##fileformat=VCFv4.1 ##FILTER= ##FILTER= ##FILTER= 0.75 || QUAL < 50.0 || DP > 360 || SB > -0.1 || MQ0>=4"> ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##GATKCommandLine= 0.75 || QUAL < 50.0 || DP > 360 || SB > -0.1 || MQ0>=4] filterName=[filter] genotypeFilterExpression=[] genotypeFilterName=[] clusterSize=3 clusterWindowSize=10 maskExtension=0 maskName=Mask filterNotInMask=false missingValuesInExpressionsShouldEvaluateAsFailing=false invalidatePreviousFilters=false filter_reads_with_N_cigar=false filter_mismatching_base_and_quals=false filter_bases_not_stored=false",Date="Tue Jan 14 23:36:17 PST 2014",Epoch=1389771377578,Version=2.8-1-g932cd3a> ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##UnifiedGenotyper="analysis_type=UnifiedGenotyper input_file=[/srv/gs1/projects/cherry/giltae/strains/hugeseq/L1528/chrI.recal.bam] read_buffer_size=null phone_home=STANDARD gatk_key=null read_filter=[] intervals=null excludeIntervals=null interval_set_rule=UNION interval_merging=ALL interval_padding=0 reference_sequence=/srv/gs1/projects/cherry/sacCer3/sacCer3.fa nonDeterministicRandomSeed=false downsampling_type=BY_SAMPLE downsample_to_fraction=null downsample_to_coverage=250 baq=CALCULATE_AS_NECESSARY baqGapOpenPenalty=40.0 performanceLog=null useOriginalQualities=false BQSR=null quantize_quals=0 disable_indel_quals=false emit_original_quals=false preserve_qscores_less_than=6 defaultBaseQualities=-1 validation_strictness=LENIENT remove_program_records=false keep_program_records=false unsafe=null num_threads=1 num_cpu_threads=null num_io_threads=null num_bam_file_handles=null read_group_black_list=null pedigree=[] pedigreeString=[] pedigreeValidationType=STRICT allow_intervals_with_unindexed_bam=false generateShadowBCF=false logging_level=INFO log_to_file=null help=false genotype_likelihoods_model=INDEL p_nonref_model=EXACT pcr_error_rate=1.0E-4 noSLOD=false annotateNDA=false min_base_quality_score=17 max_deletion_fraction=0.05 cap_max_alternate_alleles_for_indels=false min_indel_count_for_genotyping=5 min_indel_fraction_per_sample=0.25 indel_heterozygosity=1.25E-4 indelGapContinuationPenalty=10 indelGapOpenPenalty=45 indelHaplotypeSize=80 noBandedIndel=false indelDebug=false ignoreSNPAlleles=false allReadsSP=false ignoreLaneInfo=false reference_sample_calls=(RodBinding name= source=UNBOUND) reference_sample_name=null sample_ploidy=2 min_quality_score=1 max_quality_score=40 site_quality_prior=20 min_power_threshold_for_calling=0.95 min_reference_depth=100 exclude_filtered_reference_sites=false heterozygosity=0.001 genotyping_mode=DISCOVERY output_mode=EMIT_VARIANTS_ONLY standard_min_confidence_threshold_for_calling=30.0 standard_min_confidence_threshold_for_emitting=10.0 alleles=(RodBinding name= source=UNBOUND) max_alternate_alleles=3 dbsnp=(RodBinding name=dbsnp source=/srv/gs1/projects/cherry/giltae/hugeseq_data/snp.d/chrI_SNPs.vcf) comp=[] out=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VariantContextWriterStub no_cmdline_in_header=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VariantContextWriterStub sites_only=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VariantContextWriterStub bcf=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VariantContextWriterStub debug_file=null metrics_file=null annotation=[DepthOfCoverage, MappingQualityZero] excludeAnnotation=[] filter_mismatching_base_and_quals=false" ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##reference=file:///srv/gs1/projects/cherry/sacCer3/sacCer3.fa #CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT L1528 chrI 1144 . TAA T 629.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=832.0189;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.36;MQ0=0;QD=21.00;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:30:66:672,66,0 chrI 1149 . G GTA 720.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=682.6486;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.12;MQ0=0;QD=32.77;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:66:763,66,0 chrI 1752 . TG T 115.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=58.3858;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.87;MQ0=0;QD=16.46;SB=-3.275e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:7:15:157,15,0 chrI 2360 . A AT 98.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.920;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=138.8626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.37;MQ0=1;MQRankSum=-0.322;QD=5.82;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=-1.517;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,7:9:82:138,0,82 chrI 13071 . T TA 1525.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.911;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=721.0261;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.14;MQ0=3;MQRankSum=1.201;QD=23.48;ReadPosRankSum=1.637;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,54:58:99:1568,134,0 chrI 13073 . AG A 1341.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=719.6741;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.11;MQ0=3;QD=21.30;RPA=2,1;RU=G;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,54:56:99:1384,165,0 chrI 25163 . T TAGA 462.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=319.2760;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.83;MQ0=0;QD=27.23;RPA=2,3;RU=AGA;SB=-4.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,11:17:39:505,39,0 chrI 25236 . T TA 527.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.764;DP=31;FS=2.576;HaplotypeScore=548.5959;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.630;QD=17.00;ReadPosRankSum=1.866;SB=-1.249e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,20:31:21:569,21,0 chrI 25238 . AG A 525.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=456.7235;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.81;MQ0=0;QD=19.48;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,20:27:74:568,74,0 chrI 27631 . CA C 236.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=503.5148;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.78;MQ0=0;QD=14.81;RPA=2,1;RU=A;SB=-7.597e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:11:33:279,33,0 chrI 27642 . T TA 284.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=498.7179;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.78;MQ0=0;QD=17.81;SB=-9.097e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:11:33:327,33,0 chrI 27764 . T TG 611.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=992.0545;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.56;MQ0=0;QD=27.82;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:22:63:654,63,0 chrI 27771 . TG T 313.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=594.3665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=22.43;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,13:14:42:356,42,0 chrI 28008 . C CA 2428.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=479.3445;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.10;MQ0=0;QD=31.14;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.047e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2471,229,0 chrI 28522 . GA G 2278.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=906.5864;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.15;MQ0=0;QD=24.50;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.017e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,85:93:99:2321,255,0 chrI 28547 . T TAGTGCTTTCTC 7758 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=480.7042;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.63;MQ0=0;QD=80.81;RPA=1,2;RU=AGTGCTTTCTC;SB=-3.288e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,57:96:99:7758,246,0 chrI 29000 . GTA G 3122.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=573.2478;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.78;MQ0=0;QD=30.62;SB=-1.219e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,79:102:99:3165,256,0 chrI 29007 . T TG 2607.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.528;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=599.9369;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.020;QD=28.98;ReadPosRankSum=1.243;SB=-9.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,84:90:99:2650,248,0 chrI 29211 . CATGGTT C 2565.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=373.1774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.73;MQ0=0;QD=73.31;SB=-8.500e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:35:93:2608,93,0 chrI 29283 . C CTTTT 806.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=256.5644;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.23;MQ0=0;QD=29.89;RPA=10,14;RU=T;SB=-1.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,14:26:51:849,51,0 chrI 29423 . GACACT G 1081.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=367.6057;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.52;MQ0=0;QD=54.10;RPA=2,1;RU=ACACT;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,16:20:48:1124,48,0 chrI 29461 . T TC 416.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=374.4844;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.79;MQ0=0;QD=24.53;SB=-3.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:16:42:459,42,0 chrI 29462 . GAA G 317.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.579;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=277.6707;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.290;QD=24.46;RPA=5,3;RU=A;ReadPosRankSum=1.159;SB=-3.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,12:12:32:360,32,0 chrI 29534 . G GT 448.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=305.5362;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.64;MQ0=0;QD=21.38;RPA=5,6;RU=T;SB=-6.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,18:21:54:491,54,0 chrI 29552 . CG C 904.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=305.5684;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.42;MQ0=0;QD=33.52;RPA=2,1;RU=G;SB=-3.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:81:947,81,0 chrI 29605 . G GA 1172.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=242.5339;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.26;MQ0=0;QD=30.08;RPA=1,2;RU=A;SB=-3.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,34:39:99:1215,102,0 chrI 29752 . C CT 334.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=147.2982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.86;MQ0=0;QD=19.70;RPA=5,6;RU=T;SB=-7.499e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,13:17:39:377,39,0 chrI 29766 . CT C 104.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=121.0066;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.92;MQ0=0;QD=11.58;RPA=5,4;RU=T;SB=-2.875e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,5:9:15:146,15,0 chrI 29791 . GT G 262.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=131.5455;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.92;MQ0=0;QD=29.22;RPA=3,2;RU=T;SB=-6.695e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27:305,27,0 chrI 29846 . T TTA 937.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=432.2814;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.23;MQ0=0;QD=30.26;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,23:26:72:980,72,0 chrI 29870 . C CG 1158.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=732.6264;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.67;MQ0=0;QD=24.14;RPA=3,4;RU=G;SB=-5.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,45:41:99:1201,114,0 chrI 29885 . ATT A 1560.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=736.7583;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.95;MQ0=0;QD=30.02;RPA=8,6;RU=T;SB=-6.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:45:99:1603,132,0 chrI 29986 . CA C 212.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=402.6485;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.63;MQ0=0;QD=17.75;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.058e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:29:255,29,0 chrI 30097 . A ATTTTT 732.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=118.4124;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.58;MQ0=0;QD=25.27;RPA=11,16;RU=T;SB=-2.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,8:22:45:775,45,0 chrI 30157 . CA C 1483.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=276.0649;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.92;MQ0=0;QD=24.73;RPA=5,4;RU=A;SB=-3.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,56:56:99:1526,159,0 chrI 30282 . T TC 301.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=274.7285;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.21;MQ0=0;QD=27.45;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:11:27:344,27,0 chrI 30296 . T TC 533.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=389.5214;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=35.60;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45:576,45,0 chrI 30315 . C CTT 645.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=442.5115;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=35.89;RPA=3,5;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54:688,54,0 chrI 30479 . T TC 257.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=136.5811;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.00;MQ0=0;QD=28.66;RPA=1,2;RU=C;SB=-1.019e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27:300,27,0 chrI 30587 . ATCG A 391.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=144.9789;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.18;MQ0=0;QD=49.00;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24:434,24,0 chrI 30644 . T TGA 1605.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=470.0039;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.75;MQ0=0;QD=43.40;RPA=1,2;RU=GA;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,36:37:99:1648,111,0 chrI 30771 . T TA 852.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=308.1690;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.22;MQ0=0;QD=30.46;RPA=1,2;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,25:28:78:895,78,0 chrI 30871 . GA G 1715.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=377.2690;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.60;MQ0=0;QD=23.51;RPA=5,4;RU=A;SB=-3.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,65:73:99:1758,186,0 chrI 30960 . TC T 1102.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=184.9646;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.72;MQ0=0;QD=26.90;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,36:41:99:1145,105,0 chrI 31116 . CATATACATATATAT C 2728.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=181.5147;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.76;MQ0=0;QD=88.03;SB=-8.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,23:31:78:2771,78,0 chrI 31483 . C CCACACACACACACA 1696.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=62.6060;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.56;MQ0=1;QD=33.27;RPA=11,18;RU=CA;SB=-4.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,13:50:42:1739,42,0 chrI 35113 . G GAA 407.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.377;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=250.3978;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.528;QD=7.42;RPA=15,17;RU=A;ReadPosRankSum=-0.528;SB=-1.888e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,12:55:44:450,44,0 chrI 36436 . CT C 1004.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.654;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=44.9548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=1.575;QD=17.63;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.024;SB=-2.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,50:57:99:1047,123,0 chrI 45030 . T TG 4766 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=420.3471;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.87;MQ0=0;QD=29.42;RPA=3,4;RU=G;SB=-1.532e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,153:162:99:4766,457,0 chrI 45359 . A AGGG,AGG 937.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.609;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=52.4157;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.371;QD=14.21;RPA=10,13,12;RU=G;ReadPosRankSum=-0.124;SB=-3.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:23,21,6:66:99:1016,230,161,343,0,263 chrI 45522 . ATG A 5273 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=259.4529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.40;MQ0=0;QD=40.25;RPA=2,1;RU=TG;SB=-1.772e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,127:131:99:5273,373,0 chrI 56888 . G GT 2776.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=760.4155;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.63;MQ0=0;QD=22.39;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,109:124:99:2819,324,0 chrI 58643 . GT G 6348 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=203;FS=0.000;HaplotypeScore=303.0082;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.84;MQ0=0;QD=31.27;RPA=2,1;RU=T;SB=-2.906e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,196:203:99:6348,556,0 chrI 65494 . A AT 1470.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=363.1180;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.59;MQ0=0;QD=29.42;RPA=2,3;RU=T;SB=-4.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,48:50:99:1513,141,0 chrI 65534 . GA G 1129.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=389.2525;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.45;MQ0=0;QD=21.73;RPA=8,7;RU=A;SB=-2.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,47:52:99:1172,138,0 chrI 65761 . A AT 1589.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.487;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=34.0831;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.353;QD=20.65;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.595;SB=-1.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,59:77:99:1632,168,0 chrI 69727 . AT A 1896.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=686.2356;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.40;MQ0=0;QD=24.01;RPA=3,2;RU=T;SB=-9.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,68:79:99:1939,204,0 chrI 69734 . TGG T 2566.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=582.3565;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.53;MQ0=0;QD=35.65;RPA=8,6;RU=G;SB=-1.295e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,67:72:99:2609,202,0 chrI 70524 . CA C 3052.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=34.8528;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.09;MQ0=0;QD=28.01;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.504e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,108:109:99:3095,307,0 chrI 77511 . GAGA G 4946 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=179;FS=0.000;HaplotypeScore=82.1621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.80;MQ0=0;QD=27.63;RPA=9,8;RU=AGA;SB=-2.259e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,129:179:99:4946,358,0 chrI 92602 . CT C 1232.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.216;DP=91;FS=3.026;HaplotypeScore=41.8964;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.313;QD=13.55;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.725;SB=-6.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,61:91:99:1275,136,0 chrI 126880 . C CT,CTT 1289.96 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.508;DP=114;FS=2.620;HaplotypeScore=88.5645;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=0.667;QD=11.32;RPA=15,16,17;RU=T;ReadPosRankSum=-1.366;SB=-5.086e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:42,12,57:111:60:1368,682,578,137,0,60 chrI 128103 . AT A 679.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.567;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=32.0708;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=2.619;QD=10.79;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=2.054;SB=-2.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,33:63:87:722,87,0 chrI 130613 . C CT 2251.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.054;DP=107;FS=4.075;HaplotypeScore=162.3218;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=1.054;QD=21.05;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.979;SB=-9.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,86:107:99:2294,250,0 chrI 138748 . AT A 2326.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=674.1905;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.68;MQ0=0;QD=27.70;RPA=3,2;RU=T;SB=-9.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,78:84:99:2369,219,0 chrI 139108 . G GTA 1628.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=369.0152;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.62;MQ0=0;QD=24.68;RPA=5,6;RU=TA;SB=-6.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,46:66:99:1671,135,0 chrI 139346 . A AT 530.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.456;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=95.6465;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.179;QD=15.62;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.069;SB=-2.269e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,23:33:51:573,51,0 chrI 139404 . GTATA G 1842.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=45.3574;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.04;MQ0=0;QD=37.61;RPA=7,5;RU=TA;SB=-2.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,41:47:99:1885,102,0 chrI 142111 . CT C 2382.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=43.0945;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.21;MQ0=0;QD=24.32;RPA=5,4;RU=T;SB=-7.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,93:98:99:2425,255,0 chrI 142779 . T TGAC 10484 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=210;FS=0.000;HaplotypeScore=78.3024;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.61;MQ0=0;QD=49.92;SB=-4.389e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,198:210:99:10484,590,0 chrI 143575 . GA G 1839.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.795;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=264.4432;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=0.507;QD=15.46;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.450;SB=-8.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,88:119:99:1882,179,0 chrI 151874 . G GT 1683.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=121.6745;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=23.72;RPA=6,7;RU=T;SB=-8.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,66:71:99:1726,189,0 chrI 153968 . G GTCT 4374 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=36.9107;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.26;MQ0=0;QD=45.56;SB=-1.127e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,89:96:99:4374,256,0 chrI 154817 . GT G 1313.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.155;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=172.0625;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.097;QD=16.42;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.501;SB=-6.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,58:80:99:1356,151,0 chrI 154847 . G GT 1593.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=144.6382;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.40;MQ0=0;QD=19.68;RPA=10,11;RU=T;SB=-8.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,65:81:99:1636,200,0 chrI 156451 . TG T 3911 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=668.7981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.34;MQ0=0;QD=30.80;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.196e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,118:127:99:3911,346,0 chrI 156693 . G GTT 3057.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=507.6137;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.24;MQ0=0;QD=23.34;RPA=10,12;RU=T;SB=-1.436e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,91:131:99:3100,274,0 chrI 166146 . TGATTTCTATTCCAACA T 6496 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=1156.9060;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.46;MQ0=0;QD=158.44;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:6496,114,0 chrI 171848 . G GA 1515.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=108.9320;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;QD=22.29;RPA=6,7;RU=A;SB=-6.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,56:68:99:1558,168,0 chrI 171866 . T TA 1103.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.289;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=168.2157;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.19;MQ0=0;MQRankSum=1.588;QD=16.48;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.072;SB=-3.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,42:67:99:1146,120,0 chrI 171961 . AT A 2740.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=210.3032;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.26;MQ0=0;QD=30.80;RPA=3,2;RU=T;SB=-6.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:89:99:2783,259,0 chrI 178768 . TGAA T 8628 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=171;FS=0.000;HaplotypeScore=337.4772;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.71;MQ0=0;QD=50.46;SB=-3.918e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,168:171:99:8628,475,0 chrI 179139 . A AT 2542.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=66.3759;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.49;MQ0=0;QD=21.37;RPA=8,9;RU=T;SB=-1.103e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,109:119:99:2585,306,0 chrI 179225 . CA C 1862.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.807;DP=110;FS=3.053;HaplotypeScore=265.9567;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.335;QD=16.94;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.367;SB=-9.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,80:110:99:1905,204,0 chrI 179980 . G GTT 3151.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=593.6899;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.09;MQ0=0;QD=25.22;RPA=8,10;RU=T;SB=-1.246e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,76:123:99:3194,281,0 chrI 180135 . GTACA G 6009 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=828.4935;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.03;MQ0=0;QD=54.63;SB=-2.768e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,99:108:99:6009,292,0 chrI 180161 . G GC 2748.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=1101.6812;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.59;MQ0=0;QD=26.69;RPA=5,6;RU=C;SB=-1.173e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,97:101:99:2791,280,0 chrI 180219 . AC A 2472.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=799.7441;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.61;MQ0=0;QD=27.48;SB=-1.167e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,75:90:99:2515,228,0 chrI 180275 . AT A 2238.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=780.6356;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.71;MQ0=0;QD=20.35;RPA=10,9;RU=T;SB=-1.080e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,98:110:99:2281,279,0 chrI 181085 . T TA 3754 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=640.2496;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.80;MQ0=0;QD=28.44;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.796e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,127:132:99:3754,349,0 chrI 181957 . TTA T 3066.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=52.6296;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.96;MQ0=0;QD=29.78;RPA=4,3;RU=TA;SB=-1.483e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,91:103:99:3109,250,0 chrI 183566 . AC A 646.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=435.0499;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.19;MQ0=0;QD=20.87;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,26:25:73:689,73,0 chrI 183571 . A AGG 937.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=395.9051;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.75;MQ0=0;QD=36.08;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:23:69:980,69,0 chrI 183624 . A AG 642.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=492.2145;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.76;MQ0=0;QD=12.13;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,47:30:84:685,84,0 chrI 183626 . A AG 630.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=456.0611;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.48;MQ0=0;QD=12.37;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,47:28:84:673,84,0 chrI 186521 . C CT 3678 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=553.8996;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.35;MQ0=0;QD=27.24;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.193e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,127:135:99:3678,361,0 chrI 186843 . C CT 5392 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;FS=0.000;HaplotypeScore=1469.7016;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.08;RPA=1,2;RU=T;SB=-2.261e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,150:163:99:5392,463,0 chrI 186877 . C CT 4272 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=1232.0140;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.89;MQ0=0;QD=28.67;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.943e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,138:149:99:4272,403,0 chrI 187542 . CA C 1759.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.632;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=2432.7146;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.381;QD=25.51;ReadPosRankSum=1.682;SB=-5.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1802,200,0 chrI 187544 . GCC G 2399.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=2369.1526;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.87;MQ0=0;QD=34.78;SB=-8.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2442,204,0 chrI 189044 . G GT 946.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.288;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=337.7166;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.23;MQ0=1;MQRankSum=-0.578;QD=11.41;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=0.755;SB=-2.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,67:49:99:989,113,0 chrI 189684 . A AT 243.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=223.7925;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.49;MQ0=0;QD=27.11;RPA=1,2;RU=T;SB=-3.497e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,7:9:24:286,24,0 chrI 189709 . T TA 548.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=606.9319;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.46;MQ0=0;QD=28.89;RPA=1,2;RU=A;SB=-3.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:54:591,54,0 chrI 189743 . TTCCC T 1029.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=644.0545;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.67;MQ0=0;QD=46.82;SB=-5.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:22:57:1072,57,0 chrI 189750 . A AC 477.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=618.3092;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.98;MQ0=0;QD=25.16;SB=-2.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57:520,57,0 chrI 189764 . ACACCC A 1008.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=536.2168;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.98;MQ0=0;QD=53.10;RPA=2,1;RU=CACCC;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,15:19:45:1051,45,0 chrI 189816 . C CA 918.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.056;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=528.8383;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.92;MQ0=0;MQRankSum=0.241;QD=17.02;ReadPosRankSum=0.114;SB=-2.500e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,46:54:99:958,0,142 chrI 189821 . CGT C 1825.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.868;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=463.1187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.574;QD=31.48;ReadPosRankSum=0.246;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,50:58:99:1865,0,165 chrI 189925 . TGA T 2015.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=682.7497;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.48;MQ0=0;QD=30.54;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,53:66:99:2058,158,0 chrI 189933 . AG A 1401.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=683.4350;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.90;MQ0=0;QD=26.45;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1444,159,0 chrI 189970 . TAA T 1472.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=655.1448;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.00;MQ0=0;QD=25.84;RPA=8,6;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,42:57:99:1515,123,0 chrI 192302 . ACT A 513.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.841;DP=76;FS=4.327;HaplotypeScore=452.1818;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.642;QD=6.76;ReadPosRankSum=5.587;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,38:76:99:553,0,384 chrI 192305 . ACTAC A 1240.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.479;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=379.4690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.064;QD=16.77;ReadPosRankSum=6.470;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,38:74:99:1280,0,304 chrI 192338 . T TAA 1388.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=250.7811;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.50;MQ0=0;QD=34.72;RPA=3,5;RU=A;SB=-4.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,36:39:99:1431,108,0 chrI 196683 . TC T 2820.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=175.5816;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.82;MQ0=0;QD=32.42;SB=-1.061e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,84:87:99:2863,229,0 chrI 196828 . C CA 2071.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=431.5721;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.67;MQ0=0;QD=30.03;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.006e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,65:69:99:2114,196,0 chrI 196872 . T TA 1197.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=796.3285;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.58;MQ0=0;QD=19.97;RPA=7,8;RU=A;SB=-5.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,48:60:99:1240,141,0 chrI 196909 . TA T 2033.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=852.7207;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.73;MQ0=0;QD=29.91;RPA=3,2;RU=A;SB=-9.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:68:99:2076,192,0 chrI 196924 . T TC 2674.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=936.5311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.75;MQ0=0;QD=29.40;RPA=1,2;RU=C;SB=-1.336e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,82:91:99:2717,247,0 chrI 197611 . G GA 1368.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=381.1479;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.89;MQ0=0;QD=27.38;RPA=4,5;RU=A;SB=-5.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,48:50:99:1411,144,0 chrI 197919 . G GA 2953.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=696.1214;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.16;MQ0=0;QD=30.14;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.417e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,92:98:99:2996,277,0 chrI 198030 . C CA 2125.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=421.0916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.64;MQ0=0;QD=34.29;SB=-1.045e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,55:62:99:2168,169,0 chrI 198630 . TC T 416.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=462.3731;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=26.06;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:16:36:459,36,0 chrI 198633 . G GAA 467.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=376.4145;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=39.00;RPA=1,3;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36:510,36,0 chrI 198699 . C CG 931.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=495.8621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.35;MQ0=0;QD=34.52;SB=-3.800e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:27:78:974,78,0 chrI 198708 . CT C 762.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=441.6326;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=27.25;RPA=3,2;RU=T;SB=-3.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:83:805,83,0 chrI 198918 . G GAC 194.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;HaplotypeScore=100.8102;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=38.85;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:236,15,0 chrI 199000 . A AAT 1017.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=728.2245;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=46.27;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:66:1060,66,0 chrI 199005 . T TA 697.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=760.1756;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=31.73;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:66:740,66,0 chrI 202540 . CTTTT C 658.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=477.5452;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.12;MQ0=0;QD=59.91;RPA=5,1;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33:701,33,0 chrI 202583 . AAGT A 1478.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=1009.4735;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.26;MQ0=0;QD=56.88;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:78:1521,78,0 chrI 202607 . T TG 1046.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.243;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=1222.5530;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.52;MQ0=0;MQRankSum=0.302;QD=26.17;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=1.310;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,35:40:91:1089,91,0 chrI 202668 . G GAA 1093.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=831.4677;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.73;MQ0=0;QD=31.26;RPA=4,6;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,30:35:90:1136,90,0 chrI 202698 . A AT 1186.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=1075.1916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.14;MQ0=0;QD=25.25;RPA=3,4;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,40:47:99:1229,133,0 chrI 202896 . TCCTC T 5868 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=240.5156;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.85;MQ0=0;QD=59.88;SB=-2.435e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:5868,274,0 chrI 203091 . CA C 3063.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=610.5159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.83;MQ0=0;QD=23.75;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.350e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,116:129:99:3106,327,0 chrI 204220 . T TAA 203.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;HaplotypeScore=249.1291;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.90;MQ0=0;QD=40.65;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:245,15,0 chrI 204230 . T TC 137.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;HaplotypeScore=255.7774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.90;MQ0=0;QD=27.45;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:179,15,0 chrI 206379 . G GCC 1140.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=1197.4874;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.42;MQ0=0;QD=42.26;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:27:79:1183,79,0 chrI 206385 . CTA C 1197.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=1191.7982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.42;MQ0=0;QD=44.37;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:27:81:1240,81,0 chrI 206666 . GTCA G 3766 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=73.3372;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.84;MQ0=0;QD=34.24;RPA=3,2;RU=TCA;SB=-1.268e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,89:110:99:3766,241,0 chrI 206779 . C CT 452.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.060;DP=91;FS=39.804;HaplotypeScore=839.5663;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.86;MQ0=5;MQRankSum=0.028;QD=4.98;ReadPosRankSum=1.846;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,27:67:99:492,0,890 chrI 206781 . TC T 452.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.540;DP=89;FS=42.433;HaplotypeScore=840.6235;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.92;MQ0=5;MQRankSum=1.095;QD=5.09;ReadPosRankSum=1.574;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,27:66:99:492,0,947 chrII 178 . ATAC A 698.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=248.5776;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.87;MQ0=0;QD=31.77;RPA=3,2;RU=TAC;SB=-1.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,15:22:45:741,45,0 chrII 5870 . A AC 174.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=321.5124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.034;QD=15.91;RPA=3,4;RU=C;ReadPosRankSum=-0.278;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,7:11:45:214,0,45 chrII 5885 . T TG,TGA 490.94 filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=469.0194;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=25.86;MQ0=0;QD=30.68;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,11,5:16:70:569,117,70,172,0,124 chrII 5911 . CA C 2630.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.720;DP=106;FS=7.877;HaplotypeScore=2055.2209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.25;MQ0=1;MQRankSum=0.867;QD=24.82;ReadPosRankSum=1.448;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,84:99:99:2670,0,331 chrII 5922 . AC A 3215.99 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.016;DP=140;FS=8.346;HaplotypeScore=2628.1838;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.59;MQ0=2;MQRankSum=2.594;QD=22.97;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=-0.283;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,115:131:99:3255,0,302 chrII 5996 . C CA 6414 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.278;DP=225;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=4282.5765;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.77;MQ0=9;MQRankSum=1.301;QD=28.51;ReadPosRankSum=2.231;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,133:208:99:6414,0,681 chrII 6109 . TC T 899.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.203;DP=99;FS=27.037;HaplotypeScore=478.1277;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.05;MQ0=31;MQRankSum=2.476;QD=9.09;ReadPosRankSum=-4.315;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,27:52:99:939,0,558 chrII 6248 . C CA 2108.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.421;DP=218;DS;FS=2.346;HaplotypeScore=1466.9216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.50;MQ0=8;MQRankSum=-2.482;QD=9.67;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=3.203;SB=-7.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:141,72:169:99:2148,0,1845 chrII 6285 . TTCTAC T 7600 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=810.1535;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.43;MQ0=4;QD=45.78;SB=-1.415e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,132:119:99:7600,322,0 chrII 6307 . TC T 852.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.232;DP=149;FS=34.236;HaplotypeScore=1361.2747;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.14;MQ0=2;MQRankSum=0.477;QD=5.72;ReadPosRankSum=3.579;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:111,35:113:99:892,0,2973 chrII 6571 . AT A 763.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=1303.4839;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.40;MQ0=1;QD=14.15;RPA=2,1;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,40:44:93:806,93,0 chrII 6576 . T TC 1122.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=1682.7143;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.37;MQ0=1;QD=20.80;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,49:42:99:1165,99,0 chrII 6612 . G GA 2187.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.676;DP=107;FS=17.924;HaplotypeScore=2684.3237;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.02;MQ0=4;MQRankSum=-1.062;QD=20.45;ReadPosRankSum=1.676;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,89:63:99:2230,165,0 chrII 6693 . AT A 1262.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.681;DP=231;DS;FS=77.842;HaplotypeScore=4820.6534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.18;MQ0=4;MQRankSum=1.102;QD=5.47;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=7.054;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:163,68:168:99:1302,0,1997 chrII 6698 . T TG 1383.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.768;DP=170;DS;FS=75.782;HaplotypeScore=4065.5958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.80;MQ0=4;MQRankSum=2.798;QD=8.14;ReadPosRankSum=7.986;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,68:134:99:1423,0,842 chrII 7111 . T TAC 1846.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.482;DP=153;DS;FS=70.217;HaplotypeScore=1566.2552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.85;MQ0=3;MQRankSum=1.635;QD=12.07;RPA=1,2;RU=AC;ReadPosRankSum=-0.288;SB=-7.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:105,47:115:99:1886,0,1122 chrII 7114 . A AC 1311.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.593;DP=152;DS;FS=69.660;HaplotypeScore=1811.8669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.91;MQ0=3;MQRankSum=0.699;QD=8.63;ReadPosRankSum=0.813;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:120,28:114:99:1351,0,973 chrII 7204 . C CG 2965.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=12.618;DP=246;FS=136.713;HaplotypeScore=1964.4990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.32;MQ0=0;MQRankSum=-10.740;QD=12.06;ReadPosRankSum=0.367;SB=-2.900e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:139,105:231:99:3005,0,4571 chrII 7527 . C CA 1242.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.867;DP=89;FS=31.103;HaplotypeScore=353.2274;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.70;MQ0=32;MQRankSum=3.073;QD=13.97;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.326;SB=-1.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,62:55:58:1285,58,0 chrII 7538 . G GT 1220.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.812;DP=113;FS=31.444;HaplotypeScore=349.8899;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.31;MQ0=58;MQRankSum=3.216;QD=10.80;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=3.115;SB=-1.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,75:54:52:1263,52,0 chrII 36327 . C CA 2651.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=265.0573;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.58;MQ0=0;QD=29.14;RPA=2,3;RU=A;SB=-9.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,87:91:99:2694,244,0 chrII 36507 . CT C 1860.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.689;DP=104;FS=3.403;HaplotypeScore=229.2745;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.89;MQ0=0;MQRankSum=0.877;QD=17.89;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.492;SB=-8.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,84:104:99:1903,214,0 chrII 37029 . T TA 2762.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=45.4372;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.02;MQ0=0;QD=20.32;RPA=8,9;RU=A;SB=-7.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,112:136:99:2805,308,0 chrII 38757 . TA T 98.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=27.5625;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=8.17;RPA=11,10;RU=A;SB=-1.887e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,7:12:18:140,18,0 chrII 62612 . TTG T 6855 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=187;FS=0.000;HaplotypeScore=48.8476;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.44;MQ0=0;QD=36.66;RPA=2,1;RU=TG;SB=-1.729e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,171:187:99:6855,493,0 chrII 62776 . GA G 1236.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.968;DP=85;FS=3.040;HaplotypeScore=37.3533;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.762;QD=14.55;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.091;SB=-6.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,63:85:99:1279,128,0 chrII 72380 . ACAACAACAACAACAG A 12777 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=236;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=80.3133;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.83;MQ0=0;QD=54.14;SB=-5.891e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:73,161:236:99:12777,462,0 chrII 74876 . C CA 3191.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=416.1092;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.10;MQ0=0;QD=22.80;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.575e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,111:140:99:3234,348,0 chrII 75047 . GA G 3984 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=299.6363;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.64;MQ0=0;QD=38.31;SB=-1.573e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:104:99:3984,304,0 chrII 88125 . C CTT 1452.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.553;DP=92;FS=3.979;HaplotypeScore=73.5266;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=0.896;QD=15.79;RPA=13,15;RU=T;ReadPosRankSum=1.374;SB=-6.531e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,51:90:99:1495,128,0 chrII 88484 . GGAGAA G 5188 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=27.2618;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.52;MQ0=0;QD=52.94;RPA=2,1;RU=GAGAA;SB=-1.898e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,88:98:99:5188,235,0 chrII 96034 . G GA 1519.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.035;DP=106;FS=1.556;HaplotypeScore=102.8874;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=0.140;QD=14.34;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-1.259;SB=-6.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,67:106:89:1562,89,0 chrII 116854 . CA C 4715 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=198;FS=0.000;HaplotypeScore=1201.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.04;MQ0=0;QD=23.81;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.823e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,188:198:99:4715,534,0 chrII 117293 . GA G 3894 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;FS=0.000;HaplotypeScore=727.6204;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.42;MQ0=0;QD=23.18;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.773e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,152:168:99:3894,444,0 chrII 119979 . A ACTT 3580 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.346;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=39.3158;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.977;QD=28.19;RPA=6,7;RU=CTT;ReadPosRankSum=1.247;SB=-1.576e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,84:127:99:3580,160,0 chrII 122381 . CA C 1313.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=112.0008;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.41;MQ0=0;QD=17.29;RPA=11,10;RU=A;SB=-1.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,61:76:99:1356,175,0 chrII 122437 . A AG 1431.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=77.5496;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.47;SB=-7.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,34:47:99:1474,126,0 chrII 126230 . G GAT 5331 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=218.7553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;QD=40.39;RPA=1,2;RU=AT;SB=-1.279e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,127:132:99:5331,361,0 chrII 127462 . CT C 1582.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=22.0150;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.30;MQ0=0;QD=21.68;RPA=8,7;RU=T;SB=-7.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,70:73:99:1625,192,0 chrII 127636 . C CT 839.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.564;DP=69;FS=1.773;HaplotypeScore=33.5740;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.69;MQ0=0;MQRankSum=0.930;QD=12.17;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=-1.052;SB=-3.656e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,45:69:11:881,11,0 chrII 133886 . TATATATAC T 399.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=16.2694;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=63.37;MQ0=0;QD=44.36;SB=-2.053e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:15:441,15,0 chrII 135553 . TG T 6104 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;FS=0.000;HaplotypeScore=104.2106;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.17;MQ0=0;QD=37.45;SB=-2.947e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,162:163:99:6104,475,0 chrII 136002 . GT G 5309 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=438.1752;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=32.98;SB=-1.436e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,151:161:99:5309,442,0 chrII 136039 . T TA 5908 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=199;FS=0.000;HaplotypeScore=474.4741;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=29.69;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.038e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,182:199:99:5908,550,0 chrII 136348 . G GA 3465 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=179;FS=0.000;HaplotypeScore=145.0563;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.60;MQ0=0;QD=19.36;RPA=7,8;RU=A;SB=-2.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,142:179:99:3465,390,0 chrII 136467 . AAT A 398.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=62.3282;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;QD=11.73;RPA=8,7;RU=AT;SB=-7.199e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,14:34:36:441,36,0 chrII 138011 . CT C 1993.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.694;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=150.7210;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.209;QD=15.58;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.247;SB=-9.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,95:128:99:2036,260,0 chrII 138274 . A AT,ATT 1040.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.371;DP=84;FS=5.638;HaplotypeScore=100.7754;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.28;MQ0=0;MQRankSum=0.025;QD=12.39;RPA=15,16,17;RU=T;ReadPosRankSum=-1.510;SB=-1.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:34,13,34:84:99:1119,481,386,180,0,112 chrII 140850 . TG T 4162 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=531.7600;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.98;MQ0=0;QD=29.10;RPA=5,4;RU=G;SB=-1.766e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,135:143:99:4162,400,0 chrII 143864 . G GA 271.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.504;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=10.4079;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.273;QD=13.55;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.810;SB=-2.095e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,15:20:22:313,22,0 chrII 145818 . C CAAATACTGTA 6646 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=25.1981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.58;MQ0=0;QD=73.03;RPA=1,2;RU=AAATACTGTA;SB=-1.391e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,69:91:99:6646,187,0 chrII 150349 . C CATATAT 255.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=7.4444;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.94;MQ0=0;QD=11.60;RPA=7,10;RU=AT;SB=-1.143e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,5:22:15:297,15,0 chrII 151274 . G GT 1570.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.188;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=119.5639;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.485;QD=16.36;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.633;SB=-6.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,61:96:99:1613,183,0 chrII 153609 . A AT 743.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.068;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=48.8374;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.41;MQ0=0;MQRankSum=1.610;QD=10.62;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=-1.132;SB=-1.804e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,40:70:12:785,12,0 chrII 162819 . AT A 446.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.075;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=66.1574;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.281;QD=10.64;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.583;SB=-1.629e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,25:42:42:489,42,0 chrII 165010 . CT C 2176.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.500;DP=138;FS=7.366;HaplotypeScore=513.6991;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.57;MQ0=0;MQRankSum=0.949;QD=15.78;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.108;SB=-9.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,102:138:99:2219,199,0 chrII 165670 . GA G 3306 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=479.8353;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.14;MQ0=0;QD=20.53;RPA=10,9;RU=A;SB=-1.398e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,136:160:99:3306,396,0 chrII 166025 . CT C 1295.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=270.3395;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.77;MQ0=0;QD=20.57;RPA=8,7;RU=T;SB=-4.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,56:63:99:1338,155,0 chrII 166404 . AATAATAATAATC A 595.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.99;MQ0=0;QD=33.11;SB=-2.969e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,14:18:30:638,30,0 chrII 167264 . AT A 2825.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=221.6330;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.32;MQ0=0;QD=27.44;RPA=4,3;RU=T;SB=-8.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,96:103:99:2868,283,0 chrII 167275 . CA C 1759.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.557;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=331.3240;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.08;MQ0=0;MQRankSum=1.206;QD=17.09;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.724;SB=-4.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,81:103:99:1802,211,0 chrII 167385 . C CT 2301.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=285.1661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.02;MQ0=0;QD=29.14;RPA=3,4;RU=T;SB=-9.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,75:79:99:2344,222,0 chrII 169899 . C CAGAGGATACTA 17186 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=358.8072;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.50;MQ0=0;QD=116.12;SB=-7.525e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,97:148:99:17186,418,0 chrII 169960 . CTGCAAAATTATTCTGGATT C 10076 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=297.5710;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.91;MQ0=0;QD=96.88;RPA=2,1;RU=TGCAAAATTATTCTGGATT;SB=-6.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:50,53:104:99:10076,163,0 chrII 172242 . T TA 5159 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=823.5176;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.29;MQ0=0;QD=35.83;SB=-1.157e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,133:144:99:5159,394,0 chrII 174499 . GAAGAAA G 5013 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=222.8895;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.15;MQ0=0;QD=42.48;RPA=4,3;RU=AAGAAA;SB=-1.835e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,76:117:99:5013,214,0 chrII 174802 . T TAA 1362.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=137.2866;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.46;MQ0=0;QD=34.07;RPA=5,7;RU=A;SB=-1.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,35:40:99:1405,105,0 chrII 174880 . T TA 2469.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=641.6236;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.55;MQ0=0;QD=31.67;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,72:77:99:2512,220,0 chrII 184282 . CA C 4031 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=518.0812;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;QD=31.01;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.047e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,123:130:99:4031,343,0 chrII 191124 . CATT C 4723 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.204;DP=119;FS=14.635;HaplotypeScore=1311.8266;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.192;QD=39.69;ReadPosRankSum=5.435;SB=-1.409e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,104:119:99:4723,173,0 chrII 191128 . GTTT G 4765 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.168;DP=126;FS=22.439;HaplotypeScore=1341.8134;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.94;MQ0=0;MQRankSum=-2.448;QD=37.82;ReadPosRankSum=5.877;SB=-1.485e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,104:126:99:4765,174,0 chrII 191688 . GA G 3025.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=245.0317;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.90;MQ0=0;QD=22.92;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.353e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,121:132:99:3068,345,0 chrII 191762 . TG T 4223 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=771.2808;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.47;MQ0=0;QD=31.05;SB=-1.843e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,116:136:99:4223,373,0 chrII 191777 . G GT 4524 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=621.0817;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.63;MQ0=0;QD=34.80;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.865e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,116:130:99:4524,367,0 chrII 192232 . CTT C 2221.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=376.9583;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.47;MQ0=0;QD=22.91;RPA=13,11;RU=T;SB=-9.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,57:97:99:2264,219,0 chrII 192269 . AGAT A 4164 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=367.9859;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.34;MQ0=0;QD=45.26;RPA=2,1;RU=GAT;SB=-1.836e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,83:92:99:4164,241,0 chrII 193546 . C CAAT 9147 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=193;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=61.8970;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.02;MQ0=0;QD=47.39;RPA=1,2;RU=AAT;SB=-3.993e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,180:193:99:9147,518,0 chrII 193715 . G GA 2377.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.135;DP=154;FS=3.010;HaplotypeScore=238.1595;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.062;QD=15.44;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.037;SB=-1.162e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:48,98:154:99:2420,250,0 chrII 196362 . GA G 3922 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.706;DP=191;FS=0.000;HaplotypeScore=259.6256;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=0.086;QD=20.53;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.086;SB=-1.298e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,168:191:99:3922,459,0 chrII 197567 . AT A 2049.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=496.4517;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.07;MQ0=1;QD=22.28;RPA=7,6;RU=T;SB=-2.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,81:91:99:2092,234,0 chrII 197596 . AT A 1274.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=745.1495;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.36;MQ0=1;QD=19.32;RPA=6,5;RU=T;SB=-2.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,50:65:99:1317,138,0 chrII 197606 . TA T 903.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=703.5166;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.18;MQ0=0;QD=17.38;RPA=5,4;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,43:52:99:946,102,0 chrII 197612 . TAAAAATC T 2310.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=494.3854;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.42;MQ0=0;QD=51.35;SB=-7.100e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,28:45:90:2353,90,0 chrII 197708 . TGG T 693.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.156;DP=27;FS=7.782;HaplotypeScore=371.9695;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.735;QD=25.70;ReadPosRankSum=1.542;SB=-2.000e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,15:26:44:736,44,0 chrII 197720 . A AAAG 980.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=286.8365;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.51;MQ0=2;QD=49.05;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,16:18:54:1023,54,0 chrII 197939 . A AGTGGGTGTGGGTGTGGT 2502.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=54.1429;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.68;MQ0=14;QD=75.85;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,10:15:42:2545,42,0 chrII 198429 . TA T 2329.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=137.9461;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;QD=20.99;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.157e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,101:111:99:2372,285,0 chrII 198720 . CT C 4394 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=795.7215;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.21;MQ0=0;QD=27.12;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.194e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,156:162:99:4394,439,0 chrII 205754 . GGAAGAAGAAGAGGAA G 10678 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=204;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=57.9064;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.69;MQ0=1;QD=52.34;RPA=2,1;RU=GAAGAAGAAGAGGAA;SB=-2.944e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:86,116:203:99:10678,319,0 chrII 211254 . TAAC T 10613 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=213;FS=0.000;HaplotypeScore=154.4750;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.03;MQ0=0;QD=49.83;SB=-4.698e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,209:213:99:10613,596,0 chrII 212391 . C CT 1775.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=74.9685;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.18;MQ0=0;QD=34.15;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,47:52:99:1818,141,0 chrII 212519 . T TA 390.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=30.2002;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=12.61;RPA=11,12;RU=A;SB=-6.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,21:31:54:433,54,0 chrII 220817 . CTTTTTT C 7141 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=559.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.95;MQ0=1;QD=66.74;RPA=9,3;RU=T;SB=-2.247e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,89:106:99:7141,277,0 chrII 220863 . TG T 4079 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=788.7753;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.05;MQ0=1;QD=37.42;SB=-1.366e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,104:108:99:4079,307,0 chrII 227159 . A AT 3518 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=250.9005;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.25;MQ0=0;QD=23.93;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.547e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,131:146:99:3518,372,0 chrII 235838 . TA T 4099 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;FS=0.000;HaplotypeScore=391.0440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.58;MQ0=0;QD=24.99;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.857e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,150:164:99:4099,436,0 chrII 236427 . TTTC T 2237.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=346.0294;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.63;MQ0=0;QD=39.96;RPA=2,1;RU=TTC;SB=-1.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,54:55:99:2280,144,0 chrII 238382 . C CA 2263.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=209.2520;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.12;MQ0=0;QD=22.87;RPA=7,8;RU=A;SB=-2.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,85:99:99:2306,240,0 chrII 238920 . AT A 4174 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=267.5406;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.26;MQ0=0;QD=29.81;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.862e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,134:140:99:4174,376,0 chrII 242639 . AT A 2704.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.503;DP=194;FS=0.000;HaplotypeScore=77.2849;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.36;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=13.94;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.883;SB=-9.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,140:194:99:2747,206,0 chrII 245763 . G GAAA 4775 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=323.3403;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.49;MQ0=0;QD=35.63;RPA=9,12;RU=A;SB=-1.808e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,103:134:99:4775,327,0 chrII 246942 . CT C 5173 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=355.5847;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=32.74;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.940e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,155:158:99:5173,439,0 chrII 248758 . CT C 2740.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=194.2979;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.41;MQ0=0;QD=27.14;RPA=4,3;RU=T;SB=-6.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,96:101:99:2783,276,0 chrII 251858 . TTTA T 4934 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=465.1778;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.17;MQ0=0;QD=45.69;RPA=2,1;RU=TTA;SB=-2.325e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,103:108:99:4934,295,0 chrII 252559 . CT C 5613 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=172;FS=0.000;HaplotypeScore=1345.4939;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.59;MQ0=0;QD=32.63;RPA=3,2;RU=T;SB=-2.363e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,169:172:99:5613,502,0 chrII 255862 . A AG 2970.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=205.1670;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.63;MQ0=0;QD=27.51;RPA=7,8;RU=G;SB=-9.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,100:108:99:3013,291,0 chrII 258993 . CATATAT C 4612 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=356.3415;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.19;MQ0=0;QD=58.38;RPA=8,5;RU=AT;SB=-1.945e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,69:79:99:4612,199,0 chrII 267481 . A AT 2472.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=349.3786;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=22.08;RPA=8,9;RU=T;SB=-9.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,95:112:99:2515,279,0 chrII 272537 . TTCATCA T 12521 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=84.1443;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.98;MQ0=0;QD=50.08;RPA=8,6;RU=TCA;SB=-4.211e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:48,201:249:99:12521,559,0 chrII 274224 . CT C 228.50 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=44.2866;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.175;QD=6.72;RPA=15,14;RU=T;ReadPosRankSum=-0.960;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,9:34:2:267,2,0 chrII 299551 . A AGTG 10442 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.624;DP=218;DS;FS=9.484;HaplotypeScore=1981.7032;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.18;MQ0=0;MQRankSum=-2.117;QD=47.90;ReadPosRankSum=2.585;SB=-4.995e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:57,161:217:99:10442,576,0 chrII 299554 . GGAA G,GGAAGAGAGCGAA 18269 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1576.8576;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=39.49;MQ0=0;QD=73.08;SB=-9.109e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:80,21,0:249:99:18269,17447,20614,802,0,205 chrII 326104 . AG A 3965 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=361.8522;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.82;MQ0=0;QD=33.60;SB=-1.813e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:118:99:3965,343,0 chrII 327315 . T TAA 4282 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=499.2221;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.61;MQ0=0;QD=41.57;RPA=1,3;RU=A;SB=-1.816e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,96:103:99:4282,286,0 chrII 332441 . TA T 2627.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=796.1588;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.85;MQ0=0;QD=26.02;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.134e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,92:101:99:2670,244,0 chrII 333127 . A AC 4385 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=514.2266;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.94;MQ0=0;QD=33.99;SB=-1.515e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,120:129:99:4385,364,0 chrII 333254 . TC T 4541 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=755.3267;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.61;MQ0=0;QD=32.91;RPA=2,1;RU=C;SB=-2.205e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,133:138:99:4541,373,0 chrII 334302 . TA T 927.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=16.9612;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;QD=19.33;RPA=8,7;RU=A;SB=-3.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,38:48:99:970,114,0 chrII 337246 . G GTCAGTA 11015 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=197;FS=0.000;HaplotypeScore=219.4668;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.09;MQ0=0;QD=55.91;RPA=2,3;RU=TCAGTA;SB=-3.871e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,157:197:99:11015,463,0 chrII 341546 . GT G 2856.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=228.6045;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.32;MQ0=0;QD=25.51;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.331e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,105:112:99:2899,300,0 chrII 342440 . G GA 2604.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.448;DP=160;FS=6.127;HaplotypeScore=241.2620;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=2.132;QD=16.28;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.939;SB=-1.278e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:52,96:160:99:2647,282,0 chrII 344186 . GTAT G 4864 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=365.0389;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.55;MQ0=0;QD=38.91;RPA=3,2;RU=TAT;SB=-1.129e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,109:125:99:4864,301,0 chrII 344409 . AT A 1847.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=19.1873;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.34;MQ0=0;QD=25.67;RPA=5,4;RU=T;SB=-7.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,68:72:99:1890,201,0 chrII 344499 . CTT C 2222.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=24.2786;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.08;MQ0=0;QD=28.87;RPA=9,7;RU=T;SB=-3.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,66:76:99:2265,195,0 chrII 351083 . CA C 3214.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=39.8626;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.19;MQ0=0;QD=26.35;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.608e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,118:122:99:3257,336,0 chrII 362572 . AATG A 7052 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=365.1855;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.91;MQ0=0;QD=48.97;SB=-3.275e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,137:144:99:7052,394,0 chrII 363108 . CA C 5085 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;FS=0.000;HaplotypeScore=721.9532;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.72;MQ0=0;QD=31.01;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.757e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,153:164:99:5085,439,0 chrII 363123 . AAC A 5280 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=688.1779;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.44;MQ0=0;QD=39.11;SB=-1.875e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,123:135:99:5280,364,0 chrII 363508 . GA G 2969.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=484.8609;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.56;MQ0=1;QD=24.96;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.245e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,107:116:99:3012,298,0 chrII 363517 . T TAC 4276 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=389.0433;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.26;MQ0=1;QD=37.84;SB=-1.873e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,93:110:99:4276,283,0 chrII 363755 . T TA 5652 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=167;FS=0.000;HaplotypeScore=967.7394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.02;MQ0=0;QD=33.84;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.715e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,151:167:99:5652,454,0 chrII 363840 . A AC 2132.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=11.486;DP=234;FS=39.768;HaplotypeScore=679.8539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.02;MQ0=0;MQRankSum=-5.611;QD=9.12;ReadPosRankSum=-3.029;SB=-7.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:163,69:234:99:2172,0,5179 chrII 364024 . A AT 6188 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=216;FS=0.000;HaplotypeScore=299.0524;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.37;MQ0=0;QD=28.65;RPA=2,3;RU=T;SB=-2.573e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,203:216:99:6188,551,0 chrII 369788 . C CT 878.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.720;DP=119;FS=4.024;HaplotypeScore=165.7731;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.812;QD=7.39;RPA=14,15;RU=T;ReadPosRankSum=-0.784;SB=-2.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:80,31:119:61:921,61,0 chrII 371596 . TA T 4214 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=545.8662;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.34;MQ0=0;QD=28.28;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.884e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,142:149:99:4214,385,0 chrII 372351 . TGGAAGAAGATGCAGCCTC T 10360 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=247;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=81.4500;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.82;MQ0=0;QD=41.94;RPA=2,1;RU=GGAAGAAGATGCAGCCTC;SB=-3.735e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:67,179:247:99:10360,481,0 chrII 373454 . G GTT 5083 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.662;DP=188;FS=0.000;HaplotypeScore=480.8826;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.94;MQ0=0;MQRankSum=1.709;QD=27.04;RPA=9,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.662;SB=-2.061e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,147:188:99:5083,409,0 chrII 373847 . TG T 4788 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=128.0429;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.13;MQ0=0;QD=34.70;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.978e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,136:138:99:4788,397,0 chrII 376157 . G GA 4289 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=172;FS=0.000;HaplotypeScore=739.8172;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.60;MQ0=0;QD=24.94;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.837e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,159:172:99:4289,459,0 chrII 376499 . A AT 2974.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=28.4443;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.70;MQ0=0;QD=27.80;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.331e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,104:107:99:3017,271,0 chrII 378442 . CT C 4857 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=192;FS=0.000;HaplotypeScore=107.0742;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.02;MQ0=0;QD=25.30;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.510e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,178:192:99:4857,508,0 chrII 380135 . TA T 2753.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.408;DP=164;FS=0.000;HaplotypeScore=44.4320;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.74;MQ0=0;MQRankSum=0.344;QD=16.79;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=2.408;SB=-1.332e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,129:164:99:2796,328,0 chrII 380871 . A AAAC 9119 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=195;FS=0.000;HaplotypeScore=348.5098;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.14;MQ0=0;QD=46.76;RPA=1,2;RU=AAC;SB=-3.822e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,176:195:99:9119,524,0 chrII 381376 . AG A 5000 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=193;FS=0.000;HaplotypeScore=221.7112;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.79;MQ0=0;QD=25.91;RPA=7,6;RU=G;SB=-1.125e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,178:193:99:5000,523,0 chrII 381543 . CGTGT C 4629 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.351;DP=190;FS=6.466;HaplotypeScore=2431.6613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.38;MQ0=0;MQRankSum=-5.135;QD=24.36;RPA=3,1;RU=GT;ReadPosRankSum=9.569;SB=-1.692e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,114:182:99:4629,0,1857 chrII 381550 . ACCCCTAACTCCGTG A 15962 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.037;DP=169;FS=11.619;HaplotypeScore=1235.1163;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.01;MQ0=0;MQRankSum=-2.229;QD=94.45;ReadPosRankSum=10.014;SB=-5.948e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,114:161:99:15962,0,1529 chrII 382925 . T TG 3313 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=461.0512;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.39;MQ0=0;QD=31.55;RPA=2,3;RU=G;SB=-1.539e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,90:105:99:3313,289,0 chrII 383052 . TAA T 3204.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.386;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=124.0604;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.658;QD=25.44;RPA=12,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.212;SB=-1.623e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,106:126:99:3247,295,0 chrII 383176 . C CG 3866 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=166.8040;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.04;MQ0=0;QD=31.95;RPA=2,3;RU=G;SB=-1.415e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,108:121:99:3866,334,0 chrII 386013 . TA T 2154.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=45.1077;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.26;MQ0=0;QD=27.28;RPA=3,2;RU=A;SB=-8.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,74:79:99:2197,196,0 chrII 389425 . TC T 523.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.753;DP=26;FS=10.300;HaplotypeScore=326.8745;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.150;QD=20.15;ReadPosRankSum=2.154;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,22:26:41:566,41,0 chrII 389429 . CG C 580.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=314.9857;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.50;MQ0=0;QD=23.24;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,22:25:73:623,73,0 chrII 389457 . A AT 439.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=242.2319;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.16;MQ0=0;QD=25.88;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,16:17:45:482,45,0 chrII 389487 . A ATCG 957.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=172.1794;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.10;MQ0=0;QD=50.42;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,18:19:54:1000,54,0 chrII 391492 . GA G 3655 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=170;FS=0.000;HaplotypeScore=306.6573;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.57;MQ0=0;QD=21.50;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.765e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,151:170:99:3655,434,0 chrII 392336 . C CT 2911.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.175;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=78.5190;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.350;QD=19.81;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.937;SB=-1.093e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,123:147:99:2954,252,0 chrII 392511 . C CAA,CA 2592.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.618;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=291.6804;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.61;MQ0=0;MQRankSum=0.048;QD=16.21;RPA=10,12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.884;SB=-8.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:77,6,76:158:99:2671,691,515,444,0,177 chrII 392897 . CT C 961.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.129;DP=140;FS=10.101;HaplotypeScore=838.3723;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.61;MQ0=0;MQRankSum=-3.429;QD=6.87;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=1.182;SB=-4.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,50:140:99:1001,0,2328 chrII 392901 . T TGCA 2037.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.253;DP=139;FS=9.932;HaplotypeScore=749.7459;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.88;MQ0=0;MQRankSum=-2.587;QD=14.66;ReadPosRankSum=0.696;SB=-1.028e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,45:139:99:2077,0,3955 chrII 393339 . CGA C 5636 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=111.3455;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.79;MQ0=0;QD=40.26;SB=-2.411e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,139:140:99:5636,373,0 chrII 395368 . A AT 2748.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=199.7974;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.89;MQ0=0;QD=27.49;RPA=4,5;RU=T;SB=-6.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,94:100:99:2791,277,0 chrII 405812 . TG T 3467 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=774.0070;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.83;MQ0=0;QD=30.96;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.514e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,106:107:99:3467,292,0 chrII 406366 . GA G 1518.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=19.7038;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;QD=20.25;RPA=7,6;RU=A;SB=-2.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,65:75:99:1561,177,0 chrII 407545 . T TA 3828 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=1264.5513;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.32;MQ0=0;QD=29.45;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.801e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,118:130:99:3828,358,0 chrII 407561 . GAA G 4340 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=1331.4483;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.49;MQ0=0;QD=36.78;SB=-2.035e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,99:118:99:4340,298,0 chrII 414951 . G GA 5077 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=222.8980;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;QD=36.26;SB=-2.457e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,130:140:99:5077,385,0 chrII 415720 . TA T 1779.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=266.9987;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.49;MQ0=0;QD=28.71;RPA=2,1;RU=A;SB=-3.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,58:62:99:1822,171,0 chrII 417214 . TCC T 3655 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=202.7518;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.11;MQ0=0;QD=38.07;RPA=7,5;RU=C;SB=-1.090e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,92:96:99:3655,277,0 chrII 418622 . A AT 492.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=33.8358;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.41;MQ0=0;QD=15.90;RPA=8,9;RU=T;SB=-2.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,18:31:60:535,60,0 chrII 418760 . ACT A 4675 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=33.0283;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.31;MQ0=0;QD=41.37;RPA=2,1;RU=CT;SB=-2.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:113:99:4675,337,0 chrII 419386 . CA C 3605 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=51.4204;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.51;MQ0=0;QD=26.31;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.748e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,132:137:99:3605,376,0 chrII 420372 . T TGTAGTAGTAGTA 7425 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;FS=0.000;HaplotypeScore=226.8617;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.80;MQ0=0;QD=44.73;RPA=7,11;RU=GTA;SB=-3.460e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:103,60:166:99:7425,193,0 chrII 423387 . G GGGAA 3465 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=190.6535;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.40;MQ0=0;QD=46.20;SB=-1.708e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,34:75:99:3465,186,0 chrII 423438 . GA G 1254.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=235.2629;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.09;MQ0=0;QD=19.01;RPA=9,8;RU=A;SB=-3.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,54:66:99:1297,156,0 chrII 424938 . GT G 204.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=23.4132;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.90;MQ0=0;QD=15.77;RPA=10,9;RU=T;SB=-7.394e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,12:13:30:247,30,0 chrII 427659 . GTATT G 1148.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=20.7096;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.70;MQ0=0;QD=31.92;RPA=2,1;RU=TATT;SB=-2.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,27:35:63:1191,63,0 chrII 444706 . GT G 2892.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=46.4743;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.60;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.338e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,119:128:99:2935,350,0 chrII 452274 . G GA 1294.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.319;DP=81;FS=2.861;HaplotypeScore=161.2552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.021;QD=15.99;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.147;SB=-5.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,49:81:99:1337,136,0 chrII 452394 . G GAAGA 4823 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=395.7193;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.00;MQ0=0;QD=49.21;RPA=1,2;RU=AAGA;SB=-2.003e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,86:98:99:4823,250,0 chrII 452435 . CTT C,CT 711.92 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.134;DP=103;FS=9.035;HaplotypeScore=515.6497;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=51.34;MQ0=0;MQRankSum=0.388;QD=6.91;RPA=16,14,15;RU=T;ReadPosRankSum=1.811;SB=-3.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:52,10,0:103:42:789,591,971,89,0,42 chrII 452575 . ATAAG A 8466 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=47.1101;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.76;MQ0=0;QD=58.39;SB=-3.405e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,144:145:99:8466,409,0 chrII 453451 . A ATTT 6944 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=591.0560;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.27;MQ0=0;QD=52.61;RPA=1,4;RU=T;SB=-1.522e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,120:132:99:6944,388,0 chrII 453454 . TA T 3877 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=899.7152;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.24;MQ0=0;QD=28.51;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.056e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,130:136:99:3877,382,0 chrII 453657 . TG T 5898 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=193;FS=0.000;HaplotypeScore=259.2541;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.50;MQ0=0;QD=30.56;RPA=4,3;RU=G;SB=-2.385e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,186:193:99:5898,544,0 chrII 454635 . A ATT 2377.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=245.2993;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.91;MQ0=0;QD=24.77;RPA=9,11;RU=T;SB=-1.155e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,63:96:99:2420,212,0 chrII 455272 . ATGCCACAGCAACAGCAGCTGCAACAAGGTGTAG A 4567 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=232;FS=0.000;HaplotypeScore=194.3394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.39;MQ0=0;QD=19.69;SB=-2.245e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:88,142:232:99:4567,397,0 chrII 455659 . G GCACAACCACATC 22304 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=214;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=67.8648;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.40;MQ0=0;QD=104.22;SB=-1.056e+04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,179:214:99:22304,557,0 chrII 456732 . A AT 2050.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.128;DP=202;FS=9.164;HaplotypeScore=2012.1093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.28;MQ0=0;MQRankSum=1.217;QD=10.15;ReadPosRankSum=7.801;SB=-9.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,117:202:99:2090,0,315 chrII 456733 . C CGCAAT 7334 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.285;DP=193;FS=16.106;HaplotypeScore=1407.7888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.71;MQ0=0;MQRankSum=0.815;QD=38.00;ReadPosRankSum=7.318;SB=-3.512e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,115:193:68:7334,0,68 chrII 460243 . CT C 2799.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=1597.9118;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.08;MQ0=0;QD=21.05;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.312e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,110:133:99:2842,312,0 chrII 460259 . T TATTTGTTGGTTCTAA 14000 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=797.9774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.16;MQ0=0;QD=127.27;SB=-5.862e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,63:110:99:14000,280,0 chrII 460267 . A ACT 5370 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=1309.1978;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.40;MQ0=0;QD=42.96;RPA=2,3;RU=CT;SB=-2.395e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,125:125:99:5370,376,0 chrII 460752 . G GA 6387 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=202;FS=0.000;HaplotypeScore=522.5584;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.83;MQ0=0;QD=31.62;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.841e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,193:202:99:6387,569,0 chrII 460889 . G GT 5406 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=210;FS=0.000;HaplotypeScore=472.8988;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.27;MQ0=0;QD=25.74;RPA=6,7;RU=T;SB=-2.566e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,182:210:99:5406,568,0 chrII 466942 . G GA 3018.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=336.8607;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.13;MQ0=0;QD=24.15;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.365e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,104:125:99:3061,324,0 chrII 467073 . CT C 3924 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=192;FS=0.000;HaplotypeScore=112.6209;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.66;MQ0=0;QD=20.44;RPA=10,9;RU=T;SB=-1.180e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,172:192:99:3924,482,0 chrII 474138 . G GAA 2882.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=260.5341;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.83;MQ0=0;QD=35.16;RPA=2,4;RU=A;SB=-1.022e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,74:82:99:2925,220,0 chrII 474313 . CAT C 4779 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=485.5460;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.26;MQ0=0;QD=31.24;RPA=6,5;RU=AT;SB=-1.640e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,138:153:99:4779,388,0 chrII 477019 . T TA 5568 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=166.5978;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.81;MQ0=0;QD=36.39;SB=-1.984e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,149:153:99:5568,421,0 chrII 477089 . GTATATATATA G 7646 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=196.2012;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.04;MQ0=0;QD=71.46;RPA=10,5;RU=TA;SB=-2.395e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,62:107:99:7646,208,0 chrII 477508 . A AT 1074.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.344;DP=70;FS=4.144;HaplotypeScore=33.9267;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.305;QD=15.36;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.940;SB=-4.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,48:70:26:1117,26,0 chrII 479153 . AG A 991.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=84.3903;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=21.11;RPA=7,6;RU=G;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,41:47:99:1034,111,0 chrII 486949 . C CTCATATTCATATTCATAT 6115 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=55.5173;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.48;MQ0=0;QD=115.38;RPA=3,6;RU=TCATAT;SB=-1.126e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,41:53:99:6115,114,0 chrII 488455 . GA G 4769 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=44.3940;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;QD=33.12;SB=-1.891e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,136:144:99:4769,388,0 chrII 490686 . A AGGGGCCTTCCGTCCACGGCAC 31346 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=193;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=243.3232;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.95;MQ0=0;QD=162.41;SB=-8.782e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,71:193:99:31346,511,0 chrII 492950 . GA G 382.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.073;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=142.3273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=0.723;QD=2.80;RPA=19,18;RU=A;ReadPosRankSum=0.815;SB=-1.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,13:135:99:422,0,520 chrII 501524 . C CAA 6334 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1463.2755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.86;MQ0=0;QD=38.39;RPA=1,3;RU=A;SB=-2.536e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,146:165:99:6334,469,0 chrII 504500 . A AG 2595.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=27.2277;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.91;MQ0=0;MQRankSum=1.147;QD=33.71;ReadPosRankSum=-0.024;SB=-6.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,74:77:99:2638,209,0 chrII 505510 . TCC T 1634.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=20.4438;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=32.06;RPA=3,1;RU=C;SB=-5.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,50:51:99:1677,117,0 chrII 515338 . C CTTT 6263 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=442.7470;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.44;MQ0=0;QD=46.05;RPA=3,6;RU=T;SB=-2.174e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,125:136:99:6263,370,0 chrII 526700 . AG A 3612 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=461.5246;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.85;MQ0=0;QD=32.25;RPA=3,2;RU=G;SB=-1.529e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,102:112:99:3612,310,0 chrII 526831 . GA G 1787.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.082;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=46.7653;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=0.547;QD=16.11;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.012;SB=-5.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,86:111:99:1830,181,0 chrII 528729 . GTGAGGATGTGGA G 9519 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=264.2386;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.32;MQ0=0;QD=72.66;RPA=2,1;RU=TGAGGATGTGGA;SB=-4.166e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:68,59:131:99:9519,223,0 chrII 530863 . A AT 2344.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=30.0439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.51;MQ0=0;QD=27.59;RPA=3,4;RU=T;SB=-5.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,81:85:99:2387,229,0 chrII 532340 . G GA 3487 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=114.1924;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.50;MQ0=0;QD=24.73;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.607e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,117:141:99:3487,369,0 chrII 532411 . GA G 3837 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=445.7999;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.55;MQ0=0;QD=26.46;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.660e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,139:145:99:3837,397,0 chrII 533149 . G GA 1967.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.466;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=449.2183;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.187;QD=27.33;ReadPosRankSum=0.986;SB=-8.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,67:72:99:2010,189,0 chrII 535220 . TAA T 3953 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=412.0002;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.97;MQ0=0;QD=39.14;RPA=4,2;RU=A;SB=-1.957e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,94:101:99:3953,277,0 chrII 539767 . T TA 2346.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=250.7167;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=19.89;RPA=5,6;RU=A;SB=-8.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,80:118:99:2389,240,0 chrII 541028 . G GACTTTATTTTC 5113 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=257.9144;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.82;MQ0=0;QD=45.65;RPA=1,2;RU=ACTTTATTTTC;SB=-1.969e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:71,39:112:99:5113,126,0 chrII 541062 . A ATCT 5519 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=1484.7081;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.29;MQ0=0;QD=45.99;RPA=1,2;RU=TCT;SB=-2.103e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,108:120:99:5519,325,0 chrII 541068 . TC T 4646 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=1721.2969;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.12;MQ0=0;QD=35.74;SB=-1.699e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,129:130:99:4646,388,0 chrII 541551 . ACTGTTACTGTAGTTATTG A 8001 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=979.3558;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=111.13;SB=-1.292e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:72:99:8001,123,0 chrII 546130 . CT C 4019 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=816.1890;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.44;MQ0=0;QD=31.90;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.851e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,121:126:99:4019,358,0 chrII 549616 . TG T 4265 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=328.1376;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;QD=29.01;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.859e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,139:147:99:4265,387,0 chrII 553512 . G GA 1040.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.823;DP=69;FS=5.298;HaplotypeScore=31.7893;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.64;MQ0=0;MQRankSum=1.664;QD=15.09;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.333;SB=-3.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,47:69:57:1083,57,0 chrII 555320 . C CT 2195.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=242.6853;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.26;MQ0=0;QD=22.87;RPA=6,7;RU=T;SB=-9.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,70:96:99:2238,237,0 chrII 555345 . C CT 2550.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=294.4546;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.56;MQ0=0;QD=31.11;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.157e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,71:82:99:2593,217,0 chrII 555566 . CT C 4102 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=826.9624;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.05;MQ0=0;QD=37.29;SB=-1.388e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,101:110:99:4102,316,0 chrII 555666 . T TC 5467 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=385.6581;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.88;MQ0=0;QD=33.96;RPA=1,2;RU=C;SB=-2.195e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,156:161:99:5467,445,0 chrII 556210 . GAT G 3154.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=423.2342;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.29;MQ0=0;QD=28.42;RPA=7,6;RU=AT;SB=-7.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,82:111:99:3197,265,0 chrII 558567 . T TC 4415 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=590.8031;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.50;MQ0=0;QD=36.79;SB=-1.595e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,118:120:99:4415,334,0 chrII 560006 . G GA 2674.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=512.6471;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.27;MQ0=0;QD=25.00;RPA=6,7;RU=A;SB=-3.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,91:107:99:2717,282,0 chrII 561222 . G GAAAA 690.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=273.5717;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.41;MQ0=0;QD=13.04;RPA=24,28;RU=A;SB=-2.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,25:52:75:733,75,0 chrII 563134 . G GA 1081.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.423;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=252.2905;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.267;QD=21.64;ReadPosRankSum=0.292;SB=-2.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,42:50:99:1124,100,0 chrII 572201 . CA C 4070 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=50.7553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.75;MQ0=0;QD=30.83;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.923e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,130:132:99:4070,358,0 chrII 576030 . TAAA T 2192.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.172;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=367.9570;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.62;MQ0=0;MQRankSum=1.292;QD=23.33;RPA=16,13;RU=A;ReadPosRankSum=3.102;SB=-7.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,53:94:99:2235,142,0 chrII 581631 . AGT A 4539 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=337.3109;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.20;MQ0=0;QD=39.82;RPA=2,1;RU=GT;SB=-1.409e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,109:114:99:4539,313,0 chrII 583485 . AT A 799.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=455.4585;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.60;MQ0=0;QD=17.39;RPA=11,10;RU=T;SB=-2.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,36:46:99:842,105,0 chrII 583527 . GTAAGATATCCTAAAAAACTAC G 10413 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=297.2666;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.00;MQ0=0;QD=189.33;SB=-1.443e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,49:55:99:10413,144,0 chrII 586331 . TA T 668.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.083;DP=54;FS=6.388;HaplotypeScore=110.8685;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.271;QD=12.39;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.650;SB=-3.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,37:54:43:711,43,0 chrII 591557 . CAAGAAAT C 1723.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=13.8988;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=82.09;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:57:1766,57,0 chrII 592749 . AT A 4745 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=510.7067;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.57;MQ0=0;QD=30.81;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.807e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,147:154:99:4745,415,0 chrII 593045 . G GAA 2730.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=129.5039;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.92;MQ0=0;QD=27.87;RPA=8,10;RU=A;SB=-3.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,77:98:99:2773,238,0 chrII 595518 . T TA 3481 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=564.3783;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.38;MQ0=0;QD=35.52;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.561e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,93:98:99:3481,277,0 chrII 597167 . T TA 1220.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=131.4916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.48;MQ0=0;QD=25.44;RPA=2,3;RU=A;SB=-5.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,47:48:99:1263,132,0 chrII 603601 . CT C 2851.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.417;DP=153;FS=4.296;HaplotypeScore=386.1646;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.64;MQ0=0;MQRankSum=0.816;QD=18.64;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.387;SB=-1.051e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,124:153:99:2894,334,0 chrII 605943 . AC A 7774 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=246;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1698.2059;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.75;MQ0=0;QD=31.60;RPA=3,2;RU=C;SB=-2.095e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,239:246:99:7774,698,0 chrII 607642 . GGA G 7253 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=182;FS=0.000;HaplotypeScore=746.4608;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.61;MQ0=0;QD=39.85;RPA=2,1;RU=GA;SB=-2.842e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,176:182:99:7253,511,0 chrII 614429 . GTT G 7123 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=174;FS=0.000;HaplotypeScore=745.3091;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.68;MQ0=0;QD=40.94;RPA=4,2;RU=T;SB=-3.183e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,160:174:99:7123,485,0 chrII 614769 . ATG A 7191 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=182;FS=0.000;HaplotypeScore=234.0388;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.35;MQ0=0;QD=39.51;RPA=2,1;RU=TG;SB=-3.415e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,172:182:99:7191,506,0 chrII 615984 . GA G 3961 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.234;DP=190;FS=4.098;HaplotypeScore=421.9859;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.545;QD=20.85;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.732;SB=-1.504e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,166:190:99:3961,472,0 chrII 618809 . T TA 5656 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=171;FS=0.000;HaplotypeScore=420.9198;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.29;MQ0=0;QD=33.08;RPA=1,2;RU=A;SB=-2.404e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,170:171:99:5656,466,0 chrII 628361 . C CT 2138.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=192.4229;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;QD=23.51;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,80:91:99:2181,232,0 chrII 628558 . GTT G 808.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.109;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=40.7456;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.022;QD=11.23;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.810;SB=-1.791e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,34:72:14:850,14,0 chrII 628886 . C CA 471.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=128.4813;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.43;MQ0=0;QD=15.22;RPA=5,6;RU=A;SB=-3.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,21:31:54:514,54,0 chrII 642993 . CAA C 2876.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=676.0311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.56;MQ0=0;MQRankSum=1.613;QD=24.80;RPA=11,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.254;SB=-1.057e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,91:116:99:2919,258,0 chrII 643272 . T TC 4541 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=45.9857;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.52;MQ0=0;QD=32.44;RPA=2,3;RU=C;SB=-1.778e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,134:140:99:4541,388,0 chrII 644106 . TAGCGTTTTGCTACTAACAA T 13292 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=169.4238;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.02;MQ0=0;QD=154.56;SB=-3.701e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,81:86:99:13292,241,0 chrII 645989 . AG A 1711.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.602;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=30.5143;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.490;QD=28.53;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=0.490;SB=-7.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,55:60:99:1754,155,0 chrII 647590 . AT A 1942.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=64.4513;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.78;MQ0=0;QD=16.61;RPA=11,10;RU=T;SB=-9.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,91:117:99:1985,253,0 chrII 649337 . TCAGCAG T 10303 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.640;DP=218;FS=3.632;HaplotypeScore=82.2465;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.80;MQ0=0;MQRankSum=1.709;QD=47.26;RPA=9,7;RU=CAG;ReadPosRankSum=-0.231;SB=-4.571e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:52,165:218:99:10303,431,0 chrII 650247 . GAC G 511.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=62.0775;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.19;MQ0=0;QD=13.13;RPA=7,6;RU=AC;SB=-2.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,20:39:54:554,54,0 chrII 653039 . C CAAA 2824.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.684;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=258.9182;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.540;QD=24.14;RPA=11,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.962;SB=-3.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,60:117:99:2867,206,0 chrII 653233 . AT A 2941.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.438;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=372.7490;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.21;MQ0=0;MQRankSum=0.523;QD=25.81;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=1.111;SB=-5.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:114:99:2984,313,0 chrII 655555 . G GAA 4006 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=302.1057;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.85;MQ0=0;QD=38.15;RPA=3,5;RU=A;SB=-1.450e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,100:105:99:4006,292,0 chrII 662564 . T TA 2307.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.330;DP=128;FS=2.153;HaplotypeScore=171.1310;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=2.479;QD=18.03;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.074;SB=-1.060e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,94:128:99:2350,212,0 chrII 662601 . GA G 1439.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=221.4652;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.85;MQ0=0;QD=17.35;RPA=10,9;RU=A;SB=-3.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,61:83:99:1482,182,0 chrII 673346 . A AT 1424.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.670;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=359.9735;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.309;QD=19.52;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.670;SB=-2.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,57:73:99:1467,144,0 chrII 679522 . G GA 1730.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=211.8017;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;QD=28.38;RPA=3,4;RU=A;SB=-6.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,57:61:99:1773,168,0 chrII 680339 . TAA T 3632 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.483;DP=181;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=470.6747;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.43;MQ0=0;MQRankSum=0.975;QD=20.07;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.314;SB=-1.624e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,124:181:99:3632,311,0 chrII 681870 . T TA 2098.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.038;DP=130;FS=1.849;HaplotypeScore=42.1811;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.436;QD=16.15;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.216;SB=-9.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,84:130:99:2141,161,0 chrII 681991 . C CAA 1386.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.256;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=134.5302;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.327;QD=18.74;RPA=13,15;RU=A;ReadPosRankSum=-0.182;SB=-5.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,23:73:99:1429,113,0 chrII 682041 . GT G 2679.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=105.0665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.85;MQ0=0;QD=22.91;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.027e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,113:117:99:2722,318,0 chrII 684840 . A ATT 895.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=154.2052;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.03;MQ0=0;QD=16.90;RPA=14,16;RU=T;SB=-2.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,27:53:96:938,96,0 chrII 685360 . GA G 2804.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=174.2725;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.17;MQ0=0;QD=21.74;RPA=7,6;RU=A;SB=-4.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,117:129:99:2847,321,0 chrII 694611 . T TA 190.94 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.091;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=22.2136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.552;QD=7.96;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.091;SB=-5.376e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,10:24:3:229,0,3 chrII 694777 . T TA 125.73 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.747;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=20.7377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.747;QD=11.43;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.747;SB=-2.679e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,7:11:0:163,0,0 chrII 698052 . CA C 2679.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=189.8762;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;QD=18.23;RPA=7,6;RU=A;SB=-7.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,116:147:99:2722,315,0 chrII 698075 . GA G 610.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.814;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=429.0388;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.119;QD=5.36;RPA=17,16;RU=A;ReadPosRankSum=0.119;SB=-2.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,27:113:99:650,0,104 chrII 698343 . GA G 2752.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=53.5545;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=18.73;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.154e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,131:147:99:2795,335,0 chrII 704438 . T TA 211.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.255;DP=33;FS=3.310;HaplotypeScore=33.7462;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.783;QD=6.42;RPA=14,15;RU=A;ReadPosRankSum=0.594;SB=-1.147e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,11:33:6:252,6,0 chrII 720886 . CA C 2762.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.056;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=473.0461;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.726;QD=26.82;ReadPosRankSum=1.211;SB=-1.092e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,95:103:99:2805,275,0 chrII 734729 . CT C 5802 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=225;FS=0.000;HaplotypeScore=326.8783;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.57;MQ0=0;QD=25.79;RPA=5,4;RU=T;SB=-2.447e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,214:225:99:5802,610,0 chrII 744718 . GT G 1642.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.694;DP=95;FS=3.050;HaplotypeScore=60.0661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.181;QD=17.29;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.990;SB=-8.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,81:95:99:1685,169,0 chrII 746362 . CATCTGCA C 7465 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=33.2568;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;QD=66.06;RPA=2,1;RU=ATCTGCA;SB=-2.711e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,90:113:99:7465,265,0 chrII 747841 . GT G 2490.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=29.2779;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.36;MQ0=0;QD=28.63;RPA=2,1;RU=T;SB=-2.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,81:87:99:2533,214,0 chrII 751216 . CA C 370.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.052;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=41.1796;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.470;QD=9.03;RPA=15,14;RU=A;ReadPosRankSum=-1.828;SB=-1.629e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,20:41:21:412,21,0 chrII 757162 . AAT A 2888.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=39.4491;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.18;MQ0=0;QD=25.34;RPA=8,7;RU=AT;SB=-1.167e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,84:114:99:2931,244,0 chrII 768017 . CG C 4000 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=383.1650;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.17;MQ0=0;QD=30.30;RPA=3,2;RU=G;SB=-1.765e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,111:132:99:4000,349,0 chrII 768073 . A AT 3788 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=275.3032;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.19;MQ0=0;QD=26.68;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.792e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,124:142:99:3788,373,0 chrII 768183 . TA T 2877.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=1003.4069;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.86;MQ0=0;QD=22.14;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.333e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,116:130:99:2920,330,0 chrII 773703 . C CAA 2797.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=78.5780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.61;MQ0=2;QD=18.53;RPA=10,12;RU=A;SB=-3.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:79,56:149:99:2840,300,0 chrII 780362 . G GCAA 8166 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.756;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=87.2095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=63.04;MQ0=0;MQRankSum=0.995;QD=32.66;RPA=6,7;RU=CAA;ReadPosRankSum=-0.995;SB=-2.671e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,200:250:99:8166,317,0 chrII 785355 . C CT 3749 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;FS=0.000;HaplotypeScore=288.0549;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;QD=22.86;RPA=8,9;RU=T;SB=-1.559e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,134:164:99:3749,414,0 chrII 785659 . G GA 4506 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=53.1571;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.27;MQ0=0;QD=29.84;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.528e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,143:151:99:4506,403,0 chrII 796545 . C CT 619.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.777;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=46.4085;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=0.896;QD=11.92;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.179;SB=-5.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,28:52:63:662,63,0 chrII 802300 . TA T 699.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.595;DP=141;FS=0.783;HaplotypeScore=176.8173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=0.334;QD=4.96;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.765;SB=-2.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,52:141:99:739,0,1167 chrII 808334 . C CA 908.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=92.9497;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.45;MQ0=0;QD=10.45;RPA=8,9;RU=A;SB=-2.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,56:87:99:951,111,0 chrII 809468 . G GAAA,GA 1386.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.896;DP=158;DS;FS=1.563;HaplotypeScore=164.2787;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=42.62;MQ0=0;MQRankSum=1.245;QD=8.78;RPA=14,17,15;RU=A;ReadPosRankSum=-1.123;SB=-4.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:107,12,30:149:99:1465,739,1136,426,0,343 chrII 809484 . CT C 432.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.432;DP=127;FS=20.250;HaplotypeScore=302.7276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.85;MQ0=1;MQRankSum=-2.967;QD=3.41;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=2.266;SB=-1.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,31:116:99:472,0,604 chrII 810318 . AT A 839.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.818;DP=191;DS;FS=26.671;HaplotypeScore=488.5747;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.03;MQ0=22;MQRankSum=3.578;QD=4.40;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=2.451;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:143,39:139:99:879,0,2035 chrIII 184 . A AC 1151.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.763;DP=215;FS=18.804;HaplotypeScore=1170.9356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.92;MQ0=20;MQRankSum=0.881;QD=5.36;RPA=2,3;RU=C;ReadPosRankSum=-0.551;SB=-3.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:153,56:144:99:1191,0,1136 chrIII 326 . CA C 776.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.514;DP=249;DS;FS=93.127;HaplotypeScore=2568.1909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.93;MQ0=19;MQRankSum=0.796;QD=3.12;ReadPosRankSum=6.377;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:185,62:159:99:816,0,2345 chrIII 329 . ACC A 1100.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.223;DP=247;DS;FS=142.548;HaplotypeScore=2567.8802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.02;MQ0=18;MQRankSum=3.218;QD=4.46;RPA=3,1;RU=C;ReadPosRankSum=2.916;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:182,63:158:99:1140,0,2263 chrIII 354 . AC A 1714.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.331;DP=234;DS;FS=152.235;HaplotypeScore=3357.3581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.09;MQ0=10;MQRankSum=1.024;QD=7.33;RPA=3,2;RU=C;ReadPosRankSum=5.066;SB=-2.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:111,109:154:99:1754,0,620 chrIII 361 . CCCT C 3294 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.473;DP=210;DS;FS=151.026;HaplotypeScore=3229.1051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.88;MQ0=4;MQRankSum=2.181;QD=15.69;ReadPosRankSum=3.964;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,102:148:99:3294,0,1748 chrIII 382 . A AC 1925.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.562;DP=233;DS;FS=250.304;HaplotypeScore=3741.9217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.00;MQ0=1;MQRankSum=1.564;QD=8.27;RPA=3,4;RU=C;ReadPosRankSum=1.672;SB=-3.011e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,148:146:99:1965,0,627 chrIII 403 . TA T 2164.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.625;DP=189;DS;FS=82.010;HaplotypeScore=2799.9877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.91;MQ0=0;MQRankSum=2.383;QD=11.45;ReadPosRankSum=1.623;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,147:98:99:2204,0,338 chrIII 435 . AC A 741.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.662;DP=181;DS;FS=89.785;HaplotypeScore=2045.1352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.04;MQ0=2;MQRankSum=0.191;QD=4.10;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=0.043;SB=-1.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,102:86:99:781,0,1069 chrIII 678 . A AT 4138 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.854;DP=241;DS;FS=2.911;HaplotypeScore=4878.4092;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.51;MQ0=15;MQRankSum=2.034;QD=17.17;ReadPosRankSum=5.143;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,160:188:96:4138,0,96 chrIII 681 . C CA 3114.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.217;DP=227;DS;FS=23.445;HaplotypeScore=5013.3027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.26;MQ0=13;MQRankSum=1.433;QD=13.72;ReadPosRankSum=5.989;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,160:190:99:3154,0,370 chrIII 682 . C CCAT 3289 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.231;DP=228;DS;FS=75.496;HaplotypeScore=5018.1553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.27;MQ0=13;MQRankSum=2.646;QD=14.43;ReadPosRankSum=6.231;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:141,87:191:99:3289,0,1338 chrIII 686 . T TACCACCTC 7945 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.356;DP=236;DS;FS=25.015;HaplotypeScore=4713.9287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.33;MQ0=12;MQRankSum=1.266;QD=33.67;ReadPosRankSum=6.218;SB=-8.300e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:161,74:197:99:7945,0,2141 chrIII 688 . C CACAT 3474 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.057;DP=250;DS;FS=16.079;HaplotypeScore=5543.4310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.72;MQ0=11;MQRankSum=0.470;QD=13.90;ReadPosRankSum=0.974;SB=-1.111e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:177,72:213:99:3474,0,2437 chrIII 1068 . A AT 1902.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.271;DP=247;DS;FS=82.234;HaplotypeScore=2975.6592;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.17;MQ0=18;MQRankSum=-3.958;QD=7.70;ReadPosRankSum=-1.021;SB=-9.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:123,96:182:99:1942,0,1372 chrIII 1070 . TC T 1603.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.756;DP=226;DS;FS=213.574;HaplotypeScore=2763.9879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.74;MQ0=20;MQRankSum=-2.266;QD=7.10;ReadPosRankSum=-2.753;SB=-5.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:130,96:161:99:1643,0,1766 chrIII 1102 . G GA 2712.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.721;DP=218;DS;FS=328.098;HaplotypeScore=3234.7267;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.52;MQ0=12;MQRankSum=-3.786;QD=12.44;ReadPosRankSum=3.545;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:120,93:173:99:2752,0,2458 chrIII 5998 . CT C 1642.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=423.1733;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.35;MQ0=11;QD=15.35;RPA=7,6;RU=T;SB=-3.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,79:94:99:1685,186,0 chrIII 8971 . AG A 2576.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.574;DP=208;DS;FS=1.203;HaplotypeScore=222.8495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.17;MQ0=3;MQRankSum=-0.592;QD=12.39;ReadPosRankSum=0.897;SB=-8.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:111,92:199:99:2616,0,3491 chrIII 9160 . T TC 1329.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.520;DP=86;FS=7.578;HaplotypeScore=65.3449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.53;MQ0=6;MQRankSum=3.647;QD=15.46;RPA=1,2;RU=C;ReadPosRankSum=-1.618;SB=-2.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,49:66:99:1369,0,379 chrIII 23991 . A AT 181.10 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=16.9102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=1.396;QD=4.42;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.611;SB=-6.768e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,20:41:12:220,0,12 chrIII 27364 . C CTTTCT 6230 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=31.8567;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.04;MQ0=0;QD=51.92;RPA=2,3;RU=TTTCT;SB=-2.848e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,97:120:99:6230,286,0 chrIII 40910 . CG C 4503 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=38.6941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=28.32;RPA=3,2;RU=G;SB=-1.717e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,139:159:99:4503,415,0 chrIII 50320 . AATATAT A 563.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=68.7419;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;QD=18.80;RPA=13,10;RU=AT;SB=-2.988e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,7:30:27:606,27,0 chrIII 50552 . AC A 870.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=209.0411;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.62;MQ0=0;QD=24.19;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,20:36:99:913,102,0 chrIII 50669 . G GC 2542.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=261.5062;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.45;MQ0=0;QD=24.45;RPA=5,6;RU=C;SB=-8.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,86:104:99:2585,282,0 chrIII 52350 . A ATT 2698.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=33.6608;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.19;MQ0=0;QD=30.33;RPA=7,9;RU=T;SB=-1.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,73:89:99:2741,214,0 chrIII 54924 . CA C 1643.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.653;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=56.4468;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.796;QD=14.42;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.815;SB=-6.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,77:114:79:1686,79,0 chrIII 55695 . GATGCTA G 15021 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=211;FS=0.000;HaplotypeScore=457.9771;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.16;MQ0=0;QD=71.19;SB=-4.981e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,193:211:99:15021,572,0 chrIII 71752 . CT C 4089 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;FS=0.000;HaplotypeScore=40.5518;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.56;MQ0=0;QD=24.34;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.829e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,157:168:99:4089,441,0 chrIII 76009 . CTT C 3030.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=30.0761;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.01;MQ0=0;QD=26.36;RPA=10,8;RU=T;SB=-8.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,95:114:99:3073,262,0 chrIII 78480 . CTT C 2908.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=126.3996;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.70;MQ0=0;QD=28.80;RPA=10,8;RU=T;SB=-1.072e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,84:101:99:2951,253,0 chrIII 78524 . C CAAA 3038.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=194.0902;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.85;MQ0=0;QD=31.33;RPA=9,12;RU=A;SB=-1.521e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,52:97:99:3081,219,0 chrIII 78799 . A ATT 2541.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=120.8148;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.15;MQ0=0;QD=24.68;RPA=10,12;RU=T;SB=-6.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,73:103:99:2584,238,0 chrIII 84075 . AATAAAAATCAACT A 718.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=286.5484;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.05;MQ0=2;MQRankSum=0.747;QD=28.76;ReadPosRankSum=0.747;SB=-4.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,5:11:99:758,0,130 chrIII 84122 . T TAC 1000.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.605;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=1268.7267;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=15.98;MQ0=9;MQRankSum=1.605;QD=10.88;ReadPosRankSum=1.348;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:66,26:27:35:1043,35,0 chrIII 84172 . TC T 2177.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=3002.2240;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.68;MQ0=7;QD=17.71;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:50,70:74:99:2220,211,0 chrIII 84175 . A AG 2149.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=2843.4266;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.07;MQ0=7;QD=18.86;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,70:71:99:2192,209,0 chrIII 84218 . AT A 2186.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=2205.0548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=34.17;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:64:99:2229,181,0 chrIII 91287 . A AATAT 301.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=30.7325;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=15.84;RPA=8,10;RU=AT;SB=-1.979e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,6:19:20:343,20,0 chrIII 92744 . TAA T 2324.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.117;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=192.8449;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.38;MQ0=0;MQRankSum=0.683;QD=27.03;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.950;SB=-1.123e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,71:86:99:2367,213,0 chrIII 94503 . AAT A 839.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=161.9403;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.77;MQ0=0;QD=19.09;RPA=4,3;RU=AT;SB=-3.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,36:44:69:882,69,0 chrIII 105664 . T TGTTTTCG 19935 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=72.9195;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.19;MQ0=0;QD=79.74;SB=-5.701e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,188:250:99:19935,626,0 chrIII 130489 . TA T 168.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=48.0398;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=8.89;RPA=11,10;RU=A;SB=-2.298e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,11:19:27:211,27,0 chrIII 130514 . TA T 78.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=21.3340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=7.11;RPA=12,11;RU=A;SB=-2.475e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,7:11:15:120,15,0 chrIII 143044 . AT A 1153.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=29.0009;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.77;MQ0=2;QD=14.99;RPA=2,1;RU=T;SB=-4.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,71:49:99:1196,108,0 chrIII 151108 . A AG 4671 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=37.5450;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;QD=36.78;SB=-1.770e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:127:99:4671,364,0 chrIII 162712 . TA T 2478.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.781;DP=127;FS=3.751;HaplotypeScore=80.0252;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.494;QD=19.52;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.713;SB=-1.035e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,111:127:99:2521,277,0 chrIII 163395 . GA G 1790.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=32.2508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.46;MQ0=0;QD=19.90;RPA=11,10;RU=A;SB=-8.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,77:90:99:1833,222,0 chrIII 177969 . GT G 2137.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.237;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=139.8223;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.275;QD=16.20;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.428;SB=-1.080e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,104:132:99:2180,245,0 chrIII 178453 . C CA 2195.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=63.5593;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=21.11;RPA=9,10;RU=A;SB=-8.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,79:104:99:2238,243,0 chrIII 190273 . TTA T 286.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0246;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=11.96;RPA=7,6;RU=TA;SB=-1.478e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,9:24:27:329,27,0 chrIII 207966 . T TG 5643 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=507.3892;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.26;MQ0=0;QD=35.94;SB=-1.527e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,136:157:99:5643,424,0 chrIII 208086 . TTGACA T 9685 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=173;FS=0.000;HaplotypeScore=77.0190;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.81;MQ0=0;QD=55.98;RPA=2,1;RU=TGACA;SB=-3.840e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,158:172:99:9685,451,0 chrIII 211722 . G GAA,GA 1683.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.518;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=81.9098;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=0.404;QD=12.66;RPA=15,17,16;RU=A;ReadPosRankSum=1.059;SB=-4.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:61,47,20:133:99:1762,330,249,835,0,702 chrIII 216599 . GT G 3491 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=44.0914;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;QD=22.52;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.650e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,133:155:99:3491,387,0 chrIII 224773 . TTATA T 166.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=12.8082;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.53;MQ0=0;QD=11.89;RPA=11,9;RU=TA;SB=-9.975e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,5:14:12:208,12,0 chrIII 227495 . A AC 1581.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=97.3979;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.58;MQ0=0;QD=20.02;RPA=8,9;RU=C;SB=-6.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,65:79:99:1624,191,0 chrIII 228047 . A AT 2548.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=77.4309;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.58;MQ0=0;QD=22.16;RPA=8,9;RU=T;SB=-8.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,104:115:99:2591,279,0 chrIII 228952 . AT A 3577 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=75.2379;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.30;MQ0=0;QD=27.95;SB=-8.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,117:128:99:3577,307,0 chrIII 229272 . CA C 1138.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.666;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=37.4348;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=1.666;QD=14.24;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=1.666;SB=-4.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,51:80:99:1181,150,0 chrIII 236789 . T TC 2445.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.970;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=320.1659;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.948;QD=26.30;RPA=1,2;RU=C;ReadPosRankSum=-0.936;SB=-1.213e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,54:93:99:2488,209,0 chrIII 236804 . CTT C 2580.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.130;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=313.8618;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.342;QD=26.61;RPA=12,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.909;SB=-1.241e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,79:97:99:2623,223,0 chrIII 242447 . ATTT A 1553.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.338;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=164.0328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.12;MQ0=0;MQRankSum=1.493;QD=25.47;RPA=16,13;RU=T;ReadPosRankSum=2.338;SB=-6.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,40:61:99:1596,120,0 chrIII 247980 . GTATATATA G 1542.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=39.5383;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.69;MQ0=0;QD=34.29;RPA=11,7;RU=TA;SB=-7.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,22:45:60:1585,60,0 chrIII 248847 . G GT 4099 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.669;DP=180;FS=2.408;HaplotypeScore=450.3751;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=0.040;QD=22.77;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=0.063;SB=-1.681e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,141:180:99:4099,425,0 chrIII 249269 . CA C 5269 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=179;FS=0.000;HaplotypeScore=1872.4838;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.80;MQ0=0;QD=29.44;RPA=3,2;RU=A;SB=-2.585e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,170:179:99:5269,496,0 chrIII 249314 . CCCTCCAAATCCGCCGGATCCTGAA C 11099 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=1060.7183;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.69;MQ0=0;QD=113.26;SB=-3.036e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:58,37:98:99:11099,223,0 chrIII 258828 . GT G 5319 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=717.8641;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.78;MQ0=0;QD=37.20;SB=-1.484e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,142:143:99:5319,424,0 chrIII 259458 . GC G 3120.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=324.4695;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=32.85;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:3163,262,0 chrIII 263350 . T TAA 4929 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;FS=0.000;HaplotypeScore=161.2309;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=1;QD=30.05;RPA=8,10;RU=A;SB=-2.013e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,137:163:99:4929,407,0 chrIII 264215 . GGTGCTGGTGCTGCTT G 18617 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;DP=210;FS=0.000;HaplotypeScore=355.9917;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.679;QD=88.65;ReadPosRankSum=1.805;SB=-6.764e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,188:210:99:18617,475,0 chrIII 273025 . GAA G,GA 513.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.916;DP=78;FS=2.707;HaplotypeScore=63.7291;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.458;QD=6.59;RPA=19,17,18;RU=A;ReadPosRankSum=0.114;SB=-2.421e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:46,7,0:78:78:592,366,515,108,0,78 chrIII 273630 . AT A 1962.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=23.4654;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.00;MQ0=0;QD=19.44;RPA=10,9;RU=T;SB=-8.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,88:101:99:2005,240,0 chrIII 290527 . A AT 2191.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=20.8020;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.60;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.106e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,79:97:99:2234,234,0 chrIII 292168 . T TAA 2017.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=142.4232;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.31;MQ0=0;QD=29.25;RPA=8,10;RU=A;SB=-3.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,54:69:99:2060,170,0 chrIII 292718 . G GA 654.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9505;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.19;RPA=7,8;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,25:26:72:697,72,0 chrIII 299045 . G GTTGGGTA 12615 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;FS=0.000;HaplotypeScore=468.5628;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.29;MQ0=0;QD=76.92;RPA=1,2;RU=TTGGGTA;SB=-5.523e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,128:164:99:12615,439,0 chrIII 304284 . TA T 1502.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.419;DP=244;DS;FS=8.586;HaplotypeScore=93.1813;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.280;QD=6.16;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.998;SB=-6.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:134,96:241:99:1542,0,1894 chrIII 306155 . CT C 2056.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.069;DP=220;FS=9.615;HaplotypeScore=53.5850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.272;QD=9.35;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=-2.568;SB=-9.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:119,100:217:99:2096,0,2371 chrIII 307602 . G GA 1686.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.006;DP=167;FS=7.490;HaplotypeScore=1107.6336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.81;MQ0=31;MQRankSum=-0.502;QD=10.10;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=-0.136;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,63:127:99:1726,0,1216 chrIII 316082 . A AG 3319 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.098;DP=245;DS;FS=51.452;HaplotypeScore=1385.8191;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.00;MQ0=22;MQRankSum=-1.399;QD=13.55;ReadPosRankSum=0.792;SB=-1.418e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,95:182:99:3319,0,844 chrIII 316162 . C CAG 2247.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.282;DP=223;DS;FS=28.475;HaplotypeScore=1789.7070;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.99;MQ0=9;MQRankSum=0.252;QD=10.08;ReadPosRankSum=1.635;SB=-9.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:160,62:131:99:2287,0,1119 chrIII 316463 . GT G 1703.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.226;DP=250;DS;FS=1.745;HaplotypeScore=6817.6911;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.24;MQ0=3;MQRankSum=-4.153;QD=6.82;ReadPosRankSum=2.299;SB=-6.100e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:183,66:243:99:1743,0,5073 chrIII 316485 . GT G 2663.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=5.639;DP=247;DS;FS=61.992;HaplotypeScore=6931.9312;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.91;MQ0=2;MQRankSum=-0.685;QD=10.78;ReadPosRankSum=2.213;SB=-2.544e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:176,67:240:4:2703,4,0 chrIII 316486 . TA T 5066 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=5.260;DP=243;DS;FS=69.977;HaplotypeScore=6578.5006;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.93;MQ0=2;MQRankSum=-2.276;QD=20.85;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=1.033;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:88,153:236:99:5066,307,0 chrIV 134 . C CCCACA 1803.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.564;DP=90;FS=7.156;HaplotypeScore=371.3101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.70;MQ0=15;MQRankSum=1.116;QD=20.04;RPA=1,2;RU=CCACA;ReadPosRankSum=2.177;SB=-6.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,31:55:99:1843,0,307 chrIV 149 . C CT 1298.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.363;DP=109;FS=1.426;HaplotypeScore=493.9967;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.01;MQ0=12;MQRankSum=-0.365;QD=11.92;ReadPosRankSum=1.898;SB=-6.676e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,40:72:59:1338,0,59 chrIV 257 . T TA 179.30 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.193;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=271.2738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.47;MQ0=4;MQRankSum=1.625;QD=5.78;ReadPosRankSum=1.625;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,10:17:8:218,0,8 chrIV 290 . C CTAG 333.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.133;DP=36;FS=17.482;HaplotypeScore=336.3838;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.36;MQ0=14;MQRankSum=1.926;QD=9.28;ReadPosRankSum=-1.133;SB=-3.811e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,7:17:99:373,0,215 chrIV 296 . A AC 156.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.766;DP=40;FS=13.570;HaplotypeScore=314.4949;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.58;MQ0=20;MQRankSum=2.298;QD=3.92;RPA=2,3;RU=C;ReadPosRankSum=-0.766;SB=0.010;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,9:15:99:196,0,122 chrIV 339 . AAC A 267.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.477;DP=88;FS=6.628;HaplotypeScore=559.2298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=15.37;MQ0=54;MQRankSum=2.123;QD=3.05;ReadPosRankSum=1.754;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,7:26:99:307,0,501 chrIV 344 . CA C 91.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.495;DP=87;FS=6.520;HaplotypeScore=606.5175;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=15.43;MQ0=54;MQRankSum=1.569;QD=1.06;ReadPosRankSum=0.386;SB=-1.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,7:27:99:131,0,332 chrIV 347 . TACCACTTACC T 557.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.083;DP=87;FS=2.793;HaplotypeScore=572.3099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=15.74;MQ0=53;MQRankSum=2.306;QD=6.41;ReadPosRankSum=3.194;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,7:28:99:597,0,1175 chrIV 361 . CTA C 48.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.767;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=524.1244;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=14.78;MQ0=57;MQRankSum=0.849;QD=0.51;ReadPosRankSum=3.183;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,7:30:88:88,0,472 chrIV 1434 . TA T 121.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;FS=0.000;HaplotypeScore=88.1856;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=3.55;MQ0=159;QD=0.73;RPA=4,3;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:158,6:5:15:163,15,0 chrIV 1449 . A AT 131.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=80.9513;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=4.00;MQ0=141;QD=0.89;RPA=2,3;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:142,6:6:15:173,15,0 chrIV 18803 . AAC A 974.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.617;DP=100;FS=58.439;HaplotypeScore=1213.3892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.36;MQ0=0;MQRankSum=-3.781;QD=9.75;ReadPosRankSum=2.734;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,30:98:99:1014,0,3065 chrIV 18807 . G GCA 991.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.457;DP=95;FS=60.462;HaplotypeScore=1213.1276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.22;MQ0=0;MQRankSum=-3.296;QD=10.44;ReadPosRankSum=2.894;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,30:93:99:1031,0,2624 chrIV 18831 . TG T 844.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.586;DP=71;FS=39.949;HaplotypeScore=1240.4349;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.27;MQ0=0;MQRankSum=-3.319;QD=11.90;ReadPosRankSum=3.409;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,30:67:99:884,0,1179 chrIV 26389 . T TA 776.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.264;DP=50;FS=3.259;HaplotypeScore=117.2329;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=0.140;QD=15.54;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.890;SB=-3.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,29:50:83:819,83,0 chrIV 60616 . G GTT 790.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=27.2446;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.72;MQ0=0;QD=24.72;RPA=10,12;RU=T;SB=-3.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,23:32:75:833,75,0 chrIV 66048 . GA G 2168.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.323;DP=115;FS=5.524;HaplotypeScore=46.4931;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.05;MQ0=0;MQRankSum=1.532;QD=18.86;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.010;SB=-7.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,97:115:99:2211,209,0 chrIV 67849 . A ATT 2212.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=360.5954;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.64;MQ0=1;QD=32.07;RPA=7,9;RU=T;SB=-9.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,53:68:99:2255,183,0 chrIV 67976 . T TC 4246 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=540.1780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.88;MQ0=0;QD=36.92;SB=-1.450e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,112:115:99:4246,337,0 chrIV 70378 . G GA 3407 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=86.2117;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.50;MQ0=0;QD=23.83;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.352e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,120:143:99:3407,346,0 chrIV 73916 . CATTCTTT C 10383 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=30.6183;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.62;MQ0=0;QD=74.70;RPA=2,1;RU=ATTCTTT;SB=-3.511e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,128:139:99:10383,376,0 chrIV 74736 . CATT C 8360 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=181;FS=0.000;HaplotypeScore=1145.9278;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.18;MQ0=0;QD=46.19;SB=-3.728e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,167:181:99:8360,481,0 chrIV 76735 . AT A 1615.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.828;DP=84;FS=3.203;HaplotypeScore=78.7028;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.130;QD=19.24;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.126;SB=-7.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,66:84:99:1658,181,0 chrIV 76825 . CA C 1927.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=220.5071;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.40;MQ0=0;QD=19.09;RPA=10,9;RU=A;SB=-8.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,86:101:99:1970,228,0 chrIV 77191 . C CTT 4918 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.706;DP=157;FS=3.144;HaplotypeScore=38.3078;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.70;MQ0=2;MQRankSum=0.997;QD=31.32;RPA=7,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.548;SB=-2.308e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,136:155:99:4918,377,0 chrIV 82419 . ATT A 2740.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=48.5723;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=1;QD=24.47;RPA=14,12;RU=T;SB=-1.013e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,87:111:99:2783,249,0 chrIV 83119 . CA C 7071 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=227;FS=0.000;HaplotypeScore=715.3971;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.02;MQ0=0;QD=31.15;RPA=4,3;RU=A;SB=-3.163e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,219:227:99:7071,656,0 chrIV 83421 . CA C 3875 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=1868.3210;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.34;MQ0=0;QD=30.04;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.931e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,119:129:99:3875,363,0 chrIV 83427 . G GTT 5912 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=1652.2541;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.45;MQ0=0;QD=48.46;SB=-2.922e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:122:99:5912,367,0 chrIV 88140 . G GTT 3971 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=20.9636;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.49;MQ0=1;QD=42.24;RPA=2,4;RU=T;SB=-7.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,92:93:99:3971,268,0 chrIV 93990 . C CT 2193.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=233.1707;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;QD=20.31;RPA=7,8;RU=T;SB=-9.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,81:108:99:2236,234,0 chrIV 95805 . CT C 1886.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=374.1533;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.95;MQ0=0;QD=26.96;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:48,21:70:99:1929,186,0 chrIV 95806 . T TC 1585.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=414.6410;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.14;MQ0=0;QD=22.34;RPA=1,2;RU=C;SB=-4.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,31:71:99:1628,180,0 chrIV 95924 . AT A 896.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=61.6523;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.27;MQ0=0;QD=19.50;RPA=8,7;RU=T;SB=-2.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,37:45:99:939,102,0 chrIV 99222 . TA T 3955 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=281.0836;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.26;MQ0=0;QD=25.52;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.175e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,138:155:99:3955,391,0 chrIV 99366 . CT C 2953.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=129.1415;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.29;MQ0=0;QD=27.35;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.406e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,95:108:99:2996,280,0 chrIV 99407 . GA G 1402.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.998;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=242.3325;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.352;QD=12.75;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=2.594;SB=-5.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,67:110:99:1445,99,0 chrIV 100476 . TA T 4564 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=35.9658;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.47;MQ0=0;QD=31.05;SB=-2.185e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,134:147:99:4564,409,0 chrIV 101105 . A ATT 3230.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.300;DP=124;FS=4.245;HaplotypeScore=290.5609;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.32;MQ0=0;MQRankSum=0.266;QD=26.05;RPA=10,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.033;SB=-1.218e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,74:124:99:3272,268,0 chrIV 103399 . A AG 4198 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.167;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=1310.6575;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.327;QD=28.56;ReadPosRankSum=2.025;SB=-1.881e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,130:147:99:4198,407,0 chrIV 103533 . GA G 4303 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=722.8232;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.27;MQ0=0;QD=27.06;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.710e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,149:159:99:4303,424,0 chrIV 106907 . ATT A 4215 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.944;DP=181;FS=0.000;HaplotypeScore=390.6381;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.234;QD=23.29;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.702;SB=-1.659e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:52,123:181:99:4215,342,0 chrIV 116123 . C CA 2095.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.624;DP=137;FS=3.335;HaplotypeScore=85.7295;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.31;MQ0=0;MQRankSum=0.469;QD=15.30;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.173;SB=-6.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,96:137:99:2138,110,0 chrIV 117115 . T TAGAA 4378 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=13.1842;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.40;MQ0=0;QD=64.38;SB=-1.905e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,60:68:99:4378,184,0 chrIV 117396 . CT C 2510.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=797.9321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.62;MQ0=0;QD=26.16;RPA=5,4;RU=T;SB=-8.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,85:96:99:2553,255,0 chrIV 117449 . CA C 3574 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.237;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=714.6798;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.81;MQ0=0;MQRankSum=0.636;QD=24.15;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=1.084;SB=-8.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,134:148:99:3574,388,0 chrIV 117988 . AT A 1764.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=429.4819;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.74;MQ0=0;QD=22.92;RPA=7,6;RU=T;SB=-8.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,69:77:99:1807,195,0 chrIV 118035 . GT G 1781.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=477.5401;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.42;MQ0=0;QD=22.00;RPA=8,7;RU=T;SB=-6.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,75:79:99:1824,201,0 chrIV 126537 . C CAT 738.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.002;DP=71;FS=47.063;HaplotypeScore=186.5747;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.52;MQ0=0;MQRankSum=4.826;QD=10.41;ReadPosRankSum=-0.179;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,36:69:99:778,0,119 chrIV 132892 . G GA 3467 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=31.9882;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.83;MQ0=0;QD=22.22;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.553e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,134:156:99:3467,366,0 chrIV 135456 . CTTT CT,C 722.07 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.334;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=157.5870;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.09;MQ0=0;MQRankSum=0.137;QD=8.40;RPA=18,16,15;RU=T;ReadPosRankSum=1.434;SB=-3.296e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:49,0,7:86:38:798,92,38,478,0,545 chrIV 144344 . CTTT C 4973 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=24.8719;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.67;MQ0=0;QD=41.79;RPA=9,6;RU=T;SB=-2.173e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,110:119:99:4973,313,0 chrIV 148054 . T TGTTTC 15212 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=334.5876;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.46;MQ0=0;QD=60.85;RPA=1,2;RU=GTTTC;SB=-5.174e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,209:250:99:15212,644,0 chrIV 156021 . AT A 2865.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.580;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=55.5636;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.29;MQ0=0;MQRankSum=1.671;QD=20.47;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.307;SB=-1.114e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,123:140:99:2908,313,0 chrIV 157980 . T TA 2433.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.541;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=399.7631;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.18;MQ0=0;MQRankSum=1.191;QD=34.28;ReadPosRankSum=-1.137;SB=-1.071e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,67:71:99:2476,188,0 chrIV 158816 . T TC 6162 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=143.7666;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.34;MQ0=0;QD=40.27;SB=-3.048e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,150:153:99:6162,433,0 chrIV 164943 . C CTT 2191.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.208;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=97.3169;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=0.162;QD=19.40;RPA=12,14;RU=T;ReadPosRankSum=-1.363;SB=-9.971e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,65:113:99:2234,182,0 chrIV 167521 . TG T 6178 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=190;FS=0.000;HaplotypeScore=36.3869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.79;MQ0=0;QD=32.52;RPA=4,3;RU=G;SB=-2.371e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,182:190:99:6178,532,0 chrIV 169915 . TA T 147.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=29.5081;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.84;MQ0=0;QD=9.87;RPA=13,12;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,11:15:26:190,26,0 chrIV 170362 . C CA 3526 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=805.8515;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.94;MQ0=0;QD=23.99;RPA=7,8;RU=A;SB=-9.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,132:147:99:3526,373,0 chrIV 174097 . C CATAT 986.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=113.5957;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.49;MQ0=0;QD=36.55;RPA=5,7;RU=AT;SB=-3.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,17:27:51:1029,51,0 chrIV 174131 . AC A 1066.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=114.3444;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=33.34;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,30:32:87:1109,87,0 chrIV 181921 . ATCTTCT A 11366 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=204;FS=0.000;HaplotypeScore=402.6171;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.62;MQ0=0;QD=55.72;RPA=6,4;RU=TCT;SB=-5.028e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,164:204:99:11366,466,0 chrIV 184671 . C CAA 6003 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=284.9653;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.50;MQ0=0;QD=38.98;RPA=3,5;RU=A;SB=-2.657e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,139:154:99:6003,430,0 chrIV 184754 . GA G 6816 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=196;FS=0.000;HaplotypeScore=275.2740;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.94;MQ0=0;QD=34.78;RPA=2,1;RU=A;SB=-3.043e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,188:195:99:6816,545,0 chrIV 192678 . AT A 1987.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=26.4313;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.35;MQ0=0;QD=22.34;RPA=9,8;RU=T;SB=-8.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,78:89:99:2030,228,0 chrIV 194311 . C CT 3205.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=357.1966;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.28;MQ0=0;QD=26.50;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.534e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,108:121:99:3248,328,0 chrIV 198376 . TG T 5561 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=251.4310;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.61;MQ0=0;QD=34.97;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.242e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,156:159:99:5561,442,0 chrIV 201643 . A AT 4112 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=30.1907;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.60;MQ0=0;QD=29.16;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.581e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,136:141:99:4112,400,0 chrIV 202896 . G GT 2524.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.318;DP=126;FS=12.291;HaplotypeScore=342.0145;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.993;QD=20.04;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=0.318;SB=-1.206e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,90:126:99:2567,280,0 chrIV 210813 . GA G 646.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=109.2882;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;QD=17.49;RPA=10,9;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,25:37:81:689,81,0 chrIV 210847 . G GT 931.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=104.3060;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.06;MQ0=0;QD=27.41;RPA=4,5;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,30:34:93:974,93,0 chrIV 210984 . T TA 2489.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=29.7917;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.58;MQ0=0;QD=22.64;RPA=9,10;RU=A;SB=-6.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,97:110:99:2532,279,0 chrIV 211214 . GA G 1111.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.594;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=134.5029;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.455;QD=14.08;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.762;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,52:79:99:1154,122,0 chrIV 212228 . TTAAAG T 3119.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=288.4432;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.82;MQ0=0;QD=58.87;RPA=2,1;RU=TAAAG;SB=-1.143e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,44:52:99:3162,135,0 chrIV 212608 . A AT 862.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=127.6349;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.27;MQ0=0;QD=26.15;RPA=6,7;RU=T;SB=-8.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,30:33:93:905,93,0 chrIV 213154 . A AT 3280 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=157.4556;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.09;MQ0=0;QD=29.82;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.146e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,105:110:99:3280,304,0 chrIV 213315 . C CTA 3827 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=35.3823;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.25;MQ0=0;QD=28.14;RPA=5,6;RU=TA;SB=-1.423e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,89:136:99:3827,289,0 chrIV 215724 . C CT 5342 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=186;FS=0.000;HaplotypeScore=37.8183;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;QD=28.72;RPA=4,5;RU=T;SB=-2.245e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,178:186:99:5342,514,0 chrIV 216024 . TTGTTACCTCGTCACC T 23886 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=195;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=253.0147;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.30;MQ0=0;QD=122.49;SB=-1.173e+04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,156:195:99:23886,452,0 chrIV 216493 . TAA T 5234 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=170;FS=0.000;HaplotypeScore=372.0710;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.04;MQ0=1;QD=30.79;RPA=10,8;RU=A;SB=-2.230e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,151:169:99:5234,433,0 chrIV 217385 . TG T 4827 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=879.0531;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.33;MQ0=0;QD=35.76;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.835e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,130:135:99:4827,382,0 chrIV 217877 . A AT 3012.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.332;DP=134;FS=8.660;HaplotypeScore=493.0513;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.762;QD=22.48;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.922;SB=-1.359e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,114:134:99:3055,247,0 chrIV 226825 . ATATATATATATATATATATATATATG A 341.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9495;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.83;MQ0=0;QD=21.34;SB=-4.954e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,7:16:12:383,12,0 chrIV 229533 . A ATAGTACTTC 9706 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=85.1625;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.28;MQ0=0;QD=89.87;SB=-4.065e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:48,57:108:99:9706,286,0 chrIV 229706 . A ATTT 5065 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=494.7873;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.58;MQ0=0;QD=42.92;RPA=3,6;RU=T;SB=-2.259e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,98:118:99:5065,301,0 chrIV 230558 . GT G 1082.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=25.1886;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.13;MQ0=0;QD=15.25;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,47:71:99:1125,123,0 chrIV 232237 . G GT 1417.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=209.2328;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=25.78;RPA=6,7;RU=T;SB=-2.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,50:55:99:1460,150,0 chrIV 232306 . G GT 848.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.702;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=58.6515;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.42;MQ0=0;MQRankSum=0.140;QD=21.22;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.047;SB=-2.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,36:40:85:891,85,0 chrIV 232542 . TAAAAGAAGTTTCCTCTTTCCTAAACTTA T 16303 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.040;DP=99;FS=3.112;HaplotypeScore=20.2299;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.289;QD=164.68;ReadPosRankSum=1.249;SB=-7.609e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,92:99:99:16303,236,0 chrIV 234086 . AT A 2084.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.470;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=591.7424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.88;MQ0=2;MQRankSum=1.605;QD=26.06;ReadPosRankSum=2.382;SB=-5.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,70:78:99:2127,205,0 chrIV 234091 . T TTA 2821.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=520.8107;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.35;MQ0=2;QD=35.72;SB=-5.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,62:77:99:2864,217,0 chrIV 234747 . G GT 4531 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=33.2733;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.22;MQ0=0;QD=32.36;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.562e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,137:140:99:4531,394,0 chrIV 236041 . AC A 1323.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=178.0152;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.41;MQ0=0;QD=35.78;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:99:1366,105,0 chrIV 240005 . CAA C 4633 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=375.1464;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.74;MQ0=0;QD=41.00;RPA=4,2;RU=A;SB=-9.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,104:113:99:4633,307,0 chrIV 240138 . CAT C 780.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=150.4197;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.57;MQ0=0;QD=15.02;RPA=10,9;RU=AT;SB=-2.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,23:52:66:823,66,0 chrIV 251252 . AT A 2438.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=251.0035;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.03;MQ0=0;QD=22.38;RPA=7,6;RU=T;SB=-6.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,98:109:99:2481,267,0 chrIV 251392 . CT C 4796 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;FS=0.000;HaplotypeScore=37.1661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.84;MQ0=0;QD=29.42;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.384e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,161:163:99:4796,466,0 chrIV 256579 . T TTATA 412.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=93.5775;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.92;MQ0=0;QD=17.96;RPA=7,9;RU=TA;SB=-1.568e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,7:23:25:455,25,0 chrIV 256612 . T TA 568.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.680;DP=32;FS=2.538;HaplotypeScore=58.6129;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.967;QD=17.77;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.468;SB=-1.916e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,27:32:10:610,10,0 chrIV 267474 . A AT 2796.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=23.2846;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.067;QD=24.75;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=1.522;SB=-1.368e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,103:113:99:2839,286,0 chrIV 270194 . C CA 1065.02 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.985;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=155.5865;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=0.290;QD=12.99;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.676;SB=-4.718e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,56:82:16:1104,0,16 chrIV 271809 . CTGT C 9327 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=60.0034;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;QD=37.31;RPA=5,4;RU=TGT;SB=-4.631e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,211:250:99:9327,605,0 chrIV 275006 . CG C 2928.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=86.4823;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.77;MQ0=0;QD=35.29;RPA=2,1;RU=G;SB=-4.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,78:83:99:2971,226,0 chrIV 283285 . GA G 2704.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.075;DP=176;FS=0.000;HaplotypeScore=58.8102;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.092;QD=15.37;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.192;SB=-1.345e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,124:176:99:2747,280,0 chrIV 284536 . TG T 3647 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=29.6240;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.99;MQ0=0;QD=39.64;SB=-1.313e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:92:99:3647,271,0 chrIV 285379 . A ATATG 8375 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=76.8875;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.03;MQ0=0;QD=56.59;SB=-2.285e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,136:148:99:8375,409,0 chrIV 286882 . CTTT CT,C 2783.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.262;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=72.7238;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.710;QD=19.61;RPA=14,12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.513;SB=-1.358e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:47,0,11:142:81:2862,346,81,1844,0,1764 chrIV 292338 . CA C 3736 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=149.1311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.36;MQ0=0;QD=24.91;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.429e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,138:150:99:3736,396,0 chrIV 292462 . A AT 3309 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=796.5432;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.10;MQ0=0;QD=30.08;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.267e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,99:110:99:3309,304,0 chrIV 298310 . T TAA 4996 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=565.2770;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.78;MQ0=0;QD=34.22;RPA=5,7;RU=A;SB=-1.993e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,126:146:99:4996,379,0 chrIV 300038 . G GA 2181.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=155;FS=2.151;HaplotypeScore=103.9417;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.387;QD=14.08;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-2.340;SB=-5.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:77,72:155:99:2224,198,0 chrIV 302334 . AAT A 774.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.550;DP=39;FS=3.023;HaplotypeScore=242.6333;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.96;MQ0=0;MQRankSum=1.044;QD=19.87;ReadPosRankSum=2.878;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,23:39:63:817,63,0 chrIV 302347 . TA T 650.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=279.7506;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.42;MQ0=0;QD=16.69;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,25:39:86:693,86,0 chrIV 302371 . CA C 1539.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=292.4008;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.48;MQ0=0;QD=25.25;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,57:61:99:1582,165,0 chrIV 303011 . T TTA 4994 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=204.9359;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.06;MQ0=0;QD=41.27;SB=-2.283e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,113:121:99:4994,331,0 chrIV 309595 . G GGAAC 1445.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=307.6441;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.57;MQ0=0;QD=55.61;RPA=1,2;RU=GAAC;SB=-4.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,23:26:69:1488,69,0 chrIV 309609 . TTAG T 1194.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=463.6437;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.86;MQ0=0;QD=38.55;RPA=3,2;RU=TAG;SB=-2.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,24:31:75:1237,75,0 chrIV 309620 . CA C 1093.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=465.4606;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.30;MQ0=0;QD=34.19;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:96:1136,96,0 chrIV 310657 . AT A 1851.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=120.5519;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.61;MQ0=0;QD=21.04;RPA=9,8;RU=T;SB=-6.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,76:88:99:1894,213,0 chrIV 314304 . TA T 167.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=10.0387;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.69;MQ0=0;QD=8.84;RPA=12,11;RU=A;SB=-1.018e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,9:19:27:210,27,0 chrIV 321870 . C CT 2768.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.874;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=56.8434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.04;MQ0=0;MQRankSum=1.677;QD=17.75;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.418;SB=-8.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,114:156:99:2811,147,0 chrIV 336148 . CT C 1364.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=26.8431;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.46;MQ0=0;QD=19.50;RPA=10,9;RU=T;SB=-2.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,60:70:99:1407,165,0 chrIV 336206 . C CT 189.94 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.474;DP=43;FS=2.933;HaplotypeScore=58.0382;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.303;QD=4.42;RPA=18,19;RU=T;ReadPosRankSum=-1.777;SB=-1.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,12:43:3:228,0,3 chrIV 356935 . GA G 2338.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=83.8095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.98;MQ0=0;QD=19.33;RPA=10,9;RU=A;SB=-7.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,98:121:99:2381,278,0 chrIV 357278 . GT G 4082 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.376;DP=192;FS=3.020;HaplotypeScore=310.5101;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.88;MQ0=0;MQRankSum=0.117;QD=21.26;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.641;SB=-1.139e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,155:192:99:4082,425,0 chrIV 359679 . C CT 1939.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=24.3135;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;QD=21.09;RPA=7,8;RU=T;SB=-3.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,69:92:99:1982,210,0 chrIV 364962 . TA T 492.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.242;DP=52;FS=2.542;HaplotypeScore=80.7054;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.188;QD=9.48;RPA=15,14;RU=A;ReadPosRankSum=0.671;SB=-1.369e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,30:52:3:532,3,0 chrIV 366513 . T TAA 3593 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=367.0953;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.39;MQ0=0;QD=29.45;RPA=8,10;RU=A;SB=-1.741e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,96:122:99:3593,295,0 chrIV 368457 . C CT 2240.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.485;DP=101;FS=4.771;HaplotypeScore=79.7341;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.536;QD=22.19;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.949;SB=-7.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,90:101:99:2283,242,0 chrIV 368819 . TA T 2445.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=37.5527;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.29;MQ0=0;QD=23.75;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.222e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,98:103:99:2488,273,0 chrIV 370874 . AAT A 1642.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=58.3457;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.94;MQ0=0;QD=35.72;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,38:46:99:1685,114,0 chrIV 370934 . CT C 314.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=75.0547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.35;MQ0=0;QD=24.23;RPA=4,3;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,12:13:33:357,33,0 chrIV 386154 . CA C 1953.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=37.9343;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.35;MQ0=0;QD=17.29;RPA=10,9;RU=A;SB=-9.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,96:113:99:1996,233,0 chrIV 392110 . GT G 1673.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.422;DP=123;FS=1.702;HaplotypeScore=426.5343;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.568;QD=13.61;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.591;SB=-8.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,75:123:87:1716,87,0 chrIV 392146 . GACACAC G 6649 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=430.4219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.47;MQ0=0;QD=53.19;RPA=13,10;RU=AC;SB=-2.271e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,87:125:99:6649,271,0 chrIV 403511 . G GT 1723.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.276;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=22.1011;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.957;QD=21.82;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.015;SB=-7.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,68:79:99:1766,130,0 chrIV 408487 . GT G 8856 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=247;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=160.3287;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.30;MQ0=0;QD=35.85;RPA=2,1;RU=T;SB=-2.890e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,244:247:99:8856,721,0 chrIV 410887 . AT A 1549.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=53.6085;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.30;MQ0=0;QD=14.09;RPA=14,13;RU=T;SB=-6.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,67:110:99:1592,209,0 chrIV 422749 . C CG 4014 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=29.1383;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.91;MQ0=0;QD=30.88;RPA=2,3;RU=G;SB=-1.941e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,123:130:99:4014,340,0 chrIV 431592 . T TTG 8204 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.597;DP=202;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=106.7806;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.455;QD=40.61;ReadPosRankSum=1.635;SB=-3.756e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,189:202:99:8204,515,0 chrIV 432137 . CAGTT C 10062 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=183;FS=0.000;HaplotypeScore=317.9058;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.70;MQ0=0;QD=54.98;RPA=2,1;RU=AGTT;SB=-3.302e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,169:183:99:10062,485,0 chrIV 434094 . A ATTT 4175 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=356.4923;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.09;MQ0=0;QD=42.17;RPA=6,9;RU=T;SB=-1.320e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,80:99:99:4175,268,0 chrIV 434256 . T TA 2931.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=55.8270;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.30;MQ0=0;QD=26.65;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.038e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,98:110:99:2974,298,0 chrIV 434392 . T TC 3642 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=221.8229;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.42;MQ0=0;QD=37.16;SB=-6.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,94:98:99:3642,274,0 chrIV 435390 . AT A 671.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=28.2612;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.94;MQ0=0;QD=35.37;RPA=2,1;RU=T;SB=-2.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57:714,57,0 chrIV 435452 . T TA 1459.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=134.9398;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.92;MQ0=0;QD=28.08;RPA=3,4;RU=A;SB=-6.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,47:52:99:1502,144,0 chrIV 435656 . C CT 3944 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=25.9327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.60;MQ0=0;QD=28.79;RPA=4,5;RU=T;SB=-8.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,120:137:99:3944,382,0 chrIV 435928 . TGACC T 4756 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=398.1703;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.60;MQ0=0;QD=44.45;RPA=2,1;RU=GACC;SB=-1.803e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,73:107:99:4756,235,0 chrIV 435980 . AC A 4058 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=446.7721;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.71;MQ0=0;QD=40.18;SB=-1.313e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,98:101:99:4058,295,0 chrIV 436314 . A AGG 3433 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=141.9591;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.69;MQ0=0;QD=50.49;SB=-1.112e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:68:99:3433,199,0 chrIV 437148 . A ATAAT 4537 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=189.5941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.23;MQ0=0;QD=63.01;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,63:72:99:4537,202,0 chrIV 441311 . GTTATTA G 10749 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=206;FS=0.000;HaplotypeScore=405.3798;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.07;MQ0=1;QD=52.18;RPA=5,3;RU=TTA;SB=-4.466e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,175:205:99:10749,496,0 chrIV 443942 . G GA 3460 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=35.6514;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.07;MQ0=0;QD=25.44;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.177e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,121:136:99:3460,364,0 chrIV 444097 . G GA 4220 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=23.8729;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;QD=36.38;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.393e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,98:116:99:4220,325,0 chrIV 446437 . A ATT 2232.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=13.5650;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.38;MQ0=0;QD=38.50;RPA=1,3;RU=T;SB=-2.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,49:58:99:2275,153,0 chrIV 449720 . T TA 757.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=182.6805;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.79;MQ0=0;QD=34.45;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,20:22:60:800,60,0 chrIV 449847 . TG T 1613.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=236.1618;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.14;MQ0=0;QD=26.46;SB=-3.300e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,53:61:99:1656,158,0 chrIV 450188 . GTATA G 461.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=56.1417;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.93;MQ0=0;QD=24.31;RPA=11,9;RU=TA;SB=-2.139e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,10:19:30:504,30,0 chrIV 452907 . C CA 574.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=30.8991;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.41;MQ0=0;QD=10.09;RPA=10,11;RU=A;SB=-7.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,30:57:69:617,69,0 chrIV 465158 . TTA T 6277 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=45.5510;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.47;MQ0=2;QD=45.16;SB=-2.644e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,124:136:99:6277,400,0 chrIV 465261 . TA T 3493 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=81.1451;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.84;MQ0=0;QD=22.68;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.201e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,138:154:99:3493,393,0 chrIV 465667 . CAA C 5754 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.022;DP=216;FS=0.000;HaplotypeScore=974.3096;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.54;MQ0=0;MQRankSum=0.256;QD=26.64;RPA=12,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.695;SB=-2.675e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:48,156:216:99:5754,475,0 chrIV 482472 . GA G 290.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.189;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=32.2090;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=1.449;QD=5.10;RPA=16,15;RU=A;ReadPosRankSum=-0.063;SB=-1.043e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,17:57:9:332,9,0 chrIV 482676 . AT A 3117.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=305.0954;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.04;MQ0=0;QD=22.93;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.295e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,118:136:99:3160,345,0 chrIV 485654 . CA C 3547 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;FS=0.000;HaplotypeScore=591.9608;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.50;MQ0=0;QD=21.76;RPA=10,9;RU=A;SB=-1.631e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,143:163:99:3547,405,0 chrIV 504022 . C CT 2257.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=21.9309;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.16;MQ0=0;QD=26.26;RPA=6,7;RU=T;SB=-3.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,83:86:99:2300,234,0 chrIV 507965 . AG A 581.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=33.5180;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.36;MQ0=0;QD=30.63;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:54:624,54,0 chrIV 509591 . GA G 1834.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=23.4957;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.98;MQ0=0;QD=25.84;RPA=8,7;RU=A;SB=-2.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1877,207,0 chrIV 519578 . C CA 168.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.589;DP=23;FS=6.021;HaplotypeScore=266.5616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.50;MQ0=15;MQRankSum=0.000;QD=7.35;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=-1.067;SB=0.053;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,6:8:51:208,0,51 chrIV 519643 . CA C 105.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.212;DP=20;FS=21.553;HaplotypeScore=86.6036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.31;MQ0=3;MQRankSum=0.817;QD=5.30;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=-2.313;SB=0.134;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,6:17:99:145,0,161 chrIV 521108 . A AT 2862.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.013;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=33.4123;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.046;QD=24.06;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.242;SB=-1.055e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,108:119:99:2905,292,0 chrIV 521286 . TA T 3482 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=31.6193;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;QD=25.23;RPA=6,5;RU=A;SB=-8.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,126:138:99:3482,361,0 chrIV 523046 . TA T 1017.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=41.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=19.96;RPA=9,8;RU=A;SB=-4.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,45:51:99:1060,120,0 chrIV 525268 . C CT 1178.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.501;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=160.2469;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.86;MQ0=0;MQRankSum=0.019;QD=14.20;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.908;SB=-4.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,58:83:87:1221,87,0 chrIV 538149 . TG T 2975.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=3743.9759;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=20.38;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:146:99:3018,318,0 chrIV 538153 . C CG 3298 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=3439.6288;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=31.11;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,104:106:99:3298,317,0 chrIV 538781 . TATGTAA T 2682.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=101.9359;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.38;MQ0=0;QD=62.39;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,42:43:99:2725,105,0 chrIV 541543 . GA G 5494 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=309.0477;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.90;MQ0=0;QD=39.53;SB=-2.104e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,137:139:99:5494,400,0 chrIV 544142 . A ATT 343.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=18.4773;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.51;MQ0=0;QD=9.30;RPA=9,11;RU=T;SB=-7.599e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,12:37:33:386,33,0 chrIV 544800 . TA T 130.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=39.7926;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=63.29;MQ0=0;QD=8.13;RPA=2,1;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,9:16:18:172,18,0 chrIV 546551 . G GT 2088.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.931;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=430.2445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.396;QD=16.06;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=0.021;SB=-9.651e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,90:130:99:2130,211,0 chrIV 550807 . TA T 3458 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.100;DP=176;FS=3.808;HaplotypeScore=51.1357;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.454;QD=19.65;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.569;SB=-1.442e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,147:176:99:3458,381,0 chrIV 560996 . A AACACAC 985.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=16.3500;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=42.87;RPA=6,9;RU=AC;SB=-3.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,12:23:45:1028,45,0 chrIV 561118 . T TA 1062.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=11.2959;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.17;MQ0=0;QD=23.11;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,41:46:99:1105,117,0 chrIV 562609 . G GA 2520.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.376;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=61.2860;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.386;QD=18.95;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.089;SB=-9.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,96:133:99:2563,232,0 chrIV 563111 . CA C 3982 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=27.7301;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.24;MQ0=0;QD=38.29;SB=-1.891e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:3982,295,0 chrIV 576324 . G GTTTT 2269.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=158.1087;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=39.14;RPA=8,12;RU=T;SB=-1.117e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,47:58:99:2312,147,0 chrIV 578452 . GT G 1677.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.712;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=228.0808;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.80;MQ0=0;MQRankSum=1.129;QD=19.07;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.052;SB=-2.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,75:88:99:1720,157,0 chrIV 582694 . AT A 5269 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=260.9983;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.87;MQ0=0;QD=33.14;RPA=2,1;RU=T;SB=-2.217e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,151:159:99:5269,421,0 chrIV 584615 . G GGACGACGACGACGACGACGAC 18786 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=89.1332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.88;MQ0=0;QD=141.25;RPA=4,11;RU=GAC;SB=-3.609e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,90:133:99:18786,301,0 chrIV 589651 . T TAA 763.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.135;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=104.4472;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.538;QD=20.65;RPA=11,13;RU=A;ReadPosRankSum=-1.135;SB=-1.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,19:37:45:806,45,0 chrIV 589690 . TA T 222.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=59.7775;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.92;MQ0=0;QD=13.94;RPA=9,8;RU=A;SB=-8.194e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,10:16:30:265,30,0 chrIV 591697 . T TA 1210.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.015;DP=87;FS=5.345;HaplotypeScore=134.3805;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.046;QD=13.92;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.611;SB=-4.989e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,48:87:74:1253,74,0 chrIV 591782 . AT A 4635 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=176;FS=0.000;HaplotypeScore=225.4173;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.79;MQ0=0;QD=26.34;RPA=5,4;RU=T;SB=-8.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,170:176:99:4635,454,0 chrIV 592527 . ATGCAAATGCAAATGCAAATGCAACTGCAAATGCAAC A 8736 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=210;FS=0.000;HaplotypeScore=58.6406;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.55;MQ0=0;QD=41.60;SB=-2.682e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,181:210:99:8736,507,0 chrIV 596683 . A ATG 4585 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=186.5350;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.75;MQ0=0;QD=39.53;RPA=2,3;RU=TG;SB=-6.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,107:116:99:4585,319,0 chrIV 597101 . C CA 6487 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;FS=0.000;HaplotypeScore=33.6815;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.33;MQ0=0;QD=39.32;SB=-1.863e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,160:165:99:6487,455,0 chrIV 607042 . GAA G 484 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.166;DP=56;FS=3.132;HaplotypeScore=142.6373;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.23;MQ0=0;MQRankSum=0.178;QD=8.64;RPA=17,15;RU=A;ReadPosRankSum=3.338;SB=-2.064e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,15:55:23:526,23,0 chrIV 607060 . GAA G 1830.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.485;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=169.0656;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.02;MQ0=0;MQRankSum=-1.176;QD=24.41;RPA=8,6;RU=A;ReadPosRankSum=0.990;SB=-2.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,58:74:99:1873,159,0 chrIV 616414 . CA C 5144 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=183;FS=0.000;HaplotypeScore=39.6270;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.52;MQ0=0;QD=28.11;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.296e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,176:183:99:5144,508,0 chrIV 617276 . GTTTAA G 6854 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=135.5184;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.93;MQ0=0;QD=56.64;RPA=2,1;RU=TTTAA;SB=-1.780e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,97:119:99:6854,295,0 chrIV 617323 . T TA 2483.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=463.7500;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.46;MQ0=0;QD=20.53;RPA=8,9;RU=A;SB=-1.240e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,101:121:99:2526,273,0 chrIV 621879 . GAAA GA,G 853.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.076;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=135.3224;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.50;MQ0=0;MQRankSum=1.668;QD=10.17;RPA=19,17,16;RU=A;ReadPosRankSum=3.977;SB=-2.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:57,0,11:84:99:932,113,158,373,0,678 chrIV 629821 . C CT 3230.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.564;DP=153;FS=5.272;HaplotypeScore=49.0935;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.453;QD=21.11;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.548;SB=-1.126e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,119:153:99:3273,303,0 chrIV 630672 . CAA CTAA,C 1931.96 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=293.6074;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.65;MQ0=0;QD=26.11;SB=-8.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:3,0,14:74:60:2010,583,574,239,0,60 chrIV 636900 . A AT 1979.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.391;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=59.0625;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.751;QD=16.64;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.351;SB=-7.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,66:119:99:2022,173,0 chrIV 657631 . T TA 2405.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.469;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=140.2410;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.040;QD=21.68;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.335;SB=-9.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,89:111:99:2448,223,0 chrIV 668815 . GA G 117.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=17.8221;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.98;MQ0=0;QD=10.65;RPA=9,8;RU=A;SB=-2.687e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,9:11:18:159,18,0 chrIV 678226 . G GT 1673.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.583;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=46.1292;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.49;MQ0=0;MQRankSum=0.783;QD=19.24;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.617;SB=-1.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,71:87:99:1716,169,0 chrIV 680128 . CT C 2006.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=461.4725;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.49;MQ0=0;QD=18.58;RPA=11,10;RU=T;SB=-8.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,82:108:99:2049,237,0 chrIV 681972 . G GAT 476.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1706;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.03;RPA=6,7;RU=AT;SB=-2.379e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,10:28:39:519,39,0 chrIV 683941 . T TA 2517.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=176.2022;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;QD=27.07;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.024e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,85:93:99:2560,238,0 chrIV 688062 . C CTT 1441.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.557;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=82.1766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.433;QD=20.31;RPA=14,16;RU=T;ReadPosRankSum=0.804;SB=-2.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,45:71:99:1484,118,0 chrIV 693401 . TAA T 4287 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=24.1462;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.12;MQ0=3;QD=36.03;RPA=5,3;RU=A;SB=-1.087e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,106:114:99:4287,304,0 chrIV 698189 . T TG 3168.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=27.0140;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.24;MQ0=0;QD=33.36;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.087e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,92:95:99:3211,259,0 chrIV 720543 . A AAAGACAAAAGCAAGCT 6531 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=16.1260;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.69;MQ0=0;QD=76.84;RPA=1,2;RU=AAGACAAAAGCAAGCT;SB=-3.203e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,58:85:99:6531,169,0 chrIV 721191 . AGTTGGCTTTTCG A 12003 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=150.0391;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.05;MQ0=0;QD=77.44;SB=-2.628e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,143:155:99:12003,405,0 chrIV 721732 . AAT A 4437 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=49.5333;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.00;MQ0=0;QD=36.37;SB=-1.043e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,116:122:99:4437,338,0 chrIV 722252 . A AAAAT 768.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=107.5744;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.87;MQ0=0;QD=36.62;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,16:21:57:811,57,0 chrIV 727773 . T TA 6096 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=225;FS=0.000;HaplotypeScore=71.9583;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.91;MQ0=0;QD=27.09;RPA=3,4;RU=A;SB=-2.434e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,207:225:99:6096,565,0 chrIV 734082 . ATTATAC A 5558 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=21.7716;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.56;MQ0=0;QD=63.16;SB=-2.681e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,77:88:99:5558,205,0 chrIV 742290 . G GGTTATTGTC 15446 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=235;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=63.1368;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.31;MQ0=1;QD=65.73;RPA=1,2;RU=GTTATTGTC;SB=-6.777e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,190:232:99:15446,553,0 chrIV 746353 . CA C 1646.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.872;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=58.9061;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.717;QD=14.08;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.115;SB=-7.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,79:117:99:1689,136,0 chrIV 747085 . G GCAACAA 12199 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.525;DP=249;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=306.5048;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.331;QD=48.99;RPA=7,9;RU=CAA;ReadPosRankSum=-0.934;SB=-4.554e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:124,116:249:99:12199,444,0 chrIV 747514 . ACAGCAGCAGCAGCAGCAACAGCAG A 22156 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=712.2034;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.94;MQ0=1;QD=141.12;SB=-1.031e+04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:90,65:152:99:22156,436,0 chrIV 747516 . AGCAGCAGCAGCAGCAACAGCAGCA A 22156 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=711.8524;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.55;MQ0=1;QD=142.94;SB=-1.031e+04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:111,0:150:99:22156,436,0 chrIV 747519 . AGCAGCAGCAGCAACAGCAGCAACA A 18373 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=1087.1631;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.97;MQ0=1;QD=121.68;SB=-8.814e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:105,0:146:99:18373,400,0 chrIV 747648 . C CGCA 7628 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=192;FS=0.000;HaplotypeScore=403.0281;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.36;MQ0=0;QD=39.73;RPA=5,6;RU=GCA;SB=-3.642e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,157:192:99:7628,470,0 chrIV 750901 . CT C 3810 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=25.0762;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.36;MQ0=0;QD=28.65;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.870e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,130:133:99:3810,373,0 chrIV 751579 . T TG 8148 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=226;FS=0.000;HaplotypeScore=58.2634;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.13;MQ0=0;QD=36.05;RPA=1,2;RU=G;SB=-3.525e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,221:226:99:8148,638,0 chrIV 753495 . A AT 1181.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=112.9057;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.20;MQ0=0;QD=28.14;SB=-5.000e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:1224,123,0 chrIV 757585 . A AG 416.96 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=427.8409;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=15.78;MQ0=31;QD=6.04;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,34:14:39:459,39,0 chrIV 757589 . A ACGT 654.05 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.488;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=401.8965;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=15.89;MQ0=30;MQRankSum=-1.488;QD=9.62;ReadPosRankSum=1.488;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,34:14:20:696,20,0 chrIV 757593 . CAA C 533.24 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.488;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=412.2999;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.38;MQ0=26;MQRankSum=-1.736;QD=8.33;ReadPosRankSum=1.488;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,34:14:9:572,0,9 chrIV 794603 . T TG 5015 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=181;FS=0.000;HaplotypeScore=56.3613;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.40;MQ0=0;QD=27.71;RPA=4,5;RU=G;SB=-1.773e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,162:181:99:5015,457,0 chrIV 801680 . C CTCTTCT 6714 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.567;DP=186;FS=4.979;HaplotypeScore=55.5304;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.49;MQ0=0;MQRankSum=1.085;QD=36.10;RPA=13,15;RU=TCT;ReadPosRankSum=-1.538;SB=-2.123e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:79,99:186:99:6695,230,0 chrIV 808170 . A AT 3833 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.776;DP=173;FS=0.000;HaplotypeScore=47.2639;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.98;MQ0=0;MQRankSum=0.029;QD=22.16;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.239;SB=-1.573e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,151:173:99:3833,345,0 chrIV 810728 . G GCATCATCATCAT 7499 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=39.2507;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.82;MQ0=0;QD=70.08;RPA=8,12;RU=CAT;SB=-2.190e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,75:107:99:7499,229,0 chrIV 812934 . TG T 256.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=61.9178;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.43;MQ0=0;QD=23.36;RPA=3,2;RU=G;SB=-1.148e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,8:11:24:299,24,0 chrIV 812962 . C CAT 167.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.589;DP=10;FS=3.332;HaplotypeScore=68.5383;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.572;QD=16.80;RPA=9,10;RU=AT;ReadPosRankSum=-0.572;SB=-3.136e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:10:37:207,0,37 chrIV 813091 . TTG T 2336.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=9.0748;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.65;MQ0=0;QD=43.28;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:54:99:2379,157,0 chrIV 816631 . TA T 1687.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.592;DP=144;FS=1.780;HaplotypeScore=49.7625;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.88;MQ0=0;MQRankSum=0.987;QD=11.72;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.592;SB=-5.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:53,85:144:95:1730,95,0 chrIV 817531 . T TA 2295.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.884;DP=139;FS=4.567;HaplotypeScore=247.1298;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=0.714;QD=16.52;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.723;SB=-4.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,85:139:99:2338,125,0 chrIV 817682 . AAT A 3532 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=135.3046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.16;MQ0=0;QD=35.68;RPA=3,2;RU=AT;SB=-1.007e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,77:99:99:3532,256,0 chrIV 817729 . G GT 2400.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=209.4115;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.78;MQ0=0;QD=25.01;RPA=8,9;RU=T;SB=-6.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,87:96:99:2443,261,0 chrIV 821075 . T TAA 3383 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=121.2293;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.68;MQ0=0;QD=26.85;RPA=8,10;RU=A;SB=-1.557e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,94:126:99:3383,284,0 chrIV 854086 . AT A 2029.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=19.8300;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.43;MQ0=0;QD=20.93;RPA=9,8;RU=T;SB=-2.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,87:97:99:2072,237,0 chrIV 867984 . TA T 4933 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=228;FS=0.000;HaplotypeScore=1319.5381;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.00;MQ0=0;QD=21.64;RPA=11,10;RU=A;SB=-1.780e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,197:227:99:4933,552,0 chrIV 868111 . CA C 4990 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=205;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=104.4641;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.77;MQ0=0;QD=24.34;RPA=6,5;RU=A;SB=-2.334e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,183:205:99:4990,517,0 chrIV 869192 . T TAAC 6640 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.930;DP=210;FS=0.000;HaplotypeScore=472.6142;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=0.183;QD=31.62;ReadPosRankSum=-0.045;SB=-2.741e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:91,116:210:99:6640,369,0 chrIV 870855 . AG A 2575.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=291.0371;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.11;MQ0=0;QD=34.81;RPA=2,1;RU=G;SB=-5.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,67:74:99:2618,196,0 chrIV 870950 . G GT 5818 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;DP=248;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=521.4233;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.670;QD=23.46;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.895;SB=-2.500e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,222:248:99:5818,569,0 chrIV 871818 . A AAAG 1098.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=216.2661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.05;MQ0=1;QD=40.70;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,8:25:69:1141,69,0 chrIV 871823 . T TAC 274.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=145.4621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.69;MQ0=2;QD=12.50;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,7:19:25:317,25,0 chrIV 892532 . C CAA 777.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=55.6118;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.68;MQ0=0;QD=18.97;RPA=13,15;RU=A;SB=-2.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,23:41:77:820,77,0 chrIV 894993 . CA C 208.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4953;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=11.00;RPA=12,11;RU=A;SB=-1.019e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,13:19:30:251,30,0 chrIV 911454 . C CT 2059.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.735;DP=118;FS=3.858;HaplotypeScore=39.9339;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=0.264;QD=17.46;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.456;SB=-7.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,76:118:99:2102,120,0 chrIV 927319 . C CT 2058.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.171;DP=114;FS=5.228;HaplotypeScore=60.5814;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.687;QD=18.06;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.423;SB=-7.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,70:114:99:2101,183,0 chrIV 927438 . G GT 4552 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.578;DP=233;DS;FS=1.540;HaplotypeScore=79.2669;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.855;QD=19.54;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.415;SB=-1.928e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,178:233:99:4552,372,0 chrIV 929153 . TA T 667.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=19.4625;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.55;MQ0=0;QD=11.93;RPA=11,10;RU=A;SB=-2.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,34:56:84:710,84,0 chrIV 930964 . CATATAT C 1844.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=51.7599;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.19;MQ0=0;QD=45.00;RPA=11,8;RU=AT;SB=-6.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,26:41:84:1887,84,0 chrIV 936493 . AT A 4318 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=685.5452;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.65;MQ0=0;QD=29.99;RPA=4,3;RU=T;SB=-2.026e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,138:144:99:4318,400,0 chrIV 950553 . A AT 5975 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=174;FS=0.000;HaplotypeScore=315.6912;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.52;MQ0=0;QD=34.34;RPA=1,2;RU=T;SB=-2.185e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,165:174:99:5975,466,0 chrIV 964572 . CT C 1991.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=18.3739;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.88;MQ0=0;QD=23.16;RPA=6,5;RU=T;SB=-7.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,81:86:99:2034,207,0 chrIV 976090 . G GAA 4092 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=21.2676;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.71;MQ0=0;QD=38.60;RPA=3,5;RU=A;SB=-1.977e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,98:106:99:4092,292,0 chrIV 977331 . AT A 2461.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.109;DP=124;FS=6.241;HaplotypeScore=32.6595;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=0.760;QD=19.85;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.253;SB=-5.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,101:124:99:2504,274,0 chrIV 987129 . AC A 583.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=46.9137;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.04;MQ0=9;QD=18.25;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,18:18:48:626,48,0 chrIV 987213 . AG A 194.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=37.3416;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.42;MQ0=5;QD=17.65;RPA=2,1;RU=G;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,6:6:18:236,18,0 chrIV 987222 . G GA 179.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=38.8350;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.42;MQ0=5;QD=16.28;RPA=2,3;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,6:6:18:221,18,0 chrIV 1002291 . AT A 954.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.762;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=40.1568;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.55;MQ0=0;MQRankSum=0.544;QD=13.08;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.065;SB=-3.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,52:73:75:997,75,0 chrIV 1012110 . A AT 775.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.121;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=40.7941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=0.204;QD=14.11;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.102;SB=-3.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,37:54:76:818,76,0 chrIV 1013362 . C CA 1947.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.300;DP=85;FS=5.788;HaplotypeScore=170.4626;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=0.079;QD=22.92;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.553;SB=-2.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,68:85:99:1990,201,0 chrIV 1013977 . TC T 4270 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=163.0611;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.81;MQ0=0;QD=26.86;RPA=9,8;RU=C;SB=-1.920e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,147:159:99:4270,415,0 chrIV 1014377 . CG C 2508.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=20.6509;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.17;RPA=3,2;RU=G;SB=-1.240e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,83:86:99:2551,208,0 chrIV 1038649 . GTCA G 6175 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=217;FS=0.000;HaplotypeScore=56.0277;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.52;MQ0=0;QD=28.46;RPA=10,9;RU=TCA;SB=-2.913e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:73,142:217:99:6175,409,0 chrIV 1052356 . AT A 2917.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=24.8643;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.59;MQ0=0;QD=23.53;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.042e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,113:124:99:2960,306,0 chrIV 1054746 . CTTTTTAAAAAAAAAAAT C 8475 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=278.3646;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.38;MQ0=0;QD=141.25;SB=-2.577e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,46:60:99:8475,138,0 chrIV 1054847 . ATT A 1537.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=33.0256;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.98;MQ0=0;QD=25.21;RPA=12,10;RU=T;SB=-6.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,43:61:99:1580,141,0 chrIV 1055136 . G GA 4740 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=278.1119;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.48;MQ0=0;QD=29.63;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.410e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,152:160:99:4740,442,0 chrIV 1057929 . A ATT 535.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=93.6750;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.43;MQ0=0;QD=33.50;RPA=11,13;RU=T;SB=-3.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48:578,48,0 chrIV 1059916 . AT A 2248.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.841;DP=246;DS;FS=6.996;HaplotypeScore=1753.7255;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.41;MQ0=0;MQRankSum=-8.001;QD=9.14;ReadPosRankSum=-3.565;SB=-1.134e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:171,74:246:99:2288,0,6224 chrIV 1079010 . AT A 451.98 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.301;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=129.3630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.886;QD=6.03;RPA=20,19;RU=T;ReadPosRankSum=-0.526;SB=-9.196e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,15:75:22:491,0,22 chrIV 1081058 . GT G 1303.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=77.0428;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=14.02;RPA=8,7;RU=T;SB=-4.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,65:93:99:1346,150,0 chrIV 1105909 . ATT A,AT 737.40 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.934;DP=73;FS=5.444;HaplotypeScore=42.0421;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=1.557;QD=10.10;RPA=16,14,15;RU=T;ReadPosRankSum=-1.424;SB=-3.464e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:24,6,0:73:40:814,603,819,99,0,40 chrIV 1108233 . C CAT 3517 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=26.5630;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.21;MQ0=0;QD=27.91;RPA=5,6;RU=AT;SB=-1.675e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,99:125:99:3517,262,0 chrIV 1108511 . T TC 6305 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=175;FS=0.000;HaplotypeScore=350.3613;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.08;MQ0=0;QD=36.03;SB=-2.739e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,167:175:99:6305,469,0 chrIV 1108600 . GAA G,GA 2089.73 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.275;DP=145;FS=3.680;HaplotypeScore=506.5722;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.49;MQ0=0;MQRankSum=0.159;QD=14.41;RPA=16,14,15;RU=A;ReadPosRankSum=1.464;SB=-9.188e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:56,63,0:145:43:2167,212,43,1460,0,1282 chrIV 1109962 . ATTC A 2651.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=49.3784;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.72;MQ0=0;QD=49.11;RPA=2,1;RU=TTC;SB=-1.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,52:54:99:2694,151,0 chrIV 1110371 . CA C 584.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4062;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.98;MQ0=0;QD=17.73;RPA=9,8;RU=A;SB=-8.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,32:33:72:627,72,0 chrIV 1111863 . AT A 2345.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=19.0870;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.90;MQ0=0;QD=24.44;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.147e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,89:96:99:2388,255,0 chrIV 1150910 . A AG 4875 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=32.7284;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.28;MQ0=0;QD=32.72;RPA=2,3;RU=G;SB=-1.632e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,136:147:99:4875,412,0 chrIV 1174179 . C CA 6448 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=240;FS=0.000;HaplotypeScore=413.8591;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;QD=26.87;RPA=5,6;RU=A;SB=-2.138e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,218:240:99:6448,640,0 chrIV 1174453 . TAAA T 3718 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=261.3171;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.01;MQ0=0;QD=35.41;RPA=11,8;RU=A;SB=-1.505e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,79:105:99:3718,253,0 chrIV 1174736 . C CA 5084 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=682.5290;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.68;MQ0=0;QD=36.84;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.731e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,136:138:99:5084,391,0 chrIV 1178330 . C CT 111.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.946;DP=92;FS=1.038;HaplotypeScore=148.7756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.040;QD=1.22;RPA=16,17;RU=T;ReadPosRankSum=-2.416;SB=-7.424e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,7:92:99:151,0,598 chrIV 1229222 . C CAT 221.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.747;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=21.8859;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.747;QD=20.10;ReadPosRankSum=0.747;SB=-7.269e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,7:11:19:263,19,0 chrIV 1241111 . GA G 629.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=9.7556;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=20.32;RPA=12,11;RU=A;SB=-2.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:81:672,81,0 chrIV 1242276 . GA G 1504.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.206;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=31.8480;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.879;QD=16.01;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.692;SB=-3.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,71:94:99:1547,144,0 chrIV 1272102 . CT C 838.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.923;DP=53;FS=3.123;HaplotypeScore=52.5674;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;MQRankSum=0.350;QD=15.83;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.496;SB=-4.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,37:53:63:881,63,0 chrIV 1274074 . G GA 2768.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=340.1410;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.04;MQ0=0;QD=24.50;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.239e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,99:113:99:2811,288,0 chrIV 1276579 . C CAGTT 8789 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=286.2665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.77;MQ0=0;QD=62.33;RPA=1,2;RU=AGTT;SB=-3.720e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,137:141:99:8789,409,0 chrIV 1277186 . AT A 4641 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=232.2331;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.13;MQ0=0;QD=30.33;RPA=3,2;RU=T;SB=-2.098e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,145:153:99:4641,397,0 chrIV 1305680 . TG T 3224.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=164.5690;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.84;MQ0=0;QD=32.24;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.516e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,90:97:99:3266,271,0 chrIV 1305715 . A AT 2265.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=228.3402;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.30;MQ0=0;QD=24.63;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.030e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,80:89:99:2308,231,0 chrIV 1321982 . CATAT C 931.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=18.6288;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.25;MQ0=0;QD=24.53;RPA=10,8;RU=AT;SB=-4.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,18:38:54:974,54,0 chrIV 1330230 . G GT 2132.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=14.3558;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.94;MQ0=0;QD=30.91;RPA=2,3;RU=T;SB=-5.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,67:69:99:2175,192,0 chrIV 1340778 . AT A 3031.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=314.5478;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.61;MQ0=1;QD=22.97;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.454e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,109:130:99:3074,324,0 chrIV 1341641 . TCCCC T 6405 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=122.1966;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.59;MQ0=0;QD=53.38;RPA=11,7;RU=C;SB=-1.905e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,108:120:99:6405,319,0 chrIV 1344490 . AAGG A 4108 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=78.8836;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.96;MQ0=0;QD=46.16;RPA=3,2;RU=AGG;SB=-1.073e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,83:89:99:4108,238,0 chrIV 1345379 . C CA 4688 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=35.3453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.82;MQ0=0;QD=39.39;SB=-7.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:119:99:4688,334,0 chrIV 1346537 . CTGCTGT C 10132 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=179;FS=0.000;HaplotypeScore=38.6271;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.22;MQ0=0;QD=56.60;RPA=4,3;RU=TGCTGT;SB=-5.059e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,154:179:99:10132,430,0 chrIV 1352643 . T TAGTA 2437.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=1166.4281;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.79;MQ0=7;QD=36.39;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,6:60:99:2480,156,0 chrIV 1352723 . GAC G 635.09 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.542;DP=61;FS=12.553;HaplotypeScore=704.7941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=15.75;MQ0=43;MQRankSum=0.964;QD=10.41;ReadPosRankSum=-1.735;SB=-4.131e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,17:18:1:673,1,0 chrIV 1352728 . A AT 473.60 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.542;DP=62;FS=12.553;HaplotypeScore=721.6902;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=15.63;MQ0=44;MQRankSum=-1.349;QD=7.64;ReadPosRankSum=-1.542;SB=-6.411e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,17:18:11:515,11,0 chrIV 1352733 . A AT 467.23 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.542;DP=61;FS=12.553;HaplotypeScore=722.7214;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=15.75;MQ0=43;MQRankSum=-0.771;QD=7.66;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=-1.542;SB=-2.671e-01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,17:18:15:509,15,0 chrIV 1352752 . A AT 395.60 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.504;DP=52;FS=11.761;HaplotypeScore=776.8520;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.06;MQ0=34;MQRankSum=-1.273;QD=7.61;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=-1.504;SB=-6.406e-01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,15:18:11:437,11,0 chrIV 1352757 . TG T 172.02 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;DP=50;FS=9.031;HaplotypeScore=670.1069;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.40;MQ0=34;MQRankSum=0.747;QD=3.44;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=-0.747;SB=-2.997e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,10:16:16:211,0,16 chrIV 1357474 . A AATTTTT 230.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9385;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.17;MQ0=2;QD=10.50;SB=-5.300e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,10:20:33:273,33,0 chrIV 1359411 . A AT 1340.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=18.5306;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.82;MQ0=0;QD=20.01;RPA=8,9;RU=T;SB=-5.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,53:67:99:1383,150,0 chrIV 1383592 . G GA 3365 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.116;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=54.8730;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=0.931;QD=20.77;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.131;SB=-1.443e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,132:162:99:3365,314,0 chrIV 1398960 . CA C 4659 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=200;FS=0.000;HaplotypeScore=257.8066;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.48;MQ0=0;QD=23.30;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.813e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,179:200:99:4659,513,0 chrIV 1401450 . A AC 4807 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.709;DP=167;FS=0.000;HaplotypeScore=50.4014;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.35;MQ0=0;MQRankSum=0.639;QD=28.78;RPA=3,4;RU=C;ReadPosRankSum=-0.965;SB=-1.728e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,155:167:99:4807,443,0 chrIV 1404363 . TA T 1852.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=18.8613;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.06;RPA=7,6;RU=A;SB=-8.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,70:77:99:1895,201,0 chrIV 1410138 . A AT 5424 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=175;FS=0.000;HaplotypeScore=729.1328;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.02;MQ0=0;QD=30.99;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.212e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,162:175:99:5424,475,0 chrIV 1411307 . GAA G 8505 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=207;FS=0.000;HaplotypeScore=1349.9264;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.08;MQ0=0;QD=41.09;RPA=3,1;RU=A;SB=-3.645e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,186:207:99:8505,548,0 chrIV 1412225 . GAA G 1653.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.066;DP=94;FS=6.264;HaplotypeScore=39.5654;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.92;MQ0=0;MQRankSum=1.214;QD=17.60;RPA=15,13;RU=A;ReadPosRankSum=1.656;SB=-3.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,48:94:99:1696,141,0 chrIV 1412435 . CCAT C 2895.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.340;DP=94;FS=6.297;HaplotypeScore=605.5718;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.669;QD=30.81;ReadPosRankSum=1.687;SB=-7.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,46:94:99:2938,223,0 chrIV 1412444 . CCAT C 2933.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.789;DP=96;FS=5.870;HaplotypeScore=644.3237;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.93;MQ0=0;MQRankSum=1.315;QD=30.56;ReadPosRankSum=0.623;SB=-7.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,49:96:99:2976,229,0 chrIV 1418469 . CATAT C 527.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=9.1627;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.37;MQ0=0;QD=12.88;RPA=11,9;RU=AT;SB=-1.629e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,13:41:33:570,33,0 chrIV 1429311 . GTTT G 8825 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=223;FS=0.000;HaplotypeScore=238.1109;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.60;MQ0=0;QD=39.57;RPA=7,4;RU=T;SB=-3.509e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,172:223:99:8825,542,0 chrIV 1443639 . A ATT 419.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=44.1606;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.17;MQ0=0;QD=16.80;RPA=3,5;RU=T;SB=-8.099e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,12:25:40:462,40,0 chrIV 1447384 . CA C 4472 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=693.4630;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;QD=33.37;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.437e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,125:134:99:4472,370,0 chrIV 1447458 . CTTTTAAGCGGAATAACTCGAGTGGAAA C 11010 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=627.8449;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.04;MQ0=0;QD=135.93;SB=-2.694e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,39:81:99:11010,117,0 chrIV 1447514 . A AT 2183.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.507;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=1520.9850;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.25;MQ0=0;MQRankSum=0.718;QD=22.52;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.591;SB=-1.007e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,72:97:99:2226,240,0 chrIV 1450500 . AC A 3733 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=252.3875;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.51;MQ0=0;QD=33.04;SB=-1.482e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,99:112:99:3733,307,0 chrIV 1450690 . A AT 2517.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=583.9072;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.85;MQ0=0;QD=23.75;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.011e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,91:106:99:2560,261,0 chrIV 1451128 . A AT 1080.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.429;DP=59;FS=7.116;HaplotypeScore=271.9222;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.642;QD=18.32;ReadPosRankSum=0.227;SB=-4.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,43:59:99:1123,109,0 chrIV 1453159 . AT A 873.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=35.7557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=28.19;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:84:916,84,0 chrIV 1456594 . A AAAACAT 3688 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=10.9243;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=62.51;SB=-1.358e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:59:99:3688,174,0 chrIV 1459281 . G GT 2532.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=31.9282;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.10;MQ0=0;QD=22.22;RPA=7,8;RU=T;SB=-9.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,98:114:99:2575,276,0 chrIV 1459631 . C CT 5153 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=197;FS=0.000;HaplotypeScore=821.9880;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;QD=26.16;RPA=5,6;RU=T;SB=-2.284e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,189:197:99:5153,517,0 chrIV 1462121 . TACTATA T 5110 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=631.3976;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.20;MQ0=0;QD=56.78;RPA=2,1;RU=ACTATA;SB=-2.194e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,62:90:99:5110,190,0 chrIV 1462274 . G GA 3176.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=43.0144;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.08;MQ0=0;QD=24.63;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.354e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,118:129:99:3219,336,0 chrIV 1466418 . GTTT G 1107.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.621;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=190.9861;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.73;MQ0=0;MQRankSum=1.174;QD=17.31;RPA=17,14;RU=T;ReadPosRankSum=1.621;SB=-5.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,26:64:84:1150,84,0 chrIV 1468506 . C CAA,CA 1629.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.278;DP=112;FS=1.877;HaplotypeScore=154.7789;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.718;QD=14.55;RPA=13,15,14;RU=A;ReadPosRankSum=0.201;SB=-6.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:61,5,43:112:78:1708,1021,1034,205,0,78 chrIV 1468657 . CA C 2506.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=91.8903;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.03;MQ0=0;QD=26.96;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.194e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,90:93:99:2549,261,0 chrIV 1468883 . GT G 5310 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=190;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=720.4939;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.34;MQ0=0;QD=27.95;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.268e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,178:189:99:5310,523,0 chrIV 1469091 . GA G 3495 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.979;DP=195;DS;FS=6.674;HaplotypeScore=288.4961;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.79;MQ0=0;MQRankSum=0.021;QD=17.92;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.726;SB=-9.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,158:195:99:3495,347,0 chrIV 1469241 . G GA 3740 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=788.2266;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.41;MQ0=0;QD=24.77;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.752e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,134:150:99:3740,393,0 chrIV 1470478 . TA T 2971.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.990;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=48.9011;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.84;MQ0=0;MQRankSum=0.990;QD=20.50;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.390;SB=-1.458e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,122:145:99:3014,328,0 chrIV 1470991 . C CT 4404 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=214.2442;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.75;MQ0=0;QD=34.68;RPA=1,2;RU=T;SB=-2.153e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,124:127:99:4404,340,0 chrIV 1476639 . TTC T 8849 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=206;FS=0.000;HaplotypeScore=166.5259;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.80;MQ0=0;QD=42.96;SB=-3.661e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,203:206:99:8849,562,0 chrIV 1485402 . C CA 807.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.217;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=215.0681;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.86;MQ0=0;MQRankSum=0.541;QD=17.56;ReadPosRankSum=1.462;SB=-2.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,30:46:84:850,84,0 chrIV 1487183 . G GA 2585.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=57.5303;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=26.66;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.013e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,89:97:99:2628,253,0 chrIV 1487384 . CA C 1056.08 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.812;DP=71;FS=6.563;HaplotypeScore=61.5502;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.59;MQ0=0;MQRankSum=0.024;QD=14.87;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.002;SB=-4.401e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,57:71:13:1095,0,13 chrIV 1489201 . TA T 1820.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=108.8214;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.50;MQ0=0;QD=29.37;RPA=4,3;RU=A;SB=-6.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,59:62:99:1863,174,0 chrIV 1490904 . CTT C 2804.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=227.8317;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.68;MQ0=0;QD=29.53;RPA=9,7;RU=T;SB=-7.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,74:95:99:2847,232,0 chrIV 1492419 . G GA 3186.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=624.5742;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.44;MQ0=0;QD=21.11;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.369e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,124:149:99:3229,360,0 chrIV 1492428 . AAT A 6236 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=484.2080;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.37;MQ0=2;QD=42.14;SB=-2.764e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,132:144:99:6236,406,0 chrIV 1492503 . T TG 4266 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=222.8780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.09;MQ0=2;QD=36.15;SB=-1.658e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,107:114:99:4266,316,0 chrIV 1492673 . TATTA T 5443 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=303.0345;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.49;MQ0=0;QD=49.04;RPA=2,1;RU=ATTA;SB=-2.333e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,91:111:99:5443,274,0 chrIV 1492707 . AG A 4641 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=483.4071;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.11;MQ0=0;QD=37.73;SB=-2.282e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:123:99:4641,340,0 chrIV 1492990 . C CA 3843 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=406.2724;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.54;MQ0=0;QD=24.63;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.840e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,137:156:99:3843,405,0 chrIV 1493077 . AT A 4925 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=899.9488;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.62;MQ0=0;QD=33.97;RPA=2,1;RU=T;SB=-2.261e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,132:145:99:4925,400,0 chrIV 1493407 . TCTGAG T 8535 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=196.0209;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.52;MQ0=0;QD=68.28;SB=-4.084e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,116:125:99:8535,343,0 chrIV 1496147 . A AT 1899.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=80.7561;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.95;MQ0=0;QD=25.00;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,72:76:99:1942,203,0 chrIV 1501055 . G GA 1245.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.718;DP=94;FS=2.714;HaplotypeScore=480.0967;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.298;QD=13.25;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=1.947;SB=-4.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,58:94:99:1288,114,0 chrIV 1502887 . AC A 3494 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=484.2187;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.55;MQ0=0;QD=36.78;RPA=2,1;RU=C;SB=-1.448e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,91:95:99:3494,274,0 chrIV 1502990 . TTC T 4885 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=213.3242;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.80;MQ0=0;QD=45.65;SB=-2.013e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,102:107:99:4885,304,0 chrIV 1503838 . C CAGA 5204 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=537.1371;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.51;MQ0=0;QD=42.66;RPA=1,2;RU=AGA;SB=-2.378e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,104:113:99:5204,289,0 chrIV 1505479 . C CT 2377.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=158.3573;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.29;MQ0=0;QD=25.57;RPA=7,8;RU=T;SB=-9.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,85:93:99:2420,258,0 chrIV 1505853 . AT A 3948 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=472.2749;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.45;MQ0=0;QD=31.09;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.952e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,120:127:99:3948,334,0 chrIV 1506383 . T TA 2468.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.353;DP=133;FS=3.147;HaplotypeScore=338.5233;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=0.636;QD=18.56;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.601;SB=-1.206e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,97:133:99:2511,267,0 chrIV 1513956 . C CT,CTT 2507.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.546;DP=120;FS=3.014;HaplotypeScore=43.4154;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.126;QD=20.90;RPA=11,12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-1.302;SB=-1.222e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:27,10,76:120:65:2586,1643,1441,248,0,65 chrIV 1514915 . AT A 3540 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=294.3553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.34;MQ0=0;QD=29.75;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.368e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,113:119:99:3540,295,0 chrIV 1515034 . TAA T 4298 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=195.3547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.44;MQ0=2;QD=29.44;RPA=11,9;RU=A;SB=-1.687e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,126:144:99:4298,364,0 chrIV 1515941 . A AATAG 9118 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=920.0534;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.32;MQ0=0;QD=59.21;SB=-2.790e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,137:154:99:9118,424,0 chrIV 1516641 . T TG 6395 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.218;DP=234;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1598.2715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.400;QD=27.33;ReadPosRankSum=3.282;SB=-2.722e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,202:234:99:6395,616,0 chrIV 1517680 . GT G 1543.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.039;DP=82;FS=3.979;HaplotypeScore=356.3911;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.48;MQ0=0;MQRankSum=0.187;QD=18.83;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.253;SB=-5.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,71:81:99:1586,169,0 chrIV 1517858 . G GA 2079.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.285;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=223.6525;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.10;MQ0=0;MQRankSum=0.241;QD=22.86;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.680;SB=-9.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,82:91:99:2122,219,0 chrIV 1518486 . A AG 110.13 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=27.6329;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.11;MQ0=1;QD=10.01;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,8:10:17:152,17,0 chrIV 1518948 . G GT 1108.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.152;DP=84;FS=12.880;HaplotypeScore=217.2246;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.85;MQ0=0;MQRankSum=0.714;QD=13.20;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=-0.269;SB=-3.179e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,58:84:52:1151,52,0 chrIV 1521561 . TA T 5710 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=216;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1695.3815;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.58;MQ0=0;QD=26.44;RPA=5,4;RU=A;SB=-2.793e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,179:216:99:5710,538,0 chrIV 1521818 . C CA 937.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.873;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=1095.8643;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.94;MQ0=0;MQRankSum=0.647;QD=11.29;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.614;SB=-2.271e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,44:83:20:979,20,0 chrIV 1521847 . CAAGTGCTAATTATATCTTTTCCTTGACAA C 10074 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=224.4006;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.00;MQ0=0;QD=214.34;SB=-1.666e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,33:47:99:10074,129,0 chrIV 1522111 . TCTAGTGATATTCCATATGAGAATGGAACACAGGTAAG T 8261 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=107.5059;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.16;MQ0=0;QD=135.43;SB=-1.613e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:61:99:8261,165,0 chrIV 1522428 . A AT 1686.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=604.6333;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.77;MQ0=0;QD=31.24;SB=-5.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,50:54:99:1729,156,0 chrIV 1522430 . AT A 1564.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=579.6188;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.87;MQ0=0;QD=31.30;SB=-5.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1607,150,0 chrIV 1522520 . T TG 2635.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.687;DP=81;FS=4.037;HaplotypeScore=807.3755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.775;QD=32.54;ReadPosRankSum=0.821;SB=-1.119e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,77:81:99:2678,222,0 chrIV 1522735 . CG C 4065 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=1276.9688;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.73;MQ0=0;QD=35.35;RPA=3,2;RU=G;SB=-1.332e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,112:115:99:4065,328,0 chrIV 1522851 . C CT 7304 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=230;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1552.7961;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.89;MQ0=0;QD=31.76;RPA=2,3;RU=T;SB=-2.890e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,208:230:99:7304,635,0 chrIV 1522916 . T TG 6180 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=192;FS=0.000;HaplotypeScore=1625.0983;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.86;MQ0=0;QD=32.19;RPA=2,3;RU=G;SB=-2.350e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,169:192:99:6180,521,0 chrIV 1524904 . T TC 144.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;DP=10;FS=7.782;HaplotypeScore=84.4741;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=14.41;ReadPosRankSum=0.736;SB=-1.863e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,5:7:5:184,5,0 chrIV 1525215 . TC T 238.50 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.747;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=229.7683;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=15.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.747;QD=19.88;ReadPosRankSum=0.747;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,11:8:4:278,4,0 chrIV 1525226 . T TA 217.04 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=231.4560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=15.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.747;QD=16.70;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.747;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,9:8:15:256,0,15 chrIV 1525229 . TACAC T 428 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=212.4877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=15.52;MQ0=0;QD=35.67;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,9:8:23:470,23,0 chrIV 1525255 . G GA 392.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=262.9766;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.48;MQ0=0;QD=32.75;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:10:30:435,30,0 chrIX 19803 . CAA C 477.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=226.0652;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.69;MQ0=1;QD=18.38;RPA=9,7;RU=A;SB=-2.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,18:24:48:520,48,0 chrIX 22116 . T TA 603.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.764;DP=50;FS=3.114;HaplotypeScore=89.6680;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.12;MQ0=9;MQRankSum=-0.281;QD=12.08;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.844;SB=-3.168e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,38:41:50:646,50,0 chrIX 25346 . G GA 602.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.848;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=1188.5597;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=0.124;QD=12.56;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=5.840;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,25:48:99:642,0,605 chrIX 25349 . AC A 592.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.745;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=1190.1668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=1.011;QD=12.35;ReadPosRankSum=4.293;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,25:48:99:632,0,141 chrIX 25839 . C CGGT 451.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=161.8297;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=50.22;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:9:26:494,26,0 chrIX 26542 . A AT 1776.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=791.9479;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.91;MQ0=0;QD=18.51;RPA=9,10;RU=T;SB=-4.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,82:96:99:1819,213,0 chrIX 26881 . T TC 2883.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=445.1084;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.49;MQ0=0;QD=29.43;RPA=3,4;RU=C;SB=-1.176e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,94:97:99:2926,271,0 chrIX 26901 . CA C 1908.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=525.5938;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.80;MQ0=0;QD=20.09;RPA=8,7;RU=A;SB=-9.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,82:94:99:1951,240,0 chrIX 27110 . TC T 2594.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=1596.8673;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.64;MQ0=0;QD=32.85;SB=-1.290e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:79:99:2637,211,0 chrIX 27115 . T TG 2482.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=1488.7678;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.60;MQ0=0;QD=34.97;SB=-1.230e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,70:71:99:2525,211,0 chrIX 27191 . A AT 2788.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=1140.3369;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.53;MQ0=0;QD=25.13;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.412e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,97:111:99:2831,293,0 chrIX 27196 . C CT 2252.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.076;DP=117;FS=3.056;HaplotypeScore=1238.6836;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.24;MQ0=0;MQRankSum=0.711;QD=19.26;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.310;SB=-1.119e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,95:117:99:2295,266,0 chrIX 27297 . ACT A 4691 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=357.2410;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.70;MQ0=0;QD=43.44;SB=-1.966e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:108:99:4691,304,0 chrIX 27554 . A ATATGATTTGAAG 17438 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=400.9323;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.24;MQ0=0;QD=121.94;SB=-8.282e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,90:143:99:17438,400,0 chrIX 27969 . C CGAT 4833 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=770.1071;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.35;MQ0=0;QD=47.38;RPA=1,2;RU=GAT;SB=-2.158e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,92:102:99:4833,277,0 chrIX 28211 . CT C 3306 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.020;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=1049.3768;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.437;QD=20.41;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.405;SB=-1.089e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,149:162:99:3306,395,0 chrIX 28539 . TTA T 534.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=123.3138;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.54;MQ0=0;QD=11.38;RPA=9,8;RU=TA;SB=-2.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,19:47:54:577,54,0 chrIX 32673 . AG A 5150 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=390.1567;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;QD=33.44;SB=-1.192e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,153:154:99:5150,442,0 chrIX 33054 . G GAA 6568 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=177;FS=0.000;HaplotypeScore=697.4026;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.37;MQ0=1;QD=37.11;RPA=3,5;RU=A;SB=-3.271e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,168:175:99:6568,491,0 chrIX 33169 . T TGCGTTATG 9916 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=467.2862;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.29;MQ0=0;QD=85.48;SB=-1.916e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,78:116:99:9916,307,0 chrIX 34613 . A AT 3117.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=52.4814;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.16;MQ0=0;QD=20.12;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.141e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,134:155:99:3160,358,0 chrIX 37201 . C CTTTT 2241.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=52.5101;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.22;MQ0=0;QD=31.14;RPA=11,15;RU=T;SB=-1.054e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,21:72:99:2284,149,0 chrIX 37299 . CT C 2330.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=48.6961;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=20.81;RPA=9,8;RU=T;SB=-7.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,104:112:99:2373,299,0 chrIX 39373 . TA T 1284.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.632;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=530.6686;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.027;QD=18.36;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.742;SB=-3.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,58:70:99:1327,162,0 chrIX 39412 . CA C 2139.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=782.4946;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.35;MQ0=0;QD=22.53;RPA=5,4;RU=A;SB=-7.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,83:95:99:2182,237,0 chrIX 44284 . ACCACCACCG A 13612 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=174;FS=0.000;HaplotypeScore=423.4929;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.15;MQ0=0;QD=78.23;SB=-4.171e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,157:174:99:13612,456,0 chrIX 49507 . G GAGC 5570 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.797;DP=174;FS=2.502;HaplotypeScore=474.9736;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=0.947;QD=32.01;RPA=8,9;RU=AGC;ReadPosRankSum=0.000;SB=-2.114e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,134:174:99:5570,267,0 chrIX 51318 . ATTT A 4532 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=591.8259;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.35;MQ0=0;QD=37.45;RPA=11,8;RU=T;SB=-8.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,101:121:99:4532,304,0 chrIX 51679 . C CATTATT 917.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=75.0259;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.24;MQ0=0;QD=51.00;RPA=4,6;RU=ATT;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,15:18:42:960,42,0 chrIX 68236 . A ATATC 7221 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=976.3058;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.23;MQ0=0;QD=58.71;RPA=1,2;RU=TATC;SB=-2.754e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,100:123:99:7221,352,0 chrIX 68382 . C CT 4412 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=191;FS=0.000;HaplotypeScore=632.2156;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.42;MQ0=0;QD=23.10;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.466e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,175:191:99:4412,503,0 chrIX 68535 . C CG 5887 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=953.5399;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.46;MQ0=0;QD=38.48;SB=-2.679e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,144:153:99:5887,442,0 chrIX 69035 . A AT 2076.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=345.0956;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.45;MQ0=0;QD=34.05;RPA=1,2;RU=T;SB=-7.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2119,177,0 chrIX 69689 . GTTTTT G 3174.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=475.7022;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.28;MQ0=0;QD=59.90;RPA=13,8;RU=T;SB=-1.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,51:53:99:3217,153,0 chrIX 83075 . T TA 5564 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;FS=0.000;HaplotypeScore=2377.8988;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.50;MQ0=0;QD=33.93;SB=-1.984e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,136:164:99:5564,460,0 chrIX 83080 . CT C 4206 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=2275.1497;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.30;MQ0=0;QD=30.26;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.390e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,135:139:99:4206,406,0 chrIX 97064 . CT C 1691.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=25.1213;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.24;MQ0=0;QD=19.91;RPA=9,8;RU=T;SB=-9.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,77:85:99:1734,224,0 chrIX 97282 . GA G 1627.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.208;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=93.9753;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.451;QD=14.41;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.451;SB=-1.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,82:113:99:1670,170,0 chrIX 97361 . C CA 4404 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;FS=0.000;HaplotypeScore=97.9391;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.99;MQ0=0;QD=26.85;RPA=4,5;RU=A;SB=-2.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,149:164:99:4404,463,0 chrIX 99170 . AT A 3659 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=40.8277;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.50;MQ0=0;QD=27.31;SB=-1.278e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,132:134:99:3659,361,0 chrIX 100530 . AT A 1437.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=92;FS=6.220;HaplotypeScore=178.0594;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=1.629;QD=15.63;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.336;SB=-3.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,73:92:99:1480,181,0 chrIX 100618 . AG A 2778.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=215.3328;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.26;MQ0=0;QD=29.56;RPA=3,2;RU=G;SB=-1.254e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,86:94:99:2821,256,0 chrIX 102480 . C CT 3304 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=596.4048;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.83;MQ0=0;QD=28.00;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.180e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,98:118:99:3304,313,0 chrIX 102536 . CTTTTTT C 4352 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=530.9347;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.81;MQ0=0;QD=42.67;RPA=14,8;RU=T;SB=-2.135e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,76:102:99:4352,213,0 chrIX 105433 . A AAAT 522.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=15.7090;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.02;MQ0=0;QD=37.35;RPA=3,4;RU=AAT;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:39:565,39,0 chrIX 122089 . GTTT G 3985 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.232;DP=119;FS=4.305;HaplotypeScore=42.2783;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.196;QD=33.49;RPA=12,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.375;SB=-1.462e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,100:119:99:3985,270,0 chrIX 125862 . ATT A 2007.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.677;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=27.0833;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.192;QD=28.28;RPA=10,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.852;SB=-5.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,63:71:99:2050,184,0 chrIX 126009 . TC T 2044.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=37.6132;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=25.89;RPA=5,4;RU=C;SB=-3.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,76:79:99:2087,222,0 chrIX 126162 . AAT A 3745 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=31.5361;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.60;MQ0=0;QD=32.57;RPA=3,2;RU=AT;SB=-9.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,109:115:99:3745,295,0 chrIX 127338 . GTTT G 5943 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=177;FS=0.000;HaplotypeScore=55.6118;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.37;MQ0=0;QD=33.58;RPA=12,9;RU=T;SB=-1.967e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,160:177:99:5943,447,0 chrIX 127655 . AT A 3702 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=581.2720;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.63;MQ0=0;QD=23.14;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.724e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,147:160:99:3702,411,0 chrIX 127913 . C CTTTT 7235 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=169;FS=0.000;HaplotypeScore=247.7897;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.02;MQ0=0;QD=42.81;RPA=7,11;RU=T;SB=-2.830e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,124:169:99:7235,423,0 chrIX 128099 . GA G 2910.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=44.7976;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=19.15;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.436e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,130:152:99:2953,374,0 chrIX 128727 . TC T 2157.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.962;DP=249;DS;FS=3.839;HaplotypeScore=1058.2116;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=0.302;QD=8.67;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=8.812;SB=-7.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:114,135:244:99:2197,0,143 chrIX 128730 . TCC T 4520 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=7.294;DP=245;DS;FS=5.920;HaplotypeScore=828.3758;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.07;MQ0=0;MQRankSum=0.847;QD=18.45;ReadPosRankSum=7.953;SB=-1.497e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:107,135:240:99:4520,214,0 chrIX 130294 . AT A 2821.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=471.2040;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.26;MQ0=0;QD=26.62;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.424e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,95:106:99:2864,282,0 chrIX 130566 . G GA 3201.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.029;DP=154;FS=6.196;HaplotypeScore=796.2870;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.42;MQ0=0;MQRankSum=0.244;QD=20.79;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.205;SB=-1.542e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,132:154:99:3244,344,0 chrIX 133980 . ATT A 1747.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=42.6607;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.418;QD=22.13;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.673;SB=-7.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,59:79:99:1790,170,0 chrIX 134262 . CA C 2588.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=234.8978;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.11;MQ0=0;QD=23.32;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.052e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,105:111:99:2631,312,0 chrIX 136215 . CT C 560.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=227.5767;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.54;MQ0=0;QD=23.37;RPA=3,2;RU=T;SB=-9.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,22:24:63:603,63,0 chrIX 136243 . AC A 348.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=130.5670;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.20;MQ0=0;QD=29.08;RPA=2,1;RU=C;SB=-1.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36:391,36,0 chrIX 137137 . A ATT 203.98 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.382;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=124.6639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.715;QD=18.54;ReadPosRankSum=1.531;SB=-9.498e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,7:11:26:243,0,26 chrIX 137138 . A AT 96 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.480;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=140.7112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.74;MQ0=0;MQRankSum=0.480;QD=7.38;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=0.898;SB=-5.586e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,7:13:19:135,0,19 chrIX 137687 . T TTAGAAC 1157.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.131;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=898.9228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.09;MQ0=0;MQRankSum=3.109;QD=17.28;ReadPosRankSum=-2.102;SB=-5.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,3:67:99:1197,0,672 chrIX 137688 . TGG T 765.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.248;DP=47;FS=2.793;HaplotypeScore=770.2454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.765;QD=16.30;ReadPosRankSum=5.248;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,29:47:99:805,0,486 chrIX 137691 . AGTTCGAATTCGAATTT A 5292 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.583;DP=45;FS=3.010;HaplotypeScore=321.6817;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.77;MQ0=0;MQRankSum=1.676;QD=117.60;ReadPosRankSum=2.747;SB=-2.427e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,29:45:99:5292,115,0 chrIX 137906 . GA G 956.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.191;DP=78;FS=4.070;HaplotypeScore=142.0994;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.04;MQ0=0;MQRankSum=0.637;QD=12.27;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.277;SB=-4.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,51:78:79:999,79,0 chrIX 138041 . G GAA 1726.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.250;DP=72;FS=2.176;HaplotypeScore=63.8151;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.85;MQ0=0;MQRankSum=0.650;QD=23.99;RPA=9,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.083;SB=-7.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,54:72:96:1769,96,0 chrIX 138429 . ACCCCCCC A 8177 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=359.5682;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.78;MQ0=0;QD=77.88;RPA=14,7;RU=C;SB=-3.347e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,92:105:99:8177,283,0 chrIX 138515 . G GT 4186 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=875.8827;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.97;MQ0=0;QD=27.36;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.968e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,133:152:99:4186,415,0 chrIX 138545 . T TA 6254 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=180;FS=0.000;HaplotypeScore=509.0276;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.66;MQ0=0;QD=34.74;SB=-2.982e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,173:179:99:6254,502,0 chrIX 139299 . C CCCGGCCTCTT 7406 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=250.9637;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.30;MQ0=0;QD=105.80;SB=-3.173e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,50:70:99:7406,190,0 chrIX 142373 . AT A 1909.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.166;DP=131;FS=4.395;HaplotypeScore=51.3275;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.524;QD=14.58;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.665;SB=-8.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,96:131:99:1952,178,0 chrIX 148730 . AAT A 3405 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=40.3328;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;QD=27.68;RPA=6,5;RU=AT;SB=-1.430e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,107:123:99:3405,295,0 chrIX 148906 . AT A 1498.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=17.9070;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;QD=22.04;RPA=6,5;RU=T;SB=-8.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,66:68:99:1541,183,0 chrIX 149075 . GAA G 505.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3061;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=23.00;RPA=12,10;RU=A;SB=-1.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,18:22:51:548,51,0 chrIX 151193 . GA G 1512.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.328;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=49.8552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.609;QD=12.71;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.796;SB=-7.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,75:119:99:1555,195,0 chrIX 151501 . GT G 4878 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=365.8390;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.21;MQ0=0;QD=33.64;SB=-2.296e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,142:145:99:4878,421,0 chrIX 155945 . GA G 1613.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=126.2202;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=15.82;RPA=11,10;RU=A;SB=-6.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,81:102:99:1656,226,0 chrIX 160362 . G GA 2395.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.523;DP=165;FS=1.522;HaplotypeScore=115.8069;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.373;QD=14.52;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-1.431;SB=-9.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,116:165:99:2438,205,0 chrIX 163753 . GTAGGAT G 14642 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=223;FS=0.000;HaplotypeScore=80.0649;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.49;MQ0=0;QD=65.66;SB=-6.666e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,201:222:99:14642,569,0 chrIX 166646 . CAAT C 7657 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=196;FS=0.000;HaplotypeScore=53.3846;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.90;MQ0=0;QD=39.07;RPA=4,3;RU=AAT;SB=-3.652e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,171:196:99:7657,494,0 chrIX 169788 . T TCC 2056.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=35.3974;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;QD=22.86;RPA=9,11;RU=C;SB=-7.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,61:90:99:2099,193,0 chrIX 171637 . GA G 2064.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.142;DP=116;FS=2.988;HaplotypeScore=36.7131;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.321;QD=17.80;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.578;SB=-9.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,105:116:99:2107,235,0 chrIX 175104 . A AT 1310.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=442.5541;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.46;MQ0=0;QD=18.73;RPA=7,8;RU=T;SB=-7.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,57:63:99:1353,150,0 chrIX 175122 . TCA T 2257.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=404.7854;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.57;MQ0=0;QD=43.42;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:52:99:2300,147,0 chrIX 175987 . T TAGC 6294 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=169;FS=0.000;HaplotypeScore=56.2958;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=37.24;RPA=3,4;RU=AGC;SB=-3.037e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,143:169:99:6294,421,0 chrIX 177463 . GCA G 345.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.373;DP=22;FS=7.270;HaplotypeScore=105.8354;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.17;MQ0=0;MQRankSum=0.224;QD=15.73;RPA=2,1;RU=CA;ReadPosRankSum=-1.118;SB=-3.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,8:22:39:388,39,0 chrIX 177483 . ATATG A 476 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.579;DP=18;FS=8.451;HaplotypeScore=79.2186;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.27;MQ0=0;MQRankSum=0.116;QD=26.44;ReadPosRankSum=1.273;SB=-2.304e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,8:18:23:518,23,0 chrIX 177824 . ACT A 7633 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=183;FS=0.000;HaplotypeScore=298.5128;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.43;MQ0=0;QD=41.71;SB=-3.422e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,176:183:99:7633,506,0 chrIX 179655 . CAA C 1998.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=161.9148;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.07;MQ0=0;QD=24.99;RPA=11,9;RU=A;SB=-1.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,70:80:99:2041,189,0 chrIX 193260 . TTA T 6793 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=194;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=468.1575;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.27;MQ0=0;QD=35.02;RPA=2,1;RU=TA;SB=-2.728e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,178:194:99:6793,515,0 chrIX 196249 . TG T 4999 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=972.9019;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.74;MQ0=0;QD=33.78;RPA=2,1;RU=G;SB=-2.333e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,141:148:99:4999,427,0 chrIX 196311 . A ATT 6666 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=189;FS=0.000;HaplotypeScore=901.7405;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.70;MQ0=0;QD=35.27;RPA=4,6;RU=T;SB=-2.632e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,172:189:99:6666,515,0 chrIX 196397 . C CGT 5614 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=660.3701;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.17;MQ0=0;QD=41.90;SB=-1.837e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,115:134:99:5614,367,0 chrIX 197676 . CT C 851.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=17.6089;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;QD=15.78;RPA=10,9;RU=T;SB=-1.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,44:54:99:894,116,0 chrIX 203425 . T TG 3762 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=258.8568;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.44;MQ0=0;QD=32.71;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.170e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,113:115:99:3762,337,0 chrIX 203507 . ATT A 2581.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=90.3241;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.689;QD=24.13;RPA=11,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.433;SB=-6.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,81:107:99:2624,239,0 chrIX 204781 . TAA T 2804.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=213;FS=0.000;HaplotypeScore=429.8093;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.33;MQ0=0;QD=13.17;RPA=16,14;RU=A;SB=-1.186e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:87,100:213:99:2847,246,0 chrIX 212374 . GA G 2030.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=84.8063;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.65;MQ0=0;QD=20.31;RPA=7,6;RU=A;SB=-3.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,91:100:99:2073,249,0 chrIX 214803 . CT C 2357.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=73.2062;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.54;MQ0=0;QD=19.65;RPA=9,8;RU=T;SB=-8.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,115:120:99:2400,302,0 chrIX 216548 . GT G 2304.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=28.1850;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;QD=23.52;RPA=6,5;RU=T;SB=-8.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,93:98:99:2347,267,0 chrIX 226377 . C CCCA 2958.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=613.1998;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.59;MQ0=0;QD=48.51;SB=-6.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,41:61:99:3001,175,0 chrIX 226384 . AAGT A 1860.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=544.1551;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.21;MQ0=0;QD=43.28;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,39:43:99:1903,122,0 chrIX 240939 . GT G 3560 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;FS=0.000;HaplotypeScore=50.0981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.11;MQ0=0;QD=21.58;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.669e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,148:165:99:3560,425,0 chrIX 241200 . TTTTC T 5681 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.166;DP=156;FS=3.019;HaplotypeScore=246.5873;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.786;QD=36.42;ReadPosRankSum=2.233;SB=-2.652e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,134:156:99:5681,366,0 chrIX 245962 . CTTT C 138.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=218.4391;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.28;MQ0=0;QD=5.52;RPA=20,17;RU=T;SB=-4.092e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,8:25:20:180,20,0 chrIX 247325 . A AG 1231.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=539.2170;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.41;MQ0=0;QD=26.78;SB=-3.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,42:46:99:1274,119,0 chrIX 247500 . GCCA G 3148.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=2227.9964;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.22;MQ0=0;QD=42.55;SB=-8.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,28:74:99:3191,217,0 chrIX 247502 . C CTTT 3738 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=2140.2051;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.20;MQ0=0;QD=51.92;SB=-9.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,44:72:99:3738,217,0 chrIX 247526 . A AG 2315.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=2009.7276;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.45;MQ0=0;QD=33.09;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2358,208,0 chrIX 248948 . A ATT 1027.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=159.6929;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.21;MQ0=0;QD=18.69;RPA=10,12;RU=T;SB=-4.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,14:55:99:1070,104,0 chrIX 249032 . C CG 5216 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;FS=0.000;HaplotypeScore=73.1644;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.86;MQ0=0;QD=31.05;RPA=3,4;RU=G;SB=-4.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,162:168:99:5216,475,0 chrIX 249625 . CT C 670.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.788;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=158.4657;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=1.835;QD=6.45;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.548;SB=-3.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:48,50:104:71:713,71,0 chrIX 256168 . G GT 746.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.408;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=38.5319;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.223;QD=18.22;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.631;SB=-7.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,32:41:77:789,77,0 chrIX 257005 . A AG 4002 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.859;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=1102.9692;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.38;MQ0=0;MQRankSum=0.527;QD=33.07;ReadPosRankSum=1.190;SB=-1.609e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,116:121:99:4002,324,0 chrIX 259948 . GAATGAAAA G 8320 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=416.8847;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.08;MQ0=0;QD=90.43;SB=-1.787e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,87:92:99:8320,262,0 chrIX 260947 . C CATAT 2082.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=26.1216;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.08;MQ0=0;QD=37.87;RPA=5,7;RU=AT;SB=-8.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,37:55:99:2125,114,0 chrIX 268328 . CA C 3416 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=207;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=583.4046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.17;MQ0=0;QD=16.50;RPA=10,9;RU=A;SB=-1.134e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,159:207:99:3416,444,0 chrIX 268440 . A ATG 7976 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=237;FS=0.000;HaplotypeScore=1321.7650;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.99;MQ0=0;QD=33.65;RPA=4,5;RU=TG;SB=-3.670e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,213:237:99:7976,626,0 chrIX 270689 . A AG 3022.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=403.4595;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.82;MQ0=0;QD=34.35;SB=-1.103e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:3065,259,0 chrIX 270827 . A AGG 2773.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=47.2153;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.36;MQ0=0;QD=28.31;RPA=7,9;RU=G;SB=-8.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,69:98:99:2816,227,0 chrIX 271116 . TA T 1389.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=25.4470;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;QD=15.79;RPA=7,6;RU=A;SB=-4.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,79:88:99:1432,174,0 chrIX 272821 . GA G 753.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=14.4527;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.76;MQ0=0;QD=13.71;RPA=10,9;RU=A;SB=-1.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,45:55:99:796,102,0 chrIX 274032 . C CTATATATA 878.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=62.9401;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.49;MQ0=0;QD=36.62;RPA=7,11;RU=TA;SB=-3.739e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,9:24:30:921,30,0 chrIX 277540 . C CTA 152.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=63.5629;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;QD=6.92;RPA=6,7;RU=TA;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,6:22:15:194,15,0 chrIX 280120 . A AT 698.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.140;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=94.7213;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.242;QD=15.19;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.104;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,34:46:62:741,62,0 chrIX 285203 . AT A 4291 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=837.4440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.37;MQ0=0;QD=30.65;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.896e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,136:140:99:4291,388,0 chrIX 285797 . T TGCC 5305 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=697.3495;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.62;MQ0=0;QD=38.72;RPA=3,4;RU=GCC;SB=-2.364e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,115:137:99:5305,354,0 chrIX 300439 . TG T 1352.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.761;DP=178;FS=233.578;HaplotypeScore=1887.5455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.66;MQ0=0;MQRankSum=-9.502;QD=7.60;RPA=5,4;RU=G;ReadPosRankSum=0.903;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:116,62:178:99:1392,0,2722 chrIX 300463 . CT C 1454.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.316;DP=169;FS=192.465;HaplotypeScore=2013.9844;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.46;MQ0=0;MQRankSum=-8.200;QD=8.61;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=1.559;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:108,59:169:99:1494,0,2883 chrIX 310500 . G GTTT 3141.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=242.7904;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.73;MQ0=0;QD=29.36;RPA=11,14;RU=T;SB=-1.273e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,53:107:99:3184,239,0 chrIX 310701 . T TG 2739.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=493.9537;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.01;MQ0=0;QD=33.83;SB=-1.367e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,74:81:99:2782,238,0 chrIX 310844 . C CA 2544.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=444.6072;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.10;MQ0=0;QD=34.39;SB=-1.177e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:74:99:2587,217,0 chrIX 325821 . AT A 967.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=65.6512;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.95;MQ0=0;QD=21.04;RPA=8,7;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,44:46:99:1010,123,0 chrIX 328101 . T TA 2911.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=168.9204;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.68;MQ0=0;QD=25.54;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.010e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,109:114:99:2954,289,0 chrIX 332777 . CG C 5426 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=177;FS=0.000;HaplotypeScore=178.7826;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=30.66;RPA=3,2;RU=G;SB=-2.711e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,168:177:99:5426,490,0 chrIX 332900 . TA T 5010 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.692;DP=187;FS=0.000;HaplotypeScore=675.9936;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.652;QD=26.79;ReadPosRankSum=1.433;SB=-2.449e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,181:187:99:5010,517,0 chrIX 333081 . AT A 7682 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=246;FS=0.000;HaplotypeScore=589.0330;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.97;MQ0=0;QD=31.23;SB=-3.529e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,242:246:99:7682,695,0 chrIX 334329 . T TTCTGCTGCTTCA 9069 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=196;FS=0.000;HaplotypeScore=57.3575;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.93;MQ0=0;QD=46.27;RPA=2,3;RU=TCTGCTGCTTCA;SB=-3.625e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:72,121:196:99:9069,363,0 chrIX 334708 . T TA 1664.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=108.7962;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.15;MQ0=0;QD=21.08;RPA=7,8;RU=A;SB=-5.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,68:79:99:1707,192,0 chrIX 336340 . T TA 1837.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=113.6159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=21.62;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,71:85:99:1880,210,0 chrIX 336677 . T TAGGA 3974 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=333.3717;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.78;MQ0=0;QD=64.10;SB=-1.506e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,56:62:99:3974,181,0 chrIX 337211 . CA C 3773 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=756.7839;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.15;MQ0=0;QD=23.88;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.239e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,141:158:99:3773,429,0 chrIX 337243 . CAAA C 5369 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=651.3775;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.52;MQ0=0;QD=38.91;RPA=8,5;RU=A;SB=-1.900e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,122:138:99:5369,358,0 chrIX 337314 . A AT 3835 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=346.4202;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.39;MQ0=0;QD=35.84;SB=-1.555e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,97:107:99:3835,301,0 chrIX 338044 . GGA G 7289 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=171;FS=0.000;HaplotypeScore=712.2170;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.00;MQ0=0;QD=42.63;SB=-3.119e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,160:171:99:7289,469,0 chrIX 338225 . A ATT 2888.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=80.9995;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.39;MQ0=0;QD=24.28;RPA=10,12;RU=T;SB=-1.375e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,89:119:99:2931,276,0 chrIX 339321 . G GA 7392 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=234;FS=0.000;HaplotypeScore=218.3119;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.94;MQ0=0;QD=31.59;RPA=2,3;RU=A;SB=-8.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,229:234:99:7392,668,0 chrIX 342354 . CT C 1734.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=154.1019;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.85;MQ0=0;QD=17.18;RPA=10,9;RU=T;SB=-4.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,83:101:99:1777,230,0 chrIX 345343 . A ACACATTATATACACC 13218 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=37.8910;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.47;MQ0=0;QD=105.74;RPA=1,2;RU=CACATTATATACACC;SB=-6.533e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,96:125:99:13218,271,0 chrIX 355815 . CA C 159.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2369;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.45;MQ0=0;QD=12.31;RPA=11,10;RU=A;SB=-2.298e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,11:13:27:202,27,0 chrIX 363042 . T TG 260.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=22.1675;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.66;MQ0=0;QD=23.73;SB=-7.890e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,8:11:24:303,24,0 chrIX 363071 . CTT C 514.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.867;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=71.6839;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.387;QD=25.75;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.214;SB=-3.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:20:54:557,54,0 chrIX 379890 . T TAA 1443.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=56.6783;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQ0=0;QD=22.92;RPA=12,14;RU=A;SB=-3.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,41:63:99:1486,150,0 chrIX 380935 . GA G 1483.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.381;DP=169;FS=0.000;HaplotypeScore=105.4406;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.404;QD=8.78;RPA=15,14;RU=A;ReadPosRankSum=2.382;SB=-7.055e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:79,71:169:99:1525,133,0 chrIX 382936 . G GACACTA 947.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=32.7910;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.67;MQ0=0;QD=86.18;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33:990,33,0 chrIX 384315 . CA C 2499.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.240;DP=180;FS=0.000;HaplotypeScore=314.2017;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.376;QD=13.89;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.088;SB=-1.167e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,130:180:99:2542,298,0 chrIX 385445 . C CT 3025.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=41.7719;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.06;MQ0=0;QD=25.22;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.529e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,109:120:99:3068,304,0 chrIX 387615 . TG T 4445 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=1061.4268;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.24;MQ0=0;QD=29.44;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.682e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,138:151:99:4445,385,0 chrIX 387791 . TA T 3792 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=958.8387;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.79;MQ0=0;QD=24.46;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.692e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,132:155:99:3792,388,0 chrIX 387982 . CGGACATCGGGGACATTTCT C 4299 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=383.8524;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.67;MQ0=0;QD=102.36;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,20:42:60:4299,60,0 chrIX 388000 . CT C 595.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=738.0473;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.65;MQ0=0;QD=20.55;RPA=8,7;RU=T;SB=-7.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,9:29:86:638,86,0 chrIX 388026 . TTC T 2716.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=897.5006;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.10;MQ0=0;QD=30.87;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,87:88:99:2759,240,0 chrIX 388296 . A AC 1430.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=310.6517;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.04;MQ0=0;QD=27.52;RPA=4,5;RU=C;SB=-6.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,47:52:99:1473,141,0 chrIX 388838 . TA T 4394 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=172;FS=0.000;HaplotypeScore=310.6224;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.17;MQ0=0;QD=25.55;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.852e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,158:172:99:4394,445,0 chrIX 388916 . TA T 4415 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=1270.5729;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.79;MQ0=0;QD=29.63;RPA=3,2;RU=A;SB=-2.040e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,139:149:99:4415,409,0 chrIX 388954 . T TGG 4767 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=1549.0713;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.71;MQ0=0;QD=33.57;RPA=6,8;RU=G;SB=-1.406e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,119:142:99:4767,367,0 chrIX 389257 . GAAA G 2181.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.611;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=612.6012;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.85;MQ0=0;MQRankSum=0.213;QD=28.71;RPA=13,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.307;SB=-8.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,54:74:99:2224,167,0 chrIX 389983 . GGTAGCCGAAGGTGCA G 28678 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=225;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=817.8900;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.78;MQ0=0;QD=127.46;SB=-1.413e+04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,188:225:99:28678,554,0 chrIX 390778 . A AATG 1074.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.734;DP=40;FS=3.617;HaplotypeScore=32.4959;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.20;MQ0=0;MQRankSum=0.829;QD=26.87;ReadPosRankSum=-1.734;SB=-4.408e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,30:29:10:1116,10,0 chrIX 392249 . GAGC G 272.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.109;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=195.1330;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.03;MQ0=19;MQRankSum=0.238;QD=4.63;ReadPosRankSum=2.536;SB=-6.001e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,6:22:99:312,0,520 chrIX 392443 . G GGATGGA 315.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.055;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=260.5963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.08;MQ0=2;MQRankSum=-0.158;QD=15.05;ReadPosRankSum=-0.158;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,5:17:99:355,0,905 chrIX 392446 . T TGG 110.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.110;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=272.6196;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.51;MQ0=3;MQRankSum=1.739;QD=5.04;ReadPosRankSum=1.739;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,5:17:99:150,0,529 chrIX 392447 . A AG 50.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.110;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=278.5873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.51;MQ0=3;MQRankSum=0.685;QD=2.32;ReadPosRankSum=2.055;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,5:17:90:90,0,374 chrIX 392688 . G GT 210.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.738;DP=50;FS=19.393;HaplotypeScore=282.6813;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.14;MQ0=5;MQRankSum=2.137;QD=4.22;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=-1.536;SB=-2.001e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,14:33:99:250,0,378 chrIX 392941 . A AGTT 1487.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=232.5685;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.27;MQ0=0;QD=55.11;SB=-5.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:81:1530,81,0 chrIX 393716 . T TC 3496 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=493.2149;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.47;MQ0=0;QD=33.62;SB=-1.026e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,103:104:99:3496,295,0 chrIX 393780 . AT A 2321.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=998.0054;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.41;MQ0=0;QD=22.99;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.147e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,87:101:99:2364,249,0 chrIX 393800 . C CT 2645.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=857.3513;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.74;MQ0=0;QD=24.73;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.341e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,99:107:99:2688,282,0 chrIX 394706 . C CA 2835.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.155;DP=131;FS=4.135;HaplotypeScore=569.0212;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.10;MQ0=0;MQRankSum=0.942;QD=21.65;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.486;SB=-1.054e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,116:131:99:2878,317,0 chrIX 394799 . C CT 4885 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=632.7055;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.71;MQ0=0;QD=34.65;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.850e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,128:141:99:4885,400,0 chrIX 394807 . G GA 3904 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=741.8034;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.66;MQ0=0;QD=27.30;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.536e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,127:143:99:3904,403,0 chrIX 395383 . TA T 4120 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=190;FS=0.000;HaplotypeScore=396.4600;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.48;MQ0=0;QD=21.68;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.665e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,175:190:99:4120,474,0 chrIX 396176 . C CATA 7220 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=780.4655;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.71;MQ0=0;QD=56.85;SB=-3.513e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,122:127:99:7220,361,0 chrIX 397178 . G GA 3884 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=196.7446;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;QD=24.43;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.270e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,147:159:99:3884,409,0 chrIX 399240 . G GC 4086 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=505.1937;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.84;MQ0=0;QD=29.82;RPA=2,3;RU=C;SB=-1.655e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,128:137:99:4086,364,0 chrIX 400016 . GCAACAACAGCAACAA G 19554 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=204;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=902.3525;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.72;MQ0=0;QD=95.85;SB=-8.661e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,194:204:99:19554,584,0 chrIX 404199 . GAAT G 12096 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=246;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=233.2643;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.05;MQ0=0;QD=49.17;SB=-5.852e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,240:246:99:12096,680,0 chrIX 406066 . A ATT 632.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.722;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=182.9112;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.75;MQ0=0;MQRankSum=0.048;QD=16.23;RPA=3,5;RU=T;ReadPosRankSum=-0.144;SB=-3.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,16:39:57:675,57,0 chrIX 406124 . AT A 1034.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=91.4124;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;QD=32.34;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,30:32:87:1077,87,0 chrIX 411967 . TA T 2292.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=82.6968;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.33;MQ0=0;QD=29.78;SB=-9.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:77:99:2335,222,0 chrIX 416058 . TC T 4496 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=173;FS=0.000;HaplotypeScore=422.7002;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.46;MQ0=0;QD=25.99;RPA=7,6;RU=C;SB=-2.218e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,169:173:99:4496,475,0 chrIX 419495 . A ATATG 698.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=86.5881;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.29;MQ0=0;QD=26.88;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,8:26:57:741,57,0 chrIX 419544 . T TA 917.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=172.7092;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.00;MQ0=0;QD=19.12;RPA=7,8;RU=A;SB=-6.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,39:48:99:960,111,0 chrIX 419563 . AT A 1451.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=127.9581;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.29;MQ0=0;QD=23.80;RPA=2,1;RU=T;SB=-6.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,46:61:99:1494,153,0 chrIX 421012 . TG T 5255 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=52.8207;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.15;MQ0=0;QD=32.64;SB=-1.567e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,156:161:99:5255,448,0 chrIX 421791 . G GT 3226.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.509;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=53.7960;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.056;QD=22.56;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.168;SB=-1.523e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,126:143:99:3268,347,0 chrIX 423632 . C CT 3179.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=110.6146;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.83;MQ0=0;QD=23.04;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.209e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,108:138:99:3222,339,0 chrIX 425237 . TAC T 4714 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.776;DP=205;FS=6.405;HaplotypeScore=854.4305;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.17;MQ0=0;MQRankSum=-2.750;QD=23.00;ReadPosRankSum=1.567;SB=-1.927e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,113:205:99:4714,0,3415 chrIX 427210 . A AT 3006.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=623.6623;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;QD=28.64;RPA=3,4;RU=T;SB=-9.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,98:105:99:3049,301,0 chrIX 427220 . G GCAC 5048 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=426.8618;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.74;MQ0=0;QD=49.01;RPA=1,2;RU=CAC;SB=-1.444e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,92:103:99:5048,286,0 chrIX 427818 . G GCCATCCCTCGCTTAAAAATCTCA 25949 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=1045.2521;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.19;MQ0=0;QD=170.72;SB=-1.132e+04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:105,40:152:99:25949,415,0 chrIX 428570 . ATAACAATGTAGGAGAGGCCTT A 15713 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=332.2483;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.45;MQ0=0;QD=146.85;SB=-6.521e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,104:107:99:15713,304,0 chrIX 429697 . TA T 1971.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=415.1083;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.38;MQ0=0;QD=26.29;RPA=3,2;RU=A;SB=-9.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,69:75:99:2014,190,0 chrIX 429901 . G GA 2698.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=272.8691;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.51;MQ0=0;QD=26.20;RPA=4,5;RU=A;SB=-7.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,97:103:99:2741,279,0 chrIX 438289 . T TGG 316.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.697;DP=24;FS=36.553;HaplotypeScore=414.3941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.27;MQ0=0;MQRankSum=3.838;QD=13.21;ReadPosRankSum=-2.852;SB=-8.116e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,6:22:99:356,0,449 chrIX 438293 . A AGTAACCTCG 1026.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.123;DP=28;FS=41.720;HaplotypeScore=380.3365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.32;MQ0=0;MQRankSum=3.293;QD=36.68;ReadPosRankSum=-2.000;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,6:24:99:1066,0,1232 chrIX 438465 . CG C 109.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=82.2819;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.52;MQ0=0;QD=18.20;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:15:151,15,0 chrIX 438645 . AT A 1961.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=2151.4625;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.69;MQ0=0;QD=30.18;RPA=2,1;RU=T;SB=-3.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:64:99:2004,192,0 chrIX 438742 . CA C 1000.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=1141.7061;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.96;MQ0=0;QD=20.85;RPA=5,4;RU=A;SB=-3.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,40:45:99:1043,111,0 chrIX 438753 . AG A 534.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.519;DP=45;FS=37.545;HaplotypeScore=939.4248;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.42;MQ0=0;MQRankSum=0.301;QD=11.89;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=-0.344;SB=-4.399e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,19:37:57:574,0,57 chrIX 439061 . CT C 340.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.179;DP=32;FS=67.160;HaplotypeScore=917.9669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.308;QD=10.66;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=0.154;SB=-3.010e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,13:28:97:380,0,97 chrIX 439366 . AG A 410.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.116;DP=21;FS=3.979;HaplotypeScore=252.5934;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.58;MQ0=1;MQRankSum=-0.347;QD=19.57;ReadPosRankSum=1.504;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,13:15:39:453,39,0 chrIX 439377 . GGA G 419.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.735;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=269.5042;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.10;MQ0=0;MQRankSum=1.519;QD=19.09;ReadPosRankSum=-1.735;SB=-8.999e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,14:16:44:462,44,0 chrIX 439381 . TGGA T 525.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.531;DP=28;FS=3.854;HaplotypeScore=262.1661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.78;MQ0=0;MQRankSum=1.327;QD=18.76;ReadPosRankSum=1.531;SB=-1.192e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,14:17:8:566,8,0 chrIX 439407 . GT G 304.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.662;DP=36;FS=41.460;HaplotypeScore=295.4628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.86;MQ0=0;MQRankSum=0.733;QD=8.47;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=0.039;SB=-7.007e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,18:20:99:344,0,209 chrIX 439548 . CA C 309.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.789;DP=68;FS=5.515;HaplotypeScore=345.3957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.19;MQ0=11;MQRankSum=2.339;QD=4.56;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=3.709;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,13:46:99:349,0,786 chrM 5191 . C CTTAA 259.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3801;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;QD=43.20;RPA=1,2;RU=TTAA;SB=-5.975e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,5:6:15:301,15,0 chrM 7269 . TA T 152.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5497;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.34;MQ0=0;QD=19.00;RPA=4,3;RU=A;SB=-5.780e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:8:21:194,21,0 chrM 13802 . TAA T 1993.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=48.1071;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.77;MQ0=0;QD=18.29;RPA=9,7;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,70:109:99:2036,216,0 chrM 18953 . C CT 279.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=75.6421;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.96;MQ0=0;QD=21.54;RPA=1,2;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:36:322,36,0 chrM 20345 . GA G 455.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=60.6001;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.18;MQ0=0;QD=24.00;RPA=3,2;RU=A;SB=-3.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,16:19:48:498,48,0 chrM 22271 . AATAAAAATAAAAAT A 14327 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=511.8468;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.29;MQ0=0;QD=124.58;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,113:115:99:14327,319,0 chrM 22313 . AT A 1845.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.525;DP=89;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1613.3752;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=20.74;ReadPosRankSum=-0.129;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,79:89:99:1888,196,0 chrM 23805 . T TA 201.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=20.6838;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=22.44;RPA=3,4;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,6:9:24:244,24,0 chrM 23813 . T TA 93.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=31.1694;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=11.65;RPA=8,9;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,5:8:15:135,15,0 chrM 25302 . TTC T 242.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=43.9957;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.16;MQ0=0;QD=20.25;SB=-1.148e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,10:12:27:285,27,0 chrM 26070 . TAA T 173.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=22.4986;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.17;MQ0=0;QD=24.73;RPA=8,6;RU=A;SB=-3.287e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:18:215,18,0 chrM 26120 . ATT A 478.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=24.8944;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.14;MQ0=0;QD=23.95;RPA=9,7;RU=T;SB=-3.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,18:20:48:521,48,0 chrM 29276 . T TA 77.48 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=224.6823;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=6.46;RPA=4,5;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,5:12:12:119,12,0 chrM 36503 . T TA 186.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=20.6165;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.46;MQ0=0;QD=23.25;RPA=2,3;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:21:228,21,0 chrM 37524 . AT A 212.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=87.6964;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.07;MQ0=0;QD=17.75;RPA=2,1;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,11:12:24:255,24,0 chrM 37545 . TATTA T 534.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=56.4977;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.83;MQ0=0;QD=38.21;RPA=6,5;RU=ATTA;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,13:14:39:577,39,0 chrM 41221 . T TTGC 249.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=15.0993;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.90;MQ0=0;QD=31.14;SB=-7.362e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,5:8:18:291,18,0 chrM 44382 . GT G 514.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=24.9273;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.74;MQ0=0;QD=27.10;RPA=3,2;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57:557,57,0 chrM 46981 . A AT 166.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=20.0616;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.34;MQ0=0;QD=20.76;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:18:208,18,0 chrM 56123 . GATTAA G 279.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6045;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.32;MQ0=0;QD=55.85;RPA=3,2;RU=ATTAA;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:321,15,0 chrM 59161 . T TATAATA 348.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=10.1386;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=58.04;RPA=2,4;RU=ATA;SB=-1.553e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,5:6:15:390,15,0 chrM 59204 . C CT 90.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=33.2906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=15.04;RPA=9,10;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,5:6:15:132,15,0 chrM 60347 . TAAA T 186.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6632;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;QD=37.25;RPA=10,7;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:228,15,0 chrM 61848 . TAC T 1284.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=256.2399;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=42.83;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:90:1327,90,0 chrM 62585 . C CCTTGCGGGGT 999.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=115.8812;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=100.00;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:10:30:1042,30,0 chrM 74432 . TG T 5330 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=248;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=4781.7186;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=21.49;RPA=3,2;RU=G;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,233:248:99:5330,695,0 chrM 74437 . C CT 7820 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=239;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=4039.2523;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=32.72;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,239:239:99:7820,716,0 chrV 7186 . AC A 4476 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=259.7737;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.51;MQ0=0;QD=32.20;RPA=3,2;RU=C;SB=-1.745e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,135:139:99:4476,376,0 chrV 7687 . A AT 3967 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=290.4132;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.28;MQ0=0;QD=26.10;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.518e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,137:152:99:3967,385,0 chrV 8831 . GA G 2281.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.265;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=32.2648;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.50;MQ0=0;MQRankSum=1.693;QD=21.13;RPA=7,6;RU=A;ReadPosRankSum=-1.615;SB=-8.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,96:108:99:2324,237,0 chrV 12616 . C CAG 7588 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=1625.1439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.22;MQ0=0;QD=48.03;SB=-2.650e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,140:158:99:7588,448,0 chrV 13009 . CT C 3819 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=167;FS=0.000;HaplotypeScore=467.8208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.23;MQ0=0;QD=22.87;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.761e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,148:167:99:3819,423,0 chrV 13493 . CT C 4510 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=172;FS=0.000;HaplotypeScore=995.2848;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.09;MQ0=0;QD=26.22;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.891e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,159:172:99:4510,466,0 chrV 13572 . C CAA 4089 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=286.6003;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.75;MQ0=0;QD=30.29;RPA=7,9;RU=A;SB=-1.829e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,99:135:99:4089,329,0 chrV 14437 . CT C 2488.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.460;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=605.4416;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.557;QD=26.76;ReadPosRankSum=1.469;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,84:93:99:2531,227,0 chrV 15170 . T TG 2596.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=326.6129;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.01;MQ0=0;QD=29.18;RPA=2,3;RU=G;SB=-6.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,84:89:99:2639,241,0 chrV 16072 . ATT A 3579 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.683;DP=178;FS=12.371;HaplotypeScore=80.3455;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.090;QD=20.11;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.444;SB=-1.726e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:57,113:177:99:3579,261,0 chrV 18474 . TA T 6146 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=188;FS=0.000;HaplotypeScore=424.7851;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.37;MQ0=0;QD=32.69;RPA=2,1;RU=A;SB=-2.117e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,179:188:99:6146,515,0 chrV 18920 . TGC T 2780.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.691;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=1818.8080;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.651;QD=32.34;ReadPosRankSum=1.691;SB=-1.380e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,84:86:99:2823,249,0 chrV 18923 . ACCC A 3307 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=1753.3003;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.67;MQ0=0;QD=39.37;SB=-1.496e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:3307,253,0 chrV 18927 . ATGG A 3989 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=1685.1246;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.67;MQ0=0;QD=47.49;SB=-1.825e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:3989,253,0 chrV 19437 . AT A 1686.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=327.9716;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.34;MQ0=0;QD=23.76;RPA=6,5;RU=T;SB=-2.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,63:71:99:1729,183,0 chrV 19542 . A AGAAAAG 740.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=61.7120;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.73;MQ0=0;QD=46.31;RPA=1,2;RU=GAAAAG;SB=-1.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,13:13:30:783,30,0 chrV 19586 . A AAAT 1061.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=152.8373;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.23;MQ0=3;QD=18.31;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,20:45:85:1104,85,0 chrV 23230 . A AT,ATT 1846.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.300;DP=102;FS=3.045;HaplotypeScore=286.0061;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=51.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.758;QD=18.11;RPA=12,13,14;RU=T;ReadPosRankSum=-0.053;SB=-5.857e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:32,16,50:99:99:1925,1073,926,275,0,163 chrV 23777 . T TG 5506 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=182;FS=0.000;HaplotypeScore=3058.1820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.82;MQ0=0;QD=30.25;RPA=1,2;RU=G;SB=-2.236e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,162:182:99:5506,529,0 chrV 23779 . CATA C 6862 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;FS=0.000;HaplotypeScore=2719.5130;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.63;MQ0=0;QD=41.84;SB=-2.817e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,161:164:99:6862,485,0 chrV 23783 . GTTCAATAA G 15783 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=1823.1315;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.06;MQ0=0;QD=97.43;SB=-6.591e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,161:162:99:15783,485,0 chrV 23875 . CA C 3017.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=527.4004;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.79;MQ0=0;QD=20.53;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.258e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,114:147:99:3060,360,0 chrV 23907 . CA C 5245 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=418.3133;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.39;MQ0=0;QD=34.06;RPA=2,1;RU=A;SB=-2.332e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,149:154:99:5245,436,0 chrV 24278 . GT G 2938.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=532.0879;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.12;MQ0=0;QD=21.77;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.065e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,120:135:99:2981,350,0 chrV 25397 . G GA 1076.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.323;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=343.0043;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.51;MQ0=0;MQRankSum=1.002;QD=16.07;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.614;SB=-2.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,41:67:99:1119,102,0 chrV 33475 . C CT 989.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.153;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=72.7031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.567;QD=8.61;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=-1.407;SB=-3.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,31:115:99:1029,0,113 chrV 33613 . T TA 1744.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=113.7835;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.24;MQ0=0;QD=21.02;RPA=8,9;RU=A;SB=-6.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,71:83:99:1787,195,0 chrV 34087 . C CT 2233.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=422.3945;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;QD=21.28;RPA=8,9;RU=T;SB=-9.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,90:105:99:2276,246,0 chrV 34324 . T TA 2349.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.278;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=213.5427;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=1.337;QD=20.26;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.622;SB=-1.194e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,100:115:99:2392,229,0 chrV 36289 . GTT G 1332.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.091;DP=74;FS=7.626;HaplotypeScore=139.3736;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-2.180;QD=18.01;RPA=15,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.089;SB=-5.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,48:74:99:1375,123,0 chrV 39894 . TA T 375.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=13.2443;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.57;MQ0=0;QD=12.96;RPA=12,11;RU=A;SB=-1.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,20:29:53:418,53,0 chrV 40008 . GA G 312.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3831;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.47;RPA=10,9;RU=A;SB=-4.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,16:19:42:355,42,0 chrV 42396 . A AT 3170.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=239.1682;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.74;MQ0=0;QD=27.34;RPA=5,6;RU=T;SB=-9.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,106:116:99:3213,322,0 chrV 42839 . GGT G 7865 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=241;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=274.5305;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.28;MQ0=0;QD=32.63;RPA=5,4;RU=GT;SB=-3.382e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,210:240:99:7865,608,0 chrV 46382 . T TA 3136.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=430.6913;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.42;MQ0=0;QD=36.48;SB=-1.297e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:86:99:3179,250,0 chrV 46739 . GT G 4244 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=943.0095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.85;MQ0=0;QD=28.87;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.477e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,137:147:99:4244,415,0 chrV 46756 . C CCT 6993 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=171;FS=0.000;HaplotypeScore=944.5049;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.61;MQ0=0;QD=40.89;RPA=2,3;RU=CT;SB=-2.767e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,162:171:99:6993,482,0 chrV 52435 . CAAA C 3184.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=212.3590;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=34.62;RPA=13,10;RU=A;SB=-1.199e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,74:92:99:3227,223,0 chrV 59359 . G GT 106.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.382;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=27.3883;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.978;QD=6.69;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-1.531;SB=-4.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,6:16:31:146,0,31 chrV 59385 . TTC T 186.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.585;DP=32;FS=9.615;HaplotypeScore=159.7982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.79;MQ0=0;MQRankSum=2.209;QD=5.84;ReadPosRankSum=2.861;SB=-9.900e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,11:32:63:226,0,63 chrV 59386 . TC T 323.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=148.7170;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.79;MQ0=0;QD=10.12;RPA=2,1;RU=C;SB=-1.749e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,8:32:38:366,38,0 chrV 59430 . A AG 1466.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=162.3336;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;QD=35.78;RPA=1,2;RU=G;SB=-6.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:41:99:1509,120,0 chrV 61686 . CT C 303.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.534;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=35.9176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.093;QD=4.05;RPA=15,14;RU=T;ReadPosRankSum=0.992;SB=-1.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,25:75:90:343,0,90 chrV 63625 . G GAA 6740 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=185;FS=0.000;HaplotypeScore=118.0184;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.73;MQ0=0;QD=36.43;RPA=3,5;RU=A;SB=-2.881e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,169:185:99:6740,487,0 chrV 73474 . C CT 1030.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.258;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=98.4202;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.332;QD=14.94;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.405;SB=-5.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,52:69:99:1073,112,0 chrV 79230 . CA C 2282.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.706;DP=248;DS;FS=0.589;HaplotypeScore=1472.2490;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.43;MQ0=0;MQRankSum=2.830;QD=9.21;ReadPosRankSum=9.892;SB=-1.151e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:127,119:248:99:2322,0,703 chrV 79232 . TCA T 3554 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.004;DP=246;DS;FS=1.940;HaplotypeScore=1356.0493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.39;MQ0=0;MQRankSum=2.895;QD=14.45;ReadPosRankSum=9.308;SB=-1.725e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:122,119:246:99:3554,0,319 chrV 80132 . G GAT 3982 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.091;DP=139;FS=8.550;HaplotypeScore=1235.9978;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.91;MQ0=0;MQRankSum=-2.877;QD=28.65;RPA=6,7;RU=AT;ReadPosRankSum=1.600;SB=-1.793e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,103:139:99:3982,162,0 chrV 81194 . GTTATTATTATTATTATTGTTATTA G 1513.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=212.6245;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.98;MQ0=0;QD=27.53;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,22:55:63:1556,63,0 chrV 83200 . CTGT C 5530 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=170;FS=0.000;HaplotypeScore=454.0609;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.43;MQ0=0;QD=32.53;RPA=5,4;RU=TGT;SB=-2.354e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,133:170:99:5530,370,0 chrV 94089 . G GT 2997.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=35.0353;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.19;MQ0=0;QD=26.53;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.189e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,102:113:99:3040,304,0 chrV 98089 . G GA 3390 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=223.5267;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.61;MQ0=0;QD=23.06;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.672e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,127:147:99:3390,360,0 chrV 122728 . GA G 616.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.078;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=56.0036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=1.232;QD=8.12;RPA=16,15;RU=A;ReadPosRankSum=0.822;SB=-1.859e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,29:76:45:659,45,0 chrV 135416 . G GA 2657.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=24.7203;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.47;MQ0=0;QD=26.06;RPA=5,6;RU=A;SB=-9.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,96:102:99:2700,271,0 chrV 153026 . GA G 3175.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=43.3696;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.00;MQ0=0;QD=19.85;RPA=10,9;RU=A;SB=-1.522e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,136:160:99:3218,389,0 chrV 159027 . CAA C 72.43 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.079;DP=86;FS=3.358;HaplotypeScore=33.5645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.45;MQ0=0;MQRankSum=2.445;QD=0.84;RPA=18,16;RU=A;ReadPosRankSum=2.174;SB=-5.841e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,13:85:99:110,0,210 chrV 191839 . GT G 5601 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;FS=0.000;HaplotypeScore=350.1378;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;QD=33.34;RPA=2,1;RU=T;SB=-2.332e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,163:168:99:5601,463,0 chrV 192792 . GA G 8332 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=234;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=200.7881;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.54;MQ0=0;QD=35.61;SB=-3.774e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,232:234:99:8332,647,0 chrV 194693 . G GA 1873.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.746;DP=116;FS=10.877;HaplotypeScore=964.3600;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.23;MQ0=0;MQRankSum=0.952;QD=16.15;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.146;SB=-8.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,72:116:99:1916,126,0 chrV 196583 . G GAA 754.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=343.5969;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.56;MQ0=0;QD=16.06;RPA=1,3;RU=A;SB=-1.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,16:47:78:797,78,0 chrV 198741 . T TA 2378.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=164.6811;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;QD=28.66;RPA=3,4;RU=A;SB=-2.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,76:83:99:2421,226,0 chrV 198800 . T TC 3691 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=154.0234;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.99;MQ0=0;QD=37.28;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,90:99:99:3691,277,0 chrV 207012 . C CT 2885.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.134;DP=138;FS=4.503;HaplotypeScore=34.0845;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.598;QD=20.91;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.039;SB=-9.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,104:137:99:2928,309,0 chrV 207104 . CA C 5163 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=264.3595;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.87;MQ0=0;QD=32.68;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.913e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,152:158:99:5163,439,0 chrV 207208 . TTTC T 3223.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=709.6871;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.61;MQ0=0;QD=40.80;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,72:78:99:3265,211,0 chrV 207566 . ATT A 1847.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=156.1371;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.07;MQ0=0;QD=42.98;RPA=3,1;RU=T;SB=-4.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,42:43:99:1890,120,0 chrV 208551 . G GAA 3163.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=23.0984;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.96;MQ0=0;QD=33.30;RPA=7,9;RU=A;SB=-3.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,86:95:99:3206,256,0 chrV 208925 . GA G 4947 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;FS=0.000;HaplotypeScore=98.5428;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=29.80;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.987e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,161:166:99:4947,439,0 chrV 210547 . G GT 2922.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=333.2400;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.03;MQ0=0;QD=26.33;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.169e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,100:111:99:2965,309,0 chrV 210690 . GT G 5957 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=189;FS=0.000;HaplotypeScore=209.8727;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;QD=31.52;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.643e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,179:189:99:5957,526,0 chrV 212178 . GT G 2608.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=69.2515;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.34;MQ0=0;QD=25.83;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.125e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,97:101:99:2651,276,0 chrV 212443 . AG A 2994.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=942.7464;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.32;MQ0=0;QD=28.25;RPA=3,2;RU=G;SB=-1.214e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,88:106:99:3037,259,0 chrV 212485 . T TA 2478.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=759.1940;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.56;MQ0=0;QD=24.30;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.197e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,91:102:99:2521,264,0 chrV 213853 . A AGAAGAAGACGAAGAAGAC 15997 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.171;DP=176;FS=3.198;HaplotypeScore=727.3842;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.28;MQ0=0;MQRankSum=1.488;QD=90.89;RPA=1,3;RU=GAAGAAGAC;ReadPosRankSum=1.464;SB=-7.908e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,133:176:99:15997,400,0 chrV 221815 . C CA 2469.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.064;DP=149;FS=1.606;HaplotypeScore=178.6467;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.84;MQ0=0;MQRankSum=0.683;QD=16.58;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.022;SB=-8.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,114:149:99:2512,195,0 chrV 225280 . G GA 1634.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=414.0329;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.30;MQ0=0;QD=24.04;RPA=5,6;RU=A;SB=-3.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,60:68:99:1677,165,0 chrV 225400 . G GA 239.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=31.6720;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=15.00;RPA=11,12;RU=A;SB=-1.079e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,10:16:33:282,33,0 chrV 225425 . A AT 425.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=95.6906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.43;MQ0=0;QD=19.36;RPA=9,10;RU=T;SB=-5.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,15:22:51:468,51,0 chrV 234865 . C CAT 1670.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=52.1772;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.76;MQ0=0;QD=22.89;RPA=4,5;RU=AT;SB=-6.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,40:73:99:1713,123,0 chrV 238196 . C CTT 3569 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=75.3356;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.28;MQ0=0;QD=29.50;RPA=9,11;RU=T;SB=-1.767e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,99:121:99:3569,307,0 chrV 241704 . TA T 607.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=175.0392;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.12;MQ0=0;QD=19.61;RPA=8,7;RU=A;SB=-8.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,25:31:75:650,75,0 chrV 241876 . AAAATAG A 667.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=85.6262;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.33;MQ0=0;QD=47.71;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,12:14:39:710,39,0 chrV 242328 . TC T 8104 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=243;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=821.3038;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.25;MQ0=0;QD=33.35;RPA=2,1;RU=C;SB=-3.229e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,236:243:99:8104,677,0 chrV 242690 . TG T 7441 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=244;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=848.2763;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.04;MQ0=0;QD=30.50;RPA=3,2;RU=G;SB=-2.724e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,233:244:99:7441,683,0 chrV 243802 . TATCATC T 375.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=145.9783;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.48;MQ0=0;QD=26.86;RPA=3,1;RU=ATC;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:24:418,24,0 chrV 246869 . A AG 4036 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=482.2557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.08;MQ0=0;QD=34.79;SB=-1.234e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,113:116:99:4036,334,0 chrV 248362 . G GC 6903 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=229;FS=0.000;HaplotypeScore=619.9774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.99;MQ0=0;QD=30.14;RPA=4,5;RU=C;SB=-2.504e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,213:229:99:6903,638,0 chrV 248412 . C CTGCAACTGAAGAA 25907 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=198;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=380.2531;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.88;MQ0=0;QD=130.84;SB=-7.124e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:75,123:198:99:25907,545,0 chrV 249753 . G GGTATACCTT 7230 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=166.1281;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.32;MQ0=0;QD=71.58;RPA=1,2;RU=GTATACCTT;SB=-9.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,68:101:99:7230,205,0 chrV 249929 . A AC 1304.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.386;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=226.0731;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.30;MQ0=2;MQRankSum=0.098;QD=28.37;ReadPosRankSum=0.490;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,36:44:95:1347,95,0 chrV 250356 . CT C 2389.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=40.8693;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.77;MQ0=0;QD=25.43;RPA=6,5;RU=T;SB=-8.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,90:94:99:2432,258,0 chrV 251561 . GA G 1328.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.302;DP=97;FS=4.983;HaplotypeScore=44.0513;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=1.017;QD=13.70;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.577;SB=-4.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,68:97:99:1371,162,0 chrV 256303 . GTATATATA G 2221.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=111.2059;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.12;MQ0=0;QD=55.55;RPA=12,8;RU=TA;SB=-7.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,23:40:72:2264,72,0 chrV 258177 . G GA 953.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.107;DP=108;FS=3.631;HaplotypeScore=86.2286;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.54;MQ0=0;MQRankSum=1.790;QD=8.83;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.107;SB=-1.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,56:108:97:993,0,97 chrV 259747 . GA G 1924.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=28.3107;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.94;MQ0=0;QD=18.69;RPA=9,8;RU=A;SB=-7.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,85:103:99:1967,233,0 chrV 259981 . G GTCCAATGCT 18349 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=169;FS=0.000;HaplotypeScore=43.1367;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.54;MQ0=0;QD=108.57;SB=-6.380e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,128:169:99:18349,485,0 chrV 263748 . TG T 3478 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=20.3730;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.68;MQ0=0;QD=32.50;SB=-1.303e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:3478,292,0 chrV 268848 . C CT 1838.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.145;DP=127;FS=1.195;HaplotypeScore=109.3297;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=1.442;QD=14.48;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.177;SB=-7.761e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,90:127:11:1880,11,0 chrV 269159 . GAA G 2587.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.608;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=57.3905;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.698;QD=22.90;RPA=12,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.007;SB=-1.116e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,83:113:99:2630,220,0 chrV 269977 . A AGG 4717 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=832.1732;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.23;MQ0=0;QD=36.57;SB=-1.722e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,107:129:99:4717,346,0 chrV 269978 . T TG 3197.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=843.6384;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.30;MQ0=0;QD=28.05;SB=-1.242e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,107:114:99:3240,328,0 chrV 270453 . CT C 2476.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=692.2359;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.99;MQ0=0;QD=21.35;RPA=10,9;RU=T;SB=-7.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,105:116:99:2519,302,0 chrV 284250 . G GT 2328.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=31.0017;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.52;RPA=8,9;RU=T;SB=-5.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,81:99:99:2371,265,0 chrV 284428 . CGT C 833.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.476;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=36.3347;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.52;MQ0=0;MQRankSum=0.963;QD=27.80;RPA=11,10;RU=GT;ReadPosRankSum=-1.220;SB=-1.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,28:30:43:876,43,0 chrV 288434 . TAA T 3776 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=32.1026;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.49;MQ0=1;QD=30.45;RPA=8,6;RU=A;SB=-1.263e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,108:123:99:3776,310,0 chrV 295243 . A AT 1964.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.281;DP=102;FS=10.023;HaplotypeScore=54.6898;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.549;QD=19.26;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.744;SB=-8.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,81:102:99:2007,192,0 chrV 308000 . GTTT G 5923 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=34.3120;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.17;MQ0=0;QD=45.21;RPA=6,3;RU=T;SB=-2.070e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,124:131:99:5923,355,0 chrV 308181 . GT G 2057.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=138.8448;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;QD=20.79;RPA=9,8;RU=T;SB=-8.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,88:99:99:2100,249,0 chrV 328320 . GA G 1883.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=142.9732;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;QD=19.62;RPA=10,9;RU=A;SB=-7.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,82:96:99:1926,231,0 chrV 332992 . GA G 2497.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=36.6856;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.81;MQ0=0;QD=23.79;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,99:105:99:2540,294,0 chrV 335293 . AAAAGAGAGAAAAAATACAACAAGATACCAAACAGGACG A 14276 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=219;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=87.1750;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.84;MQ0=0;QD=65.19;SB=-4.689e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,179:219:99:14276,473,0 chrV 349345 . ATT A 6498 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=219;FS=0.000;HaplotypeScore=54.6741;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.05;MQ0=0;QD=29.67;RPA=10,8;RU=T;SB=-2.426e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,190:219:99:6498,554,0 chrV 355008 . C CT 4017 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=356.0162;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.17;MQ0=0;QD=25.92;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.887e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,145:154:99:4017,415,0 chrV 355237 . T TG 5670 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=412.3477;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.74;MQ0=0;QD=37.30;SB=-2.182e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,138:151:99:5670,424,0 chrV 355240 . G GC 3707 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.373;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=597.2661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.056;QD=25.39;RPA=8,9;RU=C;ReadPosRankSum=-0.754;SB=-1.415e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,119:145:99:3707,289,0 chrV 357894 . CT C 1930.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=240.7327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.85;MQ0=0;QD=18.93;RPA=11,10;RU=T;SB=-9.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,81:102:99:1973,247,0 chrV 359471 . AAAG A 7498 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;FS=0.000;HaplotypeScore=36.9033;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=45.72;RPA=2,1;RU=AAG;SB=-2.538e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,155:164:99:7498,451,0 chrV 362360 . AAT A 4590 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=29.9842;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.69;MQ0=1;QD=33.75;RPA=3,2;RU=AT;SB=-1.872e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,123:135:99:4590,334,0 chrV 372082 . C CT 2012.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=192.0408;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.70;MQ0=0;QD=28.76;RPA=2,3;RU=T;SB=-2.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,62:70:99:2055,180,0 chrV 372265 . A AG 2261.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=292.2051;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.14;MQ0=0;QD=35.34;RPA=1,2;RU=G;SB=-6.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,60:64:99:2304,184,0 chrV 374814 . TGCA T 3515 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.119;DP=98;FS=13.468;HaplotypeScore=334.9489;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.268;QD=35.87;ReadPosRankSum=3.641;SB=-7.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,79:98:99:3515,222,0 chrV 394074 . GT G 1407.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.570;DP=89;FS=3.912;HaplotypeScore=191.3889;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.245;QD=15.82;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.108;SB=-5.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,41:89:99:1450,184,0 chrV 400988 . CTT C 6948 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=239;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=186.7655;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.26;MQ0=0;QD=29.07;RPA=11,9;RU=T;SB=-3.019e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,207:239:99:6948,607,0 chrV 422990 . CA C 2221.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.033;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=59.2781;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.37;MQ0=0;MQRankSum=1.558;QD=15.87;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.783;SB=-7.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,99:140:99:2264,240,0 chrV 423359 . GT G 3092.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=228.8928;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.22;MQ0=0;QD=22.74;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.371e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,127:136:99:3135,351,0 chrV 423672 . AT A 3574 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=43.9373;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.66;MQ0=0;QD=26.28;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.776e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,128:136:99:3574,367,0 chrV 431015 . G GA 1787.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.914;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=350.8545;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.171;QD=14.54;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.513;SB=-7.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,73:123:97:1830,97,0 chrV 432378 . GA G 3484 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=47.4132;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.07;MQ0=0;QD=24.03;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.614e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,132:145:99:3484,387,0 chrV 438667 . TCTA T 3604 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=133.9042;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.12;MQ0=0;QD=48.70;SB=-1.406e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,70:74:99:3604,199,0 chrV 460341 . G GA 2892.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=29.0500;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.03;MQ0=0;QD=21.27;RPA=6,7;RU=A;SB=-5.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,110:136:99:2935,303,0 chrV 461877 . C CCACCGCTTCCACCGCTTT 32767 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=200;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=50.8063;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.19;MQ0=0;QD=163.84;SB=-1.143e+04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:75,114:200:99:32767,563,0 chrV 482870 . G GT 4515 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.041;DP=201;FS=1.942;HaplotypeScore=52.8676;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.417;QD=22.46;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.184;SB=-1.951e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,174:201:99:4515,413,0 chrV 488179 . C CT 3402 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=24.2367;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.70;MQ0=0;QD=33.03;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.098e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,101:103:99:3402,298,0 chrV 488593 . GT G 2053.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=405.9596;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.13;MQ0=0;QD=31.12;RPA=2,1;RU=T;SB=-3.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,59:66:99:2096,177,0 chrV 504449 . AT A 4355 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=203;FS=0.000;HaplotypeScore=736.5253;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.67;MQ0=0;QD=21.45;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.836e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,182:203:99:4355,501,0 chrV 517556 . CTTAGAAG C 4586 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.391;DP=114;FS=5.328;HaplotypeScore=982.8805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.03;MQ0=0;MQRankSum=-4.931;QD=40.23;ReadPosRankSum=7.549;SB=-1.904e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,63:114:99:4586,0,606 chrV 517564 . CCT C 1326.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.084;DP=107;FS=0.769;HaplotypeScore=1269.2819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.86;MQ0=0;MQRankSum=-5.984;QD=12.40;ReadPosRankSum=6.336;SB=-5.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,63:107:99:1366,0,685 chrV 520781 . GAAAAA G 2279.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=100.5139;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.66;MQ0=0;QD=45.60;RPA=16,11;RU=A;SB=-1.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,38:50:99:2322,114,0 chrV 520940 . CATTTTTTTT C 4718 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=229.5237;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.14;MQ0=0;QD=84.25;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,46:56:99:4718,144,0 chrV 522810 . T TG 4910 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=156.6444;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.67;MQ0=0;QD=32.09;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.988e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,149:153:99:4910,418,0 chrV 526638 . T TC 4284 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=250.7280;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;QD=31.27;RPA=2,3;RU=C;SB=-2.046e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,122:137:99:4284,376,0 chrV 535293 . CTCA C 5949 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=50.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.19;MQ0=0;QD=41.60;RPA=3,2;RU=TCA;SB=-2.170e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,132:143:99:5949,376,0 chrV 540498 . GA G 3622 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=40.4667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.59;MQ0=0;QD=28.75;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.380e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,122:126:99:3622,349,0 chrV 540847 . AG A 4000 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=33.4198;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.95;MQ0=0;QD=32.52;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.752e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,117:123:99:4000,328,0 chrV 541246 . A AT 3744 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=233.7594;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.76;MQ0=0;QD=26.37;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.748e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,133:142:99:3744,376,0 chrV 541505 . AT A 1457.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.975;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=987.6897;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.661;QD=14.02;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.130;SB=-5.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,72:104:99:1500,148,0 chrV 548081 . TA T 4244 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=448.7115;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.55;MQ0=0;QD=29.47;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.029e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,128:144:99:4244,376,0 chrV 551283 . A AAG 5494 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=178;FS=0.000;HaplotypeScore=706.7385;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.47;MQ0=0;QD=30.87;SB=-1.604e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,144:168:99:5494,465,0 chrV 551284 . T TA 4848 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=172;FS=0.000;HaplotypeScore=759.7974;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.42;MQ0=0;QD=28.19;SB=-1.334e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,149:162:99:4848,454,0 chrV 551421 . GC G 6011 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=190;FS=0.000;HaplotypeScore=1334.5687;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.23;MQ0=0;QD=31.64;RPA=5,4;RU=C;SB=-2.816e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,185:190:99:6011,544,0 chrV 554306 . G GACACTATATA 7859 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=709.2813;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.71;MQ0=0;QD=117.30;SB=-2.468e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,51:67:99:7859,196,0 chrV 561259 . TG T 2194.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.869;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=1108.9195;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.526;QD=25.23;ReadPosRankSum=1.906;SB=-5.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,66:87:99:2237,192,0 chrV 561758 . G GTA 1548.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=592.1861;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=44.26;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:35:99:1591,102,0 chrV 561783 . TG T 1681.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=869.0278;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=28.51;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,50:59:99:1724,153,0 chrV 561824 . C CG 2229.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=723.0137;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.48;MQ0=0;QD=32.32;RPA=2,3;RU=G;SB=-4.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,67:69:99:2272,196,0 chrV 562451 . AT A 6659 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=186;FS=0.000;HaplotypeScore=873.3361;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.94;MQ0=0;QD=35.80;SB=-3.074e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,181:186:99:6659,509,0 chrV 563148 . CT C 3042.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=457.9360;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.76;MQ0=0;QD=25.36;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.427e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,116:120:99:3085,342,0 chrV 563257 . AT A 1911.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=407.8518;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.78;MQ0=0;QD=28.12;RPA=3,2;RU=T;SB=-4.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,63:68:99:1954,180,0 chrV 563427 . AC A 3953 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=902.4933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.51;MQ0=0;QD=36.60;SB=-1.598e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,104:108:99:3953,316,0 chrV 563829 . C CT 3418 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=805.9228;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.40;MQ0=0;QD=27.34;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.244e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,105:125:99:3418,319,0 chrV 563866 . G GT 4398 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=571.3030;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.52;MQ0=0;QD=37.27;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.729e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,115:118:99:4398,343,0 chrV 564516 . C CA 999.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=276.1476;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.36;MQ0=0;QD=26.31;RPA=8,9;RU=A;SB=-1.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,37:38:99:1042,111,0 chrV 564696 . AG A 265.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=117.8539;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.42;MQ0=0;QD=26.60;RPA=2,1;RU=G;SB=-7.790e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:10:24:308,24,0 chrV 565293 . C CGAA 5550 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=738.2366;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.24;MQ0=0;QD=56.06;SB=-2.052e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:99:99:5550,280,0 chrV 566378 . AG A 1870.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=1274.5915;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.87;MQ0=0;QD=30.67;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:61:99:1913,168,0 chrV 566382 . C CG 1758.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=1180.3686;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.14;MQ0=0;QD=31.41;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1801,168,0 chrV 567175 . AC A 201.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=42.7299;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.01;MQ0=0;QD=28.73;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:18:243,18,0 chrV 567545 . GC G 2326.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=538.1320;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.97;MQ0=0;QD=36.94;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2369,190,0 chrV 567853 . G GAT 4147 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=751.7344;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.60;MQ0=0;QD=45.57;SB=-1.488e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,86:91:99:4147,271,0 chrV 567854 . GA G 2498.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=902.5071;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.69;MQ0=0;QD=28.40;RPA=2,1;RU=A;SB=-8.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,86:88:99:2541,261,0 chrV 568022 . A AG 5217 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.857;DP=228;FS=0.000;HaplotypeScore=2435.1392;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.280;QD=22.88;ReadPosRankSum=3.991;SB=-9.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,197:228:99:5217,573,0 chrV 569878 . T TC 447.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.720;DP=71;FS=13.931;HaplotypeScore=590.7469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.01;MQ0=5;MQRankSum=0.458;QD=6.31;ReadPosRankSum=1.695;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,16:51:99:487,0,197 chrV 569880 . T TG,TA 1716.94 filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=509.3004;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=25.24;MQ0=5;QD=23.20;SB=-5.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:21,27,26:54:99:1795,764,620,432,0,290 chrV 569897 . AG A 422.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.434;DP=83;FS=18.558;HaplotypeScore=719.2639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.52;MQ0=4;MQRankSum=1.242;QD=5.10;ReadPosRankSum=3.981;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,16:57:99:462,0,1383 chrV 570083 . T TG 859.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=413.9121;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.64;MQ0=2;QD=20.97;RPA=2,3;RU=G;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,18:32:93:902,93,0 chrV 570087 . AG A 382.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.080;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=464.8810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.72;MQ0=2;MQRankSum=-1.711;QD=9.12;ReadPosRankSum=0.414;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:33:99:422,0,297 chrV 570229 . G GT 150.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;DP=7;FS=8.451;HaplotypeScore=59.0105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=21.43;ReadPosRankSum=0.742;SB=-2.919e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:17:189,0,17 chrVI 4523 . T TA 49.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.937;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=14.1801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=15.35;MQ0=20;MQRankSum=0.000;QD=1.61;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.937;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,12:8:40:89,0,40 chrVI 4782 . CA C 235.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.087;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=588.2103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.20;MQ0=4;MQRankSum=-3.200;QD=4.45;ReadPosRankSum=3.799;SB=-6.001e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,14:39:99:275,0,615 chrVI 4801 . C CA 247.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.830;DP=47;FS=13.337;HaplotypeScore=699.7909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.39;MQ0=5;MQRankSum=-1.557;QD=5.28;ReadPosRankSum=2.387;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,19:27:99:287,0,268 chrVI 4808 . AC A 232.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.299;DP=49;FS=4.993;HaplotypeScore=809.8026;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.25;MQ0=5;MQRankSum=-1.333;QD=4.75;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=2.149;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,19:28:99:272,0,213 chrVI 4818 . C CT 701.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.762;DP=55;FS=5.474;HaplotypeScore=1016.6351;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.13;MQ0=3;MQRankSum=0.588;QD=12.76;ReadPosRankSum=0.936;SB=-6.199e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,33:33:69:741,0,69 chrVI 4830 . A AT 336.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.927;DP=85;FS=3.699;HaplotypeScore=1324.0167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.04;MQ0=1;MQRankSum=-1.532;QD=3.96;ReadPosRankSum=-0.876;SB=-3.300e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,32:41:99:376,0,183 chrVI 4833 . TC T 690.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=1241.2617;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.13;MQ0=0;QD=8.32;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:52,31:40:99:733,111,0 chrVI 4855 . C CAGA 1070.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.022;DP=89;FS=8.557;HaplotypeScore=1507.2534;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.857;QD=12.03;ReadPosRankSum=0.373;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:51,35:42:56:1113,56,0 chrVI 4856 . TTC T 1037.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.289;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=1139.0226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.457;QD=12.07;ReadPosRankSum=-0.291;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,63:40:83:1080,83,0 chrVI 4861 . T TAAA 360.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.745;DP=68;FS=30.742;HaplotypeScore=1036.8116;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.512;QD=5.31;ReadPosRankSum=-0.384;SB=-4.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,22:31:77:400,0,77 chrVI 4882 . C CA 580.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.080;DP=68;FS=34.764;HaplotypeScore=969.4660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.402;QD=8.54;ReadPosRankSum=-0.360;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,49:35:99:620,0,332 chrVI 4926 . A AC 1093.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.587;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=601.2041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.48;MQ0=0;MQRankSum=0.373;QD=18.23;ReadPosRankSum=-2.172;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:50:49:1133,0,49 chrVI 4935 . ATC A,AC 598.94 filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.812;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=481.6578;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=25.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.381;QD=12.48;ReadPosRankSum=0.746;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:26,9,0:39:99:677,278,386,171,0,155 chrVI 4947 . AG A 157.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.977;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=249.0068;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.69;MQ0=2;MQRankSum=-1.461;QD=8.78;ReadPosRankSum=1.000;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,8:13:99:197,0,135 chrVI 5942 . TG T 317.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=342.2324;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.16;MQ0=0;QD=26.50;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:11:33:360,33,0 chrVI 5985 . GT G 218.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=237.0506;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.20;MQ0=0;QD=21.80;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:8:21:260,21,0 chrVI 11068 . CT C 2445.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.153;DP=179;FS=11.495;HaplotypeScore=163.2175;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.32;MQ0=1;MQRankSum=0.453;QD=13.66;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.843;SB=-1.024e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,148:178:99:2488,144,0 chrVI 11241 . T TCA 580.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.944;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=102.3655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.42;MQ0=7;MQRankSum=0.102;QD=11.17;RPA=9,10;RU=CA;ReadPosRankSum=0.853;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,25:45:99:620,0,674 chrVI 12474 . G GTA 961.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.636;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=593.6332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.42;MQ0=32;MQRankSum=1.636;QD=8.15;RPA=5,6;RU=TA;ReadPosRankSum=-0.481;SB=-1.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,71:84:71:1004,71,0 chrVI 14914 . G GC 519.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=135.1011;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=30.59;RPA=2,3;RU=C;SB=-6.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51:562,51,0 chrVI 16574 . GT G 101.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=109.6498;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.24;MQ0=0;QD=9.18;RPA=10,9;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:21:143,21,0 chrVI 16585 . CCT C 501.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=84.3590;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.77;MQ0=0;QD=35.85;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:39:544,39,0 chrVI 16707 . TC T 690.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.306;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=1020.8665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.15;MQ0=0;MQRankSum=0.037;QD=20.32;ReadPosRankSum=2.306;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,32:34:86:733,86,0 chrVI 16709 . TA T 662.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.306;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=1022.0385;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.15;MQ0=0;MQRankSum=1.427;QD=19.50;ReadPosRankSum=2.306;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,32:34:71:705,71,0 chrVI 16772 . AGTAGT A 6273 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=2014.5765;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.90;MQ0=0;QD=68.18;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,88:92:99:6273,265,0 chrVI 18732 . GC G 3836 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=1245.6688;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.34;MQ0=0;QD=26.10;RPA=7,6;RU=C;SB=-1.740e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,136:146:99:3836,397,0 chrVI 18749 . A AT 4424 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=1321.1611;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.25;MQ0=0;QD=27.48;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.983e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,144:161:99:4424,433,0 chrVI 19695 . GC G 3024.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=221.1011;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.14;MQ0=0;QD=33.99;SB=-1.247e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,86:89:99:3067,247,0 chrVI 20484 . T TATA 1872.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=305.4813;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.69;MQ0=0;QD=39.85;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,33:47:99:1915,114,0 chrVI 20503 . T TCATCAATTTC 2786.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=196.1962;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.88;MQ0=0;QD=87.09;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,19:32:72:2829,72,0 chrVI 20630 . A ATT 1082.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=36.5829;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.80;MQ0=0;QD=33.84;RPA=4,6;RU=T;SB=-2.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,30:30:87:1125,87,0 chrVI 20729 . T TG 1876.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=659.5527;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.67;MQ0=0;QD=32.93;SB=-3.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,52:56:99:1919,150,0 chrVI 20836 . G GA 1878.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=184.4518;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.97;MQ0=0;QD=25.74;RPA=4,5;RU=A;SB=-7.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,70:73:99:1921,195,0 chrVI 22967 . TTATGA T 8344 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=547.9932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.41;MQ0=0;QD=59.18;SB=-2.405e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,124:141:99:8344,364,0 chrVI 27175 . A AT 7521 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=225;FS=0.000;HaplotypeScore=80.0311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.18;MQ0=0;QD=33.43;RPA=1,2;RU=T;SB=-3.706e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,222:225:99:7521,632,0 chrVI 27549 . T TTCTACAACTAAC 19951 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=433.4569;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.99;MQ0=0;QD=127.08;SB=-7.054e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,110:157:99:19951,445,0 chrVI 27969 . A AT 2834.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=403.3758;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.43;MQ0=0;QD=22.50;RPA=5,6;RU=T;SB=-9.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,99:126:99:2877,303,0 chrVI 30997 . C CT 1596.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.997;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=140.9333;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.90;MQ0=0;MQRankSum=1.116;QD=16.63;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.041;SB=-7.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,74:96:99:1639,103,0 chrVI 31532 . AT A 2755.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.508;DP=152;FS=3.303;HaplotypeScore=1174.5468;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.735;QD=18.13;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.765;SB=-5.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,127:152:99:2798,323,0 chrVI 31615 . AT A 3199.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=963.6688;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.46;MQ0=0;QD=22.86;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.237e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,132:140:99:3242,387,0 chrVI 32009 . TA T 2109.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=280.0492;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.54;RPA=8,7;RU=A;SB=-7.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,86:108:99:2152,269,0 chrVI 32355 . A AC 3805 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=38.2165;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.91;MQ0=0;QD=33.09;RPA=1,2;RU=C;SB=-1.681e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,113:115:99:3805,331,0 chrVI 32971 . AT A 2337.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=541.3551;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.26;MQ0=0;QD=29.97;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.052e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,74:78:99:2380,219,0 chrVI 36663 . A AT 1412.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.428;DP=73;FS=6.097;HaplotypeScore=153.7128;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.577;QD=19.36;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.091;SB=-3.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,59:73:99:1455,148,0 chrVI 44418 . GT G 4493 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=38.4786;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.82;MQ0=0;QD=34.56;SB=-1.853e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,116:130:99:4493,373,0 chrVI 48119 . G GTA 9835 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=212;FS=0.000;HaplotypeScore=187.5170;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.48;MQ0=0;QD=46.39;SB=-3.955e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,195:212:99:9835,608,0 chrVI 51261 . C CA 2052.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=580.8671;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.81;MQ0=0;QD=24.15;RPA=4,5;RU=A;SB=-9.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,78:85:99:2095,231,0 chrVI 56116 . CA C 2123.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=30.6087;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.72;MQ0=0;QD=20.42;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.000e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,94:104:99:2166,266,0 chrVI 57943 . AT A 231.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=10.7014;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.20;RPA=5,4;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30:274,30,0 chrVI 58005 . GATATATATATATAT G 528.48 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7934;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.96;MQ0=0;QD=88.08;RPA=13,6;RU=AT;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,5:6:12:570,12,0 chrVI 62889 . C CATAT 271.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=63.3175;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=15.94;RPA=7,9;RU=AT;SB=-1.511e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,7:17:21:313,21,0 chrVI 63949 . T TA 2557.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=33.5286;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=23.47;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.235e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,86:109:99:2600,267,0 chrVI 73357 . G GTTATTATTATTA 478.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=11.9760;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.67;MQ0=0;QD=14.09;RPA=9,13;RU=TTA;SB=-1.998e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,9:34:27:521,27,0 chrVI 74592 . G GTA 853.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.777;DP=52;FS=6.842;HaplotypeScore=23.5727;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.29;MQ0=1;MQRankSum=1.494;QD=16.42;RPA=6,7;RU=TA;ReadPosRankSum=1.016;SB=-1.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,28:51:51:896,51,0 chrVI 74705 . C CA 1804.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=22.6200;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.20;MQ0=0;QD=25.79;RPA=4,5;RU=A;SB=-5.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,59:70:99:1847,186,0 chrVI 74843 . GA G 1375.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=663.8655;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.32;MQ0=0;QD=22.19;RPA=5,4;RU=A;SB=-6.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,52:62:99:1418,161,0 chrVI 74992 . TA T 4262 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=242.1446;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.67;MQ0=0;QD=34.93;SB=-1.692e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,116:122:99:4262,346,0 chrVI 75085 . C CTTGTCTTCTT 12270 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=760.6527;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.838;QD=80.72;RPA=1,2;RU=TTGTCTTCTT;ReadPosRankSum=-0.251;SB=-6.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:79,67:152:99:12270,341,0 chrVI 76002 . TC T 974.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=242.6465;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.33;MQ0=0;QD=18.40;SB=-5.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,31:52:99:1017,129,0 chrVI 76008 . TTTC T 1182.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.866;DP=48;FS=4.046;HaplotypeScore=223.1694;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.71;MQ0=0;MQRankSum=0.549;QD=24.64;ReadPosRankSum=1.866;SB=-4.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,23:47:84:1225,84,0 chrVI 76169 . AT A 1568.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=240.1589;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.73;MQ0=0;QD=20.38;RPA=10,9;RU=T;SB=-6.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,72:77:99:1611,198,0 chrVI 83969 . T TA 1600.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.247;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=116.6890;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=-2.184;QD=19.29;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.665;SB=-6.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,62:83:99:1643,169,0 chrVI 87585 . TA T 1998.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=208.8433;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.23;MQ0=0;QD=19.79;RPA=8,7;RU=A;SB=-7.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,89:101:99:2041,251,0 chrVI 87978 . C CTTGCTGTTGTTGTTG 14824 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=263.7948;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.43;MQ0=0;QD=106.65;SB=-3.711e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,109:139:99:14824,378,0 chrVI 91775 . G GAAT 7287 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=48.2791;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.34;MQ0=0;QD=49.24;SB=-3.382e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,140:148:99:7287,409,0 chrVI 95067 . G GAT 162.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=22.2208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.45;MQ0=0;QD=6.75;RPA=7,8;RU=AT;SB=-3.387e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,7:24:18:204,18,0 chrVI 95460 . AT A 1631.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.826;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=105.4811;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.17;MQ0=0;MQRankSum=1.102;QD=12.36;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.171;SB=-3.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,105:132:99:1674,162,0 chrVI 96024 . C CAT 541.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=58.6675;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=10.42;RPA=6,7;RU=AT;SB=-2.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,18:52:51:584,51,0 chrVI 96038 . G GAT 414.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=67.8159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.20;MQ0=0;QD=15.96;RPA=5,6;RU=AT;SB=-2.099e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,12:26:39:457,39,0 chrVI 96701 . A ACAAGTG 6119 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=236.2521;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=53.68;RPA=1,2;RU=CAAGTG;SB=-1.304e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,89:114:99:6119,265,0 chrVI 97505 . CAA C 627.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=37.6291;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.26;MQ0=0;QD=19.62;RPA=12,10;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,22:32:63:670,63,0 chrVI 97617 . TAA T 72.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=26.9471;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.49;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=5.16;RPA=16,14;RU=A;ReadPosRankSum=0.742;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,9:14:15:114,15,0 chrVI 98681 . CCTCATAATACCA C 4804 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=313.8714;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.63;MQ0=0;QD=129.84;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,34:37:99:4804,105,0 chrVI 98707 . G GGATGACCTGTC 5146 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=671.9347;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.67;MQ0=0;QD=100.90;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,26:51:99:5146,126,0 chrVI 98766 . AT A 1187.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.760;DP=66;FS=3.087;HaplotypeScore=481.0188;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.64;MQ0=0;MQRankSum=0.821;QD=18.00;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.030;SB=-5.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,57:66:99:1230,144,0 chrVI 100385 . ACAGGTG A 6566 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=560.9156;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.27;MQ0=0;QD=69.85;SB=-2.615e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:94:99:6566,253,0 chrVI 101478 . CCT C 529.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=121.2009;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.34;MQ0=0;QD=27.89;SB=-2.100e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,10:19:49:572,49,0 chrVI 101499 . C CA 740.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=123.7162;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.17;MQ0=0;QD=30.87;RPA=1,2;RU=A;SB=-2.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,23:24:66:783,66,0 chrVI 103252 . A AT 1598.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=29.5426;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.35;MQ0=0;QD=28.05;RPA=2,3;RU=T;SB=-2.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,52:57:99:1641,150,0 chrVI 103935 . TTATA T 622.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=125.3644;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=22.25;RPA=9,7;RU=TA;SB=-2.979e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,13:28:39:665,39,0 chrVI 104567 . AAAAAAT A 173.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.718;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=46.9167;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.16;MQ0=0;MQRankSum=2.024;QD=5.59;ReadPosRankSum=2.807;SB=-9.085e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,18:31:15:215,15,0 chrVI 106881 . GGGAAAA G 7848 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=172;FS=0.000;HaplotypeScore=364.8102;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.17;MQ0=2;QD=45.63;RPA=4,3;RU=GGAAAA;SB=-2.801e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,128:170:99:7848,358,0 chrVI 107235 . C CAA 2576.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=45.8903;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.57;MQ0=0;QD=28.32;RPA=8,10;RU=A;SB=-7.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,74:91:99:2619,225,0 chrVI 107763 . GT G 981.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=199.9868;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.49;MQ0=0;QD=18.53;RPA=7,6;RU=T;SB=-3.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,34:53:99:1024,129,0 chrVI 107819 . G GTATGTATGTA 8108 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=378.6167;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.99;MQ0=0;QD=95.39;SB=-1.347e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,68:85:99:8108,247,0 chrVI 118738 . T TA 1040.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.564;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=15.9580;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.296;QD=20.02;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.380;SB=-4.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,40:52:98:1083,98,0 chrVI 118854 . A ATT 1863.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=18.1979;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.58;MQ0=0;QD=31.59;RPA=6,8;RU=T;SB=-8.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,53:58:99:1906,150,0 chrVI 119284 . GAA G,GA 1696.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=857.5430;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=43.18;MQ0=0;QD=14.38;RPA=13,11,12;RU=A;SB=-8.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:35,8,0:117:71:1775,720,497,322,0,71 chrVI 119409 . AG A 4643 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=78.6062;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.17;MQ0=0;QD=29.95;SB=-2.073e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,151:155:99:4643,421,0 chrVI 123211 . CT C 2511.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=331.6431;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.29;MQ0=0;QD=21.84;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.129e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,104:115:99:2554,306,0 chrVI 123271 . A AT 2621.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=195.1923;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=23.62;RPA=6,7;RU=T;SB=-9.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,98:111:99:2664,282,0 chrVI 129958 . A AC 4923 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=396.8598;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.82;MQ0=0;QD=30.77;SB=-2.084e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,158:160:99:4923,460,0 chrVI 130231 . C CT 2018.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.471;DP=117;FS=4.151;HaplotypeScore=169.6338;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.839;QD=17.26;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.162;SB=-5.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,82:117:99:2061,130,0 chrVI 131288 . T TA 1756.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=147.1094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.67;MQ0=0;QD=22.53;RPA=6,7;RU=A;SB=-8.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,70:78:99:1799,192,0 chrVI 137700 . TATTCA T 1569.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.230;DP=96;FS=2.028;HaplotypeScore=249.6628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.99;MQ0=0;MQRankSum=-2.395;QD=16.35;ReadPosRankSum=0.239;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,25:96:99:1609,0,4216 chrVI 137727 . T TA 547.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.620;DP=71;FS=5.470;HaplotypeScore=309.9704;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.048;QD=7.72;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.075;SB=-6.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,25:69:99:587,0,1328 chrVI 147039 . GA G 3331 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=656.4174;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.60;MQ0=0;QD=29.74;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.501e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,103:112:99:3331,301,0 chrVI 147079 . T TTG 4965 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=948.8112;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.94;MQ0=0;QD=42.80;SB=-1.517e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,111:116:99:4965,340,0 chrVI 148490 . T TA 339.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=69.1567;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.94;MQ0=0;QD=30.91;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:11:30:382,30,0 chrVI 148662 . C CA 675.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=449.1676;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=21.81;RPA=8,9;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,27:31:81:718,81,0 chrVI 149845 . CT C 3900 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=480.9795;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.02;MQ0=0;QD=35.45;SB=-1.417e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:110:99:3900,322,0 chrVI 155985 . GTTT G 3513 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=85.2682;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=26.02;RPA=16,13;RU=T;SB=-1.401e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,82:135:99:3513,274,0 chrVI 157760 . CT C 1533.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=112.6925;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.89;MQ0=0;QD=21.01;RPA=8,7;RU=T;SB=-4.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,64:73:99:1576,192,0 chrVI 157816 . AT A 1176.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=487.8534;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.29;MQ0=0;QD=18.98;RPA=8,7;RU=T;SB=-5.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,56:62:99:1219,150,0 chrVI 157828 . A ATCT 2885.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=408.3096;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.24;MQ0=0;QD=47.31;RPA=1,2;RU=TCT;SB=-1.436e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,57:61:99:2928,172,0 chrVI 157896 . C CT 2712.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=849.5846;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.39;MQ0=0;QD=33.91;SB=-7.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:80:99:2755,241,0 chrVI 159212 . G GA 2786.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=359.3130;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.02;MQ0=0;QD=25.81;RPA=5,6;RU=A;SB=-7.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,100:108:99:2829,294,0 chrVI 160471 . A ATTAT 8683 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=199.2058;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.07;MQ0=0;QD=53.93;SB=-3.110e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,150:161:99:8683,433,0 chrVI 160576 . ACAG A 5258 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=173;FS=0.000;HaplotypeScore=452.2086;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.52;MQ0=0;QD=30.39;RPA=7,6;RU=CAG;SB=-2.218e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:66,104:173:99:5258,379,0 chrVI 161459 . G GA 1988.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=215.1478;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;QD=29.25;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,58:68:99:2031,174,0 chrVI 161527 . CA C 954.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=186.1083;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=23.87;RPA=4,3;RU=A;SB=-9.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,32:40:99:997,102,0 chrVI 161715 . A AT 1047.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=28.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.40;MQ0=0;QD=24.37;RPA=4,5;RU=T;SB=-9.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,35:43:99:1090,111,0 chrVI 161883 . C CTT 2433.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.920;DP=81;FS=6.240;HaplotypeScore=345.7841;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.85;MQ0=0;MQRankSum=0.426;QD=30.05;RPA=1,3;RU=T;ReadPosRankSum=2.428;SB=-1.129e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,67:78:47:2476,47,0 chrVI 162419 . A AG 4973 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=501.7787;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.93;MQ0=0;QD=35.27;SB=-1.417e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,134:141:99:4973,391,0 chrVI 164820 . C CT 1478.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.237;DP=96;FS=13.248;HaplotypeScore=118.2205;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.162;QD=15.41;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.985;SB=-6.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,57:96:99:1521,121,0 chrVI 167381 . AAT A 2029.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=521.7618;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.04;MQ0=0;QD=24.17;RPA=6,5;RU=AT;SB=-5.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,58:84:99:2072,174,0 chrVI 167855 . A AT 521.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.067;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=39.0100;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.20;MQ0=0;MQRankSum=1.067;QD=15.35;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.133;SB=-2.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,24:34:56:564,56,0 chrVI 168334 . GATCCT G 1668.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.362;DP=107;FS=1.946;HaplotypeScore=1323.6274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.60;MQ0=0;MQRankSum=-4.131;QD=15.60;ReadPosRankSum=7.527;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,50:107:99:1708,0,2190 chrVI 168340 . GTTACTTTGCATGCACCGTGA G 9084 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.163;DP=98;FS=5.249;HaplotypeScore=575.0530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.39;MQ0=0;MQRankSum=-2.802;QD=92.69;ReadPosRankSum=7.069;SB=-1.483e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,50:98:99:9084,0,1266 chrVI 168886 . A AT 2528.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=130.5474;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.66;MQ0=0;QD=35.12;SB=-6.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:72:99:2571,208,0 chrVI 169659 . AGGTATGGC A 10783 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=654.3956;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.33;MQ0=0;QD=77.02;RPA=2,1;RU=GGTATGGC;SB=-2.561e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,113:140:99:10783,349,0 chrVI 172412 . TA T 2472.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.237;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=93.3164;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=0.588;QD=18.59;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.268;SB=-1.252e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,114:133:99:2515,308,0 chrVI 174046 . CTTT C 2599.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.477;DP=97;FS=3.337;HaplotypeScore=183.5492;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.43;MQ0=0;MQRankSum=0.226;QD=26.80;RPA=15,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.790;SB=-1.176e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,63:97:99:2642,186,0 chrVI 174112 . AAC A 4836 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=396.9454;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.47;MQ0=0;QD=39.00;RPA=2,1;RU=AC;SB=-1.998e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,117:124:99:4836,355,0 chrVI 176506 . AG A 3905 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=353.7242;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.28;MQ0=0;QD=31.49;SB=-1.432e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:124:99:3905,337,0 chrVI 179312 . T TTTCTTCTTCTTCTTCTTC 4296 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=37.1290;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.84;MQ0=0;QD=45.22;RPA=10,16;RU=TTC;SB=-1.799e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,57:95:99:4296,168,0 chrVI 182885 . T TGTGCGTGTGTGC 19398 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=176;FS=0.000;HaplotypeScore=68.3347;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.66;MQ0=0;QD=110.22;SB=-5.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,153:176:99:19398,494,0 chrVI 191469 . GTTT G 2755.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=608.1685;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.88;MQ0=0;QD=41.13;SB=-7.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,57:59:99:2798,162,0 chrVI 191499 . T TCA 1192.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=395.0852;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.43;MQ0=1;QD=21.30;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,53:32:90:1235,90,0 chrVI 192522 . GTTTCTATCGTGA G 12560 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=781.8967;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.80;MQ0=0;QD=101.29;SB=-3.064e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,94:124:99:12560,277,0 chrVI 193508 . TA T 1062.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=104.5983;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=11.68;RPA=11,10;RU=A;SB=-5.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,67:91:99:1105,146,0 chrVI 194362 . T TAA 4603 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=339.1956;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.80;MQ0=0;QD=34.61;RPA=3,5;RU=A;SB=-2.075e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,119:133:99:4603,346,0 chrVI 194604 . TTA T 2678.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=685.1715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.52;MQ0=0;QD=27.34;SB=-1.121e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,87:98:99:2721,250,0 chrVI 199066 . C CT 3946 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=226.1219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.04;MQ0=0;QD=28.80;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.113e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,135:137:99:3946,376,0 chrVI 199443 . GT G 2396.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=648.4238;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.58;MQ0=0;QD=22.61;RPA=4,3;RU=T;SB=-7.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,99:106:99:2439,297,0 chrVI 199527 . AT A 3341 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=881.1607;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.24;MQ0=0;QD=26.31;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.381e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,116:127:99:3341,345,0 chrVI 204889 . AG A 1848.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=369.9464;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.19;MQ0=0;QD=26.04;SB=-3.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,60:71:99:1891,168,0 chrVI 204901 . CAA C 1247.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=419.8650;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.12;MQ0=0;QD=22.28;RPA=8,6;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,41:56:99:1290,120,0 chrVI 205945 . G GC 1556.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.440;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=429.8857;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.145;QD=21.04;RPA=3,4;RU=C;ReadPosRankSum=1.497;SB=-8.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,56:74:99:1599,155,0 chrVI 206719 . T TA 4665 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=900.4640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.66;MQ0=0;QD=30.29;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.807e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,141:154:99:4665,406,0 chrVI 206951 . GA G 1773.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=341.2988;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.78;MQ0=0;QD=17.22;RPA=9,8;RU=A;SB=-4.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,83:103:99:1816,236,0 chrVI 208384 . G GAT 125.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1895;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.65;MQ0=0;QD=13.91;RPA=7,8;RU=AT;SB=-6.529e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,5:9:15:167,15,0 chrVI 221876 . GA G 1786.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=34.0975;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.93;MQ0=0;QD=15.68;RPA=9,8;RU=A;SB=-4.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,92:114:99:1829,233,0 chrVI 226131 . CA C 1076.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.476;DP=161;FS=2.400;HaplotypeScore=216.3125;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.64;MQ0=0;MQRankSum=0.113;QD=6.69;RPA=15,14;RU=A;ReadPosRankSum=1.688;SB=-2.603e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:79,61:161:96:1119,96,0 chrVI 226238 . G GAAAA 8125 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=193;FS=0.000;HaplotypeScore=293.7875;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.45;MQ0=0;QD=42.10;RPA=5,9;RU=A;SB=-3.556e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,149:193:99:8125,431,0 chrVI 226639 . T TA 1043.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.241;DP=117;FS=11.772;HaplotypeScore=451.2999;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.47;MQ0=0;MQRankSum=-3.034;QD=8.92;ReadPosRankSum=-3.452;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,40:116:99:1083,0,1949 chrVI 226671 . AG A 2329.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=47.7617;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.53;MQ0=0;QD=31.07;SB=-8.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,69:75:99:2372,198,0 chrVI 226825 . AT A 2920.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=533.8966;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.43;MQ0=0;QD=23.18;RPA=6,5;RU=T;SB=-9.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,121:125:99:2963,345,0 chrVI 227351 . TACGCAC T 7279 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=66.0224;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.21;MQ0=0;QD=46.96;RPA=3,2;RU=ACGCAC;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,120:155:99:7279,334,0 chrVI 227508 . T TA 306.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=12.3077;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=63.98;MQ0=0;QD=10.58;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,24:29:39:349,39,0 chrVI 232991 . TC T 1408.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.172;DP=165;FS=5.654;HaplotypeScore=2208.9373;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.70;MQ0=0;MQRankSum=-3.268;QD=8.54;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=8.218;SB=-4.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,100:164:99:1448,0,883 chrVI 232994 . TCATTTTCATTCTCA T 16647 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=169;FS=0.000;HaplotypeScore=793.2923;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.52;MQ0=0;QD=98.50;SB=-4.911e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:67,100:168:99:16647,432,0 chrVI 233008 . A ATCT 4930 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-9.067;DP=194;FS=5.626;HaplotypeScore=2157.1064;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.256;QD=25.41;ReadPosRankSum=-1.783;SB=-1.961e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:134,59:193:98:4930,98,0 chrVI 237134 . C CATA 437.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=52.1207;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.31;MQ0=0;QD=13.69;RPA=2,3;RU=ATA;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,23:32:37:480,37,0 chrVI 241524 . C CTT 2126.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.781;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=56.2845;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.72;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=20.45;RPA=10,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.192;SB=-8.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,71:104:99:2169,131,0 chrVI 242037 . A AC 3784 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=138.6603;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.61;MQ0=0;QD=32.34;RPA=1,2;RU=C;SB=-1.525e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,108:117:99:3784,319,0 chrVII 147 . C CG 4479 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=3848.3891;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.85;MQ0=2;QD=31.10;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,126:117:99:4479,346,0 chrVII 179 . C CA 1109.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.625;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=2351.6851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.59;MQ0=4;MQRankSum=-0.396;QD=12.47;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=1.927;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,38:75:99:1149,0,366 chrVII 214 . A AG,AC 2492.94 filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=1541.2421;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=24.92;MQ0=9;QD=23.08;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:2,13,93:85:70:2571,1565,1400,307,0,70 chrVII 235 . A AC 3669 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.585;DP=166;FS=0.000;HaplotypeScore=1338.1081;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.26;MQ0=30;MQRankSum=-0.921;QD=22.10;ReadPosRankSum=-0.848;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,134:94:99:3669,216,0 chrVII 289 . CT C 1224.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.150;DP=249;DS;FS=39.360;HaplotypeScore=1410.8112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.06;MQ0=43;MQRankSum=2.212;QD=4.92;ReadPosRankSum=0.806;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:167,79:122:99:1264,0,2667 chrVII 356 . A AT 1320.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.169;DP=250;DS;FS=193.526;HaplotypeScore=2498.3323;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.79;MQ0=12;MQRankSum=-0.461;QD=5.28;ReadPosRankSum=2.608;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:189,61:174:99:1360,0,3538 chrVII 358 . T TCACTCTAAC 6408 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.757;DP=249;DS;FS=387.389;HaplotypeScore=2025.5688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.84;MQ0=11;MQRankSum=0.622;QD=25.73;ReadPosRankSum=-1.740;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:193,56:174:99:6408,0,8351 chrVII 440 . CA C 2933.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.718;DP=249;DS;FS=163.233;HaplotypeScore=1113.4350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.55;MQ0=39;MQRankSum=4.194;QD=11.78;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=-1.264;SB=-9.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:130,118:180:99:2973,0,1864 chrVII 3275 . G GA 2501.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.111;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=42.7783;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.479;QD=20.18;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.474;SB=-1.252e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,102:124:99:2544,256,0 chrVII 8151 . G GA 1634.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=78.3664;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.78;MQ0=67;QD=12.87;RPA=1,2;RU=A;SB=-8.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,112:57:99:1677,135,0 chrVII 9154 . G GA 5431 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=171;FS=0.000;HaplotypeScore=592.7343;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.95;MQ0=0;QD=31.76;RPA=2,3;RU=A;SB=-2.566e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,160:171:99:5431,475,0 chrVII 9380 . CA C 4532 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=755.1852;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.24;MQ0=0;QD=32.37;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.463e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,136:140:99:4532,385,0 chrVII 9484 . G GTT 2809.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=842.9603;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.78;MQ0=0;QD=30.21;RPA=4,6;RU=T;SB=-1.094e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,68:93:99:2852,214,0 chrVII 9619 . CT C 4028 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=577.3426;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.22;MQ0=0;QD=33.85;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.149e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,114:119:99:4028,337,0 chrVII 9811 . A AGG 3129.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=1164.4783;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.04;MQ0=0;QD=31.62;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,64:99:99:3172,252,0 chrVII 9815 . A AT 1979.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.036;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=1144.1322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.78;MQ0=0;MQRankSum=1.147;QD=23.02;ReadPosRankSum=3.111;SB=-2.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,64:86:99:2022,208,0 chrVII 9988 . AG A 1314.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=463.8738;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.36;MQ0=0;QD=24.81;RPA=2,1;RU=G;SB=-3.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,44:53:99:1357,132,0 chrVII 10094 . G GA 2777.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=1030.5874;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=36.08;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.057e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,75:77:99:2820,220,0 chrVII 10168 . GA G 2106.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=759.3080;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.18;MQ0=0;QD=35.71;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:59:99:2149,160,0 chrVII 10864 . TC T 554.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=534.3547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.37;MQ0=0;QD=32.64;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:16:45:597,45,0 chrVII 10894 . ATT A 573.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=560.6992;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.44;MQ0=0;QD=27.33;RPA=10,8;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,20:18:51:616,51,0 chrVII 10966 . G GC 1160.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=416.1282;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.28;MQ0=0;QD=38.70;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:28:84:1203,84,0 chrVII 11071 . A AT 3764 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=790.0513;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.80;MQ0=4;QD=31.11;RPA=2,3;RU=T;SB=-6.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,118:113:99:3764,328,0 chrVII 11756 . A AT 1905.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=1367.8820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.10;MQ0=0;QD=22.69;RPA=1,2;RU=T;SB=-9.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,69:83:99:1948,214,0 chrVII 11769 . A AT 1855.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=1344.5841;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.21;MQ0=0;QD=25.42;RPA=4,5;RU=T;SB=-3.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,62:73:99:1898,186,0 chrVII 11783 . CA C 1747.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=1241.7910;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.74;MQ0=0;QD=25.33;RPA=5,4;RU=A;SB=-9.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,60:69:99:1790,177,0 chrVII 11881 . A AT 849.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.280;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=334.0911;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.398;QD=24.28;ReadPosRankSum=1.509;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,32:35:89:892,89,0 chrVII 12170 . T TTACCCG 1806.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=386.3785;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.85;MQ0=0;QD=72.28;SB=-8.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,16:25:66:1849,66,0 chrVII 16461 . GA G 3861 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=1122.4948;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.43;MQ0=2;QD=26.81;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.448e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,130:141:99:3861,370,0 chrVII 16642 . A AT 6312 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;FS=0.000;HaplotypeScore=1145.7772;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.34;MQ0=0;QD=38.25;SB=-2.860e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,159:164:99:6312,463,0 chrVII 16867 . A AT 1978.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=370.9841;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.97;MQ0=0;QD=24.13;RPA=7,8;RU=T;SB=-2.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,66:82:99:2021,213,0 chrVII 17005 . AC A 627.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=226.3944;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.41;MQ0=0;QD=21.65;RPA=5,4;RU=C;SB=-6.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,24:29:60:670,60,0 chrVII 17024 . G GTA 323.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=183.4713;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.71;MQ0=0;QD=18.00;RPA=5,6;RU=TA;SB=-4.098e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,9:18:27:366,27,0 chrVII 17702 . TA T 2010.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=640.2275;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.71;MQ0=0;QD=31.92;SB=-5.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,9:63:99:2053,180,0 chrVII 17704 . GA G 1455.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.362;DP=62;FS=6.612;HaplotypeScore=690.0918;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.76;MQ0=0;MQRankSum=1.965;QD=23.48;ReadPosRankSum=2.318;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,53:62:99:1498,159,0 chrVII 17838 . C CT 1935.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=1010.6171;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.31;MQ0=0;QD=31.74;SB=-8.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:61:99:1978,171,0 chrVII 17840 . TG T 1627.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=992.4684;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.47;MQ0=0;QD=30.15;SB=-7.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1670,162,0 chrVII 18162 . TA T 1209.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=442.3684;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.60;MQ0=0;QD=26.30;RPA=2,1;RU=A;SB=-3.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,37:46:99:1252,111,0 chrVII 18465 . T TTCTTTTATGAA 4759 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=633.2567;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.21;MQ0=0;QD=110.67;SB=-1.825e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,20:43:99:4759,120,0 chrVII 18479 . CA C 828.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=568.6224;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.63;MQ0=0;QD=25.12;RPA=4,3;RU=A;SB=-3.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,28:33:81:871,81,0 chrVII 19571 . AG A 3220.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=699.9538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.48;MQ0=0;QD=33.54;SB=-1.430e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:96:99:3262,277,0 chrVII 21517 . GAATGAC G 7953 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=2205.5162;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.87;MQ0=0;QD=65.73;SB=-1.775e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,114:121:99:7953,337,0 chrVII 23274 . TAA T 8511 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=204;FS=0.000;HaplotypeScore=1047.3267;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.19;MQ0=0;QD=41.72;RPA=3,1;RU=A;SB=-3.609e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,195:204:99:8511,569,0 chrVII 23642 . C CACGAAGACG 8415 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=193.3363;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.39;MQ0=0;QD=74.47;SB=-4.010e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,94:113:99:8415,295,0 chrVII 25552 . TTA T 2888.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=27.4093;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.90;MQ0=0;QD=31.40;RPA=3,2;RU=TA;SB=-1.174e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,80:92:99:2931,223,0 chrVII 43266 . CA C 747.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=91.0297;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=0.133;QD=13.60;RPA=15,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.133;SB=-4.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,38:55:89:790,89,0 chrVII 44508 . A AAT 500.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.185;DP=26;FS=6.864;HaplotypeScore=7.2995;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.118;QD=19.27;RPA=7,8;RU=AT;ReadPosRankSum=0.474;SB=-2.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,14:26:55:540,0,55 chrVII 49415 . CT C 3455 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=165;FS=0.000;HaplotypeScore=72.9847;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.586;QD=20.94;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.342;SB=-1.498e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,144:165:99:3455,414,0 chrVII 52604 . GAAAC G 5063 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.422;DP=109;FS=3.329;HaplotypeScore=693.2902;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.127;QD=46.45;ReadPosRankSum=2.559;SB=-2.321e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,85:109:99:5063,281,0 chrVII 52610 . AG A 2608.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.432;DP=107;FS=3.358;HaplotypeScore=948.9872;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.16;MQ0=0;MQRankSum=0.167;QD=24.38;ReadPosRankSum=0.899;SB=-1.206e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,85:107:99:2651,299,0 chrVII 52694 . C CT 4007 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=714.2788;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.71;MQ0=0;QD=27.45;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.876e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,138:146:99:4007,391,0 chrVII 53152 . T TGCC 11401 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.747;DP=247;DS;FS=5.353;HaplotypeScore=228.4799;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.034;QD=46.16;ReadPosRankSum=-0.709;SB=-4.448e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,235:247:99:11401,637,0 chrVII 53637 . CA C 7776 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=229;FS=0.000;HaplotypeScore=61.2049;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=33.96;RPA=3,2;RU=A;SB=-3.754e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,225:229:99:7776,653,0 chrVII 56225 . C CTTT 1638.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=186.5339;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.28;MQ0=0;QD=23.41;RPA=13,16;RU=T;SB=-6.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,26:70:99:1681,135,0 chrVII 56250 . AT A 1030.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=161.6254;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.66;MQ0=0;QD=13.75;RPA=10,9;RU=T;SB=-5.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,55:73:99:1073,129,0 chrVII 69394 . ATC A 1646.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=91.8215;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.30;MQ0=0;QD=27.91;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,48:59:99:1689,129,0 chrVII 73309 . CAT C 9993 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=215;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1045.5202;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.49;MQ0=0;QD=46.48;SB=-4.493e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,213:215:99:9993,629,0 chrVII 73728 . GTA G 2194.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=130.8443;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.87;MQ0=0;QD=26.77;RPA=6,5;RU=TA;SB=-4.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,61:82:99:2237,181,0 chrVII 73818 . C CA 607.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4804;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.28;MQ0=0;QD=20.27;RPA=7,8;RU=A;SB=-3.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,27:30:69:650,69,0 chrVII 73989 . T TATA 2199.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=20.4208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.99;MQ0=0;QD=52.38;RPA=1,2;RU=ATA;SB=-1.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:42:99:2242,123,0 chrVII 75474 . TAGAGAGAG T 17579 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=226;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=285.1226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.95;MQ0=0;QD=77.78;RPA=10,6;RU=AG;SB=-8.239e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,186:226:99:17579,560,0 chrVII 75903 . G GA 5040 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=209;FS=0.000;HaplotypeScore=55.9961;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.78;MQ0=0;QD=24.11;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.593e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,173:209:99:5040,529,0 chrVII 76042 . G GC 7110 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=472.8657;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.26;MQ0=0;QD=28.44;RPA=4,5;RU=C;SB=-2.921e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,234:250:99:7110,674,0 chrVII 76303 . C CA 5942 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.548;DP=248;DS;FS=2.839;HaplotypeScore=284.6792;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.986;QD=23.96;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=1.412;SB=-2.435e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,230:248:99:5942,585,0 chrVII 76587 . GA G 2951.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=415.7381;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.20;MQ0=0;QD=26.59;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.406e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,106:111:99:2994,306,0 chrVII 77930 . AT A 1269.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=85.8482;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.58;MQ0=0;QD=15.12;RPA=12,11;RU=T;SB=-4.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,64:84:99:1312,164,0 chrVII 84285 . GT G 3233.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=283.3367;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.57;MQ0=0;QD=22.77;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.525e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,130:142:99:3276,366,0 chrVII 84763 . C CTTTT 304.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=96.0097;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.06;MQ0=0;QD=13.26;RPA=13,17;RU=T;SB=-7.990e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,8:23:30:347,30,0 chrVII 87586 . C CT 1625.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.546;DP=97;FS=2.718;HaplotypeScore=37.0582;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=2.568;QD=16.75;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.193;SB=-8.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,68:97:17:1664,0,17 chrVII 87891 . A AT 1612.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.704;DP=84;FS=4.445;HaplotypeScore=199.1481;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=1.029;QD=19.20;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.162;SB=-5.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,65:84:99:1655,167,0 chrVII 89490 . GA G 109.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9937;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.94;MQ0=0;QD=9.92;RPA=11,10;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,7:11:18:151,18,0 chrVII 89813 . AT A 111.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=1.2666;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=15.87;RPA=10,9;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,6:7:18:153,18,0 chrVII 89899 . A ACT 745.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=12.6798;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.01;MQ0=0;QD=41.44;SB=-7.500e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:18:54:788,54,0 chrVII 92431 . T TA 1833.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.026;DP=118;FS=3.980;HaplotypeScore=287.4731;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.077;QD=15.54;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.352;SB=-7.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,82:118:99:1876,122,0 chrVII 98613 . A ATTTTC 9639 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=849.5882;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.73;MQ0=0;QD=64.26;SB=-4.776e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,123:150:99:9639,409,0 chrVII 98776 . CTT C 3895 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.385;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=502.5143;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.874;QD=29.07;RPA=11,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.809;SB=-1.550e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,117:134:99:3895,334,0 chrVII 102487 . T TAA,TA 944.71 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=83.5072;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.60;MQ0=0;QD=14.76;RPA=14,16,15;RU=A;SB=-2.084e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:22,33,7:64:39:1021,149,39,570,0,472 chrVII 107991 . G GT 2140.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=156.5140;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.40;MQ0=0;QD=28.93;RPA=3,4;RU=T;SB=-8.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,68:74:99:2183,202,0 chrVII 110616 . TA T 3233.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=32.4091;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.27;MQ0=0;QD=24.87;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.307e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,123:130:99:3276,360,0 chrVII 111500 . C CT 483.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=103.9415;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.61;MQ0=0;QD=34.57;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,13:14:39:526,39,0 chrVII 111547 . ACGG A 833.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.739;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=158.9274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.56;MQ0=0;MQRankSum=0.391;QD=37.91;ReadPosRankSum=2.516;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,16:22:99:873,0,115 chrVII 112192 . T TA 3050.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=532.6636;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.76;MQ0=0;QD=27.00;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.079e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,105:113:99:3093,310,0 chrVII 115607 . T TCATA 5760 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=594.0207;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.80;MQ0=0;QD=60.63;SB=-2.700e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,81:95:99:5760,271,0 chrVII 118304 . ATCATCATTG A 16647 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=191;FS=0.000;HaplotypeScore=371.2789;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.32;MQ0=0;QD=87.16;RPA=2,1;RU=TCATCATTG;SB=-7.246e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,161:191:99:16647,479,0 chrVII 121350 . C CA 4775 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=171;FS=0.000;HaplotypeScore=44.5132;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.92;RPA=4,5;RU=A;SB=-2.115e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,153:171:99:4775,460,0 chrVII 122345 . CT C 1693.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=274.0370;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.33;MQ0=0;QD=23.20;RPA=7,6;RU=T;SB=-2.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,66:72:99:1736,189,0 chrVII 122421 . CA C 3970 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=884.2297;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.49;MQ0=0;QD=40.10;SB=-9.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:99:99:3970,289,0 chrVII 122514 . G GT 3214.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=371.6223;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.15;MQ0=0;QD=37.82;SB=-1.058e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,79:84:99:3257,244,0 chrVII 140293 . T TCA 562.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=247.7014;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.18;MQ0=0;QD=21.65;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,20:25:52:605,52,0 chrVII 142037 . GTT G 7090 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=333.2485;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.17;MQ0=1;QD=45.74;SB=-2.209e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,149:154:99:7090,436,0 chrVII 145284 . TA T 218.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=2.0647;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.00;MQ0=0;QD=18.25;RPA=8,7;RU=A;SB=-5.398e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,11:12:30:261,30,0 chrVII 145380 . CTA C 318.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=17.5035;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.57;MQ0=0;QD=22.78;RPA=6,5;RU=TA;SB=-1.899e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,9:14:30:361,30,0 chrVII 145773 . TA T 1002.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=171.2183;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.65;MQ0=0;QD=22.29;RPA=8,7;RU=A;SB=-4.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,39:45:99:1045,117,0 chrVII 147855 . CAA C 4244 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.703;DP=144;FS=4.071;HaplotypeScore=40.4383;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.10;MQ0=0;MQRankSum=1.357;QD=29.47;RPA=10,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.895;SB=-1.617e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,120:144:99:4244,343,0 chrVII 158910 . TCAGGCA T 11143 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=247;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=77.3950;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.43;MQ0=0;QD=45.11;RPA=3,2;RU=CAGGCA;SB=-5.303e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:57,186:247:99:11143,531,0 chrVII 165545 . C CA 2184.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.259;DP=102;FS=2.251;HaplotypeScore=363.5772;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=0.259;QD=21.42;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.706;SB=-1.032e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,91:102:99:2227,179,0 chrVII 166200 . AG A 170.04 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.002;DP=27;FS=2.963;HaplotypeScore=70.9818;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.412;QD=6.30;RPA=7,6;RU=G;ReadPosRankSum=-0.177;SB=-5.305e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,7:27:15:209,0,15 chrVII 167483 . C CT 2225.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=22.4151;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=24.73;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.075e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,80:90:99:2268,234,0 chrVII 173135 . TC T 4434 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=46.1764;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.36;MQ0=0;QD=36.05;SB=-2.207e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,121:123:99:4434,343,0 chrVII 180364 . G GAA 3516 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=57.0298;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.53;MQ0=0;QD=29.06;RPA=9,11;RU=A;SB=-1.135e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,95:121:99:3516,300,0 chrVII 185796 . GA G 1796.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=317.4885;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.36;MQ0=0;QD=24.62;RPA=5,4;RU=A;SB=-6.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,61:73:99:1839,189,0 chrVII 185835 . T TG 977.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.179;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=463.2017;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.245;QD=17.46;ReadPosRankSum=1.941;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,40:56:99:1020,111,0 chrVII 185968 . AT A 1507.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.467;DP=74;FS=4.569;HaplotypeScore=226.0690;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.89;MQ0=0;MQRankSum=0.962;QD=20.38;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.677;SB=-5.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,64:74:99:1550,171,0 chrVII 187372 . CCACT C 1375.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=1295.1861;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.87;MQ0=0;QD=18.59;SB=-5.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,30:74:92:1418,92,0 chrVII 187377 . GATTACGGAGATTTTATATCTAGTCCGGAA G 8391 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=364.1250;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=279.70;SB=-3.185e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:90:8391,90,0 chrVII 190778 . GA G 2592.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.104;DP=197;FS=8.620;HaplotypeScore=110.5342;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.098;QD=13.16;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=1.048;SB=-1.266e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:54,125:197:99:2635,224,0 chrVII 193646 . A AC 3060.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=192.0924;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;QD=26.39;RPA=6,7;RU=C;SB=-1.515e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,98:116:99:3103,310,0 chrVII 196910 . CA C 4462 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.091;DP=173;FS=0.000;HaplotypeScore=1585.6098;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.711;QD=25.79;ReadPosRankSum=-1.475;SB=-1.909e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,149:173:99:4462,470,0 chrVII 196914 . AT A 3048.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.459;DP=163;FS=5.764;HaplotypeScore=1688.0379;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.503;QD=18.71;ReadPosRankSum=2.315;SB=-1.272e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,147:163:99:3091,446,0 chrVII 196917 . T TG 3070.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.874;DP=159;FS=1.553;HaplotypeScore=1663.6206;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.782;QD=19.31;ReadPosRankSum=4.237;SB=-1.376e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,147:159:99:3113,392,0 chrVII 196989 . AACCACGCACC A 7353 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=1615.3264;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.92;MQ0=0;QD=62.85;SB=-2.677e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,72:117:99:7353,217,0 chrVII 197001 . TTAAATGTAAA T 7560 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=1185.3558;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.87;MQ0=0;QD=105.00;SB=-2.769e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:7560,217,0 chrVII 197228 . C CG 4166 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=1398.4596;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.49;MQ0=0;QD=26.88;SB=-1.762e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,142:155:99:4166,443,0 chrVII 197230 . CACTTCA C 11170 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=677.5893;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.36;MQ0=0;QD=74.97;SB=-4.913e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,141:149:99:11170,443,0 chrVII 197816 . G GT 2468.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.151;DP=123;FS=3.303;HaplotypeScore=306.4496;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.753;QD=20.07;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.866;SB=-1.129e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,91:123:99:2511,250,0 chrVII 206341 . G GT 1542.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.240;DP=91;FS=2.007;HaplotypeScore=46.0068;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.36;MQ0=0;MQRankSum=0.468;QD=16.96;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-2.087;SB=-6.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,55:90:99:1585,126,0 chrVII 206499 . GA G 1145.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=200.8595;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.67;MQ0=0;QD=19.10;RPA=10,9;RU=A;SB=-4.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,47:59:99:1188,141,0 chrVII 206617 . A ATT 2480.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.225;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=113.8325;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.45;MQ0=0;MQRankSum=0.803;QD=23.86;RPA=10,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.169;SB=-6.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,76:104:99:2523,196,0 chrVII 208767 . G GTCGGCCGAATTTCTATAAAT 11971 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=150.4876;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.22;MQ0=0;QD=147.79;SB=-5.813e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,27:81:99:11971,193,0 chrVII 210125 . C CT 1014.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=72.2881;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=20.71;RPA=8,9;RU=T;SB=-2.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,43:49:99:1057,117,0 chrVII 210401 . CA C 4082 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=38.0528;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.98;MQ0=0;QD=26.86;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.897e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,148:152:99:4082,415,0 chrVII 213787 . CA C 1540.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=172.6339;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.71;MQ0=0;QD=19.26;RPA=7,6;RU=A;SB=-7.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,69:80:99:1583,180,0 chrVII 215260 . GA G 2484.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.750;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=45.3726;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.70;MQ0=0;MQRankSum=0.769;QD=18.14;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.324;SB=-1.203e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,113:137:99:2527,245,0 chrVII 216102 . GT G 3627 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=631.7242;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.87;MQ0=0;QD=25.54;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.673e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,131:142:99:3627,396,0 chrVII 216170 . G GA 4060 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=618.0558;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.06;MQ0=0;QD=26.89;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.996e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,133:151:99:4060,376,0 chrVII 217378 . ATTG A 9328 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=180;FS=0.000;HaplotypeScore=1101.3459;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.95;MQ0=0;QD=51.82;SB=-4.608e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,173:180:99:9328,515,0 chrVII 241275 . TA T 2338.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=21.8916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.22;MQ0=0;QD=27.20;RPA=5,4;RU=A;SB=-8.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,85:86:99:2381,240,0 chrVII 272322 . GTA G 182.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=27.0205;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.65;MQ0=0;QD=20.23;RPA=7,6;RU=TA;SB=-1.112e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,5:9:18:224,18,0 chrVII 276935 . T TG 7636 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=197;FS=0.000;HaplotypeScore=56.2910;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.18;MQ0=0;QD=38.76;SB=-3.789e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,190:197:99:7636,557,0 chrVII 280081 . G GC 364.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=598.1943;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.51;MQ0=0;QD=7.77;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,41:47:98:407,98,0 chrVII 280087 . TGTTGA T 380.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=561.8473;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=10.30;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:37:98:423,98,0 chrVII 280128 . A AAGT 2608.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=687.2325;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.50;MQ0=0;QD=39.53;SB=-8.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,65:66:99:2651,195,0 chrVII 281605 . ATT A 497.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=29.9976;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.14;MQ0=0;QD=15.56;RPA=15,13;RU=T;SB=-1.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,18:32:54:540,54,0 chrVII 287219 . GA G 3107.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.298;DP=153;FS=3.878;HaplotypeScore=222.6710;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=1.272;QD=20.31;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.407;SB=-1.275e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,133:153:99:3150,353,0 chrVII 288375 . GAT G 3331 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=698.8866;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.77;MQ0=0;QD=32.66;RPA=4,3;RU=AT;SB=-1.116e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,84:102:99:3331,259,0 chrVII 288420 . GCAGATATGTGC G 14535 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=452.7308;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.16;MQ0=0;QD=111.81;SB=-4.411e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,112:130:99:14535,337,0 chrVII 291647 . TA T 3112.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=610.5755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.53;MQ0=0;QD=22.56;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.353e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,117:138:99:3155,336,0 chrVII 298093 . CATAT C 4816 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=21.4767;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=1;QD=45.43;RPA=7,5;RU=AT;SB=-2.202e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,94:105:99:4816,268,0 chrVII 303588 . CA C 3019.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=109.6076;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.67;MQ0=0;QD=23.59;RPA=7,6;RU=A;SB=-9.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,116:128:99:3062,333,0 chrVII 307179 . CATATATATATATATATATATATATATATGTACATATATATGA C 6096 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=15.4068;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.30;MQ0=0;QD=90.99;SB=-1.764e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,65:67:99:6096,189,0 chrVII 311210 . G GT 8792 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=218;FS=0.000;HaplotypeScore=217.1761;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.39;MQ0=0;QD=40.33;SB=-3.946e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,218:218:99:8792,635,0 chrVII 325265 . CT C 2242.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=283.8591;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.72;MQ0=0;QD=18.09;RPA=10,9;RU=T;SB=-1.087e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,101:124:99:2285,270,0 chrVII 329178 . T TCAG 9173 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=200;FS=0.000;HaplotypeScore=164.0381;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.33;MQ0=0;QD=45.87;RPA=1,2;RU=CAG;SB=-4.131e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,169:200:99:9173,521,0 chrVII 341879 . TA T 245.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1727;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.13;MQ0=0;QD=12.95;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.069e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,16:19:33:288,33,0 chrVII 352895 . GA G 3183.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=38.5704;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.88;MQ0=0;QD=23.94;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.473e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,125:133:99:3226,354,0 chrVII 358123 . AAAA AGAAA,A 2669.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.920;DP=193;FS=2.243;HaplotypeScore=707.6708;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=-2.198;QD=13.83;ReadPosRankSum=2.938;SB=-6.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:83,0,0:193:99:2748,395,285,2358,0,2858 chrVII 358124 . A AAG 3342 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=7.736;DP=189;FS=6.919;HaplotypeScore=654.3498;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=1.465;QD=17.68;ReadPosRankSum=7.098;SB=-8.272e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:80,105:189:17:3342,17,0 chrVII 361971 . AT A 619.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=18.4404;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.58;MQ0=0;QD=16.76;RPA=10,9;RU=T;SB=-1.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,28:37:78:662,78,0 chrVII 366199 . ATATATAT A 6150 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=130.9235;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.43;MQ0=2;QD=74.10;SB=-2.253e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,80:80:99:6150,220,0 chrVII 366778 . TAAA T 1881.48 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.862;DP=137;FS=25.390;HaplotypeScore=330.7725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=1.067;QD=13.73;RPA=18,15;RU=A;ReadPosRankSum=3.882;SB=-9.745e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,60:137:6:1920,0,6 chrVII 368551 . G GA 5198 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;FS=0.000;HaplotypeScore=359.2936;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.46;MQ0=0;QD=31.89;RPA=2,3;RU=A;SB=-2.470e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,147:163:99:5198,460,0 chrVII 376066 . AT A 3194.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.241;DP=148;FS=4.048;HaplotypeScore=237.1968;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.941;QD=21.59;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.123;SB=-1.245e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,134:148:99:3237,352,0 chrVII 377575 . A ATACAAGAGAAGCG 9053 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.451;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=255.1233;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.723;QD=71.85;ReadPosRankSum=0.241;SB=-3.892e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:92,33:126:99:9053,323,0 chrVII 378026 . AATGATG A 14715 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=387.3495;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.44;MQ0=0;QD=58.86;RPA=6,4;RU=ATG;SB=-5.786e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,211:250:99:14715,629,0 chrVII 379162 . TCAGCAG T 13814 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=80.5236;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.08;MQ0=0;QD=55.26;RPA=8,6;RU=CAG;SB=-6.439e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:67,183:250:99:13814,554,0 chrVII 388855 . AT A 835.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=22.6679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;QD=20.39;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,18:41:93:878,93,0 chrVII 394900 . GA G 503.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0544;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.16;RPA=11,10;RU=A;SB=-5.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,24:25:66:546,66,0 chrVII 398372 . TG T 7594 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=246;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=65.7778;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.51;MQ0=0;QD=30.87;RPA=4,3;RU=G;SB=-1.903e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,236:246:99:7594,677,0 chrVII 400194 . A AT 1506.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=195.0364;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.18;MQ0=0;QD=22.49;RPA=1,2;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,59:67:99:1549,138,0 chrVII 400221 . TAA T 310.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=141.5057;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.17;MQ0=0;QD=12.44;RPA=13,11;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,11:25:33:353,33,0 chrVII 400550 . GTTTTT G 404.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.243;DP=27;FS=6.117;HaplotypeScore=6.8289;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.031;QD=15.00;RPA=21,16;RU=T;ReadPosRankSum=1.273;SB=-1.887e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,8:26:34:444,0,34 chrVII 400713 . G GA 2209.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=24.1085;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.37;MQ0=0;QD=22.10;RPA=7,8;RU=A;SB=-5.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,86:100:99:2252,234,0 chrVII 401504 . G GA 1475.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=17.6960;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.89;MQ0=0;QD=22.03;RPA=8,9;RU=A;SB=-5.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,59:67:99:1518,162,0 chrVII 405203 . AT A 1390.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=455.5997;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.72;MQ0=0;QD=36.60;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:37:99:1433,111,0 chrVII 405411 . T TAG 4475 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=3612.3395;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=47.61;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:94:99:4475,274,0 chrVII 405415 . G GTTT 3595 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=1401.9934;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=57.06;RPA=1,4;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:3595,190,0 chrVII 405452 . C CA 3968 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=1541.9105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.91;MQ0=0;QD=37.79;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,98:105:99:3968,310,0 chrVII 405706 . AT A 4517 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=233;FS=0.000;HaplotypeScore=49.8280;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.90;MQ0=0;QD=19.39;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.743e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,197:228:99:4517,524,0 chrVII 412208 . CAA C 5290 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=170;FS=0.000;HaplotypeScore=213.0571;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.84;MQ0=0;QD=31.12;RPA=9,7;RU=A;SB=-1.684e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,154:170:99:5290,436,0 chrVII 412279 . GA G 2840.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=507.9417;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.94;MQ0=0;QD=21.04;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.421e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,116:135:99:2883,315,0 chrVII 412630 . G GAA 975.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=223.3819;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.07;MQ0=0;QD=21.69;RPA=8,10;RU=A;SB=-3.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,28:45:87:1018,87,0 chrVII 412892 . CT C 6130 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=196;FS=0.000;HaplotypeScore=817.7894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.56;MQ0=0;QD=31.28;RPA=3,2;RU=T;SB=-2.594e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,188:196:99:6130,530,0 chrVII 413744 . C CCTTTCTTTGTTTT 8992 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=566.1185;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.24;MQ0=0;QD=81.75;RPA=1,2;RU=CTTTCTTTGTTTT;SB=-3.875e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,80:110:99:8992,241,0 chrVII 413965 . AGA A,AA 3928 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=98.4451;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=51.51;MQ0=0;QD=25.67;SB=-1.608e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:73,0,0:152:41:3928,2138,1834,430,0,41 chrVII 416657 . CTAT C 4149 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=24.4222;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.74;MQ0=0;QD=34.58;RPA=5,4;RU=TAT;SB=-2.034e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,99:120:99:4149,274,0 chrVII 417241 . TC T 5943 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=170;FS=0.000;HaplotypeScore=146.4723;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.35;MQ0=0;QD=34.96;SB=-2.938e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,154:170:99:5943,454,0 chrVII 428408 . TTA T 194.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8760;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.57;MQ0=0;QD=10.21;RPA=5,4;RU=TA;SB=-7.680e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,7:19:21:236,21,0 chrVII 433202 . G GA 1102.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.237;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=330.8155;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.460;QD=13.13;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.389;SB=-3.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,50:84:99:1145,135,0 chrVII 433848 . T TA 2089.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=231.3909;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.20;MQ0=0;QD=19.90;RPA=6,7;RU=A;SB=-8.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,56:105:99:2132,222,0 chrVII 438724 . C CA 4471 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=177;FS=0.000;HaplotypeScore=84.2554;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;QD=25.26;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.232e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,143:177:99:4471,451,0 chrVII 443332 . G GA 2122.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.283;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=79.7841;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.486;QD=14.54;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.135;SB=-1.001e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,97:146:99:2165,159,0 chrVII 448884 . CTGCTGCTGCTGCTGTTGCTGT C 27647 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=183;FS=0.000;HaplotypeScore=371.9217;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.03;MQ0=0;QD=151.08;SB=-6.597e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,141:183:99:27647,421,0 chrVII 459752 . C CT 3410 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.764;DP=221;FS=0.000;HaplotypeScore=1811.0619;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.40;MQ0=0;MQRankSum=-2.030;QD=15.43;ReadPosRankSum=0.631;SB=-1.245e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:83,125:221:99:3410,396,0 chrVII 465593 . GT G 3576 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=117.8742;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;QD=37.64;SB=-1.171e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:95:99:3576,268,0 chrVII 465811 . GT G 1042.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.904;DP=55;FS=4.075;HaplotypeScore=110.2193;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.301;QD=18.96;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.151;SB=-3.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,45:55:99:1085,110,0 chrVII 466985 . T TAGA 6209 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=334.7410;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.06;MQ0=0;QD=46.34;RPA=1,2;RU=AGA;SB=-2.714e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,115:134:99:6209,343,0 chrVII 468885 . AT A 1868.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=27.1881;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.09;MQ0=0;QD=19.47;RPA=10,9;RU=T;SB=-5.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,83:96:99:1911,227,0 chrVII 469037 . GA G 1388.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=154.8608;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.15;MQ0=0;QD=19.03;RPA=10,9;RU=A;SB=-6.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,58:73:99:1431,170,0 chrVII 469242 . A ATTGTTGTTGTTGTTG 15337 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=49.9409;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.12;MQ0=0;QD=102.25;RPA=8,13;RU=TTG;SB=-2.535e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,111:150:99:15337,337,0 chrVII 482781 . GA G 1738.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=18.8399;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.84;MQ0=0;QD=20.70;RPA=6,5;RU=A;SB=-4.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,69:84:99:1781,189,0 chrVII 483131 . TA T 1011.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=52.8993;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQ0=0;QD=14.88;RPA=14,13;RU=A;SB=-4.361e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,42:68:99:1054,142,0 chrVII 484095 . CTTT C 4985 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=42.0127;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.69;MQ0=0;QD=34.86;RPA=13,10;RU=T;SB=-2.092e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,113:143:99:4985,351,0 chrVII 484222 . G GC 4256 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=22.7902;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.80;MQ0=0;QD=36.07;SB=-2.048e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,112:118:99:4256,325,0 chrVII 484889 . TA T 3963 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=318.5056;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.95;MQ0=0;QD=27.52;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.665e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,136:144:99:3963,382,0 chrVII 485313 . TAA T 3980 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=465.1011;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.02;MQ0=0;QD=31.09;RPA=9,7;RU=A;SB=-1.927e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,113:128:99:3980,325,0 chrVII 485505 . G GC 1960.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.069;DP=97;FS=3.018;HaplotypeScore=142.2527;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.08;MQ0=0;MQRankSum=1.102;QD=20.22;RPA=9,10;RU=C;ReadPosRankSum=-0.543;SB=-9.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,70:97:99:2003,163,0 chrVII 485910 . C CA 2583.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.480;DP=130;FS=3.047;HaplotypeScore=142.5368;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.588;QD=19.88;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.135;SB=-1.285e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,108:130:99:2626,263,0 chrVII 492247 . G GT 4646 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=98.3916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.13;MQ0=0;QD=31.61;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.859e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,143:147:99:4646,409,0 chrVII 492422 . AC A 4051 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.699;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=287.6134;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=1.667;QD=36.17;ReadPosRankSum=0.425;SB=-1.881e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,97:112:99:4051,315,0 chrVII 496729 . TA T 794.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.022;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=89.8374;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.222;QD=15.00;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.133;SB=-2.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,39:53:90:837,90,0 chrVII 496888 . A AT 1053.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=379.3731;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.54;MQ0=0;QD=25.09;RPA=5,6;RU=T;SB=-3.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,36:42:99:1096,108,0 chrVII 496949 . T TTA 233.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=230.8276;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.16;MQ0=0;QD=13.71;RPA=2,3;RU=TA;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,7:17:21:275,21,0 chrVII 497421 . T TA 2582.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.984;DP=121;FS=16.740;HaplotypeScore=819.9854;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.835;QD=21.35;ReadPosRankSum=3.135;SB=-9.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,100:121:99:2625,285,0 chrVII 498008 . ATCGGAG A 7186 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=165.0541;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.78;MQ0=0;QD=55.28;RPA=3,2;RU=TCGGAG;SB=-2.051e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,97:130:99:7186,301,0 chrVII 508600 . TTATC T 7020 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=400.5919;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.18;MQ0=0;QD=54.42;RPA=2,1;RU=TATC;SB=-2.740e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,104:129:99:7020,352,0 chrVII 508636 . TC T 3397 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=999.4527;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.60;MQ0=0;QD=26.75;RPA=7,6;RU=C;SB=-7.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,110:127:99:3397,328,0 chrVII 508694 . T TGA 4631 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=308.1667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.17;MQ0=0;QD=44.53;SB=-1.257e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,92:104:99:4631,283,0 chrVII 526818 . TAA T 1972.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=187.4455;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.20;MQ0=0;QD=20.77;RPA=12,10;RU=A;SB=-9.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,59:95:99:2015,177,0 chrVII 529943 . C CATCCTCATCCCA 24651 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=100.7150;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.81;MQ0=0;QD=98.60;SB=-1.085e+04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,211:250:99:24651,629,0 chrVII 530662 . T TACGACGACG 10780 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=225;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=585.6196;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.71;MQ0=0;QD=47.91;RPA=8,11;RU=ACG;SB=-2.933e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:114,107:225:99:10780,324,0 chrVII 531119 . C CAT 254.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=72.4078;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.45;MQ0=0;QD=12.10;RPA=3,4;RU=AT;SB=-8.480e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,7:21:21:296,21,0 chrVII 534974 . G GA 2313.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=702.7775;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.25;MQ0=0;QD=28.22;RPA=2,3;RU=A;SB=-5.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,70:82:99:2356,211,0 chrVII 535209 . G GTAA 863.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=57.5703;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.80;MQ0=0;QD=48.00;SB=-5.800e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,16:18:48:906,48,0 chrVII 535541 . CA C 126.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=60.8854;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.32;MQ0=0;QD=9.71;RPA=3,2;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,10:13:15:168,15,0 chrVII 535592 . A AT 2761.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=34.6721;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.72;MQ0=0;QD=40.62;SB=-8.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2804,202,0 chrVII 544381 . AG A 1209.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=163.1438;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.13;MQ0=0;QD=31.84;SB=-6.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:38:99:1252,99,0 chrVII 544711 . T TCCC 6646 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=356.0789;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.63;MQ0=0;QD=47.13;RPA=3,6;RU=C;SB=-2.723e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,129:141:99:6646,385,0 chrVII 545016 . AT A 2924.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=394.8351;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.34;MQ0=0;QD=25.00;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.271e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,111:116:99:2967,303,0 chrVII 545277 . A ATTT 5217 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.844;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=831.6793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.295;QD=39.23;RPA=1,4;RU=T;ReadPosRankSum=1.108;SB=-2.479e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,116:133:99:5217,355,0 chrVII 546156 . A AT 2755.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=209.7264;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.55;MQ0=0;QD=26.00;RPA=4,5;RU=T;SB=-7.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,90:106:99:2798,271,0 chrVII 546200 . C CTT 1712.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.978;DP=126;FS=5.873;HaplotypeScore=1076.7241;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.715;QD=13.59;RPA=1,3;RU=T;ReadPosRankSum=5.546;SB=-7.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,49:125:99:1752,0,433 chrVII 546201 . TC T 3465 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=931.0611;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.09;MQ0=0;QD=27.72;SB=-1.597e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:51,74:124:99:3465,350,0 chrVII 546202 . C CCAAACAATCT 9616 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-6.267;DP=125;FS=13.966;HaplotypeScore=553.9388;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.339;QD=76.93;ReadPosRankSum=3.370;SB=-4.639e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:74,49:124:86:9616,86,0 chrVII 546398 . TAAA T 8102 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=889.3918;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.77;MQ0=0;QD=51.61;RPA=5,2;RU=A;SB=-2.518e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,155:156:99:8102,464,0 chrVII 555212 . CT C 1017.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=116.0736;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.29;MQ0=0;QD=16.69;RPA=10,9;RU=T;SB=-1.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,42:61:99:1060,126,0 chrVII 557761 . GA G 3183.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=37.1175;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.34;MQ0=0;QD=33.17;RPA=3,2;RU=A;SB=-3.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:96:99:3226,277,0 chrVII 559414 . CT C 3943 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=141.5268;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.26;MQ0=0;QD=29.21;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.914e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,130:135:99:3943,355,0 chrVII 560412 . CA C 5594 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=177;FS=0.000;HaplotypeScore=639.2933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.80;MQ0=0;QD=31.60;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.718e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,161:177:99:5594,481,0 chrVII 560467 . A AAG 6167 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=440.1954;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.66;MQ0=0;QD=41.39;RPA=1,2;RU=AG;SB=-2.887e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,136:149:99:6167,412,0 chrVII 561653 . C CA 1000.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=144.0960;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.78;MQ0=0;QD=23.83;RPA=5,6;RU=A;SB=-6.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,39:40:99:1043,105,0 chrVII 568556 . GT G 1157.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=185.8984;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.77;MQ0=0;QD=29.69;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,37:39:99:1200,102,0 chrVII 581755 . C CCCTCT 10624 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;FS=0.000;HaplotypeScore=225.0845;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.36;MQ0=2;QD=64.00;RPA=1,2;RU=CCTCT;SB=-4.352e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,142:164:99:10624,455,0 chrVII 593375 . TATATA T 632.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=10.7691;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.71;MQ0=0;QD=35.16;RPA=2,1;RU=ATATA;SB=-2.239e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,13:18:33:675,33,0 chrVII 596337 . AT A 3525 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=24.3944;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.47;MQ0=0;QD=31.76;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.177e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,108:111:99:3525,310,0 chrVII 598978 . CG C 5495 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=219.7307;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;QD=37.38;SB=-2.026e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,142:147:99:5495,421,0 chrVII 598999 . G GA 2275.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.417;DP=176;FS=1.367;HaplotypeScore=554.6592;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.924;QD=12.93;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.512;SB=-9.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:82,83:176:99:2318,136,0 chrVII 616171 . AT ATT,A 292.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;DP=108;FS=1.330;HaplotypeScore=58.4576;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.635;QD=2.71;RPA=17,18,16;RU=T;ReadPosRankSum=-0.489;SB=-1.512e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:75,3,11:108:99:371,143,481,125,0,654 chrVII 637679 . A AT 1797.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.652;DP=135;FS=1.196;HaplotypeScore=81.2364;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.265;QD=13.32;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-1.452;SB=-9.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:53,77:135:9:1839,9,0 chrVII 639665 . A AC 1117.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.130;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=257.8556;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.30;MQ0=0;MQRankSum=1.534;QD=15.53;RPA=1,2;RU=C;ReadPosRankSum=-1.534;SB=-2.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,22:72:99:1160,143,0 chrVII 649438 . G GA 1231.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.917;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=28.6831;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.917;QD=16.43;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.034;SB=-4.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,55:75:99:1274,127,0 chrVII 653228 . C CTT 1358.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=135.9602;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.82;MQ0=0;QD=13.19;RPA=16,18;RU=T;SB=-4.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:51,51:103:99:1401,168,0 chrVII 653814 . TA T 2968.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=150.6605;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.20;MQ0=0;QD=20.34;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.220e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,125:146:99:3011,351,0 chrVII 656821 . GT G 2232.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=32.6789;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.04;MQ0=0;QD=24.01;RPA=6,5;RU=T;SB=-7.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,89:93:99:2275,240,0 chrVII 676341 . AT A 864.94 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.878;DP=105;FS=17.700;HaplotypeScore=36.2809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=1.352;QD=8.24;RPA=15,14;RU=T;ReadPosRankSum=2.390;SB=-4.859e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,51:105:3:903,0,3 chrVII 700946 . AG A 3226.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=32.7025;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.98;MQ0=0;QD=27.34;SB=-1.301e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:118:99:3268,301,0 chrVII 702711 . AT A 1625.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=37.3160;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=16.26;RPA=12,11;RU=T;SB=-5.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,73:100:99:1668,208,0 chrVII 707064 . CA C 1671.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.450;DP=126;FS=11.007;HaplotypeScore=93.7289;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.28;MQ0=0;MQRankSum=2.162;QD=13.27;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.277;SB=-7.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:50,75:126:99:1714,123,0 chrVII 739245 . CACTT C 13686 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=242;FS=0.000;HaplotypeScore=62.7543;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.49;MQ0=0;QD=56.55;RPA=2,1;RU=ACTT;SB=-6.215e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,230:242:99:13686,686,0 chrVII 785333 . G GA 2146.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.633;DP=131;FS=3.834;HaplotypeScore=309.6865;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.67;MQ0=0;MQRankSum=0.849;QD=16.39;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.822;SB=-9.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:50,78:131:99:2189,224,0 chrVII 785493 . TG T 3920 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=216.4153;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.82;MQ0=0;QD=30.39;RPA=4,3;RU=G;SB=-1.719e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,119:129:99:3920,343,0 chrVII 787950 . TC T 4949 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=40.9679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.67;MQ0=0;QD=30.93;RPA=3,2;RU=C;SB=-1.500e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,154:160:99:4949,430,0 chrVII 788496 . T TC 4379 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.584;DP=195;FS=5.041;HaplotypeScore=1571.1820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.193;QD=22.46;ReadPosRankSum=3.962;SB=-1.401e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,176:195:99:4379,475,0 chrVII 790438 . T TAA 4272 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=29.7178;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.26;MQ0=0;QD=38.84;RPA=2,4;RU=A;SB=-1.650e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,103:110:99:4272,298,0 chrVII 794370 . A AT 1752.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=143.5553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=25.41;RPA=6,7;RU=T;SB=-4.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,63:69:99:1795,183,0 chrVII 794505 . A AT 1066.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.413;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=193.7332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.606;QD=19.76;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.528;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,41:54:82:1109,82,0 chrVII 800514 . G GACGAAGA 4307 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=11.1471;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.68;MQ0=0;QD=81.26;RPA=2,3;RU=ACGAAGA;SB=-4.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,49:53:99:4307,148,0 chrVII 801946 . A ATG 6154 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=43.0492;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.22;MQ0=0;QD=39.96;SB=-2.085e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,146:154:99:6154,409,0 chrVII 807377 . C CAGAGGA 10687 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=205;FS=0.000;HaplotypeScore=57.4460;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.56;MQ0=0;QD=52.13;RPA=3,4;RU=AGAGGA;SB=-4.108e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:59,142:203:99:10687,421,0 chrVII 807865 . CAA C,CA 506.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.289;DP=82;FS=6.691;HaplotypeScore=194.3858;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=49.69;MQ0=0;MQRankSum=-2.310;QD=6.18;RPA=19,17,18;RU=A;ReadPosRankSum=0.289;SB=-2.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:48,7,1:81:99:585,305,504,107,0,110 chrVII 808498 . T TA 774.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=106.3386;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.08;MQ0=0;QD=20.39;RPA=9,10;RU=A;SB=-2.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,33:38:90:817,90,0 chrVII 846870 . TA T 1758.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.444;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=35.6257;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=1.957;QD=20.94;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.181;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,77:84:99:1801,192,0 chrVII 848452 . AT A 2027.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.651;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=68.7857;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.26;MQ0=0;MQRankSum=0.346;QD=18.27;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.224;SB=-2.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,96:111:99:2070,227,0 chrVII 850848 . GT G 1876.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=96.6637;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;QD=31.28;RPA=2,1;RU=T;SB=-7.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,53:60:99:1919,156,0 chrVII 850902 . G GA 1706.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=218.7527;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=23.38;RPA=7,8;RU=A;SB=-7.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,62:73:99:1749,183,0 chrVII 853509 . AT A 1682.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.393;DP=117;FS=2.547;HaplotypeScore=207.1755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.94;MQ0=0;MQRankSum=-1.469;QD=14.38;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.431;SB=-6.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,87:117:99:1725,159,0 chrVII 856430 . C CA 1343.16 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.007;DP=100;FS=1.435;HaplotypeScore=92.1147;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.187;QD=13.43;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=1.670;SB=-4.152e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,67:100:2:1381,0,2 chrVII 856944 . AG A 7052 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=245;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=59.9967;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.78;RPA=5,4;RU=G;SB=-2.013e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,218:245:99:7052,653,0 chrVII 857305 . GA G 5062 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=229;FS=0.000;HaplotypeScore=390.5307;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.35;MQ0=0;QD=22.10;RPA=9,8;RU=A;SB=-2.012e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,208:229:99:5062,585,0 chrVII 857593 . AT A 5117 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=38.7588;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;QD=32.18;RPA=2,1;RU=T;SB=-2.494e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,157:159:99:5117,421,0 chrVII 857748 . T TG 4753 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=657.0421;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.84;MQ0=0;QD=31.90;RPA=2,3;RU=G;SB=-2.011e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,130:149:99:4753,406,0 chrVII 858669 . T TA 4252 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=411.7685;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.91;MQ0=0;MQRankSum=1.092;QD=32.96;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.131;SB=-5.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,122:129:99:4252,346,0 chrVII 858812 . T TA 1420.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=139.8282;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.27;MQ0=0;QD=24.08;RPA=4,5;RU=A;SB=-4.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,47:59:99:1463,144,0 chrVII 859043 . ATG A 5031 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=512.4949;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.29;MQ0=0;QD=39.00;RPA=3,2;RU=TG;SB=-1.472e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,124:129:99:5031,364,0 chrVII 859745 . GA G 3793 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=434.0230;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.60;MQ0=0;QD=30.59;RPA=3,2;RU=A;SB=-8.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,112:124:99:3793,331,0 chrVII 870132 . C CTT 2686.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=260.8610;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.65;MQ0=0;QD=30.88;RPA=8,10;RU=T;SB=-1.282e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,73:87:99:2729,225,0 chrVII 876476 . TC T 1531.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=37.4574;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.10;MQ0=0;QD=29.46;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:52:99:1574,144,0 chrVII 876941 . T TGGTAGAGGAGACAGTGGCAGG 23769 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=175;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=626.8060;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.42;MQ0=0;QD=135.82;SB=-8.399e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,133:175:99:23769,433,0 chrVII 877194 . AGAAGCCGAGGAG A 5178 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.812;DP=96;FS=13.245;HaplotypeScore=816.5613;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.77;MQ0=0;MQRankSum=1.156;QD=53.94;ReadPosRankSum=0.328;SB=-1.735e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:48,46:96:99:5178,145,0 chrVII 877223 . CCGAGGAAGAT C 2071.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-5.995;DP=81;FS=9.528;HaplotypeScore=1296.3780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.63;MQ0=0;MQRankSum=1.191;QD=25.58;ReadPosRankSum=0.898;SB=-9.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:55,26:81:99:2114,136,0 chrVII 878684 . GA G 888.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.701;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=27.0747;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=0.202;QD=12.70;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.932;SB=-2.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,48:70:96:931,96,0 chrVII 879568 . G GA 1889.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=21.2716;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;QD=23.33;RPA=7,8;RU=A;SB=-9.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,71:81:99:1932,204,0 chrVII 882287 . T TA 3664 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=260.7435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.30;MQ0=0;QD=31.05;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.829e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,112:118:99:3664,322,0 chrVII 882405 . T TTTA 2962.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=347.5879;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.17;MQ0=0;QD=45.58;SB=-8.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,52:65:99:3005,166,0 chrVII 882662 . A AG 2033.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=980.2691;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.79;MQ0=0;QD=33.34;SB=-1.009e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,56:56:99:2076,165,0 chrVII 882742 . TA T 2350.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=338.7460;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.77;MQ0=0;QD=28.67;RPA=3,2;RU=A;SB=-7.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,77:81:99:2393,214,0 chrVII 884264 . T TAA 4290 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=136.8891;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.96;MQ0=0;QD=34.32;RPA=5,7;RU=A;SB=-1.944e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,112:125:99:4290,325,0 chrVII 885994 . GAT G 3909 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=338.2421;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.11;MQ0=0;QD=30.07;RPA=6,5;RU=AT;SB=-1.415e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,111:130:99:3909,319,0 chrVII 887887 . T TA 4534 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=30.2930;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.04;MQ0=0;QD=36.56;SB=-2.186e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,120:124:99:4534,337,0 chrVII 888438 . TAA T 1754.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=127.3046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.03;MQ0=0;QD=38.15;RPA=5,3;RU=A;SB=-6.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,45:46:99:1797,129,0 chrVII 888553 . A AAT 1268.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=19.5563;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.30;MQ0=0;QD=25.90;RPA=6,7;RU=AT;SB=-7.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,32:49:99:1311,99,0 chrVII 888714 . A AG 1296.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.334;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=423.1639;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.175;QD=17.07;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=2.878;SB=-5.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,58:76:99:1339,107,0 chrVII 888717 . A ATGG 2886.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.669;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=266.3544;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.209;QD=38.49;ReadPosRankSum=3.731;SB=-1.180e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,58:75:99:2929,138,0 chrVII 888842 . CA C 3402 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=33.5291;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.98;MQ0=0;QD=24.65;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.134e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,130:138:99:3402,369,0 chrVII 890929 . CGTCTTCTATGGATTCATTATCTTCGTTTTT C 12718 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=214;FS=0.000;HaplotypeScore=56.0169;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.58;MQ0=0;QD=59.43;SB=-4.568e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:58,154:214:99:12718,427,0 chrVII 894461 . G GAA 7529 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=199;FS=0.000;HaplotypeScore=552.0603;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.98;MQ0=0;QD=37.83;RPA=4,6;RU=A;SB=-3.168e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,188:199:99:7529,557,0 chrVII 905164 . T TA 8238 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=227;FS=0.000;HaplotypeScore=64.0216;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.76;MQ0=0;QD=36.29;RPA=1,2;RU=A;SB=-2.824e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,223:227:99:8238,644,0 chrVII 908884 . T TA 3688 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=428.6631;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.73;MQ0=0;QD=38.82;SB=-4.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,91:95:99:3688,265,0 chrVII 908890 . GTT G 3174.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=480.7893;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.13;MQ0=0;QD=31.44;RPA=8,6;RU=T;SB=-3.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,87:101:99:3217,259,0 chrVII 909185 . AAT A 6063 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=575.7980;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.37;MQ0=0;QD=38.62;SB=-2.481e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,150:157:99:6063,415,0 chrVII 910112 . CTTTTTT C 879.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.664;DP=79;FS=1.941;HaplotypeScore=114.6390;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.07;MQ0=0;MQRankSum=0.817;QD=11.14;RPA=24,18;RU=T;ReadPosRankSum=0.938;SB=-2.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,23:76:79:919,0,79 chrVII 920086 . TA T 1981.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=815.8230;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.76;MQ0=0;QD=24.17;RPA=6,5;RU=A;SB=-2.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,69:82:99:2024,216,0 chrVII 920105 . GA G 1745.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=885.6799;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.32;MQ0=0;QD=21.82;RPA=7,6;RU=A;SB=-2.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,69:80:99:1788,195,0 chrVII 920121 . A AG 3023.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=764.3595;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.51;MQ0=0;QD=34.76;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,81:87:99:3066,253,0 chrVII 920914 . G GAA,GA 1150.97 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.461;DP=72;FS=3.854;HaplotypeScore=123.6145;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.257;QD=15.99;RPA=11,13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.102;SB=-4.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:18,6,44:72:57:1229,849,803,183,0,57 chrVII 930945 . G GAA 2635.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=131.0749;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.91;MQ0=0;QD=28.97;RPA=7,9;RU=A;SB=-8.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,73:91:99:2678,211,0 chrVII 943507 . AT A 5645 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=217;FS=0.000;HaplotypeScore=53.8377;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.34;MQ0=0;QD=26.01;RPA=5,4;RU=T;SB=-2.190e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,201:217:99:5645,571,0 chrVII 945074 . G GATA 3350 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=26.0415;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.58;MQ0=0;QD=45.89;RPA=3,4;RU=ATA;SB=-1.476e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,65:73:99:3350,196,0 chrVII 947118 . AAT A 3147.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=357.8585;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.77;MQ0=0;QD=35.77;SB=-1.193e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,74:88:99:3190,244,0 chrVII 947127 . G GA 1686.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.840;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=460.6917;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.40;MQ0=0;MQRankSum=1.680;QD=20.08;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.945;SB=-6.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,62:84:99:1729,174,0 chrVII 947344 . G GA 3186.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=65.4004;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.56;MQ0=0;QD=25.70;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.271e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,104:124:99:3229,325,0 chrVII 951823 . T TA 3621 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=278.1513;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.58;MQ0=0;QD=33.22;SB=-1.358e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:109:99:3621,294,0 chrVII 953768 . AT A 4478 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=847.3035;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.85;MQ0=0;QD=30.88;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.850e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,131:145:99:4478,400,0 chrVII 953791 . G GCA 5531 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=644.5025;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.67;MQ0=0;QD=37.12;RPA=2,3;RU=CA;SB=-2.207e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,127:149:99:5531,388,0 chrVII 953964 . C CTAA 6802 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=280.6117;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.36;MQ0=0;QD=45.65;RPA=1,2;RU=TAA;SB=-2.645e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,136:149:99:6802,385,0 chrVII 957494 . GTTA G 483.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=131.3828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.10;MQ0=0;QD=23.05;RPA=3,2;RU=TTA;SB=-2.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,17:21:45:526,45,0 chrVII 958309 . A AGTAT 6984 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=636.1282;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.78;MQ0=0;QD=51.73;RPA=1,2;RU=GTAT;SB=-3.453e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,111:135:99:6984,334,0 chrVII 959586 . CG C 5702 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=238.5645;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;QD=37.51;SB=-2.520e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,151:152:99:5702,439,0 chrVII 959779 . AATATATAT A 6773 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=216.0600;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.15;MQ0=0;QD=51.31;RPA=11,7;RU=AT;SB=-2.936e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:54,76:132:99:6773,228,0 chrVII 968722 . A AT 2118.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.213;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=274.1900;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.54;MQ0=0;MQRankSum=0.970;QD=14.81;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-2.288;SB=-6.636e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:57,80:143:18:2160,18,0 chrVII 968998 . A AT 3221.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=319.8747;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.62;MQ0=0;QD=25.56;SB=-9.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,120:126:99:3263,334,0 chrVII 982259 . G GAA,GA 1188.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.505;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=123.8687;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.38;MQ0=0;MQRankSum=1.640;QD=11.89;RPA=14,16,15;RU=A;ReadPosRankSum=-0.470;SB=-5.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:59,6,30:99:99:1267,694,711,245,0,158 chrVII 984347 . AT A 3738 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;FS=0.000;HaplotypeScore=374.2543;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.00;MQ0=0;QD=22.65;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.760e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,142:165:99:3738,420,0 chrVII 987105 . G GT 2081.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.654;DP=147;FS=2.759;HaplotypeScore=565.6394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=0.337;QD=14.16;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-3.006;SB=-8.621e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:63,71:146:77:2124,77,0 chrVII 987325 . C CT 4411 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=626.5894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.02;MQ0=0;QD=33.67;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.916e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,111:130:99:4411,361,0 chrVII 987365 . T TTG 6575 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.570;DP=180;FS=5.714;HaplotypeScore=1207.6751;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.253;QD=36.53;ReadPosRankSum=0.549;SB=-1.730e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,151:179:99:6575,465,0 chrVII 987689 . G GA 2192.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=236.1058;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.28;MQ0=0;QD=23.58;RPA=6,7;RU=A;SB=-8.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,82:93:99:2235,231,0 chrVII 989675 . AT A 700.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.937;DP=80;FS=2.140;HaplotypeScore=111.2756;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.259;QD=8.76;RPA=16,15;RU=T;ReadPosRankSum=1.216;SB=-3.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,29:80:53:743,53,0 chrVII 990314 . G GA 1930.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.636;DP=125;FS=3.061;HaplotypeScore=198.1415;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.79;MQ0=0;MQRankSum=0.062;QD=15.45;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.028;SB=-6.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,88:125:70:1973,70,0 chrVII 991134 . GAA G 2040.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=13.8347;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.55;MQ0=0;QD=31.89;RPA=8,6;RU=A;SB=-5.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,57:64:99:2083,169,0 chrVII 993818 . A ATGTT 4961 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=24.3270;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.90;MQ0=0;QD=59.77;RPA=1,2;RU=TGTT;SB=-1.772e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,79:83:99:4961,238,0 chrVII 994378 . G GT 3437 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.149;DP=167;FS=1.618;HaplotypeScore=79.0970;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.199;QD=20.58;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.781;SB=-1.653e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,138:167:99:3437,272,0 chrVII 994786 . TA T 3429 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=551.3161;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.98;MQ0=0;QD=32.35;SB=-9.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:106:99:3429,304,0 chrVII 995086 . AT A 2487.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=596.2279;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.69;MQ0=0;QD=32.31;RPA=2,1;RU=T;SB=-7.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,70:77:99:2530,217,0 chrVII 995284 . AT A 3332 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=1012.9881;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.04;MQ0=0;QD=23.14;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.281e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,129:144:99:3332,375,0 chrVII 996370 . AG A 4645 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=801.0592;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.41;MQ0=0;QD=36.29;SB=-1.982e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,121:128:99:4645,361,0 chrVII 996481 . C CT 3873 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=411.4862;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.43;MQ0=0;QD=26.53;RPA=6,7;RU=T;SB=-9.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,129:146:99:3873,397,0 chrVII 996699 . GT G 2971.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=34.3651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=24.77;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.232e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,104:120:99:3014,318,0 chrVII 996829 . C CA 4321 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=31.9158;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.80;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.089e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,134:145:99:4321,418,0 chrVII 1002265 . CAA C 5379 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=41.5051;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.96;MQ0=0;QD=33.83;RPA=6,4;RU=A;SB=-1.767e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,149:159:99:5379,418,0 chrVII 1017880 . TAAA T 7465 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=37.9713;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.69;MQ0=0;QD=48.16;RPA=4,1;RU=A;SB=-2.953e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,153:155:99:7465,421,0 chrVII 1048438 . CCTG C 3036.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-11.012;DP=190;FS=8.460;HaplotypeScore=1429.3774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.06;MQ0=0;MQRankSum=-2.601;QD=15.98;ReadPosRankSum=-1.598;SB=-1.380e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:127,60:189:99:3076,0,5957 chrVII 1048542 . AAAG A 3409 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=186.4056;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.08;MQ0=0;QD=38.74;SB=-5.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,80:88:99:3409,246,0 chrVII 1048639 . GA G 528.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.596;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=47.6606;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.544;QD=9.61;RPA=15,14;RU=A;ReadPosRankSum=1.167;SB=-1.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,25:54:10:570,10,0 chrVII 1048774 . G GT 1622.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.720;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=132.4441;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.346;QD=21.93;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.039;SB=-3.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,53:74:99:1665,169,0 chrVII 1050199 . GA G 2313.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.255;DP=132;FS=4.991;HaplotypeScore=377.9522;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=1.930;QD=17.53;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.879;SB=-7.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,99:132:99:2356,214,0 chrVII 1050785 . ATT A 2785.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=19.6372;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.55;MQ0=0;QD=29.96;RPA=11,9;RU=T;SB=-9.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,81:93:99:2828,241,0 chrVII 1051813 . ATT A 851.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=111.9982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.66;MQ0=0;QD=15.78;RPA=12,10;RU=T;SB=-2.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,21:54:87:894,87,0 chrVII 1051848 . T TTTTTTTC 1293.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=152.6402;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.88;MQ0=0;QD=39.21;SB=-4.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,11:32:87:1336,87,0 chrVII 1052718 . CT C 3098.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=121.3236;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;QD=26.95;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.484e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,105:115:99:3141,319,0 chrVII 1052792 . CAAA C 7315 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=100.3395;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=50.45;RPA=5,2;RU=A;SB=-2.419e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,136:145:99:7315,409,0 chrVII 1057590 . TA T 1973.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=378.3128;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.80;MQ0=0;QD=25.97;RPA=4,3;RU=A;SB=-7.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,71:76:99:2016,195,0 chrVII 1063282 . G GA 718.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.622;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=138.6533;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.134;QD=16.72;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.695;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,31:43:70:761,70,0 chrVII 1063485 . AC A 590.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=82.4395;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76;RPA=2,1;RU=C;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51:633,51,0 chrVII 1063585 . CAA C 138.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;HaplotypeScore=33.1910;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.32;MQ0=0;QD=27.65;RPA=10,8;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:180,15,0 chrVII 1065443 . TTA T 391.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=17.4540;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.61;MQ0=0;QD=20.63;RPA=6,5;RU=TA;SB=-2.099e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,13:19:36:434,36,0 chrVII 1066858 . AG A 4829 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=235.8997;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.85;MQ0=0;QD=37.15;SB=-1.178e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,130:130:99:4829,373,0 chrVII 1067115 . CA C 3328 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=508.4800;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.31;MQ0=0;QD=22.34;RPA=10,9;RU=A;SB=-1.338e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,131:149:99:3328,381,0 chrVII 1069959 . A ATTATAACGGTC 19097 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;FS=0.000;HaplotypeScore=593.4497;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.43;MQ0=0;QD=113.67;SB=-6.749e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,118:168:99:19097,454,0 chrVII 1072707 . G GA 3102.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=470.3197;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.44;MQ0=0;QD=27.46;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.569e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,99:113:99:3145,289,0 chrVII 1073343 . AT A 1660.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=427.3080;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.36;MQ0=0;QD=21.57;RPA=8,7;RU=T;SB=-7.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,66:77:99:1703,192,0 chrVII 1073447 . TG T 2671.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=378.2491;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.81;MQ0=0;QD=32.99;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.199e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2714,229,0 chrVII 1073587 . C CT 2414.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=588.5617;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.65;MQ0=0;QD=29.10;RPA=2,3;RU=T;SB=-9.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,74:83:99:2457,232,0 chrVII 1073664 . TG T 2052.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=366.2784;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.94;MQ0=0;QD=37.33;SB=-9.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:55:99:2095,160,0 chrVII 1073937 . CAAA C 1481.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=140.9744;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.22;MQ0=0;QD=33.68;RPA=13,10;RU=A;SB=-1.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,35:44:99:1524,113,0 chrVII 1074041 . AT A 4658 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=37.6418;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.25;MQ0=0;QD=36.68;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,125:127:99:4658,355,0 chrVII 1080716 . G GGAAAAA 284.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=88.1123;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.55;MQ0=5;QD=6.20;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,13:26:27:327,27,0 chrVII 1081039 . A AT 467.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.888;DP=68;FS=2.460;HaplotypeScore=91.1384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.93;MQ0=12;MQRankSum=-0.058;QD=6.88;RPA=16,17;RU=T;ReadPosRankSum=-1.869;SB=-2.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,27:56:99:507,0,326 chrVII 1082806 . GA G 874.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=226.8434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.37;MQ0=4;QD=14.34;RPA=8,7;RU=A;SB=-2.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,48:54:99:917,102,0 chrVII 1083167 . TA T 772.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=788.5033;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.28;MQ0=0;QD=35.13;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,21:22:66:815,66,0 chrVII 1083208 . AT A 634.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=791.4400;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.29;MQ0=0;QD=28.86;RPA=2,1;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,21:22:63:677,63,0 chrVII 1083348 . AC A 370.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=79.5189;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=33.72;RPA=2,1;RU=C;SB=-1.519e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33:413,33,0 chrVII 1083696 . G GGC 983.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=605.1635;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.495;QD=35.14;ReadPosRankSum=1.609;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,27:28:61:1026,61,0 chrVII 1083697 . AT A 710.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=633.7002;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.743;QD=25.39;ReadPosRankSum=1.609;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,27:28:73:753,73,0 chrVII 1083967 . A AG 324.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.629;DP=75;FS=37.536;HaplotypeScore=644.6064;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.84;MQ0=5;MQRankSum=-0.615;QD=4.33;ReadPosRankSum=4.014;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,20:61:99:364,0,1419 chrVII 1083974 . A AG 2291.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=426.0802;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.31;MQ0=5;QD=32.74;SB=-8.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:57:99:2334,172,0 chrVII 1084119 . TA T 256.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.988;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=696.4932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.68;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=10.71;ReadPosRankSum=-0.532;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,12:20:99:296,0,403 chrVII 1084142 . CA C 518.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.071;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=766.0544;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.14;MQ0=0;MQRankSum=0.709;QD=22.56;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=-0.142;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,16:20:39:561,39,0 chrVII 1084164 . ATGGCAGGGTAAG A 922.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.277;DP=28;FS=3.203;HaplotypeScore=810.3297;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.87;MQ0=0;MQRankSum=0.954;QD=32.96;ReadPosRankSum=-1.139;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,6:24:99:962,0,742 chrVII 1084213 . CA C 354.96 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=693.5044;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.33;MQ0=0;QD=18.68;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,13:17:33:397,33,0 chrVII 1084216 . G GTTA 537.96 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=460.2985;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.17;MQ0=0;QD=41.38;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,12:12:33:580,33,0 chrVII 1084223 . A AC 178.98 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=496.1988;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.17;MQ0=0;QD=13.77;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,5:12:26:221,26,0 chrVII 1084225 . G GA 177.98 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=385.6464;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.02;MQ0=0;QD=16.18;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,5:10:26:220,26,0 chrVII 1084231 . GA G 206.98 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=330.8644;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.92;MQ0=0;QD=20.70;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,5:9:26:249,26,0 chrVII 1084256 . T TTTG 354.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.666;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=196.7403;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=0.762;QD=32.27;ReadPosRankSum=1.666;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,7:11:90:394,0,90 chrVIII 5742 . T TTA 243.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=81.9017;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.61;MQ0=1;QD=14.35;RPA=2,3;RU=TA;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,9:15:24:286,24,0 chrVIII 6266 . ACGAGGTTAC A 1231.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.100;DP=54;FS=19.590;HaplotypeScore=330.7665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=10.81;MQ0=38;MQRankSum=-0.456;QD=22.81;ReadPosRankSum=0.639;SB=-3.009e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,12:15:99:1271,0,148 chrVIII 6279 . GCC G 462.14 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.470;DP=49;FS=11.139;HaplotypeScore=403.0684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=10.86;MQ0=35;MQRankSum=-0.935;QD=9.43;ReadPosRankSum=-0.134;SB=-3.178e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,12:13:11:501,0,11 chrVIII 6309 . CT C 402.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.561;DP=50;FS=13.010;HaplotypeScore=647.6057;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=14.12;MQ0=27;MQRankSum=-0.694;QD=8.06;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.173;SB=-6.274e-03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,19:21:32:445,32,0 chrVIII 6322 . CTG C 487.16 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.531;DP=47;FS=12.304;HaplotypeScore=608.8329;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=14.35;MQ0=25;MQRankSum=-0.714;QD=10.37;RPA=2,1;RU=TG;ReadPosRankSum=0.714;SB=-1.196e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,16:20:8:528,8,0 chrVIII 6327 . CTGT C 694.37 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.531;DP=44;FS=12.304;HaplotypeScore=497.6622;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=13.70;MQ0=25;MQRankSum=-0.714;QD=15.78;ReadPosRankSum=1.327;SB=-4.155e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,16:17:13:736,13,0 chrVIII 6371 . AC A 103.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=201.4452;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=13.96;MQ0=5;QD=6.88;RPA=4,3;RU=C;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,5:7:15:145,15,0 chrVIII 8308 . A AT 1871.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=1049.4006;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.49;MQ0=0;QD=21.52;RPA=6,7;RU=T;SB=-2.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,65:87:99:1914,195,0 chrVIII 10240 . C CT 4081 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.460;DP=163;FS=3.680;HaplotypeScore=1020.8162;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.49;MQ0=0;MQRankSum=1.567;QD=25.04;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=1.544;SB=-1.739e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,151:163:99:4081,439,0 chrVIII 10909 . G GAA 2723.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=40.5389;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.34;MQ0=0;QD=24.99;RPA=9,11;RU=A;SB=-1.233e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,82:109:99:2766,231,0 chrVIII 11853 . C CAA 352.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.668;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=88.5078;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.737;QD=11.36;RPA=10,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.203;SB=-2.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,12:30:5:392,5,0 chrVIII 11869 . T TA 204.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=98.6353;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.26;MQ0=0;QD=12.81;SB=-1.138e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,6:12:27:247,27,0 chrVIII 11877 . T TTTCC 331.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=82.5170;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.58;MQ0=0;QD=25.54;SB=-1.258e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,7:9:24:374,24,0 chrVIII 12488 . A AT 1147.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=1130.1145;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.11;MQ0=0;QD=29.43;RPA=3,4;RU=T;SB=-9.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,38:38:99:1190,111,0 chrVIII 12540 . T TC 2468.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=2576.7294;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.21;MQ0=0;QD=36.31;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,60:68:99:2511,184,0 chrVIII 12558 . AG A 2330.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=2339.0207;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.23;MQ0=0;QD=35.86;RPA=2,1;RU=G;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2373,196,0 chrVIII 14781 . CG C 6777 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=199;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=511.5116;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.39;MQ0=0;QD=34.06;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,180:194:99:6777,549,0 chrVIII 15408 . TG T 3282 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=29.7107;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.72;MQ0=0;QD=29.30;SB=-1.340e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,108:112:99:3282,307,0 chrVIII 15741 . C CTTT 4088 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=36.9360;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.64;MQ0=0;QD=37.16;RPA=9,12;RU=T;SB=-1.210e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,82:110:99:4088,282,0 chrVIII 17134 . G GA 3542 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=1282.4481;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.80;MQ0=0;QD=27.67;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.575e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,111:128:99:3542,337,0 chrVIII 18411 . CT C 3989 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=192;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=49.4956;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.72;MQ0=0;QD=20.78;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.715e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,175:192:99:3989,462,0 chrVIII 18612 . GA G 3777 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=201;FS=0.000;HaplotypeScore=300.3747;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.89;MQ0=0;QD=18.79;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.264e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:60,137:201:99:3777,429,0 chrVIII 18662 . CT C 5292 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=201;FS=0.000;HaplotypeScore=276.5873;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.53;MQ0=0;QD=26.33;RPA=5,4;RU=T;SB=-2.450e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,193:201:99:5292,553,0 chrVIII 19077 . TA T 5536 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=180;FS=0.000;HaplotypeScore=750.4798;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.23;MQ0=0;QD=30.76;RPA=3,2;RU=A;SB=-2.489e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,171:180:99:5536,481,0 chrVIII 32871 . AT A 130.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=22.1991;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.65;MQ0=0;QD=10.84;RPA=10,9;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:21:172,21,0 chrVIII 39528 . CTAGT C 8442 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;FS=0.000;HaplotypeScore=416.7823;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.72;MQ0=0;QD=51.79;RPA=2,1;RU=TAGT;SB=-3.500e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,146:163:99:8442,430,0 chrVIII 48235 . AACAACAACAGC A 10762 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=197;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=642.5560;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.76;MQ0=0;QD=54.63;RPA=2,1;RU=ACAACAACAGC;SB=-2.166e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:57,139:197:99:10762,443,0 chrVIII 56206 . G GA 2197.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.216;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=498.7734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.02;MQ0=0;MQRankSum=-1.027;QD=16.04;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.405;SB=-7.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,96:137:99:2240,145,0 chrVIII 56421 . T TA 1310.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.208;DP=111;FS=2.851;HaplotypeScore=1679.1723;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.75;MQ0=0;MQRankSum=6.207;QD=11.81;ReadPosRankSum=0.685;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,53:110:99:1350,0,1127 chrVIII 57519 . GATA G 2751.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=235.8364;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=31.63;RPA=4,3;RU=ATA;SB=-1.039e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,62:87:99:2794,175,0 chrVIII 58900 . C CT 473.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.550;DP=54;FS=2.277;HaplotypeScore=55.5135;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.297;QD=8.76;RPA=14,15;RU=T;ReadPosRankSum=0.032;SB=-1.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,18:52:21:515,21,0 chrVIII 59082 . AT A 1071.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=115.4142;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=18.17;RPA=13,12;RU=T;SB=-2.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,50:59:99:1114,143,0 chrVIII 62601 . CT C 3599 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.860;DP=176;FS=4.547;HaplotypeScore=423.7456;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.37;MQ0=0;MQRankSum=1.709;QD=20.45;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.356;SB=-1.239e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,156:176:99:3599,424,0 chrVIII 62830 . ATT A 827.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=131.5440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.61;MQ0=0;QD=21.23;RPA=7,5;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,27:39:72:870,72,0 chrVIII 62843 . TGTA T,TTA 676.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=196.9507;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=30.45;MQ0=0;QD=21.15;SB=-8.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:2,7,0:32:99:755,185,106,177,0,102 chrVIII 64335 . C CA 470.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=98.7413;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.53;MQ0=0;QD=22.43;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,20:21:51:513,51,0 chrVIII 66128 . CGATTATGATTAT C 4739 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=283.4491;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.87;MQ0=0;QD=45.13;RPA=6,4;RU=GATTAT;SB=-5.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:52,52:105:99:4739,132,0 chrVIII 66563 . TTGCTGCTGCTGC T 20477 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=227;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=656.4992;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.41;MQ0=0;QD=90.21;RPA=5,1;RU=TGC;SB=-8.011e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,197:227:99:20477,599,0 chrVIII 67586 . C CTCTT 9448 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=171;FS=0.000;HaplotypeScore=197.7206;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.66;MQ0=0;QD=55.25;RPA=1,2;RU=TCTT;SB=-3.329e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,157:171:99:9448,466,0 chrVIII 70108 . AT A 3457 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;FS=0.000;HaplotypeScore=45.8326;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.04;MQ0=0;QD=20.95;RPA=10,9;RU=T;SB=-1.241e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,148:165:99:3457,422,0 chrVIII 71906 . CTT C 1509.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.924;DP=94;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=106.5243;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.35;MQ0=0;MQRankSum=0.101;QD=16.06;RPA=16,14;RU=T;ReadPosRankSum=1.195;SB=-6.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,48:94:99:1552,118,0 chrVIII 72021 . TATTATATTTTG T 10263 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=408.1032;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.02;MQ0=0;QD=114.03;SB=-2.905e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,79:90:99:10263,238,0 chrVIII 78630 . G GA 1475.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=204.8596;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.77;MQ0=0;QD=23.06;RPA=5,6;RU=A;SB=-2.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,58:64:99:1518,153,0 chrVIII 78883 . T TAA 679.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.445;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=28.2173;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.867;QD=19.43;RPA=11,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.578;SB=-9.599e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,26:35:37:722,37,0 chrVIII 80499 . G GA 2532.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.581;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=545.0526;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.543;QD=20.26;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.712;SB=-1.159e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,96:125:99:2575,259,0 chrVIII 85273 . GAAA G 2447.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=155.5567;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.72;MQ0=0;QD=28.14;RPA=12,9;RU=A;SB=-1.201e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,63:87:99:2490,177,0 chrVIII 92580 . A ATTT 2378.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=154.9287;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.93;MQ0=0;QD=35.51;RPA=9,12;RU=T;SB=-2.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,58:67:99:2421,180,0 chrVIII 93898 . C CT 1088.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.040;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=1473.8830;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.693;QD=27.22;ReadPosRankSum=1.646;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,39:40:99:1131,114,0 chrVIII 93906 . TC T 1809.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=1985.6790;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=32.91;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1852,165,0 chrVIII 98248 . AT A 1779.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=204.9780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.37;MQ0=0;QD=15.89;RPA=12,11;RU=T;SB=-4.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,91:112:99:1822,241,0 chrVIII 100505 . AT A 583.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.769;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=57.9764;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.622;QD=12.69;RPA=15,14;RU=T;ReadPosRankSum=-1.427;SB=-2.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,35:46:48:626,48,0 chrVIII 105625 . T TA 96.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=84.1417;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=13.75;SB=-4.529e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:15:138,15,0 chrVIII 108217 . AT A 1762.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=84.6922;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.21;MQ0=0;QD=19.37;RPA=9,8;RU=T;SB=-6.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,79:91:99:1805,216,0 chrVIII 108771 . A AT 2535.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=20.8305;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.63;MQ0=0;QD=29.83;RPA=3,4;RU=T;SB=-3.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,83:85:99:2578,241,0 chrVIII 115390 . AT A 1331.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.899;DP=118;FS=1.492;HaplotypeScore=55.3868;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.774;QD=11.29;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.352;SB=-5.089e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,72:118:38:1374,38,0 chrVIII 117502 . G GA 5618 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=762.4447;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.67;MQ0=0;QD=38.48;SB=-2.655e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,143:146:99:5618,430,0 chrVIII 120062 . GT G 842 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.164;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=54.7869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.471;QD=9.46;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.495;SB=-8.903e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,47:89:18:881,0,18 chrVIII 121733 . G GA 1995.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=140.6622;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.57;MQ0=0;QD=24.34;RPA=2,3;RU=A;SB=-6.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,76:82:99:2038,192,0 chrVIII 123958 . G GA 542.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.299;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=20.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.94;MQ0=2;MQRankSum=0.777;QD=10.65;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.777;SB=-2.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,17:49:57:585,57,0 chrVIII 125832 . GAAA GA,G 767.95 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.837;DP=81;FS=4.393;HaplotypeScore=169.6874;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.15;MQ0=0;MQRankSum=1.334;QD=9.48;RPA=20,18,17;RU=A;ReadPosRankSum=2.542;SB=-2.137e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:53,0,16:81:62:846,389,336,73,0,62 chrVIII 126710 . A ATAT 5669 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=54.7459;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;QD=50.62;SB=-2.398e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,104:112:99:5669,304,0 chrVIII 127630 . CA C 1273.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=18.4106;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=22.75;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,50:56:99:1316,150,0 chrVIII 131553 . C CT 3011.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.206;DP=134;FS=3.200;HaplotypeScore=530.8484;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.646;QD=22.48;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.440;SB=-1.455e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,107:134:99:3054,327,0 chrVIII 131649 . AAAGC A 5997 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=223.9744;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.75;MQ0=0;QD=53.54;RPA=2,1;RU=AAGC;SB=-2.332e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,103:112:99:5997,307,0 chrVIII 133006 . AT A 617.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=338.7945;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.95;MQ0=0;QD=18.73;RPA=8,7;RU=T;SB=-2.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,22:33:72:660,72,0 chrVIII 133080 . T TA 277.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.666;DP=35;FS=87.583;HaplotypeScore=453.1348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.90;MQ0=0;MQRankSum=-2.376;QD=7.94;ReadPosRankSum=-3.150;SB=-3.009e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,13:35:99:317,0,678 chrVIII 133342 . T TTTATGTTCTTTCCTTTCATATGTTTCG 9333 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=11.7133;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.75;MQ0=0;QD=222.21;SB=-2.006e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,9:42:99:9333,111,0 chrVIII 133761 . AT A 3422 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=259.2906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.38;MQ0=0;QD=28.28;SB=-1.493e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:102:99:3422,298,0 chrVIII 134257 . TTGA T 6375 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=776.3775;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.97;MQ0=0;QD=45.86;SB=-2.615e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,121:139:99:6375,376,0 chrVIII 134391 . CT C 2356.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.279;DP=109;FS=4.914;HaplotypeScore=192.2431;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.78;MQ0=0;MQRankSum=0.577;QD=21.62;RPA=7,6;RU=T;ReadPosRankSum=1.434;SB=-7.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,99:109:99:2399,250,0 chrVIII 136669 . AT A 1870.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.332;DP=90;FS=3.606;HaplotypeScore=173.2410;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.022;QD=20.79;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.688;SB=-8.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,83:90:99:1913,213,0 chrVIII 138557 . A AG 4471 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=416.9557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.06;MQ0=0;QD=28.48;RPA=5,6;RU=G;SB=-1.918e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,147:157:99:4471,415,0 chrVIII 144505 . T TGCA 7048 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.497;DP=231;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=62.5687;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=1.109;QD=30.51;RPA=7,8;RU=GCA;ReadPosRankSum=1.011;SB=-1.868e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:71,156:231:99:7048,319,0 chrVIII 149683 . T TA 4228 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=823.9724;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.04;MQ0=0;QD=29.36;RPA=3,4;RU=A;SB=-2.068e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,132:144:99:4228,394,0 chrVIII 150538 . CAA C 2765.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=249.1369;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.35;MQ0=0;QD=46.88;SB=-9.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:2808,172,0 chrVIII 150606 . AT A 1713.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=558.3727;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.87;MQ0=0;QD=21.16;RPA=9,8;RU=T;SB=-4.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,71:81:99:1756,210,0 chrVIII 150847 . AT A 4172 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=184;FS=0.000;HaplotypeScore=338.1875;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.63;MQ0=0;QD=22.67;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.762e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,165:184:99:4172,486,0 chrVIII 151383 . G GA 2215.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.062;DP=111;FS=6.620;HaplotypeScore=181.8072;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=1.459;QD=19.96;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.269;SB=-9.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,83:111:99:2258,227,0 chrVIII 151579 . CT C 3689 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=167;FS=0.000;HaplotypeScore=530.9058;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.09;MQ0=0;QD=22.09;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.126e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,151:167:99:3689,440,0 chrVIII 161688 . A ATT 1151.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=80.5940;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.14;MQ0=0;QD=38.40;RPA=5,7;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:90:1194,90,0 chrVIII 167558 . CA C 1495.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=583.2141;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.83;MQ0=0;QD=31.17;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,45:48:99:1538,129,0 chrVIII 167637 . TATATATATAC T 1098.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=129.5227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=57.84;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,7:19:48:1141,48,0 chrVIII 168780 . G GTATA 529.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=27.6558;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.81;MQ0=0;QD=24.09;RPA=7,9;RU=TA;SB=-2.847e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,10:22:30:572,30,0 chrVIII 169199 . C CTGT 4556 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.856;DP=250;DS;FS=1.676;HaplotypeScore=1016.9549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.407;QD=18.22;ReadPosRankSum=8.194;SB=-2.266e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:164,85:250:99:4556,0,1048 chrVIII 169202 . C CTGT 4401 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.518;DP=250;DS;FS=0.496;HaplotypeScore=1040.3208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.911;QD=17.60;ReadPosRankSum=8.174;SB=-2.128e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:164,85:250:99:4401,0,1254 chrVIII 170523 . CT C 512.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=13.0019;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.30;RPA=9,8;RU=T;SB=-5.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,22:23:66:555,66,0 chrVIII 170619 . T TAAA 409.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=61.2417;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.83;MQ0=0;QD=17.82;RPA=13,16;RU=A;SB=-1.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,12:23:36:452,36,0 chrVIII 173113 . GA G 1309.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=308.3661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.52;MQ0=0;QD=16.58;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,59:79:99:1352,135,0 chrVIII 173119 . GAAA G 651.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=320.3861;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.50;MQ0=0;QD=10.87;RPA=13,10;RU=A;SB=-1.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,15:60:63:694,63,0 chrVIII 173136 . TA T 163.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=174.8724;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.17;MQ0=0;QD=7.81;RPA=12,11;RU=A;SB=-4.695e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,12:21:27:206,27,0 chrVIII 173184 . G GA 625.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=127.8290;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.14;MQ0=0;QD=18.97;RPA=10,11;RU=A;SB=-2.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,25:33:78:668,78,0 chrVIII 174970 . CA C 5449 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=234;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=351.6493;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.92;MQ0=0;QD=23.29;RPA=7,6;RU=A;SB=-2.582e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,212:234:99:5449,612,0 chrVIII 175441 . T TTA 2656.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.592;DP=100;FS=3.507;HaplotypeScore=142.7710;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.983;QD=26.57;RPA=6,7;RU=TA;ReadPosRankSum=0.983;SB=-1.163e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,65:100:99:2699,185,0 chrVIII 176845 . TAAAA T 1857.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=151.7309;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQ0=0;QD=29.49;RPA=17,13;RU=A;SB=-2.716e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,29:63:99:1899,129,0 chrVIII 177249 . G GTGCAGGTGCAGGTGCAGGTGCAGA 32767 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=195;FS=0.000;HaplotypeScore=113.1788;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.93;MQ0=0;QD=168.04;SB=-1.327e+04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:84,81:195:99:32767,562,0 chrVIII 183971 . A AG 3836 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=340.8143;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.91;MQ0=0;QD=36.19;SB=-1.171e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,105:106:99:3836,304,0 chrVIII 186870 . AC A 1218.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=103.3606;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.54;MQ0=0;QD=26.50;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,36:46:96:1261,96,0 chrVIII 187695 . T TG 4343 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=187.3990;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.12;MQ0=0;QD=35.02;SB=-1.946e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,111:124:99:4343,343,0 chrVIII 187717 . GA G 1899.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=114;FS=3.561;HaplotypeScore=368.7319;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=1.608;QD=16.67;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.196;SB=-8.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,87:114:99:1942,226,0 chrVIII 187814 . G GAA,GAAA 3469 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=70.2421;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.93;MQ0=0;QD=26.89;RPA=13,15,16;RU=A;SB=-1.675e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:68,18,33:129:99:3469,1330,1049,444,0,166 chrVIII 187898 . AG A 6339 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=194;FS=0.000;HaplotypeScore=477.9237;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.43;MQ0=0;QD=32.68;RPA=3,2;RU=G;SB=-1.708e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,191:194:99:6339,554,0 chrVIII 189097 . GA G 2830.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.561;DP=239;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=558.6327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.145;QD=11.85;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=2.011;SB=-1.413e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:57,168:239:99:2873,160,0 chrVIII 189768 . GA G 3023.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.705;DP=174;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=49.3450;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=1.705;QD=17.38;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.541;SB=-1.526e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,143:173:99:3066,356,0 chrVIII 192694 . C CAA,CA 2028.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.618;DP=122;FS=7.478;HaplotypeScore=269.1635;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=52.39;MQ0=0;MQRankSum=0.293;QD=16.63;RPA=14,16,15;RU=A;ReadPosRankSum=1.094;SB=-7.672e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:67,36,10:119:65:2107,216,65,1218,0,1040 chrVIII 192740 . T TTCAA 7082 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=178.0986;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.13;MQ0=0;QD=55.76;RPA=1,2;RU=TCAA;SB=-2.869e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,110:120:99:7082,343,0 chrVIII 198474 . GTTT G 3428 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=311.2344;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.80;MQ0=0;QD=28.33;RPA=14,11;RU=T;SB=-1.534e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,80:121:99:3428,248,0 chrVIII 210269 . ATT A 1651.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.835;DP=69;FS=3.819;HaplotypeScore=44.9291;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.019;QD=23.94;RPA=12,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.575;SB=-6.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,54:69:99:1694,137,0 chrVIII 212265 . C CT 5562 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.351;DP=247;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=425.5912;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.41;MQ0=0;MQRankSum=0.331;QD=22.52;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.145;SB=-2.724e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,220:247:99:5562,506,0 chrVIII 222559 . T TA 2558.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=218.2262;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.81;MQ0=0;QD=21.50;RPA=8,9;RU=A;SB=-1.029e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,101:119:99:2601,282,0 chrVIII 237735 . CT C 532.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=80.9140;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=0.615;QD=10.06;RPA=16,15;RU=T;ReadPosRankSum=-1.286;SB=-8.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,24:53:66:575,66,0 chrVIII 252929 . ATCATCG A 11805 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=248;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=59.7598;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=63.34;MQ0=1;QD=47.60;RPA=3,2;RU=TCATCG;SB=-3.628e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,208:247:99:11805,556,0 chrVIII 255909 . G GA 1093.73 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.028;DP=96;FS=3.793;HaplotypeScore=57.5506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.786;QD=11.39;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-1.341;SB=-2.075e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,46:96:0:1131,0,0 chrVIII 262100 . C CT 259.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.496;DP=34;FS=4.472;HaplotypeScore=16.9047;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.992;QD=7.62;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=-1.736;SB=-8.609e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,14:34:19:301,19,0 chrVIII 266877 . C CCA 5881 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=179;FS=0.000;HaplotypeScore=45.5759;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.73;MQ0=0;QD=32.85;RPA=4,5;RU=CA;SB=-2.849e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,154:179:99:5881,454,0 chrVIII 271840 . C CT 1087.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.817;DP=53;FS=6.914;HaplotypeScore=21.6666;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.660;QD=20.53;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.132;SB=-9.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,47:53:93:1130,93,0 chrVIII 277807 . CT C 2380.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=30.4850;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.45;MQ0=0;QD=19.84;RPA=10,9;RU=T;SB=-1.031e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,104:120:99:2423,296,0 chrVIII 289273 . CG C 672.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2397;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.80;MQ0=0;QD=24.92;RPA=5,4;RU=G;SB=-2.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,25:27:69:715,69,0 chrVIII 291329 . CG C 7998 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=226;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=5124.6475;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.42;MQ0=0;QD=35.39;SB=-3.028e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,205:226:99:7998,626,0 chrVIII 291336 . A AG 8574 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=231;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=5803.1434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=37.12;SB=-3.204e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,210:231:99:8574,650,0 chrVIII 291365 . AT A 5304 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=207;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=6530.1755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=25.62;SB=-2.101e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,170:207:99:5304,510,0 chrVIII 291367 . G GCC 7316 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=170;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=5492.5471;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=43.04;SB=-2.901e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,170:170:99:7316,512,0 chrVIII 291371 . GA G 6758 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=198;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=6052.9127;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=34.13;SB=-2.510e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,198:198:99:6758,578,0 chrVIII 314725 . C CAT 527.04 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.262;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=13.5145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=0.199;QD=11.98;RPA=8,9;RU=AT;ReadPosRankSum=0.199;SB=-1.101e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,17:44:15:566,0,15 chrVIII 323234 . GA G 1041.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=19.8586;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.35;MQ0=0;QD=17.08;RPA=12,11;RU=A;SB=-3.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,50:61:99:1084,140,0 chrVIII 336196 . ATACT A 9914 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=172;FS=0.000;HaplotypeScore=40.2108;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.42;MQ0=0;QD=57.64;SB=-4.925e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,168:172:99:9914,481,0 chrVIII 340068 . A AGTAG 586.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=6.7611;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.05;MQ0=0;QD=22.58;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,15:26:39:629,39,0 chrVIII 344320 . G GT 3213.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=27.6602;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.21;MQ0=0;QD=30.61;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.421e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,101:105:99:3256,292,0 chrVIII 359522 . CA C 3058.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=191.8856;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.49;MQ0=0;QD=28.32;RPA=4,3;RU=A;SB=-8.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,106:108:99:3101,301,0 chrVIII 362929 . T TA 3013.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=209.0699;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.58;MQ0=0;QD=23.73;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.442e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,113:127:99:3056,310,0 chrVIII 375406 . GAA G 2210.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=25.8044;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.30;MQ0=0;QD=24.57;RPA=11,9;RU=A;SB=-8.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,78:89:99:2253,220,0 chrVIII 378120 . GTGTTTT G 1791.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=26.1305;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.57;MQ0=0;QD=16.44;RPA=8,7;RU=TGTTTT;SB=-8.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:63,43:109:96:1834,96,0 chrVIII 382367 . T TA 3835 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.708;DP=187;FS=5.673;HaplotypeScore=50.8410;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.67;MQ0=0;MQRankSum=1.708;QD=20.51;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.564;SB=-9.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,160:187:99:3835,412,0 chrVIII 382579 . A AG 4883 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=1513.2110;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.44;MQ0=0;QD=40.02;SB=-2.108e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,115:122:99:4883,349,0 chrVIII 382644 . TA T 2233.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=1307.2022;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.73;MQ0=0;QD=20.68;RPA=5,4;RU=A;SB=-8.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,87:108:99:2276,258,0 chrVIII 382653 . CT C 3017.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=1021.2809;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.73;MQ0=0;QD=28.21;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.049e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,95:107:99:3060,280,0 chrVIII 383093 . A AT 5427 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=198;FS=0.000;HaplotypeScore=1490.5900;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.65;MQ0=0;QD=27.41;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.728e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,181:198:99:5427,529,0 chrVIII 383181 . A ATG 5407 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=1508.0179;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.41;MQ0=0;QD=35.34;RPA=1,2;RU=TG;SB=-2.622e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,125:153:99:5407,385,0 chrVIII 384944 . GA G 2103.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=106;FS=3.303;HaplotypeScore=273.1856;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.619;QD=19.85;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.941;SB=-9.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,96:106:99:2146,249,0 chrVIII 386036 . C CA 3904 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=12.612;DP=243;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=2214.2903;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.84;MQ0=0;MQRankSum=-7.198;QD=16.07;ReadPosRankSum=-3.904;SB=-1.778e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:129,114:243:99:3904,0,3943 chrVIII 386040 . TG T 3034.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=12.464;DP=234;DS;FS=0.487;HaplotypeScore=2251.6568;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.09;MQ0=0;MQRankSum=-7.138;QD=12.97;ReadPosRankSum=-1.683;SB=-1.398e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:118,114:234:99:3074,0,3821 chrVIII 386095 . ACTTCTTCTT A 14276 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=238;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1969.6632;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.26;MQ0=0;QD=59.98;RPA=9,6;RU=CTT;SB=-6.793e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:90,141:238:99:14276,427,0 chrVIII 386538 . AT A 2765.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=29.3158;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.77;MQ0=0;QD=21.95;RPA=6,5;RU=T;SB=-4.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,113:126:99:2808,306,0 chrVIII 387730 . T TA 724.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=293.4278;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.29;MQ0=0;QD=21.97;RPA=3,4;RU=A;SB=-6.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,31:33:78:767,78,0 chrVIII 391752 . T TAA 444.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=41.3978;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=24.72;RPA=11,13;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,10:18:47:487,47,0 chrVIII 394229 . A AT 1333.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=226.4153;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.77;MQ0=0;QD=23.00;RPA=2,3;RU=T;SB=-3.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,49:57:99:1376,144,0 chrVIII 395169 . CTGT C 10666 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=235;FS=0.000;HaplotypeScore=1007.8791;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=45.39;RPA=2,1;RU=TGT;SB=-4.804e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,219:235:99:10666,638,0 chrVIII 396945 . GAA G 545.81 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.426;DP=64;FS=2.208;HaplotypeScore=103.4119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.078;QD=8.53;RPA=19,17;RU=A;ReadPosRankSum=1.167;SB=-1.878e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,21:64:12:583,0,12 chrVIII 399050 . T TACTATTTCTAATTGGA 7510 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=612.2482;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.82;MQ0=0;QD=131.75;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,21:57:99:7510,141,0 chrVIII 399076 . GAA G 727.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=615.9143;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.60;MQ0=0;QD=25.10;RPA=9,7;RU=A;SB=-9.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,21:29:66:770,66,0 chrVIII 399235 . GA G 1198.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=115.5259;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.70;MQ0=0;QD=27.88;RPA=4,3;RU=A;SB=-6.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,39:43:99:1241,120,0 chrVIII 413608 . T TAATGTTTATTATC 1400.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2224;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.64;MQ0=0;QD=77.83;RPA=1,2;RU=AATGTTTATTATC;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,11:18:33:1443,33,0 chrVIII 420557 . GGTTGCTGTTGTTGCT G 11829 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=182;FS=0.000;HaplotypeScore=52.9941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.27;MQ0=0;QD=64.99;RPA=3,2;RU=GTTGCTGTTGTTGCT;SB=-4.261e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:62,120:182:99:11829,334,0 chrVIII 424599 . TA T 4945 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.430;DP=173;FS=3.680;HaplotypeScore=1074.1455;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.81;MQ0=0;MQRankSum=1.801;QD=28.58;ReadPosRankSum=4.141;SB=-1.374e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,157:173:99:4945,408,0 chrVIII 424602 . TCC T 5333 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=171;FS=0.000;HaplotypeScore=1029.7507;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.69;MQ0=0;QD=31.19;RPA=5,3;RU=C;SB=-1.903e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,139:171:99:5333,472,0 chrVIII 436963 . A AT 2337.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.275;DP=122;FS=2.271;HaplotypeScore=566.8969;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.897;QD=19.16;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.418;SB=-7.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,92:122:99:2380,217,0 chrVIII 440333 . T TGAG 6300 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=226.0888;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.91;MQ0=0;QD=52.07;RPA=1,2;RU=GAG;SB=-1.587e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,116:121:99:6300,349,0 chrVIII 442027 . GA G 2294.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=31.8672;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.39;MQ0=0;QD=20.49;RPA=9,8;RU=A;SB=-8.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,97:112:99:2337,281,0 chrVIII 442153 . CGTA C 4597 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=479.3081;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.91;MQ0=0;QD=47.89;SB=-1.627e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,92:96:99:4597,272,0 chrVIII 451138 . TA T 1458.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.168;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=85.1579;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.46;MQ0=1;MQRankSum=-0.954;QD=17.37;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.216;SB=-3.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,69:83:99:1501,165,0 chrVIII 466481 . T TTAA 5019 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=691.3082;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.56;MQ0=0;QD=51.21;SB=-1.837e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,84:97:99:5019,277,0 chrVIII 466969 . T TACA 4363 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=554.3289;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.75;MQ0=0;QD=46.91;RPA=2,3;RU=ACA;SB=-1.792e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,84:93:99:4363,253,0 chrVIII 475549 . CAA C 1820.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=59.0073;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.53;MQ0=0;QD=14.01;RPA=15,13;RU=A;SB=-7.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:55,59:130:99:1863,172,0 chrVIII 488371 . CA C 1961.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.263;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=34.9993;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.149;QD=19.43;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.429;SB=-9.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,88:101:99:2004,212,0 chrVIII 497405 . CA C 3445 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=36.7507;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=21.53;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.300e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,139:160:99:3445,390,0 chrVIII 512227 . AAGT A 4606 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.411;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=236.4902;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.054;QD=44.72;ReadPosRankSum=1.661;SB=-2.016e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,92:103:99:4606,268,0 chrVIII 514829 . CTATATATA C 685.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3473;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.28;MQ0=0;QD=62.36;RPA=15,11;RU=TA;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,8:11:24:728,24,0 chrVIII 517167 . CT C 4960 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=212;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=53.6737;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;QD=23.40;RPA=6,5;RU=T;SB=-2.323e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,191:212:99:4960,540,0 chrVIII 517407 . G GAA,GA 2774.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.254;DP=178;FS=1.766;HaplotypeScore=494.3862;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=15.59;RPA=11,13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.457;SB=-1.293e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:72,11,93:178:86:2853,978,718,396,0,86 chrVIII 518736 . CT C 577.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.427;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=50.8010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.140;QD=11.56;ReadPosRankSum=3.810;SB=-8.001e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,15:50:99:617,0,165 chrVIII 519135 . A AT 6608 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=171;FS=0.000;HaplotypeScore=172.4689;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.91;MQ0=0;QD=38.64;SB=-1.446e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,171:171:99:6608,485,0 chrVIII 521724 . T TTA 7496 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=196;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=44.8915;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.19;MQ0=0;QD=38.24;RPA=1,2;RU=TA;SB=-2.563e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,184:196:99:7496,533,0 chrVIII 522597 . C CAT 7580 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=181;FS=0.000;HaplotypeScore=201.0987;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.34;MQ0=0;QD=41.88;RPA=1,2;RU=AT;SB=-3.212e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,172:181:99:7580,506,0 chrVIII 525585 . CCT C 1282.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=2816.5112;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.49;MQ0=0;QD=22.51;SB=-4.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,30:57:99:1325,100,0 chrVIII 525590 . A ACG 1343.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.111;DP=34;FS=46.663;HaplotypeScore=1790.7420;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.15;MQ0=0;MQRankSum=2.592;QD=39.50;ReadPosRankSum=2.913;SB=-5.528e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,30:34:22:1385,22,0 chrVIII 525717 . G GT 1847.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=2853.8438;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.54;MQ0=0;QD=27.58;SB=-5.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,36:65:99:1890,189,0 chrVIII 525725 . GC G 976.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=1587.4115;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.13;MQ0=0;QD=27.14;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,35:34:99:1019,101,0 chrVIII 526771 . C CACT 878.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.325;DP=105;FS=15.315;HaplotypeScore=518.2453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.71;MQ0=56;MQRankSum=1.427;QD=8.37;ReadPosRankSum=1.529;SB=-8.145e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:70,34:34:79:921,79,0 chrVIII 527018 . G GCT 135.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.708;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=488.6165;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.59;MQ0=24;MQRankSum=-0.969;QD=1.64;ReadPosRankSum=3.307;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,8:28:99:175,0,710 chrVIII 527020 . G GC 25.98 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.666;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=477.9249;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.00;MQ0=24;MQRankSum=-0.775;QD=0.34;ReadPosRankSum=3.243;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,8:25:65:65,0,516 chrVIII 527035 . AACT A 1007.98 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.827;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=856.3823;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.96;MQ0=21;MQRankSum=0.496;QD=16.52;ReadPosRankSum=0.874;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,19:33:25:1047,0,25 chrVIII 529350 . CA C 946.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.191;DP=96;FS=7.885;HaplotypeScore=38.1290;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.58;MQ0=3;MQRankSum=1.213;QD=9.86;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.881;SB=-3.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,61:92:26:989,26,0 chrVIII 554275 . A AT 777.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=158.2217;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.39;MQ0=4;QD=17.29;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,42:33:84:820,84,0 chrVIII 556403 . GAGA G 5036 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.098;DP=250;DS;FS=25.414;HaplotypeScore=985.0668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.15;MQ0=19;MQRankSum=0.065;QD=20.14;ReadPosRankSum=4.948;SB=-1.969e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,145:168:99:5036,0,3071 chrVIII 556553 . G GTA 3381 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.266;DP=227;DS;FS=76.568;HaplotypeScore=1392.8881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.38;MQ0=3;MQRankSum=1.713;QD=14.89;ReadPosRankSum=2.777;SB=-1.001e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:139,80:135:99:3381,0,204 chrVIII 556560 . TGC T 3465 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.432;DP=229;DS;FS=10.648;HaplotypeScore=1440.3975;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.53;MQ0=6;MQRankSum=1.864;QD=15.13;ReadPosRankSum=3.673;SB=-1.304e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:144,85:135:99:3465,0,761 chrVIII 556602 . TA T 1203.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.222;DP=189;DS;FS=62.380;HaplotypeScore=1176.9134;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.94;MQ0=27;MQRankSum=2.021;QD=6.37;ReadPosRankSum=-3.125;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:104,83:89:99:1243,0,1546 chrVIII 556657 . A AG 5290 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.091;DP=250;DS;FS=11.426;HaplotypeScore=1179.9223;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.32;MQ0=20;MQRankSum=-1.665;QD=21.16;ReadPosRankSum=0.618;SB=-6.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:58,168:177:99:5290,364,0 chrVIII 556825 . GATAG GAATAG,G 1080.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.718;DP=86;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1628.7525;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=22.81;MQ0=0;MQRankSum=1.582;QD=12.57;ReadPosRankSum=1.338;SB=-4.000e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:57,0,0:47:99:1159,434,507,800,0,1276 chrVIII 556827 . T TC 281.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.326;DP=102;DS;FS=2.049;HaplotypeScore=2050.1735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.94;MQ0=0;MQRankSum=0.176;QD=2.76;ReadPosRankSum=-1.140;SB=-4.300e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,23:56:99:321,0,301 chrVIII 556837 . T TTAGG,TTAGGG 2176.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.491;DP=124;FS=7.357;HaplotypeScore=1639.0967;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=22.50;MQ0=3;MQRankSum=1.131;QD=17.56;ReadPosRankSum=3.689;SB=-9.000e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:63,39,17:66:73:2255,73,232,698,0,847 chrVIII 556930 . G GT 312.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.767;DP=91;DS;FS=5.968;HaplotypeScore=504.8178;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.75;MQ0=7;MQRankSum=0.192;QD=3.44;ReadPosRankSum=2.878;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,11:43:99:352,0,392 chrVIII 556961 . G GT 696.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.544;DP=136;DS;FS=5.794;HaplotypeScore=791.9164;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.10;MQ0=7;MQRankSum=0.081;QD=5.12;ReadPosRankSum=1.890;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,44:80:99:736,0,1428 chrVIII 556976 . GT G 696.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.281;DP=115;FS=16.295;HaplotypeScore=562.1351;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.54;MQ0=9;MQRankSum=1.536;QD=6.06;ReadPosRankSum=5.299;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,41:65:99:736,0,780 chrVIII 562515 . TG T 289.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.848;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=258.0237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.82;MQ0=35;MQRankSum=0.464;QD=2.34;RPA=3,2;RU=G;ReadPosRankSum=-1.337;SB=-1.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,19:77:99:329,0,1244 chrX 26518 . TC T 4087 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=524.7193;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=32.18;RPA=2,1;RU=C;SB=-1.971e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,124:127:99:4087,334,0 chrX 28303 . GCCAA G 11751 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=200;FS=0.000;HaplotypeScore=1088.3385;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.28;MQ0=0;QD=58.76;SB=-4.715e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,178:200:99:11751,545,0 chrX 28329 . CG C 4670 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=177;FS=0.000;HaplotypeScore=1812.6358;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.98;MQ0=0;QD=26.38;RPA=3,2;RU=G;SB=-1.908e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,138:177:99:4670,452,0 chrX 28946 . CT C 935.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.668;DP=97;FS=1.654;HaplotypeScore=191.6149;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=1.188;QD=9.64;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=-1.233;SB=-3.237e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,60:97:19:977,19,0 chrX 29312 . GT G 3837 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=584.2445;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.34;MQ0=0;QD=35.20;SB=-1.578e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:109:99:3837,304,0 chrX 29446 . TAGCGCTA T 9218 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=656.0290;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.51;MQ0=0;QD=70.37;RPA=2,1;RU=AGCGCTA;SB=-4.199e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,104:131:99:9218,331,0 chrX 29870 . G GC 4512 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=480.5494;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.51;MQ0=0;QD=33.92;RPA=1,2;RU=C;SB=-2.113e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,117:133:99:4512,361,0 chrX 30874 . CGTAAA C 6282 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=342.5263;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.44;MQ0=0;QD=57.11;RPA=2,1;RU=GTAAA;SB=-3.046e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,99:110:99:6282,286,0 chrX 31320 . TC T 3809 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.553;DP=110;FS=4.564;HaplotypeScore=365.3894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.395;QD=34.63;ReadPosRankSum=0.576;SB=-5.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,91:110:99:3809,318,0 chrX 31341 . T TAA 4133 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=376.6677;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.00;MQ0=0;QD=34.16;RPA=5,7;RU=A;SB=-8.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,98:121:99:4133,321,0 chrX 31479 . A AT 2447.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=218.1338;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.70;MQ0=0;QD=24.00;RPA=7,8;RU=T;SB=-5.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,88:102:99:2490,267,0 chrX 33209 . CT C 1727.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.206;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=486.7556;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.118;QD=15.71;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.031;SB=-5.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,82:110:99:1770,209,0 chrX 33346 . CTT C 1665.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=113.2628;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=21.64;RPA=12,10;RU=T;SB=-7.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,58:77:99:1708,159,0 chrX 36381 . G GAA,GA 1625.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.449;DP=151;FS=2.381;HaplotypeScore=591.5263;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.258;QD=10.77;RPA=9,11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.923;SB=-7.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:90,7,54:151:99:1704,368,308,262,0,112 chrX 37825 . GT G 2569.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.585;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=307.9764;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.724;QD=16.27;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.795;SB=-1.210e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,121:157:99:2612,314,0 chrX 37852 . G GA 3787 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=171;FS=0.000;HaplotypeScore=414.6182;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.02;MQ0=0;QD=22.15;RPA=8,9;RU=A;SB=-1.496e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,133:170:99:3787,413,0 chrX 37982 . T TAG 6962 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=282.6952;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.11;MQ0=0;QD=46.72;SB=-2.629e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,135:148:99:6962,415,0 chrX 41329 . AT A 2581.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.608;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=90.5957;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.66;MQ0=0;MQRankSum=0.091;QD=17.45;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.702;SB=-8.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,130:148:99:2624,314,0 chrX 47535 . GA G 1954.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.128;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=101.0832;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.161;QD=19.17;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.363;SB=-6.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,91:102:99:1997,229,0 chrX 49961 . TTGTA T 8218 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=217.8866;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.26;MQ0=0;QD=56.29;RPA=2,1;RU=TGTA;SB=-2.264e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,133:146:99:8218,415,0 chrX 50009 . TA T 3660 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=554.6110;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=24.08;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.200e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,135:152:99:3660,393,0 chrX 59054 . GA G 73.06 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.282;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=112.6720;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.085;QD=1.97;RPA=21,20;RU=A;ReadPosRankSum=1.944;SB=-3.290e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,5:37:14:112,0,14 chrX 59084 . T TG 1985.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=349.7587;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.41;MQ0=0;QD=32.03;SB=-5.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,54:62:99:2028,170,0 chrX 59094 . AAT A 1979.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=337.4434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.35;MQ0=0;QD=28.70;RPA=3,2;RU=AT;SB=-4.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,60:67:99:2022,156,0 chrX 59582 . GA G 4631 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;FS=0.000;HaplotypeScore=659.7727;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.92;MQ0=0;QD=27.90;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.867e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,162:166:99:4631,463,0 chrX 59640 . T TAATA 6415 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=2137.2864;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.03;MQ0=0;QD=56.77;SB=-3.202e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,80:113:99:6415,307,0 chrX 59658 . G GTAGAAA 7847 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=2105.2621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.39;MQ0=0;QD=72.66;SB=-2.944e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,82:106:99:7847,280,0 chrX 59669 . A AT 3343 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=2302.2642;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.38;MQ0=0;QD=27.63;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.169e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,103:119:99:3343,310,0 chrX 60220 . CT C 4800 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.084;DP=245;DS;FS=4.383;HaplotypeScore=956.1008;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.50;MQ0=0;MQRankSum=0.708;QD=19.59;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.862;SB=-1.719e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,200:245:99:4800,579,0 chrX 60684 . T TTC 3196.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.900;DP=123;FS=3.397;HaplotypeScore=587.1586;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.284;QD=25.99;ReadPosRankSum=3.349;SB=-1.357e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:68,50:123:99:3239,256,0 chrX 60697 . G GT 1422.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=596.1875;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.47;MQ0=0;QD=11.38;RPA=9,10;RU=T;SB=-5.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:63,62:125:99:1465,177,0 chrX 71276 . G GA 2295.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.846;DP=176;FS=5.383;HaplotypeScore=375.0369;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.107;QD=13.05;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.425;SB=-1.030e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:73,91:176:67:2338,67,0 chrX 78980 . C CTT 1554.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.047;DP=166;FS=14.238;HaplotypeScore=1145.8232;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.83;MQ0=0;MQRankSum=-4.963;QD=9.37;ReadPosRankSum=3.310;SB=-6.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:105,60:165:99:1594,0,946 chrX 78981 . C CCTCTTCT 6015 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.499;DP=168;FS=0.612;HaplotypeScore=818.1144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.10;MQ0=0;MQRankSum=-4.904;QD=35.80;ReadPosRankSum=1.542;SB=-2.817e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,60:167:99:6015,0,1042 chrX 79553 . GA G 3930 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=175;FS=0.000;HaplotypeScore=426.6367;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.07;MQ0=0;QD=22.46;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.683e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,157:175:99:3930,438,0 chrX 79590 . TA T 3053.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=794.5376;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.79;MQ0=0;QD=20.36;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.272e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,123:150:99:3096,372,0 chrX 79972 . A AT 2786.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.884;DP=138;FS=1.444;HaplotypeScore=105.1014;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.44;MQ0=0;MQRankSum=0.667;QD=20.20;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.729;SB=-1.345e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,114:138:99:2829,180,0 chrX 83886 . A AT 5097 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=190;FS=0.000;HaplotypeScore=366.6967;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.88;MQ0=0;QD=26.83;RPA=3,4;RU=T;SB=-2.271e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,161:190:99:5097,472,0 chrX 83936 . AT A 4884 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=171;FS=0.000;HaplotypeScore=319.7448;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.83;MQ0=0;QD=28.56;SB=-1.857e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,162:171:99:4884,469,0 chrX 85527 . CT C 1276.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=187.9528;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=1.617;QD=17.49;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.173;SB=-1.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,55:73:99:1319,159,0 chrX 90279 . G GA 4940 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.540;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=509.4985;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.072;QD=36.06;ReadPosRankSum=-0.165;SB=-2.139e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,132:137:99:4940,375,0 chrX 91661 . C CT 1249.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=18.2345;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.58;MQ0=0;QD=16.89;RPA=6,7;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,54:74:99:1292,132,0 chrX 91769 . G GAA 526.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=50.0396;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.85;MQ0=0;QD=37.64;RPA=2,4;RU=A;SB=-2.549e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,13:14:39:569,39,0 chrX 94892 . TC T 5332 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.783;DP=193;FS=3.026;HaplotypeScore=278.9787;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.30;MQ0=0;MQRankSum=0.288;QD=27.63;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=0.194;SB=-2.612e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,177:193:99:5332,499,0 chrX 96818 . C CAT 804.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=149.9977;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=12.58;RPA=7,8;RU=AT;SB=-3.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,22:64:66:847,66,0 chrX 101045 . G GA 1810.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.708;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=51.5350;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.905;QD=16.31;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.033;SB=-7.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,78:111:99:1853,151,0 chrX 104611 . TA T 1721.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.490;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=304.1055;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=0.146;QD=12.13;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.596;SB=-7.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,97:142:99:1764,117,0 chrX 106211 . ATT A 3288 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=307.0485;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.50;MQ0=0;QD=32.55;RPA=8,6;RU=T;SB=-1.610e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,95:101:99:3288,280,0 chrX 109915 . G GAAAA,GAAA 2022.03 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=56.9843;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.36;MQ0=0;QD=29.30;RPA=12,16,15;RU=A;SB=-4.311e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:18,38,7:69:53:2100,191,53,735,0,596 chrX 111163 . C CA 3092.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.292;DP=148;FS=5.669;HaplotypeScore=118.4311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.808;QD=20.90;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.392;SB=-1.380e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,114:148:99:3135,294,0 chrX 111275 . CA C 2527.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=369.0105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.28;MQ0=0;QD=18.87;RPA=10,9;RU=A;SB=-1.151e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,113:134:99:2570,328,0 chrX 111290 . AG A 3963 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=289.9004;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.36;MQ0=0;QD=29.57;RPA=3,2;RU=G;SB=-1.973e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,118:134:99:3963,355,0 chrX 111408 . A AT 3850 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=349.9720;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.88;MQ0=0;QD=25.67;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.312e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,125:150:99:3850,388,0 chrX 111538 . CACA C 10234 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=249;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=73.0071;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.96;MQ0=0;QD=41.10;RPA=3,2;RU=ACA;SB=-3.736e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,227:249:99:10234,662,0 chrX 113474 . A ATTT,ATT 1315.03 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=320.5141;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.76;MQ0=0;QD=14.45;RPA=14,17,16;RU=T;SB=-4.691e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:40,5,39:91:56:1393,538,439,195,0,56 chrX 114886 . CTGTTGT C 5646 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.302;DP=130;FS=2.607;HaplotypeScore=1853.5743;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.671;QD=43.43;ReadPosRankSum=3.062;SB=-1.935e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:48,81:130:99:5646,268,0 chrX 114895 . CTGCTGTTGCTGT C 9874 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.632;DP=144;FS=22.798;HaplotypeScore=1500.2563;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.99;MQ0=0;MQRankSum=-2.010;QD=68.57;ReadPosRankSum=9.689;SB=-3.408e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,81:144:99:9874,0,1965 chrX 114920 . GCTT G 7370 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=189;FS=0.000;HaplotypeScore=2015.6148;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.41;MQ0=0;QD=38.99;RPA=5,4;RU=CTT;SB=-3.662e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,166:189:99:7370,490,0 chrX 115930 . T TA 2410.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=146.8101;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.88;MQ0=0;QD=24.35;RPA=6,7;RU=A;SB=-9.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,87:99:99:2453,255,0 chrX 116400 . C CAA 7442 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=197;FS=0.000;HaplotypeScore=857.9467;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.98;MQ0=0;QD=37.78;RPA=3,5;RU=A;SB=-3.606e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,170:197:99:7442,548,0 chrX 116504 . AT A 5833 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=177;FS=0.000;HaplotypeScore=707.8910;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.75;MQ0=0;QD=32.95;RPA=2,1;RU=T;SB=-2.493e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,175:177:99:5833,508,0 chrX 119059 . C CT 2460.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=941.2660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.85;MQ0=0;QD=25.63;RPA=4,5;RU=T;SB=-7.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,90:96:99:2503,269,0 chrX 121937 . GT G 873.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=14.5848;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;QD=16.18;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,44:54:99:916,111,0 chrX 122041 . C CG 659.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=122.1358;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.72;MQ0=0;QD=36.66;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,17:18:54:702,54,0 chrX 122104 . T TA 212.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.107;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=60.5738;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.423;QD=13.31;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.107;SB=-1.178e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,9:16:24:255,24,0 chrX 122613 . A AGAT 10498 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=223;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=554.6184;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.22;MQ0=0;QD=47.08;RPA=1,2;RU=GAT;SB=-4.555e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,205:223:99:10498,605,0 chrX 122693 . TGGCTTG T 15915 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=218;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=2413.9573;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=73.00;SB=-6.761e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,191:218:99:15915,629,0 chrX 122702 . CAGT C 8575 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=209;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=2996.7014;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.77;MQ0=0;QD=41.03;SB=-3.819e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,183:209:99:8575,586,0 chrX 123519 . AT A 3089.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=1796.2909;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.50;MQ0=0;QD=24.92;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.361e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,106:124:99:3132,319,0 chrX 123551 . AG A 2163.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=1646.3100;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.11;MQ0=0;QD=21.64;SB=-7.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,88:100:99:2206,259,0 chrX 123779 . G GAA 1629.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.069;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=250.9911;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.018;QD=21.17;RPA=12,14;RU=A;ReadPosRankSum=0.000;SB=-3.589e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,48:77:99:1672,101,0 chrX 126726 . ATT A 3168.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=29.6922;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.96;MQ0=0;QD=36.01;RPA=5,3;RU=T;SB=-1.264e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,82:88:99:3211,253,0 chrX 126805 . C CT 2286.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.090;DP=135;FS=1.883;HaplotypeScore=342.6678;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=1.248;QD=16.94;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.884;SB=-9.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,96:135:99:2329,200,0 chrX 129078 . CTT C 3055.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=120;FS=4.427;HaplotypeScore=163.7366;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.35;MQ0=0;MQRankSum=1.018;QD=25.47;RPA=12,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.446;SB=-1.100e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,104:120:99:3098,286,0 chrX 130674 . GC G 3856 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=299.7048;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.83;MQ0=0;QD=28.15;RPA=5,4;RU=C;SB=-1.605e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,128:137:99:3856,376,0 chrX 131054 . GT G 2264.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.161;DP=124;FS=6.250;HaplotypeScore=29.1382;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.804;QD=18.27;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.196;SB=-5.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,108:124:99:2307,262,0 chrX 133939 . GT G 4131 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;FS=0.000;HaplotypeScore=325.6279;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.24;MQ0=0;QD=25.19;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.600e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,153:164:99:4131,441,0 chrX 134031 . CTT C 3772 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.010;DP=152;FS=5.497;HaplotypeScore=306.2524;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.48;MQ0=0;MQRankSum=1.220;QD=24.82;RPA=11,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.574;SB=-1.028e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,108:152:99:3772,328,0 chrX 134112 . GAAAA G 2597.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.890;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=374.1954;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.72;MQ0=0;MQRankSum=2.319;QD=24.28;RPA=17,13;RU=A;ReadPosRankSum=2.890;SB=-8.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:48,46:106:99:2640,156,0 chrX 134179 . GAAA G 2569.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=81;FS=4.569;HaplotypeScore=90.5813;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=1.017;QD=31.73;RPA=12,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.797;SB=-8.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,58:81:99:2612,183,0 chrX 135953 . GA G 3981 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=197;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=50.4193;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=20.21;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.193e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,177:197:99:3981,488,0 chrX 136809 . GT G 2300.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=36.7778;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=20.36;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.037e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,96:113:99:2343,252,0 chrX 140211 . GA G 2081.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=486.1466;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.27;MQ0=0;QD=19.46;RPA=8,7;RU=A;SB=-8.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,89:107:99:2124,258,0 chrX 159916 . GA G 3935 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=1035.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.96;MQ0=0;QD=25.89;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.848e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,141:152:99:3935,420,0 chrX 160183 . C CT 5220 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=2338.1484;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.18;MQ0=0;QD=36.76;SB=-2.534e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,135:142:99:5220,397,0 chrX 160258 . GT G 3177.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=1723.6288;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.71;MQ0=0;QD=20.24;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.232e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,127:157:99:3220,389,0 chrX 160310 . C CTT 2843.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.753;DP=117;FS=3.510;HaplotypeScore=503.2353;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.640;QD=24.31;RPA=10,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.565;SB=-1.330e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,68:116:99:2886,227,0 chrX 161835 . T TA 1096.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.476;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=33.7860;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.69;MQ0=0;MQRankSum=0.685;QD=15.24;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.472;SB=-5.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,51:72:63:1139,63,0 chrX 165551 . AT A 2160.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=27.9825;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.07;MQ0=0;QD=23.24;RPA=6,5;RU=T;SB=-5.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,88:93:99:2203,249,0 chrX 189029 . C CTT 1554.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.603;DP=135;FS=9.444;HaplotypeScore=945.4769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.23;MQ0=0;MQRankSum=-4.626;QD=11.52;ReadPosRankSum=3.137;SB=-5.547e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,35:135:99:1594,0,126 chrX 189030 . C CTTCTTCT 4608 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.333;DP=137;FS=10.843;HaplotypeScore=648.3991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.44;MQ0=0;MQRankSum=-5.299;QD=33.64;ReadPosRankSum=5.429;SB=-1.753e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,31:137:99:4608,0,116 chrX 193608 . CA C 665.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=158.1090;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=20.18;RPA=10,9;RU=A;SB=-1.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:90:708,90,0 chrX 195285 . TA T 2113.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=104.8519;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.20;MQ0=0;QD=19.76;RPA=7,6;RU=A;SB=-9.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,93:107:99:2156,255,0 chrX 197244 . AAT A 2755.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=150.3949;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.63;MQ0=0;QD=34.89;SB=-8.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,74:79:99:2798,223,0 chrX 197451 . A AAAC 3534 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=626.4570;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.28;MQ0=0;QD=56.10;SB=-5.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:63:99:3534,175,0 chrX 204487 . GACTGGCGTTATACAGAA G 4793 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=456.2824;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=133.14;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,25:36:75:4793,75,0 chrX 204824 . A AC 3043.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=343.5638;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.23;MQ0=0;QD=37.58;SB=-1.089e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:3086,244,0 chrX 207452 . GGCATT G 11379 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=201;FS=0.000;HaplotypeScore=56.3785;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;QD=56.61;RPA=2,1;RU=GCATT;SB=-2.936e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,179:201:99:11379,512,0 chrX 207747 . GAA G 2684.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.817;DP=110;FS=2.397;HaplotypeScore=136.5630;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=24.41;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.690;SB=-1.158e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,89:110:99:2727,248,0 chrX 209539 . TA T 3050.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=41.6045;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.14;MQ0=0;QD=22.60;RPA=6,5;RU=A;SB=-8.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,125:135:99:3093,348,0 chrX 211991 . CT C 3154.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=37.4359;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.50;MQ0=0;QD=21.46;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.111e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,142:147:99:3197,386,0 chrX 217454 . GAA G 2004.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.184;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=43.5784;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.273;QD=21.79;RPA=12,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.766;SB=-3.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,55:92:99:2047,185,0 chrX 217532 . GA G 1520.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=64.6995;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=20.84;RPA=7,6;RU=A;SB=-6.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,62:73:99:1563,183,0 chrX 218872 . C CA 4546 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=171;FS=0.000;HaplotypeScore=48.0728;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.88;MQ0=0;QD=26.58;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.892e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,163:171:99:4546,442,0 chrX 221206 . AT A 2841.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=30.8111;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.56;MQ0=0;QD=22.03;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.034e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,120:129:99:2884,327,0 chrX 265708 . C CA 1510.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.137;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=31.3898;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=0.288;QD=15.90;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.167;SB=-6.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,61:95:99:1553,129,0 chrX 268747 . AT A 836.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.285;DP=122;FS=6.254;HaplotypeScore=42.2950;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=2.415;QD=6.86;RPA=17,16;RU=T;ReadPosRankSum=1.248;SB=-4.239e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:56,55:122:88:879,88,0 chrX 280770 . CTT C 1125.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.405;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=44.5160;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.30;MQ0=1;MQRankSum=1.502;QD=14.44;RPA=15,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.691;SB=-5.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,45:77:93:1168,93,0 chrX 292409 . AGGATTGCTC A 21193 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=229;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=485.9062;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.44;MQ0=0;QD=92.55;SB=-7.799e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,197:229:99:21193,587,0 chrX 293096 . A AAGC 2486.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.190;DP=250;DS;FS=7.992;HaplotypeScore=3290.5360;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.56;MQ0=0;MQRankSum=5.052;QD=9.95;RPA=3,4;RU=AGC;ReadPosRankSum=1.256;SB=-9.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:175,74:250:99:2526,0,3086 chrX 312726 . GA G 8009 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=229;FS=0.000;HaplotypeScore=73.3601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.34;MQ0=0;QD=34.97;SB=-2.265e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,221:229:99:8009,632,0 chrX 317080 . GTATATA G 4899 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=122;FS=3.070;HaplotypeScore=37.3810;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.58;MQ0=0;MQRankSum=0.593;QD=40.16;RPA=9,6;RU=TA;ReadPosRankSum=1.163;SB=-2.430e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,85:122:99:4899,207,0 chrX 327878 . A AT 4602 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=413.1049;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=36.24;SB=-1.790e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,120:127:99:4602,334,0 chrX 329322 . AC A 3980 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.708;DP=157;FS=2.421;HaplotypeScore=677.7483;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.27;MQ0=0;MQRankSum=0.680;QD=25.35;ReadPosRankSum=2.408;SB=-1.714e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,139:157:99:3980,410,0 chrX 329324 . TTC T 4691 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.910;DP=154;FS=2.467;HaplotypeScore=611.9744;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.34;MQ0=0;MQRankSum=0.257;QD=30.46;ReadPosRankSum=2.757;SB=-1.842e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,139:154:99:4691,393,0 chrX 330220 . T TCC 4059 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=265.3784;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.14;MQ0=1;QD=34.40;RPA=7,9;RU=C;SB=-1.197e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,101:116:99:4059,309,0 chrX 337388 . TA T 1968.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.728;DP=112;FS=3.053;HaplotypeScore=308.1757;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=1.046;QD=17.58;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.682;SB=-9.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,94:112:99:2011,223,0 chrX 338042 . AG A 4467 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=175;FS=0.000;HaplotypeScore=57.6463;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.79;MQ0=0;QD=25.53;RPA=7,6;RU=G;SB=-1.846e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,162:175:99:4467,463,0 chrX 339752 . GTA G 6689 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=204;FS=0.000;HaplotypeScore=90.4291;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.93;MQ0=1;QD=32.79;RPA=5,4;RU=TA;SB=-2.901e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,182:201:99:6689,530,0 chrX 342313 . AT A 2620.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=389.5091;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.02;MQ0=0;QD=27.59;RPA=4,3;RU=T;SB=-8.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,88:95:99:2663,267,0 chrX 342348 . ATTTTT A 2662.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=380.1253;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.45;MQ0=0;QD=33.29;RPA=23,18;RU=T;SB=-1.205e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,49:80:99:2705,140,0 chrX 345784 . TA T 1192.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=41.1669;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.98;MQ0=0;QD=21.69;RPA=3,2;RU=A;SB=-3.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,45:55:99:1235,111,0 chrX 349508 . G GA 3609 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=49.1256;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.44;MQ0=0;QD=24.39;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.581e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,133:148:99:3609,384,0 chrX 353921 . CTTCCGCTCCAGAATAAAGTTCCTTTTCACTTCA C 19115 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=348.5475;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.20;MQ0=0;QD=189.26;SB=-5.668e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:101:99:19115,187,0 chrX 354332 . A AT 2470.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.077;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=177.3462;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=1.347;QD=23.09;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.885;SB=-7.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,90:107:99:2513,245,0 chrX 355954 . GC G 1759.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=226.9192;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.09;MQ0=0;QD=29.33;SB=-6.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,51:60:99:1802,165,0 chrX 355956 . T TAA 1798.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=223.2998;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.31;MQ0=0;QD=29.49;RPA=4,6;RU=A;SB=-6.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,52:61:99:1841,159,0 chrX 358020 . ATCTCTCTCATTGAT A 8701 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=202.6162;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.01;MQ0=0;QD=126.10;SB=-8.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,51:69:99:8701,201,0 chrX 358092 . A ATT 1893.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=507.6188;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.69;MQ0=0;QD=29.14;RPA=4,6;RU=T;SB=-2.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,48:65:99:1936,141,0 chrX 358212 . GTTTTT G 1273.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.555;DP=56;FS=20.988;HaplotypeScore=266.2305;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.869;QD=22.75;RPA=19,14;RU=T;ReadPosRankSum=0.229;SB=-2.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,17:56:27:1316,27,0 chrX 360911 . C CT 2787.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.747;DP=192;DS;FS=1.216;HaplotypeScore=101.9927;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.466;QD=14.52;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.609;SB=-1.226e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:74,113:192:99:2830,165,0 chrX 361643 . ACCG A 10349 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=244;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=84.1346;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.52;MQ0=0;QD=42.41;SB=-5.058e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,237:244:99:10349,687,0 chrX 374280 . AAC A 2197.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=314.1343;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.32;MQ0=0;QD=34.89;SB=-1.114e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,56:55:99:2240,157,0 chrX 374410 . G GC 2308.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=705.5247;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.68;MQ0=0;QD=26.54;SB=-8.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,71:76:99:2351,227,0 chrX 374412 . AG A 2086.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=726.1743;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.93;MQ0=1;QD=23.45;SB=-7.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,71:77:99:2129,229,0 chrX 374676 . A AGCCT 4936 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=690.5367;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.61;MQ0=0;QD=51.42;RPA=1,2;RU=GCCT;SB=-1.208e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,79:96:99:4936,238,0 chrX 375832 . AT A 1996.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=32.2714;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.34;MQ0=0;QD=21.24;RPA=8,7;RU=T;SB=-5.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,86:94:99:2039,246,0 chrX 376292 . TA T 1264.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=295.0336;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.54;MQ0=0;QD=16.87;RPA=11,10;RU=A;SB=-3.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,58:75:99:1307,170,0 chrX 378340 . C CA 2097.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=210.2744;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.73;MQ0=0;QD=28.35;RPA=2,3;RU=A;SB=-8.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,70:74:99:2140,192,0 chrX 383673 . AT A 1974.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=21.6219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.86;MQ0=0;QD=22.96;RPA=6,5;RU=T;SB=-5.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,82:86:99:2017,225,0 chrX 388260 . CAAAA C 3436 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=277.2293;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.46;MQ0=0;QD=40.42;RPA=15,11;RU=A;SB=-1.187e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,65:85:99:3436,202,0 chrX 391256 . AG A 5071 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;FS=0.000;HaplotypeScore=549.7753;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.66;MQ0=0;QD=30.73;SB=-1.922e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,164:165:99:5071,448,0 chrX 391437 . CT C 5665 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=249;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=60.5004;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;QD=22.75;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.599e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,239:249:99:5665,660,0 chrX 391631 . GA G 6577 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=246;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=764.4163;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.77;MQ0=0;QD=26.74;RPA=5,4;RU=A;SB=-2.133e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,229:246:99:6577,700,0 chrX 391758 . GA G 5541 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=237;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=401.1386;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.07;MQ0=0;QD=23.38;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.596e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,218:237:99:5541,621,0 chrX 395708 . A AC 2971.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=24.4171;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=39.10;SB=-1.321e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,72:76:99:3014,214,0 chrX 396952 . CTT C 3121.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.867;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=42.3638;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.22;MQ0=0;MQRankSum=0.942;QD=29.18;RPA=11,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.118;SB=-1.154e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,97:107:99:3164,268,0 chrX 400179 . T TG 1383.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.920;DP=146;DS;FS=5.926;HaplotypeScore=2744.9909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.87;MQ0=0;MQRankSum=0.293;QD=9.48;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=-0.323;SB=-4.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,54:146:99:1423,0,2190 chrX 400182 . GA G 1151.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.160;DP=132;DS;FS=0.790;HaplotypeScore=2513.0331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.781;QD=8.73;ReadPosRankSum=0.668;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,54:132:99:1191,0,2657 chrX 400241 . C CT 683.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=711.4030;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=26.31;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:26:76:726,76,0 chrX 400245 . GA G 791.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=722.8450;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:78:834,78,0 chrX 404066 . ACAGCAGCAG A 15393 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=202;FS=0.000;HaplotypeScore=49.2932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.12;MQ0=0;QD=76.20;RPA=8,5;RU=CAG;SB=-5.969e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,156:202:99:15393,472,0 chrX 407487 . C CA 5123 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=214;FS=0.000;HaplotypeScore=314.1169;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.78;MQ0=0;QD=23.94;RPA=6,7;RU=A;SB=-2.230e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,179:214:99:5123,526,0 chrX 409224 . G GT 962.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=108.7638;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.19;MQ0=0;QD=19.26;RPA=7,8;RU=T;SB=-2.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,39:50:99:1005,105,0 chrX 415042 . A ATT 3588 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=679.5360;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.36;MQ0=0;QD=32.62;RPA=7,9;RU=T;SB=-1.728e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,87:110:99:3588,283,0 chrX 415060 . TA T 3415 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=862.2175;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.45;MQ0=0;QD=31.62;SB=-1.604e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,98:108:99:3415,297,0 chrX 415373 . ATATAACAT A 13546 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=169;FS=0.000;HaplotypeScore=44.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.19;MQ0=0;QD=80.15;SB=-6.113e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,152:169:99:13546,445,0 chrX 416260 . T TGTAAGTGCA 12486 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=169.2526;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.28;MQ0=0;QD=96.05;SB=-6.122e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,97:130:99:12486,346,0 chrX 416524 . AT A 4343 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=332.4298;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.78;MQ0=0;QD=30.80;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.981e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,131:141:99:4343,379,0 chrX 417192 . C CA 3279 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=28.5607;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.37;MQ0=0;QD=28.03;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.281e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,110:117:99:3279,316,0 chrX 419705 . G GA 1103.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.919;DP=85;FS=1.891;HaplotypeScore=144.4498;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=0.805;QD=12.99;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.172;SB=-4.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,53:85:59:1146,59,0 chrX 422851 . ATACCCG A 11998 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=226.5847;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.88;MQ0=0;QD=83.90;SB=-5.316e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,138:143:99:11998,415,0 chrX 424172 . GATAT G 329.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=9.8362;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=13.75;RPA=12,10;RU=AT;SB=-1.628e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,7:24:24:372,24,0 chrX 424743 . GTTC G 2836.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=208.9372;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.94;MQ0=0;QD=37.83;RPA=4,3;RU=TTC;SB=-3.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,60:75:99:2879,181,0 chrX 424811 . TG T 2937.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=297.2712;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;QD=32.29;RPA=2,1;RU=G;SB=-3.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,87:91:99:2980,256,0 chrX 436351 . ATT A 609.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=309.3933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.42;MQ0=0;QD=20.33;RPA=5,3;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:30:51:652,51,0 chrX 436461 . T TA 271.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=82.8302;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.85;MQ0=0;QD=27.20;RPA=1,2;RU=A;SB=-2.099e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,9:10:30:314,30,0 chrX 436624 . G GT 431.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.349;DP=26;FS=2.760;HaplotypeScore=47.2623;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.087;QD=16.61;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.524;SB=-1.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,21:26:3:471,3,0 chrX 438674 . GA G 3949 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;FS=0.000;HaplotypeScore=197.1030;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.13;MQ0=0;QD=23.93;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.881e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,156:165:99:3949,423,0 chrX 448869 . T TATACAC 1349.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=139.5133;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.97;MQ0=0;QD=51.92;SB=-6.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:26:78:1392,78,0 chrX 453526 . GA G 1962.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=32.4247;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.43;MQ0=0;QD=15.96;RPA=9,8;RU=A;SB=-4.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,90:123:99:2005,248,0 chrX 457903 . CAAAAAAAAA C 1153.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5990;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.92;MQ0=0;QD=52.45;RPA=21,12;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,20:22:48:1196,48,0 chrX 458442 . G GT 2370.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=37.7921;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;QD=22.16;RPA=7,8;RU=T;SB=-6.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,82:107:99:2413,255,0 chrX 459766 . T TA 1488.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=200.5880;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.13;MQ0=0;QD=34.63;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,42:43:99:1531,117,0 chrX 461660 . G GA 2665.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.983;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=282.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.54;MQ0=0;MQRankSum=0.831;QD=18.14;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.034;SB=-1.134e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,105:147:99:2708,215,0 chrX 462616 . TC T 5118 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=175;FS=0.000;HaplotypeScore=1378.4585;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.83;MQ0=0;QD=29.25;RPA=4,3;RU=C;SB=-1.895e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,159:175:99:5118,469,0 chrX 462833 . C CT 3903 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=332.2426;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.47;MQ0=0;QD=29.79;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.802e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,119:131:99:3903,364,0 chrX 486263 . G GA 5437 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=375.2996;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.08;MQ0=0;QD=34.41;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.968e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,144:158:99:5437,445,0 chrX 486349 . A AG 3600 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=242.3307;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.56;MQ0=0;QD=33.96;SB=-1.699e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,92:106:99:3600,280,0 chrX 486535 . G GAA 4945 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=222.2912;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.38;MQ0=0;QD=34.58;RPA=6,8;RU=A;SB=-1.575e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,130:143:99:4945,379,0 chrX 487574 . AGTGCTCC A 7194 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=6.569;DP=126;FS=15.402;HaplotypeScore=975.9704;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.07;MQ0=0;MQRankSum=-3.315;QD=57.10;ReadPosRankSum=6.037;SB=-3.000e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,88:126:69:7194,69,0 chrX 487582 . AAATTCT A 6657 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.585;DP=106;FS=4.049;HaplotypeScore=1007.6017;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.548;QD=62.80;ReadPosRankSum=1.695;SB=-2.677e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,88:106:99:6657,272,0 chrX 491023 . G GA 2213.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.213;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=49.6354;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.07;MQ0=0;MQRankSum=0.247;QD=19.09;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.814;SB=-8.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,88:116:99:2256,161,0 chrX 503620 . TG T 5170 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=190;FS=0.000;HaplotypeScore=62.0769;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.44;MQ0=0;QD=27.21;RPA=4,3;RU=G;SB=-2.505e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,177:190:99:5170,502,0 chrX 517619 . C CA 3961 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=155.8099;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.58;MQ0=0;QD=26.95;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.968e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,133:147:99:3961,388,0 chrX 517985 . A AT 5077 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=152.1292;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.79;MQ0=0;QD=33.85;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.444e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,144:150:99:5077,415,0 chrX 519255 . CGTGTGTGTGTGTGT C 8455 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.211;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=138.5160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.773;QD=73.52;RPA=20,13;RU=GT;ReadPosRankSum=1.653;SB=-3.191e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:49,57:115:99:8453,160,0 chrX 519673 . C CGTT 3978 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.369;DP=134;FS=2.514;HaplotypeScore=374.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=1.335;QD=29.69;RPA=7,8;RU=GTT;ReadPosRankSum=-0.653;SB=-7.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,84:134:99:3978,99,0 chrX 521978 . AAT A 8926 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=249;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=69.3097;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.27;MQ0=0;QD=35.85;RPA=2,1;RU=AT;SB=-3.345e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,233:247:99:8926,647,0 chrX 523904 . TAAA T 2322.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.051;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=188.5755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=0.600;QD=24.20;RPA=16,13;RU=A;ReadPosRankSum=1.182;SB=-1.076e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,62:96:99:2365,198,0 chrX 524836 . TA T 618.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=70.6387;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.33;MQ0=0;QD=19.97;RPA=4,3;RU=A;SB=-2.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,29:31:69:661,69,0 chrX 525702 . G GA 697.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.654;DP=96;FS=3.392;HaplotypeScore=276.1672;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.80;MQ0=0;MQRankSum=1.089;QD=7.27;RPA=17,18;RU=A;ReadPosRankSum=-0.640;SB=-4.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,18:96:99:737,0,110 chrX 526799 . TTA T 1989.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=56.9802;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.74;MQ0=0;QD=32.62;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:61:99:2032,141,0 chrX 529735 . GA G 1555.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.987;DP=106;FS=2.507;HaplotypeScore=53.8373;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.86;MQ0=0;MQRankSum=0.566;QD=14.68;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.224;SB=-5.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,73:106:99:1598,148,0 chrX 533814 . GT G 2178.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=193.4190;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.25;MQ0=0;QD=26.25;RPA=5,4;RU=T;SB=-7.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,82:83:99:2221,237,0 chrX 537754 . A ATTT 1524.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=78.6148;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.39;MQ0=0;QD=35.46;RPA=6,9;RU=T;SB=-6.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,31:43:99:1567,99,0 chrX 537882 . CT C 805.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=117.5914;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.24;MQ0=0;QD=20.67;RPA=8,7;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,34:39:99:848,102,0 chrX 538483 . AT A 2275.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=149.5684;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.05;MQ0=0;QD=31.61;RPA=3,2;RU=T;SB=-6.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,70:72:99:2318,208,0 chrX 539490 . CAAGTTTGTGACACCTTATAATAA C 9378 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=282.7073;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.14;MQ0=0;QD=133.97;SB=-2.635e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,40:70:99:9378,123,0 chrX 539583 . TG T 3833 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=704.5852;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.50;MQ0=0;QD=31.16;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.636e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,116:123:99:3833,343,0 chrX 539699 . T TC 3948 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=240.5193;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.33;MQ0=0;QD=39.48;SB=-1.471e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,89:100:99:3948,292,0 chrX 540540 . GT G 2994.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=163.4429;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.12;MQ0=0;QD=23.40;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.019e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,119:128:99:3037,339,0 chrX 542676 . T TG 5474 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=171;FS=0.000;HaplotypeScore=458.8634;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=32.01;RPA=2,3;RU=G;SB=-2.104e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,166:171:99:5474,478,0 chrX 542941 . T TA 2491.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=27.5989;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.20;MQ0=0;QD=23.51;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.108e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,96:106:99:2534,264,0 chrX 543291 . AT A 5319 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=189;FS=0.000;HaplotypeScore=642.5547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.74;MQ0=0;QD=28.14;RPA=4,3;RU=T;SB=-2.055e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,183:189:99:5319,526,0 chrX 543944 . GTGACTTT G 9854 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=85.4224;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.00;MQ0=0;QD=78.83;SB=-4.745e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,116:125:99:9854,343,0 chrX 548539 . CAA C 3359 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=206.9250;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.45;MQ0=1;QD=30.54;RPA=10,8;RU=A;SB=-1.218e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,99:109:99:3359,298,0 chrX 555085 . GA G 1439.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.264;DP=122;FS=1.589;HaplotypeScore=130.1704;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.43;MQ0=0;MQRankSum=1.383;QD=11.80;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.775;SB=-6.728e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,82:122:70:1482,70,0 chrX 569546 . CG C 4932 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=47.8423;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.61;MQ0=0;QD=31.22;RPA=3,2;RU=G;SB=-2.036e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,155:158:99:4932,445,0 chrX 570599 . G GTT 2780.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.355;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=168.8582;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.67;MQ0=0;MQRankSum=0.497;QD=21.23;RPA=11,13;RU=T;ReadPosRankSum=-1.286;SB=-8.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:49,64:131:99:2823,255,0 chrX 570786 . AAT A 1635.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.237;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=124.3300;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.34;MQ0=0;MQRankSum=0.928;QD=26.39;ReadPosRankSum=0.681;SB=-8.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,60:62:99:1678,160,0 chrX 575252 . G GA 499.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.578;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=39.8854;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.156;QD=13.51;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.433;SB=-1.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,23:37:49:542,49,0 chrX 576840 . TA T 2217.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=21.3607;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.40;MQ0=0;QD=27.72;RPA=2,1;RU=A;SB=-2.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,72:80:99:2260,199,0 chrX 581795 . T TGTAG 4849 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=327.7583;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.03;MQ0=0;QD=55.74;RPA=1,2;RU=GTAG;SB=-1.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,80:87:99:4849,241,0 chrX 582424 . CT C 4165 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=535.1972;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.36;MQ0=0;QD=34.42;SB=-8.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,109:121:99:4165,337,0 chrX 582469 . GA G 2888.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=471.3266;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.30;MQ0=0;QD=28.89;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.244e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,89:100:99:2931,265,0 chrX 585032 . GA G 1297.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=238.8984;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.84;MQ0=0;QD=14.92;RPA=10,9;RU=A;SB=-1.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,62:87:99:1340,170,0 chrX 585071 . T TTA 433.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=93.9129;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.74;MQ0=0;QD=14.96;RPA=7,8;RU=TA;SB=-1.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,12:29:36:476,36,0 chrX 586417 . CA C 438.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.624;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=27.4019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.956;QD=8.28;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.042;SB=-1.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,29:53:35:481,35,0 chrX 594187 . ATTGTTGTTGTTG A 15641 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=216;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=454.2983;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.68;MQ0=0;QD=72.41;RPA=10,6;RU=TTG;SB=-7.752e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:50,162:216:99:15641,448,0 chrX 604524 . GAT G 2223.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=17.4356;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.78;MQ0=0;QD=37.69;RPA=3,2;RU=AT;SB=-7.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:59:99:2266,166,0 chrX 606508 . CT C 6007 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=187;FS=0.000;HaplotypeScore=939.9822;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.79;MQ0=0;QD=32.12;RPA=2,1;RU=T;SB=-2.923e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,181:187:99:6007,508,0 chrX 606609 . GT G 6174 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=873.0566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.72;MQ0=0;QD=39.32;SB=-2.755e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,154:157:99:6174,457,0 chrX 606780 . TGA T 5100 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=2152.8343;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.75;MQ0=0;QD=31.10;SB=-2.462e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,110:164:99:5100,343,0 chrX 606822 . C CA 5881 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=1332.4393;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.93;MQ0=0;QD=37.70;SB=-2.721e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,140:156:99:5881,439,0 chrX 607174 . A AT 3185.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=362.9876;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.15;MQ0=0;QD=27.47;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.290e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,110:116:99:3228,325,0 chrX 607221 . T TA 2102.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=544.4098;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.99;MQ0=0;QD=27.31;RPA=3,4;RU=A;SB=-8.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,66:77:99:2145,199,0 chrX 607721 . C CA 2895.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=500.7153;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.69;MQ0=0;QD=36.66;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.041e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,78:79:99:2938,229,0 chrX 607853 . A ATT 1494.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=461.2191;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.30;MQ0=0;QD=23.36;RPA=9,11;RU=T;SB=-3.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,34:64:99:1537,133,0 chrX 607874 . G GT 1923.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=294.4768;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.86;MQ0=0;QD=34.98;SB=-7.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,48:55:99:1966,144,0 chrX 608049 . A AT 1594.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=295.0802;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.30;MQ0=0;QD=22.15;RPA=10,11;RU=T;SB=-3.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,58:72:99:1637,186,0 chrX 608565 . AT A 2400.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.124;DP=148;FS=11.385;HaplotypeScore=234.1985;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=0.267;QD=16.22;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.257;SB=-1.148e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,120:148:99:2443,232,0 chrX 610838 . CA C 3650 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=553.4894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.35;MQ0=0;QD=27.44;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.412e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,123:133:99:3650,370,0 chrX 610869 . CA C 3104.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=410.2112;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=26.09;RPA=4,3;RU=A;SB=-9.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,111:119:99:3147,316,0 chrX 620086 . C CT 2717.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=805.1714;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.15;MQ0=0;QD=39.97;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:68:99:2760,193,0 chrX 620114 . GTCCT G 1993.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=778.9188;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.81;MQ0=0;QD=39.10;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,35:51:99:2036,105,0 chrX 620121 . GCTAACGCAAA G 4204 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=415.9207;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=120.11;SB=-3.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:99:4204,105,0 chrX 620344 . ATAT A 1716.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=176.9354;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.82;MQ0=0;QD=46.40;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,33:37:99:1759,105,0 chrX 620479 . C CA 1258.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=12.0503;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.17;MQ0=0;QD=25.18;RPA=4,5;RU=A;SB=-3.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,43:50:99:1301,126,0 chrX 620733 . AT A 2713.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.232;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=258.0069;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.27;MQ0=0;MQRankSum=1.161;QD=24.90;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=1.268;SB=-9.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,100:109:99:2756,283,0 chrX 636995 . CA C 1681.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.118;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=121.7797;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.13;MQ0=0;MQRankSum=1.466;QD=12.28;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.421;SB=-8.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,99:137:99:1724,144,0 chrX 639990 . A AACACAC 3966 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=152.0441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.63;MQ0=0;QD=33.05;RPA=19,22;RU=AC;SB=-3.859e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,61:120:99:3946,200,0 chrX 640784 . G GA 1835.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.716;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=189.4153;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=0.346;QD=19.33;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.270;SB=-6.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,65:95:99:1878,199,0 chrX 647070 . C CA 5360 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=202;FS=0.000;HaplotypeScore=54.3325;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=26.53;RPA=5,6;RU=A;SB=-2.355e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,179:202:99:5360,535,0 chrX 658664 . T TC 1865.99 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.605;DP=174;FS=1.544;HaplotypeScore=668.4550;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.187;QD=10.72;ReadPosRankSum=5.349;SB=-5.615e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,106:174:21:1905,0,21 chrX 658665 . T TC 1843.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.803;DP=176;FS=2.434;HaplotypeScore=675.6603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQ0=0;MQRankSum=1.019;QD=10.48;ReadPosRankSum=5.860;SB=-5.605e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,105:176:32:1883,0,32 chrX 667224 . G GTA 225.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=7.5972;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.43;MQ0=0;QD=9.00;RPA=9,10;RU=TA;SB=-3.793e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,8:25:21:267,21,0 chrX 672798 . CT C 1952.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=30.7041;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.38;MQ0=0;QD=17.28;RPA=10,9;RU=T;SB=-9.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,93:113:99:1995,251,0 chrX 677390 . TTA T 670.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=11.7404;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=18.64;RPA=8,7;RU=TA;SB=-1.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,24:36:60:713,60,0 chrX 697010 . CT C 2022.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.678;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=37.5817;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.469;QD=16.06;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.640;SB=-1.007e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,96:126:99:2065,247,0 chrX 701895 . TA T 887.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=99.3828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.71;MQ0=0;QD=26.12;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,33:34:81:930,81,0 chrX 702817 . G GA 4591 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.582;DP=206;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=58.0593;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=0.278;QD=22.29;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=1.069;SB=-1.352e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,182:205:99:4591,477,0 chrX 705327 . AT A 2933.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.954;DP=173;FS=4.541;HaplotypeScore=366.4173;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=0.383;QD=16.96;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.071;SB=-1.392e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,140:173:99:2976,294,0 chrX 710409 . AT A 4274 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=167;FS=0.000;HaplotypeScore=376.6782;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.18;MQ0=0;QD=25.59;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.737e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,148:167:99:4274,430,0 chrX 710475 . TTA T 6099 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=178;FS=0.000;HaplotypeScore=550.8647;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.27;MQ0=0;QD=34.26;RPA=2,1;RU=TA;SB=-1.025e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,163:178:99:6099,451,0 chrX 715051 . AGTG A 4104 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=420.5348;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.43;MQ0=1;QD=40.24;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,81:101:99:4104,241,0 chrX 715329 . GAGTAGTCGAAGTACTAGATT G 826.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=309.7453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=82.70;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30:869,30,0 chrX 718506 . T TA 5767 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=193;FS=0.000;HaplotypeScore=379.7908;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.43;MQ0=0;QD=29.88;RPA=3,4;RU=A;SB=-2.594e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,176:193:99:5767,541,0 chrX 718558 . G GA 5670 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=169;FS=0.000;HaplotypeScore=287.0973;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;QD=33.55;RPA=1,2;RU=A;SB=-2.362e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,153:169:99:5670,445,0 chrX 719078 . C CTTT 7708 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=179;FS=0.000;HaplotypeScore=293.0199;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.61;MQ0=0;QD=43.06;RPA=4,7;RU=T;SB=-3.040e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,165:179:99:7708,463,0 chrX 719648 . T TA 2675.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=642.2999;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.31;MQ0=0;QD=17.26;RPA=11,12;RU=A;SB=-9.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,112:155:99:2718,315,0 chrX 722536 . AT A 1716.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.377;DP=122;FS=2.215;HaplotypeScore=38.2415;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.60;MQ0=0;MQRankSum=1.176;QD=14.07;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=2.654;SB=-5.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,93:122:99:1759,170,0 chrX 745423 . GGTAGGGTAATA G 4362 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.266;DP=250;DS;FS=2.329;HaplotypeScore=859.6862;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.18;MQ0=56;MQRankSum=1.182;QD=17.45;ReadPosRankSum=1.250;SB=-2.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:197,50:110:99:4362,0,4137 chrX 745496 . T TG 1453.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.168;DP=250;DS;FS=13.399;HaplotypeScore=1930.7487;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.18;MQ0=3;MQRankSum=-0.150;QD=5.82;RPA=2,3;RU=G;ReadPosRankSum=0.768;SB=-4.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:182,65:207:99:1493,0,3174 chrX 745533 . GGGA G 3949 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=11.852;DP=250;DS;FS=70.746;HaplotypeScore=3378.2076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.67;MQ0=2;MQRankSum=0.290;QD=15.80;ReadPosRankSum=-3.080;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:164,83:216:99:3949,0,6727 chrX 745625 . GAATA G 929.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.175;DP=91;DS;FS=6.383;HaplotypeScore=1200.4266;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.20;MQ0=1;MQRankSum=0.325;QD=10.22;ReadPosRankSum=2.175;SB=-4.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,24:43:34:969,0,34 chrX 745634 . TAGGGTA T 1079.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.293;DP=81;DS;FS=4.838;HaplotypeScore=971.5752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.69;MQ0=1;MQRankSum=-1.482;QD=13.33;ReadPosRankSum=1.021;SB=-4.900e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,24:36:99:1119,0,516 chrX 745661 . TA T 478.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.309;DP=102;DS;FS=2.102;HaplotypeScore=1303.2625;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.84;MQ0=1;MQRankSum=-0.055;QD=4.70;ReadPosRankSum=0.759;SB=-2.900e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,37:48:99:518,0,607 chrX 745666 . T TG 1230.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.142;DP=145;DS;FS=5.778;HaplotypeScore=2112.9172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.65;MQ0=1;MQRankSum=-0.242;QD=8.49;RPA=2,3;RU=G;ReadPosRankSum=2.750;SB=-4.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,48:90:99:1270,0,198 chrXI 153 . TG T 469.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.627;DP=113;DS;FS=12.061;HaplotypeScore=827.1193;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.32;MQ0=6;MQRankSum=3.586;QD=4.16;ReadPosRankSum=2.333;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,33:59:99:509,0,806 chrXI 202 . C CTACT 497.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=219.2461;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.91;MQ0=0;QD=49.80;SB=-2.318e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,7:9:27:540,27,0 chrXI 206 . AG A 202.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.751;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=247.5069;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.751;QD=20.23;ReadPosRankSum=-0.751;SB=-1.168e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,8:9:14:244,14,0 chrXI 384 . TA T 201.18 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.751;DP=27;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=145.7920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.01;MQ0=4;MQRankSum=0.751;QD=7.45;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=-0.751;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,10:16:10:240,0,10 chrXI 394 . A AC 204.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.393;DP=17;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=166.3551;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.57;MQ0=0;MQRankSum=1.044;QD=12.06;RPA=1,2;RU=C;ReadPosRankSum=-1.741;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,8:10:25:247,25,0 chrXI 422 . TTG T 183.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=15;FS=11.181;HaplotypeScore=181.7111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.633;QD=12.26;ReadPosRankSum=2.383;SB=-7.549e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,7:10:99:223,0,147 chrXI 457 . C CAA,CA 1154.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=512.3419;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=25.94;MQ0=2;QD=21.39;SB=-4.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:5,7,42:42:99:1233,881,822,219,0,121 chrXI 472 . C CA 411.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.565;DP=82;FS=79.896;HaplotypeScore=806.3841;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.52;MQ0=3;MQRankSum=-0.156;QD=5.02;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=4.049;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,31:62:99:451,0,1082 chrXI 526 . C CTA 2732.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=391.3610;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.60;MQ0=6;QD=28.47;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,77:61:99:2775,180,0 chrXI 730 . A AT 1936.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.531;DP=131;FS=40.181;HaplotypeScore=2944.8314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.08;MQ0=0;MQRankSum=0.359;QD=14.79;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=1.258;SB=-8.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,46:122:99:1976,0,184 chrXI 732 . ACC A 1413.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.111;DP=110;FS=59.432;HaplotypeScore=2506.6361;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.160;QD=12.85;RPA=3,1;RU=C;ReadPosRankSum=2.971;SB=-1.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,40:103:99:1453,0,230 chrXI 739 . A AC 930.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.643;DP=112;FS=241.264;HaplotypeScore=2591.4121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.416;QD=8.31;ReadPosRankSum=0.168;SB=-3.011e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,40:106:99:970,0,1481 chrXI 777 . A AT 1254.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.323;DP=239;FS=8.425;HaplotypeScore=1949.6747;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.74;MQ0=16;MQRankSum=-1.282;QD=5.25;ReadPosRankSum=1.003;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:167,61:181:99:1294,0,2291 chrXI 779 . TC T 1084.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.026;DP=246;FS=6.582;HaplotypeScore=1788.0239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.67;MQ0=17;MQRankSum=-1.958;QD=4.41;ReadPosRankSum=2.555;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:182,64:184:99:1124,0,3016 chrXI 1143 . T TG 797.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.971;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=1173.6954;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.70;MQ0=0;MQRankSum=2.214;QD=17.73;ReadPosRankSum=2.617;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,32:42:88:840,88,0 chrXI 1155 . TC T 1558.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=1322.6769;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.84;MQ0=0;QD=36.25;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:42:99:1601,126,0 chrXI 1176 . A ACCC 2763.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.368;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=1716.8568;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.668;QD=41.25;ReadPosRankSum=3.813;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,47:67:99:2803,0,442 chrXI 1181 . ACGG A 2410.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.473;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=1515.1379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.484;QD=40.18;ReadPosRankSum=4.450;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,47:60:99:2450,0,605 chrXI 2676 . G GA 764.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=781.8313;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.03;MQ0=0;QD=28.33;RPA=2,3;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,25:27:77:807,77,0 chrXI 2686 . A AAG 724.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.734;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=730.9798;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.073;QD=29.00;ReadPosRankSum=1.073;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,17:25:58:767,58,0 chrXI 3318 . GA G 1971.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=704.9281;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.10;MQ0=0;QD=24.05;RPA=5,4;RU=A;SB=-7.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,72:82:99:2014,210,0 chrXI 3343 . G GA 1358.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=561.1436;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.05;MQ0=0;QD=23.84;RPA=3,4;RU=A;SB=-5.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,45:57:99:1401,135,0 chrXI 3352 . C CAA 865.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=558.0367;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.81;MQ0=0;QD=16.98;RPA=8,10;RU=A;SB=-4.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,22:51:87:908,87,0 chrXI 3477 . CA C 2895.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=45.3426;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.88;MQ0=0;QD=32.91;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.411e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,86:88:99:2938,253,0 chrXI 7652 . GATA G 2467.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=631.2714;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.32;MQ0=0;QD=37.97;RPA=2,1;RU=ATA;SB=-1.157e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,50:65:99:2510,156,0 chrXI 7663 . C CT 1094.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.317;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=748.9115;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.901;QD=19.55;ReadPosRankSum=1.109;SB=-5.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,47:56:99:1137,142,0 chrXI 8331 . TA T 2155.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.415;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=707.5342;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.93;MQ0=0;MQRankSum=0.278;QD=13.82;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=-1.699;SB=-1.008e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,106:155:99:2198,197,0 chrXI 11931 . TA T 2669.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=292.7726;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.46;MQ0=0;QD=22.07;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.255e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,101:121:99:2712,309,0 chrXI 12693 . T TC 4988 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=952.7904;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.92;MQ0=0;QD=34.40;SB=-1.996e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,142:145:99:4988,403,0 chrXI 13354 . A AT 7526 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=203;FS=0.000;HaplotypeScore=1438.5981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.33;MQ0=0;QD=37.07;SB=-1.970e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,195:203:99:7526,596,0 chrXI 13740 . TC T 4175 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=900.5060;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.46;MQ0=0;QD=28.99;SB=-1.874e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,133:144:99:4175,394,0 chrXI 18399 . GT G 1400.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=22.9963;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.88;MQ0=0;QD=19.19;RPA=8,7;RU=T;SB=-5.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,65:73:99:1443,168,0 chrXI 19143 . A AT 3372 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=38.4144;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.49;MQ0=0;QD=26.14;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.391e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,118:129:99:3372,313,0 chrXI 19388 . CT C 2639.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=165.1566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;QD=20.31;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.252e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,108:130:99:2682,321,0 chrXI 20173 . C CACTCAATCCAAGA 14126 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=130.7095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.36;MQ0=0;QD=128.42;SB=-5.398e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,68:110:99:14126,322,0 chrXI 20520 . CTT C 6251 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=186;FS=0.000;HaplotypeScore=1072.4984;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.13;MQ0=0;QD=33.61;RPA=6,4;RU=T;SB=-2.614e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,171:186:99:6251,488,0 chrXI 20533 . TC T 6133 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=210;FS=0.000;HaplotypeScore=1360.2021;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.85;MQ0=0;QD=29.20;RPA=3,2;RU=C;SB=-2.348e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,193:210:99:6133,559,0 chrXI 21247 . A AT 1718.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.855;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=441.3838;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.51;MQ0=0;MQRankSum=0.373;QD=18.29;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=0.285;SB=-5.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,76:94:99:1761,217,0 chrXI 21664 . C CA 1769.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.691;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=58.7457;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=1.472;QD=14.27;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.863;SB=-8.839e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,87:123:38:1812,38,0 chrXI 21945 . GC G 3294 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=103.5295;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.40;MQ0=0;QD=26.14;RPA=7,6;RU=C;SB=-9.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,119:126:99:3294,345,0 chrXI 22132 . GT G 3073.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=539.6366;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.72;MQ0=0;QD=29.00;RPA=4,3;RU=T;SB=-9.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,102:106:99:3116,307,0 chrXI 24434 . AT A 5146 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=178;FS=0.000;HaplotypeScore=1310.9878;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.90;MQ0=0;QD=28.91;RPA=4,3;RU=T;SB=-2.268e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,160:178:99:5146,478,0 chrXI 25095 . TGGCATGGCATAC T 10904 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=202.8794;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.15;MQ0=0;QD=97.36;SB=-4.211e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,98:112:99:10904,268,0 chrXI 25186 . C CA 2836.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.524;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=351.5661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.062;QD=19.98;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.356;SB=-1.225e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,107:142:99:2879,301,0 chrXI 26591 . CATATATATATAT C 1069.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=9.6360;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=44.58;RPA=16,10;RU=AT;SB=-2.709e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,8:24:27:1112,27,0 chrXI 38152 . A AT 5529 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=234;FS=0.000;HaplotypeScore=686.2795;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.64;MQ0=0;QD=23.63;RPA=7,8;RU=T;SB=-2.758e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,208:233:99:5529,615,0 chrXI 38174 . GT G 7912 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=246;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=594.6573;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.64;MQ0=0;QD=32.16;RPA=2,1;RU=T;SB=-3.589e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,239:245:99:7912,680,0 chrXI 38633 . GAAGA G 8510 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=186;FS=0.000;HaplotypeScore=64.9975;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.64;MQ0=0;QD=45.75;RPA=2,1;RU=AAGA;SB=-3.508e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,176:186:99:8510,478,0 chrXI 42354 . TTA T 143.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=134.8371;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.248;QD=7.15;ReadPosRankSum=-1.488;SB=-4.939e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,5:20:19:185,19,0 chrXI 42394 . T TA 1553.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=236.4273;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.83;MQ0=0;QD=31.08;RPA=1,2;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:50:99:1596,135,0 chrXI 46509 . C CAA 1883.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=94.5384;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.66;MQ0=0;QD=28.12;RPA=8,10;RU=A;SB=-2.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,57:67:99:1926,164,0 chrXI 46699 . AT A 75.93 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=43.6291;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.66;MQ0=0;QD=6.90;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,7:11:9:117,9,0 chrXI 63834 . T TA 2784.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=44.5511;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.81;MQ0=0;QD=21.10;RPA=6,7;RU=A;SB=-8.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,115:132:99:2827,306,0 chrXI 67798 . GTTA G 1786.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=287.6027;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.94;MQ0=0;QD=23.21;SB=-7.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,61:77:99:1829,141,0 chrXI 68454 . G GCC 10838 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=231;FS=0.000;HaplotypeScore=825.4417;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.72;MQ0=0;QD=46.92;SB=-4.575e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,200:231:99:10838,662,0 chrXI 68468 . T TG 9184 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=238;FS=0.000;HaplotypeScore=1052.1203;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.64;MQ0=0;QD=38.59;SB=-3.915e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,230:238:99:9184,701,0 chrXI 74074 . G GTT 2452.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=1052.9070;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.90;MQ0=0;QD=23.14;RPA=9,11;RU=T;SB=-1.125e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,63:106:99:2495,228,0 chrXI 74278 . GTA G 3956 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=159.6110;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.04;MQ0=0;QD=34.10;RPA=4,3;RU=TA;SB=-1.768e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,102:116:99:3956,301,0 chrXI 74516 . C CA 4330 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=1078.1111;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.65;MQ0=0;QD=27.76;RPA=3,4;RU=A;SB=-2.111e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,143:156:99:4330,424,0 chrXI 74709 . C CT 2082.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=114.2149;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.27;MQ0=0;QD=23.67;RPA=6,7;RU=T;SB=-3.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,78:88:99:2125,231,0 chrXI 74919 . T TGCA 5067 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.435;DP=127;FS=4.189;HaplotypeScore=760.4481;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.29;MQ0=0;MQRankSum=0.261;QD=39.90;ReadPosRankSum=2.940;SB=-7.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,97:127:99:5067,279,0 chrXI 74922 . G GTA 3908 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.271;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=864.4856;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.32;MQ0=0;MQRankSum=0.123;QD=31.52;ReadPosRankSum=2.315;SB=-5.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,97:124:99:3908,323,0 chrXI 78823 . GTT G 332.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=38.4110;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.04;MQ0=0;QD=30.27;RPA=3,1;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,8:11:30:375,30,0 chrXI 78838 . TA T 417.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=55.1899;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.24;MQ0=0;QD=16.08;RPA=10,9;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,24:26:57:460,57,0 chrXI 80905 . C CT 1827.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.708;DP=153;FS=9.597;HaplotypeScore=318.8931;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.480;QD=11.95;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.298;SB=-7.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,95:152:30:1867,0,30 chrXI 83812 . A AT 1396.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=854.4753;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.61;MQ0=0;QD=22.17;RPA=5,6;RU=T;SB=-4.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,51:63:99:1439,153,0 chrXI 83878 . C CA 1645.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=770.8247;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.33;MQ0=0;QD=22.55;RPA=5,6;RU=A;SB=-7.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,60:73:99:1688,177,0 chrXI 84294 . AATT A 1790.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=294.0124;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.26;MQ0=0;QD=38.11;SB=-5.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,41:44:99:1833,111,0 chrXI 89276 . G GTAA 5340 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=880.7508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.77;MQ0=0;QD=50.86;SB=-1.057e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,101:105:99:5340,304,0 chrXI 92279 . A AT 2526.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=1157.8423;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.65;MQ0=0;QD=29.05;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.097e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,67:87:99:2569,228,0 chrXI 92298 . G GT 2941.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=1194.5371;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.11;MQ0=0;QD=27.49;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.049e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,99:107:99:2984,298,0 chrXI 92655 . A AT 1214.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.112;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=399.1896;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.96;MQ0=0;MQRankSum=0.382;QD=18.13;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.371;SB=-5.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,51:67:99:1257,120,0 chrXI 92697 . C CT 1902.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.102;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=575.4251;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.274;QD=23.21;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=-0.713;SB=-6.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,69:82:99:1945,176,0 chrXI 92719 . T TTC 4167 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=356.5617;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.52;MQ0=0;QD=38.94;SB=-1.033e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,100:107:99:4167,289,0 chrXI 94462 . TA T 2870.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=312.8312;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;QD=22.97;RPA=8,7;RU=A;SB=-9.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,117:125:99:2913,339,0 chrXI 96630 . C CT 3437 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=90.4671;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.96;MQ0=0;QD=26.44;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.424e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,122:130:99:3437,349,0 chrXI 98218 . CA C 2948.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=112.9508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.24;MQ0=0;QD=34.69;RPA=2,1;RU=A;SB=-3.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:2991,253,0 chrXI 113003 . GA G 1096.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=26.8113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=23.85;RPA=7,6;RU=A;SB=-2.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1139,131,0 chrXI 115411 . TAG T 990.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=10.0310;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;QD=24.17;RPA=2,1;RU=AG;SB=-1.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,37:41:78:1033,78,0 chrXI 122415 . C CA 3106.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=52.7852;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.52;MQ0=0;QD=25.26;RPA=3,4;RU=A;SB=-9.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,112:123:99:3149,307,0 chrXI 126103 . GGAA G 5019 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=201;FS=0.000;HaplotypeScore=82.0218;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.49;MQ0=0;QD=24.97;RPA=10,9;RU=GAA;SB=-1.867e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:74,123:201:99:5019,367,0 chrXI 136103 . CATATAT C 714.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=32.9569;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.77;MQ0=0;QD=35.75;RPA=12,9;RU=AT;SB=-3.769e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,10:20:33:757,33,0 chrXI 136494 . A AT 5190 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=190;FS=0.000;HaplotypeScore=140.2717;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.56;MQ0=0;QD=27.32;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.971e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,179:190:99:5190,505,0 chrXI 141600 . TA T 788.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=11.6530;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.53;MQ0=0;QD=20.76;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:99:831,99,0 chrXI 142856 . G GT 1641.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.075;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=54.3056;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.276;QD=20.27;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.632;SB=-7.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,70:81:99:1684,181,0 chrXI 143378 . C CA 3795 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.835;DP=151;FS=3.649;HaplotypeScore=39.9203;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.21;MQ0=0;MQRankSum=0.785;QD=25.13;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=-1.558;SB=-1.590e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,141:151:99:3795,390,0 chrXI 144790 . CGTT C 3125.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.745;DP=232;DS;FS=1.922;HaplotypeScore=1789.8152;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.18;MQ0=1;MQRankSum=-5.328;QD=13.47;ReadPosRankSum=0.128;SB=-1.280e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:162,66:220:99:3165,0,7741 chrXI 145633 . T TA 351.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=79.8684;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=0;QD=13.04;RPA=11,12;RU=A;SB=-7.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,17:27:48:394,48,0 chrXI 145726 . A AC 388.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=108.5174;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.93;MQ0=0;QD=22.88;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,16:17:48:431,48,0 chrXI 146380 . T TG 7089 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=186;FS=0.000;HaplotypeScore=212.7169;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.14;MQ0=0;QD=38.11;SB=-3.222e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,185:186:99:7089,530,0 chrXI 146625 . AGT A 6362 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;FS=0.000;HaplotypeScore=1748.7472;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.90;MQ0=0;QD=37.87;SB=-1.667e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,144:168:99:6362,433,0 chrXI 146917 . G GT 4093 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=1762.9149;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.91;MQ0=0;QD=26.93;SB=-1.383e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,122:152:99:4093,450,0 chrXI 146922 . GT G 3518 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.620;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=1472.3742;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.61;MQ0=0;MQRankSum=1.173;QD=28.37;ReadPosRankSum=1.537;SB=-1.315e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,122:124:99:3518,358,0 chrXI 147108 . G GA 3506 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=183;FS=0.000;HaplotypeScore=366.6271;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.44;MQ0=0;QD=19.16;RPA=9,10;RU=A;SB=-1.300e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,144:183:99:3506,405,0 chrXI 171227 . G GA 4869 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=184;FS=0.000;HaplotypeScore=1159.9293;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.04;MQ0=0;QD=26.46;RPA=4,5;RU=A;SB=-2.396e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,166:184:99:4869,493,0 chrXI 179184 . GA G 1646.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=373.9130;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.11;MQ0=0;QD=18.30;RPA=8,7;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,74:90:99:1689,198,0 chrXI 182668 . G GT 1765.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.511;DP=101;FS=6.818;HaplotypeScore=45.4617;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.047;QD=17.48;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.742;SB=-5.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,79:101:99:1808,117,0 chrXI 188678 . C CA 1838.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.179;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=144.8832;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.299;QD=15.72;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.776;SB=-9.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:75,37:117:99:1881,234,0 chrXI 195054 . AT A 3202.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=902.1903;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.45;MQ0=0;QD=22.24;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.244e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,129:144:99:3245,375,0 chrXI 196211 . GAAAAA G 4476 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=252.3869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.35;MQ0=0;MQRankSum=0.799;QD=47.62;RPA=17,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.110;SB=-2.224e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,65:94:99:4476,211,0 chrXI 196848 . TTTGCAG T 7871 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=111.2526;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.13;MQ0=0;QD=52.13;RPA=3,2;RU=TTGCAG;SB=-3.805e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,104:149:99:7871,319,0 chrXI 200393 . C CTTTATT 8268 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=34.4620;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.64;MQ0=0;QD=69.48;SB=-3.369e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,110:119:99:8268,325,0 chrXI 203074 . C CATT 3514 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=316.7338;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.83;MQ0=0;QD=46.85;SB=-7.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,61:74:99:3514,187,0 chrXI 203124 . C CA 2573.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.571;DP=112;FS=4.971;HaplotypeScore=697.6691;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.51;MQ0=0;MQRankSum=1.394;QD=22.98;ReadPosRankSum=2.087;SB=-8.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,99:112:99:2616,292,0 chrXI 203127 . T TC 2353.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.539;DP=115;FS=9.917;HaplotypeScore=696.3626;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.44;MQ0=0;MQRankSum=0.351;QD=20.47;ReadPosRankSum=4.391;SB=-8.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,99:115:99:2396,194,0 chrXI 212439 . A AAT 262.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3246;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.20;MQ0=0;QD=13.84;RPA=6,7;RU=AT;SB=-1.515e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,8:19:24:305,24,0 chrXI 213285 . G GC 7463 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=226;FS=0.000;HaplotypeScore=633.0255;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.06;MQ0=0;QD=33.02;RPA=1,2;RU=C;SB=-3.646e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,220:226:99:7463,650,0 chrXI 213587 . T TCC 3823 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=486.9062;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.04;MQ0=0;QD=38.23;RPA=5,7;RU=C;SB=-9.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,95:100:99:3823,280,0 chrXI 217046 . CG C 4252 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=783.3722;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.01;MQ0=0;QD=34.57;SB=-1.248e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,120:123:99:4252,352,0 chrXI 217058 . T TG 4086 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=917.9704;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.50;MQ0=0;QD=30.95;RPA=2,3;RU=G;SB=-1.376e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,123:132:99:4086,364,0 chrXI 217107 . GAAA G 2440.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.560;DP=115;FS=16.366;HaplotypeScore=531.3006;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.87;MQ0=0;MQRankSum=1.766;QD=21.23;RPA=16,13;RU=A;ReadPosRankSum=2.735;SB=-8.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,66:115:99:2483,164,0 chrXI 219888 . G GA 4666 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=698.8367;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.28;MQ0=0;QD=35.62;SB=-2.131e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,126:131:99:4666,358,0 chrXI 223251 . T TG 4083 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=473.7429;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.68;MQ0=0;QD=31.90;RPA=3,4;RU=G;SB=-1.394e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,123:128:99:4083,370,0 chrXI 226092 . AATGAAATAG A 9414 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=240.1308;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.95;MQ0=0;QD=63.18;SB=-3.947e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,120:149:99:9414,333,0 chrXI 230043 . GA G 2985.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=178;FS=0.000;HaplotypeScore=411.0792;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;QD=16.78;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.397e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,139:178:99:3028,365,0 chrXI 231529 . CG C 2753.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=79.9277;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;QD=25.04;RPA=7,6;RU=G;SB=-1.280e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,98:110:99:2796,288,0 chrXI 231612 . G GA 1488.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.243;DP=85;FS=4.777;HaplotypeScore=79.1716;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-1.926;QD=17.52;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.767;SB=-2.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,59:85:99:1531,149,0 chrXI 232038 . GA G 891.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=9.5377;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.93;MQ0=0;QD=24.11;RPA=5,4;RU=A;SB=-3.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,34:37:99:934,99,0 chrXI 232606 . AAAT A 4624 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=228.3988;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.02;MQ0=0;QD=48.67;SB=-1.429e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,91:95:99:4624,265,0 chrXI 234032 . C CA 646.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=118.6522;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.61;MQ0=0;QD=17.03;RPA=11,12;RU=A;SB=-2.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,28:38:86:689,86,0 chrXI 234058 . CT C 628.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=85.8970;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;QD=28.59;RPA=3,2;RU=T;SB=-5.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,20:22:60:671,60,0 chrXI 234086 . AT A 212.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=109.1435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;QD=11.83;RPA=10,9;RU=T;SB=-7.397e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,13:18:33:255,33,0 chrXI 234164 . T TTTA 880.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=85.8908;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.20;MQ0=0;QD=35.24;SB=-5.300e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,15:25:63:923,63,0 chrXI 234262 . AT A 985.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.939;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=320.1987;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.160;QD=11.60;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.069;SB=-6.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,50:85:99:1028,120,0 chrXI 235323 . AATGGTTACG A 12283 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=1081.2110;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.71;MQ0=0;QD=92.35;SB=-5.738e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,109:133:99:12283,328,0 chrXI 237424 . G GA 3042.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.547;DP=192;FS=0.000;HaplotypeScore=486.1316;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.66;MQ0=0;MQRankSum=0.706;QD=15.85;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.401;SB=-1.038e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,141:192:99:3085,287,0 chrXI 240673 . ATCATCG A 10203 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-6.969;DP=229;DS;FS=23.243;HaplotypeScore=1892.1434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.83;MQ0=0;MQRankSum=-3.104;QD=44.55;ReadPosRankSum=-3.763;SB=-2.895e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:111,115:229:74:10203,74,0 chrXI 240695 . ACATTTT A 13060 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.952;DP=218;DS;FS=33.538;HaplotypeScore=1504.4590;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.26;MQ0=0;MQRankSum=-4.564;QD=59.91;ReadPosRankSum=4.999;SB=-4.679e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,187:218:74:13060,0,74 chrXI 246028 . ATT A 686.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=72.8229;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.58;MQ0=0;QD=25.44;RPA=13,11;RU=T;SB=-3.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,21:27:69:729,69,0 chrXI 246110 . C CA 1430.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=341.3954;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.24;MQ0=0;QD=23.08;RPA=4,5;RU=A;SB=-9.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,56:62:99:1473,171,0 chrXI 247692 . C CTTGTT 8101 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=195.2918;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.03;MQ0=0;QD=65.86;SB=-2.883e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,109:123:99:8101,343,0 chrXI 247905 . C CA 2504.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=1109.0170;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.07;MQ0=0;QD=25.82;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.150e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,87:97:99:2547,261,0 chrXI 247977 . GA G 2277.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=826.5668;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.01;MQ0=0;QD=28.12;RPA=3,2;RU=A;SB=-6.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,75:81:99:2320,211,0 chrXI 248806 . T TA 1966.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=61.3573;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.14;RPA=5,6;RU=A;SB=-3.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,73:85:99:2009,210,0 chrXI 258709 . GC G 8109 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=246;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=85.0464;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.19;MQ0=0;QD=32.96;RPA=2,1;RU=C;SB=-2.151e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,243:246:99:8109,701,0 chrXI 259074 . T TA 2044.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.034;DP=129;FS=2.486;HaplotypeScore=65.9245;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.05;MQ0=0;MQRankSum=2.389;QD=15.85;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.878;SB=-7.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,96:129:99:2087,198,0 chrXI 260061 . C CT 2927.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=516.2476;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.38;MQ0=0;QD=27.36;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.362e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,93:107:99:2970,274,0 chrXI 260785 . GC G 4120 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=326.8382;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.49;MQ0=0;QD=29.22;RPA=3,2;RU=C;SB=-1.628e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,132:141:99:4120,382,0 chrXI 260957 . A AC 5014 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=1235.8941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.07;MQ0=0;QD=37.14;SB=-1.423e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,125:135:99:5014,385,0 chrXI 260979 . GAA G 3933 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.801;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=1169.4756;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.218;QD=27.12;RPA=11,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.412;SB=-1.409e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,124:145:99:3933,335,0 chrXI 261949 . A ATATT 8594 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;FS=0.000;HaplotypeScore=42.6853;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.35;MQ0=1;QD=52.08;RPA=1,2;RU=TATT;SB=-4.269e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,144:164:99:8594,430,0 chrXI 262158 . AGTT A 7765 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=174;FS=0.000;HaplotypeScore=365.6567;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.84;MQ0=0;QD=44.63;RPA=2,1;RU=GTT;SB=-3.811e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,163:174:99:7765,466,0 chrXI 266089 . TA T 458.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.069;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=101.8032;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.595;QD=13.11;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.069;SB=-2.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,25:35:49:501,49,0 chrXI 270911 . G GC 3433 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=423.8596;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.69;MQ0=0;QD=30.38;RPA=2,3;RU=C;SB=-1.502e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,106:113:99:3433,310,0 chrXI 271514 . C CA 2507.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.864;DP=123;FS=2.973;HaplotypeScore=402.8170;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.580;QD=20.39;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.817;SB=-1.136e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,97:122:99:2550,262,0 chrXI 271769 . TAA T 4534 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;FS=0.000;HaplotypeScore=309.2304;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.44;MQ0=0;QD=27.31;RPA=11,9;RU=A;SB=-1.988e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,135:166:99:4534,397,0 chrXI 273359 . T TA 4485 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=44.0991;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.45;MQ0=0;QD=29.12;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.089e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,148:154:99:4485,415,0 chrXI 273779 . G GCAATGA 15276 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=226;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=77.4557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.04;MQ0=0;QD=67.59;RPA=1,2;RU=CAATGA;SB=-7.047e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,188:226:99:15276,581,0 chrXI 277040 . A AT 876.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.255;DP=98;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=137.3922;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.10;MQ0=0;MQRankSum=1.082;QD=8.95;RPA=14,15;RU=T;ReadPosRankSum=-0.109;SB=-4.359e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:65,29:98:44:919,44,0 chrXI 280162 . GA G 1307.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.232;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=59.3353;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.60;MQ0=0;MQRankSum=1.160;QD=12.22;RPA=15,14;RU=A;ReadPosRankSum=0.667;SB=-4.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,72:107:99:1350,140,0 chrXI 284617 . TTA T 332.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5029;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.53;MQ0=0;QD=18.50;RPA=7,6;RU=TA;SB=-1.509e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,12:18:30:375,30,0 chrXI 302194 . G GAGTTTCTGATCCTCACTAA 17031 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=27.7317;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.23;MQ0=0;QD=168.62;SB=-5.359e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,45:101:99:17031,277,0 chrXI 307266 . CA C 3645 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=195;FS=0.000;HaplotypeScore=85.0701;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.83;MQ0=0;QD=18.69;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.631e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,164:195:99:3645,434,0 chrXI 308786 . TGCACC T 12588 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=201;FS=0.000;HaplotypeScore=329.1575;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.32;MQ0=0;QD=62.63;RPA=2,1;RU=GCACC;SB=-5.747e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,191:201:99:12588,557,0 chrXI 308929 . G GA 3354 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.632;DP=177;FS=0.000;HaplotypeScore=160.6159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.657;QD=18.95;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.527;SB=-1.561e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:59,110:177:99:3354,387,0 chrXI 309621 . A AT 1571.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=29.7538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.27;MQ0=0;QD=20.68;RPA=8,9;RU=T;SB=-7.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,65:76:99:1614,186,0 chrXI 309693 . GTT G 1973.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.565;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=138.8836;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=1.118;QD=22.69;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.279;SB=-9.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,62:87:99:2016,182,0 chrXI 310035 . GA G 3020.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=163;FS=3.878;HaplotypeScore=50.0858;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.259;QD=18.53;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.668;SB=-1.238e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,137:163:99:3063,354,0 chrXI 310563 . T TTAATAACAA 10183 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=298.0720;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.00;MQ0=0;QD=86.30;SB=-4.824e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,106:118:99:10183,301,0 chrXI 313387 . G GAAA 2872.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=459.8103;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.81;MQ0=0;QD=46.34;SB=-6.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:62:99:2915,162,0 chrXI 314774 . CT C 3051.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=640.2544;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.90;MQ0=0;QD=29.07;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.464e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,98:105:99:3094,286,0 chrXI 315394 . TA T 2300.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=31.8484;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.70;MQ0=0;QD=19.50;RPA=8,7;RU=A;SB=-8.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,101:118:99:2343,272,0 chrXI 315610 . T TC 5115 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=548.9884;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.18;MQ0=0;QD=32.58;RPA=1,2;RU=C;SB=-2.480e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,151:157:99:5115,433,0 chrXI 316240 . CTT C 1806.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=475.1834;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.37;MQ0=0;QD=29.62;RPA=10,8;RU=T;SB=-3.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,54:61:99:1849,162,0 chrXI 316283 . CA C 839.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=481.6185;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.63;MQ0=0;QD=17.50;RPA=8,7;RU=A;SB=-2.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,38:48:99:882,105,0 chrXI 316294 . A AAT 1572.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=369.7581;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.13;MQ0=0;QD=36.58;SB=-5.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,36:43:99:1615,111,0 chrXI 316401 . TA T 1493.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=193.1266;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.44;MQ0=0;QD=31.79;RPA=2,1;RU=A;SB=-7.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,44:47:99:1536,129,0 chrXI 317063 . T TTG 7031 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=814.2849;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.80;MQ0=0;QD=44.50;SB=-3.035e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,135:158:99:7031,424,0 chrXI 317104 . G GA 5545 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=200;FS=0.000;HaplotypeScore=793.0552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.32;MQ0=0;QD=27.73;RPA=3,4;RU=A;SB=-2.192e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,185:200:99:5545,538,0 chrXI 320823 . GT G 32.99 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.016;DP=59;FS=3.522;HaplotypeScore=29.0980;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.55;MQ0=0;MQRankSum=1.369;QD=0.56;RPA=20,19;RU=T;ReadPosRankSum=1.200;SB=-2.339e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,8:59:20:72,0,20 chrXI 336362 . GTA G 3063.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=33.9310;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.37;MQ0=3;QD=28.64;RPA=6,5;RU=TA;SB=-9.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,89:104:99:3106,253,0 chrXI 355180 . GA G 1539.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.933;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=1260.2232;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.20;MQ0=0;MQRankSum=1.510;QD=14.81;ReadPosRankSum=1.155;SB=-7.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,69:103:99:1582,212,0 chrXI 374338 . GAATT G 7248 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=685.5701;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.64;MQ0=0;QD=53.29;RPA=2,1;RU=AATT;SB=-2.916e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,122:136:99:7248,361,0 chrXI 379015 . T TG 3726 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=779.4785;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.70;MQ0=0;QD=32.40;RPA=2,3;RU=G;SB=-1.796e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,108:115:99:3726,325,0 chrXI 379079 . GC G 3690 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=943.1765;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.66;MQ0=0;QD=33.24;SB=-1.439e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,105:111:99:3690,307,0 chrXI 379084 . A AAT 4685 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=864.5856;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.86;MQ0=0;QD=42.98;SB=-1.840e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,95:109:99:4685,295,0 chrXI 379134 . A ATT 5029 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=992.2805;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.15;MQ0=0;QD=43.35;RPA=1,3;RU=T;SB=-1.351e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,108:116:99:5029,334,0 chrXI 379623 . GC G 1952.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=262.9462;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.64;MQ0=0;QD=28.72;RPA=3,2;RU=C;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,62:68:99:1995,183,0 chrXI 379758 . AT A 247.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=3.6689;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.79;MQ0=0;QD=16.53;RPA=7,6;RU=T;SB=-2.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,12:15:33:290,33,0 chrXI 381508 . TTGTTGTTGTTGTTGC T 20099 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=207;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=193.0743;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.21;MQ0=0;QD=97.10;RPA=2,1;RU=TGTTGTTGTTGTTGC;SB=-8.960e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:86,119:207:99:20099,382,0 chrXI 381658 . TTGC T 8435 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=246;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=281.2543;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.79;MQ0=0;QD=34.29;RPA=5,4;RU=TGC;SB=-3.152e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,208:246:99:8435,616,0 chrXI 382529 . GT G 315.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=125.0491;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.46;MQ0=0;QD=13.74;RPA=5,4;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,15:22:39:358,39,0 chrXI 385574 . GTAA G 4844 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=545.0288;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.19;MQ0=0;QD=38.75;RPA=2,1;RU=TAA;SB=-2.012e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,96:125:99:4844,292,0 chrXI 385587 . G GT 2170.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.117;DP=134;FS=1.275;HaplotypeScore=863.4621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.546;QD=16.20;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.668;SB=-9.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,98:134:99:2213,109,0 chrXI 386888 . GGAGGAAGAAGAAGAAGAGGAT G 17503 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=242;FS=0.000;HaplotypeScore=66.0418;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.45;MQ0=0;QD=72.33;SB=-7.388e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,198:242:99:17503,558,0 chrXI 387173 . T TGATGAC 9554 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=177;FS=0.000;HaplotypeScore=541.4892;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.52;MQ0=0;QD=53.98;SB=-1.466e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,145:177:99:9554,457,0 chrXI 387325 . G GA 776.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=66.3934;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.21;MQ0=0;QD=14.39;RPA=10,11;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,29:54:99:819,99,0 chrXI 387380 . A AAGCGG 1641.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=44.6893;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.56;MQ0=0;QD=52.97;RPA=1,2;RU=AGCGG;SB=-6.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,23:31:72:1684,72,0 chrXI 387545 . C CA 1548.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=27.5900;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=28.16;RPA=3,4;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,53:55:99:1591,156,0 chrXI 389108 . GA G 1008.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=525.3347;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=24.61;RPA=5,4;RU=A;SB=-3.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,38:41:99:1051,111,0 chrXI 389144 . ATTG A 1025.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.279;DP=99;FS=88.705;HaplotypeScore=610.9254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.65;MQ0=0;MQRankSum=-2.198;QD=10.36;ReadPosRankSum=1.009;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,25:98:99:1065,0,3286 chrXI 389243 . GA G 3041.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=373.1965;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.83;MQ0=0;QD=23.77;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.472e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,115:128:99:3084,336,0 chrXI 393512 . GAA G 4350 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=594.6114;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.32;MQ0=0;QD=32.71;RPA=7,5;RU=A;SB=-1.965e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,115:133:99:4350,352,0 chrXI 393544 . C CA 3702 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=947.8594;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.99;MQ0=0;QD=29.38;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.411e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,113:126:99:3702,346,0 chrXI 394452 . T TGAAAGAAAGCAG 5833 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=38.3693;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.40;MQ0=0;QD=40.23;RPA=1,2;RU=GAAAGAAAGCAG;SB=-1.573e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,98:145:99:5833,273,0 chrXI 407997 . C CA 2697.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=32.4363;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.67;RPA=5,6;RU=A;SB=-5.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,89:119:99:2740,291,0 chrXI 411481 . T TA 4930 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;FS=0.000;HaplotypeScore=517.5081;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=29.35;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.684e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,153:168:99:4930,454,0 chrXI 411523 . G GT 3736 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=361.6419;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;QD=25.41;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.746e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,128:147:99:3736,382,0 chrXI 427134 . AG A 2762.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=176.2515;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.89;MQ0=0;QD=30.03;SB=-1.085e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,89:92:99:2805,244,0 chrXI 427235 . G GA 4274 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=502.7426;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=29.48;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.673e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,129:145:99:4274,400,0 chrXI 427266 . GT G 4458 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=553.7713;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.14;MQ0=0;QD=32.30;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.546e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,129:138:99:4458,382,0 chrXI 428783 . GA G 111.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=7.4303;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=9.25;RPA=11,10;RU=A;SB=-3.380e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,8:12:21:153,21,0 chrXI 430550 . T TA 5207 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=640.1685;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.97;MQ0=0;QD=33.59;RPA=1,2;RU=A;SB=-2.437e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,145:155:99:5207,439,0 chrXI 431269 . A AT 3986 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=625.2436;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.60;MQ0=0;QD=37.25;SB=-1.861e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:107:99:3986,310,0 chrXI 431308 . ATTTAAAATTGAAGCT A 5177 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=658.0944;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.59;MQ0=0;QD=56.89;RPA=2,1;RU=TTTAAAATTGAAGCT;SB=-1.133e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:59,32:91:96:5177,96,0 chrXI 431573 . A ATTT 4989 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=690.8925;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.74;MQ0=0;QD=36.96;RPA=8,11;RU=T;SB=-1.117e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,107:135:99:4989,341,0 chrXI 431800 . GA G 4086 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=194;FS=0.000;HaplotypeScore=49.7706;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.30;MQ0=0;QD=21.06;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.314e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,174:194:99:4086,477,0 chrXI 432365 . GA G 968.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=12.4068;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.43;MQ0=0;QD=21.06;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,40:46:99:1011,111,0 chrXI 432846 . GAAA G 1999.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=80.4752;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.03;MQ0=0;QD=33.90;RPA=11,8;RU=A;SB=-3.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,55:59:99:2042,141,0 chrXI 445220 . CT C 3073.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.252;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=53.5562;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.577;QD=19.09;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.980;SB=-1.350e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,140:161:99:3116,321,0 chrXI 451568 . GGAACAC G 12510 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=210;FS=0.000;HaplotypeScore=96.2431;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.27;MQ0=0;QD=59.57;RPA=2,1;RU=GAACAC;SB=-5.048e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,178:210:99:12510,506,0 chrXI 463325 . AGTTCTGCATT A 15073 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=55.9036;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.18;MQ0=0;QD=103.24;SB=-5.218e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,132:146:99:15073,382,0 chrXI 469378 . G GA 4029 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=171;FS=0.000;HaplotypeScore=221.1965;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.76;MQ0=0;QD=23.56;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.652e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,156:171:99:4029,438,0 chrXI 473688 . T TA 2535.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.831;DP=139;FS=3.468;HaplotypeScore=442.4058;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.797;QD=18.24;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.247;SB=-1.140e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,102:139:99:2578,275,0 chrXI 476012 . GA G 4194 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=179;FS=0.000;HaplotypeScore=53.6795;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.89;MQ0=0;QD=23.43;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.442e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,165:179:99:4194,471,0 chrXI 476160 . TTA T 4362 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=39.8912;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.67;MQ0=0;QD=30.72;RPA=6,5;RU=TA;SB=-1.453e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,111:142:99:4362,343,0 chrXI 485106 . A AT 1086.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=18.3464;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.17;MQ0=0;QD=19.76;RPA=9,10;RU=T;SB=-3.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,49:55:99:1129,134,0 chrXI 489841 . T TAA 1525.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.213;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=45.4416;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.334;QD=20.08;RPA=13,15;RU=A;ReadPosRankSum=-0.274;SB=-5.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,53:76:99:1568,130,0 chrXI 493685 . C CTA 681.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.743;DP=35;FS=3.222;HaplotypeScore=10.7306;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.76;MQ0=0;MQRankSum=0.083;QD=19.49;RPA=6,7;RU=TA;ReadPosRankSum=1.404;SB=-3.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,19:35:26:724,26,0 chrXI 506727 . G GTATA 3026.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=290.1773;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.14;MQ0=0;QD=36.47;RPA=5,7;RU=TA;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,45:83:99:3069,164,0 chrXI 506763 . T TGCGTTC 7634 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=273.7493;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.22;MQ0=0;QD=81.21;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,80:94:99:7634,265,0 chrXI 509743 . A AATATGC 13130 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=191;FS=0.000;HaplotypeScore=534.7623;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.72;MQ0=0;QD=68.74;SB=-6.524e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,167:191:99:13130,511,0 chrXI 510691 . G GT 2019.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.138;DP=105;FS=2.522;HaplotypeScore=109.1674;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.529;QD=19.24;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.552;SB=-8.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,86:105:99:2062,192,0 chrXI 513682 . AT A 2202.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=207.8631;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.78;MQ0=0;QD=28.24;RPA=4,3;RU=T;SB=-9.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,68:78:99:2245,219,0 chrXI 513774 . C CT 3970 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=331.4321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.56;MQ0=0;QD=30.08;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.363e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,125:132:99:3970,367,0 chrXI 514543 . GATATTTTTATTAATAATTATTATTTATTTTTTTTTAT G 25242 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=54.7790;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.16;MQ0=0;QD=160.78;SB=-5.280e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:69,85:157:99:25242,244,0 chrXI 514755 . CT C 7673 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=233;FS=0.000;HaplotypeScore=446.0801;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.69;MQ0=0;QD=32.93;RPA=2,1;RU=T;SB=-3.365e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,231:233:99:7673,668,0 chrXI 517279 . T TC 2412.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=225.1556;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.39;MQ0=0;QD=28.06;RPA=2,3;RU=C;SB=-9.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,79:86:99:2455,228,0 chrXI 518060 . A AT 2077.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=284.6896;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.93;MQ0=0;QD=19.79;RPA=4,5;RU=T;SB=-8.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,68:105:99:2120,222,0 chrXI 518072 . CTTT C 2899.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=371.1477;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.76;MQ0=0;QD=29.29;RPA=13,10;RU=T;SB=-1.286e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,64:99:99:2942,214,0 chrXI 519805 . TTCCTCTTCC T 14762 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.714;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=561.0950;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.923;QD=59.05;RPA=2,1;RU=TCCTCTTCC;ReadPosRankSum=1.662;SB=-5.352e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:49,199:250:99:14762,588,0 chrXI 523645 . TTTG T 7924 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.466;DP=237;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1175.6237;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.36;MQ0=0;MQRankSum=0.233;QD=33.43;RPA=3,2;RU=TTG;ReadPosRankSum=0.650;SB=-2.489e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:71,166:237:99:7924,605,0 chrXI 523658 . CTGT C 9409 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=225;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1143.5464;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.17;MQ0=1;QD=41.82;SB=-2.968e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:53,169:224:99:9409,631,0 chrXI 524058 . TCG T 138.14 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.768;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=12.8831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.532;QD=5.31;ReadPosRankSum=-1.768;SB=-3.508e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,7:24:11:177,0,11 chrXI 525215 . TATTATTATC T 3074.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=17.8838;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.12;MQ0=0;QD=76.87;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,28:40:96:3117,96,0 chrXI 527743 . T TAA 6454 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=513.4917;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.87;MQ0=0;QD=39.84;RPA=1,3;RU=A;SB=-2.925e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,145:162:99:6454,442,0 chrXI 530616 . A AG 1842.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=57.0180;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=27.92;RPA=2,3;RU=G;SB=-9.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,62:66:99:1885,180,0 chrXI 530688 . GAA G 2201.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=53.5580;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.84;MQ0=0;QD=37.32;RPA=5,3;RU=A;SB=-8.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,53:59:99:2244,171,0 chrXI 532537 . AG A 3134.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.577;DP=135;FS=3.207;HaplotypeScore=782.4919;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.81;MQ0=0;MQRankSum=0.790;QD=23.22;RPA=4,3;RU=G;ReadPosRankSum=1.185;SB=-1.451e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,124:135:99:3177,334,0 chrXI 549470 . CT C 2669.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=478.5416;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.27;MQ0=0;QD=21.71;RPA=9,8;RU=T;SB=-9.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,113:123:99:2712,324,0 chrXI 551805 . GA G 3713 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=425.2986;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.45;MQ0=0;QD=27.71;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.097e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,124:134:99:3713,364,0 chrXI 556431 . GA G 175.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=90.3529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.98;MQ0=0;QD=10.35;RPA=13,12;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,14:17:30:218,30,0 chrXI 565205 . A AT 4477 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=39.3383;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.20;MQ0=0;QD=30.66;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.969e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,143:146:99:4477,403,0 chrXI 566099 . CT C 1347.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=189.8847;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.30;MQ0=0;QD=26.96;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1390,123,0 chrXI 567100 . T TGCA 7051 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.493;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=761.6981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.417;QD=28.20;RPA=8,9;RU=GCA;ReadPosRankSum=0.129;SB=-1.650e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:78,168:250:99:7051,399,0 chrXI 570166 . TAA T 1935.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=202.4665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.03;MQ0=0;QD=23.05;RPA=10,8;RU=A;SB=-7.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,58:84:99:1978,171,0 chrXI 570203 . TAA T 3068.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=169.0183;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.02;MQ0=1;QD=39.86;SB=-1.250e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,74:76:99:3111,208,0 chrXI 570304 . GA G 1618.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=110.7422;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.98;MQ0=0;QD=20.76;RPA=10,9;RU=A;SB=-5.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,72:78:99:1661,204,0 chrXI 571562 . TA T 1974.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=335.5868;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.03;MQ0=0;QD=24.08;RPA=7,6;RU=A;SB=-2.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,80:82:99:2017,228,0 chrXI 574798 . TA T 1781.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=28.6114;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.91;MQ0=0;QD=18.96;RPA=7,6;RU=A;SB=-8.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,81:94:99:1824,210,0 chrXI 576163 . GA G 1419.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=186.7476;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.02;MQ0=0;QD=24.07;RPA=5,4;RU=A;SB=-6.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,52:59:99:1462,153,0 chrXI 576172 . GA G 1748.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=161.3018;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.73;MQ0=0;QD=30.68;RPA=3,2;RU=A;SB=-8.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,55:57:99:1791,165,0 chrXI 576492 . ATCGTCGTCG A 3784 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.582;DP=205;FS=0.000;HaplotypeScore=611.9815;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=1.307;QD=18.46;RPA=13,10;RU=TCG;ReadPosRankSum=-0.582;SB=-7.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:88,114:205:99:3784,286,0 chrXI 580882 . C CT 263.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1069;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=67.71;MQ0=0;QD=15.53;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:17:27:306,27,0 chrXI 581078 . GA G 87.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.535;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=26.8388;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.283;QD=2.44;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.724;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,8:36:99:127,0,266 chrXI 581277 . TA T 1540.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=31.7806;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;QD=18.13;RPA=9,8;RU=A;SB=-6.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,74:85:99:1583,190,0 chrXI 589673 . A AT 3446 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=343.9800;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.30;MQ0=0;QD=23.77;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.640e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,133:145:99:3446,387,0 chrXI 596999 . A AT 2421.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=267.3434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.08;MQ0=0;QD=28.83;RPA=2,3;RU=T;SB=-8.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,77:84:99:2464,231,0 chrXI 612369 . GA G 1583.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=140.4033;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.90;MQ0=0;QD=22.00;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,61:72:99:1626,171,0 chrXI 613087 . C CAGA 5543 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=676.3633;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.87;MQ0=0;QD=38.76;RPA=2,3;RU=AGA;SB=-2.363e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,119:143:99:5543,336,0 chrXI 613128 . GAAGAATCGGACGAGCCTGAAGAGTCTGAGTCCGAGCTTG G 6144 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=280.4156;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.60;MQ0=0;QD=115.92;SB=-2.902e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,0:53:78:6144,78,0 chrXI 613131 . GAATCGGACGAGCCTGAAGAGTCTGAGTCCGAGCTTGAGT G 4929 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=270.5838;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.71;MQ0=0;QD=176.04;SB=-2.290e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,0:28:75:4929,75,0 chrXI 613138 . ACGAGCCTGAAGAGTCTGAGTCCGAGCTTGAGTCGGAATC A 2721.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=467.3618;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=108.88;SB=-1.171e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,0:25:75:2764,75,0 chrXI 613144 . CTGAAGAGTCTGAGTCCGAGCTTGAGTCGGAATCCGAATC C 1510.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=588.4527;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=60.44;SB=-5.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,0:25:75:1553,75,0 chrXI 613148 . AGAGTCTGAGTCCGAGCTTGAGTCGGAATCCGAATCTGAA A 1510.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=588.4514;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=60.44;SB=-5.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,0:25:75:1553,75,0 chrXI 613636 . T TAGAAGA 7387 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=1511.3447;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.76;MQ0=0;QD=50.94;RPA=4,6;RU=AGA;SB=-3.093e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:61,77:145:99:7387,322,0 chrXI 613682 . ACTGCTGTCACTGCTGCTGCTGCTG A 22229 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;FS=0.000;HaplotypeScore=849.9498;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.99;MQ0=0;QD=134.72;SB=-1.014e+04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,127:165:99:22229,464,0 chrXI 613793 . GGAGGAA G 7394 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=173;FS=0.000;HaplotypeScore=506.0287;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.56;MQ0=0;QD=42.74;SB=-1.296e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:102,68:172:99:7394,426,0 chrXI 613967 . A AT 1308.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.335;DP=96;FS=1.715;HaplotypeScore=208.6550;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.45;MQ0=0;MQRankSum=2.476;QD=13.63;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.573;SB=-6.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,56:96:67:1351,67,0 chrXI 613990 . G GAAAA 2105.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.663;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=194.0081;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.73;MQ0=0;MQRankSum=0.346;QD=25.37;RPA=12,16;RU=A;ReadPosRankSum=-1.663;SB=-1.041e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,28:83:99:2148,130,0 chrXI 614069 . CT C 3427 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=164.7783;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.93;MQ0=0;QD=27.20;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.546e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,124:126:99:3427,366,0 chrXI 614186 . AC A 5725 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=683.1133;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.52;MQ0=0;QD=36.23;SB=-2.046e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,149:158:99:5725,445,0 chrXI 614247 . T TA 3481 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.397;DP=156;FS=4.197;HaplotypeScore=748.3161;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.34;MQ0=0;MQRankSum=0.298;QD=22.31;ReadPosRankSum=3.258;SB=-1.666e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,132:156:99:3481,384,0 chrXI 615692 . TTTC T 1849.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=24.8518;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;QD=28.91;RPA=2,1;RU=TTC;SB=-2.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,60:64:99:1892,153,0 chrXI 615912 . AG A 5267 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=147.4639;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.50;MQ0=0;QD=32.71;RPA=2,1;RU=G;SB=-2.554e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,156:161:99:5267,460,0 chrXI 618466 . AT A 3633 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=249.6472;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;QD=22.57;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.203e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,142:161:99:3633,393,0 chrXI 618691 . T TA 6252 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=191;FS=0.000;HaplotypeScore=70.8019;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.12;MQ0=0;QD=32.73;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.763e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,184:191:99:6252,518,0 chrXI 618946 . GAA G 3153.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=155.8569;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.25;MQ0=0;QD=20.48;RPA=14,12;RU=A;SB=-1.280e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,99:154:99:3196,297,0 chrXI 625529 . T TACA 6134 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=34.7660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.86;MQ0=0;QD=45.78;RPA=2,3;RU=ACA;SB=-2.933e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,126:134:99:6134,370,0 chrXI 626218 . C CCA 7279 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=172;FS=0.000;HaplotypeScore=48.7948;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.81;MQ0=0;QD=42.32;SB=-1.884e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,166:172:99:7279,500,0 chrXI 626765 . C CA 4488 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=34.9681;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;QD=34.26;SB=-2.013e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,129:131:99:4488,367,0 chrXI 627509 . CAAT C 7306 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;FS=0.000;HaplotypeScore=661.1641;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=44.55;SB=-2.699e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,156:164:99:7306,466,0 chrXI 630488 . TA T 2066.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=17.2751;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.57;MQ0=0;QD=36.26;SB=-4.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:2109,163,0 chrXI 631098 . TA T 1109.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.769;DP=78;FS=5.302;HaplotypeScore=72.4440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.286;QD=14.23;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.739;SB=-2.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,61:78:75:1152,75,0 chrXI 635448 . AT A 545.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=27.4119;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.533;QD=13.00;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.600;SB=-5.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,26:42:73:588,73,0 chrXI 638298 . C CG 6083 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=194;FS=0.000;HaplotypeScore=78.0764;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.54;MQ0=0;QD=31.36;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.269e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,187:194:99:6083,517,0 chrXI 644727 . A ATT 2854.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=70.7166;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.35;MQ0=0;QD=23.40;RPA=11,13;RU=T;SB=-1.312e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,85:122:99:2897,263,0 chrXI 645204 . CAA C,CA 936.97 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.849;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=198.0119;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=0.329;QD=7.68;RPA=16,14,15;RU=A;ReadPosRankSum=1.627;SB=-3.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:53,13,0:122:57:1015,751,1101,101,0,57 chrXI 646424 . AG A 4675 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=86.5590;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.22;MQ0=0;QD=32.47;RPA=2,1;RU=G;SB=-2.226e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,142:144:99:4675,409,0 chrXI 658095 . C CAAA 806.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=154.4281;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.69;MQ0=0;QD=23.06;RPA=10,13;RU=A;SB=-3.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,17:35:63:849,63,0 chrXI 658273 . AG A 2695.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=127.5772;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.16;MQ0=0;QD=32.88;SB=-7.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2738,238,0 chrXI 661186 . AT A 462.10 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.355;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=132.9268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.87;MQ0=5;MQRankSum=1.467;QD=13.20;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.877;SB=-1.851e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,31:30:12:501,0,12 chrXI 663654 . ATC A 309.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=66.8241;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.63;MQ0=1;QD=16.32;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,6:17:24:352,24,0 chrXI 663728 . GA G 5433 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=235;FS=0.000;HaplotypeScore=477.1487;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.67;MQ0=10;QD=23.12;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.292e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,230:208:99:5433,609,0 chrXI 665448 . A AAT 382.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=32.8942;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.00;MQ0=0;QD=34.82;RPA=1,2;RU=AT;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:10:30:425,30,0 chrXI 665696 . A AT 653.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.771;DP=74;FS=47.319;HaplotypeScore=383.8937;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.29;MQ0=6;MQRankSum=3.334;QD=8.84;ReadPosRankSum=3.298;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,21:41:99:693,0,397 chrXI 666142 . AGACCGCT A 13535 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.832;DP=238;FS=82.113;HaplotypeScore=1830.8302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.57;MQ0=6;MQRankSum=3.800;QD=56.87;ReadPosRankSum=2.677;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,155:186:99:13535,0,1188 chrXI 666203 . A AG 3654 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.466;DP=233;DS;FS=79.597;HaplotypeScore=1613.0940;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.31;MQ0=12;MQRankSum=5.283;QD=15.68;ReadPosRankSum=-4.547;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,185:123:99:3654,0,116 chrXI 666237 . AG A 808.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.027;DP=250;DS;FS=2.883;HaplotypeScore=870.9442;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.21;MQ0=29;MQRankSum=1.101;QD=3.24;ReadPosRankSum=4.223;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:119,127:109:99:848,0,1788 chrXI 666245 . AG A 1358.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.235;DP=250;DS;FS=86.480;HaplotypeScore=822.1686;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.91;MQ0=30;MQRankSum=-0.560;QD=5.44;ReadPosRankSum=-3.707;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:183,63:118:99:1398,0,1898 chrXI 666541 . A AG 3335 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=12.611;DP=244;DS;FS=36.309;HaplotypeScore=4808.9149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.24;MQ0=0;MQRankSum=-3.948;QD=13.67;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=3.841;SB=-3.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:113,130:229:99:3335,0,2707 chrXI 666556 . GT G 7840 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=240;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=4999.8619;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.19;MQ0=0;QD=32.67;SB=-1.310e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,230:227:99:7840,641,0 chrXI 666592 . A AG 2553.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.967;DP=247;DS;FS=23.586;HaplotypeScore=5829.7946;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.44;MQ0=1;MQRankSum=-1.112;QD=10.34;RPA=3,4;RU=G;ReadPosRankSum=0.611;SB=-2.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:147,100:241:99:2593,0,2227 chrXI 666601 . TTA T 2588.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.772;DP=221;DS;FS=9.986;HaplotypeScore=5036.4574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.07;MQ0=1;MQRankSum=1.696;QD=11.71;ReadPosRankSum=1.537;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:139,73:213:99:2628,0,3267 chrXI 666606 . GT G 1877.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-9.432;DP=217;DS;FS=0.701;HaplotypeScore=4836.9533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.56;MQ0=1;MQRankSum=-0.398;QD=8.65;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=-0.562;SB=-2.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:136,77:209:99:1917,0,484 chrXI 666615 . GT G 462.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.528;DP=249;DS;FS=53.286;HaplotypeScore=4193.5516;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.62;MQ0=5;MQRankSum=1.216;QD=1.86;ReadPosRankSum=2.136;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:192,57:208:99:502,0,1965 chrXI 666635 . TG T 138.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.119;DP=235;DS;FS=36.957;HaplotypeScore=3152.6174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.37;MQ0=14;MQRankSum=1.715;QD=0.59;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=2.532;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:175,53:184:99:178,0,1897 chrXI 666700 . TG T 1087.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.177;DP=209;DS;FS=10.335;HaplotypeScore=2807.6046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.70;MQ0=5;MQRankSum=0.034;QD=5.21;RPA=3,2;RU=G;ReadPosRankSum=0.470;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:152,55:177:99:1127,0,1814 chrXI 666707 . GT G 13.18 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.650;DP=212;DS;FS=5.062;HaplotypeScore=2950.1459;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.54;MQ0=5;MQRankSum=-0.049;QD=0.06;ReadPosRankSum=0.903;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:154,48:179:52:52,0,2015 chrXI 666732 . GGT G 1900.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.015;DP=249;DS;FS=2.375;HaplotypeScore=3104.5451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.13;MQ0=6;MQRankSum=0.534;QD=7.63;RPA=4,3;RU=GT;ReadPosRankSum=4.399;SB=-3.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:178,67:214:99:1940,0,1843 chrXII 134 . TAA TAAAA,T 867.94 filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.508;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=214.1642;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=28.22;MQ0=30;MQRankSum=0.508;QD=8.35;RPA=10,12,8;RU=A;ReadPosRankSum=1.559;SB=-1.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:29,0,20:64:99:946,419,747,552,0,1168 chrXII 271 . C CT 471.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.032;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=61.0591;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.40;MQ0=37;MQRankSum=0.381;QD=7.74;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=1.715;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,21:24:99:511,0,150 chrXII 5660 . TACACCAC T 432.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.978;DP=55;FS=43.543;HaplotypeScore=183.1666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.15;MQ0=29;MQRankSum=1.702;QD=7.87;ReadPosRankSum=-1.557;SB=-5.303e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,7:24:99:472,0,802 chrXII 5707 . CA C 169.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.513;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=154.0003;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.17;MQ0=15;MQRankSum=1.415;QD=3.78;ReadPosRankSum=0.342;SB=-7.601e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,8:23:69:209,0,69 chrXII 11224 . A ACC,AC 894.94 filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.810;DP=113;FS=1.362;HaplotypeScore=464.2468;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=24.44;MQ0=13;MQRankSum=1.873;QD=7.92;RPA=1,3,2;RU=C;ReadPosRankSum=-1.137;SB=-2.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:82,5,22:77:99:973,443,636,163,0,369 chrXII 11251 . CA C 162.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.273;DP=44;FS=10.392;HaplotypeScore=315.4184;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.82;MQ0=6;MQRankSum=0.627;QD=3.70;ReadPosRankSum=2.994;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,10:31:99:202,0,228 chrXII 11372 . AC A 284.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.388;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=840.2955;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.67;MQ0=0;MQRankSum=3.162;QD=3.61;RPA=4,3;RU=C;ReadPosRankSum=1.970;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,21:43:99:324,0,545 chrXII 11415 . C CA 1331.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.901;DP=142;FS=15.532;HaplotypeScore=1497.1556;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.27;MQ0=4;MQRankSum=0.260;QD=9.38;ReadPosRankSum=1.543;SB=-4.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,52:95:99:1371,0,1472 chrXII 11490 . T TTAC 5554 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.557;DP=250;DS;FS=2.423;HaplotypeScore=3747.7304;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.14;MQ0=13;MQRankSum=2.388;QD=22.22;RPA=1,2;RU=TAC;ReadPosRankSum=-1.305;SB=-1.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:146,104:193:99:5554,0,793 chrXII 11499 . A AC 2902.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.508;DP=215;DS;FS=1.991;HaplotypeScore=3402.1502;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.95;MQ0=12;MQRankSum=2.314;QD=13.50;RPA=2,3;RU=C;ReadPosRankSum=-0.636;SB=-3.001e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:114,99:164:99:2942,0,650 chrXII 11553 . CG C 1171.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.006;DP=120;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1582.6248;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.69;MQ0=24;MQRankSum=2.477;QD=9.77;ReadPosRankSum=-0.641;SB=-3.400e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,56:74:99:1211,0,199 chrXII 11598 . C CT 605.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.742;DP=57;FS=6.435;HaplotypeScore=429.8175;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.28;MQ0=32;MQRankSum=-1.567;QD=10.63;ReadPosRankSum=2.742;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,35:23:99:645,0,117 chrXII 16636 . G GA 3651 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=34.8208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.47;MQ0=0;QD=31.21;RPA=2,3;RU=A;SB=-6.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,111:117:99:3651,325,0 chrXII 19945 . TG T 1554.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=304.7044;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.35;MQ0=0;QD=30.49;SB=-5.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,47:51:99:1597,126,0 chrXII 20119 . CA C 1857.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=1383.9776;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.51;MQ0=0;QD=17.53;RPA=8,7;RU=A;SB=-7.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,89:106:99:1900,259,0 chrXII 20565 . CTTACA C 12320 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=187;FS=0.000;HaplotypeScore=638.3612;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.21;MQ0=0;QD=65.88;SB=-3.208e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,178:187:99:12320,512,0 chrXII 20975 . TA T 1364.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=418.6338;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.08;MQ0=0;QD=20.37;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,63:67:99:1407,188,0 chrXII 22811 . GATTTCTTC G 15860 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=203;FS=0.000;HaplotypeScore=250.6784;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.84;MQ0=0;QD=78.13;RPA=2,1;RU=ATTTCTTC;SB=-7.109e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,181:203:99:15860,527,0 chrXII 23508 . T TA 5080 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=179;FS=0.000;HaplotypeScore=535.4667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.04;MQ0=0;QD=28.38;RPA=3,4;RU=A;SB=-2.308e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,165:179:99:5080,481,0 chrXII 27269 . G GGCCAAGA 14682 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=201;FS=0.000;HaplotypeScore=352.2196;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.43;MQ0=0;QD=73.04;RPA=1,2;RU=GCCAAGA;SB=-7.211e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,161:201:99:14682,494,0 chrXII 28304 . A AT 2930.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=599.4016;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.35;MQ0=0;QD=24.22;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.256e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,109:121:99:2973,312,0 chrXII 29739 . GA G 2390.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=489.1210;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.40;MQ0=0;QD=14.58;RPA=10,9;RU=A;SB=-9.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,134:164:99:2433,359,0 chrXII 32319 . CA C 983.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.887;DP=80;FS=2.788;HaplotypeScore=20.8579;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.455;QD=12.30;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.239;SB=-4.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,60:80:99:1026,116,0 chrXII 46416 . GT G 2676.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=290.4825;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.66;MQ0=0;QD=22.31;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.049e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,111:120:99:2719,300,0 chrXII 49800 . CT C 4003 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=178;FS=0.000;HaplotypeScore=331.4295;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.25;MQ0=0;QD=22.49;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.795e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,168:178:99:4003,479,0 chrXII 52618 . CT C 76.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.417;DP=48;FS=2.760;HaplotypeScore=36.2270;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQ0=0;MQRankSum=0.840;QD=1.60;RPA=15,14;RU=T;ReadPosRankSum=-0.682;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,13:48:99:116,0,535 chrXII 63982 . CAA C 1667.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.215;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=70.8174;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=0.232;QD=14.76;RPA=15,13;RU=A;ReadPosRankSum=2.365;SB=-6.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,71:111:99:1710,146,0 chrXII 65534 . A AT 1466.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.767;DP=92;FS=7.539;HaplotypeScore=376.0074;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.91;MQ0=0;MQRankSum=0.430;QD=15.95;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.627;SB=-6.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,66:92:99:1509,159,0 chrXII 66619 . C CT 1818.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.990;DP=179;FS=6.903;HaplotypeScore=284.5329;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.64;MQ0=0;MQRankSum=0.024;QD=10.16;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=-3.088;SB=-8.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:106,60:179:47:1861,47,0 chrXII 81023 . C CTTTA 2824.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=267.1911;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.99;MQ0=0;QD=58.85;SB=-8.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,36:48:99:2867,132,0 chrXII 81192 . TC T 1622.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=184.3267;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;QD=26.18;RPA=4,3;RU=C;SB=-3.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,50:62:99:1665,159,0 chrXII 81207 . T TA 1365.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=224.9424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.44;MQ0=0;QD=24.84;RPA=5,6;RU=A;SB=-3.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,48:55:99:1408,144,0 chrXII 81387 . TA T 1913.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.076;DP=128;FS=2.602;HaplotypeScore=61.0457;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.86;MQ0=0;MQRankSum=1.391;QD=14.95;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.953;SB=-7.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,106:128:99:1956,253,0 chrXII 86604 . A ATTTT 1884.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=315.1429;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.86;MQ0=0;QD=26.18;RPA=7,11;RU=T;SB=-7.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,21:72:99:1927,138,0 chrXII 86724 . TA T 58.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=44.2594;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=2.77;RPA=17,16;RU=A;ReadPosRankSum=0.742;SB=-4.724e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,12:21:16:100,16,0 chrXII 86842 . ATT A 1082.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=88.7726;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.21;MQ0=0;QD=22.56;RPA=11,9;RU=T;SB=-1.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,40:48:99:1125,114,0 chrXII 91990 . CA C 1244.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=566.2150;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.65;MQ0=0;QD=23.94;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,48:48:99:1287,138,0 chrXII 91993 . A AC 1429.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=551.7218;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.41;MQ0=0;QD=29.18;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,48:47:99:1472,141,0 chrXII 92047 . TA T 1852.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=315.7109;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.96;MQ0=0;QD=27.25;SB=-8.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:64:99:1895,177,0 chrXII 92395 . CA C 1234.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=235.3924;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.60;MQ0=0;QD=20.58;RPA=5,4;RU=A;SB=-6.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,56:56:99:1277,153,0 chrXII 92659 . CT C 1949.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=723.7547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.91;MQ0=0;QD=18.93;RPA=7,6;RU=T;SB=-6.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,94:101:99:1992,263,0 chrXII 92741 . T TG 5634 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=1277.6734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.45;MQ0=0;QD=37.31;SB=-1.297e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,132:151:99:5634,421,0 chrXII 92779 . TG T 4539 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=1074.2785;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.27;MQ0=0;QD=32.65;SB=-1.004e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,131:138:99:4539,379,0 chrXII 93281 . AT A 2238.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=620.9878;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.43;MQ0=0;QD=18.66;RPA=7,6;RU=T;SB=-9.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,106:120:99:2281,304,0 chrXII 93757 . A ATT 5239 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=432.3245;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.08;MQ0=0;QD=33.58;RPA=5,7;RU=T;SB=-2.532e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,140:156:99:5239,409,0 chrXII 100550 . CT C 1893.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=48.8690;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.58;MQ0=0;QD=16.91;RPA=9,8;RU=T;SB=-8.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,96:112:99:1936,274,0 chrXII 108588 . C CA 3448 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=60.8725;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.51;MQ0=0;QD=22.25;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.656e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,138:155:99:3448,378,0 chrXII 111590 . CT C 2717.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=42.6465;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.86;MQ0=0;QD=18.62;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.259e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,130:146:99:2760,367,0 chrXII 112176 . GAAAA G 5293 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=732.1779;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.40;MQ0=0;QD=34.59;RPA=14,10;RU=A;SB=-2.592e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,108:153:99:5293,328,0 chrXII 112502 . CT C 3199.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=259.7512;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;QD=21.62;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.591e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,137:148:99:3242,389,0 chrXII 121725 . GT G 618.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=34.5362;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=10.49;RPA=12,11;RU=T;SB=-2.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,40:59:99:661,103,0 chrXII 124986 . GT G 2050.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.793;DP=141;FS=2.081;HaplotypeScore=38.2959;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.401;QD=14.55;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.567;SB=-1.039e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,126:141:99:2093,244,0 chrXII 125356 . GA G 930.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=13.4584;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.19;MQ0=0;QD=16.05;RPA=7,6;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,50:58:99:973,131,0 chrXII 127351 . TGA T 2701.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=309.3174;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.31;MQ0=0;QD=33.77;SB=-1.287e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:80:99:2744,196,0 chrXII 129169 . G GA 558.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.399;DP=38;FS=6.495;HaplotypeScore=58.9126;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=0.537;QD=14.71;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=2.327;SB=-2.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,27:38:30:601,30,0 chrXII 130083 . CGACTGTGACTGT C 19128 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=239;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=64.3364;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.57;MQ0=0;QD=80.03;RPA=3,1;RU=GACTGT;SB=-6.501e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,196:237:99:19128,559,0 chrXII 130643 . T TTACGAACACGAATG 16689 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=225;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=60.8128;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.05;MQ0=0;QD=74.17;RPA=1,2;RU=TACGAACACGAATG;SB=-5.573e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:107,118:225:99:16689,343,0 chrXII 130903 . CT C 2670.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.185;DP=202;FS=2.237;HaplotypeScore=321.4627;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.970;QD=13.22;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.903;SB=-1.253e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,141:202:99:2713,374,0 chrXII 130928 . GA G 3535 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=198;FS=0.000;HaplotypeScore=492.5111;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.91;MQ0=0;QD=17.85;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.372e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,161:198:99:3535,488,0 chrXII 131003 . AC A 4617 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=435.0760;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.50;MQ0=0;QD=33.46;SB=-1.428e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,131:138:99:4617,394,0 chrXII 131008 . CT C 3394 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=529.1548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.96;MQ0=0;QD=24.59;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.047e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,119:138:99:3394,369,0 chrXII 132251 . G GA 1189.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.834;DP=202;FS=2.628;HaplotypeScore=1461.5814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.08;MQ0=0;MQRankSum=5.449;QD=5.89;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=8.590;SB=-5.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:134,66:202:99:1229,0,354 chrXII 132253 . G GAAGAA 5330 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.437;DP=201;FS=5.356;HaplotypeScore=1055.6791;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.04;MQ0=0;MQRankSum=2.866;QD=26.52;ReadPosRankSum=4.223;SB=-2.431e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:133,63:201:20:5330,0,20 chrXII 136433 . AT A 2915.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=60.0711;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.90;MQ0=0;QD=18.69;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.337e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,147:156:99:2958,378,0 chrXII 137918 . AT A 2632.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=34.7168;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.22;MQ0=0;QD=23.51;RPA=5,4;RU=T;SB=-9.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,109:112:99:2675,318,0 chrXII 187137 . AT A 4335 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=39.9122;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.06;MQ0=0;QD=29.29;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.743e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,146:148:99:4335,409,0 chrXII 195201 . GA G 1850.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=32.3154;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.33;MQ0=0;QD=16.38;RPA=10,9;RU=A;SB=-4.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,98:113:99:1893,276,0 chrXII 195306 . CT C 751.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=11.6049;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.04;RPA=10,9;RU=T;SB=-1.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,39:50:99:794,116,0 chrXII 196591 . ATT A 1142.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.655;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=27.0883;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=1.424;QD=20.05;RPA=15,13;RU=T;ReadPosRankSum=1.655;SB=-8.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,41:57:99:1185,129,0 chrXII 196750 . ATTT A 308.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=60.0250;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.92;MQ0=0;QD=13.43;RPA=15,12;RU=T;SB=-1.379e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,8:23:30:351,30,0 chrXII 196779 . T TA 642.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=143.9790;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.96;MQ0=0;QD=17.86;RPA=8,9;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,32:36:78:685,78,0 chrXII 204055 . A AT 5321 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.688;DP=173;FS=3.236;HaplotypeScore=121.8207;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.98;MQ0=0;MQRankSum=1.622;QD=30.76;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=-0.285;SB=-2.424e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,159:173:99:5321,461,0 chrXII 239171 . GA G 2182.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=430.0259;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;QD=17.75;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.032e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,99:123:99:2225,295,0 chrXII 239220 . G GA 3337 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=339.5753;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=25.47;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.589e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,117:131:99:3337,331,0 chrXII 241569 . CT C 2182.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=28.8192;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;QD=20.40;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.069e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,97:107:99:2225,267,0 chrXII 241800 . CCT C 6971 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=169;FS=0.000;HaplotypeScore=424.3976;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.83;MQ0=0;QD=41.25;SB=-2.343e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,168:169:99:6971,463,0 chrXII 243621 . CAA C 294.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=66.0890;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.14;MQ0=0;QD=42.00;SB=-1.486e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21:336,21,0 chrXII 243650 . T TC 315.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=153.1375;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.05;MQ0=0;QD=28.72;SB=-1.559e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,10:11:30:358,30,0 chrXII 243752 . CA C 281.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=53.3924;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.87;MQ0=0;QD=28.20;SB=-7.495e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,9:10:27:324,27,0 chrXII 243827 . CATAT C 1686.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=53.3041;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;QD=41.15;RPA=9,7;RU=AT;SB=-1.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,39:41:99:1729,105,0 chrXII 245256 . AATATAT A 7029 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=58.9161;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.85;MQ0=1;QD=51.68;RPA=10,7;RU=AT;SB=-2.559e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,108:134:99:7029,313,0 chrXII 246208 . AG A 1757.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=381.9561;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.75;MQ0=0;QD=14.18;RPA=2,1;RU=G;SB=-5.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,104:124:99:1800,286,0 chrXII 248521 . CAT C 3778 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=716.4954;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.18;MQ0=0;QD=26.06;RPA=5,4;RU=AT;SB=-1.366e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,114:145:99:3778,328,0 chrXII 248700 . AT A 1281.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.610;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=299.0416;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.12;MQ0=0;MQRankSum=1.391;QD=12.09;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.195;SB=-5.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,82:106:99:1324,185,0 chrXII 252761 . T TCGCCAGCAC 19905 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.093;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1234.5241;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.37;MQ0=0;MQRankSum=0.602;QD=79.62;ReadPosRankSum=-0.230;SB=-6.196e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,225:250:99:19905,685,0 chrXII 252851 . GCGTCGTCCTCACCAT G 21380 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=171;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=466.1226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.05;MQ0=0;QD=125.03;SB=-1.002e+04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,128:171:99:21380,418,0 chrXII 259721 . C CT 1571.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.595;DP=93;FS=5.473;HaplotypeScore=141.2484;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.267;QD=16.90;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.233;SB=-4.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,72:93:99:1614,181,0 chrXII 260584 . C CT 2764.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.337;DP=148;FS=3.903;HaplotypeScore=359.3603;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.213;QD=18.68;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.091;SB=-1.118e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,119:148:99:2807,331,0 chrXII 263050 . CA C 3373 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=331.8104;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.33;MQ0=0;QD=30.94;RPA=3,2;RU=A;SB=-5.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,108:109:99:3373,316,0 chrXII 263307 . C CA 1044.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.493;DP=102;FS=1.307;HaplotypeScore=250.8246;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.182;QD=10.24;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-1.797;SB=-3.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,64:102:37:1087,37,0 chrXII 274059 . AATAT A 427.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=99.9143;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.00;MQ0=0;QD=17.83;RPA=7,5;RU=AT;SB=-1.579e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,11:24:27:470,27,0 chrXII 280996 . G GAAAAAA 2162.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.239;DP=102;FS=12.131;HaplotypeScore=11.1612;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.98;MQ0=0;MQRankSum=0.896;QD=21.21;RPA=17,23;RU=A;ReadPosRankSum=0.836;SB=-2.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:57,41:102:99:2205,145,0 chrXII 281805 . A AG 2305.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.609;DP=121;FS=6.687;HaplotypeScore=386.0122;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.29;MQ0=0;MQRankSum=0.499;QD=19.06;ReadPosRankSum=3.965;SB=-1.017e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:62,56:121:99:2348,171,0 chrXII 281809 . A AATTT 2802.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.808;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=406.7592;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.885;QD=23.96;ReadPosRankSum=0.731;SB=-1.339e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,26:117:99:2845,247,0 chrXII 282562 . C CT 2168.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=398.5799;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.09;MQ0=0;QD=24.10;RPA=5,6;RU=T;SB=-6.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,74:90:99:2211,228,0 chrXII 282650 . CT C 1849.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=292.5608;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.57;MQ0=0;QD=22.56;RPA=6,5;RU=T;SB=-9.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,80:82:99:1892,239,0 chrXII 282684 . ATT A 1704.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=357.2070;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.11;MQ0=0;QD=23.36;RPA=8,6;RU=T;SB=-6.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,50:73:99:1747,165,0 chrXII 282693 . AT A 873.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.069;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=472.0718;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.762;QD=12.49;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.762;SB=-3.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,42:70:99:916,124,0 chrXII 282706 . GTT G 1218.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=396.8084;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.49;MQ0=0;QD=19.35;RPA=11,9;RU=T;SB=-4.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,49:63:99:1261,126,0 chrXII 289357 . CT C 1465.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.748;DP=150;FS=3.532;HaplotypeScore=724.2528;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.71;MQ0=0;MQRankSum=0.341;QD=9.77;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.748;SB=-4.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,102:150:99:1508,110,0 chrXII 292153 . G GA 1525.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.315;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=49.2191;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.00;MQ0=0;MQRankSum=0.262;QD=18.39;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.312;SB=-4.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,67:83:99:1568,173,0 chrXII 293727 . AT A 4175 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=38.1624;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.82;MQ0=0;QD=29.40;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.745e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,138:142:99:4175,388,0 chrXII 299570 . CAGA C 8451 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=171;FS=0.000;HaplotypeScore=489.2750;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.27;MQ0=0;QD=49.42;SB=-2.396e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,167:171:99:8451,491,0 chrXII 306616 . GA G 3587 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=422.2365;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.94;MQ0=0;QD=27.38;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.347e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,100:131:99:3587,346,0 chrXII 306620 . TAA T 2804.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=514.2276;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.86;MQ0=0;QD=21.91;RPA=12,10;RU=A;SB=-1.000e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,94:128:99:2847,296,0 chrXII 320335 . GAA G 4135 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.761;DP=175;FS=0.000;HaplotypeScore=102.7505;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.76;MQ0=0;MQRankSum=0.596;QD=23.63;RPA=12,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.062;SB=-1.679e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,150:175:99:4135,418,0 chrXII 322104 . ATT A 1033.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.845;DP=77;FS=2.632;HaplotypeScore=211.1909;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.964;QD=13.43;RPA=15,13;RU=T;ReadPosRankSum=1.074;SB=-3.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,43:76:99:1076,107,0 chrXII 326441 . CT C 2188.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=250.8761;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.33;MQ0=0;QD=30.83;SB=-4.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,69:71:99:2231,192,0 chrXII 329729 . G GGTTGCT 7215 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=238;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=71.4575;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.03;MQ0=0;QD=30.32;RPA=5,6;RU=GTTGCT;SB=-1.361e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:129,105:238:99:7215,310,0 chrXII 332429 . C CG 6001 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=186;FS=0.000;HaplotypeScore=326.8098;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;QD=32.26;RPA=3,4;RU=G;SB=-1.948e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,165:186:99:6001,523,0 chrXII 332524 . CAA C 7653 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=228;FS=0.000;HaplotypeScore=510.6384;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.38;MQ0=0;QD=33.57;RPA=4,2;RU=A;SB=-3.235e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,209:228:99:7653,542,0 chrXII 339676 . TTATATATATA T 6746 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=33.5748;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.28;MQ0=0;QD=64.25;RPA=10,5;RU=TA;SB=-3.145e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,76:105:99:6746,205,0 chrXII 343851 . G GT 2072.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.194;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=66.6378;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.00;MQ0=0;MQRankSum=1.181;QD=16.58;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.334;SB=-9.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,95:125:99:2115,168,0 chrXII 369471 . A AG 1402.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=223.1799;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.64;MQ0=0;QD=32.63;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,37:43:99:1445,117,0 chrXII 369533 . A AT 792.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=175.5378;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.39;MQ0=0;QD=27.34;RPA=2,3;RU=T;SB=-7.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,27:29:75:835,75,0 chrXII 370487 . ATTT A 2404.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=196.7936;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.70;MQ0=0;QD=25.58;RPA=13,10;RU=T;SB=-6.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,73:94:99:2447,192,0 chrXII 371365 . GA G 2480.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=174;FS=0.000;HaplotypeScore=59.4333;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.91;MQ0=0;QD=14.26;RPA=11,10;RU=A;SB=-5.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,142:174:99:2523,382,0 chrXII 385575 . GAA G 5474 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=172;FS=0.000;HaplotypeScore=36.8258;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.41;MQ0=0;QD=31.83;RPA=5,3;RU=A;SB=-2.379e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,158:171:99:5474,448,0 chrXII 394523 . G GA 4492 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.773;DP=202;FS=0.000;HaplotypeScore=49.3390;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.221;QD=22.24;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.004;SB=-1.257e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,180:202:99:4492,468,0 chrXII 402737 . AT A 655.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.772;DP=98;FS=7.888;HaplotypeScore=36.4146;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.940;QD=6.69;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.379;SB=-1.785e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,47:98:7:696,7,0 chrXII 415651 . GT G 1184.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.921;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=101.2101;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.712;QD=10.68;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.087;SB=-1.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:52,54:111:99:1227,170,0 chrXII 421496 . AGGGG A 3593 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=22.8013;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.04;MQ0=0;QD=54.44;RPA=11,7;RU=G;SB=-2.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,62:66:99:3593,187,0 chrXII 441523 . C CT 501.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.295;DP=50;FS=2.504;HaplotypeScore=102.1804;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.172;QD=10.04;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=-1.763;SB=-2.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,33:50:77:541,0,77 chrXII 448641 . C CA 2749.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=48.7672;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.05;MQ0=0;QD=22.54;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.390e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,113:122:99:2792,294,0 chrXII 460002 . CAAAAAAAAA C 21519 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=247;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=75.8790;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.03;MQ0=0;QD=87.12;RPA=17,8;RU=A;SB=-9.291e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,177:241:99:21519,683,0 chrXII 460191 . ACCGCGTCGCCGCGTCG A 32767 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=236;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=57.8992;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.34;MQ0=0;QD=138.84;RPA=3,1;RU=CCGCGTCG;SB=-1.187e+04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,205:236:99:32767,626,0 chrXII 460383 . TAAAAAAAAA T 15041 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.407;DP=243;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=878.1149;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.47;MQ0=0;MQRankSum=1.493;QD=61.90;RPA=22,13;RU=A;ReadPosRankSum=3.407;SB=-2.692e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:78,141:240:99:15041,400,0 chrXII 460415 . TG T 5642 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1416.4951;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.80;MQ0=0;QD=22.57;SB=-1.253e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:89,158:250:99:5642,550,0 chrXII 460477 . AT A 4398 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=725.0416;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.96;MQ0=0;QD=17.59;RPA=8,7;RU=T;SB=-6.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:57,192:249:99:4398,590,0 chrXII 460676 . GAAA G 7158 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.718;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=264.0256;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.77;MQ0=21;MQRankSum=0.025;QD=28.63;RPA=16,13;RU=A;ReadPosRankSum=2.748;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:70,148:227:99:7158,568,0 chrXII 491062 . AG A 3938 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=1131.0293;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.25;MQ0=0;QD=31.25;SB=-1.526e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,117:126:99:3938,355,0 chrXII 491369 . ATT A 3172.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=83.5254;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.14;MQ0=0;QD=29.11;RPA=7,5;RU=T;SB=-1.457e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,102:109:99:3215,295,0 chrXII 491513 . CT C 1324.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.124;DP=103;FS=3.641;HaplotypeScore=284.7319;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.17;MQ0=0;MQRankSum=1.358;QD=12.86;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.732;SB=-5.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,75:103:99:1367,193,0 chrXII 493255 . TG T 7660 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=228;FS=0.000;HaplotypeScore=57.8911;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.53;MQ0=0;QD=33.60;SB=-3.733e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,227:228:99:7660,629,0 chrXII 494372 . G GA 2388.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.847;DP=110;FS=3.860;HaplotypeScore=127.4904;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=1.694;QD=21.72;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=1.424;SB=-9.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,84:110:99:2431,248,0 chrXII 495314 . T TC 6730 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=196;FS=0.000;HaplotypeScore=349.7874;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.58;MQ0=0;QD=34.34;SB=-3.097e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,194:196:99:6730,547,0 chrXII 498714 . ATTTAT A 5244 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=182.8175;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.83;MQ0=0;QD=55.79;SB=-2.305e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,89:94:99:5244,256,0 chrXII 504386 . T TG 4737 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;FS=0.000;HaplotypeScore=322.2481;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.62;MQ0=0;QD=28.20;RPA=5,6;RU=G;SB=-2.342e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,154:168:99:4737,443,0 chrXII 506067 . T TC 1939.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=91.5710;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;QD=31.29;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,61:62:99:1982,159,0 chrXII 507450 . G GAAGAAGGAC 7269 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=189.7881;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.65;MQ0=0;QD=48.79;RPA=1,2;RU=AAGAAGGAC;SB=-9.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,121:149:99:7269,346,0 chrXII 507626 . C CT 919.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=9.7052;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.24;MQ0=0;QD=23.59;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,37:39:99:962,105,0 chrXII 510208 . GT G 2542.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=28.4763;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.67;MQ0=0;QD=27.05;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.139e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,86:94:99:2585,241,0 chrXII 510429 . G GGA 4831 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=838.4812;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.10;MQ0=0;QD=43.13;SB=-2.107e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,93:112:99:4831,328,0 chrXII 510431 . TTC T 4116 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=865.1019;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.02;MQ0=0;QD=38.83;SB=-1.757e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,93:106:99:4116,310,0 chrXII 510855 . G GC 6882 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=198;FS=0.000;HaplotypeScore=297.5817;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.36;MQ0=0;QD=34.76;RPA=1,2;RU=C;SB=-3.238e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,190:198:99:6882,551,0 chrXII 511542 . GCAGCAGCAA G 13237 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=193;FS=0.000;HaplotypeScore=73.4443;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.14;MQ0=0;QD=68.59;SB=-5.505e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,183:193:99:13237,529,0 chrXII 513896 . GC G 5216 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=192;FS=0.000;HaplotypeScore=58.2941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.59;MQ0=0;QD=27.17;RPA=5,4;RU=C;SB=-2.074e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,183:192:99:5216,520,0 chrXII 513997 . CAA C 1964.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.690;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=81.0197;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=15.47;RPA=14,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.690;SB=-8.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,70:127:99:2007,185,0 chrXII 514965 . CT C 1625.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.910;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=579.0931;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.382;QD=11.87;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.240;SB=-4.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,97:137:99:1668,190,0 chrXII 515195 . GA G 3280 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=187;FS=0.000;HaplotypeScore=320.6632;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.00;MQ0=0;QD=17.54;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.343e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,170:187:99:3280,469,0 chrXII 517835 . T TAA 2778.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=335.7095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.62;MQ0=0;QD=25.50;RPA=9,11;RU=A;SB=-1.247e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,63:109:99:2821,256,0 chrXII 517892 . TA T 1793.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=293.4882;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.64;MQ0=0;QD=14.95;RPA=10,9;RU=A;SB=-5.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,94:120:99:1836,267,0 chrXII 520459 . AT A 2701.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=27.8872;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.46;MQ0=0;QD=21.79;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.245e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,119:124:99:2744,338,0 chrXII 522226 . A AT 1650.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.199;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=257.0643;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=0.986;QD=18.76;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.572;SB=-7.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,63:88:99:1693,175,0 chrXII 522256 . TCAA T 4641 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=154.9734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.40;MQ0=0;QD=46.88;SB=-2.302e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,85:99:99:4641,280,0 chrXII 527967 . C CT 662.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.166;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=42.3567;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.452;QD=8.18;RPA=14,15;RU=T;ReadPosRankSum=1.926;SB=-2.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:53,25:81:62:705,62,0 chrXII 539743 . G GA 1031.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=13.4910;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;QD=19.47;RPA=9,10;RU=A;SB=-1.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,43:53:99:1074,120,0 chrXII 545933 . C CT 436.18 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.725;DP=50;FS=8.522;HaplotypeScore=52.1820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.69;MQ0=0;MQRankSum=1.225;QD=8.72;RPA=15,16;RU=T;ReadPosRankSum=-1.575;SB=-1.982e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,20:50:10:475,0,10 chrXII 546061 . A AG 3068.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=27.8944;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.66;MQ0=0;QD=31.32;RPA=2,3;RU=G;SB=-9.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,95:98:99:3111,268,0 chrXII 548902 . GA G 1816.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.116;DP=126;FS=3.008;HaplotypeScore=41.5215;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.70;MQ0=0;MQRankSum=0.346;QD=14.42;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.501;SB=-8.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,106:126:99:1859,237,0 chrXII 552707 . A AT 907.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=351.1967;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.89;MQ0=0;QD=16.51;SB=-9.300e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,36:55:99:950,125,0 chrXII 552741 . A AAG 3389 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=503.2300;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.73;MQ0=0;QD=38.51;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,81:88:99:3389,259,0 chrXII 552743 . C CT 2738.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.039;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=576.7554;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=29.45;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=1.691;SB=-1.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,88:93:99:2781,248,0 chrXII 553703 . G GTATA 9460 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.007;DP=194;FS=0.000;HaplotypeScore=478.3033;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.291;QD=48.76;ReadPosRankSum=1.484;SB=-4.208e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,177:194:99:9460,509,0 chrXII 555317 . TACA T 8623 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=74.3916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;QD=34.49;RPA=4,3;RU=ACA;SB=-3.439e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,212:250:99:8623,601,0 chrXII 555558 . G GCAACAA 12051 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=244;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=72.2687;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.00;MQ0=0;QD=49.39;RPA=5,7;RU=CAA;SB=-5.215e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:76,164:244:99:12051,481,0 chrXII 556335 . T TCAA 6969 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.165;DP=212;FS=0.000;HaplotypeScore=848.8222;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.402;QD=32.87;RPA=3,4;RU=CAA;ReadPosRankSum=-0.103;SB=-5.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,179:212:99:6969,486,0 chrXII 556591 . GT G 1733.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=154.3032;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=26.27;RPA=4,3;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1776,192,0 chrXII 559220 . G GCAACAA 8736 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=173;FS=3.330;HaplotypeScore=76.3962;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.135;QD=50.50;RPA=6,8;RU=CAA;ReadPosRankSum=-0.108;SB=-4.133e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,130:173:99:8736,360,0 chrXII 563476 . TACAC T 1861.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=86.0621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.56;MQ0=0;QD=26.98;RPA=11,9;RU=AC;SB=-5.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,46:69:99:1904,123,0 chrXII 563747 . TA T 1520.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=15.8599;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.32;MQ0=0;QD=23.76;RPA=4,3;RU=A;SB=-6.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,62:64:99:1563,171,0 chrXII 568017 . CT C 916.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.368;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=248.8962;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.665;QD=8.41;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.388;SB=-3.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,59:109:83:959,83,0 chrXII 568290 . C CT 2697.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.295;DP=141;FS=2.047;HaplotypeScore=82.1125;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.129;QD=19.13;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.356;SB=-1.292e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,110:141:99:2740,268,0 chrXII 571868 . ATT A 5012 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=305.1319;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.65;MQ0=0;QD=39.46;RPA=3,1;RU=T;SB=-2.419e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,125:127:99:5012,361,0 chrXII 599083 . G GC 2481.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=317.3978;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.53;MQ0=0;QD=37.04;SB=-4.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,64:67:99:2524,196,0 chrXII 605064 . C CACTTT 9881 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;FS=0.000;HaplotypeScore=41.5735;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.27;MQ0=0;QD=59.52;RPA=1,2;RU=ACTTT;SB=-3.740e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,140:166:99:9881,430,0 chrXII 605687 . AGTAT A 7279 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=32.8210;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.54;MQ0=0;QD=57.77;SB=-1.978e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,121:126:99:7279,346,0 chrXII 607136 . CT C 3576 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=177;FS=0.000;HaplotypeScore=1480.8986;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.28;MQ0=1;QD=20.20;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.065e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,162:170:99:3576,452,0 chrXII 611827 . AT A 5984 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=238;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1326.6051;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.36;MQ0=0;QD=25.14;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.951e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,225:238:99:5984,663,0 chrXII 612158 . GAA G 2509.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=554.2958;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.54;MQ0=0;QD=22.02;RPA=13,11;RU=A;SB=-8.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,85:114:99:2552,258,0 chrXII 614331 . A AT 437.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=49.3798;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.94;MQ0=0;QD=19.91;RPA=2,3;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,18:22:42:480,42,0 chrXII 616278 . TA T 2669.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=225.2426;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.04;MQ0=0;QD=18.80;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.214e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,126:142:99:2712,361,0 chrXII 620309 . GTT G 4503 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=32.9809;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.42;MQ0=0;QD=43.30;SB=-1.761e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:104:99:4503,298,0 chrXII 625064 . T TAA 2442.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=421.9065;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.40;MQ0=0;QD=22.41;RPA=12,14;RU=A;SB=-6.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,69:109:99:2485,240,0 chrXII 628328 . TA T 1897.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=451.3686;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.81;MQ0=0;QD=16.50;RPA=8,7;RU=A;SB=-8.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,99:115:99:1940,268,0 chrXII 633829 . CT C 3440 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=210.2038;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.44;MQ0=0;QD=23.24;RPA=5,4;RU=T;SB=-9.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,145:148:99:3440,411,0 chrXII 634030 . TG T 2647.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=53.9618;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;QD=29.75;RPA=4,3;RU=G;SB=-1.224e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,83:89:99:2690,250,0 chrXII 634100 . GA G 1776.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=103.5444;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.77;MQ0=0;QD=17.77;RPA=9,8;RU=A;SB=-7.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,87:100:99:1819,259,0 chrXII 636551 . GTTT G 1123.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.604;DP=63;FS=7.678;HaplotypeScore=53.3905;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.79;MQ0=0;MQRankSum=0.212;QD=17.84;RPA=16,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.757;SB=-4.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,40:63:99:1166,101,0 chrXII 640091 . C CT 541.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=79.1419;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.73;MQ0=0;QD=17.48;RPA=9,10;RU=T;SB=-2.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,23:31:66:584,66,0 chrXII 640114 . G GC 991.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=60.6154;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.32;MQ0=0;QD=32.00;RPA=1,2;RU=C;SB=-1.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,27:31:81:1034,81,0 chrXII 641311 . G GA 1293.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.528;DP=135;FS=6.107;HaplotypeScore=62.5287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.376;QD=9.58;RPA=15,16;RU=A;ReadPosRankSum=-1.244;SB=-6.062e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:73,52:135:97:1335,97,0 chrXII 644385 . A AC 2331.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=14.7270;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.81;MQ0=0;QD=33.31;SB=-1.141e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,66:70:99:2374,178,0 chrXII 645231 . TA T 852.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.484;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=63.6269;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.684;QD=9.17;RPA=16,15;RU=A;ReadPosRankSum=0.750;SB=-3.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,59:92:99:895,104,0 chrXII 645754 . T TTCTC 6508 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=177;FS=0.000;HaplotypeScore=696.4108;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.15;MQ0=0;QD=36.77;RPA=7,9;RU=TC;SB=-2.454e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:75,92:177:99:6508,370,0 chrXII 645780 . T TCCTTTC 10868 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=192;FS=0.000;HaplotypeScore=648.8742;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.37;MQ0=0;QD=56.60;RPA=2,3;RU=CCTTTC;SB=-3.429e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:64,128:192:99:10868,445,0 chrXII 646385 . G GAAA 3507 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=181.0323;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.14;MQ0=0;QD=25.60;RPA=13,16;RU=A;SB=-1.152e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,88:136:99:3507,288,0 chrXII 657265 . G GTGAAT 6074 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=371.8641;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.65;MQ0=0;QD=74.07;SB=-1.577e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,70:82:99:6074,244,0 chrXII 657882 . AC A 2921.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=1253.2020;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.42;MQ0=0;QD=29.82;SB=-1.226e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:98:99:2964,271,0 chrXII 657926 . GT G 1455.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.602;DP=127;FS=10.281;HaplotypeScore=1035.9801;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.142;QD=11.46;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.332;SB=-6.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,96:127:61:1498,61,0 chrXII 666013 . ACAACATCAGTAGAACTAGCTTTCAAAG A 8822 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=198;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=49.8942;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.23;MQ0=0;QD=44.56;RPA=2,1;RU=CAACATCAGTAGAACTAGCTTTCAAAG;SB=-2.025e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:131,64:198:99:8822,171,0 chrXII 667982 . A AT 1482.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.299;DP=75;FS=5.593;HaplotypeScore=20.7413;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.060;QD=19.77;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.478;SB=-3.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,60:75:99:1525,153,0 chrXII 669123 . AC A 4500 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=599.5168;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.21;MQ0=0;QD=29.80;RPA=3,2;RU=C;SB=-1.728e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,139:151:99:4500,421,0 chrXII 669182 . C CT 4002 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=412.0613;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.82;MQ0=0;QD=31.02;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.824e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,121:129:99:4002,364,0 chrXII 669715 . GGAA G 6596 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=33.5278;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.30;MQ0=0;QD=47.80;SB=-3.279e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,132:138:99:6596,388,0 chrXII 670301 . AGT A 6303 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=1043.1525;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.61;MQ0=0;QD=42.30;SB=-2.132e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,144:149:99:6303,433,0 chrXII 672902 . ATC A 3821 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=28.1014;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.56;MQ0=0;QD=36.39;SB=-1.793e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,103:105:99:3821,301,0 chrXII 672979 . A AT 1293.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.338;DP=92;FS=1.435;HaplotypeScore=107.7271;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.152;QD=14.06;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.385;SB=-5.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,52:92:73:1336,73,0 chrXII 673332 . T TA 2565.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=1022.2916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.62;MQ0=0;QD=23.54;RPA=3,4;RU=A;SB=-7.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,81:109:99:2608,255,0 chrXII 673375 . TG T 2311.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.112;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=1018.8964;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.057;QD=27.20;ReadPosRankSum=-1.642;SB=-1.056e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,76:85:99:2354,226,0 chrXII 673423 . CA C 1575.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=466.1619;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.18;MQ0=0;QD=20.74;RPA=6,5;RU=A;SB=-7.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,69:76:99:1618,203,0 chrXII 674046 . A AT 2583.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=288.3233;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.09;MQ0=0;QD=23.49;RPA=7,8;RU=T;SB=-7.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,95:110:99:2626,282,0 chrXII 674080 . AT A 1633.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=449.7091;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.28;MQ0=0;QD=16.50;RPA=9,8;RU=T;SB=-5.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,80:99:99:1676,238,0 chrXII 680023 . A AT 1908.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.687;DP=91;FS=4.658;HaplotypeScore=200.8078;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=1.550;QD=20.98;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.641;SB=-6.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,79:91:99:1951,211,0 chrXII 680988 . AC A 5226 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=167;FS=0.000;HaplotypeScore=551.9894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.15;MQ0=0;QD=31.29;RPA=2,1;RU=C;SB=-2.123e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,165:166:99:5226,454,0 chrXII 681146 . G GA 3662 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.405;DP=185;FS=0.000;HaplotypeScore=218.6586;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.233;QD=19.79;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.719;SB=-1.355e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,138:184:99:3662,326,0 chrXII 682671 . A AG 5244 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=44.8493;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=34.05;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.869e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,146:154:99:5244,427,0 chrXII 685663 . C CCGT 8111 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=129.9388;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.80;MQ0=0;QD=57.94;SB=-2.770e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,130:140:99:8111,397,0 chrXII 687408 . CT C 1631.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=199.4654;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;QD=21.76;RPA=5,4;RU=T;SB=-2.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,69:75:99:1674,201,0 chrXII 687472 . G GA 453.99 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.863;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=102.7615;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.162;QD=9.46;RPA=14,15;RU=A;ReadPosRankSum=-0.055;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,18:48:20:493,0,20 chrXII 687607 . AC A 82.05 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=91.0017;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=5.13;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,12:16:20:124,20,0 chrXII 687837 . GA G 784.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=103.3410;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.85;MQ0=0;QD=28.03;RPA=3,2;RU=A;SB=-2.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,26:28:78:827,78,0 chrXII 687852 . TA T 797.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=103.9254;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;QD=22.17;RPA=6,5;RU=A;SB=-2.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:99:840,105,0 chrXII 687978 . TA T 606.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=227.5971;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.06;MQ0=0;QD=15.97;RPA=6,5;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,27:38:78:649,78,0 chrXII 688702 . C CT 3106.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=248.5187;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.41;MQ0=0;QD=27.74;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.162e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,106:112:99:3149,313,0 chrXII 696960 . A AATGAG 5485 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=232.1336;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.51;MQ0=0;QD=43.53;RPA=5,6;RU=ATGAG;SB=-1.834e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,93:126:99:5485,259,0 chrXII 699901 . TA T 672.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=195.5338;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.65;MQ0=0;QD=18.69;RPA=7,6;RU=A;SB=-3.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,34:36:96:715,96,0 chrXII 699927 . TA T 457.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.114;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=192.7495;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.609;QD=11.17;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.495;SB=-1.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,27:41:55:500,55,0 chrXII 701212 . C CTAT 541.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=41.0252;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;QD=33.87;RPA=5,6;RU=TAT;SB=-2.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,12:16:39:584,39,0 chrXII 704138 . TAAAAA T 4448 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.692;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=60.9401;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.14;MQ0=1;MQRankSum=1.175;QD=29.85;RPA=19,14;RU=A;ReadPosRankSum=1.692;SB=-1.717e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,77:148:99:4448,238,0 chrXII 704451 . AT A 1534.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=123;FS=4.225;HaplotypeScore=141.2118;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=1.563;QD=12.48;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.056;SB=-5.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,99:123:99:1577,237,0 chrXII 708705 . TACC T 2538.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.743;DP=222;DS;FS=1.705;HaplotypeScore=2280.4348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.88;MQ0=0;MQRankSum=-5.190;QD=11.44;ReadPosRankSum=10.939;SB=-1.224e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:131,88:222:99:2578,0,2446 chrXII 708709 . TGAGCTTGTACTA T 12096 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=11.582;DP=234;DS;FS=4.736;HaplotypeScore=1443.1878;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.28;MQ0=0;MQRankSum=-4.371;QD=51.69;ReadPosRankSum=8.662;SB=-6.041e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:143,88:234:99:12096,0,1956 chrXII 709117 . AGAAGTTGAAGCAGAT A 14923 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=731.3282;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.90;MQ0=0;QD=95.05;RPA=2,1;RU=GAAGTTGAAGCAGAT;SB=-4.186e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,111:157:99:14923,325,0 chrXII 710407 . GT G 2831.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=430.5631;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.58;MQ0=0;QD=23.21;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.014e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,116:122:99:2874,342,0 chrXII 710918 . G GC 6598 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;FS=0.000;HaplotypeScore=630.4212;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.67;MQ0=0;QD=39.75;SB=-1.785e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,158:166:99:6598,476,0 chrXII 712186 . G GTT 1667.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=148.0396;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;QD=21.11;RPA=12,14;RU=T;SB=-6.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,48:79:99:1710,159,0 chrXII 712833 . A AC 2163.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=14.0997;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.79;MQ0=0;QD=36.68;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,57:59:99:2206,165,0 chrXII 712996 . GAGCCAGTTTAAAGATATATTGCGTTT G 10313 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=478.6383;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=206.26;SB=-3.960e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:50:99:10313,114,0 chrXII 713115 . AT A 2704.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=431.0136;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.49;MQ0=0;QD=19.18;RPA=7,6;RU=T;SB=-9.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,129:141:99:2747,364,0 chrXII 713307 . ATT A 4044 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=360.3700;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.45;MQ0=0;QD=27.32;RPA=11,9;RU=T;SB=-1.725e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,128:148:99:4044,385,0 chrXII 718114 . T TAAAA 472.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=94.7631;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.27;MQ0=0;QD=18.19;RPA=12,16;RU=A;SB=-1.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,9:26:33:515,33,0 chrXII 719533 . GT G 3699 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=430.4478;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=27.00;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.206e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,119:137:99:3699,357,0 chrXII 719563 . A AT 2388.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.371;DP=134;FS=1.986;HaplotypeScore=468.7040;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=1.798;QD=17.83;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.698;SB=-1.073e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,100:134:99:2431,252,0 chrXII 722481 . GT G 1582.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.976;DP=146;FS=8.268;HaplotypeScore=757.0748;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.145;QD=10.84;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.695;SB=-3.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,103:146:79:1625,79,0 chrXII 722835 . A ATT 2908.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=241.4373;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.09;MQ0=0;QD=26.45;RPA=9,11;RU=T;SB=-1.342e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,80:110:99:2951,257,0 chrXII 723168 . CAAAA C 4357 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.282;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=338.8876;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.83;MQ0=0;MQRankSum=0.416;QD=33.26;RPA=14,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.697;SB=-1.721e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,97:131:99:4357,287,0 chrXII 723209 . G GT 1407.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.054;DP=127;FS=11.378;HaplotypeScore=601.4630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.302;QD=11.08;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=-1.996;SB=-5.776e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:74,45:127:82:1448,82,0 chrXII 724612 . CT C 805.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.766;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=54.4268;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.37;MQ0=0;MQRankSum=0.524;QD=12.79;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=-1.088;SB=-3.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,51:63:99:848,101,0 chrXII 725704 . GA G 1985.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=227.7758;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.88;MQ0=0;QD=21.82;RPA=5,4;RU=A;SB=-7.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,83:91:99:2028,243,0 chrXII 728213 . C CA 2783.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=334.5272;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.83;MQ0=0;QD=23.39;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.177e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,98:119:99:2826,300,0 chrXII 728268 . AG A 4211 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=379.7454;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.29;MQ0=0;QD=34.52;SB=-1.198e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,118:122:99:4211,343,0 chrXII 731739 . GA G 86.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.800;DP=37;FS=6.560;HaplotypeScore=50.7038;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.42;MQ0=4;MQRankSum=2.933;QD=2.35;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=-2.533;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,9:16:99:126,0,301 chrXII 732527 . A AC 4793 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;FS=0.000;HaplotypeScore=40.7482;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.83;MQ0=0;QD=28.53;RPA=5,6;RU=C;SB=-7.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,154:168:99:4793,445,0 chrXII 734923 . A AT 345.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.180;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=15.1530;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.79;MQ0=0;MQRankSum=0.300;QD=11.53;RPA=15,16;RU=T;ReadPosRankSum=0.899;SB=-2.498e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,11:29:27:388,27,0 chrXII 743995 . G GAA 2824.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=91.0818;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.23;MQ0=0;QD=22.97;RPA=11,13;RU=A;SB=-1.366e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,89:123:99:2867,280,0 chrXII 745601 . CT C 2690.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=596.7857;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.93;MQ0=0;QD=23.20;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.205e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,110:116:99:2733,303,0 chrXII 747476 . GT G 3027.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=385.7485;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=21.94;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.158e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,128:138:99:3070,371,0 chrXII 747710 . G GT 4289 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=43.0277;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.65;MQ0=0;QD=31.08;RPA=2,3;RU=T;SB=-2.049e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,121:138:99:4289,382,0 chrXII 747822 . A AT 4007 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=853.2606;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.13;MQ0=0;QD=35.15;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.686e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,99:114:99:4007,316,0 chrXII 748908 . TA T 2329.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=23.9714;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.45;MQ0=0;QD=25.60;RPA=3,2;RU=A;SB=-7.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,82:91:99:2372,228,0 chrXII 757390 . AGT A 2953.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.983;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=944.7236;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.74;MQ0=0;MQRankSum=0.118;QD=28.68;ReadPosRankSum=2.293;SB=-1.413e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,86:102:99:2996,252,0 chrXII 757398 . AAG A 3014.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.335;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=940.3514;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.065;QD=30.15;ReadPosRankSum=1.750;SB=-1.147e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,85:99:99:3057,268,0 chrXII 757413 . CA C 1459.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.234;DP=92;FS=3.779;HaplotypeScore=971.3393;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.936;QD=15.87;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.562;SB=-6.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,74:92:99:1502,193,0 chrXII 757472 . TAGAGATAG T 7478 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.791;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=199.3917;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.544;QD=72.60;ReadPosRankSum=1.694;SB=-1.590e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,78:103:99:7478,259,0 chrXII 757586 . G GTT 2124.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=209.5488;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.29;MQ0=0;QD=25.60;RPA=10,12;RU=T;SB=-8.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,51:82:99:2167,203,0 chrXII 759341 . GA G 2852.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=175;FS=0.000;HaplotypeScore=125.0703;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.98;MQ0=0;QD=16.30;RPA=10,9;RU=A;SB=-9.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,152:175:99:2895,424,0 chrXII 760762 . GCC G 6719 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=241.5955;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.45;MQ0=0;QD=44.50;SB=-2.580e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,149:151:99:6719,433,0 chrXII 764195 . AT A 5734 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.366;DP=240;DS;FS=4.363;HaplotypeScore=332.6218;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=1.504;QD=23.89;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=1.537;SB=-2.039e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,227:240:99:5734,618,0 chrXII 766106 . CA C 4144 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=174;FS=0.000;HaplotypeScore=496.3827;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.07;MQ0=0;QD=23.82;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.681e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,160:174:99:4144,453,0 chrXII 769162 . CATAT C 659.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=47.9942;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.57;MQ0=0;QD=17.37;RPA=9,7;RU=AT;SB=-3.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,17:38:45:702,45,0 chrXII 784382 . G GC 4477 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=89.1118;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.17;MQ0=0;QD=32.92;RPA=2,3;RU=C;SB=-1.933e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,129:135:99:4477,376,0 chrXII 784454 . C CT 2652.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=320.7977;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.72;MQ0=0;QD=24.56;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.053e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,98:108:99:2695,291,0 chrXII 784523 . GT G 1727.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.629;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=263.9510;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.522;QD=14.16;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.495;SB=-5.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,95:122:99:1770,219,0 chrXII 787598 . TA T 6545 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=214;FS=0.000;HaplotypeScore=72.3895;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.28;MQ0=0;QD=30.58;RPA=3,2;RU=A;SB=-3.112e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,207:214:99:6545,604,0 chrXII 792150 . CT C 1999.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=141.0146;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=33.33;SB=-7.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,55:60:99:2042,162,0 chrXII 792610 . AG A 3606 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=2464.3969;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.25;MQ0=0;QD=25.39;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,138:142:99:3606,395,0 chrXII 792777 . G GTT 2894.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=934.0581;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=34.06;RPA=2,4;RU=T;SB=-1.356e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,67:85:99:2937,205,0 chrXII 793048 . TAAA T 1929.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=257.7239;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.41;MQ0=0;QD=35.09;RPA=8,5;RU=A;SB=-9.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,46:55:99:1972,144,0 chrXII 793081 . T TA 2386.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=358.5813;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.46;MQ0=0;QD=35.10;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.024e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,64:68:99:2429,196,0 chrXII 793122 . TA T 1394.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=338.2501;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.42;MQ0=0;QD=21.80;RPA=6,5;RU=A;SB=-4.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,61:64:99:1437,182,0 chrXII 793185 . A AT 864.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=110.9088;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.81;MQ0=0;QD=21.10;RPA=7,8;RU=T;SB=-3.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,28:41:99:907,99,0 chrXII 794023 . G GTA 3966 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=866.9810;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.06;MQ0=0;QD=40.06;RPA=2,3;RU=TA;SB=-1.595e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,91:99:99:3966,280,0 chrXII 794052 . G GT 2518.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=888.0001;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.32;MQ0=0;QD=25.97;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.194e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,84:97:99:2561,253,0 chrXII 796917 . TA T 2382.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=380.2092;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.76;MQ0=0;QD=19.53;RPA=6,5;RU=A;SB=-6.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,113:122:99:2425,308,0 chrXII 797261 . AT A 1891.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=376.3397;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.46;MQ0=0;QD=17.85;RPA=8,7;RU=T;SB=-6.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,95:106:99:1934,268,0 chrXII 797292 . A AT 3563 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=515.2556;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.63;MQ0=0;QD=24.40;RPA=7,8;RU=T;SB=-9.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,133:146:99:3563,400,0 chrXII 802485 . ATTT A 2779.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=187.2445;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.59;MQ0=0;QD=35.19;RPA=13,10;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,73:79:99:2822,217,0 chrXII 805656 . GA G 2940.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=168.4465;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;QD=21.31;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.369e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,131:138:99:2983,377,0 chrXII 806932 . C CT 1266.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=842.7145;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.90;MQ0=0;QD=28.79;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,40:44:99:1309,123,0 chrXII 807323 . TAA T 1761.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=573.1926;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.86;MQ0=0;QD=22.30;RPA=11,9;RU=A;SB=-7.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,65:79:99:1804,183,0 chrXII 809221 . A AT 6208 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=222;FS=0.000;HaplotypeScore=579.1304;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.06;MQ0=0;QD=27.96;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.702e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,211:222:99:6208,610,0 chrXII 815867 . CTT C 3377 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=819.7202;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.10;MQ0=0;QD=40.20;RPA=4,2;RU=T;SB=-9.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,78:84:99:3377,241,0 chrXII 815905 . T TAC 2174.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.075;DP=77;FS=3.394;HaplotypeScore=1170.9860;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.414;QD=28.25;ReadPosRankSum=2.508;SB=-5.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,60:77:99:2217,176,0 chrXII 817783 . G GA 2727.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=472.3359;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.96;MQ0=0;QD=30.31;RPA=2,3;RU=A;SB=-7.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,83:90:99:2770,247,0 chrXII 818744 . GA G 2714.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=719.2232;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.01;MQ0=0;QD=30.17;RPA=3,2;RU=A;SB=-7.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,88:90:99:2757,262,0 chrXII 818798 . TCA T 1371.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=506.3309;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.17;MQ0=0;QD=39.20;SB=-6.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,29:35:96:1414,96,0 chrXII 820468 . AG A 4312 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=559.5791;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.27;MQ0=0;QD=27.82;RPA=4,3;RU=G;SB=-1.935e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,150:155:99:4312,418,0 chrXII 823381 . TGG T 1874.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=521.3137;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.98;MQ0=0;QD=29.76;RPA=9,7;RU=G;SB=-7.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,49:63:99:1917,150,0 chrXII 823433 . AG A 549.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=230.0004;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.58;MQ0=0;QD=20.37;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,20:27:66:592,66,0 chrXII 823566 . G GA 564.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=11.9652;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.11;MQ0=0;QD=20.18;RPA=11,12;RU=A;SB=-1.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,27:28:72:607,72,0 chrXII 828135 . C CT 4567 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=82.8528;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.87;MQ0=0;QD=31.28;RPA=2,3;RU=T;SB=-3.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,142:146:99:4567,409,0 chrXII 829417 . A ATG 1017.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=157.2715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.49;MQ0=0;QD=28.28;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,35:36:74:1060,74,0 chrXII 830629 . ATTTT A 6644 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=859.4048;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.98;MQ0=0;QD=46.14;RPA=9,5;RU=T;SB=-2.972e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,132:144:99:6644,379,0 chrXII 833737 . GT G 2643.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=425.5812;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.34;MQ0=0;QD=22.79;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.179e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,108:116:99:2686,297,0 chrXII 835608 . CAAG C 8555 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=220;FS=0.000;HaplotypeScore=172.6435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.84;MQ0=0;QD=38.89;RPA=2,1;RU=AAG;SB=-4.167e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,205:220:99:8555,575,0 chrXII 839880 . G GA 2754.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.562;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=282.4068;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.087;QD=25.05;ReadPosRankSum=1.155;SB=-1.131e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,96:110:99:2797,288,0 chrXII 845949 . GA G 1655.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=22.7263;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.54;MQ0=0;QD=18.82;RPA=7,6;RU=A;SB=-6.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,84:88:99:1698,227,0 chrXII 849645 . CTAT C 2433.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=374.5360;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.90;MQ0=0;QD=24.59;RPA=7,6;RU=TAT;SB=-1.216e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,63:99:99:2476,189,0 chrXII 852137 . GT G 1440.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=56.0952;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;QD=15.49;RPA=11,10;RU=T;SB=-4.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,79:93:99:1483,228,0 chrXII 852458 . CA C 3200.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=317.9935;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.22;MQ0=0;QD=22.23;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.521e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,136:144:99:3243,384,0 chrXII 852480 . G GA 3968 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=305.8295;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.70;MQ0=0;QD=25.93;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.627e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,135:153:99:3968,406,0 chrXII 855738 . A ATT 2361.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=416.2666;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.07;MQ0=0;QD=26.54;RPA=10,12;RU=T;SB=-1.102e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,62:89:99:2404,207,0 chrXII 856318 . CA C 7058 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=194;FS=0.000;HaplotypeScore=747.3982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.01;MQ0=0;QD=36.38;SB=-3.062e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,186:194:99:7058,563,0 chrXII 856361 . AT A 4743 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=206;FS=0.000;HaplotypeScore=1571.4204;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.91;MQ0=1;QD=23.02;RPA=7,6;RU=T;SB=-2.114e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,189:205:99:4743,552,0 chrXII 861593 . A AT 2481.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=39.1078;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.12;MQ0=0;QD=27.89;RPA=3,4;RU=T;SB=-8.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,85:89:99:2524,241,0 chrXII 863696 . CTCA C 3792 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.142;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=259.2710;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.95;MQ0=0;MQRankSum=1.653;QD=33.86;RPA=8,7;RU=TCA;ReadPosRankSum=0.276;SB=-1.035e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,90:112:99:3792,252,0 chrXII 872807 . G GTT 3506 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=42.5118;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.08;MQ0=0;QD=29.97;RPA=8,10;RU=T;SB=-1.540e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,90:117:99:3506,299,0 chrXII 875488 . TA T 2696.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.546;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=99.2974;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.391;QD=28.09;ReadPosRankSum=-1.248;SB=-9.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,72:96:99:2739,274,0 chrXII 877562 . AAG A 4463 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;FS=0.000;HaplotypeScore=962.5669;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.15;MQ0=0;QD=27.05;RPA=6,5;RU=AG;SB=-1.486e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,120:165:99:4463,355,0 chrXII 877775 . GGA G 10063 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=243;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1902.0317;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.89;MQ0=0;QD=41.41;SB=-2.391e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,238:243:99:10063,698,0 chrXII 885072 . A AT 3175.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=488.7457;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.59;MQ0=0;QD=27.14;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.500e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,104:117:99:3218,313,0 chrXII 892960 . G GA 3553 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=171;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=46.7717;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.88;MQ0=0;QD=20.78;RPA=9,10;RU=A;SB=-1.680e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,146:171:99:3553,402,0 chrXII 899162 . AT A 2161.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=566.8093;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.52;MQ0=0;QD=15.55;RPA=9,8;RU=T;SB=-9.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,118:139:99:2204,318,0 chrXII 915075 . CGT C 3288 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=445.8040;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.91;MQ0=0;QD=26.52;RPA=8,7;RU=GT;SB=-1.265e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,96:124:99:3288,301,0 chrXII 922015 . TA T 3308 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=393.7845;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.15;MQ0=0;QD=22.97;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.519e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,136:144:99:3308,381,0 chrXII 928464 . T TG 1704.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=13.1308;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.18;MQ0=0;QD=31.57;RPA=2,3;RU=G;SB=-1.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1747,156,0 chrXII 932248 . T TC 5642 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=336.5685;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=35.71;SB=-1.775e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,154:158:99:5642,451,0 chrXII 934342 . C CA 3773 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=45.1869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.85;MQ0=0;QD=24.03;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.847e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,129:157:99:3773,399,0 chrXII 948003 . G GA 4469 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=28.3673;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.69;MQ0=0;QD=39.20;SB=-1.707e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:114:99:4469,325,0 chrXII 950305 . CT C 1480.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.340;DP=123;FS=1.605;HaplotypeScore=746.9856;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.007;QD=12.04;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.386;SB=-6.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,77:123:99:1523,139,0 chrXII 950338 . C CT 1959.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.648;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=897.2827;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.74;MQ0=0;MQRankSum=-2.285;QD=19.03;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=0.716;SB=-8.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,71:103:99:2002,223,0 chrXII 950357 . CT C 1349.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.682;DP=92;FS=3.337;HaplotypeScore=812.6439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.64;MQ0=0;MQRankSum=0.025;QD=14.67;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.280;SB=-6.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,72:92:99:1392,197,0 chrXII 950840 . G GA 2171.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.428;DP=116;FS=4.586;HaplotypeScore=417.6117;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.04;MQ0=0;MQRankSum=0.628;QD=18.72;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.237;SB=-7.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,84:116:99:2214,191,0 chrXII 951123 . AT A 3104.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.428;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=40.0243;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.43;MQ0=0;MQRankSum=0.788;QD=25.87;ReadPosRankSum=0.853;SB=-1.186e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,116:120:99:3147,333,0 chrXII 963499 . T TAA 3832 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=546.4603;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.39;MQ0=0;QD=28.81;RPA=1,3;RU=A;SB=-1.370e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,117:133:99:3832,345,0 chrXII 975700 . G GT 1432.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=118.6960;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=26.54;RPA=3,4;RU=T;SB=-3.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,47:54:99:1475,141,0 chrXII 975970 . CA C 1562.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=408.2529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.70;MQ0=0;QD=18.39;RPA=8,7;RU=A;SB=-4.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,79:85:99:1605,221,0 chrXII 981406 . CCA C 478.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.666;DP=230;DS;FS=61.130;HaplotypeScore=248.3619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=10.94;MQ0=168;MQRankSum=3.464;QD=2.08;ReadPosRankSum=1.648;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:215,14:47:99:518,0,994 chrXII 981418 . A AC 474.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.937;DP=225;DS;FS=24.266;HaplotypeScore=224.5584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=9.84;MQ0=175;MQRankSum=2.803;QD=2.11;ReadPosRankSum=3.937;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:209,14:34:99:514,0,199 chrXII 981524 . ATCGT A 2248.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.905;DP=171;FS=70.309;HaplotypeScore=1065.6821;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=15.07;MQ0=118;MQRankSum=3.905;QD=13.15;ReadPosRankSum=-0.590;SB=-3.011e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:127,42:48:99:2288,0,287 chrXII 981544 . TC T 1408.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.460;DP=182;FS=89.476;HaplotypeScore=1225.9746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=15.45;MQ0=116;MQRankSum=4.460;QD=7.74;ReadPosRankSum=0.311;SB=-3.011e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:136,45:53:99:1448,0,154 chrXII 1002214 . GA G 154.98 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.928;DP=59;FS=2.442;HaplotypeScore=80.7329;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.952;QD=2.63;RPA=19,18;RU=A;ReadPosRankSum=0.911;SB=-7.559e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,11:59:24:194,0,24 chrXII 1011372 . CT C 650.73 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.076;DP=98;FS=4.687;HaplotypeScore=79.3604;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.00;MQ0=0;MQRankSum=0.881;QD=6.64;RPA=15,14;RU=T;ReadPosRankSum=2.251;SB=-1.548e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,47:98:0:688,0,0 chrXII 1011952 . C CTGTTGT 10512 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.708;DP=211;DS;FS=4.371;HaplotypeScore=81.6935;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.12;MQ0=0;MQRankSum=0.418;QD=49.82;RPA=6,8;RU=TGT;ReadPosRankSum=-0.084;SB=-3.761e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:61,142:211:99:10512,381,0 chrXII 1012324 . C CG 5783 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.135;DP=209;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=615.8246;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.85;MQ0=0;MQRankSum=1.562;QD=27.67;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=-0.418;SB=-2.693e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:91,115:209:99:5783,554,0 chrXII 1012328 . A AGCC 5610 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=490.8933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.54;MQ0=0;QD=40.36;RPA=1,2;RU=GCC;SB=-1.017e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,110:139:99:5610,331,0 chrXII 1013815 . C CT 1409.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=67.5393;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.99;RPA=8,9;RU=T;SB=-4.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,54:83:99:1452,165,0 chrXII 1013863 . AT A 1486.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=83.2441;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.23;MQ0=0;QD=22.53;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,48:66:99:1529,170,0 chrXII 1014195 . GA G 3181.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.295;DP=247;DS;FS=28.731;HaplotypeScore=2080.6168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.65;MQ0=1;MQRankSum=-4.976;QD=12.88;ReadPosRankSum=-0.785;SB=-6.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:133,109:245:99:3221,0,4474 chrXII 1014199 . T TG 3852 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.387;DP=248;DS;FS=40.668;HaplotypeScore=2099.1810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.75;MQ0=1;MQRankSum=-4.090;QD=15.53;ReadPosRankSum=-0.679;SB=-7.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:144,101:246:99:3852,0,2669 chrXII 1014227 . GTC G 6470 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=246;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=2020.1587;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.42;MQ0=0;QD=26.30;RPA=3,2;RU=TC;SB=-1.186e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:85,159:246:99:6470,505,0 chrXII 1015482 . A AAT 374.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.134;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=28.7479;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.668;QD=9.35;RPA=10,11;RU=AT;ReadPosRankSum=0.134;SB=-1.858e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,13:40:8:415,8,0 chrXII 1019115 . CG C 818.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=71.2220;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.92;MQ0=0;QD=15.75;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,18:52:96:861,96,0 chrXII 1026686 . CT C 108.38 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.822;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=66.2662;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=1.552;QD=3.39;RPA=17,16;RU=T;ReadPosRankSum=1.552;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,9:32:7:147,0,7 chrXII 1026770 . T TA 503.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=58.4193;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.54;MQ0=0;QD=21.91;RPA=9,10;RU=A;SB=-1.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:63:546,63,0 chrXII 1028973 . C CG 3980 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.440;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=844.4137;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.63;MQ0=0;MQRankSum=0.211;QD=26.53;ReadPosRankSum=3.679;SB=-1.437e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,147:150:99:3980,408,0 chrXII 1030472 . A ATC 8490 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=179;FS=0.000;HaplotypeScore=43.9709;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.98;MQ0=0;QD=47.43;SB=-3.012e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,169:179:99:8490,500,0 chrXII 1038879 . AT A 2656.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=94.5563;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.66;MQ0=0;QD=20.44;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.173e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,120:130:99:2699,341,0 chrXII 1039210 . G GA 1915.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.084;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=189.0971;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.327;QD=16.38;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.335;SB=-9.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,84:116:99:1958,155,0 chrXII 1043537 . G GT 3130.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=28.1336;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.24;MQ0=0;QD=36.41;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.396e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:86:99:3173,247,0 chrXII 1052067 . AT A 1106.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=142.4907;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.650;QD=23.06;ReadPosRankSum=0.908;SB=-5.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,33:48:99:1149,122,0 chrXII 1052907 . CA C 5668 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=183;FS=0.000;HaplotypeScore=483.3033;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.52;MQ0=0;QD=30.97;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.868e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,178:183:99:5668,511,0 chrXII 1053044 . AT A 2852.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=303.3454;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.28;MQ0=0;QD=23.38;RPA=4,3;RU=T;SB=-7.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,104:122:99:2895,324,0 chrXII 1053323 . TAATC T 1076.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=73.7212;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.81;MQ0=0;QD=48.95;RPA=2,1;RU=AATC;SB=-5.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:60:1119,60,0 chrXII 1054794 . GC G 2043.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=18.3074;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.21;MQ0=0;QD=28.00;RPA=3,2;RU=C;SB=-8.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,69:73:99:2086,192,0 chrXII 1054954 . GA G 2733.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=401.3581;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.70;MQ0=0;QD=25.31;RPA=4,3;RU=A;SB=-6.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,107:108:99:2776,312,0 chrXII 1057102 . C CA 4125 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=497.7639;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.21;MQ0=0;QD=27.14;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.888e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,139:152:99:4125,409,0 chrXII 1058757 . GA G 3342 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=34.2862;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.00;MQ0=0;QD=35.55;SB=-1.257e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:94:99:3342,271,0 chrXII 1059123 . T TA 1479.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.954;DP=103;FS=7.861;HaplotypeScore=263.6984;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.36;MQ0=0;MQRankSum=2.039;QD=14.37;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-1.029;SB=-5.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,77:98:99:1522,159,0 chrXII 1062370 . A AT 233.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.741;DP=13;FS=10.000;HaplotypeScore=58.8812;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.21;MQ0=1;MQRankSum=0.000;QD=17.94;ReadPosRankSum=1.044;SB=-2.499e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,10:10:15:275,15,0 chrXII 1062467 . C CAG 645.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=83.5956;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.32;MQ0=0;QD=40.37;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,15:14:42:688,42,0 chrXII 1062562 . C CGT 798.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=126.9130;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.68;MQ0=1;QD=31.96;SB=-5.100e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,21:22:54:841,54,0 chrXII 1064583 . T TG 958.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=281.4509;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.45;MQ0=2;QD=22.30;RPA=3,4;RU=G;SB=-1.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,42:31:87:1001,87,0 chrXII 1064961 . A AG 167.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.670;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=673.1812;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.08;MQ0=1;MQRankSum=-0.381;QD=5.60;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=-0.483;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,8:28:99:207,0,533 chrXII 1065011 . A AG 137.24 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=353.4946;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.747;QD=8.58;RPA=3,4;RU=G;ReadPosRankSum=0.747;SB=-3.054e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,6:13:9:176,0,9 chrXII 1065106 . G GT 416.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.553;DP=37;FS=1.760;HaplotypeScore=252.8234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.00;MQ0=5;MQRankSum=-1.136;QD=11.27;ReadPosRankSum=3.000;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,14:26:99:456,0,127 chrXII 1065137 . TG T 449.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.549;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=514.7546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.06;MQ0=8;MQRankSum=2.657;QD=8.33;RPA=3,2;RU=G;ReadPosRankSum=2.874;SB=-1.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,15:41:44:489,0,44 chrXII 1065139 . G GT 457.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.613;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=562.1365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.27;MQ0=8;MQRankSum=-1.938;QD=8.03;ReadPosRankSum=-2.055;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,12:44:99:497,0,137 chrXII 1065150 . GGTGT G 717.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.459;DP=57;FS=11.735;HaplotypeScore=566.9514;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.13;MQ0=5;MQRankSum=-1.254;QD=12.60;RPA=3,1;RU=GT;ReadPosRankSum=-0.907;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,15:47:99:757,0,346 chrXII 1065154 . T TGTGG 1718.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.391;DP=58;FS=3.489;HaplotypeScore=502.1375;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.53;MQ0=4;MQRankSum=0.195;QD=29.64;ReadPosRankSum=0.586;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,20:49:84:1761,84,0 chrXII 1065321 . CAA C 287.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=44.3259;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.01;MQ0=0;QD=15.16;RPA=3,1;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:8:24:330,24,0 chrXIII 5539 . AC A 157.08 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;DP=29;FS=3.680;HaplotypeScore=57.4645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.48;MQ0=14;MQRankSum=0.751;QD=5.42;RPA=3,2;RU=C;ReadPosRankSum=0.751;SB=-5.779e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,5:10:13:196,0,13 chrXIII 5565 . C CA 127.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.906;DP=30;FS=2.307;HaplotypeScore=95.1072;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.13;MQ0=9;MQRankSum=2.266;QD=4.27;ReadPosRankSum=0.453;SB=-2.400e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,5:17:99:167,0,358 chrXIII 13430 . GA G 3911 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=455.1433;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.65;MQ0=0;QD=27.94;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.534e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,131:140:99:3911,370,0 chrXIII 13570 . T TTG 6606 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=199;FS=0.000;HaplotypeScore=1469.4263;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.25;MQ0=0;QD=33.20;SB=-3.052e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,167:199:99:6606,558,0 chrXIII 13571 . CT C 5114 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.694;DP=194;FS=0.000;HaplotypeScore=1623.0141;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.431;QD=26.36;ReadPosRankSum=1.581;SB=-2.308e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,167:194:99:5114,542,0 chrXIII 18906 . AAT A 152.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2034;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;QD=25.37;RPA=7,6;RU=AT;SB=-3.675e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:6:15:194,15,0 chrXIII 23864 . G GC 4752 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=40.9034;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.53;MQ0=0;QD=33.70;RPA=2,3;RU=C;SB=-1.251e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,140:141:99:4752,409,0 chrXIII 26538 . CT C 109.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=32.6855;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=6.06;RPA=11,10;RU=T;SB=-2.587e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,7:18:18:151,18,0 chrXIII 26795 . G GAA 2865.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=375.0717;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.73;MQ0=0;QD=44.09;RPA=2,4;RU=A;SB=-1.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,60:65:99:2908,193,0 chrXIII 26816 . GACCCT G 4344 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=288.6002;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.89;MQ0=0;QD=58.70;RPA=2,1;RU=ACCCT;SB=-2.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,54:74:99:4344,190,0 chrXIII 33829 . AG A 337.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.869;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=66.0606;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.738;QD=26.00;ReadPosRankSum=1.448;SB=-3.100e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,10:13:32:380,32,0 chrXIII 33870 . C CT 2123.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=46.5501;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;QD=39.33;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:54:99:2166,156,0 chrXIII 38559 . AT A 3912 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=33.8313;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.09;MQ0=0;QD=28.35;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.271e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,131:138:99:3912,367,0 chrXIII 41950 . GAA G,GA 343.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.501;DP=95;FS=6.486;HaplotypeScore=42.2367;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.22;MQ0=0;MQRankSum=0.834;QD=3.62;RPA=20,18,19;RU=A;ReadPosRankSum=2.795;SB=-1.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:63,18,1:95:79:422,79,219,181,0,194 chrXIII 43866 . CT C 1865.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=230.2076;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.23;MQ0=0;QD=16.09;RPA=13,12;RU=T;SB=-7.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,69:116:99:1908,253,0 chrXIII 43908 . A ATT 2726.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.102;DP=113;FS=3.697;HaplotypeScore=314.8418;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.87;MQ0=0;MQRankSum=0.394;QD=24.13;RPA=12,14;RU=T;ReadPosRankSum=-0.551;SB=-1.153e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:57,46:113:99:2769,221,0 chrXIII 44386 . ACAGCAGCAG A 18653 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=244;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=272.7607;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.70;MQ0=0;QD=76.45;RPA=6,3;RU=CAG;SB=-9.022e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,206:244:99:18653,593,0 chrXIII 45964 . T TTATA 1812.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=240.7428;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.91;MQ0=0;QD=34.86;RPA=5,7;RU=TA;SB=-2.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,32:52:97:1855,97,0 chrXIII 46000 . T TTATATATA 504.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=163.0749;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.61;MQ0=0;QD=26.53;RPA=4,8;RU=TA;SB=-1.986e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,5:19:18:546,18,0 chrXIII 49837 . C CTTT 490.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=99.0896;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.85;MQ0=0;QD=21.35;RPA=13,16;RU=T;SB=-6.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,7:21:49:533,49,0 chrXIII 53771 . T TGAACTG 12889 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=549.0593;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.00;MQ0=0;QD=85.36;SB=-3.519e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,135:151:99:12889,436,0 chrXIII 53802 . TACC T 7269 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=1294.8370;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.32;MQ0=0;QD=46.01;RPA=2,1;RU=ACC;SB=-1.840e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,135:158:99:7269,409,0 chrXIII 54642 . C CT 441.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=57.2942;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.03;MQ0=0;QD=21.05;RPA=9,10;RU=T;SB=-2.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:54:484,54,0 chrXIII 58770 . AT A 2030.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.617;DP=138;FS=1.896;HaplotypeScore=251.5667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.806;QD=14.72;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=2.199;SB=-8.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,100:138:99:2073,160,0 chrXIII 58897 . CT C 2707.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=169.3001;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.67;MQ0=0;QD=21.16;RPA=10,9;RU=T;SB=-9.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,112:128:99:2750,318,0 chrXIII 62439 . G GA 2230.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.122;DP=118;FS=2.814;HaplotypeScore=94.4810;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.64;MQ0=0;MQRankSum=1.692;QD=18.91;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.068;SB=-6.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,92:118:99:2273,220,0 chrXIII 65927 . CTGTTGT C 6296 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=38.2785;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.91;MQ0=0;QD=45.96;RPA=9,7;RU=TGT;SB=-2.858e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,88:137:99:6296,262,0 chrXIII 70292 . A AC 3361 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=39.8089;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.50;MQ0=0;QD=28.73;RPA=4,5;RU=C;SB=-1.609e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,107:117:99:3361,313,0 chrXIII 77135 . T TA 6555 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=203;FS=3.857;HaplotypeScore=49.8984;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.78;MQ0=0;MQRankSum=0.030;QD=32.29;ReadPosRankSum=1.514;SB=-2.695e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,191:203:99:6555,520,0 chrXIII 77896 . CAA C 3666 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=378.7952;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.18;MQ0=0;QD=37.03;RPA=5,3;RU=A;SB=-1.378e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,93:99:99:3666,271,0 chrXIII 79840 . G GA 4960 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=189;FS=0.000;HaplotypeScore=601.2037;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.89;MQ0=0;QD=26.24;RPA=5,6;RU=A;SB=-2.100e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,161:189:99:4960,490,0 chrXIII 85889 . GA G 2974.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=25.6535;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.44;MQ0=0;QD=24.38;RPA=7,6;RU=A;SB=-9.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,113:122:99:3017,324,0 chrXIII 86794 . T TA 1370.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=222.4601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;QD=21.42;RPA=5,6;RU=A;SB=-3.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,56:64:99:1413,141,0 chrXIII 90850 . A AT 715.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=102.7594;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.82;MQ0=0;QD=16.65;RPA=11,12;RU=T;SB=-2.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,24:43:88:758,88,0 chrXIII 94308 . A AT 197.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.283;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=149.1912;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.47;MQ0=0;MQRankSum=0.099;QD=10.95;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=0.099;SB=-6.033e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,9:18:5:237,5,0 chrXIII 94322 . GAAA G 701.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=140.9115;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.10;MQ0=0;QD=35.10;RPA=7,4;RU=A;SB=-9.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,14:20:42:744,42,0 chrXIII 95396 . G GA 3798 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=216.1527;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.79;MQ0=0;QD=25.49;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.457e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,138:149:99:3798,385,0 chrXIII 95516 . T TA 2884.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=277.6985;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.81;MQ0=0;QD=38.99;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,68:74:99:2927,211,0 chrXIII 95588 . CAA C 1646.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=179.3947;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.73;MQ0=0;QD=25.34;RPA=12,10;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,45:65:99:1689,141,0 chrXIII 97583 . A ATT 3397 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=529.2928;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.56;MQ0=0;QD=29.03;RPA=10,12;RU=T;SB=-1.509e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,90:117:99:3397,285,0 chrXIII 97876 . A AT 1195.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.379;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=31.6859;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=0.813;QD=19.29;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.247;SB=-3.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,51:62:99:1238,121,0 chrXIII 99274 . C CA 1570.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.176;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=57.1489;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.48;MQ0=0;MQRankSum=1.175;QD=11.47;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=0.953;SB=-8.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:54,72:137:99:1613,99,0 chrXIII 99599 . CATATAT C 1382.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=228.6156;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.17;MQ0=0;QD=30.73;RPA=9,6;RU=AT;SB=-4.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,30:45:60:1425,60,0 chrXIII 103864 . GT G 2763.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=34.6729;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.12;MQ0=0;QD=20.03;RPA=10,9;RU=T;SB=-1.235e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,122:138:99:2806,326,0 chrXIII 108637 . CA C 2843.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.165;DP=147;FS=5.651;HaplotypeScore=485.1008;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.512;QD=19.35;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.504;SB=-9.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,122:147:99:2886,282,0 chrXIII 110970 . A AAAACAATCAGGC 10261 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=30.1832;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.87;MQ0=0;QD=110.33;SB=-2.727e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,56:92:99:10261,238,0 chrXIII 111799 . C CA 2170.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.186;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=35.0882;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=0.401;QD=19.56;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.323;SB=-1.043e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,82:111:99:2213,167,0 chrXIII 120604 . GTTCTTCTTC G 14690 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=246;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=71.8269;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.58;MQ0=0;QD=59.72;RPA=7,4;RU=TTC;SB=-3.834e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,202:246:99:14690,553,0 chrXIII 122778 . C CGTTCCTGTTCTTATT 15516 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=80.2875;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.70;MQ0=0;QD=134.92;SB=-3.034e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,78:115:99:15516,334,0 chrXIII 122959 . GACACTTTTTTGCTTA G 6268 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=11.4715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.97;MQ0=0;QD=99.49;SB=-2.083e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,56:62:99:6268,156,0 chrXIII 124042 . A AT 5529 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=212;FS=0.000;HaplotypeScore=1347.8089;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.97;MQ0=0;QD=26.08;RPA=2,3;RU=T;SB=-2.060e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,187:212:99:5529,565,0 chrXIII 124563 . G GC 2449.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=183.7696;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.19;MQ0=0;QD=38.89;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,60:63:99:2492,178,0 chrXIII 132696 . AATTATGGGAGATCGTTGATG A 10542 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=491.8757;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.46;MQ0=0;QD=112.15;SB=-4.357e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,51:94:99:10542,151,0 chrXIII 135265 . G GAT 570.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.385;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=246.4318;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.964;QD=11.88;RPA=6,7;RU=AT;ReadPosRankSum=-0.385;SB=-3.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,20:48:15:612,15,0 chrXIII 140131 . C CAA,CAAA 3999 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=415.4290;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.50;MQ0=0;QD=25.31;RPA=5,7,8;RU=A;SB=-1.902e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:23,119,9:158:85:3999,455,85,880,0,503 chrXIII 141600 . GT G 892.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=81.9338;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.70;MQ0=0;QD=28.81;RPA=4,3;RU=T;SB=-3.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:87:935,87,0 chrXIII 141812 . GC G 3015.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=120.1289;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;QD=33.14;RPA=4,3;RU=C;SB=-8.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,84:91:99:3058,262,0 chrXIII 141967 . C CA 4665 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=695.2557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.29;MQ0=0;QD=31.52;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.453e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,145:148:99:4665,427,0 chrXIII 146087 . TCCATACA T 5610 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=185.3806;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.31;MQ0=0;QD=70.13;RPA=3,2;RU=CCATACA;SB=-1.235e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,69:80:99:5610,205,0 chrXIII 159085 . GT G 2485.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=287.6128;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.35;MQ0=0;QD=21.81;RPA=9,8;RU=T;SB=-9.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,95:114:99:2528,280,0 chrXIII 163391 . G GA 3666 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;FS=0.000;HaplotypeScore=43.1265;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.76;MQ0=0;QD=21.82;RPA=8,9;RU=A;SB=-1.433e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,141:168:99:3666,393,0 chrXIII 165375 . TTCTC T 1296.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=7.5418;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.44;MQ0=0;QD=48.04;RPA=7,5;RU=TC;SB=-1.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,23:27:66:1339,66,0 chrXIII 167431 . GA G 4682 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=56.3160;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.29;MQ0=0;QD=31.85;RPA=3,2;RU=A;SB=-2.137e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,141:147:99:4682,391,0 chrXIII 167952 . T TA 7713 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=206;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1620.2821;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.54;MQ0=0;QD=37.44;SB=-2.881e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,190:206:99:7713,563,0 chrXIII 168067 . A AT 4322 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=520.5964;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.25;MQ0=0;QD=27.71;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.379e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,141:156:99:4322,424,0 chrXIII 168885 . AT A 1238.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=69.8353;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.73;MQ0=1;QD=24.29;RPA=8,7;RU=T;SB=-2.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,50:49:99:1281,144,0 chrXIII 169058 . C CT 478.76 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.149;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=111.8095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.51;MQ0=0;MQRankSum=1.609;QD=13.30;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.033;SB=-1.848e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,21:36:4:517,0,4 chrXIII 169103 . A ATT 2871.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=107.3115;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.90;MQ0=0;QD=30.88;RPA=8,10;RU=T;SB=-3.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,72:93:99:2914,246,0 chrXIII 169473 . ATTATTATTG A 13412 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=178;FS=0.000;HaplotypeScore=551.8021;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.60;MQ0=0;QD=75.35;SB=-4.664e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,174:178:99:13412,478,0 chrXIII 169808 . GA G 2483.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=405.6924;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.74;MQ0=0;QD=23.66;RPA=6,5;RU=A;SB=-3.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,91:105:99:2526,258,0 chrXIII 183702 . AT A 90.48 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;HaplotypeScore=19.0730;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;QD=18.10;RPA=3,2;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:12:132,12,0 chrXIII 183720 . G GA 160.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=18.1565;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.17;MQ0=0;QD=22.87;RPA=3,4;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:18:202,18,0 chrXIII 183982 . AT A 389.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=39.9350;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.58;MQ0=0;QD=27.85;RPA=3,2;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,12:14:36:432,36,0 chrXIII 192137 . C CA 1459.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=228.8219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.81;MQ0=0;QD=25.17;RPA=8,9;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,53:58:99:1502,159,0 chrXIII 192742 . G GATAT 437.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=39.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.00;MQ0=0;QD=18.25;SB=-2.147e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,6:24:34:480,34,0 chrXIII 195892 . T TAAG 4035 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=387.3781;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.08;MQ0=0;QD=48.61;SB=-1.233e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,72:79:99:4035,211,0 chrXIII 201934 . C CTA 844.37 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.734;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=673.6838;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.27;MQ0=1;MQRankSum=1.369;QD=42.22;ReadPosRankSum=0.456;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,18:19:13:886,13,0 chrXIII 209069 . CT C 43.14 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=13.8500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.96;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=4.79;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.731;SB=-4.141e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:9:11:82,0,11 chrXIII 211507 . AT A 1113.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=123.3542;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.58;MQ0=0;QD=20.63;RPA=8,7;RU=T;SB=-3.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,20:54:99:1156,129,0 chrXIII 211518 . A AT 1215.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.155;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=131.4971;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.39;MQ0=0;MQRankSum=0.289;QD=21.33;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.938;SB=-3.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,25:57:99:1258,118,0 chrXIII 225560 . AT A 3572 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=1269.9872;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.07;MQ0=0;QD=22.75;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.386e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,139:157:99:3572,372,0 chrXIII 226971 . GA G 1489.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=116.4789;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;QD=24.03;RPA=6,5;RU=A;SB=-8.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,59:62:99:1532,159,0 chrXIII 233275 . G GTATTTATT 1422.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=11.2830;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.15;MQ0=0;QD=31.62;RPA=4,6;RU=TATT;SB=-1.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,20:45:57:1465,57,0 chrXIII 234635 . TA T 880.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=164.9267;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.50;MQ0=0;QD=24.47;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,28:36:89:923,89,0 chrXIII 236652 . CT C 1362.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.431;DP=93;FS=7.488;HaplotypeScore=48.7805;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.554;QD=14.66;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.924;SB=-3.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,68:93:99:1405,115,0 chrXIII 238303 . TACAACAACA T 2751.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=435.0628;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.33;MQ0=0;QD=45.11;RPA=7,4;RU=ACA;SB=-2.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,28:61:84:2794,84,0 chrXIII 238950 . TA T 711.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0441;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.66;MQ0=0;QD=21.57;RPA=8,7;RU=A;SB=-3.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,31:33:90:754,90,0 chrXIII 239353 . CATATATATATATATAT C 6023 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=108.5089;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.24;MQ0=0;QD=111.54;RPA=16,8;RU=AT;SB=-2.387e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,40:54:99:6023,117,0 chrXIII 241854 . C CTTT 237.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=25.6529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=65.10;MQ0=0;QD=21.63;RPA=13,16;RU=T;SB=-1.317e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,9:11:29:280,29,0 chrXIII 245959 . C CT 3877 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=172;FS=0.000;HaplotypeScore=52.9768;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.28;MQ0=0;QD=22.54;RPA=8,9;RU=T;SB=-1.591e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,147:172:99:3877,414,0 chrXIII 247502 . TTA T 1132.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=121.3837;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.09;MQ0=0;QD=19.53;RPA=6,5;RU=TA;SB=-4.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,40:58:93:1175,93,0 chrXIII 250989 . C CT 2313.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.020;DP=109;FS=3.663;HaplotypeScore=26.0812;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.27;MQ0=0;MQRankSum=0.498;QD=21.23;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.338;SB=-1.003e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,92:109:99:2356,236,0 chrXIII 251590 . C CGTTT 10525 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=203;FS=0.000;HaplotypeScore=1013.9659;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.67;MQ0=0;QD=51.85;RPA=1,2;RU=GTTT;SB=-3.816e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,182:203:99:10525,536,0 chrXIII 251659 . A AT 3835 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.699;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=814.3462;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.86;MQ0=0;MQRankSum=0.841;QD=27.99;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=1.699;SB=-1.839e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,108:137:99:3835,312,0 chrXIII 251661 . G GA 1329.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.499;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=929.1023;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.11;MQ0=0;MQRankSum=0.779;QD=10.15;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=1.056;SB=-5.639e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:67,53:131:39:1372,39,0 chrXIII 255043 . A ATAGCACTGATAGCACTGG 21015 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=36.6399;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.99;MQ0=0;QD=137.35;SB=-9.373e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,122:153:99:21015,409,0 chrXIII 259390 . T TC 4117 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=35.0664;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.32;MQ0=0;QD=32.16;RPA=2,3;RU=C;SB=-1.390e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,123:128:99:4117,352,0 chrXIII 261667 . TA T 1604.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.233;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=102.7410;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.267;QD=21.12;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.078;SB=-2.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,68:76:99:1647,173,0 chrXIII 262725 . CA C 4179 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=178;FS=0.000;HaplotypeScore=477.6926;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.60;MQ0=0;QD=23.48;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.955e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,158:178:99:4179,459,0 chrXIII 263068 . A AAT 6303 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=377.9577;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.99;MQ0=0;QD=43.17;SB=-2.905e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,134:146:99:6303,418,0 chrXIII 263321 . A AGT 2680.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.274;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=190.7721;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.427;QD=34.82;RPA=4,5;RU=GT;ReadPosRankSum=1.376;SB=-1.212e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,67:77:99:2723,182,0 chrXIII 264337 . A AT 4802 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=136.2634;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.48;MQ0=0;QD=33.35;SB=-2.263e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,138:144:99:4802,376,0 chrXIII 268058 . AT A 196.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=81.7409;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.77;MQ0=0;QD=17.91;RPA=5,4;RU=T;SB=-5.890e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,8:11:24:239,24,0 chrXIII 268101 . GTT G 804.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=50.3442;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.60;MQ0=0;QD=35.00;RPA=6,4;RU=T;SB=-2.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:66:847,66,0 chrXIII 268384 . TA T 3980 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=318.3623;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.91;MQ0=0;QD=37.55;SB=-1.376e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:106:99:3980,301,0 chrXIII 272284 . C CACAACA 12513 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=243;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=62.2658;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=51.49;RPA=5,7;RU=ACA;SB=-3.891e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:61,171:243:99:12513,511,0 chrXIII 272748 . A AT 2036.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.346;DP=99;FS=2.616;HaplotypeScore=684.8897;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.049;QD=20.58;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.692;SB=-7.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,76:99:99:2079,168,0 chrXIII 272762 . GT G 2629.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=629.9016;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.51;MQ0=0;QD=26.04;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.014e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,90:101:99:2672,264,0 chrXIII 272928 . A AC 2346.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=135.5328;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.87;MQ0=0;QD=28.97;RPA=5,6;RU=C;SB=-7.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,75:81:99:2389,225,0 chrXIII 274004 . G GA 3560 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.028;DP=168;FS=1.740;HaplotypeScore=87.5362;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.368;QD=21.19;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.221;SB=-1.640e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,141:168:99:3560,287,0 chrXIII 275577 . C CT 3616 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=28.1275;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.44;MQ0=0;QD=30.64;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.046e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,111:118:99:3616,316,0 chrXIII 275801 . T TAATA 5437 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=1240.2671;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.55;MQ0=0;QD=53.83;RPA=1,2;RU=AATA;SB=-1.842e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,76:101:99:5437,265,0 chrXIII 277274 . TA T 1720.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=178.8439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.70;MQ0=0;QD=19.12;RPA=8,7;RU=A;SB=-6.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,73:90:99:1763,195,0 chrXIII 279911 . A AT 3668 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.341;DP=170;FS=0.000;HaplotypeScore=318.9257;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.848;QD=21.58;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.790;SB=-1.200e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,140:170:99:3668,339,0 chrXIII 280725 . GGAAGCAGAGGCAGAGGCA G 21610 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=244;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=610.7684;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.91;MQ0=0;QD=88.57;SB=-9.376e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,234:243:99:21610,672,0 chrXIII 289726 . C CTT 4245 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=18.2790;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.14;MQ0=0;QD=45.16;RPA=1,3;RU=T;SB=-2.003e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,89:94:99:4245,268,0 chrXIII 297065 . T TG 3438 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=73.1625;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.20;MQ0=0;QD=38.63;SB=-1.634e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:3438,262,0 chrXIII 298097 . A AT 1706.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.626;DP=75;FS=3.438;HaplotypeScore=320.4394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.06;MQ0=0;MQRankSum=-1.572;QD=22.76;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=1.572;SB=-7.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,68:75:99:1749,183,0 chrXIII 300587 . T TA 3800 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=195.8994;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.04;MQ0=0;QD=38.78;SB=-1.301e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:97:99:3800,277,0 chrXIII 300758 . A AG 2900.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=198.1265;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.68;MQ0=0;QD=35.38;SB=-1.439e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,79:81:99:2943,223,0 chrXIII 309395 . TA T 2210.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.602;DP=112;FS=3.510;HaplotypeScore=30.7871;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.226;QD=19.74;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.941;SB=-1.005e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,96:112:99:2253,248,0 chrXIII 312171 . G GA 4262 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=33.1270;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.32;MQ0=0;QD=27.86;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.982e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,141:153:99:4262,394,0 chrXIII 321132 . C CAA 1964.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=17.9204;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;QD=25.85;RPA=7,9;RU=A;SB=-6.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,61:76:99:2007,166,0 chrXIII 343657 . G GA 5765 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.906;DP=219;FS=3.402;HaplotypeScore=54.1389;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.46;MQ0=0;MQRankSum=0.378;QD=26.32;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=0.185;SB=-2.582e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,203:219:99:5765,563,0 chrXIII 344221 . A AT 987.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=30.0792;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.29;MQ0=0;QD=26.70;RPA=5,6;RU=T;SB=-3.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,35:37:99:1030,102,0 chrXIII 348566 . CT C 32.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.268;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=13.3738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.08;MQ0=0;MQRankSum=0.103;QD=1.37;RPA=15,14;RU=T;ReadPosRankSum=1.268;SB=-2.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,11:24:51:72,0,51 chrXIII 352374 . AT A 3951 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=179;FS=0.000;HaplotypeScore=42.6034;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.90;MQ0=0;QD=22.07;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.760e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,161:179:99:3951,450,0 chrXIII 353477 . CT C 3508 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=28.4466;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.16;MQ0=0;QD=26.98;RPA=6,5;RU=T;SB=-5.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,125:130:99:3508,364,0 chrXIII 353678 . A AT 466.99 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.595;DP=47;FS=1.960;HaplotypeScore=47.1751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.297;QD=9.94;RPA=14,15;RU=T;ReadPosRankSum=0.052;SB=-1.673e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:47:22:506,0,22 chrXIII 353767 . A AG 2727.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=20.4154;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.45;MQ0=0;QD=36.86;RPA=1,2;RU=G;SB=-2.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,73:74:99:2770,211,0 chrXIII 354750 . AT A 7934 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=234;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=602.9857;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.71;MQ0=0;QD=33.91;SB=-2.397e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,228:234:99:7934,650,0 chrXIII 354821 . CA C 2684.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=440.9601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;QD=22.01;RPA=5,4;RU=A;SB=-2.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,97:122:99:2727,270,0 chrXIII 356112 . A AGAGGAAGAG 10052 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=191;FS=0.000;HaplotypeScore=41.9297;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.87;MQ0=0;QD=52.63;RPA=2,3;RU=GAGGAAGAG;SB=-4.987e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:88,101:191:99:10052,286,0 chrXIII 363140 . CT C 3751 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=185;FS=0.000;HaplotypeScore=45.4453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.33;MQ0=1;QD=20.28;RPA=9,8;RU=T;SB=-4.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,159:184:99:3751,429,0 chrXIII 371798 . AT A 2079.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=693.0743;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.70;MQ0=0;QD=21.89;RPA=8,7;RU=T;SB=-9.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,87:95:99:2122,234,0 chrXIII 372555 . ACTAATAAATCTT A 5415 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=122.7880;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.98;MQ0=0;QD=78.48;RPA=2,1;RU=CTAATAAATCTT;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,46:69:99:5415,129,0 chrXIII 380311 . GAA G 1483.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.657;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=149.0729;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.37;MQ0=0;MQRankSum=0.979;QD=26.03;RPA=14,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.452;SB=-4.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,50:57:99:1526,134,0 chrXIII 386028 . AT A 3340 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=36.7834;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.12;MQ0=0;MQRankSum=1.705;QD=23.19;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.704;SB=-1.312e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,132:144:99:3340,371,0 chrXIII 388684 . TTATATATATATATA T 9357 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=35.8590;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.56;MQ0=0;QD=74.86;RPA=14,7;RU=TA;SB=-4.581e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,78:125:99:9357,225,0 chrXIII 392683 . AG A 6486 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=186;FS=0.000;HaplotypeScore=44.4476;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.55;MQ0=0;QD=34.87;SB=-3.154e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,181:186:99:6486,523,0 chrXIII 394870 . TA T 2077.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=360.5081;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.40;MQ0=0;QD=21.87;RPA=10,9;RU=A;SB=-1.053e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,82:95:99:2120,248,0 chrXIII 396553 . G GA 6067 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=222;FS=0.000;HaplotypeScore=445.4587;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.47;MQ0=0;QD=27.33;RPA=5,6;RU=A;SB=-2.986e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,207:222:99:6067,595,0 chrXIII 399471 . TA T 2508.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=22.1129;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.20;MQ0=0;QD=24.84;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.121e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,96:101:99:2551,285,0 chrXIII 406257 . TAA T 3113.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.925;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=287.2712;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=0.925;QD=24.52;RPA=12,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.194;SB=-1.078e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,98:127:99:3156,250,0 chrXIII 409001 . CA C 2792.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.552;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=51.7692;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.58;MQ0=0;MQRankSum=0.928;QD=19.67;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.698;SB=-1.243e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,123:142:99:2835,297,0 chrXIII 409219 . TCAACAACAA T 18438 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=210;FS=0.000;HaplotypeScore=78.2281;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.86;MQ0=1;QD=87.80;SB=-6.511e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,197:209:99:18438,575,0 chrXIII 411264 . A ATT 6788 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=351.5514;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.14;MQ0=0;QD=41.90;RPA=2,4;RU=T;SB=-2.794e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,158:162:99:6788,469,0 chrXIII 411379 . CT C 1433.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.322;DP=120;FS=16.887;HaplotypeScore=91.9105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.214;QD=11.95;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.559;SB=-5.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:59,59:120:33:1476,33,0 chrXIII 431536 . G GT 1191.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.072;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=52.1865;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.417;QD=14.02;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.801;SB=-6.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,41:85:73:1234,73,0 chrXIII 437392 . A AC 5854 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.714;DP=209;FS=0.000;HaplotypeScore=191.6639;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.56;MQ0=0;MQRankSum=1.329;QD=28.01;RPA=6,7;RU=C;ReadPosRankSum=1.677;SB=-2.258e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,198:209:99:5854,562,0 chrXIII 442239 . CT C 1859.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.023;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=150.4302;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.398;QD=16.32;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.981;SB=-7.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,84:114:99:1902,220,0 chrXIII 448902 . C CG 4784 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=1295.0857;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.81;MQ0=0;QD=31.27;RPA=2,3;RU=G;SB=-2.291e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,140:153:99:4784,412,0 chrXIII 453505 . G GC 6364 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=212;FS=0.000;HaplotypeScore=302.7006;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.39;MQ0=0;QD=30.02;RPA=3,4;RU=C;SB=-2.470e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,199:212:99:6364,574,0 chrXIII 480741 . G GT 645.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=120.6631;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.52;MQ0=0;QD=25.84;RPA=6,7;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,24:25:72:688,72,0 chrXIII 481050 . A AC 2360.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=700.0227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.57;MQ0=0;QD=28.11;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,78:84:99:2403,233,0 chrXIII 481875 . T TA 3518 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=431.3298;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.42;MQ0=0;QD=27.70;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.421e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,105:127:99:3518,328,0 chrXIII 481989 . C CA 4545 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=625.2909;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.23;MQ0=0;QD=30.30;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.564e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,143:150:99:4545,418,0 chrXIII 482113 . GA G 2811.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=74.6069;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.57;MQ0=0;QD=21.63;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.287e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,106:130:99:2854,321,0 chrXIII 483743 . GAAA GA,G 237.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.479;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=41.1019;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.789;QD=4.41;RPA=23,21,20;RU=A;ReadPosRankSum=1.479;SB=-8.137e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:34,0,6:54:70:316,70,71,102,0,181 chrXIII 486163 . AT A 2642.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=20.5838;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.19;MQ0=0;QD=29.70;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,83:89:99:2685,223,0 chrXIII 489756 . CT C 2021.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.666;DP=187;FS=3.400;HaplotypeScore=2470.3483;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.94;MQ0=0;MQRankSum=-3.714;QD=10.81;ReadPosRankSum=8.280;SB=-9.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,116:186:99:2061,0,976 chrXIII 489758 . ACACCCGCTGCT A 14675 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=6.626;DP=158;FS=2.132;HaplotypeScore=1151.3630;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.01;MQ0=0;MQRankSum=-2.133;QD=92.88;ReadPosRankSum=6.552;SB=-6.485e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,116:157:99:14675,182,0 chrXIII 494984 . TA T 4422 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=620.2640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.93;MQ0=0;QD=29.88;SB=-7.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,143:147:99:4422,421,0 chrXIII 502824 . AT A 3142.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=331.9152;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=29.37;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.261e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,90:106:99:3185,271,0 chrXIII 502862 . A AT 2681.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=440.6642;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;QD=23.73;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.069e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,100:112:99:2724,285,0 chrXIII 503636 . G GTAAAATC 3072.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=349.3862;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.24;MQ0=0;QD=51.22;RPA=1,2;RU=TAAAATC;SB=-9.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,36:60:99:3115,108,0 chrXIII 509281 . A ATT 8780 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=247;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=321.8805;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.90;MQ0=0;QD=35.55;RPA=3,5;RU=T;SB=-3.012e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,218:247:99:8780,638,0 chrXIII 511310 . T TA 5350 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=212;FS=0.000;HaplotypeScore=265.3162;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.60;MQ0=0;QD=25.24;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.289e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,193:212:99:5350,532,0 chrXIII 511585 . C CT 2827.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.661;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=49.7492;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.33;MQ0=0;MQRankSum=0.740;QD=19.37;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.080;SB=-5.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,112:146:99:2870,204,0 chrXIII 512087 . GTT G 2329.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.626;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=429.9883;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.251;QD=23.53;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.588;SB=-1.001e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,66:99:99:2372,212,0 chrXIII 512547 . A AAGTT 10686 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=204;FS=0.000;HaplotypeScore=1700.7075;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.68;MQ0=0;QD=52.38;RPA=1,2;RU=AGTT;SB=-3.550e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,164:204:99:10686,527,0 chrXIII 512572 . ATTT A 6586 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;FS=0.000;HaplotypeScore=1488.6590;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.71;MQ0=0;QD=39.20;RPA=10,7;RU=T;SB=-3.269e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,148:168:99:6586,427,0 chrXIII 514095 . C CT 1375.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=403.9257;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.71;MQ0=0;QD=18.10;RPA=8,9;RU=T;SB=-5.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,52:76:99:1418,155,0 chrXIII 514293 . A AT 1251.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.258;DP=88;FS=4.660;HaplotypeScore=245.4215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.04;MQ0=0;MQRankSum=0.274;QD=14.23;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=-0.855;SB=-6.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,63:88:41:1291,0,41 chrXIII 540993 . A AT 2219.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=13.4932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.28;MQ0=0;QD=30.83;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.090e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,68:72:99:2262,199,0 chrXIII 558682 . CAA C 2115.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.680;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=48.0815;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.43;MQ0=1;MQRankSum=0.105;QD=22.27;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.155;SB=-7.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,72:94:99:2158,194,0 chrXIII 558882 . TA T 1936.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=393.0465;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.06;MQ0=0;QD=31.75;RPA=2,1;RU=A;SB=-7.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,56:61:99:1979,163,0 chrXIII 559048 . TAA T 1919.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.168;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=187.1572;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.89;MQ0=0;MQRankSum=1.397;QD=23.70;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.676;SB=-6.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,57:81:99:1962,170,0 chrXIII 559097 . T TA 1661.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=255.6645;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.69;MQ0=0;QD=21.58;RPA=10,11;RU=A;SB=-4.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,58:77:99:1704,198,0 chrXIII 562854 . A AT 3761 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=687.7054;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.12;MQ0=0;QD=31.61;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.616e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,107:119:99:3761,328,0 chrXIII 562891 . CT C 3082.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=862.7448;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.08;MQ0=0;QD=26.81;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.225e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,105:115:99:3125,310,0 chrXIII 571250 . CAAAA C 4227 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.478;DP=149;FS=25.117;HaplotypeScore=415.2299;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=0.222;QD=28.37;RPA=16,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.990;SB=-1.914e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,100:149:99:4227,181,0 chrXIII 572872 . GAA G 2632.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=188.6954;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.74;MQ0=0;QD=30.62;RPA=8,6;RU=A;SB=-1.065e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,73:86:99:2675,214,0 chrXIII 573957 . G GA 3172.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.494;DP=166;FS=13.587;HaplotypeScore=52.5222;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.217;QD=19.11;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.077;SB=-1.381e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,120:166:99:3215,271,0 chrXIII 574322 . CT C 4609 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=23.0507;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=35.18;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.511e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,128:131:99:4609,370,0 chrXIII 578714 . A AC 2217.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=11.3519;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=36.97;SB=-1.008e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:60:99:2260,166,0 chrXIII 587715 . G GTTA 2463.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=81.9371;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.88;MQ0=0;QD=35.71;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,65:69:99:2506,174,0 chrXIII 588654 . C CTGT 7429 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-5.440;DP=222;DS;FS=10.649;HaplotypeScore=3028.3592;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.47;MQ0=0;MQRankSum=3.260;QD=33.46;RPA=1,2;RU=TGT;ReadPosRankSum=-2.283;SB=-3.461e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:64,158:222:47:7429,47,0 chrXIII 609678 . TTCC T 1709.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.825;DP=118;FS=82.958;HaplotypeScore=1937.8611;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.41;MQ0=39;MQRankSum=0.746;QD=14.49;ReadPosRankSum=1.780;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,35:70:99:1749,0,1333 chrXIII 609686 . A AC 964.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.323;DP=116;FS=79.194;HaplotypeScore=2012.7460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.56;MQ0=38;MQRankSum=0.678;QD=8.32;ReadPosRankSum=5.023;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,35:70:99:1004,0,1218 chrXIII 609691 . AAGAG A 2029.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.640;DP=112;FS=74.698;HaplotypeScore=1886.6172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.79;MQ0=35;MQRankSum=-0.608;QD=18.12;ReadPosRankSum=5.988;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,35:69:99:2069,0,1325 chrXIII 609809 . CCAG C 2868.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.279;DP=166;FS=162.146;HaplotypeScore=2307.5284;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.83;MQ0=8;MQRankSum=1.309;QD=17.28;ReadPosRankSum=3.203;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:111,51:149:99:2908,0,2928 chrXIII 619804 . CA C 7161 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=207;FS=0.000;HaplotypeScore=47.8612;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.51;MQ0=0;QD=34.59;RPA=2,1;RU=A;SB=-3.188e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,201:207:99:7161,569,0 chrXIII 628843 . TAA T 490.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=34.7195;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.00;MQ0=0;QD=23.38;RPA=11,9;RU=A;SB=-3.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,19:21:45:533,45,0 chrXIII 645333 . C CA 4661 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=59.4565;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.53;MQ0=0;QD=31.07;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.874e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,148:150:99:4661,406,0 chrXIII 646855 . CATATATATATAT C 2125.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=23.2912;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.92;MQ0=0;QD=42.52;RPA=15,9;RU=AT;SB=-1.018e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,16:50:51:2168,51,0 chrXIII 651503 . CA C 4160 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=446.8896;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.22;MQ0=0;QD=27.92;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.361e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,140:149:99:4160,412,0 chrXIII 654160 . TATA T 10317 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=228;FS=0.000;HaplotypeScore=69.4330;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.39;MQ0=0;QD=45.25;RPA=2,1;RU=ATA;SB=-3.512e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,212:228:99:10317,614,0 chrXIII 654916 . A AAT 143.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=40.6680;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.67;MQ0=0;QD=8.95;RPA=9,10;RU=AT;SB=-7.329e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,5:16:15:185,15,0 chrXIII 667202 . CAA C,CA 1813.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.071;DP=151;FS=4.277;HaplotypeScore=67.5609;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.34;MQ0=0;MQRankSum=1.713;QD=12.01;RPA=17,15,16;RU=A;ReadPosRankSum=2.706;SB=-5.538e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:92,44,0:150:98:1892,193,98,1312,0,1158 chrXIII 674863 . G GA 881.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.292;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=145.0791;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.19;MQ0=0;MQRankSum=0.635;QD=10.89;RPA=17,18;RU=A;ReadPosRankSum=-1.494;SB=-1.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:51,21:80:74:924,74,0 chrXIII 675127 . C CA 2547.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=114.8385;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.82;MQ0=0;QD=28.63;RPA=4,5;RU=A;SB=-7.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,86:89:99:2590,247,0 chrXIII 685884 . CA C 2254.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=64.1583;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.55;RPA=9,8;RU=A;SB=-7.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,87:100:99:2297,261,0 chrXIII 687302 . GTA G 4404 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=41.5040;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.62;MQ0=0;QD=41.94;RPA=2,1;RU=TA;SB=-1.410e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,99:105:99:4404,301,0 chrXIII 687366 . GT G 1394.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=123.2473;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.68;MQ0=0;QD=17.22;RPA=13,12;RU=T;SB=-4.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,58:81:99:1437,182,0 chrXIII 688905 . AT A 2019.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.041;DP=106;FS=3.222;HaplotypeScore=135.8611;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.247;QD=19.06;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.701;SB=-9.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,81:106:99:2062,224,0 chrXIII 698679 . TAAA T 1705.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;DP=55;FS=3.212;HaplotypeScore=126.1679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.654;QD=31.02;RPA=17,14;RU=A;ReadPosRankSum=0.038;SB=-7.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,40:55:99:1748,120,0 chrXIII 718367 . AT A 1558.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=220.9582;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.19;MQ0=0;QD=21.65;RPA=11,10;RU=T;SB=-5.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,65:72:99:1601,191,0 chrXIII 751553 . CA C 2692.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.096;DP=134;FS=4.894;HaplotypeScore=36.0947;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.609;QD=20.10;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.417;SB=-8.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,112:134:99:2735,295,0 chrXIII 752958 . ATT A 380.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.737;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5026;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.470;QD=21.16;RPA=12,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.134;SB=-6.999e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,12:18:35:423,35,0 chrXIII 756824 . GT G 231.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.806;DP=61;FS=2.935;HaplotypeScore=30.5073;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.184;QD=3.80;RPA=17,16;RU=T;ReadPosRankSum=0.037;SB=-3.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,17:61:44:271,0,44 chrXIII 756960 . ATTTCTTATTCTTTTTCTTATTCTT A 1384.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3243;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.34;MQ0=0;QD=38.47;RPA=4,2;RU=TTTCTTATTCTT;SB=-2.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,24:36:60:1427,60,0 chrXIII 758905 . CTATG C 7876 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=247;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=60.1150;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.83;MQ0=0;QD=31.89;RPA=6,5;RU=TATG;SB=-2.748e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:84,159:247:99:7876,445,0 chrXIII 759679 . C CT 5093 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=174;FS=0.000;HaplotypeScore=37.0748;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.43;MQ0=0;QD=29.27;RPA=3,4;RU=T;SB=-2.264e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,167:174:99:5093,463,0 chrXIII 768546 . CGTGTT C 269.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0843;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.66;MQ0=1;QD=38.46;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,5:5:15:311,15,0 chrXIII 774965 . A AAG 2923.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=12.4364;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.00;MQ0=0;QD=40.61;RPA=2,3;RU=AG;SB=-4.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,69:72:99:2966,202,0 chrXIII 779300 . CT C 729.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.787;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=31.0127;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.971;QD=10.13;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.010;SB=-3.694e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,38:72:22:771,22,0 chrXIII 779631 . A ACTC 4183 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=105.7428;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=42.68;RPA=3,4;RU=CTC;SB=-1.974e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,85:98:99:4183,253,0 chrXIII 789974 . G GA 2990.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=32.2033;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.33;MQ0=0;QD=23.19;RPA=8,9;RU=A;SB=-1.237e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,112:129:99:3033,321,0 chrXIII 798261 . GT G 2734.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=30.5537;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.54;MQ0=0;QD=22.79;RPA=7,6;RU=T;SB=-8.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,110:120:99:2777,300,0 chrXIII 822635 . GT G 269.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.273;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=48.4455;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.042;QD=9.28;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.504;SB=-7.397e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,19:28:17:311,17,0 chrXIII 848486 . A AAT 4076 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=261.4267;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.77;MQ0=0;QD=31.84;RPA=4,5;RU=AT;SB=-1.229e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,108:128:99:4076,307,0 chrXIII 852236 . GT G 5108 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=626.4794;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.89;MQ0=0;QD=40.22;SB=-2.010e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,122:127:99:5108,367,0 chrXIII 852310 . GA G 1245.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=181.7791;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.29;MQ0=0;QD=15.97;RPA=11,10;RU=A;SB=-3.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,57:78:99:1288,150,0 chrXIII 852529 . T TGTC 7023 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=28.5382;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.87;MQ0=0;QD=54.02;SB=-1.698e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,123:130:99:7023,367,0 chrXIII 854478 . CT C 375.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=72.4093;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.73;MQ0=0;QD=7.83;RPA=14,13;RU=T;SB=-9.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,21:48:56:418,56,0 chrXIII 856903 . CA C 2983.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.949;DP=147;FS=3.962;HaplotypeScore=48.7508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.46;MQ0=0;MQRankSum=2.409;QD=20.30;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.719;SB=-1.325e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,130:147:99:3026,265,0 chrXIII 858326 . CCTT C 6425 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=47.5545;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.36;MQ0=0;QD=44.31;RPA=5,4;RU=CTT;SB=-4.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,136:145:99:6425,394,0 chrXIII 859174 . TTA T 375.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=36.5820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.17;MQ0=0;QD=17.90;RPA=5,4;RU=TA;SB=-1.619e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,17:21:33:418,33,0 chrXIII 860894 . C CT 1939.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.489;DP=119;FS=4.482;HaplotypeScore=67.6340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=0.522;QD=16.30;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.237;SB=-3.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,70:119:99:1982,135,0 chrXIII 861850 . AAG A 5452 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;FS=0.000;HaplotypeScore=117.4951;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.90;MQ0=0;QD=33.04;RPA=7,6;RU=AG;SB=-2.451e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,143:165:99:5452,421,0 chrXIII 867234 . G GAAAA,GAAAAA 3210.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=93.8250;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.26;MQ0=0;QD=37.34;RPA=13,17,18;RU=A;SB=-1.303e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:24,9,42:86:95:3289,916,739,272,0,95 chrXIII 886520 . TAAA T 5889 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=223.8834;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.21;MQ0=0;QD=36.58;RPA=11,8;RU=A;SB=-2.394e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,128:161:99:5889,382,0 chrXIII 886585 . CT C 4416 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=590.2024;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.55;MQ0=0;QD=29.25;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.550e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,142:151:99:4416,415,0 chrXIII 886952 . A AT 2978.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=229.7004;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.69;MQ0=0;QD=24.02;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.069e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,111:124:99:3021,301,0 chrXIII 892562 . TTA T 2322.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=286.5545;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.26;MQ0=0;QD=44.67;SB=-4.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:52:99:2365,150,0 chrXIII 892733 . CTA C 1277.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=9.5475;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.11;MQ0=0;QD=33.63;RPA=5,4;RU=TA;SB=-5.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,35:38:99:1320,102,0 chrXIII 901415 . GAA G 2854.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=250.3556;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.53;MQ0=0;QD=26.93;RPA=11,9;RU=A;SB=-1.046e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,86:106:99:2897,250,0 chrXIII 904192 . GAT G 5964 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=173;FS=0.000;HaplotypeScore=484.1639;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.28;MQ0=0;QD=34.47;RPA=5,4;RU=AT;SB=-2.135e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,153:173:99:5964,448,0 chrXIII 904468 . GA G 6686 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=246;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=391.9110;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.95;MQ0=0;QD=27.18;RPA=5,4;RU=A;SB=-3.202e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,228:246:99:6686,658,0 chrXIII 914827 . GT G 985.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.086;DP=75;FS=6.295;HaplotypeScore=168.4151;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.13;MQ0=0;MQRankSum=0.328;QD=13.15;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.379;SB=-4.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,49:75:95:1028,95,0 chrXIII 917288 . GGTTTAGA G 11438 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=36.5477;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.18;MQ0=0;QD=85.36;SB=-5.685e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,119:134:99:11438,358,0 chrXIII 917449 . T TA 3634 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.350;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=494.2645;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.450;QD=24.72;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.696;SB=-1.309e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,126:147:99:3634,354,0 chrXIII 923230 . AG A 988.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.628;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=1535.7749;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.18;MQ0=0;MQRankSum=0.683;QD=13.36;RPA=4,3;RU=G;ReadPosRankSum=1.628;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,36:69:93:1031,93,0 chrXIII 923265 . C CA 429.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=528.8160;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.48;MQ0=0;QD=17.92;RPA=1,2;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,14:18:39:472,39,0 chrXIII 923571 . T TA 3302 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=1765.6518;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.07;MQ0=0;QD=30.86;RPA=2,3;RU=A;SB=-8.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,103:99:99:3302,289,0 chrXIII 923604 . GA G 641.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.299;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=1914.6933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.683;QD=7.73;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=-0.101;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,21:83:99:681,0,123 chrXIII 923612 . T TG 446.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.857;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=1799.8458;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=5.96;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=0.718;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,21:75:99:486,0,1688 chrXIII 923631 . T TG 1179.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.272;DP=52;FS=29.138;HaplotypeScore=1315.5592;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=1.846;QD=22.69;ReadPosRankSum=-0.393;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,28:52:99:1222,109,0 chrXIII 923891 . CT C 134.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.495;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=77.7453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.57;MQ0=3;MQRankSum=0.922;QD=13.50;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=0.922;SB=-3.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,7:7:41:174,0,41 chrXIII 924100 . T TG 40.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.395;DP=18;FS=11.139;HaplotypeScore=231.4627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.69;MQ0=0;MQRankSum=1.031;QD=2.28;ReadPosRankSum=-0.182;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,6:17:80:80,0,411 chrXIII 924178 . T TG 181.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=175.7749;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.28;MQ0=0;QD=16.54;RPA=2,3;RU=G;SB=-1.038e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,8:11:24:224,24,0 chrXIV 6656 . AC A 942.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.490;DP=239;FS=8.289;HaplotypeScore=4832.7418;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.20;MQ0=11;MQRankSum=1.525;QD=3.95;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=0.951;SB=-9.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:142,80:200:99:982,0,1624 chrXIV 6675 . ACCCA A,ACCA 3687 filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.896;DP=250;DS;FS=8.886;HaplotypeScore=5987.8014;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=23.86;MQ0=9;MQRankSum=-0.104;QD=14.75;ReadPosRankSum=5.425;SB=-8.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:165,0,0:213:99:3687,1841,3645,1632,0,2114 chrXIV 6690 . CA CTA,C 4251 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.473;DP=241;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=6004.3985;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=23.26;MQ0=1;MQRankSum=-0.530;QD=17.64;ReadPosRankSum=2.783;SB=-4.100e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:132,0,9:212:99:4251,830,1490,1966,0,1510 chrXIV 6691 . AT A 4368 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.748;DP=241;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=6007.8671;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.26;MQ0=1;MQRankSum=-0.346;QD=18.12;ReadPosRankSum=2.091;SB=-1.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:135,97:212:99:4368,559,0 chrXIV 6750 . C CA 1724.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.318;DP=248;DS;FS=11.205;HaplotypeScore=5137.1389;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.17;MQ0=0;MQRankSum=3.095;QD=6.96;ReadPosRankSum=1.172;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:156,84:177:99:1764,0,3670 chrXIV 7001 . TA T 1210.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.051;DP=203;DS;FS=0.745;HaplotypeScore=576.5582;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.87;MQ0=29;MQRankSum=-0.434;QD=5.97;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=1.491;SB=-5.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:139,63:105:99:1250,0,2000 chrXIV 7081 . A AC 243.02 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=270.2071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.13;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=11.57;ReadPosRankSum=0.747;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,7:9:16:282,0,16 chrXIV 7095 . TGCCATA T 437.16 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.747;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=287.0510;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.57;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=29.14;ReadPosRankSum=0.747;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,6:10:8:478,8,0 chrXIV 7107 . C CA 112.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.589;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=289.8404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.17;MQ0=0;MQRankSum=1.067;QD=10.27;ReadPosRankSum=0.572;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:10:40:152,0,40 chrXIV 7128 . CT C 262.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.025;DP=60;FS=42.142;HaplotypeScore=701.8461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.67;MQ0=9;MQRankSum=-0.208;QD=4.38;ReadPosRankSum=3.194;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,11:37:99:302,0,957 chrXIV 7478 . A AT 122.48 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1871;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.61;MQ0=10;QD=4.08;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,27:7:12:164,12,0 chrXIV 10600 . TA T 763.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.878;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=15.6224;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.84;MQ0=33;MQRankSum=0.541;QD=8.40;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.878;SB=-2.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,69:58:58:806,58,0 chrXIV 11417 . G GT 3328 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.219;DP=130;FS=6.021;HaplotypeScore=26.6746;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.01;MQ0=12;MQRankSum=1.668;QD=25.60;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=1.411;SB=-7.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,116:116:99:3328,299,0 chrXIV 13145 . T TCA 1463.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;DP=207;FS=4.464;HaplotypeScore=54.2228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.26;MQ0=10;MQRankSum=1.439;QD=7.07;RPA=9,10;RU=CA;ReadPosRankSum=0.303;SB=-5.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:137,68:192:99:1503,0,2037 chrXIV 17252 . GA G 2540.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=506.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.00;MQ0=1;QD=20.01;RPA=2,1;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,121:74:99:2583,205,0 chrXIV 17268 . T TG 3106.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=164;FS=0.000;HaplotypeScore=509.4876;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.23;MQ0=0;MQRankSum=0.265;QD=18.94;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=1.447;SB=-4.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,144:90:99:3149,252,0 chrXIV 17397 . GCC G 2224.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=327.7008;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.71;MQ0=0;QD=28.90;RPA=6,4;RU=C;SB=-9.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,69:64:99:2267,165,0 chrXIV 17693 . G GAC 4062 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=720.7909;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.73;MQ0=0;QD=42.76;SB=-1.851e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,90:95:99:4062,278,0 chrXIV 17700 . C CT 3233.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=811.7364;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.61;MQ0=0;QD=31.39;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.562e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,95:103:99:3276,286,0 chrXIV 23552 . CA C 3167.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=911.3871;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.58;MQ0=0;QD=20.98;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.468e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,131:151:99:3210,386,0 chrXIV 23573 . A AT 5094 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=963.3299;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.28;MQ0=0;QD=31.84;RPA=3,4;RU=T;SB=-2.432e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,150:160:99:5094,448,0 chrXIV 24003 . C CCCTTTTTTA 14917 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=233.8008;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.41;MQ0=0;QD=101.48;SB=-6.432e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,92:147:99:14917,415,0 chrXIV 28420 . GT G 1178.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.069;DP=92;FS=4.771;HaplotypeScore=194.1846;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.069;QD=12.81;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.125;SB=-5.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,54:91:83:1221,83,0 chrXIV 28475 . CA C 2736.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=90.8303;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.31;MQ0=0;QD=26.57;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.283e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,94:102:99:2779,274,0 chrXIV 28953 . C CCATCAT 9991 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=46.9152;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.68;MQ0=0;QD=64.04;RPA=5,7;RU=CAT;SB=-4.297e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,127:156:99:9991,381,0 chrXIV 31546 . ATGTATATAT A 8085 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=1024.3674;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.38;MQ0=0;QD=81.67;SB=-3.801e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,73:98:99:8085,250,0 chrXIV 31618 . A AC 5987 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=171;FS=0.000;HaplotypeScore=960.9632;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.88;MQ0=0;QD=35.01;RPA=1,2;RU=C;SB=-1.042e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,159:170:99:5987,478,0 chrXIV 33228 . ATTT A 663.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=69.1567;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.54;MQ0=0;QD=18.97;RPA=7,4;RU=T;SB=-5.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,16:35:48:706,48,0 chrXIV 34477 . G GATATAT 538.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=26.0360;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=31.71;RPA=6,9;RU=AT;SB=-2.388e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,9:17:24:581,24,0 chrXIV 43257 . AT A 713.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=86.0308;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.08;MQ0=0;QD=25.50;RPA=4,3;RU=T;SB=-2.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,25:28:69:756,69,0 chrXIV 43278 . AAT A 209.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=105.8727;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.72;MQ0=0;QD=11.61;RPA=11,10;RU=AT;SB=-7.180e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,6:18:21:251,21,0 chrXIV 51868 . ATATC A 9884 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=211;FS=0.000;HaplotypeScore=313.3280;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.71;MQ0=0;QD=46.84;RPA=2,1;RU=TATC;SB=-4.843e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,190:211:99:9884,521,0 chrXIV 58892 . CT C 2571.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=23.1635;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.97;MQ0=0;QD=21.61;RPA=7,6;RU=T;SB=-6.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,113:119:99:2614,303,0 chrXIV 63356 . A AAAGCTTTGTG 11519 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=114.2496;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.33;MQ0=0;QD=90.70;SB=-5.197e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,93:127:99:11519,313,0 chrXIV 64561 . A ATTTTGTT 3373 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=43.1625;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.02;MQ0=0;QD=49.60;RPA=2,3;RU=TTTTGTT;SB=-1.182e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,43:68:99:3373,120,0 chrXIV 65024 . AC A 3211.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=354.1432;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.98;MQ0=0;QD=28.94;RPA=4,3;RU=C;SB=-8.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,106:111:99:3254,310,0 chrXIV 65238 . TA T 3184.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;FS=0.000;HaplotypeScore=482.9357;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=19.54;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.442e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,142:163:99:3227,381,0 chrXIV 66362 . TAA T 4095 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=162;FS=3.844;HaplotypeScore=205.8881;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=1.375;QD=25.28;RPA=12,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.027;SB=-1.646e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,133:162:99:4095,372,0 chrXIV 87325 . TA T 2890.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1093.4828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.19;MQ0=0;QD=17.85;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.228e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,134:162:99:2933,345,0 chrXIV 89339 . TCA T 4444 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=484.2722;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.57;MQ0=0;QD=29.24;RPA=2,1;RU=CA;SB=-1.523e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,121:152:99:4444,331,0 chrXIV 94849 . A ATTAC 4917 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=109.3207;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.36;MQ0=0;QD=60.70;SB=-1.062e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,76:81:99:4917,229,0 chrXIV 95116 . C CAA 1382.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=121.1994;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.08;MQ0=0;QD=25.61;RPA=9,11;RU=A;SB=-1.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,37:54:99:1425,116,0 chrXIV 96192 . T TA 6210 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=197;FS=0.000;HaplotypeScore=1198.9685;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.98;MQ0=0;QD=31.52;RPA=3,4;RU=A;SB=-2.080e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,176:197:99:6210,547,0 chrXIV 96619 . G GTAGAGCAT 6134 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=1433.6664;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.61;MQ0=4;QD=100.56;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,54:56:99:6134,166,0 chrXIV 96652 . GT G 1367.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=1735.1859;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.15;MQ0=7;QD=21.37;RPA=2,1;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,43:56:99:1410,126,0 chrXIV 102522 . CAGTGTTAA C 4179 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=690.9860;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=101.93;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:4179,123,0 chrXIV 102793 . ATTT A 3001.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=437.4001;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.16;MQ0=0;QD=35.74;RPA=8,5;RU=T;SB=-1.327e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,76:84:99:3044,205,0 chrXIV 105053 . AT A 2524.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=384.9987;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.91;MQ0=0;QD=21.22;RPA=8,7;RU=T;SB=-8.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,109:119:99:2567,303,0 chrXIV 106212 . TAGC T 11556 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=241;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=58.2557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.29;MQ0=0;QD=47.95;SB=-4.730e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,209:241:99:11556,659,0 chrXIV 110818 . G GTA 4141 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=199.8622;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.14;MQ0=0;QD=34.51;RPA=5,6;RU=TA;SB=-2.030e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,102:120:99:4141,310,0 chrXIV 118987 . GA G 308.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.962;DP=75;FS=8.101;HaplotypeScore=39.8924;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=0.262;QD=4.12;RPA=17,16;RU=A;ReadPosRankSum=1.662;SB=-3.067e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,22:75:36:348,0,36 chrXIV 129414 . TTA T 551.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=9.8699;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=16.23;RPA=6,5;RU=TA;SB=-2.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,19:34:48:594,48,0 chrXIV 138448 . G GA 2814.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=35.7278;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=25.13;RPA=8,9;RU=A;SB=-6.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,95:112:99:2857,285,0 chrXIV 145389 . GT G 883.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=19.5522;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.62;MQ0=0;QD=17.00;RPA=10,9;RU=T;SB=-2.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,39:52:99:926,116,0 chrXIV 186943 . CT C 2053.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=537.7280;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.39;MQ0=0;QD=27.39;RPA=4,3;RU=T;SB=-2.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,70:75:99:2096,201,0 chrXIV 187639 . GA G 1636.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.939;DP=117;FS=2.606;HaplotypeScore=59.1082;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.741;QD=13.99;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.198;SB=-6.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,86:117:99:1679,160,0 chrXIV 191079 . C CT 2229.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=158.0548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.21;MQ0=0;QD=26.55;RPA=7,8;RU=T;SB=-9.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,76:84:99:2272,222,0 chrXIV 196150 . CTTT C 396.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=70.3406;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.48;MQ0=0;QD=12.41;RPA=18,15;RU=T;SB=-1.779e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,14:32:37:439,37,0 chrXIV 197764 . GTCC G 9147 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=204;FS=0.000;HaplotypeScore=57.8548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.29;MQ0=0;QD=44.84;RPA=3,2;RU=TCC;SB=-4.182e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,185:204:99:9147,539,0 chrXIV 198779 . TCGGCCGTGG T 15104 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=230;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=62.0172;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.35;MQ0=0;QD=65.67;RPA=2,1;RU=CGGCCGTGG;SB=-4.974e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:77,151:230:99:15104,446,0 chrXIV 206645 . A AT 1549.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.490;DP=79;FS=2.976;HaplotypeScore=125.9429;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.277;QD=19.62;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.831;SB=-4.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,62:79:99:1592,125,0 chrXIV 218712 . CA C 2973.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=26.6144;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=24.99;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.125e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,116:119:99:3016,318,0 chrXIV 218946 . CAA C 2543.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=91.2777;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.74;MQ0=0;QD=38.54;RPA=4,2;RU=A;SB=-1.093e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,61:66:99:2586,181,0 chrXIV 220510 . GA G 2357.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=356.0037;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.48;MQ0=0;QD=23.12;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.200e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,99:102:99:2400,288,0 chrXIV 229899 . AT A 1914.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=233.0984;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.41;MQ0=0;QD=23.35;RPA=7,6;RU=T;SB=-9.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,80:82:99:1957,222,0 chrXIV 230681 . T TAA 3771 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=135.9504;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.37;MQ0=0;QD=29.23;RPA=7,9;RU=A;SB=-1.430e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,99:129:99:3771,286,0 chrXIV 231053 . ATTCAG A 8630 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=747.5873;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.22;MQ0=0;QD=58.31;RPA=2,1;RU=TTCAG;SB=-3.547e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,129:148:99:8630,388,0 chrXIV 251874 . AT A 1081.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.089;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=48.9118;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.768;QD=13.19;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.268;SB=-4.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,61:82:99:1124,101,0 chrXIV 258264 . GA G 2694.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.702;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=34.2966;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.064;QD=20.57;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.702;SB=-7.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,119:131:99:2737,321,0 chrXIV 258353 . A AAAGT 2160.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4070;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.87;MQ0=0;QD=56.87;SB=-5.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,27:38:99:2203,111,0 chrXIV 263349 . ATTT A 3903 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=298.2137;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.89;MQ0=0;QD=34.24;RPA=13,10;RU=T;SB=-1.787e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,96:114:99:3903,274,0 chrXIV 269872 . A ACT 7014 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=32.0680;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.76;MQ0=0;QD=48.04;SB=-3.132e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,143:146:99:7014,421,0 chrXIV 281793 . GA G 2246.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=26.6287;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.37;RPA=8,7;RU=A;SB=-9.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,91:116:99:2289,267,0 chrXIV 281884 . GAA G 3860 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=51.1597;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.43;MQ0=0;QD=27.77;RPA=12,10;RU=A;SB=-1.655e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,116:139:99:3860,349,0 chrXIV 283468 . A AT 1310.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=26.8491;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.15;MQ0=0;QD=20.81;RPA=9,10;RU=T;SB=-1.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,52:63:99:1353,138,0 chrXIV 290022 . CGAAGACATCGGT C 6823 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=223;FS=0.000;HaplotypeScore=57.5545;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.89;MQ0=0;QD=30.60;RPA=3,2;RU=GAAGACATCGGT;SB=-3.147e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:79,144:223:99:6823,375,0 chrXIV 297763 . TA T 2167.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=427.6821;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.58;MQ0=0;QD=17.92;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.052e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,93:121:99:2210,272,0 chrXIV 297859 . G GCTCGTTAA 14346 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=211.4124;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.10;MQ0=0;QD=96.93;SB=-5.077e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,135:148:99:14346,430,0 chrXIV 300929 . TA T 71.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=33.7776;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.751;QD=2.63;RPA=18,17;RU=A;ReadPosRankSum=0.751;SB=-3.647e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,11:27:19:113,19,0 chrXIV 301186 . G GT 1588.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.145;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=60.2084;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.371;QD=21.77;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.016;SB=-7.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,52:73:99:1631,129,0 chrXIV 312328 . AACG A 8123 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=180;FS=0.000;HaplotypeScore=38.7220;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.91;MQ0=0;QD=45.13;RPA=3,2;RU=ACG;SB=-2.145e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,163:180:99:8123,482,0 chrXIV 319853 . G GTGA 8184 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=204;FS=0.000;HaplotypeScore=45.7676;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.57;MQ0=0;QD=40.12;RPA=4,5;RU=TGA;SB=-3.893e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,174:204:99:8184,503,0 chrXIV 331699 . GA G 6428 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=204;FS=0.000;HaplotypeScore=218.7268;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.57;MQ0=0;QD=31.51;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.761e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,175:204:99:6428,554,0 chrXIV 331790 . CT C 4161 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=178;FS=0.000;HaplotypeScore=319.2909;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.07;MQ0=0;QD=23.38;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.525e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,165:178:99:4161,459,0 chrXIV 332683 . TCAA T 8787 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=242;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=59.1785;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.77;MQ0=0;QD=36.31;RPA=5,4;RU=CAA;SB=-3.310e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,201:242:99:8787,578,0 chrXIV 333268 . G GCAACAACAACAACAA 19432 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=248;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1489.3754;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.52;MQ0=0;QD=78.35;RPA=6,11;RU=CAA;SB=-9.450e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:110,133:248:99:19432,581,0 chrXIV 333327 . A AGC 2140.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.160;DP=211;DS;FS=0.535;HaplotypeScore=3161.2108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.96;MQ0=0;MQRankSum=-9.996;QD=10.15;ReadPosRankSum=11.226;SB=-1.029e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:119,88:211:99:2180,0,1169 chrXIV 333328 . A AGCAACAG 7685 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.398;DP=208;DS;FS=2.471;HaplotypeScore=2472.8818;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.13;MQ0=0;MQRankSum=-6.513;QD=36.95;ReadPosRankSum=7.073;SB=-3.418e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:118,87:208:99:7685,0,144 chrXIV 337792 . A ATAAT 900.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9103;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.97;MQ0=0;QD=28.15;RPA=4,5;RU=TAAT;SB=-4.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,21:32:48:943,48,0 chrXIV 349346 . A AC 6006 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=195;FS=0.000;HaplotypeScore=37.8670;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.33;MQ0=0;QD=30.80;RPA=3,4;RU=C;SB=-2.958e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,187:195:99:6006,544,0 chrXIV 356923 . GT G 3919 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=47.4134;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.96;MQ0=0;QD=25.28;RPA=7,6;RU=T;SB=-3.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,149:155:99:3919,444,0 chrXIV 373628 . AT A 5187 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=228;FS=0.000;HaplotypeScore=875.5670;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.17;MQ0=0;QD=22.75;RPA=8,7;RU=T;SB=-2.457e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,198:228:99:5187,559,0 chrXIV 373683 . CAAA C 8209 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=215;FS=0.000;HaplotypeScore=631.1032;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.06;MQ0=0;QD=38.18;RPA=10,7;RU=A;SB=-3.368e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,180:215:99:8209,548,0 chrXIV 398375 . GAT G 2485.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=223.3519;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.56;MQ0=0;QD=29.25;RPA=4,3;RU=AT;SB=-2.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,69:85:99:2528,193,0 chrXIV 398513 . GAT G 559.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.964;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=94.9684;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.385;QD=19.97;RPA=8,7;RU=AT;ReadPosRankSum=-1.735;SB=-1.845e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,17:28:15:601,15,0 chrXIV 400712 . TA T 5216 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=187;FS=0.000;HaplotypeScore=35.9956;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.86;MQ0=0;QD=27.89;RPA=3,2;RU=A;SB=-2.423e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,175:187:99:5216,496,0 chrXIV 404700 . CATT C 8191 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=185;FS=0.000;HaplotypeScore=204.7470;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;QD=44.28;RPA=3,2;RU=ATT;SB=-3.174e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,166:185:99:8191,500,0 chrXIV 408085 . GA G 5679 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;FS=0.000;HaplotypeScore=331.5316;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.44;MQ0=0;QD=34.42;RPA=2,1;RU=A;SB=-2.548e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,164:165:99:5679,460,0 chrXIV 412093 . G GCTTTC 12084 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=241;FS=0.000;HaplotypeScore=114.3058;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.57;MQ0=0;QD=50.14;RPA=3,4;RU=CTTTC;SB=-5.346e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:69,168:241:99:12084,545,0 chrXIV 412653 . GAA G 3625 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=404.3106;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.45;MQ0=0;QD=25.71;RPA=12,10;RU=A;SB=-1.408e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,110:141:99:3625,325,0 chrXIV 415095 . TC T 322.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.349;DP=20;FS=12.304;HaplotypeScore=124.7525;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=1.156;QD=16.15;ReadPosRankSum=1.156;SB=-3.423e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,10:20:35:365,35,0 chrXIV 416362 . A AT 2483.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=15.9120;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.03;SB=-6.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,66:73:99:2526,193,0 chrXIV 416686 . CT C 1202.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.012;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=23.0094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.857;QD=14.49;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.100;SB=-1.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,58:83:99:1245,123,0 chrXIV 429776 . TTA T 176.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6319;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=16.01;RPA=10,9;RU=TA;SB=-7.262e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,6:11:18:218,18,0 chrXIV 430895 . A ATGATGAAGATAG 8965 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=185;FS=0.000;HaplotypeScore=46.4941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.54;MQ0=0;QD=48.46;RPA=1,2;RU=TGATGAAGATAG;SB=-4.125e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:111,72:185:99:8965,211,0 chrXIV 439397 . G GT 4976 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=185;FS=0.000;HaplotypeScore=45.6485;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.75;MQ0=0;QD=26.90;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,171:185:99:4976,490,0 chrXIV 441344 . C CG 4104 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=294.6004;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.84;MQ0=0;QD=36.64;RPA=1,2;RU=G;SB=-6.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,108:112:99:4104,322,0 chrXIV 442493 . CTCTT C 7660 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=304.8573;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.56;MQ0=0;QD=49.10;RPA=3,2;RU=TCTT;SB=-2.933e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,141:156:99:7660,403,0 chrXIV 444651 . CT C 970.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.508;DP=125;FS=3.204;HaplotypeScore=130.4540;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=0.327;QD=7.76;RPA=15,14;RU=T;ReadPosRankSum=0.680;SB=-4.841e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:70,48:124:1:1008,1,0 chrXIV 469931 . GA G 1203.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=9.1597;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.45;MQ0=0;QD=25.08;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,45:48:99:1246,135,0 chrXIV 472575 . AG A 4293 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=173;FS=0.000;HaplotypeScore=1037.2640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.06;MQ0=2;QD=24.82;RPA=9,8;RU=G;SB=-1.787e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,151:171:99:4293,448,0 chrXIV 473368 . TC T 3327 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=300.8346;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.47;MQ0=0;QD=33.95;RPA=3,2;RU=C;SB=-9.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,95:98:99:3327,280,0 chrXIV 476709 . GT G 1755.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=17.1011;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.95;RPA=7,6;RU=T;SB=-2.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,68:88:99:1798,207,0 chrXIV 480999 . A AC 4490 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.120;DP=171;FS=0.000;HaplotypeScore=147.1346;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.237;QD=26.26;RPA=7,8;RU=C;ReadPosRankSum=-0.136;SB=-1.412e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,153:171:99:4490,406,0 chrXIV 483540 . T TA 2979.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.266;DP=132;FS=7.696;HaplotypeScore=37.0901;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.081;QD=22.58;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.964;SB=-1.195e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,104:132:99:3022,270,0 chrXIV 486640 . G GT 575.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.497;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=37.0257;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=1.424;QD=14.40;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-1.190;SB=-8.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,22:39:27:615,0,27 chrXIV 498360 . GTT G,GT 1743.95 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.686;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=72.3903;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=1.178;QD=11.32;RPA=16,14,15;RU=T;ReadPosRankSum=1.686;SB=-6.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:83,54,0:154:63:1822,149,63,1261,0,1087 chrXIV 499556 . GA G 3098.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.951;DP=171;FS=0.000;HaplotypeScore=207.0634;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.638;QD=18.12;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.117;SB=-1.431e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,138:171:99:3141,367,0 chrXIV 500314 . CT C 3537 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=108.5332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;QD=23.74;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.439e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,136:149:99:3537,387,0 chrXIV 500476 . GT G 3023.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=46.4965;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.76;MQ0=0;QD=23.44;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.448e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,118:129:99:3066,336,0 chrXIV 500770 . GT G 3030.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=854.0958;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.04;MQ0=0;QD=20.62;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.129e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,127:147:99:3073,369,0 chrXIV 501129 . ATT A 3659 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.701;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=71.4330;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.454;QD=28.15;RPA=12,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.516;SB=-1.532e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,115:130:99:3659,329,0 chrXIV 502858 . A AT 4737 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=260.6528;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.11;MQ0=0;QD=37.60;SB=-8.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,124:126:99:4737,340,0 chrXIV 502927 . C CAA 2728.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=280.8614;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.97;MQ0=0;QD=37.38;RPA=1,3;RU=A;SB=-9.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,60:73:99:2771,175,0 chrXIV 503013 . CAAAA C 2187.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=150.2572;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.90;MQ0=0;QD=37.72;RPA=14,10;RU=A;SB=-4.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,41:58:99:2230,129,0 chrXIV 505850 . CT C 3994 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=169;FS=0.000;HaplotypeScore=31.3668;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.70;MQ0=0;QD=23.63;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.818e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,161:169:99:3994,453,0 chrXIV 510328 . CTT C,CT 459.96 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.096;DP=61;FS=2.722;HaplotypeScore=144.8453;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.219;QD=7.54;RPA=15,13,14;RU=T;ReadPosRankSum=1.847;SB=-2.135e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:24,8,0:60:60:538,380,612,79,0,60 chrXIV 515710 . TA T 2064.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.271;DP=129;FS=2.931;HaplotypeScore=52.7618;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=0.118;QD=16.01;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.847;SB=-6.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,102:129:99:2107,222,0 chrXIV 515985 . CTCTTCT C 11306 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=229;FS=0.000;HaplotypeScore=311.1824;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.26;MQ0=0;QD=49.37;RPA=9,7;RU=TCT;SB=-5.557e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:62,165:229:99:11306,485,0 chrXIV 516865 . ATT A 771.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=61.7706;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.800;QD=23.39;RPA=12,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.200;SB=-1.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,28:33:71:814,71,0 chrXIV 517141 . TA T 3008.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=25.0624;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;QD=21.49;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.468e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,128:140:99:3051,360,0 chrXIV 525442 . GT G 7582 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=241;FS=0.000;HaplotypeScore=1875.2829;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.65;MQ0=0;QD=31.46;RPA=3,2;RU=T;SB=-3.172e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,231:241:99:7582,686,0 chrXIV 525464 . T TG 7066 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=225;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=2332.1245;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.99;MQ0=0;QD=31.40;RPA=2,3;RU=G;SB=-3.204e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,202:225:99:7066,617,0 chrXIV 525533 . GA G 6188 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=178;FS=0.000;HaplotypeScore=2084.8979;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.83;MQ0=0;QD=34.76;SB=-2.665e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,155:178:99:6188,475,0 chrXIV 525545 . GTATA G 8769 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=1506.0403;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.87;MQ0=0;QD=54.47;RPA=3,1;RU=TA;SB=-3.914e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,135:161:99:8769,445,0 chrXIV 527489 . CCAG C 6991 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=175;FS=0.000;HaplotypeScore=46.0428;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;QD=39.95;RPA=5,4;RU=CAG;SB=-3.378e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,150:175:99:6991,451,0 chrXIV 547378 . TGG T 2908.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=389.6479;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.98;MQ0=0;QD=31.28;RPA=8,6;RU=G;SB=-1.443e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,80:93:99:2951,232,0 chrXIV 547921 . TA T 3331 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=263.2225;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.73;MQ0=0;QD=22.66;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.242e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,115:146:99:3331,375,0 chrXIV 547975 . AGTT A 6918 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=160.4350;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.05;MQ0=0;QD=45.22;RPA=3,2;RU=GTT;SB=-2.498e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,144:152:99:6918,430,0 chrXIV 552430 . C CTCTACCTCTACCGGTTGA 19034 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=279.5089;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.75;MQ0=0;QD=181.28;SB=-6.688e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,66:105:99:19034,298,0 chrXIV 553108 . AGTAAATTCATGTATCACTCGC A 20462 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=268.2211;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.72;MQ0=0;QD=128.69;SB=-8.138e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:53,102:159:99:20462,292,0 chrXIV 554919 . C CA 1522.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.064;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=204.3357;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=0.289;QD=17.31;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.289;SB=-6.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,38:88:99:1565,158,0 chrXIV 554932 . T TA 2130.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=207.8326;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.32;MQ0=0;QD=21.31;RPA=9,10;RU=A;SB=-9.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,73:100:99:2173,229,0 chrXIV 560598 . AAG A 2997.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=537.2497;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.55;MQ0=0;QD=37.95;SB=-1.359e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,73:79:99:3040,237,0 chrXIV 560675 . ATG A 3747 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=1344.0958;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.58;MQ0=0;QD=38.23;SB=-5.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,90:98:99:3747,277,0 chrXIV 560680 . G GGT 3711 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=1266.4140;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.31;MQ0=0;QD=37.87;SB=-6.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,89:98:99:3711,280,0 chrXIV 560812 . G GAACGACTCGACT 10464 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=68.1904;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.26;MQ0=0;QD=113.74;SB=-2.541e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,44:92:99:10464,244,0 chrXIV 560932 . T TC 9252 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=239;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1082.7629;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.27;MQ0=0;QD=38.71;SB=-2.344e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,233:239:99:9252,674,0 chrXIV 561186 . T TGAGATAATCGTTGG 5729 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=229.3292;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=139.73;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,26:41:99:5729,111,0 chrXIV 561288 . A AT 165.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=71.4278;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=9.17;RPA=9,10;RU=T;SB=-8.855e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,7:18:21:207,21,0 chrXIV 561565 . G GT 956.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=69.1611;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.70;MQ0=0;QD=29.90;RPA=4,5;RU=T;SB=-2.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,29:32:90:999,90,0 chrXIV 567840 . TG T 386.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=189.2099;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.61;MQ0=5;QD=22.76;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,12:11:33:429,33,0 chrXIV 567874 . C CT 662.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=912.5790;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.99;MQ0=10;QD=19.50;RPA=2,3;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,19:23:60:705,60,0 chrXIV 567879 . A AT 802.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=965.4487;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.13;MQ0=12;QD=22.94;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,23:22:63:845,63,0 chrXIV 567887 . AG A 757.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=1068.7611;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.17;MQ0=13;QD=19.95;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,24:24:68:800,68,0 chrXIV 567892 . A AT 694.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=1257.5604;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.31;MQ0=12;QD=19.30;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,17:23:69:737,69,0 chrXIV 567901 . C CA 462.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=899.8404;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.35;MQ0=13;QD=15.43;RPA=1,2;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,17:16:48:505,48,0 chrXIV 567904 . CA C 503.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=895.8090;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.35;MQ0=13;QD=16.80;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,17:16:48:546,48,0 chrXIV 567947 . A ATT 886.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.576;DP=30;FS=13.424;HaplotypeScore=1269.0480;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.98;MQ0=7;MQRankSum=-0.158;QD=29.54;ReadPosRankSum=-1.419;SB=-1.363e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,11:22:18:928,18,0 chrXIV 567949 . CGT C 438.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.448;DP=19;FS=10.792;HaplotypeScore=591.3976;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.05;MQ0=7;MQRankSum=0.000;QD=23.05;ReadPosRankSum=-1.448;SB=-3.050e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,11:12:17:477,0,17 chrXIV 567972 . TA T 128 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;DP=14;FS=9.031;HaplotypeScore=623.6047;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.85;MQ0=2;MQRankSum=0.747;QD=9.14;ReadPosRankSum=0.747;SB=-2.970e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,7:12:19:167,0,19 chrXIV 567976 . T TA 138.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;DP=9;FS=9.031;HaplotypeScore=417.3614;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.34;MQ0=1;MQRankSum=-0.747;QD=15.33;ReadPosRankSum=0.747;SB=-2.986e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,7:8:17:177,0,17 chrXIV 568048 . AAG A 2332.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=368.6813;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.69;MQ0=0;QD=44.86;SB=-1.101e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:2375,157,0 chrXIV 568217 . C CA 1460.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=383.7186;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.41;MQ0=1;QD=31.76;SB=-6.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,38:44:99:1503,129,0 chrXIV 568221 . ATAT A 1938.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=335.8268;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.62;MQ0=1;QD=43.09;SB=-7.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,38:43:99:1981,126,0 chrXIV 568270 . T TTTTTCTAGTA 4428 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=288.6636;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.72;MQ0=0;QD=92.25;SB=-2.111e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,31:48:99:4428,126,0 chrXIV 570112 . T TA 244.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=54.2666;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.25;MQ0=23;QD=4.02;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,51:10:24:287,24,0 chrXIV 570361 . T TTTACTCCTTCCAGTAAC 1138.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=16.0610;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.34;MQ0=1;QD=162.59;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,5:6:18:1180,18,0 chrXIV 570466 . TC T 357.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=73.7625;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=13.04;MQ0=42;QD=3.93;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,85:13:36:400,36,0 chrXIV 572366 . C CT 916.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=331.5191;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.48;MQ0=17;QD=12.91;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,63:33:87:959,87,0 chrXIV 572793 . AC A 2217.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=299.1087;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.73;MQ0=27;QD=21.74;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,100:68:99:2260,205,0 chrXIV 572864 . AT A 436.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=210.9861;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.61;MQ0=7;QD=10.40;RPA=10,9;RU=T;SB=-1.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,20:28:60:479,60,0 chrXIV 573997 . C CG 2051.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=673.3462;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.31;MQ0=4;QD=26.65;RPA=2,3;RU=G;SB=-3.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,63:73:99:2094,175,0 chrXIV 575614 . G GA 1842.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.715;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=68.5106;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.735;QD=17.06;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=2.124;SB=-6.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,73:108:99:1885,117,0 chrXIV 576631 . AT A 1858.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=171.5602;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.77;MQ0=0;QD=17.37;RPA=12,11;RU=T;SB=-9.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,83:107:99:1901,253,0 chrXIV 577027 . TTCGGTGGTTAAACAA T 6324 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=150.1480;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.36;MQ0=0;QD=78.07;RPA=2,1;RU=TCGGTGGTTAAACAA;SB=-4.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,63:76:99:6324,147,0 chrXIV 579945 . GTTA G 10650 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.482;DP=210;FS=0.000;HaplotypeScore=1972.2873;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.33;MQ0=0;MQRankSum=0.929;QD=50.71;ReadPosRankSum=1.679;SB=-4.121e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:89,118:210:99:10650,519,0 chrXIV 581648 . A AT 459.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=15.8851;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.80;MQ0=0;QD=13.53;RPA=10,11;RU=T;SB=-9.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,14:34:58:502,58,0 chrXIV 581704 . G GGCTCAAATCAGTAAATGT 7761 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=31.9433;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.15;MQ0=0;QD=180.49;SB=-6.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,34:43:99:7761,120,0 chrXIV 584073 . GA G 2798.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=454.0184;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.98;MQ0=0;QD=22.39;SB=-1.083e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,108:125:99:2841,327,0 chrXIV 586256 . GTAT G 5849 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=217.3143;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.79;MQ0=0;QD=54.66;SB=-2.267e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,103:107:99:5849,313,0 chrXIV 587867 . GC G 5741 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=169;FS=0.000;HaplotypeScore=44.2870;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;QD=33.97;SB=-1.394e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,162:169:99:5741,460,0 chrXIV 598011 . T TC 5949 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=386.4550;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.17;MQ0=0;QD=37.42;SB=-2.885e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,148:154:99:5949,427,0 chrXIV 598230 . G GC 2119.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=488.8121;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.96;MQ0=1;QD=31.18;RPA=2,3;RU=C;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:62:99:2162,184,0 chrXIV 598298 . T TA 111.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=64.0568;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.52;MQ0=0;QD=2.22;RPA=2,3;RU=A;SB=-4.529e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,39:16:15:153,15,0 chrXIV 599354 . GA G 3455 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=209;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=750.4433;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.20;MQ0=0;QD=16.53;RPA=10,9;RU=A;SB=-1.406e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,176:196:99:3455,428,0 chrXIV 599434 . TG T 2162.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=347.3383;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.33;MQ0=26;QD=15.34;SB=-6.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,131:68:99:2205,169,0 chrXIV 599665 . GGCCTTACTTGGCATTTAAGTAAA G 6746 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=662.9277;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.56;MQ0=6;QD=91.16;SB=-7.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,44:54:99:6746,114,0 chrXIV 601783 . CG C 3522 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=381.4355;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.11;MQ0=23;QD=24.98;SB=-1.377e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,118:102:99:3522,280,0 chrXIV 601886 . T TTAAGTTACTGGAAGGAG 19799 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=197;FS=0.000;HaplotypeScore=494.7803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.09;MQ0=2;QD=100.50;SB=-6.644e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:92,99:124:99:19799,340,0 chrXIV 602388 . C CTT 3808 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=1033.3658;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.84;MQ0=17;QD=24.41;RPA=7,9;RU=T;SB=-1.537e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,111:119:99:3808,292,0 chrXIV 602399 . TTTC T 5918 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=946.3906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.45;MQ0=10;QD=42.58;SB=-2.171e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,137:111:99:5918,331,0 chrXIV 604386 . T TA 97.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.666;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=26.3639;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.179;QD=6.94;ReadPosRankSum=0.762;SB=-6.838e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,9:14:17:139,17,0 chrXIV 605054 . A AT 3100.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=242.2675;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.13;MQ0=0;QD=25.01;RPA=8,9;RU=T;SB=-1.180e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,112:124:99:3143,321,0 chrXIV 644217 . CTA C 233.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=13.3085;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.94;MQ0=0;QD=13.00;RPA=10,9;RU=TA;SB=-5.690e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,8:18:24:276,24,0 chrXIV 647314 . A AT 1433.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.568;DP=126;FS=10.809;HaplotypeScore=75.0949;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.71;MQ0=0;MQRankSum=1.275;QD=11.38;RPA=14,15;RU=T;ReadPosRankSum=-1.379;SB=-5.744e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:49,73:126:13:1475,13,0 chrXIV 651855 . C CTT 1963.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=141.1190;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.72;MQ0=0;QD=39.28;SB=-8.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,33:50:99:2006,120,0 chrXIV 651952 . T TA 2239.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=248.6411;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.63;MQ0=0;QD=37.33;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,50:60:99:2282,166,0 chrXIV 651987 . TA T 1624.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=285.6234;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.93;MQ0=0;QD=22.57;RPA=7,6;RU=A;SB=-2.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,68:72:99:1667,189,0 chrXIV 662768 . GA G 815.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.490;DP=94;FS=1.373;HaplotypeScore=78.7262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=1.841;QD=8.68;RPA=16,15;RU=A;ReadPosRankSum=0.575;SB=-3.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,42:94:50:855,0,50 chrXIV 668101 . CA C 1426.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.664;DP=123;FS=6.322;HaplotypeScore=55.4526;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.193;QD=11.60;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=2.221;SB=-5.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,83:123:59:1469,59,0 chrXIV 674780 . AT A 2595.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.998;DP=152;FS=3.160;HaplotypeScore=57.2945;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.763;QD=17.08;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.029;SB=-1.226e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,121:152:99:2638,322,0 chrXIV 678603 . GAAA G 1611.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.652;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=172.1680;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.15;MQ0=0;MQRankSum=0.685;QD=34.30;RPA=15,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.685;SB=-2.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,35:47:99:1654,104,0 chrXIV 678661 . CT C 2044.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=188.3720;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.73;MQ0=0;QD=25.56;RPA=4,3;RU=T;SB=-3.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,73:80:99:2087,207,0 chrXIV 690071 . AT A 1178.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.058;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=34.4076;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.444;QD=14.04;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.174;SB=-5.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,57:84:99:1221,132,0 chrXIV 691292 . TA T 2496.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=286.6726;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.46;MQ0=0;QD=21.16;RPA=2,1;RU=A;SB=-7.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,101:118:99:2539,288,0 chrXIV 692520 . CA C 1491.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.781;DP=120;FS=4.554;HaplotypeScore=71.2949;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=1.988;QD=12.43;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=1.074;SB=-3.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,68:120:77:1534,77,0 chrXIV 692960 . CTTT C 2913.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=30.8627;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.49;MQ0=0;QD=32.74;RPA=13,10;RU=T;SB=-7.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,77:89:99:2956,214,0 chrXIV 694240 . C CAAAT 326.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3123;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=69.31;MQ0=0;QD=12.11;SB=-6.100e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:27:36:369,36,0 chrXIV 694966 . C CTGTATATA 1113.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=40.6635;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=63.89;MQ0=0;QD=26.52;SB=-5.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,23:42:75:1156,75,0 chrXIV 697531 . A AT 1844 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.007;DP=119;FS=2.838;HaplotypeScore=220.9294;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=2.012;QD=15.50;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.207;SB=-9.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,77:119:23:1886,23,0 chrXIV 701530 . GGGA G 6939 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=216;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=351.3348;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.21;MQ0=0;QD=32.13;RPA=6,5;RU=GGA;SB=-2.792e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,168:216:99:6939,463,0 chrXIV 704486 . C CAT 2118.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-9.290;DP=189;DS;FS=4.756;HaplotypeScore=3124.0919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.10;MQ0=0;MQRankSum=0.566;QD=11.21;ReadPosRankSum=-4.801;SB=-1.003e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:134,54:189:99:2158,0,4380 chrXIV 711232 . A ATT 735.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=105.7827;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.71;MQ0=0;QD=14.72;RPA=14,16;RU=T;SB=-3.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,13:50:88:778,88,0 chrXIV 711251 . AT A 966.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=120.1608;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.52;MQ0=0;QD=20.14;RPA=9,8;RU=T;SB=-4.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,41:48:99:1009,123,0 chrXIV 711615 . AT A 5285 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=227;FS=0.000;HaplotypeScore=61.7772;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.62;MQ0=0;QD=23.28;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.689e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,216:227:99:5285,600,0 chrXIV 716416 . C CT 506.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.107;DP=50;FS=10.005;HaplotypeScore=30.2365;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.50;MQ0=0;MQRankSum=0.394;QD=10.12;RPA=14,15;RU=T;ReadPosRankSum=-0.394;SB=-6.614e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,26:50:18:548,18,0 chrXIV 718411 . G GA 2636.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.440;DP=137;FS=5.070;HaplotypeScore=55.5309;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=0.181;QD=19.25;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-3.043;SB=-8.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,96:137:99:2679,209,0 chrXIV 718580 . CAA C 2033.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.512;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=62.5631;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.55;MQ0=0;MQRankSum=0.027;QD=24.21;RPA=11,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.302;SB=-6.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,67:84:99:2076,183,0 chrXIV 721916 . T TAA,TA 589.61 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.555;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=25.4404;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=0.644;QD=7.76;RPA=15,17,16;RU=A;ReadPosRankSum=-1.488;SB=-2.687e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:41,5,29:76:48:667,324,391,48,0,50 chrXIV 726392 . GT G 1495.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.660;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=458.5188;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.11;MQ0=8;MQRankSum=0.505;QD=18.47;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=-1.372;SB=-1.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,48:60:99:1538,108,0 chrXIV 730572 . T TA 2994.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=793.6004;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.64;MQ0=0;QD=31.20;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.169e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,88:96:99:3037,265,0 chrXIV 730589 . AG A 2945.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=1013.3991;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.75;MQ0=0;QD=28.33;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.077e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,95:104:99:2988,277,0 chrXIV 755415 . G GATTTGT 5060 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=666.7250;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.55;MQ0=2;QD=54.41;SB=-2.249e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,80:66:99:5060,181,0 chrXIV 759374 . TC T 6172 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=184;FS=0.000;HaplotypeScore=44.8467;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.86;MQ0=0;QD=33.54;SB=-2.824e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,181:184:99:6172,526,0 chrXIV 761609 . A AG 3674 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=96.9720;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;QD=26.24;RPA=5,6;RU=G;SB=-1.547e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,122:140:99:3674,357,0 chrXIV 765768 . G GC 7881 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.535;DP=222;FS=3.375;HaplotypeScore=1244.6123;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.63;MQ0=0;MQRankSum=0.878;QD=35.50;RPA=1,2;RU=C;ReadPosRankSum=1.338;SB=-3.584e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,212:222:99:7881,621,0 chrXIV 772580 . G GTGT 3097.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=32.3973;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.38;MQ0=0;QD=45.56;RPA=2,3;RU=TGT;SB=-4.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,61:67:99:3140,184,0 chrXIV 774432 . CG C 2208.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=2138.4601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.49;MQ0=26;QD=15.03;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,100:79:99:2251,216,0 chrXIV 783594 . GAGTGC G 1054.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.173;DP=35;FS=41.746;HaplotypeScore=472.4651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.96;MQ0=1;MQRankSum=-2.239;QD=30.14;ReadPosRankSum=-2.949;SB=-3.011e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,19:27:99:1094,0,193 chrXIV 783618 . G GT 750.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.876;DP=42;FS=29.919;HaplotypeScore=589.5036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.48;MQ0=1;MQRankSum=-1.184;QD=17.88;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=-0.837;SB=-2.401e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,37:29:81:790,0,81 chrXIV 783661 . TC T 252.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.488;DP=41;FS=41.720;HaplotypeScore=439.9560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.094;QD=6.17;ReadPosRankSum=2.110;SB=2.626e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,9:23:99:292,0,467 chrXIV 783700 . AT A 380.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.970;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=288.1976;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.92;MQ0=2;MQRankSum=1.600;QD=7.47;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=4.635;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:31:99:420,0,460 chrXIV 783883 . G GGTA 1384.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.358;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=674.1898;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.57;MQ0=1;MQRankSum=-0.890;QD=29.47;RPA=1,2;RU=GTA;ReadPosRankSum=-1.733;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,19:41:66:1427,66,0 chrXIV 783908 . T TG 758.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.977;DP=63;FS=33.618;HaplotypeScore=1401.6153;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.76;MQ0=1;MQRankSum=-0.730;QD=12.05;RPA=2,3;RU=G;ReadPosRankSum=-2.074;SB=-3.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,33:53:99:798,0,141 chrXIV 783960 . G GT 4873 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.980;DP=187;FS=128.343;HaplotypeScore=3802.3312;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.23;MQ0=1;MQRankSum=0.825;QD=26.06;ReadPosRankSum=-2.039;SB=-9.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,139:167:99:4873,0,563 chrXIV 784000 . GAATAGGGTTA G 8353 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.596;DP=223;FS=53.704;HaplotypeScore=4256.7107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.98;MQ0=1;MQRankSum=1.625;QD=37.46;ReadPosRankSum=1.637;SB=-2.042e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:146,8:199:99:8353,0,1458 chrXV 15304 . GT G 874.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=287.1197;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=26.51;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:99:917,99,0 chrXV 16813 . GA G 656.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=461.3151;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.73;MQ0=0;QD=29.86;RPA=3,2;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,21:22:63:699,63,0 chrXV 17161 . TA T 2028.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=343.9609;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.18;MQ0=0;QD=36.23;RPA=2,1;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:2071,169,0 chrXV 27228 . AT A 401.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=102.0266;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.41;MQ0=4;QD=14.89;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:20:48:444,48,0 chrXV 30162 . C CCTG 10472 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=211;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=2725.9574;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.45;MQ0=0;QD=49.63;RPA=1,2;RU=CTG;SB=-2.871e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,186:211:99:10472,584,0 chrXV 30785 . AACG A 1345.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.453;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=260.4756;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.655;QD=28.64;ReadPosRankSum=2.821;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,27:46:79:1388,79,0 chrXV 30914 . TGAGCTAG T 440.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=189.5769;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.52;MQ0=0;QD=73.35;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18:482,18,0 chrXV 30926 . CGA C 418.96 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=416.3998;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.61;MQ0=1;QD=24.64;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,6:16:45:461,45,0 chrXV 30927 . GAA G 482.05 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.868;DP=18;FS=12.041;HaplotypeScore=440.3969;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.08;MQ0=1;MQRankSum=-0.651;QD=26.78;ReadPosRankSum=0.651;SB=-8.654e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,11:17:20:524,20,0 chrXV 30935 . G GGAT 849.96 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.280;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=1174.4333;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.07;MQ0=1;MQRankSum=-0.727;QD=22.97;ReadPosRankSum=-0.615;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,11:36:84:892,84,0 chrXV 30978 . CCTGATT C 6689 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.475;DP=247;DS;FS=37.937;HaplotypeScore=5316.0147;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.03;MQ0=1;MQRankSum=1.520;QD=27.08;ReadPosRankSum=5.215;SB=-2.344e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:155,91:242:99:6689,0,4580 chrXV 31135 . CCGA C 6367 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;DP=185;DS;FS=6.791;HaplotypeScore=1340.0985;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.71;MQ0=0;MQRankSum=1.488;QD=34.42;ReadPosRankSum=5.813;SB=-2.684e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,152:179:99:6367,0,100 chrXV 31139 . TTCA T 6498 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.137;DP=173;DS;FS=9.191;HaplotypeScore=1261.7331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.84;MQ0=0;MQRankSum=1.726;QD=37.56;ReadPosRankSum=6.330;SB=-2.733e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,152:167:99:6498,0,309 chrXV 31198 . CCGA C 2024.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.578;DP=234;DS;FS=7.257;HaplotypeScore=4725.0529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.62;MQ0=0;MQRankSum=3.403;QD=8.65;ReadPosRankSum=1.244;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:170,60:217:99:2064,0,4379 chrXV 31202 . TTCA T 2338.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.599;DP=243;DS;FS=10.458;HaplotypeScore=4810.4974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.42;MQ0=2;MQRankSum=3.518;QD=9.63;ReadPosRankSum=1.540;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:182,60:223:99:2378,0,7518 chrXV 31238 . TGATTCA T 5452 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.889;DP=221;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=4366.2655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.07;MQ0=1;MQRankSum=2.028;QD=24.67;ReadPosRankSum=5.486;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:139,81:204:99:5452,0,7491 chrXV 31288 . T TGGA 66.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.588;DP=23;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=841.6328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.29;MQ0=0;MQRankSum=0.106;QD=2.91;ReadPosRankSum=-0.106;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,12:23:41:106,0,41 chrXV 31348 . AC A 1096.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.810;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=1737.1366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.85;MQ0=0;MQRankSum=2.364;QD=17.41;ReadPosRankSum=1.380;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,35:63:99:1136,0,236 chrXV 31381 . CGGT C 2946.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=2066.2272;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=54.57;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:2989,163,0 chrXV 31443 . T TCAA 5323 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=2595.3397;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.66;MQ0=0;QD=53.77;RPA=1,2;RU=CAA;SB=-1.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,91:99:99:5323,292,0 chrXV 32019 . TAA T 5312 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=895.1321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.45;MQ0=0;QD=42.16;RPA=3,1;RU=A;SB=-2.580e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,115:126:99:5312,343,0 chrXV 32031 . G GA 3499 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=928.5758;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.57;MQ0=0;QD=25.92;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.699e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,124:135:99:3499,364,0 chrXV 32351 . TA T 4068 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;FS=0.000;HaplotypeScore=1424.7619;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.75;MQ0=0;QD=24.65;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.642e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,143:165:99:4068,430,0 chrXV 32396 . G GT 3469 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.998;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=1419.3430;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.46;MQ0=0;MQRankSum=0.088;QD=28.67;ReadPosRankSum=1.262;SB=-1.572e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,115:121:99:3469,346,0 chrXV 32775 . G GTTCT 6662 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=1116.1396;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.02;MQ0=0;QD=52.46;RPA=1,2;RU=TTCT;SB=-3.219e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,100:127:99:6662,331,0 chrXV 32815 . C CTT 6971 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=2042.7698;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.31;MQ0=0;QD=45.27;RPA=1,3;RU=T;SB=-2.432e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,143:154:99:6971,451,0 chrXV 34339 . T TCC 6572 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=779.7906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.26;MQ0=0;QD=40.57;SB=-2.614e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:106,51:162:99:6572,475,0 chrXV 34341 . AGG A 6017 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=822.5882;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.22;MQ0=0;QD=38.82;SB=-2.130e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:102,51:155:99:6017,446,0 chrXV 43157 . CT C 3049.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=1210.4597;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.69;MQ0=0;QD=32.80;RPA=3,2;RU=T;SB=-2.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,91:93:99:3092,271,0 chrXV 43480 . G GA 2147.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.690;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=875.9782;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.352;QD=23.10;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.394;SB=-1.087e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,80:93:99:2190,221,0 chrXV 43492 . TG T 3779 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=840.5470;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.28;MQ0=0;QD=35.65;SB=-1.662e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,101:106:99:3779,286,0 chrXV 43549 . G GA 2873.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.826;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=998.6349;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.635;QD=21.77;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.728;SB=-8.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,106:132:99:2916,295,0 chrXV 43578 . GA G 2516.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=907.9585;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.52;MQ0=0;QD=23.97;RPA=5,4;RU=A;SB=-7.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,85:105:99:2559,267,0 chrXV 45897 . AATT A 595.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7570;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;QD=28.38;RPA=7,6;RU=ATT;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,16:21:42:638,42,0 chrXV 47909 . TA T 2654.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=44.3541;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.96;MQ0=0;QD=17.82;RPA=10,9;RU=A;SB=-8.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,130:149:99:2697,329,0 chrXV 53937 . GGAA G 4701 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=210;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=203.6644;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=22.39;RPA=8,7;RU=GAA;SB=-2.058e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:86,115:210:99:4701,340,0 chrXV 53991 . T TGTTAAAATGGAAAACCCATCCGAG 23361 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=448.8557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.25;MQ0=0;QD=188.40;SB=-7.446e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:92,32:124:99:23361,349,0 chrXV 54269 . AATC A 8776 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=183;FS=0.000;HaplotypeScore=52.1607;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.13;MQ0=0;QD=47.96;RPA=2,1;RU=ATC;SB=-4.156e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,175:183:99:8776,509,0 chrXV 55102 . CATACTGCGTTATACTGCGTT C 8498 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=29.5826;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.28;MQ0=0;QD=65.37;RPA=4,2;RU=ATACTGCGTT;SB=-6.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:73,55:130:99:8498,166,0 chrXV 60061 . GTT G 1942.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.901;DP=91;FS=5.136;HaplotypeScore=379.2317;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.26;MQ0=0;MQRankSum=1.078;QD=21.35;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.862;SB=-5.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,60:91:99:1985,181,0 chrXV 63056 . G GTCA 4568 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.625;DP=152;FS=2.596;HaplotypeScore=53.0277;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.702;QD=30.05;RPA=10,11;RU=TCA;ReadPosRankSum=0.452;SB=-1.526e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,106:152:99:4568,180,0 chrXV 70058 . AT A 2521.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=116.9570;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=18.82;RPA=10,9;RU=T;SB=-1.246e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,106:134:99:2564,314,0 chrXV 71152 . C CT 2116.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=135.5791;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.09;MQ0=0;QD=22.76;RPA=8,9;RU=T;SB=-1.016e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,81:93:99:2159,237,0 chrXV 73391 . TA T 5611 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=169;FS=0.000;HaplotypeScore=856.8729;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.33;MQ0=0;QD=33.20;RPA=2,1;RU=A;SB=-2.472e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,163:169:99:5611,472,0 chrXV 77216 . TG T 3156.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=670.8242;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.88;MQ0=0;QD=31.57;SB=-9.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,84:100:99:3199,271,0 chrXV 77349 . GAT G 3343 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=426.7106;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.13;MQ0=0;QD=35.95;RPA=3,2;RU=AT;SB=-1.010e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,80:93:99:3343,241,0 chrXV 79622 . AG A 4980 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=551.2708;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.84;MQ0=0;QD=35.83;SB=-2.030e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,131:139:99:4980,388,0 chrXV 85382 . CT C 308.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.060;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=22.8090;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.060;QD=7.92;RPA=15,14;RU=T;ReadPosRankSum=0.899;SB=-9.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,27:39:35:351,35,0 chrXV 87297 . G GA 1806.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=324.7734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.78;MQ0=0;QD=27.80;RPA=3,4;RU=A;SB=-5.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,58:65:99:1849,174,0 chrXV 91920 . CT C 2451.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=310.4647;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.04;MQ0=0;QD=35.03;RPA=2,1;RU=T;SB=-3.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,69:70:99:2494,205,0 chrXV 91996 . GTA G 340.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=87.1551;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.43;MQ0=0;QD=12.63;RPA=6,5;RU=TA;SB=-1.499e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,11:27:30:383,30,0 chrXV 92462 . CA C 4300 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=190;FS=0.000;HaplotypeScore=289.9253;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.12;MQ0=0;QD=22.63;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.116e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,164:190:99:4300,465,0 chrXV 92494 . T TA 3586 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;FS=0.000;HaplotypeScore=360.2822;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.58;MQ0=0;QD=21.60;RPA=8,9;RU=A;SB=-1.509e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,133:166:99:3586,393,0 chrXV 92644 . GA G 3230.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=1157.6835;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.84;MQ0=0;QD=31.98;SB=-1.417e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,89:101:99:3272,268,0 chrXV 93845 . T TA 1383.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.125;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=245.8956;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.728;QD=9.61;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.307;SB=-2.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,81:144:45:1423,0,45 chrXV 94027 . AT A 3436 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=580.7931;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=28.63;RPA=4,3;RU=T;SB=-8.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,118:120:99:3436,343,0 chrXV 94613 . GAA G 1333.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.654;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=314.4325;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.35;MQ0=0;MQRankSum=0.709;QD=21.17;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.654;SB=-4.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,45:63:99:1376,127,0 chrXV 94666 . A AT 2563.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=895.9572;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.52;MQ0=0;QD=30.16;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.123e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,76:85:99:2606,238,0 chrXV 96928 . C CG 2981.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=379.8297;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.59;MQ0=0;QD=26.86;RPA=6,7;RU=G;SB=-1.417e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,100:111:99:3024,298,0 chrXV 110086 . GT G 3999 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=36.5717;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.82;MQ0=0;QD=34.18;SB=-1.762e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,108:117:99:3999,319,0 chrXV 110687 . T TA 1108.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=130.1098;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.50;MQ0=0;QD=21.74;RPA=5,6;RU=A;SB=-2.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,35:51:99:1151,117,0 chrXV 110843 . T TG 161.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.162;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=177.3247;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.99;MQ0=0;MQRankSum=1.267;QD=8.95;ReadPosRankSum=2.162;SB=-1.693e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,5:18:21:203,21,0 chrXV 110844 . A ATG 350.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.327;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=165.2043;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.510;QD=17.55;ReadPosRankSum=1.327;SB=-2.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,5:20:38:393,38,0 chrXV 110931 . G GA 932.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.182;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=328.9406;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.86;MQ0=0;MQRankSum=0.547;QD=22.21;ReadPosRankSum=1.277;SB=-5.900e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,38:41:99:975,100,0 chrXV 110946 . TAAGA T 2403.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=198.7552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.30;MQ0=0;QD=53.42;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,38:44:99:2446,120,0 chrXV 111095 . TAGCAA T 4591 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=997.7080;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.02;MQ0=0;QD=63.76;SB=-2.087e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,65:71:99:4591,193,0 chrXV 111119 . CT C 2860.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=1347.2480;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.50;MQ0=0;QD=33.27;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.222e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,84:85:99:2903,244,0 chrXV 111216 . GA G 2842.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=715.4779;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.56;MQ0=0;QD=26.08;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.404e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,103:109:99:2885,297,0 chrXV 113270 . A AT 3890 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=356.6889;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.95;MQ0=0;QD=28.39;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.769e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,116:137:99:3890,349,0 chrXV 113874 . AT A 159.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=26.9664;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=9.41;RPA=9,8;RU=T;SB=-4.990e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,10:17:24:202,24,0 chrXV 113935 . CA C 744.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=105.8199;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.36;MQ0=0;QD=32.39;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:69:787,69,0 chrXV 114133 . G GT 3081.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=189.9644;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;QD=28.27;RPA=5,6;RU=T;SB=-4.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,106:109:99:3124,310,0 chrXV 123629 . C CTT 556.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=69.5150;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.72;MQ0=0;QD=32.76;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,6:17:39:599,39,0 chrXV 129212 . C CTT 2217.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.026;DP=103;FS=7.054;HaplotypeScore=109.0065;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.658;QD=21.53;RPA=12,14;RU=T;ReadPosRankSum=-1.418;SB=-5.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,68:103:99:2260,140,0 chrXV 136025 . GA G 4365 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;FS=0.000;HaplotypeScore=390.1174;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.98;MQ0=0;QD=26.78;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.761e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,155:163:99:4365,454,0 chrXV 136376 . GA G 1955.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=102.7049;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.75;MQ0=0;QD=18.81;RPA=9,8;RU=A;SB=-8.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,90:104:99:1998,240,0 chrXV 138046 . GTA G 343.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4873;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.26;MQ0=0;QD=10.42;RPA=6,5;RU=TA;SB=-1.729e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,15:33:33:386,33,0 chrXV 141471 . G GAA,GA 1860.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.141;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=83.8421;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=16.77;RPA=15,17,16;RU=A;ReadPosRankSum=-1.962;SB=-7.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:65,22,13:111:99:1939,246,132,1056,0,906 chrXV 141555 . GT G 1984.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=72.2067;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;QD=22.56;RPA=8,7;RU=T;SB=-8.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,79:88:99:2027,234,0 chrXV 144166 . C CA 3804 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.325;DP=185;FS=7.934;HaplotypeScore=416.5552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.133;QD=20.56;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.417;SB=-1.482e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,140:185:99:3804,338,0 chrXV 147203 . CTA C 630.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=73.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.72;MQ0=0;QD=20.35;RPA=4,3;RU=TA;SB=-1.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,24:31:51:673,51,0 chrXV 160743 . CT C 3810 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=174;FS=0.000;HaplotypeScore=201.6073;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;QD=21.90;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.551e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,157:174:99:3810,441,0 chrXV 160980 . AAG A 4807 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.275;DP=169;FS=0.000;HaplotypeScore=121.9646;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.553;QD=28.44;ReadPosRankSum=0.625;SB=-2.065e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:73,89:169:99:4807,423,0 chrXV 162054 . A AT 5615 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=1067.3074;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.78;MQ0=0;QD=36.23;RPA=1,2;RU=T;SB=-2.699e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,150:155:99:5615,454,0 chrXV 165370 . AT A 2837.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=374.8538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.70;MQ0=0;QD=20.56;RPA=9,8;RU=T;SB=-7.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,123:138:99:2880,344,0 chrXV 165467 . GT G 1703.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=525.7902;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.53;MQ0=0;QD=23.03;RPA=7,6;RU=T;SB=-6.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,67:73:99:1746,195,0 chrXV 167003 . TTTA T 3834 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=482.7069;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.34;MQ0=0;QD=40.36;SB=-1.494e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,87:95:99:3834,244,0 chrXV 170473 . C CT 6942 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=194;FS=0.000;HaplotypeScore=56.5692;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.96;MQ0=0;QD=35.78;RPA=1,2;RU=T;SB=-3.379e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,191:194:99:6942,545,0 chrXV 180383 . G GT 3119.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=372.7261;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.77;MQ0=0;QD=26.90;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.490e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,100:116:99:3162,310,0 chrXV 180408 . A AT 3631 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=499.1738;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.35;MQ0=0;QD=28.82;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.620e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,111:126:99:3631,343,0 chrXV 180441 . AT A 3099.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=413.5346;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.78;MQ0=0;QD=25.41;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.377e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,108:122:99:3142,324,0 chrXV 181607 . G GA 3323 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=595.9842;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.38;MQ0=0;QD=33.57;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.597e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,86:99:99:3323,271,0 chrXV 181654 . AC A 2563.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=396.0151;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.70;MQ0=0;QD=26.16;RPA=5,4;RU=C;SB=-8.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,83:98:99:2606,258,0 chrXV 189467 . ATTT A 1839.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=98.2199;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.13;MQ0=0;QD=32.86;RPA=13,10;RU=T;SB=-6.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,45:56:99:1882,135,0 chrXV 206047 . C CAT 4244 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.693;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=117.6014;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.31;MQ0=0;MQRankSum=1.291;QD=32.90;RPA=5,6;RU=AT;ReadPosRankSum=-1.354;SB=-1.937e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,111:129:99:4244,292,0 chrXV 213812 . AT A 1786.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=341.5186;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.10;MQ0=0;QD=20.54;RPA=9,8;RU=T;SB=-7.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,78:87:99:1829,219,0 chrXV 213883 . A AAT 2109.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=188.7819;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.24;MQ0=0;QD=27.76;SB=-6.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,33:76:99:2152,187,0 chrXV 216270 . GGTC G 6671 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=484.3951;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.04;MQ0=0;QD=48.34;RPA=2,1;RU=GTC;SB=-2.529e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,127:138:99:6671,376,0 chrXV 216604 . GTCACCA G 14789 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=224;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=67.2394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.70;MQ0=0;QD=66.02;RPA=2,1;RU=TCACCA;SB=-7.282e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,182:224:99:14789,593,0 chrXV 216898 . A AAT 445.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.589;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=28.3006;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.144;QD=6.76;ReadPosRankSum=-1.734;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,39:65:56:488,56,0 chrXV 217068 . A AT 1264.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=240.0876;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.59;MQ0=0;QD=25.82;RPA=4,5;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1307,129,0 chrXV 227211 . GC G 1682.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=57.6286;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.12;MQ0=0;QD=35.06;SB=-4.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1725,129,0 chrXV 228425 . C CT 1721.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=26.5302;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.27;MQ0=0;QD=23.27;RPA=8,9;RU=T;SB=-7.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,66:74:99:1764,192,0 chrXV 231806 . G GA 2385.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.750;DP=126;FS=5.828;HaplotypeScore=43.5617;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.11;MQ0=0;MQRankSum=1.594;QD=18.94;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.117;SB=-2.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,97:126:99:2428,237,0 chrXV 233686 . AT A 5326 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=171;FS=0.000;HaplotypeScore=286.2991;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.81;MQ0=0;QD=31.15;SB=-1.449e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,149:171:99:5326,478,0 chrXV 233865 . A AT 2229.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=29.0838;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.43;MQ0=0;QD=22.52;RPA=8,9;RU=T;SB=-8.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,79:99:99:2272,252,0 chrXV 234107 . T TG 3308 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=296.5197;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.86;MQ0=0;QD=28.77;RPA=4,5;RU=G;SB=-1.561e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,103:115:99:3308,310,0 chrXV 235377 . T TCAACAACAACAACAACAGCAA 18190 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=204;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=60.6603;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.32;MQ0=1;QD=89.17;SB=-8.978e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:71,121:202:99:18190,367,0 chrXV 236202 . ACAAGCT A 12049 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=249;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=478.4292;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.45;MQ0=0;QD=48.39;RPA=5,4;RU=CAAGCT;SB=-4.046e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:59,187:249:99:12049,527,0 chrXV 237009 . GCAA G 7041 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-4.141;DP=211;FS=17.208;HaplotypeScore=2255.7597;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.27;MQ0=0;MQRankSum=0.781;QD=33.37;RPA=3,2;RU=CAA;ReadPosRankSum=3.366;SB=-3.157e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:53,158:211:99:7041,370,0 chrXV 243129 . TA T 2695.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.619;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=50.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=0.432;QD=18.34;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.331;SB=-8.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,125:147:99:2738,304,0 chrXV 251124 . C CT 328.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1286;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.60;MQ0=0;QD=18.28;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.749e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,14:18:39:371,39,0 chrXV 254822 . TAA T 341.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=22.8606;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.46;MQ0=0;QD=21.37;RPA=10,8;RU=A;SB=-1.619e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,14:16:36:384,36,0 chrXV 266217 . GA G 571.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=195.0523;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.32;MQ0=0;QD=14.67;RPA=7,6;RU=A;SB=-2.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,32:39:69:614,69,0 chrXV 277876 . CAT C 663.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=9.6093;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;QD=15.09;RPA=7,6;RU=AT;SB=-1.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,28:44:57:706,57,0 chrXV 290573 . CT C 1034.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.917;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=45.5947;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.257;QD=14.79;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.034;SB=-3.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,53:70:99:1077,125,0 chrXV 292246 . CAA C 4175 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=39.2732;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.91;MQ0=0;QD=30.47;RPA=10,8;RU=A;SB=-1.781e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,124:137:99:4175,364,0 chrXV 296473 . GC G 5766 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=175;FS=0.000;HaplotypeScore=47.0622;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.89;MQ0=0;QD=32.95;RPA=2,1;RU=C;SB=-2.357e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,154:175:99:5766,493,0 chrXV 298968 . AT A 2809.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=44.1243;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.91;MQ0=0;QD=24.22;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.283e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,108:116:99:2852,306,0 chrXV 299706 . AT A 4702 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=199;FS=0.000;HaplotypeScore=57.2520;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.21;MQ0=0;QD=23.63;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.258e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,190:199:99:4702,540,0 chrXV 301070 . GTC G 5465 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=336.7394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.91;MQ0=0;QD=43.72;SB=-1.785e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,120:125:99:5465,358,0 chrXV 301304 . ATGTG A 1389.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=81.9772;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.58;MQ0=0;QD=37.57;RPA=8,6;RU=TG;SB=-2.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,23:37:81:1432,81,0 chrXV 325064 . GT G 1569.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.121;DP=81;FS=3.274;HaplotypeScore=22.3793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.38;MQ0=0;MQRankSum=0.815;QD=19.38;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.204;SB=-7.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,69:81:99:1612,176,0 chrXV 333432 . GA G 1583.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.599;DP=126;FS=1.900;HaplotypeScore=59.7455;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.84;MQ0=0;MQRankSum=1.079;QD=12.57;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.689;SB=-6.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,83:126:99:1626,142,0 chrXV 338929 . TTCAG T 9770 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=171;FS=0.000;HaplotypeScore=46.7422;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.12;MQ0=0;QD=57.13;SB=-2.514e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,165:171:99:9770,482,0 chrXV 348630 . GA G 2166.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=36.2860;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.28;MQ0=0;QD=19.01;RPA=11,10;RU=A;SB=-6.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,96:114:99:2209,278,0 chrXV 349509 . GT G 6864 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=227;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1138.2201;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.14;MQ0=0;QD=30.24;RPA=4,3;RU=T;SB=-2.252e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,209:227:99:6864,637,0 chrXV 349580 . GA G 2063.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.539;DP=163;DS;FS=1.567;HaplotypeScore=404.4083;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=1.084;QD=12.66;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.518;SB=-9.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:51,96:163:99:2106,156,0 chrXV 356864 . AT A 3681 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=173;FS=0.000;HaplotypeScore=51.0969;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.76;MQ0=0;QD=21.28;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.715e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,157:173:99:3681,439,0 chrXV 357337 . GA G 1665.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.683;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=534.9938;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.84;MQ0=0;MQRankSum=1.000;QD=16.49;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.537;SB=-8.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,73:101:99:1708,201,0 chrXV 367554 . GTA G 3742 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=24.9077;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.15;MQ0=1;QD=35.64;RPA=3,2;RU=TA;SB=-1.631e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,92:104:99:3742,274,0 chrXV 368065 . G GTT 4847 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=729.6722;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.10;MQ0=0;QD=33.90;SB=-2.071e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,128:143:99:4847,373,0 chrXV 370433 . A ATT 2961.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=37.3425;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.98;MQ0=1;QD=28.76;RPA=9,11;RU=T;SB=-1.377e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,88:102:99:3004,251,0 chrXV 370888 . C CG 6455 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=181;FS=0.000;HaplotypeScore=45.9957;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=35.66;SB=-3.160e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,163:181:99:6455,473,0 chrXV 371479 . C CT 2764.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=119.2754;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.93;MQ0=0;QD=24.04;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.334e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,106:115:99:2807,303,0 chrXV 372343 . A AT 1564.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=341.1627;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.06;MQ0=0;QD=25.24;RPA=6,7;RU=T;SB=-3.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,60:62:99:1607,168,0 chrXV 382987 . GAA G 3339 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=31.4669;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.82;MQ0=0;QD=30.92;RPA=7,5;RU=A;SB=-1.336e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,94:108:99:3339,271,0 chrXV 383410 . AT A 1940.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=22.6704;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.40;MQ0=0;QD=28.54;RPA=4,3;RU=T;SB=-3.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1983,195,0 chrXV 384491 . CA C 3719 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=170.2412;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.64;MQ0=0;QD=26.95;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.479e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,130:138:99:3719,385,0 chrXV 384584 . TA T 3164.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=540.9675;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.78;MQ0=0;QD=34.78;SB=-1.220e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,83:91:99:3207,250,0 chrXV 384957 . TA T 2516.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=681.3482;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.88;MQ0=0;QD=24.44;RPA=4,3;RU=A;SB=-8.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,91:103:99:2559,258,0 chrXV 385319 . C CT 2621.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=507.7591;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.28;MQ0=0;QD=26.22;SB=-7.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,86:100:99:2664,267,0 chrXV 385523 . AT A 3645 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=1304.7390;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.04;MQ0=0;QD=33.44;SB=-1.413e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:109:99:3645,280,0 chrXV 385645 . C CT 1778.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.122;DP=101;FS=2.517;HaplotypeScore=802.8127;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.90;MQ0=0;MQRankSum=1.095;QD=17.61;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.446;SB=-7.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,69:101:99:1821,199,0 chrXV 385733 . GC G 1754.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=351.4136;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.19;MQ0=0;QD=31.91;RPA=2,1;RU=C;SB=-5.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,52:55:99:1797,162,0 chrXV 385904 . AT A 2122.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=685.9252;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.97;MQ0=0;QD=29.08;SB=-9.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,70:73:99:2165,202,0 chrXV 385955 . TA T 1365.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=810.1999;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.64;MQ0=0;QD=21.34;RPA=6,5;RU=A;SB=-6.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,53:64:99:1408,153,0 chrXV 386086 . TA T 3124.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=797.9602;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.96;MQ0=0;QD=31.57;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.132e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,91:99:99:3167,274,0 chrXV 386646 . CT C 3613 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=172;FS=0.000;HaplotypeScore=53.6124;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.57;MQ0=0;QD=21.01;RPA=10,9;RU=T;SB=-1.686e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,150:172:99:3613,443,0 chrXV 389452 . ACAT A 5564 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=372.3596;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.69;MQ0=0;QD=41.52;RPA=3,2;RU=CAT;SB=-1.159e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,104:134:99:5564,328,0 chrXV 389478 . A AT 4247 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=527.4734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.11;MQ0=0;QD=35.69;SB=-1.245e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,105:119:99:4247,316,0 chrXV 389603 . A AT 3480 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=588.7005;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.32;MQ0=0;QD=40.94;SB=-1.722e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,78:85:99:3480,250,0 chrXV 389607 . C CA 2538.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=692.4701;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.25;MQ0=0;QD=30.59;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.277e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,77:83:99:2581,235,0 chrXV 389708 . A AT 3114.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=55.9964;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.67;MQ0=0;QD=28.84;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.188e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,104:108:99:3157,295,0 chrXV 391987 . A AT 3323 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=260.1634;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.91;MQ0=0;QD=25.56;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.471e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,120:130:99:3323,351,0 chrXV 392113 . G GA 2343.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.929;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=62.1398;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.687;QD=17.49;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.929;SB=-1.025e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:52,79:134:99:2386,230,0 chrXV 392395 . G GA 4896 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=178;FS=0.000;HaplotypeScore=51.1496;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.09;MQ0=0;QD=27.51;RPA=3,4;RU=A;SB=-2.243e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,167:178:99:4896,463,0 chrXV 397478 . GA G 1394.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;DP=132;FS=1.708;HaplotypeScore=62.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.79;MQ0=0;MQRankSum=0.542;QD=10.57;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.162;SB=-6.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,84:132:75:1437,75,0 chrXV 407924 . G GGCACGTGTTGCAATATAATACTA 30935 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=169;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=41.1088;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.77;MQ0=0;QD=183.05;SB=-1.215e+04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:88,61:169:99:30935,445,0 chrXV 410001 . GT G 3456 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=142.0942;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.25;MQ0=0;QD=28.80;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.679e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,118:120:99:3456,334,0 chrXV 410742 . G GT 2477.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=443.8336;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.23;MQ0=0;QD=21.93;RPA=7,8;RU=T;SB=-7.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,92:113:99:2520,270,0 chrXV 412675 . ATT A 323.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=125.3461;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=12.00;RPA=15,13;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,11:27:36:366,36,0 chrXV 412908 . TA T 1641.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=270.7967;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;QD=23.80;RPA=6,5;RU=A;SB=-4.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,63:69:99:1684,183,0 chrXV 413693 . GT G 2799.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=282.8826;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.80;MQ0=0;QD=32.94;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.128e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,77:85:99:2842,235,0 chrXV 413751 . GA G 3057.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=565.9580;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.80;MQ0=0;QD=25.07;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.019e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,110:122:99:3100,321,0 chrXV 414171 . G GT 6719 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=182;FS=0.000;HaplotypeScore=472.3486;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.46;MQ0=0;QD=36.92;SB=-2.015e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,149:182:99:6719,505,0 chrXV 414229 . CG C 4921 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=456.5083;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=0;QD=31.54;RPA=3,2;RU=G;SB=-1.763e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,144:156:99:4921,421,0 chrXV 416138 . T TTAA 2511.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=482.9549;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.57;MQ0=0;QD=46.52;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,41:54:99:2554,144,0 chrXV 416337 . TA T 1519.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=16.4412;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=25.76;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,54:59:99:1562,162,0 chrXV 417837 . T TC 4389 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=637.0681;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;QD=29.86;RPA=3,4;RU=C;SB=-1.396e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,130:147:99:4389,400,0 chrXV 418071 . ATTGT A 7632 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=270.9199;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.86;MQ0=0;QD=57.38;RPA=2,1;RU=TTGT;SB=-2.359e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,128:133:99:7632,376,0 chrXV 418280 . GA G 4799 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=274.5666;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.62;MQ0=0;QD=31.37;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.841e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,147:153:99:4799,415,0 chrXV 418543 . T TA 1659.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=497.8472;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.88;MQ0=0;QD=21.28;RPA=4,5;RU=A;SB=-8.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,66:78:99:1702,178,0 chrXV 421716 . CT C 4757 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=672.7154;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.74;MQ0=0;QD=30.11;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.583e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,151:158:99:4757,421,0 chrXV 422078 . CT C 2322.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=201.2019;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.50;MQ0=0;QD=27.01;RPA=3,2;RU=T;SB=-8.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,77:86:99:2365,208,0 chrXV 422214 . T TC 1978.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.828;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=1888.0432;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.56;MQ0=0;MQRankSum=-2.614;QD=26.04;ReadPosRankSum=2.828;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,66:76:99:2021,178,0 chrXV 422216 . GA G 1728.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.842;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=1903.1855;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.35;MQ0=0;MQRankSum=-2.929;QD=23.36;ReadPosRankSum=2.842;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,66:74:99:1771,194,0 chrXV 422221 . ATT A 3136.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=1722.7282;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.84;MQ0=0;QD=44.81;SB=-6.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,66:70:99:3179,204,0 chrXV 422225 . AAATAAATT A 7067 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=1279.4491;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.86;MQ0=0;QD=107.08;SB=-1.400e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:7067,199,0 chrXV 422603 . G GA 2899.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=621.2325;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.55;MQ0=0;QD=22.66;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.197e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,101:128:99:2942,315,0 chrXV 422652 . C CA 4459 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=862.2046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.65;MQ0=0;QD=29.93;RPA=3,4;RU=A;SB=-2.111e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,138:149:99:4459,421,0 chrXV 424824 . TA T 2120.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=593.9382;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.99;MQ0=0;QD=24.38;RPA=6,5;RU=A;SB=-8.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,79:87:99:2163,234,0 chrXV 426244 . CT C 1785.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=32.6845;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.98;MQ0=0;QD=21.78;RPA=10,9;RU=T;SB=-6.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,76:82:99:1828,224,0 chrXV 426603 . GA G 643.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.427;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=312.6986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.635;QD=7.95;RPA=16,15;RU=A;ReadPosRankSum=1.259;SB=-1.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,28:81:88:683,0,88 chrXV 427299 . T TA 5201 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=191;FS=0.000;HaplotypeScore=429.2835;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.12;MQ0=0;QD=27.23;RPA=3,4;RU=A;SB=-2.467e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,180:191:99:5201,490,0 chrXV 427395 . T TC 5173 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=835.5811;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.42;MQ0=0;QD=36.17;SB=-2.324e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,126:143:99:5173,388,0 chrXV 427529 . AG A 6889 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=224;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=380.6090;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.05;MQ0=0;QD=30.75;RPA=2,1;RU=G;SB=-2.851e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,216:224:99:6889,620,0 chrXV 428007 . ATCG A 4454 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-6.650;DP=182;FS=2.268;HaplotypeScore=2318.7472;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.55;MQ0=1;MQRankSum=-0.812;QD=24.47;ReadPosRankSum=5.165;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:95,84:180:99:4454,164,0 chrXV 429940 . C CT 2775.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=182.0881;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.28;MQ0=0;QD=25.01;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.017e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,106:111:99:2818,300,0 chrXV 430182 . A AG 693.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.280;DP=80;FS=22.581;HaplotypeScore=124.0820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.34;MQ0=1;MQRankSum=4.191;QD=8.67;ReadPosRankSum=0.986;SB=-1.167e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,45:79:99:733,0,212 chrXV 433621 . G GA 1367.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.680;DP=83;FS=1.833;HaplotypeScore=315.1862;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.16;MQ0=0;MQRankSum=1.349;QD=16.48;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.390;SB=-4.934e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,53:83:50:1410,50,0 chrXV 436844 . T TA 686.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.347;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=147.1879;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.57;MQ0=0;MQRankSum=0.347;QD=20.82;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=1.595;SB=-2.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,25:33:71:729,71,0 chrXV 438785 . C CT 3990 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.275;DP=166;FS=0.000;HaplotypeScore=940.4148;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.72;MQ0=0;MQRankSum=1.708;QD=24.04;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=0.753;SB=-1.653e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,156:166:99:3990,421,0 chrXV 443755 . A AT 3538 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=560.0945;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.72;MQ0=0;QD=29.00;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.515e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,118:122:99:3538,337,0 chrXV 444498 . A ATTTTT 1264.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.092;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=68.2794;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=1.090;QD=16.87;RPA=18,23;RU=T;ReadPosRankSum=-0.737;SB=-5.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,21:72:49:1307,49,0 chrXV 446899 . AT A 2643.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=46.9151;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.40;MQ0=0;QD=18.62;RPA=10,9;RU=T;SB=-1.090e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,122:142:99:2686,326,0 chrXV 448418 . AC A 1235.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.289;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=154.0723;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;MQRankSum=0.027;QD=22.07;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=0.404;SB=-2.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,50:56:99:1278,129,0 chrXV 457827 . G GT 4313 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=179.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=29.74;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.856e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,130:145:99:4313,379,0 chrXV 462157 . A ATT 2041.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=156.0372;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.59;MQ0=0;QD=22.94;RPA=10,12;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,56:89:99:2084,182,0 chrXV 462267 . T TG 3963 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=36.3651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=27.91;RPA=5,6;RU=G;SB=-3.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,140:142:99:3963,397,0 chrXV 462740 . A AGGG 2247.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=46.3277;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.08;MQ0=0;QD=44.08;RPA=6,9;RU=G;SB=-1.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,46:51:99:2290,138,0 chrXV 463620 . C CA 3066.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=749.8874;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.60;MQ0=0;QD=26.90;RPA=5,6;RU=A;SB=-6.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,103:114:99:3109,318,0 chrXV 464193 . AT A 1503.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=697.0403;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.34;MQ0=0;QD=20.60;RPA=7,6;RU=T;SB=-2.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,56:73:99:1546,177,0 chrXV 464204 . ATT A 1638.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=634.3634;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.20;MQ0=0;QD=26.87;RPA=8,6;RU=T;SB=-2.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,47:61:99:1681,144,0 chrXV 464228 . TA T 1345.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=692.4297;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.71;MQ0=0;QD=24.03;RPA=5,4;RU=A;SB=-3.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,48:56:99:1388,144,0 chrXV 464395 . T TTATTAAAATAGAGC 3053.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=35.6880;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.33;MQ0=2;QD=109.07;SB=-8.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,10:26:66:3096,66,0 chrXV 464593 . AT A 1665.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=258.6462;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=24.14;RPA=8,7;RU=T;SB=-5.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,66:69:99:1708,195,0 chrXV 467927 . A AT 6382 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=182;FS=0.000;HaplotypeScore=579.4817;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.53;MQ0=0;QD=35.07;SB=-2.514e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,174:182:99:6382,466,0 chrXV 469286 . A AC 2869.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=212.5387;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.18;MQ0=0;QD=31.20;SB=-7.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:92:99:2912,250,0 chrXV 471732 . A AT 5374 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=35.2943;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.61;MQ0=0;QD=37.85;SB=-2.458e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,139:142:99:5374,394,0 chrXV 479254 . A AT 517.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=56.8080;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;QD=12.95;RPA=4,5;RU=T;SB=-3.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,18:40:57:560,57,0 chrXV 479258 . TA T 42.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.457;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=101.1068;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.441;QD=1.28;ReadPosRankSum=-2.583;SB=-2.834e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,12:33:18:84,18,0 chrXV 479283 . A AT 416.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=78.0023;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.54;MQ0=0;QD=18.13;RPA=9,10;RU=T;SB=-2.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,14:23:55:459,55,0 chrXV 479417 . T TAA 2064.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=37.1337;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.34;MQ0=0;QD=26.47;RPA=8,10;RU=A;SB=-3.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,61:78:99:2107,183,0 chrXV 479571 . T TGAACAAGAACAAGAACAA 13760 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=210;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=441.6110;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.23;MQ0=0;QD=65.52;RPA=4,7;RU=GAACAA;SB=-3.152e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:82,124:210:99:13760,358,0 chrXV 479892 . TGAA T 9734 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=245;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=62.7684;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.87;MQ0=0;QD=39.73;RPA=3,2;RU=GAA;SB=-4.340e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,230:244:99:9734,620,0 chrXV 486874 . C CA 3302 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.294;DP=166;FS=2.995;HaplotypeScore=64.5504;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.009;QD=19.89;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.706;SB=-1.518e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,118:166:99:3302,351,0 chrXV 489787 . AT A 770.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.333;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=363.4129;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.502;QD=15.42;ReadPosRankSum=2.215;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,38:50:92:813,92,0 chrXV 489789 . AT A 943.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.330;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=342.9345;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.575;QD=19.26;ReadPosRankSum=2.330;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,38:49:99:986,108,0 chrXV 489976 . TA T 666.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=78.4476;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.39;MQ0=0;QD=23.00;RPA=5,4;RU=A;SB=-3.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,24:29:72:709,72,0 chrXV 491013 . CAAAA C 4422 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.406;DP=113;FS=3.050;HaplotypeScore=174.4100;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.68;MQ0=0;MQRankSum=1.084;QD=39.13;RPA=14,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.700;SB=-2.154e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,85:113:99:4422,262,0 chrXV 497200 . T TCA 2095.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=22.9805;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.33;MQ0=0;QD=46.58;SB=-5.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:45:99:2138,129,0 chrXV 504675 . G GGC 7019 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=93.4506;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.29;MQ0=0;QD=43.33;SB=-3.078e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,156:162:99:7019,454,0 chrXV 506072 . CTGACTA C 11209 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=320.5391;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.05;MQ0=0;QD=76.25;SB=-4.438e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,138:147:99:11209,415,0 chrXV 507825 . TA T 2360.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=238.2239;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.86;MQ0=0;QD=19.19;RPA=8,7;RU=A;SB=-9.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,101:123:99:2403,279,0 chrXV 511568 . C CA 2070.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.405;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=39.8963;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.877;QD=17.55;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.922;SB=-1.015e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,69:118:99:2113,209,0 chrXV 511735 . G GCT 4442 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=281.2859;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.09;MQ0=0;QD=37.64;SB=-1.744e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,111:118:99:4442,316,0 chrXV 513038 . A AT 1240.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=134.8255;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.30;MQ0=0;QD=22.56;RPA=4,5;RU=T;SB=-9.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,45:55:99:1283,129,0 chrXV 513231 . CA C 1539.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=129.0460;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.73;MQ0=0;QD=26.10;RPA=5,4;RU=A;SB=-2.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:59:99:1582,162,0 chrXV 514806 . A AT 4287 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=736.0841;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.52;MQ0=0;QD=31.29;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.463e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,128:137:99:4287,382,0 chrXV 514857 . C CT 7540 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=188;FS=0.000;HaplotypeScore=1094.1084;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.35;MQ0=0;QD=40.11;SB=-1.346e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,173:188:99:7540,544,0 chrXV 514910 . GAA G 1833.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.726;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=1137.0224;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.21;MQ0=0;MQRankSum=1.428;QD=16.09;RPA=11,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.831;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:56,56:114:99:1876,166,0 chrXV 514926 . G GAA 1365.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.607;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=961.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.55;MQ0=0;MQRankSum=0.704;QD=17.51;RPA=2,4;RU=A;ReadPosRankSum=0.607;SB=-3.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,29:77:99:1408,132,0 chrXV 514967 . T TC 1620.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=662.9890;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.53;MQ0=0;QD=30.02;RPA=1,2;RU=C;SB=-4.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,48:54:99:1663,144,0 chrXV 515084 . T TG 2969.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=2044.3142;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.06;MQ0=0;QD=30.00;RPA=1,2;RU=G;SB=-5.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,86:99:99:3012,253,0 chrXV 515165 . TAAC T 6640 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=1877.1376;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.94;MQ0=0;QD=51.88;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,115:128:99:6640,364,0 chrXV 515184 . C CT 4146 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=1887.2496;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.85;MQ0=0;QD=30.26;RPA=2,3;RU=T;SB=-7.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,118:137:99:4146,361,0 chrXV 516304 . AC A 4028 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=1307.5736;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.51;MQ0=0;QD=33.02;RPA=2,1;RU=C;SB=-1.947e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,113:122:99:4028,337,0 chrXV 516328 . AT A 4302 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=1125.2883;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.13;MQ0=0;QD=35.26;SB=-2.010e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:122:99:4302,328,0 chrXV 517544 . CTT C 3318 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=490.7613;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.62;MQ0=0;QD=34.21;RPA=5,3;RU=T;SB=-1.406e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,84:97:99:3318,244,0 chrXV 520511 . G GAAA 8453 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=666.9643;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.97;MQ0=0;QD=56.35;SB=-4.086e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,136:150:99:8453,430,0 chrXV 520978 . CT C 3994 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=58.7969;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=26.10;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.585e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,136:153:99:3994,394,0 chrXV 521258 . GA G 2919.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.281;DP=170;FS=3.118;HaplotypeScore=215.6625;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.591;QD=17.18;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.070;SB=-1.419e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,133:170:99:2962,341,0 chrXV 522252 . G GA 5041 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=183;FS=0.000;HaplotypeScore=46.3321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.88;MQ0=0;QD=27.55;RPA=3,4;RU=A;SB=-2.132e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,168:183:99:5041,472,0 chrXV 522705 . TTA T 2040.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=35.2485;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.82;MQ0=0;QD=40.02;RPA=3,2;RU=TA;SB=-4.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,49:51:99:2083,147,0 chrXV 522778 . AT A 1630.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=102.8296;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;QD=23.64;RPA=5,4;RU=T;SB=-2.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,61:69:99:1673,174,0 chrXV 524871 . T TTA 560.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=22.2622;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.47;MQ0=0;QD=11.94;RPA=5,6;RU=TA;SB=-2.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,15:47:45:603,45,0 chrXV 524973 . CTG C 3049.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=268.3122;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.29;MQ0=0;QD=36.75;RPA=3,2;RU=TG;SB=-2.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,78:83:99:3092,220,0 chrXV 534515 . GCAGCAACAACAACAA G 23017 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=209;FS=0.000;HaplotypeScore=486.8198;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.74;MQ0=0;QD=110.13;SB=-8.450e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,173:209:99:23017,502,0 chrXV 535166 . T TAAC 6816 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.365;DP=214;FS=3.493;HaplotypeScore=450.5878;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.524;QD=31.85;RPA=8,9;RU=AAC;ReadPosRankSum=1.481;SB=-2.964e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:57,155:214:99:6816,433,0 chrXV 536849 . TTTTC T 4377 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=283.6968;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.53;MQ0=0;QD=55.41;SB=-5.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,71:79:99:4377,225,0 chrXV 536928 . CT C 1711.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=210.7743;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;QD=22.53;RPA=7,6;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,62:76:99:1754,198,0 chrXV 537248 . TTG T 243.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=25.0331;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.84;MQ0=0;QD=24.40;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,9:10:24:286,24,0 chrXV 560809 . GA G 2120.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.338;DP=179;FS=0.000;HaplotypeScore=397.4983;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.172;QD=11.85;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.236;SB=-7.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:67,99:179:99:2163,178,0 chrXV 561027 . GA G 2340.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.446;DP=124;FS=3.533;HaplotypeScore=35.4357;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=1.446;QD=18.88;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=1.268;SB=-1.017e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,102:124:99:2383,262,0 chrXV 564437 . TA T 3412 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=248.6237;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.64;MQ0=0;QD=27.97;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.604e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,115:122:99:3412,295,0 chrXV 569671 . G GTT 3348 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.185;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=360.2227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.47;MQ0=0;MQRankSum=0.492;QD=31.00;RPA=8,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.003;SB=-1.315e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,85:108:99:3348,249,0 chrXV 569695 . AT A 2406.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.150;DP=143;FS=6.311;HaplotypeScore=728.4610;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.058;QD=16.83;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.093;SB=-1.141e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,108:143:99:2449,286,0 chrXV 572170 . G GTTT,GTT 1079.11 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=109.5984;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=49.96;MQ0=0;QD=17.99;RPA=13,16,15;RU=T;SB=-5.652e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:30,5,24:60:50:1157,548,456,160,0,50 chrXV 574955 . AT A 1770.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=22.2544;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.67;MQ0=0;QD=21.08;RPA=9,8;RU=T;SB=-7.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,77:84:99:1813,219,0 chrXV 577841 . C CT 3218.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=424.0232;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=29.53;RPA=3,4;RU=T;SB=-8.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,105:109:99:3261,304,0 chrXV 580086 . GT G 502.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=6.7743;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.43;MQ0=0;QD=20.12;RPA=4,3;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,22:25:54:545,54,0 chrXV 581669 . C CA 274.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.510;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=39.2434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.13;MQ0=0;MQRankSum=0.510;QD=11.95;RPA=15,16;RU=A;ReadPosRankSum=-0.306;SB=-1.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,15:23:37:317,37,0 chrXV 589865 . A ATT 2918.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=481.2602;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.03;MQ0=0;QD=35.60;RPA=5,7;RU=T;SB=-1.268e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,75:82:99:2961,229,0 chrXV 592958 . G GT 4645 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=324.7643;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;QD=29.21;RPA=3,4;RU=T;SB=-2.045e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,151:159:99:4645,436,0 chrXV 594280 . T TAA 2977.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=432.9031;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.86;MQ0=0;QD=37.70;RPA=3,5;RU=A;SB=-8.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,68:79:99:3020,220,0 chrXV 594301 . GA G 1777.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=533.7213;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.14;MQ0=0;QD=21.17;RPA=9,8;RU=A;SB=-4.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,68:84:99:1820,204,0 chrXV 600875 . G GAT 2138.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.328;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=450.4445;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.06;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=35.06;ReadPosRankSum=1.213;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,56:61:99:2181,173,0 chrXV 601085 . C CT 2346.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=59.1806;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.18;MQ0=0;QD=28.97;RPA=3,4;RU=T;SB=-9.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,77:81:99:2389,223,0 chrXV 605112 . CA C 5793 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=216;FS=0.000;HaplotypeScore=59.2594;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.12;MQ0=0;QD=26.82;RPA=5,4;RU=A;SB=-2.271e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,208:216:99:5793,598,0 chrXV 606336 . TA T 3658 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=1044.0011;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.55;MQ0=0;QD=23.01;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.586e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,132:159:99:3658,393,0 chrXV 606364 . C CT 4179 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=1278.1313;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.44;MQ0=0;QD=30.96;RPA=2,3;RU=T;SB=-2.038e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,123:135:99:4179,367,0 chrXV 606414 . TG T 4688 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=1251.4924;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.21;MQ0=0;QD=35.52;SB=-2.325e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,118:132:99:4688,352,0 chrXV 606443 . AT A 4475 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=890.3295;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.90;MQ0=0;QD=30.44;RPA=3,2;RU=T;SB=-2.161e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,136:147:99:4475,388,0 chrXV 608546 . GA G 1762.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=138.6205;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.11;MQ0=0;QD=20.74;RPA=8,7;RU=A;SB=-4.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,80:85:99:1805,210,0 chrXV 608649 . A AT 2180.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.981;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=352.6211;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.36;MQ0=0;MQRankSum=0.021;QD=22.25;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.440;SB=-3.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,82:98:99:2223,224,0 chrXV 609382 . TATTAGAAGC T 8646 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=219.1238;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.13;MQ0=0;QD=65.50;RPA=2,1;RU=ATTAGAAGC;SB=-4.129e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,100:132:99:8646,274,0 chrXV 612516 . T TA 1667.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=15.8772;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.22;MQ0=0;QD=34.75;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1710,135,0 chrXV 618738 . C CAT 5208 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;FS=0.000;HaplotypeScore=412.6136;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.40;MQ0=0;QD=31.00;RPA=4,5;RU=AT;SB=-2.582e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,131:168:99:5208,388,0 chrXV 618930 . G GA 4770 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=181;FS=0.000;HaplotypeScore=1734.6646;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.50;MQ0=0;QD=26.35;RPA=5,6;RU=A;SB=-2.316e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,160:180:99:4770,487,0 chrXV 618967 . GA G 4318 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=184;FS=0.000;HaplotypeScore=1406.9973;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.31;MQ0=0;QD=23.47;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.419e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,162:184:99:4318,468,0 chrXV 619075 . AC A 9676 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=379.4512;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.16;MQ0=0;QD=38.70;SB=-2.373e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,249:250:99:9676,722,0 chrXV 624475 . ATT A 1424.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=147.6778;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.52;MQ0=0;QD=27.40;RPA=10,8;RU=T;SB=-6.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,46:52:99:1467,129,0 chrXV 624724 . T TC 2770.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=39.1378;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.45;MQ0=0;QD=29.80;RPA=2,3;RU=C;SB=-3.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,89:93:99:2813,241,0 chrXV 626533 . T TTGAGCAC 7497 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=750.2991;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.11;MQ0=0;QD=85.19;SB=-2.209e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,68:88:99:7497,238,0 chrXV 631788 . TG T 3397 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=28.6272;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.08;MQ0=0;QD=29.28;RPA=6,5;RU=G;SB=-1.377e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,112:116:99:3397,319,0 chrXV 636852 . G GA 286.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=73.8371;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.31;MQ0=0;QD=15.94;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.309e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,14:18:36:329,36,0 chrXV 638644 . T TA 2840.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=210.7363;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.69;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.213e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,101:131:99:2883,309,0 chrXV 638742 . A AAT 2849.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.281;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=216.7671;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.451;QD=30.32;RPA=5,6;RU=AT;ReadPosRankSum=0.983;SB=-1.438e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,67:94:99:2892,184,0 chrXV 639290 . GAA G 10105 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=247;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1134.5096;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.99;MQ0=0;QD=40.91;RPA=4,2;RU=A;SB=-3.487e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,235:247:99:10105,689,0 chrXV 644403 . AT A 4040 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=176;FS=0.000;HaplotypeScore=216.5415;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.54;MQ0=0;QD=22.95;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.961e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,158:176:99:4040,453,0 chrXV 663944 . AACCGG A 5859 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=18.9741;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.15;MQ0=0;QD=66.58;RPA=2,1;RU=ACCGG;SB=-2.734e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,84:88:99:5859,250,0 chrXV 665146 . A ATAC 321.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=18.2221;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.80;MQ0=0;QD=45.87;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,6:6:18:363,18,0 chrXV 665699 . T TA 852.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=27.3101;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.16;MQ0=0;QD=18.95;RPA=9,10;RU=A;SB=-3.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,37:45:99:895,102,0 chrXV 669123 . C CTTTTCCTTTTCGTTTTCG 14758 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=31.7874;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.42;MQ0=0;QD=136.65;SB=-4.658e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,51:108:99:14758,268,0 chrXV 670429 . GA G 2065.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=32.0820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.26;MQ0=0;QD=19.49;RPA=8,7;RU=A;SB=-8.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,90:106:99:2108,246,0 chrXV 675324 . CT C 159.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.104;DP=71;FS=7.546;HaplotypeScore=84.2292;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.20;MQ0=0;MQRankSum=0.934;QD=2.25;RPA=19,18;RU=T;ReadPosRankSum=0.594;SB=-1.452e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,12:71:71:199,0,71 chrXV 678404 . AAT A 2373.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.317;DP=78;FS=3.136;HaplotypeScore=127.2529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.72;MQ0=0;MQRankSum=0.659;QD=30.44;ReadPosRankSum=0.854;SB=-1.185e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,48:78:99:2416,185,0 chrXV 678474 . A ATTT 3464 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=103.7991;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.17;MQ0=0;QD=42.24;RPA=6,9;RU=T;SB=-1.682e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,70:82:99:3464,217,0 chrXV 678956 . CCG C 8554 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=197;FS=0.000;HaplotypeScore=755.8873;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.00;MQ0=0;QD=43.42;SB=-3.542e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,183:197:99:8554,563,0 chrXV 678989 . GA G 4887 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=192;FS=0.000;HaplotypeScore=1013.9074;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.65;MQ0=0;QD=25.45;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.870e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,171:192:99:4887,508,0 chrXV 680779 . CA C 2192.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=206.0131;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=23.33;RPA=7,6;RU=A;SB=-9.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,88:94:99:2235,249,0 chrXV 681086 . C CT 1372.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=30.3580;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=24.96;RPA=4,5;RU=T;SB=-6.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,48:55:99:1415,138,0 chrXV 681378 . C CA 512.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=64.6607;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.34;MQ0=0;QD=22.30;RPA=9,10;RU=A;SB=-1.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,21:23:66:555,66,0 chrXV 682436 . G GA 3746 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.423;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=972.9650;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.13;MQ0=0;MQRankSum=1.706;QD=23.27;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.834;SB=-1.532e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,138:161:99:3746,380,0 chrXV 682476 . CACTT C 6816 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.089;DP=175;FS=3.777;HaplotypeScore=1654.6156;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.624;QD=38.95;ReadPosRankSum=5.886;SB=-2.901e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,147:175:99:6816,0,109 chrXV 682481 . GAGACCA G 9679 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.988;DP=186;FS=0.939;HaplotypeScore=1421.0787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.817;QD=52.04;ReadPosRankSum=6.983;SB=-4.195e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,147:186:99:9679,0,337 chrXV 683622 . C CT 2872.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=213.7232;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=24.35;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.033e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,109:118:99:2915,286,0 chrXV 683929 . T TA 5028 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=41.8178;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.73;MQ0=0;QD=32.86;RPA=1,2;RU=A;SB=-2.259e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,147:153:99:5028,409,0 chrXV 690586 . A AT 2059.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=28.0262;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.46;MQ0=0;QD=21.91;RPA=8,9;RU=T;SB=-7.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,79:94:99:2102,228,0 chrXV 701324 . TC T 7935 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=240;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=545.8108;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.99;MQ0=0;QD=33.06;RPA=2,1;RU=C;SB=-2.933e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,235:240:99:7935,674,0 chrXV 701762 . AT A 5666 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=216;FS=0.000;HaplotypeScore=451.9622;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.18;MQ0=0;QD=26.23;RPA=4,3;RU=T;SB=-2.405e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,196:216:99:5666,550,0 chrXV 703644 . AT A 309.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=278.7274;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=19.37;RPA=3,2;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,12:16:36:352,36,0 chrXV 710273 . A AT 1486.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=14.4897;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.39;MQ0=0;QD=26.09;RPA=7,8;RU=T;SB=-4.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,56:57:99:1529,165,0 chrXV 721800 . AT A 2241.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.662;DP=117;FS=6.990;HaplotypeScore=45.5982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=0.603;QD=19.16;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.308;SB=-9.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,95:117:99:2284,245,0 chrXV 724863 . AT A 1545.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=25.5202;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=22.09;RPA=8,7;RU=T;SB=-6.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,63:70:99:1588,183,0 chrXV 727374 . A AT 3599 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.678;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=35.5826;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.11;MQ0=0;MQRankSum=0.232;QD=24.99;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=0.723;SB=-1.492e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,130:144:99:3599,354,0 chrXV 742445 . TA T 3206.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=38.5232;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.13;MQ0=0;QD=20.96;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.095e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,137:153:99:3249,375,0 chrXV 746559 . CA C 291.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.393;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=32.1107;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=0.527;QD=6.62;RPA=15,14;RU=A;ReadPosRankSum=1.744;SB=-8.272e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,15:44:15:333,15,0 chrXV 759644 . ATAT A 2153.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.582;DP=78;FS=6.347;HaplotypeScore=172.0158;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=-1.287;QD=27.61;ReadPosRankSum=1.604;SB=-4.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,19:78:99:2196,199,0 chrXV 759646 . AT A 1440.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.185;DP=76;FS=3.559;HaplotypeScore=242.8433;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.226;QD=18.96;ReadPosRankSum=2.368;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,47:76:99:1483,162,0 chrXV 761551 . GA G 1848.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.696;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=23.9518;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.427;QD=20.54;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.793;SB=-1.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,84:90:99:1891,174,0 chrXV 768666 . TGACGACGACGACGACGACGACAAC T 23701 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.709;DP=208;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=372.4889;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.509;QD=113.95;ReadPosRankSum=1.709;SB=-7.361e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,160:208:99:23701,454,0 chrXV 770622 . ATGTTTT A,AT 2385.27 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=319.1658;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=50.42;MQ0=0;QD=32.67;SB=-1.170e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:26,8,0:73:47:2463,615,518,181,0,47 chrXV 795455 . G GGA 4584 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.185;DP=141;DS;FS=3.042;HaplotypeScore=78.1201;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.701;QD=32.51;ReadPosRankSum=0.823;SB=-2.237e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,116:141:99:4584,341,0 chrXV 797581 . GT G 2365.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=33.3989;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;QD=20.05;RPA=10,9;RU=T;SB=-9.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,102:118:99:2408,291,0 chrXV 798499 . GA G 575.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=17.9349;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.60;MQ0=0;QD=10.87;RPA=11,10;RU=A;SB=-2.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,38:53:78:618,78,0 chrXV 800880 . T TA 2002.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=22.8722;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.23;MQ0=0;QD=23.02;RPA=5,6;RU=A;SB=-9.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,77:87:99:2045,210,0 chrXV 802382 . CATTTTTGCCAGCAGTCTT C 13382 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=508.0794;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.78;MQ0=0;QD=108.80;SB=-3.425e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,86:123:99:13382,256,0 chrXV 818557 . C CA 5292 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=177.9269;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.48;MQ0=0;QD=39.79;SB=-2.425e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,133:133:99:5292,388,0 chrXV 820810 . AT A 1345.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=75.2210;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.86;MQ0=0;QD=26.92;RPA=4,3;RU=T;SB=-4.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:50:99:1388,135,0 chrXV 822432 . A AT 1204.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4865;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.22;MQ0=0;QD=27.39;RPA=2,3;RU=T;SB=-2.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,37:44:99:1247,111,0 chrXV 825953 . AT A 2165.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.452;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=200.7123;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=1.431;QD=19.17;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.657;SB=-7.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,100:113:99:2208,254,0 chrXV 830833 . CT C 712.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.912;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=109.3504;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.66;MQ0=0;MQRankSum=0.274;QD=14.26;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.821;SB=-1.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,38:50:86:755,86,0 chrXV 832084 . GT G 4895 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=173;FS=0.000;HaplotypeScore=429.6672;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.09;MQ0=0;QD=28.29;RPA=4,3;RU=T;SB=-2.225e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,165:173:99:4895,490,0 chrXV 832311 . A AT 4913 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=172;FS=0.000;HaplotypeScore=648.2484;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.88;MQ0=0;QD=28.56;RPA=4,5;RU=T;SB=-2.212e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,163:172:99:4913,481,0 chrXV 834319 . TA T 1845.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.803;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=36.9362;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.31;MQ0=0;MQRankSum=0.718;QD=18.28;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.352;SB=-8.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,84:101:99:1888,218,0 chrXV 842495 . AT A 2679.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=31.2105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.35;MQ0=0;QD=21.97;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.172e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,108:122:99:2722,315,0 chrXV 850190 . TAA T 3921 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.004;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=241.5247;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.98;MQ0=0;MQRankSum=0.160;QD=24.35;RPA=11,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.626;SB=-1.898e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,132:161:99:3921,353,0 chrXV 850738 . GA G 3210.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=162.3366;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.93;MQ0=0;QD=30.29;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.052e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,95:106:99:3253,286,0 chrXV 850792 . AT A 3454 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=473.7617;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.48;MQ0=0;QD=25.21;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.149e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,127:137:99:3454,378,0 chrXV 854180 . TA T 3169.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=38.4450;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.57;MQ0=0;QD=24.77;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.133e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,119:128:99:3212,339,0 chrXV 859581 . C CTGTTGCGCT 13061 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=203;FS=0.000;HaplotypeScore=45.9206;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.19;MQ0=0;QD=64.34;RPA=1,2;RU=TGTTGCGCT;SB=-4.990e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,163:203:99:13061,481,0 chrXV 860584 . A AT 4315 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=811.1434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.63;MQ0=0;QD=39.95;SB=-1.786e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:108:99:4315,313,0 chrXV 860846 . C CTT 625.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=19.5539;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.96;MQ0=0;QD=26.08;RPA=7,9;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,18:24:54:668,54,0 chrXV 860962 . G GA 1155.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=17.2095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.19;MQ0=0;QD=32.11;RPA=1,2;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:96:1198,96,0 chrXV 868057 . C CAT 269.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3020;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.12;MQ0=0;QD=14.21;RPA=7,8;RU=AT;SB=-1.168e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,9:19:24:312,24,0 chrXV 887012 . T TGAA 9047 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.475;DP=231;FS=0.000;HaplotypeScore=252.2350;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.219;QD=39.16;RPA=4,5;RU=GAA;ReadPosRankSum=1.054;SB=-4.455e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,191:231:99:9047,521,0 chrXV 888848 . GTT G,GT 1120.95 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=537.8419;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=49.68;MQ0=0;QD=9.58;RPA=24,22,23;RU=T;SB=-5.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:58,34,0:117:63:1199,166,63,735,0,601 chrXV 892648 . G GT 1150.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=32.2551;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;QD=19.18;RPA=10,11;RU=T;SB=-5.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,45:60:99:1193,138,0 chrXV 894320 . GT G 1147.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=96.2125;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=24.42;RPA=5,4;RU=T;SB=-4.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,41:47:99:1190,126,0 chrXV 894338 . A AT 762.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.927;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=149.2295;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.426;QD=13.39;RPA=14,15;RU=T;ReadPosRankSum=1.977;SB=-1.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,37:57:64:805,64,0 chrXV 904740 . A AG 2158.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=17.5502;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.19;MQ0=0;QD=29.57;SB=-1.006e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:73:99:2201,177,0 chrXV 908671 . A AG 6495 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=200;FS=0.000;HaplotypeScore=49.2514;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.48;MQ0=0;QD=32.48;RPA=1,2;RU=G;SB=-2.204e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,193:200:99:6495,538,0 chrXV 909076 . GT G 637.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.620;DP=96;FS=5.507;HaplotypeScore=71.0612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=0.405;QD=6.65;RPA=16,15;RU=T;ReadPosRankSum=0.945;SB=-3.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:62,26:96:54:680,54,0 chrXV 913549 . G GAT 2337.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.987;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=27.3910;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.019;QD=26.27;RPA=6,7;RU=AT;ReadPosRankSum=0.945;SB=-6.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,65:89:99:2380,132,0 chrXV 915567 . TA T 4146 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=33.4450;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.85;MQ0=0;QD=32.90;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.933e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,120:126:99:4146,340,0 chrXV 969124 . GA G 3354 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=429.5255;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.26;MQ0=0;QD=36.06;RPA=2,1;RU=A;SB=-8.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,92:93:99:3354,274,0 chrXV 974134 . G GC 207.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.366;DP=163;FS=0.000;HaplotypeScore=222.1480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=14.13;MQ0=51;MQRankSum=-0.428;QD=1.28;ReadPosRankSum=1.096;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,59:20:99:247,0,200 chrXV 974138 . TG T 247.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.637;DP=164;FS=0.000;HaplotypeScore=186.8360;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=13.13;MQ0=55;MQRankSum=0.825;QD=1.51;ReadPosRankSum=-0.825;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:100,61:16:99:287,0,131 chrXV 977029 . C CT 952.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.846;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=72.6868;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=0.040;QD=16.15;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=1.491;SB=-3.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,46:59:99:995,104,0 chrXV 980591 . A AAT 2346.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=201.6773;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.07;MQ0=1;QD=45.13;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,46:47:99:2389,141,0 chrXV 981539 . ATTTT A 4252 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=385.7710;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.57;MQ0=0;QD=51.85;RPA=10,6;RU=T;SB=-1.830e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,75:82:99:4252,229,0 chrXV 984788 . TA T 909.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.983;DP=72;FS=2.574;HaplotypeScore=79.6131;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=0.197;QD=12.64;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.413;SB=-2.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,47:72:78:952,78,0 chrXV 994879 . AT A 3910 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=226.9289;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;QD=25.23;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.927e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,145:155:99:3910,423,0 chrXV 994943 . C CTT 2901.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=141;FS=3.010;HaplotypeScore=212.6596;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.15;MQ0=0;MQRankSum=1.273;QD=20.58;RPA=12,14;RU=T;ReadPosRankSum=-1.025;SB=-1.432e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:71,57:141:99:2944,268,0 chrXV 998267 . TG T 1311.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.663;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=381.5851;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.24;MQ0=0;MQRankSum=0.624;QD=22.24;ReadPosRankSum=-0.970;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,48:59:99:1354,144,0 chrXV 1006757 . G GT 1680.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.529;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=20.4951;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.21;MQ0=0;MQRankSum=1.586;QD=21.28;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.414;SB=-5.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,72:79:99:1723,142,0 chrXV 1016055 . T TCCTTGG 10763 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=38.6459;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.02;MQ0=0;QD=76.33;SB=-4.880e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,117:141:99:10763,373,0 chrXV 1019976 . TA T 571.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3170;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=23.83;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:60:614,60,0 chrXV 1057968 . T TA 847 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.126;DP=67;FS=1.771;HaplotypeScore=24.4181;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.78;MQ0=0;MQRankSum=0.307;QD=12.64;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.596;SB=-4.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,44:67:23:889,23,0 chrXV 1066182 . A AT 3475 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=36.3149;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.70;MQ0=0;MQRankSum=1.571;QD=22.71;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.517;SB=-1.727e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,137:153:99:3475,362,0 chrXV 1070677 . TA T 909.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.559;DP=179;FS=61.717;HaplotypeScore=897.5264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.53;MQ0=1;MQRankSum=-9.210;QD=5.08;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=1.629;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:125,52:170:99:949,0,3559 chrXV 1074111 . TA T 470.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=565.8739;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.03;MQ0=0;QD=26.16;RPA=4,3;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,15:18:51:513,51,0 chrXV 1074144 . ATTCAT A 1736.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=909.1116;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.87;MQ0=0;QD=52.64;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,17:32:87:1779,87,0 chrXV 1078315 . T TA 351.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.057;DP=24;FS=2.336;HaplotypeScore=19.0797;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.52;MQ0=4;MQRankSum=-0.849;QD=14.67;ReadPosRankSum=2.208;SB=-9.059e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,10:20:33:391,0,33 chrXV 1079486 . AT A 977.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.812;DP=239;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=86.8540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.72;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=4.09;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=2.042;SB=-3.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:156,75:238:99:1017,0,2472 chrXV 1081606 . CT C 175.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.806;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=16.2440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.32;MQ0=43;MQRankSum=0.922;QD=2.67;RPA=20,19;RU=T;ReadPosRankSum=0.405;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,10:23:56:215,0,56 chrXV 1083566 . GTT G 110.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1691;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.33;MQ0=6;QD=3.94;RPA=3,1;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,24:10:15:152,15,0 chrXVI 6881 . A AC 533.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=123.9970;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.45;MQ0=2;QD=19.07;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,27:14:42:576,42,0 chrXVI 16931 . A AT 1508.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.188;DP=205;DS;FS=1.654;HaplotypeScore=607.5580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.60;MQ0=0;MQRankSum=0.915;QD=7.36;RPA=15,16;RU=T;ReadPosRankSum=-1.066;SB=-7.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:157,34:177:99:1548,0,372 chrXVI 17464 . TGAAAGTGTCA T 26828 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=304.5419;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.11;MQ0=0;QD=107.31;SB=-1.258e+04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,229:248:99:26828,665,0 chrXVI 19930 . CTT C 2640.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.948;DP=201;DS;FS=3.639;HaplotypeScore=151.2457;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=1.210;QD=13.14;RPA=11,9;RU=T;ReadPosRankSum=2.219;SB=-1.235e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:107,87:201:99:2680,0,2376 chrXVI 26112 . A AG 1783.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=334.0553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.53;MQ0=0;QD=32.44;SB=-7.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:47:99:1826,141,0 chrXVI 29604 . CA C 3407 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.463;DP=166;FS=0.000;HaplotypeScore=40.6997;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.33;MQ0=0;MQRankSum=0.278;QD=20.52;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.415;SB=-1.612e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,138:166:99:3407,364,0 chrXVI 46594 . ATT A 987.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.427;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=58.3316;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.64;MQ0=0;MQRankSum=1.019;QD=13.72;RPA=16,14;RU=T;ReadPosRankSum=-0.102;SB=-3.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,34:72:97:1030,97,0 chrXVI 56547 . A AG 426.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=847.2149;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.69;MQ0=4;QD=19.41;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,9:17:50:469,50,0 chrXVI 64901 . T TC 3633 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=19.2666;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.64;MQ0=0;QD=36.70;SB=-6.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,96:99:99:3633,268,0 chrXVI 73060 . G GT 5621 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=332.6842;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.72;MQ0=0;QD=37.23;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.368e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,147:151:99:5621,433,0 chrXVI 73929 . GT G 1370.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=16.0369;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.15;MQ0=0;QD=18.78;RPA=10,9;RU=T;SB=-5.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,59:73:99:1413,162,0 chrXVI 74183 . TA T 1082.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=146.2751;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.10;MQ0=0;QD=17.75;RPA=15,14;RU=A;SB=-1.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,46:61:99:1125,142,0 chrXVI 74300 . TA T 6899 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=232;FS=0.000;HaplotypeScore=467.1645;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;QD=29.74;RPA=4,3;RU=A;SB=-5.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,220:232:99:6899,632,0 chrXVI 74739 . ATAT A 10884 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=231;FS=0.000;HaplotypeScore=48.5302;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.24;MQ0=0;QD=47.12;RPA=2,1;RU=TAT;SB=-3.264e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,219:231:99:10884,614,0 chrXVI 75455 . TGC T 8728 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=194;FS=0.000;HaplotypeScore=48.9990;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.51;MQ0=0;QD=44.99;SB=-2.162e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,188:194:99:8728,551,0 chrXVI 76354 . CCT C 6664 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=236;FS=0.000;HaplotypeScore=49.5751;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.70;MQ0=1;QD=28.24;RPA=9,8;RU=CT;SB=-1.830e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,183:234:99:6664,526,0 chrXVI 76573 . AAAC A 7088 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=222;FS=0.000;HaplotypeScore=453.3111;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=31.93;RPA=5,4;RU=AAC;SB=-2.217e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,174:222:99:7088,513,0 chrXVI 79445 . CT C 2686.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.362;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=27.1719;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.88;MQ0=0;MQRankSum=1.295;QD=22.02;RPA=8,7;RU=T;ReadPosRankSum=-0.656;SB=-1.283e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,105:122:99:2729,279,0 chrXVI 85402 . CA C 485.02 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.415;DP=128;FS=8.078;HaplotypeScore=79.0586;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.78;MQ0=0;MQRankSum=1.164;QD=3.79;RPA=17,16;RU=A;ReadPosRankSum=1.135;SB=-1.891e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,26:128:72:524,0,72 chrXVI 99029 . AC A 4085 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=777.0068;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.19;MQ0=0;QD=34.91;RPA=3,2;RU=C;SB=-1.500e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,112:117:99:4085,337,0 chrXVI 99323 . GT G 3839 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=211.4857;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.73;MQ0=0;QD=36.56;SB=-1.453e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:105:99:3839,283,0 chrXVI 99466 . A AAAT 5039 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=137.6570;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.25;MQ0=0;QD=43.07;SB=-1.898e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,67:117:99:5039,307,0 chrXVI 99954 . TGAA T 8816 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=198;FS=0.000;HaplotypeScore=58.2226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=1;QD=44.53;RPA=2,1;RU=GAA;SB=-3.554e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,183:197:99:8816,521,0 chrXVI 101482 . A AG 2668.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=303.1702;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.61;MQ0=0;QD=38.13;SB=-1.269e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,66:70:99:2711,190,0 chrXVI 115228 . G GA 3846 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=409.0559;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=28.28;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.751e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,126:136:99:3846,373,0 chrXVI 115881 . C CCAA 7008 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=172;FS=0.000;HaplotypeScore=43.0235;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;QD=40.74;RPA=3,4;RU=CAA;SB=-2.578e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,153:172:99:7008,433,0 chrXVI 117198 . G GCAACAACAA 10624 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.218;DP=173;FS=1.874;HaplotypeScore=1943.5425;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.209;QD=61.41;ReadPosRankSum=3.688;SB=-4.391e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:113,56:173:99:10624,478,0 chrXVI 117203 . A ACCT 4744 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.605;DP=167;FS=12.032;HaplotypeScore=2450.3253;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.156;QD=28.41;ReadPosRankSum=4.869;SB=-2.170e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:110,57:167:99:4744,0,1582 chrXVI 117720 . C CT 4427 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=32.1284;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.41;MQ0=0;QD=28.38;RPA=6,7;RU=T;SB=-2.010e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,145:156:99:4427,424,0 chrXVI 121581 . AT A 1531.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=122.1549;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.76;MQ0=0;QD=26.88;RPA=5,4;RU=T;SB=-4.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,54:57:99:1574,153,0 chrXVI 125440 . G GC 7574 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=183;FS=0.000;HaplotypeScore=228.7041;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=41.39;SB=-2.910e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,180:183:99:7574,530,0 chrXVI 128555 . AG A 5444 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=180;FS=0.000;HaplotypeScore=34.0869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.10;MQ0=0;QD=30.24;RPA=3,2;RU=G;SB=-1.785e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,165:180:99:5444,448,0 chrXVI 128655 . TATC T 6586 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=675.3705;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.44;MQ0=0;QD=41.42;RPA=3,2;RU=ATC;SB=-2.885e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,136:159:99:6586,379,0 chrXVI 132456 . TA T 99.61 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.762;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7975;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.666;QD=3.21;RPA=16,15;RU=A;ReadPosRankSum=1.666;SB=-4.847e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,14:31:5:138,0,5 chrXVI 144689 . AGGAAACGTC A 10724 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=190;FS=0.000;HaplotypeScore=34.7798;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.81;MQ0=0;QD=56.44;RPA=4,3;RU=GGAAACGTC;SB=-5.304e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:79,110:190:99:10724,328,0 chrXVI 153278 . GA G 1232.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.417;DP=84;FS=2.908;HaplotypeScore=57.3773;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.217;QD=14.68;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.250;SB=-5.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,55:84:99:1275,118,0 chrXVI 164219 . C CA 1276.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.041;DP=79;FS=8.406;HaplotypeScore=52.5416;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.068;QD=16.16;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.422;SB=-3.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,55:79:67:1319,67,0 chrXVI 166006 . G GT 2323.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.539;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=25.3061;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.924;QD=20.94;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.924;SB=-5.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,90:111:99:2366,241,0 chrXVI 176140 . GA G 2852.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.996;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=285.8611;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.598;QD=18.65;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.782;SB=-6.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,119:153:99:2895,309,0 chrXVI 181192 . GT G 494.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.039;DP=81;FS=18.093;HaplotypeScore=32.6563;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=0.481;QD=6.11;RPA=15,14;RU=T;ReadPosRankSum=3.298;SB=-1.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,26:81:96:534,0,96 chrXVI 182597 . T TA 1632.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.213;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=17.3823;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=1.328;QD=20.41;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.346;SB=-8.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,60:80:99:1675,154,0 chrXVI 185395 . CTGT C 7761 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.853;DP=236;FS=4.541;HaplotypeScore=74.8400;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.44;MQ0=4;MQRankSum=-1.406;QD=32.89;RPA=8,7;RU=TGT;ReadPosRankSum=1.359;SB=-1.409e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:55,175:231:99:7761,459,0 chrXVI 198912 . AT A 2592.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.692;DP=124;FS=3.053;HaplotypeScore=39.5547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=20.91;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.645;SB=-1.268e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,107:124:99:2635,254,0 chrXVI 214236 . CA C 3218.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=84.1322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=1.668;QD=25.96;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=0.706;SB=-1.347e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,118:124:99:3261,305,0 chrXVI 226594 . GT G 8540 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=246;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1009.5936;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.13;MQ0=0;QD=34.72;RPA=2,1;RU=T;SB=-3.913e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,239:246:99:8540,677,0 chrXVI 227409 . GT G 7240 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=221;FS=0.000;HaplotypeScore=245.2366;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.20;MQ0=0;QD=32.76;RPA=2,1;RU=T;SB=-2.813e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,213:220:99:7240,581,0 chrXVI 241565 . G GTGT 9828 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=185;FS=0.000;HaplotypeScore=52.8776;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.96;MQ0=0;QD=53.12;SB=-4.344e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,172:185:99:9828,515,0 chrXVI 241882 . TA T 4727 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=170;FS=0.000;HaplotypeScore=769.9125;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.14;MQ0=0;QD=27.81;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.216e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,147:170:99:4727,436,0 chrXVI 241891 . CT C 3956 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;FS=0.000;HaplotypeScore=861.0021;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.92;MQ0=0;QD=24.12;RPA=7,6;RU=T;SB=-9.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,141:164:99:3956,417,0 chrXVI 246835 . GA G 1465.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.057;DP=111;FS=2.115;HaplotypeScore=53.8063;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.453;QD=13.21;RPA=15,14;RU=A;ReadPosRankSum=1.701;SB=-3.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,68:111:99:1508,108,0 chrXVI 246962 . TA T 1727.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=11.9114;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.37;MQ0=0;QD=20.82;RPA=8,7;RU=A;SB=-5.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,70:83:99:1770,192,0 chrXVI 276079 . CAT C 3032.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=98.6448;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.33;MQ0=0;QD=30.95;RPA=7,6;RU=AT;SB=-7.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,79:98:99:3075,232,0 chrXVI 281419 . TG T 4684 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=29.1279;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.09;MQ0=0;QD=37.17;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.924e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,124:126:99:4684,367,0 chrXVI 283342 . TTTG T 2471.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=9.1506;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.20;MQ0=0;QD=41.90;RPA=2,1;RU=TTG;SB=-8.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,56:59:99:2514,150,0 chrXVI 292535 . A AG 3744 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=23.7481;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.41;MQ0=0;QD=36.71;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.527e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,99:102:99:3744,292,0 chrXVI 301276 . TA T 2952.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=43.6190;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.04;MQ0=0;QD=20.51;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.326e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,127:144:99:2995,327,0 chrXVI 302892 . C CT 406.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.004;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=35.9997;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.25;MQ0=0;MQRankSum=0.274;QD=10.71;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-1.369;SB=-1.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,11:38:45:449,45,0 chrXVI 302994 . G GA 405.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.946;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=32.3471;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.734;QD=8.12;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=0.946;SB=-2.125e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,14:50:39:448,39,0 chrXVI 320885 . AC A 5274 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;FS=0.000;HaplotypeScore=36.5919;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=32.36;SB=-2.266e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,129:163:99:5274,447,0 chrXVI 338812 . GA G 2721.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=262.9940;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;QD=23.88;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.210e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,106:114:99:2764,300,0 chrXVI 352475 . A AT 1769.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=230.3820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;QD=22.99;RPA=3,4;RU=T;SB=-8.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,68:77:99:1812,196,0 chrXVI 370710 . A AT 7022 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=200;FS=0.000;HaplotypeScore=625.5527;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.11;MQ0=0;QD=35.11;RPA=1,2;RU=T;SB=-2.403e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,190:200:99:7022,536,0 chrXVI 375289 . GC G 4446 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=52.1241;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.95;MQ0=0;QD=36.15;RPA=2,1;RU=C;SB=-1.238e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,118:123:99:4446,340,0 chrXVI 377078 . C CT 1621.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.023;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=182.4742;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.564;QD=19.08;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.775;SB=-9.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,65:85:71:1664,71,0 chrXVI 378890 . G GCAATTTTACAC 9032 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=167.5294;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.75;MQ0=0;QD=122.05;SB=-5.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,56:74:99:9032,208,0 chrXVI 379429 . G GTTGTTGTTGTTA 23089 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=656.0144;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.45;MQ0=0;QD=92.36;SB=-1.151e+04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,211:250:99:23089,620,0 chrXVI 383323 . G GAA,GA 2531.05 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.754;DP=126;FS=2.103;HaplotypeScore=233.8672;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.537;QD=20.09;RPA=11,13,12;RU=A;ReadPosRankSum=-1.811;SB=-1.256e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:35,77,10:126:52:2609,163,52,1663,0,1522 chrXVI 386559 . AT A 1490.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.354;DP=99;FS=6.326;HaplotypeScore=28.8390;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.08;MQ0=0;MQRankSum=0.102;QD=15.06;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.426;SB=-7.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,71:99:46:1533,46,0 chrXVI 396604 . CT C 1088.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.655;DP=57;FS=4.771;HaplotypeScore=10.2688;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.19;MQ0=0;MQRankSum=0.808;QD=19.10;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.347;SB=-3.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,47:57:99:1131,110,0 chrXVI 398024 . GTTC G 4221 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=46.7046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.90;MQ0=0;QD=26.55;RPA=9,8;RU=TTC;SB=-1.496e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:59,94:159:99:4221,280,0 chrXVI 426048 . GA G 3563 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.517;DP=164;FS=3.278;HaplotypeScore=27.2905;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.31;MQ0=0;MQRankSum=1.499;QD=21.73;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=-1.034;SB=-1.632e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,145:164:99:3563,372,0 chrXVI 436384 . A AT 1866.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=286.6973;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.17;MQ0=0;QD=36.61;SB=-7.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,44:51:99:1909,135,0 chrXVI 443062 . AG A 206.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=67.3449;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=34.35;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18:248,18,0 chrXVI 443070 . AC A 190.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=68.8722;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=31.68;RPA=2,1;RU=C;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18:232,18,0 chrXVI 443793 . CCT C 5334 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=474.5570;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.83;MQ0=0;QD=44.45;RPA=2,1;RU=CT;SB=-2.454e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:120:99:5334,343,0 chrXVI 444154 . ATACTAAT A 11664 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=228.7686;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.88;MQ0=0;QD=86.40;SB=-4.102e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,128:135:99:11664,376,0 chrXVI 444542 . C CT 4138 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=181.8873;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.98;MQ0=0;QD=26.87;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.647e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,139:154:99:4138,385,0 chrXVI 445448 . A AT 1460.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.098;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=239.1415;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.26;MQ0=0;MQRankSum=1.209;QD=21.48;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.013;SB=-3.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,54:68:99:1503,132,0 chrXVI 450415 . AC A 2100.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=160.3564;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.51;MQ0=0;QD=27.64;RPA=2,1;RU=C;SB=-5.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,69:76:99:2143,186,0 chrXVI 451141 . T TG 5445 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=393.7996;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.25;MQ0=0;QD=41.56;SB=-2.343e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,123:131:99:5445,379,0 chrXVI 451496 . TTA T 313.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=10.8049;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=9.51;RPA=8,7;RU=TA;SB=-1.189e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,9:33:27:356,27,0 chrXVI 451767 . TG T 3750 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=26.9754;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.19;MQ0=0;QD=34.40;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.595e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,102:109:99:3750,295,0 chrXVI 453463 . GA G 2905.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=527.5220;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;QD=19.63;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.102e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,130:148:99:2948,330,0 chrXVI 455090 . GA G 4481 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=196;FS=0.000;HaplotypeScore=836.1272;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.47;MQ0=0;QD=22.86;RPA=8,7;RU=A;SB=-2.114e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,161:196:99:4481,478,0 chrXVI 462405 . AGT A 4795 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=35.5579;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=1;QD=36.05;RPA=5,4;RU=GT;SB=-1.700e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,125:132:99:4795,355,0 chrXVI 472725 . A AG 4156 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=233.9475;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.81;MQ0=0;QD=40.75;SB=-1.901e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,99:102:99:4156,292,0 chrXVI 472924 . G GA 2026.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=177.8813;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=29.81;RPA=5,6;RU=A;SB=-3.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,64:68:99:2069,192,0 chrXVI 480253 . CA C 1594.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=318.2711;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.17;MQ0=0;QD=20.71;RPA=8,7;RU=A;SB=-5.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,60:77:99:1637,174,0 chrXVI 481304 . ATT A 372.38 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.311;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=16.7997;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.29;MQ0=0;MQRankSum=2.162;QD=15.52;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.075;SB=-1.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,20:24:7:411,0,7 chrXVI 482069 . CT C 3304 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=113.0901;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.85;MQ0=0;QD=21.04;RPA=9,8;RU=T;SB=-9.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,138:157:99:3304,369,0 chrXVI 482775 . C CTT 3303 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.978;DP=121;FS=5.229;HaplotypeScore=409.9354;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.77;MQ0=0;MQRankSum=0.223;QD=27.30;RPA=11,13;RU=T;ReadPosRankSum=-1.698;SB=-9.857e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,83:121:99:3303,252,0 chrXVI 485926 . T TGACACACACACA,TGACACACACA 7300 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.277;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=366.6531;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.95;MQ0=0;MQRankSum=0.069;QD=70.19;ReadPosRankSum=1.559;SB=-3.133e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:5,68,6:104:99:7300,543,267,874,0,597 chrXVI 487213 . TA T 1692.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=210.2762;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.32;MQ0=0;QD=21.16;RPA=8,7;RU=A;SB=-5.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,64:80:99:1735,189,0 chrXVI 488388 . ATTTC A 4770 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=28.2770;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.34;MQ0=0;QD=48.18;RPA=3,2;RU=TTTC;SB=-2.259e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,83:99:99:4770,244,0 chrXVI 488579 . TA T 2941.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=327.1349;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.02;MQ0=0;QD=34.61;SB=-5.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,81:85:99:2984,220,0 chrXVI 488778 . CA C 384.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=19.4320;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.31;MQ0=0;QD=15.40;RPA=9,8;RU=A;SB=-8.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,20:25:48:427,48,0 chrXVI 488828 . G GA 923.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=29.6881;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=25.67;RPA=6,7;RU=A;SB=-3.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,33:36:93:966,93,0 chrXVI 490095 . A ATTGGGCTTGAGC 14221 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=208;FS=0.000;HaplotypeScore=617.3688;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.48;MQ0=0;QD=68.37;RPA=1,2;RU=TTGGGCTTGAGC;SB=-6.192e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:51,155:208:99:14221,466,0 chrXVI 491804 . CT C 1450.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.305;DP=98;FS=5.947;HaplotypeScore=181.2718;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=1.634;QD=14.81;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.000;SB=-2.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,67:98:92:1493,92,0 chrXVI 491839 . G GA 1818.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=196.7292;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=20.44;RPA=8,9;RU=A;SB=-7.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,57:89:99:1861,192,0 chrXVI 491941 . T TAA 3717 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=179.2020;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.39;MQ0=3;QD=37.17;RPA=3,5;RU=A;SB=-1.559e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,96:95:99:3717,256,0 chrXVI 499688 . T TAACA 4091 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.169;DP=168;FS=2.112;HaplotypeScore=2509.4755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.400;QD=24.35;ReadPosRankSum=4.428;SB=-1.805e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:122,45:168:99:4091,0,1353 chrXVI 499691 . T TATCCTAAC 11533 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.291;DP=166;FS=2.773;HaplotypeScore=2120.8347;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.02;MQ0=0;MQRankSum=1.859;QD=69.48;ReadPosRankSum=4.261;SB=-5.262e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:121,45:166:77:11533,77,0 chrXVI 500581 . G GAAA 5854 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=59.7295;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.68;MQ0=0;QD=38.26;RPA=8,11;RU=A;SB=-2.754e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,125:153:99:5854,373,0 chrXVI 501019 . CTTGCTGTTGTTGTTG C 21926 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=225;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1030.7942;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.27;MQ0=0;QD=97.45;RPA=2,1;RU=TTGCTGTTGTTGTTG;SB=-7.570e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:52,171:224:99:21926,509,0 chrXVI 502842 . CA C 6010 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=39.8205;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.77;MQ0=0;QD=37.56;SB=-1.594e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,158:160:99:6010,448,0 chrXVI 503385 . GAAAAA G 677.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.357;DP=62;FS=9.956;HaplotypeScore=237.0587;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.67;MQ0=1;MQRankSum=1.575;QD=10.93;RPA=23,18;RU=A;ReadPosRankSum=2.542;SB=-2.599e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,18:60:49:717,0,49 chrXVI 510161 . CT C 2218.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=63.1049;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;QD=21.75;RPA=7,6;RU=T;SB=-9.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,83:102:99:2261,237,0 chrXVI 510617 . C CT 1202.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=356.2389;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.02;MQ0=0;QD=22.70;RPA=4,5;RU=T;SB=-4.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,47:53:99:1245,114,0 chrXVI 511831 . TA T 2112.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=282.7304;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.72;MQ0=0;QD=30.62;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:69:99:2155,181,0 chrXVI 521031 . GAATAATAAT G 461.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=39.0811;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=65.89;RPA=8,5;RU=AAT;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,5:7:15:503,15,0 chrXVI 521085 . CAATAATACTAATAAT C 824.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=52.3106;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.95;MQ0=0;QD=68.75;RPA=2,1;RU=AATAATACTAATAAT;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,7:12:24:867,24,0 chrXVI 528757 . T TATTACA 9862 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=25.0845;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=1;QD=65.75;RPA=1,2;RU=ATTACA;SB=-3.001e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,132:149:99:9862,382,0 chrXVI 534827 . G GA 3940 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.498;DP=205;FS=0.000;HaplotypeScore=318.1910;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=1.145;QD=19.22;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.864;SB=-1.767e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:59,143:205:99:3940,261,0 chrXVI 536747 . T TTCC 5515 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-4.514;DP=218;DS;FS=1.036;HaplotypeScore=575.0588;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=64.81;MQ0=1;MQRankSum=3.810;QD=25.30;ReadPosRankSum=-0.938;SB=-2.520e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,172:217:99:5515,358,0 chrXVI 586599 . GA G 1355.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.203;DP=95;FS=5.849;HaplotypeScore=134.8403;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.54;MQ0=0;MQRankSum=0.360;QD=14.27;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.422;SB=-6.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,66:95:99:1398,110,0 chrXVI 586993 . C CT 3724 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.165;DP=154;FS=2.903;HaplotypeScore=31.6616;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.21;MQ0=0;MQRankSum=0.165;QD=24.18;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.823;SB=-1.604e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,134:154:99:3724,326,0 chrXVI 600560 . GAAA G 1038.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=78.2851;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.17;MQ0=0;QD=33.51;RPA=13,10;RU=A;SB=-4.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,24:31:72:1081,72,0 chrXVI 606364 . A ATTGTTGTTGTTGTTG 5986 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=342.1854;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=42.15;RPA=7,12;RU=TTG;SB=-1.627e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,103:142:99:5986,307,0 chrXVI 607467 . GAAAA G 2821.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=156.3255;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.48;MQ0=0;QD=38.13;RPA=14,10;RU=A;SB=-1.329e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,44:74:99:2864,177,0 chrXVI 607482 . CA C 1515.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=320.5549;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.96;MQ0=0;QD=21.05;RPA=8,7;RU=A;SB=-6.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,60:72:99:1558,176,0 chrXVI 607820 . CT C 937.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.524;DP=102;FS=3.093;HaplotypeScore=131.8702;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=1.150;QD=9.20;RPA=15,14;RU=T;ReadPosRankSum=1.562;SB=-4.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,51:102:88:980,88,0 chrXVI 607997 . CTT C 2504.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.419;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=41.0208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.13;MQ0=0;MQRankSum=0.447;QD=21.78;RPA=14,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.710;SB=-7.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,68:115:99:2547,227,0 chrXVI 614712 . T TG 5436 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=32.1413;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.21;MQ0=0;QD=37.75;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.934e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,142:144:99:5436,412,0 chrXVI 620255 . CAAA C 1487.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=161.0588;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.25;MQ0=0;QD=27.55;RPA=15,12;RU=A;SB=-5.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,35:54:99:1530,112,0 chrXVI 627152 . A AT 3127.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.233;DP=130;FS=3.378;HaplotypeScore=33.8624;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.921;QD=24.06;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.296;SB=-1.435e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,114:130:99:3170,306,0 chrXVI 631285 . C CATAT 1699.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=116.9205;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.56;MQ0=0;QD=44.74;RPA=5,7;RU=AT;SB=-5.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,21:38:91:1742,91,0 chrXVI 631326 . T TACCTATGCTAGTTTCC 5630 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=126.2605;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.88;MQ0=0;QD=156.39;SB=-1.048e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,17:36:99:5630,99,0 chrXVI 637334 . C CAT 5035 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=22.2437;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.01;MQ0=0;QD=44.56;RPA=1,2;RU=AT;SB=-9.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:113:99:5035,319,0 chrXVI 639289 . GT G 3418 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=28.0235;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;QD=36.36;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.136e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,90:94:99:3418,265,0 chrXVI 639361 . G GA 2022.04 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.035;DP=124;FS=1.145;HaplotypeScore=139.1267;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.411;QD=16.31;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.046;SB=-9.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,74:124:15:2061,0,15 chrXVI 641861 . G GA 3295 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=29.1960;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.40;MQ0=0;QD=24.96;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.235e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,119:132:99:3295,316,0 chrXVI 643709 . G GA 529.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.152;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=24.6812;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.12;MQ0=0;MQRankSum=1.052;QD=14.72;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.851;SB=-5.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,26:36:38:572,38,0 chrXVI 648653 . C CAA 2985.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=166.8879;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.07;MQ0=0;QD=25.52;RPA=11,13;RU=A;SB=-1.338e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,80:117:99:3028,255,0 chrXVI 653959 . A AT 1921.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.237;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=60.8291;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.13;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=19.41;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.832;SB=-8.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,76:99:99:1964,204,0 chrXVI 657438 . GA G 1950.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.844;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=231.4559;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.266;QD=22.17;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.533;SB=-4.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,79:88:99:1993,205,0 chrXVI 675808 . GA G 701.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=86.0554;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=1.529;QD=16.71;RPA=15,14;RU=A;ReadPosRankSum=0.714;SB=-1.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,29:42:96:744,96,0 chrXVI 679448 . G GTT 3129.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.592;DP=122;FS=3.522;HaplotypeScore=57.5930;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.90;MQ0=0;MQRankSum=0.437;QD=25.66;RPA=12,14;RU=T;ReadPosRankSum=0.787;SB=-1.332e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,67:122:99:3172,260,0 chrXVI 695616 . TAA T 1651.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.327;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=99.1240;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=1.164;QD=18.36;RPA=15,13;RU=A;ReadPosRankSum=1.383;SB=-8.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,49:90:99:1694,121,0 chrXVI 728633 . CTTTATTCGTT C 4633 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=11.6511;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.93;MQ0=0;QD=85.80;RPA=2,1;RU=TTTATTCGTT;SB=-1.446e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,44:54:99:4633,126,0 chrXVI 744003 . GA G 3932 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=251.0820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.23;MQ0=0;QD=29.79;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.858e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,125:132:99:3932,358,0 chrXVI 746899 . AT A 2485.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=14.1798;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.10;MQ0=0;QD=25.11;RPA=6,5;RU=T;SB=-8.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,91:99:99:2528,261,0 chrXVI 753179 . GA G 1190.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=175.4570;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.76;MQ0=0;QD=23.35;RPA=6,5;RU=A;SB=-3.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,43:51:99:1233,126,0 chrXVI 754378 . TGGG T 6803 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=33.6530;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.21;MQ0=0;QD=43.61;RPA=10,7;RU=G;SB=-3.129e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,138:156:99:6803,403,0 chrXVI 821515 . C CT 1696.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.328;DP=85;FS=2.881;HaplotypeScore=24.4003;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=1.066;QD=19.96;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.318;SB=-7.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,59:85:99:1739,146,0 chrXVI 832891 . TCTCTTCGTCTTC T 12711 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=225;FS=0.000;HaplotypeScore=100.6587;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.89;MQ0=0;QD=56.49;RPA=3,2;RU=CTCTTCGTCTTC;SB=-5.741e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:93,128:224:99:12711,352,0 chrXVI 835077 . C CCAA 5926 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.888;DP=177;FS=0.000;HaplotypeScore=499.2962;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.551;QD=33.48;RPA=8,9;RU=CAA;ReadPosRankSum=-0.941;SB=-2.071e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,135:177:99:5926,242,0 chrXVI 837643 . AT A 227.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3404;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=14.25;RPA=13,12;RU=T;SB=-7.297e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,10:16:33:270,33,0 chrXVI 857189 . GT G 1035.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.407;DP=85;FS=4.074;HaplotypeScore=24.8729;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.037;QD=12.19;RPA=15,14;RU=T;ReadPosRankSum=1.515;SB=-4.668e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,50:85:49:1078,49,0 chrXVI 870388 . CA C 3186.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=26.3265;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.74;MQ0=0;QD=22.44;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.577e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,124:142:99:3229,328,0 chrXVI 876243 . CTA C 273.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7045;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=12.45;RPA=10,9;RU=TA;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,8:22:24:316,24,0 chrXVI 876797 . G GA 7702 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=222;FS=0.000;HaplotypeScore=521.8564;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.82;MQ0=0;QD=34.69;RPA=2,3;RU=A;SB=-2.759e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,219:222:99:7702,641,0 chrXVI 886454 . GT G 118.04 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.077;DP=27;FS=8.953;HaplotypeScore=27.1801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.22;MQ0=0;MQRankSum=0.386;QD=4.37;RPA=16,15;RU=T;ReadPosRankSum=1.312;SB=-1.681e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,6:27:15:157,0,15 chrXVI 887933 . ATT A,AT 2028.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.978;DP=172;FS=9.322;HaplotypeScore=94.5679;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.656;QD=11.80;RPA=15,13,14;RU=T;ReadPosRankSum=1.089;SB=-9.787e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:63,15,0:172:99:2107,1663,2138,243,0,112 chrXVI 892101 . A AAAC 6214 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=944.6577;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.39;MQ0=0;QD=42.56;RPA=1,2;RU=AAC;SB=-2.468e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,125:146:99:6214,355,0 chrXVI 892135 . A AAT 2699.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=1043.3291;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.50;MQ0=0;QD=25.71;RPA=5,6;RU=AT;SB=-1.197e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,56:105:99:2742,205,0 chrXVI 908183 . GCAA G 7313 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=868.4350;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.14;MQ0=0;QD=45.42;SB=-1.881e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,151:161:99:7313,436,0 chrXVI 909717 . T TA 252.98 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.650;DP=26;FS=2.963;HaplotypeScore=10.8263;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.64;MQ0=0;MQRankSum=-2.093;QD=9.73;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=1.227;SB=-1.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,16:26:26:292,0,26 chrXVI 920510 . GA G 2413.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=438.5789;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.50;MQ0=0;QD=26.24;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,79:92:99:2456,238,0 chrXVI 920552 . C CT 2103.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=589.2585;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.23;MQ0=0;QD=24.75;RPA=8,9;RU=T;SB=-9.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,73:85:99:2146,222,0 chrXVI 920625 . CA C 795.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=192.4657;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.08;MQ0=0;QD=18.51;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,35:43:93:838,93,0 chrXVI 921001 . C CAAAAAGCACCG 20002 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=202;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1912.9849;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.65;MQ0=0;QD=99.02;SB=-6.513e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,161:202:99:20002,515,0 chrXVI 921161 . CA C 7476 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=240;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=819.2332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.62;MQ0=0;QD=31.15;RPA=3,2;RU=A;SB=-3.206e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,228:240:99:7476,641,0 chrXVI 921556 . CCT C 7649 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=179;FS=0.000;HaplotypeScore=924.0914;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.28;MQ0=0;QD=42.73;RPA=2,1;RU=CT;SB=-3.232e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,168:179:99:7649,500,0 chrXVI 921772 . G GT 2078.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.152;DP=129;FS=6.161;HaplotypeScore=655.9688;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=16.12;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.285;SB=-5.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:50,72:129:72:2121,72,0 chrXVI 922730 . CA C 4578 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=203;FS=0.000;HaplotypeScore=37.9241;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;QD=22.55;RPA=8,7;RU=A;SB=-7.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,179:203:99:4578,498,0 chrXVI 922863 . AT A 2671.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.598;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=833.1615;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.86;MQ0=0;MQRankSum=0.937;QD=18.43;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=2.088;SB=-1.175e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,108:145:99:2714,281,0 chrXVI 922883 . C CCTA 7167 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=610.5285;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.67;MQ0=0;QD=51.93;SB=-2.392e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,118:138:99:7167,367,0 chrXVI 923582 . T TG 5365 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=414.8748;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.37;MQ0=0;QD=35.07;RPA=1,2;RU=G;SB=-2.011e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,149:153:99:5365,436,0 chrXVI 924011 . CA C 3228.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=311.0900;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.80;MQ0=0;QD=21.81;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.351e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,131:148:99:3271,366,0 chrXVI 924193 . T TA 5380 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=525.7038;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.19;MQ0=0;QD=37.89;RPA=1,2;RU=A;SB=-2.557e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,137:142:99:5380,400,0 chrXVI 927526 . AAC A 2533.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=575.7399;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.17;MQ0=0;QD=40.87;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,57:62:99:2576,180,0 chrXVI 927823 . G GT 3773 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=63.3003;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.17;MQ0=0;QD=24.99;RPA=9,10;RU=T;SB=-1.804e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,136:151:99:3773,390,0 chrXVI 939183 . GA G 281.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=30.2968;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.72;MQ0=0;MQRankSum=0.193;QD=10.85;RPA=16,15;RU=A;ReadPosRankSum=0.578;SB=-2.398e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,18:26:26:324,26,0 chrXVI 943238 . A ATAGAG 801.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=102.0264;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.33;MQ0=0;QD=34.87;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,12:22:39:844,39,0