#2392/675 #8.35 # k-mer/r.c. Cluster Offset PosCt wPosCt NegCt HGP_10 TCCAGT/ACTGGA 0 -1 462 320 5 -30.6 1 2 6 7 14 16 18 25 28 32 35 37 61 73 74 80 85 93 94 98 100 109 111 119 121 122 126 130 131 145 148 161 165 176 180 189 195 196 201 205 206 208 209 210 217 219 226 229 232 260 264 266 269 272 276 294 307 311 330 331 334 342 344 349 351 364 374 376 384 389 392 394 399 401 407 409 413 417 418 425 426 427 428 431 446 447 448 450 451 456 462 467 468 478 485 499 505 513 519 530 533 539 544 547 550 554 556 557 566 569 570 574 581 586 587 595 600 606 607 608 610 616 619 621 622 624 625 631 632 636 640 642 644 652 656 668 669 674 680 698 701 703 704 708 717 718 721 724 732 746 757 761 763 764 772 782 794 796 816 822 824 826 835 838 842 846 851 858 863 864 867 870 871 874 877 878 880 892 893 898 901 903 904 909 916 917 924 925 927 929 935 936 942 944 949 952 959 967 968 969 970 972 978 982 988 995 997 1002 1007 1012 1016 1023 1028 1029 1030 1034 1037 1042 1046 1050 1056 1060 1062 1064 1068 1073 1080 1081 1082 1099 1100 1105 1112 1116 1124 1125 1126 1133 1134 1140 1145 1153 1159 1175 1177 1178 1187 1188 1189 1191 1192 1197 1198 1202 1205 1207 1208 1212 1214 1217 1218 1224 1225 1228 1229 1230 1231 1237 1242 1244 1246 1251 1252 1253 1255 1266 1272 1275 1288 1298 1304 1309 1315 1323 1325 1326 1331 1335 1336 1349 1350 1356 1363 1366 1367 1370 1371 1375 1377 1379 1380 1383 1384 1386 1387 1388 1396 1402 1407 1420 1428 1431 1449 1455 1456 1458 1474 1475 1477 1482 1484 1485 1487 1493 1500 1502 1503 1505 1508 1511 1512 1520 1522 1527 1529 1530 1536 1544 1547 1548 1549 1550 1565 1570 1574 1587 1611 1619 1641 1643 1651 1657 1662 1678 1679 1682 1703 1710 1720 1738 1741 1771 1784 1800 1811 1814 1846 1849 1892 1893 1987 2025 2027 2031 2043 2045 2051 2054 2065 2068 2076 2078 2085 2098 2107 2110 2128 2140 2143 2166 2178 2179 2182 2183 2198 2201 2206 2209 2210 2213 2214 2216 2224 2226 2227 2228 2229 2237 2244 2245 2248 2250 2251 2252 2254 2256 2260 2265 2274 2283 2290 2294 2298 2300 2302 2303 2304 2306 2310 2311 2315 2318 2321 2327 2328 2330 2333 2335 2336 2339 2343 2345 2349 2350 2354 2356 2357 2358 2360 2361 2362 2366 2367 2368 2369 2372 2373 2374 2377 2378 2379 2380 104 341 390 405 427 TCGAGT/ACTCGA 0 -1 444 264 8 -21.1 8 44 45 54 63 66 70 75 81 83 88 108 114 116 118 136 141 147 151 153 154 163 171 173 184 185 188 202 204 220 234 237 241 242 243 252 253 255 258 259 268 274 275 280 288 293 296 297 300 302 303 316 318 329 333 336 350 359 369 377 386 388 400 402 406 434 445 449 453 455 458 463 475 481 491 494 495 498 501 504 508 517 522 523 524 529 531 537 540 542 543 545 552 553 560 561 564 565 577 584 587 593 597 599 604 606 618 627 629 634 639 646 647 648 650 651 655 662 677 681 684 688 689 697 699 712 713 714 717 720 722 733 747 748 754 760 768 769 771 776 784 787 789 797 806 807 816 820 830 837 844 845 852 855 868 873 875 881 883 885 889 899 902 905 920 921 931 940 948 953 954 955 959 961 963 971 974 975 981 987 992 993 994 998 1005 1006 1015 1021 1022 1026 1038 1047 1051 1055 1057 1058 1059 1061 1062 1066 1069 1070 1072 1076 1083 1088 1093 1095 1103 1107 1108 1114 1129 1132 1138 1142 1143 1146 1147 1149 1156 1169 1170 1171 1176 1184 1199 1200 1201 1209 1210 1215 1219 1221 1235 1238 1241 1247 1256 1257 1258 1268 1270 1274 1278 1281 1282 1285 1290 1292 1293 1294 1298 1300 1301 1302 1306 1308 1313 1316 1320 1321 1332 1337 1352 1354 1357 1360 1361 1381 1382 1395 1405 1410 1412 1415 1417 1419 1421 1423 1425 1427 1441 1443 1446 1451 1453 1454 1457 1465 1469 1472 1473 1480 1494 1496 1497 1498 1501 1504 1506 1510 1515 1517 1523 1524 1532 1535 1539 1540 1543 1545 1570 1577 1604 1605 1608 1615 1619 1635 1656 1660 1665 1668 1681 1690 1695 1705 1732 1736 1764 1772 1802 1810 1819 1866 1890 1906 1943 1957 1968 1972 1989 2013 2016 2020 2028 2030 2055 2056 2070 2072 2073 2080 2082 2086 2093 2105 2108 2118 2120 2122 2124 2134 2157 2159 2170 2175 2177 2185 2186 2188 2190 2192 2193 2195 2196 2200 2203 2204 2205 2211 2217 2218 2220 2230 2231 2233 2235 2246 2247 2253 2259 2261 2262 2266 2267 2268 2269 2271 2275 2276 2280 2289 2295 2297 2301 2305 2307 2308 2309 2312 2316 2317 2319 2320 2322 2323 2324 2325 2326 2329 2331 2338 2340 2341 2342 2344 2347 2348 2357 2359 2363 2364 2370 2371 2376 2381 2382 2384 2385 2387 2390 2391 86 188 207 229 401 481 544 639 CCCAGT/ACTGGG 0 -1 324 217 8 -16.2 4 11 13 24 28 38 41 51 56 58 61 82 92 96 99 105 113 117 124 125 127 133 142 144 149 155 157 162 166 167 169 175 178 183 193 198 207 225 230 233 236 244 249 257 263 265 271 279 281 283 286 312 313 314 315 320 326 327 343 347 353 354 356 362 366 368 381 387 390 393 397 405 412 414 420 421 429 433 439 443 461 470 476 479 480 482 490 497 503 516 518 526 532 534 558 562 567 579 588 592 602 605 615 626 628 637 653 654 657 660 666 671 676 678 690 691 692 694 695 700 709 716 719 730 736 740 742 744 749 750 752 759 766 767 773 777 780 783 788 802 803 805 811 815 834 836 840 847 854 859 862 887 891 906 910 913 919 922 930 939 945 956 964 965 966 977 986 989 1000 1003 1019 1024 1025 1032 1039 1052 1065 1067 1074 1077 1079 1090 1091 1096 1102 1111 1113 1118 1120 1123 1128 1135 1140 1148 1155 1157 1158 1163 1166 1180 1182 1183 1194 1195 1203 1206 1211 1223 1232 1236 1239 1254 1261 1273 1276 1297 1305 1312 1314 1317 1329 1330 1334 1341 1342 1351 1353 1359 1362 1364 1369 1372 1373 1374 1376 1385 1390 1394 1403 1406 1413 1416 1418 1435 1444 1445 1452 1467 1476 1488 1489 1490 1494 1509 1513 1525 1526 1534 1537 1541 1546 1551 1554 1562 1589 1734 1738 1765 1836 1839 1848 1854 1856 1861 1898 1905 1911 2008 2011 2012 2016 2035 2036 2044 2047 2048 2063 2071 2079 2098 2113 2114 2116 2146 2148 2153 2154 2173 2181 2191 2199 2202 2207 2208 2219 2225 2239 2242 2243 2249 2257 2258 2263 2264 2273 2277 2285 2292 2332 2337 2355 2365 2375 2389 308 353 358 390 404 405 426 553 CCCAGT/ACTGGG 1 -2 324 217 8 -16.2 4 11 13 24 28 38 41 51 56 58 61 82 92 96 99 105 113 117 124 125 127 133 142 144 149 155 157 162 166 167 169 175 178 183 193 198 207 225 230 233 236 244 249 257 263 265 271 279 281 283 286 312 313 314 315 320 326 327 343 347 353 354 356 362 366 368 381 387 390 393 397 405 412 414 420 421 429 433 439 443 461 470 476 479 480 482 490 497 503 516 518 526 532 534 558 562 567 579 588 592 602 605 615 626 628 637 653 654 657 660 666 671 676 678 690 691 692 694 695 700 709 716 719 730 736 740 742 744 749 750 752 759 766 767 773 777 780 783 788 802 803 805 811 815 834 836 840 847 854 859 862 887 891 906 910 913 919 922 930 939 945 956 964 965 966 977 986 989 1000 1003 1019 1024 1025 1032 1039 1052 1065 1067 1074 1077 1079 1090 1091 1096 1102 1111 1113 1118 1120 1123 1128 1135 1140 1148 1155 1157 1158 1163 1166 1180 1182 1183 1194 1195 1203 1206 1211 1223 1232 1236 1239 1254 1261 1273 1276 1297 1305 1312 1314 1317 1329 1330 1334 1341 1342 1351 1353 1359 1362 1364 1369 1372 1373 1374 1376 1385 1390 1394 1403 1406 1413 1416 1418 1435 1444 1445 1452 1467 1476 1488 1489 1490 1494 1509 1513 1525 1526 1534 1537 1541 1546 1551 1554 1562 1589 1734 1738 1765 1836 1839 1848 1854 1856 1861 1898 1905 1911 2008 2011 2012 2016 2035 2036 2044 2047 2048 2063 2071 2079 2098 2113 2114 2116 2146 2148 2153 2154 2173 2181 2191 2199 2202 2207 2208 2219 2225 2239 2242 2243 2249 2257 2258 2263 2264 2273 2277 2285 2292 2332 2337 2355 2365 2375 2389 308 353 358 390 404 405 426 553 CCAGTA/TACTGG 0 0 315 210 8 -15.4 1 2 13 14 22 25 30 32 35 41 68 80 98 100 105 119 120 123 127 142 144 148 149 157 159 168 169 175 176 178 182 197 206 212 216 217 219 222 225 236 250 263 300 304 311 312 317 319 322 326 330 334 335 337 347 353 365 366 368 374 376 380 397 404 413 421 426 427 438 439 443 473 484 487 497 503 519 536 537 554 575 578 581 583 594 596 601 602 623 624 625 626 631 637 642 656 657 671 676 679 685 695 696 707 708 718 719 723 726 731 741 743 752 766 774 783 785 788 792 793 800 819 827 829 851 856 859 865 870 872 874 882 901 906 909 917 919 922 928 935 937 938 939 942 946 951 959 966 969 983 986 990 1001 1007 1032 1033 1039 1064 1077 1090 1091 1109 1110 1118 1123 1130 1134 1148 1167 1168 1179 1180 1189 1190 1192 1195 1198 1206 1208 1211 1213 1217 1218 1223 1227 1228 1230 1232 1233 1239 1240 1253 1261 1267 1272 1275 1284 1286 1288 1289 1297 1304 1307 1317 1318 1322 1324 1330 1331 1335 1339 1348 1351 1359 1362 1363 1368 1380 1383 1384 1385 1387 1388 1389 1390 1392 1394 1400 1412 1424 1432 1440 1463 1466 1470 1483 1509 1512 1513 1528 1530 1536 1546 1548 1550 1554 1574 1651 1657 1710 1765 1775 1784 1811 1828 1846 1861 1893 1898 2011 2016 2031 2036 2044 2045 2047 2048 2049 2068 2076 2079 2102 2103 2104 2131 2134 2148 2171 2172 2179 2182 2184 2191 2194 2197 2206 2209 2210 2222 2223 2225 2226 2229 2250 2251 2279 2282 2284 2290 2291 2293 2298 2300 2314 2321 2330 2334 2345 2352 2353 2362 2368 2377 2380 2388 100 104 194 308 353 357 405 427 CCAGTG/CACTGG 0 0 295 190 2 -19.7 4 6 7 11 16 25 51 65 78 89 91 104 109 117 122 124 126 130 133 150 155 161 183 198 205 209 221 231 233 256 257 264 267 272 273 279 282 286 304 308 309 321 331 340 344 349 354 355 362 378 379 391 394 398 412 422 429 431 432 448 460 462 465 469 470 472 485 486 496 510 511 516 519 520 532 533 534 539 541 549 551 555 562 568 571 579 588 607 608 621 622 630 640 641 643 645 660 663 673 687 690 691 704 705 709 746 749 756 761 765 773 775 777 781 796 801 802 803 811 813 817 821 826 839 858 863 867 877 878 890 894 896 911 924 927 930 943 950 952 956 979 984 985 988 989 997 1000 1004 1025 1027 1037 1044 1052 1054 1056 1065 1067 1071 1078 1094 1105 1112 1115 1150 1151 1153 1160 1166 1173 1177 1178 1181 1182 1185 1186 1193 1203 1214 1222 1224 1231 1236 1244 1246 1250 1259 1266 1271 1280 1287 1295 1298 1310 1323 1325 1342 1343 1345 1347 1355 1356 1358 1364 1371 1372 1378 1379 1391 1399 1401 1402 1407 1422 1426 1428 1434 1435 1450 1471 1474 1475 1476 1481 1485 1486 1490 1492 1493 1495 1499 1500 1508 1514 1518 1527 1544 1549 1551 1565 1570 1587 1619 1703 1738 1743 1905 1911 2010 2012 2018 2025 2027 2031 2051 2063 2067 2078 2107 2110 2113 2128 2146 2163 2180 2181 2187 2198 2215 2216 2219 2224 2234 2236 2238 2239 2240 2241 2242 2244 2263 2278 2281 2287 2299 2303 2304 2315 2336 2343 2351 2354 2365 2369 2383 2386 351 426 CCAGTC/GACTGG 0 0 306 188 6 -14.9 2 17 18 24 28 37 58 61 73 74 99 100 111 112 113 125 128 166 167 172 177 191 195 200 207 210 226 229 232 235 244 249 265 266 276 287 291 294 301 315 325 339 342 356 358 360 364 381 384 387 407 408 409 414 428 430 433 435 440 447 452 467 476 492 499 503 506 507 513 514 527 538 546 550 556 558 569 572 585 586 587 591 592 605 609 628 636 644 652 654 664 666 667 669 678 686 689 692 698 700 702 716 717 721 724 727 729 734 744 745 759 763 767 772 779 780 794 799 808 810 818 823 831 834 838 842 846 849 853 860 884 887 892 893 895 900 904 913 916 924 925 929 936 945 949 964 968 972 977 980 982 991 995 1002 1012 1020 1024 1031 1042 1048 1053 1062 1068 1073 1080 1081 1084 1086 1092 1096 1104 1111 1116 1119 1121 1124 1126 1133 1137 1140 1141 1155 1159 1163 1165 1187 1197 1204 1237 1243 1245 1248 1251 1252 1260 1264 1265 1277 1279 1292 1299 1311 1319 1327 1328 1329 1334 1340 1342 1344 1367 1373 1393 1397 1403 1405 1406 1411 1416 1420 1429 1431 1436 1439 1445 1449 1455 1456 1458 1459 1461 1462 1464 1478 1479 1482 1491 1502 1505 1507 1520 1521 1533 1542 1547 1550 1562 1641 1643 1653 1662 1734 1738 1741 1770 1771 1814 1839 1848 1849 1987 2008 2019 2026 2071 2083 2085 2088 2098 2116 2122 2135 2153 2189 2201 2202 2212 2221 2227 2228 2232 2240 2252 2255 2257 2258 2264 2270 2272 2273 2277 2286 2288 2294 2296 2302 2306 2313 2328 2332 2346 2350 2360 2373 2375 2389 198 254 330 390 404 405 CCAGTT/AACTGG 0 0 283 159 12 -7.9 28 38 56 61 82 85 92 93 94 96 121 131 145 147 155 162 165 171 180 189 193 196 201 208 223 226 230 260 269 271 281 283 307 313 314 320 327 343 351 389 390 392 393 399 401 405 417 418 420 425 446 450 451 456 461 468 478 479 480 482 490 505 518 526 530 544 547 557 566 567 570 574 579 595 600 606 610 615 616 619 631 632 653 656 668 674 680 683 694 701 703 730 732 736 740 742 750 757 764 782 794 805 815 816 822 824 835 836 840 847 854 862 864 871 880 891 898 901 903 910 944 956 965 967 970 978 1003 1009 1016 1019 1023 1028 1029 1030 1034 1046 1050 1060 1074 1079 1082 1099 1100 1102 1113 1120 1125 1128 1135 1140 1145 1157 1158 1175 1183 1188 1191 1194 1202 1205 1207 1208 1212 1225 1229 1242 1254 1255 1273 1276 1305 1309 1312 1314 1315 1316 1326 1336 1341 1349 1350 1353 1363 1366 1369 1370 1374 1375 1376 1377 1386 1396 1413 1418 1444 1452 1467 1477 1484 1487 1488 1489 1494 1503 1511 1522 1525 1526 1529 1534 1537 1541 1566 1589 1611 1678 1679 1682 1720 1800 1836 1854 1856 1862 1892 1945 2027 2035 2043 2054 2065 2087 2098 2113 2114 2139 2140 2143 2154 2166 2173 2178 2183 2199 2202 2207 2208 2213 2214 2237 2243 2244 2245 2248 2249 2254 2256 2260 2265 2274 2283 2285 2292 2310 2311 2318 2327 2333 2335 2337 2339 2349 2355 2356 2357 2358 2361 2366 2367 2372 2374 2378 2379 180 195 238 264 289 341 358 390 413 507 553 635 ACCAGT/ACTGGT 0 -1 285 136 7 -8.9 17 22 30 65 68 89 91 100 104 112 120 128 147 155 168 171 172 197 200 212 221 222 223 226 231 250 267 273 282 291 301 304 317 321 322 325 335 337 355 358 378 379 398 404 422 438 452 460 472 473 484 487 492 507 510 511 514 527 533 536 538 541 546 555 578 583 585 591 594 596 601 609 610 630 643 656 663 664 667 673 679 683 685 686 687 689 696 707 723 727 729 731 743 745 765 774 775 781 792 793 794 801 808 810 813 817 818 819 821 831 839 853 856 865 872 882 884 890 895 900 901 911 928 937 938 943 946 950 951 984 985 990 991 1001 1009 1020 1033 1044 1048 1078 1084 1086 1092 1109 1110 1115 1119 1121 1130 1137 1141 1150 1151 1160 1167 1175 1179 1181 1186 1190 1193 1198 1204 1208 1213 1227 1233 1240 1243 1245 1248 1250 1259 1260 1264 1265 1267 1271 1277 1279 1280 1286 1289 1292 1295 1299 1307 1310 1311 1316 1322 1326 1327 1328 1343 1344 1345 1347 1355 1368 1378 1389 1391 1392 1393 1397 1400 1401 1405 1426 1429 1432 1436 1439 1440 1456 1461 1462 1463 1464 1470 1471 1478 1479 1483 1486 1492 1495 1518 1528 1533 1542 1566 1653 1743 1770 1775 1828 1862 1898 1945 2010 2018 2019 2026 2067 2088 2122 2135 2172 2189 2194 2197 2202 2212 2221 2222 2223 2236 2238 2240 2241 2270 2278 2279 2281 2282 2284 2286 2287 2288 2293 2296 2299 2313 2314 2334 2346 2351 2352 2373 2375 2383 2386 2388 198 254 264 341 357 507 635 TTCCAG/CTGGAA 0 -2 170 133 11 -6.2 6 7 21 37 67 93 145 189 196 266 276 294 352 374 389 401 408 418 428 446 485 530 532 547 556 566 586 606 621 622 631 632 674 678 708 738 758 763 816 842 863 874 901 903 916 942 944 967 970 972 978 987 988 995 997 1002 1030 1040 1050 1062 1081 1082 1099 1105 1116 1124 1145 1203 1205 1207 1208 1212 1214 1217 1230 1235 1242 1255 1266 1272 1298 1304 1309 1315 1325 1336 1350 1363 1380 1383 1388 1407 1431 1432 1449 1458 1475 1477 1479 1481 1487 1500 1502 1511 1517 1529 1544 1570 1588 1614 1619 1657 1662 1665 1668 1710 1720 1721 1739 1746 1775 1784 1882 1892 1893 1964 1987 1998 2025 2027 2032 2051 2083 2140 2143 2179 2182 2198 2201 2206 2218 2244 2245 2248 2250 2252 2254 2256 2272 2283 2302 2303 2310 2311 2318 2327 2328 2330 2333 2335 2336 2356 2358 2360 2361 2367 2369 2373 2377 2378 58 65 104 109 186 312 341 377 427 478 586 GCCCAG/CTGGGC 0 -2 170 130 7 -8.3 0 4 10 11 35 96 105 113 124 127 142 155 157 162 166 178 183 193 198 207 225 230 233 236 244 263 279 283 286 312 314 315 326 327 343 347 353 354 362 368 381 390 393 414 420 421 433 461 470 476 480 482 490 497 503 518 526 532 558 567 579 637 653 657 660 666 676 678 690 691 692 694 695 700 706 719 730 736 750 754 766 767 773 803 834 836 840 859 876 887 913 914 922 935 956 964 965 975 986 989 1019 1025 1032 1039 1065 1067 1074 1077 1096 1118 1128 1135 1148 1163 1164 1173 1194 1195 1206 1239 1297 1314 1317 1329 1330 1334 1342 1359 1374 1376 1377 1385 1390 1394 1413 1418 1444 1445 1452 1488 1509 1515 1525 1537 1551 1553 1563 1763 1765 1805 1839 2008 2012 2037 2044 2071 2076 2085 2086 2142 2146 2153 2156 2181 2191 2199 2202 2219 2263 2337 108 197 200 221 390 420 553 GCCCAG/CTGGGC 1 -3 170 130 7 -8.3 0 4 10 11 35 96 105 113 124 127 142 155 157 162 166 178 183 193 198 207 225 230 233 236 244 263 279 283 286 312 314 315 326 327 343 347 353 354 362 368 381 390 393 414 420 421 433 461 470 476 480 482 490 497 503 518 526 532 558 567 579 637 653 657 660 666 676 678 690 691 692 694 695 700 706 719 730 736 750 754 766 767 773 803 834 836 840 859 876 887 913 914 922 935 956 964 965 975 986 989 1019 1025 1032 1039 1065 1067 1074 1077 1096 1118 1128 1135 1148 1163 1164 1173 1194 1195 1206 1239 1297 1314 1317 1329 1330 1334 1342 1359 1374 1376 1377 1385 1390 1394 1413 1418 1444 1445 1452 1488 1509 1515 1525 1537 1551 1553 1563 1763 1765 1805 1839 2008 2012 2037 2044 2071 2076 2085 2086 2142 2146 2153 2156 2181 2191 2199 2202 2219 2263 2337 108 197 200 221 390 420 553 GGCCCA/TGGGCC 0 -3 227 129 6 -9.0 4 15 17 35 50 55 56 78 80 85 105 117 119 120 124 128 129 136 139 142 144 149 155 157 162 167 169 178 187 189 197 206 209 210 222 225 228 230 231 234 243 244 247 248 252 260 261 263 279 282 283 286 287 298 303 314 315 319 324 327 342 343 351 353 362 365 368 376 382 384 387 393 398 408 410 414 420 421 423 426 432 441 449 461 463 468 470 471 481 482 483 490 491 497 503 518 519 526 527 535 549 558 567 579 599 623 636 637 641 657 660 675 676 677 678 692 695 700 702 706 709 711 716 719 726 730 736 740 745 746 755 783 785 800 803 811 827 830 833 836 840 861 871 882 887 913 914 923 930 935 955 956 964 965 966 971 980 986 1005 1029 1032 1043 1054 1065 1067 1073 1074 1077 1101 1118 1128 1135 1151 1152 1154 1164 1173 1177 1195 1212 1239 1242 1276 1284 1290 1300 1314 1317 1322 1334 1342 1359 1374 1376 1385 1390 1394 1399 1418 1444 1452 1475 1490 1499 1509 1525 1527 1537 1539 1551 1564 1650 1704 1790 1804 1805 1893 2044 2149 2176 2181 2183 2191 2196 2199 2212 2386 108 200 418 553 564 627 GGCCCA/TGGGCC 1 -4 227 129 6 -9.0 4 15 17 35 50 55 56 78 80 85 105 117 119 120 124 128 129 136 139 142 144 149 155 157 162 167 169 178 187 189 197 206 209 210 222 225 228 230 231 234 243 244 247 248 252 260 261 263 279 282 283 286 287 298 303 314 315 319 324 327 342 343 351 353 362 365 368 376 382 384 387 393 398 408 410 414 420 421 423 426 432 441 449 461 463 468 470 471 481 482 483 490 491 497 503 518 519 526 527 535 549 558 567 579 599 623 636 637 641 657 660 675 676 677 678 692 695 700 702 706 709 711 716 719 726 730 736 740 745 746 755 783 785 800 803 811 827 830 833 836 840 861 871 882 887 913 914 923 930 935 955 956 964 965 966 971 980 986 1005 1029 1032 1043 1054 1065 1067 1073 1074 1077 1101 1118 1128 1135 1151 1152 1154 1164 1173 1177 1195 1212 1239 1242 1276 1284 1290 1300 1314 1317 1322 1334 1342 1359 1374 1376 1385 1390 1394 1399 1418 1444 1452 1475 1490 1499 1509 1525 1527 1537 1539 1551 1564 1650 1704 1790 1804 1805 1893 2044 2149 2176 2181 2183 2191 2196 2199 2212 2386 108 200 418 553 564 627 TGGAGG/CCTCCA 6 -4 106 121 11 -5.3 14 25 29 53 69 89 100 102 158 167 178 185 194 226 253 307 320 321 324 380 417 450 454 488 510 532 536 541 550 604 614 669 715 739 751 818 830 850 854 897 904 909 917 924 929 937 941 952 976 985 1068 1080 1110 1112 1118 1175 1177 1197 1202 1262 1280 1288 1307 1316 1335 1381 1387 1420 1479 1484 1492 1506 1512 1581 1584 1593 1605 1611 1615 1636 1637 1639 1659 1666 1691 1708 1743 1747 1814 1846 1847 1899 1936 2025 2068 2103 2108 2115 2131 2146 2166 2228 2306 2339 2349 2362 91 182 183 254 312 321 403 412 426 460 471 ATCCAG/CTGGAT 0 -2 169 119 8 -6.7 14 16 18 28 46 61 80 98 109 111 121 131 148 161 176 180 195 201 205 206 209 210 217 241 264 269 349 376 384 409 413 425 451 468 478 499 530 554 581 587 595 610 619 624 634 640 642 644 652 670 701 703 717 718 721 746 761 772 794 796 824 835 846 858 864 878 892 893 906 909 917 927 936 969 978 1004 1007 1022 1029 1042 1056 1060 1064 1073 1098 1126 1134 1153 1159 1178 1187 1189 1191 1198 1218 1225 1227 1229 1231 1237 1244 1298 1300 1326 1335 1349 1366 1428 1441 1474 1481 1482 1485 1503 1505 1522 1530 1532 1536 1547 1549 1565 1587 1598 1611 1651 1725 1741 1771 1800 1911 1994 2031 2045 2046 2064 2065 2076 2098 2099 2107 2110 2115 2156 2158 2213 2224 2226 2227 2229 2244 2251 2256 2260 2265 2290 2294 2300 2303 2304 2321 2339 2343 2349 2354 2366 2368 2379 2380 94 104 134 329 341 359 390 433 TCCCAG/CTGGGA 0 -2 107 111 10 -5.0 4 16 28 38 51 58 61 92 102 125 144 177 257 271 281 320 338 356 366 439 479 516 544 575 588 615 654 720 742 752 802 806 811 827 854 906 939 953 1024 1090 1093 1102 1111 1113 1123 1157 1166 1180 1203 1211 1212 1220 1223 1232 1236 1261 1273 1276 1305 1341 1351 1355 1364 1404 1406 1416 1467 1476 1490 1494 1541 1551 1561 1617 1618 1716 1738 1801 1854 1856 1862 1871 1905 1999 2011 2012 2016 2019 2035 2036 2047 2048 2079 2098 2099 2108 2116 2136 2149 2242 2257 2258 2264 2273 2277 2285 2298 107 111 172 173 219 353 371 404 405 426 CGAGTC/GACTCG 0 0 148 110 5 -7.9 8 23 27 45 81 143 163 219 237 255 274 280 296 297 300 318 348 359 386 406 434 445 449 455 463 475 494 508 517 531 535 540 545 552 560 564 565 587 593 634 639 655 677 699 717 733 741 747 748 754 760 768 769 776 820 844 852 855 873 902 925 931 959 987 992 993 998 1015 1022 1047 1051 1069 1072 1076 1095 1103 1108 1132 1146 1147 1156 1171 1176 1184 1199 1200 1201 1210 1216 1235 1247 1250 1257 1258 1261 1265 1285 1290 1313 1373 1402 1421 1427 1432 1454 1510 1523 1543 1570 1585 1591 1605 1615 1619 1695 1705 1732 1736 1772 1797 1802 1810 1968 2009 2030 2072 2073 2088 2159 2175 2195 2200 2203 2218 2220 2231 2259 2266 2280 2301 2320 2324 2325 2347 2348 2359 2384 2391 162 283 337 406 470 CAGTCA/TGACTG 0 1 117 108 9 -5.2 2 17 18 29 94 104 125 136 177 191 235 265 287 339 342 356 358 360 364 381 407 409 414 428 447 452 456 556 591 605 609 636 644 689 723 727 744 745 748 772 799 808 842 849 887 893 901 904 913 916 936 979 980 991 1042 1053 1073 1092 1096 1119 1137 1155 1193 1197 1243 1245 1256 1260 1264 1265 1292 1299 1311 1328 1366 1367 1397 1411 1420 1445 1458 1459 1462 1464 1498 1507 1550 1562 1577 1635 1669 1724 1745 1770 1783 1848 1878 1981 1987 2008 2021 2069 2083 2122 2135 2202 2221 2232 2240 2252 2270 2294 2303 2306 2313 2360 2373 179 198 219 303 315 330 368 390 480 GCCCAA/TTGGGC 1 -3 150 102 8 -5.2 3 15 50 85 96 105 136 142 145 155 157 162 167 169 189 206 209 219 229 231 234 236 244 250 252 261 276 298 303 315 319 326 351 365 376 381 384 387 393 398 408 410 423 426 448 457 461 463 471 481 490 491 497 500 518 527 534 559 577 599 602 623 636 641 660 675 677 678 692 702 716 726 730 746 750 755 767 783 785 793 800 803 827 830 831 834 842 871 882 887 892 914 923 935 964 971 997 1023 1031 1043 1073 1077 1118 1128 1133 1135 1148 1154 1193 1236 1239 1242 1258 1296 1300 1302 1311 1329 1376 1385 1399 1413 1444 1460 1488 1525 1539 1649 1650 1677 1700 1730 1763 1790 1804 1806 1854 1893 1925 1955 1985 2107 2149 2164 2176 2183 2191 2212 2242 2336 174 210 217 238 387 418 514 564 CGAGTT/AACTCG 0 0 171 100 5 -6.9 8 54 63 75 118 141 154 185 204 220 234 253 258 274 288 293 328 329 336 348 377 388 458 486 498 522 531 535 537 542 543 553 564 584 604 606 627 629 646 647 648 650 684 689 697 712 720 771 772 784 797 798 812 816 820 829 835 837 883 885 920 921 940 948 953 954 963 969 975 993 1005 1006 1059 1070 1083 1089 1093 1101 1102 1107 1129 1138 1143 1149 1209 1219 1256 1268 1278 1292 1294 1300 1302 1308 1313 1316 1320 1325 1357 1361 1381 1405 1410 1412 1417 1419 1423 1425 1443 1446 1451 1453 1457 1469 1472 1480 1498 1501 1504 1507 1515 1517 1540 1604 1608 1686 1690 1764 1789 1819 1837 1906 1943 1957 1972 1989 2055 2056 2070 2082 2093 2108 2134 2157 2170 2182 2186 2217 2223 2233 2235 2247 2261 2269 2275 2276 2297 2305 2307 2309 2312 2319 2322 2329 2342 2344 2357 2363 2364 2382 2385 142 207 321 329 481 GGACCA/TGGTCC 1 -4 90 95 8 -4.7 4 18 37 42 74 89 122 133 146 156 204 213 221 222 223 244 250 316 321 338 357 366 385 392 434 438 447 485 501 548 570 577 607 622 643 653 679 715 719 738 742 781 877 901 927 928 946 1002 1047 1059 1081 1151 1152 1177 1186 1211 1228 1237 1246 1254 1270 1312 1344 1355 1397 1483 1493 1551 1556 1560 1588 1597 1614 1647 1697 1714 1727 1760 1807 1897 1918 2016 2039 2054 2060 2171 2183 2225 2235 2289 48 98 165 174 254 397 566 619 TACTCC/GGAGTA 4 -3 66 95 8 -4.7 16 36 37 47 69 72 77 119 124 126 250 342 350 390 395 645 689 732 747 871 896 982 1063 1132 1164 1183 1190 1223 1244 1260 1261 1456 1479 1500 1520 1548 1581 1593 1597 1606 1632 1644 1683 1703 1707 1747 1750 1792 1798 1802 1834 1848 1852 1859 1905 1924 1958 1974 2016 2027 2039 2065 2070 2102 2306 2334 144 352 360 394 422 454 464 609 GTCCCA/TGGGAC 1 -4 93 91 3 -7.7 4 38 92 126 144 174 200 249 268 296 300 338 339 356 391 466 491 507 516 544 557 565 581 591 597 661 662 672 695 699 700 724 734 742 746 768 792 795 805 809 811 825 858 871 873 886 917 927 943 946 1000 1004 1093 1102 1113 1141 1152 1157 1166 1181 1203 1211 1232 1261 1404 1406 1427 1428 1435 1513 1551 1617 1618 1697 1703 1714 1738 1760 1761 1825 1854 1874 1896 1899 2002 2016 2043 2047 2068 2099 2116 2132 2142 211 376 379 CAGTCC/GGACTG 0 1 104 90 8 -4.2 4 21 25 44 73 112 113 144 166 195 200 226 260 294 300 301 381 384 420 430 462 467 476 491 499 503 506 507 514 558 569 666 667 690 692 698 700 724 734 767 779 780 794 810 834 838 895 925 964 1024 1031 1062 1064 1068 1084 1086 1123 1126 1140 1141 1166 1187 1192 1277 1293 1319 1327 1329 1334 1348 1398 1402 1416 1429 1431 1456 1521 1547 1551 1653 1717 1728 1738 1741 1752 1836 1840 1849 2010 2019 2032 2071 2085 2101 2106 2116 2133 2153 2198 2212 2257 2328 2332 2337 135 145 163 175 211 298 303 379 CAACCC/GGGTTG 3 -2 69 88 6 -5.2 50 97 176 194 228 258 407 410 418 487 493 496 559 602 636 650 659 679 733 742 776 797 822 891 901 915 917 953 960 979 1084 1097 1117 1153 1159 1164 1182 1217 1219 1259 1353 1438 1442 1505 1519 1555 1557 1561 1584 1589 1639 1693 1755 1759 1764 1782 1802 1823 1825 1871 1873 1899 1901 2036 2041 2048 2074 2175 2369 95 115 219 328 343 668 CATCCC/GGGATG 3 -2 55 83 4 -6.1 25 88 90 108 136 287 335 383 385 457 502 541 724 738 768 777 886 898 982 999 1004 1097 1154 1174 1263 1333 1355 1381 1442 1494 1531 1556 1569 1576 1581 1593 1671 1713 1731 1752 1803 1820 1825 1953 1960 1970 2028 2037 2069 2124 2138 2144 2277 2298 2375 179 312 419 656 TCCGCC/GGCGGA 5 -4 49 82 2 -7.8 6 7 8 147 182 206 249 323 339 478 538 539 544 552 572 629 860 874 886 984 1018 1069 1122 1275 1280 1320 1422 1456 1548 1561 1633 1638 1662 1691 1717 1726 1753 1804 1810 1852 1867 1952 1972 2024 2058 2063 2114 2233 2315 202 572 CAGTAC/GTACTG 0 1 79 81 5 -5.2 2 100 120 159 161 172 175 191 206 217 250 326 345 350 397 402 421 426 428 575 656 657 707 750 752 819 853 859 865 870 901 917 928 937 946 959 983 1039 1088 1114 1167 1198 1253 1288 1304 1348 1362 1363 1388 1392 1463 1466 1483 1550 1578 1651 1674 1703 1739 1765 1784 1820 1861 1924 1985 2014 2016 2044 2045 2047 2076 2102 2103 2159 2182 2191 2225 2340 2353 99 104 299 547 644 ACGTGT/ACACGT 2 -4 125 79 4 -5.7 10 52 74 77 83 94 98 109 125 126 134 145 146 150 156 160 171 192 213 228 242 251 257 262 267 302 309 318 324 330 338 339 373 382 383 388 428 439 444 446 464 465 468 471 473 475 513 515 518 523 573 596 617 630 635 650 676 685 687 688 728 731 734 741 750 758 784 818 825 843 846 855 869 874 877 881 886 897 903 912 915 925 943 944 967 983 989 996 1001 1038 1047 1071 1086 1138 1172 1180 1189 1198 1218 1228 1241 1262 1283 1284 1307 1314 1350 1351 1400 1430 1458 1459 1506 1553 1699 1707 1761 1808 1830 1833 1882 1883 1955 2099 2107 21 135 253 647 CGGCCC/GGGCCG 1 -5 73 78 6 -4.3 4 15 50 56 71 85 96 105 117 119 120 136 139 155 157 209 228 282 286 298 384 410 467 468 470 490 558 678 716 719 740 746 783 827 836 882 887 955 971 1005 1032 1067 1073 1077 1101 1115 1161 1166 1212 1239 1253 1314 1385 1429 1431 1490 1509 1527 1551 1564 1577 1600 1616 1640 1805 1829 1877 1987 2039 2044 2105 2183 2199 90 108 166 209 305 398 ACCCAG/CTGGGT 0 -2 86 76 6 -4.1 41 56 82 99 117 167 169 174 249 265 320 387 397 403 405 412 443 474 534 562 602 671 709 716 717 740 783 788 789 805 815 831 836 919 945 966 977 1000 1003 1046 1052 1079 1120 1141 1179 1182 1183 1194 1201 1312 1337 1353 1373 1376 1401 1435 1489 1513 1526 1534 1546 1562 1566 1572 1589 1683 1734 1773 1828 1848 1898 1911 1984 2015 2063 2114 2148 2154 2173 2207 2208 2225 2239 2243 2332 2389 19 37 92 308 556 579 TGCCCA/TGGGCA 1 -4 56 76 7 -3.6 3 11 113 166 269 286 397 469 480 551 555 567 618 694 732 751 754 834 842 859 964 975 989 1011 1025 1039 1041 1131 1206 1258 1311 1329 1336 1347 1359 1377 1563 1566 1582 1583 1657 1700 1730 1763 1854 1861 1931 2053 2071 2073 2075 2076 2107 2144 2219 2337 67 173 199 210 217 390 420 AAGCGG/CCGCTT 7 -6 43 75 5 -4.6 8 45 47 54 95 359 467 666 684 981 1041 1061 1102 1382 1415 1420 1422 1504 1519 1572 1599 1633 1652 1727 1770 1784 1789 1797 1816 1835 1858 1872 1873 1886 1909 1939 1995 1998 2002 2051 2061 2068 2123 53 193 225 302 393 CACGTG/CACGTG 2 -5 119 73 1 -8.1 10 83 98 121 126 134 145 146 150 156 160 171 203 213 228 235 246 248 251 257 262 282 288 292 294 295 309 316 324 338 339 360 366 380 382 383 388 398 409 410 418 441 446 460 464 465 468 473 484 513 518 523 543 573 630 661 675 676 685 687 688 715 734 737 738 740 762 782 787 815 824 825 843 846 853 855 884 886 903 912 916 944 953 964 967 983 989 996 1001 1014 1036 1038 1047 1051 1086 1126 1138 1153 1172 1189 1198 1215 1218 1228 1241 1251 1294 1366 1399 1400 1462 1484 1506 1553 1564 1597 1699 1758 1830 135 ACGTGG/CCACGT 2 -4 113 72 6 -3.8 59 93 111 121 133 134 145 148 149 156 171 189 213 227 233 235 249 257 262 282 292 295 316 327 338 339 366 380 388 389 409 430 440 441 455 460 462 465 468 484 512 540 543 569 572 581 591 594 630 637 661 663 675 685 687 725 734 737 738 762 768 769 787 789 804 825 826 886 893 925 930 944 953 955 964 1001 1035 1036 1079 1089 1126 1138 1153 1172 1177 1215 1228 1235 1241 1260 1280 1294 1333 1366 1400 1484 1492 1506 1531 1564 1597 1707 1758 1791 1853 1858 1931 1984 2060 2069 2127 2130 2386 7 228 334 377 528 615 GCCCAC/GTGGGC 1 -3 82 71 5 -4.3 56 78 85 98 103 117 120 160 166 178 198 228 236 243 260 269 282 283 286 324 325 353 387 397 406 421 431 432 441 468 469 470 483 492 519 535 549 555 618 710 732 811 830 840 913 930 941 944 955 964 980 1015 1018 1029 1032 1063 1065 1073 1098 1122 1151 1164 1173 1212 1276 1321 1475 1549 1564 1566 1582 1583 1628 1704 1748 1861 2053 2060 2081 2140 2181 2386 79 163 199 371 461 TGGCCC/GGGCCA 1 -5 103 71 3 -5.7 17 35 50 55 71 78 112 120 124 129 142 144 167 169 178 197 214 252 261 263 279 287 305 319 340 351 365 368 387 393 408 414 420 426 430 432 441 470 471 483 490 503 518 535 549 571 579 623 637 657 675 702 706 726 730 745 785 800 803 828 861 882 887 964 965 980 981 1008 1032 1033 1054 1104 1128 1151 1154 1164 1173 1177 1197 1239 1284 1347 1359 1385 1399 1499 1515 1539 1575 1577 1721 1805 1827 1884 1885 1893 1895 1989 2086 2162 2181 2191 2199 309 418 494 TGGAGC/GCTCCA 6 -4 78 71 4 -4.9 9 19 20 23 27 79 85 116 123 183 189 193 198 199 237 272 284 291 359 360 434 447 489 505 513 533 568 569 604 687 705 742 751 770 781 794 820 944 949 968 984 1002 1037 1059 1125 1141 1146 1188 1197 1235 1271 1302 1328 1348 1356 1372 1384 1396 1414 1427 1593 1661 1664 1752 1849 1882 1938 1956 1958 2012 2038 2059 2117 2176 2178 2228 2274 2285 44 153 533 672 TCAGCC/GGCTGA 5 -4 43 68 6 -3.5 0 4 11 209 319 354 356 455 461 467 486 532 536 557 598 612 653 691 749 820 823 826 851 954 1020 1087 1088 1095 1117 1154 1166 1407 1551 1595 1596 1704 1733 1784 1858 1863 1871 1955 2278 84 109 135 364 410 615 GGTCCC/GGGACC 1 -5 66 67 5 -3.9 18 74 92 133 174 196 221 249 268 321 338 366 391 438 457 466 539 562 591 597 643 655 661 664 695 700 722 742 804 805 811 886 917 927 946 962 1000 1047 1060 1081 1093 1131 1152 1157 1181 1211 1241 1254 1428 1435 1513 1556 1560 1571 1617 1618 1700 1727 1760 1770 1799 1854 2016 2068 2132 2235 254 377 407 450 566 CTCGAG/CTCGAG 0 -2 99 66 1 -7.3 62 66 219 237 268 274 280 288 297 300 316 329 402 458 459 495 498 508 511 517 531 537 563 599 634 639 677 733 754 760 776 780 806 833 844 868 905 940 971 993 1006 1015 1021 1059 1066 1072 1083 1146 1147 1169 1170 1171 1219 1298 1313 1316 1328 1358 1417 1423 1427 1436 1443 1524 1556 1577 1628 1660 1772 1906 1943 1952 1957 1958 2020 2028 2035 2122 2124 2134 2157 2159 2175 2195 2204 2230 2261 2266 2271 2275 2280 2289 2295 2307 2318 2342 2347 2376 2384 624 CGCCCA/TGGGCG 1 -4 45 66 4 -4.5 10 50 96 103 250 276 325 384 457 492 552 831 834 853 1011 1018 1043 1098 1116 1122 1164 1193 1232 1321 1329 1421 1445 1549 1553 1564 1683 1748 1761 1765 1806 1839 2008 2028 2037 2075 2081 2085 2096 2143 2336 108 163 348 387 CAGTGC/GCACTG 0 1 53 63 2 -5.8 11 51 65 264 307 309 380 407 412 480 533 568 625 641 673 687 690 756 867 878 956 960 985 1018 1094 1105 1122 1151 1153 1203 1246 1343 1349 1357 1379 1422 1563 1565 1570 1587 1619 1703 1800 1865 2031 2063 2107 2128 2146 2180 2281 2354 2365 329 422 AATCGG/CCGATT 7 -6 60 63 3 -4.9 14 48 67 97 116 149 190 196 272 273 313 329 347 486 504 520 592 606 608 776 909 926 958 1054 1116 1176 1177 1227 1385 1443 1520 1673 1685 1720 1767 1798 1812 1824 1840 1876 1924 1937 1968 1980 2008 2030 2062 2090 2171 2174 2230 2237 2254 2265 2296 2324 2327 2359 2371 2373 93 542 624 CGTGTC/GACACG 2 -3 88 59 4 -3.8 4 40 52 83 87 98 109 114 126 134 141 145 146 150 156 192 213 251 262 267 302 318 330 339 353 388 416 444 446 460 464 471 473 513 520 523 596 635 650 662 676 685 687 706 728 730 734 750 758 818 855 881 886 903 912 918 940 967 989 1040 1047 1131 1138 1166 1189 1198 1206 1218 1235 1241 1251 1265 1284 1314 1400 1430 1458 1459 1506 1551 1761 1791 1865 1883 1966 2090 2099 2208 370 389 391 647 TACACC/GGTGTA 4 -3 47 53 2 -4.8 83 115 121 212 220 257 436 496 499 622 642 725 754 855 951 972 1006 1033 1043 1126 1162 1205 1240 1260 1347 1374 1440 1488 1566 1600 1631 1674 1733 1765 1777 1793 1828 1859 1959 1986 1992 1996 2032 2140 2162 2200 2217 515 641 CGTGTG/CACACG 2 -3 62 52 4 -3.2 10 55 74 108 113 126 134 160 228 269 273 304 309 317 338 382 439 464 475 512 515 573 616 688 731 753 784 802 874 897 899 913 919 925 948 1037 1071 1117 1172 1180 1228 1262 1307 1312 1345 1354 1371 1403 1421 1424 1491 1540 1553 1597 1610 1613 1928 1950 2022 2107 2264 2366 40 135 511 663 CCGAGT/ACTCGG 0 -1 40 41 2 -3.6 81 117 183 204 218 219 260 291 488 546 553 712 751 820 835 969 971 1035 1101 1107 1146 1216 1325 1363 1367 1523 1616 1671 1689 1720 1789 1797 1887 1912 1930 1937 1961 2013 2088 2215 81 355