QD=10.15;RPA=20,23;RU=A;ReadPosRankSum=-0.261;SB=-7.498e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,21:50:9:579,9,0 chrVIII 234751 . TA T 2089.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.322;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=178.8000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.40;MQ0=0;MQRankSum=2.155;QD=19.00;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=0.298;SB=-8.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,76:109:99:2132,238,0 chrVIII 237735 . CTT C 738.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=190.7896;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.61;MQ0=0;QD=12.52;RPA=16,14;RU=T;SB=-2.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,26:59:82:781,82,0 chrVIII 252938 . A ATCG 1878.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.707;DP=98;FS=7.666;HaplotypeScore=891.0589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.59;MQ0=0;MQRankSum=2.134;QD=19.17;RPA=1,2;RU=TCG;ReadPosRankSum=4.990;SB=-3.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,30:98:92:1918,0,92 chrVIII 252941 . GTCA G 2108.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.035;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=882.9564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.84;MQ0=0;MQRankSum=3.424;QD=21.74;ReadPosRankSum=4.174;SB=-5.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,43:97:93:2148,0,93 chrVIII 252947 . GTCA G 1400.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.718;DP=92;FS=0.988;HaplotypeScore=969.1322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.05;MQ0=0;MQRankSum=0.511;QD=15.23;RPA=2,1;RU=TCA;ReadPosRankSum=6.156;SB=-3.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,43:92:99:1440,0,431 chrVIII 255909 . GA G 818.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.236;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=19.9079;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.866;QD=13.65;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=-1.654;SB=-2.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,41:60:99:861,104,0 chrVIII 336196 . ATACT A 3643 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=15.8619;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.81;MQ0=1;QD=55.20;SB=-1.434e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:65:99:3643,180,0 chrVIII 340066 . A ATAGTAG 641.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=86.1107;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.56;MQ0=0;QD=22.14;SB=-8.300e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,11:29:38:684,38,0 chrVIII 341138 . AACG A 3746 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=30.4681;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.57;MQ0=0;QD=48.65;SB=-1.208e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,72:77:99:3746,211,0 chrVIII 344320 . G GT 3965 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=44.1049;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.79;MQ0=0;QD=29.81;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.723e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,127:133:99:3965,361,0 chrVIII 352526 . CT C 2244.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=1042.0552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.27;MQ0=0;QD=23.63;RPA=8,7;RU=T;SB=-7.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,87:95:99:2287,252,0 chrVIII 359522 . CA C 2107.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=135.9339;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;QD=26.35;RPA=4,3;RU=A;SB=-8.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,78:80:99:2150,213,0 chrVIII 360784 . G GA 576.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.614;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=37.4795;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.236;QD=11.54;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.099;SB=-2.879e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,24:50:37:616,0,37 chrVIII 375406 . 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G GA 2920.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=206.6720;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.89;MQ0=0;QD=32.46;RPA=1,2;RU=A;SB=-8.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,87:90:99:2963,250,0 chrVIII 417913 . C CTTTTGGAGG 5991 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=25.8208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.37;MQ0=0;QD=90.77;SB=-2.822e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,44:66:99:5991,172,0 chrVIII 420550 . CTGTTGTGGTTGCTGT C 3591 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.284;DP=63;FS=4.658;HaplotypeScore=273.7975;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.71;MQ0=0;MQRankSum=-2.241;QD=57.00;ReadPosRankSum=0.717;SB=-8.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,49:63:99:3591,104,0 chrVIII 423045 . T TAGTCTAAC 5880 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=259.2593;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.54;MQ0=0;QD=91.88;SB=-2.827e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,48:64:99:5880,172,0 chrVIII 436871 . C CGGT 924.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=87.4053;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.23;MQ0=0;QD=27.20;RPA=6,7;RU=GGT;SB=-1.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,19:34:69:967,69,0 chrVIII 440333 . T TGAG 3052.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=114.9756;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.26;MQ0=0;QD=46.26;RPA=1,2;RU=GAG;SB=-1.425e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,63:66:99:3095,181,0 chrVIII 442027 . GA G 2205.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.588;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=28.1120;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.083;QD=19.87;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.758;SB=-9.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,102:111:99:2248,264,0 chrVIII 442153 . CGTA C 2588.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=283.1962;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.40;MQ0=0;QD=43.88;SB=-5.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,50:59:99:2631,159,0 chrVIII 450838 . A AT 1721.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.006;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=365.6218;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.509;QD=25.70;ReadPosRankSum=1.341;SB=-7.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,63:67:99:1764,178,0 chrVIII 451138 . TA T 1247.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.040;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=188.0111;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.96;MQ0=1;MQRankSum=0.363;QD=13.56;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.599;SB=-5.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,77:89:91:1290,91,0 chrVIII 453634 . T TCC 3149.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=377.6533;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.32;MQ0=0;QD=33.16;RPA=7,9;RU=C;SB=-1.361e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,82:95:99:3192,244,0 chrVIII 455642 . C CT 1582.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.652;DP=83;FS=2.274;HaplotypeScore=130.1627;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.58;MQ0=0;MQRankSum=-2.016;QD=19.07;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.288;SB=-7.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,65:83:99:1625,130,0 chrVIII 456028 . TA T 916.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=217.8210;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.56;MQ0=0;QD=16.37;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,46:56:99:959,120,0 chrVIII 456259 . GA G 1286.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=290.7805;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.12;MQ0=0;QD=17.87;RPA=10,9;RU=A;SB=-4.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,61:72:99:1329,170,0 chrVIII 458020 . T TC 1377.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=146.2579;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.01;MQ0=0;QD=28.71;RPA=1,2;RU=C;SB=-6.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,45:48:99:1420,129,0 chrVIII 458755 . C CA 1120.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.073;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=200.9330;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.32;MQ0=0;MQRankSum=0.849;QD=16.48;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.121;SB=-5.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,41:68:99:1163,103,0 chrVIII 466481 . T TTAA 3333 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=453.3637;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.24;MQ0=0;QD=50.50;SB=-1.386e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,59:66:99:3333,187,0 chrVIII 466969 . T TACA 3865 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=606.5361;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.89;MQ0=0;QD=39.85;RPA=2,3;RU=ACA;SB=-1.874e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,77:95:99:3865,229,0 chrVIII 475423 . T TCC 3011.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=36.4869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.31;MQ0=0;QD=41.83;RPA=1,3;RU=C;SB=-1.352e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,68:72:99:3054,205,0 chrVIII 488371 . CA C 1052.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.179;DP=64;FS=2.025;HaplotypeScore=27.7418;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.048;QD=16.45;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.461;SB=-4.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,54:64:77:1095,77,0 chrVIII 497405 . CA C 1724.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=22.4594;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.23;MQ0=0;QD=20.78;RPA=7,6;RU=A;SB=-8.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,75:83:99:1767,207,0 chrVIII 505967 . A AG 5596 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;FS=0.000;HaplotypeScore=55.0476;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.78;MQ0=0;QD=33.71;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.555e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,163:166:99:5596,481,0 chrVIII 517167 . CT C 1287.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=13.8218;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.17;MQ0=0;QD=22.60;RPA=6,5;RU=T;SB=-5.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,53:57:99:1330,150,0 chrVIII 518737 . TC T 526.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=26.6375;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.76;MQ0=0;QD=19.52;RPA=8,7;RU=C;SB=-2.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,9:27:65:569,65,0 chrVIII 519048 . C CA 611.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.303;DP=56;FS=2.428;HaplotypeScore=306.1157;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.028;QD=10.92;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.745;SB=-1.754e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,30:56:13:653,13,0 chrVIII 519135 . A AT 2877.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=242.2949;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.23;MQ0=0;QD=38.37;SB=-7.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,73:75:99:2920,220,0 chrVIII 541269 . A ATTG 1131.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=21.5948;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.19;MQ0=7;QD=17.41;RPA=5,6;RU=TTG;SB=-5.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,34:53:78:1174,78,0 chrVIII 551124 . A AG 140.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=15.7409;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=9.95;MQ0=39;QD=3.05;RPA=1,2;RU=G;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,44:5:15:182,15,0 chrVIII 552033 . GGAAGAA G 621.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=18.0338;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.17;MQ0=32;QD=13.82;RPA=6,4;RU=GAA;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,32:12:27:664,27,0 chrVIII 553692 . GTAAGGCA G 2056.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=186.3069;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.79;MQ0=0;QD=70.93;SB=-7.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,24:27:69:2099,69,0 chrVIII 554064 . CGAAAAAATAAA C 2437.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=286.5759;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.77;MQ0=0;QD=90.29;SB=-8.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:27:81:2480,81,0 chrVIII 554150 . CT C 442.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=317.2137;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.80;MQ0=0;QD=23.31;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:17:48:485,48,0 chrVIII 554154 . A AG 442.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=301.3475;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.67;MQ0=0;QD=24.61;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:16:48:485,48,0 chrVIII 556404 . AGAG A 4500 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.822;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=3212.7392;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.33;MQ0=2;MQRankSum=1.706;QD=31.91;ReadPosRankSum=-0.147;SB=-7.300e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:51,79:136:99:4500,229,0 chrVIII 556425 . G GTGGAA 4362 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.058;DP=127;FS=74.722;HaplotypeScore=2850.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.99;MQ0=4;MQRankSum=-0.936;QD=34.35;ReadPosRankSum=0.595;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,59:119:99:4362,0,1849 chrVIII 556441 . A AG 1624.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.459;DP=98;FS=76.892;HaplotypeScore=2319.0628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.26;MQ0=5;MQRankSum=-0.890;QD=16.58;ReadPosRankSum=-4.381;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,67:90:99:1664,0,451 chrVIII 556448 . AG A 1558.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.100;DP=91;FS=61.826;HaplotypeScore=2159.3667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.24;MQ0=5;MQRankSum=0.543;QD=17.13;ReadPosRankSum=-3.314;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,52:84:99:1598,0,472 chrVIII 556484 . TAGG T 1704.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=1682.9290;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.01;MQ0=1;QD=27.95;SB=-4.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,32:55:99:1747,114,0 chrVIII 556489 . T TAC 1361.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=1535.2759;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.81;MQ0=0;QD=32.43;SB=-3.900e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,5:38:99:1404,114,0 chrVIII 556492 . T TA 874.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.211;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=1580.9617;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.785;QD=20.83;ReadPosRankSum=-2.450;SB=-2.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,33:38:81:917,81,0 chrVIII 556494 . A ACAAGCG 2739.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=1397.4794;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.81;MQ0=0;QD=65.24;SB=-8.100e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,33:38:99:2782,114,0 chrVIII 556515 . TGA T 1441.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.260;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=1892.0266;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.347;QD=27.21;ReadPosRankSum=-0.173;SB=-4.300e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,43:48:90:1484,90,0 chrVIII 556522 . GTAGT GGATTAGT,G 1920.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=1615.9905;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=25.07;MQ0=0;QD=42.69;SB=-5.100e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,0,29:40:99:1999,729,672,583,0,464 chrVIII 556529 . TGGTGATA T 2019.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.333;DP=48;FS=10.265;HaplotypeScore=1633.5931;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.52;MQ0=1;MQRankSum=1.506;QD=42.08;ReadPosRankSum=2.215;SB=-7.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,29:42:58:2062,58,0 chrVIII 556550 . TA T 442.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.276;DP=47;FS=2.830;HaplotypeScore=1417.2201;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.62;MQ0=4;MQRankSum=-0.577;QD=9.42;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=2.548;SB=-4.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,30:36:84:482,0,84 chrVIII 556657 . A AG 509.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.216;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=286.6810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.27;MQ0=3;MQRankSum=1.585;QD=15.45;ReadPosRankSum=1.216;SB=-7.000e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,22:23:99:549,0,124 chrVIII 556799 . GT G 212.04 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=124.8851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.747;QD=17.67;ReadPosRankSum=0.747;SB=-3.903e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,8:9:15:251,0,15 chrVIII 556911 . TGTGG T 300.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.713;DP=41;FS=8.318;HaplotypeScore=180.1218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.52;MQ0=10;MQRankSum=2.615;QD=7.34;ReadPosRankSum=0.713;SB=-3.001e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,8:24:99:340,0,288 chrVIII 556937 . T TG 363.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.129;DP=48;FS=18.560;HaplotypeScore=180.1434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.81;MQ0=10;MQRankSum=1.362;QD=7.58;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=1.985;SB=-5.504e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,11:28:99:403,0,104 chrVIII 556973 . G GT 101.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.027;DP=40;FS=23.314;HaplotypeScore=123.4217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.52;MQ0=11;MQRankSum=0.545;QD=2.55;ReadPosRankSum=1.670;SB=-2.876e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,7:20:99:141,0,167 chrVIII 562352 . TG T 199.24 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.393;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=314.3393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=14.39;MQ0=31;MQRankSum=1.393;QD=4.33;ReadPosRankSum=0.348;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,10:11:9:238,0,9 chrVIII 562356 . G GT 203.38 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.393;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=313.7741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=13.91;MQ0=32;MQRankSum=-1.044;QD=4.42;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=0.348;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,10:10:7:242,0,7 chrVIII 562370 . CAGG C 242.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=310.2940;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=12.61;MQ0=42;MQRankSum=0.747;QD=4.34;ReadPosRankSum=0.747;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,8:10:36:282,0,36 chrVIII 562374 . G GTACT 321.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=281.1918;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=12.22;MQ0=41;QD=5.94;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,7:9:21:363,21,0 chrVIII 562389 . T TC 171.50 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.448;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=358.4336;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=14.82;MQ0=35;MQRankSum=-1.448;QD=3.36;ReadPosRankSum=0.290;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,6:13:2:210,2,0 chrVIII 562390 . T TCA 235.06 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.611;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=296.4093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=14.39;MQ0=35;MQRankSum=-1.396;QD=4.70;ReadPosRankSum=0.752;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,6:12:14:274,0,14 chrX 26518 . TC T 1213.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=171.3100;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.25;MQ0=0;QD=28.90;RPA=2,1;RU=C;SB=-5.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,37:42:99:1256,102,0 chrX 28303 . GCCAA G 3083.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.485;DP=129;FS=6.069;HaplotypeScore=742.2544;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.11;MQ0=0;MQRankSum=-2.873;QD=23.91;ReadPosRankSum=0.156;SB=-1.260e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,53:129:99:3123,0,4182 chrX 28329 . CG C 1228.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.196;DP=127;FS=13.983;HaplotypeScore=1006.2594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.34;MQ0=0;MQRankSum=-3.300;QD=9.68;RPA=3,2;RU=G;ReadPosRankSum=-0.043;SB=-4.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,50:127:99:1268,0,1459 chrX 28946 . CT C 545.04 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.629;DP=65;FS=4.173;HaplotypeScore=117.5787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.234;QD=8.39;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=1.456;SB=-1.676e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,35:65:15:584,0,15 chrX 29312 . GT G 3403 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=481.7151;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.20;MQ0=0;QD=33.69;SB=-1.619e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,99:101:99:3403,271,0 chrX 29446 . TAGCGCTA T 5613 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=382.4109;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.85;MQ0=0;QD=71.05;RPA=2,1;RU=AGCGCTA;SB=-1.618e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,68:79:99:5613,196,0 chrX 29870 . G GC 1938.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=194.4758;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.78;MQ0=0;QD=32.86;RPA=1,2;RU=C;SB=-9.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,57:59:99:1981,163,0 chrX 30874 . CGTAAA C 2342.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=134.1680;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.42;MQ0=0;QD=53.25;RPA=2,1;RU=GTAAA;SB=-7.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,37:44:99:2385,111,0 chrX 31341 . T TAA 2324.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=152.6715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.09;MQ0=0;QD=33.70;RPA=5,7;RU=A;SB=-7.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:69:99:2367,199,0 chrX 31479 . A AT 1352.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=123.2226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.27;MQ0=0;QD=19.33;RPA=7,8;RU=T;SB=-6.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,53:70:99:1395,162,0 chrX 33209 . C CT 1058.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.489;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=100.9452;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.044;QD=13.93;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.022;SB=-1.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,41:76:26:1101,26,0 chrX 33346 . CTT C 1276.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.320;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=98.3553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.22;MQ0=1;MQRankSum=-0.825;QD=19.95;RPA=12,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.650;SB=-5.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,41:63:99:1319,122,0 chrX 36381 . G GA 242.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.060;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=155.9782;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.050;QD=5.93;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.457;SB=-1.349e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,11:41:35:285,35,0 chrX 59084 . T TG 1165.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=100.5468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.15;MQ0=0;QD=27.12;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,32:43:99:1208,105,0 chrX 60682 . GTT G,GT 361.84 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.264;DP=68;FS=4.501;HaplotypeScore=174.8514;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.486;QD=5.32;RPA=14,12,13;RU=T;ReadPosRankSum=1.702;SB=-2.029e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:46,5,0:68:38:437,307,531,44,0,38 chrX 71276 . G GAA 1161.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.655;DP=65;FS=3.745;HaplotypeScore=172.8127;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.33;MQ0=0;MQRankSum=0.577;QD=17.88;RPA=12,14;RU=A;ReadPosRankSum=0.577;SB=-4.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,40:65:92:1204,92,0 chrX 73841 . CT C 2031.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=33.5696;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=20.95;RPA=7,6;RU=T;SB=-9.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,90:97:99:2074,246,0 chrX 74615 . CT C 2654.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=96.2134;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.73;MQ0=0;QD=18.70;RPA=10,9;RU=T;SB=-4.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,126:142:99:2697,349,0 chrX 76007 . T TC 3221.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=105.6963;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.75;MQ0=0;QD=29.56;RPA=2,3;RU=C;SB=-1.466e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,101:109:99:3264,292,0 chrX 76786 . GT G 1520.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=204.0237;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.15;MQ0=0;QD=23.04;RPA=6,5;RU=T;SB=-2.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,65:66:99:1563,183,0 chrX 79590 . TA T 976.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=18.6217;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=17.45;RPA=8,7;RU=A;SB=-3.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,49:56:99:1019,126,0 chrX 79972 . AT A 1091.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.238;DP=57;FS=3.854;HaplotypeScore=29.7837;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.54;MQ0=0;MQRankSum=0.170;QD=19.16;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.325;SB=-4.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,50:57:99:1134,128,0 chrX 83885 . T TG 3864 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.202;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=594.7487;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.07;MQ0=0;MQRankSum=1.203;QD=24.93;ReadPosRankSum=2.151;SB=-1.560e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,137:155:99:3864,411,0 chrX 85527 . CT C 904.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=71.5111;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.94;MQ0=0;QD=15.88;RPA=11,10;RU=T;SB=-1.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,44:57:99:947,132,0 chrX 91129 . G GA 2936.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=591.8913;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.42;MQ0=0;QD=24.07;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.184e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,115:122:99:2979,327,0 chrX 91661 . CT C 2356.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=85.2889;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.75;MQ0=0;QD=21.43;RPA=6,5;RU=T;SB=-2.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,100:110:99:2399,273,0 chrX 91769 . 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G GA 625.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.206;DP=47;FS=2.590;HaplotypeScore=136.2251;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.383;QD=13.32;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-2.092;SB=-2.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,33:47:37:668,37,0 chrX 102125 . CA C 2845.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=287.7419;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.24;MQ0=0;QD=21.40;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.257e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,122:133:99:2888,356,0 chrX 109915 . GA G 1512.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.314;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=46.6218;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=1.017;QD=13.63;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=2.337;SB=-2.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,90:111:99:1555,174,0 chrX 111163 . C CA 958.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=47.5173;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=20.40;RPA=8,9;RU=A;SB=-4.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,37:47:99:1001,122,0 chrX 111408 . A AT 1738.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=29.3722;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.10;MQ0=0;QD=23.50;RPA=5,6;RU=T;SB=-7.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,69:74:99:1781,195,0 chrX 114765 . T TTTC 3164.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=87.0753;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.39;MQ0=0;QD=37.23;RPA=3,4;RU=TTC;SB=-1.418e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,67:85:99:3207,199,0 chrX 114884 . TGC T 852.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.312;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=773.7880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.62;MQ0=0;MQRankSum=0.816;QD=14.96;ReadPosRankSum=5.146;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,34:57:99:892,0,338 chrX 114887 . TGTTGTTG T 2441.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.730;DP=59;FS=1.228;HaplotypeScore=630.6342;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.06;MQ0=0;MQRankSum=-1.401;QD=41.39;ReadPosRankSum=5.830;SB=-1.034e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,34:59:99:2481,0,165 chrX 116460 . C CAAAAA 3287 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=73.3643;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.34;MQ0=0;QD=46.30;RPA=6,11;RU=A;SB=-1.453e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,50:71:99:3287,160,0 chrX 121937 . GT G 1844.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=30.1820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.37;MQ0=0;QD=19.42;RPA=8,7;RU=T;SB=-6.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,86:95:99:1887,231,0 chrX 123519 . AT A 1015.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=583.9321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=24.78;RPA=5,4;RU=T;SB=-4.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,36:41:99:1058,108,0 chrX 123552 . GT G 909.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=582.0931;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.32;MQ0=0;QD=20.68;RPA=7,6;RU=T;SB=-2.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,37:44:99:952,111,0 chrX 123619 . GA G 1202.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=228.5450;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.72;MQ0=0;QD=19.72;RPA=8,7;RU=A;SB=-5.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,59:61:99:1245,153,0 chrX 123779 . G GAAAAA 1584.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=259.6660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.40;MQ0=0;QD=25.56;RPA=12,17;RU=A;SB=-3.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,30:62:99:1627,122,0 chrX 126624 . G GAAA 873.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=18.7552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.80;MQ0=0;QD=31.21;RPA=9,12;RU=A;SB=-4.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,16:28:69:916,69,0 chrX 126726 . ATT A 1212.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=52.6466;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.41;MQ0=0;QD=28.88;RPA=5,3;RU=T;SB=-4.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,36:42:99:1255,99,0 chrX 126805 . CT C 411.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.261;DP=38;FS=7.404;HaplotypeScore=137.7857;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.38;MQ0=0;MQRankSum=1.576;QD=10.84;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.788;SB=-6.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,24:38:40:454,40,0 chrX 129078 . CT C 1594.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.711;DP=117;FS=3.358;HaplotypeScore=58.9164;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.93;MQ0=0;MQRankSum=1.155;QD=13.63;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.400;SB=-7.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,85:117:99:1637,209,0 chrX 130674 . GC G 2100.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=149.5031;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.55;MQ0=0;QD=27.64;RPA=5,4;RU=C;SB=-9.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,74:76:99:2143,210,0 chrX 133939 . GT G 2250.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=179.1497;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.57;MQ0=0;QD=25.58;RPA=5,4;RU=T;SB=-9.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,86:88:99:2293,249,0 chrX 134031 . CTT C 1304.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=111.8532;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.657;QD=23.30;RPA=11,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.281;SB=-6.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,37:56:99:1347,118,0 chrX 134112 . GAAAAAA G,GA 1850.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.639;DP=50;FS=5.682;HaplotypeScore=153.0483;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.140;QD=37.02;RPA=17,11,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.047;SB=-4.672e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:18,8,0:50:77:1929,585,499,181,0,77 chrX 134179 . GAAA G 3065.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.386;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=146.6930;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.26;MQ0=0;MQRankSum=1.039;QD=33.33;RPA=12,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.472;SB=-7.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,74:92:99:3108,218,0 chrX 135953 . GA G 1858.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=128.7958;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.93;MQ0=0;QD=21.12;RPA=8,7;RU=A;SB=-6.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,83:88:99:1901,239,0 chrX 136809 . GT G 979.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=15.5075;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.51;MQ0=0;QD=22.79;RPA=5,4;RU=T;SB=-3.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,40:43:99:1022,111,0 chrX 136911 . GAAAAA G 464.04 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.085;DP=36;FS=4.722;HaplotypeScore=32.4161;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.387;QD=12.89;RPA=19,14;RU=A;ReadPosRankSum=0.651;SB=-1.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,17:36:15:503,0,15 chrX 139750 . G GA 1316.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=118.0483;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.31;MQ0=0;QD=25.33;RPA=6,7;RU=A;SB=-3.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:52:99:1359,150,0 chrX 140211 . 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T TC 3875 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=320.0680;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;QD=35.88;SB=-8.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,105:107:99:3875,304,0 chrX 145019 . GAA G 1661.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.144;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=77.2554;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=1.275;QD=25.57;RPA=11,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.621;SB=-7.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,51:63:99:1704,155,0 chrX 145099 . CT C 1644.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.041;DP=89;FS=9.544;HaplotypeScore=63.4219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.86;MQ0=0;MQRankSum=1.073;QD=18.48;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.977;SB=-5.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,74:87:99:1687,186,0 chrX 146986 . AT A 1185.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=73.7226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.00;MQ0=0;QD=25.23;RPA=5,4;RU=T;SB=-5.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,46:47:99:1228,135,0 chrX 159448 . A AAAATGTAGTGT 5467 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=494.4081;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.05;MQ0=0;QD=78.10;RPA=1,2;RU=AAATGTAGTGT;SB=-1.109e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,41:68:99:5467,132,0 chrX 159480 . TA T 2884.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=818.1925;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.33;MQ0=0;QD=33.55;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.282e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,85:86:99:2927,256,0 chrX 159507 . GA G 1724.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=435.2996;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.92;MQ0=0;QD=22.40;RPA=5,4;RU=A;SB=-5.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,67:77:99:1767,192,0 chrX 161835 . T TA 572.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.734;DP=57;FS=4.688;HaplotypeScore=25.8160;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.24;MQ0=0;MQRankSum=0.518;QD=10.04;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-1.641;SB=-3.081e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,36:57:1:610,1,0 chrX 165551 . AT A 1621.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=158.3029;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.56;MQ0=0;QD=23.85;RPA=6,5;RU=T;SB=-5.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,66:68:99:1664,189,0 chrX 173179 . GT G 782.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=67;FS=1.789;HaplotypeScore=108.5817;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.140;QD=11.68;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.734;SB=-2.482e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,46:67:15:824,15,0 chrX 173273 . GA G 1199.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.185;DP=72;FS=3.757;HaplotypeScore=240.3770;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.030;QD=16.67;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.550;SB=-4.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,55:72:99:1242,159,0 chrX 173314 . C CT 2196.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=361.4098;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.17;MQ0=0;MQRankSum=0.404;QD=32.31;ReadPosRankSum=1.675;SB=-1.118e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,61:68:99:2239,159,0 chrX 173515 . TA T 3169.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.968;DP=191;FS=3.777;HaplotypeScore=527.0916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.684;QD=16.60;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.131;SB=-1.199e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,157:191:99:3212,336,0 chrX 175756 . G GTCA 2988.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=98.9989;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.45;MQ0=0;QD=37.83;RPA=5,6;RU=TCA;SB=-8.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,67:79:99:3031,199,0 chrX 177910 . GAT G 946.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=54.0369;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.89;MQ0=0;QD=18.57;RPA=6,5;RU=AT;SB=-2.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,28:51:84:989,84,0 chrX 177924 . AAT A 560.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=130.2992;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.30;MQ0=0;QD=12.75;RPA=9,8;RU=AT;SB=-2.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,23:44:60:603,60,0 chrX 178042 . CT C 976.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=108.1231;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=17.76;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,43:55:99:1019,131,0 chrX 180134 . A AT 3550 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=142.7882;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.32;MQ0=0;QD=29.58;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.516e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,116:120:99:3550,304,0 chrX 181281 . A AT 2270.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=87.6272;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.24;MQ0=0;QD=20.28;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.155e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,101:112:99:2313,267,0 chrX 184238 . A AT 714.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=275.8756;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.89;MQ0=0;QD=18.81;RPA=5,6;RU=T;SB=-2.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,27:38:81:757,81,0 chrX 191578 . GA G 827.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=49.2203;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.21;MQ0=0;QD=18.00;RPA=11,10;RU=A;SB=-4.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,41:46:99:870,116,0 chrX 196083 . CT C 546.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.208;DP=51;FS=7.278;HaplotypeScore=33.5644;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.549;QD=10.72;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.695;SB=-2.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,29:51:50:589,50,0 chrX 197541 . A AG 104.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.123;DP=48;FS=26.994;HaplotypeScore=89.4261;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.059;QD=2.19;ReadPosRankSum=-3.005;SB=0.211 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,10:24:99:144,0,159 chrX 203167 . AT A 376.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=11.2320;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=10.52;MQ0=49;QD=3.89;RPA=2,1;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,67:15:39:419,39,0 chrX 204114 . A AT 2985.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=659.1855;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.08;MQ0=1;QD=35.55;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,79:79:99:3028,238,0 chrX 204132 . TA T 2208.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=793.7433;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.68;MQ0=6;QD=20.27;RPA=2,1;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,73:78:99:2251,193,0 chrX 204259 . GTAGAAA G 2191.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=197.5712;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.20;MQ0=17;QD=34.25;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,36:33:84:2234,84,0 chrX 204807 . AT A 1276.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=18.1368;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.29;MQ0=0;QD=19.35;RPA=8,7;RU=T;SB=-3.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,58:66:99:1319,162,0 chrX 207452 . GGCATT G 5050 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=33.6112;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.40;MQ0=0;QD=53.16;RPA=2,1;RU=GCATT;SB=-1.451e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,80:95:99:5050,226,0 chrX 207758 . AAAT A 3638 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=273.2656;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.55;MQ0=0;QD=36.02;SB=-1.600e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,61:100:99:3638,231,0 chrX 207815 . TAC T 2654.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=98.7200;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.96;MQ0=0;QD=42.14;SB=-8.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,62:63:99:2697,187,0 chrX 209539 . TA T 2576.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=35.1038;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=22.41;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.123e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,110:115:99:2619,300,0 chrX 211991 . CT C 1659.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=204.0378;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.20;MQ0=0;QD=19.76;RPA=8,7;RU=T;SB=-5.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,75:84:99:1702,210,0 chrX 217454 . GAA G 2028.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.755;DP=95;FS=2.682;HaplotypeScore=76.9335;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.20;MQ0=0;MQRankSum=0.493;QD=21.36;RPA=12,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.421;SB=-6.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,55:95:99:2071,182,0 chrX 217532 . GA G 3811 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=172;FS=0.000;HaplotypeScore=463.4311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.76;MQ0=0;QD=22.16;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.593e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,163:172:99:3811,453,0 chrX 218872 . C CA 1429.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=19.3690;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=25.53;RPA=4,5;RU=A;SB=-6.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,51:56:99:1472,153,0 chrX 220402 . C CT 1695.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=295.9694;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.00;MQ0=0;QD=26.09;RPA=4,5;RU=T;SB=-2.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,63:65:99:1738,177,0 chrX 223657 . C CTTCTTCTT 6885 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=24.6757;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.89;MQ0=0;QD=90.59;SB=-1.415e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,61:76:99:6885,205,0 chrX 231029 . A AT 2623.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=86;FS=3.837;HaplotypeScore=33.6673;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.10;MQ0=0;MQRankSum=1.640;QD=30.51;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=1.455;SB=-1.090e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,78:86:99:2666,208,0 chrX 233869 . C CT 1660.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=218.1818;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;QD=23.73;RPA=4,5;RU=T;SB=-5.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,61:70:99:1703,180,0 chrX 234128 . A AT 1122.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.569;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=21.7206;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=0.817;QD=17.82;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-2.055;SB=-3.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,49:63:99:1165,103,0 chrX 236429 . A AT 2379.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=217.4517;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.12;MQ0=0;QD=26.74;RPA=4,5;RU=T;SB=-6.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,85:89:99:2422,255,0 chrX 236880 . CT C 646.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.229;DP=48;FS=3.016;HaplotypeScore=238.0047;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.41;MQ0=0;MQRankSum=0.294;QD=13.47;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.556;SB=-3.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,30:48:60:688,60,0 chrX 241733 . A ATT 2298.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=176.3432;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.00;MQ0=0;QD=22.32;RPA=11,13;RU=T;SB=-8.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,64:103:99:2341,233,0 chrX 241766 . A AT 1433.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=220.2413;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.60;MQ0=0;QD=17.70;RPA=8,9;RU=T;SB=-5.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,59:81:99:1476,177,0 chrX 247032 . A AT 1605.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=24.6130;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.31;MQ0=0;QD=25.90;RPA=3,4;RU=T;SB=-7.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,59:62:99:1648,168,0 chrX 254622 . TA T 1378.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=10.6156;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.70;MQ0=0;QD=31.34;SB=-4.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1421,123,0 chrX 265708 . C CA 609.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.428;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=30.8575;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.18;MQ0=0;MQRankSum=0.272;QD=14.52;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.973;SB=-1.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,35:42:51:652,51,0 chrX 265872 . GTTTT G 986.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.704;DP=39;FS=6.794;HaplotypeScore=66.5719;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.85;MQ0=0;MQRankSum=0.540;QD=25.31;RPA=18,14;RU=T;ReadPosRankSum=-1.621;SB=-3.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,17:39:51:1029,51,0 chrX 278038 . G GAA 804.98 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.311;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=50.0015;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.43;MQ0=0;MQRankSum=0.155;QD=11.84;RPA=12,14;RU=A;ReadPosRankSum=-2.796;SB=-3.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,19:68:25:844,0,25 chrX 278644 . G GT 1722.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=37.2488;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=19.80;RPA=8,9;RU=T;SB=-5.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,74:87:99:1765,213,0 chrX 280784 . T TC 2067.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.298;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=118.1297;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=2.736;QD=16.95;ReadPosRankSum=2.184;SB=-6.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,76:122:99:2110,144,0 chrX 289587 . TA T 24.98 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.007;DP=35;FS=2.409;HaplotypeScore=46.1367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.28;MQ0=0;MQRankSum=0.858;QD=0.71;RPA=17,16;RU=A;ReadPosRankSum=-0.485;SB=-1.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,10:35:64:64,0,203 chrX 291152 . C CA 1222.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=89.9757;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.93;MQ0=0;QD=34.94;RPA=1,2;RU=A;SB=-4.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:99:1265,105,0 chrX 293091 . A AGAAGTAGTACTG 3292 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=225.0916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.85;MQ0=0;QD=99.76;SB=-1.516e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,15:33:70:3292,70,0 chrX 293206 . GAGGAGGTAGCAT G 6066 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=93.3237;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.59;MQ0=0;QD=108.32;SB=-2.177e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,52:56:99:6066,144,0 chrX 293478 . G GGAC 778.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=241.6222;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.07;MQ0=0;QD=32.46;RPA=1,2;RU=GAC;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,16:24:51:821,51,0 chrX 294488 . T TC 1049.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=264.1203;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.37;MQ0=0;QD=35.00;SB=-4.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:87:1092,87,0 chrX 294905 . A AG 2105.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=491.1934;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.90;MQ0=0;QD=32.91;SB=-8.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,53:64:99:2148,174,0 chrX 294918 . A AT 2182.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=580.3646;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.40;MQ0=0;QD=30.75;SB=-9.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,58:71:99:2225,190,0 chrX 295081 . G GT 2244.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=262.2158;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;QD=24.40;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.062e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,82:92:99:2287,240,0 chrX 309995 . TGTA T 2718.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=26.0113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;QD=35.78;RPA=4,3;RU=GTA;SB=-9.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,61:76:99:2761,180,0 chrX 313986 . T TTGTGTG 5570 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=517.9845;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.19;MQ0=0;QD=47.20;RPA=8,11;RU=TG;SB=-1.557e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,74:118:99:5570,238,0 chrX 315657 . G GA 1553.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.398;DP=147;FS=9.562;HaplotypeScore=109.7986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=1;MQRankSum=-0.966;QD=10.57;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-2.510;SB=-7.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,63:146:99:1593,0,134 chrX 316988 . G GTA 3386 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=26.2036;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.25;MQ0=1;QD=42.86;SB=-1.434e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,75:78:99:3386,223,0 chrX 317080 . GTATATA G 7738 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=68.0188;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.21;MQ0=0;QD=48.97;RPA=9,6;RU=TA;SB=-3.623e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:52,101:158:99:7738,343,0 chrX 319847 . GA G 2083.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.475;DP=136;FS=3.365;HaplotypeScore=464.9414;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.087;QD=15.32;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.170;SB=-9.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,101:136:99:2126,278,0 chrX 322779 . C CA 1967.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=434.8180;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.48;MQ0=0;QD=27.72;RPA=2,3;RU=A;SB=-8.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,65:71:99:2010,189,0 chrX 327878 . A AT 1509.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=160.9359;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.90;MQ0=0;QD=29.04;SB=-5.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:52:99:1552,120,0 chrX 330224 . C CA 1606.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=200.0765;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.72;MQ0=0;QD=34.19;SB=-7.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,45:47:99:1649,132,0 chrX 337388 . TA T 1511.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.637;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=207.9459;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.688;QD=18.67;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.210;SB=-6.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,71:81:99:1554,193,0 chrX 338042 . AG A 2153.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=29.5084;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.93;RPA=7,6;RU=G;SB=-5.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,84:90:99:2196,231,0 chrX 339752 . GTA G 2519.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=187.7095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.84;MQ0=0;QD=26.81;RPA=5,4;RU=TA;SB=-1.153e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,69:94:99:2562,208,0 chrX 342313 . AT A 877.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=83.7608;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.02;MQ0=0;QD=24.39;RPA=4,3;RU=T;SB=-3.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,34:36:93:920,93,0 chrX 342348 . AT A 70.98 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.039;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=120.6679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.55;MQ0=0;MQRankSum=1.246;QD=1.34;RPA=23,22;RU=T;ReadPosRankSum=1.813;SB=-3.768e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,8:53:26:110,0,26 chrX 349508 . 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AAC A 229.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=227.8044;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.88;MQ0=0;QD=9.96;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,8:7:21:271,21,0 chrX 355135 . A ATG 243.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=226.3985;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.22;MQ0=0;QD=11.05;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,8:7:21:285,21,0 chrX 358212 . G GT 116.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.752;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=34.3669;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=0.752;QD=4.65;RPA=19,20;RU=T;ReadPosRankSum=-1.396;SB=-7.425e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,10:25:15:158,15,0 chrX 359824 . GAA G 766.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.965;DP=55;FS=3.632;HaplotypeScore=44.7402;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.076;QD=13.94;RPA=15,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.248;SB=-3.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,28:55:63:809,63,0 chrX 360075 . G GA 1880.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=57.5818;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.94;MQ0=0;QD=20.67;RPA=8,9;RU=A;SB=-8.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,83:91:99:1923,225,0 chrX 360911 . CT C 463.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.763;DP=42;FS=4.949;HaplotypeScore=22.4549;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.624;QD=11.05;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.901;SB=-1.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,32:42:50:506,50,0 chrX 362433 . GAAC G 2083.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=34.3492;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;QD=35.32;RPA=5,4;RU=AAC;SB=-5.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,47:59:99:2126,138,0 chrX 368507 . G GT 1557.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=21.7459;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.14;MQ0=0;QD=22.91;RPA=7,8;RU=T;SB=-5.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,62:68:99:1600,186,0 chrX 376292 . TA T 827.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.718;DP=56;FS=4.087;HaplotypeScore=91.7174;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.056;QD=14.78;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.634;SB=-3.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,43:56:98:870,98,0 chrX 378434 . AT A 1121.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=24.0412;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.43;MQ0=0;QD=16.50;RPA=6,5;RU=T;SB=-4.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,60:68:99:1164,135,0 chrX 391437 . CT C 1667.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=41.5803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.84;MQ0=0;QD=21.66;RPA=7,6;RU=T;SB=-5.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,73:77:99:1710,204,0 chrX 391631 . GA G 1372.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=156.1493;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.87;MQ0=0;QD=24.96;RPA=5,4;RU=A;SB=-6.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:55:99:1415,153,0 chrX 395708 . A AC 2559.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=27.2830;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=37.65;SB=-1.271e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:68:99:2602,202,0 chrX 396952 . CTT C 2493.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=32.0270;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.52;MQ0=0;QD=27.41;RPA=11,9;RU=T;SB=-9.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,78:91:99:2536,232,0 chrX 398933 . TA T 1779.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=171.6173;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.80;MQ0=0;QD=30.17;RPA=3,2;RU=A;SB=-8.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:59:99:1822,171,0 chrX 400241 . C CT 109.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=146.9246;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=18.18;SB=-2.987e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18:151,18,0 chrX 400245 . GA G 116.10 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;DP=7;FS=5.441;HaplotypeScore=157.4124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.742;SB=-2.888e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:12:155,0,12 chrX 404066 . ACAGCAGCAG A 5003 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=18.1768;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.36;MQ0=0;QD=79.41;RPA=8,5;RU=CAG;SB=-2.264e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,44:63:99:5003,147,0 chrX 405274 . C CA 709.98 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.668;DP=49;FS=3.873;HaplotypeScore=181.2658;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.965;QD=14.49;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.252;SB=-2.382e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,37:49:26:749,0,26 chrX 411154 . T TA 1329.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=22.6310;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.17;MQ0=0;QD=20.46;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,57:65:99:1372,162,0 chrX 414136 . T TA 2610.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=472.4076;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.70;MQ0=0;QD=23.31;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.128e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,107:112:99:2653,297,0 chrX 417192 . C CA 2254.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=37.9007;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.11;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.055e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,90:102:99:2297,243,0 chrX 419705 . G GA 1038.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.270;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=136.7643;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.218;QD=10.39;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.541;SB=-5.216e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,55:100:42:1081,42,0 chrX 424422 . CA C 732.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=16.0167;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.63;MQ0=0;QD=22.21;RPA=6,5;RU=A;SB=-2.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,32:33:87:775,87,0 chrX 424743 . GTTC G 2216.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=208.9918;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.32;MQ0=0;QD=36.34;RPA=4,3;RU=TTC;SB=-8.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,49:61:99:2259,147,0 chrX 426669 . G GACTCTCGTCATCGTAAGAACCGAC 7504 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=24.5434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.99;MQ0=0;QD=117.25;SB=-3.465e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,7:64:99:7504,132,0 chrX 436461 . T TA 633.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=140.2257;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.38;MQ0=0;QD=27.56;RPA=1,2;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,22:23:66:676,66,0 chrX 436489 . AT A 452.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=146.0749;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.65;MQ0=0;QD=14.15;RPA=10,9;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,28:32:66:495,66,0 chrX 436624 . G GT 383.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.103;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=22.0967;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.103;QD=12.39;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.261;SB=-5.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,23:31:54:426,54,0 chrX 448869 . T TAC 1021.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.056;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=194.6882;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.01;MQ0=0;MQRankSum=1.062;QD=29.20;ReadPosRankSum=-1.174;SB=-4.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,30:35:81:1064,81,0 chrX 457903 . CAAAAAAAAA C 1956.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=19.6437;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.56;MQ0=0;QD=72.48;RPA=21,12;RU=A;SB=-2.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,24:27:75:1999,75,0 chrX 458442 . G GT 1761.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=93.5696;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.37;MQ0=0;QD=21.23;RPA=7,8;RU=T;SB=-7.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,74:83:99:1804,210,0 chrX 459766 . T TA 2445.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=356.0251;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.50;MQ0=0;QD=33.05;SB=-3.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:74:99:2488,198,0 chrX 461660 . G GAA 2136.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.806;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=223.8402;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.45;MQ0=0;MQRankSum=0.115;QD=22.73;RPA=10,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.477;SB=-9.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,67:94:99:2179,149,0 chrX 462616 . TC T 2113.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=580.9649;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.52;MQ0=0;QD=28.19;RPA=4,3;RU=C;SB=-1.056e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,70:75:99:2156,201,0 chrX 462833 . C CT 1431.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=131.3868;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.54;MQ0=0;QD=26.52;RPA=1,2;RU=T;SB=-6.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:54:99:1474,148,0 chrX 464355 . 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GA G 1974.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=23.7964;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=24.08;RPA=6,5;RU=A;SB=-5.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,77:82:99:2017,228,0 chrX 497098 . AATAT A,AAT 1033.94 filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=16.2048;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.75;MQ0=0;QD=19.51;RPA=9,7,8;RU=AT;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:19,5,0:53:72:1112,899,949,171,0,72 chrX 503620 . TG T 1764.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=123.6012;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.77;MQ0=0;QD=25.58;RPA=4,3;RU=G;SB=-7.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,62:69:99:1807,183,0 chrX 517619 . C CA 2319.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=30.2582;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.96;MQ0=0;QD=26.07;RPA=4,5;RU=A;SB=-8.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,85:89:99:2362,252,0 chrX 517985 . 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TTA T 3694 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=74.1288;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.02;MQ0=0;QD=38.88;SB=-1.434e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:95:99:3694,271,0 chrX 528517 . AT A 3136.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=55.4920;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;QD=20.77;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.321e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,139:151:99:3179,406,0 chrX 529521 . C CT 758.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.388;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=456.9118;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.59;MQ0=0;MQRankSum=1.670;QD=15.81;ReadPosRankSum=1.748;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,34:48:75:801,75,0 chrX 529537 . A AT 1999.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=507.7980;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.31;MQ0=0;QD=29.41;RPA=1,2;RU=T;SB=-7.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,61:68:99:2042,177,0 chrX 529735 . GA G 761.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=68.9374;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.61;MQ0=0;QD=13.61;RPA=11,10;RU=A;SB=-3.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,40:56:99:804,107,0 chrX 538483 . AT A 1781.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=295.2353;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.06;MQ0=0;QD=30.20;RPA=3,2;RU=T;SB=-7.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,54:59:99:1824,162,0 chrX 538525 . C CT 3308 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=378.9136;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.24;MQ0=0;QD=36.35;SB=-1.371e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:91:99:3308,265,0 chrX 539490 . CAAGTTTGTGACACCTTATAATAA C 7203 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=82.9983;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.77;MQ0=0;QD=126.37;SB=-1.951e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,30:57:90:7203,90,0 chrX 539583 . TG T 3342 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=342.6039;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.32;MQ0=0;QD=31.53;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.653e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,105:106:99:3342,307,0 chrX 539699 . T TC 1750.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=198.0373;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.76;MQ0=0;QD=34.33;SB=-8.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:51:99:1793,141,0 chrX 548454 . AT A 2943.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=514.7722;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.98;MQ0=0;QD=21.18;RPA=5,4;RU=T;SB=-7.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,120:139:99:2986,336,0 chrX 548539 . CA C 1348.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.029;DP=80;FS=6.301;HaplotypeScore=218.4898;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.920;QD=16.86;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.191;SB=-3.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,58:80:99:1391,165,0 chrX 548723 . TA T 3035.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=705.0588;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.84;MQ0=0;QD=24.09;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.251e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,120:126:99:3078,318,0 chrX 550041 . TAA T 1657.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=126.6672;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.34;MQ0=0;QD=30.70;RPA=6,4;RU=A;SB=-6.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,47:54:99:1700,141,0 chrX 550151 . CTT C 1270.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.912;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=56.3422;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.619;QD=22.70;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.404;SB=-4.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,39:56:99:1313,129,0 chrX 555085 . G GA 1405.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.033;DP=124;FS=4.774;HaplotypeScore=124.3195;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.113;QD=11.34;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=1.564;SB=-6.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,77:124:63:1448,63,0 chrX 570599 . G GTTT,GTT 1510.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=128.8984;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.35;MQ0=0;QD=21.28;RPA=11,14,13;RU=T;SB=-5.244e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:33,6,28:71:97:1589,653,512,257,0,97 chrX 570786 . AAT A 1062.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=106.6181;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=22.62;SB=-4.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,45:47:99:1105,110,0 chrX 576840 . TA T 953.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=131.0994;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.11;MQ0=0;QD=27.26;RPA=2,1;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,31:35:90:996,90,0 chrX 580241 . G GCC 1865.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=88.6172;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.29;MQ0=0;QD=28.27;RPA=7,9;RU=C;SB=-6.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,10:66:99:1908,162,0 chrX 586417 . 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A AT 1757.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.962;DP=144;FS=9.551;HaplotypeScore=60.2017;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=0.493;QD=12.21;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.446;SB=-8.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,89:144:99:1800,144,0 chrX 611172 . GA G 1682.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=180.3795;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.93;MQ0=0;QD=21.58;RPA=8,7;RU=A;SB=-7.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,73:78:99:1725,213,0 chrX 613110 . AT A 1262.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=249.2859;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=23.39;RPA=8,7;RU=T;SB=-6.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,50:54:99:1305,147,0 chrX 620086 . C CT 2065.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=807.3427;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.91;MQ0=0;QD=36.89;SB=-8.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:56:99:2108,163,0 chrX 620114 . 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CT C 496.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.417;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=107.3951;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.065;QD=12.12;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.805;SB=-2.439e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,27:41:51:539,51,0 chrX 620733 . AT A 2210.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=227.1231;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.47;MQ0=0;QD=23.27;RPA=3,2;RU=T;SB=-6.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,82:95:99:2253,243,0 chrX 623111 . T TTA 1325.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=242.0496;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.49;MQ0=0;QD=22.10;RPA=5,6;RU=TA;SB=-2.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,39:60:99:1368,108,0 chrX 637007 . A AAG 1343.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=186.8207;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.42;MQ0=0;QD=20.36;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,32:66:99:1386,117,0 chrX 639256 . T TC 1652.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=255.7660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.57;MQ0=0;QD=31.79;RPA=1,2;RU=C;SB=-6.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,49:52:99:1695,144,0 chrX 639708 . ACCCCCCCCCCCCC A 1564.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=31.4246;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.11;MQ0=0;QD=97.81;RPA=19,6;RU=C;SB=-4.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,11:16:33:1607,33,0 chrX 639911 . G GC 1187.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=20.2975;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.66;MQ0=0;QD=36.00;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,32:33:93:1230,93,0 chrX 640002 . CACACACACACACACACACACA C 2816.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=231.5913;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.20;MQ0=0;QD=90.87;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,11:31:47:2859,47,0 chrX 640024 . C CT 99.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.375;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=641.7159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.875;QD=3.12;ReadPosRankSum=2.225;SB=-2.300e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,11:32:74:139,0,74 chrX 640552 . G GA 1631.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=95.2556;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.56;MQ0=0;QD=21.76;RPA=7,8;RU=A;SB=-5.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,68:75:99:1674,195,0 chrX 641702 . TAC T 3879 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=304.0989;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.70;MQ0=0;QD=31.80;RPA=7,6;RU=AC;SB=-6.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,114:122:99:3879,328,0 chrX 641890 . T TA 618.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.842;DP=50;FS=3.212;HaplotypeScore=177.6916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.20;MQ0=0;MQRankSum=0.695;QD=12.38;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-1.793;SB=-1.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,29:50:55:661,55,0 chrX 641916 . GA G 1186.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=186.1717;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.56;MQ0=0;QD=23.74;RPA=5,4;RU=A;SB=-4.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,44:50:99:1229,135,0 chrX 646562 . A AG 2617.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=558.2763;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.56;MQ0=0;QD=34.45;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.090e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,73:76:99:2660,217,0 chrX 646596 . AT A 2782.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=525.8170;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.69;MQ0=0;QD=34.36;SB=-1.234e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,79:81:99:2825,231,0 chrX 647070 . C CA 2031.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=55.2942;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.54;MQ0=0;QD=25.40;RPA=5,6;RU=A;SB=-9.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,76:80:99:2074,225,0 chrX 654284 . C CT 1810.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.481;DP=79;FS=4.409;HaplotypeScore=235.5477;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.778;QD=22.92;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=1.180;SB=-6.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,67:79:99:1853,181,0 chrX 654355 . A ATG 2143.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=420.2914;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.92;MQ0=0;QD=30.20;SB=-1.066e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,49:71:99:2186,156,0 chrX 654375 . A AG 2295.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=376.8782;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.09;MQ0=0;QD=30.61;SB=-8.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:75:99:2338,205,0 chrX 663646 . GA G 995.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.516;DP=57;FS=4.508;HaplotypeScore=53.7690;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=1.444;QD=17.47;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.144;SB=-3.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,51:57:99:1038,117,0 chrX 667224 . GTA G 540.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=93.0245;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;QD=10.21;RPA=9,8;RU=TA;SB=-1.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,17:53:54:583,54,0 chrX 672798 . CT C 876.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=164.2706;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.70;MQ0=0;QD=14.38;RPA=10,9;RU=T;SB=-4.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,43:61:99:919,122,0 chrX 677390 . TTA T 952.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=307.0619;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.21;MQ0=0;QD=14.44;RPA=8,7;RU=TA;SB=-1.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,32:66:92:995,92,0 chrX 701746 . T TCACACA,TCACACACA 6762 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=166;FS=0.000;HaplotypeScore=115.0436;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.19;MQ0=0;QD=40.73;RPA=17,20,21;RU=CA;SB=-6.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:112,18,29:166:99:6762,1710,1407,737,0,440 chrX 701895 . TA T 4204 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=393.4314;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=1;QD=28.41;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.710e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,146:145:99:4204,379,0 chrX 702817 . G GA 3210.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=124.4713;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;QD=24.51;RPA=6,7;RU=A;SB=-6.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,125:131:99:3253,369,0 chrX 702862 . A AT 2017.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.504;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=200.6428;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.811;QD=18.18;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.153;SB=-3.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,76:111:99:2060,212,0 chrX 710409 . AT A 3666 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=340.2598;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.02;MQ0=0;QD=25.82;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.598e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,132:142:99:3666,376,0 chrX 710475 . TTA T 4462 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=458.5897;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.35;MQ0=0;QD=35.13;RPA=2,1;RU=TA;SB=-9.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,110:127:99:4462,337,0 chrX 717235 . TAA T 1355.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.074;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=38.6806;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.93;MQ0=0;MQRankSum=1.320;QD=20.86;RPA=12,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.320;SB=-5.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,47:65:99:1398,126,0 chrX 718162 . TATC T 8233 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;FS=0.000;HaplotypeScore=156.2550;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.28;MQ0=0;QD=50.20;SB=-3.000e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,159:164:99:8233,464,0 chrX 718506 . T TA 2181.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.687;DP=87;FS=3.067;HaplotypeScore=508.6804;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=0.787;QD=25.08;RPA=3,4;RU=A;ReadPosRankSum=1.417;SB=-1.098e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,76:87:99:2224,203,0 chrX 718558 . G GA 2771.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=316.2991;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.28;MQ0=0;QD=33.00;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.196e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,78:84:99:2814,235,0 chrX 721655 . G GAA 1844.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=40.6493;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.11;MQ0=0;QD=23.06;RPA=10,12;RU=A;SB=-8.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,41:80:99:1887,188,0 chrX 744863 . C CA 340.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.732;DP=230;FS=84.710;HaplotypeScore=213.8898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=11.47;MQ0=107;MQRankSum=4.861;QD=1.48;ReadPosRankSum=-0.754;SB=2.626e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:194,23:43:99:380,0,841 chrX 745309 . T TTTG 2216.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.532;DP=250;DS;FS=113.602;HaplotypeScore=1056.4021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.32;MQ0=30;MQRankSum=1.863;QD=8.87;ReadPosRankSum=-0.108;SB=-6.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:197,51:182:99:2256,0,4250 chrX 745311 . T TGA 1429.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.604;DP=250;DS;FS=44.390;HaplotypeScore=1146.6895;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.45;MQ0=29;MQRankSum=3.707;QD=5.72;ReadPosRankSum=1.054;SB=-6.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:195,49:183:99:1469,0,3665 chrX 745321 . AT A 1320.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.468;DP=229;DS;FS=44.919;HaplotypeScore=964.5334;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.98;MQ0=45;MQRankSum=3.977;QD=5.77;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=1.866;SB=-6.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:170,57:142:99:1360,0,2453 chrX 745625 . GAATA G 1221.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.504;DP=63;FS=11.761;HaplotypeScore=1243.0905;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.995;QD=19.38;ReadPosRankSum=2.060;SB=-1.708e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,22:52:17:1263,17,0 chrX 745634 . TAGGGTA T 1666.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.807;DP=63;FS=6.983;HaplotypeScore=1317.2361;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.96;MQ0=0;MQRankSum=1.644;QD=26.46;ReadPosRankSum=1.711;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,22:57:99:1706,0,1379 chrX 745666 . TGGT T,TTAGGT 1222.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.706;DP=88;FS=5.472;HaplotypeScore=1597.0324;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=27.01;MQ0=2;MQRankSum=0.236;QD=13.90;ReadPosRankSum=2.760;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:52,0,0:72:99:1301,202,172,997,0,1412 chrXI 392 . CCACA C 811.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=76.4224;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.29;MQ0=5;QD=36.91;RPA=3,1;RU=CA;SB=-3.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,12:15:42:854,42,0 chrXI 457 . C CA 727.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=251.5662;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.66;MQ0=3;QD=15.83;SB=-5.100e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,41:27:63:770,63,0 chrXI 526 . C CTA 3028.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=574.2650;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.36;MQ0=3;QD=36.94;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,71:70:99:3071,205,0 chrXI 730 . A AT 612.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.982;DP=73;FS=39.124;HaplotypeScore=810.2415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.13;MQ0=3;MQRankSum=3.808;QD=8.40;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=1.371;SB=-1.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,25:35:99:652,0,136 chrXI 732 . ACC A 629.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.950;DP=66;FS=37.874;HaplotypeScore=721.7743;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.89;MQ0=3;MQRankSum=3.815;QD=9.54;RPA=3,1;RU=C;ReadPosRankSum=1.964;SB=-1.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,15:31:99:669,0,104 chrXI 736 . AC A 553.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.905;DP=63;FS=37.874;HaplotypeScore=729.3924;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.23;MQ0=3;MQRankSum=3.363;QD=8.79;ReadPosRankSum=1.738;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,10:31:99:593,0,146 chrXI 739 . A AC 419.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.981;DP=56;FS=46.617;HaplotypeScore=695.1252;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.99;MQ0=1;MQRankSum=0.875;QD=7.50;ReadPosRankSum=2.165;SB=-2.876e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,15:28:99:459,0,162 chrXI 810 . T TG 511.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.298;DP=128;FS=101.395;HaplotypeScore=1048.1449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.77;MQ0=7;MQRankSum=0.306;QD=4.00;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=3.154;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,30:92:99:551,0,1962 chrXI 1143 . T TG 374.10 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.216;DP=34;FS=23.222;HaplotypeScore=654.8748;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.64;MQ0=7;MQRankSum=1.977;QD=11.00;ReadPosRankSum=0.539;SB=-3.146e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,25:21:12:413,0,12 chrXI 1155 . TC T 920.75 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.286;DP=43;FS=26.385;HaplotypeScore=882.7100;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.95;MQ0=6;MQRankSum=1.954;QD=21.41;ReadPosRankSum=2.286;SB=-7.926e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,35:30:10:962,10,0 chrXI 1176 . A ACCC 1828.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.477;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=1248.8942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.84;MQ0=4;MQRankSum=0.031;QD=24.39;ReadPosRankSum=5.168;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,45:54:99:1868,0,598 chrXI 1181 . ACGG A 1638.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.674;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=1117.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.98;MQ0=4;MQRankSum=-0.091;QD=23.75;ReadPosRankSum=4.943;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,46:51:99:1678,0,795 chrXI 1312 . C CA 183.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.082;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=522.2567;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.16;MQ0=1;MQRankSum=1.824;QD=4.18;RPA=5,6;RU=A;ReadPosRankSum=-1.197;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,20:36:99:223,0,435 chrXI 1394 . TC T 637.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=410.3307;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.55;MQ0=0;QD=26.58;RPA=2,1;RU=C;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:23:57:680,57,0 chrXI 2676 . G GA 175.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.933;DP=26;FS=33.015;HaplotypeScore=359.9223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.81;MQ0=6;MQRankSum=1.600;QD=6.77;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=0.800;SB=-2.984e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,8:16:99:215,0,124 chrXI 2784 . A AG 350.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.246;DP=38;FS=14.287;HaplotypeScore=290.2385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.18;MQ0=1;MQRankSum=0.462;QD=9.24;ReadPosRankSum=1.077;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,13:23:99:390,0,360 chrXI 2832 . T TA 164.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.761;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=430.4763;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.43;MQ0=1;MQRankSum=1.480;QD=4.58;RPA=5,6;RU=A;ReadPosRankSum=-0.607;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,13:28:99:204,0,254 chrXI 2848 . A AC 236.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.070;DP=34;FS=3.074;HaplotypeScore=412.9482;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.07;MQ0=1;MQRankSum=0.966;QD=6.97;RPA=1,2;RU=C;ReadPosRankSum=0.498;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,12:28:99:276,0,368 chrXI 2863 . T TG 81.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.262;DP=27;FS=2.740;HaplotypeScore=319.0017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.51;MQ0=0;MQRankSum=0.041;QD=3.04;ReadPosRankSum=0.537;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,8:25:99:121,0,518 chrXI 3318 . GA G 877.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=314.0448;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.77;MQ0=0;QD=24.39;RPA=5,4;RU=A;SB=-3.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,34:36:99:920,99,0 chrXI 3343 . G GA 994.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=328.1865;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.47;MQ0=0;QD=27.64;RPA=3,4;RU=A;SB=-4.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,35:36:99:1037,105,0 chrXI 3352 . C CAA 713.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=411.3879;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.53;MQ0=0;QD=17.41;RPA=8,10;RU=A;SB=-3.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,20:41:75:756,75,0 chrXI 3477 . CA C 2345.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=56.6327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.77;MQ0=0;QD=29.70;RPA=2,1;RU=A;SB=-7.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,78:79:99:2388,211,0 chrXI 7652 . GATA G 2765.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=665.0872;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.54;MQ0=0;QD=41.28;RPA=2,1;RU=ATA;SB=-1.123e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,61:67:99:2808,183,0 chrXI 7663 . C CT 1136.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.672;DP=72;FS=10.513;HaplotypeScore=905.7455;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.33;MQ0=0;MQRankSum=0.598;QD=15.79;ReadPosRankSum=2.869;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,54:72:99:1179,120,0 chrXI 8331 . TA T 1134.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.578;DP=87;FS=9.876;HaplotypeScore=407.3874;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.954;QD=13.05;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.610;SB=-4.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,60:87:99:1177,119,0 chrXI 11931 . TA T 2219.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=267.6952;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.49;MQ0=0;QD=22.42;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.071e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,91:99:99:2262,267,0 chrXI 12693 . T TC 2322.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=468.7933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.94;MQ0=0;QD=31.39;SB=-9.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,62:74:99:2365,196,0 chrXI 13354 . A AT 3349 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=575.1476;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.78;MQ0=0;QD=38.49;SB=-1.144e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:87:99:3349,262,0 chrXI 13740 . TC T 2578.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=608.8678;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.06;MQ0=0;QD=28.03;SB=-1.229e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,89:92:99:2621,255,0 chrXI 14629 . GT G 1914.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=256.2762;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.27;MQ0=0;QD=29.92;RPA=2,1;RU=T;SB=-8.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,63:64:99:1957,174,0 chrXI 18399 . GT G 2236.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=27.9039;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;QD=21.51;RPA=8,7;RU=T;SB=-9.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,95:104:99:2279,276,0 chrXI 19282 . GATTA G 3077.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.281;DP=72;FS=5.086;HaplotypeScore=446.9677;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.63;MQ0=0;MQRankSum=0.717;QD=42.75;ReadPosRankSum=3.245;SB=-8.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,63:71:99:3120,143,0 chrXI 19287 . GGA G 1837.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.532;DP=73;FS=11.334;HaplotypeScore=595.5387;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.260;QD=25.18;ReadPosRankSum=4.665;SB=-4.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,63:72:99:1880,177,0 chrXI 19388 . CTT C 1977.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=355.1628;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.56;MQ0=0;QD=26.73;RPA=9,7;RU=T;SB=-8.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,62:74:99:2020,174,0 chrXI 19607 . GA G 1792.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=423.9166;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.96;MQ0=0;QD=30.39;RPA=2,1;RU=A;SB=-3.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,52:58:99:1835,153,0 chrXI 20173 . C CACTCAATCCAAGA 5069 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=52.9396;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.09;MQ0=0;QD=133.39;SB=-2.456e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,24:38:99:5069,111,0 chrXI 20520 . CTT C 2454.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=395.8062;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.06;MQ0=0;QD=32.73;RPA=6,4;RU=T;SB=-9.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,63:75:99:2497,202,0 chrXI 20533 . TC T 2000.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=414.2217;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.22;MQ0=0;QD=27.79;RPA=3,2;RU=C;SB=-7.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,65:72:99:2043,189,0 chrXI 21247 . A AT 1040.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.332;DP=87;FS=1.840;HaplotypeScore=480.9520;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.305;QD=11.97;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=-0.028;SB=-3.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,44:87:99:1083,124,0 chrXI 21945 . GC G 954.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=34.4532;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.17;MQ0=0;QD=23.87;RPA=7,6;RU=C;SB=-3.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,33:40:99:997,102,0 chrXI 22132 . GT G 2580.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=544.0790;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.27;MQ0=0;QD=26.88;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.204e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,92:96:99:2623,267,0 chrXI 24434 . AT A 2945.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=745.4655;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.61;MQ0=0;QD=29.46;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.207e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,95:100:99:2988,283,0 chrXI 25095 . TGGCATGGCATAC T 7164 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=142.2355;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.44;MQ0=0;QD=90.68;SB=-2.647e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,69:79:99:7164,183,0 chrXI 26591 . CATATATATATAT C 1769.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=42.1024;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.63;MQ0=0;QD=36.12;RPA=16,10;RU=AT;SB=-6.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,12:49:49:1812,49,0 chrXI 38152 . A AT 1573.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=217.3821;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.78;MQ0=0;QD=19.92;RPA=7,8;RU=T;SB=-8.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,65:79:99:1616,192,0 chrXI 38174 . GT G 2422.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=164.5357;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.94;MQ0=0;QD=32.74;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.101e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,71:74:99:2465,211,0 chrXI 38633 . GAAGA G 2746.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=30.6917;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.02;MQ0=0;QD=42.92;RPA=2,1;RU=AAGA;SB=-1.265e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,60:64:99:2789,169,0 chrXI 42394 . T TA 1127.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=180.5066;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.15;MQ0=0;QD=31.33;RPA=1,2;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:36:99:1170,99,0 chrXI 46509 . C CAA 1110.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=83.5441;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.42;MQ0=0;QD=30.03;RPA=8,10;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:37:99:1153,108,0 chrXI 46699 . AT A 27.73 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=40.1020;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.87;MQ0=0;QD=2.77;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,7:10:6:68,6,0 chrXI 66439 . T TTTC 3048.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=25.6163;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.90;MQ0=0;QD=45.51;RPA=1,2;RU=TTC;SB=-1.479e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,64:67:99:3091,187,0 chrXI 67892 . TCCGTGCTGAAAC T 1027.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=131.0215;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.62;MQ0=0;QD=64.25;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,13:16:39:1070,39,0 chrXI 68355 . GGAA G 631.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.251;DP=22;FS=12.489;HaplotypeScore=290.8228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.88;MQ0=0;MQRankSum=0.592;QD=28.73;ReadPosRankSum=2.369;SB=-4.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,14:22:30:671,0,30 chrXI 68361 . TGCGGAA T 1035.02 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.912;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=256.2440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.216;QD=47.05;ReadPosRankSum=2.986;SB=-8.900e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,14:22:16:1074,0,16 chrXI 68454 . G GCC 1668.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=199.5009;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.78;MQ0=0;QD=46.36;SB=-7.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,33:36:99:1711,105,0 chrXI 68468 . T TG 1558.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=215.4521;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.82;MQ0=0;QD=36.25;SB=-5.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1601,126,0 chrXI 74074 . G GTT 1123.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=512.6300;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.67;MQ0=0;QD=18.43;RPA=9,11;RU=T;SB=-4.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,26:61:99:1166,118,0 chrXI 74278 . GTA G 3325 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=98.4579;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.97;MQ0=0;QD=35.00;RPA=4,3;RU=TA;SB=-1.584e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,90:95:99:3325,268,0 chrXI 74516 . C CA 2164.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=577.3261;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.09;MQ0=0;QD=26.73;RPA=3,4;RU=A;SB=-6.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,77:81:99:2207,225,0 chrXI 74709 . C CT 1464.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=102.7213;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.08;MQ0=0;QD=22.20;RPA=6,7;RU=T;SB=-4.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,63:66:99:1507,171,0 chrXI 74919 . T TGCA 3092.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.817;DP=82;FS=2.149;HaplotypeScore=450.4743;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.20;MQ0=0;MQRankSum=1.313;QD=37.72;ReadPosRankSum=3.649;SB=-8.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,50:82:99:3135,125,0 chrXI 74922 . G GTA 2123.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.949;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=510.7931;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.36;MQ0=0;MQRankSum=1.019;QD=27.58;ReadPosRankSum=2.128;SB=-6.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,50:77:99:2166,188,0 chrXI 78823 . GTT G 812.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=89.6455;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.72;MQ0=0;QD=33.87;RPA=3,1;RU=T;SB=-2.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,22:24:69:855,69,0 chrXI 78838 . TA T 535.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=127.0463;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.16;MQ0=0;QD=14.89;RPA=10,9;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,34:36:75:578,75,0 chrXI 80905 . CT C 1495.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.408;DP=100;FS=6.803;HaplotypeScore=210.0331;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.91;MQ0=0;MQRankSum=0.724;QD=14.96;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.619;SB=-6.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,62:100:99:1538,194,0 chrXI 83812 . A AT 631.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=280.6667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.82;MQ0=0;QD=21.79;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,25:29:75:674,75,0 chrXI 83878 . C CA 2020.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=575.4043;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.03;MQ0=0;QD=24.95;RPA=5,6;RU=A;SB=-4.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,78:81:99:2063,231,0 chrXI 84294 . AATT A 2226.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=448.5165;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.90;MQ0=0;QD=31.81;SB=-7.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,68:65:99:2269,135,0 chrXI 92268 . G GAA 780.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.130;DP=48;FS=4.599;HaplotypeScore=441.6417;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.668;QD=16.27;RPA=3,5;RU=A;ReadPosRankSum=1.284;SB=-1.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,21:48:72:823,72,0 chrXI 92655 . A ATTT 1683.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=178.5656;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.76;MQ0=0;QD=30.07;RPA=10,13;RU=T;SB=-7.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,36:56:99:1726,129,0 chrXI 92714 . GT G 1852.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=119.6026;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.86;MQ0=0;QD=24.71;RPA=5,4;RU=T;SB=-4.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,69:75:99:1895,207,0 chrXI 93419 . C CT 913.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.081;DP=63;FS=5.017;HaplotypeScore=228.1774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.60;MQ0=0;MQRankSum=0.940;QD=14.51;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.575;SB=-2.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,48:63:44:956,44,0 chrXI 113003 . GA G 1709.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=185.5978;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.25;MQ0=0;QD=20.85;RPA=7,6;RU=A;SB=-8.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,77:82:99:1752,207,0 chrXI 114692 . T TAA 3787 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=45.0305;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.30;MQ0=4;QD=32.93;RPA=4,6;RU=A;SB=-3.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,107:109:99:3787,316,0 chrXI 115411 . TAG T 2326.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=26.0643;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.73;MQ0=0;QD=31.45;RPA=2,1;RU=AG;SB=-3.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,66:74:99:2369,184,0 chrXI 126169 . CTCTGAGTCTGAAGATGAT C 7658 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=63.9308;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.93;MQ0=0;QD=95.73;SB=-3.257e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,71:80:99:7658,212,0 chrXI 134467 . AT A 228.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.712;DP=109;FS=0.909;HaplotypeScore=123.4882;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=0.028;QD=2.10;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.701;SB=-1.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,25:109:99:268,0,886 chrXI 141600 . TA T 1789.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=172.9281;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;QD=20.11;RPA=8,7;RU=A;SB=-5.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,85:89:99:1832,227,0 chrXI 145727 . T TA 2442.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=33.2401;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.09;MQ0=0;QD=24.19;RPA=5,6;RU=A;SB=-9.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,98:101:99:2485,276,0 chrXI 146283 . CT C 1320.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=56.8162;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.10;MQ0=0;QD=22.39;RPA=7,6;RU=T;SB=-5.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,57:59:99:1363,159,0 chrXI 146380 . T TG 3090.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=215.8008;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.28;MQ0=0;QD=35.53;SB=-1.409e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,81:87:99:3133,247,0 chrXI 146919 . C CA 2012.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.271;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=636.5287;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.62;MQ0=0;MQRankSum=1.649;QD=22.62;ReadPosRankSum=1.231;SB=-7.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,37:89:99:2055,244,0 chrXI 146922 . GT G 1680.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.412;DP=81;FS=17.070;HaplotypeScore=613.7530;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.53;MQ0=0;MQRankSum=0.546;QD=20.75;ReadPosRankSum=4.093;SB=-8.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,37:81:99:1723,186,0 chrXI 147107 . AG A 1900.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=146.4080;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.81;MQ0=0;QD=26.04;SB=-6.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,47:73:99:1943,196,0 chrXI 171227 . G GA 4314 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=173;FS=0.000;HaplotypeScore=320.2879;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;QD=24.94;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.704e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,155:173:99:4314,460,0 chrXI 179184 . GA G 625.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=145.2551;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.73;MQ0=0;QD=18.97;RPA=8,7;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,30:33:81:668,81,0 chrXI 180295 . CAA C 2289.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=150.3127;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=36.35;RPA=3,1;RU=A;SB=-5.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,47:63:99:2332,180,0 chrXI 184501 . G GTAATAATAATAATAATTA 339.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8859;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;QD=16.99;SB=-1.828e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,5:20:6:380,6,0 chrXI 188972 . CA C 3482 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=499.1858;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.67;MQ0=0;QD=32.54;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.532e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,104:107:99:3482,304,0 chrXI 195054 . AT A 984.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=255.8284;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.31;MQ0=0;QD=17.28;RPA=8,7;RU=T;SB=-2.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,47:57:99:1027,126,0 chrXI 196211 . GAAAAAA G 3393 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=172.6132;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.71;MQ0=0;QD=52.20;RPA=17,11;RU=A;SB=-1.630e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,46:65:99:3393,159,0 chrXI 196848 . TTTGCAG T 3211.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=59.6546;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.15;MQ0=0;QD=49.41;RPA=3,2;RU=TTGCAG;SB=-1.577e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,46:65:99:3254,132,0 chrXI 203074 . C CATT 2059.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=179.8902;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.13;MQ0=0;QD=50.24;SB=-7.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,36:41:99:2102,111,0 chrXI 203124 . C CA 1261.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.329;DP=57;FS=3.078;HaplotypeScore=373.4191;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.07;MQ0=0;MQRankSum=2.074;QD=22.14;ReadPosRankSum=1.747;SB=-6.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,47:57:99:1304,147,0 chrXI 203127 . T TC 1104.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.153;DP=61;FS=19.042;HaplotypeScore=376.5297;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.223;QD=18.11;ReadPosRankSum=3.879;SB=-4.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,47:61:59:1147,59,0 chrXI 213285 . G GC 2484.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=457.5017;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.49;MQ0=0;QD=30.30;RPA=1,2;RU=C;SB=-1.181e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,77:82:99:2527,226,0 chrXI 213587 . T TC 1814.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=425.6818;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.88;MQ0=0;QD=27.92;RPA=5,6;RU=C;SB=-6.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:65:99:1857,186,0 chrXI 217107 . GA G 429.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.513;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=66.7752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.669;QD=6.72;RPA=16,15;RU=A;ReadPosRankSum=1.426;SB=-1.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,23:63:49:469,0,49 chrXI 230043 . GA G 2100.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=35.7730;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.59;MQ0=0;QD=19.64;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.058e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,104:107:99:2143,269,0 chrXI 234032 . C CA 595.99 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.525;DP=45;FS=1.905;HaplotypeScore=66.2959;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=0.448;QD=13.24;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.175;SB=-2.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,32:45:20:635,0,20 chrXI 234086 . AT A 887.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=134.6415;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=19.30;RPA=10,9;RU=T;SB=-3.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,41:46:99:930,120,0 chrXI 234157 . A AT 810.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.272;DP=52;FS=5.616;HaplotypeScore=92.5514;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=1.906;QD=15.60;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.091;SB=-1.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,42:52:77:853,77,0 chrXI 247692 . C CTTGTT 3937 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=123.6194;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.96;MQ0=0;QD=65.62;SB=-1.907e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,54:60:99:3937,163,0 chrXI 247954 . TA T 1305.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=269.1086;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.05;MQ0=0;QD=25.61;SB=-5.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,44:51:99:1348,115,0 chrXI 248274 . C CAA 1813.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=138.1814;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.06;MQ0=0;QD=38.59;RPA=2,4;RU=A;SB=-4.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,45:47:99:1856,138,0 chrXI 248806 . T TA 2945.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=58.6433;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.53;MQ0=0;QD=24.97;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.321e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,112:118:99:2988,333,0 chrXI 256541 . T TA 3735 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=579.2868;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.82;MQ0=1;QD=30.87;SB=-1.405e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,113:120:99:3735,322,0 chrXI 258411 . C CT 1702.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=32.3041;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.87;MQ0=0;QD=20.52;RPA=7,8;RU=T;SB=-7.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,70:83:99:1745,207,0 chrXI 260061 . C CT 2258.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=302.0535;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.70;MQ0=0;QD=27.55;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.135e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,78:82:99:2301,222,0 chrXI 261949 . A ATATT 5249 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=42.5893;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.38;MQ0=1;QD=47.72;RPA=1,2;RU=TATT;SB=-1.917e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,90:109:99:5249,280,0 chrXI 262158 . AGTT A 2975.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=144.1005;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.41;MQ0=0;QD=40.22;RPA=2,1;RU=GTT;SB=-1.324e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,67:74:99:3018,186,0 chrXI 266089 . TA T 716.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.520;DP=54;FS=14.449;HaplotypeScore=42.3778;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.272;QD=13.28;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.465;SB=-8.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,37:54:80:759,80,0 chrXI 270911 . 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G GCAATGA 5505 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=29.2962;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.54;MQ0=0;QD=69.68;RPA=1,2;RU=CAATGA;SB=-2.357e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,67:79:99:5505,211,0 chrXI 277040 . A ATT 2553.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.195;DP=174;FS=5.212;HaplotypeScore=311.4247;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.883;QD=14.68;RPA=14,16;RU=T;ReadPosRankSum=-1.166;SB=-1.025e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:114,40:170:99:2596,251,0 chrXI 277968 . C CT 2121.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=29.2168;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.75;MQ0=0;QD=23.84;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.045e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,85:89:99:2164,243,0 chrXI 278242 . GA G 2928.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=1045.9591;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.28;MQ0=0;QD=21.38;RPA=10,9;RU=A;SB=-1.072e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,125:136:99:2971,365,0 chrXI 278266 . T TAAA 6076 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=781.4406;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.33;MQ0=0;QD=39.20;RPA=7,10;RU=A;SB=-1.687e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,130:154:99:6076,429,0 chrXI 278806 . G GC 2417.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=566.0551;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.07;MQ0=0;QD=36.09;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:66:99:2460,193,0 chrXI 279085 . GA G 2763.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=606.5662;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.49;MQ0=0;QD=22.29;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.272e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,114:124:99:2806,341,0 chrXI 280162 . GAA G 2177.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=283.2337;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.34;MQ0=0;QD=19.27;RPA=15,13;RU=A;SB=-7.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,62:113:99:2220,227,0 chrXI 280388 . G GTGATGA 6249 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=39.0120;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.88;MQ0=0;QD=63.12;RPA=2,4;RU=TGA;SB=-9.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,88:99:99:6249,268,0 chrXI 280468 . T TA 546.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.470;DP=57;FS=2.722;HaplotypeScore=73.1043;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.783;QD=9.60;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.658;SB=-2.112e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,35:57:29:589,29,0 chrXI 280940 . GATAT G 484.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=50.8113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.09;MQ0=0;QD=14.26;RPA=9,7;RU=AT;SB=-1.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,9:34:30:527,30,0 chrXI 280982 . CAT C 1168.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=138.1996;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.81;MQ0=0;QD=31.59;RPA=6,5;RU=AT;SB=-2.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,35:37:99:1211,102,0 chrXI 284617 . TTA T 666.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=63.5425;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.76;MQ0=0;QD=13.08;RPA=7,6;RU=TA;SB=-2.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,24:51:63:709,63,0 chrXI 286247 . G GT 546.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=17.2360;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.18;MQ0=0;QD=15.19;RPA=10,11;RU=T;SB=-2.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,26:36:75:589,75,0 chrXI 286448 . TAAA T 922.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=37.0994;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.49;MQ0=0;QD=24.29;RPA=15,12;RU=A;SB=-7.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,25:38:72:965,72,0 chrXI 302194 . G GAGTTTCTGATCCTCACTAA 8235 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=52;FS=3.405;HaplotypeScore=26.4267;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.13;MQ0=0;MQRankSum=0.829;QD=158.37;ReadPosRankSum=1.431;SB=-3.967e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,26:52:99:8235,124,0 chrXI 308786 . TGCACC T 5820 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=170.1764;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.98;MQ0=0;QD=67.67;RPA=2,1;RU=GCACC;SB=-1.668e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,83:86:99:5820,250,0 chrXI 308929 . G GA 1019.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=63.2986;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=16.45;RPA=9,10;RU=A;SB=-5.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,34:62:99:1062,140,0 chrXI 309621 . A AT 2145.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=42.7078;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.84;MQ0=0;QD=21.04;RPA=8,9;RU=T;SB=-1.085e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,92:102:99:2188,267,0 chrXI 309693 . GTT G 2367.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.180;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=172.9724;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.73;MQ0=0;MQRankSum=1.095;QD=22.55;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.904;SB=-8.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,74:105:99:2410,187,0 chrXI 310035 . GA G 1385.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=29.2735;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.95;MQ0=0;QD=16.50;RPA=10,9;RU=A;SB=-3.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,67:84:99:1428,185,0 chrXI 310563 . T TTAATAACAA 4515 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=165.7947;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.97;MQ0=0;QD=70.55;SB=-1.803e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,56:64:99:4515,156,0 chrXI 313387 . G GAAA 1145.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=189.2766;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.81;MQ0=0;QD=44.08;SB=-5.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:72:1188,72,0 chrXI 314774 . CT C 1985.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=390.9210;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.22;MQ0=0;QD=29.64;RPA=3,2;RU=T;SB=-8.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,64:67:99:2028,186,0 chrXI 315394 . TA T 2050.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=38.5909;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;QD=18.82;RPA=8,7;RU=A;SB=-9.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,100:109:99:2093,257,0 chrXI 315610 . T TC 2269.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=241.8936;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.93;MQ0=0;QD=33.38;RPA=1,2;RU=C;SB=-7.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:68:99:2312,199,0 chrXI 316240 . CTT C 1629.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=696.2215;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.10;MQ0=0;QD=31.35;RPA=10,8;RU=T;SB=-6.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,48:52:99:1672,144,0 chrXI 316288 . A AAAT 2883.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=1179.9330;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.54;MQ0=0;QD=33.15;SB=-1.455e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,66:87:99:2926,216,0 chrXI 316294 . AAG A 2697.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.280;DP=88;FS=5.966;HaplotypeScore=1186.1852;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.62;MQ0=1;MQRankSum=1.120;QD=30.66;ReadPosRankSum=2.508;SB=-1.253e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,74:87:99:2740,174,0 chrXI 316401 . TA T 2216.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=339.9983;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=30.79;RPA=2,1;RU=A;SB=-5.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,66:72:99:2259,199,0 chrXI 317063 . T TTG 2315.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=140.4688;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.28;MQ0=0;QD=46.32;SB=-1.170e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,47:50:99:2358,144,0 chrXI 317104 . G GA 1672.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=247.0532;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.22;MQ0=0;QD=24.60;RPA=3,4;RU=A;SB=-8.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,63:68:99:1715,174,0 chrXI 320823 . GTTT G 505.22 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.588;DP=84;FS=1.697;HaplotypeScore=61.7722;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.91;MQ0=0;MQRankSum=-1.632;QD=6.01;RPA=20,17;RU=T;ReadPosRankSum=1.588;SB=-2.942e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,15:84:17:544,0,17 chrXI 320926 . C CA 2274.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=30.5540;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.62;MQ0=0;QD=24.20;RPA=3,4;RU=A;SB=-8.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,89:94:99:2317,237,0 chrXI 321765 . ACTGCACAGCTTGCTATCCCG A 8915 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=174.8018;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.45;MQ0=0;QD=115.78;RPA=2,1;RU=CTGCACAGCTTGCTATCCCG;SB=-4.096e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,43:77:99:8915,129,0 chrXI 323140 . G GAATTATA 6888 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=158.9367;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.10;MQ0=0;QD=77.39;SB=-2.901e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,72:87:99:6888,232,0 chrXI 325448 . ATT A 1716.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=18.9949;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.19;MQ0=0;QD=33.02;RPA=6,4;RU=T;SB=-6.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,48:52:99:1759,144,0 chrXI 327725 . A ATT 1093.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=106.2596;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.24;MQ0=0;QD=16.58;RPA=12,14;RU=T;SB=-3.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,38:66:99:1136,118,0 chrXI 335103 . G GAA 357.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.919;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=62.5945;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=0.510;QD=8.93;RPA=16,18;RU=A;ReadPosRankSum=-0.510;SB=-9.632e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,10:40:19:399,19,0 chrXI 335138 . A AT 538.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=260.4087;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;QD=15.85;SB=-3.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,20:34:57:581,57,0 chrXI 335175 . AGTTTT A 2481.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=124.0518;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.34;MQ0=0;QD=63.64;RPA=2,1;RU=GTTTT;SB=-1.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,38:39:99:2524,114,0 chrXI 336362 . GTA G 4728 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;FS=0.000;HaplotypeScore=63.7657;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.33;MQ0=3;QD=28.65;RPA=6,5;RU=TA;SB=-2.117e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,131:161:99:4728,406,0 chrXI 336454 . AGTG A 8580 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=209;FS=0.000;HaplotypeScore=275.0119;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.02;MQ0=2;QD=41.05;SB=-3.645e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,194:206:99:8580,518,0 chrXI 337509 . TTGTGGTTGC T 3640 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.412;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=548.6825;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.852;QD=49.86;ReadPosRankSum=-0.192;SB=-9.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,26:73:99:3640,170,0 chrXI 337570 . TGCTGTG T 2777.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.263;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=802.7779;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.84;MQ0=0;MQRankSum=1.380;QD=42.09;ReadPosRankSum=0.382;SB=-8.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,50:66:99:2820,120,0 chrXI 338912 . G GTGAATATGT 9974 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=233.5300;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.26;MQ0=0;QD=101.78;SB=-2.591e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,78:98:99:9974,274,0 chrXI 340682 . AACGGAAAAGAACGGAAAC A 2404.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.171;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=72.9320;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.609;QD=51.17;ReadPosRankSum=1.264;SB=-6.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,37:45:76:2447,76,0 chrXI 341027 . G GAA 979.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=35.8255;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.98;MQ0=0;QD=17.19;RPA=11,13;RU=A;SB=-4.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,32:57:98:1022,98,0 chrXI 342593 . C CT 496.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.337;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=33.5484;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=1.560;QD=14.62;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.297;SB=-1.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,25:34:33:539,33,0 chrXI 342782 . C CA 1223.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=217.5745;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;QD=27.20;RPA=4,5;RU=A;SB=-8.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1266,135,0 chrXI 347097 . C CTA 2143.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=35.0532;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.67;MQ0=1;QD=23.30;RPA=5,6;RU=TA;SB=-1.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,71:91:99:2186,183,0 chrXI 349221 . CG C 2330.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=453.6820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.32;MQ0=0;QD=24.54;RPA=6,5;RU=G;SB=-1.136e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,81:95:99:2373,243,0 chrXI 355182 . GA G 1106.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=206.0920;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.76;MQ0=0;QD=15.16;RPA=15,14;RU=A;SB=-4.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,58:73:99:1149,158,0 chrXI 355247 . CG C 1166.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=106.9017;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=34.32;SB=-5.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:96:1209,96,0 chrXI 355272 . A AT 980.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=104.9566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=22.29;RPA=6,7;RU=T;SB=-2.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,39:44:99:1023,120,0 chrXI 355968 . G GCA 1729.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=101.5641;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.42;MQ0=0;QD=38.44;SB=-8.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,35:45:99:1772,120,0 chrXI 356100 . C CAACCG 5049 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=436.4686;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.81;MQ0=0;QD=64.73;SB=-6.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,66:78:99:5049,211,0 chrXI 356150 . G GT 1587.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=654.7327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.45;MQ0=0;QD=18.46;RPA=7,8;RU=T;SB=-4.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,66:86:99:1630,192,0 chrXI 356653 . C CTCT 2986.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=26.3885;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.70;MQ0=0;QD=37.81;RPA=2,3;RU=TCT;SB=-1.181e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,68:79:99:3029,187,0 chrXI 357984 . TA T 2111.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.470;DP=108;FS=3.081;HaplotypeScore=294.3284;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=1.746;QD=19.56;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.314;SB=-5.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,98:108:99:2154,245,0 chrXI 358427 . AC A 1189.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=102.0406;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.56;MQ0=0;QD=24.79;RPA=2,1;RU=C;SB=-4.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,37:48:99:1232,118,0 chrXI 358455 . CTT C 1010.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=125.0394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.45;MQ0=0;QD=25.92;RPA=12,10;RU=T;SB=-3.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,32:39:99:1053,99,0 chrXI 359572 . T TA 2002.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=29.5665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.18;MQ0=0;QD=22.51;RPA=5,6;RU=A;SB=-9.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,79:89:99:2045,228,0 chrXI 362447 . T TAGGAG 4782 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=29.2685;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.68;MQ0=0;QD=60.53;SB=-1.723e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,59:79:99:4782,208,0 chrXI 364329 . GAATATA G 1613.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=67.5917;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.19;MQ0=0;QD=27.36;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,44:59:93:1656,93,0 chrXI 364491 . GT G 284.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.059;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=144.7100;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.99;MQ0=0;MQRankSum=1.793;QD=9.48;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.528;SB=-1.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,17:30:12:326,12,0 chrXI 371457 . G GT 1454.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.428;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=274.9854;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.960;QD=16.53;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.371;SB=-4.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,69:88:99:1497,107,0 chrXI 378945 . CAT C 840.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=21.4838;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.30;MQ0=1;QD=15.02;RPA=8,7;RU=AT;SB=-3.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,29:55:81:883,81,0 chrXI 381504 . ACTGTTGTTGTTGTTGTTG A 10121 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=35.3198;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.51;MQ0=0;QD=133.17;SB=-3.611e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,56:76:99:10121,172,0 chrXI 382677 . G GT 532.99 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.087;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=19.6462;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.052;QD=12.40;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.052;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,33:43:21:572,0,21 chrXI 385574 . GTAA G 2468.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=202.6503;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.05;MQ0=0;QD=38.58;RPA=2,1;RU=TAA;SB=-9.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,56:64:99:2511,162,0 chrXI 386888 . GGAGGAAGAAGAAGAAGAGGAT G 6059 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.679;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=25.8716;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.72;MQ0=0;MQRankSum=0.506;QD=72.13;ReadPosRankSum=1.679;SB=-2.342e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,73:84:99:6059,190,0 chrXI 387173 . T TGAC 2378.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.335;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=228.7112;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.562;QD=33.04;ReadPosRankSum=0.312;SB=-6.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,34:72:99:2421,173,0 chrXI 387325 . G GA 736.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.096;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=85.9978;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.17;MQ0=0;MQRankSum=0.096;QD=11.34;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.541;SB=-1.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,36:65:74:779,74,0 chrXI 387380 . A AAGCGG 2480.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=48.7409;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.04;MQ0=0;QD=52.79;RPA=1,2;RU=AGCGG;SB=-6.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,36:46:99:2523,114,0 chrXI 387545 . C CA 1838.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=23.3452;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;QD=28.29;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,61:65:99:1881,189,0 chrXI 389108 . GA G 1094.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=740.9069;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=18.56;RPA=5,4;RU=A;SB=-4.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,43:59:99:1137,123,0 chrXI 389144 . ATTG A 1866.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.245;DP=109;FS=2.791;HaplotypeScore=820.8227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.815;QD=17.13;ReadPosRankSum=3.888;SB=-8.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,42:108:99:1906,0,2531 chrXI 389153 . T TAA 1593.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.929;DP=113;FS=1.583;HaplotypeScore=885.0356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.641;QD=14.11;ReadPosRankSum=4.075;SB=-6.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,41:112:99:1633,0,2941 chrXI 389243 . GA G 1542.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=214.5133;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.02;MQ0=0;QD=21.43;RPA=6,5;RU=A;SB=-7.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,64:72:99:1585,180,0 chrXI 393512 . GA G 2177.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=28.4919;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=22.22;RPA=7,6;RU=A;SB=-9.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,95:98:99:2220,261,0 chrXI 407997 . C CA 1089.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=22.7116;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=20.96;RPA=5,6;RU=A;SB=-3.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,49:52:99:1132,129,0 chrXI 427028 . AG A 3624 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=37.8453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.00;MQ0=0;QD=32.36;SB=-1.379e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,104:112:99:3624,307,0 chrXI 427235 . G GA 2607.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=226.4408;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;QD=28.66;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.075e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,82:91:99:2650,258,0 chrXI 427266 . GT G 2197.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=180.8306;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.82;MQ0=0;QD=29.70;RPA=2,1;RU=T;SB=-6.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,66:74:99:2240,196,0 chrXI 428783 . G GA 200.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=17.5489;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.92;MQ0=0;QD=12.56;RPA=11,12;RU=A;SB=-4.599e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,12:16:35:243,35,0 chrXI 431308 . ATTTAAAATTGAAGCT A 5343 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=20.3182;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.89;MQ0=0;QD=82.20;RPA=2,1;RU=TTTAAAATTGAAGCT;SB=-2.118e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,29:65:99:5343,117,0 chrXI 431507 . A AT 2646.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=276.4665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.89;MQ0=0;QD=24.51;RPA=5,6;RU=T;SB=-9.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,101:108:99:2689,303,0 chrXI 432178 . TAC T 1906.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=40.1506;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.90;MQ0=0;QD=32.88;RPA=2,1;RU=AC;SB=-1.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,49:57:99:1949,141,0 chrXI 432365 . GA G 875.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=13.3748;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.79;MQ0=0;QD=25.03;RPA=6,5;RU=A;SB=-4.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:99:918,105,0 chrXI 432846 . GAAA G 2016.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=176.7344;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.58;MQ0=0;QD=31.03;RPA=11,8;RU=A;SB=-4.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,50:63:99:2059,144,0 chrXI 439992 . AC A 1279.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.299;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=443.6178;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.54;MQ0=0;MQRankSum=0.433;QD=24.15;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=1.588;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:53:99:1322,136,0 chrXI 445005 . C CT 2478.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.028;DP=135;FS=1.700;HaplotypeScore=52.4573;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.01;MQ0=0;MQRankSum=0.056;QD=18.36;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.437;SB=-1.197e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,110:135:99:2521,214,0 chrXI 446769 . G GT 1634.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=34.1821;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.23;MQ0=0;QD=19.70;RPA=7,8;RU=T;SB=-6.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,70:83:99:1677,201,0 chrXI 448269 . A AT 2963.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=427.6442;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.22;MQ0=0;QD=30.56;SB=-1.322e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,81:97:99:3006,253,0 chrXI 448283 . T TG 2601.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=486.7718;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.38;MQ0=0;QD=31.73;RPA=1,2;RU=G;SB=-8.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,77:82:99:2644,229,0 chrXI 450308 . TA T 2545.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.364;DP=137;FS=2.628;HaplotypeScore=46.1868;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.430;QD=18.58;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.017;SB=-5.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,118:137:99:2588,291,0 chrXI 451568 . GGAACAC G 5506 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=38.1792;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.42;MQ0=0;QD=64.78;RPA=2,1;RU=GAACAC;SB=-2.248e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,76:85:99:5506,226,0 chrXI 454128 . A ACC 4586 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=41.5599;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.41;MQ0=0;QD=42.07;RPA=1,3;RU=C;SB=-1.045e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,103:109:99:4586,313,0 chrXI 458138 . A ATAAAG 3189.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=668.4586;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.17;MQ0=0;QD=50.63;SB=-1.154e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,16:62:99:3232,150,0 chrXI 458672 . A ATT 2957.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=179.9933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.83;MQ0=0;QD=31.14;RPA=4,6;RU=T;SB=-5.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,88:95:99:3000,250,0 chrXI 463841 . AT A 1055.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.525;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=250.2643;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.37;MQ0=0;MQRankSum=0.721;QD=14.27;ReadPosRankSum=3.497;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,52:74:99:1098,103,0 chrXI 463843 . AT A 1152.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.405;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=239.8158;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.145;QD=18.01;ReadPosRankSum=2.932;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,52:64:99:1195,127,0 chrXI 469378 . G GA 5827 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=245;FS=0.000;HaplotypeScore=327.3182;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.78;RPA=6,7;RU=A;SB=-2.121e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,230:245:99:5827,675,0 chrXI 473688 . T TA 1483.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.516;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=243.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.054;QD=20.05;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.920;SB=-7.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,69:74:99:1526,168,0 chrXI 476160 . TTA T 1441.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=17.3195;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.10;MQ0=0;QD=20.60;RPA=6,5;RU=TA;SB=-3.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,49:70:99:1484,126,0 chrXI 489841 . T TA 1342.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.885;DP=112;FS=1.496;HaplotypeScore=98.5398;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.749;QD=11.99;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=0.426;SB=-6.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,62:112:99:1385,109,0 chrXI 506763 . T TGCGTTC 6217 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=24.4262;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.81;MQ0=0;QD=87.56;SB=-4.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:71:99:6217,214,0 chrXI 509743 . A AATATGC 5366 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=208.6225;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.94;MQ0=0;QD=69.69;SB=-2.653e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,68:77:99:5366,202,0 chrXI 510691 . G GT 1233.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.119;DP=71;FS=3.485;HaplotypeScore=154.5642;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.67;MQ0=0;MQRankSum=0.657;QD=17.38;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.896;SB=-5.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,50:71:99:1276,150,0 chrXI 510708 . A AT 1051.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.776;DP=78;FS=1.891;HaplotypeScore=238.1497;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=0.042;QD=13.49;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.086;SB=-4.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,56:78:54:1094,54,0 chrXI 523646 . T TTGTTGTTGTTGC 5338 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=24.8388;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.02;MQ0=0;QD=87.51;SB=-2.326e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,49:61:99:5338,156,0 chrXI 532541 . GA G 2281.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=199.0034;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.77;MQ0=0;QD=23.05;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.024e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,93:99:99:2324,269,0 chrXI 533638 . GC G 3978 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=47.0901;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;QD=35.20;SB=-1.121e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:113:99:3978,328,0 chrXI 549470 . CT C 1727.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=404.7064;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.64;MQ0=0;QD=18.99;RPA=9,8;RU=T;SB=-8.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,81:91:99:1770,221,0 chrXI 551805 . GA G 2685.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=309.5430;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=26.86;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.347e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,96:100:99:2728,279,0 chrXI 556431 . GA G 232.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.522;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=95.9776;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.224;QD=12.26;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.075;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,15:19:3:272,3,0 chrXI 565205 . A AT 4131 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=44.8466;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.13;MQ0=0;QD=29.51;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.778e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,138:140:99:4131,391,0 chrXI 566099 . 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GA G 1276.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.674;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=106.3435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.558;QD=15.96;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.380;SB=-5.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,63:80:99:1319,155,0 chrXI 571473 . C CA 690.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=14.0010;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.83;MQ0=0;QD=18.18;RPA=7,8;RU=A;SB=-7.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,34:38:90:733,90,0 chrXI 571562 . TA T 1636.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=245.7079;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.22;MQ0=0;QD=23.72;RPA=7,6;RU=A;SB=-2.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,66:69:99:1679,198,0 chrXI 574798 . TA T 2118.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=31.6075;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.83;MQ0=0;QD=19.44;RPA=7,6;RU=A;SB=-9.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,97:109:99:2161,258,0 chrXI 576163 . GA G 1474.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=186.4142;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.75;MQ0=0;QD=22.35;RPA=5,4;RU=A;SB=-3.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,56:66:99:1517,165,0 chrXI 576172 . GA G 1712.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=165.7453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.61;MQ0=0;QD=28.08;RPA=3,2;RU=A;SB=-3.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,54:61:99:1755,162,0 chrXI 576492 . ATCGTCGTCG A 1030.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=201.5099;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=13.75;RPA=13,10;RU=TCG;SB=-5.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,35:75:99:1073,102,0 chrXI 579065 . TTA T 2391.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=71.4632;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.37;MQ0=0;QD=40.54;SB=-7.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,56:57:99:2434,156,0 chrXI 580882 . CA C 509.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=15.8431;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=21.25;SB=-3.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:24:51:552,51,0 chrXI 581277 . TA T 340.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3924;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=14.82;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,21:23:48:383,48,0 chrXI 589673 . A AT 682.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=82.0263;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;QD=18.97;RPA=7,8;RU=T;SB=-3.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,30:36:87:725,87,0 chrXI 612405 . T TA 508.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.367;DP=55;FS=3.113;HaplotypeScore=62.1542;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=0.367;QD=9.25;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.702;SB=-1.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,33:55:25:551,25,0 chrXI 613087 . C CAGA 2388.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=24.0562;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.80;MQ0=0;QD=34.62;RPA=2,3;RU=AGA;SB=-9.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,56:69:99:2431,150,0 chrXI 613313 . AGAATCTGATTCG A 2343.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=107.8125;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.96;MQ0=0;QD=63.35;SB=-8.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:99:2386,102,0 chrXI 613691 . ACTGCTGCTGCTG A 1400.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=47.0801;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.71;MQ0=0;QD=58.37;RPA=11,7;RU=CTG;SB=-5.169e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,9:24:33:1443,33,0 chrXI 613799 . A AGAG 1224.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=16.4063;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.98;MQ0=0;QD=32.24;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,32:38:87:1267,87,0 chrXI 613990 . G GAAA 947.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=90.6751;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.91;MQ0=0;QD=17.55;RPA=12,15;RU=A;SB=-3.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,20:54:93:990,93,0 chrXI 614735 . CT C 990.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=16.7544;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.47;MQ0=0;QD=23.05;RPA=6,5;RU=T;SB=-4.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,40:43:99:1033,117,0 chrXI 615683 . AT A 1327.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.279;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=23.7955;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.91;MQ0=0;MQRankSum=-1.062;QD=15.81;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.782;SB=-1.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,67:84:99:1370,162,0 chrXI 618466 . AT A 1451.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=124.6505;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;QD=21.35;RPA=6,5;RU=T;SB=-6.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,63:68:99:1494,171,0 chrXI 618691 . T TA 2741.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=30.2344;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;QD=30.13;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.252e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,85:91:99:2784,235,0 chrXI 618946 . GAA G 1235.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=137.5651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.03;MQ0=0;QD=19.62;RPA=14,12;RU=A;SB=-5.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,39:63:99:1278,128,0 chrXI 625529 . T TACA 4136 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=27.0710;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.37;MQ0=0;QD=47.00;RPA=2,3;RU=ACA;SB=-1.994e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,86:88:99:4136,256,0 chrXI 626218 . C CCA 4648 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=38.4345;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.11;MQ0=0;QD=42.25;SB=-1.885e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,108:109:99:4648,319,0 chrXI 626626 . G GTTT,GTTTT 1420.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=26.4125;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.51;MQ0=0;QD=24.50;RPA=10,13,14;RU=T;SB=-6.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:21,18,8:57:77:1499,174,77,537,0,486 chrXI 626765 . C CA 1644.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=15.3645;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.03;MQ0=0;QD=32.90;SB=-6.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:50:99:1687,138,0 chrXI 627495 . G GACAACA 7345 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.904;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=648.7390;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.13;MQ0=0;MQRankSum=1.272;QD=58.29;RPA=5,7;RU=ACA;ReadPosRankSum=-1.701;SB=-3.400e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,106:126:99:7345,282,0 chrXI 632883 . T TAC 2240.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=890.3945;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.87;MQ0=0;QD=37.35;SB=-9.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,52:60:99:2283,157,0 chrXI 632919 . GC G 2960.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=1060.0809;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.19;MQ0=0;QD=34.43;SB=-1.107e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,77:86:99:3003,244,0 chrXI 638298 . C CG 4405 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=65.5996;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.54;MQ0=0;QD=31.92;RPA=1,2;RU=G;SB=-7.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,133:138:99:4405,391,0 chrXI 639998 . C CAA 939.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.578;DP=53;FS=5.027;HaplotypeScore=30.1797;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.377;QD=17.74;RPA=10,12;RU=A;ReadPosRankSum=-1.288;SB=-2.859e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,32:53:80:982,80,0 chrXI 646424 . AG A 2209.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=40.6709;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=33.48;RPA=2,1;RU=G;SB=-9.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,65:66:99:2252,193,0 chrXI 658095 . C CAAAAA 1984.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=220.7476;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.17;MQ0=0;QD=34.82;RPA=10,15;RU=A;SB=-1.003e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,32:57:99:2027,123,0 chrXI 661186 . AT A 797.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=226.2577;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.51;MQ0=11;QD=15.35;RPA=9,8;RU=T;SB=-2.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,48:41:99:840,105,0 chrXI 661242 . A AG 315.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=121.9109;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.14;MQ0=6;QD=13.17;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,15:17:36:358,36,0 chrXI 663347 . CA C 1088.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=188.9608;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.82;MQ0=0;QD=19.80;RPA=5,4;RU=A;SB=-2.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,54:43:99:1131,120,0 chrXI 663640 . A AG 372.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=128.7793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.45;MQ0=5;QD=12.86;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,20:16:42:415,42,0 chrXI 664001 . TTGC T 574.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=32.6425;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.47;MQ0=3;QD=17.42;RPA=2,1;RU=TGC;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,31:13:36:617,36,0 chrXI 664126 . AC A 191.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=37.9229;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.36;MQ0=4;QD=14.69;RPA=2,1;RU=C;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,12:7:21:233,21,0 chrXI 664634 . G GATA 3045.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=872.2380;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.12;MQ0=21;QD=31.40;RPA=1,2;RU=ATA;SB=-9.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,69:72:99:3088,198,0 chrXI 665429 . G GGATA 1472.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=160.6835;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.48;MQ0=1;QD=39.81;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,28:27:69:1515,69,0 chrXI 666203 . A AG 732.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.258;DP=81;FS=62.187;HaplotypeScore=537.8885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.27;MQ0=3;MQRankSum=-0.618;QD=9.05;ReadPosRankSum=1.924;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,43:57:99:772,0,939 chrXI 666237 . AG A 424.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.258;DP=96;FS=103.760;HaplotypeScore=642.1002;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.80;MQ0=13;MQRankSum=-0.307;QD=4.43;ReadPosRankSum=-3.899;SB=0.134 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,43:60:99:464,0,1202 chrXI 666324 . A AG 205.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.434;DP=81;FS=16.394;HaplotypeScore=1129.7080;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.35;MQ0=2;MQRankSum=-1.388;QD=2.54;ReadPosRankSum=2.815;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,15:67:99:245,0,1276 chrXI 666379 . C CA 794.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=378.7950;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.85;MQ0=1;QD=24.84;RPA=1,2;RU=A;SB=-2.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,29:27:72:837,72,0 chrXI 666448 . G GGTA 900.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.181;DP=71;FS=1.440;HaplotypeScore=406.7441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.14;MQ0=0;MQRankSum=1.373;QD=12.69;ReadPosRankSum=-0.777;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,19:50:99:940,0,1008 chrXI 666541 . A AG 484.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.019;DP=91;FS=21.671;HaplotypeScore=823.2839;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.15;MQ0=0;MQRankSum=2.574;QD=5.33;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=3.971;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,24:70:99:524,0,905 chrXI 666556 . GT G 589.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=806.1815;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.60;MQ0=0;QD=10.73;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,21:44:86:632,86,0 chrXI 666557 . TG T 821.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.809;DP=49;FS=5.740;HaplotypeScore=765.6928;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.617;QD=16.77;ReadPosRankSum=1.617;SB=-7.300e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,22:40:65:864,65,0 chrXI 666625 . G GGT 148.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.752;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=357.4394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.20;MQ0=2;MQRankSum=1.164;QD=6.77;RPA=2,3;RU=GT;ReadPosRankSum=1.694;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,6:19:99:188,0,218 chrXII 5676 . A ACAC 8618 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.649;DP=239;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1166.1380;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.87;MQ0=47;MQRankSum=1.338;QD=36.06;ReadPosRankSum=4.629;SB=-2.108e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,178:185:99:8618,166,0 chrXII 11209 . ACAC A 5867 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.908;DP=224;DS;FS=23.660;HaplotypeScore=1156.7600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.41;MQ0=50;MQRankSum=1.349;QD=26.19;RPA=2,1;RU=CAC;ReadPosRankSum=5.019;SB=-2.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,147:157:99:5867,0,275 chrXII 11228 . ACAC A 1872.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.613;DP=170;DS;FS=6.645;HaplotypeScore=1351.4705;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.94;MQ0=16;MQRankSum=1.759;QD=11.02;ReadPosRankSum=1.645;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,53:136:99:1912,0,547 chrXII 11499 . A AC 161.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.480;DP=17;FS=2.730;HaplotypeScore=145.7575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.62;MQ0=2;MQRankSum=0.480;QD=9.53;RPA=2,3;RU=C;ReadPosRankSum=-0.480;SB=-2.067e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,11:10:28:201,0,28 chrXII 11597 . T TC 167.24 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.666;DP=15;FS=15.563;HaplotypeScore=253.5198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.41;MQ0=4;MQRankSum=-1.666;QD=11.15;RPA=1,2;RU=C;ReadPosRankSum=-1.179;SB=-3.208e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,7:10:9:206,0,9 chrXII 11748 . CA C 163.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.799;DP=55;FS=23.955;HaplotypeScore=159.2509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.58;MQ0=25;MQRankSum=0.222;QD=2.98;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.044;SB=-8.140e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,11:25:99:203,0,270 chrXII 12047 . A AT 164.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.179;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=173.7049;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=13.06;MQ0=35;MQRankSum=0.762;QD=3.42;ReadPosRankSum=-1.666;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,6:10:17:203,0,17 chrXII 12049 . T TTG 177.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=275.2330;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=12.77;MQ0=33;MQRankSum=0.573;QD=3.95;ReadPosRankSum=-0.248;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,6:9:33:217,0,33 chrXII 16636 . G GA 1791.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=21.7255;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.04;MQ0=0;QD=28.00;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,58:64:99:1834,171,0 chrXII 19945 . TG T 2027.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=313.0871;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.83;MQ0=0;QD=34.37;SB=-4.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,57:59:99:2070,166,0 chrXII 20119 . CA C 1652.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=1154.4039;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.32;MQ0=0;QD=18.57;RPA=8,7;RU=A;SB=-7.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,84:89:99:1695,246,0 chrXII 20565 . CTTACA C 4753 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=285.7525;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.52;MQ0=0;QD=67.90;SB=-1.643e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,69:70:99:4753,205,0 chrXII 20975 . TA T 1572.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=529.8055;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.97;MQ0=0;QD=19.18;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,78:82:99:1615,232,0 chrXII 22811 . GATTTCTTC G 6147 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=131.9469;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.69;MQ0=0;QD=66.10;RPA=2,1;RU=ATTTCTTC;SB=-2.747e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,71:93:99:6147,208,0 chrXII 23508 . T TA 1807.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=207.7437;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.31;MQ0=0;QD=23.79;RPA=3,4;RU=A;SB=-8.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,63:76:99:1850,183,0 chrXII 27269 . G GGCCAAGA 6762 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=109.0567;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.26;MQ0=0;QD=78.63;RPA=1,2;RU=GCCAAGA;SB=-3.263e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,73:86:99:6762,238,0 chrXII 28304 . A AT 1808.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=363.1897;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.66;MQ0=0;QD=23.49;RPA=6,7;RU=T;SB=-6.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,69:77:99:1851,204,0 chrXII 29739 . GA G 744.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.688;DP=64;FS=12.085;HaplotypeScore=159.3170;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.564;QD=11.64;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.939;SB=-2.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,51:64:67:787,67,0 chrXII 32319 . CA C 1038.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.833;DP=79;FS=2.870;HaplotypeScore=865.6747;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.78;MQ0=0;MQRankSum=0.791;QD=13.15;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=2.296;SB=-4.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,58:79:99:1081,140,0 chrXII 32335 . TTAAA T 1951.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=761.7307;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.57;MQ0=0;QD=31.48;SB=-5.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,35:62:99:1994,111,0 chrXII 32342 . AGACTATATACAGTGAG A 6142 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=291.3703;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=175.49;SB=-1.565e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:99:6142,105,0 chrXII 35378 . C CA 1272.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=178.0863;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.398;QD=18.45;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.780;SB=-5.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,56:69:99:1315,141,0 chrXII 35406 . G GA 1082.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=186.4762;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=19.34;RPA=5,6;RU=A;SB=-2.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,45:56:99:1125,124,0 chrXII 36038 . G GAAACACCAGCA 5324 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=46.2619;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.79;MQ0=0;QD=93.40;SB=-1.616e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,21:57:99:5324,153,0 chrXII 36336 . TC T 1932.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=273.3970;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.03;MQ0=0;QD=29.29;SB=-6.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1975,186,0 chrXII 36595 . C CT 993.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.175;DP=72;FS=4.123;HaplotypeScore=166.9480;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.16;MQ0=0;MQRankSum=0.553;QD=13.80;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.418;SB=-3.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,41:72:57:1036,57,0 chrXII 36723 . GA G 329.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.281;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=122.5562;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.226;QD=10.31;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.829;SB=-1.698e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,19:32:46:372,46,0 chrXII 46703 . AT A 795.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.450;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=25.3694;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.884;QD=12.06;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.035;SB=-3.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,54:66:99:838,119,0 chrXII 47551 . TG T 2278.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.694;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=689.4355;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.85;MQ0=0;MQRankSum=0.552;QD=23.25;ReadPosRankSum=1.694;SB=-9.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,90:96:99:2321,251,0 chrXII 47553 . TATG T 3749 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.694;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=539.9567;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.539;QD=39.05;ReadPosRankSum=1.617;SB=-1.425e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,90:94:99:3749,259,0 chrXII 48661 . GA G 1591.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=175.2894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=20.41;RPA=5,4;RU=A;SB=-4.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,75:78:99:1634,209,0 chrXII 48673 . TA T 706.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.501;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=282.0083;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.116;QD=9.43;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.193;SB=-3.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,53:75:99:749,112,0 chrXII 48811 . C CA 624.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=60.1122;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.96;MQ0=0;QD=16.89;RPA=8,9;RU=A;SB=-2.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,24:36:78:667,78,0 chrXII 49370 . A AC 1920.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=263.1991;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.03;MQ0=0;QD=30.49;RPA=1,2;RU=C;SB=-7.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,54:63:99:1963,165,0 chrXII 49829 . AT A 1676.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=163.4702;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.90;MQ0=0;QD=27.95;RPA=2,1;RU=T;SB=-8.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:60:99:1719,168,0 chrXII 50099 . CAAT C 2150.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=234.1634;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.27;MQ0=0;QD=25.31;RPA=6,5;RU=AAT;SB=-9.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,48:85:99:2193,165,0 chrXII 50123 . TAAC T 4187 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=371.0687;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.42;MQ0=0;QD=37.72;RPA=5,4;RU=AAC;SB=-1.070e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,100:111:99:4187,289,0 chrXII 52019 . AAT A 417.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=126.1422;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.25;MQ0=0;QD=11.00;RPA=10,9;RU=AT;SB=-1.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,14:38:48:460,48,0 chrXII 52618 . CTTTT C 1906.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=351.2113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.07;MQ0=0;QD=38.92;RPA=15,11;RU=T;SB=-4.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,38:49:99:1949,129,0 chrXII 53039 . AAAT A 2172.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=372.9348;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.34;MQ0=0;QD=24.69;RPA=5,4;RU=AAT;SB=-9.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,62:88:99:2215,171,0 chrXII 63982 . CA C 874.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.515;DP=115;FS=3.497;HaplotypeScore=75.2317;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.180;QD=7.60;RPA=15,14;RU=A;ReadPosRankSum=2.678;SB=-2.192e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,68:115:14:916,14,0 chrXII 65534 . A AT 432.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.052;DP=39;FS=7.877;HaplotypeScore=184.7604;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.851;QD=11.10;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.050;SB=-1.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,24:39:36:475,36,0 chrXII 66623 . T TC 3352 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.832;DP=167;FS=1.555;HaplotypeScore=1556.4508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.19;MQ0=0;MQRankSum=0.171;QD=20.07;ReadPosRankSum=4.613;SB=-1.459e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:51,113:167:99:3352,328,0 chrXII 66632 . T TTC 4566 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;FS=0.000;HaplotypeScore=1536.9206;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.50;MQ0=0;QD=27.67;SB=-2.192e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:49,108:165:99:4566,452,0 chrXII 81023 . C CTTTA 4896 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=479.3430;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.16;MQ0=0;QD=59.71;SB=-2.125e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,69:82:99:4896,229,0 chrXII 81190 . TA T 754.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=219.6801;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.24;MQ0=0;QD=22.88;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:96:797,96,0 chrXII 81207 . T TA 825.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=222.6646;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.20;MQ0=0;QD=24.29;RPA=5,6;RU=A;SB=-3.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,28:34:93:868,93,0 chrXII 81387 . TA T 803.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=39.4566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.13;MQ0=0;QD=13.18;RPA=11,10;RU=A;SB=-3.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,49:61:99:846,138,0 chrXII 84519 . CT C 1094.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.805;DP=96;FS=11.746;HaplotypeScore=275.0096;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.114;QD=11.41;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.051;SB=-2.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,67:96:99:1137,159,0 chrXII 84759 . CT C 865.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=21.0618;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=16.04;RPA=10,9;RU=T;SB=-4.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,49:54:99:908,144,0 chrXII 86634 . TG T 1469.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=67.1406;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.43;MQ0=0;QD=33.41;SB=-5.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1512,126,0 chrXII 86724 . T TA 314.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.675;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=152.3713;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.41;MQ0=0;MQRankSum=1.244;QD=7.50;RPA=17,18;RU=A;ReadPosRankSum=0.675;SB=-2.998e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,15:42:29:357,29,0 chrXII 86842 . AT A 662.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.268;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=97.1321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.930;QD=10.87;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.535;SB=-7.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,42:61:84:705,84,0 chrXII 91515 . ATGGACAAAAAAGTCCAC A 5363 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=408.0249;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.67;MQ0=0;QD=89.38;SB=-7.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,36:60:99:5363,105,0 chrXII 92257 . TACAGCTTCCTCTAACCTCGATG T 8110 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=41.6792;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.48;MQ0=0;QD=180.22;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,37:45:99:8110,111,0 chrXII 93281 . AT A 1272.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=367.6435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.35;MQ0=0;QD=17.44;RPA=7,6;RU=T;SB=-6.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,63:73:99:1315,187,0 chrXII 95322 . CT C 268.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=20.2585;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.90;MQ0=0;QD=14.94;RPA=5,4;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,15:18:39:311,39,0 chrXII 97490 . TA T 3061.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=174.6279;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.27;MQ0=0;QD=25.31;RPA=3,2;RU=A;SB=-9.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,117:121:99:3104,316,0 chrXII 99028 . A AT 1848.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=28.1282;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.93;MQ0=0;QD=25.33;RPA=4,5;RU=T;SB=-6.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,67:73:99:1891,195,0 chrXII 100550 . CTT C 1935.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=21.5723;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.45;MQ0=2;QD=22.25;RPA=9,7;RU=T;SB=-7.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,78:85:99:1978,204,0 chrXII 108046 . CT C 434.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.390;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=136.5195;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.718;QD=7.90;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.881;SB=-2.373e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,37:55:7:475,7,0 chrXII 109188 . T TGG 2941.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=569.8383;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.70;MQ0=0;QD=44.58;SB=-1.482e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,50:66:99:2984,196,0 chrXII 109190 . TCC T 2329.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=585.1298;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.88;MQ0=0;QD=38.83;SB=-1.120e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,50:60:99:2372,171,0 chrXII 109269 . TAAGAA T 1846.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=341.7304;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.83;MQ0=0;QD=49.92;SB=-8.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,31:37:87:1889,87,0 chrXII 109683 . GT G 732.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=136.7191;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=0;QD=28.19;RPA=3,2;RU=T;SB=-2.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:26:75:775,75,0 chrXII 112176 . GAAAA G 6352 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.708;DP=171;FS=0.000;HaplotypeScore=297.7643;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.06;MQ0=0;MQRankSum=1.339;QD=37.15;RPA=14,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.708;SB=-2.209e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,151:171:99:6352,419,0 chrXII 112502 . CT C 1526.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=50.2972;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;QD=20.63;RPA=5,4;RU=T;SB=-5.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,69:74:99:1569,197,0 chrXII 113981 . GATGTAGTAGTGAAATTTAT G 9893 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=109.1089;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.25;MQ0=0;QD=137.40;SB=-3.290e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,55:72:99:9893,166,0 chrXII 121725 . GT G 814.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.266;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=37.6889;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.32;MQ0=0;MQRankSum=0.533;QD=10.45;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.266;SB=-4.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,44:77:99:857,127,0 chrXII 124986 . GT G 1192.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.682;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=24.8595;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.21;MQ0=0;MQRankSum=1.682;QD=14.03;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.682;SB=-4.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,73:85:99:1235,198,0 chrXII 125356 . GA G 690.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=13.4020;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.85;MQ0=0;QD=15.02;RPA=7,6;RU=A;SB=-2.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,39:46:99:733,107,0 chrXII 127338 . TG T 1285.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=350.6338;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.92;MQ0=0;QD=17.38;SB=-6.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,35:74:99:1328,176,0 chrXII 127351 . TGA T 1629.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=319.9681;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.75;MQ0=0;QD=30.18;SB=-7.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,36:54:99:1672,132,0 chrXII 127405 . AC A 1555.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=339.1677;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=23.58;SB=-6.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,61:66:99:1598,171,0 chrXII 129169 . GA G 735.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=61.3947;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.42;MQ0=0;QD=14.15;RPA=10,9;RU=A;SB=-3.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,45:52:99:778,124,0 chrXII 130083 . C CGACTGCGACTGT 4776 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=33.2102;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.23;MQ0=0;QD=65.42;SB=-1.993e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,57:73:99:4776,198,0 chrXII 130903 . C CT,CTTT 1416.91 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.053;DP=69;FS=1.982;HaplotypeScore=375.2835;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=47.33;MQ0=0;MQRankSum=0.502;QD=20.53;RPA=12,13,15;RU=T;ReadPosRankSum=-0.794;SB=-6.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:25,6,24:69:91:1494,997,911,91,0,94 chrXII 130928 . GA G 1041.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.489;DP=71;FS=3.087;HaplotypeScore=451.1075;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.08;MQ0=0;MQRankSum=0.881;QD=14.68;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=0.942;SB=-5.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,58:71:99:1084,150,0 chrXII 131003 . AC A 1933.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=188.6605;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.63;MQ0=0;QD=32.23;SB=-6.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,58:60:99:1976,171,0 chrXII 131008 . CT C 1477.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=235.3241;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.37;MQ0=0;QD=23.84;RPA=4,3;RU=T;SB=-5.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,56:62:99:1520,174,0 chrXII 132251 . G GA 471.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.824;DP=84;FS=21.675;HaplotypeScore=650.4778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.07;MQ0=0;MQRankSum=2.365;QD=5.62;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=3.086;SB=-1.816e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,27:84:83:511,0,83 chrXII 132253 . G GAAGAA 2063 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.377;DP=83;FS=5.646;HaplotypeScore=478.8966;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.94;MQ0=0;MQRankSum=2.133;QD=24.86;ReadPosRankSum=2.425;SB=-7.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:55,25:83:23:2105,23,0 chrXII 136433 . AT A 1619.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=24.4995;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;QD=17.05;RPA=6,5;RU=T;SB=-8.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,82:95:99:1662,224,0 chrXII 137918 . AT A 1563.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=27.0034;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.45;MQ0=0;QD=21.72;RPA=5,4;RU=T;SB=-5.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,71:72:99:1606,203,0 chrXII 150873 . A AAT 1574.02 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.322;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=473.7862;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.886;QD=33.49;ReadPosRankSum=-0.117;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,35:47:16:1613,0,16 chrXII 150978 . T TC 1585.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=375.4275;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.72;MQ0=0;QD=35.24;RPA=1,2;RU=C;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1628,135,0 chrXII 151080 . AT A 597.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=224.0811;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.20;MQ0=0;QD=23.00;RPA=5,4;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:26:75:640,75,0 chrXII 151141 . ATTTG A 2297.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=298.4193;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.60;MQ0=0;QD=46.90;RPA=2,1;RU=TTTG;SB=-5.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,43:49:99:2340,135,0 chrXII 161651 . TA T 14.14 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.577;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=123.0789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.21;MQ0=0;MQRankSum=0.577;QD=0.20;RPA=16,15;RU=A;ReadPosRankSum=1.326;SB=-2.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,13:72:53:53,0,462 chrXII 164180 . CT C 1650.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=467.8670;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.02;MQ0=0;QD=22.62;RPA=4,3;RU=T;SB=-7.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,68:73:99:1693,195,0 chrXII 167915 . GA G 1477.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.306;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=224.7898;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=0.191;QD=15.40;ReadPosRankSum=0.484;SB=-6.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,84:96:99:1520,226,0 chrXII 168084 . AT A 3987 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=325.2613;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.05;MQ0=0;QD=34.37;SB=-1.840e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:116:99:3987,346,0 chrXII 168774 . CTATTTTATGCTATTTTTTGTATCT C 16704 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=36.2818;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.91;MQ0=0;QD=168.73;SB=-5.672e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,97:99:99:16704,285,0 chrXII 168978 . C CA 2785.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.054;DP=120;FS=6.137;HaplotypeScore=41.4109;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.209;QD=23.22;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.078;SB=-1.383e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,110:120:99:2828,298,0 chrXII 169774 . GAGTACAA G 5721 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=50.9098;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.49;MQ0=0;QD=52.97;RPA=2,1;RU=AGTACAA;SB=-1.895e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,74:108:99:5721,217,0 chrXII 169862 . AT A 3528 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=136.2826;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;QD=28.92;RPA=2,1;RU=T;SB=-7.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,114:122:99:3528,331,0 chrXII 170280 . A AT 1916.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=204.3875;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.88;MQ0=0;QD=25.56;RPA=3,4;RU=T;SB=-8.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,66:75:99:1959,192,0 chrXII 170322 . A AT 2946.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=757.0541;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.39;MQ0=0;QD=27.29;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.015e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,101:108:99:2989,307,0 chrXII 170674 . ATTATATAC A 2070.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=293.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.31;MQ0=0;QD=40.61;SB=-4.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,16:51:99:2113,120,0 chrXII 170695 . ATATATATATG A 2065.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=465.0329;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.49;MQ0=0;QD=62.60;SB=-6.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,15:33:99:2108,99,0 chrXII 170747 . G GAA 2277.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=606.4135;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.87;MQ0=0;QD=42.98;SB=-1.052e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:53:99:2320,148,0 chrXII 171179 . C CATATT 4106 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=131.0486;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.85;MQ0=0;QD=65.17;SB=-1.508e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,58:63:99:4106,169,0 chrXII 171936 . GA G 641.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=158.3684;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.50;MQ0=0;QD=18.34;RPA=9,8;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:99:684,104,0 chrXII 177574 . G GAA 6144 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=211;FS=0.000;HaplotypeScore=141.9091;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.40;MQ0=0;QD=29.12;RPA=8,10;RU=A;SB=-2.408e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,172:211:99:6144,542,0 chrXII 179751 . CA C 2502.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.378;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=308.4512;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.630;QD=22.75;ReadPosRankSum=-0.098;SB=-1.104e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:48,49:110:99:2545,256,0 chrXII 181518 . AC A 672.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=10.1923;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.93;MQ0=0;QD=20.39;RPA=8,7;RU=C;SB=-1.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,27:33:81:715,81,0 chrXII 183506 . G GA 2316.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.031;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=35.0214;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.511;QD=20.32;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.406;SB=-1.142e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,91:113:99:2359,232,0 chrXII 185198 . C CT 550.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.040;DP=32;FS=3.188;HaplotypeScore=8.8768;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.456;QD=17.22;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.069;SB=-2.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,27:32:56:593,56,0 chrXII 187137 . AT A 1384.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=20.2010;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.43;MQ0=0;QD=25.65;RPA=3,2;RU=T;SB=-6.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:54:99:1427,138,0 chrXII 187501 . C CTTT 1406.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=31.2954;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.95;MQ0=0;QD=29.94;RPA=9,12;RU=T;SB=-5.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,29:47:99:1449,114,0 chrXII 188366 . C CCAT 3946 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=33.2166;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=41.10;RPA=4,5;RU=CAT;SB=-1.548e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,83:96:99:3946,250,0 chrXII 193400 . C CT 753.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.171;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=66.1003;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.358;QD=15.39;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.452;SB=-3.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,35:49:92:796,92,0 chrXII 196591 . ATT A 892.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=20.5984;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.95;MQ0=0;QD=20.77;RPA=15,13;RU=T;SB=-2.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,34:43:99:935,111,0 chrXII 196750 . ATTT A 2183.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=32.7662;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.060;QD=25.39;RPA=15,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.284;SB=-9.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,64:86:99:2226,178,0 chrXII 204055 . A AT 1753.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.833;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=43.3381;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.268;QD=26.98;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=0.144;SB=-7.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,40:65:99:1796,158,0 chrXII 211932 . A AT 1442.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=26.2756;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=21.54;RPA=8,9;RU=T;SB=-6.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,60:67:99:1485,174,0 chrXII 222714 . CCT C 2306.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=343.1510;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.73;MQ0=0;QD=28.48;SB=-8.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,50:66:99:2349,171,0 chrXII 222718 . G GCA 2178.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=342.2394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.03;MQ0=0;QD=32.04;SB=-8.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,50:53:99:2221,150,0 chrXII 239171 . GA G 732.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.641;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=177.2085;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.365;QD=15.27;RPA=7,6;RU=A;ReadPosRankSum=1.459;SB=-3.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,38:48:99:775,109,0 chrXII 239220 . G GA 1452.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=107.5735;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=26.42;RPA=4,5;RU=A;SB=-4.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,52:55:99:1495,156,0 chrXII 241569 . CT C 1357.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=13.7432;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.18;MQ0=0;QD=21.22;RPA=5,4;RU=T;SB=-6.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,61:64:99:1400,176,0 chrXII 241800 . CCT C 4262 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=296.1816;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;QD=38.75;SB=-1.884e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,109:110:99:4262,289,0 chrXII 243621 . CAA C 447.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=73.7286;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.94;MQ0=0;QD=40.72;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33:490,33,0 chrXII 243650 . T TC 324.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=123.6376;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.42;MQ0=0;QD=32.50;SB=-9.994e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,9:10:30:367,30,0 chrXII 243689 . GC G 324.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=174.8366;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=27.08;SB=-9.699e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36:367,36,0 chrXII 243752 . CA C 798.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=160.3801;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.69;MQ0=0;QD=29.59;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:27:72:841,72,0 chrXII 243827 . CAT C 447.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=86.3223;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=0;QD=17.23;RPA=9,8;RU=AT;SB=-3.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,11:26:51:490,51,0 chrXII 245256 . AATATAT A,AAT 1689.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=21.4437;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.42;MQ0=0;QD=25.61;RPA=10,7,8;RU=AT;SB=-5.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:28,5,0:66:82:1768,1073,1034,190,0,82 chrXII 246208 . AG A 2272.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.714;DP=166;FS=2.732;HaplotypeScore=601.6051;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.565;QD=13.69;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=-0.637;SB=-8.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,143:166:99:2315,366,0 chrXII 248521 . CAT C 3387 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=501.5186;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.41;MQ0=0;QD=25.47;RPA=5,4;RU=AT;SB=-1.241e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,111:133:99:3387,310,0 chrXII 248700 . AT A 849.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.391;DP=94;FS=6.422;HaplotypeScore=255.0524;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.214;QD=9.04;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.949;SB=-3.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,57:94:99:892,114,0 chrXII 251194 . GAA G,GA 242.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.693;DP=71;FS=10.671;HaplotypeScore=51.4250;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=1.541;QD=3.42;RPA=18,16,17;RU=A;ReadPosRankSum=2.949;SB=-6.475e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:36,10,0:71:90:321,106,332,90,0,104 chrXII 252761 . T TCGCCAGCAC 6054 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.183;DP=78;FS=5.016;HaplotypeScore=322.6519;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.083;QD=77.62;ReadPosRankSum=1.250;SB=-1.976e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,34:78:99:6054,214,0 chrXII 252851 . GCGTCGTCCTCACCAT G 7854 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=161.8965;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.02;MQ0=0;QD=120.83;SB=-3.528e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,54:65:99:7854,163,0 chrXII 259721 . C CT 941.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.129;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=179.6429;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.97;MQ0=0;MQRankSum=0.232;QD=15.97;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.574;SB=-2.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,39:59:99:984,104,0 chrXII 260584 . C CTT 2062.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=198.5292;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.16;MQ0=0;QD=26.79;RPA=8,10;RU=T;SB=-9.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,54:77:99:2105,190,0 chrXII 263050 . CA C 1668.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=135.8933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.01;MQ0=0;QD=27.82;RPA=3,2;RU=A;SB=-7.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,59:59:99:1711,171,0 chrXII 274059 . AATAT A 271.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=177.4776;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.07;MQ0=0;QD=9.04;RPA=7,5;RU=AT;SB=-1.056e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,9:30:18:313,18,0 chrXII 275222 . G GT 4275 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=389.4523;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.25;MQ0=0;QD=30.98;RPA=2,3;RU=T;SB=-9.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,132:138:99:4275,391,0 chrXII 280996 . G GAAA 2089.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.362;DP=120;FS=6.021;HaplotypeScore=70.4823;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.83;MQ0=0;MQRankSum=0.601;QD=17.42;RPA=17,20;RU=A;ReadPosRankSum=-2.333;SB=-1.052e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:61,51:120:99:2132,197,0 chrXII 281802 . T TGAA 2758.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=153.5976;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.87;MQ0=0;QD=34.06;RPA=1,2;RU=GAA;SB=-1.211e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,50:80:99:2801,175,0 chrXII 281815 . TC T 1718.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=339.2580;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.28;MQ0=0;QD=19.31;SB=-8.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,58:87:99:1761,224,0 chrXII 282562 . C CT 1699.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=231.7463;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.41;MQ0=0;QD=25.76;RPA=5,6;RU=T;SB=-5.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,60:66:99:1742,186,0 chrXII 282650 . CT C 747.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=159.6107;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.85;MQ0=0;QD=18.70;RPA=6,5;RU=T;SB=-3.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,36:40:99:790,104,0 chrXII 282684 . ATT A 1183.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=236.1106;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.78;MQ0=0;QD=25.19;RPA=8,6;RU=T;SB=-5.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,41:47:99:1226,120,0 chrXII 282693 . AT A 850.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=355.2747;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.18;MQ0=0;QD=13.73;RPA=11,10;RU=T;SB=-4.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,47:62:99:893,146,0 chrXII 282706 . GT G 677.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.040;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=346.4362;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.088;QD=11.69;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.007;SB=-3.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,40:58:99:720,102,0 chrXII 287202 . C CAGA 3737 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=35.7140;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.62;MQ0=0;QD=30.88;RPA=5,6;RU=AGA;SB=-1.631e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,90:121:99:3737,250,0 chrXII 289357 . CT C 1429.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.148;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=537.3843;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.88;MQ0=0;MQRankSum=0.162;QD=9.11;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.232;SB=-4.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:55,91:157:99:1472,200,0 chrXII 292153 . G GA 2134.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.626;DP=129;FS=6.658;HaplotypeScore=59.0883;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.32;MQ0=0;MQRankSum=1.063;QD=16.55;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.542;SB=-1.052e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,102:129:99:2177,193,0 chrXII 293727 . AT A 2151.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=23.1263;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.83;MQ0=0;QD=27.95;RPA=2,1;RU=T;SB=-9.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:77:99:2194,213,0 chrXII 306616 . GA G 1947.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=251.1408;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.76;MQ0=0;QD=26.68;RPA=3,2;RU=A;SB=-5.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,61:73:99:1990,201,0 chrXII 306620 . TAA T 1544.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=294.1443;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.72;MQ0=0;QD=21.46;RPA=12,10;RU=A;SB=-4.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,60:72:99:1587,174,0 chrXII 320335 . GAA G 1016.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.648;DP=51;FS=4.367;HaplotypeScore=35.3182;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=0.887;QD=19.94;RPA=12,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.887;SB=-3.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,37:51:99:1059,115,0 chrXII 322104 . ATT A,AT 1338.95 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.904;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=178.3002;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.61;MQ0=0;MQRankSum=0.986;QD=12.40;RPA=15,13,14;RU=T;ReadPosRankSum=2.543;SB=-6.842e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:23,69,0:108:61:1417,118,61,910,0,756 chrXII 326441 . CT C 2287.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=270.7991;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.34;MQ0=0;QD=31.78;SB=-6.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,70:72:99:2330,208,0 chrXII 329729 . G GGTTGCT 1984.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=27.9712;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.16;MQ0=0;QD=27.57;RPA=5,6;RU=GTTGCT;SB=-8.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,34:72:90:2027,90,0 chrXII 332429 . C CG 1837.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.213;DP=67;FS=3.802;HaplotypeScore=124.3717;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.617;QD=27.43;RPA=3,4;RU=G;ReadPosRankSum=-0.808;SB=-7.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,49:67:99:1880,153,0 chrXII 332524 . CAA C 3635 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=213.8558;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.75;MQ0=0;QD=34.95;RPA=4,2;RU=A;SB=-1.314e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:104:99:3635,268,0 chrXII 339676 . TTATATATATA T 11915 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=189;FS=0.000;HaplotypeScore=68.3211;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.91;MQ0=0;QD=63.04;RPA=10,5;RU=TA;SB=-5.661e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:51,135:189:99:11915,376,0 chrXII 343851 . G GT 1149.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.499;DP=80;FS=7.817;HaplotypeScore=56.1055;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.086;QD=14.37;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-2.637;SB=-4.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,48:80:93:1192,93,0 chrXII 369471 . A AG 1167.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=78.8113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.81;MQ0=0;QD=35.39;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:99:1210,99,0 chrXII 369580 . TA T 377.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=84.2056;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=11.81;RPA=11,10;RU=A;SB=-1.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,24:32:68:420,68,0 chrXII 373166 . CT C 1479.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=25.0556;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.66;MQ0=0;QD=17.41;RPA=5,4;RU=T;SB=-6.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,74:85:99:1522,189,0 chrXII 373321 . TA T 1189.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=59.7063;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.58;MQ0=0;QD=13.84;RPA=9,8;RU=A;SB=-5.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,68:86:99:1232,187,0 chrXII 373630 . AT A 550.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.717;DP=79;FS=182.532;HaplotypeScore=141.0381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.434;QD=6.97;ReadPosRankSum=1.681;SB=-3.011e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,24:79:99:590,0,1795 chrXII 374338 . A AG 2068.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=135.9126;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.19;MQ0=0;QD=36.95;SB=-3.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:2111,165,0 chrXII 375289 . GCCATTTTCATCGCCC G 5418 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=611.7247;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.70;MQ0=0;MQRankSum=1.228;QD=93.41;ReadPosRankSum=1.669;SB=-1.923e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,24:58:99:5418,148,0 chrXII 375301 . GCCCTCACCGTCATCG G,GTCACCGTCATCG 2566.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.272;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=1176.6173;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.775;QD=40.11;ReadPosRankSum=0.859;SB=-1.008e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:27,0,0:64:99:2645,1803,2453,375,0,402 chrXII 375328 . GCCC G 3401 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.627;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=1296.5727;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.63;MQ0=1;MQRankSum=-1.035;QD=40.49;ReadPosRankSum=2.648;SB=-1.608e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,77:83:7:3401,7,0 chrXII 377750 . T TG 1990.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=280.2110;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.50;MQ0=0;QD=34.33;SB=-7.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,47:58:99:2033,162,0 chrXII 377829 . G GA 2212.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=228.8816;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.87;MQ0=0;QD=26.99;RPA=3,4;RU=A;SB=-8.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,72:81:99:2255,222,0 chrXII 382278 . AT A 1843.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=177.4934;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;QD=16.76;RPA=9,8;RU=T;SB=-8.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,107:110:99:1886,284,0 chrXII 385575 . GAA G 3750 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=36.0277;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.29;MQ0=0;QD=31.51;RPA=5,3;RU=A;SB=-1.629e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,113:119:99:3750,319,0 chrXII 390717 . A AC 1970.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=332.0018;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.40;MQ0=0;QD=35.20;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:2013,169,0 chrXII 391393 . CT C 1685.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=123.4307;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=23.42;RPA=4,3;RU=T;SB=-7.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,70:72:99:1728,198,0 chrXII 392770 . C CTT 2820.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=42.3534;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.08;MQ0=0;QD=36.17;RPA=3,5;RU=T;SB=-1.284e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,70:78:99:2863,214,0 chrXII 393046 . A ATT 3489 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=19.0722;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.30;MQ0=0;QD=47.79;SB=-1.282e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:73:99:3489,214,0 chrXII 394523 . G GA 1679.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.251;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=183.4260;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.123;QD=23.01;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.957;SB=-6.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,68:73:99:1722,172,0 chrXII 394693 . G GA 593.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.572;DP=66;FS=2.466;HaplotypeScore=41.3080;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.752;QD=9.00;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=1.199;SB=-1.372e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,26:66:30:636,30,0 chrXII 395580 . A AT 5943 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=230;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1317.3037;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.18;MQ0=0;QD=25.84;RPA=4,5;RU=T;SB=-2.655e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,203:230:99:5943,610,0 chrXII 395763 . AG A 3521 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.699;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=361.1825;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.08;MQ0=0;MQRankSum=1.242;QD=29.10;ReadPosRankSum=0.948;SB=-4.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,118:121:99:3521,310,0 chrXII 402605 . GC G 2892.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=163.2964;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.07;MQ0=0;QD=29.82;RPA=3,2;RU=C;SB=-1.138e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:97:99:2935,280,0 chrXII 402737 . AT A 577.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.446;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=32.7269;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=2.234;QD=7.14;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.365;SB=-2.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,53:81:32:617,0,32 chrXII 421496 . AGGGG A 2645.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=24.6408;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=48.11;RPA=11,7;RU=G;SB=-1.000e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,47:55:99:2688,144,0 chrXII 460002 . CAAAAAAAA C,CA 14191 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=248;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=91.4511;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=41.57;MQ0=0;QD=57.22;RPA=17,9,10;RU=A;SB=-6.448e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:16,148,0:248:99:14191,1078,664,2877,0,2303 chrXII 460191 . ACCGCGTCGCCGCGTCG A 32767 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=237;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=70.0748;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.52;MQ0=0;QD=138.26;RPA=3,1;RU=CCGCGTCG;SB=-8.681e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,210:231:99:32767,635,0 chrXII 460205 . TCGCCGCGTCGCCAAAA T,TGCCGCGTCGCCAAAA 8025 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1353.4700;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=45.42;MQ0=0;QD=32.10;SB=-1.046e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:136,0,0:236:99:8025,3769,9084,3989,0,3393 chrXII 460383 . TAAAAAAAAAAA T,TA 19819 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.350;DP=243;DS;FS=8.524;HaplotypeScore=1014.6918;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=31.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.971;QD=81.56;RPA=22,11,12;RU=A;ReadPosRankSum=2.991;SB=-4.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:55,124,0:243:99:19819,1095,747,2234,0,1750 chrXII 460415 . TG T 5510 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1494.7062;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.51;MQ0=0;QD=22.04;SB=-1.243e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:75,175:250:99:5510,562,0 chrXII 460477 . AT A 2537.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=746.2561;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.22;MQ0=0;QD=10.15;RPA=8,7;RU=T;SB=-9.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,245:250:99:2580,377,0 chrXII 460676 . GAAAA G,GA 5466 filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.052;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=513.2852;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=29.13;MQ0=50;MQRankSum=0.971;QD=21.86;RPA=16,12,13;RU=A;ReadPosRankSum=2.627;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:64,37,0:200:53:5466,2967,2706,511,0,53 chrXII 513896 . GC G 1651.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=24.1049;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.39;MQ0=0;QD=23.94;RPA=5,4;RU=C;SB=-6.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,66:69:99:1694,179,0 chrXII 513997 . CAA C 708.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.950;DP=39;FS=3.310;HaplotypeScore=37.6054;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.40;MQ0=0;MQRankSum=1.062;QD=18.18;RPA=14,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.509;SB=-3.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,27:39:85:751,85,0 chrXII 514965 . CT C 521.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=186.1508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.26;MQ0=0;QD=8.42;RPA=12,11;RU=T;SB=-1.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,35:62:98:564,98,0 chrXII 515195 . GA G 1064.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=123.4004;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.04;MQ0=0;QD=16.14;RPA=9,8;RU=A;SB=-4.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,60:66:99:1107,169,0 chrXII 517892 . TA T 1766.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.253;DP=120;FS=2.954;HaplotypeScore=54.5585;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.16;MQ0=0;MQRankSum=0.012;QD=14.72;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.062;SB=-7.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,107:120:99:1809,241,0 chrXII 522257 . C CA 1019.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.665;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=66.9052;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.213;QD=14.17;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-1.517;SB=-4.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,40:72:73:1062,73,0 chrXII 522613 . TA T 4408 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=603.3930;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.92;MQ0=0;QD=29.58;SB=-2.149e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,147:149:99:4408,421,0 chrXII 524652 . G GT 1209.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=203.7807;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.32;MQ0=0;QD=22.83;RPA=7,8;RU=T;SB=-5.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,49:53:99:1252,144,0 chrXII 527967 . CT C 2193.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.065;DP=207;FS=11.640;HaplotypeScore=95.1931;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.012;QD=10.60;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.465;SB=-1.064e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,142:207:99:2236,282,0 chrXII 536885 . CT C 797.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=207.0170;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.14;MQ0=0;QD=18.14;RPA=6,5;RU=T;SB=-2.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,40:44:99:840,110,0 chrXII 537107 . CT C 1626.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=234.0486;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;QD=18.49;RPA=5,4;RU=T;SB=-5.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,79:88:99:1669,212,0 chrXII 537220 . CA C 1682.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=604.3358;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.28;MQ0=1;QD=31.17;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:53:99:1725,150,0 chrXII 538461 . C CATATATAT 951.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=74.7387;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.82;MQ0=0;QD=30.71;RPA=5,9;RU=AT;SB=-4.789e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,15:31:33:994,33,0 chrXII 540621 . AT A 1426.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=162.5903;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.79;MQ0=0;QD=12.86;RPA=10,9;RU=T;SB=-4.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,95:110:99:1469,233,0 chrXII 543544 . GT G 1517.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=183.3811;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.32;MQ0=0;QD=33.00;SB=-6.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,45:46:99:1560,129,0 chrXII 546061 . A AG 1698.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=17.1359;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=30.89;RPA=2,3;RU=G;SB=-6.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,52:55:99:1741,153,0 chrXII 549492 . A AATTGATGATTAAAAAGT 22061 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=84.5490;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.59;MQ0=0;QD=169.70;SB=-8.195e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:74,55:130:99:22061,367,0 chrXII 550360 . C CAA,CA 874.96 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.456;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=26.5163;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=1.277;QD=17.86;RPA=13,15,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.456;SB=-4.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:14,27,5:49:59:953,137,59,507,0,418 chrXII 552039 . TA T 1444.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=176.3265;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.35;MQ0=0;QD=17.84;RPA=7,6;RU=A;SB=-6.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,76:81:99:1487,208,0 chrXII 552743 . C CTCT 5895 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=132.6708;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.06;MQ0=0;QD=42.72;RPA=1,2;RU=TCT;SB=-1.588e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,112:138:99:5895,337,0 chrXII 556335 . T TCAA 1625.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.347;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=291.3202;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.73;MQ0=0;MQRankSum=0.173;QD=38.71;RPA=3,4;RU=CAA;ReadPosRankSum=-1.559;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,39:42:99:1668,101,0 chrXII 559220 . G GCAA 2071.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=25.7565;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.51;MQ0=0;QD=29.18;RPA=6,7;RU=CAA;SB=-9.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,47:71:99:2114,141,0 chrXII 563476 . TACACACACAC T 4570 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=49.0892;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.63;MQ0=0;QD=70.31;RPA=11,6;RU=AC;SB=-2.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,57:65:99:4570,162,0 chrXII 563657 . C CAA 1210.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=138.9899;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.48;MQ0=0;QD=37.84;RPA=2,4;RU=A;SB=-1.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,30:32:90:1253,90,0 chrXII 566355 . T TA 3938 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=807.6551;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.29;MQ0=0;QD=31.76;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.887e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,111:124:99:3938,334,0 chrXII 566362 . ATTAT A 5049 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=719.3153;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;QD=42.08;RPA=2,1;RU=TTAT;SB=-2.280e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,90:120:99:5049,280,0 chrXII 566427 . A AT 3214.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=705.7622;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.67;MQ0=0;QD=25.31;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.557e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,120:127:99:3257,367,0 chrXII 566478 . T TA 3546 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=523.9823;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.54;MQ0=0;QD=27.49;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.705e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,117:129:99:3546,349,0 chrXII 605064 . C CACTTT 3002.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=13.6112;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.98;MQ0=1;QD=58.88;RPA=1,2;RU=ACTTT;SB=-1.373e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,46:50:99:3045,135,0 chrXII 605282 . T TA 873.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.341;DP=74;FS=10.030;HaplotypeScore=167.8804;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.92;MQ0=0;MQRankSum=0.107;QD=11.81;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.697;SB=-3.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,50:74:28:916,28,0 chrXII 605687 . AGTAT A 5918 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=28.6648;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.96;MQ0=0;QD=56.90;SB=-1.508e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:99:99:5918,289,0 chrXII 607136 . CT C 3124.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;FS=0.000;HaplotypeScore=1297.5077;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.14;MQ0=3;QD=18.83;RPA=6,5;RU=T;SB=-9.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,153:158:99:3167,423,0 chrXII 625064 . T TAAAA,TAAA 1619.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=71;FS=3.823;HaplotypeScore=251.5045;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=47.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.155;QD=22.82;RPA=12,16,15;RU=A;ReadPosRankSum=-0.743;SB=-6.548e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:31,24,11:70:92:1698,203,92,483,0,362 chrXII 626434 . G GAAAA,GAAA 1261.92 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=173.3732;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=48.24;MQ0=0;QD=26.29;RPA=14,18,17;RU=A;SB=-3.168e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:11,27,6:48:42:1339,142,42,418,0,316 chrXII 628328 . TA T 372.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=152.0756;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.55;MQ0=0;QD=16.22;RPA=8,7;RU=A;SB=-4.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,20:23:59:415,59,0 chrXII 633829 . 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A AC 3514 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=111.4391;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.19;MQ0=0;QD=31.95;SB=-1.515e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,101:109:99:3514,274,0 chrXII 645754 . T TTC 1789.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.189;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=113.2231;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.65;MQ0=0;MQRankSum=0.985;QD=27.54;RPA=7,8;RU=TC;ReadPosRankSum=0.102;SB=-6.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,48:65:99:1832,119,0 chrXII 646385 . G GA 581.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.300;DP=71;FS=1.858;HaplotypeScore=77.9044;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.243;QD=8.19;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-1.414;SB=-2.151e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,43:71:8:622,8,0 chrXII 656919 . C CA 897.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=13.8543;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.32;MQ0=0;QD=20.41;RPA=6,7;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,35:44:99:940,102,0 chrXII 657015 . TG T 437.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=38.8896;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.70;MQ0=0;QD=25.76;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:48:480,48,0 chrXII 657265 . G GTGAAT 5373 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=364.0627;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.87;MQ0=0;QD=72.61;SB=-9.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,66:74:99:5373,217,0 chrXII 657882 . AC A 2654.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=519.7213;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.37;MQ0=0;QD=28.55;SB=-1.312e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:93:99:2697,267,0 chrXII 657926 . GT G 1440.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.583;DP=131;FS=1.887;HaplotypeScore=970.5253;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.016;QD=11.00;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.726;SB=-6.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,93:131:99:1483,185,0 chrXII 668004 . T TG 2275.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=7.342;DP=163;FS=0.000;HaplotypeScore=1303.2748;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.59;MQ0=0;MQRankSum=-7.404;QD=13.96;ReadPosRankSum=6.188;SB=-1.017e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:66,94:163:99:2318,145,0 chrXII 668005 . T TTATTGTTG 9551 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.340;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=606.0843;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.177;QD=59.32;ReadPosRankSum=2.262;SB=-3.910e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:66,93:161:99:9551,396,0 chrXII 669854 . A ACAAGCCAAGC 4705 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=220.2972;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.25;MQ0=0;QD=74.68;RPA=3,5;RU=CAAGC;SB=-1.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,43:63:99:4705,132,0 chrXII 674046 . A AT 1809.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.433;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=139.1707;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.37;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=20.57;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-1.010;SB=-7.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,73:88:99:1852,196,0 chrXII 680023 . A AT 2315.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.409;DP=118;FS=2.059;HaplotypeScore=182.6753;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=1.750;QD=19.63;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.245;SB=-8.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,102:118:99:2358,236,0 chrXII 681146 . G GA 2303.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.113;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=214.4136;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.118;QD=20.95;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.113;SB=-1.120e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,89:110:99:2346,255,0 chrXII 682496 . AT A 1619.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=25.0968;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=18.62;RPA=7,6;RU=T;SB=-5.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,79:87:99:1662,232,0 chrXII 682671 . A AG 3738 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=277.4917;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.08;MQ0=0;QD=32.50;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.466e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,103:115:99:3738,316,0 chrXII 685663 . C CCGT 6601 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=152.6534;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.18;MQ0=0;QD=53.67;SB=-3.266e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,108:123:99:6601,337,0 chrXII 687408 . CT C 1628.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=48.1942;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.62;MQ0=0;QD=20.62;RPA=5,4;RU=T;SB=-3.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,71:79:99:1671,209,0 chrXII 687472 . GAA G 1135.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.669;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=78.1062;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=1.165;QD=17.48;RPA=14,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.669;SB=-5.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,46:65:99:1178,113,0 chrXII 687559 . A ATTT 2015.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.288;DP=82;FS=3.765;HaplotypeScore=594.6650;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.48;MQ0=0;MQRankSum=1.199;QD=24.58;RPA=3,6;RU=T;ReadPosRankSum=1.244;SB=-7.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,20:82:99:2058,196,0 chrXII 687587 . GTATATATATATA G 5319 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=249.7482;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.04;MQ0=0;QD=96.71;RPA=10,4;RU=TA;SB=-2.507e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,40:55:99:5319,123,0 chrXII 688109 . CT C 963.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.529;DP=134;FS=341.245;HaplotypeScore=516.6976;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.966;QD=7.19;ReadPosRankSum=2.360;SB=-3.011e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,53:134:99:1003,0,2371 chrXII 688111 . ATT A 1521.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.431;DP=135;FS=333.979;HaplotypeScore=461.9850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.997;QD=11.27;ReadPosRankSum=2.066;SB=-3.011e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,53:135:99:1561,0,2850 chrXII 691451 . A AT 1325.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=119.6980;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.01;MQ0=0;QD=23.68;RPA=6,7;RU=T;SB=-6.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,52:56:99:1368,150,0 chrXII 699927 . TA T 1502.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.902;DP=117;FS=4.821;HaplotypeScore=190.0365;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.34;MQ0=0;MQRankSum=2.203;QD=12.85;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.917;SB=-4.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,79:116:99:1545,247,0 chrXII 704138 . TAA T 232.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.117;DP=68;FS=6.329;HaplotypeScore=37.1780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.196;QD=3.43;RPA=19,17;RU=A;ReadPosRankSum=1.506;SB=-7.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,13:68:99:272,0,151 chrXII 704440 . C CT 1245.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=150.4334;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=18.88;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.292;SB=-4.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,43:65:99:1288,126,0 chrXII 704451 . AT A 531.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=68;FS=3.274;HaplotypeScore=259.4030;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.204;QD=7.82;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.102;SB=-2.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,35:67:93:574,93,0 chrXII 709123 . T TGAAGCAGATGAAGTA 2946.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=251.0324;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.75;MQ0=0;QD=66.98;SB=-7.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,40:44:99:2989,120,0 chrXII 712186 . GT G 547.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.147;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=36.7590;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.221;QD=8.43;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.563;SB=-1.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,41:65:52:590,52,0 chrXII 713307 . AT A 1010.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.559;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=97.3328;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.950;QD=12.64;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.732;SB=-4.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,60:80:99:1053,156,0 chrXII 713359 . ATT A 2551.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=106.4638;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.04;MQ0=0;QD=25.52;RPA=7,5;RU=T;SB=-1.255e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,80:100:99:2594,244,0 chrXII 718114 . T TA 272.18 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.331;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=48.5273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.047;QD=10.47;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.709;SB=-6.142e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,17:26:10:311,0,10 chrXII 723168 . CAA C,CA 666.15 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=76.0532;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=50.91;MQ0=0;QD=10.25;RPA=14,12,13;RU=A;SB=-3.192e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:30,22,0:65:49:744,99,49,466,0,373 chrXII 723209 . GT G 259.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.520;DP=56;FS=4.298;HaplotypeScore=145.4437;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.97;MQ0=0;MQRankSum=1.618;QD=4.64;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.128;SB=-8.498e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,25:56:72:299,0,72 chrXII 730564 . 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AT A 317.98 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.208;DP=51;FS=2.188;HaplotypeScore=537.7984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.73;MQ0=0;MQRankSum=0.778;QD=6.23;RPA=15,14;RU=T;ReadPosRankSum=-1.142;SB=-8.560e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,31:51:23:357,0,23 chrXII 745373 . G GC 1391.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.108;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=413.8186;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=-1.675;QD=18.32;ReadPosRankSum=1.164;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,63:76:99:1434,175,0 chrXII 747390 . CT C 1753.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=26.0675;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.08;MQ0=0;QD=19.93;RPA=7,6;RU=T;SB=-5.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,84:88:99:1796,247,0 chrXII 747476 . GT G 2079.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=360.2176;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=19.44;RPA=5,4;RU=T;SB=-6.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,93:107:99:2122,269,0 chrXII 747497 . C CA 2713.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=336.1014;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.13;MQ0=0;QD=27.98;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.173e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,84:97:99:2756,259,0 chrXII 751939 . A AT 2177.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=16.8428;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.73;MQ0=0;QD=36.91;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:2220,172,0 chrXII 757413 . CA C 1970.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.667;DP=118;FS=4.853;HaplotypeScore=111.3824;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.76;MQ0=0;MQRankSum=1.376;QD=16.70;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=1.182;SB=-6.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,109:118:99:2013,304,0 chrXII 757472 . T TAGAGAA 3428 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.234;DP=109;FS=3.068;HaplotypeScore=338.9828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.048;QD=31.45;ReadPosRankSum=-0.335;SB=-1.700e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:73,34:109:99:3428,186,0 chrXII 757586 . G GTT 1068.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.894;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=43.9972;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=0.144;QD=20.96;RPA=10,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.317;SB=-3.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,24:50:71:1111,71,0 chrXII 759341 . GA G 937.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.642;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=344.8843;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.091;QD=13.40;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.000;SB=-4.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,55:70:99:980,134,0 chrXII 760247 . CA C 1569.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=31.7896;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=19.62;RPA=6,5;RU=A;SB=-6.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,78:80:99:1612,218,0 chrXII 760762 . GCC G 1700.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=67.0629;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.70;MQ0=0;QD=40.50;SB=-6.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:42:99:1743,117,0 chrXII 762479 . CCTT C 1140.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=66.4193;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.76;MQ0=0;QD=32.60;RPA=3,2;RU=CTT;SB=-3.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,27:35:87:1183,87,0 chrXII 766503 . TAAAAAA T 3370 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.449;DP=114;FS=2.306;HaplotypeScore=482.7978;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.26;MQ0=0;MQRankSum=1.014;QD=29.56;RPA=25,19;RU=A;ReadPosRankSum=1.553;SB=-1.459e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:50,54:113:99:3370,148,0 chrXII 771882 . A AAGTC 5246 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=25.4596;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.41;MQ0=0;QD=63.20;SB=-2.009e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:83:99:5246,232,0 chrXII 783721 . A AG 1029.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.059;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=91.2142;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.272;QD=20.60;RPA=8,9;RU=G;ReadPosRankSum=-1.422;SB=-3.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,43:50:73:1072,73,0 chrXII 784001 . G GCTAATTTTTGC 6059 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=17.9168;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.20;MQ0=0;QD=118.80;SB=-2.756e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:51:99:6059,144,0 chrXII 784382 . G GC 1573.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=37.7734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.75;MQ0=0;QD=28.11;RPA=2,3;RU=C;SB=-8.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:55:99:1616,144,0 chrXII 784523 . G GT 590.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.228;DP=41;FS=2.558;HaplotypeScore=141.3071;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.87;MQ0=0;MQRankSum=1.034;QD=14.41;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.776;SB=-1.828e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,25:41:40:633,40,0 chrXII 784855 . GA G 894.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=199.7140;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.93;MQ0=0;QD=15.43;RPA=9,8;RU=A;SB=-4.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,52:58:99:937,142,0 chrXII 784895 . G GA 351.06 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.787;DP=45;FS=2.021;HaplotypeScore=165.7596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.612;QD=7.80;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.437;SB=-1.781e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,19:45:14:390,0,14 chrXII 786255 . G GT 3113.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.389;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=652.0096;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.80;MQ0=0;MQRankSum=1.598;QD=20.35;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.685;SB=-1.133e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,130:153:99:3156,365,0 chrXII 796917 . TA T 1320.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=182.5233;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.56;MQ0=0;QD=18.61;RPA=6,5;RU=A;SB=-3.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,65:71:99:1363,182,0 chrXII 863696 . CTCA C 764.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=91.2205;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.35;MQ0=0;QD=20.13;RPA=8,7;RU=TCA;SB=-7.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,25:38:60:807,60,0 chrXII 872807 . G GT 2700.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.683;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=34.1938;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=0.556;QD=20.16;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.446;SB=-1.208e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,114:134:99:2743,308,0 chrXII 875035 . C CA 567.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.415;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=51.6726;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.553;QD=15.78;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.968;SB=-1.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,28:36:32:610,32,0 chrXII 877207 . G GT 1957.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=71.9208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.49;MQ0=0;QD=23.88;RPA=5,6;RU=T;SB=-7.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,76:82:99:2000,213,0 chrXII 881962 . A ATG 184.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=9.1945;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=68.02;MQ0=0;QD=9.69;SB=-9.209e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,18:19:21:226,21,0 chrXII 892960 . G GA 2016.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.034;DP=111;FS=10.943;HaplotypeScore=39.8201;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=0.405;QD=18.17;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.832;SB=-8.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,92:111:99:2059,212,0 chrXII 899162 . AT A 1319.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=311.2669;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.39;MQ0=0;QD=15.90;RPA=9,8;RU=T;SB=-5.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,76:83:99:1362,207,0 chrXII 915075 . CGTGT C 3730 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=447.2411;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.22;MQ0=0;QD=46.05;RPA=8,6;RU=GT;SB=-1.056e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,71:81:99:3730,217,0 chrXII 922015 . TA T 1282.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=177.4554;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.97;MQ0=0;QD=19.74;RPA=4,3;RU=A;SB=-5.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,60:65:99:1325,162,0 chrXII 928464 . T TG 1718.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=18.5338;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=29.64;RPA=2,3;RU=G;SB=-7.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,55:58:99:1761,159,0 chrXII 932243 . A AT 1472.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=143.1124;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.70;MQ0=0;QD=21.98;RPA=8,9;RU=T;SB=-4.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,58:67:99:1515,177,0 chrXII 934342 . C CA 2554.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=44.1534;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=22.03;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.114e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,94:116:99:2597,288,0 chrXII 948003 . G GA 1317.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=11.4617;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.96;MQ0=0;QD=37.66;SB=-6.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:99:1360,102,0 chrXII 950305 . 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AT A 1717.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=99.0786;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.67;MQ0=0;QD=25.64;SB=-6.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,66:67:99:1760,195,0 chrXII 975700 . G GT 1951.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=1114.9966;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.32;MQ0=0;QD=22.96;RPA=3,4;RU=T;SB=-8.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,67:84:99:1994,198,0 chrXII 976101 . T TAATATAATTTAG 932.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=23.6615;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.68;MQ0=0;QD=77.67;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:12:21:974,21,0 chrXII 981389 . ATG A 269.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=141.4535;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=33.75;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24:312,24,0 chrXII 981406 . CCA C 430.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=171.3065;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=39.18;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33:473,33,0 chrXII 981414 . A AG 382.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=176.1969;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=34.81;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33:425,33,0 chrXII 982224 . TA T 2354.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=747.9324;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.59;MQ0=0;QD=21.03;RPA=5,4;RU=A;SB=-8.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,105:112:99:2397,305,0 chrXII 993474 . T TTAA 2900.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=66.1172;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=27.89;RPA=5,6;RU=TAA;SB=-6.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,69:104:99:2943,190,0 chrXII 1000203 . ACATTATTTTT A 14034 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=194;FS=0.000;HaplotypeScore=254.4640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.99;MQ0=0;QD=72.34;RPA=2,1;RU=CATTATTTTT;SB=-6.139e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:66,127:194:99:14034,409,0 chrXII 1000245 . A AT 4005 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.026;DP=200;FS=0.000;HaplotypeScore=1361.3090;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.320;QD=20.03;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.011;SB=-1.511e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,162:200:99:4005,452,0 chrXII 1002214 . GAAAA G,GA 1037.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.469;DP=78;FS=7.689;HaplotypeScore=162.7802;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.81;MQ0=0;MQRankSum=2.021;QD=13.31;RPA=19,15,16;RU=A;ReadPosRankSum=2.674;SB=-2.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:29,7,0:77:88:1116,417,455,148,0,88 chrXII 1006047 . T TGAA 1648.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.819;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=220.9212;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.353;QD=24.61;ReadPosRankSum=2.327;SB=-4.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,45:67:99:1691,133,0 chrXII 1006331 . C CA 2400.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=605.8618;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.83;MQ0=0;QD=28.25;RPA=3,4;RU=A;SB=-6.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,79:85:99:2443,240,0 chrXII 1011511 . TA T 1955.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=296.3321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.53;MQ0=0;QD=19.18;RPA=6,5;RU=A;SB=-6.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,97:102:99:1998,269,0 chrXII 1011600 . T TA 1808.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.068;DP=93;FS=4.654;HaplotypeScore=224.4785;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.43;MQ0=0;MQRankSum=0.024;QD=19.45;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.878;SB=-5.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,71:93:99:1851,200,0 chrXII 1011933 . GC G 604.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.873;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=324.2749;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.35;MQ0=0;MQRankSum=0.508;QD=11.86;ReadPosRankSum=2.261;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,34:51:45:647,45,0 chrXII 1011935 . TGC T 1010.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.890;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=283.4806;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.284;QD=20.63;ReadPosRankSum=2.321;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,34:49:65:1053,65,0 chrXII 1011952 . CTGT C 1730.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=259.1571;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.48;MQ0=0;QD=30.37;RPA=6,5;RU=TGT;SB=-5.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,45:57:99:1773,126,0 chrXII 1012226 . T TAC 1994.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=92.6285;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.88;MQ0=0;QD=43.37;SB=-6.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,43:46:99:2037,129,0 chrXII 1012321 . C CG 791.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=270.1623;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.82;MQ0=0;QD=24.75;RPA=2,3;RU=G;SB=-4.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,27:32:81:834,81,0 chrXII 1012324 . C CG 901.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=258.9536;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.55;MQ0=0;QD=31.10;RPA=1,2;RU=G;SB=-4.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,27:29:87:944,87,0 chrXII 1012328 . A AGCC 1415.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=224.8488;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.27;MQ0=0;QD=42.91;RPA=1,2;RU=GCC;SB=-5.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,28:33:84:1458,84,0 chrXII 1013890 . GT G 2407.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=28.8648;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.83;MQ0=0;QD=22.09;RPA=4,3;RU=T;SB=-4.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,101:109:99:2450,285,0 chrXII 1014199 . TTG T 1542.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=30.2027;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.67;MQ0=1;QD=23.03;RPA=7,6;RU=TG;SB=-4.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,55:66:99:1585,153,0 chrXII 1019115 . CG C 417.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=132.3533;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.32;MQ0=0;QD=9.50;SB=-8.500e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,18:44:63:460,63,0 chrXII 1024978 . TAA T 29.97 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.524;DP=22;FS=13.222;HaplotypeScore=84.2639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.212;QD=1.36;ReadPosRankSum=-1.256;SB=-2.495e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,7:20:53:69,0,53 chrXII 1026770 . T TA 1483.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=187.7718;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.84;MQ0=0;QD=22.48;RPA=9,10;RU=A;SB=-3.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,63:66:99:1526,181,0 chrXII 1028973 . C CG 1412.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.229;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=338.7231;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.18;MQ0=0;MQRankSum=0.316;QD=23.55;ReadPosRankSum=1.931;SB=-5.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,55:60:99:1455,159,0 chrXII 1030472 . A ATC 4430 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=36.1622;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.14;MQ0=0;QD=43.86;SB=-1.754e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,93:101:99:4430,271,0 chrXII 1039210 . G GA 1663.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.996;DP=115;FS=1.847;HaplotypeScore=190.7969;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.51;MQ0=0;MQRankSum=0.407;QD=14.47;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.201;SB=-7.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,81:115:99:1706,153,0 chrXII 1043537 . G GT 2745.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=115.0145;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.15;MQ0=0;QD=33.49;RPA=1,2;RU=T;SB=-8.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:82:99:2788,238,0 chrXII 1052066 . AAT A 969.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=123.5900;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.38;MQ0=0;QD=26.22;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,35:37:93:1012,93,0 chrXII 1052907 . CA C 2961.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=237.9022;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.90;MQ0=0;QD=28.76;RPA=2,1;RU=A;SB=-4.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,99:103:99:3004,289,0 chrXII 1053044 . AT A 1597.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=203.1478;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.11;MQ0=0;QD=21.59;RPA=4,3;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,64:74:99:1640,189,0 chrXII 1053323 . TAATC T 649.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=46.1885;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;QD=34.21;RPA=2,1;RU=AATC;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,15:19:42:692,42,0 chrXII 1054794 . GC G 3052.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=26.5445;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.27;MQ0=0;QD=28.27;RPA=3,2;RU=C;SB=-5.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,105:108:99:3095,310,0 chrXII 1054954 . 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GA G 21 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.896;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=240.5705;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.69;MQ0=10;MQRankSum=0.254;QD=0.27;RPA=7,6;RU=A;ReadPosRankSum=-1.269;SB=-1.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,27:59:60:60,0,797 chrXII 1061624 . G GC 244.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.181;DP=51;FS=22.816;HaplotypeScore=177.7707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.01;MQ0=10;MQRankSum=0.164;QD=4.80;ReadPosRankSum=-0.128;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,10:37:99:284,0,829 chrXII 1062370 . A AT 113.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=34.1205;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.16;MQ0=1;QD=16.18;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,6:5:15:155,15,0 chrXII 1062467 . C CAG 821.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=242.5097;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.06;MQ0=2;QD=31.61;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:18:54:864,54,0 chrXII 1062515 . 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GT G 89.38 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=177.1262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=5.59;ReadPosRankSum=0.736;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,7:14:7:128,0,7 chrXII 1064562 . TG T 585.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.671;DP=76;FS=5.082;HaplotypeScore=351.4141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.27;MQ0=10;MQRankSum=0.390;QD=7.71;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=-0.056;SB=-1.824e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,47:36:29:625,0,29 chrXII 1064621 . G GT 638.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.867;DP=44;FS=5.883;HaplotypeScore=419.2297;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.08;MQ0=5;MQRankSum=-1.151;QD=14.52;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=0.925;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,31:33:99:678,0,150 chrXII 1064774 . TA T 451.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.277;DP=44;FS=14.094;HaplotypeScore=269.6896;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.09;MQ0=4;MQRankSum=2.298;QD=10.27;ReadPosRankSum=3.180;SB=-2.216e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,18:28:99:491,0,353 chrXII 1065152 . T TGTGG 1061.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.300;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=117.6109;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.72;MQ0=2;MQRankSum=-1.011;QD=23.09;ReadPosRankSum=-1.445;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,18:30:66:1104,66,0 chrXIII 5536 . TACACCC T 182.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.134;DP=75;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=77.2864;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.02;MQ0=49;MQRankSum=-1.134;QD=2.44;RPA=2,1;RU=ACACCC;ReadPosRankSum=0.536;SB=-1.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,7:16:83:222,0,83 chrXIII 8440 . C CA 1747.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=875.6321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.37;MQ0=0;QD=26.48;RPA=4,5;RU=A;SB=-7.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,63:66:99:1790,189,0 chrXIII 8882 . T TA 2220.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.617;DP=63;FS=4.771;HaplotypeScore=356.0977;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.93;MQ0=0;MQRankSum=0.346;QD=35.25;ReadPosRankSum=1.444;SB=-6.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,61:63:99:2263,171,0 chrXIII 9133 . G GA 1835.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=208.0800;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.99;MQ0=0;QD=22.12;RPA=6,7;RU=A;SB=-6.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,67:83:99:1878,213,0 chrXIII 9226 . CA C 1909.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=238.1849;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.55;MQ0=0;QD=23.29;RPA=6,5;RU=A;SB=-7.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,76:82:99:1952,222,0 chrXIII 9528 . AT A 1007.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.670;DP=74;FS=8.166;HaplotypeScore=303.5359;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.513;QD=13.62;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=2.432;SB=-3.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,55:74:82:1050,82,0 chrXIII 10148 . TA T 1384.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=400.5182;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.39;MQ0=0;QD=20.07;RPA=8,7;RU=A;SB=-7.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,60:69:99:1427,177,0 chrXIII 14024 . CG C 3220.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=145.1994;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=31.88;RPA=3,2;RU=G;SB=-1.076e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,98:101:99:3262,295,0 chrXIII 21841 . GA G 1900.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=120.8203;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.64;MQ0=0;QD=21.85;RPA=7,6;RU=A;SB=-2.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,85:87:99:1943,231,0 chrXIII 21941 . CAT C 1670.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=365.0055;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.54;MQ0=0;QD=18.16;RPA=6,5;RU=AT;SB=-6.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:50,42:92:99:1713,147,0 chrXIII 21958 . GTATATATA G 2174.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=228.1144;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.40;MQ0=0;QD=41.04;RPA=11,7;RU=TA;SB=-1.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,26:53:87:2217,87,0 chrXIII 23878 . A AGAGAG 6396 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=394.9053;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.31;MQ0=0;QD=63.96;RPA=1,2;RU=GAGAG;SB=-1.755e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,85:100:99:6396,280,0 chrXIII 25978 . GCA G 4224 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=37.1397;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=45.42;SB=-1.984e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:93:99:4224,265,0 chrXIII 26538 . CT C 569.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=300.7601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.29;MQ0=0;QD=10.75;RPA=11,10;RU=T;SB=-2.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,14:53:86:612,86,0 chrXIII 26795 . G GAA 2511.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=336.7831;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.45;MQ0=0;QD=39.87;RPA=2,4;RU=A;SB=-5.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,60:63:99:2554,187,0 chrXIII 26816 . GACCCT G 4310 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=248.6009;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.60;MQ0=0;QD=59.04;RPA=2,1;RU=ACCCT;SB=-7.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,52:73:99:4310,199,0 chrXIII 28146 . CGT C 1626.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=22.4799;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.69;MQ0=0;QD=32.54;RPA=7,6;RU=GT;SB=-3.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,45:50:99:1669,141,0 chrXIII 33830 . G GGGA 3372 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=469.1623;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.96;MQ0=0;QD=43.23;SB=-1.052e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,44:78:99:3372,223,0 chrXIII 33870 . C CT 2395.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=328.8636;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.13;MQ0=0;QD=34.23;SB=-1.150e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,65:70:99:2438,198,0 chrXIII 43866 . CT C 1621.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.011;DP=115;FS=5.898;HaplotypeScore=215.4045;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.367;QD=14.10;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.189;SB=-7.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,76:115:99:1664,195,0 chrXIII 43908 . A ATTT 2971.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=271.4622;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.44;MQ0=0;QD=25.40;RPA=12,15;RU=T;SB=-1.481e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:71,30:117:99:3014,247,0 chrXIII 44386 . ACAGCAGCAG A 6325 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=101.9786;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.94;MQ0=0;QD=82.14;RPA=6,3;RU=CAG;SB=-2.214e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,71:77:99:6325,202,0 chrXIII 46000 . T TTATATA 1167.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=168.4300;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.49;MQ0=0;QD=33.37;RPA=4,7;RU=TA;SB=-5.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,24:34:48:1210,48,0 chrXIII 53771 . T TGAACTG 4140 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=235.2723;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.85;MQ0=0;QD=81.18;SB=-1.623e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,43:51:99:4140,148,0 chrXIII 53799 . AATT A 1933.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.202;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=539.1334;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.298;QD=37.19;ReadPosRankSum=2.105;SB=-9.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,39:52:99:1976,120,0 chrXIII 54642 . C CT 598.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=68.8892;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.68;MQ0=0;QD=22.18;RPA=9,10;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:78:641,78,0 chrXIII 56529 . 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G GA 1207.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.930;DP=70;FS=3.039;HaplotypeScore=41.0722;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.323;QD=17.26;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.106;SB=-6.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,51:70:99:1250,124,0 chrXIII 65927 . CTGTTGT C 4382 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=41.7101;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;QD=49.24;RPA=9,7;RU=TGT;SB=-1.684e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,64:89:99:4382,190,0 chrXIII 68092 . T TG 2517.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=28.4522;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.91;MQ0=0;QD=26.23;RPA=5,6;RU=G;SB=-8.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,89:96:99:2560,255,0 chrXIII 70292 . A AC 653.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8555;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.13;MQ0=0;QD=27.25;RPA=4,5;RU=C;SB=-1.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,22:24:66:696,66,0 chrXIII 77135 . T TA 3385 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=36.7835;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.80;MQ0=0;QD=29.43;SB=-1.493e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,91:115:99:3385,286,0 chrXIII 77896 . CAA C 3734 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=395.2472;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.44;MQ0=0;QD=36.61;RPA=5,3;RU=A;SB=-1.419e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,100:102:99:3734,289,0 chrXIII 79840 . G GA 1852.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=267.1703;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.38;MQ0=0;QD=21.30;RPA=5,6;RU=A;SB=-5.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,76:87:99:1895,207,0 chrXIII 85889 . GA G 4429 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=205;FS=0.000;HaplotypeScore=59.9565;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.47;MQ0=0;QD=21.60;RPA=7,6;RU=A;SB=-2.116e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,194:205:99:4429,527,0 chrXIII 90850 . A ATT 1106.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=193.0554;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.76;MQ0=0;QD=20.89;RPA=11,13;RU=T;SB=-3.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,38:53:99:1149,122,0 chrXIII 91741 . CTGGGTTTTCT C 4296 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=137.8473;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.64;MQ0=0;QD=93.39;SB=-1.347e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,38:46:99:4296,111,0 chrXIII 92062 . C CT 820.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.096;DP=47;FS=5.149;HaplotypeScore=20.6914;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.059;QD=17.47;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.251;SB=-2.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,36:47:84:863,84,0 chrXIII 94322 . GAAA G 2465.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=440.9402;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.43;MQ0=0;QD=37.36;RPA=7,4;RU=A;SB=-1.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,38:66:99:2508,151,0 chrXIII 95396 . G GA 2435.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=113.4171;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=25.11;RPA=6,7;RU=A;SB=-5.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,94:97:99:2478,276,0 chrXIII 95516 . T TA 845.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=89.3924;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.50;MQ0=0;QD=35.25;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,23:24:66:888,66,0 chrXIII 95588 . CAA C 922.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=52.6592;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.92;MQ0=0;QD=27.97;RPA=12,10;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,31:32:90:965,90,0 chrXIII 97583 . A ATT 1938.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.365;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=316.6418;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.207;QD=25.18;RPA=10,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.630;SB=-5.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,61:76:99:1981,152,0 chrXIII 97876 . A AT 1859.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.810;DP=115;FS=4.331;HaplotypeScore=54.8337;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=1.210;QD=16.17;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.845;SB=-6.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,80:114:99:1902,162,0 chrXIII 99287 . A AT 1304.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=44.2254;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.73;MQ0=0;QD=21.05;RPA=4,5;RU=T;SB=-3.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,35:62:99:1347,153,0 chrXIII 99599 . CATATAT C 2270.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=256.5997;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.80;MQ0=0;QD=38.49;RPA=9,6;RU=AT;SB=-9.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,38:59:99:2313,99,0 chrXIII 108637 . C CA 2399.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.290;DP=177;FS=2.356;HaplotypeScore=534.4587;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.835;QD=13.56;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-1.276;SB=-1.057e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,124:177:99:2442,99,0 chrXIII 110970 . A AAAACAATCAGGC 10905 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=39.2429;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.82;MQ0=1;QD=99.14;SB=-4.426e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,63:109:99:10905,282,0 chrXIII 111799 . C CA 2044.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.854;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=63.9148;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.522;QD=15.85;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.712;SB=-8.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,100:129:99:2087,183,0 chrXIII 120604 . GTTCTTCTTC G 5583 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=41.1659;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.63;MQ0=0;QD=58.16;RPA=7,4;RU=TTC;SB=-2.457e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,78:96:99:5583,219,0 chrXIII 122778 . C CGTTCCTGTTCTTATT 13573 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=119.6787;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.57;MQ0=0;QD=133.07;SB=-6.152e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,61:102:99:13573,289,0 chrXIII 122959 . GACACTTTTTTGCTTA G 4785 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=18.5944;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.25;MQ0=0;QD=106.33;SB=-1.934e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,40:45:99:4785,114,0 chrXIII 124042 . A AT 2190.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=855.0391;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.99;MQ0=0;QD=20.48;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.028e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,90:107:99:2233,260,0 chrXIII 124563 . G GC 4692 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=450.3402;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.61;MQ0=0;QD=36.37;SB=-1.031e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,126:129:99:4692,379,0 chrXIII 132696 . AATTATGGGAGATCGTTGATG A 5995 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=321.2833;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.33;MQ0=0;QD=111.02;SB=-2.930e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,31:54:87:5995,87,0 chrXIII 135265 . G GAT 552.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.156;DP=41;FS=3.522;HaplotypeScore=170.5778;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.542;QD=13.47;RPA=6,7;RU=AT;ReadPosRankSum=-0.964;SB=-2.351e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,20:41:19:594,19,0 chrXIII 141812 . GC G 1825.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=26.2138;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.28;MQ0=0;QD=29.93;RPA=4,3;RU=C;SB=-3.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1868,174,0 chrXIII 146087 . TCCATACA T 6203 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=238.1648;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;QD=60.81;RPA=3,2;RU=CCATACA;SB=-2.586e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,70:102:99:6203,229,0 chrXIII 148703 . GC G 2633.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=342.0668;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.17;MQ0=0;QD=35.59;SB=-8.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2676,223,0 chrXIII 158478 . GT G 967.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=44.9238;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.51;MQ0=0;QD=23.05;RPA=5,4;RU=T;SB=-2.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,37:42:99:1010,111,0 chrXIII 162027 . ATAAG A 4249 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=29.2865;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.31;MQ0=0;QD=47.21;RPA=3,2;RU=TAAG;SB=-1.980e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,81:90:99:4249,229,0 chrXIII 163391 . G GA 2067.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.531;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=226.9906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.208;QD=20.47;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.329;SB=-8.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,94:101:99:2110,233,0 chrXIII 164392 . G GT 127.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.953;DP=42;FS=16.021;HaplotypeScore=41.4990;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=1.953;QD=3.05;RPA=25,26;RU=T;ReadPosRankSum=1.449;SB=-9.674e-01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,13:42:9:169,9,0 chrXIII 165375 . 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T TTA 139.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=25.4558;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.81;MQ0=0;QD=3.97;RPA=1,2;RU=TA;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,12:34:18:181,18,0 chrXIII 168885 . AT A 1034.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=172.9294;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.12;MQ0=0;QD=20.29;RPA=8,7;RU=T;SB=-5.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,44:50:99:1077,135,0 chrXIII 168896 . CT C 1344.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=162.1150;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.94;MQ0=0;QD=23.60;RPA=5,4;RU=T;SB=-6.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,45:57:99:1387,153,0 chrXIII 169058 . C CT 1461.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.567;DP=134;FS=15.127;HaplotypeScore=313.0205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.50;MQ0=0;MQRankSum=0.585;QD=10.91;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.203;SB=-5.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,72:134:99:1501,0,102 chrXIII 169103 . 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A AACTACTACTACTACT 3346 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=161.3322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.80;MQ0=0;QD=88.05;RPA=6,11;RU=ACT;SB=-4.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,32:38:96:3346,96,0 chrXIII 183362 . GA G 1563.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=107.9362;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.98;MQ0=0;QD=25.23;RPA=3,2;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,60:62:99:1606,150,0 chrXIII 183720 . G GA 689.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=142.1676;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.24;MQ0=0;QD=27.60;RPA=3,4;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:72:732,72,0 chrXIII 183886 . TA T 952.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=151.1176;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.94;MQ0=0;QD=19.06;RPA=9,8;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,47:50:99:995,129,0 chrXIII 183991 . A AT 3013.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=146.2649;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.58;MQ0=0;QD=35.46;SB=-9.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,79:85:99:3056,235,0 chrXIII 192005 . T TTCA 556.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.531;DP=22;FS=12.304;HaplotypeScore=78.7188;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.102;QD=25.32;ReadPosRankSum=-0.714;SB=-1.797e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,5:22:27:599,27,0 chrXIII 192137 . C CA 767.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=140.7418;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.17;MQ0=0;QD=21.94;RPA=8,9;RU=A;SB=-7.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,34:35:96:810,96,0 chrXIII 195892 . T TAAG 4825 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=442.8254;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.08;MQ0=0;QD=46.84;SB=-1.055e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,92:101:99:4825,268,0 chrXIII 201934 . C CTA 1160.61 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.281;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=887.2701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=13.01;MQ0=115;MQRankSum=-2.195;QD=8.06;ReadPosRankSum=1.850;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:114,27:29:5:1199,0,5 chrXIII 209069 . CT C 302.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.419;DP=33;FS=7.659;HaplotypeScore=64.9147;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=0.779;QD=9.18;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=-1.258;SB=-1.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,20:33:28:345,28,0 chrXIII 234752 . A AT 456.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.449;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=61.0949;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.98;MQ0=0;MQRankSum=0.835;QD=11.15;RPA=14,15;RU=T;ReadPosRankSum=-1.220;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,26:41:58:499,58,0 chrXIII 236652 . 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A AT 232.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=75.6518;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.39;MQ0=0;QD=17.92;RPA=5,6;RU=T;SB=-5.498e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,10:13:30:275,30,0 chrXIII 268170 . A AT 593.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=139.7139;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.04;MQ0=0;QD=19.80;RPA=5,6;RU=T;SB=-2.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,24:30:69:636,69,0 chrXIII 272762 . GT G 2698.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=35.7317;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.67;MQ0=0;QD=24.10;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.369e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,103:112:99:2741,300,0 chrXIII 275577 . C CT 2348.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=122.9556;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.57;MQ0=0;QD=29.00;RPA=2,3;RU=T;SB=-8.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,78:81:99:2391,226,0 chrXIII 277274 . TA T 2500.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=253.7689;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.22;MQ0=0;QD=18.95;RPA=8,7;RU=A;SB=-8.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,120:132:99:2543,320,0 chrXIII 287260 . G GA 812.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=9.9325;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.34;MQ0=0;QD=19.83;RPA=5,6;RU=A;SB=-2.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,35:41:93:855,93,0 chrXIII 287916 . A AC 1140.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=221.5654;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.49;MQ0=0;QD=27.17;RPA=5,6;RU=C;SB=-5.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:42:99:1183,117,0 chrXIII 289726 . C CTT 5954 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=375.0507;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.22;MQ0=0;QD=42.83;RPA=1,3;RU=T;SB=-2.661e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,131:139:99:5954,400,0 chrXIII 289729 . 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G GT 1917.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.060;DP=141;FS=3.520;HaplotypeScore=144.3775;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.368;QD=13.60;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.392;SB=-9.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,96:141:99:1960,161,0 chrXIII 307308 . A AT 1400.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=25.8571;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.83;MQ0=2;QD=27.47;SB=-6.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,45:49:99:1443,126,0 chrXIII 308767 . GAA G 2642.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=806.3667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.39;MQ0=0;QD=29.70;RPA=10,8;RU=A;SB=-9.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,84:89:99:2685,247,0 chrXIII 308989 . G GAGGGT 3689 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=78.2061;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.69;MQ0=0;QD=60.48;RPA=1,2;RU=AGGGT;SB=-1.629e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,48:61:99:3689,163,0 chrXIII 309045 . T TCTA 3954 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=360.4529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.01;MQ0=0;QD=42.52;RPA=1,2;RU=CTA;SB=-1.237e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,77:93:99:3954,235,0 chrXIII 309395 . TAA T 4299 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=530.0991;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.17;MQ0=0;QD=27.56;RPA=11,9;RU=A;SB=-1.926e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,139:156:99:4299,397,0 chrXIII 311954 . A AT 2737.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=294.7485;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.10;MQ0=0;QD=31.84;RPA=1,2;RU=T;SB=-9.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,83:86:99:2780,241,0 chrXIII 312171 . G GA 1661.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=25.1671;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=23.08;RPA=3,4;RU=A;SB=-6.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,56:72:99:1704,174,0 chrXIII 319404 . CT C 1830.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=344.5084;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.39;MQ0=0;QD=25.79;RPA=4,3;RU=T;SB=-8.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,68:71:99:1873,192,0 chrXIII 321140 . T TA 729.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=15.7639;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.75;MQ0=0;QD=15.53;RPA=6,7;RU=A;SB=-3.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,39:47:87:772,87,0 chrXIII 321328 . CATATATATATAT C 14790 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=119.8055;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.65;MQ0=0;QD=93.02;RPA=11,5;RU=AT;SB=-6.990e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,121:159:99:14790,343,0 chrXIII 323216 . CA C 1473.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.048;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=52.0882;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=-2.162;QD=13.78;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=2.386;SB=-6.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,68:107:99:1516,202,0 chrXIII 331971 . T TAA 1818.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=145.1445;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=25.26;RPA=10,12;RU=A;SB=-3.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,38:72:99:1861,187,0 chrXIII 332031 . C CA 1843.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=158.5249;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.85;MQ0=0;QD=22.76;RPA=8,9;RU=A;SB=-2.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,75:81:99:1886,224,0 chrXIII 344093 . G GAT 2533.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.485;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=28.4344;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.86;MQ0=0;MQRankSum=0.495;QD=29.46;RPA=5,6;RU=AT;ReadPosRankSum=-0.346;SB=-7.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,72:85:99:2576,174,0 chrXIII 344221 . A AT 1335.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=31.2697;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.86;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,52:56:99:1378,153,0 chrXIII 348323 . A AT 543.18 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.448;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=26.6445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.331;QD=11.81;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.253;SB=-3.516e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,33:46:10:582,0,10 chrXIII 353477 . CT C 1547.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=26.8611;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.50;MQ0=0;QD=23.81;RPA=6,5;RU=T;SB=-3.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,61:65:99:1590,183,0 chrXIII 353678 . A AT 684.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.447;DP=68;FS=14.319;HaplotypeScore=68.0329;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.492;QD=10.07;RPA=14,15;RU=T;ReadPosRankSum=-0.836;SB=-1.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,37:68:46:724,0,46 chrXIII 353767 . A AG 926.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=16.3685;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.26;MQ0=0;QD=28.09;RPA=1,2;RU=G;SB=-2.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,32:33:84:969,84,0 chrXIII 354750 . AT A 1992.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=76.9838;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.72;MQ0=2;QD=26.93;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,66:69:99:2035,192,0 chrXIII 354821 . CA C 2024.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=108.9120;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.31;MQ0=2;QD=22.25;RPA=5,4;RU=A;SB=-2.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,84:86:99:2067,225,0 chrXIII 356112 . A AGAGGAAGAG 3125.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=19.4558;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.93;MQ0=0;QD=47.36;RPA=2,3;RU=GAGGAAGAG;SB=-1.473e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,31:66:93:3168,93,0 chrXIII 363140 . CT C 1501.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=20.5054;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.64;MQ0=0;QD=20.57;RPA=9,8;RU=T;SB=-3.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,61:73:99:1544,197,0 chrXIII 370821 . G GA 988.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=231.7829;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.33;MQ0=0;QD=18.31;RPA=8,9;RU=A;SB=-5.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,43:54:99:1031,123,0 chrXIII 380311 . GAA G 2428.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.894;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=215.3750;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.02;MQ0=0;MQRankSum=1.203;QD=24.29;RPA=14,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.560;SB=-8.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,80:100:99:2471,240,0 chrXIII 382906 . TATTA T 4534 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=32.2528;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.34;MQ0=0;QD=48.23;SB=-2.249e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,85:94:99:4534,241,0 chrXIII 386028 . AT A 3970 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.672;DP=188;FS=0.000;HaplotypeScore=59.2797;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.081;QD=21.12;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.088;SB=-1.384e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,180:188:99:3970,492,0 chrXIII 387095 . A ATT 516.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.387;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=218.4698;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.043;QD=7.28;RPA=19,21;RU=T;ReadPosRankSum=-0.043;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,24:70:29:559,29,0 chrXIII 388684 . TTATATATATATATATA T 6196 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=38.5564;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.25;MQ0=0;QD=74.65;RPA=14,6;RU=TA;SB=-2.202e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,51:83:99:6196,147,0 chrXIII 394870 . TA T 2675.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=566.1401;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.16;MQ0=0;QD=20.74;RPA=10,9;RU=A;SB=-9.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,120:129:99:2718,355,0 chrXIII 396553 . G GA 1827.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=142.6639;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.56;MQ0=0;QD=23.74;RPA=5,6;RU=A;SB=-8.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,73:77:99:1870,204,0 chrXIII 399471 . TA T 1137.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=280.0555;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.57;MQ0=0;QD=16.73;RPA=8,7;RU=A;SB=-3.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,52:68:99:1180,149,0 chrXIII 405653 . C CTT 1999.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.325;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=171.1668;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.764;QD=26.32;RPA=10,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.764;SB=-8.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,59:76:99:2042,160,0 chrXIII 406257 . TAA T 1781.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.615;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=335.1162;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.67;MQ0=0;MQRankSum=0.440;QD=25.10;RPA=12,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.675;SB=-6.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,56:71:99:1824,173,0 chrXIII 409001 . CA C 1636.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.516;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=237.4075;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.11;MQ0=0;MQRankSum=0.346;QD=17.23;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.909;SB=-6.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,77:95:99:1679,213,0 chrXIII 409194 . GACAACAGCATCAACA G 5405 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=21.0060;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.73;MQ0=0;QD=80.67;RPA=2,1;RU=ACAACAGCATCAACA;SB=-1.264e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,25:67:99:5405,123,0 chrXIII 410428 . CAAT C 7352 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=229;FS=0.000;HaplotypeScore=238.2200;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.85;MQ0=0;QD=32.10;RPA=5,4;RU=AAT;SB=-8.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:55,174:229:99:7352,503,0 chrXIII 411264 . A ATT 2747.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=26.5113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.38;MQ0=0;QD=36.16;RPA=2,4;RU=T;SB=-1.184e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,71:76:99:2790,205,0 chrXIII 411379 . CTTT C 1929.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=150.5118;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.59;MQ0=0;QD=26.80;RPA=12,9;RU=T;SB=-8.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,40:72:99:1972,158,0 chrXIII 415478 . CAAG C 2854.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=349.6125;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.40;MQ0=0;QD=41.98;SB=-1.061e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:68:99:2897,189,0 chrXIII 420077 . AT A 2398.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=312.5452;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.01;MQ0=0;QD=29.99;RPA=2,1;RU=T;SB=-8.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,78:80:99:2441,225,0 chrXIII 420283 . GA G 1409.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=72.9744;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.69;MQ0=0;QD=24.74;RPA=4,3;RU=A;SB=-4.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,52:57:99:1452,150,0 chrXIII 420582 . T TA 1296.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=200.6568;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.65;MQ0=0;QD=20.59;RPA=5,6;RU=A;SB=-2.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,54:63:99:1339,147,0 chrXIII 420789 . CTT C 3332 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=362.6282;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.90;MQ0=0;QD=33.66;RPA=6,4;RU=T;SB=-8.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,92:99:99:3332,271,0 chrXIII 421112 . TC T 341.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=50.6162;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.05;MQ0=0;QD=22.80;SB=-3.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,12:15:39:384,39,0 chrXIII 426076 . AT A 1027.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=37.3519;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.51;MQ0=0;QD=16.32;RPA=9,8;RU=T;SB=-5.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,47:63:99:1070,137,0 chrXIII 431096 . CA C 1761.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=19.1765;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.12;MQ0=0;QD=23.81;RPA=4,3;RU=A;SB=-8.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,69:74:99:1804,186,0 chrXIII 431536 . GT G 732.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.151;DP=53;FS=3.053;HaplotypeScore=65.3339;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.422;QD=13.83;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.575;SB=-3.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,36:53:74:775,74,0 chrXIII 431601 . TTC T 1430.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=40.8025;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.14;MQ0=0;QD=34.07;SB=-5.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,38:42:99:1473,117,0 chrXIII 432230 . TGA T 1719.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=98.1294;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.83;MQ0=0;QD=40.95;SB=-6.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,38:42:99:1762,111,0 chrXIII 432244 . TA T 972.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=196.7737;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.93;MQ0=0;QD=19.46;RPA=8,7;RU=A;SB=-3.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,48:50:99:1015,126,0 chrXIII 432740 . T TTTTG 4505 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=61.1385;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.87;MQ0=0;QD=54.94;SB=-1.425e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,73:82:99:4505,232,0 chrXIII 433352 . CGTATCGATT C 7085 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=362.3236;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.14;MQ0=0;QD=63.26;RPA=2,1;RU=GTATCGATT;SB=-3.201e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,74:112:99:7085,223,0 chrXIII 434658 . T TA 3546 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=51.9917;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.80;MQ0=0;QD=27.07;RPA=3,4;RU=A;SB=-8.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,127:131:99:3546,361,0 chrXIII 437392 . A AC 1036.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.953;DP=43;FS=4.771;HaplotypeScore=74.0233;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=0.780;QD=24.12;RPA=6,7;RU=C;ReadPosRankSum=0.087;SB=-3.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,40:43:90:1079,90,0 chrXIII 437643 . AGTTCAAAAATTAGAATTG A 6619 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=14.1891;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.71;MQ0=0;QD=150.43;SB=-1.835e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,40:43:99:6619,111,0 chrXIII 442239 . CTT C 2533.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=50.9295;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.55;MQ0=0;QD=24.60;RPA=12,10;RU=T;SB=-8.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,80:103:99:2576,246,0 chrXIII 462693 . C CCTTT 2310.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.664;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=63.2023;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.61;MQ0=0;MQRankSum=0.645;QD=42.80;ReadPosRankSum=-1.664;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,44:53:99:2353,146,0 chrXIII 463236 . C CA 1706.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=542.8284;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.80;MQ0=0;QD=27.53;RPA=3,4;RU=A;SB=-6.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,60:61:99:1749,174,0 chrXIII 463381 . C CT 472.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=315.0912;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.46;MQ0=7;QD=16.31;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,23:19:45:515,45,0 chrXIII 463403 . AC A 1426.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=661.6430;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.79;MQ0=2;QD=29.73;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:43:99:1469,120,0 chrXIII 463488 . AC A 3961 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=265.9497;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.89;MQ0=0;QD=34.75;SB=-1.761e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:114:99:3961,319,0 chrXIII 472604 . C CAA 882.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=37.9197;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.14;MQ0=0;QD=26.76;RPA=8,10;RU=A;SB=-3.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,21:33:84:925,84,0 chrXIII 472799 . A AAT 461.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=34.4457;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.93;MQ0=0;QD=20.09;RPA=5,6;RU=AT;SB=-1.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,17:23:42:504,42,0 chrXIII 475726 . G GAAAAAAA 990.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=21.6840;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.00;MQ0=0;QD=30.03;RPA=16,23;RU=A;SB=-2.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,16:33:65:1033,65,0 chrXIII 477648 . G GT 2689.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=129.0691;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.62;RPA=2,3;RU=T;SB=-8.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,84:94:99:2732,259,0 chrXIII 480268 . CT C 2585.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=337.0129;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;QD=20.52;RPA=9,8;RU=T;SB=-8.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,114:126:99:2628,335,0 chrXIII 480741 . GT G 1093.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=94.6485;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.23;MQ0=0;QD=23.28;RPA=6,5;RU=T;SB=-2.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1136,132,0 chrXIII 481989 . C CA 2391.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=24.0147;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.99;MQ0=0;QD=27.81;RPA=3,4;RU=A;SB=-9.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,85:86:99:2434,246,0 chrXIII 482113 . GA G 1426.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=21.5533;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=19.82;RPA=9,8;RU=A;SB=-6.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,63:72:99:1469,185,0 chrXIII 482952 . A AT 1917.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.371;DP=101;FS=8.082;HaplotypeScore=186.5962;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.12;MQ0=0;MQRankSum=1.492;QD=18.99;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.212;SB=-8.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,93:101:99:1960,171,0 chrXIII 483743 . GAAAA G,GAA 686.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.385;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=107.2468;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.213;QD=8.48;RPA=23,19,21;RU=A;ReadPosRankSum=1.764;SB=-3.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:48,12,0:80:99:765,148,381,303,0,280 chrXIII 486163 . AT A 1830.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=19.3522;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.07;MQ0=0;QD=26.54;RPA=3,2;RU=T;SB=-5.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,63:69:99:1873,174,0 chrXIII 489751 . CGCT C 1383.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.135;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=399.2615;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.79;MQ0=0;MQRankSum=0.418;QD=44.64;RPA=2,1;RU=GCT;ReadPosRankSum=1.135;SB=-4.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,30:31:82:1426,82,0 chrXIII 489760 . ACCCGCTGCT A 2857.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.347;DP=31;FS=4.771;HaplotypeScore=257.1996;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.52;MQ0=0;MQRankSum=0.924;QD=92.19;ReadPosRankSum=1.155;SB=-9.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,25:31:83:2900,83,0 chrXIII 494984 . TA T 1825.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=277.9647;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.92;MQ0=0;QD=26.46;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,64:69:99:1868,195,0 chrXIII 502824 . AT A 2719.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=356.9452;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.80;MQ0=0;QD=23.86;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.164e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,105:114:99:2762,259,0 chrXIII 502862 . A AT 2878.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=424.7427;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=22.49;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.237e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,118:128:99:2921,341,0 chrXIII 503636 . G GTAAAATC 1746.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=187.3680;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.03;MQ0=0;QD=51.38;RPA=1,2;RU=TAAAATC;SB=-1.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,21:34:63:1789,63,0 chrXIII 509281 . A ATT 2068.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=21.6391;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.22;MQ0=0;QD=33.37;RPA=3,5;RU=T;SB=-9.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,58:62:99:2111,163,0 chrXIII 511310 . T TA 1827.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=96.0224;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=23.14;RPA=5,6;RU=A;SB=-5.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,72:79:99:1870,204,0 chrXIII 511585 . CT C 1548.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=25.8535;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.12;MQ0=0;QD=17.80;RPA=9,8;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,71:87:99:1591,206,0 chrXIII 512087 . GTT G 802.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.334;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=108.4683;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.92;MQ0=0;MQRankSum=0.473;QD=25.09;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.990;SB=-6.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,25:32:79:845,79,0 chrXIII 512547 . A AAGTT 1357.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=283.9751;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.99;MQ0=0;QD=41.15;RPA=1,2;RU=AGTT;SB=-1.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,22:33:69:1400,69,0 chrXIII 512572 . ATTT A 1253.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=243.9550;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.85;MQ0=0;QD=33.89;RPA=10,7;RU=T;SB=-2.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,33:37:90:1296,90,0 chrXIII 514073 . AT A 673.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=97.2030;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.60;MQ0=0;QD=16.44;RPA=12,11;RU=T;SB=-1.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,34:41:98:716,98,0 chrXIII 514095 . C CT 979.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=151.7215;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.69;MQ0=0;QD=18.15;RPA=8,9;RU=T;SB=-5.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,45:54:99:1022,123,0 chrXIII 514293 . A AT 372.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.630;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=44.5894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.315;QD=11.30;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=1.261;SB=-1.958e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,15:33:45:415,45,0 chrXIII 514628 . C CGCT 2043.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.352;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=24.0759;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.41;MQ0=0;MQRankSum=0.025;QD=35.24;ReadPosRankSum=-1.015;SB=-5.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,51:58:99:2086,112,0 chrXIII 515583 . ACAACAACAACTT A 6356 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=26.1397;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.67;MQ0=0;QD=90.80;SB=-2.249e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,60:70:99:6356,166,0 chrXIII 535671 . G GT 1225.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=79.6220;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.57;MQ0=0;QD=22.70;RPA=7,8;RU=T;SB=-2.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,51:54:99:1268,147,0 chrXIII 536190 . TA T 1025.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=19.9708;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.12;MQ0=0;QD=19.36;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,49:53:99:1068,138,0 chrXIII 537725 . G GA 1767.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.869;DP=88;FS=3.493;HaplotypeScore=129.8423;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=1.818;QD=20.09;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.838;SB=-7.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,67:88:99:1810,206,0 chrXIII 538559 . CA C 813.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.168;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=144.4407;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.766;QD=14.03;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.168;SB=-3.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,42:58:99:856,103,0 chrXIII 538627 . ACACACTCACTCACACATG A 5819 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=179.1919;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.04;MQ0=0;QD=129.31;SB=-2.261e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,27:45:99:5819,129,0 chrXIII 539504 . GC G 843.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.519;DP=64;FS=8.633;HaplotypeScore=385.7420;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=0.295;QD=13.19;ReadPosRankSum=4.235;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,47:64:40:886,40,0 chrXIII 539506 . TGC T 1312.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.677;DP=65;FS=5.597;HaplotypeScore=341.9114;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=0.180;QD=20.20;ReadPosRankSum=3.837;SB=-6.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,47:65:51:1355,51,0 chrXIII 540509 . GC G 2410.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=235.8405;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.46;MQ0=0;QD=32.58;RPA=2,1;RU=C;SB=-5.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,70:74:99:2453,208,0 chrXIII 540947 . T TA 1632.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=88.3599;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;QD=22.07;RPA=4,5;RU=A;SB=-7.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,66:74:99:1675,177,0 chrXIII 541444 . C CAA 1266.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.981;DP=89;FS=14.488;HaplotypeScore=962.2244;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.82;MQ0=0;MQRankSum=0.104;QD=14.24;ReadPosRankSum=3.636;SB=-5.889e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,34:89:99:1306,0,253 chrXIII 541446 . A AACAACAACAACCG 8573 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=411.6806;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.47;MQ0=0;QD=97.42;SB=-3.998e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:53,34:88:99:8573,249,0 chrXIII 545146 . G GATAA 5596 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=42.2064;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.18;MQ0=0;QD=57.10;SB=-2.715e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,90:98:99:5596,268,0 chrXIII 550889 . T TA 4146 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=46.6320;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.39;MQ0=0;QD=27.46;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.398e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,145:151:99:4146,397,0 chrXIII 552461 . G GA 3514 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=293.6993;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.73;MQ0=0;QD=26.82;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.696e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,125:131:99:3514,349,0 chrXIII 554567 . CT C 2162.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=337.0131;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.20;MQ0=0;QD=20.03;RPA=8,7;RU=T;SB=-2.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,96:108:99:2205,278,0 chrXIII 588609 . CTGT C 1759.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.250;DP=112;FS=6.604;HaplotypeScore=1206.8178;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.61;MQ0=2;MQRankSum=-0.184;QD=15.71;ReadPosRankSum=0.293;SB=-7.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,49:105:99:1799,0,1007 chrXIII 601042 . T TC 1882.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=166.3977;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.63;MQ0=0;QD=26.90;RPA=3,4;RU=C;SB=-9.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,66:70:99:1925,180,0 chrXIII 601230 . AG A 1726.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=332.6171;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.53;MQ0=0;QD=26.57;RPA=7,6;RU=G;SB=-7.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,60:63:99:1769,180,0 chrXIII 601268 . G GA 1176.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.535;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=387.9279;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.28;MQ0=0;MQRankSum=0.431;QD=14.90;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.293;SB=-4.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,43:79:99:1219,106,0 chrXIII 603551 . TA T 2022.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=134.5983;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.82;MQ0=0;QD=32.63;SB=-9.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,57:62:99:2065,160,0 chrXIII 609134 . C CCAG 1313.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.738;DP=61;FS=10.226;HaplotypeScore=531.0217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.77;MQ0=0;MQRankSum=0.224;QD=21.54;ReadPosRankSum=2.609;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:51:99:1353,0,665 chrXIII 609158 . C CCAG 628.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.805;DP=42;FS=1.527;HaplotypeScore=404.6676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.63;MQ0=1;MQRankSum=2.108;QD=14.98;ReadPosRankSum=3.514;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,17:36:99:668,0,643 chrXIII 609678 . TTCC T 1286.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.319;DP=109;DS;FS=14.201;HaplotypeScore=1430.0388;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.51;MQ0=9;MQRankSum=0.350;QD=11.81;ReadPosRankSum=2.474;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,32:90:99:1326,0,1830 chrXIII 609689 . A AT 358.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.171;DP=95;FS=27.376;HaplotypeScore=1560.8249;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.64;MQ0=10;MQRankSum=-0.933;QD=3.78;ReadPosRankSum=4.087;SB=-4.100e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,23:77:99:398,0,1309 chrXIII 609691 . AAGAG A 1620.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.137;DP=95;FS=23.634;HaplotypeScore=1455.2190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.77;MQ0=10;MQRankSum=0.028;QD=17.06;ReadPosRankSum=4.592;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,32:78:99:1660,0,2461 chrXIII 609752 . GTTC G 1707.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.200;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=2333.7283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.26;MQ0=1;MQRankSum=-3.436;QD=12.84;RPA=2,1;RU=TTC;ReadPosRankSum=3.928;SB=-8.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,44:128:99:1747,0,2518 chrXIII 609764 . A AC 696.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.760;DP=133;FS=0.727;HaplotypeScore=2264.5849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.39;MQ0=1;MQRankSum=-1.611;QD=5.24;ReadPosRankSum=0.509;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,32:125:99:736,0,2235 chrXIII 609769 . AAGAG A 1598.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.917;DP=116;FS=4.004;HaplotypeScore=1750.0469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.05;MQ0=0;MQRankSum=-3.650;QD=13.78;ReadPosRankSum=-1.643;SB=-7.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,32:110:99:1638,0,4516 chrXIII 611332 . T TGTTA 12405 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=230;FS=0.000;HaplotypeScore=218.0849;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.60;MQ0=0;QD=53.93;SB=-5.751e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,216:230:99:12405,611,0 chrXIII 619398 . CA C 1022.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=127.4468;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=23.79;RPA=6,5;RU=A;SB=-4.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,42:43:99:1065,126,0 chrXIII 623305 . GA G 2066.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=34.4954;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.07;MQ0=0;QD=21.09;RPA=9,8;RU=A;SB=-4.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,93:98:99:2109,266,0 chrXIII 623396 . A AG 2366.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=31.0103;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.95;MQ0=0;QD=31.14;SB=-6.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,61:76:99:2409,201,0 chrXIII 625421 . AAGAAAAAAAGAAAAAAAG A 3481 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.137;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=158.4371;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.89;MQ0=0;MQRankSum=1.651;QD=43.51;ReadPosRankSum=-0.712;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,62:79:99:3481,127,0 chrXIII 625633 . A ATT 1073.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=31.0779;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.70;MQ0=0;QD=23.87;RPA=10,12;RU=T;SB=-2.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,35:45:99:1116,103,0 chrXIII 625915 . A AG 1371.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=315.1834;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.69;MQ0=0;QD=34.30;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,38:40:99:1414,114,0 chrXIII 626754 . G GAA 1108.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=138.1486;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.89;MQ0=0;QD=17.33;RPA=11,13;RU=A;SB=-5.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,37:64:99:1151,115,0 chrXIII 628843 . TAA T 868.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=81.5787;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.43;MQ0=0;QD=28.03;RPA=11,9;RU=A;SB=-1.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,29:31:84:911,84,0 chrXIII 632096 . T TAATA 3944 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=73.6981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.17;MQ0=0;QD=62.60;SB=-1.751e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,48:63:99:3944,175,0 chrXIII 632332 . G GA 2073.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=172.1341;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.92;MQ0=0;QD=22.06;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.051e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,78:93:99:2116,234,0 chrXIII 646855 . CATATATATATATATATATATAT C 10512 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=157.0501;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.59;MQ0=0;QD=131.40;RPA=15,4;RU=AT;SB=-3.739e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,46:80:99:10512,138,0 chrXIII 646912 . G GTTAA 6939 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=957.7754;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.75;MQ0=0;QD=51.02;RPA=1,2;RU=TTAA;SB=-3.176e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,119:136:99:6939,355,0 chrXIII 649575 . AC A 2521.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=323.4235;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.49;MQ0=0;QD=32.75;RPA=2,1;RU=C;SB=-1.269e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:77:99:2564,226,0 chrXIII 652533 . CT C 1085.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.914;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=39.3021;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.43;MQ0=0;MQRankSum=1.575;QD=10.24;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.751;SB=-4.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,62:106:92:1128,92,0 chrXIII 652950 . G GTACAGT 2257.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.644;DP=86;FS=13.752;HaplotypeScore=384.2989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.93;MQ0=0;MQRankSum=0.801;QD=26.26;ReadPosRankSum=-2.097;SB=-1.064e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,30:86:99:2297,0,509 chrXIII 652952 . A ATATT 1251.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.067;DP=87;FS=1.878;HaplotypeScore=486.8952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.20;MQ0=0;MQRankSum=-3.022;QD=14.39;ReadPosRankSum=5.384;SB=-5.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,30:87:99:1291,0,1977 chrXIII 654160 . TATA T 4871 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=35.9420;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.83;MQ0=0;QD=40.26;RPA=2,1;RU=ATA;SB=-1.024e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,106:121:99:4871,307,0 chrXIII 654916 . AATATATAT A 3571 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=226.7102;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.83;MQ0=0;QD=47.61;RPA=9,5;RU=AT;SB=-1.550e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,35:75:99:3571,132,0 chrXIII 661888 . A AT 1863.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=109.0090;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.64;MQ0=0;QD=28.68;RPA=2,3;RU=T;SB=-4.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,63:65:99:1906,180,0 chrXIII 667202 . CAA C 312.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.141;DP=68;FS=15.244;HaplotypeScore=139.1875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.00;MQ0=0;MQRankSum=1.701;QD=4.60;RPA=17,15;RU=A;ReadPosRankSum=1.061;SB=-2.687e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,16:68:50:352,0,50 chrXIII 671796 . TA T 2334.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=124.7516;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.84;MQ0=0;QD=18.39;RPA=9,8;RU=A;SB=-8.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,111:127:99:2377,302,0 chrXIII 674863 . G GAA,GAAA 1900.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.936;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=182.3475;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.118;QD=17.77;RPA=17,19,20;RU=A;ReadPosRankSum=-1.776;SB=-6.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:72,11,8:107:99:1979,433,315,191,0,149 chrXIII 675099 . G GA 1297.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=131.2396;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.54;MQ0=0;QD=22.77;RPA=7,8;RU=A;SB=-4.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,53:57:99:1340,156,0 chrXIII 675387 . GT G 1899.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.495;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=190.6239;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.279;QD=20.00;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.165;SB=-4.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,86:95:99:1942,226,0 chrXIII 677063 . A ATT 4356 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.245;DP=160;FS=7.360;HaplotypeScore=396.6141;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.93;MQ0=0;MQRankSum=1.681;QD=27.23;RPA=11,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.879;SB=-1.795e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,128:160:99:4356,361,0 chrXIII 687366 . GT G 1217.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=211.0772;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.57;MQ0=0;QD=15.42;RPA=13,12;RU=T;SB=-5.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,61:79:99:1260,178,0 chrXIII 688905 . ATT A 1105.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=24.9375;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.36;MQ0=0;QD=24.58;RPA=11,9;RU=T;SB=-4.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,38:45:99:1148,111,0 chrXIII 688993 . C CA 1594.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=186.8908;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.64;MQ0=0;QD=24.17;RPA=4,5;RU=A;SB=-7.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,61:66:99:1637,174,0 chrXIII 695196 . 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CTCT C 3627 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=38.7808;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.78;MQ0=0;QD=38.18;RPA=3,2;RU=TCT;SB=-1.645e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,87:94:99:3627,234,0 chrXIII 733272 . GTAT G 5758 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=44.0240;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.36;MQ0=0;QD=39.44;RPA=2,1;RU=TAT;SB=-2.851e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,130:146:99:5758,358,0 chrXIII 733374 . TGTC T 3955 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=43.6264;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.97;MQ0=0;QD=43.94;RPA=2,1;RU=GTC;SB=-1.280e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,83:90:99:3955,247,0 chrXIII 739163 . G GC 2248.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=159.0843;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.06;MQ0=0;QD=32.13;RPA=1,2;RU=C;SB=-7.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,67:70:99:2291,190,0 chrXIII 739845 . CT C 2142.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=25.2563;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=28.96;RPA=2,1;RU=T;SB=-8.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,70:74:99:2185,189,0 chrXIII 751553 . CA C 1379.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=76.7969;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=19.44;RPA=10,9;RU=A;SB=-5.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,63:71:99:1422,185,0 chrXIII 752958 . AT A 199.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=40.3240;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.23;MQ0=0;QD=11.11;RPA=12,11;RU=T;SB=-9.694e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,10:18:35:242,35,0 chrXIII 756533 . CAT C 1351.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=272.4374;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.31;MQ0=0;QD=28.17;RPA=4,3;RU=AT;SB=-5.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,37:48:99:1394,114,0 chrXIII 756608 . A AT 996.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=361.2673;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.71;MQ0=0;QD=21.21;RPA=8,9;RU=T;SB=-3.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,41:47:99:1039,123,0 chrXIII 756824 . G GTTT 700.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.375;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=40.8095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.14;MQ0=0;MQRankSum=0.657;QD=14.91;RPA=17,20;RU=T;ReadPosRankSum=-1.733;SB=-2.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,19:44:73:743,73,0 chrXIII 756980 . TTC T 306.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.521;DP=38;FS=8.915;HaplotypeScore=255.5088;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.227;QD=8.08;ReadPosRankSum=-2.002;SB=-4.800e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,11:38:99:346,0,580 chrXIII 756991 . A AT 497.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.589;DP=42;FS=4.210;HaplotypeScore=305.3572;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.50;MQ0=0;MQRankSum=0.331;QD=11.86;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=-1.888;SB=-7.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,23:42:60:537,0,60 chrXIII 756996 . T TA 842.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=218.0564;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.11;MQ0=0;QD=25.54;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:78:885,78,0 chrXIII 758905 . CTATG C 2845.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=40.8118;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.01;MQ0=0;QD=30.60;RPA=6,5;RU=TATG;SB=-1.096e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,66:93:99:2888,168,0 chrXIII 759679 . C CT 1631.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=136.6312;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=24.73;RPA=3,4;RU=T;SB=-6.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:66:99:1674,168,0 chrXIII 768546 . CGTGTT C 204.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=17.1146;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.92;MQ0=0;QD=34.02;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,5:6:18:246,18,0 chrXIII 774724 . CAA C 1816.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.175;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=444.5011;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.857;QD=23.00;RPA=12,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.777;SB=-9.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,59:78:99:1859,178,0 chrXIII 774965 . A AAG 583.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=19.7770;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.18;MQ0=0;QD=29.20;RPA=2,3;RU=AG;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,16:20:45:626,45,0 chrXIII 775114 . GAAA G 2418.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=58.9808;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.58;MQ0=0;QD=35.06;RPA=12,9;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,64:69:99:2461,174,0 chrXIII 779300 . CT C 545.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.433;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=33.5580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.083;QD=8.66;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.162;SB=-1.636e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,28:63:40:587,40,0 chrXIII 779631 . A ACTC 2427.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=24.6987;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.77;MQ0=0;QD=38.54;RPA=3,4;RU=CTC;SB=-9.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,54:63:99:2470,160,0 chrXIII 789974 . G GA 2513.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.174;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=42.6891;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.012;QD=19.49;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.221;SB=-1.122e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,104:129:99:2556,270,0 chrXIII 798261 . GT G 750.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=12.6122;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.62;MQ0=0;QD=16.69;RPA=7,6;RU=T;SB=-3.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,38:45:96:793,96,0 chrXIII 798468 . G GT 2118.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=492.4534;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.93;MQ0=0;QD=24.93;RPA=4,5;RU=T;SB=-5.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,75:85:99:2161,228,0 chrXIII 801577 . GTTT G 3156.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=325.6830;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.03;MQ0=0;QD=37.58;RPA=9,6;RU=T;SB=-6.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,71:84:99:3199,214,0 chrXIII 801594 . G GT 1628.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=440.5693;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.17;MQ0=0;QD=21.16;RPA=7,8;RU=T;SB=-2.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,60:77:99:1671,195,0 chrXIII 804926 . TAAG T 3647 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=726.6998;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.67;MQ0=0;QD=32.86;RPA=6,5;RU=AAG;SB=-1.691e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,81:111:99:3647,253,0 chrXIII 805223 . T TA 3389 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=689.1624;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.01;MQ0=0;QD=24.92;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.521e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,130:136:99:3389,360,0 chrXIII 805306 . TA T 2647.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=756.6403;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.58;MQ0=0;QD=21.53;RPA=8,7;RU=A;SB=-3.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,101:123:99:2690,335,0 chrXIII 807691 . TTATG T 3837 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=100.3100;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.51;MQ0=0;QD=53.29;RPA=2,1;RU=TATG;SB=-1.605e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,67:72:99:3837,199,0 chrXIII 808204 . AAATG A 3384 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=195.5578;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.50;MQ0=0;QD=49.04;SB=-1.489e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,54:69:99:3384,186,0 chrXIII 808538 . G GCAA 437.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.448;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=75.7813;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.50;MQ0=0;MQRankSum=0.290;QD=23.00;ReadPosRankSum=0.869;SB=-7.275e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,9:17:20:479,20,0 chrXIII 808910 . ATG A 384.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.476;DP=33;FS=58.453;HaplotypeScore=173.2232;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.68;MQ0=0;MQRankSum=1.162;QD=11.67;ReadPosRankSum=0.172;SB=1.918e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,14:30:99:424,0,792 chrXIII 810832 . G GA 2057.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.315;DP=116;FS=4.531;HaplotypeScore=46.2472;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.866;QD=17.74;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.653;SB=-7.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,92:116:99:2100,242,0 chrXIII 811237 . GGTT G 2690.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=70.0855;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.08;MQ0=0;QD=26.64;RPA=9,8;RU=GTT;SB=-4.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,71:101:99:2733,198,0 chrXIII 822623 . TGA T 891.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.770;DP=101;FS=182.571;HaplotypeScore=369.0052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.37;MQ0=0;MQRankSum=-4.431;QD=8.83;ReadPosRankSum=-0.019;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,30:100:99:931,0,1967 chrXIII 822628 . TCA T 746.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.279;DP=105;FS=140.928;HaplotypeScore=394.5751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.60;MQ0=0;MQRankSum=-3.727;QD=7.11;ReadPosRankSum=-1.022;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,28:105:99:786,0,2437 chrXIII 822635 . GT G 767.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-4.288;DP=102;FS=10.750;HaplotypeScore=391.8527;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.89;MQ0=0;MQRankSum=3.068;QD=7.52;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.395;SB=-1.895e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:52,47:102:4:807,4,0 chrXIII 831662 . GA G 3293 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=334.6951;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.38;MQ0=0;QD=30.78;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.493e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,106:107:99:3293,283,0 chrXIII 837776 . A AT 2519.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=551.8738;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.31;MQ0=0;QD=25.20;RPA=3,4;RU=T;SB=-5.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,92:100:99:2562,261,0 chrXIII 852529 . T TGTC 3518 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=21.2662;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=50.26;SB=-4.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:70:99:3518,190,0 chrXIII 854422 . CT C 2352.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.941;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=233.2389;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.60;MQ0=0;MQRankSum=2.034;QD=15.69;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.059;SB=-3.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,98:150:99:2395,296,0 chrXIII 854478 . CTT C 2973.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.191;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=257.5057;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.41;MQ0=0;MQRankSum=0.038;QD=19.70;RPA=14,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.724;SB=-7.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,103:151:99:3016,301,0 chrXIII 855378 . A AT 2871.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=35.1445;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87;RPA=2,3;RU=T;SB=-6.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,104:111:99:2914,277,0 chrXIII 856903 . C CA 1203.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.166;DP=90;FS=2.966;HaplotypeScore=52.2034;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.403;QD=13.37;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-2.174;SB=-5.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,66:90:22:1245,22,0 chrXIII 860894 . C CT 384.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.293;DP=40;FS=6.358;HaplotypeScore=28.4580;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.460;QD=9.61;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.878;SB=-1.144e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,25:40:7:425,7,0 chrXIII 861205 . CAAA C 937.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=28.1987;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.79;MQ0=0;QD=26.05;RPA=13,10;RU=A;SB=-3.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,22:36:77:980,77,0 chrXIII 863738 . TA T 1564.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=159.2935;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;QD=18.20;RPA=9,8;RU=A;SB=-5.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,73:86:99:1607,203,0 chrXIII 865450 . CAT C 1766.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=102.4370;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;QD=21.29;RPA=8,7;RU=AT;SB=-5.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,58:83:99:1809,162,0 chrXIII 867234 . G GA 982.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.907;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=84.2247;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=1.511;QD=14.46;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.366;SB=-2.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,50:68:82:1025,82,0 chrXIII 869689 . GA G 2878.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=31.9886;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.90;MQ0=0;QD=30.63;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.046e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,91:94:99:2921,262,0 chrXIII 874559 . CTTT C 491.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.833;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=143.7836;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.100;QD=8.48;RPA=20,17;RU=T;ReadPosRankSum=1.233;SB=-6.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,14:55:37:531,0,37 chrXIII 886520 . TAAA T 2033.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=73.5060;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.07;MQ0=0;QD=34.47;RPA=11,8;RU=A;SB=-6.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,51:59:99:2076,147,0 chrXIII 886585 . CT C 1424.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=214.8860;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.34;MQ0=0;QD=25.00;RPA=5,4;RU=T;SB=-5.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,53:57:99:1467,153,0 chrXIII 886952 . A AT 2959.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=236.4803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=24.67;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.183e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,117:120:99:3002,333,0 chrXIII 892562 . TTA T 1897.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=278.4127;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.41;MQ0=0;QD=34.51;SB=-6.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,45:55:99:1940,144,0 chrXIII 892733 . CTA C 1760.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=119.7291;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.10;MQ0=0;QD=27.09;RPA=5,4;RU=TA;SB=-6.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,50:65:99:1803,150,0 chrXIII 897940 . AT A 2270.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=726.3422;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.68;MQ0=0;QD=21.63;RPA=7,6;RU=T;SB=-7.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,96:105:99:2313,276,0 chrXIII 901415 . GAAA G 2786.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=115.3514;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.83;MQ0=0;QD=32.79;RPA=11,8;RU=A;SB=-6.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,76:85:99:2829,210,0 chrXIII 904192 . GAT G 2250.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=81.3767;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.69;MQ0=0;QD=30.01;RPA=5,4;RU=AT;SB=-7.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,71:75:99:2293,192,0 chrXIII 904700 . TA T 1334.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.664;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=129.4788;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=1.664;QD=23.02;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=1.664;SB=-4.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,52:58:99:1377,148,0 chrXIII 912639 . G GA 2211.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=28.0168;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;QD=21.90;RPA=6,7;RU=A;SB=-5.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,92:101:99:2254,252,0 chrXIII 914827 . GT G 422.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.702;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=140.0151;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.033;QD=8.79;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.100;SB=-2.251e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,25:47:18:464,18,0 chrXIII 917288 . GGTTTAGA G 6016 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=195.5713;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.68;MQ0=0;QD=79.16;SB=-2.278e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,56:76:99:6016,202,0 chrXIII 917449 . T TA 2872.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=424.0054;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.72;MQ0=0;MQRankSum=1.642;QD=20.23;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.587;SB=-8.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,133:131:99:2915,320,0 chrXIII 918046 . G GA 460.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.867;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=80.4005;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.83;MQ0=0;MQRankSum=1.011;QD=11.82;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=0.722;SB=-2.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,23:35:61:503,61,0 chrXIII 921418 . CT C 707.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.960;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=55.7448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.81;MQ0=11;MQRankSum=0.495;QD=9.97;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=1.546;SB=-2.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,39:60:55:747,0,55 chrXIII 921809 . ATTC A 858.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.390;DP=82;FS=10.084;HaplotypeScore=1054.0587;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.63;MQ0=38;MQRankSum=-3.656;QD=10.48;ReadPosRankSum=3.629;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,21:44:99:898,0,888 chrXIII 921830 . C CT 302.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.557;DP=126;FS=5.103;HaplotypeScore=2462.1481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.46;MQ0=39;MQRankSum=0.929;QD=2.40;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-3.345;SB=-2.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,37:85:99:342,0,449 chrXIII 921879 . T TAA 1739.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.174;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=2025.2183;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.56;MQ0=25;MQRankSum=-1.129;QD=16.41;RPA=2,4;RU=A;ReadPosRankSum=-2.019;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,43:80:99:1779,0,904 chrXIII 921883 . G GA 1447.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.291;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=1928.3608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.38;MQ0=20;MQRankSum=-1.708;QD=12.81;RPA=3,4;RU=A;ReadPosRankSum=-2.666;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,62:91:99:1487,0,517 chrXIII 922151 . G GTAT 4298 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.989;DP=159;FS=10.501;HaplotypeScore=403.1024;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.17;MQ0=1;MQRankSum=-6.971;QD=27.03;ReadPosRankSum=1.800;SB=-8.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,93:155:99:4298,0,2844 chrXIII 923047 . CA C 1453.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=11.979;DP=237;DS;FS=18.572;HaplotypeScore=352.9319;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.33;MQ0=4;MQRankSum=-6.297;QD=6.13;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=-2.780;SB=-6.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:152,85:229:99:1493,0,3496 chrXIII 923230 . AG A 1365.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.738;DP=152;FS=6.872;HaplotypeScore=541.4137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.90;MQ0=0;MQRankSum=-5.599;QD=8.99;RPA=4,3;RU=G;ReadPosRankSum=-0.976;SB=-4.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,67:146:99:1405,0,1730 chrXIII 923571 . T TA 1684.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=11.322;DP=249;DS;FS=124.625;HaplotypeScore=1157.3484;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.55;MQ0=0;MQRankSum=-9.141;QD=6.77;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=-2.751;SB=-4.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:170,79:249:99:1724,0,3197 chrXIII 923631 . T TG 2073.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=12.177;DP=230;DS;FS=323.737;HaplotypeScore=1933.7215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.74;MQ0=0;MQRankSum=-8.568;QD=9.02;ReadPosRankSum=2.690;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:142,78:225:99:2113,0,4543 chrXIII 923955 . GTGGGAT G 3439 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.538;DP=170;DS;FS=60.069;HaplotypeScore=806.6309;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.64;MQ0=0;MQRankSum=-6.230;QD=20.23;ReadPosRankSum=7.146;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:122,47:167:99:3439,0,7398 chrXIII 924133 . GTGC G 2566.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.334;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=1785.4703;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.80;MQ0=0;MQRankSum=1.914;QD=28.84;ReadPosRankSum=0.069;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,46:79:47:2606,0,47 chrXIII 924178 . T TG 1990.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.373;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=1853.2463;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.12;MQ0=0;MQRankSum=2.373;QD=22.12;RPA=2,3;RU=G;ReadPosRankSum=1.949;SB=-3.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,63:79:99:2033,128,0 chrXIII 924267 . AATAGGGTAGGG A 2768.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=1041.8694;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.09;MQ0=0;QD=57.69;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,16:46:99:2811,117,0 chrXIII 924306 . G GT 905.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.022;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=759.8940;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.78;MQ0=0;MQRankSum=1.933;QD=21.07;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=1.799;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,32:41:36:948,36,0 chrXIV 6633 . A ACCACACC 1765.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.757;DP=97;FS=13.012;HaplotypeScore=519.8709;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.08;MQ0=18;MQRankSum=0.743;QD=18.21;ReadPosRankSum=2.699;SB=-2.000e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,15:65:99:1805,0,468 chrXIV 6675 . AC A 88.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.209;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=403.4427;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.84;MQ0=12;MQRankSum=-1.154;QD=1.82;RPA=3,2;RU=C;ReadPosRankSum=2.407;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,16:26:99:128,0,210 chrXIV 6800 . TC T 669.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.338;DP=86;FS=32.934;HaplotypeScore=372.5893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.05;MQ0=5;MQRankSum=4.580;QD=7.79;RPA=3,2;RU=C;ReadPosRankSum=1.808;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,35:44:99:709,0,395 chrXIV 6907 . AC A 719.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.996;DP=106;FS=48.068;HaplotypeScore=556.9255;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.66;MQ0=0;MQRankSum=4.418;QD=6.79;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=-4.430;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,31:71:99:759,0,1118 chrXIV 7077 . TAC T 299.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.893;DP=59;FS=73.045;HaplotypeScore=774.7397;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.06;MQ0=14;MQRankSum=0.675;QD=5.08;ReadPosRankSum=2.328;SB=-2.994e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,9:32:99:339,0,863 chrXIV 7081 . A AC 546.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.935;DP=51;FS=68.393;HaplotypeScore=693.0750;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.90;MQ0=13;MQRankSum=-0.787;QD=10.72;ReadPosRankSum=-2.706;SB=-3.011e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,34:28:99:586,0,250 chrXIV 7085 . C CA 311.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.093;DP=46;FS=60.585;HaplotypeScore=758.6874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.75;MQ0=11;MQRankSum=0.093;QD=6.78;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=-1.643;SB=-3.010e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,25:28:99:351,0,259 chrXIV 7105 . TTCCAC T 917.60 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.178;DP=26;FS=2.762;HaplotypeScore=445.9033;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.34;MQ0=3;MQRankSum=-0.211;QD=35.29;RPA=2,1;RU=TCCAC;ReadPosRankSum=2.178;SB=-3.792e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,7:20:11:959,11,0 chrXIV 7109 . ACTCCA A 1054.23 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.648;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=530.1519;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.87;MQ0=4;MQRankSum=0.803;QD=25.10;RPA=2,1;RU=CTCCA;ReadPosRankSum=1.926;SB=-3.836e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,0:29:15:1096,15,0 chrXIV 7114 . AC A 141.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.062;DP=45;FS=6.314;HaplotypeScore=620.8271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.22;MQ0=5;MQRankSum=1.184;QD=3.15;ReadPosRankSum=3.691;SB=-4.300e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,13:29:99:181,0,141 chrXIV 7144 . AC A 264.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.137;DP=108;FS=59.769;HaplotypeScore=691.5128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.63;MQ0=20;MQRankSum=0.162;QD=2.45;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=-1.601;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,23:48:99:304,0,989 chrXIV 7478 . A AT 627.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=75.1456;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.18;MQ0=2;QD=16.97;SB=-7.500e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,24:32:57:670,57,0 chrXIV 10214 . TAAAA T 166.29 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=24.3701;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.46;MQ0=9;MQRankSum=0.736;QD=10.39;RPA=17,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.736;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,6:7:14:208,14,0 chrXIV 10549 . G GT 481.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.152;DP=39;FS=2.840;HaplotypeScore=117.4797;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.80;MQ0=7;MQRankSum=0.751;QD=12.36;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.853;SB=-2.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,35:27:30:524,30,0 chrXIV 12975 . CT C 419.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.281;DP=44;FS=3.203;HaplotypeScore=227.7785;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.85;MQ0=1;MQRankSum=-1.734;QD=9.54;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.377;SB=-1.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,31:36:44:462,44,0 chrXIV 13145 . TCACA T 2140.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=240.9460;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.99;MQ0=4;QD=36.91;RPA=9,7;RU=CA;SB=-7.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,50:49:99:2183,123,0 chrXIV 17268 . T TG 2164.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=24.8331;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.13;MQ0=0;QD=29.26;RPA=1,2;RU=G;SB=-9.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,70:74:99:2207,189,0 chrXIV 23552 . CA C 1254.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.613;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=366.0461;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.179;QD=18.19;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=1.254;SB=-4.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,60:69:99:1297,148,0 chrXIV 23573 . A AT 2080.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=413.3326;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.35;MQ0=0;QD=27.03;RPA=3,4;RU=T;SB=-8.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,70:77:99:2123,213,0 chrXIV 24003 . C CCCTTTTTTA 11763 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=150.6039;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.93;MQ0=0;QD=110.97;SB=-3.698e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:106:99:11763,313,0 chrXIV 28420 . GT G 794.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.002;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=262.0161;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.61;MQ0=0;MQRankSum=0.654;QD=11.87;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.266;SB=-2.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,42:67:75:837,75,0 chrXIV 28475 . CA C 1826.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=176.1177;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=27.68;RPA=4,3;RU=A;SB=-5.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1869,195,0 chrXIV 28953 . C CCATCAT 6088 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=40.2679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.56;MQ0=0;QD=61.49;RPA=5,7;RU=CAT;SB=-3.020e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,82:99:99:6088,244,0 chrXIV 31546 . ATGTATATAT A 10601 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=1562.3782;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=70.21;SB=-5.248e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:57,92:151:99:10601,369,0 chrXIV 31618 . A AC 4116 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=522.0031;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.19;MQ0=0;QD=32.67;RPA=1,2;RU=C;SB=-5.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,114:126:99:4116,364,0 chrXIV 33228 . ATTT A 1306.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=104.0201;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.17;MQ0=0;QD=29.70;RPA=7,4;RU=T;SB=-1.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,33:44:87:1349,87,0 chrXIV 43257 . AT A 471.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=52.8862;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.38;MQ0=0;QD=22.47;RPA=4,3;RU=T;SB=-5.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,18:21:51:514,51,0 chrXIV 51868 . ATATC A 3079.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=129.2369;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.35;MQ0=0;QD=38.99;RPA=2,1;RU=TATC;SB=-1.458e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,70:79:99:3122,177,0 chrXIV 58892 . CT C 2961.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=54.5743;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.23;MQ0=0;QD=21.16;RPA=7,6;RU=T;SB=-7.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,129:140:99:3004,368,0 chrXIV 59729 . G GTCC 4135 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=104.7261;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.42;MQ0=0;QD=55.88;SB=-9.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:74:99:4135,217,0 chrXIV 62523 . TA T 1894.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=485.4580;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;QD=24.29;RPA=5,4;RU=A;SB=-8.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,73:78:99:1937,216,0 chrXIV 62542 . CT C 2344.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=533.2758;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.41;MQ0=0;QD=26.06;RPA=4,3;RU=T;SB=-9.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,83:90:99:2387,246,0 chrXIV 62762 . G GT 1918.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=207.3952;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.22;MQ0=0;QD=27.03;RPA=2,3;RU=T;SB=-9.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,65:71:99:1961,189,0 chrXIV 62810 . G GA 1833.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=365.6327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.13;MQ0=0;QD=25.83;RPA=3,4;RU=A;SB=-7.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,62:71:99:1876,189,0 chrXIV 63315 . T TA 1778.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=187.9571;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.86;MQ0=0;QD=23.10;RPA=4,5;RU=A;SB=-4.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,72:75:99:1821,192,0 chrXIV 65024 . AC A 933.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=172.2181;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.45;MQ0=0;QD=26.68;RPA=4,3;RU=C;SB=-2.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,34:35:96:976,96,0 chrXIV 65588 . T TA 3832 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=334.0696;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.94;MQ0=0;QD=34.21;SB=-1.906e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,110:112:99:3832,310,0 chrXIV 66362 . TA T 957.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.023;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=83.6685;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.984;QD=12.95;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.864;SB=-4.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,56:74:99:1000,108,0 chrXIV 68786 . C CT 1745.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=27.9654;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.43;MQ0=0;QD=26.06;RPA=3,4;RU=T;SB=-8.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,64:67:99:1788,180,0 chrXIV 71646 . T TA 1721.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=24.2420;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.13;MQ0=0;QD=22.96;RPA=5,6;RU=A;SB=-5.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,70:75:99:1764,195,0 chrXIV 84037 . A AT 1080.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.262;DP=71;FS=7.194;HaplotypeScore=52.4019;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=0.167;QD=15.22;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.261;SB=-4.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,47:71:99:1123,112,0 chrXIV 86089 . C CTT 1882.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.749;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=230.8134;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.79;MQ0=0;MQRankSum=0.234;QD=15.96;RPA=12,14;RU=T;ReadPosRankSum=0.609;SB=-6.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,66:118:99:1925,184,0 chrXIV 89064 . GA G 1839.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=196.7054;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.72;MQ0=0;QD=22.17;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,79:83:99:1882,219,0 chrXIV 89323 . CT C 1741.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.140;DP=121;FS=8.822;HaplotypeScore=54.9525;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.287;QD=14.40;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.344;SB=-8.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,90:121:99:1784,194,0 chrXIV 94849 . A ATTAC 2151.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=60.9134;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.82;MQ0=0;QD=48.91;SB=-9.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,39:44:99:2194,114,0 chrXIV 95116 . C CAA 1091.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=103.6837;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.27;MQ0=0;QD=23.23;RPA=9,11;RU=A;SB=-4.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,31:47:99:1134,106,0 chrXIV 96192 . T TA 4068 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=816.7660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.16;MQ0=0;QD=26.25;RPA=3,4;RU=A;SB=-2.003e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,142:154:99:4068,412,0 chrXIV 102793 . ATTT A 1904.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=183.4102;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.99;MQ0=1;QD=34.02;RPA=8,5;RU=T;SB=-8.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,47:55:99:1947,135,0 chrXIV 105050 . TATA T 6605 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=215;FS=0.000;HaplotypeScore=771.3024;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.23;MQ0=0;QD=30.72;SB=-2.728e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,7:215:99:6605,603,0 chrXIV 105052 . TA T 4724 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=215;FS=0.000;HaplotypeScore=942.3661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.10;MQ0=0;QD=21.97;SB=-2.135e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:53,160:215:99:4724,586,0 chrXIV 106212 . TAGC T 3962 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=32.2714;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.81;MQ0=0;QD=45.54;SB=-1.760e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:3962,241,0 chrXIV 116771 . G GA 426.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.157;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=36.8323;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=0.787;QD=10.41;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.231;SB=-2.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,24:41:37:469,37,0 chrXIV 118987 . GA G 285.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.561;DP=105;FS=16.343;HaplotypeScore=106.9180;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=0.140;QD=2.72;RPA=17,16;RU=A;ReadPosRankSum=2.153;SB=-1.534e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,22:105:99:325,0,161 chrXIV 135521 . CA C 1415.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.233;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=48.2614;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.008;QD=17.06;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.681;SB=-6.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,71:83:99:1458,175,0 chrXIV 135889 . TACATACATAC T 5141 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=668.4384;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.07;MQ0=0;QD=71.40;SB=-2.262e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,38:72:99:5141,158,0 chrXIV 135906 . ATGTG A,ATG 3566 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=1051.2141;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=31.48;MQ0=0;QD=38.76;RPA=6,4,5;RU=TG;SB=-1.344e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:17,37,0:92:99:3566,478,223,1456,0,1213 chrXIV 137725 . C CA 1362.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=51.4534;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.08;MQ0=0;QD=18.17;RPA=8,9;RU=A;SB=-5.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,62:75:99:1405,170,0 chrXIV 137944 . C CCG 898.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=483.4883;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.00;MQ0=0;QD=39.09;RPA=2,3;RU=CG;SB=-8.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:23:69:941,69,0 chrXIV 137997 . CA C 910.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=1220.8841;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=26.03;SB=-9.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,32:35:96:953,96,0 chrXIV 138005 . TC T 1305.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=1676.5624;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=26.65;RPA=4,3;RU=C;SB=-1.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,45:49:99:1348,138,0 chrXIV 138031 . CA C 1473.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=1811.4818;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=28.35;RPA=3,2;RU=A;SB=-4.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,49:52:99:1516,144,0 chrXIV 138056 . A AC 971.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.643;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=1857.6703;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.84;MQ0=0;MQRankSum=-2.461;QD=16.20;ReadPosRankSum=4.699;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,32:60:43:1011,0,43 chrXIV 138060 . A AAAGAG 3058.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=1825.6871;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.84;MQ0=0;QD=50.98;SB=-1.043e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,32:60:99:3101,177,0 chrXIV 138101 . C CGT 1109.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=1031.9823;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.53;MQ0=0;QD=27.07;SB=-4.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,29:41:98:1152,98,0 chrXIV 138159 . CT C 809.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=642.3271;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.60;MQ0=0;QD=33.75;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:69:852,69,0 chrXIV 138269 . GT G 152.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=156.9834;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.14;MQ0=0;QD=21.73;RPA=3,2;RU=T;SB=-9.616e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,6:7:18:194,18,0 chrXIV 144140 . AT A 48.48 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;HaplotypeScore=13.3458;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=68.12;MQ0=0;QD=9.70;RPA=2,1;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:12:90,12,0 chrXIV 145389 . GT G 608.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=117.4108;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.39;MQ0=0;QD=14.85;RPA=10,9;RU=T;SB=-2.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,31:41:87:651,87,0 chrXIV 145535 . T TAA 1350.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.011;DP=75;FS=3.782;HaplotypeScore=41.1325;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=0.505;QD=18.01;RPA=11,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.361;SB=-5.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,41:75:99:1393,105,0 chrXIV 157417 . G GT 2004.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=34.6300;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.46;MQ0=0;QD=22.03;RPA=8,9;RU=T;SB=-6.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,82:91:99:2047,243,0 chrXIV 168003 . C CA 1878.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=135.5098;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.10;MQ0=0;QD=33.55;SB=-8.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,53:56:99:1921,153,0 chrXIV 172354 . CT C 1732.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.143;DP=119;FS=3.313;HaplotypeScore=71.6221;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.554;QD=14.56;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.014;SB=-6.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,93:119:99:1775,108,0 chrXIV 172492 . 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GA G 2729.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=34.6874;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.88;MQ0=0;QD=30.33;RPA=3,2;RU=A;SB=-7.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:2772,256,0 chrXIV 181319 . A ACC 1321.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=49.6869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.41;MQ0=0;QD=32.24;RPA=2,4;RU=C;SB=-6.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,35:41:99:1364,102,0 chrXIV 185280 . GA G 4263 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=185;FS=0.000;HaplotypeScore=272.0385;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.95;MQ0=0;QD=23.04;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.483e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,179:185:99:4263,506,0 chrXIV 187639 . GA G 325.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.884;DP=45;FS=8.073;HaplotypeScore=23.7906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.171;QD=7.23;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.057;SB=-1.192e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,28:45:17:367,17,0 chrXIV 191079 . C CT 1096.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.678;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=93.6154;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.452;QD=19.94;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-1.582;SB=-4.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,46:55:99:1139,114,0 chrXIV 196150 . CTTT C 491.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=106.5566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=11.71;RPA=18,15;RU=T;SB=-1.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,16:42:51:534,51,0 chrXIV 197764 . GTCC G 1940.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=65.5587;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=37.33;RPA=3,2;RU=TCC;SB=-9.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,46:52:99:1983,120,0 chrXIV 198014 . AG A 1714.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=29.1185;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.32;MQ0=0;QD=25.60;RPA=5,4;RU=G;SB=-7.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,63:67:99:1757,177,0 chrXIV 198236 . AT A 906.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=151.7192;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.57;MQ0=0;QD=11.93;RPA=13,12;RU=T;SB=-6.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,50:76:99:949,136,0 chrXIV 214098 . G GAGA 3675 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=273.3503;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.16;MQ0=0;QD=52.50;SB=-1.609e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,69:70:99:3675,211,0 chrXIV 214657 . GT G 2608.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=348.7973;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=23.72;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.256e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,104:110:99:2651,294,0 chrXIV 218712 . CA C 2868.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=38.0003;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.87;MQ0=0;QD=24.73;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.194e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,111:116:99:2911,327,0 chrXIV 218946 . CAA C 3998 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=135.7676;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.11;MQ0=0;QD=37.02;RPA=4,2;RU=A;SB=-1.859e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,101:108:99:3998,292,0 chrXIV 220055 . G GTTA 1351.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=32.9082;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.09;MQ0=0;QD=21.46;RPA=5,6;RU=TTA;SB=-6.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,34:63:96:1394,96,0 chrXIV 220510 . GA G 585.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=191.3039;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.32;MQ0=0;QD=16.74;RPA=9,8;RU=A;SB=-2.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,29:35:81:628,81,0 chrXIV 227098 . A AT 1651.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=31.1978;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.98;MQ0=0;QD=21.18;RPA=8,9;RU=T;SB=-8.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,69:78:99:1694,200,0 chrXIV 229899 . AT A 1152.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=148.1014;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.94;MQ0=0;QD=21.35;RPA=7,6;RU=T;SB=-5.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,50:54:99:1195,147,0 chrXIV 229977 . A ATG 2777.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=37.1549;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.88;MQ0=0;QD=41.46;SB=-1.255e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,64:67:99:2820,193,0 chrXIV 230681 . T TAA 3287 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=257.7554;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.79;MQ0=0;QD=31.30;RPA=7,9;RU=A;SB=-1.267e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,95:105:99:3287,281,0 chrXIV 230801 . GA G 923.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=107.8382;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.98;MQ0=0;QD=15.93;RPA=10,9;RU=A;SB=-4.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,45:58:99:966,128,0 chrXIV 230941 . CT C 3969 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=311.5146;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.81;MQ0=0;QD=35.44;SB=-1.845e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:112:99:3969,322,0 chrXIV 235956 . C CT 452.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.495;DP=49;FS=6.990;HaplotypeScore=24.7516;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.47;MQ0=0;MQRankSum=2.454;QD=9.24;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=-2.206;SB=0.081;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,32:49:28:492,0,28 chrXIV 251874 . ATT A 1448.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.629;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=45.6256;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.83;MQ0=0;MQRankSum=0.157;QD=23.75;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.314;SB=-3.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,45:61:99:1491,142,0 chrXIV 258264 . GA G 701.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=104.0253;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.23;MQ0=0;QD=18.00;RPA=10,9;RU=A;SB=-1.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,34:39:99:744,99,0 chrXIV 258353 . A AAAGT 3057.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=138.0671;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.86;MQ0=0;QD=58.81;SB=-1.454e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,50:52:99:3100,153,0 chrXIV 263349 . ATTT A 2043.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=30.7049;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.19;MQ0=0;QD=26.20;RPA=13,10;RU=T;SB=-8.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,51:78:99:2086,162,0 chrXIV 263555 . GA G 754.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.202;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=32.4320;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.433;QD=13.24;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.471;SB=-3.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,45:57:78:797,78,0 chrXIV 269872 . A ACT 2195.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=18.8898;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.31;MQ0=0;QD=41.43;SB=-8.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,50:53:99:2238,147,0 chrXIV 270187 . C CCTTTCCTTTCCTTT 6427 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=320.7032;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.07;MQ0=0;QD=121.26;SB=-2.285e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,45:53:99:6427,153,0 chrXIV 271068 . TCAA T 6107 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=314.8323;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.58;MQ0=0;QD=48.86;SB=-1.765e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,122:125:99:6107,364,0 chrXIV 273762 . GT G 2360.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=111.4532;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;QD=24.85;RPA=2,1;RU=T;SB=-9.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,81:95:99:2403,219,0 chrXIV 276419 . T TTTC 1794.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.065;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=29.2931;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.196;QD=27.61;RPA=5,6;RU=TTC;ReadPosRankSum=0.892;SB=-7.622e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,46:65:9:1836,9,0 chrXIV 280309 . G GA 1194.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=25.7006;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.28;MQ0=0;QD=19.27;RPA=7,8;RU=A;SB=-4.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,50:62:99:1237,144,0 chrXIV 281793 . GA G 1148.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=23.0921;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;QD=17.15;RPA=8,7;RU=A;SB=-5.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,61:67:99:1191,150,0 chrXIV 281884 . GAA G 1614.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.604;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=31.5856;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.155;QD=23.41;RPA=12,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.577;SB=-6.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,42:69:99:1657,157,0 chrXIV 293082 . T TA 3743 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;FS=0.000;HaplotypeScore=266.8116;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.21;MQ0=0;QD=22.55;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.171e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,151:166:99:3743,435,0 chrXIV 297763 . TA T 1092.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=220.4970;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.64;MQ0=0;QD=16.31;RPA=9,8;RU=A;SB=-5.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,59:67:99:1135,152,0 chrXIV 297859 . 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A AT 1158.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.010;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=447.5655;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.46;MQ0=0;MQRankSum=0.487;QD=14.67;ReadPosRankSum=-0.109;SB=-5.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,49:79:99:1201,153,0 chrXIV 303631 . A AT 1649.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.678;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=285.5572;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.678;QD=25.78;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=1.407;SB=-4.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1692,183,0 chrXIV 304694 . C CTT 1976.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=160.8227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.71;MQ0=0;QD=36.61;RPA=2,4;RU=T;SB=-7.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,49:54:99:2019,147,0 chrXIV 304898 . C CT 1915.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.084;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=241.7001;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=1.012;QD=18.25;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.965;SB=-8.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,78:105:99:1958,186,0 chrXIV 306260 . GAGA G 5912 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=1278.4594;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.10;MQ0=0;QD=43.15;RPA=2,1;RU=AGA;SB=-2.876e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,123:137:99:5912,364,0 chrXIV 306439 . GATAGTGATA G 7733 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=33.3613;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.99;MQ0=0;QD=88.89;SB=-3.321e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,78:87:99:7733,229,0 chrXIV 308655 . CT C 1561.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=216.3242;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.01;MQ0=0;QD=29.47;SB=-5.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:53:99:1604,147,0 chrXIV 312328 . AACG A 4169 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=201.7179;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.35;MQ0=0;QD=44.35;RPA=3,2;RU=ACG;SB=-1.015e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,87:94:99:4169,259,0 chrXIV 317360 . A ATCT 3665 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=24.9067;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;QD=47.60;SB=-1.787e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,74:77:99:3665,217,0 chrXIV 319853 . G GTGA 3158.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=79.2229;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.41;MQ0=0;QD=33.97;RPA=4,5;RU=TGA;SB=-1.187e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,73:93:99:3201,205,0 chrXIV 331699 . GA G 3840 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=157.8923;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.63;MQ0=0;QD=30.00;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.408e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,118:126:99:3840,355,0 chrXIV 331790 . CT C 4342 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=193;FS=0.000;HaplotypeScore=378.4440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.01;MQ0=0;QD=22.50;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.986e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,180:193:99:4342,510,0 chrXIV 332683 . TCAA T 3362 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=45.7840;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.36;MQ0=0;QD=32.64;RPA=5,4;RU=CAA;SB=-1.415e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,85:103:99:3362,232,0 chrXIV 333268 . G GCAACAACAACAACAA 2042.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=67.2178;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.43;MQ0=0;QD=60.09;RPA=6,11;RU=CAA;SB=-8.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,15:34:57:2085,57,0 chrXIV 335410 . C CTT 1481.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=322.5212;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.73;MQ0=0;QD=39.00;SB=-6.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:38:99:1524,108,0 chrXIV 335931 . C CT 390.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;DP=40;FS=10.395;HaplotypeScore=30.7651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=0.627;QD=9.75;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.125;SB=-6.019e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,21:40:8:431,8,0 chrXIV 338071 . AC A 3598 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=43.2596;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.16;MQ0=0;QD=26.46;RPA=5,4;RU=C;SB=-1.611e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,133:136:99:3598,372,0 chrXIV 342497 . A AT 2237.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=28.2744;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;QD=24.06;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.089e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,82:93:99:2280,249,0 chrXIV 343407 . CA C 1654.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=95.4117;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=20.69;RPA=8,7;RU=A;SB=-3.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,71:80:99:1697,215,0 chrXIV 343458 . TA T 2005.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=109.5263;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;QD=22.79;RPA=5,4;RU=A;SB=-9.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,80:88:99:2048,231,0 chrXIV 346206 . C CTT 3883 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=48.3289;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;QD=36.98;SB=-1.031e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,100:105:99:3883,270,0 chrXIV 348613 . TTTC T 1724.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=164.7923;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.45;MQ0=0;QD=28.75;RPA=2,1;RU=TTC;SB=-5.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,49:60:99:1767,126,0 chrXIV 349031 . T TA 1233.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=316.6656;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.60;MQ0=0;QD=24.68;RPA=3,4;RU=A;SB=-2.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,45:50:99:1276,135,0 chrXIV 349160 . T TCA 1609.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=17.4413;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.18;MQ0=0;QD=34.25;RPA=2,3;RU=CA;SB=-7.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,46:47:99:1652,126,0 chrXIV 349826 . A AT 1146.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.590;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=268.8027;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.44;MQ0=0;MQRankSum=0.215;QD=14.16;ReadPosRankSum=3.252;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,53:81:99:1189,114,0 chrXIV 349827 . A AC 1412.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.708;DP=79;FS=2.627;HaplotypeScore=247.0027;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.539;QD=17.89;ReadPosRankSum=2.278;SB=-5.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,53:79:99:1455,155,0 chrXIV 352764 . A AT 1140.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.752;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=148.6157;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.425;QD=16.30;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.425;SB=-4.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,54:70:99:1183,135,0 chrXIV 354445 . TGGAATGGTG T 3158.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=21.2143;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.92;MQ0=0;QD=70.20;SB=-1.306e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,37:45:99:3201,102,0 chrXIV 355289 . AT A 982.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=15.1099;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;QD=24.57;RPA=4,3;RU=T;SB=-4.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,38:40:99:1025,111,0 chrXIV 355500 . C CA 1153.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=25.4056;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;QD=22.63;RPA=4,5;RU=A;SB=-5.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,48:51:99:1196,126,0 chrXIV 356923 . GT G 1529.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=343.3571;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.75;MQ0=0;QD=21.86;RPA=7,6;RU=T;SB=-2.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,65:70:99:1572,189,0 chrXIV 357434 . TTACAA T 7051 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=287.6147;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.15;MQ0=0;QD=49.65;RPA=2,1;RU=TACAA;SB=-2.069e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,119:142:99:7051,331,0 chrXIV 359583 . GAAAAA G 2949.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=49.1568;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.92;MQ0=0;QD=44.03;RPA=10,5;RU=A;SB=-1.275e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,63:67:99:2992,165,0 chrXIV 373628 . AT A 2474.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=446.4681;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.79;MQ0=0;QD=22.10;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.083e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,99:112:99:2517,294,0 chrXIV 373683 . CAAA C 4673 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=326.4602;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.30;MQ0=0;QD=37.69;RPA=10,7;RU=A;SB=-1.964e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,101:124:99:4673,322,0 chrXIV 374119 . G GT 2175.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=310.3514;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.07;MQ0=0;QD=23.91;RPA=3,4;RU=T;SB=-9.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,83:91:99:2218,225,0 chrXIV 375142 . G GA 949.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.226;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=87.4033;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=1.130;QD=15.32;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.603;SB=-4.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,38:62:99:992,115,0 chrXIV 381041 . 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CTCATCG C 5630 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=85.8267;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;QD=62.56;SB=-1.827e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,83:90:99:5630,235,0 chrXIV 430018 . G GA 1457.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.391;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=229.1393;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.838;QD=18.00;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.676;SB=-5.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,60:81:99:1500,162,0 chrXIV 439398 . T TG 1310.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=69.4952;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.46;MQ0=0;QD=30.49;SB=-4.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:43:99:1353,114,0 chrXIV 440569 . A AT 1005.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=32.0263;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.52;MQ0=0;QD=16.77;RPA=9,10;RU=T;SB=-1.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,46:60:99:1048,126,0 chrXIV 441274 . 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AT A 708.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=189.9916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.31;MQ0=1;QD=19.69;RPA=8,7;RU=T;SB=-7.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,34:35:96:751,96,0 chrXIV 452175 . C CTT 2074.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=23.3260;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.05;MQ0=0;QD=41.50;SB=-8.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:49:99:2117,141,0 chrXIV 457141 . T TA 2948.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=279.3643;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.09;MQ0=0;QD=22.01;RPA=8,9;RU=A;SB=-9.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,128:134:99:2991,356,0 chrXIV 463704 . A AT 1476.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=61.4662;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.14;MQ0=0;QD=25.91;RPA=3,4;RU=T;SB=-7.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,52:57:99:1519,153,0 chrXIV 472575 . AG A 1441.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=310.6003;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.80;MQ0=1;QD=24.03;RPA=9,8;RU=G;SB=-6.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,56:58:99:1484,162,0 chrXIV 474635 . T TACTTGTGAAGGA 7044 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=136.9350;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.15;MQ0=0;QD=115.48;SB=-2.599e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,41:61:99:7044,166,0 chrXIV 476709 . GT G 1101.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=94.6182;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;QD=21.19;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,48:52:99:1144,141,0 chrXIV 476823 . A ATTGAGAAC 6038 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=26.6159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.30;MQ0=0;QD=85.04;SB=-5.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,53:71:99:6038,187,0 chrXIV 479460 . T TTC 528.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.012;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=37.6924;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.53;MQ0=0;MQRankSum=2.070;QD=18.89;ReadPosRankSum=2.187;SB=-2.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,22:28:39:571,39,0 chrXIV 479905 . C CACAAAT 1973.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.525;DP=91;FS=15.848;HaplotypeScore=234.9037;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.37;MQ0=0;MQRankSum=2.285;QD=21.69;ReadPosRankSum=-3.317;SB=-8.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,30:91:99:2013,0,2744 chrXIV 480999 . A AC 2065.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.652;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=62.3153;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.022;QD=25.51;RPA=7,8;RU=C;ReadPosRankSum=-1.282;SB=-9.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,78:81:99:2108,203,0 chrXIV 486552 . 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GA G 1558.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=112.3187;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=17.13;RPA=10,9;RU=A;SB=-6.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,80:91:99:1601,214,0 chrXIV 500314 . CT C 1918.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=46.0642;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.00;MQ0=0;QD=21.81;RPA=6,5;RU=T;SB=-7.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,87:88:99:1961,231,0 chrXIV 500476 . GT G 2483.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=102.0926;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.93;MQ0=0;QD=21.98;RPA=6,5;RU=T;SB=-9.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,107:113:99:2526,297,0 chrXIV 500770 . GT G 1259.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.717;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=381.6114;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.68;MQ0=0;MQRankSum=1.613;QD=15.95;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.299;SB=-5.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,63:79:99:1302,148,0 chrXIV 501129 . ATTT A 2798.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=215.4346;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.75;MQ0=0;QD=33.72;RPA=12,9;RU=T;SB=-1.259e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,71:83:99:2841,208,0 chrXIV 502858 . A AT 1277.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=293.1164;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.32;MQ0=0;QD=29.04;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,41:44:99:1320,111,0 chrXIV 502927 . C CAA 2853.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=531.1303;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.64;MQ0=0;QD=40.20;RPA=1,3;RU=A;SB=-5.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,69:71:99:2896,202,0 chrXIV 503013 . CAA C 486.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.216;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=336.1169;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.86;MQ0=0;MQRankSum=1.129;QD=10.15;RPA=14,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.125;SB=-2.547e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,16:48:41:529,41,0 chrXIV 503040 . CT C 112.30 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.493;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=351.0498;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.678;QD=4.16;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=-1.678;SB=-1.316e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,6:27:8:151,0,8 chrXIV 505850 . CT C 2516.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=50.8074;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.85;MQ0=0;QD=20.30;RPA=7,6;RU=T;SB=-6.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,112:124:99:2559,311,0 chrXIV 507334 . TAG T 3147.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=315.4138;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.13;MQ0=0;QD=39.35;RPA=2,1;RU=AG;SB=-1.134e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,76:80:99:3190,226,0 chrXIV 510229 . AG A 808.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=537.0962;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.07;MQ0=0;QD=20.22;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,37:40:99:851,110,0 chrXIV 510328 . CT C 490.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.701;DP=62;FS=4.272;HaplotypeScore=368.0755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.132;QD=7.92;RPA=15,14;RU=T;ReadPosRankSum=1.132;SB=-2.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,27:62:9:532,9,0 chrXIV 512431 . G GT 886.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=230.9457;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.70;MQ0=0;QD=24.64;RPA=4,5;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,33:36:99:929,99,0 chrXIV 515710 . TA T 1296.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.309;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=28.4669;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.98;MQ0=0;MQRankSum=0.309;QD=15.63;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.361;SB=-5.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,69:83:99:1339,152,0 chrXIV 515985 . CTCTTCT C 3809 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=112.1572;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;QD=50.79;RPA=9,7;RU=TCT;SB=-1.406e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,54:75:99:3809,160,0 chrXIV 516865 . AT A 1490.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.169;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=145.0565;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.31;MQ0=0;MQRankSum=1.649;QD=14.76;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.201;SB=-6.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,83:101:99:1533,181,0 chrXIV 517049 . CT C 1535.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=22.2550;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.84;MQ0=0;QD=22.26;RPA=5,4;RU=T;SB=-6.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,67:69:99:1578,180,0 chrXIV 517141 . TA T 1327.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=27.7668;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.13;MQ0=0;QD=18.70;RPA=8,7;RU=A;SB=-6.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,60:71:99:1370,173,0 chrXIV 519451 . CA C 483.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=81.9308;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.73;MQ0=19;QD=10.30;RPA=2,1;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,34:19:45:526,45,0 chrXIV 525060 . T TGAC 312.05 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.747;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=67.2841;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.11;MQ0=8;MQRankSum=-0.747;QD=14.86;ReadPosRankSum=0.747;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,6:10:20:354,20,0 chrXIV 525062 . A ATT 414.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=60.9078;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.20;MQ0=6;QD=19.76;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,7:12:33:457,33,0 chrXIV 525277 . G GA 2804.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=28.0327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.43;MQ0=0;QD=33.00;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.146e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,81:85:99:2847,250,0 chrXIV 525442 . GT G 2543.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=669.6398;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.82;MQ0=0;QD=28.58;RPA=3,2;RU=T;SB=-4.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,82:89:99:2586,244,0 chrXIV 525464 . T TG 3591 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=1218.4000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.05;MQ0=0;QD=29.20;RPA=2,3;RU=G;SB=-1.232e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,109:123:99:3591,337,0 chrXIV 525533 . GA G 3482 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=1219.3301;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.44;MQ0=0;QD=31.09;SB=-1.369e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,100:112:99:3482,283,0 chrXIV 525545 . GTATA G 4197 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=877.3590;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.13;MQ0=0;QD=42.39;RPA=3,1;RU=TA;SB=-1.851e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,65:99:99:4197,234,0 chrXIV 527489 . CCAG C 2091.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=139.3677;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.80;MQ0=0;QD=33.74;RPA=5,4;RU=CAG;SB=-9.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,51:62:99:2134,151,0 chrXIV 529352 . T TGACGATGACGACCGCAATGGCGGTGAA 9485 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=98.5026;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.15;MQ0=0;QD=182.40;SB=-3.815e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,13:52:99:9485,141,0 chrXIV 532584 . GA G 1059.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.492;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=185.0829;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.035;QD=12.04;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.597;SB=-1.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,61:88:99:1102,100,0 chrXIV 538121 . TA T 2161.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.485;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=298.6931;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.04;MQ0=0;MQRankSum=0.693;QD=29.22;ReadPosRankSum=1.485;SB=-7.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,68:74:99:2204,206,0 chrXIV 547378 . TG T 1663.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=37.3097;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.18;MQ0=0;QD=22.49;RPA=8,7;RU=G;SB=-6.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,67:74:99:1706,189,0 chrXIV 552430 . C CTCTACCTCTACCGGTTGA 21418 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=293.1484;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.32;MQ0=0;QD=183.06;SB=-5.792e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,69:117:99:21418,340,0 chrXIV 553108 . AGTAAATTCATGTATCACTCGC A 19959 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=247.8327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.29;MQ0=2;QD=152.36;SB=-8.659e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,103:129:99:19959,307,0 chrXIV 554919 . C CA 1152.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.555;DP=75;FS=2.788;HaplotypeScore=116.3194;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.63;MQ0=0;MQRankSum=1.257;QD=15.37;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-2.024;SB=-4.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,27:75:99:1195,136,0 chrXIV 554932 . T TA 834.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.527;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=156.2615;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.093;QD=12.46;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.031;SB=-2.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,40:67:84:877,84,0 chrXIV 559420 . GAAA G 2730.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=301.2645;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.96;MQ0=0;QD=42.01;RPA=7,4;RU=A;SB=-1.242e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,56:65:99:2773,181,0 chrXIV 559470 . CG C 1458.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=433.2317;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.71;MQ0=0;QD=29.18;SB=-6.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,45:50:99:1501,132,0 chrXIV 559575 . G GTCA 2199.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=109.7622;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.98;MQ0=0;QD=43.14;RPA=1,2;RU=TCA;SB=-8.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,42:51:99:2242,135,0 chrXIV 559627 . C CCT 3546 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=399.8996;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.66;MQ0=0;QD=33.45;RPA=3,4;RU=CT;SB=-1.059e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,99:106:99:3546,283,0 chrXIV 560788 . AG A 1574.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=537.5978;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.01;MQ0=0;QD=24.61;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,52:64:99:1617,168,0 chrXIV 560791 . A AG 1562.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=536.8625;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.82;MQ0=0;QD=26.49;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,49:59:99:1605,165,0 chrXIV 560812 . G GAACGACTCGACT 6049 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=405.7525;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.92;MQ0=0;QD=118.61;SB=-7.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,28:51:99:6049,141,0 chrXIV 560932 . T TC 4913 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=1076.8660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.78;MQ0=0;QD=34.84;SB=-1.885e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,134:141:99:4913,382,0 chrXIV 561186 . T TGAGATAATCGTTGG 6239 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=235.7977;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.13;MQ0=0;QD=145.09;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,33:43:99:6239,120,0 chrXIV 567663 . AG A 915.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.810;DP=43;FS=19.661;HaplotypeScore=242.0309;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.46;MQ0=4;MQRankSum=2.810;QD=21.30;ReadPosRankSum=2.810;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,32:38:45:958,45,0 chrXIV 567874 . C CT 216.48 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.423;DP=55;FS=10.414;HaplotypeScore=516.3168;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=12.82;MQ0=41;MQRankSum=1.423;QD=3.94;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=1.107;SB=-5.083e-01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,11:11:12:258,12,0 chrXIV 567879 . A AT 293.48 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.423;DP=53;FS=10.414;HaplotypeScore=476.6459;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=13.06;MQ0=39;MQRankSum=1.423;QD=5.54;ReadPosRankSum=1.423;SB=-3.516e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,11:11:6:332,0,6 chrXIV 567887 . AG A 202.24 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.393;DP=53;FS=10.000;HaplotypeScore=486.1085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=13.06;MQ0=39;MQRankSum=1.393;QD=3.82;ReadPosRankSum=1.393;SB=-3.259e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,10:11:9:241,0,9 chrXIV 567890 . TGAC T 355.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.393;DP=53;FS=10.000;HaplotypeScore=450.3804;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=12.43;MQ0=40;MQRankSum=1.393;QD=6.72;ReadPosRankSum=1.393;SB=-2.998e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,10:10:27:395,0,27 chrXIV 567905 . A AATC 426.98 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.393;DP=44;FS=10.000;HaplotypeScore=443.3067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=13.65;MQ0=31;MQRankSum=1.393;QD=9.70;ReadPosRankSum=0.348;SB=-2.999e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,10:10:26:466,0,26 chrXIV 567947 . A ATT 2659.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.340;DP=95;FS=61.314;HaplotypeScore=3405.8706;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.08;MQ0=14;MQRankSum=0.172;QD=28.00;ReadPosRankSum=1.710;SB=-1.362e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,61:77:42:2702,42,0 chrXIV 567949 . CGT C 2161.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.680;DP=82;FS=69.170;HaplotypeScore=2663.0560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.77;MQ0=14;MQRankSum=0.972;QD=26.37;ReadPosRankSum=3.410;SB=-3.011e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,61:65:52:2201,0,52 chrXIV 567972 . TA T 1000.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.622;DP=75;FS=63.261;HaplotypeScore=2785.9142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.05;MQ0=8;MQRankSum=-1.002;QD=13.35;ReadPosRankSum=-1.002;SB=-3.011e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,45:65:47:1040,0,47 chrXIV 567976 . T TA 1026.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.622;DP=58;FS=63.261;HaplotypeScore=2218.7892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.96;MQ0=7;MQRankSum=-0.647;QD=17.71;ReadPosRankSum=-1.455;SB=-3.011e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,45:50:42:1066,0,42 chrXIV 567982 . TTATTCCAACA T 3017.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.622;DP=56;FS=63.261;HaplotypeScore=2019.7610;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.43;MQ0=5;MQRankSum=0.550;QD=53.89;ReadPosRankSum=-1.649;SB=-3.011e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,20:50:99:3057,0,226 chrXIV 568048 . AAG A 3530 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=446.6768;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.27;MQ0=0;QD=42.53;SB=-1.061e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,82:83:99:3530,244,0 chrXIV 569854 . CA C 876.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=32.9513;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.03;MQ0=0;QD=14.38;RPA=9,8;RU=A;SB=-4.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,57:51:99:919,119,0 chrXIV 570361 . T TTTACTCCTTCCAGTAAC 2836.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=56.3222;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.87;MQ0=2;QD=101.32;SB=-1.096e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,11:20:51:2879,51,0 chrXIV 570466 . TC T 1226.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=234.4258;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.89;MQ0=5;QD=21.91;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:42:99:1269,123,0 chrXIV 572568 . G GC 445.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.481;DP=82;FS=5.933;HaplotypeScore=280.7500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.65;MQ0=0;MQRankSum=-4.670;QD=5.44;RPA=2,3;RU=C;ReadPosRankSum=-1.277;SB=-2.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,21:76:99:485,0,1327 chrXIV 573944 . TA T 662.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.703;DP=67;FS=63.043;HaplotypeScore=314.9699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.85;MQ0=3;MQRankSum=0.053;QD=9.90;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=0.725;SB=-1.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,35:60:99:702,0,329 chrXIV 573997 . C CG 651.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=264.7351;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.57;MQ0=7;QD=18.11;RPA=2,3;RU=G;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,28:28:63:694,63,0 chrXIV 575614 . GA G 1038.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=32.9230;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.29;MQ0=0;QD=15.98;RPA=11,10;RU=A;SB=-4.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,51:65:99:1081,149,0 chrXIV 577027 . TTCGGTGGTTAAACAA T 5718 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=22.3253;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.52;MQ0=0;QD=87.97;RPA=2,1;RU=TCGGTGGTTAAACAA;SB=-1.090e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,35:65:99:5718,129,0 chrXIV 579945 . GTTA G 3096.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=669.4920;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.44;MQ0=0;QD=48.39;SB=-1.439e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,29:64:99:3139,183,0 chrXIV 581648 . A AT 943.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=47.3410;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.58;MQ0=0;QD=17.48;RPA=10,11;RU=T;SB=-1.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,38:54:99:986,125,0 chrXIV 581704 . G GGCTCAAATCAGTAAATGT 14964 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=75.6632;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.03;MQ0=1;QD=176.05;SB=-5.890e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,64:84:99:14964,235,0 chrXIV 584073 . GA G 1361.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=190.0395;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.57;MQ0=0;QD=22.70;SB=-6.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,59:60:99:1404,174,0 chrXIV 586256 . GTAT G 3754 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=126.8060;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=50.73;SB=-1.522e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:74:99:3754,211,0 chrXIV 587867 . GC G 2646.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=25.5204;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.30;MQ0=0;QD=36.26;SB=-1.108e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,72:73:99:2689,214,0 chrXIV 598230 . G GC 874.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=109.8449;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.42;MQ0=8;QD=17.16;RPA=2,3;RU=C;SB=-1.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,48:31:84:917,84,0 chrXIV 599354 . G GA 533.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.333;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=234.7230;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.37;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=11.87;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.933;SB=-2.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,30:41:56:576,56,0 chrXIV 599434 . TG T 554.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=92.8804;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.62;MQ0=8;QD=21.34;SB=-7.500e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,22:17:48:597,48,0 chrXIV 601783 . CG C 1496.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=176.8394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.21;MQ0=3;QD=29.35;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:44:99:1539,129,0 chrXIV 601886 . T TTAAGTTGCTGGAAGGAG 4118 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=131.0893;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.30;MQ0=3;QD=100.44;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,11:28:75:4118,75,0 chrXIV 602388 . C CT 898.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=391.6410;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.31;MQ0=1;QD=11.99;RPA=7,8;RU=T;SB=-3.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,39:66:99:941,111,0 chrXIV 602399 . TTTC T 2462.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=312.7065;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.25;MQ0=0;QD=48.29;SB=-1.203e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,50:49:99:2505,144,0 chrXIV 602678 . AT A 1022.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=117.8427;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.40;MQ0=0;QD=15.27;RPA=11,10;RU=T;SB=-3.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,54:61:99:1065,145,0 chrXIV 604387 . T TA 439.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=11.5599;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.75;MQ0=0;QD=16.29;RPA=10,11;RU=A;SB=-4.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,22:27:60:482,60,0 chrXIV 605054 . A AT 1060.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=126.1357;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;QD=17.98;RPA=8,9;RU=T;SB=-5.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,48:58:99:1103,132,0 chrXIV 627317 . GTACA G 4464 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=26.8216;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.23;MQ0=0;QD=51.91;RPA=2,1;RU=TACA;SB=-2.115e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,81:86:99:4464,232,0 chrXIV 627417 . C CATTAGATACTTTT 9187 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=24.5187;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.47;MQ0=0;QD=116.29;SB=-3.412e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,43:79:99:9187,202,0 chrXIV 631545 . AT A 1655.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=160.8105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.32;MQ0=0;QD=28.07;RPA=3,2;RU=T;SB=-6.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,55:59:99:1698,162,0 chrXIV 631825 . T TA 1799.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=140.3698;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.91;MQ0=0;QD=28.57;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,61:59:99:1842,153,0 chrXIV 632112 . ATTC A 4035 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=856.8723;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.90;MQ0=1;QD=45.34;SB=-7.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,82:83:99:4035,244,0 chrXIV 632141 . AT A 2107.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=938.0558;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.57;MQ0=0;QD=25.09;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,81:73:99:2150,198,0 chrXIV 632246 . AT A 1189.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=320.2470;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.51;MQ0=0;QD=25.32;RPA=2,1;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,41:42:99:1232,108,0 chrXIV 635717 . G GT 1224.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.039;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=103.1866;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.577;QD=16.55;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.462;SB=-2.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,44:74:99:1267,155,0 chrXIV 635873 . GA G 1926.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=322.7082;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=18.01;RPA=7,6;RU=A;SB=-6.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,96:107:99:1969,245,0 chrXIV 639058 . AT A 2688.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=233.5543;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.07;MQ0=0;QD=25.37;RPA=4,3;RU=T;SB=-5.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,104:106:99:2731,288,0 chrXIV 644217 . CTATATA C 4243 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=165.1391;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;QD=53.04;RPA=10,7;RU=TA;SB=-1.345e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,62:80:99:4243,180,0 chrXIV 647176 . CT C 2816.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=396.4545;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.76;MQ0=0;QD=27.62;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.297e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,95:102:99:2859,274,0 chrXIV 647314 . A AT 1114.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.926;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=129.9885;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.95;MQ0=0;MQRankSum=0.948;QD=9.61;RPA=14,15;RU=T;ReadPosRankSum=-0.591;SB=-4.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:62,44:116:96:1157,96,0 chrXIV 651855 . C CTT 1087.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.765;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=122.3834;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.55;MQ0=0;MQRankSum=0.346;QD=19.43;ReadPosRankSum=2.765;SB=-3.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,28:55:78:1130,78,0 chrXIV 651921 . G GA 188.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=81.6338;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.77;MQ0=0;QD=17.18;RPA=8,9;RU=A;SB=-7.888e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,9:11:27:231,27,0 chrXIV 651949 . G GTAT 268.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=97.9238;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.96;MQ0=0;QD=29.78;RPA=1,2;RU=TAT;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,5:9:21:310,21,0 chrXIV 651986 . AT A 152.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=153.2512;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=19.12;SB=-4.990e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24:195,24,0 chrXIV 652015 . T TCCA 396.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=145.9697;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.02;MQ0=0;QD=36.09;RPA=1,2;RU=CCA;SB=-1.439e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,9:10:27:439,27,0 chrXIV 652054 . ACTCTCTGCTCG A 702.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=45.8452;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.92;MQ0=0;QD=70.21;RPA=2,1;RU=CTCTCTGCTCG;SB=-3.702e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,6:9:18:744,18,0 chrXIV 652554 . C CAGA 757.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=69.5697;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.35;MQ0=0;QD=29.15;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,9:26:65:800,65,0 chrXIV 653160 . T TATAC 2742.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=24.2086;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.44;MQ0=0;QD=38.63;RPA=3,4;RU=ATAC;SB=-5.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,57:71:99:2785,153,0 chrXIV 653306 . G GA 860.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=30.5275;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;QD=20.02;RPA=6,7;RU=A;SB=-4.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,31:42:99:903,103,0 chrXIV 654586 . A AAT 1246.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=49.1061;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.87;MQ0=0;QD=22.67;RPA=5,6;RU=AT;SB=-4.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,32:55:99:1289,108,0 chrXIV 654648 . A AT 1446.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.244;DP=101;FS=2.161;HaplotypeScore=274.4253;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.773;QD=14.33;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.597;SB=-2.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,73:101:99:1489,103,0 chrXIV 661560 . G GA 1928.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=92.1401;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.18;MQ0=0;QD=25.05;RPA=5,6;RU=A;SB=-9.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,70:77:99:1971,216,0 chrXIV 661627 . G GT 1337.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=97.0476;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=24.33;RPA=3,4;RU=T;SB=-6.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,46:55:99:1380,141,0 chrXIV 661737 . TA T 1405.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=61.8213;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;QD=20.98;RPA=7,6;RU=A;SB=-6.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,61:67:99:1448,177,0 chrXIV 661809 . G GT 2088.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=59.9363;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=24.58;RPA=6,7;RU=T;SB=-7.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,78:85:99:2131,243,0 chrXIV 662249 . GTTGTTC G 1785.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=25.2757;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=27.91;RPA=5,4;RU=TTGTTC;SB=-5.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,34:64:84:1828,84,0 chrXIV 662768 . GAA G 686.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.242;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=120.6755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.745;QD=13.47;RPA=16,14;RU=A;ReadPosRankSum=1.197;SB=-1.665e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,23:51:29:729,29,0 chrXIV 662793 . TC T 1928.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=165.3292;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.94;MQ0=0;QD=23.81;RPA=2,1;RU=C;SB=-9.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,72:81:99:1971,189,0 chrXIV 664986 . G GTCTTT 6861 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=762.8748;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.15;MQ0=0;QD=64.73;RPA=1,2;RU=TCTTT;SB=-1.769e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,102:106:99:6861,307,0 chrXIV 665296 . C CAG 3739 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=35.5392;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.33;MQ0=0;QD=35.95;RPA=1,2;RU=AG;SB=-1.573e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,95:104:99:3739,280,0 chrXIV 667313 . A AT 32.94 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=33.6018;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=2.35;RPA=9,10;RU=T;SB=-2.421e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,6:14:9:74,9,0 chrXIV 668101 . C CAA 232.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.576;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=63.0272;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.630;QD=6.85;RPA=14,16;RU=A;ReadPosRankSum=-0.946;SB=-1.249e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,5:34:28:275,28,0 chrXIV 668274 . G GA 1624.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.205;DP=90;FS=5.251;HaplotypeScore=40.5327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.412;QD=18.06;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.838;SB=-3.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,67:90:99:1667,153,0 chrXIV 673042 . A AT 3086.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.670;DP=146;FS=4.032;HaplotypeScore=451.6237;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=1.676;QD=21.14;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-1.537;SB=-1.195e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,128:146:99:3129,348,0 chrXIV 674780 . AT A 2453.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.597;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=87.7478;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.565;QD=16.25;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.178;SB=-1.004e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,121:151:99:2496,258,0 chrXIV 678603 . GAAA G 1221.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=38.9470;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.30;MQ0=0;QD=33.94;RPA=15,12;RU=A;SB=-8.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,28:35:99:1264,101,0 chrXIV 687218 . CAA C 1972.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.337;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=182.5738;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.561;QD=20.99;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.384;SB=-9.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,67:94:99:2015,178,0 chrXIV 690071 . ATT A 1273.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.182;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=28.4383;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.481;QD=19.60;RPA=14,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.135;SB=-4.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,42:65:99:1316,129,0 chrXIV 691292 . TA T 1457.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=167.4517;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.42;MQ0=0;QD=19.97;RPA=2,1;RU=A;SB=-3.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,57:73:99:1500,183,0 chrXIV 691436 . A AT 2476.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=40.2931;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.50;MQ0=0;QD=25.02;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.028e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,93:99:99:2519,267,0 chrXIV 692520 . CAAA C 5662 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=192;FS=0.000;HaplotypeScore=216.8433;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;QD=29.49;RPA=14,11;RU=A;SB=-1.756e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,135:192:99:5662,452,0 chrXIV 692960 . CTTTT C 6580 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.680;DP=175;FS=0.000;HaplotypeScore=68.9585;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.36;MQ0=0;MQRankSum=0.690;QD=37.60;RPA=13,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.654;SB=-2.956e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,141:175:99:6580,395,0 chrXIV 694240 . C CAA 564.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=56.5181;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=67.79;MQ0=0;QD=17.12;RPA=1,3;RU=A;SB=-4.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:33:74:607,74,0 chrXIV 694966 . CTATA C 4666 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=56.2652;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=39.21;RPA=9,7;RU=TA;SB=-2.126e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,85:119:99:4666,265,0 chrXIV 695331 . A AT 1945.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=38.3325;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=23.45;RPA=5,6;RU=T;SB=-4.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,77:83:99:1988,219,0 chrXIV 697531 . A AT,ATT 4823 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.963;DP=214;FS=20.512;HaplotypeScore=93.1494;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.508;QD=22.54;RPA=11,12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-1.713;SB=-1.771e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:31,33,138:214:99:4823,2842,2429,628,0,264 chrXIV 701530 . GGGA G 1399.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=152.6095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=26.92;RPA=6,5;RU=GGA;SB=-4.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,38:52:99:1442,102,0 chrXIV 703106 . TTTTTC T 5035 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=308.0841;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.88;MQ0=1;QD=42.67;RPA=4,3;RU=TTTTC;SB=-2.377e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,98:117:99:5035,262,0 chrXIV 706044 . A ATAG 4014 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=129.3353;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.28;MQ0=0;QD=40.96;RPA=1,2;RU=TAG;SB=-1.931e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,78:98:99:4014,244,0 chrXIV 708439 . C CG 2048.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=25.1127;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=34.73;SB=-6.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,56:59:99:2091,169,0 chrXIV 711232 . A AT,ATT 1000.07 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.306;DP=62;FS=3.188;HaplotypeScore=180.6657;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=51.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.306;QD=16.13;RPA=14,15,16;RU=T;ReadPosRankSum=-0.985;SB=-4.909e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:33,5,19:62:38:1076,532,423,129,0,38 chrXIV 711251 . AT A 1546.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.595;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=247.1461;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.368;QD=17.00;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.185;SB=-7.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,65:91:99:1589,205,0 chrXIV 711615 . AT A 3713 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=172;FS=0.000;HaplotypeScore=53.1332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.51;MQ0=0;QD=21.59;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.325e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,159:172:99:3713,458,0 chrXIV 716022 . G GA 1235.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=83.1896;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;QD=23.77;RPA=4,5;RU=A;SB=-6.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,49:52:99:1278,135,0 chrXIV 716416 . CTT C 759.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=25.2741;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.88;MQ0=0;QD=19.00;RPA=14,12;RU=T;SB=-3.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,29:40:84:802,84,0 chrXIV 716653 . AT A 805.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=75.4281;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.01;MQ0=0;QD=21.78;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,33:37:99:848,99,0 chrXIV 716675 . GT G 600.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=103.4176;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.32;MQ0=0;QD=19.39;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,28:31:84:643,84,0 chrXIV 716710 . AT A 609.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=96.7320;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.45;MQ0=0;QD=15.64;RPA=11,10;RU=T;SB=-2.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,33:39:89:652,89,0 chrXIV 718580 . CAAA C 2002.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=55.6320;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.87;MQ0=0;QD=28.61;RPA=11,8;RU=A;SB=-8.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,61:70:99:2045,159,0 chrXIV 718835 . CT C 2286.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=150.1511;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.98;MQ0=0;QD=29.70;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.156e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,73:77:99:2329,202,0 chrXIV 719304 . C CTT 3184.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=345.6566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.56;MQ0=0;QD=25.28;RPA=10,12;RU=T;SB=-1.580e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,90:126:99:3227,306,0 chrXIV 720276 . CTGTTGCTGCTGTTGT C 4484 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.937;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=80.3723;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.66;MQ0=0;MQRankSum=2.598;QD=57.49;RPA=2,1;RU=TGTTGCTGCTGTTGT;ReadPosRankSum=-1.100;SB=-1.394e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,44:78:99:4484,0,498 chrXIV 721034 . CA C 1024.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=41.8726;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.16;MQ0=0;QD=16.80;RPA=11,10;RU=A;SB=-5.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,51:61:99:1067,146,0 chrXIV 721791 . GAA G 1862.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=208.9818;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.05;MQ0=0;QD=27.00;RPA=11,9;RU=A;SB=-2.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,60:69:99:1905,180,0 chrXIV 721916 . T TAAAAA 949.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=111.6309;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.32;MQ0=0;QD=23.17;RPA=15,20;RU=A;SB=-4.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,17:41:69:992,69,0 chrXIV 722231 . GA G 647.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=91.1698;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.91;MQ0=0;QD=17.51;RPA=10,9;RU=A;SB=-1.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,31:37:87:690,87,0 chrXIV 725341 . TGGCCA T 3353 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.497;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=262.7497;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.674;QD=50.80;ReadPosRankSum=1.263;SB=-1.381e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,62:66:99:3353,163,0 chrXIV 725530 . T TA 2109.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=146.2924;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.30;MQ0=0;QD=27.76;RPA=2,3;RU=A;SB=-9.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,73:76:99:2152,204,0 chrXIV 725644 . A ATTT,ATT 2697.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=233.9163;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=51.25;MQ0=0;QD=25.45;RPA=10,13,12;RU=T;SB=-7.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:41,45,12:106:67:2776,307,67,1197,0,952 chrXIV 726121 . TA T 419.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=113.6209;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.06;MQ0=0;QD=19.09;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,21:22:60:462,60,0 chrXIV 727482 . A AT 1595.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=213.3233;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.48;MQ0=0;QD=20.46;RPA=1,2;RU=T;SB=-5.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,62:72:99:1638,147,0 chrXIV 736782 . TA T 1802.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=28.7973;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=21.72;RPA=5,4;RU=A;SB=-7.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,78:83:99:1845,216,0 chrXIV 738167 . GGAGACTCTA G 5022 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=107.6374;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.46;MQ0=0;QD=94.75;SB=-2.259e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,50:53:99:5022,147,0 chrXIV 743946 . G GA 2025.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=562.5329;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.16;MQ0=0;QD=24.71;RPA=4,5;RU=A;SB=-7.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,76:82:99:2068,222,0 chrXIV 744080 . GCA G 1370.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=356.8313;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.77;MQ0=0;QD=31.88;RPA=3,2;RU=CA;SB=-4.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,36:43:99:1413,108,0 chrXIV 746165 . CT C 2212.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=97.4354;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.89;MQ0=0;QD=29.12;RPA=3,2;RU=T;SB=-9.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,75:76:99:2255,213,0 chrXIV 746279 . AT A 903.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=666.2006;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.88;MQ0=0;QD=17.06;RPA=11,10;RU=T;SB=-2.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,42:53:99:946,117,0 chrXIV 746408 . A AGC 1374.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=689.4831;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.69;MQ0=0;QD=29.89;SB=-5.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,30:46:99:1417,123,0 chrXIV 746410 . T TGCACTA 2326.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=419.4299;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.68;MQ0=0;QD=68.44;SB=-1.175e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,30:34:93:2369,93,0 chrXIV 746780 . T TA 1434.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.274;DP=90;FS=4.940;HaplotypeScore=492.6770;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.068;QD=15.94;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.251;SB=-2.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,73:90:99:1477,100,0 chrXIV 774549 . A AT 249.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.201;DP=106;FS=3.117;HaplotypeScore=83.0318;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.68;MQ0=11;MQRankSum=0.046;QD=2.36;RPA=18,19;RU=T;ReadPosRankSum=-0.418;SB=-9.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,17:90:99:289,0,157 chrXIV 776990 . A AG 2130.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=107.0419;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.01;MQ0=0;QD=33.30;RPA=1,2;RU=G;SB=-8.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,63:64:99:2173,190,0 chrXIV 779305 . AGTC A 326.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.338;DP=85;FS=64.301;HaplotypeScore=150.1271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=3.019;QD=3.85;ReadPosRankSum=-4.258;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,36:85:99:366,0,1443 chrXIV 783347 . TG T 1936.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.824;DP=174;FS=0.000;HaplotypeScore=1107.6445;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.58;MQ0=14;MQRankSum=-0.048;QD=11.13;ReadPosRankSum=1.608;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,145:79:99:1979,167,0 chrXIV 783353 . T TA 1975.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.060;DP=187;FS=0.000;HaplotypeScore=1113.5083;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.61;MQ0=17;MQRankSum=-0.719;QD=10.57;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=1.527;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,145:82:63:2018,63,0 chrXIV 783618 . G GT 805.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=88.7054;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.87;MQ0=0;QD=24.42;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,28:30:81:848,81,0 chrXIV 783908 . T TG 162.24 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=229.0024;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.77;MQ0=2;MQRankSum=0.747;QD=12.48;RPA=2,3;RU=G;ReadPosRankSum=-0.747;SB=-9.723e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,11:8:9:201,0,9 chrXIV 783932 . A AG 129.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.264;DP=24;FS=18.921;HaplotypeScore=509.0885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.06;MQ0=1;MQRankSum=-0.181;QD=5.42;RPA=3,4;RU=G;ReadPosRankSum=0.543;SB=-2.000e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,7:19:99:169,0,287 chrXIV 783948 . AG A 199.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.388;DP=30;FS=18.842;HaplotypeScore=562.7723;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.44;MQ0=1;MQRankSum=-0.527;QD=6.67;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=1.892;SB=-4.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,9:24:99:239,0,334 chrXIV 783982 . T TA 149.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.372;DP=24;FS=8.318;HaplotypeScore=593.4116;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.71;MQ0=0;MQRankSum=0.124;QD=6.25;ReadPosRankSum=0.950;SB=-8.001e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,9:20:99:189,0,188 chrXIV 783991 . GTTGGA G 673.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.315;DP=22;FS=7.186;HaplotypeScore=487.7857;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.44;MQ0=0;MQRankSum=1.827;QD=30.64;ReadPosRankSum=1.071;SB=-1.316e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,10:19:30:713,0,30 chrXV 27228 . AT A 371.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.341;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=122.9629;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.71;MQ0=10;MQRankSum=3.341;QD=8.86;RPA=6,5;RU=T;ReadPosRankSum=-0.640;SB=-7.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,24:29:62:411,0,62 chrXV 27680 . GC G 353.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.113;DP=55;FS=63.973;HaplotypeScore=553.0408;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.50;MQ0=30;MQRankSum=-2.839;QD=6.44;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=-0.695;SB=-3.010e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,13:24:99:393,0,315 chrXV 28562 . AAAAAGAAT A 1508.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=78.9094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.31;MQ0=3;QD=55.89;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,25:24:63:1551,63,0 chrXV 31443 . T TCAA 1181.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=195.4381;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.82;MQ0=0;QD=47.28;RPA=1,2;RU=CAA;SB=-3.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,23:25:69:1224,69,0 chrXV 32019 . TAA T 2307.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=283.6484;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.87;MQ0=0;QD=38.47;RPA=3,1;RU=A;SB=-6.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,57:60:99:2350,157,0 chrXV 32351 . TA T 931.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=401.6179;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.68;MQ0=0;QD=21.67;RPA=5,4;RU=A;SB=-4.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,38:43:99:974,111,0 chrXV 32396 . G GT 1422.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.921;DP=57;FS=4.393;HaplotypeScore=598.3886;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.993;QD=24.96;ReadPosRankSum=1.921;SB=-5.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,55:57:99:1465,159,0 chrXV 32775 . G GTTCT 3639 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=580.8832;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.41;MQ0=0;QD=50.54;RPA=1,2;RU=TTCT;SB=-1.538e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,59:71:99:3639,184,0 chrXV 32815 . C CTT 3281 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=1038.5447;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.28;MQ0=0;QD=40.01;RPA=1,3;RU=T;SB=-1.170e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,70:82:99:3281,232,0 chrXV 34339 . T TCC 3091.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=411.4812;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.77;MQ0=0;QD=38.17;SB=-7.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:56,24:81:99:3134,238,0 chrXV 34341 . AGG A 3177.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=402.3945;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.19;MQ0=0;QD=40.23;SB=-7.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:54,25:79:99:3220,235,0 chrXV 43012 . TGTTTCTTCCAAATATATCCATGCTCTCGGTGTGCCACTTCTGGG T 2318.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=103.2153;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.60;MQ0=0;QD=57.97;SB=-6.477e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,13:40:36:2361,36,0 chrXV 43157 . CT C 2566.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=1132.5609;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.23;MQ0=0;QD=31.30;RPA=3,2;RU=T;SB=-5.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,79:82:99:2609,232,0 chrXV 43492 . TG T 1997.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=334.2069;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.41;MQ0=0;QD=34.45;SB=-9.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:2040,157,0 chrXV 43549 . G GA 1566.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=317.1301;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.28;MQ0=0;MQRankSum=1.191;QD=22.39;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=1.516;SB=-6.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,62:70:99:1609,165,0 chrXV 45897 . AATT A 322.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5145;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=26.91;RPA=7,6;RU=ATT;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,10:12:27:365,27,0 chrXV 47909 . TA T 1668.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.504;DP=104;FS=4.352;HaplotypeScore=38.2847;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=0.329;QD=16.05;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.855;SB=-5.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,92:104:99:1711,210,0 chrXV 54269 . AATC A 4054 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=188.6193;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.56;MQ0=0;QD=47.14;RPA=2,1;RU=ATC;SB=-1.063e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,81:86:99:4054,244,0 chrXV 55102 . CATACTGCGTTATACTGCGTT C 3305 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=19.3412;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.18;MQ0=0;QD=84.74;RPA=4,2;RU=ATACTGCGTT;SB=-7.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,20:39:60:3305,60,0 chrXV 56366 . G GA 2449.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.661;DP=110;FS=4.553;HaplotypeScore=350.4084;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.85;MQ0=0;MQRankSum=0.982;QD=22.27;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.946;SB=-8.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,100:110:99:2492,285,0 chrXV 60061 . GT G 441.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.184;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=208.6020;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.48;MQ0=0;MQRankSum=1.933;QD=9.21;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=2.285;SB=-4.299e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,24:48:36:484,36,0 chrXV 63056 . G GTCA 2969.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.521;DP=123;FS=1.545;HaplotypeScore=39.4331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.07;MQ0=0;MQRankSum=0.496;QD=24.15;RPA=10,11;RU=TCA;ReadPosRankSum=-0.092;SB=-1.377e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,74:123:58:3009,0,58 chrXV 70751 . C CT 1355.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.984;DP=80;FS=2.127;HaplotypeScore=32.1986;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.32;MQ0=0;MQRankSum=0.758;QD=16.95;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.178;SB=-6.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,67:80:99:1398,120,0 chrXV 71152 . C CT 1680.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.594;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=29.3488;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.33;MQ0=0;MQRankSum=0.643;QD=18.68;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.396;SB=-8.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,71:90:99:1723,186,0 chrXV 73960 . C CTT 2691.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=31.0672;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.22;MQ0=0;QD=32.43;RPA=6,8;RU=T;SB=-1.191e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,80:83:99:2734,229,0 chrXV 74284 . TA T 3679 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=238.2219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.09;MQ0=0;QD=22.71;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.666e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,157:162:99:3679,390,0 chrXV 77349 . GAT G 4716 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=922.3615;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.02;MQ0=0;QD=35.19;RPA=3,2;RU=AT;SB=-1.749e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,119:134:99:4716,364,0 chrXV 77390 . TA T 2526.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=1116.2631;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.06;MQ0=0;QD=22.77;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.153e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,96:111:99:2569,285,0 chrXV 79521 . C CT 2119.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.603;DP=127;FS=2.049;HaplotypeScore=158.5939;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.68;MQ0=0;MQRankSum=0.232;QD=16.69;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.066;SB=-1.005e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,84:127:99:2162,195,0 chrXV 81378 . AT A 639.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=350.7355;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.32;MQ0=0;QD=22.86;RPA=3,2;RU=T;SB=-9.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,22:28:63:682,63,0 chrXV 81629 . AATAT A 5586 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=325.3959;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=41.07;RPA=6,4;RU=AT;SB=-1.662e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,116:136:99:5586,340,0 chrXV 83362 . C CGA 2116.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=189.3421;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.67;MQ0=0;QD=37.14;RPA=2,3;RU=GA;SB=-3.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,50:57:99:2159,151,0 chrXV 85382 . CTT C 2204.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.064;DP=122;FS=2.829;HaplotypeScore=62.4700;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.885;QD=18.07;RPA=15,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.731;SB=-1.008e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,81:122:99:2247,205,0 chrXV 103993 . GTT G 2559.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.083;DP=86;FS=6.478;HaplotypeScore=159.2110;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.256;QD=29.77;RPA=9,7;RU=T;ReadPosRankSum=1.689;SB=-5.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,81:86:99:2602,221,0 chrXV 110227 . G GT 2928.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=180.5552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.14;MQ0=0;MQRankSum=1.642;QD=23.43;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.310;SB=-1.485e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,118:125:99:2971,340,0 chrXV 111520 . C CGCT 2715.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.278;DP=74;FS=4.051;HaplotypeScore=37.1653;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.051;QD=36.70;RPA=5,6;RU=GCT;ReadPosRankSum=-1.164;SB=-1.025e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,58:74:99:2758,137,0 chrXV 113874 . ATT A 1615.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=18.7468;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.99;MQ0=0;QD=25.25;RPA=9,7;RU=T;SB=-2.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,55:64:99:1658,153,0 chrXV 117459 . GT G 3037.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=235.1576;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.45;MQ0=0;QD=25.32;RPA=5,4;RU=T;SB=-9.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,114:120:99:3080,339,0 chrXV 117513 . ATT A 3138.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=245.3435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.47;MQ0=0;QD=27.78;RPA=5,3;RU=T;SB=-1.500e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,94:113:99:3181,256,0 chrXV 117995 . CA C 142.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.536;DP=176;FS=0.000;HaplotypeScore=59.6680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=14.10;MQ0=42;MQRankSum=0.000;QD=0.81;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=-2.264;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:158,16:18:99:182,0,340 chrXV 129212 . CTT C 3026.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.425;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=59.2414;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.012;QD=26.55;RPA=12,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.743;SB=-7.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,100:114:99:3069,294,0 chrXV 132583 . G GATCAATCA 6032 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=171.5776;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.70;MQ0=0;QD=81.51;RPA=2,4;RU=ATCA;SB=-1.096e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,62:74:99:6032,184,0 chrXV 136025 . GA G 2414.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=37.0292;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=23.45;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.095e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,94:103:99:2457,270,0 chrXV 139151 . TA T 3429 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=45.6739;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.73;MQ0=0;QD=22.41;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.493e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,150:153:99:3429,384,0 chrXV 141471 . G GA 716.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.108;DP=119;FS=0.978;HaplotypeScore=89.6946;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQ0=0;MQRankSum=2.761;QD=6.02;RPA=15,16;RU=A;ReadPosRankSum=-1.478;SB=-2.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,53:119:99:756,0,221 chrXV 142680 . GA G 2525.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=471.6665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.39;MQ0=0;QD=21.05;RPA=6,5;RU=A;SB=-9.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,105:120:99:2568,297,0 chrXV 147203 . CTA C 2173.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=163.3408;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.14;MQ0=0;QD=26.84;RPA=4,3;RU=TA;SB=-6.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,71:81:99:2216,183,0 chrXV 160743 . CT C 1142.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=95.1998;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.69;MQ0=0;QD=17.58;RPA=8,7;RU=T;SB=-4.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,53:65:99:1185,150,0 chrXV 160981 . AG A 1371.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=41.2315;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.22;MQ0=0;QD=21.78;SB=-4.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,25:63:99:1414,157,0 chrXV 170473 . C CT 2004.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=20.4288;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=31.82;RPA=1,2;RU=T;SB=-7.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,60:63:99:2047,172,0 chrXV 180387 . T TC 2545.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=245.6214;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.59;MQ0=0;QD=29.60;RPA=1,2;RU=C;SB=-1.117e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,83:86:99:2588,232,0 chrXV 180408 . A AT 2032.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=306.2020;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.41;MQ0=0;QD=27.11;RPA=3,4;RU=T;SB=-9.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,66:75:99:2075,207,0 chrXV 180441 . AT A 1105.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=205.2299;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.59;MQ0=0;QD=19.75;RPA=5,4;RU=T;SB=-2.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,48:56:99:1148,129,0 chrXV 181607 . G GA 2233.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=368.2788;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.00;MQ0=0;QD=29.01;RPA=1,2;RU=A;SB=-9.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,68:77:99:2276,192,0 chrXV 181654 . AC A 1607.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=301.8066;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.27;MQ0=0;QD=26.80;RPA=5,4;RU=C;SB=-4.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:60:99:1650,168,0 chrXV 194895 . C CA 805.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.054;DP=83;FS=12.239;HaplotypeScore=150.1334;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.108;QD=9.71;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.969;SB=-3.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,46:83:86:845,0,86 chrXV 200339 . C CTT 475.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.971;DP=81;FS=6.575;HaplotypeScore=125.3047;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.98;MQ0=0;MQRankSum=0.702;QD=5.88;RPA=23,25;RU=T;ReadPosRankSum=-0.434;SB=-1.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:53,24:81:41:518,41,0 chrXV 213812 . AT A 2476.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=566.2605;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.82;MQ0=0;QD=19.05;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.166e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,122:130:99:2519,325,0 chrXV 213883 . A AT 1885.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=246.1236;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.38;MQ0=0;QD=26.19;SB=-8.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,46:72:99:1928,167,0 chrXV 216270 . GGTC G 4218 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=330.7760;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.07;MQ0=0;QD=47.93;RPA=2,1;RU=GTC;SB=-1.895e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,81:88:99:4218,247,0 chrXV 216604 . GTCACCA G 4100 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=25.0058;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.60;MQ0=0;QD=61.19;RPA=2,1;RU=TCACCA;SB=-1.979e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,59:67:99:4100,180,0 chrXV 217068 . A AT 1128.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=107.6947;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;QD=25.09;RPA=4,5;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1171,123,0 chrXV 224209 . A ATGTG 1952.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=75.1806;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.08;MQ0=0;QD=61.03;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,31:32:93:1995,93,0 chrXV 226770 . T TC 927.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.365;DP=75;FS=188.424;HaplotypeScore=499.8341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.95;MQ0=0;MQRankSum=2.456;QD=12.37;ReadPosRankSum=2.275;SB=-3.011e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,31:75:99:967,0,1245 chrXV 226773 . C CA 726.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.106;DP=73;FS=190.764;HaplotypeScore=501.9342;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.930;QD=9.96;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=1.251;SB=-3.011e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,31:73:99:766,0,563 chrXV 227300 . CGATGATGATGATGAT C 3459 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.664;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=308.6923;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.61;MQ0=0;MQRankSum=0.577;QD=46.74;RPA=12,7;RU=GAT;ReadPosRankSum=-1.325;SB=-4.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,49:74:99:3459,131,0 chrXV 229886 . GT G 2735.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=315.0353;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.63;MQ0=0;QD=24.43;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.057e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,108:112:99:2778,312,0 chrXV 231806 . GA G 1840.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.242;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=36.5307;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.611;QD=17.05;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.007;SB=-5.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,94:108:99:1883,231,0 chrXV 233865 . A AT 1094.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=22.7949;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.95;MQ0=0;QD=19.21;RPA=8,9;RU=T;SB=-3.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,46:57:99:1137,135,0 chrXV 234107 . T TG 1501.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=156.6677;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=25.03;RPA=4,5;RU=G;SB=-7.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,52:60:99:1544,153,0 chrXV 235377 . T TCAACAACAACAA 3558 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=190.9225;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.04;MQ0=0;QD=47.44;RPA=6,10;RU=CAA;SB=-9.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,37:75:99:3558,117,0 chrXV 236202 . ACAAGCT A 2319.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=159.5449;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.08;MQ0=0;QD=42.18;RPA=5,4;RU=CAAGCT;SB=-4.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,39:55:99:2362,108,0 chrXV 236267 . C CACA 1201.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=249.1245;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.04;MQ0=0;QD=54.63;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,17:22:66:1244,66,0 chrXV 236276 . C CCCA 451.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=200.7723;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=34.77;SB=-5.898e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:13:27:494,27,0 chrXV 236319 . G GGCTCAA 1291.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=175.4361;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.52;MQ0=0;QD=68.00;SB=-6.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57:1334,57,0 chrXV 236991 . G GCAACAA 3787 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=364.9956;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.79;MQ0=0;QD=60.11;SB=-1.572e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,51:63:99:3787,180,0 chrXV 238200 . CATACTTTTG C 1709.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=64.5108;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.96;MQ0=0;QD=74.35;RPA=2,1;RU=ATACTTTTG;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,18:23:54:1752,54,0 chrXV 242848 . G GT 1036.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=24.6799;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.62;MQ0=0;QD=28.03;RPA=3,4;RU=T;SB=-9.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:99:1079,108,0 chrXV 243127 . G GC 423.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.400;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=80.7269;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.933;QD=15.14;ReadPosRankSum=1.200;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,17:28:63:466,63,0 chrXV 253928 . AC A 1933.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=369.4248;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.44;MQ0=0;QD=29.75;SB=-9.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,27:65:99:1976,186,0 chrXV 253931 . C CT 1823.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=369.2121;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.37;MQ0=0;QD=30.40;SB=-8.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,27:60:99:1866,180,0 chrXV 253989 . T TA 1436.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=454.1362;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.36;MQ0=0;QD=22.11;RPA=6,7;RU=A;SB=-3.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,58:65:99:1479,165,0 chrXV 254811 . C CAAA 271.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=20.9839;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=24.72;RPA=10,13;RU=A;SB=-1.367e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,10:11:33:314,33,0 chrXV 256151 . AT A 2778.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=280.6092;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.15;MQ0=0;QD=25.04;SB=-1.330e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,108:111:99:2821,321,0 chrXV 269653 . CG C 2430.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=413.1656;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.56;MQ0=0;QD=33.30;SB=-1.900e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2473,216,0 chrXV 270656 . C CT 1172.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=101.9453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.62;MQ0=0;QD=20.95;RPA=7,8;RU=T;SB=-5.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,50:56:99:1215,141,0 chrXV 271805 . TA T 1096.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=239.0634;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.51;MQ0=0;QD=15.03;RPA=11,10;RU=A;SB=-4.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,59:73:99:1139,155,0 chrXV 271953 . CT C 249.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.951;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=371.5088;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.53;MQ0=0;MQRankSum=0.894;QD=5.93;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.753;SB=-1.394e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,10:42:21:291,21,0 chrXV 271964 . T TTTTTTTC 2147.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.053;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=411.1028;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.823;QD=37.03;ReadPosRankSum=0.476;SB=-1.058e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,14:58:76:2190,76,0 chrXV 274779 . C CT 1699.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.946;DP=85;FS=8.186;HaplotypeScore=23.4493;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.46;MQ0=1;MQRankSum=1.561;QD=20.00;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=-0.209;SB=-7.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,73:84:99:1742,117,0 chrXV 277875 . TCATATA T 5146 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=405.2301;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.81;MQ0=0;QD=60.54;SB=-2.327e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,84:85:99:5146,237,0 chrXV 280108 . C CT 1776.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=201.8088;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.65;MQ0=0;QD=22.21;RPA=4,5;RU=T;SB=-7.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,74:80:99:1819,195,0 chrXV 281886 . A AG 2906.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=147.1477;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.93;MQ0=0;QD=33.41;SB=-9.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,78:87:99:2949,238,0 chrXV 282006 . A AG 3591 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=196.4317;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=28.50;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.442e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,119:126:99:3591,334,0 chrXV 285598 . T TA 1948.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=281.4250;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.64;MQ0=0;QD=27.07;RPA=3,4;RU=A;SB=-9.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,69:72:99:1991,198,0 chrXV 285890 . T TG 1548.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=26.8584;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.17;MQ0=0;QD=24.98;RPA=5,6;RU=G;SB=-4.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,55:62:99:1591,165,0 chrXV 287987 . A AT 1323.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=152.0262;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.24;MQ0=0;QD=22.07;RPA=9,10;RU=T;SB=-2.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,54:60:99:1366,167,0 chrXV 288064 . TA T 964.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.553;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=169.8360;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.995;QD=14.62;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.332;SB=-2.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,42:66:99:1007,115,0 chrXV 288282 . AT A 669.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=36.3985;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.83;MQ0=0;QD=20.30;RPA=7,6;RU=T;SB=-3.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,31:33:87:712,87,0 chrXV 290573 . CT C 730.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.358;DP=73;FS=5.104;HaplotypeScore=54.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.776;QD=10.01;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.323;SB=-2.626e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,43:73:31:773,31,0 chrXV 292246 . CAA C 3496 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=265.6133;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.90;MQ0=0;QD=28.42;RPA=10,8;RU=A;SB=-1.384e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,100:123:99:3496,322,0 chrXV 292338 . GA G 3593 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=544.5413;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.14;MQ0=0;QD=35.57;SB=-1.608e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,97:101:99:3593,286,0 chrXV 296475 . CA C 913.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=18.1253;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.21;MQ0=0;QD=20.31;RPA=8,7;RU=A;SB=-4.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,41:45:99:956,120,0 chrXV 298968 . AT A 1299.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=111.2912;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.34;MQ0=0;QD=21.67;RPA=6,5;RU=T;SB=-5.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,56:60:99:1342,159,0 chrXV 299706 . AT A 1190.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=200.4419;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.92;MQ0=0;QD=19.21;RPA=8,7;RU=T;SB=-9.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,56:62:99:1233,156,0 chrXV 301070 . GTC G 3759 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=548.7813;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.36;MQ0=0;QD=40.86;SB=-1.001e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,84:92:99:3759,250,0 chrXV 301214 . A AAATAG 6233 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=92.7079;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.33;MQ0=0;QD=66.31;SB=-4.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,79:94:99:6233,259,0 chrXV 301304 . ATG A 1417.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=169.8012;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.39;MQ0=0;QD=20.26;RPA=8,7;RU=TG;SB=-6.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,35:70:99:1460,138,0 chrXV 303175 . GT G 954.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.258;DP=60;FS=3.203;HaplotypeScore=213.7362;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.774;QD=15.92;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.479;SB=-4.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,42:60:99:997,130,0 chrXV 304940 . C CT 1194.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.801;DP=72;FS=6.213;HaplotypeScore=32.5337;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.49;MQ0=0;MQRankSum=0.910;QD=16.60;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.473;SB=-3.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,57:72:99:1237,100,0 chrXV 307241 . GTCATCGTCTTCA G 3897 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=19.1012;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.63;MQ0=0;QD=64.95;RPA=2,1;RU=TCATCGTCTTCA;SB=-1.787e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,28:60:99:3897,108,0 chrXV 312985 . CTA C 2445.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=114.8984;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.31;MQ0=0;QD=29.12;RPA=3,2;RU=TA;SB=-9.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,69:84:99:2488,196,0 chrXV 315630 . CTTTTT C 1132.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.990;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=166.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.248;QD=19.20;RPA=18,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.371;SB=-4.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,27:59:63:1175,63,0 chrXV 316411 . ACGAGGC A 2507.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.289;DP=59;FS=14.952;HaplotypeScore=630.9421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.996;QD=42.51;ReadPosRankSum=3.453;SB=-8.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,40:59:99:2547,0,602 chrXV 316418 . TTACCGAC T 2870.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.839;DP=54;FS=10.776;HaplotypeScore=557.4891;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.88;MQ0=0;MQRankSum=0.230;QD=53.17;ReadPosRankSum=4.257;SB=-1.056e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,40:54:99:2910,0,460 chrXV 323107 . GAGGT G 3160.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=118.7882;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.18;MQ0=0;QD=53.58;RPA=2,1;RU=AGGT;SB=-1.325e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,56:59:99:3203,166,0 chrXV 325064 . GT G 1522.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=38.6189;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;QD=18.80;RPA=10,9;RU=T;SB=-6.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,73:81:99:1565,206,0 chrXV 326195 . CATATATATAT C 4698 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=75.6960;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.06;MQ0=0;QD=59.47;RPA=13,8;RU=AT;SB=-2.183e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,51:79:99:4698,147,0 chrXV 326639 . TA T 48.48 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=55.4597;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;QD=6.06;RPA=7,6;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:12:90,12,0 chrXV 326668 . T TG 1437.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=133.3859;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.53;MQ0=0;QD=31.95;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1480,126,0 chrXV 333432 . G GA 1010.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.357;DP=105;FS=4.160;HaplotypeScore=325.3001;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.15;MQ0=0;MQRankSum=0.582;QD=9.63;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.859;SB=-3.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,52:105:79:1053,79,0 chrXV 340289 . T TAA 1823.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=157.8564;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.75;MQ0=0;QD=26.06;RPA=8,10;RU=A;SB=-4.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,55:70:99:1866,165,0 chrXV 340510 . A AT 2509.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=73.3755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.04;MQ0=0;QD=28.85;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.154e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,82:87:99:2552,238,0 chrXV 340806 . ATAAATT A 3894 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=821.0110;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.89;MQ0=0;QD=56.43;SB=-1.475e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,62:69:99:3894,171,0 chrXV 343483 . CG C 1583.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=49.0097;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.71;MQ0=0;QD=31.06;SB=-7.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1626,138,0 chrXV 343649 . GA G 1244.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=22.4572;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.16;MQ0=0;QD=20.08;RPA=10,9;RU=A;SB=-5.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,58:61:99:1287,170,0 chrXV 344858 . CCGT C 324.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.783;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=294.3976;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.368;QD=18.05;ReadPosRankSum=-3.413;SB=-9.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,8:18:99:364,0,174 chrXV 344930 . CCGT C 1191.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.335;DP=49;FS=4.201;HaplotypeScore=1073.8003;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=0.979;QD=24.33;ReadPosRankSum=-1.151;SB=-5.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,26:49:99:1231,0,450 chrXV 345038 . CCGT C 204.98 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.179;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=279.3735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.60;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=14.64;ReadPosRankSum=-1.179;SB=-7.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:14:24:244,0,24 chrXV 346013 . GCAT G 2114.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=564.9287;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.40;MQ0=0;QD=39.90;RPA=3,2;RU=CAT;SB=-1.007e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,46:53:99:2157,138,0 chrXV 346035 . T TA 1718.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=715.7205;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.81;MQ0=0;QD=26.45;RPA=3,4;RU=A;SB=-6.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,60:65:99:1761,174,0 chrXV 346458 . TAGCAGCAGAAGAAGA T 3412 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=303.2407;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.55;MQ0=0;QD=87.49;SB=-1.500e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,22:39:63:3412,63,0 chrXV 347482 . AT A 1624.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=21.8291;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.92;MQ0=0;QD=22.57;RPA=4,3;RU=T;SB=-4.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,66:72:99:1667,177,0 chrXV 347956 . T TG 2247.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=205.9008;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.57;MQ0=0;QD=34.06;SB=-1.085e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,65:66:99:2290,187,0 chrXV 348587 . TC T 1302.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.333;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=166.9456;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.999;QD=22.46;ReadPosRankSum=0.800;SB=-5.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,32:58:99:1345,148,0 chrXV 348630 . GA G 947.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=141.6561;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;QD=14.58;RPA=11,10;RU=A;SB=-4.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,50:65:99:990,137,0 chrXV 349580 . GA G 1215.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.038;DP=126;FS=2.821;HaplotypeScore=142.3958;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=0.139;QD=9.64;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.833;SB=-5.831e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,79:126:5:1255,5,0 chrXV 355830 . T TA 2129.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=33.1591;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.10;MQ0=0;QD=21.30;RPA=6,7;RU=A;SB=-5.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,86:100:99:2172,243,0 chrXV 356864 . AT A 1235.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=23.1661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.48;MQ0=0;QD=18.45;RPA=9,8;RU=T;SB=-5.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,59:67:99:1278,167,0 chrXV 367474 . TA T 1969.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=128.5213;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.43;MQ0=0;QD=30.78;SB=-9.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,60:64:99:2012,177,0 chrXV 368065 . G GTT 3084.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.334;DP=93;FS=3.955;HaplotypeScore=302.8807;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.68;MQ0=0;MQRankSum=1.573;QD=33.17;ReadPosRankSum=1.095;SB=-1.167e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,82:93:99:3127,257,0 chrXV 370433 . A AT 1923.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.977;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=34.9563;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.08;MQ0=0;MQRankSum=1.153;QD=19.24;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.071;SB=-9.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,89:100:99:1966,193,0 chrXV 370888 . C CG 5365 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=295.8536;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=37.00;SB=-2.350e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,140:145:99:5365,415,0 chrXV 372140 . GA G 985.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.146;DP=85;FS=5.797;HaplotypeScore=56.4876;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.837;QD=11.60;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.655;SB=-3.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,58:85:93:1028,93,0 chrXV 372753 . T TCA 3019.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=89.9930;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.24;MQ0=1;QD=39.22;RPA=1,2;RU=CA;SB=-1.377e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,71:76:99:3062,214,0 chrXV 383066 . C CA 998.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=49.9120;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;QD=20.39;RPA=8,9;RU=A;SB=-3.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,42:49:99:1041,123,0 chrXV 383126 . GA G 1262.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=195.5308;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=1.677;QD=17.30;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.192;SB=-4.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,61:73:99:1305,174,0 chrXV 384730 . TCTTC T 2506.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=260.9905;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.43;MQ0=0;QD=48.21;SB=-7.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,44:52:99:2549,123,0 chrXV 386646 . CT C 1254.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=47.8132;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;QD=16.96;RPA=10,9;RU=T;SB=-5.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,66:74:99:1297,173,0 chrXV 388792 . TC T 1970.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=565.4094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.34;MQ0=0;QD=25.93;RPA=3,2;RU=C;SB=-9.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,65:76:99:2013,180,0 chrXV 388894 . TTC T 2136.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=352.0997;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.42;MQ0=0;QD=41.10;SB=-6.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,47:52:99:2179,144,0 chrXV 389147 . TC T 2194.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=817.2307;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.80;MQ0=0;QD=26.77;RPA=6,5;RU=C;SB=-8.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,78:80:99:2237,225,0 chrXV 389452 . ACAT A 5728 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=497.8768;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.88;MQ0=0;QD=40.91;RPA=3,2;RU=CAT;SB=-1.253e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,110:137:99:5728,352,0 chrXV 389478 . A AT 6125 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;FS=0.000;HaplotypeScore=585.8569;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.33;MQ0=0;QD=36.90;SB=-1.480e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,154:163:99:6125,457,0 chrXV 389708 . A AT 3081.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=36.6632;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.66;MQ0=0;QD=27.52;RPA=3,4;RU=T;SB=-8.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,106:112:99:3124,310,0 chrXV 392113 . G GA 715.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.070;DP=54;FS=3.136;HaplotypeScore=55.0462;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.73;MQ0=0;MQRankSum=0.035;QD=13.26;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.173;SB=-3.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,40:54:63:758,63,0 chrXV 397394 . TA T 1107.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=39.6266;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.78;RPA=9,8;RU=A;SB=-3.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,51:56:99:1150,149,0 chrXV 397478 . GAA G 1489.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.485;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=160.2370;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.693;QD=22.58;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.178;SB=-7.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,50:66:99:1532,145,0 chrXV 408391 . AC A 1854.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=177.8392;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.27;MQ0=0;QD=27.69;RPA=5,4;RU=C;SB=-7.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,60:67:99:1897,174,0 chrXV 410001 . GT G 1318.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=15.6776;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=26.38;RPA=4,3;RU=T;SB=-4.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,47:50:99:1361,138,0 chrXV 410742 . G GT 1616.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=168.4966;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.35;MQ0=0;QD=18.17;RPA=7,8;RU=T;SB=-3.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,68:89:99:1659,195,0 chrXV 412675 . AT A 262.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=16.8637;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.12;MQ0=0;QD=6.92;RPA=15,14;RU=T;SB=-1.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,22:38:47:305,47,0 chrXV 412908 . TA T 1231.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=112.3982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.65;MQ0=0;QD=18.67;RPA=6,5;RU=A;SB=-3.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,62:66:99:1274,150,0 chrXV 414171 . G GT 5868 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=172;FS=0.000;HaplotypeScore=230.4567;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=34.12;SB=-2.201e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,146:172:99:5868,481,0 chrXV 414229 . CG C 3108.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=175.8014;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=30.78;RPA=3,2;RU=G;SB=-7.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,96:101:99:3151,280,0 chrXV 417837 . T TC 1869.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=78.5562;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=27.91;RPA=3,4;RU=C;SB=-5.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,63:67:99:1912,183,0 chrXV 418353 . G GA 1018.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=14.5424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=21.68;RPA=6,7;RU=A;SB=-4.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,39:47:99:1061,120,0 chrXV 418498 . T TA 2598.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=183.1032;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;QD=24.75;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.259e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,98:105:99:2641,276,0 chrXV 422652 . C CA 2133.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=27.0022;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.17;MQ0=0;QD=26.67;RPA=3,4;RU=A;SB=-9.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,74:80:99:2176,216,0 chrXV 423979 . G GA 810.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.287;DP=103;FS=16.309;HaplotypeScore=64.5142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.025;QD=7.87;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.927;SB=-2.748e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,57:103:68:850,0,68 chrXV 427281 . TG T 3095.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=29.4623;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.59;SB=-1.563e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,89:95:99:3138,262,0 chrXV 444498 . AT A 75.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.523;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=52.4213;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.077;QD=1.49;RPA=18,17;RU=T;ReadPosRankSum=-1.569;SB=-5.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,6:51:99:115,0,161 chrXV 448449 . GA G 1229.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=162.3530;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.65;MQ0=0;QD=19.22;RPA=8,7;RU=A;SB=-7.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,61:64:99:1272,161,0 chrXV 448553 . C CT 209.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=37.7114;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=13.12;RPA=8,9;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,10:16:30:252,30,0 chrXV 462267 . T TG 1261.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=17.1079;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;QD=29.35;RPA=5,6;RU=G;SB=-2.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1304,129,0 chrXV 463620 . C CA 2674.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=33.2085;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=25.72;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.055e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,102:104:99:2717,294,0 chrXV 463980 . CA C 2823.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=122.4160;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.38;MQ0=0;QD=34.86;SB=-1.378e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:81:99:2866,226,0 chrXV 464193 . AT A 1135.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.657;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=619.9969;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=0.226;QD=23.18;RPA=7,6;RU=T;ReadPosRankSum=1.657;SB=-5.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,46:49:99:1178,134,0 chrXV 464204 . AT A 978.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=685.2928;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.05;MQ0=0;QD=19.20;RPA=8,7;RU=T;SB=-4.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,47:51:99:1021,131,0 chrXV 464228 . TA T 1654.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=862.7336;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.57;MQ0=0;QD=23.31;RPA=5,4;RU=A;SB=-6.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,66:71:99:1697,192,0 chrXV 464325 . G GA 3213.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=345.1351;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.55;MQ0=0;QD=38.26;SB=-1.276e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:84:99:3256,250,0 chrXV 464395 . T TTATTAGAATAGAGC 6683 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=395.7332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.20;MQ0=0;QD=109.56;SB=-2.970e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,20:61:99:6683,150,0 chrXV 464399 . T TA 444.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.667;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=830.0153;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.302;QD=8.09;ReadPosRankSum=-3.421;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,17:55:99:484,0,635 chrXV 464593 . AT A 1314.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=22.3749;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.67;MQ0=0;QD=18.52;RPA=8,7;RU=T;SB=-4.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,60:71:99:1357,171,0 chrXV 467927 . A AT 3806 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=249.7327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.76;MQ0=0;QD=33.10;SB=-1.888e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:115:99:3806,295,0 chrXV 469286 . A AC 4932 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=41.2567;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.24;MQ0=0;QD=36.26;SB=-1.544e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,135:136:99:4932,394,0 chrXV 479259 . AT A 51.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=24.1185;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=2.33;RPA=15,14;RU=T;SB=-1.085e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,6:22:15:93,15,0 chrXV 480517 . TGCTAAAAAA T 6652 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=24.5788;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.04;MQ0=0;QD=97.82;SB=-2.458e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,64:68:99:6652,193,0 chrXV 487296 . AT A 3399 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=49.6288;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.98;MQ0=0;QD=24.28;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.222e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,135:140:99:3399,381,0 chrXV 491013 . CAA C 740.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.222;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=35.3324;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.524;QD=15.12;RPA=14,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.105;SB=-3.695e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,30:49:32:783,32,0 chrXV 497200 . T TCA 576.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=12.6842;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.66;MQ0=0;QD=33.94;SB=-4.800e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:39:619,39,0 chrXV 504672 . A AGG 1315.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=39.7299;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.33;MQ0=0;QD=31.33;RPA=5,7;RU=G;SB=-4.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,36:42:99:1358,108,0 chrXV 505108 . CT C 3171.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=246.9179;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.55;MQ0=0;QD=36.04;SB=-8.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,85:88:99:3214,250,0 chrXV 506857 . C CA 2228.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.107;DP=125;FS=3.121;HaplotypeScore=160.8059;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.30;MQ0=0;MQRankSum=0.111;QD=17.83;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.016;SB=-3.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,102:125:99:2271,205,0 chrXV 511310 . C CA 3551 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=27.1357;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.14;MQ0=0;QD=34.14;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.742e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,100:104:99:3551,289,0 chrXV 511451 . TA T 1061.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=118.9754;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.79;MQ0=0;QD=22.12;RPA=4,3;RU=A;SB=-5.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,41:48:99:1104,117,0 chrXV 511735 . G GCT 3924 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=262.7689;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.17;MQ0=0;QD=36.67;SB=-1.528e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,100:107:99:3924,286,0 chrXV 514857 . C CT 2705.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=99.4187;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.25;MQ0=0;QD=37.58;SB=-1.049e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2748,208,0 chrXV 520173 . TG T 1417.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=81.6444;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;QD=30.83;SB=-6.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:46:99:1460,132,0 chrXV 521062 . GA G 1290.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.817;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=20.3625;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=2.251;QD=16.77;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=-1.494;SB=-5.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,65:77:99:1333,134,0 chrXV 522252 . G GA 2538.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=28.9412;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.96;MQ0=0;QD=27.90;RPA=3,4;RU=A;SB=-9.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,89:91:99:2581,256,0 chrXV 522783 . TC T 1027.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=102.1437;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.65;MQ0=0;QD=25.70;RPA=2,1;RU=C;SB=-1.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,31:40:99:1070,105,0 chrXV 522809 . ATG A 602.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.916;DP=58;FS=2.359;HaplotypeScore=208.5652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.91;MQ0=1;MQRankSum=-2.821;QD=10.40;ReadPosRankSum=-2.029;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,14:57:99:642,0,587 chrXV 533639 . C CTAG 3003.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=169.3993;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.91;MQ0=0;QD=45.51;RPA=1,2;RU=TAG;SB=-1.120e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,56:66:99:3046,181,0 chrXV 536839 . CT C 17.06 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.658;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=26.5502;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.272;QD=0.71;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=-2.061;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,5:24:56:56,0,240 chrXV 537259 . A AT 480.93 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.803;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=34.7012;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=63.37;MQ0=0;MQRankSum=0.873;QD=9.62;RPA=15,16;RU=T;ReadPosRankSum=-1.571;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,31:50:9:522,9,0 chrXV 546512 . C CTT 1663.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=54.4531;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.72;MQ0=0;QD=23.11;RPA=10,12;RU=T;SB=-6.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,48:72:99:1706,158,0 chrXV 560809 . GA G 618.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.798;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=129.6494;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.686;QD=11.46;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.798;SB=-2.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,30:54:64:661,64,0 chrXV 561027 . GA G 1487.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=26.0648;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.48;MQ0=0;QD=16.72;RPA=9,8;RU=A;SB=-7.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,75:89:99:1530,199,0 chrXV 564437 . TA T 5562 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=208;FS=0.000;HaplotypeScore=476.9883;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=26.74;RPA=2,1;RU=A;SB=-2.028e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,208:208:99:5562,520,0 chrXV 569671 . G GTT 2119.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=277.1746;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.26;MQ0=0;QD=27.89;RPA=8,10;RU=T;SB=-9.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,55:76:99:2162,196,0 chrXV 569695 . AT A 1371.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.284;DP=88;FS=3.789;HaplotypeScore=467.5337;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.79;MQ0=0;MQRankSum=0.336;QD=15.59;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.577;SB=-5.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,67:88:99:1414,174,0 chrXV 572170 . G GTTT,GTTTT 2999.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=204.2127;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.54;MQ0=0;QD=24.59;RPA=13,16,17;RU=T;SB=-1.092e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:28,62,16:122:99:3078,406,163,865,0,664 chrXV 574955 . AT A 947.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=19.5688;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.98;MQ0=0;QD=17.89;RPA=9,8;RU=T;SB=-3.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,46:53:99:990,131,0 chrXV 577841 . C CT 1252.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=199.6537;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.33;MQ0=0;QD=27.24;RPA=3,4;RU=T;SB=-5.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:46:99:1295,129,0 chrXV 580086 . GT G 1395.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=19.2448;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.85;RPA=4,3;RU=T;SB=-6.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:52:99:1438,147,0 chrXV 589865 . A ATT 1977.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=329.9834;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.30;MQ0=0;QD=33.52;RPA=5,7;RU=T;SB=-9.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,54:59:99:2020,163,0 chrXV 594280 . T TAA 4673 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=830.4864;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.07;MQ0=0;QD=36.80;RPA=3,5;RU=A;SB=-8.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,118:127:99:4673,355,0 chrXV 594301 . GA G 2076.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=932.0662;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.19;MQ0=0;QD=21.63;RPA=9,8;RU=A;SB=-3.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,76:96:99:2119,234,0 chrXV 601001 . CG C 1638.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=135.3358;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.28;MQ0=0;QD=36.42;SB=-5.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:45:99:1681,129,0 chrXV 606459 . C CT 2515.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.272;DP=120;FS=3.958;HaplotypeScore=170.6618;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.96;MQ0=0;MQRankSum=1.596;QD=20.97;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.849;SB=-1.003e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,106:120:99:2558,280,0 chrXV 608649 . A AT 1846.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=299.8184;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.55;MQ0=0;QD=19.44;RPA=8,9;RU=T;SB=-3.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,78:95:99:1889,227,0 chrXV 609382 . TATTAGAAGC T 6678 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=146.1452;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.93;MQ0=0;QD=73.38;RPA=2,1;RU=ATTAGAAGC;SB=-3.176e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,70:91:99:6678,202,0 chrXV 618731 . C CCA 1988.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=61.6348;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.07;MQ0=0;QD=30.14;RPA=4,5;RU=CA;SB=-1.014e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,59:66:99:2031,165,0 chrXV 619646 . TTATTATCATA T 6071 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=398.0504;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.78;MQ0=0;QD=101.18;SB=-2.984e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,48:60:99:6071,147,0 chrXV 619765 . T TAG 2522.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=350.8924;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.79;MQ0=0;QD=40.69;RPA=1,2;RU=AG;SB=-1.037e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,59:62:99:2565,172,0 chrXV 624475 . AT A 783.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.311;DP=51;FS=3.123;HaplotypeScore=199.9275;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.53;MQ0=0;MQRankSum=0.311;QD=15.37;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.377;SB=-3.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,43:51:91:826,91,0 chrXV 624602 . C CT 833.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=176.2254;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.08;MQ0=0;QD=19.39;RPA=9,10;RU=T;SB=-4.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,40:43:99:876,105,0 chrXV 625982 . A ATCT 2994.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.617;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=29.2064;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.040;QD=32.20;RPA=5,6;RU=TCT;ReadPosRankSum=-0.652;SB=-1.350e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,71:93:99:3037,120,0 chrXV 628059 . TAA T 4750 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=35.6609;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.57;MQ0=0;QD=35.71;RPA=3,1;RU=A;SB=-2.207e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,127:133:99:4750,352,0 chrXV 636852 . G GA 2394.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=25.9421;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.81;RPA=6,7;RU=A;SB=-4.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,89:105:99:2437,276,0 chrXV 639384 . T TA 1865.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=395.8283;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.19;MQ0=0;QD=25.22;RPA=3,4;RU=A;SB=-6.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,65:74:99:1908,192,0 chrXV 639510 . T TA 1998.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.433;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=315.6338;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.133;QD=17.69;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=-1.732;SB=-7.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,88:113:99:2041,218,0 chrXV 642299 . T TG 2030.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=171.8987;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.99;MQ0=0;QD=29.43;RPA=2,3;RU=G;SB=-1.023e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,66:69:99:2073,186,0 chrXV 642737 . C CA 2069.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=46.9732;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;QD=23.26;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.042e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,80:89:99:2112,219,0 chrXV 644403 . AT A 2157.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=344.5837;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.43;MQ0=0;QD=21.58;RPA=7,6;RU=T;SB=-7.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,93:100:99:2200,267,0 chrXV 649129 . GA G 1142.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=140.0678;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.27;MQ0=0;QD=18.14;RPA=10,9;RU=A;SB=-3.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,54:63:99:1185,158,0 chrXV 657103 . T TG 1596.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.387;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=183.4974;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.54;MQ0=0;MQRankSum=0.361;QD=21.29;ReadPosRankSum=1.273;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,68:75:99:1639,167,0 chrXV 657250 . T TG 2099.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=355.4628;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.88;MQ0=0;QD=34.43;SB=-1.065e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,53:61:99:2142,177,0 chrXV 662016 . A AT,ATT 556.92 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.985;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=82.3038;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.973;QD=12.95;RPA=12,13,14;RU=T;ReadPosRankSum=0.039;SB=-2.768e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:14,22,6:43:42:634,122,42,118,0,66 chrXV 663806 . T TA 1910.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=211.7507;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.76;MQ0=0;QD=18.92;RPA=5,6;RU=A;SB=-4.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,75:101:99:1953,219,0 chrXV 663913 . AG A 2857.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=999.7331;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.58;MQ0=0;QD=27.22;RPA=2,1;RU=G;SB=-9.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,91:105:99:2900,306,0 chrXV 663919 . C CG 3157.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=1008.5892;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.69;MQ0=0;QD=29.51;SB=-9.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,92:107:99:3200,306,0 chrXV 663944 . AACCGG A 5703 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=593.3915;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.76;MQ0=0;QD=61.32;RPA=2,1;RU=ACCGG;SB=-1.776e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,84:93:99:5703,247,0 chrXV 665416 . GA G 2019.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=287.3982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.23;MQ0=0;QD=22.95;RPA=7,6;RU=A;SB=-9.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,86:88:99:2062,249,0 chrXV 665699 . T TA 1397.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.231;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=55.8422;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.982;QD=19.15;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.751;SB=-6.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,50:73:99:1440,157,0 chrXV 667453 . GTT G 1393.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=154.2275;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.86;MQ0=0;QD=31.68;RPA=7,5;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,42:44:99:1436,123,0 chrXV 667734 . TAAA T 380.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=50.0559;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.64;MQ0=0;QD=22.41;RPA=15,12;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,14:17:34:423,34,0 chrXV 668879 . G GA 460.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.818;DP=62;FS=1.237;HaplotypeScore=687.4618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.56;MQ0=0;MQRankSum=-2.965;QD=7.44;ReadPosRankSum=4.155;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,15:62:34:500,0,34 chrXV 668880 . G GGAGGAGGAGGAGGA 3385 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.144;DP=52;FS=4.260;HaplotypeScore=245.8921;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.28;MQ0=0;MQRankSum=1.660;QD=65.10;ReadPosRankSum=1.155;SB=-1.043e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,16:52:99:3385,137,0 chrXV 669123 . C CTTTTCCTTTTCGTTTTCG 6737 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=60.8451;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.26;MQ0=0;QD=124.76;SB=-2.482e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,15:54:99:6737,135,0 chrXV 670429 . GA G 2171.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=70.3531;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.74;MQ0=0;QD=17.80;RPA=8,7;RU=A;SB=-8.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,117:121:99:2214,278,0 chrXV 671268 . CG C 2078.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.905;DP=75;FS=3.637;HaplotypeScore=102.0385;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=1.681;QD=27.72;RPA=4,3;RU=G;ReadPosRankSum=0.181;SB=-8.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,66:75:99:2121,185,0 chrXV 678404 . AAT A 1890.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=66.7245;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.54;MQ0=0;QD=35.02;SB=-7.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,43:54:99:1933,152,0 chrXV 678474 . A ATTT 3153.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=73.0025;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.85;MQ0=0;QD=40.96;RPA=6,9;RU=T;SB=-1.359e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,69:77:99:3196,208,0 chrXV 678956 . CCG C 4147 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=401.1604;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.73;MQ0=0;QD=41.06;SB=-1.969e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,91:101:99:4147,283,0 chrXV 678989 . GA G 2425.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=502.2395;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.85;MQ0=0;QD=25.01;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.181e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,92:97:99:2468,270,0 chrXV 680779 . CA C 1942.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=180.0580;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.14;MQ0=0;QD=20.67;RPA=7,6;RU=A;SB=-8.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,84:94:99:1985,240,0 chrXV 681378 . C CA 887.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=12.9278;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.22;MQ0=0;QD=20.18;RPA=9,10;RU=A;SB=-5.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,39:44:99:930,114,0 chrXV 682436 . G GA 952.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=133.7674;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.48;MQ0=0;QD=20.72;RPA=7,8;RU=A;SB=-3.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,38:46:99:995,114,0 chrXV 682471 . AAGACCACTTG A 3582 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=115.1319;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.53;MQ0=0;QD=63.96;RPA=2,1;RU=AGACCACTTG;SB=-1.063e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,41:56:99:3582,111,0 chrXV 683622 . C CT 2573.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=327.8599;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.26;MQ0=0;QD=26.81;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.139e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,92:96:99:2616,273,0 chrXV 683929 . 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AT A 1807.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=23.3037;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.60;MQ0=0;QD=23.48;RPA=4,3;RU=T;SB=-7.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,68:77:99:1850,192,0 chrXV 702879 . A AT 2670.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.851;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=184.3394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.272;QD=19.50;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.535;SB=-1.132e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,115:137:99:2713,278,0 chrXV 709738 . AT A 139.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;HaplotypeScore=56.2472;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=27.85;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:181,15,0 chrXV 710308 . TC T 2262.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=253.9154;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.78;MQ0=0;QD=30.17;RPA=2,1;RU=C;SB=-8.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,70:75:99:2305,213,0 chrXV 710359 . 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C CT 2807.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.925;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=747.7559;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.46;MQ0=0;MQRankSum=0.051;QD=19.50;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.396;SB=-1.358e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,122:144:99:2850,312,0 chrXV 724863 . AT A 950.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=22.0734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.43;MQ0=0;QD=19.02;RPA=8,7;RU=T;SB=-4.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,43:50:99:993,126,0 chrXV 724940 . GT G 819.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.277;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=95.8150;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.477;QD=14.14;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.629;SB=-3.564e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,41:58:40:862,40,0 chrXV 727374 . A AT 1618.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=28.4748;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.60;MQ0=0;QD=23.13;RPA=6,7;RU=T;SB=-6.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,64:70:99:1661,188,0 chrXV 738211 . GA G 1685.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.774;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=162.9858;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.703;QD=16.53;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.822;SB=-8.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,86:102:99:1728,191,0 chrXV 741753 . T TA 2917.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=198.7801;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.54;MQ0=0;QD=29.18;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.214e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,96:100:99:2960,280,0 chrXV 741984 . G GT 1573.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=29.5448;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.86;MQ0=0;QD=22.81;RPA=6,7;RU=T;SB=-6.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,56:69:99:1616,180,0 chrXV 742445 . TA T 766.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=117.4412;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.15;MQ0=0;QD=20.73;RPA=8,7;RU=A;SB=-2.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,36:37:99:809,102,0 chrXV 742492 . T TA 1095.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=142.0670;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.73;MQ0=0;QD=27.40;SB=-5.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,37:40:99:1138,108,0 chrXV 744448 . G GA 1602.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=152.5273;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.63;MQ0=0;QD=26.72;RPA=3,4;RU=A;SB=-7.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,54:60:99:1645,165,0 chrXV 745306 . C CAAA 549.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.898;DP=43;FS=14.629;HaplotypeScore=73.8728;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.251;QD=12.79;RPA=14,17;RU=A;ReadPosRankSum=-1.325;SB=-6.104e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,13:43:24:592,24,0 chrXV 751669 . TTGG T 2254.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=27.4878;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.10;MQ0=0;QD=34.17;RPA=4,3;RU=TGG;SB=-9.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,54:66:99:2297,150,0 chrXV 759633 . A AG 1909.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=655.3655;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.79;MQ0=0;QD=21.70;RPA=2,3;RU=G;SB=-9.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,50:88:99:1952,247,0 chrXV 759644 . ATAT A 2638.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=559.9241;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.46;MQ0=0;QD=31.05;SB=-1.114e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,53:85:99:2681,233,0 chrXV 760705 . AT A 1488.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.936;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=48.8957;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=1.358;QD=14.74;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.140;SB=-7.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,89:101:99:1531,195,0 chrXV 760797 . C CT 806.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.013;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=14.0737;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.621;QD=18.77;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.536;SB=-1.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,33:43:67:849,67,0 chrXV 761551 . GA G 1740.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.084;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=31.5043;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.202;QD=17.76;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.965;SB=-3.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,85:98:99:1783,179,0 chrXV 762569 . GT G 1456.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=16.6775;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.24;MQ0=0;QD=28.57;RPA=2,1;RU=T;SB=-7.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1499,135,0 chrXV 763037 . A AAAT 1993.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=66.8567;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.68;MQ0=0;QD=33.80;RPA=1,2;RU=AAT;SB=-9.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,47:59:99:2036,128,0 chrXV 766698 . G GT 2675.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=282.3460;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=22.30;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.131e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,102:120:99:2718,306,0 chrXV 768281 . TA T 835.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.522;DP=78;FS=2.667;HaplotypeScore=117.4089;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.40;MQ0=0;MQRankSum=0.855;QD=10.72;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.272;SB=-2.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,41:78:94:878,94,0 chrXV 768684 . CG C 461.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.489;DP=92;FS=2.762;HaplotypeScore=665.3818;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.789;QD=5.02;ReadPosRankSum=5.983;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,43:92:99:501,0,214 chrXV 768686 . ACAACG A 2394.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.609;DP=89;FS=7.410;HaplotypeScore=464.4740;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=0.563;QD=26.91;ReadPosRankSum=4.112;SB=-7.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,43:89:91:2437,91,0 chrXV 769933 . AT A 1325.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.679;DP=85;FS=4.907;HaplotypeScore=151.3471;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.74;MQ0=0;MQRankSum=0.346;QD=15.60;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.027;SB=-4.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,62:85:99:1368,179,0 chrXV 770624 . GTTT GT,G 551.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.180;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=92.1343;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=50.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.241;QD=8.36;RPA=18,16,15;RU=T;ReadPosRankSum=3.180;SB=-2.479e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:29,0,10:66:99:630,104,106,218,0,398 chrXV 775403 . CTT C 4537 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=813.3412;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.93;MQ0=0;QD=39.80;RPA=4,2;RU=T;SB=-1.859e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,110:114:99:4537,319,0 chrXV 778922 . A AAT 3848 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.226;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=1067.3272;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.011;QD=30.54;ReadPosRankSum=2.092;SB=-1.520e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,104:126:99:3848,299,0 chrXV 779815 . A AT 2736.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=1243.9427;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.74;MQ0=0;QD=31.83;SB=-6.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:86:99:2779,226,0 chrXV 781913 . C CTG 3917 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=327.8758;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.60;MQ0=0;QD=43.04;RPA=1,2;RU=TG;SB=-1.680e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,87:91:99:3917,262,0 chrXV 783508 . GA G 1000.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=145.9644;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.95;MQ0=0;QD=31.28;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,31:32:90:1043,90,0 chrXV 787005 . GA G 2313.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=529.3186;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.39;MQ0=0;QD=18.22;RPA=9,8;RU=A;SB=-6.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,106:127:99:2356,307,0 chrXV 795455 . G GGAAA 2939.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=204.7687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.58;MQ0=0;QD=39.73;SB=-1.184e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,54:74:99:2982,207,0 chrXV 798499 . GA G 1787.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.167;DP=126;FS=6.809;HaplotypeScore=53.0344;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.24;MQ0=0;MQRankSum=0.071;QD=14.19;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.260;SB=-7.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,98:126:99:1830,217,0 chrXV 804279 . AG A 2518.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=206.7506;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.52;MQ0=0;QD=27.38;SB=-5.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,88:92:99:2561,256,0 chrXV 804922 . A AT 692.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.444;DP=119;FS=13.450;HaplotypeScore=182.6198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.59;MQ0=0;MQRankSum=0.417;QD=5.82;RPA=16,17;RU=T;ReadPosRankSum=0.848;SB=-2.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,50:119:99:732,0,320 chrXV 807247 . A AATAG 3675 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=95.4176;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.29;MQ0=0;QD=48.36;SB=-1.426e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,66:76:99:3675,175,0 chrXV 813962 . TC T 1428.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=156.4957;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.16;MQ0=0;QD=21.33;RPA=8,7;RU=C;SB=-4.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,54:67:99:1471,153,0 chrXV 815967 . CCACTCT C 3514 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=125.8609;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.69;MQ0=0;QD=61.65;RPA=2,1;RU=CACTCT;SB=-1.688e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,50:57:99:3514,147,0 chrXV 818557 . C CA 2331.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=21.6579;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=37.02;SB=-9.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,62:63:99:2374,181,0 chrXV 820810 . AT A 2024.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=207.8078;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.19;MQ0=0;QD=25.00;RPA=4,3;RU=T;SB=-8.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,79:81:99:2067,213,0 chrXV 822924 . GTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGT G 3040.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.631;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=170.3783;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.019;QD=32.01;RPA=21,14;RU=TGT;ReadPosRankSum=1.631;SB=-1.233e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:56,35:95:95:3083,95,0 chrXV 830833 . CTT C 237.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=64.8317;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.56;MQ0=0;QD=14.00;RPA=13,11;RU=T;SB=-3.098e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,11:17:27:280,27,0 chrXV 834319 . TA T 1633.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.778;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=37.7268;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=0.455;QD=15.71;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.660;SB=-7.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,80:104:99:1676,193,0 chrXV 836505 . C CTT 3597 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=39.7233;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.83;MQ0=0;QD=35.61;RPA=3,5;RU=T;SB=-1.720e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,93:101:99:3597,274,0 chrXV 850136 . TA T 2599.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=89.5692;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.41;MQ0=0;QD=30.59;SB=-8.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,75:85:99:2642,244,0 chrXV 850190 . TA T 1688.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.954;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=202.8990;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.279;QD=15.78;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.511;SB=-5.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,82:107:99:1731,201,0 chrXV 850738 . GA G 2450.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=143.6485;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.90;MQ0=0;QD=28.17;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.088e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,79:87:99:2493,226,0 chrXV 850792 . AT A 1740.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=285.4125;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.37;MQ0=0;QD=22.04;RPA=6,5;RU=T;SB=-5.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,77:79:99:1783,213,0 chrXV 859581 . C CTGTTGCGCT 2684.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=15.3953;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.85;MQ0=0;QD=55.94;RPA=1,2;RU=TGTTGCGCT;SB=-1.183e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,35:48:99:2727,102,0 chrXV 860584 . A AT 1279.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=151.5221;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.03;MQ0=0;QD=37.65;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:99:1322,99,0 chrXV 860846 . C CTT 862.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=67.7381;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.25;MQ0=0;QD=24.66;RPA=7,9;RU=T;SB=-2.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,28:35:81:905,81,0 chrXV 860962 . G GA 709.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=27.5310;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.27;RPA=1,2;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:63:752,63,0 chrXV 867448 . GT G 2158.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=30.4580;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.26;RPA=4,3;RU=T;SB=-9.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,84:89:99:2201,228,0 chrXV 868057 . C CAT 1343.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.499;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=28.9918;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.219;QD=17.45;RPA=7,8;RU=AT;ReadPosRankSum=-2.014;SB=-5.953e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,37:77:13:1385,13,0 chrXV 887012 . T TGAA 3700 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=215.2610;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.09;MQ0=0;QD=38.54;RPA=4,5;RU=GAA;SB=-1.795e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,80:96:99:3700,238,0 chrXV 888848 . GTTTTT G,GT 1324.21 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.799;DP=64;FS=3.724;HaplotypeScore=214.4772;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=51.38;MQ0=0;MQRankSum=1.679;QD=20.69;RPA=24,19,20;RU=T;ReadPosRankSum=1.974;SB=-5.508e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:30,7,0:63:48:1402,331,288,128,0,48 chrXV 889748 . T TAAAAAA 909.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=75.5097;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.05;MQ0=0;QD=31.38;RPA=17,23;RU=A;SB=-1.001e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,17:29:52:952,52,0 chrXV 892242 . T TG 1907.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=265.2018;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.39;MQ0=0;QD=29.35;RPA=3,4;RU=G;SB=-9.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1950,186,0 chrXV 907843 . GT G 1043.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=117.0267;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.82;MQ0=0;QD=23.20;RPA=8,7;RU=T;SB=-5.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,42:45:99:1086,126,0 chrXV 908671 . A AG 2614.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=150.8180;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=31.89;RPA=1,2;RU=G;SB=-6.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2657,234,0 chrXV 909301 . TA T 2558.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=28.4390;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.09;MQ0=0;QD=24.37;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.091e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,101:105:99:2601,291,0 chrXV 911625 . A AATAAC 5670 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=29.3766;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.05;MQ0=0;QD=63.71;SB=-6.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,72:89:99:5670,235,0 chrXV 922929 . C CT 872.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=64.4839;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.20;MQ0=0;QD=22.38;RPA=5,6;RU=T;SB=-5.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,34:39:99:915,99,0 chrXV 923124 . GTGAT G 477.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=22.6609;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=65.29;MQ0=0;QD=23.90;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:20:39:520,39,0 chrXV 925072 . C CA 507.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.461;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=74.8488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=0.214;QD=5.91;RPA=15,16;RU=A;ReadPosRankSum=-2.780;SB=-1.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,37:86:99:547,0,168 chrXV 930504 . A AG 959.99 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.436;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=403.2906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.69;MQ0=0;MQRankSum=1.274;QD=8.50;ReadPosRankSum=4.211;SB=-9.900e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,29:113:21:999,0,21 chrXV 931340 . 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GA G 1333.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=217.2586;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.92;MQ0=0;QD=33.35;RPA=2,1;RU=A;SB=-6.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:1376,114,0 chrXV 970202 . G GAAAAA 3519 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=782.0212;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.22;MQ0=0;QD=62.84;RPA=4,9;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,54:56:99:3519,163,0 chrXV 970485 . GT G 1915.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=358.9339;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.95;MQ0=1;QD=37.57;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,50:50:99:1958,150,0 chrXV 976305 . A AAAG 847.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=44.5604;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.00;MQ0=0;QD=56.53;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45:890,45,0 chrXV 976365 . T TG 297.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=215.6632;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.19;MQ0=0;QD=24.83;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,9:12:27:340,27,0 chrXV 976370 . G GA 278.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=192.0914;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=31.00;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27:321,27,0 chrXV 976990 . AT A 720.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.440;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=48.2094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=0.537;QD=14.14;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.367;SB=-3.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,36:51:66:763,66,0 chrXV 986677 . AAAGAAAAAAGGAAACCAAAAGG A 6339 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=18.1721;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.25;MQ0=0;QD=93.22;SB=-2.330e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,58:68:99:6339,165,0 chrXV 989706 . G GAA 1407.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.861;DP=77;FS=3.209;HaplotypeScore=55.0635;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.20;MQ0=0;MQRankSum=0.316;QD=18.29;RPA=13,15;RU=A;ReadPosRankSum=-0.737;SB=-4.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,49:77:99:1450,127,0 chrXV 994879 . AT A 1684.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=85.6323;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.42;MQ0=0;QD=21.88;RPA=6,5;RU=T;SB=-7.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,72:77:99:1727,201,0 chrXV 998267 . TG T 1270.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=337.5840;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.18;MQ0=0;QD=23.54;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,52:54:99:1313,152,0 chrXV 1003872 . A AAT 538.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.213;DP=41;FS=5.328;HaplotypeScore=83.1446;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=0.468;QD=13.15;RPA=7,8;RU=AT;ReadPosRankSum=1.319;SB=-2.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,18:41:69:578,0,69 chrXV 1004108 . G GA 256.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.969;DP=21;FS=2.884;HaplotypeScore=92.7012;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.03;MQ0=0;MQRankSum=0.969;QD=12.24;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.224;SB=-1.266e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,10:21:25:299,25,0 chrXV 1004258 . GT G 280.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=77.2910;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.92;MQ0=0;QD=6.24;RPA=13,12;RU=T;SB=-8.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,13:45:48:323,48,0 chrXV 1004270 . T TA 94.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.543;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=85.1832;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=0.906;QD=3.24;ReadPosRankSum=1.087;SB=-1.500e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,8:29:5:134,5,0 chrXV 1004273 . TA T 45.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.602;DP=28;FS=2.336;HaplotypeScore=90.0949;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=0.053;QD=1.64;ReadPosRankSum=0.903;SB=-2.100e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,12:28:33:85,0,33 chrXV 1016055 . T TCCTTGG 3531 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=14.7689;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.93;MQ0=0;QD=70.62;SB=-1.335e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,41:50:99:3531,126,0 chrXV 1019976 . TA T 373.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9359;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.70;RPA=4,3;RU=A;SB=-5.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,19:20:45:416,45,0 chrXV 1023212 . T TG 2446.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=126.9589;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=37.08;SB=-1.117e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,60:66:99:2489,187,0 chrXV 1039718 . TG T 819.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=33.1095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.90;MQ0=0;QD=25.62;RPA=8,7;RU=G;SB=-4.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,31:32:90:862,90,0 chrXV 1044946 . T TA 1327.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=118.1627;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.77;MQ0=0;QD=21.77;RPA=9,10;RU=A;SB=-6.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,57:61:99:1370,165,0 chrXV 1046180 . A AG 1930.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=23.4518;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.50;MQ0=0;QD=29.71;SB=-7.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,57:65:99:1973,159,0 chrXV 1057968 . T TA 657.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.357;DP=53;FS=5.192;HaplotypeScore=29.7121;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.15;MQ0=0;MQRankSum=2.205;QD=12.41;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=2.331;SB=-2.422e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,36:53:38:700,38,0 chrXV 1073032 . TA T 718.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=402.0229;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.82;MQ0=4;QD=8.08;RPA=3,2;RU=A;SB=-3.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,79:25:69:761,69,0 chrXV 1073283 . GAAA G 2549.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=180.5539;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.00;MQ0=14;QD=20.90;RPA=7,4;RU=A;SB=-1.005e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,111:72:99:2592,171,0 chrXV 1073859 . G GA 2778.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=442.3990;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.27;MQ0=0;QD=33.48;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.264e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,82:83:99:2821,232,0 chrXV 1074077 . TA T 2066.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.438;DP=164;FS=0.000;HaplotypeScore=701.1816;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.97;MQ0=0;MQRankSum=2.690;QD=12.60;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.229;SB=-8.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:48,114:158:99:2109,215,0 chrXV 1074689 . GCCA G 483.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.285;DP=97;FS=1.412;HaplotypeScore=259.9882;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.49;MQ0=18;MQRankSum=-0.741;QD=4.99;RPA=7,6;RU=CCA;ReadPosRankSum=-2.564;SB=-2.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,52:35:99:523,0,732 chrXV 1077950 . CTTT C,CTTTTT 1221.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.399;DP=167;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=197.1330;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=40.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.030;QD=7.32;RPA=19,16,21;RU=T;ReadPosRankSum=-1.246;SB=-3.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:115,17,0:148:99:1300,678,2323,541,0,1169 chrXV 1078315 . T TA 144.17 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.480;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=42.4201;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.71;MQ0=8;MQRankSum=-0.480;QD=4.12;ReadPosRankSum=0.000;SB=-4.542e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,5:20:16:186,16,0 chrXV 1079486 . AT A 750.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.488;DP=250;DS;FS=5.612;HaplotypeScore=106.0431;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.14;MQ0=0;MQRankSum=0.991;QD=3.00;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.977;SB=-2.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:174,73:250:99:790,0,2389 chrXVI 6881 . A AC 1414.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=230.6742;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.17;MQ0=49;QD=12.30;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,114:38:99:1457,111,0 chrXVI 7181 . TA T 211.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.519;DP=170;FS=0.000;HaplotypeScore=261.0653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=12.84;MQ0=118;MQRankSum=-0.467;QD=1.25;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=-1.038;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:145,25:30:99:251,0,337 chrXVI 16367 . CTGG C 1894.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.033;DP=168;FS=8.999;HaplotypeScore=215.9629;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.93;MQ0=21;MQRankSum=-3.890;QD=11.28;RPA=8,7;RU=TGG;ReadPosRankSum=-1.119;SB=-6.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,45:144:99:1934,0,1409 chrXVI 16931 . A AT,ATT 2401.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.908;DP=216;FS=0.000;HaplotypeScore=501.5048;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=50.98;MQ0=0;MQRankSum=0.043;QD=11.12;RPA=15,16,17;RU=T;ReadPosRankSum=-1.066;SB=-1.033e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:140,52,20:210:99:2480,326,305,976,0,1304 chrXVI 17464 . TGAAAGTGTCA T 12345 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.533;DP=217;FS=15.372;HaplotypeScore=206.5144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.69;MQ0=0;MQRankSum=-12.044;QD=56.89;ReadPosRankSum=3.260;SB=-4.049e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:105,111:212:99:12345,0,9638 chrXVI 17836 . AT A 1051.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.236;DP=247;DS;FS=71.795;HaplotypeScore=513.5051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.14;MQ0=2;MQRankSum=-3.268;QD=4.26;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=-0.424;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:179,67:239:99:1091,0,4244 chrXVI 19930 . C CT 1729.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.517;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=81.2961;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.088;QD=14.18;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.215;SB=-8.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,88:122:93:1772,93,0 chrXVI 24982 . A AC 2098.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.751;DP=169;FS=2.010;HaplotypeScore=893.7642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.19;MQ0=0;MQRankSum=-7.643;QD=12.42;ReadPosRankSum=0.110;SB=-1.013e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,72:169:99:2138,0,2639 chrXVI 38910 . TC T 292.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.083;DP=34;FS=21.001;HaplotypeScore=222.2052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.64;MQ0=0;MQRankSum=-3.780;QD=8.62;ReadPosRankSum=0.900;SB=-3.800e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,13:34:99:332,0,365 chrXVI 40127 . G GAA 1916.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.434;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=61.4684;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.96;MQ0=0;MQRankSum=1.025;QD=22.03;RPA=10,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.990;SB=-6.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,53:87:99:1959,137,0 chrXVI 40220 . TC T 2208.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=317.1509;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.63;MQ0=0;QD=28.32;RPA=5,4;RU=C;SB=-1.124e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,74:78:99:2251,213,0 chrXVI 40311 . G GA 2317.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=489.8545;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.99;MQ0=0;QD=28.97;RPA=2,3;RU=A;SB=-8.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,76:80:99:2360,225,0 chrXVI 40436 . G GTTT 1933.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=514.3705;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.99;MQ0=0;QD=26.86;RPA=9,12;RU=T;SB=-9.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,36:72:99:1976,167,0 chrXVI 41010 . G GA 2528.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=341.3105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.15;MQ0=0;QD=28.10;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.071e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,88:89:99:2571,258,0 chrXVI 42940 . A AT 1224.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=122.2136;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.62;MQ0=0;QD=24.50;RPA=3,4;RU=T;SB=-3.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:50:99:1267,129,0 chrXVI 44495 . TAAA T 1823.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=81.5278;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.84;MQ0=0;QD=28.06;RPA=12,9;RU=A;SB=-6.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,52:65:99:1866,135,0 chrXVI 46594 . ATTT AT,A 920.05 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.250;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=49.0196;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.13;MQ0=0;MQRankSum=0.571;QD=14.60;RPA=16,14,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.907;SB=-4.721e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:30,0,5:62:52:998,152,52,569,0,568 chrXVI 48830 . GT G 2346.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=548.0189;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.18;MQ0=0;QD=21.73;RPA=6,5;RU=T;SB=-9.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,99:108:99:2389,273,0 chrXVI 51233 . T TA 1704.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=114.2230;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.86;MQ0=0;QD=26.23;SB=-7.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,62:64:99:1747,144,0 chrXVI 62375 . A AATG 247.07 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.747;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=28.3025;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.35;MQ0=1;MQRankSum=-0.747;QD=17.65;ReadPosRankSum=0.747;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,6:11:19:289,19,0 chrXVI 64901 . T TC 2354.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=30.7348;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.41;MQ0=0;QD=32.26;SB=-1.187e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,68:73:99:2397,195,0 chrXVI 73060 . G GT 2109.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=154.5483;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.71;MQ0=0;QD=31.49;RPA=1,2;RU=T;SB=-7.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,64:67:99:2152,193,0 chrXVI 73929 . GT G 1131.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.247;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=179.3373;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.247;QD=16.89;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.742;SB=-6.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,58:67:99:1174,114,0 chrXVI 74183 . T TAA,TA 873.95 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.258;DP=101;FS=2.860;HaplotypeScore=40.7642;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=0.093;QD=8.65;RPA=15,17,16;RU=A;ReadPosRankSum=-0.981;SB=-7.140e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:64,5,32:101:65:952,388,507,78,0,65 chrXVI 75455 . TGC T 1603.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=16.0413;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.26;MQ0=0;QD=39.12;SB=-5.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,39:41:99:1646,108,0 chrXVI 76354 . CCTCT C 3135.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=32.8645;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.06;MQ0=0;QD=42.96;RPA=9,7;RU=CT;SB=-4.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,60:73:99:3178,184,0 chrXVI 76571 . AAAAAC A 4771 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=34.4411;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.97;MQ0=0;QD=49.19;SB=-1.612e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,93:97:99:4771,273,0 chrXVI 79445 . CT C 1588.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=25.9421;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;QD=18.26;RPA=8,7;RU=T;SB=-7.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,77:87:99:1631,203,0 chrXVI 88155 . T TC 2697.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=95.0864;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.95;MQ0=0;QD=34.59;RPA=1,2;RU=C;SB=-1.192e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2740,229,0 chrXVI 95161 . CA C 1889.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=768.4788;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.80;MQ0=0;QD=21.98;RPA=7,6;RU=A;SB=-9.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,81:86:99:1932,231,0 chrXVI 96421 . CTTAT C 5173 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=321.2514;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.00;MQ0=0;QD=50.22;RPA=2,1;RU=TTAT;SB=-1.972e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,100:100:99:5173,274,0 chrXVI 99029 . AC A 1904.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.558;DP=65;FS=4.091;HaplotypeScore=157.8465;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.24;MQ0=0;MQRankSum=1.263;QD=29.31;RPA=3,2;RU=C;ReadPosRankSum=0.323;SB=-7.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,59:65:99:1947,155,0 chrXVI 99456 . G GA 1181.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.815;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=36.3271;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.608;QD=13.13;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.845;SB=-3.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,71:90:88:1224,88,0 chrXVI 99954 . TGAA T 2206.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=20.0287;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.92;MQ0=1;QD=40.87;RPA=2,1;RU=GAA;SB=-9.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,50:52:99:2249,138,0 chrXVI 101482 . A AG 4048 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=33.9462;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.14;MQ0=0;QD=33.18;SB=-1.939e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,117:122:99:4048,334,0 chrXVI 104922 . A AT 463.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=93.0726;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=11.90;RPA=12,13;RU=T;SB=-1.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,24:39:66:506,66,0 chrXVI 105755 . A ATT 2250.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.878;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=310.1827;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.13;MQ0=0;MQRankSum=0.451;QD=26.80;RPA=9,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.258;SB=-9.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,64:84:99:2293,183,0 chrXVI 115228 . G GA 1043.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=117.0348;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.34;MQ0=0;QD=24.28;RPA=6,7;RU=A;SB=-4.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,42:43:99:1086,123,0 chrXVI 115881 . C CCAA 1551.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=19.6098;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.33;MQ0=0;QD=27.71;RPA=3,4;RU=CAA;SB=-6.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,41:56:99:1594,111,0 chrXVI 117198 . G GCAACAACAA 1890.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.329;DP=39;FS=3.128;HaplotypeScore=359.8690;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.51;MQ0=0;MQRankSum=0.329;QD=48.49;ReadPosRankSum=2.159;SB=-8.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,13:39:86:1933,86,0 chrXVI 117203 . A ACCT 793.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.023;DP=34;FS=1.475;HaplotypeScore=448.1610;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.674;QD=23.35;ReadPosRankSum=2.738;SB=-4.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,13:34:99:833,0,376 chrXVI 117720 . C CT 1974.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=24.8629;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=21.70;RPA=6,7;RU=T;SB=-9.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,79:91:99:2017,228,0 chrXVI 121581 . AT A 1499.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=108.0451;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.37;MQ0=0;QD=23.81;RPA=5,4;RU=T;SB=-5.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,58:63:99:1542,165,0 chrXVI 125440 . G GC 3131.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=31.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.37;MQ0=0;QD=33.32;SB=-1.348e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,89:94:99:3174,256,0 chrXVI 132456 . TA T 182.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.846;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=21.0957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.44;MQ0=0;MQRankSum=2.679;QD=4.26;RPA=16,15;RU=A;ReadPosRankSum=2.115;SB=-9.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,16:43:32:222,0,32 chrXVI 135687 . A AT 1607.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=321.0887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.86;MQ0=0;QD=19.85;RPA=9,10;RU=T;SB=-2.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,65:81:99:1650,198,0 chrXVI 137446 . GATA G 2913.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=172.3238;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.74;MQ0=0;QD=48.57;SB=-1.233e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,56:60:99:2956,169,0 chrXVI 138255 . A AT 1036.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=14.1200;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=28.03;RPA=3,4;RU=T;SB=-8.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:99:1079,111,0 chrXVI 138308 . A AT 390.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=23.0655;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=15.04;RPA=9,10;RU=T;SB=-5.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,19:26:54:433,54,0 chrXVI 138809 . AT A 1523.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=220.1681;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.55;MQ0=0;QD=16.39;RPA=11,10;RU=T;SB=-5.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,77:93:99:1566,210,0 chrXVI 139607 . TATAC T 360.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=160.4507;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.51;MQ0=0;QD=13.37;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,21:27:39:403,39,0 chrXVI 143516 . C CG 2611.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=196.5772;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.65;MQ0=0;QD=37.31;SB=-1.185e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2654,211,0 chrXVI 144689 . AGGAAACGTC A 3645 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=88.0024;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.21;MQ0=0;QD=59.75;RPA=4,3;RU=GGAAACGTC;SB=-1.620e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,37:61:99:3645,108,0 chrXVI 153278 . GA G 780.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.741;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=178.9010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.261;QD=10.40;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.220;SB=-2.121e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,37:75:78:822,78,0 chrXVI 166006 . G GT 582.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=21.8550;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.72;MQ0=0;QD=16.66;RPA=10,11;RU=T;SB=-2.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,29:35:81:625,81,0 chrXVI 167763 . CTGATCTCA C 7110 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=25.2899;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.08;MQ0=0;QD=83.65;RPA=2,1;RU=TGATCTCA;SB=-2.539e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,75:85:99:7110,223,0 chrXVI 169530 . A AT 592.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.409;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=350.1762;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.094;QD=11.19;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.094;SB=-3.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,27:53:44:635,44,0 chrXVI 169567 . TGTTCTTTCTATTTTTTC T 3425 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=280.5984;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.53;MQ0=0;QD=87.82;SB=-1.176e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,27:39:92:3425,92,0 chrXVI 171314 . T TA 893.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.866;DP=54;FS=4.881;HaplotypeScore=83.2679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.040;QD=16.55;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.260;SB=-2.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,40:54:96:936,96,0 chrXVI 176002 . GT G 4101 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=602.6128;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.79;MQ0=0;QD=26.46;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.347e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,152:155:99:4101,418,0 chrXVI 176140 . GA G 1525.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.330;DP=99;FS=3.051;HaplotypeScore=207.5385;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.226;QD=15.41;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.747;SB=-7.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,74:99:99:1568,162,0 chrXVI 181192 . GTT G 422.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.779;DP=56;FS=1.999;HaplotypeScore=26.0693;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=-2.044;QD=7.55;RPA=15,13;RU=T;ReadPosRankSum=2.469;SB=-1.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,16:56:51:462,0,51 chrXVI 182597 . T TA 1661.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.690;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=28.5209;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.27;MQ0=0;MQRankSum=1.392;QD=18.89;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.689;SB=-6.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,76:88:99:1704,158,0 chrXVI 185395 . CTGTTGT C 3796 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=249.1980;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=39.54;RPA=8,6;RU=TGT;SB=-1.734e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,71:96:99:3796,207,0 chrXVI 187323 . C CA 519.99 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.044;DP=84;FS=2.589;HaplotypeScore=986.2184;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.406;QD=6.19;ReadPosRankSum=4.873;SB=-1.792e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,30:84:21:559,0,21 chrXVI 187324 . T TCA 1092.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.392;DP=81;FS=1.699;HaplotypeScore=924.0539;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.04;MQ0=0;MQRankSum=-2.021;QD=13.49;ReadPosRankSum=2.705;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:51,27:81:99:1135,116,0 chrXVI 187372 . G GTCA 5421 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=436.1764;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.35;MQ0=0;QD=42.69;RPA=2,3;RU=TCA;SB=-2.544e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:60,67:127:99:5421,352,0 chrXVI 187446 . G GTTCTTC 6593 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=186.3568;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.40;MQ0=0;QD=43.66;RPA=7,9;RU=TTC;SB=-3.261e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:54,92:151:99:6593,277,0 chrXVI 188149 . T TA 3448 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=45.5692;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.71;MQ0=0;QD=29.47;RPA=2,3;RU=A;SB=-8.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,114:117:99:3448,328,0 chrXVI 188703 . C CA 1169.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.317;DP=57;FS=3.979;HaplotypeScore=22.6074;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.277;QD=20.53;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.525;SB=-4.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,50:57:99:1212,126,0 chrXVI 188788 . TA T 843.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=99.3617;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.11;MQ0=0;QD=22.81;RPA=4,3;RU=A;SB=-2.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,31:37:96:886,96,0 chrXVI 188829 . A AT 462.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.227;DP=38;FS=2.139;HaplotypeScore=123.5531;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.275;QD=12.17;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-1.251;SB=-1.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,21:38:14:504,14,0 chrXVI 195615 . AT A 2622.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=275.4338;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.98;MQ0=0;QD=22.81;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.296e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,111:115:99:2665,309,0 chrXVI 197824 . GA G 1595.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.249;DP=104;FS=4.019;HaplotypeScore=202.3858;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.626;QD=15.35;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=2.514;SB=-6.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,84:104:99:1638,123,0 chrXVI 198757 . GA G 1238.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=14.2745;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=29.50;RPA=3,2;RU=A;SB=-5.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:42:99:1281,117,0 chrXVI 198912 . AT A 1309.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.392;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=32.5968;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=1.335;QD=18.71;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.164;SB=-6.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,64:70:99:1352,157,0 chrXVI 202644 . C CTT 1108.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.648;DP=52;FS=4.658;HaplotypeScore=108.8360;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.16;MQ0=0;MQRankSum=0.127;QD=21.33;RPA=9,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.395;SB=-3.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,35:52:82:1151,82,0 chrXVI 209962 . ATT A 2123.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=171.5799;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.77;MQ0=0;QD=26.55;RPA=11,9;RU=T;SB=-7.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,73:80:99:2166,199,0 chrXVI 210642 . A AT 1162.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.364;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=261.0355;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.332;QD=21.14;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=0.479;SB=-5.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,48:55:99:1205,135,0 chrXVI 211972 . A ATAAGTGCTTAT 5422 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=352.3644;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.15;MQ0=0;QD=84.72;RPA=1,2;RU=TAAGTGCTTAT;SB=-8.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,24:64:99:5422,171,0 chrXVI 212033 . TTA T 3150.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=401.7429;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.42;MQ0=0;QD=37.51;RPA=2,1;RU=TA;SB=-9.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,78:84:99:3193,235,0 chrXVI 212045 . A AC 3501 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=417.6195;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.41;MQ0=0;QD=34.66;SB=-1.008e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,97:101:99:3501,280,0 chrXVI 212901 . TA T 121.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.181;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=40.9124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=0.683;QD=1.40;RPA=18,17;RU=A;ReadPosRankSum=2.114;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,17:87:99:161,0,345 chrXVI 215349 . T TA 849.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.139;DP=64;FS=5.166;HaplotypeScore=254.3370;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.908;QD=13.28;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.007;SB=-2.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,39:64:79:892,79,0 chrXVI 228815 . 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TA T 2517.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=36.2923;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;QD=24.21;RPA=4,3;RU=A;SB=-8.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,85:104:99:2560,267,0 chrXVI 246835 . GA G 489.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.527;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=55.7796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=1.246;QD=7.42;RPA=15,14;RU=A;ReadPosRankSum=-1.388;SB=-2.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:66:27:529,0,27 chrXVI 246962 . TA T 1288.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=22.4740;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=16.96;RPA=8,7;RU=A;SB=-4.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,63:76:99:1331,165,0 chrXVI 281419 . TG T 3027.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=26.3171;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=31.54;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.171e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,94:96:99:3070,259,0 chrXVI 292535 . 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G GA 1498.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=27.4732;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.74;MQ0=0;QD=33.31;RPA=1,2;RU=A;SB=-6.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1541,129,0 chrXVI 316510 . TA T 1848.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=96.2214;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;QD=20.32;RPA=6,5;RU=A;SB=-8.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,81:91:99:1891,222,0 chrXVI 320885 . AC A 3233.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.357;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=54.0209;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=1.614;QD=29.13;ReadPosRankSum=-0.569;SB=-1.237e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,92:111:99:3278,308,0 chrXVI 323885 . T TC 2838.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=416.2769;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.60;MQ0=0;QD=28.97;RPA=2,3;RU=C;SB=-7.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,93:98:99:2881,265,0 chrXVI 323994 . ATT A 3433 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=497.6873;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.89;MQ0=0;QD=39.92;RPA=4,2;RU=T;SB=-1.367e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,79:86:99:3433,244,0 chrXVI 324163 . CAA C 994.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=220.9691;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.72;MQ0=0;QD=27.64;RPA=9,7;RU=A;SB=-2.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,33:36:93:1037,93,0 chrXVI 324354 . T TA 1051.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=487.5926;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.08;MQ0=0;QD=18.78;RPA=5,6;RU=A;SB=-2.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,44:56:99:1094,120,0 chrXVI 326302 . T TTA 3000.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=599.3481;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.13;MQ0=0;QD=36.60;SB=-8.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,76:82:99:3043,226,0 chrXVI 327668 . 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G GTT 1959.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=360.1215;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.42;MQ0=0;QD=35.00;SB=-6.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,49:56:99:2002,154,0 chrXVI 339647 . TC T 1376.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=381.5461;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.81;MQ0=0;QD=25.98;SB=-6.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,47:53:99:1419,135,0 chrXVI 339896 . GC G 3868 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=1327.9321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.51;MQ0=0;QD=34.54;SB=-1.682e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,109:112:99:3868,310,0 chrXVI 339901 . AAC A 4347 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=1317.6689;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.58;MQ0=0;QD=37.15;SB=-1.821e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,104:117:99:4347,335,0 chrXVI 340983 . CT C 4004 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;FS=0.000;HaplotypeScore=391.1802;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.27;MQ0=0;QD=24.41;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.119e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,154:164:99:4004,438,0 chrXVI 341063 . CT C 3178.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=368.9255;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.00;MQ0=0;QD=28.13;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.592e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,99:113:99:3221,277,0 chrXVI 344842 . C CT 820.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=412.1105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.65;MQ0=0;QD=28.31;RPA=2,3;RU=T;SB=-2.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,28:29:81:863,81,0 chrXVI 344876 . TTA T 1045.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=464.0481;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.38;MQ0=0;QD=33.74;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,27:31:81:1088,81,0 chrXVI 345238 . TA T 1314.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=637.3826;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.68;MQ0=0;QD=21.56;RPA=4,3;RU=A;SB=-5.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,52:61:99:1357,141,0 chrXVI 345254 . AG A 1878.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=538.4326;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.33;MQ0=0;QD=28.91;SB=-9.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,60:65:99:1921,183,0 chrXVI 347603 . AC A 2854.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=734.8174;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.11;MQ0=0;QD=33.59;SB=-1.079e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:85:99:2897,247,0 chrXVI 347856 . GA G 2327.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=346.6386;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.28;MQ0=0;QD=31.89;RPA=3,2;RU=A;SB=-8.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2370,217,0 chrXVI 348398 . GA G 1286.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=557.2044;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.61;MQ0=0;QD=18.13;RPA=9,8;RU=A;SB=-6.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,59:71:99:1329,167,0 chrXVI 348976 . G GA 1602.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=109.5294;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.71;MQ0=0;QD=20.55;RPA=6,7;RU=A;SB=-5.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,73:78:99:1645,186,0 chrXVI 359454 . 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T TTA 1313.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.003;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=190.2162;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.76;MQ0=0;MQRankSum=0.821;QD=19.91;RPA=5,6;RU=TA;ReadPosRankSum=1.094;SB=-3.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,39:66:78:1356,78,0 chrXVI 369523 . G GA 2259.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=112.4251;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;QD=32.29;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.009e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,68:70:99:2302,199,0 chrXVI 370710 . A AT 1657.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=24.1980;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=29.61;RPA=1,2;RU=T;SB=-5.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,52:56:99:1700,150,0 chrXVI 370796 . CT C 670.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.607;DP=51;FS=2.439;HaplotypeScore=36.5661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.817;QD=13.16;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.553;SB=-2.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,34:50:42:713,42,0 chrXVI 378890 . G GCAATTTTACAC 4503 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=89.9968;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.33;MQ0=0;QD=121.70;SB=-9.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,31:37:99:4503,108,0 chrXVI 379429 . G GTTGTTGTTGTTA 7824 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=212.4434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.54;MQ0=0;QD=85.98;SB=-2.584e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,83:91:99:7824,232,0 chrXVI 383323 . G GAA,GAAA 2725.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.161;DP=106;FS=5.022;HaplotypeScore=194.0381;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.438;QD=25.72;RPA=11,13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.286;SB=-8.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:13,15,60:106:99:2804,1185,967,275,0,130 chrXVI 386559 . AT A 870.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.189;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=30.6651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.910;QD=13.00;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.219;SB=-3.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,46:67:57:913,57,0 chrXVI 396604 . CT C 1496.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=28.0858;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.31;MQ0=0;QD=19.70;RPA=10,9;RU=T;SB=-3.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,70:76:99:1539,197,0 chrXVI 398024 . GTTC G 1325.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=28.2820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.09;MQ0=0;QD=22.10;RPA=9,8;RU=TTC;SB=-5.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,35:60:99:1368,99,0 chrXVI 426048 . GA G 1780.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=33.7047;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.83;MQ0=0;QD=18.36;RPA=9,8;RU=A;SB=-7.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,81:97:99:1823,230,0 chrXVI 431787 . T TA 1706.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=21.7380;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.94;MQ0=0;QD=25.86;RPA=3,4;RU=A;SB=-6.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,63:66:99:1749,177,0 chrXVI 436384 . A AT 2846.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=466.8538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.67;MQ0=0;QD=30.29;SB=-1.171e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,83:94:99:2889,238,0 chrXVI 443793 . CCT C 4581 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=382.7123;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.96;MQ0=0;QD=39.49;RPA=2,1;RU=CT;SB=-2.194e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,112:116:99:4581,325,0 chrXVI 444154 . ATACTAAT A 6848 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=120.0047;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.93;MQ0=0;QD=80.56;SB=-2.717e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,79:85:99:6848,229,0 chrXVI 444542 . C CT 1797.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=114.2342;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.09;MQ0=0;QD=22.47;RPA=5,6;RU=T;SB=-7.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,65:80:99:1840,201,0 chrXVI 445448 . A AT 1105.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.507;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=164.6577;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=1.391;QD=17.28;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.027;SB=-2.498e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,53:64:27:1148,27,0 chrXVI 450415 . AC A 2976.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=212.2902;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.13;MQ0=0;QD=31.67;RPA=2,1;RU=C;SB=-5.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,92:94:99:3019,274,0 chrXVI 451141 . T TG 1545.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=82.2992;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=36.81;SB=-7.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:42:99:1588,120,0 chrXVI 451767 . TG T 883.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=11.9416;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.98;MQ0=0;QD=31.57;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,27:28:78:926,78,0 chrXVI 453463 . GA G 1006.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=176.5974;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.80;MQ0=0;QD=17.67;RPA=9,8;RU=A;SB=-4.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,49:57:99:1049,135,0 chrXVI 455090 . GA G 1708.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=332.2733;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.23;MQ0=0;QD=20.84;RPA=8,7;RU=A;SB=-4.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,71:82:99:1751,210,0 chrXVI 455694 . CTACTAT C 384.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=22.0151;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.66;MQ0=0;QD=15.36;RPA=3,2;RU=TACTAT;SB=-1.726e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,11:25:21:426,21,0 chrXVI 462405 . AGT A 2552.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=32.1601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.26;MQ0=0;QD=34.04;RPA=5,4;RU=GT;SB=-7.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,69:75:99:2595,211,0 chrXVI 472725 . A AG 3748 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=208.1932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.42;MQ0=0;QD=36.39;SB=-1.112e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:103:99:3748,283,0 chrXVI 472924 . G GA 2220.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=171.1177;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.44;RPA=5,6;RU=A;SB=-8.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,82:84:99:2263,249,0 chrXVI 480253 . CA C 2062.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=374.0044;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.68;MQ0=0;QD=20.84;RPA=8,7;RU=A;SB=-4.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,91:99:99:2105,263,0 chrXVI 481304 . ATT A 1140.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.030;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=39.9839;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.180;QD=18.70;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.272;SB=-3.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,45:61:97:1183,97,0 chrXVI 482069 . CT C 908.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=31.6897;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;QD=20.20;RPA=9,8;RU=T;SB=-4.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,42:45:99:951,120,0 chrXVI 482775 . C CTTT,CTT 1807.21 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.180;DP=86;FS=5.378;HaplotypeScore=248.9426;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=50.84;MQ0=0;MQRankSum=0.025;QD=21.01;RPA=11,14,13;RU=T;ReadPosRankSum=-1.080;SB=-5.461e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:13,9,53:86:48:1885,863,757,220,0,48 chrXVI 485926 . T TGACACACACACACA 4042 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=208.4057;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.92;MQ0=0;QD=66.26;SB=-6.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,48:61:99:4042,180,0 chrXVI 487213 . TA T 1092.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=125.5125;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.97;MQ0=0;QD=20.62;RPA=8,7;RU=A;SB=-5.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,48:53:99:1135,141,0 chrXVI 488388 . ATTTC A 3325 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=27.9923;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.36;MQ0=1;QD=41.56;RPA=3,2;RU=TTTC;SB=-1.186e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,65:79:99:3325,187,0 chrXVI 488579 . TA T 2751.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=287.6582;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.61;MQ0=0;QD=35.28;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,76:78:99:2794,216,0 chrXVI 488778 . CA C 1475.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.840;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=68.0125;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.470;QD=20.22;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=1.470;SB=-5.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,63:73:99:1518,172,0 chrXVI 488828 . G GA 1602.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.217;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=85.5967;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.570;QD=22.58;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=0.000;SB=-4.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,60:71:99:1645,166,0 chrXVI 490095 . A ATTGGGCTTGAGC 3817 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=187.8434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.07;MQ0=0;QD=61.56;RPA=1,2;RU=TTGGGCTTGAGC;SB=-1.413e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,41:62:99:3817,117,0 chrXVI 491804 . CT C 374.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.154;DP=29;FS=4.357;HaplotypeScore=75.7227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.17;MQ0=0;MQRankSum=0.451;QD=12.93;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=1.653;SB=-5.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,19:29:39:417,39,0 chrXVI 491839 . G GA 537.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.509;DP=34;FS=6.532;HaplotypeScore=79.9678;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=0.417;QD=15.82;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.046;SB=-2.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,24:34:49:580,49,0 chrXVI 491941 . T TAA 2522.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=152.9459;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.61;MQ0=1;QD=35.04;RPA=3,5;RU=A;SB=-1.106e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,66:71:99:2565,199,0 chrXVI 499688 . T TAACA 2012.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.098;DP=101;FS=0.891;HaplotypeScore=1322.4643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.88;MQ0=0;MQRankSum=0.505;QD=19.93;ReadPosRankSum=3.467;SB=-5.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,30:101:99:2052,0,947 chrXVI 499691 . T TATCCTAAC 5869 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.390;DP=97;FS=1.673;HaplotypeScore=1195.4004;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.467;QD=60.51;ReadPosRankSum=3.716;SB=-1.709e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:67,30:97:46:5869,46,0 chrXVI 500581 . G GAAA 4187 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=64.0318;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.91;MQ0=0;QD=33.77;RPA=8,11;RU=A;SB=-1.249e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,100:124:99:4187,314,0 chrXVI 501019 . CTTGCTGTTGTTGTTG C 11155 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=398.7120;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.45;MQ0=0;QD=93.74;RPA=2,1;RU=TTGCTGTTGTTGTTG;SB=-2.511e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,92:119:99:11155,265,0 chrXVI 502842 . 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GAATAATAAT G 1009.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=2.8800;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=101.00;RPA=8,5;RU=AAT;SB=-1.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30:1052,30,0 chrXVI 521085 . CAATAATACTAATAAT C 4787 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=124.2736;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.95;MQ0=0;QD=99.73;RPA=2,1;RU=AATAATACTAATAAT;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,38:48:99:4787,102,0 chrXVI 528757 . T TATTACA 7625 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=39.5268;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.79;MQ0=0;QD=65.17;RPA=1,2;RU=ATTACA;SB=-2.016e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,108:117:99:7625,316,0 chrXVI 528953 . C CT 2268.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.653;DP=106;FS=5.778;HaplotypeScore=227.4426;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=-1.614;QD=21.41;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=1.496;SB=-5.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:58,45:106:99:2311,258,0 chrXVI 534827 . G GA 1429.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.243;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=103.1503;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.67;MQ0=0;MQRankSum=1.590;QD=16.25;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.281;SB=-5.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,69:88:99:1472,151,0 chrXVI 575156 . C CAT 622.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.718;DP=52;FS=5.302;HaplotypeScore=30.8672;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.19;MQ0=0;MQRankSum=0.593;QD=11.98;RPA=8,9;RU=AT;ReadPosRankSum=-0.655;SB=-1.725e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,19:52:79:662,0,79 chrXVI 586993 . C CT 1397.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=104.0213;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.94;MQ0=0;QD=21.51;RPA=7,8;RU=T;SB=-6.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,60:65:99:1440,168,0 chrXVI 587395 . C CT 2012.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=31.2848;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.77;MQ0=0;QD=20.13;RPA=6,7;RU=T;SB=-2.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,84:100:99:2055,234,0 chrXVI 587778 . TA T 1882.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=22.2494;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.74;MQ0=0;QD=21.89;RPA=5,4;RU=A;SB=-8.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,78:86:99:1925,213,0 chrXVI 591382 . G GCT 1261.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=71.9098;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.14;MQ0=0;QD=37.12;RPA=1,2;RU=CT;SB=-2.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,31:34:90:1304,90,0 chrXVI 591720 . CATAT C 393 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=74.9155;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.06;MQ0=0;MQRankSum=0.751;QD=19.65;RPA=11,9;RU=AT;ReadPosRankSum=0.751;SB=-5.396e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,8:20:23:435,23,0 chrXVI 592129 . G GA 1132.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.180;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=571.9914;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.087;QD=9.44;RPA=14,15;RU=A;ReadPosRankSum=-0.435;SB=-4.907e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:65,46:119:6:1173,6,0 chrXVI 600560 . GAAA G 1273.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=28.3484;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.80;MQ0=0;QD=23.16;RPA=13,10;RU=A;SB=-1.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,46:55:99:1316,110,0 chrXVI 607467 . GAAAA G 4898 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=285.4690;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.11;MQ0=0;QD=42.22;RPA=14,10;RU=A;SB=-1.983e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,88:116:99:4898,312,0 chrXVI 607482 . CA C 2408.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=568.5002;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.57;MQ0=0;QD=19.75;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.120e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,110:122:99:2451,312,0 chrXVI 607820 . CT C 354.99 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.809;DP=70;FS=1.998;HaplotypeScore=101.7939;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=2.002;QD=5.07;RPA=15,14;RU=T;ReadPosRankSum=1.406;SB=-1.423e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,28:70:25:394,0,25 chrXVI 607997 . CTT C 846.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=35.5313;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.03;MQ0=0;MQRankSum=1.062;QD=18.41;RPA=14,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.286;SB=-3.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,29:46:88:889,88,0 chrXVI 608315 . G GT 896.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.260;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=116.3026;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.37;MQ0=0;MQRankSum=0.866;QD=17.59;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=0.551;SB=-3.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,43:51:99:939,120,0 chrXVI 615022 . CA C 2788.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=33.9063;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.73;MQ0=0;QD=27.08;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.245e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,99:103:99:2831,283,0 chrXVI 615257 . TA T 163.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.147;DP=114;FS=7.923;HaplotypeScore=222.1652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.044;QD=1.44;RPA=17,16;RU=A;ReadPosRankSum=1.083;SB=-2.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,20:114:99:203,0,592 chrXVI 619039 . CT C 2907.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=396.2111;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.46;MQ0=0;QD=22.72;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.224e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,127:128:99:2950,353,0 chrXVI 619088 . G GAT 3157.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=648.6695;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.97;MQ0=0;QD=24.67;RPA=4,5;RU=AT;SB=-1.554e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,81:128:99:3200,258,0 chrXVI 619145 . T TC 1573.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.505;DP=68;FS=5.066;HaplotypeScore=466.2808;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.03;MQ0=0;MQRankSum=0.142;QD=23.15;ReadPosRankSum=1.675;SB=-4.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,53:68:99:1616,164,0 chrXVI 619148 . T TTC 1820.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.236;DP=64;FS=2.643;HaplotypeScore=408.6720;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.49;MQ0=0;MQRankSum=0.356;QD=28.45;ReadPosRankSum=2.367;SB=-6.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,51:64:99:1863,151,0 chrXVI 619424 . AT A 1300.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=251.2479;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.35;MQ0=0;QD=21.33;RPA=6,5;RU=T;SB=-4.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,52:61:99:1343,153,0 chrXVI 619782 . TG T 1942.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=336.3230;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.86;MQ0=0;QD=35.33;SB=-9.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1985,162,0 chrXVI 619939 . ATCGTCCCCAGTTTTTCC A 6251 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.602;DP=51;FS=3.424;HaplotypeScore=363.3453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.356;QD=122.57;ReadPosRankSum=1.513;SB=-2.745e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,46:51:99:6251,107,0 chrXVI 620226 . TC T 1331.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=99.3854;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.09;MQ0=0;QD=29.60;SB=-6.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,40:45:99:1374,135,0 chrXVI 620255 . 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C CT 597.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=259.2361;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.68;MQ0=0;QD=14.24;RPA=8,9;RU=T;SB=-3.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,26:42:79:640,79,0 chrXVI 631285 . C CATATAT 1940.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=122.4587;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.57;MQ0=0;QD=41.30;RPA=5,8;RU=AT;SB=-7.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,21:47:87:1983,87,0 chrXVI 631326 . T TACCTATGCTAGTTTCC 6869 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=151.3926;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.32;MQ0=0;QD=159.74;SB=-2.879e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,27:43:99:6869,126,0 chrXVI 633860 . T TA 3360 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=39.0049;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=24.71;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.042e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,129:136:99:3360,369,0 chrXVI 637334 . C CAT 9149 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=244;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=83.5708;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;QD=37.50;RPA=1,2;RU=AT;SB=-3.093e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,238:243:99:9149,641,0 chrXVI 639362 . A AAG 1700.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=160.2114;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.27;MQ0=0;QD=37.80;SB=-6.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,42:45:99:1743,129,0 chrXVI 641820 . C CA 2739.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=34.8273;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;QD=24.91;RPA=7,8;RU=A;SB=-7.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,109:110:99:2782,321,0 chrXVI 643570 . CT C 222.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1186;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.72;MQ0=0;QD=14.86;RPA=11,10;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,14:15:36:265,36,0 chrXVI 643709 . G GA 205.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=22.9764;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.38;MQ0=0;QD=9.36;RPA=11,12;RU=A;SB=-2.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,12:22:35:248,35,0 chrXVI 646415 . T TTAC 1435.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=71.1875;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.73;MQ0=0;QD=37.79;RPA=1,2;RU=TAC;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,35:38:96:1478,96,0 chrXVI 648520 . GA G 1266.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.455;DP=96;FS=7.224;HaplotypeScore=37.2950;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=13.20;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.020;SB=-3.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,62:96:99:1309,145,0 chrXVI 648653 . C CA 1726.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.893;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=62.1630;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.23;MQ0=0;MQRankSum=0.072;QD=17.80;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.541;SB=-5.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,75:97:99:1769,182,0 chrXVI 650129 . T TA 297.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.315;DP=37;FS=2.935;HaplotypeScore=35.7161;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.071;QD=8.03;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=1.197;SB=-1.581e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,16:37:14:339,14,0 chrXVI 650390 . GA G 282.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=17.4446;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.13;MQ0=0;QD=14.89;RPA=12,11;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,16:19:47:325,47,0 chrXVI 653857 . A ATT 1193.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=299.2554;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.74;MQ0=0;QD=28.43;RPA=7,9;RU=T;SB=-4.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,33:42:99:1236,108,0 chrXVI 653958 . A ATTTTT 3192.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=247.7982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.24;MQ0=0;QD=54.12;SB=-1.545e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,35:59:99:3235,159,0 chrXVI 653959 . A AT 545.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.189;DP=59;FS=8.510;HaplotypeScore=525.3874;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.609;QD=9.25;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-2.121;SB=-1.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,27:59:68:588,68,0 chrXVI 653978 . G GA 1787.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=381.3797;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.63;MQ0=0;QD=22.63;RPA=3,4;RU=A;SB=-6.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,71:79:99:1830,183,0 chrXVI 654929 . GT G 246.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=54.2204;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=17.64;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.089e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,11:14:33:289,33,0 chrXVI 655100 . A ACC 411.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=17.0937;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.04;MQ0=0;QD=27.46;RPA=2,4;RU=C;SB=-8.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,9:15:37:454,37,0 chrXVI 657438 . GA G 2221.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.458;DP=130;FS=3.231;HaplotypeScore=516.4149;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.04;MQ0=0;MQRankSum=1.492;QD=17.09;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.629;SB=-1.091e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,102:130:99:2264,277,0 chrXVI 659091 . TA T 1249.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.251;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=34.6445;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.85;MQ0=0;MQRankSum=0.830;QD=14.71;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.215;SB=-5.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,59:85:99:1292,144,0 chrXVI 675808 . GA G 297.16 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.053;DP=40;FS=2.521;HaplotypeScore=48.5649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.039;QD=7.43;RPA=15,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.426;SB=-1.409e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:40:2:335,0,2 chrXVI 677053 . CT C 1044.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.246;DP=74;FS=2.569;HaplotypeScore=158.9936;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.105;QD=14.12;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.281;SB=-3.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,47:74:99:1087,105,0 chrXVI 679998 . A ACGG 2528.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.510;DP=67;FS=9.692;HaplotypeScore=162.1257;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.650;QD=37.75;ReadPosRankSum=0.208;SB=-1.187e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,57:67:99:2571,159,0 chrXVI 681149 . T TTTA 3711 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=156.4391;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.64;MQ0=0;QD=46.39;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,73:80:99:3711,225,0 chrXVI 685736 . GA G 1706.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=70.0751;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.22;MQ0=0;QD=28.45;RPA=3,2;RU=A;SB=-8.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,57:60:99:1749,156,0 chrXVI 689666 . T TA 2114.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=22.5265;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37;SB=-9.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,61:72:99:2157,174,0 chrXVI 689966 . A AT 2365.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=295.4323;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.92;MQ0=0;QD=24.90;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.014e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,88:95:99:2408,264,0 chrXVI 695616 . TAAA T 2196.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=330.9620;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.13;MQ0=0;QD=31.39;RPA=15,12;RU=A;SB=-9.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,52:70:99:2239,171,0 chrXVI 696343 . A ATCATCCTCATCGTCT 3080.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=129.8914;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.00;MQ0=0;QD=53.12;RPA=1,2;RU=TCATCCTCATCGTCT;SB=-1.270e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,44:58:99:3123,132,0 chrXVI 711293 . C CT,CTT 3716 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.075;DP=182;FS=5.016;HaplotypeScore=126.7223;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.190;QD=20.42;RPA=11,12,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.075;SB=-1.574e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:71,19,86:182:93:3716,2262,1964,366,0,93 chrXVI 711365 . CAT C 2745.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=156.1354;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.16;MQ0=0;QD=23.47;RPA=6,5;RU=AT;SB=-4.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,81:117:99:2788,232,0 chrXVI 728633 . CTTTATTCGTT C 6405 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=25.0341;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.57;MQ0=0;QD=87.74;RPA=2,1;RU=TTTATTCGTT;SB=-9.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,59:73:99:6405,175,0 chrXVI 744003 . GA G 1179.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=80.9861;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.40;MQ0=0;QD=26.22;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,43:45:99:1222,126,0 chrXVI 746899 . AT A 1669.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=96.5003;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=20.87;RPA=6,5;RU=T;SB=-7.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,73:80:99:1712,198,0 chrXVI 747276 . AAT A 4267 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=32.6194;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.74;MQ0=0;QD=41.03;RPA=2,1;RU=AT;SB=-1.422e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,99:104:99:4267,298,0 chrXVI 753208 . G GA 996.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=276.7149;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.25;MQ0=0;QD=23.74;RPA=5,6;RU=A;SB=-4.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,36:42:99:1039,114,0 chrXVI 753245 . GCCCCC G 2067.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=187.1752;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.22;MQ0=0;QD=48.09;RPA=11,6;RU=C;SB=-1.020e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,31:43:93:2110,93,0 chrXVI 754378 . TGGG T 2236.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=16.6171;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.71;MQ0=0;QD=42.21;RPA=10,7;RU=G;SB=-1.015e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,48:53:99:2279,141,0 chrXVI 767576 . AT A 1306.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=77.6106;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.14;MQ0=0;QD=17.43;RPA=10,9;RU=T;SB=-2.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,61:75:99:1349,176,0 chrXVI 769066 . AT A 3418 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.863;DP=223;FS=6.860;HaplotypeScore=70.6729;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.894;QD=15.33;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.314;SB=-1.537e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,182:207:99:3418,421,0 chrXVI 770513 . G GA 2592.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=28.9379;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.71;MQ0=0;QD=27.88;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.290e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,91:93:99:2635,265,0 chrXVI 770637 . 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TA T 2227.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=1166.1593;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.58;MQ0=0;QD=25.32;RPA=5,4;RU=A;SB=-2.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,87:88:99:2270,252,0 chrXVI 777053 . C CTTG 3800 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=1018.8683;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.55;MQ0=0;QD=44.71;SB=-2.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,71:85:99:3800,226,0 chrXVI 777058 . A AG 2066.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=1035.4822;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.65;MQ0=0;QD=28.71;RPA=3,4;RU=G;SB=-3.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,68:72:99:2109,207,0 chrXVI 777679 . AT A 1922.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=591.2459;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.84;MQ0=0;QD=27.47;SB=-9.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,61:70:99:1965,187,0 chrXVI 780364 . C CA 3048.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=195.1225;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=26.75;RPA=4,5;RU=A;SB=-9.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,111:114:99:3091,324,0 chrXVI 781639 . C CTTTT 5210 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=398.9601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.32;MQ0=0;QD=53.71;RPA=3,7;RU=T;SB=-1.824e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,90:97:99:5210,274,0 chrXVI 786508 . A AGCATGTCAGACATGTCAG 5501 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=26.8099;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.35;MQ0=0;QD=107.86;SB=-1.468e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,36:51:99:5501,126,0 chrXVI 787516 . CA C 2640.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=787.8173;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.56;MQ0=0;QD=22.19;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.003e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,110:119:99:2683,326,0 chrXVI 787565 . G GA 2205.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=867.8970;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.44;MQ0=0;QD=19.70;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.045e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,91:112:99:2248,266,0 chrXVI 798028 . G GC 2996.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=285.9531;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=35.68;SB=-1.199e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:84:99:3039,241,0 chrXVI 804552 . T TGAG 2783.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=40.1808;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.48;MQ0=0;QD=50.62;SB=-5.400e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,52:55:99:2826,157,0 chrXVI 810751 . A AT 895.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=140.1583;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.67;MQ0=0;QD=24.22;RPA=6,7;RU=T;SB=-4.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,35:37:99:938,105,0 chrXVI 812473 . G GT 1407.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=106.4759;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=23.47;RPA=4,5;RU=T;SB=-3.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,53:60:99:1450,153,0 chrXVI 812491 . TA T 868.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=150.5260;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.90;MQ0=0;QD=17.38;RPA=10,9;RU=A;SB=-3.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,38:50:99:911,122,0 chrXVI 813107 . C CAT 710.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=37.2058;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.62;MQ0=0;QD=30.91;RPA=5,6;RU=AT;SB=-1.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,20:23:60:753,60,0 chrXVI 814896 . A AGAAAGTAAG 5745 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=20.4164;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.78;MQ0=0;QD=100.79;SB=-2.767e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,38:57:99:5745,162,0 chrXVI 818083 . A AT 1765.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=161.4452;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.54;MQ0=0;QD=20.53;RPA=7,8;RU=T;SB=-7.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,73:86:99:1808,213,0 chrXVI 830692 . ATAT A 189.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=11.4331;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=5.91;RPA=9,8;RU=TAT;SB=-1.102e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,8:32:18:231,18,0 chrXVI 832918 . CTTCGT C 1793.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.031;DP=84;FS=4.222;HaplotypeScore=622.9587;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.18;MQ0=0;MQRankSum=-4.362;QD=21.36;ReadPosRankSum=3.714;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,38:84:99:1833,0,1618 chrXVI 832925 . TTCCTCCC T 2424.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.134;DP=68;FS=4.044;HaplotypeScore=459.9417;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.99;MQ0=0;MQRankSum=-5.867;QD=35.66;ReadPosRankSum=5.168;SB=-5.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,39:68:99:2464,0,1553 chrXVI 835332 . GA G 3433 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=522.5787;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.59;MQ0=0;QD=28.61;RPA=2,1;RU=A;SB=-4.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,108:120:99:3433,316,0 chrXVI 837643 . AT A 373.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=71.1950;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.05;MQ0=0;QD=10.68;RPA=13,12;RU=T;SB=-1.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,26:35:59:416,59,0 chrXVI 837812 . ATATGTTTGCT A 1780.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=26.5164;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.32;MQ0=0;QD=31.80;RPA=3,2;RU=TATGTTTGCT;SB=-5.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,14:56:63:1823,63,0 chrXVI 837870 . A AT 1706.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=136.5566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.54;MQ0=0;QD=24.39;RPA=5,6;RU=T;SB=-3.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,66:70:99:1749,192,0 chrXVI 843087 . CA C 2410.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=59.6159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.10;MQ0=0;QD=25.92;RPA=4,3;RU=A;SB=-8.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,91:93:99:2453,255,0 chrXVI 844169 . 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TC T 760.96 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.823;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=947.4960;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.540;QD=19.02;ReadPosRankSum=2.942;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,32:40:35:803,35,0 chrXVI 844400 . A ATGTG 1645.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.863;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=1119.3969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.221;QD=41.15;ReadPosRankSum=3.062;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,32:40:61:1685,0,61 chrXVI 844405 . A ATT 1466.96 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=772.7505;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=44.45;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:33:96:1509,96,0 chrXVI 844408 . A AT 1149.96 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=790.1254;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.18;MQ0=1;QD=33.82;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,32:32:96:1192,96,0 chrXVI 846960 . 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TA T 1938.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=175.6762;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.48;MQ0=0;QD=36.58;SB=-8.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1981,156,0 chrXVI 870388 . CA C 2537.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=30.9217;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.08;MQ0=0;QD=22.07;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.169e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,108:115:99:2580,297,0 chrXVI 876207 . T TA 1544.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=22.6738;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;QD=19.81;RPA=5,6;RU=A;SB=-8.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,62:78:99:1587,177,0 chrXVI 876797 . G GA 3053.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=277.7891;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.34;MQ0=0;QD=29.09;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.267e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,104:105:99:3096,300,0 chrXVI 878564 . A AT 1844.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.228;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=132.9087;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.26;MQ0=0;MQRankSum=0.593;QD=20.50;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.504;SB=-5.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,80:90:99:1887,205,0 chrXVI 880281 . GAA G 1530.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=175.4468;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.33;MQ0=0;QD=30.62;RPA=3,1;RU=A;SB=-6.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,44:47:99:1573,120,0 chrXVI 880672 . GT G 1166.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=89.7605;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.29;MQ0=0;QD=13.41;RPA=3,2;RU=T;SB=-2.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,85:44:99:1209,111,0 chrXVI 881557 . AG A 4502 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=50.5800;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;QD=28.68;RPA=4,3;RU=G;SB=-2.087e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,143:157:99:4502,418,0 chrXVI 882369 . 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AT A 617.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.454;DP=62;FS=7.291;HaplotypeScore=46.9373;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.878;QD=9.96;RPA=15,14;RU=T;ReadPosRankSum=1.059;SB=-2.584e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,33:62:66:659,66,0 chrXVI 899836 . A AG 2839.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=34.0917;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.32;MQ0=0;QD=30.54;RPA=2,3;RU=G;SB=-7.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,91:93:99:2882,259,0 chrXVI 908183 . GCAA G 2541.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=262.5098;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.25;MQ0=0;QD=44.60;SB=-1.146e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,54:57:99:2584,165,0 chrXVI 909717 . T TA 554.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.517;DP=61;FS=2.558;HaplotypeScore=29.8666;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.55;MQ0=1;MQRankSum=-0.970;QD=9.10;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=1.422;SB=-1.652e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,36:60:28:597,28,0 chrXVI 919140 . A AT 1903.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=27.1896;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=1.417;QD=20.70;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.787;SB=-8.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,79:92:99:1946,207,0 chrXVI 920510 . GA G 1273.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=248.7715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.29;MQ0=0;QD=22.35;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,52:57:99:1316,144,0 chrXVI 920525 . A AAT 1268.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.358;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=374.8716;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.515;QD=20.14;RPA=5,6;RU=AT;ReadPosRankSum=0.140;SB=-1.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,32:63:75:1311,75,0 chrXVI 920552 . C CT 1264.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.667;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=368.1706;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.79;MQ0=0;MQRankSum=0.737;QD=20.08;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=2.177;SB=-4.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,54:63:99:1307,107,0 chrXVI 922863 . A AT 2359.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.036;DP=141;FS=1.483;HaplotypeScore=77.5309;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.97;MQ0=0;MQRankSum=1.184;QD=16.74;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.742;SB=-9.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,116:141:99:2402,178,0 chrXVI 924193 . T TA 3009.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=240.1281;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.16;MQ0=0;QD=31.03;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.475e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,90:97:99:3052,262,0 chrXVI 924260 . GA G 1481.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.945;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=277.5584;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.575;QD=17.43;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=1.470;SB=-7.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,63:85:99:1524,175,0 chrXVI 925917 . TA T 2663.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=245.3155;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.67;MQ0=0;QD=21.14;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.028e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,115:126:99:2706,324,0 chrXVI 926378 . G GA 1322.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.094;DP=62;FS=4.181;HaplotypeScore=143.4754;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=1.417;QD=21.34;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=1.039;SB=-4.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,51:62:99:1365,141,0 chrXVI 927526 . AAC A 1291.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.917;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=278.2522;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.23;MQ0=0;MQRankSum=1.631;QD=35.89;ReadPosRankSum=-0.204;SB=-4.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,33:36:93:1334,93,0 chrXVI 933177 . TAG T 3041.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=423.9646;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.08;MQ0=0;QD=35.79;SB=-9.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,80:85:99:3084,235,0 chrXVI 939183 . GAA G,GA 381.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.046;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=24.7100;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=1.898;QD=12.32;RPA=16,14,15;RU=A;ReadPosRankSum=-0.972;SB=-2.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:4,6,0:31:69:460,277,331,101,0,69 chrXVI 941354 . GA G 2060.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=242.8685;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.56;MQ0=0;QD=34.93;SB=-9.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,57:59:99:2103,171,0 chrXVI 942358 . AG A 4289 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=997.9415;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.58;MQ0=0;QD=29.58;RPA=3,2;RU=G;SB=-3.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,134:145:99:4289,388,0