#NaNs Total_Count Fraction Read1/2 Base 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 0 22064173 0.576069838208 R1 A 0.991647817482 0.995373314015 0.00189950468572 0.000825591786286 0.00058434095853 0.000512187789681 0.00304425640608 0.00169673252653 0.00276856059822 0.000553295154094 0.000643486615157 0.00119904788636 0.000560184150115 0.000905631042686 0.00723018261323 0.989946688688 0.00924444346951 0.995756922319 0.990870629957 0.00953006487032 0.988558646635 0.00999842595505 0.986062246702 0.023477562472 0.00882439600161 0.00626975685878 0.126974711447 0.0319834783746 0.00411064579669 0.00714094292136 0.0758549164748 0.0858656701069 0.855285897187 0.89846290636 0.856508829948 0.90620967303 0.0671918680115 0.0775741288831 0.831084264976 0.064757378398 0.0986946576244 0.0623853429721 0.0312502535219 0.0962388211876 0.848070036434 0.879255886908 0.902893709182 0.833553516826 0.0488732571123 0 22064173 0.576069838208 R1 C 0.000367020327478 0.00331260999449 0.99352724437 0.00212484737135 0.000679925778319 0.000269214712919 0.000256433812407 0.00026740181923 0.000606639550914 0.00655859614589 0.996227504199 0.991575709636 0.00828220482136 0.996504469032 0.991433034902 0.00202735901318 0.000514544551477 0.00119682709159 0.00756824196402 0.989314759271 0.00968071633594 0.988434825996 0.00274680587394 0.00247963066642 0.115947241712 0.00757794094526 0.00271838876535 0.0110491338153 0.970040572108 0.0796990668991 0.0044091387427 0.036192473654 0.137132490758 0.0294151065621 0.0792743059076 0.0135190655004 0.866403920963 0.051761060793 0.0893791033999 0.846956693097 0.838076958516 0.856299667339 0.842292752146 0.0191859445627 0.0453451393805 0.0418493364786 0.0736659833115 0.0214238711779 0.133141224011 0 22064173 0.576069838208 R1 G 0.0017900512292 0.000868013498625 0.00423147516111 0.995912831177 0.997303955149 0.994220857496 0.00240049785687 0.000930694297946 0.00623712477236 0.99082249763 0.00277050945893 0.00680374469508 0.990479362177 0.00237430154305 0.000942160850534 0.00754594337164 0.989662336313 0.00274240960674 0.000905993621424 0.000889813545244 0.000986259489535 0.0011714012576 0.00906628134216 0.971388413243 0.86472989493 0.0119986368852 0.859066052464 0.118590440711 0.0205218659226 0.897419087495 0.0218989852917 0.844640132218 0.00470581879502 0.0233270922957 0.0597342125626 0.00296399053796 0.0232878884697 0.00232222617181 0.00296589407634 0.0475002167541 0.0595152150049 0.0453965349166 0.0499608120368 0.043056587709 0.0432594958352 0.0405577856918 0.00939930991295 0.0588654739065 0.79942429748 0 22064173 0.576069838208 R1 T 0.00588397308161 0.000441122357045 0.000340824013662 0.00113609515299 0.00143118892333 0.00491570656195 0.994298811925 0.997103086529 0.990387675079 0.00206561107004 0.000352607822645 0.000420319401955 0.000675846767518 0.000215553059705 0.000393080674268 0.00047398105517 0.000573690208103 0.000300487129067 0.000653094951712 0.000256252523038 0.000768485635061 0.000391675681658 0.00212403156919 0.00265407636171 0.010494886892 0.974147546795 0.0112347288067 0.838373547923 0.00532532989113 0.0157408120395 0.897836732879 0.033299457904 0.00287570261528 0.0487945775262 0.00448165449029 0.0773062285181 0.0431124248346 0.868342584152 0.0765702390024 0.0407843067583 0.00370256342714 0.0359153275312 0.0764924205408 0.841505593706 0.0633153121125 0.0383158253881 0.0140258599314 0.086130397908 0.0185346625047 0 22064173 0.576069838208 R1 N 0.000311137879494 4.94013530441e-06 9.51769187089e-07 6.34512791393e-07 5.8919044915e-07 8.20334394586e-05 0.0 2.08482774315e-06 0.0 0.0 5.8919044915e-06 1.1783808983e-06 2.40208413884e-06 4.53223422423e-08 1.54095963624e-06 6.02787151823e-06 4.98545764666e-06 3.35385332593e-06 2.0395054009e-06 9.10979079071e-06 5.8919044915e-06 3.67110972163e-06 6.34512791393e-07 3.17256395696e-07 3.58046503714e-06 6.11851620271e-06 6.11851620271e-06 3.39917566817e-06 1.58628197848e-06 9.06446844847e-08 2.26611711212e-07 2.26611711212e-06 9.06446844847e-08 3.17256395696e-07 9.97091529331e-07 1.04241387157e-06 3.89772143284e-06 0.0 4.98545764666e-07 1.40499260951e-06 1.06054280847e-05 3.12724161472e-06 3.76175440611e-06 1.30528345658e-05 1.00162376356e-05 2.11655338272e-05 1.51376623089e-05 2.6740181923e-05 2.6558892554e-05 0 22064173 0.576069838208 R2 A 0.241346956444 0.251125705006 0.251423926018 0.237880703709 0.240144600026 0.244159706326 0.253611907412 0.230426628725 0.235907051672 0.253175634546 0 22064173 0.576069838208 R2 C 0.122965497053 0.129613695469 0.118940329193 0.124387440218 0.123562845523 0.126893221876 0.129353998448 0.120142368354 0.132784446532 0.148420563961 0 22064173 0.576069838208 R2 G 0.328707176109 0.322459309941 0.338424286285 0.339157511138 0.338563063297 0.341045367982 0.322164986651 0.351342694784 0.31685012622 0.25792033991 0 22064173 0.576069838208 R2 T 0.306817164641 0.29674916889 0.291201668877 0.298539401409 0.297518923551 0.287373381273 0.294109278422 0.297115690672 0.313264721048 0.339132538528 0 22064173 0.576069838208 R2 N 0.000163205754415 5.21206935787e-05 9.78962592434e-06 3.49435258688e-05 0.000210567602058 0.000528322543519 0.000759829067693 0.00097261746452 0.00119365452764 0.00135092305522 1 9284857 0.242416793495 R1 A 0.974784856676 0.989197356513 0.00433770816287 0.00174488417 0.00163664340765 0.00164730593051 0.010665753926 0.00629788913281 0.0096103795675 0.00123383698855 0.00243051670047 0.00417830883125 0.00113604334456 0.00294727210123 0.00926756330227 0.987384081413 0.0103494324145 0.991641335995 0.987277779292 0.0110750224802 0.984817105961 0.0126668617513 0.98316689207 0.0221492910445 0.0124710590589 0.0134283166666 0.0994335184699 0.0335616369751 0.0115808999535 0.0128348772631 0.0672040506386 0.0783513413292 0.890378387088 0.9208940967 0.888028647076 0.920001675847 0.0748694352536 0.0829698292607 0.860572973822 0.0709361490435 0.0921123502494 0.0664106081548 0.0452165283752 0.0957469781172 0.87716816748 0.901797625962 0.913252514282 0.855868970303 0.056209050931 1 9284857 0.242416793495 R1 C 0.00124374559565 0.00761228740518 0.989895590207 0.00485747922666 0.00225819309872 0.00109382406213 0.000564898306996 0.000538295850975 0.00123319077504 0.00845182645247 0.993009262286 0.987190109659 0.00930202802262 0.993095208682 0.988083607534 0.00269901841245 0.00170384961233 0.00386091029727 0.00892453163253 0.986452026132 0.0114615658593 0.984540634282 0.00395795002551 0.00287220363222 0.0858015368465 0.0074763671643 0.00427976435178 0.0115365266261 0.962823229265 0.0606641545476 0.00498575260771 0.0301459677839 0.100377744105 0.0222519312898 0.0615810238111 0.0168403239813 0.871970133735 0.0438146758749 0.0743868214664 0.863406296941 0.859316842467 0.871825274207 0.858143103335 0.0222047577039 0.0369862454532 0.0360612985208 0.0622525473467 0.0266956184678 0.108930487567 1 9284857 0.242416793495 R1 G 0.0045567745416 0.00222340527162 0.00518984837354 0.989602640084 0.991824429822 0.99125500802 0.00460836391988 0.00264322864639 0.00737674258203 0.98651793991 0.00392531624343 0.00782230679482 0.987264962724 0.0034208388993 0.00198344465618 0.00850869324105 0.986159937627 0.00370958863448 0.00191257657495 0.00191623845149 0.00192873191262 0.00210417887965 0.0101424286879 0.97068333955 0.890153827894 0.0142012957227 0.883166859759 0.0881324289647 0.0199746748927 0.910137226669 0.0233528637005 0.864400281017 0.00582561476176 0.018854463779 0.0443347700455 0.00383538486376 0.0183344773107 0.00440168330002 0.00366812326781 0.034829077066 0.044681140485 0.0341573381259 0.0375996097732 0.0352514852948 0.0336060103026 0.0307795801271 0.0100358034593 0.0490061397822 0.814078773642 1 9284857 0.242416793495 R1 T 0.0189571040243 0.000958765439252 0.000575345425352 0.00379338098584 0.00428019516079 0.00589637514073 0.984160983847 0.990518001516 0.981779687075 0.00379639664887 0.000623380629341 0.000807659180965 0.00229244241457 0.000536141805954 0.000663876675753 0.00139528266294 0.0017796719971 0.000783318472218 0.00188188143339 0.000543034750024 0.00178774966593 0.000684555507963 0.00273165219454 0.00429473496468 0.0115701297284 0.964885619671 0.0131101642169 0.866764453131 0.00561764171489 0.0163636338179 0.904457117649 0.0270999327184 0.00341771553401 0.0379991851248 0.00605243570256 0.0593209997741 0.0348193838634 0.868813811564 0.061371219826 0.0308242765613 0.00387760414619 0.027602902231 0.0590364504268 0.846776853968 0.052224713854 0.0313285385009 0.0144401793156 0.0683981454965 0.020742161134 1 9284857 0.242416793495 R1 N 0.000457519162654 8.18537108326e-06 1.50783151534e-06 1.61553376643e-06 5.38511255478e-07 0.000107486846593 0.0 2.58485402629e-06 0.0 0.0 1.15241408672e-05 1.61553376643e-06 4.52349454601e-06 5.38511255478e-07 1.50783151534e-06 1.29242701315e-05 7.1083485723e-06 4.8466012993e-06 3.23106753287e-06 1.36781858891e-05 4.8466012993e-06 3.76957878834e-06 1.07702251096e-06 4.30809004382e-07 3.44647203506e-06 8.40077558545e-06 9.6932025986e-06 4.95430355039e-06 3.55417428615e-06 1.07702251096e-07 2.15404502191e-07 2.4771517752e-06 5.38511255478e-07 3.23106753287e-07 3.12336528177e-06 1.61553376643e-06 6.56983731683e-06 0.0 8.61618008764e-07 4.20038779273e-06 1.20626521227e-05 3.87728103944e-06 4.30809004382e-06 1.99249164527e-05 1.48629106512e-05 3.29568888352e-05 1.89555961928e-05 3.11259505666e-05 3.95267261521e-05 1 9284857 0.242416793495 R2 A 0.235326187576 0.246452368626 0.242631200459 0.229118445228 0.229360452186 0.230690359582 0.236804831781 0.216914380049 0.217359728857 0.219364929368 1 9284857 0.242416793495 R2 C 0.120602826732 0.126308891995 0.117495509085 0.123036682202 0.124128459921 0.125087225361 0.127164370975 0.118518680471 0.125397084737 0.136210283045 1 9284857 0.242416793495 R2 G 0.333836374647 0.330964817229 0.345300848468 0.347374009099 0.346937599577 0.352285447153 0.336117831432 0.36663235632 0.342563164947 0.281817372093 1 9284857 0.242416793495 R2 T 0.309870685138 0.296140479062 0.294544331701 0.300422289756 0.299262013405 0.291154187943 0.298785323242 0.296466386074 0.31288494804 0.360551594925 1 9284857 0.242416793495 R2 N 0.000363925906452 0.000133443089107 2.81102875359e-05 4.85737152441e-05 0.000311474910168 0.000782779960962 0.00112764256897 0.00146819708693 0.00179507341901 0.00205582056891 2 3453850 0.0901759975637 R1 A 0.949462483895 0.976884925518 0.0122917903209 0.00470055155841 0.00544378012942 0.00590500456013 0.0263497256685 0.0177037219335 0.0246050060078 0.00395500673162 0.00844304182289 0.0128282930643 0.00331948405403 0.00955860850934 0.0159120980934 0.982197837196 0.0139702071601 0.984039260535 0.980095256019 0.0165933668225 0.977870781881 0.0226923578036 0.977867017965 0.0399953674885 0.0321971133662 0.0414925373134 0.117556929224 0.0627198633409 0.0398479957149 0.0356706284291 0.0981249909521 0.0991221390622 0.888015982165 0.914494839093 0.878968976649 0.907904512356 0.102808170592 0.114207912909 0.846614647422 0.0934979805145 0.115135862878 0.0914680718618 0.0729947739479 0.119377216729 0.863361176658 0.884971553484 0.889061192582 0.829865512399 0.0642593048337 2 3453850 0.0901759975637 R1 C 0.00404244538703 0.0163461065188 0.980414320251 0.0118922362002 0.00692010365245 0.00384585317834 0.0015356775772 0.0013625374582 0.00293006355227 0.0138966660393 0.984817812007 0.976766506942 0.0125390506247 0.984712132837 0.979624187501 0.00477119735947 0.00576660827772 0.00909680501469 0.0124281598796 0.979350000724 0.0153000275055 0.972910520144 0.00709990300679 0.00598259912851 0.0883912156 0.00887125960884 0.00935304080953 0.0121470243352 0.934323436165 0.0618391070834 0.00653618425815 0.034185039883 0.0995908913242 0.0262692357804 0.0666658945814 0.0238629355647 0.842741867771 0.046954847489 0.0842540932582 0.838400335857 0.831962882001 0.844000752783 0.829844376565 0.0298148443042 0.0446950504509 0.0454707066028 0.0741465321308 0.0422467680994 0.118914544639 2 3453850 0.0901759975637 R1 G 0.00870448919322 0.00441130911881 0.00620003763916 0.972456534013 0.975776307599 0.980924186053 0.00844333135486 0.00561865744025 0.00873344239038 0.972839584811 0.00546288923954 0.00868769633887 0.976772587113 0.0044011754998 0.00310030835155 0.00955050161414 0.974474282323 0.0046904179394 0.0030479030647 0.00282322625476 0.00277776973522 0.00292803682847 0.0106631729809 0.944505696542 0.865043936477 0.0172575531653 0.855352432792 0.0850682571623 0.0197194435196 0.8813393749 0.026455983902 0.833417780158 0.00670787671729 0.0195897331963 0.044022757213 0.00569480434877 0.0204085296119 0.0092942658193 0.00584854582567 0.0363052825108 0.0453282568728 0.036099714811 0.041466189904 0.0415547866873 0.0337944612534 0.0307312129942 0.0144519883608 0.0523751755288 0.779358976215 2 3453850 0.0901759975637 R1 T 0.0373478871404 0.00234028692618 0.00108921927704 0.0109440189933 0.0118592295554 0.00921030154755 0.963671265399 0.975311608784 0.96373148805 0.00930874241788 0.00126525471575 0.00171576646351 0.007362508505 0.00132634596175 0.00136137933031 0.00346714535953 0.00578253253616 0.00216743633916 0.00442549618542 0.00121777147241 0.00404765696252 0.00146445271219 0.00436903745096 0.00951373105375 0.0143622334496 0.932372569741 0.0177173299362 0.840059064522 0.00610478162051 0.0211494419271 0.868882261824 0.0332620119577 0.00567279991893 0.0396444547389 0.0103365809169 0.062536010539 0.0340292716823 0.829542973783 0.06327923911 0.0317891628183 0.00755562633004 0.0284259594366 0.0556882898794 0.809223330486 0.0581330978473 0.0387906249548 0.0223200196882 0.0754740362204 0.0374191120054 2 3453850 0.0901759975637 R1 N 0.000442694384527 1.73719182941e-05 4.63251154509e-06 6.65923534606e-06 5.79063943136e-07 0.000114654660741 0.0 3.47438365882e-06 0.0 0.0 1.10022149196e-05 1.73719182941e-06 6.3697033745e-06 1.73719182941e-06 2.02672380098e-06 1.33184706921e-05 6.3697033745e-06 6.08017140293e-06 3.18485168725e-06 1.56347264647e-05 3.76391563038e-06 4.63251154509e-06 8.68595914704e-07 2.60578774411e-06 5.50110745979e-06 6.08017140293e-06 2.02672380098e-05 5.79063943136e-06 4.34297957352e-06 1.44765985784e-06 5.79063943136e-07 1.30289387206e-05 1.24498747774e-05 1.73719182941e-06 5.79063943136e-06 1.73719182941e-06 1.21603428059e-05 0.0 3.47438365882e-06 7.2382992892e-06 1.73719182941e-05 5.50110745979e-06 6.3697033745e-06 2.98217930715e-05 1.62137904078e-05 3.59019644744e-05 2.02672380098e-05 3.85077522185e-05 4.80623072803e-05 2 3453850 0.0901759975637 R2 A 0.241139887372 0.250220478596 0.245672799919 0.226531262215 0.231708093866 0.225952198271 0.239486659814 0.21951532348 0.22261099932 0.226563110732 2 3453850 0.0901759975637 R2 C 0.116601184186 0.122254874995 0.11578238777 0.11901761802 0.120317327041 0.121740955745 0.128662507057 0.115115306108 0.120198329401 0.133883637101 2 3453850 0.0901759975637 R2 G 0.342375030763 0.340441825789 0.349977561272 0.361778015837 0.357991806245 0.36854987912 0.34470952705 0.373518247753 0.347206740304 0.287745269771 2 3453850 0.0901759975637 R2 T 0.299057283901 0.286761729664 0.28849255179 0.292626778812 0.289637071674 0.282874183882 0.285853757401 0.290172126757 0.307902775164 0.34940602516 2 3453850 0.0901759975637 R2 N 0.000826613778827 0.000321090956469 7.46992486645e-05 4.63251154509e-05 0.000345701174052 0.000882782981311 0.00128754867756 0.00167899590312 0.00208115581163 0.00240195723613 3 3498332 0.0913373707339 R1 A 0.939728133293 0.957198745002 0.0320950098504 0.029125594712 0.0188549857475 0.0214459348055 0.0407762899576 0.0361437965293 0.0413519928926 0.0145540789153 0.0248767126734 0.0322902457514 0.0118293518168 0.026308823748 0.0330511798194 0.960910513925 0.0249307384205 0.963552916075 0.959661347179 0.0327661868571 0.972431147187 0.0603270358559 0.971641628067 0.0939416270383 0.0908335744006 0.102917619025 0.198195025515 0.123631204814 0.099477693941 0.085455582832 0.156034075668 0.129965652202 0.842840816709 0.872881990617 0.828203841145 0.871437873821 0.143489240015 0.152984336535 0.788661567856 0.121369269698 0.145385572324 0.12147646364 0.102546585058 0.142897243601 0.80229177791 0.826079114275 0.83585520185 0.765248981515 0.0743448592072 3 3498332 0.0913373707339 R1 C 0.0222806183061 0.0177630367844 0.944629040354 0.0230524146936 0.0132214438195 0.00937989876318 0.0185519842028 0.0175978151874 0.00506812961148 0.0230346919618 0.965518138359 0.941865151735 0.0193683732705 0.966026666423 0.945599788699 0.0087387360605 0.0300526079286 0.0124610814525 0.0151146317731 0.945626658648 0.0175449328423 0.933110979747 0.0106244919007 0.0137508389713 0.124647403391 0.0114957642671 0.0183747568841 0.0135315916271 0.869439492878 0.084878164794 0.00893797386869 0.0547749613244 0.126262458795 0.0350135435973 0.0850419571384 0.0291598967737 0.770224209709 0.0583152199391 0.102740105856 0.773545792681 0.764307104071 0.776395150603 0.758038688152 0.0445094976692 0.0613883988141 0.065580682451 0.0998818865677 0.0535029265376 0.1505451741 3 3498332 0.0913373707339 R1 G 0.0093061493306 0.0208233523862 0.00653082669112 0.924411405207 0.926458666587 0.953628757934 0.0105718954062 0.00863011286522 0.0246986278032 0.925161191105 0.00749843068068 0.00858008902528 0.93544866525 0.00549118837206 0.00461848675312 0.0249281657659 0.928978438867 0.00639933545473 0.00475140724208 0.0190525084526 0.00436293639369 0.00408823404983 0.0105444537568 0.872595282552 0.764561511029 0.0188975774741 0.757399240552 0.106170312023 0.0221482695182 0.797045563429 0.0375578990216 0.765884141357 0.0217795223552 0.040978957972 0.0722161304302 0.024365326104 0.0479325575732 0.0313449381019 0.024736360071 0.0625629585757 0.0771644886763 0.0610476650015 0.075246431728 0.0709375210815 0.0662018356177 0.0557279869378 0.0347239770268 0.0836715897748 0.717672593682 3 3498332 0.0913373707339 R1 T 0.0282969140722 0.00420228840487 0.0167442655528 0.0234080127329 0.0414640462941 0.0154502202764 0.930099830433 0.937625416913 0.928881249693 0.0372500380181 0.00209499841639 0.0172639417871 0.033350751158 0.00217103465309 0.0167279720735 0.00541172192919 0.0160319260722 0.0175800924555 0.02046946945 0.00254006766653 0.0056544090155 0.00247060599166 0.00718713947104 0.0197093929335 0.0199515083188 0.866678748615 0.0260155411207 0.756658887721 0.0089279691007 0.0326178304403 0.79746919389 0.0493649544983 0.00911405778525 0.0511237927104 0.0145309250237 0.0750346164972 0.0383451313369 0.757355505424 0.0838579643098 0.0425179771388 0.0131253980468 0.0410750037446 0.0641631497525 0.74162858185 0.0700982639727 0.052575913321 0.0295197825707 0.0975379123537 0.0573982114905 3 3498332 0.0913373707339 R1 N 0.000388184997879 1.25774226117e-05 8.57551541706e-07 2.57265462512e-06 8.57551541706e-07 9.51882211294e-05 0.0 2.85850513902e-06 0.0 0.0 1.171987107e-05 5.71701027804e-07 2.85850513902e-06 2.28680411122e-06 2.57265462512e-06 1.08623195283e-05 6.28871130585e-06 6.57456181975e-06 3.14435565292e-06 1.4578376209e-05 6.57456181975e-06 3.14435565292e-06 2.28680411122e-06 2.85850513902e-06 6.00286079194e-06 1.02906185005e-05 1.54359277507e-05 8.00381438926e-06 6.57456181975e-06 2.85850513902e-06 8.57551541706e-07 1.02906185005e-05 3.14435565292e-06 1.71510308341e-06 7.14626284755e-06 2.28680411122e-06 8.86136593096e-06 0.0 4.00190719463e-06 4.00190719463e-06 1.7436881348e-05 5.71701027804e-06 5.14530925024e-06 2.71557988207e-05 1.97236854592e-05 3.63030152656e-05 1.91519844314e-05 3.85898193768e-05 3.91615204046e-05 3 3498332 0.0913373707339 R2 A 0.211471066783 0.218159682957 0.209107368883 0.196055434418 0.203174827318 0.206237143873 0.209848865116 0.196657435601 0.198150718685 0.204558343805 3 3498332 0.0913373707339 R2 C 0.0946754053074 0.0971371499332 0.0907140888858 0.0929768815538 0.0909507731113 0.0932024176093 0.0976099466832 0.0895815491497 0.0976511091572 0.107949445622 3 3498332 0.0913373707339 R2 G 0.443760340642 0.448146430928 0.462573020514 0.464414755375 0.471240293946 0.470947011319 0.44835910371 0.475599228432 0.456460964826 0.403155275143 3 3498332 0.0913373707339 R2 T 0.249564363817 0.236349494559 0.237563501692 0.246500332158 0.234293371813 0.228793607925 0.24299694826 0.236614192135 0.245824009842 0.282135886474 3 3498332 0.0913373707339 R2 N 0.000528823450719 0.000207241622579 4.20200255436e-05 5.2596494558e-05 0.000340733812571 0.000819819273871 0.00118513623064 0.00154759468227 0.00191319748955 0.00220104895705