#NaNs Total_Count Fraction Read1/2 Base 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 0 12848098 0.623225629823 R1 A 0.0014698673687 0.00687564805312 0.0040136680153 0.000579307536415 0.00328546684498 0.00067107209176 0.00258193858733 0.998519547407 0.997488188524 0.993808499904 0.00299639682076 0.00593449707498 0.9750444774 0.0404245826892 0.0598613117677 0.895598243413 0.86714243618 0.827331251676 0.170692191171 0.737131285891 0.364336262068 0.356619400008 0.338338017036 0.314620109529 0.351920338715 0.339704289304 0.495881802894 0.610818348366 0.501982472425 0.394195156357 0.343302253765 0.473676804146 0.333307778319 0.395320614771 0.402400728886 0.463485412393 0.454659592416 0.328769519037 0.284784098004 0.294729305458 0.370957553406 0.36201436197 0.333212355634 0.355368631217 0.290304915171 0.266532135729 0.282733989109 0.254646174087 0.566318921291 0 12848098 0.623225629823 R1 C 0.997393466333 0.000515095697433 0.000327207964945 0.000836466222471 0.000326196142028 0.000275138000971 0.000471509479458 0.000154497576217 0.000441466122067 0.000638771590939 0.00089055983228 0.00142955011707 0.00697846482802 0.906299126921 0.0134401994754 0.0171204329232 0.0223712490362 0.0299958017132 0.64822489679 0.0460050195757 0.393722401557 0.315720895031 0.0750237116809 0.0723108587746 0.179748706774 0.0649943672597 0.231036220303 0.0828057974029 0.0894540187972 0.0670273529981 0.0774443034292 0.0745881608313 0.0744846435636 0.188415047893 0.0933868966442 0.093876307606 0.0885987171019 0.0875302321013 0.0983328427289 0.112489646327 0.0946296486842 0.0966481575716 0.124896151944 0.104998031615 0.110231179743 0.117008136146 0.108833307467 0.349023956698 0.110186036875 0 12848098 0.623225629823 R1 G 0.000609740056466 0.000799262272128 0.00132603284938 0.996035833475 0.00372786695743 0.998054653693 0.996458074962 0.00103322686362 0.00116297369463 0.00468964355658 0.994897532693 0.991092767194 0.0137631266511 0.0413275178941 0.90421780718 0.0627270277671 0.0803996825055 0.106082083122 0.122143215284 0.141159648689 0.179091878035 0.174674881839 0.444537627281 0.425367708123 0.210451072213 0.396589362877 0.16844026252 0.201913154772 0.147987974562 0.255731704413 0.349413819851 0.166486510299 0.163806113559 0.291856195368 0.36520837559 0.169886157469 0.307075880025 0.450268670118 0.256746718464 0.230752676388 0.333874087822 0.224170301316 0.303672808224 0.3964867796 0.208522926895 0.167759539194 0.205233957587 0.245713567876 0.153805255844 0 12848098 0.623225629823 R1 T 0.000526926242312 0.991809993977 0.99433309117 0.002548392766 0.992660470056 0.000876549976502 0.00048458534485 0.000292728153225 0.000903013037416 0.000862617953257 0.00121340917543 0.00153610285351 0.00421112914923 0.0119440247109 0.022468928864 0.0245497037772 0.0300860874505 0.0365848703831 0.0589395410901 0.075664117755 0.0628475903593 0.152982799477 0.142098153361 0.187698288105 0.25787715816 0.198703730311 0.104632218714 0.104457017685 0.260572498747 0.283039326132 0.229833552017 0.285232646887 0.428394615296 0.124405417829 0.13899753878 0.272750098886 0.149663631146 0.133424573816 0.360131437354 0.362020899903 0.20053295048 0.317164999831 0.238217438877 0.143146479736 0.390940277697 0.448699488438 0.40319820101 0.150616223506 0.169685738698 0 12848098 0.623225629823 R1 N 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.000122586238056 3.89162660497e-06 0.0 4.35862179756e-06 4.66995192596e-07 2.10147836668e-06 7.08276042104e-06 2.80197115557e-06 4.74778445806e-06 1.1752712347e-05 4.59211939386e-06 5.44827724695e-07 5.99310497165e-06 1.55665064199e-07 3.99280889669e-05 1.86798077038e-06 2.02364583458e-06 2.49064102718e-06 3.03546875187e-06 2.72413862348e-06 8.25024840253e-06 9.49556891612e-06 5.68177484325e-06 3.03546875187e-06 6.46010016424e-06 6.07093750375e-06 1.58778365483e-05 6.84926282474e-06 2.72413862348e-06 6.46010016424e-06 2.02364583458e-06 2.17931089878e-06 7.00492788894e-06 4.90344952226e-06 7.47192308153e-06 5.75960737535e-06 2.17931089878e-06 1.24532051359e-06 7.78325320993e-08 7.00492788894e-07 7.00492788894e-07 5.44827724695e-07 7.78325320993e-08 4.04729166916e-06 0 12848098 0.623225629823 R2 A 0.239009151393 0.250541208512 0.241836340289 0.227905251034 0.227278309988 0.224425747687 0.237082718391 0.233036827708 0.227397549427 0.243110303175 0 12848098 0.623225629823 R2 C 0.124438496655 0.144830308735 0.141035661465 0.145012981688 0.14704791324 0.149709007512 0.149645885329 0.135154401842 0.139649853231 0.146726931877 0 12848098 0.623225629823 R2 G 0.332691967325 0.316092701036 0.319298545201 0.325644465041 0.324829091434 0.321413021601 0.318833106659 0.33909493841 0.337788986354 0.272182855392 0 12848098 0.623225629823 R2 T 0.301725126941 0.286705316227 0.296294906841 0.300229107841 0.299946186587 0.303702073256 0.293887157461 0.292285286118 0.294802935034 0.337711231655 0 12848098 0.623225629823 R2 N 0.00213525768561 0.00183046548991 0.00153454620287 0.00120819439578 0.000898498750554 0.000750149944373 0.000551132159795 0.000428545921739 0.000360675953748 0.000268677900807 1 4642003 0.225170701789 R1 A 0.00613355915539 0.0237048532713 0.0143043854129 0.000886901624148 0.0115109792045 0.00114734953855 0.00288086845269 0.997855667047 0.99618892965 0.992662434729 0.00320400482292 0.00613786764033 0.972586402895 0.0424866162301 0.0609303785456 0.892008040495 0.86279263499 0.821866121155 0.178272827484 0.730491988049 0.372743404087 0.372938147606 0.350167804717 0.328886043374 0.366214326014 0.354686543718 0.502676538555 0.607804217274 0.509921902248 0.40710184806 0.358723378679 0.482941738728 0.34743127051 0.407796375832 0.41096462023 0.471350406279 0.463312281358 0.341641097604 0.300170637546 0.311070889011 0.381247922502 0.372376536594 0.346764532466 0.365750086762 0.304365163056 0.283439282568 0.29704914021 0.269090304336 0.562758360992 1 4642003 0.225170701789 R1 C 0.991340806975 0.000565273223649 0.000360404764926 0.00358616743677 0.000377854128918 0.00101701786923 0.0016316232454 0.00041835388732 0.000526281434975 0.000993105777829 0.00165596618529 0.00232033456247 0.00859822796323 0.903302302907 0.0142335108357 0.0186828832295 0.0233405708699 0.0320262610774 0.638048704406 0.0480917397081 0.379591956317 0.299668699051 0.0773090840312 0.0742957296667 0.176756456211 0.0664316675366 0.219877712272 0.0839107600749 0.0907993812154 0.0689359744059 0.079895898387 0.0769157193565 0.0766180030474 0.185108669684 0.0950637041811 0.0958879173495 0.0912845166192 0.0902862406595 0.100888775815 0.114876272161 0.0973879163801 0.0988836069257 0.126093628117 0.107374984463 0.111845899281 0.118570797994 0.110242281188 0.334678155098 0.111901047888 1 4642003 0.225170701789 R1 G 0.00193666397889 0.00392739944373 0.00247220865648 0.990440979896 0.00957086843761 0.995594789577 0.993679452598 0.00121714699452 0.00132873675437 0.00486858797808 0.992733955579 0.988575836767 0.0143196805345 0.042188899921 0.901013420284 0.0643248184027 0.0821526827966 0.108480110849 0.124805391121 0.144665998708 0.183824310325 0.175525091216 0.430371328928 0.41109042799 0.211366515705 0.383096693389 0.172186446239 0.202236189852 0.150895206229 0.252575881575 0.337629251855 0.167203037137 0.16630687227 0.281329848343 0.353305458872 0.171912642021 0.296331131195 0.432956635315 0.254555414979 0.227669176431 0.322132277812 0.224610152126 0.294237207516 0.382530558468 0.210066214951 0.168695927168 0.20593760926 0.245081056604 0.155672023478 1 4642003 0.225170701789 R1 T 0.000588969890799 0.971802474061 0.982863001166 0.00508595104312 0.978540298229 0.00210749540662 0.00180137755189 0.000508832070983 0.00195131282767 0.00147436354522 0.00240521171572 0.00295195845414 0.00448965672793 0.0120118405783 0.0238022250309 0.02497801057 0.0317115262528 0.0376139351913 0.0588687685036 0.0767037418976 0.063834512817 0.151865046188 0.142146827566 0.185723490485 0.245658178161 0.195757521053 0.10524336154 0.10603418395 0.248376185884 0.271372293383 0.223741346139 0.272916885233 0.409628774475 0.125760151383 0.14064962905 0.260846233835 0.149066900646 0.135095345695 0.344373754175 0.346372029488 0.199214433942 0.304116994323 0.232899892568 0.144341785216 0.373718845076 0.429291838028 0.386768599676 0.151149622264 0.169662320339 1 4642003 0.225170701789 R1 N 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.00013334760878 6.67815165135e-06 0.0 4.73933342999e-06 1.50796972772e-06 8.6169698727e-07 1.40025760431e-05 6.03187891089e-06 1.03403638472e-05 2.04653034477e-05 6.24730315771e-06 2.58509096181e-06 1.35717275495e-05 4.30848493635e-06 4.65316373126e-05 5.81645466407e-06 3.01593945545e-06 4.9547576768e-06 4.30848493635e-06 4.52390918317e-06 2.75743035927e-05 1.59413942645e-05 1.46488487836e-05 7.3244243918e-06 1.40025760431e-05 1.01249396004e-05 2.26195459158e-05 1.50796972772e-05 4.9547576768e-06 1.6587667005e-05 2.80051520863e-06 5.17018192362e-06 2.06807276945e-05 1.14174850813e-05 1.16329093281e-05 1.74493639922e-05 1.27100305622e-05 4.73933342999e-06 2.58509096181e-06 3.87763644272e-06 2.15424246818e-06 2.36966671499e-06 8.6169698727e-07 6.24730315771e-06 1 4642003 0.225170701789 R2 A 0.237613590513 0.247671102324 0.241019017006 0.223783353867 0.224109937025 0.221985423103 0.234181882261 0.230572018157 0.223309851372 0.239160982877 1 4642003 0.225170701789 R2 C 0.123834043192 0.143996244725 0.140297410407 0.144733641921 0.146894562541 0.148274570266 0.147870649804 0.133079621017 0.13749194044 0.143213608436 1 4642003 0.225170701789 R2 G 0.33514950335 0.319563989941 0.323805262513 0.3301727724 0.329430205021 0.327368810404 0.324366442676 0.345206584313 0.344056865108 0.277590083419 1 4642003 0.225170701789 R2 T 0.300346208307 0.286198005473 0.292738931879 0.299621090292 0.298329837357 0.301362364479 0.292845782306 0.290584258563 0.294687659616 0.339702279382 1 4642003 0.225170701789 R2 N 0.00305665463809 0.00257065753727 0.00213937819515 0.0016891415193 0.0012354580555 0.00100883174785 0.000735242954388 0.000557517950764 0.000453683463798 0.00033304588558 2 1544833 0.0749355678479 R1 A 0.0139756206658 0.045265734225 0.0298433552365 0.00190700224555 0.0248318102992 0.00313173009639 0.00402179394148 0.996534253217 0.9941585919 0.990826192864 0.00375250917089 0.00671334700903 0.970320416511 0.0469409962112 0.0609580453033 0.893789166855 0.864259114092 0.823493542668 0.192370307988 0.732461049188 0.391401530133 0.400874398721 0.373443601995 0.354919269591 0.394384376823 0.378481039698 0.524662536339 0.616932056734 0.533792973092 0.431890048957 0.38519956526 0.50687420582 0.37600569123 0.431568978653 0.435846463663 0.496074332954 0.48456370365 0.365567669774 0.32858632616 0.340111196485 0.409031267457 0.399913777088 0.372494632106 0.389135265754 0.335763153687 0.315973959645 0.32829309058 0.301439702544 0.577966032574 2 1544833 0.0749355678479 R1 C 0.980662634731 0.000570288180017 0.000363793367956 0.00996612578835 0.000450534135405 0.00315179699035 0.00482188042332 0.00114316563667 0.000742475076594 0.00190182369227 0.00410529811313 0.00510475889627 0.0107396721846 0.900354277776 0.0154508610316 0.0197251094455 0.0235371719791 0.0328313804793 0.628190231565 0.048925676756 0.364155219367 0.282182604851 0.0772879657542 0.0743886232363 0.173767649966 0.0653902395922 0.202688575399 0.0828341963177 0.0883318779441 0.0685290901994 0.0788104604187 0.0762108266719 0.0748896482662 0.183391343919 0.0940975497028 0.0937389348881 0.0908680744132 0.0906046155151 0.0987401227188 0.113557905612 0.0958893291378 0.0964266040407 0.124490478906 0.105802374755 0.107726854618 0.113597392081 0.106019226674 0.319318010426 0.107843372067 2 1544833 0.0749355678479 R1 G 0.00472542986847 0.00954083710019 0.00483547412568 0.977672020212 0.0181262311201 0.988359259545 0.985749268691 0.00125191525556 0.00135030776789 0.00478563055036 0.986269713296 0.981305422657 0.0139626742826 0.0410393874289 0.897159110402 0.0624015670302 0.0796118415389 0.105801080117 0.12307738118 0.142805727221 0.181143851795 0.171880067295 0.409410596485 0.388974730602 0.205018924376 0.361186613699 0.168090013613 0.194806817306 0.14719972968 0.244853003529 0.314443049831 0.163002085015 0.162122378276 0.260403551711 0.329662170604 0.166634840141 0.276123050194 0.40812760991 0.248686427594 0.220990877331 0.301608005526 0.215823328476 0.275111937666 0.361816455241 0.203214845877 0.16377692605 0.197512611396 0.233074384092 0.149025169711 2 1544833 0.0749355678479 R1 T 0.000636314734343 0.944623140495 0.96495737727 0.0104548517542 0.956591424445 0.00523292808996 0.00539734715662 0.00107066589075 0.00374668329845 0.00248505825549 0.00587053746263 0.00686158309668 0.00497400042594 0.0116543341578 0.0264073851348 0.0240783307969 0.0325886357943 0.0378591083955 0.0563517221603 0.0757725916005 0.0632955147903 0.145059692536 0.139852009894 0.181712845337 0.226821928325 0.194891616116 0.104541397031 0.105401684195 0.230667004136 0.254712968975 0.221528799553 0.253886342407 0.386971277802 0.124631594483 0.140376338413 0.243549950059 0.148438698552 0.135669033481 0.323974824463 0.325314775125 0.193443563155 0.287805866395 0.227895183492 0.143240725697 0.353291909223 0.406649132948 0.368173776712 0.146165960981 0.16515636318 2 1544833 0.0749355678479 R1 N 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.000124285278732 9.70978740097e-06 0.0 1.94195748019e-06 1.29463832013e-06 1.94195748019e-06 1.48883406815e-05 3.23659580032e-06 1.10044257211e-05 2.45981280825e-05 5.82587244058e-06 3.23659580032e-06 1.48883406815e-05 1.0357106561e-05 3.49552346435e-05 3.88391496039e-06 3.23659580032e-06 5.82587244058e-06 4.53123412045e-06 7.12051076071e-06 5.0490894485e-05 1.74776173217e-05 2.52454472425e-05 8.41514908084e-06 1.48883406815e-05 1.81249364818e-05 2.65400855626e-05 1.10044257211e-05 4.53123412045e-06 1.74776173217e-05 1.94195748019e-06 6.47319160065e-06 3.10713196831e-05 1.22990640412e-05 2.52454472425e-05 2.78347238828e-05 3.0424000523e-05 7.76782992077e-06 5.17855328052e-06 3.23659580032e-06 2.58927664026e-06 1.29463832013e-06 1.94195748019e-06 9.0624682409e-06 2 1544833 0.0749355678479 R2 A 0.244164255942 0.252479070553 0.246905652585 0.227884826386 0.229758815354 0.228679086995 0.238650391337 0.238402468098 0.229547141989 0.246417573938 2 1544833 0.0749355678479 R2 C 0.121185914594 0.142558451302 0.138442148763 0.141117518852 0.14447127942 0.145783395357 0.143400613529 0.130957197315 0.135595886416 0.139574309974 2 1544833 0.0749355678479 R2 G 0.335396123723 0.319817093498 0.322205701199 0.332422339502 0.330150896569 0.329100297573 0.323447259348 0.34546387862 0.342318554821 0.276716641864 2 1544833 0.0749355678479 R2 T 0.295649432657 0.282111399744 0.28998280073 0.296694853101 0.294255754506 0.295336130184 0.293712006411 0.284586748212 0.29204839617 0.336950984346 2 1544833 0.0749355678479 R2 N 0.00360427308324 0.00303398490322 0.00246369672321 0.00188046215999 0.0013632541511 0.00110108989127 0.000789729375279 0.000589707754819 0.000490020604169 0.000340489878194 3 1580550 0.0766681005404 R1 A 0.0323115371232 0.0572655088419 0.0468729239822 0.0236917528708 0.0416374047009 0.0261238176584 0.0258277181994 0.934777767233 0.930197715985 0.929370155958 0.00608016196893 0.00886969725728 0.891885103287 0.0493581348265 0.0603568378096 0.811874980228 0.782762329569 0.744984973585 0.184146657809 0.659911423239 0.347749201227 0.36965107083 0.335257979817 0.324643953054 0.364869823796 0.351123975831 0.474885324729 0.57499035146 0.486969093037 0.399941159723 0.369205023568 0.471278352472 0.362044857803 0.405117838727 0.406354117238 0.458585302585 0.452885387998 0.350497611591 0.32051058176 0.331580778843 0.390556451868 0.383475372497 0.352794280472 0.365093163772 0.320376451235 0.308722280219 0.314617696372 0.298990857613 0.541392553225 3 1580550 0.0766681005404 R1 C 0.913675619246 0.0106608459081 0.0115472462118 0.0212103381734 0.0109392300149 0.0137477460378 0.016349372054 0.0106051690867 0.0115662269463 0.0122413084053 0.00612381765841 0.00935876751764 0.0102837619816 0.820550441302 0.0184227009585 0.0207054506343 0.0236879567239 0.0352333048622 0.564249786467 0.0470627313277 0.335903324792 0.259584954604 0.0754977697637 0.0752510202145 0.159901932871 0.0719382493436 0.199080699756 0.0876574610104 0.0947492961311 0.0759792477302 0.087105754326 0.0880048084528 0.0830318559995 0.177317389516 0.101837335105 0.0993116320268 0.0978722596564 0.0977033311189 0.105464553478 0.119078801683 0.102688937395 0.103188130714 0.12625098858 0.112780361267 0.116031128405 0.117602100535 0.112670273006 0.309408117427 0.119562810414 3 1580550 0.0766681005404 R1 G 0.0271791464996 0.0298143051469 0.0271772484262 0.918456866281 0.0379045269052 0.929511878776 0.926214292493 0.0291582044225 0.0301698775743 0.0270905697384 0.903343772737 0.896825788491 0.0158122172661 0.041233747746 0.815485115941 0.065580335959 0.0805257663472 0.105486697669 0.122006896334 0.138032963209 0.176567650501 0.169630824713 0.386638828256 0.371470057891 0.199182563032 0.351009458733 0.185646135839 0.193368131347 0.1593135301 0.242347284173 0.308270538737 0.168234475341 0.167275315555 0.263172946126 0.322428268641 0.175089683971 0.279233178324 0.384748347094 0.247796020373 0.219863971402 0.303615197241 0.211811711113 0.278470785486 0.354450033216 0.200904115656 0.172737338268 0.198124070735 0.220694694885 0.157537566037 3 1580550 0.0766681005404 R1 T 0.0268336971307 0.902259340103 0.91440258138 0.036641042675 0.909518838379 0.0305216538547 0.0316048211066 0.0254588592579 0.0280592198918 0.0312954351333 0.0844522476353 0.0849406852045 0.0820144886274 0.0888507165227 0.105717629939 0.101836069723 0.113020783904 0.114285533517 0.129594761317 0.15495745152 0.139776660023 0.201132517162 0.20260352409 0.228631172693 0.276041251463 0.225896681535 0.140375185853 0.143969504286 0.258963651893 0.281725981462 0.235411723767 0.272457688779 0.387639745658 0.154386764101 0.169366359811 0.267012116036 0.170008541331 0.16703679099 0.326216190567 0.329462528867 0.20312549429 0.301515928 0.242480149315 0.167675176363 0.362684508557 0.400937015596 0.374586694505 0.170904432002 0.181500743412 3 1580550 0.0766681005404 R1 N 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 9.49036727721e-05 3.79614691089e-06 0.0 6.95960266996e-06 2.53076460726e-06 0.0 5.06152921451e-06 4.4288380627e-06 6.95960266996e-06 1.77153522508e-05 3.16345575907e-06 3.16345575907e-06 9.49036727721e-06 1.89807345544e-06 3.54307045016e-05 3.16345575907e-06 6.32691151814e-07 1.89807345544e-06 3.79614691089e-06 4.4288380627e-06 3.16345575907e-05 1.26538230363e-05 1.45518964917e-05 4.4288380627e-06 6.32691151814e-06 6.95960266996e-06 2.46749549208e-05 8.22498497359e-06 5.06152921451e-06 1.39192053399e-05 1.26538230363e-06 6.32691151814e-07 1.39192053399e-05 1.26538230363e-05 1.39192053399e-05 1.39192053399e-05 8.8576761254e-06 3.79614691089e-06 1.26538230363e-06 3.79614691089e-06 1.26538230363e-06 1.26538230363e-06 1.89807345544e-06 6.32691151814e-06 3 1580550 0.0766681005404 R2 A 0.18468571067 0.187322767391 0.185725854924 0.168401505805 0.175745152004 0.168550820917 0.178330960742 0.178702350448 0.179193318781 0.186781816456 3 1580550 0.0766681005404 R2 C 0.0841232482364 0.0998696656227 0.0972958780171 0.102427003258 0.106505963114 0.105109613742 0.102963525355 0.0937970959476 0.101071778811 0.0976002024612 3 1580550 0.0766681005404 R2 G 0.511127771978 0.504299769068 0.5077726108 0.511240391003 0.50904685078 0.507012116036 0.507917497074 0.521648793142 0.51904400367 0.475695802094 3 1580550 0.0766681005404 R2 T 0.217129480244 0.206043465882 0.207160165765 0.216343677834 0.207560659264 0.21837398374 0.210117364209 0.205315871058 0.200248647623 0.239608996868 3 1580550 0.0766681005404 R2 N 0.00293378887096 0.00246433203632 0.00204549049382 0.0015874220999 0.00114137483787 0.000953465565784 0.000670652620923 0.000535889405587 0.000442251115118 0.000313182120148