#NaNs Total_Count Fraction Read1/2 Base 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 0 32952247 0.753737149086 R1 A 0.000648848013308 0.000968735151809 0.000771024810539 0.000691667551533 0.00109573711316 0.00166747354133 0.0157328876541 0.995648035777 0.996028222294 0.974259115016 0.00564110241101 0.0271637925025 0.963173497698 0.00999370391949 0.0358837441344 0.987258107163 0.987825503979 0.95857092841 0.0416840162675 0.94934439524 0.0200507115645 0.0182440062433 0.0393586816705 0.0387396343563 0.0387074362486 0.0492998853766 0.419799171814 0.92388033508 0.390267923156 0.0462102022967 0.0596389982146 0.382342606257 0.0428085526307 0.0638246915301 0.393135830767 0.395207646993 0.392654467539 0.0494862763077 0.0386560588721 0.0539454259371 0.397354602252 0.384534657075 0.0464495182984 0.0363303297648 0.0374011216898 0.0432114690085 0.0500887238433 0.0752661267682 0.874733944547 0 32952247 0.753737149086 R1 C 0.994752406414 0.000536139462659 0.000352267327931 0.000287749724624 0.000329112609529 0.000264625353166 0.000394267498663 0.000371719719144 0.000517718867548 0.000460090020568 0.000782647690156 0.00244969637427 0.0277460896673 0.957213661332 0.00538904069273 0.00207190726629 0.00401162324378 0.0319820982162 0.945992575256 0.0388178080845 0.964295242142 0.938965194088 0.0179791077677 0.0306267429957 0.371751826211 0.0393166208059 0.538399733408 0.0233324301071 0.0219084300989 0.0162103664736 0.0118506637802 0.0143182041577 0.0264805310545 0.357315360012 0.0232190842706 0.0147575368684 0.0141293247772 0.0149450809834 0.0182299252612 0.0235686810675 0.0149550347811 0.0153681173851 0.0175915469437 0.0248307497816 0.0143976828045 0.0226801528891 0.0568332107974 0.857721386951 0.0431633084081 0 32952247 0.753737149086 R1 G 0.000999749728751 0.000930619389931 0.00709417479178 0.988707902074 0.014110904182 0.996124634536 0.983182573255 0.00332927220411 0.00260762187173 0.0244597583892 0.992103967902 0.968813780742 0.00735764696107 0.0302221271891 0.955763987809 0.00758379238903 0.00516234901978 0.00652935746688 0.0081417209576 0.00713359547226 0.0114161562336 0.0363390696847 0.927279374909 0.895125604029 0.0415676357366 0.542979967345 0.023360227908 0.0169390572971 0.0280275272275 0.382104443439 0.539123690108 0.0276555040389 0.0473680596046 0.550863193032 0.542859884487 0.0468479433284 0.564387430089 0.890265874737 0.383526835059 0.380206697285 0.539259553377 0.054784761719 0.560777023794 0.865685851408 0.0302193352702 0.0169801167125 0.0198096050931 0.0267197863624 0.0577048660748 0 32952247 0.753737149086 R1 T 0.00340571615647 0.997558315219 0.99177637264 0.0103114667719 0.984464215748 0.00177848266311 0.000682654509114 0.000644690481957 0.000836270740505 0.000817091471789 0.00146454352567 0.00156647891113 0.00171894195865 0.00256583412961 0.00295794699524 0.00308388681355 0.00299445436908 0.00291124304816 0.00418065572281 0.00470277489726 0.00423773832479 0.00644930222816 0.0153828053061 0.0355074420266 0.547972676947 0.368400764901 0.0184388336249 0.0358445965764 0.559793145518 0.555471133729 0.389384766386 0.575679194199 0.883341248322 0.0279952987728 0.0407837741687 0.543185841014 0.02882792788 0.0453004919513 0.559582446684 0.542277799751 0.0484289584258 0.545309853984 0.375175264983 0.0731493060246 0.917978552419 0.917122920328 0.87326454551 0.0402876623254 0.0243926006017 0 32952247 0.753737149086 R1 N 0.000193279687422 6.19077661077e-06 6.1604296666e-06 1.21387776682e-06 3.03469441705e-08 0.000164783906846 7.61708298678e-06 6.28181744328e-06 1.01662262971e-05 3.94510274216e-06 7.73847076347e-06 6.25147049911e-06 3.82371496548e-06 4.67342940225e-06 5.28036828566e-06 2.30636775695e-06 6.06938883409e-06 6.3728582758e-06 1.0317961018e-06 1.42630637601e-06 1.51734720852e-07 2.42775553364e-06 3.03469441705e-08 5.76591939239e-07 4.24857218386e-07 2.76157191951e-06 2.03324525942e-06 3.58093941211e-06 2.9740005287e-06 3.85406190965e-06 1.88151053857e-06 4.49134773723e-06 1.60838804103e-06 1.45665332018e-06 1.42630637601e-06 1.0317961018e-06 8.49714436773e-07 2.27602081278e-06 4.73412329059e-06 1.39595943184e-06 1.8511635944e-06 2.60983719866e-06 6.64598077333e-06 3.76302107714e-06 3.30781691458e-06 5.341062174e-06 3.91475579799e-06 5.0375927323e-06 5.28036828566e-06 0 32952247 0.753737149086 R2 A 0.256382212721 0.280281857562 0.272547787105 0.263690667286 0.274219691301 0.243580718486 0.276730051216 0.266483193088 0.261716689608 0.264780759867 0 32952247 0.753737149086 R2 C 0.16069920816 0.156665279912 0.14763539494 0.156391459435 0.146907128974 0.162728417276 0.156455309406 0.151338966353 0.156320083423 0.157556478622 0 32952247 0.753737149086 R2 G 0.294783630385 0.310852610446 0.308500540191 0.30138569913 0.304211545877 0.31931473444 0.307132985499 0.323169403288 0.317500138913 0.270130349533 0 32952247 0.753737149086 R2 T 0.286622153567 0.250956786043 0.270521491296 0.278108439767 0.274566010627 0.27435783059 0.259673824368 0.259004522514 0.264460023015 0.30752503767 0 32952247 0.753737149086 R2 N 0.0015127951669 0.00124346603738 0.000794786467824 0.000423734381452 9.56232210811e-05 1.82992073348e-05 7.82951159598e-06 3.91475579799e-06 3.06504136122e-06 7.37430743342e-06 1 6023746 0.137784872056 R1 A 0.00306121805269 0.00576700943234 0.00349035301289 0.000943598883485 0.00322208140914 0.00190645488704 0.0167133541155 0.994459593748 0.994653991055 0.972288174169 0.00597452150207 0.0278989187127 0.960642596816 0.0114794016879 0.0372484165169 0.984691087572 0.985033067463 0.954661600937 0.04452943401 0.944617684743 0.0245823778094 0.0252079021924 0.0534937894128 0.0522623297861 0.0553296901961 0.0616969905438 0.437890641471 0.910656923449 0.403727680417 0.0650963702653 0.0805468889292 0.396094556444 0.0600324117252 0.0854941426813 0.405787030197 0.408787820735 0.408769227653 0.0685259637442 0.0549958447783 0.0689013115759 0.412794131758 0.398762663632 0.0643747262916 0.0514014037112 0.0544357281997 0.0619712384951 0.0704569880603 0.0914940636607 0.857133086289 1 6023746 0.137784872056 R1 C 0.986818667321 0.000587674181481 0.0003931108649 0.00149126473792 0.000387466536604 0.000572401293149 0.000870388625284 0.000598796828419 0.000680473579065 0.00069840262189 0.00121967294106 0.0030315023243 0.0290319346134 0.954089697673 0.00598547813935 0.00308611950105 0.00481594011434 0.0338749343017 0.940801288766 0.040867925042 0.957118377833 0.929650752206 0.0231530346731 0.0380880933559 0.377595104442 0.0460920828999 0.511857571684 0.0285835425332 0.0291141093931 0.0211972749183 0.0153758143189 0.0178169863072 0.0313884416773 0.358060748245 0.029756068732 0.0186073582784 0.0186576592041 0.0199873965469 0.0239956996859 0.0320866782896 0.0200169462657 0.0202777474349 0.0230444643582 0.0340621931934 0.0190328410262 0.0281381386267 0.0604665269751 0.831409890125 0.051125163644 1 6023746 0.137784872056 R1 G 0.0059439757254 0.00435111307814 0.00934435150486 0.984985090673 0.0190069435199 0.994933551315 0.981199240473 0.00405661194878 0.00333812215854 0.0258525176858 0.99071624202 0.966921580027 0.00830845125276 0.0315395104641 0.95303039006 0.0086540833561 0.00642922194927 0.00805030623801 0.00994447641053 0.00882009301189 0.0135902144612 0.037805876941 0.904288793053 0.868097692034 0.0461302651207 0.519466624257 0.0284771303438 0.0208914851323 0.0322020550003 0.382622042828 0.514013871103 0.0321891062472 0.0543168652862 0.525037078257 0.518183535627 0.0499813571157 0.53877570535 0.862053114457 0.38246200952 0.380010876953 0.514399511533 0.0597910336857 0.535263273053 0.837494642038 0.0351568608637 0.0213838697714 0.0243761938169 0.0320441798177 0.0607864275818 1 6023746 0.137784872056 R1 T 0.00386370872875 0.989281586574 0.986761726009 0.0125768915223 0.977383176515 0.00235252283214 0.00120506409135 0.000864080258364 0.00130234574964 0.00115376710771 0.00207412463939 0.00214003047273 0.00201104097019 0.00287860743132 0.00372475864686 0.00356074110695 0.00371114585509 0.00340004376015 0.00472181263951 0.00569164104861 0.00470902989601 0.00732501005188 0.0190643828608 0.0415515528045 0.520943612164 0.372738159942 0.0217703402501 0.0398615745086 0.534950842881 0.531077505592 0.390056121224 0.553889556432 0.854255640925 0.0314012244208 0.0462672230868 0.52260951906 0.0337874472131 0.0494170902956 0.538523868702 0.518995820873 0.0527787858253 0.521153614379 0.377293796916 0.0770291443232 0.891359795051 0.888488824064 0.844680535999 0.0450277949967 0.030930919066 1 6023746 0.137784872056 R1 N 0.000312430172189 1.26167338397e-05 1.04586083145e-05 3.15418345993e-06 3.32019311571e-07 0.000235069672592 1.19526952166e-05 2.0917216629e-05 2.50674580236e-05 7.13841519878e-06 1.54388979881e-05 7.96846347771e-06 5.97634760828e-06 1.27827434955e-05 1.09566372819e-05 7.96846347771e-06 1.06246179703e-05 1.31147628071e-05 2.98817380414e-06 2.65615449257e-06 0.0 1.04586083145e-05 0.0 3.32019311571e-07 1.32807724628e-06 6.14235726407e-06 4.31625105043e-06 6.47437657564e-06 5.31230898514e-06 6.80639588721e-06 7.30442485457e-06 9.79456969135e-06 6.64038623142e-06 6.80639588721e-06 6.14235726407e-06 1.3944811086e-05 9.96057934714e-06 1.64349559228e-05 2.25773131868e-05 5.31230898514e-06 1.06246179703e-05 1.49408690207e-05 2.37393807773e-05 1.26167338397e-05 1.47748593649e-05 1.79290428248e-05 1.97551490385e-05 2.40714000889e-05 2.44034194005e-05 1 6023746 0.137784872056 R2 A 0.261240430788 0.264340163081 0.266187186512 0.268612587583 0.276192754475 0.244170985961 0.271081649193 0.263309741148 0.256265121405 0.265102313411 1 6023746 0.137784872056 R2 C 0.152234008539 0.157990891382 0.144231513082 0.155959929253 0.14467608694 0.167835761999 0.153947892225 0.147311158206 0.154573416608 0.159310336126 1 6023746 0.137784872056 R2 G 0.29917612728 0.321323807478 0.314262420759 0.300086690242 0.302934419878 0.325012708039 0.310265240267 0.33391065958 0.317344556029 0.264526425915 1 6023746 0.137784872056 R2 T 0.284445758503 0.253958915266 0.273773495762 0.274564365762 0.27599769313 0.262929911055 0.264673842489 0.255439057357 0.27180677937 0.311004481265 1 6023746 0.137784872056 R2 N 0.00290367488935 0.00238622279226 0.00154538388571 0.000776427160109 0.000199045577287 5.06329450146e-05 3.13758249435e-05 2.93837090741e-05 1.01265890029e-05 5.64432829671e-05 2 1907463 0.0436305822667 R1 A 0.00638806624296 0.0119284096205 0.00736685324958 0.0012372454931 0.00639330880861 0.00206871640498 0.0152312259792 0.993988349971 0.993892935276 0.974076037124 0.00572226040558 0.0250447846171 0.963198761916 0.0127147944678 0.0337563559555 0.984797608132 0.985153054083 0.95780154058 0.0430351728972 0.948786948947 0.0271706449876 0.0304236569726 0.054266845543 0.0555229642724 0.0783747836786 0.0653082130558 0.446830161319 0.916310303267 0.401671225077 0.073734588823 0.0866769106399 0.398699214611 0.0723872494512 0.0929464948992 0.400080106403 0.4038531809 0.397893432271 0.0766678043034 0.0693481341447 0.0808220133235 0.403684370287 0.389738621404 0.0733712790235 0.0602134877583 0.066332086127 0.0745765448661 0.0834244229115 0.105490381727 0.872683768964 2 1907463 0.0436305822667 R1 C 0.97788895512 0.000520062512353 0.000376940470143 0.0036697959541 0.000374843443883 0.00131745674752 0.00180344258316 0.000945758843029 0.000843528812879 0.0010700076489 0.00201157243941 0.00373690079441 0.0268262084245 0.956523927332 0.00620929475434 0.00398959245867 0.00487244051392 0.030988281293 0.943241363004 0.0375236636307 0.955682495545 0.929338078904 0.0233241745711 0.0353427563208 0.357707593804 0.0412626614514 0.504444909285 0.0261514902255 0.0265210911037 0.0225608570127 0.0150671336744 0.0152826031226 0.0269614666182 0.352730826234 0.0285908560218 0.0169922037806 0.0204386664381 0.019735114128 0.0231396362603 0.0298260044887 0.0207647540214 0.0191180641512 0.0220539009145 0.0336279130971 0.0187573756345 0.0243695421615 0.0526248739818 0.830846522318 0.0446902508725 2 1907463 0.0436305822667 R1 G 0.012029066881 0.00939887169502 0.0112515943953 0.981316544541 0.0222122263971 0.993204586406 0.980570527449 0.00396337963043 0.00334161134449 0.0232523514218 0.989192975172 0.968126249369 0.00776528823888 0.0280225619055 0.955586556594 0.00790159494575 0.00608976425755 0.00780932579033 0.00942665729296 0.00833463086833 0.0128301309121 0.0337678896 0.903122105121 0.864694623172 0.0508324407865 0.526749929094 0.0266474369359 0.0203180874282 0.0305583909098 0.360688516632 0.520666980172 0.0312121388462 0.0490001640923 0.524931283071 0.52352889676 0.0485257119011 0.543742132875 0.857951635235 0.360169502633 0.355906772504 0.522436346079 0.054165664026 0.53959788473 0.834427718913 0.0306737273541 0.0205791671975 0.0229194485031 0.0278888764815 0.0542815247268 2 1907463 0.0436305822667 R1 T 0.00338197909999 0.978140598271 0.980994126754 0.0137732684723 0.97101962135 0.00320373186793 0.00238274608734 0.00109045365493 0.00190514835674 0.00159793400973 0.00305851279946 0.00308420137114 0.00220345034216 0.0027250856242 0.00443521053882 0.00329547676678 0.00387687729723 0.00338827017877 0.00429628254912 0.00535213527078 0.00431568004202 0.00644783149136 0.0192868747651 0.0444380834648 0.513083608961 0.366670808294 0.0220670073286 0.0372143522574 0.541239332034 0.543000834092 0.377576917613 0.554785073157 0.851625955523 0.029379862152 0.0477817918355 0.530606360385 0.0379053224099 0.0456082241176 0.547295543872 0.533420045369 0.053087268272 0.536941476715 0.364940237373 0.071677930319 0.884198015899 0.880422844375 0.84099665367 0.0357013478112 0.0282794476223 2 1907463 0.0436305822667 R1 N 0.000311932656099 1.20579009921e-05 1.04851312974e-05 3.14553938923e-06 0.0 0.00020550857343 1.20579009921e-05 1.20579009921e-05 1.67762100759e-05 3.6697959541e-06 1.46791838164e-05 7.86384847308e-06 6.29107877846e-06 1.36306706867e-05 1.25821575569e-05 1.57276969462e-05 7.86384847308e-06 1.25821575569e-05 5.24256564872e-07 2.62128282436e-06 1.04851312974e-06 2.25430322895e-05 0.0 1.57276969462e-06 1.57276969462e-06 8.38810503795e-06 1.04851312974e-05 5.76682221359e-06 9.96087473256e-06 1.52034403813e-05 1.20579009921e-05 2.09702625949e-05 2.51643151138e-05 1.15336444272e-05 1.83489797705e-05 2.25430322895e-05 2.044600603e-05 3.72222161059e-05 4.71830908385e-05 2.51643151138e-05 2.72613413733e-05 3.61737029762e-05 3.6697959541e-05 5.2949913052e-05 3.87949858005e-05 5.19013999223e-05 3.46009332815e-05 7.28716625172e-05 6.50078140441e-05 2 1907463 0.0436305822667 R2 A 0.258284957559 0.279140932223 0.292825077079 0.265962694951 0.267670198583 0.26911137988 0.278508678805 0.288930375058 0.268193406635 0.276500251905 2 1907463 0.0436305822667 R2 C 0.142080344416 0.156370005604 0.145491681883 0.151227048703 0.132988687068 0.142546408502 0.141516244352 0.141350055021 0.156870670624 0.144910805609 2 1907463 0.0436305822667 R2 G 0.303064332047 0.283349139669 0.321077787616 0.324607607068 0.312814979897 0.313599791975 0.327849609665 0.334920782212 0.304618228506 0.239193106236 2 1907463 0.0436305822667 R2 T 0.29312862163 0.278284821252 0.238712362966 0.257275239415 0.286240414624 0.27462393766 0.252021140122 0.23472381902 0.270287811612 0.339316673508 2 1907463 0.0436305822667 R2 N 0.00344174434838 0.00285510125229 0.00189309045575 0.000927409863258 0.000285719827855 0.000118481983661 0.000104327056409 7.49686887767e-05 2.98826241977e-05 7.91627412956e-05 3 2835030 0.064847396591 R1 A 0.00372659195846 0.00586836823596 0.00400842319129 0.0017407223204 0.003684617094 0.00203525183155 0.0132802827483 0.994132689954 0.994287185674 0.976759681555 0.00510999883599 0.0218847772334 0.967842315602 0.010212590343 0.0290709445755 0.986879151191 0.987486552171 0.963921016709 0.0362803920946 0.955404704712 0.0215331054698 0.0221644920865 0.0410683484831 0.0417752193098 0.0846996328081 0.0516798764034 0.455459025125 0.929853652342 0.399401769999 0.0578579415385 0.0696567584823 0.397463518905 0.056490054779 0.0712532142517 0.393215592075 0.403671213356 0.389590939073 0.0566731216248 0.0512096873754 0.0605877186485 0.399287485494 0.386343001661 0.0563507264473 0.0454062214509 0.0501691340127 0.0618459063925 0.0659731995781 0.0926850862248 0.886272102941 3 2835030 0.064847396591 R1 C 0.986926417004 0.000461370779145 0.000323100637383 0.00223666063498 0.000358020902777 0.000925210667965 0.00202784450253 0.00146488749678 0.000832795420154 0.00104408066229 0.00213683805815 0.00316116584304 0.0231708306438 0.963309382969 0.00557877694416 0.00309379442193 0.00469201384112 0.0269256409985 0.952298917472 0.0326783138097 0.964936526245 0.942478915567 0.0204816174785 0.0307323026564 0.349425932001 0.0343749448859 0.505225341531 0.0215627347859 0.0206428150672 0.0195098464567 0.0136263108327 0.013327901292 0.0228367953778 0.371481077802 0.0245969178457 0.0141345946956 0.0185183225574 0.0181017484824 0.0195835670169 0.0246424200097 0.0199578134976 0.0148919059058 0.0174791801145 0.0279104630286 0.0189243147339 0.0180922247736 0.0431120658335 0.855314053114 0.0368920258339 3 2835030 0.064847396591 R1 G 0.00631245524739 0.00637030295976 0.00868103688497 0.985437896601 0.0164128774651 0.994285069294 0.982950797699 0.00348320829056 0.00350155024815 0.0203779148722 0.990349308473 0.971961143268 0.00662003576682 0.024427960198 0.961281538467 0.00744859842753 0.00483804404186 0.00589411752257 0.00734277944149 0.00749833335097 0.0101600335799 0.0301393636046 0.922133451851 0.89045054197 0.0553962391932 0.538658144711 0.021645273595 0.0165218710208 0.0257884396285 0.35944275722 0.529210272907 0.0245253136651 0.039939612632 0.53335696624 0.531028243087 0.0370387614946 0.55473592872 0.884901041612 0.367843021062 0.365450806517 0.530461053322 0.0479688045629 0.544712048902 0.862500573186 0.0251884459776 0.0183119755347 0.0258254762736 0.0233785885864 0.0535324141191 3 2835030 0.064847396591 R1 T 0.00278974120203 0.987292550696 0.986980384687 0.0105826040642 0.979544484538 0.00257457593041 0.00173260953147 0.000911806929733 0.00136400673009 0.00181303196086 0.00239186181451 0.00298691724603 0.00236152703851 0.00204336462048 0.00406239087417 0.00257422320046 0.00297598261747 0.00324687922174 0.00407791099212 0.00441688447741 0.00337033470545 0.00521334871236 0.0163165821878 0.0370415833342 0.510476785078 0.37528280124 0.0176668324497 0.0320560981718 0.554164506196 0.563183458376 0.387502777748 0.564675858809 0.880721544393 0.0239062725968 0.0511479596336 0.545134619387 0.0371498714299 0.0403166809522 0.561347851698 0.549310236576 0.0502865930872 0.550780767752 0.381443935338 0.0641703967859 0.905706817917 0.901735078641 0.865069858167 0.0285880572692 0.0232794714694 3 2835030 0.064847396591 R1 N 0.000244794587712 7.40732902297e-06 7.0545990695e-06 2.11637972085e-06 0.0 0.000179892276272 8.4655188834e-06 7.40732902297e-06 1.44619280925e-05 5.29094930212e-06 1.19928184181e-05 5.99640920907e-06 5.29094930212e-06 6.70186911602e-06 6.34913916255e-06 4.2327594417e-06 7.40732902297e-06 1.23455483716e-05 0.0 1.76364976737e-06 0.0 3.88002948822e-06 0.0 3.52729953475e-07 1.4109198139e-06 4.2327594417e-06 3.52729953475e-06 5.6436792556e-06 2.46910967432e-06 5.99640920907e-06 3.88002948822e-06 7.40732902297e-06 1.19928184181e-05 2.46910967432e-06 1.12873585112e-05 2.0811067255e-05 4.93821934865e-06 7.40732902297e-06 1.58728479064e-05 8.81824883687e-06 7.0545990695e-06 1.55201179529e-05 1.4109198139e-05 1.23455483716e-05 1.12873585112e-05 1.48146580459e-05 1.94001474411e-05 3.42148054871e-05 2.39856368363e-05 3 2835030 0.064847396591 R2 A 0.23039932558 0.272213697915 0.250749022056 0.219111967069 0.242482442867 0.226768676169 0.258131307252 0.229833546735 0.258623718268 0.258497088214 3 2835030 0.064847396591 R2 C 0.142095145378 0.148716239334 0.143191077343 0.144646088401 0.140545955422 0.161188770489 0.134003520245 0.143485606854 0.137935048306 0.141073639432 3 2835030 0.064847396591 R2 G 0.364018370176 0.325637118478 0.388842093382 0.361508343827 0.345164954163 0.319358878037 0.340063420846 0.365224706617 0.346968462415 0.3009879966 3 2835030 0.064847396591 R2 T 0.261091064292 0.251486933119 0.215976197783 0.274115265094 0.271622169783 0.292619478453 0.267764362282 0.261426863208 0.256458309083 0.299409530058 3 2835030 0.064847396591 R2 N 0.00239609457396 0.00194601115332 0.00124160943623 0.000618335608442 0.000184477765667 6.41968515324e-05 3.73893750683e-05 2.92765861384e-05 1.44619280925e-05 3.17456958127e-05