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G GT 904.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=590.0405;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.54;MQ0=0;QD=22.07;RPA=5,6;RU=T;SB=-4.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:40:99:947,117,0 chrI 29552 . CG C 1277.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=528.2565;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.82;MQ0=0;QD=30.43;RPA=2,1;RU=G;SB=-6.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:1320,120,0 chrI 29605 . G GA 3373 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=480.1062;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.53;MQ0=0;QD=32.43;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.264e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,97:104:99:3373,307,0 chrI 29752 . C CT 924.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=583.1493;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.23;MQ0=0;QD=21.02;RPA=5,6;RU=T;SB=-3.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,38:44:99:967,117,0 chrI 29766 . CT C 689.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=459.6652;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.70;MQ0=0;QD=23.00;RPA=5,4;RU=T;SB=-3.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,27:30:81:732,81,0 chrI 29791 . GT G 881.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=489.5960;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.74;MQ0=0;QD=28.45;RPA=3,2;RU=T;SB=-4.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,29:31:87:924,87,0 chrI 29846 . T TTA 776.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=333.6317;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.07;MQ0=0;QD=35.32;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,20:21:63:819,63,0 chrI 29870 . C CG 458.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=342.6007;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.97;MQ0=0;QD=22.95;RPA=3,4;RU=G;SB=-2.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,18:19:51:501,51,0 chrI 29885 . ATT A 621.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=363.5982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.07;MQ0=0;QD=28.27;RPA=8,6;RU=T;SB=-3.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,20:21:57:664,57,0 chrI 29946 . ACAGGGCATGAGTTACGTCAATCTCTGGTCAATC A 3661 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=342.8027;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.52;MQ0=0;QD=183.05;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,11:20:33:3661,33,0 chrI 29986 . CA C 753.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=737.9126;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=25.13;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:90:796,90,0 chrI 30097 . A ATTT,ATTTT 1899.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=63;FS=9.208;HaplotypeScore=335.3149;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=31.31;MQ0=0;MQRankSum=0.098;QD=30.16;RPA=11,14,15;RU=T;ReadPosRankSum=-1.079;SB=-1.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:31,18,12:62:99:1978,420,271,345,0,206 chrI 30157 . CA C 1602.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=481.1647;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.88;MQ0=0;QD=25.44;RPA=5,4;RU=A;SB=-6.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,62:62:99:1645,183,0 chrI 30282 . T TC 842.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=628.9666;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.44;MQ0=0;QD=33.72;SB=-7.500e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:25:75:885,75,0 chrI 30296 . T TC 675.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=632.4596;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.73;MQ0=0;QD=29.39;SB=-3.300e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,17:23:69:718,69,0 chrI 30315 . C CTT 461.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=468.1319;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.78;MQ0=0;QD=28.87;RPA=3,5;RU=T;SB=-3.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,14:16:42:504,42,0 chrI 30587 . ATCG A 639.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=237.0609;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.50;MQ0=0;QD=49.23;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39:682,39,0 chrI 30644 . T TGA 336.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.071;DP=14;FS=11.809;HaplotypeScore=207.6928;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.37;MQ0=0;MQRankSum=1.485;QD=24.07;RPA=1,2;RU=GA;ReadPosRankSum=1.344;SB=-7.870e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,9:14:99:376,0,127 chrI 30771 . T TA 1493.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=680.8762;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.08;MQ0=0;QD=31.79;RPA=1,2;RU=A;SB=-5.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,44:47:99:1536,141,0 chrI 30871 . GA G 1084.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.308;DP=59;FS=8.538;HaplotypeScore=444.6855;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.07;MQ0=0;MQRankSum=2.020;QD=18.39;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=1.234;SB=-5.247e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,43:59:52:1127,52,0 chrI 30961 . CT C 1350.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=354.0504;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.17;MQ0=0;QD=30.02;RPA=2,1;RU=T;SB=-7.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:45:99:1393,133,0 chrI 31192 . CA C 1089.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.331;DP=110;FS=34.820;HaplotypeScore=868.4565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.71;MQ0=0;MQRankSum=-5.415;QD=9.91;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=1.589;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,44:110:99:1129,0,1801 chrI 31561 . T TAA 2613.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.665;DP=197;FS=3.485;HaplotypeScore=671.7377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.129;QD=13.27;RPA=6,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.212;SB=-4.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,98:197:99:2653,0,2500 chrI 32999 . C CT 1490.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-10.849;DP=170;FS=1.940;HaplotypeScore=853.3404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=1.000;QD=8.77;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=-0.417;SB=-6.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,79:170:99:1530,0,1688 chrI 34870 . C CTCT 3669 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.282;DP=191;FS=2.552;HaplotypeScore=221.4388;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.149;QD=19.21;ReadPosRankSum=-1.773;SB=-1.631e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:107,83:191:99:3669,0,4887 chrI 34973 . T TAATA 3720 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.298;DP=149;FS=7.732;HaplotypeScore=695.8395;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.691;QD=24.97;RPA=1,2;RU=AATA;ReadPosRankSum=1.766;SB=-1.112e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,69:149:99:3720,0,3590 chrI 34982 . G GA 1621.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.227;DP=146;FS=2.232;HaplotypeScore=955.2950;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.816;QD=11.11;RPA=3,4;RU=A;ReadPosRankSum=0.217;SB=-5.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,75:146:99:1661,0,1476 chrI 35112 . AG A 1280.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.048;DP=140;FS=14.981;HaplotypeScore=1134.6531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.91;MQ0=0;MQRankSum=-2.501;QD=9.15;ReadPosRankSum=-0.950;SB=-4.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,58:140:99:1320,0,617 chrI 35125 . AAAAG A 2555.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.291;DP=168;FS=0.000;HaplotypeScore=1096.9939;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.779;QD=15.21;ReadPosRankSum=1.162;SB=-1.015e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:121,46:168:99:2595,0,611 chrI 35128 . AG A 4125 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;FS=0.000;HaplotypeScore=939.2429;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.14;MQ0=0;QD=24.55;RPA=2,1;RU=G;SB=-2.062e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:118,48:168:99:4125,488,0 chrI 35134 . TA T 1214.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.811;DP=168;FS=0.603;HaplotypeScore=1220.0586;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.738;QD=7.23;RPA=7,6;RU=A;ReadPosRankSum=0.833;SB=-5.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,70:168:99:1254,0,1434 chrI 36436 . CT C 2493.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=87.5392;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.03;MQ0=0;QD=18.75;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.133e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,112:133:99:2536,339,0 chrI 42085 . G GA 387.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.516;DP=102;FS=0.828;HaplotypeScore=390.6679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.260;QD=3.80;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.060;SB=-1.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,36:102:99:427,0,847 chrI 42838 . G GAA 867.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.880;DP=114;FS=5.177;HaplotypeScore=75.3229;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.322;QD=7.61;RPA=11,13;RU=A;ReadPosRankSum=-1.496;SB=-3.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,39:114:99:907,0,1220 chrI 45030 . T TG 1432.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.610;DP=135;FS=0.676;HaplotypeScore=359.8975;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.286;QD=10.61;RPA=3,4;RU=G;ReadPosRankSum=-0.898;SB=-5.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,63:135:99:1472,0,1487 chrI 45359 . A AG,AGG 1526.95 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=199.5314;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.38;MQ0=0;QD=17.55;RPA=10,11,12;RU=G;SB=-3.319e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:20,8,52:86:61:1605,964,799,216,0,61 chrI 45522 . ATG A 2966.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.173;DP=179;FS=3.148;HaplotypeScore=505.7853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=0.519;QD=16.58;RPA=2,1;RU=TG;ReadPosRankSum=0.857;SB=-3.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,85:178:99:3006,0,2660 chrI 56888 . G GT 3305 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=921.8748;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.12;MQ0=0;QD=21.60;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.547e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,143:153:99:3305,428,0 chrI 62611 . AAT A 1697.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.488;DP=147;FS=8.712;HaplotypeScore=344.8439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQ0=0;MQRankSum=1.322;QD=11.55;RPA=6,5;RU=AT;ReadPosRankSum=0.423;SB=-6.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,60:147:99:1737,0,1357 chrI 65494 . A AT 1532.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.686;DP=141;FS=10.734;HaplotypeScore=640.4042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.130;QD=10.87;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=0.271;SB=-5.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,64:141:99:1572,0,1656 chrI 65534 . GA G 850.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.135;DP=119;FS=1.692;HaplotypeScore=504.4294;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.308;QD=7.15;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=0.125;SB=-2.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,52:119:99:890,0,1094 chrI 65614 . A ATTTTTT 2582.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.484;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=367.8663;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.207;QD=23.06;RPA=13,19;RU=T;ReadPosRankSum=-4.976;SB=-1.226e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,13:112:99:2622,0,2693 chrI 65692 . G GA 892.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.158;DP=90;FS=5.964;HaplotypeScore=96.4891;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.138;QD=9.92;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.405;SB=-3.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,53:90:99:932,0,585 chrI 67975 . G GA 1076.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.346;DP=162;FS=0.603;HaplotypeScore=95.0667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=1.335;QD=6.65;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.183;SB=-5.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,74:162:99:1116,0,1147 chrI 68128 . C CTT 946.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.635;DP=140;FS=1.782;HaplotypeScore=304.0461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=1.355;QD=6.76;RPA=11,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.433;SB=-4.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:104,29:140:99:986,0,1141 chrI 68551 . AC A 1854.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.801;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=127.2537;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.168;QD=11.67;RPA=4,3;RU=C;ReadPosRankSum=0.192;SB=-8.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,76:159:99:1894,0,1687 chrI 68621 . AT A 2135.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=11.012;DP=168;FS=0.000;HaplotypeScore=267.2737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=1.824;QD=12.71;ReadPosRankSum=0.913;SB=-1.084e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,81:168:99:2175,0,2339 chrI 69727 . AT A 4412 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=1240.6883;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.03;MQ0=0;QD=28.65;RPA=3,2;RU=T;SB=-4.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,148:154:99:4412,459,0 chrI 69734 . TGG T 5278 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=1136.1676;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.86;MQ0=0;QD=34.95;RPA=8,6;RU=G;SB=-5.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,143:151:99:5278,433,0 chrI 70193 . A AAAG 3316 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.887;DP=171;FS=3.804;HaplotypeScore=363.3044;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.691;QD=19.39;ReadPosRankSum=-2.585;SB=-1.217e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,75:171:99:3316,0,3443 chrI 70406 . GA G 1205.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.509;DP=95;FS=3.851;HaplotypeScore=159.2770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.943;QD=12.69;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=-0.794;SB=-5.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,44:95:99:1245,0,989 chrI 70443 . C CA 810.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.931;DP=107;FS=2.820;HaplotypeScore=249.3801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.532;QD=7.58;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=0.502;SB=-2.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,46:107:99:850,0,857 chrI 70524 . CA C 3061.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=131.9507;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=27.59;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.120e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,108:111:99:3104,330,0 chrI 71116 . G GAA 904.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.231;DP=100;FS=3.877;HaplotypeScore=104.2487;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=2;MQRankSum=1.115;QD=9.05;RPA=12,14;RU=A;ReadPosRankSum=0.210;SB=-1.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,47:96:99:944,0,1080 chrI 71530 . TAA TAAA,T 2544.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.345;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=169.8711;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.970;QD=18.44;RPA=13,14,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.281;SB=-8.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:25,0,73:138:99:2623,2093,2509,804,0,1604 chrI 71671 . C CTCTTTTTCATATTCTT 6284 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.255;DP=141;FS=7.353;HaplotypeScore=142.2376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.22;MQ0=0;MQRankSum=-5.356;QD=44.57;ReadPosRankSum=0.972;SB=-2.094e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,46:141:99:6284,0,8742 chrI 74999 . A ATTT,ATT 1731.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.319;DP=111;FS=3.493;HaplotypeScore=165.3787;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=0.046;QD=15.60;RPA=14,17,16;RU=T;ReadPosRankSum=-0.501;SB=-8.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:75,6,23:110:99:1810,589,443,328,0,136 chrI 77511 . GAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAAG G,GAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAAG 6688 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.316;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=126.3068;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.28;MQ0=0;MQRankSum=0.577;QD=66.88;ReadPosRankSum=-1.594;SB=-9.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:44,0,0:100:99:6688,2144,14608,4514,0,4383 chrI 84701 . C CTTT 1996.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.687;DP=157;FS=0.664;HaplotypeScore=99.0556;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=1.824;QD=12.72;RPA=10,13;RU=T;ReadPosRankSum=-1.401;SB=-8.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,59:156:99:2036,0,2789 chrI 92602 . CT C 1865.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.520;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=68.3509;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.661;QD=16.81;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.212;SB=-7.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,83:111:99:1908,266,0 chrI 92798 . C CA 1428.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.749;DP=138;FS=1.403;HaplotypeScore=367.0851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=0.827;QD=10.35;RPA=5,6;RU=A;ReadPosRankSum=-2.353;SB=-6.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,69:138:99:1468,0,951 chrI 101249 . A ATT 1329.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.812;DP=138;FS=5.866;HaplotypeScore=213.4708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.59;MQ0=0;MQRankSum=-2.826;QD=9.64;RPA=8,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.064;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,54:138:99:1369,0,1967 chrI 101463 . AC A 1690.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.466;DP=140;FS=3.550;HaplotypeScore=80.9414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=0.391;QD=12.08;ReadPosRankSum=-1.364;SB=-5.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,64:140:99:1730,0,1657 chrI 106011 . G GT 2515.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.188;DP=131;FS=10.054;HaplotypeScore=58.4312;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.17;MQ0=0;MQRankSum=0.506;QD=19.21;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.398;SB=-7.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,120:131:99:2558,324,0 chrI 108747 . GT G 1440.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-9.700;DP=160;FS=0.632;HaplotypeScore=256.2458;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQ0=0;MQRankSum=0.486;QD=9.01;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.575;SB=-6.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,91:160:99:1480,0,772 chrI 110520 . AT A 741.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.213;DP=102;FS=1.623;HaplotypeScore=115.0898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.491;QD=7.27;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.960;SB=-3.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,47:102:99:781,0,786 chrI 110711 . GAGAGA G 4182 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.387;DP=151;FS=0.680;HaplotypeScore=338.2696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.25;MQ0=9;MQRankSum=0.664;QD=27.70;ReadPosRankSum=-3.802;SB=-1.817e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,86:142:99:4182,0,1033 chrI 110715 . GA G 2782.08 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=474.3735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.83;MQ0=11;QD=18.42;RPA=8,7;RU=A;SB=-9.961e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:98,53:140:99:2822,400,0 chrI 113050 . CGTTGTT C 3492 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.886;DP=160;FS=1.446;HaplotypeScore=87.7523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.57;MQ0=1;MQRankSum=5.086;QD=21.83;RPA=9,7;RU=GTT;ReadPosRankSum=1.135;SB=-1.358e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,65:159:99:3492,0,3997 chrI 116283 . T TCCAGCA 3799 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.155;DP=160;FS=1.619;HaplotypeScore=373.9822;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=1.913;QD=23.74;RPA=3,4;RU=CCAGCA;ReadPosRankSum=1.398;SB=-1.777e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:101,55:160:99:3799,0,2550 chrI 126880 . C CT,CTT 2424.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.396;DP=203;FS=1.613;HaplotypeScore=243.0062;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=62.15;MQ0=0;MQRankSum=2.119;QD=11.95;RPA=15,16,17;RU=T;ReadPosRankSum=-2.735;SB=-6.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:70,21,108:203:99:2503,884,664,538,0,499 chrI 128103 . AT A 779.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.776;DP=149;FS=2.315;HaplotypeScore=75.6209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=1.286;QD=5.23;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.434;SB=-3.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,54:149:99:819,0,890 chrI 128233 . TA T 1704.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.230;DP=154;FS=5.014;HaplotypeScore=110.6336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=11.07;RPA=6,5;RU=A;ReadPosRankSum=-2.039;SB=-8.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,87:154:99:1744,0,1062 chrI 138665 . GA G 1093.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.547;DP=53;FS=16.901;HaplotypeScore=574.2438;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.83;MQ0=0;MQRankSum=1.590;QD=20.64;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=1.315;SB=-2.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,39:53:88:1136,88,0 chrI 138748 . AT A 1266.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=356.9969;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.07;MQ0=0;QD=28.79;RPA=3,2;RU=T;SB=-4.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,42:44:99:1309,126,0 chrI 139106 . T TAG 752.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.821;DP=91;FS=3.168;HaplotypeScore=836.6072;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.569;QD=8.27;ReadPosRankSum=1.929;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,29:91:99:792,0,1036 chrI 139108 . G GTATA 1916.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.479;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=728.8879;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.72;MQ0=0;MQRankSum=0.211;QD=21.54;RPA=5,7;RU=TA;ReadPosRankSum=-0.718;SB=-8.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:50,38:89:99:1959,116,0 chrI 139404 . GTATA G 4874 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=96.1664;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.92;MQ0=0;QD=36.92;RPA=7,5;RU=TA;SB=-1.354e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,93:132:99:4874,280,0 chrI 142111 . CT C 3591 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=152.1860;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.81;MQ0=1;QD=25.29;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.622e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,135:141:99:3591,405,0 chrI 142737 . AGCTGCCTCT A 2381.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.123;DP=76;FS=5.310;HaplotypeScore=191.3653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.13;MQ0=0;MQRankSum=-5.510;QD=31.34;ReadPosRankSum=0.802;SB=-7.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,21:76:99:2421,0,2822 chrI 142779 . T TGAC 4603 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=236.6352;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.56;MQ0=0;QD=50.03;SB=-2.161e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,87:92:99:4603,265,0 chrI 143575 . GA G 796.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.567;DP=106;FS=0.848;HaplotypeScore=315.7975;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQ0=0;MQRankSum=0.004;QD=7.52;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.771;SB=-2.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,51:106:99:836,0,609 chrI 151874 . G GT 2042.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=201.7893;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.02;MQ0=0;QD=20.64;RPA=6,7;RU=T;SB=-8.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,89:99:99:2085,266,0 chrI 152105 . C CT,CTTTT 1168.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.467;DP=89;FS=1.739;HaplotypeScore=343.9647;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.46;MQ0=0;MQRankSum=1.084;QD=13.13;RPA=19,20,23;RU=T;ReadPosRankSum=-0.245;SB=-5.748e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:63,5,5:89:99:1247,686,604,241,0,601 chrI 153968 . G GTCT 3011.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.917;DP=123;FS=6.258;HaplotypeScore=56.6226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQ0=0;MQRankSum=0.039;QD=24.49;ReadPosRankSum=-1.267;SB=-8.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,68:123:99:3051,0,2367 chrI 154817 . GT G 2226.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.973;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=314.9289;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.264;QD=18.56;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.018;SB=-6.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,97:120:99:2269,283,0 chrI 154847 . G GT 2101.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.775;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=446.4601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=0.486;QD=14.11;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.573;SB=-1.004e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:83,62:149:99:2144,331,0 chrI 154851 . T TC 1930.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.703;DP=144;FS=1.175;HaplotypeScore=417.7336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=13.41;ReadPosRankSum=0.791;SB=-8.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,68:144:47:1970,0,47 chrI 156451 . TG T 3490 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=950.1142;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.26;MQ0=0;QD=30.09;RPA=2,1;RU=G;SB=-9.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:115:99:3490,340,0 chrI 156693 . G GT 981.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.748;DP=139;FS=4.195;HaplotypeScore=594.0691;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=0.620;QD=7.06;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.988;SB=-4.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,67:139:99:1021,0,936 chrI 159877 . AT A 2402.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=239.0848;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;QD=24.52;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.128e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,94:98:99:2445,282,0 chrI 160074 . AT A 2054.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=177.9608;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.96;MQ0=0;QD=25.69;RPA=4,3;RU=T;SB=-6.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,75:80:99:2097,225,0 chrI 160240 . A ATTTT 864.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=565.9648;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.25;MQ0=0;QD=48.05;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,16:18:54:907,54,0 chrI 160243 . A AC 411.96 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=611.2179;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.80;MQ0=2;QD=20.60;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,16:18:48:454,48,0 chrI 160246 . G GT 430.96 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=588.6265;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.34;MQ0=2;QD=23.94;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,16:16:48:473,48,0 chrI 160258 . A ATTTT 1130.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=731.0352;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.73;MQ0=2;QD=36.48;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,15:29:87:1173,87,0 chrI 160260 . A ATG 582.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=785.8134;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.73;MQ0=2;QD=18.81;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,16:29:68:625,68,0 chrI 160280 . GT G 857.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=684.7660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.67;MQ0=4;QD=27.68;RPA=2,1;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,27:27:81:900,81,0 chrI 166162 . AGGTTCTTATTTT A 7746 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=295.3194;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.99;MQ0=0;QD=124.94;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:61:99:7746,163,0 chrI 166341 . A AT 3173.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=337.0707;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.54;MQ0=0;QD=20.74;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.543e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,143:153:99:3216,427,0 chrI 171848 . G GA 1025.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.938;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=151.6861;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=1.127;QD=8.69;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=-1.246;SB=-3.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,55:118:99:1065,0,910 chrI 171866 . T TA 797.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.375;DP=119;FS=0.842;HaplotypeScore=191.4148;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.643;QD=6.71;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.093;SB=-2.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,48:119:99:837,0,819 chrI 171961 . AT A 1439.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.988;DP=133;FS=1.432;HaplotypeScore=239.2707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.493;QD=10.83;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=-0.881;SB=-6.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,60:133:99:1479,0,1619 chrI 172008 . G GA 770.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.968;DP=107;FS=3.995;HaplotypeScore=247.9945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=0.596;QD=7.21;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.090;SB=-3.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,46:107:99:810,0,570 chrI 175805 . T TAA 1402.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.817;DP=123;FS=5.989;HaplotypeScore=260.7338;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.249;QD=11.41;RPA=6,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.266;SB=-3.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,52:123:99:1442,0,1836 chrI 175856 . TG T 1370.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.460;DP=104;FS=4.958;HaplotypeScore=359.3712;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.25;MQ0=0;MQRankSum=0.416;QD=13.18;ReadPosRankSum=1.398;SB=-4.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,50:104:99:1410,0,1502 chrI 176540 . TGC T 1370.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.969;DP=92;FS=0.806;HaplotypeScore=139.7827;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=2;MQRankSum=1.631;QD=14.90;RPA=2,1;RU=GC;ReadPosRankSum=-0.473;SB=-6.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,41:90:99:1410,0,1669 chrI 178768 . TGAA T 2488.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.039;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=165.8961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.642;QD=21.64;ReadPosRankSum=0.437;SB=-9.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,53:115:99:2528,0,2925 chrI 179139 . A ATT 3520 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=237.0461;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.94;MQ0=0;QD=28.39;RPA=8,10;RU=T;SB=-1.331e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,112:124:99:3520,340,0 chrI 179225 . CA C 1101.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.357;DP=119;FS=7.623;HaplotypeScore=457.6699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.59;MQ0=1;MQRankSum=-0.339;QD=9.26;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=2.546;SB=-3.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,63:118:99:1141,0,661 chrI 179980 . G GT,GTT 2655.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.941;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=453.0744;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.176;QD=21.95;RPA=8,9,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.478;SB=-9.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:5,58,58:121:99:2734,1177,884,1087,0,976 chrI 180135 . GTACA G 2051.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.098;DP=121;FS=5.017;HaplotypeScore=785.9726;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.614;QD=16.96;ReadPosRankSum=1.893;SB=-1.039e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,39:121:99:2091,0,2035 chrI 180161 . G GC 833.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.419;DP=100;FS=6.915;HaplotypeScore=719.2630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.47;MQ0=0;MQRankSum=0.087;QD=8.34;RPA=5,6;RU=C;ReadPosRankSum=-0.916;SB=-4.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,41:100:99:873,0,1241 chrI 180219 . AC A 1362.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.824;DP=103;FS=5.042;HaplotypeScore=449.4369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.650;QD=13.23;ReadPosRankSum=3.380;SB=-5.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,52:103:99:1402,0,1358 chrI 180275 . AT ATT,A 1585.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.921;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=590.5407;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.65;MQ0=0;MQRankSum=0.848;QD=14.03;RPA=10,11,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.848;SB=-6.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:20,1,40:113:99:1664,856,1031,1032,0,1406 chrI 181085 . T TA 3760 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=677.9405;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.68;MQ0=0;QD=28.48;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.785e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,130:132:99:3760,391,0 chrI 181277 . T TA 1185.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.799;DP=127;FS=1.515;HaplotypeScore=123.5837;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.55;MQ0=0;MQRankSum=1.303;QD=9.34;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=-0.053;SB=-4.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,47:127:99:1225,0,2067 chrI 181684 . TA T 1816.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=11.084;DP=169;FS=4.650;HaplotypeScore=890.0955;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.359;QD=10.75;RPA=6,5;RU=A;ReadPosRankSum=-0.772;SB=-6.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,93:169:99:1856,0,1283 chrI 181957 . TTA T 4972 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=176.8006;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.39;MQ0=0;QD=32.50;RPA=4,3;RU=TA;SB=-2.449e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,144:153:99:4972,433,0 chrI 183387 . AC A 815.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=42.2080;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.54;MQ0=0;QD=21.47;RPA=2,1;RU=C;SB=-1.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,35:27:78:858,78,0 chrI 183624 . A AG 443.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=208.9314;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.32;MQ0=1;QD=13.06;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,31:20:60:486,60,0 chrI 183626 . A AG 442.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=198.7007;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.90;MQ0=2;QD=12.66;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,31:20:60:485,60,0 chrI 189747 . CCCA C 5717 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=785.5796;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.78;MQ0=0;QD=50.59;SB=-2.510e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,109:109:99:5717,322,0 chrI 189816 . C CA 3720 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;FS=0.000;HaplotypeScore=1542.9140;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.73;MQ0=0;QD=22.82;SB=-1.716e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,157:163:99:3720,473,0 chrI 189821 . CGT C 6651 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=1202.9573;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.57;MQ0=0;QD=41.57;SB=-3.156e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,156:160:99:6651,479,0 chrI 189991 . A ACATCAG 4109 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.274;DP=166;FS=8.465;HaplotypeScore=193.6951;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=1.767;QD=24.75;RPA=3,4;RU=CATCAG;ReadPosRankSum=-0.008;SB=-1.551e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:104,61:166:99:4109,0,3709 chrI 191356 . A ATCG 2697.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.524;DP=176;FS=1.456;HaplotypeScore=82.1879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.53;MQ0=0;MQRankSum=0.830;QD=15.33;RPA=4,5;RU=TCG;ReadPosRankSum=0.684;SB=-6.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,77:176:99:2737,0,3308 chrI 192321 . CA C 1965.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.245;DP=246;DS;FS=140.518;HaplotypeScore=1191.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.54;MQ0=0;MQRankSum=-3.174;QD=7.99;ReadPosRankSum=-4.170;SB=-1.800e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:147,93:234:99:2005,0,3601 chrI 192338 . T TAA 2314.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;DP=204;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=783.9820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.76;MQ0=0;MQRankSum=2.312;QD=11.35;RPA=3,5;RU=A;ReadPosRankSum=3.195;SB=-6.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:122,81:192:99:2354,0,2393 chrI 193947 . T TAAC 2439.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.207;DP=161;FS=0.630;HaplotypeScore=141.7418;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=1.540;QD=15.16;RPA=5,6;RU=AAC;ReadPosRankSum=-1.086;SB=-1.124e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:109,52:161:99:2479,0,2544 chrI 194020 . T TATG 1880.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.000;DP=125;FS=1.677;HaplotypeScore=254.9863;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQ0=0;MQRankSum=0.482;QD=15.05;RPA=5,6;RU=ATG;ReadPosRankSum=1.992;SB=-8.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,46:125:99:1920,0,1562 chrI 196683 . TC T 1834.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.408;DP=123;FS=8.328;HaplotypeScore=295.4939;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.98;MQ0=0;MQRankSum=1.151;QD=14.92;ReadPosRankSum=-1.469;SB=-8.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,62:122:99:1874,0,1809 chrI 196828 . C CA 3034.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=613.9993;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.04;MQ0=0;QD=27.84;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.418e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:109:99:3077,321,0 chrI 196872 . T TA 2006.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=1262.5541;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.79;MQ0=0;QD=21.58;RPA=7,8;RU=A;SB=-6.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,87:93:99:2049,266,0 chrI 196909 . TA T 3627 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=1585.8723;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.40;MQ0=0;QD=26.67;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.102e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,115:136:99:3627,355,0 chrI 196924 . T TC 3678 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=1390.7239;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.85;MQ0=0;QD=28.73;RPA=1,2;RU=C;SB=-1.196e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,116:128:99:3678,375,0 chrI 197532 . CTA C 1681.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.257;DP=90;FS=1.785;HaplotypeScore=436.6813;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.653;QD=18.69;ReadPosRankSum=0.497;SB=-7.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,43:90:99:1721,0,1566 chrI 197611 . G GA 1631.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=687.4542;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.24;MQ0=0;QD=22.05;RPA=4,5;RU=A;SB=-7.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,66:74:99:1674,198,0 chrI 197919 . G GA 3365 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=825.9556;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.19;MQ0=0;QD=31.45;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.323e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,106:107:99:3365,322,0 chrI 198030 . C CA 4654 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=1003.3302;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;QD=35.80;SB=-2.110e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,126:130:99:4654,391,0 chrI 198368 . T TAA 1125.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.267;DP=121;FS=0.757;HaplotypeScore=740.4650;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.28;MQ0=0;MQRankSum=0.607;QD=9.31;RPA=8,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.007;SB=-3.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,48:121:99:1165,0,1921 chrI 198630 . TC T 712.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=766.7815;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.16;MQ0=0;QD=31.00;SB=-3.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:23:63:755,63,0 chrI 198633 . G GAA 758.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=726.4697;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.08;MQ0=0;QD=36.14;RPA=1,3;RU=A;SB=-3.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63:801,63,0 chrI 198699 . C CG 1484.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=815.6223;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.13;MQ0=0;QD=34.53;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:43:99:1527,129,0 chrI 198708 . CT C 1285.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=825.6525;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.88;MQ0=0;QD=27.96;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,42:46:99:1328,129,0 chrI 199000 . A AAT 507.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=545.9424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.20;MQ0=0;QD=42.33;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36:550,36,0 chrI 199005 . T TA 341.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=586.3746;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.50;MQ0=0;QD=26.30;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,12:13:39:384,39,0 chrI 202326 . AG A 286.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=471.0818;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.21;MQ0=0;QD=26.09;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:11:30:329,30,0 chrI 202331 . 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CTTTT C 789.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=775.7693;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.52;MQ0=0;QD=39.50;RPA=5,1;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,13:20:43:832,43,0 chrI 202583 . AAGT A 1027.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=755.4251;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.49;MQ0=0;QD=54.10;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57:1070,57,0 chrI 202607 . T TG 800.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=1004.3233;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.68;MQ0=0;QD=26.70;RPA=1,2;RU=G;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:90:843,90,0 chrI 202668 . G GAA 1191.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=987.2531;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.72;MQ0=0;QD=30.56;RPA=4,6;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,36:38:99:1234,105,0 chrI 202698 . A AT 737.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=820.8641;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.48;MQ0=0;QD=22.36;RPA=3,4;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,27:32:94:780,94,0 chrI 203091 . CA C 2766.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=667.0873;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.82;MQ0=0;QD=25.62;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.018e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,105:108:99:2809,315,0 chrI 204220 . T TAA 279.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=340.4965;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.61;MQ0=0;QD=39.86;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21:321,21,0 chrI 204230 . T TC 207.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=347.7044;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.61;MQ0=0;QD=29.58;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21:249,21,0 chrI 220014 . A AT 25.98 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.447;DP=194;FS=0.000;HaplotypeScore=11.5812;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=8.59;MQ0=157;MQRankSum=1.359;QD=0.13;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.921;SB=-8.001e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:151,42:22:65:65,0,228 chrI 223488 . T TA 151.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.431;DP=196;DS;FS=50.171;HaplotypeScore=18.7084;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=11.45;MQ0=166;MQRankSum=0.769;QD=0.78;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=3.293;SB=-3.007e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:133,60:24:99:191,0,180 chrI 225394 . GGAA G 220.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.555;DP=236;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=6.85;MQ0=212;MQRankSum=1.200;QD=0.94;RPA=6,5;RU=GAA;ReadPosRankSum=0.811;SB=-3.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:193,43:16:99:260,0,221 chrII 178 . ATAC A 1812.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.762;DP=148;FS=32.353;HaplotypeScore=607.2209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.66;MQ0=1;MQRankSum=-2.627;QD=12.25;RPA=3,2;RU=TAC;ReadPosRankSum=1.985;SB=-5.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:101,46:138:99:1852,0,3322 chrII 312 . ATAG A 1044.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.711;DP=134;FS=28.811;HaplotypeScore=175.8009;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.02;MQ0=40;MQRankSum=-0.714;QD=7.80;ReadPosRankSum=0.290;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:106,28:53:99:1084,0,848 chrII 6067 . A AC 113.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.635;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=131.4057;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=15.19;MQ0=3;MQRankSum=-0.831;QD=7.12;ReadPosRankSum=2.533;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,5:12:47:153,0,47 chrII 6110 . CT C 233.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.550;DP=29;FS=5.869;HaplotypeScore=270.8728;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.37;MQ0=3;MQRankSum=-1.073;QD=8.07;ReadPosRankSum=-0.119;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,9:24:99:273,0,502 chrII 6186 . CA C 186.30 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.423;DP=13;FS=4.393;HaplotypeScore=187.5615;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.791;QD=14.33;ReadPosRankSum=1.423;SB=-3.027e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:13:8:225,0,8 chrII 6664 . AT A 309.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.561;DP=47;FS=10.766;HaplotypeScore=758.4144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.88;MQ0=1;MQRankSum=0.092;QD=6.60;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=-3.666;SB=-1.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,21:33:99:349,0,546 chrII 6781 . G GT 408.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.299;DP=70;FS=1.579;HaplotypeScore=997.1509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.77;MQ0=7;MQRankSum=1.436;QD=5.84;ReadPosRankSum=-2.575;SB=-5.100e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,15:45:99:448,0,987 chrII 7114 . A AC 974.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.427;DP=50;FS=4.901;HaplotypeScore=791.1343;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.70;MQ0=0;MQRankSum=0.612;QD=19.50;ReadPosRankSum=0.306;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,31:34:86:1017,86,0 chrII 7204 . C CG 3060.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=2093.8898;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.68;MQ0=0;QD=28.08;SB=-6.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:81:99:3103,244,0 chrII 7424 . CT C 3531 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=2119.8824;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.15;MQ0=0;QD=28.71;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.699e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,120:105:99:3531,310,0 chrII 7527 . C CA 3331 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.577;DP=250;DS;FS=11.585;HaplotypeScore=1200.9539;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.18;MQ0=55;MQRankSum=3.725;QD=13.32;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.904;SB=-1.075e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:51,184:173:99:3331,124,0 chrII 7538 . G GT 4295 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.319;DP=250;DS;FS=8.897;HaplotypeScore=1008.7681;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.39;MQ0=61;MQRankSum=0.283;QD=17.18;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=2.261;SB=-1.466e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,228:169:99:4295,461,0 chrII 7912 . GA G 876.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=129.1967;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.31;MQ0=15;QD=13.09;RPA=3,2;RU=A;SB=-2.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,40:35:84:919,84,0 chrII 9520 . A AC 1119.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.003;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=73.0567;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.33;MQ0=0;MQRankSum=0.313;QD=8.89;RPA=1,2;RU=C;ReadPosRankSum=-0.359;SB=-4.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,44:126:99:1159,0,2607 chrII 14146 . TAA T 1647.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.818;DP=105;FS=1.588;HaplotypeScore=35.1834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=2;MQRankSum=-0.745;QD=15.69;RPA=7,5;RU=A;ReadPosRankSum=0.076;SB=-7.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,58:103:99:1687,0,1402 chrII 24053 . G GT 1839.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.550;DP=113;FS=3.701;HaplotypeScore=156.6794;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=0.770;QD=16.28;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.975;SB=-8.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,86:113:99:1882,165,0 chrII 24920 . CA C 1204.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.236;DP=130;FS=0.706;HaplotypeScore=405.7856;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=0.756;QD=9.27;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.046;SB=-4.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,67:130:99:1244,0,874 chrII 24938 . G GA 1327.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.088;DP=122;FS=0.715;HaplotypeScore=366.0487;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.967;QD=10.88;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=2.476;SB=-5.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,63:122:99:1367,0,852 chrII 28695 . C CT 907.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.216;DP=159;FS=8.400;HaplotypeScore=85.1678;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQ0=0;MQRankSum=0.407;QD=5.71;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=-3.325;SB=-2.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,59:159:99:947,0,728 chrII 29730 . AT A 134.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.054;DP=78;FS=19.243;HaplotypeScore=152.7446;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=9.76;MQ0=56;MQRankSum=1.422;QD=1.73;ReadPosRankSum=-0.573;SB=-2.876e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,7:9:88:174,0,88 chrII 29733 . A AT 114.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.054;DP=80;FS=19.243;HaplotypeScore=154.7108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=9.54;MQ0=59;MQRankSum=1.422;QD=1.44;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=-1.001;SB=-2.876e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,7:9:82:154,0,82 chrII 29794 . TC T 132 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DP=87;FS=7.782;HaplotypeScore=177.8370;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=9.21;MQ0=61;MQRankSum=0.736;QD=1.52;ReadPosRankSum=0.736;SB=-2.779e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,7:7:18:171,0,18 chrII 29816 . AT A 83.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.927;DP=71;FS=3.123;HaplotypeScore=184.3226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=11.72;MQ0=38;MQRankSum=1.670;QD=1.18;ReadPosRankSum=2.927;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,7:13:99:123,0,256 chrII 29821 . G GA 67.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.927;DP=80;FS=3.123;HaplotypeScore=185.9495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=12.02;MQ0=40;MQRankSum=1.670;QD=0.85;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=2.927;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,7:13:99:107,0,246 chrII 29932 . A AG 281.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.838;DP=206;FS=55.474;HaplotypeScore=129.1245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=9.93;MQ0=159;MQRankSum=1.373;QD=1.37;ReadPosRankSum=1.725;SB=-3.002e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:192,10:21:99:321,0,384 chrII 35769 . AATTATCCAATT A 2936.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.518;DP=93;FS=34.190;HaplotypeScore=349.2046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.11;MQ0=0;MQRankSum=-3.620;QD=31.58;ReadPosRankSum=1.060;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,32:93:99:2976,0,6890 chrII 36215 . TCCA T 150 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;DP=17;FS=8.451;HaplotypeScore=47.8440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.67;MQ0=10;MQRankSum=0.742;QD=8.82;ReadPosRankSum=-0.742;SB=-2.910e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,6:7:18:189,0,18 chrII 36327 . C CA 1785.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.364;DP=156;FS=0.605;HaplotypeScore=341.1336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.00;MQ0=0;MQRankSum=0.997;QD=11.45;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=-0.207;SB=-7.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,72:156:99:1825,0,2248 chrII 36507 . CT C 945.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.691;DP=139;FS=2.343;HaplotypeScore=207.0370;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.791;QD=6.81;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-2.978;SB=-4.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,58:139:99:985,0,1072 chrII 38968 . G GT 416.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.961;DP=65;FS=3.607;HaplotypeScore=52.9914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.036;QD=6.41;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.295;SB=-1.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,26:65:99:456,0,490 chrII 40584 . TATATAC T 1623.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.972;DP=100;FS=0.990;HaplotypeScore=296.1002;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.37;MQ0=0;MQRankSum=2.988;QD=16.24;ReadPosRankSum=1.772;SB=-5.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,53:100:99:1663,0,783 chrII 40802 . CA C 938.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.525;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=80.5737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=2.126;QD=8.16;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=0.215;SB=-4.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,55:115:99:978,0,1078 chrII 45219 . C CT 953.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.662;DP=137;FS=0.825;HaplotypeScore=343.5188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.065;QD=6.96;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.579;SB=-2.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,48:137:99:993,0,920 chrII 45241 . G GAA 1618.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.128;DP=152;FS=2.262;HaplotypeScore=378.2740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=-2.392;QD=10.65;RPA=10,12;RU=A;ReadPosRankSum=-2.316;SB=-7.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,50:152:99:1658,0,1394 chrII 45368 . GGC G 3595 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.686;DP=165;FS=7.225;HaplotypeScore=119.2068;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQ0=0;MQRankSum=0.605;QD=21.79;ReadPosRankSum=-0.515;SB=-1.616e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,97:165:99:3595,0,2515 chrII 45954 . TCA T 1113.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.092;DP=121;FS=26.478;HaplotypeScore=286.2084;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;MQ0=0;MQRankSum=1.156;QD=9.21;ReadPosRankSum=0.768;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,46:121:99:1153,0,1648 chrII 59405 . CT C 879.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.374;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=31.4790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.191;QD=8.15;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=-0.558;SB=-3.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,48:105:99:919,0,1134 chrII 59630 . CA C 960.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.578;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=41.8573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.091;QD=9.71;RPA=6,5;RU=A;ReadPosRankSum=0.175;SB=-3.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,49:99:99:1000,0,752 chrII 60579 . T TTTAGCGTC 5093 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.600;DP=135;FS=6.289;HaplotypeScore=226.8589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=1.098;QD=37.73;RPA=1,2;RU=TTAGCGTC;ReadPosRankSum=-0.037;SB=-1.857e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,57:135:99:5093,0,5325 chrII 61038 . A AAAT 3064.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.329;DP=144;FS=4.720;HaplotypeScore=773.8213;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.90;MQ0=0;MQRankSum=-9.657;QD=21.28;ReadPosRankSum=-0.284;SB=-5.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,60:144:99:3104,0,3548 chrII 61054 . G GT 1357.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.464;DP=157;FS=4.628;HaplotypeScore=1061.6522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.98;MQ0=0;MQRankSum=-8.097;QD=8.65;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=-1.114;SB=-2.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,67:157:99:1397,0,1621 chrII 62747 . A AG 678.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.889;DP=103;FS=2.922;HaplotypeScore=235.8875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=1.142;QD=6.59;RPA=8,9;RU=G;ReadPosRankSum=0.337;SB=-2.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,30:103:99:718,0,1060 chrII 62776 . GA G 1641.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.648;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=161.6739;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.127;QD=16.93;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.690;SB=-8.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,77:97:99:1684,223,0 chrII 63002 . GGAGCC G 3065.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.635;DP=112;FS=8.609;HaplotypeScore=152.2532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.21;MQ0=0;MQRankSum=0.403;QD=27.37;RPA=2,1;RU=GAGCC;ReadPosRankSum=1.143;SB=-8.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,48:112:99:3105,0,2902 chrII 63167 . C CA 1002.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.525;DP=101;FS=6.706;HaplotypeScore=231.7050;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.384;QD=9.93;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=0.430;SB=-5.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,40:101:99:1042,0,1461 chrII 63527 . T TG 1244.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.188;DP=151;FS=0.699;HaplotypeScore=69.1085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.017;QD=8.24;RPA=7,8;RU=G;ReadPosRankSum=1.142;SB=-4.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,58:151:99:1284,0,1267 chrII 68282 . GTTATTATTATTATTATTATTA G 1825.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.300;DP=53;FS=4.260;HaplotypeScore=139.5701;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.54;MQ0=0;MQRankSum=1.589;QD=34.45;RPA=21,14;RU=TTA;ReadPosRankSum=-1.734;SB=-6.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,21:53:53:1868,53,0 chrII 71085 . T TTTGCAGAGACTTTTCACC 3681 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.007;DP=161;FS=15.789;HaplotypeScore=65.5466;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.54;MQ0=0;MQRankSum=-4.735;QD=22.86;RPA=1,2;RU=TTGCAGAGACTTTTCACC;ReadPosRankSum=2.821;SB=-1.298e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:111,48:161:99:3681,0,10494 chrII 72392 . ACAG A 4116 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-8.590;DP=176;FS=0.799;HaplotypeScore=488.4499;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=2;MQRankSum=7.005;QD=23.39;ReadPosRankSum=-4.453;SB=-1.393e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:53,119:174:53:4116,53,0 chrII 74876 . C CA 2506.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=191.9679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.18;MQ0=0;QD=21.80;RPA=7,8;RU=A;SB=-9.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,102:115:99:2549,306,0 chrII 75047 . GA G 1077.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=128.9513;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=1.410;QD=9.54;ReadPosRankSum=-0.077;SB=-4.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,37:113:99:1117,0,2490 chrII 75101 . TG T 1548.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.658;DP=140;FS=12.011;HaplotypeScore=390.4029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.988;QD=11.06;ReadPosRankSum=-0.506;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,56:140:99:1588,0,1528 chrII 75103 . TA T 1105.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-9.267;DP=138;FS=10.444;HaplotypeScore=429.0561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.471;QD=8.01;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.387;SB=-4.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,63:138:99:1145,0,564 chrII 84398 . C CTA 1692.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.811;DP=127;FS=4.672;HaplotypeScore=241.9779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQ0=0;MQRankSum=1.167;QD=13.33;ReadPosRankSum=0.050;SB=-7.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,44:126:99:1732,0,2564 chrII 88125 . C CT 2306.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.722;DP=141;FS=3.887;HaplotypeScore=251.4302;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.15;MQ0=0;MQRankSum=1.631;QD=16.36;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=0.278;SB=-1.094e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,116:141:99:2349,262,0 chrII 88484 . GGAGAA G 7240 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=37.9213;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.27;MQ0=0;QD=64.07;RPA=2,1;RU=GAGAA;SB=-1.589e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,108:113:99:7240,325,0 chrII 89351 . CT C 1667.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.325;DP=158;FS=2.954;HaplotypeScore=365.5635;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.826;QD=10.56;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=-0.598;SB=-5.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,80:158:99:1707,0,1607 chrII 90281 . T TG 1023.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.411;DP=99;FS=0.782;HaplotypeScore=366.2556;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.68;MQ0=0;MQRankSum=-2.920;QD=10.34;ReadPosRankSum=-0.303;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,33:99:99:1063,0,2006 chrII 92272 . C CT 1146.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.930;DP=156;FS=2.930;HaplotypeScore=83.9310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.968;QD=7.35;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-2.195;SB=-5.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,68:156:99:1186,0,1357 chrII 93471 . C CT 1190.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.462;DP=101;FS=5.506;HaplotypeScore=306.9304;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.336;QD=11.79;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=0.716;SB=-4.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,55:101:99:1230,0,872 chrII 96034 . GA G 972.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.820;DP=137;FS=0.676;HaplotypeScore=103.8869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=1.703;QD=7.10;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.469;SB=-3.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,63:137:99:1012,0,1091 chrII 96287 . GA G 980.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.423;DP=122;FS=1.537;HaplotypeScore=128.9026;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.253;QD=8.04;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.780;SB=-4.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,61:122:99:1020,0,806 chrII 101095 . GC G 2073.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.807;DP=130;FS=6.919;HaplotypeScore=54.5017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=2.544;QD=15.95;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=-0.752;SB=-7.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,69:130:99:2113,0,1600 chrII 111645 . T TCTC 2120.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.601;DP=112;FS=19.510;HaplotypeScore=198.2626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=0.324;QD=18.94;RPA=1,2;RU=CTC;ReadPosRankSum=0.599;SB=-7.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,51:112:99:2160,0,2335 chrII 116854 . CA C 2406.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=721.8772;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.19;MQ0=0;QD=22.49;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.047e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,99:106:99:2449,294,0 chrII 117293 . GA G 2532.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=149.6601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.24;MQ0=0;QD=23.45;RPA=9,8;RU=A;SB=-9.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,107:108:99:2575,320,0 chrII 119979 . A ACTT 4185 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=128;FS=3.957;HaplotypeScore=59.3668;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.11;MQ0=0;MQRankSum=1.696;QD=32.70;RPA=6,7;RU=CTT;ReadPosRankSum=1.589;SB=-1.637e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,94:128:99:4185,270,0 chrII 122381 . CA C 777.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.765;DP=102;FS=4.327;HaplotypeScore=246.5557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=0.603;QD=7.63;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.307;SB=-2.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,48:102:99:817,0,815 chrII 122437 . A AG 1848.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.967;DP=116;FS=4.593;HaplotypeScore=217.0843;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.391;QD=15.94;ReadPosRankSum=1.824;SB=-7.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,59:116:99:1888,0,580 chrII 122587 . A AT 362.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.708;DP=70;FS=1.028;HaplotypeScore=182.8016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.510;QD=5.19;RPA=15,16;RU=T;ReadPosRankSum=-1.161;SB=-1.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,13:70:99:402,0,377 chrII 122638 . TTA T 2718.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=138.4075;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.10;MQ0=0;QD=28.03;RPA=6,5;RU=TA;SB=-3.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,79:97:99:2761,244,0 chrII 126565 . C CTTT 1502.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.315;DP=129;FS=9.212;HaplotypeScore=80.1869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=3.714;QD=11.65;RPA=11,14;RU=T;ReadPosRankSum=-2.182;SB=-7.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,43:129:99:1542,0,2147 chrII 127462 . CT C 2731.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=107.1005;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.23;MQ0=0;QD=20.39;RPA=8,7;RU=T;SB=-9.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,116:134:99:2774,347,0 chrII 127651 . G GT 1245.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.212;DP=93;FS=7.781;HaplotypeScore=135.4697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.21;MQ0=1;MQRankSum=1.319;QD=13.40;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=2.154;SB=-5.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,39:92:99:1285,0,725 chrII 133026 . T TGAAGAGGATGAAGACAATGGTGATGGA 23908 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=316.3071;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.62;MQ0=0;QD=194.37;SB=-6.494e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:79,33:123:99:23908,328,0 chrII 133892 . TACACTTAT T,TACTTAT 2700.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=635.3879;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.03;MQ0=0;QD=24.12;SB=-7.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:36,0,0:112:99:2779,2118,3211,434,0,120 chrII 133943 . C CT 3495 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.662;DP=148;FS=5.411;HaplotypeScore=704.4279;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=1.006;QD=23.61;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.709;SB=-9.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,143:148:99:3495,421,0 chrII 135553 . TG T 2390.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.929;DP=149;FS=1.277;HaplotypeScore=176.1659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.149;QD=16.05;ReadPosRankSum=-1.218;SB=-1.181e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,76:149:99:2430,0,2162 chrII 136019 . C CA 704.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.776;DP=102;FS=3.991;HaplotypeScore=407.6610;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQ0=0;MQRankSum=0.012;QD=6.91;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.045;SB=-3.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,37:102:99:744,0,773 chrII 136039 . T TA 3172.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=213.0342;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.47;MQ0=0;QD=28.59;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.081e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,109:111:99:3215,331,0 chrII 136348 . G GA 2373.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=38.5769;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.34;MQ0=1;QD=23.27;RPA=7,8;RU=A;SB=-8.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,95:101:99:2416,288,0 chrII 137648 . ATAAAAT A 2540.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.103;DP=125;FS=128.870;HaplotypeScore=654.0418;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.46;MQ0=0;MQRankSum=1.831;QD=20.33;ReadPosRankSum=0.519;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,27:125:99:2580,0,588 chrII 138011 . CT C 2468.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=209.7201;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.56;MQ0=0;QD=17.27;RPA=12,11;RU=T;SB=-9.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,115:143:99:2511,348,0 chrII 138274 . A ATTT,ATT 4131 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.554;DP=164;FS=5.719;HaplotypeScore=128.7637;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=62.66;MQ0=0;MQRankSum=0.622;QD=25.19;RPA=15,18,17;RU=T;ReadPosRankSum=-1.421;SB=-9.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:16,23,111:163:99:4131,727,430,1189,0,797 chrII 140850 . TG T 4530 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=380.4921;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.90;MQ0=0;QD=29.23;RPA=5,4;RU=G;SB=-1.894e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,152:155:99:4530,457,0 chrII 140964 . T TC 4528 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=304.4580;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.19;MQ0=0;QD=37.73;SB=-1.941e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:120:99:4528,361,0 chrII 143864 . G GA 491.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.932;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=45.9595;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQ0=0;MQRankSum=0.519;QD=5.23;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-2.413;SB=-2.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,34:94:99:531,0,678 chrII 150347 . C CATATAT 3033.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.349;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=358.5065;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=65.26;MQ0=0;MQRankSum=0.349;QD=25.07;ReadPosRankSum=-0.815;SB=-7.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,90:121:99:3076,165,0 chrII 151274 . G GT,GTT 2961.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.571;DP=135;FS=3.761;HaplotypeScore=111.9963;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.222;QD=21.94;RPA=11,12,13;RU=T;ReadPosRankSum=1.088;SB=-1.200e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:25,60,45:135:99:3040,1206,864,1159,0,929 chrII 151391 . G GTA 2638.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.045;DP=154;FS=2.946;HaplotypeScore=630.1610;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.797;QD=17.14;RPA=1,2;RU=TA;ReadPosRankSum=0.429;SB=-1.330e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,64:154:99:2678,0,2572 chrII 153609 . A AT,ATTTTTT 2697.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.244;DP=92;FS=2.595;HaplotypeScore=92.8301;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=61.69;MQ0=0;MQRankSum=0.885;QD=29.33;RPA=13,14,19;RU=T;ReadPosRankSum=-2.552;SB=-7.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:23,56,6:91:99:2776,1825,1667,476,0,1286 chrII 159928 . GT G 1563.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.696;DP=118;FS=2.445;HaplotypeScore=537.9073;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.022;QD=13.25;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=-0.556;SB=-7.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,66:118:99:1603,0,1043 chrII 162588 . C CAAA 2776.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.329;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=71.3489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=1.863;QD=19.15;RPA=4,7;RU=A;ReadPosRankSum=0.600;SB=-1.008e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,70:145:99:2816,0,2913 chrII 162819 . AT A 593.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.527;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=119.4579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.806;QD=6.46;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.188;SB=-1.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,41:92:99:633,0,789 chrII 164040 . T TA 1142.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.369;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=255.8626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=0.846;QD=8.86;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=1.649;SB=-4.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,56:129:99:1182,0,1431 chrII 165010 . CTT C,CT 2571.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.033;DP=121;FS=4.670;HaplotypeScore=570.0636;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.824;QD=21.26;RPA=12,10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.131;SB=-4.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:11,66,0:121:99:2650,791,701,1387,0,1133 chrII 165670 . GA G 1929.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=312.1449;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.39;MQ0=0;QD=19.90;RPA=10,9;RU=A;SB=-7.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,87:97:99:1972,259,0 chrII 166025 . CT C 2483.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=479.0471;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.16;MQ0=0;QD=22.38;RPA=8,7;RU=T;SB=-9.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,104:111:99:2526,311,0 chrII 166416 . C CATA 2048.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.120;DP=105;FS=2.890;HaplotypeScore=568.0059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.43;MQ0=0;MQRankSum=6.173;QD=19.51;RPA=4,5;RU=ATA;ReadPosRankSum=-3.254;SB=-8.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,56:105:99:2088,0,647 chrII 167264 . AT A 4177 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=355.1394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=1;QD=28.61;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.793e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,142:145:99:4177,430,0 chrII 167275 . CA C 2930.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.908;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=498.8472;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=1;MQRankSum=1.206;QD=19.16;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.653;SB=-1.448e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,133:152:99:2973,351,0 chrII 167385 . C CT 3660 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=499.4681;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;QD=26.52;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.110e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,125:138:99:3660,376,0 chrII 167978 . C CAAAA 1979.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.270;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=63.0066;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.29;MQ0=0;MQRankSum=0.289;QD=26.05;RPA=16,20;RU=A;ReadPosRankSum=0.693;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,55:75:99:2022,173,0 chrII 169899 . C CAGAGGATACTA 12050 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=312.9902;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.28;MQ0=0;QD=119.31;SB=-3.817e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:101:99:12050,295,0 chrII 169960 . CTGCAAAATTATTCTGGATT C 6045 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=375.6960;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.22;MQ0=0;QD=81.69;RPA=2,1;RU=TGCAAAATTATTCTGGATT;SB=-1.612e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,30:74:90:6045,90,0 chrII 171274 . C CT 2136.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.142;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=67.0015;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.12;MQ0=0;MQRankSum=1.603;QD=20.55;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.859;SB=-9.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,92:104:99:2179,242,0 chrII 172242 . T TA 1770.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.382;DP=131;FS=0.652;HaplotypeScore=867.2345;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=0.690;QD=13.52;ReadPosRankSum=-0.676;SB=-8.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,52:131:99:1810,0,1689 chrII 172395 . C CT 1321.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.713;DP=133;FS=13.640;HaplotypeScore=273.0309;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQ0=0;MQRankSum=1.846;QD=9.94;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.051;SB=-5.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,68:133:99:1361,0,886 chrII 174499 . GAAGAAA G 3158.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.975;DP=134;FS=2.368;HaplotypeScore=227.8954;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.501;QD=23.57;RPA=4,3;RU=AAGAAA;ReadPosRankSum=0.249;SB=-1.137e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,50:134:99:3198,0,5059 chrII 174714 . ATTT A 668.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.456;DP=102;FS=24.930;HaplotypeScore=499.6263;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.87;MQ0=0;MQRankSum=1.884;QD=6.56;RPA=17,14;RU=T;ReadPosRankSum=2.613;SB=-9.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,20:102:99:708,0,1458 chrII 174802 . T TAA 1770.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.682;DP=108;FS=0.755;HaplotypeScore=503.9575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.319;QD=16.40;RPA=5,7;RU=A;ReadPosRankSum=1.034;SB=-8.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,58:108:99:1810,0,1218 chrII 174880 . T TA 2604.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=682.7931;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.07;MQ0=0;QD=30.29;SB=-1.314e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,76:86:99:2647,254,0 chrII 184206 . A AT 1205.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.093;DP=135;FS=15.783;HaplotypeScore=820.1742;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.639;QD=8.93;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.004;SB=-4.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,68:135:99:1245,0,1095 chrII 184282 . CA C 1592.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.561;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=610.3957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.902;QD=12.16;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=1.877;SB=-7.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,52:131:99:1632,0,2137 chrII 191124 . CATT C 1486.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.508;DP=107;FS=9.767;HaplotypeScore=485.8258;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.93;MQ0=0;MQRankSum=-4.806;QD=13.90;ReadPosRankSum=0.754;SB=-4.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,38:107:99:1526,0,3657 chrII 191128 . GTTT G 1473.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.553;DP=108;FS=11.422;HaplotypeScore=489.2507;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.97;MQ0=0;MQRankSum=-3.876;QD=13.65;ReadPosRankSum=0.910;SB=-4.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,38:108:99:1513,0,3561 chrII 191688 . GA G 1008.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.791;DP=139;FS=13.532;HaplotypeScore=120.0437;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.546;QD=7.26;RPA=7,6;RU=A;ReadPosRankSum=1.461;SB=-2.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,59:139:99:1048,0,1496 chrII 191762 . TG T 1223.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.173;DP=117;FS=10.400;HaplotypeScore=305.9693;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.762;QD=10.46;ReadPosRankSum=-0.114;SB=-5.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,44:117:99:1263,0,2114 chrII 191777 . G GT 1197.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.391;DP=117;FS=2.504;HaplotypeScore=285.9394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=0.909;QD=10.24;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=1.057;SB=-5.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,44:117:99:1237,0,2162 chrII 192232 . CTT C,CT 2623.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.247;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=411.7825;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.85;MQ0=2;MQRankSum=0.290;QD=18.74;RPA=13,11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.573;SB=-1.332e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:46,60,0:138:99:2702,781,785,1409,0,1156 chrII 192269 . AGAT A 3389 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.559;DP=148;FS=7.471;HaplotypeScore=535.4294;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=0.257;QD=22.90;RPA=2,1;RU=GAT;ReadPosRankSum=1.579;SB=-1.052e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,72:148:99:3389,0,2808 chrII 193546 . C CAAT 3928 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.543;DP=177;FS=4.615;HaplotypeScore=68.6442;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.41;MQ0=0;MQRankSum=1.155;QD=22.19;RPA=1,2;RU=AAT;ReadPosRankSum=2.038;SB=-3.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,85:177:99:3928,0,3168 chrII 193715 . G GA 2843.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.667;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=315.2258;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.35;MQ0=0;MQRankSum=0.667;QD=20.76;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.016;SB=-1.428e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,126:137:99:2886,322,0 chrII 196362 . GA G 920.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.460;DP=122;FS=0.772;HaplotypeScore=123.3097;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=1.771;QD=7.55;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.010;SB=-3.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,56:122:99:960,0,813 chrII 197596 . AT A 675.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.194;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=336.2153;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.471;QD=6.56;RPA=6,5;RU=T;ReadPosRankSum=0.160;SB=-2.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,37:100:99:715,0,1143 chrII 197613 . AAAAATC A 2010.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.963;DP=80;FS=0.876;HaplotypeScore=212.9738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.681;QD=25.14;ReadPosRankSum=0.356;SB=-9.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,32:80:99:2050,0,2969 chrII 197699 . C CTTAA 3327 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=977.1673;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.09;MQ0=0;QD=47.53;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,24:69:99:3327,205,0 chrII 197708 . TGGA T 2567.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=1001.9856;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.98;MQ0=0;QD=40.76;SB=-2.549e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:62:99:2610,166,0 chrII 197720 . A AAAG 1672.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.009;DP=72;FS=9.475;HaplotypeScore=1131.7623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.262;QD=23.24;ReadPosRankSum=3.222;SB=-3.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,33:71:99:1712,0,2004 chrII 198429 . TA T 2003.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=170.3068;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;QD=21.55;RPA=9,8;RU=A;SB=-6.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,88:93:99:2046,266,0 chrII 198720 . CT C 2936.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=457.6397;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;QD=27.71;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.450e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,103:106:99:2979,309,0 chrII 205754 . GGAAGAAGAAGAGGAA G 3535 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.875;DP=109;FS=1.733;HaplotypeScore=80.5323;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.178;QD=32.43;RPA=2,1;RU=GAAGAAGAAGAGGAA;ReadPosRankSum=-0.964;SB=-1.698e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,37:109:99:3535,0,7855 chrII 205965 . A AGGGGG 1702.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.457;DP=122;FS=1.789;HaplotypeScore=151.0889;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.259;QD=13.96;RPA=7,12;RU=G;ReadPosRankSum=-0.749;SB=-7.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,28:121:99:1742,0,4452 chrII 207021 . GTT G,GT 1864.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.566;DP=142;FS=3.605;HaplotypeScore=67.4968;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.88;MQ0=2;MQRankSum=-0.593;QD=13.13;RPA=14,12,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.193;SB=-8.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:45,56,1:140:99:1943,545,737,944,0,814 chrII 211254 . TAAC T 1493.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.137;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=82.0465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.63;MQ0=0;MQRankSum=1.345;QD=21.97;ReadPosRankSum=0.657;SB=-7.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,32:68:99:1533,0,1761 chrII 212391 . C CT 3100.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=108.4891;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.93;MQ0=0;QD=34.84;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.251e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:89:99:3143,265,0 chrII 212519 . T TA 757.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.195;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=256.3608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.228;QD=6.32;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.433;SB=-3.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,48:120:99:797,0,845 chrII 220817 . CTTTTTT C 8314 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=691.7407;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.71;MQ0=0;QD=75.58;RPA=9,3;RU=T;SB=-3.867e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,105:110:99:8314,319,0 chrII 220863 . TG T 4846 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=1031.1036;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.54;MQ0=0;QD=39.08;SB=-1.729e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,118:124:99:4846,373,0 chrII 227159 . A AT 2591.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=162.6607;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.71;MQ0=0;QD=22.94;RPA=6,7;RU=T;SB=-8.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,102:113:99:2634,306,0 chrII 235838 . TA T 2495.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=243.5689;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.04;MQ0=0;QD=25.73;RPA=5,4;RU=A;SB=-9.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,93:97:99:2538,283,0 chrII 236427 . TTTC T 4068 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=770.2042;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.42;MQ0=0;QD=45.71;RPA=2,1;RU=TTC;SB=-1.569e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,87:89:99:4068,262,0 chrII 238382 . C CA 1101.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=123.3868;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.18;MQ0=0;QD=23.96;RPA=7,8;RU=A;SB=-4.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,45:46:99:1144,135,0 chrII 238920 . AT A 1505.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.655;DP=125;FS=0.709;HaplotypeScore=312.6224;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=1.519;QD=12.05;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=-0.324;SB=-5.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,54:125:99:1545,0,1500 chrII 242639 . AT A 2488.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.321;DP=175;FS=2.352;HaplotypeScore=75.0046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.015;QD=14.22;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.000;SB=-1.064e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,123:175:99:2531,320,0 chrII 244228 . T TA 1269.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.258;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=153.8840;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=1;MQRankSum=1.195;QD=12.21;RPA=3,4;RU=A;ReadPosRankSum=-0.911;SB=-4.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,54:103:99:1309,0,975 chrII 245139 . C CA 892.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.581;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=161.6490;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=0.676;QD=7.97;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.655;SB=-3.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,52:112:99:932,0,690 chrII 245763 . G GAAA,GAAAAAA 4712 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=203.2150;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.72;MQ0=0;QD=49.08;RPA=9,12,15;RU=A;SB=-2.294e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:4,58,30:96:99:4712,1581,1308,1675,0,1496 chrII 246555 . C CTT 1433.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.029;DP=103;FS=4.292;HaplotypeScore=468.1477;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQ0=0;MQRankSum=0.452;QD=13.92;RPA=7,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.107;SB=-4.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,49:103:99:1473,0,1270 chrII 246613 . A AT 1031.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.540;DP=130;FS=11.926;HaplotypeScore=448.2606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.749;QD=7.94;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.348;SB=-2.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,57:130:99:1071,0,1224 chrII 246942 . CT C 4366 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=198.6569;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.43;MQ0=0;QD=32.10;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.069e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,127:136:99:4366,382,0 chrII 248758 . CT C 1920.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.121;DP=131;FS=0.690;HaplotypeScore=312.8995;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQ0=0;MQRankSum=0.773;QD=14.66;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=0.640;SB=-7.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,82:131:99:1960,0,1020 chrII 249917 . GT G 859.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.167;DP=134;FS=3.276;HaplotypeScore=187.4762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.266;QD=6.42;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.517;SB=-4.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,56:134:99:899,0,1265 chrII 252559 . CT C 3350 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=658.3034;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.46;MQ0=0;QD=33.50;RPA=3,2;RU=T;SB=-9.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:3350,301,0 chrII 254459 . C CT,CTTT 2602.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.754;DP=112;FS=2.400;HaplotypeScore=409.8017;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.534;QD=23.24;RPA=10,11,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.572;SB=-8.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:26,42,37:112:99:2681,1357,1163,956,0,1179 chrII 258993 . CATATAT C 6691 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=790.7147;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.61;MQ0=0;QD=51.87;RPA=8,5;RU=AT;SB=-2.008e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,104:129:99:6691,325,0 chrII 263158 . CG C 290.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=72.6787;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.12;MQ0=0;QD=29.10;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.498e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:9:27:333,27,0 chrII 263168 . CG C 297.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=51.8721;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.77;MQ0=0;QD=29.80;SB=-1.189e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:9:27:340,27,0 chrII 267481 . A AT 2619.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=416.3182;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.39;MQ0=0;QD=22.98;RPA=8,9;RU=T;SB=-1.186e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,108:114:99:2662,326,0 chrII 270387 . CCAG C 5041 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=260.4419;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.92;MQ0=0;QD=40.33;RPA=5,4;RU=CAG;SB=-1.936e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,107:125:99:5041,322,0 chrII 270857 . CT C 2425.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.160;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=68.8005;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.90;MQ0=0;MQRankSum=1.076;QD=16.62;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.704;SB=-7.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,121:146:99:2468,227,0 chrII 272537 . TTCATCA T 7870 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=52.7185;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.50;MQ0=1;QD=48.88;RPA=8,6;RU=TCA;SB=-3.577e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,113:160:99:7870,340,0 chrII 274140 . CTTT C 1592.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.142;DP=87;FS=3.248;HaplotypeScore=519.3804;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.08;MQ0=0;MQRankSum=-2.197;QD=18.31;RPA=4,1;RU=T;ReadPosRankSum=-0.799;SB=-7.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,35:87:99:1632,0,1568 chrII 274222 . TTC T 2109.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.490;DP=115;FS=13.636;HaplotypeScore=759.2009;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.716;QD=18.35;ReadPosRankSum=0.207;SB=-5.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:80,34:115:99:2152,174,0 chrII 274224 . CTTT CT,C 2670.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.142;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=662.4966;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.06;MQ0=0;MQRankSum=0.812;QD=23.43;RPA=15,13,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.176;SB=-9.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:49,0,8:114:99:2749,759,477,1122,0,962 chrII 274310 . TAAA T 1291.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.132;DP=94;FS=10.632;HaplotypeScore=567.5912;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.52;MQ0=0;MQRankSum=-4.643;QD=13.74;ReadPosRankSum=2.890;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,29:94:99:1331,0,2549 chrII 274314 . TATATA T 1550.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.449;DP=95;FS=44.418;HaplotypeScore=527.5401;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.212;QD=16.33;ReadPosRankSum=5.625;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,29:95:99:1590,0,3425 chrII 280999 . CT C 2157.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=108.4384;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.47;MQ0=0;QD=19.27;RPA=10,9;RU=T;SB=-5.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,98:112:99:2200,293,0 chrII 288704 . A ATT 1503.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.822;DP=126;FS=4.731;HaplotypeScore=354.1626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.33;MQ0=0;MQRankSum=-2.698;QD=11.94;RPA=7,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.865;SB=-5.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,54:126:99:1543,0,1669 chrII 292097 . G GA 1136.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.047;DP=138;FS=4.535;HaplotypeScore=201.0821;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=0.409;QD=8.24;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.309;SB=-5.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,54:137:99:1176,0,739 chrII 292118 . GA G 648.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.320;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=311.4571;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.472;QD=4.95;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=3.291;SB=-1.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,46:130:99:688,0,1226 chrII 292524 . T TC 2440.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.113;DP=152;FS=8.637;HaplotypeScore=136.5129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.371;QD=16.06;ReadPosRankSum=0.563;SB=-7.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,80:152:99:2480,0,2308 chrII 292608 . G GT 1011.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.981;DP=121;FS=4.449;HaplotypeScore=434.6022;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=0.307;QD=8.36;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.765;SB=-4.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,52:121:99:1051,0,1079 chrII 294163 . T TA 756.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.129;DP=107;FS=0.735;HaplotypeScore=178.2952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=2.439;QD=7.07;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.728;SB=-3.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,45:107:99:796,0,847 chrII 294365 . C CA 698.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.296;DP=99;FS=6.918;HaplotypeScore=61.2944;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.304;QD=7.06;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.559;SB=-3.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,41:99:99:738,0,866 chrII 296036 . TG T 1619.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.199;DP=125;FS=4.478;HaplotypeScore=186.4718;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=0.491;QD=12.96;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=0.413;SB=-8.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,57:124:99:1659,0,1849 chrII 296282 . AG A 1492.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.684;DP=139;FS=1.597;HaplotypeScore=133.5131;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=0.373;QD=10.74;RPA=3,2;RU=G;ReadPosRankSum=1.025;SB=-3.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,59:139:99:1532,0,2072 chrII 299548 . CGAAGAG C 4110 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.134;DP=144;FS=5.340;HaplotypeScore=881.8605;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.63;MQ0=0;MQRankSum=7.974;QD=28.54;RPA=4,3;RU=GAAGAG;ReadPosRankSum=0.832;SB=-1.880e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,69:144:99:4110,0,841 chrII 299551 . AGAGGAA A,AGTGGAGGAA 6592 SnpCluster AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=618.5924;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=51.59;MQ0=0;QD=46.75;SB=-2.800e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:104,0,0:141:99:6592,2482,3322,4357,0,7246 chrII 299554 . GGAA G,GGAAGAGAGCGAA 4502 SnpCluster AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.358;DP=140;FS=7.554;HaplotypeScore=736.0177;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=51.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.926;QD=32.16;ReadPosRankSum=2.693;SB=-1.567e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:100,9,0:140:99:4502,3234,4830,336,0,4335 chrII 300033 . GAAAAAA G,GA 3874 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=372.7146;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.35;MQ0=0;QD=26.53;RPA=26,20,21;RU=A;SB=-1.363e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:91,26,0:145:99:3874,922,861,411,0,168 chrII 301356 . TC T 2298.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=650.6974;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.84;MQ0=0;QD=18.69;SB=-9.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:60,60:122:99:2341,234,0 chrII 307442 . T TA 783.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.826;DP=120;FS=16.480;HaplotypeScore=254.4490;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=1.038;QD=6.53;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.624;SB=-2.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,46:120:99:823,0,976 chrII 307517 . C CA 1150.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.095;DP=90;FS=4.780;HaplotypeScore=305.2047;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=1.173;QD=12.79;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=2.729;SB=-2.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,38:90:99:1190,0,1363 chrII 310328 . G GT 961.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.658;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=112.0955;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=0.293;QD=8.36;RPA=3,4;RU=T;ReadPosRankSum=-0.642;SB=-3.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,44:115:99:1001,0,1518 chrII 311639 . G GT 936.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.007;DP=125;FS=8.597;HaplotypeScore=251.1380;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.375;QD=7.50;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=1.782;SB=-1.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,49:125:99:976,0,1301 chrII 311665 . TA T 1435.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.666;DP=138;FS=0.676;HaplotypeScore=291.4021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=1.052;QD=10.41;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=-1.651;SB=-5.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,51:138:99:1475,0,1797 chrII 321859 . C CTTA 1859.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.986;DP=129;FS=1.511;HaplotypeScore=599.2633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.240;QD=14.42;RPA=2,3;RU=TTA;ReadPosRankSum=-0.842;SB=-7.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,39:129:99:1899,0,2819 chrII 326647 . CT C 2146.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.054;DP=133;FS=1.398;HaplotypeScore=539.5477;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.65;MQ0=0;MQRankSum=1.119;QD=16.14;ReadPosRankSum=-0.983;SB=-7.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,70:133:99:2186,0,1998 chrII 326775 . T TA 1042.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.103;DP=103;FS=0.758;HaplotypeScore=427.8566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.12;MQ0=0;MQRankSum=4.975;QD=10.13;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.772;SB=-4.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,52:103:99:1082,0,816 chrII 327062 . AAGAATC A 2474.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.923;DP=87;FS=9.235;HaplotypeScore=862.1073;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.08;MQ0=0;MQRankSum=-4.854;QD=28.45;ReadPosRankSum=-1.985;SB=-6.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,31:87:99:2514,0,4572 chrII 327102 . T TA 463.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.098;DP=76;FS=25.431;HaplotypeScore=972.7268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.82;MQ0=0;MQRankSum=-6.377;QD=6.10;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=2.579;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,20:76:99:503,0,1658 chrII 327315 . T TAA 1323.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.947;DP=82;FS=0.849;HaplotypeScore=375.5553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.22;MQ0=0;MQRankSum=-2.760;QD=16.15;RPA=1,3;RU=A;ReadPosRankSum=0.396;SB=-6.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,33:82:99:1363,0,1685 chrII 331813 . GA G 1006.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.130;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=582.4889;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.04;MQ0=0;MQRankSum=1.056;QD=7.81;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=-0.916;SB=-4.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,58:129:99:1046,0,1230 chrII 332441 . TA T 4504 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=956.3363;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.57;MQ0=1;QD=30.23;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.993e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,140:147:99:4504,418,0 chrII 333127 . A AC 1697.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.764;DP=131;FS=2.251;HaplotypeScore=378.8826;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=1.121;QD=12.96;ReadPosRankSum=-1.342;SB=-6.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,58:131:99:1737,0,1828 chrII 333254 . TC T 1859.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.751;DP=124;FS=13.402;HaplotypeScore=599.1737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=1.471;QD=15.00;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=-1.251;SB=-7.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,63:124:99:1899,0,1569 chrII 334302 . TA T 790.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.664;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=29.0385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.956;QD=7.19;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=0.617;SB=-4.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,47:110:99:830,0,975 chrII 337246 . G GTCAGTA 3434 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.095;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=128.4683;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.72;MQ0=0;MQRankSum=0.970;QD=30.39;RPA=2,3;RU=TCAGTA;ReadPosRankSum=-0.147;SB=-1.158e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,53:113:99:3434,0,2191 chrII 338476 . GT G 1784.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.235;DP=153;FS=5.291;HaplotypeScore=74.3925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=2.050;QD=11.67;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=-0.886;SB=-5.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,65:153:99:1824,0,1880 chrII 341546 . GT G 1437.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.785;DP=128;FS=4.349;HaplotypeScore=199.3917;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=1.474;QD=11.23;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=-1.177;SB=-5.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,68:128:99:1477,0,1176 chrII 342440 . G GA 528.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.825;DP=101;FS=2.755;HaplotypeScore=111.1444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=0.231;QD=5.24;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-1.139;SB=-2.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,36:101:99:568,0,899 chrII 344186 . GTAT G 2808.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.318;DP=136;FS=1.392;HaplotypeScore=288.0035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=1;MQRankSum=-0.717;QD=20.65;RPA=3,2;RU=TAT;ReadPosRankSum=-1.127;SB=-1.304e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,69:135:99:2848,0,2604 chrII 344347 . A AT 905.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.690;DP=110;FS=12.626;HaplotypeScore=119.9051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.422;QD=8.24;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.369;SB=-4.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,46:110:99:945,0,641 chrII 344409 . AT A 589.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.407;DP=81;FS=0.942;HaplotypeScore=61.0520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.407;QD=7.28;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=-0.350;SB=-1.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,32:81:99:629,0,1035 chrII 344499 . CTT C 1451.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.481;DP=112;FS=14.412;HaplotypeScore=58.8671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=0.664;QD=12.96;RPA=9,7;RU=T;ReadPosRankSum=0.168;SB=-2.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,54:112:99:1491,0,1668 chrII 349449 . TA T 1278.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.110;DP=151;FS=3.380;HaplotypeScore=899.7092;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.037;QD=8.47;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.053;SB=-3.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,75:151:99:1318,0,1231 chrII 349816 . A AAT 1799.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.176;DP=110;FS=8.793;HaplotypeScore=279.9077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.200;QD=16.36;ReadPosRankSum=-0.114;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,41:110:99:1839,0,2615 chrII 349818 . CA C 1086.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.614;DP=109;FS=11.353;HaplotypeScore=341.9249;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.122;QD=9.97;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=0.910;SB=-1.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,41:109:99:1126,0,1999 chrII 350216 . T TG 1294.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.082;DP=116;FS=6.221;HaplotypeScore=729.6270;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.85;MQ0=0;MQRankSum=-8.433;QD=11.16;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=0.067;SB=-5.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,32:116:99:1334,0,1975 chrII 350378 . A AC 1535.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.698;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=231.6429;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.910;QD=14.35;RPA=1,2;RU=C;ReadPosRankSum=2.097;SB=-7.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,53:107:99:1575,0,1574 chrII 351062 . TC T 1586.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.603;DP=105;FS=5.058;HaplotypeScore=217.9162;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.28;MQ0=0;MQRankSum=0.415;QD=15.11;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=-1.574;SB=-5.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,50:105:99:1626,0,1335 chrII 351083 . CA C 2355.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=154.6875;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.97;MQ0=0;QD=26.77;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.164e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,86:88:99:2398,264,0 chrII 351230 . CA C 745.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.847;DP=103;FS=9.832;HaplotypeScore=42.0724;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=1;MQRankSum=0.044;QD=7.24;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.627;SB=-6.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,48:102:99:785,0,817 chrII 351450 . ATGTAAGCTGTGGTTTGCCT A 3385 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.060;DP=96;FS=3.227;HaplotypeScore=121.7696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.976;QD=35.26;RPA=2,1;RU=TGTAAGCTGTGGTTTGCCT;ReadPosRankSum=-0.318;SB=-1.613e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,27:96:99:3385,0,7997 chrII 351945 . C CTAAGTAAATAAA 2682.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.752;DP=87;FS=15.638;HaplotypeScore=89.4870;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.43;MQ0=0;MQRankSum=-5.482;QD=30.84;RPA=1,2;RU=TAAGTAAATAAA;ReadPosRankSum=1.593;SB=-8.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,22:87:99:2722,0,2860 chrII 353485 . CA C 515.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.215;DP=56;FS=4.459;HaplotypeScore=24.2167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=0.028;QD=9.21;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.473;SB=-2.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,32:56:99:555,0,281 chrII 353624 . ATATATATATATG A 2244.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.877;DP=100;FS=31.435;HaplotypeScore=342.2788;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.82;MQ0=1;MQRankSum=4.870;QD=22.45;ReadPosRankSum=1.784;SB=-1.065e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,60:99:99:2284,0,295 chrII 363108 . CA C 1595.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.828;DP=115;FS=1.548;HaplotypeScore=394.7043;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.90;MQ0=1;MQRankSum=-1.548;QD=13.88;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=1.111;SB=-6.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,58:114:99:1635,0,1320 chrII 363123 . AAC A 2276.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.943;DP=112;FS=0.750;HaplotypeScore=368.1301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.27;MQ0=1;MQRankSum=-1.541;QD=20.33;ReadPosRankSum=-0.344;SB=-8.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,63:111:99:2316,0,1641 chrII 363508 . GA G 947.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.392;DP=84;FS=5.805;HaplotypeScore=193.4785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.52;MQ0=0;MQRankSum=-2.075;QD=11.29;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=-1.092;SB=-4.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,42:83:99:987,0,900 chrII 363517 . T TAC 1754.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.148;DP=93;FS=6.997;HaplotypeScore=188.6133;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.840;QD=18.87;ReadPosRankSum=-2.535;SB=-8.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,41:92:99:1794,0,1604 chrII 363755 . T TA 1273.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.761;DP=105;FS=3.741;HaplotypeScore=329.2775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.559;QD=12.13;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.610;SB=-4.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,46:105:99:1313,0,1700 chrII 364024 . A AT 2484.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=108.2496;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.14;MQ0=0;QD=30.30;RPA=2,3;RU=T;SB=-8.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:82:99:2527,244,0 chrII 369788 . C CT 1254.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.632;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=193.0599;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.37;MQ0=1;MQRankSum=1.981;QD=9.44;RPA=14,15;RU=T;ReadPosRankSum=-0.239;SB=-5.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:54,75:132:47:1297,47,0 chrII 371596 . TA T 1241.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.942;DP=128;FS=2.355;HaplotypeScore=237.0915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.680;QD=9.70;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=0.787;SB=-4.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,50:128:99:1281,0,2124 chrII 372351 . TGGAAGAAGATGCAGCCTC T 4889 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.160;DP=172;FS=1.370;HaplotypeScore=357.8269;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.83;MQ0=0;MQRankSum=2.448;QD=28.42;RPA=2,1;RU=GGAAGAAGATGCAGCCTC;ReadPosRankSum=-0.135;SB=-2.155e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,68:172:99:4889,0,6895 chrII 373454 . G GTT 1823.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.126;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=415.9441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=0.446;QD=14.59;RPA=9,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.871;SB=-6.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,63:125:99:1863,0,1286 chrII 373847 . TG T 1715.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.792;DP=166;FS=1.396;HaplotypeScore=181.3661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.343;QD=10.34;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=1.883;SB=-4.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:101,62:166:99:1755,0,2886 chrII 378442 . CT C 1620.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.363;DP=162;FS=4.061;HaplotypeScore=67.1263;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=10.01;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=-0.021;SB=-6.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,79:162:99:1660,0,1702 chrII 380135 . TA T 769.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.179;DP=106;FS=4.060;HaplotypeScore=43.0654;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.317;QD=7.26;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.069;SB=-3.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,50:106:99:809,0,909 chrII 380871 . A AAAC 3074.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.724;DP=157;FS=9.011;HaplotypeScore=257.1492;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQ0=0;MQRankSum=1.624;QD=19.59;RPA=1,2;RU=AAC;ReadPosRankSum=1.053;SB=-1.529e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,72:157:99:3114,0,2708 chrII 381376 . AG A 1228.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.299;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=202.3946;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.484;QD=9.38;RPA=7,6;RU=G;ReadPosRankSum=-0.092;SB=-4.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,56:131:99:1268,0,1335 chrII 382925 . T TG 1713.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.654;DP=153;FS=2.059;HaplotypeScore=292.2985;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=1.184;QD=11.20;RPA=2,3;RU=G;ReadPosRankSum=1.878;SB=-7.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,69:153:99:1753,0,2346 chrII 383052 . TA T 470.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.476;DP=82;FS=1.873;HaplotypeScore=78.7765;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.108;QD=5.74;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.476;SB=-2.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,31:82:99:510,0,663 chrII 383176 . C CG 3350 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=101.0467;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.79;MQ0=1;QD=29.65;RPA=2,3;RU=G;SB=-1.633e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,107:112:99:3350,316,0 chrII 386013 . TA T 1968.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.213;DP=132;FS=9.848;HaplotypeScore=57.4782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.516;QD=14.92;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=1.525;SB=-9.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,72:132:99:2008,0,1385 chrII 389425 . TC T 1567.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.643;DP=81;FS=12.933;HaplotypeScore=642.4701;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.33;MQ0=0;MQRankSum=1.512;QD=19.36;ReadPosRankSum=2.667;SB=-7.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,60:81:99:1610,141,0 chrII 389429 . CG C 1589.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=577.8045;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.10;MQ0=0;QD=24.46;SB=-7.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,60:65:99:1632,189,0 chrII 389457 . A AT 665.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.624;DP=90;FS=0.825;HaplotypeScore=719.1045;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.89;MQ0=0;MQRankSum=-2.952;QD=7.40;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=-0.066;SB=-3.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,33:90:99:705,0,1535 chrII 389487 . A ATCG 1736.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.569;DP=89;FS=0.808;HaplotypeScore=495.9201;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.14;MQ0=0;MQRankSum=-2.503;QD=19.52;ReadPosRankSum=0.496;SB=-8.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,37:89:99:1776,0,2321 chrII 391492 . GA G 670.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.337;DP=103;FS=11.145;HaplotypeScore=81.4996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.011;QD=6.51;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=-0.054;SB=-1.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,42:103:99:710,0,1103 chrII 392336 . C CT 837.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.465;DP=119;FS=1.685;HaplotypeScore=68.4988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.439;QD=7.04;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.147;SB=-3.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,50:119:99:877,0,804 chrII 392511 . C CA 858.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.742;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=179.2795;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=0.104;QD=7.40;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.547;SB=-3.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,46:116:99:898,0,783 chrII 392874 . A ATCTTTCCTCTGCATTT 3453 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.224;DP=91;FS=2.274;HaplotypeScore=53.9561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.58;MQ0=0;MQRankSum=-4.018;QD=37.95;RPA=1,2;RU=TCTTTCCTCTGCATTT;ReadPosRankSum=1.887;SB=-1.295e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,23:91:99:3453,0,4965 chrII 393339 . CG C 2226.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.331;DP=139;FS=0.644;HaplotypeScore=216.9364;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQ0=0;MQRankSum=1.074;QD=16.02;ReadPosRankSum=2.152;SB=-9.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,63:139:99:2266,0,1041 chrII 393340 . G GA 960.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-9.851;DP=138;FS=3.219;HaplotypeScore=345.9432;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.107;QD=6.96;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-2.036;SB=-3.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,60:138:99:1000,0,354 chrII 395042 . G GA 590.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.715;DP=98;FS=8.749;HaplotypeScore=229.3922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=0.183;QD=6.03;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-2.147;SB=-2.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,38:97:99:630,0,716 chrII 395368 . A AT 1284.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.699;DP=115;FS=0.737;HaplotypeScore=164.7590;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=2.506;QD=11.17;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=1.195;SB=-4.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,59:115:99:1324,0,1120 chrII 405812 . TG T 1258.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.338;DP=116;FS=6.840;HaplotypeScore=525.4764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.418;QD=10.85;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=0.932;SB=-2.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,45:116:99:1298,0,1945 chrII 406235 . G GA 1859.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.816;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=457.3455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.002;QD=12.57;RPA=5,6;RU=A;ReadPosRankSum=-0.403;SB=-7.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,86:148:99:1899,0,908 chrII 406430 . GA GAA,G 1975.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.589;DP=136;FS=2.063;HaplotypeScore=92.5928;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=1.698;QD=14.53;RPA=13,14,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.541;SB=-3.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:20,1,36:136:99:2054,791,1025,1464,0,2078 chrII 407545 . T TA 1152.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.875;DP=136;FS=2.239;HaplotypeScore=686.7149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.26;MQ0=0;MQRankSum=-9.433;QD=8.48;RPA=3,4;RU=A;ReadPosRankSum=-0.932;SB=-5.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,54:136:99:1192,0,1940 chrII 407561 . GAA G 1832.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.708;DP=135;FS=2.264;HaplotypeScore=680.5688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.96;MQ0=0;MQRankSum=-9.713;QD=13.58;ReadPosRankSum=0.514;SB=-7.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,52:135:99:1872,0,3562 chrII 407734 . CT C 3583 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.508;DP=177;FS=0.000;HaplotypeScore=422.3030;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.099;QD=20.24;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.842;SB=-1.040e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,158:176:99:3583,450,0 chrII 414951 . G GA 1839.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.349;DP=145;FS=13.223;HaplotypeScore=112.4567;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.241;QD=12.69;ReadPosRankSum=1.006;SB=-4.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,59:145:99:1879,0,2607 chrII 415720 . TA T 1675.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=360.3234;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.82;MQ0=0;QD=24.29;RPA=2,1;RU=A;SB=-4.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,49:69:99:1718,172,0 chrII 417214 . TCC T 1670.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.239;DP=103;FS=2.687;HaplotypeScore=227.1715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.911;QD=16.22;RPA=7,5;RU=C;ReadPosRankSum=0.271;SB=-8.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,51:103:99:1710,0,1481 chrII 418760 . ACT A 1851.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.174;DP=119;FS=2.338;HaplotypeScore=50.9544;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=-1.708;QD=15.56;RPA=2,1;RU=CT;ReadPosRankSum=0.126;SB=-9.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,53:119:99:1891,0,2430 chrII 419357 . G GA 944.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.502;DP=114;FS=17.484;HaplotypeScore=290.0838;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.38;MQ0=0;MQRankSum=0.346;QD=8.29;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.745;SB=-4.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,51:114:99:984,0,937 chrII 419386 . CA C 2917.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=154.5028;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.38;MQ0=0;QD=25.82;RPA=5,4;RU=A;SB=-9.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,103:113:99:2960,330,0 chrII 420194 . CT C 723.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.626;DP=122;FS=4.711;HaplotypeScore=111.0430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.224;QD=5.93;RPA=8,7;RU=T;ReadPosRankSum=0.313;SB=-2.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,46:122:99:763,0,1329 chrII 420372 . TGTA TGTAGTAGTAGTAGTA,T 4527 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=382.6073;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.33;MQ0=0;QD=37.73;RPA=7,11,6;RU=GTA;SB=-1.744e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:61,0,43:120:99:4527,1988,5215,2744,0,3765 chrII 423387 . G GGGAA 3369 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.402;DP=107;FS=0.902;HaplotypeScore=227.1571;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.871;QD=31.49;ReadPosRankSum=-1.377;SB=-6.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,47:107:99:3369,0,3015 chrII 423438 . GA G 1770.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=377.6450;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;QD=15.14;RPA=9,8;RU=A;SB=-4.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,78:117:99:1813,236,0 chrII 424938 . GT G 457.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.211;DP=100;FS=6.405;HaplotypeScore=144.6682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQ0=0;MQRankSum=0.723;QD=4.58;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.370;SB=-1.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,32:100:99:497,0,802 chrII 427091 . TATA T 2026.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.548;DP=112;FS=3.490;HaplotypeScore=40.2333;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.159;QD=18.10;ReadPosRankSum=1.607;SB=-9.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,46:112:99:2066,0,3098 chrII 427659 . GTATT G 2642.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.706;DP=125;FS=1.688;HaplotypeScore=151.7335;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQ0=0;MQRankSum=1.698;QD=21.14;RPA=2,1;RU=TATT;ReadPosRankSum=1.231;SB=-7.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,60:125:99:2682,0,3012 chrII 429267 . A AT 1338.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.047;DP=167;FS=11.017;HaplotypeScore=312.3938;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=0.737;QD=8.02;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.413;SB=-5.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,77:167:99:1378,0,1059 chrII 444706 . GT G 2842.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=56.6086;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.21;RPA=9,8;RU=T;SB=-8.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,124:128:99:2885,371,0 chrII 452274 . G GA 3191.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.539;DP=171;FS=9.194;HaplotypeScore=408.6106;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=0.932;QD=18.67;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.879;SB=-1.444e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,142:171:99:3234,350,0 chrII 452394 . G GAAGA 6933 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=740.0119;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.93;MQ0=0;QD=54.59;RPA=1,2;RU=AAGA;SB=-2.201e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,114:127:99:6933,358,0 chrII 452435 . CTT C,CT 842.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.767;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=866.9996;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.13;MQ0=0;MQRankSum=1.015;QD=7.46;RPA=16,14,15;RU=T;ReadPosRankSum=-1.411;SB=-3.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:65,21,0:113:99:921,282,541,417,0,330 chrII 452575 . ATAAG A 8946 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;FS=0.000;HaplotypeScore=57.0019;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.41;MQ0=0;QD=54.88;SB=-2.287e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,149:163:99:8946,451,0 chrII 453451 . A ATTT 5697 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.273;DP=118;FS=4.234;HaplotypeScore=542.0965;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.27;MQ0=0;MQRankSum=0.638;QD=48.28;RPA=1,4;RU=T;ReadPosRankSum=-1.094;SB=-2.163e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,108:118:99:5697,286,0 chrII 453454 . TA T 4277 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.029;DP=139;FS=5.271;HaplotypeScore=760.5738;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=0.728;QD=30.77;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=-0.879;SB=-1.184e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,137:139:99:4277,384,0 chrII 453657 . TG T 4686 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=265.6441;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;QD=31.45;RPA=4,3;RU=G;SB=-2.172e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,146:149:99:4686,442,0 chrII 454635 . A ATT 4152 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=478.4062;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=30.53;RPA=9,11;RU=T;SB=-1.437e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,107:136:99:4152,383,0 chrII 454702 . AT A 1546.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.579;DP=150;FS=2.270;HaplotypeScore=300.9152;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.391;QD=10.31;RPA=7,6;RU=T;ReadPosRankSum=-1.122;SB=-6.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,79:150:99:1586,0,1104 chrII 455247 . ACAACAGCAGCTGCAACAAGGTGTAATGCCACAG A 5240 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=253.1462;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.89;MQ0=0;QD=45.17;SB=-2.412e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,73:116:99:5240,221,0 chrII 455659 . G GCACAACCACATC 9654 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=37.2479;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.09;MQ0=0;QD=86.20;SB=-4.568e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,77:112:99:9654,250,0 chrII 456732 . A AT 1526 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.963;DP=124;FS=2.833;HaplotypeScore=1407.7129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.37;MQ0=0;MQRankSum=1.091;QD=12.31;ReadPosRankSum=5.912;SB=-6.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,87:124:19:1565,0,19 chrII 456733 . C CGCAAT 5623 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-4.165;DP=123;FS=14.455;HaplotypeScore=1009.4279;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.266;QD=45.72;ReadPosRankSum=4.904;SB=-2.630e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,87:123:99:5623,156,0 chrII 460243 . CT C 3762 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.044;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=2636.2474;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.34;MQ0=0;MQRankSum=0.237;QD=25.42;RPA=6,5;RU=T;ReadPosRankSum=1.163;SB=-9.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,142:147:99:3762,419,0 chrII 460259 . T TATTTGTTGGTTCTAA 22542 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=1035.7746;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.16;MQ0=0;QD=156.54;SB=-5.108e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,116:143:99:22542,421,0 chrII 460271 . T TC 5115 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=2410.2335;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.52;MQ0=0;QD=36.54;SB=-9.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,140:139:99:5115,418,0 chrII 460752 . G GA 3088.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=307.9727;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.12;MQ0=0;QD=28.87;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.261e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,100:107:99:3131,301,0 chrII 460889 . G GT 2828.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=289.8289;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.89;MQ0=0;QD=23.57;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.176e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,110:120:99:2871,330,0 chrII 464235 . TGCTTGA T 2090.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.184;DP=169;FS=13.477;HaplotypeScore=1149.0017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.22;MQ0=2;MQRankSum=3.854;QD=12.37;ReadPosRankSum=0.055;SB=-9.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:100,69:165:99:2130,0,2451 chrII 466942 . G GA 3105.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=440.8625;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;QD=25.46;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.353e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,121:122:99:3148,366,0 chrII 467073 . CT C 3069.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.465;DP=162;FS=2.589;HaplotypeScore=136.9432;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.188;QD=18.95;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.465;SB=-1.071e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,140:162:99:3112,360,0 chrII 474212 . A ATGCCT 2572.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.745;DP=89;FS=17.151;HaplotypeScore=209.3953;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.347;QD=28.91;RPA=1,2;RU=TGCCT;ReadPosRankSum=-0.127;SB=-1.148e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,31:89:99:2612,0,2690 chrII 474313 . CAT C 1488.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.516;DP=141;FS=0.736;HaplotypeScore=487.1866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQ0=0;MQRankSum=1.673;QD=10.56;RPA=6,5;RU=AT;ReadPosRankSum=-0.427;SB=-7.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,55:141:99:1528,0,1418 chrII 477015 . G GT 2444.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=563.9928;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.19;MQ0=0;QD=18.66;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.155e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:55,74:131:99:2487,360,0 chrII 477019 . T TA 1950.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-4.936;DP=129;FS=2.094;HaplotypeScore=625.3220;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.71;MQ0=0;MQRankSum=1.309;QD=15.12;ReadPosRankSum=4.208;SB=-9.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:79,49:129:98:1993,98,0 chrII 477089 . GTATATATATA G 4594 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=174.2360;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.37;MQ0=0;QD=58.90;RPA=10,5;RU=TA;SB=-1.471e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,38:78:99:4594,120,0 chrII 477374 . GA G 860.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.138;DP=134;FS=10.663;HaplotypeScore=396.8364;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.91;MQ0=0;MQRankSum=3.065;QD=6.43;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.084;SB=-1.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,50:134:99:900,0,1203 chrII 477508 . A AT 887.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.121;DP=114;FS=9.835;HaplotypeScore=109.0347;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.42;MQ0=0;MQRankSum=0.397;QD=7.79;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.132;SB=-4.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,41:114:99:927,0,738 chrII 477609 . GT G 1120.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.608;DP=114;FS=3.542;HaplotypeScore=105.1168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.603;QD=9.83;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.554;SB=-5.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,64:114:99:1160,0,786 chrII 479153 . AG A 2375.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=259.8391;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.08;MQ0=0;QD=25.28;RPA=7,6;RU=G;SB=-1.095e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,83:94:99:2418,255,0 chrII 479216 . AG A 1991.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=544.0980;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.00;MQ0=0;QD=21.19;RPA=3,2;RU=G;SB=-8.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,85:94:99:2034,254,0 chrII 486949 . C CTCATATTCATATTCATAT 9107 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=188.4290;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.63;MQ0=0;QD=85.11;RPA=3,6;RU=TCATAT;SB=-3.865e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:52,54:107:99:9107,163,0 chrII 488455 . GA G 4106 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=36.4222;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.17;MQ0=0;QD=35.40;SB=-1.832e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:116:99:4106,346,0 chrII 491090 . C CT 2456.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.366;DP=167;FS=3.281;HaplotypeScore=112.8121;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.98;MQ0=0;MQRankSum=0.433;QD=14.71;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.464;SB=-9.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,131:166:47:2499,47,0 chrII 499335 . GGA G 6465 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=170.0433;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.57;MQ0=0;QD=44.28;SB=-2.308e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,146:146:99:6465,439,0 chrII 499600 . ATAAATTTGGAGGCAGTCAATG A 11398 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=14.3640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.37;MQ0=0;QD=167.62;SB=-3.824e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,53:67:99:11398,157,0 chrII 504313 . TA T 3492 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=226.6867;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=1;QD=26.45;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.344e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,127:131:99:3492,387,0 chrII 504355 . CCA C 3093.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=309.9385;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.86;MQ0=1;QD=22.92;RPA=10,9;RU=CA;SB=-1.267e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:48,84:134:99:3136,274,0 chrII 505412 . C CAA,CAAA 3038.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=933.3120;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.53;MQ0=0;QD=21.55;RPA=14,16,17;RU=A;SB=-7.709e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:30,97,6:141:67:3117,406,67,1212,0,927 chrII 526700 . AG A 2899.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=492.0033;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.85;MQ0=0;QD=32.58;RPA=3,2;RU=G;SB=-1.273e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,87:89:99:2942,262,0 chrII 526831 . GA GAA,G 1750.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.803;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=87.4201;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.59;MQ0=0;MQRankSum=1.799;QD=14.71;RPA=12,13,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.618;SB=-8.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:22,2,57:119:99:1829,1082,1408,921,0,1248 chrII 528729 . GTGAGGATGTGGA G 4984 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.362;DP=137;FS=1.886;HaplotypeScore=198.4918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.34;MQ0=0;MQRankSum=-3.263;QD=36.38;RPA=2,1;RU=TGAGGATGTGGA;ReadPosRankSum=1.503;SB=-1.119e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,43:137:99:4984,0,5617 chrII 530863 . A AT 2768.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=36.8241;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.42;MQ0=0;QD=22.88;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.403e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,96:121:99:2811,288,0 chrII 532340 . G GA 1151.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.321;DP=128;FS=5.575;HaplotypeScore=108.4314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.393;QD=9.00;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=-0.027;SB=-3.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,56:128:99:1191,0,1241 chrII 532411 . GA G 3080.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=392.0679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;QD=25.05;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.127e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,114:123:99:3123,342,0 chrII 532710 . C CT 1102.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.271;DP=123;FS=2.640;HaplotypeScore=623.8150;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.415;QD=8.97;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=-1.075;SB=-2.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,54:123:99:1142,0,1479 chrII 533149 . G GA 2147.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.069;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=646.6640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.94;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=27.90;ReadPosRankSum=1.455;SB=-7.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:77:99:2190,221,0 chrII 533610 . C CCAGA 2083.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.912;DP=113;FS=5.296;HaplotypeScore=392.7759;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.67;MQ0=0;MQRankSum=0.592;QD=18.44;ReadPosRankSum=1.642;SB=-7.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,42:113:99:2123,0,3369 chrII 533611 . T TTA 1252.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.671;DP=113;FS=6.848;HaplotypeScore=474.9152;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.67;MQ0=0;MQRankSum=0.344;QD=11.09;ReadPosRankSum=1.919;SB=-4.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,42:113:99:1292,0,2683 chrII 535220 . TAA T 2235.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.915;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=266.3049;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.912;QD=19.28;RPA=4,2;RU=A;ReadPosRankSum=-0.670;SB=-7.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,60:116:99:2275,0,1787 chrII 539665 . TA T 1456.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.317;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=330.1818;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=2.153;QD=9.71;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=-0.648;SB=-7.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,58:150:99:1496,0,1889 chrII 539767 . T TA 2401.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=372.4377;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.31;MQ0=0;QD=25.02;RPA=5,6;RU=A;SB=-8.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,91:96:99:2444,273,0 chrII 541028 . G GACTTTATTTTC 3376 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.991;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=420.5852;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.19;MQ0=0;MQRankSum=-6.543;QD=40.19;RPA=1,2;RU=ACTTTATTTTC;ReadPosRankSum=-2.040;SB=-1.390e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,27:84:99:3376,0,4377 chrII 541062 . A ATCT 4164 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=756.8883;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.33;MQ0=0;QD=44.30;RPA=1,2;RU=TCT;SB=-1.907e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,84:94:99:4164,253,0 chrII 541068 . TC T 1137.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.937;DP=86;FS=4.177;HaplotypeScore=997.1681;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.48;MQ0=0;MQRankSum=-6.775;QD=13.23;ReadPosRankSum=0.282;SB=-5.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,40:86:99:1177,0,1322 chrII 541551 . ACTGTTACTGTAGTTATTG A 2339.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.157;DP=55;FS=62.366;HaplotypeScore=828.3490;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.22;MQ0=0;MQRankSum=-2.910;QD=42.54;ReadPosRankSum=0.833;SB=-7.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,14:55:99:2379,0,4200 chrII 541607 . T TA 315.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.316;DP=44;FS=2.498;HaplotypeScore=463.0201;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.41;MQ0=0;MQRankSum=1.151;QD=7.18;ReadPosRankSum=0.587;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:44:63:355,0,63 chrII 541608 . T TTA 592.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.616;DP=45;FS=4.524;HaplotypeScore=437.4148;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.73;MQ0=0;MQRankSum=2.449;QD=13.18;ReadPosRankSum=-1.283;SB=-3.017e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:45:60:632,0,60 chrII 546130 . CT C 4648 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=951.7609;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.14;MQ0=0;QD=32.96;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.316e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,140:141:99:4648,421,0 chrII 549616 . TG T 2099.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.956;DP=155;FS=5.678;HaplotypeScore=212.2222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=0.967;QD=13.55;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=-0.131;SB=-5.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,73:155:99:2139,0,1878 chrII 553512 . G GA 910.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.282;DP=130;FS=7.408;HaplotypeScore=165.6921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQ0=0;MQRankSum=0.403;QD=7.01;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.658;SB=-3.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,55:130:99:950,0,808 chrII 554707 . C CA 891.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.677;DP=124;FS=9.594;HaplotypeScore=73.6501;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.072;QD=7.19;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.094;SB=-3.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,52:124:99:931,0,680 chrII 555320 . C CT 687.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.247;DP=72;FS=0.935;HaplotypeScore=234.7277;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.443;QD=9.56;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=1.306;SB=-3.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,33:72:99:727,0,611 chrII 555345 . C CT 2073.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=179.6357;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.17;MQ0=0;QD=33.45;RPA=1,2;RU=T;SB=-8.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,61:62:99:2116,183,0 chrII 555566 . CT C 4181 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=911.9689;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.70;MQ0=0;QD=34.27;SB=-1.230e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,107:122:99:4181,331,0 chrII 555666 . T TC 5048 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;FS=0.000;HaplotypeScore=590.8163;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;QD=30.97;RPA=1,2;RU=C;SB=-1.621e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,152:163:99:5048,457,0 chrII 556210 . GAT G 3064.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=138;FS=4.150;HaplotypeScore=351.0680;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=1.694;QD=22.21;RPA=7,6;RU=AT;ReadPosRankSum=0.628;SB=-1.147e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,88:138:99:3107,262,0 chrII 558567 . T TC 4128 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=615.8429;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.83;MQ0=0;QD=36.21;SB=-1.681e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:114:99:4128,343,0 chrII 559930 . CA CAA,C 669.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=211.1338;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.05;MQ0=0;QD=9.18;RPA=11,12,10;RU=A;SB=-2.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:42,0,11:73:99:748,333,363,512,0,716 chrII 560006 . G GA 566.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.604;DP=66;FS=11.543;HaplotypeScore=157.1156;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.141;QD=8.59;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=0.835;SB=-2.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,31:66:99:606,0,662 chrII 563010 . G GA 1993.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=358.6216;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.45;MQ0=0;QD=18.29;RPA=2,3;RU=A;SB=-2.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:59,50:109:99:2036,247,0 chrII 563134 . G GA 939.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.458;DP=121;FS=5.714;HaplotypeScore=392.5989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=0.616;QD=7.77;ReadPosRankSum=0.725;SB=-4.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,54:121:99:979,0,2076 chrII 571328 . CA C 375.89 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.043;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=79.2007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.61;MQ0=0;MQRankSum=0.970;QD=4.53;RPA=18,17;RU=A;ReadPosRankSum=3.275;SB=-1.404e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,20:83:1:413,0,1 chrII 572201 . CA C 1515.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.724;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=101.8936;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQ0=0;MQRankSum=1.225;QD=12.53;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=-1.374;SB=-7.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,59:121:99:1555,0,1537 chrII 576030 . TAAAA T,TAAA 2368.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.888;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=263.4866;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.413;QD=20.60;RPA=16,12,15;RU=A;ReadPosRankSum=1.438;SB=-4.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:36,45,0:115:99:2447,603,1780,1613,0,1461 chrII 579031 . TA T 1046.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.627;DP=111;FS=0.755;HaplotypeScore=274.0350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.445;QD=9.43;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=-0.281;SB=-5.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,52:111:99:1086,0,984 chrII 581528 . C CA 1761.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.748;DP=160;FS=1.247;HaplotypeScore=386.1045;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.362;QD=11.01;RPA=3,4;RU=A;ReadPosRankSum=-0.716;SB=-8.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,74:160:99:1801,0,1872 chrII 581553 . G GA 1560.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.518;DP=168;FS=1.988;HaplotypeScore=321.2389;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQ0=0;MQRankSum=2.541;QD=9.29;RPA=5,6;RU=A;ReadPosRankSum=-0.462;SB=-6.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,69:168:99:1600,0,1477 chrII 583485 . AT ATT,A 2595.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=359.4171;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.34;MQ0=0;QD=16.33;RPA=11,12,10;RU=T;SB=-9.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:26,1,46:159:99:2674,1143,1271,1886,0,2384 chrII 583527 . GTAAGATATCCTAAAAAACTAC G 5057 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.438;DP=86;FS=15.984;HaplotypeScore=258.0158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.41;MQ0=0;MQRankSum=-7.080;QD=58.80;ReadPosRankSum=1.546;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,23:86:99:5057,0,11360 chrII 586331 . TA T 796.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.859;DP=115;FS=1.667;HaplotypeScore=136.1300;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.403;QD=6.93;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.321;SB=-3.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,53:115:99:836,0,642 chrII 586459 . G GA 989.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.771;DP=128;FS=1.469;HaplotypeScore=189.3049;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.848;QD=7.73;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.704;SB=-4.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,58:128:99:1029,0,1006 chrII 589544 . AT ATTTT,A 2783.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=365.6045;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.97;MQ0=0;QD=24.64;RPA=11,14,10;RU=T;SB=-1.184e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:25,2,48:113:99:2862,1128,2316,2021,0,2281 chrII 591557 . CAAGAAAT C 3728 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.102;DP=107;FS=7.831;HaplotypeScore=69.4184;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=1.265;QD=34.84;ReadPosRankSum=-0.053;SB=-1.184e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,47:107:99:3728,0,5160 chrII 592749 . AT A 1706.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.489;DP=135;FS=2.257;HaplotypeScore=380.1658;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=1.793;QD=12.64;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=-0.620;SB=-7.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,63:135:99:1746,0,1884 chrII 593045 . G GA 1093.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.603;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=420.7259;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQ0=0;MQRankSum=0.142;QD=8.04;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.652;SB=-5.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,60:136:99:1133,0,1070 chrII 595459 . CCTTCGG C 5982 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.009;DP=151;FS=2.076;HaplotypeScore=714.7618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.67;MQ0=0;MQRankSum=3.330;QD=39.62;ReadPosRankSum=1.102;SB=-2.513e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,65:151:99:5982,0,5867 chrII 595518 . T TA 4104 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=984.1985;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.32;MQ0=0;QD=34.49;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.011e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,114:119:99:4104,352,0 chrII 595632 . G GA 913.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.034;DP=115;FS=0.789;HaplotypeScore=45.9318;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.884;QD=7.95;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.086;SB=-3.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,48:115:99:953,0,737 chrII 597167 . T TA 1191.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.771;DP=134;FS=2.315;HaplotypeScore=383.5666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.264;QD=8.90;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=0.435;SB=-5.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,61:134:99:1231,0,1572 chrII 603601 . CT C 1040.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.019;DP=138;FS=1.376;HaplotypeScore=211.4630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.643;QD=7.54;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.439;SB=-4.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,65:138:99:1080,0,1183 chrII 605943 . AC A 2076.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.240;DP=136;FS=0.683;HaplotypeScore=520.6581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.506;QD=15.27;RPA=3,2;RU=C;ReadPosRankSum=0.744;SB=-7.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,76:136:99:2116,0,1382 chrII 607642 . GGA G 1731.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.983;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=290.8003;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.400;QD=14.55;RPA=2,1;RU=GA;ReadPosRankSum=-0.645;SB=-8.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,50:119:99:1771,0,2591 chrII 614429 . GTT G 3102.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.721;DP=156;FS=3.769;HaplotypeScore=444.2691;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=-2.089;QD=19.89;RPA=4,2;RU=T;ReadPosRankSum=-0.912;SB=-1.336e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,84:156:99:3142,0,2450 chrII 615984 . GA G 984.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.469;DP=121;FS=8.525;HaplotypeScore=153.3953;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.13;MQ0=0;MQRankSum=1.963;QD=8.14;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.139;SB=-1.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,60:121:99:1024,0,958 chrII 618749 . C CTCTA 2641.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.920;DP=161;FS=4.933;HaplotypeScore=926.2822;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.925;QD=16.41;RPA=1,2;RU=TCTA;ReadPosRankSum=2.240;SB=-8.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:111,49:161:99:2681,0,4807 chrII 618809 . T TA 5499 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=1020.9309;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.13;MQ0=0;QD=35.48;RPA=1,2;RU=A;SB=-2.097e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,150:155:99:5499,466,0 chrII 620518 . G GA 1346.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.741;DP=105;FS=2.621;HaplotypeScore=595.6341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQ0=0;MQRankSum=0.647;QD=12.83;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.345;SB=-6.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,48:105:99:1386,0,1596 chrII 623274 . G GTTT 1864.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.105;DP=123;FS=1.528;HaplotypeScore=363.8468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.812;QD=15.16;RPA=5,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.836;SB=-8.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,47:123:99:1904,0,2469 chrII 628361 . C CT 922.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.893;DP=102;FS=4.213;HaplotypeScore=148.0457;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.52;MQ0=0;MQRankSum=0.884;QD=9.05;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-1.412;SB=-3.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,50:102:99:962,0,803 chrII 628558 . GTT G 3177.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=65.5044;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;QD=23.72;RPA=13,11;RU=T;SB=-1.132e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,104:133:99:3220,267,0 chrII 628886 . C CA 1144.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.920;DP=102;FS=0.997;HaplotypeScore=498.5181;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.385;QD=11.23;RPA=5,6;RU=A;ReadPosRankSum=0.698;SB=-1.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,52:102:99:1184,0,848 chrII 628897 . G GCATA,GTATA 4049 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=283.1707;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.78;MQ0=0;QD=35.83;SB=-7.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:46,29,29:113:99:4049,710,822,1196,0,1022 chrII 642993 . CAA C,CA 2094.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.308;DP=132;FS=8.633;HaplotypeScore=453.0279;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.61;MQ0=0;MQRankSum=1.540;QD=15.87;RPA=11,9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.442;SB=-7.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:44,48,0:131:99:2173,779,763,1041,0,831 chrII 643150 . TAA T 2186.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.368;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=749.4795;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.260;QD=15.85;ReadPosRankSum=1.110;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,60:138:99:2226,0,2957 chrII 643272 . T TC 2409.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=54.3561;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.99;MQ0=0;QD=28.69;RPA=2,3;RU=C;SB=-1.184e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,76:84:99:2452,229,0 chrII 644106 . TAGCGTTTTGCTACTAACAA T 10220 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=124.1496;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.04;MQ0=0;QD=136.27;SB=-3.453e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,73:75:99:10220,220,0 chrII 645989 . AG A 1391.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.443;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=33.7380;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=1;MQRankSum=0.710;QD=13.51;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=-0.886;SB=-3.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,49:102:99:1431,0,1356 chrII 647590 . AT A 2203.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.380;DP=117;FS=2.585;HaplotypeScore=62.2468;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.54;MQ0=0;MQRankSum=0.417;QD=18.84;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.620;SB=-7.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,104:117:99:2246,256,0 chrII 649337 . TCAGCAG T 6230 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=43.5964;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.33;MQ0=0;QD=59.33;RPA=9,7;RU=CAG;SB=-2.612e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,84:105:99:6230,259,0 chrII 650247 . GACAC G 6507 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=62.0469;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=65.12;MQ0=0;QD=46.81;RPA=7,5;RU=AC;SB=-1.362e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,128:139:99:6507,394,0 chrII 653039 . C CAA 3046.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=251.7932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;QD=28.48;RPA=11,13;RU=A;SB=-1.497e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,91:107:99:3089,288,0 chrII 653233 . AT A 3962 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=494.6580;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.06;MQ0=0;QD=30.48;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.290e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,130:130:99:3962,391,0 chrII 655555 . G GAA 3368 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=132.7583;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.83;MQ0=0;QD=37.84;RPA=3,5;RU=A;SB=-1.653e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,87:89:99:3368,262,0 chrII 656872 . A AG 1343.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.402;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=73.2145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.158;QD=9.88;RPA=5,6;RU=G;ReadPosRankSum=0.049;SB=-4.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,61:136:99:1383,0,1590 chrII 662564 . T TA 3152.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.322;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=258.8726;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.979;QD=20.08;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=2.000;SB=-1.469e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,127:157:99:3195,341,0 chrII 662601 . GA G 2933.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=288.1572;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;QD=20.66;RPA=10,9;RU=A;SB=-7.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,124:142:99:2976,394,0 chrII 675258 . TG T 4476 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=652.3115;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.00;MQ0=0;QD=37.93;SB=-1.992e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:118:99:4476,355,0 chrII 676249 . CT C 658.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.393;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=137.2485;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=0.012;QD=6.66;RPA=8,7;RU=T;ReadPosRankSum=-0.592;SB=-2.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,41:99:99:698,0,1024 chrII 679522 . G GA 3428 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=254.8027;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.07;MQ0=0;QD=29.05;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.196e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:118:99:3428,352,0 chrII 680339 . TAA T,TA 3601 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.483;DP=168;FS=0.000;HaplotypeScore=333.5554;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.691;QD=21.43;RPA=13,11,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.894;SB=-1.286e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:19,88,0:168:99:3601,1162,1062,1847,0,1462 chrII 681870 . T TA 1306.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.286;DP=183;FS=1.933;HaplotypeScore=89.1225;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=2.441;QD=7.14;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.658;SB=-5.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,80:181:99:1346,0,1420 chrII 681991 . C CAA,CA 2765.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.429;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=225.5633;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.114;QD=17.96;RPA=13,15,14;RU=A;ReadPosRankSum=-1.684;SB=-1.046e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:76,24,50:154:99:2844,985,940,943,0,715 chrII 682041 . GT G 1007.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.883;DP=129;FS=5.112;HaplotypeScore=261.9377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.428;QD=7.81;RPA=8,7;RU=T;ReadPosRankSum=0.843;SB=-2.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,57:129:99:1047,0,1251 chrII 684840 . A AT 1684.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.767;DP=124;FS=14.748;HaplotypeScore=332.2241;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.34;MQ0=1;MQRankSum=1.062;QD=13.59;RPA=14,15;RU=T;ReadPosRankSum=-0.956;SB=-8.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,89:123:99:1727,120,0 chrII 685360 . GA G 3352 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=137.8045;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=1.682;QD=24.29;RPA=7,6;RU=A;ReadPosRankSum=1.479;SB=-1.460e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,136:138:99:3352,396,0 chrII 686696 . C CT 2810.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=282.8482;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.38;MQ0=0;QD=23.62;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.343e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,108:119:99:2853,324,0 chrII 694611 . T TA 1583.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.413;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=127.9545;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.87;MQ0=0;MQRankSum=1.663;QD=17.41;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=0.213;SB=-6.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,73:91:99:1626,191,0 chrII 694777 . T TA 1595.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.643;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=61.5573;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.93;MQ0=0;MQRankSum=0.495;QD=22.48;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.495;SB=-4.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,69:71:99:1638,187,0 chrII 694941 . G GAAATAACGATAA 4663 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.622;DP=88;FS=7.032;HaplotypeScore=24.5576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.27;MQ0=0;MQRankSum=-5.431;QD=52.99;RPA=1,2;RU=AAATAACGATAA;ReadPosRankSum=0.726;SB=-1.864e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,38:88:99:4663,0,5372 chrII 698052 . CA C 1780.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=211.0134;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.06;MQ0=1;QD=22.83;RPA=7,6;RU=A;SB=-3.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,59:77:99:1823,227,0 chrII 698074 . AG A 1546.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.098;DP=151;FS=287.089;HaplotypeScore=600.1736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQ0=1;MQRankSum=0.745;QD=10.24;ReadPosRankSum=-1.234;SB=-3.011e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,67:150:99:1586,0,432 chrII 698343 . GA G 2956.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.394;DP=140;FS=7.404;HaplotypeScore=46.8527;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.08;MQ0=0;MQRankSum=2.394;QD=21.12;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=1.008;SB=-1.238e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,132:140:99:2999,362,0 chrII 707509 . CA C 2816.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=213.9236;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.88;MQ0=0;QD=26.83;RPA=5,4;RU=A;SB=-7.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:2859,315,0 chrII 712783 . ACTAATATATAGG A 1940.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=90.5965;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.30;MQ0=1;QD=14.48;RPA=4,3;RU=CTAATATATAGG;SB=-9.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:99,34:133:99:1983,99,0 chrII 720641 . C CT 1987.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.352;DP=122;FS=8.380;HaplotypeScore=74.7311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.26;MQ0=0;MQRankSum=0.414;QD=16.29;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.025;SB=-9.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,100:122:99:2030,153,0 chrII 722349 . GT G 3493 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=44.3845;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=28.63;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.147e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,117:122:99:3493,352,0 chrII 728454 . G GA 3470 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=278.2588;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.18;MQ0=0;QD=25.14;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.435e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,133:138:99:3470,399,0 chrII 732523 . AT A 2410.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.243;DP=124;FS=3.087;HaplotypeScore=334.0644;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.213;QD=19.44;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.307;SB=-1.170e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,111:124:99:2453,316,0 chrII 744718 . GT G 3315 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;FS=0.000;HaplotypeScore=112.1882;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=20.21;RPA=11,10;RU=T;SB=-1.348e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,148:164:99:3315,452,0 chrII 746362 . CATCTGCA C 10275 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=82.3477;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=1;QD=74.46;RPA=2,1;RU=ATCTGCA;SB=-4.811e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,124:135:99:10275,364,0 chrII 747841 . GT G 3291 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=32.7845;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.11;MQ0=0;QD=33.93;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.265e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:97:99:3291,280,0 chrII 751216 . CA C 1509.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.483;DP=109;FS=1.658;HaplotypeScore=70.8706;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=0.115;QD=13.85;RPA=15,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.086;SB=-7.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,77:109:99:1552,130,0 chrII 757162 . AAT A 2076.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=40.6925;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;QD=21.41;RPA=8,7;RU=AT;SB=-7.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,59:97:99:2119,183,0 chrII 768017 . CG C 3715 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=355.6583;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=34.08;RPA=3,2;RU=G;SB=-1.053e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,102:109:99:3715,328,0 chrII 768073 . A AT 3610 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=321.5617;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=27.77;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.551e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,126:130:99:3610,390,0 chrII 768183 . TA T 2134.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=830.7944;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.01;MQ0=0;QD=22.01;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.037e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,87:97:99:2177,261,0 chrII 773703 . C CAA 3099.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.538;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=53.6210;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.085;QD=27.19;RPA=10,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.085;SB=-1.431e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,94:114:99:3142,277,0 chrII 774669 . CAAA C 2924.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.688;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=83.4011;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=0.987;QD=30.79;RPA=16,13;RU=A;ReadPosRankSum=1.162;SB=-1.365e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,71:95:99:2967,217,0 chrII 777906 . A AT 1124.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.663;DP=114;FS=4.842;HaplotypeScore=125.8819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.030;QD=9.87;RPA=15,16;RU=T;ReadPosRankSum=0.079;SB=-3.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,68:114:33:1164,0,33 chrII 780362 . G GCAA 4008 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.074;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=107.8594;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=64.58;MQ0=0;MQRankSum=0.848;QD=34.85;RPA=6,7;RU=CAA;ReadPosRankSum=-1.364;SB=-1.815e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,92:115:99:4008,238,0 chrII 785659 . G GA 3393 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=37.2094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.44;MQ0=0;QD=30.57;RPA=2,3;RU=A;SB=-9.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,108:111:99:3393,325,0 chrII 795827 . TGATCCTGACGTTCGAAAAGCCCTTGAACAAG T 11362 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=95.8780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.64;MQ0=0;QD=90.17;SB=-4.950e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,91:126:99:11362,276,0 chrII 802300 . TAA T,TA 6012 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=228;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1252.9050;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.88;MQ0=0;QD=26.37;RPA=10,8,9;RU=A;SB=-2.588e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:7,158,0:228:99:6012,1290,882,3618,0,3019 chrII 808334 . C CA 5663 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.000;DP=245;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=149.0847;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.299;QD=23.11;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.628;SB=-2.691e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,233:244:99:5663,672,0 chrII 808739 . A AT 1587.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=11.513;DP=226;DS;FS=9.541;HaplotypeScore=262.2515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.87;MQ0=0;MQRankSum=3.357;QD=7.03;ReadPosRankSum=-0.281;SB=-7.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:161,64:225:99:1627,0,4270 chrII 809468 . G GAA,GGA 5326 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.703;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1443.3904;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=48.74;MQ0=1;MQRankSum=-0.731;QD=21.30;ReadPosRankSum=1.229;SB=-2.145e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:60,106,53:233:99:5326,1207,839,2350,0,2765 chrIII 231 . AC A 115.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.320;DP=82;FS=4.908;HaplotypeScore=632.6764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.89;MQ0=4;MQRankSum=0.534;QD=1.41;RPA=4,3;RU=C;ReadPosRankSum=-0.462;SB=-3.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,8:60:99:155,0,294 chrIII 272 . A AC 223.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.021;DP=70;FS=2.745;HaplotypeScore=486.3459;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.45;MQ0=7;MQRankSum=-0.446;QD=3.20;RPA=1,2;RU=C;ReadPosRankSum=-0.916;SB=-9.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,12:51:99:263,0,527 chrIII 349 . CA C 294.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.175;DP=62;FS=19.146;HaplotypeScore=698.9931;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.30;MQ0=3;MQRankSum=-0.564;QD=4.76;ReadPosRankSum=0.963;SB=-6.500e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,11:48:99:334,0,457 chrIII 361 . C CA 190.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.529;DP=44;FS=3.524;HaplotypeScore=669.9535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.39;MQ0=2;MQRankSum=-0.487;QD=4.34;ReadPosRankSum=1.461;SB=-4.500e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,9:35:99:230,0,155 chrIII 363 . CTA C 624.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.014;DP=38;FS=6.800;HaplotypeScore=582.4811;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.24;MQ0=2;MQRankSum=1.061;QD=16.45;ReadPosRankSum=1.391;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,5:30:99:664,0,234 chrIII 369 . CT C 382.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.540;DP=33;FS=5.521;HaplotypeScore=580.3405;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.77;MQ0=1;MQRankSum=-0.489;QD=11.61;ReadPosRankSum=1.826;SB=-3.400e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,11:27:56:422,0,56 chrIII 757 . A AC 587.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.256;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=583.8759;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.69;MQ0=0;MQRankSum=-6.053;QD=7.74;ReadPosRankSum=1.292;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,27:70:99:627,0,1512 chrIII 6262 . C CT 199.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=43.1835;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.80;MQ0=0;QD=20.00;RPA=3,4;RU=T;SB=-6.290e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:8:24:242,24,0 chrIII 8575 . CAAA C 321.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=174.6449;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.90;MQ0=3;QD=12.88;RPA=20,17;RU=A;SB=-8.195e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,13:21:27:364,27,0 chrIII 9181 . A ATT 1412.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.615;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=133.6421;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.556;QD=22.08;RPA=15,17;RU=T;ReadPosRankSum=-1.263;SB=-4.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,23:64:99:1455,136,0 chrIII 9217 . C CAT 1793.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=119.5465;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.41;MQ0=1;MQRankSum=1.543;QD=28.03;RPA=4,5;RU=AT;ReadPosRankSum=-0.472;SB=-2.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,51:62:99:1836,129,0 chrIII 18612 . C CT 535.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.529;DP=96;FS=4.472;HaplotypeScore=300.2636;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=1.719;QD=5.58;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.889;SB=-2.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,34:96:99:575,0,696 chrIII 22174 . G GT 1301.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.714;DP=131;FS=1.456;HaplotypeScore=237.6235;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=9.94;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.905;SB=-6.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,65:131:99:1341,0,946 chrIII 22384 . C CTA 1718.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.061;DP=152;FS=0.753;HaplotypeScore=53.3154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=1.037;QD=11.31;RPA=6,7;RU=TA;ReadPosRankSum=0.355;SB=-8.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,46:152:99:1758,0,1115 chrIII 23504 . G GA 1127.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.114;DP=143;FS=0.676;HaplotypeScore=69.7044;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.007;QD=7.89;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.025;SB=-4.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,64:143:99:1167,0,1213 chrIII 23991 . A AT 1171.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.669;DP=123;FS=15.271;HaplotypeScore=56.1032;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.339;QD=9.53;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.196;SB=-3.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,61:123:99:1211,0,732 chrIII 29631 . C CTT 1116.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.182;DP=85;FS=0.896;HaplotypeScore=277.2446;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.07;MQ0=0;MQRankSum=-2.847;QD=13.14;RPA=3,5;RU=T;ReadPosRankSum=2.053;SB=-4.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,37:84:99:1156,0,1189 chrIII 30781 . CT C 993.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.504;DP=130;FS=3.191;HaplotypeScore=63.8512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=-2.308;QD=7.65;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.078;SB=-4.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,62:130:99:1033,0,1176 chrIII 31164 . G GTA 1527.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.261;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=388.0618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.23;MQ0=0;MQRankSum=-2.820;QD=9.73;RPA=3,4;RU=TA;ReadPosRankSum=-0.982;SB=-6.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,54:157:99:1567,0,1788 chrIII 35803 . AT A 2297.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.333;DP=155;FS=2.851;HaplotypeScore=36.4508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQ0=0;MQRankSum=1.875;QD=14.83;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=-1.490;SB=-1.077e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,85:155:99:2337,0,1735 chrIII 39640 . C CG 1099.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.398;DP=139;FS=7.118;HaplotypeScore=130.7169;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=0.536;QD=7.91;RPA=5,6;RU=G;ReadPosRankSum=-0.096;SB=-3.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,51:139:99:1139,0,1723 chrIII 42239 . TGCC T 2989.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.225;DP=126;FS=5.507;HaplotypeScore=34.8564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.874;QD=23.73;ReadPosRankSum=-0.317;SB=-1.172e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,64:126:99:3029,0,2677 chrIII 44541 . GA G 415.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.567;DP=121;FS=1.990;HaplotypeScore=114.0205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQ0=0;MQRankSum=0.439;QD=3.44;RPA=20,19;RU=A;ReadPosRankSum=0.822;SB=-2.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,21:121:99:455,0,316 chrIII 47352 . CTCT C 3031.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.684;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=53.5007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQ0=0;MQRankSum=0.021;QD=19.82;RPA=2,1;RU=TCT;ReadPosRankSum=0.641;SB=-1.048e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,72:153:99:3071,0,3496 chrIII 50320 . AAT A 862.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.205;DP=145;FS=9.452;HaplotypeScore=350.2081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQ0=0;MQRankSum=2.461;QD=5.95;RPA=13,12;RU=AT;ReadPosRankSum=0.912;SB=-1.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:106,34:145:99:902,0,795 chrIII 50551 . AAC A 1386.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.013;DP=139;FS=1.411;HaplotypeScore=443.1425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.730;QD=9.98;ReadPosRankSum=-0.816;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,37:139:99:1426,0,3035 chrIII 52400 . TTA T 1337.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.190;DP=173;FS=1.753;HaplotypeScore=739.3513;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=0.566;QD=7.73;RPA=9,8;RU=TA;ReadPosRankSum=0.832;SB=-2.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:118,42:173:99:1377,0,1796 chrIII 52436 . TATAC T 3108.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.230;DP=154;FS=0.632;HaplotypeScore=514.4529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=-2.453;QD=20.19;RPA=2,1;RU=ATAC;ReadPosRankSum=-1.227;SB=-1.471e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,60:154:99:3148,0,3851 chrIII 54924 . CA C 2323.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.419;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=71.0291;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=1.881;QD=18.44;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.103;SB=-9.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,103:126:99:2366,290,0 chrIII 55695 . GATGCTA G 9381 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=294.6962;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.55;MQ0=0;QD=75.05;SB=-4.562e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,119:125:99:9381,358,0 chrIII 57085 . CAT C 1551.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.522;DP=109;FS=0.825;HaplotypeScore=209.8584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.04;MQ0=0;MQRankSum=4.000;QD=14.24;ReadPosRankSum=-1.687;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,60:109:99:1591,0,1307 chrIII 71752 . CT C 3402 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.573;DP=140;FS=3.691;HaplotypeScore=44.8932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.04;MQ0=0;MQRankSum=0.040;QD=24.30;RPA=6,5;RU=T;ReadPosRankSum=1.335;SB=-1.431e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,130:140:99:3402,367,0 chrIII 76009 . CT C 2923.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.466;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=50.7654;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.89;MQ0=0;MQRankSum=0.906;QD=21.66;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.332;SB=-1.465e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,128:135:99:2966,367,0 chrIII 78480 . CTT C 3150.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;DP=114;FS=6.021;HaplotypeScore=351.1065;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.77;MQ0=2;MQRankSum=0.842;QD=27.64;RPA=10,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.892;SB=-7.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,89:111:99:3193,271,0 chrIII 78524 . C CAAA 5527 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=372.2861;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.17;MQ0=0;QD=38.12;RPA=9,12;RU=A;SB=-2.425e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,104:145:99:5527,396,0 chrIII 82451 . GAAA GA,G 3233.06 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.655;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=44.9724;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.423;QD=34.76;RPA=10,8,7;RU=A;ReadPosRankSum=1.578;SB=-1.294e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:2,0,53:93:99:3313,1306,1041,910,0,674 chrIII 82672 . G GA 616.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.920;DP=74;FS=14.453;HaplotypeScore=735.8288;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.25;MQ0=0;MQRankSum=0.743;QD=8.34;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=1.299;SB=-2.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,23:74:99:656,0,1293 chrIII 82699 . C CTATT 3166.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=1228.0551;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.81;MQ0=0;QD=44.61;SB=-3.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,45:71:99:3209,178,0 chrIII 83031 . T TCC 290.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.161;DP=27;FS=61.310;HaplotypeScore=449.4201;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.11;MQ0=0;MQRankSum=3.780;QD=10.78;ReadPosRankSum=-4.107;SB=-3.009e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,8:27:99:330,0,321 chrIII 83035 . CAAGT C 688.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.734;DP=33;FS=28.968;HaplotypeScore=455.3409;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.73;MQ0=0;MQRankSum=-4.863;QD=20.88;ReadPosRankSum=4.717;SB=-5.000e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,13:33:99:728,0,327 chrIII 84075 . AATAAAAATCAACT A 2361.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.627;DP=32;FS=23.843;HaplotypeScore=738.4393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.31;MQ0=10;MQRankSum=0.615;QD=73.81;ReadPosRankSum=2.627;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,16:20:99:2401,0,400 chrIII 84122 . T TAC 687.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.693;DP=88;FS=26.462;HaplotypeScore=1162.1312;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=14.48;MQ0=62;MQRankSum=0.685;QD=7.82;ReadPosRankSum=-2.237;SB=-3.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,18:23:61:727,0,61 chrIII 84398 . TC T 323.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.850;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=462.2430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=10.44;MQ0=81;MQRankSum=2.850;QD=2.30;ReadPosRankSum=-0.546;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:129,12:16:95:363,0,95 chrIII 84401 . A AG 307.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.850;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=463.7690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=10.40;MQ0=82;MQRankSum=2.850;QD=2.17;ReadPosRankSum=-0.667;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:130,12:16:81:347,0,81 chrIII 84444 . AT A 232.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.733;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=279.6067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=10.18;MQ0=55;MQRankSum=1.733;QD=2.28;ReadPosRankSum=1.271;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,8:10:50:272,0,50 chrIII 84638 . A AT 338.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.670;DP=15;FS=20.560;HaplotypeScore=114.4923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.227;QD=22.60;ReadPosRankSum=1.660;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,11:15:71:378,0,71 chrIII 84641 . TC T 339.98 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.293;DP=16;FS=12.430;HaplotypeScore=120.5983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.85;MQ0=0;MQRankSum=0.425;QD=21.25;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=1.444;SB=-6.101e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,11:16:25:379,0,25 chrIII 91287 . A AATAT 2714.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.173;DP=99;FS=5.156;HaplotypeScore=149.2222;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.09;MQ0=0;MQRankSum=0.671;QD=27.42;RPA=8,10;RU=AT;ReadPosRankSum=1.118;SB=-7.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,58:99:99:2757,124,0 chrIII 92744 . TAA T 2485.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.706;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=263.9910;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.80;MQ0=1;MQRankSum=0.107;QD=26.17;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.877;SB=-1.002e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,80:94:99:2528,240,0 chrIII 94503 . AAT A 3846 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=549.3346;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.69;MQ0=0;QD=34.34;RPA=4,3;RU=AT;SB=-1.716e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,103:112:99:3846,310,0 chrIII 95842 . C CT 1651.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.200;DP=157;FS=2.983;HaplotypeScore=607.8169;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.245;QD=10.52;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=0.432;SB=-7.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,79:157:99:1691,0,1265 chrIII 104471 . C CAA 952.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.630;DP=137;FS=0.697;HaplotypeScore=187.3346;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=1.192;QD=6.96;RPA=4,6;RU=A;ReadPosRankSum=-3.997;SB=-3.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,42:137:99:992,0,2820 chrIII 105664 . T TGTTTTCG 16919 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=176;FS=0.000;HaplotypeScore=59.7228;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=1;QD=96.13;SB=-5.006e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,168:174:99:16919,524,0 chrIII 113429 . T TA 754.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.615;DP=75;FS=3.171;HaplotypeScore=131.8272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.116;QD=10.07;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=-0.348;SB=-3.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,35:75:99:794,0,787 chrIII 113514 . GT G 1249.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.027;DP=94;FS=0.909;HaplotypeScore=185.9104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQ0=0;MQRankSum=1.320;QD=13.30;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=-2.161;SB=-3.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,43:94:99:1289,0,1258 chrIII 114186 . CT C 1319.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.208;DP=95;FS=3.961;HaplotypeScore=342.2730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.203;QD=13.89;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=-0.060;SB=-6.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,47:95:99:1359,0,1296 chrIII 114918 . AT A 1428.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.540;DP=128;FS=1.419;HaplotypeScore=186.1822;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.386;QD=11.16;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=0.265;SB=-6.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,55:128:99:1468,0,1930 chrIII 122907 . T TA 1360.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.586;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=113.9960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQ0=0;MQRankSum=1.738;QD=11.16;RPA=3,4;RU=A;ReadPosRankSum=1.825;SB=-7.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,59:122:99:1400,0,1380 chrIII 123099 . T TTG 1785.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.046;DP=103;FS=2.673;HaplotypeScore=29.6740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.283;QD=17.34;RPA=1,2;RU=TG;ReadPosRankSum=0.387;SB=-8.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,51:103:99:1825,0,1516 chrIII 123478 . C CA 926.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.915;DP=120;FS=1.541;HaplotypeScore=160.3530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.622;QD=7.72;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.840;SB=-4.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,52:120:99:966,0,1008 chrIII 126767 . A AG 2116.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.332;DP=138;FS=6.464;HaplotypeScore=121.8399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.435;QD=15.34;ReadPosRankSum=2.100;SB=-1.025e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,71:138:99:2156,0,2115 chrIII 127172 . T TACCC 3888 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.328;DP=128;FS=3.186;HaplotypeScore=183.7162;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.501;QD=30.38;ReadPosRankSum=-0.109;SB=-1.865e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,65:128:99:3888,0,3306 chrIII 127804 . CTT C 674.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.099;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=89.8514;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.514;QD=7.67;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.983;SB=-1.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,22:88:99:714,0,1105 chrIII 128128 . AT A 791.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.310;DP=112;FS=6.808;HaplotypeScore=147.7682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=2.498;QD=7.07;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.039;SB=-2.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,48:112:99:831,0,685 chrIII 128174 . GTGT G 1108.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.538;DP=96;FS=9.981;HaplotypeScore=234.9820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=0.606;QD=11.55;RPA=6,5;RU=TGT;ReadPosRankSum=3.299;SB=-2.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,26:96:99:1148,0,1117 chrIII 128418 . CA C 1359.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.818;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=692.9731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=1.080;QD=9.85;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.023;SB=-6.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,73:138:99:1399,0,1056 chrIII 128435 . G GATTTT 4270 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.628;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=417.2990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.240;QD=29.86;RPA=2,3;RU=ATTTT;ReadPosRankSum=0.214;SB=-1.805e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,73:143:99:4270,0,3492 chrIII 130489 . TA T 819.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.724;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=297.3266;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.826;QD=7.74;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.164;SB=-3.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,46:106:99:859,0,722 chrIII 130514 . TAAA T 1569.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.611;DP=98;FS=0.784;HaplotypeScore=229.9062;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.465;QD=16.02;RPA=12,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.068;SB=-7.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,43:98:99:1609,0,1726 chrIII 131578 . AT A 1867.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.309;DP=123;FS=24.835;HaplotypeScore=493.5996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.936;QD=15.19;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=0.846;SB=-2.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,68:123:99:1907,0,1253 chrIII 131781 . G GA 1382.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.649;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=38.3004;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.513;QD=10.89;RPA=5,6;RU=A;ReadPosRankSum=1.382;SB=-6.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,65:127:99:1422,0,1234 chrIII 132093 . GAAGT G 2608.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.508;DP=112;FS=4.763;HaplotypeScore=199.0701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQ0=0;MQRankSum=1.011;QD=23.29;ReadPosRankSum=0.039;SB=-1.135e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,50:112:99:2648,0,3450 chrIII 133281 . AG A 2025.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.651;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=47.1328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=1;MQRankSum=-0.386;QD=13.78;RPA=3,2;RU=G;ReadPosRankSum=2.497;SB=-8.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,74:146:99:2065,0,1793 chrIII 142679 . AT A 806.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.753;DP=108;FS=7.945;HaplotypeScore=263.2166;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.951;QD=7.47;ReadPosRankSum=0.686;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,33:108:99:846,0,1671 chrIII 148164 . A AT 1432.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.465;DP=106;FS=1.576;HaplotypeScore=184.2057;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=1.635;QD=13.52;ReadPosRankSum=-1.394;SB=-6.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,48:106:99:1472,0,1840 chrIII 148171 . GAA G 1186.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.471;DP=110;FS=0.725;HaplotypeScore=205.4195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.817;QD=10.79;RPA=10,8;RU=A;ReadPosRankSum=1.022;SB=-5.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,44:110:99:1226,0,1843 chrIII 149509 . C CT 766.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.830;DP=89;FS=14.254;HaplotypeScore=244.9670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=0.505;QD=8.62;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=1.036;SB=-1.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,37:89:99:806,0,1046 chrIII 149895 . G GC 1147.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.495;DP=78;FS=4.621;HaplotypeScore=187.9743;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.078;QD=14.72;ReadPosRankSum=-1.501;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,38:78:99:1187,0,1181 chrIII 151108 . A AG 4275 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=196.8553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.60;MQ0=0;QD=35.92;SB=-1.380e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:119:99:4275,358,0 chrIII 151274 . G GA 995.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.315;DP=92;FS=13.229;HaplotypeScore=31.5215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.26;MQ0=0;MQRankSum=-2.230;QD=10.83;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=-1.064;SB=-5.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,49:92:99:1035,0,813 chrIII 151554 . T TA 882.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.842;DP=64;FS=17.261;HaplotypeScore=359.8219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.31;MQ0=0;MQRankSum=-3.695;QD=13.80;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=3.007;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:63:99:922,0,739 chrIII 153973 . CAT CATAT,C 3081.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.408;DP=132;FS=3.554;HaplotypeScore=202.4163;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.306;QD=23.35;RPA=6,7,5;RU=AT;ReadPosRankSum=1.562;SB=-1.367e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:38,0,60:132:99:3160,1903,2596,1497,0,2045 chrIII 157462 . G GA 1269.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.970;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=283.4903;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.264;QD=8.64;RPA=3,4;RU=A;ReadPosRankSum=0.416;SB=-4.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,58:147:99:1309,0,1902 chrIII 157853 . GC G 1732.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.385;DP=136;FS=4.159;HaplotypeScore=220.1007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=1;MQRankSum=1.207;QD=12.74;ReadPosRankSum=0.656;SB=-8.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,58:135:99:1772,0,2402 chrIII 158451 . C CA 1710.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.061;DP=128;FS=3.616;HaplotypeScore=190.7903;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=1.952;QD=13.37;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=-0.832;SB=-5.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,51:128:99:1750,0,1925 chrIII 158486 . AT A 1076.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.141;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=191.3582;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=1.226;QD=7.98;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.415;SB=-4.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,64:135:99:1116,0,1092 chrIII 162712 . TA T 996.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.632;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=74.3266;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.548;QD=9.41;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.821;SB=-3.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,57:106:99:1036,0,726 chrIII 163395 . GA G 1067.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.230;DP=121;FS=5.913;HaplotypeScore=60.9507;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.818;QD=8.83;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.505;SB=-4.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,64:121:99:1107,0,933 chrIII 165437 . A AGTC 3737 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.808;DP=148;FS=6.098;HaplotypeScore=191.2831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.34;MQ0=1;MQRankSum=-1.056;QD=25.25;ReadPosRankSum=2.303;SB=-1.026e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,73:147:99:3737,0,3874 chrIII 167016 . C CA 1594.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.532;DP=137;FS=3.120;HaplotypeScore=327.8025;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.891;QD=11.64;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=1.664;SB=-7.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,63:137:99:1634,0,2010 chrIII 167039 . C CAG 2209.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.601;DP=129;FS=3.263;HaplotypeScore=302.0996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=0.390;QD=17.13;RPA=1,2;RU=AG;ReadPosRankSum=0.335;SB=-1.069e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,58:129:99:2249,0,2332 chrIII 168615 . T TAA 279.99 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.751;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=256.5845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.751;QD=28.00;ReadPosRankSum=0.751;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,8:9:20:319,0,20 chrIII 168619 . GAGAT G 442.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.751;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=240.2288;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.92;MQ0=0;MQRankSum=0.751;QD=44.30;ReadPosRankSum=0.751;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,8:9:38:482,0,38 chrIII 169637 . A ATGAGG 3622 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.003;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=215.1159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.999;QD=27.23;RPA=1,2;RU=TGAGG;ReadPosRankSum=0.196;SB=-1.779e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,59:133:99:3622,0,4162 chrIII 170234 . GA G 1215.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.245;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=276.2523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=1;MQRankSum=0.266;QD=8.05;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.588;SB=-4.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,70:150:99:1255,0,1371 chrIII 170412 . GA G 742.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.943;DP=118;FS=14.820;HaplotypeScore=189.8759;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQ0=0;MQRankSum=1.030;QD=6.30;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=-1.077;SB=-2.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,47:117:99:782,0,1292 chrIII 172819 . G GT 1647.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.088;DP=146;FS=3.853;HaplotypeScore=39.2519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.016;QD=11.29;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=2.199;SB=-2.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,75:146:99:1687,0,1475 chrIII 173551 . CT C 861.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.842;DP=115;FS=17.410;HaplotypeScore=197.2795;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=0.485;QD=7.50;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=2.029;SB=-3.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,53:115:99:901,0,879 chrIII 177969 . GT G 2228.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.630;DP=106;FS=3.184;HaplotypeScore=42.8228;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.068;QD=21.03;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.475;SB=-1.069e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,99:106:99:2271,291,0 chrIII 178453 . C CAA,CA 2575.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=77.3638;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.14;MQ0=0;QD=24.07;RPA=9,11,10;RU=A;SB=-5.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:8,47,48:107:99:2654,974,770,1228,0,946 chrIII 178885 . G GA 904.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.720;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=39.3607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=1;MQRankSum=-0.700;QD=7.54;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.060;SB=-3.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,52:119:99:944,0,1088 chrIII 190273 . TTATA T 1609.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.935;DP=132;FS=8.489;HaplotypeScore=54.1068;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.84;MQ0=0;MQRankSum=4.897;QD=12.20;RPA=7,5;RU=TA;ReadPosRankSum=-0.610;SB=-3.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,43:132:99:1649,0,1668 chrIII 197460 . G GTAAAAGATTACATCTGA 11305 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=230.3711;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.33;MQ0=0;QD=119.00;SB=-4.886e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,59:95:99:11305,238,0 chrIII 204418 . TCTTCCC T 6730 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=262.5415;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.50;MQ0=0;QD=68.67;SB=-2.144e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:53,45:98:99:6730,283,0 chrIII 204421 . TCCCCTT T 6730 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=258.8257;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.51;MQ0=0;QD=70.10;SB=-2.144e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,0:96:99:6730,283,0 chrIII 204426 . TTCC T 2804.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.776;DP=94;FS=13.687;HaplotypeScore=621.0176;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.52;MQ0=0;MQRankSum=-4.919;QD=29.84;ReadPosRankSum=5.181;SB=-8.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,49:94:66:2847,66,0 chrIII 205530 . A AT 2612.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.828;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=475.2323;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.582;QD=28.40;RPA=3,4;RU=T;ReadPosRankSum=-1.167;SB=-1.106e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,89:92:99:2655,246,0 chrIII 205674 . CTTT CT,C 2371.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.353;DP=83;FS=4.320;HaplotypeScore=357.4124;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.39;MQ0=1;MQRankSum=-1.732;QD=28.58;RPA=12,10,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.590;SB=-8.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:15,0,30:82:99:2450,728,517,956,0,805 chrIII 207966 . T TG 1686.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.066;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=57.9465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.874;QD=10.68;ReadPosRankSum=1.282;SB=-7.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,56:158:99:1726,0,2734 chrIII 208089 . AC A 789.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.662;DP=137;FS=8.243;HaplotypeScore=546.9367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.595;QD=5.77;ReadPosRankSum=-0.222;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,47:137:99:829,0,2609 chrIII 208091 . ATGAC A 2743.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.241;DP=146;FS=5.071;HaplotypeScore=391.0065;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.349;QD=18.79;ReadPosRankSum=-1.290;SB=-1.065e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,47:146:99:2783,0,5006 chrIII 209732 . G GT 1402.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.879;DP=159;FS=11.434;HaplotypeScore=613.9408;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=0.312;QD=8.82;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.743;SB=-1.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,77:159:99:1442,0,1496 chrIII 210472 . ATTC A 1883.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.165;DP=157;FS=5.890;HaplotypeScore=573.4650;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQ0=0;MQRankSum=0.556;QD=12.00;RPA=5,4;RU=TTC;ReadPosRankSum=1.007;SB=-9.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,50:157:99:1923,0,2685 chrIII 210517 . G GA 1666.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.820;DP=169;FS=15.180;HaplotypeScore=396.4497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.377;QD=9.86;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=-0.008;SB=-3.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,78:169:99:1706,0,1976 chrIII 211722 . G GAA,GA 3139.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.336;DP=169;FS=9.070;HaplotypeScore=181.3048;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.704;QD=18.58;RPA=15,17,16;RU=A;ReadPosRankSum=-2.313;SB=-3.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:32,107,20:167:99:3218,360,117,1697,0,1401 chrIII 212106 . ACT A 816.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.392;DP=153;FS=2.345;HaplotypeScore=1042.4590;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.63;MQ0=0;MQRankSum=-7.551;QD=5.34;ReadPosRankSum=6.042;SB=-4.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:112,40:153:99:856,0,3962 chrIII 212109 . GAAGGAGTGGAGTCGAC G 6972 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.637;DP=150;FS=14.551;HaplotypeScore=439.3083;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.42;MQ0=0;MQRankSum=-7.677;QD=46.48;ReadPosRankSum=4.295;SB=-3.171e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:105,40:150:99:6972,0,14234 chrIII 213869 . C CTA 1153.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.064;DP=148;FS=2.506;HaplotypeScore=760.4384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.677;QD=7.80;RPA=5,6;RU=TA;ReadPosRankSum=0.967;SB=-4.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,42:148:99:1193,0,2085 chrIII 216599 . GT G 3175.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=67.6387;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=23.70;RPA=7,6;RU=T;SB=-9.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,127:134:99:3218,381,0 chrIII 220216 . A AT 863.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.405;DP=138;FS=2.785;HaplotypeScore=139.6373;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=1.222;QD=6.26;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.962;SB=-2.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,51:138:99:903,0,992 chrIII 223344 . CTT C 1700.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.817;DP=165;FS=0.791;HaplotypeScore=128.4629;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=1;MQRankSum=-2.142;QD=10.31;RPA=12,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.153;SB=-3.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,62:163:99:1740,0,2180 chrIII 224261 . T TTC 3479 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.046;DP=169;FS=9.244;HaplotypeScore=278.3777;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=0.991;QD=20.59;ReadPosRankSum=-0.359;SB=-7.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,77:168:99:3479,0,2975 chrIII 224310 . A ATG 2258.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.400;DP=158;FS=4.793;HaplotypeScore=277.9087;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=3.087;QD=14.30;ReadPosRankSum=-1.091;SB=-8.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,67:158:99:2298,0,2617 chrIII 224791 . A ATGTGTG 3681 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.061;DP=141;FS=4.120;HaplotypeScore=621.4854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.94;MQ0=0;MQRankSum=0.087;QD=26.11;ReadPosRankSum=1.123;SB=-1.642e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,48:140:99:3681,0,3295 chrIII 225348 . G GT 1357.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.152;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=349.1067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.118;QD=10.61;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=0.562;SB=-5.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,60:128:99:1397,0,1278 chrIII 227483 . CT C 760.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.772;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=146.1145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=1.671;QD=8.18;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.181;SB=-2.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,46:93:99:800,0,695 chrIII 227860 . C CTG 2259.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.729;DP=162;FS=2.137;HaplotypeScore=664.5194;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.40;MQ0=0;MQRankSum=-4.056;QD=13.95;ReadPosRankSum=-1.054;SB=-7.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,73:162:99:2299,0,2916 chrIII 228047 . A AT 1338.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-10.087;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=587.1106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=1.467;QD=9.17;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.701;SB=-5.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,57:146:99:1378,0,205 chrIII 228226 . G GA 1224.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.868;DP=175;FS=5.648;HaplotypeScore=101.8113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=0.909;QD=7.00;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.478;SB=-4.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:104,69:175:99:1264,0,1741 chrIII 228946 . GA G 752.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.333;DP=98;FS=12.548;HaplotypeScore=173.7237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=1.401;QD=7.68;RPA=6,5;RU=A;ReadPosRankSum=0.678;SB=-2.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,39:98:99:792,0,1094 chrIII 228964 . G GTT 1272.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.353;DP=120;FS=6.187;HaplotypeScore=248.7283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.655;QD=10.61;RPA=14,16;RU=T;ReadPosRankSum=-2.517;SB=-4.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,44:120:99:1312,0,1155 chrIII 229272 . CAA C 1495.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.155;DP=116;FS=5.971;HaplotypeScore=114.3398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=1;MQRankSum=1.513;QD=12.90;RPA=14,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.182;SB=-6.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,56:115:99:1535,0,902 chrIII 231005 . CTTTT CTTTTT,C 2200.94 filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.528;DP=141;FS=1.218;HaplotypeScore=224.4062;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.10;MQ0=4;MQRankSum=-1.088;QD=15.61;RPA=19,20,15;RU=T;ReadPosRankSum=-0.259;SB=-1.134e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:98,0,23:134:99:2279,1801,2101,429,0,2552 chrIII 234912 . A AAGAAGAAGAATAAGT 6936 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.880;DP=97;FS=0.873;HaplotypeScore=422.1857;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.66;MQ0=0;MQRankSum=-6.117;QD=71.51;ReadPosRankSum=0.471;SB=-3.142e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,26:97:99:6936,0,1864 chrIII 236778 . G GT 802.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.267;DP=154;FS=0.739;HaplotypeScore=473.0410;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=0.864;QD=5.21;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.669;SB=-2.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,41:154:99:842,0,1001 chrIII 236804 . CTT C,CT 1685.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=257.0438;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.61;MQ0=0;QD=14.92;RPA=12,10,11;RU=T;SB=-8.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:44,31,0:113:99:1764,789,982,760,0,554 chrIII 242447 . ATT A,AT 911.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.074;DP=109;FS=3.136;HaplotypeScore=193.1421;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.767;QD=8.37;RPA=16,14,15;RU=T;ReadPosRankSum=0.965;SB=-2.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:69,17,0:109:99:990,349,446,433,0,338 chrIII 247980 . GTATATATA G,GTATATA 5539 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.653;DP=115;FS=6.842;HaplotypeScore=125.2830;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=1.294;QD=48.17;RPA=11,7,10;RU=TA;ReadPosRankSum=1.095;SB=-8.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:28,54,0:115:99:5539,943,2580,3846,0,3645 chrIII 248847 . G GTT 2375.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.822;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=267.3395;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.117;QD=16.05;RPA=5,7;RU=T;ReadPosRankSum=-1.527;SB=-9.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,81:148:99:2415,0,1662 chrIII 249269 . CA C 1625.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.981;DP=151;FS=12.031;HaplotypeScore=498.2082;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.65;MQ0=0;MQRankSum=-2.455;QD=10.77;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.698;SB=-1.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,63:151:99:1665,0,2211 chrIII 258828 . GT G 5461 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=818.5585;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=38.19;SB=-2.217e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,143:143:99:5461,430,0 chrIII 259458 . GC G 4935 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=391.8337;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.91;MQ0=0;QD=35.76;SB=-2.192e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,134:138:99:4935,403,0 chrIII 260025 . GTA G 3307 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.326;DP=166;FS=0.000;HaplotypeScore=467.1353;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.57;MQ0=0;MQRankSum=0.109;QD=19.92;RPA=10,9;RU=TA;ReadPosRankSum=0.889;SB=-8.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:56,108:165:99:3307,300,0 chrIII 263350 . T TA 1330.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.773;DP=136;FS=3.170;HaplotypeScore=216.9041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.665;QD=9.79;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.413;SB=-6.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,69:136:99:1370,0,1139 chrIII 264215 . GGTGCTGGTGCTGCTTCTGCTGCTGCTT GCTGCTGCTGCTT,G 12272 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=315.7687;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=43.39;MQ0=0;QD=123.96;SB=-4.906e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:5,0,17:99:99:12272,2600,2308,4107,0,5080 chrIII 266551 . CTGAAGAAGAAAT C 6340 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.519;DP=117;FS=10.163;HaplotypeScore=52.6690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.63;MQ0=0;MQRankSum=-3.498;QD=54.19;ReadPosRankSum=-1.020;SB=-2.094e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,60:117:99:6340,0,4554 chrIII 273025 . GAA G,GA 1061.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.547;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=344.1314;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.91;MQ0=0;MQRankSum=-1.528;QD=10.73;RPA=19,17,18;RU=A;ReadPosRankSum=1.437;SB=-2.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:34,14,0:99:99:1140,760,910,222,0,107 chrIII 273357 . C CA 1511.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.709;DP=119;FS=1.507;HaplotypeScore=418.3592;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=-2.386;QD=12.71;ReadPosRankSum=-1.223;SB=-7.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,50:119:99:1551,0,1951 chrIII 273383 . A AT 1164.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.435;DP=109;FS=9.822;HaplotypeScore=402.5405;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.109;QD=10.69;ReadPosRankSum=0.836;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,42:109:99:1204,0,1872 chrIII 273942 . GA G 882.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.708;DP=102;FS=2.625;HaplotypeScore=220.6259;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=0.806;QD=8.66;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.605;SB=-3.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,53:102:99:922,0,824 chrIII 290298 . C CA 1597.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.716;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=454.1314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.338;QD=12.58;ReadPosRankSum=-0.682;SB=-5.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,59:127:99:1637,0,1895 chrIII 290527 . A ATT 1637.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.975;DP=134;FS=9.578;HaplotypeScore=149.4181;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.026;QD=12.22;RPA=7,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.084;SB=-6.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,56:134:99:1677,0,1979 chrIII 290589 . TA T 1121.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.445;DP=124;FS=5.513;HaplotypeScore=338.2608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.047;QD=9.05;RPA=7,6;RU=A;ReadPosRankSum=-1.042;SB=-5.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,57:124:99:1161,0,1243 chrIII 291201 . G GA 858.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.492;DP=84;FS=0.836;HaplotypeScore=469.1702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.17;MQ0=0;MQRankSum=-5.788;QD=10.23;ReadPosRankSum=1.735;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,35:84:99:898,0,1210 chrIII 291227 . C CA 510.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.327;DP=79;FS=6.407;HaplotypeScore=535.3097;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.11;MQ0=0;MQRankSum=-5.726;QD=6.47;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.422;SB=-2.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,30:79:99:550,0,680 chrIII 291257 . TG T 1136.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.725;DP=87;FS=10.580;HaplotypeScore=405.1391;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.70;MQ0=0;MQRankSum=-3.300;QD=13.07;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=-0.871;SB=-4.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,42:87:99:1176,0,1255 chrIII 291558 . G GTATTAT 1866.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.168;DP=82;FS=1.998;HaplotypeScore=22.0641;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQ0=0;MQRankSum=0.894;QD=22.77;RPA=7,9;RU=TAT;ReadPosRankSum=-1.455;SB=-9.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,29:82:99:1906,0,2474 chrIII 292572 . AATAT A,AAT 872.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=84.4848;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.94;MQ0=0;QD=12.47;RPA=11,9,10;RU=AT;SB=-3.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:49,12,0:69:99:951,266,229,478,0,429 chrIII 292718 . G GAACA 1250.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.689;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=61.4852;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.149;QD=32.92;ReadPosRankSum=-0.597;SB=-5.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,22:38:99:1290,0,800 chrIII 294568 . AC A 1108.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.397;DP=136;FS=1.471;HaplotypeScore=427.6570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.52;MQ0=10;MQRankSum=-0.213;QD=8.15;ReadPosRankSum=2.225;SB=-5.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,51:125:99:1148,0,2374 chrIII 294996 . TC T 1670.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.672;DP=121;FS=0.833;HaplotypeScore=70.2301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=0.796;QD=13.81;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=-0.920;SB=-2.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,60:121:99:1710,0,1684 chrIII 295557 . T TTC 1547.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=77;FS=0.904;HaplotypeScore=26.3459;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.563;QD=20.10;ReadPosRankSum=-0.584;SB=-6.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,41:77:99:1587,0,1267 chrIII 296846 . T TAA 1003.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.053;DP=71;FS=3.980;HaplotypeScore=63.2620;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=1;MQRankSum=0.403;QD=14.14;RPA=10,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.062;SB=-4.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,37:70:99:1043,0,509 chrIII 297004 . AG A 1126.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.065;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=415.7390;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.88;MQ0=0;MQRankSum=-2.867;QD=14.83;ReadPosRankSum=0.395;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,44:76:99:1166,0,978 chrIII 298621 . A AT 693.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.885;DP=89;FS=2.932;HaplotypeScore=254.6465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.112;QD=7.80;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.418;SB=-3.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,38:89:99:733,0,883 chrIII 299045 . G GTTGGGTA 4647 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.698;DP=109;FS=2.564;HaplotypeScore=291.2121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.38;MQ0=0;MQRankSum=2.250;QD=42.63;RPA=1,2;RU=TTGGGTA;ReadPosRankSum=0.972;SB=-2.307e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,56:109:99:4647,0,3470 chrIII 299933 . AATGGCGATTATATTC A 3576 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.665;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=167.7154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.71;MQ0=1;MQRankSum=-2.087;QD=39.73;RPA=2,1;RU=ATGGCGATTATATTC;ReadPosRankSum=0.831;SB=-1.435e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,21:89:99:3576,0,5143 chrIII 300032 . T TAA 1393.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.258;DP=107;FS=9.943;HaplotypeScore=127.6705;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.72;MQ0=1;MQRankSum=1.213;QD=13.03;RPA=6,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.077;SB=-6.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,48:106:99:1433,0,1378 chrIII 301272 . CA C 1558.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.525;DP=141;FS=2.164;HaplotypeScore=203.0602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQ0=0;MQRankSum=0.765;QD=11.06;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=0.082;SB=-6.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,67:141:99:1598,0,1732 chrIII 302535 . T TC 1611.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.316;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=96.1915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.746;QD=14.02;RPA=3,4;RU=C;ReadPosRankSum=1.859;SB=-6.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,63:115:99:1651,0,1060 chrIII 305365 . CA C 1597.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.665;DP=212;FS=1.894;HaplotypeScore=74.3789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=1.854;QD=7.54;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=-1.210;SB=-6.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:146,66:212:99:1637,0,4533 chrIII 316486 . TA T 472.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.414;DP=92;FS=8.593;HaplotypeScore=1192.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.62;MQ0=2;MQRankSum=0.499;QD=5.14;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=1.623;SB=-6.001e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,33:67:99:512,0,957 chrIII 316519 . TAGTG T 854.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.278;DP=69;FS=15.163;HaplotypeScore=869.1516;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.33;MQ0=1;MQRankSum=-0.971;QD=12.39;ReadPosRankSum=0.423;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,20:49:99:894,0,540 chrIII 316522 . TGTGT TGGTGT,T 1146.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.283;DP=70;FS=3.190;HaplotypeScore=797.8024;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=24.15;MQ0=1;MQRankSum=0.239;QD=16.38;ReadPosRankSum=2.589;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:36,0,0:49:99:1225,454,485,623,0,865 chrIII 316533 . GGGTGT G,GGT 1403.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.622;DP=72;FS=2.054;HaplotypeScore=851.1148;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=24.14;MQ0=1;MQRankSum=-0.516;QD=19.50;ReadPosRankSum=1.601;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:35,20,0:51:99:1482,515,691,174,0,205 chrIV 212 . CA C 143.99 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=165.3765;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.58;MQ0=2;MQRankSum=-0.742;QD=16.00;ReadPosRankSum=0.742;SB=-7.406e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:7:20:183,0,20 chrIV 257 . T TA 563.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=80.6944;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.97;MQ0=0;QD=35.25;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:16:48:606,48,0 chrIV 17297 . TC T 3692 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=764.4331;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.83;MQ0=0;QD=30.26;RPA=2,1;RU=C;SB=-1.567e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,109:119:99:3692,334,0 chrIV 19688 . C CAT 5611 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=230.8610;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=63.44;MQ0=0;QD=41.26;RPA=1,2;RU=AT;SB=-1.540e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,129:136:99:5611,388,0 chrIV 20039 . A AT 4419 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=281.6957;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.46;MQ0=0;QD=37.77;SB=-2.165e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:117:99:4419,352,0 chrIV 20525 . CTATATATATATA C 2996.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=111;FS=6.320;HaplotypeScore=572.2408;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.02;MQ0=0;MQRankSum=1.617;QD=27.00;RPA=18,12;RU=TA;ReadPosRankSum=0.462;SB=-7.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:81,29:111:69:3039,69,0 chrIV 21056 . AT A 2708.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=1089.5110;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.34;MQ0=0;QD=24.41;RPA=6,5;RU=T;SB=-8.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,102:111:99:2751,306,0 chrIV 21075 . TATA T 3992 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.180;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=1013.0869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.004;QD=37.31;RPA=2,1;RU=ATA;ReadPosRankSum=3.347;SB=-1.198e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,78:107:99:3992,251,0 chrIV 22430 . GT G 3938 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=349.8288;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.77;MQ0=0;QD=34.54;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.800e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,104:114:99:3938,319,0 chrIV 26389 . T TA 2319.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.534;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=142.6270;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=0.692;QD=14.32;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=1.795;SB=-7.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:48,106:160:99:2362,285,0 chrIV 32139 . TTC T 4234 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=49.1383;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.90;MQ0=1;QD=34.70;SB=-1.729e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,111:120:99:4234,354,0 chrIV 42599 . T TA 7654 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=202;FS=0.000;HaplotypeScore=67.7506;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.98;MQ0=0;QD=37.89;SB=-3.378e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,200:202:99:7654,605,0 chrIV 43856 . CT C 1051.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.295;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=685.7235;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=-2.143;QD=7.85;RPA=17,16;RU=T;ReadPosRankSum=1.241;SB=-2.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,50:133:31:1091,0,31 chrIV 43897 . A ATT 4557 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=699.4879;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.24;MQ0=0;QD=40.33;SB=-2.225e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,80:113:99:4557,324,0 chrIV 49338 . G GT 2714.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.057;DP=127;FS=2.483;HaplotypeScore=44.0883;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.58;MQ0=0;MQRankSum=0.460;QD=21.38;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.170;SB=-1.098e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,119:127:99:2757,303,0 chrIV 50590 . A ATT 2864.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.817;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=100.6193;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=63.79;MQ0=0;MQRankSum=0.573;QD=24.49;RPA=12,14;RU=T;ReadPosRankSum=-0.938;SB=-1.399e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,96:117:99:2907,247,0 chrIV 57089 . C CTAG 5312 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=286.9685;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.06;MQ0=0;QD=45.79;RPA=1,2;RU=TAG;SB=-2.293e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,98:116:99:5312,325,0 chrIV 60616 . G GTT 3366 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=60.1816;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.51;MQ0=0;QD=25.12;RPA=10,12;RU=T;SB=-1.203e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,101:134:99:3366,310,0 chrIV 65935 . AT A 3403 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=44.1345;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.84;MQ0=0;QD=27.67;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.300e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,121:123:99:3403,363,0 chrIV 66439 . G GT 2331.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.073;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=344.9545;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=1;MQRankSum=-0.275;QD=18.81;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.422;SB=-1.028e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,100:123:99:2374,262,0 chrIV 67849 . A AT 3049.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=995.3335;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.91;MQ0=0;QD=24.02;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.546e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,120:127:99:3092,366,0 chrIV 67976 . T TC 3427 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.697;DP=100;FS=3.468;HaplotypeScore=274.8625;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=0.520;QD=34.27;ReadPosRankSum=1.663;SB=-1.476e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,93:100:99:3427,261,0 chrIV 73916 . CATTCTTT C 9277 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=36.9675;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.25;MQ0=0;QD=79.97;RPA=2,1;RU=ATTCTTT;SB=-3.525e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,112:116:99:9277,337,0 chrIV 76735 . AT A 2258.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.356;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=46.8004;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=0.372;QD=19.14;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.369;SB=-6.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,104:118:99:2301,248,0 chrIV 76825 . CA C 1437.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=18.9536;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=22.47;RPA=10,9;RU=A;SB=-6.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1480,188,0 chrIV 82419 . AT A 1794.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.769;DP=140;FS=5.246;HaplotypeScore=134.3201;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.372;QD=12.82;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=2.114;SB=-6.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,88:140:99:1837,203,0 chrIV 88024 . T TA 3384 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=360.6736;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=23.34;RPA=8,9;RU=A;SB=-4.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,133:145:99:3384,401,0 chrIV 89922 . T TA 3678 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=54.2065;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.15;MQ0=0;QD=28.96;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.580e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,124:127:99:3678,376,0 chrIV 94051 . CA C 2360.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=37.0054;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.57;MQ0=0;QD=19.35;RPA=8,7;RU=A;SB=-2.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,97:121:99:2403,291,0 chrIV 99222 . TA T 3300 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=291.6524;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.39;MQ0=0;QD=26.61;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.607e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,119:124:99:3300,354,0 chrIV 99366 . CT C 3313 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=145.7118;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.89;MQ0=0;QD=27.38;RPA=4,3;RU=T;SB=-6.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,108:121:99:3313,331,0 chrIV 99407 . G GA 1273.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.530;DP=102;FS=2.997;HaplotypeScore=249.1307;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=0.343;QD=12.48;RPA=14,15;RU=A;ReadPosRankSum=-1.028;SB=-4.033e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:48,49:102:21:1315,21,0 chrIV 101105 . A ATT 2990.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=77.8285;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.43;MQ0=0;QD=27.69;RPA=10,12;RU=T;SB=-1.415e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,92:108:99:3033,295,0 chrIV 103400 . A AT 3547 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=357.7188;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;QD=28.84;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.590e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,120:123:99:3547,361,0 chrIV 103533 . GA G 3787 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=345.3091;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.77;MQ0=0;QD=27.44;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.179e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,134:138:99:3787,402,0 chrIV 104862 . CT C 5146 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=416.1167;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=36.24;RPA=2,1;RU=T;SB=-2.220e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,140:142:99:5146,421,0 chrIV 106704 . GGTA G 5074 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=475.5137;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.84;MQ0=0;QD=52.85;SB=-1.937e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,92:96:99:5074,283,0 chrIV 106773 . C CA 4066 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;FS=0.000;HaplotypeScore=1252.4050;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.62;MQ0=0;QD=24.79;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.773e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,154:164:99:4066,465,0 chrIV 106907 . AT A 2555.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.366;DP=157;FS=4.267;HaplotypeScore=296.1329;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=0.102;QD=16.28;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.547;SB=-1.252e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,118:157:99:2598,272,0 chrIV 117115 . T TAGAA 7239 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=182.1764;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.93;MQ0=0;QD=68.29;SB=-2.738e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:106:99:7239,319,0 chrIV 117988 . AT A 2845.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=832.7380;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.79;MQ0=0;QD=24.32;RPA=7,6;RU=T;SB=-9.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,110:117:99:2888,339,0 chrIV 118035 . GT G 2519.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=865.5572;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.41;MQ0=0;QD=21.72;RPA=8,7;RU=T;SB=-5.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,103:116:99:2562,311,0 chrIV 125498 . C CA 3707 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=47.7948;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;QD=24.88;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.648e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,145:149:99:3707,437,0 chrIV 126537 . C CTTTTT 4679 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.517;DP=174;FS=3.960;HaplotypeScore=364.0649;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=0.577;QD=26.89;RPA=28,33;RU=T;ReadPosRankSum=0.456;SB=-1.634e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:70,101:174:99:4679,316,0 chrIV 130746 . T TAA 4968 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=364.7218;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=5;QD=33.12;RPA=4,6;RU=A;SB=-1.863e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,133:145:99:4968,397,0 chrIV 132183 . ATTT A 4789 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=332.5705;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;QD=44.34;RPA=8,5;RU=T;SB=-1.940e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,99:108:99:4789,310,0 chrIV 132228 . A AT 3584 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=811.6482;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;QD=28.90;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.666e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,114:124:99:3584,343,0 chrIV 132472 . GT G 3722 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=83.6455;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;QD=27.37;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.780e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,132:136:99:3722,396,0 chrIV 132892 . G GA 2009.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=29.0199;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=1;QD=22.58;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.006e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,81:88:99:2052,243,0 chrIV 135456 . CTTT C 2062.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=118.3449;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;QD=26.11;RPA=18,15;RU=T;SB=-3.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,49:79:99:2105,165,0 chrIV 144344 . C CT 2496.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.275;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=31.9562;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=20.30;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=2.055;SB=-9.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,107:123:99:2539,257,0 chrIV 145806 . G GA 3312 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=368.3442;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=24.18;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.494e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,123:137:99:3312,369,0 chrIV 147682 . A ACG 5115 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.705;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=38.9720;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=64.73;MQ0=2;MQRankSum=0.055;QD=39.05;ReadPosRankSum=0.467;SB=-1.211e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,126:129:99:5115,375,0 chrIV 149113 . AAAATAAATAAAT A 2989.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=18.3787;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.26;MQ0=0;QD=49.83;RPA=13,10;RU=AAAT;SB=-1.111e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,33:60:96:3032,96,0 chrIV 157978 . CT C 854.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.618;DP=110;FS=22.223;HaplotypeScore=763.1726;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=0.914;QD=7.77;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.758;SB=-2.292e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,51:110:99:894,0,111 chrIV 157980 . T TA 1516.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.985;DP=110;FS=21.495;HaplotypeScore=683.8001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.755;QD=13.79;ReadPosRankSum=-0.444;SB=-5.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,47:110:99:1556,0,810 chrIV 158816 . T TC 2298.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.917;DP=146;FS=2.220;HaplotypeScore=179.5527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQ0=0;MQRankSum=1.113;QD=15.75;ReadPosRankSum=-2.192;SB=-8.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,72:146:99:2338,0,2309 chrIV 161484 . G GTTA 2106.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.718;DP=117;FS=17.542;HaplotypeScore=179.0372;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.26;MQ0=0;MQRankSum=2.041;QD=18.01;RPA=6,7;RU=TTA;ReadPosRankSum=-0.459;SB=-7.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,55:117:99:2146,0,1294 chrIV 163335 . AC A 1466.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.332;DP=129;FS=12.390;HaplotypeScore=202.2555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.976;QD=11.37;ReadPosRankSum=0.771;SB=-5.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,58:129:99:1506,0,2182 chrIV 164943 . C CTT 1353.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.808;DP=127;FS=12.734;HaplotypeScore=162.5054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=2;MQRankSum=2.344;QD=10.66;RPA=12,14;RU=T;ReadPosRankSum=-3.124;SB=-3.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,56:124:99:1393,0,1163 chrIV 169340 . ATGGATGTAATGTAAGT A 11281 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=27.2815;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.70;MQ0=0;QD=131.17;SB=-2.971e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,81:86:99:11281,244,0 chrIV 169837 . A ATG 3017.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.462;DP=109;FS=20.506;HaplotypeScore=468.8650;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.417;QD=27.69;ReadPosRankSum=-0.075;SB=-7.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:71,34:109:99:3060,253,0 chrIV 169891 . TAAAA T 5736 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.676;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=581.5530;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=0.615;QD=43.79;RPA=18,14;RU=A;ReadPosRankSum=1.257;SB=-1.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,95:131:99:5736,340,0 chrIV 169915 . TA T 2702.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.219;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=939.7347;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.167;QD=18.39;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.680;SB=-4.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,117:147:99:2745,385,0 chrIV 170362 . C CA 2763.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=43.6343;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.89;MQ0=0;QD=24.03;RPA=7,8;RU=A;SB=-8.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,108:115:99:2806,327,0 chrIV 174736 . TTTG T 2257.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.240;DP=127;FS=2.308;HaplotypeScore=38.9483;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.830;QD=17.78;ReadPosRankSum=0.434;SB=-1.083e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,57:127:99:2297,0,3101 chrIV 181921 . ATCTTCT A 3800 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.109;DP=150;FS=9.969;HaplotypeScore=253.5401;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.786;QD=25.33;RPA=6,4;RU=TCT;ReadPosRankSum=-1.575;SB=-1.839e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,56:150:99:3800,0,5098 chrIV 184671 . C CAA 2019.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.846;DP=124;FS=0.712;HaplotypeScore=201.7192;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=3;MQRankSum=-0.855;QD=16.29;RPA=3,5;RU=A;ReadPosRankSum=-0.248;SB=-8.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,61:120:99:2059,0,1855 chrIV 184754 . GA G 3128.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=106.3201;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;QD=34.77;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.051e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,84:90:99:3171,265,0 chrIV 192678 . AT A 2660.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=37.0667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=1;QD=22.74;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.115e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,113:116:99:2703,338,0 chrIV 194311 . C CT 1023.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.410;DP=93;FS=1.850;HaplotypeScore=329.8534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=1.369;QD=11.01;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=0.837;SB=-3.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,49:93:99:1063,0,723 chrIV 198376 . TG T 4568 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=168.6581;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=35.69;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.642e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,127:128:99:4568,382,0 chrIV 201643 . A AT 2294.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.057;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=211.5941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=18.21;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=1.590;SB=-5.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:75,51:126:99:2337,347,0 chrIV 201646 . T TC 2715.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.155;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=170.7920;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=1.704;QD=21.56;ReadPosRankSum=1.704;SB=-5.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:53,71:126:99:2758,253,0 chrIV 202896 . G GT 675.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.054;DP=115;FS=3.834;HaplotypeScore=175.9100;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.054;QD=5.88;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=-0.964;SB=-2.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,41:115:99:715,0,1227 chrIV 210686 . AT A 882.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.200;DP=115;FS=1.633;HaplotypeScore=198.3164;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.194;QD=7.68;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.749;SB=-3.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,38:115:99:922,0,676 chrIV 210795 . TC T 1119.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.785;DP=119;FS=7.115;HaplotypeScore=373.2910;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.072;QD=9.41;ReadPosRankSum=0.536;SB=-5.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,49:119:99:1159,0,2040 chrIV 210847 . G GT 2865.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=267.8805;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;QD=26.54;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.300e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,102:107:99:2908,312,0 chrIV 210984 . T TA 3136.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=61.6957;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.11;MQ0=0;QD=22.41;RPA=9,10;RU=A;SB=-1.238e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,130:140:99:3179,393,0 chrIV 211214 . GA G 3331 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=167;FS=0.000;HaplotypeScore=239.1006;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;QD=19.95;RPA=12,11;RU=A;SB=-1.161e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,147:167:99:3331,449,0 chrIV 211315 . C CATAT,CATATATATAT 3969 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.211;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=304.8150;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.38;MQ0=0;MQRankSum=1.282;QD=38.53;RPA=9,11,14;RU=AT;ReadPosRankSum=2.158;SB=-8.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:59,22,11:103:99:3969,1126,968,1543,0,2135 chrIV 212228 . TTAAAG T 2986.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.733;DP=111;FS=4.750;HaplotypeScore=381.8032;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.717;QD=26.91;RPA=2,1;RU=TAAAG;ReadPosRankSum=0.059;SB=-1.329e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,51:111:99:3026,0,3315 chrIV 212608 . A AT 580.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.344;DP=68;FS=2.698;HaplotypeScore=195.6001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.347;QD=8.54;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=0.837;SB=-1.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,27:68:99:620,0,443 chrIV 212685 . C CA 1014.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.097;DP=119;FS=0.828;HaplotypeScore=350.0251;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.240;QD=8.53;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.036;SB=-2.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,58:119:99:1054,0,933 chrIV 213154 . A AT 2669.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=160.7857;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;QD=27.81;RPA=3,4;RU=T;SB=-9.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,92:96:99:2712,276,0 chrIV 213218 . A AT 961.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.216;DP=140;FS=1.403;HaplotypeScore=165.3766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=1.643;QD=6.87;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.268;SB=-4.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,54:140:99:1001,0,1353 chrIV 213315 . C CTA,CTATATA 5242 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=50.3374;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.69;MQ0=1;QD=40.64;RPA=5,6,8;RU=TA;SB=-1.834e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:64,30,34:127:99:5242,2825,2527,1302,0,1616 chrIV 215724 . C CT 3438 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=165.8376;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;QD=26.65;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.688e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,121:129:99:3438,366,0 chrIV 216024 . TTGTTACCTCGTCACC T 5779 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.350;DP=138;FS=0.755;HaplotypeScore=171.8689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.55;MQ0=0;MQRankSum=-7.081;QD=41.88;ReadPosRankSum=-0.398;SB=-2.365e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,38:138:99:5779,0,13462 chrIV 216418 . GT G 2112.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.411;DP=148;FS=1.336;HaplotypeScore=555.1881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=1.652;QD=14.28;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=-1.307;SB=-1.041e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,68:148:99:2152,0,2066 chrIV 216493 . TAAA TAAAAA,T 4618 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=398.3826;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.50;MQ0=0;QD=33.22;RPA=10,12,7;RU=A;SB=-1.873e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:33,0,63:139:99:4618,3044,3931,1956,0,3639 chrIV 217385 . TG T 1087.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.396;DP=91;FS=5.407;HaplotypeScore=461.3853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=1.903;QD=11.96;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=-0.785;SB=-5.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,38:91:99:1127,0,1613 chrIV 217566 . TGA T 1538.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.086;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=170.1685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.51;MQ0=2;MQRankSum=-1.774;QD=14.38;RPA=2,1;RU=GA;ReadPosRankSum=2.098;SB=-7.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,45:103:99:1578,0,2237 chrIV 217877 . A AT 872.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.148;DP=133;FS=2.594;HaplotypeScore=339.6479;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.471;QD=6.56;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.940;SB=-2.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,54:133:99:912,0,1409 chrIV 226845 . ATATATGTATATATATATATG A 2485.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=194.8975;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.11;MQ0=0;QD=33.59;SB=-9.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,57:74:99:2528,170,0 chrIV 229533 . A ATAGTACTTC 10707 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=194.5146;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.87;MQ0=0;QD=96.46;SB=-2.501e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,67:111:99:10707,307,0 chrIV 229706 . A ATTT 6158 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=608.9566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;QD=48.87;RPA=3,6;RU=T;SB=-1.322e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,126:126:99:6158,379,0 chrIV 230558 . GT G 859.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.753;DP=87;FS=1.833;HaplotypeScore=68.4560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.891;QD=9.88;RPA=7,6;RU=T;ReadPosRankSum=1.721;SB=-2.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,45:87:99:899,0,809 chrIV 232237 . G GT 984.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.486;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=252.3983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.381;QD=10.37;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=1.445;SB=-3.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,49:95:99:1024,0,822 chrIV 232306 . G GT 918.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.756;DP=135;FS=0.759;HaplotypeScore=156.5969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=0.267;QD=6.81;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.254;SB=-2.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,54:135:99:958,0,1051 chrIV 232542 . TAAAAGAAGTTTCCTCTTTCCTAAACTTA T 3677 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.605;DP=109;FS=27.701;HaplotypeScore=25.1543;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.42;MQ0=0;MQRankSum=-2.102;QD=33.73;ReadPosRankSum=-2.352;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,39:109:99:3677,0,15439 chrIV 233920 . C CT 846.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.621;DP=110;FS=2.516;HaplotypeScore=289.9986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.38;MQ0=0;MQRankSum=0.472;QD=7.70;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.747;SB=-4.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,50:110:99:886,0,979 chrIV 234086 . AT A 834.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.085;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=487.2966;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=0.079;QD=9.60;ReadPosRankSum=-1.335;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,31:87:99:874,0,1524 chrIV 234091 . T TTA 1115.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.658;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=480.5824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.164;QD=12.26;ReadPosRankSum=-0.582;SB=-5.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,31:91:99:1155,0,1912 chrIV 234747 . G GT 2674.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=118.2402;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.18;MQ0=0;QD=27.86;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.198e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,85:96:99:2717,256,0 chrIV 236041 . AC A 3379 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=396.7464;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=37.13;SB=-8.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,73:91:99:3379,274,0 chrIV 236096 . A AT 907.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.899;DP=89;FS=1.857;HaplotypeScore=635.3797;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.07;MQ0=0;MQRankSum=0.466;QD=10.20;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.494;SB=-4.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,48:89:99:947,0,573 chrIV 240005 . CAA C 5297 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=346.8612;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.03;MQ0=0;QD=40.44;RPA=4,2;RU=A;SB=-2.378e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,122:131:99:5297,367,0 chrIV 240138 . CATATAT C 2232.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.294;DP=116;FS=0.793;HaplotypeScore=281.9188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=2.493;QD=19.25;RPA=10,7;RU=AT;ReadPosRankSum=-0.616;SB=-1.065e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,38:116:99:2272,0,2984 chrIV 242007 . TC T 1447.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.366;DP=112;FS=0.741;HaplotypeScore=774.9116;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.77;MQ0=0;MQRankSum=-7.349;QD=12.93;RPA=3,2;RU=C;ReadPosRankSum=-0.991;SB=-6.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,48:112:99:1487,0,1304 chrIV 245889 . C CA 1001.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;DP=108;FS=0.726;HaplotypeScore=52.2302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=0.626;QD=9.28;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.739;SB=-4.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,54:108:99:1041,0,928 chrIV 251252 . AT A 3812 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=180.6817;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.62;MQ0=0;QD=25.25;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.092e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,150:151:99:3812,450,0 chrIV 251392 . CT C 4012 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=154.0112;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=25.72;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.153e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,143:156:99:4012,429,0 chrIV 256579 . T TTATA 4675 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=287.5959;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=32.69;RPA=7,9;RU=TA;SB=-1.496e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:81,55:143:99:4675,270,0 chrIV 256612 . T TA 2808.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.269;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=436.7740;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.131;QD=19.92;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.614;SB=-7.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,120:141:99:2851,286,0 chrIV 267474 . A AT 2100.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.088;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=30.6821;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.363;QD=22.84;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=0.685;SB=-6.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,83:92:99:2143,231,0 chrIV 270194 . C CA 1500.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.864;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=225.4662;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.339;QD=15.80;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.571;SB=-6.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,72:95:99:1543,117,0 chrIV 271809 . CTGT C 1409.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.459;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=316.2515;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=3.221;QD=22.38;RPA=5,4;RU=TGT;ReadPosRankSum=2.419;SB=-4.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,34:63:95:1452,95,0 chrIV 275006 . CG C 3561 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=293.3376;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;QD=36.34;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.409e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,94:98:99:3561,283,0 chrIV 275108 . C CA 1242.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.038;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=274.8574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=0.264;QD=11.30;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=1.708;SB=-5.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,49:110:99:1282,0,1661 chrIV 283285 . GA GAAA,G 2362.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=172.1056;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.90;MQ0=0;QD=20.55;RPA=12,14,11;RU=A;SB=-8.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:22,1,39:115:99:2441,1023,1634,1695,0,2005 chrIV 285379 . A ATATG 3559 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.086;DP=182;FS=9.229;HaplotypeScore=175.6041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.19;MQ0=0;MQRankSum=2.001;QD=19.55;ReadPosRankSum=0.339;SB=-1.547e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:108,74:182:99:3559,0,3908 chrIV 286882 . CTT C,CT 2621.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.260;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=177.2192;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=0.342;QD=19.14;RPA=14,12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.537;SB=-4.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:24,54,0:137:99:2700,981,976,1232,0,953 chrIV 289607 . TA T 1474.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.777;DP=135;FS=1.456;HaplotypeScore=169.6600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.60;MQ0=0;MQRankSum=1.157;QD=10.93;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=0.161;SB=-5.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,77:135:99:1514,0,984 chrIV 292326 . A ACT 2483.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.730;DP=130;FS=7.222;HaplotypeScore=1016.3547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.63;MQ0=0;MQRankSum=-5.489;QD=19.11;RPA=1,2;RU=CT;ReadPosRankSum=-1.219;SB=-9.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,64:130:99:2523,0,2315 chrIV 292337 . CCA C 2571.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.437;DP=129;FS=7.447;HaplotypeScore=985.2094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.97;MQ0=0;MQRankSum=-5.385;QD=19.94;ReadPosRankSum=0.166;SB=-9.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,60:129:99:2611,0,338 chrIV 292338 . CAA C,CA 2484.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.415;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=966.3085;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=47.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.759;QD=19.57;RPA=7,5,6;RU=A;ReadPosRankSum=1.703;SB=-7.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:67,0,0:127:99:2563,1398,1316,608,0,280 chrIV 292462 . A AT 2970.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=557.8175;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.83;MQ0=0;QD=25.39;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.324e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,94:117:99:3013,307,0 chrIV 298310 . T TAA 1556.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.321;DP=109;FS=1.647;HaplotypeScore=165.8309;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.512;QD=14.28;RPA=5,7;RU=A;ReadPosRankSum=0.860;SB=-6.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,52:109:99:1596,0,1498 chrIV 299741 . A ATGT 2825.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.643;DP=181;FS=3.920;HaplotypeScore=495.4535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQ0=0;MQRankSum=0.177;QD=15.61;RPA=4,5;RU=TGT;ReadPosRankSum=-0.538;SB=-1.272e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:104,73:181:99:2865,0,3165 chrIV 300038 . GA GAA,G 2412.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.026;DP=182;FS=0.000;HaplotypeScore=102.0864;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=13.26;RPA=13,14,12;RU=A;ReadPosRankSum=-1.377;SB=-9.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:76,4,62:182:99:2491,1365,1721,1353,0,1754 chrIV 302323 . GAAA G 6227 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=936.9980;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;QD=38.44;RPA=12,9;RU=A;SB=-1.375e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:110,52:161:99:6227,466,0 chrIV 302334 . AAT A 3829 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.677;DP=173;FS=5.679;HaplotypeScore=1293.5320;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=1.193;QD=22.13;ReadPosRankSum=2.596;SB=-9.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:126,47:172:99:3829,429,0 chrIV 302336 . TA T 1878.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.612;DP=172;FS=18.175;HaplotypeScore=1486.2142;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=1.241;QD=10.92;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=3.251;SB=-6.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:119,51:171:99:1921,220,0 chrIV 302347 . TA T 2768.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=1116.0080;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.30;MQ0=0;QD=19.50;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.328e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,86:142:99:2811,356,0 chrIV 302371 . CA C 1493.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.686;DP=151;FS=18.523;HaplotypeScore=1037.7697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.34;MQ0=0;MQRankSum=0.323;QD=9.89;RPA=6,5;RU=A;ReadPosRankSum=-1.339;SB=-3.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,72:150:99:1533,0,1547 chrIV 303009 . C CATT 3144.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.478;DP=158;FS=5.929;HaplotypeScore=387.5459;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.600;QD=19.90;RPA=1,2;RU=ATT;ReadPosRankSum=0.009;SB=-1.459e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,71:158:99:3184,0,3138 chrIV 309595 . G GGAAC 6880 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=1440.8535;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.50;MQ0=0;QD=58.80;RPA=1,2;RU=GAAC;SB=-2.773e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,102:117:99:6880,337,0 chrIV 309609 . TTAG T 4439 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=1757.2329;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.99;MQ0=0;QD=39.99;RPA=3,2;RU=TAG;SB=-1.458e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,92:111:99:4439,277,0 chrIV 309620 . CA C 3749 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=1824.6865;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.78;MQ0=0;QD=33.18;SB=-1.220e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:113:99:3749,340,0 chrIV 310657 . AT A 2844.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=268.8725;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;QD=23.32;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.136e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,120:122:99:2887,359,0 chrIV 312518 . C CT,CTT 3068.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.075;DP=177;FS=3.529;HaplotypeScore=169.2071;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.51;MQ0=2;MQRankSum=1.055;QD=17.34;RPA=10,11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.104;SB=-1.227e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:42,84,50:174:99:3147,1104,861,1393,0,1378 chrIV 314192 . CT C 2729.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=46.8508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.57;MQ0=0;QD=21.84;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.130e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,115:125:99:2772,344,0 chrIV 315072 . C CT 494.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.133;DP=94;FS=2.047;HaplotypeScore=100.2326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=2.018;QD=5.27;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.294;SB=-2.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,26:94:99:534,0,580 chrIV 323677 . GATATAT G 1121.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.633;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=85.2659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.64;MQ0=0;MQRankSum=1.364;QD=15.80;RPA=15,12;RU=AT;ReadPosRankSum=-0.455;SB=-3.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,16:71:99:1161,0,648 chrIV 329641 . TTATATA T 1964.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.624;DP=66;FS=5.653;HaplotypeScore=75.7966;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.18;MQ0=0;MQRankSum=1.788;QD=29.77;RPA=13,10;RU=TA;ReadPosRankSum=0.614;SB=-9.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,32:66:99:2004,0,175 chrIV 333953 . TC T 2718.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.613;DP=182;FS=0.000;HaplotypeScore=61.4150;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.593;QD=14.94;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=-0.466;SB=-5.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,90:182:99:2758,0,2470 chrIV 336148 . CT C 2645.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=99.1315;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=21.34;RPA=10,9;RU=T;SB=-6.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,114:123:99:2688,346,0 chrIV 336206 . CTTTT C,CTTTTTT 3102.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=136.3447;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.19;MQ0=0;QD=22.32;RPA=18,14,20;RU=T;SB=-1.562e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:88,34,0:138:99:3181,1614,4359,1885,0,2336 chrIV 340285 . GGATGA G 4896 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=246.3314;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.65;MQ0=0;QD=39.80;RPA=7,6;RU=GATGA;SB=-1.406e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,76:123:99:4896,229,0 chrIV 340378 . GAA G 5084 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=1090.5385;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.76;MQ0=0;QD=39.11;RPA=5,3;RU=A;SB=-2.029e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,123:130:99:5084,379,0 chrIV 340399 . C CAGTACA 8253 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=859.4713;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.16;MQ0=0;QD=67.10;SB=-3.393e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:52,64:123:99:8253,334,0 chrIV 340869 . GTTT G 5445 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=390.9870;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.98;MQ0=0;QD=53.91;RPA=5,2;RU=T;SB=-1.900e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:101:99:5445,298,0 chrIV 341023 . T TAA 2172.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.207;DP=135;FS=12.378;HaplotypeScore=658.5740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.424;QD=16.10;RPA=3,5;RU=A;ReadPosRankSum=0.856;SB=-9.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,65:135:99:2212,0,2218 chrIV 341065 . TC T 1487.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.474;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=499.5789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=1.065;QD=11.62;RPA=6,5;RU=C;ReadPosRankSum=-0.205;SB=-6.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,61:128:99:1527,0,1362 chrIV 341398 . TC T 1304.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.555;DP=132;FS=9.811;HaplotypeScore=373.1679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.439;QD=9.89;RPA=6,5;RU=C;ReadPosRankSum=-0.238;SB=-6.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,56:132:99:1344,0,1586 chrIV 344004 . GTATATATATA G 8698 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=70.5646;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.60;MQ0=0;QD=59.99;RPA=13,8;RU=TA;SB=-4.311e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:51,89:145:99:8698,283,0 chrIV 344227 . CT C 880.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.359;DP=112;FS=3.569;HaplotypeScore=345.0948;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=0.489;QD=7.87;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.676;SB=-4.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,53:112:99:920,0,413 chrIV 350980 . T TGAAGAGGATGATGAAGAA 9064 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=109.5966;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.19;MQ0=0;QD=88.86;RPA=1,2;RU=GAAGAGGATGATGAAGAA;SB=-3.453e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,76:102:99:9064,247,0 chrIV 351277 . C CT 2521.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.920;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=302.1004;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=0.211;QD=21.56;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.541;SB=-1.099e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,109:117:99:2564,288,0 chrIV 355376 . TAA T 6523 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;FS=0.000;HaplotypeScore=80.1478;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.10;MQ0=1;QD=39.77;RPA=4,2;RU=A;SB=-3.212e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,154:163:99:6523,466,0 chrIV 356934 . AG A 1335.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.541;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=659.1110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.31;MQ0=0;MQRankSum=4.930;QD=9.15;ReadPosRankSum=-5.583;SB=-6.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,68:146:99:1375,0,2291 chrIV 357179 . G GA 3164.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=63.2385;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.80;MQ0=0;QD=21.10;RPA=8,9;RU=A;SB=-1.485e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,130:150:99:3207,391,0 chrIV 357278 . G GTT 3144.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=224.2352;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;QD=28.08;RPA=10,12;RU=T;SB=-1.526e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,70:109:99:3187,314,0 chrIV 359679 . C CT 2960.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=566.4068;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.30;MQ0=0;QD=23.50;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.397e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,117:123:99:3003,353,0 chrIV 362378 . TA T 1388.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.401;DP=114;FS=0.759;HaplotypeScore=299.0104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.023;QD=12.18;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.088;SB=-6.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,61:114:99:1428,0,188 chrIV 364972 . A AG,AAG 3565 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.610;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=236.1290;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.053;QD=32.12;ReadPosRankSum=2.006;SB=-1.211e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:31,40,40:111:99:3565,1139,849,1045,0,783 chrIV 365046 . A AT 908.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.099;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=408.3935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.852;QD=6.83;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.892;SB=-2.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,56:133:99:948,0,1161 chrIV 366513 . T TAA 1364.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.079;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=188.1380;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.623;QD=14.52;RPA=8,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.639;SB=-5.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,48:94:99:1404,0,1094 chrIV 370877 . T TA 642.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.284;DP=76;FS=6.201;HaplotypeScore=111.3583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=8.46;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.227;SB=-3.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,35:76:99:682,0,489 chrIV 370968 . TTATA T 2028.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.663;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=330.8322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=1.459;QD=20.92;RPA=13,11;RU=TA;ReadPosRankSum=1.704;SB=-3.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,42:97:99:2068,0,985 chrIV 373676 . G GT 3715 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=777.7496;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.45;MQ0=0;QD=23.97;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.675e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,142:155:99:3715,426,0 chrIV 375374 . G GT 5239 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=189;FS=0.000;HaplotypeScore=894.0755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;QD=27.72;RPA=4,5;RU=T;SB=-2.502e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,185:189:99:5239,559,0 chrIV 376586 . T TTTC 5831 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=229.0980;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.59;MQ0=0;QD=47.41;SB=-2.425e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,103:123:99:5831,362,0 chrIV 381512 . AG A 2303.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=11.262;DP=178;FS=1.212;HaplotypeScore=397.4562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=1.892;QD=12.94;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=-0.107;SB=-7.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,85:178:99:2343,0,2540 chrIV 381708 . A AT 2292.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.856;DP=152;FS=6.121;HaplotypeScore=165.1433;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.552;QD=15.09;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=-1.621;SB=-1.155e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,78:152:99:2332,0,1507 chrIV 383942 . GT G 1166.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.835;DP=125;FS=68.907;HaplotypeScore=3725.2628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.77;MQ0=0;MQRankSum=0.541;QD=9.34;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=2.551;SB=-3.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,48:125:99:1206,0,1380 chrIV 383946 . AGT A 1848.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.117;DP=113;FS=78.469;HaplotypeScore=3424.6193;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.302;QD=16.36;ReadPosRankSum=3.701;SB=-6.625e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,48:113:99:1888,0,1212 chrIV 383952 . C CGCT 2483.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.602;DP=112;FS=89.513;HaplotypeScore=3362.7019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.74;MQ0=0;MQRankSum=0.373;QD=22.18;ReadPosRankSum=2.183;SB=-7.814e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,48:112:99:2523,0,2068 chrIV 383985 . TAACAGAA T 2003.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.805;DP=92;FS=47.674;HaplotypeScore=2831.3970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.37;MQ0=0;MQRankSum=1.501;QD=21.78;ReadPosRankSum=4.185;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,0:91:99:2043,0,1731 chrIV 385964 . C CT 1076.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.186;DP=140;FS=3.482;HaplotypeScore=935.1196;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.178;QD=7.69;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-3.588;SB=-5.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,45:140:38:1116,0,38 chrIV 386154 . CAA C 4248 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.440;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=401.9859;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.962;QD=31.94;RPA=10,8;RU=A;ReadPosRankSum=1.430;SB=-1.865e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,124:133:99:4248,375,0 chrIV 386778 . G GT 388.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.989;DP=75;FS=5.411;HaplotypeScore=112.6739;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.06;MQ0=0;MQRankSum=-1.384;QD=5.19;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.659;SB=-1.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,22:75:99:428,0,565 chrIV 386851 . T TCG 1739.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.639;DP=80;FS=4.430;HaplotypeScore=238.5837;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.29;MQ0=1;MQRankSum=-1.290;QD=21.75;ReadPosRankSum=1.163;SB=-5.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,40:79:99:1779,0,1556 chrIV 392110 . GTTT G,GTT 3323 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=344.6507;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.17;MQ0=0;MQRankSum=1.524;QD=28.90;RPA=12,9,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.697;SB=-6.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:14,69,0:114:99:3323,625,929,2245,0,1995 chrIV 392146 . GACACACAC G,GACACAC 3140.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=497.3139;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.74;MQ0=0;QD=27.55;RPA=13,9,12;RU=AC;SB=-9.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:59,22,0:113:99:3219,1117,2788,1785,0,1614 chrIV 392384 . GGAAGGAAGATTTATAAATCTT G 6669 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.528;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=55.3117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.35;MQ0=0;MQRankSum=-7.487;QD=73.29;ReadPosRankSum=2.166;SB=-8.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,29:90:99:6669,0,11147 chrIV 392457 . CA C 944.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.590;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=525.2586;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.64;MQ0=0;MQRankSum=-3.486;QD=7.75;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=1.302;SB=-2.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,55:121:99:984,0,1119 chrIV 394025 . G GAAAA 2224.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.562;DP=116;FS=2.398;HaplotypeScore=251.1185;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQ0=0;MQRankSum=0.915;QD=19.18;RPA=3,7;RU=A;ReadPosRankSum=-1.034;SB=-1.105e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,50:116:99:2264,0,3023 chrIV 403511 . GT GTT,G 2156.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.962;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=38.0815;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.411;QD=19.26;RPA=9,10,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.962;SB=-8.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:6,0,66:112:99:2235,1538,1911,955,0,1118 chrIV 407403 . GCC G 3093.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.025;DP=151;FS=1.398;HaplotypeScore=44.4758;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.26;MQ0=3;MQRankSum=-0.728;QD=20.49;RPA=4,2;RU=C;ReadPosRankSum=-0.340;SB=-9.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,80:148:99:3133,0,2459 chrIV 408171 . CA C 626.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.563;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=211.9625;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.94;MQ0=0;MQRankSum=1.266;QD=6.89;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.988;SB=-3.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,38:91:99:666,0,659 chrIV 409861 . T TC 1451.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.263;DP=140;FS=5.361;HaplotypeScore=200.6193;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=0.269;QD=10.37;RPA=2,3;RU=C;ReadPosRankSum=0.413;SB=-6.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,60:140:99:1491,0,2055 chrIV 410149 . T TGCAGTGG 3675 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.297;DP=124;FS=9.660;HaplotypeScore=249.4391;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.405;QD=29.64;ReadPosRankSum=-0.525;SB=-9.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,33:124:99:3675,0,5074 chrIV 410317 . A AT 1224.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.104;DP=141;FS=3.052;HaplotypeScore=866.0713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.41;MQ0=0;MQRankSum=-6.882;QD=8.69;ReadPosRankSum=1.017;SB=-5.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,48:141:99:1264,0,2684 chrIV 410553 . C CAT 2279.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.135;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=338.4945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.710;QD=14.90;RPA=1,2;RU=AT;ReadPosRankSum=2.038;SB=-6.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,67:153:99:2319,0,2953 chrIV 410887 . ATT A,AT 2210.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.039;DP=134;FS=3.008;HaplotypeScore=69.4869;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.02;MQ0=1;MQRankSum=-0.141;QD=16.50;RPA=14,12,13;RU=T;ReadPosRankSum=1.218;SB=-1.089e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:36,59,0:133:99:2289,614,570,1224,0,1004 chrIV 411335 . G GA 1823.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.582;DP=171;FS=5.637;HaplotypeScore=214.2901;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.335;QD=10.67;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=-1.442;SB=-8.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,84:171:99:1863,0,1845 chrIV 413191 . TA T 1023.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.135;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=425.9387;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=2.258;QD=10.67;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.101;SB=-2.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,57:96:99:1063,0,469 chrIV 413919 . TA T 1069.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.315;DP=126;FS=0.666;HaplotypeScore=38.9124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=1.579;QD=8.49;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=-1.307;SB=-4.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,60:126:99:1109,0,1284 chrIV 414888 . A AG 967.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.079;DP=97;FS=14.376;HaplotypeScore=25.6481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=1.449;QD=9.98;RPA=6,7;RU=G;ReadPosRankSum=1.458;SB=-4.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,46:97:99:1007,0,1000 chrIV 417650 . TA T 925.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.398;DP=111;FS=0.752;HaplotypeScore=24.6375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQ0=0;MQRankSum=0.588;QD=8.34;RPA=6,5;RU=A;ReadPosRankSum=0.343;SB=-4.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,48:111:99:965,0,1112 chrIV 422107 . TA T 1045.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.298;DP=103;FS=2.578;HaplotypeScore=31.4049;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.633;QD=10.16;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=-0.271;SB=-5.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,50:103:99:1085,0,1135 chrIV 422585 . G GA 1305.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.250;DP=128;FS=10.375;HaplotypeScore=359.4009;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.40;MQ0=0;MQRankSum=-3.835;QD=10.20;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=0.176;SB=-2.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,55:128:99:1345,0,973 chrIV 422749 . C CG 3863 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=681.7524;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.16;MQ0=0;QD=31.66;RPA=2,3;RU=G;SB=-1.866e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,120:122:99:3863,361,0 chrIV 422766 . C CTTCTTT 4398 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.627;DP=127;FS=4.303;HaplotypeScore=672.2289;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.27;MQ0=0;MQRankSum=-9.014;QD=34.63;ReadPosRankSum=-0.129;SB=-1.705e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,44:127:99:4398,0,5514 chrIV 427105 . C CT 528.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.821;DP=98;FS=4.913;HaplotypeScore=81.3273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=0.862;QD=5.40;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=1.167;SB=-2.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,31:98:99:568,0,626 chrIV 428538 . TAA T 1253.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.319;DP=95;FS=0.772;HaplotypeScore=146.2353;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=0.653;QD=13.20;RPA=10,8;RU=A;ReadPosRankSum=1.481;SB=-6.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,48:95:99:1293,0,1211 chrIV 428805 . AT A 936.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.635;DP=124;FS=6.761;HaplotypeScore=139.0294;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=1.984;QD=7.56;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.938;SB=-2.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,58:124:99:976,0,629 chrIV 431592 . T TTG 5800 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=129.9461;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.17;MQ0=0;QD=43.61;SB=-2.003e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,131:133:99:5800,397,0 chrIV 432137 . CAGTT C 7041 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=160.8283;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.90;MQ0=0;QD=54.58;RPA=2,1;RU=AGTT;SB=-2.631e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,117:129:99:7041,352,0 chrIV 433048 . G GA 1273.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.112;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=577.1492;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=0.424;QD=10.62;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=-0.744;SB=-4.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,65:120:99:1313,0,911 chrIV 433113 . AG A 1405.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.045;DP=105;FS=7.652;HaplotypeScore=544.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.385;QD=13.39;ReadPosRankSum=-2.354;SB=-5.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,45:105:99:1445,0,1951 chrIV 434094 . A ATTT 5094 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=553.0764;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.62;MQ0=0;QD=44.68;RPA=6,9;RU=T;SB=-2.460e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,112:114:99:5094,337,0 chrIV 434239 . T TA 1748.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.266;DP=124;FS=3.281;HaplotypeScore=430.5396;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.531;QD=14.10;ReadPosRankSum=1.404;SB=-7.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,54:124:99:1788,0,2299 chrIV 434256 . T TA 3551 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=252.1361;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.96;MQ0=0;QD=26.70;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.661e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,132:133:99:3551,396,0 chrIV 434352 . A AT 512.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.917;DP=70;FS=8.865;HaplotypeScore=473.8829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.56;MQ0=0;MQRankSum=-2.931;QD=7.33;RPA=3,4;RU=T;ReadPosRankSum=0.138;SB=-2.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,25:70:99:552,0,984 chrIV 434392 . T TC 3289 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=332.2852;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.14;MQ0=0;QD=37.38;SB=-1.299e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,80:88:99:3289,265,0 chrIV 434485 . T TA 491.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=137.3022;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.42;MQ0=1;QD=23.43;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:14:42:534,42,0 chrIV 435260 . T TCGAATAG 2810.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.576;DP=84;FS=13.759;HaplotypeScore=782.0369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.52;MQ0=0;MQRankSum=-2.680;QD=33.46;ReadPosRankSum=-1.699;SB=-1.040e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,29:84:99:2850,0,4224 chrIV 435262 . G GAATA 1546.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.136;DP=77;FS=12.858;HaplotypeScore=759.4553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.64;MQ0=0;MQRankSum=-2.078;QD=20.09;ReadPosRankSum=-0.197;SB=-6.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,29:77:99:1586,0,2856 chrIV 435452 . T TA 3349 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=265.5544;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.36;MQ0=0;QD=28.87;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.087e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,113:116:99:3349,343,0 chrIV 435656 . C CT 3650 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=171.1538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=27.65;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.006e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,129:132:99:3650,393,0 chrIV 435928 . TGACC T 5283 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=439.9768;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.18;MQ0=0;QD=49.84;RPA=2,1;RU=GACC;SB=-2.436e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,84:106:99:5283,259,0 chrIV 435980 . AC A 3397 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=477.6019;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;QD=39.05;SB=-1.646e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,86:87:99:3397,262,0 chrIV 436303 . GGAAC G 2483.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.765;DP=105;FS=8.177;HaplotypeScore=737.0314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.33;MQ0=1;MQRankSum=-1.227;QD=23.66;ReadPosRankSum=0.736;SB=-6.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,46:104:99:2523,0,3275 chrIV 436314 . A AGG 5213 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=526.3587;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.71;MQ0=1;QD=47.39;SB=-1.842e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:109:99:5213,328,0 chrIV 437148 . A ATAAT 1831.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=91.4085;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.91;MQ0=0;QD=59.10;SB=-5.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,24:31:90:1874,90,0 chrIV 437516 . A AT 42.07 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=43.7631;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.67;MQ0=0;QD=6.01;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:19:84,19,0 chrIV 441267 . CTGT C 1584.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.726;DP=98;FS=7.219;HaplotypeScore=498.2707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.11;MQ0=0;MQRankSum=-4.402;QD=16.17;RPA=6,5;RU=TGT;ReadPosRankSum=0.832;SB=-6.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,39:98:99:1624,0,1614 chrIV 441311 . GTTATTA G 5225 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=338.6054;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.59;MQ0=0;QD=57.42;RPA=5,3;RU=TTA;SB=-2.434e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,71:91:99:5225,235,0 chrIV 443942 . G GA 2828.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=44.9182;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.82;MQ0=0;QD=23.97;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.162e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,115:118:99:2871,345,0 chrIV 444097 . G GA 3779 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.667;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=127.1009;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=1.667;QD=34.05;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.955;SB=-1.676e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:111:99:3779,312,0 chrIV 446437 . A ATT 1795.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.672;DP=92;FS=3.039;HaplotypeScore=93.0835;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.44;MQ0=1;MQRankSum=0.928;QD=19.52;RPA=1,3;RU=T;ReadPosRankSum=1.242;SB=-8.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,49:91:99:1835,0,1136 chrIV 449720 . T TA 3068.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=1103.5537;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.17;MQ0=0;QD=36.54;SB=-4.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,79:84:99:3111,253,0 chrIV 449761 . T TTTTAATA 3627 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=563.9820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.56;MQ0=0;QD=77.17;SB=-1.686e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,35:47:99:3627,132,0 chrIV 449847 . TG T 2301.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=264.2470;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.31;MQ0=0;QD=29.51;SB=-5.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2344,234,0 chrIV 450188 . GTATA G 4480 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=433.7434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;QD=31.77;RPA=11,9;RU=TA;SB=-1.686e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:48,81:141:99:4480,271,0 chrIV 452907 . C CAAA 3875 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=394.7457;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.96;MQ0=0;QD=33.41;RPA=10,13;RU=A;SB=-1.006e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,97:116:99:3875,304,0 chrIV 462010 . TC T 1964.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.681;DP=158;FS=1.278;HaplotypeScore=71.5314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.212;QD=12.44;ReadPosRankSum=0.078;SB=-9.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,72:158:99:2004,0,2640 chrIV 465081 . T TCCAATAGGCGCTACTGCGACTCTTAGGG 14872 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=382.5773;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.65;MQ0=0;QD=190.67;SB=-7.225e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:57,20:78:99:14872,208,0 chrIV 465158 . TTA T 2712.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.712;DP=151;FS=1.362;HaplotypeScore=72.5826;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.27;MQ0=0;MQRankSum=1.756;QD=17.97;ReadPosRankSum=2.479;SB=-9.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,68:151:99:2752,0,2814 chrIV 465261 . TA T 2503.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=82.4047;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.89;MQ0=0;QD=20.87;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.107e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,107:120:99:2546,320,0 chrIV 465667 . CAA C,CA 2548.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.618;DP=134;FS=8.056;HaplotypeScore=722.8888;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.73;MQ0=0;MQRankSum=1.290;QD=19.02;RPA=12,10,11;RU=A;ReadPosRankSum=2.664;SB=-9.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:25,50,0:134:99:2627,1135,1116,1098,0,842 chrIV 471707 . A AT 806.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.913;DP=135;FS=1.563;HaplotypeScore=40.0167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.055;QD=5.98;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-1.540;SB=-3.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,51:135:99:846,0,915 chrIV 476789 . A AT 1039.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.804;DP=85;FS=2.866;HaplotypeScore=101.2384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.321;QD=12.23;RPA=3,4;RU=T;ReadPosRankSum=0.145;SB=-3.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,45:85:99:1079,0,952 chrIV 479545 . T TGCG 2279.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.590;DP=96;FS=2.725;HaplotypeScore=247.1493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.197;QD=23.75;ReadPosRankSum=1.007;SB=-9.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,49:96:99:2319,0,2353 chrIV 482472 . GAA G 482.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.204;DP=75;FS=5.513;HaplotypeScore=82.9660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=0.978;QD=6.44;RPA=16,14;RU=A;ReadPosRankSum=2.432;SB=-2.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,19:75:99:522,0,782 chrIV 482676 . AT A 2559.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=52.6548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.02;MQ0=0;QD=22.65;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.087e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,105:113:99:2602,315,0 chrIV 485654 . CA CAAA,C 1616.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.683;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=334.8833;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=22.15;RPA=10,12,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.039;SB=-6.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:9,0,35:73:99:1695,802,1323,1064,0,1239 chrIV 488785 . TA T 1398.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.872;DP=117;FS=4.624;HaplotypeScore=58.5196;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.078;QD=11.96;RPA=6,5;RU=A;ReadPosRankSum=-0.112;SB=-6.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,67:117:99:1438,0,957 chrIV 489335 . TA T 475.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.874;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=22.6588;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQ0=0;MQRankSum=0.643;QD=7.56;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.426;SB=-1.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,29:63:99:515,0,603 chrIV 489441 . AATAT A,AAT 1448.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.310;DP=104;FS=3.112;HaplotypeScore=163.4957;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=0.310;QD=13.93;RPA=12,10,11;RU=AT;ReadPosRankSum=0.535;SB=-6.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:63,14,0:104:99:1527,541,697,627,0,568 chrIV 503381 . G GTT 588.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.725;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=121.2973;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=2.518;QD=6.54;RPA=12,14;RU=T;ReadPosRankSum=1.471;SB=-3.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,26:90:99:628,0,1307 chrIV 504022 . C CT 854.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.339;DP=82;FS=1.907;HaplotypeScore=162.9377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.723;QD=10.43;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=0.643;SB=-3.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,42:82:99:894,0,660 chrIV 504697 . GTA G 1965.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.384;DP=142;FS=1.416;HaplotypeScore=52.6777;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.783;QD=13.84;RPA=3,2;RU=TA;ReadPosRankSum=-1.153;SB=-7.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,62:142:99:2005,0,2772 chrIV 505233 . CAT CATATATAT,C 1685.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=257.3200;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.55;MQ0=0;QD=21.34;RPA=10,13,9;RU=AT;SB=-7.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:42,0,24:78:99:1764,924,2308,973,0,1242 chrIV 505516 . T TA 699.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.455;DP=81;FS=3.089;HaplotypeScore=131.3232;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=1.468;QD=8.64;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=1.033;SB=-3.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,38:81:99:739,0,673 chrIV 505688 . T TG 2019.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.599;DP=153;FS=2.110;HaplotypeScore=61.0113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.021;QD=13.20;RPA=2,3;RU=G;ReadPosRankSum=-1.078;SB=-9.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,79:153:99:2059,0,1820 chrIV 506579 . T TAA 1346.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.659;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=115.6032;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQ0=3;MQRankSum=0.848;QD=11.82;RPA=10,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.081;SB=-5.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,50:111:99:1386,0,1384 chrIV 506725 . T TAA 1306.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.177;DP=98;FS=6.818;HaplotypeScore=48.6129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.376;QD=13.34;RPA=8,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.473;SB=-4.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,48:98:99:1346,0,1275 chrIV 506937 . T TAAA 936.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.087;DP=79;FS=14.152;HaplotypeScore=80.2550;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.41;MQ0=0;MQRankSum=1.271;QD=11.86;RPA=14,17;RU=A;ReadPosRankSum=-3.013;SB=-3.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,27:79:99:976,0,857 chrIV 507506 . G GT 849.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.438;DP=83;FS=3.577;HaplotypeScore=217.4680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.037;QD=10.24;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.354;SB=-1.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,46:83:99:889,0,648 chrIV 507966 . GA G 545.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.591;DP=78;FS=3.264;HaplotypeScore=137.5025;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.349;QD=7.00;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=2.163;SB=-2.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,34:78:99:585,0,312 chrIV 509591 . GA G 2939.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=149.2439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.03;MQ0=0;QD=24.10;RPA=8,7;RU=A;SB=-9.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,120:122:99:2982,359,0 chrIV 509733 . CA C 1508.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.818;DP=115;FS=10.788;HaplotypeScore=185.4683;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.660;QD=13.12;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.210;SB=-7.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,54:115:99:1548,0,1577 chrIV 512749 . GC G 1472.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.880;DP=114;FS=7.366;HaplotypeScore=139.3386;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=2.051;QD=12.92;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=-0.255;SB=-6.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,50:114:99:1512,0,1785 chrIV 513760 . G GA 172.06 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.747;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=71.4653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=14.22;MQ0=25;MQRankSum=-0.747;QD=5.21;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=-0.747;SB=-1.403e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,6:8:14:211,0,14 chrIV 519721 . GA G 1277.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.529;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=47.1203;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.665;QD=11.62;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=-1.617;SB=-5.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,53:110:99:1317,0,1341 chrIV 519899 . GTTTTTTTTTTTT G 1079.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.048;DP=36;FS=19.521;HaplotypeScore=217.9969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.08;MQ0=0;MQRankSum=-3.199;QD=30.00;RPA=23,11;RU=T;ReadPosRankSum=2.123;SB=-9.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,9:36:99:1119,0,1585 chrIV 520080 . C CT 764.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.282;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=455.6196;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.83;MQ0=0;MQRankSum=-6.918;QD=9.56;ReadPosRankSum=1.283;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,25:80:99:804,0,1643 chrIV 520082 . TG T 595.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.976;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=427.0314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.41;MQ0=0;MQRankSum=-6.893;QD=8.16;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=1.749;SB=-2.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,26:73:99:635,0,1338 chrIV 521108 . A AT 1465.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.615;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=26.2285;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.173;QD=21.56;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.056;SB=-4.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,61:68:99:1508,162,0 chrIV 521286 . TA T 2923.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=26.9058;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.89;MQ0=0;QD=26.34;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.156e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:111:99:2966,333,0 chrIV 521522 . G GA 638.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.004;DP=94;FS=2.767;HaplotypeScore=22.4709;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.659;QD=6.80;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.638;SB=-2.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,38:94:99:678,0,965 chrIV 523025 . CT C 470.08 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.117;DP=63;FS=1.084;HaplotypeScore=610.7297;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.05;MQ0=0;MQRankSum=6.135;QD=7.46;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.953;SB=-1.871e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,23:63:13:509,0,13 chrIV 523034 . T TG 720.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.355;DP=58;FS=1.030;HaplotypeScore=708.1102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.61;MQ0=0;MQRankSum=-6.512;QD=12.43;ReadPosRankSum=0.680;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,23:58:99:760,0,381 chrIV 523046 . TA T 609.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-5.896;DP=59;FS=11.572;HaplotypeScore=792.6880;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.05;MQ0=0;MQRankSum=5.876;QD=10.34;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.160;SB=-2.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,31:59:32:652,32,0 chrIV 523065 . GA G 266.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.170;DP=50;FS=3.960;HaplotypeScore=701.7531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.31;MQ0=0;MQRankSum=-5.196;QD=5.34;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=0.514;SB=-3.001e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,13:50:99:306,0,794 chrIV 523072 . GA G 252.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.221;DP=46;FS=3.885;HaplotypeScore=599.3017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.37;MQ0=0;MQRankSum=-5.245;QD=5.50;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.415;SB=-8.001e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,13:46:99:292,0,916 chrIV 525268 . C CT 1060.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.637;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=233.9301;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.54;MQ0=0;MQRankSum=0.891;QD=15.16;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.470;SB=-4.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,50:70:99:1103,105,0 chrIV 538149 . TG T 506.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=641.3375;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.95;MQ0=10;QD=12.36;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,18:31:54:549,54,0 chrIV 538153 . C CG 530.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=566.4973;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.82;MQ0=10;QD=18.96;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,18:18:54:573,54,0 chrIV 538733 . GTATATATATATATA G,GTATA 5258 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=70.4315;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=46.98;MQ0=1;QD=52.58;RPA=15,8,10;RU=TA;SB=-2.328e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:54,23,0:99:99:5258,1163,1202,1183,0,1046 chrIV 541917 . G GA 846.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.065;DP=134;FS=2.301;HaplotypeScore=115.3080;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.205;QD=6.32;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.195;SB=-3.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,53:134:99:886,0,1223 chrIV 542558 . CAA C,CA 2186.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.250;DP=132;FS=2.383;HaplotypeScore=64.7669;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=2.140;QD=16.57;RPA=15,13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.698;SB=-4.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:25,40,0:132:99:2265,1094,1172,820,0,598 chrIV 546587 . CGCAAATCAAACATA C 5998 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.401;DP=106;FS=6.859;HaplotypeScore=156.8747;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.48;MQ0=0;MQRankSum=-6.775;QD=56.58;ReadPosRankSum=-1.285;SB=-1.680e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,46:106:99:5998,0,8036 chrIV 550807 . TA T 1102.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.674;DP=125;FS=1.526;HaplotypeScore=144.4101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.778;QD=8.82;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.431;SB=-4.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,63:125:99:1142,0,889 chrIV 551638 . C CA 1587.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.819;DP=155;FS=3.068;HaplotypeScore=186.7115;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.01;MQ0=0;MQRankSum=1.437;QD=10.24;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.370;SB=-5.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,86:155:99:1627,0,1071 chrIV 551819 . CA C 902.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.611;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=274.8849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.129;QD=5.83;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=3.039;SB=-4.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:108,42:154:99:942,0,640 chrIV 558164 . C CT 690.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.514;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=77.0346;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=0.324;QD=6.46;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.082;SB=-3.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,36:107:99:730,0,661 chrIV 558300 . A AAT 1610.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.305;DP=116;FS=0.818;HaplotypeScore=278.4613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.978;QD=13.89;RPA=5,6;RU=AT;ReadPosRankSum=0.901;SB=-4.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,45:116:99:1650,0,1438 chrIV 558317 . G GTA 1655.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.946;DP=151;FS=1.882;HaplotypeScore=426.5439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=1;MQRankSum=1.618;QD=10.97;RPA=4,5;RU=TA;ReadPosRankSum=0.268;SB=-3.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,56:150:99:1695,0,1610 chrIV 560869 . C CA 453.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.769;DP=81;FS=1.885;HaplotypeScore=128.1649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQ0=0;MQRankSum=0.674;QD=5.60;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.235;SB=-2.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,31:81:99:493,0,850 chrIV 561184 . C CT 820.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.209;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=94.4475;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=0.791;QD=7.14;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.888;SB=-2.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,46:115:99:860,0,1247 chrIV 562609 . GA G 2785.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.499;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=46.9541;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=0.364;QD=21.94;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.509;SB=-7.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,118:127:99:2828,331,0 chrIV 562897 . G GA 1122.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.279;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=205.9612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=1.053;QD=8.64;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.609;SB=-5.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,61:130:99:1162,0,860 chrIV 563012 . T TC 977.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.992;DP=120;FS=1.539;HaplotypeScore=679.9309;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.44;MQ0=0;MQRankSum=-5.790;QD=8.15;ReadPosRankSum=-1.418;SB=-5.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,32:120:99:1017,0,2225 chrIV 563111 . CA C 1855.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.608;DP=117;FS=0.694;HaplotypeScore=256.0912;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=0.864;QD=15.86;ReadPosRankSum=0.297;SB=-8.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,57:117:99:1895,0,1980 chrIV 563497 . CAA C 2105.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.494;DP=151;FS=3.472;HaplotypeScore=259.3618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=1;MQRankSum=1.690;QD=13.95;RPA=11,9;RU=A;ReadPosRankSum=2.519;SB=-4.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,77:150:99:2145,0,1731 chrIV 564870 . AG A 1016.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.669;DP=83;FS=2.105;HaplotypeScore=182.0407;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.81;MQ0=0;MQRankSum=-2.831;QD=12.25;ReadPosRankSum=-0.450;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,35:83:99:1056,0,1487 chrIV 567579 . A AT 997.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.837;DP=131;FS=0.698;HaplotypeScore=50.0450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=1;MQRankSum=0.988;QD=7.62;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.473;SB=-4.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,59:130:99:1037,0,871 chrIV 569035 . GA G 4170 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=568.7245;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.47;MQ0=0;QD=34.75;RPA=2,1;RU=A;SB=-2.081e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,119:120:99:4170,361,0 chrIV 573796 . T TA 1011.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.816;DP=116;FS=4.852;HaplotypeScore=154.3663;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.099;QD=8.72;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=2.528;SB=-3.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,52:116:99:1051,0,1026 chrIV 576324 . G GTTTT 4071 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=213.0529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.91;MQ0=0;QD=44.25;RPA=8,12;RU=T;SB=-1.958e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,80:92:99:4071,259,0 chrIV 578273 . C CA 707.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.670;DP=92;FS=0.858;HaplotypeScore=286.6841;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=-2.042;QD=7.70;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.325;SB=-2.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,37:92:99:747,0,948 chrIV 578282 . TA T 756.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.505;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=302.1585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=0.063;QD=7.97;RPA=7,6;RU=A;ReadPosRankSum=-0.101;SB=-2.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,38:95:99:796,0,1032 chrIV 578295 . G GAA 1083.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.375;DP=97;FS=3.124;HaplotypeScore=279.7655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.734;QD=11.17;RPA=10,12;RU=A;ReadPosRankSum=-2.411;SB=-2.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,42:97:99:1123,0,1333 chrIV 578452 . GTT G,GT 2612.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=35.5794;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.14;MQ0=0;QD=22.33;RPA=11,9,10;RU=T;SB=-1.087e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:9,55,0:116:99:2691,1097,1056,1236,0,938 chrIV 578641 . TC T 1006.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.465;DP=95;FS=4.032;HaplotypeScore=763.4976;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.14;MQ0=0;MQRankSum=1.156;QD=10.60;ReadPosRankSum=1.020;SB=-5.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,39:95:99:1046,0,1511 chrIV 579248 . AT A 1340.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.089;DP=124;FS=6.610;HaplotypeScore=331.8530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=0.309;QD=10.81;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=0.553;SB=-3.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,56:124:99:1380,0,1341 chrIV 582694 . AT A 3282 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=127.8810;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.07;MQ0=0;QD=34.91;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.375e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:94:99:3282,277,0 chrIV 584615 . G GGACGACGACGACGACGAC,GGACGACGACGACGAC 8069 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=119.2324;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=42.97;MQ0=0;QD=126.08;RPA=4,10,9;RU=GAC;SB=-3.719e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:14,13,36:64:99:8069,1081,928,837,0,684 chrIV 587742 . TA T 1548.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.923;DP=169;FS=6.768;HaplotypeScore=64.7973;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=0.416;QD=9.17;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=-0.755;SB=-6.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,84:169:99:1588,0,1538 chrIV 588028 . AGG A 2318.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.433;DP=130;FS=0.687;HaplotypeScore=39.3215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.121;QD=17.84;RPA=6,4;RU=G;ReadPosRankSum=1.917;SB=-1.062e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,65:130:99:2358,0,1748 chrIV 588469 . C CA 1046.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;DP=148;FS=3.912;HaplotypeScore=585.7101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=1.533;QD=7.07;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.437;SB=-4.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,61:148:99:1086,0,1604 chrIV 589651 . T TAA,TA 1706.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.173;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=457.6158;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.60;MQ0=0;MQRankSum=0.847;QD=20.32;RPA=11,13,12;RU=A;ReadPosRankSum=-1.710;SB=-5.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:28,18,35:83:99:1785,722,624,682,0,503 chrIV 589690 . TA T 2135.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=538.6171;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.70;MQ0=0;QD=22.48;RPA=9,8;RU=A;SB=-5.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,89:95:99:2178,269,0 chrIV 591697 . T TA 574.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.087;DP=108;FS=0.783;HaplotypeScore=169.7694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.117;QD=5.32;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.064;SB=-2.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,36:108:99:614,0,951 chrIV 591782 . AT A 3618 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=234.6345;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.80;MQ0=0;QD=27.00;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.294e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,129:134:99:3618,387,0 chrIV 591956 . T TC 1614.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-9.546;DP=150;FS=0.630;HaplotypeScore=573.0247;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.065;QD=10.77;RPA=4,5;RU=C;ReadPosRankSum=-0.732;SB=-7.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,67:150:99:1654,0,1625 chrIV 592206 . T TG 5171 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=738.8047;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;QD=33.36;RPA=1,2;RU=G;SB=-2.386e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,150:155:99:5171,451,0 chrIV 592981 . GTT G 1635.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.674;DP=147;FS=0.646;HaplotypeScore=468.1517;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=2.669;QD=11.13;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.781;SB=-8.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,62:147:99:1675,0,1711 chrIV 593261 . GC G 2136.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.107;DP=122;FS=5.813;HaplotypeScore=733.6240;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.870;QD=17.52;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=-0.290;SB=-9.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,68:122:99:2176,0,1343 chrIV 597052 . C CT,CTT 2004.40 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.184;DP=98;FS=9.513;HaplotypeScore=550.1082;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=52.71;MQ0=0;MQRankSum=0.966;QD=20.45;RPA=5,6,7;RU=T;ReadPosRankSum=1.426;SB=-9.204e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:17,33,48:98:40:2081,973,758,253,0,40 chrIV 597101 . C CA 4634 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=1191.0677;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.36;MQ0=0;QD=38.62;SB=-1.949e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,114:120:99:4634,361,0 chrIV 597109 . C CA 3011.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=1279.2195;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.99;MQ0=0;QD=25.97;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.338e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,102:116:99:3054,310,0 chrIV 597125 . GA G 862.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.474;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=1221.3581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.69;MQ0=0;MQRankSum=-5.869;QD=8.22;RPA=6,5;RU=A;ReadPosRankSum=0.251;SB=-4.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,43:105:99:902,0,1265 chrIV 598146 . G GA 729.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.360;DP=91;FS=3.347;HaplotypeScore=407.0305;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQ0=0;MQRankSum=0.050;QD=8.02;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.711;SB=-2.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,41:91:99:769,0,870 chrIV 600480 . A AT 2215.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=512.8191;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.41;MQ0=0;QD=21.73;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.121e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,87:102:99:2258,264,0 chrIV 600768 . AAT A 4488 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=678.7412;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.16;MQ0=0;QD=38.03;SB=-2.162e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:118:99:4488,350,0 chrIV 604253 . T TGATGATGAC 3670 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.937;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=38.6993;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.59;MQ0=0;MQRankSum=-3.875;QD=33.36;ReadPosRankSum=-0.944;SB=-1.661e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,44:110:99:3670,0,4869 chrIV 607042 . GA G 494.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.709;DP=121;FS=3.825;HaplotypeScore=413.2171;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQ0=0;MQRankSum=0.552;QD=4.09;RPA=17,16;RU=A;ReadPosRankSum=0.091;SB=-1.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,29:121:99:534,0,485 chrIV 607060 . GAA G 2212.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.319;DP=160;FS=6.112;HaplotypeScore=473.6509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.80;MQ0=0;MQRankSum=2.736;QD=13.83;RPA=8,6;RU=A;ReadPosRankSum=1.301;SB=-8.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,72:160:99:2252,0,1711 chrIV 611907 . CGCA C 1672.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.350;DP=111;FS=0.754;HaplotypeScore=204.1054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.691;QD=15.07;RPA=3,2;RU=GCA;ReadPosRankSum=-0.691;SB=-7.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,40:111:99:1712,0,2638 chrIV 613292 . C CT 1417.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.383;DP=130;FS=2.972;HaplotypeScore=184.3400;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQ0=0;MQRankSum=0.865;QD=10.91;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=0.541;SB=-2.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,66:130:99:1457,0,1353 chrIV 616414 . CA C 3007.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=139.7721;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.24;MQ0=0;QD=25.93;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.459e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,108:116:99:3050,324,0 chrIV 619961 . T TA 857.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.499;DP=94;FS=0.783;HaplotypeScore=323.3063;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.288;QD=9.13;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=0.696;SB=-3.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,45:94:99:897,0,950 chrIV 620983 . C CTA 857.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.985;DP=115;FS=2.079;HaplotypeScore=284.7291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.378;QD=7.46;RPA=8,9;RU=TA;ReadPosRankSum=0.366;SB=-3.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,33:115:99:897,0,1010 chrIV 621879 . GAAAAAAA G,GAAAAA 4152 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.079;DP=107;FS=1.854;HaplotypeScore=281.7938;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=2.561;QD=38.80;RPA=19,12,17;RU=A;ReadPosRankSum=1.603;SB=-1.889e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:46,48,0:107:99:4152,457,1852,2846,0,2739 chrIV 624927 . G GA 2207.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=11.006;DP=166;FS=8.985;HaplotypeScore=566.6352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.005;QD=13.30;ReadPosRankSum=1.730;SB=-5.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,70:166:99:2247,0,3327 chrIV 626115 . TTA T 1869.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.331;DP=165;FS=39.600;HaplotypeScore=689.5276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.48;MQ0=0;MQRankSum=-4.141;QD=11.33;RPA=2,1;RU=TA;ReadPosRankSum=-0.230;SB=-3.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:104,58:165:99:1909,0,3483 chrIV 626177 . G GAAA 2086.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.385;DP=123;FS=1.541;HaplotypeScore=322.0002;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=-2.011;QD=16.97;RPA=5,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.659;SB=-8.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,53:123:99:2126,0,2548 chrIV 626607 . AT A 3606 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=45.7852;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=1;QD=28.85;RPA=4,3;RU=T;SB=-9.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,120:124:99:3606,358,0 chrIV 628654 . A AT 607.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.877;DP=104;FS=3.161;HaplotypeScore=378.2062;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.91;MQ0=0;MQRankSum=4.880;QD=5.85;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.557;SB=-2.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,37:104:99:647,0,268 chrIV 628665 . TTC T 1892.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.674;DP=103;FS=2.711;HaplotypeScore=251.5961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.58;MQ0=0;MQRankSum=-4.850;QD=18.38;ReadPosRankSum=1.179;SB=-6.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,53:103:99:1932,0,1218 chrIV 629157 . C CT 939.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.430;DP=100;FS=0.767;HaplotypeScore=439.0704;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.862;QD=9.40;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.312;SB=-4.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,50:100:99:979,0,855 chrIV 629175 . T TA 891.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.485;DP=99;FS=0.777;HaplotypeScore=440.1315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQ0=0;MQRankSum=2.176;QD=9.01;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=-0.271;SB=-3.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,41:99:99:931,0,1020 chrIV 629785 . A ACC 1232.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.507;DP=84;FS=3.062;HaplotypeScore=541.3273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.684;QD=14.68;RPA=2,4;RU=C;ReadPosRankSum=-0.218;SB=-4.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,36:84:99:1272,0,1579 chrIV 629821 . C CT 2767.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.974;DP=122;FS=2.667;HaplotypeScore=384.6277;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.343;QD=22.69;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.240;SB=-1.000e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,115:122:99:2810,312,0 chrIV 630148 . CA C 1893.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.686;DP=145;FS=5.041;HaplotypeScore=309.4439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=1.291;QD=13.06;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.514;SB=-6.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,68:145:99:1933,0,1995 chrIV 630606 . TC T 1945.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.193;DP=116;FS=3.510;HaplotypeScore=336.3116;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQ0=0;MQRankSum=0.528;QD=16.78;ReadPosRankSum=1.246;SB=-9.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,58:116:99:1985,0,1630 chrIV 630672 . C CTG,CTGCTG 5208 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.588;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=388.3469;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.491;QD=42.69;ReadPosRankSum=1.674;SB=-1.423e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:9,60,34:121:99:5208,1779,1500,2151,0,1943 chrIV 630833 . G GT 427.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.324;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=345.8874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQ0=1;MQRankSum=0.914;QD=3.60;RPA=16,17;RU=T;ReadPosRankSum=-0.908;SB=-1.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,32:118:99:467,0,808 chrIV 636347 . G GA 1216.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.360;DP=117;FS=2.457;HaplotypeScore=133.8722;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQ0=0;MQRankSum=0.699;QD=10.40;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=-1.920;SB=-6.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,63:117:99:1256,0,855 chrIV 636900 . A AT 925.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.332;DP=114;FS=3.867;HaplotypeScore=103.8086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.57;MQ0=0;MQRankSum=1.616;QD=8.12;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.638;SB=-2.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,53:114:99:965,0,786 chrIV 637094 . AT ATT,A 1591.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.643;DP=91;FS=3.059;HaplotypeScore=44.2948;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.191;QD=17.49;RPA=12,13,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.233;SB=-8.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:10,1,46:91:99:1670,1010,1266,863,0,1068 chrIV 639892 . G GT 876.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.468;DP=97;FS=3.997;HaplotypeScore=357.9187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=0.770;QD=9.04;RPA=3,4;RU=T;ReadPosRankSum=-0.145;SB=-3.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,44:97:67:916,0,67 chrIV 643946 . T TG 1629.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.761;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=279.6475;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.636;QD=15.23;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=0.087;SB=-4.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,57:107:99:1669,0,1383 chrIV 645066 . T TTA 1755.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.120;DP=118;FS=4.560;HaplotypeScore=115.3830;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.44;MQ0=0;MQRankSum=1.915;QD=14.88;RPA=1,2;RU=TA;ReadPosRankSum=-4.089;SB=-8.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,40:117:99:1795,0,2540 chrIV 645152 . A AG 2264.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.311;DP=151;FS=1.459;HaplotypeScore=145.1684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=0.887;QD=15.00;ReadPosRankSum=-1.546;SB=-7.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,74:150:99:2304,0,2035 chrIV 645503 . G GT 199.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.666;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=278.0377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.37;MQ0=1;MQRankSum=-1.666;QD=20.00;ReadPosRankSum=1.666;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,7:9:41:239,0,41 chrIV 645508 . AT A 204.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.666;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=277.5312;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.81;MQ0=3;MQRankSum=-1.666;QD=17.08;ReadPosRankSum=1.666;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,7:9:47:244,0,47 chrIV 645515 . GGT G 248.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.666;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=273.1404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.81;MQ0=3;MQRankSum=-1.666;QD=20.75;ReadPosRankSum=1.666;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,7:9:66:288,0,66 chrIV 645524 . A ATG 242.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.666;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=273.7290;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.81;MQ0=3;MQRankSum=-1.666;QD=20.25;ReadPosRankSum=1.666;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,7:9:61:282,0,61 chrIV 645544 . GT G 188.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.666;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=279.1821;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.81;MQ0=3;MQRankSum=-1.666;QD=15.75;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=-1.666;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,7:9:47:228,0,47 chrIV 651421 . T TTTTGC 502.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.918;DP=29;FS=5.374;HaplotypeScore=488.0428;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.246;QD=17.34;ReadPosRankSum=0.295;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,8:28:99:542,0,434 chrIV 651554 . CT C 609.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.822;DP=76;FS=3.786;HaplotypeScore=334.9906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.77;MQ0=0;MQRankSum=-3.236;QD=8.03;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=0.623;SB=-1.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,23:76:99:649,0,1585 chrIV 651568 . GC G 713.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.868;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=420.6888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.68;MQ0=0;MQRankSum=-5.646;QD=8.11;RPA=7,6;RU=C;ReadPosRankSum=-1.675;SB=-3.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,31:88:99:753,0,938 chrIV 652146 . T TAA 1492.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.926;DP=117;FS=16.877;HaplotypeScore=423.9257;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.56;MQ0=0;MQRankSum=-4.764;QD=12.76;RPA=2,4;RU=A;ReadPosRankSum=2.943;SB=-6.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,45:117:99:1532,0,2608 chrIV 652961 . CT C 1277.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.432;DP=115;FS=1.675;HaplotypeScore=157.8079;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.364;QD=11.11;RPA=8,7;RU=T;ReadPosRankSum=-2.326;SB=-4.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,66:115:99:1317,0,737 chrIV 654343 . A AACG 2520.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.684;DP=130;FS=2.295;HaplotypeScore=41.3199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.29;MQ0=0;MQRankSum=1.718;QD=19.39;ReadPosRankSum=0.989;SB=-1.238e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,64:130:99:2560,0,2678 chrIV 654811 . CTACCT C 3206.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.134;DP=128;FS=6.396;HaplotypeScore=387.7406;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.837;QD=25.05;RPA=2,1;RU=TACCT;ReadPosRankSum=1.522;SB=-8.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,50:128:99:3246,0,4102 chrIV 657606 . TCA T 1924.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.139;DP=97;FS=6.470;HaplotypeScore=248.0120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.784;QD=19.85;RPA=2,1;RU=CA;ReadPosRankSum=1.904;SB=-7.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,49:97:99:1964,0,1629 chrIV 657631 . TA T 1146.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.682;DP=122;FS=14.465;HaplotypeScore=620.4282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.135;QD=9.40;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=0.589;SB=-2.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,59:122:99:1186,0,805 chrIV 657676 . TC T 1297.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.869;DP=133;FS=11.040;HaplotypeScore=564.9810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.432;QD=9.76;ReadPosRankSum=1.579;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,69:133:99:1337,0,1917 chrIV 658113 . C CT 1546.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.386;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=376.8005;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.00;MQ0=0;MQRankSum=1.336;QD=13.11;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-2.400;SB=-6.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,78:118:99:1589,117,0 chrIV 665217 . ATT A 1199.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.002;DP=105;FS=1.610;HaplotypeScore=130.6209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQ0=0;MQRankSum=0.163;QD=11.43;RPA=9,7;RU=T;ReadPosRankSum=0.562;SB=-6.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,45:105:99:1239,0,1712 chrIV 668813 . AAG A 1610.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.058;DP=123;FS=10.241;HaplotypeScore=206.9968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQ0=2;MQRankSum=-0.832;QD=13.10;ReadPosRankSum=-0.326;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,47:121:99:1650,0,646 chrIV 668815 . GA G 1646.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=243.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.95;MQ0=2;QD=13.28;RPA=9,8;RU=A;SB=-6.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:71,52:122:99:1689,278,0 chrIV 671243 . C CT,CTTTT 4939 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=601.7687;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.43;MQ0=0;QD=41.50;RPA=3,4,7;RU=T;SB=-1.498e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:1,52,66:119:99:4939,3041,2709,1522,0,2135 chrIV 677842 . TGA T 4309 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=373.1826;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.68;MQ0=0;QD=31.92;SB=-1.751e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,126:135:99:4309,386,0 chrIV 678226 . G GTTTTTTT,GTT 4967 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.696;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=205.4583;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.09;MQ0=2;MQRankSum=1.229;QD=39.74;RPA=11,18,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.696;SB=-1.839e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:28,11,66:123:99:4967,1332,2267,2552,0,2248 chrIV 680128 . CT C 917.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.372;DP=104;FS=2.655;HaplotypeScore=219.8233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.439;QD=8.83;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.347;SB=-4.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,53:104:99:957,0,743 chrIV 681887 . T TCCAGTAG 3293 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.710;DP=121;FS=7.294;HaplotypeScore=288.5326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.47;MQ0=0;MQRankSum=-6.571;QD=27.21;ReadPosRankSum=3.293;SB=-1.121e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,35:121:99:3293,0,6872 chrIV 683656 . G GT 1040.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.593;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=213.0275;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.325;QD=9.46;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=0.416;SB=-3.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,52:110:99:1080,0,1201 chrIV 683941 . T TA 3859 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=484.1042;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.21;MQ0=0;QD=27.96;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.704e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,132:138:99:3859,394,0 chrIV 688062 . CT C,CTTT 1911.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.838;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=78.5031;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=1.471;QD=16.48;RPA=14,13,16;RU=T;ReadPosRankSum=-0.875;SB=-7.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:59,31,1:116:99:1990,1563,1968,644,0,1034 chrIV 688182 . C CT 1209.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.780;DP=137;FS=0.631;HaplotypeScore=221.0682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.510;QD=8.83;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.866;SB=-6.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,67:137:99:1249,0,1155 chrIV 693401 . TAA T 2482.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.490;DP=129;FS=1.450;HaplotypeScore=45.5746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQ0=0;MQRankSum=1.412;QD=19.25;RPA=5,3;RU=A;ReadPosRankSum=-0.573;SB=-1.001e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,73:129:99:2522,0,1733 chrIV 694047 . G GTTA 2768.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.628;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=427.1647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.702;QD=21.98;RPA=1,2;RU=TTA;ReadPosRankSum=0.742;SB=-1.186e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,57:126:99:2808,0,2733 chrIV 694246 . A AT 1180.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.598;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=477.1939;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.768;QD=9.08;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=0.938;SB=-5.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,54:130:99:1220,0,1741 chrIV 694249 . A ATG 2176.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.544;DP=127;FS=0.661;HaplotypeScore=361.1239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.289;QD=17.14;ReadPosRankSum=1.157;SB=-9.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,61:127:99:2216,0,2726 chrIV 694634 . A ATT 874.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.668;DP=131;FS=0.682;HaplotypeScore=132.1336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=1;MQRankSum=-0.945;QD=6.68;RPA=10,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.183;SB=-4.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,37:130:99:914,0,2211 chrIV 698189 . T TG 1820.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.418;DP=141;FS=1.334;HaplotypeScore=295.6548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=0.132;QD=12.91;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=-0.119;SB=-8.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,66:141:99:1860,0,2219 chrIV 701136 . AGAGTATTTCCCCAGG A 5964 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.540;DP=98;FS=21.711;HaplotypeScore=122.9512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.90;MQ0=0;MQRankSum=-7.187;QD=60.86;ReadPosRankSum=2.729;SB=-2.353e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,41:98:99:5964,0,8001 chrIV 702952 . AT A 957.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.612;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=113.7943;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.63;MQ0=0;MQRankSum=3.805;QD=13.12;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=-0.096;SB=-4.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,44:73:99:997,0,600 chrIV 713058 . AG A 1369.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.612;DP=100;FS=3.788;HaplotypeScore=448.7967;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.07;MQ0=0;MQRankSum=-2.075;QD=13.70;ReadPosRankSum=-0.255;SB=-6.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,49:100:99:1409,0,1626 chrIV 713187 . T TA 1481.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.684;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=211.1766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.520;QD=11.40;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=0.162;SB=-4.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,67:130:99:1521,0,1319 chrIV 718493 . AT A 1148.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.896;DP=99;FS=12.647;HaplotypeScore=278.0764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.240;QD=11.61;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=-0.311;SB=-5.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,49:99:99:1188,0,815 chrIV 718713 . GT G 1553.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.282;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=243.5772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.355;QD=13.63;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=-0.826;SB=-5.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,54:114:99:1593,0,1382 chrIV 718747 . TA T 1264.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.476;DP=123;FS=11.752;HaplotypeScore=294.6352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=0.428;QD=10.28;RPA=6,5;RU=A;ReadPosRankSum=1.103;SB=-6.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,62:123:99:1304,0,1206 chrIV 720543 . A AAAGACAAAAGCAAGCT 2457.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.502;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=75.7168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.49;MQ0=0;MQRankSum=-2.232;QD=32.77;RPA=1,2;RU=AAGACAAAAGCAAGCT;ReadPosRankSum=-0.790;SB=-1.107e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,24:75:99:2497,0,4679 chrIV 721191 . AGTTGGCTTTTCG A 5030 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.172;DP=148;FS=4.112;HaplotypeScore=121.6191;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.47;MQ0=0;MQRankSum=-6.227;QD=33.99;ReadPosRankSum=-0.212;SB=-1.900e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,62:148:99:5030,0,8862 chrIV 721724 . GA G 1357.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.169;DP=154;FS=3.875;HaplotypeScore=65.5784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-2.634;QD=8.82;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=1.072;SB=-6.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,76:154:99:1397,0,1304 chrIV 722221 . G GAA,GA 2471.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.508;DP=114;FS=4.894;HaplotypeScore=410.8357;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.10;MQ0=0;MQRankSum=0.305;QD=21.68;RPA=11,13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.598;SB=-7.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:23,38,51:114:99:2550,1065,901,982,0,703 chrIV 722252 . A AAAAT 3445 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.636;DP=170;FS=6.911;HaplotypeScore=623.7166;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=0.137;QD=20.26;ReadPosRankSum=-2.473;SB=-1.423e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:107,63:170:99:3445,0,4410 chrIV 722932 . C CTTAT 1687.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.913;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=135.9845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=0.339;QD=20.34;RPA=1,2;RU=TTAT;ReadPosRankSum=0.996;SB=-5.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,34:83:99:1727,0,1831 chrIV 727773 . T TA 3598 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=146.0707;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.79;MQ0=0;QD=29.49;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.337e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:122:99:3598,367,0 chrIV 734082 . ATTATAC A 4325 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.572;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=33.8930;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.57;MQ0=0;MQRankSum=1.649;QD=32.04;ReadPosRankSum=0.915;SB=-8.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,63:135:99:4325,0,4755 chrIV 741921 . G GATAT 1324.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.729;DP=112;FS=3.272;HaplotypeScore=159.0009;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=2.007;QD=11.83;RPA=6,8;RU=AT;ReadPosRankSum=-1.200;SB=-4.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,30:112:99:1364,0,1978 chrIV 742290 . G GGTTATTGTC 2271.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.135;DP=115;FS=0.858;HaplotypeScore=106.1811;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.63;MQ0=0;MQRankSum=-6.063;QD=19.76;RPA=1,2;RU=GTTATTGTC;ReadPosRankSum=1.569;SB=-6.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,34:115:99:2311,0,4839 chrIV 746353 . CA C 1977.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.019;DP=119;FS=4.978;HaplotypeScore=99.2193;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.340;QD=16.62;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.541;SB=-6.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,91:119:99:2020,222,0 chrIV 747085 . G GCAA 2731.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.685;DP=125;FS=3.061;HaplotypeScore=699.2824;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.524;QD=21.86;RPA=7,8;RU=CAA;ReadPosRankSum=2.195;SB=-1.320e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:69,51:125:99:2774,191,0 chrIV 747529 . GCAACAGCAGCAACAGCAACAGCAA G,GCAGCAGCAACAGCAACAGCAA 4906 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.540;DP=93;FS=13.455;HaplotypeScore=1030.7665;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=43.71;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=52.75;ReadPosRankSum=3.439;SB=-1.473e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:49,0,0:93:99:4906,1548,4331,3075,0,3464 chrIV 748524 . TAAAA T,TAA 2348.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.027;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=183.8182;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.67;MQ0=0;MQRankSum=1.182;QD=33.08;RPA=14,10,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.467;SB=-3.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:3,30,0:71:99:2427,915,867,1011,0,827 chrIV 750901 . CT C 1787.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.692;DP=173;FS=0.600;HaplotypeScore=67.5218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=0.259;QD=10.34;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=-0.309;SB=-7.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,80:173:99:1827,0,1705 chrIV 751579 . T TG 2269.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.274;DP=147;FS=8.732;HaplotypeScore=127.3586;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.095;QD=15.44;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=0.554;SB=-9.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,80:147:99:2309,0,1837 chrIV 753495 . A AT 996.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.783;DP=123;FS=2.415;HaplotypeScore=284.8120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=1.929;QD=8.11;ReadPosRankSum=-0.301;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,55:123:99:1036,0,2197 chrIV 766575 . A ATTTTT 2160.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.149;DP=132;FS=2.377;HaplotypeScore=257.0720;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=2.650;QD=16.37;RPA=1,6;RU=T;ReadPosRankSum=-0.780;SB=-9.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,40:132:99:2200,0,5668 chrIV 791925 . CA C 607.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.064;DP=90;FS=4.383;HaplotypeScore=82.3027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.417;QD=6.76;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.025;SB=-2.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,38:90:99:647,0,666 chrIV 794603 . T TG 3188.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=49.0482;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.99;MQ0=0;QD=26.36;RPA=4,5;RU=G;SB=-1.029e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,109:121:99:3231,331,0 chrIV 801680 . CTCTTCTTCTTCTTCT C 4628 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.653;DP=139;FS=0.908;HaplotypeScore=56.0327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.18;MQ0=0;MQRankSum=-5.023;QD=33.29;RPA=13,8;RU=TCT;ReadPosRankSum=-1.063;SB=-7.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,39:139:99:4628,0,6900 chrIV 801915 . TCATCTTCATCTTCATCTTCATCTC T 4825 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.903;DP=108;FS=14.215;HaplotypeScore=149.9546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.49;MQ0=0;MQRankSum=-2.587;QD=44.68;ReadPosRankSum=-1.335;SB=-1.137e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,52:108:99:4825,0,11306 chrIV 808170 . A AT 1466.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.103;DP=179;FS=1.203;HaplotypeScore=64.4288;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=1;MQRankSum=0.490;QD=8.20;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.348;SB=-5.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,83:178:99:1506,0,1622 chrIV 810728 . G GCATCATCATCAT 4299 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=149.9933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.96;MQ0=0;QD=45.25;RPA=8,12;RU=CAT;SB=-1.783e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,59:95:99:4299,183,0 chrIV 811642 . A AG 2633.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.165;DP=171;FS=0.000;HaplotypeScore=116.0974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=1.083;QD=15.40;ReadPosRankSum=0.459;SB=-1.186e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,86:171:99:2673,0,2450 chrIV 812962 . CATATAT CATATATAT,C 4240 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.996;DP=165;FS=1.442;HaplotypeScore=522.3677;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.598;QD=25.70;RPA=9,10,6;RU=AT;ReadPosRankSum=0.839;SB=-1.735e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:83,0,38:165:99:4240,2978,3663,1313,0,4641 chrIV 813091 . TTG T 2643.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.810;DP=136;FS=0.659;HaplotypeScore=158.4243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.037;QD=19.44;ReadPosRankSum=1.965;SB=-1.042e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,69:136:99:2683,0,2626 chrIV 816631 . TAA T,TA 1946.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.443;DP=112;FS=3.561;HaplotypeScore=275.7244;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.608;QD=17.38;RPA=13,11,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.619;SB=-8.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:32,47,0:112:99:2025,644,588,1030,0,824 chrIV 816828 . TA T 1083.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.588;DP=113;FS=4.140;HaplotypeScore=189.8623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.270;QD=9.59;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=-0.155;SB=-3.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,55:113:99:1123,0,914 chrIV 816853 . AAGT A 2506.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.657;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=156.0080;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=1;MQRankSum=0.016;QD=19.14;RPA=4,3;RU=AGT;ReadPosRankSum=0.150;SB=-1.240e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,51:130:99:2546,0,1863 chrIV 817682 . AAT A 1417.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.312;DP=100;FS=5.209;HaplotypeScore=37.7267;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQ0=0;MQRankSum=0.065;QD=14.18;RPA=3,2;RU=AT;ReadPosRankSum=0.342;SB=-5.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,45:99:99:1457,0,1661 chrIV 821075 . T TAAA,TA 2940.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=164.3626;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.59;MQ0=0;QD=28.83;RPA=8,11,9;RU=A;SB=-1.300e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:2,38,59:102:99:3019,1308,1486,1480,0,1195 chrIV 838066 . A AAATAATAAT,AAATAATAATAATAAT 7971 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=135.9255;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=44.55;MQ0=0;QD=89.56;RPA=7,10,12;RU=AAT;SB=-3.471e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:21,21,39:89:99:7971,2175,1973,1722,0,1549 chrIV 840422 . AATATATATAT AATATATAT,A 3065.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=117.5517;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.27;MQ0=0;QD=27.37;RPA=11,10,6;RU=AT;SB=-8.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:59,0,13:112:99:3144,1565,1382,1395,0,3599 chrIV 840497 . AT A 1161.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.334;DP=150;FS=0.738;HaplotypeScore=258.9983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=-2.126;QD=7.75;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=1.601;SB=-2.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,60:150:99:1201,0,2009 chrIV 843550 . A AT 813.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.503;DP=102;FS=21.323;HaplotypeScore=878.6022;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.05;MQ0=0;MQRankSum=-7.602;QD=7.98;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=0.567;SB=-1.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,43:102:99:853,0,1642 chrIV 843565 . CTTA C 2423.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.268;DP=104;FS=15.481;HaplotypeScore=695.5304;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.58;MQ0=0;MQRankSum=-7.646;QD=23.31;ReadPosRankSum=0.176;SB=-8.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,46:104:99:2463,0,2829 chrIV 845132 . T TC 2407.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.069;DP=169;FS=0.000;HaplotypeScore=607.9679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.687;QD=14.25;RPA=2,3;RU=C;ReadPosRankSum=-1.022;SB=-9.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,87:169:99:2447,0,1640 chrIV 849399 . G GTCT 3826 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.067;DP=148;FS=4.004;HaplotypeScore=286.0740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.933;QD=25.85;RPA=1,2;RU=TCT;ReadPosRankSum=0.561;SB=-1.504e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,79:148:99:3826,0,2740 chrIV 851071 . CTCCCCA C 4014 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.003;DP=135;FS=2.499;HaplotypeScore=333.2667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.499;QD=29.73;RPA=2,1;RU=TCCCCA;ReadPosRankSum=1.251;SB=-1.602e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,60:135:99:4014,0,4051 chrIV 854086 . AT A 1020.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.335;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=60.1330;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.420;QD=7.56;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.348;SB=-4.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,61:135:99:1060,0,1382 chrIV 864960 . G GTAA 1997.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.881;DP=157;FS=4.907;HaplotypeScore=624.0628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=0.901;QD=12.73;RPA=5,6;RU=TAA;ReadPosRankSum=2.057;SB=-2.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:114,42:157:99:2037,0,1275 chrIV 864990 . C CT,CTT 2503.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.795;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=568.3797;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.840;QD=20.87;RPA=11,12,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.689;SB=-3.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:14,56,40:120:99:2582,987,725,1078,0,938 chrIV 867984 . TA T 751.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.474;DP=123;FS=7.662;HaplotypeScore=149.1105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.256;QD=6.11;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.576;SB=-2.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,47:123:99:791,0,1050 chrIV 868111 . CA C 1129.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.980;DP=123;FS=6.856;HaplotypeScore=191.1414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=0.813;QD=9.19;RPA=6,5;RU=A;ReadPosRankSum=0.531;SB=-4.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,57:123:99:1169,0,1179 chrIV 870568 . G GT 2383.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-9.307;DP=146;FS=3.951;HaplotypeScore=196.8299;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.845;QD=16.33;ReadPosRankSum=-0.180;SB=-9.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,73:146:99:2423,0,2443 chrIV 870706 . CT C 601.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.119;DP=98;FS=3.272;HaplotypeScore=570.5288;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=0.930;QD=6.14;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.814;SB=-1.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,37:98:99:641,0,288 chrIV 870855 . AG A 2198.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.003;DP=140;FS=2.470;HaplotypeScore=140.7744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.518;QD=15.71;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=1.006;SB=-6.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,71:140:99:2238,0,1815 chrIV 870950 . G GT 1851.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.190;DP=86;FS=3.770;HaplotypeScore=119.9579;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.522;QD=21.53;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.856;SB=-7.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,71:86:99:1894,223,0 chrIV 878026 . G GA 2152.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-9.138;DP=128;FS=8.702;HaplotypeScore=427.1765;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.59;MQ0=0;MQRankSum=1.449;QD=16.82;ReadPosRankSum=-0.104;SB=-8.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,65:127:99:2192,0,2118 chrIV 884286 . ATT A 1240.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.082;DP=90;FS=1.835;HaplotypeScore=429.4390;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.837;QD=13.79;RPA=11,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.818;SB=-4.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,44:87:99:1280,0,1068 chrIV 884500 . CT C 637.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.542;DP=87;FS=5.989;HaplotypeScore=121.5715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=0.465;QD=7.33;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=-1.255;SB=-1.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,37:85:99:677,0,764 chrIV 884692 . TA T 1348.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.251;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=241.2412;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.90;MQ0=0;MQRankSum=1.533;QD=12.73;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=0.580;SB=-5.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,61:106:99:1388,0,859 chrIV 887046 . AT A 741.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.931;DP=91;FS=0.814;HaplotypeScore=254.8916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.739;QD=8.15;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.140;SB=-3.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,40:91:99:781,0,724 chrIV 892532 . CAA CAAAA,C 2307.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.620;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=86.0860;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.79;MQ0=0;MQRankSum=1.024;QD=23.08;RPA=13,15,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.739;SB=-7.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:25,0,39:100:99:2386,1282,1831,1369,0,2176 chrIV 894993 . CA C 2634.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.311;DP=133;FS=3.739;HaplotypeScore=52.1673;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=1;MQRankSum=-2.053;QD=19.81;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.617;SB=-1.113e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,124:132:99:2677,347,0 chrIV 905294 . TA T 1738.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.147;DP=165;FS=7.811;HaplotypeScore=60.4049;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.381;QD=10.54;RPA=6,5;RU=A;ReadPosRankSum=-0.947;SB=-4.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,86:165:99:1778,0,1549 chrIV 909727 . A ATT 899.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.172;DP=142;FS=21.804;HaplotypeScore=176.6506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.62;MQ0=0;MQRankSum=5.513;QD=6.34;RPA=19,21;RU=T;ReadPosRankSum=-1.448;SB=-4.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,48:142:99:939,0,274 chrIV 911454 . C CT 799.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.786;DP=106;FS=6.386;HaplotypeScore=158.5829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=1;MQRankSum=1.659;QD=7.55;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.279;SB=-3.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,48:105:99:839,0,851 chrIV 911744 . TA T 1939.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;DP=150;FS=0.622;HaplotypeScore=51.6990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.116;QD=12.93;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=-1.123;SB=-8.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,72:150:99:1979,0,1961 chrIV 914943 . AT A 1609.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.973;DP=128;FS=1.583;HaplotypeScore=312.6324;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQ0=0;MQRankSum=1.432;QD=12.58;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=1.115;SB=-4.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,67:128:99:1649,0,1196 chrIV 921648 . C CT 936.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.160;DP=105;FS=2.913;HaplotypeScore=33.1504;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=1;MQRankSum=-2.826;QD=8.92;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=0.785;SB=-2.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,49:104:99:976,0,1104 chrIV 923060 . CTGCTGT C 2908.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.086;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=286.3884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.92;MQ0=0;MQRankSum=2.647;QD=23.09;ReadPosRankSum=0.008;SB=-1.088e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,55:126:99:2948,0,4116 chrIV 927319 . C CT 1300.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.325;DP=196;FS=5.426;HaplotypeScore=96.3106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=0.823;QD=6.64;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.010;SB=-6.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:121,71:195:99:1340,0,1689 chrIV 927438 . G GT 1375.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.388;DP=174;FS=1.951;HaplotypeScore=54.8653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=0.485;QD=7.91;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.296;SB=-6.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,79:174:99:1415,0,1454 chrIV 929171 . GT G 1130.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.297;DP=140;FS=5.246;HaplotypeScore=306.8915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=1.243;QD=8.08;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=2.458;SB=-3.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,52:140:99:1170,0,1133 chrIV 929184 . AT A 761.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.058;DP=145;FS=5.564;HaplotypeScore=357.3694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=0.280;QD=5.25;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=3.712;SB=-3.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,46:145:99:801,0,1139 chrIV 929233 . CTTAA C 1898.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.320;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=96.9107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.036;QD=24.35;ReadPosRankSum=1.130;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,34:78:99:1938,0,2281 chrIV 929305 . TA T 1166.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.514;DP=133;FS=2.329;HaplotypeScore=122.9251;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.012;QD=8.77;RPA=6,5;RU=A;ReadPosRankSum=-1.373;SB=-4.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,55:133:99:1206,0,1426 chrIV 929454 . GA G 3085.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.902;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=74.7036;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.26;MQ0=0;MQRankSum=0.524;QD=19.17;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-2.312;SB=-5.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,136:161:99:3128,378,0 chrIV 930379 . TTA T 1909.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.096;DP=136;FS=1.634;HaplotypeScore=110.5094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.65;MQ0=1;MQRankSum=0.859;QD=14.04;RPA=6,5;RU=TA;ReadPosRankSum=0.527;SB=-6.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,63:135:99:1949,0,1461 chrIV 930964 . CATATATAT C 3884 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.999;DP=132;FS=2.056;HaplotypeScore=191.6874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=1.983;QD=29.42;RPA=11,7;RU=AT;ReadPosRankSum=2.278;SB=-1.049e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,50:132:99:3884,0,3324 chrIV 936493 . AT A 1412.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.377;DP=142;FS=1.460;HaplotypeScore=634.6870;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.634;QD=9.95;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=-1.112;SB=-4.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,62:142:99:1452,0,1680 chrIV 940960 . GA G 1017.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.451;DP=132;FS=2.479;HaplotypeScore=521.7174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.651;QD=7.71;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.017;SB=-2.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,56:132:99:1057,0,1190 chrIV 945281 . T TA 762.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.358;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=72.2701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.487;QD=9.19;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.082;SB=-3.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,41:83:99:802,0,674 chrIV 950553 . A AT 3975 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=101.5328;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=1;QD=35.18;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.969e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,110:112:99:3975,334,0 chrIV 954026 . TA T 1356.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.524;DP=116;FS=0.693;HaplotypeScore=46.0647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.65;MQ0=0;MQRankSum=0.361;QD=11.70;ReadPosRankSum=-0.691;SB=-6.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,56:116:99:1396,0,1878 chrIV 955682 . C CTTTATT 3312 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.539;DP=106;FS=12.396;HaplotypeScore=252.8882;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=2.903;QD=31.25;RPA=2,3;RU=TTTATT;ReadPosRankSum=-1.064;SB=-1.042e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,49:106:99:3312,0,2802 chrIV 957398 . A AACC 2298.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.971;DP=100;FS=0.799;HaplotypeScore=241.0973;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.621;QD=22.99;ReadPosRankSum=1.227;SB=-6.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,49:100:99:2338,0,2426 chrIV 957539 . A AC 760.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.431;DP=103;FS=7.297;HaplotypeScore=43.5576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.631;QD=7.39;RPA=5,6;RU=C;ReadPosRankSum=0.777;SB=-3.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,38:103:99:800,0,1549 chrIV 957628 . CTTTT C 2166.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.749;DP=114;FS=0.753;HaplotypeScore=186.7346;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=0.953;QD=19.01;RPA=12,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.844;SB=-1.021e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,44:114:99:2206,0,1586 chrIV 960216 . TG T 1220.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.482;DP=101;FS=1.716;HaplotypeScore=381.7616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.15;MQ0=1;MQRankSum=-1.266;QD=12.09;ReadPosRankSum=1.981;SB=-4.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,47:100:99:1260,0,1535 chrIV 960218 . TGG T 1519.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.570;DP=100;FS=2.739;HaplotypeScore=358.0741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.84;MQ0=1;MQRankSum=-2.096;QD=15.20;RPA=3,1;RU=G;ReadPosRankSum=2.222;SB=-6.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,47:99:99:1559,0,1934 chrIV 960412 . C CT 764.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.939;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=149.1457;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.143;QD=6.07;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.124;SB=-3.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,44:126:99:804,0,1013 chrIV 964572 . CT C 1496.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.612;DP=113;FS=3.678;HaplotypeScore=39.4437;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=0.401;QD=13.25;RPA=6,5;RU=T;ReadPosRankSum=-0.270;SB=-6.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,69:113:99:1536,0,752 chrIV 967966 . AT A 1022.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.664;DP=129;FS=8.999;HaplotypeScore=182.9314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=-2.177;QD=7.93;RPA=7,6;RU=T;ReadPosRankSum=-0.970;SB=-4.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,54:129:99:1062,0,1030 chrIV 968049 . G GTACTA 2614.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.611;DP=95;FS=0.778;HaplotypeScore=51.0732;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=0.343;QD=27.53;ReadPosRankSum=-1.852;SB=-1.242e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,34:95:99:2654,0,2714 chrIV 976688 . TAA T 1474.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.191;DP=117;FS=1.568;HaplotypeScore=1149.9508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.50;MQ0=0;MQRankSum=-8.907;QD=12.61;ReadPosRankSum=3.232;SB=-4.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,53:117:99:1514,0,2578 chrIV 976691 . TGATCAGCATATACGTC T 8948 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.191;DP=114;FS=1.572;HaplotypeScore=403.3018;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.89;MQ0=0;MQRankSum=-8.748;QD=78.49;ReadPosRankSum=2.886;SB=-2.978e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,53:114:99:8948,0,10038 chrIV 977331 . ATTT A,ATT 3802 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=149.5134;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.87;MQ0=0;QD=25.69;RPA=11,8,10;RU=T;SB=-1.663e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:20,41,0:148:99:3802,1860,2491,1779,0,1399 chrIV 979841 . CAT C 1814.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.333;DP=134;FS=8.782;HaplotypeScore=572.2605;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.17;MQ0=0;MQRankSum=-7.275;QD=13.54;RPA=2,1;RU=AT;ReadPosRankSum=0.381;SB=-9.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,49:134:99:1854,0,2781 chrIV 980121 . AT A 1818.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.249;DP=149;FS=2.937;HaplotypeScore=253.4231;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.874;QD=12.21;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=0.679;SB=-9.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,68:149:99:1858,0,2014 chrIV 980200 . ATT A 1388.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.050;DP=117;FS=0.710;HaplotypeScore=240.2454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=0.240;QD=11.87;RPA=7,5;RU=T;ReadPosRankSum=0.610;SB=-7.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,47:117:99:1428,0,1923 chrIV 980211 . AT A 921.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.442;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=277.0925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.79;MQ0=0;MQRankSum=0.381;QD=8.23;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=-0.280;SB=-4.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,46:112:99:961,0,1381 chrIV 980440 . C CA 957.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.676;DP=86;FS=6.181;HaplotypeScore=219.7253;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.522;QD=11.14;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.362;SB=-4.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,34:86:99:997,0,1525 chrIV 980959 . AAT A 632.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.857;DP=60;FS=24.618;HaplotypeScore=211.6980;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.86;MQ0=0;MQRankSum=-2.546;QD=10.55;ReadPosRankSum=0.008;SB=-1.500e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,18:60:99:672,0,1559 chrIV 980968 . T TA 302.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.746;DP=53;FS=15.506;HaplotypeScore=245.2932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.56;MQ0=0;MQRankSum=-2.158;QD=5.72;RPA=5,6;RU=A;ReadPosRankSum=-1.055;SB=-5.001e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,18:53:99:342,0,726 chrIV 981194 . ATCTACTAAC A 469.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.751;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=338.7288;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.95;MQ0=5;MQRankSum=-0.751;QD=26.11;ReadPosRankSum=0.751;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,8:9:88:509,0,88 chrIV 992332 . T TAA 323.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.049;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=283.0895;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.45;MQ0=25;MQRankSum=1.025;QD=7.71;RPA=2,4;RU=A;ReadPosRankSum=0.634;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,10:17:99:363,0,221 chrIV 992642 . AAGTT A 3686 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.647;DP=66;FS=16.560;HaplotypeScore=82.9696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.981;QD=55.85;ReadPosRankSum=3.319;SB=-1.326e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,59:66:23:3686,0,23 chrIV 993018 . GT G 2291.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=952.7762;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.93;MQ0=0;QD=24.38;RPA=8,7;RU=T;SB=-8.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,85:94:99:2334,263,0 chrIV 994003 . C CT 632.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.159;DP=121;FS=0.735;HaplotypeScore=397.5798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.74;MQ0=0;MQRankSum=0.419;QD=5.23;RPA=3,4;RU=T;ReadPosRankSum=-2.705;SB=-2.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,35:121:99:672,0,1507 chrIV 995565 . AT A 1299.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.866;DP=92;FS=1.838;HaplotypeScore=220.8113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.671;QD=14.13;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=-0.946;SB=-4.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,51:92:99:1339,0,770 chrIV 995594 . A AT 2061.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.022;DP=112;FS=0.765;HaplotypeScore=249.4137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.314;QD=18.41;ReadPosRankSum=0.885;SB=-6.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,62:112:99:2101,0,1338 chrIV 995816 . A ATATT 2849.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.360;DP=134;FS=0.697;HaplotypeScore=321.7971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.065;QD=21.27;ReadPosRankSum=3.021;SB=-1.144e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,54:134:99:2889,0,2533 chrIV 1004000 . G GT 2320.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.395;DP=143;FS=0.622;HaplotypeScore=312.7213;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.353;QD=16.23;ReadPosRankSum=-1.569;SB=-1.061e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,72:143:99:2360,0,2279 chrIV 1008744 . C CAAT 2180.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.245;DP=128;FS=16.701;HaplotypeScore=302.3276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.625;QD=17.04;RPA=4,5;RU=AAT;ReadPosRankSum=-0.942;SB=-8.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,40:128:99:2220,0,1996 chrIV 1008805 . A AT 1392.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.830;DP=110;FS=4.772;HaplotypeScore=733.2092;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.551;QD=12.66;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=2.543;SB=-5.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,60:110:99:1432,0,1432 chrIV 1012110 . A AT 2583.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.354;DP=149;FS=4.175;HaplotypeScore=329.3453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=0.538;QD=17.34;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.104;SB=-1.132e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:62,86:149:99:2626,139,0 chrIV 1013362 . C CA 2255.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.001;DP=105;FS=2.323;HaplotypeScore=409.8455;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.845;QD=21.49;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.193;SB=-6.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,95:105:99:2298,226,0 chrIV 1013843 . G GCACCCTACGC 4646 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.411;DP=108;FS=15.103;HaplotypeScore=126.2490;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.28;MQ0=0;MQRankSum=-7.046;QD=43.02;ReadPosRankSum=-0.539;SB=-8.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,28:108:99:4646,0,5192 chrIV 1013977 . TC T 1330.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.451;DP=159;FS=9.079;HaplotypeScore=433.4201;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.296;QD=8.37;RPA=9,8;RU=C;ReadPosRankSum=0.541;SB=-6.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,61:159:99:1370,0,1708 chrIV 1014377 . CG C 1245.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.014;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=179.1203;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.031;QD=11.54;RPA=3,2;RU=G;ReadPosRankSum=0.075;SB=-4.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,45:108:99:1285,0,1725 chrIV 1016332 . CT C 830.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.130;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=161.5835;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=0.096;QD=8.66;RPA=7,6;RU=T;ReadPosRankSum=0.012;SB=-3.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,45:96:99:870,0,976 chrIV 1016710 . TCCC T,TCC 2754.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=346.0663;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=47.71;MQ0=0;QD=29.00;RPA=10,7,9;RU=C;SB=-1.336e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:23,33,0:95:99:2833,1275,1557,1409,0,1179 chrIV 1016749 . A AACTTATCACTTGTAAATACCAATG,AACTTATCTACTTGTAAATACAAATG 14698 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=361.2785;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=34.25;MQ0=0;QD=216.15;SB=-6.620e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:43,15,10:68:99:14698,1848,1653,1767,0,1571 chrIV 1021797 . G GT 1260.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.247;DP=146;FS=4.853;HaplotypeScore=45.5903;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.389;QD=8.64;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.854;SB=-2.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,64:146:99:1300,0,1208 chrIV 1021881 . G GA 1146.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.968;DP=101;FS=1.674;HaplotypeScore=43.8856;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.179;QD=11.36;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=-0.873;SB=-4.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,55:101:99:1186,0,750 chrIV 1022353 . GT G 904.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.166;DP=105;FS=6.583;HaplotypeScore=125.1554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=0.420;QD=8.62;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.441;SB=-3.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,51:105:99:944,0,879 chrIV 1022798 . AT A 1587.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.322;DP=162;FS=16.959;HaplotypeScore=233.9804;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=0.464;QD=9.80;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=-1.337;SB=-4.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,72:162:99:1627,0,1992 chrIV 1023499 . CA C 696.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.522;DP=106;FS=1.768;HaplotypeScore=28.4167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.79;MQ0=0;MQRankSum=-7.232;QD=6.58;RPA=7,6;RU=A;ReadPosRankSum=-1.169;SB=-2.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,37:106:99:736,0,1375 chrIV 1035649 . CAATGCATCA C 3610 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.636;DP=121;FS=2.651;HaplotypeScore=460.8933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.13;MQ0=0;MQRankSum=-7.972;QD=29.83;ReadPosRankSum=2.829;SB=-1.716e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,34:121:99:3610,0,8278 chrIV 1035661 . TC T 773.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.318;DP=113;FS=1.685;HaplotypeScore=699.0745;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.87;MQ0=0;MQRankSum=-8.325;QD=6.85;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=2.788;SB=-3.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,34:113:99:813,0,2270 chrIV 1037059 . TCC T 2725.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.522;DP=158;FS=8.277;HaplotypeScore=249.1186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQ0=1;MQRankSum=2.079;QD=17.25;ReadPosRankSum=1.016;SB=-1.120e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,82:157:99:2765,0,2816 chrIV 1038255 . G GT 966.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.647;DP=121;FS=0.715;HaplotypeScore=103.2329;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=1.099;QD=7.99;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=1.034;SB=-3.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,48:121:99:1006,0,1603 chrIV 1038649 . GTCA G 1703.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.247;DP=129;FS=6.403;HaplotypeScore=144.9500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.46;MQ0=0;MQRankSum=1.657;QD=13.21;RPA=10,9;RU=TCA;ReadPosRankSum=0.760;SB=-8.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,46:129:99:1743,0,1782 chrIV 1052356 . AT A 3152.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=119.5249;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.02;MQ0=0;QD=25.63;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.433e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,120:123:99:3195,360,0 chrIV 1054746 . CTTTTTAAAAAAAAAAAT C 6193 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.026;DP=116;FS=0.765;HaplotypeScore=282.9219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.09;MQ0=0;MQRankSum=-7.768;QD=53.39;ReadPosRankSum=1.562;SB=-2.915e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,34:116:99:6193,0,11426 chrIV 1054847 . ATT A 2158.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.007;DP=129;FS=5.786;HaplotypeScore=439.1852;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=0.369;QD=16.74;RPA=12,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.361;SB=-1.042e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,76:129:99:2198,0,1086 chrIV 1055136 . G GA 904.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.288;DP=93;FS=1.739;HaplotypeScore=279.9514;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.557;QD=9.73;RPA=3,4;RU=A;ReadPosRankSum=0.421;SB=-4.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,42:93:99:944,0,1144 chrIV 1055183 . C CA 937.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.536;DP=97;FS=2.694;HaplotypeScore=548.2903;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=1.031;QD=9.67;ReadPosRankSum=-1.039;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,45:97:99:977,0,266 chrIV 1057730 . AT A 1664.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.470;DP=131;FS=18.950;HaplotypeScore=657.9131;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=2.219;QD=12.71;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=0.609;SB=-8.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,61:131:99:1704,0,1444 chrIV 1057872 . TA T 820.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.594;DP=86;FS=6.880;HaplotypeScore=800.1591;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.065;QD=9.55;ReadPosRankSum=-2.701;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,22:86:65:860,0,65 chrIV 1057873 . AT A 1214.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.745;DP=88;FS=1.847;HaplotypeScore=790.7551;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.77;MQ0=0;MQRankSum=1.748;QD=13.81;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=2.115;SB=-5.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,45:88:99:1257,147,0 chrIV 1057929 . A ATTT,ATT 2540.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=657.1409;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=48.68;MQ0=0;QD=27.62;RPA=11,14,13;RU=T;SB=-9.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:18,40,29:92:99:2619,681,497,904,0,677 chrIV 1075461 . G GA 1404.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.891;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=44.1259;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=1.085;QD=11.15;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=-1.698;SB=-6.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,69:126:99:1444,0,999 chrIV 1079010 . AT A 501.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.580;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=128.9314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.846;QD=5.07;RPA=20,19;RU=T;ReadPosRankSum=1.610;SB=-2.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,14:99:99:541,0,431 chrIV 1080944 . GTGTATGTAATGTTAAGCGCTAAATA G 10859 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=92.0111;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.26;MQ0=0;QD=77.01;RPA=2,1;RU=TGTATGTAATGTTAAGCGCTAAATA;SB=-4.345e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:63,76:141:99:10859,226,0 chrIV 1084685 . GA G 1853.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.140;DP=118;FS=1.548;HaplotypeScore=49.1507;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=63.27;MQ0=0;MQRankSum=1.178;QD=15.71;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.145;SB=-8.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,97:118:99:1896,162,0 chrIV 1090113 . GAAAAA G 1738.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.204;DP=112;FS=0.887;HaplotypeScore=441.2876;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.75;MQ0=0;MQRankSum=-4.573;QD=15.53;RPA=17,12;RU=A;ReadPosRankSum=4.179;SB=-7.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,31:112:99:1778,0,2862 chrIV 1092652 . A AAG 2226.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.068;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=58.7619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQ0=0;MQRankSum=0.758;QD=16.26;ReadPosRankSum=1.339;SB=-7.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,63:137:99:2266,0,2004 chrIV 1101983 . C CTT 900.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.164;DP=102;FS=4.058;HaplotypeScore=68.1499;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.85;MQ0=0;MQRankSum=1.565;QD=8.83;RPA=12,14;RU=T;ReadPosRankSum=-0.964;SB=-4.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,36:102:99:940,0,1094 chrIV 1105909 . AT A 1216.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.505;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=88.2224;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=1;MQRankSum=0.608;QD=9.15;RPA=16,15;RU=T;ReadPosRankSum=0.482;SB=-5.936e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:56,68:131:10:1258,10,0 chrIV 1108233 . C CAT,CATAT 5688 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=185;FS=0.000;HaplotypeScore=73.4021;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.93;MQ0=3;QD=30.75;RPA=5,6,7;RU=AT;SB=-2.014e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:47,42,88:181:99:5688,2134,1707,1982,0,1734 chrIV 1108511 . T TC 4535 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=253.4332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=37.48;SB=-1.877e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,121:121:99:4535,364,0 chrIV 1108600 . GAA G 984.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.756;DP=112;FS=11.918;HaplotypeScore=217.0688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.246;QD=8.79;RPA=16,14;RU=A;ReadPosRankSum=0.658;SB=-3.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,38:112:99:1024,0,780 chrIV 1109962 . ATTC A 2368.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.201;DP=101;FS=1.683;HaplotypeScore=295.8071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.125;QD=23.46;RPA=2,1;RU=TTC;ReadPosRankSum=-0.154;SB=-1.052e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,51:101:99:2408,0,2086 chrIV 1109980 . C CT 1056.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.770;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=443.0369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.634;QD=10.26;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=0.056;SB=-5.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,43:103:99:1096,0,1649 chrIV 1110188 . GA G 1945.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=42.9932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.30;MQ0=0;QD=26.66;RPA=4,3;RU=A;SB=-7.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,65:73:99:1988,195,0 chrIV 1110371 . CA C 497.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.547;DP=64;FS=3.510;HaplotypeScore=201.5691;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.680;QD=7.78;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.498;SB=-2.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,29:64:99:537,0,163 chrIV 1111863 . AT A 2399.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=52.5668;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.04;MQ0=0;QD=23.76;RPA=7,6;RU=T;SB=-9.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,95:101:99:2442,285,0 chrIV 1114179 . A ATT 2359.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.484;DP=116;FS=4.593;HaplotypeScore=31.8397;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=1;MQRankSum=0.137;QD=20.34;RPA=1,3;RU=T;ReadPosRankSum=1.544;SB=-9.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,64:115:99:2399,0,2036 chrIV 1126223 . C CTA 1394.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.814;DP=131;FS=4.315;HaplotypeScore=56.0570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.897;QD=10.65;RPA=7,8;RU=TA;ReadPosRankSum=0.385;SB=-4.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,46:131:99:1434,0,1088 chrIV 1135689 . G GA 484.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.094;DP=99;FS=37.179;HaplotypeScore=82.6267;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.75;MQ0=0;MQRankSum=3.142;QD=4.90;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-3.280;SB=-2.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,33:99:99:524,0,506 chrIV 1150827 . AG A 3965 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=100.4879;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.08;MQ0=0;QD=33.89;SB=-1.640e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:113:99:3965,337,0 chrIV 1150910 . A AG 2446.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=221.6582;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.15;MQ0=0;QD=27.81;RPA=2,3;RU=G;SB=-1.174e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,83:79:99:2489,235,0 chrIV 1151347 . CTCA C 2672.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.338;DP=122;FS=25.479;HaplotypeScore=1161.4504;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.31;MQ0=0;MQRankSum=-9.078;QD=21.91;ReadPosRankSum=2.325;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,53:120:99:2712,0,3637 chrIV 1151357 . ACC A 1374.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.500;DP=108;FS=19.666;HaplotypeScore=1105.2302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.05;MQ0=0;MQRankSum=-8.267;QD=12.73;RPA=3,1;RU=C;ReadPosRankSum=3.716;SB=-9.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,37:108:99:1414,0,2753 chrIV 1151364 . T TGG 1352.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.342;DP=108;FS=22.937;HaplotypeScore=1109.8636;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.05;MQ0=0;MQRankSum=-8.088;QD=12.53;ReadPosRankSum=3.401;SB=-8.500e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,37:108:99:1392,0,2759 chrIV 1151372 . T TTGA 1825.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.788;DP=115;FS=23.358;HaplotypeScore=1089.0244;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.56;MQ0=0;MQRankSum=-8.015;QD=15.88;ReadPosRankSum=1.480;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,41:113:99:1865,0,3638 chrIV 1161342 . AC A 356.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.948;DP=77;FS=2.781;HaplotypeScore=1085.3312;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.88;MQ0=16;MQRankSum=-2.033;QD=4.64;ReadPosRankSum=0.722;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,19:61:99:396,0,1055 chrIV 1161352 . T TAG 684.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.101;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=751.4558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.34;MQ0=16;MQRankSum=-1.955;QD=9.93;ReadPosRankSum=0.264;SB=-8.300e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,18:53:99:724,0,1198 chrIV 1161363 . TC T 530.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.392;DP=76;FS=4.896;HaplotypeScore=726.0474;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.34;MQ0=15;MQRankSum=-2.513;QD=6.99;ReadPosRankSum=0.024;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,24:61:99:570,0,1004 chrIV 1161639 . TA T 1554.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.620;DP=102;FS=3.682;HaplotypeScore=98.1889;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.284;QD=15.24;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=-1.240;SB=-7.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,56:102:99:1594,0,1279 chrIV 1167507 . C CTTCATCTTCCTT 2415.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.440;DP=124;FS=2.773;HaplotypeScore=207.1580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.42;MQ0=0;MQRankSum=-4.774;QD=19.48;RPA=2,3;RU=TTCATCTTCCTT;ReadPosRankSum=1.537;SB=-9.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,38:124:99:2455,0,5960 chrIV 1174179 . C CA 1193.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.585;DP=115;FS=2.398;HaplotypeScore=239.4479;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQ0=0;MQRankSum=0.350;QD=10.38;RPA=5,6;RU=A;ReadPosRankSum=1.155;SB=-6.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,59:115:99:1233,0,1154 chrIV 1174453 . TAAA TA,T 3681 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=204.0092;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.76;MQ0=0;QD=35.06;RPA=11,9,8;RU=A;SB=-6.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:3,0,57:105:99:3681,1352,1050,1116,0,827 chrIV 1174736 . C CA 4594 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=671.7980;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;QD=35.89;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.949e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,125:128:99:4594,385,0 chrIV 1174764 . G GT 1068.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.532;DP=109;FS=3.662;HaplotypeScore=651.4766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=0.160;QD=9.81;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=-0.166;SB=-3.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,51:109:99:1108,0,1037 chrIV 1174994 . CT C 1052.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.503;DP=100;FS=6.962;HaplotypeScore=324.1430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=0.325;QD=10.53;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=2.106;SB=-2.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,42:100:99:1092,0,1425 chrIV 1178330 . CT C 569.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.252;DP=151;FS=11.025;HaplotypeScore=256.8532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=0.340;QD=3.77;RPA=16,15;RU=T;ReadPosRankSum=3.157;SB=-1.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,43:151:99:609,0,825 chrIV 1201847 . A AT 831.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.738;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=32.1652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.367;QD=6.99;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.185;SB=-2.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,49:119:99:871,0,1263 chrIV 1224545 . A AAT 685.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.021;DP=109;FS=1.068;HaplotypeScore=74.4316;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.785;QD=6.29;RPA=9,10;RU=AT;ReadPosRankSum=1.396;SB=-1.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,26:109:99:725,0,969 chrIV 1238256 . A AAT 1400.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.839;DP=122;FS=3.932;HaplotypeScore=59.9599;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=1.475;QD=11.48;RPA=5,6;RU=AT;ReadPosRankSum=-0.878;SB=-6.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,46:122:99:1440,0,1240 chrIV 1239031 . AATAT A 2163.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=309.8682;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.13;MQ0=0;QD=18.34;RPA=15,13;RU=AT;SB=-4.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:68,48:117:99:2206,154,0 chrIV 1241111 . GA G 2406.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.989;DP=131;FS=5.027;HaplotypeScore=80.5124;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=1.212;QD=18.37;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.019;SB=-9.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,112:131:99:2449,259,0 chrIV 1242276 . GA G 1047.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.006;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=153.2070;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.839;QD=7.43;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.223;SB=-3.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,65:141:99:1087,0,1224 chrIV 1272102 . CT C 2552.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.316;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=192.0336;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.738;QD=20.59;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.798;SB=-8.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,116:124:99:2595,320,0 chrIV 1274074 . G GA 2896.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=673.1934;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.79;MQ0=0;QD=24.14;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.027e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,112:120:99:2939,336,0 chrIV 1276579 . C CAGTT 8470 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=502.0935;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;QD=58.41;RPA=1,2;RU=AGTT;SB=-3.287e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,137:145:99:8470,412,0 chrIV 1277186 . AT A 5450 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=173;FS=0.000;HaplotypeScore=365.9702;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.67;MQ0=0;QD=31.50;RPA=3,2;RU=T;SB=-2.127e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,169:173:99:5450,508,0 chrIV 1305680 . TG T 3816 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=138.1562;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.23;MQ0=0;QD=29.35;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.090e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,105:129:99:3816,355,0 chrIV 1305715 . A AT 2743.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=178.7440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.17;MQ0=0;QD=24.72;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.168e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,103:110:99:2786,309,0 chrIV 1321982 . CAT C 2001.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=41.9378;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.45;MQ0=0;QD=19.63;RPA=10,9;RU=AT;SB=-6.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,59:102:99:2044,197,0 chrIV 1330230 . G GT 3345 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=59.9153;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.69;MQ0=0;QD=29.87;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.149e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,106:112:99:3345,319,0 chrIV 1340778 . AT A 2453.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=268.1739;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.43;MQ0=0;QD=24.54;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.174e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,97:100:99:2496,291,0 chrIV 1341641 . TCCCC T 4949 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=174.2166;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.02;MQ0=0;QD=48.05;RPA=11,7;RU=C;SB=-2.419e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,88:103:99:4949,265,0 chrIV 1344490 . AAGG A 5495 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=191.1877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.80;MQ0=0;QD=47.78;RPA=3,2;RU=AGG;SB=-1.823e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,110:115:99:5495,331,0 chrIV 1345379 . C CA 5025 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=54.0851;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;QD=34.18;SB=-1.881e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,130:147:99:5025,391,0 chrIV 1346537 . CTGCTGT C 4911 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=28.3894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.58;MQ0=0;QD=55.81;RPA=4,3;RU=TGCTGT;SB=-1.126e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,69:88:99:4911,208,0 chrIV 1357474 . A AATTTTT 5265 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=176.2683;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=66.88;MQ0=2;QD=58.50;SB=-4.900e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,85:87:99:5265,262,0 chrIV 1359411 . A AT 2786.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=43.1375;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.34;MQ0=0;QD=19.35;RPA=8,9;RU=T;SB=-1.414e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,114:144:99:2829,342,0 chrIV 1385147 . C CA 2727.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=29.8514;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.96;MQ0=0;QD=27.56;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.256e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:2770,297,0 chrIV 1385310 . C CT 3227.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=377.2371;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;QD=34.33;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.595e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,83:94:99:3269,280,0 chrIV 1385471 . C CAT,CATAT 1297.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.296;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=69.2774;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.637;QD=17.31;RPA=13,14,15;RU=AT;ReadPosRankSum=-0.330;SB=-6.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:40,5,28:75:97:1376,698,707,97,0,179 chrIV 1398960 . CA C 2839.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=214.0847;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.57;MQ0=0;QD=21.68;RPA=8,7;RU=A;SB=-9.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,117:131:99:2882,350,0 chrIV 1401450 . A AC 3694 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=413.8301;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.48;MQ0=0;QD=27.57;RPA=3,4;RU=C;SB=-1.797e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,124:134:99:3694,373,0 chrIV 1402036 . A AT 2782.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=36.2876;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=28.11;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.181e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,96:99:99:2825,289,0 chrIV 1406169 . GT G 2949.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=369.7335;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.24;MQ0=0;QD=25.43;RPA=5,4;RU=T;SB=-9.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,111:116:99:2992,333,0 chrIV 1410138 . A AT 3363 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=47.0036;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.91;MQ0=0;QD=27.12;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.413e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,106:124:99:3363,319,0 chrIV 1418469 . CATAT C 3489 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=62.7468;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.44;MQ0=0;QD=27.69;RPA=11,9;RU=AT;SB=-8.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,71:126:99:3489,220,0 chrIV 1424802 . T TTA 5025 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=169;FS=0.000;HaplotypeScore=47.6016;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.03;MQ0=3;QD=29.73;RPA=3,4;RU=TA;SB=-2.265e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,136:166:99:5025,409,0 chrIV 1429311 . GTTT G 9031 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=196;FS=0.000;HaplotypeScore=187.1658;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;QD=46.08;RPA=7,4;RU=T;SB=-4.281e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,189:196:99:9031,572,0 chrIV 1431941 . C CATATATATATAT,CATATATATAT 7408 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=65.5836;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=43.81;MQ0=0;QD=83.24;RPA=6,12,11;RU=AT;SB=-2.225e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:52,24,9:89:99:7408,449,251,1390,0,1191 chrIV 1443639 . A ATT 5038 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=448.7117;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.05;MQ0=0;QD=33.14;RPA=3,5;RU=T;SB=-2.168e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,147:152:99:5038,457,0 chrIV 1447521 . T TA 2301.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.846;DP=123;FS=2.793;HaplotypeScore=389.0474;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.312;QD=18.72;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.174;SB=-8.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,103:123:99:2344,277,0 chrIV 1450500 . AC A 4916 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=361.6653;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.25;MQ0=0;QD=32.99;SB=-2.133e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,144:149:99:4916,433,0 chrIV 1450690 . A AT 2789.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=738.9313;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=24.69;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.251e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,105:113:99:2832,318,0 chrIV 1451128 . A AT 1950.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.761;DP=90;FS=2.695;HaplotypeScore=463.8621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.180;QD=21.68;ReadPosRankSum=0.263;SB=-6.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,87:90:99:1993,243,0 chrIV 1453163 . TC T 4978 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;FS=0.000;HaplotypeScore=652.1434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=68.92;MQ0=0;QD=29.63;SB=-2.384e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,165:168:99:4978,502,0 chrIV 1456594 . A AAAACAT 4608 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=28.2255;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=65.93;MQ0=0;QD=60.63;SB=-2.021e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:76:99:4608,228,0 chrIV 1458174 . T TTGC 1863.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.245;DP=157;FS=5.811;HaplotypeScore=2856.1644;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.57;MQ0=0;MQRankSum=5.010;QD=11.87;ReadPosRankSum=0.321;SB=-8.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,72:157:99:1903,0,2381 chrIV 1459281 . G GT 3542 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=41.5063;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.24;MQ0=0;QD=25.48;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.311e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,139:139:99:3542,414,0 chrIV 1459631 . C CT 3291 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=610.0222;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.22;MQ0=0;QD=26.33;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.171e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,122:125:99:3291,369,0 chrIV 1462121 . TACTATA T 8361 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=617.3485;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.08;MQ0=0;QD=66.89;RPA=2,1;RU=ACTATA;SB=-3.526e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,112:125:99:8361,337,0 chrIV 1462274 . G GA 3444 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.706;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=45.2114;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=1.577;QD=24.96;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=1.034;SB=-1.330e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,132:138:99:3444,376,0 chrIV 1466418 . GTTT G 2453.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.342;DP=104;FS=14.389;HaplotypeScore=244.1416;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=0.822;QD=23.60;RPA=17,14;RU=T;ReadPosRankSum=1.050;SB=-9.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,61:104:99:2496,114,0 chrIV 1468506 . C CA 1902.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.889;DP=124;FS=13.846;HaplotypeScore=141.7168;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.31;MQ0=0;MQRankSum=1.454;QD=15.35;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=2.307;SB=-8.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,89:124:99:1945,223,0 chrIV 1468657 . CA C 2629.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=122.9758;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.77;MQ0=0;QD=25.05;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.089e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,100:105:99:2672,300,0 chrIV 1468883 . GT G 3112.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=563.5348;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.58;MQ0=0;QD=25.94;RPA=5,4;RU=T;SB=-9.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,115:120:99:3155,342,0 chrIV 1469091 . GA G 2264.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.106;DP=114;FS=2.024;HaplotypeScore=290.3124;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=0.935;QD=19.87;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.968;SB=-1.056e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,101:113:99:2307,264,0 chrIV 1469241 . G GA 2661.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.511;DP=106;FS=3.736;HaplotypeScore=671.7484;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.633;QD=25.11;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=1.600;SB=-1.129e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,104:106:99:2704,302,0 chrIV 1470478 . TA T 2449.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.664;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=56.4607;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=0.181;QD=20.25;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.354;SB=-7.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,111:121:99:2492,293,0 chrIV 1470991 . C CT 3985 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=33.1076;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.37;MQ0=0;QD=35.58;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.762e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,110:112:99:3985,331,0 chrIV 1471484 . C CATATATAT 4429 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=288.4015;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.80;MQ0=0;QD=56.06;RPA=5,9;RU=AT;SB=-1.662e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,52:79:99:4429,168,0 chrIV 1474784 . A AT 722.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.077;DP=91;FS=1.292;HaplotypeScore=167.8590;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQ0=0;MQRankSum=1.548;QD=7.94;RPA=17,18;RU=T;ReadPosRankSum=-1.928;SB=-3.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,47:91:33:762,0,33 chrIV 1476639 . TTC T 7401 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;FS=0.000;HaplotypeScore=199.8721;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.54;MQ0=1;QD=44.85;SB=-3.201e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,162:164:99:7401,487,0 chrIV 1485402 . C CAAA 3812 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.578;DP=111;FS=3.110;HaplotypeScore=617.2251;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=1;MQRankSum=1.026;QD=34.34;ReadPosRankSum=2.267;SB=-1.731e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,91:110:99:3812,291,0 chrIV 1487183 . G GA 1897.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=30.2671;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.30;MQ0=0;QD=26.36;RPA=4,5;RU=A;SB=-9.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,69:72:99:1940,207,0 chrIV 1487384 . CA C 2062.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.255;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=291.2707;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.486;QD=16.12;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-2.006;SB=-6.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,85:128:99:2105,213,0 chrIV 1487429 . AT A 2022.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=444.8508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=21.52;RPA=9,8;RU=T;SB=-7.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,83:94:99:2065,257,0 chrIV 1489201 . TA T 1849.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=173.4388;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.78;MQ0=0;QD=28.03;RPA=4,3;RU=A;SB=-7.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1892,198,0 chrIV 1490904 . CTT C 4695 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=330.8630;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.25;MQ0=0;QD=32.83;RPA=9,7;RU=T;SB=-1.607e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,135:143:99:4695,406,0 chrIV 1492419 . G GA 2581.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=554.6942;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.17;MQ0=0;QD=23.47;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.038e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,103:110:99:2624,323,0 chrIV 1492428 . AAT A 4642 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=358.4830;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.16;MQ0=0;QD=43.38;SB=-1.949e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,106:107:99:4642,322,0 chrIV 1492503 . T TG 4957 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=241.8102;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.21;MQ0=0;QD=36.72;SB=-2.320e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,130:135:99:4957,403,0 chrIV 1492673 . TATTA T 6704 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=341.2788;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.10;MQ0=0;QD=48.23;RPA=2,1;RU=ATTA;SB=-2.370e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,98:139:99:6704,367,0 chrIV 1492707 . AG A 4614 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=476.0639;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.00;MQ0=0;QD=38.77;SB=-1.919e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:119:99:4614,358,0 chrIV 1492990 . C CA 4585 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.073;DP=188;FS=0.000;HaplotypeScore=683.7611;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=0.060;QD=24.39;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=-1.082;SB=-1.958e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,182:188:99:4585,505,0 chrIV 1493077 . AT A 5260 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=1006.3122;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.55;MQ0=0;QD=34.16;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.983e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,143:154:99:5260,445,0 chrIV 1493407 . TCTGAG T 9914 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=312.4393;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.10;MQ0=0;QD=70.31;SB=-3.833e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,131:141:99:9914,394,0 chrIV 1496147 . A AT 2922.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=159.0156;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.79;MQ0=0;QD=22.48;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.326e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,118:130:99:2965,354,0 chrIV 1501055 . G GAA 3991 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=1048.5964;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.54;MQ0=0;QD=27.91;RPA=12,14;RU=A;SB=-1.716e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,113:143:99:3991,379,0 chrIV 1502887 . AC A 3336 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=615.2753;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.17;MQ0=0;QD=37.07;RPA=2,1;RU=C;SB=-1.456e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:3336,271,0 chrIV 1502990 . TTC T 4266 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=236.8440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.21;MQ0=0;QD=42.66;SB=-1.772e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:100:99:4266,298,0 chrIV 1503838 . C CAGA 2082.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=396.9744;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.90;MQ0=0;QD=34.15;RPA=1,2;RU=AGA;SB=-6.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,47:56:99:2125,126,0 chrIV 1503908 . AGAG A 67.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.001;DP=20;FS=2.515;HaplotypeScore=417.5121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.67;MQ0=2;MQRankSum=-0.429;QD=3.40;ReadPosRankSum=3.001;SB=-4.500e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,9:16:99:107,0,230 chrIV 1503922 . C CTGTAGAGGA 555.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.262;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=318.5340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.59;MQ0=2;MQRankSum=-1.106;QD=32.70;ReadPosRankSum=1.106;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,5:11:99:595,0,184 chrIV 1505479 . C CT 3420 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=262.6549;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.51;MQ0=0;QD=25.33;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.126e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,133:135:99:3420,399,0 chrIV 1505731 . ACC A 383.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.677;DP=30;FS=5.649;HaplotypeScore=258.6449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.49;MQ0=0;MQRankSum=3.679;QD=12.80;ReadPosRankSum=-4.677;SB=-7.300e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,14:30:99:423,0,675 chrIV 1505853 . AT A 4797 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=1084.9331;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.80;MQ0=0;QD=33.08;RPA=3,2;RU=T;SB=-2.033e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,145:145:99:4797,436,0 chrIV 1506383 . T TA 2353.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.168;DP=128;FS=5.318;HaplotypeScore=362.1320;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=1;MQRankSum=1.570;QD=18.39;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.000;SB=-9.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,103:127:99:2396,261,0 chrIV 1513956 . C CTT 3368 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.230;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=68.5384;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.607;QD=27.16;RPA=11,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.809;SB=-1.341e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,100:123:99:3368,264,0 chrIV 1514915 . AT A 3536 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=208.4143;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=0;QD=34.33;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.214e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:3536,310,0 chrIV 1515034 . TAA T 3420 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=174.9987;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;QD=31.67;RPA=11,9;RU=A;SB=-1.266e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,99:108:99:3420,310,0 chrIV 1515941 . A AATAG 7443 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=839.4995;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.89;MQ0=0;QD=60.51;SB=-2.502e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,117:123:99:7443,367,0 chrIV 1516641 . T TG 3216.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.617;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=862.1095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=0.549;QD=26.37;ReadPosRankSum=1.357;SB=-1.490e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,120:122:99:3259,355,0 chrIV 1517680 . GT G 1623.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.154;DP=87;FS=2.926;HaplotypeScore=446.9384;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.217;QD=18.67;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.111;SB=-7.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,68:87:99:1666,186,0 chrIV 1517858 . G GA 2432.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=257.4455;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.38;MQ0=0;QD=23.39;RPA=8,9;RU=A;SB=-9.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,99:104:99:2475,301,0 chrIV 1518948 . G GT 1908.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.328;DP=120;FS=3.039;HaplotypeScore=426.9192;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.527;QD=15.91;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=0.128;SB=-6.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,98:120:99:1951,117,0 chrIV 1521561 . TA T 3572 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=937.3347;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.34;MQ0=0;QD=28.13;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.369e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,120:127:99:3572,361,0 chrIV 1521818 . C CA 1490.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.388;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=790.4926;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.39;MQ0=0;MQRankSum=1.629;QD=20.71;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-1.681;SB=-7.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,65:72:99:1533,178,0 chrIV 1522428 . A AT 2876.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=1041.6150;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.91;MQ0=0;QD=31.97;SB=-1.152e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,76:90:99:2919,270,0 chrIV 1522430 . AT A 2711.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=909.4701;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.64;MQ0=0;QD=33.48;SB=-9.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,78:81:99:2754,243,0 chrIV 1522520 . T TG 1838.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.320;DP=58;FS=6.408;HaplotypeScore=584.5574;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.95;MQ0=0;MQRankSum=1.129;QD=31.71;ReadPosRankSum=0.490;SB=-8.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,53:58:99:1881,144,0 chrIV 1522851 . C CT 2582.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=514.2092;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.76;MQ0=0;QD=28.70;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.164e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,79:90:99:2625,250,0 chrIV 1522916 . T TG 2542.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=704.5073;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.04;MQ0=0;QD=27.94;RPA=2,3;RU=G;SB=-9.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,75:91:99:2585,244,0 chrIV 1524919 . T TGA 277.98 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.589;DP=20;FS=2.817;HaplotypeScore=168.7699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.21;MQ0=2;MQRankSum=-0.185;QD=13.90;RPA=3,4;RU=GA;ReadPosRankSum=-2.404;SB=-1.079e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,10:13:24:317,0,24 chrIV 1524932 . ATGGAG A 742.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=118.3333;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.91;MQ0=2;QD=46.44;RPA=2,1;RU=TGGAG;SB=-2.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,10:12:36:785,36,0 chrIV 1525161 . AG A 172.99 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;DP=10;FS=8.451;HaplotypeScore=104.7840;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.46;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=17.30;ReadPosRankSum=-0.742;SB=-2.897e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:8:20:212,0,20 chrIV 1525461 . G GT 144.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.978;DP=16;FS=11.761;HaplotypeScore=125.2769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.44;MQ0=2;MQRankSum=1.931;QD=9.06;ReadPosRankSum=1.106;SB=-2.903e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,6:11:41:184,0,41 chrIX 19803 . CAA C,CA 3493 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=171;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=124.5443;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=50.35;MQ0=3;QD=20.43;RPA=9,7,8;RU=A;SB=-1.433e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:6,66,0:156:99:3493,1769,1689,1368,0,962 chrIX 21244 . TA T 288 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.224;DP=43;FS=8.113;HaplotypeScore=207.8682;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.38;MQ0=26;MQRankSum=0.075;QD=6.70;RPA=6,5;RU=A;ReadPosRankSum=0.671;SB=-8.404e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,17:17:23:330,23,0 chrIX 22116 . T TAA 509.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.953;DP=90;FS=13.239;HaplotypeScore=161.7037;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.41;MQ0=8;MQRankSum=1.078;QD=5.67;RPA=11,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.526;SB=-1.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,27:81:99:549,0,1293 chrIX 22809 . AAAAAAAT A 3683 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.904;DP=125;FS=3.572;HaplotypeScore=289.8007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.86;MQ0=15;MQRankSum=-0.708;QD=29.46;ReadPosRankSum=-0.409;SB=-1.748e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,56:110:99:3683,0,4239 chrIX 30450 . GA G 5462 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=172;FS=0.000;HaplotypeScore=362.0579;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=31.76;RPA=3,2;RU=A;SB=-2.325e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,167:172:99:5462,502,0 chrIX 30802 . TAA T 3364 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.000;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=2073.3659;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.314;QD=24.38;RPA=5,3;RU=A;ReadPosRankSum=4.569;SB=-4.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,86:138:99:3364,249,0 chrIX 30806 . AACTCG A 7074 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=1691.6313;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.69;MQ0=0;QD=54.00;SB=-7.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:94,37:131:99:7074,393,0 chrIX 30821 . A AAAT 5475 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.662;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=2083.5776;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.16;MQ0=0;MQRankSum=1.312;QD=36.26;ReadPosRankSum=1.382;SB=-1.743e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:53,79:150:99:5475,350,0 chrIX 30858 . A AT 3322 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=1392.2431;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.34;MQ0=0;QD=22.75;RPA=8,9;RU=T;SB=-1.442e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,136:145:99:3322,404,0 chrIX 33577 . C CA 3114.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=1614.4194;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.67;MQ0=0;QD=24.34;RPA=3,4;RU=A;SB=-9.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,126:128:99:3157,380,0 chrIX 37201 . C CTTTTT,CTTTTTT 10576 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=178;FS=0.000;HaplotypeScore=544.7397;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.34;MQ0=0;QD=59.42;RPA=11,16,17;RU=T;SB=-4.983e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:78,23,64:177:94:10576,2008,1497,605,0,94 chrIX 37299 . CT C 3884 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=183;FS=0.000;HaplotypeScore=636.7917;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.06;MQ0=0;QD=21.22;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.428e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,167:183:99:3884,516,0 chrIX 39043 . C CTAA 5932 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=12.933;DP=250;DS;FS=11.971;HaplotypeScore=605.4020;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.97;MQ0=0;MQRankSum=-5.169;QD=23.73;RPA=1,2;RU=TAA;ReadPosRankSum=3.323;SB=-2.433e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:130,119:250:99:5932,0,4366 chrIX 39102 . A ATTTATT 4938 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.949;DP=211;DS;FS=84.713;HaplotypeScore=1621.8951;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.183;QD=23.40;ReadPosRankSum=1.678;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:130,78:211:99:4938,0,8069 chrIX 39373 . T TA 3113.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.905;DP=185;FS=9.952;HaplotypeScore=1404.5482;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.39;MQ0=0;MQRankSum=0.432;QD=16.83;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.150;SB=-7.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,143:185:99:3156,240,0 chrIX 39412 . CA C 4528 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=182;FS=0.000;HaplotypeScore=1499.9753;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.01;MQ0=0;QD=24.88;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.623e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,167:182:99:4528,504,0 chrIX 41632 . GT G 6448 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=214;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=95.9319;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.55;MQ0=0;QD=30.13;RPA=3,2;RU=T;SB=-2.672e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,209:214:99:6448,630,0 chrIX 44284 . ACCACCACCG A 10779 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=372.7187;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.63;MQ0=0;QD=70.45;SB=-4.395e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,144:153:99:10779,429,0 chrIX 49527 . G GCAACAGCAA 14530 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=621.6205;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.33;MQ0=0;QD=93.14;SB=-4.348e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,115:156:99:14530,458,0 chrIX 51318 . ATT A 5236 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.856;DP=180;FS=0.000;HaplotypeScore=278.1456;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.18;MQ0=0;MQRankSum=0.181;QD=29.09;RPA=11,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.946;SB=-1.440e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,163:180:99:5236,491,0 chrIX 51552 . C CTT 3731 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=169;FS=0.000;HaplotypeScore=247.7640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.06;MQ0=0;QD=22.08;RPA=13,15;RU=T;SB=-6.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,119:169:99:3731,410,0 chrIX 56788 . AAGC A 4682 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.699;DP=204;DS;FS=5.227;HaplotypeScore=292.9588;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.371;QD=22.95;RPA=8,7;RU=AGC;ReadPosRankSum=1.095;SB=-2.182e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,118:204:99:4682,0,1539 chrIX 57277 . C CAA,CAAA 2108.95 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;DP=114;FS=6.592;HaplotypeScore=125.6102;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=61.50;MQ0=1;MQRankSum=1.007;QD=18.50;RPA=16,18,19;RU=A;ReadPosRankSum=-1.652;SB=-6.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:27,6,71:110:63:2187,435,211,261,0,63 chrIX 68535 . C CG 5178 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=11.237;DP=227;FS=7.214;HaplotypeScore=816.6826;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.005;QD=22.81;ReadPosRankSum=0.370;SB=-2.261e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,153:227:99:5178,0,1897 chrIX 69689 . GT G 1551.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.263;DP=154;FS=2.314;HaplotypeScore=1118.4216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.48;MQ0=0;MQRankSum=-4.988;QD=10.08;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.914;SB=-6.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,89:154:99:1591,0,651 chrIX 83075 . T TA 6169 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=184;FS=0.000;HaplotypeScore=2653.4964;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.66;MQ0=0;QD=33.53;SB=-2.413e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,160:183:99:6169,535,0 chrIX 83080 . CT C 4605 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=2479.3345;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.12;MQ0=0;QD=29.33;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.809e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,149:156:99:4605,445,0 chrIX 83182 . A AT 790.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.039;DP=167;FS=0.624;HaplotypeScore=158.1013;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.66;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=4.74;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.607;SB=-3.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:115,52:167:99:830,0,1934 chrIX 88738 . A AT 749.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.040;DP=160;FS=1.472;HaplotypeScore=100.9413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=0.582;QD=4.69;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.304;SB=-2.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,55:160:99:789,0,1567 chrIX 89070 . C CT 1128.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.998;DP=198;FS=0.000;HaplotypeScore=104.0143;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.913;QD=5.70;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=-1.089;SB=-5.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:133,64:198:99:1168,0,2459 chrIX 96584 . TAA T 9015 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=238;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=104.9329;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=3;QD=37.88;RPA=4,2;RU=A;SB=-4.292e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,226:233:99:9015,671,0 chrIX 96848 . GA G 5418 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=654.0478;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.79;MQ0=0;QD=34.95;SB=-2.175e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,139:155:99:5418,463,0 chrIX 97064 . CT C 3411 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=184;FS=0.000;HaplotypeScore=507.5786;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.37;MQ0=0;QD=18.54;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.534e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,151:184:99:3411,451,0 chrIX 99760 . TG T 2411.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.996;DP=163;FS=3.266;HaplotypeScore=1273.3983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.56;MQ0=0;MQRankSum=-6.165;QD=14.80;ReadPosRankSum=2.486;SB=-9.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,105:163:99:2451,0,1353 chrIX 100530 . A AT 2197.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.147;DP=190;FS=4.567;HaplotypeScore=476.4083;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=1.188;QD=11.57;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.662;SB=-1.041e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,94:190:99:2237,0,809 chrIX 100618 . AG A 5647 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=179;FS=0.000;HaplotypeScore=519.6162;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.65;MQ0=0;QD=31.55;RPA=3,2;RU=G;SB=-2.446e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,172:179:99:5647,517,0 chrIX 102480 . C CT 3157.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.709;DP=176;FS=36.858;HaplotypeScore=1227.3003;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=3.054;QD=17.94;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=1.787;SB=-1.227e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:75,97:176:99:3200,277,0 chrIX 102536 . CTTTTTT C,CT 13120 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=230;FS=0.000;HaplotypeScore=984.0456;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=1.608;QD=57.04;RPA=14,8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.515;SB=-6.515e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:23,68,0:230:99:13120,3352,2765,1758,0,1111 chrIX 105349 . C CAACAAT 4171 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.018;DP=108;FS=1.330;HaplotypeScore=488.4786;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=3.128;QD=38.62;ReadPosRankSum=2.647;SB=-1.445e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:79,27:106:66:4171,66,0 chrIX 105433 . A AAAT 3942 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=293.4988;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;QD=41.49;RPA=3,4;RU=AAT;SB=-1.442e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,87:95:99:3942,265,0 chrIX 105805 . TA T 1774.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.366;DP=77;FS=15.273;HaplotypeScore=364.7171;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.59;MQ0=2;MQRankSum=2.254;QD=23.05;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=-0.564;SB=-4.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,45:74:99:1817,135,0 chrIX 105811 . TA T 2052.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.266;DP=80;FS=12.980;HaplotypeScore=360.6898;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.46;MQ0=1;MQRankSum=2.220;QD=25.66;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=-1.727;SB=-3.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,54:78:99:2095,157,0 chrIX 122089 . GTTT G 7499 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=194;FS=0.000;HaplotypeScore=249.0009;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.05;MQ0=0;QD=38.65;RPA=12,9;RU=T;SB=-2.522e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,181:194:99:7499,545,0 chrIX 125862 . ATT A 3512 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=65.2910;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=1.701;QD=25.64;RPA=10,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.046;SB=-1.647e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,101:136:99:3512,322,0 chrIX 126008 . TTC T 2263.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.837;DP=143;FS=6.857;HaplotypeScore=431.8725;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.149;QD=15.83;ReadPosRankSum=2.951;SB=-8.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:97,46:143:99:2306,193,0 chrIX 126009 . TC T 3487 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=312.2518;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.66;MQ0=0;QD=24.38;RPA=5,4;RU=C;SB=-1.188e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:56,87:143:99:3487,415,0 chrIX 126162 . AAT A 6509 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=195;FS=0.000;HaplotypeScore=76.1316;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.31;MQ0=2;QD=33.38;RPA=3,2;RU=AT;SB=-2.483e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,180:193:99:6509,538,0 chrIX 127338 . GTTT G,GTT 4367 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.788;DP=160;FS=3.071;HaplotypeScore=133.8573;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.49;MQ0=1;MQRankSum=-0.263;QD=27.29;RPA=12,9,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.212;SB=-2.173e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:21,98,0:159:99:4367,856,1112,2960,0,2664 chrIX 127655 . AT A 5005 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=201;FS=0.000;HaplotypeScore=825.1046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.32;MQ0=0;QD=24.90;RPA=5,4;RU=T;SB=-2.246e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,191:201:99:5005,570,0 chrIX 127913 . C CTTT,CTT 5940 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=184;FS=0.000;HaplotypeScore=207.0976;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.38;MQ0=1;QD=32.28;RPA=7,10,9;RU=T;SB=-1.276e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:6,53,119:183:99:5940,2472,2006,1360,0,840 chrIX 128099 . GA G 4118 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=230;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=83.4913;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.34;MQ0=0;QD=17.90;RPA=9,8;RU=A;SB=-2.046e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:50,180:230:99:4118,538,0 chrIX 128717 . TTCCTCC T 5250 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=192;FS=0.000;HaplotypeScore=508.4010;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.50;MQ0=1;QD=27.34;RPA=5,3;RU=TCC;SB=-2.188e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:134,58:191:99:5250,446,0 chrIX 128727 . TC T 1649.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.828;DP=173;FS=22.952;HaplotypeScore=849.2601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.69;MQ0=1;MQRankSum=-3.137;QD=9.54;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=8.972;SB=-7.715e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,84:172:99:1689,0,369 chrIX 128730 . TCC T 3037.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.313;DP=179;FS=41.820;HaplotypeScore=715.7796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;MQ0=1;MQRankSum=-1.270;QD=16.97;ReadPosRankSum=9.418;SB=-1.381e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,84:178:99:3077,0,331 chrIX 129603 . C CT 1032.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.238;DP=249;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=187.1524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.396;QD=4.15;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.750;SB=-3.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:184,63:249:99:1072,0,2562 chrIX 130294 . AT A 5978 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=196;FS=0.000;HaplotypeScore=741.2052;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.11;MQ0=0;QD=30.50;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.639e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,194:196:99:5978,580,0 chrIX 130566 . G GAA,GA 4452 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=170;FS=0.000;HaplotypeScore=1239.2478;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.72;MQ0=0;QD=26.19;RPA=8,10,9;RU=A;SB=-1.952e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:15,93,61:170:99:4452,1324,960,2278,0,1825 chrIX 131765 . A AT 1805.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.993;DP=205;FS=0.564;HaplotypeScore=665.1691;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=1;MQRankSum=1.289;QD=8.81;ReadPosRankSum=0.948;SB=-6.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:133,72:204:99:1845,0,3665 chrIX 133980 . ATT A 4394 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.685;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=64.1763;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.147;QD=28.17;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.638;SB=-2.082e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,146:156:99:4394,441,0 chrIX 134262 . CA C 3782 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;FS=0.000;HaplotypeScore=515.2738;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.01;MQ0=0;QD=23.20;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.445e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,154:163:99:3782,461,0 chrIX 134329 . T TAA 3082.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.230;DP=180;FS=5.938;HaplotypeScore=507.8822;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=0.957;QD=17.13;RPA=7,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.522;SB=-1.163e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,96:180:99:3122,0,1449 chrIX 136215 . CT C 2081.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.287;DP=104;FS=9.614;HaplotypeScore=565.5935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.32;MQ0=0;MQRankSum=2.767;QD=20.02;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=-0.880;SB=-4.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,77:104:99:2121,0,203 chrIX 137137 . A ATT 2604.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.107;DP=154;FS=15.519;HaplotypeScore=2503.8617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.00;MQ0=0;MQRankSum=1.839;QD=16.92;ReadPosRankSum=5.968;SB=-8.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,66:154:99:2644,0,222 chrIX 137138 . A AT 1433.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.814;DP=153;FS=10.355;HaplotypeScore=2496.8858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.750;QD=9.37;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=6.158;SB=-5.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,66:153:99:1473,0,337 chrIX 137674 . GTTCGAATTAGAA G 9138 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.193;DP=157;FS=10.752;HaplotypeScore=1150.1897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.028;QD=58.20;ReadPosRankSum=1.404;SB=-4.374e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,85:157:99:9138,0,924 chrIX 137906 . GA G 3082.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.004;DP=187;FS=1.424;HaplotypeScore=165.2676;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=2.475;QD=16.49;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=-2.490;SB=-1.559e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,146:187:99:3125,334,0 chrIX 138041 . G GA 4494 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.890;DP=211;FS=0.000;HaplotypeScore=137.8647;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.918;QD=21.30;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=2.790;SB=-1.554e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,194:211:99:4494,468,0 chrIX 138429 . ACCCCCCC A 10744 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=432.8345;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.48;MQ0=0;QD=75.13;RPA=14,7;RU=C;SB=-3.828e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,120:143:99:10744,385,0 chrIX 138515 . G GT 2414.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.023;DP=168;FS=1.247;HaplotypeScore=1037.5074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=0.876;QD=14.37;RPA=3,4;RU=T;ReadPosRankSum=-0.782;SB=-1.068e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,101:168:99:2454,0,1384 chrIX 138545 . T TA 6623 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=182;FS=0.000;HaplotypeScore=540.8114;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;QD=36.39;SB=-2.634e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,178:182:99:6623,539,0 chrIX 139173 . A AT 3873 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.074;DP=173;FS=0.000;HaplotypeScore=440.0120;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.626;QD=22.39;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.776;SB=-1.741e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,157:173:99:3873,463,0 chrIX 139299 . C CCCGGCCTCTT 9681 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=421.0431;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.12;MQ0=0;QD=98.79;SB=-4.812e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,51:98:99:9681,256,0 chrIX 141760 . AT A 732.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.993;DP=148;FS=1.591;HaplotypeScore=67.3649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.997;QD=4.95;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=-0.416;SB=-1.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,45:148:99:772,0,2149 chrIX 142373 . AT A 2794.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.542;DP=166;FS=1.664;HaplotypeScore=170.5207;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.091;QD=16.84;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.350;SB=-1.412e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,140:166:99:2837,310,0 chrIX 144100 . A AC 973.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.861;DP=170;FS=4.206;HaplotypeScore=616.8740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.48;MQ0=1;MQRankSum=-1.442;QD=5.73;RPA=1,2;RU=C;ReadPosRankSum=-0.814;SB=-4.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:127,43:169:99:1013,0,3524 chrIX 144117 . TTATATATATATA T,TTA 8504 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=174.1503;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=50.47;MQ0=0;QD=54.51;RPA=12,6,7;RU=TA;SB=-2.376e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:56,15,0:156:99:8504,2588,2756,762,0,520 chrIX 148730 . AAT A 3031.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-9.820;DP=177;FS=0.000;HaplotypeScore=253.1658;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.969;QD=17.13;RPA=6,5;RU=AT;ReadPosRankSum=0.006;SB=-1.027e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,102:177:99:3071,0,1291 chrIX 148906 . AT A 4388 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=181;FS=0.000;HaplotypeScore=297.4477;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.16;MQ0=0;QD=24.24;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.728e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,174:181:99:4388,521,0 chrIX 149075 . GAA G,GA 4291 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.706;DP=200;FS=0.000;HaplotypeScore=152.4187;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.87;MQ0=1;MQRankSum=-0.772;QD=21.46;RPA=12,10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.917;SB=-1.371e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:20,114,0:199:99:4291,1127,980,2357,0,1940 chrIX 149496 . CAT C 1952.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.025;DP=217;FS=0.000;HaplotypeScore=394.1463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQ0=0;MQRankSum=3.134;QD=9.00;ReadPosRankSum=1.463;SB=-8.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:153,63:217:99:1992,0,5531 chrIX 151193 . GA G 2723.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.091;DP=167;FS=0.000;HaplotypeScore=166.0181;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.351;QD=16.31;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.129;SB=-1.247e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,135:167:99:2766,328,0 chrIX 151474 . A AT 4643 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.859;DP=212;DS;FS=13.800;HaplotypeScore=1070.8072;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.342;QD=21.90;ReadPosRankSum=-1.614;SB=-2.068e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,135:212:99:4643,0,2108 chrIX 151501 . GT G 7865 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=236;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1022.9596;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=33.33;SB=-3.564e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,227:236:99:7865,692,0 chrIX 153584 . G GATA 1595.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.176;DP=202;FS=0.600;HaplotypeScore=375.9506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.63;MQ0=0;MQRankSum=2.291;QD=7.90;RPA=2,3;RU=ATA;ReadPosRankSum=0.314;SB=-8.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:139,57:202:99:1635,0,4064 chrIX 155895 . T TA 1799.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.155;DP=188;FS=2.618;HaplotypeScore=353.7907;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=0.040;QD=9.57;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=-0.054;SB=-3.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:118,69:188:99:1839,0,3194 chrIX 155945 . GA G 3484 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.049;DP=227;FS=3.095;HaplotypeScore=770.1820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.98;MQ0=0;MQRankSum=0.566;QD=15.35;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.400;SB=-1.652e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:99,126:227:99:3484,563,0 chrIX 155955 . AAG A 2917.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.220;DP=214;FS=3.177;HaplotypeScore=750.7791;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.805;QD=13.64;ReadPosRankSum=-0.349;SB=-1.426e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:136,76:214:99:2957,0,1179 chrIX 157168 . CTATCCGA C 4475 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.441;DP=183;FS=10.058;HaplotypeScore=84.5400;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.683;QD=24.45;ReadPosRankSum=-1.038;SB=-1.544e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:120,52:183:99:4475,0,9755 chrIX 160362 . G GA 3355 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.788;DP=199;FS=5.609;HaplotypeScore=208.6923;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.48;MQ0=0;MQRankSum=1.139;QD=16.86;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.133;SB=-1.046e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,152:199:99:3355,418,0 chrIX 166646 . CAAT C 4423 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.714;DP=175;FS=0.000;HaplotypeScore=204.2118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=1.933;QD=25.27;RPA=4,3;RU=AAT;ReadPosRankSum=-0.256;SB=-1.873e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,104:175:99:4423,0,1745 chrIX 169474 . CTGCTGTTGT C 2983.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.737;DP=150;FS=6.849;HaplotypeScore=403.9654;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=0.483;QD=19.89;ReadPosRankSum=0.046;SB=-1.034e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:106,44:150:99:3023,0,7832 chrIX 169640 . A AT 949.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.442;DP=167;FS=7.931;HaplotypeScore=300.1021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=1.711;QD=5.69;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.066;SB=-4.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:104,62:167:99:989,0,1637 chrIX 169783 . GT G 1101.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.946;DP=198;FS=8.267;HaplotypeScore=731.9041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=1.995;QD=5.57;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=2.134;SB=-4.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:136,61:198:99:1141,0,1448 chrIX 169788 . TCC TCCCC,T 2741.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-10.883;DP=202;FS=0.000;HaplotypeScore=503.3541;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.980;QD=13.57;RPA=9,11,7;RU=C;ReadPosRankSum=-2.574;SB=-1.116e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:95,0,63:202:99:2820,1517,3950,1039,0,2611 chrIX 171637 . GA G 1864.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-11.187;DP=197;FS=0.000;HaplotypeScore=688.7400;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=2.164;QD=9.47;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.620;SB=-8.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,110:197:99:1904,0,1177 chrIX 173370 . C CT 907.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.114;DP=197;FS=8.753;HaplotypeScore=121.7553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.289;QD=4.61;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=2.140;SB=-1.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:138,58:197:99:947,0,2502 chrIX 175104 . A AT 1816.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.451;DP=170;FS=10.254;HaplotypeScore=1799.8095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.76;MQ0=0;MQRankSum=2.713;QD=10.69;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.930;SB=-4.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,85:169:99:1856,0,808 chrIX 175122 . TCA T 6962 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=1505.4565;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.07;MQ0=0;QD=46.11;SB=-2.790e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,147:151:99:6962,445,0 chrIX 175987 . T TAGC 5829 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.700;DP=219;FS=4.801;HaplotypeScore=460.9853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.333;QD=26.62;RPA=3,4;RU=AGC;ReadPosRankSum=0.849;SB=-2.599e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,140:219:99:5829,0,1875 chrIX 177464 . CACATAT C,CAT 7616 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=203.2021;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.61;MQ0=0;QD=52.16;SB=-3.262e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:61,29,0:146:99:7616,1488,1114,1975,0,1574 chrIX 177824 . ACT A 3067.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.111;DP=243;DS;FS=6.666;HaplotypeScore=258.2123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=2.352;QD=12.63;ReadPosRankSum=-0.497;SB=-1.410e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:157,86:243:99:3107,0,6111 chrIX 179655 . CAA CAAA,C 5267 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.745;DP=244;DS;FS=3.053;HaplotypeScore=501.1394;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.460;QD=21.59;RPA=11,12,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.879;SB=-2.619e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:57,0,140:244:99:5267,4489,5330,1316,0,2037 chrIX 193260 . TTA T 7181 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=193;FS=0.000;HaplotypeScore=573.6651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.54;MQ0=0;QD=37.21;RPA=2,1;RU=TA;SB=-2.502e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,185:193:99:7181,560,0 chrIX 195445 . GT G 478.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.475;DP=175;FS=1.389;HaplotypeScore=185.8254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=1.537;QD=2.74;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.464;SB=-2.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:125,46:175:99:518,0,2038 chrIX 196249 . TG T 5228 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=1150.2187;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.67;MQ0=0;QD=34.17;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.858e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,147:153:99:5228,448,0 chrIX 196311 . A ATT 5790 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=170;FS=0.000;HaplotypeScore=947.9667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.34;MQ0=0;QD=34.06;RPA=4,6;RU=T;SB=-2.894e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,152:170:99:5790,472,0 chrIX 196397 . C CGT 6034 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=684.5134;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.16;MQ0=0;QD=44.37;SB=-2.970e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,129:136:99:6034,409,0 chrIX 197676 . CTT C,CT 3370 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.412;DP=171;FS=0.000;HaplotypeScore=189.0023;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.79;MQ0=0;MQRankSum=-2.170;QD=19.71;RPA=10,8,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.412;SB=-1.659e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:23,34,0:170:99:3370,2238,2350,890,0,482 chrIX 197752 . A AT 864.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.546;DP=164;FS=2.246;HaplotypeScore=548.2304;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=0.951;QD=5.27;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=-1.413;SB=-3.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:113,50:163:99:904,0,2087 chrIX 199527 . G GA 1108.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.685;DP=201;FS=2.841;HaplotypeScore=262.5587;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.289;QD=5.52;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=0.876;SB=-5.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:142,56:201:99:1148,0,3909 chrIX 203425 . T TG 4263 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=263.0841;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.83;MQ0=0;QD=32.30;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.728e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,121:132:99:4263,388,0 chrIX 203507 . ATT A 4532 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=148.4728;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=2;QD=28.68;RPA=11,9;RU=T;SB=-2.031e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,141:154:99:4532,427,0 chrIX 204781 . TAA T,TA 2400.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.901;DP=158;FS=6.750;HaplotypeScore=249.1872;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.820;QD=15.20;RPA=16,14,15;RU=A;ReadPosRankSum=1.403;SB=-9.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:50,68,0:158:99:2479,481,482,1359,0,1147 chrIX 204879 . TG T 1225.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.082;DP=173;FS=5.437;HaplotypeScore=658.1734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=0.987;QD=7.09;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=0.514;SB=-2.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:122,51:173:99:1265,0,3599 chrIX 210740 . AT A 574.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.705;DP=152;FS=1.442;HaplotypeScore=254.1374;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.00;MQ0=0;MQRankSum=2.811;QD=3.78;RPA=7,6;RU=T;ReadPosRankSum=1.090;SB=-2.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:109,42:152:99:614,0,1757 chrIX 212374 . GA G 1911.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.954;DP=163;FS=7.998;HaplotypeScore=192.4298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.655;QD=11.73;RPA=7,6;RU=A;ReadPosRankSum=0.853;SB=-5.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,100:163:99:1951,0,1016 chrIX 214803 . CT C 787.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.737;DP=175;FS=0.653;HaplotypeScore=891.2084;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.76;MQ0=0;MQRankSum=2.167;QD=4.50;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=3.034;SB=-2.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:127,48:175:99:827,0,1526 chrIX 216548 . GT G 965.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.826;DP=196;FS=1.911;HaplotypeScore=209.2276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.128;QD=4.93;RPA=6,5;RU=T;ReadPosRankSum=2.082;SB=-4.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:134,62:196:99:1005,0,2861 chrIX 224472 . AT A 991.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.211;DP=171;FS=2.874;HaplotypeScore=207.0817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQ0=0;MQRankSum=0.412;QD=5.80;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=-0.916;SB=-4.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:112,58:171:99:1031,0,2449 chrIX 226377 . C CCCA 7010 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=1514.7978;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.14;MQ0=0;QD=49.72;SB=-1.288e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:141:99:7010,418,0 chrIX 226384 . AAGT A 5072 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=1413.2458;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.81;MQ0=0;QD=46.11;SB=-9.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,106:110:99:5072,328,0 chrIX 226568 . T TAA 1121.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.404;DP=168;FS=0.000;HaplotypeScore=524.3272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=2.408;QD=6.68;RPA=5,7;RU=A;ReadPosRankSum=-0.133;SB=-4.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:122,46:168:99:1161,0,3527 chrIX 231496 . C CA 1123.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.932;DP=211;FS=1.784;HaplotypeScore=90.2166;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=2.984;QD=5.33;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.036;SB=-5.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:134,74:211:99:1163,0,2199 chrIX 232195 . A AC 4292 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.269;DP=229;FS=1.818;HaplotypeScore=219.8208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.733;QD=18.74;RPA=2,3;RU=C;ReadPosRankSum=0.747;SB=-1.723e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,154:229:99:4292,0,1565 chrIX 240939 . GT G 4411 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=194;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=71.1067;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.44;MQ0=0;QD=22.74;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.804e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,182:194:99:4411,545,0 chrIX 241200 . TTTTC T 5730 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.859;DP=211;FS=6.519;HaplotypeScore=489.1279;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=1;MQRankSum=-0.128;QD=27.16;ReadPosRankSum=-1.382;SB=-2.300e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:117,93:210:99:5730,0,2037 chrIX 241204 . C CTT 1435.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-11.930;DP=213;FS=1.889;HaplotypeScore=867.1891;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=1;MQRankSum=-0.987;QD=6.74;RPA=11,13;RU=T;ReadPosRankSum=-5.309;SB=-5.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:158,39:212:99:1475,0,1385 chrIX 245962 . CTT C 1123.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.168;DP=140;FS=8.561;HaplotypeScore=790.1199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.37;MQ0=0;MQRankSum=-3.897;QD=8.03;RPA=20,18;RU=T;ReadPosRankSum=3.307;SB=-4.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,38:139:99:1163,0,553 chrIX 247526 . A AG 1545.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.884;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=1655.8364;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.32;MQ0=0;MQRankSum=-9.889;QD=11.62;ReadPosRankSum=1.633;SB=-5.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,59:133:99:1585,0,2336 chrIX 248948 . A ATT 3087.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-10.056;DP=196;FS=1.347;HaplotypeScore=1343.5607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.140;QD=15.75;RPA=10,12;RU=T;ReadPosRankSum=-4.776;SB=-1.400e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:135,58:196:99:3127,0,719 chrIX 249032 . C CG 5926 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=198;FS=0.000;HaplotypeScore=245.9372;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.03;MQ0=0;QD=29.93;RPA=3,4;RU=G;SB=-2.328e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,195:198:99:5926,586,0 chrIX 249625 . CT C 575.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.722;DP=215;DS;FS=18.847;HaplotypeScore=378.4256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=1;MQRankSum=0.339;QD=2.68;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.718;SB=-1.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:135,53:213:99:615,0,1369 chrIX 256168 . G GT 3043.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.148;DP=151;FS=2.476;HaplotypeScore=133.4363;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=1;MQRankSum=2.237;QD=20.16;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.067;SB=-1.210e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,133:150:99:3086,349,0 chrIX 257005 . A AG 1294.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.142;DP=178;FS=2.397;HaplotypeScore=1335.0506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.71;MQ0=0;MQRankSum=-3.805;QD=7.28;ReadPosRankSum=0.988;SB=-5.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:110,50:178:99:1334,0,1672 chrIX 257480 . CA CAA,C 1781.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.104;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=1211.6810;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=45.23;MQ0=0;MQRankSum=0.015;QD=11.72;RPA=12,13,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.474;SB=-7.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:25,2,46:152:99:1860,1351,1967,783,0,901 chrIX 257825 . TA T 1425.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.582;DP=164;FS=7.113;HaplotypeScore=687.2192;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=0.381;QD=8.69;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=-0.037;SB=-6.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,61:164:99:1465,0,2662 chrIX 258369 . T TAA 1799.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.510;DP=194;FS=0.569;HaplotypeScore=122.6573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.004;QD=9.28;RPA=2,4;RU=A;ReadPosRankSum=3.002;SB=-8.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:133,61:194:99:1839,0,4813 chrIX 259952 . GAAAAAAAA G,GAAAAAAAAA 2857.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.990;DP=115;FS=7.580;HaplotypeScore=367.2718;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=1.047;QD=24.85;RPA=10,2,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.495;SB=-1.241e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:42,0,0:115:99:2936,1645,8273,1552,0,1597 chrIX 260947 . C CATAT 2302.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.872;DP=183;FS=3.310;HaplotypeScore=273.9213;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQ0=0;MQRankSum=0.940;QD=12.58;RPA=5,7;RU=AT;ReadPosRankSum=-0.300;SB=-7.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:124,51:183:99:2342,0,3864 chrIX 268117 . T TGC 2633.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=11.026;DP=221;FS=3.183;HaplotypeScore=577.9106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=0.018;QD=11.92;ReadPosRankSum=0.582;SB=-1.301e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:142,74:221:99:2673,0,6052 chrIX 268328 . CA C 2794.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.281;DP=250;DS;FS=4.800;HaplotypeScore=489.1554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.797;QD=11.18;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.006;SB=-1.135e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,161:250:99:2834,0,1093 chrIX 268440 . A ATG 2043.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.515;DP=250;DS;FS=1.636;HaplotypeScore=851.6956;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.54;MQ0=0;MQRankSum=0.733;QD=8.18;RPA=4,5;RU=TG;ReadPosRankSum=-1.009;SB=-2.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:176,73:250:99:2083,0,5159 chrIX 270689 . A AG 1297.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.728;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=175.7912;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQ0=0;MQRankSum=0.505;QD=8.89;ReadPosRankSum=-0.680;SB=-5.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,52:146:99:1337,0,2443 chrIX 270827 . A AGG 1246.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.311;DP=174;FS=2.191;HaplotypeScore=86.5515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQ0=0;MQRankSum=1.140;QD=7.17;RPA=7,9;RU=G;ReadPosRankSum=0.521;SB=-6.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:125,47:174:99:1286,0,3301 chrIX 271116 . TA T 544.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.682;DP=156;FS=6.758;HaplotypeScore=68.2674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=0.428;QD=3.49;RPA=7,6;RU=A;ReadPosRankSum=1.413;SB=-2.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:110,43:156:99:584,0,2273 chrIX 272821 . GA G 2770.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=45.9043;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.81;MQ0=0;QD=20.08;RPA=10,9;RU=A;SB=-1.271e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,126:138:99:2813,376,0 chrIX 274032 . CTA CTATATATATA,C 4896 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=546.7227;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=51.49;MQ0=0;QD=35.22;RPA=7,11,6;RU=TA;SB=-2.333e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:59,1,61:139:99:4896,2129,6238,3063,0,3695 chrIX 274055 . TG T 3322 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.159;DP=205;FS=7.825;HaplotypeScore=922.7590;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.68;MQ0=0;MQRankSum=1.496;QD=16.20;ReadPosRankSum=-1.890;SB=-1.035e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,123:205:99:3322,0,1753 chrIX 280120 . A AT 1649.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.213;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=277.8819;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.853;QD=13.31;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.008;SB=-8.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,70:124:99:1692,182,0 chrIX 283783 . A AT 1015.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.256;DP=185;FS=1.946;HaplotypeScore=1142.2481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=2.722;QD=5.49;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=-0.725;SB=-5.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:123,62:185:99:1055,0,2354 chrIX 285203 . AT A 1252.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.505;DP=161;FS=1.416;HaplotypeScore=634.6273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.174;QD=7.78;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=0.407;SB=-3.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,52:161:99:1292,0,2912 chrIX 287679 . G GT 2151.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.184;DP=176;FS=8.190;HaplotypeScore=68.7444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;MQ0=0;MQRankSum=1.384;QD=12.23;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=-0.583;SB=-4.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,106:176:99:2191,0,975 chrIX 287755 . AT A 1217.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.239;DP=170;FS=6.640;HaplotypeScore=190.8440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.530;QD=7.16;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.305;SB=-5.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,74:170:99:1257,0,890 chrIX 289033 . T TC 2802.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.345;DP=171;FS=0.721;HaplotypeScore=80.2271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQ0=0;MQRankSum=0.047;QD=16.39;RPA=3,4;RU=C;ReadPosRankSum=-1.656;SB=-6.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,113:171:99:2842,0,1196 chrIX 290193 . GA G 2749.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.281;DP=182;FS=3.333;HaplotypeScore=419.2788;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=1.423;QD=15.11;RPA=17,16;RU=A;ReadPosRankSum=1.473;SB=-7.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,140:182:99:2792,392,0 chrIX 300058 . TA T 777.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.109;DP=175;FS=2.958;HaplotypeScore=61.9448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.645;QD=4.45;RPA=7,6;RU=A;ReadPosRankSum=2.671;SB=-3.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:119,55:174:99:817,0,2295 chrIX 300439 . TG T 966.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.834;DP=166;FS=6.691;HaplotypeScore=890.7462;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.59;MQ0=0;MQRankSum=-6.874;QD=5.83;RPA=5,4;RU=G;ReadPosRankSum=0.725;SB=-4.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:114,51:164:99:1006,0,2613 chrIX 300463 . CT C 1100.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.468;DP=177;FS=6.402;HaplotypeScore=1098.0395;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.27;MQ0=1;MQRankSum=-7.975;QD=6.22;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=-0.537;SB=-5.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:123,51:173:99:1140,0,3585 chrIX 302510 . GT G 4487 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.985;DP=196;FS=1.931;HaplotypeScore=196.6855;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.988;QD=22.89;ReadPosRankSum=0.496;SB=-2.218e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,136:196:99:4487,0,1607 chrIX 308558 . A AAT 3822 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.421;DP=204;FS=0.000;HaplotypeScore=92.1204;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQ0=4;MQRankSum=2.135;QD=18.74;RPA=5,6;RU=AT;ReadPosRankSum=-0.067;SB=-1.761e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,129:199:99:3822,0,1035 chrIX 310500 . G GTT 2107.30 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.456;DP=169;FS=0.764;HaplotypeScore=389.3299;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.334;QD=12.47;RPA=11,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.600;SB=-5.823e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,45:169:99:2146,0,1085 chrIX 310701 . T TG 4986 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=877.2321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;QD=33.02;SB=-1.289e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,146:151:99:4986,454,0 chrIX 310844 . C CA 1128.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.804;DP=170;FS=9.870;HaplotypeScore=922.6202;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.318;QD=6.64;ReadPosRankSum=-0.606;SB=-5.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:120,46:170:99:1168,0,3971 chrIX 313884 . GA G 3174.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=11.386;DP=247;DS;FS=1.118;HaplotypeScore=567.7496;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=1.076;QD=12.85;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=0.797;SB=-1.291e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,168:247:99:3214,0,994 chrIX 316417 . A AT 1033.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=11.540;DP=228;FS=4.444;HaplotypeScore=311.4369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQ0=0;MQRankSum=0.129;QD=4.53;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.593;SB=-3.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:158,68:228:99:1073,0,2487 chrIX 325128 . AC A 635.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.612;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=274.9787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.748;QD=6.91;RPA=5,4;RU=C;ReadPosRankSum=1.002;SB=-2.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,32:91:99:675,0,1376 chrIX 327996 . G GA 626.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.432;DP=191;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=95.2793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.725;QD=3.28;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.152;SB=-2.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:139,47:191:99:666,0,2014 chrIX 328101 . T TA 2543.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.587;DP=202;FS=7.000;HaplotypeScore=179.2428;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=2.387;QD=12.59;RPA=3,4;RU=A;ReadPosRankSum=0.006;SB=-9.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,112:202:99:2583,0,1872 chrIX 332777 . CG C 2851.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.172;DP=143;FS=9.674;HaplotypeScore=244.9862;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.603;QD=19.94;RPA=3,2;RU=G;ReadPosRankSum=-2.170;SB=-9.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,101:143:99:2891,0,879 chrIX 332900 . TA T 2840.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.615;DP=177;FS=0.000;HaplotypeScore=412.6783;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=0.177;QD=16.05;ReadPosRankSum=1.342;SB=-5.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,119:177:99:2880,0,1621 chrIX 333081 . AT A 2521.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.747;DP=143;FS=3.148;HaplotypeScore=369.1883;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.791;QD=17.64;ReadPosRankSum=0.886;SB=-1.172e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,91:143:99:2561,0,1423 chrIX 333170 . C CT 1959.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.567;DP=153;FS=6.759;HaplotypeScore=113.4477;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.267;QD=12.81;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=0.032;SB=-5.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,84:153:99:1999,0,1017 chrIX 334329 . T TTCTGCTGCTTCA 11083 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=171;FS=3.854;HaplotypeScore=233.7383;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.04;MQ0=0;MQRankSum=1.237;QD=64.81;RPA=2,3;RU=TCTGCTGCTTCA;ReadPosRankSum=1.645;SB=-4.175e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:56,115:171:99:11083,334,0 chrIX 334708 . T TA 4010 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=169;FS=0.000;HaplotypeScore=426.8724;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=23.73;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.342e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,163:169:99:4010,488,0 chrIX 334775 . G GA 844.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.194;DP=201;FS=2.775;HaplotypeScore=760.8583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.808;QD=4.20;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.073;SB=-3.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:145,56:201:99:884,0,2297 chrIX 336340 . T TA 1569.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.780;DP=125;FS=3.665;HaplotypeScore=149.9276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=1.584;QD=12.56;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.835;SB=-5.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,79:125:99:1609,0,578 chrIX 336677 . T TAGGA 5885 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.873;DP=161;FS=6.009;HaplotypeScore=1003.0036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.02;MQ0=0;MQRankSum=-2.887;QD=36.55;ReadPosRankSum=-0.121;SB=-2.710e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,91:161:99:5885,0,2989 chrIX 336729 . T TC 1333.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.631;DP=161;FS=5.227;HaplotypeScore=1174.7027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=5.572;QD=8.29;RPA=1,2;RU=C;ReadPosRankSum=-0.757;SB=-5.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:117,44:161:96:1373,0,96 chrIX 337211 . CA C 3617 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=935.3078;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.42;MQ0=0;QD=23.95;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.757e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,139:151:99:3617,426,0 chrIX 337243 . CAAA C 7004 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=940.5218;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=1.666;QD=43.78;RPA=8,5;RU=A;ReadPosRankSum=-0.563;SB=-3.343e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,147:160:99:7004,435,0 chrIX 337314 . A AT 5484 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=651.5151;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.85;MQ0=0;QD=37.05;SB=-2.709e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,138:148:99:5484,445,0 chrIX 338044 . GGA G 5805 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.950;DP=225;FS=6.447;HaplotypeScore=846.4471;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.549;QD=25.80;ReadPosRankSum=0.687;SB=-1.495e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,135:225:99:5805,0,3357 chrIX 338225 . A ATT 2916.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.456;DP=189;FS=9.207;HaplotypeScore=123.4048;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=1.545;QD=15.43;RPA=10,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.092;SB=-1.451e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,90:189:99:2956,0,1565 chrIX 339321 . G GA 5808 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=197;FS=0.000;HaplotypeScore=189.8509;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=29.48;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.916e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,187:197:99:5808,562,0 chrIX 342354 . CT C 2011.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.261;DP=194;FS=0.654;HaplotypeScore=145.2016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQ0=0;MQRankSum=1.539;QD=10.37;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.477;SB=-5.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,116:194:99:2051,0,902 chrIX 350025 . G GTATATATATATATA,GTATATATATATA 5225 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=150.3458;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=48.73;MQ0=0;QD=46.24;RPA=7,14,13;RU=TA;SB=-2.033e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:63,33,8:112:99:5225,481,336,469,0,309 chrIX 353659 . T TA 940.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.362;DP=160;FS=1.296;HaplotypeScore=65.1730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=1.191;QD=5.88;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.112;SB=-4.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,61:160:99:980,0,1576 chrIX 355815 . CAA C 2144.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.962;DP=119;FS=0.786;HaplotypeScore=59.7739;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=1.732;QD=18.02;RPA=11,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.167;SB=-9.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,79:119:99:2184,0,782 chrIX 355926 . T TA 841.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.471;DP=169;FS=0.000;HaplotypeScore=101.4099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=1.547;QD=4.98;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.830;SB=-2.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:111,54:169:99:881,0,1483 chrIX 358236 . ACTTCTTCGGTTTTTTATTTTCCTGAACTCT A 10800 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.628;DP=170;FS=1.410;HaplotypeScore=68.2435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.06;MQ0=0;MQRankSum=-7.994;QD=63.53;ReadPosRankSum=5.478;SB=-3.947e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:123,45:170:99:10800,0,32767 chrIX 363042 . T TG 6196 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;FS=0.000;HaplotypeScore=557.1481;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.30;MQ0=0;QD=36.88;SB=-2.033e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,158:168:99:6196,502,0 chrIX 363043 . CTA C 1294.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.858;DP=169;FS=0.915;HaplotypeScore=1025.7719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.954;QD=7.66;RPA=9,8;RU=TA;ReadPosRankSum=1.118;SB=-4.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:119,47:169:99:1334,0,669 chrIX 363071 . CTT C,CT 2908.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=813.0521;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=52.72;MQ0=0;QD=19.79;RPA=13,11,12;RU=T;SB=-1.088e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:27,78,0:147:99:2987,774,629,1660,0,1328 chrIX 364792 . TA T 642.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.641;DP=145;FS=1.443;HaplotypeScore=118.4892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.595;QD=4.43;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.126;SB=-2.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,49:145:99:682,0,1695 chrIX 379890 . T TAAAAA 2025.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.833;DP=165;FS=1.395;HaplotypeScore=188.1082;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=1;MQRankSum=-0.571;QD=12.28;RPA=12,17;RU=A;ReadPosRankSum=-4.012;SB=-1.015e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,21:164:99:2065,0,3923 chrIX 382914 . A ATG 2187.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.855;DP=92;FS=12.541;HaplotypeScore=587.6200;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.214;QD=23.78;ReadPosRankSum=2.900;SB=-7.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,73:92:99:2230,213,0 chrIX 382915 . A AT 1322.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=5.820;DP=90;FS=5.971;HaplotypeScore=672.1105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=1.110;QD=14.70;ReadPosRankSum=5.843;SB=-4.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,73:90:99:1365,179,0 chrIX 383434 . C CAT 2112.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.202;DP=212;DS;FS=1.285;HaplotypeScore=766.7204;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.775;QD=9.97;RPA=6,7;RU=AT;ReadPosRankSum=-0.882;SB=-1.047e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:139,41:212:99:2152,0,1466 chrIX 383461 . ATG A 3160.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.830;DP=191;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=786.6613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=0.551;QD=16.55;RPA=3,2;RU=TG;ReadPosRankSum=1.040;SB=-1.079e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:115,76:191:99:3200,0,1995 chrIX 384371 . A AC 1324.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.679;DP=181;FS=9.650;HaplotypeScore=516.2644;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.808;QD=7.32;RPA=2,3;RU=C;ReadPosRankSum=-1.060;SB=-5.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:120,60:181:99:1364,0,3143 chrIX 385518 . TTTGGACACC T 6821 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.776;DP=162;FS=20.774;HaplotypeScore=1595.6273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.76;MQ0=0;MQRankSum=-8.882;QD=42.10;ReadPosRankSum=2.253;SB=-2.595e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,66:157:99:6821,0,7290 chrIX 385530 . GCC G 1197.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.052;DP=142;FS=14.107;HaplotypeScore=2104.2282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.38;MQ0=0;MQRankSum=-9.883;QD=8.44;ReadPosRankSum=5.153;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,66:138:99:1237,0,3107 chrIX 385533 . TTTGGTGTTCTCGC T 8110 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.227;DP=148;FS=10.377;HaplotypeScore=1433.4197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.96;MQ0=0;MQRankSum=-10.015;QD=54.80;ReadPosRankSum=5.538;SB=-2.947e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,66:144:99:8110,0,9773 chrIX 386226 . G GATTT 3890 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.453;DP=219;DS;FS=0.540;HaplotypeScore=387.2259;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=0.393;QD=17.76;ReadPosRankSum=1.185;SB=-1.893e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:152,66:219:99:3890,0,9334 chrIX 386612 . A AC 1294.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.103;DP=178;DS;FS=0.630;HaplotypeScore=538.7383;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.81;MQ0=0;MQRankSum=-6.498;QD=7.28;ReadPosRankSum=-0.622;SB=-5.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:126,49:178:99:1334,0,3882 chrIX 387615 . TG T 3151.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.166;DP=195;FS=10.386;HaplotypeScore=1660.3944;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.02;MQ0=0;MQRankSum=-5.241;QD=16.16;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=-2.608;SB=-9.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,124:195:99:3191,0,1587 chrIX 387791 . TA T 3147.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=11.940;DP=222;FS=2.473;HaplotypeScore=1169.9283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.877;QD=14.18;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=-0.128;SB=-1.358e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,135:222:99:3187,0,1541 chrIX 387982 . CGGACATCGGGGACATTTCT C 13353 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.335;DP=164;FS=5.412;HaplotypeScore=1070.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.22;MQ0=0;MQRankSum=-10.339;QD=81.42;ReadPosRankSum=4.495;SB=-5.121e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,66:163:99:13353,0,14016 chrIX 388026 . TTC T 2599.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.043;DP=161;FS=5.992;HaplotypeScore=2237.4341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.76;MQ0=1;MQRankSum=-9.986;QD=16.15;ReadPosRankSum=-0.068;SB=-1.143e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,80:158:99:2639,0,2494 chrIX 388296 . A AC 4232 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;FS=0.000;HaplotypeScore=751.7764;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.20;MQ0=0;QD=25.96;RPA=4,5;RU=C;SB=-1.268e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,123:163:99:4232,479,0 chrIX 388838 . TA T 2499.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.581;DP=152;FS=4.191;HaplotypeScore=456.0028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.55;MQ0=0;MQRankSum=-2.386;QD=16.45;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.054;SB=-9.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,94:152:99:2539,0,1055 chrIX 388916 . TA T 2762.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.887;DP=175;FS=0.000;HaplotypeScore=1181.6858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.56;MQ0=0;MQRankSum=-4.824;QD=15.79;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.584;SB=-9.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,102:175:99:2802,0,1404 chrIX 388954 . T TG 1321.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=11.108;DP=191;FS=0.576;HaplotypeScore=1303.4360;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.17;MQ0=0;MQRankSum=-8.769;QD=6.92;RPA=6,7;RU=G;ReadPosRankSum=2.081;SB=-6.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,51:191:99:1361,0,1617 chrIX 389257 . GAAA G 3310 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.112;DP=174;FS=0.607;HaplotypeScore=1391.3199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.77;MQ0=0;MQRankSum=-6.704;QD=19.02;RPA=13,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.373;SB=-1.220e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,86:174:99:3310,0,1322 chrIX 389258 . AAAA AGAAA,A 5108 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.722;DP=173;FS=0.000;HaplotypeScore=1195.8596;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=49.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.344;QD=29.53;ReadPosRankSum=2.951;SB=-1.885e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:117,0,0:173:99:5108,3709,5257,1797,0,3120 chrIX 389983 . GGTAGCCGAAGGTGCA G 22935 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=731.9295;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.02;MQ0=0;QD=147.02;SB=-1.030e+04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,137:156:99:22935,418,0 chrIX 392851 . TGGG T 1115.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.722;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=216.3120;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.578;QD=38.48;RPA=5,2;RU=G;ReadPosRankSum=-0.867;SB=-5.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,20:29:68:1158,68,0 chrIX 392941 . A AGTT 4193 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.965;DP=88;FS=5.312;HaplotypeScore=749.8642;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.361;QD=47.65;ReadPosRankSum=-0.640;SB=-1.664e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,79:88:97:4193,97,0 chrIX 393031 . A AGTT 4683 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.139;DP=95;FS=9.608;HaplotypeScore=621.5706;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.67;MQ0=0;MQRankSum=1.640;QD=49.29;ReadPosRankSum=-0.232;SB=-1.470e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,91:95:67:4683,67,0 chrIX 393716 . T TC 5347 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=1134.3172;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.83;MQ0=0;QD=35.89;SB=-2.398e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,141:149:99:5347,448,0 chrIX 393780 . AT A 1277.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.045;DP=213;FS=1.141;HaplotypeScore=2035.6574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.76;MQ0=0;MQRankSum=-2.615;QD=6.00;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=0.988;SB=-5.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:144,68:213:99:1317,0,3305 chrIX 393800 . C CT 5758 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=230;FS=0.000;HaplotypeScore=1769.9688;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.55;MQ0=0;QD=25.03;RPA=5,6;RU=T;SB=-2.210e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,218:230:99:5758,654,0 chrIX 394080 . T TAAAGA 3665 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-9.743;DP=213;FS=1.163;HaplotypeScore=421.8047;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=3.039;QD=17.21;ReadPosRankSum=-0.423;SB=-1.760e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:149,63:213:99:3665,0,9147 chrIX 394706 . C CA 5023 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=224;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=908.9055;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.37;MQ0=0;QD=22.42;RPA=8,9;RU=A;SB=-2.474e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,204:224:99:5023,625,0 chrIX 394799 . C CT 6747 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=196;FS=0.000;HaplotypeScore=899.4820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.59;MQ0=0;QD=34.42;RPA=1,2;RU=T;SB=-2.608e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,186:196:99:6747,584,0 chrIX 394958 . CT C 398.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.803;DP=187;FS=50.203;HaplotypeScore=723.5310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.62;MQ0=0;MQRankSum=-4.747;QD=2.13;RPA=8,7;RU=T;ReadPosRankSum=-0.491;SB=-6.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:119,44:187:99:438,0,2473 chrIX 395383 . TA T 3112.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.309;DP=212;FS=2.893;HaplotypeScore=563.7894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=0.543;QD=14.68;RPA=6,5;RU=A;ReadPosRankSum=1.171;SB=-1.091e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,150:212:99:3152,0,817 chrIX 395484 . TA T 1436.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.674;DP=207;FS=1.173;HaplotypeScore=406.9278;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=3.945;QD=6.94;ReadPosRankSum=0.846;SB=-6.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:148,59:207:99:1476,0,4658 chrIX 395617 . GTT G 2718.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.378;DP=213;FS=5.011;HaplotypeScore=419.7643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.340;QD=12.77;RPA=4,2;RU=T;ReadPosRankSum=-0.509;SB=-1.279e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:133,80:212:99:2758,0,4616 chrIX 396176 . C CATA 2739.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.039;DP=191;FS=7.034;HaplotypeScore=437.7392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.72;MQ0=0;MQRankSum=-3.603;QD=14.35;ReadPosRankSum=-0.057;SB=-4.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:131,56:191:99:2779,0,6946 chrIX 397178 . G GA 4758 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=185;FS=0.000;HaplotypeScore=480.2074;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=63.81;MQ0=0;QD=25.72;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.813e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,177:185:99:4758,547,0 chrIX 398616 . CT C 911.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.171;DP=218;FS=10.882;HaplotypeScore=253.1635;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.491;QD=4.18;RPA=6,5;RU=T;ReadPosRankSum=0.700;SB=-2.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:145,60:218:99:951,0,2968 chrIX 399240 . G GC 3591 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.919;DP=198;FS=1.222;HaplotypeScore=877.1282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=0.239;QD=18.14;RPA=2,3;RU=C;ReadPosRankSum=0.562;SB=-1.758e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,123:197:99:3591,0,1371 chrIX 399523 . TA T 1152.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.638;DP=225;DS;FS=9.486;HaplotypeScore=693.5354;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.535;QD=5.12;RPA=6,5;RU=A;ReadPosRankSum=0.575;SB=-1.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:149,76:225:99:1192,0,3229 chrIX 400016 . GCAACAACAGCAACAA G 15949 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=191;FS=0.000;HaplotypeScore=896.2803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.14;MQ0=3;QD=83.50;SB=-5.909e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,160:188:99:15949,524,0 chrIX 404199 . GAAT G 11268 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=209;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=207.4516;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.77;MQ0=0;QD=53.91;SB=-5.621e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,206:209:99:11268,620,0 chrIX 406124 . AT A 3755 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.504;DP=189;DS;FS=6.591;HaplotypeScore=376.8505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.973;QD=19.87;ReadPosRankSum=-1.486;SB=-1.106e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,119:189:99:3755,0,1853 chrIX 411967 . TA T 998.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.228;DP=173;FS=2.084;HaplotypeScore=332.5568;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=1.680;QD=5.77;ReadPosRankSum=0.659;SB=-5.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:118,51:173:99:1038,0,3845 chrIX 419495 . A ATATG 3355 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.448;DP=239;DS;FS=30.922;HaplotypeScore=1191.4385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQ0=0;MQRankSum=2.805;QD=14.04;ReadPosRankSum=-0.508;SB=-1.572e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:144,65:239:99:3355,0,1553 chrIX 419544 . T TA 5043 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=204;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1175.9749;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.40;MQ0=0;QD=24.72;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.434e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:50,154:204:99:5043,608,0 chrIX 419563 . AT A 5079 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=213;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1198.9557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.18;MQ0=0;QD=23.85;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.614e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:120,91:213:99:5079,618,0 chrIX 419564 . TTAA T 3548 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-9.647;DP=211;DS;FS=9.013;HaplotypeScore=1280.4085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=0.457;QD=16.82;ReadPosRankSum=0.344;SB=-1.503e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:140,71:211:99:3548,0,1110 chrIX 421791 . G GT 2893.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.242;DP=215;FS=3.829;HaplotypeScore=218.8695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.357;QD=13.46;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.003;SB=-1.191e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,142:215:99:2933,0,628 chrIX 423632 . C CT 2720.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.252;DP=194;FS=9.387;HaplotypeScore=641.7734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.54;MQ0=0;MQRankSum=-5.450;QD=14.03;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=0.827;SB=-1.147e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,120:194:99:2760,0,1045 chrIX 425239 . C CTAAAAAAAAAACTTTGGACTTGCTGTTAAGGAT 26678 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=141.9603;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.68;MQ0=0;QD=266.78;SB=-1.249e+04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,2:100:99:26678,301,0 chrIX 427210 . A AT 3888 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=904.5982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.44;MQ0=0;QD=27.19;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.753e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,132:143:99:3888,406,0 chrIX 427220 . G GCAC 6984 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=594.0686;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.51;MQ0=0;QD=50.98;RPA=1,2;RU=CAC;SB=-3.301e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,134:137:99:6984,409,0 chrIX 427307 . C CT 615.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.080;DP=184;FS=6.188;HaplotypeScore=365.9038;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=1.514;QD=3.35;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.338;SB=-2.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:132,41:183:99:655,0,1850 chrIX 428011 . A AGT 1649.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.456;DP=177;FS=0.644;HaplotypeScore=409.6253;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.39;MQ0=0;MQRankSum=1.741;QD=9.32;ReadPosRankSum=0.078;SB=-5.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:131,46:177:99:1689,0,4868 chrIX 428570 . ATAACAATGTAGGAGAGGCCTT A 20612 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=536.2382;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.93;MQ0=0;QD=162.30;SB=-3.357e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,115:127:99:20612,346,0 chrIX 429697 . TA T 1541.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=11.237;DP=195;FS=1.163;HaplotypeScore=588.9246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.943;QD=7.91;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.406;SB=-7.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:125,69:195:99:1581,0,3189 chrIX 432345 . A ATC 230.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=2.0641;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.22;MQ0=13;QD=8.85;RPA=2,3;RU=TC;SB=-2.393e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,22:7:21:272,21,0 chrIX 433038 . T TA 638.98 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.768;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=466.5252;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.19;MQ0=6;MQRankSum=0.017;QD=11.21;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=0.316;SB=-3.001e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,45:38:22:678,0,22 chrIX 433264 . ATT A,AT 2600.94 filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=841.1285;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=37.92;MQ0=4;QD=17.34;RPA=12,10,11;RU=T;SB=-9.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:6,40,0:130:99:2679,1164,956,683,0,312 chrIX 438465 . CG C 108.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;HaplotypeScore=153.6578;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.98;MQ0=0;QD=21.65;SB=-5.929e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:150,15,0 chrIX 438530 . A AT 160.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=181.3941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.41;MQ0=0;QD=17.78;RPA=3,4;RU=T;SB=-5.780e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,7:9:21:202,21,0 chrIX 438645 . AT A 1168.16 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.189;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=1606.0046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.11;MQ0=1;MQRankSum=0.317;QD=23.84;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=-0.578;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,44:48:8:1209,8,0 chrIX 439349 . T TA 442.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.014;DP=22;FS=6.107;HaplotypeScore=198.7855;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.44;MQ0=0;MQRankSum=1.422;QD=20.14;ReadPosRankSum=-1.303;SB=-2.499e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,12:18:41:482,0,41 chrIX 439366 . 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TA T 58.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.016;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=551.9587;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.81;MQ0=0;MQRankSum=0.101;QD=3.47;ReadPosRankSum=0.811;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,6:15:98:98,0,191 chrM 189 . A AAAT 3665 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=436.7747;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.75;MQ0=0;QD=43.12;SB=-1.208e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,81:85:99:3665,250,0 chrM 230 . A AT 1198.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=332.6092;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.65;MQ0=1;QD=23.98;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,45:49:99:1241,141,0 chrM 408 . A AT 2472.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.703;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=870.0782;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.69;MQ0=0;MQRankSum=1.629;QD=18.88;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=2.661;SB=-3.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:87,36:131:99:2515,271,0 chrM 413 . 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T TTA 3912 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.279;DP=138;FS=3.658;HaplotypeScore=755.6837;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.70;MQ0=2;MQRankSum=0.320;QD=28.35;ReadPosRankSum=1.572;SB=-1.761e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,99:133:99:3912,380,0 chrM 862 . T TATTAC 6795 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.009;DP=153;DS;FS=15.198;HaplotypeScore=1393.5585;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.20;MQ0=0;MQRankSum=0.849;QD=44.41;RPA=2,3;RU=ATTAC;ReadPosRankSum=2.728;SB=-2.748e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:48,105:153:99:6795,291,0 chrM 887 . A AT 2462.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.472;DP=127;DS;FS=23.265;HaplotypeScore=1824.0286;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.22;MQ0=0;MQRankSum=0.516;QD=19.39;RPA=3,4;RU=T;ReadPosRankSum=-1.209;SB=-5.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,110:127:99:2505,254,0 chrM 1162 . TTATATA T 2615.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.853;DP=139;FS=5.521;HaplotypeScore=1504.1482;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.35;MQ0=0;MQRankSum=2.464;QD=18.82;RPA=10,7;RU=TA;ReadPosRankSum=-4.986;SB=-3.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:92,35:136:96:2658,96,0 chrM 1167 . TATATAT T 3421 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-4.271;DP=153;FS=1.632;HaplotypeScore=1761.0931;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.51;MQ0=0;MQRankSum=2.267;QD=22.36;RPA=8,5;RU=AT;ReadPosRankSum=-5.452;SB=-3.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:84,0:150:99:3421,189,0 chrM 1210 . A ATTAAAAT 18848 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=954.5297;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.50;MQ0=0;MQRankSum=1.166;QD=75.39;RPA=1,2;RU=TTAAAAT;ReadPosRankSum=0.799;SB=-5.311e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,199:248:99:18848,733,0 chrM 1327 . TA T 908.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=168.9064;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.29;MQ0=0;QD=15.15;RPA=7,6;RU=A;SB=-2.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,57:55:99:951,158,0 chrM 1682 . AC A 3413 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=225;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=552.3677;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.31;MQ0=0;QD=15.17;RPA=8,7;RU=C;SB=-1.324e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:51,174:225:99:3413,559,0 chrM 1960 . A AATAAAT 8019 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.859;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=778.6488;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.65;MQ0=0;MQRankSum=0.975;QD=63.64;ReadPosRankSum=-1.125;SB=-2.525e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,101:126:99:8019,333,0 chrM 2239 . AATAT A 3740 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=47.7877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.48;MQ0=0;QD=28.99;RPA=8,6;RU=AT;SB=-1.784e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:52,76:129:99:3740,254,0 chrM 2578 . T TAG 472.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=79.1864;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.10;MQ0=1;QD=27.82;RPA=1,2;RU=AG;SB=-7.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,15:15:45:515,45,0 chrM 2718 . TTAATA T 7415 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-5.200;DP=167;FS=23.199;HaplotypeScore=454.5499;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.08;MQ0=0;MQRankSum=5.087;QD=44.40;RPA=4,3;RU=TAATA;ReadPosRankSum=-0.413;SB=-2.120e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,133:166:99:7415,336,0 chrM 3407 . AT A 913.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=186.8443;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.11;MQ0=0;MQRankSum=1.405;QD=16.93;RPA=6,5;RU=T;ReadPosRankSum=0.098;SB=-2.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,49:54:99:956,146,0 chrM 3512 . AG A 6274 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=247;FS=0.000;HaplotypeScore=819.4146;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.35;MQ0=0;QD=25.40;RPA=3,2;RU=G;SB=-2.177e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,234:247:99:6274,717,0 chrM 3795 . T TAA 1286.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=194.0637;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.87;MQ0=0;QD=24.28;RPA=9,11;RU=A;SB=-4.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,36:52:99:1329,143,0 chrM 3815 . AT A 1104.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=216.2963;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.44;MQ0=0;QD=15.14;RPA=8,7;RU=T;SB=-5.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,68:72:99:1147,196,0 chrM 3893 . AAT A 819.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=51;FS=3.680;HaplotypeScore=205.4631;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.20;MQ0=0;MQRankSum=1.238;QD=16.08;RPA=7,6;RU=AT;ReadPosRankSum=-0.842;SB=-3.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,24:51:98:862,98,0 chrM 3926 . T TA 1424.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.675;DP=63;FS=4.164;HaplotypeScore=369.4091;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.33;MQ0=0;MQRankSum=1.559;QD=22.62;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=-1.155;SB=-5.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,49:62:99:1467,168,0 chrM 4152 . TACTCCTTCGGGGTCCCCGCCGGGGCGGGG T 11036 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=130;FS=3.332;HaplotypeScore=77.1844;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.433;QD=84.89;ReadPosRankSum=1.361;SB=-2.534e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:96,33:130:99:11036,159,0 chrM 4504 . AT A 297.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.328;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=466.5567;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.03;MQ0=0;MQRankSum=0.186;QD=7.45;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=-2.927;SB=-4.001e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,11:40:99:337,0,261 chrM 4519 . T TTG 118.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.972;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=413.9958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.139;QD=4.25;ReadPosRankSum=-3.139;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,5:27:99:158,0,507 chrM 4524 . T TA 303.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.404;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=721.3217;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.92;MQ0=0;MQRankSum=0.056;QD=10.86;RPA=5,6;RU=A;ReadPosRankSum=2.627;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,17:27:39:346,39,0 chrM 4691 . CT C 1040.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=696.6626;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.80;MQ0=1;MQRankSum=0.073;QD=13.88;RPA=8,7;RU=T;ReadPosRankSum=1.195;SB=-2.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,58:72:99:1083,190,0 chrM 4702 . AT A 1230.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-4.573;DP=77;FS=40.389;HaplotypeScore=723.8483;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.54;MQ0=1;MQRankSum=1.982;QD=15.99;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=1.769;SB=-1.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,60:73:99:1273,144,0 chrM 4742 . T TA 2233.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=437.5397;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.95;MQ0=0;QD=19.09;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.035e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,99:115:99:2276,321,0 chrM 4863 . 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AAG A 3183.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.095;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=1753.2974;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.56;MQ0=0;MQRankSum=3.206;QD=24.31;ReadPosRankSum=0.048;SB=-4.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,106:130:99:3226,197,0 chrM 5199 . TAAAA T 4992 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.758;DP=136;FS=9.064;HaplotypeScore=1415.1087;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.22;MQ0=0;MQRankSum=0.861;QD=36.71;RPA=5,1;RU=A;ReadPosRankSum=4.846;SB=-7.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,106:135:99:4992,0,286 chrM 5237 . A AG 4817 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=247;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=993.4038;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.44;MQ0=1;QD=19.50;RPA=5,6;RU=G;SB=-1.001e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,207:245:99:4817,698,0 chrM 5437 . AT A 3626 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=249;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=108.0925;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.75;MQ0=0;QD=14.56;RPA=10,9;RU=T;SB=-1.325e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,218:249:99:3626,663,0 chrM 5559 . T TA 1891.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-6.097;DP=114;FS=40.112;HaplotypeScore=905.5723;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.64;MQ0=0;MQRankSum=6.072;QD=16.60;RPA=5,6;RU=A;ReadPosRankSum=-2.771;SB=-8.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,94:114:99:1934,175,0 chrM 5728 . AG A 3622 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=100.4060;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.88;MQ0=0;QD=23.99;RPA=3,2;RU=G;SB=-1.731e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,138:151:99:3622,442,0 chrM 6001 . T TA 2481.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=339.3175;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.55;MQ0=0;QD=19.86;RPA=6,7;RU=A;SB=-8.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,122:125:99:2524,366,0 chrM 6135 . T TA 2710.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;FS=0.000;HaplotypeScore=2191.9332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.54;MQ0=0;QD=16.63;RPA=5,6;RU=A;SB=-9.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,127:163:99:2753,426,0 chrM 6146 . TCGGTTCC T 9717 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=1497.6806;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.60;MQ0=0;QD=66.10;SB=-3.982e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,115:147:99:9717,397,0 chrM 6162 . A AGTATAC 6975 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.612;DP=144;FS=35.760;HaplotypeScore=2593.9482;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.73;MQ0=0;MQRankSum=0.809;QD=48.44;ReadPosRankSum=3.862;SB=-3.021e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,72:144:99:6975,0,312 chrM 6404 . G GTTT 393.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.670;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=214.9766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.64;MQ0=0;MQRankSum=1.660;QD=20.74;RPA=5,8;RU=T;ReadPosRankSum=-1.371;SB=-1.088e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,11:19:28:433,0,28 chrM 6441 . A ATT 258.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.467;DP=22;FS=5.715;HaplotypeScore=457.2803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=0.785;QD=11.77;RPA=2,4;RU=T;ReadPosRankSum=-1.126;SB=-3.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,8:22:90:298,0,90 chrM 6445 . A ATT 301.04 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.634;DP=22;FS=5.815;HaplotypeScore=479.0388;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.56;MQ0=0;MQRankSum=0.560;QD=13.68;RPA=1,3;RU=T;ReadPosRankSum=0.858;SB=-4.294e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,8:22:15:340,0,15 chrM 6447 . A ATTT 508.73 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.567;DP=21;FS=8.528;HaplotypeScore=402.8273;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.54;MQ0=0;MQRankSum=0.940;QD=24.23;ReadPosRankSum=1.657;SB=-7.175e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,8:21:6:549,6,0 chrM 6461 . TA T 140.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.741;DP=33;FS=34.584;HaplotypeScore=511.4224;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.312;QD=4.27;ReadPosRankSum=0.215;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,10:33:99:180,0,460 chrM 6468 . G GA 173.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.799;DP=35;FS=18.894;HaplotypeScore=459.9192;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.435;QD=4.97;ReadPosRankSum=1.304;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,10:35:99:213,0,479 chrM 6498 . TA T 369.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.337;DP=51;FS=12.464;HaplotypeScore=519.0904;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.14;MQ0=0;MQRankSum=1.676;QD=7.25;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=-5.645;SB=-4.001e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:51:99:409,0,188 chrM 7091 . AT A 4509 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=244;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=302.0105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.14;MQ0=0;QD=18.48;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.720e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,219:244:99:4509,679,0 chrM 7127 . AT A 4642 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=236;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=244.6766;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=1.716;QD=19.67;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=-0.917;SB=-1.682e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,215:236:99:4642,640,0 chrM 7274 . TA T 6947 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=80.3049;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=27.79;SB=-2.541e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,215:250:99:6947,745,0 chrM 8220 . AAATATT A 12387 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=229;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=126.7847;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.42;MQ0=0;QD=54.09;RPA=2,1;RU=AATATT;SB=-3.479e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:62,166:229:99:12387,629,0 chrM 9849 . A AT 28.98 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.242;DP=23;FS=8.704;HaplotypeScore=429.7012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.335;QD=1.26;ReadPosRankSum=0.484;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,5:23:68:68,0,409 chrM 10204 . TAATAAA T 3143.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.118;DP=68;FS=13.687;HaplotypeScore=628.2220;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.89;MQ0=0;MQRankSum=2.351;QD=46.23;RPA=3,2;RU=AATAAA;ReadPosRankSum=0.050;SB=-9.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,41:68:99:3186,159,0 chrM 10292 . TTATAAA T 6721 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=152.2143;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.61;MQ0=0;MQRankSum=1.572;QD=52.92;RPA=4,3;RU=TATAAA;ReadPosRankSum=1.700;SB=-1.806e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,96:127:99:6721,321,0 chrM 10408 . G GC 5490 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=217;FS=0.000;HaplotypeScore=534.2138;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.01;MQ0=0;QD=25.30;RPA=1,2;RU=C;SB=-2.691e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:57,160:216:99:5490,612,0 chrM 10879 . T TTATTTA 11233 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=225;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=788.0005;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.87;MQ0=0;QD=49.92;RPA=3,4;RU=TATTTA;SB=-4.246e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:82,120:225:99:11233,545,0 chrM 10909 . T TTTTTTAATATTTA 9612 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=220;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=967.2104;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.80;MQ0=0;QD=43.69;RPA=2,3;RU=TTTTTAATATTTA;SB=-3.737e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:155,42:220:99:9612,348,0 chrM 11187 . A ACCTTT 484.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.410;DP=28;FS=8.418;HaplotypeScore=696.0466;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.131;QD=17.32;ReadPosRankSum=1.230;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,9:28:99:524,0,951 chrM 11191 . AT A 134.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.204;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=662.6451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.19;MQ0=0;MQRankSum=-2.958;QD=4.65;ReadPosRankSum=3.062;SB=-1.001e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,9:29:99:174,0,318 chrM 11203 . TAA T 238.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.571;DP=20;FS=2.199;HaplotypeScore=652.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.228;QD=11.95;ReadPosRankSum=2.355;SB=-2.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,9:20:99:278,0,206 chrM 11210 . A AT 125.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.532;DP=18;FS=14.472;HaplotypeScore=659.0885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.555;QD=7.00;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=2.888;SB=1.19;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,10:18:65:165,0,65 chrM 11219 . A AATAT 424.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.256;DP=17;FS=14.472;HaplotypeScore=647.8983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.553;QD=25.00;ReadPosRankSum=2.060;SB=-2.001e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,9:17:99:464,0,183 chrM 11233 . TA T 153.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.758;DP=14;FS=11.809;HaplotypeScore=523.7236;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.909;QD=11.00;ReadPosRankSum=-1.485;SB=0.211 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,9:14:63:193,0,63 chrM 11242 . T TA 171.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.758;DP=14;FS=11.809;HaplotypeScore=521.9010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.919;QD=12.28;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=-0.919;SB=0.512;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,9:14:32:211,0,32 chrM 11247 . AT A 98.02 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.262;DP=12;FS=6.990;HaplotypeScore=488.5189;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.72;MQ0=0;MQRankSum=-2.262;QD=8.17;ReadPosRankSum=-2.262;SB=-1.298e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,8:12:16:137,0,16 chrM 11296 . 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AT A 1456.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=206.8438;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.54;MQ0=0;QD=16.56;RPA=6,5;RU=T;SB=-7.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,77:88:99:1499,240,0 chrM 12221 . GAATT G 7340 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=193;FS=0.000;HaplotypeScore=359.3844;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.65;MQ0=3;QD=38.03;RPA=3,2;RU=AATT;SB=-3.258e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:60,132:187:99:7340,475,0 chrM 12240 . CT C 3287 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;FS=0.000;HaplotypeScore=704.6460;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.00;MQ0=0;QD=19.92;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.628e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,161:164:99:3287,481,0 chrM 12514 . T TG 3598 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=176;FS=0.000;HaplotypeScore=320.2008;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.63;MQ0=0;QD=20.44;RPA=4,5;RU=G;SB=-3.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,154:176:99:3598,500,0 chrM 13247 . TA T 2629.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.370;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=253.9100;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.13;MQ0=0;MQRankSum=2.339;QD=16.75;RPA=7,6;RU=A;ReadPosRankSum=-0.103;SB=-8.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,149:157:99:2672,440,0 chrM 13722 . TTTAAA T 7843 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-4.767;DP=226;DS;FS=103.433;HaplotypeScore=1606.1535;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.508;QD=34.70;RPA=4,3;RU=TTAAA;ReadPosRankSum=-1.500;SB=-1.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:94,130:225:99:7843,376,0 chrM 13751 . ATTTTTT A 14462 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.847;DP=245;DS;FS=14.144;HaplotypeScore=1198.4346;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.86;MQ0=2;MQRankSum=1.934;QD=59.03;RPA=11,5;RU=T;ReadPosRankSum=0.285;SB=-4.801e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,220:243:99:14462,641,0 chrM 20224 . AG A 669.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=859.5701;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=17.18;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,38:39:99:712,114,0 chrM 20234 . GT G 760.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=845.4417;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=20.03;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:99:803,113,0 chrM 20251 . AT A 599.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=861.5315;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=15.79;RPA=2,1;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,35:38:99:642,102,0 chrM 20261 . AT A 600.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=807.0344;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=17.17;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:35:86:643,86,0 chrM 25304 . CTT C 5993 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=249;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=524.5942;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.37;MQ0=0;QD=24.07;RPA=10,8;RU=T;SB=-2.093e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,220:249:99:5993,692,0 chrM 25491 . G GTTATT 13165 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=249;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=87.1136;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.90;MQ0=1;QD=52.87;SB=-6.059e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:62,185:247:99:13165,689,0 chrM 26057 . TA T 3084.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.610;DP=226;DS;FS=5.130;HaplotypeScore=754.2693;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=0.405;QD=13.65;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.478;SB=-1.061e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,200:226:99:3127,568,0 chrM 26070 . TAA T 6438 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.920;DP=246;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=577.9313;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=1.916;QD=26.17;RPA=8,6;RU=A;ReadPosRankSum=2.878;SB=-2.741e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,236:246:99:6438,676,0 chrM 26120 . AT A 3880 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=228.0595;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;QD=15.52;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.370e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,223:250:99:3880,697,0 chrM 26732 . T TAAAAAAAAAA 12076 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=452.9193;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=90.12;RPA=5,15;RU=A;SB=-4.016e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:63,56:134:99:12076,370,0 chrM 26752 . T TA 3295 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.965;DP=170;DS;FS=18.513;HaplotypeScore=1380.4783;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.94;MQ0=0;MQRankSum=0.077;QD=19.38;RPA=3,4;RU=A;ReadPosRankSum=-1.218;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,140:170:99:3295,406,0 chrM 26783 . T TAAAA 4136 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.495;DP=95;FS=14.723;HaplotypeScore=878.2908;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.247;QD=43.54;RPA=5,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.461;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,78:95:99:4136,187,0 chrM 26794 . A AT 3638 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.074;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=2637.2842;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.81;MQ0=0;MQRankSum=0.557;QD=24.75;ReadPosRankSum=1.198;SB=-8.001e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,111:147:99:3638,352,0 chrM 26825 . C CTTAATATATTA 16290 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=2280.5058;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.79;MQ0=0;QD=119.78;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:63,73:136:99:16290,406,0 chrM 26828 . C CT 1521.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=2234.4955;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.74;MQ0=0;QD=20.57;RPA=3,4;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1564,217,0 chrM 26838 . CTATAATATATT C 8822 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=1508.6684;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.74;MQ0=0;QD=119.22;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:8822,223,0 chrM 27318 . AG A 1775.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1215.5086;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.28;MQ0=0;QD=18.69;SB=-7.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,52:95:99:1818,265,0 chrM 27320 . TGAACCCCGAAAGGAGA T 9142 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=229.8908;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.71;MQ0=0;QD=121.89;SB=-4.153e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,47:75:99:9142,221,0 chrM 27517 . AT A 549.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=251.6231;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.54;MQ0=0;QD=11.70;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,34:47:99:592,102,0 chrM 27547 . T TA 112.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.632;DP=27;FS=25.592;HaplotypeScore=350.3347;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.929;QD=4.18;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.577;SB=3.516e-03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,9:27:99:152,0,154 chrM 27552 . AT A 276.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.630;DP=31;FS=21.741;HaplotypeScore=372.3395;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.506;QD=8.93;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=-0.110;SB=-9.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,10:31:99:316,0,135 chrM 27843 . A ATAT 3811 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.893;DP=143;FS=6.598;HaplotypeScore=462.2613;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.17;MQ0=1;MQRankSum=3.943;QD=26.65;RPA=4,5;RU=TAT;ReadPosRankSum=1.742;SB=-1.544e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:73,70:141:99:3811,259,0 chrM 27904 . A AATAAT 6468 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.427;DP=114;FS=3.033;HaplotypeScore=213.1194;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.63;MQ0=0;MQRankSum=2.358;QD=56.74;ReadPosRankSum=-1.346;SB=-2.952e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,87:113:99:6468,306,0 chrM 28093 . TA T 2157.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=130;FS=7.024;HaplotypeScore=423.7986;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.65;MQ0=0;MQRankSum=1.127;QD=16.60;RPA=7,6;RU=A;ReadPosRankSum=1.622;SB=-4.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,125:128:99:2200,363,0 chrM 28130 . TA T 1613.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.308;DP=151;FS=3.680;HaplotypeScore=822.3251;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.035;QD=10.69;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=1.025;SB=-6.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:58,93:149:99:1656,269,0 chrM 28142 . C CTTAT 6354 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=690.1531;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.54;MQ0=0;QD=42.64;RPA=1,2;RU=TTAT;SB=-1.796e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:53,96:147:99:6354,411,0 chrM 28157 . GCCC G 4917 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=643.8581;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.50;MQ0=0;QD=33.22;RPA=8,5;RU=C;SB=-2.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,126:146:99:4917,385,0 chrM 28264 . AT A 1549.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=102;FS=5.535;HaplotypeScore=882.5814;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.88;MQ0=2;MQRankSum=1.509;QD=15.20;RPA=7,6;RU=T;ReadPosRankSum=0.279;SB=-4.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,95:97:99:1592,267,0 chrM 28290 . C CTATTTA 6415 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=618.4221;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.17;MQ0=0;QD=56.27;RPA=1,2;RU=TATTTA;SB=-1.519e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,80:111:99:6415,321,0 chrM 28340 . TC T 859.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=748.3024;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.72;MQ0=0;QD=13.65;RPA=6,5;RU=C;SB=-3.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,46:60:99:902,136,0 chrM 28356 . A AG 2314.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=1080.4021;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.01;MQ0=0;QD=28.94;SB=-7.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,78:77:99:2357,231,0 chrM 29276 . T TA 1267.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.335;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=1276.6651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.52;MQ0=1;MQRankSum=1.621;QD=17.86;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=1.229;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,60:70:99:1310,173,0 chrM 29285 . A AT 1120.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.124;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=1136.3344;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.49;MQ0=1;MQRankSum=-0.074;QD=16.98;ReadPosRankSum=-2.485;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,42:65:82:1160,0,82 chrM 29364 . T TA 167.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.164;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=323.4982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.755;QD=8.84;ReadPosRankSum=-0.449;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,9:19:99:207,0,222 chrM 29376 . A AT 201.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.990;DP=35;FS=15.009;HaplotypeScore=625.1337;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.504;QD=5.77;ReadPosRankSum=-4.188;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,11:35:99:241,0,457 chrM 29387 . AT A 127.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.568;DP=36;FS=18.837;HaplotypeScore=617.9795;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.347;QD=3.55;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=3.813;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,9:36:99:167,0,310 chrM 29389 . TAA T 117.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.730;DP=36;FS=11.362;HaplotypeScore=619.0732;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.04;MQ0=0;MQRankSum=0.805;QD=3.28;ReadPosRankSum=-2.927;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,8:36:99:157,0,458 chrM 29436 . A AT 302.13 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.362;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=427.2235;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.51;MQ0=0;MQRankSum=0.289;QD=13.73;ReadPosRankSum=2.849;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,17:21:17:344,17,0 chrM 29455 . A AT 376.05 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.548;DP=38;FS=20.682;HaplotypeScore=589.7637;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.16;MQ0=0;MQRankSum=1.068;QD=9.90;RPA=3,4;RU=T;ReadPosRankSum=1.241;SB=-8.681e-02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,20:35:20:418,20,0 chrM 29569 . AT A 779.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-4.354;DP=51;FS=8.676;HaplotypeScore=343.7311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.35;MQ0=0;MQRankSum=0.036;QD=15.29;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=-1.031;SB=-3.648e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,31:51:30:822,30,0 chrM 29631 . TA T 2240.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.212;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=568.8884;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.80;MQ0=2;MQRankSum=0.878;QD=14.18;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.092;SB=-7.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,134:155:99:2283,383,0 chrM 29954 . T TA 2586.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.121;DP=171;DS;FS=15.834;HaplotypeScore=219.7052;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.89;MQ0=1;MQRankSum=3.595;QD=15.13;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=2.998;SB=-5.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,141:166:99:2629,354,0 chrM 30130 . T TTTA 5885 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.538;DP=198;FS=7.957;HaplotypeScore=215.1465;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.27;MQ0=0;MQRankSum=2.399;QD=29.72;RPA=5,6;RU=TTA;ReadPosRankSum=1.241;SB=-2.132e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:57,139:196:99:5885,448,0 chrM 30328 . A AT 337.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.769;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=415.7024;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.92;MQ0=0;MQRankSum=0.436;QD=7.68;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=0.397;SB=-3.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,19:37:99:377,0,153 chrM 30334 . AT A 252.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.597;DP=35;FS=3.736;HaplotypeScore=327.7249;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.68;MQ0=0;MQRankSum=0.938;QD=7.23;ReadPosRankSum=1.200;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,19:29:99:292,0,221 chrM 30411 . TA T 339.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.497;DP=66;FS=37.223;HaplotypeScore=1429.5295;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.75;MQ0=0;MQRankSum=-4.773;QD=5.15;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=4.569;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,22:65:99:379,0,525 chrM 30418 . AAT A 719.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.217;DP=87;FS=190.388;HaplotypeScore=1450.1484;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.73;MQ0=0;MQRankSum=-7.009;QD=8.28;RPA=3,2;RU=AT;ReadPosRankSum=5.788;SB=-3.006e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,22:86:99:759,0,1072 chrM 30581 . A AC 2916.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.434;DP=174;FS=2.652;HaplotypeScore=200.0646;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.85;MQ0=0;MQRankSum=2.292;QD=16.76;RPA=6,7;RU=C;ReadPosRankSum=1.315;SB=-8.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:70,102:174:99:2959,441,0 chrM 31171 . A AAGTATAT 11316 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.652;DP=249;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=461.7043;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=0.265;QD=45.45;RPA=3,4;RU=AGTATAT;ReadPosRankSum=-0.906;SB=-5.622e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:114,95:249:99:11316,358,0 chrM 31446 . TA T 3060.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.813;DP=236;DS;FS=2.577;HaplotypeScore=195.9810;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.16;MQ0=0;MQRankSum=2.415;QD=12.97;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.147;SB=-1.042e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,197:235:99:3103,570,0 chrM 33618 . T TTC 6258 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=169;DS;FS=5.441;HaplotypeScore=82.1215;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.78;MQ0=2;MQRankSum=1.668;QD=37.03;ReadPosRankSum=1.646;SB=-1.637e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,137:166:99:6258,466,0 chrM 33767 . AAGGAGTGAGGGACCCCCCCCCCTTACGGGGGGGAACCGAACCCCGC A 6651 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=11.7966;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.94;MQ0=0;QD=166.28;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,14:40:54:6651,54,0 chrM 35848 . A ATT 302.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=139.3862;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.72;MQ0=0;QD=25.25;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,7:12:33:345,33,0 chrM 35849 . A AT 106.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.708;DP=11;FS=3.010;HaplotypeScore=152.7908;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=1.106;QD=9.66;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=2.262;SB=-6.450e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,7:11:15:148,15,0 chrM 35921 . A ATT 168.98 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.246;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=398.5771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.17;MQ0=0;MQRankSum=0.278;QD=13.00;RPA=2,4;RU=T;ReadPosRankSum=1.398;SB=-5.994e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,7:12:26:208,0,26 chrM 35929 . A ATTT 336.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.212;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=343.1623;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.25;MQ0=0;MQRankSum=0.636;QD=22.45;RPA=1,4;RU=T;ReadPosRankSum=0.071;SB=-1.818e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,7:14:6:377,6,0 chrM 35938 . A AT 338.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.620;DP=28;FS=4.494;HaplotypeScore=522.4850;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.25;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=12.09;ReadPosRankSum=-0.960;SB=-1.935e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,14:28:2:377,2,0 chrM 38725 . T TAA 6457 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=248;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=86.3604;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;QD=26.04;RPA=8,10;RU=A;SB=-2.625e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:59,186:247:99:6457,680,0 chrM 40373 . C CGGGGGG 8411 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=449.1654;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.41;MQ0=0;QD=56.83;RPA=4,10;RU=G;SB=-1.944e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,109:142:99:8411,373,0 chrM 40399 . A AC 3134.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.145;DP=250;DS;FS=88.036;HaplotypeScore=2266.8622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.574;QD=12.54;RPA=4,5;RU=C;ReadPosRankSum=5.858;SB=-4.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,181:247:99:3174,0,596 chrM 40406 . CCTATT C 9840 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.150;DP=250;DS;FS=82.160;HaplotypeScore=1513.5239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.38;MQ0=0;MQRankSum=-2.665;QD=39.36;ReadPosRankSum=3.986;SB=-1.460e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,172:247:99:9840,0,833 chrM 40570 . AT A 4828 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=249;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=82.8796;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.28;MQ0=0;QD=19.39;RPA=5,4;RU=T;SB=-2.412e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,207:248:99:4828,720,0 chrM 40744 . T TTA 6278 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.969;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=176.6860;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.37;MQ0=1;MQRankSum=2.692;QD=25.11;RPA=5,6;RU=TA;ReadPosRankSum=0.665;SB=-2.278e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:86,161:248:99:6278,640,0 chrM 43084 . A AT 4614 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=245;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=126.7595;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.85;MQ0=0;QD=18.83;RPA=8,9;RU=T;SB=-1.516e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,223:245:99:4614,703,0 chrM 44795 . A AT 3585 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-5.057;DP=216;DS;FS=9.412;HaplotypeScore=425.0345;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=5.419;QD=16.60;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.331;SB=-1.298e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,187:216:99:3585,454,0 chrM 45177 . C CG 5081 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=236;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=2067.3857;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.64;MQ0=1;QD=21.53;RPA=3,4;RU=G;SB=-2.022e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,231:235:99:5081,683,0 chrM 45284 . A AAATAT 1650.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.083;DP=74;FS=63.883;HaplotypeScore=1431.7109;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.17;MQ0=0;MQRankSum=3.778;QD=22.31;RPA=2,3;RU=AATAT;ReadPosRankSum=-3.225;SB=-8.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,31:74:99:1690,0,614 chrM 45293 . ATT A 699.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.923;DP=81;FS=54.270;HaplotypeScore=1545.0991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.58;MQ0=0;MQRankSum=-3.241;QD=8.64;ReadPosRankSum=3.833;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,30:81:99:739,0,1172 chrM 45333 . TA T 98.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.849;DP=106;FS=116.486;HaplotypeScore=1732.3618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.79;MQ0=0;MQRankSum=-4.740;QD=0.93;ReadPosRankSum=1.899;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,26:104:99:138,0,1741 chrM 45783 . A ATAATT 10765 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=206;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=176.5423;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.98;MQ0=0;QD=52.26;RPA=1,2;RU=TAATT;SB=-3.949e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,160:202:99:10765,545,0 chrM 45921 . T TA 1977.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.452;DP=220;DS;FS=112.922;HaplotypeScore=2171.2329;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.68;MQ0=0;MQRankSum=-3.042;QD=8.99;ReadPosRankSum=5.777;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:153,58:212:99:2017,0,1169 chrM 45971 . ATT A 5103 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.858;DP=240;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1095.2078;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.77;MQ0=0;MQRankSum=0.555;QD=21.26;RPA=12,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.631;SB=-1.651e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,207:231:99:5103,612,0 chrM 46229 . A AT 4268 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.537;DP=250;DS;FS=4.120;HaplotypeScore=663.9102;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=1.090;QD=17.07;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=-0.147;SB=-1.604e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,210:249:99:4268,690,0 chrM 46513 . C CT 1259.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=424.2395;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.19;MQ0=0;QD=15.37;RPA=9,10;RU=T;SB=-5.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,65:79:99:1302,204,0 chrM 47003 . AAT A 5597 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.713;DP=197;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=125.1684;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=2;MQRankSum=1.638;QD=28.41;ReadPosRankSum=1.638;SB=-1.783e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,161:195:99:5597,544,0 chrM 47603 . T TA 4008 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=167;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=425.3608;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.33;MQ0=0;QD=24.00;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.221e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,133:167:99:4008,488,0 chrM 47628 . AATCTATCT A 5849 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=230.5992;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.20;MQ0=0;QD=55.18;RPA=4,2;RU=ATCT;SB=-1.990e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:56,48:106:99:5849,238,0 chrM 48007 . G GA 1631.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.999;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=712.5726;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.23;MQ0=0;MQRankSum=1.278;QD=14.84;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=-1.759;SB=-7.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,72:106:99:1674,230,0 chrM 48169 . A AATATTT 8542 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.558;DP=250;DS;FS=3.263;HaplotypeScore=134.4947;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.37;MQ0=1;MQRankSum=-1.732;QD=34.17;RPA=3,4;RU=ATATTT;ReadPosRankSum=0.294;SB=-4.120e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:184,66:249:99:8542,454,0 chrM 50661 . TAA T 5755 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=245;DS;FS=5.761;HaplotypeScore=90.5912;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.48;MQ0=15;MQRankSum=1.666;QD=23.49;RPA=8,6;RU=A;ReadPosRankSum=0.550;SB=-1.524e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,203:221:99:5755,621,0 chrM 51098 . A ATATAAC 7767 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=249;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=128.7524;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.49;MQ0=0;QD=31.19;RPA=4,5;RU=TATAAC;SB=-2.515e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:168,53:249:99:7767,451,0 chrM 51468 . AT A 3648 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=228;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=243.9920;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.61;MQ0=0;QD=16.00;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.214e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,194:228:99:3648,607,0 chrM 51665 . G GTAATT 6824 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;FS=0.000;HaplotypeScore=72.8767;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.03;MQ0=2;QD=41.87;RPA=3,4;RU=TAATT;SB=-2.815e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:58,102:160:99:6824,373,0 chrM 52595 . TA T 901.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=138.6126;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.17;MQ0=0;MQRankSum=1.314;QD=15.03;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.239;SB=-4.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,56:60:99:944,163,0 chrM 52753 . C CCA 3010.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=440.0485;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.05;MQ0=0;QD=34.61;SB=-1.299e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,75:86:99:3053,253,0 chrM 52821 . T TA 1217.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.226;DP=138;FS=291.980;HaplotypeScore=663.2210;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.06;MQ0=1;MQRankSum=-6.794;QD=8.83;ReadPosRankSum=1.227;SB=0.021 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,55:135:99:1257,0,1496 chrM 52914 . ATTATAT A 1269.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.780;DP=38;FS=47.364;HaplotypeScore=421.8948;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.32;MQ0=0;MQRankSum=3.699;QD=33.42;RPA=2,1;RU=TTATAT;ReadPosRankSum=-1.597;SB=-3.016e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,19:37:3:1309,3,0 chrM 53394 . A AATTT 10784 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=738.0906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.50;MQ0=0;QD=43.14;RPA=2,3;RU=ATTT;SB=-3.646e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:65,185:250:99:10784,736,0 chrM 53535 . TTATTA T 3456 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=826.0566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.29;MQ0=0;QD=37.16;RPA=3,2;RU=TATTA;SB=-7.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,59:93:99:3456,187,0 chrM 53592 . TA T 3790 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.716;DP=228;FS=5.283;HaplotypeScore=2256.5656;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.49;MQ0=0;MQRankSum=1.395;QD=16.62;RPA=7,6;RU=A;ReadPosRankSum=-1.508;SB=-1.109e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,214:228:99:3790,626,0 chrM 53607 . A ATAT 6830 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.497;DP=227;FS=37.440;HaplotypeScore=1836.7580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.50;MQ0=0;MQRankSum=3.031;QD=30.09;RPA=3,4;RU=TAT;ReadPosRankSum=3.388;SB=-2.598e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,187:227:99:6830,0,154 chrM 53749 . C CTTTTTAA 21094 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.880;DP=243;FS=19.788;HaplotypeScore=199.9376;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.53;MQ0=0;MQRankSum=2.748;QD=86.81;ReadPosRankSum=2.814;SB=-4.365e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,240:243:99:21094,473,0 chrM 54305 . AT A 1334.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=451.6618;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.40;MQ0=0;QD=21.88;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,53:61:99:1377,168,0 chrM 54327 . TAAA T 1066.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=38;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=418.0500;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.10;MQ0=0;MQRankSum=0.179;QD=28.08;RPA=4,1;RU=A;ReadPosRankSum=-0.179;SB=-1.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,22:37:82:1109,82,0 chrM 54373 . T TA 132.42 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.589;DP=12;FS=6.990;HaplotypeScore=225.4947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.77;MQ0=0;MQRankSum=0.589;QD=11.04;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=-0.118;SB=-1.448e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,8:11:1:170,0,1 chrM 54378 . T TA 121.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.117;DP=17;FS=13.570;HaplotypeScore=228.7384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.905;QD=7.17;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=1.799;SB=-6.774e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,8:16:99:161,0,112 chrM 54569 . A AG 4104 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=216;FS=0.000;HaplotypeScore=105.9964;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.18;MQ0=1;QD=19.00;RPA=7,8;RU=G;SB=-7.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,208:214:99:4104,624,0 chrM 54935 . TA T 630.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.858;DP=42;FS=7.840;HaplotypeScore=241.8193;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.65;MQ0=3;MQRankSum=2.386;QD=15.02;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=-2.092;SB=-1.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,22:39:70:673,70,0 chrM 55187 . A AT 4943 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=558.9404;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;QD=19.77;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.874e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:90,158:250:99:4943,657,0 chrM 56280 . GT G 5057 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.142;DP=222;DS;FS=3.203;HaplotypeScore=1659.9837;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.60;MQ0=0;MQRankSum=0.879;QD=22.78;ReadPosRankSum=0.343;SB=-2.362e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,209:222:99:5057,613,0 chrM 56304 . A ATAT 5867 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=194;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1239.3978;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.94;MQ0=0;QD=30.24;RPA=4,5;RU=TAT;SB=-1.981e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,142:194:99:5867,471,0 chrM 56533 . T TG 1757.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.012;DP=171;FS=3.561;HaplotypeScore=531.9580;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.19;MQ0=0;MQRankSum=3.057;QD=10.28;RPA=5,6;RU=G;ReadPosRankSum=2.790;SB=-4.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,114:171:99:1800,151,0 chrM 56620 . AT A 4806 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.800;DP=243;DS;FS=7.618;HaplotypeScore=599.6055;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.88;MQ0=0;MQRankSum=2.604;QD=19.78;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=2.885;SB=-2.122e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,225:235:99:4806,668,0 chrM 57129 . CTTT C 6748 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.941;DP=196;FS=8.769;HaplotypeScore=679.7163;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.45;MQ0=0;MQRankSum=2.113;QD=34.43;RPA=9,6;RU=T;ReadPosRankSum=-0.167;SB=-1.454e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,162:195:99:6748,538,0 chrM 57232 . A AT 4378 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.216;DP=217;DS;FS=3.325;HaplotypeScore=1696.5280;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.803;QD=20.18;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=0.041;SB=-1.141e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,198:215:99:4378,574,0 chrM 57261 . CTT C 4249 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=179;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1601.2657;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.57;MQ0=0;QD=23.74;SB=-7.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,130:177:99:4249,400,0 chrM 57264 . CTCT C 4849 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.397;DP=152;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1438.0998;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.37;MQ0=0;MQRankSum=0.479;QD=31.90;ReadPosRankSum=-0.811;SB=-8.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,130:150:99:4849,392,0 chrM 57304 . AG A 2582.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=702.3240;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.35;MQ0=0;QD=16.88;RPA=6,5;RU=G;SB=-1.111e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,120:151:99:2625,396,0 chrM 57882 . AT ATT,A 798.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.964;DP=45;FS=8.621;HaplotypeScore=656.3423;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.404;QD=17.75;RPA=2,3,1;RU=T;ReadPosRankSum=-1.460;SB=-3.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:7,0,30:45:99:877,763,946,192,0,158 chrM 57932 . TA T 627.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.171;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=904.9779;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.88;MQ0=0;MQRankSum=0.328;QD=12.56;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=-0.702;SB=-2.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,34:47:96:670,96,0 chrM 57937 . GATTAT G 1592.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=514.2583;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.62;MQ0=0;QD=38.85;RPA=3,2;RU=ATTAT;SB=-4.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,31:38:95:1635,95,0 chrM 57981 . TTTA T 2363.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.460;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=482.2138;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.24;MQ0=0;MQRankSum=1.475;QD=25.42;RPA=5,4;RU=TTA;ReadPosRankSum=-1.134;SB=-6.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,53:90:99:2406,213,0 chrM 59053 . TA T 3544 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.406;DP=232;DS;FS=9.145;HaplotypeScore=940.2332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=3.382;QD=15.28;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=1.662;SB=-1.768e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,210:232:99:3544,608,0 chrM 59078 . A AATAT 9451 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=452.2428;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=37.80;RPA=6,8;RU=AT;SB=-4.151e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:83,163:250:99:9451,628,0 chrM 59204 . C CT 3408 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.637;DP=235;DS;FS=4.174;HaplotypeScore=82.9645;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=1.562;QD=14.50;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.786;SB=-1.286e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,175:235:99:3408,525,0 chrM 59465 . TATTAATTA T 5627 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.933;DP=88;DS;FS=3.415;HaplotypeScore=268.3854;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.59;MQ0=0;MQRankSum=1.535;QD=63.94;RPA=3,1;RU=ATTA;ReadPosRankSum=-0.767;SB=-1.424e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,56:88:99:5627,181,0 chrM 59473 . A AT 1144.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-4.635;DP=87;DS;FS=2.624;HaplotypeScore=823.8837;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.90;MQ0=0;MQRankSum=2.022;QD=13.16;ReadPosRankSum=-4.487;SB=-5.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:64,23:87:99:1187,106,0 chrM 59504 . TA T 2326.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=6.102;DP=153;FS=17.939;HaplotypeScore=976.6080;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.64;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=15.21;ReadPosRankSum=6.502;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,133:152:99:2369,104,0 chrM 59506 . TATA T 4877 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.427;DP=154;FS=12.305;HaplotypeScore=744.2138;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.68;MQ0=0;MQRankSum=1.375;QD=31.67;ReadPosRankSum=-0.528;SB=-9.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,133:153:99:4877,280,0 chrM 60347 . TAAA T 5727 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=209;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=115.3210;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.21;MQ0=0;QD=27.40;RPA=10,7;RU=A;SB=-2.489e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:79,129:207:99:5727,484,0 chrM 60570 . T TTCTTAAA 882.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0183;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.66;MQ0=0;QD=63.07;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,13:14:39:925,39,0 chrM 61775 . T TTG 125.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.495;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=96.7216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.495;QD=18.00;ReadPosRankSum=-1.495;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:52:165,0,52 chrM 62607 . AAATAAAT A 11348 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=200;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=113.0056;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.41;MQ0=0;MQRankSum=1.668;QD=56.74;RPA=3,2;RU=AATAAAT;ReadPosRankSum=-1.433;SB=-2.174e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,154:199:99:11348,451,0 chrM 62921 . TTTATA T 4989 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=486.5779;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.90;MQ0=1;QD=31.38;RPA=4,3;RU=TTATA;SB=-2.000e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:68,84:158:99:4989,289,0 chrM 62955 . AC A 2910.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=762.5583;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=1;QD=24.46;RPA=2,1;RU=C;SB=-1.224e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,105:117:99:2953,336,0 chrM 63032 . A ATTAT 3693 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=286.9419;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.83;MQ0=0;QD=30.78;RPA=6,7;RU=TTAT;SB=-1.424e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:85,35:120:99:3693,257,0 chrM 63114 . TA T 1545.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=125.5432;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;QD=16.45;RPA=8,7;RU=A;SB=-5.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:1588,275,0 chrM 63172 . A AT 2140.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.898;DP=110;FS=11.451;HaplotypeScore=396.9671;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.87;MQ0=0;MQRankSum=2.561;QD=19.46;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=1.196;SB=-5.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,101:110:99:2183,291,0 chrM 63290 . ATTATT A,ATATT 1156.96 filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.264;DP=83;FS=35.455;HaplotypeScore=198.3128;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=48.71;MQ0=5;MQRankSum=1.140;QD=13.94;ReadPosRankSum=3.527;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:35,0,0:70:60:1235,862,873,161,0,60 chrM 63400 . C CA 4036 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.648;DP=206;FS=0.000;HaplotypeScore=1013.0216;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.504;QD=19.59;ReadPosRankSum=1.463;SB=-1.210e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,194:206:99:4036,583,0 chrM 63481 . A AT 3663 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.178;DP=221;DS;FS=3.562;HaplotypeScore=309.1184;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.70;MQ0=0;MQRankSum=1.549;QD=16.57;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.265;SB=-8.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,194:220:99:3663,559,0 chrM 63569 . A AG 4419 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=245;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=301.9555;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.75;MQ0=0;QD=18.04;RPA=4,5;RU=G;SB=-9.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,219:245:99:4419,661,0 chrM 63656 . CG C 2301.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.590;DP=191;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=206.3611;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.16;MQ0=1;MQRankSum=0.224;QD=12.05;RPA=10,9;RU=G;ReadPosRankSum=-0.473;SB=-4.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,139:190:99:2344,389,0 chrM 65038 . TC T 434.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=6.243;DP=131;FS=16.162;HaplotypeScore=1415.5069;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.197;QD=3.32;ReadPosRankSum=4.320;SB=-8.100e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:88,43:131:50:477,50,0 chrM 65040 . TCTTTCGATCGGAC T 7104 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.410;DP=130;FS=3.011;HaplotypeScore=764.9165;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.12;MQ0=0;MQRankSum=-2.330;QD=54.65;ReadPosRankSum=2.410;SB=-1.874e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:87,43:130:99:7104,351,0 chrM 65087 . C CAG 5126 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=1083.5248;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.78;MQ0=0;QD=34.64;SB=-2.283e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,122:148:99:5126,423,0 chrM 65206 . A ATTAT 4729 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.031;DP=206;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=674.4981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.071;QD=22.96;RPA=7,8;RU=TTAT;ReadPosRankSum=-0.315;SB=-2.214e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:119,87:206:99:4729,290,0 chrM 65255 . T TA 3025.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1832.3646;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.57;MQ0=0;QD=18.56;RPA=5,6;RU=A;SB=-9.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,155:161:99:3068,425,0 chrM 65293 . TATATTATATATATTAATATAAAAATAATAAATAT T 22730 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.399;DP=152;FS=21.992;HaplotypeScore=507.3360;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.364;QD=149.54;ReadPosRankSum=2.365;SB=-1.098e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:105,0:150:99:22730,322,0 chrM 65312 . TAAAAATAATAAATATAAATATATTATGTAAATAT T 9825 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.682;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=1536.8583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.54;MQ0=2;MQRankSum=0.553;QD=88.51;ReadPosRankSum=-0.108;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,0:109:99:9825,0,631 chrM 65893 . GT G 4599 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=241;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1128.4633;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.48;MQ0=0;QD=19.08;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.336e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,223:240:99:4599,663,0 chrM 65917 . CGGG C 5785 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.419;DP=192;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1096.0715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.41;MQ0=0;MQRankSum=-2.404;QD=30.13;RPA=9,6;RU=G;ReadPosRankSum=2.404;SB=-6.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,156:190:99:5785,428,0 chrM 66338 . T TATTA 4869 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=138.3087;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.07;MQ0=0;QD=38.34;RPA=3,4;RU=ATTA;SB=-1.813e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,93:125:99:4869,312,0 chrM 66531 . TA T 4107 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1102.4207;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.44;MQ0=0;QD=16.43;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.664e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,215:250:99:4107,670,0 chrM 66564 . TATTTA T 8482 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=230;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1030.5105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.91;MQ0=0;QD=36.88;RPA=2,1;RU=ATTTA;SB=-3.003e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:78,127:230:99:8482,498,0 chrM 67400 . TC T 4049 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.514;DP=249;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1105.9327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.728;QD=16.26;RPA=9,8;RU=C;ReadPosRankSum=0.902;SB=-1.336e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,210:249:99:4049,681,0 chrM 67598 . CTTATA C 4053 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=93.9787;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.86;MQ0=0;QD=31.91;RPA=4,3;RU=TTATA;SB=-2.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:76,45:127:99:4053,279,0 chrM 67875 . TA T 1300.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=1005.1896;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.81;MQ0=0;QD=14.30;RPA=10,9;RU=A;SB=-4.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,89:91:99:1343,258,0 chrM 67919 . AATAATG A 9484 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=889.4970;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.47;MQ0=0;QD=65.86;SB=-4.046e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,133:144:99:9484,430,0 chrM 67996 . A AT 3746 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=183;FS=0.000;HaplotypeScore=1095.7597;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.29;MQ0=0;QD=20.47;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.454e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,165:183:99:3746,504,0 chrM 68006 . AT A 2893.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=164;FS=0.000;HaplotypeScore=983.6414;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.18;MQ0=0;MQRankSum=0.953;QD=17.65;RPA=6,5;RU=T;ReadPosRankSum=1.494;SB=-1.258e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,156:164:99:2936,468,0 chrM 68063 . A AT 2615.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=1159.1900;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.17;MQ0=0;MQRankSum=0.383;QD=16.25;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=0.542;SB=-8.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,131:161:99:2658,378,0 chrM 68073 . GA G 2864.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=1065.1685;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.76;MQ0=0;QD=17.68;SB=-6.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,154:162:99:2907,468,0 chrM 68411 . TA T 1797.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=1017.1714;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.10;MQ0=0;QD=15.11;RPA=8,7;RU=A;SB=-9.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,96:117:99:1840,300,0 chrM 68431 . CTTTTTTAT C,CTTTTTTTTAT 2310.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=772.4613;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=36.13;MQ0=1;QD=28.89;SB=-1.073e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:29,0,0:78:99:2389,1506,5538,1037,0,948 chrM 68572 . TAAATA T 10234 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-5.068;DP=209;FS=18.872;HaplotypeScore=236.4656;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.40;MQ0=0;MQRankSum=4.220;QD=48.97;RPA=3,2;RU=AAATA;ReadPosRankSum=-0.548;SB=-4.251e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,175:208:99:10234,486,0 chrM 68866 . ATTAG A 1207.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=71.1835;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.56;MQ0=0;QD=52.52;SB=-5.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,21:23:69:1250,69,0 chrM 69026 . TTTA T 6361 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.435;DP=168;FS=7.484;HaplotypeScore=517.2211;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.63;MQ0=0;MQRankSum=2.271;QD=37.86;ReadPosRankSum=1.035;SB=-2.584e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,156:168:99:6361,480,0 chrM 69404 . A AATTT 479.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.760;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=160.2535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.20;MQ0=0;MQRankSum=1.281;QD=25.26;RPA=4,5;RU=ATTT;ReadPosRankSum=0.394;SB=-1.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,10:19:48:519,0,48 chrM 69599 . A AT 2443.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.704;DP=129;FS=5.848;HaplotypeScore=376.4766;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.10;MQ0=0;MQRankSum=1.676;QD=18.95;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=0.521;SB=-6.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,117:129:99:2486,358,0 chrM 69805 . AT A 460.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=90.3138;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.06;MQ0=0;QD=17.73;RPA=5,4;RU=T;SB=-2.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,16:26:76:503,76,0 chrM 69811 . ATT A 433.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.734;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=117.8587;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.44;MQ0=0;MQRankSum=0.083;QD=15.50;RPA=8,6;RU=T;ReadPosRankSum=0.083;SB=-2.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,15:28:55:476,55,0 chrM 69825 . T TATA 661.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.030;DP=35;FS=1.344;HaplotypeScore=100.3512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.242;QD=18.91;ReadPosRankSum=-2.500;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,15:35:99:701,0,532 chrM 70685 . TAGATA T 8899 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=154.7755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.14;MQ0=0;QD=55.27;RPA=2,1;RU=AGATA;SB=-3.798e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,138:161:99:8899,452,0 chrM 70907 . C CATAA 6354 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=364.7838;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.37;MQ0=0;QD=44.75;RPA=1,2;RU=ATAA;SB=-2.237e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:65,74:142:99:6354,385,0 chrM 70936 . TAAATC T 9136 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=172;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=563.8046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.99;MQ0=0;QD=53.12;RPA=2,1;RU=AAATC;SB=-1.472e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,144:172:99:9136,461,0 chrM 71026 . TA T 583.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=285.9183;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.47;MQ0=0;QD=12.42;RPA=11,10;RU=A;SB=-1.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,36:47:99:626,121,0 chrM 71085 . A AAT 199.73 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.443;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=237.8479;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.17;MQ0=0;MQRankSum=1.443;QD=9.08;ReadPosRankSum=2.928;SB=-4.223e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,7:22:0:237,0,0 chrM 71109 . TTA T 380.61 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.461;DP=33;FS=4.150;HaplotypeScore=357.2165;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.76;MQ0=0;MQRankSum=0.796;QD=11.53;RPA=2,1;RU=TA;ReadPosRankSum=0.419;SB=-6.601e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,19:33:5:419,0,5 chrM 71213 . TC T 119.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.759;DP=58;FS=3.711;HaplotypeScore=1453.0006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.60;MQ0=0;MQRankSum=0.062;QD=2.07;ReadPosRankSum=4.759;SB=-2.000e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,19:58:99:159,0,431 chrM 71215 . TCCTTTCGGGGTTCCGGCTCCCGTGGCCGGGCCCCGGAAC T 7308 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.866;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=739.4994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.97;MQ0=0;MQRankSum=0.512;QD=152.25;ReadPosRankSum=5.218;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,19:48:99:7308,0,8000 chrM 71254 . CTAT C 1792.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.286;DP=69;FS=22.742;HaplotypeScore=1967.2734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=1.932;QD=25.98;ReadPosRankSum=3.286;SB=-4.271e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,44:69:34:1835,34,0 chrM 71266 . TTA T 1298.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.982;DP=91;FS=52.201;HaplotypeScore=2079.0021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.595;QD=14.27;ReadPosRankSum=2.335;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,44:91:99:1338,0,1527 chrM 71270 . TA T 722.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.127;DP=92;FS=51.831;HaplotypeScore=2139.0531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.400;QD=7.86;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=2.563;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,44:92:99:762,0,969 chrM 71280 . A AGGG 1784.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.986;DP=100;FS=51.511;HaplotypeScore=2502.5638;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.251;QD=17.85;ReadPosRankSum=1.772;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,31:100:99:1824,0,2126 chrM 71287 . TC T 394.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.110;DP=90;FS=37.558;HaplotypeScore=1997.9531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.424;QD=4.39;ReadPosRankSum=2.000;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,30:90:99:434,0,1340 chrM 71289 . TG T 405.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.110;DP=90;FS=37.558;HaplotypeScore=1996.8316;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.140;QD=4.51;ReadPosRankSum=1.476;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,30:90:99:445,0,1362 chrM 71558 . G GA 3363 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.433;DP=161;FS=2.824;HaplotypeScore=263.0730;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.10;MQ0=1;MQRankSum=2.142;QD=20.89;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=1.593;SB=-1.348e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,138:160:99:3363,428,0 chrM 71617 . TTATTA T 1883.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.989;DP=110;FS=10.475;HaplotypeScore=427.1551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.12;MQ0=1;MQRankSum=4.156;QD=17.13;RPA=4,3;RU=TATTA;ReadPosRankSum=2.752;SB=-6.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,32:108:99:1923,0,101 chrM 71780 . A AT 758.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=13.0063;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.83;MQ0=0;QD=16.87;RPA=5,6;RU=T;SB=-2.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,32:44:99:801,113,0 chrM 71937 . T TA 61.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.266;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=311.6093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.306;QD=3.65;ReadPosRankSum=1.776;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,5:16:99:101,0,200 chrM 71947 . A ATATT 224.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.657;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=362.1538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.163;QD=12.50;ReadPosRankSum=1.898;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,5:17:99:264,0,435 chrM 71953 . A AC 59.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.388;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=257.3730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.164;QD=3.75;ReadPosRankSum=1.164;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,5:15:99:99,0,200 chrM 71956 . AG A 61.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.123;DP=16;FS=3.979;HaplotypeScore=257.1912;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.884;QD=3.87;ReadPosRankSum=0.648;SB=-2.000e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,5:15:99:101,0,238 chrM 72832 . T TTATTAG 13202 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.596;DP=243;DS;FS=56.981;HaplotypeScore=464.0792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.01;MQ0=0;MQRankSum=4.614;QD=54.33;ReadPosRankSum=-1.999;SB=-4.931e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,160:243:52:13202,0,52 chrM 72895 . TATATA T 3585 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.415;DP=119;DS;FS=7.279;HaplotypeScore=504.5960;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.31;MQ0=0;MQRankSum=0.573;QD=30.13;RPA=2,1;RU=ATATA;ReadPosRankSum=-1.685;SB=-1.360e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:56,56:119:99:3585,189,0 chrM 72978 . T TA 1384.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=74;FS=4.424;HaplotypeScore=654.2415;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.62;MQ0=0;MQRankSum=1.347;QD=18.72;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=0.192;SB=-4.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,72:73:99:1427,205,0 chrM 73010 . CAGTTCCGGGGGCCGGCCACGGGAGCCGGAACCCCGAAGG C 4958 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=130.9496;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.62;MQ0=0;QD=134.00;SB=-1.202e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,13:36:51:4958,51,0 chrM 73088 . TTAAAATTAAATAAAA T 4536 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=825.3263;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.79;MQ0=0;QD=90.72;SB=-1.995e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,27:49:99:4536,126,0 chrM 73114 . AG A 442.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.206;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=688.2381;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=1.871;QD=14.77;RPA=6,5;RU=G;ReadPosRankSum=2.286;SB=-2.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,28:30:62:485,62,0 chrM 73136 . TC T 410.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=531.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=17.87;RPA=3,2;RU=C;SB=-1.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,18:23:58:453,58,0 chrM 73148 . C CGGG 700.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=271.4427;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.78;MQ0=0;QD=24.17;SB=-3.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,11:28:83:743,83,0 chrM 73486 . C CCTATA 4907 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=1177.6308;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.35;MQ0=0;QD=49.57;SB=-1.147e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,68:99:99:4907,250,0 chrM 73503 . C CGAACCCCTTTTTAAA 6391 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=862.0191;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=145.25;SB=-2.326e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,26:44:99:6391,129,0 chrM 73513 . TTAG T 3567 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=1437.8376;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=43.50;SB=-1.343e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,81:82:99:3567,247,0 chrM 73531 . TA T 2104.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.977;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=1674.8850;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.084;QD=22.88;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=0.843;SB=-8.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,84:92:99:2147,266,0 chrM 73611 . TA T 1506.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=98;FS=11.234;HaplotypeScore=1586.9454;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.540;QD=15.38;RPA=7,6;RU=A;ReadPosRankSum=1.397;SB=-9.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,83:97:99:1549,265,0 chrM 73625 . G GT 2312.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=1532.2237;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.80;MQ0=0;QD=23.60;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,82:97:99:2355,282,0 chrM 73639 . ATAATATT A 6301 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=1433.8762;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.20;MQ0=0;QD=49.61;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:66,61:126:99:6301,339,0 chrM 73644 . ATTTTTTA A 5728 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=1435.1123;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.82;MQ0=0;QD=47.34;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:80,0:120:99:5728,330,0 chrM 73652 . TTTTA T 6337 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=1399.7182;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.33;MQ0=0;QD=42.25;SB=-6.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:49,101:149:99:6337,425,0 chrM 73656 . A AT 2210.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.555;DP=153;FS=6.370;HaplotypeScore=1815.2154;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.01;MQ0=0;MQRankSum=1.193;QD=14.45;ReadPosRankSum=-0.510;SB=-6.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:110,43:152:99:2253,307,0 chrM 75870 . TCTCCTTTTCGGGGTCCCGACTGGGGCCGGGA T 28770 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.424;DP=166;DS;FS=8.753;HaplotypeScore=76.3790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.40;MQ0=0;MQRankSum=0.454;QD=173.31;ReadPosRankSum=2.165;SB=-1.058e+04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,89:166:68:28770,0,68 chrM 76560 . AT A 1669.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=124.7599;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.88;MQ0=0;QD=15.46;RPA=7,6;RU=T;SB=-7.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,90:108:99:1712,286,0 chrM 76862 . T TC 2395.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=465.6099;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.69;MQ0=0;QD=18.15;RPA=5,6;RU=C;SB=-8.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,120:132:99:2438,362,0 chrM 77216 . A AT 415 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.985;DP=31;FS=1.904;HaplotypeScore=398.5537;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.28;MQ0=1;MQRankSum=0.295;QD=13.39;ReadPosRankSum=0.885;SB=-9.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,17:29:18:454,0,18 chrM 77266 . TTA T 1900.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=111.4997;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.45;MQ0=3;MQRankSum=0.749;QD=22.10;RPA=7,6;RU=TA;ReadPosRankSum=0.562;SB=-7.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,69:80:99:1943,218,0 chrM 77558 . AATAT A 2020.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.186;DP=74;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=316.4652;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.56;MQ0=0;MQRankSum=3.352;QD=27.31;RPA=7,5;RU=AT;ReadPosRankSum=-1.302;SB=-8.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,31:74:99:2063,127,0 chrM 77609 . CTTAT C 6469 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=378.0156;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.39;MQ0=0;QD=42.56;RPA=4,3;RU=TTAT;SB=-1.520e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,138:152:99:6469,424,0 chrM 77713 . GAAATAT G 10229 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=209;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=109.0174;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.48;MQ0=0;QD=48.94;RPA=4,3;RU=AAATAT;SB=-4.784e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:84,116:209:99:10229,544,0 chrM 78643 . A ATATT 7333 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=177;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=513.0147;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.08;MQ0=1;QD=41.43;RPA=3,4;RU=TATT;SB=-3.299e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,146:173:99:7333,468,0 chrM 78659 . TA T 2739.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.436;DP=195;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1071.2448;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.58;MQ0=1;MQRankSum=1.953;QD=14.05;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-2.049;SB=-9.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,180:188:99:2782,506,0 chrM 78696 . CT C 3753 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=215;FS=0.000;HaplotypeScore=728.1912;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.30;MQ0=0;QD=17.46;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.007e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,178:209:99:3753,577,0 chrM 78825 . TTAATAA T 6617 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-4.980;DP=133;FS=37.922;HaplotypeScore=321.3674;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.27;MQ0=0;MQRankSum=3.603;QD=49.75;RPA=9,7;RU=TAA;ReadPosRankSum=0.206;SB=-1.989e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,95:133:99:6617,208,0 chrM 79152 . AT A 1973.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.369;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=785.6836;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.55;MQ0=0;MQRankSum=1.159;QD=14.00;RPA=8,7;RU=T;ReadPosRankSum=0.050;SB=-6.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,116:140:99:2016,333,0 chrM 80198 . CTAA C 6673 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=212;FS=0.000;HaplotypeScore=1227.4828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.03;MQ0=0;QD=31.48;RPA=3,2;RU=TAA;SB=-1.769e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:48,162:212:99:6673,532,0 chrM 80222 . TC T 6049 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=225;FS=0.000;HaplotypeScore=1432.3858;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.91;MQ0=0;QD=26.88;SB=-1.556e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,205:225:99:6049,642,0 chrM 80275 . TA T 1699.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-10.610;DP=250;DS;FS=103.367;HaplotypeScore=3731.5240;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.42;MQ0=0;MQRankSum=2.035;QD=6.80;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=2.033;SB=-7.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:111,121:250:99:1742,119,0 chrM 80289 . TA T 1312.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=11.675;DP=232;DS;FS=118.632;HaplotypeScore=4054.4245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.70;MQ0=0;MQRankSum=-5.274;QD=5.66;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=2.710;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:154,78:232:99:1352,0,2196 chrM 80295 . TAATATAATAT TTAAAATATAATAT,T 8417 SnpCluster AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.091;DP=246;DS;FS=5.311;HaplotypeScore=3410.2386;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=37.79;MQ0=0;MQRankSum=0.529;QD=34.22;ReadPosRankSum=0.176;SB=-1.767e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:167,0,0:246:99:8417,5266,9292,2844,0,3095 chrM 80298 . TATAATATAAT TCATAATATAAT,T 6927 SnpCluster AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.970;DP=250;DS;FS=15.908;HaplotypeScore=3560.2473;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=37.78;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=27.71;ReadPosRankSum=-0.413;SB=-1.901e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:178,0,0:250:99:6927,5875,8731,1397,0,1623 chrM 80311 . A AC 1418.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.117;DP=231;DS;FS=53.616;HaplotypeScore=3856.6338;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.15;MQ0=0;MQRankSum=-4.544;QD=6.14;ReadPosRankSum=6.531;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:162,69:231:99:1458,0,2629 chrM 80384 . GATATA G 8548 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=250;DS;FS=6.772;HaplotypeScore=881.6278;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.02;MQ0=0;MQRankSum=1.524;QD=34.19;RPA=3,2;RU=ATATA;ReadPosRankSum=0.409;SB=-2.595e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:153,97:250:99:8548,673,0 chrM 80385 . ATATAA A,AATAA 7963 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.575;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1950.5859;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=40.37;MQ0=0;MQRankSum=2.557;QD=31.85;RPA=3,2,-1;RU=TATAA;ReadPosRankSum=6.382;SB=-1.921e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:154,0,0:250:99:7963,1516,975,5320,0,5789 chrM 80395 . ATAT A 6328 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.279;DP=249;DS;FS=31.429;HaplotypeScore=2235.4673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.572;QD=25.41;ReadPosRankSum=5.247;SB=-9.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:144,93:249:99:6328,0,351 chrM 80412 . T TA 679.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.893;DP=132;DS;FS=38.924;HaplotypeScore=1942.6671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.97;MQ0=0;MQRankSum=-7.164;QD=5.15;ReadPosRankSum=4.898;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,38:132:99:719,0,2172 chrM 80421 . AT A 663.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.907;DP=131;DS;FS=40.042;HaplotypeScore=1991.7596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.56;MQ0=0;MQRankSum=-7.170;QD=5.07;ReadPosRankSum=7.770;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,38:131:99:703,0,2227 chrM 80429 . TC T 712.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.189;DP=129;DS;FS=33.553;HaplotypeScore=1960.5993;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.05;MQ0=0;MQRankSum=-6.870;QD=5.53;ReadPosRankSum=6.750;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,38:129:99:752,0,2086 chrM 80435 . AT A 552.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.633;DP=130;DS;FS=52.972;HaplotypeScore=1927.7232;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.19;MQ0=0;MQRankSum=-6.658;QD=4.25;ReadPosRankSum=6.545;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,35:130:99:592,0,2001 chrM 80439 . AT A 598.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.596;DP=125;DS;FS=70.535;HaplotypeScore=1825.4948;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.32;MQ0=0;MQRankSum=-5.307;QD=4.79;ReadPosRankSum=5.071;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,35:125:99:638,0,1956 chrM 80471 . AT A 1021.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.309;DP=195;DS;FS=4.860;HaplotypeScore=4260.3897;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.84;MQ0=0;MQRankSum=1.309;QD=5.24;RPA=6,5;RU=T;ReadPosRankSum=2.348;SB=-3.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:134,61:195:99:1064,116,0 chrM 80480 . TTG T 3626 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.880;DP=186;DS;FS=184.942;HaplotypeScore=3832.2692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.74;MQ0=0;MQRankSum=-2.575;QD=19.49;ReadPosRankSum=0.331;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,116:186:99:3626,0,1900 chrM 80489 . A AAT 3399 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.993;DP=193;DS;FS=160.228;HaplotypeScore=4115.0227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.69;MQ0=0;MQRankSum=-3.978;QD=17.61;ReadPosRankSum=2.258;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,115:193:99:3399,0,1711 chrM 80500 . TA T 3309 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.075;DP=196;FS=202.910;HaplotypeScore=4352.1487;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.699;QD=16.88;ReadPosRankSum=1.153;SB=-2.925e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,137:196:99:3309,0,677 chrM 80556 . T TAG 2249.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.965;DP=154;FS=229.988;HaplotypeScore=2305.7712;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.02;MQ0=0;MQRankSum=-4.091;QD=14.61;ReadPosRankSum=3.122;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,66:154:99:2289,0,1722 chrM 81239 . TAA T 287.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.251;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=154.7300;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.48;MQ0=0;MQRankSum=-2.462;QD=16.94;RPA=3,1;RU=A;ReadPosRankSum=2.663;SB=-1.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,10:17:99:327,0,144 chrM 81266 . AT A 59.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.892;DP=31;FS=1.898;HaplotypeScore=266.1153;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.588;QD=1.93;ReadPosRankSum=-0.091;SB=-3.500e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,7:31:99:99,0,485 chrM 81349 . GGGGT G 4205 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=67.8090;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.24;MQ0=0;QD=48.90;RPA=2,1;RU=GGGT;SB=-4.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,80:85:99:4205,250,0 chrM 81449 . A ATT 1024.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=484.7803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.86;MQ0=1;QD=34.17;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,21:29:87:1067,87,0 chrM 81453 . A AG 446.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=232.3450;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.43;MQ0=1;QD=20.32;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63:489,63,0 chrM 81529 . G GT 809.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=493.8468;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.87;MQ0=0;QD=18.84;RPA=1,2;RU=T;SB=-2.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,37:43:99:852,105,0 chrM 81539 . C CG 1588.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.878;DP=88;FS=53.044;HaplotypeScore=872.7661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.407;QD=18.06;ReadPosRankSum=4.878;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,70:86:99:1631,146,0 chrM 81541 . A ATACTT 5425 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=510.2133;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.22;MQ0=0;QD=60.96;SB=-1.425e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,70:87:99:5425,262,0 chrM 81658 . ATAT A 6605 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-5.054;DP=176;FS=18.685;HaplotypeScore=1298.5252;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.61;MQ0=0;MQRankSum=2.024;QD=37.53;ReadPosRankSum=-0.160;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:70,97:174:99:6605,253,0 chrM 81686 . A AT 3548 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-10.922;DP=238;DS;FS=151.245;HaplotypeScore=1557.6133;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.88;MQ0=0;MQRankSum=2.026;QD=14.91;ReadPosRankSum=-7.643;SB=-6.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:114,121:237:40:3548,40,0 chrM 81830 . G GA 843.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=189.6962;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.56;MQ0=0;QD=16.88;RPA=6,7;RU=A;SB=-2.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,33:50:99:886,130,0 chrM 82102 . AT A 420.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;DP=83;FS=14.864;HaplotypeScore=1456.8873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.246;QD=5.07;ReadPosRankSum=1.842;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,22:81:99:460,0,181 chrM 82106 . AAAAT A 1432.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.984;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=1232.7681;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.901;QD=20.47;RPA=2,1;RU=AAAT;ReadPosRankSum=0.901;SB=-3.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,22:68:99:1475,118,0 chrM 82122 . ATATTAATTATT A 1198.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.388;DP=73;FS=18.428;HaplotypeScore=1171.9102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.888;QD=16.42;ReadPosRankSum=1.873;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,10:71:99:1238,0,5316 chrM 82138 . AT A 175.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.855;DP=81;FS=24.064;HaplotypeScore=1202.1578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.600;QD=2.17;ReadPosRankSum=1.618;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,23:79:99:215,0,1390 chrM 82241 . AT A 2293.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=766.3251;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.68;MQ0=1;QD=21.64;RPA=3,2;RU=T;SB=-9.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,94:104:99:2336,303,0 chrM 82251 . AAT A 2293.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=704.4554;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.28;MQ0=0;QD=24.93;SB=-8.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,66:91:99:2336,243,0 chrM 82418 . T TA 6111 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.978;DP=233;FS=0.000;HaplotypeScore=1297.4973;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.74;MQ0=0;MQRankSum=1.657;QD=26.23;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.500;SB=-2.417e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,227:232:99:6111,680,0 chrM 82558 . A ATG 7438 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.229;DP=240;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1393.5010;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.40;MQ0=0;MQRankSum=0.388;QD=30.99;ReadPosRankSum=1.210;SB=-1.555e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:85,137:240:99:7438,604,0 chrM 82561 . AAT A 5418 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.143;DP=222;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1442.7088;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.40;MQ0=0;MQRankSum=1.653;QD=24.41;ReadPosRankSum=3.419;SB=-1.087e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:85,137:221:99:5418,534,0 chrM 82641 . TA T 1637.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.179;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=1126.6904;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.63;MQ0=0;MQRankSum=0.590;QD=15.45;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=-1.216;SB=-6.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,75:104:99:1680,255,0 chrM 82659 . T TA 838.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.722;DP=63;FS=7.437;HaplotypeScore=1267.0134;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.24;MQ0=0;MQRankSum=2.240;QD=13.32;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=-3.813;SB=-1.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,18:61:62:881,62,0 chrM 82678 . TA T 51.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.693;DP=31;FS=16.660;HaplotypeScore=1071.8627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.03;MQ0=0;MQRankSum=1.882;QD=1.68;ReadPosRankSum=0.188;SB=-8.140e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,7:30:91:91,0,113 chrM 82695 . TA T 197.98 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.086;DP=28;FS=7.533;HaplotypeScore=1012.3181;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.298;QD=7.07;ReadPosRankSum=0.979;SB=-1.166e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,8:27:26:240,26,0 chrM 82700 . TA T 249.96 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.734;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=936.8774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.041;QD=9.61;ReadPosRankSum=1.041;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,9:25:46:292,46,0 chrM 82702 . TA T 54.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.000;DP=27;FS=3.245;HaplotypeScore=956.3883;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.88;MQ0=0;MQRankSum=0.531;QD=2.04;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=-2.899;SB=-8.127e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,8:26:82:94,0,82 chrM 82707 . TATA TAATA,T 201.95 SnpCluster;filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.990;DP=24;FS=32.482;HaplotypeScore=744.3620;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=30.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.995;QD=8.41;ReadPosRankSum=2.985;SB=-1.179e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:9,0,8:24:65:280,143,238,65,0,245 chrM 82713 . T TG 77.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.636;DP=27;FS=12.842;HaplotypeScore=755.8832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.561;QD=2.89;ReadPosRankSum=1.156;SB=-7.055e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,7:27:99:117,0,247 chrM 82750 . TA T 975.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-4.311;DP=70;FS=23.140;HaplotypeScore=654.9224;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.69;MQ0=0;MQRankSum=2.027;QD=13.94;RPA=6,5;RU=A;ReadPosRankSum=-0.428;SB=-2.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,57:70:99:1018,149,0 chrM 83121 . TA T 1924.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.704;DP=127;DS;FS=4.878;HaplotypeScore=493.5471;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.11;MQ0=0;MQRankSum=1.704;QD=15.16;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.887;SB=-6.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,119:127:99:1967,350,0 chrM 83164 . AT A 2651.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=364.9019;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.98;MQ0=0;QD=26.52;SB=-1.203e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:100:99:2694,285,0 chrM 83325 . CCCCT C 2705.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=294.2087;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.25;MQ0=0;QD=45.10;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,54:60:99:2748,160,0 chrM 83345 . A AC 453.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=360.8515;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.14;MQ0=0;QD=12.97;RPA=4,5;RU=C;SB=-3.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,22:35:69:496,69,0 chrM 83593 . T TATATA 1734.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.249;DP=80;FS=3.979;HaplotypeScore=336.0581;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.14;MQ0=0;MQRankSum=1.652;QD=21.69;RPA=4,5;RU=ATATA;ReadPosRankSum=1.410;SB=-6.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:57,8:80:99:1777,106,0 chrM 83737 . TTTATA T 3719 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=158.2277;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.04;MQ0=2;QD=35.42;RPA=3,2;RU=TTATA;SB=-1.473e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,84:103:99:3719,243,0 chrM 83996 . TA T 832.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=182.3592;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.00;MQ0=0;QD=21.36;RPA=3,2;RU=A;SB=-4.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,37:39:99:875,111,0 chrM 84023 . A ATTT 1708.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=383.7624;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.16;MQ0=0;MQRankSum=1.657;QD=36.36;RPA=2,5;RU=T;ReadPosRankSum=-0.979;SB=-4.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,40:47:99:1751,132,0 chrM 84338 . ATTTTCCT A 6941 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=1252.9329;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.26;MQ0=0;QD=58.33;SB=-2.134e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,85:118:99:6941,256,0 chrM 84425 . TTTAA T 5945 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=184;FS=0.000;HaplotypeScore=752.1495;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.01;MQ0=0;QD=32.31;RPA=6,5;RU=TTAA;SB=-2.131e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:60,124:180:99:5945,410,0 chrM 84469 . AATTAAT A 8444 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-4.149;DP=218;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=906.8509;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.70;MQ0=0;MQRankSum=1.651;QD=38.73;RPA=3,2;RU=ATTAAT;ReadPosRankSum=-3.572;SB=-1.041e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:102,116:217:99:8444,357,0 chrM 84602 . ATATAT A 8125 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.246;DP=197;FS=2.386;HaplotypeScore=600.9775;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.01;MQ0=3;MQRankSum=2.477;QD=41.24;RPA=3,2;RU=TATAT;ReadPosRankSum=0.564;SB=-1.596e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,161:194:99:8125,382,0 chrM 84870 . A AT 24.98 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.458;DP=29;FS=9.118;HaplotypeScore=496.7251;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.53;MQ0=0;MQRankSum=-2.019;QD=0.86;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=-1.356;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,5:29:64:64,0,377 chrM 84934 . CTTT C 4919 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.536;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=453.9693;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.28;MQ0=0;MQRankSum=1.708;QD=34.40;RPA=11,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.339;SB=-1.096e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,136:143:99:4919,408,0 chrM 84976 . TTA T 3202.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.246;DP=185;FS=0.000;HaplotypeScore=1044.1224;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.73;MQ0=0;MQRankSum=2.781;QD=17.31;RPA=8,7;RU=TA;ReadPosRankSum=-0.989;SB=-1.163e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:70,113:185:99:3245,349,0 chrM 85026 . A AT 6099 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-4.810;DP=246;FS=19.386;HaplotypeScore=797.9722;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.88;MQ0=0;MQRankSum=3.990;QD=24.79;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=1.730;SB=-2.696e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,211:246:99:6099,642,0 chrM 85125 . A ATCTCC 10063 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-4.767;DP=174;DS;FS=21.198;HaplotypeScore=1406.5880;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.87;MQ0=0;MQRankSum=2.347;QD=57.83;ReadPosRankSum=4.244;SB=-2.741e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,149:174:99:10063,397,0 chrM 85131 . A AT 4182 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.823;DP=169;DS;FS=5.374;HaplotypeScore=2010.8882;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.64;MQ0=0;MQRankSum=2.177;QD=24.75;ReadPosRankSum=1.884;SB=-1.076e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,155:169:99:4182,468,0 chrM 85407 . TA T 748.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.539;DP=50;FS=5.226;HaplotypeScore=831.6129;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.65;MQ0=0;MQRankSum=0.049;QD=14.98;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=-0.832;SB=-2.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,36:50:99:791,103,0 chrM 85419 . TGATGAATAATTAGATTG T 3281 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=339.2761;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=105.84;SB=-6.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,13:31:87:3281,87,0 chrM 85422 . TGAATAATTAGATTGAAT T 2631.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=375.9359;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=105.28;SB=-5.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,0:25:75:2674,75,0 chrM 85448 . TAAAGAA T 889.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.407;DP=83;FS=6.538;HaplotypeScore=816.5550;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.87;MQ0=1;MQRankSum=0.663;QD=10.72;ReadPosRankSum=-2.274;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,27:82:99:929,0,1488 chrM 85454 . A AATATAT 4753 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.811;DP=92;FS=9.652;HaplotypeScore=451.3203;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.92;MQ0=1;MQRankSum=0.137;QD=51.66;RPA=4,7;RU=AT;ReadPosRankSum=-0.776;SB=-1.451e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:63,28:91:99:4753,193,0 chrM 85596 . GCCC G 2480.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=288.8323;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.07;MQ0=0;QD=32.22;RPA=7,4;RU=C;SB=-8.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,54:77:99:2523,198,0 chrM 85606 . GGC G 1927.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=347.6515;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.37;MQ0=0;QD=27.54;SB=-8.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,56:70:99:1970,183,0 chrV 6089 . C CA 107.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.450;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=56.1647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.31;MQ0=21;MQRankSum=-1.668;QD=3.37;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=1.668;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,11:10:99:147,0,149 chrV 7186 . AC A 3642 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=220.4622;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.26;MQ0=0;QD=33.11;RPA=3,2;RU=C;SB=-1.395e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,107:110:99:3642,322,0 chrV 7687 . A AT 960.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.987;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=137.4718;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.082;QD=8.66;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=0.009;SB=-4.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,48:111:99:1000,0,1309 chrV 8831 . GA G 1147.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.117;DP=119;FS=0.790;HaplotypeScore=40.1244;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=0.462;QD=9.65;RPA=7,6;RU=A;ReadPosRankSum=-2.056;SB=-2.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,61:119:99:1187,0,1051 chrV 11366 . GA G 2009.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.146;DP=112;FS=2.730;HaplotypeScore=480.3486;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=1.051;QD=17.95;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=1.528;SB=-6.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,66:112:99:2049,0,1183 chrV 12616 . C CAG 4054 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=525.0277;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.85;MQ0=0;QD=47.14;SB=-1.584e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:86:99:4054,259,0 chrV 13009 . CT C 437.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.646;DP=98;FS=1.799;HaplotypeScore=180.5108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=0.994;QD=4.47;RPA=7,6;RU=T;ReadPosRankSum=-1.373;SB=-1.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,31:98:99:477,0,1440 chrV 13493 . CT C 1058.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.902;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=395.8219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.25;MQ0=0;MQRankSum=-5.739;QD=11.77;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=-1.797;SB=-4.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,48:90:99:1098,0,793 chrV 14542 . C CA 908.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.555;DP=119;FS=0.701;HaplotypeScore=848.9761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.175;QD=7.64;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.170;SB=-4.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,51:119:99:948,0,1005 chrV 14735 . AAAAAAAC A 3685 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=228.8466;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.29;MQ0=0;QD=87.74;SB=-1.246e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:3685,126,0 chrV 14877 . ACC A 2064.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=443.5260;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.30;MQ0=0;QD=33.85;RPA=5,3;RU=C;SB=-6.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,50:61:99:2107,150,0 chrV 15170 . T TG 2755.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.471;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=493.9570;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.977;QD=25.76;RPA=2,3;RU=G;ReadPosRankSum=1.629;SB=-1.035e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,88:107:99:2798,298,0 chrV 15600 . CT C 1059.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.885;DP=96;FS=0.809;HaplotypeScore=793.5485;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.19;MQ0=0;MQRankSum=-7.285;QD=11.04;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=-0.387;SB=-4.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,39:96:99:1099,0,1606 chrV 16072 . ATT A 1148.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.704;DP=100;FS=0.810;HaplotypeScore=62.1922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.55;MQ0=1;MQRankSum=1.293;QD=11.49;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.819;SB=-5.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,46:98:99:1188,0,881 chrV 18096 . AT A 998.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.705;DP=108;FS=4.028;HaplotypeScore=309.2872;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=2.927;QD=9.25;RPA=6,5;RU=T;ReadPosRankSum=0.214;SB=-2.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,53:108:99:1038,0,1004 chrV 18474 . TA T 1904.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.762;DP=124;FS=3.279;HaplotypeScore=422.2487;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.46;MQ0=0;MQRankSum=1.441;QD=15.36;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=-0.337;SB=-9.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,66:124:99:1944,0,1590 chrV 18920 . TGC T 329.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.794;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=414.0915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.64;MQ0=0;MQRankSum=-2.263;QD=6.23;ReadPosRankSum=1.326;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,17:52:99:369,0,1473 chrV 18923 . ACCC A 437.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.874;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=403.2734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.11;MQ0=0;MQRankSum=-2.686;QD=7.68;ReadPosRankSum=1.575;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,17:56:99:477,0,1946 chrV 18927 . ATGG A 538.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.945;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=384.4965;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.32;MQ0=0;MQRankSum=-2.938;QD=9.14;ReadPosRankSum=1.930;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,17:58:99:578,0,2268 chrV 19437 . AT A 1990.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=251.5099;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.69;MQ0=0;QD=20.74;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.001e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,89:81:99:2033,237,0 chrV 19574 . CAA C 232.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.074;DP=81;FS=33.034;HaplotypeScore=536.5852;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.26;MQ0=2;MQRankSum=0.854;QD=2.88;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.732;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,25:58:99:272,0,565 chrV 21337 . AATTG A 5048 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.381;DP=147;FS=7.869;HaplotypeScore=1087.2912;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.68;MQ0=13;MQRankSum=-1.781;QD=34.34;ReadPosRankSum=1.671;SB=-2.309e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,84:119:99:5048,0,402 chrV 23230 . A ATT 1020.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.225;DP=93;FS=3.402;HaplotypeScore=336.5434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.507;QD=10.98;RPA=12,14;RU=T;ReadPosRankSum=-0.613;SB=-2.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,36:93:99:1060,0,944 chrV 23779 . CATA C 864.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.992;DP=108;FS=2.891;HaplotypeScore=503.0692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.13;MQ0=0;MQRankSum=-7.585;QD=8.01;ReadPosRankSum=4.155;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,30:107:99:904,0,3761 chrV 23783 . GTTCAATAA G 2491.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.748;DP=98;FS=5.632;HaplotypeScore=330.8459;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.38;MQ0=0;MQRankSum=-7.756;QD=25.43;ReadPosRankSum=4.014;SB=-9.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,30:97:99:2531,0,6841 chrV 23875 . CA C 765.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.694;DP=90;FS=9.176;HaplotypeScore=199.1450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.58;MQ0=0;MQRankSum=0.432;QD=8.51;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.955;SB=-3.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,45:90:99:805,0,653 chrV 23907 . CA C 1386.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.969;DP=94;FS=10.251;HaplotypeScore=167.9403;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.371;QD=14.75;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=0.403;SB=-5.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,46:94:99:1426,0,1270 chrV 24278 . GT G 858.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.594;DP=111;FS=6.076;HaplotypeScore=353.4717;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=1;MQRankSum=-1.199;QD=7.74;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.575;SB=-4.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,52:110:99:898,0,982 chrV 25397 . G GA 2590.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.733;DP=134;FS=3.629;HaplotypeScore=644.7973;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.409;QD=19.34;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.546;SB=-9.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,117:134:99:2633,316,0 chrV 31460 . C CAT 685.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.234;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=161.6189;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQ0=0;MQRankSum=1.219;QD=5.58;RPA=11,12;RU=AT;ReadPosRankSum=-0.640;SB=-3.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,27:123:99:725,0,830 chrV 33787 . G GAA 1682.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.371;DP=122;FS=0.689;HaplotypeScore=480.8886;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.035;QD=13.79;ReadPosRankSum=-0.604;SB=-7.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,61:121:99:1722,0,2404 chrV 34096 . G GT 1392.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.594;DP=157;FS=7.320;HaplotypeScore=58.2204;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQ0=0;MQRankSum=0.661;QD=8.87;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.087;SB=-6.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,75:157:99:1432,0,1267 chrV 34324 . TA T 1393.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.094;DP=159;FS=8.794;HaplotypeScore=55.7146;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.430;QD=8.77;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.445;SB=-6.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,81:159:99:1433,0,1264 chrV 36289 . GT G 1248.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.822;DP=92;FS=1.489;HaplotypeScore=51.5811;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.95;MQ0=0;MQRankSum=2.936;QD=13.58;RPA=15,14;RU=T;ReadPosRankSum=2.372;SB=-4.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,69:92:85:1291,85,0 chrV 39894 . TAA T,TA 2117.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=49.1363;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.45;MQ0=1;QD=22.06;RPA=12,10,11;RU=A;SB=-1.008e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:8,47,0:95:99:2196,785,704,1073,0,823 chrV 40008 . GA G 2244.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=30.3357;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.30;MQ0=0;QD=22.01;RPA=10,9;RU=A;SB=-9.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:102:99:2287,304,0 chrV 42396 . A AT 4169 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=360.6289;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.10;MQ0=0;QD=25.73;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.088e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,153:162:99:4169,459,0 chrV 42839 . GGT G 1712.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.785;DP=150;DS;FS=2.352;HaplotypeScore=121.3021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=0.378;QD=11.42;RPA=5,4;RU=GT;ReadPosRankSum=1.955;SB=-6.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,59:149:99:1752,0,2357 chrV 46382 . T TA 4542 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=669.8109;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=35.21;SB=-2.261e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,128:129:99:4542,388,0 chrV 46739 . GT G 3582 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=888.8317;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.78;MQ0=0;QD=27.55;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.263e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,121:130:99:3582,367,0 chrV 46756 . C CCT 4727 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=759.2574;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.86;MQ0=0;QD=38.75;RPA=2,3;RU=CT;SB=-1.643e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,116:122:99:4727,352,0 chrV 51706 . TA T 1622.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.213;DP=120;FS=4.447;HaplotypeScore=338.3548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.32;MQ0=0;MQRankSum=0.852;QD=13.52;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=-2.012;SB=-7.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,66:120:99:1662,0,1331 chrV 51896 . CTTTCATTA C 5959 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.119;DP=122;FS=0.685;HaplotypeScore=334.8423;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQ0=0;MQRankSum=1.911;QD=48.84;ReadPosRankSum=-1.106;SB=-2.708e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,64:122:99:5959,0,4946 chrV 52273 . TA T 947.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.417;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=38.6757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQ0=0;MQRankSum=0.669;QD=8.46;RPA=7,6;RU=A;ReadPosRankSum=-1.650;SB=-3.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,52:112:99:987,0,925 chrV 52435 . CA C 1871.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.184;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=158.7126;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.91;MQ0=0;MQRankSum=0.184;QD=18.91;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.548;SB=-6.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,89:99:99:1914,254,0 chrV 59196 . T TA 890.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.547;DP=126;FS=1.491;HaplotypeScore=61.8028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=0.699;QD=7.07;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.898;SB=-3.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,47:126:99:930,0,1223 chrV 59430 . A AG 2264.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=274.8235;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.46;MQ0=0;QD=32.36;RPA=1,2;RU=G;SB=-7.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,67:70:99:2307,211,0 chrV 60906 . GTT G 2615.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-9.090;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=261.6204;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.54;MQ0=0;MQRankSum=2.157;QD=22.36;ReadPosRankSum=0.325;SB=-1.220e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,63:117:99:2655,0,2200 chrV 61016 . TG T 1393.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.392;DP=92;FS=2.810;HaplotypeScore=347.3909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.004;QD=15.15;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=-0.831;SB=-6.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,47:92:99:1433,0,1037 chrV 61022 . A ATTT 1912.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.732;DP=95;FS=1.744;HaplotypeScore=298.0604;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=-1.526;QD=20.14;RPA=8,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.334;SB=-7.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,50:95:99:1952,0,1435 chrV 61197 . AC A 1601.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.148;DP=120;FS=3.423;HaplotypeScore=372.1144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.422;QD=13.35;ReadPosRankSum=1.071;SB=-7.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,46:120:99:1641,0,1562 chrV 61648 . TTA T 1474.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.036;DP=114;FS=46.062;HaplotypeScore=421.5773;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.22;MQ0=2;MQRankSum=0.319;QD=12.94;RPA=3,2;RU=TA;ReadPosRankSum=0.739;SB=-5.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,40:109:99:1514,0,1446 chrV 61686 . CTT C 643.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.410;DP=97;FS=35.281;HaplotypeScore=494.9295;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.38;MQ0=0;MQRankSum=1.682;QD=6.64;RPA=15,13;RU=T;ReadPosRankSum=6.035;SB=-5.001e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,31:95:99:683,0,976 chrV 62815 . CT C 1289.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.914;DP=96;FS=5.339;HaplotypeScore=152.0230;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.93;MQ0=0;MQRankSum=0.773;QD=13.44;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=-1.643;SB=-5.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,49:96:99:1329,0,1014 chrV 64154 . CTT C,CTTTT 1550.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.779;DP=165;FS=5.303;HaplotypeScore=546.6180;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.12;MQ0=3;MQRankSum=1.490;QD=9.40;RPA=13,11,15;RU=T;ReadPosRankSum=0.480;SB=-6.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:99,2,0:161:99:1629,1384,2633,446,0,1260 chrV 67028 . G GTA 2562.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.759;DP=129;FS=5.968;HaplotypeScore=156.9186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=1.903;QD=19.87;RPA=1,2;RU=TA;ReadPosRankSum=-1.509;SB=-8.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,70:129:99:2602,0,1703 chrV 67495 . T TAA 1666.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.125;DP=125;FS=3.367;HaplotypeScore=49.1598;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.827;QD=13.34;RPA=5,7;RU=A;ReadPosRankSum=-0.363;SB=-7.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,56:125:99:1706,0,1823 chrV 69243 . G GT 2282.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.230;DP=148;FS=1.382;HaplotypeScore=508.1017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=0.834;QD=15.43;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=0.108;SB=-8.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,79:148:99:2322,0,1984 chrV 69394 . TA T 1176.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.393;DP=137;FS=8.475;HaplotypeScore=43.0360;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.168;QD=8.59;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=1.543;SB=-4.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,66:137:99:1216,0,1013 chrV 69690 . G GA 1144.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.585;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=153.1308;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQ0=0;MQRankSum=1.615;QD=7.29;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.311;SB=-4.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,65:157:99:1184,0,1532 chrV 73474 . C CT 1053.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.627;DP=150;FS=1.557;HaplotypeScore=364.7077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=0.881;QD=7.03;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.318;SB=-3.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,50:150:99:1093,0,970 chrV 75792 . T TA 1774.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.635;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=258.3301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=0.274;QD=13.87;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=-0.318;SB=-6.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,71:128:99:1814,0,1385 chrV 77835 . C CT 986.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.514;DP=116;FS=2.379;HaplotypeScore=79.8379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQ0=0;MQRankSum=0.374;QD=8.51;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=3.431;SB=-5.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,52:116:99:1026,0,1215 chrV 79225 . A ATCTTCT 3721 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.623;DP=133;FS=5.891;HaplotypeScore=1074.6326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.55;MQ0=0;MQRankSum=0.715;QD=27.98;ReadPosRankSum=-1.905;SB=-1.410e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,40:133:99:3721,0,1101 chrV 80132 . G GAT 2920.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=796.4564;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.48;MQ0=0;QD=22.82;RPA=6,7;RU=AT;SB=-1.118e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,83:128:99:2963,259,0 chrV 81203 . ATTATTATTG A 2741.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.414;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=357.6966;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.73;MQ0=3;MQRankSum=-2.096;QD=25.87;ReadPosRankSum=-1.664;SB=-1.149e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,45:103:99:2781,0,4302 chrV 81324 . CT C 989.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.230;DP=123;FS=1.491;HaplotypeScore=728.0342;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=1.350;QD=8.05;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.776;SB=-3.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,55:123:99:1029,0,525 chrV 83200 . CTGT C 2602.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.685;DP=167;FS=2.991;HaplotypeScore=422.6016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.04;MQ0=0;MQRankSum=2.953;QD=15.59;RPA=5,4;RU=TGT;ReadPosRankSum=1.155;SB=-8.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,70:167:99:2642,0,3091 chrV 84602 . G GA 1559.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.903;DP=190;FS=1.225;HaplotypeScore=193.2443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.598;QD=8.21;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.771;SB=-5.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,84:190:99:1599,0,1595 chrV 84717 . GTTATTTTTATTTATTTTTTTTAT G 10118 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.687;DP=163;FS=0.000;HaplotypeScore=176.5069;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.51;MQ0=0;MQRankSum=-7.413;QD=62.07;ReadPosRankSum=2.093;SB=-3.579e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,70:163:99:10118,0,17900 chrV 84912 . T TAA 2588.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.105;DP=186;FS=0.596;HaplotypeScore=101.0021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=1.947;QD=13.92;RPA=8,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.477;SB=-8.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,90:186:99:2628,0,2030 chrV 85646 . A AAC 2200.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.127;DP=186;FS=1.369;HaplotypeScore=351.8336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=1.158;QD=11.83;RPA=4,5;RU=AC;ReadPosRankSum=-3.029;SB=-5.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:110,76:186:99:2240,0,2949 chrV 86188 . G GA 1209.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.396;DP=144;FS=2.197;HaplotypeScore=120.3161;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.359;QD=8.40;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.595;SB=-5.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,55:144:99:1249,0,1047 chrV 86258 . A ATT 2090.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.652;DP=158;FS=1.320;HaplotypeScore=115.9485;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=0.122;QD=13.23;RPA=9,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.060;SB=-1.000e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,74:156:99:2130,0,1806 chrV 86488 . C CAAA 1076.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.042;DP=105;FS=4.175;HaplotypeScore=265.6270;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.02;MQ0=0;MQRankSum=1.141;QD=10.26;RPA=25,28;RU=A;ReadPosRankSum=0.380;SB=-5.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:65,35:105:99:1119,117,0 chrV 86783 . G GA 1210.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.712;DP=107;FS=3.755;HaplotypeScore=373.8428;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=1.300;QD=11.32;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.277;SB=-4.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,59:107:99:1250,0,666 chrV 86821 . G GT 1814.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.869;DP=138;FS=3.568;HaplotypeScore=396.7825;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=-2.411;QD=13.15;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=1.113;SB=-4.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,70:138:99:1854,0,1562 chrV 89891 . C CT 1121.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.742;DP=124;FS=2.293;HaplotypeScore=183.3487;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.281;QD=9.05;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.538;SB=-4.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,59:124:99:1161,0,1059 chrV 94088 . T TA 362.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.328;DP=85;FS=1.976;HaplotypeScore=487.1571;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.62;MQ0=0;MQRankSum=-4.870;QD=4.27;ReadPosRankSum=1.641;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,26:85:99:402,0,797 chrV 94089 . G GT 1908.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=355.3091;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.62;MQ0=0;QD=22.46;RPA=5,6;RU=T;SB=-9.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,46:85:99:1951,225,0 chrV 94334 . G GGA 2303.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.821;DP=112;FS=10.529;HaplotypeScore=146.6624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.528;QD=20.57;ReadPosRankSum=1.094;SB=-9.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,50:112:99:2343,0,2341 chrV 94577 . A AT 436.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.578;DP=95;FS=4.708;HaplotypeScore=93.8014;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=0.057;QD=4.60;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.182;SB=-1.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,28:95:99:476,0,966 chrV 95822 . A AG 1130.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.839;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=36.5029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.390;QD=9.35;RPA=4,5;RU=G;ReadPosRankSum=0.265;SB=-5.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,51:121:99:1170,0,1426 chrV 98089 . G GAA 1461.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.228;DP=112;FS=4.804;HaplotypeScore=38.9705;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.260;QD=13.05;RPA=7,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.164;SB=-5.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,52:111:99:1501,0,1484 chrV 99584 . G GTCA 2744.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.475;DP=119;FS=8.159;HaplotypeScore=211.4093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.908;QD=23.07;ReadPosRankSum=-0.671;SB=-5.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,58:119:99:2784,0,2744 chrV 100573 . TAAA TAAAA,T 1253.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.988;DP=134;FS=8.980;HaplotypeScore=288.5770;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=1.121;QD=9.36;RPA=22,23,19;RU=A;ReadPosRankSum=-0.896;SB=-3.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:93,0,17:134:99:1332,1044,1428,212,0,1842 chrV 115992 . GT G 2038.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.622;DP=177;FS=0.000;HaplotypeScore=225.4825;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=1.582;QD=11.52;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=0.983;SB=-6.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:100,77:177:99:2078,0,2373 chrV 117082 . G GA 609.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.694;DP=113;FS=5.267;HaplotypeScore=435.5438;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQ0=0;MQRankSum=0.602;QD=5.40;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.412;SB=-1.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,39:113:99:649,0,797 chrV 118577 . CAT CATAT,C 903.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.597;DP=106;FS=1.994;HaplotypeScore=96.2594;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.522;QD=8.53;RPA=13,14,12;RU=AT;ReadPosRankSum=-0.119;SB=-2.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:65,2,21:106:99:982,650,1156,315,0,707 chrV 122439 . C CA 1248.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.531;DP=145;FS=3.087;HaplotypeScore=210.7574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.902;QD=8.61;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.497;SB=-5.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,70:145:99:1288,0,1084 chrV 122728 . GAA GAAAAAA,G 2954.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.260;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=81.5667;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.690;QD=21.26;RPA=16,20,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.717;SB=-1.332e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:99,0,24:137:99:3033,742,1444,2539,0,3621 chrV 124293 . A ACTT 1560.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.477;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=52.6317;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.430;QD=14.06;RPA=4,5;RU=CTT;ReadPosRankSum=-0.385;SB=-5.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,39:111:99:1600,0,1740 chrV 124754 . TC T 2739.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.996;DP=196;FS=1.904;HaplotypeScore=255.9722;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQ0=0;MQRankSum=0.111;QD=13.98;ReadPosRankSum=-0.534;SB=-1.026e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,89:196:99:2779,0,2954 chrV 128407 . TATA T 2556.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.051;DP=150;FS=5.892;HaplotypeScore=59.5484;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.162;QD=17.05;RPA=2,1;RU=ATA;ReadPosRankSum=1.030;SB=-1.046e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,62:150:99:2596,0,2891 chrV 131558 . TA T 596.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.418;DP=94;FS=0.885;HaplotypeScore=35.4344;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=6.35;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.584;SB=-2.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,40:94:99:636,0,636 chrV 132558 . G GCACACACACA 5662 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.011;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=441.5434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.10;MQ0=0;MQRankSum=-6.745;QD=45.66;RPA=4,9;RU=CA;ReadPosRankSum=3.238;SB=-6.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,42:124:99:5662,0,4597 chrV 133007 . GTCTA G 3212.98 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.901;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=155.4421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.92;MQ0=0;MQRankSum=0.062;QD=21.42;RPA=2,1;RU=TCTA;ReadPosRankSum=-2.112;SB=-1.267e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,66:150:99:3252,0,3850 chrV 135416 . G GAAA,GA 2969.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=29.3588;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.21;MQ0=0;QD=34.94;RPA=5,8,6;RU=A;SB=-1.090e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,51,33:85:99:3048,879,883,1822,0,1586 chrV 136256 . G GA 743.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.039;DP=99;FS=3.727;HaplotypeScore=157.8372;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=0.287;QD=7.51;RPA=5,6;RU=A;ReadPosRankSum=1.189;SB=-1.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,44:99:99:783,0,969 chrV 136506 . TA T 1224.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.688;DP=114;FS=0.754;HaplotypeScore=278.1376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.520;QD=10.75;RPA=7,6;RU=A;ReadPosRankSum=-0.874;SB=-5.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,58:114:99:1264,0,892 chrV 137815 . G GA 1372.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.584;DP=132;FS=14.524;HaplotypeScore=231.5379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.693;QD=10.40;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=3.341;SB=-4.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,64:132:99:1412,0,1436 chrV 138737 . GT G 1022.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.027;DP=119;FS=3.394;HaplotypeScore=78.4941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=1.602;QD=8.60;RPA=8,7;RU=T;ReadPosRankSum=-1.651;SB=-4.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,59:119:99:1062,0,1109 chrV 140075 . CTAA C 1706.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.580;DP=81;FS=5.989;HaplotypeScore=93.8348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.396;QD=21.07;RPA=3,2;RU=TAA;ReadPosRankSum=-1.573;SB=-4.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,43:81:99:1746,0,1561 chrV 140380 . A AG 1811.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.391;DP=120;FS=0.859;HaplotypeScore=344.2197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.163;QD=15.10;ReadPosRankSum=-0.436;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,54:120:99:1851,0,1854 chrV 141103 . GT G 610.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.182;DP=99;FS=4.161;HaplotypeScore=265.8425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=0.081;QD=6.17;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.203;SB=-2.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,40:99:99:650,0,981 chrV 142941 . C CAAT 956.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=157.9164;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.133;QD=22.25;RPA=11,12;RU=AAT;ReadPosRankSum=0.267;SB=-4.137e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,25:43:45:999,45,0 chrV 148091 . GA G 713.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.095;DP=118;FS=19.894;HaplotypeScore=89.6293;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=3.225;QD=6.05;RPA=16,15;RU=A;ReadPosRankSum=1.432;SB=-1.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,35:118:99:753,0,458 chrV 152924 . G GAA 1005.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.329;DP=97;FS=4.248;HaplotypeScore=70.3994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=0.181;QD=10.37;RPA=12,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.826;SB=-5.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,40:96:99:1045,0,899 chrV 153026 . GA G 3135.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=150.8176;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;QD=22.08;RPA=10,9;RU=A;SB=-1.206e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,141:142:99:3178,421,0 chrV 155858 . G GA 1351.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.078;DP=126;FS=0.685;HaplotypeScore=104.7523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.099;QD=10.73;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=-0.269;SB=-6.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,55:126:99:1391,0,1764 chrV 159027 . CAA C,CA 839.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.646;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=119.1503;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=1.647;QD=7.43;RPA=18,16,17;RU=A;ReadPosRankSum=1.105;SB=-8.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:66,24,0:113:99:918,133,235,505,0,423 chrV 167423 . GA G 998.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.458;DP=111;FS=8.282;HaplotypeScore=50.4477;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.952;QD=9.00;RPA=6,5;RU=A;ReadPosRankSum=1.076;SB=-2.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,52:111:99:1038,0,1092 chrV 167691 . G GA 831.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.872;DP=108;FS=9.203;HaplotypeScore=138.4703;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=0.935;QD=7.70;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-2.001;SB=-3.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,48:108:99:871,0,951 chrV 172598 . GAT GATAT,G 2126.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.476;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=81.0687;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=61.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.159;QD=17.72;RPA=9,10,8;RU=AT;ReadPosRankSum=1.525;SB=-1.080e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:49,2,47:120:99:2205,1239,1743,1051,0,1623 chrV 173977 . TA T 2111.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.836;DP=124;FS=3.587;HaplotypeScore=166.0164;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.342;QD=17.03;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=0.202;SB=-6.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,70:124:99:2151,0,1368 chrV 175080 . G GA 769.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.926;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=121.7509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.636;QD=8.28;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=0.025;SB=-2.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,41:93:99:809,0,904 chrV 187395 . TTA T 1474.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.808;DP=111;FS=1.612;HaplotypeScore=384.2698;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.65;MQ0=0;MQRankSum=-4.159;QD=13.29;RPA=3,2;RU=TA;ReadPosRankSum=2.754;SB=-6.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,46:111:99:1514,0,1968 chrV 187784 . A AC 1054.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.614;DP=101;FS=6.562;HaplotypeScore=553.8435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.66;MQ0=0;MQRankSum=-4.655;QD=10.45;RPA=2,3;RU=C;ReadPosRankSum=0.160;SB=-4.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,45:101:99:1094,0,1284 chrV 187920 . TTGCCTAGAACAA T 6145 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.332;DP=129;FS=2.355;HaplotypeScore=394.3053;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.83;MQ0=0;MQRankSum=-9.262;QD=47.64;ReadPosRankSum=3.669;SB=-2.535e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,46:129:99:6145,0,10673 chrV 189352 . A AT 742.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.231;DP=103;FS=6.145;HaplotypeScore=140.9896;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQ0=0;MQRankSum=0.621;QD=7.21;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.719;SB=-1.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,44:103:99:782,0,827 chrV 189384 . A AAT 1255.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.607;DP=114;FS=14.338;HaplotypeScore=134.0889;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQ0=0;MQRankSum=-2.040;QD=11.02;RPA=6,7;RU=AT;ReadPosRankSum=-0.365;SB=-4.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,37:114:99:1295,0,1297 chrV 191839 . GT G 2092.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.207;DP=176;FS=5.509;HaplotypeScore=214.1559;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQ0=0;MQRankSum=1.503;QD=11.89;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=0.534;SB=-1.029e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:100,76:176:99:2132,0,2794 chrV 192792 . GA G 2333.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.408;DP=135;FS=1.603;HaplotypeScore=169.5989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQ0=0;MQRankSum=1.428;QD=17.29;ReadPosRankSum=0.351;SB=-5.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,73:135:99:2373,0,1874 chrV 194691 . A AG 1636.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.023;DP=159;FS=3.258;HaplotypeScore=1151.2009;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.710;QD=10.30;RPA=2,3;RU=G;ReadPosRankSum=-1.141;SB=-4.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,57:159:99:1676,0,1950 chrV 196583 . G GAA 1853.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.125;DP=143;FS=7.087;HaplotypeScore=847.3277;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.97;MQ0=0;MQRankSum=0.836;QD=12.96;RPA=1,3;RU=A;ReadPosRankSum=-1.745;SB=-6.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,73:143:99:1893,0,1934 chrV 196609 . TA T 361.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.215;DP=125;FS=4.639;HaplotypeScore=711.0739;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.337;QD=2.90;RPA=16,15;RU=A;ReadPosRankSum=0.497;SB=-1.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,29:125:99:401,0,867 chrV 198592 . GTATA G 3842 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.885;DP=123;FS=3.745;HaplotypeScore=474.1033;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.90;MQ0=0;MQRankSum=0.693;QD=31.24;RPA=11,9;RU=TA;ReadPosRankSum=-0.192;SB=-1.739e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,87:123:99:3842,248,0 chrV 198741 . T TA 979.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.571;DP=102;FS=6.555;HaplotypeScore=226.0922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.214;QD=9.61;RPA=3,4;RU=A;ReadPosRankSum=1.922;SB=-3.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,44:102:99:1019,0,1280 chrV 198800 . T TC 3334 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=149.5169;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.86;MQ0=0;QD=37.46;SB=-1.562e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:3334,268,0 chrV 207012 . C CT 1155.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.464;DP=125;FS=1.448;HaplotypeScore=81.8421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.587;QD=9.25;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.489;SB=-5.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,59:125:99:1195,0,924 chrV 207104 . CA C 1882.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.696;DP=133;FS=3.214;HaplotypeScore=224.9442;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.60;MQ0=0;MQRankSum=-2.996;QD=14.16;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=-1.315;SB=-9.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,68:133:99:1922,0,1463 chrV 207208 . TTTC T 1485.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.629;DP=79;FS=25.378;HaplotypeScore=402.3248;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.56;MQ0=0;MQRankSum=-7.619;QD=18.81;ReadPosRankSum=-0.250;SB=-4.000e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,38:79:99:1525,0,1855 chrV 207566 . ATT A 2106.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.591;DP=112;FS=3.773;HaplotypeScore=354.3643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.29;MQ0=0;MQRankSum=-2.153;QD=18.81;RPA=3,1;RU=T;ReadPosRankSum=0.071;SB=-6.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,58:112:99:2146,0,1803 chrV 208551 . G GAA,GAAA 4045 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=43.3616;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.36;MQ0=2;QD=32.36;RPA=7,9,10;RU=A;SB=-1.019e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:8,72,42:121:99:4045,1156,820,1385,0,1066 chrV 208925 . GA G 5144 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=149.4556;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.78;MQ0=0;QD=32.35;RPA=3,2;RU=A;SB=-2.379e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,156:159:99:5144,469,0 chrV 210547 . G GT,GGTT 3343 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=291.2789;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.27;MQ0=0;QD=33.43;SB=-9.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:13,46,40:100:99:3343,1881,1622,1295,0,2119 chrV 210690 . GT G 2824.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=157.9014;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.16;MQ0=0;QD=31.04;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.300e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,89:91:99:2867,268,0 chrV 211776 . C CT 935.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.126;DP=113;FS=6.765;HaplotypeScore=703.5434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.508;QD=8.28;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.632;SB=-2.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,50:113:99:975,0,1062 chrV 212178 . GT G 884.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.613;DP=112;FS=6.187;HaplotypeScore=111.2475;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.344;QD=7.90;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=1.922;SB=-3.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,43:112:99:924,0,873 chrV 212443 . AG A 3598 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.700;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=1059.9944;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.01;MQ0=0;MQRankSum=1.478;QD=31.56;RPA=3,2;RU=G;ReadPosRankSum=0.969;SB=-1.226e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,106:113:99:3598,310,0 chrV 212485 . T TA 2970.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=824.8056;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.79;MQ0=0;MQRankSum=0.888;QD=24.76;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.335;SB=-1.102e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,117:119:99:3013,344,0 chrV 213853 . A AGAAGAAGACGAAGAAGAC 13314 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=446.5321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.32;MQ0=0;QD=135.86;RPA=1,3;RU=GAAGAAGAC;SB=-2.819e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,80:98:99:13314,274,0 chrV 221815 . CAAA C 1695.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.895;DP=148;FS=3.527;HaplotypeScore=463.4894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=2.126;QD=11.46;RPA=11,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.680;SB=-5.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,51:148:99:1735,0,2793 chrV 221827 . C CG 1348.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.351;DP=143;FS=1.453;HaplotypeScore=488.7018;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=0.625;QD=9.43;ReadPosRankSum=2.024;SB=-5.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,54:143:99:1388,0,2519 chrV 222505 . TA T 1935.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.249;DP=163;FS=2.072;HaplotypeScore=93.2480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=2.705;QD=11.88;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=-2.634;SB=-6.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,88:163:99:1975,0,1686 chrV 225280 . G GA 3041.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=611.2297;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.59;MQ0=0;QD=25.14;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.085e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,111:121:99:3084,339,0 chrV 225400 . G GA 539.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.680;DP=91;FS=4.371;HaplotypeScore=295.8315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.77;MQ0=2;MQRankSum=-0.454;QD=5.93;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.148;SB=-2.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,27:89:99:579,0,613 chrV 225425 . A AT,ATT 2455.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=301.5724;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.91;MQ0=2;QD=22.95;RPA=9,10,11;RU=T;SB=-8.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:13,58,36:105:99:2534,956,667,1105,0,922 chrV 234865 . C CAT 1131.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.949;DP=100;FS=4.672;HaplotypeScore=115.1914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.771;QD=11.32;RPA=4,5;RU=AT;ReadPosRankSum=2.924;SB=-3.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,40:100:99:1171,0,1445 chrV 237335 . G GA 896.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.033;DP=100;FS=7.272;HaplotypeScore=35.4236;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.901;QD=8.97;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=2.397;SB=-2.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,48:100:99:936,0,805 chrV 238196 . C CTT 3571 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=113.0110;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=1;QD=31.32;RPA=9,11;RU=T;SB=-9.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,105:113:99:3571,324,0 chrV 241704 . TA T 2906.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=718.4760;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.24;MQ0=1;QD=23.07;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.378e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,124:125:99:2949,371,0 chrV 241876 . AAAATAG A 6483 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.940;DP=106;FS=5.898;HaplotypeScore=818.2293;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.13;MQ0=0;MQRankSum=1.171;QD=61.16;ReadPosRankSum=0.511;SB=-1.511e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,103:106:99:6483,291,0 chrV 242328 . TC T 4669 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=468.7383;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.81;MQ0=0;QD=35.11;RPA=2,1;RU=C;SB=-7.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,132:133:99:4669,397,0 chrV 242690 . TG T 3611 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=417.6229;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=30.09;RPA=3,2;RU=G;SB=-1.026e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,112:120:99:3611,337,0 chrV 243735 . C CCGCTT 5352 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=534.8229;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.75;MQ0=0;QD=66.90;SB=-1.809e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:80:99:5352,223,0 chrV 243802 . TATCATC T 6311 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=1003.8605;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.51;MQ0=0;QD=58.98;RPA=3,1;RU=ATC;SB=-2.380e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,85:107:99:6311,268,0 chrV 246872 . A AT 4494 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=269.5111;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.33;MQ0=0;QD=38.41;SB=-1.855e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:117:99:4494,352,0 chrV 248362 . G GC 3179.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=419.5034;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.58;MQ0=0;QD=28.91;RPA=4,5;RU=C;SB=-1.607e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:110:99:3222,331,0 chrV 248412 . C CTGCAACTGAAGAA 10263 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=163.9327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.23;MQ0=0;QD=128.29;SB=-4.049e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,42:80:99:10263,238,0 chrV 249753 . G GGTATACCTT 5188 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=86;FS=3.163;HaplotypeScore=189.2453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.21;MQ0=0;MQRankSum=0.657;QD=60.33;RPA=1,2;RU=GTATACCTT;ReadPosRankSum=1.434;SB=-2.568e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,57:86:99:5188,108,0 chrV 249929 . A AC 1449.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=264.4054;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.15;MQ0=2;QD=31.52;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,44:44:99:1492,132,0 chrV 250490 . C CTTA 2057.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.749;DP=109;FS=1.634;HaplotypeScore=332.4243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=1.606;QD=18.88;RPA=3,4;RU=TTA;ReadPosRankSum=-0.581;SB=-9.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,50:109:99:2097,0,1866 chrV 251561 . GA G 1731.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.199;DP=122;FS=3.369;HaplotypeScore=73.6113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=1;MQRankSum=2.064;QD=14.20;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.085;SB=-8.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,93:121:99:1774,154,0 chrV 256303 . GTATATATA G 7420 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=242.9612;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=55.37;RPA=12,8;RU=TA;SB=-1.585e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,92:134:99:7420,285,0 chrV 258177 . G GA 1717.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.572;DP=116;FS=10.534;HaplotypeScore=94.4513;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.41;MQ0=0;MQRankSum=1.587;QD=14.81;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.696;SB=-7.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,83:116:99:1760,172,0 chrV 259747 . GA G 2582.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=634.0321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.16;MQ0=0;QD=21.17;RPA=9,8;RU=A;SB=-8.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,113:122:99:2625,338,0 chrV 259981 . G GTCCAATGCT 8691 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=27.2282;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.78;MQ0=0;QD=105.99;SB=-3.788e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:82:99:8691,247,0 chrV 260179 . C CG 1741.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.107;DP=128;FS=4.989;HaplotypeScore=153.7223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.774;QD=13.61;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=-0.432;SB=-5.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,64:128:99:1781,0,1880 chrV 261332 . CA C 2798.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=792.9060;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.92;MQ0=0;QD=22.04;SB=-7.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:64,55:124:99:2841,326,0 chrV 261627 . G GT 1416.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.225;DP=134;FS=1.529;HaplotypeScore=51.6950;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.109;QD=10.57;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.328;SB=-4.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,59:133:99:1456,0,823 chrV 261803 . CT C 1978.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.697;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=446.8048;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=0.915;QD=13.55;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=-0.099;SB=-7.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,83:146:99:2018,0,1328 chrV 263748 . TG T 3853 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=42.7915;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.88;MQ0=0;QD=34.40;SB=-1.761e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:112:99:3853,334,0 chrV 265961 . G GGT 1779.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.113;DP=125;FS=13.057;HaplotypeScore=439.1854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.091;QD=14.24;RPA=1,2;RU=GT;ReadPosRankSum=-2.165;SB=-4.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,45:125:99:1819,0,2261 chrV 266011 . C CGT 2056.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.119;DP=129;FS=0.686;HaplotypeScore=265.8068;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.926;QD=15.95;RPA=2,3;RU=GT;ReadPosRankSum=-0.257;SB=-9.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,64:129:99:2096,0,1578 chrV 266246 . C CT 1051.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.347;DP=124;FS=0.711;HaplotypeScore=291.8255;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.021;QD=8.48;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.549;SB=-4.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,50:124:99:1091,0,703 chrV 268848 . C CT 1907.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.769;DP=118;FS=14.014;HaplotypeScore=114.7801;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=1.691;QD=16.17;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.287;SB=-8.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,90:118:99:1950,152,0 chrV 269159 . GAA G 2608.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.742;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=71.6980;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.156;QD=27.18;RPA=12,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.666;SB=-1.218e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,84:96:99:2651,251,0 chrV 269977 . A AGG 4689 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=874.1954;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.00;MQ0=0;QD=38.43;SB=-1.619e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,97:122:99:4689,367,0 chrV 269978 . T TG 2906.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=787.5359;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.20;MQ0=0;QD=28.22;SB=-1.018e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:103:99:2949,307,0 chrV 270453 . CT C 1172.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.336;DP=136;FS=4.328;HaplotypeScore=635.2011;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.242;QD=8.62;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.294;SB=-4.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,70:136:99:1212,0,994 chrV 272558 . GT G 575.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.593;DP=96;FS=2.901;HaplotypeScore=322.2226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=0.286;QD=6.00;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.879;SB=-2.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,39:96:99:615,0,732 chrV 274360 . C CT 1046.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.062;DP=142;FS=1.755;HaplotypeScore=363.8561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.737;QD=7.37;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.809;SB=-2.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,65:142:99:1086,0,1186 chrV 284428 . CGTGTGT C,CGTGT 4420 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=671.6526;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=48.84;MQ0=2;QD=38.10;RPA=11,8,10;RU=GT;SB=-1.422e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:32,53,0:114:99:4420,1009,1409,2577,0,2335 chrV 284696 . G GA 1086.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.717;DP=113;FS=24.894;HaplotypeScore=45.5390;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.086;QD=9.62;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-2.483;SB=-3.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,58:113:99:1126,0,714 chrV 287600 . C CA 1010.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.098;DP=154;FS=0.621;HaplotypeScore=380.3805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=2.117;QD=6.56;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=0.755;SB=-4.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,59:154:99:1050,0,2555 chrV 289244 . AT A 837.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.216;DP=118;FS=5.075;HaplotypeScore=101.5351;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=1.805;QD=7.10;RPA=15,14;RU=T;ReadPosRankSum=1.580;SB=-3.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,57:118:99:877,0,537 chrV 295243 . A AT,ATT 1604.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.223;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=38.0068;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.02;MQ0=0;MQRankSum=-1.251;QD=19.34;RPA=11,12,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.942;SB=-5.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:14,40,28:83:99:1683,666,507,662,0,570 chrV 298545 . C CT 1546.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.061;DP=145;FS=1.342;HaplotypeScore=162.6086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.66;MQ0=0;MQRankSum=0.765;QD=10.67;RPA=3,4;RU=T;ReadPosRankSum=-0.707;SB=-7.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,68:145:99:1586,0,1693 chrV 301647 . A ATTC 2768.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.838;DP=144;FS=21.117;HaplotypeScore=76.1944;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.014;QD=19.23;ReadPosRankSum=0.574;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,64:144:99:2808,0,3340 chrV 303524 . ATT A 1358.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.646;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=167.7815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQ0=0;MQRankSum=0.723;QD=12.13;RPA=11,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.056;SB=-3.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,53:112:99:1398,0,1485 chrV 305799 . C CTT 857.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.390;DP=99;FS=49.563;HaplotypeScore=111.5205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.61;MQ0=0;MQRankSum=4.294;QD=8.67;RPA=16,18;RU=T;ReadPosRankSum=0.620;SB=-1.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,40:99:99:897,0,306 chrV 308000 . GTTT G 6338 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=42.7973;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.04;MQ0=0;QD=48.75;RPA=6,3;RU=T;SB=-1.909e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,129:130:99:6338,388,0 chrV 308181 . GT G 2832.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=154.4608;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;QD=21.46;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.021e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,125:132:99:2875,371,0 chrV 316709 . ATT A 1475.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.892;DP=148;FS=2.620;HaplotypeScore=220.4157;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQ0=1;MQRankSum=-1.152;QD=9.97;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.662;SB=-2.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,62:147:99:1515,0,2007 chrV 319639 . T TA 1857.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.517;DP=127;FS=3.701;HaplotypeScore=93.0770;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.700;QD=14.63;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-2.179;SB=-9.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,86:127:99:1900,178,0 chrV 322493 . G GA 1006.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.447;DP=102;FS=6.717;HaplotypeScore=101.6037;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.090;QD=9.87;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=-1.372;SB=-4.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,51:102:99:1046,0,920 chrV 324168 . CA CAA,C 1687.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.307;DP=120;FS=1.653;HaplotypeScore=315.5242;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.049;QD=14.07;RPA=10,11,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.582;SB=-6.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:23,3,50:120:99:1766,1012,1376,906,0,1274 chrV 324247 . G GT 933.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.976;DP=123;FS=3.464;HaplotypeScore=116.7608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.658;QD=7.59;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.233;SB=-4.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,55:123:99:973,0,984 chrV 326031 . G GTTTC 1828.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.281;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=27.9995;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.635;QD=20.78;ReadPosRankSum=0.863;SB=-6.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,35:88:99:1868,0,2411 chrV 328320 . GA G 1877.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.888;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=176.6001;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.47;MQ0=0;MQRankSum=1.371;QD=19.56;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.877;SB=-4.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,87:96:99:1920,230,0 chrV 332992 . GA G 2366.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=58.8911;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.55;MQ0=0;QD=20.58;RPA=8,7;RU=A;SB=-9.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,103:115:99:2409,302,0 chrV 335293 . AAAAGAGAGAAAAAATACAACAAGATACCAAACAGGACG A 10975 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=54.7260;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.91;MQ0=0;QD=68.59;SB=-5.095e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,132:160:99:10975,396,0 chrV 335660 . T TG 1109.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.530;DP=118;FS=1.626;HaplotypeScore=314.3869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=0.585;QD=9.41;RPA=5,6;RU=G;ReadPosRankSum=-0.585;SB=-3.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,51:118:99:1149,0,1416 chrV 335823 . GT G 1946.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.110;DP=137;FS=0.723;HaplotypeScore=345.7161;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.802;QD=14.21;ReadPosRankSum=-0.317;SB=-5.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,62:137:99:1986,0,2343 chrV 342667 . A AT 1663.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.265;DP=136;FS=7.620;HaplotypeScore=335.2266;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.252;QD=12.24;RPA=3,4;RU=T;ReadPosRankSum=-0.810;SB=-6.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,71:136:99:1703,0,1178 chrV 348694 . G GT 1391.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.332;DP=161;FS=2.307;HaplotypeScore=318.6838;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQ0=0;MQRankSum=1.826;QD=8.65;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=1.075;SB=-3.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,80:161:99:1431,0,1646 chrV 349345 . ATT A 3226.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.697;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=128.4541;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.524;QD=31.32;RPA=10,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.831;SB=-1.122e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,99:103:99:3268,297,0 chrV 351386 . AC A 1747.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.776;DP=158;FS=2.140;HaplotypeScore=50.0047;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.500;QD=11.06;RPA=3,2;RU=C;ReadPosRankSum=-0.015;SB=-8.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,63:158:99:1787,0,1980 chrV 351576 . GT G 1078.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.944;DP=123;FS=3.300;HaplotypeScore=537.7371;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.87;MQ0=1;MQRankSum=-6.523;QD=8.77;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=-1.559;SB=-4.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,50:122:99:1118,0,1491 chrV 351607 . AAAAAAGAAT A 5293 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.911;DP=130;FS=6.883;HaplotypeScore=184.0374;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.14;MQ0=0;MQRankSum=-7.623;QD=40.72;ReadPosRankSum=2.650;SB=-2.542e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,49:130:99:5293,0,7760 chrV 353956 . GT G 727.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.858;DP=96;FS=79.095;HaplotypeScore=51.1418;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.54;MQ0=0;MQRankSum=-7.268;QD=7.58;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=-3.557;SB=-2.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,38:96:99:767,0,1267 chrV 354227 . TA T 1180.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.875;DP=151;FS=4.739;HaplotypeScore=430.7596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.56;MQ0=0;MQRankSum=0.628;QD=7.82;RPA=6,5;RU=A;ReadPosRankSum=-1.422;SB=-4.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,64:151:99:1220,0,1589 chrV 355008 . C CT 2797.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=405.9110;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.06;MQ0=0;QD=25.21;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.174e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,109:111:99:2840,327,0 chrV 355237 . T TG 3837 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=321.8244;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.89;MQ0=1;QD=37.25;SB=-1.641e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,96:102:99:3837,304,0 chrV 355240 . G GC 2290.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.305;DP=107;FS=2.912;HaplotypeScore=473.2665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.19;MQ0=1;MQRankSum=-0.252;QD=21.41;RPA=8,9;RU=C;ReadPosRankSum=-0.358;SB=-9.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,85:106:99:2333,225,0 chrV 357894 . CT C,CTTT 1823.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=192.3592;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.74;MQ0=1;QD=20.73;RPA=11,10,13;RU=T;SB=-9.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:10,29,0:87:99:1902,1479,1801,631,0,978 chrV 358045 . AT A 1207.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.380;DP=121;FS=0.691;HaplotypeScore=272.0956;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=1.786;QD=9.98;RPA=8,7;RU=T;ReadPosRankSum=1.887;SB=-5.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,67:121:99:1247,0,1000 chrV 359471 . AAAG A 2079.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.282;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=37.1215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=2.450;QD=18.74;RPA=2,1;RU=AAG;ReadPosRankSum=0.100;SB=-9.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,51:111:99:2119,0,2576 chrV 360499 . A AT 1075.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.367;DP=105;FS=6.368;HaplotypeScore=80.4148;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.208;QD=10.25;RPA=3,4;RU=T;ReadPosRankSum=-0.043;SB=-5.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,48:105:99:1115,0,1309 chrV 362360 . AAT A 3699 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=570.3276;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.13;MQ0=1;QD=33.03;RPA=3,2;RU=AT;SB=-1.264e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,96:111:99:3699,289,0 chrV 362649 . C CTTA 2402.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.216;DP=121;FS=3.524;HaplotypeScore=385.6548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.342;QD=19.86;RPA=1,2;RU=TTA;ReadPosRankSum=-0.652;SB=-9.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,54:121:99:2442,0,2530 chrV 366655 . A ATT 2077.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.018;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=43.0927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.049;QD=16.89;ReadPosRankSum=0.711;SB=-6.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,50:123:99:2117,0,3001 chrV 372082 . C CT 2978.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=139.0176;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=31.03;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.282e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:3021,289,0 chrV 372265 . A AG 3184.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=411.1133;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.93;MQ0=0;QD=33.53;RPA=1,2;RU=G;SB=-9.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,93:95:99:3227,283,0 chrV 373393 . T TA 1229.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.349;DP=134;FS=0.669;HaplotypeScore=375.0514;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.227;QD=9.18;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=0.092;SB=-4.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,65:134:99:1269,0,1238 chrV 374814 . TGCAA T,TA 5325 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.041;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=508.4121;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.614;QD=41.60;ReadPosRankSum=1.568;SB=-2.307e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:6,64,0:128:99:5325,823,465,1443,0,1083 chrV 377465 . T TGTTGTTGTCGC 6139 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.151;DP=153;FS=2.994;HaplotypeScore=832.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.76;MQ0=0;MQRankSum=-5.146;QD=40.12;ReadPosRankSum=1.141;SB=-2.886e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:101,15:153:99:6139,0,7543 chrV 378140 . A AT 1230.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.107;DP=142;FS=0.628;HaplotypeScore=174.2695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=0.371;QD=8.67;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=1.889;SB=-5.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,63:142:99:1270,0,1555 chrV 382501 . CA C 2118.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.494;DP=134;FS=0.867;HaplotypeScore=500.0101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=0.791;QD=15.81;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=1.188;SB=-4.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,76:134:99:2158,0,1276 chrV 382523 . CAAA C 1564.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.872;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=442.7663;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.39;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=14.90;RPA=18,15;RU=A;ReadPosRankSum=1.212;SB=-5.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,38:105:99:1604,0,856 chrV 384833 . A ATGT 2101.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.737;DP=133;FS=6.313;HaplotypeScore=291.8605;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.52;MQ0=0;MQRankSum=2.230;QD=15.80;RPA=5,6;RU=TGT;ReadPosRankSum=-0.218;SB=-8.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,57:133:99:2141,0,2091 chrV 386277 . C CT 1068.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.247;DP=108;FS=7.370;HaplotypeScore=174.6960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.446;QD=9.90;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=-0.382;SB=-1.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,41:108:99:1108,0,1661 chrV 386354 . AT A 1254.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.830;DP=102;FS=1.637;HaplotypeScore=184.4912;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=1.543;QD=12.30;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=0.092;SB=-6.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,47:102:99:1294,0,1489 chrV 394965 . AT A 1275.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.031;DP=153;FS=5.825;HaplotypeScore=260.5211;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.144;QD=8.34;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.262;SB=-2.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,79:153:99:1315,0,1073 chrV 395202 . CAAA C 2098.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.058;DP=107;FS=2.751;HaplotypeScore=188.1566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.457;QD=19.62;RPA=12,9;RU=A;ReadPosRankSum=2.839;SB=-7.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,57:107:99:2138,0,1395 chrV 396407 . AT A 1378.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.030;DP=119;FS=1.554;HaplotypeScore=346.4583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=0.708;QD=11.59;RPA=6,5;RU=T;ReadPosRankSum=-1.256;SB=-5.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,63:119:99:1418,0,914 chrV 396428 . A AT 1380.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.313;DP=120;FS=2.366;HaplotypeScore=383.1217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=0.354;QD=11.51;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.152;SB=-7.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,69:120:99:1420,0,840 chrV 400988 . CTT C,CT 3765 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=165;FS=0.000;HaplotypeScore=102.7782;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.59;MQ0=0;QD=22.82;RPA=11,9,10;RU=T;SB=-1.561e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:14,84,0:165:99:3765,1351,1226,1868,0,1451 chrV 402835 . GA G 1083.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.448;DP=152;FS=2.139;HaplotypeScore=71.3417;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=1;MQRankSum=0.352;QD=7.13;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.647;SB=-5.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,71:151:99:1123,0,1124 chrV 406418 . C CT 705.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.972;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=51.3140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQ0=1;MQRankSum=2.040;QD=7.13;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.331;SB=-2.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,43:98:99:745,0,680 chrV 413363 . TA T 593.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.144;DP=76;FS=1.856;HaplotypeScore=194.9589;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=1.236;QD=7.82;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.661;SB=-2.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:56,15:76:61:636,61,0 chrV 413377 . AC A 924.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.488;DP=74;FS=11.804;HaplotypeScore=115.4873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=0.374;QD=12.50;ReadPosRankSum=-0.768;SB=-4.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,22:74:99:964,0,147 chrV 414432 . CA C 1994.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.245;DP=123;FS=2.509;HaplotypeScore=216.9049;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=1.805;QD=16.22;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=0.880;SB=-6.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,74:123:99:2034,0,1024 chrV 422990 . CA C 1162.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.442;DP=150;FS=5.480;HaplotypeScore=90.5639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=2;MQRankSum=-0.443;QD=7.75;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.391;SB=-4.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,74:148:99:1202,0,879 chrV 423359 . GT G 1126.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.240;DP=143;FS=3.188;HaplotypeScore=141.7477;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=1.572;QD=7.88;RPA=7,6;RU=T;ReadPosRankSum=0.826;SB=-3.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,64:143:99:1166,0,1485 chrV 423672 . AT A 2754.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=34.9273;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.60;MQ0=0;QD=25.75;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.090e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,104:107:99:2797,309,0 chrV 431936 . TC T 1231.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.262;DP=99;FS=1.673;HaplotypeScore=148.2594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.97;MQ0=0;MQRankSum=2.414;QD=12.44;RPA=4,3;RU=C;ReadPosRankSum=1.909;SB=-5.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,48:99:99:1271,0,1108 chrV 432345 . AG A 862.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.606;DP=84;FS=0.857;HaplotypeScore=109.2878;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=2.491;QD=10.27;RPA=3,2;RU=G;ReadPosRankSum=-1.075;SB=-3.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,29:84:99:902,0,1072 chrV 432378 . GA G 914.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.999;DP=91;FS=13.539;HaplotypeScore=114.8771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=2.441;QD=10.05;RPA=7,6;RU=A;ReadPosRankSum=-1.339;SB=-3.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,49:91:99:954,0,704 chrV 433011 . C CT 385.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.601;DP=77;FS=19.531;HaplotypeScore=61.6172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQ0=0;MQRankSum=1.348;QD=5.01;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.879;SB=-1.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,26:77:99:425,0,582 chrV 434529 . T TA 879.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.504;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=66.7216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.28;MQ0=0;MQRankSum=0.083;QD=7.72;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=-1.290;SB=-3.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,45:114:99:919,0,869 chrV 434834 . CT C 571.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.794;DP=250;DS;FS=15.158;HaplotypeScore=95.7519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.26;MQ0=156;MQRankSum=-1.427;QD=2.29;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=0.617;SB=-5.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:214,30:75:99:611,0,962 chrV 438667 . TC T 1390.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.097;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=647.8452;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.041;QD=10.15;ReadPosRankSum=2.489;SB=-4.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,58:137:99:1430,0,2242 chrV 438669 . TA T 1158.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.052;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=666.7017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.438;QD=8.52;ReadPosRankSum=2.354;SB=-4.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,58:136:99:1198,0,2185 chrV 441934 . GT G 2046.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.882;DP=143;FS=7.645;HaplotypeScore=323.7167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=0.872;QD=14.31;ReadPosRankSum=-0.148;SB=-6.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,64:143:99:2086,0,2493 chrV 442844 . G GA 1246.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.469;DP=122;FS=1.591;HaplotypeScore=97.9271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.108;QD=10.22;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=-0.553;SB=-4.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,59:122:99:1286,0,1352 chrV 443199 . A AG 1657.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.398;DP=147;FS=29.132;HaplotypeScore=77.4630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.94;MQ0=0;MQRankSum=2.851;QD=11.28;ReadPosRankSum=0.043;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,61:147:99:1697,0,2328 chrV 449320 . ACATC A 1994.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=137.5044;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.08;MQ0=0;QD=66.50;SB=-9.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:90:2037,90,0 chrV 449846 . TA T 672.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.703;DP=86;FS=10.045;HaplotypeScore=456.4230;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.28;MQ0=0;MQRankSum=-2.665;QD=7.83;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=3.325;SB=-1.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,33:86:99:712,0,1240 chrV 449894 . A AAG 992.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.701;DP=63;FS=23.212;HaplotypeScore=462.7247;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.33;MQ0=0;MQRankSum=-4.753;QD=15.76;ReadPosRankSum=-0.123;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,23:63:99:1032,0,935 chrV 450195 . AT A 1976.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.735;DP=136;FS=6.448;HaplotypeScore=195.3819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.83;MQ0=0;MQRankSum=0.664;QD=14.54;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=-0.755;SB=-9.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,67:136:99:2016,0,2052 chrV 450306 . C CA 2591.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.903;DP=128;FS=3.281;HaplotypeScore=428.7994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.22;MQ0=0;MQRankSum=1.711;QD=20.25;ReadPosRankSum=0.140;SB=-1.110e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,77:128:99:2631,0,1490 chrV 451284 . G GA 1716.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.284;DP=120;FS=3.351;HaplotypeScore=38.1623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.87;MQ0=0;MQRankSum=0.842;QD=14.31;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=-0.035;SB=-8.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,59:120:99:1756,0,1807 chrV 451544 . CA C 1143.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.268;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=142.4777;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.225;QD=10.03;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.754;SB=-4.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,65:114:99:1183,0,793 chrV 453290 . A AG 1080.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.380;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=137.2748;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.033;QD=10.60;RPA=2,3;RU=G;ReadPosRankSum=-1.593;SB=-5.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,46:102:99:1120,0,1446 chrV 455098 . A AT 1098.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.587;DP=153;FS=1.362;HaplotypeScore=86.2018;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.82;MQ0=0;MQRankSum=0.762;QD=7.18;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.462;SB=-4.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,70:152:99:1138,0,1214 chrV 456074 . TA T 844.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.840;DP=111;FS=4.742;HaplotypeScore=341.2519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.429;QD=7.61;RPA=6,5;RU=A;ReadPosRankSum=-0.417;SB=-3.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,47:111:99:884,0,1388 chrV 460341 . G GA 3851 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=56.5864;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.40;MQ0=0;QD=25.67;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.577e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,147:150:99:3851,441,0 chrV 461877 . C CCACCGCTTCCACCGCTTT 14459 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=28.9560;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.65;MQ0=0;QD=158.89;SB=-3.336e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,52:91:99:14459,235,0 chrV 462232 . GA G 1164.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.150;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=606.0189;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.08;MQ0=0;MQRankSum=-2.835;QD=8.20;RPA=7,6;RU=A;ReadPosRankSum=0.728;SB=-5.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,62:142:99:1204,0,1521 chrV 462428 . TG T 1759.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.726;DP=128;FS=3.357;HaplotypeScore=454.5636;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.107;QD=13.75;ReadPosRankSum=1.809;SB=-6.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,66:128:99:1799,0,1921 chrV 462951 . C CTTTTTTT 1940.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.038;DP=93;FS=17.159;HaplotypeScore=143.3845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=0.655;QD=20.87;RPA=13,20;RU=T;ReadPosRankSum=-2.379;SB=-3.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,5:92:99:1980,0,2658 chrV 464847 . T TTC 3343 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.150;DP=178;FS=4.402;HaplotypeScore=89.1104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.658;QD=18.78;ReadPosRankSum=0.407;SB=-1.299e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,91:178:99:3343,0,3169 chrV 467872 . AC A 2094.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.089;DP=137;FS=2.168;HaplotypeScore=48.8929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQ0=0;MQRankSum=0.209;QD=15.29;ReadPosRankSum=0.768;SB=-9.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,69:137:99:2134,0,2006 chrV 468982 . C CT 728.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.602;DP=104;FS=1.805;HaplotypeScore=280.7998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=7.01;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.694;SB=-3.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,45:104:99:768,0,666 chrV 469569 . CTCTG C 3774 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.545;DP=177;FS=1.386;HaplotypeScore=459.9589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.946;QD=21.32;RPA=2,1;RU=TCTG;ReadPosRankSum=0.513;SB=-1.204e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:108,68:177:99:3774,0,4470 chrV 472423 . A ATTT 3161.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.403;DP=163;FS=1.301;HaplotypeScore=367.0943;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.619;QD=19.40;RPA=8,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.236;SB=-1.053e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,82:163:99:3201,0,2724 chrV 476343 . G GT 1279.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.155;DP=131;FS=6.669;HaplotypeScore=170.0396;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQ0=0;MQRankSum=2.573;QD=9.77;RPA=3,4;RU=T;ReadPosRankSum=-1.072;SB=-5.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,58:131:99:1319,0,1663 chrV 482870 . G GT 3125.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=194.3898;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;QD=22.65;RPA=8,9;RU=T;SB=-8.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,124:138:99:3168,382,0 chrV 487743 . T TG 1152.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.333;DP=126;FS=8.481;HaplotypeScore=297.8372;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=9.15;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=0.695;SB=-4.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,49:126:99:1192,0,2226 chrV 488179 . C CT 3851 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=118.6612;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.79;MQ0=0;QD=31.06;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.870e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,123:124:99:3851,370,0 chrV 488593 . GT G 1471.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.481;DP=125;FS=2.410;HaplotypeScore=622.1421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.517;QD=11.78;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=-0.224;SB=-6.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,54:125:99:1511,0,1652 chrV 490237 . GTTCATGTTCATA G 3477 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.569;DP=140;FS=16.900;HaplotypeScore=668.9336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=2.283;QD=24.84;ReadPosRankSum=-0.371;SB=-1.190e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,75:140:99:3477,0,751 chrV 490880 . G GA 1719.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.959;DP=135;FS=6.548;HaplotypeScore=82.1056;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.096;QD=12.74;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=0.401;SB=-7.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,69:135:99:1759,0,1710 chrV 491991 . TTA T 2802.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.406;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=420.1012;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.59;MQ0=0;MQRankSum=0.113;QD=22.60;ReadPosRankSum=-0.245;SB=-5.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:79,44:124:99:2845,292,0 chrV 491992 . TAT T,TT 3580 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=325.0126;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.47;MQ0=0;QD=28.64;SB=-7.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:81,0,0:125:99:3580,988,690,1153,0,789 chrV 492128 . TC T 1174.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.095;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=346.6822;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.082;QD=14.16;ReadPosRankSum=-0.675;SB=-5.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,40:83:85:1217,85,0 chrV 492181 . CAAA C 1738.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.004;DP=88;FS=3.602;HaplotypeScore=281.5056;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.019;QD=19.76;RPA=14,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.124;SB=-5.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,45:88:99:1778,0,959 chrV 498773 . A AT 519.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.497;DP=75;FS=26.775;HaplotypeScore=45.1929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.54;MQ0=0;MQRankSum=-5.056;QD=6.93;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=-0.047;SB=-3.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,24:75:99:559,0,714 chrV 498937 . G GA 1034.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.031;DP=148;FS=0.749;HaplotypeScore=448.6082;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.177;QD=6.99;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.463;SB=-3.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,61:148:99:1074,0,780 chrV 503927 . AT A 740.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.115;DP=114;FS=10.384;HaplotypeScore=576.1804;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.04;MQ0=0;MQRankSum=1.841;QD=6.50;ReadPosRankSum=0.178;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,49:114:99:780,0,1571 chrV 503930 . C CA 698.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.207;DP=128;FS=1.561;HaplotypeScore=626.8778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.846;QD=5.46;RPA=14,15;RU=A;ReadPosRankSum=-1.814;SB=-3.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,29:128:99:738,0,428 chrV 504449 . AT A 2881.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=545.8277;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;QD=23.24;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.407e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,123:124:99:2924,368,0 chrV 510020 . C CT,CTTTTT 5012 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.508;DP=164;FS=2.431;HaplotypeScore=212.9346;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.555;QD=30.56;RPA=11,12,16;RU=T;ReadPosRankSum=0.715;SB=-1.071e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:60,62,25:163:99:5012,3127,2818,1445,0,2842 chrV 510328 . CA C 1044.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.916;DP=133;FS=0.725;HaplotypeScore=72.2067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.040;QD=7.86;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.735;SB=-3.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,66:133:99:1084,0,1062 chrV 511644 . TGCCGCTGCCGCC T 5418 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.775;DP=94;FS=7.175;HaplotypeScore=149.6641;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.13;MQ0=0;MQRankSum=-7.667;QD=57.64;ReadPosRankSum=0.358;SB=-8.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,43:93:99:5418,0,4866 chrV 512151 . C CT 961.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.192;DP=124;FS=2.562;HaplotypeScore=56.5903;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=1.649;QD=7.76;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.962;SB=-2.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,54:124:99:1001,0,1039 chrV 517556 . CTTAGAAG C 5036 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.218;DP=107;FS=4.154;HaplotypeScore=845.9871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.66;MQ0=0;MQRankSum=-4.726;QD=47.07;ReadPosRankSum=6.780;SB=-1.658e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,67:107:99:5036,0,473 chrV 517564 . CCT C 1549.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.338;DP=103;FS=10.189;HaplotypeScore=1167.7873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.24;MQ0=0;MQRankSum=-5.122;QD=15.05;ReadPosRankSum=6.208;SB=-5.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,67:103:99:1589,0,443 chrV 520781 . GAAAAA GAAAAAA,G 3180.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.415;DP=93;FS=2.099;HaplotypeScore=201.0581;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=0.797;QD=34.20;RPA=16,17,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.330;SB=-1.621e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:24,0,49:93:99:3259,2944,3259,463,0,2119 chrV 520940 . CATTTTTTTT C 5047 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.224;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=543.4082;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.68;MQ0=0;MQRankSum=-7.606;QD=40.70;ReadPosRankSum=0.748;SB=-2.277e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,57:124:99:5047,0,6365 chrV 522810 . T TG 2194.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.962;DP=147;FS=1.297;HaplotypeScore=214.9947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQ0=0;MQRankSum=0.025;QD=14.93;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=1.070;SB=-1.102e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,79:147:99:2234,0,1904 chrV 522970 . A AT 1021.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.864;DP=131;FS=6.131;HaplotypeScore=451.5449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.209;QD=7.80;RPA=16,17;RU=T;ReadPosRankSum=2.127;SB=-1.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,37:131:99:1061,0,457 chrV 526638 . T TC 3285 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=251.3784;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.99;MQ0=0;QD=28.82;RPA=2,3;RU=C;SB=-1.319e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,104:114:99:3285,313,0 chrV 526954 . A AAT 1545.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.952;DP=114;FS=0.770;HaplotypeScore=42.3336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.40;MQ0=0;MQRankSum=2.999;QD=13.56;RPA=6,7;RU=AT;ReadPosRankSum=0.111;SB=-6.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,53:114:99:1585,0,1197 chrV 535293 . CTCA C 3325 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=56.4870;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.93;MQ0=0;QD=40.55;RPA=3,2;RU=TCA;SB=-1.140e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,65:82:99:3325,204,0 chrV 536020 . AT A 1565.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.626;DP=132;FS=1.418;HaplotypeScore=209.8790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.012;QD=11.86;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=0.536;SB=-7.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,74:132:99:1605,0,1152 chrV 540498 . GA G 1609.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.280;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=62.1968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.413;QD=12.20;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=-0.611;SB=-5.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,65:132:99:1649,0,1419 chrV 540847 . AG A 1680.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.225;DP=121;FS=5.956;HaplotypeScore=44.6083;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=0.162;QD=13.89;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=-1.278;SB=-7.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,58:121:99:1720,0,1635 chrV 541194 . T TAGCC 3472 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-10.396;DP=154;FS=7.381;HaplotypeScore=290.0849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.89;MQ0=0;MQRankSum=2.806;QD=22.55;RPA=1,2;RU=AGCC;ReadPosRankSum=-1.472;SB=-1.663e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,69:150:99:3472,0,4549 chrV 541246 . A AT 1155.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.653;DP=123;FS=3.293;HaplotypeScore=361.0567;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.294;QD=9.40;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=-0.618;SB=-5.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,56:123:99:1195,0,1278 chrV 541505 . AT A 450.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.896;DP=112;FS=40.998;HaplotypeScore=701.3887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.97;MQ0=0;MQRankSum=-7.070;QD=4.03;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=3.718;SB=-6.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,36:112:99:490,0,383 chrV 541518 . T TC 3352 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=658.5499;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.89;MQ0=0;QD=23.44;SB=-1.202e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,94:143:99:3352,384,0 chrV 548081 . TA T 4082 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=352.2551;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.87;MQ0=0;QD=31.16;RPA=3,2;RU=A;SB=-2.020e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,126:131:99:4082,379,0 chrV 550609 . AG A 1257.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.234;DP=96;FS=0.860;HaplotypeScore=168.1509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=1;MQRankSum=0.608;QD=13.10;RPA=3,2;RU=G;ReadPosRankSum=0.520;SB=-3.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,47:95:99:1297,0,1068 chrV 551283 . A AAG 4083 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=753.3931;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.64;MQ0=0;QD=34.90;SB=-1.648e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,102:117:99:4083,352,0 chrV 551284 . T TA 3521 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=809.5926;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.64;MQ0=0;QD=30.09;SB=-1.366e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,113:117:99:3521,348,0 chrV 551421 . GC G 4798 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=1131.2340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.44;MQ0=0;QD=30.18;RPA=5,4;RU=C;SB=-2.336e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,152:159:99:4798,457,0 chrV 551727 . TC T 2395.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.605;DP=177;FS=1.184;HaplotypeScore=141.2904;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=1.073;QD=13.54;ReadPosRankSum=0.066;SB=-1.064e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,81:177:99:2435,0,2978 chrV 554306 . G GACACTATATA 6283 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=551.5565;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.17;MQ0=0;QD=110.23;SB=-2.287e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,40:57:99:6283,169,0 chrV 559239 . AT A 1555.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.074;DP=114;FS=8.956;HaplotypeScore=169.3046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.21;MQ0=0;MQRankSum=2.339;QD=13.65;ReadPosRankSum=0.846;SB=-7.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,56:114:99:1595,0,1847 chrV 561259 . TG T 1414.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.332;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=642.3715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.50;MQ0=0;MQRankSum=1.143;QD=30.11;ReadPosRankSum=1.585;SB=-5.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1457,137,0 chrV 561758 . G GTA 1750.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=707.6423;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.12;MQ0=0;QD=39.79;SB=-7.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,37:44:99:1793,126,0 chrV 561783 . TG T 1961.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=874.2855;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.46;MQ0=0;QD=31.14;SB=-6.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:63:99:2004,183,0 chrV 561824 . C CG 2155.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=748.7086;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.65;MQ0=0;QD=30.80;RPA=2,3;RU=G;SB=-9.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,69:70:99:2198,208,0 chrV 562451 . AT A 3986 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=570.7723;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;QD=37.25;SB=-1.868e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:107:99:3986,316,0 chrV 563148 . CT C 2320.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=478.2400;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.00;MQ0=0;QD=21.29;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.098e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,94:109:99:2363,285,0 chrV 563257 . AT A 1967.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=421.2014;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.44;MQ0=0;QD=29.82;RPA=3,2;RU=T;SB=-7.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:66:99:2010,195,0 chrV 563427 . AC A 3565 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=772.1560;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.60;MQ0=0;QD=36.38;SB=-1.780e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:98:99:3565,292,0 chrV 563829 . C CT 2875.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=727.9407;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.52;MQ0=0;QD=27.65;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.053e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,95:104:99:2918,298,0 chrV 563866 . G GT 4167 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=616.6379;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.21;MQ0=0;QD=35.31;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.412e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,115:118:99:4167,349,0 chrV 564516 . C CA 1153.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=456.4301;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.77;MQ0=0;QD=21.77;RPA=8,9;RU=A;SB=-4.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,47:53:99:1196,144,0 chrV 564696 . AG A 1504.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=520.5816;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.71;MQ0=0;QD=26.87;RPA=2,1;RU=G;SB=-6.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,42:56:99:1547,129,0 chrV 565293 . C CGAA 3155.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=535.7739;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.92;MQ0=0;QD=55.37;SB=-1.374e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:57:99:3198,172,0 chrV 566378 . AG A 363.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=310.9023;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.31;MQ0=0;QD=26.00;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,12:14:39:406,39,0 chrV 566382 . C CG 321.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=286.2055;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=24.77;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39:364,39,0 chrV 566971 . A AG 336.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=108.1696;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.03;MQ0=0;QD=33.70;SB=-3.799e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30:379,30,0 chrV 567006 . A AC 486.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=170.8515;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.98;MQ0=0;QD=25.63;RPA=2,3;RU=C;SB=-3.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,17:19:51:529,51,0 chrV 567074 . GTA G 356.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=140.4952;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.12;MQ0=0;QD=32.45;SB=-1.778e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,9:11:27:399,27,0 chrV 567175 . AC A 1056.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=248.0472;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.07;MQ0=0;QD=36.45;SB=-7.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:87:1099,87,0 chrV 567545 . GC G 2329.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=704.9640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.50;MQ0=0;QD=31.92;SB=-5.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:73:99:2372,205,0 chrV 567853 . G GAT 2298.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=397.2495;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.96;MQ0=0;QD=41.80;SB=-1.048e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,46:55:99:2341,166,0 chrV 567854 . GA G 1311.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=487.7320;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.28;MQ0=0;QD=24.30;RPA=2,1;RU=A;SB=-6.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,46:54:99:1354,146,0 chrV 568022 . A AG 1131.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.491;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=610.9782;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.02;MQ0=0;MQRankSum=2.394;QD=19.52;ReadPosRankSum=2.747;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,48:58:99:1174,141,0 chrV 569880 . T TA 1076.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=204.5289;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.58;MQ0=5;MQRankSum=-0.108;QD=21.12;ReadPosRankSum=0.650;SB=-5.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,42:32:66:1119,66,0 chrV 569896 . G GAA 533.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.750;DP=43;FS=6.956;HaplotypeScore=239.0957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.10;MQ0=5;MQRankSum=2.639;QD=12.42;RPA=1,3;RU=A;ReadPosRankSum=-0.139;SB=-2.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,15:26:99:573,0,209 chrVI 1184 . A AGTCCTGACGTTG 2715.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.836;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=199.7130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.67;MQ0=4;MQRankSum=2.082;QD=57.79;ReadPosRankSum=-1.169;SB=-1.218e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,19:39:99:2755,0,550 chrVI 5850 . G GT 142.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.468;DP=19;FS=3.680;HaplotypeScore=312.6738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.59;MQ0=1;MQRankSum=-0.386;QD=7.52;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=-0.471;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,8:15:99:182,0,116 chrVI 5894 . A AGGCATT 1986.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=760.1447;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.65;MQ0=0;QD=73.59;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:27:81:2029,81,0 chrVI 5932 . A AC 426.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.458;DP=43;FS=48.789;HaplotypeScore=1092.7899;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.89;MQ0=1;MQRankSum=0.359;QD=9.93;ReadPosRankSum=-2.588;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,18:42:99:466,0,706 chrVI 5942 . TG T 491.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.484;DP=44;FS=33.193;HaplotypeScore=960.0480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.87;MQ0=1;MQRankSum=-2.717;QD=11.18;ReadPosRankSum=3.019;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,21:43:99:531,0,656 chrVI 6163 . TA T 158.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=125.7549;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=19.76;SB=-6.762e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:8:18:200,18,0 chrVI 6286 . CT C 352.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=199.2096;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.35;MQ0=0;QD=20.76;RPA=5,4;RU=T;SB=-7.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,15:16:45:395,45,0 chrVI 8304 . TAAA T 1509.14 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.236;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=263.5131;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.49;MQ0=42;MQRankSum=1.759;QD=13.01;RPA=17,14;RU=A;ReadPosRankSum=0.694;SB=-7.198e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,55:65:11:1548,0,11 chrVI 8322 . TC T 1848.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.559;DP=103;FS=3.082;HaplotypeScore=263.1283;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.31;MQ0=31;MQRankSum=2.086;QD=17.95;ReadPosRankSum=-0.871;SB=-9.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,65:63:99:1891,113,0 chrVI 8704 . AT A 1172.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.049;DP=166;FS=15.346;HaplotypeScore=261.3867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.56;MQ0=29;MQRankSum=0.158;QD=7.07;ReadPosRankSum=0.764;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:107,59:133:99:1212,0,2372 chrVI 9029 . C CT 749.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.087;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=139.8510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.51;MQ0=12;MQRankSum=1.559;QD=13.16;RPA=3,4;RU=T;ReadPosRankSum=-0.331;SB=-1.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,37:42:99:789,0,122 chrVI 11068 . CT C 2225.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.838;DP=211;FS=9.159;HaplotypeScore=565.1751;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.77;MQ0=9;MQRankSum=1.396;QD=10.55;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=-1.030;SB=-7.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:68,143:182:99:2268,163,0 chrVI 12474 . G GTA 881.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.914;DP=150;DS;FS=19.105;HaplotypeScore=470.6622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.86;MQ0=37;MQRankSum=2.368;QD=5.88;RPA=5,6;RU=TA;ReadPosRankSum=-2.269;SB=-1.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,67:106:99:921,0,1306 chrVI 12778 . G GA 145.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=41.0836;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=13.13;MQ0=18;QD=5.01;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,18:5:15:187,15,0 chrVI 14914 . G GC 497.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=159.7141;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.01;MQ0=0;QD=24.90;RPA=2,3;RU=C;SB=-2.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:17:51:540,51,0 chrVI 16488 . CCGT C 224.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;HaplotypeScore=225.2785;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.58;MQ0=0;QD=44.85;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:266,15,0 chrVI 16522 . AT A 265.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=432.9212;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.99;MQ0=0;QD=26.60;RPA=2,1;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,9:10:27:308,27,0 chrVI 16546 . TTA T 518.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=449.4788;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.50;MQ0=0;QD=39.92;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39:561,39,0 chrVI 16559 . A AT 342.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=467.0259;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.50;MQ0=0;QD=26.38;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39:385,39,0 chrVI 16574 . GT G 186.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=482.5806;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.50;MQ0=0;QD=14.38;RPA=10,9;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,11:13:33:229,33,0 chrVI 16585 . CCT C 374.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=365.3474;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.21;MQ0=0;QD=34.09;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33:417,33,0 chrVI 16707 . TC T 297.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=434.1442;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.31;MQ0=0;QD=21.28;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42:340,42,0 chrVI 16709 . TA T 291.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=434.7284;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.31;MQ0=0;QD=20.85;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42:334,42,0 chrVI 16772 . AGTAGT A 864.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=407.0584;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.70;MQ0=0;QD=57.66;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,12:15:45:907,45,0 chrVI 18732 . GC G 1755.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.680;DP=69;FS=5.185;HaplotypeScore=653.9727;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.86;MQ0=0;MQRankSum=1.260;QD=25.45;RPA=7,6;RU=C;ReadPosRankSum=1.417;SB=-5.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,65:69:99:1798,177,0 chrVI 18749 . A AT 1881.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=659.5665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.49;MQ0=0;QD=26.51;RPA=3,4;RU=T;SB=-5.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,66:71:99:1924,201,0 chrVI 19695 . GC G 1593.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=127.5870;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.06;MQ0=0;QD=36.23;SB=-7.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1636,132,0 chrVI 20484 . T TATA 1859.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=307.6447;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.07;MQ0=0;QD=45.36;SB=-5.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,33:41:99:1902,114,0 chrVI 20503 . T TCATCAATTTC 3847 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=231.9569;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.43;MQ0=0;QD=113.15;SB=-1.683e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,28:34:99:3847,99,0 chrVI 20630 . A ATT 669.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=166.8495;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.61;MQ0=0;QD=25.77;RPA=4,6;RU=T;SB=-3.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,19:25:57:712,57,0 chrVI 20729 . T TG 1359.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=364.1181;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.05;MQ0=0;QD=34.00;SB=-4.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:1402,117,0 chrVI 20836 . G GA 1632.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=418.6585;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.10;MQ0=0;QD=23.33;RPA=4,5;RU=A;SB=-8.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,61:70:99:1675,183,0 chrVI 22967 . TTATGA T 4373 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=233.5327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.84;MQ0=0;QD=67.28;SB=-2.013e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,63:65:99:4373,190,0 chrVI 27175 . A AT 2377.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=25.4669;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.79;MQ0=0;QD=33.49;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.068e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2420,214,0 chrVI 27549 . T TTCTACAACTAAC 3897 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=96.1508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.16;MQ0=0;QD=121.78;SB=-1.776e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,19:32:93:3897,93,0 chrVI 27969 . A AT 1510.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=227.7535;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.61;MQ0=0;QD=25.61;RPA=5,6;RU=T;SB=-4.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:59:99:1553,174,0 chrVI 30997 . C CT,CTT 2644.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.662;DP=135;FS=5.295;HaplotypeScore=365.3825;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.52;MQ0=1;MQRankSum=-0.022;QD=19.59;RPA=11,12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.260;SB=-1.080e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:23,49,62:134:99:2723,1154,905,863,0,725 chrVI 31532 . AT A 1816.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.637;DP=119;FS=2.889;HaplotypeScore=1015.7561;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.88;MQ0=0;MQRankSum=0.724;QD=15.27;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.165;SB=-8.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,90:119:99:1859,238,0 chrVI 31615 . AT A 2192.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=823.0510;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.02;MQ0=0;QD=21.09;RPA=7,6;RU=T;SB=-7.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,97:104:99:2235,290,0 chrVI 32009 . TA T 3106.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=167;FS=0.000;HaplotypeScore=466.7975;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.91;MQ0=0;QD=18.60;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.501e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,142:167:99:3149,424,0 chrVI 32355 . A AC 4783 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=92.2336;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.50;MQ0=0;QD=31.26;RPA=1,2;RU=C;SB=-1.336e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,148:153:99:4783,447,0 chrVI 32971 . AT A 3626 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=970.0162;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.00;MQ0=0;QD=28.55;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.601e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,118:127:99:3626,355,0 chrVI 36663 . A AT 1028.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.281;DP=136;FS=4.261;HaplotypeScore=167.3546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.186;QD=7.57;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.379;SB=-4.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,59:136:99:1068,0,982 chrVI 42653 . CT C 662.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.023;DP=116;FS=7.265;HaplotypeScore=410.7073;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.524;QD=5.72;RPA=7,6;RU=T;ReadPosRankSum=-0.484;SB=-2.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,46:116:99:702,0,1439 chrVI 44418 . GT G 1672.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;DP=120;FS=5.788;HaplotypeScore=47.5367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQ0=0;MQRankSum=1.822;QD=13.94;ReadPosRankSum=1.255;SB=-8.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,59:120:99:1712,0,1854 chrVI 47992 . CTA C 4887 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=1090.0869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.77;MQ0=0;QD=43.25;SB=-1.542e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,111:113:99:4887,334,0 chrVI 51261 . C CA 784.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.462;DP=101;FS=6.923;HaplotypeScore=366.4553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.630;QD=7.77;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=1.188;SB=-2.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,42:101:99:824,0,1118 chrVI 54451 . AT A 781.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.127;DP=120;FS=1.621;HaplotypeScore=677.0394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.551;QD=6.52;ReadPosRankSum=0.205;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,43:120:99:821,0,2224 chrVI 54493 . AG A 2882.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.110;DP=126;FS=3.874;HaplotypeScore=522.6336;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=0.090;QD=22.88;ReadPosRankSum=0.830;SB=-1.253e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,100:126:99:2925,350,0 chrVI 55234 . TC T 1356.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.401;DP=142;FS=5.524;HaplotypeScore=465.6143;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=0.370;QD=9.56;RPA=4,3;RU=C;ReadPosRankSum=0.510;SB=-4.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,58:142:99:1396,0,1817 chrVI 56002 . G GT 1067.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.894;DP=128;FS=2.279;HaplotypeScore=310.4525;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.824;QD=8.34;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=-1.141;SB=-4.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,53:128:99:1107,0,1425 chrVI 56188 . C CAAGGAAA 5138 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.151;DP=145;FS=0.669;HaplotypeScore=180.6897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=1.505;QD=35.43;RPA=2,3;RU=AAGGAAA;ReadPosRankSum=0.207;SB=-1.788e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,60:145:99:5138,0,4697 chrVI 57943 . A AT 3332 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=305.0457;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.67;MQ0=1;QD=25.63;RPA=5,6;RU=T;SB=-8.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,125:129:99:3332,375,0 chrVI 57967 . TAA TAAA,T 1785.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.095;DP=133;FS=1.562;HaplotypeScore=507.5554;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.39;MQ0=1;MQRankSum=-0.054;QD=13.43;RPA=14,15,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.946;SB=-8.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:67,0,37:131:99:1864,1315,1700,705,0,1589 chrVI 58005 . GATATATATATATATAT G,GATATATATATAT 2635.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.207;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=297.3130;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=49.81;MQ0=0;MQRankSum=1.051;QD=32.54;RPA=13,5,11;RU=AT;ReadPosRankSum=-0.740;SB=-3.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:53,11,0:80:99:2714,692,2728,1610,0,1544 chrVI 62967 . T TA 1021.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.693;DP=126;FS=4.169;HaplotypeScore=505.7609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=1.203;QD=8.11;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=3.098;SB=-1.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,51:126:99:1061,0,1495 chrVI 63949 . T TA 3907 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=66.7812;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.77;MQ0=0;QD=26.22;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.948e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,144:149:99:3907,431,0 chrVI 68948 . CATATAT C 2821.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.750;DP=122;FS=0.835;HaplotypeScore=370.7012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.00;MQ0=0;MQRankSum=1.191;QD=23.13;RPA=10,7;RU=AT;ReadPosRankSum=0.706;SB=-9.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,53:121:99:2861,0,2050 chrVI 69076 . T TTC 1629.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.516;DP=104;FS=1.574;HaplotypeScore=87.0282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=1;MQRankSum=-0.238;QD=15.67;RPA=1,2;RU=TC;ReadPosRankSum=-1.619;SB=-7.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,48:103:99:1669,0,1959 chrVI 73357 . G GTTATTATTA 3014.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=143.0439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.48;MQ0=0;QD=36.32;RPA=9,12;RU=TTA;SB=-1.255e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,46:83:99:3057,138,0 chrVI 74592 . G GTA,GTATATA 5386 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.055;DP=147;FS=4.067;HaplotypeScore=79.5582;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.09;MQ0=0;MQRankSum=0.605;QD=36.64;RPA=6,7,9;RU=TA;ReadPosRankSum=-0.577;SB=-2.060e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:31,75,36:146:99:5386,2482,2142,1918,0,2660 chrVI 74705 . C CA 701.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.007;DP=104;FS=3.009;HaplotypeScore=33.0748;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.863;QD=6.75;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=1.168;SB=-2.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,34:104:99:741,0,951 chrVI 74843 . GA G 1480.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.157;DP=148;FS=1.658;HaplotypeScore=1561.4712;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.35;MQ0=0;MQRankSum=-3.749;QD=10.01;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=-0.616;SB=-2.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,75:148:99:1520,0,169 chrVI 74992 . TA T 2169.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.185;DP=161;FS=15.819;HaplotypeScore=429.0240;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.16;MQ0=1;MQRankSum=-0.301;QD=13.48;ReadPosRankSum=0.079;SB=-4.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,68:160:99:2209,0,2689 chrVI 75085 . C CTTGTCTTCTT 8608 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=822.1611;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.12;MQ0=0;QD=76.18;RPA=1,2;RU=TTGTCTTCTT;SB=-3.772e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:58,54:113:99:8608,274,0 chrVI 76002 . TC T 3214.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.709;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=1128.5926;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.398;QD=21.58;ReadPosRankSum=1.709;SB=-1.456e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,138:149:99:3257,424,0 chrVI 76007 . TTTTCT T 7354 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=767.3497;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.04;MQ0=0;QD=46.25;SB=-3.043e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,0:159:99:7354,419,0 chrVI 76169 . AT A 2215.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=535.9731;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.90;MQ0=0;QD=14.97;RPA=10,9;RU=T;SB=-7.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:52,96:148:99:2258,301,0 chrVI 76624 . TC T 1717.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.138;DP=140;FS=6.640;HaplotypeScore=161.5610;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=1.468;QD=12.27;RPA=5,4;RU=C;ReadPosRankSum=-1.787;SB=-7.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,72:140:99:1757,0,1270 chrVI 78010 . CATAT C,CAT 1826.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.405;DP=92;FS=9.870;HaplotypeScore=297.0816;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.292;QD=19.86;RPA=12,10,11;RU=AT;ReadPosRankSum=-1.776;SB=-5.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:40,32,1:92:99:1905,535,535,905,0,800 chrVI 83969 . T TAA 1075.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.790;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=67.3975;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=0.052;QD=10.98;RPA=9,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.332;SB=-5.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,41:98:99:1115,0,1346 chrVI 84337 . CA C 1104.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.953;DP=114;FS=3.492;HaplotypeScore=125.3314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.026;QD=9.69;RPA=7,6;RU=A;ReadPosRankSum=0.062;SB=-4.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,64:114:99:1144,0,907 chrVI 87585 . TA T 869.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.109;DP=148;FS=1.405;HaplotypeScore=142.1309;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.336;QD=5.88;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=1.116;SB=-3.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,60:148:99:909,0,1480 chrVI 87695 . G GT 1221.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.409;DP=132;FS=2.271;HaplotypeScore=233.8048;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.954;QD=9.26;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.038;SB=-5.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,67:132:99:1261,0,953 chrVI 91775 . G GAAT 3694 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.039;DP=154;FS=1.293;HaplotypeScore=87.9110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQ0=0;MQRankSum=0.611;QD=23.99;ReadPosRankSum=-0.994;SB=-1.406e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,77:154:99:3694,0,3295 chrVI 92733 . AT A 289.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.314;DP=94;FS=2.342;HaplotypeScore=276.8494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.06;MQ0=0;MQRankSum=-1.712;QD=3.08;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=1.842;SB=-1.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,25:92:99:329,0,1350 chrVI 95020 . A AG 1397.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.439;DP=154;FS=2.701;HaplotypeScore=448.2818;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.176;QD=9.08;RPA=5,6;RU=G;ReadPosRankSum=0.400;SB=-2.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,68:154:99:1437,0,1747 chrVI 95067 . G GAT,GATATATAT 3681 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.368;DP=132;FS=2.922;HaplotypeScore=322.7675;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.35;MQ0=0;MQRankSum=0.393;QD=27.89;RPA=7,8,11;RU=AT;ReadPosRankSum=-0.140;SB=-1.807e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:79,34,13:132:99:3681,1707,1499,1463,0,2650 chrVI 95240 . A AG 1168.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.017;DP=103;FS=0.732;HaplotypeScore=60.5428;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.270;QD=11.35;ReadPosRankSum=-0.810;SB=-5.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,43:103:99:1208,0,1603 chrVI 95460 . AT ATT,A 2374.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.458;DP=168;FS=3.635;HaplotypeScore=139.4568;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.343;QD=14.14;RPA=13,14,12;RU=T;ReadPosRankSum=2.521;SB=-7.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:38,7,71:168:99:2453,1197,1584,1537,0,2073 chrVI 95734 . GAAGAT G 3860 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.577;DP=201;FS=4.919;HaplotypeScore=76.0828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=1;MQRankSum=1.156;QD=19.20;RPA=4,3;RU=AAGAT;ReadPosRankSum=1.163;SB=-1.700e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:127,72:199:99:3860,0,4768 chrVI 96024 . C CATAT 2245.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.660;DP=183;FS=3.930;HaplotypeScore=277.4304;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=2.142;QD=12.27;RPA=6,8;RU=AT;ReadPosRankSum=-0.753;SB=-5.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:126,55:183:99:2285,0,2536 chrVI 96701 . A ACAAGTG 4937 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.133;DP=179;FS=10.791;HaplotypeScore=263.8553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=2.149;QD=27.58;RPA=1,2;RU=CAAGTG;ReadPosRankSum=1.396;SB=-1.848e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:106,71:179:99:4937,0,5772 chrVI 97505 . CAA C 1740.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.518;DP=150;FS=3.287;HaplotypeScore=380.7352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.17;MQ0=0;MQRankSum=-2.707;QD=11.61;RPA=12,10;RU=A;ReadPosRankSum=5.278;SB=-4.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,70:150:99:1780,0,1772 chrVI 97617 . TA TAA,T 1300.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.579;DP=144;FS=5.380;HaplotypeScore=311.1025;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.663;QD=9.03;RPA=16,17,15;RU=A;ReadPosRankSum=0.334;SB=-3.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:85,2,34:144:99:1379,606,917,869,0,1418 chrVI 97864 . C CTT 1337.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.275;DP=127;FS=1.594;HaplotypeScore=132.9815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=1.573;QD=10.54;RPA=10,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.886;SB=-3.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,50:127:99:1377,0,1537 chrVI 98681 . CCTCATAATACCA C 6555 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.600;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=860.0903;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.73;MQ0=0;MQRankSum=-6.649;QD=61.26;ReadPosRankSum=3.129;SB=-3.007e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,48:107:99:6555,0,5452 chrVI 98707 . G GGATGACCTGTC 11414 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=1326.4285;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.66;MQ0=0;QD=93.56;SB=-5.681e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:79,42:121:99:11414,316,0 chrVI 98766 . AT A 1933.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=851.4141;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.48;MQ0=0;QD=18.60;RPA=11,10;RU=T;SB=-6.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,93:103:99:1976,282,0 chrVI 99153 . C CAAAA,CAA 1483.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=117.3649;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.45;MQ0=0;QD=23.19;RPA=17,21,19;RU=A;SB=-1.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:17,30,6:64:99:1562,266,164,609,0,471 chrVI 100385 . ACAGGTG A 3640 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.618;DP=104;FS=0.734;HaplotypeScore=519.2905;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.086;QD=35.00;ReadPosRankSum=-0.492;SB=-1.528e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,54:104:99:3640,0,2898 chrVI 100391 . G GA 1083.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-6.877;DP=101;FS=24.609;HaplotypeScore=777.0832;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=2.683;QD=10.73;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.005;SB=-4.308e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:59,42:101:60:1126,60,0 chrVI 101021 . GC G 1657.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.225;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=175.5796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.04;MQ0=0;MQRankSum=1.877;QD=12.66;ReadPosRankSum=1.473;SB=-7.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,56:131:99:1697,0,2231 chrVI 101478 . CCT C 1169.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.460;DP=108;FS=7.964;HaplotypeScore=327.6988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.17;MQ0=0;MQRankSum=-3.498;QD=10.83;ReadPosRankSum=0.812;SB=-4.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,30:108:99:1209,0,2243 chrVI 101499 . C CA 745.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.871;DP=98;FS=7.848;HaplotypeScore=418.6450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.88;MQ0=0;MQRankSum=-2.837;QD=7.61;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=2.358;SB=-3.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,31:98:99:785,0,1788 chrVI 103252 . A AT 1241.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.645;DP=127;FS=1.494;HaplotypeScore=180.6153;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.032;QD=9.78;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=2.241;SB=-3.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,55:127:99:1281,0,1802 chrVI 103935 . TTATA T,TTATATA 2768.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=275.5601;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.18;MQ0=0;QD=27.42;RPA=9,7,10;RU=TA;SB=-1.215e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:27,44,0:101:99:2847,808,1933,2220,0,2792 chrVI 104558 . CAAA C 1038.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.196;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=178.5315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.30;MQ0=0;MQRankSum=4.864;QD=10.94;RPA=14,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.268;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,35:94:99:1078,0,1285 chrVI 106277 . CTT C 727.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.867;DP=127;FS=3.835;HaplotypeScore=260.3287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.55;MQ0=0;MQRankSum=1.501;QD=5.73;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=6.478;SB=-1.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,26:127:99:767,0,1122 chrVI 106419 . TA T 1051.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.612;DP=127;FS=6.058;HaplotypeScore=240.7879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.401;QD=8.28;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=0.766;SB=-2.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,65:127:99:1091,0,1140 chrVI 106582 . GA G 1116.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.578;DP=135;FS=8.201;HaplotypeScore=466.4553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.98;MQ0=0;MQRankSum=3.224;QD=8.27;ReadPosRankSum=-1.589;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,41:135:99:1156,0,2660 chrVI 106604 . A AG 507.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.840;DP=107;FS=4.278;HaplotypeScore=247.0386;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=1.908;QD=4.75;RPA=4,5;RU=G;ReadPosRankSum=-0.472;SB=-1.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,30:107:99:547,0,1542 chrVI 106842 . A AG 903.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.374;DP=117;FS=0.759;HaplotypeScore=409.0590;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=1.363;QD=7.73;RPA=5,6;RU=G;ReadPosRankSum=2.276;SB=-3.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,43:117:99:943,0,1400 chrVI 106881 . GGGAAAA G 8855 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=207.5506;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.54;MQ0=0;QD=55.69;RPA=4,3;RU=GGAAAA;SB=-3.630e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,129:159:99:8855,394,0 chrVI 107185 . G GA 697.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.445;DP=124;FS=0.734;HaplotypeScore=241.1899;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=2.145;QD=5.63;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.552;SB=-2.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,42:124:99:737,0,1153 chrVI 107683 . C CA 950.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.430;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=497.2972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.61;MQ0=0;MQRankSum=0.299;QD=6.89;ReadPosRankSum=-1.184;SB=-4.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,53:137:99:990,0,2156 chrVI 107834 . T TTC 2647.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.208;DP=215;DS;FS=106.146;HaplotypeScore=1338.7118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.16;MQ0=0;MQRankSum=-4.902;QD=12.32;ReadPosRankSum=6.814;SB=-6.500e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:142,71:214:99:2687,0,3961 chrVI 110299 . TCAGC T 2406.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.364;DP=115;FS=12.270;HaplotypeScore=177.1425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.269;QD=20.93;RPA=2,1;RU=CAGC;ReadPosRankSum=0.559;SB=-1.037e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,49:115:99:2446,0,3442 chrVI 111477 . A AT 524.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=96.4377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.076;QD=4.77;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=-0.367;SB=-2.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,39:110:99:564,0,811 chrVI 111733 . C CCTCAT 2161.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.004;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=194.2705;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQ0=1;MQRankSum=-0.840;QD=18.96;RPA=2,3;RU=CTCAT;ReadPosRankSum=-0.918;SB=-8.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,38:113:99:2201,0,3306 chrVI 112326 . C CA 690.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.295;DP=110;FS=1.686;HaplotypeScore=396.7271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.426;QD=6.28;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.034;SB=-3.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,39:110:99:730,0,991 chrVI 114106 . G GA 1334.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.071;DP=155;FS=5.048;HaplotypeScore=522.3913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=0.118;QD=8.61;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=2.885;SB=-6.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,75:155:99:1374,0,818 chrVI 114117 . T TA 886.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.947;DP=147;FS=1.379;HaplotypeScore=592.2634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.280;QD=6.03;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.883;SB=-4.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:101,44:147:99:926,0,933 chrVI 115151 . AACCCACCAGCATCATCAAATCCGCCGTCGG A 4262 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=271.7728;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.71;MQ0=0;QD=36.43;SB=-1.278e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,70:117:99:4262,210,0 chrVI 115759 . TG T 1534.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.303;DP=124;FS=0.659;HaplotypeScore=175.4076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.133;QD=12.38;RPA=3,2;RU=G;ReadPosRankSum=-1.568;SB=-7.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,64:124:99:1574,0,1399 chrVI 116056 . T TTCTC 2111.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.896;DP=122;FS=3.637;HaplotypeScore=274.8905;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=1;MQRankSum=0.933;QD=17.31;RPA=2,4;RU=TC;ReadPosRankSum=-0.465;SB=-9.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,50:121:99:2151,0,2453 chrVI 118644 . AG A 2110.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=427.4096;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=27.42;RPA=3,2;RU=G;SB=-7.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,74:77:99:2153,222,0 chrVI 118895 . G GT 1056.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.526;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=114.2201;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=1.922;QD=9.97;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=0.465;SB=-5.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,50:106:99:1096,0,949 chrVI 119125 . AC A 1322.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.737;DP=143;FS=4.002;HaplotypeScore=1009.5132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.18;MQ0=0;MQRankSum=3.659;QD=9.25;ReadPosRankSum=2.398;SB=-4.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,64:143:99:1362,0,438 chrVI 119126 . CTAG C 6506 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=533.9045;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.30;MQ0=0;QD=45.82;SB=-2.836e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:66,73:142:99:6506,412,0 chrVI 119127 . TAGT T 6506 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=528.3728;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.55;MQ0=0;QD=46.81;SB=-2.836e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:75,0:139:99:6506,412,0 chrVI 119284 . GA G 1586.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.083;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=669.3024;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=13.80;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=2.266;SB=-5.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,80:115:99:1629,237,0 chrVI 131288 . T TA 3078.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=142.1794;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.09;MQ0=0;QD=25.24;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.245e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,120:122:99:3121,360,0 chrVI 134762 . A AT 876.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.680;DP=122;FS=5.807;HaplotypeScore=202.5162;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQ0=0;MQRankSum=0.519;QD=7.19;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.225;SB=-4.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,51:122:99:916,0,1030 chrVI 137267 . G GCCTT 2881.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.555;DP=99;FS=8.370;HaplotypeScore=124.3136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQ0=0;MQRankSum=3.460;QD=29.11;RPA=1,2;RU=CCTT;ReadPosRankSum=0.958;SB=-1.333e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,54:99:99:2921,0,2086 chrVI 137911 . T TACATA 1162.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.722;DP=34;FS=10.792;HaplotypeScore=308.7612;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.28;MQ0=3;MQRankSum=1.589;QD=34.21;ReadPosRankSum=1.300;SB=-3.404e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,6:27:24:1205,24,0 chrVI 138171 . A AT 152.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=167.1307;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=10.51;MQ0=40;QD=3.24;RPA=1,2;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,20:6:18:194,18,0 chrVI 138196 . T TA 129.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=134.1485;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=11.29;MQ0=28;QD=3.92;RPA=1,2;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,5:5:15:171,15,0 chrVI 143798 . A AT 304.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.850;DP=38;FS=21.461;HaplotypeScore=429.9533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.89;MQ0=22;MQRankSum=-1.880;QD=8.03;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=1.273;SB=-1.815e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,12:16:90:344,0,90 chrVI 143823 . T TA 192.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.637;DP=17;FS=17.404;HaplotypeScore=446.6790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.90;MQ0=2;MQRankSum=-1.239;QD=11.35;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=-0.929;SB=0.412;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,8:15:92:232,0,92 chrVI 147039 . GA G 1747.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.367;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=456.9143;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.03;MQ0=0;MQRankSum=-3.868;QD=12.67;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.579;SB=-4.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,68:138:99:1787,0,1691 chrVI 147079 . T TTG 1766.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.949;DP=126;FS=1.627;HaplotypeScore=560.6401;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.94;MQ0=0;MQRankSum=-5.180;QD=14.02;ReadPosRankSum=-0.864;SB=-6.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,46:126:99:1806,0,2041 chrVI 148490 . T TA 832.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.972;DP=73;FS=10.911;HaplotypeScore=380.0258;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.38;MQ0=0;MQRankSum=-2.237;QD=11.41;ReadPosRankSum=0.746;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,30:73:99:872,0,1395 chrVI 148578 . TA T 916.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=660.8102;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.18;MQ0=0;QD=17.98;RPA=7,6;RU=A;SB=-3.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,36:51:99:959,123,0 chrVI 148941 . C CT 325.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.822;DP=64;FS=1.413;HaplotypeScore=136.3073;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.270;QD=5.09;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.625;SB=-4.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,25:64:99:365,0,512 chrVI 149845 . CT C 1897.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.542;DP=173;FS=1.621;HaplotypeScore=748.6326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=0.451;QD=10.97;ReadPosRankSum=1.164;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,67:173:99:1937,0,2848 chrVI 152568 . CTA C 1941.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.015;DP=138;FS=3.265;HaplotypeScore=58.8101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.235;QD=14.07;RPA=3,2;RU=TA;ReadPosRankSum=1.486;SB=-8.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,65:138:99:1981,0,1735 chrVI 153292 . C CTTTA 3170.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.062;DP=124;FS=1.462;HaplotypeScore=515.3153;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.43;MQ0=0;MQRankSum=0.218;QD=25.57;RPA=1,2;RU=TTTA;ReadPosRankSum=-0.696;SB=-1.412e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,62:124:99:3210,0,2932 chrVI 155985 . GTTT G 2959.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=73.1133;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.07;MQ0=0;QD=25.08;RPA=16,13;RU=T;SB=-1.242e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,74:117:99:3002,252,0 chrVI 157760 . CT C 1395.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=132.9011;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.69;MQ0=0;QD=17.90;RPA=8,7;RU=T;SB=-7.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,64:78:99:1438,191,0 chrVI 157816 . AT A 1399.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=695.4190;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.29;MQ0=0;QD=19.72;RPA=8,7;RU=T;SB=-5.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,64:71:99:1442,191,0 chrVI 157828 . A ATCT 2826.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=562.5854;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.45;MQ0=0;QD=42.83;RPA=1,2;RU=TCT;SB=-1.216e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,56:66:99:2869,178,0 chrVI 157896 . C CT 2218.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=787.8234;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.84;MQ0=0;QD=31.25;SB=-5.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:70:99:2261,207,0 chrVI 159212 . G GA 3360 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=469.8921;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.10;MQ0=0;QD=26.05;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.215e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,126:129:99:3360,378,0 chrVI 160471 . A ATTAT 2452.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.666;DP=113;FS=2.506;HaplotypeScore=184.2910;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.730;QD=21.71;ReadPosRankSum=-0.066;SB=-1.122e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,48:113:99:2492,0,3082 chrVI 160576 . ACAG A 1424.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.819;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=303.8133;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.58;MQ0=0;MQRankSum=1.498;QD=10.96;RPA=7,6;RU=CAG;ReadPosRankSum=0.742;SB=-6.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,43:130:99:1464,0,1410 chrVI 161459 . G GA 4292 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=446.2565;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.77;MQ0=0;QD=33.27;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.542e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,126:129:99:4292,388,0 chrVI 161527 . CA C 2567.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=504.4642;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.21;MQ0=0;QD=25.68;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.278e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,88:100:99:2610,279,0 chrVI 161592 . AT A 724.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.805;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=310.4392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=1.537;QD=9.80;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=-0.490;SB=-2.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:74:99:764,0,807 chrVI 161715 . A AT 2771.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=65.1970;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.96;MQ0=0;QD=25.91;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.232e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,102:107:99:2814,306,0 chrVI 161883 . C CTT 3769 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=515.3236;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.60;MQ0=0;QD=36.95;RPA=1,3;RU=T;SB=-1.658e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,96:93:99:3769,265,0 chrVI 162419 . A AG 2774.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=177.1798;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=34.26;SB=-1.342e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:81:99:2817,244,0 chrVI 164820 . CT C 587.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.529;DP=135;FS=3.508;HaplotypeScore=149.3994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.285;QD=4.36;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.180;SB=-1.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,49:135:99:627,0,1440 chrVI 167381 . AAT A 875.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.015;DP=96;FS=11.140;HaplotypeScore=396.4772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.54;MQ0=0;MQRankSum=-3.415;QD=9.12;RPA=6,5;RU=AT;ReadPosRankSum=-0.642;SB=-1.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,35:96:99:915,0,903 chrVI 167855 . ATT ATTT,A 1778.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=211.2824;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.26;MQ0=0;QD=19.34;RPA=12,13,10;RU=T;SB=-7.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:16,0,41:92:99:1857,1227,1412,845,0,1483 chrVI 168334 . GATCCT G 2235.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.196;DP=89;FS=0.794;HaplotypeScore=1226.6511;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.02;MQ0=0;MQRankSum=-3.410;QD=25.12;ReadPosRankSum=5.456;SB=-1.003e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,44:89:99:2275,0,1636 chrVI 168340 . GTTACTTTGCATGCACCGTGA G 8809 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.952;DP=80;FS=12.397;HaplotypeScore=535.1924;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.46;MQ0=0;MQRankSum=0.609;QD=110.11;ReadPosRankSum=5.353;SB=-3.564e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,42:80:99:8809,0,956 chrVI 168886 . A AAT 2153.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.436;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=171.6466;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=2.462;QD=19.06;ReadPosRankSum=-3.531;SB=-6.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,45:113:99:2193,0,119 chrVI 169659 . AGGTATGGC A 7808 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=1049.2831;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.95;MQ0=0;QD=68.49;RPA=2,1;RU=GGTATGGC;SB=-3.681e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:62,52:114:99:7808,259,0 chrVI 169660 . GGTATGGCG G 7808 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=1049.2831;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.95;MQ0=0;QD=68.49;RPA=2,1;RU=GTATGGCG;SB=-3.681e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:82,0:114:99:7808,259,0 chrVI 169663 . ATGGCGGTA A 7808 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=1021.6133;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.55;MQ0=0;QD=70.98;RPA=2,1;RU=TGGCGGTA;SB=-3.681e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:73,0:110:99:7808,259,0 chrVI 172412 . TA T 2158.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=157.4360;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.01;MQ0=0;QD=17.99;RPA=10,9;RU=A;SB=-8.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,97:120:99:2201,310,0 chrVI 174046 . CTTT C 2239.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.145;DP=183;FS=0.674;HaplotypeScore=335.3117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.31;MQ0=1;MQRankSum=-1.894;QD=12.24;RPA=15,12;RU=T;ReadPosRankSum=4.935;SB=-1.057e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:118,56:181:99:2279,0,2418 chrVI 174112 . AAC A 2013.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.284;DP=125;FS=3.917;HaplotypeScore=329.3398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.19;MQ0=0;MQRankSum=-2.709;QD=16.11;RPA=2,1;RU=AC;ReadPosRankSum=-1.051;SB=-5.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,56:125:99:2053,0,1770 chrVI 176506 . AG A 1819.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.683;DP=177;FS=1.227;HaplotypeScore=399.3794;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=1;MQRankSum=1.058;QD=10.28;ReadPosRankSum=1.009;SB=-6.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:109,67:176:99:1859,0,2907 chrVI 179312 . TTTCTTCTTCTTCTTC T,TTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTC 11424 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=50.2934;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=44.46;MQ0=0;QD=89.25;RPA=10,5,16;RU=TTC;SB=-2.986e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:52,58,0:128:99:11424,4338,10192,7306,0,9843 chrVI 180960 . CT C 1395.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.818;DP=95;FS=3.983;HaplotypeScore=338.6605;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.93;MQ0=0;MQRankSum=-2.053;QD=14.69;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=0.819;SB=-5.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,53:95:99:1435,0,1024 chrVI 181927 . A AAC 2731.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.189;DP=146;FS=0.624;HaplotypeScore=181.4398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=1.750;QD=18.71;ReadPosRankSum=0.309;SB=-1.374e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,77:146:99:2771,0,1882 chrVI 182885 . T TGTGCGTGTGTGC 7482 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.506;DP=143;FS=5.419;HaplotypeScore=184.6536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.46;MQ0=1;MQRankSum=-5.459;QD=52.32;ReadPosRankSum=0.201;SB=-3.136e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,58:142:99:7482,0,4989 chrVI 184282 . TC T 1574.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.505;DP=160;FS=16.930;HaplotypeScore=643.2877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.97;MQ0=0;MQRankSum=-7.425;QD=9.84;RPA=5,4;RU=C;ReadPosRankSum=-0.664;SB=-4.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,69:160:99:1614,0,1824 chrVI 191370 . C CT 471.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.334;DP=104;FS=1.842;HaplotypeScore=598.8655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.22;MQ0=0;MQRankSum=0.021;QD=4.54;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.284;SB=-2.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,38:92:99:511,0,1022 chrVI 191469 . GTTT G 2349.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=490.2988;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.65;MQ0=0;QD=36.72;SB=-1.130e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,57:46:99:2392,138,0 chrVI 191499 . T TCA 926.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.445;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=296.1670;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.578;QD=17.83;ReadPosRankSum=1.589;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:24:68:969,68,0 chrVI 192522 . GTTTCTATCGTGA G 9749 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=652.0013;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.42;MQ0=0;QD=123.41;SB=-3.555e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,72:79:99:9749,217,0 chrVI 193508 . TA TAA,T 2119.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.710;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=163.1756;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.950;QD=16.56;RPA=11,12,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.610;SB=-1.082e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:15,1,60:128:99:2198,1198,1498,1271,0,1552 chrVI 194362 . T TAA 1784.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.225;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=402.6110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.10;MQ0=0;MQRankSum=3.394;QD=16.08;RPA=3,5;RU=A;ReadPosRankSum=0.690;SB=-8.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,56:111:99:1824,0,1545 chrVI 194606 . ATT A 3731 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=500.2008;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=63.31;MQ0=0;QD=27.23;RPA=12,10;RU=T;SB=-1.577e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,127:137:99:3731,381,0 chrVI 199066 . C CT 936.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.366;DP=110;FS=5.372;HaplotypeScore=87.2962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.575;QD=8.52;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=-0.364;SB=-2.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,41:110:99:976,0,1608 chrVI 199443 . GT G 1183.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.128;DP=129;FS=1.447;HaplotypeScore=784.4259;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.25;MQ0=0;MQRankSum=2.118;QD=9.18;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=1.024;SB=-5.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,68:129:99:1223,0,1084 chrVI 199527 . AT A 2889.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.664;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=743.4395;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.39;MQ0=0;MQRankSum=0.761;QD=26.76;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=1.311;SB=-1.367e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,106:108:99:2932,298,0 chrVI 199735 . GT G 1473.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.014;DP=105;FS=0.734;HaplotypeScore=361.5000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.986;QD=14.04;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=0.966;SB=-7.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,54:105:99:1513,0,1355 chrVI 204889 . AG A 2778.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=659.3708;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.30;MQ0=0;QD=28.95;SB=-7.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:94:99:2821,249,0 chrVI 204901 . CAA C 2657.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=650.8382;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.27;MQ0=0;QD=32.81;RPA=8,6;RU=A;SB=-7.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,79:81:99:2700,244,0 chrVI 205945 . G GC 1063.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.650;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=251.9334;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.568;QD=24.18;RPA=3,4;RU=C;ReadPosRankSum=1.320;SB=-5.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,42:44:99:1106,122,0 chrVI 206719 . T TA 3696 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=445.8177;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.63;MQ0=0;QD=32.14;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.299e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,101:115:99:3696,343,0 chrVI 206951 . GA G 2020.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=429.1129;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.25;MQ0=0;QD=16.70;RPA=9,8;RU=A;SB=-9.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,95:121:99:2063,283,0 chrVI 208384 . G GAT 1014.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.182;DP=110;FS=12.723;HaplotypeScore=40.3168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=0.555;QD=9.23;RPA=7,8;RU=AT;ReadPosRankSum=0.370;SB=-4.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,39:109:27:1054,0,27 chrVI 220316 . A AG 1402.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.089;DP=158;FS=4.165;HaplotypeScore=80.1493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQ0=1;MQRankSum=2.146;QD=8.88;RPA=6,7;RU=G;ReadPosRankSum=-0.260;SB=-6.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,69:157:99:1442,0,1512 chrVI 221489 . T TA 1331.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.097;DP=192;FS=4.436;HaplotypeScore=337.2926;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQ0=0;MQRankSum=0.935;QD=6.94;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.703;SB=-6.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:108,78:192:99:1371,0,1658 chrVI 221876 . GA G 544.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.597;DP=94;FS=2.957;HaplotypeScore=58.3172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.036;QD=5.80;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=1.372;SB=-2.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,38:94:99:584,0,855 chrVI 222196 . ACTGGCG A 3577 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.870;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=63.9766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=1.496;QD=23.53;RPA=3,2;RU=CTGGCG;ReadPosRankSum=-0.134;SB=-1.279e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,58:152:99:3577,0,4770 chrVI 223119 . G GAAAATTAAAAGA 4534 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.134;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=105.7593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.59;MQ0=0;MQRankSum=-3.342;QD=39.09;ReadPosRankSum=-0.435;SB=-2.141e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,36:116:99:4534,0,5294 chrVI 224009 . C CA 1618.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.903;DP=198;FS=1.542;HaplotypeScore=462.9547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.205;QD=8.18;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.314;SB=-2.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:127,71:198:99:1658,0,1456 chrVI 224587 . A ATCTTTG 3191.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.469;DP=139;FS=7.825;HaplotypeScore=418.4983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.002;QD=22.96;ReadPosRankSum=1.007;SB=-1.182e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,47:139:99:3231,0,4728 chrVI 224892 . A AGTAG 6039 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.600;DP=234;FS=0.000;HaplotypeScore=356.3833;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=0.180;QD=25.81;RPA=1,2;RU=GTAG;ReadPosRankSum=-2.024;SB=-1.631e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:138,94:234:99:6039,0,5028 chrVI 224997 . A AG 5617 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=297.7125;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.16;MQ0=0;QD=34.89;SB=-2.803e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,155:161:99:5617,463,0 chrVI 226131 . CAA C 1310.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.677;DP=122;FS=11.212;HaplotypeScore=300.0675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.399;QD=10.75;RPA=15,13;RU=A;ReadPosRankSum=2.257;SB=-5.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,57:122:99:1350,0,835 chrVI 226657 . AT A 892.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.565;DP=157;FS=7.907;HaplotypeScore=336.3877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=3.388;QD=5.69;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.976;SB=-3.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,64:157:99:932,0,1635 chrVI 226671 . AG A 2050.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.423;DP=160;FS=7.737;HaplotypeScore=229.6547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=0.264;QD=12.82;ReadPosRankSum=-1.319;SB=-7.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,70:160:99:2090,0,2741 chrVI 226790 . AG A 1750.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-5.116;DP=133;FS=11.836;HaplotypeScore=1089.1737;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.38;MQ0=0;MQRankSum=1.483;QD=13.17;ReadPosRankSum=-1.998;SB=-8.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:69,62:133:99:1793,117,0 chrVI 226825 . AT A 3491 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=895.9691;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;QD=22.38;RPA=6,5;RU=T;SB=-8.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,145:156:99:3491,434,0 chrVI 226929 . G GAA 2200.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.529;DP=208;FS=1.792;HaplotypeScore=491.6398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=0.943;QD=10.58;RPA=10,12;RU=A;ReadPosRankSum=-1.937;SB=-8.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:128,68:207:99:2240,0,2560 chrVI 227386 . ATTCACT A 5404 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.332;DP=170;FS=0.625;HaplotypeScore=198.5536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.708;QD=31.79;RPA=2,1;RU=TTCACT;ReadPosRankSum=2.045;SB=-1.996e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,80:170:99:5404,0,5357 chrVI 237134 . C CATA 1240.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.601;DP=105;FS=2.765;HaplotypeScore=140.2030;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.85;MQ0=0;MQRankSum=1.403;QD=11.82;RPA=2,3;RU=ATA;ReadPosRankSum=2.239;SB=-4.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,39:105:99:1280,0,2069 chrVI 237279 . G GTATA 1469.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.472;DP=111;FS=2.975;HaplotypeScore=44.9282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=1.622;QD=13.24;RPA=6,8;RU=TA;ReadPosRankSum=0.637;SB=-7.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,35:111:99:1509,0,2072 chrVI 241524 . C CTT 3227.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.199;DP=116;FS=2.587;HaplotypeScore=73.8092;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.09;MQ0=0;MQRankSum=0.785;QD=27.82;RPA=10,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.692;SB=-1.216e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,99:116:99:3269,252,0 chrVI 242037 . A AC 3762 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=189.6924;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;QD=30.84;RPA=1,2;RU=C;SB=-1.635e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,114:122:99:3762,343,0 chrVI 245165 . ATTT A 1700.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.036;DP=105;FS=0.768;HaplotypeScore=71.8393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.78;MQ0=0;MQRankSum=0.689;QD=16.20;RPA=12,9;RU=T;ReadPosRankSum=3.800;SB=-6.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,49:105:99:1740,0,1770 chrVI 245961 . A AT 569.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.627;DP=92;FS=8.931;HaplotypeScore=258.1646;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=0.213;QD=6.20;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=-2.366;SB=-9.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,29:92:99:609,0,552 chrVI 248918 . AT A 1279.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.840;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=188.9457;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=2.775;QD=7.90;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.151;SB=-5.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,81:162:99:1319,0,1267 chrVI 252064 . T TA 1253.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.532;DP=126;FS=0.683;HaplotypeScore=56.8196;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.963;QD=9.95;RPA=5,6;RU=A;ReadPosRankSum=1.998;SB=-5.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,64:126:99:1293,0,1064 chrVI 255387 . T TA 897.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.172;DP=111;FS=1.599;HaplotypeScore=47.8286;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.009;QD=8.09;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.146;SB=-4.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,51:111:99:937,0,726 chrVI 259471 . AT A 1691.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.091;DP=139;FS=15.766;HaplotypeScore=196.8016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.342;QD=12.17;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=0.661;SB=-6.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,67:139:99:1731,0,1747 chrVI 259616 . A AT 1080.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.519;DP=102;FS=2.582;HaplotypeScore=103.0566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.087;QD=10.60;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=-0.663;SB=-4.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,53:102:99:1120,0,890 chrVI 262244 . C CA 746.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.465;DP=105;FS=1.729;HaplotypeScore=48.7270;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.457;QD=7.11;RPA=14,15;RU=A;ReadPosRankSum=-2.250;SB=-2.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,46:105:99:786,0,546 chrVI 263950 . TA T 1094.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.456;DP=100;FS=2.742;HaplotypeScore=34.3360;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.173;QD=10.95;ReadPosRankSum=0.946;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,47:100:99:1134,0,1452 chrVI 265477 . G GT 1599.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.669;DP=122;FS=3.458;HaplotypeScore=50.5003;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQ0=0;MQRankSum=0.516;QD=13.11;ReadPosRankSum=0.495;SB=-5.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,55:122:99:1639,0,2042 chrVI 268602 . G GA 1133.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.066;DP=92;FS=4.221;HaplotypeScore=98.2228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.163;QD=12.33;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=1.352;SB=-4.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,51:92:99:1173,0,714 chrVII 356 . A AT 154.61 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.696;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=287.8090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.044;QD=15.46;ReadPosRankSum=-1.741;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,9:10:5:193,0,5 chrVII 359 . C CA 148.73 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.696;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=288.7381;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.741;QD=14.87;ReadPosRankSum=-1.741;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,9:10:6:189,6,0 chrVII 362 . A AC 119.09 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.751;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=291.9611;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.751;QD=11.91;RPA=1,2;RU=C;ReadPosRankSum=-0.751;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,8:10:5:159,5,0 chrVII 364 . T TC 182.16 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=285.8452;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.751;QD=18.22;ReadPosRankSum=-0.751;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,8:10:8:223,8,0 chrVII 435 . AC A 1419.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.330;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=580.0282;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.29;MQ0=1;MQRankSum=0.091;QD=28.98;ReadPosRankSum=-1.422;SB=-4.696e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,40:45:49:1462,49,0 chrVII 1519 . CT C 2049.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=11.208;DP=235;DS;FS=4.681;HaplotypeScore=688.3085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.37;MQ0=0;MQRankSum=-2.637;QD=8.72;RPA=6,5;RU=T;ReadPosRankSum=-0.949;SB=-9.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:132,103:235:99:2089,0,2404 chrVII 1730 . G GT 1420.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.556;DP=185;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=424.0302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.251;QD=7.68;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.917;SB=-7.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:105,76:185:99:1460,0,1545 chrVII 1768 . CGG C 4391 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.333;DP=243;DS;FS=0.510;HaplotypeScore=689.4815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.00;MQ0=0;MQRankSum=0.774;QD=18.07;ReadPosRankSum=-1.404;SB=-1.897e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:125,85:243:99:4391,0,2561 chrVII 2259 . AAT A 3009.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.475;DP=159;FS=2.933;HaplotypeScore=715.5918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.35;MQ0=0;MQRankSum=-3.441;QD=18.93;RPA=2,1;RU=AT;ReadPosRankSum=1.537;SB=-1.243e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,80:159:99:3049,0,2713 chrVII 2389 . A AT 1187.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.424;DP=133;FS=3.293;HaplotypeScore=364.5807;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.10;MQ0=0;MQRankSum=-9.087;QD=8.93;ReadPosRankSum=1.912;SB=-5.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,45:133:99:1227,0,2839 chrVII 2637 . C CATAAAAA 8708 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.874;DP=160;FS=1.440;HaplotypeScore=206.7798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.039;QD=54.43;ReadPosRankSum=1.396;SB=-3.853e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,90:160:99:8708,0,3087 chrVII 2716 . TA T 2443.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.449;DP=179;FS=0.565;HaplotypeScore=547.3400;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.670;QD=13.65;ReadPosRankSum=1.172;SB=-1.237e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,85:179:99:2483,0,2708 chrVII 3275 . G GA 726.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.932;DP=187;FS=1.303;HaplotypeScore=92.4829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=2.600;QD=3.89;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.977;SB=-3.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:133,54:187:99:766,0,2554 chrVII 4525 . AG A 2238.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.733;DP=175;FS=0.564;HaplotypeScore=947.6658;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.470;QD=12.79;RPA=4,3;RU=G;ReadPosRankSum=1.325;SB=-1.071e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,85:175:99:2278,0,1967 chrVII 6010 . AT A 1446.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.319;DP=162;FS=4.133;HaplotypeScore=132.9464;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQ0=1;MQRankSum=1.771;QD=8.93;RPA=8,7;RU=T;ReadPosRankSum=1.516;SB=-5.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,79:161:99:1486,0,1321 chrVII 7147 . G GA 380.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.342;DP=100;FS=51.800;HaplotypeScore=400.3745;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.48;MQ0=0;MQRankSum=-5.257;QD=3.81;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=-0.466;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,41:75:99:420,0,1523 chrVII 7539 . A AT 1163.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.256;DP=138;FS=33.939;HaplotypeScore=421.6536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.55;MQ0=5;MQRankSum=-3.514;QD=8.43;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=3.239;SB=-3.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,60:123:99:1203,0,1730 chrVII 8151 . 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A AT 1789.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.015;DP=68;FS=2.980;HaplotypeScore=876.4947;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.143;QD=26.32;ReadPosRankSum=1.615;SB=-8.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,57:68:99:1832,191,0 chrVII 9988 . AG A 2164.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=700.1876;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.99;MQ0=0;QD=27.76;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.042e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:76:99:2207,219,0 chrVII 10094 . G GA 2163.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=977.0751;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.71;MQ0=0;QD=32.79;RPA=1,2;RU=A;SB=-6.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,63:63:99:2206,190,0 chrVII 10168 . GA G 1847.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=648.1969;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.41;MQ0=0;QD=37.71;SB=-8.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1890,147,0 chrVII 10626 . T TG 630.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=474.7662;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.98;MQ0=0;QD=21.03;RPA=2,3;RU=G;SB=-2.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,24:29:77:673,77,0 chrVII 10630 . CT C 883.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=415.1700;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.74;MQ0=0;QD=32.74;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:26:78:926,78,0 chrVII 10670 . AT A 1040.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=538.2092;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.76;MQ0=0;QD=33.58;RPA=2,1;RU=T;SB=-3.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,30:31:93:1083,93,0 chrVII 10682 . T TAAAA 1354.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=442.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.47;MQ0=0;QD=48.39;RPA=4,8;RU=A;SB=-4.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,24:27:75:1397,75,0 chrVII 10864 . TC T 1098.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=1424.8327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.29;MQ0=0;QD=31.40;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:34:95:1141,95,0 chrVII 10894 . ATT A 1286.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=1342.8364;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.22;MQ0=0;QD=25.23;RPA=10,8;RU=T;SB=-3.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,39:50:99:1329,117,0 chrVII 10966 . G GC 1639.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=637.4316;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.98;MQ0=0;QD=34.89;SB=-7.400e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,42:46:99:1682,138,0 chrVII 11071 . A AT 1937.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=635.8276;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.80;MQ0=3;QD=27.30;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,69:64:99:1980,186,0 chrVII 11756 . A AT 893.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.582;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=766.4096;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.979;QD=18.62;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=0.979;SB=-3.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,37:48:99:936,118,0 chrVII 11769 . A AT 899.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=750.9180;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.06;MQ0=0;QD=20.45;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,34:44:99:942,102,0 chrVII 11783 . CA C 1057.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=692.6007;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.13;MQ0=0;QD=24.60;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,38:43:99:1100,114,0 chrVII 11881 . A AT 2070.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.648;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=821.7102;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.169;QD=25.26;ReadPosRankSum=1.605;SB=-4.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,80:82:99:2113,242,0 chrVII 12170 . T TTACCCG 1932.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=480.5396;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.83;MQ0=0;QD=77.32;SB=-8.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,21:25:75:1975,75,0 chrVII 14860 . AG A 1063.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.797;DP=111;FS=1.573;HaplotypeScore=95.0916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=1.056;QD=9.59;ReadPosRankSum=-2.302;SB=-4.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,31:111:99:1103,0,1380 chrVII 16461 . GA G 1126.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.015;DP=121;FS=2.552;HaplotypeScore=768.6487;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.70;MQ0=0;MQRankSum=0.181;QD=9.31;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=-1.734;SB=-3.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,56:115:99:1166,0,1420 chrVII 16642 . A AT 3822 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=628.8826;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.28;MQ0=0;QD=38.22;SB=-1.380e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:100:99:3822,301,0 chrVII 16867 . A AT 2888.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=659.1023;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.02;MQ0=0;QD=23.68;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.451e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,118:122:99:2931,354,0 chrVII 17005 . AC A 2407.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=664.6826;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.31;MQ0=0;QD=27.06;RPA=5,4;RU=C;SB=-9.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,76:89:99:2450,232,0 chrVII 17024 . G GTA 1441.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=771.0968;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.88;MQ0=0;QD=17.17;RPA=5,6;RU=TA;SB=-4.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,38:84:99:1484,132,0 chrVII 17702 . T TG 1329.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.507;DP=131;FS=6.739;HaplotypeScore=1341.5261;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.09;MQ0=0;MQRankSum=-6.099;QD=10.15;ReadPosRankSum=-1.079;SB=-4.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,60:131:99:1369,0,2262 chrVII 17704 . GA G 1424.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.507;DP=130;FS=6.739;HaplotypeScore=1324.7104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.99;MQ0=0;MQRankSum=-6.561;QD=10.96;ReadPosRankSum=-1.060;SB=-4.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,60:130:99:1464,0,2271 chrVII 18465 . T TTCTTTTATGAA 9647 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=1138.4789;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.07;MQ0=0;QD=132.15;SB=-4.478e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,64:73:99:9647,220,0 chrVII 18479 . CA C 2369.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=1805.4126;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.04;MQ0=0;QD=29.26;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.037e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,75:81:99:2412,226,0 chrVII 19449 . CA CGA,C 2638.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=1077.6347;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=28.42;MQ0=0;QD=31.79;SB=-1.286e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:4,1,13:83:99:2717,367,128,637,0,407 chrVII 19571 . AG A 3384 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=866.5124;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.99;MQ0=0;QD=31.92;SB=-1.528e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:106:99:3384,312,0 chrVII 20016 . T TAA 2134.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.609;DP=79;FS=5.663;HaplotypeScore=66.8621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.077;QD=27.02;RPA=11,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.609;SB=-6.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,68:79:99:2177,185,0 chrVII 21517 . GAATGAC G 4823 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=1348.4708;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.59;MQ0=0;QD=67.93;SB=-1.818e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,67:71:99:4823,201,0 chrVII 23274 . TAA T 7158 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=173;FS=0.000;HaplotypeScore=721.2663;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;QD=41.38;RPA=3,1;RU=A;SB=-2.453e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,165:173:99:7158,500,0 chrVII 23642 . C CACGACG 8187 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=209.2784;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.66;MQ0=3;QD=58.06;RPA=5,7;RU=ACG;SB=-3.000e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,117:135:99:8187,334,0 chrVII 25552 . TTA T 3425 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=250.6626;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.35;MQ0=0;QD=34.25;RPA=3,2;RU=TA;SB=-1.377e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,90:100:99:3425,271,0 chrVII 32762 . A AT 1047.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.725;DP=120;FS=1.596;HaplotypeScore=39.6219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=0.942;QD=8.73;RPA=3,4;RU=T;ReadPosRankSum=0.284;SB=-4.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,48:120:99:1087,0,1316 chrVII 43266 . CAAAA C,CAAA 2264.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.138;DP=93;FS=2.550;HaplotypeScore=156.6069;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=0.082;QD=24.35;RPA=15,11,14;RU=A;ReadPosRankSum=0.384;SB=-7.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:20,39,0:92:99:2343,557,1399,1527,0,1389 chrVII 44508 . A AAT 2746.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=52.9014;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.88;MQ0=1;QD=24.53;RPA=7,8;RU=AT;SB=-6.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,83:111:99:2789,253,0 chrVII 49415 . CT C 509.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.998;DP=106;FS=4.026;HaplotypeScore=138.3995;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.590;QD=4.81;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.544;SB=-1.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,35:106:99:549,0,999 chrVII 49452 . TA T 1178.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.619;DP=134;FS=0.691;HaplotypeScore=183.1741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.235;QD=8.80;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=1.796;SB=-5.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,66:134:99:1218,0,959 chrVII 52604 . GAAAC G 2897.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.055;DP=140;FS=2.346;HaplotypeScore=424.4733;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.54;MQ0=0;MQRankSum=0.569;QD=20.70;ReadPosRankSum=0.539;SB=-1.100e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,56:140:99:2937,0,4597 chrVII 52610 . AG A 1131.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.104;DP=141;FS=2.318;HaplotypeScore=601.5157;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=0.165;QD=8.03;ReadPosRankSum=0.495;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,56:141:99:1171,0,2610 chrVII 52694 . C CT 3786 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=300.8013;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.04;MQ0=0;QD=26.66;RPA=4,5;RU=T;SB=-9.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,136:141:99:3786,408,0 chrVII 53152 . T TGCC 3147.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.805;DP=149;FS=1.307;HaplotypeScore=121.7418;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.94;MQ0=1;MQRankSum=2.472;QD=21.13;ReadPosRankSum=-0.115;SB=-1.555e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,79:148:99:3187,0,2778 chrVII 53637 . CA C 1304.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.497;DP=115;FS=14.567;HaplotypeScore=37.9829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.359;QD=11.35;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=-1.401;SB=-4.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,48:115:99:1344,0,1629 chrVII 56225 . C CTTT 1815.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.666;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=290.9263;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.586;QD=12.44;RPA=13,16;RU=T;ReadPosRankSum=-0.451;SB=-6.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:100,31:146:99:1855,0,1539 chrVII 56250 . AT A 706.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.014;DP=130;FS=21.629;HaplotypeScore=332.1107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=2.087;QD=5.44;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.106;SB=-2.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,45:130:99:746,0,1025 chrVII 63698 . A ATG 2455.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.125;DP=120;FS=0.700;HaplotypeScore=51.8911;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=1.476;QD=20.47;ReadPosRankSum=-2.434;SB=-1.142e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,60:120:99:2495,0,2052 chrVII 65309 . T TATC 1452.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.958;DP=85;FS=4.855;HaplotypeScore=115.8452;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=0.221;QD=17.09;RPA=5,6;RU=ATC;ReadPosRankSum=-0.195;SB=-6.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,36:85:99:1492,0,1176 chrVII 65726 . CATG C 1968.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.086;DP=123;FS=7.060;HaplotypeScore=193.3746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=3.362;QD=16.01;ReadPosRankSum=0.631;SB=-6.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,47:123:99:2008,0,3165 chrVII 69388 . ATATC A 2580.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=541.9351;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.86;MQ0=1;QD=24.82;RPA=2,1;RU=TATC;SB=-9.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:73,26:102:99:2623,246,0 chrVII 69394 . ATC A 3183.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.427;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=484.2024;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.92;MQ0=1;MQRankSum=1.040;QD=27.93;ReadPosRankSum=0.508;SB=-1.386e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,67:112:99:3226,178,0 chrVII 73309 . CAT C 1856.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.636;DP=98;FS=0.769;HaplotypeScore=377.0487;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=0.647;QD=18.95;ReadPosRankSum=0.028;SB=-7.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,46:98:99:1896,0,2128 chrVII 73728 . GTA G,GTATA 2053.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.444;DP=122;FS=10.401;HaplotypeScore=139.2780;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=0.510;QD=16.84;RPA=6,5,7;RU=TA;ReadPosRankSum=2.220;SB=-5.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:52,21,0:122:99:2132,1410,2352,865,0,1146 chrVII 73989 . T TATA 949.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.308;DP=87;FS=15.278;HaplotypeScore=123.8190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.50;MQ0=0;MQRankSum=-2.844;QD=10.92;RPA=1,2;RU=ATA;ReadPosRankSum=-1.345;SB=-3.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,25:87:99:989,0,2525 chrVII 75474 . TAGAGAGAG T 7791 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=542.3827;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.97;MQ0=0;QD=62.33;RPA=10,6;RU=AG;SB=-3.363e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:65,56:125:99:7791,298,0 chrVII 75475 . AGAGAGAGA A 7791 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=521.7826;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=64.39;RPA=10,6;RU=GA;SB=-3.363e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:77,0:121:99:7791,298,0 chrVII 75477 . AGAGAGAGA A 7791 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=466.2323;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.89;MQ0=0;QD=70.19;RPA=9,5;RU=GA;SB=-3.391e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:67,0:111:99:7791,298,0 chrVII 75686 . ATGTT A 2174.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.946;DP=101;FS=4.553;HaplotypeScore=227.4165;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.11;MQ0=0;MQRankSum=-2.766;QD=21.53;ReadPosRankSum=1.125;SB=-6.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,38:101:99:2214,0,3936 chrVII 75903 . G GA 1465.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=25.1348;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.98;MQ0=0;QD=20.65;RPA=7,8;RU=A;SB=-6.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,59:71:99:1508,180,0 chrVII 76042 . G GC 1000.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.814;DP=96;FS=2.809;HaplotypeScore=300.5451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=0.835;QD=10.43;RPA=4,5;RU=C;ReadPosRankSum=0.666;SB=-3.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,46:96:99:1040,0,1118 chrVII 76303 . C CA 774.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.274;DP=123;FS=0.739;HaplotypeScore=242.3612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=1.991;QD=6.30;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=-1.189;SB=-2.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,47:123:99:814,0,1393 chrVII 76587 . GA G 999.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.884;DP=114;FS=2.637;HaplotypeScore=318.3278;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.679;QD=8.77;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=0.423;SB=-4.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,49:114:99:1039,0,1315 chrVII 77930 . AT A 1176.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.761;DP=134;FS=17.269;HaplotypeScore=182.3617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=0.653;QD=8.78;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.262;SB=-3.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,67:134:99:1216,0,881 chrVII 79002 . GTATATATATATATA G 3002.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.449;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=379.1027;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.13;MQ0=2;MQRankSum=0.343;QD=41.14;RPA=17,10;RU=TA;ReadPosRankSum=1.397;SB=-1.269e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,36:71:99:3045,112,0 chrVII 80602 . T TGAAA 1299.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.406;DP=81;FS=4.667;HaplotypeScore=198.1911;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.89;MQ0=0;MQRankSum=5.053;QD=16.05;ReadPosRankSum=0.882;SB=-2.100e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,36:81:99:1339,0,501 chrVII 84285 . GT G 827.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.808;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=169.4069;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=1.802;QD=6.09;RPA=8,7;RU=T;ReadPosRankSum=0.016;SB=-3.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,51:136:99:867,0,1665 chrVII 84763 . C CTTTTTTTT 1437.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.336;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=212.9674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.81;MQ0=0;MQRankSum=2.416;QD=19.70;RPA=13,21;RU=T;ReadPosRankSum=-2.600;SB=-7.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,20:73:99:1477,0,2699 chrVII 87387 . G GA 1355.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.101;DP=152;FS=7.750;HaplotypeScore=46.0304;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.58;MQ0=0;MQRankSum=0.481;QD=8.92;RPA=5,6;RU=A;ReadPosRankSum=0.991;SB=-3.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,70:152:99:1395,0,1618 chrVII 87891 . A AT 2577.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.197;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=283.5419;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=2.787;QD=18.68;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.282;SB=-1.211e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,114:138:99:2620,285,0 chrVII 89490 . GA G 1025.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=17.4977;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.58;MQ0=0;QD=16.82;RPA=11,10;RU=A;SB=-5.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,48:61:99:1068,143,0 chrVII 89665 . GA G 543.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.978;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=37.9470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.047;QD=5.91;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=-1.133;SB=-1.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,32:92:99:583,0,991 chrVII 89733 . C CA 341.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.013;DP=52;FS=1.098;HaplotypeScore=65.8669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=0.165;QD=6.58;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-1.280;SB=-1.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,20:52:99:381,0,399 chrVII 89813 . AT A 662.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.492;DP=88;FS=3.307;HaplotypeScore=92.6364;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.121;QD=7.53;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.260;SB=-2.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,41:88:99:702,0,742 chrVII 89899 . A AC 1467.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.233;DP=112;FS=0.770;HaplotypeScore=64.5075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.122;QD=13.11;ReadPosRankSum=-0.210;SB=-5.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,41:112:99:1507,0,1787 chrVII 91449 . A AG 1567.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.565;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=57.9939;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=0.029;QD=11.53;RPA=3,4;RU=G;ReadPosRankSum=-0.671;SB=-4.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,69:136:99:1607,0,1731 chrVII 92431 . T TAA 3703 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=281.2418;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.46;MQ0=0;QD=28.27;RPA=11,13;RU=A;SB=-9.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,110:131:99:3703,352,0 chrVII 94684 . AT A 1099.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.330;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=380.4834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=1.320;QD=7.48;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.692;SB=-5.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,66:147:99:1139,0,1225 chrVII 98613 . A ATTTTC 8391 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=740.8238;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.03;MQ0=0;QD=68.22;SB=-3.851e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,113:123:99:8391,370,0 chrVII 98776 . CTT C 4013 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=347.3833;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.24;MQ0=2;QD=25.89;RPA=11,9;RU=T;SB=-1.094e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,127:151:99:4013,373,0 chrVII 102487 . TA T 811.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.564;DP=115;FS=8.432;HaplotypeScore=302.7363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.010;QD=7.06;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.377;SB=-2.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,53:115:99:851,0,680 chrVII 107991 . G GT 3374 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=287.2667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.94;MQ0=0;QD=28.59;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.251e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,116:118:99:3374,352,0 chrVII 110616 . TA T 2776.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=70.2452;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.30;MQ0=0;QD=24.36;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.400e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,111:114:99:2819,333,0 chrVII 111547 . ACGG A 683.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.000;DP=27;FS=8.953;HaplotypeScore=220.2064;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.283;QD=25.33;ReadPosRankSum=2.425;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,14:27:99:723,0,452 chrVII 111554 . TAG T 275.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.070;DP=24;FS=9.810;HaplotypeScore=286.8529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.60;MQ0=0;MQRankSum=1.552;QD=11.50;ReadPosRankSum=-2.957;SB=-8.143e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,6:24:99:315,0,124 chrVII 111968 . GA G 1215.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.050;DP=111;FS=3.847;HaplotypeScore=851.9727;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.058;QD=10.95;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=1.523;SB=-3.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,42:111:38:1255,0,38 chrVII 112192 . T TA 2688.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=544.5823;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.29;MQ0=0;QD=25.13;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.253e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,103:107:99:2731,309,0 chrVII 112943 . A ATCGTCGTCGTCGTCGTCGTCGTCG 8037 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.832;DP=60;FS=5.418;HaplotypeScore=357.4859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.61;MQ0=0;MQRankSum=2.681;QD=133.95;RPA=1,9;RU=TCG;ReadPosRankSum=0.869;SB=-3.349e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,31:60:4:8037,0,4 chrVII 115607 . T TCATA 6455 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=485.2918;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.39;MQ0=0;QD=61.48;SB=-1.934e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,100:105:99:6455,313,0 chrVII 118304 . ATCATCATTG A 9945 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=196.5162;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.89;MQ0=0;QD=78.93;RPA=2,1;RU=TCATCATTG;SB=-3.850e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,101:124:99:9945,304,0 chrVII 121350 . C CA 3121.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=41.4504;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=25.18;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.064e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,113:124:99:3164,339,0 chrVII 122345 . CT C 2620.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=594.9370;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.52;MQ0=0;QD=23.83;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.202e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,104:110:99:2663,312,0 chrVII 122421 . CA C 3664 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=987.6156;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.08;MQ0=0;QD=38.17;SB=-1.273e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,90:96:99:3664,280,0 chrVII 122514 . G GT 4543 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=734.3348;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.33;MQ0=0;QD=38.50;SB=-1.757e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:118:99:4543,352,0 chrVII 124375 . GA G 530.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.750;DP=149;FS=0.752;HaplotypeScore=329.5046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=1;MQRankSum=1.370;QD=3.56;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=1.245;SB=-2.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,42:148:99:570,0,1087 chrVII 131462 . T TA 1468.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.643;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=680.8309;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=0.540;QD=9.48;RPA=3,4;RU=A;ReadPosRankSum=2.143;SB=-3.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,67:155:99:1508,0,1995 chrVII 140293 . T TCA 2322.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.356;DP=152;FS=48.726;HaplotypeScore=1117.5162;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.89;MQ0=0;MQRankSum=-7.223;QD=15.28;ReadPosRankSum=0.518;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,60:152:99:2362,0,2400 chrVII 142037 . GTT G 3312 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.892;DP=157;FS=5.767;HaplotypeScore=357.6160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=2;MQRankSum=1.762;QD=21.10;ReadPosRankSum=0.167;SB=-3.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,84:155:99:3312,0,2847 chrVII 144087 . T TA 778.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.597;DP=118;FS=5.950;HaplotypeScore=509.1046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.52;MQ0=0;MQRankSum=-7.315;QD=6.60;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=0.840;SB=-3.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,46:118:99:818,0,1391 chrVII 144251 . TA T 753.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.641;DP=113;FS=3.653;HaplotypeScore=367.9152;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQ0=0;MQRankSum=-2.290;QD=6.67;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=0.013;SB=-3.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,41:113:99:793,0,1450 chrVII 145380 . CTA C,CTATA 3096.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=88.6233;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.38;MQ0=0;QD=26.93;RPA=6,5,7;RU=TA;SB=-1.527e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:25,54,0:115:99:3175,1436,1999,2015,0,2720 chrVII 145773 . TA T 747.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.379;DP=92;FS=2.943;HaplotypeScore=328.3610;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.432;QD=8.13;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=0.430;SB=-3.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,42:92:99:787,0,722 chrVII 147855 . CAA C 890.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.436;DP=105;FS=1.723;HaplotypeScore=48.0401;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=2;MQRankSum=0.512;QD=8.49;RPA=10,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.129;SB=-4.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,41:100:99:930,0,1724 chrVII 148668 . A AT 860.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.856;DP=109;FS=4.986;HaplotypeScore=167.2634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQ0=0;MQRankSum=0.366;QD=7.90;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.716;SB=-2.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,49:109:99:900,0,1008 chrVII 149266 . C CT 1277.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.448;DP=152;FS=1.316;HaplotypeScore=518.8962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=1;MQRankSum=1.129;QD=8.41;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=-0.898;SB=-4.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,67:151:99:1317,0,1604 chrVII 149631 . C CA 672.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.664;DP=126;FS=0.748;HaplotypeScore=59.1939;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=1;MQRankSum=-1.117;QD=5.34;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.509;SB=-3.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,43:125:99:712,0,922 chrVII 150209 . GA G 1325.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.050;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=731.2180;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.628;QD=11.53;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.080;SB=-5.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,49:115:99:1365,0,1512 chrVII 150215 . G GGTGC 2583.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.202;DP=120;FS=1.591;HaplotypeScore=626.9244;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.846;QD=21.53;ReadPosRankSum=0.891;SB=-7.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,50:120:99:2623,0,3459 chrVII 150559 . A AT 979.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.239;DP=96;FS=3.897;HaplotypeScore=122.2166;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.780;QD=10.21;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=0.598;SB=-3.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,49:96:99:1019,0,907 chrVII 156105 . GTATATATATGTA G 1342.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=128.1443;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.94;MQ0=0;QD=22.38;SB=-4.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,33:60:99:1385,102,0 chrVII 158391 . T TAGGAGC 3698 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.984;DP=131;FS=4.439;HaplotypeScore=189.5131;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.762;QD=28.23;RPA=2,3;RU=AGGAGC;ReadPosRankSum=-2.108;SB=-9.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,54:131:99:3698,0,3888 chrVII 158865 . GCAGCAA G 3324 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.327;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=431.2761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.749;QD=27.25;RPA=3,2;RU=CAGCAA;ReadPosRankSum=1.250;SB=-1.392e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,44:122:99:3324,0,4168 chrVII 158910 . TCAGGCA T 6197 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.510;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=899.6110;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.39;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=45.23;RPA=3,2;RU=CAGGCA;ReadPosRankSum=1.224;SB=-3.073e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:66,70:137:99:6197,315,0 chrVII 160022 . A AT 3088.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=32.7948;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.36;MQ0=0;QD=25.53;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.021e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,114:121:99:3131,342,0 chrVII 163031 . CT C 508.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.256;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=61.9379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=0.767;QD=5.78;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=-0.923;SB=-1.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,29:88:99:548,0,1296 chrVII 165436 . C CT 2045.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.856;DP=156;FS=8.722;HaplotypeScore=740.1684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.804;QD=13.12;RPA=3,4;RU=T;ReadPosRankSum=1.639;SB=-9.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,87:156:99:2085,0,1408 chrVII 165545 . C CA 720.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.275;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=368.1661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQ0=0;MQRankSum=0.346;QD=6.93;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.488;SB=-3.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,43:104:99:760,0,971 chrVII 166201 . G GA 1597.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.627;DP=79;FS=5.112;HaplotypeScore=334.6706;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.04;MQ0=0;MQRankSum=1.457;QD=20.22;ReadPosRankSum=3.554;SB=-6.412e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,61:79:16:1639,16,0 chrVII 167250 . CA C 251.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.656;DP=116;FS=2.483;HaplotypeScore=176.1495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.13;MQ0=0;MQRankSum=2.728;QD=2.17;RPA=19,18;RU=A;ReadPosRankSum=-1.440;SB=-5.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,26:115:99:291,0,501 chrVII 167483 . C CT 2975.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=125.8489;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.86;MQ0=0;QD=24.80;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.394e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,117:120:99:3018,351,0 chrVII 167622 . CAA C,CA 893.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.125;DP=89;FS=6.472;HaplotypeScore=339.1453;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.733;QD=10.04;RPA=17,15,16;RU=A;ReadPosRankSum=1.626;SB=-4.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:66,13,0:88:99:972,294,528,456,0,363 chrVII 170654 . T TA 491.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.647;DP=74;FS=3.920;HaplotypeScore=438.4891;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.507;QD=6.65;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=-1.008;SB=-2.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,18:74:77:531,0,77 chrVII 173135 . TC T 3881 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=41.0075;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.94;MQ0=0;QD=38.43;SB=-1.463e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:101:99:3881,301,0 chrVII 180364 . G GAAAA,GAAA 3593 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=38.1861;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=62.52;MQ0=0;QD=42.27;RPA=9,13,12;RU=A;SB=-1.481e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:5,22,58:85:99:3593,844,604,788,0,547 chrVII 180554 . TG T 2412.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.057;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=49.8628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.75;MQ0=0;MQRankSum=1.218;QD=17.49;ReadPosRankSum=-0.554;SB=-7.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,76:138:99:2452,0,1917 chrVII 185677 . A ATG 2056.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.091;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=592.9191;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=0.625;QD=14.19;ReadPosRankSum=-0.629;SB=-9.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,57:145:99:2096,0,3183 chrVII 185796 . GA G 3103.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=600.3090;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=27.47;RPA=5,4;RU=A;SB=-7.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:113:99:3146,339,0 chrVII 185835 . T TG 662.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.837;DP=121;FS=18.585;HaplotypeScore=977.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=1.517;QD=5.48;ReadPosRankSum=-0.941;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,42:121:99:702,0,574 chrVII 185968 . AT A 3142.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=891.4195;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.56;MQ0=0;QD=22.13;RPA=10,9;RU=T;SB=-1.418e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,137:142:99:3185,412,0 chrVII 185989 . GTT G 2982.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.645;DP=144;FS=7.612;HaplotypeScore=876.7519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.68;MQ0=0;MQRankSum=-2.309;QD=20.72;ReadPosRankSum=1.125;SB=-1.096e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,71:144:99:3022,0,2846 chrVII 187372 . CCACT C 2157.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=1545.8754;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.97;MQ0=0;QD=30.83;SB=-1.042e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,38:70:99:2200,126,0 chrVII 187377 . GATTACGGAGATTTTATATCTAGTCCGGAA G 11410 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=453.8343;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=300.26;SB=-5.385e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:99:11410,114,0 chrVII 190778 . GAA G,GA 2874.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.701;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=70.8164;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.490;QD=18.20;RPA=14,12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.279;SB=-1.433e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:44,69,0:157:99:2953,833,812,1542,0,1237 chrVII 192193 . T TTTCTTCTTCTTC,TTTCTTCTTC 7535 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=259.6624;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=42.27;MQ0=0;QD=83.72;RPA=6,10,9;RU=TTC;SB=-3.260e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:28,19,43:90:99:7535,1265,1045,1281,0,1062 chrVII 193646 . A AC 3299 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.180;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=346.9701;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.346;QD=22.29;RPA=6,7;RU=C;ReadPosRankSum=-0.346;SB=-1.528e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,124:148:99:3299,347,0 chrVII 197816 . G GT,GTT 2827.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.196;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=174.4118;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.166;QD=21.75;RPA=8,9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.075;SB=-1.298e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:38,52,39:130:99:2906,1188,889,1149,0,965 chrVII 197994 . G GA 1761.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.069;DP=162;FS=6.708;HaplotypeScore=951.4601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.470;QD=10.88;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.950;SB=-7.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:91,70:162:99:1804,196,0 chrVII 204597 . TCAAAAATC T 2722.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.354;DP=80;FS=0.891;HaplotypeScore=308.4891;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.97;MQ0=0;MQRankSum=-4.954;QD=34.04;ReadPosRankSum=0.466;SB=-1.333e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,31:80:99:2762,0,3876 chrVII 204933 . GTTGAAT G 2165.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.226;DP=78;FS=8.024;HaplotypeScore=446.6518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.57;MQ0=0;MQRankSum=-6.963;QD=27.77;ReadPosRankSum=3.350;SB=-7.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,27:78:99:2205,0,4224 chrVII 204970 . C CA 798.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.196;DP=131;FS=9.096;HaplotypeScore=821.0342;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.09;MQ0=0;MQRankSum=-6.044;QD=6.10;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=-1.608;SB=-1.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,48:131:99:838,0,426 chrVII 205177 . T TC 1062.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.226;DP=120;FS=12.775;HaplotypeScore=525.6491;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.902;QD=8.86;RPA=4,5;RU=C;ReadPosRankSum=-1.033;SB=-3.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,48:120:99:1102,0,1458 chrVII 206341 . G GT 529.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.546;DP=77;FS=2.035;HaplotypeScore=50.4948;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.090;QD=6.88;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.005;SB=-2.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,34:77:99:569,0,595 chrVII 206499 . GA G 2148.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=222.2586;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.78;MQ0=0;QD=20.47;RPA=10,9;RU=A;SB=-9.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,79:105:99:2191,281,0 chrVII 206617 . A AT 2854.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.597;DP=134;FS=5.274;HaplotypeScore=288.6848;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.31;MQ0=0;MQRankSum=0.758;QD=21.31;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.298;SB=-8.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,123:134:99:2897,359,0 chrVII 207415 . GT G 2198.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.836;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=118.0334;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.676;QD=15.60;ReadPosRankSum=0.337;SB=-9.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,66:141:99:2238,0,2452 chrVII 208767 . G GTCGGCCGAATTTATAGAAAT,GTCGGCCGAATTTCTATAAAT 18397 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=181.2489;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=42.52;MQ0=0;QD=171.93;SB=-7.878e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:12,28,14:107:99:18397,2096,1783,2447,0,2145 chrVII 210107 . T TA 995.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.252;DP=107;FS=15.287;HaplotypeScore=427.3928;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.375;QD=9.31;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=-1.567;SB=-2.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,53:107:99:1035,0,991 chrVII 210125 . C CT 913.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.582;DP=106;FS=6.550;HaplotypeScore=418.0567;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.34;MQ0=0;MQRankSum=4.378;QD=8.62;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.015;SB=-4.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,50:106:99:953,0,902 chrVII 210401 . CA C 1501.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.926;DP=142;FS=2.197;HaplotypeScore=54.8654;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=1.287;QD=10.58;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=0.774;SB=-6.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,73:142:99:1541,0,1291 chrVII 213794 . AT A 2504.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=173.9798;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=65.28;MQ0=0;QD=26.09;SB=-1.145e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,87:96:99:2547,276,0 chrVII 213859 . GT G 700.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.861;DP=103;FS=2.910;HaplotypeScore=147.6885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=0.655;QD=6.81;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=3.060;SB=-2.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,42:103:99:740,0,815 chrVII 215260 . GA G 872.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.206;DP=107;FS=1.684;HaplotypeScore=70.7436;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=1.967;QD=8.16;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.250;SB=-3.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,53:107:99:912,0,734 chrVII 216102 . GT G 1813.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.371;DP=185;FS=3.662;HaplotypeScore=638.5454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.300;QD=9.81;RPA=7,6;RU=T;ReadPosRankSum=0.469;SB=-5.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,90:185:99:1853,0,1694 chrVII 216170 . G GA 1464.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.507;DP=128;FS=2.248;HaplotypeScore=413.2839;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.565;QD=11.45;RPA=3,4;RU=A;ReadPosRankSum=-0.982;SB=-7.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,60:128:99:1504,0,1471 chrVII 217378 . ATTG A 1962.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.091;DP=123;FS=1.536;HaplotypeScore=482.6878;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.93;MQ0=0;MQRankSum=-2.397;QD=15.96;ReadPosRankSum=0.825;SB=-7.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,45:123:99:2002,0,3623 chrVII 224895 . TGTCTTC T 3733 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.102;DP=148;FS=4.079;HaplotypeScore=830.8042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.41;MQ0=0;MQRankSum=-2.186;QD=25.22;RPA=2,1;RU=GTCTTC;ReadPosRankSum=1.424;SB=-6.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,55:148:99:3733,0,4265 chrVII 234706 . A AG 1822.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-9.996;DP=143;FS=1.377;HaplotypeScore=226.2009;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.288;QD=12.75;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=-3.342;SB=-7.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,55:143:99:1862,0,1511 chrVII 245641 . TCAACAACAA T,TCAACAACAACAA 4772 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.715;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=140.0936;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=49.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.325;QD=36.99;RPA=13,10,14;RU=CAA;ReadPosRankSum=1.169;SB=-1.494e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:68,34,0:129:99:4772,1551,5586,3321,0,4162 chrVII 272291 . GATAT G 5718 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=273.1129;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=1;QD=38.12;RPA=11,9;RU=AT;SB=-1.772e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:72,72:149:99:5718,369,0 chrVII 272322 . GTA G 4109 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=161;FS=4.014;HaplotypeScore=560.2719;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.77;MQ0=1;MQRankSum=1.705;QD=25.52;RPA=7,6;RU=TA;ReadPosRankSum=0.990;SB=-1.653e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,110:159:99:4109,363,0 chrVII 274400 . AT A 817.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.271;DP=132;FS=4.800;HaplotypeScore=204.8105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=1.115;QD=6.20;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.874;SB=-4.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,53:131:99:857,0,846 chrVII 276935 . T TG 6262 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=171;FS=0.000;HaplotypeScore=129.3616;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.95;MQ0=0;QD=36.62;SB=-2.617e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,169:171:99:6262,509,0 chrVII 280081 . G GC 327.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=502.7835;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.97;MQ0=0;QD=9.94;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:33:78:370,78,0 chrVII 280087 . TGTTGA T 280.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=480.5277;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.22;MQ0=0;QD=10.03;SB=-9.000e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,19:28:72:323,72,0 chrVII 280102 . TGAG T 97.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=475.0580;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=3.73;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,11:26:18:139,18,0 chrVII 281605 . ATT A 2482.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.437;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=77.6647;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.91;MQ0=2;MQRankSum=0.874;QD=22.17;RPA=15,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.138;SB=-8.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,78:108:99:2525,252,0 chrVII 287219 . GA G 3279 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.087;DP=154;FS=3.418;HaplotypeScore=233.5514;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.609;QD=21.29;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.896;SB=-1.473e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,141:154:99:3279,408,0 chrVII 288375 . GAT G 4948 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=66.3981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.54;MQ0=0;QD=33.89;RPA=4,3;RU=AT;SB=-2.290e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,133:146:99:4948,400,0 chrVII 291647 . TA T 2974.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=581.0045;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.69;MQ0=0;QD=25.00;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.299e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,114:119:99:3017,342,0 chrVII 298093 . CATAT C 5333 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=36.7873;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.24;MQ0=0;QD=40.71;RPA=7,5;RU=AT;SB=-2.184e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,110:131:99:5333,331,0 chrVII 303588 . CA C 3425 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=211.6024;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=25.00;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.508e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,135:137:99:3425,405,0 chrVII 311210 . G GT 2288.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.247;DP=125;FS=8.143;HaplotypeScore=127.8083;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.231;QD=18.31;ReadPosRankSum=-0.206;SB=-9.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,69:125:99:2328,0,1813 chrVII 325265 . CT C 2642.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.703;DP=140;FS=3.961;HaplotypeScore=189.4370;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=1.554;QD=18.88;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.554;SB=-1.048e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,116:140:99:2685,329,0 chrVII 341879 . TA T 3223.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=46.5453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.32;MQ0=0;QD=21.63;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.593e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,133:149:99:3265,398,0 chrVII 352415 . C CT 1060.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.602;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=68.1809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=1.051;QD=9.07;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=-1.236;SB=-4.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,52:117:99:1100,0,1279 chrVII 352895 . GA G 2599.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=99.7156;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.81;MQ0=0;QD=24.76;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.107e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:105:99:2642,312,0 chrVII 358123 . AAAA AGAAA,A 2437.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.036;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=608.7672;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=52.36;MQ0=0;MQRankSum=0.864;QD=23.00;ReadPosRankSum=1.243;SB=-1.240e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:68,0,0:106:99:2516,1593,1772,966,0,1065 chrVII 358124 . A AAG 1042.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.432;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=754.9922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.36;MQ0=0;MQRankSum=4.818;QD=9.84;ReadPosRankSum=1.928;SB=-5.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,38:106:99:1082,0,483 chrVII 361971 . AT ATT,A 1650.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=39.6702;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.68;MQ0=0;QD=17.38;RPA=10,11,9;RU=T;SB=-1.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:12,0,53:95:99:1729,1175,1435,770,0,903 chrVII 364146 . AT A 590.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.240;DP=103;FS=22.434;HaplotypeScore=151.9909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.06;MQ0=0;MQRankSum=0.915;QD=5.74;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.267;SB=-1.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,40:103:99:630,0,708 chrVII 366198 . AATATAT A 3565 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.656;DP=132;FS=13.067;HaplotypeScore=138.5972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQ0=1;MQRankSum=1.884;QD=27.01;RPA=8,5;RU=AT;ReadPosRankSum=0.137;SB=-1.485e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,57:131:99:3565,0,4016 chrVII 366778 . TAAA T 945.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.825;DP=91;FS=3.105;HaplotypeScore=228.9478;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.495;QD=10.40;RPA=18,15;RU=A;ReadPosRankSum=4.497;SB=-4.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,25:91:99:985,0,950 chrVII 368551 . G GA 1763.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.947;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=136.2229;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQ0=0;MQRankSum=2.292;QD=11.68;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=1.122;SB=-6.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,72:151:99:1803,0,2084 chrVII 376066 . AT A 998.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.324;DP=138;FS=9.094;HaplotypeScore=133.5255;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.487;QD=7.24;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.972;SB=-4.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,60:138:99:1038,0,1450 chrVII 378026 . AATGATG A 3418 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.022;DP=145;FS=3.571;HaplotypeScore=123.5641;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQ0=0;MQRankSum=1.079;QD=23.57;RPA=6,4;RU=ATG;ReadPosRankSum=1.858;SB=-1.417e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,53:145:99:3418,0,3948 chrVII 379162 . TCAGCAG T 3144.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.175;DP=138;FS=10.538;HaplotypeScore=56.4867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQ0=0;MQRankSum=0.081;QD=22.79;RPA=8,6;RU=CAG;ReadPosRankSum=0.916;SB=-1.085e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,49:138:99:3184,0,2523 chrVII 383535 . G GAC 7346 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;FS=0.000;HaplotypeScore=623.0299;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;QD=45.07;SB=-3.668e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,160:163:99:7346,488,0 chrVII 388853 . AAAT A 2135.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.300;DP=139;FS=3.023;HaplotypeScore=256.6914;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.99;MQ0=0;MQRankSum=2.540;QD=15.37;RPA=3,2;RU=AAT;ReadPosRankSum=-1.234;SB=-1.033e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:86,53:139:99:2178,118,0 chrVII 388855 . ATAA A,AAA 3774 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=69.7823;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=61.02;MQ0=0;QD=28.16;RPA=2,1,-1;RU=TAA;SB=-1.821e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:85,0,0:134:99:3774,1714,1597,1410,0,1155 chrVII 393864 . G GA 2908.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=78.1213;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.30;MQ0=0;QD=21.87;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.256e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,120:132:99:2951,357,0 chrVII 394474 . TGAC T 3532 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=208.5647;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.89;MQ0=0;QD=36.41;RPA=6,5;RU=GAC;SB=-1.066e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,81:97:99:3532,247,0 chrVII 394900 . GAA G 3593 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=153.5843;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;QD=31.80;RPA=11,9;RU=A;SB=-1.559e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,105:113:99:3593,325,0 chrVII 394958 . AT A 2050.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=321.7684;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.91;RPA=9,8;RU=T;SB=-8.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,83:103:99:2093,266,0 chrVII 395867 . G GTA 2220.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.470;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=823.2625;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.81;MQ0=0;MQRankSum=0.953;QD=20.76;ReadPosRankSum=4.299;SB=-1.051e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:53,54:107:99:2263,194,0 chrVII 395930 . TA T 1956.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.966;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=276.7688;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.00;MQ0=0;MQRankSum=0.857;QD=18.82;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.529;SB=-9.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,90:104:99:1999,258,0 chrVII 397834 . GAAAAA G 4794 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.197;DP=139;FS=96.165;HaplotypeScore=129.2133;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.70;MQ0=0;MQRankSum=0.591;QD=34.49;RPA=20,15;RU=A;ReadPosRankSum=0.255;SB=-5.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,87:139:99:4794,184,0 chrVII 400195 . T TTA 3506 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=344.6906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.36;MQ0=0;QD=41.74;SB=-4.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,81:83:99:3506,249,0 chrVII 400221 . TAA T 1483.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=390.5975;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.90;MQ0=0;QD=25.59;RPA=13,11;RU=A;SB=-3.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,43:57:99:1526,147,0 chrVII 400243 . A AT 762.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.358;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=377.3692;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.359;QD=13.62;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.358;SB=-3.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,24:55:60:805,60,0 chrVII 400550 . GTTTT G,GT 2001.25 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.942;DP=136;FS=37.860;HaplotypeScore=287.0373;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=0.003;QD=14.72;RPA=21,17,18;RU=T;ReadPosRankSum=-0.224;SB=-4.133e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:91,10,0:135:42:2078,888,1362,49,0,42 chrVII 400713 . G GA 1557.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=40.1711;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.58;MQ0=0;QD=19.97;RPA=7,8;RU=A;SB=-6.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,64:78:99:1600,192,0 chrVII 402030 . TA T 228.09 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.992;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=116.2565;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.45;MQ0=10;MQRankSum=-0.496;QD=8.77;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=-0.992;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,13:14:5:268,5,0 chrVII 409806 . C CT 2457.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.307;DP=131;FS=2.055;HaplotypeScore=127.3840;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.057;QD=18.76;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.027;SB=-1.184e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,97:131:99:2500,256,0 chrVII 409873 . G GC 2565.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=132.2974;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.65;MQ0=0;MQRankSum=0.645;QD=21.75;RPA=6,7;RU=C;ReadPosRankSum=-0.509;SB=-7.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,101:118:99:2608,277,0 chrVII 412208 . CA C 671.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.778;DP=100;FS=2.815;HaplotypeScore=89.0593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQ0=0;MQRankSum=2.424;QD=6.72;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=1.560;SB=-2.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,41:100:99:711,0,900 chrVII 412279 . GA G 2744.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=309.8654;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=23.87;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.088e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,112:115:99:2787,333,0 chrVII 412434 . G GT 2279.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.837;DP=151;FS=3.101;HaplotypeScore=680.8842;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQ0=0;MQRankSum=0.796;QD=15.10;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=-0.860;SB=-8.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,82:151:99:2319,0,1929 chrVII 412630 . G GAA 2245.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.840;DP=134;FS=2.334;HaplotypeScore=650.6708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQ0=0;MQRankSum=0.753;QD=16.76;RPA=8,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.093;SB=-8.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,64:134:99:2285,0,1319 chrVII 412892 . CT C 1471.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.034;DP=116;FS=3.433;HaplotypeScore=541.8342;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.100;QD=12.69;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=-0.112;SB=-6.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,55:116:99:1511,0,1484 chrVII 413744 . C CCTTTCTTTGTTTT 4388 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.116;DP=102;FS=1.780;HaplotypeScore=237.4496;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.41;MQ0=0;MQRankSum=-6.108;QD=43.02;RPA=1,2;RU=CTTTCTTTGTTTT;ReadPosRankSum=0.491;SB=-1.620e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,36:102:99:4388,0,6894 chrVII 413965 . AG A 2495.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=178.9903;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.77;MQ0=0;QD=19.20;SB=-1.090e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:93,37:129:99:2538,309,0 chrVII 416009 . C CAA 1477.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.824;DP=143;FS=12.281;HaplotypeScore=97.8604;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQ0=0;MQRankSum=1.025;QD=10.34;RPA=10,12;RU=A;ReadPosRankSum=-1.253;SB=-6.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,59:143:99:1517,0,1676 chrVII 416115 . A AT 993.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.062;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=49.2349;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=1.176;QD=8.28;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.403;SB=-2.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,51:120:99:1033,0,863 chrVII 416657 . CTAT C 2125.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.524;DP=134;FS=4.281;HaplotypeScore=166.3817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQ0=0;MQRankSum=0.932;QD=15.87;RPA=5,4;RU=TAT;ReadPosRankSum=-0.474;SB=-7.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,57:134:99:2165,0,1703 chrVII 417241 . TC T 1945.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.391;DP=111;FS=1.535;HaplotypeScore=139.6131;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.216;QD=17.53;ReadPosRankSum=-0.234;SB=-8.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,57:111:99:1985,0,1515 chrVII 417338 . A AT 1267.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.786;DP=115;FS=5.051;HaplotypeScore=373.7085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.641;QD=11.03;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=0.815;SB=-3.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,59:115:99:1307,0,1055 chrVII 419519 . GT G 1364.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.227;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=158.8164;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.535;QD=10.26;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.605;SB=-4.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,74:133:99:1404,0,881 chrVII 421669 . T TA 1481.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.548;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=174.4637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=1.133;QD=12.05;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=-0.080;SB=-7.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,62:123:99:1521,0,1547 chrVII 422403 . A AT 677.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.129;DP=104;FS=13.763;HaplotypeScore=586.3518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.276;QD=6.52;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-2.065;SB=-2.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,45:104:99:717,0,848 chrVII 422624 . AG A 1769.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.474;DP=137;FS=9.673;HaplotypeScore=348.0968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=0.850;QD=12.92;ReadPosRankSum=-1.663;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,59:137:99:1809,0,2604 chrVII 423259 . G GA 1329.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.766;DP=119;FS=7.837;HaplotypeScore=151.6376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.64;MQ0=0;MQRankSum=1.265;QD=11.18;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=1.680;SB=-3.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,62:119:99:1369,0,1063 chrVII 423701 . AT A 1140.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.131;DP=122;FS=4.888;HaplotypeScore=69.1296;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.111;QD=9.35;RPA=6,5;RU=T;ReadPosRankSum=0.434;SB=-3.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,58:122:99:1180,0,1143 chrVII 428086 . A AAT,AATAT 2886.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.472;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=248.4283;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.68;MQ0=0;MQRankSum=0.350;QD=26.24;RPA=7,8,9;RU=AT;ReadPosRankSum=0.593;SB=-1.470e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:33,44,29:110:99:2965,1042,870,1270,0,1273 chrVII 428255 . C CT 988.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.144;DP=130;FS=2.437;HaplotypeScore=166.1496;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQ0=1;MQRankSum=0.071;QD=7.61;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.277;SB=-4.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,41:128:99:1028,0,695 chrVII 428408 . TTA T 1422.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.355;DP=107;FS=10.075;HaplotypeScore=345.0124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=0.279;QD=13.30;RPA=5,4;RU=TA;ReadPosRankSum=0.331;SB=-4.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,49:106:99:1462,0,1378 chrVII 429793 . G GTAC 1738.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.632;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=400.0583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=0.555;QD=12.69;RPA=5,6;RU=TAC;ReadPosRankSum=2.250;SB=-6.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,46:137:99:1778,0,2271 chrVII 430869 . A AAGC 2145.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.493;DP=151;FS=3.220;HaplotypeScore=309.6015;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.156;QD=14.21;RPA=5,6;RU=AGC;ReadPosRankSum=-0.376;SB=-8.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,54:151:99:2185,0,2977 chrVII 431420 . A AT 251.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.079;DP=46;FS=12.058;HaplotypeScore=350.1121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.97;MQ0=0;MQRankSum=-2.359;QD=5.48;ReadPosRankSum=0.249;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,6:46:99:291,0,883 chrVII 431438 . ATT A 342.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.438;DP=44;FS=2.694;HaplotypeScore=397.4944;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.66;MQ0=0;MQRankSum=-3.748;QD=7.79;ReadPosRankSum=-2.107;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,11:44:99:382,0,253 chrVII 431448 . TTATTA T 1134.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.257;DP=43;FS=6.740;HaplotypeScore=271.8105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=3.314;QD=26.39;ReadPosRankSum=1.455;SB=-4.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,25:43:99:1174,0,485 chrVII 433202 . G GAA 2194.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=616.4641;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.07;MQ0=0;QD=22.63;RPA=8,10;RU=A;SB=-7.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,42:97:99:2237,261,0 chrVII 433681 . CTA C 2471.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.072;DP=152;FS=3.041;HaplotypeScore=62.3035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.494;QD=16.26;RPA=2,1;RU=TA;ReadPosRankSum=0.991;SB=-7.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,68:152:99:2511,0,2889 chrVII 434433 . A AT 1247.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.268;DP=119;FS=1.503;HaplotypeScore=494.2909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.898;QD=10.49;RPA=3,4;RU=T;ReadPosRankSum=0.406;SB=-5.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,56:119:99:1287,0,1411 chrVII 434600 . GA G 938.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.338;DP=103;FS=3.835;HaplotypeScore=347.2973;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.37;MQ0=0;MQRankSum=-5.343;QD=9.12;ReadPosRankSum=2.065;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,36:103:99:978,0,2330 chrVII 434708 . TC T 559.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.110;DP=111;FS=5.783;HaplotypeScore=493.0392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.38;MQ0=0;MQRankSum=-7.934;QD=5.04;ReadPosRankSum=0.201;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,33:110:99:599,0,2229 chrVII 434947 . AT A 1272.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.908;DP=133;FS=2.345;HaplotypeScore=143.9120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.710;QD=9.57;RPA=6,5;RU=T;ReadPosRankSum=0.178;SB=-3.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,65:133:99:1312,0,1374 chrVII 435398 . CG C 1873.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.892;DP=120;FS=8.675;HaplotypeScore=356.7447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=1.407;QD=15.62;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=-1.483;SB=-7.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,66:120:99:1913,0,1470 chrVII 436559 . G GGA 1863.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.706;DP=116;FS=3.395;HaplotypeScore=208.8010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=1.638;QD=16.07;ReadPosRankSum=0.048;SB=-9.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,52:116:99:1903,0,2398 chrVII 437973 . G GA 2161.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=170.8363;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.28;MQ0=0;QD=19.65;RPA=10,11;RU=A;SB=-9.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,93:110:99:2204,283,0 chrVII 438101 . CT C 1281.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.583;DP=112;FS=1.521;HaplotypeScore=153.8473;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.044;QD=11.45;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=-1.339;SB=-6.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,58:112:99:1321,0,1114 chrVII 438696 . C CA 904.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.337;DP=135;FS=0.698;HaplotypeScore=384.1279;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=1.555;QD=6.70;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-1.331;SB=-4.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,47:135:99:944,0,920 chrVII 438823 . A AT 981.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.327;DP=151;FS=6.744;HaplotypeScore=308.4689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.39;MQ0=0;MQRankSum=0.828;QD=6.50;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=-1.356;SB=-4.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,63:151:99:1021,0,858 chrVII 440455 . AAT A 1764.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.248;DP=157;FS=1.765;HaplotypeScore=164.3528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.87;MQ0=1;MQRankSum=5.028;QD=11.24;ReadPosRankSum=-2.501;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,72:156:99:1804,0,2045 chrVII 440628 . AG A 676.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.884;DP=68;FS=13.366;HaplotypeScore=455.9198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.88;MQ0=0;MQRankSum=-6.771;QD=9.96;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=0.789;SB=-5.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,26:68:99:716,0,1245 chrVII 440655 . G GT 1317.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.514;DP=86;FS=5.882;HaplotypeScore=653.4132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.31;MQ0=0;MQRankSum=6.474;QD=15.33;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=-0.996;SB=-5.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,52:86:99:1357,0,758 chrVII 443342 . A AT 1793.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.592;DP=123;FS=0.701;HaplotypeScore=54.8308;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQ0=0;MQRankSum=0.354;QD=14.59;ReadPosRankSum=-0.039;SB=-8.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,61:123:99:1833,0,1475 chrVII 448898 . G GC 480.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.887;DP=154;FS=3.190;HaplotypeScore=354.8499;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=1.468;QD=3.12;ReadPosRankSum=3.896;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:108,43:154:99:520,0,2960 chrVII 448899 . T TGC 999.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.844;DP=151;FS=2.233;HaplotypeScore=298.9103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.159;QD=6.62;ReadPosRankSum=3.570;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:108,43:151:99:1039,0,3769 chrVII 464993 . A ATTT 1630.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.182;DP=128;FS=5.581;HaplotypeScore=436.1690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=0.686;QD=12.74;RPA=10,13;RU=T;ReadPosRankSum=1.571;SB=-2.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,44:128:99:1670,0,2531 chrVII 465593 . GT G 2032.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.349;DP=121;FS=13.649;HaplotypeScore=502.4695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.237;QD=16.80;ReadPosRankSum=-0.035;SB=-8.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,61:121:99:2072,0,1764 chrVII 465613 . TTG T 2103.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.430;DP=126;FS=11.669;HaplotypeScore=493.0076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=0.377;QD=16.70;ReadPosRankSum=0.161;SB=-7.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,60:126:99:2143,0,2209 chrVII 465811 . GT G 2097.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.950;DP=108;FS=2.095;HaplotypeScore=165.6576;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=2.929;QD=19.43;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.398;SB=-1.050e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,95:108:99:2140,250,0 chrVII 466985 . T TAGA 6368 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=204.7092;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=1.651;QD=47.52;RPA=1,2;RU=AGA;ReadPosRankSum=0.785;SB=-2.917e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,126:134:99:6368,376,0 chrVII 467706 . C CAAT 1390.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.494;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=44.1984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQ0=0;MQRankSum=1.420;QD=13.77;RPA=7,8;RU=AAT;ReadPosRankSum=0.631;SB=-6.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,39:101:99:1430,0,1469 chrVII 479633 . G GGTGT 2070.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.975;DP=130;FS=9.325;HaplotypeScore=262.6820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.06;MQ0=1;MQRankSum=-1.145;QD=15.93;RPA=8,10;RU=GT;ReadPosRankSum=-0.226;SB=-5.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,39:129:99:2110,0,2314 chrVII 479689 . G GGT,GGTGTGTGTGTGT 6658 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=474.0246;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.09;MQ0=1;QD=49.69;RPA=5,6,11;RU=GT;SB=-2.374e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:44,60,20:133:99:6658,3749,3428,1951,0,5715 chrVII 483131 . TAA T,TA 2281.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.144;DP=121;FS=4.508;HaplotypeScore=84.6875;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=0.541;QD=18.86;RPA=14,12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-1.191;SB=-8.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:32,60,0:121:99:2360,493,350,1361,0,1124 chrVII 484095 . CTT C 989.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.322;DP=124;FS=13.373;HaplotypeScore=75.7352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQ0=1;MQRankSum=2.529;QD=7.98;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.066;SB=-4.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,42:123:99:1029,0,1247 chrVII 484222 . G GC 1466.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.228;DP=102;FS=3.684;HaplotypeScore=50.9385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=1;MQRankSum=0.629;QD=14.38;ReadPosRankSum=-0.887;SB=-7.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,49:101:99:1506,0,1757 chrVII 485313 . TAA T 4098 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=574.6571;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.03;MQ0=0;QD=32.52;RPA=9,7;RU=A;SB=-1.961e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,117:126:99:4098,352,0 chrVII 485505 . G GCCCC,GCCC 2940.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=87.8101;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.83;MQ0=0;QD=33.80;RPA=9,13,12;RU=C;SB=-5.479e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:16,57,9:86:99:3019,335,130,707,0,501 chrVII 485910 . C CA 1111.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.333;DP=122;FS=2.702;HaplotypeScore=106.4890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.26;MQ0=0;MQRankSum=1.714;QD=9.11;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.137;SB=-5.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,63:122:99:1151,0,605 chrVII 496729 . TA TAA,T 1153.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.102;DP=95;FS=4.023;HaplotypeScore=113.2603;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.86;MQ0=0;MQRankSum=0.388;QD=12.15;RPA=13,14,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.938;SB=-4.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:36,0,28:95:99:1232,576,785,769,0,1223 chrVII 496949 . T TTA 575.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.284;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=458.2183;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.477;QD=10.10;RPA=2,3;RU=TA;ReadPosRankSum=1.716;SB=-9.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,19:57:99:615,0,1141 chrVII 496995 . C CT 1036.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.609;DP=85;FS=1.096;HaplotypeScore=999.9774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.31;MQ0=0;MQRankSum=7.020;QD=12.20;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=0.509;SB=-1.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,50:85:99:1076,0,602 chrVII 497421 . T TA 1092.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.300;DP=117;FS=1.485;HaplotypeScore=592.0270;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.873;QD=9.34;ReadPosRankSum=0.149;SB=-5.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,59:117:99:1132,0,217 chrVII 498008 . ATCGGAG A 7052 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=168.0138;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.93;MQ0=0;QD=67.16;RPA=3,2;RU=TCGGAG;SB=-3.259e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,96:105:99:7052,289,0 chrVII 502764 . CT C 582.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.098;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=220.7133;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.739;QD=5.35;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=3.171;SB=-1.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,41:109:99:622,0,950 chrVII 508600 . TTATC T 2661.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.522;DP=129;FS=13.872;HaplotypeScore=361.9863;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=1.030;QD=20.64;RPA=2,1;RU=TATC;ReadPosRankSum=2.232;SB=-1.091e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,45:129:99:2701,0,3661 chrVII 508636 . TC T 3896 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=602.3638;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.27;MQ0=0;QD=28.23;RPA=7,6;RU=C;SB=-1.805e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,129:138:99:3896,400,0 chrVII 508694 . T TGA 6065 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=408.0841;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.18;MQ0=0;QD=41.26;SB=-2.928e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,119:147:99:6065,412,0 chrVII 508794 . G GTCTTTTATCTTTTA 8439 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=40.4221;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.30;MQ0=0;QD=73.38;RPA=4,6;RU=TCTTTTA;SB=-3.972e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:78,34:115:99:8439,202,0 chrVII 517548 . G GTCA 3750 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.488;DP=159;FS=0.632;HaplotypeScore=242.0968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=1;MQRankSum=0.096;QD=23.58;RPA=1,2;RU=TCA;ReadPosRankSum=-0.054;SB=-1.374e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,81:158:99:3750,0,3016 chrVII 520882 . CT C 2036.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.003;DP=130;FS=1.516;HaplotypeScore=276.0647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.267;QD=15.67;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=-0.071;SB=-8.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,73:130:99:2076,0,1166 chrVII 523740 . CA C 1059.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.318;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=48.8276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=2.084;QD=8.41;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.355;SB=-4.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,61:126:99:1099,0,1039 chrVII 526818 . TAA T 4277 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.251;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=424.7570;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=2.160;QD=27.59;RPA=12,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.678;SB=-1.674e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,127:155:99:4277,401,0 chrVII 527468 . A AT 943.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.742;DP=144;FS=1.520;HaplotypeScore=122.7364;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=0.867;QD=6.56;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.555;SB=-3.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,47:144:99:983,0,824 chrVII 528674 . C CG 971.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.631;DP=106;FS=12.404;HaplotypeScore=58.9339;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=0.948;QD=9.17;RPA=5,6;RU=G;ReadPosRankSum=-0.607;SB=-1.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,48:106:99:1011,0,852 chrVII 529943 . C CATCCTCATCCCA 6558 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.526;DP=142;FS=3.795;HaplotypeScore=138.9482;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.302;QD=46.18;ReadPosRankSum=-0.152;SB=-1.838e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,55:142:99:6558,0,5678 chrVII 530662 . T TACGACGACGACGACG 3797 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.593;DP=87;FS=4.948;HaplotypeScore=128.7202;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.11;MQ0=0;MQRankSum=-6.503;QD=43.64;RPA=8,13;RU=ACG;ReadPosRankSum=-0.225;SB=-1.219e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,23:87:99:3797,0,6984 chrVII 531119 . C CAT 1723.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.782;DP=158;FS=0.659;HaplotypeScore=285.6007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=2.079;QD=10.91;RPA=3,4;RU=AT;ReadPosRankSum=1.509;SB=-8.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,60:158:99:1763,0,1835 chrVII 531506 . CACAAATGGAA C 4978 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.454;DP=85;FS=5.639;HaplotypeScore=169.2857;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.48;MQ0=0;MQRankSum=-5.041;QD=58.56;ReadPosRankSum=0.270;SB=-2.308e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,45:85:99:4978,0,4243 chrVII 533996 . CT CTT,C 1616.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=206.8550;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.56;MQ0=0;QD=17.02;RPA=10,11,9;RU=T;SB=-6.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:12,0,41:95:99:1695,936,1115,979,0,1281 chrVII 534942 . GT G 1363.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.694;DP=132;FS=2.231;HaplotypeScore=170.8552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=1.756;QD=10.33;RPA=7,6;RU=T;ReadPosRankSum=-0.122;SB=-6.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,70:132:99:1403,0,1186 chrVII 535209 . G GTAA 737.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.222;DP=77;FS=24.740;HaplotypeScore=116.1075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.10;MQ0=0;MQRankSum=-3.792;QD=9.58;ReadPosRankSum=-1.669;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,18:77:99:777,0,2877 chrVII 545194 . A AG 2695.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=495.2200;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.22;MQ0=0;QD=27.23;RPA=3,4;RU=G;SB=-8.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,92:99:99:2738,277,0 chrVII 547489 . A AGG 2868.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.830;DP=161;FS=5.671;HaplotypeScore=54.1867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.26;MQ0=1;MQRankSum=0.259;QD=17.82;RPA=2,4;RU=G;ReadPosRankSum=-2.049;SB=-8.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,85:160:99:2908,0,2738 chrVII 548070 . CTT C,CT 2940.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=230.7325;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.94;MQ0=0;QD=24.11;RPA=11,9,10;RU=T;SB=-1.130e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:14,65,0:122:99:3019,1074,926,1497,0,1170 chrVII 555358 . A AT 987.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.780;DP=99;FS=0.873;HaplotypeScore=53.8108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQ0=0;MQRankSum=2.407;QD=9.98;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=0.131;SB=-3.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,44:99:99:1027,0,1199 chrVII 557761 . GA G 1077.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.151;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=40.0017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.87;MQ0=0;MQRankSum=1.129;QD=11.35;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=1.029;SB=-4.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,41:95:99:1117,0,1206 chrVII 559414 . CT C 1441.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.411;DP=105;FS=6.446;HaplotypeScore=73.9543;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=2.112;QD=13.73;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=-0.146;SB=-7.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,53:105:99:1481,0,1197 chrVII 560412 . CA C 1507.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.401;DP=125;FS=5.769;HaplotypeScore=283.6151;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.722;QD=12.06;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=-0.375;SB=-4.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,53:125:99:1547,0,1787 chrVII 560467 . A AAG 2214.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.548;DP=124;FS=8.509;HaplotypeScore=260.1476;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.342;QD=17.86;RPA=1,2;RU=AG;ReadPosRankSum=1.421;SB=-3.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,62:124:99:2254,0,2043 chrVII 561653 . C CA 1031.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.863;DP=139;FS=0.646;HaplotypeScore=344.3395;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.207;QD=7.42;RPA=5,6;RU=A;ReadPosRankSum=-0.350;SB=-5.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,56:139:99:1071,0,1605 chrVII 561841 . GGT G 639.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=36.4862;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.79;MQ0=0;QD=32.00;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,6:20:57:682,57,0 chrVII 567778 . C CA 376.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.724;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=28.6416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.069;QD=8.02;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=-0.011;SB=-1.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,18:47:99:416,0,625 chrVII 568556 . GT G 1193.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.928;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=253.7442;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.66;MQ0=0;MQRankSum=2.247;QD=13.72;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=-3.417;SB=-5.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,44:87:99:1233,0,1042 chrVII 582027 . T TA 1295.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.786;DP=139;FS=0.666;HaplotypeScore=198.1172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.254;QD=9.32;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=-0.425;SB=-5.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,65:138:99:1335,0,1255 chrVII 582104 . TC T 1317.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.137;DP=102;FS=1.741;HaplotypeScore=135.7472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQ0=0;MQRankSum=0.154;QD=12.92;RPA=6,5;RU=C;ReadPosRankSum=-1.319;SB=-4.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,52:102:99:1357,0,852 chrVII 582331 . GA G 1164.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.120;DP=112;FS=2.555;HaplotypeScore=82.3428;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.698;QD=10.40;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=0.692;SB=-4.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,55:112:99:1204,0,1118 chrVII 582537 . A AAC 1913.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.468;DP=120;FS=5.736;HaplotypeScore=396.5494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQ0=0;MQRankSum=0.824;QD=15.95;ReadPosRankSum=2.596;SB=-7.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,57:119:99:1953,0,744 chrVII 582806 . A AT 1093.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.737;DP=118;FS=3.954;HaplotypeScore=310.0593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=0.058;QD=9.27;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=0.137;SB=-3.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,57:118:99:1133,0,988 chrVII 584200 . A AT 4349 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=175.5485;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.86;MQ0=0;QD=34.52;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.734e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,125:126:99:4349,376,0 chrVII 591142 . T TAAA 1834.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.175;DP=120;FS=14.321;HaplotypeScore=105.6392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.91;MQ0=0;MQRankSum=1.654;QD=15.29;RPA=11,14;RU=A;ReadPosRankSum=-3.997;SB=-6.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,57:120:99:1874,0,1720 chrVII 591949 . G GA 2822.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.389;DP=144;FS=2.960;HaplotypeScore=43.3539;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.34;MQ0=0;MQRankSum=0.844;QD=19.60;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.880;SB=-1.269e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,119:144:99:2865,314,0 chrVII 593369 . TATATATATATA T 8237 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.794;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=217.7998;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.74;MQ0=0;MQRankSum=0.817;QD=61.47;ReadPosRankSum=-0.063;SB=-3.192e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:58,72:133:99:8237,268,0 chrVII 593375 . TATATAATATAC T 8378 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=204.7467;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.60;MQ0=0;QD=73.49;SB=-3.150e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:85,29:114:99:8378,318,0 chrVII 596039 . AC A 2653.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.819;DP=148;FS=2.931;HaplotypeScore=174.7006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.302;QD=17.93;ReadPosRankSum=0.482;SB=-1.269e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,82:148:99:2693,0,1961 chrVII 596337 . AT A 4375 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=299.0944;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.48;MQ0=0;QD=32.89;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.752e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,131:133:99:4375,394,0 chrVII 598978 . CG C 3003.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.237;DP=157;FS=3.899;HaplotypeScore=331.3315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.32;MQ0=0;MQRankSum=3.816;QD=19.13;ReadPosRankSum=-2.264;SB=-1.480e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,92:157:99:3043,0,1902 chrVII 607300 . A AT 921.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.686;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=315.7242;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.232;QD=7.50;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.509;SB=-3.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,55:123:99:961,0,1013 chrVII 609109 . TA T 592.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.342;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=66.4430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.295;QD=5.76;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.063;SB=-2.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,37:103:99:632,0,602 chrVII 609314 . G GA 2911.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=74.1475;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.93;MQ0=0;QD=18.91;RPA=11,12;RU=A;SB=-8.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,129:154:99:2954,392,0 chrVII 611510 . C CA 280.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.580;DP=60;FS=2.356;HaplotypeScore=85.4434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.580;QD=4.68;RPA=14,15;RU=A;ReadPosRankSum=-0.034;SB=-6.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,21:60:99:320,0,276 chrVII 616171 . A ATT 597.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.147;DP=97;FS=5.814;HaplotypeScore=71.6544;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.06;MQ0=0;MQRankSum=1.182;QD=6.16;RPA=17,19;RU=T;ReadPosRankSum=0.213;SB=-1.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,26:97:99:637,0,677 chrVII 617452 . T TA 346.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.097;DP=75;FS=3.457;HaplotypeScore=80.8774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=1.878;QD=4.63;RPA=14,15;RU=A;ReadPosRankSum=-1.319;SB=-1.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,28:75:99:386,0,604 chrVII 620043 . AT A 788.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.725;DP=117;FS=7.993;HaplotypeScore=47.9375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.472;QD=6.74;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=-1.416;SB=-2.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,48:117:99:828,0,1058 chrVII 621936 . AT A 806.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.610;DP=89;FS=0.840;HaplotypeScore=87.5513;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.298;QD=9.07;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=-1.309;SB=-3.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,39:89:99:846,0,921 chrVII 627706 . C CA 782.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.975;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=162.7129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQ0=0;MQRankSum=0.154;QD=6.52;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.248;SB=-3.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,46:120:99:822,0,1018 chrVII 635526 . GA G 926.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.773;DP=71;FS=0.908;HaplotypeScore=214.2713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=0.940;QD=13.06;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=-0.732;SB=-3.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,32:71:99:966,0,1135 chrVII 635565 . TC T 1535.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.417;DP=106;FS=8.503;HaplotypeScore=344.9866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.854;QD=14.49;RPA=4,3;RU=C;ReadPosRankSum=0.169;SB=-2.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,58:106:99:1575,0,980 chrVII 636966 . C CT 698.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.782;DP=123;FS=2.534;HaplotypeScore=34.9335;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQ0=0;MQRankSum=1.207;QD=5.68;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.256;SB=-3.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,44:123:99:738,0,1210 chrVII 637679 . A AT,ATT 2244.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.287;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=253.2228;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.746;QD=18.10;RPA=12,13,14;RU=T;ReadPosRankSum=-0.570;SB=-1.046e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:20,62,38:124:99:2323,875,677,892,0,847 chrVII 639673 . GAAAA G 2729.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;DP=152;FS=6.396;HaplotypeScore=859.0160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.17;MQ0=0;MQRankSum=4.676;QD=17.96;RPA=23,19;RU=A;ReadPosRankSum=6.649;SB=-5.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,51:150:99:2769,0,2074 chrVII 640463 . AT A 1874.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.839;DP=186;FS=0.000;HaplotypeScore=390.3101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.253;QD=10.08;RPA=6,5;RU=T;ReadPosRankSum=2.323;SB=-6.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,93:186:99:1914,0,1805 chrVII 640541 . C CA 1361.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.768;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=129.8254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=1.326;QD=8.79;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=-0.642;SB=-3.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,51:155:99:1401,0,1967 chrVII 640797 . CT C 2640.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=5.717;DP=183;FS=9.370;HaplotypeScore=1310.7746;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=1.071;QD=14.43;ReadPosRankSum=4.644;SB=-1.027e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:51,129:183:99:2683,282,0 chrVII 640799 . CATT C 5004 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=5.611;DP=160;FS=5.726;HaplotypeScore=956.3115;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.68;MQ0=0;MQRankSum=0.444;QD=31.28;ReadPosRankSum=6.912;SB=-2.144e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,129:160:93:5004,93,0 chrVII 643888 . AC A 4186 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=88.2647;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=1;QD=30.55;RPA=4,3;RU=C;SB=-1.531e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,128:136:99:4186,388,0 chrVII 649438 . G GA 2295.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.120;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=218.3673;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.675;QD=16.28;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.213;SB=-6.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:79,60:141:99:2338,340,0 chrVII 649441 . A AG 2185.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.616;DP=146;FS=4.597;HaplotypeScore=215.7535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQ0=0;MQRankSum=1.055;QD=14.97;ReadPosRankSum=-0.557;SB=-6.288e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,69:146:38:2225,0,38 chrVII 649563 . T TA 1834.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.384;DP=123;FS=14.364;HaplotypeScore=91.3348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.463;QD=14.92;ReadPosRankSum=3.357;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,60:123:99:1874,0,1379 chrVII 650957 . G GAA,GA 1925.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.476;DP=109;FS=1.954;HaplotypeScore=88.2491;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=61.29;MQ0=0;MQRankSum=0.871;QD=17.67;RPA=13,15,14;RU=A;ReadPosRankSum=0.584;SB=-9.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:22,22,63:108:99:2004,806,744,668,0,472 chrVII 653228 . C CTT 2419.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.992;DP=144;FS=5.778;HaplotypeScore=265.5958;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=63.15;MQ0=0;MQRankSum=1.261;QD=16.81;RPA=16,18;RU=T;ReadPosRankSum=1.362;SB=-8.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,94:144:99:2462,294,0 chrVII 653814 . T TA 1050.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.817;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=40.3458;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.19;MQ0=0;MQRankSum=1.807;QD=19.83;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.272;SB=-4.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,47:53:99:1093,103,0 chrVII 656599 . T TG 1549.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.216;DP=114;FS=1.514;HaplotypeScore=56.0663;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQ0=0;MQRankSum=1.296;QD=13.60;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=-1.072;SB=-7.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,58:114:99:1589,0,1454 chrVII 656821 . GT G 3551 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=107.5948;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=26.11;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.530e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,135:136:99:3551,405,0 chrVII 660399 . A ATG 2621.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.117;DP=115;FS=1.502;HaplotypeScore=325.5902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.523;QD=22.80;ReadPosRankSum=0.315;SB=-1.280e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,65:115:99:2661,0,1787 chrVII 660440 . A AT 1586.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.202;DP=121;FS=3.502;HaplotypeScore=505.7285;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.087;QD=13.12;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=0.306;SB=-6.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,62:121:99:1626,0,1374 chrVII 660964 . G GA 1914.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.959;DP=136;FS=12.470;HaplotypeScore=331.2512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.10;MQ0=0;MQRankSum=-2.229;QD=14.08;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=1.780;SB=-9.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,67:136:99:1954,0,2081 chrVII 661145 . GAACGT G 2760.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.860;DP=115;FS=2.616;HaplotypeScore=230.1407;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.911;QD=24.01;ReadPosRankSum=1.000;SB=-9.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,40:115:99:2800,0,3967 chrVII 661245 . T TTC 1619.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.986;DP=110;FS=18.454;HaplotypeScore=531.2550;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.13;MQ0=0;MQRankSum=-5.953;QD=14.73;ReadPosRankSum=0.330;SB=-7.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,38:110:99:1659,0,2368 chrVII 661427 . T TC 1874.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.541;DP=131;FS=1.404;HaplotypeScore=477.7257;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.157;QD=14.31;ReadPosRankSum=3.105;SB=-9.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,61:131:99:1914,0,1940 chrVII 661827 . TA T 1559.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.587;DP=134;FS=3.084;HaplotypeScore=390.0119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQ0=0;MQRankSum=3.571;QD=11.64;ReadPosRankSum=1.217;SB=-6.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,66:134:99:1599,0,2020 chrVII 666167 . C CT,CTT 2468.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=31.8414;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.17;MQ0=0;QD=24.44;RPA=8,9,10;RU=T;SB=-1.192e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:4,48,49:101:99:2547,1097,824,1015,0,837 chrVII 675526 . A AAC,AATAT 2844.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.182;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=58.1847;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.93;MQ0=1;MQRankSum=-0.415;QD=24.53;ReadPosRankSum=-1.004;SB=-4.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:56,34,18:115:99:2923,854,1122,2093,0,2432 chrVII 677723 . G GA 642.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.046;DP=94;FS=3.109;HaplotypeScore=51.8954;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=0.255;QD=6.84;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.092;SB=-1.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,38:94:99:682,0,691 chrVII 678100 . A AT 732.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.366;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=483.9821;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.22;MQ0=0;MQRankSum=2.811;QD=10.78;RPA=3,4;RU=T;ReadPosRankSum=0.251;SB=-2.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,32:67:99:772,0,576 chrVII 678110 . TC T 378.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.991;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=437.1085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.779;QD=6.42;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=1.760;SB=-5.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,16:59:99:418,0,1003 chrVII 678116 . A AG 365.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.293;DP=59;FS=1.500;HaplotypeScore=432.7850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.64;MQ0=0;MQRankSum=-2.988;QD=6.20;ReadPosRankSum=2.955;SB=-3.300e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,16:59:99:405,0,1283 chrVII 687677 . TG T 2204.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.213;DP=144;FS=2.111;HaplotypeScore=53.0604;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=1.379;QD=15.31;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=-1.193;SB=-9.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,72:144:99:2244,0,1980 chrVII 697261 . CAA C 4423 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=39.0040;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.05;MQ0=0;QD=39.14;RPA=5,3;RU=A;SB=-7.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,112:113:99:4423,337,0 chrVII 698446 . C CA 1793.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.725;DP=121;FS=3.846;HaplotypeScore=244.1397;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQ0=0;MQRankSum=0.363;QD=14.83;ReadPosRankSum=0.021;SB=-3.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,56:121:99:1833,0,2100 chrVII 700000 . A ATT 869.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.765;DP=98;FS=22.482;HaplotypeScore=210.9364;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.11;MQ0=0;MQRankSum=3.497;QD=8.87;RPA=23,25;RU=T;ReadPosRankSum=0.916;SB=-3.081e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,55:98:5:909,5,0 chrVII 700808 . A AT 1075.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.002;DP=123;FS=1.497;HaplotypeScore=133.3137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.414;QD=8.75;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.035;SB=-5.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,59:123:99:1115,0,923 chrVII 700932 . C CA 888.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.441;DP=94;FS=4.142;HaplotypeScore=209.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.548;QD=9.46;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=0.183;SB=-4.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,46:93:99:928,0,772 chrVII 700944 . AAAG A 1542.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.131;DP=96;FS=5.973;HaplotypeScore=152.7616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.149;QD=16.07;RPA=2,1;RU=AAG;ReadPosRankSum=0.149;SB=-3.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,39:94:99:1582,0,2110 chrVII 702451 . G GA 1411.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.502;DP=111;FS=10.735;HaplotypeScore=36.9684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=0.033;QD=12.72;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=-0.306;SB=-6.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,57:111:99:1451,0,1436 chrVII 702711 . ATT A 1374.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.689;DP=120;FS=5.652;HaplotypeScore=182.9462;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.151;QD=11.46;RPA=12,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.175;SB=-4.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,52:120:99:1414,0,1402 chrVII 707041 . C CAA 926.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.465;DP=120;FS=6.790;HaplotypeScore=142.8140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.34;MQ0=0;MQRankSum=0.268;QD=7.72;RPA=13,15;RU=A;ReadPosRankSum=-0.399;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,35:120:99:966,0,960 chrVII 712998 . A AC 480.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.185;DP=83;FS=34.446;HaplotypeScore=171.0172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=0.006;QD=5.79;RPA=8,9;RU=C;ReadPosRankSum=-0.682;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,29:83:99:520,0,1008 chrVII 715716 . G GAA,GA 1998.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.785;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=89.4452;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.32;MQ0=0;MQRankSum=2.268;QD=17.53;RPA=14,16,15;RU=A;ReadPosRankSum=-1.873;SB=-7.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:18,29,62:114:99:2077,732,750,767,0,613 chrVII 720390 . T TACACAAGG 11797 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=256.4129;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.80;MQ0=0;QD=95.91;SB=-5.815e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,99:123:99:11797,364,0 chrVII 733109 . AT A 290.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.508;DP=135;FS=1.603;HaplotypeScore=122.0709;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.311;QD=2.16;RPA=20,19;RU=T;ReadPosRankSum=-0.514;SB=-1.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,21:135:99:330,0,1054 chrVII 738524 . A AT 2044.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.239;DP=143;FS=0.650;HaplotypeScore=507.2136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQ0=0;MQRankSum=0.621;QD=14.30;ReadPosRankSum=1.408;SB=-7.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,72:143:99:2084,0,1988 chrVII 738874 . TA T 907.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.738;DP=109;FS=3.665;HaplotypeScore=425.9373;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.117;QD=8.33;ReadPosRankSum=2.503;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,40:109:99:947,0,1924 chrVII 738876 . TC T 812.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.098;DP=121;FS=3.525;HaplotypeScore=472.7022;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.51;MQ0=0;MQRankSum=0.549;QD=6.72;ReadPosRankSum=3.806;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,40:121:99:852,0,2146 chrVII 739245 . CACTT C 2980.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=771.6002;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.82;MQ0=0;QD=25.70;RPA=2,1;RU=ACTT;SB=-1.156e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:76,40:116:99:3023,240,0 chrVII 739249 . TAC T 3511 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.253;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=715.5292;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.227;QD=30.53;ReadPosRankSum=3.316;SB=-1.305e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:49,64:115:99:3511,267,0 chrVII 741881 . CT C 1010.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.635;DP=107;FS=0.748;HaplotypeScore=115.7905;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=2.601;QD=9.45;RPA=7,6;RU=T;ReadPosRankSum=-0.554;SB=-4.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,53:107:99:1050,0,932 chrVII 742244 . C CAA 536.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.045;DP=57;FS=7.711;HaplotypeScore=248.4798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.99;MQ0=0;MQRankSum=-5.347;QD=9.42;RPA=5,7;RU=A;ReadPosRankSum=2.767;SB=-1.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,21:55:99:576,0,1061 chrVII 762410 . C CA 823.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.180;DP=98;FS=2.677;HaplotypeScore=26.7514;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.861;QD=8.41;RPA=5,6;RU=A;ReadPosRankSum=0.407;SB=-3.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,43:98:99:863,0,1016 chrVII 765774 . GA G 904.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.807;DP=150;FS=1.524;HaplotypeScore=88.7186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.043;QD=6.03;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.614;SB=-3.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,55:150:99:944,0,1067 chrVII 765979 . G GA 1121.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.270;DP=132;FS=15.042;HaplotypeScore=67.8579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=1.108;QD=8.50;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-2.001;SB=-3.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,64:132:99:1161,0,1023 chrVII 774766 . CT C 1413.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.991;DP=153;FS=0.682;HaplotypeScore=50.3952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.140;QD=9.24;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.253;SB=-4.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,82:153:99:1453,0,1240 chrVII 784027 . G GTT 1978.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.834;DP=162;FS=2.350;HaplotypeScore=118.0089;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.72;MQ0=0;MQRankSum=1.395;QD=12.22;RPA=12,14;RU=T;ReadPosRankSum=-4.109;SB=-6.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,73:162:99:2018,0,1557 chrVII 785493 . TG T 4840 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=60.4078;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.93;MQ0=0;QD=31.43;RPA=4,3;RU=G;SB=-1.959e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,148:154:99:4840,445,0 chrVII 787950 . TC T 1683.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.423;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=36.6249;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=14.90;RPA=3,2;RU=C;ReadPosRankSum=0.586;SB=-7.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,59:113:99:1723,0,1203 chrVII 788496 . T TC 3319 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=1211.5914;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.24;MQ0=0;QD=23.71;SB=-1.553e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,137:140:99:3319,406,0 chrVII 790438 . T TAA 5440 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=133.5419;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.09;MQ0=0;QD=38.58;RPA=2,4;RU=A;SB=-1.471e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,139:141:99:5440,418,0 chrVII 793559 . A ACAAG 3395 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.185;DP=127;FS=10.363;HaplotypeScore=332.8615;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=1.671;QD=26.73;RPA=3,4;RU=CAAG;ReadPosRankSum=-0.029;SB=-1.048e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,68:127:99:3395,0,2535 chrVII 794370 . A AT 1096.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.793;DP=126;FS=2.312;HaplotypeScore=166.9385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.235;QD=8.71;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=-0.645;SB=-4.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,59:126:99:1136,0,1213 chrVII 794505 . A ATT 918.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.821;DP=94;FS=7.382;HaplotypeScore=190.7237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.889;QD=9.78;RPA=8,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.074;SB=-2.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,35:94:99:958,0,1423 chrVII 800514 . G GACGAAGA 2828.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.311;DP=133;FS=6.764;HaplotypeScore=39.5730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQ0=1;MQRankSum=0.488;QD=21.27;RPA=2,3;RU=ACGAAGA;ReadPosRankSum=-1.145;SB=-8.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,41:130:99:2868,0,4445 chrVII 801946 . A ATG 4224 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.405;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=45.0749;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.65;MQ0=0;MQRankSum=0.654;QD=38.75;ReadPosRankSum=-1.209;SB=-1.716e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,104:109:99:4224,275,0 chrVII 805050 . G GT 1006.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.448;DP=150;FS=10.064;HaplotypeScore=139.4459;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQ0=0;MQRankSum=1.365;QD=6.71;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-1.087;SB=-5.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,65:150:99:1046,0,899 chrVII 806220 . G GA 852.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.929;DP=115;FS=4.616;HaplotypeScore=163.3783;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQ0=0;MQRankSum=1.557;QD=7.42;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.818;SB=-4.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,52:115:99:892,0,1002 chrVII 807377 . C CAGAGGA 2305.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.928;DP=109;FS=11.078;HaplotypeScore=39.1651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.164;QD=21.16;RPA=3,4;RU=AGAGGA;ReadPosRankSum=-0.493;SB=-1.079e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,37:106:99:2345,0,2007 chrVII 808485 . TA T 1831.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=303.5791;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=16.81;RPA=9,8;RU=A;SB=-6.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:68,41:109:99:1874,286,0 chrVII 808498 . T TA 696.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.986;DP=98;FS=0.887;HaplotypeScore=364.7531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.154;QD=7.11;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.634;SB=-3.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,40:98:99:736,0,537 chrVII 810730 . AT A 1523.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.928;DP=137;FS=4.233;HaplotypeScore=443.7351;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.859;QD=11.12;ReadPosRankSum=-0.335;SB=-6.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,56:137:99:1563,0,2657 chrVII 823555 . A AT 973.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.373;DP=108;FS=2.538;HaplotypeScore=157.8689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.81;MQ0=0;MQRankSum=1.399;QD=9.02;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=0.315;SB=-3.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,52:108:99:1013,0,1081 chrVII 823734 . AT A 1225.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.038;DP=178;FS=11.213;HaplotypeScore=213.1097;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.513;QD=6.89;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.870;SB=-3.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:105,72:178:99:1265,0,1405 chrVII 828714 . C CA 904.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.829;DP=94;FS=1.681;HaplotypeScore=113.3578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQ0=0;MQRankSum=0.827;QD=9.63;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=-2.205;SB=-3.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,49:94:99:944,0,807 chrVII 832769 . G GTGCGCC 4103 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.636;DP=129;FS=2.285;HaplotypeScore=231.4793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=0.309;QD=31.81;ReadPosRankSum=-0.745;SB=-1.717e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,50:129:99:4103,0,5294 chrVII 836033 . C CA 1636.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.149;DP=126;FS=11.444;HaplotypeScore=203.0666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.319;QD=12.99;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=2.294;SB=-2.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,65:126:99:1676,0,1550 chrVII 836826 . G GA 584.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.996;DP=84;FS=3.389;HaplotypeScore=139.9135;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.985;QD=6.96;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.679;SB=-1.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,33:84:99:624,0,726 chrVII 836865 . A AT 651.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.232;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=243.2185;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=0.134;QD=6.65;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-1.587;SB=-3.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,33:98:99:691,0,867 chrVII 842650 . GT G 1987.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.514;DP=142;FS=0.659;HaplotypeScore=306.6094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.146;QD=14.00;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=0.118;SB=-6.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,73:142:99:2027,0,1698 chrVII 845307 . A AT 1248.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.310;DP=119;FS=7.193;HaplotypeScore=299.1459;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.407;QD=10.50;ReadPosRankSum=2.941;SB=-4.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,53:119:99:1288,0,2200 chrVII 845880 . TGACCC T 3233.06 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.829;DP=108;FS=3.605;HaplotypeScore=349.8774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=-2.535;QD=29.94;RPA=2,1;RU=GACCC;ReadPosRankSum=-0.375;SB=-1.425e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,52:108:99:3274,0,3159 chrVII 846682 . T TATCA 2123.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.978;DP=87;FS=2.818;HaplotypeScore=461.6220;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.92;MQ0=0;MQRankSum=-4.264;QD=24.41;RPA=1,2;RU=ATCA;ReadPosRankSum=1.067;SB=-8.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,41:87:99:2163,0,2281 chrVII 846870 . TAA T,TA 2439.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=183.5056;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.26;MQ0=0;QD=23.69;RPA=10,8,9;RU=A;SB=-1.203e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:1,46,0:103:99:2518,1140,1042,1074,0,792 chrVII 848452 . AT A 2734.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.023;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=116.5664;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.064;QD=20.11;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.515;SB=-9.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,128:136:99:2777,309,0 chrVII 848511 . GAT GATAT,G 1581.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.268;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=300.9019;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=0.762;QD=15.36;RPA=9,10,8;RU=AT;ReadPosRankSum=0.021;SB=-1.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:49,0,27:103:99:1660,997,1507,786,0,1223 chrVII 848540 . GA G 1334.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.125;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=394.3588;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.604;QD=12.25;RPA=16,15;RU=A;ReadPosRankSum=1.033;SB=-2.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:56,42:109:99:1377,166,0 chrVII 850800 . GAA G 1802.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.395;DP=155;FS=1.593;HaplotypeScore=365.8165;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=0.453;QD=11.63;RPA=14,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.878;SB=-5.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,59:155:99:1842,0,1210 chrVII 850848 . GT G 1330.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.764;DP=103;FS=1.624;HaplotypeScore=392.7760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.356;QD=12.92;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=-0.190;SB=-5.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,43:103:99:1370,0,1624 chrVII 850854 . AT A 730.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.148;DP=100;FS=1.721;HaplotypeScore=445.5361;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.247;QD=7.31;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.675;SB=-3.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,42:100:99:770,0,839 chrVII 850902 . G GA 1620.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.387;DP=149;FS=4.281;HaplotypeScore=360.5688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQ0=0;MQRankSum=0.320;QD=10.88;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.507;SB=-5.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,84:149:99:1660,0,1156 chrVII 853509 . AT A 411.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.584;DP=111;FS=2.957;HaplotypeScore=132.1684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.515;QD=3.71;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.203;SB=-1.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,27:111:99:451,0,860 chrVII 856430 . CA C 836.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.770;DP=130;FS=1.998;HaplotypeScore=112.4484;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=6.44;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.686;SB=-1.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,46:130:99:876,0,715 chrVII 856944 . AG A 3727 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=86.5879;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.85;MQ0=0;QD=29.82;RPA=5,4;RU=G;SB=-1.430e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,119:125:99:3727,358,0 chrVII 857305 . GA G 2179.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=284.2843;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.96;MQ0=0;QD=17.58;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.101e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,93:124:99:2222,281,0 chrVII 857593 . AT A 4854 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=375.4657;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.37;MQ0=0;QD=35.43;RPA=2,1;RU=T;SB=-2.346e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,136:137:99:4854,412,0 chrVII 857748 . T TG 4078 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=566.0912;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.89;MQ0=0;QD=29.77;RPA=2,3;RU=G;SB=-2.017e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,130:137:99:4078,394,0 chrVII 858669 . T TA 5636 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=172;FS=0.000;HaplotypeScore=541.8269;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.17;MQ0=0;QD=32.77;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.969e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,172:172:99:5636,517,0 chrVII 858812 . T TA 4034 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=407.7926;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;QD=25.06;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.140e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,133:161:99:4034,444,0 chrVII 859043 . ATG A 4536 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.671;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=470.4878;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.15;MQ0=0;MQRankSum=1.124;QD=36.88;RPA=3,2;RU=TG;ReadPosRankSum=0.699;SB=-1.594e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,114:123:99:4536,303,0 chrVII 859745 . GA G 3969 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=464.2465;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.50;MQ0=0;QD=32.80;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.824e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,119:121:99:3969,358,0 chrVII 870132 . C CTT 4965 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=436.2024;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.55;MQ0=0;QD=32.66;RPA=8,10;RU=T;SB=-1.689e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,145:152:99:4965,443,0 chrVII 876203 . AT A 531.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.123;DP=101;FS=6.063;HaplotypeScore=403.7814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.26;MQ0=2;MQRankSum=-6.293;QD=5.27;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=0.593;SB=-1.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,24:89:99:571,0,1804 chrVII 876475 . TTC T 4627 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=109.5176;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.65;MQ0=0;QD=37.93;SB=-1.861e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,120:122:99:4627,363,0 chrVII 878684 . GA G 2071.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.228;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=62.4032;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.554;QD=19.73;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.933;SB=-1.034e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,96:105:99:2114,281,0 chrVII 879568 . G GA 3594 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=174.6122;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.38;MQ0=0;QD=23.64;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.223e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,144:152:99:3594,434,0 chrVII 882287 . T TA 4337 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=370.6140;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.87;MQ0=0;QD=30.76;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.705e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,139:141:99:4337,418,0 chrVII 882405 . 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TAA T 3360 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=249.2684;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.78;MQ0=0;QD=37.75;RPA=5,3;RU=A;SB=-1.141e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,88:89:99:3360,265,0 chrVII 888553 . A AAT 2826.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.219;DP=128;FS=4.344;HaplotypeScore=38.3190;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.538;QD=22.09;RPA=6,7;RU=AT;ReadPosRankSum=1.055;SB=-1.027e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,86:128:99:2869,227,0 chrVII 888714 . A AG 2242.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.097;DP=121;FS=1.537;HaplotypeScore=687.1278;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.344;QD=18.54;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=4.179;SB=-7.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,76:121:99:2285,241,0 chrVII 888717 . A AATGG 5329 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=314.1343;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.62;MQ0=0;QD=45.94;RPA=1,2;RU=ATGG;SB=-1.593e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,29:116:99:5329,319,0 chrVII 888842 . 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AAT A 5071 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=517.5327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.37;MQ0=0;QD=41.91;SB=-2.326e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:121:99:5071,355,0 chrVII 910112 . CTTTTTTTTT C 3563 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.287;DP=108;FS=5.681;HaplotypeScore=128.2977;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.00;MQ0=1;MQRankSum=-0.833;QD=32.99;RPA=24,15;RU=T;ReadPosRankSum=1.379;SB=-1.683e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:48,46:107:99:3543,124,0 chrVII 914928 . G GAA 3360 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.977;DP=138;FS=3.201;HaplotypeScore=254.9726;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.031;QD=24.35;RPA=13,15;RU=A;ReadPosRankSum=0.142;SB=-5.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,111:138:99:3360,264,0 chrVII 919773 . GA G 2015.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=43.2205;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=21.00;RPA=10,9;RU=A;SB=-9.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,88:96:99:2058,266,0 chrVII 920086 . TA T 1770.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=627.5471;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.64;MQ0=0;QD=25.30;RPA=6,5;RU=A;SB=-5.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,59:70:99:1813,207,0 chrVII 920105 . G GAAA 3444 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=619.5313;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.60;MQ0=0;QD=40.05;RPA=7,10;RU=A;SB=-1.603e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,67:86:99:3444,246,0 chrVII 920124 . A AAT 3710 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=589.1279;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.72;MQ0=0;QD=40.33;SB=-1.289e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,82:92:99:3710,271,0 chrVII 920914 . G GA 1835.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.402;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=139.3138;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.228;QD=17.82;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.033;SB=-7.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,80:103:99:1878,208,0 chrVII 922075 . AT A 1392.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.322;DP=118;FS=0.688;HaplotypeScore=278.5228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.412;QD=11.80;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=-0.221;SB=-6.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,60:118:99:1432,0,1308 chrVII 930945 . G GAA 1068.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.357;DP=83;FS=2.880;HaplotypeScore=268.3428;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.46;MQ0=0;MQRankSum=1.885;QD=12.88;RPA=7,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.121;SB=-4.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,39:83:99:1108,0,1201 chrVII 931063 . G GT 1328.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.861;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=416.3381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.911;QD=10.22;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=-0.141;SB=-5.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,63:130:99:1368,0,1323 chrVII 947112 . TA T 1569.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=597.3480;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.41;MQ0=0;QD=14.40;RPA=7,6;RU=A;SB=-7.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:58,46:109:99:1612,265,0 chrVII 947118 . AAT A 1974.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.894;DP=121;FS=0.679;HaplotypeScore=608.7026;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=0.932;QD=16.32;ReadPosRankSum=-0.590;SB=-9.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,50:121:99:2014,0,445 chrVII 947127 . G GA 2508.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.577;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=568.2535;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=2.302;QD=21.08;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.209;SB=-1.159e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,108:119:99:2551,268,0 chrVII 947344 . G GA 3420 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=97.9571;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.25;MQ0=0;QD=26.11;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.299e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,129:131:99:3420,387,0 chrVII 949254 . T TATATATATAC 2646.48 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.192;DP=93;FS=2.564;HaplotypeScore=199.0717;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.20;MQ0=0;MQRankSum=0.561;QD=28.46;ReadPosRankSum=3.608;SB=-1.164e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,30:92:6:2685,0,6 chrVII 951196 . AT A 755.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.463;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=91.7371;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.537;QD=9.57;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=0.858;SB=-2.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,31:79:99:795,0,1217 chrVII 951730 . T TA 409.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.034;DP=81;FS=1.012;HaplotypeScore=1166.4142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.90;MQ0=0;MQRankSum=-3.394;QD=5.06;ReadPosRankSum=0.411;SB=-9.400e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,22:79:99:449,0,1206 chrVII 951823 . T TA 1461.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=462.8308;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.17;MQ0=0;QD=27.58;SB=-5.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,32:50:99:1504,143,0 chrVII 951834 . T TA 647.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.922;DP=60;FS=2.558;HaplotypeScore=573.7169;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.54;MQ0=0;MQRankSum=2.788;QD=10.80;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.869;SB=-2.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,33:57:99:687,0,184 chrVII 953791 . G GCA 5402 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=269.3069;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=37.00;RPA=2,3;RU=CA;SB=-2.685e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,135:146:99:5402,409,0 chrVII 957467 . G GTTA 2925.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.421;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=210.6724;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.140;QD=27.60;RPA=3,4;RU=TTA;ReadPosRankSum=-1.139;SB=-1.142e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,77:106:99:2968,213,0 chrVII 958309 . A AGTAT 4050 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=641.1018;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.21;MQ0=0;QD=35.53;RPA=1,2;RU=GTAT;SB=-1.828e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,70:114:99:4050,209,0 chrVII 959202 . A AT 3428 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=333.7866;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=26.37;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.112e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,129:130:99:3428,387,0 chrVII 959586 . CG C 4559 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=129.9188;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.46;MQ0=0;QD=37.07;SB=-1.649e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:123:99:4559,361,0 chrVII 959779 . AATATATAT A,AATATAT 2876.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.339;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=188.5126;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.085;QD=27.40;RPA=11,7,10;RU=AT;ReadPosRankSum=0.170;SB=-1.352e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:50,21,0:105:99:2955,992,2286,1595,0,1489 chrVII 962950 . TGAAG T 4343 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.316;DP=140;FS=2.140;HaplotypeScore=56.6278;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.362;QD=31.02;ReadPosRankSum=-2.240;SB=-1.845e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,62:140:99:4343,0,3840 chrVII 963056 . G GT 4496 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=49.7400;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=34.32;RPA=1,2;RU=T;SB=-2.217e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,128:131:99:4496,385,0 chrVII 968722 . AT ATT,A 1513.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.251;DP=119;FS=1.708;HaplotypeScore=276.7764;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=0.278;QD=12.72;RPA=12,13,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.437;SB=-4.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:37,1,42:119:99:1592,844,1186,866,0,1238 chrVII 968778 . G GAA 1474.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.001;DP=115;FS=0.828;HaplotypeScore=420.7713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=0.075;QD=12.83;RPA=10,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.394;SB=-6.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,49:115:99:1514,0,784 chrVII 979753 . C CTCTAG 5410 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.214;DP=159;FS=3.083;HaplotypeScore=143.1246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.088;QD=34.03;ReadPosRankSum=0.915;SB=-1.514e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,72:158:99:5410,0,5240 chrVII 982259 . G GAAAA 3909 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=274.3984;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=64.19;MQ0=0;QD=32.58;RPA=14,18;RU=A;SB=-1.319e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,91:120:99:3909,308,0 chrVII 984347 . AT A 3688 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=512.9620;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.98;MQ0=0;QD=23.05;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.225e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,152:160:99:3688,452,0 chrVII 984539 . C CT 1593.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.428;DP=173;FS=0.675;HaplotypeScore=712.2972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.748;QD=9.21;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.957;SB=-3.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,87:173:99:1633,0,1533 chrVII 984730 . C CG 928.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.345;DP=113;FS=3.762;HaplotypeScore=166.3397;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.78;MQ0=0;MQRankSum=2.296;QD=8.22;RPA=6,7;RU=G;ReadPosRankSum=-1.234;SB=-4.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,48:113:99:968,0,1176 chrVII 985722 . A ATTTTT,ATATTT 5202 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.701;DP=129;FS=15.721;HaplotypeScore=106.4708;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=66.37;MQ0=0;MQRankSum=1.426;QD=40.33;ReadPosRankSum=1.609;SB=-6.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:21,44,57:129:99:5202,1086,800,1154,0,1176 chrVII 987105 . G GT 1766.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.440;DP=123;FS=2.323;HaplotypeScore=553.8985;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=1.759;QD=14.37;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.033;SB=-8.572e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,84:123:99:1809,209,0 chrVII 987325 . C CT 4464 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=658.2162;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.83;MQ0=0;QD=34.34;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.599e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,118:130:99:4464,391,0 chrVII 987365 . T TTG 5343 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=957.3790;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.14;MQ0=0;QD=40.48;SB=-2.083e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,121:132:99:5343,397,0 chrVII 987689 . G GA 2935.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=301.5201;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=23.68;RPA=6,7;RU=A;SB=-7.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,116:124:99:2978,348,0 chrVII 987908 . A AATATATAT 5266 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=889.9193;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.83;MQ0=0;QD=40.20;RPA=6,10;RU=AT;SB=-2.084e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:67,57:131:99:5239,187,0 chrVII 989675 . ATT A 1477.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=100.9113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;QD=18.24;RPA=16,14;RU=T;SB=-6.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,47:81:99:1519,135,0 chrVII 990314 . G GA 2334.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.194;DP=136;FS=2.376;HaplotypeScore=353.4573;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.489;QD=17.17;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.987;SB=-4.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,106:136:99:2377,259,0 chrVII 991134 . GAA G 4303 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=51.3289;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.81;MQ0=0;QD=33.88;RPA=8,6;RU=A;SB=-1.498e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,122:127:99:4303,367,0 chrVII 993818 . A ATGTT 8010 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=45.4557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=58.90;RPA=1,2;RU=TGTT;SB=-2.593e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,134:136:99:8010,403,0 chrVII 994378 . G GT 903.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.813;DP=143;FS=0.676;HaplotypeScore=61.5510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.823;QD=6.32;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.734;SB=-3.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,57:143:99:943,0,1241 chrVII 994786 . TA T 3708 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.527;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=809.3070;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.71;MQ0=0;MQRankSum=0.675;QD=30.39;ReadPosRankSum=1.644;SB=-1.408e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,117:122:99:3708,329,0 chrVII 995086 . AT A 3207.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=888.1497;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.03;MQ0=0;QD=32.40;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.539e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,95:98:99:3250,289,0 chrVII 995284 . AT A 2658.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=857.6929;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=23.95;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.164e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,110:111:99:2701,329,0 chrVII 996370 . AG A 5254 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=973.7223;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.66;MQ0=0;QD=34.34;SB=-2.090e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,141:153:99:5254,421,0 chrVII 996481 . C CT 3143.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=364.1736;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=25.56;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.455e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,123:123:99:3186,369,0 chrVII 996699 . GT G 3761 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=50.5875;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;QD=25.94;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.281e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,142:145:99:3761,426,0 chrVII 996829 . C CA 3898 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=59.2382;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=27.07;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.875e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,130:144:99:3898,421,0 chrVII 1000394 . G GA 941.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.833;DP=123;FS=0.791;HaplotypeScore=566.5695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.61;MQ0=0;MQRankSum=1.656;QD=7.66;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.457;SB=-2.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,56:123:99:981,0,1025 chrVII 1004507 . A AAT 907.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.576;DP=71;FS=2.372;HaplotypeScore=332.6644;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.73;MQ0=0;MQRankSum=1.327;QD=12.79;RPA=11,12;RU=AT;ReadPosRankSum=-0.225;SB=-4.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:48,17:71:25:950,25,0 chrVII 1006278 . CG C 3858 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=716.9974;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=26.24;SB=-1.294e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:109,38:147:99:3858,423,0 chrVII 1010897 . CT C 848.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.974;DP=144;FS=2.309;HaplotypeScore=90.0364;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=1;MQRankSum=1.149;QD=5.90;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.490;SB=-3.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,49:143:99:888,0,1047 chrVII 1012220 . A AT 1086.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.994;DP=152;FS=2.351;HaplotypeScore=514.0026;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.174;QD=7.15;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.627;SB=-2.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,65:152:99:1126,0,1258 chrVII 1012394 . G GA 913.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.133;DP=132;FS=1.515;HaplotypeScore=59.8967;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.521;QD=6.92;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.798;SB=-3.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,55:132:99:953,0,1114 chrVII 1017880 . TAAA T 5439 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=114.2817;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.62;MQ0=0;QD=53.32;RPA=4,1;RU=A;SB=-2.630e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,101:102:99:5439,307,0 chrVII 1017937 . A AT 1482.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.951;DP=116;FS=7.643;HaplotypeScore=298.5966;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.767;QD=12.78;ReadPosRankSum=0.755;SB=-6.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,39:116:99:1522,0,1897 chrVII 1021962 . C CT 490.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.344;DP=82;FS=5.405;HaplotypeScore=60.1224;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.584;QD=5.99;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=-1.105;SB=-1.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,34:82:99:530,0,631 chrVII 1024993 . A ATT 1711.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.445;DP=137;FS=4.558;HaplotypeScore=189.4985;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=2.271;QD=12.50;RPA=11,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.036;SB=-5.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,64:137:99:1751,0,1460 chrVII 1043766 . CATATATATATAT C 2345.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.105;DP=79;FS=25.735;HaplotypeScore=102.6837;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.88;MQ0=1;MQRankSum=-1.011;QD=29.70;RPA=15,9;RU=AT;ReadPosRankSum=1.144;SB=-1.189e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,27:78:99:2385,0,482 chrVII 1048534 . C CAA 2069.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-10.054;DP=166;FS=8.387;HaplotypeScore=606.1741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.48;MQ0=1;MQRankSum=0.346;QD=12.47;RPA=10,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.437;SB=-4.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,65:165:99:2109,0,794 chrVII 1048542 . AAAG A 2822.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.051;DP=156;FS=4.303;HaplotypeScore=491.1729;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.18;MQ0=1;MQRankSum=0.164;QD=18.10;ReadPosRankSum=-2.460;SB=-1.031e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,59:155:99:2862,0,1997 chrVII 1048774 . G GT,GTT 3524 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=161.6344;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.36;MQ0=3;QD=22.16;RPA=9,10,11;RU=T;SB=-7.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:34,66,58:155:99:3524,1504,1116,1476,0,1231 chrVII 1050199 . GA G 732.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.944;DP=92;FS=3.207;HaplotypeScore=45.1348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQ0=0;MQRankSum=0.810;QD=7.97;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.035;SB=-2.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,46:92:99:772,0,648 chrVII 1050708 . T TA 1397.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.233;DP=129;FS=5.671;HaplotypeScore=53.9684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=0.557;QD=10.84;RPA=3,4;RU=A;ReadPosRankSum=0.657;SB=-5.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,58:129:99:1437,0,1317 chrVII 1050785 . ATT A 2014.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.092;DP=153;FS=4.822;HaplotypeScore=84.7296;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=0.607;QD=13.17;RPA=11,9;RU=T;ReadPosRankSum=3.272;SB=-9.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,76:152:99:2054,0,1999 chrVII 1051813 . ATT A,AT 3206.93 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.635;DP=162;FS=24.431;HaplotypeScore=859.7627;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=52.98;MQ0=1;MQRankSum=2.484;QD=19.80;RPA=12,10,11;RU=T;ReadPosRankSum=2.739;SB=-4.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:93,27,0:159:99:3285,1422,1350,1400,0,1054 chrVII 1052317 . A AT 3233.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=48.1002;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.06;MQ0=0;QD=24.68;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.444e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,120:131:99:3276,360,0 chrVII 1052718 . CT C 4428 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=198.1694;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=27.68;RPA=5,4;RU=T;SB=-2.079e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,157:160:99:4428,477,0 chrVII 1052792 . CAAA C 5811 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=117.7614;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;QD=52.35;RPA=5,2;RU=A;SB=-2.408e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,103:111:99:5811,328,0 chrVII 1057590 . TA T 2437.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=549.9053;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.65;MQ0=0;QD=25.40;RPA=4,3;RU=A;SB=-9.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,84:96:99:2480,252,0 chrVII 1063282 . G GA 647.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.462;DP=84;FS=2.271;HaplotypeScore=331.5678;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=0.824;QD=7.71;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.517;SB=-1.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,30:84:99:687,0,190 chrVII 1063485 . AC A 3158.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=336.0600;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.01;MQ0=0;QD=33.97;RPA=2,1;RU=C;SB=-4.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:3201,274,0 chrVII 1063585 . CAA C 2310.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=541.9358;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.10;MQ0=0;QD=32.10;RPA=10,8;RU=A;SB=-1.119e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,70:71:99:2353,208,0 chrVII 1063730 . A AAT,AATATAT 3221.92 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=414.7672;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.90;MQ0=0;QD=31.28;RPA=7,8,10;RU=AT;SB=-1.526e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:34,48,15:102:99:3300,1388,1159,1297,0,1783 chrVII 1065297 . C CGA 1246.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.827;DP=180;FS=2.172;HaplotypeScore=362.1954;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.601;QD=6.93;RPA=2,3;RU=GA;ReadPosRankSum=0.601;SB=-6.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:134,46:180:99:1286,0,4668 chrVII 1065443 . TTA T,TTATA 5037 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.321;DP=178;DS;FS=4.940;HaplotypeScore=361.9482;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.269;QD=28.30;RPA=6,5,7;RU=TA;ReadPosRankSum=1.648;SB=-1.568e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:19,103,0:178:99:5037,1880,2766,3511,0,5101 chrVII 1066075 . A AT 2536.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;DP=193;FS=1.286;HaplotypeScore=1155.6780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.94;MQ0=0;MQRankSum=-1.147;QD=13.14;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=-0.407;SB=-1.104e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,117:193:99:2576,0,939 chrVII 1066858 . AG A 6518 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=176;FS=0.000;HaplotypeScore=531.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.04;MQ0=0;QD=37.03;SB=-2.088e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,175:176:99:6518,527,0 chrVII 1067115 . CA C 4004 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=184;FS=0.000;HaplotypeScore=790.0190;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.12;MQ0=0;QD=21.76;RPA=10,9;RU=A;SB=-1.703e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,164:184:99:4004,500,0 chrVII 1069959 . A ATTATAACGGTC 18338 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=464.0984;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.28;MQ0=0;QD=122.25;SB=-5.140e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,103:150:99:18338,439,0 chrVII 1070641 . G GA 723.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.942;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=426.2244;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.281;QD=4.67;RPA=5,6;RU=A;ReadPosRankSum=0.710;SB=-3.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:109,46:155:99:763,0,2520 chrVII 1072707 . G GA 5331 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=185;FS=0.000;HaplotypeScore=901.2799;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.57;MQ0=0;QD=28.82;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.717e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,182:185:99:5331,553,0 chrVII 1073343 . AT A 1635.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.151;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=1077.8466;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.805;QD=11.60;RPA=8,7;RU=T;ReadPosRankSum=-0.297;SB=-5.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,85:141:99:1675,0,873 chrVII 1073447 . TG T 6701 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=194;FS=0.000;HaplotypeScore=899.0626;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.67;MQ0=0;QD=34.54;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.173e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,193:194:99:6701,583,0 chrVII 1073587 . C CT 4875 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=175;FS=0.000;HaplotypeScore=1309.8373;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.35;MQ0=0;QD=27.86;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.368e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,166:175:99:4875,502,0 chrVII 1073664 . TG T 6211 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;FS=0.000;HaplotypeScore=1129.8051;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.90;MQ0=0;QD=36.97;SB=-2.856e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,159:168:99:6211,497,0 chrVII 1073827 . TA T 560.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.717;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=810.2730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=0.614;QD=4.01;RPA=6,5;RU=A;ReadPosRankSum=1.196;SB=-2.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,38:140:99:600,0,2154 chrVII 1073937 . CA C 602.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.376;DP=171;FS=8.495;HaplotypeScore=321.4993;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=2.332;QD=3.53;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.161;SB=-1.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:113,49:171:99:642,0,1819 chrVII 1074041 . AT A 1428.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.878;DP=162;FS=2.243;HaplotypeScore=49.5886;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.867;QD=8.82;ReadPosRankSum=0.072;SB=-6.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:113,48:162:99:1468,0,3694 chrVII 1081044 . T TC 2363.73 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.867;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=67.7304;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.00;MQ0=40;MQRankSum=-0.540;QD=17.25;ReadPosRankSum=1.556;SB=-1.144e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,95:92:0:2401,0,0 chrVII 1082807 . A AG 433.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.971;DP=56;FS=25.026;HaplotypeScore=367.4928;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.517;QD=7.75;ReadPosRankSum=2.314;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,19:49:99:473,0,935 chrVII 1082863 . GA G 55.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.186;DP=29;FS=4.684;HaplotypeScore=237.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.49;MQ0=1;MQRankSum=-1.785;QD=1.93;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=1.085;SB=-1.001e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,8:24:95:95,0,402 chrVII 1083000 . CT C 393.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=386.4360;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.40;MQ0=0;QD=20.73;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:36:436,36,0 chrVII 1083692 . T TG 169.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.666;DP=9;FS=15.563;HaplotypeScore=212.8942;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.80;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=18.86;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=-0.762;SB=-7.242e-01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,6:9:10:211,10,0 chrVII 1083974 . A AG 497.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.562;DP=37;FS=1.497;HaplotypeScore=332.5088;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.08;MQ0=3;MQRankSum=-0.126;QD=13.46;ReadPosRankSum=-1.214;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,19:30:99:537,0,383 chrVII 1084119 . TA T 170.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.067;DP=9;FS=3.332;HaplotypeScore=205.1777;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.00;MQ0=1;MQRankSum=0.572;QD=19.00;ReadPosRankSum=0.572;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,7:8:46:210,0,46 chrVII 1084142 . CA C 203.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=238.0777;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.78;MQ0=0;QD=25.50;RPA=2,1;RU=A;SB=-7.477e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,5:8:24:246,24,0 chrVII 1084213 . CA C 248.98 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=254.0933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=27.66;SB=-6.895e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27:291,27,0 chrVII 1084216 . G GTTA 390.98 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=239.9286;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=43.44;SB=-9.695e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27:433,27,0 chrVII 1084223 . A AC 191.99 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=279.1984;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=19.20;SB=-5.882e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,6:10:25:234,25,0 chrVIII 101 . A AT 1527.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.993;DP=173;FS=13.880;HaplotypeScore=1128.8184;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.90;MQ0=4;MQRankSum=-0.117;QD=8.83;ReadPosRankSum=3.707;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,68:143:99:1567,0,1410 chrVIII 343 . ATAC A 710.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.704;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=254.3826;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.07;MQ0=5;MQRankSum=0.298;QD=15.80;RPA=3,2;RU=TAC;ReadPosRankSum=2.282;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,24:34:99:750,0,611 chrVIII 382 . AT A 361.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.081;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=252.1253;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.07;MQ0=13;MQRankSum=0.153;QD=7.54;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=-1.331;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,14:33:99:401,0,326 chrVIII 477 . ATAG A 195.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.869;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=78.0444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=12.49;MQ0=56;MQRankSum=-1.517;QD=2.13;ReadPosRankSum=-0.259;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,6:15:99:235,0,156 chrVIII 5204 . TC T 144.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.054;DP=39;FS=4.771;HaplotypeScore=83.2167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=14.07;MQ0=6;MQRankSum=-1.422;QD=3.72;ReadPosRankSum=2.054;SB=-8.007e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,28:9:85:184,0,85 chrVIII 5221 . ACT A 317.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.154;DP=60;FS=3.522;HaplotypeScore=149.8846;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.62;MQ0=13;MQRankSum=0.133;QD=5.30;ReadPosRankSum=2.177;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:18:99:357,0,266 chrVIII 5225 . A AT 310.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.652;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=189.1942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.57;MQ0=13;MQRankSum=1.331;QD=4.38;ReadPosRankSum=0.444;SB=-1.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,28:22:99:350,0,245 chrVIII 6309 . CT C 123.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.264;DP=66;FS=6.117;HaplotypeScore=113.5831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=12.99;MQ0=39;MQRankSum=1.212;QD=1.88;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=-1.001;SB=-4.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,21:19:80:163,0,80 chrVIII 12359 . TC T 146.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.262;DP=22;FS=12.632;HaplotypeScore=459.5037;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.63;MQ0=2;MQRankSum=0.715;QD=6.68;ReadPosRankSum=2.262;SB=-4.675e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,8:14:64:186,0,64 chrVIII 12370 . T TGGG 344.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.592;DP=27;FS=24.736;HaplotypeScore=377.3076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.72;MQ0=2;MQRankSum=0.619;QD=12.78;ReadPosRankSum=3.509;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,8:19:99:384,0,586 chrVIII 12373 . AGTT A 333.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.665;DP=27;FS=28.597;HaplotypeScore=380.5688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.56;MQ0=2;MQRankSum=-0.887;QD=12.37;ReadPosRankSum=3.510;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,8:20:99:373,0,599 chrVIII 12488 . A AT 448.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=600.8900;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.97;MQ0=0;QD=22.45;RPA=3,4;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,17:19:51:491,51,0 chrVIII 12540 . T TC 1420.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=1525.4197;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.84;MQ0=0;QD=33.83;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,35:42:99:1463,126,0 chrVIII 12558 . AG A 1345.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=1282.7555;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.26;MQ0=0;QD=34.51;RPA=2,1;RU=G;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:99:1388,117,0 chrVIII 14781 . CG C 3929 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=452.6016;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.49;MQ0=1;QD=33.87;SB=-1.480e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,110:113:99:3929,326,0 chrVIII 15408 . TG T 4180 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=65.4504;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;QD=30.96;SB=-1.946e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,134:135:99:4180,406,0 chrVIII 17134 . G GA 2341.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=902.9836;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.77;MQ0=0;QD=26.92;RPA=3,4;RU=A;SB=-9.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,80:87:99:2384,243,0 chrVIII 17534 . A AT 779.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.484;DP=117;FS=2.529;HaplotypeScore=357.2058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=6.67;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-2.933;SB=-3.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,49:117:99:819,0,833 chrVIII 18411 . CT C 2450.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=39.0270;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.11;MQ0=1;QD=22.49;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.151e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,105:108:99:2493,314,0 chrVIII 18612 . GA G 2247.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=174.3077;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.69;MQ0=0;QD=21.61;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.060e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,90:104:99:2290,278,0 chrVIII 18662 . CT C 2521.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=204.2044;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.54;MQ0=0;QD=23.14;RPA=5,4;RU=T;SB=-9.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,85:109:99:2564,282,0 chrVIII 19077 . TA T 4982 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=644.1033;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.07;MQ0=0;QD=32.99;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.510e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,150:151:99:4982,448,0 chrVIII 32841 . TTA T 2436.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=745.2169;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.11;MQ0=0;QD=27.69;RPA=7,6;RU=TA;SB=-3.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,69:88:99:2479,214,0 chrVIII 32861 . GT G 1860.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=842.2863;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.44;MQ0=0;QD=20.68;RPA=9,8;RU=T;SB=-4.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:49,41:90:99:1903,256,0 chrVIII 32871 . AT A 747.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.727;DP=94;FS=0.857;HaplotypeScore=899.9785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.86;MQ0=0;MQRankSum=-2.643;QD=7.96;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.049;SB=-2.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,40:94:99:787,0,172 chrVIII 34608 . T TC 1224.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.079;DP=135;FS=3.218;HaplotypeScore=237.8545;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=2.721;QD=9.07;RPA=4,5;RU=C;ReadPosRankSum=-0.195;SB=-6.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,56:135:99:1264,0,1852 chrVIII 36196 . T TAA 1097.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.472;DP=110;FS=8.919;HaplotypeScore=1036.4699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.80;MQ0=0;MQRankSum=-5.807;QD=9.98;RPA=3,5;RU=A;ReadPosRankSum=-2.435;SB=-5.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,29:108:99:1137,0,1926 chrVIII 36226 . T TAA 1093.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.793;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=1541.2546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.95;MQ0=0;MQRankSum=-6.439;QD=7.70;ReadPosRankSum=0.682;SB=-7.800e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,27:140:99:1133,0,3069 chrVIII 36227 . GA G 1181.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-10.093;DP=142;FS=1.353;HaplotypeScore=1555.3653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.95;MQ0=0;MQRankSum=5.753;QD=8.32;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.928;SB=-6.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,74:140:99:1221,0,285 chrVIII 36249 . CT C 2033.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.471;DP=153;FS=5.232;HaplotypeScore=1534.1050;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.56;MQ0=0;MQRankSum=-5.621;QD=13.29;ReadPosRankSum=1.985;SB=-4.800e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,67:151:99:2073,0,2780 chrVIII 38627 . C CT 3510 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=773.8015;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.28;MQ0=1;QD=23.09;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.171e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,125:150:99:3510,434,0 chrVIII 38647 . C CTT 3429 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.510;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=858.8846;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.18;MQ0=1;MQRankSum=-1.530;QD=22.41;RPA=12,14;RU=T;ReadPosRankSum=-1.710;SB=-1.588e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:50,89:151:99:3429,290,0 chrVIII 38662 . ATT A 3149.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.275;DP=128;FS=19.256;HaplotypeScore=776.4457;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.17;MQ0=3;MQRankSum=-1.908;QD=24.61;RPA=7,5;RU=T;ReadPosRankSum=3.425;SB=-6.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,85:124:99:3192,244,0 chrVIII 39528 . CTAGT C 6869 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=520.0068;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.21;MQ0=0;QD=55.85;RPA=2,1;RU=TAGT;SB=-1.447e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,108:123:99:6869,349,0 chrVIII 39562 . C CT,CTT 3068.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=770.5194;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.09;MQ0=0;QD=22.40;RPA=9,10,11;RU=T;SB=-1.535e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:33,55,46:136:99:3147,1332,979,1159,0,899 chrVIII 39756 . G GC 4230 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=1020.8105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.61;MQ0=0;QD=28.58;RPA=1,2;RU=C;SB=-1.462e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,141:148:99:4230,430,0 chrVIII 48099 . G GAAAAAAAA,GA 4871 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.358;DP=145;FS=4.368;HaplotypeScore=380.2105;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=0.402;QD=33.59;RPA=14,22,15;RU=A;ReadPosRankSum=-0.911;SB=-2.218e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:80,5,52:144:99:4871,1101,3447,3188,0,2926 chrVIII 48241 . AACAGC A 8528 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.803;DP=182;FS=0.000;HaplotypeScore=1078.8763;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.939;QD=46.86;ReadPosRankSum=1.210;SB=-2.933e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:60,122:182:99:8528,523,0 chrVIII 48244 . AGCACA A,AACA 9722 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=181;FS=0.000;HaplotypeScore=913.9006;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.997;QD=53.71;ReadPosRankSum=1.326;SB=-3.358e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:124,0,0:181:99:9722,1717,1195,3329,0,2848 chrVIII 48615 . A AAT 1459.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.684;DP=152;FS=1.544;HaplotypeScore=422.7879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.082;QD=9.61;RPA=7,8;RU=AT;ReadPosRankSum=-0.979;SB=-5.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:107,43:152:99:1499,0,1679 chrVIII 49483 . T TCAA 6270 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=294.7498;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=45.11;RPA=1,2;RU=CAA;SB=-2.331e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,136:139:99:6270,409,0 chrVIII 53019 . G GTTTTT 4495 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-9.874;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=632.2096;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=3.124;QD=33.30;RPA=3,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.377;SB=-2.116e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,71:135:99:4495,0,3706 chrVIII 54364 . T TGCTAGTGTGG 5232 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.074;DP=138;FS=13.628;HaplotypeScore=215.9623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.17;MQ0=0;MQRankSum=-4.877;QD=37.91;RPA=1,2;RU=GCTAGTGTGG;ReadPosRankSum=-0.152;SB=-2.325e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,57:138:99:5232,0,5687 chrVIII 54570 . ACATGCG A 5394 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.235;DP=126;FS=7.121;HaplotypeScore=156.4051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=2.254;QD=42.81;ReadPosRankSum=-0.115;SB=-2.275e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,68:126:99:5394,0,4489 chrVIII 56206 . G GA 723.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.244;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=465.0796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.53;MQ0=0;MQRankSum=1.379;QD=5.66;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.048;SB=-3.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,48:128:99:763,0,1012 chrVIII 58394 . T TAAC 1883.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.169;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=349.5685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQ0=0;MQRankSum=1.102;QD=14.06;RPA=8,9;RU=AAC;ReadPosRankSum=-1.063;SB=-8.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,52:134:99:1923,0,2431 chrVIII 58900 . C CTT 1166.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.831;DP=133;FS=6.404;HaplotypeScore=207.5024;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.24;MQ0=0;MQRankSum=1.367;QD=8.77;RPA=14,16;RU=T;ReadPosRankSum=-2.628;SB=-5.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,49:133:99:1206,0,1097 chrVIII 62601 . CT C 770.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.113;DP=90;FS=2.848;HaplotypeScore=354.0036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.897;QD=8.57;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.384;SB=-3.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,47:90:99:810,0,652 chrVIII 62830 . ATT A 1965.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.923;DP=132;FS=0.840;HaplotypeScore=580.4991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.06;MQ0=0;MQRankSum=1.941;QD=14.89;RPA=7,5;RU=T;ReadPosRankSum=-3.838;SB=-3.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,66:131:99:2005,0,1783 chrVIII 62843 . TG T 1550.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.348;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=636.7899;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.51;MQ0=0;MQRankSum=0.121;QD=11.75;ReadPosRankSum=-3.626;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,48:132:99:1590,0,1819 chrVIII 66561 . AGTTGCTGCTGCTGCTGCTGTTGCT A 6879 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.631;DP=132;FS=19.962;HaplotypeScore=247.6133;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.17;MQ0=0;MQRankSum=-3.481;QD=52.11;ReadPosRankSum=-1.564;SB=-1.253e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,72:131:99:6879,0,11269 chrVIII 67586 . C CTCTT 4488 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.021;DP=196;FS=17.507;HaplotypeScore=343.6512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=1;MQRankSum=-1.530;QD=22.90;RPA=1,2;RU=TCTT;ReadPosRankSum=3.337;SB=-1.420e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,90:191:99:4488,0,4092 chrVIII 70108 . AT A 2072.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=47.2792;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=19.02;RPA=10,9;RU=T;SB=-6.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,93:108:99:2115,280,0 chrVIII 70194 . G GA 859.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.511;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=179.0582;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.149;QD=9.56;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.406;SB=-3.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,46:89:99:899,0,588 chrVIII 71906 . C CTTTTT 1298.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.670;DP=99;FS=3.146;HaplotypeScore=576.1184;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.82;MQ0=1;MQRankSum=0.770;QD=13.12;RPA=16,21;RU=T;ReadPosRankSum=-2.850;SB=-6.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,9:98:99:1338,0,1661 chrVIII 71920 . TTTCC T 2865.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.510;DP=110;FS=0.733;HaplotypeScore=542.3241;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.46;MQ0=1;MQRankSum=1.689;QD=26.05;ReadPosRankSum=1.502;SB=-1.433e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,36:109:99:2905,0,1610 chrVIII 74371 . GC G 2094.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.600;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=508.7544;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.410;QD=19.58;ReadPosRankSum=1.617;SB=-9.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,64:107:99:2134,0,1329 chrVIII 74964 . A AG 2963.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=663.3257;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.86;MQ0=0;QD=21.63;RPA=3,4;RU=G;SB=-1.385e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:84,52:136:99:3006,390,0 chrVIII 75188 . G GA 2091.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=30.3271;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.19;MQ0=0;QD=24.05;RPA=6,7;RU=A;SB=-4.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,80:87:99:2134,246,0 chrVIII 75976 . AATATATATAT AATATAT,A 3944 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=123.1625;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=51.97;MQ0=0;QD=44.82;RPA=14,12,9;RU=AT;SB=-3.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:42,0,30:88:99:3944,2128,1989,758,0,996 chrVIII 78674 . C CA 2373.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.730;DP=117;FS=5.826;HaplotypeScore=178.9255;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=0.775;QD=20.29;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.730;SB=-1.066e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,106:117:99:2416,266,0 chrVIII 78754 . TA T 645.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.814;DP=95;FS=1.751;HaplotypeScore=308.5260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.806;QD=6.80;RPA=7,6;RU=A;ReadPosRankSum=-0.428;SB=-3.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,35:95:99:685,0,1005 chrVIII 78883 . T TA 1807.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.111;DP=130;FS=12.821;HaplotypeScore=200.9374;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.704;QD=13.91;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.250;SB=-3.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,82:130:87:1850,87,0 chrVIII 80497 . C CGG 1580.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.433;DP=163;FS=1.246;HaplotypeScore=431.5474;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.178;QD=9.70;ReadPosRankSum=0.757;SB=-6.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,68:163:99:1620,0,3417 chrVIII 80622 . A AT 1359.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.037;DP=140;FS=4.254;HaplotypeScore=192.7875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.215;QD=9.71;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.989;SB=-7.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,73:140:99:1399,0,949 chrVIII 81878 . A AAAAAT,AAAAAA 1814.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.151;DP=133;FS=19.688;HaplotypeScore=289.3423;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.17;MQ0=0;MQRankSum=2.896;QD=13.65;ReadPosRankSum=1.990;SB=-5.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:67,34,20:131:99:1893,231,1189,297,0,356 chrVIII 85272 . A AT 3994 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.511;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=647.8446;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.590;QD=32.74;ReadPosRankSum=0.284;SB=-1.859e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,118:122:99:3994,359,0 chrVIII 85273 . GAAA G 4360 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.346;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=611.3977;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.202;QD=35.74;RPA=12,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.588;SB=-1.881e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,115:122:99:4360,352,0 chrVIII 92580 . AT ATTTT,A 3147.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=578.4600;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.64;MQ0=0;QD=24.21;RPA=9,12,8;RU=T;SB=-1.184e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:17,2,70:130:99:3226,1467,2897,2066,0,2247 chrVIII 93568 . T TC 380.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=717.7616;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.52;MQ0=0;QD=19.05;SB=-3.800e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,7:20:57:423,57,0 chrVIII 93572 . GT G 93.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.639;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=698.7939;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.264;QD=4.95;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=1.639;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,6:19:69:133,0,69 chrVIII 93898 . C CT 190.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.696;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=385.0118;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.044;QD=19.10;ReadPosRankSum=1.044;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,9:10:26:233,26,0 chrVIII 93906 . TC T 252.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=342.4045;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=28.11;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27:295,27,0 chrVIII 94728 . TAC T 588.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=257.1984;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.23;MQ0=0;QD=23.56;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,12:25:67:631,67,0 chrVIII 94737 . T TGC 508.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=265.1740;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.23;MQ0=0;QD=20.36;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,12:25:52:551,52,0 chrVIII 98248 . AT A 1848.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.658;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=560.2574;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=1.622;QD=19.06;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.327;SB=-7.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,76:97:99:1891,273,0 chrVIII 98265 . G GA 1068.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.489;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=720.8639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=-2.796;QD=9.22;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.115;SB=-3.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,57:116:99:1108,0,742 chrVIII 98276 . G GA 1181.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.008;DP=119;FS=1.659;HaplotypeScore=748.9168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.512;QD=9.93;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.257;SB=-3.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,55:119:99:1221,0,240 chrVIII 100464 . A AATATATAT,AATATATATAT 5881 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=88.7723;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=49.44;MQ0=0;QD=61.91;RPA=6,10,11;RU=AT;SB=-2.081e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:64,15,15:95:99:5881,653,424,972,0,744 chrVIII 100505 . AT A 1515.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.765;DP=134;FS=10.692;HaplotypeScore=374.9419;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.84;MQ0=0;MQRankSum=1.274;QD=11.31;RPA=15,14;RU=T;ReadPosRankSum=1.063;SB=-6.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,86:134:96:1558,96,0 chrVIII 105346 . GC G 1679.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.639;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=203.6883;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.153;QD=15.85;ReadPosRankSum=0.205;SB=-7.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,54:106:99:1719,0,1667 chrVIII 105625 . T TA 801.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.915;DP=65;FS=3.784;HaplotypeScore=567.2651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.15;MQ0=0;MQRankSum=-6.784;QD=12.34;ReadPosRankSum=1.793;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,29:65:99:841,0,831 chrVIII 105629 . AT A 674.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.701;DP=62;FS=1.122;HaplotypeScore=573.5155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.50;MQ0=0;MQRankSum=-6.513;QD=10.89;ReadPosRankSum=1.291;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,29:62:99:714,0,892 chrVIII 108771 . A AT 2916.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=283.5648;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.52;MQ0=0;QD=27.26;RPA=3,4;RU=T;SB=-9.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,103:107:99:2959,306,0 chrVIII 108796 . AAC A 1397.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.612;DP=95;FS=2.830;HaplotypeScore=392.0729;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.814;QD=14.72;RPA=2,1;RU=AC;ReadPosRankSum=1.787;SB=-5.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,41:95:99:1437,0,970 chrVIII 111530 . CTATATATATA C 5444 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.015;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=360.8276;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.94;MQ0=0;MQRankSum=1.292;QD=42.87;RPA=13,8;RU=TA;ReadPosRankSum=0.965;SB=-2.484e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,78:127:99:5444,236,0 chrVIII 115390 . ATT A 1421.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.708;DP=97;FS=21.677;HaplotypeScore=262.3995;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=1.471;QD=14.66;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=2.386;SB=-4.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,53:97:99:1461,0,839 chrVIII 116358 . C CT 1051.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.141;DP=64;FS=6.832;HaplotypeScore=452.4258;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.53;MQ0=0;MQRankSum=-3.868;QD=16.44;ReadPosRankSum=1.029;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:64:99:1091,0,932 chrVIII 116838 . GT G 577.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.103;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=202.4235;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.678;QD=7.92;RPA=6,5;RU=T;ReadPosRankSum=1.539;SB=-2.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,32:73:99:617,0,805 chrVIII 116904 . GT G 883.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.254;DP=104;FS=0.749;HaplotypeScore=306.3584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=0.571;QD=8.50;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.172;SB=-4.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,54:104:99:923,0,786 chrVIII 117502 . G GA 4496 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=761.8714;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.26;MQ0=0;QD=36.55;SB=-1.263e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,123:123:99:4496,370,0 chrVIII 119546 . A AATGGAAACAATTTTACGGAC 10162 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=120.1024;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.46;MQ0=0;QD=158.78;SB=-2.718e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,17:64:99:10162,183,0 chrVIII 119665 . A ACCCC 3444 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=117.7928;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.70;MQ0=1;QD=49.20;RPA=4,8;RU=C;SB=-1.204e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,65:69:99:3444,194,0 chrVIII 120062 . GT GTT,G 1441.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.905;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=198.4182;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=-2.732;QD=11.92;RPA=14,15,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.284;SB=-7.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:43,5,39:121:99:1520,849,1112,846,0,1192 chrVIII 121733 . G GA 4609 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=54.9683;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;QD=29.74;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.612e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,137:155:99:4609,451,0 chrVIII 122633 . T TAA 4960 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=510.4308;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.05;MQ0=0;QD=42.39;SB=-2.236e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:117:99:4960,352,0 chrVIII 123640 . TAGC T 3051.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.749;DP=167;FS=1.248;HaplotypeScore=76.2974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=2.324;QD=18.28;RPA=2,1;RU=AGC;ReadPosRankSum=1.205;SB=-1.479e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,70:167:99:3091,0,4047 chrVIII 123771 . C CT 1184.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.526;DP=153;FS=0.640;HaplotypeScore=71.8057;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.187;QD=7.74;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.615;SB=-5.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,63:153:99:1224,0,979 chrVIII 123958 . G GAGAA 1613.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.439;DP=118;FS=8.867;HaplotypeScore=165.6580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.30;MQ0=0;MQRankSum=4.003;QD=13.68;ReadPosRankSum=-1.021;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,38:118:99:1653,0,2199 chrVIII 125832 . GAAAA G,GA 1870.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.751;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=475.7930;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.015;QD=17.16;RPA=20,16,17;RU=A;ReadPosRankSum=2.898;SB=-4.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:75,15,0:109:99:1949,518,540,488,0,342 chrVIII 126150 . GT G 2067.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.711;DP=138;FS=3.659;HaplotypeScore=486.7860;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.74;MQ0=0;MQRankSum=0.761;QD=14.99;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.616;SB=-9.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,108:138:99:2110,203,0 chrVIII 126710 . A ATAT 2455.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.285;DP=118;FS=2.638;HaplotypeScore=139.3640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.946;QD=20.81;ReadPosRankSum=1.090;SB=-6.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,49:118:99:2495,0,2776 chrVIII 127630 . CA C 1331.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.201;DP=131;FS=3.268;HaplotypeScore=49.8281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.58;MQ0=0;MQRankSum=0.982;QD=10.17;RPA=7,6;RU=A;ReadPosRankSum=0.083;SB=-6.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,71:131:99:1371,0,1110 chrVIII 131553 . C CT 2753.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.231;DP=124;FS=3.310;HaplotypeScore=438.9472;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.22;MQ0=0;MQRankSum=0.606;QD=22.21;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.155;SB=-1.222e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,117:124:99:2796,336,0 chrVIII 131649 . AAAGC A 2662.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.212;DP=112;FS=4.951;HaplotypeScore=314.5637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.004;QD=23.78;RPA=2,1;RU=AAGC;ReadPosRankSum=0.315;SB=-1.048e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,51:112:99:2702,0,2687 chrVIII 133006 . AT A 748.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.075;DP=74;FS=6.764;HaplotypeScore=535.8198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.85;MQ0=0;MQRankSum=-3.360;QD=10.12;RPA=8,7;RU=T;ReadPosRankSum=0.018;SB=-2.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,38:74:99:788,0,144 chrVIII 133014 . T TTA 1116.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.381;DP=74;FS=6.382;HaplotypeScore=492.9613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.57;MQ0=0;MQRankSum=3.455;QD=15.09;ReadPosRankSum=0.136;SB=-5.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,28:74:99:1156,0,902 chrVIII 133548 . A ACAT 2116.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.686;DP=121;FS=0.809;HaplotypeScore=220.7248;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=3.053;QD=17.50;RPA=2,3;RU=CAT;ReadPosRankSum=0.008;SB=-4.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,51:121:99:2156,0,2802 chrVIII 133761 . AT A 1396.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.228;DP=111;FS=7.165;HaplotypeScore=153.3060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.15;MQ0=3;MQRankSum=-3.794;QD=12.59;ReadPosRankSum=0.739;SB=-4.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,55:104:99:1436,0,1561 chrVIII 133853 . AG A 1490.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.127;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=49.4585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQ0=2;MQRankSum=2.036;QD=11.04;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=0.650;SB=-5.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,51:131:99:1530,0,2147 chrVIII 134257 . TTGA T 2384.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.056;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=546.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.881;QD=18.49;ReadPosRankSum=2.457;SB=-8.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,55:129:99:2424,0,3404 chrVIII 134391 . CT C 748.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.701;DP=112;FS=7.791;HaplotypeScore=44.1225;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=1.972;QD=6.69;RPA=7,6;RU=T;ReadPosRankSum=-2.483;SB=-1.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,44:112:99:788,0,1251 chrVIII 136669 . AT A 1143.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.195;DP=127;FS=8.105;HaplotypeScore=264.4334;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.323;QD=9.01;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.435;SB=-5.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,67:127:99:1183,0,1077 chrVIII 138557 . A AG 991.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.395;DP=110;FS=5.497;HaplotypeScore=258.0148;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.710;QD=9.02;RPA=5,6;RU=G;ReadPosRankSum=-0.149;SB=-3.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,46:110:99:1031,0,1445 chrVIII 141525 . C CTTTTTT 1977.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.713;DP=90;FS=22.241;HaplotypeScore=117.3350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.71;MQ0=0;MQRankSum=5.042;QD=21.98;RPA=14,20;RU=T;ReadPosRankSum=-2.279;SB=-3.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,43:88:99:2017,0,1751 chrVIII 143948 . A AC 2810.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.822;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=533.9988;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.42;MQ0=0;MQRankSum=1.687;QD=23.62;ReadPosRankSum=2.992;SB=-9.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,108:119:99:2853,333,0 chrVIII 144505 . T TGCAGCAGCAGCA 7220 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=44.7680;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.88;MQ0=0;QD=64.46;RPA=7,11;RU=GCA;SB=-3.419e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:52,58:112:99:7220,187,0 chrVIII 149683 . T TA 3074.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=619.6130;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.10;MQ0=0;QD=28.21;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.242e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:109:99:3117,324,0 chrVIII 150538 . CAA C 5078 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.706;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=317.9061;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.128;QD=47.02;ReadPosRankSum=-1.026;SB=-1.980e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,107:108:99:5078,275,0 chrVIII 150606 . AT A 1928.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=553.1556;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.13;MQ0=0;QD=22.43;RPA=9,8;RU=T;SB=-7.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,83:86:99:1971,254,0 chrVIII 150847 . AT A 3298 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=341.8098;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=21.70;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.269e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,138:152:99:3298,413,0 chrVIII 151383 . G GA 2379.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.916;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=324.3123;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=1.944;QD=20.70;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.224;SB=-9.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,102:115:99:2422,256,0 chrVIII 151579 . CT C 2258.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=394.2487;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.04;MQ0=0;QD=20.54;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.094e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,99:110:99:2301,296,0 chrVIII 161688 . A ATT 3074.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=114.2824;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.56;MQ0=0;QD=34.17;RPA=5,7;RU=T;SB=-1.412e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:87:99:3117,259,0 chrVIII 167558 . CA C 3438 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=1333.4203;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.41;MQ0=0;QD=31.25;RPA=2,1;RU=A;SB=-7.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,99:110:99:3438,298,0 chrVIII 167647 . CAT C 1863.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.222;DP=79;FS=8.246;HaplotypeScore=752.9978;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.56;MQ0=0;MQRankSum=0.627;QD=23.59;ReadPosRankSum=1.974;SB=-8.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:55,24:79:99:1906,145,0 chrVIII 168780 . GTA G,GTATATA 3159.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=247.6746;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.93;MQ0=0;QD=26.12;RPA=7,6,9;RU=TA;SB=-5.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:40,47,2:121:99:3238,1721,2334,1764,0,3366 chrVIII 169196 . TTGCTGC T 3429 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.945;DP=115;FS=8.580;HaplotypeScore=322.0012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=0.856;QD=29.82;RPA=3,1;RU=TGC;ReadPosRankSum=-2.981;SB=-1.662e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,35:113:99:3429,0,890 chrVIII 170523 . CT C 2946.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=144.0574;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.28;MQ0=0;QD=21.51;RPA=9,8;RU=T;SB=-8.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,129:137:99:2989,386,0 chrVIII 173113 . GA G 1748.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.934;DP=165;FS=9.901;HaplotypeScore=909.3926;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.18;MQ0=0;MQRankSum=-4.978;QD=10.60;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=-1.484;SB=-1.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,64:165:99:1788,0,1643 chrVIII 173119 . GAAA G,GAA 3363 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.693;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=745.1719;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.346;QD=22.72;RPA=13,10,12;RU=A;ReadPosRankSum=-1.039;SB=-5.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:33,50,0:148:99:3363,1218,1716,1866,0,1576 chrVIII 173136 . TA T 898.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.745;DP=145;FS=0.679;HaplotypeScore=1029.5578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.25;MQ0=0;MQRankSum=-5.757;QD=6.20;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.311;SB=-2.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,56:145:99:938,0,733 chrVIII 173184 . G GA 1101.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.083;DP=137;FS=1.579;HaplotypeScore=738.4079;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.29;MQ0=0;MQRankSum=-4.701;QD=8.04;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.815;SB=-4.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,55:137:99:1141,0,876 chrVIII 174970 . CA C 4612 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=188;FS=0.000;HaplotypeScore=368.2960;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.99;MQ0=0;QD=24.53;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.497e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,186:188:99:4612,557,0 chrVIII 175441 . T TTA 2191.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.122;DP=145;FS=52.967;HaplotypeScore=289.6270;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.88;MQ0=0;MQRankSum=7.253;QD=15.12;RPA=6,7;RU=TA;ReadPosRankSum=0.329;SB=-1.063e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,78:145:99:2231,0,102 chrVIII 176845 . TAAAA T,TAA 4746 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.308;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=284.6895;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-2.376;QD=29.66;RPA=17,13,15;RU=A;ReadPosRankSum=-1.322;SB=-1.452e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:38,74,0:160:99:4746,1167,1146,2287,0,1924 chrVIII 177249 . G GTGCAGA 5474 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.033;DP=190;FS=2.562;HaplotypeScore=100.4260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.37;MQ0=0;MQRankSum=2.116;QD=28.81;ReadPosRankSum=0.832;SB=-2.320e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,87:190:99:5474,0,4500 chrVIII 183971 . A AG 970.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.788;DP=83;FS=2.983;HaplotypeScore=299.3795;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.56;MQ0=0;MQRankSum=2.791;QD=11.70;ReadPosRankSum=-1.031;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,32:83:99:1010,0,1394 chrVIII 184019 . AAACTTTGGC A 3690 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.160;DP=91;FS=2.933;HaplotypeScore=324.7649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.82;MQ0=0;MQRankSum=-6.310;QD=40.55;ReadPosRankSum=-0.309;SB=-1.769e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,40:91:99:3690,0,3897 chrVIII 186870 . AC A 1568.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.556;DP=124;FS=0.671;HaplotypeScore=369.2953;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.091;QD=12.65;ReadPosRankSum=-0.732;SB=-8.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,53:124:99:1608,0,2361 chrVIII 187695 . T TG 6570 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=181;FS=0.000;HaplotypeScore=379.1023;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;QD=36.30;SB=-1.933e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,166:181:99:6570,545,0 chrVIII 187717 . GA GAA,G 3006.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.461;DP=176;FS=0.000;HaplotypeScore=628.2480;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.757;QD=17.08;RPA=11,12,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.187;SB=-7.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:17,1,99:176:99:3085,2141,2743,1327,0,1602 chrVIII 187814 . G GAAA,GA 4072 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.735;DP=171;FS=1.646;HaplotypeScore=166.0536;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.25;MQ0=1;MQRankSum=0.168;QD=23.81;RPA=13,16,14;RU=A;ReadPosRankSum=-1.896;SB=-1.981e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:50,36,60:170:99:4072,1311,1595,2085,0,1735 chrVIII 187898 . AG A 2307.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.494;DP=167;FS=13.911;HaplotypeScore=344.5002;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.135;QD=13.82;RPA=3,2;RU=G;ReadPosRankSum=0.104;SB=-5.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,84:167:99:2347,0,1937 chrVIII 189097 . GA GAAAA,G 4396 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.498;DP=214;FS=2.318;HaplotypeScore=575.9279;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=0.942;QD=20.54;RPA=13,16,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.498;SB=-9.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:87,6,68:212:99:4396,1490,3316,3308,0,3983 chrVIII 189768 . GA G 3817 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.651;DP=182;FS=0.000;HaplotypeScore=69.7552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.71;MQ0=0;MQRankSum=0.367;QD=20.97;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.610;SB=-1.132e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,168:182:99:3817,494,0 chrVIII 192694 . C CAA 3433 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.238;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=427.4220;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.49;MQ0=1;MQRankSum=-1.495;QD=21.87;RPA=14,16;RU=A;ReadPosRankSum=1.885;SB=-1.567e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:95,55:148:99:3433,326,0 chrVIII 192740 . T TTCAA 7206 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=208.2884;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.23;MQ0=0;QD=56.30;RPA=1,2;RU=TCAA;SB=-2.755e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,121:123:99:7206,361,0 chrVIII 195369 . TGTATC T 3533 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.231;DP=127;FS=0.679;HaplotypeScore=39.8820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=0.348;QD=27.82;RPA=2,1;RU=GTATC;ReadPosRankSum=2.125;SB=-1.716e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,57:127:99:3533,0,3777 chrVIII 198465 . CA C 411.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.820;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=617.4724;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=0.831;QD=3.49;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=-0.506;SB=-1.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,37:118:99:451,0,1212 chrVIII 198474 . GTTT G 1889.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.222;DP=120;FS=2.502;HaplotypeScore=467.1201;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-2.009;QD=15.75;RPA=14,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.183;SB=-8.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,55:120:99:1929,0,632 chrVIII 201764 . CAAGT C 4068 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.841;DP=130;FS=9.839;HaplotypeScore=246.9281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.630;QD=31.29;ReadPosRankSum=-1.746;SB=-1.394e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,74:130:99:4068,0,3056 chrVIII 202095 . AT A 1421.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.018;DP=141;FS=3.553;HaplotypeScore=287.5793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=1.226;QD=10.08;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=-0.900;SB=-5.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,62:141:99:1461,0,1079 chrVIII 207414 . CT C 812.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.918;DP=94;FS=0.786;HaplotypeScore=34.0024;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=1.262;QD=8.65;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=0.760;SB=-3.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,42:94:99:852,0,1098 chrVIII 210269 . ATT A,AT 1720.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=36.1170;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.31;MQ0=0;QD=19.12;RPA=12,10,11;RU=T;SB=-3.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:15,33,0:90:99:1799,750,709,816,0,603 chrVIII 212265 . C CT,CTT 3454 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.187;DP=144;FS=4.735;HaplotypeScore=302.1059;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=47.96;MQ0=0;MQRankSum=0.187;QD=23.99;RPA=9,10,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.908;SB=-1.547e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:9,39,90:144:99:3454,1878,1586,757,0,556 chrVIII 212729 . ATGAT A 1099.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=66.6196;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.83;MQ0=49;QD=15.94;RPA=4,3;RU=TGAT;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,65:20:60:1142,60,0 chrVIII 218178 . CAT C 2350.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.906;DP=152;FS=0.612;HaplotypeScore=341.9463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.929;QD=15.47;ReadPosRankSum=-0.882;SB=-1.171e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,64:152:99:2390,0,3140 chrVIII 222559 . T TA 3376 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;DP=149;FS=3.033;HaplotypeScore=242.0243;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.96;MQ0=0;MQRankSum=2.023;QD=22.66;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.647;SB=-1.655e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,140:149:99:3376,389,0 chrVIII 229162 . A AT 3620 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=655.7413;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;QD=25.67;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,140:141:99:3620,420,0 chrVIII 230956 . G GA 4227 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=132.9418;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=34.65;RPA=1,2;RU=A;SB=-2.015e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:122:99:4227,361,0 chrVIII 233314 . GAA G 2669.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.517;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=337.0274;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=2.220;QD=23.02;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=-2.066;SB=-1.326e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,84:116:99:2712,261,0 chrVIII 234753 . ATTT A 4825 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;FS=0.000;HaplotypeScore=225.4015;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=28.72;RPA=15,12;RU=T;SB=-2.044e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,115:168:99:4825,359,0 chrVIII 236957 . T TAA 1262.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=532.2628;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=64.01;MQ0=0;QD=10.02;RPA=29,31;RU=A;SB=-3.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:53,71:126:99:1305,217,0 chrVIII 237735 . CTT C,CT 1345.21 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.425;DP=113;FS=6.688;HaplotypeScore=138.7927;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=2.020;QD=11.90;RPA=16,14,15;RU=T;ReadPosRankSum=1.630;SB=-3.913e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:31,13,0:112:48:1423,1062,1332,209,0,48 chrVIII 250334 . G GAT 4198 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=364.1624;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.75;MQ0=0;QD=39.98;RPA=1,2;RU=AT;SB=-1.361e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,103:105:99:4198,316,0 chrVIII 252929 . ATCATCG A 5011 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=494.8076;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.19;MQ0=0;QD=39.46;RPA=3,2;RU=TCATCG;SB=-2.074e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,85:127:99:5011,280,0 chrVIII 255909 . GAA G 3735 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.704;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=57.6105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.915;QD=27.26;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.591;SB=-1.318e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,118:137:99:3735,366,0 chrVIII 262097 . TATC T 5372 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=799.4728;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;QD=40.09;SB=-2.092e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,132:134:99:5372,393,0 chrVIII 271769 . GTTTT G 6784 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=109.0718;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=1;QD=47.77;RPA=12,8;RU=T;SB=-1.496e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,130:141:99:6784,388,0 chrVIII 271840 . C CTTT 2997.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=572.6353;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.49;MQ0=0;QD=28.28;RPA=11,14;RU=T;SB=-1.177e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:60,40:106:99:3040,258,0 chrVIII 271867 . T TA 2486.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=586.4531;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.86;MQ0=0;QD=27.94;RPA=2,3;RU=A;SB=-8.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,77:89:99:2529,249,0 chrVIII 271875 . GT G 2143.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=665.0309;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.93;MQ0=0;QD=22.57;RPA=7,6;RU=T;SB=-6.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,74:95:99:2186,261,0 chrVIII 271942 . CT C 2408.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=427.0664;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.48;MQ0=0;QD=25.09;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.185e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,94:96:99:2451,285,0 chrVIII 276435 . C CA 1909.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.179;DP=129;FS=1.242;HaplotypeScore=319.5332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.09;MQ0=0;MQRankSum=2.425;QD=14.81;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=2.253;SB=-5.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,103:129:99:1952,116,0 chrVIII 280619 . 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GA G 2901.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=35.9164;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.72;MQ0=0;QD=25.68;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.458e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,102:113:99:2944,306,0 chrVIII 289295 . GAAAAAAAACCGGGGGGGGTGGGAAAAAAAAAGGGGTCAGA G 4416 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=46.3826;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.58;MQ0=0;QD=102.70;SB=-1.950e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,20:43:60:4416,60,0 chrVIII 289438 . A AT 2278.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=139.3037;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;QD=23.99;RPA=7,8;RU=T;SB=-7.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,94:95:99:2321,282,0 chrVIII 290235 . T TA 2730.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=223.0323;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.33;MQ0=0;QD=20.23;RPA=10,11;RU=A;SB=-1.120e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,120:135:99:2773,359,0 chrVIII 291329 . 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A AAAAA,AAAAC 4193 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=187.9137;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=66.11;MQ0=0;QD=34.09;SB=-1.924e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:14,57,46:122:99:4193,803,487,1052,0,762 chrVIII 298687 . C CAG 3526 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=38.4640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.59;MQ0=0;QD=38.33;RPA=1,2;RU=AG;SB=-1.614e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,84:92:99:3526,253,0 chrVIII 298814 . C CT 1005.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.008;DP=96;FS=2.310;HaplotypeScore=57.1211;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.66;MQ0=0;MQRankSum=3.038;QD=10.48;RPA=14,15;RU=T;ReadPosRankSum=-2.119;SB=-3.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,61:95:99:1048,117,0 chrVIII 314725 . C CAT,CATAT 3079.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=68.9248;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.87;MQ0=0;QD=30.80;RPA=8,9,10;RU=AT;SB=-1.227e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:33,9,57:100:99:3158,1862,1663,280,0,103 chrVIII 314997 . G GA 2487.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=48.5165;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.51;MQ0=0;QD=23.69;RPA=8,9;RU=A;SB=-1.212e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,102:105:99:2530,311,0 chrVIII 326640 . G GTTTT 8615 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=334.5938;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.37;MQ0=0;QD=53.84;RPA=3,7;RU=T;SB=-3.604e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,154:160:99:8615,463,0 chrVIII 336196 . ATACT A 4783 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=36.1702;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.56;MQ0=0;QD=55.62;SB=-1.706e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,76:86:99:4783,226,0 chrVIII 340058 . TTATATATATATATATATATATA T 10803 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=275.8365;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.83;MQ0=0;QD=90.03;RPA=16,5;RU=TA;SB=-4.746e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,74:120:99:10803,223,0 chrVIII 341138 . AACG A 7730 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=64.4402;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.37;MQ0=0;QD=49.55;SB=-3.700e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,145:156:99:7730,436,0 chrVIII 344320 . G GT 4751 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=60.4769;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=30.07;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.894e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,153:158:99:4751,463,0 chrVIII 352526 . CT C 2019.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.693;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=41.5611;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=21.49;RPA=8,7;RU=T;ReadPosRankSum=1.260;SB=-6.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,87:94:99:2062,242,0 chrVIII 360784 . GA G 1824.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=67.8293;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;QD=18.25;RPA=11,10;RU=A;SB=-5.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,85:100:99:1867,253,0 chrVIII 370543 . AAT A 1676.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=60.8728;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.85;MQ0=2;QD=16.77;RPA=12,11;RU=AT;SB=-4.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,53:98:99:1719,168,0 chrVIII 375406 . GA G 2607.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.677;DP=134;FS=4.737;HaplotypeScore=52.3792;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.621;QD=19.46;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.677;SB=-8.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,120:134:99:2650,364,0 chrVIII 375509 . TA T 1338.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=142.0726;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.37;MQ0=0;QD=19.41;RPA=12,11;RU=A;SB=-6.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,62:69:99:1381,191,0 chrVIII 377894 . AT A 3233.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=122.7914;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.37;MQ0=0;QD=30.79;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.343e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,103:105:99:3276,310,0 chrVIII 378120 . GTGTTTTTGTTTTTGTTTTTGTTTT G 7869 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=391.1146;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.51;MQ0=1;QD=102.19;RPA=8,4;RU=TGTTTT;SB=-2.876e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,50:76:99:7869,147,0 chrVIII 379942 . G GAA 2839.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=433.3370;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.28;MQ0=0;QD=27.31;RPA=11,13;RU=A;SB=-1.094e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,87:104:99:2882,278,0 chrVIII 380087 . TA T 3743 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=499.2189;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.20;MQ0=0;QD=28.36;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.657e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,128:132:99:3743,385,0 chrVIII 382367 . T TA 622.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.871;DP=89;FS=6.530;HaplotypeScore=227.7035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=0.739;QD=7.00;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.246;SB=-2.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,37:89:99:662,0,486 chrVIII 382579 . A AG 2628.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=740.5007;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.09;MQ0=0;QD=37.03;SB=-9.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2671,214,0 chrVIII 382644 . TA T 2015.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=991.9342;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.63;MQ0=0;QD=24.29;RPA=5,4;RU=A;SB=-3.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,81:82:99:2058,243,0 chrVIII 382653 . CT C 2910.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=943.1840;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.64;MQ0=0;QD=31.99;RPA=3,2;RU=T;SB=-3.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,80:90:99:2953,268,0 chrVIII 383093 . A AT 368.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.419;DP=66;FS=11.766;HaplotypeScore=679.3521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.55;MQ0=0;MQRankSum=0.272;QD=5.59;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=0.596;SB=-1.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,21:66:99:408,0,909 chrVIII 383181 . A ATG 3208.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=873.5990;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.47;MQ0=0;QD=36.06;RPA=1,2;RU=TG;SB=-1.023e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,79:89:99:3251,244,0 chrVIII 384944 . GA G 579.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.498;DP=86;FS=7.333;HaplotypeScore=46.2552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQ0=0;MQRankSum=0.487;QD=6.74;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.023;SB=-2.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,38:86:99:619,0,709 chrVIII 386036 . C CA 1337.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.017;DP=119;FS=0.776;HaplotypeScore=1308.6036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.12;MQ0=0;MQRankSum=-3.006;QD=11.24;ReadPosRankSum=-6.699;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,45:119:99:1377,0,2487 chrVIII 386040 . TG T 1074.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.084;DP=117;FS=2.795;HaplotypeScore=1330.1432;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.23;MQ0=0;MQRankSum=-2.686;QD=9.19;ReadPosRankSum=-6.053;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,45:117:99:1114,0,2354 chrVIII 386095 . ACTTCTTCTT A 7288 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=639.8601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.94;MQ0=0;QD=84.74;RPA=9,6;RU=CTT;SB=-3.449e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,70:86:99:7288,211,0 chrVIII 386538 . AT A 751.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.305;DP=99;FS=5.908;HaplotypeScore=68.1534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.268;QD=7.60;RPA=6,5;RU=T;ReadPosRankSum=-0.803;SB=-3.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,40:99:99:791,0,984 chrVIII 387730 . T TA 1400.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.705;DP=124;FS=0.749;HaplotypeScore=536.5723;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.665;QD=11.30;RPA=3,4;RU=A;ReadPosRankSum=0.569;SB=-4.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,63:124:99:1440,0,1248 chrVIII 389095 . T TGAA 1697.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.719;DP=60;FS=1.214;HaplotypeScore=350.2272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.14;MQ0=0;MQRankSum=3.545;QD=28.30;RPA=3,4;RU=GAA;ReadPosRankSum=-1.420;SB=-7.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,42:59:99:1737,0,465 chrVIII 391752 . T TAA,TA 1685.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.173;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=115.1198;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.74;MQ0=1;MQRankSum=1.083;QD=19.60;RPA=11,13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.433;SB=-4.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:8,25,52:85:99:1764,813,728,630,0,429 chrVIII 394229 . A AT 741.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.052;DP=102;FS=6.583;HaplotypeScore=219.4571;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.835;QD=7.27;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=0.458;SB=-3.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,42:102:99:781,0,1462 chrVIII 395169 . CTGT C 2725.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.754;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=316.4796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.232;QD=19.47;RPA=2,1;RU=TGT;ReadPosRankSum=1.665;SB=-7.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,63:140:99:2765,0,2963 chrVIII 396945 . GAAAA G,GAA 2615.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.464;DP=87;FS=6.299;HaplotypeScore=207.4294;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.99;MQ0=0;MQRankSum=1.926;QD=30.07;RPA=19,15,17;RU=A;ReadPosRankSum=-1.217;SB=-1.283e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:13,36,0:87:99:2694,828,860,1149,0,924 chrVIII 399076 . GAA G 466.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.321;DP=97;FS=8.149;HaplotypeScore=685.2453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.09;MQ0=0;MQRankSum=-5.387;QD=4.81;RPA=9,7;RU=A;ReadPosRankSum=-2.003;SB=-2.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,25:97:99:506,0,1669 chrVIII 399235 . GA G 2527.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=194.5163;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;QD=25.28;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.062e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,88:100:99:2570,264,0 chrVIII 402060 . AT A 761.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.766;DP=90;FS=6.689;HaplotypeScore=194.6630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.022;QD=8.47;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.339;SB=-2.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,46:90:99:801,0,620 chrVIII 402076 . A ATT 1279.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.952;DP=89;FS=4.628;HaplotypeScore=146.5458;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-2.526;QD=14.38;RPA=8,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.848;SB=-5.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,44:89:99:1319,0,995 chrVIII 406835 . AT A 1661.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.356;DP=140;FS=4.088;HaplotypeScore=57.3172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=1;MQRankSum=-0.650;QD=11.87;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=1.984;SB=-7.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,73:139:99:1701,0,1487 chrVIII 410935 . CT C 1224.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.698;DP=151;FS=3.149;HaplotypeScore=190.9849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.351;QD=8.11;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.342;SB=-5.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,73:151:99:1264,0,1007 chrVIII 413608 . T TAATGTTTATTATC 4139 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.474;DP=102;FS=1.915;HaplotypeScore=34.9358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.16;MQ0=0;MQRankSum=-3.813;QD=40.58;RPA=1,2;RU=AATGTTTATTATC;ReadPosRankSum=1.871;SB=-1.251e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,32:102:99:4139,0,4724 chrVIII 417913 . C CTTTTGGAGG 5673 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.937;DP=116;FS=2.412;HaplotypeScore=171.2644;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.87;MQ0=0;MQRankSum=-9.203;QD=48.91;ReadPosRankSum=2.677;SB=-2.262e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,46:116:99:5673,0,5836 chrVIII 420557 . GGTTGCTGTTGTTGCT G 6630 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.151;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=163.9121;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.521;QD=63.75;RPA=3,2;RU=GTTGCTGTTGTTGCT;ReadPosRankSum=1.491;SB=-2.917e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,66:104:99:6630,202,0 chrVIII 422590 . ATCATCATATTCT A 4674 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.393;DP=126;FS=2.788;HaplotypeScore=185.8089;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.29;MQ0=1;MQRankSum=-6.855;QD=37.10;RPA=2,1;RU=TCATCATATTCT;ReadPosRankSum=-0.527;SB=-2.264e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,38:125:99:4674,0,6838 chrVIII 423642 . G GTATAT 3126.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.734;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=162.3592;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.68;MQ0=1;MQRankSum=1.221;QD=21.42;RPA=2,3;RU=TATAT;ReadPosRankSum=0.070;SB=-1.429e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,56:145:99:3166,0,3851 chrVIII 436963 . A AT 1642.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.603;DP=88;FS=2.566;HaplotypeScore=312.3741;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.013;QD=18.67;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.398;SB=-6.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,76:88:99:1685,181,0 chrVIII 440333 . T TGAG 5642 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=201.5700;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.63;MQ0=0;QD=48.64;RPA=1,2;RU=GAG;SB=-2.804e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,111:116:99:5642,337,0 chrVIII 442027 . GA G 1295.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.791;DP=121;FS=1.762;HaplotypeScore=37.3002;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.519;QD=10.71;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.228;SB=-4.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,73:121:99:1335,0,574 chrVIII 442153 . CGTA C 1750.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.597;DP=109;FS=0.838;HaplotypeScore=247.8995;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.30;MQ0=0;MQRankSum=-2.927;QD=16.06;ReadPosRankSum=-0.038;SB=-5.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,44:109:99:1790,0,2950 chrVIII 447736 . A AT 2274.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=600.6835;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.31;MQ0=0;QD=23.70;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.074e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,90:96:99:2317,270,0 chrVIII 451138 . TA T 1961.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.024;DP=101;FS=3.350;HaplotypeScore=195.7074;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.69;MQ0=0;MQRankSum=0.801;QD=19.43;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.056;SB=-9.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,93:101:99:2004,255,0 chrVIII 453634 . T TC 3476 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=554.2205;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.82;MQ0=0;QD=25.94;RPA=7,8;RU=C;SB=-1.472e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,126:134:99:3476,378,0 chrVIII 455850 . T TA 2417.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.190;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=302.8037;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.107;QD=20.15;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.951;SB=-1.214e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,105:120:99:2460,296,0 chrVIII 456110 . G GA 1820.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=36.6998;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.46;MQ0=0;QD=23.05;RPA=8,9;RU=A;SB=-8.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,73:79:99:1863,232,0 chrVIII 464743 . C CT 1755.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.498;DP=103;FS=11.608;HaplotypeScore=160.4494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQ0=0;MQRankSum=0.205;QD=17.05;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=-1.068;SB=-6.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,62:103:99:1795,0,1127 chrVIII 465802 . CTATATATATATATATATATATA C 2897.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.237;DP=76;FS=18.205;HaplotypeScore=430.0022;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.159;QD=38.13;RPA=18,7;RU=TA;ReadPosRankSum=-0.020;SB=-2.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,27:76:99:2937,0,741 chrVIII 466216 . GT G 1397.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.300;DP=129;FS=1.578;HaplotypeScore=619.0465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.287;QD=10.84;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=-0.865;SB=-4.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,55:129:99:1437,0,1767 chrVIII 466481 . T TTAA 3772 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=570.3996;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.32;MQ0=0;QD=50.29;SB=-1.243e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,56:75:99:3772,226,0 chrVIII 466969 . T TACA 2113.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.490;DP=103;FS=12.459;HaplotypeScore=755.8183;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.27;MQ0=0;MQRankSum=1.443;QD=20.52;RPA=2,3;RU=ACA;ReadPosRankSum=0.265;SB=-1.028e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,44:103:99:2153,0,185 chrVIII 466974 . C CA 1645.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.144;DP=106;FS=11.008;HaplotypeScore=798.3550;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.47;MQ0=0;MQRankSum=1.331;QD=15.53;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=3.451;SB=-5.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:59,45:106:70:1688,70,0 chrVIII 467075 . AT A 728.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.043;DP=97;FS=0.969;HaplotypeScore=50.3740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=1.166;QD=7.52;RPA=8,7;RU=T;ReadPosRankSum=-0.566;SB=-1.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,44:97:99:768,0,920 chrVIII 469177 . G GA 865.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.956;DP=102;FS=3.714;HaplotypeScore=214.9088;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.398;QD=8.49;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=2.140;SB=-4.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,51:102:99:905,0,746 chrVIII 472611 . CTT C 1573.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.080;DP=122;FS=1.734;HaplotypeScore=227.2029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.858;QD=12.90;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=2.357;SB=-3.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,55:122:99:1613,0,1195 chrVIII 474628 . CA C 1026.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.518;DP=111;FS=0.708;HaplotypeScore=88.5823;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQ0=0;MQRankSum=0.539;QD=9.25;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=-0.078;SB=-4.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,51:111:99:1066,0,1302 chrVIII 475549 . CAA C,CA 949.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.260;DP=86;FS=3.014;HaplotypeScore=37.9369;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.69;MQ0=1;MQRankSum=-0.928;QD=11.05;RPA=15,13,14;RU=A;ReadPosRankSum=1.880;SB=-4.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:36,24,0:84:99:1028,327,369,466,0,364 chrVIII 488371 . CA C 906.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.625;DP=136;FS=11.702;HaplotypeScore=426.3284;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.239;QD=6.67;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=2.538;SB=-1.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,54:136:99:946,0,893 chrVIII 497367 . A AG 1682.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.779;DP=154;FS=5.680;HaplotypeScore=196.1595;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-1.738;QD=10.93;RPA=4,5;RU=G;ReadPosRankSum=-0.735;SB=-5.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,67:154:99:1722,0,1803 chrVIII 497405 . CA C 1492.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.563;DP=146;FS=11.086;HaplotypeScore=258.6172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.643;QD=10.23;RPA=7,6;RU=A;ReadPosRankSum=-1.224;SB=-3.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,78:146:99:1532,0,1177 chrVIII 498771 . CGGTGA C 3634 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.003;DP=124;FS=5.823;HaplotypeScore=201.6799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.924;QD=29.31;RPA=2,1;RU=GGTGA;ReadPosRankSum=-1.472;SB=-1.398e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,58:124:99:3634,0,3637 chrVIII 501242 . G GA 1065.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.688;DP=117;FS=2.554;HaplotypeScore=43.7890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=9.11;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.782;SB=-4.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,55:117:99:1105,0,936 chrVIII 504320 . G GAAA 2610.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.484;DP=146;FS=1.598;HaplotypeScore=58.1848;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=0.259;QD=17.88;RPA=9,12;RU=A;ReadPosRankSum=-2.704;SB=-5.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,60:144:99:2650,0,2159 chrVIII 508827 . A AAT,AAA 959.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.902;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=116.8556;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=62.02;MQ0=0;MQRankSum=1.661;QD=9.80;ReadPosRankSum=-0.380;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:35,29,9:98:99:1038,135,660,471,0,421 chrVIII 512211 . GAAAAA G 3319 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.889;DP=126;FS=11.800;HaplotypeScore=157.0853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.407;QD=26.34;RPA=17,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.141;SB=-1.599e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,60:124:99:3319,0,2096 chrVIII 514829 . CTATATA C 1272.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.912;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=150.5005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.410;QD=15.15;RPA=15,12;RU=TA;ReadPosRankSum=0.410;SB=-2.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,16:83:86:1312,0,86 chrVIII 517167 . CT C 1590.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.405;DP=144;FS=2.113;HaplotypeScore=59.4805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.636;QD=11.05;RPA=6,5;RU=T;ReadPosRankSum=-1.852;SB=-7.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,81:144:99:1630,0,1251 chrVIII 517417 . AAG A 2689.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.636;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=409.5624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=0.392;QD=17.58;ReadPosRankSum=1.121;SB=-1.358e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,64:153:99:2729,0,288 chrVIII 518737 . TCC T,TC 3228.29 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.988;DP=117;FS=5.172;HaplotypeScore=97.7553;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.395;QD=27.59;RPA=8,6,7;RU=C;ReadPosRankSum=2.362;SB=-1.115e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:41,49,0:117:99:3306,930,811,1714,0,1427 chrVIII 519135 . A AT 5326 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=597.2371;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.57;MQ0=0;QD=37.77;SB=-2.078e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,125:141:99:5326,421,0 chrVIII 521040 . T TC 1192.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.426;DP=118;FS=1.529;HaplotypeScore=308.4708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=2.164;QD=10.11;RPA=2,3;RU=C;ReadPosRankSum=0.322;SB=-5.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,49:118:99:1232,0,1849 chrVIII 521724 . T TTA 1970.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.804;DP=118;FS=13.882;HaplotypeScore=40.4473;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.01;MQ0=1;MQRankSum=-0.046;QD=16.70;RPA=1,2;RU=TA;ReadPosRankSum=-2.407;SB=-8.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,59:117:99:2010,0,2063 chrVIII 522477 . AC A 1812.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.569;DP=116;FS=16.872;HaplotypeScore=37.2809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.523;QD=15.63;ReadPosRankSum=0.987;SB=-9.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,57:116:99:1852,0,1764 chrVIII 522597 . C CAT 1695.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.228;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=51.0400;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.399;QD=14.88;RPA=1,2;RU=AT;ReadPosRankSum=0.206;SB=-8.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,45:114:99:1735,0,2182 chrVIII 524810 . ACTTT A 2032.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.617;DP=80;FS=5.769;HaplotypeScore=102.9169;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=2.321;QD=25.41;ReadPosRankSum=-1.271;SB=-5.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,38:80:99:2072,0,2223 chrVIII 525717 . G GT 574.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.399;DP=80;FS=26.279;HaplotypeScore=1292.1790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.05;MQ0=14;MQRankSum=2.193;QD=7.19;ReadPosRankSum=2.226;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,23:56:99:614,0,905 chrVIII 525725 . GC G 486.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.794;DP=70;FS=24.393;HaplotypeScore=1103.5581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.05;MQ0=14;MQRankSum=0.627;QD=6.96;ReadPosRankSum=1.572;SB=-2.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,23:47:99:526,0,769 chrVIII 528683 . A AT 455.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.348;DP=132;FS=1.581;HaplotypeScore=326.2714;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.24;MQ0=2;MQRankSum=0.777;QD=3.45;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=0.643;SB=-1.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,37:129:99:495,0,2486 chrVIII 554072 . TA T 618.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.093;DP=158;DS;FS=0.738;HaplotypeScore=726.5463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.931;QD=3.92;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.944;SB=-2.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:110,40:158:99:658,0,1220 chrVIII 554275 . A AT 5689 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1164.8899;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.64;MQ0=4;QD=22.76;RPA=4,5;RU=T;SB=-2.514e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,243:230:99:5689,675,0 chrVIII 556403 . GAGA G 1764.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.899;DP=51;FS=12.304;HaplotypeScore=297.7897;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.08;MQ0=1;MQRankSum=2.175;QD=34.61;ReadPosRankSum=1.830;SB=-6.288e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,38:37:32:1807,32,0 chrVIII 556754 . GT G 1442.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.000;DP=124;FS=15.441;HaplotypeScore=401.7643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.45;MQ0=3;MQRankSum=-0.228;QD=11.64;ReadPosRankSum=0.426;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,81:57:99:1482,0,329 chrVIII 556799 . GT G 965.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.234;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=440.5091;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.70;MQ0=1;MQRankSum=-0.508;QD=14.42;ReadPosRankSum=-0.241;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,43:35:50:1005,0,50 chrVIII 556827 . T TC 173.04 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;DP=15;FS=9.031;HaplotypeScore=190.5831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.47;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=11.54;ReadPosRankSum=0.747;SB=-3.011e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,11:8:15:212,0,15 chrVIII 556936 . GT G 154.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.683;DP=31;FS=3.310;HaplotypeScore=230.4463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.76;MQ0=7;MQRankSum=-1.523;QD=5.00;ReadPosRankSum=-0.263;SB=-8.036e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,12:16:72:194,0,72 chrVIII 556949 . T TG 147.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.619;DP=38;FS=7.858;HaplotypeScore=290.7869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.25;MQ0=7;MQRankSum=0.041;QD=3.89;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=1.115;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,10:21:99:187,0,155 chrVIII 556961 . G GT 180.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=39;FS=2.350;HaplotypeScore=268.9433;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.60;MQ0=8;MQRankSum=-0.988;QD=4.64;ReadPosRankSum=-0.608;SB=-6.800e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,9:20:99:220,0,253 chrVIII 562385 . AT A 449.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.539;DP=153;FS=2.731;HaplotypeScore=321.9390;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.56;MQ0=94;MQRankSum=-0.941;QD=2.94;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.122;SB=-2.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,81:53:99:489,0,222 chrVIII 562460 . GGGTGT G 903.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.732;DP=102;FS=20.095;HaplotypeScore=543.4798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.80;MQ0=13;MQRankSum=1.404;QD=8.86;RPA=2,1;RU=GGTGT;ReadPosRankSum=1.272;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,21:77:99:943,0,2189 chrX 23034 . TC T 2205.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=497.7262;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.36;MQ0=0;QD=34.47;RPA=2,1;RU=C;SB=-1.001e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,62:64:99:2248,187,0 chrX 23988 . GT G 1145.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=383.9572;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.92;MQ0=0;QD=36.97;SB=-5.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:93:1188,93,0 chrX 26518 . TC T 3847 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=615.4846;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;QD=36.64;RPA=2,1;RU=C;SB=-1.357e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,104:105:99:3847,313,0 chrX 28303 . GCCAA G 7261 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=739.8814;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.48;MQ0=0;QD=62.59;SB=-2.820e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,109:115:99:7261,334,0 chrX 28329 . CG C 2897.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=1192.1056;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.19;MQ0=0;QD=27.08;RPA=3,2;RU=G;SB=-1.031e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,79:107:99:2940,307,0 chrX 28946 . CT CTT,C 1128.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.269;DP=105;FS=2.387;HaplotypeScore=263.3000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.27;MQ0=1;MQRankSum=1.808;QD=10.75;RPA=14,15,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.449;SB=-5.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:37,2,44:104:99:1207,753,1009,600,0,962 chrX 29312 . GT G 4353 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=848.1960;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.57;MQ0=0;QD=35.98;SB=-1.956e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,116:121:99:4353,352,0 chrX 29446 . TAGCGCTA T 6036 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=563.5274;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.51;MQ0=0;QD=61.59;RPA=2,1;RU=AGCGCTA;SB=-1.804e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,71:98:99:6036,214,0 chrX 29870 . G GC 4172 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=473.9727;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.97;MQ0=0;QD=33.92;RPA=1,2;RU=C;SB=-1.302e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,122:123:99:4172,367,0 chrX 30874 . CGTAAA C 6711 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=375.7330;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.42;MQ0=0;QD=61.01;RPA=2,1;RU=GTAAA;SB=-2.858e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,99:110:99:6711,298,0 chrX 31312 . G GT 832.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.215;DP=117;FS=12.546;HaplotypeScore=423.2708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.480;QD=7.12;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.322;SB=-2.749e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,43:117:98:872,0,98 chrX 31320 . TC T 1193.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.734;DP=93;FS=12.213;HaplotypeScore=375.2825;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=0.855;QD=12.84;ReadPosRankSum=1.101;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,41:93:99:1233,0,660 chrX 31341 . T TAA 3012.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=220.2358;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;QD=34.24;RPA=5,7;RU=A;SB=-9.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,83:88:99:3055,256,0 chrX 31479 . A AT 3067.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=267.9627;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=23.97;RPA=7,8;RU=T;SB=-8.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,123:128:99:3110,372,0 chrX 32844 . A AT 1740.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-10.508;DP=157;FS=0.600;HaplotypeScore=248.8927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.390;QD=11.09;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=0.792;SB=-8.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,66:157:99:1780,0,2065 chrX 33209 . CT C,CTTT 2365.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=593.8722;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=1.144;QD=19.08;RPA=11,10,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.619;SB=-9.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:28,53,0:124:99:2444,1600,1941,1123,0,1875 chrX 33346 . CTT C,CT 2929.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.220;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=217.0528;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.872;QD=19.93;RPA=12,10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.440;SB=-1.416e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:14,59,0:147:99:3008,1340,1333,1248,0,920 chrX 35867 . GA GAA,G 2417.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=347.0519;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.40;MQ0=0;QD=19.66;RPA=7,8,6;RU=A;SB=-9.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:12,0,50:123:99:2496,1278,1494,1515,0,1830 chrX 36381 . G GAAAAAA,GA 3596 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.660;DP=149;FS=5.560;HaplotypeScore=720.1976;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.98;MQ0=3;MQRankSum=-2.147;QD=24.13;RPA=9,15,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.079;SB=-1.323e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:86,10,34:146:99:3596,895,1520,2368,0,2123 chrX 36400 . TG T 1473.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.019;DP=128;FS=34.574;HaplotypeScore=760.9758;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.43;MQ0=3;MQRankSum=-0.860;QD=11.52;RPA=3,2;RU=G;ReadPosRankSum=0.022;SB=-5.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,60:125:99:1513,0,1813 chrX 37825 . GT G 1227.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.029;DP=181;FS=1.350;HaplotypeScore=107.9792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=2.792;QD=6.78;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.014;SB=-3.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,79:181:99:1267,0,1256 chrX 37982 . T TTG 6858 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;FS=0.000;HaplotypeScore=419.1557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.17;MQ0=0;QD=41.56;RPA=1,2;RU=TG;SB=-3.097e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,162:165:99:6858,491,0 chrX 41329 . AT A 2571.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=200.9166;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.47;MQ0=0;QD=18.64;RPA=10,9;RU=T;SB=-1.266e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,114:138:99:2614,346,0 chrX 41340 . CT C 1226.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.582;DP=137;FS=2.265;HaplotypeScore=314.2114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQ0=0;MQRankSum=0.101;QD=8.96;RPA=6,5;RU=T;ReadPosRankSum=0.290;SB=-4.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,50:137:99:1266,0,1066 chrX 47535 . GA G 2868.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=192.4555;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.47;MQ0=0;QD=21.25;RPA=10,9;RU=A;SB=-8.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,128:135:99:2911,385,0 chrX 59054 . GAAAA GAAAAA,G 1843.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.101;DP=146;FS=3.221;HaplotypeScore=359.0303;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.586;QD=12.63;RPA=21,22,17;RU=A;ReadPosRankSum=-3.429;SB=-6.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:103,0,20:146:99:1922,1594,1928,431,0,2663 chrX 59084 . T TG 1599.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.057;DP=127;FS=0.757;HaplotypeScore=419.6873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.871;QD=12.60;ReadPosRankSum=0.287;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,53:127:99:1639,0,1946 chrX 59582 . GA G 3857 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=549.7641;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.47;MQ0=0;QD=27.35;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.415e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,130:141:99:3857,394,0 chrX 59640 . T TAATA 2329.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.227;DP=101;FS=2.787;HaplotypeScore=1733.0838;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.916;QD=23.07;ReadPosRankSum=-0.831;SB=-6.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,30:100:99:2369,0,1825 chrX 59658 . G GTAGAAA 3863 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.517;DP=113;FS=4.756;HaplotypeScore=1831.3710;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.919;QD=34.19;ReadPosRankSum=-1.018;SB=-1.261e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,45:113:99:3863,0,4246 chrX 59669 . A AT 1139.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.445;DP=110;FS=4.767;HaplotypeScore=1884.5528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.197;QD=10.36;RPA=3,4;RU=T;ReadPosRankSum=0.417;SB=-4.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,49:110:99:1179,0,1443 chrX 59692 . AG A 1448.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.683;DP=111;FS=1.565;HaplotypeScore=1387.7043;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.01;MQ0=0;MQRankSum=1.731;QD=13.05;RPA=4,3;RU=G;ReadPosRankSum=0.284;SB=-6.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,56:111:99:1488,0,1289 chrX 59852 . AT A 2176.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.027;DP=152;FS=3.004;HaplotypeScore=193.3323;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.553;QD=14.32;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=-0.468;SB=-1.059e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,77:152:99:2216,0,1887 chrX 60220 . CT C 3206.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=317.9816;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.33;MQ0=0;QD=22.58;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.464e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,140:142:99:3249,419,0 chrX 60697 . G GT 970.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.481;DP=153;FS=50.469;HaplotypeScore=500.7397;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.73;MQ0=0;MQRankSum=5.158;QD=6.35;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-3.605;SB=-4.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,63:153:99:1010,0,454 chrX 67697 . C CA 705.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.365;DP=129;FS=0.709;HaplotypeScore=546.9103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.03;MQ0=0;MQRankSum=-3.394;QD=5.47;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.073;SB=-2.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,37:129:99:745,0,1255 chrX 67714 . AG A 1938.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.870;DP=140;FS=5.536;HaplotypeScore=312.8839;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=3.464;QD=13.85;ReadPosRankSum=1.731;SB=-9.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,76:140:99:1978,0,1572 chrX 71018 . CTT C 1501.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.270;DP=119;FS=0.718;HaplotypeScore=54.5730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=1;MQRankSum=1.197;QD=12.62;RPA=9,7;RU=T;ReadPosRankSum=1.936;SB=-6.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,57:117:99:1541,0,1550 chrX 71229 . C CCAATT 4189 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.790;DP=135;FS=4.100;HaplotypeScore=785.3209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.237;QD=31.03;RPA=1,2;RU=CAATT;ReadPosRankSum=0.449;SB=-1.906e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,60:135:99:4189,0,3504 chrX 71276 . G GAA,GA 2672.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.312;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=483.3568;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.08;MQ0=0;MQRankSum=1.732;QD=20.25;RPA=12,14,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.602;SB=-1.088e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:27,47,57:132:99:2751,1053,926,1088,0,820 chrX 74615 . CTT C,CT 2925.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=232.9203;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.48;MQ0=0;QD=22.51;RPA=10,8,9;RU=T;SB=-1.489e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:8,51,0:129:99:3004,1101,797,1193,0,844 chrX 76562 . GATAT G 1050.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.861;DP=89;FS=2.304;HaplotypeScore=55.7760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.66;MQ0=0;MQRankSum=0.788;QD=11.81;RPA=11,9;RU=AT;ReadPosRankSum=-2.289;SB=-5.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,25:89:99:1090,0,983 chrX 78981 . C CTCTTCT 2969.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.439;DP=128;FS=7.173;HaplotypeScore=348.2487;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.91;MQ0=0;MQRankSum=-6.175;QD=23.20;ReadPosRankSum=0.737;SB=-9.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,6:128:99:3009,0,4425 chrX 79553 . GA G 1182.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.435;DP=136;FS=8.755;HaplotypeScore=194.7485;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.510;QD=8.70;RPA=6,5;RU=A;ReadPosRankSum=-1.689;SB=-5.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,57:136:99:1222,0,1137 chrX 79590 . TA T 774.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.997;DP=121;FS=6.557;HaplotypeScore=362.9845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=0.598;QD=6.40;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=0.229;SB=-2.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,46:121:99:814,0,1247 chrX 79972 . A AT 1068.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.961;DP=163;FS=2.867;HaplotypeScore=248.4566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.316;QD=6.56;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.657;SB=-5.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,66:163:99:1108,0,1447 chrX 83157 . TC T 2125.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.822;DP=143;FS=6.260;HaplotypeScore=274.4118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=1.364;QD=14.87;ReadPosRankSum=0.403;SB=-1.035e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,78:143:99:2165,0,2091 chrX 83885 . T TG 1745.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.009;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=804.1855;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.863;QD=10.98;ReadPosRankSum=-0.750;SB=-6.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,82:159:99:1785,0,909 chrX 83886 . A AT 4582 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=585.1838;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.47;MQ0=0;QD=28.64;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.766e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:88,72:160:99:4582,477,0 chrX 83936 . AT A 2086.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.204;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=704.3553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.975;QD=15.23;ReadPosRankSum=-0.959;SB=-9.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:74,63:137:99:2129,210,0 chrX 85527 . CTT C 3380 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.426;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=301.5520;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=1.024;QD=28.64;RPA=11,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.886;SB=-1.243e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,105:118:99:3380,313,0 chrX 90279 . G GA 3815 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=374.4163;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.75;MQ0=0;QD=36.33;SB=-1.699e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:105:99:3815,316,0 chrX 91769 . G GAA 5647 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=646.5466;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.27;MQ0=0;QD=40.63;RPA=2,4;RU=A;SB=-2.126e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,139:139:99:5647,418,0 chrX 96818 . C CAT 2980.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.707;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=519.2815;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.663;QD=20.85;RPA=7,8;RU=AT;ReadPosRankSum=1.403;SB=-1.475e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,89:143:99:3023,202,0 chrX 99506 . TTTTTTTTTTTTAA T 7397 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=158.1304;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.76;MQ0=1;QD=54.79;SB=-3.306e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,104:132:99:7397,377,0 chrX 101045 . G GA 1544.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.494;DP=82;FS=2.113;HaplotypeScore=45.2445;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.343;QD=18.84;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.011;SB=-7.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,73:82:99:1587,143,0 chrX 104611 . TA T 2508.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.873;DP=145;FS=2.483;HaplotypeScore=286.3030;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-2.067;QD=17.30;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=2.336;SB=-7.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,115:145:99:2551,328,0 chrX 106211 . AT A 3787 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=170;FS=0.000;HaplotypeScore=373.0880;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.60;MQ0=0;QD=22.28;RPA=8,7;RU=T;SB=-5.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,158:170:99:3787,473,0 chrX 109915 . G GAAA 4982 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=105.7952;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.56;MQ0=2;QD=32.99;RPA=12,15;RU=A;SB=-2.419e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,123:149:99:4982,398,0 chrX 111163 . C CA 3338 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=122.1460;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.03;MQ0=0;QD=23.02;RPA=8,9;RU=A;SB=-1.444e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,136:145:99:3338,407,0 chrX 111275 . CA C 3463 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.227;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=532.9943;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.777;QD=21.38;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=2.152;SB=-1.643e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,150:162:99:3463,438,0 chrX 111290 . AG A 4989 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=167;FS=0.000;HaplotypeScore=426.7579;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=29.87;RPA=3,2;RU=G;SB=-2.483e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,148:167:99:4989,451,0 chrX 111408 . A AT 3364 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=57.1965;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.16;MQ0=0;QD=26.08;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.382e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,126:129:99:3364,381,0 chrX 111538 . CACA C 5914 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=55.2024;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.93;MQ0=0;QD=44.47;RPA=3,2;RU=ACA;SB=-2.148e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,122:133:99:5914,370,0 chrX 113474 . A ATT 2190.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=381.6158;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.60;MQ0=0;QD=21.48;RPA=14,16;RU=T;SB=-1.006e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,77:102:99:2233,239,0 chrX 114894 . GCTGC G 2765.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.263;DP=88;FS=2.079;HaplotypeScore=1562.5655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.09;MQ0=0;MQRankSum=1.589;QD=31.43;ReadPosRankSum=6.054;SB=-1.266e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,45:88:99:2805,0,1179 chrX 114906 . GTTGTTGTTTTCC G 2774.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.116;DP=90;FS=5.337;HaplotypeScore=1663.7216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.321;QD=30.83;ReadPosRankSum=7.206;SB=-1.292e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,0:90:99:2814,0,3081 chrX 114911 . TGTTTTC T 3190.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.331;DP=94;FS=2.653;HaplotypeScore=1665.0692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=0.390;QD=33.95;ReadPosRankSum=6.384;SB=-1.493e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,45:94:99:3230,0,1919 chrX 114920 . G GCTTCTTCTT 8237 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=1230.2116;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.73;MQ0=0;QD=86.71;RPA=5,8;RU=CTT;SB=-4.055e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:53,41:95:99:8237,265,0 chrX 115930 . T TA 3309 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=270.7385;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.81;MQ0=0;QD=25.45;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.386e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,128:130:99:3309,384,0 chrX 116400 . C CAA 4789 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=606.7829;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.45;MQ0=0;QD=35.74;RPA=3,5;RU=A;SB=-2.201e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,126:134:99:4789,379,0 chrX 116504 . AT A 4037 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=524.5396;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;QD=35.10;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.939e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,114:115:99:4037,346,0 chrX 120433 . C CAAT 5467 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=561.9097;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.02;MQ0=0;QD=35.04;RPA=4,5;RU=AAT;SB=-1.563e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,118:156:99:5467,355,0 chrX 121937 . GT G 2320.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=39.2713;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.71;MQ0=0;QD=23.44;RPA=8,7;RU=T;SB=-9.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:2363,296,0 chrX 122041 . C CG 4276 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=749.7705;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.85;MQ0=0;QD=35.93;SB=-1.917e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:119:99:4276,358,0 chrX 122613 . A AGAT 4731 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=395.7523;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.40;MQ0=0;QD=47.79;RPA=1,2;RU=GAT;SB=-2.023e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,93:99:99:4731,280,0 chrX 122693 . TGGCTTG T 7650 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=1212.5236;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.91;MQ0=0;QD=71.50;SB=-3.507e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,86:107:99:7650,313,0 chrX 122702 . CAGT C 3958 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=1496.9020;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.93;MQ0=0;QD=38.80;SB=-1.944e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,81:102:99:3958,278,0 chrX 123519 . AT A 2451.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=1264.4626;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.31;MQ0=0;QD=26.94;RPA=5,4;RU=T;SB=-7.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,84:91:99:2494,258,0 chrX 123552 . GT G 2137.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=1243.0222;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.11;MQ0=0;QD=22.99;RPA=7,6;RU=T;SB=-9.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,86:93:99:2180,261,0 chrX 123779 . G GAA 3160.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.178;DP=130;FS=4.323;HaplotypeScore=216.6919;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.365;QD=24.32;RPA=12,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.115;SB=-6.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,96:130:99:3203,271,0 chrX 126726 . ATT A 4299 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=52.4996;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=1;QD=38.04;RPA=5,3;RU=T;SB=-1.551e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,111:112:99:4299,334,0 chrX 126805 . C CT 2333.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.398;DP=117;FS=2.391;HaplotypeScore=398.7263;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=0.528;QD=19.95;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.232;SB=-9.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,99:117:99:2376,258,0 chrX 129078 . CT C 2157.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.435;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=67.5166;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=0.907;QD=19.27;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.643;SB=-9.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,102:112:99:2200,293,0 chrX 130674 . GC G 3352 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=279.8279;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=28.90;RPA=5,4;RU=C;SB=-1.315e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,106:116:99:3352,328,0 chrX 131054 . GT G 2526.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=30.2731;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;QD=21.97;RPA=9,8;RU=T;SB=-9.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,111:115:99:2569,332,0 chrX 133939 . GT G 3972 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=338.4844;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;QD=25.79;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.727e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,145:154:99:3972,435,0 chrX 134031 . CT C 2629.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.697;DP=147;FS=1.880;HaplotypeScore=343.0503;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.62;MQ0=1;MQRankSum=-0.126;QD=17.89;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.883;SB=-1.110e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,122:146:99:2672,296,0 chrX 134112 . GAAAAA G 5462 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.201;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=466.1549;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.96;MQ0=1;MQRankSum=1.803;QD=43.70;RPA=17,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.156;SB=-1.503e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,75:124:99:5462,266,0 chrX 134179 . GAAA G 6103 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=167;FS=0.000;HaplotypeScore=397.7171;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=1.520;QD=36.54;RPA=12,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.082;SB=-1.660e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,138:167:99:6103,409,0 chrX 135953 . GA G 2895.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=39.8314;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=22.62;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.028e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,122:128:99:2938,368,0 chrX 136293 . C CAAAAGGAACGAAGA 7251 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=98.7894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.53;MQ0=1;QD=70.40;RPA=1,2;RU=AAAAGGAACGAAGA;SB=-1.904e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:51,51:102:99:7251,157,0 chrX 136809 . GT G 4216 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=193.0572;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=26.85;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.688e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,155:157:99:4216,465,0 chrX 136906 . AAAAAG A 4035 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.163;DP=123;FS=102.588;HaplotypeScore=313.8918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=0.286;QD=32.80;ReadPosRankSum=0.286;SB=-8.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,43:123:99:4035,0,510 chrX 136911 . GAAAAA G 4530 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.223;DP=127;FS=63.619;HaplotypeScore=271.5069;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=1.343;QD=35.67;RPA=19,14;RU=A;ReadPosRankSum=1.089;SB=-1.663e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:91,27:127:99:4530,108,0 chrX 139750 . G GA 830.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.028;DP=93;FS=2.819;HaplotypeScore=236.1040;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=1.592;QD=8.94;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=1.084;SB=-3.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,44:93:99:870,0,892 chrX 140211 . GA G 2235.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=319.0841;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.14;MQ0=0;QD=21.71;RPA=8,7;RU=A;SB=-8.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,95:103:99:2278,284,0 chrX 144785 . C CT 3353 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=384.8908;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;QD=28.91;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.039e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,102:116:99:3353,325,0 chrX 144800 . A AT 3332 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=364.1145;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.31;MQ0=0;QD=29.49;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.158e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,98:113:99:3332,325,0 chrX 144923 . C CT 2953.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.902;DP=142;FS=5.612;HaplotypeScore=545.2294;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=0.274;QD=20.80;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.091;SB=-1.414e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,130:142:99:2996,254,0 chrX 145019 . GAA G 2801.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=124.6265;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.38;MQ0=0;MQRankSum=1.693;QD=30.13;RPA=11,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.576;SB=-1.073e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,87:93:99:2844,247,0 chrX 146986 . AT A 1249.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.817;DP=115;FS=2.405;HaplotypeScore=236.3018;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQ0=0;MQRankSum=0.854;QD=10.87;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=-1.217;SB=-5.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,60:115:99:1289,0,1120 chrX 147955 . CA C 988.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.301;DP=82;FS=1.843;HaplotypeScore=158.1398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.849;QD=12.06;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=0.936;SB=-4.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,43:82:99:1028,0,841 chrX 156186 . TA T 2870.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=52.9883;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=0;QD=21.59;RPA=7,6;RU=A;SB=-7.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,117:133:99:2913,351,0 chrX 159429 . CA C 1677.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.650;DP=125;FS=1.429;HaplotypeScore=80.1601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=2.407;QD=13.42;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.933;SB=-5.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,83:124:84:1720,84,0 chrX 159916 . GA G 3233.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=846.6360;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.10;MQ0=0;QD=26.72;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.549e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,120:121:99:3278,360,0 chrX 160183 . C CT 3498 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=1510.6577;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.65;MQ0=0;QD=34.98;SB=-1.741e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,86:99:99:3498,283,0 chrX 160258 . GT G 2368.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.189;DP=114;FS=5.936;HaplotypeScore=1426.7863;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.06;MQ0=0;MQRankSum=-1.494;QD=20.78;RPA=8,7;RU=T;ReadPosRankSum=1.562;SB=-5.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,89:114:99:2411,289,0 chrX 160310 . C CT 2135.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.794;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=548.1647;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.23;MQ0=0;MQRankSum=0.324;QD=18.74;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.186;SB=-4.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,67:113:99:2178,256,0 chrX 161835 . T TAA 2540.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.695;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=70.1337;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.428;QD=21.90;RPA=12,14;RU=A;ReadPosRankSum=1.471;SB=-1.121e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,85:116:99:2583,269,0 chrX 165551 . AT A 2741.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=44.0331;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.46;MQ0=0;QD=24.48;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.222e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,107:112:99:2784,321,0 chrX 172562 . C CT 1557.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.439;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=190.6610;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.80;MQ0=0;MQRankSum=0.366;QD=20.23;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.561;SB=-7.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,68:77:99:1600,206,0 chrX 173179 . GT G 1373.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.393;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=161.8934;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=0.753;QD=15.44;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.041;SB=-6.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,62:89:99:1416,194,0 chrX 173313 . C CT 2917.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=602.4196;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.99;MQ0=0;QD=33.54;SB=-1.280e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,85:86:99:2960,256,0 chrX 173515 . TA T 2636.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.458;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=367.6970;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=0.391;QD=19.39;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.306;SB=-1.318e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,126:135:99:2679,340,0 chrX 177924 . A AATAT 2858.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.098;DP=81;FS=11.627;HaplotypeScore=79.3973;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.62;MQ0=0;MQRankSum=0.164;QD=35.30;RPA=9,11;RU=AT;ReadPosRankSum=-1.214;SB=-1.061e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,56:81:56:2901,56,0 chrX 180812 . A AT 2489.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.700;DP=127;FS=3.091;HaplotypeScore=43.2154;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.834;QD=19.61;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.155;SB=-1.220e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,107:127:99:2532,300,0 chrX 181281 . A AT 3438 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=117.9544;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.12;MQ0=0;QD=24.21;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.611e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,137:142:99:3438,411,0 chrX 181829 . G GTACATTTTT 7586 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=77.1239;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.50;MQ0=0;QD=78.21;SB=-2.233e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,73:97:99:7586,229,0 chrX 191578 . GA G 2680.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.412;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=256.6910;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.181;QD=17.87;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=2.316;SB=-9.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,124:150:99:2723,339,0 chrX 195285 . TA T 1709.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=98.0933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.83;MQ0=0;QD=24.08;RPA=7,6;RU=A;SB=-6.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1752,213,0 chrX 196083 . CT C 1182.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.933;DP=85;FS=4.512;HaplotypeScore=345.0868;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.773;QD=13.92;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.199;SB=-3.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,53:85:99:1225,167,0 chrX 198579 . TA T 464.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=9.7308;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.64;MQ0=3;QD=19.37;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,21:21:63:507,63,0 chrX 204114 . A ACATAT,AAATAT 3221.92 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=105.9361;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=33.15;MQ0=0;QD=59.67;SB=-1.486e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,28,24:47:99:3300,570,429,477,0,336 chrX 204212 . T TC 98.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.053;DP=78;FS=37.916;HaplotypeScore=128.4262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=13.51;MQ0=44;MQRankSum=-1.634;QD=1.27;ReadPosRankSum=-3.215;SB=-2.745e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,8:17:99:138,0,398 chrX 204216 . G GAATAT 277.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.688;DP=80;FS=37.916;HaplotypeScore=110.5335;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=13.37;MQ0=45;MQRankSum=-1.634;QD=3.47;ReadPosRankSum=-2.055;SB=-2.745e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,5:17:99:317,0,787 chrX 207452 . GGCATT G 8644 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=207.0759;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.66;MQ0=0;QD=57.63;RPA=2,1;RU=GCATT;SB=-3.087e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,128:150:99:8644,385,0 chrX 207747 . GAA G 3131.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=224.3484;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.93;MQ0=0;MQRankSum=0.766;QD=24.47;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.233;SB=-1.409e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,103:127:99:3174,309,0 chrX 209539 . TA T 3075.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=34.9930;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.21;MQ0=0;QD=24.81;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.448e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,120:124:99:3118,360,0 chrX 211991 . CT C 2478.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=34.6634;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.99;MQ0=0;QD=22.95;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.225e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,106:108:99:2521,317,0 chrX 217454 . GAA G 2782.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.182;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=96.5732;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=2.369;QD=28.11;RPA=12,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.335;SB=-7.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,82:99:99:2825,251,0 chrX 217532 . GA G 2583.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=73.6355;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.09;MQ0=0;QD=23.49;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.138e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,104:110:99:2626,318,0 chrX 218872 . C CA 4373 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=66.6456;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.19;MQ0=0;QD=26.99;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.428e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,156:162:99:4373,469,0 chrX 220402 . C CT 3580 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=700.8213;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.11;MQ0=0;QD=26.52;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.760e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,128:135:99:3580,384,0 chrX 223657 . C CTTCTTCTT 11916 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=50.9798;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.94;MQ0=0;QD=97.67;SB=-4.990e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,108:122:99:11916,346,0 chrX 228713 . A AAAT 3863 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=628.0808;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.86;MQ0=0;QD=47.69;RPA=1,2;RU=AAT;SB=-1.669e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,75:81:99:3863,232,0 chrX 231029 . A AT 4723 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=47.6383;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=35.51;RPA=1,2;RU=T;SB=-2.205e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,132:133:99:4723,397,0 chrX 233869 . C CT 4085 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=484.2123;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=27.60;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.889e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,147:148:99:4085,441,0 chrX 234152 . TA T 3628 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=293.0908;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=32.11;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.309e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,107:113:99:3628,328,0 chrX 234222 . T TA 2359.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=456.8760;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=23.14;RPA=8,9;RU=A;SB=-8.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,95:102:99:2402,293,0 chrX 236429 . A AT 3747 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=335.9946;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.72;MQ0=0;QD=27.76;RPA=4,5;RU=T;SB=-9.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,134:135:99:3747,402,0 chrX 245297 . TTAATAACAATAA T 6208 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.925;DP=122;FS=4.429;HaplotypeScore=242.3376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.15;MQ0=0;MQRankSum=-7.303;QD=50.89;ReadPosRankSum=0.153;SB=-2.916e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,63:122:99:6208,0,6931 chrX 251756 . GATGACGGA G 5744 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.988;DP=140;FS=1.498;HaplotypeScore=216.9962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.944;QD=41.03;RPA=2,1;RU=ATGACGGA;ReadPosRankSum=0.969;SB=-2.021e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,64:140:99:5744,0,5046 chrX 254622 . TA T 4402 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=518.9987;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.98;MQ0=0;QD=36.08;SB=-1.429e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:122:99:4402,367,0 chrX 256880 . CA C 2055.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.026;DP=120;FS=14.030;HaplotypeScore=392.2378;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=1.002;QD=17.13;ReadPosRankSum=-0.336;SB=-8.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,64:120:99:2095,0,1681 chrX 261459 . CAT C 3036.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.097;DP=167;FS=2.722;HaplotypeScore=466.9363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.382;QD=18.19;RPA=2,1;RU=AT;ReadPosRankSum=2.474;SB=-1.426e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,88:167:99:3076,0,2731 chrX 265708 . C CA 1962.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.469;DP=114;FS=6.578;HaplotypeScore=64.2990;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.02;MQ0=0;MQRankSum=0.281;QD=17.22;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.843;SB=-9.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,90:114:99:2005,230,0 chrX 265872 . GTTTT G,GTT 2763.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.746;DP=113;FS=10.991;HaplotypeScore=302.6840;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.97;MQ0=1;MQRankSum=-1.216;QD=24.46;RPA=18,14,16;RU=T;ReadPosRankSum=-0.834;SB=-8.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:49,32,0:111:99:2842,880,1180,1217,0,1000 chrX 268747 . ATT A 653.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.306;DP=112;FS=19.345;HaplotypeScore=54.6344;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=0.858;QD=5.84;RPA=17,15;RU=T;ReadPosRankSum=1.545;SB=-2.945e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,36:111:99:693,0,1189 chrX 269905 . TA T 893.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.512;DP=109;FS=2.603;HaplotypeScore=244.3285;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.744;QD=8.20;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.402;SB=-3.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,58:109:99:933,0,754 chrX 278038 . G GA 645.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.145;DP=115;FS=1.721;HaplotypeScore=72.5762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.711;QD=5.62;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.905;SB=-2.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,42:115:99:685,0,679 chrX 280770 . CTT C 2622.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=79.4991;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=1.661;QD=22.61;RPA=15,13;RU=T;ReadPosRankSum=1.446;SB=-6.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,83:113:99:2665,248,0 chrX 283419 . A ATTT 1244.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.228;DP=108;FS=13.161;HaplotypeScore=205.3176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.43;MQ0=0;MQRankSum=4.384;QD=11.53;RPA=11,14;RU=T;ReadPosRankSum=-3.041;SB=-4.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,43:108:99:1284,0,1443 chrX 285366 . GTTTCGTCGTCTTCTCCA G 5978 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.530;DP=122;FS=5.244;HaplotypeScore=88.5122;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.389;QD=49.00;ReadPosRankSum=-2.284;SB=-2.640e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,55:122:99:5978,0,7300 chrX 289587 . T TAA 1692.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.425;DP=107;FS=2.422;HaplotypeScore=369.5719;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.54;MQ0=0;MQRankSum=1.569;QD=15.82;RPA=17,19;RU=A;ReadPosRankSum=-0.974;SB=-5.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,72:106:99:1735,150,0 chrX 289722 . T TA 1847.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.912;DP=166;FS=5.996;HaplotypeScore=102.4377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.681;QD=11.13;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=1.645;SB=-7.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,93:166:99:1887,0,1051 chrX 291152 . C CA 2213.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.739;DP=153;FS=3.794;HaplotypeScore=404.8619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=1.520;QD=14.47;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.308;SB=-1.022e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,76:153:99:2253,0,2257 chrX 294488 . T TC 1167.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.137;DP=77;FS=18.940;HaplotypeScore=640.3093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.983;QD=15.17;ReadPosRankSum=0.107;SB=-5.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,40:77:99:1207,0,1112 chrX 294918 . A AT 3200.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.906;DP=203;FS=0.000;HaplotypeScore=789.5160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=2.152;QD=15.77;ReadPosRankSum=0.325;SB=-1.136e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,110:203:99:3240,0,2570 chrX 295081 . G GT 1189.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.226;DP=128;FS=2.587;HaplotypeScore=466.1314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.923;QD=9.30;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=-0.194;SB=-4.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,57:128:99:1229,0,1339 chrX 309995 . TGTA T 2471.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.183;DP=168;FS=0.647;HaplotypeScore=65.1515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.389;QD=14.71;RPA=4,3;RU=GTA;ReadPosRankSum=0.577;SB=-7.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:101,66:168:99:2511,0,3488 chrX 314905 . TTTC T 3546 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.972;DP=161;FS=9.358;HaplotypeScore=239.6908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.601;QD=22.02;ReadPosRankSum=-2.829;SB=-1.666e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,58:161:99:3546,0,3470 chrX 314950 . AT A 1439.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.373;DP=161;FS=2.983;HaplotypeScore=540.9088;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQ0=0;MQRankSum=1.057;QD=8.94;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.446;SB=-5.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,85:161:99:1479,0,1034 chrX 315657 . GA GAA,G 1176.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.789;DP=150;FS=2.990;HaplotypeScore=131.7919;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=1.632;QD=7.85;RPA=13,14,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.223;SB=-3.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:68,3,44:150:99:1255,708,1163,576,0,1080 chrX 316988 . G GTA 2711.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.675;DP=151;FS=9.188;HaplotypeScore=175.2352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=-3.090;QD=17.96;ReadPosRankSum=-0.862;SB=-7.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,64:151:99:2751,0,3127 chrX 317080 . GTATATA G 8458 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=172;FS=0.000;HaplotypeScore=201.4205;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.17;MQ0=0;QD=49.17;RPA=9,6;RU=TA;SB=-3.200e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,135:172:99:8458,415,0 chrX 319847 . GAA G,GA 3167.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=334.1398;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.71;MQ0=0;QD=19.92;RPA=12,10,11;RU=A;SB=-6.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:19,65,0:159:99:3246,1384,1363,1439,0,1054 chrX 327878 . A AT 5414 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=365.0223;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.43;MQ0=0;QD=38.40;SB=-1.750e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,140:141:99:5414,421,0 chrX 330220 . T TC 1283.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.181;DP=129;FS=1.822;HaplotypeScore=258.2682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=0.232;QD=9.95;RPA=7,8;RU=C;ReadPosRankSum=-1.271;SB=-2.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,54:129:99:1323,0,1239 chrX 337388 . TA T 689.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.747;DP=101;FS=1.764;HaplotypeScore=205.4110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.816;QD=6.83;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.917;SB=-3.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,44:101:99:729,0,704 chrX 338042 . AG A 1453.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.915;DP=122;FS=0.720;HaplotypeScore=267.4352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=0.739;QD=11.92;RPA=7,6;RU=G;ReadPosRankSum=-0.012;SB=-5.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,57:122:99:1493,0,256 chrX 339752 . GTA G 1810.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.008;DP=174;FS=4.943;HaplotypeScore=221.7156;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.98;MQ0=0;MQRankSum=4.622;QD=10.41;RPA=5,4;RU=TA;ReadPosRankSum=-0.917;SB=-7.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,77:174:99:1850,0,2048 chrX 342313 . AT A 2591.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=216.3924;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=26.72;RPA=4,3;RU=T;SB=-4.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,92:97:99:2634,273,0 chrX 349508 . G GA 842.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.237;DP=106;FS=2.239;HaplotypeScore=143.2286;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.882;QD=7.95;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=-1.367;SB=-1.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,46:106:99:882,0,889 chrX 353921 . CTTCCGCTCCAGAATAAAGTTCCTTTTCACTTCA C 3011.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.583;DP=40;FS=3.761;HaplotypeScore=279.2553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.018;QD=75.30;ReadPosRankSum=2.173;SB=-1.359e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,10:40:99:3051,0,4843 chrX 354332 . A AT 586.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=28.6345;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.20;MQ0=0;QD=23.48;RPA=7,8;RU=T;SB=-2.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:75:629,75,0 chrX 354681 . GT G 502.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=145.7047;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.82;MQ0=0;QD=21.87;RPA=4,3;RU=T;SB=-9.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:18:51:545,51,0 chrX 355174 . C CTAGTTG 447.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=68.4360;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.07;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=64.00;ReadPosRankSum=-0.742;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:56:487,0,56 chrX 355954 . GC G 2053.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.849;DP=142;FS=1.393;HaplotypeScore=326.1951;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.653;QD=14.46;ReadPosRankSum=-1.947;SB=-7.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,71:142:99:2093,0,2187 chrX 355956 . T TAA 1905.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.851;DP=139;FS=0.661;HaplotypeScore=338.2361;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.993;QD=13.71;RPA=4,6;RU=A;ReadPosRankSum=-1.934;SB=-6.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,71:139:99:1945,0,2026 chrX 358092 . A ATT 1907.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.913;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=126.1201;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.892;QD=12.39;RPA=4,6;RU=T;ReadPosRankSum=1.183;SB=-6.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,63:154:99:1947,0,2708 chrX 359824 . GAAA G 2136.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.527;DP=162;FS=2.345;HaplotypeScore=196.7196;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=0.723;QD=13.19;RPA=15,12;RU=A;ReadPosRankSum=2.250;SB=-8.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,60:161:99:2176,0,2176 chrX 360063 . G GA 662.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.781;DP=104;FS=1.706;HaplotypeScore=221.7438;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=2.214;QD=6.37;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-2.054;SB=-3.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,37:104:99:702,0,856 chrX 360911 . C CT 1275.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.242;DP=212;FS=6.182;HaplotypeScore=139.0168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQ0=1;MQRankSum=-1.129;QD=6.02;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-2.260;SB=-4.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:123,82:211:99:1315,0,1608 chrX 361635 . T TCAC 2679.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-10.266;DP=189;FS=0.000;HaplotypeScore=669.3407;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.577;QD=14.18;RPA=3,4;RU=CAC;ReadPosRankSum=-0.609;SB=-1.148e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:128,59:189:99:2719,0,1219 chrX 361643 . ACCG A 3748 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-10.890;DP=169;FS=2.006;HaplotypeScore=560.6155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.96;MQ0=0;MQRankSum=1.114;QD=22.18;ReadPosRankSum=-3.441;SB=-1.690e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,98:169:99:3748,0,134 chrX 362433 . GAAC G 2934.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-10.431;DP=165;FS=2.132;HaplotypeScore=295.7510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=1.045;QD=17.79;RPA=5,4;RU=AAC;ReadPosRankSum=0.795;SB=-1.269e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,73:165:99:2974,0,1764 chrX 374280 . AAC A 1371.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.559;DP=89;FS=10.332;HaplotypeScore=335.6013;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.43;MQ0=0;MQRankSum=0.590;QD=15.42;ReadPosRankSum=0.647;SB=-6.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,40:89:99:1411,0,1892 chrX 374676 . A AGCCT 2461.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.148;DP=98;FS=17.202;HaplotypeScore=404.1794;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.21;MQ0=0;MQRankSum=-2.070;QD=25.12;RPA=1,2;RU=GCCT;ReadPosRankSum=1.594;SB=-1.171e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,46:98:99:2501,0,2308 chrX 376292 . TA T 522.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.240;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=209.6124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.383;QD=6.08;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.354;SB=-2.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,36:86:99:562,0,746 chrX 377813 . A ATT 1867.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.978;DP=137;FS=5.485;HaplotypeScore=932.5222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.00;MQ0=0;MQRankSum=-5.180;QD=13.63;RPA=1,3;RU=T;ReadPosRankSum=1.479;SB=-5.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,59:137:99:1907,0,2949 chrX 377910 . C CTT 1376.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.857;DP=116;FS=14.109;HaplotypeScore=715.3699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.17;MQ0=0;MQRankSum=-7.844;QD=11.87;RPA=4,6;RU=T;ReadPosRankSum=1.737;SB=-1.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,46:116:99:1416,0,1986 chrX 377943 . TGA T 850.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.128;DP=116;FS=6.949;HaplotypeScore=668.7554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.91;MQ0=0;MQRankSum=-6.930;QD=7.34;ReadPosRankSum=0.623;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,32:116:99:890,0,3121 chrX 378340 . C CA 964.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.088;DP=106;FS=1.642;HaplotypeScore=189.7013;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=1.282;QD=9.10;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=0.099;SB=-4.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,42:106:99:1004,0,1710 chrX 386337 . C CATAT 1385.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.671;DP=116;FS=4.422;HaplotypeScore=336.0639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.64;MQ0=0;MQRankSum=1.367;QD=11.95;RPA=6,8;RU=AT;ReadPosRankSum=1.798;SB=-5.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,31:116:99:1425,0,2085 chrX 388260 . CAAA CAAAA,C 3321 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.701;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=347.5077;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.355;QD=21.85;RPA=15,16,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.375;SB=-1.078e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:74,0,53:152:99:3321,2534,2881,1084,0,2748 chrX 391437 . CT C 3653 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=188.6520;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=23.72;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.387e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,147:154:99:3653,440,0 chrX 391631 . GA G 3836 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=491.0164;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.44;MQ0=0;QD=26.83;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.256e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,141:143:99:3836,420,0 chrX 391758 . GA G 1348.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.754;DP=143;FS=1.361;HaplotypeScore=447.1364;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQ0=0;MQRankSum=1.182;QD=9.43;RPA=6,5;RU=A;ReadPosRankSum=0.636;SB=-6.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,70:143:99:1388,0,1468 chrX 393836 . A AAATAAAAT 5873 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.230;DP=123;FS=0.786;HaplotypeScore=378.3135;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.02;MQ0=0;MQRankSum=1.614;QD=47.75;ReadPosRankSum=2.827;SB=-1.251e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,53:123:99:5873,0,1558 chrX 395708 . A AC 4124 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=136.9191;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.21;MQ0=0;QD=35.55;SB=-1.671e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,107:116:99:4124,325,0 chrX 396952 . CT C 900.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.241;DP=101;FS=0.759;HaplotypeScore=41.0801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.06;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=8.92;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.929;SB=-4.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,55:101:99:940,0,691 chrX 404066 . ACAG A 4533 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=342.2684;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.89;MQ0=0;QD=32.15;RPA=8,7;RU=CAG;SB=-1.965e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,101:141:99:4533,304,0 chrX 409224 . G GT 1055.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.439;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=137.8208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.510;QD=8.00;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-2.201;SB=-2.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,58:132:99:1095,0,1184 chrX 414136 . T TA 1025.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.187;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=544.0518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=0.874;QD=9.00;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=-1.343;SB=-3.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,53:114:99:1065,0,928 chrX 414914 . C CT 913.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.479;DP=120;FS=6.399;HaplotypeScore=67.2627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQ0=0;MQRankSum=0.293;QD=7.62;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.307;SB=-4.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,50:120:99:953,0,900 chrX 417192 . C CA 916.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.169;DP=114;FS=10.273;HaplotypeScore=44.5884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQ0=0;MQRankSum=0.463;QD=8.04;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=-0.175;SB=-1.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,46:114:99:956,0,1405 chrX 424422 . C CA 769.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.939;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=382.3241;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.179;QD=6.31;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=0.955;SB=-3.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,45:122:99:809,0,1432 chrX 424743 . GTTC G 2014.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.444;DP=112;FS=14.242;HaplotypeScore=325.1737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=2.341;QD=17.99;RPA=4,3;RU=TTC;ReadPosRankSum=-0.318;SB=-1.004e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,50:112:99:2054,0,2039 chrX 426669 . G GACTCTCGTCATCGTAAGAACCGAC 15901 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=26.3949;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.43;MQ0=0;QD=184.90;SB=-6.685e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:64,13:86:99:15901,232,0 chrX 436351 . ATT A 652.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.066;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=240.7019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.68;MQ0=1;MQRankSum=3.215;QD=8.37;RPA=5,3;RU=T;ReadPosRankSum=1.702;SB=-3.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,24:77:99:692,0,1735 chrX 436461 . T TA 2018.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=735.8287;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.90;MQ0=0;QD=28.04;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.000e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,64:72:99:2061,214,0 chrX 436488 . TA T 750.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.180;DP=79;FS=10.086;HaplotypeScore=916.9115;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.594;QD=9.49;ReadPosRankSum=-0.691;SB=-2.541e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:54,24:79:1:788,1,0 chrX 436489 . AT A 1243.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.906;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=872.0667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.96;MQ0=0;MQRankSum=-2.068;QD=15.55;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=2.906;SB=-5.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,44:80:99:1286,195,0 chrX 436504 . T TTTTG 2529.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.748;DP=80;FS=12.336;HaplotypeScore=711.7246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.917;QD=31.62;RPA=1,2;RU=TTTG;ReadPosRankSum=-0.270;SB=-1.224e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,45:80:99:2569,0,1350 chrX 436624 . G GT,GTT 2155.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.102;DP=105;FS=2.806;HaplotypeScore=356.2682;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.661;QD=20.53;RPA=11,12,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.531;SB=-6.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:14,48,39:105:99:2234,1010,794,733,0,594 chrX 438674 . GA G 1536.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.259;DP=147;FS=0.649;HaplotypeScore=146.8264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQ0=0;MQRankSum=0.815;QD=10.46;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=-0.058;SB=-6.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,75:147:99:1576,0,1369 chrX 448869 . T TAC,TATATAC 4487 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.076;DP=114;FS=2.660;HaplotypeScore=188.4239;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.846;QD=39.36;ReadPosRankSum=0.099;SB=-1.795e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:9,73,16:114:99:4487,1420,1123,1552,0,1477 chrX 453526 . GA G 1103.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.314;DP=147;FS=2.349;HaplotypeScore=109.8408;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=2.168;QD=7.51;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.706;SB=-3.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,69:147:99:1143,0,1296 chrX 456070 . TA T 203.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.931;DP=77;FS=2.163;HaplotypeScore=834.9070;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.13;MQ0=0;MQRankSum=-6.139;QD=2.65;ReadPosRankSum=6.482;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,27:77:99:243,0,147 chrX 456072 . TATATATATATATATA T,TTATA 3941 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.226;DP=82;FS=4.311;HaplotypeScore=496.4972;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=47.55;MQ0=0;MQRankSum=-5.065;QD=48.06;ReadPosRankSum=4.484;SB=-1.506e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:53,13,0:82:99:3941,165,474,659,0,893 chrX 457903 . CAAAAAAAAA C,CAAAA 4741 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.346;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=129.5939;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=52.53;MQ0=0;MQRankSum=0.250;QD=49.39;RPA=21,12,16;RU=A;ReadPosRankSum=1.155;SB=-1.783e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:39,35,0:96:99:4741,1545,2006,1683,0,1536 chrX 458442 . G GT 3188.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.613;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=58.2007;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.92;MQ0=0;MQRankSum=0.959;QD=22.62;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.187;SB=-1.411e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,129:141:99:3231,366,0 chrX 459766 . T TA 4721 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=497.3676;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;QD=37.17;SB=-2.070e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,127:127:99:4721,382,0 chrX 460338 . AGTCAACAACT A 9769 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.418;DP=88;FS=3.485;HaplotypeScore=208.7575;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.896;QD=111.01;ReadPosRankSum=1.573;SB=-4.552e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,77:88:99:9769,254,0 chrX 460377 . GA G 2304.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=738.4323;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.97;MQ0=0;QD=30.33;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.130e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,70:76:99:2347,211,0 chrX 461660 . G GA 1130.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.474;DP=134;FS=1.670;HaplotypeScore=76.5555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=0.569;QD=8.44;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.390;SB=-2.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,64:134:99:1170,0,949 chrX 462616 . TC T 4230 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=1052.4070;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.48;MQ0=0;QD=31.10;RPA=4,3;RU=C;SB=-1.148e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,130:136:99:4230,391,0 chrX 462833 . C CT 1215.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.234;DP=122;FS=1.519;HaplotypeScore=191.6872;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.413;QD=9.97;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=0.728;SB=-4.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,55:122:99:1255,0,1924 chrX 464355 . TTATA T 4021 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=180.4438;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.32;MQ0=0;QD=45.18;RPA=8,6;RU=TA;SB=-1.035e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,75:89:99:4021,222,0 chrX 464387 . C CA 559.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.302;DP=80;FS=4.789;HaplotypeScore=484.4243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.34;MQ0=0;MQRankSum=-2.064;QD=7.00;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=1.391;SB=-2.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,33:80:99:599,0,883 chrX 470130 . G GTAATAATAATAA 1938.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=113.3023;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.85;MQ0=0;QD=33.43;RPA=16,20;RU=TAA;SB=-8.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,16:58:58:1981,58,0 chrX 471047 . GA G 1713.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.733;DP=125;FS=3.189;HaplotypeScore=54.9836;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.07;MQ0=1;MQRankSum=1.793;QD=13.71;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.807;SB=-8.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,90:124:99:1756,129,0 chrX 472080 . AT A 1458.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.781;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=159.4202;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.86;MQ0=0;MQRankSum=1.517;QD=13.51;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=1.393;SB=-5.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,69:108:99:1501,124,0 chrX 486263 . G GA 1918.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.360;DP=108;FS=9.684;HaplotypeScore=233.0461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.138;QD=17.77;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.728;SB=-6.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,64:108:99:1958,0,1237 chrX 486349 . A AG 1529.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.288;DP=101;FS=1.597;HaplotypeScore=177.7713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.077;QD=15.15;ReadPosRankSum=-0.574;SB=-7.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,49:101:99:1569,0,1426 chrX 486535 . G GAA 1924.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.603;DP=136;FS=5.394;HaplotypeScore=187.0951;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.466;QD=14.15;RPA=6,8;RU=A;ReadPosRankSum=-1.392;SB=-8.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,66:136:99:1964,0,1719 chrX 491023 . GA G 2881.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=62.5744;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.30;MQ0=0;QD=20.73;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.365e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,127:139:99:2924,380,0 chrX 517619 . C CA 1502.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.424;DP=150;FS=0.623;HaplotypeScore=339.2131;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=1;MQRankSum=0.910;QD=10.02;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=0.572;SB=-6.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,68:149:99:1542,0,1687 chrX 517985 . A AT 2244.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.435;DP=114;FS=92.214;HaplotypeScore=160.5375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.11;MQ0=0;MQRankSum=7.216;QD=19.69;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=-1.398;SB=-8.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,75:114:99:2284,0,973 chrX 521978 . AAT A 2458.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.389;DP=153;FS=14.834;HaplotypeScore=52.1056;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=1;MQRankSum=0.050;QD=16.07;RPA=2,1;RU=AT;ReadPosRankSum=1.505;SB=-8.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,73:151:99:2498,0,2687 chrX 523904 . TAAAA T 2242.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.340;DP=114;FS=12.514;HaplotypeScore=142.6760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.015;QD=19.68;RPA=16,12;RU=A;ReadPosRankSum=2.028;SB=-7.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,45:114:99:2282,0,2168 chrX 525702 . GA G 434.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.816;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=585.8570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.18;MQ0=1;MQRankSum=1.742;QD=4.03;RPA=17,16;RU=A;ReadPosRankSum=1.482;SB=-1.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,30:107:99:474,0,385 chrX 525795 . A AT 982.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.012;DP=91;FS=5.761;HaplotypeScore=377.6423;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.65;MQ0=0;MQRankSum=2.993;QD=10.80;ReadPosRankSum=2.611;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,34:91:99:1022,0,751 chrX 526729 . CT C 2037.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.284;DP=139;FS=3.150;HaplotypeScore=574.8751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=1;MQRankSum=-0.311;QD=14.66;ReadPosRankSum=-0.289;SB=-1.020e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,64:138:81:2077,0,81 chrX 526799 . TTA T 6716 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=284.8133;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.61;MQ0=0;QD=42.24;SB=-3.335e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,156:159:99:6716,470,0 chrX 528517 . AT A 1123.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.763;DP=128;FS=7.208;HaplotypeScore=419.1363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.840;QD=8.78;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.663;SB=-4.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,66:128:99:1163,0,908 chrX 529521 . C CT 2172.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.433;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=1156.9773;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.917;QD=19.23;ReadPosRankSum=2.126;SB=-8.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,92:113:99:2215,254,0 chrX 529537 . A AT 4024 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=1064.9273;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.32;MQ0=0;QD=34.99;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.943e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,102:115:99:4024,346,0 chrX 529735 . GA G 2736.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.162;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=242.5394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=0.081;QD=18.88;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.271;SB=-6.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,127:145:99:2779,358,0 chrX 533814 . GT G 3046.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=244.1139;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.70;MQ0=0;QD=25.39;RPA=5,4;RU=T;SB=-9.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,114:120:99:3089,342,0 chrX 533912 . TA T 1728.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.953;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=124.3619;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.559;QD=19.00;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.342;SB=-8.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,73:91:99:1771,216,0 chrX 538483 . AT A 1571.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=240.1376;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.64;MQ0=0;QD=27.58;RPA=3,2;RU=T;SB=-5.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,48:56:99:1614,144,0 chrX 538525 . C CT 3141.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=332.7082;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.74;MQ0=0;QD=37.40;SB=-1.304e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:83:99:3184,250,0 chrX 538633 . AT ATT,A 1174.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.152;DP=77;FS=3.064;HaplotypeScore=41.9204;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.321;QD=15.26;RPA=12,13,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.760;SB=-6.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:9,1,40:77:99:1253,820,1067,579,0,708 chrX 539583 . TG T 1829.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.469;DP=122;FS=6.966;HaplotypeScore=232.5126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.545;QD=15.00;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=0.184;SB=-3.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,64:122:99:1869,0,1616 chrX 539699 . T TC 1630.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.779;DP=110;FS=0.754;HaplotypeScore=179.4168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.095;QD=14.83;ReadPosRankSum=-1.280;SB=-5.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,51:110:99:1670,0,1923 chrX 541137 . G GT 219.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.031;DP=19;FS=26.454;HaplotypeScore=195.9351;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.048;QD=11.58;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=2.646;SB=-5.972e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,9:17:99:259,0,234 chrX 541427 . A AG 192.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.608;DP=15;FS=18.243;HaplotypeScore=254.0645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.30;MQ0=0;MQRankSum=3.165;QD=12.86;ReadPosRankSum=-3.165;SB=-7.471e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,8:14:62:232,0,62 chrX 542676 . T TG 1589.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.703;DP=107;FS=4.077;HaplotypeScore=275.5139;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.859;QD=14.86;RPA=2,3;RU=G;ReadPosRankSum=-0.645;SB=-5.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,61:107:99:1629,0,1244 chrX 542941 . T TA 772.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.194;DP=88;FS=4.670;HaplotypeScore=115.4639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQ0=0;MQRankSum=0.841;QD=8.78;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=-0.470;SB=-3.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,40:88:99:812,0,576 chrX 543291 . AT A 2901.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=438.5835;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;QD=27.64;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.309e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,100:105:99:2944,301,0 chrX 548539 . CAA C 3575 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=109.6562;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.71;MQ0=0;QD=31.92;RPA=10,8;RU=A;SB=-1.599e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,109:112:99:3575,330,0 chrX 550041 . TAA T 1535.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.062;DP=119;FS=16.895;HaplotypeScore=165.6547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.250;QD=12.91;RPA=6,4;RU=A;ReadPosRankSum=0.960;SB=-1.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,52:119:99:1575,0,1876 chrX 550151 . CT C 761.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.239;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=72.5827;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=0.407;QD=8.56;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.959;SB=-2.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,48:89:99:801,0,448 chrX 555085 . GA G 1103.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.100;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=266.5065;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=1.935;QD=7.08;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.358;SB=-3.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,74:156:99:1143,0,1023 chrX 569546 . CG C 1585.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.638;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=69.7291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=0.784;QD=12.20;RPA=3,2;RU=G;ReadPosRankSum=0.368;SB=-7.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,60:130:99:1625,0,1668 chrX 570599 . G GT,GTT 3646 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.712;DP=174;FS=4.434;HaplotypeScore=171.7698;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.263;QD=20.95;RPA=11,12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.488;SB=-1.287e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:43,74,52:174:99:3646,1401,1055,1430,0,1261 chrX 570787 . AT A 875.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.677;DP=137;FS=0.727;HaplotypeScore=336.7222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=2.128;QD=6.39;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.293;SB=-2.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,57:137:99:915,0,901 chrX 572214 . AT A 1316.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.573;DP=208;FS=8.302;HaplotypeScore=117.2517;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.941;QD=6.33;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=2.421;SB=-5.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:117,88:208:99:1356,0,1817 chrX 576840 . TA T 1832.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.813;DP=117;FS=1.511;HaplotypeScore=59.0706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=2.313;QD=15.67;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=1.125;SB=-6.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,64:117:99:1872,0,1448 chrX 577025 . A AAT 552.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.909;DP=96;FS=4.831;HaplotypeScore=55.1353;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQ0=0;MQRankSum=0.569;QD=5.76;RPA=10,11;RU=AT;ReadPosRankSum=-0.815;SB=-2.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,26:96:99:592,0,1231 chrX 580248 . CTTT C 1908.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.508;DP=162;FS=27.521;HaplotypeScore=417.8455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.88;MQ0=0;MQRankSum=0.641;QD=11.78;RPA=16,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.055;SB=-3.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:100,55:162:99:1948,0,1552 chrX 581795 . T TGTAG 3410 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.107;DP=137;FS=3.425;HaplotypeScore=313.9528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.01;MQ0=0;MQRankSum=1.096;QD=24.89;RPA=1,2;RU=GTAG;ReadPosRankSum=1.480;SB=-1.507e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,65:137:99:3410,0,2307 chrX 582424 . CT C 3513 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=593.7104;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;QD=38.18;SB=-8.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,90:92:99:3513,274,0 chrX 582469 . GA G 2866.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=520.8482;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.35;MQ0=0;QD=32.58;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.329e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,86:88:99:2909,265,0 chrX 585032 . GA G 1148.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.255;DP=144;FS=2.538;HaplotypeScore=285.9108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQ0=0;MQRankSum=0.390;QD=7.98;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.329;SB=-3.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,71:144:99:1188,0,1222 chrX 586417 . CA C 516.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.024;DP=100;FS=4.625;HaplotypeScore=140.8069;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.38;MQ0=2;MQRankSum=1.819;QD=5.17;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=2.224;SB=-2.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,30:96:99:556,0,524 chrX 586466 . C CT 675.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.880;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=155.4803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=0.410;QD=6.38;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.254;SB=-3.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,42:106:99:715,0,843 chrX 594187 . ATTGTTGTTGTTG ATTG,A 6669 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=146.5909;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=47.82;MQ0=0;QD=54.22;RPA=10,7,6;RU=TTG;SB=-1.792e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:48,0,24:123:99:6669,1595,1389,1286,0,1297 chrX 604429 . CATATATATACCTATATATAATAT C 6234 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.110;DP=94;FS=16.245;HaplotypeScore=86.9170;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.39;MQ0=0;MQRankSum=-6.696;QD=66.32;ReadPosRankSum=5.502;SB=-1.172e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,26:94:99:6234,0,7292 chrX 604524 . GAT G 4812 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=152.8073;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;QD=36.45;RPA=3,2;RU=AT;SB=-1.060e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,124:132:99:4812,373,0 chrX 606508 . CT C 4737 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=705.3651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.51;MQ0=0;QD=35.35;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.247e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,134:134:99:4737,403,0 chrX 606609 . GT G 4675 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=741.8124;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.95;MQ0=0;QD=38.96;SB=-1.377e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:120:99:4675,349,0 chrX 606780 . TGA T 2804.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=1268.9547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.75;MQ0=0;QD=35.96;SB=-1.289e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:78:99:2847,190,0 chrX 606822 . C CA 4058 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=1187.1278;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.99;MQ0=0;QD=37.93;SB=-1.148e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,102:107:99:4058,322,0 chrX 607174 . A AT 2801.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=381.3359;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.91;MQ0=0;QD=26.19;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.203e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,104:107:99:2844,318,0 chrX 607221 . T TA 2670.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=708.8464;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.31;MQ0=0;QD=27.25;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.133e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,90:98:99:2713,282,0 chrX 607721 . C CA 3169.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=549.0834;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.74;MQ0=0;QD=33.72;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.262e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,92:94:99:3212,277,0 chrX 607853 . A AT,ATT 2616.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.515;DP=115;FS=3.826;HaplotypeScore=886.0833;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.97;MQ0=0;MQRankSum=0.702;QD=22.76;RPA=9,10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.576;SB=-1.101e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:23,50,41:114:99:2695,1010,717,1190,0,1017 chrX 607874 . G GT 4237 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=703.9708;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.25;MQ0=0;QD=37.83;SB=-1.926e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,109:112:99:4237,334,0 chrX 608049 . A AT 2611.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.105;DP=122;FS=4.479;HaplotypeScore=511.7798;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.461;QD=21.41;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.581;SB=-9.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,113:122:99:2654,322,0 chrX 608565 . AT A 2945.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=425.2379;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.94;MQ0=0;QD=18.18;RPA=12,11;RU=T;SB=-1.314e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,138:162:99:2988,414,0 chrX 610838 . CA C 3159.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=209.6582;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;QD=27.72;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.589e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:114:99:3202,330,0 chrX 612980 . AT A 1408.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.715;DP=102;FS=2.645;HaplotypeScore=144.4199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.372;QD=13.81;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=0.164;SB=-5.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,52:102:99:1448,0,1356 chrX 617534 . A AG 2153.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.280;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=63.5598;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.57;MQ0=0;MQRankSum=1.425;QD=15.96;ReadPosRankSum=-1.526;SB=-8.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,70:135:99:2193,0,2038 chrX 618022 . A AT 958.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.077;DP=115;FS=2.645;HaplotypeScore=125.5927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.10;MQ0=1;MQRankSum=0.278;QD=8.34;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=2.734;SB=-3.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,53:107:99:998,0,980 chrX 620086 . C CT 1321.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.856;DP=110;FS=18.526;HaplotypeScore=626.5179;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.45;MQ0=0;MQRankSum=-7.184;QD=12.02;ReadPosRankSum=-0.790;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,42:110:99:1361,0,2180 chrX 620114 . GTCCT G 1783.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.954;DP=148;FS=44.289;HaplotypeScore=751.0460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.31;MQ0=0;MQRankSum=-8.778;QD=12.05;ReadPosRankSum=5.795;SB=-4.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:111,37:148:99:1823,0,5998 chrX 620121 . GCTAACGCAAA G 4173 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.874;DP=132;FS=41.952;HaplotypeScore=423.4790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.50;MQ0=0;MQRankSum=-8.689;QD=31.61;ReadPosRankSum=5.330;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,37:132:99:4173,0,10546 chrX 620344 . ATAT A 2749.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.762;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=319.6927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.09;MQ0=0;MQRankSum=-3.633;QD=22.36;ReadPosRankSum=-0.280;SB=-5.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,54:123:99:2789,0,2861 chrX 620479 . C CA 968.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.173;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=49.5008;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.711;QD=9.14;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=-0.090;SB=-4.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,46:106:99:1008,0,1089 chrX 620733 . AT A 1544.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.037;DP=147;FS=3.127;HaplotypeScore=219.5576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQ0=0;MQRankSum=1.759;QD=10.51;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=0.507;SB=-4.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,69:147:99:1584,0,1758 chrX 621454 . TG T 1456.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.234;DP=146;FS=0.655;HaplotypeScore=52.0489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQ0=0;MQRankSum=1.080;QD=9.98;RPA=4,3;RU=G;ReadPosRankSum=0.286;SB=-6.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,60:146:99:1496,0,2001 chrX 635779 . C CATATAT 2568.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.039;DP=129;FS=2.963;HaplotypeScore=130.9078;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.27;MQ0=1;MQRankSum=2.924;QD=19.91;RPA=6,9;RU=AT;ReadPosRankSum=0.330;SB=-8.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,43:128:99:2608,0,2444 chrX 637674 . T TG 1904.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.688;DP=139;FS=1.353;HaplotypeScore=88.4205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=0.659;QD=13.70;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=-1.464;SB=-8.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,70:138:99:1944,0,1974 chrX 639198 . C CTTT 2346.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.870;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=403.5645;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.97;MQ0=1;MQRankSum=2.014;QD=17.01;RPA=21,24;RU=T;ReadPosRankSum=-2.197;SB=-1.048e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:48,87:137:99:2389,227,0 chrX 639688 . G GT 1201.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.182;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=566.5776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.56;MQ0=0;MQRankSum=-3.534;QD=13.06;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=1.524;SB=-5.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,55:92:99:1241,0,629 chrX 639708 . ACCCCCCCCCCCCC A 3220.05 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.622;DP=74;FS=2.745;HaplotypeScore=346.1359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.65;MQ0=0;MQRankSum=-4.194;QD=43.51;RPA=19,6;RU=C;ReadPosRankSum=3.770;SB=-1.585e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,21:74:99:3259,0,1723 chrX 641890 . T TAA,TAAA 2377.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=246.7612;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.74;MQ0=0;QD=26.42;RPA=11,13,14;RU=A;SB=-1.050e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:42,28,17:90:99:2456,691,456,693,0,485 chrX 641916 . GA G 854.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.708;DP=95;FS=0.974;HaplotypeScore=426.0537;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=1.658;QD=9.00;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=-0.242;SB=-1.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,42:95:99:894,0,922 chrX 641967 . G GA 890.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.297;DP=124;FS=19.537;HaplotypeScore=222.8581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.271;QD=7.19;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.131;SB=-1.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,52:124:99:930,0,1235 chrX 643467 . G GA 1072.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.807;DP=136;FS=1.781;HaplotypeScore=202.1205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.018;QD=7.89;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=0.195;SB=-2.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,57:136:99:1112,0,1221 chrX 646982 . TG T 2622.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.034;DP=170;FS=2.675;HaplotypeScore=217.6870;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=0.985;QD=15.43;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=0.632;SB=-1.168e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,82:170:99:2662,0,2155 chrX 647070 . C CA 3560 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=71.7993;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.89;MQ0=0;QD=25.25;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.733e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,132:141:99:3560,399,0 chrX 649224 . AT ATT,A 1841.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.096;DP=114;FS=3.259;HaplotypeScore=361.5755;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=1.476;QD=16.16;RPA=12,13,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.321;SB=-8.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:17,5,39:114:99:1920,852,988,1321,0,1705 chrX 652698 . T TA 2463.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.570;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=141.8419;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=1.246;QD=22.40;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.308;SB=-1.229e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,105:110:99:2506,297,0 chrX 654326 . C CT 1081.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.998;DP=116;FS=1.636;HaplotypeScore=45.1594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.285;QD=9.33;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.797;SB=-3.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,59:116:99:1121,0,891 chrX 656004 . T TC 1827.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.094;DP=142;FS=4.040;HaplotypeScore=205.5030;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=1.682;QD=12.87;RPA=3,4;RU=C;ReadPosRankSum=2.151;SB=-8.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,73:142:99:1867,0,1681 chrX 661764 . C CTGT,CTGTTGTTGT 6675 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.093;DP=169;FS=4.150;HaplotypeScore=311.3953;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=52.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.906;QD=39.50;RPA=7,8,10;RU=TGT;ReadPosRankSum=1.599;SB=-2.291e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:96,47,24:169:99:6675,2878,2539,2055,0,2317 chrX 663646 . GA G 583.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.578;DP=119;FS=8.801;HaplotypeScore=269.8403;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.218;QD=4.91;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.672;SB=-7.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,37:119:99:623,0,902 chrX 663739 . G GA 1227.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.850;DP=152;FS=1.604;HaplotypeScore=116.6182;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.126;QD=8.08;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=1.406;SB=-2.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,68:152:99:1267,0,1515 chrX 663939 . A ATT 1493.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.818;DP=141;FS=2.238;HaplotypeScore=286.2369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.66;MQ0=0;MQRankSum=1.726;QD=10.60;RPA=8,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.538;SB=-6.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,57:141:99:1533,0,2023 chrX 667224 . G GTA 901.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.477;DP=108;FS=8.229;HaplotypeScore=314.4145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.394;QD=8.35;RPA=9,10;RU=TA;ReadPosRankSum=1.287;SB=-4.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,21:107:99:941,0,209 chrX 672798 . CT C 2108.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=363.6603;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.51;MQ0=0;QD=18.83;RPA=10,9;RU=T;SB=-6.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,95:112:99:2151,284,0 chrX 672847 . CT C 756.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.102;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=360.5869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=0.192;QD=7.57;RPA=7,6;RU=T;ReadPosRankSum=0.147;SB=-3.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,40:100:99:796,0,1070 chrX 673680 . TA T 2235.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.867;DP=154;FS=2.327;HaplotypeScore=102.9246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.246;QD=14.52;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=-1.239;SB=-6.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,78:154:99:2275,0,2132 chrX 677390 . TTA T 950.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.272;DP=106;FS=2.991;HaplotypeScore=309.4616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQ0=0;MQRankSum=1.312;QD=8.97;RPA=8,7;RU=TA;ReadPosRankSum=-2.029;SB=-4.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,36:106:99:990,0,1156 chrX 697010 . CT C 2711.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=217.0973;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.93;MQ0=0;QD=21.02;RPA=11,10;RU=T;SB=-1.317e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,125:129:99:2754,373,0 chrX 698212 . A AT 1122.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.555;DP=110;FS=0.748;HaplotypeScore=36.6272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.839;QD=10.21;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.648;SB=-4.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,59:110:99:1162,0,852 chrX 701771 . CACACACACAT C 2136.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.712;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=167.4502;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.78;MQ0=0;MQRankSum=-2.085;QD=22.03;ReadPosRankSum=0.786;SB=-8.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,33:97:99:2176,0,4000 chrX 701895 . TA T 2096.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-9.366;DP=131;FS=1.489;HaplotypeScore=677.7674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.82;MQ0=1;MQRankSum=2.921;QD=16.01;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=-3.800;SB=-8.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,74:127:99:2136,0,1372 chrX 701905 . A AC 1641.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.083;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=780.8551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.355;QD=11.90;ReadPosRankSum=0.040;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,48:135:99:1681,0,2127 chrX 702817 . G GA 2656.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=130.9135;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.34;MQ0=0;QD=22.52;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.163e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,104:118:99:2699,312,0 chrX 702908 . T TG 1106.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.333;DP=99;FS=4.231;HaplotypeScore=471.4960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.868;QD=11.18;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=1.543;SB=-4.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,44:97:99:1146,0,1574 chrX 703275 . TA T 1961.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.117;DP=117;FS=0.727;HaplotypeScore=579.0821;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=1.503;QD=16.77;ReadPosRankSum=0.656;SB=-6.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,62:117:99:2001,0,1735 chrX 703436 . T TA 741.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.226;DP=86;FS=1.909;HaplotypeScore=492.1480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.440;QD=8.63;RPA=5,6;RU=A;ReadPosRankSum=0.198;SB=-3.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,37:86:99:781,0,832 chrX 703480 . G GA 708.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.685;DP=108;FS=6.178;HaplotypeScore=716.3818;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.18;MQ0=0;MQRankSum=-3.101;QD=6.56;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.277;SB=-2.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,42:108:99:748,0,1142 chrX 703496 . AT A 1062.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.620;DP=118;FS=3.416;HaplotypeScore=687.4073;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.01;MQ0=0;MQRankSum=-2.071;QD=9.01;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=-0.716;SB=-5.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,50:118:99:1102,0,1557 chrX 708494 . A AC 1254.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.036;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=425.0447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.378;QD=11.01;RPA=2,3;RU=C;ReadPosRankSum=1.094;SB=-5.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,48:114:99:1294,0,1698 chrX 708513 . CT C 1351.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.942;DP=115;FS=1.983;HaplotypeScore=454.5033;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.517;QD=11.76;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=0.603;SB=-3.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,51:115:99:1391,0,1475 chrX 710409 . AT A 882.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.158;DP=92;FS=1.879;HaplotypeScore=112.2856;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.028;QD=9.60;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=-0.666;SB=-3.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,40:91:99:922,0,1177 chrX 710475 . TTA T 2324.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.455;DP=132;FS=5.477;HaplotypeScore=240.6848;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.755;QD=17.61;RPA=2,1;RU=TA;ReadPosRankSum=2.176;SB=-9.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,68:131:99:2364,0,1905 chrX 715120 . AGGAGTAGTC A 2876.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.742;DP=84;FS=5.876;HaplotypeScore=696.1237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.25;MQ0=21;MQRankSum=1.234;QD=34.25;ReadPosRankSum=-0.121;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,45:55:99:2916,0,657 chrX 718506 . T TA 1731.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=191.4523;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=27.49;RPA=3,4;RU=A;SB=-7.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,58:63:99:1774,183,0 chrX 718558 . G GA 2076.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=145.1854;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;QD=31.95;RPA=1,2;RU=A;SB=-9.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,58:65:99:2119,178,0 chrX 719078 . C CTTT 2548.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=102.0588;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.77;MQ0=0;QD=45.52;RPA=4,7;RU=T;SB=-1.195e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,55:56:99:2591,166,0 chrX 719648 . T TA 877.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=187.4673;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.81;MQ0=0;QD=20.42;RPA=11,12;RU=A;SB=-3.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,40:43:99:920,122,0 chrX 745309 . T TTTG 2091.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.852;DP=249;DS;FS=2.947;HaplotypeScore=892.1351;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.46;MQ0=6;MQRankSum=-0.422;QD=8.40;ReadPosRankSum=4.590;SB=-4.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:188,55:208:99:2131,0,7349 chrX 745311 . T TGA 1281.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.675;DP=248;DS;FS=2.107;HaplotypeScore=958.3870;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.57;MQ0=5;MQRankSum=0.709;QD=5.17;ReadPosRankSum=3.962;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:192,55:207:99:1321,0,5722 chrX 745496 . T TG 1555.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.233;DP=134;FS=15.110;HaplotypeScore=1134.2138;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.94;MQ0=2;MQRankSum=1.955;QD=11.61;RPA=2,3;RU=G;ReadPosRankSum=-1.418;SB=-4.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,65:98:99:1595,0,622 chrX 745655 . TTA T 252.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.026;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=520.4638;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.52;MQ0=1;MQRankSum=2.236;QD=10.12;ReadPosRankSum=1.096;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,8:20:99:292,0,207 chrX 745661 . TA T 373.50 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.286;DP=24;FS=17.559;HaplotypeScore=513.7874;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.84;MQ0=1;MQRankSum=-0.950;QD=15.56;ReadPosRankSum=1.845;SB=-3.545e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,17:20:2:412,2,0 chrX 745665 . GT G 132.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.275;DP=31;FS=5.651;HaplotypeScore=574.4496;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.84;MQ0=1;MQRankSum=1.813;QD=4.29;ReadPosRankSum=1.352;SB=0.042 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,11:24:53:172,0,53 chrX 745666 . T TG 280.10 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.452;DP=31;FS=2.831;HaplotypeScore=560.8657;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.84;MQ0=1;MQRankSum=-0.251;QD=9.04;RPA=2,3;RU=G;ReadPosRankSum=1.055;SB=-1.121e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,8:24:18:322,18,0 chrXI 123 . CA C 343.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.202;DP=26;FS=13.318;HaplotypeScore=285.6410;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.837;QD=13.23;ReadPosRankSum=-0.375;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,13:24:99:383,0,371 chrXI 394 . A AC 105.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.830;DP=23;FS=8.383;HaplotypeScore=301.4345;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.47;MQ0=2;MQRankSum=0.342;QD=4.61;RPA=1,2;RU=C;ReadPosRankSum=-1.610;SB=1.45;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,5:18:99:145,0,112 chrXI 457 . C CA 642.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=300.3581;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.99;MQ0=1;QD=25.72;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:19:57:685,57,0 chrXI 467 . AC A 158.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.778;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=356.1505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.080;QD=5.30;ReadPosRankSum=1.397;SB=-2.400e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,9:24:99:198,0,538 chrXI 472 . C CA 166.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.047;DP=32;FS=7.915;HaplotypeScore=343.1022;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.31;MQ0=0;MQRankSum=-2.047;QD=5.22;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=2.929;SB=-1.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,14:24:99:206,0,406 chrXI 526 . C CTA 1103.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.805;DP=34;FS=3.023;HaplotypeScore=209.4271;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.68;MQ0=0;MQRankSum=0.509;QD=32.47;ReadPosRankSum=-0.417;SB=-5.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,32:27:69:1146,69,0 chrXI 730 . A AT 331.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.441;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=594.5366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.81;MQ0=0;MQRankSum=1.704;QD=6.26;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=-2.534;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,26:28:99:371,0,295 chrXI 736 . AC A 309.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.813;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=501.6592;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.19;MQ0=0;MQRankSum=1.967;QD=6.33;ReadPosRankSum=-2.122;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,26:25:99:349,0,166 chrXI 928 . G GC 1077.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.830;DP=156;DS;FS=23.485;HaplotypeScore=1199.6820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.31;MQ0=1;MQRankSum=-5.401;QD=6.91;RPA=1,2;RU=C;ReadPosRankSum=3.534;SB=-1.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:111,45:146:99:1117,0,3027 chrXI 1176 . A ACCC 289.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.281;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=249.8078;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=13.20;MQ0=55;MQRankSum=-0.106;QD=3.41;ReadPosRankSum=-0.212;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,7:16:99:329,0,468 chrXI 1181 . ACGG A 290.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.442;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=265.6836;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=13.56;MQ0=56;MQRankSum=-1.359;QD=3.27;ReadPosRankSum=1.268;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,7:18:99:330,0,588 chrXI 1394 . TC T 506.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.646;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=338.8880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.90;MQ0=46;MQRankSum=-0.953;QD=7.04;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=0.635;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,18:23:45:546,0,45 chrXI 1615 . A AG 173.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=79.7278;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=28.85;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18:215,18,0 chrXI 3318 . GA G 3224.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=922.7187;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.04;MQ0=0;QD=27.32;RPA=5,4;RU=A;SB=-6.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,116:118:99:3266,351,0 chrXI 3343 . G GA 2012.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=753.7176;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.41;MQ0=0;QD=25.81;RPA=3,4;RU=A;SB=-6.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,69:78:99:2055,216,0 chrXI 3352 . C CAA,CAAA 2001.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=778.5352;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=34.67;MQ0=0;QD=24.72;RPA=8,10,11;RU=A;SB=-8.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:21,33,23:81:99:2080,556,370,758,0,592 chrXI 3477 . CA C 3590 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=100.0312;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.46;MQ0=0;QD=33.87;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.771e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:106:99:3590,319,0 chrXI 7652 . GATA G 2844.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=536.4019;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.71;MQ0=0;QD=42.46;RPA=2,1;RU=ATA;SB=-1.025e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,63:67:99:2887,189,0 chrXI 7663 . C CT 347.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.124;DP=62;FS=9.093;HaplotypeScore=708.6839;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.03;MQ0=0;MQRankSum=-4.468;QD=5.61;ReadPosRankSum=1.812;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,26:62:99:387,0,1055 chrXI 8331 . T TA 1642.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.446;DP=116;FS=3.911;HaplotypeScore=461.0323;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.162;QD=14.16;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.068;SB=-7.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,88:116:99:1685,162,0 chrXI 11931 . TA T 919.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.661;DP=108;FS=3.992;HaplotypeScore=168.7353;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=0.072;QD=8.52;RPA=6,5;RU=A;ReadPosRankSum=1.061;SB=-3.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,49:108:99:959,0,1098 chrXI 12343 . CTT C 3138.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-9.450;DP=125;FS=0.679;HaplotypeScore=403.1088;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=1.473;QD=25.11;ReadPosRankSum=-1.275;SB=-1.547e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,70:125:99:3178,0,1883 chrXI 12693 . T TG,TC 4267 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=1010.9776;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.12;MQ0=0;QD=32.33;SB=-1.175e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:3,48,80:132:99:4267,1807,1428,1109,0,731 chrXI 13354 . A AT 979.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.990;DP=88;FS=14.362;HaplotypeScore=780.1120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.94;MQ0=0;MQRankSum=1.250;QD=11.14;ReadPosRankSum=0.897;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,33:88:99:1019,0,1730 chrXI 13740 . TC T 1182.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.566;DP=104;FS=1.633;HaplotypeScore=443.9530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.88;MQ0=0;MQRankSum=-2.615;QD=11.37;ReadPosRankSum=0.004;SB=-5.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,46:104:99:1222,0,1562 chrXI 15918 . TA T 1088.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=239.8141;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.04;MQ0=0;QD=25.93;RPA=5,4;RU=A;SB=-4.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:42:99:1131,123,0 chrXI 15930 . AT A 166.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.816;DP=41;FS=1.456;HaplotypeScore=308.8174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.40;MQ0=0;MQRankSum=-3.029;QD=4.07;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=0.424;SB=-4.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,11:41:99:206,0,653 chrXI 16950 . GTT G 1283.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.900;DP=96;FS=1.760;HaplotypeScore=135.9467;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=1.446;QD=13.37;RPA=6,4;RU=T;ReadPosRankSum=-1.163;SB=-5.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,43:96:99:1323,0,1414 chrXI 18399 . GT G 2934.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=44.5041;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.38;MQ0=0;QD=24.26;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.260e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:121:99:2977,360,0 chrXI 18764 . GA G 1604.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.478;DP=136;FS=0.781;HaplotypeScore=234.3970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=1.108;QD=11.80;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.822;SB=-4.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,63:136:99:1644,0,1401 chrXI 19282 . GATTA G 4333 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.905;DP=88;FS=6.491;HaplotypeScore=580.9947;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.70;MQ0=0;MQRankSum=1.046;QD=49.24;ReadPosRankSum=2.393;SB=-1.916e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,82:88:99:4333,228,0 chrXI 19287 . GGA G 2378.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.591;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=818.6109;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.274;QD=25.86;ReadPosRankSum=3.354;SB=-1.091e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,82:92:99:2421,245,0 chrXI 19388 . CTT C 3636 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=665.8263;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.72;MQ0=0;QD=31.62;RPA=9,7;RU=T;SB=-1.624e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,106:115:99:3636,319,0 chrXI 19607 . GA G 2235.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=623.5223;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.74;MQ0=0;QD=31.94;RPA=2,1;RU=A;SB=-9.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,63:70:99:2278,193,0 chrXI 19855 . TA T 3090.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=55.6937;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.51;MQ0=0;QD=22.73;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.063e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,130:136:99:3133,389,0 chrXI 20173 . C CACTCAATCCAAGA 12250 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=335.2220;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.08;MQ0=0;QD=125.00;SB=-4.569e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:49,41:97:99:12250,286,0 chrXI 20203 . C CA 663.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.615;DP=90;FS=3.319;HaplotypeScore=820.1390;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=7.38;RPA=5,6;RU=A;ReadPosRankSum=1.416;SB=-2.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,33:89:99:703,0,188 chrXI 20319 . G GA 1041.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.996;DP=112;FS=7.470;HaplotypeScore=520.0692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.10;MQ0=0;MQRankSum=-4.295;QD=9.30;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=-0.412;SB=-3.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,51:112:99:1081,0,1015 chrXI 20533 . TC T 3313 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=828.4960;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.92;MQ0=0;QD=31.25;RPA=3,2;RU=C;SB=-1.537e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,101:106:99:3313,304,0 chrXI 21247 . A AT 679.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.493;DP=123;FS=6.001;HaplotypeScore=595.9357;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.540;QD=5.53;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=1.007;SB=-2.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,44:123:99:719,0,263 chrXI 21945 . GC G 4258 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=193.6223;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;QD=27.47;RPA=7,6;RU=C;SB=-1.903e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,150:155:99:4258,450,0 chrXI 22132 . GT G 3373 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=560.2214;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;QD=29.08;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.545e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,111:116:99:3373,337,0 chrXI 24434 . AT A 3849 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=1022.5309;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.28;MQ0=0;QD=30.79;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.184e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,122:125:99:3849,367,0 chrXI 24728 . G GA 1108.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.512;DP=140;FS=4.204;HaplotypeScore=121.3044;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.55;MQ0=0;MQRankSum=1.233;QD=7.92;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=-0.543;SB=-5.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,62:140:99:1148,0,1324 chrXI 24905 . TA T 2094.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.736;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=155.4022;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.692;QD=15.29;ReadPosRankSum=0.608;SB=-9.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,74:137:99:2134,0,1755 chrXI 25077 . TA T 1001.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.771;DP=98;FS=1.039;HaplotypeScore=1093.4145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.082;QD=10.22;RPA=7,6;RU=A;ReadPosRankSum=0.709;SB=-1.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,51:97:99:1041,0,686 chrXI 25095 . TGGCATGGCATAC T 10201 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=234.7472;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.20;MQ0=0;QD=114.62;SB=-1.501e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,82:88:99:10201,247,0 chrXI 26591 . CATATATATATAT CATATAT,C 2821.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.499;DP=115;FS=8.587;HaplotypeScore=104.4214;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.07;MQ0=1;MQRankSum=-0.975;QD=24.54;RPA=16,13,10;RU=AT;ReadPosRankSum=1.260;SB=-1.197e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:79,0,20:114:99:2900,1106,1122,660,0,1715 chrXI 34159 . T TAC 1676.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.165;DP=120;FS=2.495;HaplotypeScore=45.9375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.142;QD=13.97;ReadPosRankSum=-0.133;SB=-5.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,43:120:99:1716,0,2305 chrXI 36588 . CATATATAT C 2535.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.511;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=231.0222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.92;MQ0=0;MQRankSum=0.796;QD=24.86;RPA=15,11;RU=AT;ReadPosRankSum=1.670;SB=-7.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,25:102:99:2575,0,536 chrXI 36666 . GT G 1349.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.430;DP=118;FS=28.870;HaplotypeScore=275.3333;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.306;QD=11.44;RPA=7,6;RU=T;ReadPosRankSum=-0.350;SB=-5.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,67:118:99:1389,0,845 chrXI 38152 . A AT 1412.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.795;DP=157;FS=10.548;HaplotypeScore=301.9127;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=2.026;QD=9.00;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.300;SB=-4.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,73:157:99:1452,0,1261 chrXI 38174 . GT G 2434.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.614;DP=165;FS=6.064;HaplotypeScore=267.9460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.567;QD=14.76;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=0.495;SB=-6.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,84:165:99:2474,0,2250 chrXI 38633 . GAAGA G 3981 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-9.836;DP=140;FS=7.849;HaplotypeScore=444.5669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQ0=0;MQRankSum=2.124;QD=28.44;RPA=2,1;RU=AAGA;ReadPosRankSum=-1.552;SB=-1.850e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,64:139:99:3981,0,1216 chrXI 38637 . A AAGAAG 4069 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-9.647;DP=142;FS=2.162;HaplotypeScore=472.5987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQ0=0;MQRankSum=2.393;QD=28.65;ReadPosRankSum=-2.272;SB=-1.946e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,70:142:99:4069,0,2144 chrXI 42394 . T TA 1162.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.382;DP=84;FS=4.263;HaplotypeScore=375.1871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=0.752;QD=13.84;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=1.318;SB=-4.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,42:84:99:1202,0,972 chrXI 46509 . C CAA 1065.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.443;DP=92;FS=4.078;HaplotypeScore=64.4788;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.497;QD=11.59;RPA=8,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.531;SB=-4.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,41:92:99:1105,0,1303 chrXI 46699 . AT A 1970.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.767;DP=136;FS=3.089;HaplotypeScore=384.1902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.703;QD=14.49;ReadPosRankSum=0.379;SB=-8.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,65:136:99:2010,0,2119 chrXI 63834 . T TA 1153.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.315;DP=107;FS=1.669;HaplotypeScore=41.1921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.186;QD=10.78;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=1.725;SB=-5.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,60:107:99:1193,0,750 chrXI 66439 . T TTTC 6499 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=136;FS=3.209;HaplotypeScore=204.4092;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=1.603;QD=47.79;RPA=1,2;RU=TTC;ReadPosRankSum=-0.491;SB=-3.123e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,133:136:99:6499,373,0 chrXI 67700 . C CT 2240.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.345;DP=144;FS=2.102;HaplotypeScore=797.2223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.91;MQ0=0;MQRankSum=-2.631;QD=15.56;ReadPosRankSum=-0.964;SB=-9.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,75:144:99:2280,0,2224 chrXI 67822 . G GCC 1737.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.162;DP=123;FS=23.811;HaplotypeScore=1051.7061;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.34;MQ0=0;MQRankSum=-9.157;QD=14.13;ReadPosRankSum=2.621;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,54:123:99:1777,0,2296 chrXI 67823 . T TC 1033.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.865;DP=114;FS=23.476;HaplotypeScore=1072.0343;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.56;MQ0=0;MQRankSum=-8.357;QD=9.07;RPA=1,2;RU=C;ReadPosRankSum=2.145;SB=-9.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,54:114:99:1073,0,1670 chrXI 67892 . TCCGTGCTGAAAC T 5701 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.234;DP=134;FS=10.417;HaplotypeScore=983.0852;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.20;MQ0=0;MQRankSum=-9.234;QD=42.54;ReadPosRankSum=1.114;SB=-2.500e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,44:134:99:5701,0,7676 chrXI 68106 . A AAAAAAT 3723 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.317;DP=135;FS=32.511;HaplotypeScore=646.9303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.23;MQ0=1;MQRankSum=-4.338;QD=27.58;ReadPosRankSum=-3.799;SB=-1.315e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,50:134:99:3723,0,4922 chrXI 68355 . GGAA G 4915 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.709;DP=133;FS=43.324;HaplotypeScore=1859.8448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.19;MQ0=0;MQRankSum=-2.047;QD=36.95;ReadPosRankSum=5.421;SB=-7.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,94:133:99:4915,0,113 chrXI 68361 . TGCGGAA T 7485 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.245;DP=133;FS=10.925;HaplotypeScore=1651.0416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.53;MQ0=0;MQRankSum=0.111;QD=56.28;ReadPosRankSum=8.441;SB=-1.050e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,94:133:30:7485,0,30 chrXI 68454 . G GCC 6398 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=836.0673;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.28;MQ0=0;QD=47.04;SB=-3.051e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,127:136:99:6398,406,0 chrXI 68468 . T TG 5397 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=872.6450;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.18;MQ0=0;QD=36.71;SB=-2.585e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,145:147:99:5397,442,0 chrXI 70585 . G GA 1108.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.454;DP=170;FS=1.984;HaplotypeScore=303.0977;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=2.508;QD=6.52;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.253;SB=-4.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,70:169:99:1148,0,1700 chrXI 74072 . A ATT 697.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.990;DP=101;FS=0.879;HaplotypeScore=733.9083;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.02;MQ0=0;MQRankSum=-6.563;QD=6.91;RPA=1,3;RU=T;ReadPosRankSum=-1.807;SB=-2.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,27:101:99:737,0,2235 chrXI 74278 . GTA G 2841.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.362;DP=174;FS=0.580;HaplotypeScore=251.3060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.41;MQ0=0;MQRankSum=1.453;QD=16.33;RPA=4,3;RU=TA;ReadPosRankSum=-0.595;SB=-1.427e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,92:174:99:2881,0,2147 chrXI 78838 . TA T 1858.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=492.5130;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.47;MQ0=0;QD=21.87;RPA=10,9;RU=A;SB=-4.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,79:85:99:1901,239,0 chrXI 80905 . C CT 449.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.834;DP=112;FS=1.753;HaplotypeScore=261.1677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=1.282;QD=4.02;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-1.936;SB=-2.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,36:112:99:489,0,929 chrXI 83664 . A AT 1920.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.925;DP=140;FS=1.500;HaplotypeScore=211.5716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.67;MQ0=0;MQRankSum=1.851;QD=13.72;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=0.363;SB=-5.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,69:140:99:1960,0,2123 chrXI 83812 . A AT 2513.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=1238.2645;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.48;MQ0=0;QD=23.49;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.132e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,91:107:99:2556,297,0 chrXI 83878 . C CA 2306.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=819.8488;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.92;MQ0=0;QD=22.62;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.008e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,91:102:99:2349,273,0 chrXI 84294 . AATTT A,ATT 5280 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.449;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=779.0289;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=46.67;MQ0=0;MQRankSum=1.636;QD=48.44;ReadPosRankSum=0.674;SB=-1.159e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:7,68,0:108:99:5280,1198,948,1886,0,1584 chrXI 88936 . T TC 1778.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.764;DP=122;FS=0.678;HaplotypeScore=260.6438;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=2.351;QD=14.58;RPA=1,2;RU=C;ReadPosRankSum=0.737;SB=-8.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,66:122:99:1818,0,1511 chrXI 89276 . G GTAA,GTA 5740 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=1040.1495;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.30;MQ0=0;QD=41.59;SB=-2.653e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,43,92:138:99:5740,1534,1127,1129,0,720 chrXI 89469 . CA C 518.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.066;DP=106;FS=8.606;HaplotypeScore=497.8261;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.70;MQ0=1;MQRankSum=0.270;QD=4.90;ReadPosRankSum=2.304;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,33:105:99:558,0,2228 chrXI 89471 . TCA T 734.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.204;DP=105;FS=6.716;HaplotypeScore=474.0954;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQ0=1;MQRankSum=-0.670;QD=7.00;ReadPosRankSum=1.988;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,33:104:99:774,0,2433 chrXI 92279 . A AT 2249.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=949.1434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.46;MQ0=0;QD=30.00;RPA=1,2;RU=T;SB=-4.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,57:74:99:2292,216,0 chrXI 92298 . G GT 2093.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=910.9561;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.31;MQ0=0;QD=26.51;RPA=3,4;RU=T;SB=-8.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,73:78:99:2136,225,0 chrXI 92655 . A AT,ATT 2837.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=498.6462;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.05;MQ0=0;QD=23.45;RPA=10,11,12;RU=T;SB=-8.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:8,36,73:121:99:2916,1538,1224,784,0,551 chrXI 92697 . C CT 809.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.327;DP=105;FS=4.141;HaplotypeScore=556.9565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.426;QD=7.71;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=0.378;SB=-2.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,41:105:99:849,0,1075 chrXI 92714 . G GTT 1038.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.327;DP=106;FS=0.780;HaplotypeScore=409.2074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.27;MQ0=2;MQRankSum=0.761;QD=9.80;RPA=5,7;RU=T;ReadPosRankSum=3.387;SB=-4.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,37:103:99:1078,0,1790 chrXI 94462 . TA T 1240.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.088;DP=151;FS=0.630;HaplotypeScore=397.0869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.661;QD=8.22;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=-0.557;SB=-4.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,70:151:99:1280,0,1423 chrXI 96630 . C CT 2699.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=93.8146;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;QD=25.96;RPA=4,5;RU=T;SB=-9.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,102:104:99:2742,306,0 chrXI 98195 . AG A 2285.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.834;DP=160;FS=0.601;HaplotypeScore=1122.8696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.359;QD=14.29;RPA=5,4;RU=G;ReadPosRankSum=1.461;SB=-1.143e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,92:160:99:2325,0,1277 chrXI 98218 . CA C 5762 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=167;FS=0.000;HaplotypeScore=786.1664;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;QD=34.50;RPA=2,1;RU=A;SB=-2.363e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,162:167:99:5762,496,0 chrXI 98642 . AG A 1620.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.711;DP=129;FS=0.679;HaplotypeScore=152.5216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.017;QD=12.57;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=2.946;SB=-5.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,58:129:99:1660,0,1963 chrXI 100334 . G GA 982.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.558;DP=146;FS=1.445;HaplotypeScore=61.7090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.395;QD=6.73;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.068;SB=-3.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,62:146:99:1022,0,1324 chrXI 108651 . C CA 1177.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.984;DP=141;FS=3.072;HaplotypeScore=41.6696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQ0=0;MQRankSum=-2.368;QD=8.35;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=-0.156;SB=-5.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,65:141:99:1217,0,1374 chrXI 109847 . A AT 847.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.121;DP=107;FS=10.001;HaplotypeScore=702.7350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.76;MQ0=0;MQRankSum=-3.702;QD=7.92;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.446;SB=-2.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,49:107:99:887,0,753 chrXI 113003 . GA G 2112.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=39.9315;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.59;MQ0=0;QD=23.22;RPA=7,6;RU=A;SB=-9.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,85:91:99:2155,255,0 chrXI 114774 . C CAT 1700.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.286;DP=136;FS=4.994;HaplotypeScore=169.7439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=0.699;QD=12.51;RPA=9,10;RU=AT;ReadPosRankSum=1.112;SB=-4.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:59,58:136:99:1743,145,0 chrXI 115004 . A AC 1120.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.182;DP=92;FS=3.019;HaplotypeScore=118.3088;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=0.642;QD=12.18;RPA=3,4;RU=C;ReadPosRankSum=0.538;SB=-3.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,47:92:99:1160,0,991 chrXI 115411 . TAG T 3486 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=53.3250;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.52;MQ0=1;QD=38.73;RPA=2,1;RU=AG;SB=-1.083e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,87:89:99:3486,262,0 chrXI 122415 . C CA 1330.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.829;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=207.9810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.48;MQ0=0;MQRankSum=1.346;QD=8.53;RPA=3,4;RU=A;ReadPosRankSum=0.787;SB=-5.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,64:156:99:1370,0,2203 chrXI 126103 . GGAA G 3669 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=45.6726;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.39;MQ0=0;QD=32.76;RPA=10,9;RU=GAA;SB=-1.546e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,90:112:99:3669,277,0 chrXI 136103 . CATAT C 2691.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.501;DP=108;FS=4.357;HaplotypeScore=250.7089;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=1;MQRankSum=-0.808;QD=24.93;RPA=12,10;RU=AT;ReadPosRankSum=-0.289;SB=-1.081e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:48,51:107:99:2734,170,0 chrXI 136494 . A AT 3614 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=271.9481;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.80;MQ0=0;QD=27.38;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.022e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,129:132:99:3614,387,0 chrXI 141600 . TA T 2295.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=50.9742;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=22.51;RPA=8,7;RU=A;SB=-7.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,96:102:99:2338,287,0 chrXI 142856 . G GT 2532.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.560;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=101.8294;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.11;MQ0=1;MQRankSum=-0.387;QD=19.19;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.687;SB=-8.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,119:131:99:2575,233,0 chrXI 143378 . C CA 3029.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=55.1392;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=24.24;RPA=6,7;RU=A;SB=-8.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,122:125:99:3072,371,0 chrXI 145633 . T TA 3467 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.440;DP=167;FS=2.741;HaplotypeScore=629.2913;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.867;QD=20.76;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.108;SB=-1.292e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,158:167:99:3467,439,0 chrXI 145726 . A AC 2036.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.573;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=712.0360;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.92;MQ0=0;MQRankSum=0.697;QD=23.41;ReadPosRankSum=0.697;SB=-5.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,86:87:99:2079,243,0 chrXI 146380 . T TG 5695 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=194.2013;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.22;MQ0=0;QD=37.72;SB=-1.932e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,150:151:99:5695,454,0 chrXI 146625 . AGT A 4113 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=1124.3195;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.03;MQ0=0;QD=33.44;SB=-1.243e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,93:122:99:4113,277,0 chrXI 146917 . G GT 2424.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=1222.6574;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.49;MQ0=1;QD=22.45;SB=-8.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:102:99:2467,302,0 chrXI 146922 . GT G 2721.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=1123.5513;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.46;MQ0=1;QD=26.17;SB=-9.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,100:100:99:2764,299,0 chrXI 147108 . G GA 2150.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.804;DP=101;FS=4.683;HaplotypeScore=184.8503;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.125;QD=21.30;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.125;SB=-7.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,95:101:99:2193,266,0 chrXI 164844 . CTATATATATATATATATATA C 2825.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.292;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=62.0422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.16;MQ0=1;MQRankSum=-1.980;QD=34.46;RPA=17,7;RU=TA;ReadPosRankSum=1.529;SB=-1.235e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,29:81:99:2865,0,1786 chrXI 168995 . T TAATAAATA 2971.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.346;DP=104;FS=4.673;HaplotypeScore=324.1076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.78;MQ0=0;MQRankSum=4.859;QD=28.58;RPA=8,10;RU=AATA;ReadPosRankSum=0.880;SB=-9.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,39:104:99:3011,0,3142 chrXI 171169 . TTTTCTTTCTTTC T 5711 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.369;DP=131;FS=8.271;HaplotypeScore=381.2866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.25;MQ0=0;MQRankSum=-8.306;QD=43.60;RPA=5,2;RU=TTTC;ReadPosRankSum=-0.576;SB=-1.837e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,43:131:99:5711,0,8454 chrXI 171227 . G GA 3387 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=806.3304;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.88;MQ0=0;QD=25.28;RPA=4,5;RU=A;SB=-7.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,126:134:99:3387,378,0 chrXI 171663 . CT C 1510.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.816;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=347.5585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQ0=0;MQRankSum=1.602;QD=10.95;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=-0.241;SB=-5.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,70:138:99:1550,0,1262 chrXI 179184 . GA G 3123.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=915.4185;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=23.85;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.061e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,128:131:99:3166,383,0 chrXI 180661 . A AT 827.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.119;DP=92;FS=8.684;HaplotypeScore=164.0769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=0.792;QD=9.00;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=1.022;SB=-4.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,42:92:99:867,0,1000 chrXI 182668 . G GT 1651.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.665;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=238.7919;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.508;QD=14.12;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.477;SB=-6.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:73,41:116:99:1694,140,0 chrXI 184503 . A AATAATAATAATAATT 8877 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=336.8626;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.73;MQ0=0;QD=130.54;SB=-2.059e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,41:68:99:8877,186,0 chrXI 195054 . AT A 1677.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.684;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=418.9035;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.107;QD=21.24;RPA=8,7;RU=T;ReadPosRankSum=-1.203;SB=-7.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,71:79:99:1720,192,0 chrXI 196211 . GAAAAAA G,GA 7443 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=337.6022;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.79;MQ0=0;QD=56.82;RPA=17,11,12;RU=A;SB=-2.046e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:11,57,0:131:99:7443,1282,924,1361,0,998 chrXI 196848 . TTTGCAG T 7429 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=172.1052;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.46;MQ0=0;QD=62.96;RPA=3,2;RU=TTGCAG;SB=-2.627e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,99:118:99:7429,298,0 chrXI 200393 . C CTTTATT 11066 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;FS=0.000;HaplotypeScore=359.5752;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.53;MQ0=0;QD=67.48;SB=-3.948e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,148:164:99:11066,445,0 chrXI 203074 . C CATT 4110 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=430.1764;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.46;MQ0=0;QD=54.80;SB=-1.262e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,71:75:99:4110,223,0 chrXI 203124 . C CA 2877.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.070;DP=124;FS=2.939;HaplotypeScore=837.0662;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.91;MQ0=0;MQRankSum=1.850;QD=23.21;ReadPosRankSum=0.330;SB=-1.307e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,107:124:99:2920,350,0 chrXI 203127 . T TC 2741.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.519;DP=128;FS=8.753;HaplotypeScore=835.4098;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.71;MQ0=0;MQRankSum=1.704;QD=21.42;ReadPosRankSum=2.274;SB=-1.313e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,107:128:99:2784,306,0 chrXI 212439 . A AAT 2775.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=30.2275;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.15;MQ0=0;QD=29.53;RPA=6,7;RU=AT;SB=-1.124e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,84:94:99:2818,256,0 chrXI 213285 . G GC 3708 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=315.4209;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=31.69;RPA=1,2;RU=C;SB=-1.746e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,115:117:99:3708,346,0 chrXI 213587 . T TCC 3098.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=449.8648;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.81;MQ0=0;QD=33.32;RPA=5,7;RU=C;SB=-7.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,83:93:99:3141,256,0 chrXI 217046 . CG C 3926 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=543.2961;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.09;MQ0=0;QD=36.69;SB=-1.271e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,104:107:99:3926,322,0 chrXI 217058 . T TG 3297 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=638.9483;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.95;MQ0=0;QD=28.92;RPA=2,3;RU=G;SB=-1.002e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,104:114:99:3297,322,0 chrXI 217107 . GAA G 2314.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=424.4964;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.24;MQ0=0;QD=19.13;RPA=16,14;RU=A;SB=-8.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,63:121:99:2357,235,0 chrXI 219888 . G GA 4680 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=805.5416;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.81;MQ0=0;QD=36.56;SB=-1.977e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,124:128:99:4680,382,0 chrXI 223251 . T TG 2491.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=469.1113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;QD=27.69;RPA=3,4;RU=G;SB=-8.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,85:90:99:2534,253,0 chrXI 226092 . AATGAAATAG A 7800 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=148.9055;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.67;MQ0=0;QD=66.10;SB=-2.449e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,100:118:99:7800,304,0 chrXI 230043 . GA G 3204.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.377;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=518.0539;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.406;QD=20.95;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.828;SB=-7.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,136:153:99:3247,389,0 chrXI 231529 . CG C 1057.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.060;DP=104;FS=1.653;HaplotypeScore=146.9996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.039;QD=10.17;RPA=7,6;RU=G;ReadPosRankSum=0.721;SB=-5.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,47:104:99:1097,0,1062 chrXI 231612 . G GAA,GAAA 4892 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.589;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=112.1685;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.060;QD=32.18;RPA=10,12,13;RU=A;ReadPosRankSum=1.135;SB=-1.860e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:3,72,68:152:99:4892,1557,1143,1442,0,1090 chrXI 231771 . CT C 1502.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.707;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=450.5892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.657;QD=11.47;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=1.120;SB=-5.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,60:131:99:1542,0,1690 chrXI 232038 . GA G 1666.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.464;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=164.2105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.252;QD=11.19;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=-0.056;SB=-4.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,77:149:99:1706,0,1362 chrXI 232113 . AT A 1019.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.188;DP=140;FS=9.357;HaplotypeScore=235.4028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.288;QD=7.29;RPA=8,7;RU=T;ReadPosRankSum=1.140;SB=-3.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,56:140:99:1059,0,1351 chrXI 232203 . CA C 997.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.525;DP=120;FS=4.572;HaplotypeScore=112.8518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.040;QD=8.32;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.544;SB=-4.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,53:120:99:1037,0,890 chrXI 232606 . AAAT A 6271 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.678;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=351.0225;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.66;MQ0=0;MQRankSum=1.705;QD=49.38;ReadPosRankSum=0.586;SB=-2.300e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,126:127:99:6271,351,0 chrXI 234032 . C CA 476.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.570;DP=80;FS=7.805;HaplotypeScore=223.7590;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.75;MQ0=0;MQRankSum=1.036;QD=5.96;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.374;SB=-1.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,26:80:99:516,0,636 chrXI 234058 . CT C 878.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.331;DP=81;FS=3.406;HaplotypeScore=238.5034;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=1.092;QD=10.85;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=0.110;SB=-2.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,33:81:99:918,0,1145 chrXI 234086 . AT A 1283.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=70;FS=4.091;HaplotypeScore=289.3674;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.05;MQ0=0;MQRankSum=0.617;QD=18.34;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.204;SB=-4.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,50:70:99:1326,153,0 chrXI 234109 . T TA 422.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.542;DP=65;FS=6.990;HaplotypeScore=421.2497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.125;QD=6.51;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.757;SB=-1.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,24:65:99:462,0,263 chrXI 234157 . A AT 1776.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=627.6649;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.61;MQ0=0;QD=13.77;RPA=10,11;RU=T;SB=-1.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:69,57:129:99:1819,324,0 chrXI 234164 . T TTTA 2787.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.044;DP=131;FS=2.487;HaplotypeScore=495.6853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=1.145;QD=21.28;ReadPosRankSum=-1.263;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,63:131:99:2827,0,664 chrXI 234262 . AT A 1953.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.644;DP=126;FS=1.804;HaplotypeScore=525.7664;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.717;QD=15.51;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=2.180;SB=-7.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,86:125:99:1996,215,0 chrXI 235323 . AATGGTTACG A 9079 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=1075.9608;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.38;MQ0=0;QD=94.57;SB=-4.466e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,81:96:99:9079,244,0 chrXI 237327 . A AT 2922.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;DP=132;FS=3.614;HaplotypeScore=601.9236;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.07;MQ0=0;MQRankSum=0.912;QD=22.14;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.198;SB=-1.266e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,129:132:99:2965,368,0 chrXI 237424 . G GA 2725.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.388;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=358.0671;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=0.066;QD=20.34;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.501;SB=-1.012e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,109:134:99:2768,340,0 chrXI 240673 . ATCATCG A 6223 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-5.223;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=1021.5006;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.59;MQ0=0;MQRankSum=-2.305;QD=47.87;ReadPosRankSum=-1.628;SB=-2.323e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:67,61:130:24:6223,24,0 chrXI 240695 . ACATTTT A 7370 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.908;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=868.7438;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.70;MQ0=0;MQRankSum=-2.972;QD=60.91;ReadPosRankSum=3.784;SB=-3.406e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,100:121:99:7370,0,130 chrXI 245665 . AAG A 1633.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.303;DP=94;FS=4.049;HaplotypeScore=136.7732;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.395;QD=17.38;ReadPosRankSum=0.711;SB=-7.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,46:94:99:1673,0,1660 chrXI 246028 . ATT A 2505.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=209.2408;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;QD=24.57;RPA=13,11;RU=T;SB=-6.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,66:102:99:2548,240,0 chrXI 246110 . C CA 1824.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.608;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=554.7031;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.59;MQ0=0;MQRankSum=1.027;QD=20.51;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=2.335;SB=-6.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,75:88:99:1867,233,0 chrXI 247692 . C CTTGTT 11913 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=167;FS=0.000;HaplotypeScore=588.4202;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.86;MQ0=0;QD=71.34;SB=-4.682e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,162:167:99:11913,500,0 chrXI 247905 . C CA 2389.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=1181.6787;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.38;MQ0=0;QD=24.64;RPA=4,5;RU=A;SB=-5.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,90:97:99:2432,273,0 chrXI 247977 . GA G 2896.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=1191.7498;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.17;MQ0=0;QD=28.97;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.082e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,89:100:99:2939,268,0 chrXI 248806 . T TA 3197.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=99.9400;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=24.60;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.525e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,126:130:99:3240,378,0 chrXI 258709 . GC G 4514 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=66.2118;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.59;MQ0=0;QD=33.94;RPA=2,1;RU=C;SB=-1.960e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,132:133:99:4514,397,0 chrXI 259074 . T TA 1930.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.775;DP=107;FS=4.021;HaplotypeScore=67.9451;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=0.549;QD=18.05;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.339;SB=-8.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,92:107:99:1973,192,0 chrXI 260061 . C CT 4681 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=695.6990;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;QD=29.44;RPA=2,3;RU=T;SB=-2.173e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,157:159:99:4681,472,0 chrXI 260785 . GC G 2370.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.829;DP=169;FS=4.598;HaplotypeScore=283.2660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.610;QD=14.03;RPA=3,2;RU=C;ReadPosRankSum=0.025;SB=-9.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,89:169:99:2410,0,1837 chrXI 260957 . A AC 1796.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.792;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=579.8750;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.85;MQ0=0;MQRankSum=-2.581;QD=13.82;ReadPosRankSum=-1.388;SB=-6.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,54:130:99:1836,0,2093 chrXI 260979 . GAA G 1349.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.307;DP=121;FS=6.440;HaplotypeScore=492.0723;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.782;QD=11.16;RPA=11,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.038;SB=-3.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,50:121:99:1389,0,1537 chrXI 261949 . A ATATT 4061 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.555;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=66.9703;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.563;QD=30.31;RPA=1,2;RU=TATT;ReadPosRankSum=1.410;SB=-1.100e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,76:134:99:4061,0,2723 chrXI 262158 . AGTT A 3743 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.374;DP=157;FS=1.286;HaplotypeScore=337.4441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.10;MQ0=1;MQRankSum=-1.960;QD=23.84;RPA=2,1;RU=GTT;ReadPosRankSum=-1.332;SB=-1.843e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,86:156:99:3743,0,2837 chrXI 265285 . TGAACGGAAG T 4584 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.971;DP=123;FS=2.576;HaplotypeScore=51.3604;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.55;MQ0=0;MQRankSum=-8.214;QD=37.27;ReadPosRankSum=-2.648;SB=-1.372e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,44:123:99:4584,0,7110 chrXI 266052 . A AC 1196.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.206;DP=119;FS=1.547;HaplotypeScore=48.7987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.049;QD=10.06;RPA=3,4;RU=C;ReadPosRankSum=-0.166;SB=-5.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,54:119:99:1236,0,1423 chrXI 270911 . G GC 1168.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.265;DP=116;FS=10.496;HaplotypeScore=265.2141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=1.900;QD=10.08;RPA=2,3;RU=C;ReadPosRankSum=1.135;SB=-4.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,50:116:99:1208,0,1713 chrXI 271514 . C CA 971.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.619;DP=126;FS=12.552;HaplotypeScore=377.7594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.854;QD=7.71;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.727;SB=-4.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,58:126:99:1011,0,936 chrXI 271769 . TAA T,TA 3090.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.900;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=229.4945;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.363;QD=22.90;RPA=11,9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.121;SB=-1.450e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:12,71,0:135:99:3169,1088,911,1583,0,1261 chrXI 273359 . T TA 3080.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=42.0352;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.83;MQ0=0;QD=28.53;RPA=2,3;RU=A;SB=-7.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,104:108:99:3123,310,0 chrXI 273779 . G GCAATGA 10712 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=82.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.52;MQ0=0;QD=74.91;RPA=1,2;RU=CAATGA;SB=-3.743e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,138:143:99:10712,418,0 chrXI 277040 . A AT 1931.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.489;DP=128;FS=1.513;HaplotypeScore=246.6564;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.03;MQ0=0;MQRankSum=2.127;QD=15.09;RPA=14,15;RU=T;ReadPosRankSum=0.829;SB=-8.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,103:128:99:1974,204,0 chrXI 278242 . GA G 1373.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.126;DP=160;FS=1.453;HaplotypeScore=664.5120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.00;MQ0=0;MQRankSum=0.277;QD=8.59;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.086;SB=-3.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,76:160:99:1413,0,1300 chrXI 278266 . T TAA 1878.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.878;DP=161;FS=9.434;HaplotypeScore=605.6923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.76;MQ0=1;MQRankSum=0.642;QD=11.67;RPA=7,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.017;SB=-5.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,67:160:99:1918,0,1929 chrXI 278806 . G GC 4060 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=564.7563;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.36;MQ0=0;QD=37.25;SB=-1.607e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:109:99:4060,322,0 chrXI 279085 . GA G 3639 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=757.2584;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=23.94;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.533e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,148:152:99:3639,446,0 chrXI 280162 . GA G 606.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.267;DP=96;FS=0.798;HaplotypeScore=114.1997;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.242;QD=6.32;RPA=15,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.177;SB=-3.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,42:96:99:646,0,558 chrXI 280468 . TAA T 1188.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.394;DP=108;FS=0.779;HaplotypeScore=144.7375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=2;MQRankSum=0.995;QD=11.01;RPA=11,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.018;SB=-5.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,47:106:99:1228,0,1128 chrXI 280940 . G GAT 1028.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.876;DP=107;FS=0.891;HaplotypeScore=64.7639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQ0=0;MQRankSum=1.221;QD=9.62;RPA=9,10;RU=AT;ReadPosRankSum=1.616;SB=-4.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,39:107:99:1068,0,826 chrXI 284617 . TTA T 3981 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=176.0437;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;QD=29.27;RPA=7,6;RU=TA;SB=-1.605e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,115:136:99:3981,349,0 chrXI 284736 . AT A 1680.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.375;DP=135;FS=1.364;HaplotypeScore=364.0184;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.584;QD=12.45;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=-0.187;SB=-7.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,71:135:99:1720,0,1377 chrXI 285019 . GA G 1185.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.395;DP=145;FS=3.225;HaplotypeScore=76.1529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.993;QD=8.18;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.216;SB=-4.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,71:145:99:1225,0,969 chrXI 287733 . GA G 1286.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.551;DP=149;FS=3.239;HaplotypeScore=64.1001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.316;QD=8.64;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.908;SB=-4.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,75:149:99:1326,0,1138 chrXI 303028 . C CTT 1322.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.196;DP=114;FS=0.727;HaplotypeScore=52.9278;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=0.101;QD=11.60;RPA=7,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.244;SB=-6.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,46:114:99:1362,0,1537 chrXI 304852 . T TC 1109.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.129;DP=106;FS=5.147;HaplotypeScore=229.7829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.93;MQ0=0;MQRankSum=-2.482;QD=10.47;RPA=3,4;RU=C;ReadPosRankSum=0.807;SB=-5.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,49:106:99:1149,0,1304 chrXI 305127 . CA C 1484.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.862;DP=106;FS=1.530;HaplotypeScore=96.1169;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.518;QD=14.01;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=-0.303;SB=-6.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,53:106:99:1524,0,1471 chrXI 306688 . GA G 1046.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.598;DP=110;FS=18.159;HaplotypeScore=389.4168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.111;QD=9.52;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=2.528;SB=-4.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,47:110:99:1086,0,1162 chrXI 306853 . A ATTTG 2395.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.188;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=221.8216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.655;QD=26.04;ReadPosRankSum=-0.814;SB=-1.080e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,44:92:99:2435,0,2535 chrXI 306980 . AT A 1621.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.249;DP=105;FS=2.610;HaplotypeScore=96.3414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.301;QD=15.45;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=-0.800;SB=-5.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,56:105:99:1661,0,1402 chrXI 307266 . CA C 2165.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.189;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=175.1705;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=0.806;QD=21.03;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.806;SB=-8.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:63,39:103:99:2208,278,0 chrXI 307855 . G GC 1613.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.456;DP=122;FS=1.755;HaplotypeScore=238.8467;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQ0=0;MQRankSum=2.474;QD=13.23;RPA=1,2;RU=C;ReadPosRankSum=0.595;SB=-3.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,58:122:99:1653,0,1676 chrXI 308786 . TGCACC T 9168 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=237.8638;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.73;MQ0=0;QD=61.53;RPA=2,1;RU=GCACC;SB=-3.279e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,139:149:99:9168,418,0 chrXI 308900 . CT C 1535.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.692;DP=137;FS=1.475;HaplotypeScore=117.7415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-2.026;QD=11.21;RPA=6,5;RU=T;ReadPosRankSum=-0.995;SB=-6.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,73:137:99:1575,0,947 chrXI 308929 . G GA 789.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.105;DP=118;FS=3.442;HaplotypeScore=246.5794;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=0.879;QD=6.69;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.823;SB=-3.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,44:118:99:829,0,1143 chrXI 309621 . A AT,ATT 2910.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=178.9118;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.46;MQ0=0;QD=23.86;RPA=8,9,10;RU=T;SB=-1.484e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:6,42,71:122:99:2989,1460,1136,912,0,689 chrXI 309693 . GTT GTTT,G 1812.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.671;DP=104;FS=2.077;HaplotypeScore=187.6911;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=-2.081;QD=17.43;RPA=13,14,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.984;SB=-9.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:17,1,43:104:99:1891,1311,1613,742,0,1526 chrXI 310035 . GAA G,GA 3060.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=139.4962;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.27;MQ0=0;QD=21.56;RPA=10,8,9;RU=A;SB=-1.428e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:22,66,0:142:99:3139,1108,911,1557,0,1227 chrXI 310563 . T TTAATAACAA 8000 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=163.1543;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.20;MQ0=0;QD=95.24;SB=-3.880e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,79:84:99:8000,241,0 chrXI 313387 . G GAAA 5178 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=571.7957;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.77;MQ0=0;QD=52.30;SB=-9.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:99:99:5178,295,0 chrXI 314144 . C CA 641.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.918;DP=77;FS=1.955;HaplotypeScore=506.6104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.46;MQ0=0;MQRankSum=0.180;QD=8.34;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.428;SB=-3.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,37:77:99:681,0,655 chrXI 314774 . CT C 1972.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.764;DP=119;FS=3.603;HaplotypeScore=917.8597;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.68;MQ0=0;MQRankSum=6.305;QD=16.58;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=3.686;SB=-8.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,73:119:99:2012,0,922 chrXI 315394 . TA T 2503.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=129.5985;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.93;MQ0=0;QD=19.87;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.184e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,103:126:99:2546,311,0 chrXI 315610 . T TC 1400.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.532;DP=124;FS=3.753;HaplotypeScore=443.5001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=0.557;QD=11.30;RPA=1,2;RU=C;ReadPosRankSum=0.643;SB=-3.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,55:124:99:1440,0,2020 chrXI 316163 . GA G 1021.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.342;DP=97;FS=6.449;HaplotypeScore=467.1632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.70;MQ0=0;MQRankSum=0.380;QD=10.54;RPA=7,6;RU=A;ReadPosRankSum=-1.237;SB=-4.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,54:97:99:1061,0,749 chrXI 316240 . CTT C 2444.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=924.8498;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.18;MQ0=0;QD=30.18;RPA=10,8;RU=T;SB=-1.065e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,71:81:99:2487,220,0 chrXI 316283 . CA C 1682.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=1138.6739;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.54;MQ0=0;QD=20.04;RPA=8,7;RU=A;SB=-6.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:56,28:84:99:1725,213,0 chrXI 316288 . A AAAT 2455.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=1036.4299;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.29;MQ0=1;QD=30.70;SB=-1.026e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,36:79:99:2498,237,0 chrXI 316294 . A AAT 3083.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=981.1825;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.21;MQ0=1;QD=37.16;SB=-1.010e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,31:81:99:3126,241,0 chrXI 316401 . TA T 3987 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=578.7824;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.64;MQ0=0;QD=34.08;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.764e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,115:117:99:3987,346,0 chrXI 317063 . T TTG 3579 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=312.1030;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=46.48;SB=-1.782e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,70:77:99:3579,226,0 chrXI 317104 . G GA 2497.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=335.2676;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.95;MQ0=0;QD=27.15;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.013e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,86:92:99:2540,270,0 chrXI 321747 . G GTTTT 2261.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.932;DP=131;FS=7.997;HaplotypeScore=534.2667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.585;QD=17.27;RPA=9,13;RU=T;ReadPosRankSum=-2.894;SB=-4.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,47:131:99:2301,0,2706 chrXI 322694 . CA C 1933.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.777;DP=141;FS=8.318;HaplotypeScore=55.5483;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=0.706;QD=13.72;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=-0.280;SB=-4.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,70:141:99:1973,0,1680 chrXI 323038 . A ACTG 2423.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.714;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=400.2953;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.038;QD=18.94;RPA=1,2;RU=CTG;ReadPosRankSum=1.056;SB=-7.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,57:128:99:2463,0,2791 chrXI 325448 . ATT A 1252.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.371;DP=87;FS=0.839;HaplotypeScore=100.3953;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=1;MQRankSum=-0.232;QD=14.40;RPA=6,4;RU=T;ReadPosRankSum=-0.879;SB=-4.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,42:86:99:1292,0,1203 chrXI 327725 . A ATTT,ATT 3620 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=184.1452;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=62.06;MQ0=0;QD=26.81;RPA=12,15,14;RU=T;SB=-1.410e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:9,11,110:135:76:3620,1631,1330,442,0,76 chrXI 335103 . G GAAA 714.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.722;DP=74;FS=6.449;HaplotypeScore=164.4968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.407;QD=9.66;RPA=16,19;RU=A;ReadPosRankSum=0.518;SB=-1.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,16:74:99:754,0,878 chrXI 335175 . AGTTTT A 1684.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.882;DP=65;FS=8.914;HaplotypeScore=78.4108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.08;MQ0=1;MQRankSum=0.821;QD=25.92;RPA=2,1;RU=GTTTT;ReadPosRankSum=-2.357;SB=-5.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,37:64:99:1724,0,1267 chrXI 336362 . GTA G 4248 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=75.9273;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.23;MQ0=0;QD=28.90;RPA=6,5;RU=TA;SB=-1.487e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,121:147:99:4248,364,0 chrXI 337592 . GGGA G 1724.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.093;DP=93;FS=6.115;HaplotypeScore=559.3254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.42;MQ0=0;MQRankSum=-6.702;QD=18.55;ReadPosRankSum=1.089;SB=-6.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,35:91:99:1764,0,2899 chrXI 338912 . G GTGAATATGT 2987.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.524;DP=66;FS=4.987;HaplotypeScore=168.5523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.78;MQ0=0;MQRankSum=-4.608;QD=45.27;ReadPosRankSum=0.672;SB=-1.172e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,19:66:99:3027,0,2818 chrXI 340673 . G GA 814.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.613;DP=137;FS=5.042;HaplotypeScore=704.3234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.60;MQ0=2;MQRankSum=1.835;QD=5.95;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.185;SB=-3.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,43:133:99:854,0,1006 chrXI 340690 . AG A 900.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.891;DP=122;FS=0.703;HaplotypeScore=726.2661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.13;MQ0=2;MQRankSum=-2.045;QD=7.38;ReadPosRankSum=0.109;SB=-4.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,46:118:99:940,0,1706 chrXI 340693 . ACGG A 2086.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.142;DP=119;FS=1.553;HaplotypeScore=596.3161;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.28;MQ0=2;MQRankSum=-0.834;QD=17.54;ReadPosRankSum=-0.619;SB=-9.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,46:115:99:2126,0,2721 chrXI 340699 . AC A 906.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.510;DP=103;FS=1.624;HaplotypeScore=692.9804;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.95;MQ0=2;MQRankSum=-1.185;QD=8.81;ReadPosRankSum=-0.765;SB=-4.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,40:99:99:946,0,1398 chrXI 341027 . G GAAA 1479.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.076;DP=112;FS=9.453;HaplotypeScore=88.1310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQ0=0;MQRankSum=1.453;QD=13.21;RPA=11,14;RU=A;ReadPosRankSum=-2.125;SB=-5.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,41:112:99:1519,0,1783 chrXI 342747 . T TA 1017.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.079;DP=143;FS=3.075;HaplotypeScore=114.2384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQ0=0;MQRankSum=0.448;QD=7.12;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-2.115;SB=-4.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,67:143:99:1057,0,1153 chrXI 347097 . C CTA 1505.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.910;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=40.1053;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.76;MQ0=0;MQRankSum=3.288;QD=15.53;RPA=5,6;RU=TA;ReadPosRankSum=0.631;SB=-6.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,52:97:99:1545,0,771 chrXI 349220 . TC T 1008.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.840;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=366.5601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.531;QD=10.85;ReadPosRankSum=1.371;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,43:93:99:1048,0,244 chrXI 351197 . CT C 880.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.461;DP=100;FS=1.785;HaplotypeScore=78.0577;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.200;QD=8.81;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.089;SB=-3.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,53:100:99:920,0,479 chrXI 355163 . CA C 1189.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.225;DP=140;FS=4.231;HaplotypeScore=1204.7188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.50;MQ0=0;MQRankSum=-4.293;QD=8.50;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=1.649;SB=-4.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,59:139:99:1229,0,1490 chrXI 355180 . GA G 934.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.697;DP=136;FS=2.346;HaplotypeScore=1341.0879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.79;MQ0=0;MQRankSum=-3.813;QD=6.87;ReadPosRankSum=0.002;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,62:135:99:974,0,1209 chrXI 355182 . GA G 2587.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.149;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=1205.5355;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.79;MQ0=0;MQRankSum=2.064;QD=19.03;RPA=15,14;RU=A;ReadPosRankSum=1.073;SB=-8.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:73,62:135:99:2630,296,0 chrXI 355247 . CG C 2097.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.831;DP=112;FS=19.739;HaplotypeScore=723.3361;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.83;MQ0=0;MQRankSum=6.007;QD=18.73;ReadPosRankSum=0.009;SB=-6.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,58:111:99:2137,0,235 chrXI 355249 . TC T 1052.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.595;DP=114;FS=26.238;HaplotypeScore=837.8639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.73;MQ0=0;MQRankSum=-3.831;QD=9.24;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=1.234;SB=-3.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,39:113:99:1092,0,392 chrXI 355272 . A AT 1544.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.347;DP=138;FS=10.833;HaplotypeScore=472.0238;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.00;MQ0=0;MQRankSum=2.211;QD=11.20;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=2.914;SB=-5.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,79:138:99:1584,0,1060 chrXI 355968 . G GCA 7410 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=176;FS=0.000;HaplotypeScore=395.2529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.61;MQ0=0;QD=42.10;SB=-2.587e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,171:176:99:7410,524,0 chrXI 356100 . C CAACCG 2520.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.134;DP=104;FS=22.174;HaplotypeScore=669.8047;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.756;QD=24.24;ReadPosRankSum=1.764;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,35:104:99:2560,0,3606 chrXI 356150 . G GT 2902.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.704;DP=128;FS=4.914;HaplotypeScore=845.9303;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.33;MQ0=0;MQRankSum=0.782;QD=22.68;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.866;SB=-9.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,122:128:99:2945,361,0 chrXI 356443 . C CT 873.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.067;DP=111;FS=9.129;HaplotypeScore=166.0675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=0.189;QD=7.87;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.471;SB=-1.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,48:111:99:913,0,947 chrXI 356511 . C CT 995.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.073;DP=122;FS=5.795;HaplotypeScore=215.5248;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=1.033;QD=8.16;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.017;SB=-4.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,62:122:99:1035,0,844 chrXI 356653 . C CTCT 5558 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=138.1756;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.55;MQ0=0;QD=44.11;RPA=2,3;RU=TCT;SB=-1.648e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,116:126:99:5558,352,0 chrXI 357984 . TA T 825.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.115;DP=93;FS=4.090;HaplotypeScore=350.7771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=1;MQRankSum=-0.235;QD=8.88;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.117;SB=-4.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,49:92:99:865,0,244 chrXI 358089 . G GA 1973.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.826;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=140.0326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=1.328;QD=15.42;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.877;SB=-5.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,71:128:99:2013,0,1650 chrXI 358427 . AC A 1338.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.133;DP=117;FS=3.474;HaplotypeScore=289.6957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=0.141;QD=11.44;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=-1.025;SB=-5.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,35:117:99:1378,0,1388 chrXI 358455 . C CT 743.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.738;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=394.4000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.55;MQ0=0;MQRankSum=1.058;QD=6.30;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.094;SB=-2.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,50:118:99:783,0,835 chrXI 359572 . T TA 2599.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=131.7219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.67;MQ0=0;QD=23.85;RPA=5,6;RU=A;SB=-7.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,105:109:99:2642,312,0 chrXI 360104 . T TG 1221.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.861;DP=124;FS=4.724;HaplotypeScore=52.7979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQ0=0;MQRankSum=0.100;QD=9.85;RPA=6,7;RU=G;ReadPosRankSum=-1.291;SB=-4.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,61:124:99:1261,0,1300 chrXI 362447 . T TAGGAG 9232 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=45.3549;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.73;MQ0=0;QD=65.01;SB=-3.860e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,138:142:99:9232,415,0 chrXI 364491 . GTT G,GT 2458.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.699;DP=112;FS=6.948;HaplotypeScore=325.1904;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.099;QD=21.95;RPA=12,10,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.699;SB=-5.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:10,55,0:112:99:2537,933,833,1192,0,925 chrXI 369511 . T TATTGCC 5422 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.717;DP=197;FS=0.000;HaplotypeScore=192.4689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQ0=0;MQRankSum=0.983;QD=27.52;RPA=2,3;RU=ATTGCC;ReadPosRankSum=-1.593;SB=-2.253e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:114,81:197:99:5422,0,6119 chrXI 371457 . G GT,GTTT 3006.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.120;DP=124;FS=13.796;HaplotypeScore=418.0184;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=1.122;QD=24.25;RPA=11,12,14;RU=T;ReadPosRankSum=1.095;SB=-9.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:11,44,58:124:99:3085,1714,1499,823,0,1092 chrXI 374488 . C CT 1196.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.386;DP=154;FS=5.325;HaplotypeScore=59.1538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=7.77;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.994;SB=-3.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,72:154:99:1236,0,1466 chrXI 379015 . T TG 1152.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.878;DP=116;FS=8.241;HaplotypeScore=767.1523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.104;QD=9.94;RPA=2,3;RU=G;ReadPosRankSum=0.146;SB=-1.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,46:116:99:1192,0,1783 chrXI 379079 . GC G 1603.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.626;DP=106;FS=0.748;HaplotypeScore=669.3469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.09;MQ0=0;MQRankSum=-2.722;QD=15.13;ReadPosRankSum=1.003;SB=-5.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,54:106:99:1643,0,1494 chrXI 379084 . A AAT 4806 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=384.0407;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.99;MQ0=0;QD=47.58;SB=-1.718e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:101:99:4806,304,0 chrXI 379134 . A ATT 1540.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.331;DP=94;FS=12.146;HaplotypeScore=526.1667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.65;MQ0=0;MQRankSum=-2.125;QD=16.39;RPA=1,3;RU=T;ReadPosRankSum=-0.474;SB=-5.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,39:94:99:1580,0,1888 chrXI 379166 . T TA 664.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.693;DP=81;FS=0.849;HaplotypeScore=302.4910;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.323;QD=8.21;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.447;SB=-2.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,37:81:99:704,0,724 chrXI 379623 . GC G 2825.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=327.2681;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.13;MQ0=0;QD=30.39;RPA=3,2;RU=C;SB=-5.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,85:93:99:2868,259,0 chrXI 380116 . G GTGT 4188 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.663;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=236.1721;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.97;MQ0=0;MQRankSum=1.039;QD=30.13;RPA=4,5;RU=TGT;ReadPosRankSum=1.039;SB=-1.869e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,98:139:99:4188,257,0 chrXI 380854 . TTGTTGCTGC T 3412 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.363;DP=128;FS=3.490;HaplotypeScore=95.2496;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.16;MQ0=1;MQRankSum=-7.289;QD=26.66;ReadPosRankSum=-2.238;SB=-1.559e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,50:127:99:3412,0,6444 chrXI 381508 . TTGTTGTTGTTGTTGC T 9349 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=247.1457;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.37;MQ0=0;QD=67.75;RPA=2,1;RU=TGTTGTTGTTGTTGC;SB=-4.040e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:73,60:138:99:9349,258,0 chrXI 381523 . CTGT C 2586.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.614;DP=116;FS=8.130;HaplotypeScore=1012.1674;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.99;MQ0=0;MQRankSum=-3.526;QD=22.30;RPA=4,3;RU=TGT;ReadPosRankSum=3.075;SB=-1.110e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:61,44:116:99:2629,199,0 chrXI 381658 . TTGC T 2258.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-9.783;DP=147;FS=0.682;HaplotypeScore=554.8132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=3.054;QD=15.37;RPA=5,4;RU=TGC;ReadPosRankSum=0.253;SB=-7.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,65:147:99:2298,0,1483 chrXI 382140 . G GGA 1889.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.101;DP=178;FS=6.074;HaplotypeScore=95.9914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=1.342;QD=10.62;RPA=5,6;RU=GA;ReadPosRankSum=-0.266;SB=-7.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:113,63:178:99:1929,0,2707 chrXI 382201 . A AT 779.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.851;DP=114;FS=0.747;HaplotypeScore=135.7945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=0.080;QD=6.84;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.609;SB=-3.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,40:114:99:819,0,840 chrXI 382547 . TTG T 1847.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.020;DP=81;FS=7.104;HaplotypeScore=832.4500;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.66;MQ0=1;MQRankSum=1.040;QD=22.81;ReadPosRankSum=2.203;SB=-8.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,38:79:99:1890,159,0 chrXI 382554 . ATTATTATATTATTAT A,ATAT 5982 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.739;DP=82;FS=9.381;HaplotypeScore=446.0751;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=41.13;MQ0=1;MQRankSum=-0.749;QD=72.95;ReadPosRankSum=2.493;SB=-2.946e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:45,18,0:80:99:5982,1014,848,845,0,708 chrXI 382677 . GTT G,GT 2860.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=154.0804;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.56;MQ0=0;QD=21.04;RPA=12,10,11;RU=T;SB=-1.415e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:31,45,0:134:99:2939,1284,1140,1246,0,903 chrXI 384845 . C CATATAT 2450.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.378;DP=130;FS=3.933;HaplotypeScore=82.2680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.071;QD=18.85;RPA=8,11;RU=AT;ReadPosRankSum=1.837;SB=-1.097e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,37:129:99:2490,0,3141 chrXI 385574 . GTAA G 2324.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.077;DP=109;FS=11.212;HaplotypeScore=331.9775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.648;QD=21.33;RPA=2,1;RU=TAA;ReadPosRankSum=0.501;SB=-7.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,51:109:99:2364,0,2079 chrXI 385587 . G GT 934.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.471;DP=116;FS=6.021;HaplotypeScore=520.7447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.191;QD=8.06;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.239;SB=-3.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,55:116:99:974,0,742 chrXI 387215 . G GT 1102.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.934;DP=116;FS=0.704;HaplotypeScore=255.0951;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.11;MQ0=0;MQRankSum=2.350;QD=9.51;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.647;SB=-5.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,58:116:99:1142,0,129 chrXI 387297 . C CT 1296.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.218;DP=122;FS=3.347;HaplotypeScore=269.7320;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=0.161;QD=10.63;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=0.124;SB=-3.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,50:122:99:1336,0,1443 chrXI 387320 . T TGA 2365.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.151;DP=157;FS=16.140;HaplotypeScore=229.4119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.10;MQ0=1;MQRankSum=0.708;QD=15.07;RPA=3,4;RU=GA;ReadPosRankSum=-0.792;SB=-1.027e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,55:155:99:2405,0,2305 chrXI 389108 . GA G 370.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.602;DP=71;FS=13.323;HaplotypeScore=349.7580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.72;MQ0=0;MQRankSum=-6.615;QD=5.22;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=-1.716;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,22:71:99:410,0,1003 chrXI 393512 . G GA 1086.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.975;DP=136;FS=4.826;HaplotypeScore=54.8000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.132;QD=7.99;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=1.540;SB=-3.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,63:136:99:1126,0,1287 chrXI 396868 . G GGAATTA 3016.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.980;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=75.5476;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.70;MQ0=0;MQRankSum=0.703;QD=24.53;RPA=3,4;RU=GAATTA;ReadPosRankSum=0.304;SB=-1.500e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,47:123:99:3056,0,2651 chrXI 407997 . C CA 3040.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=45.1226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.98;MQ0=0;QD=24.33;RPA=5,6;RU=A;SB=-9.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,120:125:99:3083,360,0 chrXI 411481 . T TA 3309 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=214.9752;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.79;MQ0=0;QD=29.54;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.390e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,106:112:99:3309,334,0 chrXI 411523 . G GT 2659.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=244.1534;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.99;MQ0=0;QD=25.58;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.015e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,99:104:99:2702,303,0 chrXI 426974 . C CT 1003.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.492;DP=135;FS=0.643;HaplotypeScore=45.9615;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.608;QD=7.44;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=0.290;SB=-4.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,58:135:99:1043,0,1538 chrXI 427235 . G GA 3957 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=459.5881;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.83;MQ0=0;QD=28.67;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.649e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,122:138:99:3957,394,0 chrXI 427266 . GT G 5076 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=583.4069;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.46;MQ0=0;QD=31.33;RPA=2,1;RU=T;SB=-2.365e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,144:162:99:5076,445,0 chrXI 428783 . GA G 1555.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.588;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=53.4745;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.241;QD=20.21;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.529;SB=-7.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,71:77:99:1598,192,0 chrXI 429079 . AT ATT,A 1704.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.930;DP=104;FS=2.861;HaplotypeScore=38.7121;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.31;MQ0=0;MQRankSum=1.297;QD=16.39;RPA=10,11,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.301;SB=-7.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:15,0,45:104:99:1783,940,1143,1045,0,1345 chrXI 430550 . T TA 1370.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.368;DP=124;FS=2.349;HaplotypeScore=255.3452;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.686;QD=11.06;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=2.224;SB=-5.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,51:124:99:1410,0,2054 chrXI 431269 . A AT 2007.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.134;DP=119;FS=6.349;HaplotypeScore=1123.7733;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.40;MQ0=0;MQRankSum=0.286;QD=16.87;ReadPosRankSum=-0.011;SB=-4.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,63:119:99:2047,0,1787 chrXI 431308 . ATTTAAAATTGAAGCT A 5940 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=666.3896;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.36;MQ0=0;QD=73.33;RPA=2,1;RU=TTTAAAATTGAAGCT;SB=-1.934e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,36:81:99:5940,117,0 chrXI 431507 . A AT 1169.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-9.191;DP=118;FS=2.494;HaplotypeScore=656.6684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=0.048;QD=9.91;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=-0.553;SB=-3.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,59:118:99:1209,0,1072 chrXI 432365 . GA G 2845.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=184.1595;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.35;MQ0=0;QD=25.87;RPA=6,5;RU=A;SB=-9.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:110:99:2888,327,0 chrXI 432846 . GAAA G 1825.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.828;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=106.7993;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.94;MQ0=0;MQRankSum=0.435;QD=19.02;RPA=11,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.242;SB=-8.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,49:96:99:1865,0,1507 chrXI 438558 . AT A 1921.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.433;DP=157;FS=1.479;HaplotypeScore=235.9344;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQ0=0;MQRankSum=2.047;QD=12.24;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=-0.782;SB=-6.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,78:157:99:1961,0,1302 chrXI 438685 . C CT 1147.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.050;DP=121;FS=4.275;HaplotypeScore=49.4477;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=0.581;QD=9.49;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.434;SB=-3.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,64:121:99:1187,0,776 chrXI 451568 . GGAACAC G 7411 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=42.6828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.02;MQ0=0;QD=65.01;RPA=2,1;RU=GAACAC;SB=-3.128e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,100:114:99:7411,301,0 chrXI 465260 . CT C 722.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.005;DP=117;FS=9.005;HaplotypeScore=115.1026;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=1.790;QD=6.18;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.028;SB=-5.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,47:117:99:762,0,997 chrXI 466696 . T TTTG 2205.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.753;DP=105;FS=1.644;HaplotypeScore=33.1251;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQ0=0;MQRankSum=1.110;QD=21.01;RPA=1,2;RU=TTG;ReadPosRankSum=-1.684;SB=-1.039e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,50:105:99:2245,0,2093 chrXI 469378 . G GA 2846.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=228.3784;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.85;MQ0=0;QD=23.92;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.014e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,117:119:99:2889,348,0 chrXI 473688 . T TA 1011.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.657;DP=140;FS=4.373;HaplotypeScore=391.4522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.87;MQ0=0;MQRankSum=2.424;QD=7.23;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.570;SB=-3.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,61:140:99:1051,0,1202 chrXI 476160 . TTA T,TTATA 4112 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.008;DP=163;FS=0.000;HaplotypeScore=57.6913;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.32;MQ0=0;MQRankSum=0.336;QD=25.23;RPA=6,5,7;RU=TA;ReadPosRankSum=0.465;SB=-1.251e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:39,77,0:163:99:4112,1878,2700,2553,0,3430 chrXI 478935 . G GA 1770.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.731;DP=167;FS=4.029;HaplotypeScore=265.6226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.549;QD=10.60;RPA=5,6;RU=A;ReadPosRankSum=1.464;SB=-6.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,90:167:99:1810,0,1419 chrXI 485104 . CA C 3003.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=388.6313;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.79;MQ0=0;QD=21.61;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.160e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,128:139:99:3046,384,0 chrXI 489841 . T TA 776.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.146;DP=144;FS=5.410;HaplotypeScore=751.1393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=0.551;QD=5.40;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=1.663;SB=-2.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,56:144:99:816,0,1135 chrXI 489991 . AC A 1117.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=1384.3054;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.22;MQ0=0;QD=13.80;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,46:81:99:1160,158,0 chrXI 489993 . TAATCGTTATCTATTAC T 8099 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=550.1243;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.81;MQ0=0;QD=152.81;SB=-2.394e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,46:53:99:8099,153,0 chrXI 490239 . T TA 5285 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=932.6320;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.24;MQ0=0;QD=35.71;SB=-1.798e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,147:148:99:5285,442,0 chrXI 490453 . C CTA 6232 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;FS=0.000;HaplotypeScore=290.2085;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.41;MQ0=0;QD=37.77;RPA=1,2;RU=TA;SB=-1.965e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,151:165:99:6232,454,0 chrXI 491247 . T TA 2652.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=140.5198;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.03;MQ0=0;QD=22.67;RPA=8,9;RU=A;SB=-1.312e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,115:117:99:2695,344,0 chrXI 493667 . CA C 1742.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.265;DP=136;FS=3.896;HaplotypeScore=174.3877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=0.686;QD=12.82;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=-0.056;SB=-4.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,65:134:99:1782,0,1660 chrXI 495887 . T TACA 5329 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=294.1184;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.83;MQ0=0;QD=48.01;SB=-2.568e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,97:111:99:5329,310,0 chrXI 506763 . T TGCGTTC 9062 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=34.3912;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.75;MQ0=0;QD=86.30;SB=-3.377e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:105:99:9062,313,0 chrXI 511837 . A AT 3481 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.067;DP=166;FS=0.000;HaplotypeScore=465.3864;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.997;QD=20.97;ReadPosRankSum=2.386;SB=-1.611e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,154:166:99:3481,448,0 chrXI 513237 . TA T 3048.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=191.1577;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.27;MQ0=0;QD=24.59;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.009e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,111:124:99:3091,333,0 chrXI 513754 . A AT 3312 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=1002.2880;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.11;MQ0=0;QD=27.83;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.231e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,116:119:99:3312,354,0 chrXI 513774 . C CT 3196.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=1104.2824;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.81;MQ0=0;QD=28.29;RPA=2,3;RU=T;SB=-7.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,108:113:99:3239,325,0 chrXI 513788 . T TTA 4641 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=1157.5500;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.91;MQ0=0;QD=37.73;RPA=1,2;RU=TA;SB=-1.564e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,97:123:99:4641,367,0 chrXI 513854 . GT G 4231 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=876.0907;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.11;MQ0=0;QD=31.81;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.409e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,128:133:99:4231,391,0 chrXI 514543 . GATATTTTTATTAATAATTATTATTTATTTTTTTTTAT G 10481 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=157.0655;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.33;MQ0=0;QD=161.25;SB=-3.327e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,37:65:99:10481,111,0 chrXI 516887 . C CA 2450.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=40.5305;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.82;MQ0=0;QD=23.34;RPA=7,8;RU=A;SB=-9.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:105:99:2493,308,0 chrXI 518060 . A AT 3721 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=908.9645;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.45;MQ0=0;QD=26.77;RPA=4,5;RU=T;SB=-2.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,134:139:99:3721,417,0 chrXI 518072 . CTTTT C,CT 5290 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=779.3332;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.81;MQ0=0;QD=37.52;RPA=13,9,10;RU=T;SB=-5.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:33,63,0:141:99:5290,1227,944,1530,0,1172 chrXI 521818 . G GA 3086.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.034;DP=168;FS=2.321;HaplotypeScore=440.2646;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.599;QD=18.37;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.966;SB=-1.393e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,143:168:99:3129,376,0 chrXI 523661 . T TTGCTGCTGCTGC 10471 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=96.6579;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.55;MQ0=0;QD=78.73;RPA=4,8;RU=TGC;SB=-4.233e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,77:133:99:10471,250,0 chrXI 527743 . T TAA 6461 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=376.6094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.88;MQ0=0;QD=41.15;RPA=1,3;RU=A;SB=-2.366e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,146:157:99:6461,461,0 chrXI 530616 . A AG 3292 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=326.7606;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=27.43;RPA=2,3;RU=G;SB=-1.213e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,88:120:99:3292,336,0 chrXI 530669 . TTGATTTC T 8112 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=155.3446;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=81.94;SB=-1.370e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,95:99:99:8112,295,0 chrXI 549470 . CT C 2084.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=674.1059;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.59;MQ0=0;QD=22.18;RPA=9,8;RU=T;SB=-6.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,88:94:99:2127,266,0 chrXI 557499 . GA G 2712.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.320;DP=131;FS=3.284;HaplotypeScore=67.5411;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.06;MQ0=0;MQRankSum=0.976;QD=20.71;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.631;SB=-7.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,119:131:99:2755,321,0 chrXI 565205 . A AT 5035 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=170;FS=0.000;HaplotypeScore=61.5480;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;QD=29.62;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.931e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,164:170:99:5035,496,0 chrXI 566099 . CT C 3058.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=598.4498;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.98;MQ0=0;QD=30.59;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.516e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,95:100:99:3101,286,0 chrXI 567100 . T TGCAGCA 6350 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=367.2346;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.80;MQ0=0;QD=59.35;RPA=8,10;RU=GCA;SB=-2.577e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,88:107:99:6350,268,0 chrXI 570166 . TAA T 3700 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.607;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=429.3466;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=1.638;QD=31.36;RPA=10,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.016;SB=-1.410e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,96:117:99:3700,319,0 chrXI 570203 . TAA T 4909 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=328.4515;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.93;MQ0=1;QD=44.23;SB=-1.576e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,106:110:99:4909,322,0 chrXI 570304 . GA G 3198.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=254.1862;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=21.47;RPA=10,9;RU=A;SB=-1.438e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,138:149:99:3241,415,0 chrXI 571482 . G GATATAT,GATATATAT 5648 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=136.2263;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.14;MQ0=0;QD=50.88;RPA=6,9,10;RU=AT;SB=-2.498e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:67,8,35:110:99:5648,1441,1206,404,0,170 chrXI 571562 . TA T 2809.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=546.0952;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;QD=24.87;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.080e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,111:113:99:2852,333,0 chrXI 574798 . TA T 3587 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=52.5335;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=1;QD=24.57;RPA=7,6;RU=A;SB=-9.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,144:145:99:3587,431,0 chrXI 576163 . GA G 2732.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=358.8930;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.82;MQ0=0;QD=26.53;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.217e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,88:103:99:2775,300,0 chrXI 576172 . GA G 3508 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=312.4864;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.90;MQ0=0;QD=31.60;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.408e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,109:111:99:3508,334,0 chrXI 576492 . ATCGTCGTCG A 3093.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.409;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=352.5947;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.41;MQ0=2;MQRankSum=0.808;QD=27.87;RPA=13,10;RU=TCG;ReadPosRankSum=0.346;SB=-1.329e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,72:109:99:3136,207,0 chrXI 579730 . C CAT 1850.76 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.739;DP=119;FS=14.000;HaplotypeScore=137.3552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.18;MQ0=0;MQRankSum=1.422;QD=15.55;RPA=9,10;RU=AT;ReadPosRankSum=1.090;SB=-5.818e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,62:119:4:1889,0,4 chrXI 581277 . TA T 1829.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=29.1779;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.24;MQ0=0;QD=20.11;RPA=9,8;RU=A;SB=-8.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,78:91:99:1872,233,0 chrXI 589673 . A AT 2360.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=315.1930;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=22.07;RPA=7,8;RU=T;SB=-8.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,100:107:99:2403,299,0 chrXI 596999 . A AT 2157.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=281.6695;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.49;MQ0=0;QD=29.56;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.060e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:73:99:2200,219,0 chrXI 612369 . GA G 3056.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=307.8666;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.85;MQ0=0;QD=26.82;RPA=5,4;RU=A;SB=-9.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,110:114:99:3099,336,0 chrXI 613087 . C CAGA 4802 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.066;DP=111;FS=3.274;HaplotypeScore=750.8148;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.52;MQ0=0;MQRankSum=0.233;QD=43.26;RPA=2,3;RU=AGA;ReadPosRankSum=-0.533;SB=-2.195e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,104:111:99:4802,302,0 chrXI 613131 . GAATCGGACGAGCCTGAAGAGTCTGAGTCCGAGCTTGAGT G 6106 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=304.0116;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.44;MQ0=0;QD=179.59;SB=-1.764e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,0:34:87:6106,87,0 chrXI 613138 . ACGAGCCTGAAGAGTCTGAGTCCGAGCTTGAGTCGGAATC A 3840 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=477.7147;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.22;MQ0=0;QD=137.14;SB=-9.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,0:28:75:3840,75,0 chrXI 613144 . CTGAAGAGTCTGAGTCCGAGCTTGAGTCGGAATCCGAATC C 2629.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=551.4364;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=105.20;SB=-5.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,0:25:75:2672,75,0 chrXI 613148 . AGAGTCTGAGTCCGAGCTTGAGTCGGAATCCGAATCTGAA A 2629.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=551.4364;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=105.20;SB=-5.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,0:25:75:2672,75,0 chrXI 613636 . T TAGAAGA 7416 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=1366.4673;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.97;MQ0=0;QD=57.94;RPA=4,6;RU=AGA;SB=-3.547e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,91:128:99:7416,322,0 chrXI 613682 . ACTGCTGTCACTGCTGCTGCTGCTG A 13040 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=1172.1251;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.64;MQ0=0;QD=100.31;SB=-6.029e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:56,70:130:99:13040,316,0 chrXI 613688 . GTCACTGCTGCTGCTGCTGCTGCTG G 13040 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=887.5170;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.50;MQ0=0;QD=114.39;SB=-6.029e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:71,0:114:99:13040,316,0 chrXI 613793 . GGAGGAA G 6710 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=390.4094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.04;MQ0=0;QD=54.55;SB=-3.064e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:56,63:123:99:6710,345,0 chrXI 613967 . A AT 2854.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.262;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=447.6580;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.860;QD=19.69;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.710;SB=-5.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,105:145:99:2897,390,0 chrXI 613990 . G GAAAA,GAAA 4670 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=372.2209;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.33;MQ0=0;QD=31.34;RPA=12,16,15;RU=A;SB=-2.273e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:79,49,16:149:99:4670,441,99,1351,0,1001 chrXI 614069 . CT C 3579 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=280.6189;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.62;MQ0=0;QD=27.11;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.396e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,130:132:99:3579,387,0 chrXI 614186 . AC A 5287 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=736.7884;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.05;MQ0=0;QD=37.50;SB=-1.862e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,132:141:99:5287,415,0 chrXI 614247 . T TA 4029 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.186;DP=177;FS=0.000;HaplotypeScore=814.6556;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.050;QD=22.76;ReadPosRankSum=2.251;SB=-1.753e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,166:177:99:4029,509,0 chrXI 614866 . A AT 3356 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.918;DP=169;FS=0.000;HaplotypeScore=447.0474;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.54;MQ0=0;MQRankSum=1.035;QD=19.86;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.105;SB=-1.063e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,144:169:99:3356,420,0 chrXI 615691 . TTTTC T 7981 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=52.4501;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=1;QD=55.42;SB=-3.531e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,140:143:99:7981,424,0 chrXI 618466 . AT A 3743 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=311.6310;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.10;MQ0=0;QD=25.64;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.852e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,142:146:99:3743,426,0 chrXI 618691 . T TA 4776 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=61.4962;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.85;MQ0=0;QD=34.11;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.434e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,139:140:99:4776,418,0 chrXI 618946 . GAA G 3200.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=180.4293;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=25.40;RPA=14,12;RU=A;SB=-1.021e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,97:126:99:3243,312,0 chrXI 625529 . T TACA 6091 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.141;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=42.3549;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.82;MQ0=0;MQRankSum=1.410;QD=46.50;RPA=2,3;RU=ACA;ReadPosRankSum=-1.088;SB=-2.766e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,127:131:99:6091,338,0 chrXI 626218 . C CCA 5960 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=57.9258;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.91;MQ0=0;QD=42.57;SB=-2.975e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,136:140:99:5960,418,0 chrXI 626765 . C CA 4872 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=50.1160;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.94;MQ0=0;QD=36.09;SB=-2.287e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,134:135:99:4872,403,0 chrXI 627509 . CAAT C 4945 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=704.9257;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.93;MQ0=0;MQRankSum=1.666;QD=45.79;ReadPosRankSum=0.600;SB=-2.471e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,103:108:99:4945,272,0 chrXI 630488 . TA T 4084 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=53.4039;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;QD=38.17;SB=-1.672e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:4084,322,0 chrXI 631098 . TA T 2183.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.293;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=141.5124;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.56;MQ0=0;MQRankSum=0.362;QD=16.42;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.155;SB=-9.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,106:133:99:2226,205,0 chrXI 632832 . C CAAAAAAA 4690 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=97;FS=19.445;HaplotypeScore=58.8601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=66.21;MQ0=0;MQRankSum=1.618;QD=48.35;RPA=14,21;RU=A;ReadPosRankSum=-1.694;SB=-2.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,86:97:99:4690,244,0 chrXI 638298 . C CG 6048 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.675;DP=183;FS=0.000;HaplotypeScore=71.7810;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.560;QD=33.05;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=1.560;SB=-2.071e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,180:183:99:6048,540,0 chrXI 639998 . C CA 2548.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=72.6522;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.518;QD=16.66;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.393;SB=-8.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,117:153:99:2591,315,0 chrXI 644727 . A ATT 2777.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.321;DP=113;FS=3.811;HaplotypeScore=75.9168;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.321;QD=24.58;RPA=11,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.429;SB=-1.099e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,89:113:99:2820,247,0 chrXI 661186 . AT A 270.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=77.9849;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.85;MQ0=3;QD=16.94;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.449e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:13:39:313,39,0 chrXI 665448 . A AAT 160.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;HaplotypeScore=36.1933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=32.05;RPA=1,2;RU=AT;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:202,15,0 chrXI 666556 . GT G 1820.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=238.2709;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.12;MQ0=0;QD=34.36;SB=-6.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,49:49:99:1863,147,0 chrXII 348 . GC G 193.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.267;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=153.2717;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=14.14;MQ0=61;MQRankSum=-1.148;QD=2.31;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=-0.353;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,9:19:99:233,0,239 chrXII 381 . ATAC A 816.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.924;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=190.3121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.37;MQ0=59;MQRankSum=0.229;QD=8.88;RPA=3,2;RU=TAC;ReadPosRankSum=2.568;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,26:29:99:856,0,298 chrXII 411 . GA GAAA,G 217.94 filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.729;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=219.1434;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=15.82;MQ0=61;MQRankSum=1.284;QD=2.45;RPA=9,11,8;RU=A;ReadPosRankSum=1.445;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:61,0,6:27:98:296,98,387,195,0,307 chrXII 420 . AT A 100.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.220;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=242.4722;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=15.92;MQ0=64;MQRankSum=-0.212;QD=1.09;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=0.159;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,8:28:99:140,0,320 chrXII 552 . AT A 164.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.747;DP=9;FS=9.031;HaplotypeScore=44.2751;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.68;MQ0=1;MQRankSum=-0.747;QD=18.29;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=0.747;SB=-5.727e-01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,7:8:11:206,11,0 chrXII 5687 . A AC 146.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.678;DP=88;FS=7.433;HaplotypeScore=680.4437;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.55;MQ0=2;MQRankSum=0.392;QD=1.67;RPA=2,3;RU=C;ReadPosRankSum=-0.732;SB=-8.958e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,12:61:99:186,0,606 chrXII 5783 . T TAAA 748.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.059;DP=150;FS=11.489;HaplotypeScore=869.4384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.33;MQ0=6;MQRankSum=2.689;QD=4.99;RPA=8,11;RU=A;ReadPosRankSum=-4.095;SB=-6.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:118,19:99:99:788,0,1793 chrXII 6018 . ATAC A 477.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.528;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=150.0316;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.36;MQ0=30;MQRankSum=1.995;QD=6.83;RPA=3,2;RU=TAC;ReadPosRankSum=1.688;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,15:35:99:517,0,828 chrXII 6057 . AT A 191.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.909;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=150.8567;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.88;MQ0=32;MQRankSum=1.078;QD=2.74;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=-0.021;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,11:31:99:231,0,447 chrXII 11251 . CA C 101.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.780;DP=22;FS=7.160;HaplotypeScore=174.8818;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.46;MQ0=4;MQRankSum=-1.027;QD=4.63;ReadPosRankSum=1.276;SB=-8.130e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,7:15:92:141,0,92 chrXII 14561 . AT A 882.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.933;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=45.9469;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=1.399;QD=14.47;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.666;SB=-2.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,50:61:99:925,130,0 chrXII 16636 . G GA 784.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.504;DP=112;FS=0.763;HaplotypeScore=196.2461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.47;MQ0=0;MQRankSum=0.385;QD=7.01;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=0.116;SB=-2.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,37:112:99:824,0,1904 chrXII 19945 . TG T 3041.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=558.4344;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.36;MQ0=0;QD=35.37;SB=-6.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:86:99:3084,250,0 chrXII 20119 . CA C 2126.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=1441.0537;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.22;MQ0=0;QD=19.88;RPA=8,7;RU=A;SB=-7.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,97:107:99:2169,289,0 chrXII 20565 . CTTACA C 7799 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=456.1772;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.12;MQ0=0;QD=67.82;SB=-2.636e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,110:115:99:7799,331,0 chrXII 20975 . TA T 3042.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=929.5841;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.61;MQ0=0;QD=21.13;SB=-1.483e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,142:144:99:3085,418,0 chrXII 22739 . TC T 1729.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.531;DP=127;FS=5.450;HaplotypeScore=450.7256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.946;QD=13.62;ReadPosRankSum=-0.086;SB=-6.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,55:127:99:1769,0,1658 chrXII 22811 . GATTTCTTC G 9747 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=257.0646;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.02;MQ0=0;QD=79.24;RPA=2,1;RU=ATTTCTTC;SB=-4.473e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,114:123:99:9747,343,0 chrXII 23508 . T TA 3279 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=311.2481;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.12;MQ0=0;QD=22.01;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.463e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,117:149:99:3279,351,0 chrXII 25385 . TA T 1278.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.008;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=1103.7737;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.190;QD=12.79;ReadPosRankSum=-0.571;SB=-6.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:57,43:100:99:1321,161,0 chrXII 27269 . G GGCCAAGA 9862 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=179.0855;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.61;MQ0=0;QD=76.45;RPA=1,2;RU=GCCAAGA;SB=-4.419e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,114:129:99:9862,343,0 chrXII 28304 . A AT 3575 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=946.2441;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.02;MQ0=0;QD=24.66;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.485e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,138:145:99:3575,417,0 chrXII 29739 . GA G 1160.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.885;DP=180;FS=8.167;HaplotypeScore=616.2270;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQ0=0;MQRankSum=2.709;QD=6.45;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.134;SB=-3.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,85:180:99:1200,0,1451 chrXII 30250 . G GA 1351.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.598;DP=128;FS=1.437;HaplotypeScore=122.5889;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.544;QD=10.56;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.231;SB=-6.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,73:128:99:1391,0,724 chrXII 32319 . CAA C,CA 2758.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.226;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=56.4130;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=1.279;QD=21.06;RPA=11,9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.320;SB=-9.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:5,75,0:131:99:2837,955,899,1410,0,1076 chrXII 34146 . G GA 1293.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.485;DP=142;FS=8.297;HaplotypeScore=86.8056;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQ0=0;MQRankSum=0.476;QD=9.11;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=0.736;SB=-4.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,67:142:99:1333,0,939 chrXII 35378 . C CA 430.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.642;DP=78;FS=11.264;HaplotypeScore=144.0087;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.605;QD=5.53;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.673;SB=-2.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,26:78:99:470,0,585 chrXII 35406 . G GA 390.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.823;DP=76;FS=4.804;HaplotypeScore=195.2679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.60;MQ0=0;MQRankSum=-2.309;QD=5.14;RPA=5,6;RU=A;ReadPosRankSum=1.109;SB=-1.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,24:76:99:430,0,929 chrXII 36038 . G GAAACACCAGCA 5272 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.069;DP=111;FS=5.225;HaplotypeScore=36.2855;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.91;MQ0=0;MQRankSum=-6.699;QD=47.50;ReadPosRankSum=-0.243;SB=-1.507e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,38:111:99:5272,0,6116 chrXII 36595 . C CT 643.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.672;DP=94;FS=4.183;HaplotypeScore=127.4875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=0.866;QD=6.85;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.479;SB=-3.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,37:94:99:683,0,502 chrXII 36658 . T TA 791.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.070;DP=112;FS=0.807;HaplotypeScore=378.0619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.038;QD=7.07;RPA=3,4;RU=A;ReadPosRankSum=0.238;SB=-2.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,40:112:36:831,0,36 chrXII 36723 . GAA G 1550.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.534;DP=156;FS=1.282;HaplotypeScore=267.0027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.936;QD=9.94;RPA=11,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.656;SB=-6.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,63:156:99:1590,0,2054 chrXII 37136 . TA T 1163.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.191;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=105.4475;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.58;MQ0=1;MQRankSum=1.372;QD=12.25;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=-1.210;SB=-5.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,46:94:99:1203,0,1359 chrXII 41223 . CATATATATATATATATATATATAT C 2512.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.350;DP=108;FS=34.615;HaplotypeScore=99.4156;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.39;MQ0=1;MQRankSum=0.767;QD=23.27;RPA=19,7;RU=AT;ReadPosRankSum=-1.985;SB=-5.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,32:107:99:2552,0,1924 chrXII 46416 . GT G 1400.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.244;DP=135;FS=1.480;HaplotypeScore=294.3811;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.997;QD=10.38;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=0.100;SB=-5.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,55:135:99:1440,0,1388 chrXII 46573 . C CAA 1302.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.345;DP=126;FS=1.545;HaplotypeScore=192.8705;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.973;QD=10.34;RPA=10,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.898;SB=-5.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,50:126:99:1342,0,1147 chrXII 46679 . G GAA 1420.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.693;DP=104;FS=6.831;HaplotypeScore=224.8867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.074;QD=13.66;RPA=2,4;RU=A;ReadPosRankSum=0.954;SB=-3.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,39:104:99:1460,0,2009 chrXII 46703 . A ATT 1301.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.189;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=348.1291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.255;QD=10.76;RPA=12,14;RU=T;ReadPosRankSum=-2.213;SB=-4.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,37:121:99:1341,0,932 chrXII 48661 . GA G 1831.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.420;DP=183;FS=0.563;HaplotypeScore=322.5079;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.172;QD=10.01;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=0.129;SB=-8.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,97:182:99:1871,0,1562 chrXII 48673 . TAA T 1673.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.389;DP=161;FS=3.887;HaplotypeScore=318.6376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.09;MQ0=0;MQRankSum=0.165;QD=10.40;RPA=12,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.323;SB=-6.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,72:160:99:1713,0,1732 chrXII 48850 . G GT 1430.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.809;DP=108;FS=6.668;HaplotypeScore=1104.5603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.01;MQ0=0;MQRankSum=-8.501;QD=13.25;ReadPosRankSum=-0.112;SB=-4.500e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,32:106:99:1470,0,1631 chrXII 48853 . GCC G 1009.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.884;DP=95;FS=16.761;HaplotypeScore=844.1943;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.53;MQ0=1;MQRankSum=-7.012;QD=10.63;ReadPosRankSum=-1.268;SB=-7.100e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,24:93:99:1049,0,2121 chrXII 63802 . GT G 1960.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.052;DP=140;FS=2.150;HaplotypeScore=602.6744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=1.320;QD=14.01;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=0.942;SB=-9.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,79:140:99:2000,0,1379 chrXII 63982 . CAA C 2483.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=84.1229;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.93;MQ0=1;MQRankSum=-0.613;QD=18.26;RPA=15,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.862;SB=-1.039e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,87:135:99:2526,246,0 chrXII 64667 . TCG T 1213.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.037;DP=38;FS=3.081;HaplotypeScore=352.6264;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.037;QD=31.92;ReadPosRankSum=-0.256;SB=-5.881e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,26:35:5:1253,5,0 chrXII 64671 . C CTT 916.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.040;DP=34;FS=3.081;HaplotypeScore=357.3850;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.21;MQ0=0;MQRankSum=0.121;QD=26.96;RPA=2,4;RU=T;ReadPosRankSum=0.121;SB=-4.545e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,26:31:12:958,12,0 chrXII 65534 . A AT 2250.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.811;DP=139;FS=1.718;HaplotypeScore=750.1774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.35;MQ0=0;MQRankSum=0.937;QD=16.19;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.685;SB=-8.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,105:139:99:2293,238,0 chrXII 66619 . C CT,CTTT 2717.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.660;DP=179;FS=0.000;HaplotypeScore=442.8729;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.59;MQ0=0;MQRankSum=1.753;QD=15.18;RPA=13,14,16;RU=T;ReadPosRankSum=-0.691;SB=-1.357e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:68,86,13:179:99:2796,1266,1026,871,0,994 chrXII 68559 . T TTTCTA 3793 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.076;DP=160;FS=5.124;HaplotypeScore=50.5331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.06;MQ0=1;MQRankSum=2.951;QD=23.71;RPA=1,2;RU=TTCTA;ReadPosRankSum=0.763;SB=-1.780e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,69:159:99:3793,0,3815 chrXII 76922 . G GAA 1079.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.004;DP=69;FS=2.026;HaplotypeScore=251.2238;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQ0=0;MQRankSum=0.226;QD=15.65;RPA=8,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.038;SB=-5.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,36:69:99:1119,0,645 chrXII 77103 . G GAT 1025.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.719;DP=109;FS=1.892;HaplotypeScore=211.8280;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.55;MQ0=0;MQRankSum=3.830;QD=9.41;RPA=6,7;RU=AT;ReadPosRankSum=-1.066;SB=-5.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,43:109:99:1065,0,803 chrXII 80216 . C CT 321.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.027;DP=75;FS=7.116;HaplotypeScore=25.5430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.909;QD=4.29;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.046;SB=-6.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,23:75:99:361,0,675 chrXII 80711 . A AT 633.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.352;DP=107;FS=1.866;HaplotypeScore=100.7580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.55;MQ0=0;MQRankSum=0.895;QD=5.92;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-1.166;SB=-2.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,40:107:99:673,0,948 chrXII 81023 . C CTTTA 6471 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=601.4787;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.72;MQ0=0;QD=60.48;SB=-3.109e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:106:99:6471,310,0 chrXII 81190 . TA T 1049.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.984;DP=125;FS=1.547;HaplotypeScore=667.6066;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=0.937;QD=8.40;ReadPosRankSum=1.846;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,51:124:99:1089,0,1060 chrXII 81192 . TC T 3066.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=517.0365;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.56;MQ0=0;QD=24.15;RPA=4,3;RU=C;SB=-9.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:78,49:126:99:3109,331,0 chrXII 81207 . T TA 2497.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=518.4805;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.21;MQ0=0;QD=22.92;RPA=5,6;RU=A;SB=-8.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,94:108:99:2540,288,0 chrXII 81387 . TA TAAA,T 1851.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.625;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=79.5052;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.67;MQ0=3;MQRankSum=-0.232;QD=16.99;RPA=11,13,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.411;SB=-7.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:30,0,51:105:99:1930,1031,1798,1149,0,1320 chrXII 86604 . A ATTT,ATTTT 5428 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=904.8577;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=50.75;MQ0=0;QD=39.91;RPA=7,10,11;RU=T;SB=-1.617e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:8,72,45:136:78:5428,1288,898,477,0,78 chrXII 86724 . TA T 652.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-9.162;DP=170;FS=0.625;HaplotypeScore=923.7775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.62;MQ0=0;MQRankSum=5.461;QD=3.84;RPA=17,16;RU=A;ReadPosRankSum=0.407;SB=-3.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:127,30:170:99:692,0,342 chrXII 86842 . ATT A 4167 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=638.1928;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.02;MQ0=1;QD=28.16;RPA=11,9;RU=T;SB=-1.979e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,143:144:99:4167,424,0 chrXII 91399 . A AAT 1060.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.111;DP=113;FS=2.957;HaplotypeScore=60.3887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.467;QD=9.39;RPA=4,5;RU=AT;ReadPosRankSum=2.081;SB=-3.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,41:113:99:1100,0,1664 chrXII 91990 . CA C 1515.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=558.3675;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.36;MQ0=0;QD=27.07;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,52:55:99:1558,165,0 chrXII 91993 . A AC 1478.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=562.1138;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.36;MQ0=0;QD=26.41;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,52:55:99:1521,163,0 chrXII 92047 . TA T 2296.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=518.9277;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.23;MQ0=0;QD=29.45;SB=-8.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2339,231,0 chrXII 92395 . CA C 2215.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=600.0839;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.96;MQ0=0;QD=22.38;RPA=5,4;RU=A;SB=-6.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,93:96:99:2258,273,0 chrXII 92659 . CT C 1707.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=662.3069;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.09;MQ0=0;QD=19.19;RPA=7,6;RU=T;SB=-8.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,74:89:99:1750,233,0 chrXII 92741 . T TG 3397 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=783.5420;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.87;MQ0=0;QD=38.17;SB=-1.496e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,88:89:99:3397,268,0 chrXII 92779 . TG T 4603 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=936.9761;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.00;MQ0=0;QD=33.60;SB=-2.153e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,117:137:99:4603,409,0 chrXII 93281 . AT A 2700.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=704.4277;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.79;MQ0=0;QD=21.27;RPA=7,6;RU=T;SB=-5.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,121:127:99:2743,361,0 chrXII 93757 . A ATT 4114 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=210.9448;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.72;MQ0=2;QD=33.45;RPA=5,7;RU=T;SB=-1.447e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,115:121:99:4114,346,0 chrXII 95322 . CT C 2421.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=242.7289;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=23.98;RPA=5,4;RU=T;SB=-7.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:2464,300,0 chrXII 97755 . G GA 1087.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.272;DP=121;FS=0.943;HaplotypeScore=131.5779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=1.413;QD=8.99;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.360;SB=-1.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,62:121:99:1127,0,855 chrXII 97900 . A AAT 2445.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.545;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=155.3712;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQ0=0;MQRankSum=0.329;QD=16.42;RPA=3,4;RU=AT;ReadPosRankSum=-0.555;SB=-1.236e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,73:149:99:2485,0,1414 chrXII 100550 . CT C 2046.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=206.3973;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=18.28;RPA=9,8;RU=T;SB=-9.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,101:112:99:2089,300,0 chrXII 108046 . CT C 751.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.737;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=220.8060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.123;QD=5.49;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.361;SB=-3.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,48:137:99:791,0,858 chrXII 108339 . AC A 1397.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.240;DP=133;FS=2.332;HaplotypeScore=317.2931;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=10.51;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=-0.132;SB=-5.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,48:133:99:1437,0,2070 chrXII 108352 . C CAA 2653.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.185;DP=139;FS=0.643;HaplotypeScore=215.8135;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.50;MQ0=0;MQRankSum=1.430;QD=19.09;ReadPosRankSum=0.817;SB=-1.000e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,69:139:99:2693,0,2461 chrXII 109468 . A AT 820.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.197;DP=114;FS=10.269;HaplotypeScore=583.2640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=1.108;QD=7.20;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.594;SB=-1.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,50:114:99:860,0,847 chrXII 111590 . CT C 810.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.681;DP=127;FS=1.478;HaplotypeScore=62.4154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.798;QD=6.39;RPA=7,6;RU=T;ReadPosRankSum=0.515;SB=-4.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,54:127:99:850,0,1311 chrXII 112176 . GAAAA G,GA 3349 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=247.7977;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.41;MQ0=0;QD=38.94;RPA=14,10,11;RU=A;SB=-1.228e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:5,43,0:86:99:3349,895,669,850,0,603 chrXII 112502 . CT C 3913 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=163.6572;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.81;MQ0=0;QD=24.77;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.528e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,157:158:99:3913,470,0 chrXII 121725 . GT G 686.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.433;DP=113;FS=1.796;HaplotypeScore=58.3277;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=1;MQRankSum=2.056;QD=6.08;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.297;SB=-2.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,55:112:99:726,0,732 chrXII 123487 . C CTTG 5003 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-6.599;DP=158;FS=39.866;HaplotypeScore=508.1944;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.00;MQ0=0;MQRankSum=4.988;QD=31.66;RPA=6,7;RU=TTG;ReadPosRankSum=-0.344;SB=-1.506e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,119:158:65:5003,65,0 chrXII 124986 . GT G 2610.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.567;DP=148;FS=6.691;HaplotypeScore=60.5932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.303;QD=17.64;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.584;SB=-1.177e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,138:148:99:2653,372,0 chrXII 125356 . GA G 2593.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=245.4048;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.09;RPA=7,6;RU=A;SB=-5.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,120:123:99:2636,358,0 chrXII 125399 . TTATA T,TTA 2342.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=253.8184;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.31;RPA=10,8,9;RU=TA;SB=-3.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:67,17,0:105:99:2421,954,946,1110,0,972 chrXII 127351 . TGA T 4769 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=384.4233;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.27;MQ0=0;QD=37.85;SB=-1.634e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,113:126:99:4769,358,0 chrXII 127406 . C CT 2569.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.254;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=515.1656;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=1.535;QD=22.54;ReadPosRankSum=2.254;SB=-1.232e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,108:114:99:2612,327,0 chrXII 129169 . GA GAA,G 1790.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.105;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=194.8323;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.369;QD=15.85;RPA=10,11,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.610;SB=-7.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:14,0,49:113:99:1869,940,1157,1180,0,1465 chrXII 130128 . CTGT C 2630.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.279;DP=159;FS=0.641;HaplotypeScore=736.2575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.79;MQ0=0;MQRankSum=6.104;QD=16.55;RPA=4,3;RU=TGT;ReadPosRankSum=-1.070;SB=-1.106e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,74:159:99:2670,0,2569 chrXII 130666 . TA T 1277.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.137;DP=142;FS=7.552;HaplotypeScore=675.2499;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.07;MQ0=0;MQRankSum=8.212;QD=9.00;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=2.182;SB=-5.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,70:142:99:1317,0,1521 chrXII 130903 . CTT C,CT 2442.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.310;DP=138;FS=2.439;HaplotypeScore=153.9897;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.37;MQ0=0;MQRankSum=0.151;QD=17.70;RPA=12,10,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.865;SB=-6.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:15,53,0:138:99:2521,1046,1110,1077,0,792 chrXII 130928 . GA G 809.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.375;DP=132;FS=2.364;HaplotypeScore=345.8348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=1.043;QD=6.14;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=0.967;SB=-3.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,54:132:99:849,0,1172 chrXII 131003 . AC A 2782.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=11.494;DP=186;FS=2.587;HaplotypeScore=327.9543;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=0.696;QD=14.96;ReadPosRankSum=-1.151;SB=-3.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:100,86:186:99:2822,0,3123 chrXII 131008 . CT C 1790.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=11.081;DP=188;FS=2.489;HaplotypeScore=429.7034;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.046;QD=9.53;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=-0.115;SB=-2.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,78:188:99:1830,0,2144 chrXII 131587 . G GA 1032.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.492;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=133.2502;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=1.131;QD=6.89;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.611;SB=-5.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,61:150:99:1072,0,1176 chrXII 132251 . G GA 1347.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.134;DP=138;FS=4.962;HaplotypeScore=1258.4537;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.46;MQ0=2;MQRankSum=2.557;QD=9.77;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=7.130;SB=-4.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,78:135:95:1387,0,95 chrXII 132253 . G GAAGAGGAA,GAAGAA 5994 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.950;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=750.0156;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=50.46;MQ0=2;MQRankSum=0.307;QD=43.43;ReadPosRankSum=1.425;SB=-1.939e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:54,15,41:135:99:5994,1551,1541,1581,0,1377 chrXII 136433 . AT A 2875.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=110.2994;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;QD=22.47;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.198e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,126:128:99:2918,377,0 chrXII 137918 . AT A 2589.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=36.0454;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=23.98;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.238e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,105:108:99:2632,318,0 chrXII 150978 . T TC 1032.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.075;DP=70;FS=1.983;HaplotypeScore=353.9172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.25;MQ0=0;MQRankSum=-2.040;QD=14.76;RPA=1,2;RU=C;ReadPosRankSum=-0.369;SB=-5.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,39:70:99:1072,0,811 chrXII 151080 . AT A 752.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.708;DP=64;FS=13.473;HaplotypeScore=376.8961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.012;QD=11.77;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=-1.110;SB=-2.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,36:64:99:792,0,532 chrXII 151141 . ATTTG A 1739.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.783;DP=69;FS=26.495;HaplotypeScore=331.0038;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.299;QD=25.22;RPA=2,1;RU=TTTG;ReadPosRankSum=-0.761;SB=-4.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,32:69:99:1779,0,1332 chrXII 168978 . C CA 1222.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.057;DP=139;FS=1.351;HaplotypeScore=210.5253;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.612;QD=8.80;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.179;SB=-6.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,69:139:99:1262,0,990 chrXII 169774 . GAGTACAA G 2701.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.395;DP=100;FS=1.754;HaplotypeScore=57.8499;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.145;QD=27.02;RPA=2,1;RU=AGTACAA;ReadPosRankSum=0.470;SB=-1.231e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,37:100:99:2741,0,4148 chrXII 169862 . AT A 1422.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.472;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=123.1353;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=0.403;QD=10.24;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=-1.723;SB=-5.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,57:139:99:1462,0,2484 chrXII 170280 . A AT 1221.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.307;DP=115;FS=4.681;HaplotypeScore=254.9749;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=-2.451;QD=10.63;RPA=3,4;RU=T;ReadPosRankSum=1.375;SB=-5.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,55:115:99:1261,0,1163 chrXII 170322 . A AT 1275.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.085;DP=116;FS=5.819;HaplotypeScore=423.2930;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.034;QD=11.00;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=-1.443;SB=-6.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,61:116:99:1315,0,929 chrXII 170747 . G GAA 755.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.577;DP=66;FS=5.088;HaplotypeScore=219.3096;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.04;MQ0=0;MQRankSum=-5.529;QD=11.45;ReadPosRankSum=-0.279;SB=-5.800e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,22:66:99:795,0,1621 chrXII 171179 . C CATATT 2478.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.577;DP=107;FS=16.122;HaplotypeScore=112.6953;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.89;MQ0=0;MQRankSum=0.049;QD=23.17;ReadPosRankSum=0.494;SB=-5.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,41:107:99:2518,0,3960 chrXII 171936 . GA G 470.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.497;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=486.7771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.62;MQ0=0;MQRankSum=-7.003;QD=4.24;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=2.044;SB=-1.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,39:111:99:510,0,1256 chrXII 172018 . AATATATATATATATATAT AATATATATAT,A 5110 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=403.8389;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=46.27;MQ0=0;QD=58.74;RPA=16,12,7;RU=AT;SB=-2.329e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:51,0,21:87:99:5110,2323,2215,1203,0,2165 chrXII 179751 . C CTTT 795.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.371;DP=87;FS=6.195;HaplotypeScore=225.3048;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.041;QD=9.15;ReadPosRankSum=0.185;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,21:87:99:835,0,2105 chrXII 181518 . AC A 1027.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.820;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=42.0113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQ0=0;MQRankSum=0.710;QD=9.88;RPA=8,7;RU=C;ReadPosRankSum=0.676;SB=-5.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,52:104:99:1067,0,1012 chrXII 185314 . T TA 364.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.522;DP=69;FS=2.137;HaplotypeScore=32.8883;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=1.729;QD=5.29;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.280;SB=-1.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,26:69:99:404,0,556 chrXII 187137 . AT A 4503 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=52.7377;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.14;MQ0=1;QD=30.43;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.291e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,146:147:99:4503,439,0 chrXII 193400 . C CT 633.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.816;DP=104;FS=0.858;HaplotypeScore=80.2702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.823;QD=6.10;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.716;SB=-1.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,42:104:99:673,0,756 chrXII 195201 . GA G 1235.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.778;DP=116;FS=2.627;HaplotypeScore=181.9220;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.185;QD=10.65;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=3.534;SB=-4.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:56,56:116:99:1278,213,0 chrXII 195306 . CT C 2333.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=54.5348;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;QD=18.38;RPA=10,9;RU=T;SB=-1.163e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,119:127:99:2376,355,0 chrXII 196591 . ATTT AT,A 2469.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.580;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=81.5489;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.307;QD=25.46;RPA=15,13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.921;SB=-1.203e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:11,0,47:97:99:2548,880,631,727,0,605 chrXII 196743 . T TC 1728.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.770;DP=145;FS=5.044;HaplotypeScore=1125.0842;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=-2.231;QD=11.92;ReadPosRankSum=1.533;SB=-6.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,76:145:99:1768,0,1628 chrXII 196750 . ATTT A 3070.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.133;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=1059.1271;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=0.350;QD=20.75;RPA=15,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.699;SB=-1.541e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:92,53:148:99:3113,356,0 chrXII 196779 . T TA 1095.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-9.478;DP=153;FS=12.592;HaplotypeScore=1195.2634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=0.751;QD=7.16;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.983;SB=-3.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,62:153:99:1135,0,1099 chrXII 198532 . TA T 1118.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.171;DP=141;FS=2.147;HaplotypeScore=245.1600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQ0=0;MQRankSum=1.000;QD=7.94;RPA=6,5;RU=A;ReadPosRankSum=-0.933;SB=-5.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,70:141:99:1158,0,1386 chrXII 201844 . TA T 625.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.262;DP=113;FS=2.785;HaplotypeScore=146.6513;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.676;QD=5.54;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=2.339;SB=-2.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,50:113:99:665,0,910 chrXII 204055 . A AT 3590 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=73.9097;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.43;MQ0=0;QD=32.05;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.151e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,107:112:99:3590,329,0 chrXII 208656 . T TAAGA 4617 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=230.2952;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.45;MQ0=0;QD=57.71;SB=-2.301e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,67:80:99:4617,232,0 chrXII 208734 . T TA 2882.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=426.1679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=1.697;QD=29.12;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=-0.892;SB=-1.333e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,93:99:99:2925,293,0 chrXII 221524 . AT A 3164.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=45.1545;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.11;MQ0=0;QD=29.58;RPA=3,2;RU=T;SB=-5.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,106:107:99:3207,319,0 chrXII 222490 . GAAC G 2502.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.465;DP=136;FS=0.640;HaplotypeScore=264.1064;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=1.396;QD=18.40;ReadPosRankSum=0.286;SB=-1.184e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,62:136:99:2542,0,3527 chrXII 223058 . A AT 2398.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.083;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=562.5685;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.32;MQ0=0;MQRankSum=0.320;QD=22.01;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.107;SB=-1.005e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,104:106:99:2441,290,0 chrXII 224124 . GA G 3860 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=350.5878;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.82;MQ0=0;QD=26.26;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.757e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,145:147:99:3860,435,0 chrXII 225364 . T TA 1318.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.993;DP=141;FS=1.389;HaplotypeScore=455.2205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=0.373;QD=9.35;ReadPosRankSum=1.124;SB=-5.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,69:141:99:1358,0,2269 chrXII 229882 . GT G 1601.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=71.6627;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;QD=19.07;RPA=9,8;RU=T;SB=-3.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,80:84:99:1644,238,0 chrXII 232112 . CT C 2656.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=553.0150;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.51;MQ0=0;QD=19.25;RPA=9,8;RU=T;SB=-6.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,127:138:99:2699,387,0 chrXII 232144 . G GTT 3993 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=464.4613;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.60;MQ0=0;QD=29.80;RPA=10,12;RU=T;SB=-1.550e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,99:134:99:3993,382,0 chrXII 232239 . AGCCTAACCAG A 10433 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=702.9089;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.94;MQ0=0;QD=93.15;SB=-3.867e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,92:112:99:10433,277,0 chrXII 239171 . GA G 675.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.008;DP=101;FS=0.809;HaplotypeScore=212.7200;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.121;QD=6.69;RPA=7,6;RU=A;ReadPosRankSum=0.043;SB=-2.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,38:101:99:715,0,948 chrXII 239220 . G GA 1009.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.205;DP=111;FS=3.835;HaplotypeScore=175.8627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQ0=0;MQRankSum=0.367;QD=9.10;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=-1.389;SB=-2.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,49:111:99:1049,0,1127 chrXII 243827 . CAT C 902.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.665;DP=123;FS=5.611;HaplotypeScore=317.4214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.287;QD=7.34;RPA=9,8;RU=AT;ReadPosRankSum=1.775;SB=-4.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,36:123:99:942,0,1114 chrXII 245256 . AATAT A,AAT 3080.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.285;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=63.3817;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.18;MQ0=0;MQRankSum=1.695;QD=21.25;RPA=10,8,9;RU=AT;ReadPosRankSum=1.695;SB=-1.420e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:61,54,0:144:99:3159,1076,953,1522,0,1367 chrXII 248521 . CAT C 1568.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.393;DP=155;FS=3.627;HaplotypeScore=269.4475;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.94;MQ0=0;MQRankSum=1.476;QD=10.12;RPA=5,4;RU=AT;ReadPosRankSum=1.299;SB=-5.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,57:155:99:1608,0,1315 chrXII 248700 . AT A,ATTT 1813.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=313.4938;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.57;MQ0=1;QD=15.50;RPA=12,11,14;RU=T;SB=-8.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:32,47,2:116:99:1892,1331,1618,813,0,1370 chrXII 250864 . T TA 1311.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.155;DP=143;FS=0.661;HaplotypeScore=203.7678;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.787;QD=9.17;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.289;SB=-4.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,72:143:99:1351,0,961 chrXII 251194 . GAA GAAA,G 1259.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.862;DP=123;FS=1.290;HaplotypeScore=115.0089;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.167;QD=10.24;RPA=18,19,16;RU=A;ReadPosRankSum=-0.757;SB=-4.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:77,0,32:122:99:1338,902,1190,497,0,1318 chrXII 252851 . GCGTCGTCCTCACCAT G 7288 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.319;DP=130;FS=26.497;HaplotypeScore=725.9837;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.82;MQ0=0;MQRankSum=-5.308;QD=56.06;ReadPosRankSum=-0.572;SB=-2.060e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,43:130:99:7288,0,8463 chrXII 252861 . CACCATCGTCGTCCTC C 7210 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.170;DP=186;FS=20.419;HaplotypeScore=2041.6473;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.06;MQ0=0;MQRankSum=-4.817;QD=38.76;ReadPosRankSum=-1.222;SB=-2.045e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:117,0:186:99:7210,0,12126 chrXII 252868 . G GT 1425.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.124;DP=186;FS=0.591;HaplotypeScore=2909.3252;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.25;MQ0=0;MQRankSum=-4.176;QD=7.67;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=-0.503;SB=-6.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:127,57:186:99:1465,0,2603 chrXII 253093 . GAAA GAAAA,G 4427 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.267;DP=200;FS=2.857;HaplotypeScore=115.6408;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.278;QD=22.14;RPA=13,14,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.301;SB=-9.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:58,0,78:200:99:4427,3159,3554,1695,0,4097 chrXII 257880 . C CACAT 2744.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.890;DP=158;FS=9.755;HaplotypeScore=185.4461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.45;MQ0=0;MQRankSum=4.588;QD=17.37;RPA=4,5;RU=ACAT;ReadPosRankSum=-1.685;SB=-5.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,62:157:99:2784,0,1700 chrXII 263050 . CA C 2526.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=491.4337;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=29.05;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.129e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,85:87:99:2569,255,0 chrXII 281805 . A AG 1973.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.019;DP=93;FS=75.988;HaplotypeScore=589.5220;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.75;MQ0=0;MQRankSum=-3.493;QD=21.23;ReadPosRankSum=5.179;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,47:93:90:2016,90,0 chrXII 281809 . A AAT,ATT 1969.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.479;DP=104;FS=15.298;HaplotypeScore=678.0351;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.20;MQ0=0;MQRankSum=1.496;QD=18.94;ReadPosRankSum=2.426;SB=-7.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:45,7,26:104:99:2048,482,214,561,0,409 chrXII 282562 . C CT 2761.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=560.8311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.26;MQ0=0;QD=24.44;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.132e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,106:113:99:2804,324,0 chrXII 282604 . G GA 576.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.396;DP=110;FS=8.510;HaplotypeScore=501.3929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=0.522;QD=5.25;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.734;SB=-1.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,35:110:99:616,0,885 chrXII 282650 . CT C 1871.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=398.6634;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.64;MQ0=0;QD=22.02;RPA=6,5;RU=T;SB=-8.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,78:85:99:1914,236,0 chrXII 282684 . ATT A 3797 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=793.1349;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.56;MQ0=0;QD=31.12;RPA=8,6;RU=T;SB=-1.342e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,111:122:99:3797,364,0 chrXII 282693 . AT A 2159.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.188;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=994.0832;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.52;MQ0=0;MQRankSum=0.387;QD=16.87;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.157;SB=-8.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,110:128:99:2202,345,0 chrXII 282706 . GT G 2267.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.122;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=970.9388;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.52;MQ0=0;MQRankSum=0.790;QD=17.72;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.122;SB=-1.060e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,110:128:99:2310,362,0 chrXII 283781 . G GA 936.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.279;DP=164;FS=0.000;HaplotypeScore=1004.2668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=0.936;QD=5.71;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.962;SB=-4.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,56:164:99:976,0,862 chrXII 289357 . CT C 1663.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.618;DP=122;FS=10.908;HaplotypeScore=849.5054;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=13.64;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.550;SB=-5.286e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,93:122:99:1706,227,0 chrXII 292153 . G GA 2610.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.081;DP=131;FS=3.085;HaplotypeScore=73.3314;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.71;MQ0=0;MQRankSum=0.461;QD=19.93;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.097;SB=-7.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,116:131:99:2653,315,0 chrXII 293727 . AT A 1419.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.715;DP=119;FS=0.685;HaplotypeScore=141.3852;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQ0=0;MQRankSum=0.859;QD=11.93;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=-2.048;SB=-6.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,58:119:99:1459,0,1635 chrXII 306616 . GA G 1485.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.156;DP=128;FS=11.480;HaplotypeScore=417.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.488;QD=11.61;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.574;SB=-7.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,48:128:99:1525,0,1491 chrXII 306620 . TA T 695.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.383;DP=129;FS=7.312;HaplotypeScore=513.3477;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=1.622;QD=5.40;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.604;SB=-2.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,51:129:99:735,0,807 chrXII 315793 . C CT 724.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.965;DP=124;FS=3.776;HaplotypeScore=169.5560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.935;QD=5.85;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.697;SB=-3.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,37:124:99:764,0,617 chrXII 315836 . A AT 847.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.328;DP=112;FS=2.461;HaplotypeScore=283.0656;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=0.670;QD=7.57;ReadPosRankSum=-0.156;SB=-4.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,49:112:99:887,0,1644 chrXII 320335 . GA GAA,G 2009.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.884;DP=160;FS=3.617;HaplotypeScore=173.6521;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.189;QD=12.56;RPA=12,13,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.915;SB=-9.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:38,3,77:160:99:2088,1370,1879,964,0,1229 chrXII 322104 . ATT A,AT 2126.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.300;DP=178;FS=3.612;HaplotypeScore=620.8105;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=2.122;QD=11.95;RPA=15,13,14;RU=T;ReadPosRankSum=1.664;SB=-7.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:38,57,0:178:99:2205,815,1113,916,0,719 chrXII 326441 . CT C 4765 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=652.6260;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.77;MQ0=0;QD=32.41;SB=-1.744e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,140:147:99:4765,421,0 chrXII 327719 . T TGGGGGG 739.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=43.0564;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=23.12;RPA=6,12;RU=G;SB=-2.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,13:32:36:782,36,0 chrXII 329729 . G GGTTGCT 5355 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=399.2752;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.11;MQ0=0;QD=37.45;RPA=5,6;RU=GTTGCT;SB=-2.672e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:61,82:143:99:5355,274,0 chrXII 332429 . C CG 4234 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=284.1290;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;QD=27.32;RPA=3,4;RU=G;SB=-2.017e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,132:155:99:4234,418,0 chrXII 332524 . CAA C 6304 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=358.0701;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=41.47;RPA=4,2;RU=A;SB=-2.650e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,151:152:99:6304,455,0 chrXII 339676 . TTATATATATA T 8285 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=82.2430;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.625;QD=67.91;RPA=10,5;RU=TA;ReadPosRankSum=-0.268;SB=-2.520e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,96:122:99:8285,288,0 chrXII 342931 . G GAT 4801 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.072;DP=154;FS=6.143;HaplotypeScore=218.5816;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.24;MQ0=0;MQRankSum=0.986;QD=31.18;RPA=4,5;RU=AT;ReadPosRankSum=0.601;SB=-1.090e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,141:154:99:4801,398,0 chrXII 345332 . C CATT 1956.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.250;DP=92;FS=7.393;HaplotypeScore=312.5205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.37;MQ0=0;MQRankSum=-2.794;QD=21.27;ReadPosRankSum=0.887;SB=-4.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,41:92:99:1996,0,2090 chrXII 346105 . G GA 1060.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.895;DP=144;FS=7.778;HaplotypeScore=391.6894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.11;MQ0=0;MQRankSum=-2.412;QD=7.37;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.698;SB=-3.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,60:144:99:1100,0,665 chrXII 348919 . G GT,GTT 2281.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.616;DP=155;FS=27.105;HaplotypeScore=372.0989;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.463;QD=14.72;RPA=17,18,19;RU=T;ReadPosRankSum=0.015;SB=-3.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:32,32,75:155:99:2360,1090,995,225,0,319 chrXII 371365 . GA G 1052.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.106;DP=155;FS=1.336;HaplotypeScore=241.4434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQ0=0;MQRankSum=0.317;QD=6.79;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.153;SB=-4.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,76:155:99:1092,0,1014 chrXII 373457 . TAC T 1489.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.056;DP=158;FS=19.054;HaplotypeScore=516.5087;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.97;MQ0=0;MQRankSum=-2.040;QD=9.43;ReadPosRankSum=3.690;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:105,53:158:99:1529,0,3840 chrXII 373555 . T TTG 2195.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.440;DP=120;FS=3.383;HaplotypeScore=419.0285;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.284;QD=18.30;ReadPosRankSum=-0.517;SB=-7.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,57:120:99:2235,0,2215 chrXII 373665 . A ACG 1311.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.716;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=733.8783;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.81;MQ0=0;MQRankSum=-5.886;QD=9.72;ReadPosRankSum=1.328;SB=-5.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,48:135:99:1351,0,2983 chrXII 373666 . T TGGAC 2169.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.284;DP=131;FS=1.408;HaplotypeScore=633.6536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.12;MQ0=0;MQRankSum=-5.069;QD=16.56;ReadPosRankSum=0.682;SB=-8.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,48:131:99:2209,0,3863 chrXII 375382 . A AGTG 1632.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.999;DP=107;FS=26.826;HaplotypeScore=880.6742;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.91;MQ0=0;MQRankSum=-8.106;QD=15.26;ReadPosRankSum=2.083;SB=-5.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,35:107:99:1672,0,3195 chrXII 377750 . T TG 2339.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.819;DP=144;FS=8.771;HaplotypeScore=281.4203;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.643;QD=16.25;ReadPosRankSum=1.341;SB=-1.080e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,74:144:99:2379,0,2100 chrXII 379760 . TGAA T 2218.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.403;DP=123;FS=2.373;HaplotypeScore=56.1616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQ0=0;MQRankSum=0.074;QD=18.04;RPA=3,2;RU=GAA;ReadPosRankSum=0.368;SB=-9.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,57:123:99:2258,0,2601 chrXII 380619 . CA C 4527 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=171;FS=0.000;HaplotypeScore=61.5329;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.10;MQ0=0;QD=26.47;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.907e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,171:171:99:4527,513,0 chrXII 382278 . AT ATT,A 2045.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.269;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=214.0873;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=1.523;QD=16.91;RPA=9,10,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.866;SB=-4.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:8,0,64:121:99:2124,1283,1621,1121,0,1337 chrXII 385474 . A AT 1258.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.109;DP=111;FS=9.988;HaplotypeScore=90.9612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.699;QD=11.34;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=2.159;SB=-3.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,62:111:99:1298,0,751 chrXII 385536 . G GA 2745.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=425.8584;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.94;MQ0=0;QD=25.19;RPA=3,4;RU=A;SB=-7.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,95:109:99:2788,291,0 chrXII 385575 . GAA G 3751 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=392.6965;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.72;MQ0=0;QD=36.42;RPA=5,3;RU=A;SB=-1.194e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,100:103:99:3751,310,0 chrXII 386315 . G GA 1076.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.291;DP=136;FS=7.344;HaplotypeScore=444.6915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=1.277;QD=7.92;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.468;SB=-4.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,62:136:99:1116,0,771 chrXII 388458 . AT A 1057.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.864;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=293.1920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.729;QD=9.62;RPA=6,5;RU=T;ReadPosRankSum=1.462;SB=-2.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,61:110:99:1097,0,954 chrXII 390717 . A AC 4632 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=516.8413;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.26;MQ0=0;QD=33.81;SB=-1.686e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,136:137:99:4632,409,0 chrXII 391392 . GC G 457.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.822;DP=111;FS=5.794;HaplotypeScore=876.4124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.51;MQ0=0;MQRankSum=-6.336;QD=4.13;ReadPosRankSum=1.879;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,28:110:99:497,0,2636 chrXII 391396 . TTGCATTATCA T 2726.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.311;DP=112;FS=4.352;HaplotypeScore=651.9067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.87;MQ0=0;MQRankSum=-6.701;QD=24.35;ReadPosRankSum=2.590;SB=-1.202e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,28:112:99:2766,0,9136 chrXII 391719 . G GC 1108.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.219;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=636.0117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.95;MQ0=0;MQRankSum=-6.636;QD=9.09;RPA=2,3;RU=C;ReadPosRankSum=-0.564;SB=-5.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,46:122:99:1148,0,1828 chrXII 391836 . G GAA,GA 2125.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=548.4801;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=49.71;MQ0=0;QD=23.89;RPA=9,11,10;RU=A;SB=-6.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:4,38,46:89:99:2204,405,159,1005,0,763 chrXII 392360 . GTGT G 1970.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.353;DP=67;FS=1.055;HaplotypeScore=548.4602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.37;MQ0=0;MQRankSum=4.352;QD=29.42;ReadPosRankSum=-0.181;SB=-7.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,38:67:99:2010,0,816 chrXII 392460 . T TA 1371.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=444.7254;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.27;MQ0=0;QD=32.67;RPA=1,2;RU=A;SB=-4.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,40:42:99:1414,123,0 chrXII 392710 . T TA 271.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.084;DP=86;FS=2.074;HaplotypeScore=709.1518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.15;MQ0=0;MQRankSum=-3.613;QD=3.16;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-2.333;SB=-9.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,22:86:99:311,0,964 chrXII 392732 . G GT 1185.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.795;DP=86;FS=5.064;HaplotypeScore=594.8330;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.32;MQ0=0;MQRankSum=3.896;QD=13.79;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-3.357;SB=-5.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,51:86:99:1225,0,254 chrXII 392749 . A AC 2451.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=480.6715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.27;MQ0=0;QD=28.85;RPA=3,4;RU=C;SB=-1.210e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,80:85:99:2494,249,0 chrXII 392810 . GTT G 1209.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.365;DP=74;FS=35.008;HaplotypeScore=367.9006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.37;MQ0=1;MQRankSum=5.839;QD=16.35;RPA=9,7;RU=T;ReadPosRankSum=0.475;SB=-4.159e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,46:73:99:1249,0,363 chrXII 392874 . CT C 466.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.453;DP=81;FS=0.962;HaplotypeScore=352.4069;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.74;MQ0=1;MQRankSum=-6.731;QD=5.77;ReadPosRankSum=1.437;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,20:80:99:506,0,1998 chrXII 392954 . CA C 2147.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=431.7127;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.23;MQ0=0;QD=19.89;RPA=7,6;RU=A;SB=-9.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,98:108:99:2190,290,0 chrXII 393197 . CACCTACT C 1834.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.528;DP=100;FS=22.945;HaplotypeScore=946.0759;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.12;MQ0=0;MQRankSum=-6.578;QD=18.35;ReadPosRankSum=1.621;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,26:100:99:1874,0,6597 chrXII 393993 . TAA T 1235.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.306;DP=113;FS=2.501;HaplotypeScore=593.7790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.58;MQ0=0;MQRankSum=5.470;QD=10.94;RPA=12,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.336;SB=-4.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,55:113:99:1275,0,1344 chrXII 394058 . T TAAGAA 2484.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.573;DP=87;FS=3.020;HaplotypeScore=417.5887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.07;MQ0=0;MQRankSum=-7.211;QD=28.56;ReadPosRankSum=2.495;SB=-7.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,36:87:99:2524,0,3280 chrXII 394094 . C CT 984.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.529;DP=81;FS=19.218;HaplotypeScore=555.5101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.70;MQ0=0;MQRankSum=-6.519;QD=12.16;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=-0.965;SB=-3.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,32:81:99:1024,0,1176 chrXII 394106 . CT C 651.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.540;DP=79;FS=28.724;HaplotypeScore=550.4751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.67;MQ0=0;MQRankSum=-6.367;QD=8.25;RPA=7,6;RU=T;ReadPosRankSum=-1.514;SB=-1.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,39:79:99:691,0,705 chrXII 394236 . TG T 590.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.433;DP=83;FS=0.887;HaplotypeScore=626.9737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.82;MQ0=0;MQRankSum=-7.443;QD=7.12;ReadPosRankSum=1.828;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,30:82:99:630,0,342 chrXII 394523 . G GA 2851.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.243;DP=135;FS=3.838;HaplotypeScore=543.1143;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.873;QD=21.13;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.014;SB=-1.153e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,121:134:99:2894,342,0 chrXII 394623 . AG A 1407.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.650;DP=129;FS=2.356;HaplotypeScore=331.7733;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.44;MQ0=0;MQRankSum=-2.890;QD=10.91;ReadPosRankSum=1.241;SB=-7.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,58:128:99:1447,0,2138 chrXII 394693 . GAAA G 2099.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.998;DP=149;FS=0.676;HaplotypeScore=355.6271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.388;QD=14.09;RPA=13,10;RU=A;ReadPosRankSum=2.503;SB=-7.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,68:144:99:2139,0,2238 chrXII 395504 . AT A 893.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-9.311;DP=125;FS=8.767;HaplotypeScore=318.3474;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.575;QD=7.15;RPA=8,7;RU=T;ReadPosRankSum=1.682;SB=-2.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,58:125:99:933,0,1048 chrXII 395580 . A AT 1679.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.910;DP=139;FS=4.257;HaplotypeScore=491.4622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.745;QD=12.09;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=-0.958;SB=-7.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,77:139:99:1719,0,1043 chrXII 402605 . GC G 3604 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=248.6561;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=31.34;RPA=3,2;RU=C;SB=-1.511e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,114:115:99:3604,343,0 chrXII 402737 . AT A,ATTT 1989.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.756;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=78.2241;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.34;MQ0=1;MQRankSum=-0.220;QD=14.85;RPA=13,12,15;RU=T;ReadPosRankSum=-0.945;SB=-9.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:59,54,2:133:99:2068,1341,1628,1005,0,1816 chrXII 404328 . G GA 1031.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.003;DP=111;FS=1.514;HaplotypeScore=45.0258;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.003;QD=9.30;RPA=5,6;RU=A;ReadPosRankSum=1.390;SB=-5.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,53:111:99:1071,0,1008 chrXII 418425 . TA T 4636 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=65.6608;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.95;MQ0=0;QD=36.50;SB=-1.276e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,126:127:99:4636,379,0 chrXII 421496 . AGGGG A 4730 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=36.4755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.17;MQ0=0;QD=48.27;RPA=11,7;RU=G;SB=-2.204e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,90:98:99:4730,271,0 chrXII 441523 . C CT 1071.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.629;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=225.9339;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=0.310;QD=11.40;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=-1.279;SB=-4.657e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,57:94:53:1114,53,0 chrXII 442818 . TC T 2730.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=51.0419;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.93;MQ0=0;MQRankSum=1.634;QD=22.38;RPA=8,7;RU=C;ReadPosRankSum=-0.490;SB=-1.251e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,105:122:99:2773,312,0 chrXII 448641 . C CA 3397 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=61.8383;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;QD=25.16;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.120e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,134:135:99:3397,403,0 chrXII 449950 . CT C 1754.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=51.3338;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;QD=16.87;RPA=11,10;RU=T;SB=-7.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,91:104:99:1797,277,0 chrXII 451568 . AG A 230.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.405;DP=200;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=790.8256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=12.65;MQ0=166;MQRankSum=0.069;QD=1.15;ReadPosRankSum=1.942;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:151,11:34:99:270,0,326 chrXII 451570 . AC A 78.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.827;DP=157;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=807.4582;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=14.28;MQ0=123;MQRankSum=-1.970;QD=0.50;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=2.187;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:108,11:34:99:118,0,360 chrXII 451575 . ATAGTAAATAGTAACTTACATACAT A 5436 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=296.2981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.45;MQ0=83;QD=45.68;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:80,19:36:99:5436,99,0 chrXII 451585 . GTAACTTACATACATTAGTAAATGG G 4688 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=347.0967;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.23;MQ0=16;QD=95.67;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,0:33:81:4688,81,0 chrXII 451589 . CTTACATACATTAGTAAATGGTACA C 3497 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=428.8900;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.15;MQ0=2;QD=105.97;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,0:31:54:3497,54,0 chrXII 451594 . ATACATTAGTAAATGGTACACTCTT A,AATTAGTAAATGGTACACTCTT 1638.94 SnpCluster;filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.602;DP=45;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=601.2721;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=26.68;MQ0=14;MQRankSum=-0.046;QD=36.42;ReadPosRankSum=1.528;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:34,0,0:31:89:1717,89,206,957,0,937 chrXII 460002 . CAA CAAA,C 1194.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.400;DP=250;DS;FS=7.854;HaplotypeScore=142.9729;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=45.89;MQ0=1;MQRankSum=-0.431;QD=4.78;RPA=17,18,15;RU=A;ReadPosRankSum=-0.840;SB=-3.629e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:184,0,40:248:99:1273,1327,1758,106,0,410 chrXII 460191 . ACCGCGTCGCCGCGTCG A 22293 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.422;DP=248;DS;FS=0.666;HaplotypeScore=617.1457;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.95;MQ0=0;MQRankSum=-9.904;QD=89.89;RPA=3,1;RU=CCGCGTCG;ReadPosRankSum=5.475;SB=-5.533e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:117,131:248:99:22293,0,9834 chrXII 460205 . TCGCCGCGTCGCCAAAA T,TGCCGCGTCGCCAAAA 8597 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.585;DP=248;DS;FS=33.536;HaplotypeScore=2273.1625;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=41.72;MQ0=0;MQRankSum=-4.279;QD=34.67;ReadPosRankSum=-4.277;SB=-3.296e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:173,0,0:248:99:8597,267,9052,6226,0,6882 chrXII 460383 . TAAAAAAAAAAAAAA T,TAAAAAAAAAAAAA 18170 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.027;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1711.3166;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=32.79;MQ0=0;MQRankSum=-2.121;QD=72.68;RPA=22,8,21;RU=A;ReadPosRankSum=1.479;SB=-8.564e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:96,117,0:248:99:18170,132,3514,17039,0,16671 chrXII 460414 . CTGTT C 5991 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.338;DP=250;DS;FS=0.780;HaplotypeScore=1896.7676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.72;MQ0=0;MQRankSum=-2.706;QD=23.96;ReadPosRankSum=2.747;SB=-1.248e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:143,99:250:99:5991,0,1298 chrXII 460415 . TGTTC T,TTTC 6164 SnpCluster AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.482;DP=250;DS;FS=2.631;HaplotypeScore=1835.8152;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=43.31;MQ0=0;MQRankSum=-2.136;QD=24.66;ReadPosRankSum=3.153;SB=-3.009e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:137,0,0:250:99:6164,2512,3738,1934,0,2195 chrXII 460418 . T TCCC 1167.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.177;DP=247;DS;FS=211.542;HaplotypeScore=2282.7273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.48;MQ0=5;MQRankSum=2.750;QD=4.73;RPA=1,4;RU=C;ReadPosRankSum=-10.519;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:185,62:234:99:1207,0,3243 chrXII 460712 . ATAGTAAATAGTAACTTACATACAT A 32767 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=221;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=791.8877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.86;MQ0=1;QD=148.27;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:61,160:219:99:32767,631,0 chrXII 460917 . T TA 1843.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=35.9668;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.34;MQ0=168;QD=7.38;RPA=6,7;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:138,111:82:99:1886,239,0 chrXII 491062 . AG A 4223 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=1191.4448;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.84;MQ0=0;QD=31.75;SB=-1.330e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,131:133:99:4223,394,0 chrXII 491369 . ATT A 4773 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=167;FS=0.000;HaplotypeScore=240.2149;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=1;QD=28.58;RPA=7,5;RU=T;SB=-2.262e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,147:166:99:4773,439,0 chrXII 491513 . CT C 2113.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.822;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=436.8578;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.497;QD=13.82;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.558;SB=-8.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,114:152:99:2156,325,0 chrXII 494372 . G GA 2492.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=127.7920;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.99;MQ0=0;QD=23.97;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.024e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,100:104:99:2535,308,0 chrXII 495314 . T TC 3169.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=213.6806;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.56;MQ0=0;MQRankSum=1.695;QD=33.72;ReadPosRankSum=1.400;SB=-7.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,93:94:99:3212,276,0 chrXII 498714 . ATTTAT A 6896 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=245.4017;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.47;MQ0=0;QD=60.49;SB=-2.124e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,111:114:99:6896,334,0 chrXII 506065 . G GTT 4477 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=105.8876;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.51;MQ0=0;QD=29.85;RPA=11,13;RU=T;SB=-6.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,132:150:99:4477,436,0 chrXII 507450 . G GAAGAAGGAC 3600 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=119.5764;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.01;MQ0=0;QD=42.35;RPA=1,2;RU=AAGAAGGAC;SB=-1.692e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,56:85:99:3600,171,0 chrXII 507626 . C CT 2631.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=30.7619;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.10;MQ0=0;QD=23.29;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.256e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,109:113:99:2674,326,0 chrXII 510208 . GT G 2873.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=43.2111;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.17;MQ0=0;QD=27.90;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.177e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,94:103:99:2916,283,0 chrXII 510429 . G GGA 6477 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=1247.6026;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.33;MQ0=0;QD=40.48;SB=-2.538e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:52,105:160:99:6477,475,0 chrXII 510431 . TTC T 5691 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=1287.6592;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.45;MQ0=0;QD=36.95;SB=-2.204e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:49,102:154:99:5691,433,0 chrXII 510855 . G GC 4347 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=219.1879;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=1;QD=33.18;RPA=1,2;RU=C;SB=-1.545e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,124:130:99:4347,382,0 chrXII 511516 . AAAC A 2209.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=955.8429;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.98;MQ0=0;QD=27.97;SB=-9.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:52,25:79:99:2252,228,0 chrXII 511530 . GCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAA G 5465 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=503.0067;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.76;MQ0=0;QD=86.75;SB=-2.617e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,25:63:86:5465,86,0 chrXII 513997 . 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TA T 2339.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=51.4926;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.90;MQ0=0;QD=18.72;RPA=10,9;RU=A;SB=-4.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,118:125:99:2382,355,0 chrXII 522256 . TCAAA T 7205 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=53.7288;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.31;MQ0=2;QD=58.10;SB=-2.242e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:122:99:7205,367,0 chrXII 530729 . AT A 2975.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=177.7412;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.78;MQ0=0;QD=27.56;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.437e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,105:108:99:3018,316,0 chrXII 535172 . C CA 2076.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.009;DP=136;FS=8.045;HaplotypeScore=175.9547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.185;QD=15.27;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.431;SB=-8.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:52,75:136:99:2119,190,0 chrXII 536885 . CT C 2391.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=841.8723;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=19.93;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.010e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,104:120:99:2434,311,0 chrXII 539598 . C CT 1834.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.261;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=81.2382;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.28;MQ0=0;MQRankSum=1.130;QD=16.83;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=1.023;SB=-8.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,91:109:99:1877,170,0 chrXII 540622 . T TA 4225 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=285.0986;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.60;MQ0=2;QD=29.75;SB=-1.711e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,131:140:99:4225,392,0 chrXII 543544 . GT G 5408 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=159.6916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=37.56;SB=-2.175e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,142:144:99:5408,430,0 chrXII 546061 . A AG 4956 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=212.2933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.42;MQ0=0;QD=30.78;RPA=2,3;RU=G;SB=-1.721e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,160:161:99:4956,482,0 chrXII 547680 . CAT C 3372 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=37.1715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=28.58;RPA=7,6;RU=AT;SB=-1.264e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,100:117:99:3372,298,0 chrXII 549492 . A AATTGATGATTAAAAAGT 7132 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=23.1618;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.53;MQ0=0;QD=120.88;SB=-3.533e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,28:59:99:7132,123,0 chrXII 552039 . TA T 2820.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=332.5132;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.85;MQ0=0;QD=19.32;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.254e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,130:146:99:2863,385,0 chrXII 552743 . C CTCT 5936 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=59.0925;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.08;MQ0=0;QD=49.88;RPA=1,2;RU=TCT;SB=-2.739e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,116:119:99:5936,352,0 chrXII 553705 . G GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTA 15392 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=244.2648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.07;MQ0=0;QD=167.30;SB=-2.193e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,5:92:99:15374,255,0 chrXII 555558 . GCAA G 4036 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=276.0341;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.08;MQ0=0;QD=34.79;RPA=5,4;RU=CAA;SB=-1.849e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,83:116:99:4036,280,0 chrXII 556468 . CAT C 1474.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.921;DP=111;FS=2.171;HaplotypeScore=301.1466;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=1.421;QD=13.29;RPA=13,12;RU=AT;ReadPosRankSum=0.109;SB=-4.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:60,45:111:99:1517,100,0 chrXII 556591 . GT G 3659 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=337.6983;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.16;MQ0=0;QD=26.14;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.078e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,134:140:99:3659,402,0 chrXII 563476 . TAC T 3084.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.283;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=95.6450;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.16;MQ0=1;MQRankSum=0.598;QD=20.57;RPA=11,10;RU=AC;ReadPosRankSum=0.000;SB=-4.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,104:149:99:3127,298,0 chrXII 566362 . ATTAT A 7418 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=326.7226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.07;MQ0=0;QD=52.61;RPA=2,1;RU=TTAT;SB=-2.906e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,126:141:99:7418,394,0 chrXII 566430 . TTC T 3583 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=408.9194;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;QD=38.53;SB=-1.619e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,83:93:99:3583,268,0 chrXII 568017 . CTT C 1604.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.426;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=291.3389;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=0.142;QD=21.12;RPA=14,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.505;SB=-6.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,52:76:99:1647,178,0 chrXII 568117 . AGTAC A 5813 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=454.6174;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.62;MQ0=0;QD=56.44;SB=-2.460e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,96:103:99:5813,292,0 chrXII 571868 . ATT A 6000 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=255.4561;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.41;MQ0=0;QD=42.25;RPA=3,1;RU=T;SB=-2.083e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,140:142:99:6000,421,0 chrXII 582046 . T TA 2188.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.620;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=73.0984;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=0.615;QD=21.67;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.471;SB=-3.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,92:101:99:2231,256,0 chrXII 585646 . T TA 2689.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=339.0242;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.92;MQ0=0;QD=22.80;RPA=8,9;RU=A;SB=-1.178e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,115:118:99:2732,344,0 chrXII 585942 . A AAT 2739.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-6.240;DP=141;FS=165.492;HaplotypeScore=116.1418;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=66.96;MQ0=0;MQRankSum=5.329;QD=19.43;ReadPosRankSum=-0.683;SB=-1.400e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,120:141:99:2782,215,0 chrXII 586241 . C CT 2894.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.381;DP=146;FS=2.965;HaplotypeScore=548.0326;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.43;MQ0=0;MQRankSum=0.478;QD=19.83;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.185;SB=-1.274e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,121:146:99:2937,349,0 chrXII 589085 . CA C 2796.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.676;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=762.3952;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=1.676;QD=22.02;RPA=6,5;RU=A;ReadPosRankSum=1.648;SB=-1.410e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,120:127:99:2839,362,0 chrXII 589114 . A AT 3698 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=800.1067;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;QD=27.39;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.788e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,127:135:99:3698,396,0 chrXII 599011 . CT C 862.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.578;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=503.3085;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.733;QD=28.77;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=-1.155;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,29:30:60:905,60,0 chrXII 599083 . G GC 1928.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=78.1946;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.74;MQ0=0;QD=35.07;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1971,165,0 chrXII 602695 . C CA 3279 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=45.7514;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.39;MQ0=0;QD=29.54;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.477e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:111:99:3279,325,0 chrXII 605064 . C CACTTT 5945 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=33.3256;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=3;QD=61.93;RPA=1,2;RU=ACTTT;SB=-1.749e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,88:93:99:5945,268,0 chrXII 605282 . T TA 2466.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.510;DP=138;FS=1.823;HaplotypeScore=336.6256;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.601;QD=17.88;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.134;SB=-8.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,112:138:99:2509,258,0 chrXII 605682 . CAGTA C 8873 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=462.9191;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.72;MQ0=0;QD=54.77;RPA=2,1;RU=AGTA;SB=-3.821e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,157:162:99:8873,475,0 chrXII 611827 . AT A 3910 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=833.1078;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=26.78;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.667e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,145:146:99:3910,432,0 chrXII 612158 . GAA G 4194 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=170;FS=0.000;HaplotypeScore=1032.8227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.31;MQ0=0;QD=24.67;RPA=13,11;RU=A;SB=-1.510e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,141:170:99:4194,426,0 chrXII 614331 . A AT 3517 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=321.5758;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=30.06;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.232e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:117:99:3517,349,0 chrXII 616278 . TA T 2550.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=153.9267;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.22;MQ0=0;QD=20.91;RPA=7,6;RU=A;SB=-6.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,117:122:99:2593,349,0 chrXII 625064 . T TAA 2164.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=358.2347;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;QD=24.33;RPA=12,14;RU=A;SB=-9.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,72:89:99:2207,227,0 chrXII 626434 . G GAA 2562.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.693;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=374.0763;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.60;MQ0=0;MQRankSum=1.624;QD=24.88;RPA=14,16;RU=A;ReadPosRankSum=-0.733;SB=-8.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,83:103:99:2605,212,0 chrXII 628328 . TA T 2276.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=908.1702;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.38;MQ0=0;QD=18.97;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.142e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,109:120:99:2319,325,0 chrXII 628589 . A AAT 2988.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.319;DP=119;FS=3.026;HaplotypeScore=103.4701;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.36;MQ0=0;MQRankSum=1.219;QD=25.12;RPA=5,6;RU=AT;ReadPosRankSum=-0.038;SB=-1.400e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,95:119:99:3031,224,0 chrXII 636551 . G GT,GTT 1864.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.147;DP=152;FS=4.440;HaplotypeScore=382.6270;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=62.54;MQ0=0;MQRankSum=1.984;QD=12.27;RPA=16,17,18;RU=T;ReadPosRankSum=0.731;SB=-7.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:38,102,11:152:99:1943,287,156,808,0,880 chrXII 640114 . G GC 3414 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=51.1722;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.87;MQ0=0;QD=31.04;RPA=1,2;RU=C;SB=-1.296e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,102:110:99:3414,307,0 chrXII 645231 . TA T 1572.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.054;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=135.1828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=0.494;QD=12.58;RPA=16,15;RU=A;ReadPosRankSum=0.185;SB=-7.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,97:124:99:1615,193,0 chrXII 645780 . T TCCTTTC 9206 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=176;FS=0.000;HaplotypeScore=1043.1804;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.08;MQ0=0;QD=52.31;RPA=2,3;RU=CCTTTC;SB=-3.124e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:74,92:175:99:9206,406,0 chrXII 646385 . G GAAAA 4565 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=324.4119;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=63.22;MQ0=0;QD=36.52;RPA=13,17;RU=A;SB=-1.129e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,105:125:99:4565,358,0 chrXII 656692 . CT C 684.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=433.0885;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.28;MQ0=5;QD=24.46;RPA=3,2;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,23:23:69:727,69,0 chrXII 656723 . T TCAA 1357.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=375.4648;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.41;MQ0=1;QD=54.32;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:72:1400,72,0 chrXII 656727 . T TC 795.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=431.6590;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=33.16;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:72:838,72,0 chrXII 657265 . G GTGAAT 7540 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=564.7008;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.16;MQ0=0;QD=69.17;SB=-3.419e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,98:109:99:7540,313,0 chrXII 657882 . AC A 2959.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=1181.0030;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.84;MQ0=0;QD=31.16;SB=-7.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:95:99:3002,259,0 chrXII 657926 . GTT G 2446.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.370;DP=109;FS=3.005;HaplotypeScore=1049.4756;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.437;QD=22.45;RPA=12,10;RU=T;ReadPosRankSum=2.231;SB=-1.168e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,87:109:99:2489,222,0 chrXII 660371 . C CCCGCGACT 10198 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=115.5898;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;QD=91.87;SB=-4.767e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,99:111:99:10198,324,0 chrXII 665555 . G GT 2700.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=38.1621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=22.70;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.109e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,111:119:99:2743,335,0 chrXII 666013 . ACAACATCAGTAGAACTAGCTTTCAAAG A 4805 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=227.5493;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.27;MQ0=0;QD=44.91;RPA=2,1;RU=CAACATCAGTAGAACTAGCTTTCAAAG;SB=-1.465e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:73,33:107:99:4805,99,0 chrXII 667982 . A AT 3084.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=48.0749;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.82;MQ0=0;QD=21.88;RPA=8,9;RU=T;SB=-1.283e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,130:141:99:3127,389,0 chrXII 669123 . AC A 3631 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=293.5014;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=31.03;RPA=3,2;RU=C;SB=-1.225e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,115:117:99:3631,349,0 chrXII 669182 . C CT 4148 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=360.6363;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.15;MQ0=0;QD=30.06;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.394e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,134:138:99:4148,409,0 chrXII 670301 . AGT A 4438 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=818.3919;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.48;MQ0=0;QD=39.98;SB=-2.161e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:111:99:4438,322,0 chrXII 673332 . T TA 2335.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=720.2038;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.20;MQ0=0;QD=25.39;RPA=3,4;RU=A;SB=-7.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,69:92:99:2378,261,0 chrXII 673374 . TTG T 2653.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=719.9290;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.69;MQ0=0;QD=37.38;SB=-1.189e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,67:71:99:2696,211,0 chrXII 673423 . CA C 2085.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=731.3424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.09;MQ0=0;QD=22.43;RPA=6,5;RU=A;SB=-5.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,90:93:99:2128,269,0 chrXII 680023 . A AT 2803.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.253;DP=128;FS=3.046;HaplotypeScore=250.7903;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.465;QD=21.91;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.718;SB=-1.364e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,123:128:99:2846,348,0 chrXII 680979 . AC A 3997 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=979.6649;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.97;MQ0=0;QD=28.96;RPA=3,2;RU=C;SB=-1.504e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,134:138:99:3997,412,0 chrXII 680988 . AC A 4970 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=929.6493;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.77;MQ0=0;QD=32.06;RPA=2,1;RU=C;SB=-2.095e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,152:155:99:4970,457,0 chrXII 681146 . G GA 2697.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.969;DP=129;FS=8.457;HaplotypeScore=192.5413;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.45;MQ0=0;MQRankSum=0.078;QD=20.91;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.559;SB=-1.176e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,119:129:99:2740,289,0 chrXII 682671 . A AG 3801 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=55.0693;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;QD=31.68;RPA=1,2;RU=G;SB=-9.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,115:120:99:3801,349,0 chrXII 685663 . C CCGT 8002 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=204.9954;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.08;MQ0=0;QD=57.99;SB=-3.682e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,133:138:99:8002,415,0 chrXII 687408 . CT C 1642.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=208.0244;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.67;MQ0=0;QD=22.51;RPA=5,4;RU=T;SB=-2.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,68:72:99:1685,201,0 chrXII 687472 . G GA 722.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.333;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=81.2027;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.393;QD=13.64;RPA=14,15;RU=A;ReadPosRankSum=-1.967;SB=-3.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,34:50:87:765,87,0 chrXII 687552 . A ATTTT 369.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.034;DP=34;FS=27.597;HaplotypeScore=274.1180;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.56;MQ0=0;MQRankSum=0.921;QD=10.88;RPA=6,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.512;SB=-2.173e-03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,5:32:38:412,38,0 chrXII 687559 . A ATTTT 1537.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=351.3943;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.20;MQ0=0;QD=25.63;RPA=3,7;RU=T;SB=-1.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,11:55:99:1580,148,0 chrXII 687608 . C CA 1258.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=198.7349;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.04;MQ0=0;QD=34.03;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,36:37:99:1301,110,0 chrXII 687852 . TA T 1433.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=243.1514;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.47;MQ0=0;QD=21.73;RPA=6,5;RU=A;SB=-6.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,64:66:99:1476,191,0 chrXII 688702 . 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AGAG A 2782.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-9.692;DP=153;FS=339.760;HaplotypeScore=617.8728;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.090;QD=18.19;ReadPosRankSum=-5.325;SB=-3.011e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,66:153:99:2822,0,1081 chrXII 704138 . TAAAA T,TA 1811.40 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=73.3013;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.42;MQ0=1;QD=13.52;RPA=19,15,16;RU=A;SB=-6.924e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:61,15,0:133:40:1888,840,951,198,0,40 chrXII 704451 . AT A 1779.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.459;DP=117;FS=4.883;HaplotypeScore=68.6117;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.87;MQ0=0;MQRankSum=0.459;QD=15.21;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=2.054;SB=-7.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,97:117:99:1822,225,0 chrXII 706157 . GTATATTGTGTGTGCGTTT G 16180 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=39.9582;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.33;MQ0=0;QD=129.44;SB=-6.129e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,102:125:99:16180,307,0 chrXII 708692 . TCTGAGCTTGTACTAC T 5317 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=101.6969;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.74;MQ0=0;QD=42.54;RPA=2,1;RU=CTGAGCTTGTACTAC;SB=-2.431e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:76,49:125:99:5317,150,0 chrXII 709117 . AGAAGTTGAAGCAGAT A 9228 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=465.3612;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.72;MQ0=0;QD=109.86;RPA=2,1;RU=GAAGTTGAAGCAGAT;SB=-3.185e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,71:84:99:9228,214,0 chrXII 710407 . GT G 2553.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=208.6479;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.96;MQ0=0;QD=23.43;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.217e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,105:109:99:2596,315,0 chrXII 710918 . G GC 4854 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=572.2151;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.85;MQ0=0;QD=36.77;SB=-1.984e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,128:132:99:4854,394,0 chrXII 712186 . G GTTT 3614 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=176.3550;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.80;MQ0=0;QD=32.56;RPA=12,15;RU=T;SB=-1.562e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,80:111:99:3581,291,0 chrXII 712833 . A AC 4024 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=38.7410;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.53;MQ0=0;QD=36.58;SB=-1.629e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:110:99:4024,331,0 chrXII 712996 . GAGCCAGTTTAAAGATATATTGCGTTT G 9456 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=486.8158;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=185.41;SB=-3.385e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:51:99:9456,102,0 chrXII 713115 . AT A 2932.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=513.4365;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.14;MQ0=0;QD=21.73;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.422e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,135:135:99:2975,403,0 chrXII 713307 . ATT A 3632 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=325.9685;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;QD=28.83;RPA=11,9;RU=T;SB=-1.659e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,115:126:99:3632,346,0 chrXII 718114 . T TAAAA 2430 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=275.7072;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQ0=0;QD=31.15;RPA=12,16;RU=A;SB=-1.140e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,49:77:99:2472,178,0 chrXII 719563 . A AT 2353.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.824;DP=126;FS=5.991;HaplotypeScore=74.1143;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.311;QD=18.68;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.124;SB=-7.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,109:126:99:2396,225,0 chrXII 723168 . CAA C 1374.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.921;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=90.8851;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.01;MQ0=0;MQRankSum=2.889;QD=17.19;RPA=14,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.210;SB=-5.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,56:80:99:1417,129,0 chrXII 724552 . A AT 2277.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=331.1479;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=21.90;RPA=8,9;RU=T;SB=-7.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,92:104:99:2320,290,0 chrXII 724612 . CT C 2050.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=275.2079;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.07;MQ0=0;QD=17.38;RPA=9,8;RU=T;SB=-5.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,97:118:99:2093,297,0 chrXII 728213 . C CA 2655.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=44.8068;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.91;MQ0=0;QD=23.10;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.338e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,106:115:99:2698,318,0 chrXII 732227 . CA C 2484.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=416.3701;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.64;MQ0=0;QD=24.60;RPA=4,3;RU=A;SB=-9.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,95:101:99:2527,285,0 chrXII 732527 . A AC 3224.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=146.4871;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.62;MQ0=0;QD=24.06;RPA=5,6;RU=C;SB=-1.541e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,119:134:99:3266,360,0 chrXII 734884 . TA T 1491.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.195;DP=61;FS=6.173;HaplotypeScore=1069.7510;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.53;MQ0=0;MQRankSum=1.613;QD=24.46;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=1.374;SB=-3.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,56:61:99:1534,146,0 chrXII 734892 . ACCGTCTGACAGACGGTG A 9185 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=290.9340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.97;MQ0=0;QD=164.02;SB=-2.269e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,47:56:99:9185,150,0 chrXII 734923 . ATTT A 2746.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.039;DP=89;FS=3.837;HaplotypeScore=1087.6502;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.66;MQ0=0;MQRankSum=1.178;QD=30.86;RPA=15,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.531;SB=-1.105e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,71:89:99:2789,205,0 chrXII 743995 . GA G 1940.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.880;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=50.9236;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.285;QD=16.31;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.855;SB=-8.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,103:119:99:1983,274,0 chrXII 747476 . GT G 3706 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=672.0563;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;QD=24.38;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.373e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,151:152:99:3706,452,0 chrXII 747497 . C CA 4414 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=619.9653;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.02;MQ0=0;QD=29.82;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.443e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,141:148:99:4414,436,0 chrXII 747710 . G GT 3477 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=40.2851;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.06;MQ0=0;QD=30.23;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.326e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,113:115:99:3477,340,0 chrXII 752026 . G GAT 2641.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.321;DP=114;FS=2.083;HaplotypeScore=64.8950;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.66;MQ0=0;MQRankSum=0.140;QD=23.18;RPA=6,7;RU=AT;ReadPosRankSum=0.628;SB=-1.308e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,85:114:99:2684,167,0 chrXII 757586 . G GT 2626.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.123;DP=134;FS=6.409;HaplotypeScore=75.5935;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.500;QD=19.60;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-2.795;SB=-8.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,116:134:99:2669,319,0 chrXII 759341 . GA G 2362.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.915;DP=128;FS=3.495;HaplotypeScore=292.0525;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.211;QD=18.46;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.155;SB=-1.051e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,120:128:99:2405,341,0 chrXII 760762 . GCC G 5052 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=183.8523;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.74;MQ0=0;QD=41.41;SB=-1.966e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:122:99:5052,358,0 chrXII 769162 . CAT C 2071.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.396;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=84.6808;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.44;MQ0=0;MQRankSum=1.089;QD=16.31;RPA=9,8;RU=AT;ReadPosRankSum=0.297;SB=-6.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:56,66:127:99:2114,179,0 chrXII 770972 . G GCAT 5098 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=55.7536;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=37.49;RPA=4,5;RU=CAT;SB=-1.878e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,111:136:99:5098,343,0 chrXII 771882 . A AAGTC 6210 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=75.1418;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=2;QD=63.37;SB=-2.686e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:96:99:6210,286,0 chrXII 779107 . A AAT 4219 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=40.8028;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.57;MQ0=3;QD=29.50;RPA=3,4;RU=AT;SB=-1.002e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,126:139:99:4219,373,0 chrXII 781653 . 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GA G 1830.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.024;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=497.9436;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=1.509;QD=19.27;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=1.322;SB=-8.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,92:95:99:1873,259,0 chrXII 786255 . G GT 1920.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.589;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=533.8951;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.339;QD=18.12;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.839;SB=-6.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,87:106:99:1963,272,0 chrXII 794670 . GA G 3153.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=569.7610;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=24.26;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.468e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,123:130:99:3196,369,0 chrXII 809313 . A AT 2321.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=67.2897;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;QD=21.30;RPA=9,10;RU=T;SB=-1.130e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,99:109:99:2364,304,0 chrXII 819069 . CTT C 3098.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=55.0424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.07;MQ0=0;QD=25.61;RPA=12,10;RU=T;SB=-1.557e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,108:121:99:3141,333,0 chrXII 819563 . G GA 2166.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=32.2658;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.11;MQ0=0;QD=24.62;RPA=6,7;RU=A;SB=-7.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,85:88:99:2209,258,0 chrXII 823381 . TGG T 3486 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=279.5054;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.36;MQ0=0;QD=31.98;RPA=9,7;RU=G;SB=-1.572e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,97:109:99:3486,292,0 chrXII 823566 . GA G 1934.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.653;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=55.4598;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.410;QD=16.12;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.090;SB=-5.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,90:120:99:1977,263,0 chrXII 827963 . C CATAT 4069 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-4.506;DP=113;FS=3.057;HaplotypeScore=80.5706;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.64;MQ0=0;MQRankSum=1.240;QD=36.01;RPA=6,8;RU=AT;ReadPosRankSum=0.203;SB=-2.025e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,83:113:99:4069,234,0 chrXII 828345 . T TGG 3636 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=89.3991;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=32.46;RPA=7,9;RU=G;SB=-1.549e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,99:112:99:3636,300,0 chrXII 829417 . A ATG 4375 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.648;DP=127;FS=3.859;HaplotypeScore=311.5803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.29;MQ0=1;MQRankSum=1.090;QD=34.45;ReadPosRankSum=1.285;SB=-1.535e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,120:126:99:4375,349,0 chrXII 830629 . AT A 2497.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.620;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=654.6539;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.537;QD=19.52;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.335;SB=-1.014e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,126:128:99:2540,345,0 chrXII 833737 . GT G 1113.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=637.1653;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.93;MQ0=0;QD=17.97;RPA=4,3;RU=T;SB=-3.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,49:62:99:1156,169,0 chrXII 833744 . A AAT 2117.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=516.3978;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.80;MQ0=0;QD=37.16;SB=-6.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,50:57:99:2160,169,0 chrXII 835608 . CAAG C 6550 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=187.8303;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.09;MQ0=0;QD=42.53;RPA=2,1;RU=AAG;SB=-2.961e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,148:154:99:6550,445,0 chrXII 837516 . C CACAT 3664 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.608;DP=128;FS=25.297;HaplotypeScore=732.2288;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.79;MQ0=0;MQRankSum=2.154;QD=28.63;ReadPosRankSum=0.015;SB=-8.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,104:128:99:3664,177,0 chrXII 837956 . GA G 2157.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.292;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=53.6487;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.14;MQ0=0;MQRankSum=1.845;QD=16.35;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.321;SB=-4.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,119:132:99:2200,317,0 chrXII 839880 . G GA 4012 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;FS=0.000;HaplotypeScore=483.8719;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=23.88;SB=-1.343e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,158:168:99:4012,467,0 chrXII 845725 . G GTTTAGAAGCCTTTACATGTAA 14679 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=36.9209;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.38;MQ0=0;QD=151.33;SB=-3.676e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:57,35:97:99:14679,220,0 chrXII 849645 . CTAT C 3096.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=415.0188;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.97;RPA=7,6;RU=TAT;SB=-1.076e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,73:100:99:3139,226,0 chrXII 852137 . GT G 1594.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.927;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=32.7579;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.242;QD=17.72;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.121;SB=-4.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,83:90:99:1637,232,0 chrXII 852458 . CA C 2474.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=261.0820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.78;MQ0=0;QD=23.80;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.225e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,97:104:99:2517,303,0 chrXII 852480 . G GA 2561.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=250.0385;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.77;MQ0=0;QD=25.37;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.149e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,94:101:99:2604,297,0 chrXII 862572 . A AT 3022.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.296;DP=148;FS=3.174;HaplotypeScore=397.1929;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.115;QD=20.43;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.193;SB=-1.478e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,131:148:99:3065,384,0 chrXII 863696 . C CTCATCATCA 6595 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=44.8536;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.62;MQ0=0;QD=67.99;RPA=8,11;RU=TCA;SB=-2.315e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,69:97:99:6595,226,0 chrXII 872807 . G GT 3103.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=50.0320;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.31;MQ0=0;QD=22.33;RPA=8,9;RU=T;SB=-8.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,129:139:99:3146,389,0 chrXII 875488 . TA T 3135.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=99.2261;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.55;MQ0=0;QD=28.51;SB=-1.171e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,104:110:99:3178,315,0 chrXII 877562 . AAG A 4053 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=891.5766;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.33;MQ0=0;QD=30.70;RPA=6,5;RU=AG;SB=-8.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,112:132:99:4053,337,0 chrXII 877775 . GGA G 5707 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=1024.6335;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.54;MQ0=0;QD=44.94;SB=-2.268e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,127:127:99:5707,382,0 chrXII 881962 . A ATATG 4908 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=150.1159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=64.08;MQ0=0;QD=38.95;SB=-1.953e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,114:125:99:4908,355,0 chrXII 885072 . A AT 4409 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=748.6016;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.94;MQ0=0;QD=28.26;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.358e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,155:156:99:4409,466,0 chrXII 892960 . G GA 2984.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.101;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=46.3573;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.90;MQ0=0;MQRankSum=2.303;QD=21.47;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.853;SB=-1.133e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,132:139:99:3027,364,0 chrXII 899162 . AT A 1744.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=296.3595;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.12;MQ0=0;QD=19.61;RPA=9,8;RU=T;SB=-7.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,87:89:99:1787,259,0 chrXII 915075 . CGT C 3297 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=196;FS=0.000;HaplotypeScore=763.8515;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=16.82;RPA=8,7;RU=GT;SB=-1.398e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:90,101:196:99:3297,319,0 chrXII 922015 . TA T 3450 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=388.5155;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.21;MQ0=0;QD=24.82;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.495e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,135:139:99:3450,405,0 chrXII 928464 . T TG 3188.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=98.5093;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.54;MQ0=0;QD=27.97;RPA=2,3;RU=G;SB=-1.489e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,109:114:99:3231,328,0 chrXII 932243 . A AT 3958 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=167;FS=0.000;HaplotypeScore=367.5882;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;QD=23.70;RPA=8,9;RU=T;SB=-6.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,162:167:99:3958,488,0 chrXII 947150 . A AAC 341.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.484;DP=21;FS=2.128;HaplotypeScore=94.5866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.65;MQ0=0;MQRankSum=1.658;QD=16.28;ReadPosRankSum=-1.309;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,7:21:99:381,0,153 chrXII 948003 . G GA 5911 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=66.7324;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;QD=37.89;SB=-1.131e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,156:156:99:5911,466,0 chrXII 950305 . CT C 1257.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.570;DP=82;FS=2.969;HaplotypeScore=481.3160;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.174;QD=15.34;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.035;SB=-1.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,65:81:99:1300,134,0 chrXII 950338 . C CT 1666.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.471;DP=91;FS=3.252;HaplotypeScore=747.0917;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.643;QD=18.32;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=0.447;SB=-7.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,69:90:99:1709,211,0 chrXII 950357 . CT C 2127.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=821.9730;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.71;MQ0=0;QD=17.59;RPA=9,8;RU=T;SB=-3.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,98:121:99:2170,309,0 chrXII 950840 . G GA 2041.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.888;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=554.1763;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.34;MQ0=0;MQRankSum=0.302;QD=18.56;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.060;SB=-7.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,94:110:99:2084,222,0 chrXII 951123 . AT A 3576 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=239.0736;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.13;MQ0=0;QD=28.61;SB=-1.242e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,124:125:99:3576,373,0 chrXII 959119 . GA G 2689.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.890;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=701.6272;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.97;MQ0=0;MQRankSum=0.882;QD=24.68;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=3.534;SB=-1.254e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,98:109:99:2732,278,0 chrXII 959123 . TTC T 3233.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.825;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=648.8370;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.91;MQ0=0;MQRankSum=0.074;QD=30.22;ReadPosRankSum=3.446;SB=-1.536e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,97:107:99:3278,258,0 chrXII 963499 . T TAAA 4210 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.599;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=432.4729;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.432;QD=36.61;RPA=1,4;RU=A;ReadPosRankSum=0.533;SB=-1.790e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,99:115:99:4210,284,0 chrXII 975700 . G GT 3027.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=315.7604;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;QD=26.56;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.496e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,107:114:99:3070,321,0 chrXII 975970 . CA C 1947.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=522.2067;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.11;MQ0=0;QD=17.71;RPA=8,7;RU=A;SB=-9.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,93:110:99:1990,277,0 chrXII 976413 . ATCAT A 199.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=121.1792;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=8.11;MQ0=59;QD=3.11;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:59,5:5:15:241,15,0 chrXII 976433 . TC T 320.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=230.9367;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=11.04;MQ0=59;QD=4.65;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:53,10:10:30:363,30,0 chrXII 981524 . ATCGT A 301.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;DP=101;FS=8.451;HaplotypeScore=152.7911;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=8.56;MQ0=75;MQRankSum=0.742;QD=2.99;ReadPosRankSum=0.742;SB=-2.876e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,6:7:46:341,0,46 chrXII 981544 . TC T 162.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.793;DP=118;FS=28.987;HaplotypeScore=189.1656;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=9.34;MQ0=86;MQRankSum=2.793;QD=1.38;ReadPosRankSum=2.793;SB=-2.943e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:111,7:12:99:202,0,110 chrXII 1011952 . C CTGTTGT 9259 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=176;FS=0.000;HaplotypeScore=66.9493;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.16;MQ0=0;QD=52.61;RPA=6,8;RU=TGT;SB=-3.513e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:48,126:175:99:9259,381,0 chrXII 1012324 . C CG 3052.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=383.4182;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.38;MQ0=0;QD=27.75;RPA=1,2;RU=G;SB=-8.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,75:110:99:3095,309,0 chrXII 1012328 . A AGCC 3606 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=291.2491;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.15;MQ0=0;QD=43.45;RPA=1,2;RU=GCC;SB=-1.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,71:83:99:3606,218,0 chrXII 1013815 . C CT 3298 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.690;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=276.9046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.327;QD=22.44;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.836;SB=-1.395e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,118:147:99:3298,406,0 chrXII 1013863 . AT A 4225 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=269.8330;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.50;MQ0=0;QD=26.24;SB=-1.407e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,123:161:99:4225,478,0 chrXII 1014227 . GTC G 4900 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=794.0208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.90;MQ0=0;QD=34.75;RPA=3,2;RU=TC;SB=-1.352e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,126:138:99:4900,394,0 chrXII 1015482 . A AAT 2826.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.637;DP=165;FS=6.825;HaplotypeScore=219.3594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=2;MQRankSum=0.342;QD=17.13;RPA=10,11;RU=AT;ReadPosRankSum=-0.395;SB=-5.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,103:163:99:2866,0,171 chrXII 1019141 . T TTA 1930.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.175;DP=87;FS=22.407;HaplotypeScore=567.2307;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=0.552;QD=22.19;RPA=1,2;RU=TA;ReadPosRankSum=-0.014;SB=-1.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,62:87:99:1973,230,0 chrXII 1026686 . CTT C 1914.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=129.2367;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.90;MQ0=0;QD=15.32;RPA=17,15;RU=T;SB=-9.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:54,56:125:99:1957,206,0 chrXII 1026770 . T TA 1658.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=197.6169;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=22.42;RPA=9,10;RU=A;SB=-8.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,72:74:99:1701,215,0 chrXII 1028973 . C CG 3333 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.925;DP=152;FS=5.692;HaplotypeScore=850.9803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=1.339;QD=21.93;ReadPosRankSum=1.948;SB=-1.468e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,136:152:99:3333,393,0 chrXII 1030472 . A ATC 5974 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=40.3911;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=45.26;SB=-2.867e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,132:132:99:5974,397,0 chrXII 1039210 . G GAA 3372 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=427.6484;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=29.32;RPA=10,12;RU=A;SB=-9.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,100:115:99:3372,320,0 chrXII 1043537 . G GT 3377 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=292.5971;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.62;MQ0=0;QD=30.15;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.042e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:112:99:3377,337,0 chrXII 1052065 . AAAT A 4232 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=45.7780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;QD=42.32;RPA=2,1;RU=AAT;SB=-2.095e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,97:100:99:4232,292,0 chrXII 1053292 . TA T 1771.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.175;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=585.5365;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.91;MQ0=0;MQRankSum=1.070;QD=18.85;ReadPosRankSum=-0.331;SB=-7.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:55,37:92:99:1814,225,0 chrXII 1053323 . TAATC T 3849 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=391.9121;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.82;MQ0=0;QD=50.64;RPA=2,1;RU=AATC;SB=-7.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,68:76:99:3849,214,0 chrXII 1054794 . GC G 3407 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=51.9993;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.92;MQ0=0;QD=29.89;RPA=3,2;RU=C;SB=-1.664e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,112:114:99:3407,337,0 chrXII 1054954 . GA G 2338.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=231.2352;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.83;MQ0=0;QD=21.86;RPA=4,3;RU=A;SB=-8.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,81:107:99:2381,273,0 chrXII 1057102 . C CA 2781.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=417.1607;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.80;MQ0=0;QD=26.00;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.280e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,104:107:99:2824,315,0 chrXII 1058757 . GA G 4347 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=52.8212;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.62;MQ0=0;QD=31.96;SB=-1.892e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,128:133:99:4347,376,0 chrXII 1059123 . T TA 1531.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.478;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=229.0223;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.220;QD=13.93;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.584;SB=-6.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,88:98:99:1574,164,0 chrXII 1063460 . A AG 500.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.549;DP=74;FS=35.114;HaplotypeScore=421.5026;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.23;MQ0=0;MQRankSum=-5.249;QD=6.77;ReadPosRankSum=1.767;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,22:69:99:540,0,1201 chrXII 1063687 . CG C 956.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=527.1170;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.04;MQ0=45;QD=11.96;RPA=2,1;RU=G;SB=-3.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,33:32:93:999,93,0 chrXII 1063769 . T TC 184.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.324;DP=87;FS=28.709;HaplotypeScore=472.1848;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=13.92;MQ0=58;MQRankSum=2.614;QD=2.13;ReadPosRankSum=-0.420;SB=-8.143e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,6:24:99:224,0,355 chrXII 1063775 . TA T 102.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.850;DP=77;FS=19.651;HaplotypeScore=338.1128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=12.82;MQ0=53;MQRankSum=2.412;QD=1.34;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=0.482;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,6:19:99:142,0,375 chrXII 1064774 . TA T 1580.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.152;DP=74;FS=9.246;HaplotypeScore=835.3615;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.78;MQ0=3;MQRankSum=2.298;QD=21.36;ReadPosRankSum=-0.106;SB=-7.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,48:64:99:1620,0,351 chrXII 1064884 . GGGTT G 1409.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.657;DP=32;FS=3.485;HaplotypeScore=578.9440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.09;MQ0=0;MQRankSum=1.614;QD=44.06;ReadPosRankSum=1.494;SB=-5.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,25:32:50:1452,50,0 chrXII 1064920 . T TG 759.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.845;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=652.8969;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.67;MQ0=0;MQRankSum=2.069;QD=19.00;RPA=3,4;RU=G;ReadPosRankSum=-1.099;SB=-3.609e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,25:39:49:802,49,0 chrXII 1064961 . A AG 2866.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=660.9328;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.60;MQ0=0;QD=32.58;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.153e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,85:86:99:2909,259,0 chrXII 1065053 . GT G 153.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.578;DP=66;FS=2.954;HaplotypeScore=768.0265;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.98;MQ0=1;MQRankSum=-0.503;QD=2.33;ReadPosRankSum=3.762;SB=-4.900e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,29:58:99:193,0,577 chrXII 1065058 . TG T 32.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.825;DP=66;FS=6.726;HaplotypeScore=737.0895;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.60;MQ0=1;MQRankSum=0.991;QD=0.50;RPA=3,2;RU=G;ReadPosRankSum=3.695;SB=-2.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,25:57:72:72,0,401 chrXII 1065072 . T TG 123.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.397;DP=48;FS=1.485;HaplotypeScore=546.8273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.76;MQ0=1;MQRankSum=1.748;QD=2.58;RPA=2,3;RU=G;ReadPosRankSum=0.387;SB=-6.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,14:40:99:163,0,280 chrXII 1065114 . T TG 151.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.868;DP=36;FS=12.704;HaplotypeScore=386.5325;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.64;MQ0=2;MQRankSum=-1.469;QD=4.22;RPA=2,3;RU=G;ReadPosRankSum=-1.336;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,10:27:99:191,0,234 chrXII 1065133 . G GT 357.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.601;DP=59;FS=21.318;HaplotypeScore=466.0080;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.11;MQ0=2;MQRankSum=-0.225;QD=6.07;ReadPosRankSum=3.047;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,14:48:99:397,0,621 chrXII 1065389 . AT A 122.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.723;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=69.0748;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.19;MQ0=13;MQRankSum=1.595;QD=2.12;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=-0.836;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,23:23:99:162,0,248 chrXIII 110 . TA T 531.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=158.0662;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.06;MQ0=57;QD=6.04;RPA=12,11;RU=A;SB=-2.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,64:29:77:574,77,0 chrXIII 5562 . ACACC A 321.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.898;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=26.2900;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.06;MQ0=6;MQRankSum=1.271;QD=14.63;ReadPosRankSum=0.480;SB=-9.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,9:16:55:361,0,55 chrXIII 8882 . T TA 1405.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.883;DP=87;FS=10.649;HaplotypeScore=400.1468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.94;MQ0=0;MQRankSum=-2.017;QD=16.16;ReadPosRankSum=0.367;SB=-6.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,44:87:99:1445,0,1212 chrXIII 9133 . G GA 1377.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.711;DP=126;FS=1.647;HaplotypeScore=354.5680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=1.549;QD=10.94;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=1.486;SB=-3.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,66:126:99:1417,0,978 chrXIII 9226 . CA C 1070.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.208;DP=123;FS=7.008;HaplotypeScore=208.0209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.195;QD=8.71;RPA=6,5;RU=A;ReadPosRankSum=-1.949;SB=-4.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,54:123:99:1110,0,1431 chrXIII 9528 . A ATT 878.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.596;DP=117;FS=7.251;HaplotypeScore=341.1694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.339;QD=7.51;RPA=13,15;RU=T;ReadPosRankSum=-2.032;SB=-4.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,37:117:99:918,0,1234 chrXIII 10148 . TA T 980.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.353;DP=118;FS=1.726;HaplotypeScore=59.9138;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQ0=1;MQRankSum=-0.245;QD=8.31;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=-0.424;SB=-2.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,56:117:99:1020,0,1062 chrXIII 13802 . T TGAG 2095.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.634;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=225.2684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.571;QD=20.96;ReadPosRankSum=-0.088;SB=-1.032e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,48:99:99:2135,0,2418 chrXIII 14024 . CG C 1878.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.017;DP=112;FS=3.651;HaplotypeScore=136.6849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=1.091;QD=16.78;RPA=3,2;RU=G;ReadPosRankSum=0.380;SB=-7.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,63:112:99:1918,0,1164 chrXIII 14911 . GA G 1558.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.026;DP=127;FS=0.685;HaplotypeScore=481.0941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.89;MQ0=0;MQRankSum=1.002;QD=12.28;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=0.872;SB=-7.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,57:127:99:1598,0,1855 chrXIII 18907 . ATAT A 4656 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=25.5075;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.53;MQ0=0;QD=53.52;SB=-2.029e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:4656,262,0 chrXIII 21958 . GTATATATATATATA G 3969 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.557;DP=123;FS=0.827;HaplotypeScore=140.4652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.628;QD=32.27;RPA=11,4;RU=TA;ReadPosRankSum=-2.929;SB=-1.885e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,55:123:99:3969,0,4991 chrXIII 23864 . G GC 1549.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-9.232;DP=119;FS=1.486;HaplotypeScore=687.8352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.25;MQ0=0;MQRankSum=3.072;QD=13.02;RPA=2,3;RU=C;ReadPosRankSum=-2.178;SB=-7.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,50:119:99:1589,0,682 chrXIII 23878 . A AGAGAG 4548 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.090;DP=147;FS=7.668;HaplotypeScore=532.5626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.477;QD=30.94;RPA=1,2;RU=GAGAG;ReadPosRankSum=-0.640;SB=-2.071e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,64:147:99:4548,0,3958 chrXIII 24874 . AATT A 2837.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.865;DP=119;FS=0.699;HaplotypeScore=59.9188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=1.349;QD=23.85;ReadPosRankSum=-0.867;SB=-1.428e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,57:119:99:2877,0,2940 chrXIII 26538 . CT C 564.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.490;DP=59;FS=3.043;HaplotypeScore=242.7692;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.02;MQ0=0;MQRankSum=0.162;QD=9.58;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=2.653;SB=-2.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,17:57:88:607,88,0 chrXIII 26551 . A ATT 1013.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.149;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=517.0418;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.488;QD=14.28;RPA=14,16;RU=T;ReadPosRankSum=0.415;SB=-1.499e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:51,17:69:37:1056,37,0 chrXIII 26576 . C CT 990.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-4.709;DP=75;FS=5.420;HaplotypeScore=709.1188;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.60;MQ0=0;MQRankSum=0.828;QD=13.21;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=2.107;SB=-4.001e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,40:74:30:1033,30,0 chrXIII 26589 . ATC A 740.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.809;DP=74;FS=12.688;HaplotypeScore=732.5400;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.26;MQ0=0;MQRankSum=0.545;QD=10.01;ReadPosRankSum=-4.355;SB=-9.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,21:73:99:780,0,1069 chrXIII 26591 . C CT 755.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.010;DP=74;FS=5.487;HaplotypeScore=732.7483;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.776;QD=10.22;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=3.972;SB=-1.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,40:73:56:795,0,56 chrXIII 26795 . G GAA 5762 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=862.1014;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.17;MQ0=0;QD=40.58;RPA=2,4;RU=A;SB=-1.808e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,141:141:99:5762,424,0 chrXIII 26816 . GACCCT G 8885 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=571.8731;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.03;MQ0=0;QD=62.13;RPA=2,1;RU=ACCCT;SB=-3.637e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,125:142:99:8885,382,0 chrXIII 33830 . G GGA 1467.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.755;DP=109;FS=3.591;HaplotypeScore=308.9440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.619;QD=13.47;ReadPosRankSum=-1.023;SB=-6.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,35:109:99:1507,0,2916 chrXIII 33870 . C CT 1144.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.482;DP=114;FS=2.617;HaplotypeScore=263.5689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=0.753;QD=10.04;ReadPosRankSum=0.487;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,37:114:99:1184,0,2242 chrXIII 34017 . TA T 603.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;DP=94;FS=0.850;HaplotypeScore=104.5741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.480;QD=6.43;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.086;SB=-2.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,31:94:99:643,0,677 chrXIII 41950 . GAAA G,GAA 1180.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.200;DP=84;FS=3.854;HaplotypeScore=62.6687;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.78;MQ0=1;MQRankSum=1.066;QD=14.06;RPA=20,17,19;RU=A;ReadPosRankSum=-1.466;SB=-4.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:44,18,0:83:99:1259,212,429,815,0,707 chrXIII 43866 . CT C 667.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.156;DP=109;FS=1.147;HaplotypeScore=160.2967;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=1.247;QD=6.13;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.722;SB=-1.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,38:109:99:707,0,542 chrXIII 44401 . G GCAGCAGCAACAACTACTA 9098 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.507;DP=124;FS=6.946;HaplotypeScore=39.1928;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.75;MQ0=0;MQRankSum=-2.986;QD=73.37;ReadPosRankSum=-0.814;SB=-4.132e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,56:124:99:9098,0,8556 chrXIII 53771 . T TGAACTG 4331 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.911;DP=97;FS=3.321;HaplotypeScore=267.7624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.04;MQ0=0;MQRankSum=-5.052;QD=44.65;ReadPosRankSum=-0.802;SB=-1.095e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,48:97:99:4331,0,2915 chrXIII 53802 . TACC T 3046.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.667;DP=111;FS=8.668;HaplotypeScore=537.1516;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.05;MQ0=0;MQRankSum=-4.860;QD=27.45;RPA=2,1;RU=ACC;ReadPosRankSum=1.118;SB=-1.126e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,62:111:99:3086,0,1838 chrXIII 54642 . C CT 757.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.643;DP=91;FS=3.999;HaplotypeScore=149.0011;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.012;QD=8.33;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.822;SB=-2.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,44:91:99:797,0,815 chrXIII 58770 . AT A 712.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.181;DP=113;FS=1.847;HaplotypeScore=189.2630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=1.505;QD=6.31;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.171;SB=-2.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,44:113:99:752,0,589 chrXIII 58897 . CT C 501.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.235;DP=88;FS=6.127;HaplotypeScore=74.0871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=2.336;QD=5.70;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.991;SB=-1.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,33:88:99:541,0,855 chrXIII 62439 . G GA 910.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.506;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=70.3357;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=7.99;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-2.115;SB=-3.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,53:114:99:950,0,767 chrXIII 65927 . CTGTTGT C 2772.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.882;DP=114;FS=0.909;HaplotypeScore=31.0084;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQ0=1;MQRankSum=0.207;QD=24.32;RPA=9,7;RU=TGT;ReadPosRankSum=-1.204;SB=-9.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,44:113:99:2812,0,2150 chrXIII 67698 . A AT 901.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.540;DP=148;FS=13.525;HaplotypeScore=813.8274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.973;QD=6.09;ReadPosRankSum=2.110;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,43:148:99:941,0,2323 chrXIII 67702 . T TC 1166.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.680;DP=126;FS=0.662;HaplotypeScore=667.1099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.527;QD=9.26;ReadPosRankSum=1.054;SB=-5.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,43:126:99:1206,0,2023 chrXIII 70292 . A AC 1277.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.175;DP=104;FS=0.784;HaplotypeScore=81.9837;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.01;MQ0=0;MQRankSum=0.995;QD=12.29;RPA=4,5;RU=C;ReadPosRankSum=-0.628;SB=-5.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,53:104:99:1317,0,1262 chrXIII 71311 . GCCT G 3351 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.341;DP=144;FS=3.975;HaplotypeScore=201.1318;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=0.802;QD=23.27;RPA=2,1;RU=CCT;ReadPosRankSum=2.534;SB=-1.339e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,72:144:99:3351,0,3124 chrXIII 77135 . T TA 2072.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.395;DP=131;FS=2.249;HaplotypeScore=49.0339;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.693;QD=15.82;ReadPosRankSum=0.503;SB=-1.015e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,70:131:99:2112,0,1527 chrXIII 77896 . CAA C 4826 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=486.9834;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.04;MQ0=0;QD=38.30;RPA=5,3;RU=A;SB=-1.408e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,123:126:99:4826,370,0 chrXIII 85889 . GA G 1036.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.608;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=35.0584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.719;QD=8.64;RPA=7,6;RU=A;ReadPosRankSum=-0.464;SB=-4.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,55:120:99:1076,0,1256 chrXIII 86794 . T TA 809.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.356;DP=105;FS=2.568;HaplotypeScore=221.7925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.785;QD=7.71;RPA=5,6;RU=A;ReadPosRankSum=0.297;SB=-3.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,43:105:99:849,0,1318 chrXIII 90850 . A AT 975.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.993;DP=120;FS=1.588;HaplotypeScore=198.2412;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.704;QD=8.13;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.484;SB=-3.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,55:120:99:1015,0,767 chrXIII 94308 . AT A,ATTT 1670.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.866;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=350.9135;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.183;QD=17.05;RPA=13,12,15;RU=T;ReadPosRankSum=-1.232;SB=-8.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:52,33,0:98:99:1749,1128,1359,785,0,1413 chrXIII 94322 . GAAA G 1093.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.916;DP=90;FS=36.281;HaplotypeScore=468.4243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.31;MQ0=0;MQRankSum=-3.894;QD=12.16;RPA=7,4;RU=A;ReadPosRankSum=0.105;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,23:90:99:1133,0,1681 chrXIII 95396 . G GA 1208.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.758;DP=135;FS=0.780;HaplotypeScore=115.8466;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.138;QD=8.96;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=-1.062;SB=-2.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,62:135:99:1248,0,1426 chrXIII 95516 . T TA 2178.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.998;DP=119;FS=0.709;HaplotypeScore=324.7448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.43;MQ0=0;MQRankSum=0.388;QD=18.31;ReadPosRankSum=1.237;SB=-1.008e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,62:119:99:2218,0,1508 chrXIII 95588 . CAA C 966.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.076;DP=89;FS=0.860;HaplotypeScore=159.7339;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=0.416;QD=10.86;RPA=12,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.708;SB=-3.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,38:89:99:1006,0,1212 chrXIII 95659 . C CA 1104.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.015;DP=135;FS=0.806;HaplotypeScore=138.1242;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=1.464;QD=8.18;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.230;SB=-2.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,60:135:99:1144,0,1114 chrXIII 95732 . T TATAA 2614.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.238;DP=166;FS=8.163;HaplotypeScore=394.7428;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=2;MQRankSum=0.443;QD=15.75;ReadPosRankSum=1.028;SB=-1.102e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:118,40:162:99:2654,0,2095 chrXIII 97583 . A ATT 1150.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.987;DP=114;FS=1.635;HaplotypeScore=521.8459;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.56;MQ0=0;MQRankSum=-4.089;QD=10.10;RPA=10,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.227;SB=-5.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,37:114:99:1190,0,1261 chrXIII 99274 . C CA 2300.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.511;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=80.0620;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.51;MQ0=0;MQRankSum=1.400;QD=15.65;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.747;SB=-5.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,123:147:99:2343,128,0 chrXIII 99599 . CATATAT C 6476 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=636.1881;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.63;MQ0=0;QD=49.82;RPA=9,6;RU=AT;SB=-3.179e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,96:130:99:6476,289,0 chrXIII 104412 . T TA 1280.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.332;DP=153;FS=3.031;HaplotypeScore=207.5741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQ0=0;MQRankSum=1.306;QD=8.37;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=1.273;SB=-6.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,56:153:99:1320,0,2589 chrXIII 108637 . CA C 2082.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.952;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=207.3380;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.850;QD=18.77;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.546;SB=-9.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,92:111:99:2125,241,0 chrXIII 110970 . A AAAACAATCAGGC,AAAAAGCAGGC 9242 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=27.6422;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=35.78;MQ0=0;QD=118.49;SB=-2.548e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:9,38,25:78:99:9242,2203,1992,2750,0,2527 chrXIII 111799 . C CA 756.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.015;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=45.0507;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.56;MQ0=0;MQRankSum=1.589;QD=8.60;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.361;SB=-3.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,43:88:99:796,0,538 chrXIII 120604 . GTTCTTCTTC G 2290.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.730;DP=68;FS=2.803;HaplotypeScore=212.3773;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.71;MQ0=0;MQRankSum=-3.832;QD=33.69;RPA=7,4;RU=TTC;ReadPosRankSum=0.184;SB=-5.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,20:68:99:2330,0,1445 chrXIII 120613 . C CTTCTTG 2313.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.080;DP=74;FS=10.550;HaplotypeScore=272.1028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.33;MQ0=0;MQRankSum=5.290;QD=31.27;ReadPosRankSum=-4.119;SB=-8.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,36:74:99:2353,0,444 chrXIII 122778 . C CGTTCCTGTTCTTATT 11259 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=747.0656;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.78;MQ0=0;QD=130.92;SB=-3.284e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,51:86:99:11259,256,0 chrXIII 122959 . GACACTTTTTTGCTTA G 13635 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.424;DP=96;FS=9.543;HaplotypeScore=70.4157;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.86;MQ0=0;MQRankSum=2.061;QD=142.03;ReadPosRankSum=0.065;SB=-4.474e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,92:96:99:13635,239,0 chrXIII 124042 . A AT 3518 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=1338.0147;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.30;MQ0=0;QD=25.13;RPA=2,3;RU=T;SB=-7.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,133:140:99:3518,400,0 chrXIII 124563 . G GC 4392 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=486.8590;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=37.22;SB=-1.104e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:118:99:4392,355,0 chrXIII 129676 . G GA 1262.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.283;DP=166;FS=1.259;HaplotypeScore=78.8732;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.58;MQ0=0;MQRankSum=0.715;QD=7.61;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-1.456;SB=-5.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,77:166:99:1302,0,1358 chrXIII 132696 . AATTATGGGAGATCGTTGATG A 10716 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=429.5769;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.93;MQ0=0;QD=146.79;SB=-4.843e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,51:73:99:10716,153,0 chrXIII 135265 . G GAT 2332.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.483;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=494.3907;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=0.250;QD=21.80;RPA=6,7;RU=AT;ReadPosRankSum=0.450;SB=-1.054e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,70:107:99:2375,162,0 chrXIII 140131 . C CAA 1654.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.244;DP=149;FS=5.279;HaplotypeScore=241.2526;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.440;QD=11.11;RPA=5,7;RU=A;ReadPosRankSum=1.315;SB=-7.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,64:149:99:1694,0,2334 chrXIII 141600 . GT G 3202.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=271.6537;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;QD=26.69;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.312e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,108:120:99:3245,325,0 chrXIII 141723 . G GA 1157.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.398;DP=130;FS=0.655;HaplotypeScore=43.8390;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=2.061;QD=8.91;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.973;SB=-5.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,62:130:99:1197,0,1187 chrXIII 141812 . GC G 4268 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=170.7944;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;QD=31.15;RPA=4,3;RU=C;SB=-1.891e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,127:137:99:4268,382,0 chrXIII 141967 . C CA 3809 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=437.6647;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.96;MQ0=0;QD=28.43;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.861e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,130:134:99:3809,391,0 chrXIII 159085 . GT G 2644.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=314.2313;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.86;MQ0=0;QD=23.41;RPA=9,8;RU=T;SB=-7.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,110:113:99:2687,332,0 chrXIII 159852 . CAT C 1927.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.058;DP=135;FS=1.977;HaplotypeScore=92.5360;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.12;MQ0=0;MQRankSum=0.314;QD=14.28;RPA=12,11;RU=AT;ReadPosRankSum=0.593;SB=-9.178e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:59,63:135:92:1969,92,0 chrXIII 163391 . G GA 3053.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.566;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=47.9037;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.206;QD=23.14;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.538;SB=-9.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,124:132:99:3096,368,0 chrXIII 164392 . G GT 604.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.412;DP=89;FS=8.236;HaplotypeScore=177.4201;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=63.71;MQ0=0;MQRankSum=3.867;QD=6.80;RPA=25,26;RU=T;ReadPosRankSum=1.744;SB=-2.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,48:89:53:647,53,0 chrXIII 165375 . TTCTC T 4861 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=53.0393;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.04;MQ0=0;QD=43.79;RPA=7,5;RU=TC;SB=-1.958e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,90:111:99:4861,271,0 chrXIII 167431 . GA G 5361 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=261.8284;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=33.93;RPA=3,2;RU=A;SB=-2.305e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,153:158:99:5361,460,0 chrXIII 167952 . T TA 5219 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=1124.6035;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.44;MQ0=0;QD=37.82;SB=-2.037e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,125:138:99:5219,415,0 chrXIII 168067 . A AT 3397 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=462.0759;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.98;MQ0=0;QD=27.18;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.230e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,125:125:99:3397,375,0 chrXIII 168885 . AT A 1901.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=131.6038;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.41;MQ0=0;QD=22.92;RPA=8,7;RU=T;SB=-9.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,79:83:99:1944,237,0 chrXIII 169058 . C CT 776.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.927;DP=139;FS=3.010;HaplotypeScore=452.2878;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.020;QD=5.59;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-1.620;SB=-2.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,44:138:99:816,0,1266 chrXIII 169103 . A ATTT,ATT 4085 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=220.8862;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.75;MQ0=0;QD=30.49;RPA=8,11,10;RU=T;SB=-1.326e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:20,62,46:133:99:4085,1146,788,1386,0,1029 chrXIII 169473 . ATTATTATTG A 10259 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=334.2141;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.63;MQ0=0;QD=86.94;SB=-4.038e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:118:99:10259,351,0 chrXIII 169808 . GA G 2057.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=363.3129;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.12;MQ0=0;QD=25.41;RPA=6,5;RU=A;SB=-8.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,78:81:99:2100,234,0 chrXIII 179811 . G GT 2653.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=173.8946;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.80;MQ0=0;QD=23.70;RPA=6,7;RU=T;SB=-8.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,102:112:99:2696,306,0 chrXIII 183561 . AT A 1571.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=183.5510;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.92;MQ0=0;QD=32.08;RPA=3,2;RU=T;SB=-6.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1614,147,0 chrXIII 183702 . AT A 1909.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=175.9844;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.60;MQ0=0;QD=32.93;RPA=3,2;RU=T;SB=-8.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,50:58:99:1952,171,0 chrXIII 183720 . G GA 1679.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=238.9018;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.83;MQ0=0;QD=28.96;RPA=3,4;RU=A;SB=-6.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,57:58:99:1722,174,0 chrXIII 183982 . AT A 844.18 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.840;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=118.6611;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.16;MQ0=0;MQRankSum=0.568;QD=26.38;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=0.702;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,28:32:10:883,0,10 chrXIII 191997 . T TA 1100.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.018;DP=110;FS=99.702;HaplotypeScore=1015.6207;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.72;MQ0=0;MQRankSum=-4.772;QD=10.01;ReadPosRankSum=4.642;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,28:110:99:1140,0,442 chrXIII 192005 . T TTTTTTTTTCA 6274 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=561.2404;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.69;MQ0=0;QD=57.04;SB=-1.045e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,21:110:99:6274,302,0 chrXIII 192137 . C CA 2809.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=683.1993;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=19.38;RPA=8,9;RU=A;SB=-1.159e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,115:145:99:2852,345,0 chrXIII 192742 . G GATAT 2510.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.562;DP=108;FS=2.512;HaplotypeScore=316.2512;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.13;MQ0=0;MQRankSum=0.045;QD=23.25;ReadPosRankSum=0.834;SB=-8.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,54:108:99:2553,110,0 chrXIII 195892 . T TAAG 5910 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=649.2446;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.72;MQ0=0;QD=52.77;SB=-2.621e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,105:112:99:5910,334,0 chrXIII 201934 . C CTA 549.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=403.5640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=45.83;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36:592,36,0 chrXIII 209069 . CT C 1609.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.800;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=143.4049;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=0.565;QD=16.26;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.918;SB=-7.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,78:99:99:1652,185,0 chrXIII 221252 . TTA T 3749 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=52.3554;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.03;MQ0=0;QD=31.24;RPA=6,5;RU=TA;SB=-1.566e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,105:120:99:3749,316,0 chrXIII 225560 . AT A 2300.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=1115.8514;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.67;MQ0=0;QD=26.15;RPA=6,5;RU=T;SB=-8.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:2343,264,0 chrXIII 226971 . GA G 2421.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=187.5404;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.37;MQ0=0;QD=25.23;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.170e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,91:96:99:2464,276,0 chrXIII 233275 . G GTATTTATT 8109 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=126.3759;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.38;MQ0=0;QD=67.58;RPA=4,6;RU=TATT;SB=-2.392e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,94:120:99:8109,289,0 chrXIII 234635 . TA T 2740.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=520.7746;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.68;MQ0=0;QD=27.14;SB=-1.256e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,92:101:99:2783,285,0 chrXIII 236652 . CT C 2076.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.868;DP=122;FS=3.637;HaplotypeScore=69.2430;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.84;MQ0=0;MQRankSum=0.540;QD=17.02;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.360;SB=-9.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,98:122:99:2119,192,0 chrXIII 238303 . TACAACAACA T 5460 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=478.8970;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.79;MQ0=0;QD=64.24;RPA=7,4;RU=ACA;SB=-1.913e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,47:85:99:5460,162,0 chrXIII 238330 . G GATA 1531.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.204;DP=91;FS=7.023;HaplotypeScore=1045.5252;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.92;MQ0=0;MQRankSum=1.303;QD=16.83;RPA=8,9;RU=ATA;ReadPosRankSum=-1.636;SB=-5.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,34:91:99:1571,0,145 chrXIII 238950 . TA T 554.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.190;DP=72;FS=15.094;HaplotypeScore=22.3699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.98;MQ0=0;MQRankSum=0.744;QD=7.71;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=0.444;SB=-1.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,33:72:99:594,0,736 chrXIII 239353 . CATATATATATATATAT C,CATATAT 4523 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.659;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=182.4838;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=49.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.111;QD=38.33;RPA=16,8,11;RU=AT;ReadPosRankSum=1.659;SB=-1.617e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:81,20,0:117:99:4523,1310,2053,1253,0,1135 chrXIII 241854 . C CTTTT 4503 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=496.6607;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=63.83;MQ0=0;QD=31.49;RPA=13,17;RU=T;SB=-1.544e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,101:142:99:4503,343,0 chrXIII 245959 . C CT 965.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.521;DP=137;FS=6.678;HaplotypeScore=45.9663;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.366;QD=7.05;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.497;SB=-4.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,56:137:99:1005,0,1387 chrXIII 247502 . TTA T 3817 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=165.9816;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.06;MQ0=0;QD=29.14;RPA=6,5;RU=TA;SB=-1.546e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,109:131:99:3817,328,0 chrXIII 248147 . C CGAT 2514.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.475;DP=154;FS=9.564;HaplotypeScore=835.7050;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=2.640;QD=16.33;RPA=4,5;RU=GAT;ReadPosRankSum=-0.312;SB=-8.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,64:154:99:2554,0,2685 chrXIII 251590 . C CGTTT 2791.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.668;DP=125;FS=2.877;HaplotypeScore=515.3273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.975;QD=22.34;RPA=1,2;RU=GTTT;ReadPosRankSum=0.314;SB=-7.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,50:125:99:2831,0,2266 chrXIII 251659 . A AT 4161 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=606.7139;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.17;MQ0=0;QD=34.11;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.854e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,107:121:99:4161,358,0 chrXIII 251661 . G GA 676.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.397;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=952.8647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.883;QD=5.13;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.129;SB=-2.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,34:131:99:716,0,390 chrXIII 255838 . C CT 851.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.464;DP=95;FS=0.798;HaplotypeScore=42.2890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.234;QD=8.97;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=-1.104;SB=-3.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,42:95:99:891,0,974 chrXIII 257223 . A ATCC 2529.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.766;DP=161;FS=10.749;HaplotypeScore=56.6866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=1.282;QD=15.71;RPA=3,4;RU=TCC;ReadPosRankSum=0.545;SB=-6.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:100,60:161:99:2569,0,3723 chrXIII 259390 . T TC 4495 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=54.4924;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;QD=29.77;RPA=2,3;RU=C;SB=-1.528e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,138:151:99:4495,415,0 chrXIII 261667 . TA T 894.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.201;DP=108;FS=0.757;HaplotypeScore=167.6260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.955;QD=8.29;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.779;SB=-4.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,52:108:99:934,0,864 chrXIII 262725 . CA C 2263.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=301.4007;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;QD=23.83;RPA=8,7;RU=A;SB=-9.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,92:95:99:2306,276,0 chrXIII 263068 . A AAT 3607 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=224.9752;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.65;MQ0=0;QD=42.94;SB=-1.779e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:84:99:3607,250,0 chrXIII 263321 . A AGT 3637 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=136.9371;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;QD=30.06;RPA=4,5;RU=GT;SB=-7.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,91:121:99:3637,283,0 chrXIII 264337 . A AT 4673 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=145.1120;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;QD=37.69;SB=-1.360e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,124:123:99:4673,370,0 chrXIII 266854 . C CATATAT,CATATATATATAT 4347 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.522;DP=102;FS=4.771;HaplotypeScore=175.7561;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.67;MQ0=0;MQRankSum=0.192;QD=42.62;RPA=7,10,13;RU=AT;ReadPosRankSum=1.622;SB=-1.488e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:41,43,6:102:99:4347,650,507,2082,0,2215 chrXIII 268058 . AT A 2645.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.060;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=760.2668;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=1.237;QD=24.73;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=-1.167;SB=-1.126e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,88:107:99:2688,290,0 chrXIII 268101 . GT G 1660.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=487.2594;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.65;MQ0=0;QD=21.85;RPA=6,5;RU=T;SB=-6.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,59:76:99:1703,189,0 chrXIII 268384 . TA T 2789.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=273.5313;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.20;MQ0=0;QD=39.30;SB=-9.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2832,214,0 chrXIII 272284 . C CACAACA 6271 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=39.4002;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.64;MQ0=0;QD=64.65;RPA=5,7;RU=ACA;SB=-2.847e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,82:97:99:6271,256,0 chrXIII 272748 . A AT 974.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.875;DP=110;FS=3.568;HaplotypeScore=652.7031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.007;QD=8.86;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.437;SB=-1.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,54:110:99:1014,0,793 chrXIII 272762 . GT G 2925.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=477.9199;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=27.35;RPA=5,4;RU=T;SB=-4.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,105:107:99:2968,315,0 chrXIII 272928 . A AC 1043.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.053;DP=109;FS=1.847;HaplotypeScore=146.9148;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=0.785;QD=9.58;RPA=5,6;RU=C;ReadPosRankSum=-2.133;SB=-3.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,35:109:99:1083,0,1250 chrXIII 274004 . G GA 931.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.891;DP=120;FS=0.748;HaplotypeScore=186.3155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.606;QD=7.77;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.414;SB=-2.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,53:120:99:971,0,1063 chrXIII 275577 . C CT 1529.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.416;DP=146;FS=1.323;HaplotypeScore=58.0518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=0.444;QD=10.48;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=-1.344;SB=-6.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,64:146:99:1569,0,2368 chrXIII 275801 . T TAATA 1937.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.252;DP=117;FS=8.506;HaplotypeScore=596.6667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.39;MQ0=0;MQRankSum=-8.260;QD=16.56;RPA=1,2;RU=AATA;ReadPosRankSum=0.843;SB=-9.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,33:117:99:1977,0,3025 chrXIII 277274 . TA T 1164.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.290;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=391.7403;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.478;QD=7.19;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=0.163;SB=-3.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,67:162:99:1204,0,1656 chrXIII 279901 . C CT 1516.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.030;DP=171;FS=1.376;HaplotypeScore=514.4001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.270;QD=8.87;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.249;SB=-4.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,67:171:99:1556,0,1367 chrXIII 279911 . A AT,ATT 3447 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=333.8089;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.28;MQ0=0;QD=21.68;RPA=9,10,11;RU=T;SB=-1.219e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:32,65,62:159:99:3447,1566,1195,1269,0,1026 chrXIII 280725 . GGAAGCAGAGGCAGAGGCA G 3227.04 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.493;DP=125;FS=15.815;HaplotypeScore=182.3736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.58;MQ0=2;MQRankSum=-0.185;QD=25.82;ReadPosRankSum=0.104;SB=-5.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,63:123:99:3266,0,7529 chrXIII 284751 . GA G 932.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.263;DP=92;FS=8.723;HaplotypeScore=46.1742;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.038;QD=10.14;RPA=7,6;RU=A;ReadPosRankSum=0.847;SB=-1.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,47:92:99:972,0,645 chrXIII 297065 . T TG 5346 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=131.7812;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.83;MQ0=0;QD=36.87;SB=-2.653e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,143:145:99:5346,430,0 chrXIII 298097 . A AT 1156.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.272;DP=140;FS=7.634;HaplotypeScore=515.7275;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.168;QD=8.26;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=-0.829;SB=-5.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,68:140:99:1196,0,2177 chrXIII 300587 . T TA 5736 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=177.0642;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.51;MQ0=0;QD=38.50;SB=-1.974e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,147:149:99:5736,442,0 chrXIII 300756 . T TA 1480.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.994;DP=126;FS=4.226;HaplotypeScore=128.8796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=0.471;QD=11.75;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=3.008;SB=-6.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,58:126:99:1520,0,1585 chrXIII 300804 . C CA 1307.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.442;DP=108;FS=6.141;HaplotypeScore=140.3839;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.294;QD=12.11;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=-1.786;SB=-5.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,58:108:99:1347,0,992 chrXIII 305187 . CTTT C 2413.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.845;DP=114;FS=9.195;HaplotypeScore=179.6285;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.21;MQ0=0;MQRankSum=0.627;QD=21.18;RPA=7,4;RU=T;ReadPosRankSum=-1.506;SB=-7.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,55:114:99:2453,0,2243 chrXIII 305332 . GCTGGGATTGCAGTTGCTGTTGAGA G 5052 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.646;DP=130;FS=2.527;HaplotypeScore=188.8608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.24;MQ0=0;MQRankSum=-4.716;QD=38.86;ReadPosRankSum=1.104;SB=-1.899e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,59:130:99:5052,0,9739 chrXIII 305685 . G GT 921.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.034;DP=172;FS=0.000;HaplotypeScore=184.8401;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.702;QD=5.36;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-1.483;SB=-4.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:112,54:172:99:961,0,1288 chrXIII 307305 . C CAT 3880 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=260.5946;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.90;MQ0=0;QD=32.07;RPA=1,2;RU=AT;SB=-1.265e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:59,58:120:99:3880,334,0 chrXIII 307307 . T TATAA 4107 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.577;DP=131;FS=8.199;HaplotypeScore=255.3469;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.036;QD=31.35;ReadPosRankSum=1.989;SB=-1.470e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:73,50:130:99:4107,281,0 chrXIII 309395 . TAA T,TA 3065.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=141.1395;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.07;MQ0=0;QD=22.38;RPA=11,9,10;RU=A;SB=-1.318e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:19,70,0:137:99:3144,1033,872,1625,0,1295 chrXIII 312171 . G GA 2954.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=53.5523;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.98;MQ0=0;QD=28.14;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.355e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,103:105:99:2997,307,0 chrXIII 321132 . C CA 915.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.927;DP=121;FS=1.564;HaplotypeScore=42.3417;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.709;QD=7.57;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.157;SB=-4.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,50:121:99:955,0,1051 chrXIII 321328 . CATATATAT C,CATATAT 2842.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.513;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=57.2650;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.02;MQ0=1;MQRankSum=0.449;QD=27.60;RPA=11,7,10;RU=AT;ReadPosRankSum=1.540;SB=-1.035e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:47,22,0:102:99:2921,710,1781,1811,0,1692 chrXIII 323104 . C CAT 1538.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.070;DP=125;FS=2.587;HaplotypeScore=46.3030;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.55;MQ0=0;MQRankSum=1.974;QD=12.31;RPA=5,6;RU=AT;ReadPosRankSum=1.324;SB=-6.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,53:125:99:1578,0,1287 chrXIII 331727 . CG C 2061.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.263;DP=133;FS=0.667;HaplotypeScore=232.7844;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQ0=0;MQRankSum=0.165;QD=15.50;ReadPosRankSum=-1.344;SB=-7.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,66:133:99:2101,0,2052 chrXIII 337473 . C CA 588.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.741;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=83.5111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.60;MQ0=0;MQRankSum=1.999;QD=6.85;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-2.076;SB=-2.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,38:86:99:628,0,524 chrXIII 344221 . A AT 4548 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=171;FS=0.000;HaplotypeScore=73.5768;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.90;MQ0=0;QD=26.60;RPA=5,6;RU=T;SB=-6.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,167:171:99:4548,501,0 chrXIII 348323 . A ATT 1103.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.250;DP=143;FS=0.750;HaplotypeScore=124.0853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.58;MQ0=0;MQRankSum=1.827;QD=7.72;RPA=12,14;RU=T;ReadPosRankSum=-1.658;SB=-4.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,43:143:99:1143,0,1787 chrXIII 348436 . A ATT 1215.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.388;DP=108;FS=0.738;HaplotypeScore=152.4387;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.219;QD=11.26;RPA=9,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.831;SB=-5.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,44:108:99:1255,0,1549 chrXIII 348566 . CT CTT,C 1128.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.612;DP=114;FS=2.461;HaplotypeScore=129.9975;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.883;QD=9.90;RPA=15,16,14;RU=T;ReadPosRankSum=1.040;SB=-2.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:66,2,30:114:99:1207,766,1039,552,0,825 chrXIII 352374 . AT A 937.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.470;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=39.1475;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.212;QD=8.30;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.587;SB=-4.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,54:113:99:977,0,1019 chrXIII 353477 . CT C 4725 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=178;FS=0.000;HaplotypeScore=178.7504;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;QD=26.54;RPA=6,5;RU=T;SB=-2.229e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,175:178:99:4725,525,0 chrXIII 353678 . A ATT 873.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.572;DP=88;FS=4.821;HaplotypeScore=165.8529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=-2.099;QD=9.93;RPA=14,16;RU=T;ReadPosRankSum=-2.186;SB=-2.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,30:88:99:913,0,832 chrXIII 353767 . A AG 3399 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=116.6969;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.91;MQ0=0;QD=33.32;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.009e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,99:102:99:3399,307,0 chrXIII 354593 . G GCAA 2964.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.437;DP=176;FS=13.189;HaplotypeScore=74.5192;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQ0=0;MQRankSum=2.329;QD=16.85;RPA=4,5;RU=CAA;ReadPosRankSum=-0.855;SB=-8.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,77:176:99:3004,0,3176 chrXIII 354750 . AT A 4470 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=311.1742;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.15;MQ0=6;QD=31.48;SB=-1.786e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,126:130:99:4470,388,0 chrXIII 354821 . CA C 3643 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=340.0951;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.97;MQ0=6;QD=23.81;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.222e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,130:141:99:3643,393,0 chrXIII 356112 . A AGAGGAAGAGGAGGAAGAG,AGAGGAAGAG 4801 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=26.6729;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=47.44;MQ0=0;QD=63.17;RPA=2,4,3;RU=GAGGAAGAG;SB=-1.732e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:33,8,35:76:99:4801,2138,2071,1070,0,934 chrXIII 357004 . T TAC 492.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.160;DP=34;FS=16.472;HaplotypeScore=1012.0186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.92;MQ0=1;MQRankSum=-0.321;QD=14.50;ReadPosRankSum=2.739;SB=-5.815e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,9:33:86:532,0,86 chrXIII 357047 . GT G 431.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.583;DP=35;FS=16.564;HaplotypeScore=563.8797;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.00;MQ0=16;MQRankSum=0.819;QD=12.34;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=-0.819;SB=-2.036e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,14:19:57:471,0,57 chrXIII 363140 . CT C 4291 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.345;DP=180;FS=0.000;HaplotypeScore=62.8703;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=1.519;QD=23.84;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.597;SB=-1.497e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,176:180:99:4291,513,0 chrXIII 370618 . C CA 946.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.732;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=81.5869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQ0=0;MQRankSum=0.191;QD=6.62;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.104;SB=-3.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,62:143:99:986,0,962 chrXIII 371385 . C CT 988.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.534;DP=120;FS=2.553;HaplotypeScore=37.7421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=1.257;QD=8.24;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=0.960;SB=-4.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,52:120:99:1028,0,1218 chrXIII 371798 . AT A 2873.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=936.0314;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.81;MQ0=0;QD=23.75;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.408e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,117:121:99:2916,351,0 chrXIII 372555 . ACTAATAAATCTT A 5641 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=206.8774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.80;MQ0=0;QD=61.32;RPA=2,1;RU=CTAATAAATCTT;SB=-3.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,52:92:99:5641,156,0 chrXIII 380311 . GAA G 3626 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.702;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=351.8916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.165;QD=28.11;RPA=14,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.404;SB=-1.753e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,113:129:99:3626,327,0 chrXIII 386028 . AT A 4040 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.691;DP=174;FS=0.000;HaplotypeScore=47.3242;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.543;QD=23.22;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.199;SB=-6.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,168:174:99:4040,482,0 chrXIII 387095 . A ATTTT 1468.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=259.1052;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.35;MQ0=0;QD=18.14;RPA=19,23;RU=T;SB=-2.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,45:80:99:1511,141,0 chrXIII 388684 . TTATATATATATATA T 9985 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=45.1362;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.03;MQ0=0;QD=75.64;RPA=14,7;RU=TA;SB=-4.543e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,97:132:99:9985,292,0 chrXIII 392683 . AG A 1576.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.886;DP=135;FS=13.172;HaplotypeScore=35.4273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.640;QD=11.68;ReadPosRankSum=-0.043;SB=-7.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,56:135:99:1616,0,2450 chrXIII 394870 . TA T 582.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.781;DP=83;FS=4.737;HaplotypeScore=298.0649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.346;QD=7.02;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.418;SB=-1.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,36:83:99:622,0,745 chrXIII 396553 . G GA 3146.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=322.6177;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=26.01;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.427e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,117:121:99:3189,351,0 chrXIII 399471 . TA T 2753.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=371.4687;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.55;MQ0=0;QD=22.21;RPA=8,7;RU=A;SB=-7.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,114:124:99:2796,341,0 chrXIII 400264 . AT A 962.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.839;DP=91;FS=1.699;HaplotypeScore=35.3333;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.155;QD=10.58;RPA=6,5;RU=T;ReadPosRankSum=-0.338;SB=-4.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,48:91:99:1002,0,880 chrXIII 404235 . TA T 1325.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.110;DP=122;FS=0.692;HaplotypeScore=61.4295;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=1.899;QD=10.87;RPA=7,6;RU=A;ReadPosRankSum=0.046;SB=-5.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,67:122:99:1365,0,994 chrXIII 405653 . C CTT 1593.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.845;DP=156;FS=7.875;HaplotypeScore=240.0775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.87;MQ0=0;MQRankSum=1.098;QD=10.22;RPA=10,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.064;SB=-5.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,61:156:99:1633,0,1850 chrXIII 406257 . TAA T 2854.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=211.1134;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.83;MQ0=3;QD=28.27;RPA=12,10;RU=A;SB=-9.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,93:97:99:2897,272,0 chrXIII 407663 . A AT 1306.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.256;DP=163;FS=0.604;HaplotypeScore=57.5084;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQ0=0;MQRankSum=1.145;QD=8.02;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.316;SB=-5.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,73:163:99:1346,0,1729 chrXIII 408819 . G GT 844.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.205;DP=148;FS=8.876;HaplotypeScore=56.5319;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.049;QD=5.71;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.067;SB=-2.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,53:148:99:884,0,1502 chrXIII 409001 . CA C 593.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.245;DP=78;FS=0.986;HaplotypeScore=51.9881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.90;MQ0=0;MQRankSum=0.323;QD=7.61;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.101;SB=-1.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,32:78:99:633,0,662 chrXIII 409194 . GACAACAGCATCAACA G 8432 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=49.2352;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.94;MQ0=0;QD=75.96;RPA=2,1;RU=ACAACAGCATCAACA;SB=-2.820e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,74:111:99:8432,223,0 chrXIII 409588 . C CAATAAT 5244 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=263.5813;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.56;MQ0=2;QD=55.79;RPA=5,7;RU=AAT;SB=-2.482e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,74:92:99:5244,220,0 chrXIII 410428 . CAATAATAATAATAATAACAGC C,CAATAATAATAATAACAGC 3100.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=237.6440;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=52.86;MQ0=0;QD=54.40;SB=-1.341e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:21,0,0:57:99:3179,1151,4834,1739,0,1619 chrXIII 411264 . A ATT 4426 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=167.2448;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.26;MQ0=5;QD=38.49;RPA=2,4;RU=T;SB=-1.538e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,111:109:99:4426,328,0 chrXIII 411379 . CTTT C,CTT 2991.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.042;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=343.6417;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.538;QD=23.56;RPA=12,9,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.403;SB=-1.323e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:26,52,0:127:99:3070,1235,1831,1590,0,1351 chrXIII 411461 . GT GTT,G 1230.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.372;DP=90;FS=2.622;HaplotypeScore=128.5637;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=1.064;QD=13.68;RPA=12,13,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.449;SB=-4.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:34,2,24:90:99:1309,530,635,902,0,1203 chrXIII 413669 . C CCATA 3283 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.769;DP=130;FS=6.036;HaplotypeScore=47.9213;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.82;MQ0=0;MQRankSum=1.174;QD=25.25;RPA=1,2;RU=CATA;ReadPosRankSum=-0.591;SB=-1.254e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,62:130:99:3283,0,3264 chrXIII 420582 . T TAA 1160.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.177;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=399.4078;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.44;MQ0=0;MQRankSum=0.897;QD=11.38;RPA=5,7;RU=A;ReadPosRankSum=-0.428;SB=-4.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,41:102:99:1200,0,1864 chrXIII 420789 . CTT C 3224.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=365.0186;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.42;MQ0=0;QD=35.82;RPA=6,4;RU=T;SB=-1.057e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,88:90:99:3266,265,0 chrXIII 420968 . TC T 1774.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=47.2085;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.95;MQ0=0;QD=31.14;RPA=4,3;RU=C;SB=-2.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,54:57:99:1817,162,0 chrXIII 421112 . TC T 1861.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=500.0540;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.89;MQ0=0;QD=26.98;SB=-8.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:69:99:1904,199,0 chrXIII 425025 . C CT 1089.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.969;DP=122;FS=47.934;HaplotypeScore=1101.2584;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=1.276;QD=8.93;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.135;SB=-5.189e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:69,49:122:70:1132,70,0 chrXIII 426076 . AT A 2784.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=54.1390;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=22.64;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.264e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,116:123:99:2827,350,0 chrXIII 426224 . A AT,ATT 2329.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;DP=162;FS=1.880;HaplotypeScore=575.3691;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-2.312;QD=14.38;RPA=12,13,14;RU=T;ReadPosRankSum=0.202;SB=-8.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:80,48,31:161:99:2408,866,655,979,0,907 chrXIII 431096 . CA C 2085.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.879;DP=153;FS=0.614;HaplotypeScore=52.3119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=1.445;QD=13.63;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=-0.341;SB=-8.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,85:153:99:2125,0,1466 chrXIII 431536 . GT G 2109.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.778;DP=117;FS=4.014;HaplotypeScore=97.0410;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.579;QD=18.03;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.007;SB=-4.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,97:117:99:2152,252,0 chrXIII 432230 . TGA T 3026.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.302;DP=147;FS=7.655;HaplotypeScore=195.2284;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=2;MQRankSum=2.406;QD=20.59;ReadPosRankSum=-1.453;SB=-1.393e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,69:145:99:3066,0,2980 chrXIII 432244 . TA T 1339.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.235;DP=158;FS=5.823;HaplotypeScore=379.9292;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=0.508;QD=8.48;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=-1.089;SB=-4.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,72:158:99:1379,0,1413 chrXIII 432601 . AT A 1704.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.819;DP=135;FS=3.083;HaplotypeScore=765.7234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=0.960;QD=12.63;ReadPosRankSum=0.960;SB=-8.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,56:135:99:1744,0,2316 chrXIII 432740 . T TTTG 8088 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=130.2694;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=53.92;SB=-3.588e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,144:150:99:8088,451,0 chrXIII 433352 . CGTATCGATT C 8816 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=434.6190;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.06;MQ0=0;QD=80.15;RPA=2,1;RU=GTATCGATT;SB=-4.283e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,87:110:99:8816,262,0 chrXIII 434636 . AT A 3514 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=437.8256;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;QD=23.90;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.372e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,131:147:99:3514,420,0 chrXIII 434658 . T TA 4532 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=405.9587;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;QD=28.87;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.424e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,136:157:99:4532,466,0 chrXIII 434720 . G GAT 1620.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.456;DP=164;FS=0.693;HaplotypeScore=602.3861;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQ0=0;MQRankSum=0.959;QD=9.88;RPA=6,7;RU=AT;ReadPosRankSum=-0.583;SB=-7.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:112,52:164:99:1660,0,1696 chrXIII 437392 . A AC 1182.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.597;DP=122;FS=0.719;HaplotypeScore=41.1645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=1.537;QD=9.70;RPA=6,7;RU=C;ReadPosRankSum=0.680;SB=-5.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,55:122:99:1222,0,1540 chrXIII 440652 . ATTG A 3337 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.410;DP=150;FS=9.411;HaplotypeScore=49.0814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.38;MQ0=0;MQRankSum=0.430;QD=22.25;RPA=2,1;RU=TTG;ReadPosRankSum=1.080;SB=-9.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,73:150:99:3337,0,2994 chrXIII 442239 . C CT 884.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.827;DP=120;FS=2.647;HaplotypeScore=404.3689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQ0=0;MQRankSum=0.417;QD=7.37;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.137;SB=-4.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,53:120:99:924,0,743 chrXIII 462693 . C CCTTTT 3728 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=40.5119;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=64.83;MQ0=1;QD=55.64;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,61:65:99:3728,195,0 chrXIII 463236 . C CA 1739.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=577.5646;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.76;MQ0=0;QD=29.00;RPA=3,4;RU=A;SB=-2.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,59:60:99:1782,177,0 chrXIII 463381 . C CT 244.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=131.3161;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.53;MQ0=0;QD=12.25;RPA=1,2;RU=T;SB=-6.490e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,15:9:24:287,24,0 chrXIII 463403 . AC A 818.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=387.3747;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=31.50;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:26:69:861,69,0 chrXIII 463488 . AC A 2894.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=267.1710;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.02;MQ0=0;QD=35.30;SB=-1.082e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:82:99:2937,223,0 chrXIII 463919 . A AT 1910.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=26.8894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=24.50;RPA=7,8;RU=T;SB=-5.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,76:78:99:1953,228,0 chrXIII 466093 . C CT 2365.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.400;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=38.4025;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.405;QD=24.90;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=0.074;SB=-1.193e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,93:95:99:2408,256,0 chrXIII 468236 . CT C 3063.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.648;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=356.9491;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=1.591;QD=23.04;RPA=7,6;RU=T;ReadPosRankSum=1.056;SB=-1.471e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,104:133:99:3106,363,0 chrXIII 468258 . A AT 1740.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.287;DP=119;FS=5.533;HaplotypeScore=391.9622;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=2.740;QD=14.63;RPA=14,15;RU=T;ReadPosRankSum=0.703;SB=-5.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,85:119:99:1783,106,0 chrXIII 472604 . C CA 1258.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.825;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=86.5698;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.805;QD=7.87;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.334;SB=-6.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,70:160:99:1298,0,1406 chrXIII 472799 . A AAT 1161.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.193;DP=110;FS=1.781;HaplotypeScore=220.0917;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQ0=0;MQRankSum=2.831;QD=10.56;RPA=5,6;RU=AT;ReadPosRankSum=0.530;SB=-3.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,42:110:99:1201,0,1261 chrXIII 473294 . TTAACCACAA T 5241 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.568;DP=108;FS=4.897;HaplotypeScore=446.6823;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.34;MQ0=0;MQRankSum=-8.509;QD=48.53;ReadPosRankSum=1.780;SB=-2.148e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,47:108:99:5241,0,4173 chrXIII 475726 . G GAA,GAAAAA 1946.70 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.852;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=90.5597;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=62.80;MQ0=0;MQRankSum=1.072;QD=24.96;RPA=16,18,21;RU=A;ReadPosRankSum=-0.852;SB=-9.876e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:17,5,42:78:99:2023,956,812,184,0,267 chrXIII 477648 . G GT 1406.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.493;DP=136;FS=4.324;HaplotypeScore=137.9368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQ0=0;MQRankSum=0.116;QD=10.35;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=-0.012;SB=-5.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,58:136:99:1446,0,2071 chrXIII 478241 . AT A 1214.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.078;DP=149;FS=0.642;HaplotypeScore=452.2668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=8.15;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.692;SB=-6.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,69:149:99:1254,0,1123 chrXIII 478296 . C CT 1158.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-9.820;DP=138;FS=0.668;HaplotypeScore=653.1916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.280;QD=8.40;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=1.297;SB=-4.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,59:138:99:1198,0,1308 chrXIII 480268 . CT C 1173.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.899;DP=143;FS=0.666;HaplotypeScore=231.2775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=1.906;QD=8.21;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.398;SB=-3.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,68:143:99:1213,0,1316 chrXIII 480741 . G GT 702.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.685;DP=91;FS=1.891;HaplotypeScore=318.6833;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.97;MQ0=0;MQRankSum=-2.161;QD=7.72;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=0.809;SB=-2.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,38:91:99:742,0,943 chrXIII 481050 . A AC 752.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.917;DP=108;FS=16.250;HaplotypeScore=843.4046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.97;MQ0=0;MQRankSum=-2.155;QD=6.97;ReadPosRankSum=1.192;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,39:108:99:792,0,761 chrXIII 481875 . T TA 1216.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.161;DP=111;FS=0.722;HaplotypeScore=292.6728;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.597;QD=10.96;RPA=3,4;RU=A;ReadPosRankSum=0.918;SB=-5.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,54:111:99:1256,0,1326 chrXIII 481989 . C CA 3805 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=137.1265;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.72;MQ0=0;QD=28.83;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.783e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,129:132:99:3805,388,0 chrXIII 482113 . GA G 2021.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=27.4261;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;QD=22.47;RPA=9,8;RU=A;SB=-8.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,84:90:99:2064,254,0 chrXIII 482358 . G GT 1653.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.972;DP=135;FS=1.422;HaplotypeScore=168.2627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.188;QD=12.25;RPA=3,4;RU=T;ReadPosRankSum=0.426;SB=-6.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,71:135:99:1693,0,1357 chrXIII 482952 . A AT 831.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.695;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=181.4750;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQ0=0;MQRankSum=1.367;QD=5.86;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.545;SB=-2.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,51:142:99:871,0,1212 chrXIII 483743 . GAAA G 869.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.451;DP=53;FS=6.235;HaplotypeScore=148.9332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.77;MQ0=0;MQRankSum=1.292;QD=16.41;RPA=23,20;RU=A;ReadPosRankSum=0.706;SB=-4.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,10:53:95:909,0,95 chrXIII 494984 . TA T 1543.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.476;DP=127;FS=2.284;HaplotypeScore=281.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.121;QD=12.16;ReadPosRankSum=-0.408;SB=-7.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,65:127:99:1583,0,1980 chrXIII 507326 . GT G 913.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.988;DP=125;FS=7.260;HaplotypeScore=237.1849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.087;QD=7.31;RPA=8,7;RU=T;ReadPosRankSum=-1.537;SB=-4.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,46:125:99:953,0,1273 chrXIII 507386 . G GTA 1392.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.147;DP=128;FS=0.712;HaplotypeScore=215.4304;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=0.368;QD=10.88;RPA=5,6;RU=TA;ReadPosRankSum=1.475;SB=-6.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,42:128:99:1432,0,1689 chrXIII 511310 . T TA 1062.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.727;DP=133;FS=0.689;HaplotypeScore=94.1782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQ0=0;MQRankSum=0.137;QD=7.99;RPA=5,6;RU=A;ReadPosRankSum=-0.873;SB=-4.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,55:133:99:1102,0,1494 chrXIII 512087 . GT G 351.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=49.1953;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=2.991;QD=3.52;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.614;SB=-1.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,29:100:99:391,0,820 chrXIII 512547 . A AAGTT 2754.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.522;DP=133;FS=0.672;HaplotypeScore=514.6666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.11;MQ0=0;MQRankSum=-7.441;QD=20.71;RPA=1,2;RU=AGTT;ReadPosRankSum=-0.224;SB=-1.385e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,50:133:99:2794,0,3824 chrXIII 512572 . ATTT A 1463.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.395;DP=139;FS=3.470;HaplotypeScore=581.3900;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.29;MQ0=0;MQRankSum=-6.742;QD=10.53;RPA=10,7;RU=T;ReadPosRankSum=-1.688;SB=-7.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,43:139:99:1503,0,2980 chrXIII 514095 . C CT 939.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.377;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=358.6097;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.527;QD=7.77;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.352;SB=-2.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,53:121:99:979,0,954 chrXIII 514293 . A AT 520.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.116;DP=122;FS=3.675;HaplotypeScore=232.1108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=1.556;QD=4.27;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=-0.703;SB=-2.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,36:122:99:560,0,1124 chrXIII 515583 . ACAACAACAACTT A 5410 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.441;DP=134;FS=3.379;HaplotypeScore=39.9329;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.31;MQ0=1;MQRankSum=-5.084;QD=40.37;ReadPosRankSum=-0.293;SB=-2.379e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,53:133:99:5410,0,7442 chrXIII 535671 . G GT 1074.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.020;DP=125;FS=4.457;HaplotypeScore=415.4934;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.148;QD=8.60;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-1.248;SB=-3.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,57:125:99:1114,0,1204 chrXIII 535720 . T TC 1121.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.567;DP=126;FS=3.210;HaplotypeScore=468.5843;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.458;QD=8.90;ReadPosRankSum=1.418;SB=-5.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,56:126:99:1161,0,2257 chrXIII 536190 . TA T 757.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.775;DP=93;FS=5.297;HaplotypeScore=126.7003;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=1.504;QD=8.15;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.607;SB=-3.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,45:93:99:797,0,835 chrXIII 538607 . GCACACACACACACACACA G 6292 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.626;DP=146;FS=2.492;HaplotypeScore=98.2116;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.31;MQ0=1;MQRankSum=-2.108;QD=43.10;RPA=12,3;RU=CA;ReadPosRankSum=0.503;SB=-7.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,51:144:99:6292,0,9215 chrXIII 541435 . T TAACAACAACAACAAC 8131 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.030;DP=130;FS=3.951;HaplotypeScore=49.9534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.72;MQ0=0;MQRankSum=-5.265;QD=62.55;RPA=3,8;RU=AAC;ReadPosRankSum=2.137;SB=-1.769e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,53:130:99:8131,0,8124 chrXIII 542953 . CT C 1038.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.245;DP=163;FS=19.376;HaplotypeScore=221.7371;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQ0=0;MQRankSum=0.301;QD=6.37;RPA=8,7;RU=T;ReadPosRankSum=-0.038;SB=-1.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,59:163:99:1078,0,1502 chrXIII 558682 . CAA C 3424 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.826;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=69.8603;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.68;MQ0=2;MQRankSum=0.752;QD=26.54;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.110;SB=-6.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,101:127:99:3424,317,0 chrXIII 558882 . TA T 4730 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=996.2930;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.26;MQ0=0;QD=33.08;RPA=2,1;RU=A;SB=-2.333e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,138:143:99:4730,415,0 chrXIII 559048 . TAA T 3812 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.866;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=407.5453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=1.703;QD=29.78;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.212;SB=-5.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,110:128:99:3812,356,0 chrXIII 559097 . T TA 2795.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.277;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=533.7768;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.482;QD=20.11;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.489;SB=-9.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,102:139:99:2838,290,0 chrXIII 559980 . C CT 695.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.247;DP=107;FS=1.881;HaplotypeScore=119.6379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.34;MQ0=0;MQRankSum=0.119;QD=6.50;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-2.177;SB=-2.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,30:107:99:735,0,610 chrXIII 562854 . A AT 3198.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=731.6712;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=28.56;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.599e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,102:112:99:3241,312,0 chrXIII 562891 . CT C 3391 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=968.1792;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.88;MQ0=0;QD=27.35;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.439e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,115:124:99:3391,360,0 chrXIII 571250 . CAAAA CAAAAAAA,C 3510 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.194;DP=116;FS=4.331;HaplotypeScore=301.6595;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.708;QD=30.26;RPA=16,19,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.985;SB=-1.417e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:61,0,39:116:99:3510,2336,3370,1417,0,3429 chrXIII 572872 . GAA G,GA 3957 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=229.6644;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.51;MQ0=0;QD=26.56;RPA=8,6,7;RU=A;SB=-1.417e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:9,72,0:149:99:3957,1634,1467,1834,0,1432 chrXIII 573957 . G GA 854.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.706;DP=117;FS=5.320;HaplotypeScore=43.0807;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=0.714;QD=7.31;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.437;SB=-2.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,50:117:99:894,0,1115 chrXIII 574322 . CT C 5318 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=46.4992;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.95;MQ0=0;QD=35.45;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.714e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,149:150:99:5318,448,0 chrXIII 578714 . A AC 1843.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.081;DP=111;FS=2.516;HaplotypeScore=36.0118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=0.735;QD=16.61;ReadPosRankSum=0.168;SB=-7.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,58:111:99:1883,0,1795 chrXIII 595935 . AAAC A 2114.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.504;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=41.0772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=2.622;QD=17.77;ReadPosRankSum=1.440;SB=-6.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,50:119:99:2154,0,3192 chrXIII 605858 . T TAAAA 1274.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.135;DP=96;FS=4.608;HaplotypeScore=165.1060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.283;QD=13.28;RPA=9,13;RU=A;ReadPosRankSum=-2.589;SB=-6.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,29:96:99:1314,0,1947 chrXIII 611332 . T TGTTA 2970.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.653;DP=105;FS=5.448;HaplotypeScore=29.2939;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.82;MQ0=0;MQRankSum=1.874;QD=28.29;ReadPosRankSum=-2.571;SB=-7.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,53:105:99:3010,0,2689 chrXIII 622168 . GTATATATA G 3902 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.088;DP=151;FS=5.288;HaplotypeScore=224.1850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.74;MQ0=0;MQRankSum=0.172;QD=25.84;RPA=12,8;RU=TA;ReadPosRankSum=0.966;SB=-1.598e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,52:151:99:3902,0,3299 chrXIII 623567 . G GA 1221.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.888;DP=135;FS=1.365;HaplotypeScore=55.6397;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=0.661;QD=9.05;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=-0.351;SB=-5.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,63:135:99:1261,0,1392 chrXIII 624533 . TA T 2085.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.593;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=134.4719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQ0=0;MQRankSum=1.487;QD=14.29;ReadPosRankSum=1.036;SB=-9.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,76:146:99:2125,0,2078 chrXIII 625416 . AAAAAAAG A 2521.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.448;DP=121;FS=2.614;HaplotypeScore=139.6479;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.60;MQ0=0;MQRankSum=3.495;QD=20.84;ReadPosRankSum=-0.640;SB=-9.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,50:121:99:2561,0,3633 chrXIII 625633 . A AT 1020.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.097;DP=145;FS=4.539;HaplotypeScore=156.4611;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.325;QD=7.04;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.532;SB=-3.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,43:145:99:1060,0,952 chrXIII 626754 . G GA 892.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.575;DP=123;FS=7.275;HaplotypeScore=70.7113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=0.754;QD=7.26;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.277;SB=-1.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,50:123:99:932,0,1067 chrXIII 628843 . TAA T 3285 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=138.2785;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;QD=32.85;RPA=11,9;RU=A;SB=-1.141e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,98:100:99:3285,297,0 chrXIII 645333 . C CA 3451 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=108.8808;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.26;MQ0=0;QD=30.54;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.686e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,109:113:99:3451,328,0 chrXIII 646855 . CATATATATATATATAT C,CATAT 6829 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.666;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=135.6799;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=45.73;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=75.88;RPA=15,7,9;RU=AT;ReadPosRankSum=1.266;SB=-2.929e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:40,31,0:90:99:6829,926,1103,1555,0,1434 chrXIII 650999 . GT G 1067.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.445;DP=131;FS=5.464;HaplotypeScore=410.1761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.091;QD=8.15;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.170;SB=-5.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,61:131:99:1107,0,1190 chrXIII 651503 . CA C 3711 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=440.2178;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.07;MQ0=0;QD=28.11;RPA=5,4;RU=A;SB=-6.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,131:132:99:3711,393,0 chrXIII 652533 . C CT 1557.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.180;DP=103;FS=5.351;HaplotypeScore=49.7686;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.56;MQ0=1;MQRankSum=-0.481;QD=15.13;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=-0.168;SB=-6.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,77:102:99:1600,171,0 chrXIII 653301 . A AC 1482.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.295;DP=115;FS=9.182;HaplotypeScore=191.2293;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.008;QD=12.90;RPA=5,6;RU=C;ReadPosRankSum=-1.604;SB=-6.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,54:115:99:1522,0,1062 chrXIII 653459 . AC A 1641.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.324;DP=144;FS=9.617;HaplotypeScore=58.6908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=0.454;QD=11.40;RPA=6,5;RU=C;ReadPosRankSum=-0.231;SB=-3.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,65:144:99:1681,0,1320 chrXIII 654160 . TATA T 2586.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.043;DP=137;FS=1.394;HaplotypeScore=119.2121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=0.978;QD=18.88;RPA=2,1;RU=ATA;ReadPosRankSum=-0.455;SB=-1.198e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,63:137:99:2626,0,2900 chrXIII 654916 . A AATAT 1196.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.172;DP=140;FS=5.909;HaplotypeScore=341.3633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.86;MQ0=0;MQRankSum=3.576;QD=8.55;RPA=9,11;RU=AT;ReadPosRankSum=1.524;SB=-4.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:101,34:140:99:1236,0,1986 chrXIII 667202 . CAAA CA,C 2362.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.301;DP=146;FS=1.448;HaplotypeScore=141.6619;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.90;MQ0=1;MQRankSum=1.261;QD=16.18;RPA=17,15,14;RU=A;ReadPosRankSum=2.992;SB=-9.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:89,0,30:144:99:2441,790,663,659,0,862 chrXIII 674863 . G GA 897.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.366;DP=138;FS=8.786;HaplotypeScore=450.9758;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=2.450;QD=6.51;RPA=17,18;RU=A;ReadPosRankSum=-1.834;SB=-1.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,56:138:99:937,0,192 chrXIII 675387 . GT GTT,G 2132.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=108.2822;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.49;MQ0=0;QD=19.57;RPA=9,10,8;RU=T;SB=-6.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:12,1,48:109:99:2211,1166,1352,1309,0,1594 chrXIII 677063 . A AT 1099.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.282;DP=170;FS=0.636;HaplotypeScore=285.2071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=0.758;QD=6.47;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.187;SB=-4.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,65:170:99:1139,0,1192 chrXIII 685884 . CA C 1274.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.765;DP=140;FS=4.062;HaplotypeScore=51.2468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQ0=0;MQRankSum=1.015;QD=9.11;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.459;SB=-6.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,71:140:99:1314,0,1210 chrXIII 687366 . GT G 1754.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.139;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=380.5192;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=0.219;QD=16.87;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.653;SB=-8.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,79:104:99:1797,234,0 chrXIII 688905 . ATT A 1853.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.310;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=144.2789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.122;QD=14.71;RPA=11,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.597;SB=-5.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,65:126:99:1893,0,1385 chrXIII 688993 . C CA 1041.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.278;DP=97;FS=1.825;HaplotypeScore=452.5090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.37;MQ0=0;MQRankSum=0.536;QD=10.74;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=-0.358;SB=-2.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,39:97:99:1081,0,931 chrXIII 695196 . GA G 1842.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.139;DP=133;FS=4.206;HaplotypeScore=75.9185;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.219;QD=13.86;ReadPosRankSum=1.166;SB=-7.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,60:133:99:1882,0,2295 chrXIII 698679 . TAAA TA,T 3188.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=126.1436;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.88;MQ0=0;QD=30.37;RPA=17,15,14;RU=A;SB=-1.159e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:3,0,46:105:99:3267,1020,722,1100,0,844 chrXIII 703390 . C CTATA,CTA 2033.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.696;DP=94;FS=2.643;HaplotypeScore=129.5301;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.482;QD=21.64;RPA=9,11,10;RU=TA;ReadPosRankSum=-0.188;SB=-6.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:51,18,25:94:99:2112,741,747,712,0,604 chrXIII 703444 . ATTT A 3501 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.805;DP=135;FS=7.908;HaplotypeScore=605.7806;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.305;QD=25.93;RPA=5,2;RU=T;ReadPosRankSum=-0.777;SB=-1.742e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,73:135:99:3501,0,2486 chrXIII 703560 . CTTTCTGAAATACG C 6276 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.712;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=432.7655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.68;MQ0=0;MQRankSum=-8.427;QD=53.19;ReadPosRankSum=1.919;SB=-1.698e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,44:118:99:6276,0,8819 chrXIII 715603 . GA G 2218.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.429;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=336.1892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=1.423;QD=16.81;ReadPosRankSum=1.410;SB=-7.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,70:132:99:2258,0,1890 chrXIII 718367 . AT A 2960.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.892;DP=147;FS=3.144;HaplotypeScore=260.9898;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;MQRankSum=1.181;QD=20.14;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.312;SB=-1.435e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,131:147:99:3003,371,0 chrXIII 731144 . G GT 558.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.865;DP=100;FS=10.035;HaplotypeScore=26.4010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.320;QD=5.59;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=1.181;SB=-1.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,33:100:99:598,0,1099 chrXIII 731980 . A AT 897.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.417;DP=107;FS=0.952;HaplotypeScore=37.7928;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQ0=0;MQRankSum=0.542;QD=8.39;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.102;SB=-1.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,50:107:99:937,0,852 chrXIII 751553 . CA C 2624.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.949;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=143.4023;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.160;QD=19.44;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.702;SB=-1.126e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,113:135:99:2667,320,0 chrXIII 752958 . ATTT A,ATT 3770 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.917;DP=122;FS=2.717;HaplotypeScore=69.4623;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=1.425;QD=30.90;RPA=12,9,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.482;SB=-1.243e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:8,74,0:122:99:3770,916,1143,2416,0,2125 chrXIII 756824 . G GTT 1139.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.073;DP=118;FS=48.223;HaplotypeScore=80.6392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=1.452;QD=9.66;RPA=17,19;RU=T;ReadPosRankSum=-3.701;SB=-1.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,51:118:99:1179,0,233 chrXIII 756953 . ATTTCTTATTTCTTATTCTTTTTCTTATTCTT A 7648 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.511;DP=101;FS=21.047;HaplotypeScore=171.3925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.92;MQ0=0;MQRankSum=2.873;QD=75.72;ReadPosRankSum=-1.326;SB=-2.913e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,57:101:99:7648,0,1164 chrXIII 759342 . C CA 1176.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.554;DP=132;FS=11.434;HaplotypeScore=45.0976;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=2.134;QD=8.92;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=1.814;SB=-4.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,61:132:99:1216,0,1266 chrXIII 759679 . C CT 3792 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=39.2355;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;QD=29.63;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.414e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,127:128:99:3792,382,0 chrXIII 763192 . G GA 1844.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.513;DP=137;FS=8.344;HaplotypeScore=367.4938;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=2.328;QD=13.47;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=-1.625;SB=-3.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,83:137:99:1884,0,841 chrXIII 763221 . G GA 2126.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.039;DP=122;FS=4.353;HaplotypeScore=281.8962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.091;QD=17.43;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=3.085;SB=-1.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,80:122:99:2166,0,1043 chrXIII 768170 . G GT 978.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.178;DP=126;FS=4.468;HaplotypeScore=266.2843;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.09;MQ0=0;MQRankSum=0.849;QD=7.77;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.827;SB=-4.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,54:125:99:1018,0,1154 chrXIII 768214 . G GA 1534.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.835;DP=116;FS=7.312;HaplotypeScore=335.4831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.68;MQ0=0;MQRankSum=1.341;QD=13.23;ReadPosRankSum=2.105;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,55:115:99:1574,0,1755 chrXIII 768315 . AT A 1494.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.645;DP=143;FS=6.695;HaplotypeScore=499.5852;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.13;MQ0=0;MQRankSum=2.759;QD=10.45;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=-0.358;SB=-4.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,56:142:99:1534,0,2241 chrXIII 768547 . G GGAAGAGGAACC 7117 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=618.6024;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.74;MQ0=2;QD=111.20;SB=-1.050e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,29:61:99:7117,178,0 chrXIII 768879 . ATGTCGGAAGAG A 3206.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=124.2461;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.05;MQ0=16;QD=76.36;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,23:24:69:3249,69,0 chrXIII 770561 . A AT 586.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.739;DP=131;FS=2.592;HaplotypeScore=66.9003;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.558;QD=4.48;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.823;SB=-3.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,36:131:99:626,0,1091 chrXIII 774724 . CAAA C,CAA 3357 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=253.0874;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.54;MQ0=1;QD=27.29;RPA=12,9,11;RU=A;SB=-1.476e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:14,52,0:122:99:3357,1281,1657,1822,0,1507 chrXIII 774965 . A AAG 4273 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=64.2767;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.06;MQ0=0;QD=37.81;RPA=2,3;RU=AG;SB=-1.726e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,105:113:99:4273,316,0 chrXIII 775114 . GAAA GA,G 2860.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.605;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=54.1284;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=1.225;QD=31.79;RPA=12,10,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.141;SB=-1.376e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:7,0,49:89:99:2939,1153,912,762,0,564 chrXIII 775274 . T TG 1025.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.648;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=26.0803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.456;QD=11.40;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=-0.456;SB=-4.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,36:90:99:1065,0,1134 chrXIII 777207 . AT A 3415 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=34.9709;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.93;MQ0=0;QD=27.99;RPA=4,3;RU=T;SB=-7.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,116:122:99:3415,349,0 chrXIII 779300 . CTT C 3086.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.530;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=142.9735;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.190;QD=25.51;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.890;SB=-7.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,100:120:99:3129,293,0 chrXIII 779631 . A ACTC 4906 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=233.2505;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.27;MQ0=0;QD=40.88;RPA=3,4;RU=CTC;SB=-1.400e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,103:120:99:4906,313,0 chrXIII 782253 . G GA 3083.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=373.5910;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.20;MQ0=0;QD=28.82;RPA=3,4;RU=A;SB=-7.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,104:107:99:3126,313,0 chrXIII 784362 . A AG 1090.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.651;DP=95;FS=0.872;HaplotypeScore=298.2294;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=2.941;QD=11.48;RPA=4,5;RU=G;ReadPosRankSum=-0.251;SB=-3.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,42:95:99:1130,0,943 chrXIII 784454 . G GA 1331.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.941;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=81.2143;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.059;QD=12.93;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=-0.603;SB=-5.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,59:103:99:1371,0,870 chrXIII 789974 . G GAA,GA 2005.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=365.3144;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.98;MQ0=0;QD=23.32;RPA=8,10,9;RU=A;SB=-9.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:2,25,58:86:99:2084,1100,977,627,0,385 chrXIII 798261 . GT G 3998 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=581.0373;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.87;MQ0=0;QD=24.99;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.541e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,156:160:99:3998,468,0 chrXIII 798468 . G GT 3537 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=882.9350;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=26.59;RPA=4,5;RU=T;SB=-5.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,127:133:99:3537,381,0 chrXIII 801577 . GTTT G 5621 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=252.2901;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.28;MQ0=0;QD=43.57;RPA=9,6;RU=T;SB=-2.331e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,124:129:99:5621,373,0 chrXIII 801594 . G GT 1506.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.891;DP=141;FS=2.166;HaplotypeScore=659.8667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.767;QD=10.69;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.510;SB=-7.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,69:141:99:1546,0,1093 chrXIII 804926 . TAAG T 3354 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=669.4032;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.95;MQ0=0;QD=35.68;RPA=6,5;RU=AAG;SB=-1.449e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,73:94:99:3354,223,0 chrXIII 805223 . T TA 2022.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=514.9661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;QD=25.29;RPA=4,5;RU=A;SB=-5.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,72:80:99:2065,219,0 chrXIII 805306 . TA T 2655.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=720.8806;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.21;MQ0=0;QD=24.15;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.073e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,109:109:99:2698,327,0 chrXIII 807691 . TTATG T 7619 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=513.0433;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.29;MQ0=0;QD=59.99;RPA=2,1;RU=TATG;SB=-3.275e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,125:127:99:7619,379,0 chrXIII 808194 . C CCAAA,CCAAAA 5088 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=423.2076;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.11;MQ0=0;QD=57.17;SB=-1.857e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,57,18:89:99:5088,644,383,744,0,483 chrXIII 808538 . G GCAA 400.06 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.180;DP=14;FS=7.549;HaplotypeScore=76.1413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.54;MQ0=0;MQRankSum=1.246;QD=28.58;ReadPosRankSum=1.713;SB=-1.190e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,8:14:14:439,0,14 chrXIII 810832 . G GAA 1636.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.906;DP=149;FS=1.335;HaplotypeScore=73.6306;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=1.442;QD=10.99;RPA=9,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.303;SB=-7.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,61:149:99:1676,0,2380 chrXIII 811237 . GGTTGTTGTT G 4050 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.228;DP=136;FS=0.731;HaplotypeScore=85.1723;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.11;MQ0=0;MQRankSum=-6.976;QD=29.78;RPA=9,6;RU=GTT;ReadPosRankSum=-0.465;SB=-1.740e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,45:136:99:4050,0,6383 chrXIII 815480 . C CA 846.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.558;DP=62;FS=6.466;HaplotypeScore=41.6741;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.912;QD=13.66;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=0.379;SB=-4.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,46:62:27:889,27,0 chrXIII 818603 . G GAC 1874.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.564;DP=154;FS=4.057;HaplotypeScore=231.0759;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.466;QD=12.18;RPA=4,5;RU=AC;ReadPosRankSum=0.290;SB=-7.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,60:154:99:1914,0,2866 chrXIII 822673 . T TC 3600 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=226.2014;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.23;MQ0=0;QD=29.27;RPA=3,4;RU=C;SB=-1.621e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,115:122:99:3600,346,0 chrXIII 828323 . TTCGTTTTGCATC T 2815.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.825;DP=82;FS=1.883;HaplotypeScore=192.6510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.75;MQ0=0;MQRankSum=-6.385;QD=34.34;ReadPosRankSum=-0.791;SB=-1.381e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,29:82:99:2855,0,6783 chrXIII 831469 . GT G 1691.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.619;DP=115;FS=4.722;HaplotypeScore=142.7901;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQ0=0;MQRankSum=1.562;QD=14.71;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=1.523;SB=-7.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,61:115:99:1731,0,1340 chrXIII 837776 . A AT 1131.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.694;DP=107;FS=22.636;HaplotypeScore=378.7471;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.388;QD=10.58;RPA=3,4;RU=T;ReadPosRankSum=0.817;SB=-4.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,50:107:99:1171,0,1199 chrXIII 837864 . AT A 1597.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.237;DP=105;FS=2.691;HaplotypeScore=228.2655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=1.351;QD=15.22;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=0.702;SB=-5.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,57:105:99:1637,0,1119 chrXIII 840038 . T TG 4598 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=700.9554;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.88;MQ0=0;QD=35.64;SB=-1.244e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,123:129:99:4598,382,0 chrXIII 841879 . A AG 1634.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.825;DP=106;FS=6.151;HaplotypeScore=357.2037;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=0.070;QD=15.42;ReadPosRankSum=-0.733;SB=-7.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,52:106:99:1674,0,1410 chrXIII 851734 . AAGA A 2610.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.186;DP=176;FS=346.761;HaplotypeScore=369.7434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.91;MQ0=0;MQRankSum=0.950;QD=14.84;ReadPosRankSum=6.104;SB=-3.903e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:123,0:174:99:2650,0,896 chrXIII 852529 . T TGTC 6922 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=29.9303;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.75;MQ0=0;QD=56.74;SB=-2.549e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:122:99:6922,367,0 chrXIII 854478 . CTT C,CT 1714.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=168.6598;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.595;QD=16.33;RPA=14,12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.957;SB=-3.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:37,38,0:105:99:1793,576,512,899,0,712 chrXIII 854821 . GTTTTTAATA G 5756 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.194;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=45.9684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.07;MQ0=0;MQRankSum=-6.393;QD=48.37;ReadPosRankSum=-2.164;SB=-1.794e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,63:119:99:5756,0,4850 chrXIII 856903 . C CAAA 4267 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=152.9799;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.47;MQ0=0;QD=31.61;RPA=11,14;RU=A;SB=-1.301e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,108:135:99:4267,365,0 chrXIII 859174 . TTA T 1376.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.334;DP=104;FS=1.620;HaplotypeScore=166.2493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQ0=0;MQRankSum=1.151;QD=13.24;RPA=5,4;RU=TA;ReadPosRankSum=-1.151;SB=-6.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,50:104:99:1416,0,1471 chrXIII 860894 . C CT 2561.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.735;DP=148;FS=5.002;HaplotypeScore=190.4643;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.13;MQ0=0;MQRankSum=0.945;QD=17.31;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.466;SB=-1.091e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,116:148:99:2604,213,0 chrXIII 861205 . CAAA C,CAA 2640.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=168.9989;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=1.032;QD=24.45;RPA=13,10,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.137;SB=-7.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:14,48,0:108:99:2719,963,1444,1486,0,1261 chrXIII 861850 . A AAGAG 2780.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.549;DP=136;FS=6.385;HaplotypeScore=119.0465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQ0=0;MQRankSum=2.004;QD=20.45;RPA=7,9;RU=AG;ReadPosRankSum=-1.232;SB=-1.205e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,57:136:99:2820,0,2428 chrXIII 863738 . T TA 1196.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.717;DP=147;FS=3.904;HaplotypeScore=47.6443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.656;QD=8.14;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.943;SB=-5.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,69:147:99:1236,0,1300 chrXIII 865430 . A AT 703.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.550;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=464.6626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.519;QD=6.02;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.365;SB=-2.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,39:117:99:743,0,828 chrXIII 865450 . CAT C 2749.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=294.1365;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.94;MQ0=0;QD=24.12;RPA=8,7;RU=AT;SB=-8.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,80:114:99:2792,247,0 chrXIII 867234 . G GA 815.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.014;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=153.9753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.519;QD=7.49;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.576;SB=-2.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,50:109:99:855,0,663 chrXIII 869689 . GA G 1373.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.687;DP=109;FS=3.563;HaplotypeScore=37.1424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQ0=0;MQRankSum=0.625;QD=12.61;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=-1.044;SB=-5.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,50:109:99:1413,0,1531 chrXIII 878825 . A ATATATATATATATATATCTT 6004 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=259.2486;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.33;MQ0=0;QD=115.46;SB=-2.285e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,5:52:99:6004,138,0 chrXIII 886520 . TA T 2733.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=346.6210;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;QD=21.53;RPA=11,10;RU=A;SB=-1.142e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,117:127:99:2776,361,0 chrXIII 886585 . CT C 3807 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=489.1930;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=28.62;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.356e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,125:133:99:3807,382,0 chrXIII 886952 . A AT 2489.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=40.3336;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=25.67;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.055e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,94:97:99:2532,285,0 chrXIII 892733 . CTA C 3945 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=34.3792;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.50;MQ0=0;QD=32.88;RPA=5,4;RU=TA;SB=-1.708e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,110:120:99:3945,331,0 chrXIII 892822 . CG C 1698.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.905;DP=122;FS=3.333;HaplotypeScore=194.3432;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.669;QD=13.93;ReadPosRankSum=2.205;SB=-7.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,51:122:99:1738,0,1297 chrXIII 892823 . G GA 882.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.688;DP=122;FS=4.580;HaplotypeScore=280.6376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=2.796;QD=7.24;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-2.837;SB=-3.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,43:122:99:922,0,352 chrXIII 899344 . TA T 1178.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.028;DP=121;FS=2.440;HaplotypeScore=35.7740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.851;QD=9.74;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=-1.250;SB=-4.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,63:121:99:1218,0,1029 chrXIII 901415 . GAAA GA,G 4146 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=162.1116;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.75;MQ0=2;QD=32.90;RPA=11,9,8;RU=A;SB=-1.014e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:10,0,60:123:99:4146,1442,1097,1374,0,1078 chrXIII 904192 . GAT G 5006 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=258.4358;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.38;MQ0=0;QD=31.68;RPA=5,4;RU=AT;SB=-2.257e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,144:158:99:5006,433,0 chrXIII 904468 . GA G 1833.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.884;DP=174;FS=3.485;HaplotypeScore=208.2843;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.925;QD=10.54;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=1.213;SB=-8.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,85:174:99:1873,0,1946 chrXIII 906043 . C CA 1059.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.940;DP=118;FS=2.397;HaplotypeScore=176.5295;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=1.028;QD=8.98;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=0.702;SB=-4.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,55:118:99:1099,0,1236 chrXIII 906967 . A AT 3443 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.485;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=53.7505;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.866;QD=23.58;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.990;SB=-1.355e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,139:146:99:3443,395,0 chrXIII 907795 . T TC 2301.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.230;DP=172;FS=3.317;HaplotypeScore=275.2179;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.76;MQ0=0;MQRankSum=3.721;QD=13.38;RPA=1,2;RU=C;ReadPosRankSum=0.803;SB=-6.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,83:172:99:2341,0,2516 chrXIII 910338 . C CAG 2069.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.136;DP=197;FS=12.312;HaplotypeScore=427.0122;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.431;QD=10.51;RPA=1,2;RU=AG;ReadPosRankSum=3.259;SB=-1.045e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:130,65:197:99:2109,0,4864 chrXIII 914827 . GT G 1887.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.908;DP=131;FS=10.601;HaplotypeScore=284.7210;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=0.112;QD=14.41;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.255;SB=-7.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:57,66:131:99:1930,232,0 chrXIII 915934 . AT A 1372.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.220;DP=139;FS=0.651;HaplotypeScore=144.4314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=1.511;QD=9.88;RPA=6,5;RU=T;ReadPosRankSum=-0.035;SB=-6.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,67:139:99:1412,0,1287 chrXIII 917288 . GGTTTAGA G 9672 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=47.0622;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.81;MQ0=0;QD=89.56;SB=-2.720e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:106:99:9672,307,0 chrXIII 917449 . T TA 2836.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.642;DP=122;FS=4.479;HaplotypeScore=493.4448;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.63;MQ0=0;MQRankSum=1.341;QD=23.25;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.497;SB=-9.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,117:119:99:2879,320,0 chrXIII 918138 . T TTA 441.05 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.735;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=112.4854;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.75;MQ0=6;MQRankSum=0.714;QD=10.02;RPA=4,5;RU=TA;ReadPosRankSum=-1.327;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,16:33:20:483,20,0 chrXIII 919420 . CT C 1358.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=121.2139;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.07;MQ0=1;QD=28.31;RPA=3,2;RU=T;SB=-3.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,45:43:99:1401,123,0 chrXIII 920189 . CG C 1465.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.598;DP=226;DS;FS=1.519;HaplotypeScore=82.2467;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.86;MQ0=31;MQRankSum=-1.409;QD=6.49;ReadPosRankSum=-0.827;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:160,66:169:99:1505,0,4158 chrXIII 921418 . C CT 269.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.645;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=36.7459;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.79;MQ0=6;MQRankSum=1.053;QD=8.68;RPA=14,15;RU=T;ReadPosRankSum=2.004;SB=-1.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,15:25:25:308,0,25 chrXIII 923820 . TA T 248.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.021;DP=23;FS=6.690;HaplotypeScore=522.2698;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.97;MQ0=1;MQRankSum=1.839;QD=10.82;ReadPosRankSum=3.480;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,11:22:99:288,0,332 chrXIII 923837 . G GAA 209.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.194;DP=28;FS=6.226;HaplotypeScore=597.8848;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.61;MQ0=2;MQRankSum=0.467;QD=7.50;RPA=1,3;RU=A;ReadPosRankSum=4.152;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,7:26:99:249,0,407 chrXIII 923838 . AG A 303.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.166;DP=28;FS=6.226;HaplotypeScore=588.1393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.61;MQ0=2;MQRankSum=-0.156;QD=10.86;ReadPosRankSum=0.623;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,11:26:99:343,0,310 chrXIII 923880 . AG A 208.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.665;DP=21;FS=2.702;HaplotypeScore=462.5474;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.85;MQ0=1;MQRankSum=-0.810;QD=9.95;ReadPosRankSum=0.579;SB=-7.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,8:20:99:248,0,394 chrXIII 923891 . CT C 347.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.519;DP=24;FS=5.051;HaplotypeScore=531.5982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.59;MQ0=1;MQRankSum=-1.519;QD=14.50;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=0.434;SB=-1.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,11:23:9:389,9,0 chrXIV 6631 . CCA C 381.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.025;DP=28;FS=4.801;HaplotypeScore=287.8601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.81;MQ0=2;MQRankSum=2.168;QD=13.64;RPA=3,2;RU=CA;ReadPosRankSum=1.315;SB=-5.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,11:24:99:421,0,235 chrXIV 7478 . A AT 609.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=21.8225;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.11;MQ0=6;QD=10.17;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:23:69:652,69,0 chrXIV 10214 . 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T TG 3039.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=610.8148;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.97;MQ0=0;QD=26.43;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.182e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:88:99:3082,265,0 chrXIV 17397 . GCC G 2929.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=410.4594;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.24;MQ0=0;QD=33.29;RPA=6,4;RU=C;SB=-1.100e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,86:74:99:2972,220,0 chrXIV 17693 . G GAC 4666 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.419;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=921.8703;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.93;MQ0=0;MQRankSum=0.116;QD=37.93;ReadPosRankSum=2.197;SB=-2.040e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,114:120:99:4666,341,0 chrXIV 17700 . C CT 3668 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=1058.3192;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.78;MQ0=0;QD=27.58;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.757e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,128:130:99:3668,376,0 chrXIV 23552 . CA C 3658 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;FS=0.000;HaplotypeScore=930.1320;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.34;MQ0=0;QD=22.44;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.586e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,154:163:99:3658,469,0 chrXIV 23573 . A AT 4791 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;FS=0.000;HaplotypeScore=920.4164;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.15;MQ0=0;QD=28.86;RPA=3,4;RU=T;SB=-2.327e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,163:166:99:4791,496,0 chrXIV 24003 . C CCCTTTTTTA 13133 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=125.6956;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.40;MQ0=0;QD=115.20;SB=-6.175e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:114:99:13133,340,0 chrXIV 31747 . G GTTGTAGTGTCAACT 12144 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=34.7405;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.78;MQ0=0;QD=104.69;RPA=1,2;RU=TTGTAGTGTCAACT;SB=-9.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,83:116:99:12144,256,0 chrXIV 33228 . ATTT A 4896 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=363.4110;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.51;MQ0=0;QD=47.08;RPA=7,4;RU=T;SB=-1.544e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,100:104:99:4896,301,0 chrXIV 34477 . G GATATAT 5939 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=240.5296;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=1;QD=44.99;RPA=6,9;RU=AT;SB=-2.848e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,83:131:99:5939,273,0 chrXIV 43257 . AT A 3070.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=381.4497;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.72;MQ0=0;QD=31.02;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.225e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,97:99:99:3113,295,0 chrXIV 51868 . ATATC A 6325 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=275.3585;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.88;MQ0=0;QD=46.17;RPA=2,1;RU=TATC;SB=-2.417e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,114:137:99:6325,343,0 chrXIV 58892 . CT C 3091.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=64.0881;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.73;MQ0=0;MQRankSum=1.705;QD=22.73;RPA=7,6;RU=T;ReadPosRankSum=1.434;SB=-8.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,127:136:99:3134,379,0 chrXIV 63356 . A AAAGCTTTGTG 12415 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=95.4673;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.02;MQ0=0;QD=107.96;SB=-4.832e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,108:109:99:12415,328,0 chrXIV 64561 . A ATTTTGTT 7975 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=181.3252;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.46;MQ0=0;QD=68.16;RPA=2,3;RU=TTTTGTT;SB=-2.797e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,97:117:99:7975,292,0 chrXIV 64974 . A AT 2936.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.181;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=263.1974;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=1.535;QD=21.13;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.039;SB=-1.132e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,119:139:99:2979,341,0 chrXIV 65024 . AC A 3640 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=532.3191;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=28.89;RPA=4,3;RU=C;SB=-1.570e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,115:126:99:3640,346,0 chrXIV 65238 . TA T 2906.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=518.8935;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.60;MQ0=0;QD=21.86;RPA=8,7;RU=A;SB=-7.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,125:133:99:2949,376,0 chrXIV 66362 . TAA T 3774 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=68.4379;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=7;QD=24.04;RPA=12,10;RU=A;SB=-1.884e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,123:149:99:3774,363,0 chrXIV 84037 . ATT A 1262.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.313;DP=104;FS=1.757;HaplotypeScore=159.3721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.773;QD=12.14;RPA=11,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.573;SB=-4.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,48:104:99:1302,0,1171 chrXIV 84081 . A ATTTT 2123.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.067;DP=107;FS=2.887;HaplotypeScore=155.1051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.920;QD=19.85;RPA=7,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.989;SB=-7.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,43:107:99:2163,0,2323 chrXIV 87325 . TA T 1489.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.154;DP=148;FS=0.817;HaplotypeScore=627.0887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.77;MQ0=0;MQRankSum=0.571;QD=10.07;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=-1.318;SB=-2.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,83:148:99:1529,0,1164 chrXIV 89064 . GA G 828.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.405;DP=93;FS=7.235;HaplotypeScore=124.9209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=1.243;QD=8.91;RPA=6,5;RU=A;ReadPosRankSum=0.874;SB=-3.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,44:93:99:868,0,942 chrXIV 89323 . CT C 763.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.198;DP=124;FS=4.823;HaplotypeScore=384.6830;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=0.687;QD=6.16;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=3.139;SB=-3.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,43:124:99:803,0,265 chrXIV 90529 . A ATAACGGCGG 4566 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.386;DP=144;FS=1.501;HaplotypeScore=74.1411;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.50;MQ0=0;MQRankSum=-4.492;QD=31.71;RPA=1,2;RU=TAACGGCGG;ReadPosRankSum=-0.222;SB=-1.381e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,54:144:99:4566,0,6783 chrXIV 94849 . A ATTAC 3776 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.954;DP=152;FS=19.260;HaplotypeScore=98.4831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=0.721;QD=24.84;ReadPosRankSum=1.513;SB=-1.302e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,65:152:99:3776,0,3779 chrXIV 95116 . C CAA,CA 2885.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.148;DP=129;FS=2.748;HaplotypeScore=178.0608;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.77;MQ0=1;MQRankSum=1.019;QD=22.37;RPA=9,11,10;RU=A;ReadPosRankSum=2.274;SB=-6.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:9,47,70:128:99:2964,1104,930,1246,0,957 chrXIV 96192 . T TA 1071.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.967;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=469.6551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=1.688;QD=9.32;RPA=3,4;RU=A;ReadPosRankSum=1.298;SB=-4.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,49:115:99:1111,0,1385 chrXIV 96445 . CGATAA C 1632.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.902;DP=82;FS=41.288;HaplotypeScore=185.8923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.64;MQ0=0;MQRankSum=-6.529;QD=19.91;ReadPosRankSum=2.383;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,24:82:99:1672,0,4043 chrXIV 102793 . ATTT ATTTT,A 2470.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;DP=89;FS=3.904;HaplotypeScore=182.8871;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.967;QD=27.76;RPA=8,9,5;RU=T;ReadPosRankSum=-1.007;SB=-1.030e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:10,0,34:89:99:2549,1616,1742,1142,0,2466 chrXIV 104955 . G GA 1304.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.415;DP=141;FS=1.451;HaplotypeScore=411.5428;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=0.892;QD=9.26;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=-0.611;SB=-4.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,61:141:99:1344,0,1537 chrXIV 105053 . AT A 2643.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=396.0417;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=22.79;RPA=8,7;RU=T;SB=-9.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,114:116:99:2686,341,0 chrXIV 106212 . TAGC T 2428.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.362;DP=131;FS=7.154;HaplotypeScore=42.7107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.06;MQ0=0;MQRankSum=1.702;QD=18.54;ReadPosRankSum=0.268;SB=-6.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,58:131:99:2468,0,3161 chrXIV 107294 . GA G 409.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.305;DP=84;FS=7.407;HaplotypeScore=147.3710;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=1.400;QD=4.88;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=2.719;SB=-1.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,22:84:99:449,0,531 chrXIV 116771 . G GA 1174.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.989;DP=181;FS=0.647;HaplotypeScore=492.0136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQ0=0;MQRankSum=1.479;QD=6.49;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-3.868;SB=-5.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:104,75:181:99:1214,0,890 chrXIV 118938 . TAG T 2321.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.526;DP=114;FS=5.006;HaplotypeScore=530.5467;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.74;MQ0=0;MQRankSum=-2.025;QD=20.37;ReadPosRankSum=1.828;SB=-4.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,55:114:99:2361,0,2258 chrXIV 118942 . AG A 1640.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.808;DP=108;FS=7.450;HaplotypeScore=592.3714;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.55;MQ0=0;MQRankSum=-2.469;QD=15.19;ReadPosRankSum=2.075;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,55:108:99:1680,0,1529 chrXIV 118987 . GAAAAAA G,GAAAAA 2462.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.851;DP=88;FS=5.537;HaplotypeScore=701.0157;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=45.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.051;QD=27.99;RPA=17,11,16;RU=A;ReadPosRankSum=2.427;SB=-6.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:39,34,0:88:99:2541,327,1794,1973,0,1888 chrXIV 119033 . C CT 1306.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.832;DP=117;FS=15.941;HaplotypeScore=849.8024;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.89;MQ0=0;MQRankSum=-4.199;QD=11.17;RPA=3,4;RU=T;ReadPosRankSum=1.726;SB=-3.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,57:117:99:1346,0,1152 chrXIV 129315 . G GCA 1713.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.943;DP=122;FS=4.756;HaplotypeScore=166.2093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.324;QD=14.05;RPA=2,3;RU=CA;ReadPosRankSum=1.566;SB=-5.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,52:122:99:1753,0,2158 chrXIV 129414 . TTA T 1233.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.250;DP=105;FS=12.623;HaplotypeScore=537.4266;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.62;MQ0=0;MQRankSum=7.054;QD=11.75;RPA=6,5;RU=TA;ReadPosRankSum=1.841;SB=-5.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,39:105:99:1273,0,560 chrXIV 129422 . A ATCAT 2732.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.583;DP=144;FS=71.101;HaplotypeScore=874.6203;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.35;MQ0=0;MQRankSum=-6.893;QD=18.98;ReadPosRankSum=-1.129;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:100,38:144:99:2772,0,3222 chrXIV 129423 . T TAC 1571.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.077;DP=150;FS=63.677;HaplotypeScore=1098.4854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.84;MQ0=0;MQRankSum=-5.579;QD=10.48;ReadPosRankSum=-0.783;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:111,39:150:99:1611,0,1692 chrXIV 135899 . C CATACATATAT 3919 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.563;DP=135;FS=0.682;HaplotypeScore=148.7702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQ0=2;MQRankSum=2.689;QD=29.03;ReadPosRankSum=1.181;SB=-1.541e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,40:133:99:3919,0,4278 chrXIV 137507 . G GCAT 1760.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.068;DP=88;FS=0.824;HaplotypeScore=41.9608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.979;QD=20.01;RPA=2,3;RU=CAT;ReadPosRankSum=-0.296;SB=-7.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,42:88:99:1800,0,1737 chrXIV 138052 . GA G 884.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.070;DP=147;FS=3.491;HaplotypeScore=465.0803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=0.680;QD=6.02;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.778;SB=-4.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,56:147:99:924,0,1002 chrXIV 138448 . G GA 2981.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=182.6083;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.12;MQ0=0;QD=23.12;RPA=8,9;RU=A;SB=-8.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,124:129:99:3024,371,0 chrXIV 138534 . G GTA 1238.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.541;DP=134;FS=2.707;HaplotypeScore=203.4718;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQ0=0;MQRankSum=0.665;QD=9.25;RPA=8,9;RU=TA;ReadPosRankSum=0.567;SB=-6.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,37:134:99:1278,0,1229 chrXIV 139391 . GT G 1403.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.263;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=42.8698;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQ0=0;MQRankSum=0.946;QD=11.41;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=-0.823;SB=-5.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,55:123:99:1443,0,1634 chrXIV 140432 . T TAG 1255.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.575;DP=107;FS=13.590;HaplotypeScore=313.3585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.21;MQ0=0;MQRankSum=-2.306;QD=11.74;RPA=1,2;RU=AG;ReadPosRankSum=-1.904;SB=-3.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,40:107:99:1295,0,2404 chrXIV 145389 . GT G 2554.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=148.8314;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;QD=18.79;RPA=10,9;RU=T;SB=-1.122e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,116:136:99:2597,343,0 chrXIV 145535 . TA TAA,T 2531.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.308;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=179.8264;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=1.150;QD=17.22;RPA=11,12,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.203;SB=-9.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:10,1,57:147:99:2610,1238,1490,1694,0,2143 chrXIV 156766 . GA G 1036.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.810;DP=125;FS=0.716;HaplotypeScore=277.5509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=0.494;QD=8.30;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=0.542;SB=-5.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,52:125:99:1076,0,1263 chrXIV 157417 . GT G 2241.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=159.0688;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.37;MQ0=0;QD=21.56;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.127e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,91:104:99:2284,273,0 chrXIV 158024 . G GA 1199.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.272;DP=135;FS=6.623;HaplotypeScore=450.8327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=0.191;QD=8.89;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.200;SB=-2.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,65:135:99:1239,0,1186 chrXIV 168003 . C CA 1455.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.773;DP=110;FS=10.352;HaplotypeScore=127.5361;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=2.426;QD=13.24;ReadPosRankSum=0.058;SB=-5.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,47:110:99:1495,0,2008 chrXIV 169372 . GA G 2414.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=115.3671;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.16;MQ0=0;QD=19.17;RPA=11,10;RU=A;SB=-1.051e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,111:126:99:2457,334,0 chrXIV 172233 . G GGCAGTT 1935.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.643;DP=86;FS=10.012;HaplotypeScore=37.5851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=0.154;QD=22.51;RPA=2,3;RU=GCAGTT;ReadPosRankSum=-0.909;SB=-6.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,23:86:99:1975,0,2955 chrXIV 172362 . T TTTTCA 3157.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.499;DP=134;FS=0.678;HaplotypeScore=497.3387;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.164;QD=23.57;ReadPosRankSum=0.265;SB=-1.213e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,39:134:99:3197,0,3315 chrXIV 172391 . G GA 1044.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.658;DP=125;FS=1.522;HaplotypeScore=622.8323;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.062;QD=8.36;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.381;SB=-4.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,57:125:99:1084,0,901 chrXIV 172492 . CA C 2727.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.007;DP=144;FS=2.620;HaplotypeScore=152.4618;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=1.964;QD=18.94;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.268;SB=-9.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,130:144:99:2770,360,0 chrXIV 174733 . C CAA,CA 2060.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.523;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=172.3002;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=0.066;QD=19.82;RPA=11,13,12;RU=A;ReadPosRankSum=-1.417;SB=-8.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:15,33,56:104:99:2139,929,822,815,0,596 chrXIV 174986 . AT A 1269.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.239;DP=141;FS=3.079;HaplotypeScore=437.9247;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.288;QD=9.01;RPA=6,5;RU=T;ReadPosRankSum=-0.063;SB=-5.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,66:141:99:1309,0,1505 chrXIV 175206 . CA C 1072.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.751;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=251.5515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=0.892;QD=7.20;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.328;SB=-4.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,69:149:99:1112,0,1029 chrXIV 181319 . A ACC 1571.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.737;DP=125;FS=1.652;HaplotypeScore=139.8455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=3;MQRankSum=-0.817;QD=12.58;RPA=2,4;RU=C;ReadPosRankSum=1.574;SB=-4.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,43:122:99:1611,0,2486 chrXIV 187561 . AC A 1254.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.414;DP=112;FS=5.015;HaplotypeScore=136.0803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=0.084;QD=11.21;RPA=5,4;RU=C;ReadPosRankSum=0.134;SB=-5.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,54:112:99:1294,0,1232 chrXIV 187639 . GA G 841.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.796;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=152.4416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.349;QD=7.14;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.023;SB=-3.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,51:118:99:881,0,656 chrXIV 191300 . C CT 549.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.228;DP=79;FS=4.972;HaplotypeScore=192.0846;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=1;MQRankSum=0.117;QD=6.96;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.614;SB=-2.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,34:78:99:589,0,405 chrXIV 196146 . ATC A 1072.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.774;DP=86;FS=35.510;HaplotypeScore=675.3870;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.41;MQ0=0;MQRankSum=-5.604;QD=12.48;RPA=2,1;RU=TC;ReadPosRankSum=2.215;SB=-4.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,25:86:99:1112,0,221 chrXIV 196150 . CTTTT C 1402.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.064;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=677.5475;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.44;MQ0=0;MQRankSum=2.684;QD=16.31;RPA=18,14;RU=T;ReadPosRankSum=2.071;SB=-7.208e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,25:86:67:1442,0,67 chrXIV 196307 . T TG 1483.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-9.707;DP=131;FS=7.573;HaplotypeScore=398.8417;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=0.403;QD=11.33;RPA=6,7;RU=G;ReadPosRankSum=1.508;SB=-5.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,66:131:99:1523,0,1400 chrXIV 197764 . GTCC G 7274 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=511.9360;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.98;MQ0=0;QD=46.33;RPA=3,2;RU=TCC;SB=-3.557e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,143:157:99:7274,433,0 chrXIV 198221 . AT A 1089.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.870;DP=122;FS=0.828;HaplotypeScore=457.5122;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=0.760;QD=8.93;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.615;SB=-3.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,61:121:99:1129,0,558 chrXIV 198236 . ATT A,AT 2591.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.790;DP=130;FS=3.326;HaplotypeScore=469.5746;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=0.912;QD=19.94;RPA=13,11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.395;SB=-1.267e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:32,58,0:129:99:2670,572,282,1367,0,1075 chrXIV 206645 . A AT 1079.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.800;DP=133;FS=15.372;HaplotypeScore=242.1078;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.977;QD=8.12;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.812;SB=-4.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,62:133:99:1119,0,969 chrXIV 214098 . G GAGA 5450 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=299.9172;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.94;MQ0=0;QD=51.90;SB=-2.641e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,103:105:99:5450,313,0 chrXIV 218712 . CA C 3233.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=122.1645;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.97;MQ0=0;QD=25.66;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.329e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,122:126:99:3274,366,0 chrXIV 218946 . CAA C 5339 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=243.2425;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.01;MQ0=0;QD=40.76;RPA=4,2;RU=A;SB=-2.455e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,124:131:99:5339,373,0 chrXIV 220510 . GA G 2044.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=354.7642;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.49;MQ0=0;QD=21.99;RPA=9,8;RU=A;SB=-9.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,90:93:99:2087,269,0 chrXIV 224579 . C CA 2563.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=794.9680;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.55;MQ0=0;QD=23.52;RPA=6,7;RU=A;SB=-8.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,100:109:99:2606,303,0 chrXIV 227098 . A ATT 1869.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.505;DP=135;FS=0.670;HaplotypeScore=181.0870;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQ0=0;MQRankSum=2.308;QD=13.85;RPA=8,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.578;SB=-7.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,68:135:99:1909,0,1522 chrXIV 229899 . AT A 3010.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.127;DP=130;FS=3.600;HaplotypeScore=415.8996;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=1.705;QD=23.16;RPA=7,6;RU=T;ReadPosRankSum=1.677;SB=-1.315e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,124:130:99:3053,357,0 chrXIV 229975 . G GTA 5018 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=171.0383;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.40;MQ0=0;QD=38.02;RPA=2,3;RU=TA;SB=-1.783e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,124:132:99:5018,379,0 chrXIV 230680 . T TAA 4530 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.643;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=627.3387;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=1.336;QD=31.03;ReadPosRankSum=1.658;SB=-1.659e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,135:146:99:4530,416,0 chrXIV 230801 . GA G 2428.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=177.9449;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;QD=20.94;RPA=10,9;RU=A;SB=-8.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,109:116:99:2471,328,0 chrXIV 230941 . CT C 6157 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=394.2623;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;QD=38.48;SB=-2.104e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,159:160:99:6157,478,0 chrXIV 235956 . C CT 832.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.363;DP=111;FS=10.908;HaplotypeScore=359.5643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.50;MQ0=0;MQRankSum=2.933;QD=7.50;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=-0.597;SB=-3.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,50:111:99:872,0,224 chrXIV 249961 . GT G 1192.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.693;DP=125;FS=3.552;HaplotypeScore=336.2535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.040;QD=9.54;RPA=7,6;RU=T;ReadPosRankSum=-1.188;SB=-3.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,65:125:99:1232,0,1178 chrXIV 251874 . AT A 1791.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.256;DP=108;FS=1.911;HaplotypeScore=56.1402;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.09;MQ0=0;MQRankSum=0.083;QD=16.59;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.861;SB=-7.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,89:108:99:1834,201,0 chrXIV 255141 . G GA 1375.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.276;DP=146;FS=5.433;HaplotypeScore=569.2288;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.28;MQ0=0;MQRankSum=1.746;QD=9.42;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=-1.698;SB=-5.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,71:146:99:1415,0,1353 chrXIV 258264 . GAA G 1350.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.496;DP=108;FS=6.146;HaplotypeScore=259.2701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQ0=1;MQRankSum=-0.120;QD=12.51;RPA=10,8;RU=A;ReadPosRankSum=1.713;SB=-2.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,49:107:99:1390,0,515 chrXIV 258274 . AG A 1337.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.043;DP=116;FS=7.952;HaplotypeScore=380.9162;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.836;QD=11.53;ReadPosRankSum=-0.632;SB=-5.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,46:116:99:1377,0,478 chrXIV 258353 . A AAAGT 5192 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=89;FS=4.431;HaplotypeScore=261.2438;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.85;MQ0=0;MQRankSum=1.692;QD=58.34;ReadPosRankSum=-0.483;SB=-1.792e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,84:89:99:5192,253,0 chrXIV 263349 . ATTT A,ATT 3039.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.702;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=63.8927;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.29;MQ0=0;MQRankSum=0.986;QD=23.38;RPA=13,10,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.015;SB=-1.077e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:15,55,0:130:99:3118,1164,1659,1691,0,1397 chrXIV 263555 . GA GAA,G 1436.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.049;DP=100;FS=7.159;HaplotypeScore=149.2897;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=0.501;QD=14.37;RPA=12,13,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.991;SB=-6.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:22,0,49:99:99:1515,1001,1298,695,0,895 chrXIV 269872 . A ACT 5621 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=46.5349;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.07;MQ0=0;QD=43.57;SB=-1.905e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,124:129:99:5621,373,0 chrXIV 270187 . C CCTTTCCTTT 3220.05 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.429;DP=119;FS=14.437;HaplotypeScore=415.7142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.17;MQ0=0;MQRankSum=-3.429;QD=27.06;ReadPosRankSum=-1.801;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,38:119:99:3259,0,6031 chrXIV 271068 . TCAA T 1881.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.257;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=222.3938;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQ0=0;MQRankSum=0.285;QD=20.68;ReadPosRankSum=0.380;SB=-8.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,41:91:99:1921,0,2173 chrXIV 273762 . GT G 2423.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.315;DP=145;FS=10.731;HaplotypeScore=67.2759;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.653;QD=16.72;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=-3.589;SB=-9.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,87:145:99:2463,0,1564 chrXIV 274247 . C CT 1194.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.089;DP=127;FS=1.434;HaplotypeScore=60.3594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.63;MQ0=0;MQRankSum=1.722;QD=9.41;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=-0.195;SB=-6.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,62:127:99:1234,0,1156 chrXIV 280309 . G GA 953.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.244;DP=114;FS=0.707;HaplotypeScore=49.2841;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=1.904;QD=8.37;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.192;SB=-4.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,53:114:99:993,0,1039 chrXIV 281793 . GA G 2114.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=49.3756;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.87;MQ0=0;QD=22.26;RPA=8,7;RU=A;SB=-8.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,91:95:99:2157,272,0 chrXIV 281884 . GAA G,GA 1663.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=51.0104;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.25;MQ0=0;QD=20.54;RPA=12,10,11;RU=A;SB=-4.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:10,33,0:81:99:1742,739,707,770,0,561 chrXIV 283468 . AT A 656.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.421;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=86.5191;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=1.119;QD=6.77;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.326;SB=-1.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,42:97:99:696,0,907 chrXIV 290022 . CGAAGACATCGGT C 2444.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=499.3213;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.80;MQ0=0;QD=26.58;RPA=3,2;RU=GAAGACATCGGT;SB=-1.192e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:59,33:92:99:2487,99,0 chrXIV 293082 . T TA 1209.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.604;DP=110;FS=1.647;HaplotypeScore=199.5426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=1.711;QD=11.00;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=-2.696;SB=-4.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,63:110:99:1249,0,711 chrXIV 297763 . TA T 1645.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.432;DP=191;FS=3.459;HaplotypeScore=501.4791;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.861;QD=8.62;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.707;SB=-6.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,91:191:99:1685,0,1498 chrXIV 297859 . G GCTCGTTAA 13092 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=43.8615;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.93;MQ0=0;QD=102.28;SB=-5.989e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,125:128:99:13092,379,0 chrXIV 299634 . CT C 1302.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.397;DP=141;FS=0.636;HaplotypeScore=171.4132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.739;QD=9.24;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=-1.271;SB=-5.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,64:141:99:1342,0,1571 chrXIV 300772 . G GA 2505.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.456;DP=120;FS=3.455;HaplotypeScore=391.9532;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=1.119;QD=20.88;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.720;SB=-1.108e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,111:120:99:2548,315,0 chrXIV 300959 . G GAAA,GA 1124.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.763;DP=97;FS=7.065;HaplotypeScore=599.2627;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=52.25;MQ0=0;MQRankSum=4.882;QD=11.60;RPA=9,12,10;RU=A;ReadPosRankSum=-3.120;SB=-1.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:60,8,25:95:99:1203,619,823,457,0,407 chrXIV 301186 . GTTT G 2244.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-9.041;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=395.5027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=1;MQRankSum=1.247;QD=16.51;RPA=10,7;RU=T;ReadPosRankSum=1.956;SB=-8.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,62:135:99:2284,0,2304 chrXIV 302223 . G GC 1994.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.513;DP=143;FS=3.027;HaplotypeScore=437.6399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.651;QD=13.95;RPA=1,2;RU=C;ReadPosRankSum=-1.523;SB=-8.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,71:143:99:2034,0,2063 chrXIV 302331 . TG T 1098.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.870;DP=147;FS=3.065;HaplotypeScore=892.7332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.51;MQ0=0;MQRankSum=1.314;QD=7.48;ReadPosRankSum=1.092;SB=-4.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,63:147:99:1138,0,2000 chrXIV 302455 . TA T 1579.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.598;DP=163;FS=0.000;HaplotypeScore=706.6040;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=-2.756;QD=9.69;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.701;SB=-4.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:100,62:163:99:1619,0,1947 chrXIV 302483 . A AT 1536.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-9.070;DP=151;FS=1.294;HaplotypeScore=573.1371;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.68;MQ0=0;MQRankSum=3.363;QD=10.18;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=1.050;SB=-7.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,73:151:99:1576,0,1531 chrXIV 303631 . A AT 1402.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.981;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=464.8931;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=0.975;QD=10.47;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=0.721;SB=-6.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,69:134:99:1442,0,1959 chrXIV 304898 . C CTT 992.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.996;DP=94;FS=0.818;HaplotypeScore=64.5104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.489;QD=10.56;RPA=9,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.333;SB=-4.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,38:94:99:1032,0,1178 chrXIV 306260 . GAGA G 1399.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.798;DP=122;FS=9.254;HaplotypeScore=397.2767;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.23;MQ0=0;MQRankSum=-6.849;QD=11.48;RPA=2,1;RU=AGA;ReadPosRankSum=-0.154;SB=-4.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,38:122:99:1439,0,3789 chrXIV 306439 . GATAGTGATA G 3153.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.887;DP=129;FS=9.410;HaplotypeScore=56.7122;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.25;MQ0=1;MQRankSum=-3.527;QD=24.45;ReadPosRankSum=-1.044;SB=-1.340e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,38:127:99:3193,0,8412 chrXIV 307228 . C CTT 641.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.163;DP=121;FS=2.396;HaplotypeScore=131.9713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.72;MQ0=0;MQRankSum=5.342;QD=5.31;RPA=16,18;RU=T;ReadPosRankSum=-2.104;SB=-1.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,39:121:99:681,0,671 chrXIV 308655 . CT C 1272.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.529;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=228.5477;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.99;MQ0=0;MQRankSum=-2.979;QD=11.90;ReadPosRankSum=1.330;SB=-5.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,45:107:99:1312,0,1794 chrXIV 312328 . AACG A 5598 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=243.1411;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;QD=45.89;RPA=3,2;RU=ACG;SB=-2.426e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,111:122:99:5598,334,0 chrXIV 317360 . A ATCT 2188.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.932;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=55.2470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQ0=0;MQRankSum=1.255;QD=15.86;ReadPosRankSum=0.105;SB=-8.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,51:138:99:2228,0,3199 chrXIV 319247 . GA G 616.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.252;DP=86;FS=9.758;HaplotypeScore=40.3857;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;MQ0=0;MQRankSum=0.016;QD=7.17;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=-1.148;SB=-2.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,38:86:99:656,0,697 chrXIV 319853 . G GTGA,GTGATGA 6708 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.258;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=177.9054;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.71;MQ0=0;MQRankSum=0.903;QD=50.44;RPA=4,5,6;RU=TGA;ReadPosRankSum=1.554;SB=-3.338e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:16,70,42:133:99:6708,2535,2224,2347,0,2215 chrXIV 326497 . C CTT 1698.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.947;DP=107;FS=3.704;HaplotypeScore=151.7493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.268;QD=15.88;ReadPosRankSum=-1.492;SB=-5.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,36:107:99:1738,0,2650 chrXIV 331790 . CT C 2705.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.938;DP=115;FS=4.692;HaplotypeScore=472.1611;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.287;QD=23.53;RPA=6,5;RU=T;ReadPosRankSum=-0.906;SB=-9.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,110:115:99:2748,300,0 chrXIV 332683 . TCAA T 6106 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=135.2498;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.72;MQ0=0;QD=41.54;RPA=5,4;RU=CAA;SB=-1.979e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,134:147:99:6106,403,0 chrXIV 333286 . ACAG A 4822 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=66.1078;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.23;MQ0=0;QD=40.18;SB=-1.724e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,110:120:99:4822,336,0 chrXIV 337997 . CA C 5903 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=309.2139;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.94;MQ0=0;QD=38.08;SB=-2.330e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,149:155:99:5903,457,0 chrXIV 338071 . AC A 1857.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.432;DP=152;FS=4.106;HaplotypeScore=221.9163;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.676;QD=12.22;RPA=5,4;RU=C;ReadPosRankSum=-0.503;SB=-6.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,70:152:99:1897,0,1514 chrXIV 340882 . A AT 830.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.531;DP=107;FS=3.805;HaplotypeScore=477.0979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=2.920;QD=7.77;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.803;SB=-3.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,47:107:99:870,0,1048 chrXIV 342064 . C CTAT 3465 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.723;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=711.8098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-2.287;QD=26.25;ReadPosRankSum=2.250;SB=-1.055e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,67:132:99:3465,0,2458 chrXIV 342068 . ACCT A 3524 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.504;DP=126;FS=2.581;HaplotypeScore=705.7415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.84;MQ0=0;MQRankSum=-3.419;QD=27.97;ReadPosRankSum=1.029;SB=-9.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,67:126:99:3524,0,2585 chrXIV 342497 . A AT 1453.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.480;DP=149;FS=3.905;HaplotypeScore=92.5250;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=1.125;QD=9.76;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=0.983;SB=-6.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,71:149:99:1493,0,1449 chrXIV 343407 . CA C 1113.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.021;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=194.3106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=0.929;QD=7.96;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=1.068;SB=-3.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,65:140:99:1153,0,1198 chrXIV 343458 . TA T 1308.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.710;DP=135;FS=3.409;HaplotypeScore=157.7562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.326;QD=9.70;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=-1.340;SB=-5.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,63:135:99:1348,0,1377 chrXIV 346206 . C CTT 7529 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=172;FS=0.000;HaplotypeScore=160.1172;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.65;MQ0=0;QD=43.77;SB=-3.164e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,170:172:99:7529,511,0 chrXIV 347694 . GA G 1166.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.897;DP=100;FS=0.780;HaplotypeScore=410.9514;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.659;QD=11.67;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=0.902;SB=-4.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,55:100:99:1206,0,889 chrXIV 349031 . T TA 948.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.455;DP=106;FS=33.741;HaplotypeScore=224.5328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQ0=0;MQRankSum=0.058;QD=8.95;RPA=3,4;RU=A;ReadPosRankSum=0.939;SB=-6.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,45:106:99:988,0,1330 chrXIV 349160 . T TCA 1850.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.065;DP=119;FS=0.688;HaplotypeScore=50.6193;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=0.986;QD=15.55;RPA=2,3;RU=CA;ReadPosRankSum=-0.619;SB=-8.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,56:119:99:1890,0,2039 chrXIV 349346 . A AC 1861.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.488;DP=144;FS=2.417;HaplotypeScore=197.8980;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=1.416;QD=12.93;RPA=3,4;RU=C;ReadPosRankSum=1.020;SB=-4.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,74:144:99:1901,0,1764 chrXIV 349826 . A AT 1167.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.669;DP=161;FS=5.862;HaplotypeScore=354.0776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.806;QD=7.25;ReadPosRankSum=-3.090;SB=-5.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:110,46:161:99:1207,0,1846 chrXIV 349827 . A AC 1146.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.708;DP=156;FS=7.041;HaplotypeScore=386.4198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQ0=0;MQRankSum=0.699;QD=7.35;ReadPosRankSum=-2.280;SB=-4.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:110,46:156:99:1186,0,2107 chrXIV 350686 . A AT 1313.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.855;DP=142;FS=0.780;HaplotypeScore=554.5032;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.323;QD=9.25;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.077;SB=-3.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,72:142:99:1353,0,831 chrXIV 351519 . T TG 2540.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.148;DP=140;FS=2.146;HaplotypeScore=79.6128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQ0=0;MQRankSum=0.890;QD=18.15;ReadPosRankSum=-0.688;SB=-1.241e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,81:140:99:2580,0,1557 chrXIV 351636 . C CA 1272.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-9.463;DP=124;FS=6.112;HaplotypeScore=270.2401;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=1.177;QD=10.27;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=0.247;SB=-3.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,65:124:99:1312,0,1024 chrXIV 352764 . A AT 570.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.362;DP=91;FS=3.077;HaplotypeScore=88.7186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.556;QD=6.27;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.448;SB=-3.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,36:91:99:610,0,704 chrXIV 354445 . TGGAATGGTG T 6118 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=36.3789;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.00;MQ0=0;QD=70.32;SB=-2.124e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,56:87:99:6118,172,0 chrXIV 355289 . AT A 1674.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.905;DP=155;FS=2.889;HaplotypeScore=422.8509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=1;MQRankSum=0.556;QD=10.81;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=1.213;SB=-8.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,77:154:99:1714,0,1754 chrXIV 356923 . GTT G 1457.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.196;DP=144;FS=3.588;HaplotypeScore=372.5645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=-1.385;QD=10.12;RPA=7,5;RU=T;ReadPosRankSum=-0.153;SB=-6.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,50:144:99:1497,0,2047 chrXIV 359095 . C CT 1191.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.095;DP=119;FS=4.461;HaplotypeScore=261.0480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=0.684;QD=10.02;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=-1.858;SB=-3.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,51:119:99:1231,0,1751 chrXIV 359583 . GAAAAA G 3147.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.115;DP=108;FS=0.745;HaplotypeScore=55.1193;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=2;MQRankSum=1.347;QD=29.15;RPA=10,5;RU=A;ReadPosRankSum=1.341;SB=-1.513e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,59:104:99:3187,0,2626 chrXIV 360782 . GA G 1987.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.729;DP=127;FS=1.446;HaplotypeScore=371.4136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=1;MQRankSum=1.805;QD=15.65;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=1.744;SB=-9.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,69:126:99:2027,0,1198 chrXIV 370207 . G GT 1031.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.217;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=46.8681;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.998;QD=11.34;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=0.831;SB=-5.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,43:91:99:1071,0,1117 chrXIV 373628 . AT A 3064.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=667.5124;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.56;MQ0=0;QD=24.92;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.199e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,116:123:99:3107,357,0 chrXIV 373683 . CAAA C 6135 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=599.4174;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;QD=42.02;RPA=10,7;RU=A;SB=-2.175e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,125:146:99:6135,410,0 chrXIV 374964 . G GA 1445.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.458;DP=150;FS=2.084;HaplotypeScore=50.7166;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQ0=0;MQRankSum=-2.080;QD=9.64;RPA=5,6;RU=A;ReadPosRankSum=0.435;SB=-5.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,74:150:99:1485,0,1410 chrXIV 375142 . GAA G 1481.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.851;DP=135;FS=0.693;HaplotypeScore=66.7632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=4;MQRankSum=0.521;QD=10.98;RPA=11,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.008;SB=-5.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,59:131:99:1521,0,1698 chrXIV 380954 . GAA GAAAA,G 2330.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.471;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=282.0755;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.503;QD=17.79;RPA=15,17,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.850;SB=-9.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:88,0,32:128:99:2409,1266,1779,1286,0,1953 chrXIV 389775 . T TC 900.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.188;DP=105;FS=3.757;HaplotypeScore=44.4601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.653;QD=8.58;RPA=3,4;RU=C;ReadPosRankSum=-0.409;SB=-4.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,40:105:99:940,0,1724 chrXIV 394530 . C CT 845.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.656;DP=94;FS=0.790;HaplotypeScore=207.6597;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=0.934;QD=9.00;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.903;SB=-4.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,48:94:99:885,0,717 chrXIV 398375 . GAT G 1513.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.010;DP=126;FS=12.366;HaplotypeScore=215.4148;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.77;MQ0=0;MQRankSum=3.029;QD=12.02;RPA=4,3;RU=AT;ReadPosRankSum=-1.840;SB=-7.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,57:126:99:1553,0,1684 chrXIV 398513 . GAT G 899.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.329;DP=108;FS=0.850;HaplotypeScore=270.2129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=0.014;QD=8.33;RPA=8,7;RU=AT;ReadPosRankSum=1.690;SB=-3.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,32:108:99:939,0,1450 chrXIV 398553 . G GAAACAAAAATGA 3622 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.112;DP=107;FS=24.491;HaplotypeScore=127.0785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.96;MQ0=0;MQRankSum=-7.193;QD=33.85;RPA=1,2;RU=AAACAAAAATGA;ReadPosRankSum=-0.367;SB=-2.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,26:107:99:3622,0,6130 chrXIV 400712 . TA T 1118.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.857;DP=110;FS=2.686;HaplotypeScore=529.8580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=1.500;QD=10.17;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=-0.660;SB=-4.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,49:110:99:1158,0,1494 chrXIV 400777 . GAT G 1848.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.774;DP=110;FS=7.847;HaplotypeScore=539.7975;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.417;QD=16.81;RPA=2,1;RU=AT;ReadPosRankSum=-1.693;SB=-5.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,39:110:99:1888,0,1831 chrXIV 412447 . G GA 569.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.374;DP=86;FS=3.366;HaplotypeScore=339.7217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.08;MQ0=0;MQRankSum=-3.487;QD=6.63;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=-2.179;SB=-1.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,34:86:99:609,0,904 chrXIV 412493 . A AT 1673.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.074;DP=144;FS=3.643;HaplotypeScore=586.9399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.37;MQ0=0;MQRankSum=-2.617;QD=11.62;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=2.816;SB=-3.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,60:144:99:1713,0,2314 chrXIV 412573 . AT A 1445.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.631;DP=133;FS=17.874;HaplotypeScore=964.0923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.84;MQ0=1;MQRankSum=-9.636;QD=10.87;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=0.484;SB=-2.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,55:131:99:1485,0,2022 chrXIV 412585 . C CG 1644.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.739;DP=136;FS=6.714;HaplotypeScore=997.5906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.48;MQ0=1;MQRankSum=-9.744;QD=12.10;ReadPosRankSum=0.322;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,50:134:99:1684,0,2457 chrXIV 412652 . GGA G 2779.16 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.707;DP=152;FS=34.162;HaplotypeScore=601.4124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.40;MQ0=1;MQRankSum=-1.531;QD=18.28;ReadPosRankSum=6.696;SB=-1.139e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,47:150:2:2817,0,2 chrXIV 412653 . GAA G 3430 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=581.3340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.40;MQ0=1;QD=22.57;RPA=12,10;RU=A;SB=-1.418e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:85,64:150:99:3430,362,0 chrXIV 415096 . CTT C,CT 1442.94 filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.773;DP=107;FS=125.959;HaplotypeScore=537.6933;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.94;MQ0=0;MQRankSum=2.799;QD=13.49;RPA=14,12,13;RU=T;ReadPosRankSum=3.436;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:45,47,0:107:99:1521,342,613,746,0,683 chrXIV 415775 . AG A 2808.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=749.5721;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.30;MQ0=0;QD=26.01;RPA=5,4;RU=G;SB=-1.335e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,97:108:99:2851,292,0 chrXIV 416362 . A AT 3635 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=27.6433;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.47;MQ0=0;QD=35.99;SB=-1.782e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:101:99:3635,298,0 chrXIV 416703 . A ATG 7091 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.022;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=284.6232;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=1.485;QD=46.05;ReadPosRankSum=1.102;SB=-1.929e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:96,58:154:99:7091,415,0 chrXIV 418915 . GTA G 1208.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.134;DP=129;FS=0.806;HaplotypeScore=46.1388;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQ0=0;MQRankSum=1.723;QD=9.37;RPA=8,7;RU=TA;ReadPosRankSum=1.110;SB=-5.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,44:129:99:1248,0,1302 chrXIV 424825 . A AAG 5276 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=130.2888;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.59;MQ0=0;QD=42.21;SB=-2.074e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,121:125:99:5276,372,0 chrXIV 427014 . TATATAA T 3788 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.218;DP=139;FS=6.872;HaplotypeScore=214.9972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.86;MQ0=0;MQRankSum=1.669;QD=27.25;ReadPosRankSum=-0.790;SB=-1.313e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,60:139:99:3788,0,4705 chrXIV 429776 . TTA T,TTATA 1384.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.131;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=305.8750;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.452;QD=12.59;RPA=10,9,11;RU=TA;ReadPosRankSum=1.297;SB=-5.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:69,24,0:110:99:1463,696,1234,813,0,1306 chrXIV 430018 . G GAA,GA 3184.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=143.4865;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.77;MQ0=0;QD=25.08;RPA=8,10,9;RU=A;SB=-1.078e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:3,59,63:127:99:3263,1214,963,1479,0,1132 chrXIV 437227 . C CA 1475.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.494;DP=129;FS=11.154;HaplotypeScore=96.8184;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=0.763;QD=11.44;RPA=3,4;RU=A;ReadPosRankSum=0.400;SB=-6.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,65:129:99:1515,0,1472 chrXIV 437493 . C CTT 2078.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.995;DP=117;FS=3.645;HaplotypeScore=212.0637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.366;QD=17.77;RPA=1,3;RU=T;ReadPosRankSum=-0.154;SB=-6.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,57:117:99:2118,0,2348 chrXIV 437525 . TG T 2141.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.255;DP=157;FS=4.908;HaplotypeScore=524.2783;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.248;QD=13.64;RPA=3,2;RU=G;ReadPosRankSum=0.549;SB=-9.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,77:157:99:2181,0,1920 chrXIV 438549 . A AT 1851.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.617;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=478.4343;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.151;QD=18.16;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.407;SB=-8.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,83:102:99:1894,193,0 chrXIV 439397 . G GAT,GT 3535 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=82.7511;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.61;MQ0=1;QD=31.01;SB=-1.485e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:7,50,55:113:99:3535,1518,1910,1833,0,1534 chrXIV 440569 . A ATT 1136.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.206;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=54.7521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQ0=1;MQRankSum=0.767;QD=9.72;RPA=9,11;RU=T;ReadPosRankSum=-2.321;SB=-4.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,48:116:99:1176,0,1598 chrXIV 441344 . C CG 4812 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=575.8485;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.19;MQ0=0;QD=33.19;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.453e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,141:145:99:4812,424,0 chrXIV 442493 . CTCTT C 2454.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.631;DP=117;FS=3.774;HaplotypeScore=142.1392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=2;MQRankSum=-1.532;QD=20.98;RPA=3,2;RU=TCTT;ReadPosRankSum=1.756;SB=-9.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,52:115:99:2494,0,2344 chrXIV 443122 . AT A 1199.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.549;DP=160;FS=17.602;HaplotypeScore=495.0706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.55;MQ0=1;MQRankSum=1.910;QD=7.50;RPA=8,7;RU=T;ReadPosRankSum=-0.977;SB=-5.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,61:158:99:1239,0,977 chrXIV 444651 . CTT C 901.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.431;DP=116;FS=5.234;HaplotypeScore=309.5082;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.18;MQ0=0;MQRankSum=2.008;QD=7.78;RPA=15,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.765;SB=-4.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,31:116:99:941,0,1252 chrXIV 447205 . G GGT 2035.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.431;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=53.3382;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQ0=0;MQRankSum=0.549;QD=16.29;RPA=1,2;RU=GT;ReadPosRankSum=-0.195;SB=-6.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,57:125:99:2075,0,2488 chrXIV 452175 . C CTT 6889 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=63.6756;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.86;MQ0=0;QD=46.55;SB=-3.377e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,146:147:99:6889,442,0 chrXIV 456317 . AT A 1077.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.656;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=56.4438;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=1.370;QD=8.98;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=0.545;SB=-5.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,54:120:99:1117,0,1374 chrXIV 457141 . T TA 1147.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.835;DP=141;FS=0.664;HaplotypeScore=252.1311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQ0=0;MQRankSum=1.158;QD=8.14;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.541;SB=-5.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,64:141:99:1187,0,1039 chrXIV 457532 . C CTT 1079.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.227;DP=96;FS=12.932;HaplotypeScore=155.7530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQ0=0;MQRankSum=1.456;QD=11.25;RPA=10,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.849;SB=-5.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,41:96:99:1119,0,1164 chrXIV 462386 . TA T 1235.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.451;DP=150;FS=0.627;HaplotypeScore=482.2092;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=0.475;QD=8.24;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=1.292;SB=-4.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,74:150:99:1275,0,1325 chrXIV 472575 . AG A 3043.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=781.2779;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.16;MQ0=0;QD=24.75;RPA=9,8;RU=G;SB=-9.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,108:123:99:3086,324,0 chrXIV 474635 . T TACTTGTGAAGGA 10918 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=282.4428;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.37;MQ0=0;QD=131.54;SB=-3.258e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,59:83:99:10918,244,0 chrXIV 476709 . GT G 2703.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=282.2824;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=23.31;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.081e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,111:116:99:2746,335,0 chrXIV 476823 . A ATTGAGAAC 16050 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;FS=0.000;HaplotypeScore=420.0049;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.91;MQ0=0;QD=98.47;SB=-3.846e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,154:163:99:16050,485,0 chrXIV 478368 . T TA 4869 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=185;FS=0.000;HaplotypeScore=422.9682;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=26.32;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.441e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,167:185:99:4869,502,0 chrXIV 479911 . CACAAAT C 6232 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-10.061;DP=157;FS=105.737;HaplotypeScore=1083.8356;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.99;MQ0=3;MQRankSum=-1.228;QD=39.69;ReadPosRankSum=-3.689;SB=-3.109e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:104,53:152:11:6232,11,0 chrXIV 480999 . AC ACCC,A 3423 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=198.3954;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.12;MQ0=0;QD=29.26;RPA=7,9,6;RU=C;SB=-1.693e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:13,0,55:117:99:3423,1629,2406,2108,0,2380 chrXIV 483057 . CT C 3484 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=482.1171;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;QD=22.92;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.531e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,140:152:99:3484,422,0 chrXIV 483153 . GT G 887.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.466;DP=111;FS=1.582;HaplotypeScore=441.5512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=1.221;QD=8.00;RPA=7,6;RU=T;ReadPosRankSum=-1.311;SB=-3.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,49:111:99:927,0,1080 chrXIV 493068 . A ACT 4038 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.362;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=530.2889;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.14;MQ0=0;MQRankSum=0.555;QD=39.20;ReadPosRankSum=1.194;SB=-8.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,84:103:99:4038,276,0 chrXIV 493546 . TA T 2401.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=54.2947;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.50;MQ0=0;QD=21.84;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.016e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,94:110:99:2444,282,0 chrXIV 495472 . T TTTGAAGAAA 7686 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=114.4397;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.00;MQ0=0;QD=111.39;SB=-3.620e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,47:69:99:7686,208,0 chrXIV 498360 . GTTTT G 3879 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.337;DP=109;FS=8.165;HaplotypeScore=78.2258;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.43;MQ0=2;MQRankSum=0.383;QD=35.59;RPA=16,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.899;SB=-1.669e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,74:106:99:3879,155,0 chrXIV 498639 . AT A 2146.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=168.6237;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=63.82;MQ0=0;QD=21.69;RPA=8,7;RU=T;SB=-4.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,84:99:99:2189,278,0 chrXIV 499497 . A AT 926.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.326;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=555.4169;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=0.344;QD=6.97;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.003;SB=-1.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,48:133:99:966,0,1152 chrXIV 499556 . GAA G,GA 1575.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=401.4901;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.98;MQ0=0;QD=17.32;RPA=10,8,9;RU=A;SB=-2.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:19,25,0:91:99:1654,943,920,569,0,367 chrXIV 500314 . CT C 1060.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.034;DP=118;FS=0.715;HaplotypeScore=153.4866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=1.369;QD=8.99;RPA=6,5;RU=T;ReadPosRankSum=1.114;SB=-4.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,56:118:99:1100,0,1176 chrXIV 500476 . GT G 884.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.681;DP=109;FS=0.761;HaplotypeScore=47.7761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQ0=0;MQRankSum=0.271;QD=8.12;RPA=6,5;RU=T;ReadPosRankSum=0.329;SB=-3.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,48:109:99:924,0,1182 chrXIV 500770 . GT G 2881.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=517.3075;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=22.34;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.166e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,125:129:99:2924,379,0 chrXIV 501129 . ATTT AT,A 4487 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=399.0509;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.49;MQ0=2;QD=31.16;RPA=12,10,9;RU=T;SB=-2.019e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:15,0,64:141:99:4487,1537,1147,1503,0,1151 chrXIV 501317 . C CT 759.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.506;DP=106;FS=1.812;HaplotypeScore=753.3213;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.447;QD=7.17;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=-0.323;SB=-2.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,36:106:99:799,0,153 chrXIV 501328 . CT C 836.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.207;DP=100;FS=4.403;HaplotypeScore=722.4071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=0.029;QD=8.37;RPA=6,5;RU=T;ReadPosRankSum=-0.639;SB=-1.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,41:100:99:876,0,1072 chrXIV 502858 . A AT 2037.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.685;DP=143;FS=3.118;HaplotypeScore=303.0576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.142;QD=14.25;ReadPosRankSum=0.680;SB=-8.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,65:143:99:2077,0,2255 chrXIV 502927 . C CAA 5541 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=241.1676;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.37;MQ0=0;QD=42.95;RPA=1,3;RU=A;SB=-2.286e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,127:129:99:5541,385,0 chrXIV 503013 . CAAA C 4917 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=396.1623;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.68;MQ0=0;QD=39.02;RPA=14,11;RU=A;SB=-1.937e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,111:126:99:4917,366,0 chrXIV 503040 . CTTT C,CTT 2270.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.937;DP=150;FS=5.228;HaplotypeScore=713.4382;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.06;MQ0=0;MQRankSum=1.582;QD=15.14;RPA=14,11,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.210;SB=-4.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:65,41,0:150:99:2349,727,1594,1277,0,1113 chrXIV 503148 . G GA 1229.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.378;DP=148;FS=2.961;HaplotypeScore=398.4509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.102;QD=8.31;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.057;SB=-6.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,63:148:99:1269,0,1238 chrXIV 505523 . A AT 519.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.702;DP=95;FS=12.948;HaplotypeScore=29.8601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.695;QD=5.47;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.793;SB=-1.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,34:95:99:559,0,1004 chrXIV 507334 . TAG T 5131 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=469.8532;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.51;MQ0=0;QD=39.47;RPA=2,1;RU=AG;SB=-2.532e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,117:130:99:5131,352,0 chrXIV 510229 . AG A 2854.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=1551.8759;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.04;MQ0=0;QD=21.79;SB=-9.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,124:131:99:2897,378,0 chrXIV 510328 . CTT C,CT 1601.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.513;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=493.9148;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.25;MQ0=0;MQRankSum=1.988;QD=17.60;RPA=15,13,14;RU=T;ReadPosRankSum=0.438;SB=-4.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:12,38,1:91:99:1680,572,571,779,0,611 chrXIV 512431 . G GT 2852.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=773.0358;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.53;MQ0=0;QD=26.17;RPA=4,5;RU=T;SB=-6.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,103:109:99:2895,312,0 chrXIV 512460 . CATATATAT C,CATATATATATAT 2893.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.659;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=730.1899;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=52.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.111;QD=28.10;RPA=12,8,14;RU=AT;ReadPosRankSum=1.438;SB=-1.231e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:68,23,0:103:99:2972,714,3231,2365,0,3204 chrXIV 515416 . C CG 1714.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.790;DP=146;FS=0.639;HaplotypeScore=570.8963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQ0=0;MQRankSum=1.114;QD=11.75;RPA=2,3;RU=G;ReadPosRankSum=-0.013;SB=-7.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,69:146:99:1754,0,1862 chrXIV 515710 . TA T 2316.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.421;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=155.5266;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.109;QD=17.16;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.328;SB=-8.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,104:135:99:2359,306,0 chrXIV 515752 . TG T 1969.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.556;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=167.0613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.153;QD=18.07;ReadPosRankSum=0.692;SB=-8.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,61:109:99:2009,0,1346 chrXIV 515985 . CTCTTCT C,CTCT 4519 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=184.2463;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.99;MQ0=0;QD=43.04;RPA=9,7,8;RU=TCT;SB=-2.040e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:26,43,0:105:99:4519,1550,1496,1905,0,1665 chrXIV 516865 . ATT A 3057.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=187.2641;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;QD=23.71;RPA=12,10;RU=T;SB=-1.502e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,98:128:99:3100,292,0 chrXIV 517141 . TA T 2715.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=103.2628;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.18;MQ0=0;QD=22.63;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.301e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,116:120:99:2758,347,0 chrXIV 517916 . AG A 5543 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=762.4058;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;QD=34.64;SB=-1.197e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,153:160:99:5543,460,0 chrXIV 525277 . G GA 4147 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=1003.9159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.36;MQ0=0;QD=34.56;RPA=1,2;RU=A;SB=-8.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,114:120:99:4147,358,0 chrXIV 525301 . G GTTT 1301.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.367;DP=83;FS=14.740;HaplotypeScore=888.3196;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.77;MQ0=0;MQRankSum=-4.246;QD=15.69;RPA=2,5;RU=T;ReadPosRankSum=1.164;SB=-2.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,29:83:99:1341,0,2281 chrXIV 525319 . T TAAG 4332 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=653.5173;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.80;MQ0=0;QD=47.09;RPA=1,2;RU=AAG;SB=-2.136e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,78:92:99:4332,268,0 chrXIV 525354 . C CT 690.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.112;DP=93;FS=2.946;HaplotypeScore=792.9686;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.744;QD=7.43;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=-0.709;SB=-3.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,30:93:99:730,0,1617 chrXIV 525442 . GT G 3368 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=905.4778;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.71;MQ0=0;QD=31.19;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.257e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,102:108:99:3368,310,0 chrXIV 525464 . T TG 3834 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=1104.2554;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.65;MQ0=0;QD=32.22;RPA=2,3;RU=G;SB=-1.425e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,114:119:99:3834,358,0 chrXIV 527489 . CCAG C 3857 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.378;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=134.2553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.613;QD=35.39;RPA=5,4;RU=CAG;ReadPosRankSum=0.100;SB=-1.209e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,88:109:99:3857,258,0 chrXIV 529352 . T TGACGATGACGACCGCAATGGCGGTGAA 14026 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=86.7038;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.19;MQ0=0;QD=184.55;SB=-4.483e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,14:76:99:14026,223,0 chrXIV 529707 . TG T 1575.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.463;DP=144;FS=4.607;HaplotypeScore=58.0955;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.805;QD=10.94;ReadPosRankSum=0.491;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,63:144:99:1615,0,2552 chrXIV 532584 . GA G 885.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.917;DP=127;FS=2.768;HaplotypeScore=351.8303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.390;QD=6.98;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.023;SB=-3.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,54:127:99:925,0,663 chrXIV 539821 . G GTT 1712.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.667;DP=145;FS=0.718;HaplotypeScore=269.3430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.456;QD=11.81;RPA=6,8;RU=T;ReadPosRankSum=-2.127;SB=-5.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,60:145:99:1752,0,1948 chrXIV 547378 . T TGG 1244.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.420;DP=149;FS=6.257;HaplotypeScore=78.7459;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.559;QD=8.36;RPA=8,10;RU=G;ReadPosRankSum=1.337;SB=-5.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,43:149:99:1284,0,2117 chrXIV 556940 . G GA 2998.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=455.3592;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.97;MQ0=0;QD=24.99;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.385e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,118:120:99:3041,354,0 chrXIV 559420 . GA G 2453.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=420.9987;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=23.60;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.238e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,100:103:99:2496,303,0 chrXIV 559470 . CG C 3906 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=636.6993;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.97;MQ0=0;QD=33.10;SB=-1.450e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,111:118:99:3906,337,0 chrXIV 559578 . A ATCG 5355 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=48.7747;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.62;MQ0=0;QD=56.97;SB=-2.549e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:93:99:5355,280,0 chrXIV 560599 . AG A 3538 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=497.0475;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.93;MQ0=0;QD=28.76;SB=-1.741e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,113:123:99:3538,358,0 chrXIV 560681 . GA G 1320.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.108;DP=137;FS=7.816;HaplotypeScore=83.8413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.904;QD=9.64;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=-0.051;SB=-6.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,70:137:99:1360,0,1112 chrXIV 560932 . T TC 1313.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.665;DP=113;FS=30.896;HaplotypeScore=201.4753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.955;QD=11.63;ReadPosRankSum=0.222;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,42:113:99:1353,0,2325 chrXIV 562319 . A ATT 180.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=202.4511;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=7.84;MQ0=64;QD=2.57;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:64,5:5:15:222,15,0 chrXIV 562321 . CGT C 170.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=203.5181;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=7.73;MQ0=66;QD=2.36;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:67,5:5:15:212,15,0 chrXIV 562344 . TA T 176.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=244.5283;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=8.34;MQ0=78;QD=2.05;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:78,7:7:21:218,21,0 chrXIV 562348 . T TA 165.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=245.5627;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=8.34;MQ0=78;QD=1.92;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:79,7:7:21:207,21,0 chrXIV 562361 . AAC A 227.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=253.0010;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=8.96;MQ0=76;QD=2.67;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:79,6:8:18:269,18,0 chrXIV 568313 . T TAAA 1110.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.781;DP=90;FS=0.843;HaplotypeScore=95.4390;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.67;MQ0=1;MQRankSum=1.058;QD=12.34;RPA=12,15;RU=A;ReadPosRankSum=-1.964;SB=-5.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,33:89:99:1150,0,1494 chrXIV 572943 . TC T 895.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.073;DP=68;FS=2.613;HaplotypeScore=62.5338;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.35;MQ0=18;MQRankSum=0.636;QD=13.18;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=-0.745;SB=-8.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,42:45:99:935,0,270 chrXIV 573997 . C CG 1642.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.954;DP=115;FS=25.487;HaplotypeScore=618.4987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.70;MQ0=5;MQRankSum=-2.523;QD=14.29;RPA=2,3;RU=G;ReadPosRankSum=0.073;SB=-5.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,77:81:99:1682,0,297 chrXIV 574111 . TA T 968.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.182;DP=151;FS=0.683;HaplotypeScore=447.8613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.12;MQ0=0;MQRankSum=0.237;QD=6.42;RPA=7,6;RU=A;ReadPosRankSum=-1.298;SB=-4.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,66:119:99:1008,0,1306 chrXIV 575614 . G GA 804.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.289;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=116.8407;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQ0=0;MQRankSum=0.764;QD=5.96;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.568;SB=-3.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,51:135:99:844,0,960 chrXIV 577027 . TTCGGTGGTTAAACAA T 6220 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=25.6199;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.30;MQ0=0;QD=81.84;RPA=2,1;RU=TCGGTGGTTAAACAA;SB=-2.545e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,48:76:99:6220,150,0 chrXIV 579066 . GTCGTAATA G 6378 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.230;DP=112;FS=2.492;HaplotypeScore=373.7623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.506;QD=56.95;ReadPosRankSum=1.404;SB=-2.617e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,65:112:99:6378,0,4401 chrXIV 579948 . A ACAACAG 3550 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.962;DP=135;FS=3.635;HaplotypeScore=44.0781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.64;MQ0=1;MQRankSum=2.887;QD=26.30;RPA=4,5;RU=CAACAG;ReadPosRankSum=0.071;SB=-1.148e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,56:134:99:3550,0,3063 chrXIV 586272 . TG T 1307.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.179;DP=150;FS=4.104;HaplotypeScore=362.4543;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.348;QD=8.72;RPA=4,3;RU=G;ReadPosRankSum=0.900;SB=-4.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,55:150:99:1347,0,2295 chrXIV 598230 . G GC 1363.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.570;DP=120;FS=8.544;HaplotypeScore=513.9008;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.00;MQ0=4;MQRankSum=-0.689;QD=11.37;RPA=2,3;RU=C;ReadPosRankSum=-1.010;SB=-5.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,62:76:99:1403,0,325 chrXIV 602388 . C CTT 1247.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.554;DP=149;FS=4.483;HaplotypeScore=545.8662;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.85;MQ0=0;MQRankSum=-4.340;QD=8.38;RPA=7,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.958;SB=-3.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,53:142:99:1287,0,2320 chrXIV 602399 . TTTC T 2286.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.708;DP=139;FS=3.241;HaplotypeScore=445.6228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.44;MQ0=0;MQRankSum=-4.171;QD=16.45;ReadPosRankSum=1.773;SB=-8.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,56:135:99:2326,0,3930 chrXIV 604387 . T TA 2062.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.280;DP=93;FS=4.453;HaplotypeScore=38.6357;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.506;QD=22.18;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.092;SB=-7.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,91:93:99:2105,253,0 chrXIV 604649 . A AT 938.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.250;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=47.4309;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.485;QD=9.30;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.447;SB=-4.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,53:101:99:978,0,743 chrXIV 605054 . A AT 614.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.371;DP=98;FS=24.162;HaplotypeScore=96.9585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.097;QD=6.28;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.313;SB=-1.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,38:98:99:654,0,1012 chrXIV 605720 . CTATATATATATATATATATATATATATATATACATA C 6512 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.730;DP=111;FS=37.278;HaplotypeScore=57.4990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.97;MQ0=0;MQRankSum=-3.961;QD=58.67;ReadPosRankSum=4.191;SB=-3.076e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,44:111:99:6512,0,2242 chrXIV 606166 . AAT A 2085.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.203;DP=151;FS=1.422;HaplotypeScore=105.8498;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=2.535;QD=13.81;RPA=9,8;RU=AT;ReadPosRankSum=-0.002;SB=-8.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,71:151:99:2125,0,1497 chrXIV 627317 . GTACA G 2139.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.261;DP=126;FS=1.576;HaplotypeScore=50.5641;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.184;QD=16.98;RPA=2,1;RU=TACA;ReadPosRankSum=0.800;SB=-1.054e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,39:126:99:2179,0,3547 chrXIV 627417 . C CATTAGATACTTTT 8185 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=54.2441;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.53;MQ0=0;QD=115.28;SB=-3.242e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,33:71:99:8185,184,0 chrXIV 628629 . A AC 830.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.836;DP=99;FS=0.761;HaplotypeScore=174.9588;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.538;QD=8.39;ReadPosRankSum=-1.606;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,47:99:99:870,0,1596 chrXIV 628795 . TA T 785.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.370;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=626.2551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.20;MQ0=0;MQRankSum=3.549;QD=10.21;RPA=6,5;RU=A;ReadPosRankSum=1.297;SB=-3.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,42:77:99:825,0,650 chrXIV 628813 . T TA 798.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.083;DP=78;FS=1.943;HaplotypeScore=676.0507;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.31;MQ0=0;MQRankSum=-3.617;QD=10.24;ReadPosRankSum=-1.675;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,30:78:99:838,0,1172 chrXIV 628817 . TA T 827.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.634;DP=77;FS=1.867;HaplotypeScore=674.2409;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.16;MQ0=0;MQRankSum=-4.332;QD=10.75;ReadPosRankSum=-1.877;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,31:77:99:867,0,1335 chrXIV 628838 . TA T 549.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.305;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=578.5389;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.22;MQ0=0;MQRankSum=-4.310;QD=7.97;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=0.418;SB=-2.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,24:69:99:589,0,343 chrXIV 629360 . C CT 598.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.670;DP=87;FS=0.918;HaplotypeScore=264.3453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=0.844;QD=6.88;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=2.035;SB=-2.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,33:87:99:638,0,1375 chrXIV 629363 . A AT 937.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.212;DP=91;FS=5.445;HaplotypeScore=323.7504;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=1.353;QD=10.31;ReadPosRankSum=-0.417;SB=-4.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,34:91:99:977,0,1434 chrXIV 629427 . GT G 1149.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.993;DP=122;FS=6.408;HaplotypeScore=327.9101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.101;QD=9.43;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=0.145;SB=-2.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,53:122:99:1189,0,1500 chrXIV 631789 . A AT 566.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.346;DP=61;FS=2.273;HaplotypeScore=400.9642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.040;QD=9.29;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=-1.398;SB=-2.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,26:61:99:606,0,559 chrXIV 631823 . A AT 1654.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.018;DP=94;FS=4.060;HaplotypeScore=427.2854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.93;MQ0=0;MQRankSum=1.018;QD=17.61;ReadPosRankSum=-0.543;SB=-8.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,54:93:99:1694,0,997 chrXIV 632112 . ATTC A 1480.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.384;DP=87;FS=10.202;HaplotypeScore=366.2413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.94;MQ0=0;MQRankSum=-2.800;QD=17.02;ReadPosRankSum=-0.852;SB=-6.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,34:84:99:1520,0,2472 chrXIV 632141 . AT A 527.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.051;DP=90;FS=8.931;HaplotypeScore=386.6228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.20;MQ0=0;MQRankSum=-2.317;QD=5.87;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=-1.340;SB=-2.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,29:84:99:567,0,1756 chrXIV 632246 . AT A 555.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.631;DP=71;FS=53.827;HaplotypeScore=332.1534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.05;MQ0=0;MQRankSum=-2.008;QD=7.83;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=1.369;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,25:59:99:595,0,1044 chrXIV 635717 . GT GTT,G 1235.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.926;DP=94;FS=4.132;HaplotypeScore=353.9511;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.58;MQ0=1;MQRankSum=-0.907;QD=13.15;RPA=12,13,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.739;SB=-6.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:20,5,40:93:99:1314,761,1032,678,0,968 chrXIV 638915 . C CAT 1287.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.379;DP=130;FS=0.779;HaplotypeScore=46.6024;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.03;MQ0=0;MQRankSum=3.800;QD=9.91;RPA=5,6;RU=AT;ReadPosRankSum=-0.695;SB=-5.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,46:130:99:1327,0,1342 chrXIV 643444 . A AC 2040.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.481;DP=149;FS=3.218;HaplotypeScore=53.0713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQ0=0;MQRankSum=1.260;QD=13.70;RPA=5,6;RU=C;ReadPosRankSum=-0.413;SB=-9.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,85:149:99:2080,0,1194 chrXIV 644217 . CTA C 1003.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.401;DP=88;FS=5.214;HaplotypeScore=240.6324;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.13;MQ0=0;MQRankSum=3.408;QD=11.41;RPA=10,9;RU=TA;ReadPosRankSum=-0.168;SB=-3.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,34:88:99:1043,0,267 chrXIV 647314 . A AT 494.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.494;DP=108;FS=3.388;HaplotypeScore=54.1178;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.068;QD=4.58;RPA=14,15;RU=T;ReadPosRankSum=-0.421;SB=-1.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,36:108:99:534,0,556 chrXIV 651855 . C CTT 1712.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=238.6575;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.33;MQ0=0;QD=28.55;SB=-8.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,27:58:99:1755,128,0 chrXIV 651921 . G GAA,GA 1616.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=775.9474;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=41.50;MQ0=0;QD=22.46;RPA=8,10,9;RU=A;SB=-4.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:6,32,32:72:99:1695,647,525,769,0,585 chrXIV 651952 . T TA,TTA 3470 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=1027.7495;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=44.29;MQ0=0;QD=36.15;SB=-8.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:10,45,40:96:99:3470,1382,1122,1599,0,1423 chrXIV 651986 . AT A 1204.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.197;DP=107;FS=10.750;HaplotypeScore=1434.0702;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.97;MQ0=0;MQRankSum=-2.119;QD=11.26;ReadPosRankSum=3.339;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:56,51:107:99:1247,110,0 chrXIV 651987 . TA T 2465.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=1317.4125;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.97;MQ0=0;QD=23.05;RPA=7,6;RU=A;SB=-6.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:56,50:107:99:2508,306,0 chrXIV 652015 . T TCCA 1717.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.080;DP=105;FS=3.915;HaplotypeScore=967.9359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.81;MQ0=0;MQRankSum=-8.438;QD=16.36;RPA=1,2;RU=CCA;ReadPosRankSum=1.947;SB=-7.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,40:105:99:1757,0,2544 chrXIV 652054 . ACTCTCTGCTCG A 4071 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.725;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=515.9604;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.31;MQ0=1;MQRankSum=-6.985;QD=29.08;RPA=2,1;RU=CTCTCTGCTCG;ReadPosRankSum=1.518;SB=-1.986e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,37:139:99:4071,0,8603 chrXIV 653306 . G GA 3331 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=147.0257;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=22.51;RPA=6,7;RU=A;SB=-9.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,129:148:99:3331,387,0 chrXIV 654586 . A AAT 1991.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.272;DP=166;FS=0.674;HaplotypeScore=174.0184;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=0.495;QD=12.00;RPA=5,6;RU=AT;ReadPosRankSum=-0.596;SB=-7.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:122,44:165:99:2031,0,1526 chrXIV 654648 . AT A 923.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.576;DP=137;FS=0.699;HaplotypeScore=329.3797;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.199;QD=6.74;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.483;SB=-3.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,61:137:99:963,0,1078 chrXIV 661560 . G GA 4294 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=173;FS=0.000;HaplotypeScore=157.0341;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.73;MQ0=0;QD=24.82;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.121e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,163:173:99:4294,489,0 chrXIV 661737 . TA T 2545.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=309.6805;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.54;MQ0=0;QD=22.53;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.227e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,102:113:99:2588,314,0 chrXIV 661755 . AAT A 2677.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=379.9986;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.64;MQ0=0;QD=23.29;RPA=6,5;RU=AT;SB=-1.071e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,70:115:99:2720,234,0 chrXIV 661809 . G GT 2739.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=312.7008;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.89;MQ0=0;QD=22.10;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.137e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,108:124:99:2782,324,0 chrXIV 662249 . GTTGTTC GTTGTTCTTGTTCTTGTTC,G 10300 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=173;FS=0.000;HaplotypeScore=60.8156;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.36;MQ0=1;QD=59.54;RPA=5,7,4;RU=TTGTTC;SB=-4.210e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:75,0,73:171:99:10300,4946,10830,5712,0,8945 chrXIV 662666 . CA C 1056.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.707;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=224.9992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.54;MQ0=0;MQRankSum=1.093;QD=7.55;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=-1.305;SB=-1.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,62:140:99:1096,0,1102 chrXIV 662768 . GAAA GA,G 4332 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.865;DP=168;FS=8.172;HaplotypeScore=178.0882;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.285;QD=25.79;RPA=16,14,13;RU=A;ReadPosRankSum=1.477;SB=-1.597e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:46,0,66:167:99:4332,1639,1280,987,0,809 chrXIV 662853 . GAA G,GA 3440 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.746;DP=163;FS=7.438;HaplotypeScore=244.6971;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=0.385;QD=21.10;RPA=12,10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.565;SB=-1.443e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:17,72,0:163:99:3440,1394,1369,1535,0,1165 chrXIV 663609 . TC T 508.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.407;DP=142;FS=0.651;HaplotypeScore=502.5186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.425;QD=3.58;ReadPosRankSum=3.036;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,47:142:99:548,0,2540 chrXIV 663611 . TTTC T 1432.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.662;DP=143;FS=0.633;HaplotypeScore=421.8081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.733;QD=10.02;ReadPosRankSum=0.997;SB=-5.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,47:143:99:1472,0,3660 chrXIV 663738 . T TA 1853.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.028;DP=195;FS=0.564;HaplotypeScore=311.5680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQ0=0;MQRankSum=1.720;QD=9.51;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=-1.085;SB=-6.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,97:195:99:1893,0,1462 chrXIV 664062 . C CT 2159.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.127;DP=164;FS=1.344;HaplotypeScore=693.8475;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.41;MQ0=0;MQRankSum=0.556;QD=13.17;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=-1.092;SB=-7.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,79:164:99:2199,0,2390 chrXIV 664986 . G GTCTTT 5866 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=737.8711;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.19;MQ0=0;QD=58.66;RPA=1,2;RU=TCTTT;SB=-2.004e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,89:100:99:5866,268,0 chrXIV 665296 . C CAG 4764 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=285.1787;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.28;MQ0=0;QD=37.51;RPA=1,2;RU=AG;SB=-2.030e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,116:127:99:4764,349,0 chrXIV 667313 . A AT 2416.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.208;DP=123;FS=65.943;HaplotypeScore=379.2383;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=0.839;QD=19.65;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=4.040;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:81,41:122:99:2459,281,0 chrXIV 668114 . AAT A 6462 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=872.2673;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.67;MQ0=0;QD=40.90;SB=-1.462e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,155:158:99:6462,472,0 chrXIV 668273 . T TG 3515 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=404.3345;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.68;MQ0=0;QD=31.67;RPA=1,2;RU=G;SB=-9.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,109:111:99:3515,323,0 chrXIV 674780 . AT A 772.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.150;DP=132;FS=5.663;HaplotypeScore=204.4199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.86;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.971;SB=-3.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,53:132:99:812,0,1132 chrXIV 676044 . T TA 822.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.640;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=277.8699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=1.398;QD=7.76;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.503;SB=-3.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,47:106:99:862,0,1033 chrXIV 678603 . GAAAAAA G,GA 6594 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=184.9796;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.11;MQ0=1;MQRankSum=1.603;QD=59.95;RPA=15,9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.146;SB=-1.672e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:7,52,0:108:99:6594,1157,894,1218,0,944 chrXIV 678661 . CT C 1275.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.487;DP=127;FS=1.455;HaplotypeScore=666.6190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=1;MQRankSum=-0.745;QD=10.05;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=0.818;SB=-5.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,46:125:99:1315,0,1487 chrXIV 687218 . C CA 644.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.567;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=244.5938;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.64;MQ0=0;MQRankSum=1.485;QD=4.54;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-1.372;SB=-3.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,45:142:99:684,0,876 chrXIV 690071 . ATTT A 4499 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.702;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=101.7181;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.557;QD=36.58;RPA=14,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.949;SB=-1.569e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,108:123:99:4499,324,0 chrXIV 691292 . TA T 2494.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=267.4433;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;QD=23.32;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.083e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,95:107:99:2537,303,0 chrXIV 691436 . A AT 4353 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=320.4251;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.73;MQ0=0;QD=26.87;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.553e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,158:162:99:4353,474,0 chrXIV 691534 . G GA 2418.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=145.1751;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.00;MQ0=0;QD=24.68;RPA=7,8;RU=A;SB=-4.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,97:98:99:2461,294,0 chrXIV 692520 . CAA C 2454.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.519;DP=115;FS=3.900;HaplotypeScore=186.8679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.45;MQ0=0;MQRankSum=1.255;QD=21.35;RPA=14,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.680;SB=-1.063e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,83:115:99:2497,218,0 chrXIV 692960 . CTTTT C 5326 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=52.9369;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.00;MQ0=0;QD=45.52;RPA=13,9;RU=T;SB=-2.242e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,102:117:99:5326,310,0 chrXIV 694240 . C CAAAT 2921.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=74;FS=4.301;HaplotypeScore=124.8802;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=65.08;MQ0=0;MQRankSum=1.683;QD=39.49;ReadPosRankSum=1.336;SB=-1.324e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,62:74:99:2964,183,0 chrXIV 697531 . A AT 2424.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.078;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=314.5785;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.32;MQ0=0;MQRankSum=0.833;QD=18.37;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.450;SB=-8.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,114:132:99:2467,195,0 chrXIV 701530 . GGGA G 5167 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=385.7388;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.05;MQ0=0;QD=35.15;RPA=6,5;RU=GGA;SB=-2.287e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,129:147:99:5167,387,0 chrXIV 703106 . TTTTTC T 5778 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=401.3556;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.57;MQ0=0;QD=46.22;RPA=4,3;RU=TTTTC;SB=-2.532e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,96:125:99:5778,289,0 chrXIV 703556 . TC T 3971 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=745.4433;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.31;MQ0=0;QD=31.52;RPA=3,2;RU=C;SB=-1.709e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,123:126:99:3971,370,0 chrXIV 708439 . C CG 5374 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=60.4455;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.81;MQ0=0;QD=36.56;SB=-2.363e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,143:147:99:5374,430,0 chrXIV 711251 . AT A 2512.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.407;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=264.6046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.095;QD=18.75;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.541;SB=-1.067e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,95:134:99:2555,334,0 chrXIV 711336 . A AT 2747.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.240;DP=120;FS=3.003;HaplotypeScore=48.5771;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.789;QD=22.90;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.871;SB=-1.297e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,117:120:99:2790,314,0 chrXIV 711615 . AT A 2861.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=36.4775;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;QD=23.46;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.394e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,118:122:99:2904,353,0 chrXIV 713938 . GT G 1454.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;DP=92;FS=2.287;HaplotypeScore=305.3953;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.500;QD=15.81;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.378;SB=-6.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,71:92:99:1497,177,0 chrXIV 716022 . G GA 2253.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=168.1135;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.07;MQ0=0;QD=25.91;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.077e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,83:87:99:2296,249,0 chrXIV 716416 . CT C 1429.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.739;DP=99;FS=4.075;HaplotypeScore=71.2253;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.832;QD=14.44;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=1.796;SB=-6.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,76:99:99:1472,138,0 chrXIV 716675 . GT G 1758.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.689;DP=81;FS=7.891;HaplotypeScore=111.6954;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.262;QD=21.72;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.689;SB=-2.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,72:81:99:1801,225,0 chrXIV 716710 . AT A 1545.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.639;DP=104;FS=4.068;HaplotypeScore=186.7773;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.404;QD=14.86;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.702;SB=-5.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,65:104:99:1588,199,0 chrXIV 718580 . CAAA C 4195 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=123.3834;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.93;MQ0=0;QD=38.49;RPA=11,8;RU=A;SB=-1.894e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,99:109:99:4195,298,0 chrXIV 718835 . CT C 4086 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=90.8086;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.25;MQ0=0;QD=33.49;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.465e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,112:122:99:4086,337,0 chrXIV 719304 . C CTT 5498 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.323;DP=188;FS=0.000;HaplotypeScore=76.9655;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=4;MQRankSum=0.636;QD=29.24;RPA=10,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.988;SB=-2.340e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,166:182:99:5498,482,0 chrXIV 720276 . CTGTTGCTGCTGTTGT C 8109 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.417;DP=126;FS=3.031;HaplotypeScore=95.0413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.67;MQ0=0;MQRankSum=0.444;QD=64.36;RPA=2,1;RU=TGTTGCTGCTGTTGT;ReadPosRankSum=0.608;SB=-3.721e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,72:126:49:8109,0,49 chrXIV 721034 . CA C 1795.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=80.2054;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;QD=20.88;RPA=11,10;RU=A;SB=-7.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,83:86:99:1838,253,0 chrXIV 721791 . GA G 2345.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=910.4356;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.63;MQ0=0;QD=19.71;RPA=11,10;RU=A;SB=-9.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,100:119:99:2388,327,0 chrXIV 721814 . T TA 3012.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=919.6599;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.28;MQ0=0;QD=25.32;RPA=6,7;RU=A;SB=-8.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,116:119:99:3055,354,0 chrXIV 722231 . GA G 1943.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=253.7758;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=21.60;RPA=10,9;RU=A;SB=-5.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,84:89:99:1986,245,0 chrXIV 725341 . TGGCCA T 7579 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=778.5746;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.34;MQ0=0;QD=64.23;SB=-3.781e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,112:118:99:7579,341,0 chrXIV 725530 . T TA 3539 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=371.7142;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;QD=30.51;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.297e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,113:116:99:3539,343,0 chrXIV 725644 . A ATT 3022.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.971;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=79.7862;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.77;MQ0=1;MQRankSum=1.971;QD=26.29;RPA=10,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.379;SB=-1.242e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,94:114:99:3065,248,0 chrXIV 726121 . TAA T 3411 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.934;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=197.2557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.91;MQ0=0;MQRankSum=2.004;QD=29.92;RPA=9,7;RU=A;ReadPosRankSum=2.168;SB=-1.102e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,103:114:99:3411,288,0 chrXIV 727428 . G GT 3303 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=393.1693;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=28.23;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.091e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,102:117:99:3303,322,0 chrXIV 727482 . A AT 3888 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=640.6452;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=31.87;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.561e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,112:122:99:3888,343,0 chrXIV 733250 . CA C 3284 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=800.3770;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.94;MQ0=0;QD=23.97;RPA=9,8;RU=A;SB=-8.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,135:137:99:3284,404,0 chrXIV 742505 . C CA 3547 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=986.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;QD=25.16;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.202e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,137:141:99:3547,411,0 chrXIV 743946 . G GA 1677.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=626.8615;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.04;MQ0=0;QD=22.99;RPA=4,5;RU=A;SB=-8.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,62:73:99:1720,186,0 chrXIV 744080 . GCA G 3363 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=799.8649;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.56;MQ0=0;QD=38.22;RPA=3,2;RU=CA;SB=-1.027e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,82:88:99:3363,250,0 chrXIV 746165 . CT C 3018.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=223.5755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.40;MQ0=0;QD=32.46;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.450e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,91:93:99:3061,274,0 chrXIV 746279 . AT A 1331.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=1207.1370;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.30;MQ0=0;QD=15.86;RPA=11,10;RU=T;SB=-2.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,55:82:99:1374,162,0 chrXIV 746408 . A AGC 2858.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=1435.5357;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.27;MQ0=0;QD=32.49;SB=-5.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,46:88:99:2901,264,0 chrXIV 746410 . T TGCACTA 3626 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=627.7616;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.19;MQ0=0;QD=75.54;SB=-7.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:48:99:3626,139,0 chrXIV 746780 . T TA 2167.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.289;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=384.9160;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.974;QD=20.65;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.722;SB=-1.012e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,95:105:99:2210,265,0 chrXIV 755112 . T TA 2062.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=144.0181;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.96;MQ0=1;QD=21.95;RPA=8,9;RU=A;SB=-7.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,89:92:99:2105,260,0 chrXIV 755415 . G GATTTGT 6156 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=750.8816;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.68;MQ0=1;QD=64.13;SB=-2.971e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,81:81:99:6156,235,0 chrXIV 759613 . TTAAG T 7819 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=528.3462;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.76;MQ0=0;QD=59.23;SB=-3.448e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,125:132:99:7819,376,0 chrXIV 761192 . TA T 4045 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=287.6924;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=38.16;SB=-1.965e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:106:99:4045,319,0 chrXIV 763294 . G GT 3569 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=222.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=26.63;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.292e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,133:134:99:3569,399,0 chrXIV 764379 . TA T 3155.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=533.1172;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.51;MQ0=0;QD=25.45;RPA=5,4;RU=A;SB=-8.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,118:124:99:3198,354,0 chrXIV 771492 . A AT 2664.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.062;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=279.5735;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.137;QD=19.74;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.150;SB=-1.055e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,119:135:99:2707,278,0 chrXIV 772580 . G GTGT 4017 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=587.3222;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.82;MQ0=0;QD=39.38;RPA=2,3;RU=TGT;SB=-3.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,86:95:99:4017,244,0 chrXIV 774543 . TATTCA T 529.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.888;DP=44;FS=18.921;HaplotypeScore=203.0777;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.08;MQ0=11;MQRankSum=-1.821;QD=12.04;ReadPosRankSum=1.733;SB=-3.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,15:19:99:569,0,452 chrXIV 776301 . AT A 2001.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.119;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=214.7837;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.78;MQ0=1;MQRankSum=0.577;QD=17.87;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.830;SB=-8.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,96:104:99:2044,265,0 chrXIV 776512 . GT G 433.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=705.3315;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.12;MQ0=0;QD=14.96;RPA=3,2;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,21:21:48:476,48,0 chrXIV 776522 . T TC 467.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=651.9607;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.75;MQ0=0;QD=22.28;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:15:45:510,45,0 chrXIV 776553 . AT A 887.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=1384.3843;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.45;MQ0=0;QD=19.73;RPA=3,2;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,43:30:84:930,84,0 chrXIV 776576 . C CA 953.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=1422.9029;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.05;MQ0=1;QD=19.47;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,43:31:93:996,93,0 chrXIV 776579 . CGACC C 1444.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=1269.1921;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.47;MQ0=1;QD=32.84;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,0:29:87:1487,87,0 chrXIV 776612 . C CCT 809.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=836.1071;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.35;MQ0=1;QD=24.54;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,32:19:57:852,57,0 chrXIV 776702 . TCA T 283.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=323.6546;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.20;MQ0=0;QD=18.87;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:21:325,21,0 chrXIV 776719 . TA T 204.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=443.8606;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.20;MQ0=0;QD=13.67;RPA=5,4;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,11:11:27:247,27,0 chrXIV 776739 . A AT 115.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=287.6306;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.42;MQ0=0;QD=19.20;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:5:15:157,15,0 chrXIV 776740 . CGT C 120.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=287.1902;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.42;MQ0=0;QD=20.04;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:5:15:162,15,0 chrXIV 776779 . T TC 250.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=469.5821;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.11;MQ0=0;QD=22.82;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,10:10:28:293,28,0 chrXIV 776795 . G GA 333.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=452.3957;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.90;MQ0=0;QD=33.40;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:10:30:376,30,0 chrXIV 781506 . TA T 626.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=372.9542;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.31;MQ0=1;QD=14.58;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,33:22:63:669,63,0 chrXIV 781512 . T TA 529.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=382.3832;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.89;MQ0=1;QD=12.32;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,39:21:60:572,60,0 chrXIV 781567 . GGT G 689.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=464.8427;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.05;MQ0=0;QD=19.17;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:21:48:732,48,0 chrXIV 781573 . C CAT 571.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=405.7109;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.36;MQ0=0;QD=19.72;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,18:16:48:614,48,0 chrXIV 782340 . T TA 479.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.609;DP=240;DS;FS=0.907;HaplotypeScore=256.6317;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=15.06;MQ0=109;MQRankSum=-3.154;QD=2.00;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=1.384;SB=-1.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:106,134:82:99:519,0,1009 chrXIV 783982 . T TA 51.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.030;DP=29;FS=5.251;HaplotypeScore=766.1789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.10;MQ0=0;MQRankSum=0.878;QD=1.79;ReadPosRankSum=0.696;SB=-1.800e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,7:25:91:91,0,527 chrXIV 784021 . A AG 64.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.264;DP=22;FS=6.117;HaplotypeScore=654.6015;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.001;QD=2.95;RPA=3,4;RU=G;ReadPosRankSum=-1.423;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,5:20:99:104,0,246 chrXIV 784072 . TG T 297.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.837;DP=72;FS=2.780;HaplotypeScore=924.9857;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.07;MQ0=7;MQRankSum=-0.280;QD=4.14;RPA=3,2;RU=G;ReadPosRankSum=0.450;SB=-1.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,15:54:99:337,0,356 chrXIV 784170 . GT G 91.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.817;DP=55;FS=6.402;HaplotypeScore=363.0212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.49;MQ0=10;MQRankSum=-0.448;QD=1.67;ReadPosRankSum=-0.184;SB=-9.001e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,11:31:99:131,0,445 chrXIV 784219 . TGTG T 242.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.061;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=351.3334;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.92;MQ0=2;MQRankSum=-0.408;QD=5.28;ReadPosRankSum=1.169;SB=-8.001e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,6:28:99:282,0,285 chrXIV 784235 . GT G 202.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.810;DP=53;FS=1.862;HaplotypeScore=502.2977;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.21;MQ0=4;MQRankSum=0.378;QD=3.83;ReadPosRankSum=0.090;SB=-2.001e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,16:34:99:242,0,297 chrXV 548 . TC T 131.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.495;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=69.7827;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.64;MQ0=1;MQRankSum=1.495;QD=12.00;ReadPosRankSum=1.495;SB=-3.900e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:7:45:171,0,45 chrXV 11950 . CAG C 1040.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=1002.1877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.67;MQ0=0;QD=35.90;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:29:78:1083,78,0 chrXV 11957 . G GAT 1039.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=948.6586;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.63;MQ0=0;QD=40.00;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,24:26:77:1082,77,0 chrXV 12954 . CT C 2408.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.619;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=404.0266;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.21;MQ0=0;MQRankSum=1.639;QD=20.24;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.052;SB=-1.077e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,111:119:99:2451,327,0 chrXV 14017 . GA G 1783.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.159;DP=124;FS=25.683;HaplotypeScore=588.1796;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.32;MQ0=0;MQRankSum=0.074;QD=14.39;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=3.076;SB=-4.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,85:123:99:1826,197,0 chrXV 14564 . GA G 2079.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=114.3050;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;QD=20.00;RPA=8,7;RU=A;SB=-8.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,88:104:99:2122,263,0 chrXV 14693 . C CT 2466.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.221;DP=114;FS=7.696;HaplotypeScore=45.2450;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=0.987;QD=21.64;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.012;SB=-1.034e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,104:114:99:2509,272,0 chrXV 16005 . GAA G,GA 2420.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=55.7412;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.48;MQ0=0;QD=22.84;RPA=10,8,9;RU=A;SB=-9.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:8,56,0:105:99:2499,897,787,1242,0,971 chrXV 16299 . GA G 1363.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.259;DP=159;FS=22.828;HaplotypeScore=972.8497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.598;QD=8.58;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=1.822;SB=-3.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,51:159:99:1403,0,3087 chrXV 16813 . GA G 4864 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=84.9812;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.92;MQ0=0;QD=32.43;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.091e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,147:150:99:4864,442,0 chrXV 17819 . T TG 585.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=762.3868;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.49;MQ0=0;QD=30.84;SB=-3.300e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57:628,57,0 chrXV 17842 . A AT 955.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=1436.0537;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.40;MQ0=0;QD=29.87;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,21:32:96:998,96,0 chrXV 17843 . ACG A 798.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=984.3555;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.56;MQ0=0;QD=36.32;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,21:22:66:841,66,0 chrXV 17871 . AT A 665.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=1211.5887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.63;MQ0=0;QD=25.61;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,25:26:75:708,75,0 chrXV 17891 . A AC 785.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=1427.8035;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.67;MQ0=0;QD=27.10;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:29:87:828,87,0 chrXV 17892 . T TG 662.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=1250.1303;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=25.50;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,25:26:77:705,77,0 chrXV 17894 . C CT 678.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=1248.5006;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=26.11;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:26:78:721,78,0 chrXV 17972 . GT G 799.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.650;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=1567.0002;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.433;QD=25.00;ReadPosRankSum=1.516;SB=-8.000e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,30:32:92:842,92,0 chrXV 17990 . C CA 838.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.614;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=1663.4667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.40;MQ0=0;MQRankSum=1.135;QD=26.22;ReadPosRankSum=0.657;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,22:32:51:881,51,0 chrXV 17996 . GCC G 989.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.583;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=1140.1873;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.16;MQ0=0;MQRankSum=0.678;QD=43.04;ReadPosRankSum=0.528;SB=-9.800e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,22:23:51:1032,51,0 chrXV 18089 . AT A 295.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=836.8475;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.52;MQ0=0;QD=14.80;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,13:20:39:338,39,0 chrXV 18157 . A AC 460.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=712.2558;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=27.12;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:17:51:503,51,0 chrXV 18161 . TCCGG T 778.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=505.7742;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=55.64;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42:821,42,0 chrXV 18168 . A AGGG 678.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=515.7429;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=48.50;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42:721,42,0 chrXV 18349 . T TACG 1392.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=182.3185;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.61;MQ0=0;QD=51.59;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:27:81:1435,81,0 chrXV 19180 . TATA T,TTA 1038.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=347.1395;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=41.62;MQ0=0;QD=22.11;SB=-8.100e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:14,7,0:47:80:1117,213,80,247,0,120 chrXV 21756 . A AG 1141.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.346;DP=87;FS=9.428;HaplotypeScore=333.3063;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.27;MQ0=0;MQRankSum=-2.559;QD=13.13;ReadPosRankSum=2.678;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,38:87:99:1181,0,1216 chrXV 21811 . T TG 777.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.223;DP=72;FS=0.912;HaplotypeScore=580.1193;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.80;MQ0=0;MQRankSum=-6.797;QD=10.81;ReadPosRankSum=-0.386;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,33:72:99:817,0,772 chrXV 21818 . T TGC 1121.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.562;DP=78;FS=3.116;HaplotypeScore=547.2757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.42;MQ0=0;MQRankSum=-7.242;QD=14.38;ReadPosRankSum=1.809;SB=-4.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,33:78:99:1161,0,1543 chrXV 24819 . A ATC 877.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.421;DP=80;FS=0.943;HaplotypeScore=215.4591;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.02;MQ0=1;MQRankSum=-4.804;QD=10.97;RPA=1,2;RU=TC;ReadPosRankSum=2.291;SB=-3.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,25:76:99:917,0,1709 chrXV 24997 . T TAA 1000.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.413;DP=131;FS=5.807;HaplotypeScore=364.9919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.15;MQ0=1;MQRankSum=-8.189;QD=7.64;RPA=3,5;RU=A;ReadPosRankSum=1.707;SB=-6.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,44:120:99:1040,0,2584 chrXV 27008 . C CAAAA 596.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=34.2491;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.05;MQ0=24;QD=13.88;RPA=11,15;RU=A;SB=-2.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,23:16:42:639,42,0 chrXV 31307 . TGAA T 1972.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.362;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=1141.4742;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.48;MQ0=0;MQRankSum=-3.369;QD=13.89;ReadPosRankSum=1.008;SB=-9.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,45:141:99:2012,0,4660 chrXV 31443 . T TCAA 6309 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=1017.4422;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.73;MQ0=0;QD=50.47;RPA=1,2;RU=CAA;SB=-2.958e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,117:125:99:6309,367,0 chrXV 32019 . TAA T 5538 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=991.3843;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.83;MQ0=0;QD=41.95;RPA=3,1;RU=A;SB=-2.121e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,125:132:99:5538,376,0 chrXV 32031 . G GA 1305.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.826;DP=128;FS=6.928;HaplotypeScore=1267.6239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.978;QD=10.20;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=1.204;SB=-6.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,63:128:99:1345,0,989 chrXV 32351 . TA T 2584.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=891.4834;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.09;MQ0=0;QD=25.59;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.207e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,89:101:99:2627,297,0 chrXV 32396 . G GT 2111.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.347;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=967.0131;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.021;QD=25.76;ReadPosRankSum=1.561;SB=-4.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,79:82:99:2154,238,0 chrXV 32775 . G GTTCT 5732 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=642.9917;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.61;MQ0=0;QD=57.90;RPA=1,2;RU=TTCT;SB=-1.754e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,87:99:99:5732,292,0 chrXV 32815 . C CTT 2893.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=867.6970;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.84;MQ0=0;QD=41.94;RPA=1,3;RU=T;SB=-1.227e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,64:69:99:2936,208,0 chrXV 34339 . T TCC 4028 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=484.3339;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.74;MQ0=0;QD=41.96;SB=-1.373e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:51,28:96:99:4028,289,0 chrXV 34341 . AGG A 3230.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=397.4356;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.01;MQ0=0;QD=40.89;SB=-1.364e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:48,28:79:99:3272,229,0 chrXV 43157 . CT C 2022.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=864.9498;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.85;MQ0=0;QD=31.61;RPA=3,2;RU=T;SB=-8.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,61:64:99:2065,184,0 chrXV 43480 . G GA 321.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.062;DP=82;FS=2.083;HaplotypeScore=835.6534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.86;MQ0=0;MQRankSum=0.061;QD=3.93;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.503;SB=-1.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,24:82:99:361,0,988 chrXV 43492 . TG T 3001.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=575.5804;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.11;MQ0=0;QD=38.00;SB=-1.334e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:79:99:3044,235,0 chrXV 43549 . G GA 1970.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=509.1068;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.33;MQ0=0;QD=21.42;RPA=7,8;RU=A;SB=-9.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,79:92:99:2013,240,0 chrXV 45897 . AATT A 3161.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=34.4987;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;QD=35.53;RPA=7,6;RU=ATT;SB=-1.506e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,75:89:99:3204,226,0 chrXV 47909 . TA T 1431.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.922;DP=165;FS=4.022;HaplotypeScore=74.6579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.199;QD=8.68;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.253;SB=-7.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,84:165:99:1471,0,982 chrXV 53937 . GGAA G 1352.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.140;DP=104;FS=0.940;HaplotypeScore=129.9120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.327;QD=13.01;RPA=8,7;RU=GAA;ReadPosRankSum=0.919;SB=-3.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,32:104:99:1392,0,1447 chrXV 53991 . T TGTTAAAATGGAAAACCCATCCGAG,TGTTAAAATGGAAAACCCATTCGAG 15937 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=233.2042;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=35.23;MQ0=0;QD=206.97;SB=-6.958e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:50,9,11:77:99:15937,852,632,616,0,396 chrXV 54269 . AATC A 5275 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=34.9372;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.19;MQ0=0;QD=47.95;RPA=2,1;RU=ATC;SB=-2.529e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,105:110:99:5275,316,0 chrXV 60061 . GTT G 3295 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.194;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=445.3510;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.15;MQ0=1;MQRankSum=0.213;QD=27.46;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.528;SB=-1.224e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,105:119:99:3295,311,0 chrXV 63075 . T TCAC 2786.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.728;DP=137;FS=21.758;HaplotypeScore=45.5365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.50;MQ0=0;MQRankSum=5.260;QD=20.34;ReadPosRankSum=-0.105;SB=-8.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,74:137:99:2826,0,2101 chrXV 70058 . AT A 2661.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=105.4875;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=20.32;RPA=10,9;RU=T;SB=-9.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,121:131:99:2704,364,0 chrXV 71152 . C CT 1279.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.332;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=97.7271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=1;MQRankSum=-1.770;QD=8.65;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.410;SB=-6.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,71:147:99:1319,0,1247 chrXV 73391 . TA T 1718.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.138;DP=107;FS=6.118;HaplotypeScore=364.6365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.391;QD=16.07;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=0.122;SB=-7.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,58:107:99:1758,0,1418 chrXV 77349 . GAT G 1892.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.122;DP=151;FS=1.339;HaplotypeScore=484.7203;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=1.758;QD=12.54;RPA=3,2;RU=AT;ReadPosRankSum=1.095;SB=-9.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,55:151:99:1932,0,2724 chrXV 77390 . TA T 1123.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.504;DP=130;FS=2.350;HaplotypeScore=448.8850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.575;QD=8.65;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=-1.221;SB=-4.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,53:130:99:1163,0,1449 chrXV 79521 . C CTT 2129.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.545;DP=158;FS=6.248;HaplotypeScore=139.1169;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=1.660;QD=13.48;RPA=9,11;RU=T;ReadPosRankSum=-2.200;SB=-9.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,80:158:99:2169,0,1879 chrXV 79743 . GT G 1872.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.053;DP=152;FS=2.099;HaplotypeScore=84.3764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=1.160;QD=12.32;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=-1.326;SB=-7.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,88:152:99:1912,0,1179 chrXV 81284 . GC G 1306.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.023;DP=94;FS=9.726;HaplotypeScore=139.7205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=0.202;QD=13.90;ReadPosRankSum=-0.864;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,43:94:99:1346,0,1569 chrXV 81378 . AT A 1226.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.284;DP=124;FS=12.052;HaplotypeScore=569.2006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.58;MQ0=0;MQRankSum=-7.755;QD=9.89;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=-0.369;SB=-4.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,50:124:99:1266,0,1786 chrXV 81640 . ATG A 1188.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.837;DP=186;FS=1.835;HaplotypeScore=189.6812;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=4.371;QD=6.39;RPA=9,8;RU=TG;ReadPosRankSum=-0.773;SB=-2.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:124,50:186:99:1228,0,1454 chrXV 83503 . G GA 840.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.164;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=309.0265;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=3.119;QD=8.58;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=1.708;SB=-3.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,49:98:99:880,0,997 chrXV 85382 . CT C 883.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.757;DP=94;FS=5.885;HaplotypeScore=299.2302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQ0=1;MQRankSum=1.253;QD=9.40;RPA=15,14;RU=T;ReadPosRankSum=2.493;SB=-4.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,55:93:99:923,0,342 chrXV 87297 . G GA 2039.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=434.1312;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=26.84;RPA=3,4;RU=A;SB=-7.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,71:76:99:2082,216,0 chrXV 89534 . A AAT 1268.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.805;DP=115;FS=3.459;HaplotypeScore=228.0049;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQ0=0;MQRankSum=1.315;QD=11.03;RPA=5,6;RU=AT;ReadPosRankSum=1.086;SB=-3.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,44:115:99:1308,0,1111 chrXV 91920 . CT C 1579.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.854;DP=108;FS=3.761;HaplotypeScore=433.5114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.74;MQ0=0;MQRankSum=1.030;QD=14.63;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=-0.613;SB=-4.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,52:108:99:1619,0,1576 chrXV 91934 . TC T 1367.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.745;DP=116;FS=3.509;HaplotypeScore=497.2755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=0.161;QD=11.79;RPA=4,3;RU=C;ReadPosRankSum=1.622;SB=-6.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,52:116:99:1407,0,1363 chrXV 91996 . GTA G 2915.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=347.8652;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.48;MQ0=0;QD=24.30;RPA=6,5;RU=TA;SB=-9.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,84:120:99:2958,256,0 chrXV 92462 . CA C 2371.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=220.2649;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.06;MQ0=0;QD=24.20;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.068e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,93:98:99:2414,279,0 chrXV 92494 . T TAA 3090.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=185.9932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.57;MQ0=0;QD=31.54;RPA=8,10;RU=A;SB=-1.522e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,87:97:99:3133,276,0 chrXV 92644 . GA G 3543 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=1294.7011;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.10;MQ0=0;QD=33.42;SB=-1.383e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,99:106:99:3543,298,0 chrXV 93845 . T TAA,TA 2084.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.747;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=206.3364;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.015;QD=18.29;RPA=12,14,13;RU=A;ReadPosRankSum=-1.276;SB=-6.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:19,47,45:114:99:2163,834,807,846,0,631 chrXV 94027 . AT A 1260.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.994;DP=111;FS=10.731;HaplotypeScore=401.9097;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.021;QD=11.36;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=0.761;SB=-4.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,56:111:99:1300,0,1224 chrXV 94096 . AT A 1305.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.446;DP=114;FS=7.471;HaplotypeScore=306.5626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=0.240;QD=11.46;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=-0.941;SB=-6.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,47:114:99:1345,0,1549 chrXV 94590 . GA G 852.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.697;DP=116;FS=9.492;HaplotypeScore=744.5263;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.549;QD=7.35;RPA=7,6;RU=A;ReadPosRankSum=-0.586;SB=-2.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,48:116:99:892,0,1188 chrXV 94613 . GAA G,GA 2282.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=715.6886;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=49.34;MQ0=0;QD=20.94;RPA=13,11,12;RU=A;SB=-1.125e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:12,52,0:109:99:2361,473,205,1190,0,917 chrXV 94666 . A AT 3142.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=1147.9315;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.73;MQ0=0;QD=29.10;RPA=2,3;RU=T;SB=-9.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,103:108:99:3185,318,0 chrXV 96686 . AAT A 2624.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.784;DP=142;FS=16.558;HaplotypeScore=119.1820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=1;MQRankSum=0.631;QD=18.49;RPA=2,1;RU=AT;ReadPosRankSum=0.690;SB=-6.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,75:141:99:2664,0,2257 chrXV 96928 . C CG 2531.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=123;FS=3.350;HaplotypeScore=605.5637;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.42;MQ0=0;MQRankSum=1.695;QD=20.59;RPA=6,7;RU=G;ReadPosRankSum=1.471;SB=-1.130e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,92:123:99:2574,268,0 chrXV 101333 . G GAA 887.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.469;DP=85;FS=9.737;HaplotypeScore=307.4167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.960;QD=10.45;RPA=10,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.451;SB=-2.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,35:85:99:927,0,986 chrXV 108189 . TAAGCGCAACCGTGATAAA T 9059 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.029;DP=153;FS=3.345;HaplotypeScore=294.3782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.84;MQ0=0;MQRankSum=-4.969;QD=59.21;ReadPosRankSum=-1.346;SB=-1.998e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,65:153:99:9059,0,12088 chrXV 108994 . CT C 1179.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.245;DP=117;FS=4.007;HaplotypeScore=554.8369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.829;QD=10.09;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=0.161;SB=-8.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,53:117:99:1219,0,1798 chrXV 109014 . G GT 1030.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.160;DP=129;FS=2.622;HaplotypeScore=555.1349;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.091;QD=7.99;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.398;SB=-3.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,53:129:99:1070,0,1090 chrXV 109077 . T TC 1493.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.090;DP=121;FS=4.642;HaplotypeScore=347.9220;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=0.558;QD=12.35;RPA=1,2;RU=C;ReadPosRankSum=-1.742;SB=-2.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,55:121:99:1533,0,1802 chrXV 110687 . T TAA,TA 1670.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=150.4752;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=61.15;MQ0=0;QD=26.11;RPA=5,7,6;RU=A;SB=-4.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:2,18,42:64:99:1749,778,655,678,0,501 chrXV 110931 . G GA 942.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.248;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=572.5116;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.45;MQ0=0;MQRankSum=2.973;QD=10.84;ReadPosRankSum=0.749;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,49:87:99:982,0,490 chrXV 110932 . G GA 1991.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=469.3852;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.33;MQ0=0;QD=23.71;RPA=7,8;RU=A;SB=-8.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:54,30:84:99:2034,246,0 chrXV 110946 . TAAGA T 2716.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.565;DP=84;FS=2.015;HaplotypeScore=359.6449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.35;MQ0=0;MQRankSum=2.090;QD=32.34;ReadPosRankSum=0.727;SB=-9.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,44:84:99:2756,0,1539 chrXV 111095 . TAGCAA T 4424 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=744.1846;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.80;MQ0=0;QD=63.20;SB=-5.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,61:70:99:4424,184,0 chrXV 111119 . CT C 1817.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=778.7754;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.75;MQ0=0;QD=31.34;RPA=2,1;RU=T;SB=-5.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,50:58:99:1860,159,0 chrXV 111216 . GA G 2603.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=777.3671;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.88;MQ0=0;QD=25.04;RPA=5,4;RU=A;SB=-8.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,96:104:99:2646,288,0 chrXV 113270 . A AT 3616 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=535.5981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;QD=28.70;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.388e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,111:126:99:3616,349,0 chrXV 113874 . AT A 2234.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=366.2822;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;QD=21.29;RPA=9,8;RU=T;SB=-6.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,98:105:99:2277,299,0 chrXV 113935 . CA C 3207.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=646.2859;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.92;MQ0=0;QD=30.26;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.624e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,96:106:99:3250,289,0 chrXV 114133 . G GT 3037.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=266.8404;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=25.11;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.329e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,116:121:99:3080,348,0 chrXV 128252 . G GTA 2354.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.408;DP=134;FS=1.384;HaplotypeScore=52.6323;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=0.159;QD=17.57;RPA=1,2;RU=TA;ReadPosRankSum=-1.656;SB=-1.190e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,67:134:99:2394,0,2216 chrXV 129212 . C CT,CTTT 1909.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.015;DP=90;FS=3.758;HaplotypeScore=94.0573;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.080;QD=21.22;RPA=12,13,15;RU=T;ReadPosRankSum=-1.567;SB=-5.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:30,31,22:90:99:1988,933,738,734,0,866 chrXV 136025 . GA G 4509 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=169;FS=0.000;HaplotypeScore=320.2713;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.40;MQ0=0;QD=26.68;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.685e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,166:169:99:4509,498,0 chrXV 136376 . GA G 2564.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=216.6408;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;QD=21.55;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.244e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,114:119:99:2607,341,0 chrXV 138046 . GTA G 2964.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=30.7186;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.29;MQ0=0;QD=26.95;RPA=6,5;RU=TA;SB=-1.472e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,89:110:99:3007,268,0 chrXV 141471 . G GA 1328.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.510;DP=122;FS=9.423;HaplotypeScore=426.9980;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=0.236;QD=10.89;RPA=15,16;RU=A;ReadPosRankSum=-0.116;SB=-5.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:85,32:122:94:1371,94,0 chrXV 141555 . GT G 2457.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=150.7732;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.83;MQ0=0;QD=22.97;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.182e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,104:107:99:2500,314,0 chrXV 144164 . T TA 657.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.417;DP=121;FS=5.978;HaplotypeScore=535.8426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=1;MQRankSum=0.616;QD=5.44;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=-0.732;SB=-3.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,42:119:99:697,0,1043 chrXV 144166 . C CA 2696.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.859;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=371.7736;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.97;MQ0=1;MQRankSum=-1.325;QD=22.11;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.946;SB=-1.060e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:55,66:120:99:2739,346,0 chrXV 147203 . CTA C 4040 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=260.3699;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.68;MQ0=0;QD=30.38;RPA=4,3;RU=TA;SB=-9.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,113:133:99:4040,340,0 chrXV 158961 . GT G 1515.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.292;DP=137;FS=0.689;HaplotypeScore=260.3805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.434;QD=11.07;RPA=7,6;RU=T;ReadPosRankSum=0.200;SB=-5.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,79:137:99:1555,0,981 chrXV 159032 . G GA 1176.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.661;DP=144;FS=3.103;HaplotypeScore=665.5280;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=8.17;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.283;SB=-4.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,58:144:99:1216,0,1187 chrXV 160743 . CT C 3208.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.683;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=178.5435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.71;MQ0=0;MQRankSum=1.485;QD=21.68;RPA=8,7;RU=T;ReadPosRankSum=1.336;SB=-1.088e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,143:140:99:3251,408,0 chrXV 160981 . AG A 2096.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=198.9659;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.48;MQ0=0;QD=17.92;SB=-9.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:87,30:117:99:2139,272,0 chrXV 162054 . A AT 3441 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=742.0653;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.28;MQ0=0;QD=34.07;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.182e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,100:101:99:3441,298,0 chrXV 163119 . AG A 1893.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.608;DP=137;FS=0.634;HaplotypeScore=51.0697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.256;QD=13.82;ReadPosRankSum=-0.682;SB=-8.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,70:137:99:1933,0,2119 chrXV 165370 . AT A 2989.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.394;DP=133;FS=5.643;HaplotypeScore=237.0797;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=1.601;QD=22.48;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.260;SB=-7.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,131:133:99:3032,386,0 chrXV 165467 . GT G 1215.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.165;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=602.8215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.46;MQ0=1;MQRankSum=0.076;QD=10.05;RPA=7,6;RU=T;ReadPosRankSum=-0.336;SB=-6.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,66:120:99:1255,0,952 chrXV 167003 . TTTA T 2427.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.235;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=445.5649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.535;QD=19.90;ReadPosRankSum=1.211;SB=-9.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,60:122:99:2467,0,2768 chrXV 170473 . C CT 2329.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.392;DP=163;FS=9.727;HaplotypeScore=63.4260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.234;QD=14.29;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=-1.189;SB=-1.080e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,78:163:99:2369,0,2207 chrXV 180383 . G GT 3055.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=363.6927;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.10;MQ0=0;QD=26.57;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.111e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,103:113:99:3098,330,0 chrXV 180408 . A AT 2987.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=435.5655;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.35;MQ0=0;QD=27.16;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.323e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,100:108:99:3030,312,0 chrXV 180441 . AT A 2979.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=399.4363;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.22;MQ0=0;QD=24.63;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.296e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,113:119:99:3022,339,0 chrXV 181607 . G GA 3358 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=773.2561;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.99;MQ0=0;QD=34.98;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.063e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,95:96:99:3358,289,0 chrXV 181654 . AC A 3015.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=749.0982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.49;MQ0=0;QD=28.19;RPA=5,4;RU=C;SB=-1.122e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,98:107:99:3058,301,0 chrXV 189467 . ATTT AT,A 2933.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=343.7943;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=61.01;MQ0=0;QD=30.56;RPA=13,11,10;RU=T;SB=-1.108e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:7,0,38:96:99:3012,960,685,534,0,261 chrXV 193675 . C CTT 886.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.498;DP=100;FS=1.770;HaplotypeScore=61.5544;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=1;MQRankSum=-0.306;QD=8.87;RPA=12,14;RU=T;ReadPosRankSum=-1.681;SB=-3.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,37:99:99:926,0,1169 chrXV 194895 . C CA 2047.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.483;DP=124;FS=1.623;HaplotypeScore=221.4860;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.294;QD=16.52;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=1.784;SB=-7.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,94:124:99:2090,198,0 chrXV 200339 . CTT C 826.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.474;DP=142;FS=16.514;HaplotypeScore=429.1742;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.30;MQ0=0;MQRankSum=1.460;QD=5.82;RPA=23,21;RU=T;ReadPosRankSum=4.403;SB=-2.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,33:141:99:866,0,991 chrXV 206047 . C CAT 1043.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.477;DP=170;FS=4.779;HaplotypeScore=358.8540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=2.426;QD=6.14;RPA=5,6;RU=AT;ReadPosRankSum=-1.146;SB=-4.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:108,46:170:99:1083,0,1595 chrXV 212166 . AG A 2088.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.763;DP=162;FS=2.362;HaplotypeScore=203.3086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.418;QD=12.89;RPA=3,2;RU=G;ReadPosRankSum=-1.306;SB=-8.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,73:162:99:2128,0,1214 chrXV 213812 . AT A 1240.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.241;DP=114;FS=7.724;HaplotypeScore=421.8011;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.987;QD=10.89;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.867;SB=-5.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,69:114:99:1280,0,677 chrXV 213883 . A AT 1587.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.580;DP=143;FS=7.813;HaplotypeScore=316.3541;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=0.772;QD=11.10;ReadPosRankSum=-0.257;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,37:143:99:1627,0,1862 chrXV 216270 . GGTC G 6240 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=180.7942;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.12;MQ0=0;QD=49.52;RPA=2,1;RU=GTC;SB=-2.403e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,118:126:99:6240,358,0 chrXV 216604 . GTCACCA G 4843 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.596;DP=150;FS=2.217;HaplotypeScore=175.8693;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.321;QD=32.29;RPA=2,1;RU=TCACCA;ReadPosRankSum=0.856;SB=-2.317e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,71:150:99:4843,0,4008 chrXV 216898 . A AAT,AATT 5603 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.811;DP=153;FS=7.762;HaplotypeScore=842.9182;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=48.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.647;QD=36.62;ReadPosRankSum=0.991;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:73,26,38:153:99:5603,1300,882,616,0,215 chrXV 217068 . A AT 2929.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=193.1069;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.52;MQ0=0;QD=26.64;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.030e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:110:99:2972,324,0 chrXV 220727 . GA G 1385.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.676;DP=169;FS=0.631;HaplotypeScore=270.4874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.691;QD=8.20;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.719;SB=-5.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,77:169:99:1425,0,1155 chrXV 224209 . A ATGTG 2581.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.381;DP=83;FS=7.478;HaplotypeScore=127.1970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.553;QD=31.11;ReadPosRankSum=0.928;SB=-8.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,44:83:99:2621,0,2107 chrXV 227300 . CGATGATGATGATGATGATGATGAT CGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGAT,C 6871 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=36.6567;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=48.35;MQ0=0;QD=80.84;RPA=12,16,4;RU=GAT;SB=-1.778e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:37,0,14:85:99:6871,4014,4144,2986,0,11575 chrXV 227859 . TG T 587.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.037;DP=92;FS=3.138;HaplotypeScore=634.8877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.00;MQ0=0;MQRankSum=-6.637;QD=6.39;RPA=3,2;RU=G;ReadPosRankSum=1.286;SB=-2.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,26:92:99:627,0,1798 chrXV 227867 . TAA T 725.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.158;DP=88;FS=6.292;HaplotypeScore=621.3036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.60;MQ0=0;MQRankSum=-6.465;QD=8.25;ReadPosRankSum=1.343;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,24:88:99:765,0,2649 chrXV 227872 . T TGA 682.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.094;DP=89;FS=8.336;HaplotypeScore=618.5528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.30;MQ0=0;MQRankSum=-6.182;QD=7.67;RPA=1,2;RU=GA;ReadPosRankSum=1.406;SB=-1.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,23:89:99:722,0,2436 chrXV 228425 . C CT 2855.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=216.9312;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=63.37;MQ0=0;QD=21.16;RPA=8,9;RU=T;SB=-1.245e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,115:135:99:2898,356,0 chrXV 229886 . GT G 1396.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.748;DP=131;FS=11.340;HaplotypeScore=256.5014;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.606;QD=10.66;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=-0.710;SB=-4.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,68:131:99:1436,0,1294 chrXV 230020 . C CTTTTTT 878.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.542;DP=88;FS=17.929;HaplotypeScore=125.6628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.86;MQ0=0;MQRankSum=3.853;QD=9.99;RPA=17,23;RU=T;ReadPosRankSum=-0.569;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,26:87:99:918,0,1619 chrXV 231806 . GA G 905.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.847;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=38.9792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.222;QD=8.31;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.519;SB=-4.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,56:109:99:945,0,847 chrXV 233686 . AT A 2309.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.070;DP=150;FS=0.614;HaplotypeScore=165.1608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.61;MQ0=0;MQRankSum=1.784;QD=15.40;ReadPosRankSum=-1.081;SB=-9.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,86:150:99:2349,0,1778 chrXV 233865 . A AT 1166.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.835;DP=164;FS=0.000;HaplotypeScore=46.4309;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQ0=0;MQRankSum=0.445;QD=7.12;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.791;SB=-3.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,67:164:99:1206,0,1550 chrXV 234107 . T TG 1380.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.838;DP=163;FS=5.227;HaplotypeScore=323.9950;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=1.106;QD=8.47;RPA=4,5;RU=G;ReadPosRankSum=1.228;SB=-2.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:100,62:163:99:1420,0,2047 chrXV 236202 . ACAAGCT A 3755 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.412;DP=168;FS=0.000;HaplotypeScore=168.0958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQ0=0;MQRankSum=2.685;QD=22.35;RPA=5,4;RU=CAAGCT;ReadPosRankSum=0.503;SB=-1.545e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:105,63:168:99:3755,0,3877 chrXV 237009 . GCAA G 2374.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.283;DP=114;FS=1.016;HaplotypeScore=1038.4030;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.336;QD=20.83;RPA=3,2;RU=CAA;ReadPosRankSum=0.269;SB=-4.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,58:113:99:2414,0,1203 chrXV 243129 . TA TAAA,T 2330.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=133.2025;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.70;MQ0=1;QD=17.27;RPA=11,13,10;RU=A;SB=-9.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:27,1,38:134:99:2409,1080,1560,1541,0,1918 chrXV 251124 . C CT 1333.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.347;DP=139;FS=5.817;HaplotypeScore=55.2936;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.217;QD=9.60;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=-0.372;SB=-5.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,68:139:99:1373,0,1251 chrXV 253989 . T TA 981.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.825;DP=110;FS=10.995;HaplotypeScore=489.8569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=0.394;QD=8.93;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=-0.580;SB=-4.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,51:110:99:1021,0,1030 chrXV 254822 . TAA T 3431 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=323.1862;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;QD=31.19;RPA=10,8;RU=A;SB=-1.525e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,106:109:99:3431,315,0 chrXV 256152 . TA T 1392.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.991;DP=167;FS=12.423;HaplotypeScore=155.5089;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.876;QD=8.34;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=-0.067;SB=-4.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,72:167:99:1432,0,2157 chrXV 259218 . CT C 628.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.896;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=86.6563;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQ0=0;MQRankSum=1.332;QD=5.38;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.574;SB=-1.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,43:117:99:668,0,758 chrXV 266217 . GA G 2587.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=686.3107;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.38;MQ0=0;QD=23.74;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.281e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,106:109:99:2630,318,0 chrXV 268019 . G GAA 1515.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.049;DP=130;FS=6.933;HaplotypeScore=47.7632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=1.282;QD=11.66;RPA=8,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.419;SB=-5.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,56:130:99:1555,0,1837 chrXV 269751 . C CAT 1433.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.314;DP=102;FS=2.065;HaplotypeScore=40.8154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=0.934;QD=14.06;RPA=4,5;RU=AT;ReadPosRankSum=0.950;SB=-2.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,49:101:99:1473,0,1265 chrXV 270656 . C CT 1389.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.401;DP=166;FS=5.598;HaplotypeScore=326.5694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=1.542;QD=8.37;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.127;SB=-2.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,73:166:99:1429,0,1464 chrXV 271953 . CT C 2407.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.105;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=216.4637;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.90;MQ0=0;MQRankSum=0.256;QD=19.58;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.310;SB=-1.060e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,112:123:99:2450,318,0 chrXV 274784 . TTG T 938.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.608;DP=141;FS=9.091;HaplotypeScore=244.2016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.72;MQ0=0;MQRankSum=2.266;QD=6.66;RPA=2,1;RU=TG;ReadPosRankSum=2.432;SB=-3.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,39:130:99:978,0,3589 chrXV 277875 . TCATATA T 3198.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.212;DP=104;FS=8.238;HaplotypeScore=418.2477;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.427;QD=30.76;ReadPosRankSum=0.208;SB=-1.363e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,47:104:99:3238,0,1346 chrXV 277876 . CATATAT C,CATAT 3211.92 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=386.5126;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.96;MQ0=0;QD=34.17;RPA=7,4,6;RU=AT;SB=-1.496e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:67,0,0:94:99:3290,1171,1943,1602,0,1385 chrXV 281886 . A AG 2198.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.048;DP=121;FS=1.553;HaplotypeScore=393.0427;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQ0=0;MQRankSum=0.066;QD=18.17;ReadPosRankSum=-0.282;SB=-8.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,72:121:99:2238,0,1312 chrXV 282006 . A AG 1225.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.543;DP=91;FS=17.128;HaplotypeScore=182.1737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQ0=0;MQRankSum=1.247;QD=13.47;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=-0.843;SB=-3.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,45:91:99:1265,0,1190 chrXV 288064 . TA T 701.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.506;DP=97;FS=5.122;HaplotypeScore=154.5392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.531;QD=7.24;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.523;SB=-3.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,45:97:99:741,0,854 chrXV 288282 . AT A 851.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.013;DP=88;FS=1.827;HaplotypeScore=207.1695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=0.257;QD=9.68;RPA=7,6;RU=T;ReadPosRankSum=1.042;SB=-4.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,46:88:99:891,0,685 chrXV 290573 . C CT,CTT 2149.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.552;DP=134;FS=9.278;HaplotypeScore=123.2156;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=0.829;QD=16.04;RPA=13,14,15;RU=T;ReadPosRankSum=0.287;SB=-1.064e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:70,33,28:134:99:2228,892,676,665,0,554 chrXV 292246 . CAA C 4466 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=56.5593;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;QD=28.63;RPA=10,8;RU=A;SB=-1.937e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,136:156:99:4466,409,0 chrXV 296473 . GC G 4772 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=53.3020;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.31;MQ0=1;QD=34.09;RPA=2,1;RU=C;SB=-1.605e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,140:139:99:4772,418,0 chrXV 298968 . AT A 2444.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=512.0988;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.27;MQ0=0;QD=21.83;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.233e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,96:112:99:2487,288,0 chrXV 299706 . AT A 2726.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=705.7248;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.69;MQ0=0;QD=22.54;RPA=8,7;RU=T;SB=-7.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,112:121:99:2769,335,0 chrXV 301070 . GTC G 4466 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=568.7662;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.09;MQ0=0;QD=45.11;SB=-1.635e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,97:99:99:4466,292,0 chrXV 301214 . A AAATAG 5550 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.577;DP=153;FS=0.736;HaplotypeScore=227.0401;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.10;MQ0=0;MQRankSum=0.672;QD=36.27;ReadPosRankSum=1.832;SB=-1.146e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,79:153:99:5550,0,3832 chrXV 301304 . ATGTGTG A,ATGTG 5405 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=194;FS=0.000;HaplotypeScore=423.6395;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.90;MQ0=0;QD=27.86;RPA=8,5,7;RU=TG;SB=-1.084e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:86,17,0:194:99:5405,1765,2869,2453,0,2049 chrXV 304940 . C CT 982.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.949;DP=139;FS=0.687;HaplotypeScore=179.0886;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.433;QD=7.07;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.353;SB=-2.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,58:139:99:1022,0,1318 chrXV 307730 . C CT 1633.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.274;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=142.1902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.437;QD=13.73;RPA=3,4;RU=T;ReadPosRankSum=2.153;SB=-3.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,67:119:99:1673,0,1030 chrXV 309087 . TTATA T,TTATATA 4923 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.459;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=186.4064;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.074;QD=32.18;RPA=7,5,8;RU=TA;ReadPosRankSum=-0.903;SB=-1.544e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:41,70,0:152:99:4923,1537,3397,3661,0,4459 chrXV 312985 . CTA C 1640.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.717;DP=136;FS=8.011;HaplotypeScore=99.5933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.360;QD=12.07;RPA=3,2;RU=TA;ReadPosRankSum=1.832;SB=-7.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,55:136:99:1680,0,2513 chrXV 315600 . A AT 1557.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.222;DP=104;FS=1.676;HaplotypeScore=293.6573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=2.604;QD=14.98;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=1.297;SB=-6.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,54:104:99:1597,0,1067 chrXV 323107 . GAGGT G 2942.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.956;DP=127;FS=0.688;HaplotypeScore=166.9959;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.292;QD=23.17;RPA=2,1;RU=AGGT;ReadPosRankSum=-0.229;SB=-1.190e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,56:127:99:2982,0,3453 chrXV 325064 . GT G 2817.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=47.1158;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.09;MQ0=0;QD=21.03;RPA=10,9;RU=T;SB=-1.051e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,127:134:99:2860,385,0 chrXV 326195 . CATAT C 1182.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.176;DP=124;FS=6.569;HaplotypeScore=301.4467;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=1.337;QD=9.54;RPA=13,11;RU=AT;ReadPosRankSum=1.195;SB=-1.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,27:124:99:1222,0,885 chrXV 326500 . TGAAAATTACTTTCACATGTTTTAGTG T 2179.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.432;DP=55;FS=2.494;HaplotypeScore=88.4089;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.26;MQ0=0;MQRankSum=-2.620;QD=39.64;ReadPosRankSum=-1.120;SB=-6.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,19:55:99:2219,0,7219 chrXV 326639 . TA T 364.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.907;DP=50;FS=4.057;HaplotypeScore=378.9953;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.41;MQ0=0;MQRankSum=-5.225;QD=7.30;RPA=7,6;RU=A;ReadPosRankSum=-1.293;SB=-1.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,22:50:99:404,0,530 chrXV 326668 . T TG 500.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.755;DP=47;FS=2.591;HaplotypeScore=228.7829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.68;MQ0=0;MQRankSum=-3.891;QD=10.66;ReadPosRankSum=0.618;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,19:47:99:540,0,817 chrXV 333432 . GA G 1756.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.496;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=47.6556;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.94;MQ0=0;MQRankSum=0.905;QD=14.28;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.063;SB=-7.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,88:123:99:1799,243,0 chrXV 338929 . TTCAG T 8220 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=90.6806;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=1;QD=57.89;SB=-3.062e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,136:141:99:8220,412,0 chrXV 340289 . T TAA 1412.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.405;DP=123;FS=4.735;HaplotypeScore=399.2313;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.156;QD=11.49;RPA=8,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.366;SB=-6.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,51:123:99:1452,0,1652 chrXV 340510 . A AT 904.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.223;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=63.7445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=0.416;QD=9.05;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=1.471;SB=-2.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,40:100:99:944,0,1628 chrXV 343483 . CG C 2000.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.573;DP=139;FS=27.609;HaplotypeScore=258.3587;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.700;QD=14.40;ReadPosRankSum=-1.164;SB=-1.019e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:84,53:139:53:2043,53,0 chrXV 343649 . GA G 1187.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.037;DP=138;FS=2.244;HaplotypeScore=75.5117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=0.832;QD=8.61;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.984;SB=-5.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,71:138:99:1227,0,1069 chrXV 344858 . CCGT C 1116.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.729;DP=114;FS=18.229;HaplotypeScore=1085.9936;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.39;MQ0=10;MQRankSum=-5.200;QD=9.80;ReadPosRankSum=1.412;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,27:91:99:1156,0,2715 chrXV 344930 . CCGT C 803.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.201;DP=48;FS=2.589;HaplotypeScore=850.9044;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.83;MQ0=0;MQRankSum=-3.592;QD=16.75;ReadPosRankSum=5.533;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,18:46:99:843,0,1012 chrXV 347435 . C CT 1366.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.063;DP=126;FS=6.247;HaplotypeScore=277.2137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=0.155;QD=10.85;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=-0.591;SB=-5.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,70:126:99:1406,0,926 chrXV 348630 . GA GAA,G 1236.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.456;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=58.6329;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.23;MQ0=0;MQRankSum=0.118;QD=14.06;RPA=11,12,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.233;SB=-4.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:20,2,38:88:99:1315,776,985,689,0,890 chrXV 349257 . C CT 1507.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.691;DP=172;FS=2.899;HaplotypeScore=272.3879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=1;MQRankSum=0.832;QD=8.77;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=-0.065;SB=-5.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,80:171:99:1547,0,1569 chrXV 349509 . GT G 794.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.833;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=238.2873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.387;QD=8.03;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=-0.674;SB=-3.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,34:99:99:834,0,1281 chrXV 349580 . GAA G,GA 2880.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.508;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=143.9828;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=1.544;QD=19.47;RPA=13,11,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.266;SB=-1.218e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:19,64,0:148:99:2959,1153,1116,1337,0,1014 chrXV 355083 . AATATATAT A 1758.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.899;DP=76;FS=3.119;HaplotypeScore=102.3277;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.23;MQ0=0;MQRankSum=2.212;QD=23.14;RPA=16,12;RU=AT;ReadPosRankSum=0.968;SB=-8.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:49,24:76:64:1801,64,0 chrXV 356864 . AT A 3161.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.707;DP=142;FS=3.537;HaplotypeScore=67.5409;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=1.485;QD=22.27;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.410;SB=-1.367e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,139:142:99:3204,397,0 chrXV 357337 . GA GAA,G 2213.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.418;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=490.4174;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.254;QD=16.04;RPA=10,11,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.074;SB=-1.026e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:23,0,61:137:99:2292,1267,1578,1277,0,1693 chrXV 367554 . GTA G 1389.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.717;DP=115;FS=6.382;HaplotypeScore=42.6064;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.537;QD=12.09;RPA=3,2;RU=TA;ReadPosRankSum=1.890;SB=-7.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,44:115:99:1429,0,2011 chrXV 368065 . G GTT 4190 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.399;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=690.4385;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=34.07;ReadPosRankSum=3.269;SB=-1.556e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,117:123:99:4190,344,0 chrXV 370433 . A AT,ATT 3528 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.439;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=64.9639;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.976;QD=23.84;RPA=9,10,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.317;SB=-7.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:6,72,68:148:99:3528,1570,1198,1348,0,1123 chrXV 370888 . C CG 5293 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=45.9000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.01;MQ0=0;QD=37.81;SB=-2.009e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,137:140:99:5293,418,0 chrXV 371479 . C CT 3180.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=200.4028;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.23;MQ0=0;QD=23.22;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.012e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,132:137:99:3223,398,0 chrXV 372343 . A AT 2065.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=523.2616;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.08;MQ0=0;QD=21.98;RPA=6,7;RU=T;SB=-8.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,82:94:99:2108,246,0 chrXV 382987 . GAA G 2641.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=30.2241;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.86;MQ0=0;QD=28.41;RPA=7,5;RU=A;SB=-1.026e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,76:93:99:2684,229,0 chrXV 383126 . G GA 337.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.776;DP=91;FS=1.985;HaplotypeScore=249.5811;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=0.568;QD=3.71;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.797;SB=-1.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,23:91:99:377,0,828 chrXV 383410 . AT A 3221.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=44.0379;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.87;MQ0=0;QD=27.78;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.523e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,113:116:99:3264,340,0 chrXV 384401 . AT A 1365.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.178;DP=141;FS=2.170;HaplotypeScore=92.6169;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.68;MQ0=0;MQRankSum=0.360;QD=9.69;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=-0.906;SB=-5.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,65:141:99:1405,0,1541 chrXV 384491 . CA C 2683.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=204.2780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.04;MQ0=0;QD=26.84;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.035e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,98:100:99:2726,297,0 chrXV 384584 . TA T 4960 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=802.8696;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.45;MQ0=0;MQRankSum=1.168;QD=37.29;ReadPosRankSum=0.953;SB=-1.227e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,127:133:99:4960,374,0 chrXV 384807 . A AT 315.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.140;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=875.5803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.22;MQ0=0;MQRankSum=1.916;QD=3.67;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.059;SB=-1.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,24:86:99:355,0,762 chrXV 384957 . TA T 2327.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=718.2595;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.73;MQ0=0;QD=25.87;RPA=4,3;RU=A;SB=-9.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,86:90:99:2370,255,0 chrXV 385319 . C CT 2891.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.407;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=654.6499;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.054;QD=24.93;ReadPosRankSum=2.342;SB=-1.403e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,112:116:99:2934,334,0 chrXV 385523 . AT A 3940 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=1340.2802;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.85;MQ0=0;QD=35.18;SB=-1.047e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:112:99:3940,322,0 chrXV 385645 . C CT 962.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=671.1404;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.39;MQ0=0;QD=13.56;RPA=8,9;RU=T;SB=-4.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,23:71:99:1005,167,0 chrXV 385646 . T TC 1059.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.624;DP=73;FS=13.937;HaplotypeScore=664.8482;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.08;MQ0=0;MQRankSum=1.591;QD=14.52;ReadPosRankSum=1.006;SB=-5.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,31:73:99:1099,0,133 chrXV 385733 . GC G 2789.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=461.3862;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.21;MQ0=0;QD=34.02;RPA=2,1;RU=C;SB=-1.216e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,81:82:99:2832,244,0 chrXV 385955 . TA T 2083.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=966.2787;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.37;MQ0=0;QD=23.42;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.016e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,82:89:99:2126,246,0 chrXV 386086 . TA T 3354 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=953.5181;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.91;MQ0=0;QD=31.35;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.306e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,103:107:99:3354,310,0 chrXV 386646 . CT C 1871.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=37.5733;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.06;MQ0=0;QD=19.70;RPA=10,9;RU=T;SB=-8.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,85:95:99:1914,256,0 chrXV 389452 . ACAT A 5476 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=402.1582;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.45;MQ0=0;QD=48.46;RPA=3,2;RU=CAT;SB=-1.908e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,105:113:99:5476,331,0 chrXV 389478 . A AT 4874 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=523.5790;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.17;MQ0=0;QD=38.68;SB=-1.631e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,120:126:99:4874,376,0 chrXV 389603 . A AT 4161 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=630.1199;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.43;MQ0=0;QD=38.89;SB=-2.041e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,95:107:99:4161,316,0 chrXV 389607 . C CA 2838.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=814.1661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.60;MQ0=0;QD=26.53;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.411e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,82:107:99:2881,288,0 chrXV 389708 . A AT 3854 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=135.1148;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.78;MQ0=0;QD=27.73;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.722e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,132:139:99:3854,397,0 chrXV 391987 . A AT 2854.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=333.9305;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.45;MQ0=0;QD=23.59;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.409e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,112:121:99:2897,336,0 chrXV 392395 . G GA 3932 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=58.0570;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.25;MQ0=0;QD=27.50;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.934e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,140:143:99:3932,417,0 chrXV 394656 . G GTT 1322.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.917;DP=111;FS=4.768;HaplotypeScore=130.5854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.492;QD=11.92;RPA=7,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.339;SB=-4.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,48:111:99:1362,0,1743 chrXV 394762 . C CT 1488.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.503;DP=107;FS=3.821;HaplotypeScore=63.5928;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.20;MQ0=0;MQRankSum=0.703;QD=13.92;RPA=3,4;RU=T;ReadPosRankSum=-1.782;SB=-6.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,63:107:99:1528,0,925 chrXV 397478 . GA GAAAA,G 2836.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.478;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=88.0427;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=22.52;RPA=13,16,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.717;SB=-6.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:42,3,43:126:99:2915,1094,2372,2119,0,2444 chrXV 410001 . GT G 2064.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.526;DP=174;FS=1.331;HaplotypeScore=124.9630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.644;QD=11.87;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=0.810;SB=-5.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,89:174:99:2104,0,1982 chrXV 410742 . G GT 2562.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=473.5686;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.89;MQ0=0;QD=23.09;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.054e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,106:111:99:2605,317,0 chrXV 412675 . ATTT A 1163.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.273;DP=93;FS=13.338;HaplotypeScore=294.6999;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=1.781;QD=12.52;RPA=15,12;RU=T;ReadPosRankSum=3.166;SB=-4.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,38:93:99:1203,0,1174 chrXV 412908 . TA T 2570.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=495.1675;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=24.49;RPA=6,5;RU=A;SB=-4.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,102:105:99:2613,308,0 chrXV 413693 . GT G 1180.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.705;DP=117;FS=1.752;HaplotypeScore=203.8677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=2.196;QD=10.09;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=2.412;SB=-3.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,43:117:99:1220,0,1943 chrXV 413751 . GA G 757.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.660;DP=119;FS=2.651;HaplotypeScore=280.2560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=1.765;QD=6.37;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=-1.291;SB=-2.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,39:119:99:797,0,1516 chrXV 414171 . G GT 4230 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=325.2006;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.96;SB=-1.832e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,98:121:99:4230,352,0 chrXV 414229 . CG C 4387 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=350.8040;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.17;MQ0=0;QD=34.27;RPA=3,2;RU=G;SB=-1.929e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,121:128:99:4387,382,0 chrXV 416138 . T TTAA 5863 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=940.1780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.83;MQ0=0;QD=50.98;SB=-1.451e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,93:115:99:5863,340,0 chrXV 416157 . G GA 829.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.167;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=1129.3072;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.55;MQ0=0;MQRankSum=-2.512;QD=7.48;ReadPosRankSum=-1.409;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,37:111:99:869,0,328 chrXV 416295 . TTA T 2850.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.328;DP=119;FS=4.511;HaplotypeScore=235.4079;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.049;QD=23.96;ReadPosRankSum=0.339;SB=-1.271e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,63:119:99:2890,0,2137 chrXV 416337 . TA T 3508 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=252.0707;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.76;MQ0=0;QD=26.38;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.740e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,131:133:99:3508,393,0 chrXV 417837 . T TC 3965 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=477.5063;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.90;MQ0=0;QD=29.59;RPA=3,4;RU=C;SB=-1.651e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,131:134:99:3965,397,0 chrXV 418071 . ATTGT A 3082.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.545;DP=133;FS=0.701;HaplotypeScore=171.2525;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.257;QD=23.18;RPA=2,1;RU=TTGT;ReadPosRankSum=0.218;SB=-1.081e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,57:133:99:3122,0,3651 chrXV 418256 . G GA 1098.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.832;DP=138;FS=2.561;HaplotypeScore=541.6781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQ0=0;MQRankSum=1.165;QD=7.96;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.407;SB=-4.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,62:138:99:1138,0,1035 chrXV 418280 . GA G 1371.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.605;DP=115;FS=3.645;HaplotypeScore=429.8038;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.851;QD=11.93;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=-1.005;SB=-5.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,42:115:99:1411,0,1346 chrXV 421716 . CT C 2131.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.699;DP=158;FS=3.798;HaplotypeScore=391.6665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=1.785;QD=13.49;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=-0.606;SB=-8.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,80:158:99:2171,0,1872 chrXV 422078 . CT C 1511.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.253;DP=126;FS=1.445;HaplotypeScore=248.5221;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=0.453;QD=12.00;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=-0.842;SB=-5.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,60:126:99:1551,0,1589 chrXV 422214 . T TC 697.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.580;DP=88;FS=0.845;HaplotypeScore=790.2081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.08;MQ0=0;MQRankSum=-6.163;QD=7.93;ReadPosRankSum=1.920;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,29:88:99:737,0,1779 chrXV 422216 . GA G 564.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.313;DP=84;FS=0.915;HaplotypeScore=787.8178;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.93;MQ0=0;MQRankSum=-7.313;QD=6.73;ReadPosRankSum=2.721;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,28:84:99:604,0,1706 chrXV 422221 . ATT A 1056.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.231;DP=78;FS=0.925;HaplotypeScore=723.0490;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.17;MQ0=0;MQRankSum=-7.166;QD=13.55;ReadPosRankSum=1.707;SB=-4.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,28:78:99:1096,0,2085 chrXV 422225 . AAATAAATT A 2704.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.231;DP=76;FS=0.925;HaplotypeScore=549.4042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.88;MQ0=0;MQRankSum=-7.026;QD=35.59;ReadPosRankSum=1.491;SB=-1.200e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,28:76:99:2744,0,4910 chrXV 422603 . G GA 757.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.978;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=243.2260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.525;QD=8.42;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.799;SB=-3.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,41:90:99:797,0,791 chrXV 422652 . C CA 1006.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.299;DP=94;FS=0.776;HaplotypeScore=299.4650;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.318;QD=10.71;RPA=3,4;RU=A;ReadPosRankSum=0.227;SB=-4.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,45:94:99:1046,0,1124 chrXV 424824 . TA T 772.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.355;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=460.4801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.318;QD=7.03;RPA=6,5;RU=A;ReadPosRankSum=-1.013;SB=-3.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,43:110:99:812,0,1091 chrXV 426244 . CT C 1496.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=58.6035;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=1.682;QD=15.59;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.025;SB=-6.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,55:96:99:1539,195,0 chrXV 426603 . GA G 430.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.873;DP=140;FS=10.116;HaplotypeScore=388.8239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQ0=2;MQRankSum=-0.613;QD=3.08;RPA=16,15;RU=A;ReadPosRankSum=3.124;SB=-1.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:101,31:138:99:470,0,851 chrXV 427299 . T TA 1824.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.280;DP=131;FS=7.424;HaplotypeScore=244.8748;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.208;QD=13.93;RPA=3,4;RU=A;ReadPosRankSum=0.007;SB=-4.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,76:131:99:1864,0,1130 chrXV 427395 . T TC 1952.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.820;DP=140;FS=0.642;HaplotypeScore=790.7192;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=13.95;ReadPosRankSum=1.404;SB=-8.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,63:140:99:1992,0,2301 chrXV 427529 . AG A 1810.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.761;DP=126;FS=1.546;HaplotypeScore=147.4646;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=1.003;QD=14.37;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=-0.110;SB=-5.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,67:126:99:1850,0,1519 chrXV 429940 . C CT 1386.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.021;DP=166;FS=0.586;HaplotypeScore=220.6483;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.300;QD=8.36;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.259;SB=-6.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,76:166:99:1426,0,1540 chrXV 433621 . G GA 925.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.589;DP=133;FS=5.561;HaplotypeScore=661.6858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.251;QD=6.96;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.203;SB=-3.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,53:133:99:965,0,1025 chrXV 436844 . T TA 1637.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.298;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=350.7099;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.197;QD=25.20;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=1.842;SB=-8.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,63:65:99:1680,186,0 chrXV 438785 . C CT 859.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.314;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=265.4217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.10;MQ0=0;MQRankSum=1.461;QD=6.88;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=-0.087;SB=-4.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,47:125:99:899,0,1466 chrXV 443755 . A AT 3941 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=596.7790;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.96;MQ0=0;QD=29.19;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.676e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,135:135:99:3941,406,0 chrXV 444498 . ATTTT A 1362.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.984;DP=120;FS=1.909;HaplotypeScore=333.8952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=0.737;QD=11.36;RPA=18,14;RU=T;ReadPosRankSum=4.358;SB=-3.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,26:120:99:1402,0,2001 chrXV 448417 . AAC A 2320.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.301;DP=123;FS=13.582;HaplotypeScore=319.7689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=1;MQRankSum=1.291;QD=18.87;ReadPosRankSum=1.595;SB=-4.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,53:122:99:2360,0,186 chrXV 448553 . C CTT 4225 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;FS=0.000;HaplotypeScore=232.2556;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=25.92;RPA=8,10;RU=T;SB=-1.191e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:84,75:162:99:4225,448,0 chrXV 448556 . T TTC 3660 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.460;DP=161;FS=6.022;HaplotypeScore=275.7539;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.536;QD=22.73;ReadPosRankSum=2.963;SB=-1.014e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:96,65:160:99:3660,308,0 chrXV 457827 . G GT 1295.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.369;DP=131;FS=2.420;HaplotypeScore=50.6551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=1.676;QD=9.89;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=-0.074;SB=-6.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,53:131:99:1335,0,1728 chrXV 458419 . GA G 1757.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.783;DP=136;FS=7.000;HaplotypeScore=185.4191;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.168;QD=12.93;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=-1.639;SB=-7.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,63:136:99:1797,0,2050 chrXV 460534 . A AAT 2350.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.222;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=159.9178;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.38;MQ0=0;MQRankSum=0.888;QD=19.11;ReadPosRankSum=0.585;SB=-7.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,58:123:99:2390,0,2504 chrXV 462165 . T TTC 1849.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.484;DP=109;FS=2.522;HaplotypeScore=60.7502;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=1.914;QD=16.97;ReadPosRankSum=-0.851;SB=-8.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,42:109:99:1889,0,1488 chrXV 462267 . T TG 3791 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=45.1337;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.18;MQ0=0;QD=26.14;RPA=5,6;RU=G;SB=-9.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,134:145:99:3791,402,0 chrXV 462740 . A AGGG 2254.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.513;DP=93;FS=43.033;HaplotypeScore=440.5928;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.29;MQ0=0;MQRankSum=4.591;QD=24.25;RPA=6,9;RU=G;ReadPosRankSum=-0.748;SB=-6.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,50:93:99:2294,0,701 chrXV 463003 . CT C 2552.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.274;DP=141;FS=4.016;HaplotypeScore=238.2037;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=3.619;QD=18.11;ReadPosRankSum=0.658;SB=-1.030e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,77:141:99:2592,0,2040 chrXV 463620 . C CA 3587 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=889.8155;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.67;MQ0=0;QD=25.81;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.507e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,132:139:99:3587,402,0 chrXV 464193 . AT A 2611.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=1048.8702;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.70;MQ0=0;QD=23.53;RPA=7,6;RU=T;SB=-2.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,74:111:99:2654,323,0 chrXV 464204 . ATT A 2194.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=933.0026;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.74;MQ0=0;QD=24.94;RPA=8,6;RU=T;SB=-6.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,42:88:99:2237,231,0 chrXV 464228 . TA T 595.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.846;DP=68;FS=2.215;HaplotypeScore=806.1280;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.69;MQ0=0;MQRankSum=-5.173;QD=8.76;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=1.339;SB=-1.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,30:68:99:635,0,739 chrXV 464325 . G GA 1389.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.375;DP=92;FS=22.023;HaplotypeScore=461.1081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.17;MQ0=0;MQRankSum=2.917;QD=15.11;ReadPosRankSum=-4.230;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,38:91:99:1429,0,1495 chrXV 464395 . T TTATTAAAATAGAGC 14104 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=263.8041;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.40;MQ0=0;QD=148.46;SB=-4.867e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,68:92:99:14104,268,0 chrXV 464593 . AT A 2719.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=268.8030;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.36;MQ0=0;QD=23.25;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.356e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,115:117:99:2762,341,0 chrXV 466190 . G GA 911.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.856;DP=98;FS=1.898;HaplotypeScore=237.2622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.310;QD=9.31;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.517;SB=-2.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,50:98:99:951,0,640 chrXV 467927 . A AT 4338 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=204.2135;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=37.08;SB=-2.072e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,114:117:99:4338,349,0 chrXV 469286 . A AC 1457.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.897;DP=111;FS=0.705;HaplotypeScore=261.0949;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.578;QD=13.13;ReadPosRankSum=-0.333;SB=-7.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,55:111:99:1497,0,1550 chrXV 471138 . GT G 904.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.230;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=322.6507;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.695;QD=7.24;RPA=8,7;RU=T;ReadPosRankSum=0.843;SB=-2.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,54:125:99:944,0,1194 chrXV 471732 . A AT 2605.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.716;DP=173;FS=0.632;HaplotypeScore=157.3963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQ0=0;MQRankSum=0.487;QD=15.06;ReadPosRankSum=-1.708;SB=-6.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,84:173:99:2645,0,2754 chrXV 476904 . CT C 1209.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.760;DP=158;FS=6.691;HaplotypeScore=304.3053;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQ0=0;MQRankSum=1.109;QD=7.66;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=0.169;SB=-5.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,63:158:99:1249,0,1825 chrXV 479254 . A AT 3523 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=172;FS=0.000;HaplotypeScore=969.5870;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.32;MQ0=0;QD=20.48;RPA=4,5;RU=T;SB=-6.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:113,56:170:99:3523,479,0 chrXV 479258 . T TC 3046.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.330;DP=173;FS=52.368;HaplotypeScore=1036.9316;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=17.61;ReadPosRankSum=3.598;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:119,52:171:99:3089,294,0 chrXV 479283 . A AT 1382.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-4.937;DP=138;FS=11.673;HaplotypeScore=982.5507;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.35;MQ0=0;MQRankSum=1.232;QD=10.02;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.997;SB=-6.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:88,48:138:85:1425,85,0 chrXV 479417 . T TA 2847.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=138;FS=3.144;HaplotypeScore=454.1216;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.91;MQ0=0;MQRankSum=1.522;QD=20.64;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.627;SB=-1.395e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,107:136:99:2890,378,0 chrXV 479892 . TGAA T 9040 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=191;FS=0.000;HaplotypeScore=86.1015;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;QD=47.33;RPA=3,2;RU=GAA;SB=-2.965e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,189:191:99:9040,569,0 chrXV 483090 . GT G 1041.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.358;DP=126;FS=2.505;HaplotypeScore=47.5460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQ0=1;MQRankSum=-0.469;QD=8.27;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.854;SB=-4.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,66:125:99:1081,0,857 chrXV 489778 . CATAT C 1929.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.633;DP=128;FS=20.506;HaplotypeScore=126.8452;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQ0=0;MQRankSum=0.397;QD=15.08;RPA=9,7;RU=AT;ReadPosRankSum=2.249;SB=-6.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,42:128:99:1969,0,2574 chrXV 489976 . TA T 1114.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.638;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=333.8434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=0.064;QD=10.42;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=-2.263;SB=-4.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,54:107:99:1154,0,1020 chrXV 491013 . CAAAA C 4551 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=119.0295;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.71;MQ0=0;QD=43.76;RPA=14,10;RU=A;SB=-8.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,87:104:99:4551,286,0 chrXV 493273 . G GA 1076.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.034;DP=94;FS=30.335;HaplotypeScore=146.0426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.469;QD=11.46;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=-0.899;SB=-1.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,52:94:99:1116,0,571 chrXV 494508 . C CAT 1285.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.452;DP=117;FS=7.735;HaplotypeScore=219.5763;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.267;QD=10.99;ReadPosRankSum=0.654;SB=-5.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,54:117:99:1325,0,2489 chrXV 497200 . T TCA 1307.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.693;DP=68;FS=3.417;HaplotypeScore=134.7826;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.859;QD=19.23;ReadPosRankSum=1.372;SB=-6.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:68:99:1347,0,1347 chrXV 504675 . G GGC 2765.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.161;DP=146;FS=10.117;HaplotypeScore=102.9625;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=0.857;QD=18.94;ReadPosRankSum=0.422;SB=-1.052e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,72:146:99:2805,0,2821 chrXV 506072 . CTGACTA C 3402 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.411;DP=123;FS=1.640;HaplotypeScore=161.0858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=1.405;QD=27.66;ReadPosRankSum=0.707;SB=-1.203e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,48:123:99:3402,0,5476 chrXV 506857 . C CA 1275.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.212;DP=130;FS=0.679;HaplotypeScore=54.2190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.307;QD=9.82;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.055;SB=-6.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,70:130:99:1315,0,795 chrXV 507825 . TA T 795.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.636;DP=119;FS=0.721;HaplotypeScore=251.2521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=0.187;QD=6.69;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=-2.684;SB=-3.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,50:119:99:835,0,1337 chrXV 511568 . C CAA 1738.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.014;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=81.8582;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=0.117;QD=12.25;RPA=10,12;RU=A;ReadPosRankSum=-2.892;SB=-8.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,56:140:99:1778,0,1485 chrXV 511735 . G GCT 5718 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=390.9234;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=39.43;SB=-1.938e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,139:145:99:5718,433,0 chrXV 513038 . A AT 966.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.273;DP=109;FS=3.792;HaplotypeScore=132.0565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQ0=0;MQRankSum=0.991;QD=8.87;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=-0.174;SB=-3.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,47:109:99:1006,0,1153 chrXV 513231 . CA C 1267.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.733;DP=117;FS=2.397;HaplotypeScore=158.7274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=1.045;QD=10.84;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=0.563;SB=-6.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,61:117:99:1307,0,1161 chrXV 514806 . A AT 1748.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.502;DP=147;FS=1.357;HaplotypeScore=561.3129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.24;MQ0=0;MQRankSum=2.147;QD=11.90;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=1.260;SB=-7.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,65:147:99:1788,0,1719 chrXV 514857 . C CT 3947 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=546.7458;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.68;MQ0=0;QD=32.89;SB=-1.279e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,101:120:99:3947,310,0 chrXV 515084 . T TG 2116.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=1364.3864;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.03;MQ0=0;QD=32.57;RPA=1,2;RU=G;SB=-4.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,61:65:99:2159,195,0 chrXV 515165 . TAAC T 3591 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=1153.5867;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=47.88;SB=-9.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,58:75:99:3591,211,0 chrXV 515184 . C CT 2780.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=1321.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.33;MQ0=0;QD=29.90;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.349e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,89:93:99:2823,271,0 chrXV 516304 . AC A 2751.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=976.3454;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.06;MQ0=0;QD=33.97;RPA=2,1;RU=C;SB=-1.001e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,78:81:99:2794,238,0 chrXV 516328 . AT A 4013 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=1115.7960;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.48;MQ0=0;QD=37.16;SB=-1.506e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,105:108:99:4013,319,0 chrXV 517544 . CTT C 1505.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.636;DP=105;FS=6.323;HaplotypeScore=289.4752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.86;MQ0=0;MQRankSum=-2.917;QD=14.34;RPA=5,3;RU=T;ReadPosRankSum=2.618;SB=-6.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,47:105:99:1545,0,1746 chrXV 518945 . C CT 865.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.266;DP=122;FS=1.603;HaplotypeScore=132.7977;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=0.593;QD=7.10;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.162;SB=-3.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,51:122:99:905,0,1002 chrXV 520511 . G GAAA 3161.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.457;DP=118;FS=5.686;HaplotypeScore=695.0927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.418;QD=26.80;ReadPosRankSum=1.375;SB=-1.508e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,62:118:99:3201,0,2735 chrXV 520950 . G GAA 1393.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-9.302;DP=134;FS=4.609;HaplotypeScore=334.0410;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.86;MQ0=0;MQRankSum=0.444;QD=10.40;RPA=10,12;RU=A;ReadPosRankSum=-1.133;SB=-3.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,42:134:99:1433,0,1736 chrXV 520978 . CT C 1658.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.549;DP=126;FS=2.419;HaplotypeScore=265.1878;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.858;QD=13.17;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=-0.602;SB=-6.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,65:126:99:1698,0,1118 chrXV 521062 . G GAAA,GA 4601 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=97.1897;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.46;MQ0=0;QD=28.94;RPA=9,12,10;RU=A;SB=-2.119e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:4,64,84:158:99:4601,1814,2005,2348,0,1910 chrXV 521258 . GA G 725.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.905;DP=114;FS=8.359;HaplotypeScore=163.8266;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=1.049;QD=6.37;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.050;SB=-1.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,48:114:99:765,0,972 chrXV 522252 . G GA 3311 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=42.3858;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;QD=29.04;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.160e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,112:114:99:3311,340,0 chrXV 522705 . TTA T 5405 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=141.8038;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.77;MQ0=0;QD=37.02;RPA=3,2;RU=TA;SB=-1.948e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,132:146:99:5405,412,0 chrXV 522778 . AT A 2780.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=408.1440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.38;MQ0=0;QD=24.61;RPA=5,4;RU=T;SB=-2.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,103:112:99:2823,318,0 chrXV 524871 . T TTATA,TTA 4772 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=139.2394;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.48;MQ0=0;QD=32.91;RPA=5,7,6;RU=TA;SB=-1.365e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:63,40,37:145:99:4772,1486,1213,1904,0,1552 chrXV 524973 . CTG C 3022.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=287.7908;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.89;MQ0=0;QD=33.97;RPA=3,2;RU=TG;SB=-1.368e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,76:89:99:3065,226,0 chrXV 533639 . C CTAG 2457.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.174;DP=123;FS=1.503;HaplotypeScore=505.3369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.384;QD=19.98;RPA=1,2;RU=TAG;ReadPosRankSum=-0.240;SB=-1.113e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,56:123:99:2497,0,2689 chrXV 534515 . GCAGCAACAACAACAA G 4513 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.139;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=215.9270;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.94;MQ0=0;MQRankSum=-6.415;QD=38.91;ReadPosRankSum=1.013;SB=-2.024e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,36:116:99:4513,0,8726 chrXV 535166 . T TAAC 4778 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.331;DP=170;FS=0.000;HaplotypeScore=437.8438;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.23;MQ0=0;MQRankSum=0.975;QD=28.11;RPA=8,9;RU=AAC;ReadPosRankSum=-2.077;SB=-1.823e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:56,113:170:99:4778,227,0 chrXV 536849 . TTTTC T 1920.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.059;DP=81;FS=0.840;HaplotypeScore=252.2026;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.666;QD=23.72;ReadPosRankSum=1.168;SB=-8.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,29:81:99:1960,0,2110 chrXV 536928 . CT C 786.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.824;DP=72;FS=13.541;HaplotypeScore=178.5690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.082;QD=10.93;RPA=7,6;RU=T;ReadPosRankSum=-0.372;SB=-2.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,42:72:99:826,0,466 chrXV 537056 . TTATATA T,TTA 3382 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.851;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=208.0596;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=1.322;QD=31.91;RPA=12,9,10;RU=TA;ReadPosRankSum=0.546;SB=-3.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:61,27,0:106:99:3382,878,889,1116,0,988 chrXV 537259 . ATTT AT,A 1799.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.354;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=262.5181;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.319;QD=18.95;RPA=15,13,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.051;SB=-4.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:62,0,9:95:99:1878,614,492,702,0,662 chrXV 546512 . C CTT 1784.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.149;DP=149;FS=8.191;HaplotypeScore=222.2946;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.450;QD=11.98;RPA=10,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.017;SB=-3.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,64:149:99:1824,0,1677 chrXV 548566 . GC G 1526.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.280;DP=126;FS=0.676;HaplotypeScore=231.3450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQ0=0;MQRankSum=0.303;QD=12.12;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=-0.623;SB=-6.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,58:126:99:1566,0,1918 chrXV 550450 . G GT 1874.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.338;DP=126;FS=17.988;HaplotypeScore=461.3449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=1.426;QD=14.88;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=1.488;SB=-8.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,72:126:99:1914,0,1220 chrXV 550529 . AT A 1469.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.500;DP=119;FS=7.383;HaplotypeScore=474.4110;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.532;QD=12.35;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.166;SB=-2.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:78,38:119:99:1512,268,0 chrXV 550541 . TTG T 2701.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.047;DP=166;FS=1.244;HaplotypeScore=549.5701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=2.785;QD=16.28;ReadPosRankSum=0.680;SB=-1.085e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:107,57:166:99:2741,0,746 chrXV 550563 . A AT 961.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.900;DP=188;FS=0.613;HaplotypeScore=784.1574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=0.817;QD=5.12;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=0.191;SB=-4.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:128,55:188:99:1001,0,1264 chrXV 560701 . G GA 1888.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.071;DP=148;FS=3.976;HaplotypeScore=76.0019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.317;QD=12.76;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=-1.771;SB=-8.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,76:148:99:1928,0,1943 chrXV 560809 . GA G 891.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.085;DP=138;FS=0.745;HaplotypeScore=348.3436;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.675;QD=6.46;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.174;SB=-3.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,51:137:99:931,0,662 chrXV 561027 . GA GAA,G 2328.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=49.3192;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.02;MQ0=0;QD=15.74;RPA=9,10,8;RU=A;SB=-1.068e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:38,0,58:148:99:2407,1314,1540,1384,0,1652 chrXV 564437 . TA T 1094.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.269;DP=95;FS=3.946;HaplotypeScore=228.2887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.686;QD=11.53;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=1.163;SB=-5.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,44:95:99:1134,0,1456 chrXV 569671 . G GTT 4451 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=453.6252;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=1;QD=32.02;RPA=8,10;RU=T;SB=-1.452e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,115:138:99:4451,403,0 chrXV 569695 . AT A 2127.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=817.3588;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=15.76;RPA=11,10;RU=T;SB=-5.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,95:135:99:2170,296,0 chrXV 572170 . G GT,GTT 2855.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.566;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=167.6694;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=1.067;QD=22.14;RPA=13,14,15;RU=T;ReadPosRankSum=-0.374;SB=-8.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:8,55,55:129:99:2934,1203,865,1135,0,909 chrXV 577841 . C CT 2980.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=552.2435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.08;MQ0=0;QD=26.86;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.320e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,90:111:99:3023,315,0 chrXV 577892 . AC A 1611.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.438;DP=127;FS=4.353;HaplotypeScore=554.3375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.70;MQ0=0;MQRankSum=0.716;QD=12.69;RPA=4,3;RU=C;ReadPosRankSum=1.055;SB=-8.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,58:127:99:1651,0,1544 chrXV 579517 . ACAT A 2188.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.952;DP=117;FS=4.126;HaplotypeScore=160.3739;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.42;MQ0=0;MQRankSum=6.384;QD=18.71;RPA=8,7;RU=CAT;ReadPosRankSum=-0.629;SB=-1.067e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,54:117:99:2228,0,1178 chrXV 580086 . GT G 1330.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.469;DP=117;FS=0.717;HaplotypeScore=227.3799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQ0=0;MQRankSum=0.822;QD=11.38;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=1.215;SB=-6.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,58:117:99:1370,0,1078 chrXV 581681 . A AAAAAG 1859.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.797;DP=113;FS=2.699;HaplotypeScore=281.2228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQ0=0;MQRankSum=2.635;QD=16.46;ReadPosRankSum=-5.888;SB=-7.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,32:113:99:1899,0,2349 chrXV 589865 . A ATT 2022.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.023;DP=145;FS=4.443;HaplotypeScore=456.7292;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQ0=0;MQRankSum=0.306;QD=13.95;RPA=5,7;RU=T;ReadPosRankSum=-0.662;SB=-5.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,68:145:99:2062,0,1928 chrXV 592958 . G GT 1539.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.123;DP=163;FS=4.774;HaplotypeScore=217.5763;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=1.976;QD=9.45;RPA=3,4;RU=T;ReadPosRankSum=-1.720;SB=-7.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,70:163:99:1579,0,2144 chrXV 594280 . T TAA 1177.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.926;DP=102;FS=4.067;HaplotypeScore=420.8513;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.558;QD=11.55;RPA=3,5;RU=A;ReadPosRankSum=1.530;SB=-2.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,36:102:99:1217,0,1945 chrXV 594301 . GA G 845.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.962;DP=102;FS=4.042;HaplotypeScore=442.7983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.437;QD=8.29;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.152;SB=-3.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,47:102:99:885,0,985 chrXV 600652 . CT C 13.18 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.016;DP=83;FS=16.782;HaplotypeScore=425.6894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=12.79;MQ0=70;MQRankSum=-1.954;QD=0.16;ReadPosRankSum=3.016;SB=-8.109e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,6:13:52:52,0,228 chrXV 600659 . ATTCTGT A 310.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.016;DP=82;FS=16.782;HaplotypeScore=395.8263;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=12.87;MQ0=69;MQRankSum=-1.954;QD=3.79;ReadPosRankSum=3.016;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,6:13:99:350,0,573 chrXV 600668 . ACC A 88.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.204;DP=74;FS=16.782;HaplotypeScore=450.0447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=13.96;MQ0=60;MQRankSum=-2.840;QD=1.20;ReadPosRankSum=2.202;SB=-8.142e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,6:14:99:128,0,291 chrXV 600675 . AT A 48.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.067;DP=68;FS=15.911;HaplotypeScore=483.2215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=14.98;MQ0=53;MQRankSum=-2.835;QD=0.72;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=2.025;SB=-8.007e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,6:15:88:88,0,206 chrXV 600689 . C CA 191.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.351;DP=55;FS=26.107;HaplotypeScore=530.1856;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.98;MQ0=37;MQRankSum=-2.717;QD=3.49;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=-0.272;SB=5.555e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,11:18:99:231,0,183 chrXV 600713 . CT C 35.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.154;DP=40;FS=6.039;HaplotypeScore=543.6951;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.08;MQ0=22;MQRankSum=-0.887;QD=0.90;ReadPosRankSum=-2.563;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,5:18:75:75,0,265 chrXV 600716 . ATTACCCACATATATCTC A 882.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.351;DP=39;FS=26.107;HaplotypeScore=458.9819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.35;MQ0=21;MQRankSum=-3.260;QD=22.64;ReadPosRankSum=-0.453;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,5:18:99:922,0,1267 chrXV 600875 . G GAT 886.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.623;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=499.7419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.75;MQ0=0;MQRankSum=-6.423;QD=8.61;ReadPosRankSum=-1.195;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,33:101:99:926,0,2109 chrXV 601085 . C CT 995.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.398;DP=95;FS=8.566;HaplotypeScore=223.8586;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.02;MQ0=0;MQRankSum=1.013;QD=10.48;RPA=3,4;RU=T;ReadPosRankSum=-0.311;SB=-4.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,43:95:99:1035,0,1057 chrXV 605112 . CA C 933.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.632;DP=117;FS=0.710;HaplotypeScore=36.1240;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.091;QD=7.98;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=-0.303;SB=-4.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,48:117:99:973,0,1445 chrXV 605262 . G GA 853.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.590;DP=119;FS=2.535;HaplotypeScore=569.5032;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.686;QD=7.18;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.403;SB=-3.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,49:119:99:893,0,931 chrXV 606336 . TA T 982.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.092;DP=118;FS=7.277;HaplotypeScore=490.3736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.032;QD=8.33;RPA=6,5;RU=A;ReadPosRankSum=-2.040;SB=-5.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,51:118:99:1022,0,1379 chrXV 606364 . C CT 1243.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.295;DP=111;FS=3.673;HaplotypeScore=762.9763;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.68;MQ0=0;MQRankSum=-3.600;QD=11.21;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=1.989;SB=-5.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,50:111:99:1283,0,1487 chrXV 606414 . TG T 4995 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=857.6122;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.79;MQ0=0;QD=37.28;SB=-2.093e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,129:134:99:4995,388,0 chrXV 606443 . AT A 1496.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.062;DP=147;FS=2.155;HaplotypeScore=1047.8720;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.651;QD=10.18;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=1.386;SB=-7.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,58:147:99:1536,0,2096 chrXV 608546 . GA G 968.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.562;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=187.4317;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.558;QD=8.89;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=1.007;SB=-4.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,56:109:99:1008,0,986 chrXV 608649 . A AT 3481 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.369;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=624.9784;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.884;QD=24.17;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.787;SB=-1.436e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,142:144:99:3481,406,0 chrXV 609382 . TATTAGAAGC T 7465 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=143.7635;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.72;MQ0=0;QD=75.40;RPA=2,1;RU=ATTAGAAGC;SB=-1.821e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,81:99:99:7465,241,0 chrXV 612516 . T TA 4420 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=33.0518;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=35.36;SB=-1.826e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,121:123:99:4420,358,0 chrXV 618738 . C CAT 3218.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=160.0756;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.85;MQ0=0;QD=22.99;RPA=4,5;RU=AT;SB=-1.168e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,105:140:99:3260,318,0 chrXV 618930 . G GA 911.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.945;DP=113;FS=4.700;HaplotypeScore=532.6175;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.43;MQ0=0;MQRankSum=0.088;QD=8.07;RPA=5,6;RU=A;ReadPosRankSum=-0.941;SB=-3.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,47:113:99:951,0,1226 chrXV 618967 . GA G 853.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.691;DP=113;FS=2.577;HaplotypeScore=472.5144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=0.574;QD=7.56;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=-1.522;SB=-2.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,47:113:99:893,0,1192 chrXV 619075 . AC A 2110.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.042;DP=128;FS=4.251;HaplotypeScore=174.6375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=-2.000;QD=16.49;ReadPosRankSum=1.390;SB=-9.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,66:128:99:2150,0,1948 chrXV 624475 . ATT A 2892.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=545.9064;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.84;MQ0=0;QD=32.14;RPA=10,8;RU=T;SB=-6.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:2935,271,0 chrXV 624724 . T TC 3465 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=84.6585;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.04;MQ0=0;QD=30.94;RPA=2,3;RU=C;SB=-1.651e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,106:112:99:3465,319,0 chrXV 626533 . T TTGAGCAC 8335 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=824.2503;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.73;MQ0=0;QD=89.62;SB=-2.966e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,80:93:99:8335,277,0 chrXV 630492 . C CATTATTATT,CATTATTATTATT 3751 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=26.5228;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=41.53;MQ0=1;QD=64.67;RPA=10,13,14;RU=ATT;SB=-1.384e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:21,30,5:57:99:3751,260,146,1161,0,1051 chrXV 631788 . TG T 3199.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=46.4383;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.23;MQ0=0;QD=26.89;RPA=6,5;RU=G;SB=-1.443e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,104:119:99:3242,316,0 chrXV 636852 . G GA 2349.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=271.0030;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.91;MQ0=0;QD=25.27;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.183e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,91:93:99:2392,276,0 chrXV 638644 . T TA 3697 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=290.9254;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;QD=24.32;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.529e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,148:152:99:3697,443,0 chrXV 638742 . A AAT 4980 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.514;DP=168;FS=0.000;HaplotypeScore=227.8790;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=0.739;QD=29.64;RPA=5,6;RU=AT;ReadPosRankSum=0.230;SB=-1.317e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,125:168:99:4980,395,0 chrXV 639373 . CTA C 2474.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.724;DP=135;FS=1.439;HaplotypeScore=348.9947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=1.469;QD=18.33;RPA=2,1;RU=TA;ReadPosRankSum=1.081;SB=-1.000e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,70:135:99:2514,0,2097 chrXV 644403 . AT A 2583.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=375.2687;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.93;MQ0=0;QD=23.49;RPA=7,6;RU=T;SB=-9.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,108:110:99:2626,323,0 chrXV 649129 . G GA 844.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.094;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=43.5935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQ0=0;MQRankSum=0.168;QD=6.31;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.404;SB=-2.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,53:134:99:884,0,1264 chrXV 657168 . C CG 1028.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.438;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=574.8013;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.18;MQ0=0;MQRankSum=-4.774;QD=10.19;RPA=5,6;RU=G;ReadPosRankSum=-0.619;SB=-3.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,41:101:99:1068,0,1102 chrXV 657250 . T TG 1521.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.952;DP=112;FS=0.721;HaplotypeScore=368.0144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.56;MQ0=0;MQRankSum=-2.856;QD=13.59;ReadPosRankSum=-0.726;SB=-5.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,50:112:99:1561,0,1875 chrXV 662016 . AT ATT,A 1691.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.491;DP=107;FS=9.374;HaplotypeScore=85.0605;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=1.267;QD=15.81;RPA=12,13,11;RU=T;ReadPosRankSum=2.267;SB=-5.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:14,0,55:107:99:1770,1088,1432,873,0,1133 chrXV 665699 . T TA 2134.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=64.5475;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;QD=21.79;RPA=9,10;RU=A;SB=-1.026e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,88:98:99:2177,273,0 chrXV 670429 . GA G 1295.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.589;DP=154;FS=7.537;HaplotypeScore=75.8288;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=1.633;QD=8.42;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=1.017;SB=-3.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,72:154:99:1335,0,1259 chrXV 670723 . G GA 519.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.044;DP=85;FS=5.115;HaplotypeScore=73.5582;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.441;QD=6.12;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.143;SB=-2.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,32:85:99:559,0,612 chrXV 673205 . A AT 689.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.256;DP=135;FS=2.909;HaplotypeScore=66.2132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQ0=0;MQRankSum=1.694;QD=5.11;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.223;SB=-1.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,49:135:99:729,0,1042 chrXV 675324 . CTT C,CT 458.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.551;DP=137;FS=2.401;HaplotypeScore=286.0497;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=61.36;MQ0=0;MQRankSum=1.675;QD=3.35;RPA=19,17,18;RU=T;ReadPosRankSum=0.655;SB=-1.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:82,14,0:136:84:537,118,678,84,0,126 chrXV 675803 . GA G 1239.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.095;DP=142;FS=0.656;HaplotypeScore=58.5662;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=0.110;QD=8.73;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=-0.759;SB=-5.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,70:142:99:1279,0,1139 chrXV 678094 . CAA C 2543.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.079;DP=151;FS=3.147;HaplotypeScore=857.0581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.382;QD=16.85;RPA=5,3;RU=A;ReadPosRankSum=-0.984;SB=-9.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,77:151:99:2583,0,1819 chrXV 678393 . GAA G 3075.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=246.9663;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.77;MQ0=0;QD=29.29;RPA=12,10;RU=A;SB=-1.549e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,102:105:99:3118,304,0 chrXV 678956 . CCG C 4547 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=902.7706;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.44;MQ0=0;QD=39.54;SB=-2.175e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,95:115:99:4547,298,0 chrXV 678988 . CG C 3712 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=899.5716;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.29;MQ0=0;QD=37.12;SB=-1.853e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,95:100:99:3712,298,0 chrXV 680779 . CA C 3402 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=327.6817;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.34;MQ0=0;QD=22.99;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.557e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,138:148:99:3402,410,0 chrXV 681086 . C CT 1026.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.079;DP=108;FS=1.640;HaplotypeScore=74.6790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=0.269;QD=9.51;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=0.231;SB=-3.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,46:108:99:1066,0,1174 chrXV 681378 . C CAA,CA 2005.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.739;DP=87;FS=3.062;HaplotypeScore=362.1880;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=1.464;QD=23.06;RPA=9,11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.101;SB=-1.024e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:8,43,35:86:99:2084,694,583,949,0,755 chrXV 682436 . G GAA,GA 4121 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=794.4754;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=47.32;MQ0=0;QD=27.47;RPA=7,9,8;RU=A;SB=-2.017e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:5,88,57:150:99:4121,1208,886,2170,0,1774 chrXV 682476 . CACTT C 2384.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.614;DP=84;FS=9.031;HaplotypeScore=821.4024;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.08;MQ0=0;MQRankSum=0.071;QD=28.39;ReadPosRankSum=6.939;SB=-9.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,53:84:99:2424,0,908 chrXV 682481 . GAGACCA G 3456 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.694;DP=111;FS=2.977;HaplotypeScore=858.7813;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.109;QD=31.14;ReadPosRankSum=5.276;SB=-1.268e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,53:111:99:3456,0,1063 chrXV 683622 . C CT 4371 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=542.9817;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.98;MQ0=0;QD=27.15;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.372e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,159:161:99:4371,477,0 chrXV 683929 . T TA 4901 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=44.3160;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.84;MQ0=0;QD=35.26;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.858e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,139:139:99:4901,418,0 chrXV 690586 . A AT,ATTTT 3981 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=46.6900;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.72;MQ0=0;QD=37.56;RPA=8,9,12;RU=T;SB=-1.925e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:6,36,62:105:99:3981,2615,2330,985,0,1385 chrXV 698533 . G GT 693.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.098;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=126.2967;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQ0=0;MQRankSum=0.978;QD=5.93;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.782;SB=-2.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,43:117:99:733,0,1104 chrXV 698756 . G GT 1127.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.333;DP=109;FS=0.843;HaplotypeScore=35.6869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQ0=0;MQRankSum=0.274;QD=10.35;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=-1.566;SB=-3.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,56:109:99:1167,0,723 chrXV 701324 . TC T 1450.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.936;DP=130;FS=3.338;HaplotypeScore=162.4395;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.579;QD=11.16;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=-0.522;SB=-5.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,54:130:99:1490,0,2294 chrXV 701762 . AT A 1514.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.355;DP=142;FS=3.047;HaplotypeScore=324.8031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=1;MQRankSum=0.874;QD=10.67;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=0.095;SB=-7.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,68:141:99:1554,0,1652 chrXV 701982 . C CT 1322.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.265;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=47.4485;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=1;MQRankSum=-0.147;QD=10.42;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=-1.682;SB=-6.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,67:126:99:1362,0,961 chrXV 702879 . A AT 902.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.451;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=307.7518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=7.65;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.490;SB=-3.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,51:118:99:942,0,665 chrXV 709851 . A AG 524.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.367;DP=45;FS=12.648;HaplotypeScore=155.4854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.99;MQ0=21;MQRankSum=-0.833;QD=11.67;ReadPosRankSum=2.167;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,18:24:99:564,0,118 chrXV 710084 . T TA 130.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.242;DP=23;FS=7.384;HaplotypeScore=83.4059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.32;MQ0=1;MQRankSum=-0.648;QD=5.69;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.102;SB=-1.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,8:22:99:170,0,399 chrXV 710273 . A AT 932.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.379;DP=91;FS=6.559;HaplotypeScore=201.7741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.24;MQ0=0;MQRankSum=2.604;QD=10.25;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.239;SB=-1.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,47:91:99:972,0,639 chrXV 710308 . TC T 922.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.226;DP=87;FS=1.820;HaplotypeScore=260.2605;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.568;QD=10.61;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=1.481;SB=-4.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,34:87:99:962,0,1363 chrXV 710359 . T TA 663.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.125;DP=82;FS=10.914;HaplotypeScore=84.3405;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.09;MQ0=0;MQRankSum=2.083;QD=8.10;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.767;SB=-3.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,36:82:99:703,0,619 chrXV 711615 . G GTTTT 2518.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.310;DP=114;FS=2.655;HaplotypeScore=351.1289;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.761;QD=22.10;RPA=7,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.782;SB=-9.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,53:113:99:2558,0,2025 chrXV 712727 . C CTTTA 1381.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.109;DP=101;FS=4.447;HaplotypeScore=40.2955;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQ0=0;MQRankSum=1.392;QD=13.68;RPA=4,5;RU=TTTA;ReadPosRankSum=0.928;SB=-6.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,31:101:99:1421,0,2284 chrXV 715336 . A ATTT 1571.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.952;DP=94;FS=1.874;HaplotypeScore=103.4523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQ0=0;MQRankSum=1.139;QD=16.72;RPA=7,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.315;SB=-4.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,42:94:99:1611,0,1729 chrXV 718545 . G GT 1342.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.707;DP=147;FS=1.770;HaplotypeScore=351.3589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.900;QD=9.14;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.607;SB=-2.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,69:147:99:1382,0,1329 chrXV 718575 . G GA 1107.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.596;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=570.2356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-2.424;QD=6.88;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.073;SB=-1.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,58:161:99:1147,0,1397 chrXV 718634 . A AT 610.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.930;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=378.5170;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.593;QD=7.02;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.418;SB=-2.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,35:87:99:650,0,861 chrXV 720201 . T TC 671.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.978;DP=128;FS=4.442;HaplotypeScore=520.2319;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.27;MQ0=0;MQRankSum=0.861;QD=5.25;ReadPosRankSum=1.666;SB=-2.949e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,65:128:99:711,0,167 chrXV 720358 . A AT 3029.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=241.0237;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.20;MQ0=0;QD=18.82;RPA=8,9;RU=T;SB=-5.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,129:161:99:3072,386,0 chrXV 721800 . AT A 3226.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.102;DP=194;FS=0.000;HaplotypeScore=79.1741;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.04;MQ0=0;MQRankSum=0.181;QD=16.63;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=2.024;SB=-1.499e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,147:194:99:3268,416,0 chrXV 724863 . AT A 1224.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=31.0772;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.59;MQ0=0;QD=19.44;RPA=8,7;RU=T;SB=-3.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,54:63:99:1267,161,0 chrXV 727374 . A AT 2741.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=32.3447;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.29;MQ0=0;QD=24.48;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.183e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,107:112:99:2784,321,0 chrXV 742445 . TA T 2559.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=41.9749;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=20.98;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.150e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,109:122:99:2602,323,0 chrXV 746559 . CA C 1050.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=74.8767;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=12.22;RPA=15,14;RU=A;SB=-4.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,46:86:99:1093,172,0 chrXV 758102 . C CT 1984.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.141;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=60.7188;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.87;MQ0=0;MQRankSum=0.630;QD=16.97;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.837;SB=-8.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,92:117:99:2027,175,0 chrXV 759644 . AT A 2312.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.948;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=645.5329;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.84;MQ0=0;MQRankSum=4.498;QD=19.60;ReadPosRankSum=1.891;SB=-9.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,85:118:99:2355,302,0 chrXV 759646 . AT A 2520.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.319;DP=119;FS=8.790;HaplotypeScore=617.8305;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.86;MQ0=0;MQRankSum=5.251;QD=21.18;ReadPosRankSum=3.825;SB=-9.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,82:119:99:2563,224,0 chrXV 760705 . A AT 2439.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.487;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=69.4425;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.437;QD=18.48;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.269;SB=-1.148e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,107:132:99:2482,292,0 chrXV 761551 . GAA G 4401 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=215.0360;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=1;QD=31.44;RPA=10,8;RU=A;SB=-1.783e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,135:138:99:4401,400,0 chrXV 769891 . G GT 1553.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.229;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=184.5860;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.264;QD=13.63;RPA=14,15;RU=T;ReadPosRankSum=0.511;SB=-6.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,71:114:99:1596,165,0 chrXV 772405 . AG A 4909 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=56.7848;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.20;MQ0=0;QD=33.39;RPA=2,1;RU=G;SB=-2.146e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,142:147:99:4909,427,0 chrXV 779812 . A AT 3150.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=1131.2385;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.07;MQ0=0;QD=32.48;SB=-1.488e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:96:99:3193,286,0 chrXV 779940 . A AT 3876 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;FS=0.000;HaplotypeScore=62.9435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=23.35;RPA=8,9;RU=T;SB=-1.131e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,155:166:99:3876,464,0 chrXV 781913 . C CTG 5053 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=945.1208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.69;MQ0=0;QD=40.42;RPA=1,2;RU=TG;SB=-2.023e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,109:125:99:5053,349,0 chrXV 783492 . T TC 2975.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=753.8636;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=32.70;RPA=1,2;RU=C;SB=-1.271e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,83:91:99:3018,265,0 chrXV 783508 . GA G 3395 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=720.9784;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.41;MQ0=0;QD=34.29;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.582e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,90:99:99:3395,292,0 chrXV 787005 . GA G 2374.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=519.8799;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.37;MQ0=0;QD=19.96;RPA=9,8;RU=A;SB=-8.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,103:119:99:2417,311,0 chrXV 797581 . 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TATACTA T 10209 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=141.3573;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.05;MQ0=0;QD=80.39;SB=-5.032e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,126:127:99:10209,379,0 chrXV 813962 . T TCCCCC 2301.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=30.4680;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.43;MQ0=0;QD=39.02;RPA=8,13;RU=C;SB=-6.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,43:58:99:2344,135,0 chrXV 815967 . CCACTCT C 6158 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=234.7160;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.97;MQ0=0;QD=58.09;RPA=2,1;RU=CACTCT;SB=-2.103e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,92:106:99:6158,277,0 chrXV 820814 . TG T 3620 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=520.6028;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=69.29;MQ0=0;QD=27.63;SB=-1.789e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,128:131:99:3620,390,0 chrXV 822432 . A AT 3415 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.323;DP=118;FS=4.973;HaplotypeScore=52.1218;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.913;QD=28.94;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=0.063;SB=-1.067e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,109:118:99:3415,299,0 chrXV 830833 . CT C 1604.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.193;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=253.4779;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.59;MQ0=0;MQRankSum=0.739;QD=15.14;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.489;SB=-6.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,80:106:99:1647,206,0 chrXV 832084 . GT G 3540 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=343.5996;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.14;MQ0=0;QD=24.41;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.760e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,127:145:99:3540,378,0 chrXV 832311 . A AT 3691 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=613.9774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;QD=27.34;RPA=4,5;RU=T;SB=-8.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,134:135:99:3691,402,0 chrXV 834319 . TA T 1857.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=250.2715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=14.75;RPA=11,10;RU=A;SB=-6.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,88:126:99:1900,259,0 chrXV 842495 . AT A 2495.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.351;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=39.6673;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.44;MQ0=0;MQRankSum=0.207;QD=22.09;RPA=8,7;RU=T;ReadPosRankSum=1.128;SB=-9.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,108:113:99:2538,306,0 chrXV 850190 . TAA T 3725 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.939;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=505.0811;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.558;QD=28.65;RPA=11,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.323;SB=-1.520e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,115:130:99:3725,351,0 chrXV 850738 . GA G 3786 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=119.0415;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.82;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.870e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,112:119:99:3786,346,0 chrXV 850792 . AT A 2585.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=371.0456;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.88;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.180e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,103:113:99:2628,312,0 chrXV 854987 . TATATATAA T 4336 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=269.6736;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.62;MQ0=0;QD=51.62;SB=-1.749e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,71:84:99:4336,228,0 chrXV 859581 . C CTGTTGCGCT 8783 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=42.6140;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.89;MQ0=0;QD=64.11;RPA=1,2;RU=TGTTGCGCT;SB=-3.387e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,109:137:99:8783,337,0 chrXV 860584 . A AT 4147 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=536.9006;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.40;MQ0=0;QD=38.05;SB=-1.965e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:109:99:4147,328,0 chrXV 860846 . C CTT 2395.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=374.9309;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.93;MQ0=0;QD=29.58;RPA=7,9;RU=T;SB=-5.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,68:81:99:2438,215,0 chrXV 860962 . G GA 4770 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=127.4392;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.43;MQ0=0;QD=35.60;RPA=1,2;RU=A;SB=-8.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,130:134:99:4770,403,0 chrXV 877096 . TA T 2405.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.130;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=184.3257;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.280;QD=16.26;RPA=15,14;RU=A;ReadPosRankSum=0.714;SB=-1.007e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,119:148:99:2448,350,0 chrXV 887012 . T TGAA 5438 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=180.2367;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.65;MQ0=0;QD=42.82;RPA=4,5;RU=GAA;SB=-2.467e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,118:127:99:5438,358,0 chrXV 888848 . GTTTT G 3916 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.576;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=615.9346;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.097;QD=32.36;RPA=24,20;RU=T;ReadPosRankSum=1.148;SB=-1.115e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,67:121:99:3900,254,0 chrXV 889748 . T TAAAAAAAA 1742.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=170.9503;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.98;MQ0=0;QD=28.11;RPA=17,25;RU=A;SB=-3.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,35:62:99:1785,111,0 chrXV 892242 . T TG 1492.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.642;DP=118;FS=2.420;HaplotypeScore=444.4259;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.913;QD=12.65;RPA=3,4;RU=G;ReadPosRankSum=-0.805;SB=-6.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,61:118:99:1532,0,1331 chrXV 892646 . G GTTT 4012 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.451;DP=154;FS=1.309;HaplotypeScore=606.5342;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.233;QD=26.05;ReadPosRankSum=1.729;SB=-1.672e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,88:154:99:4012,0,3063 chrXV 894252 . C CT 1322.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.951;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=244.2637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.897;QD=9.19;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.295;SB=-1.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,66:144:99:1362,0,1142 chrXV 894320 . GT G 794.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.020;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=244.6052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.564;QD=7.36;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=0.270;SB=-2.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,35:108:99:834,0,1081 chrXV 894338 . A AT 589.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.931;DP=92;FS=9.758;HaplotypeScore=170.6739;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.153;QD=6.41;RPA=14,15;RU=T;ReadPosRankSum=-1.542;SB=-2.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,34:92:99:629,0,510 chrXV 895720 . CCTT C 2034.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.600;DP=125;FS=5.518;HaplotypeScore=226.4071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=0.464;QD=16.28;RPA=5,4;RU=CTT;ReadPosRankSum=1.953;SB=-3.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,52:125:99:2074,0,2603 chrXV 901655 . AT A 1098.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.069;DP=148;FS=2.155;HaplotypeScore=78.7588;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=0.389;QD=7.43;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.391;SB=-5.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,68:148:99:1138,0,1157 chrXV 903142 . C CT 1555.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.589;DP=129;FS=0.735;HaplotypeScore=120.0634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=2.336;QD=12.06;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=-0.306;SB=-4.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,63:129:99:1595,0,1779 chrXV 904139 . CA C 897.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.693;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=37.8702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=9.16;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.072;SB=-4.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,53:98:99:937,0,474 chrXV 905844 . G GT 1057.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.706;DP=124;FS=3.892;HaplotypeScore=400.6566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.584;QD=8.53;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.466;SB=-4.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,59:124:99:1097,0,706 chrXV 908488 . A AT 1464.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.775;DP=143;FS=4.114;HaplotypeScore=69.7886;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.634;QD=10.24;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=-0.137;SB=-6.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,69:143:99:1504,0,1185 chrXV 908671 . A AG 1315.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.893;DP=147;FS=8.025;HaplotypeScore=253.8113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQ0=0;MQRankSum=1.568;QD=8.95;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=-1.531;SB=-2.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,52:147:99:1355,0,1994 chrXV 923218 . CT C 2342.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.189;DP=138;FS=2.190;HaplotypeScore=62.6218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.072;QD=16.98;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=-2.302;SB=-2.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,76:138:99:2382,0,1724 chrXV 925072 . C CA 283.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.903;DP=101;FS=3.294;HaplotypeScore=96.5229;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=2.177;QD=2.81;RPA=15,16;RU=A;ReadPosRankSum=0.189;SB=-1.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,28:101:99:323,0,638 chrXV 931340 . G GA 1092.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.160;DP=152;FS=1.411;HaplotypeScore=496.0805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.947;QD=7.19;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=-1.273;SB=-3.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,48:152:99:1132,0,1676 chrXV 931347 . T TA 995.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.720;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=517.0441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.022;QD=6.47;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.188;SB=-2.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:105,49:154:99:1035,0,1445 chrXV 931527 . G GTA 2418.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.943;DP=182;FS=13.177;HaplotypeScore=707.6851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQ0=0;MQRankSum=1.282;QD=13.29;RPA=1,2;RU=TA;ReadPosRankSum=0.479;SB=-7.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:108,72:182:99:2458,0,3801 chrXV 931680 . T TCATC 2373.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.122;DP=116;FS=29.833;HaplotypeScore=572.0571;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.302;QD=20.47;ReadPosRankSum=-0.632;SB=-5.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,43:116:99:2413,0,3429 chrXV 949236 . T TA 567.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.492;DP=74;FS=1.933;HaplotypeScore=21.3550;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.305;QD=7.68;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.136;SB=-2.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,33:74:99:607,0,676 chrXV 954193 . A AC 1749.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.414;DP=137;FS=1.044;HaplotypeScore=262.0817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQ0=0;MQRankSum=0.386;QD=12.77;RPA=1,2;RU=C;ReadPosRankSum=0.778;SB=-1.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,63:137:99:1789,0,2082 chrXV 960334 . A AT 1356.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.343;DP=142;FS=4.013;HaplotypeScore=286.2002;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.24;MQ0=0;MQRankSum=1.275;QD=9.56;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.165;SB=-5.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,73:142:99:1396,0,1131 chrXV 966334 . ATT A 1333.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.700;DP=88;FS=4.628;HaplotypeScore=511.3604;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.69;MQ0=0;MQRankSum=-4.335;QD=15.16;RPA=9,7;RU=T;ReadPosRankSum=-0.517;SB=-5.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,48:88:99:1373,0,1068 chrXV 966571 . C CT 1052.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.552;DP=129;FS=0.670;HaplotypeScore=319.9341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.801;QD=8.16;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=0.490;SB=-4.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,56:129:99:1092,0,1305 chrXV 968122 . G GA 574.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.364;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=224.4933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=2.643;QD=6.76;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=-0.808;SB=-2.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,31:85:99:614,0,1173 chrXV 968715 . T TG 1406.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.443;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=292.7307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.285;QD=10.27;RPA=2,3;RU=G;ReadPosRankSum=0.119;SB=-5.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,51:136:99:1446,0,2177 chrXV 968780 . A AT 1616.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.688;DP=136;FS=5.346;HaplotypeScore=390.7695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.403;QD=11.89;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=1.560;SB=-5.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,65:136:99:1656,0,1917 chrXV 969124 . GA G 1672.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.113;DP=105;FS=11.523;HaplotypeScore=543.9590;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.99;MQ0=0;MQRankSum=1.698;QD=15.93;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=0.844;SB=-7.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,56:105:99:1712,0,1296 chrXV 969417 . A ATTC 2874.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.666;DP=142;FS=10.615;HaplotypeScore=326.8971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.691;QD=20.25;RPA=1,2;RU=TTC;ReadPosRankSum=-0.018;SB=-1.425e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,62:142:99:2914,0,3468 chrXV 969636 . AT A 1013.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.766;DP=99;FS=5.292;HaplotypeScore=186.3043;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.606;QD=10.24;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=-2.107;SB=-4.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,36:99:99:1053,0,1457 chrXV 969713 . TA T 941.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.912;DP=122;FS=13.978;HaplotypeScore=217.6787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.80;MQ0=0;MQRankSum=-2.746;QD=7.72;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=-1.034;SB=-3.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,50:122:99:981,0,1966 chrXV 970485 . GT G 453.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=184;FS=0.000;HaplotypeScore=93.1584;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=7.63;MQ0=167;QD=2.47;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:171,13:13:39:496,39,0 chrXV 974134 . G GC 209.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.633;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=179.0789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.36;MQ0=33;MQRankSum=-0.612;QD=2.88;ReadPosRankSum=-0.694;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,17:19:99:249,0,273 chrXV 974138 . TG T 154.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.016;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=91.2079;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=14.87;MQ0=31;MQRankSum=0.935;QD=2.46;ReadPosRankSum=0.935;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,17:13:99:194,0,227 chrXV 976272 . A AT 558.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.716;DP=30;FS=8.144;HaplotypeScore=97.8404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.01;MQ0=0;MQRankSum=0.294;QD=18.63;RPA=3,4;RU=T;ReadPosRankSum=1.618;SB=-1.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,22:30:99:598,0,126 chrXV 976779 . A AT 696.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.772;DP=98;FS=6.784;HaplotypeScore=41.9233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=1.548;QD=7.11;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.485;SB=-2.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,41:98:99:736,0,837 chrXV 976990 . AT A 871.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.717;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=140.0714;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=2.277;QD=8.63;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.202;SB=-4.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,54:101:99:911,0,510 chrXV 978413 . G GA 1001.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.756;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=87.3500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.84;MQ0=0;MQRankSum=2.792;QD=7.06;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-2.086;SB=-3.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,60:142:99:1041,0,1112 chrXV 979485 . A AATAC 3919 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.660;DP=155;FS=6.825;HaplotypeScore=204.4235;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=0.192;QD=25.28;RPA=1,2;RU=ATAC;ReadPosRankSum=-1.098;SB=-1.788e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,67:155:99:3919,0,2975 chrXV 979898 . AG A 1515.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.014;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=274.1464;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQ0=0;MQRankSum=0.782;QD=10.75;ReadPosRankSum=0.869;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,60:141:99:1555,0,2632 chrXV 980591 . A AAT 1671.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=134.3962;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.26;MQ0=0;QD=42.87;SB=-7.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,35:35:99:1714,105,0 chrXV 980787 . C CT 885.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.929;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=98.7424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=0.435;QD=7.14;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.335;SB=-2.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,49:124:99:925,0,1049 chrXV 981539 . ATTTT A 4498 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=660.3563;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.08;MQ0=0;QD=44.10;RPA=10,6;RU=T;SB=-2.173e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,85:102:99:4498,257,0 chrXV 981552 . AC A 1061.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.885;DP=105;FS=1.592;HaplotypeScore=1112.2766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.70;MQ0=0;MQRankSum=-4.245;QD=10.11;ReadPosRankSum=-0.654;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,37:105:99:1101,0,1447 chrXV 984799 . A AC 2212.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.991;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=151.2044;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=1.148;QD=14.85;ReadPosRankSum=0.806;SB=-9.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,73:149:99:2252,0,1447 chrXV 986677 . AAAGAAAAAAGGAAACCAAAAGG A 9172 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.382;DP=152;FS=9.736;HaplotypeScore=77.9610;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.64;MQ0=1;MQRankSum=-8.109;QD=60.34;ReadPosRankSum=1.233;SB=-2.786e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,55:151:99:9172,0,14172 chrXV 989301 . T TA 1541.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.482;DP=116;FS=4.519;HaplotypeScore=183.3506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.44;MQ0=0;MQRankSum=0.491;QD=13.29;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=-1.972;SB=-6.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,62:116:99:1581,0,1430 chrXV 989589 . G GA 1194.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.657;DP=151;FS=1.345;HaplotypeScore=47.2533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.688;QD=7.91;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=2.002;SB=-5.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,65:151:99:1234,0,1293 chrXV 989721 . A AAG 1358.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.512;DP=182;FS=2.906;HaplotypeScore=623.0796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.419;QD=7.47;ReadPosRankSum=0.360;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:122,50:182:99:1398,0,3142 chrXV 994879 . AT A 2406.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=219.9283;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;QD=20.93;RPA=6,5;RU=T;SB=-4.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,96:115:99:2449,285,0 chrXV 998267 . TG T 1952.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=502.1919;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.58;MQ0=2;QD=25.36;SB=-9.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,76:75:99:1995,225,0 chrXV 998345 . AAT A 1760.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=227.7004;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.69;MQ0=2;QD=21.48;RPA=10,9;RU=AT;SB=-2.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,51:80:99:1803,168,0 chrXV 1004258 . G GT,GTT 2036.94 SnpCluster AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.044;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=754.8209;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=1.266;QD=16.70;RPA=13,14,15;RU=T;ReadPosRankSum=0.568;SB=-3.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:77,36,7:121:99:2115,765,482,800,0,548 chrXV 1004260 . T TA 1250.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.912;DP=126;FS=15.886;HaplotypeScore=857.6014;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.322;QD=9.93;ReadPosRankSum=2.027;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,56:125:99:1290,0,130 chrXV 1004261 . T TA 1109.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.067;DP=126;FS=22.964;HaplotypeScore=871.5738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.308;QD=8.81;ReadPosRankSum=1.828;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,56:125:99:1149,0,139 chrXV 1004274 . A AT 2897.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.196;DP=126;FS=6.848;HaplotypeScore=711.0062;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.84;MQ0=0;MQRankSum=0.084;QD=23.00;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.313;SB=-5.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,103:125:99:2940,343,0 chrXV 1006757 . GT G 1161.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.874;DP=122;FS=5.908;HaplotypeScore=38.0918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQ0=0;MQRankSum=1.381;QD=9.52;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.831;SB=-5.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,68:122:99:1201,0,893 chrXV 1012866 . T TAAC 2470.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.488;DP=103;FS=1.598;HaplotypeScore=29.0017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=0.106;QD=23.99;RPA=1,2;RU=AAC;ReadPosRankSum=-0.031;SB=-1.156e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,54:103:99:2510,0,2040 chrXV 1013025 . CTATATA C,CTA 4433 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=229.8738;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=62.00;MQ0=0;QD=37.57;RPA=9,6,7;RU=TA;SB=-1.698e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:42,42,0:117:99:4433,1113,943,1426,0,1212 chrXV 1016055 . T TTCTTAG,TCCTTGG 7505 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=106.9494;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.66;MQ0=0;QD=82.47;SB=-3.462e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:2,49,34:91:99:7505,1622,1350,2652,0,2378 chrXV 1019100 . G GAAAGCCAGTGATCA 6664 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.683;DP=107;FS=13.327;HaplotypeScore=280.0533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.08;MQ0=0;MQRankSum=-7.611;QD=62.28;ReadPosRankSum=1.243;SB=-2.003e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,35:107:99:6664,0,8920 chrXV 1019122 . A AC 1555.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.001;DP=127;FS=4.391;HaplotypeScore=707.1689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.49;MQ0=0;MQRankSum=-6.467;QD=12.25;RPA=1,2;RU=C;ReadPosRankSum=-0.615;SB=-6.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,55:127:99:1595,0,1832 chrXV 1019588 . CT C 348.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.451;DP=96;FS=7.964;HaplotypeScore=83.5008;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.34;MQ0=0;MQRankSum=2.156;QD=3.64;RPA=15,14;RU=T;ReadPosRankSum=2.795;SB=-1.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,29:96:99:388,0,556 chrXV 1019971 . T TA 885.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.271;DP=118;FS=0.867;HaplotypeScore=805.6104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.59;MQ0=0;MQRankSum=-6.755;QD=7.51;ReadPosRankSum=2.820;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,36:118:99:925,0,1893 chrXV 1019972 . T TA 552.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.232;DP=114;FS=0.865;HaplotypeScore=849.8755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.22;MQ0=0;MQRankSum=-6.472;QD=4.85;RPA=3,4;RU=A;ReadPosRankSum=2.824;SB=-1.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,36:114:99:592,0,1481 chrXV 1019976 . TA T 1510.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-9.403;DP=121;FS=4.144;HaplotypeScore=816.7440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.48;MQ0=0;MQRankSum=8.654;QD=12.49;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=-1.000;SB=-4.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,66:121:99:1550,0,367 chrXV 1019999 . A ATT 1321.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.473;DP=130;FS=2.393;HaplotypeScore=861.8475;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.78;MQ0=0;MQRankSum=-8.380;QD=10.17;RPA=3,5;RU=T;ReadPosRankSum=-2.222;SB=-4.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,49:130:99:1361,0,2514 chrXV 1021277 . G GA 1240.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.011;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=46.1120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.927;QD=8.93;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.350;SB=-3.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,66:139:99:1280,0,1228 chrXV 1023212 . T TG 2030.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.865;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=349.1573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.213;QD=14.40;ReadPosRankSum=0.163;SB=-1.010e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,55:141:99:2070,0,2063 chrXV 1023318 . C CG 1415.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.812;DP=113;FS=3.519;HaplotypeScore=55.5298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.327;QD=12.53;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=0.124;SB=-6.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,48:113:99:1455,0,1926 chrXV 1031350 . C CT 2746.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=108;FS=13.345;HaplotypeScore=274.4080;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.577;QD=25.43;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.315;SB=-9.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:108:99:2789,314,0 chrXV 1036136 . CTGT C 2257.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.417;DP=180;FS=4.079;HaplotypeScore=331.8771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=2.208;QD=12.54;RPA=11,10;RU=TGT;ReadPosRankSum=0.932;SB=-8.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:119,58:180:99:2297,0,2784 chrXV 1036615 . GT G 2221.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.921;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=101.4005;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.167;QD=16.34;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.869;SB=-1.059e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,104:136:99:2264,275,0 chrXV 1039718 . TG T 2860.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=118.3732;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=1;QD=23.84;RPA=8,7;RU=G;SB=-1.411e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,101:119:99:2903,300,0 chrXV 1057039 . G GA 3818 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.413;DP=156;FS=3.774;HaplotypeScore=60.0413;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.30;MQ0=0;MQRankSum=0.481;QD=24.47;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=-1.129;SB=-1.480e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,154:156:99:3818,440,0 chrXV 1057968 . T TA 1846.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.762;DP=112;FS=7.384;HaplotypeScore=63.1031;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.220;QD=16.49;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=1.613;SB=-3.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,89:112:75:1889,75,0 chrXV 1072156 . CT C 290.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.734;DP=182;FS=8.879;HaplotypeScore=54.8799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=15.82;MQ0=107;MQRankSum=1.372;QD=1.60;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=-0.512;SB=-4.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:140,39:50:99:330,0,773 chrXV 1078226 . GA G 679.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.073;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=211.3316;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.92;MQ0=12;MQRankSum=-1.700;QD=5.31;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=0.346;SB=-3.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,52:95:99:719,0,962 chrXV 1078315 . T TA 2795.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.202;DP=249;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=365.2185;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.11;MQ0=17;MQRankSum=1.632;QD=11.23;ReadPosRankSum=0.509;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:133,90:204:99:2835,0,1565 chrXV 1079486 . AT A 2243.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.241;DP=250;DS;FS=1.601;HaplotypeScore=228.4808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.400;QD=8.98;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.340;SB=-9.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:112,136:250:99:2283,0,1174 chrXV 1091201 . AT A 67.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.268;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=160.8395;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=14.88;MQ0=75;MQRankSum=0.996;QD=0.69;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=2.717;SB=-1.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,20:18:73:107,0,73 chrXV 1091205 . T TCA 104.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.044;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=166.3716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=14.99;MQ0=75;MQRankSum=0.745;QD=1.06;ReadPosRankSum=-1.447;SB=-2.000e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,19:19:99:144,0,398 chrXVI 9518 . C CAAAAA 3968 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.936;DP=171;FS=5.082;HaplotypeScore=232.2830;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.78;MQ0=72;MQRankSum=-1.015;QD=23.20;RPA=21,26;RU=A;ReadPosRankSum=-0.737;SB=-1.151e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:80,88:94:99:3968,254,0 chrXVI 12828 . TAAA T 1279.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.903;DP=93;DS;FS=8.582;HaplotypeScore=109.0887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.94;MQ0=18;MQRankSum=0.112;QD=13.76;RPA=13,10;RU=A;ReadPosRankSum=5.451;SB=-3.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,33:73:99:1319,0,447 chrXVI 13174 . TAA T 386.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=126.6007;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.09;MQ0=1;QD=25.80;RPA=13,11;RU=A;SB=-8.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,12:14:42:429,42,0 chrXVI 16367 . CTGG C 2549.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.003;DP=170;DS;FS=22.312;HaplotypeScore=352.4868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.86;MQ0=4;MQRankSum=-0.334;QD=15.00;RPA=8,7;RU=TGG;ReadPosRankSum=3.778;SB=-4.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,52:160:99:2589,0,1952 chrXVI 16931 . A AT 1164.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.084;DP=180;DS;FS=0.736;HaplotypeScore=415.0597;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.95;MQ0=1;MQRankSum=1.802;QD=6.47;RPA=15,16;RU=T;ReadPosRankSum=-0.794;SB=-4.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,48:178:99:1204,0,751 chrXVI 19181 . TA T 1020.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.421;DP=178;FS=0.000;HaplotypeScore=193.3676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.59;MQ0=77;MQRankSum=-0.544;QD=5.74;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=-1.402;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:121,57:81:99:1060,0,1120 chrXVI 19216 . T TA 329.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.875;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=210.0522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.15;MQ0=76;MQRankSum=0.014;QD=2.04;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=-0.243;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:123,39:71:99:369,0,917 chrXVI 19806 . A AT 944.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.334;DP=195;FS=12.039;HaplotypeScore=67.4430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.699;QD=4.85;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.567;SB=-1.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:130,61:195:99:984,0,2309 chrXVI 19930 . CTT CTTT,C 1237.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.631;DP=189;FS=5.644;HaplotypeScore=522.8002;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.44;MQ0=0;MQRankSum=1.190;QD=6.55;RPA=11,12,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.593;SB=-5.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:86,1,37:188:99:1316,275,1171,550,0,3437 chrXVI 22264 . C CT 1683.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=11.597;DP=239;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=336.8679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=7.05;RPA=3,4;RU=T;ReadPosRankSum=1.319;SB=-7.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:150,78:239:99:1723,0,3342 chrXVI 22664 . T TAA 2496.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.427;DP=241;DS;FS=6.683;HaplotypeScore=225.2590;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=3;MQRankSum=1.055;QD=10.36;RPA=9,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.189;SB=-1.316e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,88:237:99:2536,0,1502 chrXVI 26112 . A AG 1354.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=360.4039;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.57;MQ0=1;QD=26.57;SB=-5.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:42:99:1397,123,0 chrXVI 26191 . C CT 753.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.504;DP=93;FS=5.046;HaplotypeScore=465.1551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.766;QD=8.11;RPA=3,4;RU=T;ReadPosRankSum=1.893;SB=-1.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,35:89:99:793,0,1135 chrXVI 28241 . TAC T 1705.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.532;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=502.3728;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.12;MQ0=0;MQRankSum=-7.470;QD=12.73;RPA=2,1;RU=AC;ReadPosRankSum=0.444;SB=-7.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,39:134:99:1745,0,2750 chrXVI 28263 . TC T 1281.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.344;DP=128;FS=2.544;HaplotypeScore=612.0361;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.91;MQ0=0;MQRankSum=-2.848;QD=10.02;RPA=6,5;RU=C;ReadPosRankSum=-3.172;SB=-3.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,55:128:99:1321,0,1481 chrXVI 28407 . C CA 1505.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.725;DP=117;FS=6.890;HaplotypeScore=272.3845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.995;QD=12.87;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.070;SB=-3.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,67:117:99:1545,0,1406 chrXVI 28988 . TA T 1785.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.918;DP=133;FS=2.210;HaplotypeScore=573.8619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.039;QD=13.43;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=1.288;SB=-9.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,67:133:99:1825,0,1315 chrXVI 29000 . GA G 1960.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.284;DP=129;FS=3.390;HaplotypeScore=632.6851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=0.148;QD=15.20;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.514;SB=-9.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,68:129:99:2000,0,1242 chrXVI 29604 . CA C 2424.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=297.5458;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.66;MQ0=0;QD=19.72;RPA=10,9;RU=A;SB=-9.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,104:123:99:2467,314,0 chrXVI 38889 . G GAAC 1907.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.002;DP=111;FS=1.540;HaplotypeScore=326.8990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQ0=0;MQRankSum=3.125;QD=17.19;ReadPosRankSum=-0.657;SB=-7.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,50:111:99:1947,0,2901 chrXVI 41010 . G GA 1303.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.807;DP=142;FS=4.429;HaplotypeScore=394.7692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.304;QD=9.18;RPA=3,4;RU=A;ReadPosRankSum=0.985;SB=-3.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,58:142:99:1343,0,1832 chrXVI 42940 . A AT 606.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.474;DP=84;FS=0.860;HaplotypeScore=471.6199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.81;MQ0=0;MQRankSum=-5.891;QD=7.23;RPA=3,4;RU=T;ReadPosRankSum=1.038;SB=-2.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,28:84:99:646,0,1360 chrXVI 42960 . CT C 522.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.060;DP=79;FS=0.938;HaplotypeScore=519.6769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.90;MQ0=0;MQRankSum=-6.494;QD=6.62;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=0.108;SB=-2.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,26:79:99:562,0,1237 chrXVI 42973 . TAAC T 1277.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.141;DP=78;FS=0.911;HaplotypeScore=554.6445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.00;MQ0=0;MQRankSum=-6.778;QD=16.38;ReadPosRankSum=-1.480;SB=-6.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,28:78:99:1317,0,2076 chrXVI 43041 . A AG 1437.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.401;DP=76;FS=0.876;HaplotypeScore=401.8700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.37;MQ0=0;MQRankSum=-3.109;QD=18.92;ReadPosRankSum=-1.520;SB=-7.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,43:76:99:1477,0,1031 chrXVI 44495 . TAAA TAAAA,T 2796.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.587;DP=116;FS=6.088;HaplotypeScore=135.5945;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.760;QD=24.11;RPA=12,13,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.125;SB=-1.343e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:22,0,48:116:99:2875,1979,2231,1119,0,2668 chrXVI 46581 . A AT 810.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.859;DP=117;FS=29.045;HaplotypeScore=742.6520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.441;QD=6.93;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.243;SB=-3.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,41:116:99:850,0,831 chrXVI 46594 . ATTTTTT A,ATTTT 5718 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.367;DP=160;FS=3.647;HaplotypeScore=514.5668;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=1.081;QD=35.74;RPA=16,10,14;RU=T;ReadPosRankSum=0.091;SB=-2.361e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:48,41,0:159:99:5718,2079,3839,3021,0,2692 chrXVI 48830 . GT G 688.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.010;DP=104;FS=1.689;HaplotypeScore=431.1175;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.27;MQ0=0;MQRankSum=-6.271;QD=6.62;RPA=6,5;RU=T;ReadPosRankSum=0.942;SB=-3.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,38:103:99:728,0,1348 chrXVI 53077 . T TG 2678.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=681.2060;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.37;MQ0=0;QD=29.77;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.108e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,74:90:99:2721,241,0 chrXVI 53084 . A AATAT,AATATATATATAT 3415 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=698.0988;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.99;MQ0=0;QD=37.53;RPA=6,8,12;RU=AT;SB=-1.225e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:52,31,6:90:99:3415,691,510,2011,0,3006 chrXVI 53165 . A ACG 5138 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=514.2005;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.16;MQ0=1;QD=48.02;SB=-1.356e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:106:99:5138,316,0 chrXVI 53168 . C CT 762.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.543;DP=103;FS=4.962;HaplotypeScore=887.8614;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.364;QD=7.41;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.297;SB=-2.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,39:103:99:802,0,648 chrXVI 55390 . A ATT 2125.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.461;DP=138;FS=0.641;HaplotypeScore=757.4474;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.10;MQ0=0;MQRankSum=-3.825;QD=15.41;ReadPosRankSum=-0.856;SB=-1.075e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,58:138:99:2165,0,3385 chrXVI 55604 . CAT C 4199 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=249.9854;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;QD=45.64;SB=-9.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,91:92:99:4199,274,0 chrXVI 62320 . T TA 175.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=86.7909;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.67;MQ0=5;QD=14.59;RPA=1,2;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,6:6:18:217,18,0 chrXVI 62342 . C CT 186.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=85.7344;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.11;MQ0=2;QD=23.26;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,6:6:18:228,18,0 chrXVI 62388 . A AT 136.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;HaplotypeScore=135.6609;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=27.25;RPA=1,2;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:178,15,0 chrXVI 62951 . T TA 1264.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.274;DP=41;FS=6.255;HaplotypeScore=471.3891;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.091;QD=30.85;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.638;SB=-2.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,34:41:79:1307,79,0 chrXVI 62973 . C CT 1716.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.722;DP=48;FS=4.508;HaplotypeScore=627.0582;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.55;MQ0=0;MQRankSum=0.794;QD=35.77;ReadPosRankSum=-0.361;SB=-5.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,46:48:99:1759,104,0 chrXVI 63240 . TC T 1761.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=122.3612;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.22;MQ0=0;QD=28.88;RPA=4,3;RU=C;SB=-8.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,55:61:99:1804,179,0 chrXVI 64240 . C CA 456.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.289;DP=88;FS=2.051;HaplotypeScore=422.1290;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.47;MQ0=0;MQRankSum=-4.654;QD=5.19;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=4.051;SB=-2.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,23:88:99:496,0,1856 chrXVI 73060 . G GT 4311 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=554.9640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.60;MQ0=0;QD=32.41;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.350e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,117:133:99:4311,361,0 chrXVI 73929 . GT G 3474 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=57.3683;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;QD=21.85;RPA=10,9;RU=T;SB=-1.300e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,147:159:99:3474,442,0 chrXVI 74183 . T TA 624.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.047;DP=130;FS=2.761;HaplotypeScore=67.5819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=1;MQRankSum=0.650;QD=4.81;RPA=15,16;RU=A;ReadPosRankSum=-1.831;SB=-2.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,40:129:99:664,0,686 chrXVI 74300 . TA T 4417 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=372.3991;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.09;MQ0=0;QD=29.64;RPA=4,3;RU=A;SB=-2.193e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,146:148:99:4417,436,0 chrXVI 74739 . ATAT A 3545 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.490;DP=154;FS=7.320;HaplotypeScore=135.8949;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.34;MQ0=0;MQRankSum=0.952;QD=23.02;RPA=2,1;RU=TAT;ReadPosRankSum=0.441;SB=-1.279e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,82:154:99:3545,0,2791 chrXVI 75455 . TGC T 2780.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-10.799;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=372.1688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.24;MQ0=0;MQRankSum=2.690;QD=17.27;ReadPosRankSum=0.685;SB=-9.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,79:161:99:2820,0,1540 chrXVI 76181 . A ATTTTGC 5454 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.213;DP=168;FS=3.796;HaplotypeScore=47.7617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.73;MQ0=0;MQRankSum=2.685;QD=32.46;RPA=2,3;RU=TTTTGC;ReadPosRankSum=-1.358;SB=-2.636e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,82:168:99:5454,0,4694 chrXVI 76565 . C CA 1297.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-10.028;DP=171;FS=0.000;HaplotypeScore=469.1981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.480;QD=7.59;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.701;SB=-5.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:108,63:171:99:1337,0,716 chrXVI 76573 . AAAC A 3468 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.952;DP=192;FS=1.259;HaplotypeScore=315.6321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.895;QD=18.06;RPA=5,4;RU=AAC;ReadPosRankSum=0.064;SB=-1.226e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:119,73:192:99:3468,0,2279 chrXVI 79445 . CT C 3831 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=202.6035;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.88;MQ0=0;QD=23.65;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.039e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,155:162:99:3831,464,0 chrXVI 85402 . CA C 935.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.233;DP=148;FS=6.387;HaplotypeScore=154.7328;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=0.284;QD=6.32;RPA=17,16;RU=A;ReadPosRankSum=2.404;SB=-4.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:95,43:147:93:978,93,0 chrXVI 88342 . AT A 959.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.871;DP=125;FS=0.681;HaplotypeScore=36.4667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=1;MQRankSum=0.450;QD=7.68;RPA=8,7;RU=T;ReadPosRankSum=-1.010;SB=-4.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,55:124:99:999,0,1319 chrXVI 95161 . C CA 907.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.106;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=32.5578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.155;QD=7.26;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.715;SB=-3.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,49:125:99:947,0,1277 chrXVI 99029 . AC A 4459 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=908.0388;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.42;MQ0=0;QD=33.03;RPA=3,2;RU=C;SB=-2.192e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,127:135:99:4459,385,0 chrXVI 99323 . GT G 3793 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=249.7112;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;QD=37.93;SB=-1.692e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:3793,301,0 chrXVI 99466 . A AAAT 8071 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=290.2174;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;QD=52.41;SB=-1.678e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,136:154:99:8071,454,0 chrXVI 99954 . TGAA T 5186 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=35.0591;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.90;MQ0=0;QD=47.58;RPA=2,1;RU=GAA;SB=-2.255e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,105:108:99:5186,313,0 chrXVI 101482 . A AG 4285 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=533.6619;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.07;MQ0=0;QD=37.59;SB=-1.063e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:114:99:4285,343,0 chrXVI 104922 . A AT 1099.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.081;DP=156;FS=2.446;HaplotypeScore=464.6385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQ0=0;MQRankSum=0.287;QD=7.05;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=1.396;SB=-2.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,65:156:99:1139,0,1182 chrXVI 105744 . C CA 1718.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.005;DP=113;FS=0.715;HaplotypeScore=460.8744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.59;MQ0=0;MQRankSum=1.732;QD=15.21;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=-1.406;SB=-7.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,57:113:99:1758,0,1584 chrXVI 105757 . T TA 1760.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.440;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=509.9571;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=2.611;QD=15.58;ReadPosRankSum=-0.363;SB=-7.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,55:113:99:1800,0,1561 chrXVI 115228 . G GA 3005.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=402.5238;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.98;MQ0=0;QD=25.47;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.508e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,114:118:99:3048,342,0 chrXVI 115881 . C CCAA 5974 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=238.7495;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.56;MQ0=0;QD=39.83;RPA=3,4;RU=CAA;SB=-2.359e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,129:150:99:5974,388,0 chrXVI 117198 . G GCAACAACAA 6334 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=1017.4899;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.17;MQ0=0;QD=59.20;SB=-2.572e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:73,31:107:99:6334,312,0 chrXVI 117203 . A ACCT 1826.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.139;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=1393.0361;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.41;MQ0=0;MQRankSum=0.270;QD=17.40;ReadPosRankSum=4.107;SB=-7.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,31:105:99:1866,0,1480 chrXVI 117720 . C CT 3596 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=33.7310;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;QD=26.06;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.349e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,134:138:99:3596,402,0 chrXVI 121581 . AT A 1216.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.657;DP=121;FS=9.688;HaplotypeScore=202.9757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.52;MQ0=0;MQRankSum=1.851;QD=10.06;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=-2.002;SB=-3.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,57:121:99:1256,0,1227 chrXVI 125440 . G GC 4730 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=44.8247;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.66;MQ0=0;QD=37.24;SB=-1.610e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,127:127:99:4730,382,0 chrXVI 128555 . AG A 3515 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=141.2256;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.00;MQ0=0;QD=32.55;RPA=3,2;RU=G;SB=-1.270e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,102:108:99:3515,307,0 chrXVI 128655 . TATC T 6452 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=615.2969;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.84;MQ0=0;QD=46.42;RPA=3,2;RU=ATC;SB=-3.143e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,128:139:99:6452,388,0 chrXVI 132270 . C CAT 1828.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.364;DP=158;FS=1.467;HaplotypeScore=47.1776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQ0=1;MQRankSum=0.279;QD=11.58;RPA=6,7;RU=AT;ReadPosRankSum=-0.369;SB=-7.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,60:156:99:1868,0,1673 chrXVI 132456 . TA T 961.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.565;DP=106;FS=4.887;HaplotypeScore=44.0870;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.504;QD=9.08;RPA=16,15;RU=A;ReadPosRankSum=1.565;SB=-2.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:48,56:106:66:1004,66,0 chrXVI 138809 . A AT 2958.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.451;DP=144;FS=7.101;HaplotypeScore=121.9000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.21;MQ0=0;MQRankSum=1.821;QD=20.55;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.470;SB=-1.291e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,129:144:99:3001,352,0 chrXVI 139605 . TATATAC T 2196.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.890;DP=121;FS=8.451;HaplotypeScore=489.2231;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.55;MQ0=0;MQRankSum=-2.318;QD=18.16;ReadPosRankSum=1.672;SB=-3.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,34:121:99:2236,0,3605 chrXVI 143516 . C CG 1951.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.754;DP=145;FS=3.100;HaplotypeScore=224.4656;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.136;QD=13.46;ReadPosRankSum=0.522;SB=-8.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,64:145:99:1991,0,2687 chrXVI 144689 . AGGAAACGTC A 6850 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=41.8160;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.22;MQ0=0;QD=67.16;RPA=4,3;RU=GGAAACGTC;SB=-1.553e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,71:102:99:6850,220,0 chrXVI 153278 . GA G 2166.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.495;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=88.5631;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.341;QD=16.29;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.297;SB=-8.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,99:133:99:2209,193,0 chrXVI 156251 . AC A 1322.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.529;DP=102;FS=6.537;HaplotypeScore=348.1442;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.033;QD=12.97;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=-1.889;SB=-4.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,44:102:99:1362,0,1385 chrXVI 156310 . T TTTTC 3046.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.669;DP=101;FS=2.633;HaplotypeScore=881.6461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=1.556;QD=30.17;ReadPosRankSum=0.943;SB=-1.202e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,52:101:99:3086,0,2669 chrXVI 162389 . TA T 486.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.723;DP=108;FS=2.025;HaplotypeScore=513.8297;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=1.123;QD=4.51;ReadPosRankSum=4.354;SB=-9.100e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,39:108:99:526,0,1746 chrXVI 162391 . TATA T 1373.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.545;DP=104;FS=1.962;HaplotypeScore=422.6483;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=1.465;QD=13.21;ReadPosRankSum=4.246;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,39:104:99:1413,0,2197 chrXVI 162602 . C CAGA 1371.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.733;DP=94;FS=8.901;HaplotypeScore=156.1882;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.99;MQ0=0;MQRankSum=-3.370;QD=14.60;RPA=1,2;RU=AGA;ReadPosRankSum=0.025;SB=-6.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,37:94:99:1411,0,2227 chrXVI 164219 . CA C 768.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.989;DP=108;FS=1.715;HaplotypeScore=50.8437;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.152;QD=7.12;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.301;SB=-2.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,47:108:99:808,0,769 chrXVI 165836 . A ATAT 1690.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.938;DP=100;FS=0.901;HaplotypeScore=273.5693;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.16;MQ0=0;MQRankSum=1.534;QD=16.91;RPA=5,6;RU=TAT;ReadPosRankSum=0.933;SB=-4.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,43:100:99:1730,0,1691 chrXVI 166006 . G GT 1455.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=190.7874;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;QD=16.18;RPA=10,11;RU=T;SB=-4.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:50,39:90:99:1498,231,0 chrXVI 166016 . T TTA 1293.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.802;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=171.6162;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.680;QD=15.22;ReadPosRankSum=0.024;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,33:85:99:1333,0,240 chrXVI 167408 . AC A 1121.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.051;DP=107;FS=3.981;HaplotypeScore=21.7211;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.058;QD=10.49;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=0.907;SB=-4.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,43:107:99:1161,0,1767 chrXVI 167763 . CTGATCTCA C 3826 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.379;DP=109;FS=3.915;HaplotypeScore=87.8165;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.227;QD=35.10;RPA=2,1;RU=TGATCTCA;ReadPosRankSum=1.044;SB=-1.682e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,43:109:99:3826,0,4576 chrXVI 169530 . A AT 448.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.715;DP=74;FS=2.262;HaplotypeScore=508.2718;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.06;MQ0=0;MQRankSum=-4.572;QD=6.07;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.090;SB=-1.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,27:74:99:488,0,575 chrXVI 169567 . TGTTCTTTCTATTTTTTC T 5283 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.636;DP=83;FS=6.026;HaplotypeScore=153.7929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.29;MQ0=0;MQRankSum=-6.574;QD=63.65;ReadPosRankSum=0.130;SB=-1.495e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,35:83:99:5283,0,7608 chrXVI 173282 . G GT 770.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.738;DP=92;FS=2.900;HaplotypeScore=110.4275;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.138;QD=8.38;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.493;SB=-3.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,39:92:99:810,0,865 chrXVI 173345 . ATCT A 2820.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.931;DP=116;FS=7.715;HaplotypeScore=291.4354;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.489;QD=24.32;RPA=2,1;RU=TCT;ReadPosRankSum=0.590;SB=-1.148e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,62:115:99:2860,0,1947 chrXVI 176002 . GT G 1208.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.149;DP=122;FS=8.083;HaplotypeScore=148.9143;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.337;QD=9.91;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=0.148;SB=-2.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,52:122:99:1248,0,1656 chrXVI 176140 . GA G 3056.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=41.9633;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;QD=22.81;RPA=10,9;RU=A;SB=-1.035e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,131:134:99:3099,394,0 chrXVI 181192 . GTT G,GT 1414.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.712;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=54.5921;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.189;QD=12.75;RPA=15,13,14;RU=T;ReadPosRankSum=0.859;SB=-4.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:50,36,0:111:99:1493,480,765,686,0,590 chrXVI 182597 . T TA 2588.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.548;DP=119;FS=5.296;HaplotypeScore=43.1875;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.008;QD=21.76;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.300;SB=-1.071e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,110:119:99:2631,246,0 chrXVI 185395 . CTGTTGTTGTTGT CTGTTGT,C 6275 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=504.4613;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.10;MQ0=0;QD=54.09;RPA=8,6,4;RU=TGT;SB=-2.548e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:42,0,0:116:99:6275,1330,1036,2549,0,2654 chrXVI 187313 . CCTTCTT C 3887 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.354;DP=163;FS=2.376;HaplotypeScore=545.1053;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=2;MQRankSum=0.769;QD=23.85;RPA=10,8;RU=CTT;ReadPosRankSum=1.939;SB=-1.643e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:108,46:158:99:3887,0,3940 chrXVI 188149 . T TA 3297 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=33.9221;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;QD=32.01;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.483e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,102:103:99:3297,310,0 chrXVI 188703 . C CAAA,CA 3873 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=144.3477;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.33;MQ0=0;QD=28.90;RPA=8,11,9;RU=A;SB=-1.636e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:12,60,55:134:99:3873,1444,1611,2065,0,1725 chrXVI 188767 . TG T 1496.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.129;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=514.7204;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.662;QD=12.58;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=-0.875;SB=-6.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,49:119:99:1536,0,1975 chrXVI 188788 . TA T 2975.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=352.9060;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.47;MQ0=0;QD=27.56;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.163e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,92:108:99:3018,318,0 chrXVI 188829 . A AT,ATT 2722.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.569;DP=142;FS=3.873;HaplotypeScore=455.2998;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.90;MQ0=1;MQRankSum=-0.476;QD=19.18;RPA=12,13,14;RU=T;ReadPosRankSum=-0.839;SB=-1.121e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:52,41,48:141:99:2801,1222,1010,727,0,641 chrXVI 188928 . C CT 910.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.387;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=293.1990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.717;QD=8.84;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.294;SB=-4.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,41:103:99:950,0,869 chrXVI 188938 . C CT 849.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.424;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=312.2135;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.511;QD=7.59;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-2.220;SB=-3.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,36:112:99:889,0,801 chrXVI 195615 . AT A 1205.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.770;DP=143;FS=5.072;HaplotypeScore=148.3986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.945;QD=8.43;RPA=6,5;RU=T;ReadPosRankSum=-0.872;SB=-5.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,63:143:99:1245,0,1668 chrXVI 196538 . T TGCA 2200.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.203;DP=125;FS=1.556;HaplotypeScore=132.1643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=1.311;QD=17.61;RPA=5,6;RU=GCA;ReadPosRankSum=0.523;SB=-9.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,53:125:99:2240,0,2099 chrXVI 197824 . GA G 723.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.879;DP=104;FS=4.942;HaplotypeScore=88.3068;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.115;QD=6.96;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.321;SB=-2.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,43:104:99:763,0,695 chrXVI 198912 . ATT A 2205.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.297;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=166.2665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQ0=0;MQRankSum=0.335;QD=15.21;RPA=10,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.457;SB=-7.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,79:145:99:2245,0,1509 chrXVI 202644 . C CT 815.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.583;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=279.6901;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=1.245;QD=6.80;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.227;SB=-2.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,48:120:99:855,0,1102 chrXVI 207700 . T TA 2174.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.871;DP=184;FS=0.548;HaplotypeScore=214.0196;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=0.124;QD=11.82;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=0.854;SB=-1.063e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,96:184:99:2214,0,1851 chrXVI 209962 . ATT A 599.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.748;DP=55;FS=10.731;HaplotypeScore=107.8452;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.398;QD=10.91;RPA=11,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.689;SB=-1.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,23:55:99:639,0,709 chrXVI 212033 . TTA T 1530.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.444;DP=112;FS=3.774;HaplotypeScore=424.2179;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.63;MQ0=0;MQRankSum=-2.493;QD=13.67;RPA=2,1;RU=TA;ReadPosRankSum=1.901;SB=-4.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,45:112:99:1570,0,2298 chrXVI 212045 . A AC 1670.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.098;DP=124;FS=0.692;HaplotypeScore=362.1301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.99;MQ0=0;MQRankSum=-2.178;QD=13.48;ReadPosRankSum=0.689;SB=-6.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,53:124:99:1710,0,2238 chrXVI 212901 . TAAAAA T,TAAAA 2060.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.901;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=86.3855;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.98;MQ0=1;MQRankSum=-0.375;QD=18.74;RPA=18,13,17;RU=A;ReadPosRankSum=2.821;SB=-1.057e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:50,37,0:109:99:2139,208,1831,1661,0,1592 chrXVI 215231 . A ATAT 3095.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.091;DP=141;FS=1.446;HaplotypeScore=407.8177;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.529;QD=21.96;ReadPosRankSum=0.654;SB=-1.214e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,57:141:99:3135,0,3332 chrXVI 215286 . C CA 1375.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.886;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=499.0622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.811;QD=11.96;RPA=3,4;RU=A;ReadPosRankSum=-0.482;SB=-5.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,55:115:99:1415,0,1340 chrXVI 215359 . AT A 1545.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.624;DP=117;FS=0.695;HaplotypeScore=325.7772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=1.060;QD=13.21;ReadPosRankSum=0.652;SB=-7.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,56:117:99:1585,0,1679 chrXVI 215689 . GAA G 1404.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.846;DP=159;FS=1.453;HaplotypeScore=111.2888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=2.511;QD=8.84;RPA=14,12;RU=A;ReadPosRankSum=3.530;SB=-6.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:101,51:158:99:1444,0,1819 chrXVI 227409 . GT G 2114.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.296;DP=163;FS=2.120;HaplotypeScore=124.9928;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=2.648;QD=12.98;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=-2.408;SB=-7.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,72:163:99:2154,0,2665 chrXVI 227682 . TA T 1572.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.440;DP=126;FS=5.682;HaplotypeScore=333.5915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=1.838;QD=12.48;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.480;SB=-7.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,64:126:99:1612,0,1428 chrXVI 239118 . GTATATATA G,GTATATA 4589 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=215.6349;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.28;MQ0=0;QD=33.99;RPA=10,6,9;RU=TA;SB=-1.523e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:48,46,0:135:99:4589,1167,2452,3071,0,2896 chrXVI 241565 . G GTGT 3941 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=44.2203;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.82;MQ0=0;QD=53.26;SB=-1.825e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:74:99:3941,220,0 chrXVI 241780 . A AT 1215.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.950;DP=117;FS=0.706;HaplotypeScore=189.1994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.770;QD=10.39;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=-0.160;SB=-5.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,60:117:99:1255,0,1068 chrXVI 241882 . TA T 3392 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=339.4987;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.94;MQ0=0;QD=30.29;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.572e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,109:112:99:3392,337,0 chrXVI 241891 . CT C 1145.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.311;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=535.9129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.117;QD=9.96;RPA=7,6;RU=T;ReadPosRankSum=0.923;SB=-5.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,57:115:99:1185,0,967 chrXVI 244248 . TTA T 1179.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.401;DP=103;FS=6.645;HaplotypeScore=170.9657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQ0=0;MQRankSum=1.123;QD=11.46;RPA=11,10;RU=TA;ReadPosRankSum=-0.602;SB=-4.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,43:102:99:1219,0,811 chrXVI 246835 . GA G 623.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.161;DP=137;FS=0.750;HaplotypeScore=92.4651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=1;MQRankSum=0.857;QD=4.55;RPA=15,14;RU=A;ReadPosRankSum=0.260;SB=-2.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,36:136:99:663,0,946 chrXVI 246962 . TA T 3456 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=194.5115;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.92;MQ0=0;QD=23.51;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.351e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,139:147:99:3456,416,0 chrXVI 250580 . C CT 1144.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.320;DP=98;FS=10.314;HaplotypeScore=30.4556;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQ0=0;MQRankSum=0.943;QD=11.68;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=-0.408;SB=-5.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,41:98:99:1184,0,1568 chrXVI 252331 . A ATCT 1362.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.006;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=789.9220;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.322;QD=12.62;ReadPosRankSum=-1.710;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,30:108:99:1402,0,3079 chrXVI 254324 . T TA 1996.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.293;DP=129;FS=9.736;HaplotypeScore=223.3157;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=1.446;QD=15.48;ReadPosRankSum=-2.588;SB=-9.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,64:128:99:2036,0,1621 chrXVI 254760 . TG T 1428.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.143;DP=138;FS=1.853;HaplotypeScore=1030.5184;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.11;MQ0=0;MQRankSum=-3.157;QD=10.35;RPA=5,4;RU=G;ReadPosRankSum=1.143;SB=-3.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,60:138:99:1468,0,1861 chrXVI 259609 . G GTTT 1924.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.116;DP=132;FS=1.561;HaplotypeScore=135.4611;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=2.145;QD=14.58;RPA=12,15;RU=T;ReadPosRankSum=-1.110;SB=-5.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,53:132:99:1964,0,2241 chrXVI 260943 . T TTTTTGTTTGAA 4094 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.977;DP=93;FS=4.328;HaplotypeScore=77.4897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.33;MQ0=0;MQRankSum=-7.054;QD=44.02;RPA=1,2;RU=TTTTGTTTGAA;ReadPosRankSum=-0.532;SB=-1.725e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,27:93:99:4094,0,4558 chrXVI 260986 . CT C 989.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.861;DP=125;FS=2.619;HaplotypeScore=364.3412;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.75;MQ0=0;MQRankSum=3.680;QD=7.92;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-2.321;SB=-4.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,60:125:99:1029,0,832 chrXVI 267971 . GT G 1530.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.590;DP=123;FS=8.029;HaplotypeScore=85.0231;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=0.528;QD=12.45;RPA=6,5;RU=T;ReadPosRankSum=-0.877;SB=-3.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,72:123:99:1570,0,1015 chrXVI 276079 . CAT C 1075.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.333;DP=129;FS=5.232;HaplotypeScore=122.0318;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQ0=0;MQRankSum=2.794;QD=8.34;RPA=7,6;RU=AT;ReadPosRankSum=-1.196;SB=-4.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,43:128:99:1115,0,1435 chrXVI 276662 . T TTTC 2149.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.918;DP=117;FS=0.770;HaplotypeScore=47.4858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.01;MQ0=1;MQRankSum=-1.072;QD=18.38;RPA=9,10;RU=TTC;ReadPosRankSum=-0.506;SB=-8.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,59:116:99:2189,0,1492 chrXVI 278068 . TA T 1537.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.442;DP=129;FS=1.455;HaplotypeScore=39.2359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.799;QD=11.92;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=-1.433;SB=-6.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,70:129:99:1577,0,1143 chrXVI 281419 . TG T 4949 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=42.8722;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=35.60;RPA=2,1;RU=G;SB=-2.029e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,134:139:99:4949,403,0 chrXVI 282651 . CT C 795.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.623;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=71.9128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=1.296;QD=6.80;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.494;SB=-3.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,49:117:99:835,0,901 chrXVI 283342 . TTTG T 5963 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=36.1577;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.22;MQ0=0;QD=47.33;RPA=2,1;RU=TTG;SB=-1.205e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,124:126:99:5963,373,0 chrXVI 292535 . A AG 4822 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=42.0131;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.04;MQ0=0;QD=34.44;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.164e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,138:140:99:4822,418,0 chrXVI 296837 . CT C 754.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.298;DP=96;FS=1.845;HaplotypeScore=121.8205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.501;QD=7.86;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=1.427;SB=-2.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,38:96:99:794,0,470 chrXVI 301276 . TA T 2623.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=35.7982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;QD=24.52;RPA=8,7;RU=A;SB=-9.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:2666,321,0 chrXVI 312942 . GTA G 643.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.537;DP=102;FS=2.482;HaplotypeScore=110.3347;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=1;MQRankSum=0.107;QD=6.31;RPA=13,12;RU=TA;ReadPosRankSum=0.655;SB=-2.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,25:101:99:683,0,603 chrXVI 338812 . GA G 3201.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=390.2132;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;QD=24.07;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.345e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,130:133:99:3244,390,0 chrXVI 344854 . TA T 1344.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.614;DP=116;FS=0.692;HaplotypeScore=171.2578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.74;MQ0=0;MQRankSum=0.882;QD=11.59;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.523;SB=-6.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,55:116:99:1384,0,1505 chrXVI 345518 . C CA 1061.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.523;DP=134;FS=2.303;HaplotypeScore=58.4955;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.55;MQ0=0;MQRankSum=0.042;QD=7.93;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.311;SB=-4.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,58:134:99:1101,0,1261 chrXVI 347675 . AG A 1343.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.832;DP=136;FS=10.429;HaplotypeScore=579.8809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.70;MQ0=1;MQRankSum=-0.724;QD=9.88;RPA=9,8;RU=G;ReadPosRankSum=1.966;SB=-6.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,59:135:99:1383,0,171 chrXVI 347684 . G GGT 2896.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.086;DP=136;FS=2.047;HaplotypeScore=568.6711;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.17;MQ0=1;MQRankSum=0.508;QD=21.30;ReadPosRankSum=0.368;SB=-1.199e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:93,41:135:99:2939,227,0 chrXVI 348398 . G GA 973.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.214;DP=106;FS=6.896;HaplotypeScore=180.4706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQ0=0;MQRankSum=0.049;QD=9.19;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.199;SB=-4.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,53:106:99:1013,0,711 chrXVI 349033 . A AT 1463.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.183;DP=137;FS=4.172;HaplotypeScore=178.2748;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.619;QD=10.69;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=0.935;SB=-7.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,60:137:99:1503,0,1939 chrXVI 352496 . G GA 1250.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.734;DP=143;FS=3.151;HaplotypeScore=394.4205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-2.126;QD=8.75;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.810;SB=-5.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,52:143:99:1290,0,918 chrXVI 359454 . G GTT 1241.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.883;DP=121;FS=4.824;HaplotypeScore=599.7893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.88;MQ0=0;MQRankSum=-4.196;QD=10.26;RPA=2,4;RU=T;ReadPosRankSum=2.742;SB=-4.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,35:121:99:1281,0,2436 chrXVI 359549 . GA G 652.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.976;DP=87;FS=1.779;HaplotypeScore=527.5359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.746;QD=7.51;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.649;SB=-2.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,39:87:99:692,0,843 chrXVI 359654 . ATT A 1523.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.404;DP=103;FS=1.655;HaplotypeScore=421.7594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.13;MQ0=1;MQRankSum=-2.300;QD=14.80;RPA=10,8;RU=T;ReadPosRankSum=-1.850;SB=-6.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,51:102:99:1563,0,1278 chrXVI 359898 . C CA 1664.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.752;DP=161;FS=4.683;HaplotypeScore=497.3727;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-2.254;QD=10.34;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=-3.172;SB=-8.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,81:161:99:1704,0,1513 chrXVI 370710 . A AT 1982.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.603;DP=128;FS=4.294;HaplotypeScore=276.0999;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=1.709;QD=15.49;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=0.558;SB=-9.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,62:128:99:2022,0,1641 chrXVI 370796 . C CT 1170.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.773;DP=159;FS=2.935;HaplotypeScore=177.3513;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.313;QD=7.36;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.898;SB=-5.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,67:159:99:1210,0,1285 chrXVI 377078 . C CT 1305.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.226;DP=153;FS=5.056;HaplotypeScore=373.9607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.27;MQ0=0;MQRankSum=2.807;QD=8.54;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.234;SB=-6.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,72:148:99:1345,0,1157 chrXVI 378268 . A AG 2291.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.013;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=662.1019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=0.757;QD=14.98;ReadPosRankSum=-0.286;SB=-6.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,75:153:99:2331,0,2184 chrXVI 378890 . G GCAATTTTACAC 13459 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=363.1689;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.32;MQ0=0;MQRankSum=0.556;QD=125.79;ReadPosRankSum=-0.098;SB=-6.225e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,85:107:99:13459,308,0 chrXVI 379429 . G GTTGTTGTTGTTA 5263 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.792;DP=140;FS=8.575;HaplotypeScore=152.4990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=-2.195;QD=37.59;ReadPosRankSum=0.249;SB=-1.972e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,55:140:99:5263,0,5207 chrXVI 381324 . CTATCAGGAG C 4915 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.555;DP=124;FS=1.681;HaplotypeScore=49.6345;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.78;MQ0=0;MQRankSum=-5.954;QD=39.64;ReadPosRankSum=-0.044;SB=-1.164e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,52:124:99:4915,0,6134 chrXVI 381848 . G GTATA,GTA 1158.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.220;DP=78;FS=5.596;HaplotypeScore=94.7784;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.171;QD=14.86;RPA=13,15,14;RU=TA;ReadPosRankSum=-1.198;SB=-5.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:47,16,12:78:99:1237,272,347,531,0,523 chrXVI 383323 . GA GAAAA,G 3522 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.426;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=286.1952;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.142;QD=26.48;RPA=11,14,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.277;SB=-1.450e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:26,3,66:133:99:3522,1477,3047,2376,0,2659 chrXVI 386559 . AT A 1907.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.991;DP=112;FS=2.083;HaplotypeScore=72.5658;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.510;QD=17.04;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=2.103;SB=-9.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,90:112:99:1950,190,0 chrXVI 393885 . GCCGGTT G 2202.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.730;DP=63;FS=0.937;HaplotypeScore=179.6091;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.324;QD=34.97;ReadPosRankSum=-0.451;SB=-1.108e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:2242,0,2167 chrXVI 396604 . CT C 2106.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=24.1422;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.17;MQ0=0;QD=21.50;RPA=10,9;RU=T;SB=-8.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,91:98:99:2149,272,0 chrXVI 398024 . GTTC G 2956.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=44.9714;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.80;MQ0=0;QD=31.80;RPA=9,8;RU=TTC;SB=-1.353e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,67:93:99:2999,205,0 chrXVI 398265 . T TA 742.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.102;DP=104;FS=15.077;HaplotypeScore=252.0769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQ0=0;MQRankSum=3.500;QD=7.14;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.766;SB=-1.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,49:104:99:782,0,701 chrXVI 404723 . TA T 2451.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=773.6378;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.79;MQ0=0;QD=24.52;RPA=7,6;RU=A;SB=-2.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,92:100:99:2494,291,0 chrXVI 404733 . AT A 2275.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=835.8012;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.20;MQ0=0;QD=22.76;RPA=8,7;RU=T;SB=-2.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,90:100:99:2318,282,0 chrXVI 404759 . GTTTTT G 3662 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=801.1541;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.17;MQ0=0;QD=34.88;RPA=19,14;RU=T;SB=-1.306e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,50:105:99:3662,197,0 chrXVI 405194 . TAGA T 6358 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=378.0358;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.65;MQ0=0;QD=48.17;RPA=2,1;RU=AGA;SB=-2.195e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,123:132:99:6358,370,0 chrXVI 406826 . G GA 2320.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.459;DP=133;FS=4.522;HaplotypeScore=257.5383;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQ0=0;MQRankSum=1.269;QD=17.45;ReadPosRankSum=-1.501;SB=-9.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,72:133:99:2360,0,1821 chrXVI 406959 . G GTT 1894.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.022;DP=131;FS=0.656;HaplotypeScore=532.4018;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.428;QD=14.47;RPA=7,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.471;SB=-8.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,56:131:99:1934,0,1766 chrXVI 409092 . TA T 2266.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.190;DP=150;FS=0.653;HaplotypeScore=150.4235;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=1.938;QD=15.11;ReadPosRankSum=0.051;SB=-5.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,74:150:99:2306,0,2478 chrXVI 411655 . GC G 1831.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.737;DP=130;FS=0.790;HaplotypeScore=98.4323;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=1.682;QD=14.09;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=-0.131;SB=-4.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,63:130:99:1871,0,1773 chrXVI 412746 . C CA 843.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.475;DP=130;FS=2.366;HaplotypeScore=34.9748;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=1.656;QD=6.49;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.389;SB=-3.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,49:130:99:883,0,1386 chrXVI 418071 . A AT 1083.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.327;DP=122;FS=1.468;HaplotypeScore=141.2926;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQ0=0;MQRankSum=0.686;QD=8.88;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=0.246;SB=-5.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,52:122:99:1123,0,1553 chrXVI 425242 . A AG 1271.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.800;DP=142;FS=0.670;HaplotypeScore=215.8199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=0.359;QD=8.96;ReadPosRankSum=2.997;SB=-5.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,49:142:99:1311,0,1641 chrXVI 426048 . GA G 3581 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=52.1293;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.85;MQ0=0;QD=22.66;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.080e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,151:158:99:3581,444,0 chrXVI 427833 . CA C 899.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.820;DP=111;FS=11.892;HaplotypeScore=90.0796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQ0=0;MQRankSum=2.630;QD=8.11;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.320;SB=-4.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,54:111:99:939,0,712 chrXVI 429750 . G GA 1055.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.470;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=278.8922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.350;QD=8.00;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.592;SB=-3.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,62:132:99:1095,0,846 chrXVI 431787 . T TA 1551.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.352;DP=131;FS=1.421;HaplotypeScore=37.7038;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.384;QD=11.85;RPA=3,4;RU=A;ReadPosRankSum=-0.398;SB=-6.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,65:131:99:1591,0,1584 chrXVI 431997 . A AG 1427.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.781;DP=111;FS=3.642;HaplotypeScore=117.5773;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=1.728;QD=12.86;RPA=4,5;RU=G;ReadPosRankSum=0.262;SB=-6.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,58:111:99:1467,0,1121 chrXVI 432333 . G GAT 3140.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.729;DP=137;FS=2.327;HaplotypeScore=116.6423;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=1.578;QD=22.93;ReadPosRankSum=-0.947;SB=-9.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,73:137:99:3180,0,2664 chrXVI 436384 . A AT 3973 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=557.3130;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.11;MQ0=0;QD=37.48;SB=-1.790e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,102:106:99:3973,313,0 chrXVI 443793 . CCT C 2133.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.809;DP=106;FS=4.010;HaplotypeScore=210.9306;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.94;MQ0=0;MQRankSum=-1.249;QD=20.13;RPA=2,1;RU=CT;ReadPosRankSum=0.286;SB=-5.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,56:106:99:2173,0,1841 chrXVI 444154 . ATACTAAT A 3578 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.115;DP=111;FS=2.570;HaplotypeScore=235.2763;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=1.336;QD=32.23;ReadPosRankSum=0.026;SB=-1.416e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,45:111:99:3578,0,5375 chrXVI 444542 . C CT 2558.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=86.0662;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.10;MQ0=0;QD=23.69;RPA=5,6;RU=T;SB=-9.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,94:108:99:2601,282,0 chrXVI 445448 . A AT 595.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.006;DP=88;FS=0.821;HaplotypeScore=157.5705;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.741;QD=6.77;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.797;SB=-2.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,35:88:99:635,0,895 chrXVI 450415 . AC A 2875.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.098;DP=93;FS=6.566;HaplotypeScore=231.3222;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.663;QD=30.92;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=1.800;SB=-1.184e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,89:93:99:2918,223,0 chrXVI 451141 . T TG 4544 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=314.0066;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.07;MQ0=0;QD=38.84;SB=-2.069e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:117:99:4544,352,0 chrXVI 451496 . TTA T 4113 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.615;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=60.2024;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.56;MQ0=0;MQRankSum=0.499;QD=30.69;RPA=8,7;RU=TA;ReadPosRankSum=1.644;SB=-1.669e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,117:134:99:4113,349,0 chrXVI 451649 . G GA 1000.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.127;DP=144;FS=1.535;HaplotypeScore=69.5405;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=0.378;QD=6.95;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-1.528;SB=-4.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,47:144:99:1040,0,794 chrXVI 453463 . GA GAA,G 1015.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=177.2702;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.82;MQ0=0;QD=18.47;RPA=9,10,8;RU=A;SB=-4.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:6,0,27:55:99:1094,660,796,565,0,685 chrXVI 453577 . GCGCGA G 2122.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.370;DP=82;FS=2.002;HaplotypeScore=143.9214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.02;MQ0=0;MQRankSum=-1.539;QD=25.89;RPA=4,3;RU=CGCGA;ReadPosRankSum=3.594;SB=-8.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,35:82:99:2162,0,2110 chrXVI 453758 . TA T 1614.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.069;DP=108;FS=3.373;HaplotypeScore=44.1592;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQ0=0;MQRankSum=1.020;QD=14.95;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=-0.203;SB=-3.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,55:108:99:1654,0,1596 chrXVI 455090 . GA G 2031.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=540.9949;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.42;MQ0=0;QD=25.09;RPA=8,7;RU=A;SB=-7.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,80:81:99:2074,240,0 chrXVI 455132 . CT C 541.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.222;DP=69;FS=6.022;HaplotypeScore=291.7352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.322;QD=7.85;RPA=8,7;RU=T;ReadPosRankSum=-1.263;SB=-1.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,29:69:99:581,0,667 chrXVI 455694 . CTACTAT C 6194 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=611.9466;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=47.28;RPA=3,2;RU=TACTAT;SB=-2.794e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,95:131:99:6194,289,0 chrXVI 456671 . GC G 1714.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.112;DP=130;FS=12.704;HaplotypeScore=123.8683;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=1;MQRankSum=0.423;QD=13.19;RPA=4,3;RU=C;ReadPosRankSum=-2.342;SB=-7.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,54:129:99:1754,0,1283 chrXVI 456724 . A ATT 2408.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.700;DP=128;FS=17.040;HaplotypeScore=109.5112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=1;MQRankSum=-0.003;QD=18.82;RPA=1,3;RU=T;ReadPosRankSum=0.553;SB=-8.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,60:127:99:2448,0,1875 chrXVI 458616 . A AT 1512.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.133;DP=174;FS=0.626;HaplotypeScore=606.6141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.981;QD=8.70;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.912;SB=-6.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,79:174:99:1552,0,1112 chrXVI 458706 . TG T 1514.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.091;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=100.9318;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.650;QD=15.15;ReadPosRankSum=0.608;SB=-7.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,47:100:99:1554,0,1591 chrXVI 460665 . T TTA 728.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.160;DP=89;FS=3.557;HaplotypeScore=252.5284;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.007;QD=8.19;RPA=8,9;RU=TA;ReadPosRankSum=-1.201;SB=-2.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,27:89:99:768,0,1066 chrXVI 462244 . GAAAA G 1281.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.307;DP=87;FS=14.474;HaplotypeScore=150.1650;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=1;MQRankSum=1.613;QD=14.74;RPA=22,18;RU=A;ReadPosRankSum=0.102;SB=-5.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:54,24:86:37:1324,37,0 chrXVI 462405 . AGT A 5290 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;FS=0.000;HaplotypeScore=194.5714;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.37;MQ0=3;QD=31.49;RPA=5,4;RU=GT;SB=-2.156e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,141:165:99:5290,421,0 chrXVI 472725 . A AG 5098 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.432;DP=141;FS=9.669;HaplotypeScore=502.9692;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.575;QD=36.16;ReadPosRankSum=2.414;SB=-1.657e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,133:141:99:5098,405,0 chrXVI 472726 . A AG 1233.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.658;DP=136;FS=2.400;HaplotypeScore=826.7490;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.300;QD=9.07;RPA=6,7;RU=G;ReadPosRankSum=1.249;SB=-4.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,59:136:99:1273,0,343 chrXVI 472924 . G GA 3718 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=297.5427;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.23;MQ0=0;QD=26.56;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.681e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,134:140:99:3718,405,0 chrXVI 477146 . AG A 1655.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.668;DP=157;FS=1.312;HaplotypeScore=311.6163;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=1.558;QD=10.55;RPA=6,5;RU=G;ReadPosRankSum=2.349;SB=-7.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,71:157:99:1695,0,1763 chrXVI 480253 . CA C 2154.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=410.2211;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.01;MQ0=0;QD=22.68;RPA=8,7;RU=A;SB=-6.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,84:95:99:2197,258,0 chrXVI 481304 . ATT A 4049 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.821;DP=135;FS=4.910;HaplotypeScore=63.5669;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.664;QD=29.99;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.820;SB=-1.286e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,124:135:99:4049,369,0 chrXVI 482069 . CT C 3592 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.319;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=298.5691;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.952;QD=22.17;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.677;SB=-1.078e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,147:162:99:3592,443,0 chrXVI 482775 . C CTT 3549 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.589;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=555.1128;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=1;MQRankSum=-1.331;QD=26.10;RPA=11,13;RU=T;ReadPosRankSum=1.045;SB=-1.406e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,104:135:99:3549,317,0 chrXVI 485926 . T TGACACACACACACA,TGACACACACACA 6998 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=651.5586;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=61.95;MQ0=0;QD=50.71;SB=-2.349e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:1,4,105:138:99:6998,684,276,634,0,226 chrXVI 487213 . TA T 2886.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=368.7470;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.69;MQ0=0;QD=21.87;RPA=8,7;RU=A;SB=-8.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,120:132:99:2929,359,0 chrXVI 488388 . ATTTC A 2310.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.435;DP=106;FS=3.882;HaplotypeScore=134.6169;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.197;QD=21.80;RPA=3,2;RU=TTTC;ReadPosRankSum=2.193;SB=-1.063e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,47:106:99:2350,0,2268 chrXVI 488579 . TA T 1617.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.384;DP=123;FS=3.579;HaplotypeScore=349.5684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.325;QD=13.15;ReadPosRankSum=1.840;SB=-6.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,47:123:99:1657,0,2500 chrXVI 488778 . CA C 1963.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=92.9037;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.16;MQ0=0;QD=23.38;RPA=9,8;RU=A;SB=-9.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,81:84:99:2006,248,0 chrXVI 488828 . G GA 866.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.258;DP=91;FS=7.294;HaplotypeScore=155.1817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.909;QD=9.53;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=0.369;SB=-2.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,38:91:99:906,0,934 chrXVI 491804 . CT C 523.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.450;DP=93;FS=12.791;HaplotypeScore=124.5341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.16;MQ0=0;MQRankSum=0.599;QD=5.63;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.471;SB=-1.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,25:93:99:563,0,443 chrXVI 491839 . G GA 748.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.520;DP=96;FS=1.797;HaplotypeScore=173.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=0.654;QD=7.80;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.759;SB=-2.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,40:96:99:788,0,855 chrXVI 491941 . T TAA 1955.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.859;DP=128;FS=9.032;HaplotypeScore=167.7645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.504;QD=15.28;RPA=3,5;RU=A;ReadPosRankSum=2.127;SB=-5.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,60:128:99:1995,0,2296 chrXVI 500406 . AC A 1734.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.426;DP=137;FS=1.473;HaplotypeScore=467.2083;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQ0=0;MQRankSum=0.733;QD=12.66;ReadPosRankSum=0.200;SB=-5.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,68:137:99:1774,0,2024 chrXVI 500581 . G GAAA 6271 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=79.9599;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.30;MQ0=0;QD=42.09;RPA=8,11;RU=A;SB=-2.661e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,137:149:99:6271,436,0 chrXVI 501019 . CTTGCTGTTGTTGTTG C 4267 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.717;DP=122;FS=1.757;HaplotypeScore=299.9531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.00;MQ0=0;MQRankSum=-3.374;QD=34.98;RPA=2,1;RU=TTGCTGTTGTTGTTG;ReadPosRankSum=-0.029;SB=-2.013e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,38:122:99:4267,0,7118 chrXVI 502842 . CA C 2734.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.677;DP=179;FS=0.565;HaplotypeScore=61.5528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.135;QD=15.28;ReadPosRankSum=0.170;SB=-1.231e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,82:179:99:2774,0,2876 chrXVI 510161 . CT C 2520.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=75.5241;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=0;QD=22.11;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.008e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,99:114:99:2563,297,0 chrXVI 510617 . C CT 1328.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.120;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=682.5354;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.62;MQ0=0;MQRankSum=1.022;QD=10.89;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=-0.848;SB=-6.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,60:122:99:1368,0,1250 chrXVI 511831 . TA T 3372 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=279.9663;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.09;MQ0=0;QD=37.47;SB=-5.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:90:99:3372,268,0 chrXVI 520684 . T TA 826.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;DP=86;FS=3.063;HaplotypeScore=90.4811;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=1.567;QD=9.62;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.240;SB=-3.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,31:86:99:866,0,1539 chrXVI 521031 . GAATAATAAT G 2296.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.336;DP=52;FS=1.545;HaplotypeScore=620.8436;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.94;MQ0=0;MQRankSum=1.015;QD=44.17;RPA=8,5;RU=AAT;ReadPosRankSum=-1.182;SB=-5.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,11:52:99:2336,0,1004 chrXVI 521085 . CAATAATACTAATAAT C 8065 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=327.4214;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.16;MQ0=0;QD=87.66;RPA=2,1;RU=AATAATACTAATAAT;SB=-3.340e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,73:92:99:8065,209,0 chrXVI 522054 . ACAG ACAGCAG,A 3825 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=530.0145;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=52.56;MQ0=0;QD=28.54;RPA=6,7,5;RU=CAG;SB=-1.301e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:74,0,37:134:99:3825,2372,3723,1741,0,3017 chrXVI 527478 . T TC 1779.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.125;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=34.6786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQ0=0;MQRankSum=2.293;QD=13.48;RPA=5,6;RU=C;ReadPosRankSum=-1.519;SB=-8.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,75:132:99:1819,0,1208 chrXVI 528757 . T TATTACA 4835 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.052;DP=147;FS=5.685;HaplotypeScore=52.4846;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.50;MQ0=0;MQRankSum=2.816;QD=32.89;RPA=1,2;RU=ATTACA;ReadPosRankSum=0.829;SB=-1.629e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,67:147:99:4835,0,5295 chrXVI 528974 . TC T 3640 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.732;DP=197;FS=0.000;HaplotypeScore=396.4145;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=0.167;QD=18.48;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=2.166;SB=-1.800e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:138,55:197:99:3640,417,0 chrXVI 534827 . G GAAA,GA 4341 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.197;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=260.2472;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.267;QD=28.01;RPA=10,13,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.035;SB=-1.908e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:27,54,64:155:99:4341,1553,1719,2237,0,1843 chrXVI 551931 . A AAT 2292.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.406;DP=121;FS=10.449;HaplotypeScore=91.4453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.132;QD=18.95;RPA=1,2;RU=AT;ReadPosRankSum=-1.618;SB=-1.105e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,64:121:99:2332,0,1826 chrXVI 564015 . AT A 1152.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.131;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=27.5596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=1.359;QD=12.40;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=-1.039;SB=-4.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,42:93:99:1192,0,1202 chrXVI 565687 . G GC 1564.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.022;DP=106;FS=9.119;HaplotypeScore=350.9669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.77;MQ0=0;MQRankSum=1.227;QD=14.76;ReadPosRankSum=0.164;SB=-5.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,51:106:99:1604,0,1773 chrXVI 575156 . C CAT 784.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.810;DP=117;FS=3.928;HaplotypeScore=63.1934;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQ0=0;MQRankSum=0.554;QD=6.71;RPA=8,9;RU=AT;ReadPosRankSum=3.189;SB=-1.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,29:117:99:824,0,965 chrXVI 576354 . AT A 1074.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.061;DP=127;FS=0.705;HaplotypeScore=281.5477;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.333;QD=8.46;RPA=8,7;RU=T;ReadPosRankSum=-0.891;SB=-3.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,59:127:99:1114,0,1292 chrXVI 586599 . GA G 994.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.850;DP=155;FS=0.798;HaplotypeScore=168.5565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.336;QD=6.42;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.314;SB=-2.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,63:155:99:1034,0,919 chrXVI 586993 . C CT 769.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.368;DP=102;FS=0.787;HaplotypeScore=39.1893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.87;MQ0=0;MQRankSum=0.451;QD=7.55;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.333;SB=-3.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,42:102:99:809,0,964 chrXVI 587395 . C CT 1167.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.735;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=251.7928;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.893;QD=8.34;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=-0.508;SB=-2.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,61:140:99:1207,0,1527 chrXVI 587466 . GA G 1372.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.737;DP=105;FS=2.569;HaplotypeScore=207.9505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.131;QD=13.08;ReadPosRankSum=-0.033;SB=-5.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,47:105:99:1412,0,1959 chrXVI 589192 . AG A 1599.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.244;DP=117;FS=0.699;HaplotypeScore=261.5168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.646;QD=13.67;RPA=3,2;RU=G;ReadPosRankSum=-0.987;SB=-6.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,58:117:99:1639,0,1479 chrXVI 589310 . G GTC 714.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.015;DP=83;FS=0.957;HaplotypeScore=632.4382;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.82;MQ0=0;MQRankSum=-6.802;QD=8.61;ReadPosRankSum=2.600;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,23:83:99:754,0,2579 chrXVI 589866 . G GT 1516.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.914;DP=143;FS=19.332;HaplotypeScore=1100.4285;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.81;MQ0=0;MQRankSum=-9.611;QD=10.61;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=1.501;SB=-2.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,61:142:99:1556,0,2052 chrXVI 589884 . TAC T 2514.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.194;DP=145;FS=18.794;HaplotypeScore=806.2078;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.82;MQ0=0;MQRankSum=-10.117;QD=17.34;ReadPosRankSum=3.558;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,63:144:99:2554,0,3499 chrXVI 589896 . CT C 627.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.647;DP=143;FS=7.959;HaplotypeScore=879.4195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.62;MQ0=0;MQRankSum=-6.888;QD=4.39;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=2.625;SB=-2.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,43:141:99:667,0,904 chrXVI 589924 . A AT 1452.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.630;DP=121;FS=32.212;HaplotypeScore=623.5594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.90;MQ0=0;MQRankSum=-6.407;QD=12.01;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=-0.943;SB=-3.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,43:119:99:1492,0,1912 chrXVI 591382 . G GCT 1729.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.654;DP=95;FS=14.113;HaplotypeScore=112.0060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQ0=0;MQRankSum=0.662;QD=18.21;RPA=1,2;RU=CT;ReadPosRankSum=0.614;SB=-3.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,47:95:99:1769,0,1576 chrXVI 591720 . CATAT C,CAT 2454.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=437.9429;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.90;MQ0=0;QD=19.48;RPA=11,9,10;RU=AT;SB=-1.245e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:71,30,0:126:99:2533,612,520,1291,0,1118 chrXVI 592129 . G GA 543.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.126;DP=111;FS=0.810;HaplotypeScore=476.2446;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.144;QD=4.90;RPA=14,15;RU=A;ReadPosRankSum=-0.129;SB=-2.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,43:111:99:583,0,771 chrXVI 594151 . AAGG A 4396 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.133;DP=162;FS=2.790;HaplotypeScore=232.6731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQ0=0;MQRankSum=1.193;QD=27.14;ReadPosRankSum=-0.512;SB=-2.063e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,86:162:99:4396,0,3692 chrXVI 600560 . GAAA G 4794 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.703;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=320.4873;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.010;QD=37.75;RPA=13,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.703;SB=-2.093e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,114:127:99:4794,340,0 chrXVI 606364 . ATTGTTG A 2455.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.740;DP=105;FS=8.824;HaplotypeScore=603.6505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.733;QD=23.39;RPA=7,5;RU=TTG;ReadPosRankSum=-0.842;SB=-1.151e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,31:105:99:2495,0,1965 chrXVI 606386 . CTGT C 2430.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.072;DP=132;FS=13.905;HaplotypeScore=810.4126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.594;QD=18.42;ReadPosRankSum=-0.173;SB=-9.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,63:132:99:2470,0,1236 chrXVI 607467 . GAAAA G 5923 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=307.8404;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.40;MQ0=0;QD=44.53;RPA=14,10;RU=A;SB=-2.902e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,114:133:99:5923,360,0 chrXVI 607482 . CA C 1187.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.409;DP=139;FS=7.506;HaplotypeScore=797.4784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.142;QD=8.55;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=-0.468;SB=-3.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,55:139:99:1227,0,697 chrXVI 607677 . T TA 2098.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.252;DP=132;FS=0.657;HaplotypeScore=113.8310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.044;QD=15.90;ReadPosRankSum=2.070;SB=-8.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,64:132:99:2138,0,2317 chrXVI 607820 . CTTTT C,CTTT 3060.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.205;DP=126;FS=3.256;HaplotypeScore=285.6131;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.07;MQ0=2;MQRankSum=0.113;QD=24.29;RPA=15,11,14;RU=T;ReadPosRankSum=0.452;SB=-1.367e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:37,46,0:124:99:3139,804,1839,2055,0,1825 chrXVI 607997 . CTTT CT,C 4065 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.030;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=352.4654;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=27.10;RPA=14,12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.110;SB=-1.640e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:32,0,52:150:99:4065,1326,970,1395,0,1162 chrXVI 608694 . G GC 1636.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.551;DP=127;FS=3.299;HaplotypeScore=58.4282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.002;QD=12.89;ReadPosRankSum=-0.096;SB=-7.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,56:127:99:1676,0,2341 chrXVI 614712 . T TG 1926.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.921;DP=132;FS=2.300;HaplotypeScore=332.1326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQ0=0;MQRankSum=1.225;QD=14.60;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=-0.685;SB=-8.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,67:132:99:1966,0,1907 chrXVI 614823 . A AG 1899.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.205;DP=136;FS=0.638;HaplotypeScore=129.2917;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=2.115;QD=13.97;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=0.662;SB=-9.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,68:136:99:1939,0,1964 chrXVI 615022 . CA C 1207.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.273;DP=113;FS=2.505;HaplotypeScore=26.0674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.416;QD=10.69;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=0.631;SB=-5.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,51:113:99:1247,0,1282 chrXVI 619088 . G GAT 1658.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.408;DP=107;FS=0.771;HaplotypeScore=322.4070;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.460;QD=15.50;RPA=4,5;RU=AT;ReadPosRankSum=-0.188;SB=-6.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,51:107:99:1698,0,1373 chrXVI 619145 . T TC 1691.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.637;DP=154;FS=0.613;HaplotypeScore=816.6007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=1.657;QD=10.99;ReadPosRankSum=-1.631;SB=-7.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,73:154:99:1731,0,1886 chrXVI 619148 . T TTC 2164.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.639;DP=152;FS=0.617;HaplotypeScore=764.9801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.40;MQ0=0;MQRankSum=1.282;QD=14.24;ReadPosRankSum=-1.165;SB=-8.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,72:152:99:2204,0,2356 chrXVI 619406 . TA T 1824.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.577;DP=153;FS=1.391;HaplotypeScore=546.9467;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=0.006;QD=11.93;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=1.360;SB=-6.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,68:153:99:1864,0,2384 chrXVI 619424 . AT A 1197.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.523;DP=163;FS=3.239;HaplotypeScore=695.9189;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=1.001;QD=7.35;RPA=6,5;RU=T;ReadPosRankSum=0.422;SB=-5.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,60:163:99:1237,0,1333 chrXVI 619604 . AT A 1814.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.319;DP=152;FS=3.249;HaplotypeScore=700.0698;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=1.069;QD=11.94;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=-2.124;SB=-5.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,81:152:99:1854,0,1406 chrXVI 619782 . TG T 2396.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.804;DP=135;FS=0.638;HaplotypeScore=637.7655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.263;QD=17.76;ReadPosRankSum=-0.710;SB=-1.183e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,74:135:99:2436,0,1781 chrXVI 619939 . ATCGTCCCCAGTTTTTCC A 6931 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.066;DP=101;FS=1.696;HaplotypeScore=358.5730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.07;MQ0=0;MQRankSum=-6.896;QD=68.62;ReadPosRankSum=2.193;SB=-3.246e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,43:101:99:6931,0,8246 chrXVI 620255 . CAAA CAAAA,C 2443.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.357;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=369.9657;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.133;QD=19.40;RPA=15,16,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.235;SB=-4.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:56,0,45:126:99:2522,2010,2302,727,0,2383 chrXVI 621903 . C CA 312.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.376;DP=124;FS=18.379;HaplotypeScore=410.9526;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.52;MQ0=0;MQRankSum=2.634;QD=2.52;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-4.143;SB=-2.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,32:124:99:352,0,433 chrXVI 622396 . AT A 1422.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.753;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=712.0875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.81;MQ0=0;MQRankSum=-4.456;QD=10.02;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=-1.075;SB=-7.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,60:138:99:1462,0,1593 chrXVI 623198 . G GA 1134.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.010;DP=141;FS=1.568;HaplotypeScore=253.9661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.522;QD=8.05;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.894;SB=-3.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,63:141:99:1174,0,754 chrXVI 623394 . A AT 1761.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.196;DP=137;FS=8.237;HaplotypeScore=122.0731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=0.293;QD=12.86;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=-1.318;SB=-5.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,56:137:99:1801,0,1577 chrXVI 627152 . A AT 2319.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=32.2742;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.45;MQ0=0;QD=23.92;RPA=8,9;RU=T;SB=-1.097e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,93:97:99:2362,279,0 chrXVI 631285 . C CATAT 2476.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=542.4426;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.58;MQ0=0;QD=34.40;RPA=5,7;RU=AT;SB=-1.252e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,25:72:99:2519,140,0 chrXVI 631326 . T TACCTATGCTAGTTTCC 16352 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=203.3691;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.49;MQ0=0;QD=175.83;SB=-2.022e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,77:93:99:16352,277,0 chrXVI 637334 . C CAT 5153 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=38.7094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.71;MQ0=0;QD=36.81;RPA=1,2;RU=AT;SB=-2.311e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,118:140:99:5153,355,0 chrXVI 643709 . G GA 2137.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.422;DP=112;FS=4.956;HaplotypeScore=86.5275;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.508;QD=19.09;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-1.440;SB=-5.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,90:111:99:2180,213,0 chrXVI 646234 . CT C 1955.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.119;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=70.2746;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=1;MQRankSum=-0.134;QD=14.93;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.417;SB=-8.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,98:129:99:1998,197,0 chrXVI 648653 . C CAA 3752 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=212.8803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.14;MQ0=1;QD=29.78;RPA=11,13;RU=A;SB=-1.680e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,109:125:99:3752,357,0 chrXVI 653959 . A AT 878.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.398;DP=121;FS=1.526;HaplotypeScore=57.9011;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.80;MQ0=0;MQRankSum=0.945;QD=7.26;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-1.054;SB=-4.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,55:121:99:918,0,894 chrXVI 657438 . GA G 1141.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.992;DP=97;FS=5.424;HaplotypeScore=303.3597;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.903;QD=11.77;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.301;SB=-5.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,62:97:99:1181,0,536 chrXVI 657480 . C CAG 1881.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.767;DP=129;FS=1.581;HaplotypeScore=253.7361;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.837;QD=14.59;RPA=5,6;RU=AG;ReadPosRankSum=1.362;SB=-7.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,53:129:99:1921,0,1662 chrXVI 672218 . AT A 1165.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.520;DP=103;FS=2.734;HaplotypeScore=238.1726;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.596;QD=11.32;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=-1.889;SB=-3.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,37:103:99:1205,0,1566 chrXVI 672254 . G GAAAA 2083.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.031;DP=102;FS=0.777;HaplotypeScore=141.1895;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.711;QD=20.43;RPA=10,14;RU=A;ReadPosRankSum=0.263;SB=-9.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,40:102:99:2123,0,2153 chrXVI 675808 . GA G 615.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.412;DP=87;FS=0.956;HaplotypeScore=188.0404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=0.412;QD=7.08;RPA=15,14;RU=A;ReadPosRankSum=0.037;SB=-2.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,36:87:99:655,0,516 chrXVI 677053 . C CTT 1880.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.005;DP=138;FS=0.793;HaplotypeScore=150.7358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQ0=0;MQRankSum=1.704;QD=13.63;RPA=11,13;RU=T;ReadPosRankSum=-1.815;SB=-8.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,67:138:99:1920,0,855 chrXVI 679448 . G GTTT,GTT 3719 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.836;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=92.4268;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=61.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.896;QD=29.75;RPA=12,15,14;RU=T;ReadPosRankSum=-0.597;SB=-9.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:10,36,72:124:99:3719,1046,797,998,0,693 chrXVI 689647 . T TATTATTTTTTGAA 4119 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.465;DP=101;FS=6.335;HaplotypeScore=46.3767;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.19;MQ0=0;MQRankSum=-6.333;QD=40.78;RPA=1,2;RU=ATTATTTTTTGAA;ReadPosRankSum=1.546;SB=-1.342e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,27:101:99:4119,0,5379 chrXVI 695616 . TAA T,TA 2369.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.912;DP=172;FS=2.345;HaplotypeScore=130.4176;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=0.309;QD=13.78;RPA=15,13,14;RU=A;ReadPosRankSum=1.131;SB=-4.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:65,67,0:171:99:2448,772,851,1136,0,930 chrXVI 698526 . G GA 661.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.297;DP=99;FS=5.843;HaplotypeScore=240.7399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQ0=1;MQRankSum=0.840;QD=6.69;RPA=17,18;RU=A;ReadPosRankSum=0.763;SB=-3.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,23:98:99:701,0,420 chrXVI 700256 . CA C 1521.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.533;DP=138;FS=4.161;HaplotypeScore=231.1714;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.612;QD=11.03;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=-0.417;SB=-6.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,64:138:99:1561,0,1594 chrXVI 711293 . C CT 1122.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.039;DP=180;FS=2.630;HaplotypeScore=345.6649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.52;MQ0=0;MQRankSum=2.422;QD=6.24;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-2.349;SB=-2.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:113,66:180:99:1162,0,1558 chrXVI 716055 . T TA 1730.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.159;DP=128;FS=7.053;HaplotypeScore=33.0586;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQ0=0;MQRankSum=0.625;QD=13.52;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=-0.807;SB=-8.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,76:128:99:1770,0,996 chrXVI 728633 . CTTTATTCGTT C 9393 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=28.7558;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.17;MQ0=0;QD=86.97;RPA=2,1;RU=TTTATTCGTT;SB=-2.467e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,86:108:99:9393,259,0 chrXVI 730271 . AT A 1085.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.000;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=249.3146;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=2;MQRankSum=-0.135;QD=9.53;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=0.043;SB=-5.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,43:112:99:1125,0,1783 chrXVI 744003 . GA G 2534.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=200.1468;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.25;MQ0=0;QD=29.82;RPA=4,3;RU=A;SB=-9.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,84:85:99:2577,253,0 chrXVI 746899 . AT A 3606 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=34.9452;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.57;MQ0=0;QD=25.39;RPA=6,5;RU=T;SB=-8.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,138:142:99:3606,414,0 chrXVI 753179 . GA G 2419.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=374.5227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;QD=25.47;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.146e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,91:95:99:2462,276,0 chrXVI 753245 . GCC G,GC 2679.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=250.9628;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.50;MQ0=0;QD=23.51;RPA=11,9,10;RU=C;SB=-1.097e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:30,45,0:114:99:2758,1039,974,1344,0,1080 chrXVI 754378 . TGGG T 5808 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=39.9799;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;QD=38.46;RPA=10,7;RU=G;SB=-2.865e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,120:151:99:5808,361,0 chrXVI 770513 . G GA 902.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.424;DP=89;FS=20.039;HaplotypeScore=38.1271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=0.480;QD=10.15;RPA=3,4;RU=A;ReadPosRankSum=-1.416;SB=-3.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,41:89:99:942,0,1141 chrXVI 770637 . T TA 1793.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.569;DP=123;FS=3.442;HaplotypeScore=178.9076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.090;QD=14.59;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.284;SB=-5.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,60:123:99:1833,0,1867 chrXVI 789682 . CA C 313.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.426;DP=71;FS=2.221;HaplotypeScore=51.8760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=0.528;QD=4.42;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.936;SB=-1.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,23:71:99:353,0,928 chrXVI 789990 . TA T 1436.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.968;DP=125;FS=7.120;HaplotypeScore=174.7927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.797;QD=11.50;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=-0.282;SB=-6.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,56:125:99:1476,0,1475 chrXVI 790073 . T TA 1285.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.647;DP=125;FS=2.448;HaplotypeScore=254.1264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.249;QD=10.29;RPA=5,6;RU=A;ReadPosRankSum=0.195;SB=-6.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,60:125:99:1325,0,1008 chrXVI 798028 . G GC 1422.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.352;DP=96;FS=1.672;HaplotypeScore=184.9440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQ0=0;MQRankSum=2.126;QD=14.82;ReadPosRankSum=-0.175;SB=-6.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,46:96:99:1462,0,1555 chrXVI 802209 . GA G 992.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.761;DP=138;FS=4.022;HaplotypeScore=126.5840;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.87;MQ0=0;MQRankSum=0.844;QD=7.20;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.928;SB=-1.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,59:138:99:1032,0,940 chrXVI 804552 . T TGAG 2368.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.365;DP=120;FS=7.020;HaplotypeScore=157.2396;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.89;MQ0=1;MQRankSum=0.858;QD=19.74;ReadPosRankSum=1.125;SB=-8.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,52:119:99:2408,0,3140 chrXVI 810751 . A AT 968.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.622;DP=112;FS=2.468;HaplotypeScore=395.6286;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.55;MQ0=0;MQRankSum=1.438;QD=8.65;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=0.117;SB=-4.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,49:112:99:1008,0,1268 chrXVI 812473 . G GT 3428 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=60.6365;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.34;MQ0=0;QD=26.99;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.246e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,120:127:99:3428,360,0 chrXVI 815642 . GT G 1216.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.190;DP=115;FS=4.788;HaplotypeScore=41.5735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.494;QD=10.58;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=-1.429;SB=-6.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,46:115:99:1256,0,1812 chrXVI 821527 . T TC 1563.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.610;DP=110;FS=4.645;HaplotypeScore=470.8440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.202;QD=14.22;RPA=1,2;RU=C;ReadPosRankSum=-0.359;SB=-7.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,51:110:99:1603,0,1423 chrXVI 822411 . G GA 1565.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.208;DP=162;FS=2.171;HaplotypeScore=70.6879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=1.032;QD=9.67;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=0.355;SB=-6.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,71:162:99:1605,0,1570 chrXVI 824564 . AT A 1034.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.385;DP=111;FS=1.567;HaplotypeScore=32.9984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.348;QD=9.32;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=-1.494;SB=-4.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,46:111:99:1074,0,1605 chrXVI 825363 . TA T 872.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.837;DP=92;FS=1.699;HaplotypeScore=53.4291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.107;QD=9.49;RPA=7,6;RU=A;ReadPosRankSum=1.195;SB=-3.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,46:92:99:912,0,939 chrXVI 828203 . CT C 686.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.569;DP=97;FS=15.791;HaplotypeScore=289.7822;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=0.185;QD=7.08;RPA=7,6;RU=T;ReadPosRankSum=-0.378;SB=-1.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,39:97:99:726,0,1043 chrXVI 829386 . TA T 1138.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.317;DP=120;FS=4.498;HaplotypeScore=344.0954;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQ0=0;MQRankSum=0.390;QD=9.49;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=0.027;SB=-5.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,53:120:99:1178,0,1596 chrXVI 829673 . CT C 915.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.348;DP=112;FS=5.508;HaplotypeScore=338.4299;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.365;QD=8.18;RPA=6,5;RU=T;ReadPosRankSum=0.625;SB=-2.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,45:112:99:955,0,1101 chrXVI 829838 . T TA 1153.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.549;DP=117;FS=0.913;HaplotypeScore=38.8812;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQ0=0;MQRankSum=0.290;QD=9.86;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=-0.790;SB=-1.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,58:117:99:1193,0,1067 chrXVI 830711 . T TATTATTATTATTATC 5502 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.015;DP=86;FS=1.876;HaplotypeScore=72.4328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.80;MQ0=0;MQRankSum=-3.913;QD=63.98;ReadPosRankSum=-0.936;SB=-2.520e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,31:86:99:5502,0,3825 chrXVI 832891 . TCTCTTCGTCTTC T 8419 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.120;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=223.7471;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.055;QD=72.58;RPA=3,2;RU=CTCTTCGTCTTC;ReadPosRankSum=0.698;SB=-3.201e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:63,53:116:99:8419,219,0 chrXVI 835077 . C CCAA 3280 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.311;DP=110;FS=3.239;HaplotypeScore=113.0988;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.57;MQ0=0;MQRankSum=1.421;QD=29.82;RPA=8,9;RU=CAA;ReadPosRankSum=-1.732;SB=-1.533e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,75:110:99:3280,190,0 chrXVI 837643 . ATT A,AT 2175.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.136;DP=105;FS=6.068;HaplotypeScore=235.9704;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.615;QD=20.72;RPA=13,11,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.322;SB=-5.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:15,43,0:104:99:2254,884,844,1049,0,814 chrXVI 837870 . A AT 669.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.143;DP=106;FS=1.803;HaplotypeScore=256.2385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.14;MQ0=0;MQRankSum=-2.581;QD=6.32;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=0.855;SB=-2.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,36:106:99:709,0,1282 chrXVI 843164 . GA G 1625.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.305;DP=138;FS=3.658;HaplotypeScore=87.8812;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.161;QD=11.78;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=-0.971;SB=-3.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,69:138:99:1665,0,1597 chrXVI 844169 . T TA 2021.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.964;DP=145;FS=4.521;HaplotypeScore=118.1985;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.97;MQ0=0;MQRankSum=0.162;QD=13.94;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=1.257;SB=-9.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,62:145:99:2061,0,1375 chrXVI 844218 . T TA 1125.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.197;DP=127;FS=0.743;HaplotypeScore=154.9469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=1.086;QD=8.87;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.091;SB=-3.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,57:127:99:1165,0,1113 chrXVI 846960 . G GAA 2822.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.350;DP=250;DS;FS=14.835;HaplotypeScore=93.8965;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.32;MQ0=2;MQRankSum=-0.204;QD=11.29;RPA=10,12;RU=A;ReadPosRankSum=-1.507;SB=-1.236e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,73:247:99:2862,0,1794 chrXVI 856998 . C CA 1775.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.089;DP=146;FS=0.629;HaplotypeScore=42.3387;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.983;QD=12.16;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=0.006;SB=-7.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,77:146:99:1815,0,1340 chrXVI 857189 . GT G 1374.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.286;DP=114;FS=1.330;HaplotypeScore=64.6006;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=0.807;QD=12.06;RPA=15,14;RU=T;ReadPosRankSum=0.000;SB=-6.049e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,74:114:59:1417,59,0 chrXVI 860017 . G GTTT 1227.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.451;DP=89;FS=4.208;HaplotypeScore=50.6083;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=1.793;QD=13.80;RPA=11,14;RU=T;ReadPosRankSum=-1.306;SB=-4.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,33:89:99:1267,0,1687 chrXVI 864021 . G GT 968.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.617;DP=114;FS=0.726;HaplotypeScore=147.8046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=1.233;QD=8.50;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.356;SB=-4.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,52:114:99:1008,0,1035 chrXVI 868371 . ATT A 818.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.832;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=149.2572;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.508;QD=9.52;RPA=16,14;RU=T;ReadPosRankSum=0.861;SB=-2.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,31:86:99:858,0,642 chrXVI 868527 . A AT 878.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.225;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=34.4363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.038;QD=8.97;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.378;SB=-4.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,49:98:99:918,0,743 chrXVI 870179 . G GA 1014.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.660;DP=106;FS=5.373;HaplotypeScore=37.9181;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQ0=0;MQRankSum=1.079;QD=9.58;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=-1.297;SB=-4.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,52:106:99:1054,0,940 chrXVI 870388 . CA C 2665.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=96.9248;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.07;MQ0=0;QD=23.80;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.284e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,101:112:99:2708,303,0 chrXVI 876085 . C CT 1340.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.446;DP=170;FS=14.309;HaplotypeScore=125.5550;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.537;QD=7.89;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.463;SB=-6.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,70:170:99:1380,0,1479 chrXVI 876243 . CTA C,CTATA 1819.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.595;DP=115;FS=11.298;HaplotypeScore=213.4915;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=-2.204;QD=15.83;RPA=10,9,11;RU=TA;ReadPosRankSum=-0.841;SB=-7.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:55,32,1:114:99:1898,1057,1697,933,0,1345 chrXVI 876797 . G GA 4332 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=383.9844;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.72;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.099e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,137:141:99:4332,412,0 chrXVI 877950 . T TC 1111.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.832;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=78.5329;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQ0=0;MQRankSum=2.071;QD=9.93;RPA=6,7;RU=C;ReadPosRankSum=-1.482;SB=-5.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,50:112:99:1151,0,1000 chrXVI 878555 . AT A 1056.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.254;DP=110;FS=31.918;HaplotypeScore=281.1099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.529;QD=9.61;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=0.330;SB=-3.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,44:110:99:1096,0,1270 chrXVI 878564 . A AT 930.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.656;DP=107;FS=32.466;HaplotypeScore=298.9539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.512;QD=8.70;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.013;SB=-3.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,44:107:99:970,0,1018 chrXVI 880281 . GAA G 1622.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.971;DP=114;FS=5.242;HaplotypeScore=229.6347;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.889;QD=14.24;RPA=3,1;RU=A;ReadPosRankSum=-1.129;SB=-3.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,46:113:99:1662,0,2628 chrXVI 881242 . C CAAATTATA 3700 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.836;DP=121;FS=2.578;HaplotypeScore=208.6333;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.578;QD=30.58;RPA=1,2;RU=AAATTATA;ReadPosRankSum=0.483;SB=-1.664e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,40:121:99:3700,0,5880 chrXVI 882369 . C CA 2158.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.025;DP=142;FS=0.622;HaplotypeScore=201.3174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=0.359;QD=15.20;ReadPosRankSum=-0.861;SB=-1.088e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,68:142:99:2198,0,2445 chrXVI 883061 . ATGC A 2621.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.559;DP=130;FS=1.900;HaplotypeScore=109.0690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.921;QD=20.17;RPA=2,1;RU=TGC;ReadPosRankSum=1.797;SB=-5.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,58:130:99:2661,0,3114 chrXVI 887933 . AT A 997.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.350;DP=165;FS=2.664;HaplotypeScore=116.5886;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=1;MQRankSum=0.945;QD=6.05;RPA=15,14;RU=T;ReadPosRankSum=0.650;SB=-3.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,57:164:99:1037,0,573 chrXVI 897094 . CAATAATAAT C 4353 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=35.8082;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.85;MQ0=0;QD=35.10;RPA=13,10;RU=AAT;SB=-2.052e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:69,54:124:99:4353,162,0 chrXVI 899836 . A AG 1747.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.545;DP=107;FS=2.562;HaplotypeScore=32.5546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.304;QD=16.34;RPA=2,3;RU=G;ReadPosRankSum=1.427;SB=-8.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,64:107:99:1787,0,1091 chrXVI 908183 . GCAA G 4802 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=686.3898;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.78;MQ0=0;QD=47.54;SB=-1.609e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,100:101:99:4802,299,0 chrXVI 909717 . T TA 2300.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.672;DP=133;FS=1.722;HaplotypeScore=162.4728;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=2.005;QD=17.30;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.362;SB=-7.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,84:132:99:2343,192,0 chrXVI 909771 . TA T 1600.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.439;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=202.9751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.134;QD=11.95;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=0.134;SB=-6.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,67:133:99:1640,0,1497 chrXVI 911146 . A AT 683.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.294;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=37.6800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.74;MQ0=0;MQRankSum=1.556;QD=7.43;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=-0.311;SB=-3.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,44:92:99:723,0,601 chrXVI 919140 . A AT 996.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.219;DP=104;FS=11.377;HaplotypeScore=41.7770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.796;QD=9.59;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.579;SB=-4.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,50:104:99:1036,0,864 chrXVI 920510 . GA G 3047.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=383.0959;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.76;MQ0=0;QD=27.46;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.164e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,109:111:99:3090,327,0 chrXVI 920552 . C CT 3151.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=595.8456;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.70;MQ0=0;QD=22.35;RPA=8,9;RU=T;SB=-9.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,113:141:99:3194,380,0 chrXVI 920625 . CA C 2544.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=476.5743;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.48;MQ0=0;QD=17.80;RPA=9,8;RU=A;SB=-7.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,96:143:99:2587,320,0 chrXVI 921001 . C CAAAAAGCACCG 7957 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=706.2746;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.64;MQ0=0;QD=99.46;SB=-3.059e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,62:80:99:7957,217,0 chrXVI 921161 . CA C 4447 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=430.7160;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.56;MQ0=0;QD=33.44;RPA=3,2;RU=A;SB=-2.037e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,129:133:99:4447,388,0 chrXVI 921556 . CCT C 6177 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=161;FS=4.098;HaplotypeScore=930.8988;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.69;MQ0=0;MQRankSum=0.849;QD=38.37;RPA=2,1;RU=CT;ReadPosRankSum=0.477;SB=-2.153e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,148:161:99:6177,432,0 chrXVI 921772 . G GT 2433.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.717;DP=154;FS=2.869;HaplotypeScore=914.3515;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.226;QD=15.80;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.365;SB=-1.068e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,111:154:99:2476,138,0 chrXVI 922730 . CA C 3556 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=48.0414;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.21;MQ0=0;QD=23.71;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.400e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,142:150:99:3556,426,0 chrXVI 922863 . AT ATT,A 2394.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.347;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=1027.6239;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.606;QD=17.11;RPA=11,12,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.913;SB=-7.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:17,0,78:140:99:2473,1739,2244,1004,0,1223 chrXVI 922883 . C CCTA 8134 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=800.6854;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.23;MQ0=0;QD=53.16;SB=-2.332e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,136:153:99:8134,446,0 chrXVI 923582 . T TG 4438 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=366.9459;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.38;MQ0=0;QD=32.16;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.996e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,138:138:99:4438,415,0 chrXVI 924011 . CA C 2676.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=195.4030;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.94;MQ0=0;QD=23.48;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.357e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,112:114:99:2719,335,0 chrXVI 924193 . T TA 5113 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=594.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=36.52;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.809e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,135:140:99:5113,421,0 chrXVI 927079 . AT A 1392.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.561;DP=127;FS=0.670;HaplotypeScore=650.4366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.14;MQ0=0;MQRankSum=-5.004;QD=10.97;RPA=6,5;RU=T;ReadPosRankSum=1.860;SB=-6.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,68:126:99:1432,0,1189 chrXVI 927218 . AT A 1161.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.198;DP=116;FS=2.429;HaplotypeScore=143.8798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.02;MQ0=0;MQRankSum=0.805;QD=10.02;RPA=8,7;RU=T;ReadPosRankSum=0.323;SB=-5.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,62:116:99:1201,0,1022 chrXVI 927565 . GT G 1592.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.462;DP=100;FS=9.663;HaplotypeScore=481.5079;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.53;MQ0=0;MQRankSum=3.103;QD=15.93;ReadPosRankSum=-2.234;SB=-5.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,45:100:99:1632,0,1677 chrXVI 927636 . C CT 1298.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.618;DP=111;FS=0.737;HaplotypeScore=460.3834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.611;QD=11.70;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=-0.037;SB=-6.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,55:111:99:1338,0,931 chrXVI 928775 . G GA 1020.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.954;DP=105;FS=1.648;HaplotypeScore=153.6310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQ0=1;MQRankSum=-1.620;QD=9.72;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=0.678;SB=-3.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,42:104:99:1060,0,1702 chrXVI 928861 . A AT 880.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.301;DP=97;FS=8.353;HaplotypeScore=552.5364;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.31;MQ0=0;MQRankSum=-5.890;QD=9.08;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=-0.916;SB=-3.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,41:97:99:920,0,1190 chrXVI 928896 . G GT 915.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.274;DP=100;FS=5.232;HaplotypeScore=487.8501;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.39;MQ0=0;MQRankSum=-4.826;QD=9.16;RPA=3,4;RU=T;ReadPosRankSum=1.067;SB=-4.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,39:100:99:955,0,1328 chrXVI 929702 . CGG C 1375.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.700;DP=108;FS=1.743;HaplotypeScore=1164.6890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.04;MQ0=0;MQRankSum=-7.272;QD=12.74;RPA=6,4;RU=G;ReadPosRankSum=1.231;SB=-5.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,41:108:99:1415,0,1645 chrXVI 929728 . AGTG A 1555.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.947;DP=97;FS=6.660;HaplotypeScore=1210.2157;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.33;MQ0=0;MQRankSum=-7.303;QD=16.04;ReadPosRankSum=0.034;SB=-6.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,41:97:99:1595,0,2522 chrXVI 929734 . GA G 878.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.217;DP=95;FS=6.660;HaplotypeScore=1244.6191;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.63;MQ0=0;MQRankSum=-7.610;QD=9.25;ReadPosRankSum=0.716;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,41:95:99:918,0,1737 chrXVI 929990 . G GA 1884.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.825;DP=122;FS=0.743;HaplotypeScore=332.2110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.427;QD=15.45;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.110;SB=-6.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,64:122:99:1924,0,1561 chrXVI 930091 . AACGATACT A 2571.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.712;DP=109;FS=0.835;HaplotypeScore=274.8314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.623;QD=23.60;RPA=2,1;RU=ACGATACT;ReadPosRankSum=-0.464;SB=-7.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,28:109:99:2611,0,4245 chrXVI 930514 . G GT 1641.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.981;DP=139;FS=4.573;HaplotypeScore=469.6426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQ0=0;MQRankSum=1.006;QD=11.81;RPA=3,4;RU=T;ReadPosRankSum=-0.548;SB=-6.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,70:139:99:1681,0,1533 chrXVI 930782 . T TTTTG 2499.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.308;DP=130;FS=3.301;HaplotypeScore=315.5970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.633;QD=19.23;ReadPosRankSum=2.104;SB=-7.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,45:130:99:2539,0,4379 chrXVI 933060 . T TG 1392.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.831;DP=123;FS=7.154;HaplotypeScore=371.6623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.820;QD=11.32;RPA=2,3;RU=G;ReadPosRankSum=0.464;SB=-7.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,59:119:99:1432,0,1790 chrXVI 933576 . GT G 1433.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.117;DP=108;FS=6.411;HaplotypeScore=140.2359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=1.271;QD=13.28;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=0.056;SB=-6.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,49:108:99:1473,0,1764 chrXVI 936612 . T TA 979.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.824;DP=98;FS=2.755;HaplotypeScore=128.2248;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.319;QD=10.00;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=-0.803;SB=-4.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,46:97:99:1019,0,1003 chrXVI 937343 . TTACTA T 4270 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.324;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=344.1897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.457;QD=27.91;ReadPosRankSum=0.231;SB=-1.409e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,69:153:99:4270,0,5221 chrXVI 937565 . AG A 2326.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.027;DP=138;FS=4.336;HaplotypeScore=179.5461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.159;QD=16.86;ReadPosRankSum=-0.176;SB=-6.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,79:138:99:2366,0,1774 chrXVI 937780 . A AG 1160.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.877;DP=84;FS=8.813;HaplotypeScore=342.3714;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.694;QD=13.82;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=-1.482;SB=-5.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,44:84:99:1200,0,1106 chrXVI 939038 . T TA 1881.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.938;DP=122;FS=2.331;HaplotypeScore=139.3430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.014;QD=15.43;ReadPosRankSum=-1.024;SB=-7.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,61:122:99:1921,0,2076 chrXVI 939183 . GA GAAAAAA,G 2240.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=241.3133;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.38;MQ0=0;QD=26.06;RPA=16,21,15;RU=A;SB=-6.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:48,1,21:86:99:2319,583,1737,1922,0,2164 chrXVI 941354 . GA G 2025.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.398;DP=123;FS=2.323;HaplotypeScore=319.3722;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.709;QD=16.47;ReadPosRankSum=0.456;SB=-1.024e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,66:123:99:2065,0,1759 chrXVI 942358 . AG A 745.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.582;DP=89;FS=7.575;HaplotypeScore=332.2316;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.96;MQ0=0;MQRankSum=-5.210;QD=8.38;RPA=3,2;RU=G;ReadPosRankSum=1.356;SB=-3.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,30:89:99:785,0,1524 chrXVI 943136 . GGACA G 267.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.995;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=139.4191;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.25;MQ0=34;MQRankSum=0.258;QD=4.06;RPA=2,1;RU=GACA;ReadPosRankSum=0.258;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,14:22:99:307,0,767