#NaNs Total_Count Fraction Read1/2 Base 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 0 6516200 0.506933124612 R1 A 0.00180503974709 0.0076454068322 0.00432552714772 0.000586231239066 0.00374911758387 0.000700408213376 0.00251358153525 0.998489303582 0.997449740646 0.99409594549 0.00281743961204 0.00551011325619 0.977240109266 0.0366270218839 0.0543847641263 0.904373254351 0.876043706455 0.835141340045 0.164102851355 0.7450359105 0.362456799975 0.357053804365 0.341994567386 0.315015653295 0.3536337129 0.340639483134 0.506853073877 0.616466345416 0.514151345876 0.396814707959 0.34552070225 0.481977532918 0.337805776373 0.397935606642 0.416214818452 0.475333323102 0.462902611952 0.332902458488 0.285005371229 0.295349436788 0.380958227188 0.372994690157 0.33236134557 0.356574844234 0.294375709769 0.265895460544 0.286790460698 0.255647770173 0.567766950063 0 6516200 0.506933124612 R1 C 0.996851232313 0.000540499063872 0.000328872655842 0.000817961388539 0.000323501427212 0.00033209539302 0.000480494766889 0.000186458365305 0.000395936281882 0.000661428439888 0.000866455909886 0.00135984162549 0.00687102912741 0.915615542801 0.0127291979988 0.0159255394248 0.0213896135785 0.0294564316626 0.66244989411 0.0456287406771 0.401808415948 0.318865136122 0.0757159080446 0.0728706915073 0.189011387005 0.0653109174059 0.224776710353 0.082243945858 0.0885583622357 0.0663800988306 0.0765587305485 0.0741749792824 0.0735844510604 0.195893772444 0.0920817347534 0.0931892820969 0.0882597219238 0.0860397163991 0.0979290077039 0.112021116602 0.0945127528314 0.0964278260336 0.12729290077 0.104635984163 0.109005248458 0.117503913324 0.108763696633 0.351746109696 0.109322457874 0 6516200 0.506933124612 R1 G 0.00086001043553 0.00118796230932 0.00141432123016 0.99608191891 0.00451413400448 0.997954175747 0.996463122679 0.000988766458979 0.0010602805316 0.0043769374789 0.995140265799 0.99167029864 0.0121618427918 0.0369066327 0.912374850373 0.0571448083239 0.0746036033271 0.100799085356 0.115988459532 0.135736932568 0.174010312759 0.172974126024 0.443357324821 0.423672999601 0.205764709493 0.38684816304 0.163779503392 0.1969049446 0.143797765569 0.260990147632 0.337183634634 0.165297105675 0.161201620576 0.28128111476 0.352328197416 0.165616463583 0.297110739388 0.448176544612 0.262215094687 0.236499800497 0.326814707959 0.217886037875 0.293397839231 0.394603449863 0.202692059789 0.166903870354 0.199050213315 0.243008041497 0.15114622019 0 6516200 0.506933124612 R1 T 0.000483717504067 0.990626131795 0.993931278966 0.0025138884626 0.991413246984 0.00089131702526 0.00053927135447 0.000335471593874 0.0010929682944 0.000865228200485 0.00117445750591 0.0014548356404 0.00372440993217 0.0108465056321 0.0204964549891 0.0225528682361 0.0279623093214 0.0345973113164 0.0574584880759 0.0735712531844 0.0617233970719 0.15110616617 0.138929897793 0.188439581351 0.25158804211 0.207194070164 0.10458242534 0.104380467143 0.253489610509 0.275809060495 0.240733095976 0.278539025813 0.427402320371 0.124886897271 0.139370338541 0.26585893619 0.1517253921 0.1328762162 0.35484592247 0.356124735275 0.197710015039 0.31268914398 0.24694714711 0.14418572174 0.393926368129 0.449696295387 0.405395629355 0.149597925171 0.171760995672 0 6516200 0.506933124612 R1 N 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.000122003621743 3.52966452841e-06 0.0 1.07424572604e-06 4.60391025444e-07 1.38117307633e-06 4.91083760474e-06 2.60888247752e-06 4.29698290415e-06 1.47325128142e-05 3.52966452841e-06 7.6731837574e-07 5.83161965563e-06 3.06927350296e-07 2.71630705012e-05 1.07424572604e-06 7.6731837574e-07 2.30195512722e-06 1.07424572604e-06 2.14849145207e-06 7.36625640711e-06 8.287038458e-06 4.29698290415e-06 2.91580982781e-06 5.98508333078e-06 3.8365918787e-06 1.1356311961e-05 5.83161965563e-06 2.60888247752e-06 4.91083760474e-06 1.99502777693e-06 1.53463675148e-06 5.06430127989e-06 4.60391025444e-06 4.91083760474e-06 4.29698290415e-06 2.30195512722e-06 7.6731837574e-07 0.0 6.13854700592e-07 4.60391025444e-07 0.0 1.53463675148e-07 3.37620085326e-06 0 6516200 0.506933124612 R2 A 0.243104723612 0.254470550321 0.243031061048 0.225581473865 0.229419907308 0.226210981861 0.237771093582 0.236625947638 0.227873760781 0.242589699518 0 6516200 0.506933124612 R2 C 0.122914582118 0.143131119364 0.142456032657 0.146594180657 0.148299775943 0.148783339983 0.147957398484 0.132507596452 0.137749148277 0.147114729444 0 6516200 0.506933124612 R2 G 0.328153525061 0.312884503238 0.314662686842 0.321815782204 0.321301525429 0.320456094043 0.313180841595 0.333316043093 0.335848654124 0.270962370707 0 6516200 0.506933124612 R2 T 0.303863141095 0.287817132685 0.29842991314 0.30488643688 0.300160829932 0.303863448022 0.30058377582 0.297158773518 0.298219207514 0.339097173199 0 6516200 0.506933124612 R2 N 0.00196402811455 0.00169669439244 0.0014203063135 0.00112212639268 0.000817961388539 0.000686136091587 0.000506890519014 0.000391639298978 0.000309229305423 0.000236027132378 1 3606625 0.280580350596 R1 A 0.00585394932936 0.0203750043323 0.0123905313139 0.000877551727723 0.0104119502305 0.0012313450941 0.00299338023776 0.997681766194 0.995892281565 0.992442241708 0.00316279069767 0.00610099469726 0.974033618688 0.0404078605344 0.0581125012997 0.898983121339 0.869755242089 0.828372231657 0.175681696877 0.737648632725 0.372065296503 0.374730391987 0.355585069144 0.330820088032 0.369915364087 0.357147748934 0.508296260354 0.614017259904 0.515605864208 0.408643815201 0.361036426022 0.486329185873 0.35197421412 0.408913596506 0.419802724153 0.476198384917 0.464525976502 0.343645097564 0.299065469795 0.309754133019 0.384967386407 0.376561189478 0.342246005615 0.362293834263 0.305411014453 0.279522545316 0.296474404741 0.266741898589 0.560085952934 1 3606625 0.280580350596 R1 C 0.990900079714 0.000619692926212 0.000398433438464 0.00283117873358 0.000404533324091 0.00100648112848 0.0015737704918 0.000478286486674 0.000512944927737 0.00119557758292 0.00161646969119 0.00234901050151 0.00888836516134 0.909176862025 0.0138811215472 0.0178662877344 0.0225948081655 0.0313539666586 0.646085744983 0.0476143208678 0.385687172911 0.302851835164 0.0774153120993 0.0742394898277 0.180828891276 0.0665325616054 0.218686167816 0.0836405226493 0.0903814508023 0.0684307351055 0.0793126537968 0.076586282189 0.0761429314109 0.188748206426 0.0950944442519 0.0958416802412 0.0917813745538 0.0906246144248 0.101832876997 0.116105777562 0.0986626000762 0.10022832981 0.129514989776 0.109222056632 0.113076075278 0.121095484005 0.112270890375 0.33920853984 0.113446504696 1 3606625 0.280580350596 R1 G 0.00267424531245 0.00491650781548 0.00291158631685 0.991780404117 0.0117026305757 0.99557536478 0.993739853741 0.00115814646657 0.00120167746855 0.00479395556788 0.992838457006 0.988742938343 0.0129117942675 0.03897910096 0.90594530898 0.059540151804 0.0775764045333 0.104129761203 0.119940942016 0.139511038713 0.179170276921 0.174608671542 0.429767719128 0.410546147714 0.205448029668 0.376770803729 0.167577998822 0.196195612241 0.147432017468 0.254174470592 0.328651578692 0.165992028559 0.164385263231 0.276446539355 0.344065989672 0.169311752677 0.291881190864 0.430204138218 0.256436141822 0.229945170346 0.320348525283 0.218516480089 0.290056215991 0.382433438464 0.203853741379 0.168018576924 0.199803971857 0.241176723391 0.153686341108 1 3606625 0.280580350596 R1 T 0.000571725643781 0.974088794926 0.984299448931 0.00451086542127 0.97748088587 0.00206037500433 0.00168800471355 0.000681800852598 0.00238838249056 0.00156628426853 0.00237895539459 0.00279485668735 0.00416372647558 0.0114303538627 0.0220444321214 0.0236054483069 0.0300729906769 0.0361304543722 0.0582896752504 0.0751858039025 0.0630719855821 0.147806328631 0.137229126954 0.184390669948 0.243802446886 0.199526981596 0.105424323294 0.106135237237 0.246576508509 0.268738224795 0.230985755381 0.271071708315 0.4074851142 0.125886112363 0.141024364884 0.258645409489 0.151808685405 0.135512286417 0.342653866149 0.344176896683 0.196004297647 0.304685959866 0.238180847745 0.146048729768 0.377656118948 0.431359234742 0.391448237618 0.152872283645 0.172775378643 1 3606625 0.280580350596 R1 N 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.000126433992999 4.99081551312e-06 0.0 4.71354798461e-06 1.94087269955e-06 3.32721034208e-06 1.21997712543e-05 2.49540775656e-06 5.82261809864e-06 1.66360517104e-05 4.99081551312e-06 5.54535057013e-07 1.35861088968e-05 1.94087269955e-06 4.02037916335e-05 5.26808304162e-06 2.77267528507e-06 2.77267528507e-06 3.60447787059e-06 5.26808304162e-06 2.1904134752e-05 1.52497140679e-05 1.13679686688e-05 4.1590129276e-06 1.27543063113e-05 1.35861088968e-05 2.0795064638e-05 1.24770387828e-05 5.54535057013e-06 1.24770387828e-05 2.77267528507e-06 2.77267528507e-06 1.38633764253e-05 1.16452361973e-05 1.80223893529e-05 1.71905867674e-05 8.04075832669e-06 1.94087269955e-06 1.94087269955e-06 3.04994281357e-06 4.1590129276e-06 2.49540775656e-06 5.54535057013e-07 5.82261809864e-06 1 3606625 0.280580350596 R2 A 0.240394551693 0.251740616227 0.2398283714 0.223456001109 0.227007520882 0.225574047759 0.235516861332 0.235263993346 0.23047197865 0.244827227671 1 3606625 0.280580350596 R2 C 0.122904654629 0.142799986137 0.141489065262 0.146394205109 0.146781270578 0.148618999757 0.148595432017 0.132558000901 0.136541780751 0.144735868021 1 3606625 0.280580350596 R2 G 0.329552975427 0.315006134544 0.319816726164 0.32546688386 0.326906734135 0.323752815998 0.317602190413 0.336440300835 0.336233459259 0.270977437355 1 3606625 0.280580350596 R2 T 0.304414514955 0.288141683707 0.296920805462 0.303138807056 0.298172113818 0.301123349392 0.297602883582 0.295212837487 0.29631303504 0.339138113888 1 3606625 0.280580350596 R2 N 0.00273330329602 0.00231157938516 0.00194503171247 0.00154410286625 0.00113236058642 0.000930787093197 0.000682632655183 0.000524867431463 0.000439746300211 0.000321353065539 2 1438848 0.111936360529 R1 A 0.0134211535895 0.0382590794858 0.0255892213771 0.00169580108531 0.0215026187617 0.00321646205854 0.00417903767458 0.995801502313 0.992829680411 0.989803648474 0.00374813739881 0.00691455942532 0.97010942087 0.0459235443911 0.0598972233342 0.896887649008 0.867006104884 0.826495918957 0.189152016057 0.735557195757 0.387010302687 0.398579280091 0.374504464683 0.351688295081 0.393532186861 0.377107936349 0.516784955742 0.62018712192 0.523789170225 0.425942837603 0.380306328396 0.495329597011 0.37324929388 0.42353118606 0.429194049684 0.483564629481 0.469287930344 0.358970509741 0.320022684815 0.330011231207 0.395311387999 0.386939412641 0.356629053243 0.373548144071 0.324684052798 0.302059008318 0.317603388266 0.288475919625 0.56398382595 2 1438848 0.111936360529 R1 C 0.978967201539 0.000807590516858 0.000455920291789 0.00772423494351 0.000521945334045 0.00304827195089 0.00445634285206 0.00133648585535 0.000951455608932 0.00220732141269 0.00403725758384 0.00501442820923 0.0115175473712 0.903430383195 0.0156854650387 0.0202238179432 0.0238788252824 0.0329784661062 0.632255109643 0.049512526688 0.371462447736 0.288117994396 0.0772840494618 0.0748557179077 0.170333489013 0.0672114080153 0.211436510319 0.0835543434748 0.0901860377191 0.0693957944133 0.0811927319633 0.0781806000356 0.0766279690419 0.181238740993 0.0971492471755 0.0956918312428 0.0935769448892 0.0940349501824 0.102481290588 0.117518320212 0.10012523908 0.101404039899 0.128791922427 0.110938056 0.112971627302 0.119979316787 0.111425251312 0.326338848857 0.113334417534 2 1438848 0.111936360529 R1 G 0.00687494439996 0.0128741882395 0.00636828907571 0.982273318655 0.0238051552353 0.988834817854 0.98635992127 0.00144212592296 0.00130451583489 0.00483720309581 0.986574676408 0.981616543235 0.013270338493 0.0391021150254 0.899731590828 0.0588714026777 0.0770630393203 0.102903850858 0.121210162575 0.139900809537 0.178879214483 0.172043190108 0.41363993973 0.394801257673 0.2003130282 0.364275448136 0.16653183658 0.189072091006 0.146016813451 0.24201583489 0.31737542812 0.163694149764 0.163692064763 0.267814946402 0.332152527578 0.167845387421 0.2837492216 0.409196106886 0.246892653011 0.219504770483 0.313038625345 0.213911406903 0.284151626857 0.366357669469 0.200534038342 0.166175301352 0.19381199404 0.232396333734 0.151166071746 2 1438848 0.111936360529 R1 T 0.000736700471488 0.948059141758 0.967586569255 0.00830664531625 0.954170280669 0.00478924806512 0.00499635819767 0.00141988590873 0.0049053131394 0.00314974201583 0.00563853860866 0.0064363991193 0.00509852326305 0.0115363123832 0.0246662607864 0.0240101803665 0.0320485555111 0.0376113390713 0.0573764567209 0.0749891579931 0.0626424750912 0.141258145405 0.134569461124 0.178648474335 0.235813650921 0.191364202473 0.105228627346 0.10717184859 0.240002418602 0.262628158082 0.221103966507 0.26276576817 0.386417467307 0.127407481541 0.141491665555 0.252893981852 0.153381038164 0.137783143181 0.330590861578 0.332939268081 0.19149972756 0.297720120541 0.230424617472 0.149154045459 0.361805416555 0.41178150854 0.377155196379 0.152787507784 0.171506649764 2 1438848 0.111936360529 R1 N 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.000111200071168 8.3400053376e-06 0.0 9.0350057824e-06 2.0850013344e-06 1.3900008896e-06 1.80700115648e-05 4.1700026688e-06 7.6450048928e-06 1.94600124544e-05 6.950004448e-06 3.475002224e-06 1.0425006672e-05 6.2550040032e-06 4.03100257984e-05 5.5600035584e-06 1.3900008896e-06 2.0850013344e-06 6.2550040032e-06 7.6450048928e-06 4.10050262432e-05 1.80700115648e-05 1.45950093408e-05 5.5600035584e-06 1.737501112e-05 2.15450137888e-05 2.98850191264e-05 1.32050084512e-05 7.6450048928e-06 1.25100080064e-05 4.1700026688e-06 4.8650031136e-06 1.52900097856e-05 1.25100080064e-05 2.64100169024e-05 2.50200160128e-05 2.50200160128e-05 2.7800017792e-06 2.0850013344e-06 4.8650031136e-06 4.8650031136e-06 4.1700026688e-06 1.3900008896e-06 9.0350057824e-06 2 1438848 0.111936360529 R2 A 0.244351036385 0.25518678832 0.243662290944 0.226990620274 0.232419963749 0.230661612623 0.240830859132 0.240167828707 0.236464866338 0.251811171159 2 1438848 0.111936360529 R2 C 0.121566697803 0.139852854506 0.141800245752 0.146217668579 0.146319138644 0.149124160439 0.14704610911 0.134947541366 0.136632917445 0.145704063251 2 1438848 0.111936360529 R2 G 0.327506449604 0.315184091718 0.316255087403 0.326600864025 0.326365953874 0.322808941598 0.31701541789 0.33557887977 0.332915638066 0.265463759897 2 1438848 0.111936360529 R2 T 0.303279429099 0.286960123654 0.295945784405 0.298342145939 0.293550812873 0.296296064629 0.29432851837 0.288707354773 0.293498687839 0.336665860466 2 1438848 0.111936360529 R2 N 0.00329638710969 0.00281614180233 0.00233659149542 0.00184870118317 0.00134413086024 0.0011092207099 0.000779095498621 0.000598395382973 0.00048789031225 0.000355145227293 3 1292488 0.100550164262 R1 A 0.0362061388578 0.0606257079369 0.0506967956376 0.0263909606898 0.0454008083634 0.0292141977334 0.0292265769585 0.926627558631 0.922909148866 0.921088629063 0.00741051367595 0.00974012911532 0.882641076745 0.0485520948744 0.0578891254696 0.810178508427 0.781755807404 0.742182519296 0.183880237186 0.656997975997 0.350738266042 0.378600807125 0.343344000099 0.331459170221 0.373494376737 0.36024860579 0.47997428216 0.573783276905 0.491809595137 0.406304739386 0.379278569704 0.474224905763 0.370849864757 0.410413868446 0.409889298779 0.458911030509 0.452210774878 0.357677595459 0.324707850286 0.335810467873 0.390084085887 0.383638378074 0.358283403792 0.367696257141 0.327452169769 0.312457833264 0.322050185379 0.303084438695 0.531341877062 3 1292488 0.100550164262 R1 C 0.89975922407 0.0103970017517 0.0116302820606 0.0214168332704 0.0113896608711 0.0148620335353 0.0178036469197 0.0122167478538 0.0129796176057 0.0140310780448 0.00721012496828 0.00915366332221 0.0122422800057 0.816197132971 0.0185208682789 0.0209990344204 0.0238439351081 0.0362850564183 0.561829587586 0.0468514988147 0.33075123328 0.249478525139 0.076133008585 0.0761608618417 0.155927173018 0.0730482604094 0.19370315237 0.0890205557034 0.0958407350784 0.0770676400864 0.0888526624619 0.0897447403767 0.0835860758475 0.175272033473 0.103278328309 0.102670198872 0.100674822513 0.101957619723 0.110111660611 0.123758982675 0.108010287136 0.10713213585 0.130294439871 0.115365868 0.11853108114 0.124539647563 0.117971694902 0.301263918891 0.122765549854 3 1292488 0.100550164262 R1 G 0.034859898119 0.0384498734224 0.0338076639783 0.913446778616 0.0481869077314 0.921929642674 0.918499049894 0.0331113325617 0.03213724228 0.0300637220616 0.894124355507 0.888663569797 0.0148744127605 0.0394046211648 0.811873688576 0.060396692271 0.0754985732943 0.10108643175 0.11817749952 0.135019435384 0.173870859923 0.165717592736 0.374596127778 0.358453618138 0.198760065857 0.342807051207 0.182168035603 0.190232327109 0.157125636756 0.237524835821 0.297636032211 0.168272355333 0.169316078757 0.256367563954 0.313518578122 0.175426000087 0.271713160973 0.371651419588 0.243318313207 0.217279386733 0.295955552392 0.211766763018 0.27224237285 0.343431428377 0.200820433149 0.171661168227 0.194723664746 0.219896045457 0.157732992492 3 1292488 0.100550164262 R1 T 0.0291747389531 0.890527416889 0.903865258323 0.0387454274237 0.895022623034 0.0338950922562 0.0344660840178 0.0280443609534 0.03197012274 0.0348150234277 0.0912526847445 0.0924318059433 0.0902368145778 0.0958430561831 0.111705485854 0.10842034897 0.11890013679 0.120437481818 0.136104938692 0.161091631025 0.14463731965 0.206199980193 0.205922221328 0.233924028695 0.27180987367 0.223865134531 0.144139829538 0.146949913655 0.255220938221 0.27908963178 0.234222677503 0.26773014527 0.376237922518 0.157945760425 0.173298320758 0.262991223129 0.175398920532 0.168694796393 0.321853665179 0.323131046478 0.205936147956 0.297446475325 0.239177462383 0.173502577974 0.353193994838 0.391338256139 0.365251360167 0.175753275852 0.188154164681 3 1292488 0.100550164262 R1 N 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 9.90338014744e-05 4.64220944411e-06 0.0 3.86850787009e-06 1.54740314804e-06 2.32110472206e-06 1.08318220363e-05 5.41591101813e-06 3.09480629607e-06 1.08318220363e-05 5.41591101813e-06 1.54740314804e-06 8.5107173142e-06 7.73701574018e-06 3.94587802749e-05 2.32110472206e-06 3.09480629607e-06 4.64220944411e-06 2.32110472206e-06 8.5107173142e-06 3.09480629607e-05 1.47003299064e-05 1.39266283323e-05 3.09480629607e-06 1.31529267583e-05 1.00581204622e-05 2.78532566647e-05 1.00581204622e-05 7.73701574018e-07 1.54740314804e-05 1.54740314804e-06 2.32110472206e-06 1.85688377764e-05 8.5107173142e-06 2.01162409245e-05 1.39266283323e-05 1.62477330544e-05 2.32110472206e-06 3.86850787009e-06 2.32110472206e-06 3.09480629607e-06 3.09480629607e-06 2.32110472206e-06 5.41591101813e-06 3 1292488 0.100550164262 R2 A 0.18700367044 0.202101682956 0.186349118909 0.173491746152 0.181815227685 0.179531260638 0.189980100396 0.183217174937 0.182199757367 0.191259029097 3 1292488 0.100550164262 R2 C 0.0894491863754 0.101820674544 0.103143704236 0.104113926009 0.10550039923 0.105481830392 0.102229962677 0.0985223847339 0.100144836935 0.10812015276 3 1292488 0.100550164262 R2 G 0.492293932323 0.480905045153 0.487025024604 0.497124151249 0.495421234085 0.493394135961 0.49067534863 0.504471995098 0.501870810406 0.450145765377 3 1292488 0.100550164262 R2 T 0.228287612728 0.212600039614 0.221373815463 0.223601302294 0.216035274602 0.220599340187 0.216388856221 0.213231380098 0.215314958437 0.250135397775 3 1292488 0.100550164262 R2 N 0.00296559813321 0.00257255773361 0.0021083367892 0.00166887429516 0.00122786439797 0.00099343282104 0.000725732076429 0.000557065133293 0.000469636855429 0.000339654990994