##fileformat=VCFv4.1 ##FILTER= ##FILTER= ##FILTER= 0.75 || QUAL < 50.0 || DP > 360 || SB > -0.1 || MQ0>=4"> ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##GATKCommandLine= 0.75 || QUAL < 50.0 || DP > 360 || SB > -0.1 || MQ0>=4] filterName=[filter] genotypeFilterExpression=[] genotypeFilterName=[] clusterSize=3 clusterWindowSize=10 maskExtension=0 maskName=Mask filterNotInMask=false missingValuesInExpressionsShouldEvaluateAsFailing=false invalidatePreviousFilters=false filter_reads_with_N_cigar=false filter_mismatching_base_and_quals=false filter_bases_not_stored=false",Date="Tue Jan 14 23:23:29 PST 2014",Epoch=1389770609517,Version=2.8-1-g932cd3a> ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##UnifiedGenotyper="analysis_type=UnifiedGenotyper input_file=[/srv/gs1/projects/cherry/giltae/strains/hugeseq/BC187/chrI.recal.bam] read_buffer_size=null phone_home=STANDARD gatk_key=null read_filter=[] intervals=null excludeIntervals=null interval_set_rule=UNION interval_merging=ALL interval_padding=0 reference_sequence=/srv/gs1/projects/cherry/sacCer3/sacCer3.fa nonDeterministicRandomSeed=false downsampling_type=BY_SAMPLE downsample_to_fraction=null downsample_to_coverage=250 baq=CALCULATE_AS_NECESSARY baqGapOpenPenalty=40.0 performanceLog=null useOriginalQualities=false BQSR=null quantize_quals=0 disable_indel_quals=false emit_original_quals=false preserve_qscores_less_than=6 defaultBaseQualities=-1 validation_strictness=LENIENT remove_program_records=false keep_program_records=false unsafe=null num_threads=1 num_cpu_threads=null num_io_threads=null num_bam_file_handles=null read_group_black_list=null pedigree=[] pedigreeString=[] pedigreeValidationType=STRICT allow_intervals_with_unindexed_bam=false generateShadowBCF=false logging_level=INFO log_to_file=null help=false genotype_likelihoods_model=INDEL p_nonref_model=EXACT pcr_error_rate=1.0E-4 noSLOD=false annotateNDA=false min_base_quality_score=17 max_deletion_fraction=0.05 cap_max_alternate_alleles_for_indels=false min_indel_count_for_genotyping=5 min_indel_fraction_per_sample=0.25 indel_heterozygosity=1.25E-4 indelGapContinuationPenalty=10 indelGapOpenPenalty=45 indelHaplotypeSize=80 noBandedIndel=false indelDebug=false ignoreSNPAlleles=false allReadsSP=false ignoreLaneInfo=false reference_sample_calls=(RodBinding name= source=UNBOUND) reference_sample_name=null sample_ploidy=2 min_quality_score=1 max_quality_score=40 site_quality_prior=20 min_power_threshold_for_calling=0.95 min_reference_depth=100 exclude_filtered_reference_sites=false heterozygosity=0.001 genotyping_mode=DISCOVERY output_mode=EMIT_VARIANTS_ONLY standard_min_confidence_threshold_for_calling=30.0 standard_min_confidence_threshold_for_emitting=10.0 alleles=(RodBinding name= source=UNBOUND) max_alternate_alleles=3 dbsnp=(RodBinding name=dbsnp source=/srv/gs1/projects/cherry/giltae/hugeseq_data/snp.d/chrI_SNPs.vcf) comp=[] out=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VariantContextWriterStub no_cmdline_in_header=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VariantContextWriterStub sites_only=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VariantContextWriterStub bcf=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VariantContextWriterStub debug_file=null metrics_file=null annotation=[DepthOfCoverage, MappingQualityZero] excludeAnnotation=[] filter_mismatching_base_and_quals=false" ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##reference=file:///srv/gs1/projects/cherry/sacCer3/sacCer3.fa #CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT BC187 chrI 82 . C CA 1490.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.599;DP=55;FS=17.160;HaplotypeScore=1614.2612;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.800;QD=27.11;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=-1.399;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,53:55:99:1533,140,0 chrI 135 . TG T 2438.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.012;DP=100;FS=13.424;HaplotypeScore=2544.6439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.391;QD=24.39;ReadPosRankSum=-2.334;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,84:99:99:2481,225,0 chrI 140 . C CAT 3931 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.582;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=2074.1578;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.686;QD=44.67;ReadPosRankSum=-0.658;SB=-3.001e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,84:88:99:3931,254,0 chrI 173 . CT C 1069.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.255;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=1074.4420;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.883;QD=21.84;ReadPosRankSum=2.125;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,34:49:95:1112,95,0 chrI 244 . C CT 2970.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.420;DP=83;FS=3.047;HaplotypeScore=576.6479;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=0.490;QD=35.79;ReadPosRankSum=1.559;SB=-1.385e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,80:83:99:3013,198,0 chrI 372 . T TC 476.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.318;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=506.8834;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.82;MQ0=0;MQRankSum=2.037;QD=22.71;ReadPosRankSum=0.632;SB=-3.400e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,19:18:32:519,32,0 chrI 442 . C CA 1212.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.509;DP=49;FS=82.246;HaplotypeScore=1408.2161;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.57;MQ0=0;MQRankSum=4.226;QD=24.75;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=-0.396;SB=-9.011e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,38:49:99:1252,0,170 chrI 453 . A AC 1519.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.599;DP=48;FS=44.854;HaplotypeScore=1359.1346;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.51;MQ0=0;MQRankSum=2.970;QD=31.67;ReadPosRankSum=0.169;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,42:48:49:1559,0,49 chrI 470 . CTCT C 1472.73 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.995;DP=37;FS=35.941;HaplotypeScore=1084.3691;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.11;MQ0=0;MQRankSum=2.190;QD=39.80;ReadPosRankSum=2.391;SB=-1.277e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,30:36:0:1510,0,0 chrI 476 . G GAAC 1458.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.013;DP=35;FS=19.708;HaplotypeScore=1054.3043;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.49;MQ0=0;MQRankSum=1.940;QD=41.68;ReadPosRankSum=1.793;SB=-2.002e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,30:34:41:1501,41,0 chrI 498 . CA C 680.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.552;DP=40;FS=6.990;HaplotypeScore=916.3936;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.35;MQ0=6;MQRankSum=-2.204;QD=17.02;ReadPosRankSum=3.189;SB=-8.057e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,24:32:84:720,0,84 chrI 1173 . A ACCC 1337.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.215;DP=57;FS=3.380;HaplotypeScore=766.1455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.00;MQ0=0;MQRankSum=0.695;QD=23.47;ReadPosRankSum=1.904;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,23:47:99:1377,0,599 chrI 1178 . ACGG A 1013.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.661;DP=49;FS=1.908;HaplotypeScore=722.8653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.99;MQ0=0;MQRankSum=0.245;QD=20.69;ReadPosRankSum=2.246;SB=-7.400e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,23:39:99:1053,0,418 chrI 1475 . AT A 1283.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.329;DP=122;FS=3.528;HaplotypeScore=588.6360;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.36;MQ0=12;MQRankSum=2.918;QD=10.52;ReadPosRankSum=0.303;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,50:77:99:1323,0,1101 chrI 1620 . CT C 440.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=235.1778;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.51;MQ0=0;QD=24.50;RPA=2,1;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:14:42:483,42,0 chrI 1673 . A AT 113.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.009;DP=36;FS=5.531;HaplotypeScore=381.8368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.37;MQ0=2;MQRankSum=-2.469;QD=3.17;ReadPosRankSum=1.460;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,8:29:99:153,0,607 chrI 1674 . G GA 26.98 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.043;DP=36;FS=8.501;HaplotypeScore=390.2607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.37;MQ0=2;MQRankSum=-2.924;QD=0.75;ReadPosRankSum=1.195;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,8:29:66:66,0,645 chrI 1676 . TC T 142.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.043;DP=36;FS=8.501;HaplotypeScore=378.6504;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.37;MQ0=2;MQRankSum=-2.619;QD=3.97;ReadPosRankSum=0.483;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,8:29:99:182,0,692 chrI 2491 . AG A 902.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.628;DP=45;FS=15.185;HaplotypeScore=101.2173;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.208;QD=20.07;RPA=4,3;RU=G;ReadPosRankSum=-0.053;SB=-8.171e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,44:33:65:945,65,0 chrI 27764 . T TG 1052.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=1705.6304;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=30.08;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:35:99:1095,102,0 chrI 27771 . TG T 339.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=692.9186;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=22.66;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45:382,45,0 chrI 28008 . C CA 1894.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=465.8717;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.64;MQ0=0;QD=28.71;RPA=2,3;RU=A;SB=-7.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,55:66:99:1937,177,0 chrI 28522 . GA G 2203.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=790.6569;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.95;MQ0=0;QD=23.70;RPA=6,5;RU=A;SB=-7.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,85:93:99:2246,252,0 chrI 28547 . T TAGTGCTTTCTC 7063 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=389.0312;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.67;MQ0=0;QD=79.36;RPA=1,2;RU=AGTGCTTTCTC;SB=-2.855e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,51:89:99:7063,216,0 chrI 29000 . GTA G 2643.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=507.6746;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.41;MQ0=0;QD=30.39;SB=-8.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,69:86:99:2686,220,0 chrI 29007 . T TG 2376.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=543.2710;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.77;MQ0=0;QD=28.64;SB=-6.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,76:82:99:2419,224,0 chrI 29211 . CATGGTT C 2116.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=318.0216;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.69;MQ0=0;QD=70.57;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,24:30:78:2159,78,0 chrI 29283 . C CTTTT 764.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=234.8384;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.23;MQ0=0;QD=24.68;RPA=10,14;RU=T;SB=-2.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,11:29:51:807,51,0 chrI 29423 . GACACT G 857.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=327.9303;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=53.62;RPA=2,1;RU=ACACT;SB=-2.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,14:16:39:900,39,0 chrI 29461 . T TC 753.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=533.9101;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.45;MQ0=0;QD=29.00;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:25:75:796,75,0 chrI 29462 . GAA G 760.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=533.2189;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.45;MQ0=0;QD=29.27;RPA=5,3;RU=A;SB=-2.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:25:75:803,75,0 chrI 29534 . G GT 570.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=424.7696;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.37;MQ0=0;QD=20.39;RPA=5,6;RU=T;SB=-2.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,21:28:66:613,66,0 chrI 29552 . CG C 545.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=254.4199;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.11;MQ0=0;QD=26.00;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:21:51:588,51,0 chrI 29605 . G GA 795.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=85.2020;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=33.16;RPA=1,2;RU=A;SB=-3.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,23:24:69:838,69,0 chrI 29752 . C CT 333.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=189.5108;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.86;MQ0=0;QD=19.64;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.819e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,13:17:39:376,39,0 chrI 29766 . CT C 299.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=178.9317;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=23.07;RPA=5,4;RU=T;SB=-8.599e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,12:13:36:342,36,0 chrI 29791 . GT G 390.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=194.4535;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.50;MQ0=0;QD=30.07;RPA=3,2;RU=T;SB=-6.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39:433,39,0 chrI 29846 . T TTA 979.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=425.5674;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.00;MQ0=0;QD=33.79;SB=-4.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,23:26:69:1022,69,0 chrI 29870 . C CG 1054.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=620.2553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.25;MQ0=0;QD=27.76;RPA=3,4;RU=G;SB=-5.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:34:99:1097,102,0 chrI 29885 . ATT A 1178.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=630.7995;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.04;MQ0=0;QD=27.42;RPA=8,6;RU=T;SB=-6.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,39:37:99:1221,102,0 chrI 30097 . A ATTTT 560.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=138.4208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.16;MQ0=0;QD=18.10;RPA=11,15;RU=T;SB=-1.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,7:24:43:603,43,0 chrI 30157 . CA C 1067.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=191.0869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.23;MQ0=0;QD=24.27;RPA=5,4;RU=A;SB=-3.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,41:40:99:1110,117,0 chrI 30282 . T TC 348.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=278.0301;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=34.90;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30:391,30,0 chrI 30296 . T TC 643.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=462.1237;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=35.78;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54:686,54,0 chrI 30315 . C CTT 815.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=566.7024;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.58;MQ0=0;QD=35.48;RPA=3,5;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,22:23:66:858,66,0 chrI 30479 . T TC 165.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=85.9858;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.75;MQ0=0;QD=27.52;RPA=1,2;RU=C;SB=-3.487e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18:207,18,0 chrI 30587 . ATCG A 227.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;HaplotypeScore=84.4693;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.98;MQ0=0;QD=45.45;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:269,15,0 chrI 30644 . T TGA 1307.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=375.3650;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=42.19;RPA=1,2;RU=GA;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,30:31:90:1350,90,0 chrI 30771 . T TA 511.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=204.3372;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.90;MQ0=0;QD=25.60;RPA=1,2;RU=A;SB=-7.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,15:20:48:554,48,0 chrI 30871 . GA G 2000.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=330.1206;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.18;MQ0=0;QD=25.01;RPA=5,4;RU=A;SB=-5.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,77:80:99:2043,222,0 chrI 30961 . CT C 990.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=157.9268;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.29;MQ0=0;QD=30.97;RPA=2,1;RU=T;SB=-4.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,28:32:90:1033,90,0 chrI 31116 . CATATACATATATAT C 3403 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=205.2051;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.70;MQ0=0;QD=83.00;SB=-1.280e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,37:41:99:3403,114,0 chrI 31504 . C CACACACACACAT 2293.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.248;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=32.2891;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.495;QD=69.51;ReadPosRankSum=1.114;SB=-7.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,16:33:61:2336,61,0 chrI 36436 . CT C 1040.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=43.6103;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;QD=17.64;RPA=9,8;RU=T;SB=-3.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,44:59:99:1083,135,0 chrI 45030 . T TG 5165 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=190;FS=0.000;HaplotypeScore=476.3219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.39;MQ0=0;QD=27.18;RPA=3,4;RU=G;SB=-1.810e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,163:190:99:5165,484,0 chrI 45522 . ATG A 4671 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=216.8428;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.94;MQ0=0;QD=36.21;RPA=2,1;RU=TG;SB=-9.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,109:129:99:4671,334,0 chrI 56888 . G GT 3284 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=837.4190;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.53;MQ0=0;QD=23.97;RPA=6,7;RU=T;SB=-2.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,123:137:99:3284,366,0 chrI 58643 . GT G 5350 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=176;FS=0.000;HaplotypeScore=288.3197;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;QD=30.40;RPA=2,1;RU=T;SB=-2.335e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,170:176:99:5350,475,0 chrI 65494 . A AT 1535.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=393.7438;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.22;MQ0=0;QD=27.93;RPA=2,3;RU=T;SB=-4.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,50:55:99:1578,147,0 chrI 65534 . GA G 945.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=403.8185;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.02;MQ0=0;QD=17.85;RPA=8,7;RU=A;SB=-2.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,41:53:99:988,120,0 chrI 65761 . A AT 955.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.842;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=23.9381;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.023;QD=17.70;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.023;SB=-9.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,45:54:63:998,63,0 chrI 68621 . AT A 4000 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=45.8126;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.41;SB=-1.861e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,120:136:99:4000,352,0 chrI 69677 . GA G 1632.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=54.1291;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=24.01;RPA=5,4;RU=A;SB=-7.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,61:68:99:1675,180,0 chrI 69734 . TG T 1488.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=63.2676;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.15;MQ0=0;QD=23.63;RPA=8,7;RU=G;SB=-7.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,58:63:99:1531,165,0 chrI 70524 . CA C 2107.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=186.1983;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.43;MQ0=0;QD=25.09;RPA=4,3;RU=A;SB=-7.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,75:84:99:2150,216,0 chrI 71530 . TAA T 1789.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.693;DP=83;FS=2.719;HaplotypeScore=65.9832;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.215;QD=21.57;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.494;SB=-6.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,57:83:99:1832,174,0 chrI 71671 . C CTCTTTTTCATATTCAT 5876 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=94.7209;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.90;MQ0=0;QD=60.58;RPA=1,2;RU=TCTTTTTCATATTCAT;SB=-2.305e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:65,29:96:99:5876,120,0 chrI 77511 . GAGA G 4092 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=64.1440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.64;MQ0=0;QD=26.92;RPA=9,8;RU=AGA;SB=-1.728e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,107:152:99:4092,304,0 chrI 92602 . CT C 1102.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.445;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=38.9182;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.31;MQ0=0;MQRankSum=0.750;QD=13.13;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.572;SB=-5.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,62:84:66:1145,66,0 chrI 100007 . AT A 494.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.248;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=22.6171;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.43;MQ0=0;MQRankSum=1.592;QD=10.53;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.043;SB=-2.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,30:47:39:537,39,0 chrI 106011 . G GT 1550.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.866;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=27.9828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.054;QD=18.46;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.271;SB=-7.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,64:84:99:1593,167,0 chrI 108747 . GT G 2772.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.708;DP=178;FS=0.000;HaplotypeScore=70.5126;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.105;QD=15.58;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.143;SB=-1.300e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,140:178:99:2815,208,0 chrI 128103 . ATT A,AT 520.99 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.738;DP=66;FS=5.544;HaplotypeScore=33.7178;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.619;QD=7.89;RPA=14,12,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.737;SB=-2.534e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:25,7,0:66:55:599,417,555,87,0,55 chrI 138748 . AT A 2423.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=634.1747;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.19;MQ0=0;QD=29.56;RPA=3,2;RU=T;SB=-9.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,79:82:99:2466,226,0 chrI 139108 . G GTA 2113.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.439;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=427.8918;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.558;QD=26.10;RPA=5,6;RU=TA;ReadPosRankSum=-0.323;SB=-1.020e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,54:81:99:2156,140,0 chrI 139260 . A AT 923.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=175.2300;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.60;MQ0=0;QD=18.86;RPA=9,10;RU=T;SB=-1.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,36:49:99:966,117,0 chrI 139404 . GTATA G 2207.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=17.0008;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.02;MQ0=0;QD=46.98;RPA=7,5;RU=TA;SB=-2.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,41:47:99:2250,129,0 chrI 142111 . CT C 1832.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=31.9971;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=26.19;RPA=5,4;RU=T;SB=-5.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,67:70:99:1875,201,0 chrI 142779 . T TGAC 8856 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=182;FS=0.000;HaplotypeScore=70.5472;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.76;MQ0=0;QD=48.66;SB=-3.792e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,172:182:99:8856,499,0 chrI 143575 . GA G 1359.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.485;DP=102;FS=15.221;HaplotypeScore=235.9014;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.666;QD=13.33;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.191;SB=-6.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,70:102:86:1402,86,0 chrI 151874 . G GT 1624.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=120.0849;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;QD=24.62;RPA=6,7;RU=T;SB=-7.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,62:65:99:1667,180,0 chrI 152105 . C CTTTT 513.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=77.0434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.41;MQ0=0;QD=12.24;RPA=19,23;RU=T;SB=-2.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,19:41:52:556,52,0 chrI 153968 . G GTCT 4691 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=33.0487;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.80;MQ0=0;QD=45.99;SB=-1.890e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,94:102:99:4691,268,0 chrI 154847 . G GT 1118.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.294;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=52.6470;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.801;QD=16.46;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.244;SB=-4.469e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,53:68:40:1161,40,0 chrI 156451 . TG T 3331 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=541.1491;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.64;MQ0=0;QD=31.42;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.349e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,102:106:99:3331,298,0 chrI 156693 . G GTT 1999.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=414.7161;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.22;MQ0=0;QD=21.98;RPA=10,12;RU=T;SB=-9.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,59:91:99:2042,177,0 chrI 166146 . TGATTTCTATTCCAACA T 5170 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=1005.3252;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.64;MQ0=0;QD=152.06;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:96:5170,96,0 chrI 171848 . G GA 1296.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=85.3698;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.42;MQ0=0;QD=21.98;RPA=6,7;RU=A;SB=-5.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,44:59:99:1339,144,0 chrI 171866 . T TA 790.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.083;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=129.9737;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=0.704;QD=15.51;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.271;SB=-3.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,33:51:44:833,44,0 chrI 171961 . AT A 1801.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=145.9926;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.22;MQ0=0;QD=29.54;RPA=3,2;RU=T;SB=-8.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1844,171,0 chrI 176580 . CT C 655.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.368;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=59.9605;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.158;QD=18.22;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.158;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,34:36:75:698,75,0 chrI 178459 . GT G 1611.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=46.7899;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;QD=19.19;RPA=10,9;RU=T;SB=-7.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,69:84:99:1654,206,0 chrI 179139 . A AT 2300.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.694;DP=106;FS=3.310;HaplotypeScore=247.2538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.038;QD=21.71;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.694;SB=-1.125e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,94:106:99:2343,250,0 chrI 179225 . C CA 1234.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.064;DP=85;FS=3.066;HaplotypeScore=223.5255;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.234;QD=14.53;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-2.152;SB=-5.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,48:84:99:1277,124,0 chrI 179699 . AG A 967.96 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=1301.5335;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=33.38;RPA=2,1;RU=G;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:87:1010,87,0 chrI 179705 . AC A 654.96 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=1332.7905;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=22.58;RPA=2,1;RU=C;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:87:697,87,0 chrI 179708 . AT A 755.96 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=1322.6923;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=26.07;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:87:798,87,0 chrI 179719 . T TTG 1382.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=1260.0041;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=47.69;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:87:1425,87,0 chrI 179768 . ATGTTTGTTAAAG A 6686 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=1400.8003;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.91;MQ0=0;QD=94.17;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,49:71:99:6686,148,0 chrI 179804 . AG A 1702.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=1971.6341;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.61;MQ0=0;QD=27.92;RPA=2,1;RU=G;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,53:61:99:1745,156,0 chrI 181257 . AT A 250.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=45.9604;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.58;MQ0=1;QD=19.30;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.089e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,12:12:33:293,33,0 chrI 181354 . A AG 134.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=231.4025;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=22.35;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18:176,18,0 chrI 181356 . GATA G 226.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=222.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=37.68;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18:268,18,0 chrI 181395 . A AT 210.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=378.2106;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=23.44;RPA=3,4;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,8:9:24:253,24,0 chrI 181415 . A AT 149.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;HaplotypeScore=234.2085;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=29.85;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:191,15,0 chrI 181422 . A AG 149.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;HaplotypeScore=234.1399;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=29.85;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:191,15,0 chrI 182404 . TA T 143.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=242.4164;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.67;MQ0=0;QD=15.89;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:8:21:185,21,0 chrI 182408 . A AAT 219.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=207.6488;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.61;MQ0=0;QD=31.29;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21:261,21,0 chrI 182425 . GC G 190.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=178.9580;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.37;MQ0=0;QD=31.68;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18:232,18,0 chrI 182510 . A AATG 410.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=37.9883;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.51;MQ0=0;QD=41.10;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,8:9:24:453,24,0 chrI 189996 . AG A 325.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=237.9079;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.99;MQ0=0;QD=32.60;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30:368,30,0 chrI 190165 . ACCCGCC A 7694 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=1282.6418;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=81.85;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:7694,283,0 chrI 190176 . CCT C 3970 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=1655.0323;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=42.23;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:3970,283,0 chrI 192302 . ACT A 786.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.838;DP=68;FS=5.826;HaplotypeScore=472.4777;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.50;MQ0=0;MQRankSum=0.356;QD=11.57;ReadPosRankSum=5.598;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,40:68:99:826,0,117 chrI 192305 . ACTAC A 1746.98 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.654;DP=67;FS=5.508;HaplotypeScore=373.3616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.41;MQ0=0;MQRankSum=0.808;QD=26.07;ReadPosRankSum=4.899;SB=-5.535e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,40:67:24:1786,0,24 chrI 192338 . T TAA 1346.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=326.9828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.99;MQ0=0;QD=28.06;RPA=3,5;RU=A;SB=-6.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,37:47:99:1389,105,0 chrI 192550 . C CAAAA 918.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.096;DP=39;FS=6.173;HaplotypeScore=205.3147;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.344;QD=23.56;ReadPosRankSum=0.658;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,7:39:78:961,78,0 chrI 196460 . C CAA,CA 950.03 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.700;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=298.5026;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=51.24;MQ0=0;MQRankSum=0.774;QD=15.83;RPA=11,13,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.184;SB=-3.571e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:21,7,31:60:53:1028,600,555,167,0,53 chrI 196683 . TC T 2195.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=134.7432;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.83;MQ0=0;QD=33.27;SB=-9.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:66:99:2238,181,0 chrI 196828 . C CA 1901.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=380.7586;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.60;MQ0=0;QD=28.39;RPA=2,3;RU=A;SB=-8.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,60:67:99:1944,180,0 chrI 196872 . T TA 1187.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=762.5472;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.58;MQ0=0;QD=22.41;RPA=7,8;RU=A;SB=-6.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,45:53:99:1230,135,0 chrI 196909 . TA T 1927.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=863.3303;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.40;MQ0=0;QD=29.21;RPA=3,2;RU=A;SB=-9.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,62:66:99:1970,183,0 chrI 196924 . T TC 2380.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=866.4294;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.07;MQ0=0;QD=30.53;RPA=1,2;RU=C;SB=-1.176e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,70:78:99:2423,216,0 chrI 197611 . G GA 1740.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=416.2000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.13;MQ0=0;QD=25.60;RPA=4,5;RU=A;SB=-8.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,64:68:99:1783,183,0 chrI 197919 . G GA 2970.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=674.2133;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.37;MQ0=0;QD=32.29;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.362e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,88:92:99:3013,268,0 chrI 198030 . C CA 1829.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=342.6968;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.31;MQ0=0;QD=34.53;SB=-8.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,45:53:99:1872,147,0 chrI 198630 . TC T 685.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=766.2061;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.26;MQ0=0;QD=26.38;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:26:59:728,59,0 chrI 198633 . G GAA 763.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=646.3117;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.52;MQ0=0;QD=38.20;RPA=1,3;RU=A;SB=-2.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60:806,60,0 chrI 198699 . C CG 521.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=350.9576;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.46;MQ0=0;QD=27.47;SB=-2.300e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,14:19:45:564,45,0 chrI 198708 . CT C 413.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=211.2616;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.96;MQ0=0;QD=25.87;RPA=3,2;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,14:16:42:456,42,0 chrI 198918 . G GAC 598.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=397.4546;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=37.43;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,9:16:48:641,48,0 chrI 199000 . A AAT 436.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=332.4303;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.03;MQ0=0;QD=43.70;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30:479,30,0 chrI 199005 . T TA 266.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=349.4263;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.03;MQ0=0;QD=26.70;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,9:10:27:309,27,0 chrI 202583 . AAGT A 398.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=313.0350;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=49.87;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24:441,24,0 chrI 202607 . T TG 747.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=636.9934;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.20;MQ0=0;QD=31.16;RPA=1,2;RU=G;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:72:790,72,0 chrI 202668 . G GAA 1626.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=1121.2413;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=33.20;RPA=4,6;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,43:49:99:1669,129,0 chrI 202698 . A AT 1190.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=1127.9538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.49;MQ0=0;QD=24.31;RPA=3,4;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,24:49:99:1233,134,0 chrI 202712 . C CG 1255.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=1162.3314;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.68;MQ0=0;QD=23.70;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,23:53:99:1298,141,0 chrI 202896 . TCCTC T 6141 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=239.9075;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.90;MQ0=0;QD=59.05;SB=-2.534e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:104:99:6141,283,0 chrI 203091 . CA C 2473.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=528.8444;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.43;MQ0=0;QD=23.56;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.217e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,100:105:99:2516,270,0 chrI 206176 . C CT 674.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=715.3143;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.86;MQ0=0;QD=13.50;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:28:82:717,82,0 chrI 206179 . AC A 702.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=668.3777;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.99;MQ0=0;QD=14.96;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:27:80:745,80,0 chrI 230091 . TC T 261.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=88.0116;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.80;MQ0=0;QD=23.82;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:8:24:304,24,0 chrII 178 . ATAC A 2617.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.915;DP=67;FS=3.000;HaplotypeScore=42.5601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.501;QD=39.07;RPA=3,2;RU=TAC;ReadPosRankSum=1.259;SB=-5.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,59:60:61:2660,61,0 chrII 312 . ATAG A 610.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=93.9478;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.98;MQ0=16;QD=21.07;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,13:13:39:653,39,0 chrII 5911 . CA C 297.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.244;DP=26;FS=3.854;HaplotypeScore=308.4417;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.28;MQ0=1;MQRankSum=-0.439;QD=11.46;ReadPosRankSum=0.830;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,13:17:99:337,0,231 chrII 6186 . CA C 11.30 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.485;DP=37;FS=23.314;HaplotypeScore=241.1649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.323;QD=0.31;ReadPosRankSum=1.485;SB=-1.243e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,8:25:50:50,0,229 chrII 6259 . AC A 609.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.273;DP=26;FS=4.031;HaplotypeScore=219.7577;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.11;MQ0=1;MQRankSum=-0.335;QD=23.46;ReadPosRankSum=-3.093;SB=-1.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,19:23:99:649,0,139 chrII 6283 . CATTCT C 597.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=142.9021;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.93;MQ0=3;QD=33.22;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,11:11:30:640,30,0 chrII 6306 . A ATC 152.98 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=149.3359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.49;MQ0=5;MQRankSum=0.736;QD=6.95;RPA=3,4;RU=TC;ReadPosRankSum=0.736;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,10:9:24:192,0,24 chrII 6730 . GC G 2973.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.952;DP=241;DS;FS=13.718;HaplotypeScore=4982.5796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.36;MQ0=0;MQRankSum=4.443;QD=12.34;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=3.301;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:128,113:194:99:3013,0,2672 chrII 6781 . G GT 3281 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.707;DP=161;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=4323.8346;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.83;MQ0=2;MQRankSum=3.342;QD=20.38;ReadPosRankSum=-1.061;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,76:139:99:3281,0,1140 chrII 7114 . A AC 2836.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.745;DP=213;DS;FS=48.449;HaplotypeScore=2910.4425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.79;MQ0=1;MQRankSum=-1.146;QD=13.32;ReadPosRankSum=-0.149;SB=-9.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:123,84:167:99:2876,0,685 chrII 7204 . C CG 2927.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=11.952;DP=227;DS;FS=171.933;HaplotypeScore=2449.4186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.93;MQ0=0;MQRankSum=-11.425;QD=12.90;ReadPosRankSum=-0.390;SB=-8.000e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:112,110:203:99:2967,0,3742 chrII 7424 . CT C 1121.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.593;DP=114;FS=8.121;HaplotypeScore=678.9288;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.05;MQ0=0;MQRankSum=-7.171;QD=9.84;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=0.272;SB=-1.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,48:109:99:1161,0,2025 chrII 7527 . C CA 1254.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.372;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=313.2325;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.62;MQ0=43;MQRankSum=1.660;QD=9.03;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.505;SB=-3.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:57,82:53:99:1297,118,0 chrII 7538 . G GT 1224.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.141;DP=182;FS=0.000;HaplotypeScore=293.7273;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.36;MQ0=83;MQRankSum=2.348;QD=6.73;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=1.625;SB=-3.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:86,96:50:91:1267,91,0 chrII 7912 . GA G 50.93 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=14.3363;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.14;MQ0=22;QD=1.24;RPA=3,2;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,18:13:9:92,9,0 chrII 8302 . CGG C 1881.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.151;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=921.8851;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.33;MQ0=8;MQRankSum=-1.130;QD=28.95;RPA=6,4;RU=G;ReadPosRankSum=1.431;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,50:56:99:1924,123,0 chrII 36327 . C CA 3023.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=365.7897;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.74;MQ0=0;QD=29.94;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.233e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,99:101:99:3066,277,0 chrII 36507 . CT C 1773.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=207.7351;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.16;MQ0=0;QD=18.87;RPA=10,9;RU=T;SB=-9.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,71:94:99:1816,224,0 chrII 37029 . T TA 2269.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.180;DP=117;FS=2.669;HaplotypeScore=30.7575;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.19;MQ0=0;MQRankSum=2.035;QD=19.40;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.291;SB=-8.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,95:117:99:2312,217,0 chrII 38757 . TA T 318.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=63.9286;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.00;MQ0=0;QD=15.19;RPA=11,10;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,17:21:45:361,45,0 chrII 45956 . A AT 556.73 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.436;DP=82;FS=1.681;HaplotypeScore=33.8877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.999;QD=6.79;RPA=15,16;RU=T;ReadPosRankSum=-0.999;SB=-2.635e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,19:81:0:594,0,0 chrII 62776 . GA G 1287.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.315;DP=108;FS=7.019;HaplotypeScore=43.4021;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.191;QD=11.93;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=2.079;SB=-5.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,73:108:92:1330,92,0 chrII 69628 . C CA 1631.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.923;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=74.7434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.440;QD=13.49;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.746;SB=-7.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,81:121:99:1671,0,101 chrII 72365 . G GCAACAA 6250 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.345;DP=242;DS;FS=3.379;HaplotypeScore=418.4057;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=63.45;MQ0=0;MQRankSum=1.504;QD=25.83;RPA=9,11;RU=CAA;ReadPosRankSum=-1.848;SB=-3.104e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:99,135:242:99:6250,326,0 chrII 74876 . C CA 3071.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=400.7492;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;QD=22.26;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.520e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,116:138:99:3114,333,0 chrII 75047 . GA G 3674 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=256.7015;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.08;MQ0=0;QD=37.88;SB=-1.603e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,93:97:99:3674,286,0 chrII 75101 . TG T 1970.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=511.5777;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.79;MQ0=0;QD=22.92;SB=-9.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,58:86:99:2013,198,0 chrII 75103 . T TAA 1294.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.484;DP=80;FS=11.415;HaplotypeScore=541.4099;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.662;QD=16.19;RPA=11,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.018;SB=-4.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,38:80:99:1337,99,0 chrII 88125 . C CT 697.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.034;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=84.3469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.36;MQ0=0;MQRankSum=2.509;QD=8.21;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=-0.079;SB=-2.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,46:85:52:737,0,52 chrII 88484 . GGAGAA G 5120 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=20.6922;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.34;MQ0=0;QD=59.53;RPA=2,1;RU=GAGAA;SB=-2.535e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,79:86:99:5120,229,0 chrII 96287 . GA G 1279.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=105.3363;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.00;MQ0=0;QD=18.82;RPA=11,10;RU=A;SB=-4.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,62:68:99:1322,165,0 chrII 116854 . CA C 4730 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=194;FS=0.000;HaplotypeScore=1237.7815;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.96;MQ0=0;QD=24.38;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.847e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,182:194:99:4730,534,0 chrII 117293 . GA G 3439 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=372.0333;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.00;MQ0=0;QD=21.49;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.108e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,138:160:99:3439,399,0 chrII 119979 . A ACTT 4167 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=38.3816;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=31.81;RPA=6,7;RU=CTT;SB=-1.924e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,92:131:99:4167,271,0 chrII 122381 . CA C 1060.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=26.9073;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;QD=18.61;RPA=11,10;RU=A;SB=-3.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,47:57:99:1103,138,0 chrII 122429 . G GA 302.08 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.331;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=72.7201;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.465;QD=8.63;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.047;SB=-2.205e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,15:35:13:341,0,13 chrII 127462 . CT C 1078.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=14.1109;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;QD=17.13;RPA=8,7;RU=T;SB=-5.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,56:63:99:1121,132,0 chrII 127636 . C CTTT 895.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.494;DP=43;FS=4.607;HaplotypeScore=29.9830;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.75;MQ0=0;MQRankSum=0.418;QD=20.84;RPA=13,16;RU=T;ReadPosRankSum=-1.135;SB=-3.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,24:43:78:938,78,0 chrII 133886 . TATATATAC T 153.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=18.0014;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=67.29;MQ0=0;QD=21.89;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,6:7:15:195,15,0 chrII 135553 . TG T 6363 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=174;FS=0.000;HaplotypeScore=104.2565;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.40;MQ0=0;QD=36.57;SB=-2.814e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,170:174:99:6363,488,0 chrII 136039 . T TA 5096 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=195;FS=0.000;HaplotypeScore=65.6062;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.24;MQ0=0;QD=26.13;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.309e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,178:195:99:5096,478,0 chrII 136348 . G GA 2598.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=27.4761;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.64;MQ0=0;QD=22.21;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,100:117:99:2641,285,0 chrII 138011 . CT C 1711.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.060;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=117.5048;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.76;MQ0=0;MQRankSum=0.369;QD=14.89;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.322;SB=-8.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,71:115:99:1754,174,0 chrII 138274 . A ATT 783.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.474;DP=72;FS=2.667;HaplotypeScore=40.6167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.74;MQ0=0;MQRankSum=1.141;QD=10.88;RPA=15,17;RU=T;ReadPosRankSum=0.640;SB=-1.481e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,28:72:27:825,27,0 chrII 140850 . TG T 4820 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=170;FS=0.000;HaplotypeScore=383.1544;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.18;MQ0=0;QD=28.35;RPA=5,4;RU=G;SB=-2.005e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,149:169:99:4820,457,0 chrII 140964 . T TC 6233 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;FS=0.000;HaplotypeScore=272.5565;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.61;MQ0=0;QD=37.55;SB=-2.605e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,160:166:99:6233,460,0 chrII 141047 . G GTT 3209.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=293.2093;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.45;MQ0=0;QD=23.43;RPA=10,12;RU=T;SB=-1.561e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,80:135:99:3252,300,0 chrII 143864 . G GA 131.98 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.566;DP=13;FS=3.090;HaplotypeScore=6.5078;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.382;QD=10.15;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.566;SB=-1.998e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,8:13:23:171,0,23 chrII 151274 . G GT 1508.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.668;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=104.8717;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.323;QD=15.40;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.345;SB=-6.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,59:98:99:1551,100,0 chrII 153609 . A AT 587.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.079;DP=74;FS=1.402;HaplotypeScore=38.6150;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.34;MQ0=0;MQRankSum=0.057;QD=7.95;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=-0.601;SB=-1.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,39:74:99:627,0,155 chrII 165010 . CT C 2031.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.317;DP=126;FS=2.999;HaplotypeScore=690.0754;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.267;QD=16.13;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.977;SB=-9.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,93:126:99:2074,232,0 chrII 165670 . GA G 2887.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=448.6620;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.64;MQ0=0;QD=19.25;RPA=10,9;RU=A;SB=-1.415e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,123:150:99:2930,355,0 chrII 166025 . CT C 1197.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=263.8928;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.83;MQ0=0;QD=21.02;RPA=8,7;RU=T;SB=-4.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,48:57:99:1240,141,0 chrII 167264 . AT A 2586.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=211.5216;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.29;MQ0=0;QD=24.87;RPA=4,3;RU=T;SB=-6.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,91:104:99:2629,258,0 chrII 167275 . CA C 1726.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.964;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=296.7997;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.66;MQ0=0;MQRankSum=1.671;QD=17.44;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.086;SB=-5.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,74:99:99:1769,166,0 chrII 167385 . C CT 2145.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=270.8527;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.54;MQ0=0;QD=27.87;RPA=3,4;RU=T;SB=-9.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,74:77:99:2188,207,0 chrII 167936 . GA G 2374.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=206.8065;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.65;MQ0=0;QD=27.30;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.143e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,82:87:99:2417,243,0 chrII 169899 . C CAGAGGATACTA 17515 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=357.2995;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.84;MQ0=0;QD=117.55;SB=-8.493e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,106:149:99:17515,397,0 chrII 169960 . CTGCAAAATTATTCTGGATT C 11013 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=365.6422;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.18;MQ0=0;QD=76.48;RPA=2,1;RU=TGCAAAATTATTCTGGATT;SB=-1.531e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:86,56:144:99:11013,181,0 chrII 171274 . C CT 1770.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.122;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=147.3585;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.060;QD=20.36;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.469;SB=-8.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,70:87:99:1813,163,0 chrII 174499 . GAAGAAA G 4510 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=184.4315;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.79;MQ0=0;QD=43.79;RPA=4,3;RU=AAGAAA;SB=-1.805e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,67:103:99:4510,193,0 chrII 174802 . T TAA 1128.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=133.3139;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.13;MQ0=0;QD=34.21;RPA=5,7;RU=A;SB=-7.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,29:33:90:1171,90,0 chrII 174880 . T TA 2569.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=704.2546;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.32;MQ0=0;QD=30.23;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,77:85:99:2612,241,0 chrII 184282 . CA C 3883 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=449.8399;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=34.67;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.203e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,111:112:99:3883,328,0 chrII 191124 . CATT C 3056.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.228;DP=78;FS=9.550;HaplotypeScore=940.8646;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.96;MQ0=0;MQRankSum=0.545;QD=39.19;ReadPosRankSum=3.871;SB=-5.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,71:78:99:3099,132,0 chrII 191128 . GTTT G 3014.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.031;DP=79;FS=3.978;HaplotypeScore=933.9132;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.830;QD=38.16;ReadPosRankSum=4.379;SB=-6.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,71:79:99:3057,138,0 chrII 191688 . GA G 2520.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=221.6240;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.41;MQ0=0;QD=22.92;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.045e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,104:110:99:2563,288,0 chrII 191762 . TG T 4367 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.323;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=803.1978;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=1.023;QD=32.35;ReadPosRankSum=0.095;SB=-1.711e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,122:135:99:4367,376,0 chrII 191777 . G GT 4719 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=668.9508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.69;MQ0=0;QD=35.22;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.657e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,119:134:99:4719,382,0 chrII 192232 . CTT C 1901.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.465;DP=83;FS=2.124;HaplotypeScore=382.6878;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.99;MQ0=0;MQRankSum=0.537;QD=22.92;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.537;SB=-9.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,55:83:99:1944,170,0 chrII 192269 . AGAT A 3346 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=315.6338;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.90;MQ0=0;QD=45.22;RPA=2,1;RU=GAT;SB=-1.481e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,64:74:99:3346,196,0 chrII 193546 . C CAAT 10885 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=214;FS=0.000;HaplotypeScore=61.3670;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.63;MQ0=0;QD=50.86;RPA=1,2;RU=AAT;SB=-4.794e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,207:214:99:10885,608,0 chrII 193715 . G GA 3193.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.994;DP=196;FS=0.000;HaplotypeScore=269.4253;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=0.628;QD=16.30;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.798;SB=-1.567e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:71,120:196:99:3236,248,0 chrII 196362 . GA G 2733.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.314;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=169.5003;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=0.284;QD=19.53;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=2.071;SB=-9.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,124:140:99:2776,297,0 chrII 197567 . AT A 1709.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=499.1096;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.24;MQ0=1;QD=22.80;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,67:74:99:1752,198,0 chrII 197596 . AT A 1096.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=676.6360;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.20;MQ0=1;QD=18.91;RPA=6,5;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,42:57:99:1139,120,0 chrII 197606 . TA T 991.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=621.2263;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.05;MQ0=0;QD=22.54;RPA=5,4;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,41:44:99:1034,115,0 chrII 197612 . TAAAAATC T 2068.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=496.8266;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.10;MQ0=0;QD=49.26;SB=-3.500e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,24:42:75:2111,75,0 chrII 197708 . TGG T 611.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=361.0150;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.36;MQ0=2;QD=19.74;SB=-2.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,13:29:44:654,44,0 chrII 197720 . A AAAG 741.16 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.273;DP=16;FS=11.761;HaplotypeScore=245.3801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.73;MQ0=1;MQRankSum=1.504;QD=46.32;ReadPosRankSum=1.042;SB=-4.201e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,13:15:2:779,0,2 chrII 197939 . A AGTGGGTGTGGGTGTGGT 1694.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=44.6927;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.14;MQ0=6;QD=77.04;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,8:10:30:1737,30,0 chrII 198429 . TA T 2259.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.383;DP=114;FS=3.649;HaplotypeScore=158.7265;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.091;QD=19.82;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.602;SB=-9.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,104:114:99:2302,257,0 chrII 198720 . CT C 2880.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=538.3252;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.57;MQ0=0;QD=26.68;RPA=4,3;RU=T;SB=-7.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,102:108:99:2923,291,0 chrII 205754 . GGAAGAAGAAGAGGAA G 9489 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.695;DP=162;FS=4.914;HaplotypeScore=153.4460;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.99;MQ0=3;MQRankSum=-0.987;QD=58.57;RPA=2,1;RU=GAAGAAGAAGAGGAA;ReadPosRankSum=-0.466;SB=-2.804e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:65,95:159:99:9489,272,0 chrII 205965 . A AGGG 3058.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=74.0967;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.37;MQ0=0;QD=35.99;RPA=7,10;RU=G;SB=-1.376e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,61:84:99:3101,198,0 chrII 207021 . GT G 1428.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.846;DP=125;FS=1.469;HaplotypeScore=258.7418;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.20;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=11.43;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.508;SB=-7.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,75:125:53:1471,53,0 chrII 211254 . TAAC T 9062 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=177;FS=0.000;HaplotypeScore=147.7556;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.04;MQ0=0;QD=51.20;SB=-3.484e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,173:177:99:9062,508,0 chrII 212391 . C CT 1657.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=78.5820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;QD=36.04;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,44:46:99:1700,132,0 chrII 212519 . T TA 352.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=27.0535;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;QD=13.07;RPA=11,12;RU=A;SB=-7.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,17:27:48:395,48,0 chrII 220817 . CTTTTTT C 5712 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=436.5768;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.51;MQ0=0;QD=70.52;RPA=9,3;RU=T;SB=-2.473e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,70:81:99:5712,226,0 chrII 220863 . TG T 3593 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=672.1981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.90;MQ0=1;QD=37.04;SB=-1.147e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,92:96:99:3593,271,0 chrII 227159 . A AT 2694.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=182.4104;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.59;MQ0=0;QD=24.72;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.123e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,98:109:99:2737,285,0 chrII 235838 . TA T 3111.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=303.9773;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.91;MQ0=0;QD=24.50;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.224e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,123:127:99:3154,336,0 chrII 236427 . TTTC T 2404.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=323.0167;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;QD=44.54;RPA=2,1;RU=TTC;SB=-2.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,51:54:99:2447,156,0 chrII 238382 . C CA 1632.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=210.1284;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.87;MQ0=0;QD=23.00;RPA=7,8;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,64:71:99:1675,180,0 chrII 238920 . AT A 3065.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=201.0046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=29.48;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.407e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,101:104:99:3108,277,0 chrII 245763 . G GAAA 2767.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=193.4605;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.50;MQ0=0;QD=31.45;RPA=9,12;RU=A;SB=-1.232e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,58:88:99:2810,190,0 chrII 246942 . CT C 3955 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=289.6938;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.93;MQ0=0;QD=32.42;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.589e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,117:122:99:3955,337,0 chrII 248758 . CT C 2381.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=160.4433;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.09;MQ0=0;QD=27.38;RPA=4,3;RU=T;SB=-7.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,83:87:99:2424,238,0 chrII 252559 . CT C 5359 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;FS=0.000;HaplotypeScore=1192.8493;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.72;MQ0=0;QD=31.90;RPA=3,2;RU=T;SB=-2.122e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,162:168:99:5359,478,0 chrII 258661 . TC T 3711 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=28.9849;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.79;MQ0=0;QD=31.72;SB=-1.367e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:117:99:3711,322,0 chrII 258993 . CATATAT C 4642 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=474.3998;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.77;MQ0=0;QD=53.36;RPA=8,5;RU=AT;SB=-2.207e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,71:87:99:4642,196,0 chrII 263144 . GC G 275.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=27.3736;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.50;MQ0=4;QD=18.40;SB=-3.897e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,9:9:24:318,24,0 chrII 263158 . CG C 746.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=151.6631;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.29;MQ0=0;QD=29.88;RPA=2,1;RU=G;SB=-3.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,22:23:63:789,63,0 chrII 263168 . CG C 1233.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=130.6395;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.10;MQ0=0;QD=30.10;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:39:99:1276,99,0 chrII 267481 . A AT 2278.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=289.2280;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;QD=22.79;RPA=8,9;RU=T;SB=-8.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,91:100:99:2321,255,0 chrII 272537 . TTCATCA T 12019 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=245;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=70.8176;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.01;MQ0=0;QD=49.06;RPA=8,6;RU=TCA;SB=-4.878e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:48,195:245:99:12019,526,0 chrII 274224 . CT C 390.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.248;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=48.7434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.936;QD=7.52;RPA=15,14;RU=T;ReadPosRankSum=-0.387;SB=-2.099e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,17:52:31:433,31,0 chrII 280616 . C CTTT 3389 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=36.0582;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.20;MQ0=0;QD=35.30;RPA=8,11;RU=T;SB=-1.472e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,78:96:99:3389,231,0 chrII 292118 . GA G 1435.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.519;DP=89;FS=3.505;HaplotypeScore=64.3932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.47;MQ0=0;MQRankSum=0.027;QD=16.13;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.933;SB=-6.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,68:89:99:1478,168,0 chrII 299551 . A AGTG 8100 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.041;DP=175;FS=26.213;HaplotypeScore=1546.2023;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.02;MQ0=0;MQRankSum=-4.108;QD=46.29;ReadPosRankSum=4.157;SB=-3.239e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:57,116:175:99:8100,382,0 chrII 299554 . GGAA G,GGAAGAGAGCGAA 15119 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=212;FS=0.000;HaplotypeScore=1267.0652;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=40.49;MQ0=0;QD=71.32;SB=-6.920e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:66,16,0:212:99:15119,14496,17298,701,0,197 chrII 301356 . TC T 2624.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=199.8188;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.52;MQ0=0;QD=34.09;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,76:76:99:2667,219,0 chrII 316693 . C CT 431.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.542;DP=40;FS=2.881;HaplotypeScore=10.5122;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=1.999;QD=10.78;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.171;SB=-2.055e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,24:40:19:473,19,0 chrII 326570 . C CT 3051.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=42.2462;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.39;MQ0=0;QD=25.02;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.413e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,109:122:99:3094,304,0 chrII 327315 . T TAA 3476 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=372.4487;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.40;MQ0=0;QD=42.91;RPA=1,3;RU=A;SB=-1.633e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,75:81:99:3476,226,0 chrII 332441 . TA T 2164.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=696.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.67;MQ0=0;QD=26.08;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.028e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,78:83:99:2207,204,0 chrII 333127 . A AC 3605 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=417.5293;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.70;MQ0=0;QD=34.01;SB=-1.301e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,96:106:99:3605,301,0 chrII 333254 . TC T 4055 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=635.3019;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.18;MQ0=0;QD=34.36;RPA=2,1;RU=C;SB=-1.845e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,116:118:99:4055,334,0 chrII 334302 . TA T 1006.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=73.8476;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.32;MQ0=0;QD=20.55;RPA=8,7;RU=A;SB=-5.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,42:49:99:1049,123,0 chrII 337246 . G GTCAGTA 9868 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=182;FS=0.000;HaplotypeScore=216.5352;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;QD=54.22;RPA=2,3;RU=TCAGTA;SB=-3.658e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,146:182:99:9868,430,0 chrII 341546 . GT G 2876.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=340.5389;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.51;MQ0=0;QD=26.64;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.346e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,107:108:99:2919,300,0 chrII 342440 . G GA 1567.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.345;DP=108;FS=1.535;HaplotypeScore=120.0826;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.815;QD=14.52;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-1.219;SB=-6.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,60:108:87:1610,87,0 chrII 344186 . GTAT G 5671 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=425.3392;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.90;MQ0=0;QD=40.22;RPA=3,2;RU=TAT;SB=-1.670e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,122:140:99:5671,355,0 chrII 344409 . AT A 2000.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=28.9365;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.74;MQ0=0;QD=24.11;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.016e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,77:83:99:2043,216,0 chrII 344499 . CTT C 2127.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=33.3065;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.83;MQ0=1;QD=29.97;RPA=9,7;RU=T;SB=-7.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,62:70:99:2170,184,0 chrII 351083 . CA C 2322.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=26.1112;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.84;MQ0=0;QD=24.98;RPA=5,4;RU=A;SB=-8.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,86:93:99:2365,246,0 chrII 363108 . CA C 3040.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=651.6196;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.78;MQ0=0;QD=30.41;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.381e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,90:100:99:3083,268,0 chrII 363123 . AAC A 3123.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=698.8999;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.47;MQ0=0;QD=35.50;SB=-1.445e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,74:88:99:3166,229,0 chrII 363508 . GA G 2799.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=479.1450;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.36;MQ0=0;QD=27.72;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.363e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,96:100:99:2842,280,0 chrII 363517 . T TAC 4165 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=352.7246;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.28;MQ0=0;QD=42.94;SB=-2.013e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,88:96:99:4165,271,0 chrII 363840 . A AC 2381.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=11.984;DP=248;DS;FS=11.423;HaplotypeScore=770.1094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.53;MQ0=0;MQRankSum=-4.919;QD=9.60;ReadPosRankSum=0.036;SB=-9.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:173,74:248:99:2421,0,5527 chrII 364024 . A AT 4866 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=207.7717;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.33;MQ0=0;QD=30.04;RPA=2,3;RU=T;SB=-2.021e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,152:162:99:4866,436,0 chrII 369788 . C CT 499.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.511;DP=93;FS=1.915;HaplotypeScore=148.9317;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.473;QD=5.37;RPA=14,15;RU=T;ReadPosRankSum=-0.473;SB=-1.734e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:67,20:93:2:538,2,0 chrII 371596 . TA T 4031 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=511.9748;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.289;QD=27.80;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=1.067;SB=-1.871e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,135:145:99:4031,371,0 chrII 372351 . TGGAAGAAGATGCAGCCTC T 11713 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=69.1019;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.59;MQ0=0;QD=46.85;RPA=2,1;RU=GGAAGAAGATGCAGCCTC;SB=-4.289e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:67,183:250:99:11713,501,0 chrII 373454 . G GTT 3885 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=379.9726;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.77;MQ0=0;QD=26.25;RPA=9,11;RU=T;SB=-1.832e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,108:148:99:3885,333,0 chrII 373847 . TG T 3869 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.009;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=384.9358;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.08;MQ0=0;MQRankSum=0.618;QD=31.98;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=1.491;SB=-1.760e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,109:121:99:3869,339,0 chrII 376157 . G GA 4152 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.319;DP=172;FS=9.427;HaplotypeScore=761.8313;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.79;MQ0=0;MQRankSum=1.204;QD=24.14;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=1.155;SB=-1.377e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,145:172:99:4152,411,0 chrII 376499 . A AT 2464.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=35.3306;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.76;MQ0=0;QD=30.06;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.063e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,80:82:99:2507,228,0 chrII 378442 . CT C 4059 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;FS=0.000;HaplotypeScore=100.5151;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.21;MQ0=0;QD=24.90;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.360e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,154:163:99:4059,427,0 chrII 380135 . TA T 2751.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.133;DP=141;FS=3.123;HaplotypeScore=41.3683;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.755;QD=19.52;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.288;SB=-1.330e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,126:141:99:2794,323,0 chrII 380871 . A AAAC 7289 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=171;FS=0.000;HaplotypeScore=279.6260;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=42.63;RPA=1,2;RU=AAC;SB=-2.915e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,147:171:99:7289,427,0 chrII 381376 . AG A 4912 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=189;FS=0.000;HaplotypeScore=228.7166;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.43;MQ0=0;QD=25.99;RPA=7,6;RU=G;SB=-1.257e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,175:189:99:4912,502,0 chrII 381543 . CGTGT C 4414 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.318;DP=191;FS=8.150;HaplotypeScore=2461.9614;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.81;MQ0=0;MQRankSum=-3.737;QD=23.11;RPA=3,1;RU=GT;ReadPosRankSum=9.549;SB=-2.037e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,110:185:99:4414,0,2183 chrII 381550 . ACCCCTAACTCCGTG A 15645 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.359;DP=174;FS=3.958;HaplotypeScore=1285.8320;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.39;MQ0=0;MQRankSum=-2.961;QD=89.91;ReadPosRankSum=10.238;SB=-7.085e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,109:170:99:15645,0,1750 chrII 382925 . T TG 3065.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=439.7105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;QD=30.36;RPA=2,3;RU=G;SB=-1.338e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,91:101:99:3108,268,0 chrII 383052 . TA T 1428.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.686;DP=111;FS=2.065;HaplotypeScore=104.9884;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.483;QD=12.87;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.238;SB=-6.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,62:111:99:1471,132,0 chrII 383176 . C CG 3087.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=130.2942;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=30.88;RPA=2,3;RU=G;SB=-1.419e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,84:100:99:3130,265,0 chrII 386013 . TA T 2824.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=44.1375;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.21;MQ0=0;QD=29.43;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.296e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,93:96:99:2867,256,0 chrII 389425 . TC T 725.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.016;DP=33;FS=5.082;HaplotypeScore=412.2924;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.83;MQ0=1;MQRankSum=1.016;QD=22.00;ReadPosRankSum=1.614;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,28:32:70:768,70,0 chrII 389429 . CG C 705.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=396.6448;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.42;MQ0=1;QD=23.53;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,28:29:85:748,85,0 chrII 389457 . A AT 599.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=309.2829;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.84;MQ0=0;QD=30.00;RPA=2,3;RU=T;SB=-2.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60:642,60,0 chrII 389487 . A ATCG 1466.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=253.0502;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.06;MQ0=0;QD=52.39;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,26:28:81:1509,81,0 chrII 391492 . GA G 3476 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=249.6454;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.85;MQ0=0;QD=22.28;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.567e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,139:156:99:3476,413,0 chrII 392336 . C CT 2364.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.419;DP=138;FS=1.889;HaplotypeScore=58.1539;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.501;QD=17.14;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.222;SB=-9.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,87:138:99:2407,214,0 chrII 392511 . C CAA,CA 2115.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.692;DP=132;FS=3.352;HaplotypeScore=260.0088;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.10;MQ0=0;MQRankSum=0.476;QD=16.03;RPA=10,12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.121;SB=-9.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:50,8,71:132:99:2194,612,494,364,0,156 chrII 392897 . CT C 1057.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.778;DP=150;FS=3.162;HaplotypeScore=647.4659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.43;MQ0=0;MQRankSum=-3.751;QD=7.05;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=1.461;SB=-5.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,55:149:99:1097,0,2797 chrII 392901 . T TGCA 2203.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.178;DP=149;FS=2.186;HaplotypeScore=568.9788;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.72;MQ0=0;MQRankSum=-3.125;QD=14.79;ReadPosRankSum=0.888;SB=-9.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,46:148:99:2243,0,4566 chrII 393339 . CGA C 4384 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=94.8368;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.49;MQ0=0;QD=41.36;SB=-1.659e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:106:99:4384,298,0 chrII 395368 . A AT 2660.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=195.7784;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;QD=24.87;RPA=4,5;RU=T;SB=-7.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,99:107:99:2703,265,0 chrII 405812 . TG T 1815.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=498.8188;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.41;MQ0=0;QD=28.37;RPA=2,1;RU=G;SB=-7.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,57:63:99:1858,159,0 chrII 406430 . GA G 1058.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.466;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=26.7328;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.75;MQ0=0;MQRankSum=1.532;QD=15.57;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.532;SB=-1.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,47:68:99:1101,141,0 chrII 407545 . T TA 4458 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=1456.7875;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.32;MQ0=0;QD=30.74;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.683e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,135:145:99:4458,418,0 chrII 407561 . GAA G 5179 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=1567.7818;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.00;MQ0=0;QD=37.53;SB=-2.585e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,118:138:99:5179,358,0 chrII 414951 . G GA 5204 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=178.3059;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.54;MQ0=0;QD=37.99;SB=-2.385e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,131:137:99:5204,391,0 chrII 415720 . TA T 2832.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=462.1708;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.33;MQ0=0;QD=28.05;RPA=2,1;RU=A;SB=-6.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,93:101:99:2875,272,0 chrII 417214 . TCC T 4094 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=226.1809;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.21;MQ0=0;QD=35.91;RPA=7,5;RU=C;SB=-1.703e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,105:114:99:4094,310,0 chrII 418760 . ACT A 3554 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=19.3632;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.73;MQ0=0;QD=40.85;RPA=2,1;RU=CT;SB=-9.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,86:87:99:3554,259,0 chrII 419386 . CA C 3955 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=40.3001;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=28.05;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.731e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,133:141:99:3955,409,0 chrII 420194 . CT C 2099.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=30.0935;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.71;MQ0=0;QD=20.39;RPA=8,7;RU=T;SB=-5.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,92:103:99:2142,252,0 chrII 420372 . T TGTAGTAGTAGTA 9778 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;FS=0.000;HaplotypeScore=326.9666;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.97;MQ0=0;QD=58.20;RPA=7,11;RU=GTA;SB=-4.882e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:84,80:168:99:9778,253,0 chrII 423387 . G GGAA 3172.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=207.6920;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.55;MQ0=0;QD=40.16;SB=-1.335e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,32:79:99:3215,207,0 chrII 423438 . GA G 1496.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=201.4735;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.57;MQ0=0;QD=22.01;RPA=9,8;RU=A;SB=-4.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,63:68:99:1539,183,0 chrII 424938 . GT G 227.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=45.2875;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.97;MQ0=0;QD=12.66;RPA=10,9;RU=T;SB=-4.899e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,14:18:33:270,33,0 chrII 427659 . GTATT G 1541.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=27.2374;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.38;MQ0=0;QD=36.71;RPA=2,1;RU=TATT;SB=-5.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,36:41:90:1584,90,0 chrII 444706 . GT G 3083.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=53.2533;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=19.27;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.417e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,134:160:99:3126,372,0 chrII 452274 . G GAAA 1792.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.880;DP=85;FS=8.438;HaplotypeScore=194.2764;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.023;QD=21.09;RPA=10,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.500;SB=-6.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:49,27:85:99:1835,137,0 chrII 452394 . G GAAGA 3702 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=326.7747;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.40;MQ0=0;QD=46.28;RPA=1,2;RU=AAGA;SB=-1.835e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,66:80:99:3702,193,0 chrII 452435 . CT C 588.94 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.433;DP=87;FS=8.045;HaplotypeScore=484.5698;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.89;MQ0=0;MQRankSum=0.349;QD=6.77;RPA=16,15;RU=T;ReadPosRankSum=2.776;SB=-3.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,33:87:3:627,0,3 chrII 453451 . A ATTT 5089 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=452.4285;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.60;MQ0=0;QD=51.93;RPA=1,4;RU=T;SB=-1.796e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,92:98:99:5089,283,0 chrII 453454 . TA T 2948.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=672.6616;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.01;MQ0=0;QD=29.20;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.221e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,94:101:99:2991,283,0 chrII 453657 . TG T 4320 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=217.6219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.72;MQ0=0;QD=29.59;RPA=4,3;RU=G;SB=-1.630e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,134:146:99:4320,394,0 chrII 454635 . A ATT 3011.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.540;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=287.5637;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.64;MQ0=0;MQRankSum=0.764;QD=24.89;RPA=9,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.987;SB=-1.108e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,88:121:99:3054,233,0 chrII 455247 . ACAACAGCAGCTGCAACAAGGTGTAATGCCACAG A 3066.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;FS=0.000;HaplotypeScore=311.8297;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.16;MQ0=0;QD=18.26;SB=-1.238e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:65,101:168:99:3109,284,0 chrII 455659 . G GCACAACCACATC 22542 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=223;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=76.3072;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.47;MQ0=0;QD=101.09;SB=-1.051e+04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,174:223:99:22542,551,0 chrII 456732 . A AT 2020.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.213;DP=198;FS=8.407;HaplotypeScore=1984.3199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.20;MQ0=0;MQRankSum=2.194;QD=10.21;ReadPosRankSum=7.036;SB=-9.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,117:198:99:2060,0,248 chrII 456733 . C CGCAAT 7249 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-5.530;DP=191;FS=4.128;HaplotypeScore=1422.6521;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.40;MQ0=0;MQRankSum=2.229;QD=37.95;ReadPosRankSum=6.482;SB=-3.480e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:72,117:191:69:7249,69,0 chrII 460243 . CT C 2886.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.096;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=1346.4372;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.14;MQ0=0;MQRankSum=1.283;QD=22.04;RPA=6,5;RU=T;ReadPosRankSum=1.443;SB=-1.440e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,109:131:99:2929,313,0 chrII 460259 . T TATTTGTTGGTTCTAA 14784 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=847.8731;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.80;MQ0=0;QD=128.56;SB=-6.281e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:64,51:115:99:14784,292,0 chrII 460271 . T TC 4599 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=1114.1070;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.42;MQ0=0;QD=37.70;SB=-1.320e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,121:122:99:4599,355,0 chrII 460752 . G GA 5036 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=413.5966;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.76;MQ0=0;QD=32.08;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.705e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,139:157:99:5036,450,0 chrII 460889 . G GT 5091 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=196;FS=0.000;HaplotypeScore=428.9449;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.22;MQ0=0;QD=25.97;RPA=6,7;RU=T;SB=-2.240e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,181:196:99:5091,535,0 chrII 464061 . T TTGCTGC 4930 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.644;DP=250;DS;FS=37.154;HaplotypeScore=811.7906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.37;MQ0=0;MQRankSum=4.331;QD=19.72;ReadPosRankSum=-1.711;SB=-1.093e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:133,97:250:99:4930,0,4191 chrII 466942 . G GA 3171.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=372.5907;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.81;MQ0=0;QD=25.38;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.477e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,112:125:99:3214,336,0 chrII 467073 . CT C 3319 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;FS=0.000;HaplotypeScore=80.5870;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.39;MQ0=0;QD=20.36;RPA=10,9;RU=T;SB=-1.527e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,144:163:99:3319,409,0 chrII 474227 . GT G 4542 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=294.7439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.60;MQ0=0;QD=36.34;SB=-2.245e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,124:125:99:4542,358,0 chrII 474313 . CAT C 4304 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=459.5063;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.08;MQ0=0;QD=31.19;RPA=6,5;RU=AT;SB=-1.303e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,114:138:99:4304,352,0 chrII 477019 . T TA 4739 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=168.1575;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.11;MQ0=0;QD=34.59;SB=-2.243e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,136:137:99:4739,364,0 chrII 477089 . GTATATATATA G 7757 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=131.0037;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.48;MQ0=0;QD=85.24;RPA=10,5;RU=TA;SB=-2.428e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,60:91:99:7757,208,0 chrII 477508 . A AT 1203.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.166;DP=84;FS=2.094;HaplotypeScore=32.3976;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.22;MQ0=0;MQRankSum=0.558;QD=14.33;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.643;SB=-5.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,60:84:94:1246,94,0 chrII 479153 . AG A 1946.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=129.7709;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.52;MQ0=0;QD=26.67;RPA=7,6;RU=G;SB=-1.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1989,207,0 chrII 479272 . CAA C 928.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=365.7940;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.16;MQ0=0;QD=18.94;RPA=14,12;RU=A;SB=-1.452e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,29:48:97:970,97,0 chrII 486949 . C CTCATATTCATAT 4206 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=60.0713;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.24;MQ0=0;QD=87.63;RPA=3,5;RU=TCATAT;SB=-6.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,42:48:99:4206,102,0 chrII 487046 . AGT A 147.61 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.367;DP=24;FS=4.771;HaplotypeScore=66.0325;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.977;QD=6.15;ReadPosRankSum=-2.793;SB=0.814 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,6:24:5:186,0,5 chrII 487048 . T TAAA 438.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=48.1111;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.48;MQ0=0;QD=19.09;RPA=11,14;RU=A;SB=-1.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,6:23:39:481,39,0 chrII 488455 . GA G 4368 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=33.7738;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.39;MQ0=0;QD=36.40;SB=-1.992e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,119:120:99:4368,349,0 chrII 490686 . A AGGGGCCTTCCGTCCACGGCAC 32767 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=194;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=196.2382;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.07;MQ0=0;QD=168.90;SB=-9.838e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,82:194:99:32767,515,0 chrII 492950 . G GAA 740.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.735;DP=124;FS=1.857;HaplotypeScore=164.3237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.664;QD=5.98;RPA=19,21;RU=A;ReadPosRankSum=-0.660;SB=-3.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,12:123:99:780,0,473 chrII 501524 . C CAA 5834 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1352.7153;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.67;MQ0=0;QD=37.40;RPA=1,3;RU=A;SB=-2.873e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,136:156:99:5834,430,0 chrII 504500 . A AG 2725.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=45.4662;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=33.24;SB=-9.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,81:82:99:2768,225,0 chrII 505510 . TCC T 2717.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=38.8873;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.19;MQ0=0;QD=38.83;RPA=3,1;RU=C;SB=-5.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2760,196,0 chrII 515338 . C CTTT 5731 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=458.2381;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.81;MQ0=0;QD=40.65;RPA=3,6;RU=T;SB=-1.941e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,106:141:99:5731,346,0 chrII 526700 . AG A 2685.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=411.7006;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.49;MQ0=0;QD=27.13;RPA=3,2;RU=G;SB=-9.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,86:99:99:2728,238,0 chrII 528729 . GTGAGGATGTGGA G 8469 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=253.3961;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.84;MQ0=0;QD=69.42;RPA=2,1;RU=TGAGGATGTGGA;SB=-2.931e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:55,67:122:99:8469,196,0 chrII 530863 . A AT 2215.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=24.9796;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.62;MQ0=0;QD=28.05;RPA=3,4;RU=T;SB=-9.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,76:79:99:2258,213,0 chrII 532411 . GA G 3463 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=291.2174;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.48;MQ0=0;QD=27.05;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.688e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,124:128:99:3463,358,0 chrII 533149 . G GA 2371.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.140;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=493.3999;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.42;MQ0=0;MQRankSum=1.185;QD=28.93;ReadPosRankSum=0.912;SB=-1.087e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,76:82:99:2414,222,0 chrII 535220 . TAA T 4920 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=454.2649;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.71;MQ0=0;QD=41.69;RPA=4,2;RU=A;SB=-2.308e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,112:118:99:4920,337,0 chrII 539767 . T TA 1355.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=121.4420;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.73;MQ0=0;QD=26.08;RPA=5,6;RU=A;SB=-3.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,46:52:99:1398,135,0 chrII 541028 . G GACTTTATTTTC 6718 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=291.3735;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.32;MQ0=0;QD=55.07;RPA=1,2;RU=ACTTTATTTTC;SB=-2.472e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:67,52:122:99:6718,166,0 chrII 541062 . A ATCT 4212 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=1328.8518;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.45;MQ0=0;QD=40.50;RPA=1,2;RU=TCT;SB=-2.094e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,82:104:99:4212,247,0 chrII 541068 . TC T 3534 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=1334.7077;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.65;MQ0=0;QD=36.06;SB=-1.733e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:3534,295,0 chrII 541551 . ACTGTTACTGTAGTTATTG A 7539 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=1095.0859;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=106.18;SB=-4.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:71:99:7539,117,0 chrII 546130 . CT C 2735.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=607.7415;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.10;MQ0=0;QD=31.09;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.217e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,83:88:99:2778,247,0 chrII 549616 . TG T 3760 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.990;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=287.9154;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.43;MQ0=0;MQRankSum=0.433;QD=27.85;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=1.083;SB=-1.422e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,128:135:99:3760,333,0 chrII 553512 . G GA 1266.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.948;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=35.5413;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.06;MQ0=0;MQRankSum=0.294;QD=18.10;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.817;SB=-4.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,56:70:99:1309,135,0 chrII 555345 . C CT 2769.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=148.6027;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.09;MQ0=0;QD=32.98;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.275e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,83:84:99:2812,229,0 chrII 555566 . CT C 5497 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=1128.5100;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.18;MQ0=0;QD=36.16;SB=-2.131e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,145:152:99:5497,430,0 chrII 555666 . T TC 5278 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=402.9056;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.29;MQ0=0;QD=33.83;RPA=1,2;RU=C;SB=-2.326e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,141:156:99:5278,430,0 chrII 556210 . GAT G 2945.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=384.9306;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.27;MQ0=0;QD=29.46;RPA=7,6;RU=AT;SB=-9.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,82:100:99:2988,250,0 chrII 558567 . T TC 4722 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=671.8999;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.22;MQ0=0;QD=35.24;SB=-1.801e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,123:134:99:4722,367,0 chrII 560006 . G GA 2399.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=292.9559;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.50;MQ0=0;QD=25.26;RPA=6,7;RU=A;SB=-5.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,87:95:99:2442,255,0 chrII 563134 . G GA 1236.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.927;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=248.7271;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.452;QD=21.70;ReadPosRankSum=1.261;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,49:57:99:1279,134,0 chrII 564751 . AT A 67.48 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=65.90;MQ0=0;QD=9.64;RPA=2,1;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:12:109,12,0 chrII 567851 . C CT 2741.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.801;DP=130;FS=5.226;HaplotypeScore=38.9432;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=0.786;QD=21.09;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.939;SB=-1.039e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,101:130:99:2784,244,0 chrII 572201 . CA C 3924 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=48.3525;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.21;MQ0=0;QD=31.90;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.804e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,122:123:99:3924,343,0 chrII 576030 . TAAAA T 3022.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=424.1227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.75;MQ0=0;QD=30.23;RPA=16,12;RU=A;SB=-1.155e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,56:100:99:3065,195,0 chrII 581631 . AGT A 3800 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=280.8018;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.51;MQ0=0;QD=39.18;RPA=2,1;RU=GT;SB=-1.498e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,92:97:99:3800,265,0 chrII 583485 . AT A 871.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=569.1780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.66;MQ0=0;QD=17.10;RPA=11,10;RU=T;SB=-1.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,40:51:99:914,117,0 chrII 583527 . GTAAGATATCCTAAAAAACTAC G 11149 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=333.4825;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.63;MQ0=0;QD=182.77;SB=-1.640e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,51:61:99:11149,157,0 chrII 586331 . TA T 951.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.161;DP=68;FS=3.104;HaplotypeScore=158.8922;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=0.645;QD=14.00;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.728;SB=-4.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,47:68:91:994,91,0 chrII 586459 . G GA 1461.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.778;DP=77;FS=8.698;HaplotypeScore=130.2581;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.024;QD=18.99;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.024;SB=-7.119e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,55:77:99:1504,99,0 chrII 591557 . CAAGAAAT C 1771.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=11.4826;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.88;MQ0=0;QD=88.60;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:20:57:1814,57,0 chrII 592749 . AT A 4607 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=472.1259;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.69;MQ0=0;QD=31.99;RPA=3,2;RU=T;SB=-2.124e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,138:144:99:4607,403,0 chrII 593045 . G GA 1956.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.013;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=238.2836;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.04;MQ0=0;MQRankSum=0.064;QD=19.97;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.372;SB=-1.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,74:98:99:1999,166,0 chrII 595518 . T TA 3724 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=610.8998;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.52;MQ0=0;QD=37.24;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.711e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:3724,295,0 chrII 597167 . T TA 907.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=94.6955;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=25.22;RPA=2,3;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:99:950,102,0 chrII 603601 . CT C 2183.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.920;DP=114;FS=3.017;HaplotypeScore=271.3475;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.646;QD=19.16;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.609;SB=-1.056e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,101:114:99:2226,230,0 chrII 604851 . TA T 4441 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=36.1436;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.54;MQ0=0;QD=37.01;SB=-1.507e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,119:120:99:4441,346,0 chrII 605943 . AC A 6289 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=200;FS=0.000;HaplotypeScore=980.3564;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.37;MQ0=0;QD=31.45;RPA=3,2;RU=C;SB=-1.991e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,191:200:99:6289,556,0 chrII 607642 . GGA G 6024 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=609.0226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.81;MQ0=0;QD=40.43;RPA=2,1;RU=GA;SB=-2.707e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,144:149:99:6024,412,0 chrII 614429 . GTT G 8083 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=197;FS=0.000;HaplotypeScore=836.3214;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.20;MQ0=0;QD=41.03;RPA=4,2;RU=T;SB=-3.841e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,177:197:99:8083,551,0 chrII 615984 . GA G 3516 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.947;DP=171;FS=3.979;HaplotypeScore=356.6522;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=0.092;QD=20.56;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.878;SB=-1.333e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,142:171:99:3516,420,0 chrII 618809 . T TA 5219 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=597.8718;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.60;MQ0=0;QD=34.11;RPA=1,2;RU=A;SB=-2.606e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,144:153:99:5219,427,0 chrII 628361 . C CT 1901.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=173.8987;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;QD=23.77;RPA=7,8;RU=T;SB=-3.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,72:80:99:1944,213,0 chrII 628558 . GTT G 1039.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.247;DP=85;FS=5.558;HaplotypeScore=53.5491;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=0.377;QD=12.23;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.312;SB=-4.569e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,33:85:64:1082,64,0 chrII 628663 . GC G 3148.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=237.6398;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.01;MQ0=0;QD=30.87;RPA=4,3;RU=C;SB=-1.337e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,100:102:99:3191,292,0 chrII 628886 . C CA 329.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=47.6601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.34;MQ0=0;QD=14.35;RPA=5,6;RU=A;SB=-3.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,18:23:39:372,39,0 chrII 642993 . CAA C 3188.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.196;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=826.4744;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.125;QD=24.72;RPA=11,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.054;SB=-1.174e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,100:129:99:3231,287,0 chrII 643272 . T TC 4687 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=49.6143;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.44;MQ0=0;QD=34.21;RPA=2,3;RU=C;SB=-1.425e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,134:137:99:4687,397,0 chrII 643491 . T TTATG 2909.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=1295.8495;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.98;MQ0=0;QD=44.77;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:65:99:2952,169,0 chrII 644106 . TAGCGTTTTGCTACTAACAA T 9950 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=123.7036;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.86;MQ0=0;QD=160.48;SB=-2.936e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,59:62:99:9950,169,0 chrII 645989 . AG A 1269.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=16.8131;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.82;MQ0=0;QD=24.42;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,50:52:99:1312,120,0 chrII 646091 . CATATATACATATATACATACATATATAT C 880.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0541;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.58;MQ0=0;QD=46.37;SB=-2.969e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,13:19:24:923,24,0 chrII 647590 . AT A 1719.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.470;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=47.5092;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.585;QD=17.20;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=2.071;SB=-6.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,72:100:99:1762,180,0 chrII 649337 . TCAGCAG T 11337 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=224;FS=0.000;HaplotypeScore=70.0379;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.94;MQ0=0;QD=50.61;RPA=9,7;RU=CAG;SB=-4.468e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,178:224:99:11337,490,0 chrII 650247 . GACAC G 1921.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=31.0886;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;QD=36.26;RPA=7,5;RU=AC;SB=-5.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,37:53:99:1964,114,0 chrII 653039 . C CAA 1866.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.083;DP=102;FS=5.206;HaplotypeScore=201.3034;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.79;MQ0=0;MQRankSum=1.462;QD=18.30;RPA=11,13;RU=A;ReadPosRankSum=-1.516;SB=-5.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,50:102:99:1909,150,0 chrII 653233 . AT A 2179.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=319.8951;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.24;MQ0=0;QD=26.26;RPA=2,1;RU=T;SB=-9.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,81:83:99:2222,225,0 chrII 655555 . G GAA 3602 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=141.2121;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.32;MQ0=0;QD=38.73;RPA=3,5;RU=A;SB=-1.707e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,87:93:99:3602,262,0 chrII 662564 . T TA 1687.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.902;DP=109;FS=5.841;HaplotypeScore=163.0755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.296;QD=15.49;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.141;SB=-7.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,69:109:99:1730,143,0 chrII 662601 . GA G 1638.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=182.9112;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.85;MQ0=0;QD=20.23;RPA=10,9;RU=A;SB=-6.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,68:81:99:1681,206,0 chrII 673346 . A AT 1126.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.258;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=295.3804;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.332;QD=17.89;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.774;SB=-2.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,52:63:99:1169,116,0 chrII 679522 . G GA 1484.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=87.5573;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.67;MQ0=0;QD=29.12;RPA=3,4;RU=A;SB=-2.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,50:51:99:1527,144,0 chrII 680339 . TAA T 4388 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=204;FS=0.000;HaplotypeScore=953.9808;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.30;MQ0=0;QD=21.51;RPA=13,11;RU=A;SB=-2.170e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:59,136:203:99:4388,414,0 chrII 681870 . T TA 1494.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.212;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=36.3910;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.665;QD=15.90;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.821;SB=-4.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,60:94:99:1537,108,0 chrII 681991 . C CAA 1101.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.985;DP=74;FS=3.108;HaplotypeScore=113.2718;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.71;MQ0=0;MQRankSum=0.480;QD=14.88;RPA=13,15;RU=A;ReadPosRankSum=0.834;SB=-5.322e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:48,16:73:70:1143,70,0 chrII 682041 . GT G 1652.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=54.2545;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.71;MQ0=0;QD=21.75;RPA=8,7;RU=T;SB=-5.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,72:76:99:1695,198,0 chrII 684840 . A AT 544.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.249;DP=56;FS=2.440;HaplotypeScore=170.8299;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.40;MQ0=0;MQRankSum=1.249;QD=9.72;RPA=14,15;RU=T;ReadPosRankSum=-2.758;SB=-1.261e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,20:56:18:586,18,0 chrII 685360 . GA G 2164.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=156.8970;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.50;MQ0=0;QD=20.23;RPA=7,6;RU=A;SB=-4.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,90:107:99:2207,249,0 chrII 694777 . T TA 327.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=32.6579;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.24;MQ0=0;QD=17.26;RPA=9,10;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,15:19:42:370,42,0 chrII 698052 . CA C 2170.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=122.6985;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;QD=19.92;RPA=7,6;RU=A;SB=-8.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,86:109:99:2213,255,0 chrII 698075 . GA G 645.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.305;DP=105;FS=1.243;HaplotypeScore=330.4277;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.449;QD=6.15;RPA=17,16;RU=A;ReadPosRankSum=0.825;SB=-2.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,32:105:99:685,0,101 chrII 698343 . GA G 2875.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=33.9206;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;QD=19.97;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.270e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,124:144:99:2918,350,0 chrII 704438 . T TA 350.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.222;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=47.7542;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.436;QD=9.22;RPA=14,15;RU=A;ReadPosRankSum=-0.175;SB=-1.064e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,20:38:4:390,4,0 chrII 723663 . CAA C,CA 933.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.076;DP=108;FS=3.998;HaplotypeScore=55.0481;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=0.847;QD=8.65;RPA=15,13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-1.122;SB=-2.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:46,11,0:108:72:1012,755,1079,174,0,72 chrII 734729 . CT C 4127 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;FS=0.000;HaplotypeScore=217.0627;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.65;MQ0=0;QD=24.86;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.896e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,155:166:99:4127,433,0 chrII 744718 . GT G 1319.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=67.7036;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.02;MQ0=0;QD=16.30;RPA=11,10;RU=T;SB=-5.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,65:81:99:1362,171,0 chrII 746362 . CATCTGCA C 9749 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=40.1322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;QD=69.14;RPA=2,1;RU=ATCTGCA;SB=-4.446e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,117:140:99:9749,349,0 chrII 747841 . GT G 2567.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=20.7528;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.33;MQ0=0;QD=28.22;RPA=2,1;RU=T;SB=-2.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,88:91:99:2610,220,0 chrII 751216 . CA C 1005.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=141.7230;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.99;MQ0=0;QD=15.48;RPA=15,14;RU=A;SB=-4.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,47:65:99:1048,135,0 chrII 757162 . AAT A 1943.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=36.7054;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;QD=22.09;RPA=8,7;RU=AT;SB=-9.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,59:87:99:1986,168,0 chrII 768017 . CG C 3212.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=303.4647;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.15;MQ0=0;QD=30.89;RPA=3,2;RU=G;SB=-1.481e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,97:104:99:3255,289,0 chrII 768073 . A AT 2724.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=207.3682;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.46;MQ0=0;QD=25.71;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.115e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,89:106:99:2767,276,0 chrII 768183 . TA T 2426.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=831.7870;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.88;MQ0=0;QD=22.06;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.121e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,96:110:99:2469,279,0 chrII 773703 . C CAA,CA 2012.95 filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.241;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=119.2018;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.592;QD=17.97;RPA=10,12,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.548;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:59,35,10:111:62:2091,258,62,1266,0,1096 chrII 774669 . CAAA CA,C 1505.46 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.659;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=47.8410;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.69;MQ0=0;MQRankSum=0.848;QD=18.14;RPA=16,14,13;RU=A;ReadPosRankSum=1.659;SB=-1.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:44,0,29:83:45:1583,814,702,128,0,45 chrII 780380 . ACAG A 5814 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.288;DP=220;DS;FS=1.398;HaplotypeScore=1879.1509;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.34;MQ0=0;MQRankSum=0.261;QD=26.43;ReadPosRankSum=2.019;SB=-1.676e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,174:219:99:5814,295,0 chrII 785355 . C CT 3395 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.214;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=273.7797;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.85;MQ0=0;MQRankSum=0.832;QD=22.79;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.105;SB=-1.681e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,123:149:99:3395,355,0 chrII 785659 . G GA 4805 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=45.2105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.75;MQ0=0;QD=31.20;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.995e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,148:154:99:4805,427,0 chrII 789108 . G GAA 2575.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=18.1650;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.79;MQ0=1;QD=32.61;RPA=5,7;RU=A;SB=-1.051e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,71:78:99:2618,202,0 chrII 802300 . TAA T,TA 2456.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=371.6904;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.80;MQ0=1;QD=18.20;RPA=10,8,9;RU=A;SB=-1.052e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:41,52,0:134:99:2535,932,918,1282,0,1027 chrII 803950 . C CAA 4255 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=12.981;DP=236;FS=1.022;HaplotypeScore=3804.8338;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.87;MQ0=0;MQRankSum=-12.983;QD=18.03;ReadPosRankSum=1.645;SB=-2.110e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:115,90:236:99:4255,0,4784 chrII 803954 . GTA G 3104.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=12.204;DP=205;FS=3.191;HaplotypeScore=3378.7176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.87;MQ0=0;MQRankSum=-12.206;QD=15.15;ReadPosRankSum=5.075;SB=-1.542e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:114,90:205:99:3144,0,4899 chrII 808334 . C CA 1258.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=21.0503;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.35;RPA=8,9;RU=A;SB=-3.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,47:82:99:1301,144,0 chrII 809667 . TA T 1107.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.128;DP=124;FS=1.504;HaplotypeScore=149.7593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.73;MQ0=1;MQRankSum=1.469;QD=8.94;RPA=6,5;RU=A;ReadPosRankSum=0.187;SB=-5.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,60:123:99:1147,0,1379 chrIII 354 . ACCCAC A 836.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.841;DP=221;DS;FS=70.749;HaplotypeScore=2601.3165;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.90;MQ0=13;MQRankSum=1.369;QD=3.79;ReadPosRankSum=3.542;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:159,28:168:99:876,0,2549 chrIII 399 . AT A 2292.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.134;DP=197;DS;FS=43.882;HaplotypeScore=3368.8052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.64;MQ0=3;MQRankSum=3.991;QD=11.64;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=3.574;SB=-1.156e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:107,84:159:99:2332,0,1174 chrIII 512 . AC A 1147.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.367;DP=250;DS;FS=82.815;HaplotypeScore=1395.6457;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.37;MQ0=3;MQRankSum=0.287;QD=4.59;RPA=3,2;RU=C;ReadPosRankSum=1.096;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:176,74:205:99:1187,0,3699 chrIII 567 . C CCT 1589.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.059;DP=220;DS;FS=89.610;HaplotypeScore=1464.9637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.006;QD=7.23;ReadPosRankSum=2.384;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:165,49:176:99:1629,0,4482 chrIII 569 . C CCA 1687.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.559;DP=216;DS;FS=59.844;HaplotypeScore=1455.1359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.083;QD=7.81;ReadPosRankSum=3.872;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:162,50:171:99:1727,0,4479 chrIII 678 . A AT 526.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.892;DP=250;DS;FS=145.504;HaplotypeScore=2040.0423;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.46;MQ0=15;MQRankSum=0.966;QD=2.11;ReadPosRankSum=2.584;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:198,48:170:99:566,0,3611 chrIII 681 . C CA 292.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.902;DP=250;DS;FS=142.681;HaplotypeScore=2055.7965;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.77;MQ0=14;MQRankSum=0.149;QD=1.17;ReadPosRankSum=2.959;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:200,48:178:99:332,0,3981 chrIII 1068 . AC A 2226.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.359;DP=185;FS=201.394;HaplotypeScore=1934.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.09;MQ0=9;MQRankSum=-5.152;QD=12.04;ReadPosRankSum=-0.245;SB=-3.011e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:110,66:137:99:2266,0,999 chrIII 1074 . C CA 1926.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.700;DP=170;FS=135.712;HaplotypeScore=1971.7420;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.07;MQ0=8;MQRankSum=-3.393;QD=11.34;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=-0.393;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,68:125:99:1966,0,1274 chrIII 1102 . G GA 1901.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.232;DP=115;FS=58.414;HaplotypeScore=1769.4588;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.84;MQ0=7;MQRankSum=1.095;QD=16.54;ReadPosRankSum=4.056;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,61:82:99:1941,0,448 chrIII 4065 . TG T 3784 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=38.4612;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.36;MQ0=0;QD=25.57;RPA=6,5;RU=G;SB=-1.529e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,137:148:99:3784,391,0 chrIII 8352 . C CTT 240.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=55.1475;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.58;MQ0=5;QD=12.68;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,11:14:36:283,36,0 chrIII 8575 . CAAA C 988.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=289.6100;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.76;MQ0=7;QD=17.05;RPA=20,17;RU=A;SB=-4.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,33:44:75:1031,75,0 chrIII 8971 . AG A 5472 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;FS=0.000;HaplotypeScore=331.5972;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.09;MQ0=3;QD=32.96;SB=-2.333e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,161:148:99:5472,430,0 chrIII 9181 . A AT 285 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.868;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=68.4734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.35;MQ0=1;MQRankSum=-0.434;QD=6.63;RPA=15,16;RU=T;ReadPosRankSum=-0.651;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,14:32:23:327,23,0 chrIII 23991 . A AT 256.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=13.5161;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.12;MQ0=0;QD=6.76;RPA=11,12;RU=T;SB=-1.109e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,15:38:33:299,33,0 chrIII 50551 . AAC A 1200.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.126;DP=43;FS=14.667;HaplotypeScore=307.7028;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.47;MQ0=0;MQRankSum=0.375;QD=27.93;ReadPosRankSum=1.176;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,20:43:95:1243,95,0 chrIII 50587 . G GA 1063.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.464;DP=67;FS=1.856;HaplotypeScore=340.9679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.40;MQ0=0;MQRankSum=0.781;QD=15.88;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=2.185;SB=-4.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,42:67:54:1106,54,0 chrIII 50669 . G GC 2268.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=312.9202;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.21;MQ0=0;QD=25.49;RPA=5,6;RU=C;SB=-6.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,81:89:99:2311,252,0 chrIII 52350 . A ATT 3071.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=43.0884;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.57;MQ0=0;QD=30.12;RPA=7,9;RU=T;SB=-1.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,77:102:99:3114,244,0 chrIII 54924 . CA C 792.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.405;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=27.5428;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.882;QD=12.79;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.215;SB=-3.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,37:62:52:835,52,0 chrIII 55695 . GATGCTA G 12534 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;FS=0.000;HaplotypeScore=385.3693;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.81;MQ0=0;QD=75.51;SB=-3.535e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,157:166:99:12534,464,0 chrIII 57236 . AAAC A 118.42 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=19.6365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.97;MQ0=0;MQRankSum=0.751;QD=13.16;ReadPosRankSum=-0.751;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:9:1:156,0,1 chrIII 71752 . CT C 3619 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=36.7486;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.45;MQ0=0;QD=24.62;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.808e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,136:147:99:3619,381,0 chrIII 76009 . CT C 1977.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.106;DP=111;FS=4.877;HaplotypeScore=39.6525;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.16;MQ0=0;MQRankSum=0.856;QD=17.82;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.021;SB=-6.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,93:111:99:2020,219,0 chrIII 78480 . CTT C 3546 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.080;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=139.0531;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.69;MQ0=0;MQRankSum=0.497;QD=28.60;RPA=10,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.840;SB=-1.517e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,97:124:99:3546,299,0 chrIII 78524 . C CAAA 3749 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.685;DP=110;FS=3.046;HaplotypeScore=215.5324;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.66;MQ0=0;MQRankSum=0.977;QD=34.08;RPA=9,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.552;SB=-1.865e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,64:110:99:3749,243,0 chrIII 78799 . A ATT 2020.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=109.1947;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.63;MQ0=0;QD=26.59;RPA=10,12;RU=T;SB=-9.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,56:76:99:2063,180,0 chrIII 82451 . GAA G 211.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9649;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=26.38;RPA=10,8;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,7:8:21:253,21,0 chrIII 82702 . T TTCA 307.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=39.5473;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.31;MQ0=0;QD=34.11;SB=-7.780e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,5:9:21:349,21,0 chrIII 84075 . AATAAAAATCAACT A 1247.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=427.3146;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.67;MQ0=1;QD=83.20;SB=-7.297e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,8:14:33:1290,33,0 chrIII 84122 . T TAC 711.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.881;DP=37;FS=91.436;HaplotypeScore=1039.2805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.82;MQ0=2;MQRankSum=1.102;QD=19.24;ReadPosRankSum=1.067;SB=-3.011e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,20:34:99:751,0,464 chrIII 84172 . TC T 1331.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.733;DP=66;FS=100.992;HaplotypeScore=2219.1309;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.27;MQ0=1;MQRankSum=-0.053;QD=20.18;ReadPosRankSum=-0.242;SB=-3.011e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,50:64:99:1371,0,186 chrIII 84175 . A AG 1357.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.649;DP=61;FS=100.992;HaplotypeScore=2053.5297;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.21;MQ0=1;MQRankSum=-1.107;QD=22.26;ReadPosRankSum=0.074;SB=-3.011e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,50:59:99:1397,0,130 chrIII 84218 . AT A 1257.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.636;DP=47;FS=15.563;HaplotypeScore=1509.7047;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.87;MQ0=2;MQRankSum=-1.251;QD=26.77;ReadPosRankSum=1.540;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,36:44:84:1300,84,0 chrIII 84294 . G GATTCCTA 3528 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=36.8812;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.82;MQ0=1;QD=98.00;SB=-1.506e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:99:3528,105,0 chrIII 92744 . TAA T 1587.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.412;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=165.7208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.655;QD=23.35;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.073;SB=-7.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,55:68:99:1630,144,0 chrIII 94503 . AAT A 557.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=63.2036;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.37;MQ0=0;QD=25.36;RPA=4,3;RU=AT;SB=-2.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,19:22:45:600,45,0 chrIII 105664 . T TGTTTTCG 19367 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=235;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=72.0336;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.53;MQ0=0;QD=82.41;SB=-7.180e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,183:235:99:19367,599,0 chrIII 128128 . A AT 746.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.320;DP=48;FS=3.432;HaplotypeScore=22.3392;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.315;QD=15.56;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-1.599;SB=-1.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,34:48:55:789,55,0 chrIII 130489 . TA T 261.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=69.3919;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=10.92;RPA=11,10;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,14:24:36:304,36,0 chrIII 130514 . TA T 122.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=60.1713;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=7.18;RPA=12,11;RU=A;SB=-7.355e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,7:17:21:164,21,0 chrIII 130632 . A AAG 1724.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=11.9717;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.34;MQ0=0;QD=33.17;RPA=2,3;RU=AG;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,45:51:99:1767,129,0 chrIII 151108 . A AG 4165 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=23.0021;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.84;MQ0=0;QD=36.22;SB=-1.850e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,113:115:99:4165,328,0 chrIII 153973 . C CAT 154.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3402;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=9.07;RPA=6,7;RU=AT;SB=-7.829e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,5:17:15:196,15,0 chrIII 162712 . TA T 2182.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.603;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=215.9083;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.837;QD=20.21;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.136;SB=-9.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,92:108:99:2225,238,0 chrIII 163395 . GA G 1138.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.393;DP=69;FS=3.458;HaplotypeScore=29.6307;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.257;QD=16.51;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.461;SB=-5.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,52:69:99:1181,124,0 chrIII 177969 . GT G 2137.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.351;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=48.8198;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.504;QD=18.12;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.237;SB=-1.047e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,91:118:99:2180,243,0 chrIII 178453 . C CA 2566.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.654;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=42.0398;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.321;QD=21.94;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.988;SB=-1.246e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,99:117:99:2609,237,0 chrIII 197460 . G GTAAAAGATTACATCTGA 9311 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=17.6861;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.18;MQ0=0;QD=116.39;SB=-3.943e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,59:80:99:9311,172,0 chrIII 207966 . T TG 4732 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=203.9137;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=37.86;SB=-1.526e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,112:125:99:4732,349,0 chrIII 208086 . TTGACA T 7694 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=67.1469;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.27;MQ0=0;QD=58.29;RPA=2,1;RU=TGACA;SB=-3.488e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,121:132:99:7694,346,0 chrIII 209788 . C CA 814.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.783;DP=102;FS=1.129;HaplotypeScore=131.1676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.06;MQ0=0;MQRankSum=0.912;QD=7.99;RPA=14,15;RU=A;ReadPosRankSum=-0.734;SB=-4.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,32:101:99:854,0,111 chrIII 212095 . CAGTGGAGTCGACTGAAGG C 26965 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=238;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=66.5999;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.66;MQ0=0;QD=113.30;SB=-1.115e+04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:57,177:238:99:26965,524,0 chrIII 216599 . GT G 3317 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=31.7694;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.32;MQ0=0;QD=24.94;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.546e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,127:133:99:3317,363,0 chrIII 228048 . T TTA 5040 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=59.9159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.68;MQ0=0;QD=40.00;SB=-2.283e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,123:126:99:5040,343,0 chrIII 234893 . A AAAGAAG 5799 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=44.5263;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.52;MQ0=0;QD=41.42;RPA=11,13;RU=AAG;SB=-2.709e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:51,79:140:99:5799,250,0 chrIII 236804 . CTT C 1850.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=208.1846;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.84;MQ0=0;QD=22.30;RPA=12,10;RU=T;SB=-9.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,54:83:99:1893,144,0 chrIII 242447 . ATTT AT,A 1124.58 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.279;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=211.4965;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.47;MQ0=0;MQRankSum=1.211;QD=16.78;RPA=16,14,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.559;SB=-3.316e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:25,0,8:67:44:1202,129,44,759,0,791 chrIII 247980 . GTATATATA G 1018.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=32.0293;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.01;MQ0=0;QD=36.39;RPA=11,7;RU=TA;SB=-4.829e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,20:28:36:1061,36,0 chrIII 248847 . G GTT 5162 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=172;FS=0.000;HaplotypeScore=409.6460;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.10;MQ0=0;QD=30.01;RPA=5,7;RU=T;SB=-1.879e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,120:172:99:5162,421,0 chrIII 249269 . CA C 3849 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=1244.2236;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.55;MQ0=0;QD=28.94;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.919e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,125:133:99:3849,352,0 chrIII 249314 . CCCTCCAAATCCGCCGGATCCTGAA C 8884 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=914.6540;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.24;MQ0=0;QD=97.63;SB=-2.346e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:61,29:91:99:8884,210,0 chrIII 258828 . GT G 5071 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=657.4083;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.69;MQ0=0;QD=36.22;SB=-1.993e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,135:140:99:5071,403,0 chrIII 259458 . GC G 3036.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=551.8455;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.60;MQ0=0;QD=34.91;SB=-7.900e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:3079,250,0 chrIII 262768 . GA G 2043.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=19.0217;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.25;MQ0=0;QD=25.23;RPA=5,4;RU=A;SB=-9.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,74:81:99:2086,207,0 chrIII 263349 . AT A 4413 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=348.6310;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.88;MQ0=0;QD=33.18;SB=-1.830e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,109:133:99:4413,381,0 chrIII 264215 . GGTGCTGGTGCTGCTT G 15406 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;FS=0.000;HaplotypeScore=458.5219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.76;MQ0=0;QD=91.70;SB=-4.997e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,165:168:99:15406,478,0 chrIII 273025 . GAA G,GA 528.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.231;DP=55;FS=1.964;HaplotypeScore=48.9245;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.987;QD=9.62;RPA=19,17,18;RU=A;ReadPosRankSum=0.483;SB=-2.278e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:15,8,1:55:99:607,345,498,121,0,105 chrIII 292168 . T TAA 1524.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=112.3963;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.34;MQ0=0;QD=26.75;RPA=8,10;RU=A;SB=-4.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,44:57:99:1567,126,0 chrIII 292718 . G GAA 973.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8914;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.01;MQ0=0;QD=36.07;RPA=7,9;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:27:78:1016,78,0 chrIII 299346 . TG T 3094.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=909.0916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.88;MQ0=0;QD=35.17;SB=-1.148e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,82:88:99:3137,253,0 chrIII 299460 . GT G 3025.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=657.4255;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.18;MQ0=0;QD=30.26;RPA=3,2;RU=T;SB=-5.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,93:100:99:3068,271,0 chrIII 299751 . TAA T 2125.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=133.8019;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.57;MQ0=0;QD=32.71;RPA=6,4;RU=A;SB=-5.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,61:65:99:2168,169,0 chrIII 299933 . AATGGCGATTATATTC A 6682 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=289.1805;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.38;MQ0=0;QD=86.78;RPA=2,1;RU=ATGGCGATTATATTC;SB=-1.959e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,49:77:99:6682,138,0 chrIII 300056 . TATGCGTAAAAA T 12091 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=417.5395;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.05;MQ0=0;QD=117.39;SB=-2.382e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,89:103:99:12091,277,0 chrIII 300188 . C CCT 5783 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=638.5748;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.93;MQ0=0;QD=44.15;SB=-2.577e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,117:131:99:5783,361,0 chrIII 301272 . CA C 4113 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=34.9042;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=28.76;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.824e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,137:143:99:4113,388,0 chrIII 302535 . T TC 3876 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=667.6897;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.13;MQ0=0;QD=27.10;RPA=3,4;RU=C;SB=-1.690e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,136:143:99:3876,379,0 chrIII 303107 . TA T 1503.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=184.8727;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.45;MQ0=0;QD=21.80;RPA=8,7;RU=A;SB=-4.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,58:69:99:1546,174,0 chrIII 303213 . C CA 2833.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=315.6174;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.33;MQ0=3;QD=30.15;RPA=1,2;RU=A;SB=-7.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,77:91:99:2876,241,0 chrIII 303905 . TG T 160.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=167.3358;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.47;MQ0=0;QD=7.27;RPA=5,4;RU=G;SB=-3.093e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,17:13:21:202,21,0 chrIII 304284 . TA T 2996.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.006;DP=196;FS=4.194;HaplotypeScore=459.3120;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.25;MQ0=1;MQRankSum=0.311;QD=15.29;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.006;SB=-1.383e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:48,141:189:99:3039,296,0 chrIII 304338 . GA G 1764.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.507;DP=218;FS=7.376;HaplotypeScore=658.6802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.88;MQ0=0;MQRankSum=-8.024;QD=8.10;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=1.846;SB=-6.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:136,81:214:99:1804,0,2843 chrIII 307385 . C CT 41.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.386;DP=34;FS=2.730;HaplotypeScore=171.1275;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.63;MQ0=5;MQRankSum=-0.546;QD=1.23;ReadPosRankSum=1.580;SB=-3.400e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,12:17:81:81,0,239 chrIII 307427 . ACT A 1013.04 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.361;DP=52;FS=12.231;HaplotypeScore=221.5959;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.38;MQ0=3;MQRankSum=-1.805;QD=19.48;ReadPosRankSum=0.324;SB=-2.301e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,40:27:15:1052,0,15 chrIII 307513 . CAT C 436.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.940;DP=90;FS=55.474;HaplotypeScore=214.2836;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=13.22;MQ0=46;MQRankSum=3.218;QD=4.86;ReadPosRankSum=-1.970;SB=-3.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,25:24:99:476,0,431 chrIII 307647 . A AC 101.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.464;DP=69;FS=47.345;HaplotypeScore=502.7678;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=15.77;MQ0=26;MQRankSum=1.907;QD=1.48;ReadPosRankSum=-1.829;SB=-2.876e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,9:22:99:141,0,519 chrIII 307649 . GA G 100.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.464;DP=67;FS=47.345;HaplotypeScore=502.9300;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=15.92;MQ0=26;MQRankSum=2.842;QD=1.51;ReadPosRankSum=-0.350;SB=-2.876e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,9:22:99:140,0,529 chrIII 307663 . GA G 117.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.423;DP=59;FS=45.884;HaplotypeScore=473.2502;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.55;MQ0=24;MQRankSum=2.763;QD=2.00;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=3.093;SB=-2.876e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,9:20:99:157,0,450 chrIII 307723 . T TCCC 239.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.495;DP=97;FS=13.222;HaplotypeScore=237.9787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=8.93;MQ0=66;MQRankSum=1.495;QD=2.47;ReadPosRankSum=-0.922;SB=-2.745e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,18:7:99:279,0,100 chrIII 307740 . CG C 117.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.495;DP=115;FS=13.222;HaplotypeScore=250.1452;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=8.32;MQ0=79;MQRankSum=1.495;QD=1.03;ReadPosRankSum=1.495;SB=-2.745e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,18:7:60:157,0,60 chrIII 307742 . C CTTT 180.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DP=114;FS=7.782;HaplotypeScore=244.1693;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=8.28;MQ0=79;MQRankSum=0.736;QD=1.59;RPA=3,6;RU=T;ReadPosRankSum=0.736;SB=-2.746e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,18:7:32:220,0,32 chrIII 307751 . CACTA C 286.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DP=126;FS=7.782;HaplotypeScore=233.4245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=9.28;MQ0=75;MQRankSum=0.736;QD=2.28;ReadPosRankSum=0.736;SB=-2.745e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,37:6:52:326,0,52 chrIII 309030 . T TA 2024.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.402;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=67.6061;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.032;QD=21.54;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.741;SB=-9.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,78:94:99:2067,189,0 chrIII 313479 . T TA 1429.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.254;DP=125;FS=1.059;HaplotypeScore=110.1634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.201;QD=11.44;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-1.807;SB=-6.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,76:125:99:1469,0,106 chrIII 315814 . AG A 219.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.877;DP=53;FS=9.700;HaplotypeScore=511.4828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.69;MQ0=2;MQRankSum=1.262;QD=4.15;ReadPosRankSum=4.290;SB=-9.001e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,11:30:99:259,0,581 chrIII 315818 . T TA 223.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.877;DP=60;FS=9.700;HaplotypeScore=511.0518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.81;MQ0=3;MQRankSum=0.711;QD=3.73;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=3.739;SB=-7.001e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,11:30:99:263,0,594 chrIII 315897 . ACG A 336.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.328;DP=75;FS=32.179;HaplotypeScore=1389.4395;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.95;MQ0=2;MQRankSum=1.113;QD=4.49;ReadPosRankSum=2.821;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,14:51:99:376,0,881 chrIII 316082 . A AG 5048 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.118;DP=248;DS;FS=2.709;HaplotypeScore=1006.4569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.02;MQ0=2;MQRankSum=1.898;QD=20.35;ReadPosRankSum=6.727;SB=-1.284e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,145:185:99:5048,0,142 chrIII 316163 . A AGT 2203.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.006;DP=90;DS;FS=9.473;HaplotypeScore=1209.4673;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.90;MQ0=0;MQRankSum=0.782;QD=24.49;ReadPosRankSum=1.676;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,50:67:99:2246,160,0 chrIII 316199 . TA T 603.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.356;DP=137;FS=38.083;HaplotypeScore=1556.8493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.36;MQ0=0;MQRankSum=0.460;QD=4.41;ReadPosRankSum=3.595;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:111,26:84:99:643,0,1740 chrIII 316266 . T TA 3772 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.653;DP=243;DS;FS=13.142;HaplotypeScore=2197.0275;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.24;MQ0=16;MQRankSum=-0.296;QD=15.52;ReadPosRankSum=1.050;SB=-1.543e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,165:150:99:3772,0,1166 chrIII 316330 . GA G 1264.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.076;DP=185;DS;FS=168.624;HaplotypeScore=1673.2213;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.87;MQ0=17;MQRankSum=0.561;QD=6.84;ReadPosRankSum=-0.185;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:122,60:119:99:1304,0,1499 chrIV 81 . CA C 449.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.280;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=395.6312;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.39;MQ0=4;MQRankSum=0.905;QD=8.65;ReadPosRankSum=-0.085;SB=-3.300e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,12:41:99:489,0,265 chrIV 151 . C CCCCTA 3300 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.123;DP=93;FS=28.228;HaplotypeScore=549.7601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.98;MQ0=7;MQRankSum=1.032;QD=35.48;ReadPosRankSum=0.102;SB=-8.500e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,46:73:99:3300,0,317 chrIV 351 . AC A 400.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.038;DP=82;FS=11.442;HaplotypeScore=147.3051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=15.48;MQ0=44;MQRankSum=0.630;QD=4.89;ReadPosRankSum=3.038;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,15:29:99:440,0,328 chrIV 1449 . A AT 849.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=180;FS=0.000;HaplotypeScore=254.8185;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=9.48;MQ0=139;QD=4.72;RPA=2,3;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:138,41:27:78:892,78,0 chrIV 1526 . T TC 175.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=111.5662;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=6.63;MQ0=70;QD=2.08;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:76,7:7:21:217,21,0 chrIV 42599 . T TA 4950 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=30.5475;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.55;MQ0=0;QD=36.67;SB=-1.783e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,132:135:99:4950,373,0 chrIV 66048 . GAA G 3923 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.408;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=41.0870;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.599;QD=29.28;RPA=12,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.389;SB=-1.284e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,114:134:99:3923,343,0 chrIV 67849 . A ATT 2086.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=286.0491;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.21;MQ0=0;QD=35.37;RPA=7,9;RU=T;SB=-9.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,52:59:99:2129,169,0 chrIV 67976 . T TC 3837 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=513.4330;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.32;MQ0=0;QD=33.66;SB=-1.152e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,107:114:99:3837,313,0 chrIV 70378 . G GA 3109.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=60.4495;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.98;MQ0=0;QD=24.88;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.140e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,111:125:99:3152,321,0 chrIV 73916 . CATTCTTT C 7502 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=27.2460;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.38;MQ0=0;QD=65.81;RPA=2,1;RU=ATTCTTT;SB=-2.985e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,94:114:99:7502,274,0 chrIV 74736 . CATT C 7878 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=169;FS=0.000;HaplotypeScore=992.2072;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.66;MQ0=0;QD=46.62;SB=-3.798e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,159:169:99:7878,454,0 chrIV 76735 . AT A 1136.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.266;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=78.1603;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=0.984;QD=14.77;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.734;SB=-4.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,50:77:67:1179,67,0 chrIV 76825 . CA C 2780.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=254.1331;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=21.23;RPA=10,9;RU=A;SB=-1.217e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,119:131:99:2823,338,0 chrIV 77191 . C CT 3713 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=152.1219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.55;MQ0=0;QD=23.50;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.698e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,137:158:99:3713,393,0 chrIV 82419 . ATT A 2517.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.239;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=194.0154;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.105;QD=21.34;RPA=14,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.789;SB=-8.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,80:118:99:2560,238,0 chrIV 83119 . CA C 6097 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=218;FS=0.000;HaplotypeScore=706.6872;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;QD=27.97;RPA=4,3;RU=A;SB=-2.474e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,207:218:99:6097,580,0 chrIV 83422 . A AT 6586 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=174;FS=0.000;HaplotypeScore=1725.1523;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.25;MQ0=0;QD=37.85;SB=-2.512e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,171:174:99:6586,514,0 chrIV 88140 . G GTT 3433 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=19.8223;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.89;MQ0=0;QD=41.87;RPA=2,4;RU=T;SB=-1.225e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,80:82:99:3433,238,0 chrIV 93990 . C CT 2082.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=211.5045;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.45;MQ0=0;QD=23.67;RPA=7,8;RU=T;SB=-9.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,81:88:99:2125,228,0 chrIV 95806 . T TC 1579.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.894;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=272.1194;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.35;MQ0=1;MQRankSum=0.335;QD=21.94;RPA=1,2;RU=C;ReadPosRankSum=-1.229;SB=-3.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,50:70:99:1622,176,0 chrIV 95924 . AT A 601.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=38.3343;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.98;MQ0=0;QD=18.24;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,26:32:72:644,72,0 chrIV 99222 . TA T 3544 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=278.0538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.66;MQ0=0;QD=27.05;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.154e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,122:131:99:3544,358,0 chrIV 99366 . CT C 2478.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=101.3893;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;QD=27.24;RPA=4,3;RU=T;SB=-9.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,81:91:99:2521,241,0 chrIV 99407 . GAA G,GA 1007.07 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.963;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=174.7706;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=0.193;QD=12.13;RPA=14,12,13;RU=A;ReadPosRankSum=1.200;SB=-4.809e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:21,7,0:83:51:1085,836,1018,128,0,51 chrIV 100476 . TA T 4016 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=26.9256;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=0;QD=29.97;SB=-1.815e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,116:134:99:4016,364,0 chrIV 101105 . A ATT 2404.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=52.8094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.07;MQ0=0;QD=23.81;RPA=10,12;RU=T;SB=-7.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,75:101:99:2447,229,0 chrIV 103399 . A AG 3286 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.988;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=1064.2131;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.15;MQ0=0;MQRankSum=1.637;QD=25.87;ReadPosRankSum=2.098;SB=-1.430e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,103:127:99:3286,321,0 chrIV 103533 . GA G 4784 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=182;FS=0.000;HaplotypeScore=883.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.15;MQ0=0;QD=26.29;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.888e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,169:182:99:4784,490,0 chrIV 106907 . AT A 1959.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.958;DP=167;FS=7.302;HaplotypeScore=345.8419;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=0.616;QD=11.74;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.177;SB=-6.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:65,90:167:99:2002,150,0 chrIV 116123 . C CA 1409.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.143;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=58.9222;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-2.457;QD=14.24;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-1.588;SB=-6.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,67:99:46:1452,46,0 chrIV 117115 . T TAGAA 4642 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=76.3448;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.75;MQ0=0;QD=63.59;SB=-1.984e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:73:99:4642,202,0 chrIV 117396 . CT C 2390.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=795.8081;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.12;MQ0=0;QD=24.65;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.140e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,84:97:99:2433,246,0 chrIV 117449 . CA C 2855.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=615.9056;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.36;MQ0=0;QD=22.14;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.044e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,116:129:99:2898,338,0 chrIV 117988 . AT A 1967.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=504.1836;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.44;MQ0=0;QD=21.87;RPA=7,6;RU=T;SB=-7.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,77:90:99:2010,222,0 chrIV 118035 . GT G 2158.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=553.5415;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.77;MQ0=0;QD=21.59;RPA=8,7;RU=T;SB=-9.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,93:93:99:2201,249,0 chrIV 130746 . T TAA 2464.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=142.4439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.11;MQ0=0;QD=34.24;RPA=4,6;RU=A;SB=-7.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,64:72:99:2507,187,0 chrIV 132892 . G GAA 3207.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=28.9823;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.32;MQ0=0;QD=30.55;RPA=7,9;RU=A;SB=-1.531e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,93:105:99:3250,265,0 chrIV 135456 . CTT C 399 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.969;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=144.6995;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.97;MQ0=0;MQRankSum=0.434;QD=5.18;RPA=18,16;RU=T;ReadPosRankSum=2.506;SB=-2.155e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:49,16:77:23:441,23,0 chrIV 144344 . CTTT C 5099 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=24.9366;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.41;MQ0=0;QD=42.49;RPA=9,6;RU=T;SB=-1.866e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,112:120:99:5099,331,0 chrIV 148054 . T TGTTTC 15731 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=247;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=296.1169;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.30;MQ0=0;QD=63.69;RPA=1,2;RU=GTTTC;SB=-5.045e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,224:247:99:15731,674,0 chrIV 156021 . AT A 2720.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.650;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=38.5629;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.052;QD=19.58;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.990;SB=-1.256e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,111:139:99:2763,308,0 chrIV 157980 . T TA 3050.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=446.6185;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.73;MQ0=0;QD=35.89;SB=-1.429e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,83:85:99:3093,232,0 chrIV 158816 . T TC 5040 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=136.2046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=39.07;SB=-1.866e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,124:129:99:5040,361,0 chrIV 167521 . TG T 5726 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=182;FS=0.000;HaplotypeScore=44.0332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.59;MQ0=0;QD=31.46;RPA=4,3;RU=G;SB=-2.266e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,170:182:99:5726,502,0 chrIV 169915 . TA T 286.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=54.6024;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.03;MQ0=0;QD=13.66;RPA=13,12;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,10:21:47:329,47,0 chrIV 170362 . C CA 3280 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=798.4180;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.33;MQ0=0;QD=23.94;RPA=7,8;RU=A;SB=-9.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,112:137:99:3280,354,0 chrIV 174131 . AC A 411.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=11.3726;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.34;MQ0=0;QD=25.75;SB=-6.899e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:36:454,36,0 chrIV 174852 . C CAAT 5942 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=819.3476;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.28;MQ0=0;QD=49.11;RPA=1,2;RU=AAT;SB=-2.422e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,115:121:99:5942,331,0 chrIV 181921 . ATCTTCT A 9056 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=285.0542;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.34;MQ0=0;QD=59.19;RPA=6,4;RU=TCT;SB=-4.074e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,129:153:99:9056,367,0 chrIV 184671 . C CAA 5200 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=310.7199;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.40;MQ0=0;QD=36.62;RPA=3,5;RU=A;SB=-2.222e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,114:142:99:5200,379,0 chrIV 184754 . GA G 5882 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=178;FS=0.000;HaplotypeScore=327.6867;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=33.04;RPA=2,1;RU=A;SB=-2.769e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,166:178:99:5882,478,0 chrIV 192678 . AT A 1241.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=22.4594;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.50;MQ0=0;QD=19.11;RPA=9,8;RU=T;SB=-4.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,53:65:99:1284,152,0 chrIV 194311 . C CT 3448 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=391.9055;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.01;MQ0=0;QD=25.73;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.538e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,117:134:99:3448,352,0 chrIV 198376 . TG T 5530 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;FS=0.000;HaplotypeScore=266.4959;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.18;MQ0=0;QD=33.93;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.127e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,160:163:99:5530,451,0 chrIV 201643 . A AT 3930 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=192.5537;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.24;MQ0=0;QD=28.48;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.339e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,131:138:99:3930,388,0 chrIV 202896 . G GT 2199.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.204;DP=121;FS=1.689;HaplotypeScore=311.5602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.63;MQ0=0;MQRankSum=0.444;QD=18.18;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=-0.753;SB=-1.103e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,84:121:99:2242,241,0 chrIV 210813 . GA G 581.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=86.7687;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=18.77;RPA=10,9;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,24:31:75:624,75,0 chrIV 210847 . G GT 647.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=80.3986;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.74;MQ0=0;QD=23.14;RPA=4,5;RU=T;SB=-3.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,22:28:66:690,66,0 chrIV 210984 . T TA 2194.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.014;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=29.6267;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.854;QD=21.52;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.126;SB=-7.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,88:102:99:2237,214,0 chrIV 211214 . GA G 1449.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=142.0065;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;QD=15.76;RPA=12,11;RU=A;SB=-7.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,66:92:99:1492,185,0 chrIV 212228 . TTAAAG T 4865 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=467.9229;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.74;MQ0=0;QD=57.92;RPA=2,1;RU=TAAAG;SB=-2.094e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,74:83:99:4865,220,0 chrIV 212608 . A AT 745.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=106.4360;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.38;MQ0=0;QD=24.06;RPA=6,7;RU=T;SB=-8.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,27:31:81:788,81,0 chrIV 213154 . A AT 3018.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=147.2710;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;QD=27.70;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.383e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,92:109:99:3061,289,0 chrIV 213315 . C CTA 3453 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.001;DP=119;FS=4.102;HaplotypeScore=26.5469;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.17;MQ0=0;MQRankSum=0.038;QD=29.02;RPA=5,6;RU=TA;ReadPosRankSum=0.154;SB=-1.270e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,83:119:99:3453,231,0 chrIV 215724 . C CT 4825 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=180;FS=0.000;HaplotypeScore=40.1855;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=26.81;RPA=4,5;RU=T;SB=-2.237e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,159:180:99:4825,472,0 chrIV 216024 . TTGTTACCTCGTCACC T 25503 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=203;FS=0.000;HaplotypeScore=268.7273;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.15;MQ0=0;QD=125.63;SB=-1.243e+04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,166:203:99:25503,482,0 chrIV 216493 . TAA T 5400 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=184;FS=0.000;HaplotypeScore=386.5925;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;QD=29.35;RPA=10,8;RU=A;SB=-2.092e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,159:184:99:5400,460,0 chrIV 217385 . TG T 3639 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=725.3114;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.82;MQ0=0;QD=35.68;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.617e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,99:102:99:3639,289,0 chrIV 217435 . A AT 2561.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=495.4257;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.44;MQ0=0;QD=22.28;RPA=8,9;RU=T;SB=-1.084e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,98:115:99:2604,288,0 chrIV 217877 . A AT 2574.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.449;DP=115;FS=3.578;HaplotypeScore=415.0217;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.85;MQ0=0;MQRankSum=1.202;QD=22.39;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.035;SB=-1.073e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,96:115:99:2617,268,0 chrIV 229533 . A ATAGTACTTC 9133 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=83.9049;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.91;MQ0=0;QD=106.20;SB=-4.525e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,64:86:99:9133,247,0 chrIV 229706 . A ATTT 5749 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=563.7988;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.97;MQ0=0;QD=43.89;RPA=3,6;RU=T;SB=-2.348e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,113:131:99:5749,346,0 chrIV 230558 . GT G 1438.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=52.5706;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=21.48;RPA=7,6;RU=T;SB=-4.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,56:67:99:1481,165,0 chrIV 232237 . G GT 1270.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=218.2373;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=23.54;RPA=6,7;RU=T;SB=-2.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,47:54:99:1313,138,0 chrIV 232306 . G GT 472.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=65.5016;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.47;MQ0=0;QD=17.52;RPA=11,12;RU=T;SB=-7.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,16:27:62:515,62,0 chrIV 232542 . TAAAAGAAGTTTCCTCTTTCCTAAACTTA T 13149 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=17.2478;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.99;MQ0=0;QD=154.69;SB=-5.107e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,76:85:99:13149,222,0 chrIV 234086 . AT A 2441.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.267;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=586.2433;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.29;MQ0=0;MQRankSum=1.014;QD=28.07;ReadPosRankSum=1.690;SB=-7.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,79:86:99:2484,240,0 chrIV 234091 . T TTA 3404 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=522.9213;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.69;MQ0=0;QD=36.60;SB=-8.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,76:92:99:3404,250,0 chrIV 234747 . G GT 4139 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=26.5199;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.50;MQ0=0;QD=32.09;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.556e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,124:129:99:4139,364,0 chrIV 236041 . AC A 718.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=109.2295;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.08;MQ0=0;QD=34.24;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:60:761,60,0 chrIV 240005 . CAA C 4422 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=249.0540;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.80;MQ0=0;QD=41.72;RPA=4,2;RU=A;SB=-4.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,100:106:99:4422,301,0 chrIV 240158 . TACGG T 229.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=83.0755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.76;MQ0=0;QD=15.33;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,13:15:30:272,30,0 chrIV 251252 . AT A 2234.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=21.0734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.43;MQ0=0;QD=21.91;RPA=7,6;RU=T;SB=-8.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,90:102:99:2277,255,0 chrIV 251392 . CT C 3657 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=28.4403;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.40;MQ0=0;QD=27.70;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.059e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,129:132:99:3657,367,0 chrIV 256612 . T TA 490 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.783;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=23.3936;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.157;QD=18.15;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.992;SB=-5.487e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,23:27:23:532,23,0 chrIV 267474 . A AT 2902.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=19.6915;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.04;MQ0=0;QD=25.46;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.415e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,108:114:99:2945,306,0 chrIV 270194 . C CA 1399.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.668;DP=113;FS=2.461;HaplotypeScore=75.0657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=0.486;QD=12.39;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.486;SB=-5.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,73:113:41:1439,0,41 chrIV 271809 . CTGT C 9225 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=248;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=473.6269;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.81;MQ0=0;QD=37.20;RPA=5,4;RU=TGT;SB=-4.055e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,215:248:99:9225,605,0 chrIV 275006 . CG C 1982.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=52.7249;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.05;MQ0=0;QD=33.05;RPA=2,1;RU=G;SB=-4.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:60:99:2025,157,0 chrIV 283285 . GA G 2472.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.131;DP=170;FS=0.000;HaplotypeScore=49.9784;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.77;MQ0=0;MQRankSum=0.538;QD=14.55;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.209;SB=-1.180e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,118:170:99:2515,278,0 chrIV 285379 . A ATATG 7325 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=48.6534;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.83;MQ0=0;QD=57.23;SB=-2.279e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,117:128:99:7325,355,0 chrIV 286882 . CTTT CT,C 2734.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.540;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=83.4409;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.12;MQ0=0;MQRankSum=0.924;QD=18.99;RPA=14,12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.386;SB=-1.059e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:61,0,15:143:99:2813,417,154,1742,0,1633 chrIV 292338 . CA C 2667.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=85.0407;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.07;MQ0=0;QD=24.48;RPA=7,6;RU=A;SB=-9.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,104:109:99:2710,297,0 chrIV 292462 . A AT 2999.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=744.8893;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.08;MQ0=0;QD=27.27;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.105e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,99:105:99:3042,286,0 chrIV 298310 . T TAA 4655 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=525.7617;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.83;MQ0=0;QD=35.53;RPA=5,7;RU=A;SB=-2.270e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,120:131:99:4655,358,0 chrIV 302334 . AAT A 444.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.112;DP=33;FS=23.201;HaplotypeScore=183.1220;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.95;MQ0=0;MQRankSum=1.651;QD=13.48;ReadPosRankSum=3.176;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,14:33:31:487,31,0 chrIV 302347 . TA T 429.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=206.2946;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.65;MQ0=0;QD=12.65;RPA=8,7;RU=A;SB=-7.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,15:34:59:472,59,0 chrIV 302371 . CA C 1517.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=229.9924;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.32;MQ0=0;QD=24.48;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,60:62:99:1560,168,0 chrIV 303011 . T TTA 4457 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.875;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=183.6332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.98;MQ0=0;MQRankSum=1.595;QD=40.15;ReadPosRankSum=1.664;SB=-1.711e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,96:111:99:4457,277,0 chrIV 309595 . G GGAAC 1930.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=396.1375;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.36;MQ0=0;QD=55.17;RPA=1,2;RU=GAAC;SB=-6.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,31:35:93:1973,93,0 chrIV 309609 . TTAG T 1490.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=584.7849;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.32;MQ0=0;QD=37.27;RPA=3,2;RU=TAG;SB=-4.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,30:40:96:1533,96,0 chrIV 309620 . CA C 1081.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=537.2971;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.77;MQ0=0;QD=32.79;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:99:1124,99,0 chrIV 310293 . G GA 1524.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.457;DP=99;FS=2.110;HaplotypeScore=139.0238;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.17;MQ0=0;MQRankSum=1.073;QD=15.40;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.138;SB=-4.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,72:99:99:1567,103,0 chrIV 310657 . AT A 2213.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=132.4505;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.41;MQ0=0;QD=21.71;RPA=9,8;RU=T;SB=-7.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,96:102:99:2256,258,0 chrIV 312518 . C CT 2054.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.086;DP=128;FS=1.577;HaplotypeScore=279.8010;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.527;QD=16.05;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.325;SB=-9.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,85:128:99:2097,113,0 chrIV 314192 . CT C 539.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6350;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.62;MQ0=0;QD=15.43;RPA=9,8;RU=T;SB=-8.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,26:35:69:582,69,0 chrIV 323677 . GATATATATATATATATAT G 9872 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=14.7849;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.64;MQ0=0;QD=116.14;RPA=15,6;RU=AT;SB=-3.485e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,72:85:99:9872,204,0 chrIV 336148 . CT C 1817.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=24.2377;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.36;RPA=10,9;RU=T;SB=-3.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,76:99:99:1860,225,0 chrIV 359679 . C CT 1498.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=16.5196;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=21.41;RPA=7,8;RU=T;SB=-3.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,61:70:99:1541,165,0 chrIV 364962 . TA T 282.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.598;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=70.2969;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.10;MQ0=0;MQRankSum=0.863;QD=7.05;RPA=15,14;RU=A;ReadPosRankSum=0.996;SB=-8.571e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,17:40:5:322,5,0 chrIV 366513 . T TAA 2997.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=301.6847;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.69;MQ0=0;QD=27.25;RPA=8,10;RU=A;SB=-1.416e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,74:110:99:3040,252,0 chrIV 368819 . TA T 2549.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=60.5035;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.08;MQ0=0;QD=22.37;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.253e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,104:114:99:2592,294,0 chrIV 370874 . AAT A 1810.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=139.5540;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.41;MQ0=0;QD=43.12;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,36:42:99:1853,121,0 chrIV 370934 . CT C 533.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=169.0829;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.42;MQ0=0;QD=26.70;RPA=4,3;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,19:20:57:576,57,0 chrIV 386128 . CAGCCCCTTGAAAG C 11555 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=416.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.75;MQ0=0;QD=121.63;SB=-5.044e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,77:95:99:11555,238,0 chrIV 386154 . CAA C 2492.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=1299.1855;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.124;QD=27.70;RPA=10,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.375;SB=-1.193e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,74:90:99:2535,218,0 chrIV 392110 . GT G 1818.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.303;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=605.4480;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.737;QD=13.89;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.446;SB=-8.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,83:131:99:1861,131,0 chrIV 392146 . GACACACAC G 8305 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=464.3814;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.93;MQ0=0;QD=62.92;RPA=13,9;RU=AC;SB=-2.231e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,87:132:99:8305,280,0 chrIV 400669 . T TA 1457.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=64.1280;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.69;MQ0=0;QD=23.52;RPA=6,7;RU=A;SB=-5.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,56:62:99:1500,153,0 chrIV 403511 . G GT 1551.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.173;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=27.7826;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.14;MQ0=0;MQRankSum=0.224;QD=20.69;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.621;SB=-7.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,60:75:99:1594,160,0 chrIV 410887 . AT A 1104.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.577;DP=101;FS=5.266;HaplotypeScore=35.2146;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=0.500;QD=10.94;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=2.677;SB=-4.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,54:101:91:1147,91,0 chrIV 422749 . C CG 4191 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=30.8060;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.92;MQ0=0;QD=32.49;RPA=2,3;RU=G;SB=-2.016e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,124:129:99:4191,361,0 chrIV 427105 . CT C 274.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3759;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.84;MQ0=0;QD=9.48;RPA=12,11;RU=T;SB=-9.598e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,17:29:39:317,39,0 chrIV 431592 . T TTG 8617 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=209;FS=0.000;HaplotypeScore=75.8399;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.49;MQ0=0;QD=41.23;SB=-3.850e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,198:209:99:8617,566,0 chrIV 432137 . CAGTT C 9452 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=171;FS=0.000;HaplotypeScore=294.2720;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.89;MQ0=0;QD=55.27;RPA=2,1;RU=AGTT;SB=-3.627e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,158:171:99:9452,469,0 chrIV 434094 . A ATTT 3089.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=234.1560;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.67;MQ0=0;QD=40.13;RPA=6,9;RU=T;SB=-1.275e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,56:77:99:3132,204,0 chrIV 434256 . T TA 2512.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=60.0026;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.32;MQ0=0;QD=24.16;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.155e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,94:104:99:2555,258,0 chrIV 434392 . T TC 3781 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=29.7817;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.96;MQ0=0;QD=36.01;SB=-7.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,94:105:99:3781,292,0 chrIV 434485 . T TA 255.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=54.1706;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.69;MQ0=1;QD=28.34;SB=-8.680e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:7:21:297,21,0 chrIV 435390 . AT A 977.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=34.9779;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.01;MQ0=0;QD=32.60;RPA=2,1;RU=T;SB=-3.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:84:1020,84,0 chrIV 435452 . T TA 979.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=151.9122;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.38;MQ0=0;QD=25.79;RPA=3,4;RU=A;SB=-4.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,29:38:96:1022,96,0 chrIV 435656 . C CT 2752.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=24.1019;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.77;MQ0=0;QD=27.26;RPA=4,5;RU=T;SB=-7.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:101:99:2795,271,0 chrIV 435928 . TGACC T 6122 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=465.5086;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.69;MQ0=0;QD=49.77;RPA=2,1;RU=GACC;SB=-2.211e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,99:123:99:6122,307,0 chrIV 435980 . AC A 4050 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=526.5728;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.06;MQ0=0;QD=38.21;SB=-1.342e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,100:106:99:4050,295,0 chrIV 436314 . A AGG 4063 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=108.4311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.30;MQ0=0;QD=49.55;SB=-1.772e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,75:82:99:4063,238,0 chrIV 437148 . A ATAAT 4240 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=176.7475;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.87;MQ0=0;QD=64.24;SB=-5.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,59:66:99:4240,190,0 chrIV 441311 . GTTATTA G 10387 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=199;FS=0.000;HaplotypeScore=804.5702;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.24;MQ0=0;QD=52.20;RPA=5,3;RU=TTA;SB=-4.587e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:57,141:199:99:10387,457,0 chrIV 441365 . G GT 1663.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.246;DP=244;DS;FS=8.960;HaplotypeScore=2494.3528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.51;MQ0=0;MQRankSum=-7.330;QD=6.82;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=11.620;SB=-7.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:156,85:244:99:1703,0,586 chrIV 441367 . C CTCGTTGTT 13035 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.684;DP=248;DS;FS=2.931;HaplotypeScore=1344.5225;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.95;MQ0=0;MQRankSum=-2.912;QD=52.56;ReadPosRankSum=7.128;SB=-6.347e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:162,85:248:99:13035,105,0 chrIV 443942 . G GA 3402 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=30.9453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=24.65;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.538e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,112:138:99:3402,363,0 chrIV 444097 . G GA 3966 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=23.6241;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.71;MQ0=0;QD=33.90;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.735e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,113:117:99:3966,316,0 chrIV 446437 . A ATT 1316.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=10.2913;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.21;MQ0=0;QD=33.77;RPA=1,3;RU=T;SB=-2.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,33:39:93:1359,93,0 chrIV 449720 . T TA 444.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=128.4488;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.64;MQ0=0;QD=24.72;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,12:18:39:487,39,0 chrIV 449847 . TG T 1883.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=287.2880;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.14;MQ0=0;QD=26.17;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,62:72:99:1926,193,0 chrIV 452907 . C CA 556.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=18.3441;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.49;MQ0=0;QD=12.11;RPA=10,11;RU=A;SB=-5.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,28:46:69:599,69,0 chrIV 465158 . TTA T 6382 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=44.3304;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.41;MQ0=2;QD=44.32;SB=-2.907e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,138:142:99:6382,409,0 chrIV 465261 . TA T 3179.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=54.8954;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.63;MQ0=0;QD=20.92;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.016e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,126:152:99:3222,374,0 chrIV 465667 . CAA C 3942 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.697;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=684.4484;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.55;MQ0=0;MQRankSum=1.697;QD=25.76;RPA=12,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.631;SB=-1.890e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,109:153:99:3942,355,0 chrIV 482472 . GAAA GA,G 1093.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=30.4916;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.21;MQ0=0;QD=18.23;RPA=16,14,13;RU=A;SB=-3.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:25,0,26:60:89:1172,567,472,125,0,89 chrIV 482676 . AT A 2530.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=22.5810;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.67;MQ0=0;QD=22.20;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.069e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,104:114:99:2573,291,0 chrIV 484033 . T TA 2403.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=488.9692;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.52;MQ0=0;QD=22.47;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.002e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,89:107:99:2446,264,0 chrIV 485654 . CA C 3545 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=616.7409;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.42;MQ0=0;QD=22.58;RPA=10,9;RU=A;SB=-1.713e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,143:157:99:3545,420,0 chrIV 504022 . C CT 2032.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=19.7737;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;QD=25.73;RPA=6,7;RU=T;SB=-4.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,77:79:99:2075,213,0 chrIV 506451 . CT C 1290.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=15.4648;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.66;MQ0=0;QD=19.86;RPA=10,9;RU=T;SB=-5.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,59:65:99:1333,159,0 chrIV 507368 . TA T 3458 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=39.3317;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.28;MQ0=0;QD=23.05;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.456e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,140:150:99:3458,393,0 chrIV 509591 . GA G 1652.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=15.4502;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=22.34;RPA=8,7;RU=A;SB=-3.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,65:74:99:1695,195,0 chrIV 521108 . A AT 2156.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.024;DP=95;FS=2.576;HaplotypeScore=23.9874;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.55;MQ0=0;MQRankSum=1.177;QD=22.70;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.683;SB=-7.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,85:95:99:2199,179,0 chrIV 521286 . TA T 2648.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=21.8338;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.19;MQ0=0;QD=24.30;RPA=6,5;RU=A;SB=-9.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,100:109:99:2691,285,0 chrIV 523046 . TA T 887.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=27.2778;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=15.58;RPA=9,8;RU=A;SB=-4.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,40:57:99:930,108,0 chrIV 525268 . C CT 1166.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.328;DP=89;FS=2.036;HaplotypeScore=227.0902;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.047;QD=13.11;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.734;SB=-4.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,58:89:87:1209,87,0 chrIV 541543 . GA G 5527 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=336.9188;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.08;MQ0=0;QD=39.20;SB=-2.514e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,139:141:99:5527,412,0 chrIV 544142 . A ATT 386.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=11.5951;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.24;MQ0=0;QD=14.33;RPA=9,11;RU=T;SB=-3.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,13:27:36:429,36,0 chrIV 544685 . G GATAC 303.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=91.2232;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.43;MQ0=0;QD=25.25;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,5:12:22:345,22,0 chrIV 544800 . TA T 147.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=42.0582;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.73;MQ0=0;QD=13.37;RPA=2,1;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,7:11:21:189,21,0 chrIV 550807 . TA T 2791.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=29.0745;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.31;MQ0=0;QD=20.53;RPA=10,9;RU=A;SB=-1.209e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,121:136:99:2834,339,0 chrIV 560996 . A AAC 670.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=23.3120;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.56;MQ0=0;QD=21.64;RPA=6,7;RU=AC;SB=-3.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,18:31:57:713,57,0 chrIV 561048 . CA C 868.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=50.1224;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.12;MQ0=0;QD=17.73;RPA=11,10;RU=A;SB=-3.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,38:49:99:911,113,0 chrIV 561184 . C CT 2134.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=98.6701;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.80;MQ0=0;QD=23.99;RPA=7,8;RU=T;SB=-4.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,84:89:99:2177,231,0 chrIV 562609 . GA G 2380.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=26.3543;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.67;MQ0=0;QD=21.07;RPA=9,8;RU=A;SB=-9.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,101:113:99:2423,285,0 chrIV 562897 . G GA 1753.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.780;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=376.5576;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.159;QD=17.03;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.264;SB=-5.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,74:103:99:1796,159,0 chrIV 563012 . T TC 2165.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=1009.8085;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.46;MQ0=0;QD=27.07;SB=-9.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,47:79:99:2208,218,0 chrIV 563111 . CA C 3743 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=384.4654;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.41;MQ0=0;QD=37.81;SB=-1.150e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,89:99:99:3743,277,0 chrIV 563131 . G GA 2452.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=494.4424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.578;QD=24.05;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=1.078;SB=-9.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,86:102:99:2495,266,0 chrIV 563497 . CA C 1862.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.188;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=22.4790;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.88;MQ0=0;MQRankSum=0.624;QD=16.49;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.337;SB=-7.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,85:113:99:1905,158,0 chrIV 567579 . A AT 1968.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.817;DP=100;FS=3.035;HaplotypeScore=33.3513;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.41;MQ0=0;MQRankSum=1.054;QD=19.69;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.025;SB=-5.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,84:100:99:2011,200,0 chrIV 573796 . T TA 2777.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=201.7925;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;QD=23.34;RPA=6,7;RU=A;SB=-8.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,96:119:99:2820,294,0 chrIV 576329 . TTTTG T 3302 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=392.8683;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.38;MQ0=0;QD=34.76;RPA=4,3;RU=TTTG;SB=-1.514e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,71:95:99:3302,193,0 chrIV 578273 . C CA 1560.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=272.0657;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.47;MQ0=0;QD=20.54;RPA=7,8;RU=A;SB=-6.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,54:76:99:1603,174,0 chrIV 578282 . TA T 1353.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=323.4124;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.81;MQ0=0;QD=19.91;RPA=7,6;RU=A;SB=-6.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,47:68:99:1396,159,0 chrIV 578295 . G GAA 1797.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=304.4663;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.34;MQ0=0;QD=25.32;RPA=10,12;RU=A;SB=-6.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,47:71:99:1840,157,0 chrIV 578452 . GTT G 2649.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.643;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=29.9386;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.38;MQ0=0;MQRankSum=0.178;QD=31.18;RPA=11,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.643;SB=-8.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,77:85:99:2692,230,0 chrIV 578641 . TC T 4099 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=985.0816;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.76;MQ0=0;QD=32.02;SB=-1.913e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,121:128:99:4099,358,0 chrIV 579241 . TAA T 1890.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=524.6254;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.49;MQ0=0;QD=27.01;RPA=7,5;RU=A;SB=-8.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,53:70:99:1933,160,0 chrIV 582694 . AT A 4127 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=178.9316;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.03;MQ0=0;QD=33.83;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.803e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,120:122:99:4127,337,0 chrIV 584615 . G GGACGAC 10501 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=178;FS=0.000;HaplotypeScore=443.1320;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.24;MQ0=0;QD=58.99;RPA=4,6;RU=GAC;SB=-2.587e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,155:178:99:10501,448,0 chrIV 587742 . TA T 3429 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=33.5293;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.50;MQ0=0;QD=22.27;RPA=8,7;RU=A;SB=-9.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,140:154:99:3429,390,0 chrIV 588028 . AGG A 5102 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=296.2463;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.09;MQ0=0;QD=38.95;RPA=6,4;RU=G;SB=-1.956e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,122:131:99:5102,361,0 chrIV 589651 . TA T 675.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=206.6524;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.84;MQ0=0;QD=16.49;RPA=11,10;RU=A;SB=-5.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,28:41:89:718,89,0 chrIV 589690 . TA T 188.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=102.6431;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.24;MQ0=0;QD=9.95;RPA=9,8;RU=A;SB=-7.888e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,11:19:27:231,27,0 chrIV 591782 . AT A 5567 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=204;FS=0.000;HaplotypeScore=267.4102;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.19;MQ0=0;QD=27.29;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.428e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,198:204:99:5567,559,0 chrIV 592206 . T TG 4654 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=506.0647;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.68;MQ0=0;QD=34.22;RPA=1,2;RU=G;SB=-2.160e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,129:136:99:4654,370,0 chrIV 592539 . ATGCAAATGCAACTGCAAATGCAAC A 6628 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=39.5779;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.85;MQ0=0;QD=39.45;RPA=4,2;RU=TGCAAATGCAAC;SB=-2.433e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:81,85:168:99:6628,232,0 chrIV 592981 . GT G 1397.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.501;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=124.4786;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.186;QD=14.12;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=2.615;SB=-7.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,59:99:99:1440,130,0 chrIV 593051 . C CAG 4442 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=67.3478;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.34;MQ0=0;QD=46.27;SB=-1.846e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,92:96:99:4442,277,0 chrIV 593261 . GC G 7264 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=197;FS=0.000;HaplotypeScore=1246.0412;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.14;MQ0=0;QD=36.87;RPA=2,1;RU=C;SB=-1.860e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,196:197:99:7264,578,0 chrIV 596902 . GA G 1503.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=312.0085;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.52;MQ0=0;QD=23.14;RPA=8,7;RU=A;SB=-2.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,58:65:99:1546,177,0 chrIV 596925 . G GA 1771.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=305.7380;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.63;MQ0=0;QD=23.63;RPA=7,8;RU=A;SB=-3.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,62:75:99:1814,195,0 chrIV 597052 . C CTT 1850.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.137;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=529.1057;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.353;QD=26.07;RPA=5,7;RU=T;ReadPosRankSum=1.462;SB=-8.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,44:71:99:1893,168,0 chrIV 597101 . C CA 4863 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=1153.9387;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.89;MQ0=0;QD=39.86;SB=-2.317e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,113:122:99:4863,361,0 chrIV 597109 . C CA 4065 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=1272.9477;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.92;MQ0=0;QD=29.67;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.915e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,128:137:99:4065,379,0 chrIV 598435 . A AG 1600.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=303.6178;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.98;MQ0=0;QD=32.67;SB=-7.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:49:99:1643,126,0 chrIV 600480 . A AT 3007.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=303.0754;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.59;MQ0=0;QD=25.28;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.464e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,103:119:99:3050,318,0 chrIV 600768 . AAT A 4632 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=720.5204;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.56;MQ0=0;QD=37.66;SB=-1.658e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,121:123:99:4632,352,0 chrIV 604250 . T TGATGATGATGAC 20343 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=224;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=226.2567;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.05;MQ0=0;QD=90.82;SB=-8.159e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,193:224:99:20343,576,0 chrIV 607042 . GA G 204.02 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.139;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=154.8246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.194;QD=3.14;RPA=17,16;RU=A;ReadPosRankSum=0.417;SB=-1.189e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,14:64:16:243,0,16 chrIV 607060 . GAA G 1727.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.191;DP=74;FS=3.579;HaplotypeScore=104.8804;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.708;QD=23.35;RPA=8,6;RU=A;ReadPosRankSum=1.673;SB=-6.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,57:73:99:1770,144,0 chrIV 611907 . CGCA C 4462 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=257.9322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.71;MQ0=0;QD=45.07;RPA=3,2;RU=GCA;SB=-4.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,88:99:99:4462,262,0 chrIV 613292 . C CT 620.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=79.6572;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=63.25;MQ0=0;QD=15.92;RPA=4,5;RU=T;SB=-3.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,34:39:66:663,66,0 chrIV 617276 . GTTTAA G 6718 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=44.2785;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.63;MQ0=1;QD=57.42;RPA=2,1;RU=TTTAA;SB=-2.086e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,103:116:99:6718,298,0 chrIV 617484 . A ACTCTTC 8937 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=113.8213;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.35;MQ0=0;QD=61.63;RPA=3,4;RU=CTCTTC;SB=-2.699e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,118:145:99:8937,355,0 chrIV 619961 . T TA 1861.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=529.1567;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.78;MQ0=0;QD=23.27;RPA=6,7;RU=A;SB=-7.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,71:80:99:1904,198,0 chrIV 621879 . GAAAAAA G 3562 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.171;DP=99;FS=11.292;HaplotypeScore=111.6572;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=1.352;QD=35.98;RPA=19,13;RU=A;ReadPosRankSum=2.583;SB=-1.243e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,50:99:99:3540,103,0 chrIV 624927 . G GA 5776 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=919.0940;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.63;MQ0=0;QD=40.96;SB=-1.646e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,137:141:99:5776,412,0 chrIV 626607 . AT A 1729.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=12.8372;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.18;MQ0=0;QD=28.36;RPA=4,3;RU=T;SB=-4.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,60:61:99:1772,165,0 chrIV 628654 . A AT 1557.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;DP=137;FS=2.407;HaplotypeScore=62.6844;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.690;QD=11.37;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-1.324;SB=-4.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,73:137:99:1597,0,189 chrIV 629157 . C CT 2642.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=565.5308;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.49;MQ0=0;QD=24.25;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.215e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,98:109:99:2685,285,0 chrIV 629821 . C CT 2757.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.606;DP=159;FS=1.135;HaplotypeScore=48.4015;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.540;QD=17.35;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.265;SB=-1.224e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,129:159:99:2800,111,0 chrIV 630672 . CAA CTAA,C 1385.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=210.2269;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=49.61;MQ0=0;QD=22.00;SB=-5.869e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:16,0,16:63:99:1464,635,715,228,0,101 chrIV 636347 . G GA 4875 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=210;FS=0.000;HaplotypeScore=349.5719;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=23.21;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.924e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,172:210:99:4875,517,0 chrIV 636900 . A AT 2100.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.791;DP=125;FS=5.973;HaplotypeScore=73.6302;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.396;QD=16.81;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.264;SB=-1.037e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,90:125:99:2143,202,0 chrIV 645114 . AAG A 2711.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=43.2618;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.96;MQ0=0;QD=32.29;SB=-1.201e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,66:82:99:2754,219,0 chrIV 645240 . TG T 2035.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=166.1095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.55;MQ0=1;QD=29.51;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,63:66:99:2078,186,0 chrIV 651502 . C CT 2204.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=804.4608;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=36.15;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2247,184,0 chrIV 651554 . CT C 2148.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=1194.7664;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=31.14;RPA=2,1;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:69:99:2191,175,0 chrIV 651568 . GC G 1988.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=1153.1899;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.98;MQ0=0;QD=27.25;RPA=7,6;RU=C;SB=-2.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,64:73:99:2031,195,0 chrIV 652146 . T TAA 5168 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=963.6752;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.70;MQ0=0;QD=41.34;RPA=2,4;RU=A;SB=-1.894e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,117:125:99:5168,358,0 chrIV 652961 . CT C 1279.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=13.5600;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.07;MQ0=0;QD=19.39;RPA=8,7;RU=T;SB=-6.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,53:66:99:1322,150,0 chrIV 657606 . TCA T 3838 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=23.5839;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.22;MQ0=1;QD=39.98;RPA=2,1;RU=CA;SB=-1.313e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,89:94:99:3838,256,0 chrIV 658113 . CT C 1116.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.211;DP=82;FS=5.858;HaplotypeScore=36.9659;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.69;MQ0=0;MQRankSum=1.264;QD=13.62;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.070;SB=-5.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,57:82:99:1159,114,0 chrIV 667986 . AT A 3663 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=232.8607;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.27;MQ0=0;QD=27.96;SB=-1.524e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,118:103:99:3663,277,0 chrIV 667994 . GA G 2188.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=363.4030;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.52;MQ0=0;QD=17.94;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.023e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,106:93:99:2231,237,0 chrIV 668225 . AC A 1022.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=201.8261;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.27;MQ0=2;QD=10.88;RPA=3,2;RU=C;SB=-8.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,83:33:93:1065,93,0 chrIV 668815 . GA G 238.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.470;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9282;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.72;MQ0=0;MQRankSum=0.935;QD=15.91;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.401;SB=-5.251e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,12:15:11:280,11,0 chrIV 678226 . G GT 1215.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.429;DP=74;FS=2.887;HaplotypeScore=31.7185;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=1.352;QD=16.43;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=2.370;SB=-1.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,53:74:86:1258,86,0 chrIV 683941 . T TA 2276.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=149.3661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.02;MQ0=0;QD=26.48;RPA=3,4;RU=A;SB=-7.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,77:86:99:2319,220,0 chrIV 720543 . A AAAGACAAAAGCAAGCT 10053 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=24.5895;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.32;MQ0=0;QD=102.58;RPA=1,2;RU=AAGACAAAAGCAAGCT;SB=-3.574e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,77:98:99:10053,235,0 chrIV 721191 . AGTTGGCTTTTCG A 11407 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=151.0556;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.23;MQ0=0;QD=87.08;SB=-3.206e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:51,78:131:99:11407,319,0 chrIV 721724 . GA G 2053.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=29.7578;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.82;MQ0=0;QD=19.94;RPA=9,8;RU=A;SB=-6.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,95:103:99:2096,246,0 chrIV 722250 . TAA T 417.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.725;DP=21;FS=29.117;HaplotypeScore=127.8854;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.777;QD=19.86;RPA=7,5;RU=A;ReadPosRankSum=-2.725;SB=-1.705e-01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,16:21:17:459,17,0 chrIV 727773 . T TA 5384 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=187;FS=0.000;HaplotypeScore=49.6040;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.66;MQ0=0;QD=28.79;RPA=3,4;RU=A;SB=-2.233e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,180:187:99:5384,502,0 chrIV 734082 . ATTATAC A 5132 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=13.5552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.07;MQ0=0;QD=69.35;SB=-1.985e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,66:74:99:5132,187,0 chrIV 742290 . G GGTTATTGTC 14452 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=229;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=45.5730;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.91;MQ0=1;QD=63.11;RPA=1,2;RU=GTTATTGTC;SB=-6.227e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:52,176:228:99:14452,517,0 chrIV 746353 . CA C 1192.48 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.276;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=38.9610;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.055;QD=11.14;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.357;SB=-5.673e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,62:107:6:1231,0,6 chrIV 747085 . G GCAACAA,GCAA 9781 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=194;FS=0.000;HaplotypeScore=224.8660;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=61.59;MQ0=0;QD=50.42;RPA=7,9,8;RU=CAA;SB=-3.944e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:49,132,11:194:95:9781,501,95,5757,0,5327 chrIV 747514 . ACAGCAGCAGCAGCAGCAACAGCAG A 24598 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=206;FS=0.000;HaplotypeScore=1014.3814;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.58;MQ0=0;QD=119.41;SB=-1.189e+04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,198:205:99:24598,590,0 chrIV 750901 . CT C 3752 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=27.7993;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.95;MQ0=0;QD=26.80;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.803e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,133:140:99:3752,382,0 chrIV 751579 . T TG 7916 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=223;FS=0.000;HaplotypeScore=60.8799;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.28;MQ0=0;QD=35.50;RPA=1,2;RU=G;SB=-3.169e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,217:223:99:7916,626,0 chrIV 753495 . A AT 829.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=77.1457;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.23;MQ0=0;QD=27.67;SB=-5.800e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,29:30:87:872,87,0 chrIV 778909 . A AT 1471.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=57.8185;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.74;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,37:39:99:1514,111,0 chrIV 789241 . CTACT C 8092 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=38.8002;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.51;MQ0=0;QD=59.94;SB=-3.796e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,129:135:99:8092,373,0 chrIV 794603 . T TG 4651 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=174;FS=0.000;HaplotypeScore=68.5306;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.46;MQ0=0;QD=26.73;RPA=4,5;RU=G;SB=-1.674e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,153:174:99:4651,433,0 chrIV 801680 . C CTCTTCT,CTCT 6773 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.418;DP=178;FS=0.000;HaplotypeScore=44.5340;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=61.38;MQ0=0;MQRankSum=1.298;QD=38.05;RPA=13,15,14;RU=TCT;ReadPosRankSum=-0.237;SB=-2.722e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:70,97,9:178:80:6773,245,80,3696,0,3457 chrIV 811890 . CT C 2518.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.699;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=126.9647;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.445;QD=17.86;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.039;SB=-1.102e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,106:141:99:2561,293,0 chrIV 812962 . CAT C 869.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=70.6335;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.07;RPA=9,8;RU=AT;SB=-1.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,25:28:75:912,75,0 chrIV 813091 . TTG T 2389.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=10.4836;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.33;MQ0=0;QD=42.68;SB=-4.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,55:56:99:2432,157,0 chrIV 816631 . TA T 1480.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.197;DP=127;FS=3.629;HaplotypeScore=67.3845;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=1.528;QD=11.66;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.354;SB=-7.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,74:127:67:1523,67,0 chrIV 817531 . T TA 1932.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.052;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=255.2089;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.627;QD=15.59;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.849;SB=-6.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,67:124:99:1975,161,0 chrIV 817682 . AAT A 4106 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=147.9409;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.48;MQ0=0;QD=36.99;RPA=3,2;RU=AT;SB=-1.921e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,97:111:99:4106,298,0 chrIV 817729 . G GT 2297.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=230.2104;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.49;MQ0=0;QD=23.21;RPA=8,9;RU=T;SB=-7.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,85:99:99:2340,252,0 chrIV 821075 . T TAAA 3945 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=46.8661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.91;MQ0=0;QD=34.91;RPA=8,11;RU=A;SB=-1.652e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,83:112:99:3945,262,0 chrIV 854086 . AT A 1318.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=15.3744;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.86;MQ0=0;QD=21.62;RPA=9,8;RU=T;SB=-5.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,56:61:99:1361,159,0 chrIV 864990 . C CT 345.50 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.050;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=44.3692;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.64;MQ0=0;MQRankSum=0.854;QD=12.34;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.553;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,21:28:2:384,2,0 chrIV 867984 . TA T 3964 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=187;FS=0.000;HaplotypeScore=731.0965;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.38;MQ0=0;QD=21.20;RPA=11,10;RU=A;SB=-1.532e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,164:187:99:3964,456,0 chrIV 868111 . CA C 4719 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=194;FS=0.000;HaplotypeScore=83.6680;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.86;MQ0=0;QD=24.32;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.813e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,181:194:99:4719,505,0 chrIV 871818 . A AAAG 706.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=300.5201;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.62;MQ0=0;QD=41.59;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,7:17:48:749,48,0 chrIV 871823 . T TAC 263.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=74.8394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.64;MQ0=3;QD=20.23;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,7:10:22:305,22,0 chrIV 887046 . AT A 822.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=124.1586;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.89;MQ0=0;QD=21.66;RPA=11,10;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,35:38:99:865,104,0 chrIV 887096 . G GA 752.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.203;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=119.7224;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.014;QD=13.94;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.293;SB=-2.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,32:54:41:795,41,0 chrIV 892532 . C CA 424.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.073;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=43.1324;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.27;MQ0=0;MQRankSum=0.743;QD=11.80;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.743;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,21:36:52:467,52,0 chrIV 911454 . C CT 1956.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.251;DP=136;FS=1.752;HaplotypeScore=55.1984;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.257;QD=14.39;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.069;SB=-5.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:55,77:136:99:1999,108,0 chrIV 927319 . C CT 2338.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.649;DP=134;FS=3.656;HaplotypeScore=54.4379;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.343;QD=17.45;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.954;SB=-8.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,85:134:99:2381,146,0 chrIV 927438 . G GT 3119.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.316;DP=162;FS=4.404;HaplotypeScore=41.8584;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.79;MQ0=0;MQRankSum=1.525;QD=19.26;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.406;SB=-1.096e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,119:162:99:3162,256,0 chrIV 929184 . AT A 79.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=28.1556;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=6.60;RPA=12,11;RU=T;SB=-2.475e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,6:12:15:121,15,0 chrIV 930813 . GAA G 2430.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=170.0797;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.31;MQ0=1;QD=23.15;RPA=10,8;RU=A;SB=-1.133e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,78:104:99:2473,214,0 chrIV 930964 . CATATATATAT C 7384 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=294.9096;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.98;MQ0=0;QD=83.91;RPA=11,6;RU=AT;SB=-2.992e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,69:87:99:7384,205,0 chrIV 936493 . AT A 3703 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=613.9180;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.85;MQ0=0;QD=27.03;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.686e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,126:137:99:3703,352,0 chrIV 950553 . A AT 4564 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=203.9055;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.49;MQ0=0;QD=34.84;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.614e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,126:131:99:4564,364,0 chrIV 955986 . GA G 439.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.538;DP=70;FS=3.641;HaplotypeScore=90.3792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.12;MQ0=0;MQRankSum=1.606;QD=6.29;RPA=16,15;RU=A;ReadPosRankSum=0.592;SB=-2.246e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,16:69:42:479,0,42 chrIV 957589 . AT A 2365.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=62.2555;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=1.657;QD=22.75;RPA=8,7;RU=T;ReadPosRankSum=1.582;SB=-1.162e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,96:104:99:2408,270,0 chrIV 960412 . C CT 1687.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.898;DP=104;FS=1.681;HaplotypeScore=33.9821;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.990;QD=16.23;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.842;SB=-8.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,67:104:94:1730,94,0 chrIV 964572 . CT C 1980.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=30.0077;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.28;MQ0=0;QD=21.77;RPA=6,5;RU=T;SB=-8.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,81:91:99:2023,216,0 chrIV 977331 . AT A 2080.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.142;DP=103;FS=3.317;HaplotypeScore=27.3008;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.87;MQ0=0;MQRankSum=0.905;QD=20.20;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.299;SB=-9.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,90:103:99:2123,237,0 chrIV 1002291 . AT A 1549.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.904;DP=93;FS=2.846;HaplotypeScore=46.9410;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.135;QD=16.67;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.957;SB=-6.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,74:93:99:1592,175,0 chrIV 1012110 . A AT 807.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.549;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=75.8345;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.549;QD=13.93;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.242;SB=-3.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,40:58:40:850,40,0 chrIV 1013362 . C CA 1911.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.550;DP=91;FS=6.255;HaplotypeScore=186.2183;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.504;QD=21.01;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.091;SB=-4.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,71:91:99:1954,202,0 chrIV 1013843 . G GCACCCTACGC 11457 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=27.5840;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.37;MQ0=0;QD=105.11;SB=-4.108e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,88:109:99:11457,289,0 chrIV 1013977 . TC T 4804 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=183;FS=0.000;HaplotypeScore=651.1881;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.14;MQ0=0;QD=26.25;RPA=9,8;RU=C;SB=-2.271e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,163:183:99:4804,469,0 chrIV 1016332 . CT C 2323.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=259.0910;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;QD=23.47;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.086e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,93:99:99:2366,258,0 chrIV 1016710 . TCCC T 3327 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=240.5084;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.80;MQ0=0;QD=42.65;RPA=10,7;RU=C;SB=-7.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,68:78:99:3327,199,0 chrIV 1021881 . G GA 2213.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=13.7954;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.79;MQ0=0;QD=27.00;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.029e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,81:82:99:2256,234,0 chrIV 1023128 . TA T 1725.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=74.4638;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.81;MQ0=1;QD=31.38;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,51:54:99:1768,135,0 chrIV 1035649 . CAATGCATCA C 14841 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=1572.0905;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.51;MQ0=0;QD=96.37;SB=-5.211e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,131:154:99:14841,400,0 chrIV 1035661 . TC T 4618 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=2500.6400;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.04;MQ0=0;QD=34.21;RPA=2,1;RU=C;SB=-1.588e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,131:135:99:4618,402,0 chrIV 1037059 . TCC T 7820 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=185;FS=0.000;HaplotypeScore=382.0130;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.05;MQ0=1;QD=42.27;SB=-3.627e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,177:184:99:7820,515,0 chrIV 1038255 . G GT 2706.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=106.4446;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.34;MQ0=0;QD=28.20;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.000e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,92:96:99:2749,271,0 chrIV 1038649 . GTCATCA G 10438 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=201;FS=0.000;HaplotypeScore=368.7364;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.17;MQ0=0;QD=51.93;RPA=10,8;RU=TCA;SB=-4.414e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,150:201:99:10438,439,0 chrIV 1043114 . G GTATA 311.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=79.9758;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.45;MQ0=0;QD=15.55;RPA=7,9;RU=TA;SB=-1.166e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,6:20:18:353,18,0 chrIV 1052356 . AT A 2448.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=22.7581;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.63;MQ0=0;QD=23.78;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.074e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,94:103:99:2491,264,0 chrIV 1055183 . C CA 3874 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.500;DP=145;FS=3.076;HaplotypeScore=673.5107;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.23;MQ0=0;MQRankSum=0.167;QD=26.72;ReadPosRankSum=2.268;SB=-1.858e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,141:145:99:3874,397,0 chrIV 1057873 . AT A 313.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=203.0741;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.88;MQ0=0;QD=13.08;RPA=11,10;RU=T;SB=-7.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,16:24:45:356,45,0 chrIV 1057929 . A ATT 378.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=65.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.12;MQ0=0;QD=23.69;RPA=11,13;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,10:16:36:421,36,0 chrIV 1059951 . GAAA G 4904 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.926;DP=208;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=2285.9883;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.377;QD=23.58;RPA=5,2;RU=A;ReadPosRankSum=-0.652;SB=-1.880e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:138,69:208:99:4904,484,0 chrIV 1079010 . AT A 100.06 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.380;DP=73;FS=3.229;HaplotypeScore=75.7489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.66;MQ0=0;MQRankSum=1.436;QD=1.37;RPA=20,19;RU=T;ReadPosRankSum=0.974;SB=-6.655e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,8:73:99:139,0,243 chrIV 1080944 . GTGTATGTAATGTTAAGCGCTAAATA G 4387 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=18.0022;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.40;MQ0=0;QD=54.84;RPA=2,1;RU=TGTATGTAATGTTAAGCGCTAAATA;SB=-6.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,44:80:99:4387,120,0 chrIV 1084521 . GA G 144.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.849;DP=102;FS=3.644;HaplotypeScore=39.0707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.121;QD=1.42;RPA=15,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.456;SB=-5.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,18:102:99:184,0,1105 chrIV 1101983 . C CTT 741.50 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.982;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=32.5551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.69;MQ0=0;MQRankSum=0.378;QD=14.83;RPA=12,14;RU=T;ReadPosRankSum=-0.831;SB=-2.195e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,21:50:36:778,0,36 chrIV 1105909 . ATT A,AT 818.21 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.728;DP=83;FS=4.162;HaplotypeScore=66.0678;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=1.868;QD=9.86;RPA=16,14,15;RU=T;ReadPosRankSum=0.967;SB=-4.058e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:31,8,2:82:48:896,660,984,101,0,48 chrIV 1108233 . C CAT 3627 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.013;DP=129;FS=3.049;HaplotypeScore=32.7305;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.706;QD=28.12;RPA=5,6;RU=AT;ReadPosRankSum=-0.911;SB=-1.786e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,98:129:99:3627,209,0 chrIV 1108511 . T TC 6943 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=184;FS=0.000;HaplotypeScore=342.3048;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.18;MQ0=0;QD=37.73;SB=-3.232e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,179:184:99:6943,521,0 chrIV 1108600 . GAA G,GA 1541.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.678;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=160.2384;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.50;MQ0=0;MQRankSum=0.866;QD=10.94;RPA=16,14,15;RU=A;ReadPosRankSum=1.678;SB=-6.895e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:71,50,0:141:68:1620,149,68,1091,0,931 chrIV 1109962 . ATTC A 2260.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=41.0241;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.95;MQ0=0;QD=46.14;RPA=2,1;RU=TTC;SB=-9.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,47:49:99:2303,132,0 chrIV 1110188 . GA G 243.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6908;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.11;RPA=4,3;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27:286,27,0 chrIV 1110371 . CA C 629.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3180;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.38;MQ0=0;QD=20.32;RPA=9,8;RU=A;SB=-2.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,28:31:78:672,78,0 chrIV 1111863 . AT A 2201.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=19.6471;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.13;MQ0=0;QD=23.18;RPA=7,6;RU=T;SB=-8.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,88:95:99:2244,249,0 chrIV 1150910 . A AG 4754 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=34.8702;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.20;MQ0=0;QD=31.69;RPA=2,3;RU=G;SB=-1.799e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,142:148:99:4754,406,0 chrIV 1174179 . C CA 5007 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=193;FS=0.000;HaplotypeScore=313.3958;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.20;MQ0=0;QD=25.94;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.749e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,177:193:99:5007,502,0 chrIV 1174453 . TAAA T 4317 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=254.2758;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.84;MQ0=0;QD=39.25;RPA=11,8;RU=A;SB=-1.772e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,91:110:99:4317,286,0 chrIV 1174736 . C CA 3817 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=561.1651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.82;MQ0=0;QD=33.78;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.724e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,107:113:99:3817,304,0 chrIV 1212650 . C CT 339.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=118.5911;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.07;MQ0=0;QD=28.33;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:12:30:382,30,0 chrIV 1212724 . G GA 1633.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=175.9917;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.63;MQ0=0;QD=22.08;RPA=8,9;RU=A;SB=-8.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,64:74:99:1676,186,0 chrIV 1212811 . A AG 2149.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=14.5388;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.92;MQ0=0;QD=29.86;RPA=3,4;RU=G;SB=-3.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,67:72:99:2192,201,0 chrIV 1241111 . GA G 724.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.545;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=16.7135;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;MQRankSum=1.337;QD=17.26;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.634;SB=-3.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,35:42:79:767,79,0 chrIV 1242276 . GA G 2010.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.564;DP=124;FS=6.790;HaplotypeScore=37.6365;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.33;MQ0=0;MQRankSum=0.346;QD=16.22;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.481;SB=-8.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,94:124:99:2053,212,0 chrIV 1250067 . GA G 3093.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.477;DP=147;FS=3.257;HaplotypeScore=37.1890;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.58;MQ0=0;MQRankSum=0.423;QD=21.05;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.450;SB=-1.427e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,129:147:99:3136,354,0 chrIV 1267580 . C CTGTA 12374 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=183;FS=0.000;HaplotypeScore=1038.4158;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.11;MQ0=0;QD=67.62;SB=-5.258e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,152:183:99:12374,533,0 chrIV 1267582 . ACTTC A 9635 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=1176.7089;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.11;MQ0=0;QD=60.60;SB=-3.923e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,148:159:99:9635,457,0 chrIV 1269267 . TGAA T 8380 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=207;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=117.5524;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=40.48;RPA=5,4;RU=GAA;SB=-3.950e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,176:207:99:8380,527,0 chrIV 1269508 . G GAA 3104.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=97.4763;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.65;MQ0=0;QD=24.45;RPA=9,11;RU=A;SB=-1.246e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,93:127:99:3147,273,0 chrIV 1269782 . A AT 2044.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=152.3256;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;QD=24.34;RPA=8,9;RU=T;SB=-5.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,77:84:99:2087,229,0 chrIV 1269956 . TA T 4180 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=25.0299;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;QD=34.83;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.851e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,117:120:99:4180,328,0 chrIV 1272102 . CT C 1198.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=89.1046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.37;MQ0=0;QD=18.17;RPA=11,10;RU=T;SB=-4.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,56:66:99:1241,155,0 chrIV 1274074 . G GA 2295.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=284.0274;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;QD=22.96;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.081e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,88:100:99:2338,243,0 chrIV 1276579 . C CAGTT 8141 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=258.1418;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.69;MQ0=0;QD=59.42;RPA=1,2;RU=AGTT;SB=-3.201e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,118:136:99:8141,382,0 chrIV 1277186 . AT A 4518 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=271.1666;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=33.22;RPA=3,2;RU=T;SB=-2.089e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,133:136:99:4518,385,0 chrIV 1292243 . AAT A 5786 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=25.0578;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.75;MQ0=0;QD=44.51;SB=-2.542e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,129:130:99:5786,373,0 chrIV 1302581 . TA T 2207.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=161.9606;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.09;MQ0=0;QD=24.81;RPA=5,4;RU=A;SB=-7.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,81:89:99:2250,231,0 chrIV 1305680 . TG T 3140.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=164.6763;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.30;MQ0=0;QD=29.63;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.315e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,93:102:99:3183,271,0 chrIV 1305715 . A AT 2006.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=198.4949;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.93;MQ0=0;QD=23.61;RPA=5,6;RU=T;SB=-9.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,72:81:99:2049,207,0 chrIV 1330149 . G GT 1521.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=49.1441;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.27;RPA=10,11;RU=T;SB=-7.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,58:79:99:1564,182,0 chrIV 1330230 . G GT 2017.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=46.4057;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.16;MQ0=0;QD=29.25;RPA=2,3;RU=T;SB=-5.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,61:69:99:2060,183,0 chrIV 1340778 . AT A 2231.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=256.1885;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.93;MQ0=1;QD=21.26;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.039e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,87:104:99:2274,246,0 chrIV 1341641 . TCCCC T 5417 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=100.9380;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.21;MQ0=0;QD=57.02;RPA=11,7;RU=C;SB=-2.458e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,91:95:99:5417,271,0 chrIV 1344490 . AAGG A 4560 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=103.9945;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.52;MQ0=0;QD=43.85;RPA=3,2;RU=AGG;SB=-9.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,94:104:99:4560,271,0 chrIV 1345379 . C CA 4726 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=28.1928;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.84;MQ0=0;QD=39.71;SB=-1.025e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,111:119:99:4726,349,0 chrIV 1346537 . CTGCTGT C 7960 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;FS=0.000;HaplotypeScore=32.7227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.61;MQ0=0;QD=48.24;RPA=4,3;RU=TGCTGT;SB=-3.543e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,129:165:99:7960,364,0 chrIV 1352723 . GAC G 164.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.495;DP=50;FS=13.222;HaplotypeScore=209.0077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=10.48;MQ0=42;MQRankSum=1.495;QD=3.30;ReadPosRankSum=1.495;SB=-2.745e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,6:7:82:204,0,82 chrIV 1352728 . A AT 116.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.495;DP=53;FS=13.222;HaplotypeScore=213.8499;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=10.18;MQ0=45;MQRankSum=1.495;QD=2.21;ReadPosRankSum=0.198;SB=-2.745e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,6:7:62:156,0,62 chrIV 1352733 . A AT 102.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.495;DP=55;FS=13.222;HaplotypeScore=215.2643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=9.99;MQ0=47;MQRankSum=1.495;QD=1.87;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=-1.495;SB=-2.745e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,6:7:56:142,0,56 chrIV 1359411 . A AT 1920.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=36.3475;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.95;MQ0=0;QD=21.83;RPA=8,9;RU=T;SB=-9.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,76:88:99:1963,218,0 chrIV 1366136 . CA C 2990.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=25.4595;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.32;MQ0=0;QD=22.66;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.340e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,122:132:99:3033,345,0 chrIV 1385147 . C CA 3338 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=28.0006;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=26.92;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.357e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,116:124:99:3338,328,0 chrIV 1385310 . C CT 2684.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=279.1016;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.64;MQ0=0;QD=32.74;RPA=1,2;RU=T;SB=-3.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,73:82:99:2727,223,0 chrIV 1398960 . CA C 2254.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=135.6984;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.82;MQ0=0;QD=21.89;RPA=8,7;RU=A;SB=-8.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,96:103:99:2297,261,0 chrIV 1401450 . A AC 3348 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=212.2052;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.86;MQ0=0;QD=27.44;RPA=3,4;RU=C;SB=-1.363e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,117:122:99:3348,316,0 chrIV 1404363 . TA T 1328.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=10.3826;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.91;RPA=7,6;RU=A;SB=-6.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,52:58:99:1371,150,0 chrIV 1410138 . A AT 3877 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=540.6919;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.66;MQ0=0;QD=31.02;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.161e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,115:125:99:3877,343,0 chrIV 1411307 . GAA G 7940 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=195;FS=0.000;HaplotypeScore=1269.1329;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.21;MQ0=0;QD=40.72;RPA=3,1;RU=A;SB=-3.828e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,179:195:99:7940,533,0 chrIV 1412225 . GAA G 1289.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.688;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=50.8194;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.515;QD=14.66;RPA=15,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.095;SB=-5.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,40:88:99:1332,124,0 chrIV 1412422 . G GCCACCA 8218 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=301.9305;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.95;MQ0=0;QD=51.04;RPA=5,7;RU=CCA;SB=-2.148e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,121:161:99:8218,365,0 chrIV 1424802 . T TTA 4184 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=25.2051;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.98;MQ0=1;QD=37.03;RPA=3,4;RU=TA;SB=-1.305e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,101:112:99:4184,298,0 chrIV 1429311 . GTTT G 10789 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=245;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=223.3906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.71;MQ0=0;QD=44.04;RPA=7,4;RU=T;SB=-4.795e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,226:245:99:10789,668,0 chrIV 1443639 . A ATT 676.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=68.8395;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.57;MQ0=0;QD=20.51;RPA=3,5;RU=T;SB=-3.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,16:33:67:719,67,0 chrIV 1447521 . T TA 1479.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.282;DP=86;FS=8.772;HaplotypeScore=232.9897;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.40;MQ0=0;MQRankSum=0.524;QD=17.21;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.658;SB=-4.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,62:86:99:1522,100,0 chrIV 1450500 . AC A 3505 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=257.6829;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.15;MQ0=0;QD=33.38;SB=-1.467e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,102:105:99:3505,292,0 chrIV 1450690 . A AT 2782.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=599.4072;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.31;MQ0=0;QD=26.01;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.189e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,103:107:99:2825,288,0 chrIV 1451031 . G GA 1604.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.428;DP=93;FS=3.260;HaplotypeScore=898.5453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.59;MQ0=0;MQRankSum=0.264;QD=17.26;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.498;SB=-4.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,58:93:99:1647,159,0 chrIV 1451128 . A AT 1477.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.388;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=348.7117;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.55;MQ0=0;MQRankSum=1.762;QD=18.71;ReadPosRankSum=0.000;SB=-7.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,54:79:99:1520,169,0 chrIV 1453159 . AT A 1077.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=134.1387;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.41;MQ0=0;QD=28.37;RPA=4,3;RU=T;SB=-2.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,37:38:99:1120,108,0 chrIV 1456594 . A AAAACAT 3728 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=14.3827;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;QD=58.25;SB=-1.239e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,56:64:99:3728,174,0 chrIV 1459281 . G GT 2208.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=32.3026;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.77;MQ0=0;QD=21.87;RPA=7,8;RU=T;SB=-8.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,78:101:99:2251,243,0 chrIV 1459631 . C CT 4539 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;FS=0.000;HaplotypeScore=718.2729;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;QD=27.02;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.987e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,159:168:99:4539,457,0 chrIV 1462121 . TACTATA T 6551 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=580.0865;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.61;MQ0=0;QD=65.51;RPA=2,1;RU=ACTATA;SB=-3.100e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,84:100:99:6551,250,0 chrIV 1462274 . G GA 2753.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=22.8093;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.32;MQ0=0;QD=25.04;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.359e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,93:110:99:2796,291,0 chrIV 1466418 . GTTT G 1108.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.628;DP=62;FS=3.424;HaplotypeScore=171.9874;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.683;QD=17.89;RPA=17,14;RU=T;ReadPosRankSum=1.418;SB=-4.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,27:62:75:1151,75,0 chrIV 1468506 . C CAA,CA 1367.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.247;DP=91;FS=8.265;HaplotypeScore=161.2674;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.68;MQ0=0;MQRankSum=1.247;QD=15.03;RPA=13,15,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.371;SB=-6.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:51,8,30:91:99:1446,687,657,341,0,217 chrIV 1468657 . CA C 2573.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=129.6585;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.58;MQ0=0;QD=25.48;RPA=6,5;RU=A;SB=-9.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,97:101:99:2616,279,0 chrIV 1468883 . GT G 5913 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=214;FS=0.000;HaplotypeScore=1116.4565;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.17;MQ0=0;QD=27.63;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.811e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,204:214:99:5913,598,0 chrIV 1469091 . GA G 2856.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.496;DP=168;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=271.5120;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.70;MQ0=0;MQRankSum=0.272;QD=17.01;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.224;SB=-1.278e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,120:167:99:2899,296,0 chrIV 1469241 . G GA 3638 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=831.4669;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.23;MQ0=0;QD=25.62;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.770e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,132:141:99:3638,385,0 chrIV 1470478 . TA T 2406.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=132;FS=3.449;HaplotypeScore=36.0800;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.100;QD=18.23;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.632;SB=-1.030e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,100:132:99:2449,298,0 chrIV 1470991 . C CT 3966 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=23.4298;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.43;MQ0=0;QD=36.39;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.927e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,107:109:99:3966,319,0 chrIV 1476639 . TTC T 6918 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;FS=0.000;HaplotypeScore=157.5893;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.08;MQ0=0;QD=41.18;SB=-2.915e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,163:168:99:6918,448,0 chrIV 1485402 . C CA 619.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.484;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=160.0524;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.622;QD=18.23;ReadPosRankSum=1.383;SB=-2.100e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,24:34:62:662,62,0 chrIV 1487183 . G GA 2399.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=33.5694;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.61;MQ0=0;QD=26.37;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.117e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,84:91:99:2442,240,0 chrIV 1487384 . CA C 866.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.468;DP=64;FS=6.320;HaplotypeScore=64.7145;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.303;QD=13.55;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.248;SB=-4.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,44:63:80:909,80,0 chrIV 1489201 . TA T 1639.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=115.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=28.28;RPA=4,3;RU=A;SB=-9.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,55:58:99:1682,159,0 chrIV 1490904 . CTT C 2705.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=227.0084;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.66;MQ0=0;QD=28.19;RPA=9,7;RU=T;SB=-6.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,81:96:99:2748,232,0 chrIV 1492419 . G GA 2487.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=467.6899;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.180;QD=20.91;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=-1.263;SB=-9.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,95:118:99:2530,283,0 chrIV 1492428 . AAT A 4640 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=352.1075;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.08;MQ0=1;QD=41.06;SB=-1.698e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,96:111:99:4640,310,0 chrIV 1492503 . T TG 3137.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=170.7523;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.83;MQ0=1;QD=35.26;SB=-1.535e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,81:87:99:3180,241,0 chrIV 1492673 . TATTA T 4780 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=18.1392;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.37;MQ0=0;QD=53.11;RPA=2,1;RU=ATTA;SB=-2.274e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,83:90:99:4780,238,0 chrIV 1492990 . C CA 2963.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=303.1493;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.97;MQ0=0;QD=23.90;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.367e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,106:124:99:3006,318,0 chrIV 1493077 . AT A 4506 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=861.0367;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.40;MQ0=0;QD=34.14;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.563e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,122:132:99:4506,367,0 chrIV 1493407 . TCTGAG T 7034 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=150.7720;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.60;MQ0=0;QD=65.74;SB=-3.288e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,102:107:99:7034,286,0 chrIV 1496116 . C CT 1155.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.887;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=240.4692;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=0.543;QD=16.06;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.755;SB=-1.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,48:72:41:1198,41,0 chrIV 1496147 . A AT 2239.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=157.5131;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=23.58;RPA=7,8;RU=T;SB=-3.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,88:95:99:2282,240,0 chrIV 1501055 . G GA 757.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.797;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=346.5806;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.257;QD=10.99;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.674;SB=-2.869e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,37:69:32:797,0,32 chrIV 1502887 . AC A 3216.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=494.3556;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.33;MQ0=0;QD=34.22;RPA=2,1;RU=C;SB=-1.473e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,92:94:99:3259,262,0 chrIV 1502990 . TTC T 3967 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=199.9240;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.50;MQ0=0;QD=44.08;SB=-1.407e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:90:99:3967,247,0 chrIV 1503838 . C CAGA 5385 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=613.3361;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.29;MQ0=0;QD=47.24;RPA=1,2;RU=AGA;SB=-1.967e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,102:112:99:5385,304,0 chrIV 1505479 . C CT 2110.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.943;DP=93;FS=4.827;HaplotypeScore=209.1366;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=1.338;QD=22.70;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.329;SB=-6.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,81:93:99:2153,210,0 chrIV 1505853 . AT A 2993.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=380.6111;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.77;MQ0=0;QD=31.85;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.444e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,91:94:99:3036,262,0 chrIV 1509726 . CT C 3855 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=252.6439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.11;MQ0=0;QD=38.17;SB=-1.261e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,97:101:99:3855,280,0 chrIV 1513956 . C CTT 2272.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.088;DP=103;FS=5.834;HaplotypeScore=34.3496;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=0.063;QD=22.07;RPA=11,13;RU=T;ReadPosRankSum=-1.388;SB=-1.077e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,69:103:99:2315,124,0 chrIV 1514915 . AT A 3352 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=48.9194;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.67;MQ0=0;QD=30.47;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.576e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,105:110:99:3352,280,0 chrIV 1515034 . TAA T 4334 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.623;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=41.0955;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.94;MQ0=1;MQRankSum=-1.678;QD=29.89;RPA=11,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.378;SB=-1.481e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,122:144:99:4334,377,0 chrIV 1515941 . A AATAG 8527 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=1018.7579;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.17;MQ0=0;QD=60.48;SB=-3.229e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,125:141:99:8527,397,0 chrIV 1516641 . T TG 5631 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.320;DP=197;FS=0.000;HaplotypeScore=1429.2745;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.734;QD=28.58;ReadPosRankSum=2.216;SB=-2.635e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,180:197:99:5631,557,0 chrIV 1517680 . GT G 1305.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.638;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=311.1409;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.13;MQ0=0;MQRankSum=0.226;QD=17.41;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.791;SB=-4.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,56:75:99:1348,127,0 chrIV 1517858 . G GA 2274.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=241.5946;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.81;MQ0=0;QD=22.98;RPA=8,9;RU=A;SB=-8.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,87:99:99:2317,260,0 chrIV 1518486 . A AG 94.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=15.4731;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.18;MQ0=1;QD=15.70;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,5:5:15:136,15,0 chrIV 1518947 . C CT 756.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.815;DP=78;FS=3.280;HaplotypeScore=382.7169;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.138;QD=9.70;ReadPosRankSum=0.831;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,38:78:61:799,61,0 chrIV 1521561 . TA T 5185 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=190;FS=0.000;HaplotypeScore=1243.8042;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.90;MQ0=0;QD=27.29;RPA=5,4;RU=A;SB=-2.442e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,169:190:99:5185,502,0 chrIV 1521818 . C CA 1519.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.186;DP=107;FS=12.739;HaplotypeScore=1252.8284;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.292;QD=14.21;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.718;SB=-6.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,68:107:56:1562,56,0 chrIV 1521847 . CAAGTGCTAATTATATCTTTTCCTTGACAA C 11988 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=325.1924;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.62;MQ0=0;QD=181.64;SB=-4.948e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,38:66:99:11988,163,0 chrIV 1522428 . A AT 2155.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=711.1769;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.31;MQ0=0;QD=31.71;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,60:68:99:2198,195,0 chrIV 1522430 . AT A 2067.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=693.2291;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.83;MQ0=0;QD=31.81;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,61:65:99:2110,189,0 chrIV 1522520 . T TG 3175.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=861.8344;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.64;MQ0=0;QD=32.41;SB=-1.353e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,93:98:99:3218,268,0 chrIV 1522851 . C CT 7438 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=237;FS=0.000;HaplotypeScore=1069.7488;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.88;MQ0=0;QD=31.38;RPA=2,3;RU=T;SB=-3.516e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,222:236:99:7438,656,0 chrIV 1522916 . T TG 6527 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=207;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1647.4653;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.00;MQ0=0;QD=31.53;RPA=2,3;RU=G;SB=-2.600e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,183:206:99:6527,557,0 chrIV 1524111 . T TG 166.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.123;DP=22;FS=36.994;HaplotypeScore=172.7389;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.77;MQ0=2;MQRankSum=-1.120;QD=7.59;ReadPosRankSum=1.473;SB=-2.876e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,6:15:99:206,0,299 chrIV 1524449 . CA C 964.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=270.9372;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.95;MQ0=1;QD=26.08;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,34:27:75:1007,75,0 chrIV 1524964 . GT G 821.08 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.834;DP=36;FS=36.085;HaplotypeScore=226.9371;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.31;MQ0=2;MQRankSum=1.521;QD=22.81;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=0.622;SB=-3.119e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,29:30:13:860,0,13 chrIV 1525108 . AG A 1529.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=1161.1800;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.55;MQ0=5;QD=28.33;SB=-8.100e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,50:38:99:1572,114,0 chrIV 1525117 . TA T 1382.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.324;DP=50;FS=28.698;HaplotypeScore=1214.4688;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.69;MQ0=2;MQRankSum=1.242;QD=27.66;ReadPosRankSum=-2.006;SB=-2.547e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,45:39:37:1425,37,0 chrIV 1525146 . G GCTGATGGTA 3048.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=1123.8475;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.76;MQ0=0;QD=70.91;SB=-2.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,23:39:99:3091,108,0 chrIV 1525149 . G GGA 761.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.592;DP=40;FS=8.403;HaplotypeScore=1231.6757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.081;QD=19.05;ReadPosRankSum=3.651;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,23:36:99:801,0,576 chrIV 1525292 . AG A 230.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.978;DP=17;FS=12.632;HaplotypeScore=290.6641;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.89;MQ0=1;MQRankSum=-0.978;QD=13.59;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=2.262;SB=0.134;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,10:11:79:270,0,79 chrIV 1525311 . A AG 261.76 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.738;DP=14;FS=10.792;HaplotypeScore=265.4290;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.41;MQ0=1;MQRankSum=-0.869;QD=18.70;ReadPosRankSum=-0.579;SB=-3.795e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,12:12:4:300,0,4 chrIV 1525316 . GA G 295.42 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.738;DP=14;FS=10.792;HaplotypeScore=262.0426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.41;MQ0=1;MQRankSum=0.000;QD=21.10;ReadPosRankSum=-1.738;SB=-4.459e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,12:12:1:333,0,1 chrIV 1525415 . TG T 135.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.709;DP=43;FS=2.059;HaplotypeScore=65.0368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.02;MQ0=19;MQRankSum=0.412;QD=3.16;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=0.177;SB=-8.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,10:21:99:175,0,198 chrIV 1525435 . T TG 301.50 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.290;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=132.9709;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.53;MQ0=8;MQRankSum=1.159;QD=11.60;RPA=2,3;RU=G;ReadPosRankSum=1.448;SB=-1.009e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,9:17:4:341,4,0 chrIV 1525445 . T TG 179.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.391;DP=27;FS=2.331;HaplotypeScore=165.6751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.76;MQ0=5;MQRankSum=-0.439;QD=6.67;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=-2.879;SB=-9.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,6:19:99:219,0,201 chrIV 1525460 . TGGTGTGT T,TGTGTGT 1099.94 filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.140;DP=49;FS=6.140;HaplotypeScore=146.8575;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=28.25;MQ0=5;MQRankSum=1.639;QD=22.45;ReadPosRankSum=0.796;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:33,0,0:37:99:1178,739,1497,475,0,381 chrIV 1525462 . GTGTGTAT G,GGTGTAT 969.94 filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.182;DP=50;FS=5.798;HaplotypeScore=168.4798;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=28.35;MQ0=5;MQRankSum=1.641;QD=19.40;ReadPosRankSum=1.277;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:24,0,0:38:99:1048,881,2457,180,0,106 chrIX 22116 . T TA 506.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.386;DP=89;FS=2.571;HaplotypeScore=90.5070;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.73;MQ0=27;MQRankSum=0.434;QD=5.70;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-1.071;SB=-1.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,36:62:99:546,0,281 chrIX 25346 . G GA 550.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.980;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=1000.9309;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=0.649;QD=13.77;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=5.149;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,24:40:99:590,0,404 chrIX 25349 . AC A 516.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.928;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=1005.6352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=1.128;QD=12.92;ReadPosRankSum=3.155;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,24:40:62:556,0,62 chrIX 25839 . C CGGT 1521.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=403.6725;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.84;MQ0=0;QD=54.36;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,27:26:78:1564,78,0 chrIX 26542 . A AT 1477.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.239;DP=92;FS=2.631;HaplotypeScore=731.5686;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.717;QD=16.06;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=2.090;SB=-5.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,61:92:99:1520,135,0 chrIX 26881 . T TC 2603.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=390.9588;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.78;MQ0=0;QD=28.61;RPA=3,4;RU=C;SB=-9.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,84:90:99:2646,247,0 chrIX 26901 . CA C 1555.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=457.3652;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.69;MQ0=0;QD=18.31;RPA=8,7;RU=A;SB=-6.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,67:84:99:1598,195,0 chrIX 27110 . TC T 1730.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=985.5448;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=33.29;SB=-7.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:52:99:1773,144,0 chrIX 27115 . T TG 1733.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=960.0869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=34.68;SB=-6.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,48:50:99:1776,144,0 chrIX 27191 . A AT 2551.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=1009.4456;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.44;MQ0=0;QD=25.27;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.044e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,89:101:99:2594,267,0 chrIX 27196 . C CT 1853.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.606;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=1084.1432;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.56;MQ0=0;MQRankSum=0.217;QD=18.73;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.303;SB=-7.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,77:99:99:1896,222,0 chrIX 27297 . ACT A 3822 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=221.7291;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.39;MQ0=0;QD=44.44;SB=-1.443e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:86:99:3822,244,0 chrIX 27554 . A ATATGATTTGAAG 15763 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=237.6802;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.67;MQ0=0;QD=115.90;SB=-5.451e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,85:136:99:15763,367,0 chrIX 27969 . C CGAT 4300 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=706.1180;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.97;MQ0=0;QD=46.74;RPA=1,2;RU=GAT;SB=-1.625e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,81:92:99:4300,256,0 chrIX 28211 . CT C 2558.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=892.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.80;MQ0=0;QD=19.84;RPA=9,8;RU=T;SB=-8.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,115:129:99:2601,326,0 chrIX 28539 . TTA T 352.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=50.9129;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.90;MQ0=0;QD=11.39;RPA=9,8;RU=TA;SB=-1.579e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,14:31:36:395,36,0 chrIX 32673 . AG A 4509 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=331.2203;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.57;MQ0=0;QD=33.40;SB=-1.400e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,133:135:99:4509,382,0 chrIX 33054 . G GAA 4101 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=557.2527;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.36;MQ0=0;QD=33.34;RPA=3,5;RU=A;SB=-1.259e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,108:123:99:4101,310,0 chrIX 33169 . T TGCGTTATG 5218 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=231.0596;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.80;MQ0=0;QD=81.53;SB=-1.236e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,41:64:99:5218,163,0 chrIX 34613 . A AT 2805.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=41.5354;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.61;MQ0=0;QD=21.58;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.097e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,117:130:99:2848,327,0 chrIX 37201 . C CTTT,CTT 1577.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=45.7631;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.78;MQ0=0;QD=24.28;RPA=11,14,13;RU=T;SB=-6.287e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:18,34,9:65:70:1656,203,70,730,0,596 chrIX 37299 . CT C 1795.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=160.0559;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.13;RPA=9,8;RU=T;SB=-6.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,80:85:99:1838,230,0 chrIX 37322 . C CT 1658.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.241;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=199.6690;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-2.404;QD=18.03;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.950;SB=-5.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,64:92:99:1701,156,0 chrIX 39373 . TA T 1186.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.924;DP=75;FS=4.559;HaplotypeScore=561.6452;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.866;QD=15.83;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.346;SB=-4.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,52:75:99:1229,152,0 chrIX 39412 . CA C 1697.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=665.4186;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.99;MQ0=0;QD=21.77;RPA=5,4;RU=A;SB=-6.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,66:78:99:1740,189,0 chrIX 44284 . ACCACCACCG A 13144 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=392.8923;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.41;MQ0=0;QD=81.64;SB=-3.552e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,156:161:99:13144,445,0 chrIX 49507 . G GAGC 3865 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.826;DP=136;FS=7.424;HaplotypeScore=365.5061;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.528;QD=28.42;RPA=8,9;RU=AGC;ReadPosRankSum=0.907;SB=-1.535e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:57,79:136:99:3865,217,0 chrIX 51318 . ATTT A 3978 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=301.6712;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.98;MQ0=0;QD=38.62;RPA=11,8;RU=T;SB=-8.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,90:103:99:3978,265,0 chrIX 69689 . GT G 482.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.609;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=122.3853;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.743;QD=15.09;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.486;SB=-8.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,24:32:58:525,58,0 chrIX 80355 . AT A 97.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8770;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=13.87;RPA=10,9;RU=T;SB=-4.462e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:18:139,18,0 chrIX 97064 . CT C 1459.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=24.7923;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.40;RPA=9,8;RU=T;SB=-2.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,66:89:99:1502,194,0 chrIX 97282 . GA G 1487.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.280;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=40.1486;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.280;QD=14.88;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.576;SB=-9.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,74:100:99:1530,176,0 chrIX 100530 . AT A 1744.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=196.9651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.35;MQ0=0;QD=17.63;RPA=10,9;RU=T;SB=-6.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,80:99:99:1787,233,0 chrIX 100618 . AG A 2337.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=188.1522;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.55;MQ0=0;QD=29.22;RPA=3,2;RU=G;SB=-9.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,73:79:99:2380,214,0 chrIX 102480 . C CT 3508 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=705.7687;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.76;MQ0=0;QD=28.29;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.454e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,106:124:99:3508,337,0 chrIX 102536 . CTTTTTT C 5654 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=640.2089;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.60;MQ0=0;QD=45.60;RPA=14,8;RU=T;SB=-2.454e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,93:124:99:5654,259,0 chrIX 105433 . A AAAT 710.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=22.7054;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.27;MQ0=0;QD=35.55;RPA=3,4;RU=AAT;SB=-9.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,18:20:51:753,51,0 chrIX 122089 . GTTT G 4446 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=36.2758;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.06;MQ0=1;QD=35.85;RPA=12,9;RU=T;SB=-1.259e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,110:123:99:4446,319,0 chrIX 125862 . ATT A 2139.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=20.3675;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.55;MQ0=0;QD=29.31;RPA=10,8;RU=T;SB=-8.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,67:73:99:2182,198,0 chrIX 126009 . TC T 2136.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.688;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=27.8202;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.110;QD=23.48;RPA=5,4;RU=C;ReadPosRankSum=-0.460;SB=-5.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,67:91:99:2179,232,0 chrIX 126162 . AAT A 4741 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=38.0255;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.80;MQ0=0;QD=34.36;RPA=3,2;RU=AT;SB=-1.696e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,127:138:99:4741,364,0 chrIX 127338 . GTTT G 4275 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=46.0157;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=32.39;RPA=12,9;RU=T;SB=-1.355e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,111:132:99:4275,320,0 chrIX 127655 . AT A 2935.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=485.2085;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.11;MQ0=0;QD=24.07;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.129e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,115:122:99:2978,327,0 chrIX 127913 . C CTTTTT 5797 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=217.2067;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.38;MQ0=0;QD=43.92;RPA=7,12;RU=T;SB=-2.717e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,85:132:99:5797,296,0 chrIX 128099 . GA G 2252.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.717;DP=120;FS=3.424;HaplotypeScore=33.4078;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=1.697;QD=18.77;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=1.347;SB=-1.038e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,104:120:99:2295,270,0 chrIX 128727 . TC T 2517.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.479;DP=248;DS;FS=0.704;HaplotypeScore=1069.5052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.446;QD=10.15;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=8.357;SB=-1.150e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:111,136:246:97:2557,0,97 chrIX 128730 . TCC T 4927 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=7.931;DP=250;DS;FS=4.506;HaplotypeScore=855.1636;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=2.283;QD=19.71;ReadPosRankSum=8.648;SB=-2.061e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:114,136:248:99:4927,236,0 chrIX 130294 . AT A 3079.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=521.9447;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.67;MQ0=0;QD=27.02;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.526e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,110:114:99:3122,301,0 chrIX 130566 . G GA 2803.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.068;DP=143;FS=6.697;HaplotypeScore=717.7030;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.371;QD=19.61;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.651;SB=-1.287e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,122:143:99:2846,294,0 chrIX 133980 . ATT A 1900.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=52.3416;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.03;MQ0=0;MQRankSum=0.420;QD=20.66;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.050;SB=-8.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,63:92:99:1943,193,0 chrIX 134262 . CA C 2360.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=302.0563;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.85;MQ0=0;QD=21.66;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.018e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,99:109:99:2403,285,0 chrIX 134329 . T TAA 2952.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=240.6028;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.07;MQ0=0;QD=26.60;RPA=7,9;RU=A;SB=-1.242e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,85:111:99:2995,253,0 chrIX 137688 . TGG T 817.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.885;DP=48;FS=10.538;HaplotypeScore=827.7405;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.99;MQ0=0;MQRankSum=-2.408;QD=17.04;ReadPosRankSum=4.607;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,33:48:99:857,0,366 chrIX 137691 . AGTTCGAATTCGAATTT A 5951 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=313.7877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.89;MQ0=0;QD=135.25;SB=-2.541e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,33:44:99:5951,129,0 chrIX 137906 . GA G 845.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.120;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=136.9659;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.08;MQ0=0;MQRankSum=0.223;QD=11.43;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.773;SB=-2.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,42:74:71:888,71,0 chrIX 138041 . G GA 1622.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.633;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=40.1543;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.594;QD=18.24;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.287;SB=-7.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,64:89:99:1665,185,0 chrIX 138429 . ACCCCCCC A 9077 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=579.1768;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.61;MQ0=0;QD=79.62;RPA=14,7;RU=C;SB=-4.018e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,106:114:99:9077,313,0 chrIX 138515 . G GT 3613 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=731.4237;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.40;MQ0=0;QD=27.79;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.753e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,117:130:99:3613,358,0 chrIX 138545 . T TA 4364 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=425.3933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.26;MQ0=0;QD=33.83;SB=-2.119e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,112:129:99:4364,343,0 chrIX 139173 . A AT 2105.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.378;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=154.8170;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.630;QD=18.31;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.854;SB=-1.019e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,94:115:99:2148,216,0 chrIX 139299 . C CCCGGCCTCTT 5790 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=175.1948;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.61;MQ0=0;QD=105.27;SB=-2.525e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,42:53:99:5790,147,0 chrIX 142373 . AT A 1711.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.362;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=48.2511;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.224;QD=14.76;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.827;SB=-7.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,89:116:99:1754,164,0 chrIX 144117 . TTATATATATA T 700.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6428;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.79;MQ0=0;QD=36.89;RPA=12,7;RU=TA;SB=-3.039e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,10:19:27:743,27,0 chrIX 148730 . AAT A 2566.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=23.4578;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=27.60;RPA=6,5;RU=AT;SB=-1.096e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,80:93:99:2609,223,0 chrIX 148906 . AT A 1303.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=13.2944;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=23.71;RPA=6,5;RU=T;SB=-2.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:55:99:1346,156,0 chrIX 149075 . GAA G 635.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.734;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=8.2878;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.734;QD=26.50;RPA=12,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.419;SB=-2.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,22:24:61:678,61,0 chrIX 151193 . GA G 1425.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.630;DP=102;FS=4.901;HaplotypeScore=36.7037;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=1;MQRankSum=-1.681;QD=13.98;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.917;SB=-4.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,74:101:99:1468,178,0 chrIX 151472 . C CA 3503 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=547.7272;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.69;MQ0=0;QD=28.71;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.704e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,103:122:99:3503,328,0 chrIX 151501 . GT G 4460 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=627.7213;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.79;MQ0=0;QD=33.04;SB=-2.214e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,128:135:99:4460,388,0 chrIX 155945 . GA G 1504.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.686;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=113.8980;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.501;QD=15.52;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.316;SB=-5.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,76:97:99:1547,197,0 chrIX 160362 . G GA 1660.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.214;DP=122;FS=10.945;HaplotypeScore=72.5459;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=1.518;QD=13.61;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.455;SB=-7.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,86:122:99:1703,121,0 chrIX 166074 . C CA 1423.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=18.7857;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.17;MQ0=0;QD=22.25;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,56:64:99:1466,165,0 chrIX 166646 . CAAT C 6899 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=170;FS=0.000;HaplotypeScore=52.5921;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.04;MQ0=0;QD=40.58;RPA=4,3;RU=AAT;SB=-3.181e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,150:170:99:6899,442,0 chrIX 171637 . GA G 1583.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=35.1408;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=18.42;RPA=10,9;RU=A;SB=-6.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,75:86:99:1626,212,0 chrIX 175122 . TCA T 1538.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=215.0358;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.85;MQ0=0;QD=41.59;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,34:37:99:1581,102,0 chrIX 177464 . CACATAT C 1013.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5135;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;QD=39.00;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,22:26:60:1056,60,0 chrIX 177824 . ACT A 6522 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;FS=0.000;HaplotypeScore=293.6520;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.66;MQ0=0;QD=40.01;SB=-2.585e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,155:163:99:6522,436,0 chrIX 179655 . CAA C 1931.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=157.9541;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.42;MQ0=0;QD=27.60;RPA=11,9;RU=A;SB=-1.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,62:70:99:1974,180,0 chrIX 193260 . TTA T 6506 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=198;FS=0.000;HaplotypeScore=473.9018;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.50;MQ0=0;QD=32.86;RPA=2,1;RU=TA;SB=-2.936e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,174:198:99:6506,485,0 chrIX 196249 . TG T 4267 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=833.6664;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.54;MQ0=0;QD=33.34;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.876e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,120:128:99:4267,367,0 chrIX 196311 . A ATT 4925 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=710.0484;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.90;MQ0=0;QD=33.73;RPA=4,6;RU=T;SB=-2.104e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,130:146:99:4925,385,0 chrIX 196397 . C CGT 4784 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=573.5973;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.80;MQ0=0;QD=41.24;SB=-1.343e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,98:116:99:4784,319,0 chrIX 196653 . T TACCGT 1806.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=812.0885;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.10;MQ0=1;QD=48.84;SB=-5.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,1:36:93:1849,93,0 chrIX 197676 . CT C 923.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=36.1582;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.39;MQ0=0;QD=18.12;RPA=10,9;RU=T;SB=-3.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,42:51:99:966,125,0 chrIX 197752 . A AT 2166.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=207.5722;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.94;MQ0=0;QD=24.35;RPA=6,7;RU=T;SB=-9.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,82:89:99:2209,243,0 chrIX 203425 . T TG 2847.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=213.1431;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.47;MQ0=0;QD=30.96;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.419e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,91:92:99:2890,253,0 chrIX 203507 . ATT A 2420.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=50.5054;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.94;MQ0=0;QD=27.51;RPA=11,9;RU=T;SB=-8.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,76:88:99:2463,226,0 chrIX 204781 . TAA T 2537.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.167;DP=168;FS=3.191;HaplotypeScore=291.4894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=1.520;QD=15.11;RPA=16,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.530;SB=-1.230e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:58,91:168:99:2580,211,0 chrIX 212374 . GA G 1830.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=73.0780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.36;MQ0=0;QD=21.29;RPA=7,6;RU=A;SB=-3.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,81:86:99:1873,225,0 chrIX 214803 . CT C 2036.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.693;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=37.3774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.81;MQ0=0;MQRankSum=1.187;QD=19.40;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.915;SB=-8.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,98:105:99:2079,246,0 chrIX 226377 . C CCCA 3321 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=666.3195;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.67;MQ0=0;QD=51.89;SB=-1.058e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,50:64:99:3321,187,0 chrIX 226384 . AAGT A 2378.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=665.7355;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.90;MQ0=0;QD=42.48;SB=-7.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,47:56:99:2421,156,0 chrIX 231496 . C CA 1678.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.283;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=34.3851;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.183;QD=19.30;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.150;SB=-6.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,73:87:99:1721,175,0 chrIX 240939 . GT G 3201.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=40.3917;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.73;MQ0=0;QD=22.55;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.352e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,137:142:99:3244,386,0 chrIX 241201 . TTTC T 3209.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.588;DP=110;FS=4.244;HaplotypeScore=207.7554;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=1.227;QD=29.18;ReadPosRankSum=1.660;SB=-1.144e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:59,51:110:99:3252,260,0 chrIX 245886 . AT A 1597.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.106;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=384.6121;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.025;QD=31.33;ReadPosRankSum=-0.530;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,44:51:99:1640,143,0 chrIX 247325 . A AG 985.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=419.6536;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.15;MQ0=0;QD=25.28;SB=-6.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,32:39:99:1028,99,0 chrIX 247500 . GCCA G 2370.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=1753.9333;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.12;MQ0=0;QD=43.11;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,22:55:99:2413,160,0 chrIX 247502 . C CTTT 2713.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=1705.4532;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.10;MQ0=0;QD=50.26;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,32:54:99:2756,157,0 chrIX 247510 . CG C 574.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=1711.3324;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.33;MQ0=0;QD=13.37;SB=-7.900e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,11:43:99:617,114,0 chrIX 247513 . T TACAG 2176.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=1569.1979;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.34;MQ0=0;QD=49.48;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,11:44:99:2219,129,0 chrIX 247522 . T TTC 2164.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=2148.0129;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.94;MQ0=0;QD=29.66;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:49,24:73:99:2207,201,0 chrIX 247526 . A AG 2059.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=1765.9400;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.74;MQ0=0;QD=33.23;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2102,183,0 chrIX 248934 . AT A 520.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=130.8820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.24;MQ0=0;QD=9.30;RPA=7,6;RU=T;SB=-2.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,15:56:79:563,79,0 chrIX 248944 . T TA 770.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=149.6928;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.70;MQ0=0;QD=17.93;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,13:43:83:813,83,0 chrIX 249032 . C CG 2475.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=33.6190;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.85;MQ0=0;QD=27.82;RPA=3,4;RU=G;SB=-1.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,82:89:99:2518,231,0 chrIX 249625 . CTT C 2140.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.640;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=310.0026;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.293;QD=17.55;RPA=14,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.293;SB=-9.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,79:122:99:2183,214,0 chrIX 256168 . G GT 766.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.310;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=42.1186;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.33;MQ0=0;MQRankSum=0.571;QD=17.43;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.571;SB=-1.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,30:44:63:809,63,0 chrIX 257002 . T TA 2282.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.725;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=810.8352;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.52;MQ0=0;MQRankSum=0.035;QD=20.94;ReadPosRankSum=2.950;SB=-1.053e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,93:109:99:2325,271,0 chrIX 257336 . T TC 2949.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=162.7748;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.01;MQ0=0;QD=25.88;RPA=5,6;RU=C;SB=-8.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,106:114:99:2992,303,0 chrIX 257480 . C CAA,CA 1608.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=461.8736;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=45.34;MQ0=0;QD=19.38;RPA=12,14,13;RU=A;SB=-7.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:23,37,13:81:84:1687,249,84,1006,0,837 chrIX 258932 . C CA 1837.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.562;DP=99;FS=5.855;HaplotypeScore=63.6088;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.022;QD=18.57;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.372;SB=-4.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,78:99:99:1880,205,0 chrIX 259952 . G GAA 1429.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=262.6402;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.78;MQ0=0;QD=23.44;RPA=10,12;RU=A;SB=-3.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,40:61:99:1472,137,0 chrIX 260947 . C CATAT 2636.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=25.3522;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;QD=37.14;RPA=5,7;RU=AT;SB=-1.320e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,49:71:99:2679,146,0 chrIX 268328 . CA C 3279 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=184;FS=0.000;HaplotypeScore=491.6315;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.45;MQ0=0;QD=17.82;RPA=10,9;RU=A;SB=-1.349e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,146:184:99:3279,424,0 chrIX 268445 . T TGG 8075 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=196;FS=0.000;HaplotypeScore=1110.9185;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.09;MQ0=0;QD=41.20;RPA=1,3;RU=G;SB=-3.741e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,193:196:99:8075,548,0 chrIX 270689 . A AG 2821.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=208.8502;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.65;MQ0=0;QD=34.00;SB=-9.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:83:99:2864,235,0 chrIX 270827 . A AGGG 3512 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=68.2794;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.65;MQ0=0;QD=33.13;RPA=7,10;RU=G;SB=-1.423e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,65:106:99:3512,228,0 chrIX 271116 . TA T 1581.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=22.6657;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;QD=17.98;RPA=7,6;RU=A;SB=-6.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,74:88:99:1624,195,0 chrIX 272821 . GA G 590.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=12.4805;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.28;MQ0=0;QD=15.15;RPA=10,9;RU=A;SB=-1.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,32:39:81:633,81,0 chrIX 277540 . C CTA 212.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=65.9358;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;QD=10.60;RPA=6,7;RU=TA;SB=-1.136e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,7:20:21:254,21,0 chrIX 280120 . A AT 736.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.752;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=85.6543;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.91;MQ0=0;MQRankSum=1.732;QD=16.75;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.883;SB=-4.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,34:44:67:779,67,0 chrIX 285203 . AT A 3097.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=624.9267;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.49;MQ0=0;QD=32.27;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.435e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,94:96:99:3140,277,0 chrIX 285797 . T TGCC 5655 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.541;DP=141;FS=3.556;HaplotypeScore=762.0714;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.94;MQ0=0;MQRankSum=0.259;QD=40.11;RPA=3,4;RU=GCC;ReadPosRankSum=0.805;SB=-2.461e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,126:141:99:5655,355,0 chrIX 300439 . TG T 1192.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.152;DP=130;FS=149.391;HaplotypeScore=1670.7824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.11;MQ0=0;MQRankSum=-7.847;QD=9.18;RPA=5,4;RU=G;ReadPosRankSum=1.966;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,54:130:99:1232,0,1625 chrIX 300463 . CT C 1621.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.445;DP=134;FS=149.779;HaplotypeScore=2145.5158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.43;MQ0=0;MQRankSum=-7.366;QD=12.10;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=0.323;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,60:134:99:1661,0,1809 chrIX 310500 . G GTTT,GTT 2986.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.354;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=228.5717;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=50.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.984;QD=27.40;RPA=11,14,13;RU=T;ReadPosRankSum=-1.417;SB=-1.360e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:33,50,16:109:99:3065,333,136,1296,0,1071 chrIX 310701 . T TG 2532.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=452.3004;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.46;MQ0=0;QD=32.90;SB=-1.053e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,69:77:99:2575,220,0 chrIX 310844 . C CA 2514.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=528.3086;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.68;MQ0=0;QD=34.93;SB=-1.004e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:72:99:2557,214,0 chrIX 313884 . GA G 2661.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=267.9152;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.41;MQ0=0;QD=20.80;RPA=8,7;RU=A;SB=-4.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,115:128:99:2704,327,0 chrIX 315100 . T TTGA 6418 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=593.7329;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.24;MQ0=0;QD=39.62;RPA=3,4;RU=TGA;SB=-2.647e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,144:162:99:6418,412,0 chrIX 325821 . AT A 1116.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.247;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=65.6383;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.662;QD=19.95;RPA=8,7;RU=T;ReadPosRankSum=0.955;SB=-4.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,50:55:99:1159,127,0 chrIX 328101 . T TA 2764.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=111.1628;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.84;MQ0=0;QD=26.84;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.009e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,102:103:99:2807,280,0 chrIX 332777 . CG C 5119 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;FS=0.000;HaplotypeScore=150.8894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=30.84;RPA=3,2;RU=G;SB=-2.289e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,156:166:99:5119,460,0 chrIX 332900 . TA T 4942 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.393;DP=186;FS=0.000;HaplotypeScore=704.4713;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.58;MQ0=0;MQRankSum=0.092;QD=26.57;ReadPosRankSum=2.194;SB=-2.469e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,181:186:99:4942,507,0 chrIX 333081 . AT A 6236 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=200;FS=0.000;HaplotypeScore=452.8511;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.84;MQ0=0;QD=31.18;SB=-2.862e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,198:200:99:6236,556,0 chrIX 333170 . C CT 4368 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=189;FS=0.000;HaplotypeScore=89.5145;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=23.11;RPA=5,6;RU=T;SB=-2.120e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,154:189:99:4368,471,0 chrIX 334329 . T TTCTGCTGCTTCA 12190 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=229;FS=0.000;HaplotypeScore=70.7779;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.94;MQ0=0;QD=53.23;RPA=2,3;RU=TCTGCTGCTTCA;SB=-5.028e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:80,148:229:99:12190,441,0 chrIX 334708 . T TA 1327.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=99.7159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.42;MQ0=0;QD=18.97;RPA=7,8;RU=A;SB=-5.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,59:70:99:1370,159,0 chrIX 336340 . T TA 1191.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=179.7202;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.83;MQ0=0;QD=20.20;RPA=7,8;RU=A;SB=-2.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,48:59:99:1234,138,0 chrIX 336677 . T TAGGA 6106 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=507.6818;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.71;MQ0=0;QD=64.96;SB=-2.943e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,90:94:99:6106,280,0 chrIX 337211 . CA C 2974.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=591.8086;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.92;MQ0=0;QD=24.38;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.040e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,115:122:99:3017,342,0 chrIX 337243 . CAAA C 4549 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=579.1473;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.51;MQ0=0;QD=37.60;RPA=8,5;RU=A;SB=-2.175e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,103:121:99:4549,307,0 chrIX 337314 . A AT 3726 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=378.6780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.90;MQ0=0;QD=34.82;SB=-1.748e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,96:107:99:3726,298,0 chrIX 338044 . GGA G 6638 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=654.1816;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.87;MQ0=0;QD=43.39;SB=-3.031e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,142:153:99:6638,430,0 chrIX 338225 . A ATT 2747.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.809;DP=126;FS=5.010;HaplotypeScore=52.5000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.65;MQ0=0;MQRankSum=0.418;QD=21.81;RPA=10,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.395;SB=-1.143e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,84:126:99:2790,157,0 chrIX 339321 . G GA 5710 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=189;FS=0.000;HaplotypeScore=179.7730;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;QD=30.21;RPA=2,3;RU=A;SB=-8.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,181:189:99:5710,526,0 chrIX 342354 . CT C 2171.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=148.6180;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.73;MQ0=0;QD=18.56;RPA=10,9;RU=T;SB=-4.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,105:117:99:2214,284,0 chrIX 355815 . CA C 581.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=11.3613;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.01;MQ0=0;QD=18.19;RPA=11,10;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,30:32:86:624,86,0 chrIX 362570 . T TGAAAAG 3883 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=1059.9322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.18;MQ0=0;QD=45.15;RPA=1,2;RU=GAAAAG;SB=-4.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,71:86:99:3883,205,0 chrIX 363042 . T TG 346.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=12.1981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=26.69;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,10:13:30:389,30,0 chrIX 363071 . CTT C 193 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=27.9366;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.751;QD=21.44;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.751;SB=-3.096e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:9:23:235,23,0 chrIX 370195 . AT A 100.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.958;DP=85;FS=14.955;HaplotypeScore=54.6877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.21;MQ0=0;MQRankSum=0.939;QD=1.19;RPA=18,17;RU=T;ReadPosRankSum=3.040;SB=-2.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,12:85:99:140,0,224 chrIX 373028 . CAT C 2044.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.621;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=28.7878;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.006;QD=21.99;RPA=7,6;RU=AT;ReadPosRankSum=0.447;SB=-9.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,68:93:99:2087,148,0 chrIX 375832 . G GACTGCAAATGCA 12241 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=197;FS=0.000;HaplotypeScore=51.5697;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.42;MQ0=0;QD=62.14;SB=-4.250e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,132:197:99:12241,537,0 chrIX 384315 . CA C 2253.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.382;DP=165;FS=3.915;HaplotypeScore=296.6256;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.098;QD=13.66;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.440;SB=-9.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,122:165:99:2296,215,0 chrIX 387615 . TG T 3625 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=580.3014;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.04;MQ0=0;QD=31.52;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.774e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,106:115:99:3625,310,0 chrIX 387791 . TA T 3628 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=946.9583;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.64;MQ0=0;QD=23.71;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.456e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,131:151:99:3628,367,0 chrIX 387982 . CGGACATCGGGGACATTTCT C 4417 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=422.0115;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.80;MQ0=0;QD=93.98;SB=-6.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:47:63:4417,63,0 chrIX 388000 . CT C 560.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=764.1760;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.38;MQ0=0;QD=18.10;RPA=8,7;RU=T;SB=-8.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,10:31:83:603,83,0 chrIX 388026 . TTC T 2277.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=827.2660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.98;MQ0=0;QD=35.05;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,59:65:99:2320,186,0 chrIX 388296 . A AC 1531.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=261.1255;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.33;MQ0=0;QD=30.04;RPA=4,5;RU=C;SB=-5.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,50:51:99:1574,150,0 chrIX 388838 . TA T 3043.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=210.3445;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.21;MQ0=0;QD=26.94;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.025e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,106:113:99:3086,307,0 chrIX 388916 . TA T 3312 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=928.0822;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.72;MQ0=0;QD=30.39;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.595e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,101:108:99:3312,298,0 chrIX 388954 . T TGG 3081.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=1114.6040;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.48;MQ0=0;QD=29.35;RPA=6,8;RU=G;SB=-9.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,81:103:99:3124,241,0 chrIX 389257 . GAAA G 1975.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=607.2308;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.69;MQ0=0;QD=25.66;RPA=13,10;RU=A;SB=-7.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,52:76:99:2018,158,0 chrIX 389983 . GGTAGCCGAAGGTGCA G 29309 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=234;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=873.9197;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.32;MQ0=0;QD=125.25;SB=-1.424e+04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,188:234:99:29309,575,0 chrIX 391284 . ATGGGGTTGG A 3076.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=306.2979;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.91;MQ0=0;QD=61.54;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,39:37:84:3119,84,0 chrIX 392168 . GAGC G 989.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.326;DP=62;FS=13.082;HaplotypeScore=312.5215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.98;MQ0=8;MQRankSum=-1.146;QD=15.97;ReadPosRankSum=5.100;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,22:47:99:1029,0,831 chrIX 392678 . GA G 191.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.078;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=328.2784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.27;MQ0=0;MQRankSum=2.710;QD=6.40;ReadPosRankSum=1.670;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,11:25:99:231,0,464 chrIX 392680 . TGGAGTTGG T 929.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.415;DP=37;FS=3.174;HaplotypeScore=317.1458;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.52;MQ0=0;MQRankSum=3.152;QD=25.13;ReadPosRankSum=1.037;SB=-4.500e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,11:32:99:969,0,1173 chrIX 392688 . G GT 614.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.321;DP=49;FS=11.067;HaplotypeScore=372.8126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.43;MQ0=0;MQRankSum=3.572;QD=12.55;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=1.455;SB=-2.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,15:40:99:654,0,236 chrIX 392851 . TGGG T 1108.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=202.9400;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.46;MQ0=0;QD=31.68;RPA=5,2;RU=G;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,20:35:69:1151,69,0 chrIX 392941 . A AGTT 7606 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-9.233;DP=190;FS=28.425;HaplotypeScore=1948.9338;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.56;MQ0=1;MQRankSum=0.248;QD=40.03;ReadPosRankSum=5.989;SB=-3.694e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,144:186:99:7606,0,1532 chrIX 393001 . A AGTT 9835 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=205;FS=0.000;HaplotypeScore=1973.6199;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.49;MQ0=1;QD=47.98;SB=-3.059e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,175:196:99:9835,539,0 chrIX 393031 . A AGTT 7996 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=174;FS=0.000;HaplotypeScore=1353.8935;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.03;MQ0=0;QD=45.95;SB=-2.616e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,141:167:99:7996,439,0 chrIX 393716 . T TC 4774 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=561.2066;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.11;MQ0=0;QD=33.38;SB=-2.123e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,136:143:99:4774,382,0 chrIX 393800 . C CT 2571.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=717.6584;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.31;MQ0=0;QD=23.17;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.201e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,93:111:99:2614,282,0 chrIX 394182 . GA G 3682 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=641.7968;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.90;MQ0=0;QD=28.11;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.472e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,125:131:99:3682,373,0 chrIX 394706 . C CA 2173.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=491.7757;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.88;MQ0=0;QD=19.94;RPA=8,9;RU=A;SB=-9.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,90:109:99:2216,260,0 chrIX 394799 . C CT 3982 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=477.6111;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.24;MQ0=0;QD=34.93;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.470e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,106:114:99:3982,325,0 chrIX 394807 . G GA 2637.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=595.0800;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.30;MQ0=0;QD=23.55;RPA=4,5;RU=A;SB=-9.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,88:112:99:2680,276,0 chrIX 395383 . TA T 4027 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=174;FS=0.000;HaplotypeScore=340.9007;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.81;MQ0=0;QD=23.14;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.837e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,164:174:99:4027,459,0 chrIX 397178 . G GA 3182.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=209.7675;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=23.40;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.057e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,121:136:99:3225,345,0 chrIX 399523 . TA T 2349.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=580.6816;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.80;MQ0=0;QD=20.61;RPA=6,5;RU=A;SB=-6.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,96:114:99:2392,276,0 chrIX 400016 . GCAACAACAGCAACAA G 20899 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=212;DS;FS=3.169;HaplotypeScore=965.9161;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.19;MQ0=0;MQRankSum=1.608;QD=98.58;ReadPosRankSum=-0.009;SB=-9.564e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,200:212:99:20899,577,0 chrIX 400457 . ACAGCAG A 7139 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=950.2406;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.80;MQ0=1;QD=52.49;RPA=3,1;RU=CAG;SB=-3.023e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:49,86:135:99:7139,369,0 chrIX 400475 . ACAGCAG A 6684 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.389;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=1112.3184;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.11;MQ0=1;MQRankSum=-0.057;QD=48.43;ReadPosRankSum=2.127;SB=-2.714e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:49,86:137:99:6684,298,0 chrIX 404199 . GAAT G 11667 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=229;FS=0.000;HaplotypeScore=336.8260;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.79;MQ0=0;QD=50.95;SB=-5.610e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,226:229:99:11667,650,0 chrIX 406066 . A ATT 609.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=185.1284;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.38;MQ0=0;QD=15.25;RPA=3,5;RU=T;SB=-2.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,13:40:75:652,75,0 chrIX 406124 . AT A 1162.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=52.4724;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.91;MQ0=0;QD=35.24;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:33:96:1205,96,0 chrIX 411967 . TA T 2826.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=87.3053;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=30.40;SB=-1.291e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:2869,274,0 chrIX 419470 . CTT C 594.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=153.3889;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.86;MQ0=0;QD=19.19;RPA=6,4;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,19:31:54:637,54,0 chrIX 419544 . T TA 552.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=82.1763;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.82;MQ0=0;QD=19.07;RPA=7,8;RU=A;SB=-2.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,13:29:72:595,72,0 chrIX 419554 . CA C 677.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.516;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=78.9450;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.47;MQ0=0;MQRankSum=1.083;QD=17.38;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.433;SB=-2.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,20:39:92:720,92,0 chrIX 421791 . G GT 3128.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=50.6416;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.61;MQ0=0;QD=22.03;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.428e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,127:142:99:3171,363,0 chrIX 423632 . C CT 3047.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=984.6205;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.42;MQ0=0;QD=25.83;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.223e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,103:118:99:3090,326,0 chrIX 423651 . CTTAGTTTTCT C 12574 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=290.8081;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.91;MQ0=0;QD=103.07;SB=-5.272e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,106:122:99:12574,337,0 chrIX 425237 . TAC T 2955.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.221;DP=183;FS=1.205;HaplotypeScore=740.1421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.85;MQ0=0;MQRankSum=-3.704;QD=16.15;ReadPosRankSum=-0.128;SB=-1.304e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:106,75:183:99:2995,0,4229 chrIX 427210 . A AT 2651.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=625.9594;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.18;MQ0=0;QD=26.00;RPA=3,4;RU=T;SB=-8.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,86:102:99:2694,270,0 chrIX 427220 . G GCAC 5069 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=413.8407;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.44;MQ0=0;QD=51.72;RPA=1,2;RU=CAC;SB=-1.529e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,93:98:99:5069,289,0 chrIX 428570 . ATAACAATGTAGGAGAGGCCTT A 16208 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=350.0292;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.65;MQ0=0;QD=151.48;SB=-7.302e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,102:107:99:16208,289,0 chrIX 429697 . TA T 2628.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=508.2119;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.45;MQ0=0;QD=27.67;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.057e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,86:93:99:2671,250,0 chrIX 429901 . G GA 2366.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=214.8901;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=26.90;RPA=4,5;RU=A;SB=-8.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,86:88:99:2409,249,0 chrIX 432385 . AT A 70.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.845;DP=49;FS=2.634;HaplotypeScore=108.6027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.42;MQ0=20;MQRankSum=-3.901;QD=1.45;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=-1.522;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,8:28:99:110,0,495 chrIX 433264 . AT A 807.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=263.8810;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.44;MQ0=4;QD=17.56;RPA=12,11;RU=T;SB=-3.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,42:41:99:850,118,0 chrIX 433324 . TC T 715.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.855;DP=85;FS=58.774;HaplotypeScore=260.6948;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.43;MQ0=8;MQRankSum=-6.165;QD=8.42;ReadPosRankSum=3.666;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,36:76:99:755,0,1438 chrIX 433419 . A AAT 612.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.375;DP=79;FS=60.766;HaplotypeScore=382.2334;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.17;MQ0=23;MQRankSum=4.281;QD=7.76;RPA=1,2;RU=AT;ReadPosRankSum=-0.094;SB=-2.371e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,18:28:99:652,0,374 chrIX 433428 . C CG 510.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.697;DP=83;FS=72.076;HaplotypeScore=484.2549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.16;MQ0=24;MQRankSum=4.622;QD=6.16;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=-0.917;SB=-3.002e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,22:34:99:550,0,337 chrIX 439349 . T TA 3170.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.321;DP=122;FS=36.514;HaplotypeScore=1710.4631;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.28;MQ0=0;MQRankSum=2.478;QD=25.99;ReadPosRankSum=0.007;SB=-8.692e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,92:105:52:3213,52,0 chrIX 439366 . AG A 1258.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.401;DP=81;FS=15.651;HaplotypeScore=1296.3547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.18;MQ0=0;MQRankSum=3.716;QD=15.54;ReadPosRankSum=-0.587;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,55:68:99:1298,0,221 chrIX 439414 . AG A 279.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.605;DP=61;FS=58.533;HaplotypeScore=764.0547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.59;MQ0=0;MQRankSum=-3.539;QD=4.59;ReadPosRankSum=3.318;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,14:52:99:319,0,1232 chrIX 439425 . C CT 1693.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.439;DP=90;FS=102.317;HaplotypeScore=836.2223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.78;MQ0=0;MQRankSum=4.280;QD=18.82;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=-1.393;SB=-2.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,67:77:99:1733,0,450 chrIX 439675 . G GT 2768.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.728;DP=130;FS=84.514;HaplotypeScore=2167.1223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.92;MQ0=2;MQRankSum=3.094;QD=21.30;ReadPosRankSum=-0.318;SB=-4.675e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,92:115:99:2808,0,173 chrIX 439706 . TC T 3772 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.096;DP=179;FS=8.868;HaplotypeScore=3725.8131;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.90;MQ0=1;MQRankSum=3.498;QD=21.07;ReadPosRankSum=2.319;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,129:158:99:3772,113,0 chrIX 439747 . AG A 1583.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.212;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=3644.3584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.56;MQ0=0;MQRankSum=4.622;QD=11.56;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=-2.194;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,74:122:99:1623,0,1223 chrIX 439791 . TTAAA T 842.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.078;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=1918.9669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.08;MQ0=0;MQRankSum=0.462;QD=13.17;ReadPosRankSum=2.977;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,20:55:99:882,0,426 chrIX 439797 . TA T 154.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.492;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=1424.4951;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.12;MQ0=0;MQRankSum=0.706;QD=3.37;ReadPosRankSum=1.316;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,20:39:99:194,0,477 chrIX 439800 . GGTAGTGTTAGGGTA G 1901.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.287;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=1115.8997;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.364;QD=43.23;ReadPosRankSum=0.174;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,17:37:99:1941,0,1254 chrM 9139 . A AC 102 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=132.1749;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.00;ReadPosRankSum=0.736;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:19:141,0,19 chrM 9162 . T TA 295.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=223.6656;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=29.60;RPA=1,2;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,9:10:30:338,30,0 chrM 9170 . TTTA T 316.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=219.2145;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=31.70;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,9:10:30:359,30,0 chrM 9175 . A AG 189.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=234.2482;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=19.00;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,9:10:30:232,30,0 chrM 13802 . TA T 1288.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=38.1590;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.00;MQ0=0;QD=14.65;RPA=9,8;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,85:88:99:1331,156,0 chrM 16426 . C CAAT 476.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=153.6734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.00;MQ0=0;QD=26.50;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,7:18:39:519,39,0 chrM 16434 . T TG 2221.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=301.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;QD=20.96;SB=-3.400e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,89:106:99:2264,192,0 chrM 20345 . GA G 312.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=42.2393;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.45;RPA=3,2;RU=A;SB=-3.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33:355,33,0 chrM 22271 . AATAAAAATAAAAAT A 12746 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=471.5420;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.28;MQ0=0;QD=102.79;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,121:124:99:12746,330,0 chrM 22313 . AT A 1754.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=71;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1298.7143;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=1.624;QD=24.72;ReadPosRankSum=-1.462;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,65:71:99:1797,185,0 chrM 23528 . TAA T 103.48 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;HaplotypeScore=3.6066;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.52;MQ0=0;QD=20.70;RPA=12,10;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:12:145,12,0 chrM 25302 . TTC T 411.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=51.6309;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.10;MQ0=0;QD=29.43;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42:454,42,0 chrM 25491 . G GTTATT 562.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=45.0137;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.12;MQ0=0;QD=46.91;SB=-1.429e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,8:12:27:605,27,0 chrM 25500 . T TAAAA 581.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=64.8743;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.31;MQ0=0;QD=44.77;RPA=7,11;RU=A;SB=-2.119e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,11:13:33:624,33,0 chrM 26120 . ATT A 372.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=23.4582;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=18.65;RPA=9,7;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:39:415,39,0 chrM 40373 . C CG 595.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=211.6743;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.49;MQ0=0;QD=27.09;RPA=4,5;RU=G;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,21:22:63:638,63,0 chrM 40407 . CTATT C 1049.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.583;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=188.8909;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.49;MQ0=0;MQRankSum=1.281;QD=45.61;ReadPosRankSum=0.678;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,18:23:1:1087,1,0 chrM 40412 . CT C 410.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.583;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=255.6686;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.49;MQ0=0;MQRankSum=0.377;QD=17.87;ReadPosRankSum=0.678;SB=-3.096e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,18:23:32:453,32,0 chrM 40744 . T TTA 116.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=16.4462;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=64.29;MQ0=0;QD=3.23;RPA=5,6;RU=TA;SB=-3.775e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,22:36:15:158,15,0 chrM 74431 . G GCGGAC 10507 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=247;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=5884.8489;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.42;MQ0=0;QD=42.54;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:247:99:10507,725,0 chrM 74437 . C CT 5200 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.175;DP=237;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=6272.6528;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=0.381;QD=21.94;ReadPosRankSum=4.175;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,225:237:99:5200,541,0 chrM 75208 . TCC T 216.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=110.8753;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.77;MQ0=0;QD=36.02;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18:258,18,0 chrM 75214 . A ACT 198.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=112.6344;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.77;MQ0=0;QD=33.02;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18:240,18,0 chrM 80059 . TA T 131.13 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.742;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=190.3953;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=18.73;ReadPosRankSum=0.742;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,6:7:17:173,17,0 chrM 80074 . AC A 144.07 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=199.3329;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=20.58;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,6:7:19:186,19,0 chrM 80078 . TAA T 169.60 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.742;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=195.9107;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=24.23;ReadPosRankSum=0.742;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,6:7:11:211,11,0 chrM 80086 . AT A 145.05 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=199.2354;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=20.72;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,6:7:20:187,20,0 chrV 5191 . TGCGCCGGAAACAAA T 1510.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=49.5157;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=13.82;MQ0=8;QD=44.44;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,26:10:30:1553,30,0 chrV 6979 . GC G 140.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=40.0879;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.76;MQ0=0;QD=23.37;RPA=2,1;RU=C;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,5:5:15:182,15,0 chrV 7186 . AC A 3480 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=223.7283;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.13;MQ0=0;QD=31.35;RPA=3,2;RU=C;SB=-6.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,110:111:99:3480,295,0 chrV 7687 . A AT 4941 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=183;FS=0.000;HaplotypeScore=317.3614;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.13;MQ0=0;QD=27.00;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.862e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,169:183:99:4941,481,0 chrV 8831 . GA G 2000.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=148.1544;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.31;MQ0=0;QD=20.01;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.000e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,87:100:99:2043,231,0 chrV 12616 . C CAG 7269 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=1497.9663;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.13;MQ0=0;QD=48.79;SB=-3.512e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,141:149:99:7269,430,0 chrV 13009 . CT C 3492 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=436.5620;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.46;MQ0=0;QD=22.97;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.452e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,135:152:99:3492,393,0 chrV 13493 . CT C 4441 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=169;FS=0.000;HaplotypeScore=1100.5676;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.50;MQ0=0;QD=26.28;RPA=5,4;RU=T;SB=-2.009e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,155:169:99:4441,460,0 chrV 15170 . T TG 2118.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=264.8619;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.60;MQ0=0;QD=28.25;RPA=2,3;RU=G;SB=-6.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,73:75:99:2161,205,0 chrV 16072 . ATT A 3549 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=179;FS=0.000;HaplotypeScore=80.0798;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.03;MQ0=1;QD=19.83;RPA=13,11;RU=T;SB=-1.430e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:51,115:178:99:3549,298,0 chrV 18920 . TGC T 2322.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.908;DP=78;FS=2.618;HaplotypeScore=1618.8428;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.63;MQ0=0;MQRankSum=-2.001;QD=29.78;ReadPosRankSum=2.908;SB=-8.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,72:78:99:2365,205,0 chrV 18923 . ACCC A 2777.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=1530.9362;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.23;MQ0=0;QD=38.05;SB=-9.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,72:73:99:2820,217,0 chrV 18927 . ATGG A 3412 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=1458.3926;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.53;MQ0=0;QD=47.39;SB=-1.119e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:3412,217,0 chrV 19437 . AT A 1491.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=255.2787;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.28;MQ0=0;QD=21.31;RPA=6,5;RU=T;SB=-5.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,60:70:99:1534,168,0 chrV 19542 . A AGAAAAG 370.38 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.633;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=76.7101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.40;MQ0=0;MQRankSum=2.383;QD=23.15;RPA=1,2;RU=GAAAAG;ReadPosRankSum=1.568;SB=-4.290e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,7:12:7:409,0,7 chrV 19574 . C CAAA 410.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.510;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=86.3855;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.62;MQ0=0;MQRankSum=0.714;QD=17.12;RPA=13,16;RU=A;ReadPosRankSum=1.123;SB=-6.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,12:19:44:453,44,0 chrV 23230 . A AT,ATT 1465.99 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.661;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=218.6023;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=52.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.535;QD=15.60;RPA=12,13,14;RU=T;ReadPosRankSum=1.039;SB=-6.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:36,11,41:91:55:1544,970,847,171,0,55 chrV 23777 . T TG 3816 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=2099.5889;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.35;MQ0=0;QD=28.91;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.757e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,111:132:99:3816,375,0 chrV 23779 . CATA C 4666 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=1870.4566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.91;MQ0=0;QD=40.22;SB=-2.179e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,110:116:99:4666,333,0 chrV 23783 . GTTCAATAA G 10904 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=1235.3133;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.91;MQ0=0;QD=98.23;SB=-5.143e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,110:111:99:10904,334,0 chrV 23907 . CA C 5345 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=190.3042;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.93;MQ0=0;QD=32.99;RPA=2,1;RU=A;SB=-2.350e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,156:162:99:5345,442,0 chrV 24278 . GT G 2451.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=434.4063;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.75;MQ0=0;QD=21.32;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.218e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,105:115:99:2494,299,0 chrV 25397 . G GA 862.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.123;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=297.6668;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.543;QD=15.14;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.648;SB=-1.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,38:57:69:905,69,0 chrV 33613 . T TA 2234.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.102;DP=91;FS=3.854;HaplotypeScore=76.3417;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.15;MQ0=0;MQRankSum=1.284;QD=24.56;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.121;SB=-9.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,86:91:99:2277,230,0 chrV 34324 . T TA 2027.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.022;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=151.0050;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=0.022;QD=21.35;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.074;SB=-9.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,84:95:99:2070,211,0 chrV 36289 . GTT G 1277.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.188;DP=74;FS=7.116;HaplotypeScore=121.5516;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.73;MQ0=0;MQRankSum=-2.356;QD=17.27;RPA=15,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.063;SB=-5.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,47:74:99:1320,112,0 chrV 39894 . TA T 534.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=17.2645;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.93;MQ0=0;QD=14.46;RPA=12,11;RU=A;SB=-2.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,27:37:77:577,77,0 chrV 40008 . GA G 635.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1653;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.57;MQ0=0;QD=16.74;RPA=10,9;RU=A;SB=-2.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,33:38:84:678,84,0 chrV 42396 . A AT 2790.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=229.7994;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.18;MQ0=0;QD=27.10;RPA=5,6;RU=T;SB=-9.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,101:103:99:2833,288,0 chrV 42839 . GGT G 7532 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=230;FS=0.000;HaplotypeScore=219.9385;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.14;MQ0=2;QD=32.75;RPA=5,4;RU=GT;SB=-3.250e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,203:225:99:7532,581,0 chrV 46382 . T TA 2561.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=372.9652;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.04;MQ0=0;QD=35.10;SB=-1.148e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:73:99:2604,205,0 chrV 46739 . GT G 3542 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=672.6683;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.49;MQ0=0;QD=28.11;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.578e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,114:126:99:3542,346,0 chrV 46756 . C CCT 4865 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=662.3227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.16;MQ0=0;QD=35.77;RPA=2,3;RU=CT;SB=-2.421e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,113:136:99:4865,334,0 chrV 52435 . CAAA C 2826.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=198.6289;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.11;MQ0=0;QD=35.78;RPA=13,10;RU=A;SB=-1.265e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,67:79:99:2869,204,0 chrV 59359 . G GT 345.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.419;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=69.8026;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.659;QD=10.81;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.060;SB=-1.009e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,10:32:34:388,34,0 chrV 59385 . TTC T 263.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.287;DP=44;FS=4.398;HaplotypeScore=285.2370;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.81;MQ0=0;MQRankSum=0.739;QD=6.00;ReadPosRankSum=1.656;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,14:44:28:303,0,28 chrV 59430 . A AG 1842.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=313.4116;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.44;MQ0=0;QD=35.44;RPA=1,2;RU=G;SB=-8.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1885,150,0 chrV 64149 . A AC 2305.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.587;DP=123;FS=3.049;HaplotypeScore=442.2684;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.02;MQ0=2;MQRankSum=-0.587;QD=18.75;ReadPosRankSum=2.082;SB=-1.164e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:61,60:119:99:2348,295,0 chrV 64153 . CCT C 2071.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.020;DP=119;FS=1.538;HaplotypeScore=457.2641;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.77;MQ0=2;MQRankSum=-2.470;QD=17.41;ReadPosRankSum=0.478;SB=-8.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:55,57:115:99:2114,173,0 chrV 73474 . C CT 962.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.752;DP=62;FS=6.971;HaplotypeScore=179.9793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.842;QD=15.53;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.842;SB=-4.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,31:62:95:1005,95,0 chrV 73521 . TC T 1729.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=126.4739;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.00;MQ0=0;QD=30.35;RPA=3,2;RU=C;SB=-7.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,55:57:99:1772,162,0 chrV 79230 . CA C 2417.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.208;DP=243;DS;FS=11.281;HaplotypeScore=1439.1803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.86;MQ0=0;MQRankSum=5.525;QD=9.95;ReadPosRankSum=9.666;SB=-1.227e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,145:243:99:2457,0,461 chrV 79232 . TCA T 3853 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.949;DP=242;DS;FS=2.891;HaplotypeScore=1308.8890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.93;MQ0=0;MQRankSum=3.469;QD=15.92;ReadPosRankSum=8.860;SB=-1.828e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,145:242:99:3853,0,107 chrV 80132 . G GATAT 4110 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.787;DP=105;FS=3.067;HaplotypeScore=748.7798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.112;QD=39.14;RPA=6,8;RU=AT;ReadPosRankSum=1.057;SB=-1.943e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,69:105:99:4091,145,0 chrV 81194 . GTTATTATTATTATTATTGTTA G 1123.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=215.5878;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.72;MQ0=0;QD=21.61;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,17:52:42:1166,42,0 chrV 83200 . CTGT C 5888 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;FS=0.000;HaplotypeScore=468.9201;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.22;MQ0=0;QD=36.12;RPA=5,4;RU=TGT;SB=-2.385e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,139:163:99:5888,394,0 chrV 98089 . G GA 3506 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=214.0347;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.60;MQ0=0;QD=25.22;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.613e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,128:139:99:3506,372,0 chrV 122728 . GAA G 1104.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.657;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=43.3789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.58;MQ0=0;MQRankSum=1.205;QD=16.74;RPA=16,14;RU=A;ReadPosRankSum=1.657;SB=-1.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,38:66:90:1147,90,0 chrV 135416 . G GA 2342.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=28.8371;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.63;MQ0=0;QD=22.97;RPA=5,6;RU=A;SB=-8.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,88:101:99:2385,240,0 chrV 152126 . G GA 1456.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=416.2638;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.43;MQ0=0;QD=26.49;RPA=5,6;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,53:55:99:1499,157,0 chrV 152922 . C CAA 1187.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.448;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=201.6960;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.94;MQ0=0;MQRankSum=0.186;QD=13.50;RPA=1,3;RU=A;ReadPosRankSum=-1.236;SB=-5.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:63,10:88:87:1230,87,0 chrV 153026 . GA G 3386 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.118;DP=167;FS=3.499;HaplotypeScore=52.7440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.21;MQ0=0;MQRankSum=0.946;QD=20.28;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.388;SB=-1.469e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,146:167:99:3386,394,0 chrV 155824 . GT G 2085.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=605.3852;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.01;MQ0=0;QD=21.07;RPA=6,5;RU=T;SB=-6.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,84:98:99:2128,231,0 chrV 155841 . A AT 3109.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=620.8123;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.25;MQ0=0;QD=36.16;RPA=1,2;RU=T;SB=-7.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,82:86:99:3152,250,0 chrV 155858 . G GA 2506.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=602.1664;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.98;MQ0=0;QD=32.99;RPA=2,3;RU=A;SB=-2.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,72:76:99:2549,220,0 chrV 156056 . T TTG 256.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=99.8547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.30;MQ0=0;QD=21.42;SB=-1.198e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,9:12:24:299,24,0 chrV 156147 . TC T 810.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=343.2675;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.44;MQ0=0;QD=25.34;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,23:32:84:853,84,0 chrV 156268 . A ATAATAGG 3095.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=224.6475;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.75;MQ0=0;QD=70.36;RPA=1,2;RU=TAATAGG;SB=-5.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,35:44:99:3138,105,0 chrV 156646 . AT A 1652.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=19.5053;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.39;MQ0=0;QD=20.92;RPA=9,8;RU=T;SB=-8.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,71:79:99:1695,204,0 chrV 171934 . AC A 3592 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=26.9538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.34;MQ0=0;QD=32.07;RPA=2,1;RU=C;SB=-1.428e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:112:99:3592,310,0 chrV 173977 . TA T 4613 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=30.9806;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.77;MQ0=0;QD=33.43;RPA=2,1;RU=A;SB=-2.213e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,135:138:99:4613,379,0 chrV 191839 . GT G 4759 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=48.9527;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.50;MQ0=0;QD=32.37;RPA=2,1;RU=T;SB=-2.145e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,143:147:99:4759,400,0 chrV 192792 . GA G 5902 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=170;FS=0.000;HaplotypeScore=112.6104;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=1;QD=34.72;SB=-1.869e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,160:168:99:5902,460,0 chrV 194691 . A AG 3433 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.577;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=1146.3029;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.01;MQ0=0;MQRankSum=0.928;QD=25.81;RPA=2,3;RU=G;ReadPosRankSum=-0.347;SB=-1.387e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,110:133:99:3433,319,0 chrV 196609 . TA T 227.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.714;DP=33;FS=9.574;HaplotypeScore=172.0318;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.373;QD=6.88;RPA=16,15;RU=A;ReadPosRankSum=0.373;SB=-7.213e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,17:33:1:265,1,0 chrV 198741 . T TA 2054.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=212.0841;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.37;RPA=3,4;RU=A;SB=-6.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,68:81:99:2097,196,0 chrV 198800 . T TC 4760 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=222.2518;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.09;MQ0=0;QD=38.70;SB=-6.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,116:123:99:4760,358,0 chrV 207012 . C CT 1958.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.049;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=42.0696;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.099;QD=17.65;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.395;SB=-9.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,76:111:99:2001,171,0 chrV 207104 . CA C 4660 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=300.6627;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.76;MQ0=0;QD=33.29;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.462e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,135:140:99:4660,391,0 chrV 207208 . TTTC T 2129.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=465.1196;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.42;MQ0=0;QD=37.37;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,51:56:99:2172,147,0 chrV 207566 . ATT A 1160.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=92.7963;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.21;MQ0=0;QD=43.00;RPA=3,1;RU=T;SB=-5.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:27:78:1203,78,0 chrV 208551 . G GAA 3173.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=37.4161;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.17;MQ0=0;QD=35.27;RPA=7,9;RU=A;SB=-7.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,84:90:99:3216,262,0 chrV 208925 . GA G 4687 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=88.1277;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;QD=31.04;RPA=3,2;RU=A;SB=-2.097e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,147:151:99:4687,421,0 chrV 210547 . G GT 2560.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=357.5671;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.89;MQ0=0;QD=22.46;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.214e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,89:114:99:2603,270,0 chrV 210690 . GT G 5070 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=147.0916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.26;MQ0=0;QD=31.69;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.521e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,157:160:99:5070,448,0 chrV 212443 . AG A 1906.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=521.5216;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.49;MQ0=0;QD=30.27;RPA=3,2;RU=G;SB=-8.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,55:63:99:1949,165,0 chrV 212485 . T TA 1690.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=351.5299;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.03;MQ0=0;QD=24.16;RPA=7,8;RU=A;SB=-7.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,63:70:99:1733,183,0 chrV 213853 . A AGAAGAAGACGAAGAAGAC 16218 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=172;FS=0.000;HaplotypeScore=692.8957;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.11;MQ0=0;QD=94.29;RPA=1,3;RU=GAAGAAGAC;SB=-7.605e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,124:172:99:16218,412,0 chrV 217691 . T TA 722.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.888;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=65.3459;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.41;MQ0=0;MQRankSum=0.998;QD=8.71;RPA=14,15;RU=A;ReadPosRankSum=0.555;SB=-3.448e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,43:83:37:765,37,0 chrV 221394 . T TA 1398.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.175;DP=116;FS=5.024;HaplotypeScore=64.6518;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.196;QD=12.06;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-1.462;SB=-6.706e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,71:116:11:1440,11,0 chrV 222505 . TA T 3794 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=52.1306;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.47;MQ0=0;QD=27.69;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.842e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,130:137:99:3794,373,0 chrV 225280 . G GA 1076.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=253.9647;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;QD=23.93;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,41:45:99:1119,111,0 chrV 225400 . G GA 250.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.116;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=27.8834;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.579;QD=11.41;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.579;SB=-9.224e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,8:22:24:293,24,0 chrV 225425 . A AT 417.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=143.1342;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=15.48;RPA=9,10;RU=T;SB=-5.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,16:27:51:460,51,0 chrV 234865 . C CAT 2353.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=74.8067;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.32;MQ0=0;QD=29.42;RPA=4,5;RU=AT;SB=-1.169e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,61:80:99:2396,178,0 chrV 238196 . C CTT 3343 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.698;DP=127;FS=3.665;HaplotypeScore=83.1500;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.02;MQ0=0;MQRankSum=1.019;QD=26.32;RPA=9,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.698;SB=-1.319e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,96:127:99:3343,292,0 chrV 241704 . TA T 629.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=182.0702;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.03;MQ0=0;QD=18.00;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,27:35:78:672,78,0 chrV 241876 . AAAATAG A 1060.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=162.7502;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.67;MQ0=0;QD=39.29;SB=-4.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,24:27:60:1103,60,0 chrV 242328 . TC T 8330 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=859.7909;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=33.32;RPA=2,1;RU=C;SB=-3.001e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,243:249:99:8330,695,0 chrV 242690 . TG T 7140 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=233;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=801.1860;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.47;MQ0=0;QD=30.64;RPA=3,2;RU=G;SB=-2.534e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,222:233:99:7140,650,0 chrV 243735 . C CCGCTT 402.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=42.4336;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.36;MQ0=0;QD=57.44;SB=-7.587e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:7:18:444,18,0 chrV 243802 . TATCATC T 404.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=162.8095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.87;MQ0=0;QD=27.00;RPA=3,1;RU=ATC;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:33:447,33,0 chrV 246869 . A AG 3707 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=451.1062;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.97;MQ0=0;QD=34.97;SB=-1.538e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,102:106:99:3707,301,0 chrV 248362 . G GC 6004 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=198;FS=0.000;HaplotypeScore=478.1980;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.57;MQ0=0;QD=30.32;RPA=4,5;RU=C;SB=-2.203e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,184:198:99:6004,562,0 chrV 248412 . C CTGCAACTGAAGAA 23653 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=180;FS=0.000;HaplotypeScore=293.4058;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.88;MQ0=0;QD=131.41;SB=-6.378e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:55,124:180:99:23653,491,0 chrV 249753 . G GGTATACCTT 6503 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=154.3669;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.73;MQ0=0;QD=72.26;RPA=1,2;RU=GTATACCTT;SB=-1.187e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:50,40:90:99:6503,196,0 chrV 249929 . A AC 817.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=204.2679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.38;MQ0=4;MQRankSum=1.595;QD=24.79;ReadPosRankSum=-0.069;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,27:28:64:860,64,0 chrV 251561 . GA G 645.16 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.966;DP=70;FS=9.138;HaplotypeScore=36.7250;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.777;QD=9.22;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=1.610;SB=-2.072e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:70:2:683,0,2 chrV 256303 . GTATATATA G 2170.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=129.8038;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.84;MQ0=0;QD=51.69;RPA=12,8;RU=TA;SB=-9.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,23:42:72:2213,72,0 chrV 258177 . G GA 745.38 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.846;DP=64;FS=9.749;HaplotypeScore=58.4806;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=0.271;QD=11.65;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-1.201;SB=-2.404e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,38:64:7:784,0,7 chrV 259747 . GA G 1168.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=196.0864;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.06;MQ0=0;QD=15.38;RPA=9,8;RU=A;SB=-4.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,58:76:99:1211,146,0 chrV 259981 . G GTCCAATGCT 17287 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=42.6802;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.96;MQ0=0;QD=107.37;SB=-4.423e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,118:161:99:17287,461,0 chrV 263748 . TG T 3084.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=23.2752;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.82;MQ0=0;QD=32.82;SB=-1.194e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,91:94:99:3127,259,0 chrV 268848 . C CT 1509.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.126;DP=112;FS=1.180;HaplotypeScore=102.7064;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.40;MQ0=0;MQRankSum=2.178;QD=13.48;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.278;SB=-5.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,61:112:53:1549,0,53 chrV 269159 . GAA G 2592.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=53.8400;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.97;MQ0=0;QD=25.42;RPA=12,10;RU=A;SB=-1.231e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,82:102:99:2635,240,0 chrV 269977 . A AGG 4448 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=767.3648;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.99;MQ0=0;QD=38.68;SB=-2.134e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:115:99:4448,340,0 chrV 269978 . T TG 3094.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=789.0481;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.59;MQ0=0;QD=29.20;SB=-1.567e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,105:106:99:3137,316,0 chrV 270453 . CT C 2353.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=481.9350;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.96;MQ0=0;QD=19.14;RPA=10,9;RU=T;SB=-1.137e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,102:123:99:2396,296,0 chrV 284428 . CGT C 999.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=107.4033;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.65;MQ0=0;QD=25.64;RPA=11,10;RU=GT;SB=-2.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,30:39:96:1042,96,0 chrV 288434 . TA T 2451.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=28.5643;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.32;RPA=8,7;RU=A;SB=-8.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,106:115:99:2494,291,0 chrV 308000 . GTTT G 5304 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=30.9212;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.63;MQ0=0;QD=45.33;RPA=6,3;RU=T;SB=-1.941e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,107:117:99:5304,319,0 chrV 308181 . GT G 1611.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=130.3577;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.19;MQ0=0;QD=19.19;RPA=9,8;RU=T;SB=-7.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,73:84:99:1654,198,0 chrV 328320 . GA G 1842.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.329;DP=101;FS=3.413;HaplotypeScore=133.5502;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.73;MQ0=0;MQRankSum=0.197;QD=18.25;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.504;SB=-8.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,87:101:99:1885,209,0 chrV 332992 . GA G 1736.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=18.6940;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.91;MQ0=0;QD=19.97;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,75:87:99:1779,207,0 chrV 335293 . AAAAGAGAGAAAAAATACAACAAGATACCAAACAGGACG A 16004 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=232;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=53.8819;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.34;MQ0=0;QD=68.98;SB=-4.753e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,200:232:99:16004,558,0 chrV 342848 . G GA 3029.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=32.3718;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.63;MQ0=0;QD=22.12;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.107e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,116:137:99:3072,324,0 chrV 349345 . ATT A 5595 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.390;DP=213;FS=0.000;HaplotypeScore=75.3773;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.141;QD=26.27;RPA=10,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.659;SB=-2.249e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,171:213:99:5595,476,0 chrV 355008 . C CT 3204.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=302.4516;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.37;MQ0=0;QD=23.39;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.522e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,112:137:99:3247,337,0 chrV 355237 . T TG 5075 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=360.6000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.44;MQ0=0;QD=38.74;SB=-2.249e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,120:131:99:5075,373,0 chrV 355240 . G GC 3175.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=538.7730;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.61;MQ0=0;QD=25.41;RPA=8,9;RU=C;SB=-1.428e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,104:125:99:3218,327,0 chrV 357894 . CT C 1453.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=190.4637;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.08;MQ0=0;QD=17.95;RPA=11,10;RU=T;SB=-6.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,66:81:99:1496,188,0 chrV 359471 . AAAG A 6212 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=30.9145;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.65;MQ0=0;QD=46.36;RPA=2,1;RU=AAG;SB=-3.083e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,128:134:99:6212,373,0 chrV 362360 . AAT A 5293 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=148.3227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.01;MQ0=0;QD=33.08;RPA=3,2;RU=AT;SB=-2.514e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,146:160:99:5293,391,0 chrV 372082 . C CT 2150.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=162.6929;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.54;MQ0=0;QD=28.68;RPA=2,3;RU=T;SB=-6.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,66:75:99:2193,193,0 chrV 372265 . A AG 2016.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=256.7588;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.82;MQ0=0;QD=35.39;RPA=1,2;RU=G;SB=-8.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,55:57:99:2059,163,0 chrV 374814 . TGCA T 4099 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.009;DP=121;FS=23.051;HaplotypeScore=285.9946;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.05;MQ0=0;MQRankSum=1.596;QD=33.88;ReadPosRankSum=3.146;SB=-1.274e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,91:121:99:4099,283,0 chrV 378741 . T TA 2556.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=157.9295;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.71;MQ0=0;QD=24.35;RPA=6,7;RU=A;SB=-9.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,96:105:99:2599,270,0 chrV 382295 . TCTA T 217.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.370;DP=55;FS=47.671;HaplotypeScore=39.7272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.20;MQ0=0;MQRankSum=3.222;QD=3.96;ReadPosRankSum=-4.928;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,14:55:99:257,0,1125 chrV 382523 . CA C 30.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.648;DP=22;FS=2.363;HaplotypeScore=16.1810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.648;QD=1.41;RPA=18,17;RU=A;ReadPosRankSum=-0.884;SB=-4.001e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,5:22:70:70,0,163 chrV 394074 . GT G 1411.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.468;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=194.4966;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=63.03;MQ0=0;MQRankSum=1.141;QD=15.18;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=-1.029;SB=-7.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,70:93:99:1454,188,0 chrV 395202 . CAA C,CA 1730.49 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.349;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=43.4410;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.584;QD=14.67;RPA=12,10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.292;SB=-8.651e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:24,13,0:118:37:1806,1504,1770,221,0,37 chrV 400988 . CT C 4100 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.585;DP=230;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=181.6017;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=1.983;QD=17.83;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.693;SB=-1.913e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,180:230:99:4100,478,0 chrV 406418 . C CT 1105.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.467;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=64.1660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=1.643;QD=11.06;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.138;SB=-3.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:53,39:100:77:1148,77,0 chrV 413363 . TA T 981.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.612;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=60.9736;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.056;QD=9.63;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.649;SB=-2.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,54:102:86:1024,86,0 chrV 422990 . C CAA 1912.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.948;DP=88;FS=3.072;HaplotypeScore=53.6132;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=1.449;QD=21.74;RPA=12,14;RU=A;ReadPosRankSum=-1.055;SB=-8.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,58:88:99:1955,140,0 chrV 423672 . AT A 2794.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=25.1413;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.75;MQ0=0;QD=24.30;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.177e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,102:115:99:2837,294,0 chrV 424564 . A AT 1073.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.236;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=52.4790;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.63;MQ0=0;MQRankSum=0.866;QD=21.92;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.000;SB=-1.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,43:49:99:1116,107,0 chrV 431015 . G GA 2283.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.834;DP=138;FS=8.757;HaplotypeScore=406.7930;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=0.963;QD=16.55;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.138;SB=-1.064e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,89:138:99:2326,195,0 chrV 438667 . TC T 1458.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=294.1060;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.88;MQ0=0;QD=24.32;SB=-6.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,50:60:99:1501,159,0 chrV 438669 . TA T 1316.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=307.6840;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.35;MQ0=0;QD=23.10;SB=-6.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,50:57:99:1359,160,0 chrV 460341 . G GA 2486.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.654;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=27.4288;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.43;MQ0=0;MQRankSum=0.759;QD=19.58;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=-1.070;SB=-1.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,98:127:99:2529,241,0 chrV 461877 . C CCACCGCTTCCACCGCTTT 31310 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=196;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=50.2934;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.94;MQ0=0;QD=159.74;SB=-1.090e+04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:87,88:196:99:31310,524,0 chrV 462232 . GA G 3029.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=590.9972;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.09;MQ0=0;QD=23.86;RPA=7,6;RU=A;SB=-9.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,118:127:99:3072,348,0 chrV 462428 . TG T 3421 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=617.1115;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.71;MQ0=0;QD=32.89;SB=-1.616e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,101:104:99:3421,298,0 chrV 482870 . G GT 3832 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=171;FS=0.000;HaplotypeScore=54.4396;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.68;MQ0=0;QD=22.41;RPA=8,9;RU=T;SB=-1.395e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,148:171:99:3832,419,0 chrV 488179 . C CT 2649.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=17.6810;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=31.55;RPA=2,3;RU=T;SB=-9.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,80:84:99:2692,235,0 chrV 488593 . GT G 2514.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=507.0124;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.88;MQ0=0;QD=31.05;RPA=2,1;RU=T;SB=-5.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:81:99:2557,220,0 chrV 504449 . AT A 4009 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=176;FS=0.000;HaplotypeScore=641.5937;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.00;MQ0=0;QD=22.78;RPA=8,7;RU=T;SB=-2.002e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,160:176:99:4009,470,0 chrV 517556 . CTTAGAAG C 3406 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.677;DP=103;FS=7.947;HaplotypeScore=692.6229;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.22;MQ0=0;MQRankSum=-4.449;QD=33.07;ReadPosRankSum=6.543;SB=-1.422e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,47:103:99:3406,0,758 chrV 517564 . CCT C 890.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.833;DP=98;FS=3.919;HaplotypeScore=896.5034;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.74;MQ0=0;MQRankSum=-4.539;QD=9.09;ReadPosRankSum=5.760;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,47:98:99:930,0,768 chrV 520781 . GAAAAA G 3017.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=141.4458;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.41;MQ0=0;QD=46.43;RPA=16,11;RU=A;SB=-6.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,48:65:99:3060,144,0 chrV 520940 . CATTTTTTTT C 4563 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=203.3587;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.94;MQ0=0;QD=81.48;SB=-6.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,48:56:99:4563,153,0 chrV 522970 . A AT 562.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.212;DP=87;FS=2.886;HaplotypeScore=320.4654;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.20;MQ0=0;MQRankSum=0.623;QD=6.47;RPA=16,17;RU=T;ReadPosRankSum=0.623;SB=-2.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,23:87:55:602,0,55 chrV 526638 . T TC 4174 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=209.3698;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;QD=32.36;RPA=2,3;RU=C;SB=-1.912e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,123:129:99:4174,361,0 chrV 535293 . CTCA C 5046 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=39.9722;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.86;MQ0=0;QD=43.13;RPA=3,2;RU=TCA;SB=-1.607e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,111:117:99:5046,316,0 chrV 540498 . GA G 2560.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=33.1246;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.78;MQ0=0;QD=27.24;RPA=4,3;RU=A;SB=-8.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,91:94:99:2603,253,0 chrV 540707 . A ATT 4603 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=260.8849;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.12;MQ0=0;QD=40.38;RPA=2,4;RU=T;SB=-2.179e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,102:114:99:4603,319,0 chrV 540847 . AG A 3341 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=29.7153;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;QD=32.75;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.537e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,100:102:99:3341,277,0 chrV 541246 . A AT 2522.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=182.5475;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.96;MQ0=0;QD=25.74;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.197e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,90:98:99:2565,261,0 chrV 541505 . AT A 1321.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.992;DP=89;FS=1.932;HaplotypeScore=898.7487;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.42;MQ0=0;MQRankSum=-2.350;QD=14.85;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.752;SB=-5.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,62:89:99:1364,125,0 chrV 548081 . TA T 4479 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=474.8268;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.31;MQ0=0;QD=28.17;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.303e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,141:159:99:4479,400,0 chrV 551283 . A AAG 6004 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.611;DP=190;FS=0.000;HaplotypeScore=795.8295;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.806;QD=31.60;ReadPosRankSum=-1.571;SB=-2.096e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,159:184:99:6004,506,0 chrV 551284 . T TA 5387 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=178;FS=0.000;HaplotypeScore=823.3333;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.53;MQ0=0;QD=30.26;SB=-1.713e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,164:172:99:5387,508,0 chrV 551421 . GC G 5982 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=187;FS=0.000;HaplotypeScore=1312.6914;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.56;MQ0=0;QD=31.99;RPA=5,4;RU=C;SB=-2.826e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,184:187:99:5982,541,0 chrV 554306 . G GACACTATATA 5348 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=487.5341;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.20;MQ0=0;QD=111.42;SB=-2.403e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,38:48:99:5348,132,0 chrV 555344 . C CA 76.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.237;DP=75;FS=7.987;HaplotypeScore=67.7344;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=0.127;QD=1.03;RPA=14,15;RU=A;ReadPosRankSum=-1.585;SB=-4.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,9:75:99:116,0,300 chrV 561259 . TG T 2169.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.780;DP=80;FS=3.917;HaplotypeScore=1027.5493;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.59;MQ0=0;MQRankSum=2.274;QD=27.12;ReadPosRankSum=2.168;SB=-7.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,68:80:99:2212,200,0 chrV 561758 . G GTA 2209.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=826.5074;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.81;MQ0=0;QD=44.20;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:50:99:2252,147,0 chrV 561783 . TG T 2127.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=1095.4644;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.91;MQ0=0;QD=29.55;SB=-4.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,65:72:99:2170,196,0 chrV 561824 . C CG 2744.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=1013.2448;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.45;MQ0=0;QD=31.92;RPA=2,3;RU=G;SB=-6.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,81:86:99:2787,244,0 chrV 562451 . AT A 5763 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=714.1404;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.23;MQ0=0;QD=36.02;SB=-2.617e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,153:160:99:5763,439,0 chrV 563148 . CT C 2780.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=411.0700;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.34;MQ0=0;QD=24.18;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.331e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,109:115:99:2823,318,0 chrV 563257 . AT A 2024.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=468.5412;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.45;MQ0=0;QD=28.93;RPA=3,2;RU=T;SB=-5.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,68:70:99:2067,195,0 chrV 563427 . AC A 3215.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=775.9300;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.06;MQ0=0;QD=34.21;SB=-1.304e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,86:94:99:3258,259,0 chrV 563829 . C CT 3083.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=660.7163;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.82;MQ0=0;QD=28.29;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.215e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,96:109:99:3126,292,0 chrV 563866 . G GT 2948.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=467.3994;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.82;MQ0=0;QD=32.41;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.100e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,83:91:99:2991,241,0 chrV 564516 . C CA 1307.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.624;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=470.1754;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.35;MQ0=0;MQRankSum=0.416;QD=22.17;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.039;SB=-4.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,49:59:99:1350,125,0 chrV 564696 . AG A 526.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=255.6042;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.40;MQ0=0;QD=27.73;RPA=2,1;RU=G;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,15:19:45:569,45,0 chrV 565293 . C CGAA 4395 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=629.7331;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.70;MQ0=0;QD=52.32;SB=-9.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,74:84:99:4395,226,0 chrV 566378 . AG A 1237.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=862.3756;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.34;MQ0=0;QD=30.95;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,39:40:99:1280,120,0 chrV 566382 . C CG 1192.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=866.8584;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.34;MQ0=0;QD=29.82;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:40:99:1235,120,0 chrV 567175 . AC A 469.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=107.2312;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.50;MQ0=0;QD=36.15;SB=-7.900e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39:512,39,0 chrV 567545 . GC G 1850.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=420.9442;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.03;MQ0=0;QD=36.29;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1893,153,0 chrV 567853 . G GAT 3853 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=632.9852;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.03;MQ0=0;QD=43.78;SB=-1.398e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,79:87:99:3853,253,0 chrV 567854 . GA G 2287.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=779.4417;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.35;MQ0=0;QD=27.24;RPA=2,1;RU=A;SB=-8.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,79:83:99:2330,237,0 chrV 568022 . A AG 3949 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.835;DP=170;FS=0.000;HaplotypeScore=1767.4566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.48;MQ0=0;MQRankSum=1.448;QD=23.23;ReadPosRankSum=2.459;SB=-6.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,147:170:99:3949,436,0 chrV 569880 . T TA 707.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.088;DP=112;FS=2.359;HaplotypeScore=491.0639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.71;MQ0=21;MQRankSum=0.975;QD=6.32;ReadPosRankSum=0.672;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,16:52:99:747,0,859 chrV 569940 . AG A 439.96 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=289.0475;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=13.91;MQ0=1;QD=14.19;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:14:39:482,39,0 chrV 569944 . G GTA 391.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=293.8657;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=13.91;MQ0=1;QD=12.64;RPA=2,3;RU=TA;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,27:14:30:434,30,0 chrV 569950 . TGTA T 416.98 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=263.2363;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=13.07;MQ0=1;QD=8.87;RPA=2,1;RU=GTA;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,45:11:27:459,27,0 chrV 570008 . T TTTG 421.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.185;DP=128;FS=3.203;HaplotypeScore=492.8576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=14.93;MQ0=19;MQRankSum=1.816;QD=3.30;ReadPosRankSum=0.277;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,58:23:99:461,0,530 chrV 570010 . T TGA 277.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.370;DP=128;FS=3.203;HaplotypeScore=507.2706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=14.93;MQ0=19;MQRankSum=0.585;QD=2.17;ReadPosRankSum=1.016;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,58:23:99:317,0,430 chrV 570020 . AT A 285.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.194;DP=120;FS=3.882;HaplotypeScore=506.4636;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=14.97;MQ0=21;MQRankSum=1.643;QD=2.38;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=0.217;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,59:23:99:325,0,290 chrV 570083 . T TG 168 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=157.8955;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=14.21;MQ0=5;QD=4.42;RPA=2,3;RU=G;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,14:10:23:210,23,0 chrVI 4764 . AC A 312.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.751;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=336.4097;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.02;MQ0=8;MQRankSum=-1.205;QD=3.96;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=0.410;SB=-7.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,18:52:99:352,0,591 chrVI 4812 . CACCCACA C 1213.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.647;DP=76;FS=68.997;HaplotypeScore=955.0896;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.67;MQ0=5;MQRankSum=-3.621;QD=15.97;ReadPosRankSum=1.869;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,20:43:99:1253,0,817 chrVI 4834 . C CT 761.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.029;DP=51;FS=20.739;HaplotypeScore=1061.8304;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.582;QD=14.92;ReadPosRankSum=-0.728;SB=-1.401e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,34:34:20:803,20,0 chrVI 4855 . C CAGA 815.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.923;DP=58;FS=29.068;HaplotypeScore=1304.3996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.43;MQ0=0;MQRankSum=-2.119;QD=14.07;ReadPosRankSum=1.607;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,19:40:51:855,0,51 chrVI 4856 . TTC TGTC,T 766.94 SnpCluster AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=887.6055;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=22.37;MQ0=0;QD=17.04;SB=-4.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:3,0,23:31:99:845,215,161,237,0,203 chrVI 4864 . TG T 446.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.468;DP=54;FS=42.142;HaplotypeScore=967.0105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.363;QD=8.28;ReadPosRankSum=1.328;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,22:36:99:486,0,541 chrVI 4920 . AC A 161.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.115;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=280.7349;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.702;QD=4.91;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=-0.702;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,8:25:37:201,0,37 chrVI 4926 . A AC 634.50 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.144;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=235.0746;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.780;QD=18.13;ReadPosRankSum=-1.973;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,18:26:2:673,2,0 chrVI 4935 . ATC A 190.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.042;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=259.1991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.296;QD=6.59;ReadPosRankSum=-0.211;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,7:22:49:230,0,49 chrVI 5175 . CAAT C 524.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=133.8807;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=47.72;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33:567,33,0 chrVI 5901 . G GTATTGAAATGA 4073 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=669.1881;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.50;MQ0=0;QD=127.28;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,18:32:96:4073,96,0 chrVI 5960 . ACT A 541.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=380.3882;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.32;MQ0=0;QD=27.10;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,17:18:39:584,39,0 chrVI 11068 . CT C 1908.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.112;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=243.5988;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.82;MQ0=1;MQRankSum=0.219;QD=12.48;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=1.545;SB=-8.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,124:152:99:1951,143,0 chrVI 11241 . T TCA 576.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.345;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=74.2362;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.93;MQ0=14;MQRankSum=0.794;QD=9.16;RPA=9,10;RU=CA;ReadPosRankSum=1.213;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,28:47:99:616,0,719 chrVI 12474 . G GTA 1195.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.808;DP=139;FS=4.491;HaplotypeScore=742.5895;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.43;MQ0=36;MQRankSum=0.038;QD=8.60;RPA=5,6;RU=TA;ReadPosRankSum=1.270;SB=-4.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,82:103:99:1238,114,0 chrVI 14914 . G GC 458.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=122.9768;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=30.60;RPA=2,3;RU=C;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45:501,45,0 chrVI 16585 . CCT C 188.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=172.7430;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.14;MQ0=0;QD=26.87;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:18:230,18,0 chrVI 16707 . TC T 715.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.634;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=1088.2914;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.941;QD=19.89;ReadPosRankSum=1.535;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,32:36:91:758,91,0 chrVI 16709 . TA T 680.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.634;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=1078.7792;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.74;MQ0=0;MQRankSum=0.842;QD=19.46;ReadPosRankSum=1.535;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,32:35:84:723,84,0 chrVI 16772 . AGTAGT A 3425 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=1308.9733;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=64.62;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,47:53:99:3425,150,0 chrVI 18732 . GC G 3170.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=994.6008;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.77;MQ0=0;QD=26.21;RPA=7,6;RU=C;SB=-1.437e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,114:121:99:3213,339,0 chrVI 18749 . A AT 3662 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=1039.2777;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.64;MQ0=0;QD=27.74;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.530e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,124:132:99:3662,364,0 chrVI 19695 . GC G 3158.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=223.4057;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.22;MQ0=0;QD=34.71;SB=-1.452e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,87:91:99:3201,259,0 chrVI 20484 . T TATA 681.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=153.1280;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.36;MQ0=0;QD=25.26;SB=-5.400e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,12:27:42:724,42,0 chrVI 20503 . T TCATCAATTTC 1803.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=88.6800;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.43;MQ0=0;QD=106.12;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,13:17:48:1846,48,0 chrVI 20630 . A ATT 1157.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=62.9998;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.04;MQ0=0;QD=32.17;RPA=4,6;RU=T;SB=-7.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,31:36:93:1200,93,0 chrVI 20729 . T TG 1888.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=728.3450;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.12;MQ0=0;QD=30.97;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,53:60:99:1931,153,0 chrVI 20836 . G GA 2484.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=336.2883;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.57;MQ0=0;QD=24.60;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.135e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,94:101:99:2527,261,0 chrVI 22967 . TTATGA T 6049 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=400.6932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.79;MQ0=0;QD=58.16;SB=-2.087e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,89:104:99:6049,262,0 chrVI 27175 . A AT 5695 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=183;FS=0.000;HaplotypeScore=67.1211;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.84;MQ0=0;QD=31.12;RPA=1,2;RU=T;SB=-2.713e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,175:183:99:5695,484,0 chrVI 27549 . T TTCTACAACTAAC 18143 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=409.3195;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.01;MQ0=0;QD=118.58;SB=-5.341e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:50,90:153:99:18143,424,0 chrVI 27969 . A AT 2978.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=391.4943;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.59;MQ0=0;QD=22.92;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.411e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,109:130:99:3021,324,0 chrVI 30997 . C CT,CTT 2168.96 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=163.8555;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.14;MQ0=0;QD=20.27;RPA=11,12,13;RU=T;SB=-9.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:40,13,47:107:60:2247,1331,1114,279,0,60 chrVI 31532 . AT A 2615.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.195;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=1162.3868;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.87;MQ0=0;MQRankSum=1.222;QD=17.68;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.040;SB=-6.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,125:147:99:2658,357,0 chrVI 31615 . AT A 2309.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=762.6245;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.39;MQ0=0;QD=21.00;RPA=7,6;RU=T;SB=-9.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,97:110:99:2352,290,0 chrVI 32009 . TA T 2149.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=315.0977;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.08;MQ0=0;QD=18.07;RPA=8,7;RU=A;SB=-8.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,104:119:99:2192,287,0 chrVI 32355 . A AC 2792.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=52.8251;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.63;MQ0=0;QD=29.71;RPA=1,2;RU=C;SB=-1.254e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,89:94:99:2835,247,0 chrVI 32971 . AT A 2198.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=472.1237;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.08;MQ0=0;QD=30.12;RPA=2,1;RU=T;SB=-9.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:73:99:2241,210,0 chrVI 36663 . A AT 1213.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=118.0314;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=1.529;QD=18.97;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.781;SB=-4.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,49:64:99:1256,143,0 chrVI 44418 . GT G 4446 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=38.6853;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.34;MQ0=0;QD=34.73;SB=-1.916e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,128:128:99:4446,370,0 chrVI 48119 . G GTA 9675 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=214;FS=0.000;HaplotypeScore=174.8383;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.20;MQ0=0;QD=45.21;SB=-4.830e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,199:214:99:9675,602,0 chrVI 56091 . C CT 2113.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=34.9413;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.07;MQ0=0;QD=21.79;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.037e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,76:97:99:2156,234,0 chrVI 57943 . A AT 157.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5891;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.63;RPA=5,6;RU=T;SB=-2.893e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:21:199,21,0 chrVI 58005 . GATATATATATATAT G 404.48 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6032;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.29;MQ0=0;QD=80.90;RPA=13,6;RU=AT;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:12:446,12,0 chrVI 63949 . T TA 3068.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=37.9498;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.95;MQ0=0;QD=24.95;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.555e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,113:123:99:3111,322,0 chrVI 74485 . G GA 677.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.628;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=33.1271;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.596;QD=9.55;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-1.530;SB=-1.468e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,27:71:6:718,6,0 chrVI 74592 . G GTATA 677.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=13.6423;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=28.25;RPA=6,8;RU=TA;SB=-1.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,11:24:43:720,43,0 chrVI 74705 . C CA 1964.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=25.1856;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;QD=26.55;RPA=4,5;RU=A;SB=-3.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,65:74:99:2007,210,0 chrVI 74843 . GA G 1879.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=960.4936;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.08;MQ0=0;QD=22.12;RPA=5,4;RU=A;SB=-8.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,74:85:99:1922,221,0 chrVI 74992 . TA T 3421 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=109.7793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.06;MQ0=0;QD=36.01;SB=-1.442e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,91:95:99:3421,277,0 chrVI 75085 . C CTTGTCTTCTT 7661 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=408.5370;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.74;MQ0=0;QD=98.22;RPA=1,2;RU=TTGTCTTCTT;SB=-1.485e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,56:78:99:7661,205,0 chrVI 76002 . TC T 1592.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.347;DP=83;FS=3.031;HaplotypeScore=465.2171;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;MQRankSum=1.314;QD=19.19;ReadPosRankSum=2.190;SB=-7.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,57:83:99:1635,182,0 chrVI 76008 . TTTC T 2351.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.651;DP=79;FS=3.041;HaplotypeScore=392.2779;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.40;MQ0=0;MQRankSum=1.755;QD=29.77;ReadPosRankSum=1.338;SB=-1.189e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,47:79:99:2394,195,0 chrVI 76169 . AT A 1783.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=319.4588;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.15;MQ0=0;QD=19.18;RPA=10,9;RU=T;SB=-8.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,84:93:99:1826,230,0 chrVI 83969 . T TAA 1247.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=97.3721;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.53;MQ0=0;QD=21.15;RPA=9,11;RU=A;SB=-6.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,40:59:99:1290,121,0 chrVI 87585 . TA T 1513.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=150.8465;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.46;MQ0=0;QD=18.69;RPA=8,7;RU=A;SB=-5.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,73:81:99:1556,200,0 chrVI 87695 . G GT 1256.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.425;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=161.6619;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=0.883;QD=18.48;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.556;SB=-3.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,43:68:99:1299,136,0 chrVI 87978 . C CTTGCTGTTGTTGTTG 13664 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=182.0441;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.08;MQ0=0;QD=113.87;SB=-3.976e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,106:120:99:13664,337,0 chrVI 91775 . G GAAT 5606 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=38.2044;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.89;MQ0=0;QD=49.18;SB=-2.726e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,105:114:99:5606,310,0 chrVI 95460 . AT A 1504.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.944;DP=120;FS=2.566;HaplotypeScore=92.2608;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.236;QD=12.54;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.427;SB=-5.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,93:120:99:1547,185,0 chrVI 96701 . A ACAAGTG 5706 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=197.9766;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.96;MQ0=0;QD=57.06;RPA=1,2;RU=CAAGTG;SB=-8.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,81:100:99:5706,247,0 chrVI 97505 . CAA C 946.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.812;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=29.8451;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.959;QD=21.04;RPA=12,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.604;SB=-3.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,32:45:94:989,94,0 chrVI 97617 . TAA T 183.07 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=21.7899;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.44;MQ0=0;MQRankSum=0.898;QD=14.08;RPA=16,14;RU=A;ReadPosRankSum=1.271;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,8:13:19:225,19,0 chrVI 98681 . CCTCATAATACCA C 9758 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=783.6845;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.21;MQ0=0;QD=121.98;SB=-4.787e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,67:80:99:9758,214,0 chrVI 98707 . G GGATGACCTGTC 10532 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=1396.8380;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.17;MQ0=0;QD=101.27;SB=-4.577e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:49,54:104:99:10532,265,0 chrVI 98766 . AT A 1577.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.228;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=729.9283;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.456;QD=16.97;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.729;SB=-7.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,78:93:99:1620,201,0 chrVI 100385 . ACAGGTG A 6367 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=505.1605;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.48;MQ0=0;QD=69.21;SB=-2.953e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,75:89:99:6367,235,0 chrVI 101478 . CCT C 1198.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=165.1448;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.06;MQ0=2;QD=35.26;SB=-5.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,26:32:87:1241,87,0 chrVI 101499 . C CA 1266.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=213.4974;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.57;MQ0=0;QD=31.67;RPA=1,2;RU=A;SB=-5.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,38:40:99:1309,114,0 chrVI 103252 . A AT 1043.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=28.1599;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.80;MQ0=0;QD=26.77;RPA=2,3;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,38:39:99:1086,105,0 chrVI 103935 . TTATA T 606.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=79.0404;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.29;RPA=9,7;RU=TA;SB=-3.169e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,11:24:36:649,36,0 chrVI 106901 . GAA G 2270.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.379;DP=157;FS=2.540;HaplotypeScore=1042.6657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.99;MQ0=0;MQRankSum=3.870;QD=14.46;RPA=4,2;RU=A;ReadPosRankSum=6.691;SB=-1.042e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,95:157:99:2310,0,946 chrVI 106907 . GAAGGAA G 5608 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=5.360;DP=149;FS=11.725;HaplotypeScore=715.0232;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.25;MQ0=0;MQRankSum=4.343;QD=37.64;ReadPosRankSum=5.629;SB=-2.441e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:64,85:148:99:5608,144,0 chrVI 106911 . GAA G 4709 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=808.5901;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.04;MQ0=1;QD=32.25;RPA=7,5;RU=A;SB=-2.318e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:95,50:144:99:4709,403,0 chrVI 107819 . G GTA 879.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.718;DP=75;FS=20.344;HaplotypeScore=920.7850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.207;QD=11.73;ReadPosRankSum=3.330;SB=-8.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,28:75:99:919,0,124 chrVI 107821 . G GTATGTATGTA 3692 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.677;DP=74;FS=4.273;HaplotypeScore=657.1223;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.37;MQ0=0;MQRankSum=0.014;QD=49.89;ReadPosRankSum=0.155;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,28:74:99:3692,128,0 chrVI 110111 . AG A 2430.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.238;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=73.0154;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.852;QD=21.90;ReadPosRankSum=-0.861;SB=-1.078e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,61:111:99:2473,244,0 chrVI 110299 . TCAGC T 4822 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=155.4858;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.26;MQ0=0;QD=52.99;RPA=2,1;RU=CAGC;SB=-1.754e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,85:91:99:4822,247,0 chrVI 111473 . TTA T 1221.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=57.8080;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.39;MQ0=0;QD=21.44;RPA=2,1;RU=TA;SB=-3.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,24:57:99:1264,114,0 chrVI 111733 . CCTCAT C 7426 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=181.1076;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.96;MQ0=0;QD=61.88;RPA=2,1;RU=CTCAT;SB=-2.489e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,109:120:99:7426,325,0 chrVI 112326 . C CA 744.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=206.1942;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.89;MQ0=0;QD=23.28;RPA=7,8;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,31:32:90:787,90,0 chrVI 114106 . G GA 1229.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=99.5759;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.12;MQ0=0;QD=20.50;RPA=9,10;RU=A;SB=-4.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,54:60:99:1272,150,0 chrVI 114460 . A AT 5004 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=126.6941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;QD=33.14;RPA=1,2;RU=T;SB=-2.315e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,149:151:99:5004,436,0 chrVI 118486 . CT C 2952.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=231.1119;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=30.44;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.192e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,95:97:99:2995,283,0 chrVI 119284 . GA G 926.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.083;DP=102;FS=6.507;HaplotypeScore=563.5549;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.437;QD=9.09;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.416;SB=-3.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,55:102:45:969,45,0 chrVI 119409 . AG A 5334 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=172;FS=0.000;HaplotypeScore=96.9702;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.05;MQ0=0;QD=31.01;SB=-2.463e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,169:172:99:5334,478,0 chrVI 123211 . CT C 2398.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=318.6153;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.87;MQ0=0;QD=21.23;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.210e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,102:113:99:2441,302,0 chrVI 123271 . A AT 2082.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=158.7837;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.79;MQ0=0;QD=21.25;RPA=6,7;RU=T;SB=-8.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,86:98:99:2125,234,0 chrVI 129958 . A AC 3221.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.101;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=274.0239;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.19;MQ0=0;MQRankSum=-2.355;QD=28.26;ReadPosRankSum=2.260;SB=-1.583e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,111:114:99:3264,303,0 chrVI 130231 . C CT 1491.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.335;DP=85;FS=1.669;HaplotypeScore=130.6261;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.031;QD=17.55;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.805;SB=-7.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,69:85:99:1534,105,0 chrVI 131288 . T TA 1396.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=183.6030;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=20.54;RPA=6,7;RU=A;SB=-5.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,51:68:99:1439,159,0 chrVI 137700 . TATTCA T 1618.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.756;DP=83;FS=8.027;HaplotypeScore=218.5182;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.90;MQ0=0;MQRankSum=-2.447;QD=19.51;ReadPosRankSum=-0.410;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,27:83:99:1658,0,3329 chrVI 137727 . T TA 518.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.971;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=249.8702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.437;QD=8.65;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.839;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,21:59:99:558,0,972 chrVI 147039 . GA G 2362.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=395.8345;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.42;MQ0=0;QD=29.17;RPA=3,2;RU=A;SB=-7.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,74:81:99:2405,220,0 chrVI 147079 . T TTG 3158.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=608.4351;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.66;MQ0=0;QD=39.49;SB=-8.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,71:80:99:3201,223,0 chrVI 148490 . T TA 226.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=45.7474;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.15;MQ0=0;QD=28.25;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:21:268,21,0 chrVI 148662 . C CA 715.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=519.2900;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=0.650;QD=19.35;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.433;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,28:37:73:758,73,0 chrVI 149845 . CT C 3662 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=433.0926;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.71;MQ0=0;QD=35.55;SB=-1.611e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:103:99:3662,304,0 chrVI 155985 . GTTT G 2769.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.388;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=58.2805;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.53;MQ0=0;MQRankSum=1.618;QD=25.18;RPA=16,13;RU=T;ReadPosRankSum=2.388;SB=-1.269e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,66:110:99:2812,208,0 chrVI 157008 . T TTG 6930 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=186;FS=0.000;HaplotypeScore=95.6789;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.21;MQ0=1;QD=37.26;RPA=1,2;RU=TG;SB=-3.117e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,176:184:99:6930,518,0 chrVI 157760 . CT C 1392.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=94.2550;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.43;MQ0=0;QD=19.35;RPA=8,7;RU=T;SB=-5.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,66:72:99:1435,182,0 chrVI 157816 . AT A 1055.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=452.4238;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.19;MQ0=0;QD=16.50;RPA=8,7;RU=T;SB=-4.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,56:64:99:1098,141,0 chrVI 157828 . A ATCT 2441.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=396.4115;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.63;MQ0=0;QD=40.03;RPA=1,2;RU=TCT;SB=-9.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,49:61:99:2484,147,0 chrVI 157896 . C CT 2372.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=748.1408;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.57;MQ0=0;QD=32.51;SB=-6.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:73:99:2415,210,0 chrVI 159212 . G GA 2622.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=301.0164;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=25.47;RPA=5,6;RU=A;SB=-7.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,96:103:99:2665,282,0 chrVI 160471 . A ATTAT 6533 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=186.0331;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.93;MQ0=0;QD=53.11;SB=-2.271e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,102:123:99:6533,334,0 chrVI 160576 . ACAG A 3805 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=339.6964;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.39;MQ0=0;QD=29.27;RPA=7,6;RU=CAG;SB=-1.420e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:50,79:130:99:3805,273,0 chrVI 161459 . G GA 2171.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=200.5262;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.28;MQ0=0;QD=33.41;RPA=1,2;RU=A;SB=-9.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,62:65:99:2214,192,0 chrVI 161527 . CA C 785.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=181.4633;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.11;MQ0=0;QD=21.24;RPA=4,3;RU=A;SB=-3.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,31:37:87:828,87,0 chrVI 161715 . A AT 858.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=21.3266;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.64;MQ0=0;QD=23.86;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,33:36:93:901,93,0 chrVI 161883 . C CTT 2033.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.402;DP=63;FS=2.623;HaplotypeScore=245.5537;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.59;MQ0=0;MQRankSum=0.704;QD=32.29;RPA=1,3;RU=T;ReadPosRankSum=2.014;SB=-7.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,56:57:60:2076,60,0 chrVI 162419 . A AG 4208 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=190.3868;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.08;MQ0=0;QD=35.66;SB=-1.253e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,114:118:99:4208,331,0 chrVI 164820 . C CT 1477.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.749;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=90.8251;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.420;QD=15.24;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.255;SB=-6.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,74:97:66:1520,66,0 chrVI 167381 . AAT A 1997.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=524.2370;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.40;MQ0=0;QD=29.38;RPA=6,5;RU=AT;SB=-7.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,58:68:99:2040,169,0 chrVI 167855 . A AT 529.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.533;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=40.3181;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.933;QD=13.95;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.133;SB=-2.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,27:38:57:572,57,0 chrVI 168334 . GATCCT G 1297.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.540;DP=84;FS=6.945;HaplotypeScore=918.8898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.875;QD=15.45;ReadPosRankSum=5.304;SB=-5.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,32:84:99:1337,0,1680 chrVI 168340 . GTTACTTTGCATGCACCGTGA G 6264 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.473;DP=74;FS=7.455;HaplotypeScore=407.9768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.938;QD=84.65;ReadPosRankSum=5.878;SB=-2.681e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,32:74:99:6264,0,991 chrVI 168886 . A AAT 2932.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=41.0239;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.95;MQ0=0;QD=37.13;SB=-1.395e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:79:99:2975,219,0 chrVI 169659 . AGGTATGGC A 10493 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=511.4109;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.81;MQ0=0;QD=80.10;RPA=2,1;RU=GGTATGGC;SB=-3.167e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,113:131:99:10493,337,0 chrVI 172412 . TA T 2396.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=82.8267;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.97;MQ0=0;QD=18.30;RPA=10,9;RU=A;SB=-1.105e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,115:131:99:2439,333,0 chrVI 174046 . CTTT C 2156.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=148.4827;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.56;MQ0=0;QD=25.38;RPA=15,12;RU=T;SB=-1.098e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,50:85:99:2199,161,0 chrVI 174112 . AAC A 3559 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=318.0570;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.32;MQ0=0;QD=38.27;RPA=2,1;RU=AC;SB=-1.771e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,86:93:99:3559,265,0 chrVI 176506 . AG A 3449 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=370.7070;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.68;MQ0=0;QD=29.73;SB=-1.625e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,100:116:99:3449,313,0 chrVI 182885 . T TGTGCGTGTGTGC 16524 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=64.3665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.08;MQ0=0;QD=107.30;SB=-5.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,127:154:99:16524,412,0 chrVI 186224 . GATAATAATAATAATAATAATA G 771.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=10.2684;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.06;MQ0=0;QD=20.86;RPA=15,8;RU=ATA;SB=-2.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,11:37:30:814,30,0 chrVI 191469 . GTTT G 2321.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=528.1277;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.82;MQ0=0;QD=38.06;SB=-9.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,51:51:99:2364,135,0 chrVI 191499 . T TCA 913.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=298.2168;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.66;MQ0=0;QD=18.28;SB=-3.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,48:24:72:956,72,0 chrVI 192522 . GTTTCTATCGTGA G 12689 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=791.7247;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.99;MQ0=0;QD=102.33;SB=-4.925e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,93:124:99:12689,277,0 chrVI 193508 . TA T 1250.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=122.6711;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=13.60;RPA=11,10;RU=A;SB=-6.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,70:92:99:1293,179,0 chrVI 194362 . T TAA 5070 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=373.5232;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.46;MQ0=0;QD=34.03;RPA=3,5;RU=A;SB=-2.436e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,132:149:99:5070,388,0 chrVI 194604 . TTA T 2021.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=367.5654;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.79;MQ0=0;QD=23.24;SB=-7.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,74:87:99:2064,210,0 chrVI 199066 . C CT 3812 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=203.5023;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=28.66;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.222e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,128:133:99:3812,364,0 chrVI 199443 . GT G 2203.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=626.6037;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.20;MQ0=0;QD=21.19;RPA=4,3;RU=T;SB=-7.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,96:104:99:2246,281,0 chrVI 199527 . AT A 2703.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=524.4017;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.91;MQ0=0;QD=25.27;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.192e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,99:107:99:2746,288,0 chrVI 204889 . AG A 2221.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=450.4133;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.06;MQ0=1;QD=26.14;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,69:83:99:2264,198,0 chrVI 204901 . CAA C 1567.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=529.0111;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.32;MQ0=0;QD=22.72;RPA=8,6;RU=A;SB=-1.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,53:69:99:1610,144,0 chrVI 205945 . G GC 2086.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=449.3866;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.67;MQ0=0;QD=24.55;RPA=3,4;RU=C;SB=-1.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,74:85:99:2129,222,0 chrVI 206719 . T TA 2637.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=346.1731;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.63;MQ0=0;QD=31.40;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,81:84:99:2680,238,0 chrVI 206951 . GA G 1463.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=242.2368;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.58;MQ0=0;QD=18.77;RPA=9,8;RU=A;SB=-5.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,70:78:99:1506,201,0 chrVI 210067 . A AT 157.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.928;DP=54;FS=10.569;HaplotypeScore=26.4776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=2.268;QD=2.93;RPA=16,17;RU=T;ReadPosRankSum=0.619;SB=0.041;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,16:54:31:197,0,31 chrVI 221876 . GA G 2047.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=47.6746;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.78;MQ0=0;QD=16.93;RPA=9,8;RU=A;SB=-4.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,110:121:99:2090,278,0 chrVI 226131 . CAAA C 3095.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.817;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=330.3915;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.41;MQ0=0;MQRankSum=1.272;QD=22.27;RPA=15,12;RU=A;ReadPosRankSum=2.048;SB=-1.166e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:49,79:139:99:3138,233,0 chrVI 226238 . G GAAA 9087 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=234;FS=0.000;HaplotypeScore=608.5699;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.59;MQ0=0;QD=38.83;RPA=5,8;RU=A;SB=-3.986e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,192:234:99:9087,578,0 chrVI 226612 . A AAAAATATAGG 3431 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=57.7969;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.30;MQ0=0;QD=42.36;RPA=2,3;RU=AAAATATAGG;SB=-1.472e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:57,23:81:99:3431,114,0 chrVI 226671 . AG A 2023.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=106.7430;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.16;MQ0=0;QD=31.14;SB=-7.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,62:64:99:2066,168,0 chrVI 226825 . AT A 2603.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=482.0326;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.01;MQ0=0;QD=22.07;RPA=6,5;RU=T;SB=-8.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,113:118:99:2646,318,0 chrVI 226929 . GA G 2849.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.706;DP=181;FS=5.262;HaplotypeScore=63.3008;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.124;QD=15.75;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.093;SB=-8.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,145:181:99:2892,380,0 chrVI 227351 . TACGCAC T 6383 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=51.0305;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.60;MQ0=0;QD=47.63;RPA=3,2;RU=ACGCAC;SB=-7.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,100:134:99:6383,283,0 chrVI 227508 . T TA 426.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.734;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=22.3864;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.17;MQ0=0;MQRankSum=1.561;QD=11.24;ReadPosRankSum=-0.694;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,30:38:43:469,43,0 chrVI 233626 . C CA 2026.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=28.5948;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.17;MQ0=0;QD=21.34;RPA=7,8;RU=A;SB=-9.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,88:95:99:2069,234,0 chrVI 237134 . C CATA 728.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=58.0894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=19.18;RPA=2,3;RU=ATA;SB=-1.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,29:38:55:771,55,0 chrVI 241524 . C CTT 2750.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.046;DP=129;FS=3.039;HaplotypeScore=75.1224;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.172;QD=21.33;RPA=10,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.172;SB=-1.370e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,87:129:99:2793,209,0 chrVI 242037 . A AC 3591 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=133.3342;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.93;MQ0=0;QD=31.78;RPA=1,2;RU=C;SB=-1.663e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,106:113:99:3591,304,0 chrVI 265477 . G GT 3808 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=32.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.92;MQ0=0;QD=36.27;SB=-1.259e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,103:105:99:3808,298,0 chrVI 266273 . GT G 1949.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=33.2305;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.29;MQ0=0;QD=18.75;RPA=8,7;RU=T;SB=-9.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,96:104:99:1992,254,0 chrVII 214 . A AC 5235 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=239;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1304.3439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.42;MQ0=38;QD=21.90;RPA=2,3;RU=C;SB=-1.372e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,222:176:99:5235,456,0 chrVII 235 . A AC 1771.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.792;DP=250;DS;FS=154.951;HaplotypeScore=1065.5795;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.16;MQ0=34;MQRankSum=-0.088;QD=7.09;ReadPosRankSum=0.094;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:167,71:200:99:1811,0,3900 chrVII 3275 . G GA 4408 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=207;FS=0.000;HaplotypeScore=58.0208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.35;MQ0=0;QD=21.29;RPA=8,9;RU=A;SB=-2.084e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,177:207:99:4408,501,0 chrVII 8151 . G GA 612.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9812;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.43;MQ0=28;QD=11.35;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,51:22:54:655,54,0 chrVII 8841 . G GC 2061.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.924;DP=82;FS=22.041;HaplotypeScore=759.3701;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.34;MQ0=0;MQRankSum=-2.032;QD=25.15;RPA=2,3;RU=C;ReadPosRankSum=1.354;SB=-2.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,62:77:98:2104,98,0 chrVII 9095 . G GA 3596 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=494.2701;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.06;MQ0=0;QD=31.54;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.746e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,108:114:99:3596,322,0 chrVII 9154 . G GA 4001 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=569.0271;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.27;MQ0=0;QD=31.02;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.901e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,124:129:99:4001,361,0 chrVII 10682 . T TA 1838.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=222.7537;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.07;MQ0=11;QD=21.14;RPA=4,5;RU=A;SB=-7.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,81:73:99:1881,189,0 chrVII 10864 . TC T 1422.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=924.5347;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.24;MQ0=0;QD=34.71;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:39:99:1465,111,0 chrVII 10894 . AT A 581.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=690.3843;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.96;MQ0=3;QD=14.55;RPA=10,9;RU=T;SB=-3.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,34:33:75:624,75,0 chrVII 11071 . A AT 2623.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=853.2852;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.99;MQ0=3;QD=24.75;RPA=2,3;RU=T;SB=-5.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,84:101:99:2666,238,0 chrVII 11756 . A AT 1737.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=1207.7218;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.50;MQ0=0;QD=21.19;RPA=1,2;RU=T;SB=-3.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,63:82:99:1780,204,0 chrVII 11769 . A AT 1759.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=1270.0004;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.91;MQ0=0;QD=24.44;RPA=4,5;RU=T;SB=-2.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,61:72:99:1802,183,0 chrVII 11783 . CA C 1720.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=1205.3917;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.66;MQ0=0;QD=25.69;RPA=5,4;RU=A;SB=-2.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,58:67:99:1763,174,0 chrVII 11881 . A AT 736.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=299.2315;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.36;MQ0=0;QD=24.57;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,28:30:86:779,86,0 chrVII 12170 . T TTACCCG 2307.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=451.6228;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.46;MQ0=0;QD=72.12;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,17:32:87:2350,87,0 chrVII 16461 . GA G 3191.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=948.7934;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.95;MQ0=0;QD=29.02;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.614e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,105:110:99:3234,310,0 chrVII 16642 . A AT 4552 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=859.6574;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.97;MQ0=0;QD=37.62;SB=-1.940e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:120:99:4552,334,0 chrVII 16743 . TCCA T 4810 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=519.6159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.19;MQ0=0;QD=47.62;SB=-1.600e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,83:101:99:4810,265,0 chrVII 16867 . A AT 1837.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.342;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=393.1483;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.756;QD=21.37;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.805;SB=-3.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,72:86:99:1880,186,0 chrVII 17005 . AC A 805.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=240.2698;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.56;MQ0=0;QD=26.00;RPA=5,4;RU=C;SB=-5.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,25:31:78:848,78,0 chrVII 17024 . G GTA 199.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=202.6905;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.51;MQ0=0;QD=9.95;RPA=5,6;RU=TA;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,6:20:18:241,18,0 chrVII 17702 . T TG 1823.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=723.8683;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.04;MQ0=0;QD=27.64;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,56:66:99:1866,183,0 chrVII 17704 . GA G 1652.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.368;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=730.3353;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.90;MQ0=0;MQRankSum=0.927;QD=25.83;ReadPosRankSum=2.368;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,56:64:99:1695,172,0 chrVII 17838 . C CT 1663.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=814.4059;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.57;MQ0=0;QD=30.81;SB=-7.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,44:54:99:1706,150,0 chrVII 17840 . TG T 1326.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=773.3789;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.64;MQ0=0;QD=29.49;SB=-6.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:45:99:1369,132,0 chrVII 18162 . TA T 1305.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=423.4959;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.92;MQ0=0;QD=28.39;RPA=2,1;RU=A;SB=-4.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,44:46:99:1348,123,0 chrVII 18465 . T TTCTTTTATGAA 3766 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=462.5940;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.42;MQ0=0;QD=110.76;SB=-1.340e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,19:34:90:3766,90,0 chrVII 18479 . CA C 838.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=548.2917;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.90;MQ0=0;QD=25.42;RPA=4,3;RU=A;SB=-3.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,29:33:81:881,81,0 chrVII 19449 . C CG 1283.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.990;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=567.5319;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.825;QD=27.32;ReadPosRankSum=1.073;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,35:47:99:1326,100,0 chrVII 19571 . AG A 2702.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=612.6963;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.06;MQ0=0;QD=30.72;SB=-1.013e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,80:88:99:2745,240,0 chrVII 20016 . T TAA 644.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=19.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.10;MQ0=0;QD=14.64;RPA=11,13;RU=A;SB=-2.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,18:44:66:684,66,0 chrVII 21517 . GAATGAC G 9503 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=2530.1149;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.90;MQ0=0;QD=68.37;SB=-1.052e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,135:139:99:9503,397,0 chrVII 23274 . TAA T 6792 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=174;FS=0.000;HaplotypeScore=795.5602;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.25;MQ0=0;QD=39.03;RPA=3,1;RU=A;SB=-3.058e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,159:174:99:6792,451,0 chrVII 23642 . C CACGACG 6415 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=180.1138;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.67;MQ0=0;QD=57.79;RPA=5,7;RU=ACG;SB=-3.116e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,91:111:99:6415,265,0 chrVII 25552 . TTA T 3290 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=21.0040;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.04;MQ0=0;QD=36.15;RPA=3,2;RU=TA;SB=-1.276e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,88:90:99:3290,247,0 chrVII 43266 . CA C 360 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.420;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=74.8127;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.660;QD=9.23;RPA=15,14;RU=A;ReadPosRankSum=0.840;SB=-2.301e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,23:39:19:399,0,19 chrVII 44508 . A AAT 589.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.362;DP=32;FS=10.447;HaplotypeScore=10.2611;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=1.658;QD=18.44;RPA=7,8;RU=AT;ReadPosRankSum=0.050;SB=-2.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,19:32:30:629,0,30 chrVII 49415 . CT C 2660.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.261;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=60.5746;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.169;QD=20.31;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.904;SB=-1.348e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,114:131:99:2703,311,0 chrVII 52604 . GAAAC G 5388 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.271;DP=113;FS=3.562;HaplotypeScore=703.4560;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.347;QD=47.68;ReadPosRankSum=1.935;SB=-2.415e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,86:113:99:5388,311,0 chrVII 52610 . AG A 2776.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.577;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=962.4379;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.36;MQ0=0;MQRankSum=0.680;QD=24.36;ReadPosRankSum=1.144;SB=-1.245e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,86:114:99:2819,321,0 chrVII 52694 . C CT 2907.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=384.0296;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.22;MQ0=0;QD=25.51;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.315e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,108:114:99:2950,298,0 chrVII 53152 . T TGCC 10223 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.474;DP=235;DS;FS=4.107;HaplotypeScore=225.0398;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.70;MQ0=0;MQRankSum=0.132;QD=43.50;ReadPosRankSum=0.632;SB=-4.601e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,211:235:99:10223,537,0 chrVII 53662 . T TCC 5269 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=439.4520;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.03;MQ0=0;QD=35.60;RPA=4,6;RU=C;SB=-2.341e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,132:148:99:5269,394,0 chrVII 55992 . CA C 5101 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=171;FS=0.000;HaplotypeScore=374.5692;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.72;MQ0=0;QD=29.83;RPA=4,3;RU=A;SB=-2.215e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,167:171:99:5101,478,0 chrVII 56225 . C CTTT 1425.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.181;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=206.9120;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=19.53;RPA=13,16;RU=T;ReadPosRankSum=-1.496;SB=-7.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,19:73:94:1468,94,0 chrVII 56250 . AT A 1089.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=219.1564;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.11;MQ0=0;QD=12.67;RPA=10,9;RU=T;SB=-5.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,57:83:99:1132,134,0 chrVII 69394 . ATC A 2975.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=343.3053;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.89;MQ0=0;QD=34.21;SB=-6.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,78:87:99:3018,216,0 chrVII 73309 . CAT C 10150 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=217;FS=0.000;HaplotypeScore=1029.8137;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.60;MQ0=0;QD=46.77;SB=-4.676e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,213:217:99:10150,623,0 chrVII 73728 . GTA G 2690.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=162.7832;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.46;MQ0=0;QD=28.03;RPA=6,5;RU=TA;SB=-9.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,77:96:99:2733,220,0 chrVII 73818 . C CA 716.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=14.3561;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.17;MQ0=0;QD=17.07;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,25:42:84:759,84,0 chrVII 73989 . T TATA 2551.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=27.7311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.84;MQ0=0;QD=49.08;RPA=1,2;RU=ATA;SB=-3.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,45:51:99:2594,147,0 chrVII 75474 . TAGAGAGAG T 20228 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=245;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=314.3454;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=82.56;RPA=10,6;RU=AG;SB=-9.793e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,212:245:99:20228,635,0 chrVII 75903 . G GA 5387 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=234;FS=0.000;HaplotypeScore=54.3845;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.79;MQ0=0;QD=23.02;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.942e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,188:233:99:5387,597,0 chrVII 76042 . G GC 6324 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=219;FS=0.000;HaplotypeScore=939.8196;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.15;MQ0=0;QD=28.88;RPA=4,5;RU=C;SB=-3.129e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,208:218:99:6324,610,0 chrVII 76303 . C CA 5387 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.284;DP=237;FS=0.000;HaplotypeScore=279.2173;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.767;QD=22.73;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.353;SB=-2.276e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,213:236:99:5387,576,0 chrVII 76587 . GA G 2758.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=413.2509;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.01;MQ0=0;QD=26.28;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.181e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,97:105:99:2801,283,0 chrVII 76709 . GA G 1212.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.458;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=165.6402;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.339;QD=14.44;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.020;SB=-5.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,53:84:99:1255,132,0 chrVII 77930 . AT A 792.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.609;DP=59;FS=3.921;HaplotypeScore=64.2922;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.358;QD=13.44;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.047;SB=-3.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,40:59:85:835,85,0 chrVII 78988 . CATATATATATTATGTATAT C 1045.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=392.2416;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.02;MQ0=0;QD=21.79;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,13:48:45:1088,45,0 chrVII 84285 . GT G 2221.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=222.4696;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.86;MQ0=0;QD=21.16;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.124e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,89:105:99:2264,252,0 chrVII 87891 . A AT 1777.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.079;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=327.1252;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.34;MQ0=0;MQRankSum=0.016;QD=18.14;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.786;SB=-7.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,71:98:99:1820,181,0 chrVII 89490 . GA G 202.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6991;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.85;MQ0=0;QD=14.50;RPA=11,10;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,10:14:30:245,30,0 chrVII 89813 . AT A 235.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2610;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.15;RPA=10,9;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,11:13:33:278,33,0 chrVII 89899 . A AC 774.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.568;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=23.0856;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.75;MQ0=0;MQRankSum=1.926;QD=28.70;ReadPosRankSum=-0.401;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,22:27:66:817,66,0 chrVII 92431 . T TAA,TA 2289.95 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=208.8846;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.68;MQ0=0;QD=20.82;RPA=11,13,12;RU=A;SB=-1.065e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:25,69,12:109:63:2368,273,63,1530,0,1314 chrVII 98613 . A ATTTTC 8857 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=743.7615;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.24;MQ0=0;QD=67.61;SB=-3.593e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,118:131:99:8857,376,0 chrVII 98776 . CTT C 3626 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=270.6240;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.22;MQ0=0;MQRankSum=0.425;QD=28.11;RPA=11,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.000;SB=-1.620e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,109:129:99:3626,315,0 chrVII 102487 . T TAA,TA 1037.46 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.577;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=114.3295;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.144;QD=15.72;RPA=14,16,15;RU=A;ReadPosRankSum=-1.227;SB=-2.345e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:20,34,7:66:45:1115,140,45,564,0,461 chrVII 107991 . G GT 2235.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=176.0568;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.17;MQ0=0;QD=26.94;RPA=3,4;RU=T;SB=-6.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,79:83:99:2278,219,0 chrVII 110616 . TA T 3497 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=34.7631;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.18;MQ0=0;QD=24.63;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.610e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,133:142:99:3497,381,0 chrVII 111547 . ACGG A 624.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.670;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=80.7134;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.650;QD=41.66;ReadPosRankSum=2.382;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,12:15:99:664,0,123 chrVII 112192 . T TA 1578.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=336.4363;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.95;MQ0=0;QD=22.56;RPA=5,6;RU=A;SB=-6.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,59:70:99:1621,171,0 chrVII 112259 . T TA 835.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=157.2583;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=19.90;RPA=9,10;RU=A;SB=-4.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,31:42:99:878,102,0 chrVII 115607 . T TCATA 4254 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=283.7903;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.08;MQ0=0;QD=57.49;SB=-2.034e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,64:74:99:4254,196,0 chrVII 118304 . ATCATCATTG A 18022 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=220;FS=0.000;HaplotypeScore=454.0330;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.36;MQ0=0;QD=81.92;RPA=2,1;RU=TCATCATTG;SB=-6.754e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,175:220:99:18022,521,0 chrVII 121350 . C CA 3648 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=34.6510;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.77;MQ0=0;QD=23.84;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.430e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,140:153:99:3648,367,0 chrVII 122345 . CT C 2687.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=405.0569;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.39;MQ0=0;QD=22.40;RPA=7,6;RU=T;SB=-7.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,107:119:99:2730,297,0 chrVII 122421 . CA C 3172.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=927.2023;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.83;MQ0=0;QD=36.89;SB=-1.108e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,82:86:99:3215,232,0 chrVII 122514 . G GT 3083.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=465.1130;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.92;MQ0=0;QD=38.55;SB=-1.367e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,76:80:99:3126,232,0 chrVII 142037 . GTT G 5656 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=287.6160;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.17;MQ0=1;QD=44.19;SB=-2.434e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,121:127:99:5656,343,0 chrVII 145380 . CTA C 362.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=14.5494;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.52;MQ0=0;QD=25.93;RPA=6,5;RU=TA;SB=-2.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,12:14:33:405,33,0 chrVII 145773 . TA T 1170.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=199.9335;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.68;MQ0=0;QD=23.42;RPA=8,7;RU=A;SB=-5.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,46:50:99:1213,138,0 chrVII 147855 . CAA C 3116.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=31.9183;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.74;MQ0=0;QD=28.34;RPA=10,8;RU=A;SB=-1.476e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,90:110:99:3159,265,0 chrVII 158910 . TCAGGCA T 10442 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=240;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=528.6764;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.31;MQ0=0;QD=43.51;RPA=3,2;RU=CAGGCA;SB=-4.572e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:66,173:240:99:10442,499,0 chrVII 163135 . CTA C 93.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4136;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.24;MQ0=0;QD=13.35;RPA=7,6;RU=TA;SB=-3.654e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,5:7:12:135,12,0 chrVII 166200 . AG A 147.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.323;DP=31;FS=5.180;HaplotypeScore=139.8343;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.550;QD=4.77;RPA=7,6;RU=G;ReadPosRankSum=-0.491;SB=-7.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,10:31:69:187,0,69 chrVII 167483 . C CT 2679.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=26.2527;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.03;MQ0=0;QD=24.59;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.080e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,101:108:99:2722,294,0 chrVII 167622 . CAA C 855.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.292;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=290.0495;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.60;MQ0=0;MQRankSum=0.901;QD=10.56;RPA=17,15;RU=A;ReadPosRankSum=0.546;SB=-4.293e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:59,15:79:19:897,19,0 chrVII 170660 . AT A 445.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=46.0932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.34;MQ0=0;QD=20.27;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,20:22:51:488,51,0 chrVII 173135 . TC T 4157 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=23.7514;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.66;MQ0=0;QD=37.12;SB=-1.713e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,108:112:99:4157,313,0 chrVII 180364 . G GAA 3671 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=47.6662;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.25;MQ0=0;QD=28.91;RPA=9,11;RU=A;SB=-1.520e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,102:127:99:3671,323,0 chrVII 185796 . GA G 1978.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=380.2894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.30;MQ0=0;QD=25.70;RPA=5,4;RU=A;SB=-8.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,68:77:99:2021,204,0 chrVII 185835 . T TG 1077.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.359;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=545.8716;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.794;QD=16.33;ReadPosRankSum=3.273;SB=-5.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,46:66:99:1120,122,0 chrVII 185968 . AT A 1604.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=267.4006;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.58;MQ0=0;QD=18.45;RPA=10,9;RU=T;SB=-5.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,67:87:99:1647,197,0 chrVII 187372 . CCACT C 1324.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=1262.9102;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.33;MQ0=0;QD=18.93;SB=-4.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,29:70:85:1367,85,0 chrVII 187377 . GATTACGGAGATTTTATATCTAGTCCGGAA G 8263 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=364.0286;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.54;MQ0=0;QD=275.43;SB=-2.219e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:30:88:8263,88,0 chrVII 190778 . GA G 1660.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.852;DP=147;FS=1.526;HaplotypeScore=60.4399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.022;QD=11.30;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.197;SB=-7.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:58,74:147:99:1703,116,0 chrVII 193646 . A AC 2749.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=160.1294;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.21;MQ0=0;QD=26.70;RPA=6,7;RU=C;SB=-1.090e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,100:103:99:2792,283,0 chrVII 196910 . CA C 4403 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;FS=0.000;HaplotypeScore=1513.7580;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.11;MQ0=0;QD=26.52;SB=-2.185e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,142:166:99:4403,469,0 chrVII 196914 . AT A 2971.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.207;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=1625.9598;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.479;QD=18.69;ReadPosRankSum=2.686;SB=-1.448e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,140:159:99:3014,412,0 chrVII 196917 . T TG 2967.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.241;DP=154;FS=1.307;HaplotypeScore=1594.7894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.930;QD=19.27;ReadPosRankSum=4.937;SB=-1.460e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,140:154:99:3010,356,0 chrVII 196989 . AACCACGCACC A 7925 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=1615.1477;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.33;MQ0=0;QD=68.91;SB=-3.735e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,74:115:99:7925,223,0 chrVII 197001 . TTAAATGTAAA T 8159 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=1224.7835;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.87;MQ0=0;QD=110.26;SB=-3.808e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:8159,223,0 chrVII 197228 . C CG 3837 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=1324.5444;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.39;MQ0=0;QD=25.58;SB=-1.749e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,135:150:99:3837,414,0 chrVII 197230 . CACTTCA C 10500 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=628.8706;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.42;MQ0=0;QD=75.00;SB=-4.484e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,135:140:99:10500,414,0 chrVII 197816 . G GT 2419.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=313.5339;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.66;MQ0=0;QD=18.91;RPA=8,9;RU=T;SB=-1.030e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,99:128:99:2462,281,0 chrVII 206341 . G GT 967.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.129;DP=63;FS=3.033;HaplotypeScore=29.0032;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.077;QD=15.36;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.645;SB=-5.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,38:63:94:1010,94,0 chrVII 206499 . GA G 1385.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=220.9455;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.79;MQ0=0;QD=18.48;RPA=10,9;RU=A;SB=-5.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,56:75:99:1428,168,0 chrVII 206617 . A AT,ATT 2430.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.495;DP=107;FS=6.347;HaplotypeScore=117.5736;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.416;QD=22.72;RPA=10,11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.405;SB=-7.615e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:17,13,75:107:95:2509,1571,1400,229,0,95 chrVII 208767 . G GTCGGCCGAATTTCTATAAAT 9031 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=120.1319;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.42;MQ0=0;QD=136.83;SB=-4.004e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,15:66:99:9031,159,0 chrVII 210125 . C CT 886.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.114;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=52.4187;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.541;QD=17.39;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.605;SB=-2.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,45:51:63:929,63,0 chrVII 210401 . CA C 2556.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=23.7352;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.49;MQ0=0;QD=21.85;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.155e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,106:117:99:2599,267,0 chrVII 213787 . CA C 1689.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=181.8154;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.36;MQ0=0;QD=21.39;RPA=7,6;RU=A;SB=-8.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,68:79:99:1732,192,0 chrVII 215260 . GA G 1877.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.054;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=32.3258;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.579;QD=18.06;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.975;SB=-8.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,85:104:99:1920,197,0 chrVII 216102 . GT G 2964.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=560.0752;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.58;MQ0=0;QD=23.53;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.480e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,111:126:99:3007,324,0 chrVII 216170 . G GA 3604 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=571.6659;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.27;MQ0=0;QD=25.74;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.572e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,111:140:99:3604,352,0 chrVII 217378 . ATTG A 9231 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=177;FS=0.000;HaplotypeScore=1113.0757;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.73;MQ0=0;QD=52.15;SB=-3.867e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,170:177:99:9231,509,0 chrVII 224848 . T TTCGTTG 10340 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=57.4012;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=63.63;MQ0=0;QD=41.36;RPA=4,5;RU=TCGTTG;SB=-4.507e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:79,166:250:99:10340,486,0 chrVII 248386 . T TA 209.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=9.9103;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.59;MQ0=0;QD=16.15;RPA=9,10;RU=A;SB=-7.794e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,11:13:30:252,30,0 chrVII 272322 . GTA G 298.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=28.2677;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.36;MQ0=0;QD=27.18;RPA=7,6;RU=TA;SB=-1.479e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,10:11:30:341,30,0 chrVII 274400 . AT A 1591.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.724;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=166.5953;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=0.039;QD=13.84;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.487;SB=-6.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,80:115:99:1634,154,0 chrVII 276935 . T TG 7196 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=185;FS=0.000;HaplotypeScore=47.0347;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.21;MQ0=0;QD=38.90;SB=-3.428e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,177:185:99:7196,524,0 chrVII 280081 . G GC 424.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=493.1013;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.60;MQ0=0;QD=10.36;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,30:41:89:467,89,0 chrVII 280087 . TGTTGA T 257.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=453.5899;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=8.90;SB=-7.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:29:75:300,75,0 chrVII 280128 . A AAGT 2035.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=443.3444;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.55;MQ0=0;QD=44.26;SB=-4.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:46:99:2078,135,0 chrVII 281605 . ATT A 457.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=29.3945;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.50;MQ0=0;QD=13.08;RPA=15,13;RU=T;SB=-3.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,22:35:50:500,50,0 chrVII 287219 . GA G 2541.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=160.9693;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.45;MQ0=0;QD=19.71;RPA=10,9;RU=A;SB=-9.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,102:129:99:2584,308,0 chrVII 288375 . GAT G 3104.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=27.3937;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.37;MQ0=1;QD=32.01;RPA=4,3;RU=AT;SB=-1.165e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,86:96:99:3147,247,0 chrVII 291647 . TA T 2577.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=509.9033;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.25;MQ0=0;QD=22.42;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.023e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,103:115:99:2620,276,0 chrVII 298093 . CATAT C 5189 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=25.9467;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.57;MQ0=1;QD=44.35;RPA=7,5;RU=AT;SB=-2.501e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,104:116:99:5189,298,0 chrVII 303588 . CA C 3483 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=157.8458;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.80;MQ0=0;QD=23.69;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.020e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,134:147:99:3483,378,0 chrVII 311210 . G GT 8242 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=210;FS=0.000;HaplotypeScore=198.2644;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.92;MQ0=0;QD=39.25;SB=-3.375e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,205:210:99:8242,602,0 chrVII 325265 . CT C 2090.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.993;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=265.1622;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.642;QD=20.11;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.538;SB=-9.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,83:104:99:2133,239,0 chrVII 326269 . CA C 271.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.030;DP=33;FS=5.454;HaplotypeScore=66.6649;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.30;MQ0=0;MQRankSum=0.045;QD=8.23;RPA=18,17;RU=A;ReadPosRankSum=0.672;SB=-1.206e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,20:33:11:313,11,0 chrVII 341879 . TA T 272.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9362;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.06;RPA=8,7;RU=A;SB=-2.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,14:16:36:315,36,0 chrVII 352895 . GA G 2588.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=104.7966;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.68;MQ0=0;QD=23.32;RPA=7,6;RU=A;SB=-8.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,103:111:99:2631,288,0 chrVII 358123 . A AG 1643.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.797;DP=158;FS=14.143;HaplotypeScore=595.9946;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=0.791;QD=10.40;ReadPosRankSum=6.174;SB=-6.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,74:158:47:1683,0,47 chrVII 358124 . A AAG 2378.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.952;DP=154;FS=6.151;HaplotypeScore=523.5469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=1.470;QD=15.45;ReadPosRankSum=5.840;SB=-9.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,74:154:99:2418,0,166 chrVII 361971 . AT A 616.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=15.6341;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.72;MQ0=0;QD=13.71;RPA=10,9;RU=T;SB=-2.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,33:45:78:659,78,0 chrVII 364146 . AT A 989.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.237;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=120.3604;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=0.955;QD=14.34;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.318;SB=-3.568e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,44:69:99:1031,119,0 chrVII 366198 . AATATAT A 3936 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=127.3740;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.61;MQ0=0;QD=50.46;RPA=8,5;RU=AT;SB=-1.087e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,60:78:99:3936,166,0 chrVII 366778 . TAAAA T,TA 1908.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.226;DP=108;FS=8.751;HaplotypeScore=252.9717;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.99;MQ0=0;MQRankSum=1.036;QD=17.68;RPA=18,14,15;RU=A;ReadPosRankSum=2.988;SB=-9.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:45,11,0:108:99:1987,813,885,242,0,154 chrVII 368551 . G GA 5239 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.345;DP=178;FS=0.000;HaplotypeScore=173.9873;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.269;QD=29.43;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=-1.625;SB=-2.375e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,169:178:99:5239,448,0 chrVII 376066 . AT A 2669.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.699;DP=121;FS=3.351;HaplotypeScore=205.7717;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.654;QD=22.07;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=-1.438;SB=-1.228e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,110:121:99:2712,291,0 chrVII 377578 . C CAACAGAAGCGCAA 10880 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=27.7792;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.34;MQ0=0;QD=97.14;SB=-3.816e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,87:112:99:10880,298,0 chrVII 378026 . AATGATG A 13230 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=244;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=338.9013;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.25;MQ0=0;QD=54.22;RPA=6,4;RU=ATG;SB=-6.367e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,200:243:99:13230,572,0 chrVII 379162 . TCAGCAG T 13159 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=244;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=75.7869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.08;MQ0=0;QD=53.93;RPA=8,6;RU=CAG;SB=-5.365e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:69,173:243:99:13159,521,0 chrVII 388855 . AT A 1544.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=22.9686;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=25.75;SB=-7.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,40:60:99:1587,157,0 chrVII 394900 . GA G 428.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1672;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=18.65;RPA=11,10;RU=A;SB=-5.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:23:57:471,57,0 chrVII 400194 . A AT 1849.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=203.9524;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;QD=27.61;RPA=1,2;RU=T;SB=-6.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,60:67:99:1892,168,0 chrVII 400221 . TAA T 607.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=171.7223;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=16.89;RPA=13,11;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,20:36:57:650,57,0 chrVII 400550 . GTTTTT G 601.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.603;DP=41;FS=1.808;HaplotypeScore=33.9766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.33;MQ0=0;MQRankSum=0.643;QD=14.68;RPA=21,16;RU=T;ReadPosRankSum=0.337;SB=-2.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,6:41:33:641,0,33 chrVII 400713 . G GA 1676.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=22.7790;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=20.96;RPA=7,8;RU=A;SB=-6.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,66:80:99:1719,192,0 chrVII 401504 . G GA 1677.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.558;DP=86;FS=9.801;HaplotypeScore=24.2098;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.23;MQ0=0;MQRankSum=2.015;QD=19.51;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.329;SB=-7.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,63:86:99:1720,135,0 chrVII 405203 . AT A 595.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=211.3298;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.86;MQ0=0;QD=31.37;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:17:51:638,51,0 chrVII 405411 . T TAG 4544 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=2995.2710;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=47.33;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,80:96:99:4544,280,0 chrVII 405415 . G GTTT 4610 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=1890.0935;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=56.91;RPA=1,4;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:4610,244,0 chrVII 405452 . C CA 4021 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=2169.8871;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.60;MQ0=1;QD=34.37;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,99:114:99:4021,322,0 chrVII 405706 . AT A 2786.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=306.4251;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.89;MQ0=0;QD=20.80;RPA=9,8;RU=T;SB=-8.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,115:129:99:2829,306,0 chrVII 412208 . CAA C 4452 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=109.8255;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.41;MQ0=0;QD=31.57;RPA=9,7;RU=A;SB=-1.623e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,126:141:99:4452,370,0 chrVII 412279 . GA G 2080.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=336.3180;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.40;MQ0=0;QD=21.02;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.023e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,81:99:99:2123,231,0 chrVII 412630 . G GAA 1351.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=265.3511;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;QD=27.04;RPA=8,10;RU=A;SB=-2.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,38:50:99:1394,117,0 chrVII 412892 . CT C 6254 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=194;FS=0.000;HaplotypeScore=841.4345;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.75;MQ0=0;QD=32.24;RPA=3,2;RU=T;SB=-2.243e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,186:194:99:6254,542,0 chrVII 413965 . AGA A,AA 4071 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=89.1022;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.59;MQ0=0;QD=27.88;SB=-1.448e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:69,0,0:146:99:4071,1830,1494,563,0,169 chrVII 416657 . CTAT C 3347 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=28.5285;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.56;MQ0=0;QD=33.47;RPA=5,4;RU=TAT;SB=-1.642e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,80:100:99:3347,223,0 chrVII 417241 . TC T 5616 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=137.0589;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.41;MQ0=0;QD=37.19;SB=-2.464e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,150:151:99:5616,427,0 chrVII 433202 . G GA 1280.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.417;DP=86;FS=2.421;HaplotypeScore=419.0743;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.583;QD=14.89;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.988;SB=-2.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,55:86:99:1323,130,0 chrVII 433848 . T TA 1365.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=185.8955;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=17.07;RPA=6,7;RU=A;SB=-6.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,42:80:99:1408,153,0 chrVII 435463 . CT C 2681.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=322.5518;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.38;MQ0=0;QD=24.16;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.235e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,100:111:99:2724,288,0 chrVII 438823 . A AT 637.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.640;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=43.4361;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.421;QD=7.42;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=-1.170;SB=-2.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,33:86:55:677,0,55 chrVII 440441 . CA C 654.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.330;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=56.7406;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=1.208;QD=8.85;RPA=15,14;RU=A;ReadPosRankSum=0.901;SB=-2.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,35:74:42:697,42,0 chrVII 443332 . G GA 1614.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.586;DP=128;FS=16.843;HaplotypeScore=79.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.90;MQ0=0;MQRankSum=1.650;QD=12.62;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-1.085;SB=-7.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,80:128:25:1657,25,0 chrVII 448884 . CTGCTGCTGCTGCTGTTGCTGT C 20571 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=278.3383;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.34;MQ0=0;QD=142.85;SB=-7.215e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,106:144:99:20571,313,0 chrVII 449251 . ACCTGCGCTTGAG A 21294 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=249;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=217.9613;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.22;MQ0=0;QD=85.52;RPA=2,1;RU=CCTGCGCTTGAG;SB=-8.734e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:57,190:249:99:21294,560,0 chrVII 457980 . A AT 3614 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.636;DP=167;FS=0.000;HaplotypeScore=47.2929;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.408;QD=21.64;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.533;SB=-1.730e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,141:167:99:3614,391,0 chrVII 459752 . C CT 2303.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.669;DP=158;FS=3.870;HaplotypeScore=1043.7713;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.40;MQ0=0;MQRankSum=0.461;QD=14.58;ReadPosRankSum=1.382;SB=-9.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:53,99:158:99:2346,242,0 chrVII 465593 . GT G 2790.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=83.7357;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=36.25;SB=-9.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:77:99:2833,211,0 chrVII 465811 . GT G 1243.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.670;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=140.8330;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=0.846;QD=18.85;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=2.060;SB=-4.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,54:66:99:1286,117,0 chrVII 466985 . T TAGA 5626 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=292.1398;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.02;MQ0=0;QD=47.68;RPA=1,2;RU=AGA;SB=-2.771e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,105:118:99:5626,313,0 chrVII 468885 . AT A 1754.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.684;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=20.3621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=1.684;QD=19.08;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.684;SB=-5.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,74:92:99:1797,212,0 chrVII 469037 . GA G 1384.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=155.6598;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.81;MQ0=0;QD=20.67;RPA=10,9;RU=A;SB=-6.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,55:67:99:1427,168,0 chrVII 469242 . A ATTGTTTTTGTTG 10880 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=27.2714;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.44;MQ0=0;QD=81.80;SB=-2.456e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,112:133:99:10880,367,0 chrVII 479633 . G GGT 785.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.011;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=59.0787;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.722;QD=21.24;RPA=8,9;RU=GT;ReadPosRankSum=-1.011;SB=-3.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,23:37:33:828,33,0 chrVII 482781 . GA G 1587.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=12.1451;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;QD=23.01;RPA=6,5;RU=A;SB=-6.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,61:69:99:1630,171,0 chrVII 483131 . TAA T,TA 1468.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.049;DP=87;FS=3.010;HaplotypeScore=57.8554;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=0.099;QD=16.88;RPA=14,12,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.594;SB=-7.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:14,15,0:87:99:1547,1012,1024,382,0,204 chrVII 484095 . CTTT C 3498 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=32.4652;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.49;MQ0=0;QD=33.96;RPA=13,10;RU=T;SB=-1.687e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,77:103:99:3498,246,0 chrVII 484222 . G GC 4639 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=31.4091;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=38.02;SB=-2.183e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,111:122:99:4639,343,0 chrVII 484889 . TA T 3012.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=262.3578;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.55;MQ0=0;QD=27.14;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.357e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,101:111:99:3055,295,0 chrVII 485313 . TAA T 3036.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=402.3606;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.91;MQ0=0;QD=27.36;RPA=9,7;RU=A;SB=-1.071e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,87:111:99:3079,253,0 chrVII 485506 . C CCCCCCCCT 2865.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=50.8415;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.08;MQ0=0;QD=60.98;SB=-6.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,21:47:99:2908,102,0 chrVII 485618 . A AT 1484.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=13.1880;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.63;MQ0=0;QD=22.50;RPA=6,7;RU=T;SB=-3.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,60:66:99:1527,165,0 chrVII 485910 . C CA 1937.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=71.4503;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.20;MQ0=0;QD=22.02;RPA=8,9;RU=A;SB=-7.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,75:88:99:1980,228,0 chrVII 492247 . G GT 4268 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=122.0750;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.25;MQ0=0;QD=30.71;RPA=2,3;RU=T;SB=-2.032e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,133:139:99:4268,382,0 chrVII 492422 . AC A 4173 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=305.8196;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=35.36;SB=-1.892e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,93:118:99:4173,334,0 chrVII 496729 . TA T 801.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.029;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=167.6339;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.39;MQ0=0;MQRankSum=0.490;QD=13.36;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.202;SB=-4.125e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,35:60:97:841,97,0 chrVII 496888 . A AT 898.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=266.3014;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.24;MQ0=0;QD=23.05;RPA=5,6;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,35:38:99:941,99,0 chrVII 497421 . T TA 2089.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.876;DP=95;FS=3.802;HaplotypeScore=652.3557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.039;QD=22.00;ReadPosRankSum=1.488;SB=-8.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,81:95:99:2132,246,0 chrVII 498008 . ATCGGAG A 7220 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=171.0521;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=57.76;RPA=3,2;RU=TCGGAG;SB=-1.702e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,100:125:99:7220,295,0 chrVII 508600 . TTATC T 7367 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=347.8892;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.73;MQ0=0;QD=54.17;RPA=2,1;RU=TATC;SB=-3.339e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,106:136:99:7367,364,0 chrVII 508636 . TC T 2403.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=799.1229;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.01;MQ0=0;QD=24.53;RPA=7,6;RU=C;SB=-9.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,75:98:99:2446,235,0 chrVII 508694 . T TGA 5189 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=191.2465;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.32;MQ0=0;QD=47.17;SB=-1.273e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,104:110:99:5189,325,0 chrVII 526818 . TAA T 2132.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.146;DP=89;FS=4.082;HaplotypeScore=193.7191;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.59;MQ0=0;MQRankSum=0.879;QD=23.97;RPA=12,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.146;SB=-8.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,59:89:99:2175,187,0 chrVII 529943 . C CATCCTCATCCCA 25301 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=94.0229;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.31;MQ0=0;QD=101.20;SB=-9.742e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,212:250:99:25301,632,0 chrVII 530662 . T TACGACG 11847 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=240;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=598.9827;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;QD=49.36;RPA=8,10;RU=ACG;SB=-2.817e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:76,157:240:99:11847,475,0 chrVII 531119 . C CAT 267.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=54.5297;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.08;MQ0=0;QD=16.75;RPA=3,4;RU=AT;SB=-2.397e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,9:16:24:310,24,0 chrVII 533996 . C CT 1662.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.303;DP=97;FS=2.295;HaplotypeScore=335.6218;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.57;MQ0=0;MQRankSum=0.352;QD=17.14;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.156;SB=-3.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,68:97:78:1705,78,0 chrVII 534974 . G GA 2996.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=847.1738;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.48;MQ0=0;QD=30.90;RPA=2,3;RU=A;SB=-7.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,91:97:99:3039,274,0 chrVII 535209 . G GTAA 753.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=58.9960;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.27;MQ0=0;QD=41.89;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,15:18:42:796,42,0 chrVII 535541 . CA C 66.93 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=32.7080;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.67;MQ0=0;QD=9.56;RPA=3,2;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,5:7:9:108,9,0 chrVII 535592 . A AT 2790.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=30.2310;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.23;MQ0=0;QD=39.87;SB=-9.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:70:99:2833,208,0 chrVII 544381 . AG A 2142.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=269.1121;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.55;MQ0=0;QD=34.02;SB=-1.058e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,60:63:99:2185,174,0 chrVII 544711 . T TCCC 5334 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=344.4103;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.55;MQ0=0;QD=43.37;RPA=3,6;RU=C;SB=-1.955e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,109:123:99:5334,319,0 chrVII 545016 . AT A 2738.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=399.0900;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.74;MQ0=0;QD=24.90;RPA=5,4;RU=T;SB=-9.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,102:110:99:2781,285,0 chrVII 545277 . A ATTT 4455 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=801.6668;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.28;MQ0=0;QD=35.64;RPA=1,4;RU=T;SB=-2.053e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,98:125:99:4455,326,0 chrVII 546156 . A AT 4071 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=327.7692;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.24;MQ0=0;QD=26.10;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.577e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,138:155:99:4071,412,0 chrVII 546200 . C CTT 1388.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.292;DP=134;FS=0.709;HaplotypeScore=1137.0244;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.93;MQ0=0;MQRankSum=-3.113;QD=10.37;RPA=1,3;RU=T;ReadPosRankSum=5.098;SB=-6.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,45:133:99:1428,0,711 chrVII 546201 . TC T 3754 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=936.4965;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.93;MQ0=0;QD=28.01;SB=-1.599e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:53,81:133:99:3754,371,0 chrVII 546202 . C CCAAACAATCT 8410 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.893;DP=135;FS=10.907;HaplotypeScore=662.7500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.11;MQ0=0;MQRankSum=-2.590;QD=62.30;ReadPosRankSum=2.965;SB=-3.768e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,45:134:55:8410,0,55 chrVII 546398 . TAAA T 8003 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=837.7615;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.98;MQ0=0;QD=51.97;RPA=5,2;RU=A;SB=-3.311e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,151:153:99:8003,455,0 chrVII 555358 . A AT 1239.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=13.5731;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.19;MQ0=0;QD=29.52;RPA=2,3;RU=T;SB=-2.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:42:99:1282,120,0 chrVII 557761 . GA G 2265.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=18.3825;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.71;MQ0=0;QD=30.62;RPA=3,2;RU=A;SB=-4.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,70:74:99:2308,199,0 chrVII 559414 . CT C 4096 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=86.4848;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.75;MQ0=0;QD=32.00;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.732e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,127:128:99:4096,355,0 chrVII 560412 . CA C 5021 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=570.5658;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.40;MQ0=0;QD=31.78;RPA=3,2;RU=A;SB=-2.123e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,141:158:99:5021,424,0 chrVII 560467 . A AAG 5900 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=435.0001;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.97;MQ0=0;QD=41.84;RPA=1,2;RU=AG;SB=-2.468e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,131:141:99:5900,400,0 chrVII 561653 . C CA 847.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=167.5999;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.71;MQ0=0;QD=19.27;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,35:43:93:890,93,0 chrVII 568556 . GT G 1590.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=250.1593;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.88;MQ0=0;QD=30.60;RPA=3,2;RU=T;SB=-2.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,50:52:99:1633,138,0 chrVII 576672 . G GT 2680.42 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.570;DP=211;FS=12.696;HaplotypeScore=92.9036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.69;MQ0=0;MQRankSum=0.559;QD=12.70;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-2.166;SB=-1.022e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,142:211:1:2718,0,1 chrVII 577449 . C CT 3475 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.363;DP=169;FS=7.788;HaplotypeScore=68.8327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.451;QD=20.56;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.062;SB=-1.372e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,146:169:99:3475,366,0 chrVII 581755 . C CCCTCT 11035 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=169;FS=0.000;HaplotypeScore=214.8194;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.09;MQ0=0;QD=65.30;RPA=1,2;RU=CCTCT;SB=-4.248e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,153:169:99:11035,470,0 chrVII 593375 . TATATA T 211.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=7.6650;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.27;MQ0=0;QD=26.43;RPA=2,1;RU=ATATA;SB=-6.954e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,5:8:12:253,12,0 chrVII 594894 . CT C 1563.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=13.9437;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.69;MQ0=0;QD=25.23;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1606,171,0 chrVII 596337 . AT A 3801 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=26.5757;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.97;MQ0=0;QD=31.68;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.506e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,119:120:99:3801,334,0 chrVII 598978 . CG C 4377 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=193.5498;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.90;MQ0=0;QD=35.88;SB=-1.756e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,117:122:99:4377,334,0 chrVII 598999 . G GA 1865.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.291;DP=153;FS=10.290;HaplotypeScore=418.3067;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.016;QD=12.20;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.671;SB=-8.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,93:153:25:1908,25,0 chrVII 609109 . TA T 638.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.717;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=29.2005;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.973;QD=9.83;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=1.603;SB=-1.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,37:65:53:681,53,0 chrVII 616171 . AT A 163.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.585;DP=105;FS=6.071;HaplotypeScore=76.8774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=2.778;QD=1.56;RPA=17,16;RU=T;ReadPosRankSum=0.531;SB=-3.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,19:105:99:203,0,683 chrVII 637679 . A AT 1523.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.235;DP=121;FS=4.858;HaplotypeScore=81.6982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.057;QD=12.59;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.133;SB=-8.018e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,80:121:48:1566,48,0 chrVII 649438 . G GAA 1596.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.320;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=25.8631;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.129;QD=24.20;RPA=10,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.703;SB=-6.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,50:65:90:1639,90,0 chrVII 650957 . G GAA,GAAA 1880.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=75.0037;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.61;MQ0=0;QD=23.22;RPA=13,15,16;RU=A;SB=-6.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:20,15,40:81:99:1959,736,562,390,0,218 chrVII 653814 . TA T 1834.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=157.9752;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=20.62;RPA=9,8;RU=A;SB=-7.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,74:89:99:1877,216,0 chrVII 660733 . AT A 3553 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=351.0719;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.83;MQ0=0;QD=24.67;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.710e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,138:144:99:3553,361,0 chrVII 678338 . AT A 2025.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=42.8810;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.38;MQ0=0;QD=18.59;RPA=11,10;RU=T;SB=-5.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,88:109:99:2068,251,0 chrVII 700759 . A AT 2646.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.124;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=24.3929;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.82;MQ0=0;MQRankSum=0.107;QD=23.02;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.130;SB=-1.150e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,108:115:99:2689,258,0 chrVII 733109 . A AT,ATT 750.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.060;DP=102;FS=4.921;HaplotypeScore=190.1988;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.988;QD=7.36;RPA=20,21,22;RU=T;ReadPosRankSum=0.583;SB=-2.529e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:65,14,10:102:90:829,256,289,90,0,261 chrVII 735400 . C CT 1340.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=39.7776;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=17.64;RPA=10,11;RU=T;SB=-5.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,49:76:99:1383,172,0 chrVII 765774 . G GA 90.99 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.762;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8152;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQ0=0;MQRankSum=0.762;QD=7.00;RPA=14,15;RU=A;ReadPosRankSum=-1.179;SB=-4.802e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,7:13:20:130,0,20 chrVII 785493 . TG T 4407 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=34.0431;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.07;MQ0=0;QD=31.71;RPA=4,3;RU=G;SB=-2.063e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,131:139:99:4407,382,0 chrVII 787950 . TC T 5921 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=184;FS=0.000;HaplotypeScore=37.7030;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.29;MQ0=0;QD=32.18;RPA=3,2;RU=C;SB=-2.037e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,176:184:99:5921,499,0 chrVII 788496 . T TC 3955 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.434;DP=177;FS=4.223;HaplotypeScore=1423.3428;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.356;QD=22.34;ReadPosRankSum=3.065;SB=-1.490e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,161:177:99:3955,455,0 chrVII 790438 . T TAA 5186 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=40.1360;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.54;MQ0=0;QD=38.70;RPA=2,4;RU=A;SB=-2.241e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,125:134:99:5186,376,0 chrVII 794370 . A AT 1710.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=173.8461;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.42;MQ0=0;QD=20.61;RPA=6,7;RU=T;SB=-5.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,66:83:99:1753,189,0 chrVII 794506 . T TA 1492.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=154.3538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.03;MQ0=0;QD=35.55;SB=-8.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,35:42:99:1535,114,0 chrVII 800514 . G GACGAAGA 3094.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8170;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;QD=79.36;RPA=2,3;RU=ACGAAGA;SB=-4.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,36:39:99:3137,108,0 chrVII 801946 . A ATG 4818 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=25.3637;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.31;MQ0=0;QD=41.18;SB=-1.150e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,114:117:99:4818,322,0 chrVII 802370 . G GA 1385.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.425;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=28.7735;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.438;QD=17.54;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.843;SB=-5.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,58:79:99:1428,152,0 chrVII 805050 . G GTT 1130.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=31.3648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.32;MQ0=0;QD=16.63;RPA=12,14;RU=T;SB=-4.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,34:68:99:1173,111,0 chrVII 807377 . C CAGAGGA 12108 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=212;FS=0.000;HaplotypeScore=57.6554;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=1;QD=57.11;RPA=3,4;RU=AGAGGA;SB=-4.101e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,165:209:99:12108,476,0 chrVII 808498 . T TA 859.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.456;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=138.4216;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.14;MQ0=0;MQRankSum=0.274;QD=19.54;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.000;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,38:44:87:902,87,0 chrVII 828714 . CA C 2102.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=23.7469;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=21.24;RPA=7,6;RU=A;SB=-8.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,85:96:99:2145,234,0 chrVII 846870 . TA T 1533.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.572;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=35.6627;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.199;QD=21.30;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.572;SB=-2.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,65:72:99:1576,190,0 chrVII 848452 . AT A 1661.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.591;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=34.1179;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.152;QD=16.96;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.064;SB=-2.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,74:98:99:1704,168,0 chrVII 850848 . GT G 2003.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=122.9543;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;QD=32.85;RPA=2,1;RU=T;SB=-8.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,55:61:99:2046,162,0 chrVII 850902 . G GA 1694.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=277.7045;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.79;MQ0=0;QD=21.73;RPA=7,8;RU=A;SB=-7.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,65:78:99:1737,195,0 chrVII 853509 . AT A 1466.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.899;DP=93;FS=2.944;HaplotypeScore=162.3198;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=0.370;QD=15.77;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.687;SB=-6.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,65:93:99:1509,158,0 chrVII 856944 . AG A 7233 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=63.1103;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.89;MQ0=0;QD=28.93;RPA=5,4;RU=G;SB=-2.472e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,233:250:99:7233,662,0 chrVII 857305 . GA G 3488 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.503;DP=171;FS=4.708;HaplotypeScore=672.4267;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.84;MQ0=0;MQRankSum=1.146;QD=20.40;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.204;SB=-1.142e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,150:171:99:3488,381,0 chrVII 857593 . AT A 4188 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=286.9798;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.08;MQ0=0;QD=32.98;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.739e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,123:127:99:4188,340,0 chrVII 857748 . T TG 3887 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=548.1132;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.75;MQ0=0;QD=32.66;RPA=2,3;RU=G;SB=-1.762e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,112:119:99:3887,340,0 chrVII 858669 . T TA 3883 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=358.6820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.81;MQ0=0;QD=33.77;RPA=1,2;RU=A;SB=-4.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,111:115:99:3883,325,0 chrVII 858812 . T TA 1340.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=128.6945;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.07;MQ0=0;QD=25.30;RPA=4,5;RU=A;SB=-3.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,47:53:99:1383,141,0 chrVII 859043 . ATG A 5535 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=521.2368;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.42;MQ0=0;QD=38.98;RPA=3,2;RU=TG;SB=-1.408e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,136:142:99:5535,391,0 chrVII 859745 . GA G 3429 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=404.7383;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.53;MQ0=0;QD=31.46;RPA=3,2;RU=A;SB=-8.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,103:109:99:3429,292,0 chrVII 870132 . C CTT 2766.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=253.0639;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.60;MQ0=0;QD=30.74;RPA=8,10;RU=T;SB=-1.160e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,77:90:99:2809,240,0 chrVII 871573 . AAT A 2205.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=72.9282;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.10;MQ0=0;QD=38.70;SB=-7.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,51:57:99:2248,164,0 chrVII 876476 . TC T 1242.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.564;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=29.4048;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.803;QD=27.02;ReadPosRankSum=0.887;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,42:46:99:1285,119,0 chrVII 878684 . GAA G 1911.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=28.9255;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.50;MQ0=0;QD=23.32;RPA=12,10;RU=A;SB=-6.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,63:82:99:1954,171,0 chrVII 879568 . G GA 1123.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=9.5173;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=22.48;RPA=7,8;RU=A;SB=-4.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,46:50:99:1166,129,0 chrVII 882287 . T TA 3535 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=258.6370;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.91;MQ0=0;QD=30.47;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.635e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,114:116:99:3535,322,0 chrVII 882405 . T TTTA 2789.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=345.5824;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.63;MQ0=0;QD=47.29;SB=-5.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,46:59:99:2832,162,0 chrVII 882662 . A AG 1677.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=750.2856;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.74;MQ0=0;QD=33.56;SB=-8.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,46:46:99:1720,138,0 chrVII 882742 . TA T 2207.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=271.1069;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.11;MQ0=0;QD=29.44;RPA=3,2;RU=A;SB=-9.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,71:72:99:2250,202,0 chrVII 884241 . C CT 2165.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=134.2313;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;QD=17.75;RPA=9,10;RU=T;SB=-6.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,83:122:99:2208,264,0 chrVII 885994 . GAT G 4185 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=255.8037;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.20;MQ0=0;QD=31.00;RPA=6,5;RU=AT;SB=-1.807e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,116:135:99:4185,334,0 chrVII 887887 . T TA 4659 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=31.4114;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.44;MQ0=0;QD=35.84;SB=-1.993e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,127:130:99:4659,340,0 chrVII 888438 . TAA T 1720.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=24.7439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.99;MQ0=0;QD=36.62;RPA=5,3;RU=A;SB=-5.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,42:47:99:1763,129,0 chrVII 888553 . A AAT 1538.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.568;DP=50;FS=7.782;HaplotypeScore=14.9621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=0.330;QD=30.78;RPA=6,7;RU=AT;ReadPosRankSum=-0.413;SB=-2.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,43:50:90:1581,90,0 chrVII 888842 . CA C 3233.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=34.4601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.47;MQ0=0;QD=23.60;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.090e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,128:137:99:3276,354,0 chrVII 894461 . G GAA 6503 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=186;FS=0.000;HaplotypeScore=510.6304;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.96;MQ0=0;QD=34.96;RPA=4,6;RU=A;SB=-2.436e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,159:186:99:6503,503,0 chrVII 902313 . G GCA 2107.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.336;DP=152;FS=66.218;HaplotypeScore=562.6414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.99;MQ0=0;MQRankSum=-8.917;QD=13.87;ReadPosRankSum=-9.425;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,60:152:99:2147,0,3256 chrVII 908884 . T TA 2714.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=321.5914;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.72;MQ0=0;QD=36.69;SB=-8.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,69:74:99:2757,202,0 chrVII 908890 . GTT G 2453.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=344.8128;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.05;MQ0=0;QD=32.29;RPA=8,6;RU=T;SB=-6.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,66:76:99:2496,202,0 chrVII 909185 . AAT A 4699 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=470.1474;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.14;MQ0=0;QD=38.20;SB=-2.069e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,116:123:99:4699,325,0 chrVII 910112 . CTTTTTTTTT C 2466.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.267;DP=78;FS=14.038;HaplotypeScore=87.4334;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.62;MQ0=0;MQRankSum=1.201;QD=31.63;RPA=24,15;RU=T;ReadPosRankSum=-1.023;SB=-7.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,38:78:51:2509,51,0 chrVII 920086 . TA T 1640.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=705.8815;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.10;MQ0=0;QD=23.78;RPA=6,5;RU=A;SB=-7.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,61:69:99:1683,180,0 chrVII 920105 . GA G 1738.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.680;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=841.9593;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.470;QD=22.88;RPA=7,6;RU=A;ReadPosRankSum=0.577;SB=-6.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,67:76:99:1781,189,0 chrVII 920124 . A AT 3415 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=789.8172;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.66;MQ0=0;QD=35.57;SB=-8.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:96:99:3415,259,0 chrVII 920914 . G GA 1104.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.580;DP=73;FS=5.663;HaplotypeScore=131.4007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.70;MQ0=0;MQRankSum=0.140;QD=15.14;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.580;SB=-5.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,51:73:95:1147,95,0 chrVII 930945 . G GAA 1719.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=92.0100;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.29;MQ0=0;QD=24.93;RPA=7,9;RU=A;SB=-6.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,45:69:99:1762,144,0 chrVII 947118 . AAT A 2955.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=264.3322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.80;MQ0=0;QD=37.42;SB=-1.218e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,67:79:99:2998,223,0 chrVII 947127 . G GA 1482.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.444;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=397.7810;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.65;MQ0=0;MQRankSum=0.096;QD=18.31;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.023;SB=-6.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,58:81:99:1525,145,0 chrVII 947344 . G GA 3562 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=30.9662;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.31;MQ0=0;QD=25.26;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.232e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,131:141:99:3562,375,0 chrVII 949251 . CTATATATATATATA C 4812 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=10.7027;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.11;MQ0=0;QD=92.54;RPA=11,4;RU=TA;SB=-2.262e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,40:52:99:4812,111,0 chrVII 951285 . G GA 1591.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.251;DP=99;FS=1.913;HaplotypeScore=51.8502;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.90;MQ0=0;MQRankSum=0.362;QD=16.08;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.444;SB=-6.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,79:99:99:1634,104,0 chrVII 951823 . T TA 2816.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=225.3476;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.11;MQ0=0;QD=32.76;SB=-1.029e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,77:86:99:2859,231,0 chrVII 953768 . AT A 3551 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=680.2280;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.30;MQ0=0;QD=30.61;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.749e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,104:116:99:3551,316,0 chrVII 953791 . G GCA 4404 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=523.4090;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;QD=36.40;RPA=2,3;RU=CA;SB=-1.984e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,101:121:99:4404,313,0 chrVII 953964 . C CTAA 6163 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=219.9175;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.49;MQ0=0;QD=46.34;RPA=1,2;RU=TAA;SB=-2.424e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,123:133:99:6163,349,0 chrVII 957494 . GTTA G 594.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=152.2852;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.19;MQ0=0;QD=25.87;RPA=3,2;RU=TTA;SB=-1.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,19:23:57:637,57,0 chrVII 958309 . A AGTAT 5392 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=444.0944;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.87;MQ0=0;QD=51.35;RPA=1,2;RU=GTAT;SB=-2.196e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,90:105:99:5392,262,0 chrVII 959586 . CG C 5157 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=211.6652;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;QD=37.37;SB=-1.657e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,137:138:99:5157,388,0 chrVII 959779 . AATATATAT A 7734 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=263.1301;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.71;MQ0=0;QD=57.29;RPA=11,7;RU=AT;SB=-2.807e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,88:135:99:7734,265,0 chrVII 968722 . A AT 1355.98 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.489;DP=136;FS=1.653;HaplotypeScore=60.5952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.305;QD=9.97;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-1.714;SB=-2.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,74:136:22:1395,0,22 chrVII 982259 . G GAA,GA 1087.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.670;DP=77;FS=5.177;HaplotypeScore=110.3007;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.98;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=14.13;RPA=14,16,15;RU=A;ReadPosRankSum=-1.732;SB=-3.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:45,5,24:77:99:1166,661,608,256,0,120 chrVII 984347 . AT A 3041.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=547.7355;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.18;MQ0=0;QD=22.04;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.503e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,126:138:99:3084,345,0 chrVII 984539 . C CT 2906.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=332.7028;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.30;MQ0=0;QD=23.83;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.126e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,108:122:99:2949,327,0 chrVII 987105 . G GT 1546.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.893;DP=125;FS=6.330;HaplotypeScore=469.6439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.762;QD=12.38;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.172;SB=-7.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:63,54:125:84:1589,84,0 chrVII 987325 . C CT 4561 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=672.4415;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.98;MQ0=0;QD=33.79;RPA=1,2;RU=T;SB=-2.124e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,116:135:99:4561,373,0 chrVII 987365 . T TTG 4988 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.218;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=774.7060;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.57;MQ0=0;MQRankSum=1.245;QD=36.95;ReadPosRankSum=1.110;SB=-1.938e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,108:135:99:4988,357,0 chrVII 987689 . G GA 3052.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=230.4532;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.97;MQ0=0;QD=24.42;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.396e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,116:125:99:3095,336,0 chrVII 989675 . ATT A 1042.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.584;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=104.8970;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.083;QD=17.10;RPA=16,14;RU=T;ReadPosRankSum=1.419;SB=-4.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,33:61:98:1085,98,0 chrVII 990314 . G GAA,GA 1367.95 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.505;DP=89;FS=2.047;HaplotypeScore=150.5852;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.215;QD=15.37;RPA=11,13,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.151;SB=-6.666e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:20,9,58:89:64:1446,1041,1081,171,0,64 chrVII 991134 . GAA G 2918.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=15.1878;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.11;MQ0=0;QD=34.34;RPA=8,6;RU=A;SB=-6.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,81:85:99:2961,241,0 chrVII 993818 . A ATGTT 5665 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=27.9592;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.12;MQ0=0;QD=58.40;RPA=1,2;RU=TGTT;SB=-1.864e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,90:97:99:5665,274,0 chrVII 994378 . G GT 3348 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.613;DP=168;FS=0.000;HaplotypeScore=61.7895;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.581;QD=19.93;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.646;SB=-1.435e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,137:168:99:3348,310,0 chrVII 994786 . TA T 3431 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=658.3636;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.54;MQ0=0;QD=30.63;SB=-1.127e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,109:112:99:3431,307,0 chrVII 995086 . AT A 2123.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=549.7033;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.36;MQ0=1;QD=29.10;RPA=2,1;RU=T;SB=-7.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,64:72:99:2166,187,0 chrVII 995284 . AT A 3112.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=953.5485;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.82;MQ0=0;QD=23.76;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.394e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,124:131:99:3155,354,0 chrVII 996370 . AG A 4664 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=815.0246;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.18;MQ0=0;QD=35.07;SB=-2.222e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,125:133:99:4664,367,0 chrVII 996481 . C CT 3451 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=503.0293;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.30;MQ0=0;QD=23.32;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.342e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,119:148:99:3451,372,0 chrVII 996699 . GT G 2504.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=19.2269;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=24.56;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.262e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,96:102:99:2547,267,0 chrVII 996829 . C CA 3363 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=37.4630;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=26.07;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.307e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,108:129:99:3363,340,0 chrVII 1006276 . G GC 5399 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=191;FS=0.000;HaplotypeScore=833.2436;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.27;MQ0=0;QD=28.27;SB=-1.075e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:140,49:191:99:5399,535,0 chrVII 1006278 . CG C 4926 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.314;DP=188;FS=0.000;HaplotypeScore=882.0033;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.400;QD=26.20;ReadPosRankSum=2.314;SB=-1.059e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:136,49:188:99:4926,522,0 chrVII 1010989 . G GA 769.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.259;DP=67;FS=4.479;HaplotypeScore=67.4139;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=-2.184;QD=11.48;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.526;SB=-4.111e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,28:67:22:811,22,0 chrVII 1011803 . GTT G,GT 447.05 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.346;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=23.4339;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=1.106;QD=12.08;RPA=15,13,14;RU=T;ReadPosRankSum=1.728;SB=-6.410e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:7,7,0:37:52:525,364,459,67,0,52 chrVII 1017880 . TAAA T 5108 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=25.9355;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.00;MQ0=0;QD=47.74;RPA=4,1;RU=A;SB=-2.010e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,104:107:99:5108,283,0 chrVII 1048438 . CCTG C 2745.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-10.595;DP=182;FS=9.669;HaplotypeScore=1425.4236;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.66;MQ0=0;MQRankSum=-3.799;QD=15.09;ReadPosRankSum=2.363;SB=-1.034e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:118,62:181:99:2785,0,6192 chrVII 1048542 . AAAG A 3384 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=206.5437;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.01;MQ0=0;QD=35.25;SB=-1.537e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,59:95:99:3384,243,0 chrVII 1048639 . G GAA,GA 774.73 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=48.4802;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=50.28;MQ0=0;QD=16.14;RPA=15,17,16;RU=A;SB=-3.087e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:32,9,6:46:43:852,135,43,415,0,319 chrVII 1048774 . G GT 1595.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.204;DP=84;FS=5.956;HaplotypeScore=134.5241;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.255;QD=19.00;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.662;SB=-3.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,49:84:99:1638,175,0 chrVII 1050199 . GA G 1942.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.850;DP=109;FS=1.548;HaplotypeScore=356.5517;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.65;MQ0=0;MQRankSum=0.850;QD=17.83;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.029;SB=-8.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,91:109:99:1985,135,0 chrVII 1050785 . ATT A 3120.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=26.6415;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.55;MQ0=0;QD=29.17;RPA=11,9;RU=T;SB=-9.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,94:107:99:3163,274,0 chrVII 1051813 . ATT A 992.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.116;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=192.4337;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.38;MQ0=0;MQRankSum=1.646;QD=19.10;RPA=12,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.840;SB=-2.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,22:52:82:1035,82,0 chrVII 1052718 . CT C 2966.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=95.0789;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;QD=26.73;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.277e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,104:111:99:3009,303,0 chrVII 1052792 . CAAA C 7006 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=103.1552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.04;MQ0=0;QD=48.99;RPA=5,2;RU=A;SB=-2.880e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,135:143:99:7006,388,0 chrVII 1057590 . TA T 1982.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=391.0982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.72;MQ0=0;QD=26.80;RPA=4,3;RU=A;SB=-6.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,66:74:99:2025,195,0 chrVII 1063282 . G GA 639.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.285;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=136.1089;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.817;QD=12.80;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.195;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,24:50:65:682,65,0 chrVII 1063485 . AC A 861.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=86.8619;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=33.15;RPA=2,1;RU=C;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,25:26:75:904,75,0 chrVII 1065443 . TTA T 706.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=36.9397;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.80;MQ0=0;QD=20.79;RPA=6,5;RU=TA;SB=-2.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,21:34:60:749,60,0 chrVII 1065618 . AT A 3662 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=226.7059;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.06;MQ0=0;QD=27.53;RPA=4,3;RU=T;SB=-4.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,126:133:99:3662,358,0 chrVII 1066075 . A AT 3434 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=792.4672;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.26;MQ0=0;QD=23.36;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.399e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,121:147:99:3434,360,0 chrVII 1066858 . AG A 3180.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=136.9617;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.68;MQ0=0;QD=33.84;SB=-1.182e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,93:94:99:3223,253,0 chrVII 1067115 . CA C 2020.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=313.5747;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.57;MQ0=0;QD=20.83;RPA=10,9;RU=A;SB=-8.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,82:97:99:2063,237,0 chrVII 1081232 . AT A 365.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=100.7086;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=15.91;MQ0=0;QD=10.76;RPA=3,2;RU=T;SB=-3.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:13:36:408,36,0 chrVII 1082806 . GA G 1173.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=258.1288;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.67;MQ0=2;QD=20.24;RPA=8,7;RU=A;SB=-2.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,51:54:99:1216,135,0 chrVII 1083913 . TC T 111.42 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;DP=12;FS=4.260;HaplotypeScore=109.6126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.94;MQ0=2;MQRankSum=-1.920;QD=9.29;ReadPosRankSum=1.920;SB=-2.696e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:9:1:149,0,1 chrVII 1083933 . A AG 171.24 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.067;DP=15;FS=15.563;HaplotypeScore=136.3562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.28;MQ0=2;MQRankSum=-1.666;QD=11.42;ReadPosRankSum=-1.666;SB=-3.208e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:12:9:210,0,9 chrVII 1083974 . A AG 430.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.164;DP=44;FS=15.964;HaplotypeScore=267.3246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.57;MQ0=3;MQRankSum=3.732;QD=9.79;ReadPosRankSum=4.168;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,21:29:99:470,0,469 chrVII 1084119 . TA T 624.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.063;DP=39;FS=27.692;HaplotypeScore=946.3175;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.805;QD=16.02;ReadPosRankSum=1.076;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:35:99:664,0,572 chrVII 1084140 . A AGG 530.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.323;DP=35;FS=3.436;HaplotypeScore=949.0396;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.85;MQ0=0;MQRankSum=0.361;QD=15.17;ReadPosRankSum=0.361;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,11:33:99:570,0,683 chrVII 1084142 . CAAG C,CAG 1092.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=794.5216;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=23.11;MQ0=0;QD=35.26;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,11,0:29:99:1171,662,721,245,0,158 chrVII 1084213 . CA C 318.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=359.3720;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.16;MQ0=0;QD=24.54;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:12:30:361,30,0 chrVII 1084216 . G GTTA 475.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=287.6151;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.83;MQ0=0;QD=43.27;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:10:30:518,30,0 chrVIII 93 . TA T 120.94 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.835;DP=28;FS=8.846;HaplotypeScore=55.2973;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.51;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=4.32;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=3.339;SB=-1.096e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,9:27:99:159,0,148 chrVIII 5109 . AC A 99.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=119.1169;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=13.95;MQ0=0;QD=9.92;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,5:5:15:141,15,0 chrVIII 5112 . TG T 92.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=119.8704;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=13.95;MQ0=0;QD=9.22;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,5:5:15:134,15,0 chrVIII 5742 . T TTA 2182.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=139.9251;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.95;MQ0=9;QD=18.98;RPA=2,3;RU=TA;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,89:77:99:2225,157,0 chrVIII 12540 . T TC 1982.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=1964.3288;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.36;MQ0=0;QD=34.79;SB=-8.400e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,49:56:99:2025,150,0 chrVIII 12558 . AG A 1849.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=1823.6801;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.92;MQ0=0;QD=32.46;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:53:99:1892,159,0 chrVIII 14781 . CG C 5886 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.876;DP=242;DS;FS=111.174;HaplotypeScore=780.8833;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.83;MQ0=1;MQRankSum=6.220;QD=24.32;ReadPosRankSum=0.800;SB=-2.285e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,171:241:99:5886,0,1457 chrVIII 15408 . TG T 4608 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=167;FS=0.000;HaplotypeScore=159.2590;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.39;MQ0=0;QD=27.59;SB=-1.657e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,161:167:99:4608,439,0 chrVIII 17134 . G GA 2025.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.011;DP=154;FS=43.777;HaplotypeScore=1465.8622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.98;MQ0=0;MQRankSum=0.775;QD=13.16;RPA=3,4;RU=A;ReadPosRankSum=-1.032;SB=-9.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,79:154:99:2065,0,1444 chrVIII 18411 . CT C 4076 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=193;FS=0.000;HaplotypeScore=50.5579;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.30;MQ0=0;QD=21.12;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.651e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,170:193:99:4076,485,0 chrVIII 18612 . GA G 3196.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=269.3506;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;QD=20.11;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.015e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,119:159:99:3239,381,0 chrVIII 18662 . CT C 4428 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=172;FS=0.000;HaplotypeScore=255.7360;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.18;MQ0=0;QD=25.74;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.704e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,164:172:99:4428,472,0 chrVIII 19077 . TA T 4934 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=1241.9077;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.66;MQ0=0;QD=31.63;RPA=3,2;RU=A;SB=-2.105e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,152:156:99:4934,445,0 chrVIII 32861 . GT G 90.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=27.2977;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=15.02;RPA=9,8;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18:132,18,0 chrVIII 32871 . AT A 255.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=28.5156;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.30;MQ0=0;QD=17.06;RPA=10,9;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:39:298,39,0 chrVIII 39528 . CTAGT C 7199 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=349.5852;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.58;MQ0=0;QD=51.42;RPA=2,1;RU=TAGT;SB=-3.380e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,124:140:99:7199,364,0 chrVIII 48235 . AACAACAACAGC A 10210 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=170;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=527.2971;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.77;MQ0=0;QD=60.06;RPA=2,1;RU=ACAACAACAGC;SB=-2.328e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,131:170:99:10210,400,0 chrVIII 53019 . G GTTTTT 4621 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=19.2580;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.36;MQ0=1;QD=56.35;RPA=3,8;RU=T;SB=-1.801e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,73:81:99:4621,214,0 chrVIII 56206 . G GA 2079.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.011;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=539.8209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.28;MQ0=0;MQRankSum=0.698;QD=13.25;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-1.292;SB=-8.429e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,98:157:48:2119,0,48 chrVIII 57519 . GATA G 3020.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=245.8998;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;QD=32.48;RPA=4,3;RU=ATA;SB=-1.340e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,69:93:99:3063,199,0 chrVIII 58900 . C CTTT 1143.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.634;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=66.5861;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.941;QD=16.58;RPA=14,17;RU=T;ReadPosRankSum=0.545;SB=-3.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,12:69:97:1186,97,0 chrVIII 59082 . AT A 968.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.177;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=127.3024;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=0.672;QD=16.15;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.177;SB=-2.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,48:60:99:1011,118,0 chrVIII 62601 . CT C 2873.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=326.9703;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.78;MQ0=0;QD=19.55;RPA=10,9;RU=T;SB=-1.035e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,133:147:99:2916,373,0 chrVIII 62748 . AT A 2179.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=750.6351;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.39;MQ0=0;QD=31.14;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:70:99:2222,187,0 chrVIII 66563 . TTGCTGC T 10792 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=232;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1109.5893;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.37;MQ0=0;QD=46.52;RPA=5,3;RU=TGC;SB=-3.386e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,185:232:99:10792,538,0 chrVIII 67586 . C CTCTT 9134 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=174;FS=0.000;HaplotypeScore=180.5391;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.58;MQ0=0;QD=52.49;RPA=1,2;RU=TCTT;SB=-3.935e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,154:174:99:9134,460,0 chrVIII 70108 . AT A 2485.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.472;DP=144;FS=3.979;HaplotypeScore=39.3369;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.157;QD=17.26;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.701;SB=-9.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,111:144:99:2528,300,0 chrVIII 71906 . CTTT CT,C 1244.01 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=65.9325;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.29;MQ0=0;QD=15.17;RPA=16,14,13;RU=T;SB=-4.471e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:30,0,7:82:54:1322,183,54,767,0,722 chrVIII 72021 . TATTATATTTTG T 8613 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=332.1457;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.22;MQ0=0;QD=110.42;SB=-2.677e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,69:78:99:8613,199,0 chrVIII 78630 . G GA 1586.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=115.8164;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.75;MQ0=0;QD=25.19;RPA=5,6;RU=A;SB=-3.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,59:63:99:1629,168,0 chrVIII 78883 . T TAAA 958.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=31.6537;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.67;MQ0=0;QD=24.59;RPA=11,14;RU=A;SB=-2.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,26:39:81:1001,81,0 chrVIII 85273 . GAAA G 2052.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=113.0064;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.85;MQ0=0;QD=28.12;RPA=12,9;RU=A;SB=-9.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,53:73:99:2095,147,0 chrVIII 92580 . A ATTT 2636.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=186.7579;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.52;MQ0=0;QD=34.25;RPA=9,12;RU=T;SB=-3.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,62:77:99:2679,191,0 chrVIII 93898 . C CT 1838.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=2333.8729;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.86;MQ0=0;QD=27.86;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1881,198,0 chrVIII 93906 . TC T 2705.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=2918.3684;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.77;MQ0=0;QD=32.21;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:2748,253,0 chrVIII 98248 . AT A 1272.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.397;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=158.8082;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.391;QD=15.72;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.341;SB=-4.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,56:81:99:1315,176,0 chrVIII 100505 . AT A 335.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=35.2288;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.34;MQ0=0;QD=12.44;RPA=15,14;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,19:27:55:378,55,0 chrVIII 105346 . GC G 3028.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=249.8535;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.65;MQ0=0;QD=35.22;SB=-1.429e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:86:99:3071,241,0 chrVIII 108771 . A AT 2532.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=18.1975;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.40;MQ0=0;QD=31.66;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,78:80:99:2575,235,0 chrVIII 115390 . AT A 1667.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.880;DP=130;FS=1.849;HaplotypeScore=43.3352;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.949;QD=12.83;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.001;SB=-6.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,82:130:99:1710,152,0 chrVIII 117502 . G GA 3350 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=495.2701;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.56;MQ0=0;QD=34.18;SB=-1.675e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:98:99:3350,256,0 chrVIII 120062 . GT G 643.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.772;DP=71;FS=2.344;HaplotypeScore=43.0719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=0.825;QD=9.07;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.987;SB=-1.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,34:71:27:683,0,27 chrVIII 121733 . G GA 936.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=124.2089;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.43;MQ0=0;QD=20.37;RPA=2,3;RU=A;SB=-3.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,39:46:93:979,93,0 chrVIII 123958 . G GA 572.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.562;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=35.4812;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.67;MQ0=2;MQRankSum=0.619;QD=9.09;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-2.269;SB=-2.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,20:61:35:615,35,0 chrVIII 125832 . GAAA G 665.99 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.549;DP=85;FS=16.209;HaplotypeScore=199.4501;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.62;MQ0=0;MQRankSum=0.721;QD=7.84;RPA=20,17;RU=A;ReadPosRankSum=1.202;SB=-2.482e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,18:85:21:705,0,21 chrVIII 126150 . GT G 1887.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.408;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=48.2656;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=0.743;QD=12.42;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.316;SB=-9.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,90:152:99:1930,201,0 chrVIII 126710 . A ATAT 5026 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=41.6675;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.31;MQ0=0;QD=51.81;SB=-1.774e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,87:97:99:5026,271,0 chrVIII 127630 . CA C 416.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9664;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=20.85;RPA=7,6;RU=A;SB=-2.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:54:459,54,0 chrVIII 131553 . C CT 2555.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.326;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=464.2693;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=0.480;QD=19.66;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.114;SB=-1.196e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,98:130:99:2598,228,0 chrVIII 131649 . AAAGC A 4192 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=192.6915;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.99;MQ0=0;QD=47.10;RPA=2,1;RU=AAGC;SB=-2.042e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,76:89:99:4192,223,0 chrVIII 133006 . AT A 559.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=311.3896;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.72;MQ0=0;QD=18.06;RPA=8,7;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,25:31:69:602,69,0 chrVIII 133342 . T TTTATGTTCTTTCCTTTCATATGTTTCG 7672 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1282;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.73;MQ0=0;QD=201.89;SB=-2.622e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,11:38:90:7672,90,0 chrVIII 133761 . AT A 2428.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=194.7028;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.58;MQ0=0;QD=26.69;SB=-1.111e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:80:99:2471,225,0 chrVIII 134257 . TTGA T 5190 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=611.5667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.72;MQ0=0;QD=45.53;SB=-1.934e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,101:114:99:5190,315,0 chrVIII 134391 . CT C 1892.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=148.7906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.71;MQ0=0;QD=21.03;RPA=7,6;RU=T;SB=-6.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,85:90:99:1935,225,0 chrVIII 136669 . AT A 1811.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=186.5180;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=19.91;RPA=9,8;RU=T;SB=-7.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,81:91:99:1854,228,0 chrVIII 138557 . A AG 3531 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=353.3543;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.01;MQ0=0;QD=27.37;RPA=5,6;RU=G;SB=-1.718e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,118:129:99:3531,349,0 chrVIII 141525 . C CTT 1571.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.953;DP=111;FS=15.311;HaplotypeScore=219.8696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.71;MQ0=0;MQRankSum=0.662;QD=14.16;RPA=14,16;RU=T;ReadPosRankSum=-1.372;SB=-5.143e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:50,48:111:99:1613,124,0 chrVIII 149683 . T TA 3553 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=711.3008;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.00;MQ0=0;QD=27.54;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.724e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,115:129:99:3553,340,0 chrVIII 150538 . CAA C 2415.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=205.9259;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.61;MQ0=0;QD=41.65;SB=-7.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:58:99:2458,156,0 chrVIII 150606 . AT A 1375.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=474.7799;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.80;MQ0=0;QD=20.23;RPA=9,8;RU=T;SB=-2.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,59:68:99:1418,177,0 chrVIII 150847 . AT A 3604 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=171;FS=0.000;HaplotypeScore=329.0998;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;QD=21.08;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.541e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,156:171:99:3604,431,0 chrVIII 151383 . G GA 2002.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.937;DP=117;FS=1.833;HaplotypeScore=157.7345;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.090;QD=17.12;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.613;SB=-9.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,84:117:99:2045,143,0 chrVIII 151579 . CT C 2883.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=403.8196;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.81;MQ0=0;QD=20.75;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.066e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,129:139:99:2926,359,0 chrVIII 161688 . A ATT 1048.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=71.7676;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.45;MQ0=0;QD=38.85;RPA=5,7;RU=T;SB=-3.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:81:1091,81,0 chrVIII 167558 . CA C 1839.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=696.4417;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.81;MQ0=0;QD=31.72;RPA=2,1;RU=A;SB=-8.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,55:58:99:1882,159,0 chrVIII 168780 . G GTA 322.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.296;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=62.2672;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.099;QD=14.68;RPA=7,8;RU=TA;ReadPosRankSum=-0.888;SB=-1.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,11:22:35:362,0,35 chrVIII 170523 . CT C 881.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=31.8355;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.51;RPA=9,8;RU=T;SB=-9.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,39:43:99:924,114,0 chrVIII 170619 . T TAAAA 748.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=78.8430;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=25.83;RPA=13,17;RU=A;SB=-3.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,16:29:57:791,57,0 chrVIII 173113 . GA G 1191.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=303.7640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.54;MQ0=0;QD=15.89;RPA=4,3;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,52:75:99:1234,126,0 chrVIII 173119 . GAAA G 787.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=291.1698;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.07;MQ0=0;QD=14.87;RPA=13,10;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,22:53:69:830,69,0 chrVIII 173136 . TA T 261.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.522;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=226.3273;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.35;MQ0=0;MQRankSum=0.075;QD=9.36;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.671;SB=-8.780e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,15:28:28:304,28,0 chrVIII 173184 . G GA 718.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.628;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=134.3152;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.78;MQ0=0;MQRankSum=0.158;QD=18.43;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.158;SB=-2.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,34:39:76:761,76,0 chrVIII 174970 . CA C 5562 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=248;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=370.8223;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.15;MQ0=0;QD=22.43;RPA=7,6;RU=A;SB=-2.655e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,227:248:99:5562,648,0 chrVIII 175441 . T TTA 1898.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.642;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=104.8097;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=0.128;QD=22.34;RPA=6,7;RU=TA;ReadPosRankSum=-0.834;SB=-9.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,58:85:99:1941,125,0 chrVIII 176845 . TAAAA T 1599.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=150.9484;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.73;MQ0=0;MQRankSum=0.385;QD=25.81;RPA=17,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.096;SB=-3.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,32:62:99:1642,102,0 chrVIII 177249 . G GTGCAGA 11681 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.710;DP=170;FS=3.563;HaplotypeScore=56.4852;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.207;QD=68.71;ReadPosRankSum=1.383;SB=-4.816e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,151:170:99:11681,429,0 chrVIII 183971 . A AG 3210.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=236.5863;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.40;MQ0=0;QD=36.49;SB=-1.407e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,86:88:99:3253,253,0 chrVIII 186870 . AC A 1137.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=83.1369;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.19;MQ0=0;QD=27.76;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:90:1180,90,0 chrVIII 187695 . T TG 4318 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=161.4604;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.11;MQ0=0;QD=34.82;SB=-1.584e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,117:123:99:4318,361,0 chrVIII 187717 . GA G 2115.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=355.0394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=16.53;RPA=11,10;RU=A;SB=-6.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,90:127:99:2158,280,0 chrVIII 187814 . G GAA,GAAA 2740.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=74.3786;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.66;MQ0=0;QD=22.10;RPA=13,15,16;RU=A;SB=-1.228e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:68,17,29:124:99:2819,1127,893,337,0,123 chrVIII 187898 . AG A 5248 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;FS=0.000;HaplotypeScore=418.8906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.68;MQ0=0;QD=31.24;RPA=3,2;RU=G;SB=-1.539e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,164:167:99:5248,469,0 chrVIII 189097 . GAA G 5331 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.246;DP=239;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=608.7976;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.59;MQ0=0;MQRankSum=1.348;QD=22.31;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=2.011;SB=-2.517e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:65,153:238:99:5331,460,0 chrVIII 189768 . GA G 3087.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.543;DP=166;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=43.2981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.207;QD=18.60;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.595;SB=-1.383e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,142:166:99:3130,373,0 chrVIII 192694 . C CAA,CA 1402.08 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.181;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=296.4201;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=51.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.370;QD=14.02;RPA=14,16,15;RU=A;ReadPosRankSum=-1.060;SB=-5.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:50,33,9:98:51:1480,81,51,854,0,771 chrVIII 192740 . T TTCAA 5734 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=141.0725;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.06;MQ0=0;QD=59.73;RPA=1,2;RU=TCAA;SB=-2.322e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,85:94:99:5734,274,0 chrVIII 194628 . TA T 777.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=936.9294;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.69;MQ0=0;QD=22.88;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:33:99:820,99,0 chrVIII 194642 . C CT 1383.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=999.9807;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.73;MQ0=0;QD=34.60;RPA=1,2;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:39:99:1426,117,0 chrVIII 197262 . TTTATTATTATCATTA T 1051.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5266;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.50;MQ0=0;QD=55.37;RPA=2,1;RU=TTATTATTATCATTA;SB=-1.289e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,9:19:24:1094,24,0 chrVIII 198474 . GTTT G 2988.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=133.7420;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;QD=29.89;RPA=14,11;RU=T;SB=-7.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,72:100:99:3031,223,0 chrVIII 201764 . CAAGT C 5156 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=196.7577;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.68;MQ0=0;QD=53.71;SB=-2.421e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,92:96:99:5156,256,0 chrVIII 202095 . AT A 3538 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=567.7319;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.89;MQ0=0;QD=26.40;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.526e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,126:134:99:3538,352,0 chrVIII 202785 . GA G 2936.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=642.2539;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=22.25;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.035e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,124:132:99:2979,345,0 chrVIII 203659 . C CT 2029.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=236.5425;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.42;MQ0=0;QD=19.71;RPA=9,10;RU=T;SB=-9.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,77:103:99:2072,239,0 chrVIII 207414 . CT C 2514.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=29.6425;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.57;MQ0=0;QD=23.29;RPA=5,4;RU=T;SB=-6.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,102:108:99:2557,273,0 chrVIII 210269 . AT A 859.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.333;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=25.1841;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.515;QD=11.94;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.931;SB=-3.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,44:72:44:902,44,0 chrVIII 212265 . C CT 2764.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.609;DP=128;FS=3.174;HaplotypeScore=244.0171;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.540;QD=21.60;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.225;SB=-1.252e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,104:128:99:2807,300,0 chrVIII 221382 . GA G 1372.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=32.7228;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.12;MQ0=0;QD=16.74;RPA=11,10;RU=A;SB=-4.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,67:82:99:1415,186,0 chrVIII 222559 . T TA 1803.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.439;DP=85;FS=3.461;HaplotypeScore=20.3218;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.537;QD=21.22;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.366;SB=-7.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,71:85:99:1846,189,0 chrVIII 222696 . GT G 2142.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=32.3037;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.46;RPA=4,3;RU=T;SB=-9.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,70:81:99:2185,219,0 chrVIII 229162 . A AT 1411.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=256.1417;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.50;MQ0=0;QD=24.77;RPA=5,6;RU=T;SB=-6.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,51:57:99:1454,150,0 chrVIII 230236 . C CAGA 5115 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=436.2620;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.50;MQ0=0;QD=34.80;RPA=4,5;RU=AGA;SB=-2.419e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,101:135:99:5115,319,0 chrVIII 230956 . G GA 5632 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=453.9844;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=34.98;RPA=1,2;RU=A;SB=-2.751e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,155:161:99:5632,460,0 chrVIII 233314 . GAA G 1407.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=140.9249;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.24;MQ0=0;QD=17.82;RPA=13,11;RU=A;SB=-3.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,46:79:99:1450,138,0 chrVIII 233385 . TA T 671.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=153.7624;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.66;MQ0=0;QD=17.68;RPA=7,6;RU=A;SB=-2.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,30:38:84:714,84,0 chrVIII 234753 . ATTT AT,A 2468.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.272;DP=110;FS=8.403;HaplotypeScore=119.7548;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=1.017;QD=22.44;RPA=15,13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.845;SB=-8.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:20,0,18:110:99:2547,389,159,1505,0,1391 chrVIII 237735 . CTTT CT,C 882.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.681;DP=67;FS=9.294;HaplotypeScore=213.0962;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=44.72;MQ0=0;MQRankSum=1.208;QD=13.18;RPA=16,14,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.501;SB=-2.943e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:30,0,7:66:75:961,164,75,527,0,522 chrVIII 238967 . CA C 552.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.596;DP=50;FS=8.034;HaplotypeScore=50.9512;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=1.518;QD=11.06;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.350;SB=-1.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,28:50:62:595,62,0 chrVIII 242492 . T TG 3677 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=250.4874;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.45;RPA=6,7;RU=G;SB=-1.752e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,121:139:99:3677,373,0 chrVIII 245617 . C CTATT 3005.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=207.8910;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.81;MQ0=0;QD=35.79;RPA=2,3;RU=TATT;SB=-1.408e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,50:84:99:3048,157,0 chrVIII 248394 . T TA 2203.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=175.3398;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.40;MQ0=0;QD=31.49;RPA=1,2;RU=A;SB=-4.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,65:70:99:2246,181,0 chrVIII 252928 . CAT C 2012.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.625;DP=250;DS;FS=28.645;HaplotypeScore=2262.7015;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.698;QD=8.05;ReadPosRankSum=6.244;SB=-8.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:119,129:250:99:2052,0,2471 chrVIII 252931 . CATCG C 5338 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=11.081;DP=250;DS;FS=6.096;HaplotypeScore=1965.5259;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.42;MQ0=0;MQRankSum=-2.087;QD=21.35;ReadPosRankSum=10.479;SB=-2.554e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:117,129:250:99:5338,0,448 chrVIII 255909 . GA G 1074.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.009;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=38.5989;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.199;QD=13.44;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.861;SB=-3.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,54:80:99:1117,116,0 chrVIII 258103 . G GGGATGAC 7630 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=42.3447;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.15;MQ0=0;QD=84.78;SB=-3.646e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,79:90:99:7630,259,0 chrVIII 261887 . C CT 1458.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=24.1244;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.34;MQ0=0;QD=20.26;RPA=7,8;RU=T;SB=-6.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,58:72:99:1501,164,0 chrVIII 262100 . CT C 487.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.467;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=13.8385;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.39;MQ0=0;MQRankSum=0.400;QD=10.17;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.133;SB=-2.239e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,35:48:50:530,50,0 chrVIII 271769 . GTTT G 528.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4586;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=33.06;RPA=12,9;RU=T;SB=-2.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,12:16:42:571,42,0 chrVIII 271840 . C CTT 874.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=163.8258;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.27;MQ0=0;QD=25.00;RPA=11,13;RU=T;SB=-2.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,22:35:89:917,89,0 chrVIII 271867 . T TA 1507.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=281.6452;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.85;MQ0=0;QD=29.57;RPA=2,3;RU=A;SB=-4.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,48:51:99:1550,141,0 chrVIII 271875 . GT G 1132.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=373.5008;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.53;MQ0=0;QD=19.53;RPA=7,6;RU=T;SB=-3.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,48:58:99:1175,138,0 chrVIII 271942 . CT C 1509.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=352.1067;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.89;MQ0=0;QD=21.27;RPA=6,5;RU=T;SB=-2.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,61:71:99:1552,171,0 chrVIII 272006 . TG T 3460 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=108.2292;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.66;MQ0=0;QD=35.67;SB=-5.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:3460,283,0 chrVIII 280619 . A AC 3700 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=29.9149;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.51;MQ0=0;QD=29.13;RPA=4,5;RU=C;SB=-1.583e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,123:127:99:3700,361,0 chrVIII 282569 . CT C 572.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=14.3377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQ0=0;QD=16.83;RPA=13,12;RU=T;SB=-1.242e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,26:34:90:613,90,0 chrVIII 282652 . GT G 725.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=103.4063;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.14;MQ0=0;QD=17.28;RPA=11,10;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,34:41:99:768,101,0 chrVIII 283466 . G GA 3061.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.776;DP=138;FS=3.241;HaplotypeScore=340.3674;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.209;QD=22.19;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.478;SB=-1.498e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,109:138:99:3104,323,0 chrVIII 283683 . A AT 4639 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=408.1981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.38;MQ0=0;QD=35.41;SB=-2.258e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,127:131:99:4639,355,0 chrVIII 290559 . TAA T 3556 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=91.7156;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.48;MQ0=0;QD=36.29;RPA=5,3;RU=A;SB=-1.662e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,93:98:99:3556,271,0 chrVIII 290621 . A AT 2222.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=217.3775;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.28;MQ0=0;QD=26.78;RPA=3,4;RU=T;SB=-9.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,72:83:99:2265,216,0 chrVIII 290749 . C CA 3152.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=709.7805;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.02;MQ0=0;QD=38.45;SB=-1.232e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,77:82:99:3195,235,0 chrVIII 291329 . CG C 8031 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=218;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=4668.4230;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.02;MQ0=1;QD=36.84;SB=-3.130e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,211:217:99:8031,638,0 chrVIII 291336 . A AG 8543 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=232;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=5267.0953;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.94;MQ0=1;QD=36.82;SB=-3.538e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,216:231:99:8543,657,0 chrVIII 291365 . AT A 4772 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=198;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=5743.0813;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.93;MQ0=1;MQRankSum=0.188;QD=24.10;ReadPosRankSum=-0.651;SB=-1.865e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,156:197:99:4772,461,0 chrVIII 291367 . G GCC 6739 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=4676.9866;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.91;MQ0=1;QD=42.65;SB=-2.581e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,156:157:99:6739,473,0 chrVIII 291371 . GA G 6776 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=205;FS=0.000;HaplotypeScore=5392.4266;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.93;MQ0=1;QD=33.05;SB=-2.714e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,203:204:99:6776,593,0 chrVIII 293075 . GA G 1539.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=26.1734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=1.470;QD=16.56;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.828;SB=-7.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,75:93:99:1582,165,0 chrVIII 293471 . GAA G 3351 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=474.1043;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.21;MQ0=0;QD=46.54;SB=-1.318e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:71:99:3351,208,0 chrVIII 293785 . G GT 2491.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=508.9739;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.11;MQ0=0;QD=27.09;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.064e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,84:92:99:2534,252,0 chrVIII 294449 . TGA T 1910.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=361.7818;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.75;MQ0=0;QD=41.54;SB=-8.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,42:46:99:1953,135,0 chrVIII 296602 . T TC 1640.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=253.5947;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.62;MQ0=0;QD=32.18;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,48:51:99:1683,129,0 chrVIII 323234 . GA G 836.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.083;DP=64;FS=2.932;HaplotypeScore=20.2268;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.22;MQ0=0;MQRankSum=0.083;QD=13.08;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.083;SB=-3.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,47:64:87:879,87,0 chrVIII 328187 . G GT 2586.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=60.0782;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.64;MQ0=0;QD=22.11;RPA=8,9;RU=T;SB=-9.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,101:117:99:2629,299,0 chrVIII 334431 . A AT 2673.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.057;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=44.3484;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.40;MQ0=0;MQRankSum=2.267;QD=21.56;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=2.267;SB=-1.228e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,113:124:99:2716,289,0 chrVIII 336196 . ATACT A 7777 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=35.5527;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.76;MQ0=0;QD=57.61;SB=-3.300e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,131:135:99:7777,370,0 chrVIII 340068 . A AG 170.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=27.7158;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.09;MQ0=0;QD=11.34;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,6:15:21:212,21,0 chrVIII 344320 . G GT 2789.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=24.8626;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.67;MQ0=0;QD=29.37;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.354e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,93:95:99:2832,256,0 chrVIII 368026 . C CT 1785.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.757;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=65.5472;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.757;QD=14.64;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-1.724;SB=-7.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,72:122:99:1828,126,0 chrVIII 375406 . GA G 1311.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.447;DP=88;FS=3.300;HaplotypeScore=30.7994;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=1;MQRankSum=-1.397;QD=14.91;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.285;SB=-6.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,58:87:99:1354,163,0 chrVIII 375520 . A AG 2510.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.849;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=175.9636;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.12;MQ0=0;MQRankSum=0.785;QD=29.89;ReadPosRankSum=-0.048;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,76:84:99:2553,221,0 chrVIII 377829 . C CT 2809.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=525.8125;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.96;MQ0=0;QD=30.54;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.208e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,85:92:99:2852,259,0 chrVIII 377894 . AT A 3651 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=347.6243;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.71;MQ0=0;QD=29.44;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.750e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,118:124:99:3651,343,0 chrVIII 378120 . GTGTTTTTGTTTTTGTTTTTGTTTT G 5590 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=273.1303;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.63;MQ0=0;QD=68.17;RPA=8,4;RU=TGTTTT;SB=-2.557e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,45:82:99:5590,117,0 chrVIII 380184 . A AT 3305 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=375.9847;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.34;MQ0=0;QD=23.44;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.312e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,124:141:99:3305,348,0 chrVIII 381424 . GA G 1833.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=203.6536;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=19.10;RPA=11,10;RU=A;SB=-6.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,82:96:99:1876,245,0 chrVIII 391752 . T TAA 467.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=46.9019;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.57;MQ0=0;QD=23.40;RPA=11,13;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,14:20:47:510,47,0 chrVIII 394229 . A AT 1498.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.213;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=258.4440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.091;QD=23.79;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=1.550;SB=-3.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,58:63:99:1541,165,0 chrVIII 395169 . CTGT C 9990 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=227;FS=0.000;HaplotypeScore=921.3768;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.19;MQ0=0;QD=44.01;RPA=2,1;RU=TGT;SB=-4.396e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,209:227:99:9990,605,0 chrVIII 396945 . GAAA GA,G 744.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.278;DP=51;FS=3.399;HaplotypeScore=100.9465;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.380;QD=14.61;RPA=19,17,16;RU=A;ReadPosRankSum=0.863;SB=-2.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:14,0,13:51:99:823,202,168,251,0,343 chrVIII 399050 . T TACTATTTCTAATTGGA 8939 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=619.8827;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.81;MQ0=0;QD=154.12;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,27:58:99:8939,160,0 chrVIII 399076 . GAA G 577.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=675.5245;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.60;MQ0=0;QD=19.93;RPA=9,7;RU=A;SB=-7.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,17:29:57:620,57,0 chrVIII 399235 . GA G 1152.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=98.9312;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.79;MQ0=0;QD=27.45;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:41:99:1195,117,0 chrVIII 420557 . GGTTGCTGTTGTTGCT G 15264 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=224;FS=0.000;HaplotypeScore=50.4697;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.99;MQ0=0;QD=68.14;RPA=3,2;RU=GTTGCTGTTGTTGCT;SB=-7.560e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:77,147:224:99:15264,424,0 chrVIII 436963 . A AT 1568.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.701;DP=94;FS=4.375;HaplotypeScore=415.0955;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.904;QD=16.69;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.904;SB=-5.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,65:94:99:1611,106,0 chrVIII 440333 . T TGAG 5255 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=176.4312;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.99;MQ0=0;QD=50.05;RPA=1,2;RU=GAG;SB=-8.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,102:105:99:5255,298,0 chrVIII 442027 . GA G 1534.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=23.4611;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.74;MQ0=0;QD=18.06;RPA=9,8;RU=A;SB=-6.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,69:85:99:1577,197,0 chrVIII 442153 . CGTA C 3870 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=415.1364;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.40;MQ0=0;QD=45.00;SB=-1.554e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,79:86:99:3870,232,0 chrVIII 451138 . TA T 1454.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=23.7511;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.05;MQ0=0;QD=18.19;RPA=11,10;RU=A;SB=-4.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,67:80:99:1497,194,0 chrVIII 452950 . T TA 3996 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.482;DP=177;FS=8.225;HaplotypeScore=461.2421;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=0.494;QD=22.58;ReadPosRankSum=4.104;SB=-1.834e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,163:177:99:3996,447,0 chrVIII 455796 . GC G 3407 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=248.7868;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;QD=33.73;RPA=2,1;RU=C;SB=-1.679e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:3407,292,0 chrVIII 461748 . T TTA 189.06 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.747;DP=18;FS=6.021;HaplotypeScore=3.8575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.36;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=10.50;RPA=6,7;RU=TA;ReadPosRankSum=-0.747;SB=-1.796e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,9:18:14:228,0,14 chrVIII 464932 . AAT A 598.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=24.0958;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.29;MQ0=0;QD=22.18;RPA=7,6;RU=AT;SB=-1.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,20:27:51:641,51,0 chrVIII 466481 . T TTAA 5058 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=666.9594;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.37;MQ0=0;QD=50.58;SB=-1.877e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,87:100:99:5058,277,0 chrVIII 466969 . T TACA 4525 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=562.0992;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.60;MQ0=0;QD=44.80;RPA=2,3;RU=ACA;SB=-1.770e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,88:101:99:4525,271,0 chrVIII 488371 . CA C 1541.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.532;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=36.8801;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.578;QD=16.94;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.665;SB=-7.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,76:91:99:1584,129,0 chrVIII 505293 . TA T 3514 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=33.1882;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.32;MQ0=0;QD=26.03;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.637e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,130:135:99:3514,372,0 chrVIII 512211 . GA G 600.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.473;DP=76;FS=5.226;HaplotypeScore=33.6912;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=0.571;QD=7.91;RPA=17,16;RU=A;ReadPosRankSum=2.006;SB=-2.709e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,33:76:26:643,26,0 chrVIII 518736 . CT C 719.08 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.993;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=78.4528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-3.028;QD=13.07;ReadPosRankSum=3.180;SB=-8.054e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,16:55:13:758,0,13 chrVIII 519135 . A AT 4614 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=339.8079;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.77;MQ0=0;QD=38.13;SB=-1.050e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:121:99:4614,337,0 chrVIII 522597 . C CAT 5105 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=297.0498;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.55;MQ0=0;QD=40.20;RPA=1,2;RU=AT;SB=-2.140e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,113:127:99:5105,340,0 chrVIII 525585 . CCT C 589.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=1716.9128;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.49;MQ0=0;QD=15.53;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:38:45:632,45,0 chrVIII 525590 . A ACG 662.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=736.7137;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.70;MQ0=0;QD=44.20;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45:705,45,0 chrVIII 526501 . C CACT 5677 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.873;DP=181;FS=91.284;HaplotypeScore=2511.5801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.76;MQ0=19;MQRankSum=2.724;QD=31.36;ReadPosRankSum=-3.837;SB=-3.011e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:118,59:138:99:5677,0,288 chrVIII 554229 . C CT 444.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.271;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=233.9503;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.82;MQ0=0;MQRankSum=0.813;QD=15.89;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.194;SB=-1.807e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,20:27:28:484,0,28 chrVIII 554275 . A AT 966.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=240.6447;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.46;MQ0=8;QD=19.34;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,43:40:99:1009,105,0 chrVIII 556484 . T TATC 6491 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.255;DP=191;DS;FS=0.997;HaplotypeScore=4165.6661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.252;QD=33.98;ReadPosRankSum=3.862;SB=-1.766e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,110:159:99:6491,0,578 chrVIII 556489 . T TAC 4403 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.147;DP=148;DS;FS=6.310;HaplotypeScore=3733.3284;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.319;QD=29.75;ReadPosRankSum=4.511;SB=-1.259e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,123:127:99:4403,0,307 chrVIII 556515 . TG T 852.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.053;DP=152;DS;FS=165.834;HaplotypeScore=3969.7389;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.51;MQ0=0;MQRankSum=-2.230;QD=5.61;ReadPosRankSum=3.947;SB=-3.011e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,51:117:99:892,0,681 chrVIII 556517 . AG A 691.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.490;DP=98;DS;FS=159.937;HaplotypeScore=2662.5415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.60;MQ0=0;MQRankSum=-2.044;QD=7.06;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=3.626;SB=-3.011e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,51:71:99:731,0,399 chrVIII 556522 . GTAGTGAT G,GT 3956 SnpCluster;filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.404;DP=116;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=2378.0479;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=21.82;MQ0=8;MQRankSum=-0.595;QD=34.10;ReadPosRankSum=1.860;SB=-1.253e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:37,29,0:71:99:3956,358,364,1041,0,917 chrVIII 556532 . TGATA T,TA 2758.94 filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.559;DP=106;DS;FS=5.740;HaplotypeScore=2267.5971;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=21.48;MQ0=9;MQRankSum=-0.577;QD=26.03;ReadPosRankSum=1.617;SB=-6.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:76,30,0:64:99:2837,457,337,1117,0,965 chrVIII 556799 . GT G 1015.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.049;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1035.1757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=15.99;MQ0=2;MQRankSum=0.348;QD=4.06;ReadPosRankSum=2.854;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,152:44:99:1055,0,329 chrVIII 556825 . GATA G 284.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.339;DP=236;DS;FS=1.612;HaplotypeScore=1441.2925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.40;MQ0=0;MQRankSum=1.227;QD=1.21;ReadPosRankSum=-0.867;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:193,7:46:99:324,0,858 chrVIII 556842 . T TA 85.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.268;DP=250;DS;FS=10.546;HaplotypeScore=1514.0048;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.84;MQ0=0;MQRankSum=0.662;QD=0.34;ReadPosRankSum=2.074;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:190,60:60:99:125,0,605 chrVIII 556846 . T TTA 65.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.903;DP=250;DS;FS=15.838;HaplotypeScore=1455.2576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.99;MQ0=1;MQRankSum=-0.386;QD=0.26;ReadPosRankSum=2.882;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:189,48:59:99:105,0,1221 chrVIII 556852 . T TG 498.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.697;DP=250;DS;FS=27.744;HaplotypeScore=1354.5960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.47;MQ0=2;MQRankSum=0.616;QD=2.00;RPA=2,3;RU=G;ReadPosRankSum=2.215;SB=-6.703e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:160,46:63:99:538,0,157 chrVIII 556875 . GGT G 379.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.921;DP=247;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1108.1347;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.91;MQ0=8;MQRankSum=-0.762;QD=1.54;RPA=3,2;RU=GT;ReadPosRankSum=-0.535;SB=-1.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:188,39:57:99:419,0,534 chrVIII 556888 . GGT G 337.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.189;DP=247;DS;FS=12.259;HaplotypeScore=875.5158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.80;MQ0=20;MQRankSum=-0.059;QD=1.37;RPA=4,3;RU=GT;ReadPosRankSum=1.867;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:181,60:60:99:377,0,687 chrVIII 556965 . TG T 730.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.579;DP=151;DS;FS=2.513;HaplotypeScore=480.9148;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.26;MQ0=7;MQRankSum=0.713;QD=4.84;RPA=3,2;RU=G;ReadPosRankSum=-0.401;SB=-2.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,51:73:99:770,0,468 chrVIII 562455 . A AGT 6046 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.380;DP=235;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=256.8683;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.31;MQ0=20;MQRankSum=0.992;QD=25.73;RPA=2,3;RU=GT;ReadPosRankSum=3.785;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,192:162:99:6046,286,0 chrX 21218 . A AG 278.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=250.6226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.45;MQ0=0;QD=11.62;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:11:33:321,33,0 chrX 26518 . TC T 2807.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=375.0842;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.06;MQ0=0;QD=32.28;RPA=2,1;RU=C;SB=-1.367e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:2850,232,0 chrX 28303 . GCCAA G 7873 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=764.4060;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.33;MQ0=0;QD=56.24;SB=-3.048e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,119:140:99:7873,367,0 chrX 28329 . CG C 3491 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=1376.7468;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.55;MQ0=0;QD=26.05;RPA=3,2;RU=G;SB=-1.578e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,110:134:99:3491,340,0 chrX 28946 . CT C 674.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.838;DP=75;FS=4.976;HaplotypeScore=138.1728;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.175;QD=8.99;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.448;SB=-2.701e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,41:75:36:716,36,0 chrX 29312 . GT G 3454 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=561.4506;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.83;MQ0=0;QD=35.61;SB=-1.714e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,92:97:99:3454,277,0 chrX 29446 . TAGCGCTA T 7740 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=544.7567;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.35;MQ0=0;QD=71.67;RPA=2,1;RU=AGCGCTA;SB=-3.829e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,93:108:99:7740,274,0 chrX 29870 . G GC 3491 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=343.7374;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.55;MQ0=0;QD=34.23;RPA=1,2;RU=C;SB=-1.369e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,95:102:99:3491,286,0 chrX 30874 . CGTAAA C 5032 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=276.7095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.59;MQ0=0;QD=54.11;RPA=2,1;RU=GTAAA;SB=-1.788e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,80:93:99:5032,226,0 chrX 31320 . TC T 3444 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.374;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=292.1743;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.165;QD=33.76;ReadPosRankSum=-0.241;SB=-8.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,88:102:99:3444,284,0 chrX 31341 . T TAA 3193.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=316.1821;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.27;MQ0=0;QD=32.93;RPA=5,7;RU=A;SB=-9.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,85:97:99:3236,253,0 chrX 31479 . A AT 2169.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=198.1639;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;QD=21.92;RPA=7,8;RU=T;SB=-6.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,80:99:99:2212,243,0 chrX 33209 . CT C 1456.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.434;DP=93;FS=3.051;HaplotypeScore=434.9319;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.58;MQ0=0;MQRankSum=0.295;QD=15.67;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.199;SB=-7.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,69:93:99:1499,158,0 chrX 33346 . CTT C 1646.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.834;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=85.6441;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.80;MQ0=1;MQRankSum=-0.834;QD=24.95;RPA=12,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.192;SB=-5.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,56:65:99:1689,157,0 chrX 36390 . AG A 3309 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=317.8642;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.76;MQ0=0;QD=24.51;SB=-1.431e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:60,75:135:99:3309,358,0 chrX 37825 . GT G 2674.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.295;DP=161;FS=6.985;HaplotypeScore=314.1850;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.67;MQ0=0;MQRankSum=0.600;QD=16.61;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.429;SB=-1.151e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,123:161:99:2717,329,0 chrX 37852 . G GA 3348 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=426.8944;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.26;MQ0=0;QD=21.32;RPA=8,9;RU=A;SB=-1.597e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,127:157:99:3348,379,0 chrX 37982 . T TAG 6528 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=335.7355;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.79;MQ0=0;QD=46.63;SB=-2.985e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,132:140:99:6528,397,0 chrX 41329 . AT A 1667.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.178;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=64.5166;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.270;QD=16.85;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.162;SB=-5.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,83:99:99:1710,199,0 chrX 47535 . GA G 1817.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.352;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=94.8383;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=1.605;QD=18.55;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.648;SB=-6.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,81:98:99:1860,217,0 chrX 50009 . TA T 2677.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=38.0393;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.39;MQ0=0;QD=22.69;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.134e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,109:118:99:2720,294,0 chrX 59054 . GAA G,GA 214.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.149;DP=54;FS=5.663;HaplotypeScore=182.6958;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.365;QD=3.98;RPA=21,19,20;RU=A;ReadPosRankSum=1.419;SB=-2.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:35,6,1:54:81:293,115,233,91,0,81 chrX 59084 . T TG 2221.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=385.1017;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.64;MQ0=0;QD=32.68;SB=-7.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,53:68:99:2264,192,0 chrX 59094 . AAT A 2012.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=403.3045;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.70;MQ0=1;QD=27.57;RPA=3,2;RU=AT;SB=-7.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,59:70:99:2055,156,0 chrX 59582 . GA G 4402 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=627.4967;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.16;MQ0=0;QD=27.69;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.809e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,155:157:99:4402,442,0 chrX 59640 . T TAATA 6293 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=2117.6885;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.53;MQ0=0;QD=53.79;SB=-2.917e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,79:117:99:6293,310,0 chrX 59658 . G GTAGAAA 7861 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=2067.1070;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.49;MQ0=0;QD=74.87;SB=-3.643e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,82:105:99:7861,292,0 chrX 59669 . A AT 2881.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=2279.1116;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.17;MQ0=0;QD=24.84;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.437e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,102:111:99:2924,277,0 chrX 60220 . CT C 4232 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=216;FS=0.000;HaplotypeScore=874.3908;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.45;MQ0=0;QD=19.59;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.898e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,186:216:99:4232,537,0 chrX 60684 . T TTC 4039 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.287;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=729.2766;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.51;MQ0=0;MQRankSum=1.860;QD=25.73;ReadPosRankSum=2.368;SB=-1.983e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:85,65:156:99:4039,328,0 chrX 60697 . G GT 1565.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.504;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=715.5447;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.29;MQ0=0;MQRankSum=0.261;QD=11.60;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.226;SB=-6.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:75,58:134:99:1608,164,0 chrX 71276 . G GA 1333.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.173;DP=124;FS=1.165;HaplotypeScore=254.4487;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.145;QD=10.75;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.428;SB=-6.653e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,68:124:14:1375,14,0 chrX 74813 . T TA 1739.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=72.3082;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.29;MQ0=0;QD=23.20;RPA=7,8;RU=A;SB=-6.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,66:75:99:1782,195,0 chrX 76303 . G GATAT 10148 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=173;FS=0.000;HaplotypeScore=39.1994;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.70;MQ0=0;QD=58.66;RPA=2,4;RU=AT;SB=-4.126e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,164:173:99:10148,488,0 chrX 78980 . C CTT 1279.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.361;DP=148;FS=6.247;HaplotypeScore=968.4165;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.20;MQ0=0;MQRankSum=-5.139;QD=8.65;ReadPosRankSum=3.758;SB=-5.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,50:148:99:1319,0,840 chrX 78981 . C CCTCTTCT 5165 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.566;DP=147;FS=5.143;HaplotypeScore=727.3916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.06;MQ0=0;MQRankSum=-6.967;QD=35.14;ReadPosRankSum=3.452;SB=-2.527e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,50:147:99:5165,0,1152 chrX 79553 . GA G 3466 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=425.0461;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.50;MQ0=0;QD=23.11;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.694e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,134:150:99:3466,390,0 chrX 79590 . TA T 3512 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=868.8441;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.79;MQ0=0;QD=22.09;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.518e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,138:159:99:3512,422,0 chrX 79972 . A AT 2168.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.704;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=108.0620;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.47;MQ0=0;MQRankSum=0.534;QD=18.54;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.012;SB=-9.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,93:117:99:2211,119,0 chrX 83886 . A AT 4276 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=281.8232;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=26.56;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.726e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,139:161:99:4276,409,0 chrX 83936 . AT A 4364 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=254.5059;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=29.09;SB=-1.885e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,143:150:99:4364,419,0 chrX 85527 . CTT C 1711.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=149.9631;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.94;MQ0=0;QD=27.61;RPA=11,9;RU=T;SB=-1.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,55:62:99:1754,162,0 chrX 89172 . GT G 304.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=44.9230;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.83;MQ0=0;QD=14.52;RPA=8,7;RU=T;SB=-7.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,16:21:42:347,42,0 chrX 90279 . G GA 6098 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=177;FS=0.000;HaplotypeScore=788.2690;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.47;MQ0=0;QD=34.45;SB=-2.747e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,164:177:99:6098,467,0 chrX 91129 . G GA 3714 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=569.4500;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.68;MQ0=0;QD=24.93;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.601e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,133:149:99:3714,385,0 chrX 94892 . TC T 3650 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.804;DP=138;FS=3.485;HaplotypeScore=208.2233;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.504;QD=26.45;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=0.650;SB=-1.536e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,100:138:99:3650,341,0 chrX 101045 . G GA 1907.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.203;DP=111;FS=3.726;HaplotypeScore=233.5863;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=1.710;QD=17.19;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.695;SB=-9.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,81:111:99:1950,143,0 chrX 104611 . TAA T 3071.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.523;DP=139;FS=4.217;HaplotypeScore=280.0531;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.05;MQ0=0;MQRankSum=0.985;QD=22.10;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.584;SB=-1.494e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,98:139:99:3114,276,0 chrX 106211 . AT A 1676.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=255.5996;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.64;MQ0=0;QD=19.96;RPA=8,7;RU=T;SB=-5.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,76:84:99:1719,207,0 chrX 106877 . T TG 4270 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=447.8182;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.40;MQ0=0;QD=34.16;SB=-1.433e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,121:125:99:4270,343,0 chrX 109915 . G GAAAA 1965.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=74.6280;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.35;MQ0=0;QD=26.57;RPA=12,16;RU=A;SB=-5.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,34:74:99:2008,135,0 chrX 111163 . C CA 2672.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.982;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=122.8524;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.953;QD=19.37;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.508;SB=-9.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,103:138:99:2715,277,0 chrX 111275 . CA C 2112.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.327;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=296.5039;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.622;QD=17.91;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.737;SB=-7.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,98:118:99:2155,255,0 chrX 111290 . AG A 3006.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=245.0486;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.02;MQ0=0;QD=26.61;RPA=3,2;RU=G;SB=-1.238e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,97:113:99:3049,277,0 chrX 111408 . A AT 3758 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=339.8277;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.24;MQ0=0;QD=25.39;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.453e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,122:148:99:3758,390,0 chrX 111538 . CACA C 8441 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=205;FS=0.000;HaplotypeScore=54.2086;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.47;MQ0=0;QD=41.18;RPA=3,2;RU=ACA;SB=-3.578e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,192:205:99:8441,542,0 chrX 113474 . A ATT 1464.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.673;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=343.4810;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.30;MQ0=0;MQRankSum=0.466;QD=16.28;RPA=14,16;RU=T;ReadPosRankSum=-0.673;SB=-6.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,47:90:99:1507,102,0 chrX 114886 . CTGTTGT C 6459 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.856;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=2150.4076;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.799;QD=43.94;ReadPosRankSum=3.833;SB=-2.084e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:52,94:147:99:6459,284,0 chrX 114895 . CTGCTGTTGCTGT C 11565 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.983;DP=143;FS=27.436;HaplotypeScore=1588.4181;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.03;MQ0=0;MQRankSum=-4.228;QD=80.87;ReadPosRankSum=9.138;SB=-3.701e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,94:143:99:11565,0,1258 chrX 114920 . GCTT G 7336 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=185;FS=0.000;HaplotypeScore=2258.3905;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.79;MQ0=0;QD=39.65;RPA=5,4;RU=CTT;SB=-3.122e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,163:185:99:7336,484,0 chrX 115930 . T TA 1846.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=163.3261;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;QD=22.80;RPA=6,7;RU=A;SB=-7.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,70:81:99:1889,201,0 chrX 116400 . C CAA 6613 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=182;FS=0.000;HaplotypeScore=795.6620;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.43;MQ0=0;QD=36.34;RPA=3,5;RU=A;SB=-3.254e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,161:182:99:6613,503,0 chrX 116504 . AT A 5470 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=170;FS=0.000;HaplotypeScore=678.5422;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.11;MQ0=0;QD=32.18;RPA=2,1;RU=T;SB=-2.258e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,167:170:99:5470,487,0 chrX 119059 . C CT 1908.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=855.0481;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.45;MQ0=0;QD=23.57;RPA=4,5;RU=T;SB=-5.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,74:81:99:1951,214,0 chrX 121937 . GT G 706.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=10.0115;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=17.67;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,34:40:90:749,90,0 chrX 122041 . C CG 1022.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=193.3406;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.41;MQ0=0;QD=35.27;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:29:84:1065,84,0 chrX 122104 . T TA 183.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=101.2653;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.03;MQ0=0;QD=13.14;RPA=10,11;RU=A;SB=-7.888e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,9:14:27:226,27,0 chrX 122613 . A AGAT 10385 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=227;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=616.8968;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.67;MQ0=0;QD=45.75;RPA=1,2;RU=GAT;SB=-5.048e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,209:227:99:10385,608,0 chrX 122693 . TGGCTTG T 14941 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=215;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=2335.3062;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.18;MQ0=0;QD=69.49;SB=-6.182e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,178:215:99:14941,619,0 chrX 122702 . CAGT C 7836 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=202;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=2821.6368;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.66;MQ0=0;QD=38.79;SB=-3.217e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,164:202:99:7836,545,0 chrX 123519 . AT A 3832 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=2119.9307;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.25;MQ0=0;QD=25.21;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.661e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,133:152:99:3832,394,0 chrX 123551 . AG A 2396.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=1868.5572;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.27;MQ0=0;QD=20.49;SB=-1.129e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,97:117:99:2439,286,0 chrX 123779 . G GA 888.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.360;DP=88;FS=2.720;HaplotypeScore=287.4145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.66;MQ0=0;MQRankSum=1.532;QD=10.10;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.477;SB=-3.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,39:88:99:928,0,136 chrX 126726 . ATT A 4263 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=48.4607;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.60;MQ0=0;QD=35.82;RPA=5,3;RU=T;SB=-2.087e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,113:119:99:4263,328,0 chrX 126805 . C CTTT 4175 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=338.1568;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.34;MQ0=0;QD=28.02;RPA=10,13;RU=T;SB=-1.550e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:64,59:149:99:4175,298,0 chrX 129078 . CT C 1491.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.068;DP=108;FS=3.582;HaplotypeScore=145.9252;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=0.925;QD=13.81;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.020;SB=-6.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,70:108:99:1534,189,0 chrX 130674 . GC G 3480 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=272.1798;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=28.29;RPA=5,4;RU=C;SB=-1.682e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,118:123:99:3480,340,0 chrX 131054 . GT G 2771.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=30.6343;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=20.84;RPA=9,8;RU=T;SB=-7.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,121:133:99:2814,347,0 chrX 133939 . GT G 4326 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=180;FS=0.000;HaplotypeScore=309.5296;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.14;MQ0=0;QD=24.03;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.612e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,165:180:99:4326,465,0 chrX 134031 . CTT C 3188.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.991;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=277.9305;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.049;QD=23.98;RPA=11,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.010;SB=-9.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,90:133:99:3231,294,0 chrX 134112 . GAAAAA G,GA 2947.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.506;DP=100;FS=3.947;HaplotypeScore=330.3085;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.85;MQ0=0;MQRankSum=0.817;QD=29.48;RPA=17,12,13;RU=A;ReadPosRankSum=1.615;SB=-1.168e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:40,11,0:99:65:3026,1262,1169,254,0,65 chrX 134179 . GAAA G 2522.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=118.5985;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.54;MQ0=0;QD=31.94;RPA=12,9;RU=A;SB=-1.160e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,65:79:99:2565,183,0 chrX 135953 . GA G 4536 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=217;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=56.0224;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.93;MQ0=0;QD=20.90;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.614e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,177:217:99:4536,548,0 chrX 136809 . GT G 2613.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=27.0680;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=23.34;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.324e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,104:112:99:2656,288,0 chrX 140211 . GA G 1774.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=374.8178;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.60;MQ0=0;QD=19.94;RPA=8,7;RU=A;SB=-9.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,78:89:99:1817,219,0 chrX 159916 . GA G 3317 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=886.6711;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.70;MQ0=0;QD=25.52;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.606e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,118:130:99:3317,354,0 chrX 160183 . C CT 5447 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=2392.8653;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.15;MQ0=0;QD=38.91;SB=-2.416e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,137:140:99:5447,415,0 chrX 160258 . GT G 2986.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=1544.7172;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.31;MQ0=0;QD=20.46;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.113e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,120:146:99:3029,368,0 chrX 160310 . C CTT 3441 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.897;DP=146;FS=3.168;HaplotypeScore=668.1930;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.309;QD=23.57;RPA=10,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.237;SB=-1.622e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:55,76:145:99:3441,294,0 chrX 161835 . T TA 757.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.578;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=22.9683;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.974;QD=13.07;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.974;SB=-2.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,36:58:65:800,65,0 chrX 165551 . AT A 1494.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=15.1917;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=21.98;RPA=6,5;RU=T;SB=-8.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,59:68:99:1537,174,0 chrX 173515 . TA T 2403.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.982;DP=154;FS=7.389;HaplotypeScore=45.6566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.31;MQ0=0;MQRankSum=1.085;QD=15.61;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.258;SB=-1.041e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,114:154:99:2446,264,0 chrX 189029 . C CTT 1918.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.151;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=1054.8151;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.06;MQ0=0;MQRankSum=-2.613;QD=13.14;ReadPosRankSum=3.528;SB=-9.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:101,44:145:99:1958,0,101 chrX 189030 . C CTTCTTCT 5644 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.625;DP=148;FS=1.603;HaplotypeScore=697.2195;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.21;MQ0=0;MQRankSum=-2.789;QD=38.14;ReadPosRankSum=4.901;SB=-2.541e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:101,33:147:30:5644,30,0 chrX 193608 . CA C 540.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=69.2729;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=20.81;RPA=10,9;RU=A;SB=-7.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,25:26:75:583,75,0 chrX 195285 . TA T 2103.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=108.3604;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.93;MQ0=0;QD=20.23;RPA=7,6;RU=A;SB=-8.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,89:104:99:2146,255,0 chrX 197244 . AAT A 2987.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=176.1256;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.93;MQ0=0;QD=35.15;SB=-7.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,82:85:99:3030,238,0 chrX 197451 . A AAAC 3969 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=793.3564;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.41;MQ0=0;QD=53.64;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:74:99:3969,199,0 chrX 204487 . GACTGGCGTTATACAGAA G 5481 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=456.2026;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.79;MQ0=0;QD=144.24;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,30:38:87:5481,87,0 chrX 204824 . A AC 2999.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=368.1821;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.54;MQ0=0;QD=33.71;SB=-1.410e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,85:89:99:3042,253,0 chrX 207452 . GGCATT G 11765 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=199;FS=0.000;HaplotypeScore=47.4139;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.70;MQ0=0;QD=59.12;RPA=2,1;RU=GCATT;SB=-2.949e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,177:199:99:11765,518,0 chrX 207747 . GAA G 2430.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.816;DP=112;FS=3.375;HaplotypeScore=160.6972;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.90;MQ0=0;MQRankSum=0.737;QD=21.70;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.378;SB=-1.122e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,80:112:99:2473,201,0 chrX 209539 . TA T 2766.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=31.8419;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.98;MQ0=0;QD=22.14;RPA=6,5;RU=A;SB=-6.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,111:125:99:2809,318,0 chrX 211991 . CT C 2409.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=35.8150;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.42;MQ0=0;QD=19.92;RPA=8,7;RU=T;SB=-9.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,107:121:99:2452,297,0 chrX 217454 . GAA G 1817.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=34.1900;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.09;MQ0=0;QD=22.44;RPA=12,10;RU=A;SB=-6.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,54:79:99:1860,174,0 chrX 217532 . GA G 1646.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=65.3356;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.78;MQ0=0;QD=20.59;RPA=7,6;RU=A;SB=-7.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,70:78:99:1689,198,0 chrX 218872 . C CA 4690 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=170;FS=0.000;HaplotypeScore=41.0907;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.37;MQ0=0;QD=27.59;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.926e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,163:170:99:4690,469,0 chrX 221206 . AT A 2791.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=31.9298;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.75;MQ0=0;QD=23.07;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.344e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,117:121:99:2834,321,0 chrX 269905 . TA T 814.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.029;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=18.8662;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.02;MQ0=0;MQRankSum=-1.413;QD=12.94;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.779;SB=-3.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,46:63:77:857,77,0 chrX 280770 . CT C 419.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.818;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=64.8127;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.215;QD=6.09;RPA=15,14;RU=T;ReadPosRankSum=0.904;SB=-1.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,22:69:55:462,55,0 chrX 292409 . AGGATTGCTC A 20276 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=228;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=456.7570;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.87;MQ0=0;QD=88.93;SB=-8.270e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,193:228:99:20276,581,0 chrX 317080 . GTATATA G 4686 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=33.1629;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.74;MQ0=0;QD=41.11;RPA=9,6;RU=TA;SB=-2.202e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,79:114:99:4686,222,0 chrX 327878 . A AT 4013 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=319.1492;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=38.96;SB=-1.351e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:103:99:4013,292,0 chrX 329322 . AC A 2487.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.414;DP=110;FS=4.415;HaplotypeScore=456.1095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.391;QD=22.62;ReadPosRankSum=2.954;SB=-9.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,91:110:99:2530,251,0 chrX 329324 . TTC T 2976.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.746;DP=108;FS=4.517;HaplotypeScore=404.1884;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.42;MQ0=0;MQRankSum=0.081;QD=27.56;ReadPosRankSum=3.568;SB=-9.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,91:108:99:3019,220,0 chrX 330220 . T TC 2468.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.024;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=328.7015;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.866;QD=23.97;RPA=7,8;RU=C;ReadPosRankSum=1.457;SB=-8.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,89:103:99:2511,234,0 chrX 337388 . TA T 1534.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.590;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=249.8926;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.210;QD=17.44;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.495;SB=-6.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,71:88:99:1577,190,0 chrX 338042 . AG A 3826 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;FS=0.000;HaplotypeScore=44.9468;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.97;MQ0=0;QD=23.33;RPA=7,6;RU=G;SB=-1.707e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,149:164:99:3826,399,0 chrX 339752 . GTA G 6988 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=208;FS=0.000;HaplotypeScore=80.2904;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.51;MQ0=0;QD=33.60;RPA=5,4;RU=TA;SB=-2.826e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,193:207:99:6988,563,0 chrX 342313 . AT A 1941.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=395.3596;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.91;MQ0=0;QD=24.58;RPA=4,3;RU=T;SB=-6.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,72:79:99:1984,198,0 chrX 342348 . ATTTTT A 2960.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=341.1302;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.14;MQ0=0;QD=40.56;RPA=23,18;RU=T;SB=-1.444e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,49:73:99:3003,156,0 chrX 345784 . TA T 953.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=42.5523;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.19;MQ0=0;QD=21.20;RPA=3,2;RU=A;SB=-4.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,35:45:90:996,90,0 chrX 349508 . G GA 3149.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.247;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=38.7082;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.412;QD=22.50;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.801;SB=-1.226e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,117:140:99:3192,332,0 chrX 353921 . CTTCCGCTCCAGAATAAAGTTCCTTTTCACTTCA C 15019 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=354.2235;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.07;MQ0=0;QD=158.09;SB=-5.534e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:95:99:15019,166,0 chrX 354332 . A AT 1942.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=137.5979;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.66;MQ0=0;QD=22.86;RPA=7,8;RU=T;SB=-7.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,76:85:99:1985,216,0 chrX 355012 . TTAATA T 313.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=103.3889;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.46;MQ0=4;MQRankSum=-0.736;QD=31.40;ReadPosRankSum=0.736;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:6:62:353,0,62 chrX 355023 . TG T 149.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=116.2184;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.51;MQ0=5;QD=14.92;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,5:5:15:191,15,0 chrX 355100 . TTC T 614.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.205;DP=23;FS=22.788;HaplotypeScore=728.0035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.04;MQ0=3;MQRankSum=0.189;QD=26.74;ReadPosRankSum=1.575;SB=-3.011e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,9:20:38:654,0,38 chrX 355102 . C CT 426.76 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.205;DP=23;FS=22.788;HaplotypeScore=746.9099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.04;MQ0=3;MQRankSum=0.063;QD=18.55;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=1.197;SB=-3.799e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,9:20:4:465,0,4 chrX 355130 . AAC A 664.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.205;DP=20;FS=22.788;HaplotypeScore=722.9415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=1.197;QD=33.25;ReadPosRankSum=0.189;SB=-3.011e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,18:20:43:704,0,43 chrX 355135 . A ATG 723 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.205;DP=20;FS=22.788;HaplotypeScore=717.1655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.819;QD=36.15;ReadPosRankSum=-2.205;SB=-3.038e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,18:20:19:762,0,19 chrX 355954 . GC G 2640.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=473.8329;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.47;MQ0=0;QD=30.01;SB=-1.331e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,78:88:99:2683,241,0 chrX 355956 . T TAA 2514.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=495.0710;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.56;MQ0=0;QD=28.26;RPA=4,6;RU=A;SB=-1.223e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,71:89:99:2557,225,0 chrX 358020 . ATCTCTCTCATTGAT A 5555 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=155.8282;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.18;MQ0=0;QD=111.10;SB=-9.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,35:49:99:5555,132,0 chrX 358092 . A ATT 2339.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=370.8163;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.51;MQ0=0;QD=36.00;RPA=4,6;RU=T;SB=-1.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,59:64:99:2382,178,0 chrX 358212 . GTTTTT G 994.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.946;DP=61;FS=20.443;HaplotypeScore=327.6833;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.15;MQ0=0;MQRankSum=0.056;QD=16.31;RPA=19,14;RU=T;ReadPosRankSum=-0.390;SB=-1.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,14:60:43:1034,0,43 chrX 359824 . G GA 977.98 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.439;DP=140;FS=6.257;HaplotypeScore=149.8627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.71;MQ0=0;MQRankSum=1.259;QD=6.99;RPA=15,16;RU=A;ReadPosRankSum=-0.542;SB=-5.127e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,62:140:31:1017,0,31 chrX 360911 . C CT 2058.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.314;DP=202;DS;FS=1.090;HaplotypeScore=112.2479;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=0.219;QD=10.19;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.457;SB=-1.031e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:107,78:202:31:2100,31,0 chrX 361643 . ACCG A 10407 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=248;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=92.0816;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.93;MQ0=0;QD=41.96;SB=-4.823e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,242:248:99:10407,700,0 chrX 374280 . AAC A 3001.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=441.4650;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.01;MQ0=0;QD=36.17;SB=-1.315e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,78:78:99:3044,220,0 chrX 374410 . G GC 2949.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.368;DP=104;FS=8.551;HaplotypeScore=874.2439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.94;MQ0=1;MQRankSum=2.337;QD=28.36;ReadPosRankSum=2.905;SB=-1.367e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,88:99:99:2992,144,0 chrX 374412 . AG A 2539.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.317;DP=108;FS=8.724;HaplotypeScore=929.1561;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.41;MQ0=2;MQRankSum=2.168;QD=23.52;ReadPosRankSum=2.412;SB=-1.128e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,88:102:99:2582,134,0 chrX 374676 . A AGCCT 4633 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=580.2999;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.23;MQ0=0;QD=55.82;RPA=1,2;RU=GCCT;SB=-1.247e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,72:83:99:4633,223,0 chrX 376292 . TA T 926.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.654;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=205.7789;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.496;QD=17.83;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.866;SB=-3.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,43:52:99:969,106,0 chrX 378340 . C CA 2583.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=268.2328;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.89;MQ0=0;QD=29.03;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.041e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,77:89:99:2626,249,0 chrX 386341 . T TATAC 926.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=120.1311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.12;MQ0=0;QD=35.65;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,21:26:54:969,54,0 chrX 388260 . CAAAA C 2753.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.675;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=282.5628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.54;MQ0=0;MQRankSum=1.675;QD=35.31;RPA=15,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.675;SB=-1.000e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,49:78:99:2796,175,0 chrX 391437 . CT C 5651 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=248;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=58.6675;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;QD=22.79;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.878e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,234:248:99:5651,660,0 chrX 391631 . GA G 6193 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=245;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=695.6634;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.37;MQ0=0;QD=25.28;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.893e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,233:245:99:6193,661,0 chrX 391758 . GA G 4811 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=219;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=397.4748;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.43;MQ0=0;QD=21.97;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.460e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,200:219:99:4811,543,0 chrX 395708 . A AC 2294.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=12.4628;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.07;MQ0=0;QD=38.25;SB=-1.117e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,59:60:99:2337,172,0 chrX 396952 . CTT C 2564.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.644;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=28.8905;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.18;MQ0=0;MQRankSum=0.636;QD=28.82;RPA=11,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.338;SB=-8.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,78:89:99:2607,233,0 chrX 400122 . C CGCTGGAGGT 9434 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=220;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=66.7434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.02;MQ0=0;QD=42.88;RPA=3,4;RU=GCTGGAGGT;SB=-1.300e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:88,128:220:99:9434,367,0 chrX 400209 . AGGTACTGGG A 7452 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=176;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1543.7512;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.85;MQ0=0;QD=42.34;RPA=2,1;RU=GGTACTGGG;SB=-5.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:107,69:176:99:7452,310,0 chrX 400343 . GCACCTTGTCCTCAGGATGTGA G 9268 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=610.8928;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.05;MQ0=0;QD=113.02;SB=-9.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,67:82:99:9268,198,0 chrX 404066 . ACAGCAGCAG A 12619 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;FS=0.000;HaplotypeScore=37.1499;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.06;MQ0=0;QD=76.48;RPA=8,5;RU=CAG;SB=-5.334e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,126:165:99:12619,379,0 chrX 407487 . C CA 4072 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;FS=0.000;HaplotypeScore=433.1262;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.32;MQ0=0;QD=24.53;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.507e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,147:166:99:4072,430,0 chrX 409216 . A AT 1024.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=195.1025;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.46;MQ0=0;QD=21.81;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,41:47:99:1067,117,0 chrX 409224 . G GT 864.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=211.8983;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.347;QD=18.40;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.842;SB=-1.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,31:47:86:907,86,0 chrX 415042 . A ATT 2478.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=531.1690;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.93;MQ0=0;QD=28.49;RPA=7,9;RU=T;SB=-1.109e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,65:87:99:2521,211,0 chrX 415060 . TA T 2569.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=673.4187;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.14;MQ0=0;QD=31.73;SB=-1.008e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,75:81:99:2612,223,0 chrX 415373 . ATATAACAT A 11210 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=34.4577;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.73;MQ0=0;QD=83.04;SB=-5.523e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,123:135:99:11210,358,0 chrX 416260 . T TGTAAGTGCA 12741 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=190.1528;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.36;MQ0=0;QD=94.38;SB=-6.095e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,99:135:99:12741,361,0 chrX 416524 . AT A 4568 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=83.6411;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.90;MQ0=0;QD=31.07;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.876e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,143:147:99:4568,409,0 chrX 417192 . C CA 2606.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=30.9357;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=23.92;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.155e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,85:109:99:2649,264,0 chrX 417350 . CA C 2579.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=360.0804;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.00;MQ0=0;QD=31.08;RPA=3,2;RU=A;SB=-8.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,82:83:99:2622,232,0 chrX 419705 . G GA 1556.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.238;DP=97;FS=2.113;HaplotypeScore=181.9527;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.766;QD=16.05;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.554;SB=-7.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,70:97:99:1599,137,0 chrX 422851 . ATACCCG A 11876 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=212.6171;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.98;MQ0=0;QD=82.47;SB=-4.726e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,137:144:99:11876,409,0 chrX 424743 . GTTC G 2940.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=233.5879;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.84;MQ0=0;QD=34.60;RPA=4,3;RU=TTC;SB=-5.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,62:82:99:2983,187,0 chrX 424811 . TG T 2892.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=389.9904;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.78;MQ0=0;QD=31.45;RPA=2,1;RU=G;SB=-4.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,87:92:99:2935,253,0 chrX 436343 . TG T 136.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=115.4111;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.60;MQ0=0;QD=8.00;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,6:17:22:178,22,0 chrX 436461 . T TA 114.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;HaplotypeScore=50.8298;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;QD=22.85;RPA=1,2;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:156,15,0 chrX 436624 . G GT,GTT 539.98 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.844;DP=39;FS=12.300;HaplotypeScore=82.3785;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.561;QD=13.85;RPA=11,12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.615;SB=-2.840e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:10,24,5:39:58:618,66,58,330,0,391 chrX 438674 . GA G 3431 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=143.7130;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.29;MQ0=0;QD=24.68;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.219e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,129:139:99:3431,369,0 chrX 448869 . T TATACAC 1355.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=192.4045;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.03;MQ0=0;QD=43.74;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,22:31:87:1398,87,0 chrX 453526 . GA G 2028.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=28.1284;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.50;MQ0=0;QD=18.96;RPA=9,8;RU=A;SB=-6.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,94:107:99:2071,257,0 chrX 457903 . CAAAAAAAAA C 625.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.448;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6733;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.290;QD=44.71;RPA=21,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.448;SB=-9.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,13:14:29:668,29,0 chrX 458442 . G GT 2257.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=25.8596;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.12;MQ0=0;QD=21.50;RPA=7,8;RU=T;SB=-7.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,92:105:99:2300,249,0 chrX 459766 . T TA 1645.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=222.4651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.06;MQ0=0;QD=32.92;SB=-6.900e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,47:50:99:1688,135,0 chrX 461660 . G GA 1900.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.169;DP=111;FS=7.704;HaplotypeScore=175.9119;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=1.185;QD=17.13;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.134;SB=-8.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,73:111:99:1943,150,0 chrX 462616 . TC T 4409 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=1286.9608;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.38;MQ0=0;QD=29.01;RPA=4,3;RU=C;SB=-2.016e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,138:152:99:4409,403,0 chrX 462833 . C CT 4938 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;FS=0.000;HaplotypeScore=434.8879;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.10;MQ0=0;QD=30.11;RPA=1,2;RU=T;SB=-2.415e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,161:164:99:4938,477,0 chrX 464355 . TTATA T 201.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=12.0997;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.91;MQ0=0;QD=14.37;RPA=8,6;RU=TA;SB=-7.729e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,7:14:15:243,15,0 chrX 469207 . G GTTT 6622 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=36.1274;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.52;MQ0=0;QD=45.99;RPA=1,4;RU=T;SB=-2.550e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,113:144:99:6622,379,0 chrX 471047 . GA G 1914.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.626;DP=146;FS=4.353;HaplotypeScore=61.3807;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.747;QD=13.12;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=-1.611;SB=-9.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,101:146:99:1957,210,0 chrX 483972 . A AT 207.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=21.6298;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.94;MQ0=0;QD=20.70;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,6:10:21:249,21,0 chrX 486263 . G GA 4981 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=380.4940;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=33.43;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.620e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,139:149:99:4981,415,0 chrX 486349 . A AG 3601 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=249.7851;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.36;MQ0=0;QD=36.74;SB=-1.685e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,88:98:99:3601,277,0 chrX 486535 . G GAA 4121 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=207.6288;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.23;MQ0=0;QD=34.06;RPA=6,8;RU=A;SB=-1.689e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,111:121:99:4121,328,0 chrX 491023 . G GA 1987.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.174;DP=100;FS=2.471;HaplotypeScore=26.0338;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.370;QD=19.88;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.272;SB=-5.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,76:100:99:2030,188,0 chrX 517619 . C CA 3455 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=37.1943;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.07;MQ0=0;QD=26.37;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.521e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,121:131:99:3455,346,0 chrX 517985 . A AT 4698 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=151.3994;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.74;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.383e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,132:148:99:4698,400,0 chrX 519255 . C CGTGTGT,CGTGT 1813.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.151;DP=97;FS=10.726;HaplotypeScore=94.3173;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.454;QD=18.70;RPA=20,23,22;RU=GT;ReadPosRankSum=-0.030;SB=-4.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:54,33,7:97:99:1892,150,186,405,0,380 chrX 519673 . C CGTT 4045 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.116;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=131.4820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.463;QD=30.64;RPA=7,8;RU=GTT;ReadPosRankSum=-1.001;SB=-1.135e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,84:132:99:4045,226,0 chrX 521978 . AAT A 8530 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=238;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=60.3307;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.07;MQ0=0;QD=35.84;RPA=2,1;RU=AT;SB=-3.664e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,223:237:99:8530,620,0 chrX 523904 . TAAAA T,TA 2026.35 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.195;DP=84;FS=3.310;HaplotypeScore=150.9589;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.04;MQ0=0;MQRankSum=0.020;QD=24.12;RPA=16,12,13;RU=A;ReadPosRankSum=1.681;SB=-9.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:18,7,0:84:46:2104,1105,1020,202,0,46 chrX 525702 . G GAAA 997.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=238.4776;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.15;MQ0=0;MQRankSum=0.726;QD=17.21;RPA=17,20;RU=A;ReadPosRankSum=-0.275;SB=-2.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,29:57:69:1040,69,0 chrX 526156 . C CAT 4948 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.463;DP=156;FS=4.940;HaplotypeScore=41.5232;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.97;MQ0=1;MQRankSum=-0.595;QD=31.72;RPA=5,6;RU=AT;ReadPosRankSum=-0.859;SB=-1.511e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,135:155:99:4948,357,0 chrX 526799 . TTA T 2177.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=42.9405;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.03;SB=-4.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:64:99:2220,153,0 chrX 529735 . GA G 1492.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=26.7033;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.37;MQ0=0;QD=17.77;RPA=11,10;RU=A;SB=-6.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,74:84:99:1535,200,0 chrX 533814 . GT G 1494.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=136.5731;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.60;MQ0=0;QD=21.67;RPA=5,4;RU=T;SB=-6.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,65:69:99:1537,165,0 chrX 537754 . A ATTT 2395.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=136.3946;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.14;MQ0=0;QD=39.93;RPA=6,9;RU=T;SB=-1.202e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,52:60:99:2438,154,0 chrX 537882 . CT C 1945.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=259.8807;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.58;MQ0=0;QD=20.70;RPA=8,7;RU=T;SB=-6.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,84:94:99:1988,240,0 chrX 538483 . AT A 2560.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=201.3656;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.94;MQ0=0;QD=31.23;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.240e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,81:82:99:2603,234,0 chrX 539490 . CAAGTTTGTGACACCTTATAATAA C 6329 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=249.7125;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.17;MQ0=0;QD=134.66;SB=-1.934e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,27:47:81:6329,81,0 chrX 539583 . TG T 3666 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=654.5633;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.83;MQ0=0;QD=31.60;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.514e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,112:116:99:3666,331,0 chrX 539699 . T TC 3396 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=248.9167;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.28;MQ0=0;QD=36.52;SB=-1.658e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,80:93:99:3396,265,0 chrX 540540 . GT G 2823.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=161.8944;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.85;MQ0=0;QD=22.59;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.068e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,114:125:99:2866,321,0 chrX 542676 . T TG 5308 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=174;FS=0.000;HaplotypeScore=462.5683;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;QD=30.51;RPA=2,3;RU=G;SB=-1.682e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,163:174:99:5308,481,0 chrX 542941 . T TA 2262.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=22.4324;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.57;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.016e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,73:96:99:2305,246,0 chrX 543291 . AT A 4109 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=451.2432;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.58;MQ0=0;QD=26.34;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.739e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,144:156:99:4109,409,0 chrX 543944 . GTGACTTT G 8846 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=114.8071;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.39;MQ0=0;QD=74.97;SB=-3.330e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,109:118:99:8846,316,0 chrX 548539 . CAA C 1934.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=178.6259;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=1;QD=24.81;RPA=10,8;RU=A;SB=-8.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,65:76:99:1977,174,0 chrX 555085 . GA G 1854.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.796;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=206.5886;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=1.807;QD=15.46;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.495;SB=-8.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,95:120:99:1897,224,0 chrX 569546 . CG C 4730 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=42.9232;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.74;MQ0=0;QD=29.38;RPA=3,2;RU=G;SB=-1.832e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,154:161:99:4730,430,0 chrX 570599 . G GTT 2229.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.490;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=168.6455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.92;MQ0=0;MQRankSum=0.518;QD=17.83;RPA=11,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.826;SB=-7.491e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:65,45:125:99:2271,180,0 chrX 570786 . AAT A 2332.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.288;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=189.1536;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.110;QD=27.13;ReadPosRankSum=-0.089;SB=-1.042e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,80:86:99:2375,210,0 chrX 581827 . GA G 4341 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=635.0916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.63;MQ0=0;QD=33.14;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,131:131:99:4341,385,0 chrX 582424 . CT C 3888 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=471.2574;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.32;MQ0=0;QD=34.71;SB=-1.192e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,100:112:99:3888,313,0 chrX 582469 . GA G 2540.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=410.7092;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.94;MQ0=0;QD=29.55;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.272e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,77:86:99:2583,232,0 chrX 585032 . GA G 781.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=149.0526;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.24;MQ0=0;QD=15.04;RPA=10,9;RU=A;SB=-2.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,41:52:99:824,105,0 chrX 594187 . ATTGTTGTTGTTG A 13366 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=212;FS=0.000;HaplotypeScore=416.9823;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.48;MQ0=0;QD=63.05;RPA=10,6;RU=TTG;SB=-6.526e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:61,150:212:99:13366,418,0 chrX 604524 . GAT G 1785.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=14.2204;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.57;MQ0=0;QD=38.83;RPA=3,2;RU=AT;SB=-7.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1828,135,0 chrX 606508 . CT C 6063 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=194;FS=0.000;HaplotypeScore=963.9461;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.33;MQ0=0;QD=31.25;RPA=2,1;RU=T;SB=-2.784e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,187:194:99:6063,514,0 chrX 606609 . GT G 4528 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=728.4284;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.38;MQ0=0;QD=36.22;SB=-2.176e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:124:99:4528,340,0 chrX 606780 . TGA T 4432 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1941.0490;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.70;MQ0=0;QD=28.59;SB=-2.198e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,95:155:99:4432,301,0 chrX 606822 . C CA 5817 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=1306.1643;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.06;MQ0=0;QD=36.13;SB=-2.850e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,144:160:99:5817,456,0 chrX 607174 . A AT 2615.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=307.8389;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.96;MQ0=0;QD=23.57;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.135e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,93:111:99:2658,279,0 chrX 607221 . T TA 2451.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=454.8489;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=27.86;RPA=3,4;RU=A;SB=-9.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,78:88:99:2494,240,0 chrX 607721 . C CA 2256.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=350.5334;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.14;MQ0=0;QD=33.19;RPA=1,2;RU=A;SB=-6.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,61:67:99:2299,195,0 chrX 607853 . A ATT 1644.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=541.8503;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.16;MQ0=0;QD=20.82;RPA=9,11;RU=T;SB=-5.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,37:77:99:1687,155,0 chrX 607874 . G GT 1789.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=298.6366;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.86;MQ0=0;QD=33.15;SB=-8.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,46:53:99:1832,138,0 chrX 608049 . A AT 1444.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=354.3137;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.22;MQ0=0;QD=18.77;RPA=10,11;RU=T;SB=-4.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,66:77:99:1487,174,0 chrX 608565 . AT A 2027.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.470;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=254.1105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.138;QD=14.70;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.771;SB=-9.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,109:138:99:2070,241,0 chrX 610838 . CA C 2801.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=288.9446;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.38;MQ0=0;QD=26.94;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.411e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,103:104:99:2844,294,0 chrX 617862 . T TA 3576 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=42.0793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.58;MQ0=0;QD=24.49;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.715e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,134:146:99:3576,378,0 chrX 620086 . C CT 3011.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=941.6667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.57;MQ0=0;QD=39.12;SB=-8.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:77:99:3054,223,0 chrX 620114 . GTCCT G 2542.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=896.1205;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.39;MQ0=0;QD=42.38;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,43:60:99:2585,129,0 chrX 620121 . GCTAACGCAAA G 5272 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=475.2103;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.78;MQ0=0;QD=122.60;SB=-4.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:5272,129,0 chrX 620344 . ATAT A 1669.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.264;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=173.4441;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.264;QD=38.84;ReadPosRankSum=1.358;SB=-6.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,27:43:99:1712,100,0 chrX 620479 . C CA 1726.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=34.9894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.81;MQ0=0;QD=23.34;RPA=4,5;RU=A;SB=-5.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,58:74:99:1769,177,0 chrX 620733 . AT A 2182.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=217.0931;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.68;MQ0=0;QD=23.99;RPA=3,2;RU=T;SB=-9.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,84:91:99:2225,231,0 chrX 640028 . CAT C 3361 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.576;DP=178;FS=14.594;HaplotypeScore=112.3671;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=64.98;MQ0=2;MQRankSum=1.758;QD=18.88;RPA=6,5;RU=AT;ReadPosRankSum=-0.339;SB=-1.417e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:48,130:176:99:3361,345,0 chrX 640784 . G GA 2088.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.237;DP=128;FS=1.896;HaplotypeScore=61.7678;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.300;QD=16.32;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.012;SB=-8.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,80:128:99:2131,176,0 chrX 647070 . C CA 4612 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=186;FS=0.000;HaplotypeScore=46.6609;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.81;MQ0=0;QD=24.80;RPA=5,6;RU=A;SB=-2.013e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,175:186:99:4612,478,0 chrX 658664 . T TC 2155.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.061;DP=195;FS=4.119;HaplotypeScore=694.9406;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.59;MQ0=0;MQRankSum=0.008;QD=11.06;ReadPosRankSum=6.339;SB=-8.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,114:195:35:2195,0,35 chrX 658665 . T TC 2081.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.242;DP=193;FS=1.370;HaplotypeScore=703.2495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=1.584;QD=10.79;ReadPosRankSum=7.008;SB=-8.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,113:193:44:2121,0,44 chrX 677390 . TTA T 764.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9627;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.00;MQ0=0;QD=21.25;RPA=8,7;RU=TA;SB=-7.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,25:36:69:807,69,0 chrX 702817 . G GA 3651 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=38.3317;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.37;MQ0=0;QD=23.25;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.356e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,139:157:99:3651,393,0 chrX 705327 . AT A 3940 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=198;FS=0.000;HaplotypeScore=500.1190;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=19.90;RPA=10,9;RU=T;SB=-1.787e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,177:198:99:3940,499,0 chrX 710409 . AT A 3297 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=228.1999;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.41;MQ0=0;QD=28.18;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.173e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,113:117:99:3297,334,0 chrX 710475 . TTA T 4903 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=404.5057;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.86;MQ0=0;QD=37.43;RPA=2,1;RU=TA;SB=-1.161e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,118:131:99:4903,364,0 chrX 717235 . TAA T 3420 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.555;DP=147;FS=6.552;HaplotypeScore=53.8633;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.555;QD=23.27;RPA=12,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.173;SB=-1.566e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,109:147:99:3420,273,0 chrX 745321 . AT A 2601.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.301;DP=250;DS;FS=99.989;HaplotypeScore=1283.1638;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.50;MQ0=34;MQRankSum=-5.541;QD=10.41;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=-0.823;SB=-3.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:151,98:192:99:2641,0,2301 chrX 745443 . A AG 1127.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.062;DP=250;DS;FS=13.906;HaplotypeScore=1656.2161;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.33;MQ0=15;MQRankSum=-0.232;QD=4.51;ReadPosRankSum=0.885;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:193,53:168:99:1167,0,3268 chrX 745607 . T TA 834.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.100;DP=226;DS;FS=16.952;HaplotypeScore=3687.1002;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.34;MQ0=6;MQRankSum=-0.830;QD=3.69;ReadPosRankSum=-0.503;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:132,89:112:99:874,0,1248 chrX 745616 . GTTGGA G 2807.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.859;DP=200;DS;FS=35.657;HaplotypeScore=3094.0257;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.18;MQ0=5;MQRankSum=-0.167;QD=14.04;ReadPosRankSum=3.112;SB=-2.800e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:121,78:96:99:2847,0,512 chrX 745625 . G GGGGT 1325.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.091;DP=189;DS;FS=13.189;HaplotypeScore=3304.3138;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.41;MQ0=4;MQRankSum=0.845;QD=7.02;ReadPosRankSum=1.099;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:134,29:93:99:1365,0,777 chrX 745627 . ATAGGGT A 2917.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.913;DP=171;DS;FS=18.735;HaplotypeScore=2968.2913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.60;MQ0=4;MQRankSum=-0.549;QD=17.06;RPA=2,1;RU=TAGGGT;ReadPosRankSum=-3.048;SB=-3.010e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,76:87:99:2957,0,139 chrX 745628 . TAGGGTT TGAGGGTT,T 3123.94 SnpCluster;filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.271;DP=171;DS;FS=36.299;HaplotypeScore=2921.1700;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=22.60;MQ0=4;MQRankSum=1.963;QD=18.27;ReadPosRankSum=2.995;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:142,0,0:87:99:3202,2656,3370,245,0,384 chrX 745661 . TAG T 2834.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.725;DP=249;DS;FS=2.349;HaplotypeScore=4190.1798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.45;MQ0=2;MQRankSum=0.047;QD=11.39;ReadPosRankSum=4.120;SB=-2.001e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:146,76:185:99:2874,0,1615 chrXI 105 . TG T 1213.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.291;DP=250;DS;FS=29.584;HaplotypeScore=2353.0478;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.46;MQ0=6;MQRankSum=2.801;QD=4.86;ReadPosRankSum=2.998;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:133,115:87:99:1253,0,1350 chrXI 123 . CA C 2110.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.314;DP=245;DS;FS=61.765;HaplotypeScore=2228.2699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.75;MQ0=9;MQRankSum=1.596;QD=8.62;ReadPosRankSum=-2.927;SB=-3.900e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,202:90:99:2150,0,556 chrXI 385 . A AT 150.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.332;DP=28;DS;FS=11.635;HaplotypeScore=374.3409;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.76;MQ0=6;MQRankSum=-1.466;QD=5.39;ReadPosRankSum=1.022;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,7:18:99:190,0,252 chrXI 388 . C CA 136.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.983;DP=27;DS;FS=14.472;HaplotypeScore=376.3178;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.18;MQ0=5;MQRankSum=0.163;QD=5.07;ReadPosRankSum=-0.705;SB=-8.135e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,7:18:99:176,0,160 chrXI 390 . C CACCACCACT 885.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.588;DP=26;DS;FS=20.560;HaplotypeScore=301.7370;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.62;MQ0=4;MQRankSum=-2.024;QD=34.08;ReadPosRankSum=-2.415;SB=-7.279e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,7:18:99:925,0,266 chrXI 395 . CACAT C 281.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.241;DP=22;DS;FS=13.570;HaplotypeScore=334.8724;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.50;MQ0=2;MQRankSum=0.059;QD=12.82;ReadPosRankSum=0.295;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,5:16:99:321,0,298 chrXI 730 . A AT 1079.04 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.913;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=1096.2877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.51;MQ0=1;MQRankSum=2.394;QD=10.08;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=0.076;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,27:52:15:1118,0,15 chrXI 736 . AC A 535.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.895;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=512.5174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.07;MQ0=1;MQRankSum=2.537;QD=6.54;ReadPosRankSum=2.829;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,27:28:99:575,0,115 chrXI 2239 . A AGC,AGT 1428.94 filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.644;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=1193.6222;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=28.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.288;QD=34.02;ReadPosRankSum=1.644;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:1,16,25:39:99:1507,570,493,248,0,170 chrXI 2244 . AT A 1260.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.644;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=1225.4134;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.16;MQ0=0;MQRankSum=0.311;QD=30.02;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=1.644;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:39:79:1303,79,0 chrXI 2581 . AT A 522.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.884;DP=132;FS=30.558;HaplotypeScore=970.9493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.12;MQ0=31;MQRankSum=-2.051;QD=3.96;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=-1.253;SB=-1.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,37:75:99:562,0,1325 chrXI 2591 . T TA 737.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.930;DP=144;FS=38.747;HaplotypeScore=1052.4907;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.92;MQ0=33;MQRankSum=-1.571;QD=5.12;ReadPosRankSum=-1.896;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,43:81:99:777,0,1798 chrXI 3318 . GA G 1684.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=67.0896;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.34;MQ0=0;QD=23.40;RPA=5,4;RU=A;SB=-5.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,65:72:99:1727,177,0 chrXI 7652 . GATA G 2548.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=625.9518;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.19;MQ0=0;QD=40.46;RPA=2,1;RU=ATA;SB=-1.269e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,57:63:99:2591,162,0 chrXI 7663 . C CT 942.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.280;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=780.3715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.95;MQ0=0;MQRankSum=0.392;QD=16.26;ReadPosRankSum=1.362;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,41:58:89:985,89,0 chrXI 8331 . TA T 2012.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.342;DP=137;FS=3.477;HaplotypeScore=629.8079;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.77;MQ0=0;MQRankSum=0.662;QD=14.69;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.649;SB=-8.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,98:137:99:2055,138,0 chrXI 11931 . TA T 2824.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=286.9956;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.12;MQ0=0;QD=23.35;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.242e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,107:121:99:2867,318,0 chrXI 12693 . T TC 4105 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=820.7149;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.44;MQ0=0;QD=33.93;SB=-1.388e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,115:121:99:4105,337,0 chrXI 13354 . A AT 4951 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=921.1687;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.21;MQ0=0;QD=38.68;SB=-1.237e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,122:128:99:4951,373,0 chrXI 13740 . TC T 3001.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=676.5110;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.46;MQ0=0;QD=28.06;SB=-1.486e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,100:107:99:3044,289,0 chrXI 16950 . GTT G 4605 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=260.8633;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;QD=36.84;RPA=6,4;RU=T;SB=-2.167e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,119:125:99:4605,355,0 chrXI 18399 . GT G 1597.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=25.3691;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.66;MQ0=0;QD=19.49;RPA=8,7;RU=T;SB=-7.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,69:82:99:1640,186,0 chrXI 19143 . A AT 2853.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=26.8941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.98;MQ0=0;QD=26.92;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.357e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,100:106:99:2896,268,0 chrXI 19282 . GATTA G 3614 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.381;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=451.6102;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.77;MQ0=0;MQRankSum=0.737;QD=45.18;ReadPosRankSum=2.381;SB=-1.710e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,65:79:99:3614,188,0 chrXI 19287 . GGA G 2055.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.381;DP=77;FS=9.411;HaplotypeScore=618.0329;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.72;MQ0=0;MQRankSum=0.701;QD=26.70;ReadPosRankSum=3.184;SB=-9.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,65:76:99:2098,196,0 chrXI 19388 . CTT C 2359.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=528.2548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.59;MQ0=0;QD=30.26;RPA=9,7;RU=T;SB=-6.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,69:78:99:2402,204,0 chrXI 19607 . GA G 1805.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=398.5134;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.58;MQ0=0;QD=33.44;RPA=2,1;RU=A;SB=-4.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,50:54:99:1848,150,0 chrXI 19855 . TA T 1488.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=232.1144;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.46;MQ0=0;QD=21.27;RPA=9,8;RU=A;SB=-3.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,51:70:99:1531,180,0 chrXI 19866 . CA C 1440.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=249.3228;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.77;MQ0=0;QD=23.24;RPA=7,6;RU=A;SB=-3.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,51:62:99:1483,162,0 chrXI 19986 . G GA 3395 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=386.1445;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.89;MQ0=0;QD=26.73;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.281e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,115:127:99:3395,334,0 chrXI 20203 . C CA 1186.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.141;DP=75;FS=2.941;HaplotypeScore=206.1735;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.79;MQ0=0;MQRankSum=0.155;QD=15.83;RPA=5,6;RU=A;ReadPosRankSum=1.965;SB=-5.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,43:75:99:1229,143,0 chrXI 20520 . CTT C 5414 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=1238.0292;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.19;MQ0=0;QD=34.27;RPA=6,4;RU=T;SB=-2.697e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,138:158:99:5414,421,0 chrXI 20533 . TC T 5340 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=179;FS=0.000;HaplotypeScore=1351.5131;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.93;MQ0=0;QD=29.83;RPA=3,2;RU=C;SB=-2.657e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,165:179:99:5340,493,0 chrXI 21247 . A AT 1558.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.538;DP=82;FS=2.801;HaplotypeScore=358.3036;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.71;MQ0=0;MQRankSum=0.355;QD=19.01;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=0.017;SB=-6.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,69:82:99:1601,200,0 chrXI 21664 . C CA 1292.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.607;DP=116;FS=2.263;HaplotypeScore=61.2773;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=0.054;QD=11.15;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.236;SB=-5.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,75:116:99:1332,0,114 chrXI 21945 . GC G 3764 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=114.0915;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;QD=24.93;RPA=7,6;RU=C;SB=-1.215e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,143:151:99:3764,388,0 chrXI 22132 . GT G 3025.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=483.6005;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.51;MQ0=0;QD=29.67;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.355e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,100:102:99:3068,295,0 chrXI 24434 . AT A 3768 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=1096.3340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.20;MQ0=0;QD=26.72;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.798e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,122:141:99:3768,349,0 chrXI 25095 . TGGCATGGCATAC T 9262 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=143.7383;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.99;MQ0=0;QD=90.80;SB=-4.321e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,88:102:99:9262,235,0 chrXI 26509 . A AG 1262.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=57.3549;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;QD=29.37;RPA=2,3;RU=G;SB=-6.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,41:43:99:1305,117,0 chrXI 38152 . A AT 4842 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=201;FS=0.000;HaplotypeScore=595.3064;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.43;MQ0=0;QD=24.09;RPA=7,8;RU=T;SB=-2.349e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,179:201:99:4842,546,0 chrXI 38174 . GT G 7592 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=228;FS=0.000;HaplotypeScore=527.0041;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.07;MQ0=0;QD=33.30;RPA=2,1;RU=T;SB=-3.738e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,218:228:99:7592,638,0 chrXI 38633 . GAAGA G 7368 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=42.9475;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;QD=47.84;RPA=2,1;RU=AAGA;SB=-2.639e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,135:154:99:7368,406,0 chrXI 42394 . T TA 1082.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=185.7531;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.08;MQ0=0;QD=28.50;RPA=1,2;RU=A;SB=-3.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:99:1125,99,0 chrXI 46509 . C CAA 2211.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=133.4459;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.04;MQ0=0;QD=26.33;RPA=8,10;RU=A;SB=-5.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,67:84:99:2254,194,0 chrXI 46699 . AT A 162.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=51.5203;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=11.58;SB=-7.662e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,10:14:18:204,18,0 chrXI 63834 . T TA 2259.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=27.2806;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.25;MQ0=0;QD=22.16;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.055e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,84:102:99:2302,252,0 chrXI 68343 . AGCGGAAGGT A 14543 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=233;FS=0.000;HaplotypeScore=93.7897;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.91;MQ0=0;QD=62.42;RPA=3,2;RU=GCGGAAGGT;SB=-5.286e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:50,181:233:99:14543,508,0 chrXI 68454 . G GCC 9931 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=219;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=779.6164;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.86;MQ0=0;QD=45.35;SB=-4.528e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,190:219:99:9931,611,0 chrXI 68468 . T TG 8647 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=233;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=994.6329;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.75;MQ0=0;QD=37.11;SB=-4.051e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,220:233:99:8647,668,0 chrXI 74074 . G GTT 1608.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=753.8988;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.76;MQ0=0;QD=17.88;RPA=9,11;RU=T;SB=-4.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,41:89:99:1651,156,0 chrXI 74278 . GTA G 2614.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=683.4668;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.55;MQ0=0;QD=33.10;RPA=4,3;RU=TA;SB=-1.037e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,69:78:99:2657,205,0 chrXI 74516 . C CA 3197.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=726.4189;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.26;MQ0=0;QD=28.05;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.315e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,106:114:99:3240,316,0 chrXI 74709 . C CT 1850.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=94.1147;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.05;MQ0=0;QD=23.43;RPA=6,7;RU=T;SB=-4.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,74:79:99:1893,204,0 chrXI 74919 . T TGCA 5320 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.527;DP=125;FS=5.133;HaplotypeScore=757.5403;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.625;QD=42.56;ReadPosRankSum=2.388;SB=-8.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,99:125:99:5320,316,0 chrXI 74922 . G GTA 4042 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.252;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=878.7311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.84;MQ0=0;MQRankSum=0.780;QD=32.86;ReadPosRankSum=2.164;SB=-7.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,100:123:99:4042,326,0 chrXI 78823 . GTT G 235.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=27.5636;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=23.60;RPA=3,1;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:27:278,27,0 chrXI 78838 . TA T 429.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=34.0614;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.26;MQ0=0;QD=16.54;RPA=10,9;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:57:472,57,0 chrXI 80905 . C CT 1589.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.709;DP=138;FS=2.367;HaplotypeScore=225.5624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.55;MQ0=0;MQRankSum=1.587;QD=11.52;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.123;SB=-7.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,72:137:30:1629,0,30 chrXI 83812 . A AT 1454.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=696.0831;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.11;MQ0=0;QD=23.47;RPA=5,6;RU=T;SB=-3.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,53:62:99:1497,159,0 chrXI 83878 . C CA 2070.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=634.4443;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.48;MQ0=0;QD=25.26;RPA=5,6;RU=A;SB=-6.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,75:82:99:2113,225,0 chrXI 84294 . AATT A 2544.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=320.1657;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.26;MQ0=0;QD=38.56;SB=-4.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,60:61:99:2587,150,0 chrXI 89276 . G GTAA 4266 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=722.4934;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.96;MQ0=0;QD=48.48;SB=-9.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,83:88:99:4266,243,0 chrXI 92279 . A AT 2200.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=944.2202;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.46;MQ0=0;QD=31.44;RPA=1,2;RU=T;SB=-6.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,58:70:99:2243,198,0 chrXI 92298 . G GT 2110.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=951.0672;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.98;MQ0=0;QD=27.06;RPA=3,4;RU=T;SB=-8.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,75:78:99:2153,213,0 chrXI 92655 . A AT 830.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.274;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=298.6681;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.78;MQ0=0;MQRankSum=0.182;QD=16.96;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.185;SB=-2.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,33:49:88:873,88,0 chrXI 92697 . C CT 1318.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=382.0246;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.62;MQ0=0;QD=22.74;RPA=4,5;RU=T;SB=-6.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,48:58:99:1361,141,0 chrXI 92714 . G GTT 2095.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=242.7344;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.21;MQ0=0;QD=34.36;RPA=5,7;RU=T;SB=-6.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,57:61:99:2138,172,0 chrXI 94462 . TA T 1719.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=189.3805;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.78;MQ0=0;QD=21.50;RPA=8,7;RU=A;SB=-5.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,68:80:99:1762,201,0 chrXI 96630 . C CT 3084.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=67.1340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.63;MQ0=0;QD=25.92;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.488e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,113:119:99:3127,322,0 chrXI 98218 . CA C 3136.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=137.3810;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.03;MQ0=0;QD=32.01;RPA=2,1;RU=A;SB=-3.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,96:98:99:3179,274,0 chrXI 98642 . AG A 5590 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=167;FS=0.000;HaplotypeScore=153.5745;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=33.47;RPA=2,1;RU=G;SB=-2.473e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,162:167:99:5590,475,0 chrXI 113003 . GA G 1108.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=57.9621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.09;MQ0=0;QD=22.63;RPA=7,6;RU=A;SB=-5.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,44:49:99:1151,129,0 chrXI 115411 . TAG T 726.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=16.6947;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.65;MQ0=0;QD=24.23;RPA=2,1;RU=AG;SB=-3.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,25:30:57:769,57,0 chrXI 122415 . C CA 3932 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=42.7069;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.12;MQ0=0;QD=27.50;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.173e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,135:143:99:3932,385,0 chrXI 126103 . GGAA G 3144.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;FS=0.000;HaplotypeScore=378.5429;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.68;MQ0=0;QD=18.72;RPA=10,9;RU=GAA;SB=-1.159e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:79,81:168:99:3185,222,0 chrXI 134467 . A AT 595.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.053;DP=82;FS=1.419;HaplotypeScore=102.0779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.99;MQ0=0;MQRankSum=0.689;QD=7.27;RPA=14,15;RU=T;ReadPosRankSum=2.482;SB=-2.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,31:81:62:635,0,62 chrXI 136494 . A AT 3788 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=130.6095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.17;MQ0=0;QD=27.06;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.494e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,131:140:99:3788,373,0 chrXI 141600 . TA T 539.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=8.9254;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=18.00;RPA=8,7;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,27:30:69:582,69,0 chrXI 142856 . G GT 1992.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=73.9984;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.45;MQ0=0;QD=20.13;RPA=9,10;RU=T;SB=-7.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,85:99:99:2035,242,0 chrXI 143378 . C CA 2510.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=26.3806;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.78;MQ0=0;QD=24.14;RPA=6,7;RU=A;SB=-7.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,93:104:99:2553,282,0 chrXI 144790 . CGTT C 3678 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.381;DP=241;DS;FS=9.360;HaplotypeScore=2202.7705;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.42;MQ0=4;MQRankSum=-2.462;QD=15.26;ReadPosRankSum=0.693;SB=-1.720e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:163,75:231:99:3678,0,7826 chrXI 145633 . T TA 377.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=103.1145;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.03;MQ0=0;QD=10.80;RPA=11,12;RU=A;SB=-7.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,21:35:54:420,54,0 chrXI 145726 . A AC 218.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=87.9675;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.03;MQ0=0;QD=15.64;SB=-1.039e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,11:14:30:261,30,0 chrXI 146380 . T TG 6087 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;FS=0.000;HaplotypeScore=185.3751;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.86;MQ0=0;QD=36.67;SB=-2.777e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,163:166:99:6087,466,0 chrXI 146625 . AGT A 5066 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=1381.7463;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.27;MQ0=0;QD=39.89;SB=-1.039e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,114:127:99:5066,343,0 chrXI 146917 . G GT 3733 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=1720.7855;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.88;MQ0=0;QD=25.39;SB=-1.537e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,122:147:99:3733,426,0 chrXI 146922 . GT G 3607 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.185;DP=130;FS=6.611;HaplotypeScore=1502.5590;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.17;MQ0=0;MQRankSum=-2.128;QD=27.75;ReadPosRankSum=2.109;SB=-1.604e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,122:130:99:3607,376,0 chrXI 147108 . G GA 2670.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.579;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=254.4421;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.425;QD=18.29;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=2.101;SB=-1.158e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,109:146:99:2713,288,0 chrXI 171227 . G GA 4052 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=156;FS=3.796;HaplotypeScore=758.5635;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.53;MQ0=0;MQRankSum=1.533;QD=25.97;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=-0.336;SB=-1.636e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,146:156:99:4052,404,0 chrXI 179184 . GA G 1546.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=394.8805;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.08;MQ0=0;QD=22.42;RPA=8,7;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,63:69:99:1589,180,0 chrXI 182668 . G GT 1115.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.064;DP=79;FS=2.701;HaplotypeScore=45.1225;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQ0=0;MQRankSum=2.723;QD=14.13;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.059;SB=-5.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,56:79:38:1155,0,38 chrXI 188678 . C CA 1280.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.735;DP=91;FS=3.238;HaplotypeScore=78.6721;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.55;MQ0=0;MQRankSum=0.109;QD=14.08;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.328;SB=-2.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,60:91:99:1323,137,0 chrXI 195054 . AT A 2509.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=687.2091;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.06;MQ0=0;QD=23.24;RPA=8,7;RU=T;SB=-7.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,101:108:99:2552,291,0 chrXI 196211 . GAAAAA G 3015.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=139.1380;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.17;MQ0=0;QD=44.35;RPA=17,12;RU=A;SB=-1.450e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,50:68:99:3058,159,0 chrXI 196855 . TTG T 2272.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.828;DP=131;FS=3.154;HaplotypeScore=895.1390;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.70;MQ0=0;MQRankSum=3.323;QD=17.35;ReadPosRankSum=7.227;SB=-1.043e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,96:131:99:2312,0,370 chrXI 196858 . CAGTT C 4166 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.033;DP=123;FS=4.684;HaplotypeScore=704.4762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.48;MQ0=0;MQRankSum=3.479;QD=33.87;ReadPosRankSum=7.273;SB=-1.835e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,95:123:99:4166,0,157 chrXI 200393 . C CTTTATT 6140 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=399.6196;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.00;MQ0=0;QD=63.30;SB=-3.013e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,86:97:99:6140,244,0 chrXI 203074 . C CATT 2964.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=270.6484;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.90;MQ0=0;QD=44.92;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,51:66:99:3007,162,0 chrXI 203124 . C CA 2584.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.627;DP=112;FS=5.214;HaplotypeScore=700.3794;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.184;QD=23.08;ReadPosRankSum=2.754;SB=-9.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,102:112:99:2627,295,0 chrXI 203127 . T TC 2496.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.175;DP=118;FS=10.335;HaplotypeScore=703.4627;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.893;QD=21.16;ReadPosRankSum=3.906;SB=-1.004e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,102:118:99:2539,231,0 chrXI 205456 . G GC 2972.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=275.8991;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.66;MQ0=0;QD=28.31;RPA=4,5;RU=C;SB=-1.218e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,103:105:99:3015,298,0 chrXI 213285 . G GC 4811 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=382.3148;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=31.86;RPA=1,2;RU=C;SB=-2.239e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,146:151:99:4811,421,0 chrXI 213587 . T TCC 2589.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=510.9719;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.24;MQ0=0;QD=33.64;RPA=5,7;RU=C;SB=-8.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,65:77:99:2632,196,0 chrXI 217046 . CG C 4186 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=699.1377;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.03;MQ0=0;QD=37.04;SB=-1.487e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,110:113:99:4186,331,0 chrXI 217058 . T TG 3325 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=792.4659;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.67;MQ0=0;QD=29.69;RPA=2,3;RU=G;SB=-1.105e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,101:112:99:3325,301,0 chrXI 217107 . GAAA G 1825.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.365;DP=98;FS=4.058;HaplotypeScore=444.1135;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.533;QD=18.63;RPA=16,13;RU=A;ReadPosRankSum=2.365;SB=-6.348e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:48,40:98:95:1866,95,0 chrXI 219888 . G GA 3867 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=545.2523;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.70;MQ0=0;QD=39.46;SB=-1.850e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:98:99:3867,289,0 chrXI 223251 . T TG 3996 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=535.5878;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.94;MQ0=0;QD=28.75;RPA=3,4;RU=G;SB=-1.713e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,123:139:99:3996,379,0 chrXI 226092 . AATGAAATAG A 7026 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=139.4681;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.31;MQ0=0;QD=68.88;SB=-2.859e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,89:102:99:7026,250,0 chrXI 231529 . CG C 3015.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=99.2180;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.81;MQ0=0;QD=24.93;RPA=7,6;RU=G;SB=-1.397e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,105:121:99:3058,312,0 chrXI 231612 . G GA 1589.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.176;DP=100;FS=9.134;HaplotypeScore=73.4560;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=1.528;QD=15.90;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.825;SB=-3.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,64:100:99:1632,148,0 chrXI 232038 . GA G 879.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.50;MQ0=0;QD=23.16;RPA=5,4;RU=A;SB=-2.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:38:96:922,96,0 chrXI 232606 . AAAT A 3554 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=304.6957;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.05;MQ0=0;QD=49.36;SB=-1.722e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,68:72:99:3554,202,0 chrXI 234032 . C CA 448.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.669;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=140.7630;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.76;MQ0=0;MQRankSum=0.297;QD=9.98;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.743;SB=-6.720e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,21:45:9:490,9,0 chrXI 234058 . CT C 718.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=95.7271;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.75;MQ0=0;QD=26.63;RPA=3,2;RU=T;SB=-6.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,24:27:66:761,66,0 chrXI 234086 . AT A 233.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.134;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=121.4402;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.45;MQ0=0;MQRankSum=0.134;QD=11.11;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.470;SB=-2.562e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,13:21:13:275,13,0 chrXI 234164 . T TTTA 755.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=68.9820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;QD=39.79;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,18:19:51:798,51,0 chrXI 234262 . AT A 787.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.091;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=226.5833;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.272;QD=12.12;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.454;SB=-2.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,38:65:75:830,75,0 chrXI 235323 . AATGGTTACG A 13864 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=1387.0657;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.09;MQ0=0;QD=90.03;SB=-5.771e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,124:154:99:13864,373,0 chrXI 237327 . A AT 2174.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.108;DP=118;FS=1.716;HaplotypeScore=471.5668;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.20;MQ0=0;MQRankSum=1.918;QD=18.43;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=2.189;SB=-6.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,97:118:99:2217,133,0 chrXI 237424 . G GAA 2875.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=340.8084;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=20.84;RPA=10,12;RU=A;SB=-1.130e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:65,61:138:99:2918,280,0 chrXI 240673 . ATCATCG A 10374 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.886;DP=222;DS;FS=31.645;HaplotypeScore=1833.9362;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.44;MQ0=0;MQRankSum=-5.272;QD=46.73;ReadPosRankSum=-3.418;SB=-3.518e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:101,119:222:20:10374,0,20 chrXI 240695 . ACATTTT A 12594 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.476;DP=218;DS;FS=39.644;HaplotypeScore=1584.1650;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.14;MQ0=0;MQRankSum=-5.440;QD=57.77;ReadPosRankSum=5.759;SB=-4.823e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,184:218:99:12594,0,102 chrXI 246028 . ATT A 458.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=41.8743;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.57;MQ0=0;QD=24.16;RPA=13,11;RU=T;SB=-1.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,14:19:45:501,45,0 chrXI 246110 . C CA 2007.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.321;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=489.2536;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.12;MQ0=0;MQRankSum=0.278;QD=23.35;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=-0.235;SB=-2.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,80:86:99:2050,232,0 chrXI 247692 . C CTTGTT 7259 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=231.3040;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.75;MQ0=0;QD=65.40;SB=-3.253e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,93:111:99:7259,304,0 chrXI 247905 . C CA 2165.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=999.4563;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.61;MQ0=0;QD=25.19;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.061e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,77:86:99:2208,228,0 chrXI 247977 . GA G 2946.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=1062.9493;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.91;MQ0=0;QD=29.18;RPA=3,2;RU=A;SB=-9.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,92:101:99:2989,271,0 chrXI 248806 . T TA 1676.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=38.9160;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=24.30;RPA=5,6;RU=A;SB=-3.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,60:69:99:1719,183,0 chrXI 258709 . GC G 7679 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=239;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=86.0738;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.71;MQ0=0;QD=32.13;RPA=2,1;RU=C;SB=-2.142e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,234:239:99:7679,665,0 chrXI 259074 . T TA 1381.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.492;DP=100;FS=1.683;HaplotypeScore=35.7674;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=0.653;QD=13.82;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.231;SB=-7.078e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,65:100:68:1424,68,0 chrXI 260061 . C CT 2807.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=529.2392;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.30;MQ0=0;QD=26.24;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.401e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,95:107:99:2850,265,0 chrXI 260785 . GC G 4140 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=334.6044;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.17;MQ0=0;QD=30.44;RPA=3,2;RU=C;SB=-1.488e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,128:136:99:4140,379,0 chrXI 260957 . A AC 4813 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=1192.7225;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.10;MQ0=0;QD=35.39;SB=-1.376e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,114:136:99:4813,367,0 chrXI 260979 . GAA G 2662.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=915.0066;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.80;MQ0=0;QD=25.85;RPA=11,9;RU=A;SB=-7.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,78:103:99:2705,235,0 chrXI 261949 . A ATATT 8653 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=46.5513;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.92;MQ0=0;QD=53.75;RPA=1,2;RU=TATT;SB=-4.147e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,148:161:99:8653,433,0 chrXI 262158 . AGTT A 6758 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=294.8839;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=47.93;RPA=2,1;RU=GTT;SB=-3.142e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,126:141:99:6758,400,0 chrXI 266089 . TA T 716.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=130.2965;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.69;MQ0=0;QD=15.25;RPA=13,12;RU=A;SB=-7.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,33:47:99:759,99,0 chrXI 270911 . G GC 4009 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=521.9905;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.08;MQ0=0;QD=29.48;RPA=2,3;RU=C;SB=-2.005e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,127:136:99:4009,367,0 chrXI 271514 . C CA 2423.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.292;DP=113;FS=2.140;HaplotypeScore=418.1508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.15;MQ0=0;MQRankSum=0.893;QD=21.45;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.764;SB=-6.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,101:113:99:2466,193,0 chrXI 271769 . TAA T 3838 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.947;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=302.7608;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.89;MQ0=0;MQRankSum=1.644;QD=26.29;RPA=11,9;RU=A;ReadPosRankSum=2.406;SB=-1.747e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,108:146:99:3838,313,0 chrXI 273359 . T TA 3699 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=38.4886;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.16;MQ0=0;QD=30.57;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.768e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,118:121:99:3699,346,0 chrXI 273779 . G GCAATGA 16228 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=232;FS=0.000;HaplotypeScore=74.7335;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.41;MQ0=0;QD=69.95;RPA=1,2;RU=CAATGA;SB=-7.561e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,201:232:99:16228,617,0 chrXI 277040 . A AT 786.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.315;DP=95;FS=1.966;HaplotypeScore=161.5954;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.19;MQ0=0;MQRankSum=0.301;QD=8.28;RPA=14,15;RU=T;ReadPosRankSum=-0.586;SB=-3.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:68,22:94:64:829,64,0 chrXI 284617 . TTA T 644.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=10.3066;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.28;MQ0=0;QD=20.81;RPA=7,6;RU=TA;SB=-2.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,25:31:57:687,57,0 chrXI 302194 . G GAGTTTCTGATCCTCACTAA 15479 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=20.6762;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.71;MQ0=0;QD=186.49;SB=-7.345e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,46:83:99:15479,244,0 chrXI 303027 . TC T 4374 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=50.8311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.76;MQ0=0;QD=29.96;SB=-1.772e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,136:145:99:4374,417,0 chrXI 308786 . TGCACC T 9309 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=266.4748;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.54;MQ0=0;QD=61.65;RPA=2,1;RU=GCACC;SB=-3.808e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,138:151:99:9309,406,0 chrXI 308929 . G GA 2615.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.160;DP=145;FS=6.609;HaplotypeScore=117.8244;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=0.353;QD=18.04;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.524;SB=-1.149e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:52,86:145:99:2658,290,0 chrXI 309621 . A AT 925.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=101.8931;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.88;MQ0=0;QD=17.81;RPA=8,9;RU=T;SB=-4.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,35:52:99:968,114,0 chrXI 309693 . GTT G 1989.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=127.2285;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.03;MQ0=0;QD=27.64;RPA=13,11;RU=T;SB=-4.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,58:72:99:2032,183,0 chrXI 310035 . GA G 3015.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=47.7809;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.29;MQ0=0;QD=18.97;RPA=10,9;RU=A;SB=-1.268e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,131:159:99:3058,365,0 chrXI 310563 . T TTAATAACAA 11984 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=350.8195;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.91;MQ0=0;QD=86.84;SB=-5.139e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,128:138:99:11984,364,0 chrXI 311225 . G GT 701.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.904;DP=164;FS=138.965;HaplotypeScore=758.2101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.56;MQ0=0;MQRankSum=-4.238;QD=4.28;ReadPosRankSum=0.829;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:123,41:164:99:741,0,3959 chrXI 313387 . G GAAA 4686 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=664.3907;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.92;MQ0=0;QD=49.33;SB=-1.057e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,93:95:99:4686,262,0 chrXI 314774 . CT C 2754.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=553.3573;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.42;MQ0=0;QD=30.27;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.138e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,87:91:99:2797,256,0 chrXI 315394 . TA T 2103.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=24.7930;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.64;MQ0=0;QD=21.69;RPA=8,7;RU=A;SB=-7.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,88:97:99:2146,243,0 chrXI 315610 . T TC 5399 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=574.6837;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.64;MQ0=0;QD=33.53;RPA=1,2;RU=C;SB=-2.477e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,156:161:99:5399,460,0 chrXI 316240 . CTT C 1750.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=470.7317;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.95;MQ0=0;QD=30.19;RPA=10,8;RU=T;SB=-7.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,50:58:99:1793,153,0 chrXI 316283 . CA C 991.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=456.1183;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.96;MQ0=0;QD=22.04;RPA=8,7;RU=A;SB=-3.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,41:45:99:1034,120,0 chrXI 316294 . A AAT 1870.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=430.7147;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.14;MQ0=0;QD=36.69;SB=-7.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,41:51:99:1913,132,0 chrXI 316401 . TA T 1749.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=225.1564;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.75;MQ0=0;QD=31.82;RPA=2,1;RU=A;SB=-7.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,53:55:99:1792,153,0 chrXI 317063 . T TTG 6230 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=753.4410;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.84;MQ0=0;QD=46.49;SB=-2.761e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,118:134:99:6230,376,0 chrXI 317104 . G GA 5748 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=197;FS=0.000;HaplotypeScore=917.2182;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.45;MQ0=0;QD=29.18;RPA=3,4;RU=A;SB=-2.396e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,189:197:99:5748,565,0 chrXI 325490 . CAAT C 673.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4801;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=42.12;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:16:42:716,42,0 chrXI 336362 . GTA G 2474.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=35.4088;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=1;QD=27.20;RPA=6,5;RU=TA;SB=-8.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,74:90:99:2517,205,0 chrXI 337592 . GGGA G 9425 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=210;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1351.9860;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.48;MQ0=0;QD=44.88;SB=-2.501e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,190:210:99:9425,571,0 chrXI 340699 . AC A 1266.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=1188.2418;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.07;MQ0=0;QD=11.11;SB=-5.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:62,51:114:99:1309,241,0 chrXI 341027 . G GA 1377.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.545;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=63.9873;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=0.644;QD=13.92;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.376;SB=-5.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,55:99:88:1420,88,0 chrXI 351197 . C CT 837.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.232;DP=69;FS=3.414;HaplotypeScore=85.2192;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.114;QD=12.14;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.650;SB=-3.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,39:69:42:877,0,42 chrXI 355180 . GA G 1543.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.953;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=1356.2684;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.134;QD=14.16;ReadPosRankSum=2.555;SB=-7.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,72:109:99:1586,204,0 chrXI 358455 . C CT 1211.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.059;DP=100;FS=10.444;HaplotypeScore=87.9720;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=12.12;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.509;SB=-3.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,65:100:46:1251,0,46 chrXI 374338 . GAATT G 6108 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=618.8694;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.55;MQ0=0;QD=49.66;RPA=2,1;RU=AATT;SB=-2.256e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,108:123:99:6108,316,0 chrXI 379015 . T TG 3466 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=847.7828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.17;MQ0=0;QD=30.67;RPA=2,3;RU=G;SB=-1.532e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,102:113:99:3466,304,0 chrXI 379079 . GC G 3726 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=894.7102;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.12;MQ0=0;QD=34.82;SB=-1.499e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,103:107:99:3726,307,0 chrXI 379084 . A AAT 4578 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=833.8674;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.98;MQ0=0;QD=42.39;SB=-1.874e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,93:108:99:4578,283,0 chrXI 379134 . A ATT 4996 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=807.4322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.21;MQ0=0;QD=45.01;RPA=1,3;RU=T;SB=-1.597e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,106:111:99:4996,331,0 chrXI 379623 . GC G 2129.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=279.0541;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.28;MQ0=0;QD=29.58;RPA=3,2;RU=C;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,67:72:99:2172,198,0 chrXI 379758 . AT A 532.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=11.2224;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.89;MQ0=0;QD=20.50;RPA=7,6;RU=T;SB=-8.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,20:26:63:575,63,0 chrXI 379841 . AAC A 906.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=145.5504;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.46;MQ0=0;QD=37.79;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,22:24:69:949,69,0 chrXI 380134 . CTGTTGT C 10300 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;FS=0.000;HaplotypeScore=52.2070;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.87;MQ0=1;QD=63.19;RPA=5,3;RU=TGT;SB=-1.318e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,149:162:99:10300,433,0 chrXI 381508 . TTGTTGTTGTTGTTGC T 22519 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=215;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=205.3685;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.00;MQ0=0;QD=104.74;RPA=2,1;RU=TGTTGTTGTTGTTGC;SB=-1.015e+04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:76,137:215:99:22519,433,0 chrXI 381658 . TTGC T 8058 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=263.1071;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.35;MQ0=0;QD=32.23;RPA=5,4;RU=TGC;SB=-3.256e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:107,139:250:99:8058,589,0 chrXI 382533 . TTATTATTG T 205.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=18.9791;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.51;MQ0=0;QD=4.89;RPA=2,1;RU=TATTATTG;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,11:42:15:247,15,0 chrXI 385574 . GTAA G 4984 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=521.1823;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.10;MQ0=0;QD=42.97;RPA=2,1;RU=TAA;SB=-1.505e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,98:116:99:4984,298,0 chrXI 385587 . G GT 1977.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.327;DP=120;FS=6.992;HaplotypeScore=832.0520;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.488;QD=16.48;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.990;SB=-7.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,83:120:99:2020,147,0 chrXI 386888 . GGAGGAAGAAGAAGAAGAGGAT G 14250 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=197;FS=0.000;HaplotypeScore=51.1912;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.31;MQ0=0;QD=72.34;SB=-5.880e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,153:197:99:14250,441,0 chrXI 387215 . G GT 1821.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.520;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=482.4624;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.63;MQ0=0;MQRankSum=0.121;QD=16.12;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.484;SB=-5.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,74:111:99:1864,167,0 chrXI 387311 . TA T 1168.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=126.7070;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.20;MQ0=0;QD=16.01;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,51:73:99:1211,138,0 chrXI 387325 . G GA 701.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.191;DP=55;FS=4.519;HaplotypeScore=191.8800;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.21;MQ0=0;MQRankSum=0.812;QD=12.76;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.379;SB=-8.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,30:54:39:744,39,0 chrXI 387380 . A AAGCGG 2100.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=84.4116;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.28;MQ0=0;QD=47.75;RPA=1,2;RU=AGCGG;SB=-4.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,30:43:93:2143,93,0 chrXI 387545 . C CA 2395.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=35.4816;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.10;MQ0=0;QD=27.86;RPA=3,4;RU=A;SB=-3.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,84:86:99:2438,238,0 chrXI 389108 . GA G 480.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=356.4889;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.23;MQ0=0;QD=19.24;RPA=5,4;RU=A;SB=-5.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,18:25:54:523,54,0 chrXI 389243 . GA G 2890.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=360.2265;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.20;MQ0=0;QD=23.70;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.239e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,110:122:99:2933,315,0 chrXI 389519 . A ATTT 4396 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=80.4859;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.11;MQ0=0;QD=40.33;RPA=5,8;RU=T;SB=-1.868e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,103:109:99:4396,280,0 chrXI 393512 . GAA G 3812 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=554.7242;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.62;MQ0=0;QD=33.44;RPA=7,5;RU=A;SB=-1.486e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,100:114:99:3812,301,0 chrXI 393544 . C CA 3935 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=955.0089;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.26;MQ0=0;QD=30.74;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.403e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,118:128:99:3935,364,0 chrXI 394452 . T TGAAAGAAAGCAG 6025 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=48.3877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.54;MQ0=0;QD=41.27;RPA=1,2;RU=GAAAGAAAGCAG;SB=-1.669e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,108:146:99:6025,300,0 chrXI 407997 . C CA 2637.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=36.4142;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.37;MQ0=0;QD=23.34;RPA=5,6;RU=A;SB=-6.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,99:113:99:2680,288,0 chrXI 411481 . T TA 3654 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=412.2015;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;QD=29.23;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.369e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,111:125:99:3654,340,0 chrXI 411523 . G GT 2788.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=331.6545;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=24.46;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.194e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,97:114:99:2831,291,0 chrXI 427134 . AG A 2762.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=176.8400;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.35;MQ0=0;QD=31.76;SB=-1.259e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:87:99:2805,244,0 chrXI 427235 . G GA 4383 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=540.2489;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=29.61;RPA=2,3;RU=A;SB=-2.038e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,128:148:99:4383,403,0 chrXI 427266 . GT G 4461 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=567.4226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;QD=32.56;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.916e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,130:137:99:4461,379,0 chrXI 428783 . GA G 225.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=6.7027;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=13.29;RPA=11,10;RU=A;SB=-4.999e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,16:17:33:268,33,0 chrXI 428955 . GA G 1028.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.296;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=21.4344;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.439;QD=14.70;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.800;SB=-1.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,50:70:94:1071,94,0 chrXI 430550 . T TA 5813 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=175;FS=0.000;HaplotypeScore=726.1489;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.47;MQ0=0;QD=33.22;RPA=1,2;RU=A;SB=-2.390e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,167:175:99:5813,493,0 chrXI 431269 . A AT 4130 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=687.5719;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.00;MQ0=0;QD=38.60;SB=-1.812e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:107:99:4130,313,0 chrXI 431308 . ATTTAAAATTGAAGCT A 7134 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=675.8702;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.49;MQ0=0;QD=74.31;RPA=2,1;RU=TTTAAAATTGAAGCT;SB=-3.097e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:48,44:96:99:7134,132,0 chrXI 431573 . AT A 3183.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=792.1451;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.96;MQ0=0;QD=22.58;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.035e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,126:141:99:3226,366,0 chrXI 432365 . GA G 684.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=10.6207;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=17.56;RPA=6,5;RU=A;SB=-5.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,31:39:78:727,78,0 chrXI 432846 . GAAA G 2352.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=104.2875;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.31;MQ0=0;QD=37.35;RPA=11,8;RU=A;SB=-7.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,57:63:99:2395,160,0 chrXI 450308 . T TA 1136.98 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.827;DP=96;FS=1.479;HaplotypeScore=55.2702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.013;QD=11.84;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.615;SB=-4.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,67:96:26:1176,0,26 chrXI 451568 . GGAACAC G 14467 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=232;FS=0.000;HaplotypeScore=80.1196;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.57;MQ0=0;QD=62.36;RPA=2,1;RU=GAACAC;SB=-6.331e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,203:232:99:14467,581,0 chrXI 469378 . G GA 2806.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=148.4894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.93;MQ0=0;QD=21.76;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.246e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,107:129:99:2849,312,0 chrXI 473688 . T TA 2490.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=386.9378;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.89;MQ0=0;QD=20.42;RPA=8,9;RU=A;SB=-9.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,95:122:99:2533,297,0 chrXI 476042 . A AG 5308 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=39.3159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.84;MQ0=0;QD=35.86;SB=-2.567e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,142:148:99:5308,418,0 chrXI 476160 . TTA T 4415 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=273.3966;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.28;MQ0=0;QD=31.09;RPA=6,5;RU=TA;SB=-1.594e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,114:142:99:4415,349,0 chrXI 485106 . A AT 1438.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=19.4605;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.91;MQ0=0;QD=20.27;RPA=9,10;RU=T;SB=-6.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,61:71:99:1481,177,0 chrXI 489841 . T TA 868.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.165;DP=69;FS=1.840;HaplotypeScore=49.6097;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=1.053;QD=12.59;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.154;SB=-3.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,36:69:40:911,40,0 chrXI 493686 . T TAC 4089 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.659;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=33.3141;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.675;QD=40.89;ReadPosRankSum=1.550;SB=-2.031e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,96:100:99:4089,269,0 chrXI 506763 . T TGCGTTC 10387 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=42.1022;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.55;MQ0=0;QD=81.15;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,107:128:99:10387,352,0 chrXI 509743 . A AATATGC 12407 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=174;FS=0.000;HaplotypeScore=470.9800;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.42;MQ0=0;QD=71.30;SB=-5.699e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,155:174:99:12407,466,0 chrXI 510691 . G GT 1777.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=122.1478;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;QD=16.93;RPA=10,11;RU=T;SB=-6.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,73:105:99:1820,229,0 chrXI 513682 . AT A 2804.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=296.1817;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.83;MQ0=0;QD=25.50;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.234e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,94:110:99:2847,277,0 chrXI 513774 . C CT 4134 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=314.5514;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.55;MQ0=0;QD=30.40;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.694e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,129:136:99:4134,385,0 chrXI 514543 . GATATTTTTATTAATAATTATTATTTATTTTTTTTTAT G 23355 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=68.2112;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.90;MQ0=0;QD=150.68;SB=-4.002e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:64,89:155:99:23355,247,0 chrXI 514755 . CT C 6581 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=202;FS=0.000;HaplotypeScore=381.1424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.30;MQ0=0;QD=32.58;RPA=2,1;RU=T;SB=-2.349e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,198:202:99:6581,569,0 chrXI 517279 . T TC 2444.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.324;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=233.1836;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.10;MQ0=0;MQRankSum=0.046;QD=27.47;RPA=2,3;RU=C;ReadPosRankSum=1.618;SB=-1.196e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,81:89:99:2487,230,0 chrXI 518060 . A AT 1335.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=198.7904;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.90;MQ0=0;QD=19.94;RPA=4,5;RU=T;SB=-4.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,46:67:99:1378,147,0 chrXI 518072 . CTTT C 2008.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.291;DP=73;FS=3.786;HaplotypeScore=336.6780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.11;MQ0=0;MQRankSum=1.480;QD=27.52;RPA=13,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.669;SB=-8.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,37:73:99:2051,145,0 chrXI 519805 . TTCCTCTTCC T 14152 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=584.2690;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.45;MQ0=0;QD=56.61;RPA=2,1;RU=TCCTCTTCC;SB=-5.132e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:55,192:250:99:14152,577,0 chrXI 523660 . G GC 1692.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=11.098;DP=249;DS;FS=1.725;HaplotypeScore=1766.6546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.01;MQ0=0;MQRankSum=-5.422;QD=6.80;ReadPosRankSum=7.649;SB=-6.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:176,69:249:99:1732,0,554 chrXI 523661 . T TGCTGCTGC 9708 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.750;DP=250;DS;FS=2.870;HaplotypeScore=996.6649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.265;QD=38.83;ReadPosRankSum=2.334;SB=-3.640e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:174,65:250:95:9708,0,95 chrXI 525215 . TATTATTATC T 4285 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=21.4231;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.90;MQ0=0;QD=84.02;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,39:51:99:4285,129,0 chrXI 527743 . T TAA 6830 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=558.6634;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.72;MQ0=0;QD=40.65;RPA=1,3;RU=A;SB=-2.902e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,157:168:99:6830,464,0 chrXI 530616 . A AG 1830.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=76.9460;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;QD=26.93;RPA=2,3;RU=G;SB=-8.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,61:68:99:1873,177,0 chrXI 530688 . GAA G 2609.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=76.0219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.31;MQ0=0;QD=35.75;RPA=5,3;RU=A;SB=-1.180e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,66:72:99:2652,196,0 chrXI 532537 . AG A 2282.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=525.6309;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.70;MQ0=0;QD=23.30;RPA=4,3;RU=G;SB=-1.131e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,93:98:99:2325,242,0 chrXI 549470 . CT C 1809.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.796;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=345.2527;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.187;QD=20.57;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=-1.077;SB=-6.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,80:88:99:1852,196,0 chrXI 551805 . GA G 3510 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=401.5555;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.27;MQ0=0;QD=27.64;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.026e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,122:127:99:3510,346,0 chrXI 556431 . GA G 132.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=81.8747;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.36;MQ0=0;QD=12.09;RPA=13,12;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:11:24:175,24,0 chrXI 565205 . A AT 3765 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=257.8010;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=0;QD=30.86;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.613e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,118:122:99:3765,346,0 chrXI 566099 . CT C 1298.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=163.8107;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.12;MQ0=0;QD=29.52;RPA=3,2;RU=T;SB=-6.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1341,117,0 chrXI 567100 . T TGCA 6600 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.451;DP=248;DS;FS=1.572;HaplotypeScore=732.3637;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=1.456;QD=26.61;RPA=8,9;RU=GCA;ReadPosRankSum=0.034;SB=-1.908e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:76,169:248:99:6600,178,0 chrXI 570166 . TAA T 2147.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=193.4216;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.28;MQ0=0;QD=28.26;RPA=10,8;RU=A;SB=-8.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,60:76:99:2190,187,0 chrXI 570203 . TAA T 3651 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=267.3445;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.41;MQ0=0;QD=41.02;SB=-1.729e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,85:89:99:3651,238,0 chrXI 570304 . G GA 1746.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.423;DP=99;FS=2.549;HaplotypeScore=185.9299;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=0.423;QD=17.65;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.116;SB=-5.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,68:99:99:1789,161,0 chrXI 571562 . TA T 1498.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=222.4459;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.25;MQ0=0;QD=24.98;RPA=7,6;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,58:60:99:1541,171,0 chrXI 574798 . TA T 1657.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=28.5288;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.25;MQ0=0;QD=17.83;RPA=7,6;RU=A;SB=-7.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,76:93:99:1700,192,0 chrXI 576163 . GA G 1496.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=190.1616;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=23.76;RPA=5,4;RU=A;SB=-5.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,55:63:99:1539,159,0 chrXI 576172 . GA G 1716.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=170.5830;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.80;MQ0=0;QD=29.10;RPA=3,2;RU=A;SB=-6.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,55:59:99:1759,162,0 chrXI 580882 . CA C 136.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3244;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.07;MQ0=0;QD=13.62;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:10:15:178,15,0 chrXI 581277 . TA T 1888.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=26.5156;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.09;MQ0=0;QD=19.68;RPA=9,8;RU=A;SB=-8.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,84:96:99:1931,225,0 chrXI 589673 . A AT 2851.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.031;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=298.8406;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.81;MQ0=0;MQRankSum=0.464;QD=22.63;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.062;SB=-1.370e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,112:126:99:2894,310,0 chrXI 596999 . A AT 2330.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=269.2423;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.28;MQ0=0;QD=29.88;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.083e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,76:78:99:2373,223,0 chrXI 612369 . GA G 1810.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.680;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=170.6544;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.28;MQ0=0;MQRankSum=1.260;QD=23.83;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=1.417;SB=-2.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,63:76:99:1853,178,0 chrXI 613087 . C CAGA 5547 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=550.1551;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.22;MQ0=0;QD=41.71;RPA=2,3;RU=AGA;SB=-2.330e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,119:133:99:5547,339,0 chrXI 613131 . GAATCGGACGAGCCTGAAGAGTCTGAGTCCGAGCTTGAGT G 3756 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=192.7703;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.84;MQ0=0;QD=187.80;SB=-1.819e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,0:20:54:3756,54,0 chrXI 613138 . ACGAGCCTGAAGAGTCTGAGTCCGAGCTTGAGTCGGAATC A 2179.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=335.3143;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.47;MQ0=0;QD=121.11;SB=-9.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,0:18:54:2222,54,0 chrXI 613144 . CTGAAGAGTCTGAGTCCGAGCTTGAGTCGGAATCCGAATC C 1307.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=422.5388;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.47;MQ0=0;QD=72.66;SB=-4.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,0:18:54:1350,54,0 chrXI 613148 . AGAGTCTGAGTCCGAGCTTGAGTCGGAATCCGAATCTGAA A 1307.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=422.5369;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.47;MQ0=0;QD=72.66;SB=-4.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,0:18:54:1350,54,0 chrXI 613636 . T TAGAAGA 8409 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1677.6140;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.12;MQ0=0;QD=53.56;RPA=4,6;RU=AGA;SB=-4.192e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:62,90:157:99:8409,370,0 chrXI 613682 . ACTGCTGTCACTGCTGCTGCTGCTG A 26500 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=201;FS=0.000;HaplotypeScore=1206.2084;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.75;MQ0=0;QD=131.84;SB=-1.278e+04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:55,143:201:99:26500,548,0 chrXI 613793 . GGAGGAA G 7774 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;FS=0.000;HaplotypeScore=460.6077;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.67;MQ0=0;QD=46.27;SB=-2.525e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:97,70:168:99:7774,417,0 chrXI 613967 . A AT 1603.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.199;DP=113;FS=4.441;HaplotypeScore=204.1926;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.78;MQ0=0;MQRankSum=1.868;QD=14.19;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.570;SB=-7.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,77:113:99:1646,120,0 chrXI 613990 . G GAAAAA,GAAAAAA 2419.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=239.5433;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=47.74;MQ0=0;QD=23.27;RPA=12,17,18;RU=A;SB=-1.006e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:72,9,8:103:99:2498,319,157,383,0,221 chrXI 614069 . CT C 3411 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=148.2344;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.07;MQ0=0;QD=28.19;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.435e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,118:121:99:3411,349,0 chrXI 614186 . AC A 5767 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=747.9745;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.23;MQ0=0;QD=36.27;SB=-2.447e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,154:158:99:5767,445,0 chrXI 614247 . T TA 3233.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.510;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=807.3346;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.35;MQ0=0;MQRankSum=0.277;QD=20.59;ReadPosRankSum=4.173;SB=-1.556e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,134:156:99:3274,375,0 chrXI 615692 . TTTC T 1920.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=22.0334;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.12;MQ0=0;QD=33.12;RPA=2,1;RU=TTC;SB=-2.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,54:58:99:1963,144,0 chrXI 618466 . AT A 3645 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=240.6110;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.60;MQ0=0;QD=22.78;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.600e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,143:160:99:3645,390,0 chrXI 618691 . T TA 5844 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.581;DP=170;FS=0.000;HaplotypeScore=68.3499;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.84;MQ0=0;MQRankSum=1.342;QD=34.38;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=-0.152;SB=-2.573e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,165:170:99:5844,446,0 chrXI 618946 . GAA G 2567.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=149.6056;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.31;MQ0=0;QD=21.05;RPA=14,12;RU=A;SB=-1.125e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,78:122:99:2610,236,0 chrXI 625529 . T TACA 5990 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=36.4204;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.17;MQ0=0;QD=42.79;RPA=2,3;RU=ACA;SB=-2.723e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,124:140:99:5990,355,0 chrXI 626218 . C CCA 6127 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=129.8561;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.15;MQ0=0;QD=41.40;SB=-1.710e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,131:148:99:6127,415,0 chrXI 626765 . C CA 4179 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=32.0403;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.80;MQ0=0;QD=35.72;SB=-1.577e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,106:117:99:4179,325,0 chrXI 627509 . CAAT C 7380 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=973.2402;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.38;MQ0=0;QD=46.42;SB=-3.248e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,156:159:99:7380,453,0 chrXI 630488 . TA T 2700.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=20.8152;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.58;MQ0=0;QD=36.01;SB=-6.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:75:99:2743,217,0 chrXI 631098 . TA T 1330.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.357;DP=85;FS=7.165;HaplotypeScore=71.0802;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.048;QD=15.66;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-2.305;SB=-3.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,70:85:60:1373,60,0 chrXI 635373 . C CTT 2463.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=22.8372;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=33.30;RPA=6,8;RU=T;SB=-4.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,68:74:99:2506,205,0 chrXI 638298 . C CG 4345 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=51.8154;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.46;MQ0=0;QD=29.36;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.129e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,141:148:99:4345,374,0 chrXI 639998 . C CA 1768.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.624;DP=107;FS=2.915;HaplotypeScore=45.5021;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.167;QD=16.53;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.137;SB=-8.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,79:107:99:1811,190,0 chrXI 645204 . C CAA,CA 1051.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.050;DP=89;FS=3.090;HaplotypeScore=53.7310;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.59;MQ0=0;MQRankSum=-2.310;QD=11.82;RPA=16,18,17;RU=A;ReadPosRankSum=-1.237;SB=-5.239e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:65,13,8:89:90:1130,162,90,483,0,380 chrXI 646424 . AG A 4144 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=66.8449;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.87;MQ0=0;QD=35.42;RPA=2,1;RU=G;SB=-2.069e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,116:117:99:4144,340,0 chrXI 661186 . AT A 946.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=196.2839;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.04;MQ0=6;QD=20.15;RPA=9,8;RU=T;SB=-4.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,45:38:99:989,114,0 chrXI 666245 . AG A 1981.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.844;DP=120;FS=2.510;HaplotypeScore=310.9341;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.56;MQ0=47;MQRankSum=1.650;QD=16.52;ReadPosRankSum=0.070;SB=-5.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:63,54:64:80:2024,80,0 chrXI 666379 . C CA 141.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=92.6768;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.79;MQ0=0;QD=23.54;RPA=1,2;RU=A;SB=-7.329e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:5:15:183,15,0 chrXI 666541 . A AG 681.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.482;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=760.8032;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.482;QD=22.73;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=0.642;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,26:26:28:721,0,28 chrXI 666556 . GT G 1708.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=1095.9872;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.15;MQ0=0;QD=28.02;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,57:50:99:1751,144,0 chrXI 666592 . A AG 361.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.926;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=906.9100;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.93;MQ0=1;MQRankSum=0.021;QD=7.10;RPA=3,4;RU=G;ReadPosRankSum=-0.021;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,17:37:99:401,0,254 chrXII 134 . TAA T 149.98 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.608;DP=125;FS=10.012;HaplotypeScore=252.5600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.58;MQ0=20;MQRankSum=-1.539;QD=1.20;RPA=10,8;RU=A;ReadPosRankSum=2.236;SB=-1.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,17:87:99:189,0,1781 chrXII 272 . T TC 182.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.016;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=44.9875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=13.94;MQ0=43;MQRankSum=0.555;QD=3.21;ReadPosRankSum=1.200;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,11:13:99:222,0,184 chrXII 11357 . CAGTA C,CTA 2088.94 filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=980.7264;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=27.10;MQ0=1;QD=25.17;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:34,11,0:70:99:2167,1455,1863,474,0,400 chrXII 11490 . T TTAC 597.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=284.9483;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.73;MQ0=4;QD=24.92;RPA=1,2;RU=TAC;SB=-2.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,12:15:43:640,43,0 chrXII 11499 . A AC 148.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.817;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=329.5542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.79;MQ0=2;MQRankSum=0.212;QD=7.45;RPA=2,3;RU=C;ReadPosRankSum=-1.670;SB=-6.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,8:15:30:188,0,30 chrXII 11553 . CG C 179.61 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.666;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=180.5588;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=12.41;MQ0=20;MQRankSum=0.762;QD=5.61;ReadPosRankSum=1.666;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,27:9:5:218,0,5 chrXII 13802 . TG T 386.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.264;DP=54;FS=55.721;HaplotypeScore=787.3199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.24;MQ0=3;MQRankSum=0.014;QD=7.17;ReadPosRankSum=3.613;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:46:99:426,0,412 chrXII 13804 . CG C 579.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.020;DP=51;FS=54.719;HaplotypeScore=763.1469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.77;MQ0=1;MQRankSum=-0.134;QD=11.37;ReadPosRankSum=3.441;SB=-8.109e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,26:45:99:619,0,356 chrXII 14310 . C CGTGTGTGT 6309 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=186.2171;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.73;MQ0=0;QD=85.26;RPA=3,7;RU=GT;SB=-2.730e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,67:74:99:6309,211,0 chrXII 14561 . A ATT 1049.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.666;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=40.8922;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.311;QD=22.83;RPA=13,15;RU=T;ReadPosRankSum=-1.733;SB=-1.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,35:46:89:1092,89,0 chrXII 19945 . TG T 1272.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=252.8653;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.01;MQ0=0;QD=30.31;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:1315,102,0 chrXII 20119 . CA C 1881.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=1306.7254;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.24;MQ0=0;QD=17.92;RPA=8,7;RU=A;SB=-7.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,97:105:99:1924,276,0 chrXII 20565 . CTTACA C 9345 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=472.1768;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.49;MQ0=0;QD=64.45;SB=-2.760e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,140:145:99:9345,397,0 chrXII 20975 . TA T 1468.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=496.8981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.88;MQ0=0;QD=18.59;SB=-5.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,74:79:99:1511,211,0 chrXII 22811 . GATTTCTTC G 15770 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=203;FS=0.000;HaplotypeScore=230.4780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.93;MQ0=0;QD=77.68;RPA=2,1;RU=ATTTCTTC;SB=-6.874e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,175:203:99:15770,518,0 chrXII 23508 . T TA 4984 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=171;FS=0.000;HaplotypeScore=557.1138;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.85;MQ0=0;QD=29.15;RPA=3,4;RU=A;SB=-2.478e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,165:171:99:4984,481,0 chrXII 25385 . TA T 892.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.320;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=410.4306;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.20;MQ0=0;MQRankSum=1.403;QD=21.26;ReadPosRankSum=1.485;SB=-7.800e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,36:42:99:935,121,0 chrXII 27269 . G GGCCAAGA 13545 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=172;FS=0.000;HaplotypeScore=50.1667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.64;MQ0=0;QD=78.75;RPA=1,2;RU=GCCAAGA;SB=-6.100e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,154:172:99:13545,461,0 chrXII 28304 . A AT 2991.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=756.6098;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.48;MQ0=0;QD=24.32;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.458e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,111:123:99:3034,324,0 chrXII 29739 . GA G 2795.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=184;FS=0.000;HaplotypeScore=552.5953;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;QD=15.20;RPA=10,9;RU=A;SB=-1.169e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,157:184:99:2838,440,0 chrXII 32319 . CA C 1099.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=16.2494;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.30;MQ0=0;QD=15.28;RPA=11,10;RU=A;SB=-4.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,64:72:99:1142,180,0 chrXII 36723 . G GA 1083.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.261;DP=92;FS=5.321;HaplotypeScore=113.4621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-2.654;QD=11.78;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.568;SB=-4.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:53,37:92:93:1126,93,0 chrXII 46416 . GT G 1857.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=194.7632;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.13;MQ0=0;QD=23.22;RPA=4,3;RU=T;SB=-8.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,77:80:99:1900,216,0 chrXII 48673 . TA T 1243.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.685;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=30.9703;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=1.590;QD=11.52;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.685;SB=-4.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,80:108:99:1286,208,0 chrXII 52618 . CT C 45.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.739;DP=55;FS=2.672;HaplotypeScore=75.5469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=0.599;QD=0.84;RPA=15,14;RU=T;ReadPosRankSum=-1.108;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,11:54:85:85,0,494 chrXII 63644 . A ATTT 3953 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=271.5666;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.54;MQ0=0;QD=46.51;RPA=3,6;RU=T;SB=-1.598e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,80:85:99:3953,238,0 chrXII 63982 . CAA C,CA 1420.21 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.683;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=45.9663;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.18;MQ0=0;MQRankSum=1.336;QD=15.44;RPA=15,13,14;RU=A;ReadPosRankSum=1.683;SB=-6.473e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:27,51,0:92:48:1498,152,48,958,0,781 chrXII 64667 . TCG T 5344 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=1721.5840;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.78;MQ0=0;QD=33.82;SB=-2.651e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,136:154:99:5344,403,0 chrXII 64671 . C CTT 5202 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=1682.3397;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.30;MQ0=0;QD=37.97;RPA=2,4;RU=T;SB=-2.407e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,130:133:99:5202,385,0 chrXII 65534 . A AT 1110.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.569;DP=93;FS=1.734;HaplotypeScore=358.0928;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.91;MQ0=0;MQRankSum=0.061;QD=11.95;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.182;SB=-5.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,54:93:69:1153,69,0 chrXII 66619 . C CT,CTT 1946.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.969;DP=181;FS=0.000;HaplotypeScore=318.7018;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.355;QD=10.76;RPA=13,14,15;RU=T;ReadPosRankSum=1.850;SB=-9.633e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:96,70,9:178:99:2025,228,111,983,0,1009 chrXII 68559 . T TTTCTA 8824 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=44.6021;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.33;MQ0=0;QD=56.93;RPA=1,2;RU=TTCTA;SB=-3.882e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,136:155:99:8824,391,0 chrXII 81023 . C CTTTA 2814.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=265.8778;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.60;MQ0=0;QD=58.64;SB=-1.413e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:48:99:2857,132,0 chrXII 81192 . TC T 2148.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=281.9622;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.03;MQ0=0;QD=26.53;RPA=4,3;RU=C;SB=-6.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,71:81:99:2191,219,0 chrXII 81207 . T TA 2113.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=357.6405;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.94;MQ0=0;QD=24.58;RPA=5,6;RU=A;SB=-7.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,75:86:99:2156,225,0 chrXII 81387 . TA T 1961.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.009;DP=143;FS=3.476;HaplotypeScore=79.8908;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=1.505;QD=13.72;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.460;SB=-4.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,115:143:99:2004,280,0 chrXII 86604 . A ATTTT 1335.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=275.1765;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.57;MQ0=0;QD=23.86;RPA=7,11;RU=T;SB=-1.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,12:56:96:1378,96,0 chrXII 86842 . ATT A 721.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=50.7270;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.84;MQ0=0;MQRankSum=0.867;QD=21.23;RPA=11,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.486;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,29:34:75:764,75,0 chrXII 91990 . CA C 1001.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.260;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=492.5018;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.93;MQ0=0;MQRankSum=0.953;QD=20.87;ReadPosRankSum=-0.780;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,44:43:99:1044,115,0 chrXII 91993 . A AC 1167.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=475.9583;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.95;MQ0=0;QD=25.39;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,44:41:99:1210,121,0 chrXII 92047 . TA T 1317.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=219.6504;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.87;MQ0=0;QD=23.96;SB=-5.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:52:99:1360,132,0 chrXII 92395 . CA C 955.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=403.2145;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.29;MQ0=0;QD=17.70;RPA=5,4;RU=A;SB=-4.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,48:52:99:998,126,0 chrXII 92659 . CT C 1274.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.565;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=595.8215;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.838;QD=16.78;RPA=7,6;RU=T;ReadPosRankSum=1.229;SB=-3.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,64:73:99:1317,181,0 chrXII 92741 . T TG 3488 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=991.6550;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.61;MQ0=0;QD=33.54;SB=-1.072e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,91:101:99:3488,277,0 chrXII 92779 . TG T 3617 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=935.2853;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.46;MQ0=0;QD=30.91;SB=-1.196e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,113:112:99:3617,313,0 chrXII 93281 . AT A 2246.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=598.7804;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.35;MQ0=0;QD=19.88;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.082e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,109:113:99:2289,316,0 chrXII 93757 . A ATT 4234 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=149.1332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.36;MQ0=1;QD=31.60;RPA=5,7;RU=T;SB=-1.704e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,114:132:99:4234,334,0 chrXII 97682 . C CT 1394.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.062;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=153.6340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.69;MQ0=0;MQRankSum=1.544;QD=18.35;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.474;SB=-6.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,59:76:99:1437,140,0 chrXII 100550 . CT C 1705.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=41.4086;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.49;MQ0=0;QD=15.94;RPA=9,8;RU=T;SB=-8.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,91:107:99:1748,258,0 chrXII 105616 . T TA 333.24 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.087;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=29.3672;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.204;QD=9.52;RPA=14,15;RU=A;ReadPosRankSum=0.846;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,19:35:9:372,0,9 chrXII 109468 . A AT 2512.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.235;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=519.3477;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.88;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=18.48;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.463;SB=-9.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,105:136:99:2555,207,0 chrXII 111590 . CT C 1683.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=37.6798;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.73;MQ0=0;QD=17.18;RPA=7,6;RU=T;SB=-8.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,88:98:99:1726,238,0 chrXII 112176 . GAAAA G 4374 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=639.1019;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.53;MQ0=0;QD=34.99;RPA=14,10;RU=A;SB=-1.573e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,92:125:99:4374,281,0 chrXII 112502 . CT C 2727.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=229.0485;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=20.67;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.172e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,124:132:99:2770,344,0 chrXII 121725 . GT G 742.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=47.0514;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.59;MQ0=0;QD=11.26;RPA=12,11;RU=T;SB=-2.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,51:66:99:785,129,0 chrXII 124986 . GT G 1299.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.796;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=42.1899;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=1.919;QD=12.87;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=2.231;SB=-6.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,76:101:99:1342,185,0 chrXII 125356 . GA G 661.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=13.1506;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=14.08;RPA=7,6;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,37:47:98:704,98,0 chrXII 127341 . TC T 1634.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=321.0645;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.03;MQ0=0;QD=22.71;SB=-7.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,53:72:99:1677,191,0 chrXII 127351 . TGA T 2290.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=397.4729;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.66;MQ0=0;QD=28.64;SB=-1.082e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,65:80:99:2333,186,0 chrXII 127406 . C CT 1861.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=436.5287;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.03;MQ0=0;QD=22.99;SB=-5.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,67:81:99:1904,207,0 chrXII 129169 . G GA 806.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.840;DP=43;FS=10.831;HaplotypeScore=62.2037;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.302;QD=18.77;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.578;SB=-2.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,36:43:72:849,72,0 chrXII 130083 . CGACTGTGACTGT C 17677 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=245;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=69.6881;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.79;MQ0=0;QD=72.15;RPA=3,1;RU=GACTGT;SB=-7.536e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,193:245:99:17677,541,0 chrXII 130643 . T TTACGAACACGAATG 17883 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=217;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=53.1309;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.98;MQ0=0;QD=82.41;RPA=1,2;RU=TACGAACACGAATG;SB=-6.171e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:89,126:217:99:17883,361,0 chrXII 130903 . CT C 1952.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.197;DP=170;FS=3.528;HaplotypeScore=348.0396;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.712;QD=11.49;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.557;SB=-9.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,114:170:99:1995,223,0 chrXII 130928 . GA G 2551.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=365.1364;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.25;MQ0=0;QD=17.01;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.212e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,128:150:99:2594,374,0 chrXII 131003 . AC A 5105 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=442.6317;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.14;MQ0=0;QD=34.26;SB=-2.139e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,144:149:99:5105,436,0 chrXII 131008 . CT C 3758 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=551.5902;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.28;MQ0=0;QD=25.39;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.666e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,136:148:99:3758,420,0 chrXII 132251 . G GA 1181.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.562;DP=194;FS=1.932;HaplotypeScore=1420.7830;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.43;MQ0=0;MQRankSum=2.228;QD=6.09;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=7.689;SB=-5.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:130,64:194:99:1221,0,276 chrXII 132253 . G GAAGAA 5482 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.848;DP=195;FS=1.483;HaplotypeScore=1013.7881;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.46;MQ0=0;MQRankSum=2.566;QD=28.11;ReadPosRankSum=3.679;SB=-2.446e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:129,60:195:67:5482,67,0 chrXII 136433 . AT A 2444.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=37.4216;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.93;MQ0=0;QD=17.72;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.223e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,120:138:99:2487,328,0 chrXII 137918 . AT A 2487.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=30.2003;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.63;RPA=5,4;RU=T;SB=-9.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,110:115:99:2530,311,0 chrXII 167917 . GA G 1937.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.808;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=39.3853;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.115;QD=14.36;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.841;SB=-9.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,107:135:99:1980,284,0 chrXII 168243 . TGTTTGGGTA T 6530 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=46.7278;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.66;MQ0=0;QD=89.45;SB=-3.170e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,67:73:99:6530,202,0 chrXII 169774 . GAGTACAA G 4494 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=22.2436;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.35;MQ0=0;QD=57.62;RPA=2,1;RU=AGTACAA;SB=-1.292e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,53:78:99:4494,172,0 chrXII 169862 . AT A 1521.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=96.0413;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.27;MQ0=0;QD=29.84;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:51:99:1564,144,0 chrXII 170280 . A AT 3496 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=322.3681;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.41;MQ0=0;QD=26.48;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.331e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,117:132:99:3496,337,0 chrXII 170322 . A AT 3383 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=914.9307;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.48;MQ0=0;QD=26.64;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.632e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,115:127:99:3383,340,0 chrXII 170747 . G GAA 950.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=178.7032;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.61;MQ0=0;QD=45.28;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,19:21:60:993,60,0 chrXII 171179 . C CATATT 4836 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=39.6193;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.13;MQ0=0;QD=72.18;SB=-2.323e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:67:99:4836,199,0 chrXII 171936 . GA G 745.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=154.7269;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.55;MQ0=0;QD=15.54;RPA=9,8;RU=A;SB=-2.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,42:48:99:788,119,0 chrXII 179673 . A AAT 1737.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=117.9493;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.12;MQ0=0;QD=34.08;RPA=2,3;RU=AT;SB=-2.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,44:51:99:1780,126,0 chrXII 179751 . CA C 631.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=127.8719;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;QD=28.73;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,18:22:63:674,63,0 chrXII 181518 . AC A 2018.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=24.9395;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.26;MQ0=0;QD=23.75;RPA=8,7;RU=C;SB=-2.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,81:85:99:2061,228,0 chrXII 185314 . T TA 792.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=10.4551;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.20;MQ0=0;QD=16.87;RPA=10,11;RU=A;SB=-3.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,37:47:99:835,99,0 chrXII 187137 . AT A 4084 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=38.6766;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.02;MQ0=0;QD=27.78;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.907e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,139:147:99:4084,397,0 chrXII 193400 . C CT 861.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.479;DP=52;FS=7.570;HaplotypeScore=28.8053;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.141;QD=16.58;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.718;SB=-1.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,41:52:99:904,101,0 chrXII 195201 . GAA G 2935.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=32.2380;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.86;MQ0=0;QD=25.31;RPA=10,8;RU=A;SB=-9.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,104:116:99:2978,303,0 chrXII 195306 . CT C 860.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=23.4574;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.52;MQ0=0;QD=13.89;RPA=10,9;RU=T;SB=-3.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,51:62:99:903,139,0 chrXII 196591 . AT A 356.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.486;DP=63;FS=2.914;HaplotypeScore=33.2502;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.336;QD=5.65;RPA=15,14;RU=T;ReadPosRankSum=0.729;SB=-8.405e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,31:63:24:398,24,0 chrXII 198532 . TA T 1729.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=259.7303;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.67;MQ0=0;QD=17.47;RPA=6,5;RU=A;SB=-5.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,84:99:99:1772,239,0 chrXII 198771 . TA T 2046.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=407.3483;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.41;MQ0=0;QD=16.38;RPA=10,9;RU=A;SB=-6.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,109:125:99:2089,322,0 chrXII 201844 . TA T 488.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.621;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=44.1970;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.950;QD=11.37;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.621;SB=-3.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,33:43:64:531,64,0 chrXII 202829 . C CA 2371.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=607.5259;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.28;MQ0=0;QD=22.38;RPA=7,8;RU=A;SB=-9.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,92:106:99:2414,270,0 chrXII 202974 . AC A 3868 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=1003.6948;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.49;MQ0=0;QD=31.19;RPA=2,1;RU=C;SB=-1.701e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,120:124:99:3868,352,0 chrXII 204055 . A AT 3867 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=443.2021;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.88;MQ0=0;QD=29.08;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.482e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,81:133:99:3867,358,0 chrXII 204102 . GA G 3732 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=510.5173;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.51;MQ0=0;QD=23.33;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.759e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,148:160:99:3732,428,0 chrXII 204794 . AT A 1534.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=159.7238;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.09;MQ0=0;QD=21.93;RPA=4,3;RU=T;SB=-4.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,66:70:99:1577,192,0 chrXII 205111 . AATG A 5389 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=170;FS=0.000;HaplotypeScore=415.4611;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.35;MQ0=0;QD=31.70;RPA=6,5;RU=ATG;SB=-2.682e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,146:170:99:5389,397,0 chrXII 208656 . T TAAGA 4657 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=268.1888;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.48;MQ0=0;QD=55.44;SB=-1.719e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,67:84:99:4657,220,0 chrXII 221325 . CA C 3577 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=408.1349;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.64;MQ0=0;QD=28.62;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.671e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,121:125:99:3577,340,0 chrXII 221524 . AT A 3363 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=33.3625;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.15;MQ0=0;QD=27.34;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.506e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,121:123:99:3363,328,0 chrXII 222569 . C CAT 3358 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=32.7564;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.11;MQ0=0;QD=32.29;RPA=4,5;RU=AT;SB=-1.055e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,87:104:99:3358,253,0 chrXII 223058 . A AT 3614 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.248;DP=161;FS=4.614;HaplotypeScore=44.2993;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.75;MQ0=0;MQRankSum=0.790;QD=22.45;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.153;SB=-1.236e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,147:161:99:3614,387,0 chrXII 224124 . GA G 4118 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=171;FS=0.000;HaplotypeScore=885.3066;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.37;MQ0=0;QD=24.08;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.755e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,162:171:99:4118,468,0 chrXII 232112 . CT C 2143.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=456.3451;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.39;MQ0=0;QD=15.54;RPA=9,8;RU=T;SB=-9.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,115:138:99:2186,326,0 chrXII 232144 . G GT 2744.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.352;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=459.8826;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=0.726;QD=18.06;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.956;SB=-1.358e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,107:152:99:2787,286,0 chrXII 232239 . AGCCTAACCAG A 9722 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=471.2704;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.77;MQ0=0;QD=105.67;SB=-4.633e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,86:92:99:9722,259,0 chrXII 239055 . T TTG 5564 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=40.6541;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.76;MQ0=0;QD=39.74;RPA=1,2;RU=TG;SB=-2.761e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,129:140:99:5564,376,0 chrXII 241569 . CT C 1740.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=18.3048;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.36;MQ0=0;QD=21.76;RPA=5,4;RU=T;SB=-7.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,77:80:99:1783,221,0 chrXII 241798 . TC T 2950.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=324.8946;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;QD=25.01;RPA=3,2;RU=C;SB=-1.053e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:118:99:2993,318,0 chrXII 243650 . T TC 218.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=103.6307;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.44;MQ0=0;QD=27.25;SB=-7.880e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,6:8:21:260,21,0 chrXII 243752 . CA C 346.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=49.0318;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=28.91;SB=-3.900e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,11:12:33:389,33,0 chrXII 243827 . CATATAT C,CAT 1310.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=69.7872;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.55;MQ0=0;QD=40.97;RPA=9,6,7;RU=AT;SB=-5.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:4,5,0:32:85:1389,859,810,157,0,85 chrXII 245256 . AATATAT A 6330 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=56.7568;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=48.69;RPA=10,7;RU=AT;SB=-3.114e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,94:130:99:6330,280,0 chrXII 246208 . AG A 1187.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.973;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=298.4323;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.214;QD=12.00;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=-1.115;SB=-5.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,67:99:99:1230,196,0 chrXII 248521 . CAT C 3908 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=210.8143;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.55;MQ0=0;QD=26.59;RPA=5,4;RU=AT;SB=-1.851e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,104:147:99:3908,343,0 chrXII 248700 . AT A 1439.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.490;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=347.1074;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.289;QD=12.00;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.410;SB=-7.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,92:120:99:1482,226,0 chrXII 253293 . AT A 3383 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=177;FS=0.000;HaplotypeScore=623.8599;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.74;MQ0=0;QD=19.11;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.484e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,169:177:99:3383,468,0 chrXII 259721 . C CT 1305.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.848;DP=83;FS=2.602;HaplotypeScore=149.8870;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.119;QD=15.73;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.848;SB=-4.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,60:83:99:1348,123,0 chrXII 260584 . C CT 2712.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.031;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=337.1274;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.52;MQ0=0;MQRankSum=0.031;QD=18.09;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.189;SB=-1.364e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,106:150:99:2755,314,0 chrXII 263050 . CA C 2897.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=222.6257;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.22;MQ0=0;QD=28.98;RPA=3,2;RU=A;SB=-9.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,97:100:99:2940,286,0 chrXII 263319 . A AT 2252.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.423;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=170.7420;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.396;QD=23.47;ReadPosRankSum=1.511;SB=-9.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,50:96:99:2295,213,0 chrXII 274059 . AATAT A 118.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=50.6741;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=63.64;MQ0=0;QD=7.00;RPA=7,5;RU=AT;SB=-5.321e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,10:17:9:160,9,0 chrXII 280996 . G GAAAAA 2766.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.385;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=21.0149;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=22.50;RPA=17,22;RU=A;ReadPosRankSum=0.241;SB=-8.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:72,38:123:99:2809,164,0 chrXII 281805 . A AG 1863.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.111;DP=86;FS=10.459;HaplotypeScore=262.4123;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.20;MQ0=0;MQRankSum=1.852;QD=21.67;ReadPosRankSum=3.304;SB=-7.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,66:86:99:1906,135,0 chrXII 282562 . C CT 1924.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.481;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=344.0652;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.444;QD=22.92;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=1.395;SB=-5.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,71:84:99:1967,191,0 chrXII 282650 . CT C 1359.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=214.9651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.44;MQ0=0;QD=21.59;RPA=6,5;RU=T;SB=-6.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:63:99:1402,185,0 chrXII 282684 . ATT A 1586.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=307.6244;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.13;MQ0=0;QD=24.04;RPA=8,6;RU=T;SB=-5.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,51:66:99:1629,159,0 chrXII 282693 . AT A 827.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=448.5305;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.40;MQ0=0;QD=12.18;RPA=11,10;RU=T;SB=-1.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,46:68:99:870,140,0 chrXII 282706 . GT G 705.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.889;DP=66;FS=4.479;HaplotypeScore=459.6853;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.29;MQ0=0;MQRankSum=1.050;QD=10.70;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.835;SB=-1.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,34:66:86:748,86,0 chrXII 289357 . CT C 1433.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.960;DP=143;FS=7.492;HaplotypeScore=682.2445;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=10.03;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.930;SB=-7.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:48,83:143:99:1476,115,0 chrXII 292153 . G GA 1446.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.240;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=32.0047;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=1.306;QD=18.32;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.720;SB=-5.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,59:79:99:1489,172,0 chrXII 293727 . AT A 3622 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=30.9482;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.97;MQ0=0;QD=29.69;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.742e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,121:122:99:3622,340,0 chrXII 306616 . GA G 2177.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=288.0168;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.20;MQ0=0;QD=25.93;RPA=3,2;RU=A;SB=-8.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,68:84:99:2220,216,0 chrXII 306620 . TAA T 1731.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=335.3853;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.98;MQ0=0;QD=22.20;RPA=12,10;RU=A;SB=-7.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,61:78:99:1774,194,0 chrXII 320335 . GAA G 2569.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=62.2493;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.76;MQ0=0;QD=19.62;RPA=12,10;RU=A;SB=-1.192e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,99:131:99:2612,249,0 chrXII 322104 . ATT A 1218.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=261.2249;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.41;MQ0=0;QD=12.31;RPA=15,13;RU=T;SB=-6.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,50:99:99:1261,117,0 chrXII 326441 . CT C 2394.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=270.5911;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.46;MQ0=0;QD=31.93;SB=-8.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,73:75:99:2437,213,0 chrXII 329729 . G GGTTGCT 8879 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.552;DP=247;DS;FS=6.118;HaplotypeScore=75.1444;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.05;MQ0=0;MQRankSum=0.885;QD=35.95;RPA=5,6;RU=GTTGCT;ReadPosRankSum=1.424;SB=-2.221e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:111,133:247:99:8879,384,0 chrXII 332429 . C CG 4225 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=245.5177;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=29.34;RPA=3,4;RU=G;SB=-1.639e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,122:144:99:4225,376,0 chrXII 332524 . CAA C 5058 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=317.3141;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.88;MQ0=0;QD=35.87;RPA=4,2;RU=A;SB=-2.446e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,133:141:99:5058,373,0 chrXII 339676 . TTATATATATA T 6108 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=39.2970;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.38;MQ0=0;QD=58.73;RPA=10,5;RU=TA;SB=-2.802e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,75:104:99:6108,199,0 chrXII 341070 . C CAACA 13089 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=240;FS=0.000;HaplotypeScore=59.6300;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.59;MQ0=0;QD=54.54;RPA=1,2;RU=AACA;SB=-4.544e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,222:239:99:13089,656,0 chrXII 369471 . A AG 1482.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=209.3886;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.32;MQ0=0;QD=32.95;SB=-7.800e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,40:45:99:1525,120,0 chrXII 369533 . A AT 664.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=148.4872;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;QD=24.63;RPA=2,3;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,23:27:66:707,66,0 chrXII 370487 . ATTT A 3683 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=497.9936;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.57;MQ0=0;QD=29.23;RPA=13,10;RU=T;SB=-1.665e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,105:126:99:3683,306,0 chrXII 374230 . A AT 1352.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=102.4102;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.31;MQ0=0;QD=36.57;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:99:1395,111,0 chrXII 385575 . GAA G 4583 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=36.7870;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=31.83;RPA=5,3;RU=A;SB=-2.099e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,135:143:99:4583,382,0 chrXII 394523 . G GA 2896.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.369;DP=167;FS=0.000;HaplotypeScore=43.7812;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.951;QD=17.35;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.336;SB=-9.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,118:167:99:2939,199,0 chrXII 402737 . ATT A 1566.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.982;DP=82;FS=2.117;HaplotypeScore=39.8409;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=0.818;QD=19.11;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.513;SB=-5.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,62:81:99:1609,158,0 chrXII 408174 . GC G 7411 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=206;FS=0.000;HaplotypeScore=499.4794;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.68;MQ0=0;QD=35.98;SB=-3.652e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,200:206:99:7411,590,0 chrXII 408382 . G GT 3934 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.368;DP=190;FS=0.000;HaplotypeScore=588.8455;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=0.386;QD=20.71;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-2.000;SB=-1.616e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,152:190:99:3934,371,0 chrXII 421496 . AGGGG A 3508 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=139.5260;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.43;MQ0=0;QD=54.81;RPA=11,7;RU=G;SB=-1.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,57:64:99:3508,187,0 chrXII 424618 . CGAAAATCAA C 9955 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=243;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=112.3766;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.16;MQ0=0;QD=40.97;RPA=4,3;RU=GAAAATCAA;SB=-3.167e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:116,126:243:99:9955,361,0 chrXII 425324 . G GCCT 9610 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=192;FS=0.000;HaplotypeScore=89.3951;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.29;MQ0=0;QD=50.05;SB=-3.906e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,166:192:99:9610,536,0 chrXII 426672 . A AT 1180.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.634;DP=42;FS=7.659;HaplotypeScore=39.4960;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.248;QD=28.12;ReadPosRankSum=1.238;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,39:42:96:1223,96,0 chrXII 427070 . CTA C 4374 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=921.3445;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.79;MQ0=0;QD=44.18;SB=-2.115e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:99:99:4374,286,0 chrXII 432101 . G GGA 4619 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=51.0229;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.38;MQ0=0;QD=43.58;SB=-1.811e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,99:106:99:4619,307,0 chrXII 434097 . AAT A 194.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=42.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=12.13;RPA=7,6;RU=AT;SB=-3.293e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,8:16:21:236,21,0 chrXII 442818 . TC T 1530.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=16.8086;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.17;MQ0=0;QD=24.69;RPA=8,7;RU=C;SB=-5.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1573,174,0 chrXII 447844 . C CAA 1123.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.073;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=43.5406;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.083;QD=22.04;RPA=11,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.908;SB=-6.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,36:51:95:1166,95,0 chrXII 448157 . G GAAA 9787 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=182;FS=0.000;HaplotypeScore=702.7660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.46;MQ0=0;QD=53.77;SB=-4.795e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,164:182:99:9787,521,0 chrXII 448398 . GGTT G 7149 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=171;FS=0.000;HaplotypeScore=537.6935;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.02;MQ0=0;QD=41.81;RPA=3,2;RU=GTT;SB=-2.465e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,161:171:99:7149,466,0 chrXII 448641 . C CAA 3135.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=37.5306;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.10;MQ0=1;QD=33.72;RPA=6,8;RU=A;SB=-1.089e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,80:92:99:3178,259,0 chrXII 448768 . CT C 2522.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=845.9702;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.62;MQ0=0;QD=18.02;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.256e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,126:140:99:2565,357,0 chrXII 449594 . CT C 1049.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.613;DP=98;FS=5.119;HaplotypeScore=99.4527;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.400;QD=10.71;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.359;SB=-3.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,67:98:99:1092,164,0 chrXII 449679 . A ATG 3672 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.676;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=189.3920;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.845;QD=37.86;ReadPosRankSum=0.129;SB=-1.525e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,85:97:99:3672,234,0 chrXII 449950 . C CTTT,CTTTT 2997.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=329.4031;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.23;MQ0=0;QD=25.19;RPA=11,14,15;RU=T;SB=-9.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:29,67,9:119:69:3076,308,69,832,0,605 chrXII 450741 . AT A 2026.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=849.7939;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.82;MQ0=0;QD=26.32;RPA=3,2;RU=T;SB=-3.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,73:77:99:2069,201,0 chrXII 460002 . CAAAAAAAA C 13992 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=248;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=98.6410;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.60;MQ0=0;QD=56.42;RPA=17,9;RU=A;SB=-4.776e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,169:244:99:13992,543,0 chrXII 460191 . ACCGCGTCGCCGCGTCG A 32767 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=236;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=61.3327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.34;MQ0=0;QD=138.84;RPA=3,1;RU=CCGCGTCG;SB=-8.756e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,208:236:99:32767,638,0 chrXII 460383 . TAAAAAAAAAAA T,TA 18042 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.412;DP=245;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1052.1705;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=32.42;MQ0=0;MQRankSum=0.911;QD=73.64;RPA=22,11,12;RU=A;ReadPosRankSum=3.412;SB=-7.223e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:65,37,0:243:99:18042,3369,3262,629,0,121 chrXII 460415 . TG T 5260 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1514.0707;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.93;MQ0=0;QD=21.04;SB=-1.278e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:112,138:249:99:5260,511,0 chrXII 460477 . AT A 3968 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=797.1834;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.16;MQ0=0;QD=15.87;RPA=8,7;RU=T;SB=-5.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:73,175:250:99:3968,551,0 chrXII 460676 . GAAA G 2758.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-9.100;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=571.1692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.90;MQ0=28;MQRankSum=0.589;QD=11.04;RPA=16,13;RU=A;ReadPosRankSum=1.068;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:138,49:202:99:2798,0,660 chrXII 491062 . AG A 3833 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=1162.6903;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.15;MQ0=0;QD=29.04;SB=-1.759e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,129:132:99:3833,370,0 chrXII 491369 . ATT A 3138.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=102.0565;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.98;MQ0=0;QD=28.54;RPA=7,5;RU=T;SB=-1.151e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,102:110:99:3181,298,0 chrXII 491513 . CT C 929.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.503;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=224.8254;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.48;MQ0=0;MQRankSum=1.132;QD=10.69;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.380;SB=-4.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,55:87:99:972,126,0 chrXII 494372 . G GA 2023.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=191.2992;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.78;MQ0=0;QD=21.30;RPA=7,8;RU=A;SB=-6.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,72:95:99:2066,228,0 chrXII 495314 . T TC 5918 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;FS=0.000;HaplotypeScore=310.7393;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.90;MQ0=0;QD=36.09;SB=-2.586e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,162:164:99:5918,466,0 chrXII 498714 . ATTTAT A 4441 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=149.7162;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.97;MQ0=0;QD=54.16;SB=-1.923e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,72:82:99:4441,217,0 chrXII 504262 . A AT 3684 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=425.1539;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.04;MQ0=0;QD=24.72;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.293e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,129:149:99:3684,385,0 chrXII 504386 . T TG 4778 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=170;FS=0.000;HaplotypeScore=336.7393;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.85;MQ0=0;QD=28.11;RPA=5,6;RU=G;SB=-2.123e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,160:170:99:4778,454,0 chrXII 506065 . G GTT 1393.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=28.0598;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;QD=27.88;RPA=11,13;RU=T;SB=-3.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,41:50:99:1436,133,0 chrXII 507450 . G GAAGAAGGAC 7121 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=211.5861;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.01;MQ0=0;QD=46.24;RPA=1,2;RU=AAGAAGGAC;SB=-1.376e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,119:154:99:7121,348,0 chrXII 507626 . C CT 903.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=12.5527;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.40;MQ0=0;QD=19.23;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,38:47:99:946,106,0 chrXII 510208 . GT G 3686 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=57.8494;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.65;MQ0=0;QD=26.33;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.547e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,129:140:99:3686,355,0 chrXII 510429 . G GGA 6027 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=1106.0390;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.66;MQ0=0;QD=41.28;SB=-2.508e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,124:146:99:6027,415,0 chrXII 510431 . TTC T 5070 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=1152.9138;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.03;MQ0=0;QD=37.28;SB=-2.040e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,124:136:99:5070,391,0 chrXII 510855 . G GC 6388 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=196;FS=0.000;HaplotypeScore=264.8688;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=32.59;RPA=1,2;RU=C;SB=-2.723e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,169:196:99:6388,529,0 chrXII 510975 . A AG 4791 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=89.2036;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.58;MQ0=0;QD=32.15;RPA=1,2;RU=G;SB=-2.370e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,137:149:99:4791,394,0 chrXII 511545 . GCAGCAA G 8099 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=178;FS=0.000;HaplotypeScore=82.5323;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=63.11;MQ0=0;QD=45.50;RPA=2,1;RU=CAGCAA;SB=-3.987e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,156:178:99:8099,444,0 chrXII 513896 . GC G 3995 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=44.7415;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.51;MQ0=0;QD=24.97;RPA=5,4;RU=C;SB=-1.926e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,133:160:99:3995,412,0 chrXII 513997 . CAA C 1728.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.792;DP=111;FS=2.857;HaplotypeScore=66.4186;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.19;MQ0=0;MQRankSum=0.042;QD=15.58;RPA=14,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.681;SB=-6.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,67:111:99:1771,154,0 chrXII 515195 . GA G 2223.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=137;FS=3.321;HaplotypeScore=204.2413;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=1.433;QD=16.23;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.687;SB=-1.034e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,124:137:99:2266,318,0 chrXII 517892 . TAA T 2984.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=29.7359;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.95;MQ0=1;QD=23.32;RPA=10,8;RU=A;SB=-9.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,111:127:99:3027,309,0 chrXII 521222 . G GTTTCACTTTCAC 9307 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=36.0204;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.12;MQ0=0;QD=78.87;RPA=2,4;RU=TTTCAC;SB=-4.549e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,85:118:99:9307,253,0 chrXII 522226 . A AT 1528.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.677;DP=77;FS=5.790;HaplotypeScore=284.7026;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=1.755;QD=19.86;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.262;SB=-7.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,60:77:99:1571,140,0 chrXII 522256 . TCAA T 3991 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=188.3560;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.94;MQ0=0;QD=43.38;SB=-1.773e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,78:92:99:3991,252,0 chrXII 524811 . C CCCT 6922 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=37.9808;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.37;MQ0=0;QD=56.74;SB=-3.062e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:122:99:6922,355,0 chrXII 527967 . C CT 799.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.692;DP=76;FS=3.887;HaplotypeScore=46.7824;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.34;MQ0=0;MQRankSum=0.377;QD=10.51;RPA=14,15;RU=T;ReadPosRankSum=-0.012;SB=-3.119e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,46:75:20:841,20,0 chrXII 543544 . GT G 3087.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=91.3509;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;QD=34.31;SB=-1.086e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,85:90:99:3130,253,0 chrXII 543669 . TA T 1104.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=15.4517;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=18.73;RPA=6,5;RU=A;SB=-2.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,54:59:99:1147,152,0 chrXII 545933 . C CT 858.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.043;DP=71;FS=6.155;HaplotypeScore=76.3437;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.01;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=12.10;RPA=15,16;RU=T;ReadPosRankSum=-0.085;SB=-4.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,23:71:88:901,88,0 chrXII 546061 . A AG 2444.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=18.8854;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.42;MQ0=0;QD=31.75;RPA=2,3;RU=G;SB=-1.137e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,76:77:99:2487,214,0 chrXII 552741 . A AAG 3777 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=514.0434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.07;MQ0=0;QD=37.40;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,96:101:99:3777,295,0 chrXII 552743 . C CT 3308 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=563.4883;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.31;MQ0=0;QD=32.43;RPA=1,2;RU=T;SB=-2.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,99:102:99:3308,292,0 chrXII 553701 . G GTA 5465 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.099;DP=183;FS=0.000;HaplotypeScore=754.7845;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.282;QD=29.86;ReadPosRankSum=0.897;SB=-2.682e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,161:183:99:5465,448,0 chrXII 555317 . TACA T 8812 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=248;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=65.1634;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=35.53;RPA=4,3;RU=ACA;SB=-3.892e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,218:248:99:8812,623,0 chrXII 555558 . G GCAACAA 11905 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=231;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=62.8725;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.37;MQ0=0;QD=51.54;RPA=5,7;RU=CAA;SB=-5.799e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:58,164:231:99:11905,478,0 chrXII 556591 . GT G 1260.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=17.0069;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.01;MQ0=0;QD=23.79;RPA=4,3;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1303,147,0 chrXII 559220 . G GCAACAA 8361 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;FS=0.000;HaplotypeScore=256.4763;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;QD=50.98;RPA=6,8;RU=CAA;SB=-3.405e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,124:164:99:8361,360,0 chrXII 560601 . GT G 568.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.041;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=33.6954;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.44;MQ0=0;MQRankSum=0.705;QD=11.61;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=2.183;SB=-3.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,37:49:60:611,60,0 chrXII 563476 . TACAC T 1911.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=81.9112;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.96;MQ0=0;QD=27.31;RPA=11,9;RU=AC;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,48:70:99:1954,126,0 chrXII 563747 . TA T 2575.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=29.7297;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.40;MQ0=0;QD=23.63;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.181e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,106:109:99:2618,300,0 chrXII 568017 . CT C 669.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.307;DP=90;FS=8.945;HaplotypeScore=104.4471;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=0.864;QD=7.44;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.102;SB=-3.708e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,51:90:54:712,54,0 chrXII 571868 . ATT A 4670 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=272.1007;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.36;MQ0=0;QD=39.58;RPA=3,1;RU=T;SB=-1.947e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,115:118:99:4670,340,0 chrXII 599083 . G GC 1910.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=267.2686;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.72;MQ0=0;QD=34.74;SB=-5.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,48:55:99:1953,153,0 chrXII 599489 . T TAAC 6029 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=700.1797;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.25;MQ0=0;QD=44.33;RPA=1,2;RU=AAC;SB=-2.395e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,115:136:99:6029,346,0 chrXII 602909 . T TATAG 8501 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=167;FS=0.000;HaplotypeScore=127.1010;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.81;MQ0=0;QD=50.90;RPA=1,2;RU=ATAG;SB=-4.107e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,146:167:99:8501,433,0 chrXII 603693 . A AC 4458 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=35.7065;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.39;MQ0=0;QD=33.27;RPA=2,3;RU=C;SB=-1.550e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,130:134:99:4458,376,0 chrXII 605064 . C CACTTT 7809 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=107.0951;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.74;MQ0=0;QD=63.49;RPA=1,2;RU=ACTTT;SB=-3.316e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,110:123:99:7809,340,0 chrXII 605228 . C CA 2936.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=1002.4585;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.27;MQ0=0;QD=27.19;RPA=4,5;RU=A;SB=-8.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,99:107:99:2979,301,0 chrXII 605282 . T TAA 1998.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=434.2790;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.57;MQ0=0;QD=21.49;RPA=10,12;RU=A;SB=-1.032e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,45:93:99:2041,196,0 chrXII 605682 . CAGTA C 6666 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=32.5082;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.29;MQ0=0;QD=52.90;RPA=2,1;RU=AGTA;SB=-2.554e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,116:126:99:6666,343,0 chrXII 607136 . CT C 2562.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=1127.4118;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.52;MQ0=3;QD=18.44;RPA=6,5;RU=T;SB=-9.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,125:135:99:2605,343,0 chrXII 611827 . AT A 5828 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=240;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1349.0762;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;QD=24.28;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.765e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,223:240:99:5828,666,0 chrXII 612158 . GAA G 2655.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.177;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=631.0257;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.62;MQ0=0;MQRankSum=0.778;QD=21.25;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.071;SB=-1.071e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,95:125:99:2698,284,0 chrXII 616278 . TA T 2043.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=32.7706;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.28;MQ0=0;QD=18.58;RPA=7,6;RU=A;SB=-8.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,99:110:99:2086,289,0 chrXII 625064 . T TAA 2187.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.356;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=389.5365;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.210;QD=21.66;RPA=12,14;RU=A;ReadPosRankSum=0.831;SB=-6.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,64:101:99:2230,210,0 chrXII 626434 . G GAAA 239 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=60.6648;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.23;MQ0=0;QD=11.95;RPA=14,17;RU=A;SB=-9.478e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,9:20:23:281,23,0 chrXII 628328 . TA T 1153.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=438.1281;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.15;MQ0=0;QD=14.79;RPA=8,7;RU=A;SB=-5.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,65:78:99:1196,172,0 chrXII 633829 . CT C 2200.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=170.1285;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.69;MQ0=0;QD=20.19;RPA=5,4;RU=T;SB=-7.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,102:109:99:2243,278,0 chrXII 634030 . TG T 2081.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=36.3606;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.04;RPA=4,3;RU=G;SB=-9.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,67:77:99:2124,201,0 chrXII 634100 . GA G 1781.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=79.0084;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.04;MQ0=0;QD=17.30;RPA=9,8;RU=A;SB=-6.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,94:103:99:1824,270,0 chrXII 636551 . GTT G 414.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.980;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=62.5256;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.22;MQ0=0;MQRankSum=0.644;QD=7.39;RPA=16,14;RU=T;ReadPosRankSum=0.868;SB=-2.281e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,20:56:5:454,5,0 chrXII 640091 . C CT 892.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=113.3980;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;QD=19.84;RPA=9,10;RU=T;SB=-5.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,32:45:99:935,108,0 chrXII 640114 . G GC 1381.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=89.2245;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;QD=32.14;RPA=1,2;RU=C;SB=-1.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:43:99:1424,117,0 chrXII 644385 . A AC 2672.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=23.3644;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.79;MQ0=0;QD=33.41;SB=-1.231e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,78:80:99:2715,205,0 chrXII 645231 . TA T 720.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.817;DP=90;FS=3.067;HaplotypeScore=66.9972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-2.185;QD=8.01;RPA=16,15;RU=A;ReadPosRankSum=-0.066;SB=-3.737e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,31:90:99:762,111,0 chrXII 645754 . T TTCTCTC 9076 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.351;DP=170;FS=3.765;HaplotypeScore=713.8210;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.054;QD=53.39;RPA=7,10;RU=TC;ReadPosRankSum=1.581;SB=-3.890e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:67,92:170:99:9076,343,0 chrXII 645780 . T TCCTTTC 10788 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=190;FS=0.000;HaplotypeScore=925.0749;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.67;MQ0=0;QD=56.78;RPA=2,3;RU=CCTTTC;SB=-4.223e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:54,135:190:99:10788,454,0 chrXII 646385 . G GAAAA,GAAA 3132.99 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=145.8277;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=52.54;MQ0=0;QD=23.04;RPA=13,17,16;RU=A;SB=-9.867e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:91,7,28:136:55:3211,792,514,341,0,55 chrXII 657265 . G GTGAAT 5725 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=324.1916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.40;MQ0=0;QD=76.33;SB=-1.679e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,70:75:99:5725,223,0 chrXII 657882 . AC A 3316 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=1366.2371;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.12;MQ0=0;QD=30.70;SB=-1.482e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:108:99:3316,304,0 chrXII 657926 . GT G 1100.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.345;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=801.7782;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.72;MQ0=0;MQRankSum=-2.775;QD=12.10;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.297;SB=-4.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,69:91:99:1143,132,0 chrXII 666013 . ACAACATCAGTAGAACTAGCTTTCAAAG A 10146 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=212;FS=0.000;HaplotypeScore=61.1901;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.33;MQ0=0;QD=47.86;RPA=2,1;RU=CAACATCAGTAGAACTAGCTTTCAAAG;SB=-4.223e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:139,72:212:99:10146,198,0 chrXII 667982 . A AT 2067.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=29.3983;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.54;RPA=8,9;RU=T;SB=-7.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,78:96:99:2110,237,0 chrXII 669123 . AC A 4102 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=255.7638;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;QD=28.49;RPA=3,2;RU=C;SB=-1.479e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,133:143:99:4102,397,0 chrXII 669182 . C CT 3792 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=283.3724;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.34;MQ0=0;QD=30.58;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.633e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,118:124:99:3792,346,0 chrXII 670301 . AGT A 4871 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=853.4674;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.50;MQ0=0;QD=39.28;SB=-1.971e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:124:99:4871,354,0 chrXII 672902 . ATC A 3221.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=30.2387;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.58;MQ0=0;QD=37.03;SB=-1.558e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,85:87:99:3264,256,0 chrXII 672979 . A AT 1102.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.206;DP=87;FS=9.547;HaplotypeScore=143.0348;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.569;QD=12.68;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.908;SB=-4.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,47:87:89:1145,89,0 chrXII 673332 . T TA 2174.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=915.3313;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.60;MQ0=0;QD=25.89;RPA=3,4;RU=A;SB=-7.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,73:83:99:2217,219,0 chrXII 673375 . TG T 2511.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=1133.9333;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.443;QD=27.30;ReadPosRankSum=0.247;SB=-9.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,78:92:99:2554,247,0 chrXII 673423 . CA C 1258.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=585.5908;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.95;MQ0=0;QD=16.57;RPA=6,5;RU=A;SB=-4.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,59:76:99:1301,170,0 chrXII 674046 . A AT 2294.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=321.0810;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.17;MQ0=0;QD=22.50;RPA=7,8;RU=T;SB=-8.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,88:102:99:2337,255,0 chrXII 674080 . AT A 1805.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=484.3035;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.86;MQ0=0;QD=17.04;RPA=9,8;RU=T;SB=-7.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,93:106:99:1848,276,0 chrXII 680023 . A AT 1811.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.166;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=177.2717;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.163;QD=21.32;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.305;SB=-4.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,76:85:99:1854,200,0 chrXII 680988 . AC A 5587 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=172;FS=0.000;HaplotypeScore=509.6370;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.33;MQ0=0;QD=32.48;RPA=2,1;RU=C;SB=-1.935e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,165:172:99:5587,493,0 chrXII 681146 . G GAA 4306 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=174.1253;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.50;MQ0=0;QD=30.32;RPA=9,11;RU=A;SB=-2.124e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,109:142:99:4306,379,0 chrXII 682671 . A AG 4623 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=33.5788;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=33.74;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.548e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,134:137:99:4623,388,0 chrXII 685663 . C CCGT 7210 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=124.4717;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.37;MQ0=0;QD=58.15;SB=-3.602e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:124:99:7210,355,0 chrXII 687408 . CT C 1329.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=166.9234;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=20.78;RPA=5,4;RU=T;SB=-5.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,58:64:99:1372,171,0 chrXII 687472 . G GA 311.10 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.167;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=107.2698;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=0.796;QD=7.78;RPA=14,15;RU=A;ReadPosRankSum=-1.220;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,16:40:12:350,0,12 chrXII 687607 . AC A 72.05 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=64.7806;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.77;MQ0=0;QD=7.20;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:20:114,20,0 chrXII 687852 . TA T 801.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=85.8412;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.98;MQ0=0;QD=21.10;RPA=6,5;RU=A;SB=-9.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:99:844,111,0 chrXII 687978 . TA T 717.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=197.9632;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.93;MQ0=0;QD=21.12;RPA=6,5;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,31:34:90:760,90,0 chrXII 688702 . C CT 2648.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=223.7060;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=28.18;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.158e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,92:94:99:2691,270,0 chrXII 696960 . A AATGAG 4421 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.773;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=192.1459;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.84;MQ0=0;MQRankSum=0.016;QD=39.83;RPA=5,6;RU=ATGAG;ReadPosRankSum=0.148;SB=-1.970e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,76:111:99:4421,102,0 chrXII 699901 . TA T 662.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=169.5441;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.66;MQ0=0;QD=19.50;RPA=7,6;RU=A;SB=-3.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,33:34:98:705,98,0 chrXII 699927 . TA T 474.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=168.6348;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.71;MQ0=0;QD=11.87;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,25:39:82:517,82,0 chrXII 701212 . C CTAT 171.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=12.6018;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.98;MQ0=0;QD=15.57;RPA=5,6;RU=TAT;SB=-4.875e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,5:11:15:213,15,0 chrXII 704138 . TAAAAA T 3830 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.383;DP=116;FS=4.831;HaplotypeScore=46.5478;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.87;MQ0=0;MQRankSum=1.317;QD=33.02;RPA=19,14;RU=A;ReadPosRankSum=2.383;SB=-1.248e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,61:115:99:3806,209,0 chrXII 704451 . AT A 1537.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.418;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=113.2266;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.816;QD=13.26;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.577;SB=-5.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,97:116:99:1580,231,0 chrXII 708705 . TACC T 2632.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.059;DP=221;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=2257.3824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.53;MQ0=0;MQRankSum=-4.225;QD=11.91;ReadPosRankSum=10.179;SB=-1.272e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:127,92:221:99:2672,0,2214 chrXII 708709 . TGAGCTTGTACTA T 12496 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=11.017;DP=231;DS;FS=1.789;HaplotypeScore=1375.9577;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.44;MQ0=0;MQRankSum=-4.950;QD=54.10;ReadPosRankSum=8.717;SB=-5.685e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:136,92:231:99:12496,0,1524 chrXII 709117 . AGAAGTTGAAGCAGAT A 13482 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=680.1716;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.23;MQ0=0;QD=95.62;RPA=2,1;RU=GAAGTTGAAGCAGAT;SB=-4.772e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,100:141:99:13482,295,0 chrXII 710407 . GT G 2647.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=177.0292;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=21.53;RPA=5,4;RU=T;SB=-8.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,117:123:99:2690,332,0 chrXII 710918 . G GC 6216 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=462.2724;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.48;MQ0=0;QD=38.85;SB=-2.150e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,148:160:99:6216,445,0 chrXII 712186 . G GTT 1528.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.598;DP=82;FS=3.424;HaplotypeScore=133.2071;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.913;QD=18.65;RPA=12,14;RU=T;ReadPosRankSum=-0.283;SB=-6.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,47:81:99:1571,141,0 chrXII 712833 . A AC 2909.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=18.7573;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.06;MQ0=0;QD=34.23;SB=-7.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,82:85:99:2952,229,0 chrXII 712996 . GAGCCAGTTTAAAGATATATTGCGTTT G 9465 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=495.3461;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.80;MQ0=0;QD=182.02;SB=-4.683e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:51:99:9465,108,0 chrXII 713115 . AT A 2031.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=377.9044;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.09;MQ0=0;QD=17.37;RPA=7,6;RU=T;SB=-9.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,102:117:99:2074,286,0 chrXII 713307 . ATT A 3135.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=604.2611;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.97;MQ0=0;QD=25.92;RPA=11,9;RU=T;SB=-1.391e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,101:121:99:3178,313,0 chrXII 713366 . T TCC 7500 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=656.4794;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.01;MQ0=0;QD=47.17;SB=-3.747e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,154:159:99:7500,464,0 chrXII 718114 . T TAAAA 670.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=92.9583;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.58;MQ0=0;QD=24.85;RPA=12,16;RU=A;SB=-2.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,10:27:45:713,45,0 chrXII 719533 . GT G 4371 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;FS=0.000;HaplotypeScore=371.5962;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.21;MQ0=0;QD=26.33;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.597e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,149:166:99:4371,430,0 chrXII 722481 . GT G 1120.04 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.337;DP=131;FS=4.433;HaplotypeScore=728.5096;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.420;QD=8.55;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.238;SB=-4.801e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,85:131:15:1159,0,15 chrXII 722835 . A ATTT 4567 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=274.0272;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.09;MQ0=0;QD=33.58;RPA=9,12;RU=T;SB=-2.041e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,92:136:99:4567,324,0 chrXII 723168 . CAAAA C 4064 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.695;DP=126;FS=3.711;HaplotypeScore=313.4212;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.364;QD=32.25;RPA=14,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.437;SB=-1.706e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,95:126:99:4064,226,0 chrXII 723209 . G GT 1462.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.787;DP=126;FS=5.617;HaplotypeScore=524.4835;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.107;QD=11.60;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=-0.160;SB=-4.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:77,42:126:99:1504,174,0 chrXII 724612 . CT C 854.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=63;FS=3.933;HaplotypeScore=291.9935;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.53;MQ0=0;MQRankSum=1.069;QD=13.57;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.258;SB=-3.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,50:63:99:897,124,0 chrXII 728213 . C CA 2674.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=166.6246;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=23.26;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.165e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,95:115:99:2717,291,0 chrXII 728268 . AG A 3790 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=153.0008;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=32.96;SB=-1.249e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,107:115:99:3790,319,0 chrXII 732527 . A AC 4086 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=52.7936;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.64;MQ0=0;QD=27.24;RPA=5,6;RU=C;SB=-8.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,132:150:99:4086,382,0 chrXII 734923 . A AT,ATT 487.97 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.583;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=20.6505;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.829;QD=9.21;RPA=15,16,17;RU=T;ReadPosRankSum=-0.226;SB=-3.402e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:28,6,15:53:57:566,293,246,94,0,57 chrXII 743995 . G GAA 2350.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.676;DP=103;FS=3.716;HaplotypeScore=101.6058;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=0.591;QD=22.82;RPA=11,13;RU=A;ReadPosRankSum=-1.605;SB=-1.103e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,73:103:99:2393,212,0 chrXII 745601 . CT C 2475.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=485.3128;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.12;MQ0=0;QD=24.04;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.154e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,101:103:99:2518,288,0 chrXII 747476 . GT G 3010.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=408.1387;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.75;MQ0=0;QD=22.14;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.487e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,131:136:99:3053,380,0 chrXII 747710 . G GT 3373 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=27.6760;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.16;MQ0=0;QD=29.59;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.474e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,100:112:99:3373,304,0 chrXII 747822 . A AT 3102.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=862.5289;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.11;MQ0=0;QD=32.66;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.543e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,90:93:99:3145,256,0 chrXII 748908 . TA T 1690.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=19.7744;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.27;MQ0=0;QD=24.16;RPA=3,2;RU=A;SB=-6.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,63:70:99:1733,168,0 chrXII 757390 . AGT A 2269.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.802;DP=87;FS=4.122;HaplotypeScore=797.7504;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.63;MQ0=0;MQRankSum=0.291;QD=26.09;ReadPosRankSum=3.721;SB=-1.142e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,76:87:99:2312,137,0 chrXII 757398 . AAG A 2425.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.822;DP=92;FS=5.757;HaplotypeScore=829.8833;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.66;MQ0=0;MQRankSum=0.687;QD=26.37;ReadPosRankSum=2.568;SB=-9.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,73:92:99:2468,223,0 chrXII 757413 . CA C 1382.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.545;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=879.2488;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.404;QD=15.54;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.749;SB=-6.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,73:89:99:1425,192,0 chrXII 757472 . TAGAGATAG T 5169 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=208.9212;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.85;MQ0=0;QD=63.04;SB=-1.800e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,53:82:99:5169,212,0 chrXII 757586 . G GTT 2055.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.451;DP=89;FS=3.522;HaplotypeScore=229.2950;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.52;MQ0=0;MQRankSum=0.166;QD=23.10;RPA=10,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.068;SB=-8.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,46:89:99:2098,185,0 chrXII 759341 . GA G 2348.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.840;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=144.1310;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.973;QD=14.59;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.039;SB=-8.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,137:161:99:2391,328,0 chrXII 760762 . GCC G 4731 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=158.9569;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.29;MQ0=0;QD=42.62;SB=-1.880e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,104:111:99:4731,313,0 chrXII 764195 . AT A 5033 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=220;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=287.4412;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.00;MQ0=0;QD=22.88;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.881e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,206:220:99:5033,576,0 chrXII 766106 . CA C 2878.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=342.4286;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.35;MQ0=0;QD=23.60;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.378e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,117:122:99:2921,333,0 chrXII 769162 . CATAT C 1025.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=81.6713;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;QD=29.31;RPA=9,7;RU=AT;SB=-5.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,23:35:66:1068,66,0 chrXII 784382 . G GC 3780 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=69.7948;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.95;MQ0=0;QD=32.59;RPA=2,3;RU=C;SB=-1.256e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,110:116:99:3780,325,0 chrXII 784454 . C CT 2523.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.433;DP=116;FS=3.802;HaplotypeScore=334.2184;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=21.76;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.253;SB=-1.070e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,96:116:99:2566,267,0 chrXII 784523 . GT G 1340.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.432;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=164.9724;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=1.393;QD=14.58;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.689;SB=-4.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,75:92:99:1383,181,0 chrXII 787598 . TA T 6161 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=216;FS=0.000;HaplotypeScore=82.7591;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.55;MQ0=0;QD=28.52;RPA=3,2;RU=A;SB=-2.765e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,202:216:99:6161,577,0 chrXII 792150 . CT C 2302.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=161.5383;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.72;MQ0=0;QD=32.90;SB=-1.084e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2345,202,0 chrXII 792610 . AG A 2623.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=1854.2399;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.70;MQ0=0;QD=23.64;SB=-4.900e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:111:99:2666,300,0 chrXII 792777 . G GTT 2557.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=694.5149;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.56;MQ0=0;QD=39.35;RPA=2,4;RU=T;SB=-4.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,58:65:99:2600,181,0 chrXII 793048 . TAAA T 2154.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=294.3088;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.86;MQ0=0;QD=35.33;RPA=8,5;RU=A;SB=-9.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,55:61:99:2197,162,0 chrXII 793081 . T TA 2694.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=446.4069;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.85;MQ0=0;QD=32.87;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.326e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,71:82:99:2737,226,0 chrXII 793122 . TA T 1890.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=496.3299;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.06;MQ0=0;QD=20.33;RPA=6,5;RU=A;SB=-7.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,87:93:99:1933,257,0 chrXII 793185 . A ATT 3325 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=192.3740;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.54;MQ0=0;QD=31.67;RPA=7,9;RU=T;SB=-8.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,89:105:99:3325,273,0 chrXII 794023 . G GTA 3578 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=763.2810;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.08;MQ0=0;QD=38.47;RPA=2,3;RU=TA;SB=-1.181e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,83:93:99:3578,250,0 chrXII 794052 . G GT 2167.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=730.1681;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.40;MQ0=0;QD=25.51;RPA=4,5;RU=T;SB=-9.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,75:85:99:2210,225,0 chrXII 797261 . AT A 1024.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=153.4769;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.51;MQ0=0;QD=14.24;RPA=8,7;RU=T;SB=-4.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,59:72:99:1067,155,0 chrXII 802485 . ATTT A 2319.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=169.3530;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.10;MQ0=0;QD=31.35;RPA=13,10;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,60:74:99:2362,189,0 chrXII 805656 . GA G 1982.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=133.7689;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.07;MQ0=0;QD=18.89;RPA=6,5;RU=A;SB=-8.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,96:105:99:2025,266,0 chrXII 806932 . C CT 838.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=603.7872;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.66;MQ0=0;QD=29.96;SB=-3.100e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:84:881,84,0 chrXII 807182 . TC T 2240.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=430.4268;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.38;MQ0=0;QD=31.12;SB=-1.005e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2283,216,0 chrXII 807323 . TAA T 1298.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.693;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=498.0934;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.379;QD=19.10;RPA=11,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.177;SB=-6.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,48:68:99:1341,131,0 chrXII 809221 . A AT 5371 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=204;FS=0.000;HaplotypeScore=507.5911;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.22;MQ0=0;QD=26.33;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.564e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,182:204:99:5371,544,0 chrXII 815867 . CTT C 2775.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=744.9445;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.02;MQ0=0;QD=37.51;RPA=4,2;RU=T;SB=-9.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,69:74:99:2818,205,0 chrXII 815905 . T TAC 2237.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.029;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=1165.4210;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.280;QD=28.69;ReadPosRankSum=1.280;SB=-8.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,63:78:99:2280,198,0 chrXII 817783 . G GA 2407.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=417.0883;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.16;MQ0=0;QD=29.73;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.049e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,76:81:99:2450,220,0 chrXII 818744 . GA G 2617.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=780.8588;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.24;MQ0=0;QD=30.09;RPA=3,2;RU=A;SB=-9.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,85:87:99:2660,256,0 chrXII 818798 . TCA T 2602.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=977.3989;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.29;MQ0=0;QD=40.05;SB=-9.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,57:65:99:2645,175,0 chrXII 820468 . AG A 3562 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=450.6816;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.50;MQ0=0;QD=27.40;RPA=4,3;RU=G;SB=-1.535e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,122:130:99:3562,349,0 chrXII 823381 . TGG T 1663.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=514.8027;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.29;MQ0=0;QD=30.25;RPA=9,7;RU=G;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,46:55:99:1706,138,0 chrXII 823433 . AG A 448.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=222.7012;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.47;MQ0=0;QD=16.63;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,16:27:57:491,57,0 chrXII 823566 . G GA 546.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=12.0929;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.95;MQ0=0;QD=18.86;RPA=11,12;RU=A;SB=-2.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,26:29:72:589,72,0 chrXII 827956 . G GTA 240.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.159;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=167.7938;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.290;QD=5.02;RPA=2,3;RU=TA;ReadPosRankSum=0.000;SB=-7.584e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,15:48:28:283,28,0 chrXII 829417 . A ATG 397.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=52.6243;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.16;MQ0=0;QD=24.87;SB=-2.089e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,15:16:33:440,33,0 chrXII 830629 . ATTTT A 6254 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=672.8520;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.44;MQ0=0;QD=46.67;RPA=9,5;RU=T;SB=-2.751e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,126:134:99:6254,370,0 chrXII 833737 . GT G 2695.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=445.4796;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.75;MQ0=0;QD=22.85;RPA=4,3;RU=T;SB=-9.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,108:118:99:2738,312,0 chrXII 835608 . CAAG C 7020 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=187;FS=0.000;HaplotypeScore=130.8133;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.60;MQ0=0;QD=37.54;RPA=2,1;RU=AAG;SB=-3.234e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,172:186:99:7020,475,0 chrXII 839459 . AT A 1662.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.313;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=34.2066;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.542;QD=14.34;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.057;SB=-5.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,99:116:99:1705,243,0 chrXII 839880 . G GA 2951.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.189;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=292.4406;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.98;MQ0=0;MQRankSum=0.819;QD=25.23;ReadPosRankSum=1.480;SB=-1.338e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,108:117:99:2994,321,0 chrXII 849645 . CTAT C 2384.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=475.9879;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.20;MQ0=0;QD=25.64;RPA=7,6;RU=TAT;SB=-1.117e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,65:93:99:2427,183,0 chrXII 852137 . GT G 1290.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.687;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=33.6970;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.322;QD=14.51;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.003;SB=-5.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,75:89:99:1333,197,0 chrXII 852458 . CA C 1935.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=207.9689;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.56;MQ0=0;QD=19.96;RPA=5,4;RU=A;SB=-8.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,84:97:99:1978,243,0 chrXII 852480 . G GA 2484.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=201.0340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.07;MQ0=0;QD=24.85;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.203e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,89:100:99:2527,261,0 chrXII 856318 . CA C 4777 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=516.0758;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.95;MQ0=0;QD=33.88;SB=-2.162e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,131:141:99:4777,385,0 chrXII 856361 . AT A 3572 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=979.7562;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.01;MQ0=0;QD=22.90;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.684e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,145:156:99:3572,428,0 chrXII 861593 . A AT 2130.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=175.2585;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.50;MQ0=0;QD=24.78;RPA=3,4;RU=T;SB=-7.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,81:86:99:2173,210,0 chrXII 863696 . CTCA C 3942 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=279.5894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.89;MQ0=0;QD=33.13;RPA=8,7;RU=TCA;SB=-1.466e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,95:119:99:3942,283,0 chrXII 867204 . TA T 2531.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=27.5141;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.46;SB=-4.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,71:78:99:2574,220,0 chrXII 872807 . G GT 2984.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.776;DP=145;FS=3.655;HaplotypeScore=40.6314;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.14;MQ0=0;MQRankSum=1.404;QD=20.59;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.358;SB=-1.258e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,125:145:99:3027,328,0 chrXII 873682 . A AT 360.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=48.2064;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.771;QD=19.00;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.771;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,18:19:35:403,35,0 chrXII 875488 . TA T 2716.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=93.2533;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.54;MQ0=0;QD=27.72;SB=-1.179e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,76:98:99:2759,276,0 chrXII 875699 . A ATT 2357.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=56.4788;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.94;MQ0=0;QD=27.10;RPA=10,12;RU=T;SB=-7.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,73:87:99:2400,214,0 chrXII 877562 . AAG A 4168 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=808.2598;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.22;MQ0=0;QD=28.94;RPA=6,5;RU=AG;SB=-1.399e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,117:144:99:4168,340,0 chrXII 877775 . GGA G 10301 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1712.5609;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.07;MQ0=0;QD=41.20;SB=-3.039e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,245:250:99:10301,725,0 chrXII 885072 . A AT 2562.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=370.4162;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.54;MQ0=0;QD=28.80;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.303e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,86:89:99:2605,255,0 chrXII 899162 . AT A 1485.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=445.5620;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=15.48;RPA=9,8;RU=T;SB=-7.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,81:96:99:1528,228,0 chrXII 915075 . CGTGT C 4535 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=436.8918;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.47;MQ0=0;QD=40.49;RPA=8,6;RU=GT;SB=-2.015e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,89:112:99:4535,271,0 chrXII 922015 . TA T 3305 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=369.7729;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.06;MQ0=0;QD=21.32;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.534e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,147:155:99:3305,393,0 chrXII 925196 . AT A 2540.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=142.7631;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;QD=18.02;RPA=8,7;RU=T;SB=-8.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,130:141:99:2583,372,0 chrXII 928464 . T TG 1933.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=16.6095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.13;MQ0=0;QD=29.75;RPA=2,3;RU=G;SB=-3.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,61:65:99:1976,174,0 chrXII 930974 . GT G 3089.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=265.5936;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=30.00;SB=-1.308e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,100:103:99:3132,295,0 chrXII 932243 . A AT 3199.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=281.0193;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=22.07;RPA=8,9;RU=T;SB=-1.238e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,123:145:99:3242,368,0 chrXII 950305 . CT C 1308.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.710;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=669.8893;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.663;QD=11.90;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.172;SB=-6.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,73:110:99:1351,142,0 chrXII 950338 . C CT 1829.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.676;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=836.5430;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.578;QD=19.06;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=0.496;SB=-7.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,66:96:99:1872,224,0 chrXII 950357 . CT C 1092.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.215;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=755.2157;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.68;MQ0=0;MQRankSum=0.219;QD=13.66;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.418;SB=-4.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,61:80:99:1135,138,0 chrXII 950840 . G GA 1884.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.389;DP=110;FS=1.811;HaplotypeScore=440.6278;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.008;QD=17.14;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.108;SB=-6.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,75:110:99:1927,150,0 chrXII 951123 . AT A 2794.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.907;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=182.3483;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.18;MQ0=0;MQRankSum=1.435;QD=25.64;ReadPosRankSum=1.336;SB=-1.235e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,106:109:99:2837,311,0 chrXII 959119 . GA G 3369 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.936;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=804.5320;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.67;MQ0=0;MQRankSum=1.558;QD=24.41;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=1.960;SB=-1.211e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,116:138:99:3369,359,0 chrXII 959123 . TTC T 3860 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.016;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=761.5023;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.11;MQ0=0;MQRankSum=2.050;QD=28.38;ReadPosRankSum=2.768;SB=-1.236e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,123:136:99:3860,340,0 chrXII 963499 . T TAA 3178.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=439.4448;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.48;MQ0=0;QD=29.99;RPA=1,3;RU=A;SB=-1.290e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,93:105:99:3221,283,0 chrXII 976433 . TC T 142.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=124.1732;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=13.83;MQ0=17;QD=6.46;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,5:5:15:184,15,0 chrXII 1002214 . GA G 34.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DP=54;FS=29.068;HaplotypeScore=102.8178;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.156;QD=0.65;RPA=19,18;RU=A;ReadPosRankSum=2.076;SB=1.45;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,7:51:74:74,0,187 chrXII 1006047 . T TGAAA 2253.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=227.2771;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.18;MQ0=0;QD=30.88;SB=-8.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,41:73:99:2296,165,0 chrXII 1006331 . C CA 2867.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=764.2719;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.05;MQ0=0;QD=28.97;RPA=3,4;RU=A;SB=-8.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,97:99:99:2910,280,0 chrXII 1011372 . CT C 318.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.775;DP=88;FS=7.066;HaplotypeScore=59.6810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.21;MQ0=0;MQRankSum=0.714;QD=3.62;RPA=15,14;RU=T;ReadPosRankSum=0.494;SB=-1.909e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,30:88:34:358,0,34 chrXII 1011952 . CTGT C 7056 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=222;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=71.6298;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.36;MQ0=0;QD=31.78;RPA=6,5;RU=TGT;SB=-2.879e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,179:222:99:7056,500,0 chrXII 1012324 . C CG 6466 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=219;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=737.8898;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.68;MQ0=0;QD=29.53;RPA=1,2;RU=G;SB=-2.287e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:78,136:219:99:6466,605,0 chrXII 1012328 . A AGCC 6739 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=571.2796;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.85;MQ0=0;QD=44.63;RPA=1,2;RU=GCC;SB=-9.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,130:151:99:6739,400,0 chrXII 1013815 . C CT 1205.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=191.1570;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.84;RPA=8,9;RU=T;SB=-5.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,45:64:99:1248,144,0 chrXII 1013863 . AT A 1775.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=138.8167;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=21.14;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,57:84:99:1818,206,0 chrXII 1014199 . T TTGTGTGTGTG 15436 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=246;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=552.9139;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.37;MQ0=0;QD=62.75;RPA=7,12;RU=TG;SB=-7.472e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:140,81:243:99:15436,491,0 chrXII 1014227 . GTC G 7269 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=219;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1445.5690;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.27;MQ0=0;QD=33.19;RPA=3,2;RU=TC;SB=-2.073e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,190:217:99:7269,571,0 chrXII 1019137 . TA T 730.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.398;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=286.9763;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.056;QD=14.62;ReadPosRankSum=1.174;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,24:49:82:773,82,0 chrXII 1019140 . AT A 637.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=281.5695;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.07;MQ0=0;QD=13.29;RPA=2,1;RU=T;SB=-2.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,25:47:82:680,82,0 chrXII 1026686 . CT C 131.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.248;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=45.7950;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.992;QD=4.68;RPA=17,16;RU=T;ReadPosRankSum=-0.248;SB=-1.684e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,8:28:17:173,17,0 chrXII 1026770 . T TA 624.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=71.9085;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.37;MQ0=0;QD=22.32;RPA=9,10;RU=A;SB=-8.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,27:28:81:667,81,0 chrXII 1028973 . C CG 3706 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=782.4603;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.97;MQ0=0;QD=25.74;SB=-1.287e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,137:144:99:3706,398,0 chrXII 1030472 . A ATC 7172 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=37.1272;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.10;MQ0=0;QD=47.81;SB=-2.202e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,139:150:99:7172,427,0 chrXII 1039210 . G GA 1393.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.516;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=128.8516;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.078;QD=15.15;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.422;SB=-6.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,65:92:99:1436,148,0 chrXII 1043537 . G GT 2415.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=20.2504;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;QD=35.01;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.040e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,68:69:99:2458,199,0 chrXII 1052066 . AAT A 1706.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=143.6649;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.26;MQ0=0;QD=31.04;SB=-5.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,51:55:99:1749,153,0 chrXII 1052907 . CA C 3748 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=329.6062;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=29.05;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.455e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,124:129:99:3748,346,0 chrXII 1053044 . AT A 3075.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=328.7601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.00;MQ0=0;QD=22.95;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.309e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,127:134:99:3118,360,0 chrXII 1053323 . TAATC T 1049.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=76.1672;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.52;MQ0=0;QD=42.00;RPA=2,1;RU=AATC;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,24:25:63:1092,63,0 chrXII 1054794 . GC G 1530.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=14.9360;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.96;MQ0=0;QD=27.34;RPA=3,2;RU=C;SB=-4.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,52:56:99:1573,153,0 chrXII 1054954 . GA G 2012.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=328.8823;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.06;MQ0=0;QD=24.55;RPA=4,3;RU=A;SB=-3.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,81:82:99:2055,243,0 chrXII 1057102 . C CA 2917.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=377.3026;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.24;MQ0=0;QD=24.52;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.257e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,99:119:99:2960,298,0 chrXII 1058757 . GA G 3742 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=33.4719;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.26;MQ0=0;QD=32.82;SB=-1.636e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,112:114:99:3742,313,0 chrXII 1059123 . T TA 881.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.996;DP=88;FS=5.745;HaplotypeScore=255.2586;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=1.849;QD=10.01;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.449;SB=-2.882e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,47:86:8:922,8,0 chrXII 1062371 . A AG 155.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=44.5019;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.79;MQ0=0;QD=25.85;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18:197,18,0 chrXII 1062556 . G GGC 237.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=46.9125;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.69;MQ0=0;QD=8.78;RPA=3,4;RU=GC;SB=-3.893e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,16:8:21:279,21,0 chrXII 1063927 . AG A 1309.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=1199.5221;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.90;MQ0=43;QD=15.41;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,39:42:99:1352,117,0 chrXII 1063934 . A AC 1016.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=1208.3277;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.50;MQ0=52;QD=11.18;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:50,35:39:99:1059,117,0 chrXII 1064155 . TA T 258.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.580;DP=52;FS=15.248;HaplotypeScore=380.6696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.53;MQ0=2;MQRankSum=1.591;QD=4.98;ReadPosRankSum=-0.917;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,12:40:99:298,0,224 chrXII 1064222 . AAC A 239.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.751;DP=23;FS=9.542;HaplotypeScore=246.8051;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.09;MQ0=2;MQRankSum=-0.751;QD=10.41;ReadPosRankSum=-0.751;SB=-1.425e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,14:9:7:280,7,0 chrXII 1064225 . T TG 166.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=255.6081;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.54;MQ0=1;MQRankSum=-0.751;QD=8.30;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=0.751;SB=-1.695e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,14:9:22:208,22,0 chrXII 1064274 . CT C 189.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.333;DP=22;FS=33.015;HaplotypeScore=509.9479;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.32;MQ0=0;MQRankSum=2.000;QD=8.63;ReadPosRankSum=-1.067;SB=-2.994e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,12:17:99:229,0,137 chrXII 1064562 . TG T 36.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.568;DP=47;FS=23.222;HaplotypeScore=126.7856;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.87;MQ0=3;MQRankSum=1.133;QD=0.79;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=1.568;SB=-2.495e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,36:20:76:76,0,167 chrXII 1064621 . G GT 256.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.220;DP=60;FS=72.076;HaplotypeScore=324.0730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.32;MQ0=3;MQRankSum=-3.303;QD=4.28;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=-3.074;SB=-4.675e-01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,11:33:99:296,0,585 chrXII 1064696 . G GATGT 830.99 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.736;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=291.1807;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.744;QD=48.88;ReadPosRankSum=0.744;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,12:16:20:870,0,20 chrXII 1064774 . TA T 1117.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=545.0316;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.17;MQ0=0;QD=23.29;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,47:33:99:1160,99,0 chrXII 1064884 . GGGTT G 2347.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.470;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=585.2446;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.15;MQ0=1;MQRankSum=-0.085;QD=34.03;ReadPosRankSum=0.639;SB=-3.800e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,51:56:28:2387,0,28 chrXII 1064920 . T TG 1253.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.514;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=861.7345;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.92;MQ0=2;MQRankSum=3.008;QD=18.72;RPA=3,4;RU=G;ReadPosRankSum=1.855;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,51:54:60:1296,60,0 chrXII 1064961 . A AG 2741.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=1011.3131;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.42;MQ0=1;MQRankSum=0.711;QD=25.87;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=1.555;SB=-1.174e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,99:79:99:2784,200,0 chrXII 1064995 . T TA 561.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.696;DP=121;FS=94.699;HaplotypeScore=1123.2421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.84;MQ0=0;MQRankSum=0.133;QD=4.64;ReadPosRankSum=0.722;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,64:74:99:601,0,1245 chrXII 1065030 . GT G 110.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.220;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=493.7935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.77;MQ0=1;MQRankSum=1.220;QD=1.48;ReadPosRankSum=0.439;SB=-2.300e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,31:29:97:150,0,97 chrXII 1065321 . CAA C 1046.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.214;DP=177;FS=13.949;HaplotypeScore=95.4327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.97;MQ0=2;MQRankSum=0.889;QD=5.92;RPA=3,1;RU=A;ReadPosRankSum=-0.240;SB=-2.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:134,34:54:99:1086,0,791 chrXII 1065389 . AT A 434.10 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.327;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=157.2939;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.25;MQ0=13;MQRankSum=-1.926;QD=7.24;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=-0.562;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,26:35:12:473,0,12 chrXIII 5334 . C CA 118.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.450;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=44.6840;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=15.08;MQ0=27;MQRankSum=0.103;QD=3.22;ReadPosRankSum=-0.676;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,5:10:99:158,0,154 chrXIII 5624 . A AT 110.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.684;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=145.7942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.13;MQ0=6;MQRankSum=0.956;QD=5.55;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=-0.956;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,7:8:83:150,0,83 chrXIII 9528 . A AT 992.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.818;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=36.0070;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.44;MQ0=0;MQRankSum=0.448;QD=15.51;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=0.712;SB=-4.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,43:64:93:1035,93,0 chrXIII 18907 . ATAT A 75.93 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=1.3157;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.49;MQ0=0;QD=9.49;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,6:8:9:117,9,0 chrXIII 21941 . C CAT 259.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9507;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.35;MQ0=0;QD=20.00;RPA=6,7;RU=AT;SB=-7.690e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,8:13:24:302,24,0 chrXIII 26538 . CT C 241.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=36.9942;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.37;MQ0=0;QD=11.52;RPA=11,10;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,16:21:36:284,36,0 chrXIII 26589 . ATC A 245.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=33.1246;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.98;MQ0=0;QD=35.00;SB=-3.693e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,5:7:21:287,21,0 chrXIII 26716 . A AT 114.76 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.437;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=22.4896;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.254;QD=4.99;RPA=17,18;RU=T;ReadPosRankSum=-0.761;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,8:23:4:153,0,4 chrXIII 26795 . G GAA 2765.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=349.0489;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.01;MQ0=0;QD=43.90;RPA=2,4;RU=A;SB=-1.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2808,190,0 chrXIII 26816 . GACCCT G 4081 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=276.8002;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.74;MQ0=0;QD=57.48;RPA=2,1;RU=ACCCT;SB=-2.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,48:71:99:4081,181,0 chrXIII 28146 . CGT C 2212.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=15.3357;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.88;MQ0=0;QD=32.54;RPA=7,6;RU=GT;SB=-1.003e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,60:68:99:2255,175,0 chrXIII 33830 . G GGA 4795 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.569;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=657.6201;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.163;QD=43.59;ReadPosRankSum=1.373;SB=-1.313e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,95:110:99:4795,303,0 chrXIII 33870 . C CT 2687.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=370.1717;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.93;MQ0=0;QD=34.46;SB=-1.339e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,74:78:99:2730,214,0 chrXIII 43866 . CT C 1076.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.831;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=214.3909;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.95;MQ0=0;MQRankSum=1.811;QD=12.67;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.768;SB=-5.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,46:85:99:1119,125,0 chrXIII 43908 . A AT,ATT 1419.03 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.457;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=309.6085;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.442;QD=14.33;RPA=12,13,14;RU=T;ReadPosRankSum=-2.482;SB=-6.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:39,48,11:99:53:1497,90,53,836,0,967 chrXIII 43944 . G GA 1162.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.175;DP=97;FS=10.699;HaplotypeScore=270.3594;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=1.780;QD=11.99;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.375;SB=-4.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,51:97:49:1205,49,0 chrXIII 44386 . ACAGCAGCAG A 18879 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=273.0760;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.33;MQ0=0;QD=75.52;RPA=6,3;RU=CAG;SB=-9.003e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,219:250:99:18879,614,0 chrXIII 46000 . T TTATATA 737.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=96.8478;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.44;MQ0=0;QD=35.14;RPA=4,7;RU=TA;SB=-3.169e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,11:21:33:780,33,0 chrXIII 49837 . C CTTT 389.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=77.1943;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.83;MQ0=0;QD=17.73;RPA=13,16;RU=T;SB=-6.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,5:21:45:432,45,0 chrXIII 53771 . T TGAACTG 8599 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=424.7651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.32;MQ0=0;QD=85.99;SB=-2.685e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,85:100:99:8599,295,0 chrXIII 53802 . TACC T 5527 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=951.2098;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.55;MQ0=0;QD=48.06;RPA=2,1;RU=ACC;SB=-2.405e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,106:115:99:5527,313,0 chrXIII 54642 . C CT 229.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=40.6466;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.54;MQ0=0;QD=15.33;RPA=9,10;RU=T;SB=-2.699e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:15:30:272,30,0 chrXIII 58897 . CTT C 3455 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=406.7908;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.41;MQ0=0;QD=30.31;RPA=10,8;RU=T;SB=-1.188e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,100:114:99:3455,289,0 chrXIII 62439 . G GA 1524.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.426;DP=99;FS=1.533;HaplotypeScore=91.9410;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.494;QD=15.40;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.342;SB=-6.315e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,69:99:36:1567,36,0 chrXIII 65927 . CTGTTGT C 5506 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=38.7946;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.14;MQ0=0;QD=49.60;RPA=9,7;RU=TGT;SB=-2.440e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,79:111:99:5506,232,0 chrXIII 68092 . T TG 3052.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=194.2492;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=28.80;RPA=5,6;RU=G;SB=-9.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,101:106:99:3095,292,0 chrXIII 70292 . A AC 3480 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=42.6389;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.93;MQ0=0;QD=28.29;RPA=4,5;RU=C;SB=-1.490e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,114:123:99:3480,325,0 chrXIII 77135 . T TA 4925 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=36.1888;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.70;MQ0=1;QD=32.40;SB=-2.251e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,147:151:99:4925,394,0 chrXIII 77863 . TA T 2382.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=452.7666;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.79;MQ0=0;QD=27.39;RPA=4,3;RU=A;SB=-6.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,78:87:99:2425,234,0 chrXIII 77896 . CAA C 2574.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=427.9508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.70;MQ0=0;QD=34.80;RPA=5,3;RU=A;SB=-8.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,65:74:99:2617,196,0 chrXIII 79840 . G GA 3387 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=441.1453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.42;MQ0=0;QD=26.46;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.662e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,114:128:99:3387,340,0 chrXIII 85889 . GA G 2576.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=23.7706;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.48;MQ0=0;QD=22.80;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.246e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,100:113:99:2619,288,0 chrXIII 86794 . T TA 1694.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=270.7252;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.77;MQ0=0;QD=22.01;RPA=5,6;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,63:77:99:1737,174,0 chrXIII 90850 . A AT 642.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.896;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=122.9844;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.179;QD=13.68;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.538;SB=-2.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,24:47:62:685,62,0 chrXIII 91741 . CTGGGTTTTCT C 14526 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=398.4399;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.45;MQ0=0;QD=102.30;SB=-5.206e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,129:142:99:14526,388,0 chrXIII 92062 . C CT 2405.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.438;DP=109;FS=4.539;HaplotypeScore=45.7018;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.580;QD=22.07;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.400;SB=-8.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,96:109:99:2448,247,0 chrXIII 94308 . A AT 242.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=115.4925;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.92;MQ0=0;QD=15.19;RPA=13,14;RU=T;SB=-2.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,10:16:36:285,36,0 chrXIII 94322 . GAAA G 800.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=119.0466;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;QD=44.50;RPA=7,4;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,15:18:48:843,48,0 chrXIII 95396 . G GA 3751 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=182.1432;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=26.05;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.624e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,134:144:99:3751,382,0 chrXIII 95516 . T TA 2683.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=271.7378;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.73;MQ0=0;QD=40.06;SB=-8.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,62:67:99:2726,199,0 chrXIII 95588 . CAA C 1336.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.047;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=141.5660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=1.471;QD=23.87;RPA=12,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.836;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,40:56:99:1379,115,0 chrXIII 97583 . A ATTT,ATT 2908.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=329.6809;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=49.80;MQ0=0;QD=30.95;RPA=10,13,12;RU=T;SB=-8.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:18,62,13:92:94:2987,314,94,1398,0,1178 chrXIII 97876 . A AT 1205.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.117;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=32.9962;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.004;QD=19.45;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.303;SB=-1.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,46:62:99:1248,109,0 chrXIII 99274 . C CA 1580.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.403;DP=136;FS=3.777;HaplotypeScore=73.4385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.38;MQ0=0;MQRankSum=0.921;QD=11.62;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.860;SB=-7.455e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,81:136:87:1620,0,87 chrXIII 99599 . CATATAT C 1706.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=205.0752;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.10;MQ0=0;QD=38.79;RPA=9,6;RU=AT;SB=-7.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,31:44:78:1749,78,0 chrXIII 108637 . CA C 1785.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.169;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=190.5210;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.296;QD=18.22;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.016;SB=-8.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,81:98:99:1828,195,0 chrXIII 110970 . A AAAACAATCAGGC 11267 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=24.0867;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.84;MQ0=0;QD=126.60;SB=-3.802e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,68:89:99:11267,247,0 chrXIII 111799 . C CA 1793.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.077;DP=109;FS=3.971;HaplotypeScore=35.5306;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.914;QD=16.46;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.418;SB=-7.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,69:109:99:1836,104,0 chrXIII 120604 . GTTCTTCTTC G 14857 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=239;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=50.3617;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.82;MQ0=0;QD=62.16;RPA=7,4;RU=TTC;SB=-4.928e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,191:239:99:14857,544,0 chrXIII 121929 . G GT 2629.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=819.5083;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.13;MQ0=0;QD=24.58;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.168e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,98:107:99:2672,284,0 chrXIII 122778 . C CGTTCCTGTTCTTATT 12843 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=72.0505;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.01;MQ0=0;QD=128.43;SB=-2.130e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,67:100:99:12843,262,0 chrXIII 122959 . GACACTTTTTTGCTTA G 6352 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=10.1092;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.81;MQ0=0;QD=109.52;SB=-1.516e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,53:58:99:6352,153,0 chrXIII 124042 . A AT 3764 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.404;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=1273.8209;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.06;MQ0=0;MQRankSum=1.315;QD=24.93;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=1.393;SB=-1.531e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,137:151:99:3764,389,0 chrXIII 124563 . G GC 1741.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=257.6853;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.90;MQ0=0;QD=31.11;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,47:56:99:1784,132,0 chrXIII 132696 . AATTATGGGAGATCGTTGATG A 12694 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=726.5939;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.95;MQ0=0;QD=119.75;SB=-6.337e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,63:106:99:12694,184,0 chrXIII 135265 . G GAT 345.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.737;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=152.7510;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.737;QD=10.46;RPA=6,7;RU=AT;ReadPosRankSum=-1.737;SB=-1.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,10:33:1:383,1,0 chrXIII 140131 . C CAA 3167.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.709;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=462.4685;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.32;MQ0=0;MQRankSum=0.643;QD=26.85;RPA=5,7;RU=A;ReadPosRankSum=-1.138;SB=-1.396e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,96:118:99:3210,290,0 chrXIII 141600 . GT G 1379.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=101.5147;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.77;MQ0=0;QD=26.54;RPA=4,3;RU=T;SB=-6.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,50:52:99:1422,135,0 chrXIII 141812 . GC G 2664.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=92.2307;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.70;MQ0=0;QD=30.99;RPA=4,3;RU=C;SB=-1.087e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,80:86:99:2707,235,0 chrXIII 141967 . C CA 3669 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=555.0019;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.25;MQ0=0;QD=29.59;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.342e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,119:124:99:3669,343,0 chrXIII 146087 . TCCATACA T 4331 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=17.7058;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.89;MQ0=0;QD=61.00;RPA=3,2;RU=CCATACA;SB=-1.334e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,55:71:99:4331,160,0 chrXIII 159085 . GT G 2164.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=21.1458;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.40;MQ0=0;QD=20.62;RPA=9,8;RU=T;SB=-9.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,86:105:99:2207,260,0 chrXIII 163391 . G GA 2571.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.112;DP=114;FS=3.867;HaplotypeScore=252.8677;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=0.128;QD=22.56;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.346;SB=-1.020e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,92:114:99:2614,260,0 chrXIII 165375 . TTCTC T 969.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5576;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.18;MQ0=0;QD=46.19;RPA=7,5;RU=TC;SB=-5.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,19:21:51:1012,51,0 chrXIII 167431 . GA G 4370 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=44.8674;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.54;MQ0=0;QD=32.13;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.783e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,130:136:99:4370,373,0 chrXIII 167952 . T TA 5001 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=1061.6198;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.91;MQ0=0;QD=38.47;SB=-1.667e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,122:130:99:5001,364,0 chrXIII 168067 . A AT 3695 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=418.8543;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.36;MQ0=0;QD=26.02;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.349e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,126:142:99:3695,370,0 chrXIII 168885 . AT A 1261.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=85.3700;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.21;MQ0=0;QD=21.39;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,52:58:99:1304,150,0 chrXIII 169058 . C CT 469.18 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.230;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=119.3627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.558;QD=10.20;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.361;SB=-1.032e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:46:10:508,0,10 chrXIII 169103 . A ATT 2256.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=108.0916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.83;MQ0=0;QD=31.35;RPA=8,10;RU=T;SB=-1.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,59:72:99:2299,193,0 chrXIII 169473 . ATTATTATTG A 12082 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=447.3459;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.15;MQ0=0;QD=77.45;SB=-4.057e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,150:156:99:12082,421,0 chrXIII 169808 . GA G 1894.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=273.7289;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.92;MQ0=0;QD=23.11;RPA=6,5;RU=A;SB=-4.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,73:82:99:1937,204,0 chrXIII 171487 . C CT 1818.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.183;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=33.3058;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.350;QD=19.35;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.383;SB=-5.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,61:94:99:1861,171,0 chrXIII 179693 . A AACTACT 3054.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=347.2580;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.45;MQ0=0;QD=39.67;RPA=6,8;RU=ACT;SB=-1.537e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:51,25:75:99:3097,176,0 chrXIII 179811 . G GT 742.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=29.9260;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.89;MQ0=0;QD=25.62;RPA=6,7;RU=T;SB=-3.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,27:29:81:785,81,0 chrXIII 183702 . AT A 489.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=42.2303;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.99;MQ0=0;QD=27.22;RPA=3,2;RU=T;SB=-7.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,16:18:45:532,45,0 chrXIII 183720 . G GA 508.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=71.4371;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.26;MQ0=0;QD=25.45;RPA=3,4;RU=A;SB=-6.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,19:20:51:551,51,0 chrXIII 183982 . AT A 383.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=35.1494;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.14;MQ0=0;QD=27.43;RPA=3,2;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,12:14:36:426,36,0 chrXIII 192137 . C CA 1262.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.379;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=198.0502;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.87;MQ0=0;MQRankSum=0.955;QD=25.26;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.035;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:50:99:1305,122,0 chrXIII 195892 . T TAAG 4153 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=383.0176;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.58;MQ0=0;QD=51.27;SB=-1.285e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,71:79:99:4153,220,0 chrXIII 201934 . C CTA 535.10 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.737;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=453.9728;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.26;MQ0=0;MQRankSum=0.401;QD=41.16;ReadPosRankSum=1.470;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,12:13:12:574,0,12 chrXIII 209069 . CTT C 307.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.470;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=50.6245;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.668;QD=15.40;RPA=14,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.935;SB=-1.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,11:20:35:350,35,0 chrXIII 209870 . A AATG 5530 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.624;DP=229;FS=0.000;HaplotypeScore=64.4907;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.74;MQ0=0;MQRankSum=1.692;QD=24.15;RPA=11,12;RU=ATG;ReadPosRankSum=2.141;SB=-2.553e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:93,134:229:74:5530,74,0 chrXIII 214063 . A AT 4941 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=188;FS=0.000;HaplotypeScore=426.5400;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.69;MQ0=0;QD=26.28;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.731e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,167:188:99:4941,493,0 chrXIII 225560 . AT A 2912.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=1129.7245;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.67;MQ0=0;QD=23.12;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.137e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,114:125:99:2955,315,0 chrXIII 226971 . GA G 1295.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=120.2563;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.18;MQ0=0;QD=24.92;RPA=6,5;RU=A;SB=-2.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,49:52:99:1338,144,0 chrXIII 233275 . G GTATTTATT 293.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3210;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.48;MQ0=0;QD=7.52;RPA=4,6;RU=TATT;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,11:39:15:335,15,0 chrXIII 234635 . TA T 791.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=146.5345;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.03;MQ0=0;QD=24.75;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,26:32:82:834,82,0 chrXIII 236652 . CTT C 1828.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=42.2306;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.39;MQ0=0;QD=22.04;RPA=12,10;RU=T;SB=-7.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,55:83:99:1871,172,0 chrXIII 238303 . TACAACAACA T 1502.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=390.7837;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.16;MQ0=0;QD=27.33;RPA=7,4;RU=ACA;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,16:55:48:1545,48,0 chrXIII 238950 . TA T 971.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=104.6968;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=21.13;RPA=8,7;RU=A;SB=-3.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,43:46:99:1014,120,0 chrXIII 239353 . CATATATATATATATAT C 10208 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=176.9212;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.29;MQ0=0;QD=124.49;RPA=16,8;RU=AT;SB=-4.959e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,63:82:99:10208,193,0 chrXIII 245861 . GGATGAAGAA G 13052 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=197;FS=0.000;HaplotypeScore=46.1124;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.62;MQ0=0;QD=66.25;RPA=2,1;RU=GATGAAGAA;SB=-3.369e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,163:197:99:13052,424,0 chrXIII 247502 . TTA T 1567.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=109.8749;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.37;MQ0=0;QD=26.13;RPA=6,5;RU=TA;SB=-5.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,45:60:99:1610,126,0 chrXIII 250989 . C CT 1963.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.459;DP=90;FS=3.367;HaplotypeScore=119.4478;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.182;QD=21.82;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.547;SB=-9.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,67:90:99:2006,202,0 chrXIII 251590 . C CGTTT 9000 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=174;FS=0.000;HaplotypeScore=921.2507;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.76;MQ0=0;QD=51.72;RPA=1,2;RU=GTTT;SB=-3.002e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,161:174:99:9000,460,0 chrXIII 251659 . A AT 3164.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=626.4646;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.99;MQ0=0;QD=29.31;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.588e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,88:108:99:3207,258,0 chrXIII 251661 . G GA 1132.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.475;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=727.6921;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.70;MQ0=0;MQRankSum=1.858;QD=10.89;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.153;SB=-5.709e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:51,46:104:60:1175,60,0 chrXIII 255034 . G GTAGCACTGA 7998 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=33.8322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.00;MQ0=0;QD=62.00;RPA=1,2;RU=TAGCACTGA;SB=-3.648e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,104:129:99:7998,310,0 chrXIII 259390 . T TC 3715 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=28.2559;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.58;MQ0=0;QD=30.70;RPA=2,3;RU=C;SB=-1.570e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,115:121:99:3715,325,0 chrXIII 262725 . CA C 4175 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=183;FS=0.000;HaplotypeScore=477.8134;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.66;MQ0=0;QD=22.81;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.912e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,166:183:99:4175,474,0 chrXIII 263068 . A AAT 6080 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=361.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.08;MQ0=0;QD=42.22;SB=-2.849e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,136:144:99:6080,403,0 chrXIII 263321 . A AGT 2414.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=35.2301;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.66;MQ0=0;QD=33.08;RPA=4,5;RU=GT;SB=-1.211e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,66:73:99:2457,184,0 chrXIII 264337 . A AT 3927 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=105.4878;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.28;SB=-1.759e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,102:118:99:3927,316,0 chrXIII 266854 . C CATATAT 607.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=37.8462;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=30.40;RPA=7,10;RU=AT;SB=-2.637e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,6:20:30:650,30,0 chrXIII 268058 . AT A 159.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=58.2318;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.47;MQ0=0;QD=17.78;RPA=5,4;RU=T;SB=-7.277e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,6:9:24:202,24,0 chrXIII 268101 . GT G 606.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=33.4901;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.15;MQ0=0;QD=23.34;RPA=6,5;RU=T;SB=-2.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:69:649,69,0 chrXIII 268384 . TA T 3425 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=295.9326;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.72;MQ0=0;QD=37.23;SB=-1.514e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,89:92:99:3425,262,0 chrXIII 272284 . C CACAACA 13476 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=245;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=61.8785;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=55.00;RPA=5,7;RU=ACA;SB=-5.750e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:60,178:245:99:13476,536,0 chrXIII 272748 . A AT 2173.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.201;DP=106;FS=5.195;HaplotypeScore=718.6813;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.02;MQ0=0;MQRankSum=0.685;QD=20.51;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.410;SB=-6.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,76:106:99:2216,231,0 chrXIII 272762 . GT G 2258.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=624.2733;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.09;MQ0=0;QD=24.55;RPA=5,4;RU=T;SB=-7.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,78:92:99:2301,234,0 chrXIII 272928 . A AC 2807.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=132.2547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.30;MQ0=0;QD=28.36;RPA=5,6;RU=C;SB=-7.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,94:99:99:2850,271,0 chrXIII 274004 . G GA 4113 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;DP=200;FS=1.165;HaplotypeScore=103.7660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.245;QD=20.57;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.794;SB=-1.725e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,169:200:99:4113,223,0 chrXIII 275577 . C CT 3498 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=28.9823;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.72;MQ0=0;QD=30.96;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.027e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,106:113:99:3498,310,0 chrXIII 275801 . T TAATA 6530 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=1454.7108;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.43;MQ0=0;QD=55.34;RPA=1,2;RU=AATA;SB=-2.743e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,99:118:99:6530,319,0 chrXIII 277274 . TA T 1986.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=188.6655;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.53;MQ0=0;QD=21.37;RPA=8,7;RU=A;SB=-8.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,80:93:99:2029,231,0 chrXIII 279911 . A AT 2777.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.056;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=251.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.45;MQ0=0;MQRankSum=0.888;QD=21.21;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.578;SB=-1.346e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,110:131:99:2820,224,0 chrXIII 280725 . GGAAGCAGAGGCAGAGGCA G 20442 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=245;FS=0.000;HaplotypeScore=596.1105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.04;MQ0=0;QD=83.44;SB=-8.748e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,237:245:99:20442,693,0 chrXIII 297065 . T TG 3849 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=92.7016;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.62;MQ0=0;QD=37.74;SB=-1.529e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:3849,295,0 chrXIII 298097 . A AT 2334.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.655;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=426.8309;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.386;QD=22.24;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=1.270;SB=-1.183e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,95:105:99:2377,259,0 chrXIII 300587 . T TA 3859 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=209.4630;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.68;MQ0=0;QD=36.41;SB=-1.592e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,91:106:99:3859,292,0 chrXIII 300758 . A AG 2708.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=126.7145;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;QD=36.12;SB=-1.229e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,70:75:99:2751,208,0 chrXIII 300804 . C CA 2514.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=181.7047;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;QD=25.66;RPA=4,5;RU=A;SB=-7.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,86:98:99:2557,250,0 chrXIII 307305 . C CAT 3820 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=61.9139;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.72;MQ0=1;QD=34.41;RPA=1,2;RU=AT;SB=-1.010e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,100:110:99:3820,283,0 chrXIII 309395 . TA T 2163.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=38.2588;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.18;MQ0=0;QD=19.15;RPA=11,10;RU=A;SB=-1.070e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,95:113:99:2206,272,0 chrXIII 312134 . GA G 3323 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=250.5482;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.17;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.087e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,116:127:99:3323,351,0 chrXIII 312171 . G GA 3868 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=240.5220;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.17;MQ0=0;QD=29.53;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.482e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,118:131:99:3868,361,0 chrXIII 344221 . A AT 953.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=13.5426;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.57;MQ0=0;QD=25.10;RPA=5,6;RU=T;SB=-8.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,37:38:99:996,99,0 chrXIII 348323 . A AT 1034.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.395;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=21.5294;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.631;QD=15.00;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.738;SB=-2.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,40:69:78:1077,78,0 chrXIII 352374 . AT A 3362 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.527;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=37.4531;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.10;MQ0=0;MQRankSum=0.757;QD=21.55;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.372;SB=-1.681e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,141:156:99:3362,376,0 chrXIII 353477 . CT C 3225.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=34.3946;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.80;MQ0=0;QD=23.20;RPA=6,5;RU=T;SB=-8.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,123:139:99:3267,351,0 chrXIII 353678 . A AT,ATT 765.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.577;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=47.6836;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.35;MQ0=0;MQRankSum=0.476;QD=13.21;RPA=14,15,16;RU=T;ReadPosRankSum=0.426;SB=-2.147e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:25,25,6:58:71:844,149,71,437,0,422 chrXIII 353767 . A AG 2634.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=26.0152;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.098;QD=34.67;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=0.854;SB=-5.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,72:76:99:2677,210,0 chrXIII 354750 . AT A 6622 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=203;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=132.5365;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.95;MQ0=0;QD=32.62;SB=-2.048e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,191:202:99:6622,560,0 chrXIII 354821 . CA C 3233.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=184.7622;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=24.87;RPA=5,4;RU=A;SB=-7.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,110:129:99:3276,331,0 chrXIII 355292 . GT G 3537 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=32.4309;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.00;MQ0=0;QD=25.26;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.347e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,134:140:99:3537,381,0 chrXIII 356112 . A AGAGGAAGAG 9670 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=170;FS=0.000;HaplotypeScore=33.8925;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.44;MQ0=0;QD=56.88;RPA=2,3;RU=GAGGAAGAG;SB=-4.445e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:67,100:170:99:9670,280,0 chrXIII 363140 . CT C 4027 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=201;FS=0.000;HaplotypeScore=58.4192;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.91;MQ0=0;QD=20.03;RPA=9,8;RU=T;SB=-7.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,170:201:99:4027,474,0 chrXIII 371798 . AT A 1819.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=548.2691;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.76;MQ0=0;QD=23.33;RPA=8,7;RU=T;SB=-6.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,73:78:99:1862,210,0 chrXIII 372555 . ACTAATAAATCTT A 4956 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=141.1860;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.05;MQ0=0;QD=76.25;RPA=2,1;RU=CTAATAAATCTT;SB=-5.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,40:65:99:4956,117,0 chrXIII 380311 . GAA G 1686.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=156.2605;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.97;MQ0=0;QD=27.21;RPA=14,12;RU=A;SB=-5.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,52:62:99:1729,156,0 chrXIII 386028 . AT A 2324.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=24.6966;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.50;MQ0=0;QD=21.93;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.077e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,98:106:99:2367,279,0 chrXIII 388684 . TTATATATATATATA T 12288 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=38.1582;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.05;MQ0=0;QD=87.77;RPA=14,7;RU=TA;SB=-5.927e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,101:140:99:12288,289,0 chrXIII 392683 . AG A 5636 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;FS=0.000;HaplotypeScore=35.3895;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.51;MQ0=0;QD=33.55;SB=-2.708e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,161:168:99:5636,460,0 chrXIII 394870 . TA T 1743.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=296.4088;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=21.80;RPA=10,9;RU=A;SB=-8.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,73:80:99:1786,213,0 chrXIII 396553 . G GA 5314 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=199;FS=0.000;HaplotypeScore=429.8886;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=26.70;RPA=5,6;RU=A;SB=-2.419e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,168:199:99:5314,526,0 chrXIII 399471 . TA T 2540.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=22.6748;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.03;MQ0=0;QD=22.10;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.141e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,105:115:99:2583,297,0 chrXIII 405653 . C CT 2336.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.047;DP=128;FS=1.879;HaplotypeScore=48.7732;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.680;QD=18.26;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.506;SB=-9.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,84:128:99:2379,177,0 chrXIII 406257 . TAA T 2612.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.557;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=294.3906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.48;MQ0=0;MQRankSum=0.855;QD=27.80;RPA=12,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.548;SB=-1.187e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,80:94:99:2655,233,0 chrXIII 409001 . CA C 2370.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.060;DP=131;FS=3.033;HaplotypeScore=53.1160;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.70;MQ0=0;MQRankSum=1.064;QD=18.10;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.227;SB=-1.180e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,107:131:99:2413,256,0 chrXIII 409194 . GACAACAGCATCAACA G 17417 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=213;FS=0.000;HaplotypeScore=55.5912;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.68;MQ0=0;QD=81.77;RPA=2,1;RU=ACAACAGCATCAACA;SB=-7.276e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:59,151:213:99:17417,436,0 chrXIII 409507 . T TAACAACAGC 6028 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=181.3820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.31;MQ0=0;QD=46.37;RPA=3,4;RU=AACAACAGC;SB=-1.125e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:69,60:130:99:6028,175,0 chrXIII 409869 . CCCATCA C 7177 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=28.6108;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.23;MQ0=1;QD=62.96;RPA=3,2;RU=CCATCA;SB=-2.748e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,101:113:99:7177,280,0 chrXIII 410428 . CAAT C 6511 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=178;FS=0.000;HaplotypeScore=48.0298;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=36.58;RPA=5,4;RU=AAT;SB=-2.623e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,146:178:99:6511,421,0 chrXIII 411264 . A ATT 6495 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=38.7978;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.17;MQ0=0;QD=40.09;RPA=2,4;RU=T;SB=-2.947e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,157:162:99:6495,454,0 chrXIII 411379 . CTTT C 3556 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=280.6602;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.077;QD=28.22;RPA=12,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.423;SB=-1.419e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:63,60:126:99:3556,260,0 chrXIII 411461 . GT G 1942.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.232;DP=142;FS=1.896;HaplotypeScore=138.8468;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.15;MQ0=0;MQRankSum=0.292;QD=13.68;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.849;SB=-8.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:52,85:142:99:1985,175,0 chrXIII 413560 . C CA 4347 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=30.4626;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.67;MQ0=0;QD=30.61;RPA=2,3;RU=A;SB=-2.051e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,136:142:99:4347,379,0 chrXIII 420077 . AT A 4658 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=568.0218;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.23;MQ0=0;QD=32.80;RPA=2,1;RU=T;SB=-2.165e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,138:142:99:4658,403,0 chrXIII 420283 . GA G 3031.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=134.8954;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.26;MQ0=0;QD=25.91;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.366e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,108:117:99:3074,295,0 chrXIII 420582 . T TA 2118.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=231.6510;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.18;MQ0=0;QD=25.53;RPA=5,6;RU=A;SB=-9.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,74:82:99:2161,216,0 chrXIII 420789 . CTT C 2393.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=283.8361;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.19;MQ0=0;QD=32.79;RPA=6,4;RU=T;SB=-8.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,65:71:99:2436,187,0 chrXIII 421112 . TC T 349.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=52.8929;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.05;MQ0=0;QD=23.33;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,13:15:36:392,36,0 chrXIII 424855 . C CTT 3290 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.056;DP=145;FS=4.841;HaplotypeScore=472.2376;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.896;QD=22.69;ReadPosRankSum=0.772;SB=-1.454e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:61,61:144:99:3290,293,0 chrXIII 425025 . C CT 2539.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.503;DP=134;FS=4.810;HaplotypeScore=853.4619;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.18;MQ0=0;MQRankSum=0.337;QD=18.95;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.255;SB=-1.159e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,93:133:99:2582,295,0 chrXIII 426224 . A AT 706.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=145.0589;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.57;MQ0=0;QD=17.24;RPA=12,13;RU=T;SB=-3.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,32:41:90:749,90,0 chrXIII 431536 . GT G 1381.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.886;DP=90;FS=2.026;HaplotypeScore=34.5695;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.347;QD=15.36;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.578;SB=-6.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,68:90:97:1424,97,0 chrXIII 437392 . A AC 4471 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=167;FS=0.000;HaplotypeScore=156.9901;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.15;MQ0=0;QD=26.77;RPA=6,7;RU=C;SB=-1.721e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,151:167:99:4471,433,0 chrXIII 448902 . C CG 4205 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=1124.7046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.01;MQ0=0;QD=32.60;RPA=2,3;RU=G;SB=-1.955e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,120:129:99:4205,364,0 chrXIII 451211 . G GCTT 8779 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=209;FS=0.000;HaplotypeScore=53.4436;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.74;MQ0=0;QD=42.00;RPA=3,4;RU=CTT;SB=-3.974e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,165:209:99:8779,518,0 chrXIII 453505 . G GC 5902 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=197;FS=0.000;HaplotypeScore=267.3478;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.94;MQ0=0;QD=29.96;RPA=3,4;RU=C;SB=-2.285e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,186:197:99:5902,532,0 chrXIII 480741 . G GTT 1141.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=168.1385;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.02;MQ0=0;QD=34.60;RPA=6,8;RU=T;SB=-1.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,31:33:93:1184,93,0 chrXIII 481050 . A AC 2722.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.396;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=648.1136;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.245;QD=26.44;ReadPosRankSum=2.343;SB=-6.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,93:103:99:2765,267,0 chrXIII 481875 . T TA 3092.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=374.0715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.18;MQ0=0;QD=26.21;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.478e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,103:118:99:3135,295,0 chrXIII 481989 . C CA 4768 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=665.7391;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.20;MQ0=0;QD=29.80;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.841e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,149:160:99:4768,442,0 chrXIII 482113 . GA G 3321 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.693;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=32.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=1.652;QD=22.29;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.853;SB=-1.475e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,132:149:99:3321,362,0 chrXIII 489756 . CTAC C 4436 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.640;DP=174;FS=11.931;HaplotypeScore=2097.0459;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.971;QD=25.49;ReadPosRankSum=7.878;SB=-2.054e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,0:174:99:4436,0,524 chrXIII 489758 . ACACCCGCTGCT A 13847 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=6.429;DP=156;FS=2.110;HaplotypeScore=1128.6930;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.79;MQ0=0;MQRankSum=-2.174;QD=88.76;ReadPosRankSum=6.423;SB=-6.805e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,110:156:99:13847,166,0 chrXIII 494984 . TA T 4294 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=590.7896;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.02;MQ0=0;QD=29.41;SB=-8.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,144:146:99:4294,421,0 chrXIII 502824 . AT A 2416.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=260.1037;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;QD=28.43;RPA=3,2;RU=T;SB=-9.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,72:85:99:2459,208,0 chrXIII 502862 . A AT 2094.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=341.8249;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;QD=24.36;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.006e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,80:86:99:2137,228,0 chrXIII 503636 . G GTAAAATC 2445.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=285.3915;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.09;MQ0=0;QD=49.92;RPA=1,2;RU=TAAAATC;SB=-9.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,29:49:87:2488,87,0 chrXIII 509281 . A ATT 7432 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=206;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=55.1061;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.04;MQ0=1;QD=36.08;RPA=3,5;RU=T;SB=-3.454e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,190:205:99:7432,542,0 chrXIII 511310 . T TA 4424 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.034;DP=179;FS=0.000;HaplotypeScore=212.8314;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.585;QD=24.72;RPA=5,6;RU=A;ReadPosRankSum=-0.126;SB=-1.348e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,164:179:99:4424,426,0 chrXIII 511585 . CT C 3497 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=74.3163;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.59;MQ0=0;QD=21.72;RPA=9,8;RU=T;SB=-3.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,146:161:99:3497,416,0 chrXIII 512087 . GTT G 2180.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.783;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=311.6084;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.65;MQ0=0;MQRankSum=0.957;QD=22.25;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.667;SB=-1.097e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,69:98:99:2223,194,0 chrXIII 512547 . A AAGTT 9841 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=187;FS=0.000;HaplotypeScore=1648.2173;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.20;MQ0=0;QD=52.63;RPA=1,2;RU=AGTT;SB=-2.917e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,156:187:99:9841,482,0 chrXIII 512572 . ATTT A 7637 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=189;FS=0.000;HaplotypeScore=1612.5164;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.02;MQ0=0;QD=40.41;RPA=10,7;RU=T;SB=-3.036e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,170:189:99:7637,503,0 chrXIII 514095 . C CTT 1364.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=213.9057;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.19;MQ0=0;QD=23.95;RPA=8,10;RU=T;SB=-6.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,36:57:99:1407,114,0 chrXIII 514293 . A AT 1058.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.101;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=203.7482;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.88;MQ0=0;MQRankSum=1.501;QD=16.55;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=-0.340;SB=-4.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,46:64:80:1101,80,0 chrXIII 558682 . CAA C 1964.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.416;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=52.8353;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.86;MQ0=0;MQRankSum=1.204;QD=21.83;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.807;SB=-6.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,61:89:99:2007,164,0 chrXIII 558882 . TA T 2430.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=496.9450;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.10;MQ0=0;QD=31.57;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.153e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,69:77:99:2473,205,0 chrXIII 559048 . TAA T 1575.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.461;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=154.3972;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.29;MQ0=0;MQRankSum=0.849;QD=24.62;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.985;SB=-5.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,44:64:99:1618,148,0 chrXIII 559097 . T TA 1975.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.909;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=274.6246;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.256;QD=21.96;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.650;SB=-5.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,72:90:99:2018,215,0 chrXIII 562854 . A AT 4086 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=825.9633;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.55;MQ0=0;QD=30.27;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.624e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,122:135:99:4086,364,0 chrXIII 562891 . CT C 3009.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=906.7110;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.48;MQ0=0;QD=24.88;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.375e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,107:121:99:3052,310,0 chrXIII 571250 . CAAAA C 3374 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.654;DP=115;FS=5.880;HaplotypeScore=345.5246;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.46;MQ0=0;MQRankSum=1.295;QD=29.34;RPA=16,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.782;SB=-1.491e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,73:115:99:3374,186,0 chrXIII 572872 . GAA G 2239.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=170.1734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.78;MQ0=0;QD=30.68;RPA=8,6;RU=A;SB=-1.133e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,61:73:99:2282,184,0 chrXIII 573957 . G GA 2591.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.120;DP=121;FS=3.054;HaplotypeScore=29.7659;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.012;QD=21.42;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.702;SB=-1.244e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,93:121:99:2634,250,0 chrXIII 574322 . CT C 5023 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=30.1109;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.88;MQ0=0;QD=34.17;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.459e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,144:147:99:5023,415,0 chrXIII 587715 . G GTTA 2314.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=83.9365;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.64;MQ0=0;QD=39.24;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,53:59:99:2357,162,0 chrXIII 588597 . TTGC T 2254.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.876;DP=235;DS;FS=0.572;HaplotypeScore=3636.2766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.34;MQ0=0;MQRankSum=-6.342;QD=9.60;ReadPosRankSum=-7.194;SB=-9.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:173,59:235:99:2294,0,3147 chrXIII 588603 . TTGC T 3531 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.311;DP=229;DS;FS=13.314;HaplotypeScore=3489.3461;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.354;QD=15.42;RPA=2,1;RU=TGC;ReadPosRankSum=5.889;SB=-1.421e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:163,58:229:1:3531,1,0 chrXIII 588654 . C CTGT 8274 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.487;DP=235;DS;FS=14.428;HaplotypeScore=3188.0711;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.89;MQ0=0;MQRankSum=2.554;QD=35.21;RPA=1,2;RU=TGT;ReadPosRankSum=-3.490;SB=-3.999e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:64,171:235:99:8274,110,0 chrXIII 609107 . CCAG C 2271.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.248;DP=134;DS;FS=97.230;HaplotypeScore=1873.4811;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.23;MQ0=14;MQRankSum=-3.152;QD=16.95;ReadPosRankSum=-3.042;SB=-1.145e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,47:118:99:2311,0,2549 chrXIII 609134 . C CCAG 2274.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.330;DP=83;FS=5.408;HaplotypeScore=1184.8036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.96;MQ0=7;MQRankSum=2.478;QD=27.41;ReadPosRankSum=0.836;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,46:75:99:2314,0,786 chrXIII 609678 . TTCC T 1279.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.929;DP=56;FS=18.304;HaplotypeScore=851.9877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.20;MQ0=25;MQRankSum=-1.613;QD=22.86;ReadPosRankSum=-1.107;SB=-7.457e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:29:99:1319,0,107 chrXIII 609686 . A AC 746.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.875;DP=58;FS=14.914;HaplotypeScore=952.7833;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.52;MQ0=25;MQRankSum=-0.425;QD=12.88;ReadPosRankSum=1.875;SB=-7.055e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,25:31:99:786,0,121 chrXIII 609691 . AAGAG A 1526.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.625;DP=58;FS=14.914;HaplotypeScore=874.7772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.52;MQ0=25;MQRankSum=-0.675;QD=26.33;ReadPosRankSum=2.525;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,25:31:99:1566,0,260 chrXIII 609809 . CCAG C 2778.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.270;DP=135;FS=133.940;HaplotypeScore=1925.0389;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.51;MQ0=0;MQRankSum=2.454;QD=20.58;ReadPosRankSum=-0.989;SB=-8.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,52:124:99:2818,0,2242 chrXIII 611332 . T TGTTA 7043 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=26.0159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.64;MQ0=0;QD=56.80;SB=-2.856e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,114:124:99:7043,343,0 chrXIII 628843 . TAA T 894.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=36.8365;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.72;MQ0=0;QD=29.83;RPA=11,9;RU=A;SB=-1.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:81:937,81,0 chrXIII 645333 . C CA 5030 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=48.9546;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.47;MQ0=0;QD=32.04;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.758e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,154:157:99:5030,442,0 chrXIII 651503 . CA C 3786 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=410.8773;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.78;MQ0=0;QD=26.29;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.552e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,134:144:99:3786,388,0 chrXIII 652533 . C CT 1702.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.125;DP=152;FS=2.943;HaplotypeScore=59.1887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQ0=0;MQRankSum=0.154;QD=11.20;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=-1.445;SB=-5.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,88:152:42:1742,0,42 chrXIII 667202 . CAA C 1475.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.444;DP=140;FS=34.054;HaplotypeScore=345.2096;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.61;MQ0=0;MQRankSum=2.982;QD=10.54;RPA=17,15;RU=A;ReadPosRankSum=3.381;SB=-2.153e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:72,55:140:14:1517,14,0 chrXIII 674863 . G GA 728.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.702;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=146.8180;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=9.22;RPA=17,18;RU=A;ReadPosRankSum=-1.590;SB=-1.861e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:55,20:78:16:770,16,0 chrXIII 675127 . C CA 2747.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=169.8570;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.68;MQ0=0;QD=25.92;RPA=4,5;RU=A;SB=-7.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,83:106:99:2790,276,0 chrXIII 675387 . G GT 3162.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=44.0729;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=21.09;RPA=9,10;RU=T;SB=-1.244e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,108:150:99:3205,366,0 chrXIII 685884 . CA C 2301.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=26.0481;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=22.13;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.032e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,92:104:99:2344,276,0 chrXIII 687366 . GTT G,GT 1279.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=34.0300;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.23;MQ0=0;QD=14.38;RPA=13,11,12;RU=T;SB=-6.637e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:22,11,0:89:81:1358,1073,1203,259,0,81 chrXIII 698382 . A AT 2735.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=414.0304;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.74;MQ0=0;QD=24.43;RPA=7,8;RU=T;SB=-6.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,100:112:99:2778,294,0 chrXIII 698679 . TAAA T 1336.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=148.9522;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.40;MQ0=0;QD=25.71;RPA=17,14;RU=A;SB=-6.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,32:52:99:1379,108,0 chrXIII 698766 . GA G 2569.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=134.3185;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.10;MQ0=0;QD=22.54;RPA=8,7;RU=A;SB=-9.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,109:114:99:2612,297,0 chrXIII 703444 . ATTT A 1784.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=262.9976;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.86;MQ0=0;QD=46.97;RPA=5,2;RU=T;SB=-1.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:99:1827,105,0 chrXIII 703560 . CTT C 1471.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=965.9032;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=30.67;RPA=3,1;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,41:48:99:1514,123,0 chrXIII 703564 . CTGAAATACGTT C 5325 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=502.8046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=129.88;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:5325,123,0 chrXIII 718367 . AT A 1412.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=224.1302;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.91;MQ0=0;QD=18.59;RPA=11,10;RU=T;SB=-1.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,69:76:99:1455,180,0 chrXIII 751553 . CA C 2994.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=39.5095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.43;MQ0=0;QD=20.10;RPA=10,9;RU=A;SB=-9.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,129:149:99:3037,362,0 chrXIII 752958 . ATT A 604.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.341;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=14.7741;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=1.313;QD=22.41;RPA=12,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.057;SB=-2.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,19:27:57:647,57,0 chrXIII 756824 . G GT 455.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.679;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=45.3012;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.82;MQ0=0;MQRankSum=0.088;QD=8.00;RPA=17,18;RU=T;ReadPosRankSum=-2.269;SB=-7.199e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,12:57:41:498,41,0 chrXIII 756967 . ATTCTT A 297.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.792;DP=29;FS=18.340;HaplotypeScore=29.0171;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.61;MQ0=0;MQRankSum=0.475;QD=10.27;ReadPosRankSum=-2.932;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,11:29:99:337,0,726 chrXIII 758843 . T TA 7698 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=231;FS=0.000;HaplotypeScore=130.4527;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.36;MQ0=0;QD=33.32;RPA=1,2;RU=A;SB=-2.944e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,216:231:99:7698,614,0 chrXIII 759081 . C CG 5542 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.909;DP=247;DS;FS=1.720;HaplotypeScore=1107.4816;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.19;MQ0=0;MQRankSum=0.967;QD=22.44;ReadPosRankSum=3.160;SB=-1.548e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,209:247:99:5542,621,0 chrXIII 759082 . A AT 5197 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=5.709;DP=245;DS;FS=4.505;HaplotypeScore=1133.4431;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.24;MQ0=0;MQRankSum=0.117;QD=21.21;ReadPosRankSum=5.254;SB=-1.381e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,209:245:99:5197,489,0 chrXIII 759285 . AG A 6132 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=199;FS=0.000;HaplotypeScore=859.5026;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.93;MQ0=0;QD=30.81;SB=-2.552e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,177:199:99:6132,559,0 chrXIII 759298 . TA T 6143 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=187;FS=0.000;HaplotypeScore=821.6477;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.21;MQ0=0;QD=32.85;RPA=3,2;RU=A;SB=-2.581e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,177:187:99:6143,524,0 chrXIII 759679 . C CT 4496 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=140.0787;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.77;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.868e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,137:151:99:4496,418,0 chrXIII 762557 . CAA C 2772.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=26.6787;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.00;MQ0=1;QD=34.23;RPA=6,4;RU=A;SB=-1.317e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,73:80:99:2815,214,0 chrXIII 762845 . AGGG A 8175 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=1150.2755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.01;MQ0=0;QD=54.14;SB=-2.205e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,140:151:99:8175,406,0 chrXIII 763192 . G GA 2105.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=467.0759;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.56;MQ0=0;QD=24.49;RPA=6,7;RU=A;SB=-9.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,74:86:99:2148,222,0 chrXIII 763221 . G GA 2589.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=344.0709;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.57;MQ0=0;QD=31.20;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.208e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,80:83:99:2632,229,0 chrXIII 774724 . CA C 1037.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.965;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=22.3722;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.857;QD=14.22;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.658;SB=-4.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,51:73:96:1080,96,0 chrXIII 774965 . A AAG 2375.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=17.5818;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.06;MQ0=0;QD=36.55;RPA=2,3;RU=AG;SB=-3.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,57:65:99:2418,169,0 chrXIII 779300 . CT C 741.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.629;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=38.2893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.46;MQ0=0;MQRankSum=0.858;QD=8.33;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.172;SB=-3.262e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,41:89:35:783,35,0 chrXIII 779631 . A ACTC 3847 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=22.5175;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.381;QD=41.82;RPA=3,4;RU=CTC;ReadPosRankSum=0.066;SB=-1.630e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,80:92:99:3847,226,0 chrXIII 789974 . G GA 2680.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.242;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=30.3662;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.402;QD=23.31;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.052;SB=-1.347e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,102:115:99:2723,271,0 chrXIII 798261 . GT G 2329.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=30.4104;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.48;MQ0=0;QD=21.38;RPA=7,6;RU=T;SB=-8.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,99:109:99:2372,264,0 chrXIII 822623 . TGA T 324.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.311;DP=37;FS=20.769;HaplotypeScore=129.7905;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.14;MQ0=4;MQRankSum=-1.601;QD=8.78;ReadPosRankSum=1.776;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,10:32:99:364,0,488 chrXIII 822628 . TCA T 293.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.256;DP=38;FS=12.784;HaplotypeScore=150.4184;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.83;MQ0=0;MQRankSum=-2.128;QD=7.74;ReadPosRankSum=1.920;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,11:37:99:333,0,665 chrXIII 822635 . GT G 403.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.055;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=144.2245;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.49;MQ0=0;MQRankSum=1.691;QD=11.54;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.055;SB=-9.498e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,21:35:38:446,38,0 chrXIII 852236 . GT G 3694 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=451.9206;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.54;MQ0=0;QD=38.88;SB=-1.418e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,92:95:99:3694,271,0 chrXIII 852310 . GA G 1454.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.954;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=148.3851;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.87;MQ0=0;MQRankSum=1.814;QD=17.53;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.777;SB=-6.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,60:83:99:1497,148,0 chrXIII 852529 . T TGTC 8187 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=29.3722;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.29;MQ0=0;QD=54.95;SB=-2.505e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,145:149:99:8187,427,0 chrXIII 854422 . C CT 1074.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.665;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=117.9785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.008;QD=11.81;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.867;SB=-5.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,39:91:71:1114,0,71 chrXIII 854478 . CT C 280.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.863;DP=43;FS=4.135;HaplotypeScore=138.7731;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.465;QD=6.52;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.465;SB=-6.144e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,20:43:4:320,4,0 chrXIII 854558 . CT C 1272.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=108.7796;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.33;MQ0=0;QD=27.67;RPA=3,2;RU=T;SB=-2.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1315,111,0 chrXIII 856903 . CA C 2352.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=36.2408;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.73;MQ0=0;QD=20.28;RPA=11,10;RU=A;SB=-8.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,107:116:99:2395,293,0 chrXIII 858326 . CCTT C 6962 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=167;FS=0.000;HaplotypeScore=44.2695;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=41.69;RPA=5,4;RU=CTT;SB=-9.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,152:167:99:6962,436,0 chrXIII 859174 . TTA T 896.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=49.4058;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.16;MQ0=0;QD=25.63;RPA=5,4;RU=TA;SB=-1.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,33:35:75:939,75,0 chrXIII 860894 . C CT 1738.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.943;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=65.6003;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.37;MQ0=0;MQRankSum=0.220;QD=15.12;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.376;SB=-5.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,83:115:74:1781,74,0 chrXIII 861850 . AAG A 4322 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=113.0380;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.46;MQ0=0;QD=32.25;RPA=7,6;RU=AG;SB=-1.797e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,120:134:99:4322,346,0 chrXIII 867234 . G GA 1170.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.055;DP=85;FS=2.829;HaplotypeScore=51.5589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.293;QD=13.78;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.135;SB=-4.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,45:85:60:1210,0,60 chrXIII 878812 . CATATATAT C 9898 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=24.6097;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=73.87;RPA=8,4;RU=AT;SB=-4.725e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,111:134:99:9898,319,0 chrXIII 886520 . TAAA T 6202 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=180;FS=0.000;HaplotypeScore=208.5796;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.51;MQ0=0;QD=34.46;RPA=11,8;RU=A;SB=-2.402e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,140:180:99:6202,415,0 chrXIII 886585 . CT C 3558 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=516.8120;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.64;MQ0=0;QD=26.95;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.504e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,114:132:99:3558,346,0 chrXIII 886952 . A AT 2926.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=229.2761;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.29;MQ0=0;QD=26.13;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.262e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,102:112:99:2969,298,0 chrXIII 892562 . TTA T 2259.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=264.6207;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.96;MQ0=0;QD=40.36;SB=-9.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:2302,159,0 chrXIII 892733 . CTA C 1487.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=10.1142;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.84;MQ0=0;QD=33.82;RPA=5,4;RU=TA;SB=-7.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,40:44:99:1530,120,0 chrXIII 901415 . GAA G 2558.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.388;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=231.0862;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.234;QD=25.09;RPA=11,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.577;SB=-6.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,79:102:99:2601,228,0 chrXIII 904192 . GAT G 5031 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=395.5791;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.15;MQ0=0;QD=34.46;RPA=5,4;RU=AT;SB=-1.876e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,134:146:99:5031,385,0 chrXIII 904468 . GA G 6128 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=232;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=607.8624;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;QD=26.41;RPA=5,4;RU=A;SB=-2.874e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,219:232:99:6128,622,0 chrXIII 914827 . GT G 1282.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.397;DP=94;FS=7.506;HaplotypeScore=150.5489;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.223;QD=13.65;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.061;SB=-4.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,63:93:99:1325,130,0 chrXIII 917288 . GGTTTAGA G 11055 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=30.1703;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.10;MQ0=0;QD=82.50;SB=-4.705e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:133:99:11055,346,0 chrXIII 917449 . T TA 3144.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.334;DP=126;FS=4.441;HaplotypeScore=449.2905;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.80;MQ0=0;MQRankSum=0.638;QD=24.96;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=-1.641;SB=-1.097e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,112:126:99:3187,316,0 chrXIII 921418 . CT C 666.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.034;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=29.0740;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.94;MQ0=13;MQRankSum=2.183;QD=13.08;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.034;SB=-6.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,33:38:59:709,59,0 chrXIII 923047 . CA C 260.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=40.6237;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.64;MQ0=31;QD=5.80;RPA=2,1;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,9:13:27:303,27,0 chrXIII 923230 . AG A 1222.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.336;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=1881.4916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.45;MQ0=0;MQRankSum=0.606;QD=13.90;RPA=4,3;RU=G;ReadPosRankSum=2.336;SB=-3.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,43:84:99:1265,99,0 chrXIII 923265 . C CA 829.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=729.9955;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.53;MQ0=0;QD=13.39;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,50:25:72:872,72,0 chrXIII 923571 . T TA 2343.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.285;DP=81;FS=17.543;HaplotypeScore=1009.9208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.76;MQ0=0;MQRankSum=2.210;QD=28.94;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=-0.668;SB=-2.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,72:80:99:2386,180,0 chrXIII 923631 . T TG 257.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=376.2893;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=16.12;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,7:16:27:300,27,0 chrXIII 923874 . G GT 712.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=483.2586;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.94;MQ0=1;QD=24.58;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,27:23:66:755,66,0 chrXIII 923880 . AG A 863.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.722;DP=30;FS=6.021;HaplotypeScore=502.2421;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.80;MQ0=1;MQRankSum=0.289;QD=28.80;ReadPosRankSum=1.589;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,27:24:29:906,29,0 chrXIII 923891 . CT C 907.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.605;DP=36;FS=5.863;HaplotypeScore=620.4433;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.10;MQ0=1;MQRankSum=-1.733;QD=25.22;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=1.605;SB=-2.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,33:29:43:950,43,0 chrXIII 923926 . AC A 480.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.140;DP=36;FS=29.114;HaplotypeScore=710.4961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.62;MQ0=1;MQRankSum=-0.028;QD=13.36;ReadPosRankSum=-0.252;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,28:29:99:520,0,133 chrXIII 923929 . AG A 528.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.655;DP=36;FS=22.424;HaplotypeScore=714.0173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.62;MQ0=1;MQRankSum=0.281;QD=14.69;ReadPosRankSum=-0.156;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,28:29:99:568,0,131 chrXIII 923954 . G GT 278.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.978;DP=27;FS=23.279;HaplotypeScore=593.6328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.978;QD=10.33;ReadPosRankSum=-0.181;SB=-7.898e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,12:23:99:318,0,205 chrXIII 923958 . GGAT G 345.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.151;DP=24;FS=13.691;HaplotypeScore=525.0479;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.658;QD=14.42;ReadPosRankSum=-0.955;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,6:20:99:385,0,160 chrXIII 923961 . T TTAGAG 354.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.241;DP=21;FS=13.570;HaplotypeScore=484.8058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.47;MQ0=0;MQRankSum=2.180;QD=16.90;ReadPosRankSum=1.355;SB=-8.143e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,5:17:99:394,0,156 chrXIII 924174 . T TG 143.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.466;DP=28;FS=11.830;HaplotypeScore=419.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.72;MQ0=1;MQRankSum=-2.177;QD=5.14;RPA=2,3;RU=G;ReadPosRankSum=2.355;SB=-8.127e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,7:23:99:183,0,209 chrXIII 924178 . T TG 333.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.350;DP=27;FS=10.792;HaplotypeScore=394.6623;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.81;MQ0=1;MQRankSum=-0.714;QD=12.34;RPA=2,3;RU=G;ReadPosRankSum=-0.714;SB=-7.017e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,5:22:17:375,17,0 chrXIII 924192 . TG T 190.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.625;DP=18;FS=34.776;HaplotypeScore=313.6219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.625;QD=10.61;ReadPosRankSum=1.468;SB=-2.977e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,8:14:99:230,0,140 chrXIII 924196 . G GT 221.30 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.761;DP=17;FS=14.564;HaplotypeScore=289.7454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.423;QD=13.02;ReadPosRankSum=2.113;SB=-1.531e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,8:13:8:260,0,8 chrXIV 6617 . ACCCACAC A 1029.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.484;DP=92;FS=15.121;HaplotypeScore=739.6024;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.57;MQ0=8;MQRankSum=1.533;QD=11.20;ReadPosRankSum=3.349;SB=-4.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,9:75:99:1069,0,2214 chrXIV 6644 . CCA C 1590.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.207;DP=216;FS=24.026;HaplotypeScore=2891.3961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.73;MQ0=14;MQRankSum=-0.452;QD=7.37;RPA=3,2;RU=CA;ReadPosRankSum=-0.212;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:147,56:175:99:1630,0,1044 chrXIV 6670 . CA C 2070.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.685;DP=239;DS;FS=11.188;HaplotypeScore=5584.8387;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.04;MQ0=15;MQRankSum=2.272;QD=8.67;ReadPosRankSum=3.013;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:148,87:204:99:2110,0,1592 chrXIV 6681 . AC A 2416.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.946;DP=244;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=6711.8545;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.51;MQ0=8;MQRankSum=2.957;QD=9.91;RPA=3,2;RU=C;ReadPosRankSum=0.688;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:152,88:220:99:2456,0,387 chrXIV 6682 . C CA,CACA 2725.94 SnpCluster;filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.996;DP=242;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=6785.3898;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=25.48;MQ0=8;MQRankSum=-0.891;QD=11.26;ReadPosRankSum=3.262;SB=-4.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:181,50,5:218:99:2804,583,1024,1000,0,1192 chrXIV 6689 . CCATC C,CACACATC 5645 SnpCluster;filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.884;DP=234;DS;FS=23.846;HaplotypeScore=6924.3535;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=25.65;MQ0=2;MQRankSum=2.303;QD=24.12;ReadPosRankSum=1.056;SB=-8.145e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:151,0,0:219:99:5645,2240,2189,116,0,479 chrXIV 6695 . CA C 3696 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.015;DP=234;DS;FS=26.918;HaplotypeScore=7507.7032;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.48;MQ0=0;MQRankSum=4.491;QD=15.79;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=-0.031;SB=7.822e-03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,147:221:99:3696,0,102 chrXIV 6708 . A AC 3354 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.393;DP=249;DS;FS=34.587;HaplotypeScore=7999.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.70;MQ0=0;MQRankSum=3.925;QD=13.47;RPA=3,4;RU=C;ReadPosRankSum=-1.670;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:146,98:234:99:3354,0,914 chrXIV 7002 . A AT 188.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.637;DP=183;DS;FS=26.180;HaplotypeScore=1066.8107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.78;MQ0=13;MQRankSum=2.903;QD=1.03;ReadPosRankSum=1.845;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:128,48:61:99:228,0,1234 chrXIV 7005 . C CA 161.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.613;DP=178;DS;FS=26.775;HaplotypeScore=1128.8334;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.02;MQ0=12;MQRankSum=2.560;QD=0.91;ReadPosRankSum=2.707;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:129,48:61:99:201,0,1186 chrXIV 7008 . A AC 155.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.566;DP=174;DS;FS=22.690;HaplotypeScore=1121.7083;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.07;MQ0=11;MQRankSum=2.346;QD=0.90;RPA=1,2;RU=C;ReadPosRankSum=2.783;SB=-7.001e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:125,48:59:99:195,0,1082 chrXIV 7010 . T TC 414.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.024;DP=177;DS;FS=25.571;HaplotypeScore=1143.7053;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.09;MQ0=11;MQRankSum=2.873;QD=2.34;ReadPosRankSum=3.190;SB=-3.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:127,49:60:99:454,0,1317 chrXIV 7070 . C CA 534.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.088;DP=95;FS=26.868;HaplotypeScore=1173.4332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.36;MQ0=0;MQRankSum=5.136;QD=5.63;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=-2.220;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,28:45:99:574,0,714 chrXIV 7081 . A AC 1327.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.040;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=1012.9398;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.69;MQ0=0;MQRankSum=0.050;QD=17.25;ReadPosRankSum=1.535;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,70:40:66:1370,66,0 chrXIV 7085 . C CA 639.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.037;DP=87;FS=6.914;HaplotypeScore=965.9370;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.88;MQ0=0;MQRankSum=1.584;QD=7.36;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=-0.317;SB=-2.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,32:38:99:679,0,209 chrXIV 7128 . CT C 1215.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.062;DP=189;FS=29.224;HaplotypeScore=561.3707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.49;MQ0=8;MQRankSum=0.632;QD=6.43;ReadPosRankSum=6.239;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:129,60:79:99:1255,0,1107 chrXIV 7478 . A AT 393.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4585;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.54;MQ0=8;QD=10.94;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,29:19:33:436,33,0 chrXIV 10600 . TA T 697.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.604;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=13.8367;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.48;MQ0=30;MQRankSum=0.391;QD=7.43;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.249;SB=-2.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,68:63:46:740,46,0 chrXIV 11417 . G GT 3608 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=21.5180;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.23;MQ0=13;QD=26.34;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.140e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,117:120:99:3608,343,0 chrXIV 12975 . C CT 514.16 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.520;DP=83;DS;FS=5.724;HaplotypeScore=46.5784;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.00;MQ0=4;MQRankSum=0.074;QD=6.19;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.114;SB=-1.762e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:53,21:65:8:555,8,0 chrXIV 13145 . T TCA 1197.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.083;DP=160;FS=2.529;HaplotypeScore=42.1935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.22;MQ0=3;MQRankSum=0.055;QD=7.49;RPA=9,10;RU=CA;ReadPosRankSum=0.331;SB=-4.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:104,54:154:99:1237,0,1939 chrXIV 17252 . GA G 2475.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=525.7558;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.17;MQ0=1;QD=19.05;RPA=2,1;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,119:76:99:2518,202,0 chrXIV 17268 . T TG 2974.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=496.1645;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.35;MQ0=0;QD=19.57;RPA=1,2;RU=G;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,138:83:99:3017,235,0 chrXIV 17397 . GCC G 2692.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=344.6080;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.42;MQ0=0;QD=34.97;RPA=6,4;RU=C;SB=-9.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,72:72:99:2735,199,0 chrXIV 17693 . G GAC 2742.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.153;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=553.2436;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.23;MQ0=0;MQRankSum=1.019;QD=38.63;ReadPosRankSum=1.325;SB=-1.377e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,58:71:99:2785,194,0 chrXIV 17700 . C CT 2217.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=619.3685;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.07;MQ0=0;QD=29.18;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.012e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,68:76:99:2260,199,0 chrXIV 23552 . CA C 2785.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.061;DP=140;FS=3.245;HaplotypeScore=800.1097;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.550;QD=19.90;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=-1.550;SB=-1.316e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,119:140:99:2828,311,0 chrXIV 23573 . A AT 4268 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=793.9522;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.58;MQ0=0;QD=30.93;RPA=3,4;RU=T;SB=-2.123e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,126:138:99:4268,379,0 chrXIV 24003 . C CCCTTTTTTA 11551 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=121.8978;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.25;MQ0=0;QD=102.22;SB=-3.748e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,83:113:99:11551,307,0 chrXIV 28420 . GT G 1092.02 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.892;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=226.3817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.434;QD=10.92;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.563;SB=-4.109e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,55:100:16:1131,0,16 chrXIV 28475 . CA C 2366.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=97.6455;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.35;MQ0=0;QD=26.90;RPA=4,3;RU=A;SB=-9.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,83:88:99:2409,237,0 chrXIV 28953 . C CCATCAT 10373 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=45.3358;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=1;QD=64.83;RPA=5,7;RU=CAT;SB=-4.104e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,133:159:99:10373,399,0 chrXIV 31546 . ATGTATATAT A 5018 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=789.0426;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.14;MQ0=0;QD=72.72;SB=-1.970e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,42:69:99:5018,162,0 chrXIV 31618 . A AC 5682 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=740.4042;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.91;MQ0=0;QD=36.42;RPA=1,2;RU=C;SB=-1.327e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,153:156:99:5682,457,0 chrXIV 33228 . ATTT A 396.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=39.3595;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.56;MQ0=0;QD=19.85;RPA=7,4;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,12:20:33:439,33,0 chrXIV 43257 . AT A 455.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=46.9065;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.58;MQ0=0;QD=24.00;RPA=4,3;RU=T;SB=-3.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,17:19:45:498,45,0 chrXIV 51868 . ATATC A 9600 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=189;FS=0.000;HaplotypeScore=41.6147;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=50.79;RPA=2,1;RU=TATC;SB=-4.047e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,174:189:99:9600,505,0 chrXIV 56038 . CT C 1157.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=128.2413;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.04;MQ0=0;QD=22.27;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,45:52:99:1200,129,0 chrXIV 56333 . A AT 379.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=42.2332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.82;MQ0=0;QD=25.33;RPA=8,9;RU=T;SB=-7.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45:422,45,0 chrXIV 58892 . CT C 2002.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=101.9870;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.21;MQ0=0;QD=21.77;RPA=7,6;RU=T;SB=-6.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,86:92:99:2045,234,0 chrXIV 59729 . G GTCC 10749 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=188;FS=0.000;HaplotypeScore=43.6959;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.45;MQ0=0;QD=57.18;SB=-4.181e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,175:188:99:10749,539,0 chrXIV 63356 . A AAAGCTTTGTG 13163 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=109.6798;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.45;MQ0=0;QD=98.23;SB=-6.193e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,106:134:99:13163,343,0 chrXIV 64561 . A ATTTTGTT 3734 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=37.9920;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.53;MQ0=1;QD=51.86;RPA=2,3;RU=TTTTGTT;SB=-7.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,44:71:99:3734,129,0 chrXIV 65024 . AC A 3279 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=296.9188;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.42;MQ0=0;QD=28.51;RPA=4,3;RU=C;SB=-1.149e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,111:115:99:3279,313,0 chrXIV 65203 . AG A 4173 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=298.4995;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=26.41;RPA=6,5;RU=G;SB=-1.982e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,137:158:99:4173,418,0 chrXIV 65238 . TA T 2695.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=683.1665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=18.59;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.191e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,121:145:99:2738,318,0 chrXIV 66362 . TAA T 3861 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=39.8831;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.20;MQ0=0;QD=25.91;RPA=12,10;RU=A;SB=-1.491e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,117:149:99:3861,349,0 chrXIV 87325 . TA T 3569 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=188;FS=0.000;HaplotypeScore=1669.3420;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.98;MQ0=1;QD=18.98;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.456e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,148:186:99:3569,425,0 chrXIV 89339 . TCA T 4239 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=360.7307;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.82;MQ0=0;QD=31.63;RPA=2,1;RU=CA;SB=-1.767e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,106:134:99:4239,325,0 chrXIV 90213 . AGT A 5552 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=175;FS=0.000;HaplotypeScore=393.3030;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.56;MQ0=0;QD=31.73;RPA=5,4;RU=GT;SB=-2.258e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,160:175:99:5552,451,0 chrXIV 94849 . A ATTAC 5727 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=142.5143;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.21;MQ0=0;QD=56.70;SB=-1.281e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,89:101:99:5727,262,0 chrXIV 95116 . C CAA 1813.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=146.6127;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.23;MQ0=0;QD=27.07;RPA=9,11;RU=A;SB=-2.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,48:67:99:1856,154,0 chrXIV 96192 . T TA 5500 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=175;FS=0.000;HaplotypeScore=1098.0383;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.38;MQ0=0;QD=31.43;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.996e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,163:175:99:5500,478,0 chrXIV 102316 . A AG 633.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=171.3059;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.82;MQ0=18;QD=18.11;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,17:17:51:676,51,0 chrXIV 102328 . A AC 683.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=113.3938;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.99;MQ0=16;QD=19.54;RPA=1,2;RU=C;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,19:19:57:726,57,0 chrXIV 102793 . ATTT A 3443 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=411.2311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.84;MQ0=0;QD=39.13;RPA=8,5;RU=T;SB=-1.659e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,78:88:99:3443,226,0 chrXIV 105053 . AT A 1917.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=331.3090;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.26;MQ0=0;QD=21.55;RPA=8,7;RU=T;SB=-7.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,76:89:99:1960,226,0 chrXIV 106212 . TAGC T 11533 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=236;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=52.2609;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.20;MQ0=0;QD=48.87;SB=-5.347e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,233:236:99:11533,656,0 chrXIV 110818 . G GTA 3018.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.200;DP=94;FS=8.612;HaplotypeScore=139.5450;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.385;QD=32.12;RPA=5,6;RU=TA;ReadPosRankSum=-1.341;SB=-1.045e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,72:94:99:3061,163,0 chrXIV 118987 . GA G 244.16 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.177;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=54.5132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=2.132;QD=4.00;RPA=17,16;RU=A;ReadPosRankSum=0.541;SB=-5.502e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,15:59:2:282,0,2 chrXIV 138448 . G GA 1858.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=22.0038;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.55;MQ0=0;QD=23.83;RPA=8,9;RU=A;SB=-4.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,68:78:99:1901,189,0 chrXIV 138534 . G GTA 835.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.325;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=42.1986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=0.125;QD=16.72;RPA=8,9;RU=TA;ReadPosRankSum=-0.075;SB=-3.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,21:50:99:875,0,112 chrXIV 145389 . GT G 1211.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=16.1054;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.24;RPA=10,9;RU=T;SB=-4.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,53:63:99:1254,155,0 chrXIV 157417 . GT G 1385.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=20.5719;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.86;MQ0=0;QD=18.99;RPA=8,7;RU=T;SB=-6.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,59:73:99:1428,165,0 chrXIV 175164 . GAACC G 6758 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=433.4223;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=51.20;SB=-3.148e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,113:132:99:6758,343,0 chrXIV 175206 . C CA 1629.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.561;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=571.1312;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.76;MQ0=0;MQRankSum=0.869;QD=14.17;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.463;SB=-7.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:52,57:115:63:1672,63,0 chrXIV 186943 . CT C 2396.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=640.3626;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.56;MQ0=0;QD=29.23;RPA=4,3;RU=T;SB=-3.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,80:82:99:2439,232,0 chrXIV 187639 . GA G 1169.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=39.6591;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.82;MQ0=0;QD=14.81;RPA=13,12;RU=A;SB=-6.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,60:79:99:1212,163,0 chrXIV 191079 . C CT 2308.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=161.8619;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.66;MQ0=0;QD=28.16;RPA=7,8;RU=T;SB=-9.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,78:82:99:2351,229,0 chrXIV 196150 . CTTT C 593.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.205;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=91.1812;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=2.205;QD=12.91;RPA=18,15;RU=T;ReadPosRankSum=1.953;SB=-3.158e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,17:46:28:636,28,0 chrXIV 197764 . GTCC G 9165 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=200;FS=0.000;HaplotypeScore=43.8013;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.12;MQ0=0;QD=45.83;RPA=3,2;RU=TCC;SB=-3.720e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,184:200:99:9165,545,0 chrXIV 198249 . T TC 2017.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=57.4261;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.51;MQ0=0;QD=18.18;RPA=1,2;RU=C;SB=-8.178e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,78:111:99:2059,196,0 chrXIV 206645 . A AT 2273.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.130;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=196.4558;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.92;MQ0=0;MQRankSum=0.996;QD=21.25;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.433;SB=-9.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,86:107:99:2316,216,0 chrXIV 218712 . CA C 3759 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=28.8229;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.04;MQ0=0;QD=26.85;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.416e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,136:140:99:3759,394,0 chrXIV 218946 . CAA C 2790.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=254.4360;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.43;MQ0=0;QD=39.31;RPA=4,2;RU=A;SB=-1.102e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,67:71:99:2833,199,0 chrXIV 220510 . GA G 2204.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=340.0556;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;QD=20.42;RPA=9,8;RU=A;SB=-9.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,95:108:99:2247,267,0 chrXIV 229899 . AT A 2352.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=286.2857;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.94;MQ0=0;QD=24.01;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.128e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,90:98:99:2395,267,0 chrXIV 231053 . ATTCAG A 7174 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=417.7831;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.50;MQ0=0;QD=53.54;RPA=2,1;RU=TTCAG;SB=-2.441e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,108:134:99:7174,319,0 chrXIV 251874 . AT A 1244.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.391;DP=84;FS=10.318;HaplotypeScore=23.5207;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.798;QD=14.82;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.578;SB=-5.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,61:84:99:1287,107,0 chrXIV 255080 . TA T 2360.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=248.1488;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.33;MQ0=0;QD=32.34;SB=-1.126e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,67:73:99:2403,183,0 chrXIV 258264 . GA G 2526.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=25.4812;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.20;MQ0=0;QD=23.18;RPA=10,9;RU=A;SB=-1.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,105:109:99:2569,312,0 chrXIV 258353 . A AAAGT 3091.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=22.1424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.15;MQ0=0;QD=54.24;SB=-7.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,42:57:99:3134,148,0 chrXIV 263349 . ATTT A 4337 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=337.0293;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.22;MQ0=0;QD=33.11;RPA=13,10;RU=T;SB=-1.608e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,105:131:99:4337,302,0 chrXIV 263555 . G GA 1734.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.196;DP=112;FS=8.313;HaplotypeScore=276.1320;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=0.914;QD=15.49;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.899;SB=-5.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,58:112:98:1777,98,0 chrXIV 269872 . A ACT 5400 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=22.3425;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.87;MQ0=0;QD=45.38;SB=-2.466e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,110:119:99:5400,331,0 chrXIV 281793 . GA G 2874.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=37.0315;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.31;MQ0=0;QD=22.12;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.173e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,119:130:99:2917,336,0 chrXIV 281884 . GAA G 2643.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.362;DP=104;FS=3.000;HaplotypeScore=39.5813;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.68;MQ0=0;MQRankSum=0.778;QD=25.42;RPA=12,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.073;SB=-1.208e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,74:104:99:2686,237,0 chrXIV 290022 . CGAAGACATCGGT C 6217 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=218;FS=0.000;HaplotypeScore=48.0941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.77;MQ0=0;QD=28.52;RPA=3,2;RU=GAAGACATCGGT;SB=-2.938e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:87,131:218:99:6217,354,0 chrXIV 297763 . TA T 1986.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=367.3863;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.10;MQ0=0;QD=18.74;RPA=9,8;RU=A;SB=-9.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,78:106:99:2029,248,0 chrXIV 297859 . G GCTCGTTAA 14446 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=216.5737;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.29;MQ0=0;QD=94.42;SB=-4.088e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,136:153:99:14446,436,0 chrXIV 300948 . TA T 474.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=61.2640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.15;MQ0=0;QD=12.84;RPA=10,9;RU=A;SB=-1.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,20:37:68:517,68,0 chrXIV 312328 . AACG A 6939 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=30.8551;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.54;MQ0=0;QD=44.48;RPA=3,2;RU=ACG;SB=-2.715e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,139:156:99:6939,412,0 chrXIV 319853 . G GTGA 8298 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=201;FS=0.000;HaplotypeScore=72.8460;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=41.28;RPA=4,5;RU=TGA;SB=-3.112e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,171:201:99:8298,500,0 chrXIV 321979 . AT A 25.98 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.300;DP=44;FS=2.682;HaplotypeScore=52.0550;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.167;QD=0.59;RPA=15,14;RU=T;ReadPosRankSum=1.100;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,9:44:65:65,0,352 chrXIV 331699 . GA G 4683 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=175.7108;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.67;MQ0=0;QD=29.83;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.684e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,147:157:99:4683,403,0 chrXIV 331790 . CT C 2913.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=284.2694;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.51;MQ0=0;QD=22.24;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.279e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,108:131:99:2956,321,0 chrXIV 332683 . TCAA T 8795 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=238;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=54.2002;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.42;MQ0=0;QD=36.95;RPA=5,4;RU=CAA;SB=-3.503e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,205:238:99:8795,578,0 chrXIV 333294 . ATATGCAAAT A 6495 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.987;DP=250;DS;FS=47.533;HaplotypeScore=4549.1685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.96;MQ0=0;MQRankSum=0.211;QD=25.98;ReadPosRankSum=3.990;SB=-2.240e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:169,14:248:99:6495,0,14739 chrXIV 333296 . ATGCAAATAC A 2492.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.539;DP=250;DS;FS=47.346;HaplotypeScore=4945.1554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.154;QD=9.97;ReadPosRankSum=4.479;SB=-8.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:186,0:248:99:2532,0,17667 chrXIV 337792 . A ATAAT 1628.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=12.5603;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.11;MQ0=0;QD=31.94;RPA=4,5;RU=TAAT;SB=-7.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,34:51:87:1671,87,0 chrXIV 349346 . A AC 5813 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=193;FS=0.000;HaplotypeScore=38.5440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.88;MQ0=0;QD=30.12;RPA=3,4;RU=C;SB=-2.841e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,166:193:99:5813,517,0 chrXIV 356923 . GT G 3621 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=28.8452;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.06;MQ0=0;QD=23.82;RPA=7,6;RU=T;SB=-8.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,145:152:99:3621,408,0 chrXIV 373628 . AT A 4380 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=175;FS=0.000;HaplotypeScore=716.5293;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.35;MQ0=0;QD=25.03;RPA=8,7;RU=T;SB=-2.126e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,157:175:99:4380,469,0 chrXIV 373683 . CAAA C 7397 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=183;FS=0.000;HaplotypeScore=522.0705;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.76;MQ0=0;QD=40.42;RPA=10,7;RU=A;SB=-3.366e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,159:183:99:7397,488,0 chrXIV 392462 . C CG 552.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.912;DP=119;FS=230.948;HaplotypeScore=50.7990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=64.05;MQ0=0;MQRankSum=7.454;QD=4.65;RPA=5,6;RU=G;ReadPosRankSum=-1.563;SB=-3.011e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,56:119:99:592,0,827 chrXIV 398375 . GAT G 2059.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=199.8158;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.07;MQ0=0;QD=29.85;RPA=4,3;RU=AT;SB=-1.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,54:69:99:2102,159,0 chrXIV 398513 . GAT G 392.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=100.5235;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.39;MQ0=0;QD=15.11;RPA=8,7;RU=AT;SB=-1.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,12:26:36:435,36,0 chrXIV 400712 . TA T 4139 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=99.5353;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.39;MQ0=0;QD=28.35;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.556e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,136:146:99:4139,385,0 chrXIV 404700 . CATT C 7429 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=187;FS=0.000;HaplotypeScore=193.0250;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.03;MQ0=0;QD=39.73;RPA=3,2;RU=ATT;SB=-3.491e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,152:187:99:7429,451,0 chrXIV 412653 . GAA G 3478 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.584;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=354.2837;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.18;MQ0=0;MQRankSum=0.194;QD=26.55;RPA=12,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.877;SB=-1.583e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,103:131:99:3478,311,0 chrXIV 415095 . TC T 92.24 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.179;DP=15;FS=15.563;HaplotypeScore=81.0234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.21;MQ0=0;MQRankSum=1.179;QD=6.15;ReadPosRankSum=0.762;SB=-3.168e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,6:15:9:131,0,9 chrXIV 416362 . A AT 1579.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=126.8590;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.44;MQ0=0;QD=33.62;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,43:47:99:1622,126,0 chrXIV 416686 . CT C 1099.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.834;DP=73;FS=9.542;HaplotypeScore=17.9325;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.577;QD=15.07;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.513;SB=-1.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,55:73:99:1142,127,0 chrXIV 427007 . T TTA 867.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=9.5821;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.83;MQ0=1;QD=20.67;RPA=6,7;RU=TA;SB=-3.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,27:41:69:910,69,0 chrXIV 439397 . G GT 3599 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=25.8039;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.83;MQ0=0;QD=27.27;RPA=6,7;RU=T;SB=-5.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,116:132:99:3599,349,0 chrXIV 441344 . C CG 2672.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=23.4854;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.41;MQ0=0;QD=33.83;RPA=1,2;RU=G;SB=-4.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,78:79:99:2715,214,0 chrXIV 442493 . CTCTT C 6505 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=274.0633;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.91;MQ0=0;QD=52.46;RPA=3,2;RU=TCTT;SB=-2.720e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,109:124:99:6505,337,0 chrXIV 472575 . AG A 3735 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=690.7358;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.70;MQ0=1;QD=24.90;RPA=9,8;RU=G;SB=-1.761e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,137:149:99:3735,393,0 chrXIV 473368 . TC T 2721.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=253.9053;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.39;MQ0=0;QD=30.58;RPA=3,2;RU=C;SB=-8.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,84:89:99:2764,235,0 chrXIV 476709 . GT G 1862.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=17.7778;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.34;MQ0=0;QD=21.17;RPA=7,6;RU=T;SB=-5.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,78:88:99:1905,216,0 chrXIV 479459 . ATT A 40.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.774;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=11.3381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.849;QD=1.28;RPA=22,20;RU=T;ReadPosRankSum=0.231;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,6:31:80:80,0,102 chrXIV 486640 . G GT 572.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.440;DP=43;FS=4.987;HaplotypeScore=112.7427;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.199;QD=13.32;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.360;SB=-1.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,21:43:56:612,0,56 chrXIV 486691 . T TA 1777.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=69.7966;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.33;MQ0=0;QD=26.94;RPA=8,9;RU=A;SB=-3.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,60:66:99:1820,183,0 chrXIV 498360 . GT G 707.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.796;DP=128;FS=8.879;HaplotypeScore=82.3902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=1.549;QD=5.53;RPA=16,15;RU=T;ReadPosRankSum=0.946;SB=-2.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,41:128:99:747,0,172 chrXIV 498639 . AT A 2579.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=24.6457;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.12;MQ0=0;QD=22.43;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.110e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,108:115:99:2622,309,0 chrXIV 499556 . GA G 2522.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.246;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=166.3678;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.923;QD=19.56;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.437;SB=-1.048e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,107:129:99:2565,290,0 chrXIV 500314 . CT C 2978.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=75.1696;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.07;MQ0=0;QD=22.92;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.252e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,116:129:99:3021,324,0 chrXIV 500476 . GT G 2847.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=28.6843;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=25.43;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.215e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,108:112:99:2890,312,0 chrXIV 500770 . GT G 2426.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=648.6807;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.26;MQ0=0;QD=21.48;RPA=9,8;RU=T;SB=-9.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,101:113:99:2469,293,0 chrXIV 501129 . ATTT A 3983 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=55.0194;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.60;MQ0=0;QD=36.21;RPA=12,9;RU=T;SB=-1.766e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,95:110:99:3983,281,0 chrXIV 502858 . A AT 4544 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=298.0401;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.37;MQ0=0;QD=38.51;SB=-1.110e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,112:118:99:4544,328,0 chrXIV 502927 . C CAA 3155.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=303.1577;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.27;MQ0=0;QD=41.53;RPA=1,3;RU=A;SB=-1.067e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,65:76:99:3198,202,0 chrXIV 503013 . CAAAA C 2328.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=165.1629;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.52;MQ0=0;QD=39.47;RPA=14,10;RU=A;SB=-1.067e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,41:59:99:2371,138,0 chrXIV 505850 . CT C 3233.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=33.6248;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.44;MQ0=0;QD=22.93;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.254e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,127:141:99:3274,366,0 chrXIV 510328 . CT C 860.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.470;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=81.4776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.272;QD=11.33;RPA=15,14;RU=T;ReadPosRankSum=1.163;SB=-3.018e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,37:76:96:902,96,0 chrXIV 515710 . TA T 1563.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=24.6845;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.77;RPA=11,10;RU=A;SB=-7.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,69:88:99:1606,200,0 chrXIV 515985 . CTCTTCT C 9808 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=186;FS=0.000;HaplotypeScore=235.6610;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.23;MQ0=0;QD=52.73;RPA=9,7;RU=TCT;SB=-4.325e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,144:186:99:9808,409,0 chrXIV 516865 . ATT A 626.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=42.4882;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=23.22;RPA=12,10;RU=T;SB=-1.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,20:27:60:669,60,0 chrXIV 517141 . TA T 2689.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=25.9074;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.16;MQ0=0;QD=21.69;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.217e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,110:124:99:2732,318,0 chrXIV 525060 . T TGAC 466.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=90.6945;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.71;MQ0=0;QD=33.35;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,5:14:36:509,36,0 chrXIV 525062 . A ATT 601.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=85.2954;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.00;MQ0=0;QD=28.66;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,8:21:45:644,45,0 chrXIV 525442 . GT G 6370 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=202;FS=0.000;HaplotypeScore=1748.4309;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.94;MQ0=0;QD=31.53;RPA=3,2;RU=T;SB=-2.722e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,192:201:99:6370,572,0 chrXIV 525464 . T TG 6870 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=209;FS=0.000;HaplotypeScore=2294.7516;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.08;MQ0=0;QD=32.87;RPA=2,3;RU=G;SB=-2.849e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,194:209:99:6870,590,0 chrXIV 525533 . GA G 6695 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=180;FS=0.000;HaplotypeScore=2126.8671;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.49;MQ0=0;QD=37.19;SB=-3.340e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,171:180:99:6695,515,0 chrXIV 525545 . GTATA G 9188 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;FS=0.000;HaplotypeScore=1541.4978;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.23;MQ0=0;QD=54.69;RPA=3,1;RU=TA;SB=-4.366e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,141:167:99:9188,466,0 chrXIV 527489 . CCAG C 5359 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=51.7852;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.38;MQ0=0;QD=37.48;RPA=5,4;RU=CAG;SB=-2.588e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,121:143:99:5359,352,0 chrXIV 547378 . TGG T 4416 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=532.5788;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.41;MQ0=0;QD=33.20;RPA=8,6;RU=G;SB=-2.045e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,120:130:99:4416,346,0 chrXIV 547921 . TA T 3106.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=289.5649;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.08;MQ0=0;QD=23.19;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.407e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,109:134:99:3149,351,0 chrXIV 547975 . AGTT A 7387 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;FS=0.000;HaplotypeScore=211.1980;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.44;MQ0=0;QD=44.50;RPA=3,2;RU=GTT;SB=-3.282e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,145:166:99:7387,451,0 chrXIV 552430 . C CTCTACCTCTACCGGTTGA 19456 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=290.3829;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.14;MQ0=0;QD=158.18;SB=-7.074e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:65,58:123:99:19456,325,0 chrXIV 553108 . AGTAAATTCATGTATCACTCGC A 14919 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=192.3938;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.62;MQ0=1;QD=125.37;SB=-6.175e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,70:118:99:14919,208,0 chrXIV 554919 . C CA 1190.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.977;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=173.3821;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.718;QD=15.88;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.057;SB=-5.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,39:75:69:1233,69,0 chrXIV 554932 . T TA 1756.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.515;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=169.6750;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.243;QD=21.17;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.440;SB=-8.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,62:83:99:1799,149,0 chrXIV 560598 . AAG A 2468.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=457.4790;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.33;MQ0=0;QD=35.27;SB=-1.110e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,54:70:99:2511,195,0 chrXIV 560675 . ATG A 1791.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=710.5063;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.37;MQ0=1;QD=35.14;SB=-8.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,44:50:99:1834,135,0 chrXIV 560680 . G GGT 1785.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=623.8451;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.30;MQ0=1;QD=37.21;SB=-8.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,44:47:99:1828,135,0 chrXIV 560812 . G GAACGACTCGACT 10127 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=90.7435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.59;MQ0=0;QD=106.60;SB=-1.089e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,48:93:99:10127,241,0 chrXIV 560932 . T TC 8096 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=205;FS=0.000;HaplotypeScore=942.3830;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.72;MQ0=0;QD=39.49;SB=-2.649e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,191:203:99:8096,566,0 chrXIV 561026 . TA T 2378.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=709.8924;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.32;MQ0=0;QD=21.83;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.196e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,89:109:99:2421,282,0 chrXIV 561186 . T TGAGATAATCGTTGG 7735 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=268.1275;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.39;MQ0=0;QD=131.10;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,26:59:99:7735,169,0 chrXIV 561288 . A AT 284.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=100.8994;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.17;MQ0=0;QD=13.57;RPA=9,10;RU=T;SB=-8.897e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,13:21:33:327,33,0 chrXIV 561565 . G GT 989.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=72.5022;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.88;MQ0=0;QD=30.00;RPA=4,5;RU=T;SB=-5.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,29:33:93:1032,93,0 chrXIV 567840 . TG T 235.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=99.2151;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.61;MQ0=10;QD=13.83;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,7:7:21:277,21,0 chrXIV 567874 . C CT 320.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=471.3726;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.72;MQ0=12;QD=12.34;RPA=2,3;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,11:13:30:363,30,0 chrXIV 567879 . A AT 417.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=485.0627;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.75;MQ0=10;QD=19.00;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,12:11:33:460,33,0 chrXIV 567887 . AG A 324.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=612.6096;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.18;MQ0=10;QD=14.13;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,12:12:31:367,31,0 chrXIV 567892 . A AT 323.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=650.9139;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.24;MQ0=9;QD=15.43;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,10:11:33:366,33,0 chrXIV 567901 . C CA 248.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=548.4781;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.41;MQ0=7;QD=14.65;RPA=1,2;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,10:9:27:291,27,0 chrXIV 567904 . CA C 259.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=547.3103;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.07;MQ0=6;QD=16.25;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,10:9:27:302,27,0 chrXIV 567947 . A ATT 1019.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=1369.6968;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.82;MQ0=2;QD=35.17;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,21:24:72:1062,72,0 chrXIV 567949 . CGT C 762.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=1034.9301;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.33;MQ0=1;QD=34.68;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,21:19:57:805,57,0 chrXIV 567972 . TA T 225.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=1088.5650;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.97;MQ0=0;QD=10.76;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:19:32:268,32,0 chrXIV 567976 . T TA 253.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.738;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=724.4528;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.290;QD=19.54;ReadPosRankSum=-1.448;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:12:30:296,30,0 chrXIV 568048 . AAG A 2173.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=373.7375;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.16;MQ0=0;QD=41.81;SB=-9.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:51:99:2216,147,0 chrXIV 568217 . C CA 1669.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=501.9184;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.70;MQ0=1;QD=31.51;SB=-8.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,46:50:99:1712,147,0 chrXIV 568221 . ATAT A 2403.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=461.4176;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.11;MQ0=1;QD=44.52;SB=-1.194e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,46:51:99:2446,153,0 chrXIV 568268 . ATT A 2419.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.039;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=615.7606;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.841;QD=30.63;RPA=8,6;RU=T;ReadPosRankSum=1.237;SB=-1.175e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,68:78:99:2462,206,0 chrXIV 568313 . T TAAAA,TAAAAA 2944.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=443.7213;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=46.45;MQ0=0;QD=30.36;RPA=12,16,17;RU=A;SB=-1.240e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:64,10,15:96:99:3023,678,490,304,0,120 chrXIV 570112 . T TA 313.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=74.9066;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.44;MQ0=17;QD=8.05;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,25:14:30:356,30,0 chrXIV 570466 . TC T 178.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=47.2345;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=13.57;MQ0=28;QD=2.49;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,66:8:24:221,24,0 chrXIV 572366 . C CT 849.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=490.2568;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.68;MQ0=19;QD=11.80;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,61:33:81:892,81,0 chrXIV 572448 . CTT C 281.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=72.8919;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.88;MQ0=13;QD=8.54;SB=-5.289e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,27:11:26:324,26,0 chrXIV 572568 . G GC 889.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.916;DP=174;FS=34.971;HaplotypeScore=800.1489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.03;MQ0=12;MQRankSum=3.065;QD=5.11;RPA=2,3;RU=C;ReadPosRankSum=0.332;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,74:108:99:929,0,1941 chrXIV 572793 . AC A 1851.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=324.4694;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.53;MQ0=15;QD=21.04;SB=-3.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,84:59:99:1894,168,0 chrXIV 572864 . AT ATT,A 325.94 filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=363.7644;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=27.42;MQ0=4;QD=5.26;RPA=10,11,9;RU=T;SB=-2.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:26,1,15:39:99:404,218,260,230,0,282 chrXIV 573944 . TA T 1147.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.869;DP=124;FS=193.325;HaplotypeScore=762.1190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.26;MQ0=1;MQRankSum=-0.491;QD=9.26;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=-3.020;SB=-8.011e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,51:123:99:1187,0,1365 chrXIV 573997 . C CG 2019.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=730.9229;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.65;MQ0=8;QD=26.58;RPA=2,3;RU=G;SB=-1.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,66:68:99:2062,172,0 chrXIV 575614 . GA G 2164.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.958;DP=113;FS=4.818;HaplotypeScore=37.9356;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.85;MQ0=0;MQRankSum=0.037;QD=19.16;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.511;SB=-6.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,96:113:99:2207,251,0 chrXIV 576631 . AT A 1332.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.500;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=146.9789;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.288;QD=14.81;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.379;SB=-4.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,70:90:99:1375,113,0 chrXIV 577027 . TTCGGTGGTTAAACAA T 6084 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.664;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=13.8708;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.67;MQ0=0;MQRankSum=1.597;QD=65.42;RPA=2,1;RU=TCGGTGGTTAAACAA;ReadPosRankSum=1.664;SB=-1.151e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,67:83:99:6084,149,0 chrXIV 579945 . GTTA G 11575 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=206;FS=0.000;HaplotypeScore=1855.6739;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.21;MQ0=0;QD=56.19;SB=-5.100e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,201:206:99:11575,593,0 chrXIV 581648 . A AT 277.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8717;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;QD=11.12;RPA=10,11;RU=T;SB=-2.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,11:25:33:320,33,0 chrXIV 581704 . G GGCTCAAATCAGTAAATGT 4687 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=14.7206;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.48;MQ0=0;QD=187.48;SB=-4.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,22:25:69:4687,69,0 chrXIV 584073 . GA G 2349.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=346.5872;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.55;MQ0=0;QD=24.48;SB=-1.019e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,87:96:99:2392,271,0 chrXIV 586256 . GTAT G 4804 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=201.6465;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.80;MQ0=0;QD=47.56;SB=-1.731e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,91:101:99:4804,265,0 chrXIV 587867 . GC G 4537 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=30.0014;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.90;MQ0=1;QD=32.41;SB=-1.243e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,135:139:99:4537,367,0 chrXIV 598011 . T TC 4533 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=306.5586;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.38;MQ0=0;QD=38.74;SB=-1.953e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,114:115:99:4533,328,0 chrXIV 598230 . G GC 1216.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=248.7418;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.79;MQ0=4;QD=24.84;RPA=2,3;RU=C;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:36:99:1259,105,0 chrXIV 598280 . AT A 145.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.927;DP=64;FS=31.096;HaplotypeScore=140.4463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.94;MQ0=1;MQRankSum=0.533;QD=2.28;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=0.000;SB=-2.977e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,8:20:99:185,0,126 chrXIV 598298 . T TA 244.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=59.9412;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.75;MQ0=0;QD=3.50;RPA=2,3;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,64:14:24:287,24,0 chrXIV 599354 . GA GAA,G 1983.94 filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.098;DP=172;FS=0.000;HaplotypeScore=871.9183;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=32.81;MQ0=5;MQRankSum=0.227;QD=11.53;RPA=10,11,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.227;SB=-5.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:52,2,76:149:99:2062,1318,1706,908,0,1144 chrXIV 599434 . TG T 2802.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=461.3972;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.67;MQ0=14;QD=22.60;SB=-1.026e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,119:76:99:2845,226,0 chrXIV 599659 . GGCAAAGGCCTTACTT G 5675 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.291;DP=90;FS=6.928;HaplotypeScore=1333.3832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.20;MQ0=8;MQRankSum=-3.157;QD=63.06;ReadPosRankSum=6.122;SB=-4.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,30:70:99:5675,0,1053 chrXIV 599678 . ATTTAAGTAAAGCCTTTGCTTTAC A 4180 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=1180.3945;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.81;MQ0=0;QD=90.87;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,0:41:99:4180,123,0 chrXIV 599684 . GTAAA G 2000.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=1394.0536;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.81;MQ0=0;QD=43.50;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,30:41:99:2043,123,0 chrXIV 601783 . CG C 3839 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=573.1455;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.45;MQ0=23;QD=22.85;SB=-1.701e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,164:111:99:3839,306,0 chrXIV 601886 . T TTAAGTTACTGGAAGGAG 20039 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=181;FS=0.000;HaplotypeScore=431.6023;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.87;MQ0=6;QD=110.71;SB=-8.555e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:68,111:115:99:20039,328,0 chrXIV 602388 . C CT 2915.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=187;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1005.4544;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.15;MQ0=14;QD=15.59;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.331e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:59,123:132:99:2958,292,0 chrXIV 602399 . TTTC T 5879 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=836.0965;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.47;MQ0=4;QD=38.93;SB=-2.846e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,149:111:99:5879,328,0 chrXIV 602678 . AT A 2689.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.127;DP=155;FS=2.597;HaplotypeScore=336.9832;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.093;QD=17.35;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.437;SB=-9.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,120:155:99:2732,297,0 chrXIV 604387 . T TA 176.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0775;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.89;MQ0=0;QD=16.09;RPA=10,11;RU=A;SB=-8.677e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,9:11:24:219,24,0 chrXIV 605054 . A AT 2614.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.590;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=240.8542;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.351;QD=22.74;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.514;SB=-1.272e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,91:115:99:2657,247,0 chrXIV 644217 . CTA C 422.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=18.5576;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.83;MQ0=0;QD=16.27;RPA=10,9;RU=TA;SB=-1.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,12:26:42:465,42,0 chrXIV 647247 . TC T 4249 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=101.8035;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.35;MQ0=0;QD=35.12;SB=-1.803e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,117:121:99:4249,361,0 chrXIV 647314 . A AT 1357.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.919;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=136.6695;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.735;QD=12.80;RPA=14,15;RU=T;ReadPosRankSum=-1.338;SB=-6.899e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:52,45:106:17:1399,17,0 chrXIV 651855 . C CTT 2131.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=142.6769;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.56;MQ0=0;QD=41.00;SB=-9.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,41:52:99:2174,129,0 chrXIV 651952 . T TA 2992.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=300.4167;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.46;MQ0=0;QD=37.89;SB=-8.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,71:79:99:3035,226,0 chrXIV 651987 . TA T 1550.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=301.9716;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.28;MQ0=0;QD=22.16;RPA=7,6;RU=A;SB=-3.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,63:70:99:1593,180,0 chrXIV 661482 . G GCGTGTCGTATCGTAT 3124.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=21.1133;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.38;MQ0=0;QD=41.67;RPA=2,3;RU=CGTGTCGTATCGTAT;SB=-1.563e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,36:75:99:3167,114,0 chrXIV 668101 . CA C 1388.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.040;DP=105;FS=1.935;HaplotypeScore=46.9372;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.25;MQ0=0;MQRankSum=0.530;QD=13.23;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.959;SB=-5.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,76:105:95:1431,95,0 chrXIV 678603 . GAAA G 1380.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=129.8282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.56;MQ0=0;QD=37.32;RPA=15,12;RU=A;SB=-4.598e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,30:37:99:1423,106,0 chrXIV 678661 . CT C 2612.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=188.4561;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.73;MQ0=0;QD=26.39;RPA=4,3;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,90:99:99:2655,262,0 chrXIV 690071 . ATT A,AT 1139.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.794;DP=92;FS=5.614;HaplotypeScore=56.1866;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.461;QD=12.39;RPA=14,12,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.858;SB=-5.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:22,12,0:92:85:1218,958,1253,185,0,85 chrXIV 691292 . TA T 2685.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=293.6674;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.51;MQ0=0;QD=23.15;RPA=2,1;RU=A;SB=-9.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,105:116:99:2728,306,0 chrXIV 692520 . CAA C 2213.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.498;DP=102;FS=10.748;HaplotypeScore=72.8984;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.00;MQ0=0;MQRankSum=0.766;QD=21.71;RPA=14,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.834;SB=-9.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,62:101:99:2256,148,0 chrXIV 692960 . CTT C 2139.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.815;DP=92;FS=5.635;HaplotypeScore=41.6775;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-2.215;QD=23.26;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.986;SB=-9.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,72:92:99:2182,173,0 chrXIV 697531 . A AT 1521.02 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.071;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=178.0965;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.672;QD=14.91;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.988;SB=-7.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,66:102:16:1560,0,16 chrXIV 711251 . AT A 980.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=52;FS=4.191;HaplotypeScore=52.0354;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=1.650;QD=18.86;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=-1.155;SB=-3.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,42:52:99:1023,118,0 chrXIV 711336 . A AT 1345.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=44.2867;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.38;MQ0=0;QD=23.61;RPA=9,10;RU=T;SB=-5.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,43:57:99:1388,149,0 chrXIV 711615 . AT A 4047 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=169;FS=0.000;HaplotypeScore=41.9836;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.05;MQ0=0;QD=23.95;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.443e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,161:169:99:4047,456,0 chrXIV 716416 . C CT 696.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.398;DP=72;FS=2.496;HaplotypeScore=51.4112;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.16;MQ0=0;MQRankSum=0.966;QD=9.68;RPA=14,15;RU=T;ReadPosRankSum=-1.648;SB=-1.847e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,41:72:10:738,10,0 chrXIV 718411 . G GA 1810.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.601;DP=98;FS=2.128;HaplotypeScore=32.8539;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=0.035;QD=18.48;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.083;SB=-6.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,71:98:99:1853,125,0 chrXIV 718580 . CAA C 1657.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=165.8514;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.44;MQ0=0;QD=25.91;RPA=11,9;RU=A;SB=-8.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,50:63:99:1700,150,0 chrXIV 721049 . C CA 421.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=26.8116;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;QD=16.23;RPA=9,10;RU=A;SB=-1.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,22:25:48:464,48,0 chrXIV 722274 . CAA C,CA 934.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.030;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=176.3782;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.325;QD=9.35;RPA=18,16,17;RU=A;ReadPosRankSum=2.156;SB=-4.519e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:55,32,0:100:99:1013,121,143,659,0,556 chrXIV 726392 . GT G 1194.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.844;DP=64;FS=8.129;HaplotypeScore=346.3837;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.93;MQ0=6;MQRankSum=0.311;QD=18.67;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=0.311;SB=-1.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,45:45:80:1237,80,0 chrXIV 731283 . T TA 4512 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=171.6739;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.29;MQ0=0;QD=33.18;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.446e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,132:136:99:4512,382,0 chrXIV 751271 . G GA 106.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.887;DP=24;FS=39.329;HaplotypeScore=192.0132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.16;MQ0=4;MQRankSum=3.154;QD=4.46;ReadPosRankSum=-1.971;SB=-2.745e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,5:18:99:146,0,476 chrXIV 755112 . T TA 2214.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.102;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=77.2332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=1;MQRankSum=0.202;QD=24.08;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.742;SB=-6.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,83:90:99:2257,205,0 chrXIV 755415 . G GATTTGT 4950 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=631.5524;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.33;MQ0=4;QD=55.00;SB=-2.347e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,74:67:99:4950,181,0 chrXIV 761609 . A AG 3986 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=30.1493;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.47;MQ0=0;QD=28.68;RPA=5,6;RU=G;SB=-1.626e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,128:139:99:3986,376,0 chrXIV 772580 . G GTGT 3349 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=58.3689;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.81;MQ0=0;QD=47.84;RPA=2,3;RU=TGT;SB=-6.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,66:70:99:3349,196,0 chrXIV 774549 . A AT 218.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.587;DP=72;FS=5.131;HaplotypeScore=75.4826;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.51;MQ0=6;MQRankSum=-0.456;QD=3.04;RPA=18,19;RU=T;ReadPosRankSum=-0.091;SB=-9.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,13:56:99:258,0,313 chrXIV 779305 . AGTC A 73.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.898;DP=47;FS=21.973;HaplotypeScore=90.5641;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.94;MQ0=0;MQRankSum=3.089;QD=1.57;ReadPosRankSum=-1.750;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,13:47:99:113,0,1250 chrXIV 781567 . GGT G 490.10 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.850;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=450.4484;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.34;MQ0=1;MQRankSum=0.950;QD=5.57;ReadPosRankSum=1.350;SB=-5.050e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,67:19:12:529,0,12 chrXIV 781573 . C CAT 506.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.143;DP=86;FS=9.031;HaplotypeScore=418.0004;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=15.97;MQ0=1;MQRankSum=2.143;QD=5.90;ReadPosRankSum=1.032;SB=0.970 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,62:16:43:546,0,43 chrXIV 782340 . T TA 412.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.310;DP=142;DS;FS=14.294;HaplotypeScore=112.8353;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=14.90;MQ0=80;MQRankSum=4.127;QD=2.91;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=-0.606;SB=-1.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,38:39:99:452,0,441 chrXIV 782350 . C CT 396.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.310;DP=106;FS=14.294;HaplotypeScore=114.4161;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.25;MQ0=44;MQRankSum=4.127;QD=3.74;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.423;SB=-1.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,22:39:99:436,0,428 chrXIV 783767 . T TA 2179.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.060;DP=165;DS;FS=158.179;HaplotypeScore=1136.4600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.31;MQ0=1;MQRankSum=-0.002;QD=13.21;ReadPosRankSum=-1.625;SB=-4.399e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,83:134:99:2219,0,2187 chrXIV 783977 . AC A 2007.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.698;DP=200;FS=218.443;HaplotypeScore=4189.9278;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.72;MQ0=12;MQRankSum=1.651;QD=10.04;ReadPosRankSum=3.524;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:126,70:162:99:2047,0,2856 chrXIV 783987 . CAGGGT C 3740 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.664;DP=204;FS=220.701;HaplotypeScore=4211.3956;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.94;MQ0=12;MQRankSum=0.797;QD=18.33;ReadPosRankSum=6.110;SB=-4.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:150,53:167:99:3740,0,4532 chrXIV 784036 . TAGT T 1579.99 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.463;DP=244;DS;FS=2.379;HaplotypeScore=3902.3467;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.72;MQ0=8;MQRankSum=2.276;QD=6.48;ReadPosRankSum=-0.941;SB=-7.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:188,0:185:99:1619,0,1562 chrXV 212 . A AC 612.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=584.5452;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.45;MQ0=0;QD=14.59;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:19:57:655,57,0 chrXV 244 . CACCA C 681.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=400.0709;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.71;MQ0=0;QD=18.94;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,29:14:33:724,33,0 chrXV 11327 . TATTACCGTC T 634.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=228.9158;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.84;MQ0=1;QD=70.46;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,6:8:18:676,18,0 chrXV 11362 . A AG 252.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=255.3048;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.91;MQ0=2;QD=22.91;SB=-1.286e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,7:9:21:294,21,0 chrXV 12954 . C CT 2247.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.700;DP=130;FS=7.292;HaplotypeScore=560.6374;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.99;MQ0=0;MQRankSum=0.785;QD=17.29;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.120;SB=-9.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,101:130:99:2290,127,0 chrXV 13398 . CA C 2061.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=257.4750;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.93;MQ0=0;QD=29.88;RPA=3,2;RU=A;SB=-6.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:69:99:2104,180,0 chrXV 14017 . GA G 534.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.250;DP=63;FS=4.661;HaplotypeScore=281.6104;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.71;MQ0=0;MQRankSum=0.417;QD=8.49;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.342;SB=-7.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,23:61:56:577,56,0 chrXV 14692 . A AC 3351 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=29.2664;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.98;MQ0=0;QD=31.32;RPA=1,2;RU=C;SB=-1.592e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,101:107:99:3351,283,0 chrXV 15015 . CGTT C 12510 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=227;FS=0.000;HaplotypeScore=381.6645;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.99;MQ0=0;QD=55.11;SB=-5.215e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,220:227:99:12510,647,0 chrXV 16813 . GA G 4943 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=312.8758;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.85;MQ0=0;QD=32.31;RPA=3,2;RU=A;SB=-2.157e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,148:153:99:4943,433,0 chrXV 18074 . C CA 2183.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=430.4902;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.97;MQ0=0;QD=37.65;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.039e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:2226,175,0 chrXV 20503 . G GTT 5670 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=324.5283;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.65;MQ0=0;QD=37.55;RPA=3,5;RU=T;SB=-2.017e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,140:151:99:5670,412,0 chrXV 21808 . C CT 1201.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.130;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=102.6900;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.10;MQ0=0;MQRankSum=0.019;QD=17.68;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.612;SB=-3.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,47:68:99:1244,105,0 chrXV 24698 . TG T 1576.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.587;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=1936.2953;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.41;MQ0=0;MQRankSum=1.025;QD=12.32;ReadPosRankSum=-0.795;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,66:83:99:1616,0,935 chrXV 24703 . T TC 1540.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.901;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=2039.2672;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.637;QD=11.41;ReadPosRankSum=-1.351;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,65:91:99:1580,0,232 chrXV 24819 . A ATT,ATC 2627.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=780.8253;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=26.12;MQ0=0;QD=26.02;RPA=1,3,2;RU=TC;SB=-1.063e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:25,26,46:83:99:2706,1174,1019,419,0,222 chrXV 24850 . CTT C,CT 1107.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=626.4199;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=24.77;MQ0=0;QD=17.05;RPA=8,6,7;RU=T;SB=-2.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:13,43,0:51:70:1186,141,70,838,0,745 chrXV 24899 . G GAC 196.30 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.383;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=317.9360;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.12;MQ0=0;MQRankSum=1.447;QD=10.91;ReadPosRankSum=1.866;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,9:12:8:235,0,8 chrXV 24905 . T TC 160.10 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=271.8085;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.67;MQ0=0;QD=17.79;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:6:18:202,18,0 chrXV 24911 . A AC 61.13 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=281.6173;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.67;MQ0=0;QD=6.79;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:6:17:103,17,0 chrXV 24912 . ATGTAAACTC A 541.10 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=233.6985;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.67;MQ0=0;QD=60.12;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:6:18:583,18,0 chrXV 24933 . A AT 1977.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.615;DP=65;FS=12.937;HaplotypeScore=1285.0889;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.65;MQ0=0;MQRankSum=0.029;QD=30.43;ReadPosRankSum=1.380;SB=-6.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:61:99:2020,143,0 chrXV 27008 . C CA 741.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.338;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=91.3872;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.28;MQ0=24;MQRankSum=0.023;QD=10.16;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.240;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,43:46:36:784,36,0 chrXV 27228 . AT A 371.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=89.5417;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.15;MQ0=22;QD=9.07;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,19:18:45:414,45,0 chrXV 27870 . T TAA 99.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;DP=53;FS=6.021;HaplotypeScore=42.8532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.56;MQ0=29;MQRankSum=0.572;QD=1.89;RPA=10,12;RU=A;ReadPosRankSum=-1.589;SB=0.106;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,17:20:40:139,0,40 chrXV 30714 . G GT 391.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=48.8512;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.13;MQ0=0;QD=20.63;RPA=1,2;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:14:39:434,39,0 chrXV 32019 . TAA T 3319 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=632.3772;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.41;MQ0=0;QD=36.47;RPA=3,1;RU=A;SB=-1.500e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,78:91:99:3319,220,0 chrXV 32351 . TA T 3323 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=1031.1866;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.80;MQ0=0;QD=22.30;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.584e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,117:149:99:3323,354,0 chrXV 32396 . G GT 3394 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=1321.5808;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.12;MQ0=0;QD=27.15;SB=-1.635e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,112:125:99:3394,343,0 chrXV 32775 . G GTTCT 5467 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=204.0550;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.17;MQ0=0;QD=54.67;RPA=1,2;RU=TTCT;SB=-2.284e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,90:100:99:5467,268,0 chrXV 45897 . AATT A 615.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1604;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.45;MQ0=0;QD=25.66;RPA=7,6;RU=ATT;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,17:24:45:658,45,0 chrXV 55102 . CATACTGCGTTATACTGCGTT C 12130 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=29.6323;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.92;MQ0=0;QD=94.77;RPA=4,2;RU=ATACTGCGTT;SB=-1.774e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:57,71:128:99:12130,205,0 chrXV 63056 . GTCA G 4329 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=200.2299;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.31;MQ0=0;QD=30.70;RPA=10,9;RU=TCA;SB=-1.745e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,101:141:99:4329,295,0 chrXV 70058 . AT A 2400.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=115.3110;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.53;MQ0=0;QD=19.68;RPA=10,9;RU=T;SB=-1.126e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,105:122:99:2443,305,0 chrXV 77349 . GAT G 3654 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=764.3379;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.97;MQ0=0;QD=36.18;RPA=3,2;RU=AT;SB=-1.119e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,88:101:99:3654,265,0 chrXV 77390 . TA T 2997.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=1183.2867;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.85;MQ0=0;QD=25.84;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.223e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,107:116:99:3040,318,0 chrXV 79521 . C CT 2820.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.123;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=144.2784;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.66;MQ0=0;MQRankSum=0.294;QD=18.68;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.361;SB=-1.092e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,123:151:99:2863,290,0 chrXV 81378 . AT A 1985.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=757.9777;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.16;MQ0=0;QD=29.64;RPA=3,2;RU=T;SB=-3.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,61:67:99:2028,180,0 chrXV 83362 . C CGA 5161 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=237.5941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.05;MQ0=0;QD=41.29;RPA=2,3;RU=GA;SB=-1.595e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,119:125:99:5161,358,0 chrXV 83483 . TG T 3940 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=695.3373;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.49;MQ0=0;QD=33.68;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.402e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,107:117:99:3940,322,0 chrXV 83503 . G GAAA 2804.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.567;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=848.3009;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.866;QD=25.97;RPA=2,5;RU=A;ReadPosRankSum=1.114;SB=-8.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,48:107:99:2847,214,0 chrXV 85382 . CTT C 659.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.830;DP=46;FS=2.721;HaplotypeScore=39.4812;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.36;MQ0=0;MQRankSum=0.415;QD=14.35;RPA=15,13;RU=T;ReadPosRankSum=1.867;SB=-2.779e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,25:46:47:702,47,0 chrXV 87297 . G GA 1840.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=338.8743;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.28;MQ0=0;QD=27.89;RPA=3,4;RU=A;SB=-7.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,61:66:99:1883,177,0 chrXV 92462 . CA C 3981 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=172;FS=0.000;HaplotypeScore=303.3327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.57;MQ0=0;QD=23.15;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.133e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,144:172:99:3981,435,0 chrXV 92494 . T TAA 3768 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=311.1780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.73;MQ0=0;QD=27.71;RPA=8,10;RU=A;SB=-1.350e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,96:136:99:3768,314,0 chrXV 92644 . GA G 3341 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=1426.7818;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.01;MQ0=0;QD=31.82;SB=-1.527e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,91:105:99:3341,280,0 chrXV 93845 . T TA 1194.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.159;DP=118;FS=3.450;HaplotypeScore=212.9720;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.07;MQ0=0;MQRankSum=1.469;QD=10.13;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.042;SB=-3.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:53,61:118:28:1237,28,0 chrXV 94027 . AT A 2861.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=487.0528;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.92;MQ0=0;QD=28.34;RPA=4,3;RU=T;SB=-9.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,99:101:99:2904,286,0 chrXV 94613 . GAA G 1001.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.634;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=243.3444;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.248;QD=20.04;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.446;SB=-8.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,30:50:69:1044,69,0 chrXV 94666 . A AT 1897.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=638.0710;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.92;MQ0=0;QD=30.61;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,60:62:99:1940,177,0 chrXV 96928 . C CG 2647.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=391.3747;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.60;MQ0=0;QD=25.71;RPA=6,7;RU=G;SB=-1.198e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,86:103:99:2690,256,0 chrXV 110086 . GT G 4619 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=34.7404;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.11;MQ0=0;QD=37.25;SB=-2.014e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,121:124:99:4619,361,0 chrXV 110687 . T TA 1136.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=120.2202;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.42;MQ0=0;QD=22.29;RPA=5,6;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,46:51:99:1179,123,0 chrXV 110931 . G GA 1107.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=338.0574;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.69;MQ0=0;QD=24.09;SB=-1.300e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,37:46:99:1150,131,0 chrXV 110946 . TAAGA T 2734.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=198.4691;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.88;MQ0=0;QD=53.63;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,45:51:99:2777,144,0 chrXV 111095 . TAGCAA T 5821 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=1238.6427;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.76;MQ0=0;QD=67.69;SB=-2.775e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,78:86:99:5821,235,0 chrXV 111119 . CT C 3305 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=1580.8615;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.61;MQ0=0;QD=35.16;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.544e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,91:94:99:3305,268,0 chrXV 111216 . GA G 2793.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=745.3253;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.95;MQ0=0;QD=25.63;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.126e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,99:109:99:2836,294,0 chrXV 113270 . A AT 3216.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=280.5560;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.61;MQ0=0;QD=29.24;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.622e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,102:110:99:3259,298,0 chrXV 113874 . AT A 232.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=43.2386;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=10.13;RPA=9,8;RU=T;SB=-7.597e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,13:23:33:275,33,0 chrXV 113935 . CA C 935.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=141.4206;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.04;MQ0=0;QD=32.27;RPA=3,2;RU=A;SB=-4.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:84:978,84,0 chrXV 114133 . G GT 2733.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=167.6210;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.05;MQ0=0;QD=26.04;RPA=5,6;RU=T;SB=-6.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,101:105:99:2776,283,0 chrXV 129212 . C CT 862.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.206;DP=85;FS=4.916;HaplotypeScore=56.2074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-2.000;QD=10.15;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.041;SB=-4.302e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,39:85:68:902,0,68 chrXV 136025 . GA G 3180.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=298.8714;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.47;MQ0=0;QD=25.25;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.591e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,115:126:99:3223,336,0 chrXV 136376 . GA G 1511.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.679;DP=88;FS=3.078;HaplotypeScore=118.0757;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.46;MQ0=0;MQRankSum=1.359;QD=17.18;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.613;SB=-7.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,74:88:99:1554,168,0 chrXV 138046 . GTA G 258.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1876;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.34;MQ0=0;QD=17.27;RPA=6,5;RU=TA;SB=-1.475e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,11:15:24:301,24,0 chrXV 141471 . G GA 913.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.572;DP=97;FS=9.135;HaplotypeScore=82.8830;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.045;QD=9.42;RPA=15,16;RU=A;ReadPosRankSum=0.630;SB=-3.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,40:97:39:953,0,39 chrXV 141555 . GT G 1981.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=67.7863;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;QD=20.43;RPA=8,7;RU=T;SB=-7.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,83:97:99:2024,237,0 chrXV 144166 . C CA 3047.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.747;DP=158;FS=4.368;HaplotypeScore=372.2084;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.980;QD=19.29;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.081;SB=-7.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,129:158:99:3090,224,0 chrXV 145176 . C CT 200.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=88.0370;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.65;MQ0=0;QD=10.05;RPA=13,14;RU=T;SB=-9.792e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,7:20:36:243,36,0 chrXV 147203 . CTA C 903.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=75.4834;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=28.25;RPA=4,3;RU=TA;SB=-2.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,26:32:72:946,72,0 chrXV 158792 . C CA 4092 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=799.4693;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.21;MQ0=0;QD=26.57;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.536e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,140:154:99:4092,406,0 chrXV 160743 . CT C 3870 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=176;FS=0.000;HaplotypeScore=191.5904;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=21.99;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.557e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,157:176:99:3870,453,0 chrXV 160980 . AAG A 4703 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.780;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=100.8628;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=0.028;QD=29.03;ReadPosRankSum=-0.837;SB=-2.061e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:79,81:162:99:4703,395,0 chrXV 162054 . A AT 4919 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=959.8371;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.48;MQ0=0;QD=35.64;RPA=1,2;RU=T;SB=-2.033e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,134:138:99:4919,397,0 chrXV 165370 . AT A 3142.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=383.6568;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.86;MQ0=0;QD=21.53;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.147e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,131:146:99:3185,383,0 chrXV 165467 . GT G 2042.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=730.5537;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.90;MQ0=0;QD=21.50;RPA=7,6;RU=T;SB=-9.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,82:95:99:2085,234,0 chrXV 167003 . TTTA T 3906 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=599.7120;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.43;MQ0=0;QD=42.00;SB=-1.652e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,83:93:99:3906,241,0 chrXV 170473 . C CT 7857 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=211;FS=0.000;HaplotypeScore=67.9329;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.34;MQ0=0;QD=37.24;RPA=1,2;RU=T;SB=-3.764e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,205:211:99:7857,608,0 chrXV 180517 . AT A 3168.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=237.2206;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.06;MQ0=0;QD=27.80;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.293e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,113:114:99:3211,316,0 chrXV 194895 . C CA 2573.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.031;DP=159;FS=3.500;HaplotypeScore=299.4693;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.796;QD=16.19;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-1.383;SB=-1.338e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:71,77:159:99:2616,231,0 chrXV 206047 . C CAT 3693 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=136.5415;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.14;MQ0=0;MQRankSum=0.147;QD=32.68;RPA=5,6;RU=AT;ReadPosRankSum=0.958;SB=-1.236e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,95:113:99:3693,261,0 chrXV 213812 . AT A 1918.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=392.9939;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.08;MQ0=0;QD=19.78;RPA=9,8;RU=T;SB=-9.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,84:97:99:1961,237,0 chrXV 213883 . A AAT 2644.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=259.4409;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.462;QD=30.05;ReadPosRankSum=-1.057;SB=-8.906e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,37:88:99:2686,217,0 chrXV 216273 . CGT C 6092 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=627.5539;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.24;MQ0=0;QD=41.16;SB=-2.504e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,130:148:99:6092,407,0 chrXV 216604 . GTCACCA G 15624 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=232;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=61.7126;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.58;MQ0=0;QD=67.34;RPA=2,1;RU=TCACCA;SB=-6.812e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,194:232:99:15624,632,0 chrXV 216898 . A AAT 553.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=27.8782;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.19;MQ0=0;QD=8.93;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,44:62:71:596,71,0 chrXV 217068 . A AT 781.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=92.8909;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.05;RPA=4,5;RU=T;SB=-3.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,29:39:81:824,81,0 chrXV 227300 . C CGATGATGATGAT 2413.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=17.4799;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.50;MQ0=0;QD=39.57;RPA=12,16;RU=GAT;SB=-2.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,37:61:99:2456,111,0 chrXV 228425 . C CT 1927.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.091;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=41.9733;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.26;MQ0=0;MQRankSum=0.501;QD=21.42;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.866;SB=-9.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,76:90:99:1970,202,0 chrXV 231806 . G GA 1596.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.199;DP=110;FS=4.896;HaplotypeScore=33.2049;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=0.009;QD=14.52;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.388;SB=-2.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,69:110:67:1639,67,0 chrXV 233686 . AT A 3846 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=166.4889;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.14;MQ0=0;QD=31.52;SB=-1.434e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,119:122:99:3846,336,0 chrXV 233865 . A AT 2333.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.265;DP=103;FS=4.870;HaplotypeScore=28.9470;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.538;QD=22.66;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.253;SB=-7.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,94:103:99:2376,242,0 chrXV 236202 . ACAAGCT A 6968 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-5.315;DP=228;DS;FS=1.783;HaplotypeScore=1319.0977;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.98;MQ0=0;MQRankSum=2.668;QD=30.56;RPA=5,4;RU=CAAGCT;ReadPosRankSum=4.926;SB=-2.523e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:146,79:227:99:6968,341,0 chrXV 236274 . AGCG A 6013 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.534;DP=218;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=2175.7243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.84;MQ0=0;MQRankSum=-2.337;QD=27.58;RPA=2,1;RU=GCG;ReadPosRankSum=10.219;SB=-2.761e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,127:218:99:6013,0,973 chrXV 236982 . A AGCAACAG,ACAG 11027 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.980;DP=216;FS=0.000;HaplotypeScore=2159.8426;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=37.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.137;QD=51.05;ReadPosRankSum=0.927;SB=-4.679e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:103,36,73:216:99:11027,1994,1504,2433,0,1956 chrXV 237009 . GCAA G 8035 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-4.496;DP=242;FS=9.990;HaplotypeScore=2675.7820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.815;QD=33.20;RPA=3,2;RU=CAA;ReadPosRankSum=3.958;SB=-2.843e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:63,179:242:99:8035,494,0 chrXV 238253 . CT C 1354.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=17.5391;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.64;MQ0=0;QD=20.22;RPA=8,7;RU=T;SB=-2.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,57:67:99:1397,164,0 chrXV 251124 . C CT 353.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3695;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.53;MQ0=0;QD=16.86;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,17:21:42:396,42,0 chrXV 256619 . G GT 964.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=70.5843;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.53;RPA=6,7;RU=T;SB=-3.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,35:47:99:1007,108,0 chrXV 259218 . CT C 1987.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.777;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=49.4080;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=1.998;QD=15.78;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.186;SB=-9.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,91:126:99:2030,190,0 chrXV 266217 . GA G 666.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=160.0583;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.56;MQ0=0;QD=17.10;RPA=7,6;RU=A;SB=-3.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,31:39:81:709,81,0 chrXV 269425 . A ATCTTCATCTTCCGCT 20942 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=243;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=59.1908;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.13;MQ0=2;QD=86.18;RPA=1,2;RU=TCTTCATCTTCCGCT;SB=-1.029e+04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:79,161:240:99:20942,476,0 chrXV 271953 . CT C 1473.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=172.9992;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=16.02;RPA=11,10;RU=T;SB=-5.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,71:92:99:1516,194,0 chrXV 277876 . CAT C 1019.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=15.0456;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=20.82;RPA=7,6;RU=AT;SB=-5.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,32:49:87:1062,87,0 chrXV 281770 . C CT 3338 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=30.4875;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.16;MQ0=0;QD=25.68;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.567e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,123:130:99:3338,343,0 chrXV 290573 . C CTT 1024.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.520;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=93.1826;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.213;QD=17.08;RPA=13,15;RU=T;ReadPosRankSum=1.040;SB=-3.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,34:60:90:1067,90,0 chrXV 292246 . CAA C 4076 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.674;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=44.0376;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.208;QD=27.36;RPA=10,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.946;SB=-1.871e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,125:148:99:4076,353,0 chrXV 296474 . CCA C 5822 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=221.5306;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.84;MQ0=0;QD=44.78;SB=-2.673e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,128:130:99:5822,376,0 chrXV 298968 . AT A 2515.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=1290.7711;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.88;MQ0=0;QD=24.43;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.207e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,92:103:99:2558,279,0 chrXV 298998 . CTGCTACAACAGACTAGTT C 13677 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=384.0480;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.18;MQ0=0;QD=162.82;SB=-6.606e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,63:84:99:13677,241,0 chrXV 299706 . AT A 2862.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=1175.1634;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.95;MQ0=0;QD=22.02;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.004e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,112:130:99:2905,330,0 chrXV 301070 . GTC G 5598 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=351.6472;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.34;MQ0=0;QD=39.99;SB=-2.312e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,125:140:99:5598,367,0 chrXV 301304 . ATGTG A 1138.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=69.5740;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.10;MQ0=0;QD=42.18;RPA=8,6;RU=TG;SB=-5.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,22:27:66:1181,66,0 chrXV 304940 . CT C 3173.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;DP=162;DS;FS=3.849;HaplotypeScore=46.0353;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.85;MQ0=0;MQRankSum=0.357;QD=19.59;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.119;SB=-1.292e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,146:162:99:3216,364,0 chrXV 309087 . T TTA 192.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2648;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;QD=13.72;RPA=7,8;RU=TA;SB=-7.462e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,6:14:18:234,18,0 chrXV 325064 . GT G 2022.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=29.0422;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;QD=19.64;RPA=10,9;RU=T;SB=-9.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,92:103:99:2065,254,0 chrXV 333432 . GA G 1524.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.680;DP=126;FS=5.737;HaplotypeScore=52.8026;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.625;QD=12.10;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.873;SB=-5.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,82:126:58:1567,58,0 chrXV 338929 . TTCAG T 8330 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=41.2200;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.37;MQ0=0;QD=57.85;SB=-2.603e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,141:144:99:8330,403,0 chrXV 349509 . GT G 5786 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=189;FS=0.000;HaplotypeScore=1273.1801;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.46;MQ0=0;QD=30.61;RPA=4,3;RU=T;SB=-2.164e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,176:189:99:5786,529,0 chrXV 349580 . GA G 1973.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.359;DP=163;FS=7.308;HaplotypeScore=676.5094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.15;MQ0=0;MQRankSum=1.131;QD=12.11;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=2.011;SB=-8.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:52,92:163:99:2016,190,0 chrXV 356864 . AT A 3533 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=177;FS=0.000;HaplotypeScore=58.7206;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.54;MQ0=0;QD=19.96;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.581e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,153:177:99:3533,422,0 chrXV 357337 . GA G 2194.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=476.8595;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.81;MQ0=0;QD=18.29;RPA=10,9;RU=A;SB=-1.041e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,94:120:99:2237,275,0 chrXV 363969 . T TG 2362.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.740;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=495.5225;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.073;QD=23.40;ReadPosRankSum=2.198;SB=-1.147e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,95:101:99:2405,268,0 chrXV 367554 . GTA G 3820 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=22.4534;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.38;MQ0=1;QD=37.82;RPA=3,2;RU=TA;SB=-1.764e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,95:99:99:3820,274,0 chrXV 368065 . G GTT 3701 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.967;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=608.8536;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.412;QD=33.65;ReadPosRankSum=2.064;SB=-1.514e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,92:110:99:3701,291,0 chrXV 370433 . A ATT 2587.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=28.3344;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.15;MQ0=0;QD=29.08;RPA=9,11;RU=T;SB=-1.122e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,66:89:99:2630,222,0 chrXV 370888 . C CG 4465 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=30.4458;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;QD=36.60;SB=-1.827e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,112:122:99:4465,331,0 chrXV 371479 . C CT 2162.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.748;DP=94;FS=3.644;HaplotypeScore=79.8894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.80;MQ0=0;MQRankSum=1.604;QD=23.01;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.219;SB=-9.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,83:94:99:2205,218,0 chrXV 372343 . A AT 1713.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=434.0145;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.54;MQ0=0;QD=24.84;RPA=6,7;RU=T;SB=-4.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,62:69:99:1756,186,0 chrXV 382987 . GAA G 3459 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=27.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.30;MQ0=0;QD=33.26;RPA=7,5;RU=A;SB=-1.385e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,96:104:99:3459,286,0 chrXV 383410 . AT A 1965.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=15.5642;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.36;MQ0=0;QD=27.69;RPA=4,3;RU=T;SB=-3.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,69:71:99:2008,195,0 chrXV 384491 . CA C 3793 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=200.6784;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;QD=25.29;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.562e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,141:150:99:3793,394,0 chrXV 384584 . TA T 2970.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=534.6304;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.65;MQ0=0;QD=34.95;SB=-1.330e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,79:85:99:3013,232,0 chrXV 384957 . TA T 2046.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=576.6225;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.39;MQ0=0;QD=24.66;RPA=4,3;RU=A;SB=-6.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,74:83:99:2089,213,0 chrXV 385319 . C CT 2454.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=497.4747;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.69;MQ0=0;QD=25.84;SB=-7.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,86:95:99:2497,259,0 chrXV 385523 . AT A 3605 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=1378.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.44;MQ0=0;QD=34.01;SB=-1.603e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:106:99:3605,277,0 chrXV 385645 . C CTT 1495.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=779.5403;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.56;MQ0=0;QD=15.11;RPA=8,10;RU=T;SB=-6.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:53,36:99:99:1538,144,0 chrXV 385733 . GC G 2193.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=290.5076;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.08;MQ0=0;QD=32.75;RPA=2,1;RU=C;SB=-4.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,60:67:99:2236,190,0 chrXV 385955 . TA T 1602.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=741.7193;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.21;MQ0=0;QD=23.92;RPA=6,5;RU=A;SB=-7.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,61:67:99:1645,180,0 chrXV 386086 . TA T 2490.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=689.3087;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.09;MQ0=0;QD=29.65;RPA=2,1;RU=A;SB=-9.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,75:84:99:2533,226,0 chrXV 386646 . CT C 2454.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.570;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=28.3459;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.178;QD=19.64;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.016;SB=-1.222e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,114:125:99:2497,292,0 chrXV 389452 . ACAT A 5695 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=397.7297;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.16;MQ0=0;QD=40.97;RPA=3,2;RU=CAT;SB=-1.859e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,110:139:99:5695,337,0 chrXV 389478 . A AT 4220 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=492.1968;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.70;MQ0=0;QD=38.72;SB=-1.621e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,98:109:99:4220,301,0 chrXV 389603 . A AT 3355 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=601.1499;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.20;MQ0=0;QD=40.91;SB=-1.568e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,79:82:99:3355,241,0 chrXV 389607 . C CA 2703.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=719.9982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.53;MQ0=0;QD=31.08;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.295e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,82:87:99:2746,250,0 chrXV 389708 . A AT 3611 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=55.2959;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=29.12;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.297e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,122:124:99:3611,343,0 chrXV 391987 . A AT 3451 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=237.1726;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.67;MQ0=0;QD=24.30;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.452e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,128:142:99:3451,369,0 chrXV 392113 . G GA 1738.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.324;DP=107;FS=1.704;HaplotypeScore=39.2946;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=1.835;QD=16.25;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-2.208;SB=-8.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,64:107:99:1781,122,0 chrXV 392395 . G GA 4011 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=240.6252;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=27.66;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.889e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,130:145:99:4011,385,0 chrXV 397478 . GA G 1383.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.473;DP=117;FS=6.045;HaplotypeScore=56.1955;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.31;MQ0=0;MQRankSum=2.366;QD=11.83;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.257;SB=-6.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,70:117:99:1426,142,0 chrXV 407924 . G GGCACGTGTTGCAATATAATACTA 32767 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=187;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=43.5699;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.54;MQ0=0;QD=175.22;SB=-1.393e+04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:103,63:187:99:32767,487,0 chrXV 410001 . GT G 2976.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=95.2289;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.02;MQ0=0;QD=27.82;RPA=4,3;RU=T;SB=-9.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,101:107:99:3019,292,0 chrXV 410742 . G GT 2680.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=486.1935;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.06;MQ0=0;QD=23.52;RPA=7,8;RU=T;SB=-9.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,95:114:99:2723,294,0 chrXV 412675 . ATTT A 852.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=162.8332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.24;MQ0=0;QD=20.80;RPA=15,12;RU=T;SB=-3.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,23:41:66:895,66,0 chrXV 412908 . TA T 2075.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=320.7795;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=23.86;RPA=6,5;RU=A;SB=-7.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,81:87:99:2118,231,0 chrXV 413693 . GT G 2737.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=272.7692;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.08;MQ0=0;QD=32.21;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.149e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,75:85:99:2780,229,0 chrXV 413751 . GA G 3433 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=599.9701;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.09;MQ0=0;QD=26.41;RPA=5,4;RU=A;SB=-9.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,121:130:99:3433,355,0 chrXV 414171 . G GT 5138 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=375.1109;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;QD=38.63;SB=-1.641e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,119:133:99:5138,385,0 chrXV 414229 . CG C 4116 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=353.1666;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.88;MQ0=0;QD=34.02;RPA=3,2;RU=G;SB=-1.262e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,113:121:99:4116,340,0 chrXV 416138 . T TTAA 1929.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=338.7057;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.54;MQ0=0;QD=48.25;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,32:40:99:1972,105,0 chrXV 416337 . TA T 1310.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=13.5581;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=25.21;RPA=5,4;RU=A;SB=-8.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:52:99:1353,141,0 chrXV 417837 . T TC 3931 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=561.5408;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.90;MQ0=0;QD=31.45;RPA=3,4;RU=C;SB=-1.575e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,121:125:99:3931,352,0 chrXV 418071 . ATTGT A 8509 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=635.3345;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.06;MQ0=0;QD=54.90;RPA=2,1;RU=TTGT;SB=-2.347e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,145:155:99:8509,415,0 chrXV 418280 . GA G 5487 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=171;FS=0.000;HaplotypeScore=313.3160;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.12;MQ0=0;QD=32.09;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.919e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,165:171:99:5487,472,0 chrXV 421716 . CT C 4133 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=569.6377;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.22;MQ0=0;QD=31.31;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.831e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,123:132:99:4133,364,0 chrXV 422078 . CT C 2701.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=170.8529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.37;MQ0=0;QD=30.36;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.089e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,84:89:99:2744,241,0 chrXV 422214 . T TC 1787.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.470;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=1652.4090;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.575;QD=26.69;ReadPosRankSum=1.627;SB=-5.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,58:67:99:1830,181,0 chrXV 422216 . GA G 1606.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.457;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=1669.2304;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.567;QD=24.35;ReadPosRankSum=1.457;SB=-4.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,58:66:99:1649,176,0 chrXV 422221 . ATT A 2702.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.562;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=1530.2155;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.675;QD=43.60;ReadPosRankSum=1.562;SB=-8.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,57:62:99:2745,178,0 chrXV 422225 . AAATAAATT A 6199 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=1137.6702;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=106.88;SB=-1.880e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:6199,175,0 chrXV 422603 . G GA 2353.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.827;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=285.8881;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.63;MQ0=0;MQRankSum=0.905;QD=21.60;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.197;SB=-1.166e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,92:109:99:2396,238,0 chrXV 422652 . C CA 3417 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=595.3513;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.49;MQ0=0;QD=29.97;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.450e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,110:114:99:3417,325,0 chrXV 424824 . TA T 2676.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=769.1161;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.02;MQ0=0;QD=22.88;RPA=6,5;RU=A;SB=-9.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,107:117:99:2719,297,0 chrXV 426244 . CT C 1259.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=22.3993;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.17;MQ0=0;QD=20.00;RPA=10,9;RU=T;SB=-5.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,56:63:99:1302,161,0 chrXV 426603 . GA G 421.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.287;DP=66;FS=6.323;HaplotypeScore=212.1273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.99;MQ0=0;MQRankSum=0.687;QD=6.39;RPA=16,15;RU=A;ReadPosRankSum=1.859;SB=-1.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,23:66:99:461,0,107 chrXV 427299 . T TA 5192 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=179;FS=0.000;HaplotypeScore=409.8248;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;QD=29.01;RPA=3,4;RU=A;SB=-2.402e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,160:179:99:5192,490,0 chrXV 427395 . T TC 4806 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=723.8085;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.57;MQ0=0;QD=39.39;SB=-2.066e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,117:122:99:4806,358,0 chrXV 427529 . AG A 6253 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=206;FS=0.000;HaplotypeScore=392.0579;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;QD=30.35;RPA=2,1;RU=G;SB=-2.087e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,193:206:99:6253,565,0 chrXV 427989 . G GTCATCA 8660 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.870;DP=219;FS=6.280;HaplotypeScore=2180.8418;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.29;MQ0=1;MQRankSum=5.513;QD=39.54;ReadPosRankSum=6.200;SB=-6.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:63,142:218:53:8660,53,0 chrXV 429940 . C CT 3118.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.866;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=226.5064;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=0.896;QD=21.96;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.657;SB=-1.467e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,111:142:99:3161,322,0 chrXV 430182 . A AG,AA 817.40 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.013;DP=95;FS=2.465;HaplotypeScore=117.5628;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.66;MQ0=1;MQRankSum=2.327;QD=8.60;ReadPosRankSum=-0.445;SB=-2.004e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:32,57,5:93:43:894,43,335,764,0,772 chrXV 433621 . G GA 1279.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.005;DP=77;FS=20.120;HaplotypeScore=305.2931;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=1.732;QD=16.62;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.400;SB=-4.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,53:77:75:1322,75,0 chrXV 436844 . T TA 1154.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=246.9341;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.85;MQ0=0;QD=22.65;RPA=1,2;RU=A;SB=-3.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,44:51:99:1197,124,0 chrXV 438785 . C CT 2903.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=601.0245;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.12;MQ0=0;QD=23.23;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.141e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,114:125:99:2946,316,0 chrXV 443755 . A AT 3103.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=593.5113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;QD=26.08;RPA=3,4;RU=T;SB=-9.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,111:119:99:3146,301,0 chrXV 444498 . A ATTTTT 1484.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.378;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=62.8640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.88;MQ0=0;MQRankSum=0.793;QD=13.37;RPA=18,23;RU=T;ReadPosRankSum=-0.836;SB=-5.892e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:83,20:106:16:1526,16,0 chrXV 448418 . AC A 1873.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=57.5270;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=27.56;RPA=2,1;RU=C;SB=-4.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,62:68:99:1916,174,0 chrXV 448553 . C CTT 247.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2625;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.18;MQ0=0;QD=27.55;RPA=8,10;RU=T;SB=-3.797e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:9:24:290,24,0 chrXV 449086 . GT G 2279.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=237.6868;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.40;MQ0=0;QD=24.52;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.018e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,87:93:99:2322,261,0 chrXV 457827 . G GT 4664 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=42.1314;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.69;MQ0=0;QD=30.48;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.423e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,148:153:99:4664,421,0 chrXV 462165 . T TTC 2672.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=47.1768;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.74;MQ0=0;QD=38.19;SB=-9.100e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,56:70:99:2715,175,0 chrXV 462267 . T TG 3366 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=297.4699;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;QD=28.29;RPA=5,6;RU=G;SB=-6.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,117:119:99:3366,325,0 chrXV 463620 . C CA 2980.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=633.0322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.55;MQ0=0;QD=26.15;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.101e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,106:114:99:3023,312,0 chrXV 464193 . AT A 994.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=463.3218;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.98;MQ0=0;QD=19.13;RPA=7,6;RU=T;SB=-3.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,40:52:99:1037,120,0 chrXV 464204 . ATT A 1261.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=471.6892;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.49;MQ0=0;QD=26.85;RPA=8,6;RU=T;SB=-3.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,36:47:99:1304,108,0 chrXV 464228 . TA T 734.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=435.7999;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.67;MQ0=0;QD=21.62;RPA=5,4;RU=A;SB=-5.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,28:34:81:777,81,0 chrXV 464395 . T TTATTAAAATAGAGC 2686.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=28.2035;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.67;MQ0=1;QD=116.82;SB=-6.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,11:22:60:2729,60,0 chrXV 464593 . AT A 1378.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=223.0165;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.13;MQ0=0;QD=24.19;RPA=8,7;RU=T;SB=-4.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,56:57:99:1421,162,0 chrXV 467927 . A AT 6944 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=185;FS=0.000;HaplotypeScore=595.5363;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.91;MQ0=0;QD=37.54;SB=-3.384e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,176:185:99:6944,512,0 chrXV 479254 . A AT 343.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=25.4404;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.72;MQ0=0;QD=11.10;RPA=4,5;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,23:31:39:386,39,0 chrXV 489778 . C CAT 138 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DP=18;FS=7.782;HaplotypeScore=3.9735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=7.67;RPA=9,10;RU=AT;ReadPosRankSum=0.736;SB=-2.779e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,5:18:18:177,0,18 chrXV 497200 . T TCA 1934.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=24.9201;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.04;MQ0=1;QD=43.00;SB=-6.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:44:99:1977,123,0 chrXV 504675 . G GGC 6681 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=100.8105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.89;MQ0=0;QD=43.38;SB=-3.092e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,145:154:99:6681,427,0 chrXV 506072 . CTGACTA C 11821 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=324.6475;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.62;MQ0=0;QD=78.81;SB=-4.231e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,142:150:99:11821,427,0 chrXV 507825 . TA T 2173.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=218.0616;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=20.51;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.026e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,91:106:99:2216,261,0 chrXV 511568 . C CA 2121.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.610;DP=131;FS=8.160;HaplotypeScore=51.4794;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.53;MQ0=0;MQRankSum=0.265;QD=16.20;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.598;SB=-9.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,83:131:99:2164,128,0 chrXV 511735 . G GCT 5416 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=338.0289;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.11;MQ0=0;QD=41.34;SB=-2.586e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,128:131:99:5416,382,0 chrXV 513038 . A AT 1898.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=189.3576;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.98;MQ0=0;QD=24.35;RPA=4,5;RU=T;SB=-4.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,65:78:99:1941,195,0 chrXV 513231 . CA C 2519.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=205.6206;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.09;MQ0=0;QD=26.53;RPA=5,4;RU=A;SB=-4.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,92:95:99:2562,267,0 chrXV 514806 . A AT 4676 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=741.9789;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.24;MQ0=0;QD=31.17;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.203e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,141:150:99:4676,418,0 chrXV 514857 . C CT 5203 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=770.1755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.69;MQ0=0;QD=37.16;SB=-1.002e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,128:140:99:5203,391,0 chrXV 514910 . GAA G 364.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=513.7902;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.14;MQ0=0;QD=6.76;RPA=11,9;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,13:54:36:407,36,0 chrXV 514926 . G GAA 315.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=280.8146;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.46;MQ0=0;QD=16.63;RPA=2,4;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,5:19:39:358,39,0 chrXV 514967 . T TC 1098.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=394.9182;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.64;MQ0=0;QD=33.30;RPA=1,2;RU=C;SB=-1.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,32:33:96:1141,96,0 chrXV 515084 . T TG 2489.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=1580.9607;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.63;MQ0=0;QD=33.20;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,67:75:99:2532,208,0 chrXV 515165 . TAAC T 3646 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=1215.9919;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.06;MQ0=0;QD=46.15;SB=-5.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,64:79:99:3646,201,0 chrXV 515184 . C CT 2773.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=1096.3737;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.48;MQ0=0;QD=31.17;RPA=2,3;RU=T;SB=-6.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,81:89:99:2816,247,0 chrXV 516304 . AC A 4073 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=1213.9917;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.47;MQ0=0;QD=36.04;RPA=2,1;RU=C;SB=-1.629e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,109:113:99:4073,328,0 chrXV 516328 . AT A 4261 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=1099.7532;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.31;MQ0=0;QD=36.11;SB=-2.119e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:118:99:4261,328,0 chrXV 517544 . CTT C 3680 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=465.5137;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.65;MQ0=0;QD=37.17;RPA=5,3;RU=T;SB=-1.644e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,93:99:99:3680,274,0 chrXV 520511 . G GAAA 7492 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=593.5605;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.27;MQ0=0;QD=56.33;SB=-3.422e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,123:133:99:7492,385,0 chrXV 520978 . CT C 3602 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=42.1424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.82;MQ0=0;QD=27.50;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.797e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,120:131:99:3602,355,0 chrXV 521258 . GA G 2392.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.611;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=213.4956;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=1.528;QD=17.22;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.460;SB=-1.175e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,112:139:99:2435,288,0 chrXV 522252 . G GA 4137 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=819.0643;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.57;MQ0=0;QD=27.95;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.802e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,135:148:99:4137,394,0 chrXV 522705 . TTA T 1880.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=53.6862;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.69;MQ0=0;QD=37.62;RPA=3,2;RU=TA;SB=-6.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,47:50:99:1923,138,0 chrXV 522778 . AT A 1691.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=107.1278;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.55;MQ0=0;QD=25.25;RPA=5,4;RU=T;SB=-2.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,61:67:99:1734,180,0 chrXV 524871 . T TTA 443.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9718;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.77;MQ0=0;QD=19.30;RPA=5,6;RU=TA;SB=-4.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,12:23:36:486,36,0 chrXV 524973 . CTG C 1809.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=155.1564;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.27;MQ0=0;QD=37.71;RPA=3,2;RU=TG;SB=-8.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,45:48:99:1852,132,0 chrXV 534515 . GCAGCAACAACAACAA G 25025 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=223;FS=0.000;HaplotypeScore=516.0153;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.19;MQ0=0;QD=112.22;SB=-6.885e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,190:223:99:25025,550,0 chrXV 535166 . T TAAC 6811 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.419;DP=218;FS=0.000;HaplotypeScore=467.2538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.03;MQ0=0;MQRankSum=1.370;QD=31.24;RPA=8,9;RU=AAC;ReadPosRankSum=1.325;SB=-3.038e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:57,160:218:99:6811,415,0 chrXV 536849 . TTTTC T 4677 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=320.6755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.88;MQ0=0;QD=46.77;SB=-7.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,80:100:99:4677,256,0 chrXV 536928 . CT C 1468.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=213.3801;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=20.69;RPA=7,6;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,59:71:99:1511,171,0 chrXV 537248 . TTG T 815.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=89.0039;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.24;MQ0=0;QD=29.14;SB=-4.000e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,26:28:76:858,76,0 chrXV 537259 . ATTT A 606.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=102.1865;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.46;MQ0=0;QD=20.23;RPA=15,12;RU=T;SB=-4.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,15:30:54:649,54,0 chrXV 560809 . GA G 1829.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.258;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=322.6474;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.97;MQ0=0;MQRankSum=1.258;QD=12.80;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.330;SB=-6.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:55,72:143:99:1872,227,0 chrXV 561027 . GA G 2172.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.656;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=27.8795;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=1.542;QD=20.69;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=1.580;SB=-1.096e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,96:105:99:2215,247,0 chrXV 564437 . TA T 3061.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=231.8507;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.00;MQ0=0;QD=31.57;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.406e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,95:97:99:3104,267,0 chrXV 569671 . G GTT 3987 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=450.7569;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.07;MQ0=0;QD=31.90;RPA=8,10;RU=T;SB=-1.931e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,94:125:99:3987,338,0 chrXV 569695 . AT A 2486.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=811.1071;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.69;MQ0=0;QD=17.27;RPA=11,10;RU=T;SB=-1.139e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,109:144:99:2529,329,0 chrXV 572170 . G GTT 1054.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=173.4664;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.30;MQ0=0;QD=15.75;RPA=13,15;RU=T;SB=-4.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,27:67:99:1097,108,0 chrXV 574955 . AT A 1673.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=17.1513;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.27;MQ0=0;QD=21.19;RPA=9,8;RU=T;SB=-7.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,72:79:99:1716,210,0 chrXV 577841 . C CT 2869.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=350.5221;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.86;MQ0=0;QD=28.42;RPA=3,4;RU=T;SB=-6.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,96:101:99:2912,277,0 chrXV 580086 . GT G 548.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=9.2588;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.40;MQ0=0;QD=20.33;RPA=4,3;RU=T;SB=-6.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,21:27:57:591,57,0 chrXV 589865 . A ATT 2791.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=435.1868;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.97;MQ0=0;QD=34.90;RPA=5,7;RU=T;SB=-1.276e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,74:80:99:2834,220,0 chrXV 592958 . G GT 3872 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=285.7899;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.02;MQ0=0;QD=28.90;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.849e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,125:134:99:3872,370,0 chrXV 594280 . T TAA 2779.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=386.7617;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.49;MQ0=0;QD=39.15;RPA=3,5;RU=A;SB=-9.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,65:71:99:2822,205,0 chrXV 594301 . GA G 1325.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=482.3966;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.25;MQ0=0;QD=20.09;RPA=9,8;RU=A;SB=-4.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,52:66:99:1368,153,0 chrXV 600875 . G GAT 1338.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=389.2778;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.14;MQ0=0;QD=32.66;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,36:41:99:1381,109,0 chrXV 601085 . C CT 2730.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=57.8687;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.22;MQ0=0;QD=30.68;RPA=3,4;RU=T;SB=-9.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:89:99:2773,262,0 chrXV 605112 . CA C 4114 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=44.6237;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.49;MQ0=0;QD=25.71;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.801e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,152:160:99:4114,430,0 chrXV 606336 . TA T 2905.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=914.5578;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.80;MQ0=0;QD=22.70;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.181e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,109:128:99:2948,321,0 chrXV 606364 . C CT 4113 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=1265.5665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.48;MQ0=0;QD=32.13;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.711e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,119:128:99:4113,361,0 chrXV 606414 . TG T 5004 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=1269.3542;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.46;MQ0=0;QD=37.91;SB=-2.166e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,126:132:99:5004,379,0 chrXV 606443 . AT A 4531 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=940.3020;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.92;MQ0=0;QD=30.82;RPA=3,2;RU=T;SB=-2.220e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,134:147:99:4531,385,0 chrXV 608546 . GA G 1420.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=111.7431;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.20;RPA=8,7;RU=A;SB=-5.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,61:74:99:1463,171,0 chrXV 608649 . A AT 2223.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.854;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=355.2390;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.406;QD=21.38;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.994;SB=-5.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,91:104:99:2266,214,0 chrXV 609382 . TATTAGAAGC T 10015 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=263.3421;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.13;MQ0=0;QD=68.13;RPA=2,1;RU=ATTAGAAGC;SB=-4.869e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,108:147:99:10015,307,0 chrXV 612516 . T TA 1804.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=13.0686;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.61;MQ0=0;QD=34.06;SB=-8.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,52:53:99:1847,138,0 chrXV 618738 . C CAT 5205 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=371.0657;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.08;MQ0=0;QD=33.37;RPA=4,5;RU=AT;SB=-1.918e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,129:156:99:5205,385,0 chrXV 618930 . G GA 3809 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=1330.4133;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.69;MQ0=0;QD=25.39;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.871e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,134:150:99:3809,391,0 chrXV 618967 . GA G 2444.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=1047.1077;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.41;MQ0=0;QD=22.03;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.042e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,91:111:99:2487,270,0 chrXV 619075 . AC A 9506 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=247;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=437.9975;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=38.49;SB=-2.156e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,245:247:99:9506,713,0 chrXV 624475 . ATT A 1134.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=159.6777;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.08;MQ0=0;QD=21.83;RPA=10,8;RU=T;SB=-4.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,37:52:99:1177,102,0 chrXV 624724 . T TC 2577.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=32.6468;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.44;MQ0=0;QD=28.02;RPA=2,3;RU=C;SB=-5.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,87:92:99:2620,223,0 chrXV 626533 . T TTGAGCAC 6630 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=572.1413;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.58;MQ0=0;QD=90.82;SB=-2.064e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,63:73:99:6630,208,0 chrXV 631788 . TG T 3360 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=32.1400;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.61;MQ0=0;QD=27.77;RPA=6,5;RU=G;SB=-1.608e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,113:121:99:3360,316,0 chrXV 636852 . G GA 132.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=73.0882;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.34;MQ0=0;QD=8.81;RPA=6,7;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,11:15:18:174,18,0 chrXV 638644 . T TA 2897.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=194.3422;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.94;MQ0=0;QD=23.37;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.261e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,116:124:99:2940,321,0 chrXV 638742 . A AAT 2882.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.099;DP=115;FS=4.667;HaplotypeScore=287.1949;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.232;QD=25.07;RPA=5,6;RU=AT;ReadPosRankSum=-1.269;SB=-1.283e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:51,61:115:88:2925,88,0 chrXV 644403 . AT A 3782 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=227.1424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.33;MQ0=0;QD=24.40;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.804e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,148:155:99:3782,426,0 chrXV 649242 . AT A 2389.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=15.0895;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.71;MQ0=0;QD=32.30;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.135e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,72:74:99:2432,208,0 chrXV 665699 . T TA 1340.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.257;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=42.2483;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=0.706;QD=18.37;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.219;SB=-4.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,46:73:99:1383,139,0 chrXV 670429 . GA G 1636.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=29.3348;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.33;MQ0=0;QD=18.19;RPA=8,7;RU=A;SB=-7.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,73:90:99:1679,198,0 chrXV 670723 . G GA 1425.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.295;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=65.0143;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.348;QD=16.20;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.578;SB=-3.365e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,55:88:99:1468,123,0 chrXV 675324 . CT C 243.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.234;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=122.3190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.30;MQ0=0;MQRankSum=1.234;QD=4.34;RPA=19,18;RU=T;ReadPosRankSum=3.022;SB=-1.486e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,9:56:20:285,20,0 chrXV 677981 . AGT A 3122.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=114.4645;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.27;MQ0=0;QD=43.37;SB=-1.198e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:72:99:3165,205,0 chrXV 678404 . AAT A 2997.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.183;DP=85;FS=3.590;HaplotypeScore=87.1721;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.394;QD=35.27;ReadPosRankSum=0.845;SB=-1.181e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,69:85:99:3040,237,0 chrXV 678474 . A ATTT 2787.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=66.0241;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=42.89;RPA=6,9;RU=T;SB=-1.274e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,55:65:99:2830,183,0 chrXV 678956 . CCG C 6691 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=637.3499;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=42.89;SB=-3.073e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,145:156:99:6691,424,0 chrXV 678989 . GA G 4922 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=189;FS=0.000;HaplotypeScore=959.5972;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.97;MQ0=0;QD=26.04;RPA=5,4;RU=A;SB=-2.401e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,179:189:99:4922,511,0 chrXV 680779 . CA C 1769.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=155.7631;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.55;MQ0=0;QD=20.82;RPA=7,6;RU=A;SB=-5.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,74:85:99:1812,207,0 chrXV 681378 . C CA 467.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4036;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.40;RPA=9,10;RU=A;SB=-2.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60:510,60,0 chrXV 682436 . G GA 3416 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=874.5180;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.36;MQ0=0;QD=23.08;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.487e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,130:148:99:3416,369,0 chrXV 682476 . CACTT C 5190 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.699;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=1305.2609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.483;QD=38.44;ReadPosRankSum=5.683;SB=-2.213e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,112:135:99:5190,0,113 chrXV 682481 . GAGACCA G 7463 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.883;DP=137;FS=5.889;HaplotypeScore=1090.9032;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.879;QD=54.47;ReadPosRankSum=6.271;SB=-3.205e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,112:137:99:7463,0,279 chrXV 683622 . C CT 3184.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=205.1043;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.42;MQ0=0;QD=26.99;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.296e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,108:118:99:3227,322,0 chrXV 683929 . T TA 3848 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=21.3247;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.42;MQ0=0;QD=35.96;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.595e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,104:107:99:3848,301,0 chrXV 690586 . A AT 2132.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.021;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=31.8745;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.61;MQ0=0;MQRankSum=0.647;QD=20.51;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.690;SB=-8.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,85:104:99:2175,224,0 chrXV 692134 . TA T 1449.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=138.5657;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.57;MQ0=0;QD=19.86;RPA=6,5;RU=A;SB=-6.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,65:73:99:1492,165,0 chrXV 701324 . TC T 7327 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=217;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=519.2944;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;QD=33.76;RPA=2,1;RU=C;SB=-2.361e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,215:217:99:7327,608,0 chrXV 720202 . GA G 1345.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.128;DP=128;FS=1.100;HaplotypeScore=84.2271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.56;MQ0=0;MQRankSum=0.497;QD=10.52;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.556;SB=-5.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,76:128:66:1385,0,66 chrXV 721800 . AT A 1851.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.239;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=41.8801;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.262;QD=18.90;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.284;SB=-4.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,88:98:99:1894,187,0 chrXV 724863 . AT A 1409.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=18.1451;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.15;MQ0=0;QD=20.14;RPA=8,7;RU=T;SB=-5.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,64:70:99:1452,171,0 chrXV 727374 . A AT 3071.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=26.7163;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.92;MQ0=0;QD=24.00;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.415e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,120:128:99:3114,330,0 chrXV 742445 . TA T 3315 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=38.4567;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.50;MQ0=0;QD=21.81;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.108e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,135:152:99:3315,387,0 chrXV 745306 . C CA 1075.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.977;DP=127;FS=10.877;HaplotypeScore=262.3457;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.288;QD=8.47;RPA=14,15;RU=A;ReadPosRankSum=-1.419;SB=-5.847e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:83,36:127:4:1115,4,0 chrXV 746559 . CA C 435.38 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.846;DP=54;FS=2.370;HaplotypeScore=60.4492;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.064;QD=8.06;RPA=15,14;RU=A;ReadPosRankSum=1.422;SB=-2.214e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,21:54:7:474,0,7 chrXV 758102 . C CT 2158.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.556;DP=149;FS=12.243;HaplotypeScore=283.8463;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.50;MQ0=0;MQRankSum=0.357;QD=14.49;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.503;SB=-9.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:54,87:149:99:2201,166,0 chrXV 759644 . AT A 1965.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=19.0672;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.99;MQ0=0;QD=30.25;SB=-4.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,62:65:99:2008,186,0 chrXV 760705 . A AT 339.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.395;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=19.3050;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.996;QD=7.54;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=1.262;SB=-1.429e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,28:45:15:381,15,0 chrXV 761551 . GA G 1361.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=21.5569;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.77;MQ0=0;QD=19.46;RPA=10,9;RU=A;SB=-3.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,65:70:99:1404,174,0 chrXV 762569 . GT G 6311 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=194;FS=0.000;HaplotypeScore=330.3921;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.94;MQ0=0;QD=32.53;RPA=2,1;RU=T;SB=-2.567e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,188:194:99:6311,541,0 chrXV 768266 . GA G 874.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.187;DP=79;FS=2.772;HaplotypeScore=123.6113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=0.733;QD=11.08;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.480;SB=-3.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:49,26:79:99:917,105,0 chrXV 768281 . TA T 741.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=158.0631;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;QD=9.76;RPA=12,11;RU=A;SB=-3.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,40:76:99:784,106,0 chrXV 770624 . GT G 346.56 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.417;DP=90;FS=7.197;HaplotypeScore=92.5739;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.31;MQ0=0;MQRankSum=1.273;QD=3.85;RPA=18,17;RU=T;ReadPosRankSum=3.523;SB=-1.428e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,18:90:14:385,0,14 chrXV 795455 . G GGA 4475 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.307;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=71.9502;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=0.704;QD=34.16;ReadPosRankSum=1.642;SB=-2.071e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,108:131:99:4475,298,0 chrXV 797581 . GT G 2225.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.036;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=32.0667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.794;QD=19.70;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.371;SB=-1.104e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,102:113:99:2268,260,0 chrXV 798499 . GA G 850.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.797;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=15.3226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.02;MQ0=0;MQRankSum=1.447;QD=12.33;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.561;SB=-4.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,49:69:73:893,73,0 chrXV 800880 . T TA 1619.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=19.9681;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.83;MQ0=0;QD=21.32;RPA=5,6;RU=A;SB=-7.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,66:76:99:1662,171,0 chrXV 804922 . A AT,ATT 1210.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.307;DP=101;FS=6.289;HaplotypeScore=53.5363;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.21;MQ0=0;MQRankSum=0.582;QD=11.99;RPA=16,17,18;RU=T;ReadPosRankSum=0.476;SB=-5.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:67,14,15:101:99:1289,470,405,295,0,369 chrXV 805014 . TATACTA T 8341 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=117.0428;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=78.69;SB=-1.617e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,105:106:99:8341,304,0 chrXV 818557 . C CA 6278 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=186.8811;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.69;MQ0=0;QD=40.24;SB=-2.784e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,154:156:99:6278,445,0 chrXV 820810 . AT A 1586.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=83.2354;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.55;MQ0=0;QD=26.90;RPA=4,3;RU=T;SB=-6.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,57:59:99:1629,159,0 chrXV 822978 . T TTGTTGT,TTGTTGC 6878 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=398.1495;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=62.17;MQ0=1;QD=27.51;SB=-3.040e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:63,7,175:249:99:6878,3649,3396,811,0,545 chrXV 825065 . GA G 1262.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=12.8108;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=25.77;RPA=5,4;RU=A;SB=-2.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,48:49:99:1305,135,0 chrXV 825953 . AT A 2364.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=167.2948;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.49;MQ0=0;QD=19.23;RPA=10,9;RU=T;SB=-1.153e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,104:123:99:2407,299,0 chrXV 830600 . G GT 2448.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.458;DP=147;FS=3.343;HaplotypeScore=48.1456;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.28;MQ0=0;MQRankSum=1.316;QD=16.66;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.311;SB=-1.055e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,101:147:99:2491,150,0 chrXV 830833 . CTT C 1458.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.996;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=263.1424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.682;QD=26.53;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.177;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,35:55:99:1501,139,0 chrXV 830852 . A AT 1048.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.266;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=362.5904;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.593;QD=16.39;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.327;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,45:64:78:1091,78,0 chrXV 834319 . TA T 1650.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=29.2182;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;QD=16.35;RPA=11,10;RU=A;SB=-6.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,78:101:99:1693,218,0 chrXV 836505 . C CTT 5287 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=52.5994;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.31;MQ0=0;QD=37.50;RPA=3,5;RU=T;SB=-2.326e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,133:141:99:5287,385,0 chrXV 850190 . TAA T 5476 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.250;DP=240;DS;FS=3.026;HaplotypeScore=419.2712;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.37;MQ0=0;MQRankSum=0.336;QD=22.82;RPA=11,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.307;SB=-2.703e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,191:240:99:5476,475,0 chrXV 854144 . AT A 2958.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=443.7647;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.37;MQ0=0;QD=30.50;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.422e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,94:97:99:3001,264,0 chrXV 854985 . AATATATATAAATATAT A 600.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=23.7617;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.76;MQ0=0;QD=46.16;SB=-2.262e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,9:13:18:642,18,0 chrXV 859581 . C CTGTTGCGCT 12870 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=224;FS=0.000;HaplotypeScore=272.3096;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.34;MQ0=0;QD=57.46;RPA=1,2;RU=TGTTGCGCT;SB=-5.040e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,172:224:99:12870,490,0 chrXV 860584 . A AT 4384 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=495.5473;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.94;MQ0=0;QD=40.97;SB=-2.041e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:107:99:4384,316,0 chrXV 860696 . C CT 1667.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.476;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=437.9135;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.194;QD=17.56;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.335;SB=-2.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,65:95:99:1710,174,0 chrXV 860846 . C CTT 513.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=39.7536;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.70;MQ0=0;QD=20.56;RPA=7,9;RU=T;SB=-7.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,14:25:48:556,48,0 chrXV 860962 . G GA 1447.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=28.6150;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=34.48;RPA=1,2;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,40:42:99:1490,120,0 chrXV 867573 . CT C 4231 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=187;FS=0.000;HaplotypeScore=53.7674;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.65;MQ0=0;QD=22.63;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.819e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,174:187:99:4231,480,0 chrXV 868057 . C CAT 957.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.334;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=266.1553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.301;QD=27.35;RPA=7,8;RU=AT;ReadPosRankSum=0.818;SB=-3.563e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,28:35:13:999,13,0 chrXV 869003 . C CT 1690.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=33.0748;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;QD=20.88;RPA=8,9;RU=T;SB=-1.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,69:81:99:1733,195,0 chrXV 874716 . CA C 2171.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=172.2609;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.54;MQ0=0;QD=18.41;RPA=9,8;RU=A;SB=-8.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,102:118:99:2214,267,0 chrXV 889755 . A AAAAAAAAC 1299.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.041;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=59.1105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.22;MQ0=0;MQRankSum=1.387;QD=56.52;ReadPosRankSum=0.520;SB=-3.589e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,16:23:40:1342,40,0 chrXV 891518 . GT G 2739.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=297.7543;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.72;MQ0=0;QD=25.61;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.367e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,98:107:99:2782,288,0 chrXV 892379 . C CTTT 5185 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=173.2820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.69;MQ0=0;QD=40.51;RPA=4,7;RU=T;SB=-2.099e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,114:128:99:5185,328,0 chrXV 892648 . G GTT 1580.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=110.9048;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.62;MQ0=0;QD=23.95;RPA=10,12;RU=T;SB=-6.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,46:66:99:1623,145,0 chrXV 894338 . A AT 671.99 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.016;DP=63;FS=2.046;HaplotypeScore=39.2660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.98;MQ0=0;MQRankSum=0.576;QD=10.67;RPA=14,15;RU=T;ReadPosRankSum=0.247;SB=-1.392e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,40:63:21:711,0,21 chrXV 895720 . CCTT C 4215 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=389.0079;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.21;MQ0=0;QD=39.76;RPA=5,4;RU=CTT;SB=-1.422e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,95:106:99:4215,271,0 chrXV 901655 . AT A 1646.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=174.8396;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.84;MQ0=0;QD=18.93;RPA=10,9;RU=T;SB=-6.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,72:87:99:1689,207,0 chrXV 903142 . C CT 4142 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=452.6413;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.70;MQ0=0;QD=31.62;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.876e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,125:131:99:4142,364,0 chrXV 903654 . TA T 4246 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=562.9075;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.16;MQ0=1;QD=32.66;RPA=2,1;RU=A;SB=-2.032e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,121:129:99:4246,352,0 chrXV 905844 . G GT 988.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.661;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=153.7775;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.480;QD=17.05;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.387;SB=-2.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,43:58:65:1031,65,0 chrXV 908671 . A AG 6841 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=202;FS=0.000;HaplotypeScore=302.0154;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.57;MQ0=0;QD=33.87;RPA=1,2;RU=G;SB=-3.080e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,196:202:99:6841,568,0 chrXV 909301 . TA T 2579.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=22.8565;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.93;MQ0=0;QD=24.11;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.010e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,100:107:99:2622,276,0 chrXV 911625 . A AATAAC 4236 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=16.4909;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.32;MQ0=0;QD=67.24;SB=-7.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,51:63:99:4236,169,0 chrXV 923120 . ATG A 242.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=13.5648;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.07;MQ0=0;QD=16.14;RPA=3,2;RU=TG;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,8:15:21:284,21,0 chrXV 925072 . C CA 875.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.490;DP=103;FS=5.336;HaplotypeScore=113.6099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.118;QD=8.50;RPA=15,16;RU=A;ReadPosRankSum=0.724;SB=-3.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,45:103:99:915,0,157 chrXV 944458 . CT C 797.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.225;DP=91;FS=2.205;HaplotypeScore=209.7047;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=0.707;QD=8.77;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.431;SB=-2.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,45:91:55:840,55,0 chrXV 969124 . GA G 3967 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=535.6975;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.46;MQ0=0;QD=36.39;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.138e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,107:109:99:3967,322,0 chrXV 970202 . G GAAAAA 4246 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=1199.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.83;MQ0=0;QD=53.75;RPA=4,9;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,71:79:99:4246,196,0 chrXV 976365 . T TG 699.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=423.2229;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=35.00;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,18:20:54:742,54,0 chrXV 976370 . G GA 642.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=428.9222;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=32.15;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,19:20:60:685,60,0 chrXV 980591 . A AAT 2019.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=182.1168;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.75;MQ0=1;QD=39.61;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,40:40:99:2062,120,0 chrXV 981539 . ATTTT A 3700 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=341.3633;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.28;MQ0=0;QD=52.86;RPA=10,6;RU=T;SB=-1.371e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,65:70:99:3700,199,0 chrXV 994879 . AT A 3312 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=201.4040;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.19;MQ0=0;QD=25.09;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.307e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,128:132:99:3312,360,0 chrXV 994943 . C CTT 1963.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=157.1479;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.22;MQ0=0;QD=18.70;RPA=12,14;RU=T;SB=-9.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:51,40:105:99:2006,203,0 chrXV 996731 . TA T 3046.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=198.5024;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.76;MQ0=0;QD=31.09;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.523e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,95:98:99:3089,271,0 chrXV 998267 . TG T 1336.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=391.1020;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.63;MQ0=0;QD=22.28;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,52:60:99:1379,154,0 chrXV 1004274 . A AT 509.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=23.7830;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.77;MQ0=0;QD=13.08;RPA=8,9;RU=T;SB=-2.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,23:39:63:552,63,0 chrXV 1006757 . G GT 1477.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.505;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=22.7731;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.142;QD=18.47;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.880;SB=-5.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,58:80:99:1520,158,0 chrXV 1016055 . T TCCTTGG 8582 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=27.6575;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.42;MQ0=0;QD=75.95;SB=-3.515e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,89:113:99:8582,307,0 chrXV 1019976 . TA T 650.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=6.7705;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.69;MQ0=0;QD=21.00;RPA=4,3;RU=A;SB=-6.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,29:31:72:693,72,0 chrXV 1031350 . C CT 1487.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=31.3623;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.12;MQ0=0;QD=21.56;RPA=7,8;RU=T;SB=-5.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,61:69:99:1530,168,0 chrXV 1036615 . GT G 2240.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.605;DP=153;FS=1.679;HaplotypeScore=59.9636;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.070;QD=14.65;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.755;SB=-1.111e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,101:153:99:2283,185,0 chrXV 1039718 . TG T 2416.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.023;DP=106;FS=3.509;HaplotypeScore=322.3394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.230;QD=22.80;RPA=8,7;RU=G;ReadPosRankSum=0.856;SB=-1.050e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,88:106:99:2459,238,0 chrXV 1044946 . T TA 2678.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.102;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=310.9392;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.96;MQ0=0;MQRankSum=1.398;QD=19.55;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=2.065;SB=-1.334e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,112:137:99:2721,258,0 chrXV 1057968 . T TA 1276.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.129;DP=86;FS=1.762;HaplotypeScore=38.7309;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.41;MQ0=0;MQRankSum=1.499;QD=14.85;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.776;SB=-6.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,58:86:82:1319,82,0 chrXV 1074111 . TA T 878.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=893.4752;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.13;MQ0=0;QD=27.47;RPA=4,3;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,25:32:96:921,96,0 chrXV 1074144 . ATTCATA A 3308 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=1607.3740;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.77;MQ0=1;QD=54.23;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,0:60:99:3308,168,0 chrXV 1074157 . AAAAAT A 227.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.653;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=1899.7581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.77;MQ0=1;MQRankSum=3.906;QD=3.74;ReadPosRankSum=5.576;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,12:60:99:267,0,291 chrXV 1074689 . GCCA G 2142.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.215;DP=85;FS=1.872;HaplotypeScore=543.7264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.51;MQ0=3;MQRankSum=1.830;QD=25.21;RPA=7,6;RU=CCA;ReadPosRankSum=0.747;SB=-9.317e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,56:82:76:2182,0,76 chrXV 1078315 . T TA 291.99 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.473;DP=34;FS=5.119;HaplotypeScore=42.0462;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.48;MQ0=10;MQRankSum=1.133;QD=8.59;ReadPosRankSum=0.680;SB=-1.262e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,11:17:21:331,0,21 chrXV 1079486 . AT A 2603.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.391;DP=249;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=190.4786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.151;QD=10.46;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.083;SB=-1.236e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,159:248:99:2643,0,899 chrXV 1081606 . CTT C 40.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.784;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=30.5990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=15.37;MQ0=103;MQRankSum=1.032;QD=0.32;RPA=20,18;RU=T;ReadPosRankSum=0.619;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:116,6:24:80:80,0,259 chrXV 1083566 . GTT G 268.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4784;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.73;MQ0=7;QD=9.61;RPA=3,1;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,21:15:30:311,30,0 chrXV 1091201 . AT A 56.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.495;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=26.1659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=9.97;MQ0=81;MQRankSum=-0.198;QD=0.65;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.922;SB=-2.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,23:7:30:96,0,30 chrXVI 6881 . A AC 236.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=30;FS=2.730;HaplotypeScore=94.1590;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.53;MQ0=3;MQRankSum=0.898;QD=7.90;ReadPosRankSum=0.000;SB=-7.299e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,28:10:57:276,0,57 chrXVI 16930 . A AGT,AG 1672.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.765;DP=151;DS;FS=7.650;HaplotypeScore=634.4380;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=42.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.834;QD=11.08;ReadPosRankSum=-0.913;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:71,11,57:123:99:1751,492,483,467,0,423 chrXVI 17464 . TGAAAGTGTCA T 14713 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.606;DP=250;DS;FS=1.063;HaplotypeScore=546.1230;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.57;MQ0=0;MQRankSum=-11.598;QD=58.85;ReadPosRankSum=1.589;SB=-6.298e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:128,121:250:99:14713,0,8092 chrXVI 19930 . C CT 1018.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.454;DP=175;FS=1.413;HaplotypeScore=111.2835;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQ0=0;MQRankSum=0.721;QD=5.82;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.149;SB=-5.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:105,60:175:99:1058,0,1368 chrXVI 24982 . A AC 2757.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=12.661;DP=235;DS;FS=39.134;HaplotypeScore=1050.2121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.04;MQ0=0;MQRankSum=-8.478;QD=11.74;ReadPosRankSum=0.386;SB=-7.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:138,93:235:99:2797,0,4558 chrXVI 26112 . A AG 1789.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=311.4139;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.05;MQ0=0;QD=33.15;SB=-5.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,52:51:99:1832,145,0 chrXVI 29604 . CA C 2510.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.697;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=31.5221;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.45;MQ0=0;MQRankSum=0.212;QD=20.75;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.273;SB=-1.169e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,103:121:99:2553,290,0 chrXVI 46594 . ATT A 1311.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.998;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=68.9120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.139;QD=14.26;RPA=16,14;RU=T;ReadPosRankSum=1.578;SB=-6.287e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,36:91:50:1354,50,0 chrXVI 56547 . A AG 440.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=728.6996;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.95;MQ0=2;QD=22.05;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,9:17:50:483,50,0 chrXVI 64901 . T TC 2627.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=17.3346;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.85;MQ0=0;QD=35.04;SB=-6.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:75:99:2670,202,0 chrXVI 73060 . G GT 4482 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=298.6377;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.39;MQ0=0;QD=33.95;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.020e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,124:132:99:4482,355,0 chrXVI 73929 . GT G 825.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=12.0829;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.20;RPA=10,9;RU=T;SB=-8.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,38:51:99:868,99,0 chrXVI 74183 . TA T 638.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.621;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=24.5327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.950;QD=12.06;RPA=15,14;RU=A;ReadPosRankSum=1.621;SB=-2.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,33:53:87:681,87,0 chrXVI 74300 . TA T 6112 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=206;FS=0.000;HaplotypeScore=376.2775;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.96;MQ0=0;QD=29.67;RPA=4,3;RU=A;SB=-7.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,190:206:99:6112,562,0 chrXVI 74739 . ATAT A 7348 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=66.0236;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.64;MQ0=0;QD=48.34;RPA=2,1;RU=TAT;SB=-2.912e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,145:152:99:7348,412,0 chrXVI 75030 . T TA 4552 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.497;DP=197;FS=0.000;HaplotypeScore=38.9405;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.647;QD=23.11;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.580;SB=-1.829e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,171:197:99:4552,355,0 chrXVI 75455 . TGC T 9427 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=208;FS=0.000;HaplotypeScore=665.5677;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.82;MQ0=0;QD=45.32;SB=-2.279e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,199:208:99:9427,596,0 chrXVI 76573 . AAAC A 7156 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=235;FS=0.000;HaplotypeScore=84.3646;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=30.45;RPA=5,4;RU=AAC;SB=-2.125e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:66,169:235:99:7156,525,0 chrXVI 79445 . CT C 2759.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=32.5182;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.70;MQ0=0;QD=22.81;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.126e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,108:121:99:2802,309,0 chrXVI 85402 . C CAA 953.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.455;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=82.4137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=0.624;QD=9.09;RPA=17,19;RU=A;ReadPosRankSum=-0.139;SB=-3.197e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:58,35:105:99:996,103,0 chrXVI 95161 . C CA 2745.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=20.2266;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.90;MQ0=0;QD=23.08;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.291e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,107:119:99:2788,285,0 chrXVI 99029 . AC A 4462 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=812.6559;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.52;MQ0=0;QD=34.32;RPA=3,2;RU=C;SB=-1.574e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,125:130:99:4462,370,0 chrXVI 99323 . GT G 2721.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=167.0617;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.48;MQ0=0;QD=34.46;SB=-9.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:79:99:2764,211,0 chrXVI 99466 . A AAAT 3567 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=78.4250;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.19;MQ0=0;QD=42.98;SB=-1.095e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,45:83:99:3567,226,0 chrXVI 99954 . TGAA T 7940 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=187;FS=0.000;HaplotypeScore=38.6999;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.35;MQ0=0;QD=42.46;RPA=2,1;RU=GAA;SB=-3.052e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,165:186:99:7940,472,0 chrXVI 101482 . A AG 3344 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=365.9989;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.52;MQ0=0;QD=40.78;SB=-1.368e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:82:99:3344,241,0 chrXVI 115228 . G GA 3376 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=378.4680;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=27.23;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.525e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,118:124:99:3376,334,0 chrXVI 115881 . C CCAA 8541 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=208;FS=0.000;HaplotypeScore=50.0350;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.14;MQ0=0;QD=41.06;RPA=3,4;RU=CAA;SB=-3.325e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,182:208:99:8541,527,0 chrXVI 117198 . G GCAACAACAA 9583 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.029;DP=173;FS=4.108;HaplotypeScore=1705.4700;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.66;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=55.39;ReadPosRankSum=4.025;SB=-3.959e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:124,47:173:99:9583,448,0 chrXVI 117203 . A ACCT 3701 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.666;DP=166;FS=2.059;HaplotypeScore=2225.6979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.26;MQ0=0;MQRankSum=-3.722;QD=22.30;ReadPosRankSum=5.126;SB=-1.478e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:113,48:166:99:3701,0,2026 chrXVI 117720 . C CT 4181 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=26.3356;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.76;MQ0=0;QD=26.97;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.704e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,141:155:99:4181,415,0 chrXVI 121581 . AT A 2044.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=161.0880;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;QD=28.40;RPA=5,4;RU=T;SB=-5.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,69:72:99:2087,201,0 chrXVI 125440 . G GC 7579 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=197;FS=0.000;HaplotypeScore=33.0278;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.83;MQ0=0;QD=38.47;SB=-3.198e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,193:197:99:7579,566,0 chrXVI 128555 . AG A 4467 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=29.4996;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.27;MQ0=0;QD=31.68;RPA=3,2;RU=G;SB=-1.428e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,139:141:99:4467,373,0 chrXVI 128655 . TATC T 7287 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;FS=0.000;HaplotypeScore=954.4242;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.98;MQ0=0;QD=44.71;RPA=3,2;RU=ATC;SB=-2.426e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,142:163:99:7287,424,0 chrXVI 132456 . TA T 186.24 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.678;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=9.1646;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.52;MQ0=0;MQRankSum=1.480;QD=4.78;RPA=16,15;RU=A;ReadPosRankSum=0.888;SB=-8.051e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,18:39:9:225,0,9 chrXVI 138809 . A AT 1776.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.241;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=36.1367;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.792;QD=19.31;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.126;SB=-7.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,73:92:99:1819,127,0 chrXVI 144689 . AGGAAACGTC A 10535 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=181;FS=0.000;HaplotypeScore=44.4731;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.22;MQ0=0;QD=58.20;RPA=4,3;RU=GGAAACGTC;SB=-4.867e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:73,107:181:99:10535,319,0 chrXVI 153278 . GA G 1034.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.396;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=27.7210;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.721;QD=12.93;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.672;SB=-5.299e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,47:80:67:1076,67,0 chrXVI 166006 . G GT 1386.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.584;DP=70;FS=7.282;HaplotypeScore=36.5305;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=1.851;QD=19.81;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.117;SB=-7.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,48:70:99:1429,102,0 chrXVI 176140 . GA G 2561.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.255;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=24.7724;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.329;QD=19.41;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.402;SB=-7.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,107:132:99:2604,265,0 chrXVI 182597 . T TA 2207.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;DP=109;FS=2.057;HaplotypeScore=32.0314;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.47;MQ0=0;MQRankSum=0.584;QD=20.26;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.703;SB=-1.110e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,87:109:99:2250,160,0 chrXVI 185395 . CTGT C 7255 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.127;DP=234;FS=4.620;HaplotypeScore=64.0270;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=2;MQRankSum=-0.787;QD=31.00;RPA=8,7;RU=TGT;ReadPosRankSum=0.082;SB=-1.301e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:52,180:225:99:7255,424,0 chrXVI 188829 . AT A 1095.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.078;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=87.6850;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.471;QD=16.61;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.746;SB=-5.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,49:66:72:1138,72,0 chrXVI 188952 . CT C 2988.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=123.4004;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.67;MQ0=0;QD=22.47;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.359e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,116:133:99:3031,312,0 chrXVI 202644 . C CT 2391.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.774;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=146.3922;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.774;QD=19.61;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.108;SB=-6.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,90:122:99:2434,203,0 chrXVI 241565 . G GTGT 10166 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=191;FS=0.000;HaplotypeScore=54.5439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.07;MQ0=0;QD=53.23;SB=-4.584e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,178:191:99:10166,533,0 chrXVI 241882 . TA T 4742 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;FS=0.000;HaplotypeScore=803.1027;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.61;MQ0=0;QD=28.74;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.618e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,154:165:99:4742,442,0 chrXVI 241891 . CT C 4332 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=177;FS=0.000;HaplotypeScore=922.7690;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.15;MQ0=0;QD=24.47;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.193e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,153:177:99:4332,454,0 chrXVI 246835 . GA G 984.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.598;DP=84;FS=1.713;HaplotypeScore=66.7140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=1.165;QD=11.73;RPA=15,14;RU=A;ReadPosRankSum=0.682;SB=-2.578e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,44:84:29:1024,0,29 chrXVI 246962 . TA T 2037.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=17.2904;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.57;MQ0=0;QD=21.45;RPA=8,7;RU=A;SB=-7.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,84:95:99:2080,225,0 chrXVI 276079 . CAT C 3338 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=20.3496;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.43;MQ0=1;QD=35.14;RPA=7,6;RU=AT;SB=-1.166e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,88:93:99:3338,253,0 chrXVI 276662 . T TTTC 2913.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.901;DP=125;FS=4.014;HaplotypeScore=26.8400;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.35;MQ0=3;MQRankSum=0.903;QD=23.31;RPA=9,10;RU=TTC;ReadPosRankSum=-0.244;SB=-1.351e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,77:120:24:2956,24,0 chrXVI 281419 . TG T 5073 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=35.5473;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.20;MQ0=0;QD=35.98;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.977e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,138:141:99:5073,403,0 chrXVI 281790 . CT C 4017 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.096;DP=184;FS=6.870;HaplotypeScore=399.1128;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=2.212;QD=21.83;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.776;SB=-1.106e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,157:184:99:4017,393,0 chrXVI 286882 . C CA 3951 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=30.4838;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.59;MQ0=0;QD=27.44;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.864e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,138:144:99:3951,385,0 chrXVI 291320 . G GTA 2864.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.450;DP=93;FS=7.089;HaplotypeScore=17.6712;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.050;QD=30.81;RPA=5,6;RU=TA;ReadPosRankSum=0.083;SB=-1.182e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,68:93:99:2907,142,0 chrXVI 292535 . A AG 3934 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=26.2700;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.95;MQ0=0;QD=34.81;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.719e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,109:113:99:3934,313,0 chrXVI 298461 . C CAT 1193.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=247.1619;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.38;MQ0=0;QD=36.18;RPA=1,2;RU=AT;SB=-2.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,31:33:90:1236,90,0 chrXVI 301276 . TA T 3039.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=639.6673;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.68;MQ0=0;QD=21.26;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.501e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,117:143:99:3082,333,0 chrXVI 302892 . CT C 607.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.752;DP=55;FS=6.163;HaplotypeScore=37.8016;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.32;MQ0=0;MQRankSum=1.440;QD=11.05;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.285;SB=-2.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,31:55:42:650,42,0 chrXVI 304088 . A AGTT 5480 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=19.1157;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.59;MQ0=0;QD=50.28;RPA=1,2;RU=GTT;SB=-2.472e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,99:109:99:5480,295,0 chrXVI 306362 . GA G 2973.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=239.8614;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.44;MQ0=0;QD=23.98;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.505e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,109:124:99:3016,309,0 chrXVI 312942 . GTATATATATATA G 684.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=83.4730;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.04;MQ0=0;QD=32.58;RPA=13,7;RU=TA;SB=-7.087e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,8:21:18:726,18,0 chrXVI 318974 . TA T 3725 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=19.0243;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.90;MQ0=0;QD=31.30;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.768e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,114:119:99:3725,316,0 chrXVI 320885 . AC A 4725 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=30.7243;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.64;MQ0=0;QD=34.74;SB=-1.874e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,133:136:99:4725,394,0 chrXVI 338812 . GA G 2356.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=225.1096;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.81;MQ0=0;QD=23.11;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.049e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,88:102:99:2399,261,0 chrXVI 345518 . C CA 3893 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.606;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=65.1117;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.038;QD=24.64;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.075;SB=-1.748e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,138:158:99:3893,384,0 chrXVI 347675 . A AG 1953.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.347;DP=106;FS=8.249;HaplotypeScore=34.5580;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.59;MQ0=0;MQRankSum=0.314;QD=18.43;RPA=9,10;RU=G;ReadPosRankSum=-0.482;SB=-8.589e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,73:106:76:1996,76,0 chrXVI 370710 . A AT 6126 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=177;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=559.1069;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.72;MQ0=0;QD=34.61;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.731e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,172:177:99:6126,487,0 chrXVI 378890 . G GCAATTTTACAC 9744 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=190.9819;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.19;MQ0=0;QD=118.83;SB=-6.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,54:82:99:9744,226,0 chrXVI 379429 . G GTTGTTGTTGTTA 22068 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=248;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=588.3851;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.34;MQ0=0;QD=88.98;SB=-9.330e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,205:248:99:22068,601,0 chrXVI 381613 . AC A 3324 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=202.8219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.44;MQ0=0;QD=40.05;SB=-1.477e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:3324,244,0 chrXVI 383323 . GA G 1884.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.899;DP=102;FS=3.413;HaplotypeScore=196.1664;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.14;MQ0=0;MQRankSum=0.460;QD=18.48;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.688;SB=-8.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,77:102:99:1927,213,0 chrXVI 393885 . GCCGGTT G 8461 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=51.6396;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.02;MQ0=0;QD=76.23;SB=-3.077e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,102:111:99:8461,307,0 chrXVI 396604 . CT C 1544.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=20.0068;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.79;MQ0=0;QD=18.84;RPA=10,9;RU=T;SB=-3.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,66:82:99:1587,180,0 chrXVI 398024 . GTTC G 4214 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=28.0176;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=29.26;RPA=9,8;RU=TTC;SB=-1.500e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,95:144:99:4214,280,0 chrXVI 398340 . C CA 2570.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=178.8974;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=32.14;RPA=2,3;RU=A;SB=-6.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,73:80:99:2613,223,0 chrXVI 404733 . AT A 981.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=99.2922;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.12;MQ0=0;QD=20.04;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,43:49:99:1024,114,0 chrXVI 404759 . GTTTT G 446.73 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.189;DP=36;FS=10.843;HaplotypeScore=175.0492;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.93;MQ0=0;MQRankSum=0.945;QD=12.41;RPA=19,15;RU=T;ReadPosRankSum=-0.315;SB=-1.848e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,8:36:0:484,0,0 chrXVI 405194 . TAGA T 4325 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=242.0830;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.15;MQ0=0;QD=49.71;RPA=2,1;RU=AGA;SB=-1.508e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,83:87:99:4325,244,0 chrXVI 406826 . G GA 3433 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=20.4304;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.44;MQ0=0;QD=38.57;SB=-1.684e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,80:88:99:3433,244,0 chrXVI 406959 . G GT 2554.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=714.0970;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;QD=25.55;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.194e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,89:100:99:2597,264,0 chrXVI 407006 . CTG C 6009 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=888.6660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.78;MQ0=0;QD=46.58;SB=-2.274e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,121:128:99:6009,358,0 chrXVI 407659 . CAT C 5524 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=170.3208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.90;MQ0=0;QD=43.84;RPA=2,1;RU=AT;SB=-2.486e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,119:126:99:5524,352,0 chrXVI 411655 . GC G 3922 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=27.7610;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.44;MQ0=0;QD=32.68;RPA=2,1;RU=C;SB=-1.940e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,109:120:99:3922,313,0 chrXVI 425228 . T TG 3081.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.839;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=130.0033;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.115;QD=22.83;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=-0.716;SB=-1.100e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:84,51:135:99:3124,289,0 chrXVI 426048 . GA G 3093.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=35.6459;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.67;MQ0=0;QD=21.64;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.546e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,120:143:99:3136,348,0 chrXVI 429882 . A AT 2468.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=475.1446;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.68;MQ0=0;QD=24.45;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.098e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,85:101:99:2511,251,0 chrXVI 436384 . A AT 2470.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=370.1303;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.42;MQ0=0;QD=35.30;SB=-1.234e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,63:70:99:2513,181,0 chrXVI 443793 . CCT C 5683 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=338.4899;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.95;MQ0=0;QD=42.41;RPA=2,1;RU=CT;SB=-2.651e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,129:134:99:5683,373,0 chrXVI 444154 . ATACTAAT A 11950 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=261.4736;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.90;MQ0=0;QD=87.23;SB=-4.151e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,133:137:99:11950,394,0 chrXVI 444542 . C CT 3835 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=410.8818;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.56;MQ0=0;QD=27.20;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.782e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,127:141:99:3835,370,0 chrXVI 445448 . A AT 1679.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.168;DP=74;FS=3.452;HaplotypeScore=259.7088;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.006;QD=22.70;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.397;SB=-7.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,63:74:99:1722,159,0 chrXVI 450415 . AC A 2619.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=180.5242;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.08;MQ0=0;QD=30.46;RPA=2,1;RU=C;SB=-8.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,83:86:99:2662,229,0 chrXVI 451141 . T TG 6297 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=364.5679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.56;MQ0=0;QD=40.37;SB=-3.136e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,146:156:99:6297,430,0 chrXVI 451496 . TTA T 346.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=2.8403;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;QD=19.28;RPA=8,7;RU=TA;SB=-1.937e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,10:18:30:389,30,0 chrXVI 451649 . G GA 1222.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=23.8267;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.33;MQ0=0;QD=21.46;RPA=11,12;RU=A;SB=-5.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,49:57:99:1265,144,0 chrXVI 453463 . GA G 2869.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.264;DP=145;FS=3.940;HaplotypeScore=501.8709;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=1.958;QD=19.79;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=2.293;SB=-1.149e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,122:145:99:2912,317,0 chrXVI 455090 . GA G 4622 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=193;FS=0.000;HaplotypeScore=831.3807;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.68;MQ0=0;QD=23.95;RPA=8,7;RU=A;SB=-2.011e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,169:192:99:4622,490,0 chrXVI 462405 . AGT A 5178 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=37.7827;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=37.25;RPA=5,4;RU=GT;SB=-1.979e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,129:139:99:5178,382,0 chrXVI 472924 . G GA 1520.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=174.1833;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.96;MQ0=0;QD=27.16;RPA=5,6;RU=A;SB=-2.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,52:56:99:1563,150,0 chrXVI 480253 . CA C 1352.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=243.6536;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.75;MQ0=0;QD=20.50;RPA=8,7;RU=A;SB=-5.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,49:66:99:1395,147,0 chrXVI 481304 . ATT A 530.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=6.8800;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.53;MQ0=0;QD=25.28;RPA=13,11;RU=T;SB=-1.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,18:21:51:573,51,0 chrXVI 482069 . CT C 2620.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.497;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=69.7662;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.48;MQ0=0;MQRankSum=1.698;QD=23.19;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=-1.046;SB=-1.108e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,105:113:99:2663,273,0 chrXVI 482775 . C CT,CTT 3036.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=470.2435;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.11;MQ0=0;QD=24.69;RPA=11,12,13;RU=T;SB=-9.588e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:21,17,77:123:99:3115,2011,1743,375,0,105 chrXVI 485926 . T TGACACACACACACACA 5239 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=241.7427;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.57;MQ0=0;QD=84.50;SB=-2.376e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,39:62:99:5239,171,0 chrXVI 487213 . TA T 1735.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=211.4083;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.97;MQ0=0;QD=22.54;RPA=8,7;RU=A;SB=-8.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,68:77:99:1778,192,0 chrXVI 488388 . ATTTC A 6045 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=23.8307;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.62;MQ0=0;QD=49.55;RPA=3,2;RU=TTTC;SB=-2.942e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,107:121:99:6045,313,0 chrXVI 488579 . TA T 3227.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=284.1491;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.84;MQ0=0;QD=40.34;SB=-8.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:3269,235,0 chrXVI 488778 . CA C 470.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=28.1318;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;QD=15.70;RPA=9,8;RU=A;SB=-8.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,23:30:57:513,57,0 chrXVI 488828 . G GA 1341.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=57.0494;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;QD=24.85;RPA=6,7;RU=A;SB=-3.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,47:54:99:1384,142,0 chrXVI 490095 . A ATTGGGCTTGAGC 11270 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=192;FS=0.000;HaplotypeScore=465.9687;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.85;MQ0=0;QD=58.70;RPA=1,2;RU=TTGGGCTTGAGC;SB=-5.441e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:51,137:192:99:11270,409,0 chrXVI 491804 . CTTT C,CTT 1349.95 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.312;DP=101;FS=2.538;HaplotypeScore=39.3014;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.162;QD=13.37;RPA=14,11,13;RU=T;ReadPosRankSum=1.160;SB=-4.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:26,8,0:101:72:1428,1220,1938,212,0,72 chrXVI 499688 . T TAACA 3979 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.912;DP=160;FS=4.147;HaplotypeScore=2388.0074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.417;QD=24.87;ReadPosRankSum=4.627;SB=-1.500e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:112,48:160:99:3979,0,1356 chrXVI 499691 . T TATCCTAAC 10398 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.871;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=2080.8855;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.60;MQ0=0;MQRankSum=0.934;QD=64.58;ReadPosRankSum=5.225;SB=-4.161e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:113,47:161:89:10398,0,89 chrXVI 500581 . G GAAA 5244 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=49.5434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.27;MQ0=0;QD=34.05;RPA=8,11;RU=A;SB=-1.897e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,109:154:99:5244,362,0 chrXVI 501019 . CTTGCTGTTGTTGTTG C 23306 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=226;FS=0.000;HaplotypeScore=931.9589;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.21;MQ0=0;QD=103.12;RPA=2,1;RU=TTGCTGTTGTTGTTG;SB=-8.846e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,180:226:99:23306,533,0 chrXVI 502842 . CA C 5739 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=28.7492;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.48;MQ0=0;QD=37.03;SB=-1.944e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,155:154:99:5739,430,0 chrXVI 503404 . AAAAAG A 712.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.202;DP=79;FS=56.089;HaplotypeScore=160.9035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.92;MQ0=0;MQRankSum=0.772;QD=9.02;RPA=2,1;RU=AAAAG;ReadPosRankSum=3.417;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,21:75:99:752,0,582 chrXVI 510161 . CT C 1923.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=56.3872;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.95;MQ0=0;QD=24.35;RPA=7,6;RU=T;SB=-7.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,72:79:99:1966,207,0 chrXVI 510617 . C CT 1196.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=363.5614;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.12;MQ0=0;QD=23.02;RPA=4,5;RU=T;SB=-5.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,46:52:99:1239,117,0 chrXVI 511831 . TA T 2576.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=390.2136;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.34;MQ0=0;QD=33.47;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2619,220,0 chrXVI 521085 . CAATAATACTAATAAT C 937.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=23.6176;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.51;MQ0=0;QD=85.27;RPA=2,1;RU=AATAATACTAATAAT;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,9:11:24:980,24,0 chrXVI 528757 . T TATTACA 10293 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=32.1721;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.11;MQ0=0;QD=65.15;RPA=1,2;RU=ATTACA;SB=-4.063e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,138:158:99:10293,397,0 chrXVI 534827 . G GA 3338 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.162;DP=163;FS=6.401;HaplotypeScore=256.4735;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.88;MQ0=0;MQRankSum=0.562;QD=20.48;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.867;SB=-1.582e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,127:163:99:3338,338,0 chrXVI 544393 . CT C 4749 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;FS=0.000;HaplotypeScore=30.6863;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.96;MQ0=0;QD=28.27;RPA=5,4;RU=T;SB=-2.184e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,160:168:99:4749,463,0 chrXVI 563527 . C CTTGTATTAT 5276 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=32.5870;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.49;MQ0=0;QD=39.67;RPA=3,4;RU=TTGTATTAT;SB=-2.337e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:48,81:133:99:5276,228,0 chrXVI 586993 . C CT 4328 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=167;FS=0.000;HaplotypeScore=296.4819;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.33;MQ0=0;QD=25.92;RPA=7,8;RU=T;SB=-2.060e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,153:167:99:4328,442,0 chrXVI 587395 . C CT 3025.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=25.4162;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.56;MQ0=0;QD=22.75;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.045e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,114:133:99:3068,306,0 chrXVI 587778 . TA T 3004.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=20.7989;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.64;MQ0=0;QD=26.13;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.151e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,106:115:99:3047,300,0 chrXVI 600560 . GAA G 704.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=100.7556;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=18.55;RPA=13,11;RU=A;SB=-9.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,25:38:66:747,66,0 chrXVI 606364 . A ATTG 4421 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.717;DP=167;FS=0.000;HaplotypeScore=498.8928;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.57;MQ0=2;MQRankSum=1.023;QD=26.47;RPA=7,8;RU=TTG;ReadPosRankSum=0.263;SB=-1.552e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:91,76:162:99:4421,191,0 chrXVI 607467 . GAAA G 2645.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=197.6222;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.75;MQ0=0;QD=32.27;RPA=14,11;RU=A;SB=-1.058e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,49:81:99:2688,198,0 chrXVI 607482 . CA C 1720.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=329.9896;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.14;MQ0=0;QD=20.01;RPA=8,7;RU=A;SB=-6.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,69:85:99:1763,197,0 chrXVI 607820 . CT C 950.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=131.5354;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQ0=0;QD=11.18;RPA=15,14;RU=T;SB=-3.552e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,49:85:99:992,133,0 chrXVI 607997 . CTTT CT,C 2477.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=35.9247;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.38;MQ0=0;QD=23.83;RPA=14,12,11;RU=T;SB=-1.196e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:22,0,13:104:99:2556,361,133,1615,0,1546 chrXVI 619142 . C CT 1337.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.437;DP=87;FS=5.507;HaplotypeScore=40.4525;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.847;QD=15.37;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.010;SB=-6.782e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,53:87:8:1378,8,0 chrXVI 620255 . CAAA C 956.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=127.5251;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.19;MQ0=0;QD=21.75;RPA=15,12;RU=A;SB=-2.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,24:44:69:999,69,0 chrXVI 627152 . A AT 3432 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=30.6246;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.85;MQ0=0;QD=24.69;RPA=8,9;RU=T;SB=-1.448e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,124:139:99:3432,360,0 chrXVI 631285 . C CAT 2408.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.497;DP=79;FS=3.076;HaplotypeScore=489.9702;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.566;QD=30.49;RPA=5,6;RU=AT;ReadPosRankSum=0.129;SB=-1.142e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,58:79:99:2451,139,0 chrXVI 631326 . T TACCTATGCTAGTTTCC 13457 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=214.0901;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.15;MQ0=0;QD=154.68;SB=-3.970e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,55:87:99:13457,241,0 chrXVI 637334 . C CAT 4208 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=28.6268;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.03;MQ0=0;QD=42.94;RPA=1,2;RU=AT;SB=-1.634e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:98:99:4208,274,0 chrXVI 643709 . G GA 628.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.418;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=40.4519;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.777;QD=13.98;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.179;SB=-2.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,21:45:69:671,69,0 chrXVI 648653 . C CAAA 3220.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=168.3597;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.76;MQ0=0;QD=31.57;RPA=11,14;RU=A;SB=-1.632e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,50:102:99:3262,234,0 chrXVI 653959 . A AT 1713.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.188;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=44.6867;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.285;QD=17.31;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.360;SB=-7.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,74:99:99:1756,165,0 chrXVI 657438 . GA G 1615.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.400;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=177.6897;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.346;QD=24.12;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.626;SB=-2.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,64:67:99:1658,167,0 chrXVI 675808 . GA G 376.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=68.3400;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.56;MQ0=0;QD=9.42;RPA=15,14;RU=A;SB=-4.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,20:40:53:419,53,0 chrXVI 677053 . C CT 1874.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.497;DP=134;FS=13.264;HaplotypeScore=66.1608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.235;QD=13.99;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.166;SB=-7.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:60,65:134:99:1917,107,0 chrXVI 679448 . G GT,GTT 2356.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.898;DP=102;FS=2.952;HaplotypeScore=43.0408;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.989;QD=23.11;RPA=12,13,14;RU=T;ReadPosRankSum=0.806;SB=-1.131e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:23,11,64:102:79:2435,1611,1444,228,0,79 chrXVI 680943 . T TA 671.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3851;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.19;MQ0=0;QD=24.89;RPA=4,5;RU=A;SB=-2.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,24:27:66:714,66,0 chrXVI 682931 . TA T 3811 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=19.8544;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.75;MQ0=0;QD=29.32;RPA=4,3;RU=A;SB=-9.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,126:130:99:3811,352,0 chrXVI 689647 . T TATTATTTTTTGAA 1597.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=11.9724;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.29;MQ0=0;QD=34.74;RPA=1,2;RU=ATTATTTTTTGAA;SB=-1.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,16:46:45:1640,45,0 chrXVI 695616 . TAA T,TA 836.74 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.823;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=41.3973;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.48;MQ0=0;MQRankSum=0.710;QD=7.89;RPA=15,13,14;RU=A;ReadPosRankSum=0.011;SB=-2.926e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:46,7,1:106:46:914,618,1064,46,0,66 chrXVI 698518 . CT C 1321.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=96.2299;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.68;MQ0=0;QD=32.24;RPA=2,1;RU=T;SB=-2.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:41:99:1364,114,0 chrXVI 698526 . G GA 287.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.374;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=213.9217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.529;QD=6.26;RPA=17,18;RU=A;ReadPosRankSum=-0.034;SB=-7.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,11:46:45:327,0,45 chrXVI 711365 . C CAT 1342.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.636;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=17.4153;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.38;MQ0=0;MQRankSum=0.481;QD=32.76;RPA=6,7;RU=AT;ReadPosRankSum=0.578;SB=-2.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,35:41:68:1385,68,0 chrXVI 728633 . CTTTATTCGTT C 6292 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=11.8391;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.92;MQ0=0;QD=88.62;RPA=2,1;RU=TTTATTCGTT;SB=-2.222e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,57:71:99:6292,166,0 chrXVI 731793 . G GA 2093.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.940;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=34.5406;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.940;QD=18.86;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.632;SB=-6.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,76:111:99:2136,186,0 chrXVI 744003 . GA G 4478 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=291.7485;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.23;MQ0=0;QD=31.10;RPA=4,3;RU=A;SB=-2.111e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,141:144:99:4478,406,0 chrXVI 746899 . AT A 2732.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=24.4042;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.80;MQ0=0;QD=25.54;RPA=6,5;RU=T;SB=-9.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,99:107:99:2775,285,0 chrXVI 753179 . GA G 1147.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=137.4465;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.59;MQ0=0;QD=23.43;RPA=6,5;RU=A;SB=-4.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,41:49:99:1190,120,0 chrXVI 754378 . TGGG T 7029 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=37.6235;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.58;MQ0=0;QD=43.66;RPA=10,7;RU=G;SB=-2.846e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,144:161:99:7029,420,0 chrXVI 821527 . T TC 1889.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=371.0252;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.14;MQ0=0;QD=26.25;RPA=1,2;RU=C;SB=-6.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,39:72:99:1932,195,0 chrXVI 832891 . TCTCTTCGTCTTC T 10791 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=185;FS=0.000;HaplotypeScore=73.7840;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.96;MQ0=0;QD=58.33;RPA=3,2;RU=CTCTTCGTCTTC;SB=-4.540e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:70,108:185:99:10791,292,0 chrXVI 835077 . C CCAA 4491 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.156;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=48.4081;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.75;MQ0=0;MQRankSum=2.094;QD=28.97;RPA=8,9;RU=CAA;ReadPosRankSum=-0.271;SB=-1.822e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,112:155:99:4491,139,0 chrXVI 837643 . ATT A 286.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9816;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.57;MQ0=0;QD=15.10;RPA=13,11;RU=T;SB=-1.497e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,12:19:30:329,30,0 chrXVI 843128 . CT C 2047.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.024;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=21.5558;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.886;QD=19.69;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.012;SB=-9.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,88:104:99:2090,179,0 chrXVI 857189 . GTT G 1899.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=19.3299;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.99;MQ0=0;QD=25.33;RPA=15,13;RU=T;SB=-8.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,55:75:99:1942,134,0 chrXVI 864021 . G GT 3215.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.657;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=30.9667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.20;MQ0=0;MQRankSum=1.324;QD=22.65;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.512;SB=-1.525e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,121:142:99:3258,300,0 chrXVI 876797 . G GA 5001 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=678.8007;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.83;MQ0=0;QD=31.65;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.898e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,141:158:99:5001,430,0 chrXVI 887933 . A AT 1008.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.004;DP=172;FS=3.034;HaplotypeScore=118.9220;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.373;QD=5.87;RPA=15,16;RU=T;ReadPosRankSum=-1.929;SB=-4.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:122,32:171:99:1048,0,478 chrXVI 893753 . A AT 2096.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=50.8740;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.26;RPA=5,6;RU=T;SB=-8.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,73:83:99:2139,210,0 chrXVI 906802 . AT A 2013.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=11.4904;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.60;MQ0=0;QD=27.97;RPA=5,4;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2056,201,0 chrXVI 908183 . GCAA G 7601 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=167;FS=0.000;HaplotypeScore=1039.6692;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.53;MQ0=0;QD=45.51;SB=-2.864e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,156:167:99:7601,451,0 chrXVI 909513 . G GA 1000.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.555;DP=54;FS=6.368;HaplotypeScore=20.0166;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.38;MQ0=0;MQRankSum=0.933;QD=18.54;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.733;SB=-1.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,38:54:90:1043,90,0 chrXVI 909717 . T TA 258.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.342;DP=38;FS=5.798;HaplotypeScore=13.8767;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=0.139;QD=6.81;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.787;SB=-7.285e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,15:38:66:298,0,66 chrXVI 911137 . GA G 254.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=7.4823;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.16;MQ0=0;QD=10.62;RPA=9,8;RU=A;SB=-9.597e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,15:24:36:297,36,0 chrXVI 920510 . GA G 1736.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=215.1132;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.06;MQ0=0;QD=25.54;RPA=5,4;RU=A;SB=-2.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,57:68:99:1779,171,0 chrXVI 920552 . C CT 1339.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=277.1023;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=22.71;RPA=8,9;RU=T;SB=-1.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,52:59:99:1382,147,0 chrXVI 920625 . CA C 775.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.650;DP=43;FS=5.051;HaplotypeScore=138.0081;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.191;QD=18.05;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=-1.191;SB=-2.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,33:43:67:818,67,0 chrXVI 921001 . C CAAAAAGCACCG 19394 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=187;FS=0.000;HaplotypeScore=1722.7066;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.11;MQ0=0;QD=103.71;SB=-3.964e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,149:187:99:19394,488,0 chrXVI 921161 . CA C 7898 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=245;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=775.8269;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.42;MQ0=0;QD=32.24;RPA=3,2;RU=A;SB=-3.318e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,233:245:99:7898,671,0 chrXVI 921556 . CCT C 7689 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=181;FS=0.000;HaplotypeScore=928.0774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.24;MQ0=0;QD=42.48;RPA=2,1;RU=CT;SB=-3.373e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,173:181:99:7689,515,0 chrXVI 921772 . G GT 2534.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.705;DP=143;FS=9.978;HaplotypeScore=791.8787;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.71;MQ0=0;MQRankSum=0.633;QD=17.73;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.064;SB=-7.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:55,79:143:99:2577,254,0 chrXVI 922730 . CA C 3440 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=31.3175;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=23.09;RPA=8,7;RU=A;SB=-9.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,139:149:99:3440,375,0 chrXVI 922883 . C CCTA 6327 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=261.0518;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.47;MQ0=0;QD=55.50;SB=-2.211e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,105:114:99:6327,328,0 chrXVI 923582 . T TG 5570 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=421.0360;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.45;MQ0=0;QD=35.94;RPA=1,2;RU=G;SB=-2.289e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,149:155:99:5570,451,0 chrXVI 924011 . CA C 2228.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=224.5839;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=21.23;RPA=9,8;RU=A;SB=-9.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,89:105:99:2271,252,0 chrXVI 924193 . T TA 3952 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=415.6554;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.52;MQ0=0;QD=37.64;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.939e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,101:105:99:3952,298,0 chrXVI 927526 . AAC A 2594.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=572.8836;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.16;MQ0=0;QD=39.92;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,60:65:99:2637,183,0 chrXVI 929590 . C CG 2142.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.009;DP=232;FS=109.195;HaplotypeScore=370.2603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.21;MQ0=0;MQRankSum=-11.820;QD=9.24;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=2.825;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:154,75:232:99:2182,0,4777 chrXVI 931230 . A AT 2473.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.643;DP=250;DS;FS=0.495;HaplotypeScore=741.1890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.156;QD=9.90;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=0.096;SB=-1.125e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:130,115:250:99:2513,0,2611 chrXVI 932886 . A ATT 443.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.010;DP=69;FS=5.897;HaplotypeScore=267.6810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.448;QD=6.43;RPA=8,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.124;SB=-1.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,19:66:99:483,0,1104 chrXVI 936612 . T TA 2358.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.820;DP=206;DS;FS=2.649;HaplotypeScore=225.0423;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.038;QD=11.45;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=0.235;SB=-1.138e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,102:206:99:2398,0,1862 chrXVI 937343 . TTACTA T 6307 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=11.957;DP=212;FS=5.083;HaplotypeScore=474.1035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.161;QD=29.75;ReadPosRankSum=2.531;SB=-3.045e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:105,105:212:99:6307,0,5746 chrXVI 937565 . AG A 2986.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.634;DP=235;DS;FS=9.510;HaplotypeScore=247.7929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.680;QD=12.71;ReadPosRankSum=0.588;SB=-8.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:128,106:235:99:3026,0,4126 chrXVI 937780 . A AG 3701 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=13.261;DP=250;DS;FS=1.020;HaplotypeScore=946.8498;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.80;MQ0=0;MQRankSum=-3.616;QD=14.80;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=-0.094;SB=-1.538e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:119,128:250:99:3701,0,3164 chrXVI 939038 . T TA 3029.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.097;DP=178;FS=0.000;HaplotypeScore=136.9157;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQ0=0;MQRankSum=2.303;QD=17.02;ReadPosRankSum=0.523;SB=-3.500e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,88:178:99:3069,0,3088 chrXVI 941354 . GA G 2808.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=11.910;DP=213;FS=6.059;HaplotypeScore=472.1160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.904;QD=13.19;ReadPosRankSum=-0.430;SB=-1.381e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:113,90:213:99:2848,0,3959 chrXVI 942358 . AG A 1312.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.300;DP=193;FS=57.763;HaplotypeScore=571.3503;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.05;MQ0=0;MQRankSum=-5.055;QD=6.80;RPA=3,2;RU=G;ReadPosRankSum=2.529;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:139,53:193:99:1352,0,3919