#NaNs Total_Count Fraction Read1/2 Base 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 0 21367604 0.57898686368 R1 A 0.000448669864904 0.00340646522652 0.00384282673902 0.00376148865357 0.000505952843379 0.000397845261453 0.000754834280905 0.000526919162298 0.00076456864326 0.00309328083766 0.995658006391 0.00363840512956 0.998129130435 0.995339580423 0.00360241606874 0.995123973657 0.00365754625554 0.993287782757 0.0183492262399 0.00823297736143 0.00462503891405 0.13351267648 0.0280517179184 0.00235094210844 0.00533648976273 0.0741374184958 0.0791809881913 0.853062421037 0.893702915872 0.852668834559 0.91098973942 0.0637317127367 0.0721709837004 0.832724530088 0.0617859166615 0.0963432306215 0.0614335608241 0.0274811813248 0.0886363768254 0.845515716222 0.877773755073 0.903981981321 0.835951284009 0.044854678138 0.0476814340064 0.0573571561884 0.940754705113 0.951845700622 0.839939190187 0 21367604 0.57898686368 R1 C 0.00114336637837 0.000221924741773 0.000429060740736 0.000537636320853 0.00303702745521 0.998581778285 0.99632303182 0.00318037530085 0.998369119907 0.996334544575 0.000710702051573 0.000312341992111 0.000791338139737 0.00313708546826 0.995941379295 0.00372905637899 0.995599881016 0.000943203552443 0.00175911159716 0.123106502723 0.00763403327767 0.00212302698983 0.00667454338821 0.977717389371 0.0793128700813 0.00379092573973 0.0372092725043 0.141653692197 0.0303658285693 0.0800719631457 0.00894405381156 0.871182047365 0.052198739737 0.0860490956309 0.849705376419 0.837706043223 0.857490760312 0.843704188827 0.0171354729337 0.0462231516458 0.0418639825036 0.0755610689902 0.018051298592 0.133653777934 0.792743491502 0.801507132012 0.0270225430984 0.0163509675675 0.0183789909248 0 21367604 0.57898686368 R1 G 0.994662199842 0.00136636751598 0.000324790743969 0.00255873330487 0.995469262721 0.000695679309669 0.00254216616893 0.995992437898 0.000618412808474 0.00032001716243 0.00324837543788 0.995711030586 0.000866873047629 0.000422508766074 0.00020685520005 0.000536887523749 0.000453864644815 0.0038836361812 0.978190207943 0.862832819253 0.00587230089064 0.858663610576 0.123850385846 0.0162770238535 0.903965039786 0.0165449528174 0.850082957359 0.00288797003164 0.0241532461946 0.0634871836824 0.00260473752696 0.0244535138334 0.0021394537263 0.00236727524527 0.0459851277663 0.0626442253423 0.0438175941486 0.0522206888522 0.0450654645228 0.044701081132 0.0419061959404 0.00802527976464 0.0567000399296 0.804775444172 0.129394058407 0.0117951455858 0.00983367157123 0.0155757753654 0.121642042786 0 21367604 0.57898686368 R1 T 0.00343023953458 0.994998128943 0.995402713379 0.993140971725 0.000987148582499 0.000245699049833 0.000379967730589 0.000297506449483 0.000247898641326 0.000252157424857 0.000377721339276 0.000336911897094 0.000209850388467 0.00110054454397 0.000248039040783 0.000603904864579 0.000283887702149 0.00188125912479 0.00169967582701 0.00581749830257 0.981864602133 0.00569689516897 0.841422276452 0.00365417666857 0.0113824179819 0.905520946569 0.0335208383682 0.00239292154609 0.0517760437717 0.00377187821339 0.0774612352419 0.0406301520751 0.873490588837 0.0788585374383 0.0425227367561 0.0033055180169 0.0372544811295 0.0765939409959 0.84916231132 0.0635584130069 0.0384460513214 0.0124287215356 0.0892941014819 0.0167020598098 0.030169643728 0.129319833894 0.022373027879 0.01620293974 0.020012164209 0 21367604 0.57898686368 R1 N 0.000315524379804 7.11357249039e-06 6.08397647205e-07 1.16999547539e-06 6.08397647205e-07 7.89980944986e-05 0.0 2.76118932193e-06 0.0 0.0 5.19477991075e-06 1.31039493244e-06 2.80798914094e-06 2.80798914094e-07 1.31039493244e-06 6.17757611008e-06 4.82038135862e-06 4.11838407339e-06 1.7783931226e-06 1.02023605454e-05 4.02478443535e-06 3.79078534027e-06 1.07639583736e-06 4.67998190157e-07 3.18238769307e-06 5.75637773894e-06 5.943577015e-06 2.99518841701e-06 1.96559239866e-06 1.40399457047e-07 2.33999095079e-07 2.57399004587e-06 2.33999095079e-07 5.61597828189e-07 8.42396742283e-07 9.82796199331e-07 3.60358606421e-06 0.0 3.74398552126e-07 1.63799366555e-06 1.00151612694e-05 2.94838859799e-06 3.2759873311e-06 1.40399457047e-05 1.13723560208e-05 2.0732319824e-05 1.60523379224e-05 2.46167048023e-05 2.76118932193e-05 0 21367604 0.57898686368 R2 A 0.24142009558 0.251951318454 0.251488936242 0.238297611655 0.240711078322 0.245374212289 0.253829020792 0.230847033668 0.236922679773 0.254744331653 0 21367604 0.57898686368 R2 C 0.124291286941 0.130022626776 0.119690349933 0.125078366297 0.124437770374 0.128359735607 0.130389350158 0.12086530619 0.134025742896 0.148987036637 0 21367604 0.57898686368 R2 G 0.32758314877 0.321536378155 0.337749520255 0.338660197933 0.337278807675 0.338826337291 0.321064963578 0.349564883363 0.315180541534 0.257211711711 0 21367604 0.57898686368 R2 T 0.306542605338 0.296435810023 0.291062769602 0.297931157841 0.297361089245 0.286917101234 0.293971893152 0.297758840907 0.312689901966 0.337717041181 0 21367604 0.57898686368 R2 N 0.000162863370175 5.38665916871e-05 8.42396742283e-06 3.2666273673e-05 0.000211254383037 0.000522613578949 0.000744772319816 0.000963935872267 0.00118113383232 0.00133987881842 1 8452949 0.229045167177 R1 A 0.000969129235253 0.0106219734675 0.0119781865477 0.0116595995078 0.000782093917756 0.00154111896333 0.00295683790355 0.000701057110365 0.00328583551137 0.00400511111566 0.994753546957 0.00364878576696 0.996061492859 0.992032484758 0.00436451231399 0.992984460216 0.0044073376049 0.99219195573 0.014433069453 0.00878793897846 0.00807304054479 0.101827658016 0.0257731355057 0.00564631349367 0.00775220576866 0.0610706393709 0.0694066650585 0.889702398536 0.916893500718 0.886012088799 0.926304654151 0.0699624474252 0.0752342170762 0.8648695266 0.069230040309 0.0916678901056 0.064666189279 0.0404863438783 0.0880011224485 0.876620100275 0.903187988003 0.917026235459 0.861645917892 0.0518206131375 0.0555835602463 0.0680474944306 0.936440525076 0.949650234492 0.867692565044 1 8452949 0.229045167177 R1 C 0.0034912076247 0.000267007407711 0.000433339891202 0.000580034257867 0.00406532678714 0.996926753018 0.993885092646 0.00366097086354 0.99547021992 0.995092718529 0.000961676215011 0.000904654695066 0.00234024835593 0.00402569564776 0.994879183584 0.00459945990447 0.994671090527 0.00138365912299 0.00187969902575 0.0915810565047 0.0073180377641 0.00284066542931 0.00676320181276 0.975854225549 0.0591459856199 0.00435492985939 0.0303212523819 0.10417642411 0.0223320878903 0.0615346194565 0.0111028707259 0.879516130998 0.0429784918849 0.0693216059863 0.866151800987 0.85852984562 0.874824987114 0.862397608219 0.0186847217462 0.0363631674579 0.034737344328 0.0619085717896 0.0215711700142 0.107971904243 0.813229323873 0.821667799013 0.0294307939158 0.0171622944844 0.0193027309167 1 8452949 0.229045167177 R1 G 0.984166709157 0.00645703647331 0.00134142534162 0.00284374127893 0.992734961491 0.00117982493447 0.00277784711584 0.994562725979 0.00100840546891 0.000597897846065 0.00327897400067 0.994376400473 0.00118881587952 0.000655629177462 0.000501718394373 0.00078599788074 0.000635162947274 0.00401173602254 0.981105174064 0.893173494836 0.00686281201981 0.888426275848 0.092115189622 0.0148735074588 0.922636230267 0.0170239995533 0.873990485451 0.0032463226739 0.0188094119579 0.0472631504106 0.00289295487291 0.0187632742135 0.00376850729846 0.00275489654557 0.0332146804624 0.0467572914494 0.0321842708385 0.0385275008757 0.0359313654915 0.0342385834813 0.0314784816518 0.00790339560785 0.0459269303529 0.822463852556 0.1012192313 0.0119708518293 0.0105396353391 0.0144559017214 0.0920903462212 1 8452949 0.229045167177 R1 T 0.0109118131436 0.982642625668 0.9862458652 0.984914732125 0.0024169079927 0.00024843400806 0.000380222334241 0.00107146038619 0.000235539100023 0.00030427250892 0.00099385433415 0.00106873944229 0.000404474225504 0.00328607211519 0.000253166084404 0.00161706878866 0.00027635325849 0.00240815365147 0.00257827179603 0.00643739835648 0.977740194576 0.00689889410193 0.875347171739 0.00362548029096 0.0104601364565 0.917542031781 0.0262690571066 0.00286917618928 0.0419619235843 0.0051900230322 0.0596994019484 0.0317545983065 0.878018192231 0.0630527878495 0.0314000474864 0.00304260678729 0.0283184010693 0.0585885470266 0.857381843899 0.052773889917 0.0305813982789 0.0131567101612 0.0708504215511 0.0177166572281 0.0299456438221 0.0982725673608 0.0235666866084 0.0186908734455 0.0208664455446 1 8452949 0.229045167177 R1 N 0.000461140839724 1.13569832256e-05 1.183019086e-06 1.8928305376e-06 7.09811451601e-07 0.000103869075751 0.0 3.78566107521e-06 0.0 0.0 1.19484927686e-05 1.4196229032e-06 4.96868016121e-06 1.183019086e-07 1.4196229032e-06 1.3013209946e-05 1.0055662231e-05 4.49547252681e-06 3.78566107521e-06 2.0111324462e-05 5.91509543001e-06 6.50660497301e-06 1.3013209946e-06 4.73207634401e-07 5.44188779561e-06 8.39943551061e-06 1.25400023116e-05 5.67849161281e-06 3.0758496236e-06 1.183019086e-07 1.183019086e-07 3.54905725801e-06 5.91509543001e-07 1.183019086e-06 3.43075534941e-06 2.366038172e-06 6.15169924721e-06 0.0 9.46415268801e-07 4.25886870961e-06 1.4787738575e-05 5.08698206981e-06 5.56018970421e-06 2.69728351608e-05 2.22407588168e-05 4.12873661015e-05 2.23590607254e-05 4.06958565585e-05 4.79122729831e-05 1 8452949 0.229045167177 R2 A 0.235326866399 0.247609088852 0.242870860808 0.229602473646 0.230316307362 0.232000453333 0.237028166147 0.216919444326 0.217855567329 0.220939816388 1 8452949 0.229045167177 R2 C 0.121951049273 0.126635923155 0.118379869558 0.123942780206 0.125067713055 0.126400502357 0.128295935537 0.119310077465 0.126748783176 0.13713190509 1 8452949 0.229045167177 R2 G 0.332688982271 0.329290168437 0.343743822422 0.346120507766 0.344547092382 0.348914325639 0.333953156466 0.365181429582 0.339595447695 0.280108161069 1 8452949 0.229045167177 R2 T 0.309655837271 0.296322265756 0.294973032488 0.300283013656 0.299730070535 0.291869736822 0.299545756162 0.297067804384 0.313942152023 0.359700028948 1 8452949 0.229045167177 R2 N 0.000377264786526 0.000142553799863 3.24147229564e-05 5.12247264239e-05 0.000338816666231 0.000814981848347 0.00117698568866 0.00152124424269 0.00185804977647 0.00212008850402 2 3102068 0.084055124863 R1 A 0.0022056254086 0.0219737284934 0.025355021231 0.0259816999498 0.00156992045307 0.00475714910182 0.00858491819006 0.00143162561233 0.00980152594979 0.00709462203923 0.992391849566 0.00401119511242 0.992003399023 0.985965169042 0.00692570246687 0.988219794021 0.00694085364989 0.989288435972 0.0203780187926 0.0160086755029 0.022121694302 0.105848098752 0.0398498678946 0.0189837875894 0.0187094544671 0.0769728452116 0.0816552054952 0.891298643357 0.913117313998 0.882944216568 0.919091393225 0.092380953609 0.100711847709 0.860112995589 0.0931881570617 0.11593814191 0.0860219698601 0.0643557781454 0.109836728273 0.870688521335 0.896368809452 0.90164303297 0.845859278391 0.0582604894541 0.0701309577998 0.0877050406374 0.921249953257 0.932366086108 0.852995163227 2 3102068 0.084055124863 R1 C 0.0082328949591 0.000374911188278 0.000429068608425 0.000605402589498 0.00712782569563 0.992508223546 0.987717226057 0.00562495728656 0.988028953588 0.991362858583 0.00182555637078 0.00291096133289 0.00537125556242 0.00613171600365 0.991465693209 0.00667264547392 0.991704888481 0.00264565444729 0.00359373166546 0.0900151124991 0.00804850183813 0.00536319642252 0.00621069557469 0.963815106568 0.0559046416777 0.00563172696408 0.0303500761428 0.100473297168 0.0241467949768 0.0632320116774 0.0148513830129 0.858381247606 0.0412341057643 0.0728933085928 0.84391734804 0.833599714771 0.853850721519 0.842668181355 0.0210862560073 0.0385330044345 0.0390549143346 0.0685610373467 0.0326308127352 0.113850179944 0.793830760641 0.798801960499 0.0344318693207 0.0215527190249 0.0253540541342 2 3102068 0.084055124863 R1 G 0.966390485315 0.0188161574795 0.00450634866805 0.00390126844415 0.985505798068 0.0023213546576 0.00333164843582 0.989383856189 0.00188422690927 0.00105961571442 0.00341707531879 0.989593716192 0.0015170524953 0.00112892431758 0.00116825292031 0.00145386883847 0.00102447786444 0.00413917425408 0.970866531617 0.886267483498 0.00826706571229 0.879217025546 0.0876747382714 0.0137756490187 0.91410536455 0.0191117667311 0.858418964381 0.00378005898001 0.0184995944641 0.0453952008789 0.00411918758712 0.0202136123386 0.00821967796966 0.00458661770148 0.0333467867242 0.0456479355062 0.0330228093001 0.0396010016544 0.039995577144 0.0326272667137 0.029918106244 0.010211574988 0.0463049165911 0.798400292966 0.101344651375 0.0171250275623 0.0140648109584 0.0165080198113 0.0900460595964 2 3102068 0.084055124863 R1 T 0.0226993734502 0.958812637247 0.969703758912 0.969500346221 0.00579516632131 0.000301411832365 0.000366207317183 0.00355569252512 0.000285293552559 0.000482903662976 0.00235326885162 0.00348316026599 0.00110539162907 0.00677128934633 0.000436805382732 0.0036401523113 0.000321076133728 0.00392061037991 0.00515849426898 0.00769228785442 0.961557580298 0.00956394250545 0.866262119335 0.00341997660915 0.0112760261864 0.89827366776 0.0295577015075 0.00443865189287 0.0442295268834 0.00842728141356 0.0619370690778 0.0290100023597 0.849823408126 0.0624048215577 0.0295431950557 0.00481291834995 0.0270964401812 0.0533750388451 0.829078537285 0.0581476614955 0.034639150399 0.0195766179207 0.0751991897018 0.0294609918287 0.0346729987866 0.0963341229141 0.0302295114098 0.0295409384965 0.0315495985259 2 3102068 0.084055124863 R1 N 0.000471620867112 2.25655917278e-05 5.80258073002e-06 1.12827958639e-05 1.28946238445e-06 0.000111860861851 0.0 3.86838715334e-06 0.0 0.0 1.22498926523e-05 9.67096788336e-07 2.90129036501e-06 2.90129036501e-06 3.54602155723e-06 1.35393550367e-05 8.70387109502e-06 6.12494632613e-06 3.22365596112e-06 1.64406454017e-05 5.15784953779e-06 7.73677430669e-06 2.5789247689e-06 5.4802151339e-06 4.51311834557e-06 9.99333347947e-06 1.80524733823e-05 9.34860228725e-06 6.76967751835e-06 1.28946238445e-06 9.67096788336e-07 1.41840862289e-05 1.09604302678e-05 2.25655917278e-06 4.51311834557e-06 1.28946238445e-06 8.0591399028e-06 0.0 2.90129036501e-06 3.54602155723e-06 1.90195701706e-05 7.73677430669e-06 5.80258073002e-06 2.80458068617e-05 2.06313981512e-05 3.38483875918e-05 2.38550541123e-05 3.22365596112e-05 5.51245169352e-05 2 3102068 0.084055124863 R2 A 0.241573040952 0.250706303021 0.246706068339 0.227562065048 0.233184765776 0.228384419684 0.241250030625 0.21916444127 0.223664987357 0.230176450033 2 3102068 0.084055124863 R2 C 0.117178604724 0.123023415347 0.115922990727 0.119447736155 0.120815855745 0.122572748244 0.130423317606 0.115691854595 0.121774248663 0.136821952323 2 3102068 0.084055124863 R2 G 0.340854230146 0.337852039349 0.346194538611 0.358249722443 0.353225332262 0.362729314767 0.340555719604 0.372238132755 0.340545403905 0.282142106492 2 3102068 0.084055124863 R2 T 0.299523092337 0.288074600557 0.29109387673 0.294692443879 0.292408161265 0.285356091485 0.286388628489 0.291079047913 0.31175686671 0.348241560146 2 3102068 0.084055124863 R2 N 0.000871031840695 0.000343641725455 8.25255926047e-05 4.80324738207e-05 0.000365884951587 0.000957425820453 0.00138230367613 0.00182652346757 0.00225849336636 0.00261793100603 3 3982541 0.107912844279 R1 A 0.00396555867221 0.0181286269244 0.0233413792852 0.245231122542 0.0046234301166 0.00608957949209 0.0102630456284 0.00438815319164 0.00996574799858 0.0123556794519 0.766215338398 0.00940228863934 0.767823859189 0.765176554366 0.0171169612566 0.763015120246 0.0102078045148 0.770854085369 0.0364546152821 0.031356362684 0.258921125985 0.339893048182 0.27451619456 0.257655853386 0.25724179613 0.309838115916 0.296210384275 0.873055167543 0.874250133269 0.802457526489 0.749959134131 0.104872994402 0.102700009868 0.644925940499 0.086691637324 0.103995413983 0.0771745978259 0.059754814828 0.0944941935312 0.644958834071 0.667841963209 0.676921844621 0.625684958422 0.045808442399 0.0599609646203 0.0757634384681 0.701127496239 0.710943088847 0.631618105124 3 3982541 0.107912844279 R1 C 0.232488002007 0.00165321587399 0.00084142259929 0.00126728136634 0.00849482779964 0.765084904336 0.984707250974 0.229757584417 0.762386124838 0.76216038956 0.225283054211 0.00509423506249 0.00617269225854 0.224829072695 0.763370672141 0.0068333257586 0.984677370553 0.00332601723372 0.00548544258553 0.0917281203131 0.00859802824378 0.00739151210245 0.0063748245153 0.724223052569 0.0547017595048 0.0053568814483 0.0332641898727 0.0968735789537 0.0250493340809 0.0638687712192 0.0194210178878 0.641360126613 0.0414762836089 0.0692851624126 0.63010700957 0.622078969181 0.638350239207 0.627166173556 0.0265330601744 0.0426112373984 0.044137649807 0.0710822562781 0.0334911806307 0.107895185511 0.588566947584 0.589407616896 0.0311630187862 0.0206385822519 0.0242335232707 3 3982541 0.107912844279 R1 G 0.746536444948 0.23865667673 0.00595574533947 0.00453077570325 0.756995345434 0.22673840646 0.00429951631383 0.760923239711 0.225509291681 0.00250694217586 0.00530691335004 0.762070999395 0.00297598944995 0.00512060013946 0.00435325085165 0.223353130577 0.00371320722122 0.00816589207745 0.73068224533 0.865605150079 0.00855885727228 0.641195658752 0.083203160997 0.0131865560204 0.676072638047 0.0181439437786 0.636352770756 0.00831981390775 0.0271615533902 0.0772614770319 0.130616357747 0.195973625884 0.213171188947 0.215663065365 0.247266506484 0.262363651749 0.248982245255 0.26053065116 0.259561420711 0.257481341686 0.2527624951 0.2318527292 0.269503565688 0.811463585686 0.320812014239 0.242346029834 0.236531902622 0.23969872501 0.307305310856 3 3982541 0.107912844279 R1 T 0.0166634819328 0.741549678961 0.969859695104 0.748966300661 0.229885643362 0.00199771954639 0.000730187084075 0.00492876281751 0.00213883548217 0.222976988812 0.00318691006571 0.223429965944 0.223023943759 0.00487352170386 0.215158111367 0.00678888177171 0.00139408483177 0.217646974633 0.227376190226 0.0112970588376 0.72391320014 0.0115145079486 0.635904815544 0.00493177596916 0.0119800398791 0.66664900625 0.0341611046817 0.0217464176766 0.0735357150121 0.0564112208763 0.10000248585 0.0577852180304 0.642648751137 0.0701248273401 0.0359298247024 0.0115604585113 0.0354848826415 0.0525483604563 0.619408061336 0.0549443182129 0.0352428261253 0.0201396545572 0.0713160266272 0.0348096855751 0.0306404880703 0.0924522810939 0.0311582479628 0.0286814373035 0.0368013788182 3 3982541 0.107912844279 R1 N 0.000346512440173 1.18015106436e-05 1.75767179798e-06 4.51972748052e-06 7.5328791342e-07 8.93901657259e-05 0.0 2.25986374026e-06 0.0 0.0 7.78397510534e-06 2.5109597114e-06 3.51534359596e-06 2.5109597114e-07 1.00438388456e-06 9.54164690332e-06 7.5328791342e-06 7.03068719192e-06 1.50657582684e-06 1.33080864704e-05 8.7883589899e-06 5.27301539394e-06 1.00438388456e-06 2.76205568254e-06 3.7664395671e-06 1.20526066147e-05 1.15504146724e-05 5.0219194228e-06 3.26424762482e-06 1.00438388456e-06 1.00438388456e-06 8.03507107648e-06 3.7664395671e-06 1.00438388456e-06 5.0219194228e-06 1.50657582684e-06 8.03507107648e-06 0.0 3.26424762482e-06 4.26863150938e-06 1.50657582684e-05 3.51534359596e-06 4.26863150938e-06 2.31008293449e-05 1.95854857489e-05 3.06337084791e-05 1.93343897778e-05 3.81665876133e-05 4.16819312092e-05 3 3982541 0.107912844279 R2 A 0.16093820503 0.166727473741 0.159611665015 0.149233617432 0.156211072278 0.159312358617 0.160328544012 0.149624824955 0.150111700043 0.157107484895 3 3982541 0.107912844279 R2 C 0.0743033153959 0.0759751123717 0.0705165370551 0.0732826102732 0.0712070509757 0.0735849298224 0.0770402614813 0.0699631215347 0.0772815647096 0.0856809760402 3 3982541 0.107912844279 R2 G 0.568620636925 0.570797136803 0.582419364923 0.582162995937 0.586950642818 0.585789826144 0.570478496015 0.594468205098 0.57555138792 0.534929583901 3 3982541 0.107912844279 R2 T 0.195672310718 0.186315721546 0.187419288339 0.195283111963 0.185337702738 0.180572654494 0.191061184304 0.184510090417 0.19527583018 0.220248328894 3 3982541 0.107912844279 R2 N 0.000465531930494 0.000184555538788 3.31446681905e-05 3.7664395671e-05 0.000293531190263 0.000740230922921 0.00109151418655 0.00143375799521 0.00177951714747 0.00203362627026