Cluster #0, n=40
-3	.TGGTGG	1135	170	-199.2	971/1074
-1	...GTGGTG	960	111	-187.4	323/604
-2	..GGTGGT	881	110	-164.9	812/812
-2	..GGTGGA	729	128	-111.8	634/676
-3	.CGGTGG	565	70	-103.3	512/515
-3	.TGGTGC	561	74	-99.6	412/486
-3	.AGGTGG	520	76	-87.3	484/487
-2	..GGTGGC	485	64	-85.6	399/431
-2	..GCTGGT	506	82	-80.1	316/420
-3	.TGCTGG	433	70	-68.3	280/340
-2	..GGTGCA	404	62	-65.6	322/362
-4	CTGGTG	459	92	-63.0	307/373
-4	GCGGTG	356	50	-60.6	175/186
-4	ATGGTG	559	154	-58.8	400/407
-2	..GGTGCT	339	57	-52.1	258/280
-2	..GGTGGG	306	61	-42.0	260/274
-4	CCGGTG	277	50	-40.7	133/146
-3	.AGCTGG	303	75	-35.0	180/221
-3	.CGGTGC	189	25	-33.4	144/159
-4	GAGGTG	284	69	-33.4	181/187
-1	...GTGCAG	226	45	-31.2	107/129
-4	CAGGTG	238	54	-29.7	166/172
-4	ACGGTG	275	74	-29.4	206/211
-3	.AGGTGC	206	40	-29.0	164/169
-1	...GTGGCT	322	102	-28.8	153/182
-3	.GGCTGG	199	41	-26.9	140/161
-2	..GGTGCG	139	16	-26.5	96/114
-2	..GGTGCC	161	25	-26.3	124/141
-1	...GTGCTG	220	54	-25.8	77/117
-2	..GCTGGA	259	75	-25.7	151/165
-4	TCGGTG	212	57	-22.9	139/143
-2	..GCTGGC	164	36	-21.3	118/126
-1	...GTGGCA	236	75	-21.2	94/119
-3	.GGGTGG	162	42	-18.3	138/140
-1	...GTGGCC	127	34	-14.2	71/80
-2	..GCTGGG	111	26	-14.1	65/75
-3	.GGGTGC	97	21	-13.2	82/86
-3	.CGCTGG	102	33	-9.6	52/68
-1	...GTGCGA	82	26	-8.1	37/42
-4	CGGGTG	78	26	-7.3	38/42
Cluster #1, n=23
-4	CACCGC	356	50	-60.6	274/281
-3	.ACCGCC	301	50	-46.6	278/281
-2	..CCGCCT	248	39	-39.7	232/238
-1	...CGCCAC	256	44	-38.9	199/214
-2	..CCGCCA	238	40	-36.7	216/225
-3	.TCCGCC	198	32	-31.4	189/189
-2	..CCGCCG	197	49	-22.9	183/184
-3	.GCCGCC	163	33	-22.5	141/155
-4	CTCCGC	158	32	-21.9	123/130
-1	...CGCCTC	155	33	-20.7	126/128
-3	.ACCGCT	148	32	-19.6	121/123
-4	AACCGC	162	49	-15.7	131/132
-2	..CCGCAG	106	26	-13.0	78/85
-4	AGCCGC	117	32	-12.9	89/92
-3	.GCCGCA	96	25	-11.3	48/73
-1	...CGCCGC	122	40	-11.1	58/107
-3	.CCCGCC	86	21	-10.8	82/82
-4	TGCCGC	82	20	-10.4	70/71
-1	...CGCCTG	81	20	-10.2	64/64
-1	...CGCCAG	81	21	-9.8	58/64
-4	ACCCGC	71	17	-9.3	55/55
-2	..CCGCAC	73	20	-8.5	49/54
-4	TCCCGC	78	25	-7.7	60/60
Cluster #2, n=3
-2	.GTGGTG	960	111	-187.4	937/949
-3	AGTGGT	301	94	-27.4	219/221
-3	CGTGGT	185	53	-18.8	118/119
Cluster #3, n=7
-1	..CTGCTG	287	95	-24.4	116/164
-3	AGCTGC	267	84	-24.2	233/256
-3	ACCTGC	149	39	-16.8	119/129
-3	GGCTGC	169	51	-16.4	149/152
-2	.GCTGCG	129	39	-12.7	109/115
-2	.GCTGCC	131	43	-11.8	104/110
-2	.CCTGCC	88	21	-11.3	71/73
Cluster #4, n=7
-2	.CCGGTG	277	50	-40.7	233/284
-2	.GCGGAG	158	32	-21.9	120/124
-3	GCCGGA	173	51	-17.2	161/162
-2	.CCGGAG	183	61	-15.7	185/192
-1	..CGGAGG	146	46	-13.6	101/105
-1	..CGGAGC	110	32	-11.5	69/71
-2	.CCCGAG	75	25	-7.1	72/72