#NaNs Total_Count Fraction Read1/2 Base 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 0 35287645 0.703586206278 R1 A 0.000471411452932 0.00162342939009 0.00241866522971 0.00328350049996 0.000552034571874 0.000460104379309 0.000772111598833 0.000402633839691 0.000792316970997 0.00412671347153 0.995161932739 0.00482908394709 0.99857306998 0.99532485095 0.00489777654474 0.994505215636 0.00491004712839 0.99264297745 0.012312468004 0.00539826332984 0.00410339086102 0.181858636358 0.0183473280804 0.00192293931771 0.00498777971724 0.0890946392144 0.090420060619 0.807314174692 0.854238558566 0.811086968258 0.892112295961 0.0724057952861 0.0871856707921 0.787973977861 0.0732913460221 0.112807357929 0.0720893389173 0.0234239774289 0.100768470098 0.802178751231 0.849038863319 0.889430280768 0.79572110862 0.0506225904279 0.06184252307 0.075440681859 0.947694270898 0.962607734237 0.802304092551 0 35287645 0.703586206278 R1 C 0.000621095570418 0.000266778925032 0.000425843096075 0.000702937246166 0.00456224834499 0.998561989614 0.995387932519 0.00443500834357 0.998364923474 0.995289739511 0.000689504782765 0.000281231575527 0.000422385795368 0.00409868666498 0.994877357217 0.00479417087765 0.994530691974 0.000913662558099 0.00211779505263 0.174761818194 0.00479615457478 0.00239304719825 0.00845465884731 0.979589683585 0.0997167422196 0.00360267736767 0.0456055370088 0.186924517065 0.0409468809834 0.0960365873098 0.00976174522273 0.837751286605 0.066787171544 0.101565859666 0.816743225568 0.795426132858 0.828384835542 0.796099626371 0.0182656564358 0.059531289209 0.0523113968076 0.0940909771678 0.0157433005235 0.179512036011 0.724967676364 0.737183339948 0.0247751302191 0.0122982137232 0.0119619203832 0 35287645 0.703586206278 R1 G 0.99660620594 0.000891388473218 0.0002770091345 0.00329390074061 0.993680649417 0.000823772739722 0.00354503679687 0.994827056325 0.000709625139337 0.000347458721034 0.00398094007123 0.99460887798 0.000882433497617 0.000261026203364 8.49589140902e-05 0.000350490943785 0.000381323264842 0.00503748549953 0.983476398042 0.812162188777 0.00657298042984 0.808747962637 0.17549196043 0.0145696036106 0.882482126535 0.0149172040242 0.816339316494 0.00313744371437 0.0329596095177 0.0896428764232 0.00170640460705 0.0344223027635 0.000976602434081 0.00225041937483 0.0522189281829 0.0884764058355 0.049264182974 0.0737433455817 0.0557559168372 0.0563402856722 0.0506468482099 0.0068574142593 0.0738507769504 0.755957531312 0.177403450981 0.0113700701761 0.00956646440985 0.0136786402153 0.169325609572 0 35287645 0.703586206278 R1 T 0.00225894927247 0.997213358953 0.996875110255 0.992719066404 0.0012050393275 0.000137215164118 0.000294777393051 0.000335216475908 0.000133134415742 0.000236088296626 0.000167452376037 0.000272021553153 0.000121373925633 0.000315237811988 0.000139850647443 0.00035012254289 0.000177937632279 0.00140587449233 0.00209333890091 0.00767772969831 0.984524838651 0.00699239067951 0.797675702076 0.00391102891678 0.0128129264506 0.89238536604 0.0476347174769 0.0026234677888 0.0718541007766 0.00323336963971 0.0964195542094 0.055389698009 0.84502065808 0.108163267909 0.0577431846189 0.00328721284744 0.050258468651 0.106728544792 0.82520666936 0.081947520159 0.0479927464698 0.00962087438819 0.114658827473 0.0138995673982 0.0357862362308 0.176005908017 0.017964049457 0.0114153834862 0.016408377493 0 35287645 0.703586206278 R1 N 4.23377643932e-05 5.04425840829e-06 3.37228511565e-06 5.95109138057e-07 2.83385303837e-08 1.6918102639e-05 1.41692651918e-07 8.5015591151e-08 0.0 0.0 1.70031182302e-07 8.78494441893e-06 7.36801789975e-07 1.98369712686e-07 5.66770607673e-08 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 2.63548332568e-06 7.96312703781e-06 3.03505660409e-05 6.74457023131e-06 4.25077955755e-07 1.13354121535e-07 3.68400894987e-07 3.96739425371e-07 8.5015591151e-07 1.98369712686e-07 0.0 3.09173366486e-05 2.98971495548e-05 4.64751898292e-05 3.31560805489e-06 2.89053009913e-06 3.17391540297e-06 4.505826331e-06 3.2872695245e-06 2.15372830916e-06 1.01451938773e-05 4.53416486138e-07 2.59864323618e-05 8.27485087203e-06 1.13354121535e-07 0.0 8.5015591151e-08 2.83385303837e-08 0.0 0 35287645 0.703586206278 R2 A 0.244206435425 0.252729871886 0.256481921647 0.246551448814 0.246991291145 0.249701503175 0.252118099692 0.226835001316 0.238337469106 0.247801631421 0 35287645 0.703586206278 R2 C 0.121671026786 0.126012234594 0.114195775887 0.115828188591 0.112607146212 0.115359724345 0.12162775385 0.113479802917 0.127011762899 0.153362373715 0 35287645 0.703586206278 R2 G 0.325491939176 0.320955138831 0.333171085801 0.335718011219 0.336143400899 0.34047741072 0.3241972084 0.367499786398 0.301536642641 0.246766793307 0 35287645 0.703586206278 R2 T 0.308544591173 0.300290569121 0.296150224817 0.30190130285 0.304256121371 0.294454135435 0.302048833239 0.292149957868 0.333041692071 0.35190121075 0 35287645 0.703586206278 R2 N 8.60074397144e-05 1.2185568065e-05 9.91848563428e-07 1.0485256242e-06 2.04037418762e-06 7.22632524783e-06 8.10481968972e-06 3.54515015099e-05 7.24332836606e-05 0.000167990808114 1 7733953 0.154204188202 R1 A 0.000933545885267 0.00580750878626 0.00936752524873 0.011911890336 0.000784204403621 0.0019300608628 0.00332262169165 0.000544482233083 0.00325603219983 0.00498089398785 0.994914760925 0.00480491670948 0.997945423253 0.99462862006 0.00557308791507 0.993721709972 0.00558032871418 0.992244974853 0.00886881521002 0.00514536356763 0.00463695603012 0.118994128876 0.0144314298264 0.00385792362586 0.00578203668939 0.0620298571765 0.0707317461071 0.875199784638 0.905055150969 0.875869170656 0.925177460996 0.0732293046001 0.0785441804469 0.852110298576 0.0753085776446 0.0948689499406 0.0671735398444 0.0383792091832 0.090862719233 0.864024904211 0.898985421815 0.919616527279 0.853481266307 0.0626798481966 0.0723778642048 0.0910121900146 0.944241192053 0.962982707549 0.860404892556 1 7733953 0.154204188202 R1 C 0.00241778040285 0.00028730456469 0.00039113245193 0.000719554411567 0.00817809469491 0.996617383116 0.992854882878 0.00502808848205 0.995703232228 0.994340798296 0.00085182829531 0.000988756978482 0.00083670019717 0.00419229338477 0.994038365633 0.00513463166895 0.993765025466 0.0011814139548 0.00201539885231 0.113548272145 0.0043791318618 0.0029918723323 0.00807310310782 0.979388160233 0.0658213206106 0.00389955822074 0.0320265716639 0.119105068262 0.0250580783204 0.0634926278968 0.0101759087494 0.866256363337 0.0485207241368 0.0708320828947 0.854901497333 0.8454041549 0.867837702143 0.843839237192 0.0198732782576 0.0394914476465 0.0369054479643 0.0652672701787 0.0163400268918 0.126663816033 0.770576314596 0.78080071084 0.0278743612742 0.0131239483871 0.0132050194771 1 7733953 0.154204188202 R1 G 0.988678751991 0.00408833619754 0.000753172407435 0.00334770588857 0.988548934807 0.00113525386048 0.00351540796796 0.993613485885 0.000905358488731 0.00043832694613 0.00389089512181 0.993510563098 0.00104694197133 0.000347429057301 0.000228085171968 0.000466643642649 0.00045720474381 0.00503145028163 0.986591462348 0.87339191226 0.0071733045184 0.869847799696 0.113145631994 0.012473310867 0.917472733543 0.0143431179372 0.864539906048 0.00366216344992 0.0219979355965 0.0578541141897 0.00138661302959 0.0224295389434 0.00178796018026 0.00178731368034 0.0326328592894 0.0570818053846 0.0320682062588 0.0458716260624 0.0359267763846 0.0369461774593 0.0325488142998 0.00619372783879 0.0533012031493 0.797291630813 0.122062546799 0.0105967801977 0.00966038971274 0.0109593373531 0.110893355571 1 7733953 0.154204188202 R1 T 0.00551024812279 0.989764483958 0.989471490194 0.984017228964 0.00248876609413 0.000174813578515 0.000304501462577 0.000813296900046 0.000135377083362 0.000239980770506 0.000338119458445 0.000671972017415 0.000169253679199 0.000826485498425 0.000160202680311 0.000676626816843 0.000197441075734 0.00154216091047 0.00252432358976 0.00791445202731 0.983802849591 0.00815275189803 0.864245877884 0.00424905607779 0.0109227454576 0.919727337366 0.0326993194813 0.00203039765046 0.0478746121162 0.00275421896151 0.0632360967283 0.0379810945321 0.87095318526 0.0750228246797 0.037078580643 0.00253415038855 0.0327956479694 0.0717536038815 0.853148965348 0.0594230401969 0.0314641167331 0.00882291371566 0.0766905358747 0.0133212601628 0.0349168142087 0.117472526663 0.0181587604683 0.012864314019 0.0154341512031 1 7733953 0.154204188202 R1 N 0.00245967359771 5.23664935642e-05 1.66796979501e-05 3.62039955505e-06 0.0 0.000142488582488 2.58599968218e-06 6.46499920545e-07 0.0 0.0 4.39619945971e-06 2.37911970761e-05 1.68089979342e-06 5.17199936436e-06 2.58599968218e-07 3.87899952327e-07 0.0 0.0 0.0 0.0 7.75799904654e-06 1.34471983473e-05 0.000103957187224 3.15491961226e-05 1.16369985698e-06 1.29299984109e-07 2.45669969807e-06 2.58599968218e-06 1.4222998252e-05 2.98682963292e-05 2.39204970602e-05 0.000103698587255 0.000193949976164 0.000247480169585 7.84850903542e-05 0.000110939386366 0.000124903784649 0.000156323680788 0.000188260776863 0.000114430485936 9.61991881771e-05 9.9560987764e-05 0.000186967777022 4.34447946606e-05 6.6460191832e-05 0.000117792285523 6.52964919751e-05 6.96926914348e-05 6.25811923088e-05 1 7733953 0.154204188202 R2 A 0.236766114301 0.24833160998 0.245296810053 0.23409594033 0.232378965841 0.231351418867 0.22970206827 0.209203495289 0.211544212901 0.201601561323 1 7733953 0.154204188202 R2 C 0.11619038802 0.119383839028 0.110506748619 0.113147830094 0.113529265047 0.113382250965 0.119955086358 0.111240913928 0.117517005857 0.135813212209 1 7733953 0.154204188202 R2 G 0.329658455385 0.330498905282 0.341262353159 0.344029502119 0.344605662848 0.35426928506 0.34068114973 0.385149741665 0.336737888115 0.277558319788 1 7733953 0.154204188202 R2 T 0.313761410239 0.299812140053 0.302135919367 0.308531872381 0.30943942897 0.30097609851 0.309633249646 0.294299176631 0.333980048754 0.384556513338 1 7733953 0.154204188202 R2 N 0.00362363205466 0.00197350565746 0.000798168801905 0.000194855076052 4.66772942634e-05 2.09465974257e-05 2.8445996504e-05 0.00010667248689 0.000220844372858 0.000470393342189 2 3046227 0.0607374988722 R1 A 0.00177629572583 0.0109788272509 0.0170112076349 0.0211747187586 0.00120050147281 0.00425542810828 0.00736189391007 0.000955608364052 0.00735467186129 0.00658585194078 0.994911081807 0.00436671331454 0.997298297205 0.993995194711 0.00659110433989 0.99296277001 0.00662032080997 0.992301624272 0.0105842407673 0.00711437460176 0.00929477678453 0.12138786768 0.0198048274144 0.00974352863395 0.00917692607938 0.0727257029762 0.0746251018063 0.876727177587 0.901105859806 0.8710092846 0.920952049864 0.0859098813056 0.0937861820541 0.852943329568 0.0934175292912 0.11201036561 0.0831441648964 0.0582799640342 0.103470621198 0.861968264348 0.899509787025 0.913771035448 0.844300835099 0.0648402105293 0.0848653104316 0.114460609797 0.941162953385 0.95736693293 0.850139533265 2 3046227 0.0607374988722 R1 C 0.00516442143018 0.000276407503446 0.000303654323857 0.000578748727524 0.0136870955448 0.993951205869 0.989247025911 0.00633143885863 0.991475356236 0.992681110108 0.000996971007085 0.00286058786821 0.00137514374339 0.00403318597071 0.992766461593 0.00518313310203 0.992670933584 0.00148216137537 0.00321676618322 0.118178980096 0.00427873562935 0.00585150088946 0.00629992446394 0.976187920336 0.0657495321261 0.00424656468477 0.0327782532293 0.117952470384 0.0283071484824 0.0658529387337 0.00955017469151 0.854937271582 0.0435896602584 0.0724469975481 0.837459585251 0.826325812226 0.851216275084 0.827532550923 0.0176569244511 0.0376652823312 0.0347173733277 0.0673469180071 0.0203789802927 0.137352534791 0.75324425921 0.754123379512 0.0268571580516 0.0141713010882 0.016025069701 2 3046227 0.0607374988722 R1 G 0.981811598413 0.00913884618579 0.00194929662169 0.00314684361999 0.98076505789 0.00141289536203 0.00313207124748 0.99059196836 0.00102684402705 0.000484862093337 0.00340191325203 0.991057133956 0.00105704532197 0.000462211122152 0.00046976144588 0.000606980372769 0.000495366891568 0.00436736986443 0.982640820924 0.867879839552 0.00620964885414 0.863589942575 0.110092255108 0.0100199361374 0.915025374012 0.01285426201 0.855229436283 0.00350203711017 0.0229040711674 0.059563847343 0.00161544100292 0.0240362914517 0.00546282335492 0.00261503820956 0.0353135206273 0.0579805772846 0.0337112106222 0.0498577420527 0.0388280321854 0.0360245641576 0.0319171880493 0.00822985286389 0.0522919007677 0.778540469899 0.123573850537 0.0158507557053 0.0110976627809 0.0109118591622 0.111684716865 2 3046227 0.0607374988722 R1 T 0.00918940052728 0.97954682957 0.980712205624 0.975097062694 0.00434471889324 0.000211409064393 0.000252771707427 0.00212098441777 0.000143127875894 0.000248175858201 0.000686751184334 0.00170243386327 0.000267544079939 0.00149003997404 0.000172672620918 0.00124613169012 0.000213378714062 0.00184884448861 0.00355817212571 0.0068268057502 0.980190248461 0.00916084060709 0.863681531284 0.0040184135982 0.0100478395077 0.910172485504 0.0373393053111 0.00180945149524 0.0476166090052 0.00347971441393 0.0677579182379 0.0348605012036 0.856860962758 0.0716883541509 0.0336698479792 0.00342850352255 0.0316470177699 0.0639735646753 0.839653774981 0.0640385631143 0.033534270427 0.0104768948604 0.0826862213486 0.0191935794673 0.0381741084955 0.115294099882 0.0207088966121 0.0173732948989 0.0219635634508 2 3046227 0.0607374988722 R1 N 0.00205828390333 5.90894900479e-05 2.36357960191e-05 2.62619955768e-06 2.62619955768e-06 0.000169061596526 6.2372239495e-06 0.0 0.0 0.0 3.2827494471e-06 1.31309977884e-05 1.96964966826e-06 1.93682217379e-05 0.0 9.84824834131e-07 0.0 0.0 0.0 0.0 2.65902705215e-05 9.84824834131e-06 0.000121461729543 3.02012949133e-05 3.2827494471e-07 9.84824834131e-07 2.79033703004e-05 8.86342350718e-06 6.63115388315e-05 9.42149091319e-05 0.000124416204045 0.000256054456874 0.00030037157441 0.000306280523415 0.000139516851502 0.000254741357095 0.000281331627617 0.000356178315011 0.000390647184205 0.000303326048912 0.000321381170871 0.000175298820475 0.000342062492388 7.32053126704e-05 0.000142471326004 0.000271155104331 0.000173329170807 0.000176611920254 0.000187116718485 2 3046227 0.0607374988722 R2 A 0.251037759169 0.256643382125 0.256187736502 0.234188062807 0.238932948858 0.231562191524 0.24346018862 0.216497326036 0.224828615858 0.226084924072 2 3046227 0.0607374988722 R2 C 0.109495451258 0.113647472759 0.107103311736 0.107326866973 0.106245201031 0.10577576786 0.1217138447 0.110639817715 0.110919179693 0.141556095458 2 3046227 0.0607374988722 R2 G 0.337494546532 0.337830371801 0.340411269416 0.355672443321 0.352414314495 0.371794025856 0.345605235591 0.387942526936 0.326973991104 0.270649232641 2 3046227 0.0607374988722 R2 T 0.298077917371 0.289703295257 0.295313842337 0.302496498127 0.302311022783 0.290823369368 0.289165252622 0.284681016878 0.33691284333 0.361060091713 2 3046227 0.0607374988722 R2 N 0.0038943256691 0.0021754780586 0.000983840009297 0.000316128771756 9.65128337448e-05 4.46453924806e-05 5.5478465656e-05 0.000239312434694 0.000365370013463 0.000649656115582 3 4086150 0.0814721066476 R1 A 0.00301653145381 0.0113642426245 0.0159729819023 0.0191084517211 0.0027441479143 0.00601103728449 0.00861789214787 0.00257479534525 0.00785947652436 0.0088185700476 0.994240299548 0.00480599096949 0.996110519682 0.993477723529 0.00785115573339 0.992274879777 0.00776525580314 0.991467028866 0.0141397158695 0.0121843299928 0.0159675978611 0.14181124041 0.0265215422831 0.015176388532 0.0135144329014 0.0830170209121 0.0759213440525 0.861580216096 0.891468986699 0.851857371854 0.914734652423 0.0958785164519 0.103900003671 0.836256867712 0.0986791967989 0.116902707928 0.0890980507324 0.0637854704306 0.104194412834 0.843961920145 0.880536935746 0.905436902708 0.827176192749 0.0620713874919 0.0915835199393 0.125130012359 0.943175605399 0.960694786046 0.835821494561 3 4086150 0.0814721066476 R1 C 0.00765904335377 0.000297590641557 0.000346047012469 0.000489947750327 0.0123722819769 0.991328022711 0.98849968797 0.00827282405198 0.990035363362 0.98942549833 0.00203443339084 0.0047996280117 0.00155843520184 0.00439680383735 0.990310683651 0.00462587031803 0.991367179374 0.00167688410851 0.00496335181038 0.138881098344 0.00515301689855 0.00897666507593 0.00596355983016 0.971501290946 0.0777301371707 0.00411120492395 0.0419869559365 0.132562681253 0.0285104560528 0.0754318857604 0.00903246332122 0.838483413482 0.0436077970706 0.0712656167786 0.818725205878 0.810570830733 0.835381961015 0.810111474126 0.018075939454 0.0383375549111 0.0418844144243 0.0768089766651 0.021236861104 0.155202085092 0.742399569277 0.729871639563 0.023549796263 0.0110982220428 0.01524001811 3 4086150 0.0814721066476 R1 G 0.980408452945 0.008572861985 0.00241621085863 0.00275442653843 0.978359825263 0.00227940726601 0.00258972382316 0.985504203223 0.00189444831932 0.000579273888624 0.00283273986515 0.986001248119 0.00101489176854 0.000619164739425 0.000707511961137 0.00174393989452 0.00057829497204 0.00387650967292 0.975908128679 0.842658247984 0.00504631499088 0.838716885087 0.119912142237 0.010099727127 0.897916865509 0.0124312617011 0.844477074997 0.00321843299928 0.0245377678255 0.0678178725695 0.00331852722 0.0347013692596 0.0108561849173 0.00484735019517 0.0417106567307 0.0687062393696 0.0379347307368 0.0615036158731 0.051371829228 0.048142138688 0.0379895500655 0.00753349730186 0.0626624083795 0.758207603735 0.137024583043 0.0224815535406 0.0104614368048 0.0128384910001 0.122536372869 3 4086150 0.0814721066476 R1 T 0.00813332843875 0.979739363459 0.981251300124 0.977643013595 0.00652154228308 0.000234939980177 0.000290248767177 0.00364768792139 0.000210711794721 0.00117665773405 0.00089105882065 0.00438089644286 0.00131492970155 0.00150312641484 0.0011306486546 0.00135482055235 0.000289269850593 0.00297933262362 0.00498880364157 0.00627632367877 0.973826707292 0.010485175532 0.847533497302 0.00320962275002 0.0108383196897 0.900440512463 0.0375996965359 0.00262153861214 0.05541769147 0.00481431176046 0.0728309043966 0.0307896185896 0.841426036734 0.087414803666 0.0407564577903 0.00361905461131 0.0373588830562 0.0643395372172 0.826085679674 0.0693312776085 0.0393668856993 0.0100708490878 0.0887165179937 0.0244557835615 0.0288496506491 0.122306327472 0.0226521297554 0.0151962115928 0.0262520954933 3 4086150 0.0814721066476 R1 N 0.000782643808964 2.59412894779e-05 1.3460103031e-05 4.1603954823e-06 2.20256231416e-06 0.000146592758465 2.44729146018e-06 4.89458292035e-07 0.0 0.0 1.46837487611e-06 1.22364573009e-05 1.22364573009e-06 3.18147889823e-06 0.0 4.89458292035e-07 0.0 2.44729146018e-07 0.0 0.0 6.36295779646e-06 1.00338949867e-05 6.9258348323e-05 1.29706447389e-05 2.44729146018e-07 0.0 1.49284779071e-05 1.71310402212e-05 6.50979528407e-05 7.85580558717e-05 8.3452638792e-05 0.000147082216757 0.000209977607283 0.000215361648496 0.000128482801659 0.000201167358027 0.000226374460066 0.000259902353071 0.000272138810372 0.000227108647504 0.000222214064584 0.000149774237363 0.000208019774115 6.31401196726e-05 0.000142677092128 0.000210467065575 0.00016103177808 0.000172289318796 0.000150018966509 3 4086150 0.0814721066476 R2 A 0.226685510811 0.230885062957 0.220654161007 0.210732351969 0.218370103888 0.222611749446 0.221215814397 0.200081250076 0.207509269116 0.212609424519 3 4086150 0.0814721066476 R2 C 0.0936179533302 0.0952539676713 0.086828187903 0.0882417434504 0.0842991569081 0.0887970338828 0.0966853884463 0.0873306168398 0.0960490926667 0.117949414486 3 4086150 0.0814721066476 R2 G 0.414234426049 0.425513992389 0.438463100963 0.435024656461 0.44175666581 0.442416700317 0.42664292794 0.473128984496 0.414919667658 0.368345998067 3 4086150 0.0814721066476 R2 T 0.26368806823 0.247351663546 0.253548694982 0.26579445199 0.255510688545 0.246128262545 0.255416712553 0.239338741847 0.281305629994 0.30069062565 3 4086150 0.0814721066476 R2 N 0.00177404157948 0.000995313436854 0.000505855144818 0.000206796128385 6.33848488186e-05 4.62538085973e-05 3.91566633628e-05 0.000120406739841 0.00021634056508 0.000404537278367