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TG T 721.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=1381.5677;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.77;MQ0=2;QD=10.62;SB=-6.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,45:34:99:764,101,0 chrI 28008 . C CA 1477.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=272.8886;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.76;MQ0=0;QD=28.42;RPA=2,3;RU=A;SB=-3.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1520,150,0 chrI 29283 . CT C 773.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.646;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=70.1848;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.24;MQ0=0;MQRankSum=0.520;QD=13.34;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.953;SB=-3.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,46:58:97:816,97,0 chrI 29455 . T TC 1575.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=404.6963;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.88;MQ0=3;QD=27.65;SB=-5.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,49:53:99:1618,156,0 chrI 29461 . TG T 1500.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=412.1447;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.51;MQ0=3;QD=25.88;SB=-5.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,50:53:99:1543,153,0 chrI 29977 . AT A 1643.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=691.0855;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.94;MQ0=0;QD=32.88;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1686,141,0 chrI 29982 . TG T 1077.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=747.7231;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.94;MQ0=0;QD=21.56;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,45:50:99:1120,138,0 chrI 30076 . A AT 726.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=473.7655;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.74;MQ0=0;QD=19.65;RPA=4,5;RU=T;SB=-8.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,31:37:90:769,90,0 chrI 30098 . T TAAA 931.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.094;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=389.3494;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=1.654;QD=25.19;ReadPosRankSum=3.152;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,13:37:24:974,24,0 chrI 30157 . CA C 558.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=256.6351;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.38;MQ0=0;QD=20.70;RPA=5,4;RU=A;SB=-2.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,25:27:69:601,69,0 chrI 30405 . T TACTTCTTG 2401.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=355.6508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.51;MQ0=0;QD=58.58;RPA=2,3;RU=ACTTCTTG;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,26:41:78:2444,78,0 chrI 30771 . T TA 1987.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=404.4148;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.06;MQ0=0;QD=26.51;RPA=1,2;RU=A;SB=-6.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,72:75:99:2030,192,0 chrI 31094 . A AT 1168.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=392.5523;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.92;MQ0=0;QD=25.98;RPA=2,3;RU=T;SB=-5.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,44:45:99:1211,126,0 chrI 31116 . CATATACATATATATATAT C 2884.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=231.4831;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.66;MQ0=0;QD=75.92;SB=-1.356e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,13:38:87:2927,87,0 chrI 31483 . C CCACA 377.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=21.0430;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.27;MQ0=0;QD=15.12;RPA=11,13;RU=CA;SB=-6.998e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,18:25:34:420,34,0 chrI 34748 . G GT 2450.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=56.2579;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.22;MQ0=0;QD=21.50;RPA=4,5;RU=T;SB=-6.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,104:114:99:2493,291,0 chrI 36421 . A AT 859.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.734;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=242.9854;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.02;MQ0=0;MQRankSum=1.150;QD=12.11;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.018;SB=-1.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,40:71:62:902,62,0 chrI 36436 . CT C 1131.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=268.9410;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.75;MQ0=0;QD=16.17;RPA=9,8;RU=T;SB=-2.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,46:70:99:1174,161,0 chrI 42776 . TA T 578.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=15.5398;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.32;MQ0=0;QD=19.30;RPA=5,4;RU=A;SB=-2.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:75:621,75,0 chrI 45359 . A AG 154.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.884;DP=31;FS=9.859;HaplotypeScore=22.3617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.177;QD=5.00;RPA=10,11;RU=G;ReadPosRankSum=-0.766;SB=-1.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,14:31:91:194,0,91 chrI 45537 . 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C CA 1206.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=80.8282;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=23.21;RPA=3,4;RU=A;SB=-3.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,46:52:99:1249,135,0 chrI 68621 . AT A 1801.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=44.9571;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.99;MQ0=0;QD=23.40;SB=-8.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,65:77:99:1844,177,0 chrI 69727 . AT A 1002.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=215.4215;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.90;MQ0=0;QD=23.88;RPA=3,2;RU=T;SB=-4.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,36:42:99:1045,111,0 chrI 69734 . TG T 883.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=209.8336;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.86;MQ0=0;QD=21.05;RPA=8,7;RU=G;SB=-4.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,38:42:99:926,105,0 chrI 70179 . GA G 557.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=142.2171;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.56;MQ0=0;QD=13.61;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,27:41:83:600,83,0 chrI 70193 . A AAAG 1699.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=112.3685;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.98;MQ0=0;QD=34.69;SB=-4.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,42:49:99:1742,114,0 chrI 70443 . C CA 951.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=64.9547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.01;MQ0=0;QD=20.25;RPA=6,7;RU=A;SB=-4.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,42:47:99:994,120,0 chrI 70524 . CA C 926.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=70.4454;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.58;MQ0=0;QD=23.77;RPA=4,3;RU=A;SB=-4.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,37:39:99:969,105,0 chrI 70858 . A AT 166.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=46.8112;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.25;MQ0=0;QD=9.82;RPA=10,11;RU=T;SB=-5.894e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,11:17:30:209,30,0 chrI 70999 . A AG 387.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=43.2734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.65;MQ0=0;QD=18.47;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,19:21:39:430,39,0 chrI 71119 . A AG 1048.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.631;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=26.7330;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.08;MQ0=0;MQRankSum=0.612;QD=26.90;ReadPosRankSum=-1.121;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,37:39:98:1091,98,0 chrI 71530 . TAAAA T 2221.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=154.7148;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.14;MQ0=0;QD=34.72;RPA=13,9;RU=A;SB=-7.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,49:64:99:2264,132,0 chrI 74999 . ATTT A 1391.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=99.3340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.43;MQ0=0;QD=20.47;RPA=14,11;RU=T;SB=-3.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,42:68:99:1434,124,0 chrI 77494 . CGAA C 2378.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=470.9991;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.65;MQ0=0;QD=25.58;RPA=5,4;RU=GAA;SB=-1.053e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,74:93:99:2421,180,0 chrI 77525 . GA G 189.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.792;DP=74;FS=0.976;HaplotypeScore=727.6315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.159;QD=2.57;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=5.702;SB=-9.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,39:74:99:229,0,601 chrI 77528 . GAAGAA G 1876.24 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.934;DP=76;FS=6.686;HaplotypeScore=575.3790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.840;QD=24.69;ReadPosRankSum=5.168;SB=-9.343e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,39:76:9:1915,0,9 chrI 79567 . A ATT 4047 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=48.0562;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.02;MQ0=1;QD=38.91;SB=-1.986e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,101:103:99:4047,280,0 chrI 84701 . C CTT 1949.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=70.0608;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.71;MQ0=0;QD=20.10;RPA=10,12;RU=T;SB=-3.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,65:97:99:1992,203,0 chrI 92602 . CT C 415.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=39.9289;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=11.24;RPA=12,11;RU=T;SB=-1.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,25:37:70:458,70,0 chrI 99937 . GTAATAGTAAGCTTC G 3095.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=47.0546;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.84;MQ0=0;QD=88.46;RPA=2,1;RU=TAATAGTAAGCTTC;SB=-8.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,24:35:69:3138,69,0 chrI 101450 . TA T 580.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.623;DP=49;FS=4.981;HaplotypeScore=190.0864;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.11;MQ0=0;MQRankSum=1.001;QD=11.86;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.278;SB=-9.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,38:49:88:623,88,0 chrI 108747 . GT G 1647.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.722;DP=130;FS=1.974;HaplotypeScore=145.8030;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.25;MQ0=0;MQRankSum=1.550;QD=12.68;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.022;SB=-6.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,104:130:99:1690,177,0 chrI 110520 . AT A 1071.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=59.1682;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;QD=15.76;RPA=9,8;RU=T;SB=-3.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,54:68:99:1114,152,0 chrI 110711 . GAGAGA G 3964 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=178.8403;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.44;MQ0=1;QD=50.82;SB=-1.456e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,72:77:99:3964,199,0 chrI 113069 . G GTTA 3964 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=56.1845;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=63.76;MQ0=0;QD=36.70;SB=-1.811e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,103:108:99:3964,282,0 chrI 126880 . C CTTTTTTTT,CTTTTCTTT 2409.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.479;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=126.5508;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.14;MQ0=0;MQRankSum=1.613;QD=25.64;ReadPosRankSum=-0.388;SB=-6.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:29,12,42:94:85:2488,658,555,213,0,85 chrI 128103 . A AT 331.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.968;DP=77;FS=5.339;HaplotypeScore=38.1729;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.680;QD=4.31;RPA=14,15;RU=T;ReadPosRankSum=-1.963;SB=-1.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,44:77:86:371,0,86 chrI 138748 . AT A 1080.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=59.9877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.13;MQ0=0;QD=21.20;RPA=3,2;RU=T;SB=-2.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1123,117,0 chrI 138888 . CGAT C 941.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=375.9566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.27;MQ0=0;QD=34.89;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,25:26:63:984,63,0 chrI 138894 . CTGTCTTCTCAATCTTCA C 3370 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=134.8778;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=134.80;SB=-1.509e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,20:25:60:3370,60,0 chrI 139200 . TA T 408.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=53.6038;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.32;MQ0=0;QD=18.59;RPA=3,2;RU=A;SB=-2.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,20:18:45:451,45,0 chrI 139271 . C CTA 1029.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=76.6131;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.96;MQ0=0;QD=38.15;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,22:27:72:1072,72,0 chrI 139346 . A AT 1116.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.447;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=173.2314;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.482;QD=15.51;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.054;SB=-5.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,62:72:99:1159,108,0 chrI 139404 . GTATA G 3591 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=103.7641;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.57;MQ0=0;QD=41.28;RPA=7,5;RU=TA;SB=-5.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,72:87:99:3591,213,0 chrI 142776 . CGAT C 1446.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.503;DP=74;FS=2.381;HaplotypeScore=149.6189;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=1.644;QD=19.55;ReadPosRankSum=-2.492;SB=-6.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,45:74:99:1486,0,281 chrI 142779 . T TGAC 1184.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.000;DP=70;FS=1.104;HaplotypeScore=175.1441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=0.250;QD=16.93;ReadPosRankSum=-2.328;SB=-5.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,18:70:99:1224,0,267 chrI 143565 . GT G 1442.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=118.7801;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.30;MQ0=0;QD=26.24;RPA=3,2;RU=T;SB=-5.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,53:55:99:1485,144,0 chrI 151626 . TAC T 678.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=11.1455;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.26;MQ0=0;QD=30.86;RPA=2,1;RU=AC;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,21:22:60:721,60,0 chrI 154817 . GT G 749.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.972;DP=65;FS=3.823;HaplotypeScore=56.1737;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.46;MQ0=1;MQRankSum=-0.718;QD=11.54;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.056;SB=-3.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,42:64:97:792,97,0 chrI 154969 . C CT 1464.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=33.0204;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.99;MQ0=0;QD=21.54;RPA=4,5;RU=T;SB=-2.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,65:68:99:1507,165,0 chrI 156451 . TG T 1838.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=263.9702;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.85;MQ0=0;QD=29.19;RPA=2,1;RU=G;SB=-6.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,61:63:99:1881,180,0 chrI 159877 . AT A 3621 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=312.2745;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.97;MQ0=0;QD=23.67;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.508e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,150:153:99:3621,429,0 chrI 160074 . AT A 1103.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=33.6718;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.54;MQ0=0;QD=17.25;RPA=4,3;RU=T;SB=-5.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,53:64:99:1146,126,0 chrI 166148 . ATTTCTATTCCAACAGG A 8720 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=1274.2380;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.76;MQ0=0;QD=147.80;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:8720,154,0 chrI 169227 . CAT C 1124.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.641;DP=77;FS=4.037;HaplotypeScore=40.3189;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=1.277;QD=14.61;RPA=7,6;RU=AT;ReadPosRankSum=1.277;SB=-4.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,45:77:99:1167,100,0 chrI 171961 . AT A 1385.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=132.8289;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.79;MQ0=0;QD=23.10;RPA=3,2;RU=T;SB=-5.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,59:60:99:1428,144,0 chrI 175856 . TG T 2016.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=153.6379;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;QD=26.54;SB=-9.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:76:99:2059,201,0 chrI 176272 . T TA 650.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=153.1830;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.22;MQ0=0;QD=22.45;RPA=3,4;RU=A;SB=-2.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,24:29:72:693,72,0 chrI 176390 . AT A 1262.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=110.4500;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;QD=25.77;RPA=2,1;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,41:49:99:1305,138,0 chrI 176473 . AT A 443.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=101.8587;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.44;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,21:27:42:486,42,0 chrI 178459 . GT G 985.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.713;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=311.9732;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.257;QD=13.51;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.121;SB=-4.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,57:73:99:1028,129,0 chrI 179139 . A AT 1026.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.037;DP=62;FS=3.499;HaplotypeScore=36.1999;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.774;QD=16.56;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.627;SB=-4.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,47:62:99:1069,118,0 chrI 179980 . G GT 2013.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=540.2043;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.85;MQ0=0;QD=17.82;RPA=8,9;RU=T;SB=-4.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,99:113:99:2056,272,0 chrI 180135 . GTACA G 2885.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=100.9558;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.16;MQ0=0;QD=51.53;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,49:56:99:2928,150,0 chrI 180217 . AAAC A 1596.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=186.9751;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.91;MQ0=0;QD=44.36;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,32:36:99:1639,99,0 chrI 180275 . AT A 349.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=119.5267;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.53;MQ0=0;QD=13.46;RPA=10,9;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,20:26:56:392,56,0 chrI 180829 . T TC 1538.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.489;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=724.0015;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.59;MQ0=0;MQRankSum=1.064;QD=24.05;ReadPosRankSum=1.307;SB=-6.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,58:64:99:1581,167,0 chrI 181085 . T TA 1643.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=265.3647;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.15;MQ0=0;QD=23.83;RPA=2,3;RU=A;SB=-7.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,61:69:99:1686,174,0 chrI 181277 . T TA 2159.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=150.8186;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.12;MQ0=0;QD=25.71;RPA=1,2;RU=A;SB=-7.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,82:84:99:2202,207,0 chrI 181957 . TTA T 1985.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=47.7327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.40;MQ0=0;QD=25.46;RPA=4,3;RU=TA;SB=-8.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,65:78:99:2028,183,0 chrI 182509 . T TA 516.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=67.3330;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.77;MQ0=0;QD=14.36;RPA=9,10;RU=A;SB=-1.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,28:36:76:559,76,0 chrI 183079 . T TA 1097.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=23.5687;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.97;MQ0=0;QD=19.96;RPA=6,7;RU=A;SB=-4.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,46:55:99:1140,135,0 chrI 183387 . AC A 1001.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=124.2227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.74;MQ0=0;QD=26.37;RPA=2,1;RU=C;SB=-1.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,34:38:99:1044,99,0 chrI 183931 . G GC 547.96 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.107;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=1162.4247;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.42;MQ0=0;MQRankSum=2.471;QD=17.68;ReadPosRankSum=2.041;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,19:31:40:590,40,0 chrI 183934 . C CTG 444.96 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.971;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=932.8277;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.37;MQ0=0;MQRankSum=2.113;QD=18.54;ReadPosRankSum=1.999;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,20:24:48:487,48,0 chrI 183938 . AT A 225.96 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=898.7396;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.67;MQ0=0;QD=10.27;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,20:22:59:268,59,0 chrI 183941 . CCT C 666.96 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=854.7081;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.67;MQ0=0;QD=30.32;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:66:709,66,0 chrI 184138 . G GA 252.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=259.0471;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.53;MQ0=0;QD=23.00;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:27:295,27,0 chrI 184258 . A AAT 742.96 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=1545.1998;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.70;MQ0=0;QD=23.22;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:32:90:785,90,0 chrI 184259 . C CG 100.98 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=366.1795;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=11.22;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:26:143,26,0 chrI 184261 . GACA G 336.98 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=342.5750;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=37.44;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27:379,27,0 chrI 184346 . GAGA G 491.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=425.2089;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=37.84;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,9:13:33:534,33,0 chrI 186843 . C CT 1789.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.723;DP=129;FS=33.890;HaplotypeScore=1203.7595;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.21;MQ0=0;MQRankSum=-2.820;QD=13.88;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=-1.182;SB=-7.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,64:128:99:1829,0,1057 chrI 186877 . C CT 3011.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=1199.9332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.68;MQ0=0;QD=24.29;RPA=2,3;RU=T;SB=-9.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,117:124:99:3054,316,0 chrI 186890 . G GAA 3864 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=1019.5735;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.88;MQ0=0;QD=33.03;RPA=5,7;RU=A;SB=-8.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,108:117:99:3864,322,0 chrI 187543 . AGCC A 1994.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=987.4426;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.46;MQ0=0;QD=49.87;SB=-7.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:38:99:2037,114,0 chrI 187766 . C CA 752.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=1158.6154;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.55;MQ0=1;QD=15.69;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:39:99:795,102,0 chrI 187770 . G GAT 574.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=553.4410;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.72;MQ0=0;QD=33.82;SB=-8.500e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:15:45:617,45,0 chrI 187778 . T TCGA 801.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=530.6526;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.72;MQ0=0;QD=47.17;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:15:45:844,45,0 chrI 187784 . G GGCA 797.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=531.1460;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.72;MQ0=0;QD=46.94;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:15:45:840,45,0 chrI 189743 . TTCCC T 2798.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=1438.6541;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.84;MQ0=0;QD=36.83;SB=-6.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:68:99:2841,163,0 chrI 189750 . A AC 1175.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=1403.0736;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.26;MQ0=0;QD=20.28;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,57:54:99:1218,161,0 chrI 189784 . TTTACCGTGATGAAGA T 5964 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=986.6549;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.27;MQ0=0;QD=101.08;SB=-1.417e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,40:55:99:5964,111,0 chrI 189816 . C CA 948.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=1454.2238;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.21;MQ0=0;QD=14.38;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,48:61:99:991,133,0 chrI 189821 . CGT C 1799.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=883.6694;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.61;MQ0=0;QD=33.96;SB=-8.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,49:51:99:1842,148,0 chrI 192551 . CA C 473.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.347;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=149.0887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=-2.014;QD=9.11;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.116;SB=-1.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,21:52:51:516,51,0 chrI 196428 . GC G 1132.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=123.6825;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.73;MQ0=0;QD=26.98;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:42:99:1175,102,0 chrI 196460 . C CA 362.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.619;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=174.7324;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.03;MQ0=0;MQRankSum=-2.037;QD=10.68;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-1.097;SB=-3.798e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,23:34:30:405,30,0 chrI 196909 . TA T 817.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=227.7962;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.27;MQ0=0;QD=22.11;RPA=3,2;RU=A;SB=-2.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,33:37:87:860,87,0 chrI 197812 . 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A AG 407.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=620.5813;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=25.50;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48:450,48,0 chrI 202540 . CTTTT C 877.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=593.6888;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=51.64;RPA=5,1;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,15:17:48:920,48,0 chrI 202583 . AAGT A 729.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=497.4520;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.61;MQ0=0;QD=52.14;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42:772,42,0 chrI 202607 . T TA 416.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=496.1680;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.63;MQ0=0;QD=27.80;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:15:39:459,39,0 chrI 202668 . G GAA 491.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=448.7118;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.82;MQ0=0;QD=25.89;RPA=4,6;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,15:19:45:534,45,0 chrI 202698 . A AT 763.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=728.4404;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.14;MQ0=0;QD=24.64;RPA=3,4;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,29:31:90:806,90,0 chrI 202896 . TCCTC T 1751.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=90.7162;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.75;MQ0=0;QD=53.09;SB=-8.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,32:33:93:1794,93,0 chrI 203091 . CA C 860.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=219.4933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.75;MQ0=0;QD=17.22;RPA=5,4;RU=A;SB=-3.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,47:49:99:903,108,0 chrI 204220 . T TAG 545.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=470.3610;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.80;MQ0=0;QD=39.00;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:13:39:588,39,0 chrI 204230 . T TC 424.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=482.5055;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.80;MQ0=0;QD=30.35;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:13:39:467,39,0 chrI 206176 . CG C 196.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=202.6435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.69;MQ0=0;QD=13.13;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:12:30:239,30,0 chrI 206179 . A AC 170.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=193.8818;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.52;MQ0=0;QD=12.21;RPA=1,2;RU=C;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:11:30:213,30,0 chrI 208126 . G GA 248.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=56.7258;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.44;MQ0=3;QD=13.10;RPA=1,2;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,17:11:27:291,27,0 chrI 210060 . C CTT 349.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=28.5654;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.17;MQ0=1;QD=29.16;RPA=3,5;RU=T;SB=-1.779e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:11:33:392,33,0 chrI 210314 . GT G 217.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=54.8604;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.49;MQ0=2;QD=14.53;RPA=7,6;RU=T;SB=-4.699e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:12:33:260,33,0 chrI 220014 . AT A 129.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=35.4051;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=14.13;MQ0=38;QD=2.28;RPA=10,9;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,43:15:24:172,24,0 chrI 220136 . TC T 169.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.510;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=32.0550;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=12.76;MQ0=64;MQRankSum=-1.111;QD=1.59;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=-1.644;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,49:22:99:209,0,204 chrI 220667 . ATTG A 770.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=138.7070;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.21;MQ0=8;QD=13.29;RPA=5,4;RU=TTG;SB=-2.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,33:42:69:813,69,0 chrI 221007 . CT C 238.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=32.7982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=13.01;MQ0=55;QD=2.66;RPA=5,4;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,67:16:33:281,33,0 chrI 223712 . TA T 3441 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=171;FS=0.000;HaplotypeScore=250.9055;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.66;MQ0=8;QD=20.12;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.357e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,164:163:99:3441,471,0 chrI 224487 . A AG 233.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=47.2696;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=10.12;MQ0=84;QD=2.25;RPA=1,2;RU=G;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,91:13:27:276,27,0 chrI 225394 . GGAAGAA G 2184.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=149.9614;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.19;MQ0=50;QD=15.50;RPA=6,4;RU=GAA;SB=-2.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,115:41:93:2227,93,0 chrI 226868 . A ACC 333.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=128.0344;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.95;MQ0=8;QD=16.70;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,14:10:24:376,24,0 chrI 226876 . A AT 187.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=141.7113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.44;MQ0=5;QD=13.43;RPA=2,3;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:8:24:230,24,0 chrII 5879 . C CT 166.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.099;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=351.0888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.42;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=8.35;ReadPosRankSum=1.774;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,6:18:99:206,0,128 chrII 5885 . T TGA 331.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.826;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=379.2197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.702;QD=16.60;ReadPosRankSum=-1.545;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,7:18:99:371,0,243 chrII 5911 . CA C 547.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=284.1039;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.93;MQ0=1;QD=26.09;SB=-4.000e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:16:45:590,45,0 chrII 6186 . CACAT C 306.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.348;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=106.4502;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.77;MQ0=0;MQRankSum=0.696;QD=27.86;ReadPosRankSum=1.393;SB=-2.902e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,5:10:4:346,4,0 chrII 6250 . GTA G 338.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.367;DP=38;FS=6.852;HaplotypeScore=224.5990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.39;MQ0=6;MQRankSum=1.406;QD=8.92;RPA=3,2;RU=TA;ReadPosRankSum=1.160;SB=-1.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,12:30:99:378,0,597 chrII 6259 . AC A 320.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.152;DP=34;FS=20.141;HaplotypeScore=204.4349;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.86;MQ0=5;MQRankSum=1.505;QD=9.44;ReadPosRankSum=0.141;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,12:28:99:360,0,366 chrII 6571 . AT A 912.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=1548.9096;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.10;MQ0=0;QD=15.22;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,48:46:99:955,113,0 chrII 6576 . T TC 1338.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.058;DP=64;FS=20.666;HaplotypeScore=1836.5910;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.32;MQ0=0;MQRankSum=1.501;QD=20.92;ReadPosRankSum=-0.916;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,60:51:92:1381,92,0 chrII 6612 . G GA 1642.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.359;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=2196.7720;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.85;MQ0=0;MQRankSum=1.260;QD=27.85;ReadPosRankSum=2.084;SB=-8.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,47:54:99:1685,126,0 chrII 6781 . G GT 393.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.287;DP=59;FS=26.276;HaplotypeScore=878.8354;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.93;MQ0=1;MQRankSum=-0.842;QD=6.68;ReadPosRankSum=-1.256;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,15:41:99:433,0,843 chrII 7204 . C CG 163.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=73.0436;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.65;MQ0=0;QD=20.40;SB=-4.075e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:5:15:205,15,0 chrII 8013 . ATAGT A 781.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=300.2429;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.64;MQ0=4;QD=32.58;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,13:14:42:824,42,0 chrII 8163 . A AT 1877.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=1116.8158;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.21;MQ0=9;QD=24.39;RPA=1,2;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,62:62:99:1920,183,0 chrII 8302 . CGG C 1238.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=625.4181;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=41.30;RPA=6,4;RU=G;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:90:1281,90,0 chrII 9520 . A AC 1031.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=99.4930;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=31.27;RPA=1,2;RU=C;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,31:33:90:1074,90,0 chrII 10584 . 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G GTTTCTGTTATT 6897 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=55.4610;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.85;MQ0=0;QD=118.91;SB=-3.433e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,40:58:99:6897,169,0 chrII 23803 . A AG 1894.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=112.3166;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=30.08;RPA=1,2;RU=G;SB=-9.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,55:63:99:1937,162,0 chrII 24920 . CA C 959.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.652;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=124.0351;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.09;MQ0=0;MQRankSum=0.443;QD=15.48;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=1.088;SB=-1.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,44:62:99:1002,118,0 chrII 28695 . CT C 410.42 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.458;DP=47;FS=5.721;HaplotypeScore=19.1173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.214;QD=8.73;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.397;SB=-2.435e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,26:47:1:448,0,1 chrII 40582 . GATATATAC G 303.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=71.0484;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.49;MQ0=0;QD=12.67;SB=-7.900e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,14:24:35:346,35,0 chrII 40802 . CA C 1216.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=47.3753;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.16;MQ0=0;QD=19.95;RPA=8,7;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,52:61:99:1259,153,0 chrII 43225 . A AT 1340.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=79.9573;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.71;MQ0=0;QD=22.73;RPA=5,6;RU=T;SB=-3.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,56:59:99:1383,147,0 chrII 45219 . C CT 787.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.393;DP=54;FS=2.846;HaplotypeScore=125.7540;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.696;QD=14.59;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.757;SB=-3.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,29:54:73:830,73,0 chrII 45953 . TTCA T 976.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.237;DP=61;FS=4.085;HaplotypeScore=150.9926;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.65;MQ0=1;MQRankSum=0.063;QD=16.02;ReadPosRankSum=0.523;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,26:60:84:1019,84,0 chrII 61038 . A AAAT 1659.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=297.9409;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.88;MQ0=0;QD=46.11;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,31:36:99:1702,102,0 chrII 61054 . G GT 904.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=469.5132;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.90;MQ0=0;QD=23.20;RPA=5,6;RU=T;SB=-4.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,34:39:99:947,102,0 chrII 62776 . GA G 917.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.348;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=86.4602;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=2.090;QD=15.83;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.470;SB=-2.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,49:58:99:960,108,0 chrII 62939 . T TG 1579.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=256.3847;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.85;MQ0=0;QD=32.24;RPA=3,4;RU=G;SB=-6.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,47:49:99:1622,147,0 chrII 63002 . GGAGCC G 3462 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=319.1052;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.66;MQ0=0;QD=58.68;RPA=2,1;RU=GAGCC;SB=-1.649e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,51:59:99:3462,153,0 chrII 63167 . C CA 1447.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=99.9166;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;QD=26.33;RPA=2,3;RU=A;SB=-4.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,49:55:99:1490,135,0 chrII 63661 . G GA 551.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.515;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=32.6726;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.153;QD=10.41;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.487;SB=-1.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,30:53:99:591,0,135 chrII 72362 . ACAG A 2788.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=799.6455;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.31;MQ0=0;QD=22.49;SB=-1.296e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:82,38:123:99:2831,284,0 chrII 72389 . ACAACAG A 3853 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.662;DP=114;FS=3.191;HaplotypeScore=706.2012;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.927;QD=33.80;ReadPosRankSum=0.437;SB=-1.852e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:48,65:113:99:3853,281,0 chrII 74876 . C CA 2964.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=582.5726;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.83;MQ0=0;QD=23.72;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.120e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,118:125:99:3007,342,0 chrII 88125 . CT C 505.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.860;DP=56;FS=1.763;HaplotypeScore=176.2238;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.65;MQ0=0;MQRankSum=1.006;QD=9.04;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.153;SB=-1.809e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,26:56:48:545,0,48 chrII 88481 . TGAG T 4074 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=563.7011;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.72;MQ0=0;QD=42.00;RPA=2,1;RU=GAG;SB=-1.342e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,81:96:99:4074,254,0 chrII 88491 . AG A 1840.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.333;DP=88;FS=9.038;HaplotypeScore=760.0629;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.452;QD=20.92;ReadPosRankSum=2.274;SB=-5.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,81:87:99:1883,205,0 chrII 88494 . AG A 1938.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.335;DP=89;FS=8.954;HaplotypeScore=752.0785;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.705;QD=21.79;ReadPosRankSum=1.905;SB=-7.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,81:88:99:1981,226,0 chrII 89351 . CT C 1886.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=84.7955;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=24.19;RPA=5,4;RU=T;SB=-7.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,72:78:99:1929,210,0 chrII 96034 . GA G 932.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.161;DP=60;FS=2.980;HaplotypeScore=52.0352;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.490;QD=15.55;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.470;SB=-4.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,47:60:96:975,96,0 chrII 96287 . GA G 447.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=47.4903;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;QD=17.92;RPA=11,10;RU=A;SB=-1.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:25:68:490,68,0 chrII 101289 . T TA 854.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=27.3767;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.90;MQ0=0;QD=23.75;RPA=5,6;RU=A;SB=-2.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,33:36:96:897,96,0 chrII 101340 . C CA 270.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=54.4422;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=11.29;RPA=11,12;RU=A;SB=-9.998e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,11:24:41:313,41,0 chrII 111645 . T TCTC 3386 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=93.0781;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.71;MQ0=0;QD=40.31;RPA=1,2;RU=CTC;SB=-1.276e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,69:84:99:3386,205,0 chrII 117293 . GA G 1445.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=99.2847;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.57;MQ0=0;QD=19.81;RPA=9,8;RU=A;SB=-5.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,65:73:99:1488,188,0 chrII 119975 . C CACT 4497 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.698;DP=113;FS=4.108;HaplotypeScore=476.9916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.320;QD=39.80;RPA=2,3;RU=ACT;ReadPosRankSum=-1.564;SB=-1.784e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,109:113:99:4497,287,0 chrII 127636 . CTT C,CT 305.92 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=75.3467;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.86;MQ0=0;MQRankSum=0.400;QD=9.00;RPA=13,11,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.542;SB=-1.654e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:8,5,0:34:42:383,258,407,80,0,42 chrII 133888 . TATATAC T 112.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=25.6267;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=68.29;MQ0=0;QD=10.23;SB=-6.550e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,10:11:12:154,12,0 chrII 136039 . T TA 2740.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=60.4591;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.79;MQ0=0;QD=25.15;RPA=3,4;RU=A;SB=-7.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,99:109:99:2783,274,0 chrII 136467 . AATAT A 727.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=19.6691;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;QD=11.93;RPA=8,6;RU=AT;SB=-1.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,21:61:45:770,45,0 chrII 137522 . ATT A 2429.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=32.9972;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.17;MQ0=0;QD=28.59;RPA=10,8;RU=T;SB=-3.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,78:85:99:2472,222,0 chrII 138011 . CT C 449.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=83.4198;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.36;MQ0=0;QD=13.64;RPA=12,11;RU=T;SB=-1.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,22:33:68:492,68,0 chrII 138274 . A AT 248.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.824;DP=66;FS=5.469;HaplotypeScore=43.5594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.22;MQ0=0;MQRankSum=1.078;QD=3.77;RPA=15,16;RU=T;ReadPosRankSum=-0.951;SB=-1.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,25:66:99:288,0,113 chrII 141047 . GTT G 2757.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=167.8790;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.12;MQ0=0;QD=25.30;RPA=10,8;RU=T;SB=-1.177e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,97:109:99:2800,258,0 chrII 143245 . A AGGTAT 2321.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=39.5462;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.16;MQ0=0;QD=61.10;RPA=1,2;RU=GGTAT;SB=-9.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,32:38:99:2364,99,0 chrII 150337 . A AAC 2034.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.625;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=203.0916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.659;QD=22.12;RPA=6,7;RU=AC;ReadPosRankSum=-0.490;SB=-8.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:60,32:92:99:2077,160,0 chrII 150403 . TA T 2268.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=98.7851;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=21.01;RPA=9,8;RU=A;SB=-2.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,104:108:99:2311,290,0 chrII 151274 . G GT,GTT 1315.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.072;DP=84;FS=3.680;HaplotypeScore=62.1192;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.402;QD=15.67;RPA=11,12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.247;SB=-5.758e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:26,50,7:84:66:1394,226,66,858,0,775 chrII 153609 . ATT A,AT 382.01 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.433;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=13.7363;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=1.395;QD=11.24;RPA=13,11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.722;SB=-1.611e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:8,6,0:34:54:460,319,420,88,0,54 chrII 162819 . AT A 654.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=66.7538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;QD=14.89;RPA=12,11;RU=T;SB=-2.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,31:44:97:697,97,0 chrII 167264 . AT A 1082.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=30.3896;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=20.83;RPA=4,3;RU=T;SB=-2.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,40:52:99:1125,114,0 chrII 167385 . C CT 1343.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=271.6531;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.66;MQ0=0;QD=26.88;RPA=3,4;RU=T;SB=-6.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,47:50:99:1386,135,0 chrII 167978 . C CAA 294.24 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.037;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=78.2317;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQ0=0;MQRankSum=1.054;QD=9.19;RPA=16,18;RU=A;ReadPosRankSum=-1.897;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:32:9:333,0,9 chrII 169977 . AT A 146.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.889;DP=26;FS=4.416;HaplotypeScore=365.4732;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.133;QD=5.65;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=3.889;SB=-2.089e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,16:26:43:186,0,43 chrII 169981 . GCAAAATTATTCTGGATTT G 2921.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.626;DP=37;FS=5.620;HaplotypeScore=118.4206;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.40;MQ0=0;MQRankSum=1.109;QD=78.97;ReadPosRankSum=4.690;SB=-5.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,16:37:89:2961,0,89 chrII 172371 . CT C 1169.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=296.6025;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.54;MQ0=0;QD=20.53;RPA=9,8;RU=T;SB=-3.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,51:57:99:1212,152,0 chrII 174499 . GAAGAAA G 3483 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=26.3403;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.35;MQ0=0;QD=49.06;RPA=4,3;RU=AAGAAA;SB=-1.436e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,44:70:99:3483,150,0 chrII 174714 . ATT A,AT 762.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=67.0951;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.08;MQ0=0;QD=9.08;RPA=17,15,16;RU=T;SB=-1.798e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:45,24,0:83:78:841,78,112,550,0,460 chrII 174880 . T TA 1846.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=282.6814;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.58;MQ0=0;QD=30.78;SB=-6.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,57:60:99:1889,174,0 chrII 184206 . A AT 1640.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.662;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=290.0765;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.102;QD=16.58;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.306;SB=-5.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,69:99:99:1683,179,0 chrII 193546 . C CAAT 11963 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1005.8962;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.38;MQ0=0;QD=47.85;RPA=1,2;RU=AAT;SB=-4.173e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,239:250:99:11963,704,0 chrII 193715 . GAA G 2010.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=159.0923;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.75;MQ0=0;QD=23.11;RPA=10,8;RU=A;SB=-9.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,66:87:99:2053,186,0 chrII 195736 . CA C 3003.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=464.7377;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=21.46;RPA=8,7;RU=A;SB=-6.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,131:140:99:3046,371,0 chrII 196362 . GA G 1415.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=85.6196;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;QD=16.66;RPA=10,9;RU=A;SB=-5.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,67:85:99:1458,188,0 chrII 197567 . A AT 863.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=77.3158;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.32;MQ0=0;QD=18.00;RPA=7,8;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,34:48:99:906,102,0 chrII 197596 . AT A 168.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=107.9421;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=8.05;RPA=6,5;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,13:21:24:211,24,0 chrII 197612 . T TA 101.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=45.5199;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.19;MQ0=0;QD=11.25;RPA=5,6;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,5:9:15:143,15,0 chrII 197757 . TCC T 541.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=37.8581;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.38;MQ0=1;QD=38.71;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,12:13:36:584,36,0 chrII 205751 . AGAGGAAGAAGAAGAG A 3477 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=286.6070;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.31;MQ0=0;QD=48.29;SB=-1.041e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,5:72:99:3466,187,0 chrII 205763 . AGAGGAAGAAGAAGAA A,AGAAGAAGAAGAA 2658.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=446.7940;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=40.98;MQ0=0;QD=34.09;RPA=2,1,-1;RU=GAGGAAGAAGAAGAA;SB=-7.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:57,0,0:77:99:2737,802,1144,1093,0,886 chrII 205775 . AGAAGAG A 2400.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.509;DP=78;FS=5.812;HaplotypeScore=504.4957;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.33;MQ0=0;MQRankSum=0.391;QD=30.78;ReadPosRankSum=0.168;SB=-5.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:56,21:77:99:2443,176,0 chrII 207021 . GTT G,GT 673.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.126;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=35.3976;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=0.992;QD=8.75;RPA=14,12,13;RU=T;ReadPosRankSum=1.555;SB=-2.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:26,13,1:77:93:752,506,816,108,0,93 chrII 212519 . T TA 1193.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.212;DP=93;FS=7.409;HaplotypeScore=41.4942;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.555;QD=12.84;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.623;SB=-3.795e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,53:93:58:1236,58,0 chrII 220817 . CT C 618.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=16.4536;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.93;MQ0=0;QD=15.87;RPA=9,8;RU=T;SB=-2.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,32:39:84:661,84,0 chrII 221036 . T TC 1923.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=678.4342;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.69;MQ0=0;QD=35.63;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,52:54:99:1966,150,0 chrII 226901 . CT C 744.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=536.2076;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.52;MQ0=7;QD=24.03;RPA=3,2;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,24:24:72:787,72,0 chrII 226952 . AG A 1400.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=671.5123;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.14;MQ0=0;QD=34.17;RPA=2,1;RU=G;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:41:99:1443,120,0 chrII 237816 . T TA 1782.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=286.8655;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.27;MQ0=0;QD=28.76;RPA=3,4;RU=A;SB=-8.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1825,180,0 chrII 238105 . GA G 972.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=224.1405;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.04;MQ0=0;QD=24.32;RPA=7,6;RU=A;SB=-2.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:1015,120,0 chrII 238382 . C CA 1025.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=90.7470;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.19;MQ0=0;QD=20.94;RPA=7,8;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,41:49:99:1068,120,0 chrII 238920 . 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CT C 1913.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=187.2908;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.35;MQ0=0;QD=25.86;RPA=4,3;RU=T;SB=-8.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,71:74:99:1956,198,0 chrII 254459 . CT C 1555.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.107;DP=104;FS=3.388;HaplotypeScore=180.9106;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.722;QD=14.96;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.481;SB=-6.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,83:104:99:1598,189,0 chrII 256846 . AT A 774.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=12.0783;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.87;RPA=6,5;RU=T;SB=-3.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,32:39:93:817,93,0 chrII 258993 . CAT C 2165.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=144.0733;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.12;MQ0=0;QD=22.80;RPA=8,7;RU=AT;SB=-1.077e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,70:95:99:2208,195,0 chrII 266319 . 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TTCA T 4353 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=142.1308;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.91;MQ0=0;QD=29.21;RPA=8,7;RU=TCA;SB=-1.880e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,108:149:99:4353,301,0 chrII 274140 . CTTT C 1998.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=328.6261;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.42;MQ0=0;QD=46.49;RPA=4,1;RU=T;SB=-5.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,40:43:99:2041,120,0 chrII 274310 . TAAA T 369.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=181.8893;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.32;MQ0=0;QD=19.47;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,6:19:44:412,44,0 chrII 274314 . TATATA T 324.73 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.054;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=177.1405;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.248;QD=18.04;ReadPosRankSum=2.054;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,6:18:0:362,0,0 chrII 288704 . A AT 2019.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.110;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=618.1184;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.066;QD=24.34;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.489;SB=-1.004e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,77:83:99:2062,209,0 chrII 292523 . T TC 2993.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=281.3331;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.36;MQ0=0;QD=32.19;SB=-1.506e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,79:93:99:3036,256,0 chrII 292608 . G GT 2136.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=458.7122;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.47;MQ0=0;QD=21.81;RPA=7,8;RU=T;SB=-9.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,88:98:99:2179,243,0 chrII 296036 . TG T 3296 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=272.2043;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=32.63;RPA=2,1;RU=G;SB=-6.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,97:101:99:3296,283,0 chrII 296282 . AG A 1321.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=20.4911;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=28.74;RPA=3,2;RU=G;SB=-5.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,42:46:99:1364,120,0 chrII 299551 . AGAGGAA A,AGTGGAGGAA 4707 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=974.9105;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=33.76;MQ0=0;QD=43.58;SB=-2.217e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:40,0,0:108:99:4707,4452,6594,485,0,390 chrII 299554 . GGAA G,GGAAGAGAGCGAA 7412 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=716.8371;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=33.76;MQ0=0;QD=68.63;SB=-3.294e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:41,14,0:108:99:7412,7122,8650,390,0,138 chrII 300033 . GAAAAA G 350.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=48.8862;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.01;MQ0=0;QD=12.97;RPA=26,21;RU=A;SB=-2.918e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,3:27:26:392,26,0 chrII 307442 . T TA 933.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.479;DP=60;FS=3.112;HaplotypeScore=206.5290;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.197;QD=15.57;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.493;SB=-4.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,39:60:85:976,85,0 chrII 307517 . C CA 1568.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=179.7854;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;QD=29.60;RPA=1,2;RU=A;SB=-7.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,48:53:99:1611,135,0 chrII 310328 . G GT 2146.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=102.5933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=28.25;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.082e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,74:76:99:2189,213,0 chrII 311411 . T TTGCAACGTGGAACTATAA 11163 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=118.9325;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.01;MQ0=0;QD=169.14;SB=-3.875e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,28:66:99:11163,190,0 chrII 311639 . G GT 1512.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=239.6472;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.37;MQ0=0;QD=24.40;RPA=6,7;RU=T;SB=-5.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,57:62:99:1555,168,0 chrII 311665 . TA T 1952.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=270.9687;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.48;MQ0=0;QD=29.15;RPA=3,2;RU=A;SB=-7.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,60:67:99:1995,186,0 chrII 321859 . C CTTA 4099 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=529.2490;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.43;MQ0=0;QD=40.19;RPA=2,3;RU=TTA;SB=-1.366e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,81:102:99:4099,247,0 chrII 326158 . C CT 1635.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=207.8378;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.75;MQ0=0;QD=27.73;RPA=4,5;RU=T;SB=-5.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:59:99:1678,171,0 chrII 326775 . T TA 1684.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=25.8810;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.60;RPA=7,8;RU=A;SB=-3.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,75:78:99:1727,195,0 chrII 332400 . GT G 3045.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=43.3505;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.89;MQ0=0;QD=23.80;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.380e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,122:128:99:3088,348,0 chrII 334302 . TA T 1060.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=19.4871;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.18;MQ0=0;QD=20.40;RPA=8,7;RU=A;SB=-5.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,49:52:99:1103,135,0 chrII 342440 . G GA 704.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.570;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=104.4830;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.32;MQ0=0;MQRankSum=0.934;QD=10.37;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-1.492;SB=-1.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:68:69:744,0,69 chrII 349449 . TA T 1460.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=486.7315;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.29;MQ0=0;QD=18.97;RPA=9,8;RU=A;SB=-4.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,65:77:99:1503,188,0 chrII 349782 . T TA 1126.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.571;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=375.9530;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.69;MQ0=0;MQRankSum=0.282;QD=23.48;RPA=5,6;RU=A;ReadPosRankSum=0.282;SB=-4.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,42:48:98:1169,98,0 chrII 349816 . A AAT 1926.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=399.7410;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.16;MQ0=0;QD=41.00;SB=-8.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:47:99:1969,129,0 chrII 349818 . CA C 1396.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=406.3467;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.52;MQ0=0;QD=32.49;RPA=2,1;RU=A;SB=-6.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,40:43:99:1439,126,0 chrII 350378 . 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ATGTAAGCTGTGGTTTGCCT A 7028 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=27.2850;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.62;MQ0=0;QD=84.67;RPA=2,1;RU=TGTAAGCTGTGGTTTGCCT;SB=-3.237e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,46:83:99:7028,126,0 chrII 351835 . T TA 1702.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=23.5587;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.57;MQ0=0;QD=22.12;RPA=7,8;RU=A;SB=-8.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,75:77:99:1745,198,0 chrII 353485 . CA C 659.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.505;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=25.9192;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.955;QD=13.45;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-2.439;SB=-3.286e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,38:49:21:701,21,0 chrII 353634 . ATGTGTGTGTG A 584.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.747;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=30.5388;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.747;QD=73.01;RPA=13,8;RU=TG;ReadPosRankSum=0.747;SB=-1.129e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,6:8:18:626,18,0 chrII 363123 . AAC A 3077.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=157.2986;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.03;MQ0=0;QD=38.00;SB=-1.098e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,76:81:99:3120,223,0 chrII 363220 . AT A 2297.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=182.7679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.73;MQ0=0;QD=26.72;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.047e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,80:86:99:2340,225,0 chrII 364024 . A AT 2337.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=130.4137;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.99;MQ0=0;QD=24.61;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.035e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,83:95:99:2380,220,0 chrII 368208 . GA G 2220.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=29.5923;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.79;MQ0=0;QD=21.56;RPA=8,7;RU=A;SB=-8.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,94:103:99:2263,276,0 chrII 369788 . C CT,CTT 633.96 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=49.5859;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.63;MQ0=0;MQRankSum=0.578;QD=10.39;RPA=14,15,16;RU=T;ReadPosRankSum=-1.251;SB=-3.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:38,10,9:61:59:712,360,282,127,0,59 chrII 372351 . TGGAAGAAGATGCAGCCTC T 3579 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=33.9926;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.98;MQ0=0;QD=35.09;RPA=2,1;RU=GGAAGAAGATGCAGCCTC;SB=-1.558e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,67:102:99:3579,189,0 chrII 380871 . A AAAC 3361 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=125.4055;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.09;MQ0=0;QD=44.22;RPA=1,2;RU=AAC;SB=-1.076e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,66:76:99:3361,199,0 chrII 381537 . CAACTCCGTGTGTACCCCT C 9792 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=48.9187;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.27;MQ0=0;QD=113.86;RPA=2,1;RU=AACTCCGTGTGTACCCCT;SB=-3.533e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,54:86:99:9792,169,0 chrII 382925 . T TG 1777.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=248.2811;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.03;MQ0=0;QD=27.35;RPA=2,3;RU=G;SB=-7.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,56:65:99:1820,165,0 chrII 383065 . GA G 1233.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=95.1709;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.30;MQ0=0;QD=22.44;RPA=4,3;RU=A;SB=-6.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,36:55:99:1276,137,0 chrII 383176 . C CG 1937.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=72.6372;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.84;MQ0=0;QD=33.41;RPA=2,3;RU=G;SB=-8.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:58:99:1980,171,0 chrII 383873 . A AAAT 4838 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=34.8225;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.33;MQ0=0;QD=46.52;RPA=1,2;RU=AAT;SB=-1.904e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,100:104:99:4838,286,0 chrII 389425 . TC T 418.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=118.9714;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.65;MQ0=0;QD=23.28;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,17:18:54:461,54,0 chrII 389429 . CG C 444.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=116.3862;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.65;MQ0=0;QD=24.72;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,17:18:54:487,54,0 chrII 392511 . C CA 796.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.882;DP=65;FS=7.885;HaplotypeScore=128.4121;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.73;MQ0=0;MQRankSum=2.153;QD=12.26;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.235;SB=-3.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,25:65:79:839,79,0 chrII 393340 . G GA 864.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.949;DP=62;FS=1.974;HaplotypeScore=34.5322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.98;MQ0=0;MQRankSum=0.673;QD=13.95;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.604;SB=-4.104e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,44:62:29:907,29,0 chrII 406032 . AT A 1209.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=114.6476;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.99;MQ0=1;QD=22.41;RPA=7,6;RU=T;SB=-4.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,51:52:99:1252,147,0 chrII 406430 . GA G 1016.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.259;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=57.2799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.224;QD=15.41;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.155;SB=-4.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,52:66:99:1059,99,0 chrII 407734 . CT C 687.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.418;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=24.6325;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.893;QD=14.33;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.313;SB=-1.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,36:48:78:730,78,0 chrII 415648 . AT A 2609.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.588;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=375.6553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.63;MQ0=0;MQRankSum=0.914;QD=32.62;ReadPosRankSum=1.636;SB=-4.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,73:80:99:2652,195,0 chrII 415720 . TA T 1389.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=474.1187;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.33;MQ0=0;QD=25.74;RPA=2,1;RU=A;SB=-3.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,46:54:99:1432,136,0 chrII 417166 . A AT 928.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=260.6251;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.81;MQ0=0;QD=25.11;RPA=2,3;RU=T;SB=-2.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,29:37:90:971,90,0 chrII 417204 . T TTAAGTG 1398.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=212.7838;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.97;MQ0=0;QD=66.62;RPA=1,2;RU=TAAGTG;SB=-2.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,16:21:54:1441,54,0 chrII 418630 . TA T 561.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=19.4920;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=19.38;RPA=5,4;RU=A;SB=-7.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,21:29:69:604,69,0 chrII 419386 . CA C 1026.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=16.7857;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.94;MQ0=0;QD=24.45;RPA=5,4;RU=A;SB=-3.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:42:99:1069,117,0 chrII 423438 . GA G 819.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=18.0967;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.00;RPA=9,8;RU=A;SB=-3.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,38:41:99:862,108,0 chrII 429267 . A AT 450.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.152;DP=35;FS=3.188;HaplotypeScore=19.8712;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=1.853;QD=12.88;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.451;SB=-2.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,23:35:30:493,30,0 chrII 434300 . CAA C 1313.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.431;DP=50;FS=6.214;HaplotypeScore=34.7915;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=1.281;QD=26.28;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.130;SB=-3.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,41:50:99:1356,118,0 chrII 444706 . GT G 1330.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=169.9545;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.11;MQ0=0;QD=17.75;RPA=9,8;RU=T;SB=-6.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,61:75:99:1373,171,0 chrII 447442 . C CT 2488.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=35.1724;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.32;MQ0=0;QD=25.40;RPA=5,6;RU=T;SB=-9.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,92:98:99:2531,267,0 chrII 450817 . TA T 2047.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=214.8535;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.21;MQ0=0;QD=20.28;RPA=9,8;RU=A;SB=-6.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,93:101:99:2090,263,0 chrII 452274 . G GA 400.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=40.6876;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.98;MQ0=0;QD=16.04;RPA=10,11;RU=A;SB=-1.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,15:25:54:443,54,0 chrII 452394 . G GAAGA 1866.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=150.5523;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.75;MQ0=0;QD=49.13;RPA=1,2;RU=AAGA;SB=-8.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,31:38:96:1909,96,0 chrII 452435 . CT C 132.73 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.932;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=252.2260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.44;MQ0=0;MQRankSum=0.317;QD=2.55;RPA=16,15;RU=T;ReadPosRankSum=3.407;SB=-4.812e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,14:52:0:170,0,0 chrII 453314 . GA G 2384.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=34.1435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.64;MQ0=0;QD=25.37;RPA=5,4;RU=A;SB=-9.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,91:94:99:2427,261,0 chrII 453657 . TG T 2678.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=530.8946;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.16;MQ0=0;QD=30.79;RPA=4,3;RU=G;SB=-1.250e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,82:87:99:2721,244,0 chrII 453720 . CTTCAGG C 4619 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=206.9180;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.53;MQ0=0;QD=63.27;SB=-2.125e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,59:73:99:4619,178,0 chrII 454635 . A AT 1430.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.603;DP=73;FS=2.322;HaplotypeScore=39.5458;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.508;QD=19.60;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.016;SB=-6.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,62:73:99:1473,120,0 chrII 455756 . GGCAACA G 4160 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=32.3709;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.43;MQ0=0;QD=42.89;RPA=5,4;RU=GCAACA;SB=-2.053e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,61:97:99:4160,175,0 chrII 460243 . CT C 1751.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=713.2800;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.51;MQ0=0;QD=22.46;RPA=6,5;RU=T;SB=-5.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,70:78:99:1794,204,0 chrII 460258 . C CTATTTGTTGGTTCTA 9354 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=305.8735;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.44;MQ0=0;QD=129.92;SB=-2.983e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,34:72:99:9354,196,0 chrII 460270 . C CT 2010.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=739.1772;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.21;MQ0=0;QD=25.46;RPA=7,8;RU=T;SB=-7.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,78:79:99:2053,222,0 chrII 462749 . C CT 1282.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.147;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=29.7952;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.382;QD=22.12;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.382;SB=-3.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,56:58:99:1325,126,0 chrII 467073 . CT C 1742.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.294;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=192.6987;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.381;QD=18.54;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.206;SB=-5.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,75:94:99:1785,210,0 chrII 467104 . TA T 2172.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=184.6522;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.99;MQ0=0;QD=20.69;RPA=8,7;RU=A;SB=-6.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,100:105:99:2215,270,0 chrII 476436 . A ATT 2838.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=197.9870;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.24;MQ0=0;QD=32.63;RPA=7,9;RU=T;SB=-1.242e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,70:87:99:2881,241,0 chrII 476447 . CT C 2050.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=322.6585;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.73;MQ0=0;QD=20.31;RPA=7,6;RU=T;SB=-9.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,92:101:99:2093,252,0 chrII 477015 . G GT 3174.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=381.7293;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.67;MQ0=0;QD=20.22;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.132e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,124:157:99:3217,363,0 chrII 477089 . GTATATATATA G 5776 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=167.3822;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.13;MQ0=0;QD=57.19;RPA=10,5;RU=TA;SB=-2.797e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:56,44:101:99:5776,157,0 chrII 477508 . A AT 1048.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.225;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=42.9211;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.887;QD=14.57;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.331;SB=-4.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,55:72:54:1091,54,0 chrII 479272 . C CAA 456.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=69.0494;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.23;MQ0=0;QD=15.23;RPA=14,16;RU=A;SB=-1.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,13:30:53:499,53,0 chrII 480328 . TC T 1791.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=150.7052;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.57;MQ0=0;QD=30.37;RPA=2,1;RU=C;SB=-5.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:59:99:1834,168,0 chrII 485927 . GT G 110.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.794;DP=68;FS=4.027;HaplotypeScore=53.9520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=0.233;QD=1.63;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=1.150;SB=-6.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,13:68:99:150,0,804 chrII 486949 . C CTCATATTCATAT 5757 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=112.4111;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.17;MQ0=0;QD=58.74;RPA=3,5;RU=TCATAT;SB=-1.595e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:68,29:98:99:5757,180,0 chrII 487059 . AT A 1709.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.670;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=26.1689;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.186;QD=27.58;ReadPosRankSum=0.062;SB=-8.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,47:62:99:1752,160,0 chrII 490686 . A AGGGGCCTTCCGTCCACGGCAC 7515 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=60.7225;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.97;MQ0=0;QD=156.56;SB=-1.810e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,16:48:99:7515,129,0 chrII 491090 . C CT 533.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.098;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=62.9932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.241;QD=7.74;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.954;SB=-2.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,22:69:99:573,0,171 chrII 492950 . GAAA GA,G 1541.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.233;DP=104;FS=20.203;HaplotypeScore=99.2718;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.705;QD=14.83;RPA=19,17,16;RU=A;ReadPosRankSum=2.682;SB=-4.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:56,1,14:103:99:1620,369,242,721,0,709 chrII 494315 . GA G 1609.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=20.2906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.76;RPA=9,8;RU=A;SB=-6.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,71:74:99:1652,206,0 chrII 499600 . ATAAATTTGGAGGCAGTCAATG A 5760 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=10.5745;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=221.54;SB=-1.126e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:78:5760,78,0 chrII 504355 . CCACACA C 1066.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=20.6868;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.84;MQ0=0;QD=62.76;RPA=10,7;RU=CA;SB=-1.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,15:17:45:1109,45,0 chrII 505412 . CA C 831.30 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.061;DP=86;FS=2.366;HaplotypeScore=85.8658;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.77;MQ0=0;MQRankSum=2.406;QD=9.67;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=2.353;SB=-1.503e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,42:85:8:870,0,8 chrII 513674 . C CAT 1180.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=23.1466;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.95;MQ0=0;QD=19.36;RPA=5,6;RU=AT;SB=-3.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,42:61:96:1223,96,0 chrII 530863 . A AT 1674.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=22.8902;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.75;MQ0=0;QD=23.93;RPA=3,4;RU=T;SB=-3.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,63:70:99:1717,169,0 chrII 532411 . GA G 1544.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=61.8904;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.32;MQ0=0;QD=25.75;RPA=5,4;RU=A;SB=-5.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1587,171,0 chrII 537784 . C CA 1441.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.443;DP=65;FS=11.627;HaplotypeScore=203.0190;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.361;QD=22.18;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.623;SB=-5.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,59:65:99:1484,114,0 chrII 539767 . T TA 1643.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=110.0446;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.26;MQ0=0;QD=22.83;RPA=5,6;RU=A;SB=-7.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,70:72:99:1686,180,0 chrII 541062 . A ATCT 4213 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=217.6239;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.12;MQ0=0;QD=50.15;RPA=1,2;RU=TCT;SB=-1.430e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,82:84:99:4213,241,0 chrII 555345 . C CT 2051.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=94.3239;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=33.64;RPA=1,2;RU=T;SB=-7.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,59:61:99:2094,175,0 chrII 555666 . T TC 2537.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=31.9844;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.85;MQ0=0;QD=30.21;RPA=1,2;RU=C;SB=-1.250e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,81:84:99:2580,214,0 chrII 556210 . GAT G 1270.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=48.9491;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.74;MQ0=0;QD=19.86;RPA=7,6;RU=AT;SB=-6.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,36:63:99:1313,111,0 chrII 559930 . C CA 396.05 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.199;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=70.3728;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.971;QD=14.67;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-1.656;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,19:27:20:438,20,0 chrII 563012 . 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TA T 1465.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=154.4234;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.76;MQ0=0;QD=23.27;RPA=5,4;RU=A;SB=-7.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:63:99:1508,174,0 chrII 589544 . AT A 552.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.291;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=14.0383;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.70;MQ0=0;MQRankSum=1.538;QD=13.82;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.372;SB=-2.969e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,35:40:39:595,39,0 chrII 592749 . AT A 2418.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=206.9474;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.50;MQ0=0;QD=29.50;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.155e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,77:79:99:2461,223,0 chrII 595518 . T TA 1999.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=232.6372;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.96;MQ0=0;QD=33.33;RPA=1,2;RU=A;SB=-9.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,57:60:99:2042,169,0 chrII 614429 . GTT G 2867.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=362.5403;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.41;MQ0=0;QD=40.39;RPA=4,2;RU=T;SB=-1.240e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,66:71:99:2910,196,0 chrII 614825 . CA C 1257.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=281.9627;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.83;MQ0=0;QD=19.35;RPA=10,9;RU=A;SB=-6.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,57:65:99:1300,167,0 chrII 618809 . T TA 2533.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=314.6338;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.05;MQ0=0;QD=32.49;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.050e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,76:78:99:2576,220,0 chrII 623063 . CGCTGTTCTTGTT C 7324 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=180.4976;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.73;MQ0=0;QD=106.14;SB=-2.458e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,57:69:99:7324,172,0 chrII 642993 . CA C 804.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.443;DP=57;FS=3.112;HaplotypeScore=30.6855;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.201;QD=14.12;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.040;SB=-3.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,41:57:97:847,97,0 chrII 643272 . T TC 3439 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=427.4298;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.29;MQ0=0;QD=33.07;RPA=2,3;RU=C;SB=-1.213e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,102:104:99:3439,301,0 chrII 645241 . AT A 1353.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=21.9431;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.85;MQ0=0;QD=20.83;RPA=6,5;RU=T;SB=-5.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,58:65:99:1396,159,0 chrII 649337 . TCAG T 3346 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=223.1698;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.17;MQ0=0;QD=32.80;RPA=9,8;RU=CAG;SB=-1.174e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,78:102:99:3346,234,0 chrII 650247 . G GACAC 2214.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=128.2199;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=34.61;RPA=7,9;RU=AC;SB=-4.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,45:64:99:2257,144,0 chrII 653039 . C CA 1745.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.718;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=63.8523;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.36;MQ0=0;MQRankSum=0.679;QD=17.12;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.545;SB=-2.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,81:102:99:1788,157,0 chrII 653329 . TC T 2595.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=65.7024;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.59;MQ0=0;QD=35.56;RPA=2,1;RU=C;SB=-8.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:73:99:2638,214,0 chrII 655555 . G GAA 2503.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=22.6762;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.29;MQ0=0;QD=37.94;RPA=3,5;RU=A;SB=-1.157e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,62:66:99:2546,190,0 chrII 662564 . T TA 729.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.020;DP=50;FS=2.235;HaplotypeScore=30.3753;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.020;QD=14.59;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.375;SB=-1.974e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,39:50:7:770,7,0 chrII 679399 . C CTAT 1771.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=106.2113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.57;MQ0=0;QD=37.70;RPA=2,3;RU=TAT;SB=-3.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,39:47:99:1814,111,0 chrII 680339 . TAA T 966.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.856;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=141.4254;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.679;QD=16.67;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.856;SB=-2.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,40:58:91:1009,91,0 chrII 681991 . C CA 393.99 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.026;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=77.1171;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.737;QD=8.76;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=1.530;SB=-2.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:45:21:433,0,21 chrII 682041 . GT G 606.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=35.4989;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=18.97;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,27:32:78:649,78,0 chrII 694611 . T TA 250.06 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.323;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=17.7984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=1.449;QD=8.93;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=0.819;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,15:28:14:289,0,14 chrII 694777 . T TA 87.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4447;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.53;MQ0=0;QD=12.46;RPA=9,10;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,5:7:15:129,15,0 chrII 698052 . CA C 509.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.734;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=62.4955;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.21;MQ0=0;MQRankSum=1.011;QD=14.17;RPA=7,6;RU=A;ReadPosRankSum=0.433;SB=-1.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,24:36:58:552,58,0 chrII 700146 . CT C 552.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=117.8749;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.89;MQ0=0;QD=19.75;RPA=6,5;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,25:28:68:595,68,0 chrII 700169 . AT A 32.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.328;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=148.4493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.13;MQ0=0;MQRankSum=0.702;QD=1.14;RPA=15,14;RU=T;ReadPosRankSum=-0.983;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,5:29:72:72,0,207 chrII 700304 . TCC T 796.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=41.3311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.79;MQ0=0;QD=37.95;RPA=3,1;RU=C;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:54:839,54,0 chrII 701871 . C CTA 1022.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.970;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=24.4751;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.281;QD=17.34;RPA=5,6;RU=TA;ReadPosRankSum=1.729;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,35:59:27:1065,27,0 chrII 704437 . T TTC 1848.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.530;DP=55;FS=4.349;HaplotypeScore=165.9507;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.90;MQ0=0;MQRankSum=0.318;QD=33.62;ReadPosRankSum=1.520;SB=-5.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,41:55:99:1891,135,0 chrII 704660 . TA T 1427.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=25.3585;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=21.31;RPA=8,7;RU=A;SB=-3.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,65:67:99:1470,179,0 chrII 707065 . AT A 1464.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=47.6741;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.43;MQ0=0;QD=20.07;RPA=6,5;RU=T;SB=-6.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,64:73:99:1507,177,0 chrII 712763 . A AAT 4889 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=269.7134;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.63;MQ0=1;QD=42.89;SB=-9.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,99:113:99:4889,327,0 chrII 714609 . TA T 465.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.473;DP=36;FS=3.032;HaplotypeScore=30.4974;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.248;QD=12.94;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.645;SB=-2.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,25:36:35:508,35,0 chrII 718931 . GC G 1817.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=20.3511;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.19;MQ0=0;QD=36.36;SB=-7.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:50:99:1860,141,0 chrII 720641 . C CT 1171.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.502;DP=108;FS=6.707;HaplotypeScore=58.6108;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.123;QD=10.85;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.952;SB=-5.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,76:108:71:1214,71,0 chrII 721119 . CA C 2590.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=911.2864;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.21;MQ0=0;QD=28.47;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.163e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,81:91:99:2633,235,0 chrII 721265 . GAA G 1782.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=31.0055;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=20.26;RPA=13,11;RU=A;SB=-6.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,55:88:99:1825,181,0 chrII 732523 . AT A 829.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=285.9318;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.80;MQ0=0;QD=16.94;RPA=11,10;RU=T;SB=-2.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,38:49:99:872,116,0 chrII 736128 . AT A 1501.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=35.2613;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.10;MQ0=0;QD=18.32;RPA=9,8;RU=T;SB=-5.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,73:82:99:1544,194,0 chrII 746362 . CATCTGCA C 2838.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=22.0563;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.67;MQ0=0;QD=50.70;RPA=2,1;RU=ATCTGCA;SB=-1.122e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,35:56:99:2881,102,0 chrII 747841 . GT G 2340.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=25.1616;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.55;MQ0=0;QD=30.01;RPA=2,1;RU=T;SB=-3.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,72:78:99:2383,202,0 chrII 751231 . AT A 744.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=52.0028;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.890;QD=16.93;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=1.358;SB=-3.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,10:44:96:787,96,0 chrII 757162 . AAT A 1278.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=21.0903;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.80;MQ0=0;QD=17.28;RPA=8,7;RU=AT;SB=-5.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,39:74:99:1321,114,0 chrII 761081 . A AAT 4269 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=1950.9738;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.52;MQ0=0;QD=34.71;SB=-2.112e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,93:123:99:4269,320,0 chrII 761111 . A AT 3480 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=1795.4855;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.48;MQ0=0;QD=26.36;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.635e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,113:132:99:3480,340,0 chrII 767793 . GA G 416.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.775;DP=58;FS=2.649;HaplotypeScore=26.3840;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=0.075;QD=7.18;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=2.525;SB=-1.537e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,36:58:6:457,6,0 chrII 768073 . A AT 2127.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=39.1747;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=26.60;RPA=4,5;RU=T;SB=-7.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,69:80:99:2170,222,0 chrII 768183 . TA T 1574.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=194.2713;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.67;MQ0=0;QD=22.18;RPA=7,6;RU=A;SB=-6.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,64:71:99:1617,189,0 chrII 773703 . C CA 1957.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.395;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=66.6594;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.19;MQ0=1;MQRankSum=-1.043;QD=17.96;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.902;SB=-1.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,87:107:99:2000,128,0 chrII 773801 . A ATTT 567.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=31.0912;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.38;MQ0=0;QD=14.95;RPA=11,14;RU=T;SB=-4.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,13:38:49:610,49,0 chrII 777906 . ATTT A 4113 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=281.4758;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.37;MQ0=0;QD=32.64;RPA=15,12;RU=T;SB=-1.125e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,97:126:99:4113,318,0 chrII 779864 . A ACAACAACAACAGTCC 9297 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=188.6878;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.15;MQ0=0;QD=101.05;SB=-3.728e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,41:92:99:9297,224,0 chrII 780362 . G GCAA 3611 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.718;DP=122;FS=5.336;HaplotypeScore=551.7202;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.392;QD=29.60;RPA=6,7;RU=CAA;ReadPosRankSum=-0.105;SB=-1.527e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,81:122:99:3611,148,0 chrII 780407 . ACAG A 2221.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.201;DP=105;FS=1.231;HaplotypeScore=999.4052;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.785;QD=21.16;RPA=3,2;RU=CAG;ReadPosRankSum=4.633;SB=-1.048e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:62,42:105:99:2264,117,0 chrII 780422 . ACAACAG A 4791 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=830.4673;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.61;MQ0=2;QD=39.60;SB=-2.094e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:62,44:118:99:4791,306,0 chrII 784713 . C CT 499.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.121;DP=56;FS=3.081;HaplotypeScore=56.3435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.51;MQ0=0;MQRankSum=0.683;QD=8.93;RPA=14,15;RU=T;ReadPosRankSum=-0.362;SB=-2.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,17:55:48:542,48,0 chrII 784824 . G GA 720.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.452;DP=64;FS=10.802;HaplotypeScore=285.7915;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.851;QD=11.26;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-1.886;SB=-2.884e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,38:64:13:762,13,0 chrII 785532 . G GA 1286.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=65.3420;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.44;MQ0=0;QD=23.40;RPA=4,5;RU=A;SB=-6.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,43:55:99:1329,138,0 chrII 785659 . G GA 1683.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=92.4554;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.68;MQ0=0;QD=30.07;RPA=2,3;RU=A;SB=-8.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,55:56:99:1726,159,0 chrII 785854 . A ATT 1079.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=187.2714;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.81;MQ0=0;QD=14.59;RPA=12,14;RU=T;SB=-4.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,17:74:99:1121,124,0 chrII 786732 . A AT 2127.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=43.4114;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.99;MQ0=0;QD=23.38;RPA=8,9;RU=T;SB=-9.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,83:91:99:2170,246,0 chrII 788596 . T TA 3213.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=29.7819;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.98;MQ0=0;QD=32.14;SB=-1.188e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,95:100:99:3256,259,0 chrII 796572 . A ACT 962.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=358.9805;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=35.67;RPA=2,3;RU=CT;SB=-3.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,23:27:75:1005,75,0 chrII 796607 . TATG T 1806.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=480.2209;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=44.07;RPA=2,1;RU=ATG;SB=-5.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,37:41:99:1849,114,0 chrII 799093 . CT C 1788.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=253.4086;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.59;MQ0=0;QD=23.54;RPA=6,5;RU=T;SB=-6.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,65:76:99:1831,207,0 chrII 799164 . TA T 1940.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=209.1711;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.83;MQ0=0;QD=29.41;RPA=2,1;RU=A;SB=-5.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,63:66:99:1983,174,0 chrII 802300 . TAA T 1229.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=350.2670;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.55;MQ0=0;QD=30.00;RPA=10,8;RU=A;SB=-2.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,38:41:99:1272,114,0 chrII 802527 . CA C 714.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=149.0716;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.27;MQ0=0;QD=20.43;RPA=8,7;RU=A;SB=-2.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,32:35:93:757,93,0 chrII 802958 . A AAT 2119.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=654.9407;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.99;MQ0=0;QD=44.17;SB=-1.040e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,42:48:99:2162,141,0 chrII 802962 . TGG T 1915.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=600.9441;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.87;MQ0=0;QD=44.56;SB=-9.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,40:43:99:1958,129,0 chrII 803920 . A AT 569.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.265;DP=67;FS=11.716;HaplotypeScore=1065.7442;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.80;MQ0=0;MQRankSum=-2.972;QD=8.51;ReadPosRankSum=-1.137;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,20:67:99:609,0,1348 chrII 804012 . A AAG 778.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.610;DP=74;FS=3.763;HaplotypeScore=1150.1556;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.361;QD=10.53;ReadPosRankSum=1.588;SB=-1.800e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,21:74:99:818,0,954 chrII 804016 . AT A 529.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.647;DP=73;FS=5.798;HaplotypeScore=1087.1092;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.651;QD=7.26;ReadPosRankSum=2.334;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,21:73:99:569,0,1869 chrII 804019 . GA G 514.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.628;DP=76;FS=5.810;HaplotypeScore=1101.9696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.335;QD=6.78;ReadPosRankSum=2.044;SB=-3.001e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,21:76:99:554,0,1780 chrII 807118 . CT C 198.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.184;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=38.9830;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.35;MQ0=22;MQRankSum=-0.322;QD=2.97;RPA=8,7;RU=T;ReadPosRankSum=-0.046;SB=-9.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,32:40:99:238,0,325 chrII 807369 . GA G 1112.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.632;DP=94;FS=1.843;HaplotypeScore=26.1701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.03;MQ0=5;MQRankSum=0.397;QD=11.84;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=-0.858;SB=-5.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,47:85:99:1152,0,1181 chrII 808291 . TA T 576.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=90.6296;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.78;MQ0=2;QD=21.37;RPA=2,1;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,26:17:51:619,51,0 chrII 809423 . C CTGAT 2939.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.007;DP=142;FS=6.243;HaplotypeScore=134.0943;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.41;MQ0=3;MQRankSum=0.682;QD=20.70;RPA=1,2;RU=TGAT;ReadPosRankSum=3.518;SB=-4.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,54:139:99:2979,0,4186 chrII 809467 . G GA 382.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.463;DP=77;FS=9.961;HaplotypeScore=335.1988;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.23;MQ0=4;MQRankSum=-1.388;QD=4.97;ReadPosRankSum=-1.866;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:53,13:72:47:425,47,0 chrII 809484 . CT C 759.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.618;DP=78;FS=17.029;HaplotypeScore=202.0641;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.61;MQ0=8;MQRankSum=0.994;QD=9.74;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.994;SB=-9.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,41:66:54:802,54,0 chrII 809812 . TTC T 115.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.317;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=69.6236;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.30;MQ0=5;MQRankSum=0.390;QD=2.47;ReadPosRankSum=1.675;SB=-6.300e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,15:36:99:155,0,297 chrIII 129 . A AC 192.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.812;DP=31;FS=3.680;HaplotypeScore=106.0079;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.71;MQ0=3;MQRankSum=-0.249;QD=6.22;RPA=1,2;RU=C;ReadPosRankSum=0.959;SB=-3.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,11:22:99:232,0,225 chrIII 272 . A AC 166.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.468;DP=32;FS=3.680;HaplotypeScore=110.2561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.47;MQ0=8;MQRankSum=0.965;QD=5.22;RPA=1,2;RU=C;ReadPosRankSum=-0.193;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,7:24:96:206,0,96 chrIII 567 . CG C 110.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.825;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=230.3959;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.36;MQ0=1;MQRankSum=-0.825;QD=5.84;ReadPosRankSum=0.387;SB=-2.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,5:12:61:150,0,61 chrIII 612 . C CT 412.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.083;DP=36;FS=2.722;HaplotypeScore=426.8194;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.93;MQ0=0;MQRankSum=1.083;QD=11.47;ReadPosRankSum=1.083;SB=-9.300e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,16:28:99:452,0,176 chrIII 678 . A ATACCAC 491.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.416;DP=35;FS=20.480;HaplotypeScore=455.7003;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.81;MQ0=2;MQRankSum=-2.191;QD=14.06;ReadPosRankSum=-1.525;SB=-4.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,11:27:99:531,0,806 chrIII 679 . AT A 98.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.071;DP=35;FS=10.209;HaplotypeScore=495.2172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.81;MQ0=2;MQRankSum=0.116;QD=2.83;ReadPosRankSum=1.159;SB=-1.400e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,11:27:99:138,0,357 chrIII 799 . TC T 323.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.274;DP=16;FS=19.590;HaplotypeScore=354.4051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.72;MQ0=0;MQRankSum=1.004;QD=20.25;ReadPosRankSum=0.639;SB=-3.010e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,12:14:34:363,0,34 chrIII 806 . C CTA 402.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=352.4821;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.72;MQ0=0;QD=25.19;SB=-6.300e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,8:14:42:445,42,0 chrIII 814 . AC A 57.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.536;DP=15;FS=4.771;HaplotypeScore=371.7274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.835;QD=3.86;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=1.239;SB=-3.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,6:14:97:97,0,164 chrIII 4087 . A AC 217.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.802;DP=26;FS=35.092;HaplotypeScore=271.1984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.26;MQ0=0;MQRankSum=-3.162;QD=8.38;RPA=2,3;RU=C;ReadPosRankSum=3.376;SB=-2.596e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,12:26:83:257,0,83 chrIII 4194 . TA T 474.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.962;DP=91;FS=45.602;HaplotypeScore=417.2537;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.10;MQ0=1;MQRankSum=-3.130;QD=5.22;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=4.543;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,29:80:99:514,0,1431 chrIII 4292 . AT A 628.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.954;DP=155;FS=7.896;HaplotypeScore=335.4685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.475;QD=4.06;ReadPosRankSum=0.280;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,67:126:99:668,0,2208 chrIII 4695 . T TC 744.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=304.0891;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.39;MQ0=0;QD=19.10;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,27:33:69:787,69,0 chrIII 4744 . A AT 1999.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=472.4059;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.66;MQ0=2;QD=28.57;RPA=2,3;RU=T;SB=-7.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,69:68:99:2042,201,0 chrIII 5998 . C CT 1048.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=342.3256;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.41;MQ0=10;QD=15.66;RPA=7,8;RU=T;SB=-2.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,55:56:99:1091,138,0 chrIII 6093 . T TC 1904.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=523.0006;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.88;MQ0=12;QD=17.64;RPA=1,2;RU=C;SB=-9.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:56,49:93:99:1947,240,0 chrIII 6454 . TGCCC T 415.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.344;DP=63;FS=5.639;HaplotypeScore=365.0741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.321;QD=6.60;ReadPosRankSum=-3.775;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,12:29:99:455,0,395 chrIII 8352 . CCT C 435.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.627;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=115.9463;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.14;MQ0=3;MQRankSum=0.627;QD=10.13;ReadPosRankSum=1.364;SB=-1.656e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,19:26:6:476,6,0 chrIII 8575 . CAAA C 554.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=292.4089;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.10;MQ0=5;QD=8.81;RPA=20,17;RU=A;SB=-3.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,21:54:48:597,48,0 chrIII 9181 . A AT 528.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.173;DP=91;FS=8.859;HaplotypeScore=84.7147;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.61;MQ0=3;MQRankSum=1.531;QD=5.81;RPA=15,16;RU=T;ReadPosRankSum=0.493;SB=-9.974e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,48:83:48:568,0,48 chrIII 11324 . AG A 170.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=59.7411;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.80;MQ0=0;QD=24.29;SB=-2.993e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21:212,21,0 chrIII 11495 . A AG 1378.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=26.8432;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.34;MQ0=0;QD=31.34;SB=-5.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:40:99:1421,117,0 chrIII 14115 . A ATAG 1419.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=352.7314;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.10;MQ0=0;QD=47.33;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,25:30:84:1462,84,0 chrIII 14156 . CTTGGGAAAATGCGTG C 2392.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=266.1938;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.08;MQ0=0;QD=113.95;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,15:21:45:2435,45,0 chrIII 14236 . T TG 1179.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=257.1916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.51;MQ0=0;QD=28.09;RPA=2,3;RU=G;SB=-1.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,37:42:99:1222,117,0 chrIII 14303 . CA C 1253.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=320.9908;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.22;MQ0=0;QD=18.17;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,66:69:99:1296,176,0 chrIII 14590 . GA G 619.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=168.9587;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.17;MQ0=0;QD=25.83;RPA=3,2;RU=A;SB=-3.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,22:24:63:662,63,0 chrIII 15038 . T TC 1201.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=373.3029;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.36;MQ0=0;QD=24.53;RPA=4,5;RU=C;SB=-6.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,44:49:99:1244,129,0 chrIII 15438 . AT A 2969.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=756.0037;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.35;MQ0=0;QD=30.00;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.289e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,96:99:99:3012,286,0 chrIII 15552 . C CT 2068.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=343.9291;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.57;MQ0=0;QD=24.06;RPA=3,4;RU=T;SB=-9.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,74:86:99:2111,222,0 chrIII 17192 . AT A 2344.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=45.6392;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;QD=23.69;RPA=3,2;RU=T;SB=-9.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,96:99:99:2387,237,0 chrIII 18468 . T TCTGAAC 5330 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=164.6608;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.27;MQ0=0;QD=72.03;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,61:74:99:5330,199,0 chrIII 18612 . C CG 802.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=76.6876;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=22.30;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,25:36:80:845,80,0 chrIII 19674 . TTCA T 3178.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=59.4930;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;QD=38.77;RPA=4,3;RU=TCA;SB=-1.579e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,77:82:99:3221,220,0 chrIII 23504 . GA G 1240.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.782;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=36.2143;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.341;QD=15.71;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.894;SB=-3.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,70:79:99:1283,161,0 chrIII 23991 . A AT 319.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.822;DP=39;FS=5.563;HaplotypeScore=43.6691;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;MQRankSum=1.187;QD=8.20;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.639;SB=-7.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,25:39:34:362,34,0 chrIII 27658 . TAAAAA T 1619.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.646;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=431.4473;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.29;MQ0=0;MQRankSum=0.347;QD=25.31;RPA=23,18;RU=A;ReadPosRankSum=1.213;SB=-6.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,29:64:99:1662,111,0 chrIII 29477 . GATTT G 332.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.180;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=447.7990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.70;MQ0=0;MQRankSum=0.337;QD=9.25;ReadPosRankSum=3.079;SB=-6.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,20:36:74:372,0,74 chrIII 29483 . TTTATTTATTTGTTGG T 1973.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.168;DP=38;FS=6.232;HaplotypeScore=301.2559;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.958;QD=51.95;ReadPosRankSum=5.014;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,20:38:99:2013,0,720 chrIII 29498 . G GT 1034.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=411.2075;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.17;MQ0=0;QD=26.54;RPA=3,4;RU=T;SB=-2.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,19:39:99:1077,111,0 chrIII 29631 . C CTT 865.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=105.6281;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.24;MQ0=0;QD=33.31;RPA=3,5;RU=T;SB=-7.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,22:26:72:908,72,0 chrIII 30537 . GATTTTCAATAAAGGA G 4735 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=63.7421;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.27;MQ0=0;QD=115.49;SB=-1.231e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,33:41:96:4735,96,0 chrIII 37788 . C CAT 972.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=64.1778;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.19;MQ0=0;QD=18.71;RPA=4,5;RU=AT;SB=-1.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,27:52:90:1015,90,0 chrIII 39640 . C CG 2050.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=40.9447;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.52;MQ0=0;QD=25.64;RPA=5,6;RU=G;SB=-6.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,76:80:99:2093,225,0 chrIII 40883 . ACC A 521.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.203;DP=53;FS=10.930;HaplotypeScore=183.4887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.61;MQ0=0;MQRankSum=1.962;QD=9.85;ReadPosRankSum=-1.702;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,29:52:99:561,0,569 chrIII 41096 . A AG 1983.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=39.5019;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.85;MQ0=0;QD=26.81;RPA=3,4;RU=G;SB=-3.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,72:74:99:2026,204,0 chrIII 41315 . GA G 2021.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=448.9275;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.61;MQ0=0;QD=16.05;RPA=9,8;RU=A;SB=-6.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,107:126:99:2064,280,0 chrIII 41356 . TC T 3980 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=449.0560;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.93;MQ0=0;QD=30.15;RPA=2,1;RU=C;SB=-1.838e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,127:132:99:3980,370,0 chrIII 41390 . C CT 3129.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=412.8834;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=23.53;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.381e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,118:133:99:3172,345,0 chrIII 41819 . GC G 1322.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=159.1921;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.98;MQ0=0;QD=30.77;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,39:43:99:1365,117,0 chrIII 43611 . C CTA 769.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.400;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=127.1328;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=1.467;QD=14.00;RPA=3,4;RU=TA;ReadPosRankSum=-0.667;SB=-3.889e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,21:55:58:812,58,0 chrIII 48582 . A AT 1611.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=113.4496;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;QD=19.90;RPA=7,8;RU=T;SB=-6.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,72:81:99:1654,201,0 chrIII 50544 . CA C 397.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=101.9075;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.49;MQ0=0;QD=18.95;RPA=8,7;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,19:21:59:440,59,0 chrIII 50664 . A AG 506.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=49.7494;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.41;MQ0=0;QD=24.14;RPA=5,6;RU=G;SB=-1.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:60:549,60,0 chrIII 52436 . TATAC T 3293 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=185.1745;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.32;MQ0=0;QD=47.72;RPA=2,1;RU=ATAC;SB=-3.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:3293,175,0 chrIII 54924 . CAA C 1720.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.641;DP=82;FS=5.555;HaplotypeScore=282.6084;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.56;MQ0=0;MQRankSum=0.396;QD=20.99;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=2.334;SB=-4.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,59:82:99:1763,146,0 chrIII 57239 . C CA 51.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=52.6353;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.30;MQ0=0;QD=3.01;RPA=10,11;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,5:17:15:93,15,0 chrIII 60739 . A AT 2511.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.131;DP=115;FS=5.339;HaplotypeScore=119.2793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.033;QD=21.84;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.425;SB=-7.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,107:115:99:2554,295,0 chrIII 61353 . AG A 1635.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=24.2471;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.17;MQ0=0;QD=25.97;RPA=6,5;RU=G;SB=-2.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,61:63:99:1678,180,0 chrIII 68340 . G GA 1220.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=25.9676;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=21.05;RPA=8,9;RU=A;SB=-5.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,53:58:99:1263,156,0 chrIII 71391 . T TC 1899.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=61.4618;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.18;MQ0=0;QD=22.89;RPA=2,3;RU=C;SB=-9.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,67:82:99:1942,192,0 chrIII 71427 . AT A 506.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=84.4623;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.00;MQ0=0;QD=12.07;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,30:42:75:549,75,0 chrIII 71752 . CT C 1180.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=95.9710;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;QD=20.36;RPA=6,5;RU=T;SB=-3.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,55:58:99:1223,150,0 chrIII 76009 . CT C 1313.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=51.0301;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.75;MQ0=0;QD=15.83;RPA=10,9;RU=T;SB=-3.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,74:83:99:1356,190,0 chrIII 78799 . A AT 513.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.850;DP=43;FS=5.689;HaplotypeScore=29.7783;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.22;MQ0=0;MQRankSum=0.215;QD=11.95;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.732;SB=-5.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,28:43:42:556,42,0 chrIII 82273 . T TAA 876.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=152.3873;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.61;MQ0=0;QD=23.70;RPA=8,10;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,27:37:87:919,87,0 chrIII 83348 . GT G 1155.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=110.9616;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.07;MQ0=0;QD=28.19;RPA=3,2;RU=T;SB=-5.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:1198,114,0 chrIII 84058 . C CTA 1210.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=438.1442;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.31;MQ0=0;QD=20.18;RPA=3,4;RU=TA;SB=-3.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,24:60:99:1253,108,0 chrIII 84064 . AT A 642.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.797;DP=59;FS=24.097;HaplotypeScore=448.2674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.30;MQ0=1;MQRankSum=0.241;QD=10.90;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=-2.614;SB=-2.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,26:58:35:682,0,35 chrIII 84070 . G GT 442.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.763;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=395.0746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.81;MQ0=2;MQRankSum=-0.183;QD=8.69;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=-0.773;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,20:48:99:482,0,440 chrIII 84122 . T TAC 328.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.200;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=509.8121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.08;MQ0=5;MQRankSum=-1.139;QD=13.16;ReadPosRankSum=2.332;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,10:19:99:368,0,177 chrIII 84172 . TC T 654.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.621;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=1273.8272;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.30;MQ0=3;MQRankSum=-1.733;QD=17.24;ReadPosRankSum=0.280;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,30:35:57:697,57,0 chrIII 84175 . A AG 692.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.621;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=1083.0177;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.22;MQ0=3;MQRankSum=-1.733;QD=20.38;ReadPosRankSum=0.615;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,30:31:62:735,62,0 chrIII 84218 . AT A 711.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=764.5188;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.00;MQ0=3;QD=23.73;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,23:26:63:754,63,0 chrIII 84398 . TC T 49.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.566;DP=32;FS=6.043;HaplotypeScore=240.9679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.89;MQ0=7;MQRankSum=1.268;QD=1.56;ReadPosRankSum=-0.475;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,7:22:89:89,0,392 chrIII 84401 . A AG 54.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.507;DP=30;FS=6.107;HaplotypeScore=240.4165;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.26;MQ0=6;MQRankSum=2.662;QD=1.83;ReadPosRankSum=-0.549;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,7:21:94:94,0,330 chrIII 84444 . AT A 621.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.645;DP=33;FS=13.692;HaplotypeScore=459.6197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.34;MQ0=5;MQRankSum=2.595;QD=18.85;ReadPosRankSum=1.779;SB=-8.075e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,21:28:99:661,0,124 chrIII 90670 . A AT 268.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.100;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=471.4055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.15;MQ0=15;MQRankSum=-0.091;QD=9.27;ReadPosRankSum=-1.917;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,12:14:29:308,0,29 chrIII 90673 . TC T 237.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.100;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=466.1309;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.15;MQ0=15;MQRankSum=-1.187;QD=8.21;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=-2.282;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,12:14:27:277,0,27 chrIII 90696 . A AG 420.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=451.6984;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.68;MQ0=7;QD=20.05;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,12:14:42:463,42,0 chrIII 90717 . GC G 79.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.159;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=379.1514;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.99;MQ0=6;MQRankSum=0.876;QD=4.21;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=2.219;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,5:13:96:119,0,96 chrIII 90725 . A ACG 147.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.920;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=294.2146;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.11;MQ0=3;MQRankSum=1.221;QD=12.33;ReadPosRankSum=1.517;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:9:99:187,0,109 chrIII 90982 . TC T 732.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=9.8129;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.45;MQ0=0;QD=24.43;RPA=2,1;RU=C;SB=-2.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,26:29:75:775,75,0 chrIII 91287 . A AAT 210.48 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.751;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=17.7667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.751;QD=6.01;RPA=8,9;RU=AT;ReadPosRankSum=-0.751;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,9:34:6:249,0,6 chrIII 92744 . TA T 1144.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.110;DP=82;FS=5.340;HaplotypeScore=150.6169;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.511;QD=13.96;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.559;SB=-4.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,62:82:99:1187,122,0 chrIII 101876 . CTTTTT C 530.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=22.3532;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.80;MQ0=0;QD=31.23;RPA=19,14;RU=T;SB=-5.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,10:17:33:573,33,0 chrIII 104471 . C CA 1030.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.959;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=248.2303;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.78;MQ0=0;MQRankSum=0.145;QD=10.74;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=-1.139;SB=-3.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:48,43:96:98:1073,98,0 chrIII 105664 . T TGTTTTCG 12667 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=59.6722;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.04;MQ0=0;QD=81.20;SB=-3.117e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,122:156:99:12667,415,0 chrIII 108894 . CAT C 1389.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=46.7925;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.89;MQ0=0;QD=14.48;RPA=8,7;RU=AT;SB=-5.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,51:96:99:1432,132,0 chrIII 112857 . GT G 3011.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=790.9450;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.05;MQ0=0;QD=28.96;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.487e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,99:104:99:3054,289,0 chrIII 114186 . CT C 1335.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=192.9232;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.60;MQ0=0;QD=31.07;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,42:43:99:1378,126,0 chrIII 114376 . TAC T 1070.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=216.5266;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.44;MQ0=0;QD=29.75;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,29:36:87:1113,87,0 chrIII 114918 . AT A 2471.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=484.5686;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.59;MQ0=0;QD=26.58;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.026e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,84:93:99:2514,247,0 chrIII 115548 . A AAT 1362.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=39.0150;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.07;MQ0=0;QD=21.30;RPA=4,5;RU=AT;SB=-5.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,51:64:99:1405,114,0 chrIII 123478 . C CA 1481.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.215;DP=78;FS=3.490;HaplotypeScore=160.8166;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.491;QD=19.00;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.801;SB=-6.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,70:78:99:1524,182,0 chrIII 126767 . A AG 1970.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=104.8429;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.99;MQ0=0;QD=33.41;SB=-8.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,57:59:99:2013,171,0 chrIII 127172 . T TACCC 4141 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=25.4357;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.45;MQ0=0;QD=58.32;SB=-1.831e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:4141,208,0 chrIII 127574 . G GA 823.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.987;DP=52;FS=5.414;HaplotypeScore=33.9928;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.04;MQ0=0;MQRankSum=0.223;QD=15.85;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.242;SB=-9.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,41:52:89:866,89,0 chrIII 127804 . CT C 115.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.741;DP=22;FS=3.979;HaplotypeScore=16.4060;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.741;QD=5.23;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.000;SB=-4.906e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,12:22:8:156,8,0 chrIII 128418 . CA C 1150.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=412.5063;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.44;MQ0=0;QD=18.27;RPA=9,8;RU=A;SB=-4.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,60:63:99:1193,161,0 chrIII 128435 . G GATTTT 3029.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=255.7088;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.37;MQ0=0;QD=45.91;RPA=2,3;RU=ATTTT;SB=-8.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,48:66:99:3072,147,0 chrIII 130514 . TAAA T 604.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=23.3146;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.89;MQ0=0;QD=15.51;RPA=12,9;RU=A;SB=-3.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,36:39:57:647,57,0 chrIII 133281 . AG A 1958.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=187.8514;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.26;MQ0=0;QD=26.47;RPA=3,2;RU=G;SB=-6.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,71:74:99:2001,201,0 chrIII 136895 . GT G 2279.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=27.3744;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;QD=34.03;SB=-8.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:67:99:2322,196,0 chrIII 139499 . TTTC T 1070.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=14.3576;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.71;MQ0=0;QD=31.50;RPA=7,6;RU=TTC;SB=-3.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,28:34:81:1113,81,0 chrIII 142647 . GA G 334.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=38.9693;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.19;MQ0=0;QD=16.75;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,17:20:48:377,48,0 chrIII 142665 . GA G 101.48 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.768;DP=18;FS=3.090;HaplotypeScore=54.3269;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.51;MQ0=0;MQRankSum=0.589;QD=5.64;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=1.061;SB=-7.748e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,9:18:6:140,0,6 chrIII 143118 . A AAG 2510.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=139.9581;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.55;MQ0=0;QD=25.89;RPA=4,5;RU=AG;SB=-1.209e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,76:97:99:2553,208,0 chrIII 148164 . A AT 3314 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=212.8929;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.28;MQ0=0;QD=32.49;SB=-1.513e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,95:102:99:3314,283,0 chrIII 148171 . GA G 1724.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=381.5476;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.98;MQ0=0;QD=16.59;RPA=10,9;RU=A;SB=-8.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,82:104:99:1767,249,0 chrIII 149300 . TA T 1240.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=34.6616;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.12;MQ0=0;QD=16.12;RPA=9,8;RU=A;SB=-5.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,69:77:99:1283,176,0 chrIII 149509 . C CT 1078.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=246.5649;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.51;MQ0=0;QD=21.58;RPA=4,5;RU=T;SB=-3.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,42:50:99:1121,126,0 chrIII 149895 . G GC 1785.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=170.0113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.21;MQ0=0;QD=34.35;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,50:52:99:1828,150,0 chrIII 151108 . A AG 3476 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=151.9883;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.91;MQ0=0;QD=33.75;SB=-1.302e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,101:103:99:3476,292,0 chrIII 151492 . TA T 1854.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=142.8494;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.21;MQ0=0;QD=26.13;RPA=3,2;RU=A;SB=-6.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,68:70:99:1897,189,0 chrIII 153973 . CAT C 900.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=117.4258;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=11.40;RPA=6,5;RU=AT;SB=-2.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,42:79:84:943,84,0 chrIII 157462 . G GA 2962.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=401.4610;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.51;MQ0=0;QD=25.54;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.036e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,110:116:99:3005,321,0 chrIII 158451 . C CA 2029.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=81.4789;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.27;MQ0=0;QD=29.42;RPA=1,2;RU=A;SB=-5.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,63:69:99:2072,186,0 chrIII 158486 . ATT A 840.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=116.3909;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.79;MQ0=0;QD=18.69;RPA=11,9;RU=T;SB=-3.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,35:45:90:883,90,0 chrIII 162712 . TA T 856.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=28.3933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.48;RPA=10,9;RU=A;SB=-1.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,46:52:99:899,125,0 chrIII 163192 . A AT 1359.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=38.4078;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;QD=25.18;RPA=3,4;RU=T;SB=-4.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,50:54:99:1402,147,0 chrIII 163270 . AG A 1919.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=60.8908;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.05;MQ0=0;QD=30.00;SB=-5.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:64:99:1962,171,0 chrIII 163395 . GA G 476 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.171;DP=39;FS=2.222;HaplotypeScore=13.5861;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.102;QD=12.21;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.768;SB=-2.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,32:39:23:518,23,0 chrIII 164372 . A ATCG 4109 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=37.5258;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=39.89;RPA=2,3;RU=TCG;SB=-1.941e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,95:103:99:4109,268,0 chrIII 167039 . C CAG 2235.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=232.8869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.63;MQ0=0;QD=34.94;RPA=1,2;RU=AG;SB=-8.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,63:64:99:2278,166,0 chrIII 168612 . G GAAT 677.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.531;DP=18;FS=12.304;HaplotypeScore=449.2928;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.63;MQ0=1;MQRankSum=-0.919;QD=37.64;RPA=1,2;RU=AAT;ReadPosRankSum=0.919;SB=-3.545e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,16:17:2:716,2,0 chrIII 168619 . GAGAT G 877.08 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.531;DP=18;FS=12.304;HaplotypeScore=429.0407;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.63;MQ0=1;MQRankSum=1.123;QD=48.73;ReadPosRankSum=1.327;SB=-3.118e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,16:17:13:916,0,13 chrIII 168933 . ATTATAT A 365.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;DP=8;FS=7.782;HaplotypeScore=50.8627;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.10;MQ0=1;MQRankSum=0.736;QD=45.74;ReadPosRankSum=0.736;SB=-7.098e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,5:6:9:407,9,0 chrIII 169184 . A AT 428.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=13.1773;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.09;MQ0=0;QD=19.50;RPA=3,4;RU=T;SB=-8.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,17:22:48:471,48,0 chrIII 170501 . TTC T 1999.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=386.6188;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.06;MQ0=0;QD=35.71;SB=-7.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:56:99:2042,153,0 chrIII 172819 . G GT 2900.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=43.5371;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.39;MQ0=0;QD=25.90;RPA=4,5;RU=T;SB=-8.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,109:112:99:2943,321,0 chrIII 173551 . CT C 1084.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.638;DP=69;FS=4.548;HaplotypeScore=164.6335;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.577;QD=15.72;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.638;SB=-3.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,58:69:99:1127,144,0 chrIII 177969 . GT G 711.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.483;DP=61;FS=2.684;HaplotypeScore=30.6078;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.575;QD=11.67;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.241;SB=-2.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,41:61:75:754,75,0 chrIII 178604 . T TAG 2160.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=153.2923;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.26;MQ0=0;QD=34.30;RPA=2,3;RU=AG;SB=-7.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,56:63:99:2203,169,0 chrIII 179498 . C CA 1396.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.271;DP=73;FS=3.222;HaplotypeScore=39.4315;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=1.407;QD=19.14;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.570;SB=-6.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,63:73:99:1439,167,0 chrIII 197460 . G GTAAAAGATTACATCTGA 15021 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=96.3394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.53;MQ0=0;QD=126.23;SB=-5.828e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,89:119:99:15021,283,0 chrIII 204418 . TCTTCCC T 3717 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=27.7063;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.97;MQ0=0;QD=54.66;SB=-1.563e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,66:67:99:3717,186,0 chrIII 205530 . A AT 1006.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=301.5315;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.42;MQ0=0;QD=20.55;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,37:49:99:1049,111,0 chrIII 205674 . CTT C 710.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=141.2416;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.37;MQ0=0;QD=23.70;RPA=12,10;RU=T;SB=-2.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,24:30:75:753,75,0 chrIII 207966 . T TG 2869.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=303.1080;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.15;MQ0=0;QD=32.25;SB=-7.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,78:89:99:2912,241,0 chrIII 208002 . C CT 2669.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=495.0498;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.18;MQ0=0;QD=26.18;RPA=2,3;RU=T;SB=-9.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,93:102:99:2712,271,0 chrIII 208089 . AC A 1439.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.163;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=663.1171;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.44;MQ0=0;MQRankSum=1.163;QD=17.78;ReadPosRankSum=1.305;SB=-6.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,71:81:99:1482,201,0 chrIII 208091 . ATGAC A 3773 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=415.5649;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.03;MQ0=0;QD=48.37;SB=-1.527e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,71:78:99:3773,216,0 chrIII 209732 . G GT 887.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.299;DP=44;FS=5.607;HaplotypeScore=161.0914;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.953;QD=20.18;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.213;SB=-2.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,38:44:97:930,97,0 chrIII 209788 . C CAAA 778.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=174.1669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.41;MQ0=0;QD=15.88;RPA=14,17;RU=A;SB=-3.613e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,5:49:87:820,87,0 chrIII 210472 . ATTC A 1435.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=295.4613;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.08;MQ0=0;QD=29.92;RPA=5,4;RU=TTC;SB=-6.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,34:48:99:1478,102,0 chrIII 210517 . G GA 1383.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=260.5763;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.10;MQ0=0;QD=23.86;RPA=4,5;RU=A;SB=-3.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,50:58:99:1426,156,0 chrIII 211624 . C CTGCTTCTTT 8444 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=142.7753;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.51;MQ0=0;QD=74.07;SB=-3.982e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,95:114:99:8444,283,0 chrIII 211722 . GA G 390.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.400;DP=67;FS=1.659;HaplotypeScore=34.8128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=0.400;QD=5.84;RPA=15,14;RU=A;ReadPosRankSum=0.330;SB=-1.197e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:67:43:430,0,43 chrIII 213958 . CT C 2070.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.167;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=308.9850;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=0.212;QD=18.49;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.990;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,106:112:99:2113,267,0 chrIII 216599 . GT G 3500 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=173;FS=0.000;HaplotypeScore=88.3367;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.90;MQ0=0;QD=20.23;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.370e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,162:173:99:3500,445,0 chrIII 220216 . AT A 585.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.393;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=153.9878;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=0.347;QD=10.45;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.069;SB=-2.859e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,42:56:22:627,22,0 chrIII 223344 . CT C 883.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.539;DP=72;FS=2.474;HaplotypeScore=71.1360;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.96;MQ0=0;MQRankSum=1.702;QD=12.28;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.502;SB=-2.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,57:72:71:926,71,0 chrIII 224261 . T TTC 1768.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=187.6367;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.91;MQ0=0;QD=32.16;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,31:55:99:1811,147,0 chrIII 225123 . AT A 830.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=335.0934;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.82;MQ0=0;QD=28.65;RPA=3,2;RU=T;SB=-3.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:87:873,87,0 chrIII 225348 . G GT 978.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=97.6120;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.74;MQ0=0;QD=23.31;RPA=4,5;RU=T;SB=-4.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,39:42:99:1021,111,0 chrIII 227483 . CT C 833.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=53;FS=3.647;HaplotypeScore=132.7827;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=1.339;QD=15.74;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.102;SB=-3.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,43:53:99:876,105,0 chrIII 228066 . G GAA 848.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=289.5170;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.49;MQ0=0;QD=44.68;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57:891,57,0 chrIII 228946 . GA G 884.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=59.9026;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.04;MQ0=0;QD=11.35;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,73:78:99:927,114,0 chrIII 228964 . G GTTT,GTT 1183.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.972;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=147.4779;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.12;MQ0=0;MQRankSum=0.549;QD=16.00;RPA=14,17,16;RU=T;ReadPosRankSum=-1.479;SB=-3.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:42,19,8:74:72:1262,147,72,484,0,393 chrIII 229272 . CAA C 1075.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.407;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=60.7330;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=0.453;QD=19.93;RPA=14,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.596;SB=-4.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,36:54:92:1118,92,0 chrIII 231005 . CTTT C 733.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.777;DP=49;FS=3.485;HaplotypeScore=123.0658;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.060;QD=14.98;RPA=19,16;RU=T;ReadPosRankSum=-0.896;SB=-2.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,19:47:40:776,40,0 chrIII 234912 . A AAGAAGAAGAAGAATAAGT 7130 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=203.9550;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.21;MQ0=0;QD=108.03;SB=-3.487e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,30:66:99:7130,162,0 chrIII 236778 . G GTTT,GTT 1018.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.663;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=155.5362;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.375;QD=20.38;RPA=11,14,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.721;SB=-5.029e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:17,7,21:50:86:1097,339,320,149,0,86 chrIII 236804 . CTT C 1273.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=165.8697;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.05;MQ0=0;QD=20.88;RPA=12,10;RU=T;SB=-6.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,45:61:99:1316,132,0 chrIII 242447 . ATTT A 1266.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.636;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=86.8352;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.54;MQ0=0;MQRankSum=0.193;QD=27.54;RPA=16,13;RU=T;ReadPosRankSum=1.636;SB=-4.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,33:46:99:1309,101,0 chrIII 247980 . GTATATATA G 709.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=49.2505;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.05;MQ0=0;QD=17.75;RPA=11,7;RU=TA;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,14:40:39:752,39,0 chrIII 249301 . AGCCAGATCCTGACCCTCCAAATCC A 3364 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.003;DP=97;FS=2.449;HaplotypeScore=781.6957;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.72;MQ0=0;MQRankSum=-2.995;QD=34.68;ReadPosRankSum=4.052;SB=-6.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,76:97:99:3364,141,0 chrIII 250178 . T TA 812.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.547;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=121.7910;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.730;QD=18.07;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=0.000;SB=-2.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,39:45:99:855,105,0 chrIII 262958 . A AAT 3773 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=314.9741;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.31;MQ0=0;QD=32.81;RPA=1,2;RU=AT;SB=-7.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,96:115:99:3773,289,0 chrIII 264222 . GTGCTGCTTCTGC G 2492.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=102.5681;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.65;MQ0=0;QD=55.40;RPA=3,2;RU=TGCTGCTTCTGC;SB=-6.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,32:45:87:2535,87,0 chrIII 269995 . CACTCAAGTGTCTGCT C 8150 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.036;DP=163;FS=1.377;HaplotypeScore=1039.0261;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.40;MQ0=0;MQRankSum=-6.855;QD=50.00;ReadPosRankSum=3.598;SB=-4.021e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:110,51:163:99:8150,0,13988 chrIII 271193 . ACAT A 4396 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=548.6261;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.09;MQ0=0;QD=29.11;RPA=6,5;RU=CAT;SB=-2.051e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,114:151:99:4396,307,0 chrIII 271474 . TTCA T 5249 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=213;FS=0.000;HaplotypeScore=310.5972;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.22;MQ0=0;QD=24.64;RPA=9,8;RU=TCA;SB=-2.235e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:77,133:213:99:5249,388,0 chrIII 273025 . GAAA G 1130.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.452;DP=58;FS=6.021;HaplotypeScore=248.8808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.47;MQ0=0;MQRankSum=0.421;QD=19.49;RPA=19,16;RU=A;ReadPosRankSum=0.515;SB=-2.545e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,25:58:89:1172,89,0 chrIII 273383 . A AT 1114.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=205.9529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.21;MQ0=0;QD=28.59;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,38:39:99:1157,99,0 chrIII 273850 . AG A 1317.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=267.4471;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.75;MQ0=0;QD=30.65;SB=-6.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1360,129,0 chrIII 273942 . GA G 1003.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=230.7722;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.52;MQ0=0;QD=16.73;RPA=11,10;RU=A;SB=-3.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,51:60:99:1046,153,0 chrIII 290527 . A AT 989.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=57;FS=3.547;HaplotypeScore=65.7700;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.733;QD=17.37;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.524;SB=-4.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,45:57:99:1032,119,0 chrIII 290589 . TA T 1099.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=48.6335;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.77;MQ0=0;QD=18.96;RPA=7,6;RU=A;SB=-4.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,52:58:99:1142,146,0 chrIII 291201 . G GA 2479.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.583;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=782.5826;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.205;QD=25.31;ReadPosRankSum=1.620;SB=-9.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,88:98:99:2522,273,0 chrIII 291257 . TG T 2360.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=496.5975;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.56;MQ0=0;QD=30.66;RPA=2,1;RU=G;SB=-9.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,74:77:99:2403,222,0 chrIII 292455 . T TC 727.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=90.8964;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.93;MQ0=0;QD=30.33;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:24:66:770,66,0 chrIII 292655 . TA T 577.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=33.6043;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.08;RPA=3,2;RU=A;SB=-3.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,22:24:66:620,66,0 chrIII 292718 . G GAAC 1299.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=17.8568;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.04;MQ0=0;QD=48.15;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:78:1342,78,0 chrIII 292842 . TA T 439.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=40.1262;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.54;MQ0=0;QD=22.00;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,19:17:48:482,48,0 chrIII 295557 . T TTC 2724.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=144.5486;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.41;MQ0=1;QD=37.85;SB=-1.222e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,67:71:99:2767,196,0 chrIII 297004 . AG A 1339.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=77.2780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.32;MQ0=0;QD=28.51;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1382,141,0 chrIII 299751 . TAA T 947.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=10.1471;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.10;MQ0=0;QD=31.60;RPA=6,4;RU=A;SB=-2.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,29:30:84:990,84,0 chrIII 299933 . AATGGCGATTATATTC A 4968 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=199.4346;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.87;MQ0=0;QD=76.43;RPA=2,1;RU=ATGGCGATTATATTC;SB=-2.207e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,34:65:99:4968,99,0 chrIII 301272 . CA C 2485.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=40.4225;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.13;MQ0=0;QD=25.11;RPA=4,3;RU=A;SB=-8.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,96:99:99:2528,273,0 chrIII 302535 . T TC 1463.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=278.0905;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.37;MQ0=0;QD=23.61;RPA=3,4;RU=C;SB=-5.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,52:62:99:1506,153,0 chrIII 302739 . AT A 1602.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=119.9383;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;QD=32.06;RPA=2,1;RU=T;SB=-6.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,48:50:99:1645,150,0 chrIII 303957 . CT C 244.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=202.4693;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=30.62;RPA=2,1;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24:287,24,0 chrIII 304022 . T TATAG 2319.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=608.5887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.29;MQ0=0;QD=48.33;RPA=1,2;RU=ATAG;SB=-1.016e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,42:47:99:2362,123,0 chrIII 304078 . C CACTAAGTCTTT 6766 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=558.9850;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.13;MQ0=0;QD=100.99;SB=-1.035e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,36:67:99:6766,190,0 chrIII 304284 . TAAAAAAA T 318.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.978;DP=95;FS=16.143;HaplotypeScore=771.1791;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.817;QD=3.36;RPA=13,6;RU=A;ReadPosRankSum=2.281;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,8:94:99:358,0,4583 chrIII 304299 . C CT 850.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.926;DP=104;FS=33.118;HaplotypeScore=1434.8715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.100;QD=8.18;ReadPosRankSum=-0.064;SB=0.033 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,33:103:95:890,0,95 chrIII 304312 . C CT 1114.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.731;DP=132;FS=44.129;HaplotypeScore=1942.5491;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.39;MQ0=0;MQRankSum=-3.242;QD=8.45;ReadPosRankSum=-0.249;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,45:129:99:1154,0,2026 chrIII 304338 . GA G 4127 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=211;FS=0.000;HaplotypeScore=2161.8449;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.67;MQ0=0;QD=19.56;RPA=5,4;RU=A;SB=-6.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,195:195:99:4127,488,0 chrIII 305588 . GA G 258.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.016;DP=109;FS=24.730;HaplotypeScore=387.9137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.51;MQ0=23;MQRankSum=0.344;QD=2.38;RPA=7,6;RU=A;ReadPosRankSum=-0.372;SB=-1.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,43:75:99:298,0,892 chrIII 306368 . ATTT A 3360 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=1038.6219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.84;MQ0=1;QD=39.53;RPA=5,2;RU=T;SB=-1.668e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,78:73:99:3360,202,0 chrIII 307441 . CGT C 911.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=160.4508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.73;MQ0=1;QD=30.40;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,24:22:63:954,63,0 chrIII 307751 . CACTA C 849.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.717;DP=74;FS=52.173;HaplotypeScore=435.2125;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.63;MQ0=4;MQRankSum=-0.524;QD=11.49;ReadPosRankSum=-1.898;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,35:34:99:889,0,874 chrIII 308240 . C CTTT 1230.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=113.8083;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.80;MQ0=0;QD=15.78;RPA=13,16;RU=T;SB=-3.989e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,34:74:99:1273,119,0 chrIII 309030 . T TA 1399.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.859;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=721.7856;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.129;QD=14.58;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.825;SB=-4.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,63:96:99:1442,160,0 chrIII 309060 . C CAAA 1680.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=373.1648;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.97;MQ0=0;QD=22.72;RPA=10,13;RU=A;SB=-8.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,37:74:99:1723,133,0 chrIII 310209 . A AT 2907.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=464.3353;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.81;MQ0=0;QD=26.20;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.359e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,108:111:99:2950,309,0 chrIII 310632 . TCTTAAAG T 7017 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=61.1083;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.86;MQ0=0;QD=87.71;SB=-2.120e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:80:99:7017,235,0 chrIII 310750 . AG A 2058.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=1821.1919;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.85;MQ0=0;QD=28.60;SB=-9.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:71:99:2101,193,0 chrIII 310762 . T TAA 1855.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=1580.7637;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=32.00;RPA=1,3;RU=A;SB=-6.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,41:58:99:1898,135,0 chrIII 313726 . TA T 1890.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=60.3971;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.98;MQ0=0;QD=18.01;RPA=7,6;RU=A;SB=-5.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,95:105:99:1933,248,0 chrIII 314662 . CT C 551.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.451;DP=71;FS=67.362;HaplotypeScore=596.1834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.52;MQ0=7;MQRankSum=1.747;QD=7.77;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=-0.197;SB=0.085;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,32:44:99:591,0,386 chrIII 315909 . AG A 191.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.766;DP=55;FS=21.160;HaplotypeScore=568.9264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.42;MQ0=3;MQRankSum=-0.099;QD=3.49;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=-0.377;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,11:32:99:231,0,314 chrIII 316064 . TG T 281.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.621;DP=105;FS=70.086;HaplotypeScore=575.7500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.95;MQ0=12;MQRankSum=-0.184;QD=2.69;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=2.488;SB=0.330;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,32:47:99:321,0,593 chrIII 316082 . A AG 361.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.246;DP=99;FS=61.423;HaplotypeScore=569.8188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.82;MQ0=6;MQRankSum=0.353;QD=3.66;ReadPosRankSum=3.690;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,32:37:99:401,0,581 chrIII 316102 . G GGAATA 1049.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.780;DP=85;FS=15.055;HaplotypeScore=445.4903;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.23;MQ0=1;MQRankSum=0.408;QD=12.35;ReadPosRankSum=1.371;SB=-8.292e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,21:25:99:1089,0,197 chrIII 316116 . A AG 97.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.634;DP=68;FS=5.935;HaplotypeScore=483.0934;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.69;MQ0=1;MQRankSum=2.201;QD=1.44;ReadPosRankSum=1.529;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,37:22:99:137,0,149 chrIII 316374 . T TG 247.48 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.796;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=490.7730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.14;MQ0=0;MQRankSum=-2.549;QD=5.05;RPA=2,3;RU=G;ReadPosRankSum=0.290;SB=-3.025e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,12:26:6:286,0,6 chrIII 316379 . G GA 168.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.099;DP=56;FS=2.599;HaplotypeScore=612.9005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.27;MQ0=0;MQRankSum=3.634;QD=3.02;ReadPosRankSum=1.332;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,31:33:99:208,0,336 chrIII 316410 . T TG 35.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.662;DP=47;FS=2.634;HaplotypeScore=545.5028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.196;QD=0.77;RPA=3,4;RU=G;ReadPosRankSum=0.321;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,6:29:75:75,0,462 chrIII 316463 . GT G 392.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.203;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=368.5210;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.06;MQ0=0;MQRankSum=0.134;QD=18.71;ReadPosRankSum=1.470;SB=-7.198e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,14:20:32:435,32,0 chrIII 316486 . TA T 336.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=323.6456;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.60;MQ0=0;QD=24.07;RPA=4,3;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,13:13:39:379,39,0 chrIV 1339 . A ATT 360.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=170.0427;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.69;MQ0=1;QD=15.69;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:10:30:403,30,0 chrIV 1797 . CGA C 156 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DP=19;FS=7.782;HaplotypeScore=166.0278;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.72;MQ0=1;MQRankSum=-0.736;QD=8.21;ReadPosRankSum=0.736;SB=-2.779e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,5:9:18:195,0,18 chrIV 3510 . A AT 814.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=87.3986;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.31;MQ0=20;QD=13.81;RPA=5,6;RU=T;SB=-3.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,49:32:96:857,96,0 chrIV 4721 . CTT C 796.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=146.9999;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.42;MQ0=1;QD=30.65;RPA=10,8;RU=T;SB=-3.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,24:25:75:839,75,0 chrIV 10991 . TA T 1078.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=68.4053;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.92;MQ0=10;QD=27.67;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,38:29:87:1121,87,0 chrIV 17297 . TC T 2027.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.553;DP=89;FS=42.306;HaplotypeScore=258.6911;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.21;MQ0=7;MQRankSum=3.705;QD=22.79;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=1.887;SB=-5.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,69:82:99:2067,0,100 chrIV 18356 . TACCGC T 1227.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=911.2048;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.13;MQ0=0;QD=34.11;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,17:34:51:1270,51,0 chrIV 18363 . A ATTTTG 1191.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=689.3798;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=70.12;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51:1234,51,0 chrIV 19036 . T TAA 1431.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=108.0899;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.94;MQ0=0;QD=33.30;RPA=4,6;RU=A;SB=-1.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,41:43:99:1474,120,0 chrIV 19322 . A ATTT 1627.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=180.3997;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.75;MQ0=0;QD=42.84;RPA=4,7;RU=T;SB=-7.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,35:38:99:1670,105,0 chrIV 19355 . T TA 972.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=327.0532;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.08;MQ0=0;QD=21.62;RPA=7,8;RU=A;SB=-4.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,41:45:99:1015,120,0 chrIV 19841 . A AACTCAACTCATTCCTAC 9917 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=280.5655;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.84;MQ0=0;QD=173.98;SB=-4.643e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,36:57:99:9917,166,0 chrIV 21056 . AT A 1154.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=452.1179;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.21;MQ0=0;QD=21.00;RPA=6,5;RU=T;SB=-5.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,50:55:99:1197,138,0 chrIV 21075 . TATA T 2149.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=476.5639;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.73;MQ0=0;QD=38.39;RPA=2,1;RU=ATA;SB=-9.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,45:56:99:2192,136,0 chrIV 28838 . C CT 1727.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=204.5126;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.38;MQ0=0;QD=26.58;RPA=3,4;RU=T;SB=-7.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:65:99:1770,180,0 chrIV 29117 . CT C 704.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=5.113;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=730.8174;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.27;MQ0=0;MQRankSum=1.767;QD=9.65;ReadPosRankSum=4.522;SB=-2.581e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,55:73:7:745,7,0 chrIV 29119 . CTTGCT C 2894.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.824;DP=76;FS=1.484;HaplotypeScore=533.6658;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.099;QD=38.09;ReadPosRankSum=4.388;SB=-8.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,55:76:64:2937,64,0 chrIV 32139 . TTC T 2301.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=40.1412;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=33.36;SB=-6.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,61:69:99:2344,203,0 chrIV 42506 . A AT 1709.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=197.7813;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.71;MQ0=0;QD=21.65;RPA=7,8;RU=T;SB=-6.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,69:79:99:1752,204,0 chrIV 42590 . TAC T 4270 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=83.4426;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.51;MQ0=0;QD=35.29;RPA=3,2;RU=AC;SB=-1.516e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,109:121:99:4270,319,0 chrIV 42684 . G GT 3026.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=51.6617;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.08;MQ0=0;QD=26.79;RPA=3,4;RU=T;SB=-8.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,100:113:99:3069,312,0 chrIV 43855 . TC T 444.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=93.8708;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;QD=14.83;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,17:30:65:487,65,0 chrIV 43887 . G GAA 324.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.073;DP=25;FS=3.590;HaplotypeScore=100.0316;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.908;QD=12.96;RPA=13,15;RU=A;ReadPosRankSum=0.908;SB=-1.746e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,12:25:20:366,20,0 chrIV 46248 . C CT 1884.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=198.4880;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;QD=22.99;RPA=5,6;RU=T;SB=-3.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,77:82:99:1927,213,0 chrIV 50660 . AT A 1605.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=37.1283;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.91;MQ0=0;QD=21.70;RPA=6,5;RU=T;SB=-7.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,64:74:99:1648,186,0 chrIV 57073 . GA G 619.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.502;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=66.0538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=11.70;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.817;SB=-2.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,32:53:44:662,44,0 chrIV 60616 . G GT 528.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.312;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=12.8542;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.401;QD=17.63;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.847;SB=-2.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,27:30:37:571,37,0 chrIV 62172 . CT C 1598.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=41.6294;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.54;MQ0=0;MQRankSum=0.512;QD=16.15;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.635;SB=-4.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,84:99:99:1641,202,0 chrIV 65318 . GT G 1268.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=139.5509;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.77;MQ0=0;QD=21.51;RPA=6,5;RU=T;SB=-6.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,54:59:99:1311,147,0 chrIV 67849 . A AT 394.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=70.7974;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;QD=21.94;RPA=7,8;RU=T;SB=-5.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,17:18:51:437,51,0 chrIV 67976 . T TC 1882.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=151.9578;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.80;MQ0=0;QD=33.03;SB=-5.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1925,168,0 chrIV 73916 . CATTCTTT C 5892 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=37.3299;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.27;MQ0=0;QD=59.52;RPA=2,1;RU=ATTCTTT;SB=-1.940e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,78:99:99:5892,226,0 chrIV 76735 . AT A 820.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=22.2285;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;QD=15.79;RPA=12,11;RU=T;SB=-3.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,42:52:99:863,116,0 chrIV 76825 . CA C 639.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=18.1797;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.28;MQ0=0;QD=16.84;RPA=10,9;RU=A;SB=-2.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,28:38:87:682,87,0 chrIV 80661 . G GA 2088.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=283.2812;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.16;MQ0=0;QD=26.11;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.009e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,74:80:99:2131,210,0 chrIV 83184 . GT G 2806.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=416.9247;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.13;MQ0=0;QD=28.35;RPA=3,2;RU=T;SB=-9.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,94:99:99:2849,265,0 chrIV 88140 . G GTT 1880.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=20.6099;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.56;MQ0=0;QD=34.20;RPA=2,4;RU=T;SB=-6.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,51:55:99:1923,147,0 chrIV 101273 . A AT 1709.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=90.9677;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;QD=21.65;RPA=5,6;RU=T;SB=-4.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,74:79:99:1752,192,0 chrIV 103533 . GA G 2657.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=235.6543;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.06;MQ0=0;QD=25.08;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.257e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,102:106:99:2700,291,0 chrIV 106907 . AT A 750.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.714;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=228.8673;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=0.900;QD=9.27;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.403;SB=-1.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,49:81:92:793,92,0 chrIV 117115 . T TAGAA 3574 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=19.4998;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.90;MQ0=0;QD=56.73;SB=-1.043e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,53:63:99:3574,165,0 chrIV 132472 . GT G 1016.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=119.0810;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.66;MQ0=0;QD=23.11;RPA=5,4;RU=T;SB=-3.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,38:44:99:1059,114,0 chrIV 135456 . CTTTT C 1363.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=48.8587;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.15;MQ0=0;QD=25.26;RPA=18,14;RU=T;SB=-6.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,28:54:90:1406,90,0 chrIV 144344 . CTTT C 4935 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=40.6506;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.73;MQ0=0;QD=41.13;RPA=9,6;RU=T;SB=-2.339e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,113:120:99:4935,331,0 chrIV 147840 . T TG 1510.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=150.6625;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.98;MQ0=0;QD=25.18;RPA=5,6;RU=G;SB=-5.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,55:60:99:1553,168,0 chrIV 156048 . CT C 1364.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=63.1826;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.29;MQ0=0;QD=19.50;RPA=8,7;RU=T;SB=-2.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,61:70:99:1407,171,0 chrIV 157978 . CTT C 2533.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.648;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=54.1645;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.03;MQ0=0;MQRankSum=0.760;QD=23.25;RPA=12,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.183;SB=-1.045e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,81:109:99:2576,242,0 chrIV 161484 . G GTTA 1017.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=144.8995;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.42;MQ0=0;QD=14.54;RPA=6,7;RU=TTA;SB=-1.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,28:70:72:1060,72,0 chrIV 170362 . C CA 1929.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.421;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=33.0302;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.62;MQ0=0;MQRankSum=0.933;QD=20.98;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.400;SB=-6.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,83:92:99:1972,209,0 chrIV 181921 . ATCTTCT A 4341 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=112.6111;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.32;MQ0=0;QD=45.69;RPA=6,4;RU=TCT;SB=-2.113e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,73:95:99:4341,192,0 chrIV 198376 . TG T 2802.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=36.4868;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.86;MQ0=0;QD=31.85;RPA=2,1;RU=G;SB=-4.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,83:88:99:2845,241,0 chrIV 201643 . A AT 2784.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=182.0138;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;QD=26.27;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.147e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,100:106:99:2827,297,0 chrIV 210795 . TC T 481.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=104.0334;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.67;MQ0=0;QD=20.95;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,20:23:60:524,60,0 chrIV 210813 . G GA 229.42 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.425;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=127.4547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.255;QD=9.56;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.085;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,11:24:1:267,0,1 chrIV 210847 . G GT 664.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=58.8448;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.16;MQ0=0;QD=24.63;RPA=4,5;RU=T;SB=-3.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:75:707,75,0 chrIV 210984 . T TA 429.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=40.2829;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.40;MQ0=0;QD=16.54;RPA=9,10;RU=A;SB=-7.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,13:26:57:472,57,0 chrIV 211214 . G GA 257.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.069;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=35.4299;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.111;QD=9.92;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.553;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,17:26:67:297,0,67 chrIV 212685 . C CA 248.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7360;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=15.56;RPA=10,11;RU=A;SB=-9.797e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,12:16:36:291,36,0 chrIV 213315 . C CTA 2099.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=37.1807;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.65;MQ0=0;QD=25.93;RPA=5,6;RU=TA;SB=-6.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,65:80:99:2142,180,0 chrIV 215724 . C CT 3761 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=56.9724;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.19;MQ0=0;QD=24.91;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.744e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,145:151:99:3761,399,0 chrIV 217877 . 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TC T 1465.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=431.9816;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.83;MQ0=0;QD=30.54;RPA=3,2;RU=C;SB=-7.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,43:48:99:1508,135,0 chrIV 242372 . C CT 498.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.337;DP=35;FS=2.764;HaplotypeScore=42.6714;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.52;MQ0=0;MQRankSum=0.433;QD=14.26;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.722;SB=-1.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,22:35:29:541,29,0 chrIV 244840 . A AGAGCAG 4358 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=22.8160;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.22;MQ0=1;QD=58.89;RPA=1,2;RU=GAGCAG;SB=-1.892e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,59:72:99:4358,172,0 chrIV 245067 . C CA 2973.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=224.8421;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.11;MQ0=0;QD=28.60;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.309e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,101:104:99:3016,283,0 chrIV 251252 . AT A 1711.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=29.2880;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.28;MQ0=0;QD=23.45;RPA=7,6;RU=T;SB=-5.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1754,210,0 chrIV 256612 . T TAA 1637.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=109.6265;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.21;MQ0=0;QD=24.45;RPA=9,11;RU=A;SB=-4.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,50:67:99:1680,159,0 chrIV 270194 . CA C 905.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.514;DP=99;FS=11.184;HaplotypeScore=64.9329;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=1.186;QD=9.15;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.913;SB=-3.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,51:99:52:948,52,0 chrIV 271809 . CTGT C 4143 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=42.7358;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.17;MQ0=0;QD=32.88;RPA=5,4;RU=TGT;SB=-1.842e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,104:126:99:4143,289,0 chrIV 275006 . CG C 1141.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=15.3712;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.14;MQ0=0;QD=30.86;RPA=2,1;RU=G;SB=-3.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,34:37:99:1184,99,0 chrIV 285372 . C CATAT 4234 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=63.5594;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.25;MQ0=0;QD=34.42;RPA=4,6;RU=AT;SB=-1.192e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,96:123:99:4234,252,0 chrIV 286882 . CT C 553.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.165;DP=75;FS=6.392;HaplotypeScore=52.7685;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.920;QD=7.39;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.433;SB=-1.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,35:75:44:596,44,0 chrIV 292338 . CA C 3769 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;FS=0.000;HaplotypeScore=52.0823;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.86;MQ0=0;QD=22.98;RPA=7,6;RU=A;SB=-7.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,147:164:99:3769,444,0 chrIV 292462 . A AT 1818.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=93.5564;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;QD=20.67;RPA=3,4;RU=T;SB=-7.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,62:87:99:1861,192,0 chrIV 294855 . CT C 1017.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=17.4010;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.07;MQ0=0;QD=25.45;RPA=5,4;RU=T;SB=-4.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:1060,114,0 chrIV 302272 . T TAAGAAA 3381 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=232.8038;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.39;MQ0=0;QD=45.69;RPA=2,3;RU=AAGAAA;SB=-6.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,40:74:99:3381,156,0 chrIV 302323 . GAAA G 1240.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=216.3451;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.54;MQ0=0;QD=32.66;RPA=12,9;RU=A;SB=-4.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,27:38:93:1283,93,0 chrIV 302347 . TA T 668.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=217.8592;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.74;MQ0=0;QD=13.94;RPA=8,7;RU=A;SB=-2.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,40:48:87:711,87,0 chrIV 303010 . A AT 606.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.701;DP=56;FS=4.190;HaplotypeScore=131.8644;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=1.193;QD=10.82;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.057;SB=-2.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,29:56:17:645,0,17 chrIV 310246 . T TAA 2227.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=199.2082;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.35;MQ0=0;QD=28.56;RPA=3,5;RU=A;SB=-1.100e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,65:77:99:2270,189,0 chrIV 310253 . A AT 1514.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=269.5572;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.25;MQ0=0;QD=19.67;RPA=7,8;RU=T;SB=-5.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,62:76:99:1557,180,0 chrIV 310657 . AT A 906.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=71.5237;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=19.30;RPA=9,8;RU=T;SB=-4.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,46:47:99:949,120,0 chrIV 312518 . C CT 1793.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.299;DP=142;FS=4.970;HaplotypeScore=290.2018;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.414;QD=12.63;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.285;SB=-8.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,93:142:66:1836,66,0 chrIV 314192 . CTT C 667.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=105.2114;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.72;MQ0=0;QD=24.74;RPA=9,7;RU=T;SB=-1.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,23:27:63:710,63,0 chrIV 315072 . C CT 423.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.470;DP=28;FS=7.005;HaplotypeScore=24.9126;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.574;QD=15.14;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.783;SB=-1.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,22:28:27:466,27,0 chrIV 315175 . AAACTGGTCATAGCGG A 5192 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=39;FS=3.493;HaplotypeScore=71.1847;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.72;MQ0=0;MQRankSum=1.550;QD=133.13;ReadPosRankSum=-1.185;SB=-2.146e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,38:39:93:5192,93,0 chrIV 320123 . A AT 1818.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.014;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=299.0854;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.487;QD=17.32;ReadPosRankSum=2.540;SB=-8.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,87:105:99:1861,207,0 chrIV 321583 . CA C 759.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.096;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=159.2030;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=0.385;QD=19.00;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.385;SB=-3.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,36:40:83:802,83,0 chrIV 321785 . A AT 1704.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=544.3849;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.25;MQ0=0;QD=22.14;RPA=4,5;RU=T;SB=-5.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,65:77:99:1747,183,0 chrIV 321880 . T TC 2457.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.717;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=220.4322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=0.083;QD=30.72;ReadPosRankSum=0.250;SB=-5.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,59:80:99:2500,213,0 chrIV 322623 . CA C 2336.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=143.8228;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.04;MQ0=0;QD=26.86;RPA=4,3;RU=A;SB=-9.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,84:87:99:2379,243,0 chrIV 323696 . ATATATATATATG A 2688.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=549.5689;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.73;MQ0=0;QD=45.58;SB=-8.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,37:59:99:2731,105,0 chrIV 326416 . AG A 2297.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=68.0524;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.02;MQ0=0;QD=31.92;SB=-1.170e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2340,210,0 chrIV 330640 . GA G 1381.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=349.5764;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.13;MQ0=0;QD=19.74;RPA=6,5;RU=A;SB=-6.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,57:70:99:1424,159,0 chrIV 330690 . C CA 2421.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=231.0722;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.49;MQ0=0;QD=29.18;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.027e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2464,232,0 chrIV 333953 . TC T 2336.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=27.0267;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.63;MQ0=0;QD=32.01;RPA=2,1;RU=C;SB=-4.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:73:99:2379,202,0 chrIV 334084 . GA G 1920.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=218.9376;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.32;MQ0=0;QD=28.67;RPA=2,1;RU=A;SB=-8.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,61:67:99:1963,171,0 chrIV 336148 . CT C 1051.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.155;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=80.3980;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=1.516;QD=17.83;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.516;SB=-3.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,52:59:99:1094,135,0 chrIV 336206 . CTTTTT C 3614 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.678;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=107.2261;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.00;MQ0=0;MQRankSum=1.516;QD=42.02;RPA=18,13;RU=T;ReadPosRankSum=1.678;SB=-1.187e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,56:86:99:3614,187,0 chrIV 338220 . AT A 2745.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=259.6499;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.60;MQ0=0;QD=22.51;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.390e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,111:122:99:2788,318,0 chrIV 340285 . GGATGA G 4663 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=187.0052;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.67;MQ0=0;QD=36.43;RPA=7,6;RU=GATGA;SB=-1.893e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,78:128:99:4663,235,0 chrIV 340378 . GAA G 1854.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.035;DP=58;FS=3.892;HaplotypeScore=537.5623;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.79;MQ0=0;MQRankSum=1.167;QD=31.98;RPA=5,3;RU=A;ReadPosRankSum=0.460;SB=-7.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,48:58:99:1897,121,0 chrIV 340399 . C CAGTACA 4760 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=395.0432;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.28;MQ0=0;QD=71.04;SB=-2.377e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,49:67:99:4760,184,0 chrIV 340869 . GTTT G 4413 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=630.5566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.10;MQ0=0;QD=48.49;RPA=5,2;RU=T;SB=-1.762e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,82:91:99:4413,247,0 chrIV 344004 . GTATATATATA G 4307 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=38.2095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.73;MQ0=0;QD=48.94;RPA=13,8;RU=TA;SB=-1.051e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,42:88:99:4307,126,0 chrIV 344227 . CT C 664.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=92.1851;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.25;MQ0=0;QD=15.46;RPA=11,10;RU=T;SB=-2.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,37:43:93:707,93,0 chrIV 345167 . GA G 4193 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.705;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=602.2091;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.57;MQ0=0;MQRankSum=1.624;QD=30.61;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=1.705;SB=-7.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,136:137:99:4193,381,0 chrIV 350980 . T TGAAGAGGATGATGAA 4545 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=49.2925;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.28;MQ0=0;QD=56.81;RPA=1,2;RU=GAAGAGGATGATGAA;SB=-1.564e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,53:80:99:4545,156,0 chrIV 351277 . C CT 981.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=130.6574;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.89;MQ0=0;QD=15.34;RPA=9,10;RU=T;SB=-3.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,45:64:99:1024,131,0 chrIV 355376 . TAA T 2963.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=30.2350;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.23;MQ0=0;QD=35.71;RPA=4,2;RU=A;SB=-7.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,81:82:99:3006,225,0 chrIV 355508 . CT C 1238.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.490;DP=100;FS=3.071;HaplotypeScore=171.2029;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.059;QD=12.39;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.745;SB=-6.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,67:100:99:1281,162,0 chrIV 357278 . G GT 1144.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.956;DP=78;FS=1.803;HaplotypeScore=113.6600;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=1.002;QD=14.68;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.117;SB=-3.969e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,56:78:51:1187,51,0 chrIV 359679 . C CTT 2407.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=205.6336;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.56;MQ0=0;QD=30.87;RPA=7,9;RU=T;SB=-3.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,71:78:99:2450,211,0 chrIV 364901 . CT C 1478.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=207.5464;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=1.448;QD=20.54;RPA=7,6;RU=T;ReadPosRankSum=-0.256;SB=-7.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,68:72:99:1521,174,0 chrIV 364972 . A AAG 2684.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.685;DP=83;FS=4.320;HaplotypeScore=296.1873;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.83;MQ0=0;MQRankSum=1.115;QD=32.35;ReadPosRankSum=0.878;SB=-8.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,56:83:99:2727,211,0 chrIV 366513 . T TA 1108.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=23.9924;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.29;MQ0=0;QD=20.92;RPA=8,9;RU=A;SB=-5.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,49:53:99:1151,138,0 chrIV 373676 . G GT 1051.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=183.1682;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.93;MQ0=0;QD=23.91;RPA=6,7;RU=T;SB=-3.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,42:44:99:1094,126,0 chrIV 375374 . G GT 1780.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=160.5637;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.81;MQ0=0;QD=25.44;RPA=4,5;RU=T;SB=-8.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,64:70:99:1823,192,0 chrIV 375587 . GT G 2519.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=401.7218;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.13;MQ0=0;QD=33.16;SB=-1.154e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:76:99:2562,211,0 chrIV 376575 . A AT 1049.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.050;DP=75;FS=2.417;HaplotypeScore=63.1867;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.677;QD=14.00;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.347;SB=-2.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,49:75:83:1092,83,0 chrIV 381512 . AG A 1855.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=333.7606;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.70;MQ0=0;QD=29.46;RPA=2,1;RU=G;SB=-8.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,60:63:99:1898,174,0 chrIV 381708 . A AT 1819.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=169.5087;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.52;MQ0=0;QD=29.35;RPA=2,3;RU=T;SB=-4.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,60:62:99:1862,177,0 chrIV 383397 . CA C 3484 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=5.923;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=2585.5843;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.47;MQ0=1;MQRankSum=2.305;QD=24.54;ReadPosRankSum=-1.206;SB=-1.522e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,127:140:99:3484,193,0 chrIV 383400 . C CT 2906.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.923;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=2620.0586;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.47;MQ0=1;MQRankSum=2.922;QD=20.47;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=-1.055;SB=-1.261e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,127:140:50:2946,0,50 chrIV 383542 . G GTTA 168.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.800;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=343.9649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.533;QD=12.07;ReadPosRankSum=0.533;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,5:14:99:208,0,350 chrIV 384467 . G GAACT 930.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.582;DP=57;FS=5.443;HaplotypeScore=825.6406;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.090;QD=16.33;ReadPosRankSum=-0.402;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,19:57:99:970,0,1853 chrIV 384470 . TC T 292.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.734;DP=59;FS=9.479;HaplotypeScore=891.8202;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.396;QD=4.97;ReadPosRankSum=-2.234;SB=1.350e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,11:59:99:332,0,1031 chrIV 384845 . G GAGC 1893.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.451;DP=109;FS=56.831;HaplotypeScore=732.4068;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.570;QD=17.38;ReadPosRankSum=0.750;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,34:109:99:1933,0,3573 chrIV 385964 . C CT 440.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.266;DP=43;FS=9.932;HaplotypeScore=229.3935;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.169;QD=10.25;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-1.328;SB=-2.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,22:43:47:483,47,0 chrIV 386154 . CAA C 1356.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=283.1141;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.48;MQ0=0;QD=29.50;RPA=10,8;RU=A;SB=-5.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,41:46:99:1399,123,0 chrIV 386402 . G GC 1120.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=36.3534;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.92;MQ0=0;QD=32.03;RPA=2,3;RU=C;SB=-5.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,34:35:99:1163,105,0 chrIV 386748 . G GT 374.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.187;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=22.3623;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.091;QD=13.89;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.091;SB=-1.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,18:27:34:417,34,0 chrIV 389135 . CT C 2906.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=33.7053;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.27;MQ0=0;QD=31.26;RPA=2,1;RU=T;SB=-8.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:93:99:2949,250,0 chrIV 390546 . A ATCG 2786.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.100;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=859.3040;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.66;MQ0=0;MQRankSum=0.589;QD=28.73;ReadPosRankSum=2.856;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,49:97:99:2829,201,0 chrIV 390562 . TCG T 1557.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.042;DP=93;FS=16.484;HaplotypeScore=968.6568;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.39;MQ0=0;MQRankSum=1.785;QD=16.75;ReadPosRankSum=2.228;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,46:93:99:1600,214,0 chrIV 390565 . TC T 469.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.833;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=1052.5236;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.77;MQ0=0;MQRankSum=3.559;QD=5.00;ReadPosRankSum=3.469;SB=-5.627e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,46:94:50:509,0,50 chrIV 392110 . GTTT G 2919.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=466.5829;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.51;MQ0=0;QD=35.18;RPA=12,9;RU=T;SB=-1.155e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,69:83:99:2962,213,0 chrIV 392146 . GACACACACAC G 6183 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=352.2096;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.77;MQ0=0;QD=75.40;RPA=13,8;RU=AC;SB=-1.728e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,53:82:99:6183,166,0 chrIV 392457 . CA C 1402.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=36.8294;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.31;MQ0=0;QD=22.27;RPA=9,8;RU=A;SB=-4.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,60:63:99:1445,180,0 chrIV 394025 . G GAA,GAAA 1690.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.045;DP=80;FS=3.062;HaplotypeScore=202.9695;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=49.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.645;QD=21.14;RPA=3,5,6;RU=A;ReadPosRankSum=0.976;SB=-8.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:31,41,7:80:85:1769,245,85,361,0,198 chrIV 403511 . G GTT 1386.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=132.1047;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.84;MQ0=0;QD=27.20;RPA=9,11;RU=T;SB=-6.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,41:50:99:1429,136,0 chrIV 407403 . GCC G 4655 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=283.9445;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.48;MQ0=0;QD=41.56;RPA=4,2;RU=C;SB=-1.742e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,109:112:99:4655,325,0 chrIV 409861 . T TC 3375 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=232.2468;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.77;MQ0=0;QD=31.25;RPA=2,3;RU=C;SB=-9.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:108:99:3375,319,0 chrIV 410149 . T TGCAGTGG 5421 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=18.5855;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.87;MQ0=0;QD=87.44;SB=-2.440e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,54:62:99:5421,178,0 chrIV 410456 . A AT 620.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=182.0168;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.38;MQ0=0;QD=16.34;RPA=6,7;RU=T;SB=-3.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,29:38:75:663,75,0 chrIV 410553 . C CAT 2209.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=285.3588;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.20;MQ0=0;QD=35.64;RPA=1,2;RU=AT;SB=-6.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,54:62:99:2252,166,0 chrIV 411335 . G GA 1874.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=133.2421;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;QD=22.32;RPA=4,5;RU=A;SB=-7.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,66:84:99:1917,204,0 chrIV 411785 . ACC A 3152.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=39.9669;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=35.03;RPA=9,7;RU=C;SB=-1.480e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,87:90:99:3195,256,0 chrIV 413191 . TA T 394.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=136.0145;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.66;MQ0=0;QD=17.95;RPA=10,9;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,19:22:57:437,57,0 chrIV 413919 . TA T 389.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=12.0663;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.48;MQ0=0;QD=13.93;RPA=8,7;RU=A;SB=-2.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,26:28:54:432,54,0 chrIV 417650 . TA T 1984.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=38.0973;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.04;MQ0=0;QD=21.34;RPA=6,5;RU=A;SB=-6.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,83:93:99:2027,231,0 chrIV 422107 . TA T 1718.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=25.9395;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.96;MQ0=0;QD=22.04;RPA=5,4;RU=A;SB=-7.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,70:78:99:1761,192,0 chrIV 422585 . G GA 1151.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=144.7576;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.03;MQ0=0;QD=23.51;RPA=6,7;RU=A;SB=-5.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,42:49:99:1194,138,0 chrIV 422749 . C CG 2069.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=837.7522;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.16;MQ0=0;QD=26.54;RPA=2,3;RU=G;SB=-9.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,71:78:99:2112,195,0 chrIV 422766 . C CTTCTTT 6979 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=530.2678;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.00;MQ0=0;QD=87.24;SB=-3.189e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,77:80:99:6979,238,0 chrIV 425896 . CA C 1600.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=102.9068;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;QD=26.68;RPA=4,3;RU=A;SB=-4.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,56:60:99:1643,168,0 chrIV 428538 . TA T 1333.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=142.3947;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.80;MQ0=0;QD=15.69;RPA=10,9;RU=A;SB=-6.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,76:85:99:1376,176,0 chrIV 428805 . AT A 1003.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.597;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=128.6098;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.461;QD=15.21;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.529;SB=-2.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,53:66:99:1046,142,0 chrIV 431592 . T TTG 3643 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=52.9792;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.89;MQ0=0;QD=34.37;SB=-1.684e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,96:106:99:3643,256,0 chrIV 432137 . CAGTT C 2509.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=20.7896;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.32;MQ0=0;QD=51.22;RPA=2,1;RU=AGTT;SB=-1.239e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,45:49:99:2552,129,0 chrIV 433048 . G GA 964.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=189.7999;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.66;MQ0=0;QD=21.93;RPA=6,7;RU=A;SB=-5.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,40:44:99:1007,120,0 chrIV 434094 . A AATT 2165.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=63.9723;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.82;MQ0=0;QD=43.32;SB=-1.059e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,34:50:99:2208,126,0 chrIV 434239 . T TA 1642.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=153.4112;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.92;MQ0=0;QD=34.23;SB=-5.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,44:48:99:1685,132,0 chrIV 434256 . T TA 1220.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=187.1757;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.79;MQ0=0;QD=22.20;RPA=5,6;RU=A;SB=-3.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,46:55:99:1263,141,0 chrIV 434392 . T TC 1235.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=146.9350;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.12;MQ0=0;QD=34.33;SB=-3.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,33:36:99:1278,99,0 chrIV 435260 . T TCGAATAGTGAA 4157 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=180.7063;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.25;MQ0=0;QD=118.77;SB=-9.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:35:93:4157,93,0 chrIV 435452 . T TA 1178.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=133.3578;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.79;MQ0=0;QD=22.24;RPA=3,4;RU=A;SB=-5.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,43:53:99:1221,126,0 chrIV 435658 . T TC 2807.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=162.2165;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.83;MQ0=0;QD=34.67;SB=-1.060e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:81:99:2850,232,0 chrIV 435928 . TGACC T 2427.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=265.7201;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.76;MQ0=0;QD=39.80;RPA=2,1;RU=GACC;SB=-3.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,45:61:99:2470,132,0 chrIV 436303 . GGAAC G 2146.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=305.7061;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.34;MQ0=0;QD=42.94;SB=-7.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,35:50:99:2189,114,0 chrIV 436314 . A AGG 1942.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=289.2970;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.64;MQ0=0;QD=47.39;SB=-8.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:1985,123,0 chrIV 437148 . A ATAAT 3022.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=112.1885;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.90;MQ0=0;QD=58.13;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,46:52:99:3065,144,0 chrIV 441267 . CTGT C 3973 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=495.2219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.52;MQ0=0;QD=29.21;RPA=6,5;RU=TGT;SB=-1.840e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:49,87:136:99:3973,274,0 chrIV 441311 . GTTATTA G 4641 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=563.2224;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.36;MQ0=0;QD=42.97;RPA=5,3;RU=TTA;SB=-1.738e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,79:108:99:4641,234,0 chrIV 443832 . CG C 3401 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=142.3275;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.52;MQ0=0;QD=34.70;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:98:99:3401,271,0 chrIV 444097 . G GA 2330.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=23.0684;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.80;MQ0=0;QD=33.78;RPA=1,2;RU=A;SB=-5.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,68:69:99:2373,205,0 chrIV 449720 . T TA 1002.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=204.3618;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.09;MQ0=0;QD=29.50;SB=-3.900e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:34:87:1045,87,0 chrIV 449855 . GA G 217.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=29.3165;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.83;MQ0=0;QD=16.77;RPA=7,6;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,10:13:30:260,30,0 chrIV 452907 . C CA 277.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.434;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=10.9956;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=1.302;QD=13.90;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.302;SB=-1.897e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,14:20:25:320,25,0 chrIV 461749 . GA G 1444.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=21.1492;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.62;MQ0=0;QD=21.89;RPA=6,5;RU=A;SB=-4.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,61:66:99:1487,168,0 chrIV 465667 . CAA C 2302.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.527;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=404.1443;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.473;QD=26.17;RPA=12,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.662;SB=-1.113e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,77:88:99:2345,211,0 chrIV 471707 . A AT 785.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.053;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=99.7459;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.79;MQ0=0;MQRankSum=1.219;QD=14.04;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.317;SB=-2.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,39:56:43:828,43,0 chrIV 476521 . TA T 425.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2296;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.13;MQ0=0;QD=19.36;RPA=6,5;RU=A;SB=-7.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,17:19:54:468,54,0 chrIV 476652 . T TG 4422 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=353.0373;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.88;MQ0=0;QD=34.55;SB=-1.002e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,127:128:99:4422,346,0 chrIV 478330 . CT C 1748.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=150.2756;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.12;MQ0=0;QD=22.71;RPA=6,5;RU=T;SB=-4.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,72:77:99:1791,201,0 chrIV 482472 . GAAA G 682.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.561;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=19.4700;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.85;MQ0=0;MQRankSum=0.347;QD=23.55;RPA=16,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.173;SB=-3.038e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,17:29:40:725,40,0 chrIV 482676 . AT A 738.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=75.3738;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.26;MQ0=0;QD=19.97;RPA=8,7;RU=T;SB=-2.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,35:37:96:781,96,0 chrIV 485654 . CA C 1316.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=124.0799;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.02;MQ0=0;QD=18.29;RPA=10,9;RU=A;SB=-5.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,61:72:99:1359,176,0 chrIV 486694 . AT A 1560.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=25.9322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.31;MQ0=0;QD=25.59;RPA=2,1;RU=T;SB=-4.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,59:61:99:1603,147,0 chrIV 488785 . T TA 1588.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=95.8672;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.34;MQ0=0;QD=17.46;RPA=6,7;RU=A;SB=-5.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,85:91:99:1631,189,0 chrIV 488972 . ATT A 3522 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=68.6328;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.78;MQ0=0;QD=31.45;RPA=7,5;RU=T;SB=-1.356e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,103:111:99:3522,298,0 chrIV 489335 . TA T 685.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=184.9823;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.41;MQ0=0;QD=16.73;RPA=9,8;RU=A;SB=-4.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,29:40:90:728,90,0 chrIV 489355 . CA C 876.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=177.1204;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.46;MQ0=0;QD=21.39;RPA=9,8;RU=A;SB=-4.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:40:99:919,117,0 chrIV 503381 . GT G 939.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.149;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=308.7570;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.74;MQ0=0;MQRankSum=0.298;QD=13.24;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.298;SB=-4.448e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,53:71:39:982,39,0 chrIV 504697 . GTA G 4932 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=58.2882;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.63;MQ0=0;QD=35.74;RPA=3,2;RU=TA;SB=-6.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,131:138:99:4932,370,0 chrIV 505233 . CATATATATAT C 3081.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=352.9743;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.09;MQ0=0;QD=42.80;RPA=10,5;RU=AT;SB=-6.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,36:71:93:3124,93,0 chrIV 505516 . TA T 843.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=302.1558;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.09;MQ0=0;QD=16.55;RPA=7,6;RU=A;SB=-2.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,43:49:99:886,105,0 chrIV 506579 . TA T 307.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=11.4949;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=17.11;RPA=10,9;RU=A;SB=-7.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,15:18:45:350,45,0 chrIV 506937 . TA T 498.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.016;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=36.4056;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.60;MQ0=0;MQRankSum=0.179;QD=10.85;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.538;SB=-2.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,33:46:66:541,66,0 chrIV 507493 . CA C 1136.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=261.2252;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.18;MQ0=0;QD=21.86;RPA=8,7;RU=A;SB=-5.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,46:52:99:1179,135,0 chrIV 509591 . GA G 792.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=128.8277;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;QD=13.91;RPA=8,7;RU=A;SB=-7.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,35:57:99:835,102,0 chrIV 509733 . CA C 1045.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=113.0912;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.07;MQ0=0;QD=27.53;RPA=3,2;RU=A;SB=-4.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,35:38:99:1088,99,0 chrIV 512965 . AT A 328.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=83.8540;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.74;MQ0=0;QD=13.16;RPA=7,6;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,17:25:45:371,45,0 chrIV 513518 . TA T 193 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=44.5744;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.48;MQ0=12;QD=9.19;RPA=2,1;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,6:8:23:235,23,0 chrIV 513640 . A AT 377.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=70.3239;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.49;MQ0=0;QD=27.00;RPA=3,4;RU=T;SB=-8.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42:420,42,0 chrIV 515794 . TC T 188.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=94.8182;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=15.20;MQ0=5;QD=7.52;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,14:7:18:230,18,0 chrIV 515798 . A AG 179.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=93.2457;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.64;MQ0=2;QD=11.94;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,6:6:18:221,18,0 chrIV 519387 . G GA 428.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=62.5277;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.07;MQ0=8;QD=15.32;RPA=1,2;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,13:17:39:471,39,0 chrIV 519493 . AT A 653.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=931.3281;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.86;MQ0=14;QD=17.67;RPA=2,1;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,23:23:69:696,69,0 chrIV 519521 . CG C 461.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=725.1117;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.65;MQ0=18;QD=12.83;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,15:16:48:504,48,0 chrIV 519537 . A AG 228.76 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.423;DP=44;FS=10.414;HaplotypeScore=485.0872;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=15.31;MQ0=28;MQRankSum=-0.474;QD=5.20;ReadPosRankSum=1.423;SB=-3.791e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,10:11:4:267,0,4 chrIV 519541 . TA T 190.38 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.423;DP=47;FS=10.414;HaplotypeScore=488.9246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=14.82;MQ0=31;MQRankSum=-1.423;QD=4.05;ReadPosRankSum=1.423;SB=-3.415e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,10:11:7:229,0,7 chrIV 520080 . C CT 2021.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=670.9698;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.71;MQ0=0;QD=28.89;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:70:99:2064,204,0 chrIV 520082 . TG T 1462.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=576.4118;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.71;MQ0=0;QD=26.12;RPA=2,1;RU=G;SB=-2.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,55:56:99:1505,165,0 chrIV 521049 . A AT 1077.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.133;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=104.3426;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.11;MQ0=0;MQRankSum=0.132;QD=18.59;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=0.659;SB=-3.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,46:58:99:1120,102,0 chrIV 521108 . A AT 1339.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=316.3720;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.25;MQ0=0;QD=21.97;RPA=8,9;RU=T;SB=-4.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,53:61:99:1382,165,0 chrIV 521126 . G GA 1250.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=289.3223;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.68;MQ0=0;QD=22.74;RPA=6,7;RU=A;SB=-4.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,46:55:99:1293,147,0 chrIV 521186 . AT A 577.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=206.2331;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.22;MQ0=0;QD=19.93;RPA=5,4;RU=T;SB=-8.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,24:29:66:620,66,0 chrIV 521212 . G GC 786.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=214.0526;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.40;MQ0=0;QD=26.23;RPA=4,5;RU=C;SB=-1.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,28:30:84:829,84,0 chrIV 521269 . T TAATTCGAACTTAGTTGACCAAAACA 6485 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=176.3328;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.68;MQ0=0;QD=196.52;SB=-1.469e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,13:33:96:6485,96,0 chrIV 522926 . T TA 422.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=502.5578;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.20;MQ0=0;QD=17.62;RPA=1,2;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,14:24:53:465,53,0 chrIV 522931 . TG T 362.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=363.4525;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.61;MQ0=0;QD=25.93;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42:405,42,0 chrIV 522980 . TGA T 209.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=192.0187;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.14;MQ0=0;QD=29.86;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,6:7:21:251,21,0 chrIV 522985 . TA T 123.07 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=229.7296;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.51;MQ0=0;QD=15.38;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,6:8:19:165,19,0 chrIV 522992 . AT A 188.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=190.0719;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.14;MQ0=0;QD=26.86;RPA=3,2;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21:230,21,0 chrIV 523034 . T TG 344.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=342.3172;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.30;MQ0=0;QD=31.36;SB=-3.900e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,9:11:33:387,33,0 chrIV 523065 . GA G 184.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=334.2354;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.58;MQ0=0;QD=18.40;RPA=4,3;RU=A;SB=-3.193e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,7:10:21:226,21,0 chrIV 523072 . GA G 190.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=236.1168;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.14;MQ0=0;QD=27.15;RPA=3,2;RU=A;SB=-3.393e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21:232,21,0 chrIV 538149 . TG T 862.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=1191.0483;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=17.61;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:49:99:905,117,0 chrIV 538153 . C CG 958.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=1111.9088;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=24.59;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:99:1001,117,0 chrIV 538733 . GTATATATATATATA G 502.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=31.4302;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.92;MQ0=0;QD=41.85;RPA=15,8;RU=TA;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,5:12:15:544,15,0 chrIV 542558 . CA C 777.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.090;DP=71;FS=2.095;HaplotypeScore=66.0361;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.35;MQ0=0;MQRankSum=0.895;QD=10.96;RPA=15,14;RU=A;ReadPosRankSum=1.194;SB=-3.979e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,35:71:61:820,61,0 chrIV 544999 . AT A 2016.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=747.0356;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.60;MQ0=0;QD=25.21;RPA=6,5;RU=T;SB=-8.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,67:80:99:2059,216,0 chrIV 545017 . A ATTGT 3923 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=632.8018;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.30;MQ0=0;QD=47.84;RPA=1,2;RU=TTGT;SB=-1.657e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,64:82:99:3923,202,0 chrIV 546555 . TC T 1328.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=47.2875;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=26.06;SB=-5.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,35:51:99:1371,143,0 chrIV 548546 . G GTT 175.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.738;DP=29;FS=3.522;HaplotypeScore=44.1672;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.52;MQ0=0;MQRankSum=0.869;QD=6.05;RPA=19,21;RU=T;ReadPosRankSum=-1.159;SB=-9.820e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,7:28:13:217,13,0 chrIV 550807 . TA T 1089.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.277;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=50.1697;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.386;QD=17.03;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.455;SB=-4.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,54:64:99:1132,125,0 chrIV 551638 . C CA 985.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.945;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=117.0284;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.315;QD=13.69;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.945;SB=-3.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,50:72:99:1028,108,0 chrIV 553142 . AGAAAATAAAAGATGAAGGTATAT A 6375 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=58.1509;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.88;MQ0=0;QD=104.51;SB=-1.962e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,48:61:99:6375,123,0 chrIV 560996 . A AAC 861.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=21.2695;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;QD=28.73;RPA=6,7;RU=AC;SB=-3.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,24:30:75:904,75,0 chrIV 561048 . C CAA 1341.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=105.3438;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.36;MQ0=0;QD=24.38;RPA=11,13;RU=A;SB=-3.811e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,29:55:99:1383,135,0 chrIV 561184 . C CT 1058.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=36.4374;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.66;MQ0=0;QD=21.61;RPA=7,8;RU=T;SB=-2.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,44:49:99:1101,129,0 chrIV 562609 . GA G 886.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=21.4905;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.74;MQ0=0;QD=16.74;RPA=9,8;RU=A;SB=-3.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,44:53:99:929,117,0 chrIV 562897 . G GA 984.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.157;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=133.8564;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.551;QD=16.98;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.575;SB=-3.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,48:58:99:1027,108,0 chrIV 563012 . T TC 1280.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=579.5229;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.84;MQ0=0;QD=25.62;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,38:50:99:1323,136,0 chrIV 563111 . CA C 1668.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=77.1329;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;QD=33.38;SB=-5.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1711,141,0 chrIV 563497 . CAA C 1363.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=111.8390;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.72;MQ0=0;QD=23.52;RPA=11,9;RU=A;SB=-4.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,45:58:99:1406,126,0 chrIV 573796 . T TA 1771.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=216.5753;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.62;MQ0=0;QD=23.63;RPA=6,7;RU=A;SB=-5.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,73:75:99:1814,207,0 chrIV 576459 . A ATC 2083.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=217.6052;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.48;MQ0=0;QD=45.30;SB=-8.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,43:46:99:2126,138,0 chrIV 578273 . C CA 955.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=153.5184;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.07;MQ0=0;QD=23.90;RPA=7,8;RU=A;SB=-2.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,37:40:99:998,117,0 chrIV 578295 . 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AT A 1467.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=24.6266;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;QD=17.90;RPA=4,3;RU=T;SB=-3.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,66:82:99:1510,159,0 chrIV 582694 . AT A 2085.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=33.1772;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.58;MQ0=0;QD=28.97;RPA=2,1;RU=T;SB=-4.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,69:72:99:2128,183,0 chrIV 584615 . G GGACGAC 6239 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=77.1524;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.78;MQ0=0;QD=65.67;RPA=4,6;RU=GAC;SB=-9.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,86:95:99:6239,253,0 chrIV 587742 . TA T 1917.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=28.4819;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;QD=19.77;RPA=8,7;RU=A;SB=-5.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,83:97:99:1960,237,0 chrIV 588028 . AGG A 3795 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=175.6577;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.36;MQ0=0;QD=39.12;RPA=6,4;RU=G;SB=-1.004e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,94:97:99:3795,283,0 chrIV 588683 . T TA 1751.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=353.9046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.69;MQ0=0;QD=27.37;RPA=2,3;RU=A;SB=-3.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:64:99:1794,183,0 chrIV 589651 . T TA 163.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.791;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=98.3990;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.93;MQ0=0;MQRankSum=0.158;QD=7.42;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.423;SB=-4.714e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,10:22:14:205,14,0 chrIV 589690 . TA T 277.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=44.6964;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.60;MQ0=0;QD=16.35;RPA=9,8;RU=A;SB=-4.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,16:17:42:320,42,0 chrIV 591782 . AT A 1206.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=63.6846;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.21;MQ0=0;QD=22.77;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,51:53:99:1249,135,0 chrIV 592206 . T TG 2099.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=193.0318;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.01;MQ0=0;QD=31.34;RPA=1,2;RU=G;SB=-5.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,63:67:99:2142,181,0 chrIV 592545 . ATGCAACTGCAAATGCAAC A 5160 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=36.5334;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.02;MQ0=0;QD=53.20;SB=-1.889e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,88:97:99:5160,252,0 chrIV 592981 . GT G 537.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=40.8225;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.77;MQ0=0;QD=12.23;RPA=13,12;RU=T;SB=-2.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,25:44:85:580,85,0 chrIV 593205 . GT G 2421.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=370.4558;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.03;MQ0=0;QD=35.62;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,64:68:99:2464,193,0 chrIV 593261 . GC G 2804.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=579.2870;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.83;MQ0=0;QD=33.39;RPA=2,1;RU=C;SB=-3.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,79:84:99:2847,235,0 chrIV 596902 . GA G 1490.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=175.0612;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.38;MQ0=0;QD=21.93;RPA=8,7;RU=A;SB=-5.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,65:68:99:1533,186,0 chrIV 597101 . C CA 2104.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=521.8019;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.22;MQ0=0;QD=36.29;SB=-5.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,55:58:99:2147,169,0 chrIV 597109 . C CA 1516.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=574.9727;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.42;MQ0=0;QD=26.61;RPA=3,4;RU=A;SB=-3.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,52:57:99:1559,156,0 chrIV 600480 . A AT 1878.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=185.6688;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.53;MQ0=0;QD=23.49;RPA=6,7;RU=T;SB=-6.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,72:80:99:1921,216,0 chrIV 600768 . AAT A 2432.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=375.7016;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.69;MQ0=0;QD=35.78;SB=-9.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:68:99:2475,196,0 chrIV 604250 . T TGATGATGATGAC 10887 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=200.9731;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.67;MQ0=0;MQRankSum=1.079;QD=74.57;ReadPosRankSum=-1.107;SB=-2.530e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,122:146:99:10887,361,0 chrIV 607042 . GAAA GA,G 622.07 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.050;DP=44;FS=8.751;HaplotypeScore=124.2757;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.166;QD=14.14;RPA=17,15,14;RU=A;ReadPosRankSum=1.166;SB=-3.409e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:17,0,5:44:51:700,121,51,371,0,349 chrIV 607060 . GAA G 1773.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.942;DP=69;FS=14.779;HaplotypeScore=124.8546;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.83;MQ0=0;MQRankSum=0.021;QD=25.71;RPA=8,6;RU=A;ReadPosRankSum=1.571;SB=-2.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,64:68:99:1816,150,0 chrIV 611907 . CGCA C 1171.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=82.1062;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=35.51;RPA=3,2;RU=GCA;SB=-3.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,30:33:75:1214,75,0 chrIV 613292 . C CT 664.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=99.6473;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=23.75;RPA=4,5;RU=T;SB=-2.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,25:28:75:707,75,0 chrIV 613364 . T TA 2616.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=447.5831;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.58;MQ0=0;QD=34.43;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,70:76:99:2659,226,0 chrIV 617276 . GTTTAA G 4049 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=39.1324;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.33;MQ0=3;QD=51.25;RPA=2,1;RU=TTTAA;SB=-1.288e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,67:76:99:4049,184,0 chrIV 617484 . A ACTCTTC 4214 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=126.9438;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=42.14;RPA=3,4;RU=CTCTTC;SB=-1.343e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,66:100:99:4214,189,0 chrIV 619961 . T TA 986.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=263.3612;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.01;MQ0=0;QD=20.14;RPA=6,7;RU=A;SB=-2.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,41:49:99:1029,117,0 chrIV 621879 . GAAAAAAA G 2413.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.578;DP=51;FS=5.119;HaplotypeScore=56.7739;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.133;QD=47.33;RPA=19,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.311;SB=-7.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,39:51:99:2456,100,0 chrIV 624927 . G GA 3188.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=486.4768;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.53;MQ0=0;QD=37.96;SB=-1.080e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:84:99:3231,247,0 chrIV 626607 . AT A 1116.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=13.6648;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.83;MQ0=0;QD=25.39;RPA=4,3;RU=T;SB=-2.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,43:44:99:1159,117,0 chrIV 629157 . C CT 632.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=144.5850;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.11;MQ0=0;QD=17.11;RPA=7,8;RU=T;SB=-2.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,30:37:78:675,78,0 chrIV 629821 . C CT 1330.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.213;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=125.9004;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.20;MQ0=0;MQRankSum=0.751;QD=18.49;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.346;SB=-4.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,60:72:99:1373,154,0 chrIV 630148 . CA C 2347.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=429.2833;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.43;MQ0=0;QD=27.62;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.053e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,82:85:99:2390,217,0 chrIV 630666 . CTGCTG C 2738.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.659;DP=50;FS=3.979;HaplotypeScore=188.2136;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.65;MQ0=0;MQRankSum=0.774;QD=54.78;ReadPosRankSum=1.659;SB=-1.068e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,40:50:99:2781,116,0 chrIV 630833 . G GT 175.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.611;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=46.9561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.524;QD=5.18;RPA=16,17;RU=T;ReadPosRankSum=-2.357;SB=-1.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,12:34:35:215,0,35 chrIV 637094 . ATT A 987.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=10.6055;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.08;MQ0=0;QD=26.70;RPA=12,10;RU=T;SB=-3.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,33:37:96:1030,96,0 chrIV 645102 . GA G 754.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.799;DP=68;FS=2.479;HaplotypeScore=30.8392;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.73;MQ0=0;MQRankSum=0.370;QD=11.10;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.955;SB=-2.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,40:68:61:797,61,0 chrIV 645240 . TG T 759.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=114.0573;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.70;MQ0=0;QD=29.23;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,23:26:78:802,78,0 chrIV 651502 . C CT 665.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=295.7048;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=31.71;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63:708,63,0 chrIV 651554 . CT C 1139.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=546.3362;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=31.67;RPA=2,1;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:36:99:1182,99,0 chrIV 651568 . GC G 1279.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=586.0807;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.73;MQ0=0;QD=26.12;RPA=7,6;RU=C;SB=-1.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1322,138,0 chrIV 651898 . CTG C 7657 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=192;FS=0.000;HaplotypeScore=511.8594;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.24;MQ0=0;QD=39.88;SB=-3.495e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,189:192:99:7657,550,0 chrIV 652146 . T TAA 4573 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=885.8557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.44;MQ0=0;QD=34.13;RPA=2,4;RU=A;SB=-1.564e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,118:134:99:4573,349,0 chrIV 652961 . CT C 840.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=39.2973;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.51;MQ0=1;QD=16.82;RPA=8,7;RU=T;SB=-3.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,46:49:99:883,108,0 chrIV 654338 . TCAA T 1241.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=158.3871;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=1;QD=30.29;RPA=6,5;RU=CAA;SB=-3.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,33:39:90:1284,90,0 chrIV 654811 . CTACCT C 4006 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=364.8347;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.56;MQ0=0;QD=61.63;RPA=2,1;RU=TACCT;SB=-3.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,62:65:99:4006,186,0 chrIV 657606 . TCA T 1194.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=12.6822;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.41;MQ0=0;QD=33.19;RPA=2,1;RU=CA;SB=-4.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,34:36:90:1237,90,0 chrIV 658030 . TA T 1106.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=65.8039;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.13;MQ0=0;QD=27.00;RPA=2,1;RU=A;SB=-4.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:41:99:1149,102,0 chrIV 658113 . CT C 502.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.743;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=48.8518;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.114;QD=13.97;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.743;SB=-2.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,21:36:59:545,59,0 chrIV 665217 . ATT A 2005.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=157.6401;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.74;MQ0=0;QD=28.25;RPA=9,7;RU=T;SB=-8.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,62:71:99:2048,180,0 chrIV 667986 . AT A 1690.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=14.6082;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.36;MQ0=0;QD=32.52;SB=-8.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:52:99:1733,141,0 chrIV 668814 . AG A 128.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=20.0238;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.01;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,5:8:18:170,18,0 chrIV 671243 . C CT 1570.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=380.9789;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.24;MQ0=0;QD=24.55;RPA=3,4;RU=T;SB=-4.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,59:64:99:1613,165,0 chrIV 676047 . A AG 1567.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=23.1097;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.79;MQ0=0;QD=22.72;RPA=6,7;RU=G;SB=-4.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,59:69:99:1610,174,0 chrIV 677842 . TGA T 1564.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=120.4437;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.07;MQ0=0;QD=29.53;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,49:53:99:1607,145,0 chrIV 678226 . G GTTT,GTT 1341.58 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=48.8924;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.30;MQ0=0;QD=23.54;RPA=11,14,13;RU=T;SB=-3.431e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:9,5,38:57:44:1419,575,463,182,0,44 chrIV 680128 . CT C 1036.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=34.8870;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.15;MQ0=0;QD=16.73;RPA=11,10;RU=T;SB=-3.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,52:62:99:1079,145,0 chrIV 681887 . T TCCAGTAG 2164.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=98.1334;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.28;MQ0=0;QD=94.13;SB=-9.400e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:69:2207,69,0 chrIV 683941 . T TA 1928.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=200.4292;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.00;MQ0=0;QD=22.96;RPA=3,4;RU=A;SB=-4.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,75:84:99:1971,202,0 chrIV 687863 . C CT 2030.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.031;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=541.2561;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.44;MQ0=0;MQRankSum=0.206;QD=21.38;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.155;SB=-3.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,87:95:99:2073,228,0 chrIV 688005 . G GAA 525.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=27.4942;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.13;MQ0=0;QD=16.97;RPA=12,14;RU=A;SB=-1.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,10:31:60:568,60,0 chrIV 688062 . C CT 487.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.267;DP=53;FS=5.538;HaplotypeScore=60.7872;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.854;QD=9.21;RPA=14,15;RU=T;ReadPosRankSum=0.147;SB=-1.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,22:53:36:530,36,0 chrIV 691379 . GT G 782.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=72.4585;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.59;MQ0=0;QD=27.96;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,24:27:69:825,69,0 chrIV 693401 . TAA T 1882.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=104.3223;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.67;MQ0=0;QD=36.21;RPA=5,3;RU=A;SB=-6.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:52:99:1925,153,0 chrIV 694246 . A AT 1151.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=367.6174;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.95;MQ0=0;QD=18.00;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,50:64:99:1194,156,0 chrIV 694249 . A ATG 2212.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=273.0196;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.08;MQ0=0;QD=36.28;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,51:61:99:2255,166,0 chrIV 694634 . AT A 1146.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=96.8965;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.17;MQ0=0;QD=19.44;RPA=10,9;RU=T;SB=-1.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,53:59:99:1189,155,0 chrIV 694840 . A ACAG 1478.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=98.4067;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.78;MQ0=0;QD=33.61;RPA=6,7;RU=CAG;SB=-3.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,31:44:99:1521,99,0 chrIV 713058 . AG A 2965.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=556.2922;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.25;MQ0=0;QD=31.89;SB=-1.132e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,92:93:99:3008,268,0 chrIV 713187 . T TA 1339.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=186.2935;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.42;MQ0=0;QD=24.36;RPA=4,5;RU=A;SB=-3.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,52:55:99:1382,147,0 chrIV 718490 . GTTATT G 4538 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=133.7325;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.88;MQ0=0;QD=65.77;SB=-2.191e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:69:99:4538,205,0 chrIV 718747 . TA T 1276.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=152.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;QD=17.99;RPA=6,5;RU=A;SB=-6.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,65:71:99:1319,150,0 chrIV 721724 . GA G 965.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=20.4664;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.17;MQ0=0;QD=18.94;RPA=9,8;RU=A;SB=-2.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,49:51:99:1008,126,0 chrIV 722221 . G GA 185.98 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.650;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=26.9520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=0.072;QD=4.43;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-1.083;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,17:42:22:225,0,22 chrIV 722250 . TAA T 91.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;DP=8;FS=6.990;HaplotypeScore=25.9254;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.15;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=11.50;RPA=7,5;RU=A;ReadPosRankSum=-0.731;SB=-2.500e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,6:8:3:131,3,0 chrIV 727773 . T TA 2505.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=150.4366;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.87;MQ0=0;QD=24.33;RPA=3,4;RU=A;SB=-5.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,95:103:99:2548,258,0 chrIV 733063 . TG T 2657.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=204.0932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.10;MQ0=0;QD=31.27;RPA=2,1;RU=G;SB=-5.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,81:85:99:2700,238,0 chrIV 747085 . G GCAACAACAA,GCAACAA 4704 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=90.7746;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=46.58;MQ0=0;QD=61.89;RPA=7,10,9;RU=CAA;SB=-1.343e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:20,46,5:76:77:4704,233,77,1796,0,1640 chrIV 747526 . G GCAGCAACAACAGCAACAA,GCAGCAGCAGCAGCAACAA 6838 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=424.9772;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=41.25;MQ0=0;QD=88.81;SB=-3.000e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:23,39,12:77:99:6838,621,481,1914,0,1724 chrIV 750901 . CT C 1848.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=36.7680;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.06;MQ0=0;QD=23.11;RPA=5,4;RU=T;SB=-7.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,72:80:99:1891,210,0 chrIV 763988 . G GA 1596.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=152.9950;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.36;MQ0=0;QD=20.74;RPA=9,10;RU=A;SB=-3.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,68:77:99:1639,201,0 chrIV 766575 . A ATT 2189.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.798;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=213.0794;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.75;MQ0=0;MQRankSum=-2.528;QD=25.46;RPA=1,3;RU=T;ReadPosRankSum=-0.068;SB=-7.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,75:86:99:2232,206,0 chrIV 766982 . C CTCA 4704 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.666;DP=138;FS=6.021;HaplotypeScore=253.0384;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=0.500;QD=34.09;RPA=6,7;RU=TCA;ReadPosRankSum=-0.100;SB=-1.087e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,100:138:99:4704,267,0 chrIV 770058 . GC G 2213.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=268.6657;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.77;MQ0=0;QD=32.09;SB=-9.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,60:69:99:2256,184,0 chrIV 781986 . CT C 1338.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=39.1608;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=1.675;QD=15.94;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.501;SB=-5.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,66:84:99:1381,175,0 chrIV 790278 . T TA 1665.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=343.0280;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.30;MQ0=0;QD=19.60;RPA=7,8;RU=A;SB=-7.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,71:85:99:1708,204,0 chrIV 794603 . T TG 2210.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=69.7606;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.29;MQ0=0;QD=26.32;RPA=4,5;RU=G;SB=-8.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,79:84:99:2253,225,0 chrIV 795607 . TA T 4316 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=514.0533;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=34.25;SB=-1.725e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,123:126:99:4316,346,0 chrIV 801680 . CTCTTCTTCTTCTTCT C 3051.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=29.6696;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.40;MQ0=0;QD=44.23;RPA=13,8;RU=TCT;SB=-1.448e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,32:69:87:3094,87,0 chrIV 802850 . TGAC T 193.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.877;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=312.8480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.307;QD=8.08;ReadPosRankSum=1.877;SB=-1.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,7:24:99:233,0,332 chrIV 802854 . TAGAGATG T 461.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.647;DP=22;FS=3.468;HaplotypeScore=271.0848;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.140;QD=21.00;ReadPosRankSum=3.723;SB=-8.138e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,7:22:92:501,0,92 chrIV 806445 . G GA 1713.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=245.1215;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.18;MQ0=0;QD=28.57;RPA=1,2;RU=A;SB=-7.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:60:99:1756,162,0 chrIV 807907 . A AT 1251.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=115.9276;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.37;MQ0=0;QD=20.19;RPA=6,7;RU=T;SB=-5.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,52:62:99:1294,147,0 chrIV 808170 . A AT 1649.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.633;DP=78;FS=3.827;HaplotypeScore=187.4418;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.693;QD=21.15;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.841;SB=-6.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,70:78:99:1692,186,0 chrIV 810728 . G GCATCATCATCAT 1345.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.734;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=56.5304;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.004;QD=56.08;RPA=8,12;RU=CAT;ReadPosRankSum=1.369;SB=-1.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,19:24:39:1388,39,0 chrIV 811890 . CT C 828.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.301;DP=49;FS=7.291;HaplotypeScore=20.3145;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.696;QD=16.92;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.575;SB=-3.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,40:49:73:871,73,0 chrIV 812962 . CATATAT C 1821.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=48.0739;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;QD=72.88;RPA=9,6;RU=AT;SB=-3.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:75:1864,75,0 chrIV 813091 . TTG T 3069.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=26.1907;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.69;MQ0=0;QD=40.39;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:76:99:3112,214,0 chrIV 816631 . TA T 1555.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.982;DP=141;FS=13.279;HaplotypeScore=371.9554;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=-2.342;QD=11.04;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.231;SB=-7.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,87:141:68:1598,68,0 chrIV 816853 . AAGT A 4053 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=162.1607;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.41;MQ0=1;QD=31.66;RPA=4,3;RU=AGT;SB=-1.933e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,106:127:99:4053,271,0 chrIV 817531 . T TA 1525.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.047;DP=89;FS=5.844;HaplotypeScore=47.5548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.61;MQ0=0;MQRankSum=0.741;QD=17.15;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.984;SB=-1.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,73:89:95:1568,95,0 chrIV 817682 . AAT A 1132.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=13.5454;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.73;MQ0=0;QD=29.05;RPA=3,2;RU=AT;SB=-5.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,28:39:93:1175,93,0 chrIV 821075 . T TAA 1873.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=100.5937;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.71;MQ0=0;QD=28.39;RPA=8,10;RU=A;SB=-7.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,50:66:99:1916,181,0 chrIV 821122 . G GTT 2131.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=119.3234;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.83;MQ0=0;QD=30.46;RPA=6,8;RU=T;SB=-6.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,59:70:99:2174,184,0 chrIV 831722 . GA G 1037.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.399;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=99.5883;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=2.348;QD=16.74;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=-1.058;SB=-2.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,56:62:99:1080,122,0 chrIV 834038 . T TTCA 5605 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=59.2190;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.72;MQ0=0;QD=35.93;RPA=4,5;RU=TCA;SB=-1.941e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,131:156:99:5605,367,0 chrIV 835638 . G GAA 1307.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.596;DP=84;FS=3.093;HaplotypeScore=101.5533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.331;QD=15.57;RPA=13,15;RU=A;ReadPosRankSum=-0.817;SB=-6.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,47:83:91:1350,91,0 chrIV 838087 . T TAATAACAAG 271.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=24.8411;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.62;MQ0=0;QD=38.75;SB=-8.329e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,5:7:15:313,15,0 chrIV 838275 . C CA 514.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.559;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=32.1423;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.818;QD=11.98;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.818;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,18:43:39:557,39,0 chrIV 840422 . AATATATATAT A 908.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=51.0658;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.43;MQ0=0;QD=34.96;RPA=11,6;RU=AT;SB=-2.309e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,8:26:27:951,27,0 chrIV 840497 . AT A 1927.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=136.1223;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.08;MQ0=0;QD=25.04;RPA=5,4;RU=T;SB=-6.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,75:77:99:1970,219,0 chrIV 843519 . TTC T 23.75 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=131.0343;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.53;MQ0=0;QD=2.16;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,8:11:6:64,6,0 chrIV 843550 . A AT 1226.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=643.3078;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.23;MQ0=0;QD=24.54;RPA=1,2;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1269,147,0 chrIV 843565 . CTTA C 3125.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=504.6337;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.37;MQ0=0;QD=57.89;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:3168,163,0 chrIV 845132 . T TC 1551.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=185.7002;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.53;MQ0=0;QD=25.44;RPA=2,3;RU=C;SB=-6.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,52:61:99:1594,150,0 chrIV 849399 . G GTCT 2159.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=119.3311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.80;MQ0=0;QD=49.09;RPA=1,2;RU=TCT;SB=-8.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,42:44:99:2202,126,0 chrIV 851071 . CTCCCCA C 3282 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=194.2869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.01;MQ0=0;QD=69.83;RPA=2,1;RU=TCCCCA;SB=-6.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,41:47:99:3282,129,0 chrIV 851108 . C CA 297.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.782;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=261.0607;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.498;QD=9.03;RPA=5,6;RU=A;ReadPosRankSum=-0.284;SB=-2.999e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,15:31:34:340,34,0 chrIV 854086 . AT A 1155.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=25.6569;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.50;MQ0=0;QD=18.06;RPA=9,8;RU=T;SB=-2.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,57:64:99:1198,150,0 chrIV 861698 . CAA C 2407.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=147.7028;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.13;MQ0=0;QD=43.00;RPA=3,1;RU=A;SB=-1.030e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,54:56:99:2450,163,0 chrIV 864380 . A ATGCCTCGATGCCTCCATC 7338 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=25.8054;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.70;MQ0=0;QD=107.91;RPA=1,2;RU=TGCCTCGATGCCTCCATC;SB=-2.066e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,44:68:99:7338,129,0 chrIV 864990 . C CTTT 455.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.351;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=89.8836;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.13;MQ0=0;MQRankSum=-2.037;QD=25.28;RPA=11,14;RU=T;ReadPosRankSum=-0.351;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,12:18:21:497,21,0 chrIV 867984 . TA T 1741.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.565;DP=103;FS=3.697;HaplotypeScore=55.8463;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=1.148;QD=16.91;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.273;SB=-7.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,77:103:99:1784,221,0 chrIV 868127 . G GA 2452.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=191.2336;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.98;MQ0=0;QD=29.20;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.063e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,82:84:99:2495,240,0 chrIV 870568 . G GT 1974.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=18.0231;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.47;MQ0=0;QD=37.26;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:53:99:2017,153,0 chrIV 870950 . G GT 1794.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.162;DP=93;FS=3.925;HaplotypeScore=157.1522;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=1.469;QD=19.30;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.425;SB=-7.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,71:93:99:1837,212,0 chrIV 877876 . GT G 1858.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=174.1451;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.83;MQ0=0;QD=26.18;RPA=5,4;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,69:69:99:1901,204,0 chrIV 877971 . C CT 1282.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.046;DP=134;FS=156.817;HaplotypeScore=299.4631;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.70;MQ0=9;MQRankSum=-3.553;QD=9.57;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=-1.657;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,44:117:99:1322,0,1774 chrIV 884220 . A AAACTT 328.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.589;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=152.3210;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.90;MQ0=0;MQRankSum=1.589;QD=32.90;ReadPosRankSum=-1.589;SB=-2.125e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,5:9:3:368,3,0 chrIV 884286 . AT A 231.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=50.2093;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.89;MQ0=0;QD=17.84;RPA=11,10;RU=T;SB=-4.599e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:36:274,36,0 chrIV 884500 . CT C 270.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.504;DP=20;FS=5.740;HaplotypeScore=45.0143;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.93;MQ0=0;MQRankSum=1.504;QD=13.50;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.810;SB=-6.010e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,18:19:19:312,19,0 chrIV 887096 . GA G 437.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.144;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=64.1025;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.91;MQ0=0;MQRankSum=1.011;QD=14.13;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.867;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,26:31:48:480,48,0 chrIV 889367 . GT G 1841.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=208.4282;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.69;MQ0=0;QD=20.93;RPA=6,5;RU=T;SB=-6.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,75:88:99:1884,216,0 chrIV 889525 . GA G 2185.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=89.1497;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.96;MQ0=0;QD=30.79;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.063e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,68:71:99:2228,199,0 chrIV 892532 . CAA C 319.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.470;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=19.5806;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.53;MQ0=0;MQRankSum=0.935;QD=18.82;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.470;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,13:17:35:362,35,0 chrIV 894993 . CAA C 338.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9160;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.85;MQ0=0;QD=22.60;RPA=12,10;RU=A;SB=-2.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,12:15:36:381,36,0 chrIV 911454 . CT C 1333.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=154.0588;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=16.47;RPA=10,9;RU=T;SB=-1.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,65:81:99:1376,176,0 chrIV 911744 . TA T 1942.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=27.6546;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.70;MQ0=0;QD=26.99;RPA=3,2;RU=A;SB=-3.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,68:72:99:1985,183,0 chrIV 913853 . CA C 1187.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=121.8123;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.61;MQ0=0;QD=29.70;RPA=2,1;RU=A;SB=-5.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:1230,111,0 chrIV 917515 . TA T 612.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.615;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=87.0844;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.168;QD=15.72;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.503;SB=-1.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,33:39:68:655,68,0 chrIV 921648 . C CT 693.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=18.2792;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=21.69;RPA=5,6;RU=T;SB=-2.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,27:32:81:736,81,0 chrIV 921813 . CAAA C 1489.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=192.7895;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.89;MQ0=0;QD=32.39;RPA=20,17;RU=A;SB=-1.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,40:46:99:1532,120,0 chrIV 923047 . A ACTG 1204.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=147.3021;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;QD=25.64;RPA=6,7;RU=CTG;SB=-3.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,33:47:96:1247,96,0 chrIV 924026 . T TA 1583.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=282.9707;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.20;MQ0=0;QD=20.84;RPA=8,9;RU=A;SB=-6.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,68:76:99:1626,192,0 chrIV 927438 . G GT 1671.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=37.9819;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.85;MQ0=0;QD=19.44;RPA=9,10;RU=T;SB=-4.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,76:86:99:1714,215,0 chrIV 929153 . TA T 467.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=70.4371;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.88;MQ0=0;QD=12.65;RPA=11,10;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,28:37:68:510,68,0 chrIV 929171 . GT G 367.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=90.2302;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;QD=13.14;RPA=11,10;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,19:28:54:410,54,0 chrIV 929184 . AT A 204.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=88.3907;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.38;MQ0=0;QD=10.79;RPA=12,11;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,11:19:33:247,33,0 chrIV 929454 . GA G 683.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=19.1303;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;QD=15.54;RPA=11,10;RU=A;SB=-4.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,35:44:95:726,95,0 chrIV 930964 . CATATATATAT C 3019.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=102.0749;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.46;MQ0=0;QD=68.64;RPA=11,6;RU=AT;SB=-1.430e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,26:44:84:3062,84,0 chrIV 940887 . T TA 2465.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=46.3640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.57;MQ0=0;QD=26.52;RPA=2,3;RU=A;SB=-9.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,90:93:99:2508,240,0 chrIV 950553 . A AT 4151 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=91.6747;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=28.05;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.351e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,124:148:99:4151,355,0 chrIV 955783 . TAAGAA T 2203.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=99.9638;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.57;MQ0=0;QD=62.97;SB=-9.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,33:35:96:2246,96,0 chrIV 955986 . GAAAA G 2541.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.299;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=156.2616;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.98;MQ0=0;MQRankSum=1.494;QD=34.82;RPA=16,12;RU=A;ReadPosRankSum=2.052;SB=-1.152e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,61:72:99:2584,147,0 chrIV 957539 . A AC 2164.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=26.0354;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=26.08;RPA=5,6;RU=C;SB=-6.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,76:83:99:2207,235,0 chrIV 957628 . CTTTT C 3904 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=58.3399;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.13;MQ0=0;QD=48.80;RPA=12,8;RU=T;SB=-1.477e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,73:80:99:3904,223,0 chrIV 967966 . 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A AT 2749.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=818.6280;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.62;MQ0=0;QD=29.57;RPA=1,2;RU=T;SB=-5.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,84:93:99:2792,235,0 chrIV 979841 . CAT C 3287 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=1002.8525;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.76;MQ0=0;QD=38.22;RPA=2,1;RU=AT;SB=-1.172e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:86:99:3287,229,0 chrIV 980121 . AT A 4555 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=391.0537;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.45;MQ0=0;QD=29.39;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.692e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,147:155:99:4555,421,0 chrIV 980200 . ATT A 4875 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;FS=0.000;HaplotypeScore=598.8133;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.09;MQ0=0;QD=29.73;RPA=7,5;RU=T;SB=-1.935e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,138:162:99:4875,412,0 chrIV 980211 . AT A 3771 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=677.0696;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.54;MQ0=0;QD=24.97;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.526e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,136:149:99:3771,411,0 chrIV 980440 . C CA 3029.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=406.6556;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.33;MQ0=0;QD=32.93;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.306e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,85:92:99:3072,259,0 chrIV 980505 . AG A 2396.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=362.0258;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.67;MQ0=0;QD=25.77;RPA=6,5;RU=G;SB=-6.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,84:93:99:2439,252,0 chrIV 980959 . AAT A 1086.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=223.9245;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.14;MQ0=0;QD=37.48;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,24:29:78:1129,78,0 chrIV 980968 . T TA 638.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=247.6845;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.42;MQ0=0;QD=22.82;RPA=5,6;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,23:28:75:681,75,0 chrIV 993018 . GT G 1349.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=502.5884;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.56;MQ0=0;QD=22.50;RPA=8,7;RU=T;SB=-6.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,53:60:99:1392,156,0 chrIV 993984 . A ACC 1396.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=271.9806;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.72;MQ0=0;QD=34.92;RPA=4,6;RU=C;SB=-4.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,36:40:99:1439,111,0 chrIV 995565 . AT A 1092.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=133.8800;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;QD=22.77;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,41:48:99:1135,114,0 chrIV 995594 . A AT 1674.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=157.6283;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.04;MQ0=0;QD=33.50;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:50:99:1717,135,0 chrIV 995816 . A ATATT 549.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=225.3353;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.22;MQ0=0;QD=14.10;SB=-4.100e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,27:39:72:592,72,0 chrIV 1002291 . AT A 822.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=26.9977;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.59;MQ0=0;QD=14.96;RPA=13,12;RU=T;SB=-2.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,46:55:99:865,122,0 chrIV 1004000 . G GT 2407.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=93.6005;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;QD=33.91;SB=-1.051e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,69:71:99:2450,193,0 chrIV 1005567 . TG T 2826.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=127.5096;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.08;MQ0=0;QD=28.27;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.299e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,98:100:99:2869,247,0 chrIV 1011365 . GC G 3602 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=443.8674;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.89;MQ0=0;QD=31.60;RPA=2,1;RU=C;SB=-1.715e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,112:114:99:3602,322,0 chrIV 1012110 . A AT 1017.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.247;DP=83;FS=7.927;HaplotypeScore=180.5162;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.35;MQ0=0;MQRankSum=0.443;QD=12.26;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.277;SB=-4.415e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,46:82:59:1060,59,0 chrIV 1013362 . CA C 1232.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=145.7369;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=19.57;RPA=9,8;RU=A;SB=-3.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,56:63:99:1275,159,0 chrIV 1013843 . G GCACCTACGC 6910 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=29.6054;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.16;MQ0=0;QD=95.97;SB=-2.846e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,59:72:99:6910,199,0 chrIV 1013977 . TC T 1249.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=179.1629;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.14;MQ0=0;QD=24.51;RPA=9,8;RU=C;SB=-5.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,49:51:99:1292,138,0 chrIV 1016332 . CT C 1171.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=129.8853;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.30;MQ0=0;QD=21.31;RPA=7,6;RU=T;SB=-5.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,50:55:99:1214,141,0 chrIV 1016710 . TCCC T 1594.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=71.6567;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.76;MQ0=0;QD=38.90;RPA=10,7;RU=C;SB=-4.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,35:41:99:1637,105,0 chrIV 1021881 . G GA 890.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=14.5421;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.46;RPA=6,7;RU=A;SB=-4.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:99:933,105,0 chrIV 1022353 . GT G 1314.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=71.9117;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;QD=19.92;RPA=9,8;RU=T;SB=-6.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,61:66:99:1357,168,0 chrIV 1030406 . G GT 3502 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=266.6383;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.59;MQ0=0;QD=35.02;SB=-1.327e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,98:100:99:3502,283,0 chrIV 1035649 . CA C 3347 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=748.1996;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.73;MQ0=0;QD=30.99;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.253e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,105:108:99:3347,289,0 chrIV 1038255 . G GT 2239.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=103.5214;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.70;MQ0=0;QD=24.89;RPA=4,5;RU=T;SB=-8.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,85:90:99:2282,243,0 chrIV 1038649 . GTCATCA G 3944 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=93;FS=3.979;HaplotypeScore=166.7007;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.25;MQ0=0;MQRankSum=0.577;QD=42.41;RPA=10,8;RU=TCA;ReadPosRankSum=-0.520;SB=-1.371e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,62:93:99:3944,163,0 chrIV 1052356 . AT A 1403.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=25.0352;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.96;MQ0=0;QD=23.02;RPA=6,5;RU=T;SB=-6.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,57:61:99:1446,162,0 chrIV 1054751 . TA T 567.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=160.5171;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;QD=14.95;RPA=11,10;RU=A;SB=-1.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,31:38:89:610,89,0 chrIV 1055183 . C CA 1726.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.307;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=188.9960;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.483;QD=23.99;ReadPosRankSum=1.914;SB=-4.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,69:72:99:1769,197,0 chrIV 1055926 . G GA 2204.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.601;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=210.4229;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.389;QD=19.51;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.424;SB=-6.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,99:113:99:2247,268,0 chrIV 1056082 . GCTGCTGCCGCTGCTA G 4247 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=61.2560;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.71;MQ0=0;QD=111.76;SB=-1.341e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,27:38:93:4247,93,0 chrIV 1057929 . A AT 446.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.289;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=10.7692;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=1.011;QD=15.96;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.722;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,26:28:47:489,47,0 chrIV 1059951 . GAAA G 1266.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.726;DP=86;FS=1.881;HaplotypeScore=280.1873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.63;MQ0=0;MQRankSum=-3.481;QD=14.73;RPA=5,2;RU=A;ReadPosRankSum=-0.348;SB=-6.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,28:86:99:1306,0,1879 chrIV 1067616 . C CA 1649.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.049;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=40.4294;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.693;QD=20.12;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.148;SB=-6.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,69:82:99:1692,185,0 chrIV 1068416 . TA T 60.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8205;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=7.56;RPA=7,6;RU=A;SB=-4.975e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,6:8:12:102,12,0 chrIV 1073672 . A AC 4094 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=318.2959;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.69;MQ0=0;QD=32.49;SB=-1.601e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,124:126:99:4094,337,0 chrIV 1075461 . G GA 2799.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=336.4784;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.08;MQ0=0;QD=22.95;RPA=6,7;RU=A;SB=-9.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,108:122:99:2842,327,0 chrIV 1078465 . A AAT 3025.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.064;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=631.4507;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.06;MQ0=0;MQRankSum=0.730;QD=27.76;RPA=1,2;RU=AT;ReadPosRankSum=0.397;SB=-1.368e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,78:109:99:3068,238,0 chrIV 1078659 . C CT 2385.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=123.5801;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.21;MQ0=0;QD=31.39;RPA=1,2;RU=T;SB=-7.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,70:76:99:2428,217,0 chrIV 1080944 . GTGTATGTAATGTTAAGCGCTAAATA G 1910.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=21.1090;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.65;MQ0=0;QD=56.20;RPA=2,1;RU=TGTATGTAATGTTAAGCGCTAAATA;SB=-9.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,15:34:42:1953,42,0 chrIV 1084536 . AT A 1712.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.686;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=181.4993;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.346;QD=16.01;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=0.531;SB=-8.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:60,39:107:99:1755,204,0 chrIV 1084685 . GAA G 1532.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.128;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=37.8364;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=0.373;QD=22.88;RPA=14,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.826;SB=-4.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,50:67:99:1575,149,0 chrIV 1087004 . G GT 3064.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=27.1211;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.07;MQ0=0;QD=36.49;SB=-1.488e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,81:84:99:3107,238,0 chrIV 1090113 . GAA G 366.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.659;DP=45;FS=9.161;HaplotypeScore=255.9004;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.97;MQ0=0;MQRankSum=-2.464;QD=8.15;RPA=17,15;RU=A;ReadPosRankSum=1.927;SB=-2.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,14:45:47:406,0,47 chrIV 1092650 . G GA 1178.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.017;DP=73;FS=5.425;HaplotypeScore=49.9311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.275;QD=16.15;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.186;SB=-5.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,50:73:99:1221,104,0 chrIV 1095562 . GA G 765.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=74.5142;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.38;MQ0=0;QD=28.37;RPA=3,2;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:72:808,72,0 chrIV 1101641 . CT C 122.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=87.8096;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.51;MQ0=5;QD=12.22;RPA=3,2;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,5:5:15:164,15,0 chrIV 1101672 . T TCAA 258.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;HaplotypeScore=74.2932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=51.65;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:300,15,0 chrIV 1101676 . T TC 143.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;HaplotypeScore=85.7196;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=28.65;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:185,15,0 chrIV 1101745 . C CT 723.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=117.4099;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.71;MQ0=0;QD=24.13;RPA=6,7;RU=T;SB=-2.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,26:30:87:766,87,0 chrIV 1101983 . CT C 301.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.735;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=108.9584;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.531;QD=12.58;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.714;SB=-4.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,17:24:40:344,40,0 chrIV 1105909 . ATT A,AT 548.95 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.975;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=55.6583;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=0.564;QD=7.52;RPA=16,14,15;RU=T;ReadPosRankSum=-0.667;SB=-2.503e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:33,9,2:73:62:627,409,632,77,0,62 chrIV 1108233 . C CAT 2778.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.536;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=50.2769;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.290;QD=22.06;RPA=5,6;RU=AT;ReadPosRankSum=-1.928;SB=-1.216e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,80:126:99:2821,182,0 chrIV 1108511 . T TC 2361.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=272.5483;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.14;MQ0=0;QD=32.36;SB=-8.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:73:99:2404,199,0 chrIV 1108600 . GAAAA G,GA 1560.92 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.862;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=122.9543;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.13;MQ0=0;MQRankSum=2.222;QD=15.61;RPA=16,12,13;RU=A;ReadPosRankSum=2.862;SB=-6.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:44,11,0:100:42:1638,772,919,158,0,42 chrIV 1110188 . GA G 259.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=24.9298;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=26.00;RPA=4,3;RU=A;SB=-2.999e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30:302,30,0 chrIV 1111863 . AT A 2202.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=40.5854;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.53;MQ0=0;QD=21.60;RPA=7,6;RU=T;SB=-6.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,97:102:99:2245,267,0 chrIV 1111980 . CCTATTTATGTTGAAGCTT C 9011 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=39.7300;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.11;MQ0=0;QD=106.01;RPA=2,1;RU=CTATTTATGTTGAAGCTT;SB=-3.171e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,54:85:99:9011,160,0 chrIV 1114425 . T TA 1553.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=148.2707;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.03;MQ0=0;QD=25.47;RPA=3,4;RU=A;SB=-6.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,56:61:99:1596,168,0 chrIV 1120526 . A AAAAGAAATAAGATCT 3443 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=9.0584;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.34;MQ0=0;QD=132.42;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,22:26:66:3443,66,0 chrIV 1126223 . CTA C 1824.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=408.1840;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.12;MQ0=0;QD=19.21;RPA=7,6;RU=TA;SB=-8.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,54:95:99:1867,159,0 chrIV 1130896 . T TA 259.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.270;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=71.7886;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.70;MQ0=0;MQRankSum=2.204;QD=10.00;ReadPosRankSum=2.914;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,15:26:26:302,26,0 chrIV 1135619 . AT A 1198.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=466.4260;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.96;MQ0=0;QD=17.38;RPA=12,11;RU=T;SB=-5.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,54:69:99:1241,169,0 chrIV 1135634 . GTT G 2150.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=373.0875;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.24;MQ0=0;QD=30.30;RPA=5,3;RU=T;SB=-9.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,64:71:99:2193,169,0 chrIV 1149541 . T TA 3643 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=409.9423;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.52;MQ0=0;QD=28.91;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.238e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,124:126:99:3643,349,0 chrIV 1150910 . A AG 1976.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=177.9575;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.38;MQ0=0;QD=28.24;RPA=2,3;RU=G;SB=-6.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,66:68:99:2019,183,0 chrIV 1151657 . TC T 1149.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.333;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=330.8725;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.200;QD=21.30;ReadPosRankSum=0.800;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,15:54:99:1192,147,0 chrIV 1151676 . AT A 1269.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=216.2496;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.28;MQ0=0;QD=26.46;RPA=3,2;RU=T;SB=-3.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,44:48:99:1312,126,0 chrIV 1156457 . 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A ATTCCATT 1350.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=116.0643;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.35;MQ0=0;QD=71.10;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,15:19:45:1393,45,0 chrIV 1157318 . C CA 907.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=127.8138;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.57;MQ0=0;QD=27.51;RPA=1,2;RU=A;SB=-2.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,26:33:78:950,78,0 chrIV 1157818 . CA C 934.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=93.7356;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.17;MQ0=0;QD=19.48;RPA=9,8;RU=A;SB=-4.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,44:48:99:977,122,0 chrIV 1159294 . T TC 1033.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=278.5895;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.03;MQ0=0;QD=28.72;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,29:36:90:1076,90,0 chrIV 1159336 . C CT 317.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=339.9411;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.02;MQ0=0;QD=15.14;RPA=9,10;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,14:21:45:360,45,0 chrIV 1159346 . C CCTA 673.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=274.9587;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.78;MQ0=0;QD=42.12;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,14:16:45:716,45,0 chrIV 1161342 . AC A 186.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=264.6217;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.46;MQ0=6;QD=12.40;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,7:9:21:228,21,0 chrIV 1161352 . T TAG 283.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=195.6291;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.75;MQ0=5;QD=21.77;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,6:8:21:325,21,0 chrIV 1161363 . TC T 468.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=192.0097;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.48;MQ0=6;QD=22.33;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,14:15:45:511,45,0 chrIV 1161404 . G GTT 1060.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=213.4708;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.13;MQ0=2;QD=29.47;RPA=7,9;RU=T;SB=-3.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,33:34:93:1103,93,0 chrIV 1161612 . T TCTCAATA 3556 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=185.1015;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.18;MQ0=0;QD=69.73;SB=-1.073e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,29:51:99:3556,135,0 chrIV 1162494 . ATGGTTGG A 2317.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=130.4929;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.61;MQ0=0;QD=59.43;RPA=2,1;RU=TGGTTGG;SB=-1.074e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,27:39:81:2360,81,0 chrIV 1162780 . C CA 975.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=619.8849;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.17;MQ0=0;QD=26.38;RPA=3,4;RU=A;SB=-4.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,35:37:99:1018,102,0 chrIV 1162787 . G GATACGGAAAATTTGGAAAGAA 7255 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=169.3354;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.20;MQ0=0;QD=190.92;SB=-2.969e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,24:38:99:7255,102,0 chrIV 1163373 . C CG 2111.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=654.5737;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.13;MQ0=0;QD=25.14;SB=-1.018e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,61:82:99:2154,228,0 chrIV 1163378 . AC A 1722.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.133;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=712.2284;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.87;MQ0=0;MQRankSum=0.300;QD=20.03;ReadPosRankSum=2.380;SB=-6.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,67:84:99:1765,200,0 chrIV 1164786 . GA G 791.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=173.3873;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.70;MQ0=0;QD=18.86;RPA=8,7;RU=A;SB=-3.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,36:42:99:834,102,0 chrIV 1165350 . A ATT 880.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.516;DP=46;FS=4.357;HaplotypeScore=40.2564;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.32;MQ0=0;MQRankSum=0.433;QD=19.15;RPA=9,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.108;SB=-3.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,24:46:58:923,58,0 chrIV 1165481 . T TCG 1934.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=94.8763;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.94;MQ0=0;QD=43.00;SB=-5.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,44:45:99:1977,132,0 chrIV 1166195 . G GA 2416.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=676.9705;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.78;MQ0=0;QD=32.66;SB=-9.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:74:99:2459,210,0 chrIV 1166609 . G GT 1629.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=226.4918;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.95;MQ0=0;QD=20.12;RPA=7,8;RU=T;SB=-4.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,70:81:99:1672,198,0 chrIV 1166960 . TTA T 1165.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=222.8641;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.37;MQ0=0;QD=21.20;RPA=6,5;RU=TA;SB=-5.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,45:55:99:1208,105,0 chrIV 1168663 . A ATTT 1737.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=18.3663;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.97;MQ0=0;QD=34.08;RPA=2,5;RU=T;SB=-7.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,39:51:99:1780,114,0 chrIV 1174453 . TA T 830.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.701;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=23.6377;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.317;QD=16.96;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.701;SB=-4.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,43:49:79:873,79,0 chrIV 1174994 . CT C 1747.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=379.5542;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.73;MQ0=0;QD=27.31;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,56:64:99:1790,165,0 chrIV 1175203 . ACCAG A 4585 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=207.0094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.27;MQ0=1;QD=63.68;SB=-4.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:4585,208,0 chrIV 1175920 . CT C 842.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=91.2416;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.76;MQ0=0;QD=20.07;RPA=8,7;RU=T;SB=-4.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,40:42:99:885,108,0 chrIV 1178330 . CT C 203.14 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.087;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=158.0639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.77;MQ0=0;MQRankSum=0.331;QD=3.98;RPA=16,15;RU=T;ReadPosRankSum=1.748;SB=-8.316e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,15:51:11:242,0,11 chrIV 1189684 . GA G 853.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=108.9691;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.84;MQ0=0;QD=30.50;RPA=3,2;RU=A;SB=-3.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:81:896,81,0 chrIV 1189983 . TAA T 1074.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=95.9099;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.90;MQ0=0;QD=24.43;RPA=6,4;RU=A;SB=-4.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,37:44:96:1117,96,0 chrIV 1196605 . C CAA 1264.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.282;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=566.1330;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.17;MQ0=0;MQRankSum=1.249;QD=22.19;RPA=2,4;RU=A;ReadPosRankSum=0.524;SB=-6.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,37:57:99:1307,110,0 chrIV 1196658 . A AT 2089.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=457.6038;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.98;MQ0=0;QD=24.59;RPA=3,4;RU=T;SB=-7.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,77:85:99:2132,216,0 chrIV 1201847 . A AT 1663.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=158.8729;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.96;MQ0=0;QD=19.58;RPA=8,9;RU=T;SB=-6.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,71:85:99:1706,204,0 chrIV 1212811 . A AG 525.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=10.8603;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.16;MQ0=0;QD=22.87;RPA=3,4;RU=G;SB=-3.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,21:23:57:568,57,0 chrIV 1212964 . A AT 1264.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=27.6094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.10;MQ0=0;QD=16.43;RPA=9,10;RU=T;SB=-1.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,57:77:99:1307,159,0 chrIV 1217729 . CGAAAAT C 3601 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=61.7469;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.38;MQ0=0;QD=60.02;RPA=2,1;RU=GAAAAT;SB=-1.421e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,52:60:99:3601,147,0 chrIV 1219117 . G GC 2798.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=25.4144;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.55;MQ0=0;QD=35.43;SB=-9.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,77:79:99:2841,226,0 chrIV 1222748 . TC T 675.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.628;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=110.0430;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.313;QD=13.52;ReadPosRankSum=1.313;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,37:50:79:718,79,0 chrIV 1228938 . GA G 1599.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=19.9533;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.98;MQ0=0;QD=25.40;RPA=4,3;RU=A;SB=-3.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,61:63:99:1642,168,0 chrIV 1229214 . 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T TG 1380.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=188.7313;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.06;MQ0=0;QD=24.23;RPA=5,6;RU=G;SB=-5.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,52:57:99:1423,148,0 chrIV 1242276 . GAA G 1014.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.019;DP=46;FS=3.554;HaplotypeScore=88.2002;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.121;QD=22.06;RPA=11,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.325;SB=-4.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,33:46:82:1057,82,0 chrIV 1243001 . GT G 1663.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=56.9454;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.78;MQ0=0;QD=33.28;RPA=2,1;RU=T;SB=-8.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1706,144,0 chrIV 1243077 . G GT 1104.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=132.6175;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.09;MQ0=0;QD=19.39;RPA=8,9;RU=T;SB=-4.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,43:57:99:1147,140,0 chrIV 1248091 . CA C 2647.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=204.3661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.97;MQ0=0;QD=29.75;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:2690,244,0 chrIV 1252244 . A AG 889.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.393;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=182.0012;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.272;QD=19.35;ReadPosRankSum=1.362;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,44:46:99:932,109,0 chrIV 1254534 . AT A 525.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.584;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=125.2158;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.33;MQ0=0;MQRankSum=1.207;QD=11.95;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.662;SB=-4.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,29:44:48:568,48,0 chrIV 1257252 . AT A 1397.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=469.4113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.51;MQ0=0;QD=23.30;RPA=7,6;RU=T;SB=-4.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,56:60:99:1440,168,0 chrIV 1266255 . C CT 832.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.301;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=62.5616;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.27;MQ0=0;MQRankSum=1.029;QD=12.81;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.523;SB=-2.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,49:65:52:875,52,0 chrIV 1269267 . TGAA T 2682.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=45.2999;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.92;MQ0=0;QD=37.26;RPA=5,4;RU=GAA;SB=-9.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,61:72:99:2725,178,0 chrIV 1269508 . G GAAA 1407.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=87.9888;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.15;MQ0=0;QD=27.61;RPA=9,12;RU=A;SB=-4.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,37:51:99:1450,114,0 chrIV 1272102 . CT C 420.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.734;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=38.7857;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.34;MQ0=0;MQRankSum=1.583;QD=12.76;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.678;SB=-2.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,23:33:44:463,44,0 chrIV 1274074 . G GA 910.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=15.4647;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.48;MQ0=0;QD=21.69;RPA=6,7;RU=A;SB=-4.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,40:42:99:953,108,0 chrIV 1277186 . AT A 1882.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=116.9281;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.42;MQ0=0;QD=26.52;RPA=3,2;RU=T;SB=-5.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,67:71:99:1925,180,0 chrIV 1278545 . G GA 1225.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.687;DP=109;FS=5.454;HaplotypeScore=153.5632;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.393;QD=11.25;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.517;SB=-6.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,59:108:43:1268,43,0 chrIV 1279164 . A AACAC,AACACAC 5965 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=241.4488;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.15;MQ0=0;QD=53.26;RPA=7,9,10;RU=AC;SB=-2.763e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:23,9,78:112:64:5965,2530,2265,329,0,64 chrIV 1283813 . CT C 587.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=69.8229;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;QD=17.29;RPA=8,7;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,28:34:78:630,78,0 chrIV 1302220 . C CTT 2811.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=74.4733;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.57;MQ0=0;QD=24.24;RPA=9,11;RU=T;SB=-6.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,75:116:99:2854,268,0 chrIV 1303168 . CAA C 2899.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=162.8842;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.12;MQ0=0;QD=36.25;RPA=3,1;RU=A;SB=-1.086e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,73:80:99:2942,213,0 chrIV 1305680 . TG T 1473.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=40.0294;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.01;MQ0=0;QD=31.36;RPA=2,1;RU=G;SB=-4.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:47:99:1516,135,0 chrIV 1315228 . C CA 1282.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.038;DP=96;FS=1.699;HaplotypeScore=260.6687;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.52;MQ0=0;MQRankSum=0.114;QD=13.36;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.133;SB=-4.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,70:96:79:1325,79,0 chrIV 1330230 . G GT 1434.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=25.8494;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.28;MQ0=0;QD=28.14;RPA=2,3;RU=T;SB=-5.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,50:51:99:1477,141,0 chrIV 1330404 . CT C 1701.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=90.3154;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=29.34;RPA=3,2;RU=T;SB=-6.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,52:58:99:1744,159,0 chrIV 1330454 . AT A 1701.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=125.2655;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.26;MQ0=0;QD=21.82;RPA=8,7;RU=T;SB=-5.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,71:78:99:1744,213,0 chrIV 1330700 . C CT 1980.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=89.9801;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.19;MQ0=0;QD=30.48;RPA=1,2;RU=T;SB=-7.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:65:99:2023,178,0 chrIV 1334562 . TA T 4165 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=62.2403;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=34.42;SB=-1.865e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:121:99:4165,334,0 chrIV 1334778 . C CT 3471 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=269.7512;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.44;MQ0=0;QD=32.14;SB=-1.459e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:108:99:3471,315,0 chrIV 1338120 . GC G 4361 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=63.2827;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=27.60;RPA=7,6;RU=C;SB=-5.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,153:158:99:4361,454,0 chrIV 1339443 . AT A 2478.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=180.8936;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;QD=23.61;RPA=5,4;RU=T;SB=-8.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,104:105:99:2521,273,0 chrIV 1340778 . AT A 1105.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=22.6196;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.18;MQ0=0;QD=18.13;RPA=9,8;RU=T;SB=-3.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,56:61:99:1148,144,0 chrIV 1341639 . AC A 1408.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=810.2364;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.69;MQ0=0;QD=20.72;SB=-5.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:68:99:1451,138,0 chrIV 1341641 . TCCCCCCCCC T 4896 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=321.5743;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=106.43;RPA=11,2;RU=C;SB=-1.783e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:4896,138,0 chrIV 1341924 . AT A 1915.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=30.5504;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.93;MQ0=0;QD=23.65;RPA=6,5;RU=T;SB=-6.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,75:81:99:1958,222,0 chrIV 1344328 . T TA 1874.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=41.7595;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.83;MQ0=0;QD=20.16;RPA=7,8;RU=A;SB=-5.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,88:93:99:1917,223,0 chrIV 1345379 . C CA 1337.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=14.9565;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.83;MQ0=0;QD=34.31;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:99:1380,108,0 chrIV 1346537 . CTGCTGT C 3417 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=21.4838;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.26;MQ0=0;QD=51.77;RPA=4,3;RU=TGCTGT;SB=-6.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,57:66:99:3417,159,0 chrIV 1352454 . TAA T 2615.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=32.1368;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.01;MQ0=0;QD=25.65;RPA=8,6;RU=A;SB=-6.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,85:102:99:2658,232,0 chrIV 1352752 . 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A AT 904.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=89.1774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;QD=18.47;RPA=8,9;RU=T;SB=-4.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,37:49:99:947,114,0 chrIV 1359500 . CT C 1584.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=35.0971;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.42;MQ0=0;QD=23.31;RPA=6,5;RU=T;SB=-3.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:68:99:1627,186,0 chrIV 1359872 . GT G 2591.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=222.7668;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.72;MQ0=0;QD=25.41;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.247e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:102:99:2634,288,0 chrIV 1360055 . CT C 2419.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=214.6812;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.79;MQ0=0;QD=29.16;RPA=3,2;RU=T;SB=-9.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,82:83:99:2462,229,0 chrIV 1365705 . 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T TTTC 4012 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=239.5785;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.09;MQ0=0;QD=44.58;SB=-1.430e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,68:90:99:4012,247,0 chrIV 1386697 . G GA 1077.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.433;DP=71;FS=6.100;HaplotypeScore=419.8409;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.981;QD=15.18;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.667;SB=-5.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,48:71:84:1120,84,0 chrIV 1388828 . TA T 1843.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.526;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=61.4414;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.91;MQ0=0;MQRankSum=-1.072;QD=19.83;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.577;SB=-8.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,82:93:99:1886,226,0 chrIV 1398960 . CA C 1814.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=109.5411;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.24;MQ0=0;QD=21.10;RPA=8,7;RU=A;SB=-8.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,80:86:99:1857,225,0 chrIV 1399551 . A AT 1747.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=165.7247;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;QD=24.62;RPA=2,3;RU=T;SB=-2.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,69:71:99:1790,177,0 chrIV 1400688 . T TCTC 3362 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=152.3382;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.36;MQ0=0;QD=40.51;RPA=1,2;RU=CTC;SB=-1.483e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,79:83:99:3362,222,0 chrIV 1401450 . A AC 2102.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=85;FS=3.070;HaplotypeScore=267.8178;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=1.400;QD=24.74;RPA=3,4;RU=C;ReadPosRankSum=1.305;SB=-1.060e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,78:85:99:2145,213,0 chrIV 1407458 . G GA 3460 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.411;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=214.9501;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.196;QD=33.59;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=1.411;SB=-1.214e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,99:103:99:3460,288,0 chrIV 1410138 . A AT 2121.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=144.4820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=26.20;RPA=2,3;RU=T;SB=-5.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,63:81:99:2164,204,0 chrIV 1410192 . T TAGTG 4118 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=126.1784;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.14;MQ0=0;QD=50.22;RPA=2,3;RU=AGTG;SB=-1.329e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,69:82:99:4118,213,0 chrIV 1411307 . GAA G 2674.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=647.7019;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.31;MQ0=0;QD=37.15;RPA=3,1;RU=A;SB=-1.098e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,65:72:99:2717,190,0 chrIV 1411627 . A AT 1335.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=194.2155;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.18;MQ0=0;QD=18.82;RPA=7,8;RU=T;SB=-5.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,61:71:99:1378,162,0 chrIV 1411873 . CA C 1996.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=120.6883;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.75;MQ0=0;QD=26.28;RPA=4,3;RU=A;SB=-9.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,72:76:99:2039,210,0 chrIV 1412225 . GA G 490.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.630;DP=64;FS=11.758;HaplotypeScore=41.4426;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.34;MQ0=0;MQRankSum=0.347;QD=7.67;RPA=15,14;RU=A;ReadPosRankSum=1.898;SB=-1.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,30:64:45:533,45,0 chrIV 1420281 . T TA 4368 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=47.6171;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.37;MQ0=0;QD=32.36;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.207e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,131:135:99:4368,374,0 chrIV 1424802 . T TTA 3038.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=168.3688;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.72;MQ0=0;QD=31.33;RPA=3,4;RU=TA;SB=-8.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,79:97:99:3081,235,0 chrIV 1427295 . 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C CATATAT 716.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=66.3419;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.95;MQ0=0;QD=13.28;RPA=6,9;RU=AT;SB=-1.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,18:54:36:759,36,0 chrIV 1443538 . G GAA,GA 510.95 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.159;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=124.0416;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.50;MQ0=0;MQRankSum=1.033;QD=10.02;RPA=12,14,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.908;SB=-7.799e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:19,5,26:51:63:589,343,391,95,0,63 chrIV 1443639 . A AT 716.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=95.9600;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;QD=17.92;RPA=3,4;RU=T;SB=-3.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,33:40:96:759,96,0 chrIV 1451259 . GTT G 1492.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=19.7744;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.06;MQ0=0;QD=26.66;RPA=11,9;RU=T;SB=-4.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,48:56:99:1535,138,0 chrIV 1456071 . 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G GT 822.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=51.4106;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;QD=17.14;RPA=9,10;RU=T;SB=-3.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,28:48:99:865,110,0 chrIV 1468657 . CA C 1585.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=84.4607;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.18;MQ0=0;QD=22.34;RPA=6,5;RU=A;SB=-3.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,68:71:99:1628,183,0 chrIV 1469091 . G GA 1215.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.020;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=78.2981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.640;QD=14.31;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.587;SB=-3.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,66:85:99:1258,134,0 chrIV 1470478 . T TA 1015.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.470;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=55.0325;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-2.155;QD=16.13;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-1.053;SB=-5.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,51:63:91:1058,91,0 chrIV 1478129 . C CCCTGTT 2815.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=20.3777;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.05;MQ0=0;QD=46.93;RPA=3,4;RU=CCTGTT;SB=-7.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,41:60:99:2858,123,0 chrIV 1478581 . C CTCTCTTTTTCAAAGGCACGCA 7320 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=11.9886;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.58;MQ0=0;QD=187.69;SB=-1.330e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,16:39:99:7320,108,0 chrIV 1483402 . ATTT A 2810.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=166.8494;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.15;MQ0=0;QD=40.16;RPA=7,4;RU=T;SB=-1.195e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,65:70:99:2853,178,0 chrIV 1487384 . CA C 575.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.533;DP=51;FS=4.496;HaplotypeScore=64.4009;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;MQRankSum=1.155;QD=11.28;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.777;SB=-2.961e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,33:51:21:617,21,0 chrIV 1489201 . TA T 1600.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=191.7319;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.23;MQ0=0;QD=24.26;RPA=4,3;RU=A;SB=-2.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,55:66:99:1643,171,0 chrIV 1489248 . CA C 1103.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=280.3883;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.23;MQ0=0;QD=16.73;RPA=9,8;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,62:66:99:1146,144,0 chrIV 1490904 . CT C 746.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=20.7064;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;QD=15.56;RPA=9,8;RU=T;SB=-2.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,39:48:99:789,99,0 chrIV 1492503 . T TG 2078.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=49.4801;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.07;MQ0=0;QD=34.65;SB=-8.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,58:60:99:2121,166,0 chrIV 1492673 . TATTA T 2715.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=83.0502;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.89;MQ0=0;QD=43.11;RPA=2,1;RU=ATTA;SB=-1.053e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,59:63:99:2758,144,0 chrIV 1492990 . C CA 1753.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=26.9975;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=22.78;RPA=7,8;RU=A;SB=-7.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,72:77:99:1796,207,0 chrIV 1496147 . A AT 1395.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=45.7196;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.22;MQ0=0;MQRankSum=1.609;QD=22.16;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.495;SB=-2.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,58:63:99:1438,164,0 chrIV 1496683 . G GC 2031.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=32.8768;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.38;MQ0=0;QD=26.74;RPA=6,7;RU=C;SB=-5.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,71:76:99:2074,216,0 chrIV 1513956 . C CT,CTT 1770.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.427;DP=88;FS=4.346;HaplotypeScore=42.3666;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.080;QD=20.12;RPA=11,12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.427;SB=-6.409e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:18,11,58:88:66:1849,1116,952,214,0,66 chrIV 1514595 . C CA 1771.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=342.0129;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;QD=23.63;RPA=5,6;RU=A;SB=-7.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,70:75:99:1814,201,0 chrIV 1515034 . TA T 2489.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.462;DP=152;FS=6.570;HaplotypeScore=296.7575;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.27;MQ0=0;MQRankSum=0.017;QD=16.38;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.410;SB=-7.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,121:152:99:2532,291,0 chrIV 1515941 . A AATAG 5380 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=174.0191;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.05;MQ0=0;QD=55.46;SB=-1.483e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,88:97:99:5380,265,0 chrIV 1516639 . A AT 4004 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=170;FS=0.000;HaplotypeScore=755.6571;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.33;MQ0=0;QD=23.55;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.708e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,160:170:99:4004,456,0 chrIV 1517343 . GT G 972.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=10.2083;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.91;MQ0=0;QD=28.62;RPA=3,2;RU=T;SB=-3.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,33:34:90:1015,90,0 chrIV 1517858 . G GA 1157.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.455;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=20.3950;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.416;QD=21.85;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.277;SB=-1.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,48:53:99:1200,126,0 chrIV 1518018 . C CA 2860.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=28.3205;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.11;MQ0=0;QD=32.88;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.214e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,85:87:99:2903,238,0 chrIV 1518948 . G GTTT,GTTTT 1480.30 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=33.7224;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.65;MQ0=0;QD=26.43;RPA=13,16,17;RU=T;SB=-2.708e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:11,32,5:56:41:1557,173,41,571,0,451 chrIV 1519615 . CTTGA C 4407 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=33.0668;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.16;MQ0=0;QD=57.23;SB=-1.512e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,75:77:99:4407,214,0 chrIV 1522318 . CTAGT C 2380.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=14.0734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.22;MQ0=0;QD=50.66;SB=-1.206e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,46:47:99:2423,123,0 chrIV 1522515 . C CT 614.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.809;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=48.5150;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.86;MQ0=0;MQRankSum=1.132;QD=10.79;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.341;SB=-9.202e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,30:57:10:656,10,0 chrIV 1523162 . GA G 337.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=562.5179;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.13;MQ0=0;QD=24.14;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,12:13:33:380,33,0 chrIV 1523166 . T TC 234.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=567.9683;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.98;MQ0=0;QD=19.58;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:11:33:277,33,0 chrIV 1523203 . C CT 294.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=562.0102;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.98;MQ0=0;QD=24.58;RPA=2,3;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:11:33:337,33,0 chrIV 1523208 . TA T 201.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=571.2506;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.98;MQ0=0;QD=16.83;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:11:33:244,33,0 chrIV 1524089 . AT A 414.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.583;DP=171;FS=38.360;HaplotypeScore=415.8775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.42;MQ0=2;MQRankSum=-4.076;QD=2.43;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=1.745;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:106,62:87:99:454,0,1376 chrIV 1524923 . AG A 1330.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.306;DP=182;DS;FS=23.610;HaplotypeScore=1715.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.55;MQ0=11;MQRankSum=-1.021;QD=7.31;ReadPosRankSum=0.290;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:109,66:140:99:1370,0,1794 chrIV 1525037 . T TGTG 1511.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.169;DP=182;DS;FS=16.945;HaplotypeScore=1450.7310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.71;MQ0=7;MQRankSum=3.103;QD=8.31;RPA=3,4;RU=GTG;ReadPosRankSum=-1.526;SB=-8.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:122,59:122:99:1551,0,2092 chrIV 1525108 . AG A 3013.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1726.6814;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.56;MQ0=2;QD=19.20;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,135:101:99:3056,241,0 chrIV 1525359 . TA T 172.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=507.5159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.57;MQ0=0;QD=10.81;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,10:15:30:215,30,0 chrIV 1525361 . GGCT G 253.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=377.8846;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.90;MQ0=0;QD=23.09;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,10:10:30:296,30,0 chrIV 1525367 . TCTC T 341.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=369.1295;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.90;MQ0=0;QD=31.09;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:10:30:384,30,0 chrIV 1525376 . TG T 479.50 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.524;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=613.9936;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.262;QD=14.10;RPA=3,2;RU=G;ReadPosRankSum=1.658;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,20:27:4:519,4,0 chrIV 1525434 . GT G 422.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.024;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=560.3542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.51;MQ0=2;MQRankSum=-0.778;QD=8.46;ReadPosRankSum=0.872;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,19:35:81:462,0,81 chrIV 1525441 . GGT G 139.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.527;DP=47;FS=7.104;HaplotypeScore=583.2731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.147;QD=2.98;RPA=4,3;RU=GT;ReadPosRankSum=-0.403;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,8:36:99:179,0,174 chrIX 19803 . CAA C 2251.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=99.7690;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.63;MQ0=0;QD=27.13;RPA=9,7;RU=A;SB=-1.042e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,75:76:99:2294,202,0 chrIX 21244 . TA T 234.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=160.5236;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.64;MQ0=22;QD=5.73;RPA=6,5;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,12:19:36:277,36,0 chrIX 21252 . C CTA 378.05 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.470;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=119.1537;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.08;MQ0=20;MQRankSum=-0.668;QD=10.80;ReadPosRankSum=0.935;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,9:15:20:420,20,0 chrIX 23269 . GC G 581.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=152.4129;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.05;MQ0=0;QD=34.23;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51:624,51,0 chrIX 23279 . ATG A 706.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=139.9670;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.05;MQ0=0;QD=41.59;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51:749,51,0 chrIX 23516 . G GCT 391.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=365.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.77;MQ0=1;QD=32.66;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,10:11:33:434,33,0 chrIX 23519 . GTA G 341.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=302.5912;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.65;MQ0=1;QD=31.09;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,10:10:30:384,30,0 chrIX 23626 . A AGTG 890.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=334.9196;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.18;MQ0=0;QD=44.55;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,19:20:57:933,57,0 chrIX 26201 . AC A 1797.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=157.5175;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.54;MQ0=0;QD=23.35;RPA=6,5;RU=C;SB=-4.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,71:77:99:1840,201,0 chrIX 26542 . A AT 945.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=391.4531;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.44;MQ0=0;QD=19.71;RPA=9,10;RU=T;SB=-3.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,39:48:99:988,119,0 chrIX 26901 . CA C 862.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=179.0076;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.91;MQ0=0;QD=19.61;RPA=8,7;RU=A;SB=-9.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,40:44:99:905,114,0 chrIX 27110 . TC T 655.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=471.3008;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.21;MQ0=0;QD=29.82;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:22:57:698,57,0 chrIX 27115 . T TG 686.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=417.7563;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.92;MQ0=0;QD=36.16;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57:729,57,0 chrIX 27191 . A AT 851.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=356.5645;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.81;MQ0=0;QD=24.34;RPA=4,5;RU=T;SB=-3.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,31:35:96:894,96,0 chrIX 27197 . T TC 1079.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.168;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=305.8696;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.286;QD=32.73;ReadPosRankSum=0.391;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,31:33:88:1122,88,0 chrIX 27554 . A ATATGATTTGAAG 4794 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=66.7288;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.09;MQ0=0;QD=102.00;SB=-9.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,23:47:99:4794,111,0 chrIX 27969 . C CGAT 2700.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=328.6545;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.49;MQ0=0;QD=46.57;RPA=1,2;RU=GAT;SB=-1.309e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,54:58:99:2743,163,0 chrIX 28951 . TA T 3834 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=202.5708;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.28;MQ0=0;QD=32.77;SB=-1.851e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,115:117:99:3834,319,0 chrIX 30139 . T TA 2478.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=98.7220;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=33.05;SB=-1.199e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,68:75:99:2521,207,0 chrIX 30450 . GA G 1577.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=91.8847;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.73;MQ0=0;QD=29.22;RPA=3,2;RU=A;SB=-4.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:54:99:1620,150,0 chrIX 30632 . G GAATATTGACATATATACTAAAA 11965 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=510.7040;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.79;MQ0=0;QD=145.91;SB=-4.606e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,16:82:99:11965,210,0 chrIX 30802 . TAA T 1763.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.693;DP=63;FS=5.850;HaplotypeScore=733.6946;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=28.00;RPA=5,3;RU=A;ReadPosRankSum=1.663;SB=-3.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,43:63:99:1806,134,0 chrIX 30821 . A AAT 1928.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=741.8681;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.13;MQ0=0;QD=27.96;SB=-7.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,28:69:99:1971,173,0 chrIX 36389 . T TA 1169.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.594;DP=70;FS=3.037;HaplotypeScore=69.0444;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.357;QD=16.71;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.119;SB=-5.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,50:70:99:1212,120,0 chrIX 37201 . C CTTTT 859.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=34.0408;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.28;MQ0=0;QD=31.85;RPA=11,15;RU=T;SB=-3.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,16:27:62:902,62,0 chrIX 39373 . T TA 360.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.212;DP=40;FS=1.895;HaplotypeScore=28.0388;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.07;MQ0=0;MQRankSum=2.016;QD=9.02;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.061;SB=-1.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,21:40:54:400,0,54 chrIX 41597 . G GA 1184.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=61.9045;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.72;MQ0=0;QD=19.75;RPA=8,9;RU=A;SB=-3.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,52:60:99:1227,144,0 chrIX 49527 . G GCAACAGCAA 7512 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=297.2426;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.52;MQ0=0;QD=89.43;SB=-2.966e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,57:84:99:7512,229,0 chrIX 51318 . ATTT A 3795 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=357.2211;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.58;MQ0=0;QD=40.81;RPA=11,8;RU=T;SB=-1.069e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,86:93:99:3795,256,0 chrIX 51552 . C CT 279.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.919;DP=32;FS=3.590;HaplotypeScore=30.4648;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.306;QD=8.75;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=1.327;SB=-1.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,15:32:31:322,31,0 chrIX 57245 . T TTA 2848.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=112.4459;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.42;MQ0=0;QD=29.68;RPA=2,3;RU=TA;SB=-1.163e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,76:96:99:2891,220,0 chrIX 57277 . CAA C,CA 680.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.503;DP=112;FS=4.687;HaplotypeScore=282.5044;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.18;MQ0=0;MQRankSum=1.849;QD=6.08;RPA=16,14,15;RU=A;ReadPosRankSum=2.881;SB=-1.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:66,13,0:112:99:759,395,896,102,0,148 chrIX 69689 . GT G 1030.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.704;DP=82;FS=2.622;HaplotypeScore=360.7596;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.20;MQ0=0;MQRankSum=0.075;QD=12.57;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=2.276;SB=-3.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,60:82:99:1073,106,0 chrIX 76013 . C CT,CTT 826.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.080;DP=81;FS=3.874;HaplotypeScore=73.8444;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.931;QD=10.21;RPA=14,15,16;RU=T;ReadPosRankSum=-1.304;SB=-7.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:55,21,5:81:99:905,175,111,320,0,305 chrIX 87845 . CA C 2108.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=192.0231;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.20;MQ0=0;QD=29.70;RPA=2,1;RU=A;SB=-2.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,69:71:99:2151,192,0 chrIX 89756 . GA G 2815.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=225.7386;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.25;MQ0=0;QD=21.83;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.238e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,122:129:99:2858,344,0 chrIX 89868 . T TAA 3129.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=32.8889;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.18;MQ0=1;QD=32.95;RPA=2,4;RU=A;SB=-1.530e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,71:92:99:3172,244,0 chrIX 97064 . CT C 1006.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.490;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=136.8427;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.02;MQ0=0;MQRankSum=1.625;QD=17.36;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.181;SB=-6.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,46:58:99:1049,99,0 chrIX 97282 . GA G 1006.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=40.2391;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.26;MQ0=0;QD=13.79;RPA=11,10;RU=A;SB=-6.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,51:73:99:1049,140,0 chrIX 99760 . TG T 1139.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=540.5454;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.72;MQ0=0;QD=21.92;SB=-3.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,45:52:99:1182,126,0 chrIX 100618 . AG A 1157.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=83.9356;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.02;MQ0=0;QD=28.95;RPA=3,2;RU=G;SB=-2.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,39:40:99:1200,111,0 chrIX 102536 . CTTTTT C 1633.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=109.0929;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.73;MQ0=0;QD=38.00;RPA=14,9;RU=T;SB=-6.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,31:43:93:1676,93,0 chrIX 105335 . G GACA 1671.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.280;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=203.2933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=68.02;MQ0=0;MQRankSum=1.632;QD=21.71;RPA=5,6;RU=ACA;ReadPosRankSum=-0.778;SB=-2.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,69:77:99:1714,184,0 chrIX 105433 . A AAAT 254.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=40.4907;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.32;MQ0=0;QD=14.94;RPA=3,4;RU=AAT;SB=-7.180e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,5:17:21:296,21,0 chrIX 122089 . GTTT G 1974.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=22.4447;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.38;MQ0=0;QD=32.92;RPA=12,9;RU=T;SB=-8.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,52:60:99:2017,144,0 chrIX 125862 . ATT A 2659.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=35.1039;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.07;MQ0=0;QD=26.08;RPA=10,8;RU=T;SB=-1.106e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,82:102:99:2702,247,0 chrIX 126008 . TTC T 3601 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=348.7386;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.56;MQ0=0;QD=37.91;SB=-6.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:95:99:3601,274,0 chrIX 126162 . AAT A 2302.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=43.5849;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.96;MQ0=0;QD=31.55;RPA=3,2;RU=AT;SB=-1.132e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,63:73:99:2345,181,0 chrIX 127338 . GTTT G 2625.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=30.2511;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.66;MQ0=0;QD=32.42;RPA=12,9;RU=T;SB=-5.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,72:81:99:2668,203,0 chrIX 127655 . AT A 1900.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=318.8890;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.70;MQ0=0;QD=21.85;RPA=5,4;RU=T;SB=-4.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,80:87:99:1943,219,0 chrIX 127913 . C CTT 2068.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=33.6979;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.10;MQ0=0;QD=29.14;RPA=7,9;RU=T;SB=-9.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,59:71:99:2111,182,0 chrIX 128516 . C CTCT 4957 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=44.5802;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.14;MQ0=0;QD=43.87;SB=-2.133e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:113:99:4957,315,0 chrIX 128717 . TTCCTCC T 5944 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=62.2510;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.77;MQ0=0;QD=45.37;RPA=5,3;RU=TCC;SB=-2.581e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,114:131:99:5944,327,0 chrIX 130294 . AT A 1619.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=129.5340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=26.13;RPA=2,1;RU=T;SB=-4.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1662,165,0 chrIX 133980 . ATT A 1050.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=38.1661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.22;MQ0=0;QD=17.23;RPA=13,11;RU=T;SB=-3.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,40:61:99:1093,114,0 chrIX 134262 . CA C 1409.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=133.5523;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.62;MQ0=0;QD=23.11;RPA=7,6;RU=A;SB=-5.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:61:99:1452,174,0 chrIX 136215 . CT C 593.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=219.3345;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.01;MQ0=0;QD=19.80;RPA=3,2;RU=T;SB=-2.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,24:30:66:636,66,0 chrIX 137128 . ACTATTG A 765.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.868;DP=35;FS=26.462;HaplotypeScore=170.4919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.121;QD=21.88;ReadPosRankSum=-1.393;SB=-6.168e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,9:35:99:805,0,241 chrIX 137150 . T TTAC 163.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.562;DP=19;FS=19.956;HaplotypeScore=180.1670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.10;MQ0=0;MQRankSum=-2.257;QD=8.63;ReadPosRankSum=-0.868;SB=-2.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,8:19:99:203,0,355 chrIX 138041 . G GAA,GAAA 1216.40 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=23.3786;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.44;MQ0=0;QD=23.39;RPA=9,11,12;RU=A;SB=-4.604e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:15,30,5:52:40:1293,159,40,644,0,536 chrIX 138115 . T TA 1086.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=32.6919;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.70;MQ0=0;QD=20.51;RPA=9,10;RU=A;SB=-4.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,48:53:99:1129,132,0 chrIX 138429 . ACCCCCCC A 3114.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=248.1367;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.95;MQ0=0;QD=72.44;RPA=14,7;RU=C;SB=-1.160e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,37:43:99:3157,111,0 chrIX 138545 . T TA 2118.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=109.1398;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.21;MQ0=0;QD=35.32;SB=-8.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:60:99:2161,171,0 chrIX 138966 . A AGG 1460.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=346.6479;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.40;MQ0=0;QD=33.98;RPA=4,6;RU=G;SB=-3.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,38:43:99:1503,114,0 chrIX 139173 . A ATT 2500.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=37.9017;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.07;MQ0=0;QD=29.77;RPA=8,10;RU=T;SB=-8.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,73:84:99:2543,215,0 chrIX 139299 . C CCCGGCCACTT 1316.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=7.4870;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.83;MQ0=0;QD=77.47;SB=-5.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,9:17:39:1359,39,0 chrIX 139383 . G GA 758.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=113.8546;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.89;MQ0=0;QD=25.30;RPA=3,4;RU=A;SB=-2.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,25:30:78:801,78,0 chrIX 142373 . AT A 941.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.302;DP=65;FS=3.035;HaplotypeScore=150.2334;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.01;MQ0=0;MQRankSum=0.272;QD=14.49;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.916;SB=-4.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,50:65:99:984,102,0 chrIX 144100 . A AC 1841.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=97.6933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.42;MQ0=0;QD=30.70;RPA=1,2;RU=C;SB=-3.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,57:60:99:1884,156,0 chrIX 148730 . AAT A 1722.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=309.7500;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.38;MQ0=0;QD=22.67;RPA=6,5;RU=AT;SB=-5.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,53:76:99:1765,150,0 chrIX 148906 . AT A 459.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=107.5586;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.67;MQ0=0;QD=20.00;RPA=6,5;RU=T;SB=-5.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,20:23:57:502,57,0 chrIX 149018 . TC T 763.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=71.9832;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.40;MQ0=0;QD=29.38;RPA=4,3;RU=C;SB=-3.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,24:26:78:806,78,0 chrIX 149075 . GA G 660.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.238;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=63.8478;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.743;QD=16.12;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.743;SB=-2.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,35:41:79:703,79,0 chrIX 151474 . A AT 2381.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=402.1100;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.17;MQ0=0;QD=35.03;SB=-7.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,66:68:99:2424,193,0 chrIX 151501 . GT G 2013.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=484.8088;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.37;MQ0=0;QD=29.62;SB=-7.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,62:68:99:2056,183,0 chrIX 155895 . T TA 2085.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=94.1849;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=29.80;RPA=1,2;RU=A;SB=-9.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,64:70:99:2128,181,0 chrIX 155956 . AG A 1882.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=189.7966;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.60;MQ0=0;QD=26.52;SB=-8.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,51:71:99:1925,186,0 chrIX 157168 . CTATCCGA C 5321 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=112.4851;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.83;MQ0=0;QD=74.94;SB=-1.311e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,65:71:99:5321,187,0 chrIX 160843 . T TAAA 1946.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.329;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=79.0210;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.63;MQ0=0;MQRankSum=1.924;QD=24.96;RPA=13,16;RU=A;ReadPosRankSum=0.223;SB=-3.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,57:78:99:1989,133,0 chrIX 166646 . CAAT C 3768 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=237.3895;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.02;MQ0=0;QD=37.68;RPA=4,3;RU=AAT;SB=-1.496e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,84:100:99:3768,247,0 chrIX 169474 . CTGCTGTTGT C 2900.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=211.2230;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.09;MQ0=0;QD=55.79;SB=-1.237e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,47:52:99:2943,138,0 chrIX 169640 . A AT 1654.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=248.8547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.12;MQ0=0;QD=22.36;RPA=9,10;RU=T;SB=-6.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,65:74:99:1697,198,0 chrIX 169788 . TCC T 2224.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=38.1595;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.69;MQ0=0;QD=30.07;RPA=9,7;RU=C;SB=-8.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,63:74:99:2267,192,0 chrIX 171578 . TG T 1922.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=526.3057;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.97;MQ0=0;QD=33.74;SB=-9.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,54:57:99:1965,159,0 chrIX 171637 . GA G 955.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=55;FS=4.586;HaplotypeScore=355.6845;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.46;MQ0=0;MQRankSum=0.603;QD=17.38;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.829;SB=-3.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,49:55:99:998,111,0 chrIX 174322 . GA G 3176.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=578.6459;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.88;MQ0=0;QD=30.55;RPA=2,1;RU=A;SB=-9.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,98:104:99:3219,283,0 chrIX 175122 . TCA T 1301.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=862.9017;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.43;MQ0=0;QD=32.55;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:40:98:1344,98,0 chrIX 175144 . ACTAAT A 1008.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=865.5630;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.17;MQ0=0;QD=31.53;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:32:66:1051,66,0 chrIX 175151 . CTCTCTTCAAAAAGATCATTGTATG C 4499 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=413.5665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.56;MQ0=0;QD=204.50;SB=-7.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:66:4499,66,0 chrIX 176005 . CAGT C 2565.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=328.3832;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.20;MQ0=2;QD=38.88;SB=-1.139e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,57:63:99:2608,166,0 chrIX 179655 . CAA C 1918.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=161.6601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.467;QD=26.65;RPA=11,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.467;SB=-2.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,59:72:99:1961,184,0 chrIX 182008 . A AT 2104.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=53.8809;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.60;MQ0=0;QD=26.31;RPA=1,2;RU=T;SB=-9.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,73:80:99:2147,186,0 chrIX 196225 . GT G 1548.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=113.4271;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.81;MQ0=0;QD=20.65;RPA=6,5;RU=T;SB=-6.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,66:75:99:1591,183,0 chrIX 197515 . C CAT 245.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=377.5090;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.83;MQ0=0;QD=7.69;RPA=5,6;RU=AT;SB=-9.777e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,8:32:24:288,24,0 chrIX 197676 . CT C 347.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=75.9889;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.36;MQ0=0;QD=13.92;RPA=10,9;RU=T;SB=-1.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,18:25:51:390,51,0 chrIX 197705 . ATTT A 1545.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=66.6424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=46.85;RPA=5,2;RU=T;SB=-5.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,31:33:93:1588,93,0 chrIX 204781 . T TA 545.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.457;DP=92;FS=1.166;HaplotypeScore=70.7475;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.985;QD=5.93;RPA=16,17;RU=A;ReadPosRankSum=0.619;SB=-2.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,35:92:99:585,0,139 chrIX 205199 . G GT 805.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=89.5461;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.77;MQ0=0;QD=22.39;RPA=5,6;RU=T;SB=-2.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,30:36:90:848,90,0 chrIX 212332 . C CGGCT 2386.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=71.8471;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.46;MQ0=0;QD=54.25;RPA=1,2;RU=GGCT;SB=-5.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,40:44:99:2429,120,0 chrIX 214803 . C CT 1238.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.629;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=110.0273;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=0.353;QD=16.97;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.120;SB=-2.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,59:73:87:1281,87,0 chrIX 226377 . C CCCA 1404.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=299.9646;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.41;MQ0=0;QD=45.32;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,22:31:87:1447,87,0 chrIX 226384 . AAGT A 983.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=277.4173;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.32;MQ0=0;QD=44.73;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:66:1026,66,0 chrIX 233034 . CT C 1464.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=326.3921;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.25;MQ0=0;QD=19.28;RPA=11,10;RU=T;SB=-3.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,67:76:99:1507,194,0 chrIX 235512 . GC G 2656.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=28.2967;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.33;MQ0=0;QD=29.85;RPA=3,2;RU=C;SB=-1.047e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,87:89:99:2699,250,0 chrIX 240939 . GT G 1045.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=20.6332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.46;MQ0=0;QD=15.61;RPA=7,6;RU=T;SB=-4.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,55:67:99:1088,132,0 chrIX 241190 . CTTTCT C 3514 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=53.1832;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.38;RPA=3,2;RU=TTTCT;SB=-1.058e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,67:94:99:3514,201,0 chrIX 245576 . A AT 1794.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=222.0980;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.48;MQ0=0;QD=30.42;RPA=2,3;RU=T;SB=-6.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:58:99:1837,171,0 chrIX 245961 . TC T 42.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.312;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=46.4455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.85;MQ0=0;MQRankSum=0.231;QD=1.95;ReadPosRankSum=-1.003;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,7:21:37:82,0,37 chrIX 248948 . A AT 93.42 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=13.1598;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.29;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=5.84;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.742;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,8:16:1:131,0,1 chrIX 249032 . C CG 1619.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=25.8671;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=27.46;RPA=3,4;RU=G;SB=-3.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,55:59:99:1662,159,0 chrIX 249625 . CT C 360.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.766;DP=55;FS=4.260;HaplotypeScore=78.0771;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=2.729;QD=6.56;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=2.488;SB=-1.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,28:55:42:403,42,0 chrIX 249833 . C CT 1099.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=22.3965;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.29;MQ0=0;QD=22.92;RPA=8,9;RU=T;SB=-5.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,46:47:99:1142,132,0 chrIX 254003 . TA T 364.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.237;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=32.7641;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.59;MQ0=0;MQRankSum=1.800;QD=7.77;RPA=15,14;RU=A;ReadPosRankSum=2.237;SB=-1.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,28:47:59:407,59,0 chrIX 254828 . AATTTTGACC A 4327 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=49.4134;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.80;MQ0=0;QD=61.81;RPA=3,2;RU=ATTTTGACC;SB=-1.183e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,49:70:99:4327,135,0 chrIX 256786 . TG T 1970.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=33.0033;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.98;MQ0=0;QD=28.16;RPA=2,1;RU=G;SB=-8.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,64:70:99:2013,175,0 chrIX 257336 . T TC 1568.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=130.9159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.02;MQ0=0;QD=25.72;RPA=5,6;RU=C;SB=-2.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,59:61:99:1611,165,0 chrIX 259952 . G GA 773.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.840;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=210.5932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.18;MQ0=0;MQRankSum=1.243;QD=16.47;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.034;SB=-2.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,33:47:64:816,64,0 chrIX 267870 . T TA 259.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.646;DP=80;FS=7.319;HaplotypeScore=108.3787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.910;QD=3.25;RPA=16,17;RU=A;ReadPosRankSum=-0.998;SB=-1.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,19:80:99:299,0,179 chrIX 268328 . CA C 2776.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.015;DP=161;FS=7.775;HaplotypeScore=257.8690;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=1.188;QD=17.25;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.602;SB=-6.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,145:161:99:2819,329,0 chrIX 268614 . A AG 2274.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=365.9829;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.42;MQ0=0;QD=25.56;RPA=4,5;RU=G;SB=-8.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,80:89:99:2317,234,0 chrIX 270689 . A AG 4147 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=295.6246;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.86;MQ0=0;QD=37.03;SB=-6.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:112:99:4147,327,0 chrIX 272821 . GA G 2446.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.247;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=46.0575;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=17.48;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.247;SB=-5.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,132:140:99:2489,308,0 chrIX 280097 . GT G 797.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=14.1548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.34;MQ0=0;QD=24.94;RPA=5,4;RU=T;SB=-8.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:93:840,93,0 chrIX 284749 . ATTGTGGCCGTTG A 6727 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=36.2938;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.88;MQ0=0;QD=78.22;RPA=2,1;RU=TTGTGGCCGTTG;SB=-3.359e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,63:86:99:6727,183,0 chrIX 285203 . AT A 1777.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=325.9870;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.24;MQ0=0;QD=31.19;RPA=2,1;RU=T;SB=-8.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:57:99:1820,165,0 chrIX 285375 . G GC 1895.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=164.1957;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.83;MQ0=0;QD=25.97;RPA=5,6;RU=C;SB=-8.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,68:73:99:1938,198,0 chrIX 287679 . G GT 1752.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=30.9342;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.13;MQ0=0;QD=23.37;RPA=6,7;RU=T;SB=-5.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,67:75:99:1795,198,0 chrIX 287755 . AT A 821.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.060;DP=73;FS=1.747;HaplotypeScore=83.6093;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=0.234;QD=11.26;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.784;SB=-4.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,50:73:31:864,31,0 chrIX 289033 . T TC 1456.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=16.9476;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.44;MQ0=0;QD=29.73;RPA=3,4;RU=C;SB=-6.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1499,144,0 chrIX 290193 . GAA G 1040.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.254;DP=86;FS=7.304;HaplotypeScore=59.3458;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.05;MQ0=1;MQRankSum=0.141;QD=12.10;RPA=17,15;RU=A;ReadPosRankSum=2.226;SB=-1.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,33:85:99:1080,119,0 chrIX 292086 . C CT 1698.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=195.8211;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.99;MQ0=0;QD=26.55;RPA=3,4;RU=T;SB=-6.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,58:64:99:1741,171,0 chrIX 292280 . CT C 1021.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.189;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=307.1218;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.461;QD=16.48;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.393;SB=-3.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,54:62:99:1064,126,0 chrIX 293856 . C CTCAAATTCAAATTCAAAT 5983 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=108.8924;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.18;MQ0=0;QD=110.80;RPA=2,5;RU=TCAAAT;SB=-2.480e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,40:54:99:5983,117,0 chrIX 299895 . A AGGG 375.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.182;DP=56;FS=107.873;HaplotypeScore=27.1973;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=1.448;QD=6.71;RPA=2,5;RU=G;ReadPosRankSum=-4.622;SB=-3.011e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:56:99:415,0,714 chrIX 300379 . C CG 1287.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.657;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=558.6738;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.39;MQ0=0;MQRankSum=1.506;QD=25.76;ReadPosRankSum=1.657;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,35:49:99:1330,134,0 chrIX 300439 . TG T 272.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=179.8787;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.64;MQ0=0;QD=16.06;RPA=5,4;RU=G;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,14:13:33:315,33,0 chrIX 300463 . CT C 823.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=228.2219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.80;MQ0=0;QD=29.43;RPA=2,1;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:25:75:866,75,0 chrIX 310500 . G GT 1045 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.519;DP=73;FS=3.201;HaplotypeScore=59.9900;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.76;MQ0=0;MQRankSum=2.552;QD=14.32;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.580;SB=-4.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,51:73:19:1084,0,19 chrIX 310701 . T TG 1543.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=266.0921;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.93;MQ0=0;QD=33.56;SB=-7.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:46:99:1586,135,0 chrIX 313884 . GA G 2721.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=311.2159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=20.62;RPA=8,7;RU=A;SB=-3.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,124:132:99:2764,350,0 chrIX 316340 . GT G 1896.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=669.8335;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.46;MQ0=0;QD=26.72;RPA=4,3;RU=T;SB=-5.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,68:71:99:1939,201,0 chrIX 316370 . AC A 1932.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=514.1398;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.83;MQ0=0;QD=32.22;SB=-5.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:60:99:1975,174,0 chrIX 316417 . A AT 1060.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.404;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=412.4007;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.79;MQ0=0;MQRankSum=0.458;QD=19.65;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.481;SB=-2.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,44:54:94:1103,94,0 chrIX 325128 . AC A 2058.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=323.2535;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.45;MQ0=0;QD=26.06;RPA=5,4;RU=C;SB=-8.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,75:78:99:2101,219,0 chrIX 333081 . AT A 3141.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=229.8385;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.71;MQ0=0;QD=30.50;SB=-1.163e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,100:103:99:3184,291,0 chrIX 334354 . T TCCG 1246.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.472;DP=107;FS=29.502;HaplotypeScore=499.7806;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.202;QD=11.65;ReadPosRankSum=-0.458;SB=-5.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,34:107:99:1286,0,2649 chrIX 334708 . T TA 1593.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=273.1709;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.03;MQ0=0;QD=22.77;RPA=7,8;RU=A;SB=-3.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,61:70:99:1636,186,0 chrIX 334775 . G GA 999.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.485;DP=57;FS=3.222;HaplotypeScore=207.9819;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.403;QD=17.54;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.000;SB=-4.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,45:57:99:1042,103,0 chrIX 336677 . T TAAGA 2385.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=208.7987;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.21;MQ0=0;QD=58.19;SB=-1.080e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,32:41:99:2428,114,0 chrIX 337211 . CA C 1749.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=505.7847;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.25;MQ0=0;QD=22.73;RPA=6,5;RU=A;SB=-6.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,71:77:99:1792,207,0 chrIX 337243 . CAAA C 3108.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=433.3944;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.60;MQ0=0;QD=39.86;RPA=8,5;RU=A;SB=-1.154e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,71:78:99:3151,208,0 chrIX 337314 . A AT 3055.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=305.0928;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.29;MQ0=0;QD=35.53;SB=-1.378e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,83:86:99:3098,256,0 chrIX 338225 . A AT 921.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=27.6760;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=18.44;RPA=10,11;RU=T;SB=-4.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,40:50:99:964,116,0 chrIX 342354 . CT C 1440.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=40.9597;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;QD=15.83;RPA=10,9;RU=T;SB=-3.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,74:91:99:1483,194,0 chrIX 355926 . T TAA 192.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=16.2431;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.63;MQ0=0;QD=11.35;RPA=11,13;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,6:17:24:235,24,0 chrIX 363071 . CTTT C 873.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=18.2498;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.72;MQ0=0;QD=33.61;RPA=13,10;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:26:72:916,72,0 chrIX 368430 . AGTCTGTGGCATCATACCAGTT A 1130.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=18.5398;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.68;MQ0=0;QD=20.20;RPA=3,2;RU=GTCTGTGGCATCATACCAGTT;SB=-5.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,21:56:60:1173,60,0 chrIX 370195 . ATTTTTT A 3076.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.970;DP=60;FS=3.979;HaplotypeScore=90.3729;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.47;MQ0=0;MQRankSum=0.139;QD=51.28;RPA=18,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.317;SB=-1.133e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,40:60:99:3119,130,0 chrIX 370239 . T TTGTTAATTGATG 4890 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=279.3535;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.62;MQ0=0;QD=80.16;RPA=1,2;RU=TGTTAATTGATG;SB=-1.595e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,22:61:99:4890,120,0 chrIX 379890 . T TA 1131.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.387;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=211.7096;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.684;QD=11.79;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.862;SB=-5.627e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,46:96:10:1173,10,0 chrIX 382459 . AC A 1439.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=139.8462;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.82;MQ0=0;QD=25.26;RPA=6,5;RU=C;SB=-6.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,54:57:99:1482,162,0 chrIX 382906 . C CGAT 2345.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=29.7178;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.96;MQ0=0;QD=34.50;RPA=2,3;RU=GAT;SB=-9.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,61:68:99:2388,162,0 chrIX 384371 . A AC 1836.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=129.3545;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.97;MQ0=0;QD=26.62;RPA=2,3;RU=C;SB=-8.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,57:69:99:1879,180,0 chrIX 385921 . TGTGCTAAACAATA T 2650.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=169.6632;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.28;MQ0=0;QD=120.50;SB=-5.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,19:22:57:2693,57,0 chrIX 386226 . G GATTT 2516.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=120.2414;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.61;MQ0=0;QD=61.39;SB=-8.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:41:99:2559,114,0 chrIX 386515 . T TGGA 2091.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=478.2872;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.88;MQ0=0;QD=45.48;RPA=2,3;RU=GGA;SB=-5.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,43:46:99:2134,129,0 chrIX 386543 . A AG 1326.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=523.7928;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=34.02;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,34:39:99:1369,114,0 chrIX 386612 . A AC 1931.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=383.4573;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.66;MQ0=0;QD=35.78;SB=-6.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:54:99:1974,162,0 chrIX 388296 . A AC 508.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=45.5872;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.45;MQ0=0;QD=25.45;RPA=4,5;RU=C;SB=-2.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,18:20:54:551,54,0 chrIX 389257 . GAAA G 1274.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=205.6290;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.40;MQ0=0;QD=32.69;RPA=13,10;RU=A;SB=-3.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,33:39:96:1317,96,0 chrIX 389983 . GGTAGCCGAAGGTGCA G 12480 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=395.2522;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.76;MQ0=0;QD=123.56;SB=-5.267e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,77:101:99:12480,238,0 chrIX 391149 . ATGGGGTTGG A 847.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.056;DP=60;FS=5.666;HaplotypeScore=487.5766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.58;MQ0=0;MQRankSum=1.920;QD=14.13;ReadPosRankSum=0.159;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,23:45:99:887,0,1101 chrIX 392254 . G GGATGGA 847.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.422;DP=38;FS=3.163;HaplotypeScore=423.2451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.97;MQ0=5;MQRankSum=1.811;QD=22.31;ReadPosRankSum=-2.553;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,10:31:99:887,0,755 chrIX 392257 . T TGG 295.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.575;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=455.2756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.01;MQ0=5;MQRankSum=0.564;QD=8.22;ReadPosRankSum=0.659;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,11:29:99:335,0,651 chrIX 392258 . A AG 167.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.375;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=447.2226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.01;MQ0=5;MQRankSum=0.706;QD=4.67;ReadPosRankSum=1.317;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,10:29:99:207,0,532 chrIX 392941 . A AGTT 1912.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=374.5913;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.58;MQ0=0;QD=45.55;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,37:40:99:1955,114,0 chrIX 392971 . A AGTT 1382.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=385.8702;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.81;MQ0=0;QD=40.68;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,26:32:84:1425,84,0 chrIX 393001 . A AGTT 1600.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=489.1662;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.87;MQ0=0;QD=41.05;SB=-5.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,28:38:99:1643,105,0 chrIX 393031 . A AGTT 2581.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=373.8531;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.11;MQ0=0;QD=50.63;SB=-1.305e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,49:50:99:2624,147,0 chrIX 393716 . T TC 2766.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=411.0318;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.02;MQ0=0;QD=33.34;SB=-9.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,77:83:99:2809,220,0 chrIX 393800 . C CT 1758.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=573.9854;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.83;MQ0=0;QD=20.69;RPA=5,6;RU=T;SB=-7.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,68:85:99:1801,192,0 chrIX 394706 . C CA 910.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.422;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=137.7552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=0.091;QD=16.27;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.817;SB=-4.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,45:56:76:953,76,0 chrIX 394799 . C CT 1620.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=53.6133;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=33.77;RPA=1,2;RU=T;SB=-6.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,43:48:99:1663,141,0 chrIX 397178 . G GA 1699.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=70.1831;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.13;MQ0=0;MQRankSum=1.676;QD=23.94;RPA=5,6;RU=A;ReadPosRankSum=-0.894;SB=-8.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,65:71:99:1742,182,0 chrIX 399998 . A ACAACAG 4299 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=313.7387;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.80;MQ0=3;QD=45.73;RPA=1,2;RU=CAACAG;SB=-1.895e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,69:89:99:4299,225,0 chrIX 404199 . GAAT G 5855 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=136.8098;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.75;MQ0=0;QD=44.69;SB=-2.551e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,127:131:99:5855,334,0 chrIX 406070 . C CT 622.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=41.9292;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;QD=18.88;RPA=8,9;RU=T;SB=-2.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,25:33:78:665,78,0 chrIX 406124 . AT A 1733.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=234.9183;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.38;MQ0=0;QD=29.39;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,54:59:99:1776,147,0 chrIX 419495 . ATG A 173.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.448;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=143.9105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=1.159;QD=7.21;RPA=3,2;RU=TG;ReadPosRankSum=-1.738;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,8:24:21:215,21,0 chrIX 419544 . T TA 1492.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=213.8793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.44;MQ0=0;QD=22.97;RPA=7,8;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,31:65:99:1535,174,0 chrIX 419554 . CA C 1409.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=221.3346;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.91;MQ0=0;QD=21.36;RPA=9,8;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,33:66:99:1452,182,0 chrIX 420931 . GA G 1374.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=31.6416;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.36;MQ0=0;QD=16.97;RPA=10,9;RU=A;SB=-4.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,73:81:99:1417,188,0 chrIX 421791 . G GTT 2083.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=157.2567;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.22;MQ0=0;QD=30.65;RPA=7,9;RU=T;SB=-8.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,58:68:99:2126,178,0 chrIX 423632 . C CT 1659.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=98.7687;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=24.41;RPA=4,5;RU=T;SB=-6.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,57:68:99:1702,180,0 chrIX 424944 . GT G 2411.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=174.1816;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.39;MQ0=0;QD=23.65;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.144e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,96:102:99:2454,285,0 chrIX 428570 . ATAACAATGTAGGAGAGGCCTT A 7058 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=242.5394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.06;MQ0=0;QD=133.17;SB=-2.247e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,50:53:99:7058,147,0 chrIX 428834 . TG T 2210.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=299.3239;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.26;MQ0=0;QD=31.14;SB=-9.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2253,198,0 chrIX 429164 . GGCTGCTAGAGCTGCTTCT G 9745 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=356.3963;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.98;MQ0=0;QD=149.92;SB=-3.561e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,51:65:99:9745,154,0 chrIX 429716 . T TTA 618.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.734;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=17.3233;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=12.38;RPA=5,6;RU=TA;ReadPosRankSum=1.041;SB=-1.892e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,26:50:25:661,25,0 chrIX 429952 . T TGA 3383 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=111.6242;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.90;MQ0=0;QD=41.26;SB=-1.137e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,76:82:99:3383,240,0 chrIX 433600 . A AC 872.18 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.492;DP=115;FS=7.038;HaplotypeScore=138.0671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.53;MQ0=20;MQRankSum=2.812;QD=7.58;RPA=3,4;RU=C;ReadPosRankSum=-0.024;SB=-1.672e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,92:39:10:911,0,10 chrIX 438465 . CG C 968.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.637;DP=136;FS=58.208;HaplotypeScore=1517.9857;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.65;MQ0=0;MQRankSum=-9.641;QD=7.12;ReadPosRankSum=2.683;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,49:136:99:1008,0,2551 chrIX 439027 . CT C 2573.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.315;DP=201;FS=0.000;HaplotypeScore=807.1244;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.27;MQ0=12;MQRankSum=5.112;QD=12.81;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=1.876;SB=-1.209e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,117:140:99:2613,0,428 chrIX 439347 . T TC 965.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.240;DP=249;DS;FS=73.447;HaplotypeScore=1398.9798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.92;MQ0=9;MQRankSum=-2.625;QD=3.88;ReadPosRankSum=2.344;SB=-7.500e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:163,77:152:99:1005,0,2415 chrIX 439407 . GT G 1717.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.042;DP=239;DS;FS=10.775;HaplotypeScore=1463.3722;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.26;MQ0=12;MQRankSum=1.317;QD=7.19;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=-0.505;SB=-7.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:154,81:169:99:1757,0,2582 chrIX 439414 . AG A 1153.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.657;DP=244;DS;FS=39.530;HaplotypeScore=1632.9894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.79;MQ0=10;MQRankSum=-1.247;QD=4.73;ReadPosRankSum=2.439;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:152,78:182:99:1193,0,4008 chrIX 439425 . C CT 1707.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.372;DP=231;DS;FS=2.921;HaplotypeScore=1473.5793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.66;MQ0=9;MQRankSum=-0.673;QD=7.39;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=0.232;SB=-7.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:155,75:169:99:1747,0,2612 chrIX 439493 . AT A 2174.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.103;DP=248;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1439.5004;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.65;MQ0=7;MQRankSum=1.381;QD=8.77;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=1.403;SB=-6.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:143,104:168:99:2214,0,1891 chrIX 439706 . TC T 1666.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.100;DP=97;FS=12.314;HaplotypeScore=1525.0685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.840;QD=17.19;ReadPosRankSum=1.250;SB=-3.001e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,57:80:99:1706,0,125 chrM 16434 . T TG 7989 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=570.6608;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.68;MQ0=0;QD=31.96;SB=-3.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,249:250:99:7989,689,0 chrM 17294 . TAGA T 5039 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=34.4846;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.36;MQ0=0;QD=51.42;RPA=2,1;RU=AGA;SB=-2.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:5039,295,0 chrM 20504 . G GGT 852.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=111.7274;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.78;MQ0=0;QD=18.15;SB=-1.900e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,11:47:75:895,75,0 chrM 25304 . CTT C 443.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=23.3926;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.97;MQ0=0;QD=26.12;RPA=10,8;RU=T;SB=-3.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,15:17:39:486,39,0 chrM 25500 . TA T 454.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=15.8717;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.27;MQ0=0;QD=25.28;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,17:18:51:497,51,0 chrM 26120 . AT A 197.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=18.0449;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.65;MQ0=0;QD=22.00;RPA=9,8;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27:240,27,0 chrM 40744 . T TTA 97.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=7.5651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=65.79;MQ0=0;QD=4.63;RPA=5,6;RU=TA;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,18:21:15:139,15,0 chrM 60570 . T TAA 1758.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=320.0917;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.15;MQ0=0;QD=28.37;RPA=3,5;RU=A;SB=-1.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,50:62:99:1801,150,0 chrM 74431 . G GCGGAC 9666 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=247;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=4760.2362;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.28;MQ0=0;QD=39.13;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,10:247:99:9666,718,0 chrM 74437 . C CT 5013 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.133;DP=239;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=5104.0340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.452;QD=20.97;ReadPosRankSum=2.428;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,228:239:99:5013,642,0 chrV 7186 . AC A 2283.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=177.1999;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.87;MQ0=0;QD=28.20;RPA=3,2;RU=C;SB=-8.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,74:81:99:2326,214,0 chrV 14616 . AAATATAAACAC A 1633.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.07;MQ0=0;QD=49.51;SB=-7.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:33:54:1676,54,0 chrV 14724 . CAAAA C,CA 780.96 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=45.4562;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.26;MQ0=0;QD=17.75;RPA=17,13,14;RU=A;SB=-3.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:17,16,0:44:60:859,120,60,291,0,231 chrV 14877 . ACC A 1686.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=286.0046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.28;MQ0=0;QD=35.14;RPA=5,3;RU=C;SB=-5.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,42:48:99:1729,126,0 chrV 14941 . TC T 1148.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=381.2794;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.40;MQ0=0;QD=23.45;SB=-4.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,35:49:99:1191,135,0 chrV 15170 . T TG 2376.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=390.7417;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.81;MQ0=0;QD=24.01;RPA=2,3;RU=G;SB=-5.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,89:99:99:2419,248,0 chrV 16002 . A AG 2900.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=139.6283;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=32.97;SB=-1.355e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,86:88:99:2943,238,0 chrV 16072 . AT A 476.98 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.021;DP=75;FS=1.915;HaplotypeScore=133.2640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=0.433;QD=6.36;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.916;SB=-1.592e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,30:75:26:516,0,26 chrV 18746 . GA G 1667.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.547;DP=85;FS=3.757;HaplotypeScore=235.6747;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=0.501;QD=19.62;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.137;SB=-6.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,81:85:99:1710,202,0 chrV 19574 . CAAA C 1356.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.231;DP=168;FS=6.561;HaplotypeScore=170.9639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.10;MQ0=1;MQRankSum=-0.737;QD=8.08;RPA=13,10;RU=A;ReadPosRankSum=4.609;SB=-8.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:114,45:136:99:1396,0,2039 chrV 21329 . A AAT 413.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.923;DP=104;FS=1.004;HaplotypeScore=249.1201;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.07;MQ0=6;MQRankSum=-0.636;QD=3.98;ReadPosRankSum=-0.282;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,27:85:99:453,0,793 chrV 23230 . AT A 851.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.043;DP=85;FS=2.299;HaplotypeScore=73.1896;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.052;QD=10.02;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.665;SB=-2.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,52:83:66:894,66,0 chrV 23846 . AC A 2804.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=127.3750;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=31.52;SB=-1.131e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,80:89:99:2847,238,0 chrV 24191 . CT C 2064.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=166.6284;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.52;MQ0=0;QD=32.78;RPA=2,1;RU=T;SB=-9.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,61:63:99:2107,184,0 chrV 24278 . GT G 1331.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.615;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=64.7556;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=0.615;QD=18.25;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.391;SB=-4.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,68:73:99:1374,160,0 chrV 31460 . CATATATAT C 1982.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=35.4285;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.09;MQ0=0;QD=25.75;RPA=11,7;RU=AT;SB=-2.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:49,28:77:72:2025,72,0 chrV 34105 . C CT 1270.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=61.0701;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.09;MQ0=0;QD=21.91;RPA=7,8;RU=T;SB=-3.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,52:58:99:1313,150,0 chrV 36289 . GT G 571.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.766;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=44.5486;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.039;QD=6.36;RPA=15,14;RU=T;ReadPosRankSum=2.756;SB=-2.566e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,49:90:39:611,0,39 chrV 39894 . TAA T 1068.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=21.7858;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.53;MQ0=0;QD=23.75;RPA=12,10;RU=A;SB=-2.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,38:45:99:1111,111,0 chrV 40008 . GA G 288.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=7.5029;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.23;MQ0=0;QD=11.56;RPA=10,9;RU=A;SB=-1.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,19:25:45:331,45,0 chrV 42396 . A AT 1955.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=156.3352;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.59;MQ0=0;QD=25.08;RPA=5,6;RU=T;SB=-4.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,73:78:99:1998,219,0 chrV 42686 . T TC 2347.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.175;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=40.5584;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.68;MQ0=0;MQRankSum=1.095;QD=25.25;RPA=7,8;RU=C;ReadPosRankSum=-0.219;SB=-5.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,86:93:99:2390,233,0 chrV 42839 . GGT G 2625.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=34.9942;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.83;MQ0=0;QD=32.02;RPA=5,4;RU=GT;SB=-1.204e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,63:82:99:2668,214,0 chrV 46382 . T TA 1490.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=246.1125;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.72;MQ0=0;QD=32.41;SB=-4.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:46:99:1533,132,0 chrV 46739 . GT G 1463.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=291.6800;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.61;MQ0=0;QD=25.24;RPA=4,3;RU=T;SB=-5.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,52:58:99:1506,156,0 chrV 46756 . C CCT 2174.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=256.9241;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.61;MQ0=0;QD=36.86;RPA=2,3;RU=CT;SB=-1.041e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,56:59:99:2217,163,0 chrV 52435 . CAA C 1345.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=144.2778;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.38;MQ0=0;QD=20.39;RPA=13,11;RU=A;SB=-8.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,50:66:99:1388,137,0 chrV 59359 . GT G 370.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.321;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=80.8597;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=0.722;QD=9.25;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.241;SB=-1.319e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,14:40:21:412,21,0 chrV 59430 . A AG 1066.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=178.8095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.66;MQ0=0;QD=31.38;RPA=1,2;RU=G;SB=-3.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:34:96:1109,96,0 chrV 60906 . GTT G 2735.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=22.6396;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.66;MQ0=0;QD=44.13;SB=-1.312e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:62:99:2778,180,0 chrV 62141 . T TCATATA 6272 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=470.8042;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.00;MQ0=0;QD=76.49;SB=-1.669e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:82:99:6272,226,0 chrV 62474 . AATTATC A 5091 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.279;DP=78;FS=5.373;HaplotypeScore=107.0214;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.57;MQ0=2;MQRankSum=1.908;QD=65.27;ReadPosRankSum=1.958;SB=-2.055e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,69:73:99:5091,145,0 chrV 62599 . AG A 3385 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=106;FS=8.045;HaplotypeScore=494.0094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.55;MQ0=0;MQRankSum=1.596;QD=31.93;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=-0.747;SB=-4.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,104:106:99:3385,290,0 chrV 62794 . AT A 2642.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=426.0610;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.86;MQ0=0;QD=31.84;SB=-9.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,72:83:99:2685,240,0 chrV 62815 . CT C 2450.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=447.6501;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.59;MQ0=0;QD=28.17;RPA=4,3;RU=T;SB=-8.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,80:87:99:2493,243,0 chrV 63048 . TC T 2643.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=65.2894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;QD=31.48;SB=-1.264e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:2686,244,0 chrV 64154 . CT C 691.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.472;DP=123;FS=2.125;HaplotypeScore=300.4760;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.57;MQ0=0;MQRankSum=0.236;QD=5.63;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.586;SB=-2.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:83,32:122:77:734,77,0 chrV 67575 . G GA 2950.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=214.2338;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.78;MQ0=0;QD=33.92;SB=-1.280e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:87:99:2993,238,0 chrV 69243 . G GT 2035.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=321.0880;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.61;MQ0=0;QD=29.94;RPA=1,2;RU=T;SB=-8.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,66:68:99:2078,189,0 chrV 70400 . A AAG 2383.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=104.8454;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.11;MQ0=0;MQRankSum=0.433;QD=29.07;ReadPosRankSum=-0.920;SB=-8.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,56:81:99:2426,188,0 chrV 73474 . CT C 1124.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.854;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=39.2916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.021;QD=12.64;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.149;SB=-5.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,67:89:99:1167,135,0 chrV 79216 . TTCATCA T 1612.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.257;DP=76;FS=3.707;HaplotypeScore=165.1367;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.577;QD=21.22;RPA=6,4;RU=TCA;ReadPosRankSum=-1.540;SB=-6.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:49,27:76:99:1655,139,0 chrV 79230 . CA C 483.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.939;DP=73;FS=1.380;HaplotypeScore=281.8874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=1.289;QD=6.63;ReadPosRankSum=4.711;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,30:73:99:523,0,141 chrV 79232 . TCA T 858 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.139;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=241.0246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.40;MQ0=0;MQRankSum=1.930;QD=11.92;ReadPosRankSum=4.375;SB=-3.316e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,30:72:18:897,0,18 chrV 79498 . C CA 1642.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.107;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=87.9374;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.120;QD=18.88;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-2.039;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,79:87:99:1685,170,0 chrV 81212 . GTTATTA G 283.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=60.2787;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.70;MQ0=0;QD=9.77;RPA=8,6;RU=TTA;SB=-1.463e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,9:29:15:325,15,0 chrV 84933 . AC A 1321.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=223.2552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.17;MQ0=0;QD=28.74;RPA=2,1;RU=C;SB=-5.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,44:46:99:1364,126,0 chrV 86392 . TGCAG T 2047.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=112.3783;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.40;MQ0=0;QD=49.95;RPA=2,1;RU=GCAG;SB=-1.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,35:41:99:2090,105,0 chrV 86696 . C CT 449 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.382;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=29.0807;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.364;QD=16.04;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.273;SB=-2.108e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,22:28:23:491,23,0 chrV 86821 . G GT 2880.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=292.0248;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.92;MQ0=0;QD=27.97;RPA=2,3;RU=T;SB=-5.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,97:103:99:2923,285,0 chrV 89858 . C CA 1493.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=199.0812;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.05;MQ0=0;QD=24.49;RPA=1,2;RU=A;SB=-7.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,52:61:99:1536,158,0 chrV 93968 . C CT 3101.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=83.4088;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.51;MQ0=0;QD=22.48;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.557e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,123:138:99:3144,351,0 chrV 94334 . 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A AT 1000.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.630;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=74.7021;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.102;QD=19.63;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.236;SB=-5.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,49:51:99:1043,110,0 chrV 115960 . CT C 797.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.650;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=220.6108;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.39;MQ0=0;MQRankSum=0.578;QD=13.08;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.485;SB=-1.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,43:61:99:840,111,0 chrV 118179 . AG A 2514.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=752.3696;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.89;MQ0=0;QD=28.26;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.162e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,77:89:99:2557,240,0 chrV 118197 . C CG 2920.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=856.0503;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.46;MQ0=0;QD=31.07;RPA=1,2;RU=G;SB=-9.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,85:94:99:2963,256,0 chrV 118206 . 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TATA T 1681.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=15.8712;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.70;MQ0=0;QD=32.98;RPA=2,1;RU=ATA;SB=-4.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,44:51:99:1724,111,0 chrV 130938 . C CA 841.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=35.9512;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.85;MQ0=0;QD=22.16;RPA=5,6;RU=A;SB=-3.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,36:38:96:884,96,0 chrV 131558 . TAA T 2342.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=292.7249;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.80;MQ0=0;QD=26.03;RPA=11,9;RU=A;SB=-1.027e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,79:90:99:2385,223,0 chrV 132558 . G GCACA 1892.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=302.0096;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.28;MQ0=0;QD=33.21;RPA=4,6;RU=CA;SB=-5.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,44:57:99:1935,138,0 chrV 133007 . GTCTA G 5220 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=240.1635;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.59;MQ0=0;QD=45.39;RPA=2,1;RU=TCTA;SB=-1.232e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,94:115:99:5220,283,0 chrV 135416 . G GA 1177.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=124.0982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.23;MQ0=0;QD=21.81;RPA=5,6;RU=A;SB=-3.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,49:53:99:1220,132,0 chrV 135553 . AAAAC A 2645.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=129.9202;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.28;MQ0=0;QD=61.53;SB=-1.172e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:43:99:2688,123,0 chrV 136506 . TA T 1380.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=184.8661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.40;MQ0=0;QD=17.93;RPA=7,6;RU=A;SB=-6.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,61:77:99:1423,159,0 chrV 137815 . G GA 2069.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=157.0867;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.18;MQ0=0;QD=24.35;RPA=4,5;RU=A;SB=-8.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,73:85:99:2112,222,0 chrV 138737 . GT G 1341.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=63.5128;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.65;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,62:65:99:1384,174,0 chrV 140270 . CA C 264.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=24.2309;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.91;MQ0=0;QD=18.93;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,13:14:39:307,39,0 chrV 152924 . G GA 1016.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.281;DP=70;FS=6.047;HaplotypeScore=36.6886;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.562;QD=14.53;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-1.861;SB=-5.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,42:70:99:1059,100,0 chrV 153026 . GA G 1255.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.213;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=32.4412;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.173;QD=15.13;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.866;SB=-3.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,63:83:99:1298,154,0 chrV 155858 . G GA 1913.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=60.7355;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.32;MQ0=0;QD=28.57;RPA=2,3;RU=A;SB=-4.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,63:67:99:1956,186,0 chrV 159027 . CA C 61.17 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.589;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=21.4087;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.061;QD=1.75;RPA=18,17;RU=A;ReadPosRankSum=2.003;SB=-2.596e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,6:35:1:98,0,1 chrV 162567 . GT G 1682.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.554;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=47.1296;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.20;MQ0=0;MQRankSum=-2.067;QD=14.51;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.366;SB=-6.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,86:116:99:1725,155,0 chrV 175080 . G GA 2357.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=61.9304;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.88;MQ0=0;QD=24.06;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.001e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,94:98:99:2400,270,0 chrV 176596 . AT A 1818.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=29.6816;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.34;MQ0=0;QD=22.46;RPA=5,4;RU=T;SB=-7.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,76:81:99:1861,210,0 chrV 176805 . CT C 2299.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=26.9684;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.65;MQ0=0;QD=29.11;RPA=3,2;RU=T;SB=-7.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2342,217,0 chrV 177603 . C CGATTTGTAA 5139 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.650;DP=54;FS=3.195;HaplotypeScore=20.1022;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.660;QD=95.17;ReadPosRankSum=-0.217;SB=-2.350e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,35:54:30:5139,30,0 chrV 187784 . A AC 1879.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=569.4051;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.96;MQ0=0;QD=30.32;RPA=2,3;RU=C;SB=-7.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,57:62:99:1922,177,0 chrV 187920 . TTGCCTAGAACAA T 5248 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=173.5522;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.65;MQ0=0;QD=109.33;SB=-2.388e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,39:48:99:5248,117,0 chrV 191839 . GT G 3936 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=374.7665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.51;MQ0=0;QD=32.26;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.409e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:122:99:3936,352,0 chrV 191906 . TC T 4212 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=382.8938;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;QD=28.85;RPA=2,1;RU=C;SB=-1.972e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,132:146:99:4212,385,0 chrV 192701 . T TTGTTTC 4667 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.825;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=193.8762;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.32;MQ0=1;MQRankSum=-1.443;QD=44.88;ReadPosRankSum=0.949;SB=-1.716e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:73,30:103:99:4667,221,0 chrV 192706 . T TC 1342.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.437;DP=106;FS=2.987;HaplotypeScore=519.3653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.22;MQ0=1;MQRankSum=-1.498;QD=12.67;ReadPosRankSum=5.163;SB=-6.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,34:104:99:1382,0,585 chrV 192792 . GA G 3572 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=93.0150;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.23;MQ0=1;QD=30.79;SB=-1.662e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,113:114:99:3572,292,0 chrV 198800 . T TC 1090.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=26.8250;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.23;MQ0=0;QD=31.17;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,34:35:93:1133,93,0 chrV 212110 . GA G 1131.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=15.2913;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.83;MQ0=0;QD=21.77;RPA=5,4;RU=A;SB=-3.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:52:99:1174,132,0 chrV 217705 . AC A 675.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.614;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=46.9900;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.657;QD=18.27;ReadPosRankSum=-0.657;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,12:37:82:718,82,0 chrV 221394 . TA T 525.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.959;DP=49;FS=3.047;HaplotypeScore=28.0130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.173;QD=10.73;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.746;SB=-2.675e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,32:49:55:565,55,0 chrV 221815 . CA C 1056.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.667;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=286.9508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.79;MQ0=0;MQRankSum=1.209;QD=16.51;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.340;SB=-4.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,50:64:99:1099,137,0 chrV 223127 . A ATTT 677.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=69.3704;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.32;MQ0=0;QD=24.21;RPA=11,14;RU=T;SB=-2.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,16:28:54:720,54,0 chrV 223235 . T TTA 3421 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=446.1107;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.51;MQ0=0;QD=37.59;RPA=2,3;RU=TA;SB=-1.060e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,82:91:99:3421,250,0 chrV 225444 . TC T 313.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=11.5053;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.15;RPA=6,5;RU=C;SB=-3.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:36:356,36,0 chrV 232281 . CTTT C 2106.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=152.3357;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.56;MQ0=0;QD=30.98;RPA=12,9;RU=T;SB=-8.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,55:68:99:2149,165,0 chrV 234930 . A AATT 3789 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.335;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=443.4276;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.11;MQ0=0;MQRankSum=0.974;QD=36.79;ReadPosRankSum=1.660;SB=-1.886e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,77:103:99:3789,266,0 chrV 234931 . G GAA 2678.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.546;DP=103;FS=8.514;HaplotypeScore=538.2798;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.11;MQ0=0;MQRankSum=2.622;QD=26.01;ReadPosRankSum=4.234;SB=-1.102e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,77:103:99:2721,137,0 chrV 237191 . T TG 2321.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=168.8869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.51;MQ0=0;QD=27.32;SB=-6.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,68:85:99:2364,196,0 chrV 238196 . C CT 827.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.022;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=38.5032;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.21;MQ0=0;MQRankSum=0.755;QD=15.62;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.288;SB=-3.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,44:53:92:870,92,0 chrV 241578 . G GA 542.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.552;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=21.6202;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.065;QD=11.55;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.323;SB=-7.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,27:47:41:585,41,0 chrV 241704 . TA T 432.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=35.1137;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=16.65;RPA=8,7;RU=A;SB=-7.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,23:26:60:475,60,0 chrV 241867 . GT G 51.24 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.001;DP=15;FS=12.707;HaplotypeScore=183.8973;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.226;QD=3.42;ReadPosRankSum=1.226;SB=-9.301e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,5:15:9:90,0,9 chrV 241869 . AAAATAGAAAATAG A 705.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.187;DP=16;FS=7.160;HaplotypeScore=131.7766;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.31;MQ0=0;MQRankSum=-2.282;QD=44.09;ReadPosRankSum=1.734;SB=-3.548e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,5:16:12:747,12,0 chrV 241882 . G GA 279.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=198.0576;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.10;MQ0=0;QD=14.73;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,10:19:39:322,39,0 chrV 241934 . A AG 1175.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=218.6550;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.09;MQ0=0;QD=27.35;RPA=1,2;RU=G;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,40:43:99:1218,108,0 chrV 242437 . GT G 4477 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=1550.1463;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.79;MQ0=0;QD=34.71;SB=-2.020e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:129:99:4477,367,0 chrV 242690 . TG T 2578.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=248.7609;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.42;MQ0=0;QD=27.73;RPA=3,2;RU=G;SB=-1.064e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,90:93:99:2621,253,0 chrV 243735 . C CCGCTT 1315.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=77.6895;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;QD=69.26;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57:1358,57,0 chrV 246872 . A AT 2285.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=261.0502;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.03;MQ0=0;QD=36.87;SB=-7.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2328,183,0 chrV 248362 . G GC 2225.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=241.7561;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.12;MQ0=0;QD=28.18;RPA=4,5;RU=C;SB=-9.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,78:79:99:2268,228,0 chrV 248412 . C CTGCAACTGAAGAA 11025 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=192.0845;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.15;MQ0=0;QD=132.83;SB=-2.024e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,54:83:99:11025,235,0 chrV 248471 . T TA 3774 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=380.7248;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.17;MQ0=0;QD=33.40;SB=-1.103e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,107:113:99:3774,304,0 chrV 249037 . TA T 2642.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=499.8114;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.78;MQ0=0;QD=24.25;SB=-1.300e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,97:109:99:2685,258,0 chrV 249753 . G GGTATACCTT 7513 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=328.4881;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.90;MQ0=0;QD=59.63;RPA=1,2;RU=GTATACCTT;SB=-1.831e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,83:126:99:7513,235,0 chrV 249929 . A AC 874.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=423.5389;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=27.34;SB=-3.400e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:32:84:917,84,0 chrV 250490 . C CTTA 2248.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=187.1626;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.20;MQ0=0;QD=36.27;RPA=3,4;RU=TTA;SB=-9.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,48:62:99:2291,144,0 chrV 251561 . GA G 555.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.753;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=39.3007;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.529;QD=10.90;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=1.085;SB=-2.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,32:51:60:598,60,0 chrV 253919 . A AG 2773.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=395.2388;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.39;MQ0=0;QD=28.60;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,92:97:99:2816,274,0 chrV 254468 . G GA 2052.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=59.0526;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=25.99;RPA=2,3;RU=A;SB=-8.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,75:79:99:2095,195,0 chrV 256303 . GTATATATATA G 6801 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=38.6994;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.99;MQ0=0;QD=77.28;RPA=12,7;RU=TA;SB=-2.513e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,62:88:99:6801,190,0 chrV 258177 . G GA 252.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.455;DP=49;FS=5.551;HaplotypeScore=40.3757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.51;MQ0=0;MQRankSum=0.245;QD=5.16;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.595;SB=-5.487e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,15:49:57:292,0,57 chrV 259747 . GAA G 2289.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=285.5579;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.96;MQ0=0;QD=28.99;RPA=9,7;RU=A;SB=-1.131e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,74:79:99:2332,213,0 chrV 259981 . G GTCCAATGCT 5890 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=19.3357;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.56;MQ0=0;QD=89.24;SB=-2.850e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,37:66:99:5890,174,0 chrV 260179 . C CG 2692.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=131.7540;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;QD=31.68;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.210e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,82:85:99:2735,238,0 chrV 261627 . G GT 1001.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.443;DP=48;FS=5.195;HaplotypeScore=17.7296;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.927;QD=20.87;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.491;SB=-2.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,42:48:99:1044,121,0 chrV 261803 . CT C 1661.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=130.4373;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.02;MQ0=0;QD=26.38;RPA=4,3;RU=T;SB=-7.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,61:63:99:1704,177,0 chrV 263748 . TG T 1878.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=17.4986;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.85;MQ0=0;QD=31.32;SB=-8.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1921,177,0 chrV 264585 . T TA 1375.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=79.6892;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.90;MQ0=0;QD=22.93;RPA=5,6;RU=A;SB=-3.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,57:60:99:1418,156,0 chrV 264848 . A AT 1469.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=17.0216;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=27.74;RPA=1,2;RU=T;SB=-4.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,45:53:99:1512,141,0 chrV 266246 . CT C 173.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=32.2582;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.69;MQ0=0;QD=10.87;RPA=11,10;RU=T;SB=-2.199e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,12:16:30:216,30,0 chrV 266413 . T TG 4586 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=332.9493;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=32.52;SB=-8.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,140:141:99:4586,379,0 chrV 269159 . G GA 325 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.238;DP=36;FS=2.241;HaplotypeScore=297.8542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.121;QD=9.03;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-1.257;SB=-7.262e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,21:36:18:364,0,18 chrV 270453 . CT C 1049.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.577;DP=64;FS=7.076;HaplotypeScore=146.2757;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.781;QD=16.41;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.597;SB=-1.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,56:64:99:1092,127,0 chrV 274156 . GAA G 1870.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=90.9885;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.55;MQ0=0;QD=25.99;RPA=11,9;RU=A;SB=-9.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,65:72:99:1913,183,0 chrV 278274 . GAT G 2478.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=39.6850;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.79;MQ0=0;QD=18.36;RPA=5,4;RU=AT;SB=-5.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,96:108:99:2521,214,0 chrV 280774 . AT A 2964.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=402.6259;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.41;MQ0=0;QD=30.57;RPA=2,1;RU=T;SB=-8.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:97:99:3007,277,0 chrV 284696 . G GA 918.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.990;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=110.2823;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=0.495;QD=17.34;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.248;SB=-4.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,43:53:99:961,103,0 chrV 287402 . CT C 1811.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=122.4992;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.69;MQ0=0;QD=24.82;RPA=4,3;RU=T;SB=-5.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,71:73:99:1854,195,0 chrV 289244 . AT A 122.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.082;DP=68;FS=4.544;HaplotypeScore=156.8910;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.596;QD=1.81;RPA=15,14;RU=T;ReadPosRankSum=1.902;SB=-1.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,13:68:99:162,0,446 chrV 291599 . TTC T 2853.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=83.2376;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.80;MQ0=0;QD=35.23;SB=-1.394e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,72:81:99:2896,226,0 chrV 291632 . C CT 553.48 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.693;DP=64;FS=9.201;HaplotypeScore=227.7994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.74;MQ0=0;MQRankSum=1.099;QD=8.65;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=1.403;SB=-2.485e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,27:64:6:592,0,6 chrV 298057 . TATATAA T 779.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=66.6460;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.52;MQ0=0;QD=15.29;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,33:51:45:822,45,0 chrV 301614 . T TAA 2719.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=187.9021;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.47;MQ0=0;QD=36.27;RPA=2,4;RU=A;SB=-8.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,66:75:99:2762,205,0 chrV 301647 . A ATTC 2946.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=216.3241;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.94;MQ0=0;QD=39.82;SB=-1.251e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,59:74:99:2989,172,0 chrV 303364 . GT G 1344.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=314.7281;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.96;MQ0=0;QD=21.69;RPA=5,4;RU=T;SB=-6.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,55:61:99:1387,156,0 chrV 303417 . TA T 1035.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=392.8888;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.75;MQ0=0;QD=17.86;RPA=7,6;RU=A;SB=-4.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,53:57:99:1078,135,0 chrV 303524 . AT A 411.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.751;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=348.4862;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.751;QD=9.81;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.553;SB=-2.078e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,20:42:35:454,35,0 chrV 303657 . AT A 1215.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=22.5137;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;QD=19.93;RPA=9,8;RU=T;SB=-5.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,56:61:99:1258,164,0 chrV 305606 . C CT 2951.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=32.4893;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.14;MQ0=0;QD=36.00;SB=-6.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2994,241,0 chrV 308000 . GTTT G 3816 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=29.1641;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.06;MQ0=0;QD=43.86;RPA=6,3;RU=T;SB=-1.270e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,82:87:99:3816,238,0 chrV 308181 . GT G 1909.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=272.7083;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;QD=18.36;RPA=9,8;RU=T;SB=-8.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,92:104:99:1952,254,0 chrV 308390 . CA C 2245.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=33.2768;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=0;QD=26.74;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.032e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,80:84:99:2288,214,0 chrV 309019 . A ATCG 6965 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.710;DP=169;FS=0.000;HaplotypeScore=653.1899;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.614;QD=41.21;ReadPosRankSum=-0.614;SB=-2.035e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,160:169:99:6965,465,0 chrV 311724 . CTGGTT C 5211 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=32.7910;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.40;MQ0=0;QD=61.31;SB=-1.660e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:85:99:5211,228,0 chrV 314042 . CA C 891.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=175.8702;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.51;MQ0=0;QD=20.27;RPA=7,6;RU=A;SB=-3.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,39:44:99:934,114,0 chrV 314457 . CA C 2986.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=43.2577;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.89;MQ0=0;QD=20.89;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.220e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,135:143:99:3029,383,0 chrV 316709 . AT A 978.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.384;DP=72;FS=8.718;HaplotypeScore=132.4843;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.414;QD=13.60;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.918;SB=-5.015e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,57:72:75:1021,75,0 chrV 319639 . TA T 637 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.047;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=14.9786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=0.234;QD=13.85;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.515;SB=-2.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,38:46:83:679,83,0 chrV 322493 . G GA 1006.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=48.0932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.25;MQ0=0;QD=23.42;RPA=6,7;RU=A;SB=-2.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,39:43:99:1049,117,0 chrV 324247 . G GT 934.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.887;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=69.4555;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.380;QD=19.48;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.310;SB=-2.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,39:48:99:977,112,0 chrV 326031 . G GTTTC 2036.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=28.0849;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.41;MQ0=0;QD=59.91;SB=-7.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:99:2079,102,0 chrV 328320 . GA G 698.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=122.2626;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.84;MQ0=0;QD=17.05;RPA=10,9;RU=A;SB=-2.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,39:41:99:741,99,0 chrV 332992 . GA G 1049.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=24.4543;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;QD=20.59;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,49:51:99:1092,138,0 chrV 333149 . AT A 568.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=204.2647;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.74;MQ0=0;QD=13.55;RPA=9,8;RU=T;SB=-2.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,32:42:81:611,81,0 chrV 337339 . AT A 1062.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=47.7393;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;QD=20.84;RPA=5,4;RU=T;SB=-2.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,47:51:99:1105,123,0 chrV 337452 . GAA G 2073.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=42.4333;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;QD=23.84;RPA=11,9;RU=A;SB=-9.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,76:87:99:2116,201,0 chrV 337696 . 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GT G 2527.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=708.6760;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.60;MQ0=0;QD=24.78;RPA=5,4;RU=T;SB=-7.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,93:102:99:2570,285,0 chrV 351607 . AAAAAAGAAT A 8826 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=229.0415;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.03;MQ0=0;QD=95.93;SB=-2.567e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,79:92:99:8826,256,0 chrV 353274 . GT G 1384.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.349;DP=84;FS=12.722;HaplotypeScore=27.6325;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=0.348;QD=16.49;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.029;SB=-4.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,67:84:99:1427,133,0 chrV 354376 . T TA 85.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=33.9283;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.40;MQ0=1;QD=12.18;RPA=7,8;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:5:15:127,15,0 chrV 355008 . C CT 998.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.559;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=441.1987;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.646;QD=20.39;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=1.126;SB=-1.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,39:49:95:1041,95,0 chrV 355025 . AGTG A 1438.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=426.4230;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.08;MQ0=0;QD=36.90;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,26:39:92:1481,92,0 chrV 355030 . A ACAC 1514.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=374.3798;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.35;MQ0=0;QD=47.34;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,26:32:90:1557,90,0 chrV 355237 . T TG 2365.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=203.2992;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.23;MQ0=0;QD=32.86;SB=-1.048e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,65:72:99:2408,190,0 chrV 355240 . G GC 1699.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=269.9853;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.75;MQ0=0;QD=25.76;RPA=8,9;RU=C;SB=-8.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,61:66:99:1742,195,0 chrV 357894 . CT C 1335.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.207;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=202.0992;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.312;QD=15.36;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.997;SB=-6.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,70:87:99:1378,172,0 chrV 358045 . AT A 2175.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=222.8685;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=21.33;RPA=8,7;RU=T;SB=-7.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,94:102:99:2218,278,0 chrV 360499 . A AT 1407.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=54.1545;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.45;MQ0=0;QD=27.08;RPA=3,4;RU=T;SB=-6.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,50:52:99:1450,150,0 chrV 362360 . AAT A 1802.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=648.1786;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.65;MQ0=0;QD=28.62;RPA=3,2;RU=AT;SB=-3.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,54:63:99:1845,150,0 chrV 362649 . C CTTA 4334 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=349.9462;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.56;MQ0=0;QD=48.70;RPA=1,2;RU=TTA;SB=-2.105e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,87:89:99:4334,250,0 chrV 366655 . A ATT 3498 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=105.6663;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.89;MQ0=0;QD=47.92;SB=-6.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:73:99:3498,217,0 chrV 372082 . C CT 1454.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=17.9200;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;QD=26.45;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,54:55:99:1497,144,0 chrV 372265 . A AG 1318.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=173.5064;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.91;MQ0=0;QD=33.82;RPA=1,2;RU=G;SB=-2.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:99:1361,117,0 chrV 374814 . TGCA T 2024.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.685;DP=61;FS=3.625;HaplotypeScore=297.8676;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.59;MQ0=0;MQRankSum=0.107;QD=33.20;ReadPosRankSum=2.010;SB=-8.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,48:61:99:2067,146,0 chrV 377471 . C CTGT 3981 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.382;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=408.8580;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=0.639;QD=40.21;ReadPosRankSum=-1.603;SB=-1.273e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,92:99:99:3981,266,0 chrV 382501 . CA C 214.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=37.1750;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=21.50;RPA=3,2;RU=A;SB=-9.477e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,9:10:24:257,24,0 chrV 386354 . AT A 1694.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=98.9156;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.92;MQ0=0;QD=25.30;RPA=2,1;RU=T;SB=-5.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:67:99:1737,159,0 chrV 394965 . A AT 1132.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.466;DP=64;FS=3.543;HaplotypeScore=109.9460;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.533;QD=17.70;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.066;SB=-4.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,55:64:99:1175,134,0 chrV 395202 . CAAA C 1659.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=99.5816;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.35;MQ0=0;QD=34.58;RPA=12,9;RU=A;SB=-7.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,42:48:99:1702,126,0 chrV 396407 . AT A 1331.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=308.3522;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.91;MQ0=0;QD=20.49;RPA=6,5;RU=T;SB=-6.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,54:65:99:1374,162,0 chrV 396428 . A AT 1032.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=280.9844;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.18;MQ0=0;QD=19.49;RPA=7,8;RU=T;SB=-4.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,44:53:99:1075,123,0 chrV 399456 . G GAA 3202.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=121.1675;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.26;MQ0=0;QD=43.88;SB=-1.154e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,69:73:99:3245,205,0 chrV 400988 . CT C 1689.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=46.2240;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;QD=17.42;RPA=11,10;RU=T;SB=-7.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,77:97:99:1732,245,0 chrV 406418 . C CTTT 1514.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=61.8195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;QD=22.95;RPA=11,14;RU=T;SB=-7.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,39:66:99:1557,117,0 chrV 406867 . CT C 505.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=14.3745;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.46;MQ0=0;QD=23.00;RPA=4,3;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,20:22:57:548,57,0 chrV 407127 . GA G 643.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.317;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=104.7307;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.034;QD=16.10;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.578;SB=-2.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,33:40:63:686,63,0 chrV 409531 . AC A 1640.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=235.0495;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.80;MQ0=0;QD=29.84;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:55:99:1683,141,0 chrV 410181 . GA G 1596.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=39.3080;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.19;MQ0=0;QD=17.94;RPA=8,7;RU=A;SB=-4.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,78:89:99:1639,208,0 chrV 413363 . TAAA T 1198.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.427;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=36.5012;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.529;QD=23.98;RPA=14,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.204;SB=-2.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,33:50:87:1241,87,0 chrV 414432 . CA C 2087.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=197.3456;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.83;MQ0=0;QD=25.16;RPA=4,3;RU=A;SB=-9.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,81:83:99:2130,207,0 chrV 420744 . ATGTTAATCAGATATATGGTAGAAAGCTCTAACTTTTTACCCT A 3753 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=13.4531;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.09;MQ0=0;QD=87.28;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,20:43:60:3753,60,0 chrV 423672 . AT A 1807.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=21.4786;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.43;MQ0=0;QD=24.77;RPA=5,4;RU=T;SB=-9.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,70:73:99:1850,207,0 chrV 424564 . 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GTAACAAAA G 3154.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=275.2274;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.21;MQ0=0;QD=65.73;SB=-1.070e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,36:44:99:3197,99,0 chrV 435946 . TG T 321.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=15.7014;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=26.83;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:30:364,30,0 chrV 442844 . G GA 3613 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=448.7216;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.24;MQ0=0;QD=26.18;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.557e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,129:138:99:3613,381,0 chrV 443199 . A AG 2068.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=23.6546;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.88;MQ0=0;QD=27.59;SB=-8.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:71:99:2111,177,0 chrV 443570 . TTTATA T 445.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=44.3062;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.96;MQ0=0;QD=49.45;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,8:8:21:487,21,0 chrV 443581 . 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CA C 1630.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=31.0023;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.38;MQ0=0;QD=18.96;RPA=9,8;RU=A;SB=-4.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,76:86:99:1673,218,0 chrV 455098 . A AT 77.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1247;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.61;MQ0=0;QD=4.06;RPA=11,12;RU=T;SB=-2.375e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,8:19:15:119,15,0 chrV 456074 . TA T 1863.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=379.2137;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.40;MQ0=0;QD=23.30;RPA=6,5;RU=A;SB=-9.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,76:80:99:1906,225,0 chrV 460341 . G GA 1458.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=90.6916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.98;MQ0=0;QD=24.32;RPA=6,7;RU=A;SB=-3.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,57:60:99:1501,165,0 chrV 461877 . C CCACCGCTTCCACCGCTTT 18001 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=46.1057;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.76;MQ0=0;QD=169.82;SB=-4.948e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,49:106:99:18001,292,0 chrV 462951 . C CTTTTT 1287.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=89.0956;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.61;MQ0=0;QD=26.83;RPA=13,18;RU=T;SB=-1.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,23:48:93:1330,93,0 chrV 464847 . T TTC 3350 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=29.0482;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.37;MQ0=0;QD=39.88;SB=-1.296e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,76:84:99:3350,229,0 chrV 464957 . TA T 1649.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=81.1498;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=25.78;RPA=2,1;RU=A;SB=-4.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,52:64:99:1692,165,0 chrV 465142 . GT G 1223.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=53.1160;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.84;MQ0=0;QD=18.54;RPA=8,7;RU=T;SB=-5.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,59:66:99:1266,159,0 chrV 468982 . C CTT 2199.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.563;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=519.1217;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.715;QD=18.49;RPA=11,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.167;SB=-2.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,65:119:99:2242,156,0 chrV 469190 . ATATTGAGCAC A 7375 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=661.1123;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.98;MQ0=0;QD=77.63;SB=-1.876e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,78:95:99:7375,228,0 chrV 469569 . CTCTG C 2727.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=256.8431;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.50;MQ0=0;QD=47.03;RPA=2,1;RU=TCTG;SB=-1.097e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,51:58:99:2770,150,0 chrV 469607 . CTATCG C 4671 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=257.3202;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.47;MQ0=0;QD=54.31;SB=-1.336e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,72:86:99:4671,231,0 chrV 472423 . A AT 1513.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=130.8262;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.35;MQ0=0;QD=20.74;RPA=8,9;RU=T;SB=-4.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,61:72:99:1556,186,0 chrV 482870 . G GT 1530.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.912;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=37.5780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=1.413;QD=19.14;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.197;SB=-6.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,64:80:99:1573,159,0 chrV 487274 . T TA 1764.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.891;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=29.4115;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.312;QD=20.06;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.003;SB=-6.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,74:88:99:1807,179,0 chrV 487465 . A AT 1494.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=504.9945;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.26;MQ0=0;QD=21.06;RPA=3,4;RU=T;SB=-7.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,66:71:99:1537,193,0 chrV 487470 . A AT 2113.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.577;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=447.0877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.72;MQ0=0;MQRankSum=1.008;QD=29.36;ReadPosRankSum=1.681;SB=-1.039e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,67:72:99:2156,193,0 chrV 487609 . CATTTGTTAGATTTGA C 2457.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=18.4002;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.53;MQ0=0;QD=81.93;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,13:30:48:2500,48,0 chrV 487743 . T TG 2554.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=354.3314;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.65;MQ0=0;QD=30.06;RPA=1,2;RU=G;SB=-9.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,74:85:99:2597,238,0 chrV 488179 . 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T TG 1982.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=63.2768;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.01;MQ0=0;QD=28.33;RPA=1,2;RU=G;SB=-9.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,66:70:99:2025,180,0 chrV 522970 . A AT 380.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.033;DP=64;FS=4.651;HaplotypeScore=210.9955;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.83;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=5.95;RPA=16,17;RU=T;ReadPosRankSum=1.428;SB=-1.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,20:64:99:420,0,138 chrV 526638 . T TC 1252.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=19.6594;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.98;MQ0=0;QD=28.48;RPA=2,3;RU=C;SB=-5.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,41:44:99:1295,120,0 chrV 536020 . AT A 1748.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=72.5288;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.28;MQ0=0;QD=24.29;RPA=5,4;RU=T;SB=-8.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1791,201,0 chrV 536204 . A AG 4367 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=52.7005;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.95;MQ0=0;QD=32.59;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.387e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,131:134:99:4367,388,0 chrV 540780 . TTAA T 3955 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=73.0600;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;QD=42.99;SB=-1.584e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,91:92:99:3955,247,0 chrV 541518 . T TC 992.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.377;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=43.2176;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.79;MQ0=0;MQRankSum=0.578;QD=18.74;ReadPosRankSum=-1.466;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,24:53:99:1035,110,0 chrV 545193 . GGGGGGGGGGA G 4556 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=137.6300;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.20;MQ0=0;QD=89.33;SB=-1.881e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,45:51:99:4556,129,0 chrV 545373 . TA T 718.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=58;FS=5.384;HaplotypeScore=58.9875;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=1.368;QD=12.40;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.547;SB=-1.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,47:58:99:761,104,0 chrV 551284 . T TA 3935 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=270.9557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.98;MQ0=0;QD=36.44;SB=-1.326e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,107:108:99:3935,316,0 chrV 553272 . CTTAT C 1865.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=309.7945;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.78;MQ0=0;QD=30.59;RPA=6,5;RU=TTAT;SB=-4.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,45:61:99:1908,114,0 chrV 554180 . GA G 1116.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=253.8971;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.12;MQ0=0;QD=31.03;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:36:93:1159,93,0 chrV 555344 . CAA C,CA 397.15 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.420;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=62.2733;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=1.678;QD=8.63;RPA=14,12,13;RU=A;ReadPosRankSum=1.162;SB=-1.737e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:13,8,0:46:49:475,317,460,89,0,49 chrV 559301 . C CA 2901.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=63.1662;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;QD=27.38;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.345e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,103:106:99:2944,298,0 chrV 563829 . C CT 1318.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=20.2402;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=23.98;RPA=3,4;RU=T;SB=-6.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,49:55:99:1361,138,0 chrV 564516 . C CA 1046.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.236;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=20.9931;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.394;QD=20.94;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.079;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,47:50:99:1089,108,0 chrV 565000 . AG A 974.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=81.1438;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.08;MQ0=0;QD=32.50;RPA=2,1;RU=G;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:90:1017,90,0 chrV 565293 . C CAAA 4044 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=29.9896;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.16;MQ0=0;QD=51.85;RPA=1,4;RU=A;SB=-1.954e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,75:78:99:4044,232,0 chrV 567763 . G GA 2136.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=638.4407;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.32;MQ0=0;QD=38.85;SB=-9.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,51:55:99:2179,166,0 chrV 567811 . AG A 1865.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=978.8860;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.66;MQ0=0;QD=23.92;RPA=3,2;RU=G;SB=-6.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,68:78:99:1908,193,0 chrV 568531 . ACAAACTGCAG A 11897 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=233.2078;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.42;MQ0=0;QD=99.97;SB=-5.249e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,103:119:99:11897,304,0 chrV 569940 . AG A 1758.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.081;DP=137;DS;FS=159.270;HaplotypeScore=1950.2936;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.93;MQ0=3;MQRankSum=0.665;QD=12.84;ReadPosRankSum=0.713;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,77:109:99:1798,0,1279 chrV 569944 . G GTA 1564.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.361;DP=146;DS;FS=142.009;HaplotypeScore=2525.1849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.97;MQ0=2;MQRankSum=0.933;QD=10.72;RPA=2,3;RU=TA;ReadPosRankSum=0.109;SB=-1.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,53:113:99:1604,0,1256 chrV 569950 . TGTA T 4002 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1886.3614;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.60;MQ0=1;QD=27.99;RPA=2,1;RU=GTA;SB=-1.340e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:49,92:110:99:4002,267,0 chrV 569977 . TATC T 1150.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.981;DP=77;FS=52.217;HaplotypeScore=1201.8150;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.25;MQ0=2;MQRankSum=-0.284;QD=14.95;ReadPosRankSum=2.014;SB=-1.100e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,39:53:99:1190,0,899 chrV 569985 . TAC T 905.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.611;DP=63;FS=40.953;HaplotypeScore=921.0878;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.10;MQ0=2;MQRankSum=-0.864;QD=14.38;ReadPosRankSum=1.449;SB=-1.400e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,40:40:99:945,0,516 chrV 570014 . G GT 491.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.967;DP=101;FS=5.378;HaplotypeScore=1115.6097;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.63;MQ0=3;MQRankSum=1.072;QD=4.87;ReadPosRankSum=-0.613;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,23:62:99:531,0,1236 chrV 570083 . T TG 905.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.553;DP=65;FS=26.222;HaplotypeScore=418.1529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.53;MQ0=2;MQRankSum=-1.758;QD=13.94;RPA=2,3;RU=G;ReadPosRankSum=-1.065;SB=-4.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,49:45:99:945,0,261 chrV 570235 . G GA 1371.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.769;DP=162;FS=12.163;HaplotypeScore=1813.6492;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.91;MQ0=7;MQRankSum=-0.064;QD=8.47;ReadPosRankSum=1.595;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:114,44:123:99:1411,0,955 chrV 570272 . A AG 1401.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.932;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=1401.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.47;MQ0=1;MQRankSum=2.006;QD=13.23;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=-0.231;SB=-6.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,65:72:79:1441,0,79 chrVI 5176 . AAT A 369.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=321.9437;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.37;MQ0=1;QD=18.50;SB=-2.000e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,8:15:42:412,42,0 chrVI 5193 . C CA 407.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.276;DP=28;FS=6.990;HaplotypeScore=532.0998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.20;MQ0=1;MQRankSum=-2.126;QD=14.57;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=-0.331;SB=-5.419e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,21:22:64:447,0,64 chrVI 5213 . T TTCCCC 828.98 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.519;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=408.1731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.97;MQ0=1;MQRankSum=0.434;QD=30.70;ReadPosRankSum=0.868;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,13:19:23:868,0,23 chrVI 5247 . A AC 274.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=376.1728;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.48;MQ0=0;QD=10.18;RPA=1,2;RU=C;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,8:16:46:317,46,0 chrVI 5248 . C CT 405.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=362.9944;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.48;MQ0=0;QD=15.04;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,19:16:47:448,47,0 chrVI 5705 . TA T 213.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.940;DP=43;FS=6.727;HaplotypeScore=324.5600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.19;MQ0=1;MQRankSum=-3.021;QD=4.98;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=0.263;SB=-3.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,12:27:99:253,0,239 chrVI 5825 . GA G 806.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.251;DP=70;FS=77.367;HaplotypeScore=716.1462;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.00;MQ0=10;MQRankSum=0.730;QD=11.53;ReadPosRankSum=3.209;SB=-8.122e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,31:48:99:846,0,552 chrVI 5894 . A AGGTTTT 4340 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.717;DP=84;FS=10.280;HaplotypeScore=1218.3867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.90;MQ0=1;MQRankSum=1.595;QD=51.67;ReadPosRankSum=-1.073;SB=-1.325e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,63:68:99:4340,0,391 chrVI 6286 . CT C 166.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.103;DP=72;FS=5.994;HaplotypeScore=220.2857;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.98;MQ0=16;MQRankSum=2.262;QD=2.32;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=1.508;SB=-9.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,15:33:99:206,0,476 chrVI 6322 . AC A 559.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.342;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=379.0439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.67;MQ0=13;MQRankSum=2.023;QD=5.54;ReadPosRankSum=0.287;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,36:67:99:599,0,1483 chrVI 8304 . TAAAA T 219.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=34.2115;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.11;MQ0=10;QD=10.95;RPA=17,13;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,5:8:21:261,21,0 chrVI 8640 . GTT G 61.48 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=66.8504;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.80;MQ0=8;QD=1.98;RPA=12,10;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,8:16:12:103,12,0 chrVI 8694 . TA TAA,T 583.94 filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=151.3242;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=38.41;MQ0=5;QD=12.42;RPA=10,11,9;RU=A;SB=-1.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:5,0,32:37:95:662,593,728,136,0,95 chrVI 11068 . CTT C 125.17 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=94.2506;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.99;MQ0=4;MQRankSum=0.742;QD=5.01;RPA=14,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.742;SB=-9.881e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,9:12:16:167,16,0 chrVI 11195 . TTG T 1802.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.554;DP=124;FS=9.438;HaplotypeScore=333.1133;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.28;MQ0=11;MQRankSum=1.793;QD=14.54;RPA=2,1;RU=TG;ReadPosRankSum=0.801;SB=-5.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,57:107:99:1842,0,2086 chrVI 11238 . AT A 1715.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.177;DP=127;FS=33.572;HaplotypeScore=612.5198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.75;MQ0=6;MQRankSum=1.068;QD=13.51;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=-1.256;SB=-4.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,83:107:99:1755,0,562 chrVI 14286 . CAAA C 326.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=34.5763;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.33;MQ0=1;QD=11.68;RPA=13,10;RU=A;SB=-6.197e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,20:15:29:369,29,0 chrVI 14914 . G GC 1797.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=437.9645;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.30;MQ0=2;QD=23.66;RPA=2,3;RU=C;SB=-3.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,70:61:99:1840,171,0 chrVI 16574 . GT G 681.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=27.7527;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.79;MQ0=0;QD=16.63;RPA=10,9;RU=T;SB=-2.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,33:41:93:724,93,0 chrVI 20484 . T TATA 1812.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=140.4621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.05;MQ0=0;QD=39.41;SB=-6.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,34:46:99:1855,111,0 chrVI 20506 . T TCA 572.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.018;DP=27;FS=2.969;HaplotypeScore=333.7855;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.77;MQ0=0;MQRankSum=1.138;QD=21.19;ReadPosRankSum=1.737;SB=-2.871e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,9:27:1:610,1,0 chrVI 20508 . T TTTCCATAC 1099.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=158.8562;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.93;MQ0=0;QD=68.75;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,9:16:42:1142,42,0 chrVI 20630 . A ATT 1534.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=228.9744;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.89;MQ0=0;QD=33.37;RPA=4,6;RU=T;SB=-7.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,42:46:99:1577,126,0 chrVI 20836 . G GA 1086.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=131.8711;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.32;MQ0=0;QD=22.64;RPA=4,5;RU=A;SB=-5.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,42:48:99:1129,120,0 chrVI 25313 . A AT 1371.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=139.6918;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.40;MQ0=0;QD=21.11;RPA=5,6;RU=T;SB=-5.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,63:65:99:1414,162,0 chrVI 25742 . A AT 1103.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.096;DP=61;FS=3.478;HaplotypeScore=29.5392;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.460;QD=18.10;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.106;SB=-4.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,47:61:99:1146,123,0 chrVI 25929 . AG A 2692.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=253.0745;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.47;MQ0=0;QD=32.06;SB=-1.167e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:84:99:2735,226,0 chrVI 26165 . C CTT 1938.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=132.0011;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=1;QD=23.65;RPA=9,11;RU=T;SB=-8.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,59:81:99:1981,191,0 chrVI 27117 . CTT C 3512 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=490.4871;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.33;MQ0=0;QD=40.84;SB=-1.510e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,71:86:99:3512,235,0 chrVI 27175 . A AT 2825.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=275.6730;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.57;MQ0=0;QD=31.75;RPA=1,2;RU=T;SB=-9.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,84:89:99:2868,256,0 chrVI 27549 . T TTCTACAACTAAC 6366 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=122.7426;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.97;MQ0=0;QD=113.68;SB=-2.754e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,38:56:99:6366,141,0 chrVI 31532 . AT A 896.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.883;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=22.0209;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.748;QD=15.46;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.316;SB=-1.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,45:58:94:939,94,0 chrVI 32524 . CTT C 1998.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=130.0722;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.80;MQ0=0;QD=35.07;RPA=5,3;RU=T;SB=-9.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,54:57:99:2041,159,0 chrVI 32925 . A AT 1114.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=150.8331;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;QD=19.91;RPA=8,9;RU=T;SB=-5.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,52:56:99:1157,141,0 chrVI 47992 . CTA C 3651 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=546.9038;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.63;MQ0=0;QD=40.57;SB=-1.794e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,87:90:99:3651,259,0 chrVI 54492 . C CA 1109.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.316;DP=107;FS=1.196;HaplotypeScore=311.1745;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.479;QD=10.37;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=1.946;SB=-5.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:60,45:106:99:1152,108,0 chrVI 65113 . T TA 974.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=383.5761;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.18;MQ0=0;QD=15.98;RPA=10,11;RU=A;SB=-4.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,46:61:99:1017,128,0 chrVI 66238 . C CGAT 3144.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=148.3123;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.19;MQ0=0;QD=32.76;RPA=4,5;RU=GAT;SB=-8.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,71:96:99:3187,211,0 chrVI 69076 . T TTC 811.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=53.9560;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.91;MQ0=0;QD=36.91;RPA=1,2;RU=TC;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,20:22:63:854,63,0 chrVI 74485 . G GAAA 1373.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.514;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=50.0282;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=22.90;RPA=11,14;RU=A;ReadPosRankSum=-2.051;SB=-2.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,37:60:64:1416,64,0 chrVI 74592 . G GTA 411.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=16.8833;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.03;MQ0=0;QD=11.44;RPA=6,7;RU=TA;SB=-5.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,11:36:42:454,42,0 chrVI 74843 . GA G 584.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=311.9292;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.65;MQ0=0;QD=21.67;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,26:27:69:627,69,0 chrVI 75085 . C CTTGTCTTCTT 3206.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=325.3586;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.00;MQ0=0;QD=68.23;RPA=1,2;RU=TTGTCTTCTT;SB=-1.377e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,19:47:99:3249,111,0 chrVI 75151 . T TCC 1639.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=110.4562;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.47;MQ0=0;QD=33.47;RPA=5,7;RU=C;SB=-4.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,45:49:99:1682,132,0 chrVI 75891 . CT C 1274.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=42.1823;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.81;MQ0=0;QD=23.61;RPA=4,3;RU=T;SB=-5.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,51:54:99:1317,138,0 chrVI 83969 . T TAA 1777.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=96.7048;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.52;MQ0=1;QD=24.03;RPA=9,11;RU=A;SB=-7.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,62:73:99:1820,169,0 chrVI 87585 . TA T 1103.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=149.6105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.45;MQ0=0;QD=21.23;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,47:52:99:1146,141,0 chrVI 87975 . GTGC G 1183.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.929;DP=91;FS=41.537;HaplotypeScore=450.0958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.21;MQ0=0;MQRankSum=-2.756;QD=13.01;ReadPosRankSum=-0.039;SB=-4.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,29:91:99:1223,0,2974 chrVI 91775 . G GAAT 4549 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=52.4894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.02;MQ0=0;QD=48.39;SB=-2.086e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,87:94:99:4549,259,0 chrVI 92733 . AT A 768.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.062;DP=58;FS=3.874;HaplotypeScore=372.2197;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.10;MQ0=0;MQRankSum=-2.298;QD=13.26;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=2.323;SB=-2.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,41:58:62:811,62,0 chrVI 92736 . ATG A 1264.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.932;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=339.7014;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.067;QD=21.44;ReadPosRankSum=3.874;SB=-4.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,41:59:67:1307,67,0 chrVI 95460 . AT A 642.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.836;DP=76;FS=2.684;HaplotypeScore=69.4058;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=1.478;QD=8.46;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.307;SB=-2.457e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,52:76:51:685,51,0 chrVI 96701 . ACAAGTG A 4414 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=114.6994;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=55.18;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,66:80:99:4414,192,0 chrVI 97544 . C CATAT 2174.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=106.4000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.91;MQ0=0;QD=36.25;RPA=5,7;RU=AT;SB=-5.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,42:60:99:2217,123,0 chrVI 97864 . C CT 652.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.184;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=132.9744;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.51;MQ0=0;MQRankSum=0.395;QD=10.88;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.922;SB=-9.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,45:59:46:695,46,0 chrVI 98766 . AT A 493.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=124.7626;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.95;MQ0=0;QD=18.29;RPA=11,10;RU=T;SB=-2.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,23:27:71:536,71,0 chrVI 98982 . TA T 472.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=35.9317;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.32;MQ0=0;QD=18.92;RPA=5,4;RU=A;SB=-5.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:25:57:515,57,0 chrVI 99153 . C CA 140.99 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.868;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=66.0815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.170;QD=4.86;RPA=17,18;RU=A;ReadPosRankSum=-1.302;SB=-7.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,11:29:21:180,0,21 chrVI 101479 . CT C 960.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=21.7346;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.79;MQ0=0;QD=20.89;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,43:46:99:1003,123,0 chrVI 104569 . A AT 136.76 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.239;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=21.9449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=2.003;QD=6.22;ReadPosRankSum=-1.768;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,19:22:4:175,0,4 chrVI 106277 . C CT 220.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=78.1096;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.50;MQ0=0;QD=4.42;RPA=13,14;RU=T;SB=-7.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,15:50:56:263,56,0 chrVI 106582 . GA G 1728.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=20.7080;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=0;QD=31.44;SB=-7.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:55:99:1771,156,0 chrVI 106881 . GGGAAAA G 2822.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=161.4268;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.51;MQ0=0;QD=34.43;RPA=4,3;RU=GGAAAA;SB=-9.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,48:82:99:2865,132,0 chrVI 107185 . G GA 1323.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.520;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=37.1525;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=0.231;QD=19.19;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.213;SB=-3.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,52:69:99:1366,156,0 chrVI 107770 . T TA 926.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.270;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=250.0342;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.52;MQ0=0;MQRankSum=0.500;QD=16.55;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.423;SB=-3.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,44:56:99:969,124,0 chrVI 110110 . AAG A 1975.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=35.7107;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;QD=32.93;SB=-4.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,54:60:99:2018,174,0 chrVI 110236 . C CTTTTTT 2960.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=261.8502;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.42;MQ0=0;QD=60.43;RPA=4,10;RU=T;SB=-6.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,36:49:99:3003,126,0 chrVI 110299 . TCAGC T 3836 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=207.0355;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.90;MQ0=0;QD=51.84;RPA=2,1;RU=CAGC;SB=-1.534e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,70:74:99:3836,205,0 chrVI 111479 . T TC 1763.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=39.1066;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.20;MQ0=0;QD=23.21;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,68:76:99:1806,162,0 chrVI 111733 . CCTCAT C 3838 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=160.8446;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=55.62;RPA=2,1;RU=CTCAT;SB=-1.720e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,61:69:99:3838,178,0 chrVI 112326 . C CA 861.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.796;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=169.0105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=0.421;QD=20.52;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=1.077;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:42:87:904,87,0 chrVI 114106 . G GA 908.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=91.0454;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.81;MQ0=0;MQRankSum=1.650;QD=18.18;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.485;SB=-4.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,45:50:99:951,102,0 chrVI 114205 . C CA 908.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.291;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=276.1174;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.184;QD=15.15;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.922;SB=-2.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,39:60:94:951,94,0 chrVI 114460 . A AT 3318 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=60.4233;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.04;MQ0=0;QD=32.85;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.010e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,100:101:99:3318,292,0 chrVI 114954 . GT G 2232.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=160.4712;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.78;MQ0=0;QD=19.94;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.111e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,102:112:99:2275,273,0 chrVI 115151 . AACCCACCAGCATCATCAAATCCGCCGTCGG A 2609.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=303.0364;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.34;MQ0=0;QD=20.55;SB=-1.002e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:69,56:127:99:2652,164,0 chrVI 118644 . AG A 1186.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=63.3883;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.98;MQ0=0;QD=26.98;RPA=3,2;RU=G;SB=-3.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,42:44:99:1229,120,0 chrVI 131288 . T TA 1143.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=23.6444;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=21.58;RPA=6,7;RU=A;SB=-4.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,47:53:99:1186,138,0 chrVI 137325 . TA T 882.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=234.1906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.19;MQ0=0;QD=16.66;RPA=9,8;RU=A;SB=-3.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,46:53:99:925,117,0 chrVI 137700 . TATTCA T 3062.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.079;DP=140;FS=9.101;HaplotypeScore=393.5788;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.631;QD=21.88;ReadPosRankSum=1.747;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,54:135:99:3102,0,4873 chrVI 137727 . T TA 1759.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.904;DP=125;FS=3.214;HaplotypeScore=544.6101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.70;MQ0=3;MQRankSum=-0.810;QD=14.08;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=-3.509;SB=-2.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,69:113:99:1799,0,979 chrVI 138171 . A AT 134.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=104.8081;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.62;MQ0=4;QD=14.91;RPA=1,2;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,5:5:15:176,15,0 chrVI 138196 . T TA 281.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=173.6918;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.65;MQ0=1;QD=25.63;RPA=1,2;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,9:10:30:324,30,0 chrVI 143577 . ATTTAC A 2606.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=1015.0225;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.76;MQ0=62;QD=23.92;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:75,33:46:99:2649,135,0 chrVI 143586 . ACTAG A 2052.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=974.3691;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.81;MQ0=61;QD=20.74;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:65,33:38:99:2095,114,0 chrVI 143611 . T TA 981.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.789;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=1539.2804;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.48;MQ0=53;MQRankSum=-1.420;QD=9.92;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=-1.678;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,28:46:77:1021,0,77 chrVI 143798 . A AT 362.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=344.7974;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=30.25;RPA=1,2;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36:405,36,0 chrVI 143823 . T TA 232.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=258.8255;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=25.89;RPA=1,2;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,8:9:24:275,24,0 chrVI 143940 . TC T 3146.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=222.2129;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.54;MQ0=0;QD=33.84;SB=-1.557e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,89:92:99:3189,265,0 chrVI 144111 . GTGA G 2860.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=114.5148;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.19;MQ0=0;QD=43.35;RPA=2,1;RU=TGA;SB=-7.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,62:66:99:2903,181,0 chrVI 147079 . T TTG 1616.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=217.1254;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.37;MQ0=0;QD=36.75;SB=-6.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,40:44:99:1659,117,0 chrVI 148490 . T TA 1118.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=264.2841;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.14;MQ0=0;QD=29.45;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:38:99:1161,99,0 chrVI 148662 . C CA 283.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=144.5223;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=18.93;RPA=8,9;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,13:15:39:326,39,0 chrVI 148941 . C CTT 522.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.173;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=203.1195;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.214;QD=21.79;RPA=11,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.000;SB=-6.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,16:24:52:565,52,0 chrVI 154502 . A AT 402.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=36.5254;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.95;MQ0=0;QD=15.50;RPA=11,12;RU=T;SB=-9.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,19:26:62:445,62,0 chrVI 155985 . GTTT G 616.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.552;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=22.6588;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.187;QD=14.69;RPA=16,13;RU=T;ReadPosRankSum=1.004;SB=-2.039e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,21:42:37:659,37,0 chrVI 157816 . AT A 820.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=224.4623;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.09;MQ0=0;QD=18.24;RPA=8,7;RU=T;SB=-3.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,37:45:99:863,108,0 chrVI 157828 . A ATCT 1584.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=138.8861;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.72;MQ0=0;QD=42.84;RPA=1,2;RU=TCT;SB=-5.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,31:37:96:1627,96,0 chrVI 157896 . C CT 1057.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=323.4773;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.99;MQ0=0;QD=29.39;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:36:99:1100,102,0 chrVI 159212 . G GA 1247.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=185.5199;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.70;MQ0=0;QD=22.28;RPA=5,6;RU=A;SB=-4.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,49:56:99:1290,144,0 chrVI 160392 . TA T 2821.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=86.7016;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;QD=26.62;RPA=4,3;RU=A;SB=-7.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,103:106:99:2864,297,0 chrVI 160471 . A ATTAT 4907 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=97.0751;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.16;MQ0=0;QD=49.57;SB=-2.213e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,80:99:99:4907,259,0 chrVI 161527 . CA C 808.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=56.4604;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.06;MQ0=0;QD=27.90;RPA=4,3;RU=A;SB=-3.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:87:851,87,0 chrVI 161889 . GT G 997.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=520.1311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.12;MQ0=0;QD=30.24;RPA=2,1;RU=T;SB=-4.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:33:93:1040,93,0 chrVI 161949 . AC A 862.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=641.3784;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.58;MQ0=1;QD=22.71;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,26:35:75:905,75,0 chrVI 161952 . ATTATTC A 1496.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.801;DP=28;FS=8.774;HaplotypeScore=390.6082;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.66;MQ0=1;MQRankSum=1.882;QD=53.46;ReadPosRankSum=2.718;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,24:25:30:1539,30,0 chrVI 161960 . TC T 452.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=451.1270;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.80;MQ0=1;QD=17.42;SB=-9.100e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,24:23:65:495,65,0 chrVI 167381 . AAT A 1255.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=350.6511;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.89;MQ0=0;QD=16.31;RPA=6,5;RU=AT;SB=-3.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,41:77:99:1298,111,0 chrVI 167855 . ATT A 733.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=51.8184;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.88;MQ0=0;QD=21.59;RPA=12,10;RU=T;SB=-6.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,24:34:72:776,72,0 chrVI 168319 . TTTTGCATGCACCGTGATCCTGTTAC T 6803 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=71.4243;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.70;MQ0=0;QD=87.22;RPA=2,1;RU=TTTGCATGCACCGTGATCCTGTTAC;SB=-8.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,45:78:99:6803,117,0 chrVI 169660 . GGT G 2828.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.573;DP=104;FS=4.645;HaplotypeScore=2186.4763;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.34;MQ0=0;MQRankSum=1.876;QD=27.20;ReadPosRankSum=4.042;SB=-5.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,91:104:99:2871,158,0 chrVI 169663 . ATGGCGG A 6285 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.742;DP=102;FS=2.268;HaplotypeScore=1776.7757;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.985;QD=61.62;ReadPosRankSum=3.890;SB=-1.262e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,91:102:99:6285,165,0 chrVI 172412 . TA T 1710.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.044;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=55.9022;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.755;QD=18.40;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.643;SB=-6.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,84:93:99:1753,209,0 chrVI 174046 . CTT C 729.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.387;DP=49;FS=5.441;HaplotypeScore=46.4151;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.11;MQ0=0;MQRankSum=0.904;QD=14.90;RPA=15,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.473;SB=-1.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,20:49:64:772,64,0 chrVI 179312 . TTTC T 1166.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=28.3138;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.03;MQ0=0;QD=19.13;RPA=10,9;RU=TTC;SB=-5.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,37:61:93:1209,93,0 chrVI 181927 . A AAC 3305 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=301.5407;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.84;MQ0=0;QD=37.13;SB=-1.635e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,83:89:99:3305,241,0 chrVI 182885 . T TGTGTGCGTGTGTGC 7834 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=124.4478;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.52;MQ0=0;QD=120.52;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,42:65:99:7834,169,0 chrVI 190180 . A ACAG 1144.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=188.5089;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.14;MQ0=0;QD=40.89;RPA=3,4;RU=CAG;SB=-2.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,27:28:78:1187,78,0 chrVI 191470 . TTTA T 3559 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=272.5684;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.09;MQ0=0;QD=40.91;RPA=2,1;RU=TTA;SB=-1.673e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,82:87:99:3559,226,0 chrVI 193508 . T TA 1091.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.255;DP=86;FS=5.547;HaplotypeScore=45.8029;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.327;QD=12.70;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.218;SB=-4.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,67:86:99:1134,99,0 chrVI 194606 . ATT A 1794.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.684;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=198.0284;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.09;MQ0=0;MQRankSum=1.051;QD=21.37;RPA=12,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.150;SB=-8.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,62:84:99:1837,171,0 chrVI 199527 . AT A 1631.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=150.4350;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.64;MQ0=0;QD=24.36;RPA=4,3;RU=T;SB=-5.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,63:67:99:1674,177,0 chrVI 203706 . G GT 1258.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=121.0553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;QD=18.51;RPA=9,10;RU=T;SB=-5.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,55:68:99:1301,162,0 chrVI 204840 . C CAT 4795 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=173;FS=0.000;HaplotypeScore=1058.8997;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.83;MQ0=0;QD=27.72;RPA=2,3;RU=AT;SB=-1.250e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:48,125:173:99:4795,379,0 chrVI 206951 . 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T TG 2634.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=896.9572;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.11;MQ0=0;QD=34.67;SB=-5.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,73:76:99:2677,223,0 chrVI 221931 . GA G 1846.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.068;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=1002.7553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.878;QD=23.68;RPA=6,5;RU=A;ReadPosRankSum=0.925;SB=-4.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,71:78:99:1889,214,0 chrVI 221940 . C CT 1811.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.162;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=1139.5783;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.12;MQ0=0;MQRankSum=0.716;QD=18.68;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=0.254;SB=-4.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,74:97:99:1854,221,0 chrVI 221962 . TC T 2825.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=743.9179;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.45;MQ0=0;QD=27.17;RPA=5,4;RU=C;SB=-9.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,98:104:99:2868,297,0 chrVI 222196 . ACTGGCG A 2442.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=115.5745;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.72;MQ0=0;QD=56.81;RPA=3,2;RU=CTGGCG;SB=-6.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,38:43:99:2485,114,0 chrVI 224003 . A AAAG 841.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=80.8555;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.63;MQ0=1;QD=35.08;SB=-2.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,13:23:60:884,60,0 chrVI 224009 . C CA 423.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=122.6536;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.63;MQ0=1;QD=17.66;RPA=8,9;RU=A;SB=-5.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,20:23:57:466,57,0 chrVI 224578 . GTCA G 3713 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=41.3854;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.92;MQ0=0;QD=33.75;RPA=5,4;RU=TCA;SB=-1.840e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,98:110:99:3713,262,0 chrVI 224892 . A AGTAG 4086 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=95.2585;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.87;MQ0=0;QD=42.56;RPA=1,2;RU=GTAG;SB=-1.789e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,66:96:99:4086,211,0 chrVI 224997 . A AG 3791 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=197.1217;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;QD=35.43;SB=-1.690e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,105:107:99:3791,301,0 chrVI 226131 . CA C 352.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.047;DP=98;FS=2.448;HaplotypeScore=65.4059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.288;QD=3.60;RPA=15,14;RU=A;ReadPosRankSum=1.230;SB=-6.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,29:98:73:392,0,73 chrVI 226671 . AG A 1876.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=33.4418;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;QD=32.93;SB=-9.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,54:57:99:1919,162,0 chrVI 226825 . AT A 1386.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=396.1002;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.07;MQ0=0;QD=20.10;RPA=6,5;RU=T;SB=-4.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,63:69:99:1429,165,0 chrVI 227471 . AG A 581.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=25.1859;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.92;MQ0=0;QD=15.31;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,28:38:59:624,59,0 chrVI 234197 . CA C 1149.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=89.2235;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.22;MQ0=0;QD=21.70;RPA=4,3;RU=A;SB=-4.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,51:53:99:1192,123,0 chrVI 241524 . C CT 819.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.211;DP=64;FS=2.403;HaplotypeScore=31.4332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.512;QD=12.81;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.186;SB=-3.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,37:64:61:862,61,0 chrVI 245165 . AT A 490.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.007;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=22.0312;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.79;MQ0=0;MQRankSum=0.401;QD=10.23;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.829;SB=-2.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,32:48:37:533,37,0 chrVI 245875 . GA G 1545.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=194.3601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.08;MQ0=0;QD=25.34;RPA=4,3;RU=A;SB=-5.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,58:61:99:1588,162,0 chrVI 248918 . AT A 2458.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=132.2757;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.13;MQ0=0;QD=18.63;RPA=9,8;RU=T;SB=-5.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,111:132:99:2501,317,0 chrVI 249050 . GT G 2130.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=376.3394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.33;MQ0=0;QD=31.34;SB=-7.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:68:99:2173,186,0 chrVI 250081 . AG A 4681 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=59.6278;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.20;MQ0=0;QD=30.01;RPA=2,1;RU=G;SB=-2.092e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,156:156:99:4681,427,0 chrVI 252064 . T TA 1693.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=193.0300;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.78;MQ0=0;QD=21.72;RPA=5,6;RU=A;SB=-5.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,67:78:99:1736,198,0 chrVI 252309 . C CT 1466.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=365.9089;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.14;MQ0=0;QD=22.57;RPA=6,7;RU=T;SB=-6.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,60:65:99:1509,177,0 chrVI 253474 . ATG A 2030.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=35.4933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.57;MQ0=0;QD=23.34;RPA=4,3;RU=TG;SB=-6.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,47:87:99:2073,189,0 chrVI 255349 . C CG 881.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=116.7706;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.12;MQ0=0;QD=22.61;RPA=6,7;RU=G;SB=-3.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,34:39:99:924,99,0 chrVI 255387 . TA T 597.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=177.9459;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.03;MQ0=0;QD=17.59;RPA=9,8;RU=A;SB=-3.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,28:34:81:640,81,0 chrVI 256108 . GGTT G 1799.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=58.3644;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.88;MQ0=0;QD=45.00;RPA=2,1;RU=GTT;SB=-6.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,38:40:99:1842,114,0 chrVI 258735 . TAGTGGTGGTTAAAGAA T 13843 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=52.5170;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.82;MQ0=0;QD=133.11;SB=-4.376e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,80:104:99:13843,238,0 chrVI 259963 . A AGGAATCT 5547 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=560.4542;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.42;MQ0=0;QD=74.96;SB=-2.485e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,45:74:99:5547,196,0 chrVI 262258 . AT A 1847.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.689;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=322.8643;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.13;MQ0=0;MQRankSum=-2.098;QD=17.27;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=-1.130;SB=-9.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:62,42:107:99:1890,227,0 chrVI 262331 . TG T 3479 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=285.1342;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.01;MQ0=0;QD=31.34;RPA=3,2;RU=G;SB=-1.306e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,110:111:99:3479,325,0 chrVI 265378 . C CTT 1023.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.660;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=61.0541;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.495;QD=17.65;RPA=10,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.650;SB=-2.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,25:58:79:1066,79,0 chrVI 265477 . G GT 2078.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=79.7412;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.65;MQ0=0;QD=34.65;SB=-1.002e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,54:60:99:2121,168,0 chrVI 267078 . G GT 1080.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.648;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=1095.8202;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.395;QD=25.14;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=1.648;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,41:43:99:1123,117,0 chrVI 267115 . TA T 542.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=886.5011;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=28.58;RPA=2,1;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,18:19:57:585,57,0 chrVII 435 . AC A 668.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.204;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=870.9454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.38;MQ0=3;MQRankSum=0.782;QD=13.65;ReadPosRankSum=-1.796;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,36:33:99:708,0,124 chrVII 440 . CA C 523.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.044;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=964.0217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.22;MQ0=4;MQRankSum=-0.351;QD=9.19;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=-1.548;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,36:36:99:563,0,252 chrVII 473 . GC G 904.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.488;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=1119.8874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.54;MQ0=7;MQRankSum=0.890;QD=13.51;RPA=3,2;RU=C;ReadPosRankSum=0.783;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,48:42:99:944,0,110 chrVII 483 . CT C 561.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.532;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=1191.2195;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.65;MQ0=8;MQRankSum=0.974;QD=8.14;ReadPosRankSum=2.754;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,42:44:61:604,61,0 chrVII 485 . CA C 549.42 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.770;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=1149.9314;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.06;MQ0=8;MQRankSum=1.174;QD=8.45;ReadPosRankSum=2.040;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,42:43:7:590,7,0 chrVII 498 . CT C 1600.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.582;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=1146.8386;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.61;MQ0=8;MQRankSum=-1.732;QD=22.87;ReadPosRankSum=-1.356;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,56:48:99:1643,105,0 chrVII 1082 . CA C 1889.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=981.0728;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.62;MQ0=0;QD=21.00;RPA=4,3;RU=A;SB=-6.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,75:82:99:1932,195,0 chrVII 1519 . CT C 1433.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=317.2245;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.43;MQ0=0;QD=23.13;RPA=6,5;RU=T;SB=-5.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,58:62:99:1476,165,0 chrVII 2036 . 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AAG A 1148.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.598;DP=58;FS=107.658;HaplotypeScore=1246.6771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.62;MQ0=1;MQRankSum=-3.550;QD=19.81;ReadPosRankSum=1.297;SB=-3.011e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,29:57:99:1188,0,639 chrVII 8549 . A AG 959.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.489;DP=49;FS=103.335;HaplotypeScore=1007.7179;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.43;MQ0=2;MQRankSum=-2.525;QD=19.59;ReadPosRankSum=-0.154;SB=-3.011e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,29:47:99:999,0,465 chrVII 8617 . TTC T 395.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.133;DP=31;FS=65.144;HaplotypeScore=388.0254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.09;MQ0=3;MQRankSum=0.139;QD=12.77;ReadPosRankSum=-1.914;SB=-3.011e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,14:27:99:435,0,418 chrVII 8627 . A AG 245.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.070;DP=28;FS=62.925;HaplotypeScore=371.0876;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.10;MQ0=3;MQRankSum=-0.322;QD=8.78;ReadPosRankSum=-2.664;SB=-3.011e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,14:24:99:285,0,301 chrVII 8841 . G GC 1608.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=488.0381;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.64;MQ0=0;QD=29.25;RPA=2,3;RU=C;SB=-2.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,50:55:99:1651,150,0 chrVII 9095 . G GA 3518 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=261.3239;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.41;MQ0=0;QD=29.81;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.609e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,113:118:99:3518,337,0 chrVII 10682 . T TA 552.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.461;DP=97;FS=3.469;HaplotypeScore=200.5634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.75;MQ0=7;MQRankSum=-3.807;QD=5.70;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=-2.170;SB=-2.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,43:84:99:592,0,865 chrVII 10864 . TC T 1356.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=924.1228;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.58;MQ0=2;QD=30.84;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,39:40:99:1399,114,0 chrVII 10894 . AT A 672.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=768.1431;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.31;MQ0=3;QD=13.73;RPA=10,9;RU=T;SB=-2.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,41:39:90:715,90,0 chrVII 11071 . A AT 1679.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.818;DP=100;FS=114.385;HaplotypeScore=647.8154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.39;MQ0=2;MQRankSum=0.469;QD=16.80;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=-0.429;SB=-7.701e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,69:95:99:1719,0,234 chrVII 20015 . A AC 373.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.229;DP=62;FS=5.701;HaplotypeScore=398.5522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.50;MQ0=0;MQRankSum=0.316;QD=6.03;ReadPosRankSum=1.767;SB=-1.324e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:62:32:413,0,32 chrVII 20916 . A AC 931.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=365.4421;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.30;MQ0=0;QD=21.67;SB=-4.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,39:43:99:974,120,0 chrVII 21891 . C CA 1781.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=511.9584;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.60;MQ0=0;QD=28.29;SB=-8.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,47:63:99:1824,183,0 chrVII 21893 . AG A 1622.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=515.0993;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.15;MQ0=0;QD=27.05;SB=-7.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,47:60:99:1665,180,0 chrVII 23642 . C CACGACGACGACG 4179 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=88.1219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.43;MQ0=0;QD=81.94;RPA=5,9;RU=ACG;SB=-1.791e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,36:51:99:4179,105,0 chrVII 25552 . TTA T 3551 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=143.1580;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.23;MQ0=0;QD=30.35;RPA=3,2;RU=TA;SB=-1.498e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,111:117:99:3551,283,0 chrVII 32762 . A AT 1936.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=27.2008;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.55;MQ0=0;QD=24.52;RPA=3,4;RU=T;SB=-8.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,72:79:99:1979,204,0 chrVII 35312 . GTATT G 1787.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=77.2402;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.45;MQ0=0;QD=42.57;RPA=2,1;RU=TATT;SB=-9.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,31:42:93:1830,93,0 chrVII 35350 . AC A 1346.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=158.9224;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=29.28;RPA=2,1;RU=C;SB=-5.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:46:99:1389,120,0 chrVII 43266 . CAAAA C 2690.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.672;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=169.9415;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.24;MQ0=0;MQRankSum=1.307;QD=42.71;RPA=15,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.672;SB=-1.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,52:63:99:2733,167,0 chrVII 49415 . CT C 1399.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.159;DP=89;FS=3.016;HaplotypeScore=45.0591;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.09;MQ0=0;MQRankSum=0.793;QD=15.73;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.216;SB=-6.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,65:89:99:1442,158,0 chrVII 52694 . C CT 2710.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=33.5656;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.96;MQ0=0;QD=25.10;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.114e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,104:108:99:2753,294,0 chrVII 56225 . C CTTTT 868.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=117.8207;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.14;MQ0=0;QD=20.69;RPA=13,17;RU=T;SB=-2.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,12:42:65:911,65,0 chrVII 56250 . AT A 292.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.735;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=161.8099;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.531;QD=7.15;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.102;SB=-1.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,19:41:31:335,31,0 chrVII 61961 . 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G GTA 1370.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.803;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=138.4589;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.803;QD=16.52;RPA=6,7;RU=TA;ReadPosRankSum=-1.733;SB=-4.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,37:83:88:1413,88,0 chrVII 73989 . T TATA 2869.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=82.4510;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.46;MQ0=0;QD=41.59;RPA=1,2;RU=ATA;SB=-4.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,63:69:99:2912,178,0 chrVII 75474 . TAGAGAG T 8465 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;FS=0.000;HaplotypeScore=312.8726;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.74;MQ0=0;QD=50.99;RPA=10,7;RU=AG;SB=-2.503e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:49,115:166:99:8465,343,0 chrVII 75686 . ATGTT A 5530 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=475.8816;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.89;MQ0=0;QD=57.01;SB=-1.742e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:97:99:5530,265,0 chrVII 75903 . 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AT A 261.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=13.0280;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;QD=14.55;RPA=10,9;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,16:18:39:304,39,0 chrVII 89899 . A AC 720.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=11.9337;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.84;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,18:25:66:763,66,0 chrVII 92431 . T TAA 1236.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=244.0768;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.85;MQ0=0;QD=19.95;RPA=11,13;RU=A;SB=-5.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,39:62:99:1279,127,0 chrVII 94684 . AT A 1591.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.498;DP=92;FS=4.831;HaplotypeScore=137.6434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.637;QD=17.30;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.356;SB=-5.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,78:92:99:1634,193,0 chrVII 98611 . G GCATTT 7539 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=814.4272;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.22;MQ0=0;QD=66.72;SB=-2.289e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,97:113:99:7539,334,0 chrVII 102487 . T TA 240.61 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.318;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=57.9081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.70;MQ0=0;MQRankSum=0.318;QD=5.60;RPA=14,15;RU=A;ReadPosRankSum=-0.953;SB=-1.255e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,10:43:5:279,0,5 chrVII 107991 . G GT 579.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=11.4481;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.22;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:63:622,63,0 chrVII 112949 . A ATCGTCG 2648.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.651;DP=143;FS=18.654;HaplotypeScore=1122.8449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.19;MQ0=0;MQRankSum=5.097;QD=18.52;RPA=1,3;RU=TCG;ReadPosRankSum=-0.253;SB=-3.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:104,38:143:99:2688,0,1739 chrVII 115607 . T TCATA 3663 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=235.2260;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.59;MQ0=0;QD=63.16;SB=-1.377e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,54:58:99:3663,175,0 chrVII 117640 . AT A 1911.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=340.9120;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.26;MQ0=0;QD=23.32;RPA=6,5;RU=T;SB=-9.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,78:82:99:1954,222,0 chrVII 122474 . AT A 2137.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=98.7410;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.37;MQ0=0;QD=22.27;RPA=6,5;RU=T;SB=-9.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,89:96:99:2180,246,0 chrVII 124375 . G GA 473.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.401;DP=65;FS=6.340;HaplotypeScore=33.0848;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.286;QD=7.29;RPA=14,15;RU=A;ReadPosRankSum=-0.515;SB=-2.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,39:65:34:516,34,0 chrVII 145458 . G GT 592.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2143;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=24.71;RPA=4,5;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:69:635,69,0 chrVII 149266 . C CT 1221.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=249.0846;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.73;MQ0=0;QD=20.71;RPA=6,7;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,49:59:99:1264,141,0 chrVII 150209 . GA G 2631.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=834.3833;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.32;MQ0=0;QD=31.71;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.109e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,80:83:99:2674,241,0 chrVII 150216 . G GTGCA 5018 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=634.9329;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.54;MQ0=0;QD=61.95;SB=-2.059e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,71:81:99:5018,241,0 chrVII 150559 . A AT 2308.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=111.0767;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.86;MQ0=0;QD=25.37;RPA=5,6;RU=T;SB=-9.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,88:91:99:2351,261,0 chrVII 154579 . TAAA T 1412.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.607;DP=85;FS=3.203;HaplotypeScore=232.2755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.67;MQ0=0;MQRankSum=0.870;QD=16.62;RPA=16,13;RU=A;ReadPosRankSum=1.713;SB=-7.637e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,40:85:88:1455,88,0 chrVII 158910 . TCAGGCA T 3789 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.396;DP=141;FS=1.050;HaplotypeScore=1317.5478;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.14;MQ0=0;MQRankSum=2.183;QD=26.87;RPA=3,2;RU=CAGGCA;ReadPosRankSum=-0.131;SB=-1.578e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,47:141:99:3789,0,305 chrVII 163031 . CT C 521.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=18.5075;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.95;MQ0=0;QD=20.08;RPA=5,4;RU=T;SB=-9.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,23:26:65:564,65,0 chrVII 163205 . AT A 1079.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=196.3484;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.07;MQ0=0;QD=26.34;RPA=2,1;RU=T;SB=-6.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:41:99:1122,105,0 chrVII 165436 . C CT 2220.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=221.2729;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.67;MQ0=0;QD=26.13;RPA=3,4;RU=T;SB=-9.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,79:85:99:2263,237,0 chrVII 166201 . G GGGA 1569.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=125.7849;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.22;MQ0=0;QD=42.43;SB=-7.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,32:37:96:1612,96,0 chrVII 167250 . CAA C 312.79 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;DP=36;FS=2.762;HaplotypeScore=36.7876;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.465;QD=8.69;RPA=19,17;RU=A;ReadPosRankSum=1.661;SB=-1.518e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,8:35:5:351,0,5 chrVII 167483 . C CT 788.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=72.4568;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.93;MQ0=0;QD=20.76;RPA=6,7;RU=T;SB=-2.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,32:38:96:831,96,0 chrVII 173154 . A ATTG 1633.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=159.5717;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.76;MQ0=0;QD=39.85;RPA=2,3;RU=TTG;SB=-7.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,33:41:99:1676,102,0 chrVII 175455 . AC A 3349 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=36.7838;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.70;MQ0=0;QD=27.68;RPA=4,3;RU=C;SB=-1.478e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,113:121:99:3349,319,0 chrVII 180158 . A ATT 1670.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=27.2147;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.19;MQ0=1;QD=26.11;RPA=8,10;RU=T;SB=-8.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,55:63:99:1713,156,0 chrVII 180364 . G GAA 1631.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=109.3115;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.56;MQ0=0;QD=26.32;RPA=9,11;RU=A;SB=-6.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,39:62:99:1674,158,0 chrVII 181347 . TAAC T 2748.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=35.1927;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=33.94;RPA=3,2;RU=AAC;SB=-1.007e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,73:81:99:2791,195,0 chrVII 185801 . AT A 1338.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=95.0928;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.65;MQ0=0;QD=31.14;RPA=2,1;RU=T;SB=-3.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,40:43:99:1381,120,0 chrVII 185835 . TA T 586.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=194.5301;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.29;MQ0=0;QD=16.77;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,28:35:78:629,78,0 chrVII 190778 . GAA G 2153.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.093;DP=113;FS=5.651;HaplotypeScore=89.0795;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.97;MQ0=0;MQRankSum=0.537;QD=19.06;RPA=14,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.557;SB=-9.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,69:113:99:2196,183,0 chrVII 192211 . CCT C 891.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.478;DP=128;FS=18.892;HaplotypeScore=1228.2143;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.31;MQ0=0;MQRankSum=-3.435;QD=6.97;ReadPosRankSum=1.330;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,39:128:99:931,0,3232 chrVII 192216 . CG C 559.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.183;DP=124;FS=17.653;HaplotypeScore=1248.7729;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.21;MQ0=0;MQRankSum=-4.204;QD=4.52;ReadPosRankSum=1.141;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,41:124:99:599,0,2893 chrVII 197816 . G GT 1000.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=23.1148;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.30;MQ0=0;QD=18.20;RPA=8,9;RU=T;SB=-5.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,41:55:99:1043,128,0 chrVII 204285 . TG T 1056.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=129.4723;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.33;MQ0=0;QD=31.09;SB=-4.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:34:93:1099,93,0 chrVII 204597 . TCAAAAATC T 3535 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=188.3407;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.01;MQ0=0;QD=78.56;SB=-1.423e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,38:45:99:3535,117,0 chrVII 204675 . TTATGTTCAATCTC T 5866 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=565.6582;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.29;MQ0=0;QD=108.63;SB=-1.964e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,41:54:99:5866,123,0 chrVII 204933 . GTTGAAT G 7665 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=971.6350;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.67;MQ0=0;QD=87.10;SB=-2.194e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,87:88:99:7665,265,0 chrVII 204970 . C CA 2489.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.137;DP=125;FS=17.946;HaplotypeScore=1216.2061;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.74;MQ0=0;MQRankSum=0.528;QD=19.92;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.450;SB=-5.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,105:125:99:2532,292,0 chrVII 205637 . AT A 1061.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=50.9407;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.23;MQ0=0;QD=19.67;RPA=6,5;RU=T;SB=-4.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,43:54:99:1104,126,0 chrVII 206341 . GT G 398.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.048;DP=31;FS=2.764;HaplotypeScore=88.9871;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.722;QD=12.87;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.241;SB=-1.999e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,18:31:28:441,28,0 chrVII 206497 . TG T 796.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=57.5589;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;QD=24.90;RPA=2,1;RU=G;SB=-3.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,28:32:81:839,81,0 chrVII 206617 . A ATT 724.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=54.5163;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.24;MQ0=0;QD=19.08;RPA=10,12;RU=T;SB=-1.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,17:38:77:767,77,0 chrVII 206912 . GT G 3221.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=207.8468;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.43;MQ0=0;QD=37.02;SB=-9.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,86:87:99:3263,256,0 chrVII 208767 . G GTCGGCCGAATTTCTATAAAT 5155 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=11.7759;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.16;MQ0=0;QD=128.88;SB=-1.546e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,11:40:90:5155,90,0 chrVII 213794 . AT A 3179.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=42.4824;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.34;MQ0=0;QD=29.17;SB=-1.062e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,105:109:99:3222,315,0 chrVII 224895 . TGTCTTC T 7682 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.733;DP=191;FS=0.000;HaplotypeScore=1699.9045;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.70;MQ0=0;MQRankSum=1.474;QD=40.22;RPA=2,1;RU=GTCTTC;ReadPosRankSum=1.836;SB=-3.443e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:73,115:191:99:7682,333,0 chrVII 241207 . CCATTCTAGTTATGACCTTTATCTAT C 4221 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=96.4131;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.32;MQ0=0;QD=91.76;SB=-7.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,40:46:99:4221,117,0 chrVII 245069 . GA G 2761.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=38.3854;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.51;MQ0=0;QD=26.06;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.055e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,104:106:99:2804,286,0 chrVII 245641 . TCAACAACAACAA T 4392 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=63;FS=3.123;HaplotypeScore=108.2387;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.33;MQ0=0;MQRankSum=0.222;QD=69.71;RPA=13,9;RU=CAA;ReadPosRankSum=1.644;SB=-2.094e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,42:63:80:4392,80,0 chrVII 254321 . C CA 1030.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=316.0082;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.16;MQ0=0;QD=31.24;RPA=1,2;RU=A;SB=-3.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,31:32:93:1073,93,0 chrVII 254378 . T TG 1193.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=280.4188;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.80;MQ0=0;QD=28.43;SB=-5.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,36:40:99:1236,99,0 chrVII 269174 . TA T 325.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.027;DP=63;FS=49.070;HaplotypeScore=239.5880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.467;QD=5.17;ReadPosRankSum=-3.464;SB=-3.011e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:72:365,0,72 chrVII 269179 . TC T 1289.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.290;DP=50;FS=9.731;HaplotypeScore=115.4775;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.67;MQ0=0;MQRankSum=1.438;QD=25.80;ReadPosRankSum=0.184;SB=-3.800e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,39:50:99:1332,134,0 chrVII 270311 . A ATGTG 3994 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=34.9511;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;QD=46.99;RPA=6,8;RU=TG;SB=-1.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,79:85:99:3994,232,0 chrVII 272322 . GTA G 274.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=26.5886;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.90;MQ0=0;QD=21.15;RPA=7,6;RU=TA;SB=-1.049e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,12:13:27:317,27,0 chrVII 274363 . A ACC 2095.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.540;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=128.2658;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.86;MQ0=0;MQRankSum=0.028;QD=30.82;RPA=7,9;RU=C;ReadPosRankSum=0.426;SB=-9.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,61:68:99:2138,180,0 chrVII 274400 . ATTT A 1425.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=182.6958;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.06;MQ0=0;QD=28.52;RPA=13,10;RU=T;SB=-3.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,34:50:99:1468,105,0 chrVII 274526 . C CT 569.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=174.1119;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=19.00;RPA=8,9;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,24:30:72:612,72,0 chrVII 276935 . T TG 3942 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=86.5476;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.79;MQ0=0;QD=36.17;SB=-1.709e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,104:109:99:3942,307,0 chrVII 280081 . G GC 138.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=264.4604;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.84;MQ0=0;QD=9.93;SB=-8.097e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,11:14:35:181,35,0 chrVII 280087 . TGTTGA T 237.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=249.6234;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.72;MQ0=0;QD=19.83;SB=-5.599e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,11:12:33:280,33,0 chrVII 280102 . TGAG T 267.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=235.8629;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=24.36;SB=-6.598e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:29:310,29,0 chrVII 280179 . C CTGCTGTTGCTGTTGTTGCTGT 11222 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=350.0941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.01;MQ0=0;QD=165.03;SB=-3.681e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:68:99:11222,202,0 chrVII 280618 . A AT 1831.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=238.4169;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.74;MQ0=0;QD=24.76;RPA=4,5;RU=T;SB=-9.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,73:74:99:1874,207,0 chrVII 281605 . ATTTT A 1441.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=59.0710;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.64;MQ0=0;QD=30.04;RPA=15,11;RU=T;SB=-5.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,28:48:99:1484,102,0 chrVII 286031 . A AT 2141.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=349.1639;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.28;MQ0=0;QD=25.81;RPA=4,5;RU=T;SB=-4.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,80:83:99:2184,237,0 chrVII 286296 . 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TACAT T,TAT 1360.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=22.4902;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.72;MQ0=0;QD=24.30;SB=-6.155e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:31,0,0:55:99:1439,793,731,269,0,147 chrVII 301531 . A AT 1735.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=192.0544;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.20;MQ0=0;QD=24.80;RPA=4,5;RU=T;SB=-7.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,66:70:99:1778,192,0 chrVII 303588 . CA C 1394.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=66.8080;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;QD=21.80;RPA=7,6;RU=A;SB=-5.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,60:64:99:1437,171,0 chrVII 307066 . TA T 462.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=85.1357;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.80;MQ0=0;QD=20.13;RPA=5,4;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,20:23:54:505,54,0 chrVII 311210 . 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T TG 702.94 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.141;DP=71;FS=10.286;HaplotypeScore=261.8871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.34;MQ0=0;MQRankSum=2.963;QD=9.90;ReadPosRankSum=2.437;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,46:67:3:741,0,3 chrVII 323580 . TTG T 460.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=182.7534;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.34;MQ0=0;QD=32.93;SB=-4.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:14:33:503,33,0 chrVII 323727 . C CA 343.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=163.7297;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.41;MQ0=0;QD=26.46;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:12:36:386,36,0 chrVII 323740 . GA G 353.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=212.1187;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.71;MQ0=0;QD=22.12;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,15:15:39:396,39,0 chrVII 323927 . T TTA 464.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=123.9051;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.26;MQ0=0;QD=35.77;SB=-4.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,12:13:36:507,36,0 chrVII 324160 . G GCGCA 1392.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=209.7761;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;QD=53.58;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,25:26:75:1435,75,0 chrVII 324162 . G GGC 779.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=266.2974;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.70;MQ0=0;QD=31.20;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:75:822,75,0 chrVII 324464 . TA T 632.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=280.3105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.22;MQ0=0;QD=17.58;RPA=8,7;RU=A;SB=-2.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,31:36:81:675,81,0 chrVII 324564 . ACAAT A 1090.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.699;DP=53;FS=3.746;HaplotypeScore=570.0651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.641;QD=20.58;ReadPosRankSum=3.631;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,20:53:99:1130,0,241 chrVII 324572 . CAAG C 1059.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.673;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=543.3755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=0.229;QD=22.08;ReadPosRankSum=0.903;SB=-9.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,20:48:41:1102,41,0 chrVII 325122 . G GA 864.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=402.8218;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.90;MQ0=0;QD=18.40;RPA=7,8;RU=A;SB=-2.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,39:47:99:907,108,0 chrVII 325265 . CTTTT C 2555.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=1052.9820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=38.73;RPA=10,6;RU=T;SB=-1.181e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,50:66:99:2598,150,0 chrVII 325276 . C CA 1697.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=991.1033;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=30.87;RPA=1,2;RU=A;SB=-8.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1740,165,0 chrVII 326260 . T TA 226.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=62.2369;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.23;MQ0=0;QD=14.19;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.327e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,14:16:30:269,30,0 chrVII 326269 . CAA C 225.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.791;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=74.0692;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.98;MQ0=0;MQRankSum=0.474;QD=16.14;RPA=18,16;RU=A;ReadPosRankSum=0.474;SB=-6.097e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,7:14:29:268,29,0 chrVII 326735 . A ATT 1596.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=52.1905;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.98;MQ0=0;QD=24.20;RPA=10,12;RU=T;SB=-4.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,49:66:99:1639,157,0 chrVII 328325 . AGG A 1509.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=596.9402;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.55;MQ0=0;QD=35.12;RPA=3,1;RU=G;SB=-5.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:43:99:1552,120,0 chrVII 328408 . AC A 1264.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=646.9252;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.62;MQ0=0;QD=25.30;RPA=3,2;RU=C;SB=-4.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:50:99:1307,129,0 chrVII 328696 . T TTATG 1603.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=195.1566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.24;MQ0=0;QD=43.35;RPA=1,2;RU=TATG;SB=-4.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,24:37:84:1646,84,0 chrVII 328725 . G GA 1458.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=344.3505;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.48;MQ0=0;QD=29.77;RPA=2,3;RU=A;SB=-7.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,48:49:99:1501,141,0 chrVII 334720 . CT C 2616.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=411.5776;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.16;MQ0=0;QD=34.43;SB=-9.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:76:99:2659,217,0 chrVII 341879 . TA T 348.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=10.4164;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.13;MQ0=0;QD=14.54;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,21:24:48:391,48,0 chrVII 343175 . AC A 2340.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=100.9067;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.52;MQ0=0;QD=28.20;RPA=2,1;RU=C;SB=-4.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,81:83:99:2383,205,0 chrVII 345521 . GAA G 3183.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=148.9351;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.41;MQ0=0;QD=32.49;RPA=5,3;RU=A;SB=-1.564e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,85:98:99:3226,253,0 chrVII 345871 . 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AT A 908.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=140.9069;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.46;MQ0=0;QD=16.23;RPA=10,9;RU=T;SB=-3.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,43:56:99:951,123,0 chrVII 364146 . AT A 882.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.751;DP=68;FS=2.651;HaplotypeScore=215.1760;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.94;MQ0=0;MQRankSum=-2.483;QD=12.98;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.905;SB=-3.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,47:68:84:925,84,0 chrVII 365718 . A AATTTGGT 3646 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=190.6212;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.33;MQ0=0;QD=91.15;SB=-6.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:40:99:3646,120,0 chrVII 366199 . ATATATAT A 4352 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=100.0563;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.79;MQ0=1;QD=62.17;SB=-1.325e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,68:68:99:4352,171,0 chrVII 366778 . TAAAA T 1153.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=161.6322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.58;MQ0=0;QD=20.61;RPA=18,14;RU=A;SB=-4.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,28:56:92:1196,92,0 chrVII 368551 . G GA 2762.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=205.6412;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.55;MQ0=0;QD=29.39;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.208e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,92:94:99:2805,268,0 chrVII 376066 . AT A 1436.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=115.7440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;QD=22.45;RPA=9,8;RU=T;SB=-7.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,62:64:99:1479,183,0 chrVII 378026 . AATGATG A 6239 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=190.0234;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.53;MQ0=0;QD=49.91;RPA=6,4;RU=ATG;SB=-2.124e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,96:125:99:6239,262,0 chrVII 379162 . TCAGCAG T 4451 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=38.9761;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.83;MQ0=0;QD=58.57;RPA=8,6;RU=CAG;SB=-1.957e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,60:76:99:4451,181,0 chrVII 388855 . AT A 2046.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=201.8126;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.19;MQ0=0;QD=22.01;SB=-9.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,53:93:99:2089,224,0 chrVII 394474 . TGAC T 1777.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=246.5206;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.35;MQ0=0;QD=28.68;RPA=6,5;RU=GAC;SB=-6.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,36:62:99:1820,135,0 chrVII 394900 . GAA G 425.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.347;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=82.3837;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.347;QD=23.66;RPA=11,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.810;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,15:18:42:468,42,0 chrVII 394958 . AT A 561.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=165.1968;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.59;MQ0=0;QD=18.13;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,26:31:75:604,75,0 chrVII 397834 . GAAAA G 416.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.470;DP=55;FS=6.455;HaplotypeScore=66.2765;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=1.248;QD=7.58;RPA=20,16;RU=A;ReadPosRankSum=0.527;SB=-1.245e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,13:55:51:456,0,51 chrVII 400194 . A AT 1023.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.628;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=127.1550;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.578;QD=26.26;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=1.523;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,32:39:94:1066,94,0 chrVII 400221 . TAA T 729.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=144.5195;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.71;MQ0=0;QD=21.47;RPA=13,11;RU=A;SB=-3.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,25:34:75:772,75,0 chrVII 400713 . G GA 485.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=10.3461;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.53;MQ0=0;QD=17.36;RPA=7,8;RU=A;SB=-5.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,21:28:63:528,63,0 chrVII 402441 . AG A 168.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=93.9274;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=24.00;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21:210,21,0 chrVII 402629 . C CA 136.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=183.4741;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.36;MQ0=0;QD=17.01;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,6:7:18:178,18,0 chrVII 402631 . CT C 117.14 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;DP=9;FS=8.451;HaplotypeScore=192.7040;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.67;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=13.02;ReadPosRankSum=0.742;SB=-3.045e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:8:11:156,0,11 chrVII 402959 . A AG 227.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=245.4721;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.02;MQ0=0;QD=28.38;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:7:21:269,21,0 chrVII 403004 . A AC 328.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=588.5872;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.63;MQ0=0;QD=27.41;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:12:36:371,36,0 chrVII 403010 . AT A 254.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=467.3719;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.99;MQ0=0;QD=25.50;RPA=3,2;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30:297,30,0 chrVII 403044 . T TC 259.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=340.7863;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.63;MQ0=0;QD=28.89;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27:302,27,0 chrVII 403047 . AG A 190.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=347.6015;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.63;MQ0=0;QD=21.22;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27:233,27,0 chrVII 403586 . TG T 284.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=66.5696;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.92;MQ0=0;QD=31.66;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27:327,27,0 chrVII 411392 . T TA 2080.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=34.3947;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.33;MQ0=0;QD=22.14;RPA=4,5;RU=A;SB=-5.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,84:94:99:2123,231,0 chrVII 411486 . GAA G 2993.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=409.1344;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.35;MQ0=0;QD=32.54;RPA=5,3;RU=A;SB=-9.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,80:92:99:3036,232,0 chrVII 411506 . CAAA C 4100 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=351.0067;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.88;MQ0=0;QD=50.00;RPA=5,2;RU=A;SB=-1.241e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,79:82:99:4100,235,0 chrVII 412630 . GA G 1664.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=213.1100;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;QD=20.56;RPA=8,7;RU=A;SB=-4.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,78:81:99:1707,210,0 chrVII 413965 . 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G GA 1824.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=174.6586;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.58;MQ0=0;QD=26.45;RPA=4,5;RU=A;SB=-6.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1867,201,0 chrVII 423701 . AT A 1489.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=31.4839;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.27;MQ0=0;QD=21.59;RPA=6,5;RU=T;SB=-5.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,61:69:99:1532,174,0 chrVII 429806 . T TACC 5578 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=315.2450;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=0.624;QD=42.91;RPA=1,2;RU=ACC;ReadPosRankSum=-0.014;SB=-2.723e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,122:130:99:5578,353,0 chrVII 430869 . A AAGC 3279 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=332.6683;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.11;MQ0=0;QD=31.83;RPA=5,6;RU=AGC;SB=-8.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,65:103:99:3279,217,0 chrVII 433202 . 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AT A 1550.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=135.3370;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.51;MQ0=0;QD=20.96;RPA=6,5;RU=T;SB=-6.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,66:74:99:1593,180,0 chrVII 435398 . CG C 2207.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=152.6484;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.51;MQ0=0;QD=29.44;RPA=2,1;RU=G;SB=-7.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,72:75:99:2250,210,0 chrVII 437973 . G GA 1574.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.903;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=225.1384;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=0.268;QD=18.31;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.171;SB=-6.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,72:86:99:1617,189,0 chrVII 438101 . CT C 1132.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=54.5394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=21.79;RPA=5,4;RU=T;SB=-5.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,40:52:99:1175,126,0 chrVII 438696 . C CA 1351.10 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.100;DP=112;FS=5.654;HaplotypeScore=259.9526;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.056;QD=12.06;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.069;SB=-2.451e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,64:112:12:1390,0,12 chrVII 438823 . AT A 543.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.809;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=76.6889;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.271;QD=9.54;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.617;SB=-1.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,32:57:66:586,66,0 chrVII 440452 . AAAAAT A 2552.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=46.2878;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.89;MQ0=0;QD=39.28;SB=-9.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,52:65:99:2595,172,0 chrVII 440628 . AG A 1381.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=595.4807;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.79;MQ0=0;QD=30.71;RPA=2,1;RU=G;SB=-7.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,44:45:99:1424,126,0 chrVII 440925 . T TC 1976.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.121;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=285.3166;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.427;QD=27.46;ReadPosRankSum=1.630;SB=-6.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,70:72:99:2019,200,0 chrVII 443342 . A AT 2061.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=30.0534;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.94;MQ0=0;QD=29.46;SB=-8.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,64:70:99:2104,183,0 chrVII 448882 . G GGCT 4071 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.019;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=45.0273;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.428;QD=37.35;RPA=5,6;RU=GCT;ReadPosRankSum=-0.933;SB=-1.342e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,89:109:99:4071,227,0 chrVII 465593 . GT G 990.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=12.0032;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.96;MQ0=0;QD=30.03;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:33:81:1033,81,0 chrVII 465811 . GT G 476.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.325;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=18.5433;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.55;MQ0=0;MQRankSum=0.465;QD=12.21;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.754;SB=-2.441e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,28:39:15:518,15,0 chrVII 466985 . T TAGA 3221.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=29.8831;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.58;MQ0=0;QD=45.37;RPA=1,2;RU=AGA;SB=-1.391e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,67:71:99:3263,190,0 chrVII 469242 . ATTG A 3078.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=52.2063;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.96;MQ0=0;QD=30.19;RPA=8,7;RU=TTG;SB=-7.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,80:102:99:3121,223,0 chrVII 479689 . G GGTGT 1080.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=45.4279;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;QD=54.05;RPA=5,7;RU=GT;SB=-2.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,19:20:57:1123,57,0 chrVII 484095 . CT C 518.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.541;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=43.9965;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=0.856;QD=9.42;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.856;SB=-2.505e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,33:55:14:560,14,0 chrVII 485313 . TAA T 1302.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=295.5351;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.69;MQ0=0;QD=25.06;RPA=9,7;RU=A;SB=-5.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,40:52:99:1345,117,0 chrVII 498008 . ATCGGAG A 5068 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=90.3426;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.31;MQ0=0;QD=58.25;RPA=3,2;RU=TCGGAG;SB=-7.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,74:87:99:5068,217,0 chrVII 502764 . CT C 384 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.679;DP=34;FS=7.005;HaplotypeScore=16.5423;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.201;QD=11.29;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.366;SB=-1.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,24:34:23:426,23,0 chrVII 506881 . GA G 2969.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=33.6986;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.35;MQ0=0;QD=29.41;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.405e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,97:101:99:3012,262,0 chrVII 508600 . TTATC T 2441.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=81.7126;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.43;MQ0=0;QD=51.96;RPA=2,1;RU=TATC;SB=-2.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,44:47:99:2484,129,0 chrVII 508636 . TC T 1141.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=230.2506;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.36;MQ0=0;QD=26.56;RPA=7,6;RU=C;SB=-1.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,38:43:99:1184,120,0 chrVII 508694 . T TGA 1733.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=73.0256;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.29;MQ0=0;QD=43.35;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,36:40:99:1776,111,0 chrVII 517548 . G GTCA 6371 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=319.5843;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.77;MQ0=0;QD=45.51;RPA=1,2;RU=TCA;SB=-2.751e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,132:140:99:6371,382,0 chrVII 522941 . CAAA C 3165.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=365.1009;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.31;MQ0=0;QD=45.88;RPA=5,2;RU=A;SB=-1.062e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,62:69:99:3208,184,0 chrVII 523519 . GT G 700.61 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.730;DP=70;FS=4.158;HaplotypeScore=35.9178;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=1.256;QD=10.01;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.438;SB=-3.376e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,39:70:5:739,0,5 chrVII 523740 . CA C 1140.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.597;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=26.6772;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.257;QD=17.03;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=-1.597;SB=-3.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,51:67:99:1183,127,0 chrVII 526675 . C CT 1874.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=186.5853;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.84;MQ0=0;QD=25.00;RPA=6,7;RU=T;SB=-6.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,74:75:99:1917,222,0 chrVII 526818 . TAA T 1537.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=145.9793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=23.66;RPA=12,10;RU=A;SB=-5.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,45:65:99:1580,147,0 chrVII 528674 . C CG 887.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=18.0827;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=17.41;RPA=5,6;RU=G;SB=-1.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,39:51:99:930,99,0 chrVII 529602 . TTCA T 8080 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=696.0648;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.38;MQ0=0;QD=52.81;SB=-4.009e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,148:153:99:8080,436,0 chrVII 529943 . C CATCCTCATCCCA 14418 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=274.8585;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.63;MQ0=0;QD=92.42;SB=-5.924e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,125:156:99:14418,379,0 chrVII 531506 . CACAAATGGAA C 3319 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=12.6184;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.42;MQ0=0;QD=107.06;SB=-1.377e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,30:31:87:3319,87,0 chrVII 534974 . G GA 2108.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=65.5520;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.73;MQ0=0;QD=28.89;RPA=2,3;RU=A;SB=-4.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,69:73:99:2151,207,0 chrVII 535209 . G GTAA 843.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=42.0234;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.16;MQ0=0;QD=49.64;SB=-5.500e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,15:17:48:886,48,0 chrVII 535541 . CA C 86.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=17.9232;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.58;MQ0=0;QD=12.32;RPA=3,2;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:15:128,15,0 chrVII 544557 . 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CA C 1315.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=94.4626;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.52;MQ0=0;QD=34.63;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,37:38:99:1358,111,0 chrVII 555347 . GA G 846.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.465;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=21.9827;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.972;QD=14.86;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.887;SB=-2.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,47:57:99:889,100,0 chrVII 556068 . A AT 865.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=131.9586;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.61;MQ0=0;QD=22.79;RPA=5,6;RU=T;SB=-3.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,34:38:99:908,102,0 chrVII 558064 . CT C 1870.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=29.7407;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.95;MQ0=0;QD=33.41;RPA=2,1;RU=T;SB=-5.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,55:56:99:1913,159,0 chrVII 561841 . 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AT A 2401.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=86.1590;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.60;MQ0=0;QD=27.93;RPA=2,1;RU=T;SB=-8.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:86:99:2444,226,0 chrVII 596640 . T TA 2593.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=38.6371;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;QD=20.92;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.264e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,110:124:99:2636,315,0 chrVII 598939 . C CTCCGTAAGCCG 5319 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=18.0162;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.56;MQ0=0;QD=123.70;SB=-1.888e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,35:43:99:5319,129,0 chrVII 598999 . G GA 277.98 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.651;DP=49;FS=8.751;HaplotypeScore=164.6687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.56;MQ0=0;MQRankSum=0.911;QD=5.67;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-1.236;SB=-1.029e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,13:49:26:317,0,26 chrVII 609109 . T TAA,TA 437.05 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.578;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=102.0254;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=52.01;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=11.81;RPA=14,16,15;RU=A;ReadPosRankSum=-0.433;SB=-2.375e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:19,11,5:37:52:515,81,52,245,0,200 chrVII 609134 . TC T 881.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=120.6868;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.43;MQ0=0;QD=28.45;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:31:81:924,81,0 chrVII 609158 . T TA 763.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=139.7042;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.36;MQ0=0;QD=18.63;RPA=5,6;RU=A;SB=-2.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,33:41:90:806,90,0 chrVII 609735 . GA G 2095.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.677;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=186.1485;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.55;MQ0=0;MQRankSum=1.512;QD=28.71;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=1.237;SB=-4.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,69:73:99:2138,185,0 chrVII 610237 . A AT 1537.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=56.4695;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;QD=17.88;RPA=10,11;RU=T;SB=-2.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,71:86:99:1580,202,0 chrVII 611510 . CAA C 1082.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.335;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=139.6595;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.359;QD=21.23;RPA=14,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.308;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,34:51:99:1125,109,0 chrVII 611534 . C CA 1050.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=215.4720;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.59;MQ0=0;QD=19.83;RPA=7,8;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,45:53:99:1093,138,0 chrVII 611556 . T TAA 874.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=145.6394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.32;MQ0=0;QD=25.73;RPA=3,5;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,21:34:72:917,72,0 chrVII 616171 . A AT 317.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;DP=69;FS=1.589;HaplotypeScore=56.5527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=0.344;QD=4.61;RPA=17,18;RU=T;ReadPosRankSum=-1.498;SB=-7.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,18:69:99:357,0,137 chrVII 617452 . T TA 328.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.491;DP=43;FS=3.203;HaplotypeScore=42.7997;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=0.164;QD=7.65;RPA=14,15;RU=A;ReadPosRankSum=-2.019;SB=-1.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,14:43:24:371,24,0 chrVII 617893 . TC T 2835.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=218.5755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;QD=28.94;RPA=2,1;RU=C;SB=-8.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,94:98:99:2878,256,0 chrVII 620043 . ATT A 2482.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=29.5839;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.56;MQ0=0;QD=29.56;RPA=9,7;RU=T;SB=-7.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,75:84:99:2525,223,0 chrVII 627706 . C CA 958.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.485;DP=49;FS=3.680;HaplotypeScore=149.0445;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.990;QD=19.57;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.825;SB=-3.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,43:49:99:1001,102,0 chrVII 630357 . G GC 1688.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=433.3137;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.72;MQ0=0;QD=29.12;SB=-7.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,40:58:99:1731,168,0 chrVII 630359 . CA C 1444.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=419.5738;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.31;MQ0=0;QD=27.26;SB=-5.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,39:53:99:1487,158,0 chrVII 636966 . C CT 1537.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=38.4315;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.93;MQ0=0;QD=18.31;RPA=8,9;RU=T;SB=-6.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,70:84:99:1580,194,0 chrVII 637679 . 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A AT 3173.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=752.2943;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.70;MQ0=0;QD=25.80;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.235e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,106:123:99:3216,313,0 chrVII 660964 . G GA 2166.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=118.5299;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.21;MQ0=0;QD=32.34;RPA=1,2;RU=A;SB=-3.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,63:67:99:2209,184,0 chrVII 661145 . GAACGT G 4159 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=319.8447;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.83;MQ0=0;QD=55.45;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,64:75:99:4159,187,0 chrVII 661244 . A AT 30.94 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=37.6254;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.13;MQ0=0;QD=2.21;RPA=1,2;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,7:13:9:72,9,0 chrVII 661427 . T TC 921.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=116.5925;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.92;MQ0=0;QD=30.73;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:30:81:964,81,0 chrVII 666167 . C CTT 800.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=12.8468;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.39;MQ0=0;QD=21.65;RPA=8,10;RU=T;SB=-1.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,26:37:78:843,78,0 chrVII 670014 . CAT C 295.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=178.7078;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;QD=4.93;RPA=7,6;RU=AT;SB=-1.279e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,18:60:32:338,32,0 chrVII 675513 . T TA 1067.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=17.8681;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=20.94;RPA=5,6;RU=A;SB=-2.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,45:51:99:1110,129,0 chrVII 678100 . A AT 265.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=60.7567;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.57;MQ0=0;QD=16.62;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.499e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,9:16:33:308,33,0 chrVII 694409 . T TAA 2624.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=36.4352;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.07;MQ0=0;QD=31.25;RPA=7,9;RU=A;SB=-6.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,78:84:99:2667,235,0 chrVII 696365 . AAACAAGAAAAGG A 7055 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=169.0647;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.70;MQ0=0;QD=65.93;RPA=2,1;RU=AACAAGAAAAGG;SB=-3.111e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,76:107:99:7055,228,0 chrVII 697261 . CAA C 3095.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=26.3737;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.85;MQ0=0;QD=36.42;RPA=5,3;RU=A;SB=-1.508e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,80:85:99:3138,238,0 chrVII 698446 . C CA 2913.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=194.8828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.06;MQ0=0;QD=35.54;SB=-1.110e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,79:82:99:2956,223,0 chrVII 702069 . A ATT 1651.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=219.1991;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.81;MQ0=0;QD=30.04;RPA=6,8;RU=T;SB=-6.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,48:55:99:1694,144,0 chrVII 702672 . GT G 1576.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=314.2837;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.64;MQ0=0;QD=30.92;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1619,144,0 chrVII 702711 . ATT A 1489.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=308.8492;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.64;MQ0=0;QD=27.09;RPA=12,10;RU=T;SB=-9.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,49:55:99:1532,141,0 chrVII 707041 . C CAA 1021.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=104.6749;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.18;MQ0=0;QD=18.25;RPA=13,15;RU=A;SB=-3.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,15:56:99:1064,117,0 chrVII 707103 . T TA 1182.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=66.2204;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.55;MQ0=0;QD=21.91;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,49:54:99:1225,135,0 chrVII 712338 . C CA 3072.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=249.7127;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.54;MQ0=0;QD=12.29;RPA=3,4;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,247:121:99:3115,330,0 chrVII 712998 . AC A 2534.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=349.1306;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.43;MQ0=0;QD=22.84;RPA=8,7;RU=C;SB=-8.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,96:111:99:2577,270,0 chrVII 715716 . GAAA G 1183.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=191.9415;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.17;MQ0=0;QD=24.16;RPA=14,11;RU=A;SB=-5.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,34:49:99:1226,100,0 chrVII 719963 . AAT A 2486.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=164.7590;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.65;MQ0=0;QD=35.53;RPA=3,2;RU=AT;SB=-8.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,68:70:99:2529,199,0 chrVII 720390 . T TACACAAGG 4540 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=115.4559;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.31;MQ0=0;QD=92.65;SB=-1.138e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,42:49:99:4540,138,0 chrVII 724964 . AGAAATTTTTTTCACTAATGAGAAG A 4234 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=109.5251;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.49;MQ0=0;QD=162.85;SB=-1.647e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,19:26:54:4234,54,0 chrVII 725670 . G GTCA 5969 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=133.5803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.07;MQ0=0;QD=47.00;RPA=1,2;RU=TCA;SB=-2.502e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,107:127:99:5969,349,0 chrVII 726535 . 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GT G 1310.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=453.9604;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.55;MQ0=0;QD=16.18;RPA=9,8;RU=T;SB=-5.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,67:78:99:1353,173,0 chrVII 733109 . ATTT AT,A 798.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=177.6611;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=48.43;MQ0=0;QD=14.53;RPA=20,18,17;RU=T;SB=-3.269e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:26,0,7:55:99:877,192,103,379,0,315 chrVII 733167 . T TTCTTCTTCTCTTCTTC 7748 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=105.9079;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.40;MQ0=0;QD=140.87;RPA=1,3;RU=TCTTCTTC;SB=-1.023e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,37:55:99:7748,144,0 chrVII 733567 . TA T 3223.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=40.2185;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.58;MQ0=0;QD=27.79;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.019e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,108:115:99:3265,286,0 chrVII 735220 . A AT 1929.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=252.7297;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.36;MQ0=0;QD=25.06;RPA=4,5;RU=T;SB=-8.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,72:77:99:1972,213,0 chrVII 735400 . CT C 1950.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.063;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=583.3021;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.13;MQ0=0;MQRankSum=1.693;QD=19.71;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.575;SB=-9.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,92:99:99:1993,239,0 chrVII 736420 . T TAA 678.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=81.7223;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.66;MQ0=0;QD=45.26;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45:721,45,0 chrVII 736553 . TA T 149.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.158;DP=22;FS=4.393;HaplotypeScore=27.3586;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.87;MQ0=0;MQRankSum=0.791;QD=6.80;RPA=15,14;RU=A;ReadPosRankSum=0.791;SB=-5.257e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,14:22:11:191,11,0 chrVII 738517 . G GA 1172.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=308.1848;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.50;MQ0=0;QD=18.92;RPA=8,9;RU=A;SB=-4.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,50:62:99:1215,147,0 chrVII 738874 . TA T 1402.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=437.0333;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.88;MQ0=0;QD=23.00;SB=-5.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,53:61:99:1445,159,0 chrVII 738876 . TC T 1299.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.171;DP=59;FS=16.494;HaplotypeScore=447.6469;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.171;QD=22.03;ReadPosRankSum=3.171;SB=-4.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,53:59:99:1342,122,0 chrVII 739249 . TAC T 3900 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=136.9470;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.89;MQ0=0;QD=41.49;SB=-1.410e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:94:99:3900,265,0 chrVII 739861 . A AT 1694.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=22.2418;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=23.54;RPA=3,4;RU=T;SB=-7.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,66:72:99:1737,177,0 chrVII 741881 . CT C 693.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=10.6451;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.92;MQ0=0;QD=21.69;RPA=7,6;RU=T;SB=-2.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,29:32:87:736,87,0 chrVII 742157 . CT C 134.98 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.906;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=114.5875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.582;QD=3.29;RPA=20,19;RU=T;ReadPosRankSum=1.014;SB=-4.999e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,7:41:23:174,0,23 chrVII 742244 . C CAA 1250.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=305.3944;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.07;MQ0=0;QD=29.78;RPA=5,7;RU=A;SB=-6.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,35:42:99:1293,108,0 chrVII 745750 . CACA C 2728.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=405.9620;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.51;MQ0=0;QD=45.48;RPA=2,1;RU=ACA;SB=-1.272e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,57:60:99:2771,169,0 chrVII 746575 . CTTTTTTTTTTT C 1981.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.619;DP=58;FS=2.760;HaplotypeScore=263.8213;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.658;QD=34.17;RPA=25,14;RU=T;ReadPosRankSum=1.484;SB=-6.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,26:58:24:2024,24,0 chrVII 753296 . AGACGAT A 3985 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=47.5201;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.17;MQ0=0;QD=33.21;RPA=6,5;RU=GACGAT;SB=-1.081e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,81:120:99:3985,213,0 chrVII 754390 . C CT 586.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=45.2625;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;QD=25.52;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,22:23:66:629,66,0 chrVII 755263 . GA G 1151.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=16.3677;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;QD=23.04;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:50:99:1194,141,0 chrVII 757682 . A AT 1724.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=33.3228;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.17;MQ0=0;QD=24.30;RPA=4,5;RU=T;SB=-8.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,65:71:99:1767,189,0 chrVII 763406 . A AT 1425.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=88.0026;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.13;MQ0=0;QD=33.16;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,41:43:99:1468,120,0 chrVII 765774 . GA G 396.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.684;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=30.5310;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.67;MQ0=0;MQRankSum=0.529;QD=9.02;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.529;SB=-9.784e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,31:44:32:439,32,0 chrVII 766973 . CT C 2213.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=622.8684;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.07;MQ0=0;QD=37.52;SB=-1.071e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:59:99:2256,175,0 chrVII 766998 . GGCCACTCACCTT G 6501 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=320.9838;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.11;MQ0=0;QD=110.19;SB=-2.374e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,45:59:99:6501,159,0 chrVII 767237 . T TA 2373.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=522.2560;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.60;MQ0=0;QD=30.44;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.178e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,77:78:99:2416,232,0 chrVII 767446 . G GT 2367.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=55.9160;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.78;MQ0=0;QD=26.91;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.102e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,83:88:99:2410,246,0 chrVII 770414 . G GAA 2749.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=24.8170;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.26;MQ0=0;QD=36.18;RPA=4,6;RU=A;SB=-9.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,74:76:99:2792,223,0 chrVII 772172 . T TTTTCGGTTCTGCAAC 6053 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=94.1347;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.93;MQ0=0;QD=131.59;SB=-3.006e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:46:99:6053,126,0 chrVII 774766 . CT C 1707.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=45.3902;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=19.63;RPA=9,8;RU=T;SB=-7.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,77:87:99:1750,218,0 chrVII 777580 . G GTTTGTTTTA 3789 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=21.7826;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.90;MQ0=0;QD=86.11;SB=-7.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,29:44:99:3789,111,0 chrVII 778039 . A AC 779.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=68.5703;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.84;MQ0=0;QD=37.14;SB=-8.000e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63:822,63,0 chrVII 778177 . C CA 1043.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=171.4377;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.93;MQ0=0;QD=24.28;RPA=3,4;RU=A;SB=-4.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,42:43:99:1086,111,0 chrVII 778763 . G GAA 2777.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=247.0486;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.14;MQ0=0;QD=28.64;RPA=7,9;RU=A;SB=-1.229e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,81:97:99:2820,245,0 chrVII 778931 . TC T 1625.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=493.3569;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.37;MQ0=0;QD=33.87;SB=-7.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1668,135,0 chrVII 778937 . AATATT A 2833.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=368.8748;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.38;MQ0=0;QD=60.30;SB=-1.135e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,43:46:99:2876,126,0 chrVII 779694 . 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GT G 1224.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=417.0863;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.35;MQ0=0;QD=22.68;RPA=6,5;RU=T;SB=-2.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,47:54:99:1267,144,0 chrVII 779991 . GT G 1154.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.999;DP=71;FS=4.372;HaplotypeScore=431.1685;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.866;QD=16.27;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.267;SB=-4.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,59:71:99:1197,131,0 chrVII 780146 . TA T 683.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=347.4180;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.29;MQ0=0;QD=21.37;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,29:32:84:726,84,0 chrVII 780239 . AT A 1907.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=893.5333;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=25.10;SB=-8.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:76:99:1950,198,0 chrVII 780395 . 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G GTA 726.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=33.4394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;QD=18.17;RPA=5,6;RU=TA;SB=-2.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,25:40:63:769,63,0 chrVII 785333 . G GA 751.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=24.1064;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;QD=17.49;RPA=9,10;RU=A;SB=-3.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,30:43:99:794,101,0 chrVII 790436 . T TAC 2419.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=194.4822;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.06;MQ0=0;QD=32.70;SB=-9.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,70:74:99:2462,203,0 chrVII 801946 . A ATG 2491.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=176.8241;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.96;MQ0=0;QD=29.32;SB=-7.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,78:85:99:2534,195,0 chrVII 802237 . C CT 1214.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.043;DP=72;FS=1.935;HaplotypeScore=200.8139;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.065;QD=16.87;ReadPosRankSum=0.516;SB=-4.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,59:72:99:1257,152,0 chrVII 807474 . G GGATGAA 2974.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=91.8012;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=33.43;RPA=3,4;RU=GATGAA;SB=-1.263e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,47:89:99:3017,132,0 chrVII 807865 . CAAA CA,C 489.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=78.2363;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=50.96;MQ0=0;QD=11.13;RPA=19,17,16;RU=A;SB=-2.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:26,0,6:44:99:568,158,100,231,0,237 chrVII 807907 . G GA 888.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.887;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=96.9340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.479;QD=17.10;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.634;SB=-3.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,40:52:98:931,98,0 chrVII 808485 . TA T 472.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=40.8277;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=18.92;RPA=9,8;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,17:25:66:515,66,0 chrVII 808498 . T TA 280.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.116;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=59.3624;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.347;QD=9.66;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.579;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,14:29:22:322,22,0 chrVII 811036 . G GA 2707.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=154.3906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.75;MQ0=0;QD=31.49;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.038e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,82:86:99:2750,232,0 chrVII 823555 . A AT 1300.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=94.2934;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.49;MQ0=0;QD=19.42;RPA=6,7;RU=T;SB=-3.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,54:67:99:1343,153,0 chrVII 823734 . ATT A 1840.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=116.1419;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.88;MQ0=0;QD=27.48;RPA=10,8;RU=T;SB=-3.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,57:67:99:1883,171,0 chrVII 823785 . CT C 528.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=183.7405;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.01;MQ0=0;QD=11.25;RPA=9,8;RU=T;SB=-2.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,29:47:73:571,73,0 chrVII 823795 . AT A 482.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.473;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=136.6228;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.592;QD=12.07;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.129;SB=-2.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,23:40:45:525,45,0 chrVII 832769 . G GTGCGCC 5208 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=74.7840;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.97;MQ0=0;QD=77.73;SB=-2.387e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,59:67:99:5208,193,0 chrVII 836033 . C CA 6752 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=236;FS=0.000;HaplotypeScore=522.1579;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.02;MQ0=0;QD=28.61;RPA=2,3;RU=A;SB=-2.320e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,226:236:99:6752,649,0 chrVII 836826 . G GA 744.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.347;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=72.7046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.71;MQ0=0;MQRankSum=1.416;QD=15.20;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.347;SB=-3.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,37:49:61:787,61,0 chrVII 836865 . A AT 579.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=143.6598;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.73;MQ0=0;QD=13.49;RPA=7,8;RU=T;SB=-2.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,22:43:81:622,81,0 chrVII 836877 . T TA 477.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.069;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=117.8025;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.208;QD=14.48;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.040;SB=-2.109e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,20:33:49:520,49,0 chrVII 842650 . GT G 2429.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=340.9577;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;QD=30.00;RPA=3,2;RU=T;SB=-8.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,77:81:99:2472,223,0 chrVII 845307 . A AT 1125.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=263.6500;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.07;MQ0=0;QD=26.81;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:42:99:1168,114,0 chrVII 845880 . TGACCC T 2856.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=121.5331;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.25;MQ0=0;QD=68.02;RPA=2,1;RU=GACCC;SB=-6.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,40:42:99:2899,123,0 chrVII 846682 . T TATCA 1840.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=431.1495;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.56;MQ0=0;QD=47.20;RPA=1,2;RU=ATCA;SB=-1.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,31:39:96:1883,96,0 chrVII 846870 . TAA T 1180.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=98.7789;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=28.80;RPA=10,8;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:41:99:1223,108,0 chrVII 848452 . AT A 1389.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.626;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=30.3128;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.199;QD=18.53;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.679;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,63:75:99:1432,169,0 chrVII 848540 . GA G 248.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.964;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=56.8688;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.542;QD=10.82;RPA=16,15;RU=A;ReadPosRankSum=-0.385;SB=-2.099e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,11:23:29:291,29,0 chrVII 850800 . 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C CCT 1643.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=116.3088;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.08;MQ0=0;QD=34.25;RPA=2,3;RU=CT;SB=-2.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,41:48:99:1686,123,0 chrVII 855048 . GTTAT G 2403.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=184.7291;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.73;MQ0=0;QD=45.36;SB=-9.900e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,45:53:99:2446,129,0 chrVII 855250 . ACC A 1614.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=11.3013;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.83;MQ0=0;QD=42.50;RPA=4,2;RU=C;SB=-4.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:99:1657,114,0 chrVII 856944 . AG A 2895.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=43.6391;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.96;MQ0=0;QD=27.58;RPA=5,4;RU=G;SB=-9.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,98:105:99:2938,289,0 chrVII 858669 . T TA 3721 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=486.8702;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.07;MQ0=0;QD=32.08;RPA=1,2;RU=A;SB=-6.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,113:116:99:3721,331,0 chrVII 858915 . CA C 1395.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=22.4717;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.83;MQ0=0;QD=25.85;RPA=4,3;RU=A;SB=-5.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:54:99:1438,147,0 chrVII 870130 . G GT 2439.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.643;DP=116;FS=3.554;HaplotypeScore=325.3280;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.049;QD=21.03;ReadPosRankSum=-0.379;SB=-1.076e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,96:116:99:2482,293,0 chrVII 874249 . ATTC A 2457.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=22.4598;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.99;MQ0=0;QD=47.27;RPA=2,1;RU=TTC;SB=-1.044e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:2500,148,0 chrVII 876369 . AG A 854.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=136.2277;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.87;MQ0=0;QD=32.88;RPA=2,1;RU=G;SB=-3.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,25:26:75:897,75,0 chrVII 876475 . TTC T 1113.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=28.6596;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.86;MQ0=0;QD=33.76;SB=-2.300e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,32:33:96:1156,96,0 chrVII 878684 . G GA 464.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.038;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=79.0010;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.967;QD=11.92;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=1.182;SB=-2.398e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,26:39:26:507,26,0 chrVII 878701 . A AT 643.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=77.9667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.06;MQ0=0;QD=17.40;RPA=1,2;RU=T;SB=-3.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,30:37:63:686,63,0 chrVII 878913 . C CA 164.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.566;DP=25;FS=39.863;HaplotypeScore=220.0249;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.62;MQ0=0;MQRankSum=0.951;QD=6.60;ReadPosRankSum=-0.634;SB=0.085 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,7:25:99:204,0,413 chrVII 879568 . G GA 952.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=78.1768;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;QD=20.72;RPA=7,8;RU=A;SB=-2.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,41:46:99:995,117,0 chrVII 885994 . GAT G 1851.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=112.4680;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.14;MQ0=0;QD=27.23;RPA=6,5;RU=AT;SB=-7.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,57:68:99:1894,159,0 chrVII 887887 . T TA 2285.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=24.1059;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.39;MQ0=0;QD=31.75;SB=-1.129e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,69:72:99:2328,187,0 chrVII 904952 . AT A 1707.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=67.8060;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.73;MQ0=0;QD=25.88;RPA=3,2;RU=T;SB=-5.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,63:66:99:1750,168,0 chrVII 905227 . C CA 1638.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=242.4956;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.47;MQ0=0;QD=19.99;RPA=8,9;RU=A;SB=-8.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,65:82:99:1681,206,0 chrVII 908884 . T TA 3311 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=409.4218;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=31.53;SB=-1.001e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,84:105:99:3311,271,0 chrVII 908890 . GTT G 2608.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=434.2906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.67;MQ0=0;QD=27.75;RPA=8,6;RU=T;SB=-5.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,76:94:99:2651,226,0 chrVII 910112 . CTT C 132.99 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.404;DP=35;FS=17.404;HaplotypeScore=42.2361;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.185;QD=3.80;RPA=24,22;RU=T;ReadPosRankSum=-2.589;SB=-1.999e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,7:32:20:172,0,20 chrVII 910250 . CA C 829.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=144.7747;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.38;MQ0=0;QD=20.75;RPA=8,7;RU=A;SB=-4.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,38:40:99:872,108,0 chrVII 915039 . C CT 1725.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.553;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=586.0652;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.15;MQ0=0;MQRankSum=0.597;QD=29.25;ReadPosRankSum=1.553;SB=-6.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,53:59:99:1768,161,0 chrVII 915042 . TCA T 2444.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=506.9385;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.53;MQ0=0;QD=42.89;SB=-8.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,54:57:99:2487,170,0 chrVII 919773 . G GA 387.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=9.0810;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.47;MQ0=0;QD=16.87;RPA=10,11;RU=A;SB=-1.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,20:23:54:430,54,0 chrVII 920086 . TA T 1363.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=275.4387;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=20.06;RPA=6,5;RU=A;SB=-3.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,58:68:99:1406,162,0 chrVII 920124 . A AT 2642.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=280.0158;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.24;MQ0=0;QD=31.46;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,82:84:99:2685,222,0 chrVII 920914 . G GAA 1160.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=31.5533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.44;MQ0=0;QD=20.37;RPA=11,13;RU=A;SB=-4.099e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,35:57:99:1202,122,0 chrVII 922075 . AT A 1047.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=185.1134;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.25;MQ0=0;QD=28.32;RPA=4,3;RU=T;SB=-9.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:99:1090,111,0 chrVII 930949 . A AAAAAAGG 1921.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=160.7065;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.37;MQ0=0;QD=50.58;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,11:37:93:1964,93,0 chrVII 931063 . G GT 1363.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=248.6546;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.83;MQ0=0;QD=23.52;RPA=4,5;RU=T;SB=-5.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,55:58:99:1406,153,0 chrVII 939703 . AT A 1569.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=328.3606;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.95;MQ0=0;QD=22.75;RPA=4,3;RU=T;SB=-6.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,64:69:99:1612,171,0 chrVII 939794 . AT A 1173.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=217.8310;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.71;MQ0=0;QD=17.01;RPA=10,9;RU=T;SB=-4.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,56:69:99:1216,155,0 chrVII 944925 . A AT 1070.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=42.9016;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;QD=23.28;RPA=5,6;RU=T;SB=-4.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,41:46:99:1113,123,0 chrVII 947127 . G GAA 1893.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=94.3723;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.10;MQ0=0;QD=26.30;RPA=9,11;RU=A;SB=-9.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,57:72:99:1936,173,0 chrVII 947344 . G GA 1085.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=15.3976;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.61;RPA=5,6;RU=A;SB=-5.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,42:46:99:1128,126,0 chrVII 951871 . 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G GT 1422.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=21.5882;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;QD=30.93;RPA=1,2;RU=T;SB=-5.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,44:46:99:1465,123,0 chrVII 968722 . AT A 1013.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=247.8274;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.57;MQ0=0;QD=14.91;RPA=12,11;RU=T;SB=-4.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,57:68:99:1056,135,0 chrVII 970657 . G GA 1906.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=25.5999;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;QD=24.14;RPA=5,6;RU=A;SB=-6.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,76:79:99:1949,219,0 chrVII 973759 . T TA 2021.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=141.8740;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;QD=33.15;SB=-9.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:61:99:2064,168,0 chrVII 974105 . 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T TA 1065.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=31.3617;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.12;MQ0=0;QD=15.45;RPA=9,10;RU=A;SB=-4.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,57:69:99:1108,141,0 chrVII 977882 . G GAAA 736.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=64.7367;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.85;MQ0=0;QD=28.34;RPA=5,8;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,24:26:60:779,60,0 chrVII 979753 . C CTCTAG 7691 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=74.6712;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.35;MQ0=0;QD=70.56;SB=-2.707e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,98:109:99:7691,313,0 chrVII 985833 . T TA 509.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.365;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=235.5567;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.441;QD=14.17;ReadPosRankSum=3.844;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,26:36:62:552,62,0 chrVII 987105 . G GTT 567.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=32.1953;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.36;MQ0=0;QD=18.93;RPA=11,13;RU=T;SB=-2.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,19:30:62:610,62,0 chrVII 987325 . C CT 1055.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=83.8650;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.00;MQ0=0;QD=32.00;RPA=1,2;RU=T;SB=-4.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,30:33:96:1098,96,0 chrVII 987689 . G GA 722.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=53.3033;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.29;MQ0=0;QD=21.91;RPA=6,7;RU=A;SB=-8.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:90:765,90,0 chrVII 988894 . CCAG C 2842.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=446.9946;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.58;MQ0=0;QD=35.99;RPA=7,6;RU=CAG;SB=-1.382e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,63:79:99:2885,193,0 chrVII 995086 . AT A 1213.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=198.2830;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.02;MQ0=0;QD=31.13;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,38:39:99:1256,114,0 chrVII 995209 . GAGGCATTTCCTACAACCTCTTGAATAAAATAGTGGA G 2189.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=40.7453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.22;MQ0=0;QD=99.54;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,19:22:51:2232,51,0 chrVII 996829 . C CA 1739.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=32.9857;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.98;MQ0=0;QD=25.97;RPA=4,5;RU=A;SB=-4.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,64:67:99:1782,189,0 chrVII 1000394 . G GA 1684.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=229.0327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.42;MQ0=0;QD=18.52;RPA=9,10;RU=A;SB=-7.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,69:91:99:1727,218,0 chrVII 1006276 . G GC 1989.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.288;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=347.3779;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.23;MQ0=0;MQRankSum=0.711;QD=22.61;ReadPosRankSum=0.311;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:52,28:88:99:2032,227,0 chrVII 1006278 . CG C 1884.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.140;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=368.5783;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.279;QD=21.92;ReadPosRankSum=2.229;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:56,28:86:99:1927,221,0 chrVII 1010910 . T TTC 1307.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=163.4791;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.64;MQ0=0;QD=27.83;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,20:46:99:1350,106,0 chrVII 1010962 . GA G 645.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=146.0608;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.11;MQ0=0;QD=17.46;RPA=9,8;RU=A;SB=-3.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,32:37:87:688,87,0 chrVII 1011803 . GTTT GT,G 482.92 filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=87.4018;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=48.33;MQ0=0;QD=20.12;RPA=15,13,12;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:3,0,5:24:42:560,98,42,321,0,318 chrVII 1011868 . GTC G 1435.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.473;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=58.4004;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.36;MQ0=0;MQRankSum=1.646;QD=32.64;RPA=4,3;RU=TC;ReadPosRankSum=1.213;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,40:44:99:1478,108,0 chrVII 1012220 . A AT 1404.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.717;DP=79;FS=2.615;HaplotypeScore=46.2601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.075;QD=17.78;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.926;SB=-5.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,57:79:99:1447,134,0 chrVII 1012425 . TA T 928.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.654;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=35.1632;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=1.024;QD=13.46;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.654;SB=-2.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,52:69:99:971,127,0 chrVII 1014104 . A AC 1021.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=143.1034;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.53;MQ0=0;QD=28.39;RPA=3,4;RU=C;SB=-6.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,35:36:99:1064,105,0 chrVII 1017880 . TAAA T 2944.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=33.6256;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.20;MQ0=0;QD=43.95;RPA=4,1;RU=A;SB=-1.388e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,66:67:99:2987,172,0 chrVII 1024993 . A AT 1712.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.248;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=153.0584;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=1.020;QD=16.31;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.366;SB=-6.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,69:105:99:1755,185,0 chrVII 1031609 . GTA G 2812.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=197.7112;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.10;MQ0=2;QD=24.46;RPA=4,3;RU=TA;SB=-4.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,89:112:99:2855,235,0 chrVII 1048438 . CCTG C 1194.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.910;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=460.7879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.57;MQ0=0;MQRankSum=-3.166;QD=15.93;ReadPosRankSum=-0.298;SB=-5.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,26:74:99:1234,0,2235 chrVII 1048534 . C CA 705.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.379;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=31.9981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=1.299;QD=14.12;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.516;SB=-2.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,32:50:57:748,57,0 chrVII 1048774 . G GT 1254.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.493;DP=62;FS=6.173;HaplotypeScore=25.6212;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=1.254;QD=20.24;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.075;SB=-2.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,57:62:99:1297,149,0 chrVII 1050199 . G GA 917.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.985;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=52.9781;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.59;MQ0=0;MQRankSum=0.298;QD=14.34;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.343;SB=-1.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,45:64:58:960,58,0 chrVII 1050785 . AT A 1075.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=48.2672;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.74;MQ0=0;QD=15.59;RPA=11,10;RU=T;SB=-1.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,57:69:99:1118,148,0 chrVII 1051826 . CCTT C 977.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=78.8844;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.01;MQ0=0;QD=25.74;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,13:36:76:1020,76,0 chrVII 1051831 . TC T 416.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.946;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=137.9801;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.39;MQ0=0;MQRankSum=0.946;QD=12.26;ReadPosRankSum=-0.946;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,15:32:55:459,55,0 chrVII 1052792 . CAAA C 3538 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=100.2124;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.65;MQ0=0;QD=49.14;RPA=5,2;RU=A;SB=-9.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,69:72:99:3538,205,0 chrVII 1057590 . TA T 1580.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=324.2485;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.23;MQ0=0;QD=21.66;RPA=4,3;RU=A;SB=-4.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,64:73:99:1623,165,0 chrVII 1061618 . CT C 1459.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=79.8488;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.14;MQ0=0;QD=22.12;RPA=7,6;RU=T;SB=-7.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,61:66:99:1502,177,0 chrVII 1063730 . AAT A 300.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7853;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.24;MQ0=0;QD=14.33;RPA=7,6;RU=AT;SB=-3.499e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,13:21:30:343,30,0 chrVII 1065443 . TTA T 982.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=158.7789;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.30;MQ0=0;QD=18.20;RPA=6,5;RU=TA;SB=-1.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,32:54:87:1025,87,0 chrVII 1066345 . T TG 3522 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=743.3272;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.57;MQ0=0;QD=37.07;SB=-1.725e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,91:95:99:3522,271,0 chrVII 1067115 . CA C 1845.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=357.1183;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.30;MQ0=0;QD=19.64;RPA=10,9;RU=A;SB=-8.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,87:94:99:1888,233,0 chrVII 1072707 . G GA 1826.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=26.1735;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.88;MQ0=0;QD=28.11;RPA=3,4;RU=A;SB=-7.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:99:1869,189,0 chrVII 1073937 . CAA C 1171.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=27.7522;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=1.126;QD=26.64;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.260;SB=-2.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,36:44:99:1214,116,0 chrVII 1078366 . CT C 56.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.956;DP=40;FS=4.260;HaplotypeScore=18.7370;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.03;MQ0=31;MQRankSum=0.322;QD=1.42;RPA=8,7;RU=T;ReadPosRankSum=0.956;SB=5.446e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,24:8:53:96,0,53 chrVII 1078617 . GA G 243.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.516;DP=42;FS=4.771;HaplotypeScore=93.9605;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.71;MQ0=7;MQRankSum=0.325;QD=5.81;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=1.470;SB=-3.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,13:35:99:283,0,700 chrVII 1079364 . A AG 1030.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.194;DP=87;FS=2.236;HaplotypeScore=258.2510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.53;MQ0=6;MQRankSum=2.209;QD=11.85;RPA=2,3;RU=G;ReadPosRankSum=2.011;SB=-2.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,42:77:99:1070,0,759 chrVII 1081039 . A AT 142.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.605;DP=56;FS=11.364;HaplotypeScore=45.7385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.20;MQ0=14;MQRankSum=-0.952;QD=2.55;RPA=16,17;RU=T;ReadPosRankSum=-2.801;SB=-2.001e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,15:33:99:182,0,129 chrVII 1081562 . AT A 1666.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.177;DP=131;FS=102.735;HaplotypeScore=149.3048;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.34;MQ0=14;MQRankSum=0.375;QD=12.72;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=0.218;SB=-1.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,64:117:99:1706,0,1012 chrVII 1083000 . CT C 292.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.427;DP=33;FS=18.921;HaplotypeScore=358.3619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.77;MQ0=0;MQRankSum=0.124;QD=8.88;ReadPosRankSum=-0.206;SB=-1.099e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,16:24:99:332,0,264 chrVII 1083221 . A AG 2069.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.661;DP=224;FS=9.668;HaplotypeScore=6331.1991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.958;QD=9.24;ReadPosRankSum=0.882;SB=-5.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:150,71:216:99:2109,0,3179 chrVII 1083265 . CA C 2655.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.998;DP=207;FS=7.547;HaplotypeScore=6234.7637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.27;MQ0=0;MQRankSum=1.482;QD=12.83;ReadPosRankSum=1.087;SB=-5.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,112:203:99:2695,0,701 chrVII 1083268 . TTTCC T 8144 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.165;DP=197;FS=8.744;HaplotypeScore=5372.7350;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.264;QD=41.34;ReadPosRankSum=1.035;SB=-1.038e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,159:194:97:8144,97,0 chrVII 1083310 . C CA 940.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.514;DP=194;FS=1.655;HaplotypeScore=3211.3005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.40;MQ0=2;MQRankSum=1.309;QD=4.85;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=1.554;SB=-1.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:139,54:167:99:980,0,2351 chrVII 1083447 . AG A 181.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.977;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=171.7728;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.42;MQ0=0;MQRankSum=0.529;QD=11.37;ReadPosRankSum=0.831;SB=-1.015e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,10:13:9:223,9,0 chrVII 1083698 . T TG 989.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=522.1877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.44;MQ0=5;QD=21.52;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,39:32:93:1032,93,0 chrVII 1083933 . A AG 1108.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.846;DP=198;DS;FS=45.235;HaplotypeScore=2817.2233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.59;MQ0=1;MQRankSum=2.287;QD=5.60;ReadPosRankSum=-0.369;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:138,49:173:99:1148,0,3108 chrVII 1083967 . A AG 1418.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.977;DP=152;DS;FS=21.074;HaplotypeScore=2155.0883;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.98;MQ0=2;MQRankSum=1.669;QD=9.34;ReadPosRankSum=1.346;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,70:133:99:1458,0,865 chrVII 1084142 . CA C 134.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=91.9139;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.52;MQ0=0;QD=13.42;RPA=2,1;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:5:15:176,15,0 chrVII 1084213 . CA C 802.96 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=1135.3814;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.09;MQ0=0;QD=16.73;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,34:37:80:845,80,0 chrVII 1084216 . G GTTA 1223.96 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=988.3271;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.06;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=34.00;ReadPosRankSum=0.867;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,33:28:79:1266,79,0 chrVII 1084223 . A AC 201.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.349;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=1179.6537;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.019;QD=4.59;ReadPosRankSum=-0.477;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,16:33:99:241,0,164 chrVII 1084263 . TG T 1303.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.678;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=1526.2291;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.678;QD=21.03;RPA=4,3;RU=G;ReadPosRankSum=1.431;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,52:50:99:1346,124,0 chrVII 1084278 . T TGA 548.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.636;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=1746.8595;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.29;MQ0=0;MQRankSum=1.079;QD=7.52;ReadPosRankSum=-0.057;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,17:62:99:588,0,1597 chrVIII 5204 . TC T 664.10 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.382;DP=32;FS=10.809;HaplotypeScore=155.0485;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.60;MQ0=5;MQRankSum=1.582;QD=20.75;ReadPosRankSum=2.019;SB=-1.711e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,25:23:12:703,0,12 chrVIII 5470 . ATTC A 2062.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.941;DP=84;FS=48.080;HaplotypeScore=864.1296;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.49;MQ0=4;MQRankSum=-0.340;QD=24.56;ReadPosRankSum=-0.478;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,45:65:99:2102,0,989 chrVIII 6133 . T TA 582.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.354;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=1444.2864;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.97;MQ0=0;MQRankSum=0.487;QD=6.70;ReadPosRankSum=-0.628;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,24:84:99:622,0,1599 chrVIII 7942 . C CT 1357.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.502;DP=93;FS=2.296;HaplotypeScore=1075.0624;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.836;QD=14.60;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.569;SB=-3.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,60:93:65:1400,65,0 chrVIII 11853 . C CA 1804.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.063;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=387.9339;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.43;MQ0=0;MQRankSum=0.168;QD=15.43;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.312;SB=-9.139e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,81:103:99:1847,142,0 chrVIII 11865 . CTTT C 2094.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.528;DP=114;FS=13.627;HaplotypeScore=407.9518;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.094;QD=18.37;RPA=12,9;RU=T;ReadPosRankSum=2.124;SB=-9.258e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,66:101:6:2135,6,0 chrVIII 12357 . AT A 125.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.383;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=321.1509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.52;MQ0=2;MQRankSum=2.383;QD=5.04;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=1.133;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,7:13:99:165,0,101 chrVIII 12370 . T TGGG 256.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.054;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=264.7402;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.35;MQ0=2;MQRankSum=0.573;QD=11.17;ReadPosRankSum=0.248;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,7:12:99:296,0,142 chrVIII 12373 . AGTT A 228.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.637;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=266.9517;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.45;MQ0=2;MQRankSum=2.637;QD=10.41;ReadPosRankSum=0.825;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,7:11:99:268,0,173 chrVIII 12488 . A AT 600.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=603.9024;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=26.13;RPA=3,4;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,21:23:63:643,63,0 chrVIII 12540 . T TC 856.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=776.1955;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.65;MQ0=0;QD=31.74;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,23:27:72:899,72,0 chrVIII 12558 . AG A 602.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=498.0004;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.34;MQ0=0;QD=31.73;RPA=2,1;RU=G;SB=-2.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57:645,57,0 chrVIII 12627 . C CG 121.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.244;DP=27;FS=59.123;HaplotypeScore=343.3618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.49;MQ0=1;MQRankSum=1.795;QD=4.52;ReadPosRankSum=1.165;SB=-2.994e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,10:24:99:161,0,472 chrVIII 12629 . GA G 135.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.244;DP=27;FS=59.123;HaplotypeScore=342.4043;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.49;MQ0=1;MQRankSum=1.354;QD=5.04;ReadPosRankSum=1.417;SB=-2.994e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,10:24:88:175,0,88 chrVIII 13116 . A ATGGTATTAATAGT 5706 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=26.7533;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.55;MQ0=0;QD=71.33;RPA=1,2;RU=TGGTATTAATAGT;SB=-1.014e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,43:80:99:5706,132,0 chrVIII 15408 . TG T 2029.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.279;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=49.9818;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.41;MQ0=0;MQRankSum=0.737;QD=27.07;ReadPosRankSum=-0.702;SB=-8.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,71:75:99:2072,207,0 chrVIII 16362 . G GTAGAAAATTA 1481.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=176.9468;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.75;MQ0=0;QD=33.68;RPA=1,2;RU=TAGAAAATTA;SB=-3.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,27:44:57:1524,57,0 chrVIII 17134 . G GA 1725.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=577.0840;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.98;MQ0=0;QD=26.97;RPA=3,4;RU=A;SB=-8.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,59:64:99:1768,174,0 chrVIII 17534 . A AT 606.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.510;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=30.9536;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.320;QD=12.63;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.274;SB=-2.592e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,28:48:1:644,1,0 chrVIII 18166 . T TG 2074.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=433.4995;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.43;MQ0=0;QD=28.04;RPA=2,3;RU=G;SB=-5.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,66:74:99:2117,193,0 chrVIII 18411 . CT C 1728.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=33.6673;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.37;MQ0=0;QD=19.21;RPA=8,7;RU=T;SB=-8.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,82:90:99:1771,227,0 chrVIII 18612 . GA G 1925.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=227.4442;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.12;MQ0=0;QD=18.52;RPA=7,6;RU=A;SB=-5.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,83:104:99:1968,248,0 chrVIII 18662 . CT C 2493.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=288.0029;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;QD=23.31;RPA=5,4;RU=T;SB=-7.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,99:107:99:2536,288,0 chrVIII 32861 . GT G 80.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=28.9043;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.96;MQ0=0;QD=13.35;RPA=9,8;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18:122,18,0 chrVIII 32871 . AT A 75.13 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=29.3696;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.96;MQ0=0;QD=12.52;RPA=10,9;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:6:17:117,17,0 chrVIII 34608 . T TC 2268.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=266.8252;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.80;MQ0=0;QD=26.69;RPA=4,5;RU=C;SB=-2.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,79:85:99:2311,231,0 chrVIII 36226 . T TAA 101.76 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.480;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=89.1952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.77;MQ0=0;MQRankSum=0.480;QD=6.78;ReadPosRankSum=0.000;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,7:15:4:140,0,4 chrVIII 36247 . GC G 335.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=82.0723;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.44;MQ0=0;QD=18.66;RPA=2,1;RU=C;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,16:18:36:378,36,0 chrVIII 38627 . C CT 1506.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=177.4631;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.14;MQ0=0;QD=20.93;RPA=7,8;RU=T;SB=-7.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,54:72:99:1549,177,0 chrVIII 38647 . C CT 650.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.707;DP=75;FS=4.346;HaplotypeScore=334.4830;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.06;MQ0=0;MQRankSum=-1.075;QD=8.68;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.165;SB=-2.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,36:75:99:690,0,150 chrVIII 38662 . ATT A 1882.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=232.3982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.07;MQ0=2;QD=23.54;RPA=7,5;RU=T;SB=-8.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,61:78:99:1925,165,0 chrVIII 39528 . CTAGT C 2665.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=189.6444;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.14;MQ0=0;QD=43.70;RPA=2,1;RU=TAGT;SB=-5.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,46:61:99:2708,144,0 chrVIII 39562 . C CT 667.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.200;DP=58;FS=4.611;HaplotypeScore=278.2554;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.044;QD=11.50;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.488;SB=-2.362e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,37:58:8:708,8,0 chrVIII 39774 . TA T 1544.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=274.8983;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.65;MQ0=0;QD=28.61;SB=-6.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:54:99:1587,144,0 chrVIII 48099 . GA G 1112.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.505;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=196.3810;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.767;QD=13.09;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=1.392;SB=-4.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,64:85:99:1155,155,0 chrVIII 48235 . AACAACAACAGC A 8894 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=536.5056;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.53;MQ0=0;QD=68.42;RPA=2,1;RU=ACAACAACAGC;SB=-1.237e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:69,60:130:99:8894,265,0 chrVIII 49173 . GAGT G 4811 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=330.1412;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.25;MQ0=0;QD=31.86;RPA=4,3;RU=AGT;SB=-1.880e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,109:151:99:4811,316,0 chrVIII 49483 . T TCATCAA 7571 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=295.3466;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.76;MQ0=0;QD=49.81;SB=-3.443e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:83,65:152:99:7571,401,0 chrVIII 50980 . C CT 1518.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.368;DP=112;FS=1.553;HaplotypeScore=220.5602;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.123;QD=13.56;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.549;SB=-5.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,73:112:99:1561,108,0 chrVIII 52022 . A ACAACAGCAGCAGCAG 10821 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=36.0967;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.95;MQ0=0;QD=138.73;SB=-1.948e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,50:78:99:10821,214,0 chrVIII 54383 . AT A 1315.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=90.7744;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;QD=16.25;RPA=9,8;RU=T;SB=-5.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,71:81:99:1358,179,0 chrVIII 54456 . G GA 1925.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=63.5691;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;QD=23.49;RPA=6,7;RU=A;SB=-6.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,75:82:99:1968,219,0 chrVIII 55882 . A ACTT 4859 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=54.1833;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.47;MQ0=0;QD=40.83;RPA=1,2;RU=CTT;SB=-2.398e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,102:119:99:4859,292,0 chrVIII 58394 . T TAACAACAACAAC 9960 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=385.8595;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.58;MQ0=0;QD=68.22;RPA=8,12;RU=AAC;SB=-4.086e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,111:146:99:9960,328,0 chrVIII 58900 . CT C 924.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=141.8551;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.69;MQ0=0;QD=15.16;RPA=14,13;RU=T;SB=-3.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,48:61:99:967,134,0 chrVIII 59082 . AT A 1289.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.347;DP=91;FS=9.245;HaplotypeScore=232.9574;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=1.820;QD=14.18;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.320;SB=-2.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,68:91:99:1332,142,0 chrVIII 62601 . CTT C 1961.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.285;DP=74;FS=7.132;HaplotypeScore=45.4446;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.168;QD=26.51;RPA=10,8;RU=T;ReadPosRankSum=-1.676;SB=-3.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,64:74:99:2004,181,0 chrVIII 70108 . AT A 1107.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.787;DP=64;FS=3.424;HaplotypeScore=82.2686;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.102;QD=17.31;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.102;SB=-4.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,53:64:99:1150,141,0 chrVIII 71920 . TTTCC T 7018 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.026;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=484.9853;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.65;MQ0=0;MQRankSum=0.879;QD=49.77;ReadPosRankSum=1.370;SB=-1.892e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,113:141:99:7018,398,0 chrVIII 75186 . G GA 905.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=170.7009;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.93;MQ0=0;QD=18.49;RPA=1,2;RU=A;SB=-3.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,40:49:99:948,113,0 chrVIII 76067 . T TTCA 2205.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=193.4990;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.66;MQ0=0;QD=50.14;RPA=1,2;RU=TCA;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:2248,132,0 chrVIII 76082 . AT A 885.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=392.3542;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.59;MQ0=0;QD=17.72;RPA=6,5;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,32:50:99:928,111,0 chrVIII 85273 . GAAA G 1555.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=19.7801;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.22;MQ0=0;QD=33.11;RPA=12,9;RU=A;SB=-7.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,44:47:99:1598,114,0 chrVIII 94728 . TAC T 1473.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=390.8500;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=35.09;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:1516,125,0 chrVIII 94737 . T TGC 1569.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=381.3019;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=37.38;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:1612,126,0 chrVIII 98248 . AT A 573.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=87.3039;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=11.96;RPA=12,11;RU=T;SB=-1.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,37:48:89:616,89,0 chrVIII 100464 . A AAT 320.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=29.4123;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=8.92;RPA=6,7;RU=AT;SB=-7.198e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,11:36:30:363,30,0 chrVIII 100505 . AT A 339 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.337;DP=44;FS=2.764;HaplotypeScore=39.5998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=0.914;QD=7.70;RPA=15,14;RU=T;ReadPosRankSum=0.144;SB=-1.609e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,29:44:31:381,31,0 chrVIII 115390 . ATT A 2936.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=643.8979;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.74;MQ0=0;QD=24.47;RPA=13,11;RU=T;SB=-1.447e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,104:120:99:2979,283,0 chrVIII 116430 . GGT G 317.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.123;DP=17;FS=20.212;HaplotypeScore=400.7997;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.594;QD=18.70;ReadPosRankSum=1.953;SB=-3.010e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,12:15:45:357,0,45 chrVIII 116435 . A AC 252.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.123;DP=19;FS=20.212;HaplotypeScore=407.2334;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.19;MQ0=1;MQRankSum=-0.764;QD=13.31;ReadPosRankSum=1.104;SB=-3.012e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,13:15:30:292,0,30 chrVIII 116455 . ATTC A 388.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.733;DP=17;FS=16.532;HaplotypeScore=345.9596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.84;MQ0=1;MQRankSum=0.000;QD=22.88;ReadPosRankSum=-1.733;SB=-2.977e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,8:13:92:428,0,92 chrVIII 116838 . GT G 1329.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=106.6261;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.67;MQ0=0;QD=21.45;RPA=6,5;RU=T;SB=-6.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,54:61:99:1372,162,0 chrVIII 116904 . GT G 1191.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.142;DP=78;FS=5.600;HaplotypeScore=410.8909;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.48;MQ0=0;MQRankSum=0.101;QD=15.28;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.223;SB=-1.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,65:78:99:1234,130,0 chrVIII 117231 . TA T 2598.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=188.7146;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.38;MQ0=0;QD=25.73;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.192e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,97:101:99:2641,276,0 chrVIII 117456 . G GA 1614.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.735;DP=79;FS=3.424;HaplotypeScore=346.6557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.470;QD=20.44;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.787;SB=-7.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,65:79:99:1657,174,0 chrVIII 117502 . G GA 2706.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=506.5966;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.20;MQ0=0;QD=33.84;SB=-1.315e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,71:80:99:2749,217,0 chrVIII 119546 . A AATGGAAACAATTTTACGGAC 4629 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=27.6120;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.13;MQ0=0;QD=220.43;SB=-6.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:21:63:4629,63,0 chrVIII 121733 . G GA 965.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=14.4525;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.61;MQ0=0;QD=24.77;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:96:1008,96,0 chrVIII 122633 . T TAA 1847.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=195.4366;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.46;MQ0=0;QD=41.07;SB=-8.800e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:45:99:1890,132,0 chrVIII 123640 . TAGC T 4219 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=376.0353;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.29;MQ0=0;QD=42.19;RPA=2,1;RU=AGC;SB=-1.939e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,89:100:99:4219,259,0 chrVIII 123771 . C CT 928.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=25.9913;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.43;MQ0=0;MQRankSum=1.155;QD=19.77;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.578;SB=-2.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,42:47:99:971,103,0 chrVIII 125832 . GAAAAA G 913.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=307.4186;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.63;MQ0=0;QD=17.58;RPA=20,15;RU=A;SB=-4.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,9:52:63:956,63,0 chrVIII 126150 . GT G 564.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.907;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=132.7561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.18;MQ0=0;MQRankSum=1.243;QD=10.66;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.511;SB=-2.187e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,30:53:67:606,67,0 chrVIII 129478 . ATT A 4550 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=220.2056;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.30;MQ0=0;QD=40.27;SB=-1.540e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:113:99:4550,313,0 chrVIII 134212 . T TG 2116.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.689;DP=118;FS=328.846;HaplotypeScore=986.9677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.625;QD=17.94;ReadPosRankSum=0.112;SB=-3.011e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,69:118:99:2156,0,1369 chrVIII 134251 . AATTG A 2316.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=243.7767;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.06;MQ0=0;QD=48.27;RPA=2,1;RU=ATTG;SB=-1.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,43:48:99:2359,129,0 chrVIII 134267 . G GT 1483.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=467.2822;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.25;MQ0=0;QD=29.68;RPA=1,2;RU=T;SB=-7.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,42:50:99:1526,143,0 chrVIII 141525 . CTT C,CT 689.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.369;DP=82;FS=2.211;HaplotypeScore=108.4610;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.06;MQ0=0;MQRankSum=-1.807;QD=8.41;RPA=14,12,13;RU=T;ReadPosRankSum=1.114;SB=-3.425e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:27,12,0:82:68:768,543,775,117,0,68 chrVIII 141650 . GA G 898.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.490;DP=61;FS=2.829;HaplotypeScore=43.7086;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=2.141;QD=14.74;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.780;SB=-3.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,54:61:96:941,96,0 chrVIII 143948 . A AC 2119.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.291;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=417.6950;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.066;QD=22.55;ReadPosRankSum=2.062;SB=-9.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,90:94:99:2162,257,0 chrVIII 146232 . C CA 1375.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=25.1412;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.28;MQ0=0;QD=19.94;RPA=6,7;RU=A;SB=-4.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,62:69:99:1418,156,0 chrVIII 148158 . CAA C 1857.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=134.0248;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.12;MQ0=0;QD=32.03;RPA=7,5;RU=A;SB=-9.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,56:58:99:1900,168,0 chrVIII 148244 . TTTGTG T 1003.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=976.1640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.89;MQ0=0;QD=23.90;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:42:67:1046,67,0 chrVIII 148250 . CTCCAAAAAAAGAAGGATAAATCATT C 6966 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=361.3857;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.68;MQ0=0;QD=232.20;SB=-3.401e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:90:6966,90,0 chrVIII 148462 . CG C 3065.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=442.1682;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.87;MQ0=0;QD=32.27;SB=-6.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:95:99:3108,265,0 chrVIII 148576 . TC T 1749.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=85.7185;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.75;MQ0=0;QD=28.69;SB=-8.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1792,174,0 chrVIII 149140 . T TC 1885.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=40.1100;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.95;MQ0=0;QD=33.68;SB=-8.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:56:99:1928,159,0 chrVIII 149257 . 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G GA 836.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=67.3334;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=19.93;RPA=9,10;RU=A;SB=-2.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,35:42:99:879,105,0 chrVIII 151579 . CT C 998.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=22.7088;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;QD=17.84;RPA=9,8;RU=T;SB=-2.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,52:56:99:1041,137,0 chrVIII 157494 . T TA 1672.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=18.7593;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.15;MQ0=0;QD=29.87;SB=-6.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,54:56:99:1715,141,0 chrVIII 161688 . A ATT 1576.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=105.8743;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.45;MQ0=0;QD=37.55;RPA=5,7;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:1619,126,0 chrVIII 167496 . GC G 1229.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=84.1397;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=34.17;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:99:1272,102,0 chrVIII 167558 . 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T TAA 190.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=19.4709;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.87;MQ0=0;QD=19.10;RPA=13,15;RU=A;SB=-4.290e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,7:10:24:233,24,0 chrVIII 173119 . GA G 122.08 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.396;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=58.7707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.24;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=4.70;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.752;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,18:26:13:161,0,13 chrVIII 174970 . CA C 2480.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=193.0985;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.07;MQ0=0;QD=20.85;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.071e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,115:119:99:2523,311,0 chrVIII 176845 . TA T 195.10 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=39.1931;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.106;QD=6.29;RPA=17,16;RU=A;ReadPosRankSum=-1.059;SB=-3.710e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,16:31:12:234,0,12 chrVIII 178110 . 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G GA 760.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.877;DP=67;FS=2.081;HaplotypeScore=36.1908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.877;QD=11.35;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.526;SB=-2.706e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,29:67:53:802,53,0 chrVIII 189768 . GA G 1367.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=37.9123;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;QD=15.54;RPA=10,9;RU=A;SB=-5.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,71:88:99:1410,190,0 chrVIII 194028 . C CAT 1927.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.276;DP=107;FS=2.610;HaplotypeScore=341.1921;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.689;QD=18.02;RPA=1,2;RU=AT;ReadPosRankSum=1.206;SB=-6.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,81:99:99:1970,140,0 chrVIII 195369 . TGTATC T 4709 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=36.0059;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.69;MQ0=0;QD=51.75;RPA=2,1;RU=GTATC;SB=-1.875e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,80:91:99:4709,214,0 chrVIII 197240 . TC T 1152.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=15.5136;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.46;MQ0=0;QD=31.16;SB=-3.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,36:37:96:1195,96,0 chrVIII 198474 . GT G 529.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.194;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=44.0087;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=1.049;QD=6.87;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.816;SB=-2.277e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,39:77:5:569,5,0 chrVIII 201616 . GAGA G 2160.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=248.1227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.01;MQ0=0;QD=35.43;RPA=2,1;RU=AGA;SB=-3.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,47:61:99:2203,135,0 chrVIII 202095 . AT A 2071.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=127.0798;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=21.58;RPA=4,3;RU=T;SB=-7.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,85:96:99:2114,228,0 chrVIII 202539 . G GAA 3430 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=973.4582;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.62;MQ0=0;QD=34.65;RPA=1,3;RU=A;SB=-1.628e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,84:99:99:3430,268,0 chrVIII 202549 . TC T 2921.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=1235.3198;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.92;MQ0=0;QD=29.22;SB=-1.219e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,93:100:99:2964,265,0 chrVIII 210269 . AT A 721.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.140;DP=60;FS=3.837;HaplotypeScore=35.8311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.047;QD=12.03;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.279;SB=-9.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,41:60:61:764,61,0 chrVIII 212265 . C CT 498.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=83.4231;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.12;MQ0=0;QD=18.48;RPA=9,10;RU=T;SB=-2.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,24:27:63:541,63,0 chrVIII 220013 . GC G 3066.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=84.8794;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.72;MQ0=0;QD=33.34;SB=-8.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,90:92:99:3109,253,0 chrVIII 221382 . GA G 991.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.367;DP=74;FS=9.379;HaplotypeScore=47.4056;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.40;MQ0=0;MQRankSum=1.559;QD=13.40;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.559;SB=-2.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,58:74:99:1034,108,0 chrVIII 222559 . T TA 1573.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.624;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=30.5122;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.12;MQ0=0;MQRankSum=1.678;QD=20.44;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.407;SB=-7.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,65:77:99:1616,175,0 chrVIII 222696 . GT G 1016.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=64.9053;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=26.08;RPA=4,3;RU=T;SB=-4.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,37:39:99:1059,111,0 chrVIII 222734 . GT G 793.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=88.6385;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;QD=15.57;RPA=10,9;RU=T;SB=-3.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,42:51:99:836,113,0 chrVIII 229162 . A AT 1272.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=182.4563;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.48;MQ0=0;QD=25.46;RPA=5,6;RU=T;SB=-5.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,46:50:99:1315,138,0 chrVIII 230956 . G GA 2478.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=244.5371;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.45;MQ0=0;QD=29.16;RPA=1,2;RU=A;SB=-9.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,77:85:99:2521,223,0 chrVIII 233314 . GAA G 1889.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.269;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=263.4803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.470;QD=21.48;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.034;SB=-3.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,70:88:99:1932,191,0 chrVIII 234753 . 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CA C 1254.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=22.6171;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.20;MQ0=0;QD=22.82;RPA=6,5;RU=A;SB=-5.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,54:55:99:1297,153,0 chrVIII 242492 . T TG 2116.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=163.9902;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.25;MQ0=0;QD=25.82;RPA=6,7;RU=G;SB=-8.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,79:82:99:2159,228,0 chrVIII 245617 . C CTATT 4051 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=229.5253;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.30;MQ0=0;QD=37.17;RPA=2,3;RU=TATT;SB=-1.398e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,64:109:99:4051,220,0 chrVIII 248394 . T TA 1777.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=222.0253;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.02;MQ0=0;QD=30.13;RPA=1,2;RU=A;SB=-4.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,55:59:99:1820,156,0 chrVIII 252929 . ATCATCG A 5839 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=252.6704;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.99;MQ0=0;QD=42.31;RPA=3,2;RU=TCATCG;SB=-1.053e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,104:138:99:5839,288,0 chrVIII 255909 . GA G 461.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.166;DP=52;FS=6.320;HaplotypeScore=29.1611;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=1.729;QD=8.87;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.281;SB=-9.401e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,33:52:62:503,62,0 chrVIII 262100 . CT C 330.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=32.2376;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=6.24;RPA=13,12;RU=T;SB=-1.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,32:53:56:373,56,0 chrVIII 271769 . GTTT G 801.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=10.4279;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=33.41;RPA=12,9;RU=T;SB=-2.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,19:24:60:844,60,0 chrVIII 271840 . C CTTT,CTT 1258.95 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=241.5735;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=48.39;MQ0=0;QD=22.09;RPA=11,14,13;RU=T;SB=-2.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:19,7,28:57:63:1337,515,393,195,0,63 chrVIII 271867 . T TA 1618.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=289.9998;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.56;MQ0=0;QD=29.98;RPA=2,3;RU=A;SB=-2.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,49:54:99:1661,153,0 chrVIII 271875 . GT G 917.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=366.6478;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.96;MQ0=0;QD=17.00;RPA=7,6;RU=T;SB=-2.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,38:54:99:960,120,0 chrVIII 271942 . CT C 812.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=194.9159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.56;MQ0=0;QD=20.32;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,36:40:99:855,102,0 chrVIII 276435 . CA C 223 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.434;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=49.2141;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.217;QD=9.29;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.217;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,14:24:23:265,23,0 chrVIII 277807 . CT C 1432.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=176.6955;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.33;MQ0=0;QD=17.06;RPA=10,9;RU=T;SB=-5.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,75:84:99:1475,200,0 chrVIII 280619 . A AC 2373.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=38.3711;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.24;MQ0=0;QD=26.09;RPA=4,5;RU=C;SB=-7.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,84:91:99:2416,243,0 chrVIII 282569 . CT C 271.94 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.376;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=29.2351;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.74;MQ0=0;MQRankSum=0.544;QD=8.77;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.129;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,21:31:3:310,0,3 chrVIII 282652 . GT G 526.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.347;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=96.7081;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.10;MQ0=0;MQRankSum=1.155;QD=12.55;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.116;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,33:42:63:569,63,0 chrVIII 283466 . G GA 1750.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=170.8830;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.10;MQ0=0;QD=23.99;RPA=7,8;RU=A;SB=-8.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,58:73:99:1793,201,0 chrVIII 283683 . A AT 2496.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=175.9429;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.00;MQ0=0;QD=37.83;SB=-1.212e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2539,193,0 chrVIII 290559 . TAA T 2728.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=170.1814;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.33;MQ0=0;QD=34.11;RPA=5,3;RU=A;SB=-1.044e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,69:80:99:2771,217,0 chrVIII 290621 . A AT 1983.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=353.7326;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.24;MQ0=0;QD=26.10;RPA=3,4;RU=T;SB=-9.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,68:76:99:2026,198,0 chrVIII 290749 . C CA 2347.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=538.7834;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.29;MQ0=0;QD=35.04;SB=-1.136e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,62:67:99:2390,187,0 chrVIII 291329 . CG C 3322 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=2018.3474;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.25;MQ0=0;QD=33.56;SB=-1.450e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,93:98:99:3322,283,0 chrVIII 291336 . A AG 3557 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=2271.9269;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.79;MQ0=0;QD=33.88;SB=-1.592e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,95:104:99:3557,280,0 chrVIII 291365 . AT A 1795.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=2312.2461;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.73;MQ0=0;QD=21.38;SB=-9.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:83:99:1838,209,0 chrVIII 291367 . G GCC 2583.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=1960.7337;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.86;MQ0=0;QD=36.91;SB=-1.287e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2626,211,0 chrVIII 291371 . GA G 2512.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=2094.4561;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.76;MQ0=0;QD=31.81;SB=-1.203e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2555,235,0 chrVIII 293075 . GA G 543.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=16.4865;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.12;MQ0=0;QD=14.31;RPA=11,10;RU=A;SB=-9.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,32:38:84:586,84,0 chrVIII 293471 . GAA G 1213.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=178.9681;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.98;MQ0=0;QD=43.36;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,26:28:81:1256,81,0 chrVIII 293528 . AT A 363.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=220.5378;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.64;MQ0=0;QD=16.54;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,16:22:49:406,49,0 chrVIII 293538 . CT C 383.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=176.8924;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.96;MQ0=0;QD=18.28;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,19:21:51:426,51,0 chrVIII 293785 . G GT 1308.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=133.7523;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.78;MQ0=0;QD=24.24;RPA=4,5;RU=T;SB=-3.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,49:54:99:1351,144,0 chrVIII 294449 . TGA T 2002.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=338.1681;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.27;MQ0=0;QD=37.79;SB=-7.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:2045,150,0 chrVIII 296602 . T TC 1268.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=201.6783;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.07;MQ0=0;QD=31.72;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:1311,105,0 chrVIII 314033 . AT A 1519.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=113.4880;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;QD=28.15;RPA=3,2;RU=T;SB=-3.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,50:54:99:1562,144,0 chrVIII 316080 . AG A 3414 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=384.4655;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.94;MQ0=0;QD=31.61;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.488e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,105:108:99:3414,301,0 chrVIII 316509 . C CA 3303 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=461.9751;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.72;MQ0=0;QD=22.02;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.475e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,139:150:99:3303,360,0 chrVIII 323234 . GA G 577.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.794;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=39.1489;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=0.932;QD=11.11;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.380;SB=-2.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,39:52:56:620,56,0 chrVIII 323398 . AT A 850.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=180.8625;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.05;MQ0=0;QD=18.50;RPA=6,5;RU=T;SB=-3.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,39:46:99:893,111,0 chrVIII 324636 . TG T 1548.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=133.9854;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.61;MQ0=0;QD=25.82;RPA=5,4;RU=G;SB=-7.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,53:60:99:1591,156,0 chrVIII 325418 . TC T 2006.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=29.0267;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.59;MQ0=0;QD=27.49;RPA=3,2;RU=C;SB=-9.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,69:73:99:2049,189,0 chrVIII 326640 . G GTTTT 4867 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=178.8940;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.48;MQ0=0;QD=51.78;RPA=3,7;RU=T;SB=-3.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,86:94:99:4867,253,0 chrVIII 336196 . ATACT A 3827 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=105.4546;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.36;MQ0=0;QD=56.28;SB=-1.227e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,66:68:99:3827,190,0 chrVIII 340068 . A AG 339.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=102.9827;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.45;MQ0=0;QD=13.08;SB=-2.800e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,12:26:39:382,39,0 chrVIII 344320 . G GT 2411.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=41.9817;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.45;MQ0=0;QD=26.51;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.074e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,87:91:99:2454,237,0 chrVIII 352526 . CT C 1633.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=694.4286;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.09;MQ0=0;QD=22.38;RPA=8,7;RU=T;SB=-2.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,67:73:99:1676,198,0 chrVIII 359606 . CT C 2078.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=354.2593;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.53;MQ0=0;QD=24.17;RPA=5,4;RU=T;SB=-8.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,79:86:99:2121,237,0 chrVIII 360784 . G GA 326.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.878;DP=46;FS=3.909;HaplotypeScore=91.1853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=0.333;QD=7.11;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-1.059;SB=-1.827e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,21:46:76:366,0,76 chrVIII 365379 . GTCA G 2215.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.499;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=555.1874;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.206;QD=23.08;RPA=7,6;RU=TCA;ReadPosRankSum=-0.851;SB=-6.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:48,44:95:99:2258,143,0 chrVIII 365421 . GTCA G 1838.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=570.5161;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.04;MQ0=0;QD=24.52;RPA=5,4;RU=TCA;SB=-4.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,45:74:99:1881,156,0 chrVIII 371618 . A AT 1033.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.961;DP=62;FS=2.660;HaplotypeScore=30.1709;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=1.757;QD=16.68;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.471;SB=-3.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,49:62:85:1076,85,0 chrVIII 372612 . CG C 3497 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=197.9742;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.99;MQ0=0;QD=31.50;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.439e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:111:99:3497,310,0 chrVIII 375406 . GA G 801.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.652;DP=69;FS=4.293;HaplotypeScore=39.3429;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.47;MQ0=0;MQRankSum=1.571;QD=11.62;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.088;SB=-3.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,51:69:99:844,107,0 chrVIII 377829 . C CT 1792.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=341.7886;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.96;MQ0=0;QD=29.88;RPA=2,3;RU=T;SB=-7.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,53:60:99:1835,171,0 chrVIII 377894 . AT A 1649.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=326.1554;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.97;MQ0=0;QD=23.91;RPA=3,2;RU=T;SB=-2.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,65:69:99:1692,162,0 chrVIII 381424 . GA G 625.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=21.4034;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.79;MQ0=0;QD=15.27;RPA=11,10;RU=A;SB=-1.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,35:41:97:668,97,0 chrVIII 384944 . G GA 1446.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.094;DP=86;FS=2.925;HaplotypeScore=40.7979;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.842;QD=16.83;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.842;SB=-6.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,71:86:99:1489,154,0 chrVIII 386095 . ACTTCTTCTTCTT A 12870 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=68.3317;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.16;MQ0=0;QD=81.46;RPA=9,5;RU=CTT;SB=-3.284e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:50,108:158:99:12870,319,0 chrVIII 387090 . A AT 163.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.622;DP=40;FS=9.108;HaplotypeScore=50.2114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.174;QD=4.10;RPA=19,20;RU=T;ReadPosRankSum=0.174;SB=-7.167e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,8:40:99:203,0,106 chrVIII 387722 . A AT 823.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=40.3328;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=21.68;RPA=8,9;RU=T;SB=-1.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,33:38:99:866,99,0 chrVIII 389612 . GA G 447.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=30.9639;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.97;MQ0=0;QD=34.46;SB=-3.900e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39:490,39,0 chrVIII 390060 . ATTAATTAATG A 6976 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=267.3043;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.03;MQ0=0;QD=76.66;SB=-2.703e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,72:91:99:6976,189,0 chrVIII 392120 . GAAATTCCAAAA G 3476 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=49.5669;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.88;MQ0=0;QD=128.74;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:81:3476,81,0 chrVIII 396945 . GAAA GA,G 479.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.569;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=52.6039;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.734;QD=14.54;RPA=19,17,16;RU=A;ReadPosRankSum=1.569;SB=-2.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:11,0,9:33:99:558,185,129,180,0,144 chrVIII 399076 . GA G 1714.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=325.6011;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;QD=18.24;RPA=9,8;RU=A;SB=-2.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,89:94:99:1757,236,0 chrVIII 399194 . GA G 1274.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=357.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.13;MQ0=0;QD=19.92;RPA=7,6;RU=A;SB=-2.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,53:64:99:1317,161,0 chrVIII 399211 . G GA 1879.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=299.9679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.73;MQ0=0;QD=32.41;RPA=1,2;RU=A;SB=-4.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,54:58:99:1922,168,0 chrVIII 406835 . AT A 2068.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=40.0062;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;QD=24.93;RPA=4,3;RU=T;SB=-8.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,80:83:99:2111,222,0 chrVIII 410935 . CT C 873.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=27.2529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;QD=17.48;RPA=10,9;RU=T;SB=-3.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,45:50:99:916,125,0 chrVIII 417913 . C CTTTTGGAGG 8062 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=28.8351;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.13;MQ0=0;QD=97.13;SB=-3.483e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,66:83:99:8062,232,0 chrVIII 420550 . CTGTTGTGGTTGCTGT C 2622.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.675;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=194.1410;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.765;QD=36.43;ReadPosRankSum=1.883;SB=-8.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,44:72:99:2665,111,0 chrVIII 423045 . T TAGTCTAAC 4989 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=81.6226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.32;MQ0=0;QD=90.71;SB=-1.654e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,43:55:99:4989,148,0 chrVIII 436963 . A AT 987.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.363;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=169.5928;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.128;QD=16.47;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.128;SB=-4.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,45:60:78:1030,78,0 chrVIII 440333 . T TGAG 3532 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=169.9041;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.41;MQ0=0;QD=47.09;RPA=1,2;RU=GAG;SB=-1.258e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,67:75:99:3532,208,0 chrVIII 442153 . CGTA C 2421.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=265.0964;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.83;MQ0=0;QD=40.37;SB=-9.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,57:60:99:2464,161,0 chrVIII 443755 . A AG 2156.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=30.5541;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.77;MQ0=0;QD=33.18;SB=-7.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:65:99:2199,172,0 chrVIII 445556 . AT A 871.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=119.0653;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.87;MQ0=0;QD=22.95;RPA=5,4;RU=T;SB=-4.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,36:38:99:914,102,0 chrVIII 447691 . C CAAT 7611 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=98.8633;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.88;MQ0=0;QD=49.75;SB=-3.164e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,147:153:99:7611,430,0 chrVIII 450838 . A AT 2056.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=405.0618;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.25;MQ0=0;QD=26.37;SB=-7.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,75:77:99:2099,218,0 chrVIII 451138 . TA T 860.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.603;DP=67;FS=5.836;HaplotypeScore=109.6121;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=0.377;QD=12.85;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.281;SB=-2.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,52:66:99:903,110,0 chrVIII 452869 . TACATGGATGATAAGAAA T 5399 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=161.2805;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.53;MQ0=0;QD=96.41;SB=-2.128e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,40:52:99:5399,99,0 chrVIII 453638 . C CT 2773.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=299.1943;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.22;MQ0=0;QD=35.11;SB=-1.235e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,76:79:99:2816,226,0 chrVIII 458020 . T TC 2351.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=574.9667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.62;MQ0=0;QD=27.35;RPA=1,2;RU=C;SB=-7.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,74:86:99:2394,231,0 chrVIII 458068 . TA T 1387.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=547.7588;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.68;MQ0=0;QD=18.76;RPA=7,6;RU=A;SB=-5.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,63:74:99:1430,180,0 chrVIII 458755 . C CA 1263.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.039;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=40.1129;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.031;QD=17.08;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.157;SB=-4.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,57:74:99:1306,143,0 chrVIII 461758 . ATATC A 652.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.328;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=362.7155;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=2.206;QD=8.37;ReadPosRankSum=-0.286;SB=-3.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,34:78:87:695,87,0 chrVIII 461760 . ATC A 1426.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=272.4087;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.88;MQ0=0;QD=19.82;SB=-4.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,26:72:99:1469,150,0 chrVIII 461834 . G GAT 4531 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=119.6785;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.88;MQ0=0;QD=44.86;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,94:101:99:4531,292,0 chrVIII 464533 . T TGGCCTTAGATTTATA 7063 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=233.0591;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.05;MQ0=0;QD=96.75;RPA=1,2;RU=GGCCTTAGATTTATA;SB=-3.003e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:52,20:73:99:7063,157,0 chrVIII 464743 . C CT 634.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=58.2622;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.86;MQ0=0;QD=27.61;RPA=1,2;RU=T;SB=-3.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,20:23:57:677,57,0 chrVIII 466216 . GT G 2472.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=498.4672;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.06;MQ0=0;QD=31.30;RPA=3,2;RU=T;SB=-5.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,77:79:99:2515,229,0 chrVIII 466481 . T TTAA 3739 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=47.0381;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.87;MQ0=0;QD=48.56;SB=-1.086e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,72:75:99:3739,211,0 chrVIII 466742 . AT A 3628 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=1264.9937;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.51;MQ0=0;QD=32.68;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.718e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,106:110:99:3628,316,0 chrVIII 466974 . C CA 1783.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=356.2812;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.87;MQ0=0;QD=31.30;RPA=1,2;RU=A;SB=-6.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,48:57:99:1826,156,0 chrVIII 467079 . T TTTTTCC 3512 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=27.4508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.72;MQ0=1;QD=58.53;RPA=1,2;RU=TTTTCC;SB=-8.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,53:58:99:3512,147,0 chrVIII 467921 . C CT 1361.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.361;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=37.4903;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.97;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=17.92;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.279;SB=-2.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,61:76:99:1404,118,0 chrVIII 472611 . CT C 342.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=29.7120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=1.857;QD=7.46;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.911;SB=-4.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,30:46:52:382,0,52 chrVIII 474628 . CA C 828.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=28.1604;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;QD=23.68;RPA=5,4;RU=A;SB=-4.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,33:35:99:871,99,0 chrVIII 475549 . CAA C 323.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.504;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=35.1070;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.29;MQ0=0;MQRankSum=1.273;QD=10.12;RPA=15,13;RU=A;ReadPosRankSum=1.504;SB=-1.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,12:32:39:366,39,0 chrVIII 475601 . GA G 672.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=43.0923;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.41;MQ0=0;QD=18.19;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,33:37:93:715,93,0 chrVIII 488380 . AAAC A 2293.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=170.9148;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.56;MQ0=0;QD=37.00;SB=-9.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,42:62:99:2336,162,0 chrVIII 497405 . CA C 2233.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=214.0465;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;QD=20.68;RPA=7,6;RU=A;SB=-8.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,101:108:99:2276,281,0 chrVIII 501221 . C CT 1999.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=477.2428;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.54;MQ0=0;QD=24.39;RPA=6,7;RU=T;SB=-9.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,75:82:99:2042,222,0 chrVIII 504320 . GAAA G 2268.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=26.3954;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.85;MQ0=0;QD=37.82;RPA=9,6;RU=A;SB=-4.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,56:59:99:2311,162,0 chrVIII 508827 . A AAAAAT 533.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=16.5390;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.27;MQ0=0;QD=19.07;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,13:26:53:576,53,0 chrVIII 512227 . AAGT A 2591.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=339.1819;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.90;MQ0=0;QD=40.50;SB=-9.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,51:62:99:2634,171,0 chrVIII 516616 . GAA G 2057.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=307.6167;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.58;MQ0=0;QD=24.21;RPA=10,8;RU=A;SB=-8.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,68:85:99:2100,195,0 chrVIII 518744 . CCA C 1540.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.026;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=42.4124;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=1.522;QD=32.10;ReadPosRankSum=1.006;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,35:48:99:1583,115,0 chrVIII 519135 . A AT 2439.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=254.6261;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.37;MQ0=0;QD=37.54;SB=-4.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:99:2482,187,0 chrVIII 522597 . C CAT 3878 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=218.1370;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.94;MQ0=0;QD=41.26;RPA=1,2;RU=AT;SB=-8.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,89:94:99:3878,268,0 chrVIII 522934 . CT C 1203.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=504.7589;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.33;MQ0=0;QD=15.24;RPA=11,10;RU=T;SB=-3.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,57:79:99:1246,177,0 chrVIII 522960 . T TGAAC 3689 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=356.2262;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.93;MQ0=0;QD=51.96;RPA=1,2;RU=GAAC;SB=-1.510e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,57:71:99:3689,184,0 chrVIII 524394 . TC T 1030.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=393.1754;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.48;MQ0=0;QD=27.86;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,33:37:96:1073,96,0 chrVIII 524417 . TG T 469.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=387.3783;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.96;MQ0=0;QD=16.78;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,23:28:60:512,60,0 chrVIII 524803 . AT A 443.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=123.9993;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.20;MQ0=0;QD=18.50;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,19:24:57:486,57,0 chrVIII 524846 . GATACGTC G 1410.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=125.6651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.22;MQ0=0;QD=78.39;SB=-7.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,16:18:48:1453,48,0 chrVIII 524926 . AT A 551.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=197.9896;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.23;MQ0=0;QD=19.71;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,26:28:69:594,69,0 chrVIII 525294 . C CA 241.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=205.2483;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=14.23;RPA=2,3;RU=A;SB=-3.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,13:17:43:284,43,0 chrVIII 525297 . G GT 303.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.504;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=185.4593;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.042;QD=20.26;ReadPosRankSum=1.504;SB=-4.500e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,13:15:41:346,41,0 chrVIII 529358 . A AAG 108.48 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=21.7871;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.84;MQ0=4;QD=6.03;SB=-4.454e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,16:5:12:150,12,0 chrVIII 530661 . C CTT 958.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=28.8704;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.26;MQ0=2;QD=22.83;RPA=3,5;RU=T;SB=-3.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,39:28:78:1001,78,0 chrVIII 530884 . G GC 1164.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=186.1321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.19;MQ0=4;QD=32.36;SB=-4.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,35:31:90:1207,90,0 chrVIII 530915 . GT G 686.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=194.2212;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.49;MQ0=4;QD=17.61;RPA=7,6;RU=T;SB=-3.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,36:33:90:729,90,0 chrVIII 530986 . TA T 72.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=57.9791;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.38;MQ0=3;QD=2.78;RPA=10,9;RU=A;SB=-4.229e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,16:12:15:114,15,0 chrVIII 540616 . AT A 370.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=39.2384;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=15.15;MQ0=38;QD=3.99;RPA=10,9;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,75:27:57:413,57,0 chrVIII 540896 . 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GGAAGAA G 873.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=73.8252;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.73;MQ0=41;QD=14.81;RPA=6,4;RU=GAA;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,48:15:39:916,39,0 chrVIII 554064 . CGAAAAAATAAA C,CA 5252 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=684.3955;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=28.26;MQ0=0;QD=75.03;SB=-6.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:27,24,0:67:99:5252,434,253,535,0,355 chrVIII 554150 . CT C 242.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.925;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=595.3746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.417;QD=7.36;ReadPosRankSum=-0.298;SB=-6.100e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,14:33:99:282,0,159 chrVIII 554154 . A AG 257.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.885;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=581.5994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.060;QD=8.06;ReadPosRankSum=0.139;SB=-5.400e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:32:99:297,0,554 chrVIII 556041 . C CTT 1177.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.597;DP=93;FS=16.901;HaplotypeScore=406.2728;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.09;MQ0=0;MQRankSum=0.903;QD=12.67;RPA=6,8;RU=T;ReadPosRankSum=-1.467;SB=-3.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,53:69:99:1217,0,634 chrVIII 556400 . TGA T 294.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=149.0628;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.52;MQ0=0;QD=18.44;RPA=4,3;RU=GA;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:9:27:337,27,0 chrVIII 556427 . G GGAATA 847.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=385.2531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.16;MQ0=0;MQRankSum=0.239;QD=25.70;ReadPosRankSum=-1.193;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,12:25:99:887,0,361 chrVIII 556441 . A AG 386.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;DP=45;FS=14.062;HaplotypeScore=591.5919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.46;MQ0=0;MQRankSum=-3.468;QD=8.60;ReadPosRankSum=1.673;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,24:37:99:426,0,168 chrVIII 556459 . C CG 254.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.059;DP=58;FS=10.851;HaplotypeScore=872.3453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.80;MQ0=0;MQRankSum=-3.028;QD=4.40;ReadPosRankSum=-1.494;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,10:48:99:294,0,1006 chrVIII 556484 . T TATC 1077.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.383;DP=51;FS=47.531;HaplotypeScore=865.0385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.40;MQ0=0;MQRankSum=-3.942;QD=21.14;ReadPosRankSum=0.657;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,17:46:99:1117,0,888 chrVIII 556489 . T TAC 596.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.868;DP=39;FS=39.749;HaplotypeScore=738.5630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.27;MQ0=0;MQRankSum=-3.614;QD=15.31;ReadPosRankSum=2.690;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,17:37:99:636,0,674 chrVIII 556515 . TGA T 835.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=590.9383;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.44;MQ0=0;QD=33.44;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,20:24:63:878,63,0 chrVIII 556522 . GTAGTGA G 560.98 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.110;DP=20;FS=37.916;HaplotypeScore=539.1418;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.96;MQ0=0;MQRankSum=-3.215;QD=28.05;ReadPosRankSum=3.110;SB=-3.016e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,12:20:25:600,0,25 chrVIII 556531 . GT G 172.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=450.3740;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.30;MQ0=0;QD=14.42;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:24:215,24,0 chrVIII 556535 . TA T 215.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=446.0785;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.30;MQ0=0;QD=18.00;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:24:258,24,0 chrVIII 556799 . GT G 256.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=181.3099;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.76;MQ0=1;QD=19.77;SB=-1.108e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,11:9:24:299,24,0 chrX 19157 . A AT 152.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.367;DP=47;FS=32.475;HaplotypeScore=148.9476;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.03;MQ0=28;MQRankSum=-1.708;QD=3.25;ReadPosRankSum=0.537;SB=-3.876e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,9:17:99:192,0,253 chrX 19220 . AT A 325.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.592;DP=28;FS=31.460;HaplotypeScore=304.2234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.15;MQ0=6;MQRankSum=-2.436;QD=11.64;ReadPosRankSum=0.702;SB=-4.799e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,12:21:99:365,0,253 chrX 23988 . GT G 1814.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=698.9790;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.19;MQ0=0;QD=34.90;SB=-9.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:52:99:1857,153,0 chrX 28946 . CTT C 943.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.911;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=76.8195;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.617;QD=16.86;RPA=14,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.777;SB=-3.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,34:56:73:986,73,0 chrX 29870 . G GC 1803.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=188.9821;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.01;MQ0=0;QD=36.08;RPA=1,2;RU=C;SB=-8.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:50:99:1846,147,0 chrX 31341 . T TAA 1709.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=92.7692;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.41;MQ0=0;QD=31.09;RPA=5,7;RU=A;SB=-6.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,48:55:99:1752,147,0 chrX 31479 . A AT 1009.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=256.7446;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.91;MQ0=0;QD=21.96;RPA=7,8;RU=T;SB=-5.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,40:46:99:1052,117,0 chrX 36381 . G GAA 750.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.866;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=231.5490;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.551;QD=12.73;RPA=9,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.945;SB=-3.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,26:59:95:793,95,0 chrX 37825 . GT G 1890.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.592;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=239.4233;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.102;QD=16.88;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.297;SB=-1.007e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,86:112:99:1933,265,0 chrX 41329 . AT A 1699.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.502;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=120.1735;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.04;MQ0=0;MQRankSum=0.095;QD=15.45;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.649;SB=-4.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,92:110:99:1742,183,0 chrX 47535 . GA G 1429.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=69.4514;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.58;MQ0=0;QD=17.87;RPA=10,9;RU=A;SB=-4.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,67:80:99:1472,194,0 chrX 50370 . GA G 1153.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.271;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=71.1096;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.678;QD=11.78;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=-1.029;SB=-5.856e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,59:97:99:1196,162,0 chrX 59084 . 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CTT C 2118.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=27.9321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.33;MQ0=0;QD=29.84;RPA=9,7;RU=T;SB=-3.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,64:71:99:2161,193,0 chrX 71276 . G GA 847.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.678;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=118.9635;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.226;QD=8.74;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-1.784;SB=-3.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,36:97:99:887,0,120 chrX 74615 . CT C 2283.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=80.9328;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.56;MQ0=0;QD=17.84;RPA=10,9;RU=T;SB=-5.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,106:128:99:2326,308,0 chrX 79590 . TA T 1106.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=164.6036;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;QD=17.85;RPA=8,7;RU=A;SB=-5.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,52:62:99:1149,144,0 chrX 79972 . 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G GA 565.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.400;DP=66;FS=10.646;HaplotypeScore=54.6243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.261;QD=8.58;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-1.513;SB=-2.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,32:66:38:605,0,38 chrX 111163 . C CA 1048.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.427;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=54.7160;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=18.40;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.727;SB=-4.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,45:57:91:1091,91,0 chrX 111408 . A AT 2003.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=33.9647;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.08;MQ0=0;QD=24.44;RPA=5,6;RU=T;SB=-5.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,75:82:99:2046,216,0 chrX 113474 . AT A 237.08 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.754;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=62.9113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.452;QD=4.56;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.251;SB=-6.714e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,18:52:13:276,0,13 chrX 114871 . A ATGTTGCTGC 5755 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=25.8725;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.24;MQ0=0;QD=67.71;RPA=1,2;RU=TGTTGCTGC;SB=-1.736e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,70:85:99:5755,211,0 chrX 118966 . C CA 2898.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=135.6826;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.50;MQ0=0;QD=25.21;RPA=5,6;RU=A;SB=-8.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,106:115:99:2941,309,0 chrX 121937 . GT G 1173.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=23.8019;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.92;MQ0=0;QD=17.26;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,58:68:99:1216,153,0 chrX 123774 . GA G 1944.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=57.0040;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.78;MQ0=0;QD=29.92;RPA=3,2;RU=A;SB=-3.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,63:65:99:1987,180,0 chrX 126726 . ATT A 1216.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=64.0348;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.67;MQ0=0;QD=26.46;RPA=5,3;RU=T;SB=-2.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,33:46:99:1259,99,0 chrX 129078 . CT C 1278.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=45.4498;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.99;MQ0=0;QD=14.37;RPA=12,11;RU=T;SB=-5.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,65:89:99:1321,184,0 chrX 131054 . GT G 2475.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=36.4877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=19.34;RPA=9,8;RU=T;SB=-9.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,117:128:99:2518,323,0 chrX 134041 . T TTC 1532.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=76.5679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.12;MQ0=0;QD=31.28;RPA=3,4;RU=TC;SB=-4.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,32:49:99:1575,132,0 chrX 134112 . GAAAAA G 1130.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=87.8802;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.74;MQ0=0;QD=40.39;RPA=17,12;RU=A;SB=-2.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,16:28:66:1173,66,0 chrX 134179 . GAAA G 1582.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=128.7401;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.12;MQ0=0;QD=32.98;RPA=12,9;RU=A;SB=-4.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,45:48:99:1625,117,0 chrX 134261 . T TAGG 2231.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=102.3839;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.61;MQ0=0;QD=46.50;RPA=1,2;RU=AGG;SB=-9.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,41:48:99:2274,129,0 chrX 135953 . GA G 1756.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=254.5018;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.51;MQ0=0;QD=20.43;RPA=8,7;RU=A;SB=-8.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,81:86:99:1799,227,0 chrX 144785 . C CT 1959.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=201.5758;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.85;MQ0=0;QD=28.00;RPA=2,3;RU=T;SB=-8.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,64:70:99:2002,186,0 chrX 144800 . A AT 2124.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=217.1239;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.85;MQ0=0;QD=27.24;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.013e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,74:78:99:2167,202,0 chrX 145019 . GAA G 1143.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=63.5572;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.12;MQ0=0;QD=22.88;RPA=11,9;RU=A;SB=-4.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,38:50:99:1186,111,0 chrX 146986 . AT A 1300.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=270.9161;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.27;MQ0=0;QD=25.02;RPA=5,4;RU=T;SB=-5.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,49:52:99:1343,147,0 chrX 147955 . CA C 2294.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=140.0201;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;QD=26.08;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.126e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,86:88:99:2337,240,0 chrX 153267 . A AT 990.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=12.5025;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.41;MQ0=0;QD=26.08;RPA=3,4;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,35:38:99:1033,105,0 chrX 159429 . C CAAA 1454.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.542;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=202.6219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.96;MQ0=1;MQRankSum=0.748;QD=24.66;RPA=13,16;RU=A;ReadPosRankSum=-0.232;SB=-5.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,10:57:99:1497,113,0 chrX 159480 . TA T 1626.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=236.6459;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.17;MQ0=1;QD=31.90;RPA=2,1;RU=A;SB=-8.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,48:50:99:1669,147,0 chrX 159507 . 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T TA 599.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.873;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=21.5665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.125;QD=13.33;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-1.538;SB=-2.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,31:45:58:642,58,0 chrX 164198 . G GT 3293 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=159.3840;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.18;MQ0=0;QD=29.67;RPA=2,3;RU=T;SB=-8.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,106:111:99:3293,301,0 chrX 165551 . AT A 1141.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=18.2974;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.59;MQ0=0;QD=21.55;RPA=6,5;RU=T;SB=-2.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,48:53:99:1184,138,0 chrX 172470 . G GTTATAA 7528 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=35.3452;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.44;MQ0=0;QD=74.53;SB=-3.697e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,87:101:99:7528,271,0 chrX 173179 . GT G 661.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.831;DP=49;FS=3.192;HaplotypeScore=351.6981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.272;QD=13.51;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.279;SB=-1.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,33:49:72:704,72,0 chrX 173202 . GGAA G 2824.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=243.2491;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.31;MQ0=0;QD=50.45;SB=-9.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,48:55:99:2867,162,0 chrX 173273 . G GA 1007.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.353;DP=79;FS=5.649;HaplotypeScore=308.5196;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.02;MQ0=0;MQRankSum=1.099;QD=12.76;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.667;SB=-3.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,36:79:88:1050,88,0 chrX 173314 . C CT 2223.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=114.0922;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;QD=35.87;SB=-8.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,60:62:99:2266,172,0 chrX 173515 . TA T 2632.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.652;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=200.7503;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=0.426;QD=16.99;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.293;SB=-1.060e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,136:155:99:2675,367,0 chrX 177910 . GATAT G 995.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=22.6110;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;QD=22.13;RPA=6,4;RU=AT;SB=-1.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,32:45:66:1038,66,0 chrX 178042 . CT C 1427.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=150.5867;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;QD=20.11;RPA=9,8;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,64:71:99:1470,188,0 chrX 180134 . A AT 2946.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=38.1346;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.53;MQ0=0;QD=28.07;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.154e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,104:105:99:2989,259,0 chrX 181281 . A AT 2549.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.919;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=36.5264;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.141;QD=22.97;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.697;SB=-1.120e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,95:111:99:2592,274,0 chrX 181447 . T TG 2933.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=77.8179;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.31;MQ0=0;QD=29.64;RPA=3,4;RU=G;SB=-7.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,93:99:99:2976,271,0 chrX 189030 . CTCT C 1544.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=266.1715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=20.60;RPA=6,5;RU=TCT;SB=-6.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,52:75:99:1587,134,0 chrX 189614 . T TA 1303.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=132.6283;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.75;MQ0=0;QD=26.08;RPA=4,5;RU=A;SB=-2.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:50:99:1346,138,0 chrX 195285 . TA T 810.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=44.1327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=0;QD=20.79;RPA=7,6;RU=A;SB=-3.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,36:39:99:853,105,0 chrX 197246 . T TAAAAA 807.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=104.2194;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.88;MQ0=0;QD=40.40;RPA=4,9;RU=A;SB=-2.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,12:20:49:850,49,0 chrX 203768 . A AAT 377.42 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.302;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=71.0111;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.98;MQ0=23;MQRankSum=-2.143;QD=8.03;ReadPosRankSum=2.143;SB=-4.792e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,11:20:7:418,7,0 chrX 204114 . A AT 1755.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=464.3953;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.22;MQ0=1;QD=34.43;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,49:47:99:1798,141,0 chrX 204132 . TA T 2325.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=802.8273;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.30;MQ0=1;QD=28.37;RPA=2,1;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,71:74:99:2368,205,0 chrX 204259 . GTAGAAA G 1597.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=117.5446;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.87;MQ0=13;QD=35.51;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,27:20:60:1640,60,0 chrX 204719 . CA C 1124.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=30.1211;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.54;MQ0=0;QD=27.44;RPA=4,3;RU=A;SB=-4.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:41:99:1167,120,0 chrX 205450 . TCAA T 3303 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=19.4312;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.83;MQ0=0;QD=48.57;RPA=2,1;RU=CAA;SB=-1.552e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,65:68:99:3303,190,0 chrX 207452 . GGCATT G 6806 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=39.8499;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.82;MQ0=0;QD=55.79;RPA=2,1;RU=GCATT;SB=-6.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,105:122:99:6806,307,0 chrX 207747 . GAA G 1311.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.852;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=96.8375;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.90;MQ0=0;MQRankSum=0.128;QD=20.50;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.937;SB=-5.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,51:64:99:1354,128,0 chrX 209539 . TA T 2064.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=29.4028;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=21.29;RPA=6,5;RU=A;SB=-5.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,93:97:99:2107,246,0 chrX 211991 . CT C 1603.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=214.2843;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.74;MQ0=0;QD=18.65;RPA=8,7;RU=T;SB=-5.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,74:86:99:1646,206,0 chrX 217454 . GAA G 1701.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.143;DP=76;FS=5.431;HaplotypeScore=57.2766;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.67;MQ0=0;MQRankSum=0.670;QD=22.39;RPA=12,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.932;SB=-6.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,54:76:99:1744,156,0 chrX 217532 . GA G 2883.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=79.2288;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.04;MQ0=0;QD=21.85;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.208e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,123:132:99:2926,353,0 chrX 218872 . C CA 2199.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=30.9042;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.84;MQ0=0;QD=26.83;RPA=4,5;RU=A;SB=-9.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,78:82:99:2242,228,0 chrX 223539 . CT C 2119.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=341.9128;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.84;MQ0=0;QD=32.12;RPA=2,1;RU=T;SB=-6.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,62:66:99:2162,184,0 chrX 223657 . C CTTCTTCTT 7436 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=164.5429;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.89;MQ0=0;QD=96.57;SB=-3.301e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,66:77:99:7436,217,0 chrX 226830 . AT A 1041.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=143.6546;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.18;MQ0=0;QD=19.66;RPA=8,7;RU=T;SB=-3.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,47:53:99:1084,135,0 chrX 227132 . AT A 1440.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=139.1029;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.94;MQ0=0;QD=21.19;RPA=6,5;RU=T;SB=-5.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,61:68:99:1483,180,0 chrX 231029 . A AT 3835 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=33.9641;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.33;MQ0=0;QD=34.86;RPA=1,2;RU=T;SB=-7.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,103:110:99:3835,313,0 chrX 233869 . 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TTAATAACAATAA T 2638.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=234.9672;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.58;MQ0=0;QD=71.32;SB=-1.212e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,34:37:84:2681,84,0 chrX 247176 . T TA 1475.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=105.7534;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.68;MQ0=0;QD=18.68;RPA=7,8;RU=A;SB=-6.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,44:79:99:1518,182,0 chrX 251756 . GATGACGGA G 8768 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=293.0152;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.47;MQ0=0;QD=66.42;RPA=2,1;RU=ATGACGGA;SB=-2.481e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,93:132:99:8768,298,0 chrX 265708 . C CA 525.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.722;DP=37;FS=6.546;HaplotypeScore=36.3679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=1.876;QD=14.22;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.625;SB=-4.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,29:37:34:568,34,0 chrX 265872 . GTT G 587.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.364;DP=63;FS=11.973;HaplotypeScore=141.5172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.79;MQ0=0;MQRankSum=0.119;QD=9.33;RPA=18,16;RU=T;ReadPosRankSum=-0.145;SB=-2.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,15:62:40:627,0,40 chrX 269905 . TA T 1621.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.082;DP=115;FS=2.103;HaplotypeScore=165.8491;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.454;QD=14.10;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.058;SB=-8.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,87:115:99:1664,183,0 chrX 278038 . G GA 740.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.388;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=32.3354;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=11.23;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-1.087;SB=-3.154e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,40:66:27:783,27,0 chrX 280770 . CT C 297.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.008;DP=73;FS=2.625;HaplotypeScore=66.8465;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.786;QD=4.08;RPA=15,14;RU=T;ReadPosRankSum=-1.484;SB=-1.101e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,24:73:11:339,11,0 chrX 283419 . AT A 517.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.098;DP=48;FS=5.465;HaplotypeScore=117.5909;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=1.346;QD=10.77;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.407;SB=-2.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,35:48:21:559,21,0 chrX 283464 . AT A 1186.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=173.3520;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.54;MQ0=0;QD=28.95;RPA=2,1;RU=T;SB=-4.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,37:41:99:1229,108,0 chrX 283507 . A AT 1769.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=214.0596;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.95;MQ0=0;QD=23.60;RPA=5,6;RU=T;SB=-5.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,68:75:99:1812,192,0 chrX 285366 . GTTTCGTCGTCTTCTCCA G 9398 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=19.8662;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.42;MQ0=0;QD=149.17;SB=-4.152e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,55:63:99:9398,163,0 chrX 290379 . GGAAGCA G 1280.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.726;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=729.6393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.989;QD=16.85;ReadPosRankSum=-0.747;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,26:76:99:1320,0,3919 chrX 291152 . C CA 1947.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=111.9516;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.22;MQ0=0;QD=36.07;RPA=1,2;RU=A;SB=-8.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1990,162,0 chrX 293091 . A AGAAGTAGTACTG 8418 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=457.2129;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.46;MQ0=0;QD=122.00;SB=-4.173e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,36:69:99:8418,190,0 chrX 293472 . G GGAC 1459.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.427;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=353.5799;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.325;QD=31.06;ReadPosRankSum=1.427;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,37:47:98:1502,98,0 chrX 294488 . T TC 2093.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=546.1090;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.06;MQ0=0;QD=38.07;SB=-8.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:2136,165,0 chrX 294918 . A AT 2258.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=227.9228;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.45;MQ0=0;QD=29.72;SB=-9.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,74:76:99:2301,189,0 chrX 295081 . G GT 2404.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=366.9559;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.47;MQ0=0;QD=25.58;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.002e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,81:94:99:2447,249,0 chrX 309995 . TGTA T 3143.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=30.7782;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.20;MQ0=0;QD=36.99;RPA=4,3;RU=GTA;SB=-9.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,68:85:99:3186,205,0 chrX 315018 . AG A 3965 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=517.8376;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.49;MQ0=0;QD=31.72;SB=-8.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,106:125:99:3965,334,0 chrX 315026 . A AAT 4631 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=484.0963;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.07;MQ0=0;QD=36.18;RPA=1,2;RU=AT;SB=-9.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,97:128:99:4631,334,0 chrX 315657 . GA G 1337.14 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.593;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=78.3306;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=0.310;QD=10.96;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.614;SB=-5.748e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,74:122:11:1376,0,11 chrX 316988 . G GTA 4055 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=38.4295;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.55;MQ0=0;QD=40.96;SB=-9.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,89:99:99:4055,265,0 chrX 317080 . GTATATA G 5117 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=78.6366;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;QD=34.34;RPA=9,6;RU=TA;SB=-2.151e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:73,67:149:99:5117,220,0 chrX 322779 . C CA 1293.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=190.3634;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.16;MQ0=0;QD=25.88;RPA=2,3;RU=A;SB=-4.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,47:50:99:1336,123,0 chrX 327878 . A AT 2429.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=154.8063;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.81;MQ0=0;QD=31.15;SB=-6.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:78:99:2472,196,0 chrX 338042 . AG A 2589.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=28.2600;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.69;MQ0=0;QD=26.43;RPA=7,6;RU=G;SB=-9.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,91:98:99:2632,267,0 chrX 342313 . AT A 889.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=155.2151;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.95;MQ0=0;QD=23.42;RPA=4,3;RU=T;SB=-3.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,35:38:96:932,96,0 chrX 342348 . ATTTTTT A 343.18 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.747;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=99.1507;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.65;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=11.44;RPA=23,17;RU=T;ReadPosRankSum=0.747;SB=-1.952e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,6:30:10:382,0,10 chrX 349444 . G GT 1282.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.067;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=124.9528;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.199;QD=18.87;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.533;SB=-6.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,54:68:99:1325,132,0 chrX 349508 . G GA 1806.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.683;DP=82;FS=3.537;HaplotypeScore=96.8493;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.891;QD=22.04;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.495;SB=-7.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,67:82:99:1849,185,0 chrX 352352 . AG A 2337.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=169.5674;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.60;MQ0=0;QD=30.76;SB=-1.012e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,71:76:99:2380,216,0 chrX 354333 . T TA 1610.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=79.6849;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.91;MQ0=0;QD=30.40;SB=-5.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:52:99:1653,129,0 chrX 354681 . GT G 537.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=181.5521;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=29.89;RPA=4,3;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54:580,54,0 chrX 355202 . CAGTGTTG C 3169.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=272.8932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.93;MQ0=0;QD=90.57;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:34:99:3212,102,0 chrX 355229 . CTA C 1893.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=485.8131;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.18;MQ0=0;QD=37.88;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:49:99:1936,135,0 chrX 355608 . TA T 3035.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=356.9488;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.09;MQ0=0;QD=32.64;SB=-1.461e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,92:93:99:3078,247,0 chrX 355883 . CG C 1846.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=258.4074;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.05;MQ0=0;QD=34.85;SB=-9.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,52:52:99:1889,150,0 chrX 356123 . TCGAAAC T 8266 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=45.5673;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.93;MQ0=0;QD=73.80;SB=-2.021e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,107:112:99:8266,307,0 chrX 359824 . GAA G 976.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.197;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=66.4592;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.06;MQ0=0;MQRankSum=0.287;QD=16.83;RPA=15,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.223;SB=-1.913e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,34:58:99:1018,104,0 chrX 361643 . ACCG A 4272 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=48.8195;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.85;MQ0=0;QD=42.30;SB=-1.478e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,99:101:99:4272,288,0 chrX 374747 . GTTATTAGTCAGAAATAAATGTAAATTTC G 6357 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=196.1622;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.26;MQ0=0;QD=129.73;SB=-1.452e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,33:49:90:6357,90,0 chrX 376217 . T TCTTA 2177.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=12.3285;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.61;MQ0=0;QD=51.86;RPA=1,2;RU=CTTA;SB=-1.005e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,37:42:99:2220,111,0 chrX 376292 . TA T 537.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.614;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=49.6715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.61;MQ0=0;MQRankSum=1.016;QD=14.16;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.135;SB=-2.869e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,27:38:61:580,61,0 chrX 377943 . 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GA G 1892.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=185.2356;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.48;MQ0=0;QD=25.58;RPA=5,4;RU=A;SB=-8.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,72:74:99:1935,213,0 chrX 395708 . A AC 1913.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=18.7677;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.00;MQ0=0;QD=36.11;SB=-8.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,50:53:99:1956,150,0 chrX 396952 . CTT C 1858.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=25.3131;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.31;MQ0=0;QD=26.94;RPA=11,9;RU=T;SB=-8.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,60:69:99:1901,177,0 chrX 400209 . AGGTACTGGG A 11060 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=771.2573;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.47;MQ0=0;QD=73.25;RPA=2,1;RU=GGTACTGGG;SB=-3.946e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:63,88:151:99:11060,375,0 chrX 400223 . CT C 656.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.739;DP=134;FS=8.514;HaplotypeScore=1736.2390;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.45;MQ0=0;MQRankSum=-4.023;QD=4.90;ReadPosRankSum=9.407;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,35:134:99:696,0,775 chrX 404066 . ACAGCAG A 4932 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=29.7304;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.34;MQ0=0;QD=56.05;RPA=8,6;RU=CAG;SB=-2.035e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,69:88:99:4932,208,0 chrX 405574 . C CA 813.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=101.2101;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.97;MQ0=0;QD=19.85;RPA=8,9;RU=A;SB=-4.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,34:41:99:856,99,0 chrX 415042 . A AT 1195.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=100.6291;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.35;MQ0=0;QD=22.15;RPA=7,8;RU=T;SB=-4.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,48:54:99:1238,138,0 chrX 417192 . C CA 2004.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=103.9682;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.16;MQ0=0;QD=22.53;RPA=4,5;RU=A;SB=-9.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,80:89:99:2047,210,0 chrX 424743 . GTTC G 1681.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=144.5437;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.84;MQ0=0;QD=40.05;RPA=4,3;RU=TTC;SB=-5.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,38:42:99:1724,108,0 chrX 436260 . TA T 566.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=13.5827;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.90;RPA=7,6;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,27:30:75:609,75,0 chrX 436351 . ATT A 513.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=113.2479;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=32.12;RPA=5,3;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:16:42:556,42,0 chrX 436461 . T TA 233.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=63.8225;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.65;MQ0=0;QD=23.40;RPA=1,2;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:27:276,27,0 chrX 436624 . G GT 330.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.193;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=45.1975;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.45;MQ0=0;MQRankSum=0.193;QD=15.76;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.000;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,18:21:30:373,30,0 chrX 438674 . GA G 2124.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=35.1835;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=21.46;RPA=5,4;RU=A;SB=-8.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,92:99:99:2167,243,0 chrX 445019 . CT C 1007.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=73.4856;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.98;MQ0=0;QD=17.38;RPA=9,8;RU=T;SB=-4.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,50:58:99:1050,135,0 chrX 453526 . GA G 1734.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=29.0242;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.91;MQ0=0;QD=20.17;RPA=9,8;RU=A;SB=-5.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,77:86:99:1777,230,0 chrX 457903 . CAAAAAAAAA C 1929.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=15.6872;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.48;MQ0=0;QD=68.93;RPA=21,12;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,23:28:74:1972,74,0 chrX 458442 . G GT 1085.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=15.1057;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.67;MQ0=0;QD=22.62;RPA=7,8;RU=T;SB=-4.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,44:48:99:1128,126,0 chrX 459766 . T TA 2729.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=24.9053;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.56;MQ0=0;QD=35.45;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2772,220,0 chrX 460307 . CA C 2748.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.112;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=408.5541;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.042;QD=19.64;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.690;SB=-1.313e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,127:140:99:2791,341,0 chrX 460320 . AAT A 3643 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=347.8828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.40;MQ0=0;QD=26.99;RPA=4,3;RU=AT;SB=-1.449e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,89:135:99:3643,286,0 chrX 469207 . G GTTT 2416.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=67.8267;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.98;MQ0=0;QD=40.97;RPA=1,4;RU=T;SB=-1.226e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:59:99:2459,144,0 chrX 472080 . ATT A 439.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.735;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=28.0634;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.67;MQ0=0;MQRankSum=1.123;QD=15.17;RPA=14,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.531;SB=-1.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,21:29:46:482,46,0 chrX 491023 . 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TG T 2685.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=99.6352;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.83;MQ0=0;QD=31.60;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.116e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,83:85:99:2728,247,0 chrX 541490 . AT A 758.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=9.1686;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.55;MQ0=0;QD=31.62;RPA=3,2;RU=T;SB=-2.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:72:801,72,0 chrX 549971 . T TA 1347.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=44.8424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.61;MQ0=0;QD=27.51;RPA=4,5;RU=A;SB=-6.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,47:49:99:1390,141,0 chrX 550041 . TAA T 1535.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=135.5689;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.20;MQ0=0;QD=32.68;RPA=6,4;RU=A;SB=-4.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,44:47:99:1578,132,0 chrX 550151 . 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A AAAT 730.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=49.6314;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.45;MQ0=0;QD=28.11;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,6:26:71:773,71,0 chrX 576840 . TA T 648.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=134.7654;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.56;MQ0=0;QD=20.93;RPA=2,1;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,23:31:60:691,60,0 chrX 582424 . CT C 2032.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=242.1288;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.14;MQ0=0;QD=35.67;SB=-6.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,52:57:99:2075,168,0 chrX 582469 . GA G 1580.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=238.9511;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.94;MQ0=0;QD=27.26;RPA=3,2;RU=A;SB=-6.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,53:58:99:1623,150,0 chrX 586417 . 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A AG 2474.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=23.4949;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.44;MQ0=0;QD=34.86;SB=-1.167e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,66:71:99:2517,196,0 chrX 618022 . A AT 1301.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=162.7119;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.07;MQ0=1;QD=21.00;RPA=6,7;RU=T;SB=-6.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,53:61:99:1344,147,0 chrX 618031 . A AT 925.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.052;DP=64;FS=1.758;HaplotypeScore=223.3102;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.00;MQ0=0;MQRankSum=0.107;QD=14.47;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.625;SB=-4.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,46:64:39:968,39,0 chrX 620086 . C CT 1546.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=103.2283;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.26;MQ0=0;QD=35.98;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,39:43:99:1589,120,0 chrX 620162 . 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A AAG 920.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=150.5419;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.33;MQ0=0;QD=19.19;SB=-4.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,15:48:84:963,84,0 chrX 639256 . T TC 1954.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=313.4936;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.38;MQ0=0;QD=34.30;RPA=1,2;RU=C;SB=-9.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,55:57:99:1997,163,0 chrX 639708 . ACCCCCCCCCCCCC A 2247.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=57.0312;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.89;MQ0=0;QD=77.52;RPA=19,6;RU=C;SB=-8.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,19:29:54:2290,54,0 chrX 639990 . AACACACACACACACACACAC A 4641 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=170.9239;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.02;MQ0=0;QD=96.69;RPA=19,9;RU=AC;SB=-6.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,24:48:75:4641,75,0 chrX 640552 . G GA 2460.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=75.8265;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.28;MQ0=0;QD=25.63;RPA=7,8;RU=A;SB=-4.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,94:96:99:2503,276,0 chrX 640784 . G GA 2123.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.710;DP=113;FS=3.412;HaplotypeScore=128.8401;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.67;MQ0=0;MQRankSum=0.602;QD=18.80;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.656;SB=-5.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,95:113:99:2166,230,0 chrX 641702 . TAC T 3586 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=563.6760;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.85;MQ0=0;QD=29.39;RPA=7,6;RU=AC;SB=-1.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,108:122:99:3586,307,0 chrX 641890 . T TA 312 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.128;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=92.9967;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.85;MQ0=0;MQRankSum=2.000;QD=11.14;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.979;SB=-1.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,14:28:18:351,0,18 chrX 641916 . GA G 493.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=81.3441;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.67;MQ0=0;QD=21.48;RPA=5,4;RU=A;SB=-2.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,15:23:60:536,60,0 chrX 646562 . A AG 2304.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=463.6116;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.91;MQ0=0;QD=33.41;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.043e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,64:69:99:2347,187,0 chrX 646596 . AT A 2421.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=429.3240;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.09;MQ0=0;QD=34.60;SB=-1.065e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,69:70:99:2464,201,0 chrX 647070 . C CA 1542.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=43.5586;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.17;MQ0=0;QD=27.07;RPA=5,6;RU=A;SB=-7.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:57:99:1585,165,0 chrX 649224 . A ATT 1299.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=202.5475;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.15;MQ0=0;QD=20.97;RPA=12,14;RU=T;SB=-3.992e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,39:62:99:1342,132,0 chrX 652698 . T TA 1965.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.608;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=45.3114;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.88;MQ0=0;MQRankSum=-2.029;QD=17.87;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.037;SB=-8.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,87:110:99:2008,200,0 chrX 654284 . C CT 2224.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=277.8013;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.15;MQ0=0;QD=26.49;RPA=5,6;RU=T;SB=-7.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,82:84:99:2267,240,0 chrX 654355 . A ATG 2363.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=445.1806;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.30;MQ0=0;QD=30.70;SB=-1.158e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,51:77:99:2406,171,0 chrX 654375 . A AG 1906.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=350.6322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.89;MQ0=0;QD=30.27;SB=-4.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:63:99:1949,171,0 chrX 654550 . AT A 2443.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=236.1082;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.04;MQ0=0;QD=27.77;RPA=3,2;RU=T;SB=-8.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,85:88:99:2486,243,0 chrX 658661 . CTCTT C 3957 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=30.7872;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;QD=51.39;SB=-7.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,76:77:99:3957,219,0 chrX 662862 . GA G 1293.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=22.0383;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;QD=20.22;RPA=8,7;RU=A;SB=-6.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,59:64:99:1336,168,0 chrX 663646 . GA G 974.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.659;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=67.9635;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.069;QD=16.81;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.659;SB=-2.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,49:58:99:1017,120,0 chrX 663739 . G GA 853.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=14.4236;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.40;RPA=7,8;RU=A;SB=-4.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,31:35:99:896,99,0 chrX 663939 . AT A 837.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=106.2754;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.55;MQ0=0;QD=12.51;RPA=8,7;RU=T;SB=-4.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,58:67:99:880,111,0 chrX 665216 . CT C 1659.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=90.5693;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.21;MQ0=0;QD=27.21;RPA=3,2;RU=T;SB=-7.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:61:99:1702,153,0 chrX 672750 . G GTTT 2066.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=161.8401;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=43.06;RPA=3,6;RU=T;SB=-7.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,37:48:99:2109,126,0 chrX 672798 . CT C 830.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=252.4857;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.91;MQ0=0;QD=15.98;RPA=10,9;RU=T;SB=-3.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,42:52:99:873,116,0 chrX 677404 . ATATG A 1526.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=200.9431;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.29;MQ0=0;QD=29.94;SB=-8.300e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,24:51:94:1569,94,0 chrX 697010 . CT C 2078.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=43.8579;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.49;MQ0=0;QD=16.37;RPA=11,10;RU=T;SB=-8.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,103:127:99:2121,289,0 chrX 700841 . TA T 1479.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=133.2329;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.50;MQ0=0;QD=23.12;RPA=6,5;RU=A;SB=-6.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,59:64:99:1522,177,0 chrX 701746 . TCACACACACACACACACA T 10921 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=57.4292;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.57;MQ0=0;QD=94.15;RPA=17,8;RU=CA;SB=-4.133e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,95:108:99:10921,256,0 chrX 702817 . G GA 2258.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=82.8851;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=22.15;RPA=6,7;RU=A;SB=-2.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,87:102:99:2301,249,0 chrX 703479 . G GA 650.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.206;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=113.8873;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=1.503;QD=16.27;ReadPosRankSum=0.560;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,29:40:69:693,69,0 chrX 711699 . AGCGTTATTTCTCAATTCCATCTTTGTGCC A 12424 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=21.5371;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.08;MQ0=0;QD=180.06;SB=-5.263e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,65:69:99:12424,190,0 chrX 717235 . TA T 1031.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.001;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=222.5225;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.10;MQ0=0;MQRankSum=0.959;QD=12.90;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.277;SB=-4.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,55:80:99:1074,120,0 chrX 718506 . T TA 2629.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=587.5578;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.90;MQ0=0;QD=28.59;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.272e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,83:92:99:2672,265,0 chrX 718558 . G GA 3046.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=494.1138;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.62;MQ0=0;QD=33.12;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.421e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,85:92:99:3089,262,0 chrX 721663 . 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T TGTG 2066.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.106;DP=103;FS=23.713;HaplotypeScore=390.9846;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.29;MQ0=14;MQRankSum=0.718;QD=20.07;RPA=3,4;RU=GTG;ReadPosRankSum=3.144;SB=-6.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,48:60:99:2106,0,127 chrX 745608 . T TA 153.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=167.4034;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=25.52;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,5:6:18:195,18,0 chrX 745648 . GGTAGT G 272.13 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=342.6026;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.107;QD=20.93;ReadPosRankSum=0.752;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,5:12:17:314,17,0 chrX 745666 . TGG T 34.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.955;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=440.3990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.156;QD=1.94;ReadPosRankSum=2.663;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:17:74:74,0,175 chrXI 123 . CA C 264.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=210.0387;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.78;MQ0=0;QD=33.12;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24:307,24,0 chrXI 392 . CCACA C 1343.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=164.2149;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.88;MQ0=0;MQRankSum=0.069;QD=46.34;RPA=3,1;RU=CA;ReadPosRankSum=1.595;SB=-5.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,19:25:59:1386,59,0 chrXI 395 . CACAT C 1125.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=187.6908;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.88;MQ0=0;QD=38.83;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,8:25:74:1168,74,0 chrXI 457 . C CA 845.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=241.3654;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.02;MQ0=1;QD=30.21;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:26:72:888,72,0 chrXI 467 . AC A 579.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.633;DP=26;FS=21.875;HaplotypeScore=235.3099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.86;MQ0=2;MQRankSum=-0.967;QD=22.31;ReadPosRankSum=-1.633;SB=-2.398e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,18:24:99:619,0,162 chrXI 504 . GC G 147.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.464;DP=22;FS=2.197;HaplotypeScore=219.3051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.19;MQ0=2;MQRankSum=-0.537;QD=6.73;RPA=3,2;RU=C;ReadPosRankSum=3.367;SB=-2.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,7:20:99:187,0,244 chrXI 730 . A AT 566.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=674.5196;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.33;MQ0=0;QD=17.18;RPA=1,2;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,15:29:77:609,77,0 chrXI 736 . AC A 451.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=641.1111;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.15;MQ0=0;QD=15.07;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,14:26:70:494,70,0 chrXI 863 . A AT 97.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.495;DP=13;FS=13.222;HaplotypeScore=74.8752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.29;MQ0=1;MQRankSum=1.495;QD=7.54;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=0.922;SB=-2.745e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,5:8:47:137,0,47 chrXI 1394 . TC T 121.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=48.1753;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.43;MQ0=4;QD=12.12;RPA=2,1;RU=C;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,6:5:15:163,15,0 chrXI 1615 . A AG 121.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.450;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=45.6398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.10;MQ0=9;MQRankSum=-0.470;QD=4.52;ReadPosRankSum=0.103;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,5:10:99:161,0,156 chrXI 2126 . GCAACAC G 998.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=505.4771;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.19;MQ0=4;QD=43.43;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,10:18:54:1041,54,0 chrXI 2137 . AGCG A 343.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.415;DP=22;FS=4.260;HaplotypeScore=503.7835;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.01;MQ0=3;MQRankSum=0.244;QD=15.63;ReadPosRankSum=2.098;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,10:17:91:383,0,91 chrXI 2506 . A AG 233.98 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.107;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=115.1762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.09;MQ0=8;MQRankSum=-1.826;QD=8.07;RPA=3,4;RU=G;ReadPosRankSum=-1.182;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,19:18:26:273,0,26 chrXI 3318 . GA G 1313.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=316.3317;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.61;MQ0=0;QD=24.33;RPA=5,4;RU=A;SB=-3.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,49:54:99:1356,147,0 chrXI 8331 . TA T 1169.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.820;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=313.2821;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.60;MQ0=0;MQRankSum=0.098;QD=13.93;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.098;SB=-4.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,58:84:99:1212,125,0 chrXI 11273 . C CA 2516.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=30.0103;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;QD=27.97;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.236e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,87:90:99:2559,247,0 chrXI 13741 . CT C 2300.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=181.5906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.88;MQ0=0;QD=27.39;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.169e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,79:84:99:2343,217,0 chrXI 14273 . T TA 3569 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=36.2665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.07;MQ0=0;QD=33.99;SB=-1.633e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:105:99:3569,289,0 chrXI 18399 . GT G 2062.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=203.1987;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;QD=22.18;RPA=8,7;RU=T;SB=-8.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,84:93:99:2105,255,0 chrXI 19143 . A AT 2239.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=36.5235;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.75;MQ0=0;QD=25.75;RPA=2,3;RU=T;SB=-7.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,85:87:99:2282,219,0 chrXI 19388 . CTT C 1391.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=332.2703;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.81;MQ0=0;QD=27.84;RPA=9,7;RU=T;SB=-5.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,41:50:99:1434,126,0 chrXI 20173 . C CACTCAATCCAAGA 5536 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=133.9473;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.13;MQ0=0;QD=128.74;SB=-2.715e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,25:43:99:5536,120,0 chrXI 21247 . A AT 897.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.161;DP=62;FS=4.973;HaplotypeScore=229.8581;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.748;QD=14.48;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=-0.026;SB=-3.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,33:62:99:940,123,0 chrXI 21945 . GC G 1304.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=16.2377;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.03;MQ0=0;QD=25.10;RPA=7,6;RU=C;SB=-5.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,48:52:99:1347,138,0 chrXI 22132 . GT G 1875.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=136.3317;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.44;MQ0=0;QD=26.80;RPA=4,3;RU=T;SB=-8.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,67:70:99:1918,192,0 chrXI 25077 . TA T 947.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=62.5101;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;QD=16.93;RPA=7,6;RU=A;SB=-4.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,50:56:99:990,120,0 chrXI 32767 . G GCTGATA 5649 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=197.8913;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.02;MQ0=0;QD=78.46;SB=-1.803e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:72:99:5649,196,0 chrXI 34478 . T TAGAAACCATATCCCTATAAC 10723 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=172.5749;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.48;MQ0=0;QD=124.69;RPA=1,2;RU=AGAAACCATATCCCTATAAC;SB=-4.436e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,66:86:99:10723,192,0 chrXI 36666 . G GT 1231.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=222.1847;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.62;MQ0=0;QD=23.69;RPA=7,8;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1274,156,0 chrXI 38471 . T TA 2764.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=58.9129;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=1.664;QD=24.47;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=0.679;SB=-1.034e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,102:113:99:2807,302,0 chrXI 38637 . A AAG 3653 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.947;DP=104;FS=2.306;HaplotypeScore=48.5427;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.14;MQ0=0;MQRankSum=0.287;QD=35.13;ReadPosRankSum=-1.926;SB=-1.662e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,97:104:99:3653,254,0 chrXI 42335 . CTTATTA C 319.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3946;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=39.90;RPA=10,8;RU=TTA;SB=-7.175e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,5:8:15:361,15,0 chrXI 46509 . 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T TC 145.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=109.8471;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.61;MQ0=0;QD=20.72;RPA=1,2;RU=C;SB=-5.180e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21:187,21,0 chrXI 68007 . A AG 421.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=68.9435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.54;MQ0=0;QD=30.14;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42:464,42,0 chrXI 68106 . A AAAT 447.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=51.6190;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.22;MQ0=0;QD=32.00;SB=-7.699e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,8:14:33:490,33,0 chrXI 68355 . GGAA G 1226.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.788;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=415.3620;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.34;MQ0=0;MQRankSum=0.873;QD=39.58;ReadPosRankSum=1.788;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,24:31:45:1269,45,0 chrXI 68361 . 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AT A 870.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=396.8041;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.41;MQ0=0;QD=19.79;RPA=9,8;RU=T;SB=-2.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,41:44:99:913,114,0 chrXI 74277 . AG A 1237.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.577;DP=78;FS=1.314;HaplotypeScore=278.1415;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.11;MQ0=0;MQRankSum=3.044;QD=15.87;ReadPosRankSum=4.293;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,63:78:99:1280,122,0 chrXI 74279 . TA T 1135.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.901;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=284.0952;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.11;MQ0=0;MQRankSum=2.620;QD=14.56;ReadPosRankSum=4.835;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,63:78:66:1178,66,0 chrXI 74916 . T TAGTGC 3698 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=20.1629;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.92;MQ0=0;QD=61.63;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,54:60:99:3698,166,0 chrXI 78799 . TTATATA T 1193.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=177.7880;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.50;MQ0=0;QD=24.87;RPA=11,8;RU=TA;SB=-2.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,6:48:60:1236,60,0 chrXI 78837 . AT A 1299.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=430.5554;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.42;MQ0=1;QD=22.41;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,47:57:99:1342,149,0 chrXI 80060 . G GATAT 802.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=18.7479;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.07;MQ0=0;QD=18.25;RPA=6,8;RU=AT;SB=-3.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,16:44:48:845,48,0 chrXI 80905 . CT C 1434.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.154;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=63.4139;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.360;QD=15.60;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.188;SB=-5.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,69:92:99:1477,165,0 chrXI 82809 . T TA 1228.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=14.7341;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.26;MQ0=0;QD=22.76;RPA=5,6;RU=A;SB=-3.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,47:54:99:1271,141,0 chrXI 83812 . A AT 1218.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=477.9620;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.19;MQ0=0;QD=23.44;RPA=5,6;RU=T;SB=-3.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,49:52:99:1261,138,0 chrXI 83878 . C CA 998.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=308.9130;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.77;MQ0=0;QD=23.78;RPA=5,6;RU=A;SB=-4.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,40:41:99:1041,114,0 chrXI 83970 . C CA 3134.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.423;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=687.2801;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.67;MQ0=0;MQRankSum=1.096;QD=31.67;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.284;SB=-3.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,91:96:99:3177,258,0 chrXI 84295 . ATTT A 1882.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.146;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=163.6792;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.30;MQ0=0;MQRankSum=1.734;QD=24.45;RPA=11,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.604;SB=-6.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,48:71:83:1925,83,0 chrXI 86111 . TG T 841.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=11.3414;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.37;MQ0=0;QD=29.03;RPA=2,1;RU=G;SB=-2.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:78:884,78,0 chrXI 89276 . G GTAA 3678 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.244;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=625.5095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.977;QD=44.85;ReadPosRankSum=0.711;SB=-1.313e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,77:82:99:3678,226,0 chrXI 92108 . C CA 915.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=213.8548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.70;MQ0=0;QD=22.90;RPA=4,5;RU=A;SB=-4.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,35:40:99:958,102,0 chrXI 92266 . ATG A 1392.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=400.2779;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=42.21;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:96:1435,96,0 chrXI 92298 . G GT 827.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=427.7551;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.31;MQ0=0;QD=24.35;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,30:34:90:870,90,0 chrXI 92655 . A ATT 583.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.179;DP=35;FS=4.771;HaplotypeScore=88.4150;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.60;MQ0=0;MQRankSum=0.901;QD=16.68;RPA=10,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.456;SB=-1.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,19:35:36:626,36,0 chrXI 94462 . TAAAA T 5983 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=286.7903;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.86;MQ0=0;QD=53.42;RPA=8,4;RU=A;SB=-1.300e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,108:112:99:5983,316,0 chrXI 96630 . C CT 1124.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=38.9660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.95;MQ0=0;QD=22.96;RPA=4,5;RU=T;SB=-5.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,43:49:99:1167,123,0 chrXI 98218 . CA C 1271.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=134.6583;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.00;MQ0=0;QD=30.28;RPA=2,1;RU=A;SB=-3.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:42:99:1314,114,0 chrXI 98349 . AT A 209.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=168.8325;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.53;MQ0=0;QD=6.00;RPA=7,6;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,17:35:30:252,30,0 chrXI 106992 . AT A 772.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=127.8585;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.64;MQ0=0;QD=17.18;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,33:45:99:815,105,0 chrXI 113003 . GA G 919.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=15.7355;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.50;MQ0=0;QD=21.39;RPA=7,6;RU=A;SB=-4.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,42:43:99:962,114,0 chrXI 136103 . CATATATATAT C 641.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=41.3135;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.73;MQ0=0;QD=22.14;RPA=12,7;RU=AT;SB=-2.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,15:29:39:684,39,0 chrXI 136494 . A AT 2455.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=99.5358;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.41;MQ0=0;QD=22.74;RPA=3,4;RU=T;SB=-7.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,95:108:99:2498,258,0 chrXI 136887 . C CAA 2255.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=374.2416;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.68;MQ0=0;QD=34.71;RPA=3,5;RU=A;SB=-7.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,61:65:99:2298,181,0 chrXI 137159 . 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T TA 1705.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=30.3732;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.13;MQ0=0;QD=22.75;RPA=5,6;RU=A;SB=-7.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,73:75:99:1748,192,0 chrXI 146380 . T TG 2666.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=81.9494;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.40;MQ0=0;QD=36.53;SB=-1.084e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,71:73:99:2709,208,0 chrXI 146917 . G GT 1847.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=1011.7823;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.22;MQ0=0;QD=22.54;SB=-4.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,56:82:99:1890,227,0 chrXI 146922 . GT G 1549.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=749.1858;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.83;MQ0=0;QD=27.68;SB=-5.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1592,168,0 chrXI 147048 . GA G 2370.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=153.9419;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.67;MQ0=0;QD=31.20;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.076e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,73:76:99:2413,211,0 chrXI 158529 . ATC A 1845.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=159.2577;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.75;MQ0=0;QD=34.83;RPA=2,1;RU=TC;SB=-8.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,49:53:99:1888,141,0 chrXI 162372 . GT G 1015.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=108.0531;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.67;MQ0=0;QD=29.03;RPA=3,2;RU=T;SB=-2.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,33:35:99:1058,99,0 chrXI 162425 . TA T 1368.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=97.1695;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;QD=34.22;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,35:40:99:1411,114,0 chrXI 162682 . G GT 1539.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=31.6725;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;QD=21.39;RPA=8,9;RU=T;SB=-1.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,67:72:99:1582,195,0 chrXI 163554 . TAATA T 12953 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=242;FS=0.000;HaplotypeScore=145.9735;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.91;MQ0=0;QD=53.52;SB=-5.115e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,231:242:99:12953,653,0 chrXI 165087 . TAGA T 2420.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=28.2560;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.38;MQ0=0;QD=40.35;RPA=2,1;RU=AGA;SB=-1.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,57:60:99:2463,150,0 chrXI 167518 . A AAT 17.80 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=29.4219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=65.64;MQ0=0;QD=1.62;RPA=6,7;RU=AT;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,7:11:6:58,6,0 chrXI 171227 . G GA 3301 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=276.0850;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;QD=25.20;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.402e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,125:131:99:3301,351,0 chrXI 173951 . TA T 1480.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=112.4530;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=34.44;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1523,123,0 chrXI 179184 . GA G 896.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=202.3869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.64;MQ0=0;QD=19.50;RPA=8,7;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,40:46:99:939,114,0 chrXI 180295 . CAA C 1936.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=64.8848;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.11;MQ0=0;QD=30.26;RPA=3,1;RU=A;SB=-7.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,42:63:99:1979,153,0 chrXI 184503 . A AATAATAATAATAATT 147.73 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0652;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.06;MQ0=0;QD=7.78;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,5:19:6:188,6,0 chrXI 188972 . CA C 2718.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=254.7807;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.35;MQ0=0;QD=31.99;RPA=2,1;RU=A;SB=-8.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,84:85:99:2761,244,0 chrXI 189036 . AT A 1173.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=210.2354;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.86;MQ0=0;QD=18.06;RPA=9,8;RU=T;SB=-4.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,53:65:99:1216,153,0 chrXI 193261 . GAGAACCAAATTAC G 8792 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=145.3762;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.77;MQ0=0;QD=125.60;SB=-4.391e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:70:99:8792,199,0 chrXI 196211 . GAA G 866.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=80.9934;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.81;MQ0=1;MQRankSum=1.628;QD=15.21;RPA=17,15;RU=A;ReadPosRankSum=0.683;SB=-3.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,30:55:93:909,93,0 chrXI 196848 . TTTGCAG T 3696 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=31.7736;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.62;MQ0=0;QD=48.63;RPA=3,2;RU=TTGCAG;SB=-1.541e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,56:76:99:3696,156,0 chrXI 200393 . C CTTTATT 1826.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=181.0900;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.70;MQ0=0;QD=60.90;SB=-5.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,26:30:84:1869,84,0 chrXI 200868 . GGC G 1323.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=69.3166;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.83;MQ0=0;QD=41.37;RPA=2,1;RU=GC;SB=-1.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,31:32:96:1366,96,0 chrXI 202170 . T TTA 1521.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.678;DP=56;FS=3.010;HaplotypeScore=625.7928;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.506;QD=27.18;RPA=1,2;RU=TA;ReadPosRankSum=1.356;SB=-7.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,40:56:99:1564,128,0 chrXI 202174 . T TACC 2319.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=522.7462;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.55;MQ0=0;QD=46.40;SB=-1.151e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,40:50:99:2362,147,0 chrXI 202440 . CTGAACTATAAA C 3964 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=89.9608;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.57;MQ0=0;QD=107.14;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,35:37:96:3964,96,0 chrXI 203074 . C CTTT 1083.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=192.4037;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.35;MQ0=0;QD=30.97;RPA=5,8;RU=T;SB=-2.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,21:34:78:1126,78,0 chrXI 203124 . C CAT 2046.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=147.5530;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.76;MQ0=0;QD=45.49;SB=-9.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,43:45:99:2089,132,0 chrXI 212350 . GT G 1375.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=25.6796;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.85;MQ0=0;QD=22.19;RPA=8,7;RU=T;SB=-7.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,59:62:99:1418,174,0 chrXI 213285 . G GC 2920.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.770;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=211.2159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.53;MQ0=0;MQRankSum=1.078;QD=28.36;RPA=1,2;RU=C;ReadPosRankSum=1.578;SB=-1.441e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,93:103:99:2963,249,0 chrXI 213592 . C CCG 2696.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=426.4016;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.96;MQ0=0;QD=40.86;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,56:66:99:2739,186,0 chrXI 217107 . GAA G 517.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.098;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=40.3302;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=0.886;QD=11.26;RPA=16,14;RU=A;ReadPosRankSum=1.609;SB=-2.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,13:45:56:560,56,0 chrXI 219666 . T TA 2327.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=307.7020;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=28.05;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.024e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,79:83:99:2370,231,0 chrXI 219888 . G GA 1818.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=262.3585;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.88;MQ0=0;QD=29.82;SB=-5.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,50:61:99:1861,156,0 chrXI 219946 . G GA 2544.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=133.9762;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=36.36;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,66:70:99:2587,208,0 chrXI 223251 . T TG 2092.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=164.5455;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=29.48;RPA=3,4;RU=G;SB=-1.023e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,68:71:99:2135,204,0 chrXI 230043 . GA G 1143.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=22.7704;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.44;MQ0=0;QD=16.34;RPA=9,8;RU=A;SB=-5.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,61:70:99:1186,147,0 chrXI 232543 . GTAA G 1371.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=222.4702;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.21;MQ0=0;QD=22.87;RPA=7,6;RU=TAA;SB=-6.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,32:60:99:1414,105,0 chrXI 232606 . AAAT A 3506 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=290.5826;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.20;MQ0=0;QD=48.03;SB=-1.572e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,70:73:99:3506,205,0 chrXI 234032 . C CA 197.98 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.170;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=34.9217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=0.623;QD=9.43;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-1.076;SB=-1.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,11:21:23:237,0,23 chrXI 234086 . AT A 365.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.552;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=66.5310;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=1.552;QD=16.63;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.639;SB=-1.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,20:22:44:408,44,0 chrXI 234157 . AT A 450.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.653;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=55.5096;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=1.152;QD=12.53;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=2.154;SB=-2.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,32:36:42:493,42,0 chrXI 234262 . A AT 427.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.628;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=133.7597;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.86;MQ0=0;MQRankSum=1.531;QD=9.28;RPA=14,15;RU=T;ReadPosRankSum=0.778;SB=-6.333e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,19:46:5:467,5,0 chrXI 237424 . G GA 1622.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.166;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=51.3390;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.95;MQ0=0;MQRankSum=1.865;QD=15.91;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.269;SB=-7.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,78:102:99:1665,157,0 chrXI 240682 . ATCATCATCGTCAACATTT A 9355 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.697;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=182.5750;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=1.102;QD=67.30;RPA=2,1;RU=TCATCATCGTCAACATTT;ReadPosRankSum=1.697;SB=-3.590e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,100:139:99:9355,293,0 chrXI 242787 . CTT C 911.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.110;DP=44;FS=7.404;HaplotypeScore=35.3303;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=0.476;QD=20.73;RPA=12,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.208;SB=-1.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,31:44:77:954,77,0 chrXI 246028 . AT A 598.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.339;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=45.7994;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.13;MQ0=0;MQRankSum=0.936;QD=11.28;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.578;SB=-2.256e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,38:53:21:640,21,0 chrXI 247692 . C CTTGTT 3343 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=12.0466;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.51;MQ0=0;QD=72.67;SB=-1.428e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:3343,138,0 chrXI 247955 . AT A 820.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=282.5852;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.63;MQ0=0;QD=17.85;RPA=10,9;RU=T;SB=-3.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,41:46:99:863,110,0 chrXI 248274 . C CAA 2407.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=163.7088;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.66;MQ0=0;QD=34.90;RPA=2,4;RU=A;SB=-6.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,59:69:99:2450,181,0 chrXI 255584 . CT C 1215.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.102;DP=73;FS=2.578;HaplotypeScore=27.0726;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.407;QD=16.66;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=2.171;SB=-4.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,62:73:99:1258,119,0 chrXI 257976 . GC G 3382 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=614.0328;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.49;MQ0=0;QD=32.83;RPA=2,1;RU=C;SB=-1.654e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:3382,289,0 chrXI 260061 . C CT 2097.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=162.5408;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.43;MQ0=0;QD=27.97;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.005e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,71:75:99:2140,207,0 chrXI 260957 . A AC 1890.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=176.5715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.00;MQ0=0;QD=29.55;SB=-8.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,56:64:99:1933,156,0 chrXI 261949 . A ATATT 4715 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=143.0909;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.80;MQ0=0;QD=48.11;RPA=1,2;RU=TATT;SB=-1.819e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,84:98:99:4715,250,0 chrXI 266089 . TAA T 909.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=25.7899;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.54;MQ0=0;QD=22.19;RPA=13,11;RU=A;SB=-1.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,30:41:90:952,90,0 chrXI 271769 . TA T 1471.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=143.6719;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.09;MQ0=0;QD=16.18;RPA=11,10;RU=A;SB=-6.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,70:91:99:1514,202,0 chrXI 277040 . A AT,ATT 1195.95 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.454;DP=130;FS=8.725;HaplotypeScore=370.8549;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=52.72;MQ0=0;MQRankSum=0.164;QD=9.20;RPA=14,15,16;RU=T;ReadPosRankSum=0.230;SB=-4.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:72,44,7:127:64:1274,137,64,664,0,743 chrXI 277081 . CT C 1948.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=306.6366;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.49;MQ0=0;QD=23.48;RPA=5,4;RU=T;SB=-6.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,73:83:99:1991,213,0 chrXI 277968 . C CT 2286.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=28.8877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.03;MQ0=0;QD=23.34;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.153e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,92:98:99:2329,261,0 chrXI 278242 . GA G 2283.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=830.3361;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.80;MQ0=0;QD=20.76;RPA=10,9;RU=A;SB=-1.105e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,100:110:99:2326,284,0 chrXI 278266 . T TAAA 4848 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.508;DP=124;FS=4.017;HaplotypeScore=637.8849;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=39.10;RPA=7,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.119;SB=-1.782e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,103:124:99:4848,339,0 chrXI 278806 . G GC 1272.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=243.0120;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.09;MQ0=0;QD=34.40;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:37:99:1315,105,0 chrXI 279085 . GA G 1882.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=479.6451;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.84;MQ0=0;QD=20.92;RPA=8,7;RU=A;SB=-5.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,81:90:99:1925,234,0 chrXI 280388 . G GTGATGA 3657 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=25.9055;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.11;MQ0=0;QD=55.41;RPA=2,4;RU=TGA;SB=-8.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,31:66:99:3657,168,0 chrXI 280468 . TA T 885.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.410;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=38.9257;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.14;MQ0=0;MQRankSum=0.443;QD=15.54;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.249;SB=-9.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,51:57:99:928,104,0 chrXI 280982 . CAT C 669.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=99.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.35;MQ0=0;QD=25.77;RPA=6,5;RU=AT;SB=-1.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,22:26:60:712,60,0 chrXI 286448 . TAAA T 328.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=20.3253;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.52;MQ0=0;QD=23.50;RPA=15,12;RU=A;SB=-4.198e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,10:14:27:371,27,0 chrXI 299419 . G GA 189.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6142;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;QD=11.87;RPA=8,9;RU=A;SB=-1.027e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:16:29:232,29,0 chrXI 302194 . G GAGTTTCTGATCCTCACTAA 4476 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=57.7840;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.09;MQ0=0;QD=131.65;SB=-1.587e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,13:34:84:4476,84,0 chrXI 303028 . C CTTT 2595.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=169.8842;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.29;MQ0=0;QD=32.86;RPA=7,10;RU=T;SB=-4.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,52:79:99:2638,189,0 chrXI 304852 . T TC 2228.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=341.1779;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.01;MQ0=0;QD=26.54;RPA=3,4;RU=C;SB=-7.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,79:84:99:2271,219,0 chrXI 307266 . CA C 2002.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=101.7616;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.33;MQ0=0;QD=18.72;RPA=9,8;RU=A;SB=-7.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,95:107:99:2045,257,0 chrXI 307855 . G GC 2814.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=80.1482;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=32.73;RPA=1,2;RU=C;SB=-1.399e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,82:86:99:2857,244,0 chrXI 308142 . A AT 1903.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=31.5088;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.22;RPA=2,3;RU=T;SB=-5.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,56:82:99:1946,195,0 chrXI 308786 . TGCACC T 6722 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=324.7757;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.74;MQ0=0;QD=64.63;RPA=2,1;RU=GCACC;SB=-2.352e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,99:104:99:6722,295,0 chrXI 308929 . G GA 1019.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.995;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=52.9431;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.184;QD=17.00;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.069;SB=-5.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,34:60:99:1062,117,0 chrXI 309621 . A ATT 1928.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=55.2571;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.02;MQ0=0;QD=27.17;RPA=8,10;RU=T;SB=-9.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,51:71:99:1971,178,0 chrXI 309693 . GT G 764.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;DP=81;FS=1.779;HaplotypeScore=150.8386;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.023;QD=9.44;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.755;SB=-2.394e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,45:81:13:806,13,0 chrXI 310035 . GA G 1461.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.276;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=158.0043;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.628;QD=15.89;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.778;SB=-6.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,76:92:99:1504,181,0 chrXI 310563 . T TTAATAACAA 5413 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=106.4508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.60;MQ0=0;QD=77.33;SB=-2.259e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,59:70:99:5413,172,0 chrXI 313387 . G GAAA 1042.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=214.6112;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.37;MQ0=0;QD=40.11;SB=-5.800e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:26:63:1085,63,0 chrXI 313984 . G GA 115.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.549;DP=42;FS=29.364;HaplotypeScore=249.6149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.35;MQ0=0;MQRankSum=-4.034;QD=2.76;ReadPosRankSum=-0.343;SB=-8.137e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,11:42:99:155,0,280 chrXI 313985 . G GC 124.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.549;DP=42;FS=29.364;HaplotypeScore=247.9209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.35;MQ0=0;MQRankSum=-4.034;QD=2.98;ReadPosRankSum=-0.029;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,11:42:99:164,0,809 chrXI 314144 . C CA 379.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.542;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=124.0697;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.964;QD=19.00;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=1.542;SB=-1.716e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,16:20:34:422,34,0 chrXI 315394 . TA T 2376.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=33.7578;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.42;MQ0=0;QD=21.61;RPA=8,7;RU=A;SB=-9.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,107:110:99:2419,299,0 chrXI 316237 . AATC A 1437.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=300.3003;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.07;MQ0=0;QD=39.94;SB=-4.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,34:36:99:1480,101,0 chrXI 316283 . CA C 1060.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=539.1826;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.19;MQ0=0;QD=18.95;RPA=8,7;RU=A;SB=-4.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,48:56:99:1103,137,0 chrXI 316294 . A AAT 1909.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=422.5267;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.72;MQ0=0;QD=36.04;SB=-9.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,46:53:99:1952,138,0 chrXI 316401 . TA T 1968.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=294.3924;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.99;MQ0=0;QD=31.76;RPA=2,1;RU=A;SB=-6.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,60:62:99:2011,177,0 chrXI 317063 . T TTG 3132.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=243.1322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.86;MQ0=0;QD=40.69;SB=-1.280e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,64:77:99:3175,202,0 chrXI 317104 . G GA 2773.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=343.7052;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.49;MQ0=0;QD=29.20;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.272e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,94:95:99:2816,283,0 chrXI 320823 . GTTT GT,G 396.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.345;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=91.5755;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.96;MQ0=0;MQRankSum=1.918;QD=5.59;RPA=20,18,17;RU=T;ReadPosRankSum=2.706;SB=-1.018e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:47,0,9:71:75:475,143,128,75,0,249 chrXI 321747 . G GTT 1383.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=520.0880;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;QD=20.97;RPA=9,11;RU=T;SB=-4.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,37:66:99:1426,140,0 chrXI 321765 . ACTGCACAGCTTGCTATCCCG A 2940.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=230.1815;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.00;MQ0=0;QD=73.52;RPA=2,1;RU=CTGCACAGCTTGCTATCCCG;SB=-8.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,14:40:42:2983,42,0 chrXI 323140 . G GAATTATA 3998 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=76.6963;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.14;MQ0=0;QD=76.88;SB=-1.481e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,49:52:99:3998,135,0 chrXI 325448 . ATT A 967.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=8.2080;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.25;RPA=6,4;RU=T;SB=-2.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,27:32:81:1010,81,0 chrXI 327725 . A AT 694.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.205;DP=56;FS=3.028;HaplotypeScore=60.2859;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.513;QD=12.41;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.719;SB=-1.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,39:56:53:737,53,0 chrXI 335138 . A AT 198.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=97.4190;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.95;MQ0=0;QD=18.09;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,8:11:24:241,24,0 chrXI 335175 . AGTTTT A 1342.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=56.5941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.49;MQ0=0;QD=58.39;RPA=2,1;RU=GTTTT;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,22:23:66:1385,66,0 chrXI 336362 . GTA G 4519 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=57.7191;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.43;MQ0=1;QD=28.07;RPA=6,5;RU=TA;SB=-2.056e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,131:160:99:4519,391,0 chrXI 337548 . TGGTTGC T 1234.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.347;DP=91;FS=7.440;HaplotypeScore=1536.7499;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.03;MQ0=0;MQRankSum=0.571;QD=13.57;ReadPosRankSum=5.854;SB=-5.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,24:91:99:1274,0,392 chrXI 337557 . TGGTTGC T 3570 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.526;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=1400.2753;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.045;QD=38.80;ReadPosRankSum=1.247;SB=-1.027e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,44:92:99:3570,219,0 chrXI 337589 . GTTGGGA G 6004 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=864.0354;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.17;MQ0=0;QD=69.01;SB=-9.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,73:87:99:6004,228,0 chrXI 338912 . G GTGAATATGT 7681 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=172.0266;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.86;MQ0=0;QD=102.41;SB=-3.549e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,58:75:99:7681,214,0 chrXI 341027 . G GA 708.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.248;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=113.2244;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=13.38;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-1.040;SB=-2.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,33:53:82:751,82,0 chrXI 345978 . CT C 1778.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=20.7858;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.42;MQ0=0;QD=26.16;RPA=2,1;RU=T;SB=-8.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,66:68:99:1821,162,0 chrXI 347097 . C CTATA 654.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=15.0950;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.74;MQ0=0;QD=14.89;RPA=5,7;RU=TA;SB=-5.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,23:44:48:697,48,0 chrXI 349220 . TC T 1586.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=304.1387;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.36;MQ0=0;QD=23.69;SB=-7.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,55:67:99:1629,169,0 chrXI 351197 . CT C 900.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.522;DP=58;FS=2.829;HaplotypeScore=42.9225;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.439;QD=15.53;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.728;SB=-3.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,46:58:99:943,99,0 chrXI 355272 . A AT 1592.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=195.2256;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.25;MQ0=0;QD=23.78;RPA=6,7;RU=T;SB=-7.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,63:67:99:1635,189,0 chrXI 355968 . G GCA 1506.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=42.1785;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.15;MQ0=0;QD=40.73;SB=-6.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,33:37:99:1549,105,0 chrXI 356100 . C CAACCG 5267 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=346.3019;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.35;MQ0=0;QD=65.02;SB=-1.026e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,71:81:99:5267,223,0 chrXI 356150 . G GT 1509.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=539.2961;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.65;MQ0=0;QD=20.97;RPA=7,8;RU=T;SB=-3.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,58:72:99:1552,180,0 chrXI 356443 . CT C 1049.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=51.7700;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=21.87;RPA=8,7;RU=T;SB=-3.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,46:48:99:1092,132,0 chrXI 356653 . C CTCT 3736 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=27.0113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.27;MQ0=0;QD=43.44;RPA=2,3;RU=TCT;SB=-9.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,81:86:99:3736,229,0 chrXI 358089 . G GA 1583.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=68.5431;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.88;MQ0=0;QD=32.33;RPA=1,2;RU=A;SB=-4.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,46:49:99:1626,138,0 chrXI 358427 . AC A 966.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=41.8628;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.91;MQ0=0;QD=22.49;RPA=2,1;RU=C;SB=-3.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,37:43:99:1009,101,0 chrXI 359572 . T TAA 2223.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=27.3915;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.20;MQ0=0;QD=28.51;RPA=5,7;RU=A;SB=-1.122e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,65:78:99:2266,190,0 chrXI 362447 . T TAGGAG 4364 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=74.9639;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.19;MQ0=0;QD=60.61;SB=-2.041e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,62:72:99:4364,193,0 chrXI 364266 . AG A 4681 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=170.1489;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=38.06;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,121:123:99:4681,358,0 chrXI 364329 . GAATATA G 1273.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=260.0088;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.43;MQ0=1;QD=19.91;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,20:63:81:1316,81,0 chrXI 364491 . GT G 479.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.401;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=168.1919;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.15;MQ0=0;MQRankSum=1.561;QD=12.97;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.293;SB=-4.499e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,26:37:34:522,34,0 chrXI 371457 . G GT 1067.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=187.1854;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.665;QD=16.43;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.222;SB=-4.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,52:65:72:1110,72,0 chrXI 379015 . T TG 3977 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=781.3132;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.64;MQ0=0;QD=30.59;RPA=2,3;RU=G;SB=-1.647e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,119:130:99:3977,361,0 chrXI 379079 . GC G 4850 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=1108.3656;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.03;MQ0=0;QD=34.15;SB=-2.412e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,132:142:99:4850,398,0 chrXI 379084 . A AAT 5861 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=1003.5535;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.97;MQ0=0;QD=41.86;SB=-2.835e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,124:140:99:5861,372,0 chrXI 379134 . A ATT 4738 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=780.5855;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.89;MQ0=0;QD=40.84;RPA=1,3;RU=T;SB=-2.055e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,106:116:99:4738,328,0 chrXI 379623 . GC G 1136.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=202.4932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.35;MQ0=0;QD=29.15;RPA=3,2;RU=C;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,38:39:99:1179,108,0 chrXI 382547 . TTG T 120.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=14.3745;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.27;MQ0=0;QD=6.68;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,6:18:15:162,15,0 chrXI 382677 . GT G 879.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.143;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=32.8743;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=0.627;QD=16.92;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.659;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,47:52:99:922,115,0 chrXI 385127 . TGA T 357.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.853;DP=31;FS=13.636;HaplotypeScore=22.7057;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.848;QD=11.55;ReadPosRankSum=1.493;SB=2.626e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,18:30:99:397,0,108 chrXI 385574 . GTAA G 2272.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=30.0132;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.57;MQ0=0;QD=36.08;RPA=2,1;RU=TAA;SB=-1.080e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,55:63:99:2315,144,0 chrXI 387148 . GTGA G 2292.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=310.3909;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.81;MQ0=0;QD=18.64;RPA=10,9;RU=TGA;SB=-1.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:70,53:123:99:2335,166,0 chrXI 387223 . TA T 1785.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=69.2726;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.13;MQ0=0;QD=27.91;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,61:64:99:1828,177,0 chrXI 387325 . G GAGA 2393.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=48.9310;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.60;MQ0=0;QD=31.92;SB=-4.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,40:75:99:2436,173,0 chrXI 392446 . A AAT 452.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=58.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.80;MQ0=0;QD=12.24;RPA=4,5;RU=AT;SB=-1.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,15:37:42:495,42,0 chrXI 392468 . C CAT 588.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=94.2628;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.28;MQ0=0;QD=20.31;RPA=5,6;RU=AT;SB=-1.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,18:29:54:631,54,0 chrXI 405115 . TAGAGG T 5213 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.691;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=241.1646;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.50;MQ0=0;MQRankSum=0.876;QD=51.61;ReadPosRankSum=0.102;SB=-1.235e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,89:101:99:5213,180,0 chrXI 407997 . C CA 1184.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=17.4105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=23.70;RPA=5,6;RU=A;SB=-3.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1227,138,0 chrXI 427028 . AG A 2690.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=26.8834;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.10;MQ0=0;QD=32.04;SB=-1.330e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,83:84:99:2733,241,0 chrXI 427235 . G GA 2076.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=213.2044;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=26.63;RPA=2,3;RU=A;SB=-9.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,66:78:99:2119,207,0 chrXI 427266 . GT G 1915.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=143.4616;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.98;MQ0=0;QD=30.41;RPA=2,1;RU=T;SB=-7.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,58:63:99:1958,174,0 chrXI 428783 . GA G 187.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=10.3878;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.83;MQ0=0;QD=11.75;RPA=11,10;RU=A;SB=-4.598e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,12:16:30:230,30,0 chrXI 431308 . ATTTAAAATTGAAGCT A 3910 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=13.3731;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.36;MQ0=0;QD=81.46;RPA=2,1;RU=TTTAAAATTGAAGCT;SB=-8.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,22:48:78:3910,78,0 chrXI 431507 . A AT 2470.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=35.8511;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.61;MQ0=0;QD=23.31;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.036e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,101:106:99:2513,279,0 chrXI 432365 . GA G 558.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=58.1370;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.29;MQ0=0;QD=21.50;RPA=6,5;RU=A;SB=-8.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,23:26:69:601,69,0 chrXI 432846 . GAAA G 1929.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=194.5468;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.38;MQ0=0;QD=39.39;RPA=11,8;RU=A;SB=-3.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,47:48:99:1972,138,0 chrXI 436965 . GC G 3206.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=340.5635;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.40;MQ0=0;QD=34.48;SB=-1.556e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:93:99:3249,265,0 chrXI 448269 . A AT 2056.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=248.5920;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.80;MQ0=0;QD=30.25;SB=-1.035e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,54:68:99:2099,177,0 chrXI 448283 . T TG 2259.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=280.5718;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.30;MQ0=0;QD=31.39;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.033e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,68:72:99:2302,196,0 chrXI 450308 . TA T 1875.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.287;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=43.6230;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.48;MQ0=0;MQRankSum=0.346;QD=17.21;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.592;SB=-5.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,94:109:99:1918,222,0 chrXI 451568 . GGAACAC G 7015 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=53.7623;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.91;MQ0=0;QD=60.47;RPA=2,1;RU=GAACAC;SB=-2.148e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,100:116:99:7015,292,0 chrXI 454128 . A ACC 2722.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=23.6228;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.48;MQ0=0;QD=40.04;RPA=1,3;RU=C;SB=-7.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,63:68:99:2765,187,0 chrXI 457179 . TTC T 2060.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=19.4408;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.03;MQ0=0;QD=37.47;SB=-9.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,54:55:99:2103,147,0 chrXI 457498 . CAAAATGAACGAAGTA C 7453 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=330.3103;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.38;MQ0=0;QD=120.21;SB=-3.364e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,54:62:99:7453,163,0 chrXI 457727 . GA G 1936.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=395.9687;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.92;MQ0=0;QD=25.83;RPA=5,4;RU=A;SB=-7.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,74:75:99:1979,213,0 chrXI 458138 . A ATAAAG 3349 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=935.5884;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.53;MQ0=0;QD=53.16;SB=-7.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,11:62:99:3349,157,0 chrXI 458672 . A ATT 1209.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=12.8915;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.39;MQ0=0;QD=28.81;RPA=4,6;RU=T;SB=-2.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,35:42:99:1252,102,0 chrXI 463841 . AT A 1589.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=5.368;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=583.7860;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.413;QD=13.47;ReadPosRankSum=5.065;SB=-6.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,84:118:99:1632,130,0 chrXI 463843 . AT A 1710.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.648;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=566.3990;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.609;QD=15.01;ReadPosRankSum=4.014;SB=-6.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,84:114:99:1753,189,0 chrXI 464456 . A AACT 1856.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.164;DP=103;FS=1.956;HaplotypeScore=695.7246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.611;QD=18.03;RPA=3,4;RU=ACT;ReadPosRankSum=0.960;SB=-5.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,42:103:99:1896,0,1324 chrXI 465041 . T TTA 1195.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=92.4937;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.34;MQ0=0;QD=24.41;RPA=2,3;RU=TA;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,41:49:99:1238,99,0 chrXI 465117 . C CAT 651.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=51.9927;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;QD=31.05;RPA=1,2;RU=AT;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,16:21:48:694,48,0 chrXI 466696 . T TTTG 3671 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=34.7840;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.54;MQ0=0;QD=41.25;RPA=1,2;RU=TTG;SB=-1.649e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,72:89:99:3671,220,0 chrXI 468689 . AT A 1497.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=319.8043;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.12;MQ0=0;QD=20.24;RPA=10,9;RU=T;SB=-7.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,67:74:99:1540,197,0 chrXI 469271 . C CA 1763.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=167.3410;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.14;MQ0=0;QD=24.50;RPA=5,6;RU=A;SB=-5.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,68:72:99:1806,201,0 chrXI 473688 . 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AC A 745.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=1051.3445;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.73;MQ0=0;QD=11.66;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,45:64:99:788,115,0 chrXI 489993 . TAATCGTTATCTATTAC T 7255 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=365.2193;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.84;MQ0=0;QD=145.10;SB=-2.148e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,45:50:99:7255,138,0 chrXI 490239 . T TA 3043.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=515.8789;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.37;MQ0=0;QD=31.71;SB=-1.261e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,93:96:99:3086,256,0 chrXI 490453 . C CTA 3638 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=213.7832;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.81;MQ0=0;QD=35.32;RPA=1,2;RU=TA;SB=-1.025e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,96:103:99:3638,274,0 chrXI 493667 . CA C 1194.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=146.2726;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;QD=29.15;RPA=3,2;RU=A;SB=-3.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,38:41:99:1237,114,0 chrXI 493698 . C CTG 1561.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=131.3168;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;QD=28.93;RPA=6,7;RU=TG;SB=-7.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,46:53:99:1604,135,0 chrXI 495887 . T TACA 6450 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=147.8514;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.24;MQ0=0;QD=53.31;SB=-2.961e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,121:121:99:6450,361,0 chrXI 506763 . T TGTGTTC 4662 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=23.6790;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.44;MQ0=0;QD=79.02;SB=-9.000e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,47:59:99:4662,169,0 chrXI 509743 . A AATATGC 7539 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=218.3119;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.75;MQ0=0;MQRankSum=0.529;QD=69.81;ReadPosRankSum=1.149;SB=-3.445e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,96:108:99:7539,280,0 chrXI 510691 . G GTT 1488.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.389;DP=65;FS=5.141;HaplotypeScore=80.0411;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.76;MQ0=1;MQRankSum=-0.672;QD=22.91;RPA=10,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.601;SB=-4.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,47:64:99:1531,115,0 chrXI 513682 . AT A 2534.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=304.1211;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.03;MQ0=0;QD=24.85;RPA=4,3;RU=T;SB=-8.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,91:102:99:2577,264,0 chrXI 513754 . A AT 3181.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=929.0843;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.17;MQ0=0;QD=24.11;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.091e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,112:132:99:3224,331,0 chrXI 513774 . C CT 3494 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=827.8218;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.59;MQ0=0;QD=29.12;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.276e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,110:120:99:3494,339,0 chrXI 513856 . TTTGCTTAG T 8070 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=108.3569;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.41;MQ0=0;QD=79.90;SB=-3.814e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,88:101:99:8070,265,0 chrXI 514543 . GATATTTTTATTAATAATTATTATTTATTTTTTTTTAT G 11294 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=42.6874;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.38;MQ0=0;QD=102.67;SB=-4.487e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:59,47:110:99:11294,135,0 chrXI 517042 . A AT 634.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=51.0471;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.28;MQ0=0;QD=18.68;RPA=7,8;RU=T;SB=-8.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,30:34:81:677,81,0 chrXI 518060 . A AT 534.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=90.8323;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.67;MQ0=0;QD=16.21;RPA=4,5;RU=T;SB=-5.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,22:33:63:577,63,0 chrXI 518072 . CTTT C 863.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=118.0022;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.61;MQ0=0;QD=24.00;RPA=13,10;RU=T;SB=-2.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,27:36:66:906,66,0 chrXI 519367 . G GA 560.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.195;DP=45;FS=8.479;HaplotypeScore=34.8391;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.817;QD=12.47;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.039;SB=-1.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,23:45:49:603,49,0 chrXI 523661 . T TTGCTGCTGC 4634 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=52.9060;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.37;MQ0=0;QD=61.79;RPA=4,7;RU=TGC;SB=-2.101e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,46:75:99:4634,141,0 chrXI 525218 . TATTATC T 939.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=21.4533;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.96;MQ0=0;QD=30.32;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,12:31:51:982,51,0 chrXI 527743 . T TAA 4551 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=59.4084;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.72;MQ0=0;QD=38.24;RPA=1,3;RU=A;SB=-1.918e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,109:119:99:4551,322,0 chrXI 530616 . A AG 1414.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=48.2677;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.95;MQ0=0;QD=27.21;RPA=2,3;RU=G;SB=-6.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,48:52:99:1457,141,0 chrXI 532541 . GA G 1923.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=168.8473;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.62;MQ0=0;QD=22.90;RPA=6,5;RU=A;SB=-7.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,75:84:99:1966,222,0 chrXI 549470 . CT C 1330.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=472.5672;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.69;MQ0=0;QD=17.75;RPA=9,8;RU=T;SB=-6.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,64:75:99:1373,171,0 chrXI 557499 . 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ATCGTCGTCGTCG A 3135.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=42.8022;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=1;QD=32.00;RPA=13,9;RU=TCG;SB=-9.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,60:97:99:3178,165,0 chrXI 580897 . ATATG A 325.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=50.2449;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=21.73;SB=-1.309e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,5:15:30:368,30,0 chrXI 580931 . C CT 172.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=26.1184;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=19.22;RPA=5,6;RU=T;SB=-5.690e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:24:215,24,0 chrXI 581078 . G GA 148.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=37.8333;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.35;MQ0=0;QD=11.46;RPA=13,14;RU=A;SB=-8.775e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,8:13:27:191,27,0 chrXI 583607 . CG C 2459.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=391.3246;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.45;MQ0=0;QD=31.14;SB=-6.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,66:79:99:2502,208,0 chrXI 583613 . AC A 2324.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=417.5375;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.11;MQ0=0;QD=29.43;SB=-5.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,77:79:99:2367,219,0 chrXI 589583 . A ATT 2880.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=269.8469;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.95;MQ0=0;QD=40.01;RPA=1,3;RU=T;SB=-1.109e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,67:72:99:2923,205,0 chrXI 596999 . A AT 2449.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=211.1244;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.34;MQ0=0;QD=29.88;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.195e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,81:82:99:2492,238,0 chrXI 613087 . C CAGA 2691.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=27.6268;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.48;MQ0=0;QD=35.42;RPA=2,3;RU=AGA;SB=-1.189e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,62:76:99:2734,169,0 chrXI 613313 . AGAATCTGATTCG A 3592 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=21.7212;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.24;MQ0=0;QD=65.31;SB=-8.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,50:55:99:3592,138,0 chrXI 613636 . TAGA T 1706.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=495.2689;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.94;MQ0=0;QD=31.04;RPA=4,3;RU=AGA;SB=-6.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,33:55:99:1749,126,0 chrXI 613786 . AGG A 800.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.341;DP=68;FS=2.928;HaplotypeScore=410.5669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.06;MQ0=0;MQRankSum=0.529;QD=11.78;ReadPosRankSum=4.948;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,40:68:99:840,0,310 chrXI 613789 . AGGAG A 1541.24 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.396;DP=68;FS=4.207;HaplotypeScore=337.8428;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.43;MQ0=0;MQRankSum=0.900;QD=22.67;ReadPosRankSum=5.408;SB=-2.323e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,38:68:9:1580,0,9 chrXI 614026 . G GT 1347.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=46.2417;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.66;MQ0=0;QD=22.85;RPA=6,7;RU=T;SB=-4.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,52:59:99:1390,162,0 chrXI 617557 . CTTT C 120.03 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.285;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=88.4328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.39;MQ0=0;MQRankSum=0.865;QD=2.40;RPA=20,17;RU=T;ReadPosRankSum=2.475;SB=-6.737e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,6:50:99:159,0,155 chrXI 618466 . AT A 1597.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=23.4219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.09;MQ0=0;QD=20.23;RPA=6,5;RU=T;SB=-4.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,76:79:99:1640,189,0 chrXI 618691 . T TA 1976.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=38.2762;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.30;MQ0=0;QD=29.07;RPA=1,2;RU=A;SB=-9.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,62:68:99:2019,178,0 chrXI 618946 . GA G 416.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.894;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=81.8984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=1.320;QD=6.95;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=1.533;SB=-1.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:60:58:456,0,58 chrXI 624964 . G GTCA 4606 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=415.0138;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.84;MQ0=0;QD=49.00;SB=-1.854e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,89:94:99:4606,265,0 chrXI 626218 . C CCA 3544 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=36.0830;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.28;MQ0=1;QD=40.74;SB=-1.128e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,85:86:99:3544,247,0 chrXI 626765 . C CA 2334.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=27.9646;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=33.84;SB=-1.155e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,65:69:99:2377,193,0 chrXI 627509 . CAAT C 4764 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=302.0662;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.67;MQ0=0;QD=44.94;SB=-1.478e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,101:106:99:4764,298,0 chrXI 631098 . TA T 2063.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.941;DP=119;FS=2.522;HaplotypeScore=47.2526;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.62;MQ0=0;MQRankSum=1.327;QD=17.34;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.386;SB=-6.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,101:119:99:2106,229,0 chrXI 632832 . C CAA 352.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.619;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=43.9120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.410;QD=7.20;RPA=14,16;RU=A;ReadPosRankSum=-0.574;SB=-1.368e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,19:49:31:395,31,0 chrXI 635448 . A AT 195.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=16.3513;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.66;MQ0=0;QD=8.91;RPA=11,12;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,6:22:32:238,32,0 chrXI 635459 . TC T 30.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.537;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=39.7085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.220;QD=1.47;ReadPosRankSum=-2.976;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,6:21:70:70,0,96 chrXI 638299 . G GA 4031 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=181;FS=0.000;HaplotypeScore=68.7320;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.52;MQ0=0;QD=22.27;RPA=8,9;RU=A;SB=-3.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,170:181:99:4031,497,0 chrXI 638422 . ATT A 1193.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=36.2090;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.38;MQ0=0;MQRankSum=0.603;QD=16.36;RPA=15,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.377;SB=-4.929e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,36:73:99:1236,127,0 chrXI 639971 . C CT 1584.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=24.9596;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;QD=24.76;RPA=4,5;RU=T;SB=-3.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,61:64:99:1627,171,0 chrXI 642822 . AT A 1980.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=382.0928;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.67;MQ0=0;QD=30.48;SB=-6.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,59:65:99:2023,183,0 chrXI 642846 . A AT 2168.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=243.3110;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.20;MQ0=0;QD=32.37;SB=-1.100e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,57:66:99:2211,178,0 chrXI 643022 . C CA 1539.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=143.5224;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;QD=20.53;RPA=3,4;RU=A;SB=-7.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,63:75:99:1582,162,0 chrXI 643871 . TTACTCCCGGTG T 6030 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=80.4006;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.49;MQ0=0;QD=95.71;SB=-2.963e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,49:63:99:6030,147,0 chrXI 644727 . AT A 1108.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.347;DP=67;FS=3.345;HaplotypeScore=50.6450;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.668;QD=16.55;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.257;SB=-4.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,52:67:99:1151,136,0 chrXI 649942 . TTTAC T 6310 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=128.0304;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.27;MQ0=0;QD=52.15;SB=-4.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,113:121:99:6310,318,0 chrXI 650625 . A AT 2485.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=153.7743;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.92;MQ0=0;QD=35.51;SB=-1.057e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,68:70:99:2528,196,0 chrXI 651317 . G GA 1826.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=99.9750;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.35;MQ0=0;QD=24.36;RPA=4,5;RU=A;SB=-9.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,71:75:99:1869,198,0 chrXI 652114 . T TA 1370.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=39.3039;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;QD=23.64;RPA=3,4;RU=A;SB=-6.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,53:58:99:1413,144,0 chrXI 652349 . AT A 877.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.718;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=79.5590;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.380;QD=18.29;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.549;SB=-1.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,42:48:97:920,97,0 chrXI 652686 . CT C 996.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=13.5730;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.15;MQ0=0;QD=20.77;RPA=6,5;RU=T;SB=-2.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,44:48:99:1039,117,0 chrXI 658095 . C CAAAAA 1349.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=111.9312;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.92;MQ0=0;QD=35.53;RPA=10,15;RU=A;SB=-5.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,21:38:82:1392,82,0 chrXI 660577 . C CAA 103.18 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=12.7918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.99;MQ0=2;MQRankSum=0.742;QD=6.45;RPA=14,16;RU=A;ReadPosRankSum=0.742;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,7:8:10:142,0,10 chrXI 661186 . AT A 1091.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.317;DP=63;FS=4.685;HaplotypeScore=278.4129;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.07;MQ0=7;MQRankSum=-1.663;QD=17.33;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.317;SB=-3.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,54:55:99:1134,125,0 chrXI 661242 . A AG 212.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=103.1631;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.13;MQ0=1;QD=13.31;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.215e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,9:14:24:255,24,0 chrXI 661401 . GA G 133.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.823;DP=60;FS=14.209;HaplotypeScore=244.8007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.25;MQ0=9;MQRankSum=-2.338;QD=2.23;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=1.087;SB=-2.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,17:45:99:173,0,408 chrXI 663312 . G GAAAAA 851.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=211.7055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.38;MQ0=1;QD=16.71;SB=-3.136e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,7:24:66:894,66,0 chrXI 663728 . G GA 1839.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=336.8116;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.52;MQ0=9;QD=18.22;RPA=7,8;RU=A;SB=-8.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,96:76:99:1882,219,0 chrXI 664001 . TTGC T 1013.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=56.7278;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.87;MQ0=14;QD=10.45;RPA=2,1;RU=TGC;SB=-2.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,96:23:63:1056,63,0 chrXI 664634 . G GATA 2318.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.213;DP=157;FS=24.135;HaplotypeScore=900.4902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.21;MQ0=28;MQRankSum=0.136;QD=14.77;RPA=1,2;RU=ATA;ReadPosRankSum=-2.161;SB=-6.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,73:125:99:2358,0,1501 chrXI 665429 . G GGATA 1265.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.734;DP=31;FS=8.653;HaplotypeScore=166.7085;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.96;MQ0=0;MQRankSum=1.576;QD=40.84;ReadPosRankSum=0.000;SB=-6.000e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,26:23:57:1308,57,0 chrXI 665556 . C CT 418.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.917;DP=42;FS=3.144;HaplotypeScore=299.1164;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.819;QD=9.98;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=-0.522;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,20:35:99:458,0,470 chrXI 666032 . G GTA 131.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.453;DP=34;FS=21.004;HaplotypeScore=123.6977;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.99;MQ0=10;MQRankSum=0.470;QD=3.88;RPA=2,3;RU=TA;ReadPosRankSum=-0.676;SB=-2.745e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,5:14:99:171,0,172 chrXI 666203 . A AG 147.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.166;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=185.8339;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.296;QD=13.45;ReadPosRankSum=1.214;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:10:78:187,0,78 chrXI 666223 . G GGAATA 533.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.001;DP=17;FS=4.472;HaplotypeScore=280.1242;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.674;QD=31.41;ReadPosRankSum=-0.796;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,8:15:99:573,0,131 chrXI 666237 . AG A 68.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.381;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=374.2147;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.70;MQ0=0;MQRankSum=-2.163;QD=3.63;ReadPosRankSum=1.670;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,7:16:99:108,0,200 chrXI 666245 . AGTGG A,ATGG 299.94 filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.826;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=331.3773;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=22.26;MQ0=0;MQRankSum=0.752;QD=17.64;ReadPosRankSum=-0.322;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:3,7,0:14:87:378,114,302,87,0,128 chrXI 666250 . T TA 50.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.906;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=487.8853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.246;QD=2.68;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=2.379;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,7:16:90:90,0,306 chrXI 666296 . G GCA 543.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.637;DP=34;FS=5.166;HaplotypeScore=762.2755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.704;QD=16.00;ReadPosRankSum=1.904;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,21:25:99:583,0,116 chrXI 666298 . GGA G 539.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.290;DP=33;FS=8.016;HaplotypeScore=736.5076;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.848;QD=16.36;ReadPosRankSum=1.364;SB=-4.559e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,21:24:32:582,32,0 chrXI 666315 . G GAT 620.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.477;DP=36;FS=6.021;HaplotypeScore=760.6444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.75;MQ0=1;MQRankSum=-0.986;QD=17.25;ReadPosRankSum=-1.432;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,25:25:99:660,0,158 chrXI 666317 . TA T 465.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.936;DP=36;FS=4.357;HaplotypeScore=777.7494;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.75;MQ0=1;MQRankSum=-2.208;QD=12.92;ReadPosRankSum=-0.985;SB=-6.143e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,25:25:17:507,17,0 chrXI 666379 . C CA 460.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=282.9100;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.18;MQ0=2;QD=16.46;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,23:17:45:503,45,0 chrXI 666390 . TA T 201.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.220;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=350.4470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.79;MQ0=1;MQRankSum=-1.220;QD=6.73;ReadPosRankSum=0.209;SB=-3.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,9:18:99:241,0,195 chrXI 666437 . GC G 138.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.425;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=388.4613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.67;MQ0=0;MQRankSum=0.410;QD=4.48;ReadPosRankSum=1.455;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,9:24:99:178,0,395 chrXI 666541 . A AG 192.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.898;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=309.7008;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.480;QD=17.54;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=0.898;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,8:11:39:232,0,39 chrXI 666556 . GT G 362.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=281.4161;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.28;MQ0=0;QD=33.00;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,10:11:33:405,33,0 chrXII 11372 . AC A 130.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=188.2883;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.51;MQ0=0;QD=9.29;RPA=4,3;RU=C;SB=-5.662e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,13:6:18:172,18,0 chrXII 12048 . AT A 95.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=174.2089;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=15.87;RPA=2,1;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,5:6:15:137,15,0 chrXII 13771 . AG A 141.18 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=240.6714;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.63;MQ0=7;MQRankSum=0.747;QD=5.65;RPA=4,3;RU=G;ReadPosRankSum=0.747;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,10:13:10:180,0,10 chrXII 13802 . TGC T 198.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=166.0513;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.13;MQ0=3;QD=14.14;RPA=4,3;RU=GC;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,7:8:21:240,21,0 chrXII 19914 . CT C 286.16 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.503;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=37.1407;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.36;MQ0=0;MQRankSum=0.878;QD=3.67;RPA=16,15;RU=T;ReadPosRankSum=2.072;SB=-6.608e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,39:78:2:324,0,2 chrXII 20975 . TA T 850.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=307.8376;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.98;MQ0=0;QD=19.79;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:893,128,0 chrXII 22442 . C CA 2331.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.818;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=92.9845;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.133;QD=21.79;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=1.351;SB=-6.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,97:107:99:2374,257,0 chrXII 22811 . GATTTCTTC G 5541 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=35.0633;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.04;MQ0=0;QD=69.26;RPA=2,1;RU=ATTTCTTC;SB=-2.465e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,63:80:99:5541,187,0 chrXII 28304 . 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C CA 738.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=87.2475;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.52;MQ0=0;QD=25.48;RPA=5,6;RU=A;SB=-3.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,28:29:84:781,84,0 chrXII 35378 . C CA 1182.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.445;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=146.6913;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=0.936;QD=16.20;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.905;SB=-2.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,54:73:99:1225,100,0 chrXII 35406 . G GA 960.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=128.6200;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.11;MQ0=0;QD=20.45;RPA=5,6;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,37:47:99:1003,111,0 chrXII 35472 . C CAA 1453.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=376.5425;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.69;MQ0=0;QD=32.31;RPA=6,8;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,41:45:99:1496,125,0 chrXII 36038 . 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CT C 844.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=25.2987;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.67;MQ0=0;QD=16.25;RPA=9,8;RU=T;SB=-2.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,44:52:99:887,133,0 chrXII 80323 . GT G 808.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=129.1226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.83;MQ0=0;MQRankSum=1.039;QD=15.26;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.192;SB=-1.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,48:53:99:851,124,0 chrXII 81192 . TC T 743.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=108.3435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.20;MQ0=0;QD=25.65;RPA=4,3;RU=C;SB=-2.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:78:786,78,0 chrXII 81387 . TA T 610.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.456;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=84.5045;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.733;QD=13.58;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.730;SB=-1.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,23:44:88:653,88,0 chrXII 81402 . T TA 760.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.924;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=100.3818;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.87;MQ0=0;MQRankSum=1.489;QD=12.27;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.335;SB=-2.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,23:61:68:803,68,0 chrXII 83835 . AT A 2244.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=182.8120;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.92;MQ0=0;QD=25.51;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.127e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,79:88:99:2287,216,0 chrXII 84299 . GA G 182.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.536;DP=68;FS=9.167;HaplotypeScore=507.5975;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.37;MQ0=0;MQRankSum=-3.835;QD=2.69;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=-0.628;SB=-2.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,21:68:99:222,0,1312 chrXII 84519 . CT C 1131.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.419;DP=99;FS=1.921;HaplotypeScore=269.4540;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.230;QD=11.43;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.545;SB=-4.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,71:99:99:1174,114,0 chrXII 84759 . 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AT A 1586.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=416.1248;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.33;MQ0=0;QD=16.70;RPA=7,6;RU=T;SB=-7.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,84:95:99:1629,226,0 chrXII 94105 . CG C 3880 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=203.8489;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.05;MQ0=0;QD=30.55;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.837e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,124:127:99:3880,358,0 chrXII 95322 . CT C 127.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=11.2750;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=14.11;RPA=5,4;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:9:21:169,21,0 chrXII 97490 . TA T 2706.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=140.3694;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.72;MQ0=0;QD=24.61;RPA=3,2;RU=A;SB=-6.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,102:110:99:2749,276,0 chrXII 99028 . 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AT A 746.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=56.8835;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.86;MQ0=0;QD=20.75;RPA=5,4;RU=T;SB=-3.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,34:36:99:789,99,0 chrXII 150873 . A AAT 754.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.798;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=195.6237;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=1.501;QD=31.46;ReadPosRankSum=2.231;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,18:24:3:794,3,0 chrXII 150978 . T TC 1124.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=265.7381;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.64;MQ0=0;QD=29.60;RPA=1,2;RU=C;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,36:38:99:1167,105,0 chrXII 151141 . ATTTG A 2196.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=155.4832;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;QD=43.08;RPA=2,1;RU=TTTG;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,47:51:99:2239,129,0 chrXII 167917 . GA G 970.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=24.6917;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=15.17;RPA=10,9;RU=A;SB=-4.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,56:64:99:1013,156,0 chrXII 169774 . GAGTACAA G 4684 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=106.1387;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.43;MQ0=0;QD=55.11;RPA=2,1;RU=AGTACAA;SB=-1.736e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,60:85:99:4684,175,0 chrXII 169862 . AT A 2326.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=168.2110;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=29.46;RPA=2,1;RU=T;SB=-4.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,74:79:99:2369,220,0 chrXII 170280 . A AT 2056.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=160.1480;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;QD=27.80;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.013e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,70:74:99:2099,207,0 chrXII 170322 . A AT 1970.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=496.3364;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.99;MQ0=0;QD=24.64;RPA=4,5;RU=T;SB=-6.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,69:80:99:2013,210,0 chrXII 170747 . G GAA 969.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=149.5049;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.61;MQ0=0;QD=46.19;SB=-4.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63:1012,63,0 chrXII 171179 . C CATATT 3156.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=29.0696;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.27;MQ0=0;QD=67.17;SB=-1.555e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:47:99:3199,135,0 chrXII 171936 . GA G 607.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=354.6474;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.38;MQ0=0;QD=16.43;RPA=9,8;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,35:37:98:650,98,0 chrXII 177574 . G GA 4012 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.478;DP=171;FS=2.637;HaplotypeScore=82.6084;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.842;QD=23.46;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.872;SB=-1.409e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,161:171:99:4012,445,0 chrXII 179753 . T TA 1448.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.933;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=263.6187;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.81;MQ0=0;MQRankSum=1.399;QD=24.98;ReadPosRankSum=0.333;SB=-6.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,36:57:99:1491,145,0 chrXII 181518 . AC A 977.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=14.1115;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.53;MQ0=0;QD=23.85;RPA=8,7;RU=C;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,37:41:99:1020,111,0 chrXII 185314 . T TA 311.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.492;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=11.5646;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.83;MQ0=0;MQRankSum=0.070;QD=11.97;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.913;SB=-1.221e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,18:26:15:353,15,0 chrXII 187137 . AT A 916.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=12.0602;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.51;MQ0=0;QD=21.83;RPA=3,2;RU=T;SB=-3.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:93:959,93,0 chrXII 193400 . C CT 423.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.103;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=21.5403;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.69;MQ0=0;MQRankSum=0.788;QD=13.68;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.000;SB=-7.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,22:31:48:466,48,0 chrXII 195201 . GAA G 2233.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=34.3038;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.36;MQ0=0;QD=25.68;RPA=10,8;RU=A;SB=-7.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,80:87:99:2276,231,0 chrXII 195306 . CT C 956.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=20.0540;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;QD=15.19;RPA=10,9;RU=T;SB=-2.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,50:63:99:999,151,0 chrXII 196591 . AT A 197.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.315;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=18.9902;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.69;MQ0=0;MQRankSum=0.819;QD=6.37;RPA=15,14;RU=T;ReadPosRankSum=-1.827;SB=-3.087e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,16:31:11:239,11,0 chrXII 198532 . TA T 1214.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=186.1568;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.81;MQ0=0;QD=18.69;RPA=6,5;RU=A;SB=-3.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,61:65:99:1257,173,0 chrXII 201844 . TA T 572.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=86.9826;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;QD=13.97;RPA=11,10;RU=A;SB=-9.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,38:41:99:615,100,0 chrXII 202974 . AC A 1891.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=524.1601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.44;MQ0=0;QD=30.03;RPA=2,1;RU=C;SB=-6.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,58:63:99:1934,174,0 chrXII 204055 . A AT 1258.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=150.6216;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.01;MQ0=0;QD=26.79;RPA=1,2;RU=T;SB=-5.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,31:47:99:1301,123,0 chrXII 204794 . AT A 2618.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=309.0009;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.92;MQ0=0;QD=22.58;RPA=4,3;RU=T;SB=-9.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,113:116:99:2661,323,0 chrXII 208656 . T TAAGA 2127.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=114.0886;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.62;MQ0=0;QD=49.49;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,30:43:99:2170,102,0 chrXII 215438 . AT A 326.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=51.9922;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.33;MQ0=6;QD=19.23;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,11:11:33:369,33,0 chrXII 221524 . 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GT G 564.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=11.2643;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.25;MQ0=0;QD=13.14;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,40:43:92:607,92,0 chrXII 230754 . T TA 997.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=18.7568;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.70;MQ0=0;QD=22.68;RPA=6,7;RU=A;SB=-4.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,40:44:99:1040,117,0 chrXII 232112 . CTT C 1830.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=273.8682;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.15;MQ0=0;QD=23.18;RPA=9,7;RU=T;SB=-7.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,59:79:99:1873,183,0 chrXII 232144 . G GT 962.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.283;DP=55;FS=2.595;HaplotypeScore=219.5457;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.413;QD=17.51;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.152;SB=-3.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,41:55:94:1005,94,0 chrXII 232247 . 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AATAT A 1276.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=40.3822;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.07;MQ0=0;QD=21.64;RPA=10,8;RU=AT;SB=-3.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,28:59:81:1319,81,0 chrXII 246208 . AG A 1664.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=414.3313;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.81;MQ0=0;QD=14.11;RPA=2,1;RU=G;SB=-6.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,103:118:99:1707,286,0 chrXII 248521 . CAT C 2316.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=156.0583;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.67;MQ0=0;QD=19.31;RPA=5,4;RU=AT;SB=-7.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,89:120:99:2359,216,0 chrXII 248700 . A AT 761.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.852;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=205.3247;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.497;QD=9.52;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.587;SB=-2.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,44:80:51:804,51,0 chrXII 253093 . GA G 948.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.079;DP=112;FS=2.352;HaplotypeScore=57.2659;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.228;QD=8.47;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.465;SB=-2.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,71:112:68:991,68,0 chrXII 259721 . C CT 472.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.914;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=27.8825;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.73;MQ0=0;MQRankSum=0.433;QD=11.26;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.048;SB=-1.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,18:42:42:515,42,0 chrXII 260952 . A AAC 3454 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=76.7929;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.16;MQ0=0;QD=31.12;RPA=3,4;RU=AC;SB=-1.247e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,94:110:99:3454,277,0 chrXII 263307 . CAA C 999.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.270;DP=51;FS=3.284;HaplotypeScore=40.6146;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=1.180;QD=19.61;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.635;SB=-2.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,40:51:99:1042,108,0 chrXII 273941 . T TA 865.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=11.1865;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=30.93;RPA=1,2;RU=A;SB=-7.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,27:28:78:908,78,0 chrXII 274127 . AC A 2239.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=286.8266;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.28;MQ0=0;QD=32.00;SB=-3.400e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,68:70:99:2282,202,0 chrXII 280996 . G GAA 719.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.452;DP=106;FS=16.163;HaplotypeScore=45.8834;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.235;QD=6.79;RPA=17,19;RU=A;ReadPosRankSum=-1.138;SB=-2.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:60,27:106:72:762,72,0 chrXII 281803 . G GAA 1352.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=102.0604;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.22;MQ0=0;QD=27.61;RPA=6,8;RU=A;SB=-6.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,21:49:99:1395,117,0 chrXII 281815 . TC T 1310.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=219.6531;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.36;MQ0=0;QD=18.21;SB=-6.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,28:71:99:1353,177,0 chrXII 282684 . ATT A 627.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=128.3396;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.04;MQ0=0;QD=22.43;RPA=8,6;RU=T;SB=-1.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,20:28:66:670,66,0 chrXII 282693 . AT A 326.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=171.6565;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.24;MQ0=0;QD=12.58;RPA=11,10;RU=T;SB=-9.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,16:26:61:369,61,0 chrXII 282715 . T TTC 1079.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.788;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=146.2331;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.788;QD=30.86;ReadPosRankSum=1.418;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,28:35:80:1122,80,0 chrXII 289261 . C CTT 6190 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;FS=0.000;HaplotypeScore=778.6851;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.45;MQ0=0;QD=36.85;RPA=3,5;RU=T;SB=-2.106e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,147:168:99:6190,487,0 chrXII 289280 . G GAT 5633 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;FS=0.000;HaplotypeScore=894.7445;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.85;MQ0=0;QD=33.93;RPA=2,3;RU=AT;SB=-1.861e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,138:166:99:5633,415,0 chrXII 290190 . TA T 1447.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=210.8069;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.41;MQ0=0;QD=14.20;RPA=8,7;RU=A;SB=-5.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,94:102:99:1490,217,0 chrXII 292040 . AAT A 1045.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.241;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=81.0603;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.89;MQ0=0;MQRankSum=0.514;QD=22.25;ReadPosRankSum=1.483;SB=-4.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,14:47:99:1088,113,0 chrXII 292153 . G GA 1299.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=39.0566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.92;MQ0=0;QD=20.00;RPA=10,11;RU=A;SB=-3.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,58:65:99:1342,171,0 chrXII 293727 . AT A 2178.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=26.7450;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.26;MQ0=0;QD=27.58;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.038e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,77:79:99:2221,213,0 chrXII 302122 . GA G 2318.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=155.8452;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.02;MQ0=0;QD=23.42;RPA=4,3;RU=A;SB=-9.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,95:99:99:2361,273,0 chrXII 306620 . T TAA 918.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=47.0745;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=19.14;RPA=12,14;RU=A;SB=-3.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,30:48:99:961,104,0 chrXII 315793 . C CT 1117.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.703;DP=72;FS=8.208;HaplotypeScore=47.0066;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=0.422;QD=15.53;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.047;SB=-4.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,51:72:99:1160,105,0 chrXII 320335 . GA G 505.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=27.2411;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.67;MQ0=0;QD=10.54;RPA=12,11;RU=A;SB=-2.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,33:48:90:548,90,0 chrXII 322104 . ATTT A 2403.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=85.6758;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.00;MQ0=0;QD=24.28;RPA=15,12;RU=T;SB=-9.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,79:99:99:2446,201,0 chrXII 322222 . T TC 2163.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=186.8385;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.81;MQ0=0;QD=27.74;RPA=4,5;RU=C;SB=-2.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,65:78:99:2206,210,0 chrXII 327719 . 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G GT 1030.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.461;DP=68;FS=2.960;HaplotypeScore=44.0894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.15;MQ0=0;MQRankSum=1.237;QD=15.16;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.412;SB=-4.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,52:68:99:1073,114,0 chrXII 345332 . C CATT 6321 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=873.2830;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.86;MQ0=0;QD=46.14;SB=-1.030e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,113:137:99:6321,362,0 chrXII 346105 . G GA 2265.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.239;DP=119;FS=6.620;HaplotypeScore=562.7540;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.28;MQ0=0;MQRankSum=0.590;QD=19.04;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.193;SB=-1.033e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,91:119:99:2308,253,0 chrXII 348919 . G GTT 593.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.592;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=127.3395;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.818;QD=13.20;RPA=17,19;RU=T;ReadPosRankSum=-1.420;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,8:45:41:636,41,0 chrXII 369387 . AT A 503.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=11.0822;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=14.82;RPA=10,9;RU=T;SB=-1.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,30:34:83:546,83,0 chrXII 369471 . A AG 885.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=15.8838;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.64;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,25:28:78:928,78,0 chrXII 369580 . TA T 101.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=33.6556;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=9.27;RPA=11,10;RU=A;SB=-3.590e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,8:11:24:144,24,0 chrXII 370487 . AT A 357.14 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.448;DP=53;FS=2.460;HaplotypeScore=47.9198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.97;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=6.74;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.259;SB=-7.254e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,25:53:11:396,0,11 chrXII 373457 . TAC T 979.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=247.2834;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.49;MQ0=0;QD=31.61;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,28:31:84:1022,84,0 chrXII 373549 . A AT 1947.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=444.7858;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.78;MQ0=0;QD=25.30;RPA=6,7;RU=T;SB=-6.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,76:77:99:1990,222,0 chrXII 373665 . A ACG 666.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.560;DP=50;FS=3.648;HaplotypeScore=523.6223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.549;QD=13.34;ReadPosRankSum=3.084;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,22:50:88:706,0,88 chrXII 373666 . T TGGACGTGGAC 3951 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.102;DP=48;FS=4.674;HaplotypeScore=385.5356;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.654;QD=82.31;ReadPosRankSum=1.417;SB=-1.339e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,22:48:99:3951,104,0 chrXII 375388 . A AGTGTTACCG 11041 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=1175.5482;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.39;MQ0=0;QD=109.32;SB=-4.556e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,76:101:99:11041,300,0 chrXII 377750 . T TG 3559 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=459.1177;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.78;MQ0=0;QD=37.07;SB=-8.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:96:99:3559,265,0 chrXII 380619 . CA C 1745.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=22.7264;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.57;MQ0=0;QD=23.59;RPA=4,3;RU=A;SB=-5.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,72:74:99:1788,204,0 chrXII 385536 . G GA 2666.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=275.0815;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.81;MQ0=0;QD=26.15;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.289e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,90:102:99:2709,268,0 chrXII 385575 . GAA G 2531.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=315.2304;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.64;MQ0=0;QD=32.88;RPA=5,3;RU=A;SB=-1.204e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,72:77:99:2574,217,0 chrXII 386417 . T TA 328.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=102.0315;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.68;MQ0=0;QD=8.43;RPA=9,10;RU=A;SB=-1.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,20:39:45:371,45,0 chrXII 390717 . A AC 2277.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=174.2479;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.95;MQ0=0;QD=35.05;SB=-5.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,62:65:99:2320,187,0 chrXII 391836 . G GA 1566.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.615;DP=89;FS=1.953;HaplotypeScore=303.6030;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.91;MQ0=0;MQRankSum=0.743;QD=17.61;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.450;SB=-6.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,54:89:99:1609,184,0 chrXII 392360 . GTGT G 2824.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=173.1605;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.67;MQ0=0;QD=45.56;SB=-1.237e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,55:62:99:2867,172,0 chrXII 392460 . T TA 1837.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=539.9410;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.16;MQ0=0;QD=32.82;RPA=1,2;RU=A;SB=-7.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,55:56:99:1880,159,0 chrXII 392749 . A AC 2006.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=136.9359;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.76;MQ0=0;QD=28.27;RPA=3,4;RU=C;SB=-9.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,61:71:99:2049,192,0 chrXII 392810 . GTT G 1607.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=90.9495;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=24.36;RPA=9,7;RU=T;SB=-7.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,53:66:99:1650,162,0 chrXII 392954 . CA C 1506.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=25.1609;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;QD=19.08;RPA=7,6;RU=A;SB=-5.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,77:79:99:1549,212,0 chrXII 393993 . TAA T 1272.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=104.1415;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.04;MQ0=0;QD=24.02;RPA=12,10;RU=A;SB=-6.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,45:53:99:1315,144,0 chrXII 394523 . G GA 1380.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.619;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=151.8726;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.03;MQ0=0;MQRankSum=0.186;QD=21.58;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.423;SB=-3.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,57:64:99:1423,149,0 chrXII 394693 . G GAA 1007.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=69.6959;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.14;MQ0=0;QD=17.68;RPA=13,15;RU=A;SB=-2.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,21:57:99:1050,112,0 chrXII 402605 . GC G 2225.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=188.2993;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.50;MQ0=0;QD=29.68;RPA=3,2;RU=C;SB=-1.082e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,72:75:99:2268,216,0 chrXII 402737 . A AT 581.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=92.5498;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.82;MQ0=0;QD=11.41;RPA=13,14;RU=T;SB=-2.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,20:51:91:624,91,0 chrXII 404333 . A AT 1318.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=17.6075;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.63;MQ0=0;QD=25.86;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,49:51:99:1361,144,0 chrXII 408174 . GC G 3821 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=245.5973;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.85;MQ0=0;QD=35.06;SB=-1.216e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,103:109:99:3821,298,0 chrXII 408382 . G GT 2528.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.080;DP=141;FS=3.026;HaplotypeScore=435.2265;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.420;QD=17.94;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.348;SB=-4.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,102:141:99:2571,278,0 chrXII 421490 . AGGGGGAGG A,AG 1881.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=75.0883;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.57;MQ0=0;QD=64.89;SB=-9.800e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:5,6,0:29:99:1960,412,346,210,0,144 chrXII 424618 . CGAAAATCAA C 5667 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=43.8189;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.56;MQ0=0;QD=46.07;RPA=4,3;RU=GAAAATCAA;SB=-2.582e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:71,50:123:99:5667,193,0 chrXII 425324 . G GCCT 3523 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=30.7705;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.17;MQ0=0;QD=48.26;SB=-1.353e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,70:73:99:3523,207,0 chrXII 426662 . C CG 2222.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=707.6627;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.87;MQ0=0;QD=30.04;SB=-8.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2265,222,0 chrXII 427269 . GT G 2380.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=374.1214;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.79;MQ0=0;QD=30.53;RPA=2,1;RU=T;SB=-9.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,77:78:99:2423,229,0 chrXII 432101 . G GGA 3729 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=53.3305;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.17;MQ0=0;QD=42.86;SB=-1.772e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,81:87:99:3729,256,0 chrXII 434097 . AAT A 220.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=57.0517;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=8.50;RPA=7,6;RU=AT;SB=-3.297e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,12:26:24:263,24,0 chrXII 440342 . A AT 1325.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=157.4294;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.79;MQ0=0;QD=18.68;RPA=9,10;RU=T;SB=-6.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,57:71:99:1368,164,0 chrXII 441523 . CT C 797.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.584;DP=80;FS=6.006;HaplotypeScore=32.8849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=0.617;QD=9.97;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.484;SB=-8.702e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,50:80:99:840,119,0 chrXII 442818 . TC T 1211.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=16.4980;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=24.24;RPA=8,7;RU=C;SB=-3.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,46:50:99:1254,138,0 chrXII 447844 . C CA 380.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.214;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=17.0154;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=1.041;QD=17.32;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.214;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,14:22:49:423,49,0 chrXII 448398 . GGTT G 3553 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=128.9300;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.24;MQ0=0;QD=40.38;RPA=3,2;RU=GTT;SB=-1.148e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,77:88:99:3553,229,0 chrXII 448641 . C CA 1740.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=132.0814;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.93;MQ0=0;QD=22.91;RPA=6,7;RU=A;SB=-6.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,69:76:99:1783,198,0 chrXII 449950 . C CTT 1634.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=49.8247;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.02;MQ0=0;QD=20.96;RPA=11,13;RU=T;SB=-5.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,56:78:99:1677,170,0 chrXII 450662 . AT A 3463 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.888;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=227.4235;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.10;MQ0=0;MQRankSum=0.626;QD=25.84;ReadPosRankSum=-0.830;SB=-1.155e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,101:134:99:3463,353,0 chrXII 451044 . G GA 1619.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=359.2962;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.85;MQ0=0;QD=23.82;RPA=8,9;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,66:68:99:1662,192,0 chrXII 459803 . CTTTTTTTTTTTTT C 895.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.363;DP=250;DS;FS=200.524;HaplotypeScore=98.6142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.85;MQ0=1;MQRankSum=5.253;QD=3.58;RPA=29,16;RU=T;ReadPosRankSum=6.637;SB=-3.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,150:243:99:935,0,167 chrXII 460002 . CAAAAAAAA C 12191 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=102.5736;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.75;MQ0=0;QD=48.76;RPA=17,9;RU=A;SB=-5.363e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,230:250:99:12191,522,0 chrXII 460191 . ACCGCGTCGCCGCGTCG A 32767 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=239;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=490.4494;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.55;MQ0=0;QD=137.10;RPA=3,1;RU=CCGCGTCG;SB=-1.241e+04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,209:239:99:32767,645,0 chrXII 460383 . TAAAAAAAAAAA T 21727 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.714;DP=240;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1147.5495;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.871;QD=90.53;RPA=22,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.714;SB=-1.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:49,176:240:99:21727,572,0 chrXII 460415 . TG T 6332 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1431.3199;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.60;MQ0=0;QD=25.33;SB=-6.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,205:250:99:6332,637,0 chrXII 460477 . AT A 3281 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=712.9935;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.28;MQ0=0;QD=13.12;RPA=8,7;RU=T;SB=-9.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,247:250:99:3281,466,0 chrXII 460676 . GAAAA G 7654 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.346;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=338.2773;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.04;MQ0=23;MQRankSum=0.140;QD=30.62;RPA=16,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.713;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,198:227:99:7654,547,0 chrXII 490637 . T TC 1398.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.690;DP=67;FS=2.362;HaplotypeScore=549.8523;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.194;QD=20.88;ReadPosRankSum=2.181;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,58:67:99:1441,117,0 chrXII 490638 . T TTACC 3161.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.653;DP=67;FS=2.474;HaplotypeScore=373.8139;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.41;MQ0=0;MQRankSum=1.142;QD=47.19;ReadPosRankSum=2.540;SB=-7.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,58:67:99:3204,119,0 chrXII 494419 . TG T 2612.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=225.0452;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.92;MQ0=0;QD=29.03;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.196e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,82:90:99:2655,256,0 chrXII 494429 . C CT 2028.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=281.0836;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.78;MQ0=0;QD=22.54;RPA=6,7;RU=T;SB=-9.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,82:90:99:2071,231,0 chrXII 510208 . GT G 1565.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=37.1219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.75;MQ0=0;QD=27.47;RPA=3,2;RU=T;SB=-7.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,52:57:99:1608,156,0 chrXII 510848 . A AG 1664.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=65.4929;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.18;MQ0=0;QD=31.41;RPA=1,2;RU=G;SB=-7.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:53:99:1707,144,0 chrXII 511545 . GCAGCAA G 4504 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=477.5625;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.18;MQ0=0;QD=47.91;RPA=2,1;RU=CAGCAA;SB=-1.656e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,83:94:99:4504,252,0 chrXII 513102 . T TC 767.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=61.3137;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.62;MQ0=0;QD=33.39;RPA=1,2;RU=C;SB=-1.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:66:810,66,0 chrXII 513997 . CA C 164.24 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.733;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=32.0753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=0.168;QD=4.32;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.503;SB=-4.548e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,19:38:9:203,0,9 chrXII 514965 . CT C 394.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.362;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=27.5198;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.495;QD=7.90;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.248;SB=-1.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,24:50:56:437,56,0 chrXII 515195 . GA G 936.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=75.8249;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.19;MQ0=0;QD=16.73;RPA=9,8;RU=A;SB=-4.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,54:56:99:979,148,0 chrXII 517892 . TA T 1029.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=23.8755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.01;MQ0=0;QD=14.93;RPA=10,9;RU=A;SB=-5.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,65:69:99:1072,165,0 chrXII 527967 . C CT 1204.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.247;DP=114;FS=1.058;HaplotypeScore=133.0071;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=0.608;QD=10.56;RPA=14,15;RU=T;ReadPosRankSum=-0.455;SB=-5.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,73:114:14:1246,14,0 chrXII 530531 . GT G 496.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=15.2436;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.62;MQ0=0;QD=14.20;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,31:35:80:539,80,0 chrXII 534904 . C CA 1787.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=19.0120;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.67;MQ0=0;QD=27.94;RPA=3,4;RU=A;SB=-5.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,63:64:99:1830,183,0 chrXII 536885 . CT C 781.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=241.0285;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.10;MQ0=0;QD=19.07;RPA=6,5;RU=T;SB=-2.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,38:41:99:824,108,0 chrXII 536950 . C CTT 1871.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=56.6134;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.45;MQ0=0;QD=34.67;RPA=4,6;RU=T;SB=-3.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,51:54:99:1914,153,0 chrXII 538461 . C CAT 1628.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.753;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=179.6401;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.377;QD=23.96;RPA=5,6;RU=AT;ReadPosRankSum=-1.732;SB=-7.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,47:68:99:1671,105,0 chrXII 540614 . CAT C 2024.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=196.4442;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.10;MQ0=0;QD=25.00;RPA=4,3;RU=AT;SB=-8.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,70:81:99:2067,190,0 chrXII 541457 . G GTTTGAGCTTTCCTTT 5812 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=52.6809;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.29;MQ0=0;QD=69.19;RPA=1,2;RU=TTTGAGCTTTCCTTT;SB=-1.215e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,55:84:99:5812,150,0 chrXII 543544 . 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C CA 298.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.344;DP=32;FS=1.550;HaplotypeScore=35.5279;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQ0=0;MQRankSum=1.537;QD=9.34;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=0.390;SB=-1.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,17:32:81:338,0,81 chrXII 552039 . TA T 1655.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=193.3598;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.25;MQ0=0;QD=17.25;RPA=7,6;RU=A;SB=-8.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,87:96:99:1698,235,0 chrXII 552743 . C CTCT 4545 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=96.1299;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.15;MQ0=0;QD=45.91;RPA=1,2;RU=TCT;SB=-6.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,85:99:99:4545,262,0 chrXII 553693 . A ATG 2986.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=193.1243;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.04;MQ0=1;QD=25.10;RPA=6,7;RU=TG;SB=-1.424e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,98:118:99:3029,273,0 chrXII 555326 . 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T TA 2482.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=636.4510;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.34;MQ0=0;QD=31.83;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.182e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,75:78:99:2525,213,0 chrXII 566362 . ATTAT A 3193.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=552.2148;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.01;MQ0=0;QD=42.59;RPA=2,1;RU=TTAT;SB=-1.249e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,58:75:99:3236,181,0 chrXII 566427 . A AT 2341.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=378.7408;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.94;MQ0=0;QD=24.91;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.129e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,89:94:99:2384,264,0 chrXII 574096 . A AT 1831.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=27.5627;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.85;MQ0=0;QD=25.10;RPA=6,7;RU=T;SB=-7.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,70:73:99:1874,207,0 chrXII 578151 . CT C 758.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=13.2422;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.80;MQ0=0;QD=17.25;RPA=8,7;RU=T;SB=-2.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:44:99:801,116,0 chrXII 579119 . C CTCT 2763.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=32.4470;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.56;MQ0=0;QD=39.49;RPA=1,2;RU=TCT;SB=-8.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,64:70:99:2806,168,0 chrXII 585646 . T TA 1534.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=149.0040;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;QD=21.93;RPA=8,9;RU=A;SB=-4.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,64:70:99:1577,183,0 chrXII 585942 . A AT 456.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=30.0553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.16;MQ0=0;QD=11.15;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,28:41:64:499,64,0 chrXII 586241 . C CT 1235.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=219.1139;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.26;MQ0=0;QD=17.91;RPA=8,9;RU=T;SB=-3.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,51:69:99:1278,147,0 chrXII 589085 . CA C 1448.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=361.4716;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.02;MQ0=0;QD=20.41;RPA=6,5;RU=A;SB=-5.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,66:71:99:1491,202,0 chrXII 589114 . A AT 2178.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=429.0706;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.90;MQ0=0;QD=25.94;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.045e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,76:84:99:2221,222,0 chrXII 599083 . G GC 2092.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=182.2873;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.45;MQ0=0;QD=36.72;SB=-7.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,52:57:99:2135,168,0 chrXII 599489 . T TAAC 3360 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=493.3806;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.11;MQ0=0;QD=40.48;RPA=1,2;RU=AAC;SB=-1.539e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,69:83:99:3360,199,0 chrXII 602122 . C CTGT 2575.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.380;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=233.7432;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.50;MQ0=0;MQRankSum=0.382;QD=31.04;RPA=5,6;RU=TGT;ReadPosRankSum=-0.910;SB=-1.290e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,57:83:99:2618,134,0 chrXII 602909 . T TATAG 2980.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=22.0680;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.65;MQ0=0;QD=38.71;RPA=1,2;RU=ATAG;SB=-8.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,59:77:99:3023,156,0 chrXII 603270 . GAC G 1375.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=162.6201;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.79;MQ0=0;QD=35.28;RPA=2,1;RU=AC;SB=-7.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,35:39:99:1418,105,0 chrXII 603693 . A AC 1789.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=21.5001;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;QD=27.97;RPA=2,3;RU=C;SB=-5.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,57:64:99:1832,168,0 chrXII 605064 . C CACTTT 2371.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=62.4957;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.81;MQ0=0;QD=48.41;RPA=1,2;RU=ACTTT;SB=-9.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,36:48:99:2414,105,0 chrXII 605228 . C CA 2012.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=377.4697;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.81;MQ0=0;QD=27.20;RPA=4,5;RU=A;SB=-5.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,73:74:99:2055,213,0 chrXII 605282 . T TAA 948.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=276.1758;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=18.25;RPA=10,12;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,21:52:99:991,107,0 chrXII 605685 . TAAG T 1895.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=175.9860;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.19;MQ0=0;QD=41.22;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,40:46:99:1938,132,0 chrXII 605689 . TA T 987.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.646;DP=47;FS=11.932;HaplotypeScore=258.5477;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.09;MQ0=0;MQRankSum=0.691;QD=21.02;ReadPosRankSum=2.837;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,40:47:99:1030,107,0 chrXII 612158 . GAA G 1359.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=239.8272;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.30;MQ0=0;QD=20.61;RPA=13,11;RU=A;SB=-2.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,49:66:99:1402,156,0 chrXII 616278 . TA T 1644.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=25.9668;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.47;MQ0=0;QD=18.08;RPA=7,6;RU=A;SB=-7.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,87:91:99:1687,235,0 chrXII 625064 . T TA 584.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.943;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=57.8968;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.96;MQ0=0;MQRankSum=2.125;QD=11.47;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.668;SB=-3.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,32:51:53:627,53,0 chrXII 626434 . G GAA 573.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=147.6867;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.32;MQ0=0;QD=11.25;RPA=14,16;RU=A;SB=-1.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,16:51:66:616,66,0 chrXII 633829 . CT C 1823.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=24.0195;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.52;MQ0=0;QD=20.97;RPA=5,4;RU=T;SB=-3.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,84:87:99:1866,228,0 chrXII 636551 . GT G 148.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.058;DP=47;FS=1.820;HaplotypeScore=59.3556;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.058;QD=3.17;RPA=16,15;RU=T;ReadPosRankSum=-0.231;SB=-7.289e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,14:47:90:188,0,90 chrXII 640114 . G GC 1134.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=54.4435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.86;MQ0=0;QD=33.38;RPA=1,2;RU=C;SB=-1.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:99:1177,99,0 chrXII 641311 . GA G 417.02 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.413;DP=55;FS=11.376;HaplotypeScore=41.0883;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.64;MQ0=0;MQRankSum=0.341;QD=7.58;RPA=15,14;RU=A;ReadPosRankSum=0.198;SB=-2.311e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,34:55:16:456,0,16 chrXII 645231 . TA T 580.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.033;DP=83;FS=6.113;HaplotypeScore=67.7224;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=0.011;QD=6.99;RPA=16,15;RU=A;ReadPosRankSum=-0.875;SB=-2.651e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,37:83:5:620,5,0 chrXII 646385 . G GA 721.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.845;DP=70;FS=4.554;HaplotypeScore=72.5095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.78;MQ0=0;MQRankSum=0.949;QD=10.31;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.293;SB=-2.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,24:70:61:764,61,0 chrXII 657265 . G GTGAAT 5818 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=433.4641;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.89;MQ0=0;QD=71.83;SB=-1.423e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,72:81:99:5818,241,0 chrXII 657926 . GTTT G 2589.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=222.1304;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.44;MQ0=0;MQRankSum=1.132;QD=26.70;RPA=12,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.393;SB=-1.204e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,81:97:99:2632,205,0 chrXII 668004 . T TG 366.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.330;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=428.5742;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.989;QD=6.12;ReadPosRankSum=2.223;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,24:60:99:406,0,99 chrXII 668005 . T TTGTTGTTGTTG 3634 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.271;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=199.9966;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.151;QD=62.66;ReadPosRankSum=1.930;SB=-1.686e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,23:58:59:3634,59,0 chrXII 669849 . CCAAGA C 3062.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.783;DP=75;FS=7.309;HaplotypeScore=792.8815;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.05;MQ0=0;MQRankSum=0.122;QD=40.84;ReadPosRankSum=4.564;SB=-1.174e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,48:75:99:3105,124,0 chrXII 669866 . AAGCCG A 3117.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.992;DP=73;FS=6.708;HaplotypeScore=862.9199;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.89;MQ0=0;MQRankSum=0.713;QD=42.71;ReadPosRankSum=1.949;SB=-1.230e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,48:73:99:3160,138,0 chrXII 680023 . A AT 1153.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.672;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=16.1624;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.167;QD=20.24;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.389;SB=-2.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,52:57:99:1196,128,0 chrXII 682671 . A AG 3883 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=234.3215;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=0;QD=32.36;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.192e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,114:120:99:3883,337,0 chrXII 682727 . AG A 2883.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=363.7799;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.21;MQ0=0;QD=29.13;RPA=3,2;RU=G;SB=-1.212e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,87:99:99:2926,265,0 chrXII 685663 . C CCGT 4811 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=131.2996;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.08;MQ0=0;QD=51.18;SB=-1.677e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,81:94:99:4811,244,0 chrXII 691451 . A AT 1111.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=72.0016;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;QD=22.69;RPA=6,7;RU=T;SB=-3.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,46:49:99:1154,132,0 chrXII 699927 . TA T 477.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.513;DP=61;FS=19.991;HaplotypeScore=305.0004;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.09;MQ0=0;MQRankSum=0.573;QD=7.84;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.900;SB=-1.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,33:60:49:520,49,0 chrXII 701123 . GGCTGTTGTTGCCATTATTGCA G 14759 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=27.1353;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.39;MQ0=0;QD=160.42;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,68:92:99:14759,205,0 chrXII 704138 . TAAA T 279.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.567;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=41.3180;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.80;MQ0=0;MQRankSum=0.063;QD=6.49;RPA=19,16;RU=A;ReadPosRankSum=2.583;SB=-7.153e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,12:43:17:321,17,0 chrXII 708180 . T TTTATG 4905 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=180.3507;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=53.32;RPA=1,2;RU=TTATG;SB=-1.478e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,70:92:99:4905,223,0 chrXII 709123 . T TGAAGCAGATGAAGTA 4389 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=17.7631;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.52;MQ0=0;QD=79.80;SB=-8.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,48:55:99:4389,141,0 chrXII 712186 . GT G 312.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.250;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=39.1504;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=1.352;QD=6.96;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.150;SB=-1.548e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,26:45:27:355,27,0 chrXII 713307 . AT A 1450.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=96.3183;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.00;MQ0=0;QD=15.60;RPA=11,10;RU=T;SB=-7.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,81:93:99:1493,238,0 chrXII 713359 . AT A 1539.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=230.9960;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=16.38;RPA=7,6;RU=T;SB=-7.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,81:94:99:1582,220,0 chrXII 718114 . TAA T 501.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.569;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=51.8447;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.073;QD=20.08;RPA=12,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.413;SB=-2.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,20:25:54:544,54,0 chrXII 722835 . A ATT 1937.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=155.8971;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.17;MQ0=0;QD=25.84;RPA=9,11;RU=T;SB=-7.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,56:75:99:1980,184,0 chrXII 723168 . CAA C 694.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.696;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=41.6768;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.473;QD=12.64;RPA=14,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.141;SB=-2.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,25:55:50:737,50,0 chrXII 732227 . CA C 1918.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=412.4329;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.67;MQ0=0;QD=24.92;RPA=4,3;RU=A;SB=-8.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1961,225,0 chrXII 732527 . A AC 2393.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=157.4151;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.16;MQ0=0;QD=26.60;RPA=5,6;RU=C;SB=-3.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,82:90:99:2436,243,0 chrXII 734006 . GA G 3097.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=199.4592;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.81;MQ0=0;QD=30.67;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.494e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:101:99:3140,298,0 chrXII 734884 . TA T 1182.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=717.7657;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.62;MQ0=0;QD=23.20;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,47:48:99:1225,129,0 chrXII 734892 . ACCGTCTGACAGACGGTG A 6193 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=219.7539;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.93;MQ0=0;QD=131.77;SB=-1.348e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,36:44:99:6193,99,0 chrXII 734923 . ATTT A 1367.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=739.3241;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.01;MQ0=0;QD=24.43;RPA=15,12;RU=T;SB=-4.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,42:51:99:1410,114,0 chrXII 745373 . G GC 806.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.730;DP=45;FS=6.021;HaplotypeScore=153.8477;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=1.550;QD=17.93;ReadPosRankSum=1.459;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,38:45:99:849,101,0 chrXII 747476 . GT G 1602.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=115.3343;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.24;MQ0=0;QD=19.31;RPA=5,4;RU=T;SB=-7.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,78:83:99:1645,206,0 chrXII 748908 . TA T 1664.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=22.0650;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.42;MQ0=0;QD=24.85;RPA=3,2;RU=A;SB=-4.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,64:67:99:1707,174,0 chrXII 751939 . A AT 1424.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=17.7746;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;QD=33.14;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,38:43:99:1467,117,0 chrXII 757586 . G GTT 1222.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=52.1390;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.38;MQ0=0;QD=23.07;RPA=10,12;RU=T;SB=-6.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,39:53:99:1265,128,0 chrXII 759341 . GA G 1385.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.919;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=39.4945;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.390;QD=16.12;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.983;SB=-4.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,76:86:99:1428,184,0 chrXII 760762 . GCC G 3312 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=101.8754;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.91;MQ0=0;QD=43.58;SB=-1.058e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,71:76:99:3312,214,0 chrXII 766454 . AG A 1272.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=130.0998;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.29;MQ0=0;QD=26.52;SB=-4.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,41:48:99:1315,132,0 chrXII 771882 . 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GA G 799.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=159.7061;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.25;MQ0=0;QD=15.69;RPA=9,8;RU=A;SB=-2.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,46:51:99:842,125,0 chrXII 786255 . G GT 1785.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.066;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=458.1754;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.13;MQ0=0;MQRankSum=0.799;QD=20.77;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.755;SB=-8.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,75:86:99:1828,212,0 chrXII 786353 . T TA 1581.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=452.5368;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=21.97;RPA=6,7;RU=A;SB=-7.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,57:72:99:1624,180,0 chrXII 792777 . G GTT 4571 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=51.0309;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.11;MQ0=0;QD=38.74;RPA=2,4;RU=T;SB=-1.333e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,112:118:99:4571,337,0 chrXII 793081 . 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C CCT 795.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=69.5039;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.66;MQ0=0;QD=29.48;RPA=2,3;RU=CT;SB=-3.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,19:27:60:838,60,0 chrXII 817783 . G GA 3287 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=153.1842;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.97;MQ0=0;QD=29.09;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.126e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,108:111:99:3287,304,0 chrXII 818466 . C CT 1642.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=179.3358;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.34;MQ0=0;QD=18.67;RPA=8,9;RU=T;SB=-7.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,78:83:99:1685,198,0 chrXII 819016 . T TAG 4272 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=846.7059;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.43;MQ0=0;QD=37.47;SB=-2.001e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,101:114:99:4272,322,0 chrXII 819017 . TA T 2395.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.698;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=1012.7671;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=22.60;ReadPosRankSum=1.665;SB=-1.068e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,101:106:99:2438,298,0 chrXII 819069 . CTTT C 3852 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=781.3254;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.67;MQ0=0;QD=29.18;RPA=12,9;RU=T;SB=-1.240e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,108:132:99:3852,314,0 chrXII 822123 . G GA 2371.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=32.1490;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.99;MQ0=0;QD=23.48;RPA=8,9;RU=A;SB=-8.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,95:101:99:2414,282,0 chrXII 823381 . TGG T 1070.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=130.1718;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.80;MQ0=0;QD=31.50;RPA=9,7;RU=G;SB=-3.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,31:34:90:1113,90,0 chrXII 823566 . G GA 518.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=16.5888;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.53;RPA=11,12;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,22:28:74:561,74,0 chrXII 828345 . T TG 3458 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=57.6522;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;QD=25.61;RPA=7,8;RU=G;SB=-1.101e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,115:135:99:3458,360,0 chrXII 830629 . AT A 1003.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=249.9453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.16;MQ0=0;QD=17.93;RPA=9,8;RU=T;SB=-4.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,54:56:99:1046,157,0 chrXII 837956 . G GA 412.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.475;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=33.4108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.175;QD=8.77;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.425;SB=-9.501e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,20:47:17:451,0,17 chrXII 839459 . AT A 518.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.250;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=16.0559;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.641;QD=8.95;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.530;SB=-5.996e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,44:58:32:561,32,0 chrXII 839880 . G GA 1684.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.572;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=222.3687;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.613;QD=25.15;ReadPosRankSum=1.412;SB=-7.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,63:67:99:1727,188,0 chrXII 849641 . T TTTACTA 393.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=66.8607;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=66.25;MQ0=0;QD=14.07;RPA=1,2;RU=TTACTA;SB=-1.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,18:28:48:436,48,0 chrXII 856361 . AT A 1715.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=43.9425;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.10;MQ0=0;QD=18.86;RPA=7,6;RU=T;SB=-5.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,88:91:99:1758,244,0 chrXII 856771 . CGTAAAAGAT C 3996 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=19.9632;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.37;MQ0=0;QD=79.92;SB=-1.263e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,41:50:99:3996,117,0 chrXII 861593 . A AT 2742.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=29.8902;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.11;MQ0=0;QD=27.43;RPA=3,4;RU=T;SB=-9.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,99:100:99:2785,280,0 chrXII 862597 . AT A 1229.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=28.5099;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.58;MQ0=0;QD=16.40;RPA=7,6;RU=T;SB=-6.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,68:75:99:1272,179,0 chrXII 863696 . CTCA C 1313.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=26.4865;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.19;MQ0=0;QD=23.46;RPA=8,7;RU=TCA;SB=-1.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,40:56:99:1356,102,0 chrXII 872807 . G GT 1349.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=190.0397;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;QD=17.76;RPA=8,9;RU=T;SB=-6.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,53:76:99:1392,165,0 chrXII 873682 . AT A 616.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.646;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=115.4178;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.780;QD=13.71;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.646;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,41:45:91:659,91,0 chrXII 877699 . GGTAGTACAGTGTTATAATGCCGGCAATTACC G 10207 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=25.1569;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.26;MQ0=0;QD=129.20;SB=-1.330e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,44:79:99:10207,114,0 chrXII 898552 . TA T 1493.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=74.5701;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.89;MQ0=0;QD=18.67;RPA=6,5;RU=A;SB=-6.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,64:79:99:1536,203,0 chrXII 898613 . 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CG C 3441 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=373.2446;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.07;MQ0=0;QD=32.16;SB=-1.395e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,103:107:99:3441,283,0 chrXII 962958 . T TAA 917.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=61.1259;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.92;MQ0=0;QD=19.12;RPA=10,12;RU=A;SB=-2.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,30:47:99:960,99,0 chrXII 963142 . CTTT C 4545 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=149.7262;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.23;MQ0=0;QD=38.85;RPA=6,3;RU=T;SB=-2.200e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,114:117:99:4545,310,0 chrXII 975700 . G GT 1057.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=364.5792;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.14;MQ0=0;QD=25.80;RPA=3,4;RU=T;SB=-4.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,36:41:99:1100,108,0 chrXII 975970 . C CG 350.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=50.5219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.82;MQ0=0;QD=21.94;SB=-3.900e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,11:16:34:393,34,0 chrXII 981389 . 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T TTG 1723.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=201.4323;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.09;MQ0=0;QD=29.72;RPA=7,8;RU=TG;SB=-3.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,48:58:99:1766,153,0 chrXII 1014227 . GTC G 2561.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=195.6484;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.22;MQ0=0;QD=36.60;RPA=3,2;RU=TC;SB=-4.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,67:70:99:2604,204,0 chrXII 1014486 . T TAA 857.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=124.1766;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.85;MQ0=0;QD=19.95;RPA=5,7;RU=A;SB=-1.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,30:42:75:900,75,0 chrXII 1019116 . GAA G,GA 306.03 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=17.7884;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.12;MQ0=0;QD=9.87;RPA=15,13,14;RU=A;SB=-3.810e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:4,8,0:31:53:384,247,345,119,0,53 chrXII 1026686 . CTT C 267.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.009;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=58.1458;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.45;MQ0=0;MQRankSum=2.283;QD=10.27;RPA=17,15;RU=T;ReadPosRankSum=0.584;SB=-6.497e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,11:26:17:309,17,0 chrXII 1028428 . A AT 2043.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=433.8527;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.12;MQ0=0;QD=18.93;RPA=8,9;RU=T;SB=-3.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,87:108:99:2086,243,0 chrXII 1028445 . CA C 2138.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=379.3538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.24;MQ0=0;QD=21.83;RPA=5,4;RU=A;SB=-3.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,91:98:99:2181,267,0 chrXII 1028974 . C CT 1689.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=154.3624;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=23.15;RPA=4,5;RU=T;SB=-6.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,68:73:99:1732,189,0 chrXII 1030472 . A ATC 3651 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=26.9717;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.32;MQ0=0;QD=43.99;SB=-1.293e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:83:99:3651,226,0 chrXII 1038916 . TA T 1619.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=252.6095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;QD=20.51;RPA=6,5;RU=A;SB=-7.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,72:79:99:1662,218,0 chrXII 1038946 . ATACTT A 3390 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=160.8523;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.66;MQ0=0;QD=59.47;SB=-1.620e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,45:57:99:3390,153,0 chrXII 1043537 . G GT 1640.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=132.8573;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.66;MQ0=0;QD=30.96;RPA=1,2;RU=T;SB=-6.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1683,156,0 chrXII 1053323 . TAATC T 296.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=21.4629;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=32.89;RPA=2,1;RU=AATC;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,7:9:21:338,21,0 chrXII 1054794 . GC G 1975.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=22.8040;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.92;MQ0=0;QD=29.06;RPA=3,2;RU=C;SB=-8.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:68:99:2018,198,0 chrXII 1054954 . GA G 2712.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=311.2474;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.28;MQ0=0;QD=24.01;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.048e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,108:113:99:2755,318,0 chrXII 1057102 . C CA 3732 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=474.1075;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.12;MQ0=0;QD=26.85;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.503e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,129:139:99:3732,385,0 chrXII 1059415 . T TATAG 4104 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=174.8338;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.94;MQ0=0;QD=47.72;RPA=1,2;RU=ATAG;SB=-1.833e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,81:83:99:4104,205,0 chrXII 1059690 . A AC 3021.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.136;DP=117;FS=11.019;HaplotypeScore=195.8661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.71;MQ0=0;MQRankSum=1.859;QD=25.83;ReadPosRankSum=1.198;SB=-1.032e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,68:116:99:3064,231,0 chrXII 1062370 . A AT 143.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=56.4200;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=15.56;MQ0=1;QD=4.93;SB=-8.616e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,25:7:18:185,18,0 chrXII 1062467 . C CAG 597.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=132.5677;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.10;MQ0=4;QD=14.95;SB=-1.100e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,35:15:45:640,45,0 chrXII 1062550 . A ACT 3038.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.613;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=1006.7142;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.00;MQ0=2;MQRankSum=1.466;QD=35.75;ReadPosRankSum=1.519;SB=-6.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,74:66:99:3081,191,0 chrXII 1063605 . A AT 100.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.422;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=46.3739;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.88;MQ0=10;MQRankSum=0.573;QD=2.80;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=-2.054;SB=-2.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,8:10:36:140,0,36 chrXII 1063771 . TG T 416.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.863;DP=24;FS=14.548;HaplotypeScore=319.8930;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.76;MQ0=0;MQRankSum=1.129;QD=17.33;ReadPosRankSum=-0.863;SB=-3.307e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,22:19:21:458,21,0 chrXII 1063931 . C CTA 163.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.589;DP=11;FS=9.700;HaplotypeScore=235.8708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.32;MQ0=0;MQRankSum=1.589;QD=14.91;ReadPosRankSum=0.572;SB=-2.774e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,7:8:66:203,0,66 chrXII 1063934 . ATT A 129.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.589;DP=11;FS=9.700;HaplotypeScore=239.2399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.32;MQ0=0;MQRankSum=1.589;QD=11.82;ReadPosRankSum=1.067;SB=-2.474e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,7:8:73:169,0,73 chrXII 1064362 . G GA 4267 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.199;DP=234;FS=12.906;HaplotypeScore=1432.3443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.58;MQ0=13;MQRankSum=4.675;QD=18.24;ReadPosRankSum=-0.004;SB=-1.437e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,150:180:99:4267,0,287 chrXII 1064562 . TG T 354.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.992;DP=68;FS=10.843;HaplotypeScore=533.6789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.45;MQ0=3;MQRankSum=0.267;QD=5.22;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=0.239;SB=-1.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,21:39:99:394,0,180 chrXII 1064580 . AG A 497.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.445;DP=81;FS=14.049;HaplotypeScore=645.2137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.21;MQ0=8;MQRankSum=-0.548;QD=6.15;ReadPosRankSum=-0.499;SB=-4.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,41:43:99:537,0,761 chrXII 1064627 . A AG 464.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.995;DP=76;FS=8.345;HaplotypeScore=749.8483;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.86;MQ0=9;MQRankSum=1.309;QD=6.12;ReadPosRankSum=-1.284;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:47:99:504,0,779 chrXII 1064630 . GTA G 486.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.611;DP=71;FS=9.834;HaplotypeScore=696.8489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.64;MQ0=9;MQRankSum=-0.677;QD=6.86;RPA=3,2;RU=TA;ReadPosRankSum=-0.545;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,21:43:99:526,0,627 chrXII 1064702 . GAT GGGTAT,G 1292.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.134;DP=57;FS=4.267;HaplotypeScore=471.8349;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=21.64;MQ0=0;MQRankSum=0.549;QD=22.68;ReadPosRankSum=2.232;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:11,0,31:39:99:1371,924,1157,448,0,385 chrXII 1064872 . ATGGTGGACGGTGGGT A 1132.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.621;DP=110;FS=39.629;HaplotypeScore=746.1510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.50;MQ0=4;MQRankSum=2.550;QD=10.30;ReadPosRankSum=-0.666;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,8:48:99:1172,0,3874 chrXII 1064920 . TG T 711.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.992;DP=69;FS=5.125;HaplotypeScore=977.4112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.143;QD=10.32;RPA=3,2;RU=G;ReadPosRankSum=1.394;SB=-2.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,37:45:99:751,0,369 chrXII 1064961 . A AG 1067.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.776;DP=58;FS=7.586;HaplotypeScore=792.2887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.877;QD=18.41;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=1.377;SB=-4.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,38:44:51:1110,51,0 chrXII 1065092 . TG T 73.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.670;DP=17;FS=4.150;HaplotypeScore=222.1875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.05;MQ0=2;MQRankSum=-1.991;QD=4.35;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=1.855;SB=-8.058e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,5:15:81:113,0,81 chrXII 1065133 . G GT 624.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.062;DP=90;FS=13.419;HaplotypeScore=603.5637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.55;MQ0=4;MQRankSum=1.014;QD=6.94;ReadPosRankSum=2.565;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,15:76:99:664,0,682 chrXII 1065137 . TG T 543.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.610;DP=96;FS=8.171;HaplotypeScore=678.2686;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.71;MQ0=4;MQRankSum=-1.341;QD=5.67;RPA=3,2;RU=G;ReadPosRankSum=-1.602;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,26:82:99:583,0,968 chrXII 1065154 . T TGG 1480.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.230;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=515.2811;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.90;MQ0=2;MQRankSum=-1.067;QD=10.65;RPA=1,3;RU=G;ReadPosRankSum=0.898;SB=-1.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,31:121:99:1520,0,1035 chrXIII 8440 . C CA 994.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=503.3023;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.25;MQ0=0;QD=26.89;RPA=4,5;RU=A;SB=-5.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,35:37:99:1037,105,0 chrXIII 8882 . T TA 1512.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=241.1397;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.01;MQ0=0;QD=35.19;SB=-6.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:43:99:1555,126,0 chrXIII 9133 . G GA 1185.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=139.0164;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.67;MQ0=0;QD=23.25;RPA=6,7;RU=A;SB=-5.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,43:51:99:1228,135,0 chrXIII 9226 . CA C 1009.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=128.1553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.53;MQ0=0;QD=22.95;RPA=6,5;RU=A;SB=-2.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,42:44:99:1052,123,0 chrXIII 9528 . AT A 380.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.433;DP=36;FS=3.160;HaplotypeScore=223.3172;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.588;QD=10.58;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.876;SB=-1.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,20:36:37:423,37,0 chrXIII 10148 . TA T 976.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=186.4800;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.12;MQ0=0;QD=19.94;RPA=8,7;RU=A;SB=-4.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,46:49:99:1019,129,0 chrXIII 13570 . T TTG 2557.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=434.8843;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.95;MQ0=0;QD=29.40;SB=-1.236e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,66:87:99:2600,249,0 chrXIII 13571 . CT C 1761.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.349;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=511.1909;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.351;QD=20.49;ReadPosRankSum=3.157;SB=-8.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,66:86:99:1804,227,0 chrXIII 13785 . GTATGTATA G 6777 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=335.9356;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.58;MQ0=0;QD=84.71;SB=-3.332e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,64:80:99:6777,214,0 chrXIII 14504 . CT C 2048.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=368.2557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.51;MQ0=0;QD=21.57;RPA=5,4;RU=T;SB=-5.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,88:95:99:2091,234,0 chrXIII 21841 . G GA 770.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=13.2940;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.04;MQ0=0;QD=18.80;RPA=7,8;RU=A;SB=-2.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,36:41:96:813,96,0 chrXIII 23878 . A AGAGAG 5377 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=470.6123;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.65;MQ0=0;QD=57.20;RPA=1,2;RU=GAGAG;SB=-1.154e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,69:94:99:5377,238,0 chrXIII 24874 . AATT A 4075 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=24.4768;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.83;MQ0=0;QD=55.07;SB=-1.633e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:74:99:4075,217,0 chrXIII 26591 . CT C 199.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=59.2615;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.10;MQ0=0;QD=14.28;RPA=11,10;RU=T;SB=-8.794e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,12:14:33:242,33,0 chrXIII 26795 . G GAA 2200.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=315.5105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.35;MQ0=0;QD=42.33;RPA=2,4;RU=A;SB=-1.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,49:52:99:2243,157,0 chrXIII 26816 . GACCCT G 3154.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=213.4362;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.71;MQ0=0;QD=63.10;RPA=2,1;RU=ACCCT;SB=-1.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,42:50:99:3197,141,0 chrXIII 33870 . C CT 2763.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=113.5934;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.25;MQ0=0;QD=34.12;SB=-1.238e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:81:99:2806,226,0 chrXIII 34017 . TA T 542.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.660;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=54.5861;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=1.541;QD=10.86;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.394;SB=-2.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,32:50:48:585,48,0 chrXIII 41950 . GAAA GA,G 527.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.091;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=27.6382;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.14;MQ0=0;MQRankSum=2.807;QD=8.25;RPA=20,18,17;RU=A;ReadPosRankSum=3.091;SB=-2.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:37,0,11:64:99:606,209,151,172,0,189 chrXIII 43866 . CTT C 1531.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.161;DP=77;FS=5.384;HaplotypeScore=127.7335;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.983;QD=19.90;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.126;SB=-6.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,47:77:99:1574,140,0 chrXIII 43908 . A AT,ATT 1043.49 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=165.7371;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.81;MQ0=0;QD=17.99;RPA=12,13,14;RU=T;SB=-5.485e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:28,6,21:58:37:1119,638,524,149,0,37 chrXIII 44374 . TCAACAA T 7133 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=48.9536;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=63.69;RPA=4,2;RU=CAA;SB=-2.191e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,103:112:99:7133,301,0 chrXIII 53771 . T TGAACTG 5016 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=58.4625;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.88;MQ0=0;QD=86.48;SB=-2.449e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:58:99:5016,175,0 chrXIII 54642 . C CT 508.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=16.1084;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.34;MQ0=0;QD=21.21;RPA=9,10;RU=T;SB=-2.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,23:24:66:551,66,0 chrXIII 57572 . C CAT 642.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=16.7094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=63.35;MQ0=0;QD=11.91;RPA=4,5;RU=AT;SB=-1.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,37:54:57:685,57,0 chrXIII 62439 . G GA 1235.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.696;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=67.6097;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.282;QD=16.05;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.963;SB=-4.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,56:77:91:1278,91,0 chrXIII 65927 . CTGTTGTTGT C 4905 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=30.7012;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.48;MQ0=0;QD=65.40;RPA=9,6;RU=TGT;SB=-1.830e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,55:75:99:4905,159,0 chrXIII 67691 . C CAT 2101.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=415.5815;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.66;MQ0=0;QD=19.11;RPA=3,4;RU=AT;SB=-9.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:56,54:110:99:2144,174,0 chrXIII 68092 . TG T 1817.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=558.5283;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.84;MQ0=0;QD=27.54;RPA=5,4;RU=G;SB=-6.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,59:66:99:1860,177,0 chrXIII 70292 . A AC 1162.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=21.0028;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.07;MQ0=0;QD=29.82;RPA=4,5;RU=C;SB=-3.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:99:1205,117,0 chrXIII 77135 . T TA 4153 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=53.0636;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.36;MQ0=0;QD=28.06;SB=-1.771e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,144:148:99:4153,349,0 chrXIII 86794 . T TA 644.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=68.7374;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.15;MQ0=0;QD=19.54;RPA=5,6;RU=A;SB=-5.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,23:33:75:687,75,0 chrXIII 86892 . GGA G 1713.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=16.8428;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.50;MQ0=0;QD=42.85;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:1756,117,0 chrXIII 94303 . A AT 794.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=80.7624;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.23;MQ0=0;QD=26.50;RPA=1,2;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,23:30:75:837,75,0 chrXIII 94308 . A AT 367.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.258;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=115.0882;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.659;QD=13.14;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=0.180;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,18:28:26:410,26,0 chrXIII 95588 . C CAA 665.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=25.0716;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.20;MQ0=1;QD=21.48;RPA=12,14;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,23:30:72:708,72,0 chrXIII 99274 . C CA 303.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.167;DP=36;FS=2.399;HaplotypeScore=14.7940;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.567;QD=8.44;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.700;SB=-5.797e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,20:36:45:343,0,45 chrXIII 99599 . CATAT C 878.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=106.0446;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=21.97;RPA=9,7;RU=AT;SB=-2.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,22:40:60:921,60,0 chrXIII 103864 . GT G 2720.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.805;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=63.4494;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.123;QD=19.44;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.705;SB=-1.191e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,130:140:99:2763,356,0 chrXIII 108637 . CA C 2447.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.615;DP=151;FS=2.447;HaplotypeScore=60.2896;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;MQRankSum=2.189;QD=16.21;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.582;SB=-9.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,122:151:99:2490,290,0 chrXIII 110970 . A AAAACAATCAGGC 6237 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=22.3511;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.40;MQ0=1;QD=100.60;SB=-2.021e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,39:61:99:6237,159,0 chrXIII 111799 . CA C 1364.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=92.7026;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.30;MQ0=0;QD=18.96;RPA=10,9;RU=A;SB=-5.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,66:72:99:1407,189,0 chrXIII 119887 . C CTT 1592.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=92.7842;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.80;MQ0=1;QD=28.96;RPA=7,9;RU=T;SB=-3.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,48:54:99:1635,137,0 chrXIII 120618 . T TCTTCTTCTTCTA 10090 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.987;DP=132;FS=4.112;HaplotypeScore=52.6511;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.335;QD=76.44;ReadPosRankSum=0.999;SB=-4.037e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,112:132:99:10090,340,0 chrXIII 122395 . A AT 1847.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=158.0041;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.02;MQ0=0;QD=30.80;RPA=1,2;RU=T;SB=-6.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,58:60:99:1890,165,0 chrXIII 122778 . C CGTTCCTGTTCTTATT 14584 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=77.0318;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.37;MQ0=0;QD=137.58;SB=-6.248e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,71:106:99:14584,310,0 chrXIII 122959 . GACACTTTTTTGCTTA G 3354 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=37.8336;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.27;MQ0=0;QD=139.75;SB=-1.429e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:23:69:3354,69,0 chrXIII 133261 . CA C 1555.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=77.9346;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.10;MQ0=0;QD=30.51;RPA=2,1;RU=A;SB=-7.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,50:51:99:1598,138,0 chrXIII 135265 . GAT G 1339.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=331.6186;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.11;MQ0=0;QD=20.30;RPA=6,5;RU=AT;SB=-6.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,47:66:99:1382,126,0 chrXIII 141600 . GT G 2988.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=625.8665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.89;MQ0=0;QD=25.99;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.434e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,113:115:99:3031,315,0 chrXIII 141812 . GC G 1916.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=35.8481;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.66;MQ0=0;QD=29.04;RPA=4,3;RU=C;SB=-5.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:66:99:1959,183,0 chrXIII 141967 . C CA 2305.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=62.7661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.62;MQ0=0;QD=26.81;RPA=3,4;RU=A;SB=-5.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,82:86:99:2348,231,0 chrXIII 143058 . GGAAGAA G,GGAAGACGAAGAA 3456 SnpCluster AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=318.2469;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=49.61;MQ0=0;QD=41.14;SB=-1.205e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:41,11,0:84:99:3456,1718,2880,303,0,123 chrXIII 143063 . AAGAAGA ACGAGAAGA,A 1713.94 SnpCluster AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.710;DP=76;FS=6.255;HaplotypeScore=427.9981;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=46.92;MQ0=0;MQRankSum=0.045;QD=22.55;ReadPosRankSum=1.824;SB=-7.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:52,0,0:76:99:1792,1344,1790,133,0,1428 chrXIII 143064 . A AAGAAGAAGAC 4301 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.379;DP=73;FS=5.329;HaplotypeScore=340.7430;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.42;MQ0=0;MQRankSum=-3.083;QD=58.92;ReadPosRankSum=4.570;SB=-8.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:52,21:73:69:4301,69,0 chrXIII 146087 . TCCATACA T 2508.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=200.4959;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.12;MQ0=0;QD=51.20;RPA=3,2;RU=CCATACA;SB=-8.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,28:49:96:2551,96,0 chrXIII 148703 . GC G 1672.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=116.0360;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=32.17;SB=-5.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:52:99:1715,138,0 chrXIII 158979 . C CT 836.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.976;DP=48;FS=6.351;HaplotypeScore=207.8603;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.175;QD=17.44;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.075;SB=-3.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,36:48:55:879,55,0 chrXIII 159085 . GT G 702.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=167.1590;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.12;MQ0=0;QD=18.02;RPA=9,8;RU=T;SB=-2.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,33:39:96:745,96,0 chrXIII 162119 . AT A 3399 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=41.7501;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.06;MQ0=0;QD=25.56;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.144e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,130:133:99:3399,355,0 chrXIII 163391 . G GA 1403.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=174.9386;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;QD=20.65;RPA=8,9;RU=A;SB=-4.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,56:68:99:1446,171,0 chrXIII 163441 . AT A 1158.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=200.1530;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.35;MQ0=0;QD=18.69;RPA=7,6;RU=T;SB=-5.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,55:62:99:1201,147,0 chrXIII 164392 . G GTT 103.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.741;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=34.6442;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.59;MQ0=0;MQRankSum=1.393;QD=3.68;RPA=25,27;RU=T;ReadPosRankSum=-0.348;SB=-6.572e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,6:28:22:145,22,0 chrXIII 165375 . TTCTC T 3055.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=240.4085;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.23;MQ0=0;QD=50.10;RPA=7,5;RU=TC;SB=-1.165e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,56:61:99:3098,166,0 chrXIII 165400 . AATAT A 2795.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=321.5795;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.40;MQ0=0;QD=41.12;RPA=4,2;RU=AT;SB=-1.019e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,54:68:99:2838,168,0 chrXIII 167530 . G GC 2101.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=29.2090;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;QD=31.85;RPA=1,2;RU=C;SB=-8.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,60:66:99:2144,180,0 chrXIII 167844 . CT C 2410.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=40.2551;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=22.74;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.160e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,97:106:99:2453,276,0 chrXIII 167952 . T TA 2665.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=301.9620;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.76;MQ0=0;QD=35.55;SB=-1.054e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,67:75:99:2708,211,0 chrXIII 168067 . A AT 1592.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=438.4486;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.20;MQ0=0;QD=23.43;RPA=5,6;RU=T;SB=-4.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,58:68:99:1635,174,0 chrXIII 168529 . TG T 126.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=106.7139;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.15;MQ0=9;QD=9.02;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,5:5:15:168,15,0 chrXIII 168548 . A AG 153.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=98.4341;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.99;MQ0=8;QD=11.79;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,5:5:15:195,15,0 chrXIII 168647 . T TA 115.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=165.2905;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.67;MQ0=1;QD=19.20;RPA=1,2;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,5:5:15:157,15,0 chrXIII 168665 . T TTTA 241.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;HaplotypeScore=152.7401;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.03;MQ0=0;QD=48.25;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:283,15,0 chrXIII 169103 . A AT 1546.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=70.6546;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=17.38;RPA=8,9;RU=T;SB=-1.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,70:89:99:1589,190,0 chrXIII 169479 . ATTG A 2866.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=169.5130;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=63.05;MQ0=0;QD=20.33;RPA=7,6;RU=TTG;SB=-1.319e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:49,89:141:99:2909,242,0 chrXIII 169808 . GA G 1475.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=19.5084;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.07;MQ0=0;QD=23.43;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,61:63:99:1518,177,0 chrXIII 175882 . TA T 2358.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.493;DP=123;FS=6.010;HaplotypeScore=827.5662;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.30;MQ0=0;MQRankSum=-2.265;QD=19.18;ReadPosRankSum=3.015;SB=-7.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,99:123:99:2401,294,0 chrXIII 175885 . TTC T 3142.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.970;DP=139;FS=8.123;HaplotypeScore=965.0296;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.96;MQ0=0;MQRankSum=-2.166;QD=22.61;ReadPosRankSum=3.482;SB=-8.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,99:139:99:3185,270,0 chrXIII 175912 . G GTCTTCT,GTCT 7595 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=655.0550;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=48.72;MQ0=0;QD=49.64;RPA=7,9,8;RU=TCT;SB=-2.911e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:45,100,6:153:75:7595,416,75,4354,0,3994 chrXIII 178325 . T TA 2210.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=48.6890;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.92;MQ0=0;QD=21.47;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.039e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,89:103:99:2253,249,0 chrXIII 179719 . C CTAT 539.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.853;DP=49;FS=17.007;HaplotypeScore=369.3701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.67;MQ0=0;MQRankSum=4.442;QD=11.02;ReadPosRankSum=-1.406;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,27:49:99:579,0,257 chrXIII 183702 . AT A 381.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=48.0680;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.75;MQ0=0;QD=27.28;RPA=3,2;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:39:424,39,0 chrXIII 183720 . G GA 302.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=48.7557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=25.25;RPA=3,4;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,10:12:33:345,33,0 chrXIII 184027 . A ATTT 1841.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=153.9278;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.82;MQ0=0;QD=49.78;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,33:37:99:1884,99,0 chrXIII 184078 . GC G 1208.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=187.7654;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.87;MQ0=0;QD=35.56;SB=-6.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:34:99:1251,99,0 chrXIII 192469 . C CT 103.05 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=189.2296;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;QD=5.15;RPA=11,12;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,5:20:20:145,20,0 chrXIII 195892 . T TAAG 5271 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=345.1255;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.56;MQ0=0;QD=47.06;SB=-2.060e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,99:112:99:5271,292,0 chrXIII 196231 . CTACAA C 6005 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=30.3580;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.80;MQ0=0;QD=64.57;SB=-2.623e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,84:93:99:6005,256,0 chrXIII 196332 . T TA 35.29 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=45.5710;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.13;MQ0=2;QD=4.41;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,5:6:14:77,14,0 chrXIII 201934 . C CTA 1516.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=973.2606;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=47.40;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:96:1559,96,0 chrXIII 206412 . TGTGC T 3911 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=221.9776;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.30;MQ0=0;QD=59.26;SB=-6.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,63:66:99:3911,184,0 chrXIII 208862 . A AT 719.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=12.3686;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=18.46;RPA=8,9;RU=T;SB=-2.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,32:39:88:762,88,0 chrXIII 209069 . CTT C 337.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=38.1816;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.79;MQ0=0;QD=16.90;RPA=14,12;RU=T;SB=-1.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,11:20:39:380,39,0 chrXIII 209181 . GA G 1074.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=164.4253;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=22.39;RPA=6,5;RU=A;SB=-5.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,39:48:99:1117,129,0 chrXIII 209199 . AC A 899.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=199.5904;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.45;MQ0=0;QD=21.43;RPA=5,4;RU=C;SB=-9.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,28:42:93:942,93,0 chrXIII 209248 . GAT G 991.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=198.7403;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.30;MQ0=0;QD=26.81;RPA=5,4;RU=AT;SB=-7.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,30:37:87:1034,87,0 chrXIII 209870 . AATG A 1710.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=108.9737;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;QD=17.46;RPA=11,10;RU=ATG;SB=-7.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:57,40:98:99:1753,123,0 chrXIII 216270 . C CA 3001.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=303.6639;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.63;MQ0=0;QD=25.23;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.132e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,109:119:99:3044,327,0 chrXIII 216368 . T TG 3654 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=212.5540;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.78;MQ0=0;QD=34.15;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.180e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:107:99:3654,307,0 chrXIII 221252 . TTA T 1744.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=35.1905;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.18;MQ0=0;QD=17.63;RPA=6,5;RU=TA;SB=-4.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,58:99:99:1787,156,0 chrXIII 224327 . A AT 2332.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=469.9096;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.36;MQ0=0;QD=29.16;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.131e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,76:80:99:2375,223,0 chrXIII 236652 . CTT C 1986.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=36.2379;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.75;MQ0=0;QD=26.14;RPA=12,10;RU=T;SB=-9.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,69:76:99:2029,198,0 chrXIII 238303 . TACA T 2356.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=75.5890;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.07;MQ0=0;QD=30.61;RPA=7,6;RU=ACA;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,67:77:99:2399,163,0 chrXIII 241854 . C CTT 188.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=19.6492;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.23;MQ0=0;QD=10.50;RPA=13,15;RU=T;SB=-4.696e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,6:18:28:231,28,0 chrXIII 247502 . TTA T 508.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=127.3328;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.21;MQ0=0;QD=8.93;RPA=6,5;RU=TA;SB=-1.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,26:57:51:551,51,0 chrXIII 261649 . CA C 2099.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=25.8500;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.98;MQ0=0;QD=30.88;RPA=2,1;RU=A;SB=-8.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,66:68:99:2142,187,0 chrXIII 262725 . CA C 1113.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=114.0269;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=18.88;RPA=8,7;RU=A;SB=-5.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,56:59:99:1156,146,0 chrXIII 263068 . A AAT 2232.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=137.0730;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;QD=42.13;SB=-1.133e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:53:99:2275,154,0 chrXIII 264337 . A AT 2802.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=30.1607;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.17;MQ0=0;QD=31.49;SB=-1.130e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:2845,235,0 chrXIII 267972 . GTTAAATAAAGCGA G 856.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=31.6111;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.44;MQ0=0;QD=107.00;SB=-2.293e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,6:8:21:898,21,0 chrXIII 268170 . A AT 517.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=97.4180;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.06;MQ0=0;QD=20.72;RPA=5,6;RU=T;SB=-8.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,20:25:60:560,60,0 chrXIII 272762 . GT G 1581.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=30.4192;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.44;MQ0=0;QD=23.26;RPA=5,4;RU=T;SB=-2.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,63:68:99:1624,180,0 chrXIII 275577 . C CT 2858.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=134.7059;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.85;MQ0=0;QD=29.78;RPA=2,3;RU=T;SB=-8.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,92:96:99:2901,271,0 chrXIII 277274 . TA T 2225.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=212.2521;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=20.80;RPA=8,7;RU=A;SB=-9.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,100:107:99:2268,290,0 chrXIII 287260 . G GA 738.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=10.0853;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.34;MQ0=0;QD=23.09;RPA=5,6;RU=A;SB=-2.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,31:32:84:781,84,0 chrXIII 287916 . A AC 1349.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=298.8514;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.00;MQ0=0;QD=25.00;RPA=5,6;RU=C;SB=-6.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,48:54:99:1392,141,0 chrXIII 289726 . C CTT 5040 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=319.5359;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.53;MQ0=0;QD=43.83;RPA=1,3;RU=T;SB=-2.227e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,112:115:99:5040,340,0 chrXIII 289729 . A AT 2786.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=540.2307;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.82;MQ0=0;QD=24.66;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.246e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,107:113:99:2829,324,0 chrXIII 297002 . AT A 1034.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=92.3773;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;QD=17.54;RPA=9,8;RU=T;SB=-3.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,53:59:99:1077,140,0 chrXIII 297065 . T TG 2073.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=66.1974;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;QD=33.45;SB=-4.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,60:62:99:2116,165,0 chrXIII 300587 . T TA 1994.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=21.7520;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.85;MQ0=0;QD=32.18;SB=-6.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,59:62:99:2037,163,0 chrXIII 305187 . CTTT C 5479 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=310.1921;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.94;MQ0=0;QD=44.91;RPA=7,4;RU=T;SB=-1.802e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,119:122:99:5479,346,0 chrXIII 307305 . C CAT 1626.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=29.0908;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.33;MQ0=0;QD=33.20;RPA=1,2;RU=AT;SB=-8.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,46:49:99:1669,126,0 chrXIII 309395 . TA T 2231.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=51.5681;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.78;MQ0=0;QD=18.76;RPA=11,10;RU=A;SB=-7.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,110:119:99:2274,310,0 chrXIII 312171 . G GA 1526.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=94.0354;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=21.81;RPA=3,4;RU=A;SB=-7.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,53:70:99:1569,156,0 chrXIII 312248 . G GT 1861.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.912;DP=84;FS=4.337;HaplotypeScore=358.7934;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.137;QD=22.17;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.231;SB=-6.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,75:84:99:1904,204,0 chrXIII 321140 . T TA 247.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=7.4985;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;QD=13.05;RPA=6,7;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,16:19:33:290,33,0 chrXIII 321328 . CATATATATATAT C 5028 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=22.2180;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.53;MQ0=0;QD=96.69;RPA=11,5;RU=AT;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,42:52:99:5028,126,0 chrXIII 323216 . CA C 915.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.747;DP=74;FS=3.768;HaplotypeScore=36.4557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.432;QD=12.38;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.766;SB=-4.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,53:74:99:958,104,0 chrXIII 331971 . T TA 993.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.058;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=154.4744;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.63;MQ0=0;MQRankSum=0.593;QD=16.57;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.574;SB=-5.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,33:60:99:1036,124,0 chrXIII 332031 . C CAA 1679.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=135.0426;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.15;MQ0=0;QD=29.47;RPA=8,10;RU=A;SB=-1.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,44:57:99:1722,153,0 chrXIII 337486 . AG A 1367.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.689;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=222.6837;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.16;MQ0=0;MQRankSum=0.500;QD=24.43;ReadPosRankSum=-0.309;SB=-6.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,45:56:99:1410,148,0 chrXIII 339298 . G GT 2603.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=155.1896;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.81;MQ0=0;QD=32.55;RPA=1,2;RU=T;SB=-9.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,75:80:99:2646,220,0 chrXIII 340845 . T TA 1986.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=184.0727;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.37;MQ0=0;QD=22.58;RPA=5,6;RU=A;SB=-4.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,83:88:99:2029,219,0 chrXIII 341683 . C CT 2169.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=177.8669;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.93;MQ0=0;QD=28.55;RPA=2,3;RU=T;SB=-7.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,68:76:99:2212,208,0 chrXIII 342609 . GCTATGCAAAACT G 5592 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=48.4122;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.52;MQ0=0;QD=121.57;SB=-2.566e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:5592,123,0 chrXIII 343657 . GA G 1721.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=34.0467;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.28;MQ0=0;QD=22.36;RPA=6,5;RU=A;SB=-8.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,71:77:99:1764,207,0 chrXIII 343937 . AC A 872.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=16.4436;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.61;MQ0=0;QD=26.45;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:33:78:915,78,0 chrXIII 344093 . G GAT,GATAT 2938.40 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=218.7024;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.19;MQ0=0;QD=37.67;RPA=5,6,7;RU=AT;SB=-1.143e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:11,7,60:78:40:3015,1882,1708,206,0,40 chrXIII 344221 . A AT 998.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=43.2407;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;QD=24.36;RPA=5,6;RU=T;SB=-5.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,39:40:99:1041,117,0 chrXIII 348566 . CT C 53.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.817;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=42.3306;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.37;MQ0=0;MQRankSum=1.092;QD=3.00;RPA=15,14;RU=T;ReadPosRankSum=-0.817;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,8:18:47:93,0,47 chrXIII 352374 . AT A 555.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=14.8266;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;QD=16.35;RPA=9,8;RU=T;SB=-2.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,31:34:78:598,78,0 chrXIII 353678 . ATT A 795.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.375;DP=36;FS=4.624;HaplotypeScore=33.2797;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.733;QD=22.11;RPA=14,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.060;SB=-2.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,28:36:82:838,82,0 chrXIII 354554 . G GCAA 1970.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.844;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=35.7193;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.278;QD=24.64;RPA=6,7;RU=CAA;ReadPosRankSum=0.429;SB=-9.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,43:80:95:2013,95,0 chrXIII 354852 . G GC 1292.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=34.9820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;QD=25.86;RPA=3,4;RU=C;SB=-9.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,44:50:99:1335,129,0 chrXIII 354901 . C CT 551.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.467;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=62.7064;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.267;QD=16.73;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.133;SB=-2.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,19:33:55:594,55,0 chrXIII 355602 . CGAA C 2545.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=262.5643;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.06;MQ0=0;QD=33.06;RPA=4,3;RU=GAA;SB=-8.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,69:77:99:2588,169,0 chrXIII 363140 . CT C 1318.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=53.1163;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.01;MQ0=0;QD=18.58;RPA=9,8;RU=T;SB=-2.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,58:71:99:1361,176,0 chrXIII 367523 . GAATGTAAAC G 9026 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=485.8113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.24;MQ0=0;QD=81.32;SB=-3.498e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,88:111:99:9026,256,0 chrXIII 367941 . CA C 3589 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=562.5443;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.33;MQ0=0;QD=36.25;SB=-1.322e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,98:99:99:3589,286,0 chrXIII 368014 . CT C 2478.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=282.7002;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.76;MQ0=0;QD=31.78;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.082e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,75:78:99:2521,217,0 chrXIII 371006 . CT C 809.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=96.2275;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.79;MQ0=0;QD=13.96;RPA=11,10;RU=T;SB=-3.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,45:58:99:852,116,0 chrXIII 371410 . G GA 1796.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=268.6354;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.65;MQ0=0;QD=22.46;RPA=5,6;RU=A;SB=-8.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,68:80:99:1839,201,0 chrXIII 371798 . AT A 1095.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=345.3527;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.64;MQ0=0;MQRankSum=1.308;QD=18.27;RPA=8,7;RU=T;ReadPosRankSum=1.662;SB=-3.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,52:60:99:1138,143,0 chrXIII 372555 . ACTAATAAATCTT A 3233.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=85.5083;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.82;MQ0=0;QD=63.39;RPA=2,1;RU=CTAATAAATCTT;SB=-2.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,29:51:93:3275,93,0 chrXIII 380311 . GAAA G 1839.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=137.3689;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.20;MQ0=0;QD=36.80;RPA=14,11;RU=A;SB=-3.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,45:50:99:1882,144,0 chrXIII 386028 . AT A 3380 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=47.5690;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.89;MQ0=0;QD=21.67;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.269e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,154:156:99:3380,436,0 chrXIII 387095 . AT A 74.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.025;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=81.1235;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=0.927;QD=1.50;RPA=19,18;RU=T;ReadPosRankSum=2.098;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,11:49:67:114,0,67 chrXIII 388684 . TTATATATATATATATA T 6537 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=41.0036;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.98;MQ0=0;QD=70.29;RPA=14,6;RU=TA;SB=-1.524e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,54:93:99:6537,144,0 chrXIII 390765 . GT G 121.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.444;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=50.9152;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.929;QD=1.60;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.628;SB=-5.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,15:76:99:161,0,796 chrXIII 392683 . AG A 3178.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=34.8505;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.53;MQ0=0;QD=28.38;SB=-1.235e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:112:99:3221,283,0 chrXIII 394880 . AC A 3658 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.670;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=424.3004;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.79;MQ0=0;MQRankSum=0.866;QD=29.26;ReadPosRankSum=0.309;SB=-1.797e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,105:125:99:3658,332,0 chrXIII 396553 . G GA 2014.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=151.8559;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.98;MQ0=0;QD=25.83;RPA=5,6;RU=A;SB=-8.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,77:78:99:2057,219,0 chrXIII 399471 . TA T 1134.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=179.2026;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.41;MQ0=0;QD=18.31;RPA=8,7;RU=A;SB=-4.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,52:62:99:1177,152,0 chrXIII 406257 . TAA T 1080.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=146.8495;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.12;MQ0=0;QD=23.00;RPA=12,10;RU=A;SB=-2.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,35:47:99:1123,111,0 chrXIII 409001 . CA C 662.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.103;DP=56;FS=2.572;HaplotypeScore=38.7408;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.643;QD=11.84;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.924;SB=-2.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,40:56:44:705,44,0 chrXIII 409194 . GACAACAGCATCAACA G 5380 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=32.1154;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.18;MQ0=0;QD=66.42;RPA=2,1;RU=ACAACAGCATCAACA;SB=-2.192e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,56:81:99:5380,162,0 chrXIII 410428 . CAAT C 5193 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=179;FS=0.000;HaplotypeScore=473.2230;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.22;MQ0=0;QD=29.01;RPA=5,4;RU=AAT;SB=-9.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:54,125:179:99:5193,367,0 chrXIII 411264 . A ATT 3120.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=31.5558;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.62;MQ0=0;QD=35.87;RPA=2,4;RU=T;SB=-1.386e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,80:87:99:3163,232,0 chrXIII 411379 . CTTT C 1565.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=159.7132;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.72;MQ0=0;QD=22.37;RPA=12,9;RU=T;SB=-6.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,33:70:99:1608,129,0 chrXIII 411461 . GT G 816.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.484;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=72.6118;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.733;QD=13.39;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.770;SB=-3.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,39:61:67:859,67,0 chrXIII 420077 . AT A 1601.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=208.2041;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.33;MQ0=0;QD=28.10;RPA=2,1;RU=T;SB=-4.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,53:57:99:1644,147,0 chrXIII 420582 . T TA 1143.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=157.6344;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.67;MQ0=0;QD=22.00;RPA=5,6;RU=A;SB=-3.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,48:52:99:1186,126,0 chrXIII 420789 . CTT C 2617.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=354.1705;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.17;MQ0=0;QD=33.56;RPA=6,4;RU=T;SB=-4.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,76:78:99:2660,223,0 chrXIII 421112 . TC T 369.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=46.0728;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.20;MQ0=0;QD=23.12;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,14:16:42:412,42,0 chrXIII 421308 . C CT 960.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.087;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=201.1116;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.040;QD=23.44;ReadPosRankSum=1.126;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,39:41:99:1003,115,0 chrXIII 424855 . CAT C 4200 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=132.8680;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.54;MQ0=0;QD=41.18;SB=-2.048e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,97:102:99:4200,303,0 chrXIII 426076 . AT A 775.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=37.5143;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.19;MQ0=0;MQRankSum=1.639;QD=15.84;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.639;SB=-1.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,39:49:90:818,90,0 chrXIII 426224 . A AT 837.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.062;DP=66;FS=2.230;HaplotypeScore=197.6581;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.466;QD=12.70;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.279;SB=-2.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,35:66:43:880,43,0 chrXIII 431096 . CA C 1431.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=17.8708;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;QD=23.47;RPA=4,3;RU=A;SB=-7.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:61:99:1474,153,0 chrXIII 431536 . G GT 500.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.454;DP=48;FS=6.605;HaplotypeScore=33.1510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=2.269;QD=10.44;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-1.028;SB=-2.315e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,23:48:42:540,0,42 chrXIII 432244 . TA T 715.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=63.9454;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.16;MQ0=0;QD=16.65;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,39:43:96:758,96,0 chrXIII 432740 . T TTTG 3144.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.302;DP=67;FS=3.369;HaplotypeScore=40.9696;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.302;QD=46.94;ReadPosRankSum=1.677;SB=-1.489e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,61:67:99:3187,166,0 chrXIII 433352 . CGTATCGATT C 8632 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=120.7135;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.00;MQ0=0;QD=79.19;RPA=2,1;RU=GTATCGATT;SB=-4.089e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,92:109:99:8632,265,0 chrXIII 434636 . AT A 1840.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=224.3985;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.24;MQ0=0;QD=20.01;RPA=8,7;RU=T;SB=-4.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,79:92:99:1883,236,0 chrXIII 434658 . T TA 3061.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=221.7740;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;QD=25.52;RPA=3,4;RU=A;SB=-7.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,109:120:99:3104,313,0 chrXIII 437397 . C CA 1605.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=51.2379;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.04;MQ0=0;QD=35.69;SB=-8.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,43:45:99:1648,129,0 chrXIII 442239 . CT C 954.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=42.4383;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=15.92;RPA=12,11;RU=T;SB=-2.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,47:60:99:997,143,0 chrXIII 448902 . C CG 2712.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=498.1638;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.39;MQ0=0;QD=31.18;RPA=2,3;RU=G;SB=-9.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,83:87:99:2755,250,0 chrXIII 462693 . C CCTTTT 1880.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=33.5234;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.04;MQ0=0;QD=44.78;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,32:42:99:1923,112,0 chrXIII 463236 . C CA 1820.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=562.2300;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.72;MQ0=0;QD=28.01;RPA=3,4;RU=A;SB=-5.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,61:65:99:1863,183,0 chrXIII 463381 . C CT 201.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=181.8911;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.55;MQ0=0;QD=14.36;RPA=1,2;RU=T;SB=-7.280e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,8:12:21:243,21,0 chrXIII 463403 . AC A 1072.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=499.0682;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.93;MQ0=0;QD=29.80;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:34:90:1115,90,0 chrXIII 463488 . AC A 2628.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=303.2997;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.65;MQ0=0;QD=31.67;SB=-1.232e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,76:83:99:2671,214,0 chrXIII 463919 . A AT 876.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=10.2636;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.37;MQ0=0;QD=22.49;RPA=7,8;RU=T;SB=-3.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,38:39:99:919,105,0 chrXIII 466093 . C CT 2325.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=30.0637;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.52;MQ0=0;QD=22.36;RPA=6,7;RU=T;SB=-6.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,91:104:99:2368,267,0 chrXIII 468236 . CT C 445.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.576;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=69.7979;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=1.261;QD=14.87;RPA=7,6;RU=T;ReadPosRankSum=1.261;SB=-7.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,23:30:56:488,56,0 chrXIII 468258 . A AT 251.08 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.898;DP=29;FS=2.754;HaplotypeScore=91.0507;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=0.898;QD=8.66;RPA=14,15;RU=T;ReadPosRankSum=-1.748;SB=-9.910e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,13:29:13:290,0,13 chrXIII 472637 . 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C CA 2059.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=23.3544;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.32;MQ0=0;QD=26.08;RPA=3,4;RU=A;SB=-8.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,74:79:99:2102,207,0 chrXIII 482113 . GA G 861.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=32.2609;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.21;MQ0=0;QD=16.26;RPA=9,8;RU=A;SB=-4.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,44:53:99:904,117,0 chrXIII 483743 . GAAA GA,G 359.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.613;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=117.9980;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.11;MQ0=0;MQRankSum=0.213;QD=6.54;RPA=23,21,20;RU=A;ReadPosRankSum=2.647;SB=-1.438e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:36,0,7:55:77:438,85,77,139,0,186 chrXIII 507326 . GT G 2434.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=349.1552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.78;MQ0=0;QD=21.55;RPA=8,7;RU=T;SB=-8.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,105:113:99:2477,304,0 chrXIII 507386 . G GTA 2100.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=298.2973;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.61;MQ0=0;QD=22.12;RPA=5,6;RU=TA;SB=-7.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,55:95:99:2143,183,0 chrXIII 511262 . GA G 3455 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=403.3556;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.05;MQ0=0;QD=35.99;SB=-1.081e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,92:96:99:3455,280,0 chrXIII 511310 . T TA 1700.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=215.8664;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.99;MQ0=0;QD=23.62;RPA=5,6;RU=A;SB=-5.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,64:72:99:1743,186,0 chrXIII 511585 . CT C 1372.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=150.2498;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.02;MQ0=0;QD=19.34;RPA=9,8;RU=T;SB=-2.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,60:71:99:1415,174,0 chrXIII 512090 . T TG 1167.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=59.7645;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.03;MQ0=0;QD=28.49;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,36:41:99:1210,108,0 chrXIII 512552 . A AG 971.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.928;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=756.6607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.27;MQ0=0;MQRankSum=0.077;QD=14.73;ReadPosRankSum=3.884;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,43:66:99:1011,0,113 chrXIII 512555 . A ATTC 1992.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.296;DP=59;FS=2.494;HaplotypeScore=616.6084;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.63;MQ0=0;MQRankSum=0.578;QD=33.78;ReadPosRankSum=1.932;SB=-5.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,43:59:99:2035,103,0 chrXIII 512572 . ATT A 1757.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=571.3979;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.41;MQ0=0;QD=27.05;RPA=10,8;RU=T;SB=-6.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,58:65:99:1800,165,0 chrXIII 514073 . AT A 420.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=96.2719;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.56;MQ0=0;QD=10.52;RPA=12,11;RU=T;SB=-4.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,20:40:65:463,65,0 chrXIII 514095 . C CT 476.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.576;DP=35;FS=4.973;HaplotypeScore=70.7471;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.946;QD=13.63;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.946;SB=-1.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,25:35:49:519,49,0 chrXIII 514293 . A AT 212.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.584;DP=31;FS=6.107;HaplotypeScore=76.4154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=1.752;QD=6.87;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=-0.796;SB=-1.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,10:31:28:252,0,28 chrXIII 535671 . G GT 892.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=70.3267;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=21.26;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,34:42:99:935,105,0 chrXIII 536190 . TA T 713.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=17.1602;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;QD=18.31;RPA=9,8;RU=A;SB=-2.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,34:39:99:756,99,0 chrXIII 538627 . ACACACTCACTCACACATG A 6396 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=134.5632;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.23;MQ0=0;QD=130.53;SB=-2.381e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,43:49:99:6396,141,0 chrXIII 539498 . ACTG A 2986.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=150.8152;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.28;MQ0=0;QD=35.99;RPA=8,7;RU=CTG;SB=-1.319e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,67:83:99:3029,211,0 chrXIII 540509 . GC G 1589.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=156.5340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.56;MQ0=0;QD=33.12;RPA=2,1;RU=C;SB=-2.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,47:48:99:1632,138,0 chrXIII 540947 . T TA 1047.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=14.1865;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.04;MQ0=0;QD=24.95;RPA=4,5;RU=A;SB=-3.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:42:99:1090,114,0 chrXIII 541435 . T TAACAACAACAACAAC 8054 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=23.8602;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.26;MQ0=0;QD=125.84;RPA=3,8;RU=AAC;SB=-3.900e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,51:64:99:8054,166,0 chrXIII 545146 . G GATAA 5148 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=61.0096;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.44;MQ0=0;QD=53.07;SB=-2.289e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,86:97:99:5148,247,0 chrXIII 550889 . T TA 3006.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=186.8820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.54;MQ0=0;QD=25.92;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.130e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,114:116:99:3049,286,0 chrXIII 552264 . ATCATATTCC A 6598 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=204.9854;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.39;MQ0=0;QD=95.62;SB=-2.666e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,65:69:99:6598,181,0 chrXIII 552461 . G GA 3032.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=259.5421;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.12;MQ0=0;QD=27.83;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.106e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,97:109:99:3075,300,0 chrXIII 552919 . AT A 1765.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=27.5508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=22.93;RPA=5,4;RU=T;SB=-6.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,68:77:99:1808,201,0 chrXIII 554567 . CT C 1848.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=272.1892;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.49;MQ0=0;QD=20.77;RPA=8,7;RU=T;SB=-2.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,84:89:99:1891,239,0 chrXIII 558682 . CAA C 718.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.835;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=61.5443;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.578;QD=19.97;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.963;SB=-3.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,27:36:59:761,59,0 chrXIII 559048 . TAA T 1311.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=64.4493;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.73;MQ0=0;QD=27.33;RPA=13,11;RU=A;SB=-4.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,41:48:99:1354,135,0 chrXIII 559980 . CT C 542.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.717;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=29.9971;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=0.641;QD=14.29;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.396;SB=-1.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,28:38:49:585,49,0 chrXIII 562633 . A AAT 2857.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=318.6944;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.84;MQ0=0;QD=36.18;RPA=1,2;RU=AT;SB=-4.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,70:79:99:2900,211,0 chrXIII 562854 . A AT 2748.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=484.0411;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.35;MQ0=0;QD=27.22;RPA=2,3;RU=T;SB=-4.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,90:101:99:2791,262,0 chrXIII 562891 . CT C 1482.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=506.0940;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.01;MQ0=0;QD=19.26;RPA=5,4;RU=T;SB=-5.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,59:77:99:1525,171,0 chrXIII 563042 . TA T 1396.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=1441.7523;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.09;MQ0=0;QD=26.36;RPA=4,3;RU=A;SB=-6.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,49:53:99:1439,138,0 chrXIII 563074 . C CG 1966.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=1666.8789;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.80;MQ0=0;QD=30.26;SB=-7.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,61:65:99:2009,195,0 chrXIII 571250 . 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AG A 2095.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=419.6418;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.30;MQ0=0;QD=26.20;RPA=7,6;RU=G;SB=-1.051e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,71:80:99:2138,219,0 chrXIII 601268 . G GA 1233.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.174;DP=90;FS=9.749;HaplotypeScore=507.4162;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.54;MQ0=0;MQRankSum=0.564;QD=13.71;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.117;SB=-4.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,58:90:47:1276,47,0 chrXIII 603551 . TA T 2669.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=177.4665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.25;MQ0=0;QD=34.23;SB=-1.136e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,76:78:99:2712,214,0 chrXIII 605850 . GA G 865.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=95.9370;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.33;MQ0=0;QD=21.12;RPA=7,6;RU=A;SB=-3.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,38:41:99:908,111,0 chrXIII 608538 . 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AAAGAAAAAAAGAAAAAAAG A 3544 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.062;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=121.2810;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.24;MQ0=0;MQRankSum=1.921;QD=46.63;ReadPosRankSum=0.123;SB=-3.900e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,61:76:99:3544,198,0 chrXIII 625633 . A ATT 590.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=11.1812;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.61;MQ0=0;QD=28.14;RPA=10,12;RU=T;SB=-3.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,18:21:56:633,56,0 chrXIII 625915 . A AG 1644.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=350.5450;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.40;MQ0=0;QD=32.25;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:51:99:1687,135,0 chrXIII 626754 . G GA 445.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.829;DP=32;FS=4.075;HaplotypeScore=20.2045;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=0.829;QD=13.94;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.678;SB=-1.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,22:32:47:488,47,0 chrXIII 628843 . TAA T 703.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=38.3794;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.40;MQ0=0;QD=28.16;RPA=11,9;RU=A;SB=-3.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,24:25:69:746,69,0 chrXIII 632332 . G GA 1882.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=59.1727;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;QD=22.96;RPA=5,6;RU=A;SB=-7.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,77:81:99:1925,207,0 chrXIII 650999 . G GT 1309.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.309;DP=65;FS=4.260;HaplotypeScore=28.2143;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.804;QD=20.15;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.619;SB=-4.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,58:65:99:1352,145,0 chrXIII 652249 . CT C 681.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=170.3395;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.96;MQ0=0;QD=20.67;RPA=7,6;RU=T;SB=-3.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,28:33:90:724,90,0 chrXIII 652258 . GT G 746.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=160.9523;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.53;MQ0=0;QD=22.64;RPA=6,5;RU=T;SB=-3.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,31:33:93:789,93,0 chrXIII 652533 . CT C 550.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.646;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=77.1510;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.27;MQ0=0;MQRankSum=0.879;QD=7.86;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.699;SB=-2.142e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,37:70:21:592,21,0 chrXIII 652808 . GA G 1850.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=127.0924;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.37;MQ0=0;QD=19.90;RPA=7,6;RU=A;SB=-9.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,85:93:99:1893,231,0 chrXIII 652952 . A ACAGTAATATT 4080 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=142.3294;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.89;MQ0=0;QD=60.90;RPA=1,2;RU=CAGTAATATT;SB=-1.548e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,47:67:99:4080,123,0 chrXIII 654160 . TATA T 4087 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=35.3463;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.51;MQ0=0;QD=40.07;RPA=2,1;RU=ATA;SB=-5.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,91:102:99:4087,259,0 chrXIII 654916 . AATATATAT A 3601 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=219.1276;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=50.01;RPA=9,5;RU=AT;SB=-1.731e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,36:72:99:3601,123,0 chrXIII 661888 . A AT 2555.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=37.6089;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.11;MQ0=0;QD=29.04;RPA=2,3;RU=T;SB=-9.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,82:88:99:2598,238,0 chrXIII 667202 . CAAAAA C 1891.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.659;DP=76;FS=4.680;HaplotypeScore=46.1942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=1.659;QD=24.89;RPA=17,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.659;SB=-5.155e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,43:76:99:1933,103,0 chrXIII 670410 . T TATC 3420 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=42.7369;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.43;MQ0=0;QD=31.67;RPA=5,6;RU=ATC;SB=-1.644e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,82:108:99:3420,229,0 chrXIII 675387 . GT G 1019.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=20.3485;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.15;MQ0=0;MQRankSum=0.505;QD=18.89;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=-1.732;SB=-2.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,49:54:99:1062,118,0 chrXIII 687366 . GT G 812.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.313;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=126.8430;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=0.188;QD=13.78;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.396;SB=-3.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,42:59:76:855,76,0 chrXIII 688905 . AT A 610.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.625;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=12.4600;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.36;MQ0=0;MQRankSum=0.108;QD=16.08;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.108;SB=-3.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,32:38:71:653,71,0 chrXIII 696641 . C CA 1193.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.199;DP=67;FS=8.129;HaplotypeScore=31.0904;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=1.599;QD=17.82;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.466;SB=-1.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,51:67:99:1236,133,0 chrXIII 698428 . A AT 2577.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=85.0299;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.41;MQ0=0;QD=24.32;RPA=7,8;RU=T;SB=-2.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,100:106:99:2620,291,0 chrXIII 698679 . TAA T 741.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.135;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=31.2701;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=1.375;QD=20.05;RPA=17,15;RU=A;ReadPosRankSum=1.255;SB=-2.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,24:37:82:784,82,0 chrXIII 703444 . ATTT A 941.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=84.8125;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.09;MQ0=0;QD=44.86;RPA=5,2;RU=T;SB=-1.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:57:984,57,0 chrXIII 703560 . 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C CA 3097.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=34.3472;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.96;MQ0=0;QD=27.42;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.422e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,109:113:99:3140,322,0 chrXIII 739163 . G GC 1818.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=122.5340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.91;MQ0=0;QD=32.48;RPA=1,2;RU=C;SB=-5.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,53:56:99:1861,159,0 chrXIII 739845 . CT C 1610.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=18.6298;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.42;MQ0=0;QD=30.40;RPA=2,1;RU=T;SB=-7.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,48:53:99:1653,141,0 chrXIII 749705 . GT G 1058.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=9.9739;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.55;MQ0=0;QD=27.15;RPA=4,3;RU=T;SB=-4.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,38:39:99:1101,114,0 chrXIII 751553 . CA C 1491.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=31.6659;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;QD=19.13;RPA=10,9;RU=A;SB=-5.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,73:78:99:1534,206,0 chrXIII 752958 . AT A 76.13 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=19.1543;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=9.52;RPA=12,11;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,6:8:17:118,17,0 chrXIII 756533 . CAT C 1536.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=215.5669;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.10;MQ0=0;QD=30.74;RPA=4,3;RU=AT;SB=-6.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,42:50:99:1579,129,0 chrXIII 756613 . T TC 1751.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=549.1703;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.92;MQ0=0;QD=33.06;SB=-7.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:53:99:1794,156,0 chrXIII 756991 . A AT 337.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.929;DP=42;FS=3.153;HaplotypeScore=237.3182;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.138;QD=8.05;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=-3.696;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,23:42:99:377,0,120 chrXIII 756996 . T TA 795.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=134.3426;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.77;MQ0=0;QD=25.68;SB=-2.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:75:838,75,0 chrXIII 758843 . T TA 4514 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=71.6807;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.92;MQ0=0;QD=32.47;RPA=1,2;RU=A;SB=-2.064e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,134:139:99:4514,388,0 chrXIII 759081 . C CG 1578.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.550;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=388.0527;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.775;QD=18.80;ReadPosRankSum=1.185;SB=-4.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,71:84:99:1621,216,0 chrXIII 759082 . A AT 1590.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.253;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=394.9170;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=0.115;QD=18.08;ReadPosRankSum=2.253;SB=-4.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,72:88:99:1633,195,0 chrXIII 759285 . AG A 2981.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=313.7928;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.13;MQ0=0;QD=28.95;SB=-1.031e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,97:103:99:3024,298,0 chrXIII 759298 . TA T 2469.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=369.2353;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.68;MQ0=0;QD=25.20;RPA=3,2;RU=A;SB=-8.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,84:98:99:2512,235,0 chrXIII 759679 . C CT 2058.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=25.6041;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=26.06;RPA=3,4;RU=T;SB=-8.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,76:79:99:2101,207,0 chrXIII 762557 . CAA C 2029.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=26.3796;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.23;MQ0=0;QD=30.30;RPA=6,4;RU=A;SB=-9.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,62:66:99:2072,171,0 chrXIII 762728 . AC A 1833.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=290.7546;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;QD=27.79;SB=-5.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:66:99:1876,153,0 chrXIII 762845 . AGGG A 2925.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=443.1511;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.64;MQ0=0;QD=51.33;SB=-1.450e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:57:99:2968,157,0 chrXIII 763192 . G GA 1169.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=109.9205;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.75;MQ0=0;QD=21.67;RPA=6,7;RU=A;SB=-5.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,46:54:99:1212,135,0 chrXIII 763221 . G GA 1322.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=122.5548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.20;MQ0=0;QD=28.15;RPA=2,3;RU=A;SB=-6.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,46:47:99:1365,126,0 chrXIII 768214 . G GA 1659.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=220.6310;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.12;MQ0=0;QD=31.32;SB=-7.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,47:53:99:1702,153,0 chrXIII 768315 . AT A 1498.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=170.0329;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.11;MQ0=0;QD=28.83;RPA=2,1;RU=T;SB=-7.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:52:99:1541,138,0 chrXIII 769250 . CATGAT C 3655 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=393.0865;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.85;MQ0=0;QD=58.95;SB=-7.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,52:62:99:3655,160,0 chrXIII 769500 . TA T 2314.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=639.9383;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.78;MQ0=0;QD=19.45;RPA=7,6;RU=A;SB=-8.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,107:119:99:2357,287,0 chrXIII 769567 . A AT 3396 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=274.6900;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.58;MQ0=0;QD=28.07;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.370e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,115:121:99:3396,322,0 chrXIII 770561 . A AT 679.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.941;DP=68;FS=7.300;HaplotypeScore=409.4683;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.03;MQ0=0;MQRankSum=0.055;QD=10.00;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.166;SB=-1.292e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,35:68:42:719,0,42 chrXIII 774028 . TCT T,TT 1549.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=124.0379;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.75;MQ0=0;QD=23.13;SB=-6.779e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:11,0,0:67:80:1628,776,625,258,0,80 chrXIII 774724 . CAA C 930.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.998;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=340.1142;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.103;QD=18.25;RPA=12,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.788;SB=-4.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,35:51:94:973,94,0 chrXIII 774965 . A AAG 729.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=24.1076;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.66;MQ0=0;QD=33.18;RPA=2,3;RU=AG;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,17:22:57:772,57,0 chrXIII 775114 . GAAA G 1779.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=37.5601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.40;MQ0=0;QD=33.58;RPA=12,9;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,49:53:99:1822,132,0 chrXIII 775274 . T TG 1166.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=60.7804;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.32;RPA=1,2;RU=G;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,31:34:99:1209,99,0 chrXIII 777598 . CT C 3057.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=255.2741;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.35;MQ0=0;QD=26.14;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.455e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,110:117:99:3100,321,0 chrXIII 777667 . GA G 3356 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=120.9319;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.99;MQ0=0;QD=23.80;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.370e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,125:141:99:3356,372,0 chrXIII 779300 . CTT C 1083.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.922;DP=61;FS=2.147;HaplotypeScore=37.2336;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.461;QD=17.77;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.330;SB=-5.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,36:61:99:1126,102,0 chrXIII 779631 . A ACTC 2235.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=101.1034;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.84;MQ0=0;QD=34.40;RPA=3,4;RU=CTC;SB=-1.126e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,49:65:99:2278,144,0 chrXIII 782253 . 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G GT 1345.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=290.7324;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.21;MQ0=0;QD=26.39;RPA=4,5;RU=T;SB=-3.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,49:51:99:1388,144,0 chrXIII 801574 . TTTG T 3000.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.797;DP=97;FS=4.807;HaplotypeScore=121.9613;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.26;MQ0=0;MQRankSum=0.965;QD=30.94;ReadPosRankSum=-0.579;SB=-5.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,74:97:99:3043,224,0 chrXIII 804926 . TAAG T 2477.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=342.9661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.58;MQ0=0;QD=31.37;RPA=6,5;RU=AAG;SB=-1.076e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,63:79:99:2520,180,0 chrXIII 805223 . T TA 2987.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=572.1593;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.60;MQ0=0;QD=25.76;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.141e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,111:116:99:3030,318,0 chrXIII 805306 . TA T 1717.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=313.3232;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.68;MQ0=0;QD=19.09;RPA=8,7;RU=A;SB=-2.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,70:90:99:1760,221,0 chrXIII 806542 . AC A 1361.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=150.4981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.43;MQ0=0;QD=28.37;RPA=3,2;RU=C;SB=-6.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,46:48:99:1404,126,0 chrXIII 807691 . TTATG T 3698 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=235.7909;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.73;MQ0=0;QD=52.83;RPA=2,1;RU=TATG;SB=-1.811e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,64:70:99:3698,190,0 chrXIII 808194 . C CAA 833.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.631;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=136.4694;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.47;MQ0=0;MQRankSum=0.714;QD=16.35;RPA=12,14;RU=A;ReadPosRankSum=1.529;SB=-1.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,29:51:67:876,67,0 chrXIII 808962 . GC G 1336.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=196.6887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.09;MQ0=0;QD=26.21;RPA=2,1;RU=C;SB=-6.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,50:51:99:1379,147,0 chrXIII 810832 . G GA 2076.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.228;DP=116;FS=5.664;HaplotypeScore=56.4132;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.055;QD=17.90;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.185;SB=-7.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,95:116:99:2119,212,0 chrXIII 811237 . GGTT G 3137.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=138.2043;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.70;MQ0=0;QD=30.17;RPA=9,8;RU=GTT;SB=-1.120e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,65:104:99:3180,228,0 chrXIII 811636 . GTTTGGACTGGGGCTGAAT G 2860.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=280.9094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.06;MQ0=0;QD=42.70;SB=-9.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,54:67:99:2903,165,0 chrXIII 818603 . G GAC 3548 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=325.2104;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.83;MQ0=1;QD=31.40;RPA=4,5;RU=AC;SB=-8.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,91:112:99:3548,271,0 chrXIII 822673 . T TC 1584.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=91.0167;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.63;MQ0=0;QD=26.42;RPA=3,4;RU=C;SB=-6.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,56:60:99:1627,156,0 chrXIII 828323 . TTCGTTTTGCATC T 5645 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=514.0933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.82;MQ0=0;QD=81.81;SB=-2.462e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,61:69:99:5645,177,0 chrXIII 833267 . G GATATAT 519.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=24.7682;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.83;MQ0=0;QD=11.30;RPA=5,8;RU=AT;SB=-1.539e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,17:46:24:562,24,0 chrXIII 838017 . TA T 1252.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=50;FS=4.873;HaplotypeScore=17.6996;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=1;MQRankSum=1.652;QD=25.06;ReadPosRankSum=1.249;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,45:49:99:1295,107,0 chrXIII 840038 . T TG 2131.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=253.2108;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.81;MQ0=0;QD=34.39;SB=-7.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,59:62:99:2174,174,0 chrXIII 841879 . A AG 4261 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=454.3500;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.94;MQ0=0;QD=34.93;SB=-1.401e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:122:99:4261,343,0 chrXIII 852310 . GA G 523.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.494;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=19.1751;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.94;MQ0=0;MQRankSum=-1.135;QD=14.55;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.494;SB=-1.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,32:36:61:566,61,0 chrXIII 852529 . T TGTC 3325 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=21.2063;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.35;MQ0=0;QD=51.95;SB=-4.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,60:64:99:3325,186,0 chrXIII 854422 . CT C 1638.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.724;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=143.2164;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=1.250;QD=16.56;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.943;SB=-2.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,76:99:99:1681,219,0 chrXIII 854478 . CTTT C 2861.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=223.8198;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.86;MQ0=0;QD=26.75;RPA=14,11;RU=T;SB=-7.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,75:107:99:2904,227,0 chrXIII 855378 . A AT 2251.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=27.7416;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.46;RPA=2,3;RU=T;SB=-6.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,72:82:99:2294,217,0 chrXIII 856903 . C CA 1155.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.437;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=50.2527;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=0.854;QD=13.60;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-1.895;SB=-4.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,59:85:53:1198,53,0 chrXIII 859174 . TTA T 389.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=39.0862;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.07;MQ0=0;QD=15.00;RPA=5,4;RU=TA;SB=-2.019e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,18:26:39:432,39,0 chrXIII 860894 . C CT 690.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.162;DP=52;FS=2.548;HaplotypeScore=35.0580;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.162;QD=13.29;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.227;SB=-2.072e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,40:52:29:733,29,0 chrXIII 861205 . C CA 505.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=41.2529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=12.65;RPA=13,14;RU=A;SB=-8.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,15:40:74:548,74,0 chrXIII 865450 . CAT C 770.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=118.9315;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.58;MQ0=0;QD=17.52;RPA=8,7;RU=AT;SB=-1.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,23:44:72:813,72,0 chrXIII 874073 . CG C 2031.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=2811.0894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=22.09;SB=-7.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:92:99:2074,222,0 chrXIII 874077 . G GA 2321.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=2615.6661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=31.38;SB=-8.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2364,223,0 chrXIII 874559 . CTTTTT C 799.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.462;DP=61;FS=2.831;HaplotypeScore=170.1903;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.050;QD=13.10;RPA=20,15;RU=T;ReadPosRankSum=1.859;SB=-3.166e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,12:61:16:841,16,0 chrXIII 886520 . TAA T 1510.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=97.1601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;QD=21.59;RPA=11,9;RU=A;SB=-5.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,57:70:99:1553,150,0 chrXIII 886585 . CT C 1321.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=203.2084;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.82;MQ0=0;QD=22.03;RPA=5,4;RU=T;SB=-5.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,54:60:99:1364,141,0 chrXIII 886952 . A AT 1527.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=22.9069;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=24.25;RPA=5,6;RU=T;SB=-4.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,61:63:99:1570,171,0 chrXIII 892733 . CTA C 731.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=9.6992;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.45;MQ0=0;QD=25.24;RPA=5,4;RU=TA;SB=-3.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,22:29:66:774,66,0 chrXIII 898316 . 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TCAGTGCTCCTTCAACATC T 5990 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=59.7377;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.02;MQ0=0;QD=99.83;SB=-2.798e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,33:60:99:5990,105,0 chrXIII 914756 . AG A 1310.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=382.9189;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.05;MQ0=0;QD=27.89;SB=-5.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,43:47:99:1353,138,0 chrXIII 914814 . AT A 452.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=220.0120;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.01;MQ0=0;QD=14.15;RPA=11,10;RU=T;SB=-1.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,24:32:68:495,68,0 chrXIII 914827 . GT G 361.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.050;DP=37;FS=3.665;HaplotypeScore=207.3834;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.152;QD=9.78;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.351;SB=-7.401e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,17:37:27:404,27,0 chrXIII 915305 . 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CT C 1683.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=212.8380;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.63;MQ0=2;QD=26.31;RPA=3,2;RU=T;SB=-7.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,59:60:99:1726,159,0 chrXIII 919436 . A AT 397.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.426;DP=56;FS=3.010;HaplotypeScore=295.9181;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.12;MQ0=3;MQRankSum=0.395;QD=7.11;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.154;SB=-1.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,19:53:99:437,0,394 chrXIII 921418 . CT C 615.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.952;DP=114;FS=2.474;HaplotypeScore=97.0039;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.60;MQ0=8;MQRankSum=-0.090;QD=5.40;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=1.455;SB=-1.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,40:101:99:655,0,603 chrXIII 921839 . TGAC T 2851.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=599.6695;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.07;MQ0=2;QD=51.85;SB=-4.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:52:99:2894,154,0 chrXIII 921879 . T TA 1027.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=577.1266;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.83;MQ0=1;QD=27.78;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,33:36:99:1070,99,0 chrXIII 921890 . T TA 289.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.775;DP=33;FS=12.308;HaplotypeScore=553.6902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.19;MQ0=1;MQRankSum=-0.863;QD=8.79;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=-1.306;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,13:32:99:329,0,514 chrXIII 922469 . G GGA 206.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=61.6060;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.63;MQ0=0;QD=6.47;SB=-1.228e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,20:18:24:249,24,0 chrXIII 923047 . CA C 1894.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=241.5347;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.76;MQ0=1;QD=22.56;RPA=2,1;RU=A;SB=-3.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,76:83:99:1937,224,0 chrXIII 923230 . AG A 928.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=302.3929;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.85;MQ0=0;QD=22.12;RPA=4,3;RU=G;SB=-2.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,35:36:99:971,102,0 chrXIII 923265 . C CA 577.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=189.8439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.46;MQ0=0;QD=28.90;RPA=1,2;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,17:17:51:620,51,0 chrXIII 923571 . T TA 2160.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=1663.9267;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.03;MQ0=0;QD=18.01;RPA=2,3;RU=A;SB=-8.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:66,52:115:99:2203,288,0 chrXIII 923572 . A AG 1940.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.413;DP=119;FS=21.681;HaplotypeScore=1648.2328;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.02;MQ0=0;MQRankSum=-3.060;QD=16.31;ReadPosRankSum=4.318;SB=-1.529e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:64,43:114:99:1983,182,0 chrXIII 923632 . A AT 1246.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.077;DP=81;FS=24.633;HaplotypeScore=1349.1252;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.72;MQ0=0;MQRankSum=-3.853;QD=15.39;ReadPosRankSum=-2.241;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,23:75:99:1286,0,862 chrXIII 923880 . AG A 950.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.012;DP=112;FS=45.530;HaplotypeScore=774.2673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.48;MQ0=2;MQRankSum=0.482;QD=8.49;ReadPosRankSum=-2.350;SB=-5.000e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,37:101:99:990,0,1719 chrXIII 923964 . GTATAA G 1630.98 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.688;DP=39;FS=27.672;HaplotypeScore=356.0748;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.19;MQ0=1;MQRankSum=0.032;QD=41.82;ReadPosRankSum=0.285;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,20:35:26:1670,0,26 chrXIII 924178 . T TG 481.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.394;DP=50;FS=12.548;HaplotypeScore=785.2398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.59;MQ0=2;MQRankSum=1.768;QD=9.64;RPA=2,3;RU=G;ReadPosRankSum=0.286;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,19:39:99:521,0,316 chrXIII 924213 . TGG T 1639.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.313;DP=83;FS=23.981;HaplotypeScore=2079.8194;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.90;MQ0=0;MQRankSum=1.252;QD=19.76;RPA=4,2;RU=G;ReadPosRankSum=2.901;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,43:77:99:1679,0,245 chrXIII 924253 . TA T 1215.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.850;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=2069.9270;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.00;MQ0=0;MQRankSum=0.264;QD=18.71;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=-0.656;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,39:60:99:1255,0,251 chrXIII 924317 . GT G 155.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.125;DP=42;FS=6.235;HaplotypeScore=590.8374;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.450;QD=3.71;ReadPosRankSum=1.747;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,5:35:99:195,0,415 chrXIV 7035 . TTG T 111.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.186;DP=23;FS=18.195;HaplotypeScore=317.0174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.58;MQ0=1;MQRankSum=0.825;QD=4.87;ReadPosRankSum=1.932;SB=-2.349e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,7:15:99:151,0,192 chrXIV 7043 . TG T 75.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.831;DP=19;FS=19.956;HaplotypeScore=348.6744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.689;QD=4.00;ReadPosRankSum=1.977;SB=-1.549e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,7:13:99:115,0,223 chrXIV 7072 . GTA G 164.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.517;DP=23;FS=34.776;HaplotypeScore=473.8173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.81;MQ0=0;MQRankSum=0.839;QD=7.17;RPA=3,2;RU=TA;ReadPosRankSum=-1.614;SB=-2.876e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,7:18:99:204,0,290 chrXIV 7097 . CCA C 316.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.519;DP=20;FS=3.358;HaplotypeScore=393.7849;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.50;MQ0=0;MQRankSum=0.651;QD=15.85;ReadPosRankSum=-1.519;SB=-2.994e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,6:16:29:359,29,0 chrXIV 7105 . TTCC T 230.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.634;DP=21;FS=33.858;HaplotypeScore=407.4464;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.13;MQ0=0;MQRankSum=0.146;QD=11.00;ReadPosRankSum=-1.513;SB=-4.675e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,6:17:99:270,0,390 chrXIV 7127 . TC T 338.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.339;DP=45;FS=50.171;HaplotypeScore=445.3545;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.35;MQ0=2;MQRankSum=0.031;QD=7.53;ReadPosRankSum=2.246;SB=-3.000e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,14:24:99:378,0,287 chrXIV 7144 . AC A 298.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.477;DP=49;FS=15.586;HaplotypeScore=292.9607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.49;MQ0=8;MQRankSum=1.528;QD=6.10;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=-1.528;SB=-5.181e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,20:19:39:338,0,39 chrXIV 10021 . CA C 528.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.123;DP=93;FS=5.692;HaplotypeScore=81.0807;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.16;MQ0=9;MQRankSum=-0.673;QD=5.69;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=0.428;SB=-1.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,45:57:99:568,0,431 chrXIV 10549 . G GT 406.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.050;DP=67;FS=5.887;HaplotypeScore=286.9902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.58;MQ0=10;MQRankSum=0.890;QD=6.07;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.430;SB=-1.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,27:56:99:446,0,417 chrXIV 10600 . TAA T 325.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.264;DP=59;FS=29.234;HaplotypeScore=241.7781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.68;MQ0=5;MQRankSum=-0.138;QD=5.52;RPA=11,9;RU=A;ReadPosRankSum=2.952;SB=-5.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,19:53:99:365,0,750 chrXIV 12975 . C CT,CA 929.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.362;DP=56;FS=2.572;HaplotypeScore=227.4894;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=35.73;MQ0=1;MQRankSum=1.951;QD=16.61;ReadPosRankSum=1.643;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:10,16,28:42:99:1008,418,370,242,0,265 chrXIV 17268 . T TG 1965.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=204.9236;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.77;MQ0=0;QD=29.34;RPA=1,2;RU=G;SB=-5.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,62:65:99:2008,168,0 chrXIV 23552 . CA C 1463.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=175.8202;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.89;MQ0=0;QD=18.77;RPA=9,8;RU=A;SB=-6.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,70:78:99:1506,194,0 chrXIV 23902 . G GT 1039.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.070;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=40.3726;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.630;QD=17.05;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.117;SB=-4.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,30:61:99:1082,113,0 chrXIV 43257 . AT A 1096.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=209.4345;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.10;MQ0=0;QD=25.51;RPA=4,3;RU=T;SB=-2.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,39:43:99:1139,114,0 chrXIV 43278 . AATATATAT A 942.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=205.9089;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;QD=26.94;RPA=11,7;RU=AT;SB=-3.779e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,11:35:33:985,33,0 chrXIV 49230 . AT A 1405.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=170.2426;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=18.26;RPA=7,6;RU=T;SB=-6.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,67:77:99:1448,177,0 chrXIV 51868 . ATATC A 3982 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=40.3505;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.81;MQ0=0;QD=37.92;RPA=2,1;RU=TATC;SB=-1.781e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,88:105:99:3982,220,0 chrXIV 56038 . CT C 961.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=142.0339;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.97;MQ0=0;QD=20.91;RPA=6,5;RU=T;SB=-2.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,41:46:99:1004,117,0 chrXIV 56332 . A AT 253.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=68.8963;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=16.93;SB=-3.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,12:15:39:296,39,0 chrXIV 58892 . CT C 2309.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=46.6564;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.96;MQ0=0;QD=20.62;RPA=7,6;RU=T;SB=-5.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,105:112:99:2352,287,0 chrXIV 59729 . G GTCC 4380 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=29.8061;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.29;MQ0=1;QD=54.75;SB=-1.146e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,74:79:99:4380,229,0 chrXIV 62523 . TA T 1649.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=351.1445;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.53;MQ0=0;QD=22.92;RPA=5,4;RU=A;SB=-5.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,66:72:99:1692,189,0 chrXIV 62542 . CT C 1664.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=398.3290;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.77;MQ0=0;QD=25.23;RPA=4,3;RU=T;SB=-7.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,59:66:99:1707,180,0 chrXIV 62762 . G GT 1734.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=254.0749;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.67;MQ0=0;QD=26.29;RPA=2,3;RU=T;SB=-6.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,55:66:99:1777,171,0 chrXIV 62810 . G GA 1825.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=351.4622;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.16;MQ0=0;QD=26.85;RPA=3,4;RU=A;SB=-7.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,63:68:99:1868,189,0 chrXIV 63315 . T TA 2221.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=738.3010;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.99;MQ0=0;QD=25.84;RPA=4,5;RU=A;SB=-3.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,82:85:99:2264,237,0 chrXIV 63342 . GA G 1502.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=1060.5227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.365;QD=17.28;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=-1.575;SB=-3.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,75:82:99:1545,186,0 chrXIV 63356 . A AAAGCTTTGTG 7596 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=482.6628;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.96;MQ0=0;QD=91.52;SB=-1.662e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,64:78:99:7596,205,0 chrXIV 64844 . TG T 1533.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=213.2265;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.24;MQ0=0;QD=28.94;RPA=3,2;RU=G;SB=-7.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,49:53:99:1576,144,0 chrXIV 65024 . AC A 1373.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=255.4061;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.92;MQ0=0;QD=24.98;RPA=4,3;RU=C;SB=-4.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,54:55:99:1416,138,0 chrXIV 65301 . CA C 3123.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=59.7212;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.19;MQ0=0;QD=26.70;RPA=4,3;RU=A;SB=-8.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,112:117:99:3166,330,0 chrXIV 65561 . G GTA 2577.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=729.5857;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.62;MQ0=0;QD=24.32;RPA=4,5;RU=TA;SB=-1.092e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,59:106:99:2620,222,0 chrXIV 65588 . T TA 3930 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=767.8229;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.70;MQ0=0;QD=36.39;SB=-1.876e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,103:108:99:3930,313,0 chrXIV 66362 . TAA T 1738.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.199;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=43.4648;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=0.105;QD=22.01;RPA=12,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.613;SB=-6.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,59:79:99:1781,158,0 chrXIV 68786 . C CT 1693.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=28.5804;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.64;MQ0=0;QD=24.20;RPA=3,4;RU=T;SB=-6.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,68:70:99:1736,177,0 chrXIV 71646 . T TA 1528.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=125.0850;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.66;MQ0=0;QD=23.52;RPA=5,6;RU=A;SB=-4.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,62:65:99:1571,174,0 chrXIV 84037 . AT A 1333.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.483;DP=83;FS=4.346;HaplotypeScore=35.2242;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=1.627;QD=16.07;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.341;SB=-4.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,66:83:99:1376,175,0 chrXIV 86089 . C CT 1239.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.611;DP=121;FS=1.585;HaplotypeScore=188.0286;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.299;QD=10.25;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-2.178;SB=-5.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:77,40:121:99:1282,99,0 chrXIV 87325 . TA T 2218.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.263;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=277.5074;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=1.588;QD=17.47;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=1.660;SB=-9.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,111:127:99:2261,283,0 chrXIV 89064 . GA G 1600.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=122.5197;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.52;MQ0=0;QD=22.24;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,67:72:99:1643,192,0 chrXIV 94849 . A ATTAC 2681.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=64.9013;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.66;MQ0=0;QD=53.64;SB=-6.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,44:50:99:2724,135,0 chrXIV 95116 . C CAA 560.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=19.0387;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.26;MQ0=0;QD=20.03;RPA=9,11;RU=A;SB=-1.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,20:28:61:603,61,0 chrXIV 96657 . 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CAA C 2371.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=340.7306;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.33;MQ0=0;QD=34.38;RPA=5,3;RU=A;SB=-7.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,65:69:99:2414,190,0 chrXIV 110754 . ATACTGTTTCAG A 5447 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=186.7211;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.94;MQ0=0;QD=93.91;SB=-2.505e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,37:58:99:5447,168,0 chrXIV 116771 . G GA 318.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=105.3282;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.57;MQ0=0;QD=8.86;RPA=12,13;RU=A;SB=-9.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,15:36:48:361,48,0 chrXIV 118938 . TAG T 4335 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=712.5377;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.13;MQ0=0;QD=43.35;SB=-1.198e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,93:100:99:4335,287,0 chrXIV 118942 . AG A 3378 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=810.8327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.29;MQ0=0;QD=34.12;SB=-9.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,93:99:99:3378,291,0 chrXIV 118987 . GAAAAAA G 2749.24 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.149;DP=88;FS=7.309;HaplotypeScore=899.4977;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.72;MQ0=0;MQRankSum=-2.948;QD=31.24;RPA=17,11;RU=A;ReadPosRankSum=2.441;SB=-4.543e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,44:88:9:2788,0,9 chrXIV 119033 . C CT 2283.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=1214.1575;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=24.30;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,83:94:99:2326,232,0 chrXIV 131514 . T TGGA 1760.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.652;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=34.7663;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.685;QD=30.89;RPA=3,4;RU=GGA;ReadPosRankSum=1.571;SB=-6.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,34:57:88:1803,88,0 chrXIV 131640 . TGGA T 2501.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=45.5067;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.09;MQ0=0;QD=31.67;RPA=6,5;RU=GGA;SB=-8.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,59:79:99:2544,177,0 chrXIV 135521 . 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TC T 1387.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=1732.5579;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.81;MQ0=0;QD=28.33;RPA=4,3;RU=C;SB=-2.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,46:49:99:1430,144,0 chrXIV 138031 . CA C 1732.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=2078.4852;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.69;MQ0=0;QD=28.41;RPA=3,2;RU=A;SB=-4.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,60:61:99:1775,168,0 chrXIV 138056 . A AC 1028.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.832;DP=71;FS=1.420;HaplotypeScore=2210.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.60;MQ0=0;MQRankSum=0.516;QD=14.49;ReadPosRankSum=3.478;SB=-3.099e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,32:71:37:1068,0,37 chrXIV 138060 . A AAAAAG 2862.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=2208.5311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.60;MQ0=0;QD=40.32;SB=-9.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,32:71:99:2905,200,0 chrXIV 138101 . C CGT 975.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.698;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=833.7272;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.47;MQ0=0;MQRankSum=0.415;QD=27.11;ReadPosRankSum=2.301;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,25:36:90:1018,90,0 chrXIV 138159 . CT C 730.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=594.2035;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.12;MQ0=0;QD=33.23;SB=-3.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:22:63:773,63,0 chrXIV 138448 . G GA 137.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=36.8366;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=19.58;RPA=8,9;RU=A;SB=-2.593e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21:179,21,0 chrXIV 140416 . G GA 832.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=20.2040;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;QD=18.93;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,37:44:99:875,102,0 chrXIV 145389 . 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C CA 2838.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=153.5032;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;QD=33.80;SB=-8.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,81:84:99:2881,229,0 chrXIV 169372 . GA G 829.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.468;DP=59;FS=9.165;HaplotypeScore=130.1030;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.239;QD=14.07;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.083;SB=-2.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,48:59:85:872,85,0 chrXIV 169791 . AT A 1178.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=218.2326;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.31;MQ0=0;QD=22.24;RPA=5,4;RU=T;SB=-5.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,49:53:99:1221,135,0 chrXIV 172354 . CT C 1131.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.379;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=60.2046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.31;MQ0=0;MQRankSum=1.148;QD=12.30;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.878;SB=-4.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,65:92:62:1174,62,0 chrXIV 172492 . 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GA G 702.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=154.9401;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.36;MQ0=0;QD=19.53;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,33:36:96:745,96,0 chrXIV 227098 . A AT 1890.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=39.3304;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.09;MQ0=0;QD=20.78;RPA=8,9;RU=T;SB=-8.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,78:91:99:1933,233,0 chrXIV 229899 . AT A 1237.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=151.8803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=20.98;RPA=7,6;RU=T;SB=-5.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,52:59:99:1280,156,0 chrXIV 229975 . G GTA 2184.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=41.1893;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.25;MQ0=0;QD=38.33;RPA=2,3;RU=TA;SB=-8.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,54:57:99:2227,163,0 chrXIV 230681 . T TAA 3042.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=163.9708;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.37;MQ0=0;QD=31.70;RPA=7,9;RU=A;SB=-1.412e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,91:96:99:3085,265,0 chrXIV 230941 . CT C 2365.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=207.0759;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.86;MQ0=0;QD=33.80;SB=-1.148e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:70:99:2408,193,0 chrXIV 235956 . C CTT 829.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.274;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=40.2423;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=63.00;MQ0=0;MQRankSum=0.730;QD=16.94;RPA=13,15;RU=T;ReadPosRankSum=-0.365;SB=-5.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,33:49:78:872,78,0 chrXIV 246345 . A AC 2605.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=494.0653;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.44;MQ0=0;QD=35.70;SB=-1.076e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:73:99:2648,211,0 chrXIV 251874 . AT A 791.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.675;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=39.2396;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.196;QD=12.98;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.892;SB=-3.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,46:61:68:834,68,0 chrXIV 258264 . GA G 959.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=137.2388;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;QD=18.82;RPA=10,9;RU=A;SB=-6.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,43:51:99:1002,136,0 chrXIV 263349 . ATT A 650.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.595;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=73.8809;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.28;MQ0=0;MQRankSum=1.317;QD=16.69;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.456;SB=-2.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,24:39:71:693,71,0 chrXIV 269872 . A ACT 2274.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=14.2796;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.31;MQ0=0;QD=44.61;SB=-9.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:51:99:2317,151,0 chrXIV 270187 . C CCTTTCCTTT 5015 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=331.6994;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.41;MQ0=0;QD=96.44;SB=-9.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:52:99:5015,154,0 chrXIV 271068 . TCAA T 3878 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=210.8533;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.88;MQ0=0;QD=46.72;SB=-1.038e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,80:83:99:3878,229,0 chrXIV 272430 . G GT 4444 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=289.7979;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.86;MQ0=0;QD=32.20;RPA=1,2;RU=T;SB=-9.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,126:138:99:4444,376,0 chrXIV 273762 . GT G 2206.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=29.5071;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.26;MQ0=0;QD=26.59;RPA=2,1;RU=T;SB=-8.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,75:83:99:2249,202,0 chrXIV 280309 . G GA 783.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=15.6875;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.24;MQ0=0;QD=18.67;RPA=7,8;RU=A;SB=-2.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,36:42:96:826,96,0 chrXIV 281793 . GA G 1309.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=29.5138;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.98;MQ0=0;QD=17.01;RPA=8,7;RU=A;SB=-6.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,68:77:99:1352,170,0 chrXIV 281884 . GAA G 1317.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.341;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=27.6002;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.083;QD=25.35;RPA=12,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.184;SB=-6.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,39:52:99:1360,126,0 chrXIV 297859 . G GCTCGTTAA 5855 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=21.7722;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.75;MQ0=0;QD=91.48;SB=-1.601e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,55:64:99:5855,184,0 chrXIV 300772 . G GA 171.37 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.290;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=54.6286;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.579;QD=9.02;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.579;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,14:19:13:213,13,0 chrXIV 302223 . G GC 2222.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=276.0326;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.80;MQ0=0;QD=32.22;RPA=1,2;RU=C;SB=-8.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,63:69:99:2265,193,0 chrXIV 302331 . TG T 859.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=266.8239;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.66;MQ0=0;QD=15.93;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,39:54:99:902,120,0 chrXIV 302458 . AG A 1421.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.141;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=176.2808;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.89;MQ0=0;MQRankSum=0.596;QD=24.95;ReadPosRankSum=0.022;SB=-4.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,48:57:99:1464,159,0 chrXIV 302656 . TA T 1534.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=321.7906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.90;MQ0=0;QD=22.91;RPA=4,3;RU=A;SB=-4.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,60:67:99:1577,165,0 chrXIV 304694 . C CTT 2583.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=223.8734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.41;MQ0=0;QD=34.92;RPA=2,4;RU=T;SB=-1.009e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,65:74:99:2626,193,0 chrXIV 304898 . C CT 1452.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.640;DP=79;FS=10.658;HaplotypeScore=42.8056;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.682;QD=18.39;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=2.045;SB=-3.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,60:79:99:1495,153,0 chrXIV 306260 . GAGA G 6982 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=1462.8304;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.34;MQ0=0;QD=43.91;RPA=2,1;RU=AGA;SB=-2.835e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,145:159:99:6982,433,0 chrXIV 306439 . GATAGTGATA G 13584 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=213.1928;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.00;MQ0=0;QD=93.68;SB=-5.923e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,134:145:99:13584,397,0 chrXIV 312328 . AACG A 3824 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=279.2573;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.84;MQ0=0;QD=46.63;RPA=3,2;RU=ACG;SB=-8.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,78:82:99:3824,235,0 chrXIV 317360 . A ATCT 4896 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=82.9895;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.90;MQ0=0;QD=49.45;SB=-2.298e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,96:99:99:4896,283,0 chrXIV 319853 . G GTGA 4120 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.115;DP=112;FS=3.208;HaplotypeScore=120.1815;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=1.078;QD=36.79;RPA=4,5;RU=TGA;ReadPosRankSum=-0.808;SB=-1.933e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,93:112:99:4120,224,0 chrXIV 326497 . C CTT 2830.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=84.9443;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.77;MQ0=0;QD=42.25;SB=-1.329e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:67:99:2873,187,0 chrXIV 331790 . CT C 2446.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=41.3591;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.93;MQ0=0;QD=20.74;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.151e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,107:118:99:2489,291,0 chrXIV 332683 . TCAA T 3503 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.689;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=92.9778;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=1.169;QD=33.05;RPA=5,4;RU=CAA;ReadPosRankSum=1.689;SB=-1.717e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,88:106:99:3503,237,0 chrXIV 333303 . TACA T 3710 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=683.7108;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.15;MQ0=0;QD=33.13;RPA=5,4;RU=ACA;SB=-1.671e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,87:111:99:3710,256,0 chrXIV 335931 . C CT 666.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.217;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=28.8239;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=1;MQRankSum=0.975;QD=13.34;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.300;SB=-2.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,34:49:73:709,73,0 chrXIV 337762 . C CTT 3174.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=30.8939;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.13;MQ0=0;QD=32.73;RPA=5,7;RU=T;SB=-1.096e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,86:97:99:3217,265,0 chrXIV 338071 . AC A 2651.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=37.4260;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=25.75;RPA=5,4;RU=C;SB=-1.039e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,100:103:99:2694,270,0 chrXIV 340325 . AG A 2747.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=498.1677;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.51;MQ0=0;QD=27.76;RPA=3,2;RU=G;SB=-1.127e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,95:99:99:2790,270,0 chrXIV 342497 . A AT 1727.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=23.1012;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;QD=23.35;RPA=5,6;RU=T;SB=-7.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,67:74:99:1770,195,0 chrXIV 343407 . CA C 1133.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=123.4461;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;QD=22.68;RPA=8,7;RU=A;SB=-2.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:50:99:1176,144,0 chrXIV 344026 . C CTGT 4359 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=39.9134;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;QD=39.99;RPA=3,4;RU=TGT;SB=-1.042e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,101:109:99:4359,292,0 chrXIV 346206 . C CTT 5030 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=121.4089;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.14;MQ0=0;QD=38.40;SB=-1.587e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,127:131:99:5030,334,0 chrXIV 348899 . TC T 2304.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=757.8786;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.32;MQ0=0;QD=26.80;SB=-5.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,81:86:99:2347,231,0 chrXIV 349160 . T TCA 2707.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=25.8731;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.35;MQ0=1;QD=36.59;RPA=2,3;RU=CA;SB=-1.251e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,67:73:99:2750,205,0 chrXIV 349826 . A AT 1490.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.593;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=336.5142;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.513;QD=15.86;ReadPosRankSum=2.909;SB=-7.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,68:94:99:1533,169,0 chrXIV 349827 . A AC 1598.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.507;DP=96;FS=15.640;HaplotypeScore=331.9361;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.41;MQ0=0;MQRankSum=0.189;QD=16.66;ReadPosRankSum=3.489;SB=-7.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,68:96:99:1641,156,0 chrXIV 350686 . A AT 1163.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=296.3374;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.66;MQ0=0;QD=18.19;RPA=9,10;RU=T;SB=-5.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,52:64:99:1206,147,0 chrXIV 351570 . AC A 2458.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=129.8671;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.71;MQ0=0;QD=28.93;SB=-1.129e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:85:99:2501,222,0 chrXIV 352764 . A AT 576.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.476;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=73.7818;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=1.348;QD=16.97;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.578;SB=-4.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,27:34:71:619,71,0 chrXIV 354445 . TGGAATGGTG T 7210 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=29.6157;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.10;MQ0=0;QD=84.82;SB=-2.912e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,76:85:99:7210,226,0 chrXIV 355090 . TAAA T 3641 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=316.5669;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.27;MQ0=0;QD=40.91;RPA=7,4;RU=A;SB=-1.390e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,83:89:99:3641,241,0 chrXIV 355289 . AT A 1197.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=23.5729;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.30;MQ0=0;QD=22.18;RPA=4,3;RU=T;SB=-4.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,47:54:99:1240,135,0 chrXIV 355500 . C CA 1103.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=29.7388;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.57;MQ0=0;QD=23.49;RPA=4,5;RU=A;SB=-4.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,44:47:99:1146,122,0 chrXIV 356923 . GT G 2436.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=888.9929;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.57;MQ0=0;QD=22.36;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,98:109:99:2479,299,0 chrXIV 357434 . TTACAA T 4507 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=238.2216;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.82;MQ0=0;QD=42.92;RPA=2,1;RU=TACAA;SB=-1.748e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,78:105:99:4507,214,0 chrXIV 359095 . C CT 606.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=97.5255;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.46;MQ0=0;QD=27.59;RPA=2,3;RU=T;SB=-2.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,21:22:63:649,63,0 chrXIV 359583 . GAAAAA G 2006.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=106.5940;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.69;MQ0=0;QD=48.95;RPA=10,5;RU=A;SB=-2.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:41:99:2049,111,0 chrXIV 373628 . AT A 2773.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=616.3922;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.34;MQ0=0;QD=22.19;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.178e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,111:125:99:2816,333,0 chrXIV 373682 . GCAA G 4700 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=625.5866;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.83;MQ0=0;QD=35.34;SB=-1.778e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,112:133:99:4700,328,0 chrXIV 374077 . AG A 2218.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=653.5157;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.13;MQ0=0;QD=24.66;SB=-4.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,83:90:99:2261,241,0 chrXIV 374119 . G GT 2124.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=437.8676;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.39;MQ0=0;QD=25.00;RPA=3,4;RU=T;SB=-9.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,75:85:99:2167,219,0 chrXIV 374969 . AT A 1197.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=26.9405;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.71;MQ0=0;QD=17.88;RPA=8,7;RU=T;SB=-3.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,62:67:99:1240,161,0 chrXIV 375142 . G GA 1101.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.490;DP=71;FS=3.351;HaplotypeScore=39.2799;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.537;QD=15.52;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.303;SB=-2.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,51:71:99:1144,114,0 chrXIV 379435 . C CT 1138.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.600;DP=55;FS=3.358;HaplotypeScore=134.8382;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.24;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=20.71;ReadPosRankSum=-1.532;SB=-5.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,52:55:99:1181,146,0 chrXIV 380954 . G GA 348.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.755;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=114.9687;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.64;MQ0=0;MQRankSum=1.149;QD=7.12;RPA=15,16;RU=A;ReadPosRankSum=-0.689;SB=-1.577e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,23:49:33:391,33,0 chrXIV 382231 . TA T 655.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.059;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=138.1309;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=0.770;QD=13.12;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.770;SB=-2.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,37:50:82:698,82,0 chrXIV 383748 . CT C 1704.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=238.9326;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;MQRankSum=1.633;QD=19.60;RPA=6,5;RU=T;ReadPosRankSum=1.039;SB=-7.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,80:87:99:1747,190,0 chrXIV 389775 . T TC 1431.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=19.0441;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.19;MQ0=0;QD=28.08;RPA=3,4;RU=C;SB=-6.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:51:99:1474,141,0 chrXIV 398375 . GAT G 855.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=132.6294;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.46;MQ0=0;QD=15.85;RPA=4,3;RU=AT;SB=-2.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,27:54:72:898,72,0 chrXIV 400712 . TA T 2626.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=685.9313;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.34;MQ0=0;QD=26.53;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.335e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,97:99:99:2669,267,0 chrXIV 412435 . T TA 931.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.068;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=129.2296;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.667;QD=14.56;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.890;SB=-2.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,49:64:68:974,68,0 chrXIV 412653 . GAA G 1207.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.403;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=32.2150;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.02;MQ0=0;MQRankSum=0.330;QD=23.69;RPA=12,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.495;SB=-4.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,37:51:99:1250,121,0 chrXIV 415096 . CTT C 74.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.517;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=52.3766;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.37;MQ0=0;MQRankSum=1.920;QD=3.37;RPA=14,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.684;SB=-3.058e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,8:22:5:114,5,0 chrXIV 415775 . AG A 1205.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=373.7731;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.70;MQ0=0;QD=27.41;RPA=5,4;RU=G;SB=-5.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,43:44:99:1248,126,0 chrXIV 416362 . A AT 3091.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=40.7376;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=31.88;SB=-6.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,94:97:99:3134,252,0 chrXIV 416703 . A ATG 2555.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=62.6593;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.32;MQ0=0;QD=38.73;SB=-9.100e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,60:66:99:2598,163,0 chrXIV 417352 . GA G 1577.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=127.4680;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.85;MQ0=0;QD=23.21;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,66:68:99:1620,168,0 chrXIV 418528 . ACC A 3027.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=574.5522;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.71;MQ0=0;QD=36.93;RPA=3,1;RU=C;SB=-1.347e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,77:82:99:3070,214,0 chrXIV 418556 . T TA 2046.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=672.5068;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.24;MQ0=0;QD=25.91;RPA=4,5;RU=A;SB=-7.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,76:79:99:2089,219,0 chrXIV 418915 . GTA G 1569.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=32.3294;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.29;MQ0=0;QD=19.86;RPA=8,7;RU=TA;SB=-7.381e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,49:79:99:1611,147,0 chrXIV 424825 . A AAG 5362 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=57.7095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.78;MQ0=0;QD=39.14;SB=-2.189e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,112:136:99:5362,381,0 chrXIV 429228 . CGGTAACAATGGA C 6474 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=28.2491;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.48;MQ0=0;QD=115.61;SB=-2.542e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:56:99:6474,141,0 chrXIV 429776 . TTATATA T 1953.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=121.9220;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.50;MQ0=0;QD=40.71;RPA=10,7;RU=TA;SB=-5.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,29:48:84:1996,84,0 chrXIV 430018 . G GA 1783.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=235.0667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=21.76;RPA=8,9;RU=A;SB=-3.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,70:82:99:1826,216,0 chrXIV 437227 . C CA 2188.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=82.0049;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.62;MQ0=0;QD=26.37;RPA=3,4;RU=A;SB=-8.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,78:83:99:2231,225,0 chrXIV 437432 . A AT 1168.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=217.0379;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;QD=19.48;RPA=9,10;RU=T;SB=-4.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,47:60:99:1211,150,0 chrXIV 437493 . C CTT 3167.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=381.3328;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.46;MQ0=0;QD=41.14;RPA=1,3;RU=T;SB=-1.508e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,71:77:99:3210,217,0 chrXIV 437525 . TG T 2439.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=653.0706;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.50;MQ0=0;QD=31.28;RPA=3,2;RU=G;SB=-1.191e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,75:78:99:2482,229,0 chrXIV 438483 . ATCCTGAAACAT A 5311 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=21.6584;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.49;MQ0=0;QD=110.65;SB=-4.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,43:48:99:5311,123,0 chrXIV 439397 . G GATT 3223.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=71.6245;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.93;MQ0=0;QD=54.63;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:59:99:3265,169,0 chrXIV 440569 . A AT 1258.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.021;DP=80;FS=2.643;HaplotypeScore=47.0881;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.691;QD=15.74;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.236;SB=-4.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,60:80:99:1301,130,0 chrXIV 441274 . GATATATATATATGTAGCTAAGAT G 8081 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=422.9002;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.00;MQ0=0;QD=70.27;SB=-2.844e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:70,34:115:99:8081,150,0 chrXIV 441295 . GATATATATATATGTATATATTCG G,GATATATATATGTATATATTCG 3066.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=597.6497;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=30.81;MQ0=0;QD=60.14;SB=-1.040e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:34,0,0:51:99:3145,219,1871,2554,0,2477 chrXIV 441344 . C CG 3163.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=349.4867;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.30;MQ0=0;QD=34.02;RPA=1,2;RU=G;SB=-6.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,92:93:99:3206,274,0 chrXIV 442493 . CTCTT C 3611 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=28.1223;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.64;MQ0=0;QD=45.14;RPA=3,2;RU=TCTT;SB=-1.114e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,69:80:99:3611,199,0 chrXIV 443122 . AT A 774.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=241.1026;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.51;MQ0=0;QD=16.85;RPA=8,7;RU=T;SB=-2.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,36:43:99:817,105,0 chrXIV 444571 . CT C 1650.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=82.0851;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.47;MQ0=0;QD=25.01;RPA=5,4;RU=T;SB=-4.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,64:66:99:1693,189,0 chrXIV 449681 . AT A 1824.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=233.7679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.37;MQ0=0;QD=28.08;RPA=3,2;RU=T;SB=-7.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,60:65:99:1867,177,0 chrXIV 452175 . C CTT 2362.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=60.8305;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;QD=42.96;SB=-1.014e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,52:55:99:2405,156,0 chrXIV 472575 . AG A 2014.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=489.0456;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.44;MQ0=2;QD=22.14;RPA=9,8;RU=G;SB=-8.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,75:89:99:2057,222,0 chrXIV 474635 . T TACTTGTGAAGGA 7932 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=121.0967;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.38;MQ0=0;QD=107.19;SB=-3.829e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,46:74:99:7932,187,0 chrXIV 476709 . GT G 1236.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=104.9715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.58;MQ0=0;QD=22.91;RPA=7,6;RU=T;SB=-2.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1279,156,0 chrXIV 476823 . A ATTGAGAAC 5704 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=61.9802;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.60;MQ0=0;QD=90.54;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,53:63:99:5704,172,0 chrXIV 478368 . T TA 1852.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=151.7478;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.50;MQ0=0;QD=26.85;RPA=3,4;RU=A;SB=-3.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,63:69:99:1895,189,0 chrXIV 479460 . T TTC 359.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.940;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=21.1855;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.76;MQ0=0;MQRankSum=2.037;QD=12.41;ReadPosRankSum=0.470;SB=-2.000e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,16:29:32:402,32,0 chrXIV 480999 . A AC 1949.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.112;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=29.3046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.689;QD=24.37;RPA=7,8;RU=C;ReadPosRankSum=0.945;SB=-7.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,76:80:99:1992,176,0 chrXIV 486640 . G GT 613.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.399;DP=42;FS=1.962;HaplotypeScore=32.3352;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.36;MQ0=0;MQRankSum=0.483;QD=14.60;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.231;SB=-2.898e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,31:42:22:655,22,0 chrXIV 493546 . TA T 1050.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=197.3773;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.49;MQ0=0;QD=21.89;RPA=5,4;RU=A;SB=-7.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,44:48:99:1093,123,0 chrXIV 493747 . C CT 370.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.99;MQ0=0;QD=24.73;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,14:15:42:413,42,0 chrXIV 495472 . T TTTGAAGAAA 6943 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=145.5613;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.66;MQ0=0;QD=95.11;SB=-3.357e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,44:73:99:6943,193,0 chrXIV 498360 . GTTT G 1487.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.655;DP=68;FS=4.491;HaplotypeScore=53.6148;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.423;QD=21.88;RPA=16,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.500;SB=-5.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,37:68:99:1530,113,0 chrXIV 498639 . AT A 1069.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=34.4982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.51;MQ0=0;QD=20.58;RPA=8,7;RU=T;SB=-4.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,47:52:99:1112,141,0 chrXIV 499074 . A ATCT 2261.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.225;DP=66;FS=9.208;HaplotypeScore=282.0305;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=2.654;QD=34.27;ReadPosRankSum=3.145;SB=-1.118e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,48:66:99:2304,102,0 chrXIV 499075 . A AC 1138.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.662;DP=62;FS=6.053;HaplotypeScore=377.5155;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.06;MQ0=0;MQRankSum=1.698;QD=18.37;ReadPosRankSum=2.055;SB=-5.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,48:62:99:1181,126,0 chrXIV 499497 . A AT 797.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.578;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=95.8082;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.93;MQ0=0;MQRankSum=0.193;QD=19.00;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.385;SB=-3.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,36:42:90:840,90,0 chrXIV 499556 . GAA G 1823.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=222.8986;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.21;MQ0=0;QD=27.64;RPA=10,8;RU=A;SB=-9.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,59:64:99:1866,171,0 chrXIV 500641 . A ATT 2496.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=478.5776;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.85;MQ0=0;QD=36.72;RPA=1,3;RU=T;SB=-8.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,55:68:99:2539,172,0 chrXIV 500770 . GT G 1145.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=214.3874;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.53;MQ0=0;QD=19.42;RPA=9,8;RU=T;SB=-4.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,53:59:99:1188,152,0 chrXIV 501129 . ATT A 1102.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=110.4314;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.99;MQ0=0;QD=23.98;RPA=12,10;RU=T;SB=-4.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,36:46:99:1145,108,0 chrXIV 501431 . ATCT A 2961.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=279.8291;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.22;MQ0=0;QD=46.28;SB=-1.322e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,62:64:99:3004,175,0 chrXIV 502927 . C CAA 2367.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=101.7271;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.71;MQ0=0;QD=41.54;RPA=1,3;RU=A;SB=-4.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:2410,169,0 chrXIV 503013 . CAA C 531.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.297;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=72.8891;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.297;QD=17.16;RPA=14,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.297;SB=-2.329e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,18:31:41:574,41,0 chrXIV 503040 . CTT C 330.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.519;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=90.6471;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.14;MQ0=0;MQRankSum=1.302;QD=11.03;RPA=14,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.519;SB=-1.819e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,10:30:42:373,42,0 chrXIV 507334 . TAG T 2474.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=239.3357;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.59;MQ0=0;QD=39.29;RPA=2,1;RU=AG;SB=-1.148e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,60:63:99:2517,178,0 chrXIV 510229 . AG A 1236.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=590.6118;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.90;MQ0=0;QD=21.70;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,53:57:99:1279,166,0 chrXIV 510328 . CTT C 696.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.967;DP=51;FS=2.808;HaplotypeScore=207.9171;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.036;QD=13.67;RPA=15,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.107;SB=-2.919e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,24:51:52:739,52,0 chrXIV 512431 . G GT 1334.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=264.9048;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.06;MQ0=0;QD=24.72;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,52:54:99:1377,144,0 chrXIV 515710 . TA T 1248.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.577;DP=76;FS=4.191;HaplotypeScore=272.8306;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.457;QD=16.43;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.347;SB=-4.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,61:76:99:1291,162,0 chrXIV 515752 . TG T 2541.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=249.2978;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.38;MQ0=0;QD=35.80;SB=-8.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,69:71:99:2584,208,0 chrXIV 515985 . CTCTTCT C 4706 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=269.7155;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.54;MQ0=0;MQRankSum=0.917;QD=49.02;RPA=9,7;RU=TCT;ReadPosRankSum=-0.713;SB=-1.903e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,75:96:99:4706,201,0 chrXIV 516865 . ATT A 1261.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.338;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=132.8190;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.099;QD=19.12;RPA=12,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.592;SB=-4.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,46:66:99:1304,123,0 chrXIV 517141 . TA T 479.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=29.0611;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;QD=16.00;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,29:30:66:522,66,0 chrXIV 523637 . TTG T 293.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=364.6757;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=29.40;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30:336,30,0 chrXIV 523641 . AC A 198.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=374.1701;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=19.90;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30:241,30,0 chrXIV 525277 . G GA 1626.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=270.9372;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.85;MQ0=0;QD=34.62;RPA=1,2;RU=A;SB=-5.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,45:47:99:1669,138,0 chrXIV 525319 . T TAAG 2163.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=159.6364;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.74;MQ0=0;QD=49.18;RPA=1,2;RU=AAG;SB=-7.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,40:44:99:2206,129,0 chrXIV 525442 . GT G 1923.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=396.0487;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.08;MQ0=0;QD=29.15;RPA=3,2;RU=T;SB=-9.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,62:66:99:1966,186,0 chrXIV 525464 . T TG 3154.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=791.2679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.76;MQ0=0;QD=28.94;RPA=2,3;RU=G;SB=-1.021e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,102:109:99:3197,301,0 chrXIV 527489 . CCAG C 3064.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=207.7402;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=36.49;RPA=5,4;RU=CAG;SB=-1.553e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,73:84:99:3107,220,0 chrXIV 529352 . T TGACGATGACGACCGCAATGGCGGTGAA 13549 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=32.4099;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.63;MQ0=0;QD=188.18;SB=-3.837e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,14:72:99:13549,190,0 chrXIV 532584 . GA G 766.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.125;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=128.9888;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.721;QD=10.96;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.182;SB=-1.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,46:70:79:809,79,0 chrXIV 539821 . G GTT 1751.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=38.7959;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.29;MQ0=0;QD=29.20;RPA=6,8;RU=T;SB=-7.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,52:60:99:1794,150,0 chrXIV 545952 . A AT 4935 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=167;FS=0.000;HaplotypeScore=74.1808;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.67;MQ0=0;QD=29.55;RPA=2,3;RU=T;SB=-2.382e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,163:167:99:4935,466,0 chrXIV 546870 . C CA 1946.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=128.9780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.37;MQ0=0;QD=28.22;RPA=3,4;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,68:69:99:1989,201,0 chrXIV 553233 . A AT 3750 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=43.8820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.50;MQ0=0;QD=29.07;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.319e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,124:129:99:3750,355,0 chrXIV 559420 . GA G 889.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=125.4578;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=19.78;RPA=7,6;RU=A;SB=-2.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,32:45:99:932,117,0 chrXIV 559470 . CG C 1146.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=191.6559;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.32;MQ0=0;QD=32.77;SB=-5.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,34:35:99:1189,105,0 chrXIV 559575 . G GTCA 1923.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=21.7544;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.28;MQ0=0;QD=43.73;RPA=1,2;RU=TCA;SB=-8.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,39:44:99:1966,114,0 chrXIV 560599 . AG A 3862 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.892;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=589.7656;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.286;QD=28.19;ReadPosRankSum=0.787;SB=-1.353e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,116:137:99:3862,391,0 chrXIV 560932 . T TC 4174 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=133.1385;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.76;MQ0=0;QD=35.37;SB=-1.113e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,117:118:99:4174,319,0 chrXIV 568048 . AAG A 1342.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=216.4587;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.16;MQ0=0;QD=41.97;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:96:1385,96,0 chrXIV 568217 . C CA 1368.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=299.5538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.00;MQ0=0;QD=28.52;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,13:48:99:1411,144,0 chrXIV 568221 . AT A 1239.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=353.0343;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.59;MQ0=0;QD=22.96;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,14:54:99:1282,154,0 chrXIV 568313 . T TAA,TA 1107.01 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.753;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=163.1060;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=46.33;MQ0=0;MQRankSum=0.678;QD=17.57;RPA=12,14,13;RU=A;ReadPosRankSum=-1.732;SB=-4.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:15,35,11:63:54:1185,148,54,677,0,572 chrXIV 569854 . CA C 785.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=25.2383;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.93;MQ0=1;QD=10.77;RPA=9,8;RU=A;SB=-3.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,64:47:99:828,108,0 chrXIV 570384 . G GAA,GA 760.94 filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=162.2590;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=26.43;MQ0=10;QD=14.09;RPA=8,10,9;RU=A;SB=-2.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:8,17,29:41:99:839,355,288,325,0,234 chrXIV 572424 . CGCGCCTCTTCAAGTAGACTA C 1509.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.747;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=19.5389;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.22;MQ0=13;MQRankSum=-0.747;QD=30.82;ReadPosRankSum=0.747;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,22:10:99:1549,0,192 chrXIV 573997 . C CG 847.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.163;DP=56;FS=55.959;HaplotypeScore=289.5990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.62;MQ0=5;MQRankSum=-3.050;QD=15.14;RPA=2,3;RU=G;ReadPosRankSum=2.297;SB=-3.011e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,32:50:78:887,0,78 chrXIV 575614 . GA G 784.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=41.1181;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.21;MQ0=0;QD=14.27;RPA=11,10;RU=A;SB=-3.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,41:55:99:827,114,0 chrXIV 576631 . AT A 1780.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.262;DP=108;FS=2.853;HaplotypeScore=58.8750;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=0.147;QD=16.49;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.834;SB=-7.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,91:108:99:1823,223,0 chrXIV 577027 . TTCGGTGGTTAAACAA T 7990 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=27.6844;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.20;MQ0=0;QD=92.91;RPA=2,1;RU=TCGGTGGTTAAACAA;SB=-1.004e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,67:86:99:7990,178,0 chrXIV 579948 . ACAACAG A 4570 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=42.3969;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.29;MQ0=0;QD=45.25;RPA=4,3;RU=CAACAG;SB=-1.547e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,73:101:99:4570,222,0 chrXIV 583638 . A AGATAATTGT 5014 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=21.8071;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.95;MQ0=0;QD=91.16;RPA=1,2;RU=GATAATTGT;SB=-2.175e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,47:55:99:5014,141,0 chrXIV 599799 . GA G 362.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.330;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=707.2385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.10;MQ0=17;MQRankSum=-4.893;QD=3.82;ReadPosRankSum=2.290;SB=-8.500e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,31:63:99:402,0,1018 chrXIV 599801 . GGTGGTAGTCTACTT G 3627 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.347;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=377.0179;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.02;MQ0=16;MQRankSum=-4.510;QD=40.75;ReadPosRankSum=1.728;SB=-1.021e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,31:58:99:3627,0,4531 chrXIV 599822 . GCGC G 1145.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.293;DP=91;FS=1.094;HaplotypeScore=644.7400;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.84;MQ0=18;MQRankSum=-4.700;QD=12.59;ReadPosRankSum=0.995;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,31:58:99:1185,0,1442 chrXIV 599879 . TA T 344.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.022;DP=73;FS=6.349;HaplotypeScore=476.2452;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.09;MQ0=8;MQRankSum=-2.365;QD=4.73;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=0.468;SB=-1.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,23:58:99:384,0,629 chrXIV 601858 . G GT,GTT 1146.94 filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=208.6228;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=28.28;MQ0=6;QD=18.50;RPA=8,9,10;RU=T;SB=-5.059e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:11,30,19:55:99:1225,475,341,502,0,402 chrXIV 602678 . A AT 804.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.133;DP=57;FS=4.771;HaplotypeScore=101.4762;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.022;QD=14.12;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.755;SB=-2.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,38:53:95:847,95,0 chrXIV 604387 . T TA 144.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=9.6369;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;QD=9.67;RPA=10,11;RU=A;SB=-5.889e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,7:15:26:187,26,0 chrXIV 604649 . A AT 698.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=11.5046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;QD=19.97;RPA=8,9;RU=T;SB=-5.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,33:35:90:741,90,0 chrXIV 611709 . C CT 1874.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=28.5730;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;QD=24.67;RPA=6,7;RU=T;SB=-7.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,72:76:99:1917,216,0 chrXIV 622520 . TATCTTG T 6074 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=33.7185;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.28;MQ0=0;QD=69.82;SB=-2.971e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,78:87:99:6074,232,0 chrXIV 622656 . GT G 2855.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=339.3970;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.54;MQ0=0;QD=33.60;SB=-1.412e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:85:99:2898,235,0 chrXIV 627317 . GTACA G 2759.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=16.5604;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.82;MQ0=0;QD=53.08;RPA=2,1;RU=TACA;SB=-1.178e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,50:52:99:2802,144,0 chrXIV 627417 . C CATTAGATACTTTT 7060 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=22.5066;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.15;MQ0=0;QD=121.72;SB=-3.142e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,35:58:99:7060,153,0 chrXIV 631825 . T TA 966.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=86.9420;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.30;MQ0=0;QD=32.23;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:30:78:1009,78,0 chrXIV 632063 . GTA G 620.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.331;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=200.4405;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.226;QD=15.52;RPA=2,1;RU=TA;ReadPosRankSum=0.577;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,18:38:99:660,0,305 chrXIV 632141 . AT A 815.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=211.5669;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.02;MQ0=0;QD=20.92;RPA=2,1;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,33:39:91:858,91,0 chrXIV 632245 . GA G 1127.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=222.5193;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.43;MQ0=1;QD=31.33;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,34:33:96:1170,96,0 chrXIV 635717 . G GT,GTT 918.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;DP=60;FS=3.136;HaplotypeScore=112.7136;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.96;MQ0=0;MQRankSum=0.668;QD=15.32;RPA=12,13,14;RU=T;ReadPosRankSum=-1.510;SB=-2.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:18,34,8:60:99:997,203,107,584,0,555 chrXIV 635873 . GA G 1276.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=256.4383;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=18.51;RPA=7,6;RU=A;SB=-5.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,60:69:99:1319,162,0 chrXIV 643444 . A AC 2666.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=219.0992;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.76;MQ0=0;QD=26.94;RPA=5,6;RU=C;SB=-1.351e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,95:99:99:2709,282,0 chrXIV 644217 . CTA C 265.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.869;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=23.9085;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=1.448;QD=11.52;RPA=10,9;RU=TA;ReadPosRankSum=0.579;SB=-1.233e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,8:23:22:307,22,0 chrXIV 647314 . A AT 672.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.578;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=44.2732;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.01;MQ0=0;MQRankSum=1.564;QD=10.85;RPA=14,15;RU=T;ReadPosRankSum=1.050;SB=-3.469e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,39:62:41:715,41,0 chrXIV 651855 . C CTT 517.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.556;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=73.2139;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.404;QD=14.00;ReadPosRankSum=2.556;SB=-2.409e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,13:35:35:560,35,0 chrXIV 651921 . G GA 536.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=286.1558;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.83;MQ0=0;QD=21.48;RPA=8,9;RU=A;SB=-2.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,23:25:69:579,69,0 chrXIV 651949 . G GTAT 1048.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=286.5355;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.12;MQ0=0;QD=43.71;RPA=1,2;RU=TAT;SB=-1.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,20:24:66:1091,66,0 chrXIV 651986 . A ACTTTT 435.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=200.9399;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=62.15;SB=-1.358e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21:477,21,0 chrXIV 651987 . TAAAAAA T 467.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=197.7733;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=66.72;RPA=7,1;RU=A;SB=-1.488e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21:509,21,0 chrXIV 652015 . T TCCA 453.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=241.4558;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=41.27;RPA=1,2;RU=CCA;SB=-4.899e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,10:11:30:496,30,0 chrXIV 652554 . C CAGA 1801.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=122.4848;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;QD=35.33;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,43:51:99:1844,138,0 chrXIV 653160 . T TATAC 4296 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=44.9187;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;QD=37.68;RPA=3,4;RU=ATAC;SB=-7.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,83:114:99:4296,232,0 chrXIV 653306 . G GA 1279.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=50.6823;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=20.98;RPA=6,7;RU=A;SB=-5.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,44:60:99:1322,154,0 chrXIV 654586 . A AAT 645.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=34.4192;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.14;MQ0=0;QD=15.38;RPA=5,6;RU=AT;SB=-1.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,23:42:57:688,57,0 chrXIV 661560 . G GA 1105.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=16.8732;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=23.53;RPA=5,6;RU=A;SB=-4.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,44:47:99:1148,126,0 chrXIV 661737 . 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GAAA G 1211.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.114;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=113.1220;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.02;MQ0=0;MQRankSum=1.202;QD=22.87;RPA=16,13;RU=A;ReadPosRankSum=1.889;SB=-4.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,30:53:83:1254,83,0 chrXIV 662793 . TC T 1319.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=163.6373;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.64;MQ0=0;QD=23.57;RPA=2,1;RU=C;SB=-6.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,42:55:99:1362,135,0 chrXIV 664103 . C CA 1585.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=177.9076;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.87;MQ0=0;QD=19.11;RPA=8,9;RU=A;SB=-5.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,69:83:99:1628,197,0 chrXIV 665296 . C CAG 3654 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=35.6223;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=38.06;RPA=1,2;RU=AG;SB=-8.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,92:96:99:3654,262,0 chrXIV 668112 . AAAAT A 3596 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=239.5632;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.53;MQ0=0;QD=46.70;SB=-1.292e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,48:76:99:3596,219,0 chrXIV 668247 . C CA 2472.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=400.0182;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.75;MQ0=0;QD=26.59;RPA=5,6;RU=A;SB=-7.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,88:93:99:2515,276,0 chrXIV 668274 . GA G 2242.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=549.8026;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;QD=17.94;RPA=10,9;RU=A;SB=-5.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,110:125:99:2285,302,0 chrXIV 674780 . AT A 1587.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.119;DP=106;FS=4.029;HaplotypeScore=47.5468;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.941;QD=14.98;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.751;SB=-6.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,83:106:99:1630,128,0 chrXIV 678603 . GAAAA G 2078.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=51.0130;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.92;MQ0=0;QD=46.20;RPA=15,11;RU=A;SB=-4.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,38:45:99:2121,132,0 chrXIV 687218 . CAA C 1644.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=158.4174;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.54;MQ0=0;QD=18.08;RPA=13,11;RU=A;SB=-5.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,55:91:99:1687,158,0 chrXIV 690071 . ATTT A 1541.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=37.1588;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.79;MQ0=0;QD=29.09;RPA=14,11;RU=T;SB=-5.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,36:53:99:1584,125,0 chrXIV 691292 . TA T 1133.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=121.3991;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.75;MQ0=0;QD=21.81;RPA=2,1;RU=A;SB=-2.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,46:52:99:1176,141,0 chrXIV 691436 . A AT 1196.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=86.5842;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;QD=24.94;RPA=4,5;RU=T;SB=-6.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,41:48:99:1239,129,0 chrXIV 691534 . G GA 1464.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=140.8337;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.48;MQ0=0;QD=22.54;RPA=7,8;RU=A;SB=-2.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,62:65:99:1507,174,0 chrXIV 692520 . CAAAA C 6434 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.121;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=79.2052;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.93;MQ0=1;MQRankSum=0.611;QD=41.24;RPA=14,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.993;SB=-1.708e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,117:155:99:6434,389,0 chrXIV 692960 . CTTTTT C 6395 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=42.7556;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.47;MQ0=0;QD=48.08;RPA=13,8;RU=T;SB=-2.636e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,104:133:99:6395,316,0 chrXIV 701530 . GGGA G 2382.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=139.0192;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;QD=29.79;RPA=6,5;RU=GGA;SB=-1.002e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,65:80:99:2425,177,0 chrXIV 703106 . TTTTTC T 4595 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=288.1999;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.14;MQ0=0;QD=39.61;RPA=4,3;RU=TTTTC;SB=-2.117e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,90:116:99:4595,249,0 chrXIV 703556 . TC T 2190.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=399.7019;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.13;MQ0=0;QD=27.73;RPA=3,2;RU=C;SB=-1.016e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,77:79:99:2233,216,0 chrXIV 704183 . GTGC G 4386 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=282.9796;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.69;MQ0=0;QD=51.60;SB=-1.850e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:85:99:4386,241,0 chrXIV 708439 . C CG 3054.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=42.8536;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;QD=34.33;SB=-1.453e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,85:89:99:3097,244,0 chrXIV 711232 . ATT A 1164.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.164;DP=53;FS=6.335;HaplotypeScore=121.9628;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.838;QD=21.98;RPA=14,12;RU=T;ReadPosRankSum=2.235;SB=-5.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,38:53:99:1207,117,0 chrXIV 711251 . AT A 1571.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.096;DP=84;FS=3.259;HaplotypeScore=195.7535;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.15;MQ0=0;MQRankSum=1.347;QD=18.71;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.251;SB=-7.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,73:84:99:1614,207,0 chrXIV 711337 . T TC 2822.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=54.7764;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;QD=31.37;SB=-1.300e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,79:90:99:2865,240,0 chrXIV 711615 . AT A 3353 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=56.7590;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=0;QD=22.21;RPA=7,6;RU=T;SB=-7.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,142:151:99:3353,410,0 chrXIV 713938 . G GT 926.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.137;DP=65;FS=1.821;HaplotypeScore=36.9387;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.62;MQ0=0;MQRankSum=0.076;QD=14.26;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=1.476;SB=-4.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,48:65:66:969,66,0 chrXIV 716022 . G GA 1197.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=118.6215;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.09;MQ0=0;QD=25.49;RPA=4,5;RU=A;SB=-5.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,45:47:99:1240,132,0 chrXIV 716675 . GT G 283.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=34.7889;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.09;MQ0=0;QD=17.75;RPA=9,8;RU=T;SB=-9.299e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,14:16:42:326,42,0 chrXIV 716710 . ATT A 293.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=34.1057;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.13;MQ0=0;QD=21.00;RPA=11,9;RU=T;SB=-1.309e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,10:14:33:336,33,0 chrXIV 718411 . G GA 1166.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.026;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=39.1508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=16.91;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.103;SB=-4.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,49:69:78:1209,78,0 chrXIV 718580 . CAAA C 2130.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=48.4238;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.02;MQ0=0;QD=29.19;RPA=11,8;RU=A;SB=-9.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,62:73:99:2173,162,0 chrXIV 718835 . CT C 2295.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=30.6949;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.80;MQ0=0;QD=30.21;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.157e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,75:76:99:2338,205,0 chrXIV 719304 . C CTT 1723.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=234.3993;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.47;MQ0=0;QD=22.68;RPA=10,12;RU=T;SB=-8.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,53:76:99:1766,171,0 chrXIV 720276 . CTGTTGCTGCTGTTGT C 3671 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.823;DP=70;FS=6.232;HaplotypeScore=54.5748;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.46;MQ0=0;MQRankSum=0.520;QD=52.44;RPA=2,1;RU=TGTTGCTGCTGTTGT;ReadPosRankSum=2.525;SB=-1.798e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,23:70:99:3671,0,294 chrXIV 720390 . CTGT C 2968.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.537;DP=107;FS=2.979;HaplotypeScore=190.3846;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.956;QD=27.75;ReadPosRankSum=0.946;SB=-1.023e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,65:107:99:3008,0,1323 chrXIV 721034 . CA C 659.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=36.4813;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;QD=15.35;RPA=11,10;RU=A;SB=-2.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,31:43:98:702,98,0 chrXIV 721791 . 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A ATT 1870.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.408;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=64.5810;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.50;MQ0=0;MQRankSum=1.223;QD=19.69;RPA=10,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.172;SB=-6.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,46:95:99:1913,164,0 chrXIV 726121 . TAA T 834.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.609;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=159.8459;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.47;MQ0=1;MQRankSum=-0.990;QD=26.93;RPA=9,7;RU=A;ReadPosRankSum=1.609;SB=-3.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,27:30:71:877,71,0 chrXIV 726426 . GCATGAT G 845.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=347.3022;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=76.91;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33:888,33,0 chrXIV 726437 . AT A 194.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=412.4108;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=17.72;RPA=4,3;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:31:237,31,0 chrXIV 726445 . 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CT C 1151.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=115.0992;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.47;MQ0=0;QD=26.79;RPA=3,2;RU=T;SB=-3.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,40:43:99:1194,111,0 chrXIV 746199 . AG A 1404.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=353.2428;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.82;MQ0=0;QD=27.02;SB=-5.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,46:52:99:1447,132,0 chrXIV 746279 . AT A 502.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=618.7581;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.23;MQ0=0;QD=11.43;RPA=11,10;RU=T;SB=-1.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,30:44:66:545,66,0 chrXIV 746408 . A AGC 1256.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=669.0542;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.80;MQ0=0;QD=30.66;SB=-6.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,31:41:99:1299,114,0 chrXIV 746410 . T TGCACTA 2356.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=429.4517;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.49;MQ0=0;QD=71.42;SB=-1.010e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:33:93:2399,93,0 chrXIV 746780 . T TA 950.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=218.4988;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.98;MQ0=0;QD=15.85;RPA=10,11;RU=A;SB=-3.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,50:60:99:993,123,0 chrXIV 750186 . GCGC G 4430 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=126.6973;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.79;MQ0=0;QD=48.15;SB=-1.377e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,88:92:99:4430,259,0 chrXIV 751266 . GT G 187.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.041;DP=22;FS=18.195;HaplotypeScore=171.2359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.48;MQ0=1;MQRankSum=0.537;QD=8.54;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=1.182;SB=-3.003e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,17:13:37:227,0,37 chrXIV 751271 . G GA 239.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.003;DP=21;FS=17.404;HaplotypeScore=159.7660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.87;MQ0=2;MQRankSum=0.354;QD=11.43;ReadPosRankSum=1.061;SB=-2.994e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,17:11:43:279,0,43 chrXIV 755112 . T TA 453.10 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.307;DP=43;FS=2.129;HaplotypeScore=10.9281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.61;MQ0=1;MQRankSum=-1.604;QD=10.54;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.853;SB=-1.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,26:34:12:492,0,12 chrXIV 755415 . G GATTTGT 2873.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=357.9153;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.62;MQ0=0;QD=66.84;SB=-9.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,35:38:99:2916,111,0 chrXIV 763294 . G GT 1110.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=26.5902;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.63;MQ0=0;QD=21.78;RPA=5,6;RU=T;SB=-4.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,46:51:99:1153,126,0 chrXIV 764741 . GAT G 173.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=51.1728;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.36;MQ0=0;QD=7.52;RPA=9,8;RU=AT;SB=-6.780e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,7:23:21:215,21,0 chrXIV 769584 . TATG T 2749.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=165.5662;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.14;MQ0=0;QD=35.26;RPA=3,2;RU=ATG;SB=-1.297e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,61:78:99:2792,177,0 chrXIV 772192 . C CG 859.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=103.3556;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.17;MQ0=0;QD=22.05;RPA=4,5;RU=G;SB=-1.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,34:39:96:902,96,0 chrXIV 772580 . G GTGT 498.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=104.4725;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.96;MQ0=0;QD=23.76;RPA=2,3;RU=TGT;SB=-1.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,13:16:33:541,33,0 chrXIV 774558 . T TA 258.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.775;DP=49;FS=4.228;HaplotypeScore=138.9989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.60;MQ0=10;MQRankSum=2.512;QD=5.29;ReadPosRankSum=2.326;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,14:25:99:298,0,209 chrXIV 776299 . A ATT 447.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.332;DP=59;FS=47.665;HaplotypeScore=319.7146;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.87;MQ0=2;MQRankSum=-3.116;QD=7.59;RPA=1,3;RU=T;ReadPosRankSum=0.537;SB=-9.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,17:53:99:487,0,766 chrXIV 776301 . AT A 186.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.175;DP=63;FS=36.698;HaplotypeScore=359.8978;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.00;MQ0=2;MQRankSum=2.204;QD=2.97;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.293;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,20:57:99:226,0,315 chrXIV 776346 . CTGATTATTTT C 3650 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=272.5998;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.72;MQ0=0;QD=65.18;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,40:55:99:3650,128,0 chrXIV 776990 . A AG 1949.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=25.1874;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.38;MQ0=0;QD=31.45;RPA=1,2;RU=G;SB=-8.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,61:62:99:1992,177,0 chrXIV 778850 . TGCA T 3811 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=668.1625;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.24;MQ0=0;QD=42.34;RPA=2,1;RU=GCA;SB=-7.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,84:90:99:3811,235,0 chrXIV 779308 . CA C 377.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=453.6011;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.49;MQ0=0;QD=7.13;RPA=24,23;RU=A;SB=-2.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,25:53:70:420,70,0 chrXIV 779375 . GAA G 1509.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=213.7732;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.15;MQ0=0;QD=28.49;RPA=6,4;RU=A;SB=-4.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,48:53:99:1552,126,0 chrXIV 779551 . G GAT 2115.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=74.0998;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.15;MQ0=0;QD=35.27;RPA=1,2;RU=AT;SB=-3.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,54:60:99:2158,153,0 chrXIV 781504 . CT C 460.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.664;DP=33;FS=16.836;HaplotypeScore=269.7496;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.171;QD=13.97;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=-1.409;SB=-2.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,17:32:99:500,0,408 chrXIV 781512 . T TA 375.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.704;DP=36;FS=12.439;HaplotypeScore=324.3341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.250;QD=10.44;RPA=3,4;RU=A;ReadPosRankSum=-1.369;SB=-1.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,16:36:99:415,0,315 chrXIV 781567 . GGT G 928.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.758;DP=66;FS=105.668;HaplotypeScore=854.6574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.77;MQ0=1;MQRankSum=-0.802;QD=14.08;ReadPosRankSum=-2.971;SB=1.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,26:62:99:968,0,419 chrXIV 781573 . C CAT 925.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.473;DP=67;FS=99.667;HaplotypeScore=856.2743;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.59;MQ0=1;MQRankSum=-0.120;QD=13.82;ReadPosRankSum=-3.376;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,24:62:99:965,0,1122 chrXIV 781719 . G GA 414.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.284;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=314.8296;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.99;MQ0=4;MQRankSum=0.224;QD=8.65;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.403;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,29:23:78:454,0,78 chrXIV 781856 . GC G 118.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=183.1861;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.62;MQ0=4;QD=13.14;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,5:5:15:160,15,0 chrXIV 781861 . T TTA 173.23 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=177.7359;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.62;MQ0=4;QD=19.25;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,5:5:15:215,15,0 chrXIV 781868 . CA C 123.23 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=182.6669;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.62;MQ0=4;QD=13.69;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,5:5:15:165,15,0 chrXIV 781870 . CTA C 138.23 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=181.2468;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.62;MQ0=4;QD=15.36;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,5:5:15:180,15,0 chrXIV 782332 . A AAT 1249.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=81.3529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.24;MQ0=3;QD=36.76;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,31:30:90:1292,90,0 chrXIV 783353 . T TA 97.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.517;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=214.6852;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.84;MQ0=2;MQRankSum=-1.221;QD=2.97;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=-1.920;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,7:14:58:137,0,58 chrXIV 783663 . A AGT 407.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.450;DP=27;FS=6.107;HaplotypeScore=333.4012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.050;QD=15.11;ReadPosRankSum=-1.350;SB=-1.366e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,15:19:44:447,0,44 chrXIV 783767 . T TA 1102.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.797;DP=202;DS;FS=0.673;HaplotypeScore=1213.1819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.67;MQ0=9;MQRankSum=-1.111;QD=5.46;ReadPosRankSum=0.703;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:138,61:146:99:1142,0,2825 chrXIV 783875 . T TG 212.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.760;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=629.9392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.13;MQ0=0;MQRankSum=0.456;QD=5.60;RPA=2,3;RU=G;ReadPosRankSum=0.836;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,12:26:99:252,0,103 chrXIV 783883 . G GGTA 547.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.954;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=598.4890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.239;QD=13.70;RPA=1,2;RU=GTA;ReadPosRankSum=-0.298;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,12:25:99:587,0,316 chrXIV 783908 . T TC 302.99 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.565;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=998.9807;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.711;QD=6.06;ReadPosRankSum=1.037;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,14:37:99:342,0,345 chrXIV 784034 . GGTA G 461.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.278;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=682.4722;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.26;MQ0=1;MQRankSum=-0.581;QD=14.44;ReadPosRankSum=-0.194;SB=-5.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,8:29:72:501,0,72 chrXV 99 . CA C 174.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.140;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=694.2467;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.82;MQ0=0;MQRankSum=2.051;QD=6.48;ReadPosRankSum=0.228;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,7:25:70:214,0,70 chrXV 107 . C CT 234.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.536;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=634.7852;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.84;MQ0=0;MQRankSum=1.856;QD=9.79;ReadPosRankSum=-0.041;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,7:22:40:274,0,40 chrXV 109 . C CCCTA 1059.96 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.694;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=516.1883;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.03;MQ0=0;MQRankSum=1.041;QD=53.00;ReadPosRankSum=1.561;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,7:20:56:1102,56,0 chrXV 113 . C CT,CCTT 1003.94 SnpCluster;filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=926.4477;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=27.89;MQ0=0;QD=28.68;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:7,23,5:35:76:1082,169,76,834,0,857 chrXV 172 . AC A 404.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.423;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=1634.6159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.42;MQ0=0;MQRankSum=1.544;QD=5.79;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=0.601;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,18:68:99:444,0,1277 chrXV 211 . CA C 731 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.326;DP=40;FS=14.326;HaplotypeScore=955.9668;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.62;MQ0=0;MQRankSum=0.147;QD=18.28;ReadPosRankSum=1.444;SB=-1.042e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,26:36:23:773,23,0 chrXV 424 . TC T 1286.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.373;DP=110;FS=30.195;HaplotypeScore=1020.2055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.68;MQ0=6;MQRankSum=3.414;QD=11.70;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=-1.595;SB=-2.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,63:72:99:1326,0,162 chrXV 460 . TTG T 962.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.589;DP=149;FS=43.164;HaplotypeScore=1174.2869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.60;MQ0=7;MQRankSum=1.678;QD=6.46;ReadPosRankSum=3.064;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:109,38:103:99:1002,0,2339 chrXV 548 . TC T 1412.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.584;DP=231;DS;FS=56.936;HaplotypeScore=2239.5849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.63;MQ0=7;MQRankSum=-1.993;QD=6.12;ReadPosRankSum=-0.052;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:146,80:179:99:1452,0,2908 chrXV 565 . A AC 1589.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.224;DP=181;DS;FS=42.219;HaplotypeScore=1985.4542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.85;MQ0=5;MQRankSum=-1.816;QD=8.78;ReadPosRankSum=2.036;SB=-2.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:108,67:139:99:1629,0,1147 chrXV 1962 . GA G 1335.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=97;FS=8.553;HaplotypeScore=145.0995;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.47;MQ0=14;MQRankSum=0.000;QD=13.77;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=-1.654;SB=-1.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,92:48:99:1378,99,0 chrXV 4549 . C CA 2774.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=231.4204;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.465;QD=32.27;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=1.267;SB=-1.383e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,84:86:99:2817,233,0 chrXV 4952 . CT C 3636 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=112.8771;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.80;MQ0=0;QD=32.46;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.452e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,110:112:99:3636,307,0 chrXV 10414 . A AT 4229 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=104.2672;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.74;MQ0=0;QD=31.56;RPA=1,2;RU=T;SB=-2.049e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,128:134:99:4229,361,0 chrXV 10638 . AT A 3034.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=331.4072;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.49;MQ0=0;QD=27.84;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.110e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,102:109:99:3077,280,0 chrXV 11490 . A ATTT 1916.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=21.1951;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.96;MQ0=0;QD=35.50;RPA=4,7;RU=T;SB=-9.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:53:99:1959,129,0 chrXV 11950 . CAG CTAAAG,C 5224 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=3155.7444;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=29.00;MQ0=0;QD=41.46;SB=-1.463e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,0,80:126:99:5224,895,529,1006,0,643 chrXV 11957 . G GAT 3359 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.874;DP=99;FS=7.930;HaplotypeScore=2958.4495;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=0.581;QD=33.93;ReadPosRankSum=3.423;SB=-1.365e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,80:99:99:3359,245,0 chrXV 12954 . C CT 771.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.609;DP=64;FS=5.682;HaplotypeScore=331.9299;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.328;QD=12.06;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.077;SB=-1.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,44:64:85:814,85,0 chrXV 13184 . A AT 1796.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=21.6452;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.01;MQ0=0;QD=25.31;RPA=3,4;RU=T;SB=-7.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,66:71:99:1839,186,0 chrXV 14693 . C CT 1434.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.745;DP=74;FS=6.232;HaplotypeScore=27.0412;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.020;QD=19.39;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.039;SB=-6.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,64:74:99:1477,140,0 chrXV 15877 . G GA 1744.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=78.4898;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.87;MQ0=0;QD=22.37;RPA=7,8;RU=A;SB=-8.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,74:78:99:1787,205,0 chrXV 16299 . GA G 1928.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=336.6595;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.85;MQ0=0;QD=32.15;RPA=2,1;RU=A;SB=-8.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,58:60:99:1971,165,0 chrXV 16813 . GA G 4215 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=563.1994;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.49;MQ0=0;QD=31.69;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.623e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,133:133:99:4215,379,0 chrXV 19348 . TG T 2856.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=256.7375;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.82;MQ0=0;QD=27.47;SB=-9.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,101:104:99:2899,291,0 chrXV 31443 . T TCAA 1733.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=291.0654;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.51;MQ0=0;QD=43.35;RPA=1,2;RU=CAA;SB=-6.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,35:38:99:1776,105,0 chrXV 32019 . TAA T 2045.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=258.5978;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.21;MQ0=0;QD=34.68;RPA=3,1;RU=A;SB=-6.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,52:59:99:2088,138,0 chrXV 32351 . TA T 1418.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=633.0111;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.90;MQ0=0;QD=22.52;RPA=5,4;RU=A;SB=-6.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,56:63:99:1461,162,0 chrXV 32396 . G GT 1371.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.199;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=663.3964;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.733;QD=25.41;ReadPosRankSum=1.399;SB=-6.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,51:54:99:1414,143,0 chrXV 32775 . G GTTCT 3468 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=531.6842;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.70;MQ0=0;QD=55.05;RPA=1,2;RU=TTCT;SB=-1.059e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,51:63:99:3468,181,0 chrXV 32815 . C CTT 3175.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=919.5016;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.58;MQ0=0;QD=41.25;RPA=1,3;RU=T;SB=-9.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,69:77:99:3218,220,0 chrXV 36505 . TAC T 3007.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=209.3335;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.99;MQ0=0;QD=45.58;SB=-1.038e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:3050,190,0 chrXV 39941 . A AT 2872.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=410.3607;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.97;MQ0=0;QD=30.56;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.455e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,87:94:99:2915,250,0 chrXV 43492 . TG T 979.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=233.5051;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.61;MQ0=0;QD=29.70;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:99:1022,99,0 chrXV 45897 . AATT A 217.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9234;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.73;RPA=7,6;RU=ATT;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,7:11:21:259,21,0 chrXV 55102 . CATACTGCGTTATACTGCGTT C 4085 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=21.6750;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.88;MQ0=0;QD=85.10;RPA=4,2;RU=ATACTGCGTT;SB=-1.927e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,28:48:84:4085,84,0 chrXV 60061 . GTT G 923.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.625;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=22.2027;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.516;QD=23.10;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.325;SB=-9.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,30:40:92:966,92,0 chrXV 63056 . G GTCA 1910.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.661;DP=89;FS=1.778;HaplotypeScore=86.7326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.05;MQ0=0;MQRankSum=1.822;QD=21.47;RPA=10,11;RU=TCA;ReadPosRankSum=-0.067;SB=-7.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,50:89:94:1950,0,94 chrXV 70058 . AT A 1333.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=62.0542;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=1.675;QD=17.55;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.051;SB=-5.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,65:76:99:1376,158,0 chrXV 77349 . GAT G 3677 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=689.8059;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.80;MQ0=0;QD=36.41;RPA=3,2;RU=AT;SB=-9.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,91:101:99:3677,283,0 chrXV 77390 . TA T 2211.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=978.3895;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.74;MQ0=0;QD=22.57;RPA=5,4;RU=A;SB=-7.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,81:98:99:2254,243,0 chrXV 79521 . C CT 1782.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=96.0876;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.61;MQ0=0;QD=18.77;RPA=9,10;RU=T;SB=-8.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,77:95:99:1825,219,0 chrXV 81378 . AT A 620.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=224.5836;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.85;MQ0=0;QD=25.87;RPA=3,2;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,22:24:63:663,63,0 chrXV 81638 . ATATG A 6059 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=180;FS=0.000;HaplotypeScore=355.8819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.82;MQ0=0;QD=33.66;SB=-1.812e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,151:180:99:6053,413,0 chrXV 83362 . C CGA 1774.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=95.8110;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.00;MQ0=1;QD=34.80;RPA=2,3;RU=GA;SB=-2.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,43:50:99:1817,129,0 chrXV 83483 . TG T 2164.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=464.5575;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.29;MQ0=0;QD=32.31;RPA=2,1;RU=G;SB=-5.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,64:67:99:2207,190,0 chrXV 83503 . G GAAA 2036.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=624.5998;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.33;MQ0=0;QD=24.25;RPA=2,5;RU=A;SB=-4.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,32:84:99:2079,181,0 chrXV 89446 . TA T 1948.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=36.1631;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.78;MQ0=0;QD=19.49;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,92:100:99:1991,251,0 chrXV 89534 . A AATAT 1058.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=56.3379;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.78;MQ0=0;QD=15.35;RPA=5,7;RU=AT;SB=-2.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:49,18:69:64:1101,64,0 chrXV 91805 . T TA 586.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=75.9443;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;QD=19.57;RPA=8,9;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,26:30:75:629,75,0 chrXV 92462 . CA C 3040.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=237.9127;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.04;MQ0=0;QD=23.94;RPA=6,5;RU=A;SB=-8.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,119:124:99:3083,351,0 chrXV 92494 . T TAA 3050.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=266.2570;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.36;MQ0=0;QD=25.21;RPA=8,10;RU=A;SB=-1.184e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,87:118:99:3093,275,0 chrXV 92644 . GA G 1985.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=831.5502;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=31.52;SB=-1.005e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:63:99:2028,169,0 chrXV 94096 . AT A 2198.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=116.1750;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.04;MQ0=0;QD=27.15;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.047e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,76:81:99:2241,205,0 chrXV 94613 . GAA G 1234.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.233;DP=61;FS=4.217;HaplotypeScore=313.2889;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.79;MQ0=0;MQRankSum=1.117;QD=20.25;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=2.328;SB=-2.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,45:61:99:1277,99,0 chrXV 94666 . A AT 2188.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=764.6064;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.25;MQ0=0;QD=27.02;RPA=2,3;RU=T;SB=-8.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,76:81:99:2231,227,0 chrXV 94815 . ACCCCC A 3783 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=371.6206;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.54;MQ0=0;QD=58.20;RPA=14,9;RU=C;SB=-4.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,54:65:99:3783,172,0 chrXV 103993 . GTT G 3061.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=215.2570;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.61;MQ0=0;QD=29.73;RPA=9,7;RU=T;SB=-1.118e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,93:103:99:3104,271,0 chrXV 106323 . AAT A 2290.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=109.1104;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;QD=22.03;RPA=7,6;RU=AT;SB=-6.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,78:104:99:2333,204,0 chrXV 110861 . TGATG T 2321.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=73.6381;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.47;MQ0=0;QD=49.40;RPA=2,1;RU=GATG;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:2364,132,0 chrXV 113874 . AT A 550.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=10.6562;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.05;MQ0=0;QD=13.44;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,34:41:75:593,75,0 chrXV 136025 . GA G 2126.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=25.6891;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.75;MQ0=0;QD=24.73;RPA=5,4;RU=A;SB=-7.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,82:86:99:2169,234,0 chrXV 141555 . 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CT C 1788.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=137.6805;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.39;MQ0=0;QD=18.83;RPA=8,7;RU=T;SB=-8.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,85:95:99:1831,222,0 chrXV 160931 . AT A 1132.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=102.0398;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;QD=20.23;RPA=7,6;RU=T;SB=-4.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,53:56:99:1175,141,0 chrXV 160977 . G GA 395.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.313;DP=61;FS=9.165;HaplotypeScore=236.0828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.47;MQ0=0;MQRankSum=0.880;QD=6.49;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=-1.692;SB=-1.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,15:61:27:438,27,0 chrXV 170473 . C CT 2996.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=41.4496;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.07;MQ0=0;QD=31.55;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.493e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,93:95:99:3039,262,0 chrXV 180517 . AT A 1451.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=112.8144;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.42;MQ0=0;QD=25.03;RPA=4,3;RU=T;SB=-5.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,56:58:99:1494,153,0 chrXV 188984 . AGTT A 2199.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=122.0254;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.24;MQ0=0;QD=40.00;RPA=2,1;RU=GTT;SB=-7.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,49:55:99:2242,138,0 chrXV 189467 . ATT A 903.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=237.6686;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.05;MQ0=0;QD=20.09;RPA=13,11;RU=T;SB=-3.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,35:45:91:946,91,0 chrXV 193685 . T TTTTC 5479 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=185.0493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.75;MQ0=0;QD=41.20;SB=-2.479e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,79:133:99:5453,348,0 chrXV 194895 . C CAAAA,CAAA 2422.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=53.2540;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.06;MQ0=0;QD=29.19;RPA=12,16,15;RU=A;SB=-9.775e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:31,37,9:83:97:2501,272,97,675,0,496 chrXV 200319 . TC T 1476.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=85.3728;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=25.03;RPA=5,4;RU=C;SB=-5.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,51:59:99:1519,147,0 chrXV 213812 . AT A 1893.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=193.7506;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=21.28;RPA=9,8;RU=T;SB=-8.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,86:89:99:1936,239,0 chrXV 216270 . GGTC G 4254 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=212.1582;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.74;MQ0=0;QD=45.74;RPA=2,1;RU=GTC;SB=-2.116e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,84:93:99:4254,250,0 chrXV 220727 . GA G 1400.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=169.5779;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.52;MQ0=0;QD=20.30;RPA=10,9;RU=A;SB=-5.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,62:69:99:1443,174,0 chrXV 224209 . A ATGTG 1213.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=110.7443;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.98;MQ0=0;QD=60.70;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60:1256,60,0 chrXV 224360 . TG T 240.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7840;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=20.08;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,7:12:30:283,30,0 chrXV 227331 . GATGATT G 3437 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=39.6808;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;QD=45.83;RPA=2,1;RU=ATGATT;SB=-8.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,36:75:99:3437,201,0 chrXV 227859 . TG T 2411.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=1079.9436;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.57;MQ0=0;QD=32.59;RPA=3,2;RU=G;SB=-9.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,72:74:99:2454,217,0 chrXV 227867 . TAA T 2819.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=1034.9797;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.43;MQ0=0;QD=39.72;SB=-1.098e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,65:71:99:2862,205,0 chrXV 227872 . T TGA 2572.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=1024.7571;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.43;MQ0=0;QD=39.58;RPA=1,2;RU=GA;SB=-8.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,60:65:99:2615,187,0 chrXV 228423 . T TA 527.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.669;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=82.0430;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.371;QD=17.60;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=1.931;SB=-1.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,26:30:59:570,59,0 chrXV 230020 . CTT C,CT 285.05 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.217;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=254.4858;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=51.70;MQ0=0;MQRankSum=-2.197;QD=4.07;RPA=17,15,16;RU=T;ReadPosRankSum=-0.941;SB=-9.386e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:40,8,0:70:55:363,146,413,55,0,79 chrXV 231806 . GA G 1689.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=27.2029;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.67;MQ0=0;QD=20.86;RPA=10,9;RU=A;SB=-4.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,77:81:99:1732,221,0 chrXV 233686 . AT A 1857.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=111.7354;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;QD=29.49;SB=-4.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,61:63:99:1900,180,0 chrXV 233865 . A AT 1035.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=19.0222;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.04;RPA=8,9;RU=T;SB=-5.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,37:47:99:1078,128,0 chrXV 234039 . A AC 966.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=114.1688;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=27.63;RPA=1,2;RU=C;SB=-5.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,32:35:84:1009,84,0 chrXV 234107 . T TG 1858.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=195.3741;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.58;MQ0=0;QD=28.17;RPA=4,5;RU=G;SB=-8.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,63:66:99:1901,183,0 chrXV 235377 . T TCAACAACAACAACAACAGCAA 5015 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=246.3757;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.57;MQ0=0;QD=62.69;SB=-1.837e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,37:79:99:5015,120,0 chrXV 236286 . GCAAGCA G 1472.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=17.6046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=63.31;MQ0=0;QD=30.06;RPA=5,4;RU=CAAGCA;SB=-3.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,30:49:84:1515,84,0 chrXV 236991 . G GCAACAA 3430 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=299.0383;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.48;MQ0=0;QD=63.52;SB=-1.653e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:52:99:3430,150,0 chrXV 238200 . CATACTTTTG C 2078.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5603;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=99.00;RPA=2,1;RU=ATACTTTTG;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63:2121,63,0 chrXV 242800 . GTAA G 677.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=143.0003;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.69;MQ0=0;QD=13.56;RPA=6,5;RU=TAA;SB=-6.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,16:50:51:720,51,0 chrXV 242848 . G GT 731.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=28.0337;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=26.14;RPA=3,4;RU=T;SB=-8.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:78:774,78,0 chrXV 253989 . T TA 1248.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=284.9298;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.15;MQ0=0;QD=21.53;RPA=6,7;RU=A;SB=-4.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,50:58:99:1291,144,0 chrXV 254811 . C CA 221.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=18.4459;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.72;MQ0=0;QD=20.18;RPA=10,11;RU=A;SB=-9.894e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,10:11:33:264,33,0 chrXV 256152 . TA T 2371.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=31.7080;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=24.20;RPA=5,4;RU=A;SB=-7.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,95:98:99:2414,261,0 chrXV 259459 . GA G 2345.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=27.4627;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.79;MQ0=0;QD=31.70;RPA=2,1;RU=A;SB=-9.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,71:74:99:2388,205,0 chrXV 269437 . C CGCTTCTTCATCTTCT 4744 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=124.3307;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.80;MQ0=0;QD=84.71;RPA=1,2;RU=GCTTCTTCATCTTCT;SB=-2.224e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,39:56:99:4744,120,0 chrXV 269653 . CG C 2511.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=430.5729;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.84;MQ0=0;QD=32.62;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:77:99:2554,219,0 chrXV 270656 . C CT 1592.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=138.9933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.98;MQ0=0;QD=21.82;RPA=7,8;RU=T;SB=-7.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,65:73:99:1635,192,0 chrXV 271805 . TA T 1135.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=215.3580;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.94;MQ0=0;QD=18.32;RPA=11,10;RU=A;SB=-3.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,55:62:99:1178,155,0 chrXV 271953 . CT C 568.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=352.5592;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.92;MQ0=0;MQRankSum=1.155;QD=15.38;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.924;SB=-2.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,29:37:83:611,83,0 chrXV 271973 . T TCAG 508.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.387;DP=53;FS=2.800;HaplotypeScore=521.4761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.012;QD=9.60;ReadPosRankSum=4.182;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,16:53:99:548,0,501 chrXV 271974 . T TTTTTTCC 1559.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.240;DP=52;FS=3.411;HaplotypeScore=406.9581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.82;MQ0=0;MQRankSum=0.249;QD=30.00;ReadPosRankSum=1.883;SB=-6.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,16:52:99:1599,0,172 chrXV 274382 . AG A 2586.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=186.5421;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.26;MQ0=0;QD=25.12;RPA=6,5;RU=G;SB=-7.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,94:103:99:2629,270,0 chrXV 274779 . C CT 1779.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=146.0370;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.82;MQ0=0;QD=20.94;RPA=6,7;RU=T;SB=-6.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,73:84:99:1822,204,0 chrXV 277875 . TCATATA T 1816.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=102.6495;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=63.10;MQ0=0;QD=51.91;SB=-7.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,34:35:81:1859,81,0 chrXV 281886 . A AG 2052.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=147.2251;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=36.66;SB=-8.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,52:56:99:2095,166,0 chrXV 282006 . A AG 3545 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=356.2389;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.98;MQ0=0;QD=31.37;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.508e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,110:113:99:3545,310,0 chrXV 282238 . CT C 1350.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=21.9040;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.08;MQ0=0;QD=19.30;RPA=6,5;RU=T;SB=-6.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,62:70:99:1393,156,0 chrXV 285598 . T TA 2417.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=215.0535;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.75;MQ0=0;QD=26.87;RPA=3,4;RU=A;SB=-8.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,84:90:99:2460,246,0 chrXV 287987 . A AT 650.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=85.5330;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.12;MQ0=0;QD=18.08;RPA=9,10;RU=T;SB=-1.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,30:36:84:693,84,0 chrXV 288282 . AT A 519.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=59.3081;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.36;MQ0=0;QD=17.93;RPA=7,6;RU=T;SB=-5.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,27:29:66:562,66,0 chrXV 290573 . CT C 594.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.492;DP=56;FS=6.134;HaplotypeScore=39.5839;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.905;QD=10.62;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.394;SB=-1.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,37:56:33:637,33,0 chrXV 292246 . CAA C 3228.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.589;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=159.6433;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.925;QD=27.36;RPA=10,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.689;SB=-1.146e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,106:118:99:3270,305,0 chrXV 296474 . CCA C 3364 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=21.7647;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.80;MQ0=0;QD=44.85;SB=-1.472e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:3364,220,0 chrXV 296599 . GAATA G 4498 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=206.1947;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.22;MQ0=0;QD=41.65;RPA=3,2;RU=AATA;SB=-1.594e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,77:108:99:4498,250,0 chrXV 298836 . TA T 876.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=509.3514;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.26;MQ0=0;QD=19.93;RPA=2,1;RU=A;SB=-3.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,38:44:99:919,105,0 chrXV 298841 . ACTGTTAGTT A 3680 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=227.6473;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.69;MQ0=0;QD=99.46;SB=-1.507e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,34:37:99:3680,108,0 chrXV 298968 . AT A 1232.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=122.6429;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.68;MQ0=0;QD=21.63;RPA=6,5;RU=T;SB=-5.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,48:57:99:1275,144,0 chrXV 299034 . GT G 1525.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=206.5700;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.63;MQ0=0;QD=24.22;RPA=5,4;RU=T;SB=-6.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,59:63:99:1568,168,0 chrXV 299706 . AT A 1635.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=161.2614;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.33;MQ0=0;QD=20.97;RPA=8,7;RU=T;SB=-4.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,72:78:99:1678,204,0 chrXV 300684 . TGAAA T 3765 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=397.1236;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.56;MQ0=0;QD=59.76;SB=-1.685e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,60:63:99:3765,184,0 chrXV 301070 . GTC G 2550.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=336.7728;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.65;MQ0=0;QD=40.49;SB=-1.068e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,59:62:99:2593,175,0 chrXV 301214 . A AAATAG 5870 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=103.4792;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.44;MQ0=0;QD=64.51;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,77:91:99:5870,241,0 chrXV 301304 . ATG A 1530.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=67.3750;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.56;MQ0=0;QD=19.38;RPA=8,7;RU=TG;SB=-5.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,33:78:99:1573,150,0 chrXV 303175 . GT G 725.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=42.1887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=1.427;QD=16.50;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.427;SB=-1.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,34:44:98:768,98,0 chrXV 304940 . C CT 1566.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.739;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=44.0004;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.400;QD=17.61;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.182;SB=-6.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,69:89:99:1609,124,0 chrXV 307241 . GTCATCGTCTTCA G 5926 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=21.4576;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.05;MQ0=0;QD=80.08;RPA=2,1;RU=TCATCGTCTTCA;SB=-2.352e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,60:74:99:5926,168,0 chrXV 309087 . TTA T 194.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=18.3724;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=7.46;RPA=7,6;RU=TA;SB=-3.393e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,7:26:21:236,21,0 chrXV 312985 . CTA C 2127.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=128.0677;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.82;MQ0=0;QD=27.28;RPA=3,2;RU=TA;SB=-5.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,61:78:99:2170,171,0 chrXV 315030 . C CTT 2299.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.865;DP=97;FS=5.109;HaplotypeScore=339.9464;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.08;MQ0=0;MQRankSum=0.942;QD=23.71;ReadPosRankSum=2.917;SB=-8.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,71:97:99:2342,135,0 chrXV 315031 . C CT 1424.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.861;DP=97;FS=4.181;HaplotypeScore=433.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.08;MQ0=0;MQRankSum=0.887;QD=14.69;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=1.814;SB=-5.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,71:97:99:1467,183,0 chrXV 315600 . A AT 812.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=76.7467;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.93;MQ0=0;QD=30.11;RPA=1,2;RU=T;SB=-3.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,24:27:78:855,78,0 chrXV 316411 . ACGAGGC A 2509.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.837;DP=61;FS=42.257;HaplotypeScore=635.9621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.16;MQ0=0;MQRankSum=-2.444;QD=41.15;ReadPosRankSum=4.271;SB=-6.709e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,39:61:99:2549,0,848 chrXV 316418 . TTACCGAC T 2958.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.795;DP=58;FS=42.257;HaplotypeScore=569.6573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.68;MQ0=0;MQRankSum=-2.929;QD=51.02;ReadPosRankSum=5.668;SB=-7.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,39:58:99:2998,0,756 chrXV 323107 . GAGGT G 4758 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=176.2347;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.40;MQ0=0;QD=55.98;RPA=2,1;RU=AGGT;SB=-1.837e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,82:85:99:4758,241,0 chrXV 325064 . 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G GA 821.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.059;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=216.1171;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.877;QD=11.26;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.574;SB=-3.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,48:73:66:864,66,0 chrXV 340289 . T TAA 1028.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=77.2934;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.79;MQ0=0;QD=25.72;RPA=8,10;RU=A;SB=-3.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,25:40:96:1071,96,0 chrXV 340510 . A AT 2333.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=158.6909;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;QD=29.92;RPA=2,3;RU=T;SB=-9.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,77:78:99:2376,225,0 chrXV 343483 . CG C 2817.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=82.4261;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;QD=33.55;SB=-1.344e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:84:99:2860,243,0 chrXV 344858 . CCGT C 824.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.128;DP=68;FS=15.010;HaplotypeScore=736.2694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.20;MQ0=0;MQRankSum=-2.717;QD=12.13;ReadPosRankSum=-0.510;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,20:57:99:864,0,2003 chrXV 344930 . CCGT C 1316.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.556;DP=70;FS=1.234;HaplotypeScore=1150.2119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.519;QD=18.81;ReadPosRankSum=1.576;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,29:66:99:1356,0,539 chrXV 345038 . CCGT C 932.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.569;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=553.6113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.96;MQ0=0;MQRankSum=1.569;QD=29.13;ReadPosRankSum=-1.073;SB=-2.007e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,23:29:5:972,5,0 chrXV 347482 . AT A 1874.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=25.5681;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.85;MQ0=0;QD=25.34;RPA=4,3;RU=T;SB=-8.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,70:74:99:1917,195,0 chrXV 347956 . T TG 1622.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=178.2455;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.88;MQ0=0;QD=33.12;SB=-5.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:49:99:1665,135,0 chrXV 348587 . TC T 1184.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=188.5916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.49;MQ0=0;QD=21.94;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,33:54:99:1227,126,0 chrXV 348630 . GA G 872.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=138.4815;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.25;MQ0=0;QD=15.32;RPA=11,10;RU=A;SB=-2.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,42:57:99:915,122,0 chrXV 349580 . GAA G 1696.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.668;DP=96;FS=1.768;HaplotypeScore=42.3633;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.35;MQ0=0;MQRankSum=0.294;QD=17.68;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=2.468;SB=-6.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,67:96:99:1739,99,0 chrXV 356864 . AT A 1773.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=29.9854;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.44;MQ0=0;QD=17.56;RPA=9,8;RU=T;SB=-7.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,81:101:99:1816,227,0 chrXV 368066 . C CTT 3752 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=140.5900;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.57;MQ0=0;QD=34.42;RPA=4,6;RU=T;SB=-1.005e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,104:109:99:3752,301,0 chrXV 370888 . C CG 3033.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=28.2910;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.26;MQ0=0;QD=35.28;SB=-1.515e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,82:86:99:3076,244,0 chrXV 371524 . TA T 2241.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=198.4800;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.63;MQ0=0;QD=28.74;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.125e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,77:78:99:2284,202,0 chrXV 383126 . GA G 1120.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=135.7256;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.05;MQ0=0;QD=19.33;RPA=11,10;RU=A;SB=-5.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,53:58:99:1163,154,0 chrXV 386646 . CT C 1511.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=30.6137;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.83;MQ0=0;QD=19.14;RPA=10,9;RU=T;SB=-6.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,71:79:99:1554,200,0 chrXV 389452 . ACAT A 5334 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=433.7158;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.39;MQ0=0;QD=41.35;RPA=3,2;RU=CAT;SB=-1.303e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,107:129:99:5334,325,0 chrXV 389478 . A AT 5382 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=551.1409;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.42;MQ0=0;QD=36.61;SB=-1.974e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,133:147:99:5382,403,0 chrXV 389603 . A AT 2931.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=405.8915;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.08;MQ0=0;QD=39.62;SB=-1.454e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,70:74:99:2974,220,0 chrXV 389607 . C CA 2117.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=485.6690;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.72;MQ0=0;QD=28.62;RPA=2,3;RU=A;SB=-9.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,70:74:99:2160,207,0 chrXV 389708 . A AT 3033.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=32.2075;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.79;MQ0=0;QD=30.04;RPA=3,4;RU=T;SB=-7.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,100:101:99:3076,301,0 chrXV 391987 . A AT 977.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=15.0465;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.42;MQ0=0;QD=20.37;RPA=6,7;RU=T;SB=-3.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,42:48:99:1020,114,0 chrXV 397394 . TA T 1151.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=21.9760;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.66;MQ0=0;QD=17.72;RPA=9,8;RU=A;SB=-3.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,60:65:99:1194,150,0 chrXV 397478 . GA G 585.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.030;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=51.9083;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=0.973;QD=9.61;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.343;SB=-3.095e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,32:61:37:628,37,0 chrXV 410147 . TA T 1940.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=265.3661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.10;MQ0=0;QD=28.13;RPA=3,2;RU=A;SB=-8.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,63:69:99:1983,183,0 chrXV 410742 . G GT 1404.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=277.1174;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.82;MQ0=0;QD=18.25;RPA=7,8;RU=T;SB=-4.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,62:77:99:1447,168,0 chrXV 412675 . AT A 69.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.271;DP=29;FS=2.616;HaplotypeScore=13.1147;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=0.437;QD=2.41;RPA=15,14;RU=T;ReadPosRankSum=0.696;SB=-2.798e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,9:29:52:109,0,52 chrXV 414171 . G GT 4674 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=327.7965;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=35.41;SB=-1.563e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,111:132:99:4674,370,0 chrXV 414229 . CG C 2643.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=274.7216;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.61;MQ0=0;QD=31.11;RPA=3,2;RU=G;SB=-7.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,78:85:99:2686,238,0 chrXV 417837 . T TC 1588.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=97.8366;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.74;MQ0=0;QD=27.40;RPA=3,4;RU=C;SB=-7.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,54:58:99:1631,156,0 chrXV 418353 . G GA 1042.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=11.3064;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.25;RPA=6,7;RU=A;SB=-3.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,35:43:99:1085,123,0 chrXV 418498 . T TA 1730.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=240.6180;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.74;MQ0=0;QD=23.71;RPA=4,5;RU=A;SB=-8.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,66:73:99:1773,186,0 chrXV 422652 . C CA 1918.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=203.7811;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.59;MQ0=0;QD=26.65;RPA=3,4;RU=A;SB=-4.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,70:72:99:1961,198,0 chrXV 423979 . GA G 1010.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.574;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=38.5184;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=1.167;QD=14.04;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.204;SB=-4.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,53:72:94:1053,94,0 chrXV 426244 . CT C 866.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=13.9323;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.23;MQ0=0;QD=21.15;RPA=10,9;RU=T;SB=-3.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,38:41:99:909,116,0 chrXV 427935 . 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C CT 1805.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=134.1506;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.50;MQ0=0;QD=27.78;RPA=4,5;RU=T;SB=-7.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:99:1848,192,0 chrXV 444498 . ATT A 254.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.650;DP=48;FS=5.119;HaplotypeScore=123.3880;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.505;QD=5.30;RPA=18,16;RU=T;ReadPosRankSum=0.794;SB=-7.152e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,10:48:4:294,4,0 chrXV 448417 . AAC A 2541.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=40.7270;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.26;MQ0=0;QD=42.37;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,57:60:99:2584,174,0 chrXV 448553 . C CT 85.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9813;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;QD=10.65;RPA=8,9;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,6:8:15:127,15,0 chrXV 457827 . G GT 2400.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=118.4934;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.65;MQ0=0;QD=25.01;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.031e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,87:96:99:2443,232,0 chrXV 462157 . A AT 604.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.050;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=16.6783;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=0.523;QD=18.33;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.246;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,29:33:52:647,52,0 chrXV 462267 . T TG 1221.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=11.9852;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.77;RPA=5,6;RU=G;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,43:44:99:1264,126,0 chrXV 463620 . C CA 2110.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=29.8539;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.62;MQ0=0;QD=25.13;RPA=5,6;RU=A;SB=-6.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,75:84:99:2153,234,0 chrXV 464204 . ATT A 1577.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=490.3275;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.19;MQ0=0;QD=29.77;RPA=8,6;RU=T;SB=-8.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,45:53:99:1620,138,0 chrXV 464228 . TA T 1096.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=587.1160;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.83;MQ0=0;QD=22.85;RPA=5,4;RU=A;SB=-5.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,41:48:99:1139,123,0 chrXV 464325 . G GA 1384.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=155.6648;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.88;MQ0=0;QD=34.62;SB=-6.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:40:99:1427,111,0 chrXV 464395 . T TTATTAAAATAGAGC 3086.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=54.8238;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.12;MQ0=0;QD=110.25;SB=-1.513e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,17:28:69:3129,69,0 chrXV 467927 . A AT 4158 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=42.7382;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=34.36;SB=-1.733e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,116:121:99:4158,316,0 chrXV 469286 . A AC 3448 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=30.4997;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;QD=36.68;SB=-9.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:94:99:3448,280,0 chrXV 479254 . A AT 172.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=16.5421;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.15;MQ0=0;QD=7.86;RPA=4,5;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,15:22:24:215,24,0 chrXV 483090 . G GT 1192.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.236;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=52.1170;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.097;QD=16.12;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.846;SB=-1.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,47:74:98:1235,98,0 chrXV 489778 . CATAT C 2638.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=25.1277;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;QD=37.17;RPA=9,7;RU=AT;SB=-3.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,52:71:99:2681,148,0 chrXV 491013 . CAAAA C 2600.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.142;DP=72;FS=4.429;HaplotypeScore=24.2336;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=1.164;QD=36.12;RPA=14,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.675;SB=-8.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,51:72:99:2643,133,0 chrXV 493208 . TG T 1747.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=17.4173;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.39;MQ0=0;QD=32.37;RPA=2,1;RU=G;SB=-7.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1790,153,0 chrXV 494898 . A AT 3689 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=44.6257;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.58;MQ0=0;QD=28.16;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.487e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,126:131:99:3689,349,0 chrXV 504672 . A AG 1146.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=56.4840;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;QD=23.89;RPA=5,6;RU=G;SB=-4.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,42:48:99:1189,120,0 chrXV 511735 . G GCT 2973.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=195.6098;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.77;MQ0=0;QD=40.74;SB=-1.173e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:3016,217,0 chrXV 514857 . C CT 2528.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=56.9090;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.75;MQ0=0;QD=35.62;SB=-5.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,62:71:99:2571,204,0 chrXV 514910 . G GAA,GAAA 1243.71 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.193;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=171.5424;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.29;MQ0=0;MQRankSum=1.193;QD=18.84;RPA=11,13,14;RU=A;ReadPosRankSum=0.346;SB=-5.758e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:33,25,5:66:39:1320,147,39,481,0,390 chrXV 515035 . G GT 1136.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=38.6637;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.72;MQ0=0;QD=24.72;RPA=6,7;RU=T;SB=-5.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,44:46:99:1179,132,0 chrXV 520173 . TG T 1195.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=69.5720;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.79;MQ0=0;QD=29.17;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:1238,114,0 chrXV 521062 . GA G 1408.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=161.3054;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.94;MQ0=0;QD=19.04;RPA=9,8;RU=A;SB=-5.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,63:74:99:1451,180,0 chrXV 522252 . G GA 1960.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=95.4924;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.10;MQ0=0;QD=25.47;RPA=3,4;RU=A;SB=-7.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,72:77:99:2003,201,0 chrXV 531368 . GC G 823.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=63.5435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.69;MQ0=0;QD=25.75;RPA=3,2;RU=C;SB=-6.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,28:32:78:866,78,0 chrXV 533639 . C CTAG 3304 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=177.2196;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.07;MQ0=0;QD=45.26;RPA=1,2;RU=TAG;SB=-1.431e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,65:73:99:3304,193,0 chrXV 535166 . T TAACAAC 4118 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=39.6640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=63.08;MQ0=0;QD=47.33;RPA=8,10;RU=AAC;SB=-1.844e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,59:87:99:4118,184,0 chrXV 536839 . CTT C 568.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.057;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=19.6250;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=0.857;QD=15.80;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.313;SB=-3.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,18:36:56:611,56,0 chrXV 536934 . TTC T 1122.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.550;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=40.1757;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.83;MQ0=0;MQRankSum=0.730;QD=28.07;ReadPosRankSum=-1.277;SB=-1.500e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,22:40:99:1165,103,0 chrXV 537250 . GT G 477.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=80.6487;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.11;MQ0=0;QD=18.38;RPA=8,7;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,8:25:66:520,66,0 chrXV 548566 . GC G 2725.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=127.3018;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;QD=30.63;RPA=2,1;RU=C;SB=-6.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,75:89:99:2768,243,0 chrXV 548768 . CA C 1370.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=20.0279;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.62;MQ0=0;QD=27.42;RPA=3,2;RU=A;SB=-5.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:50:99:1413,129,0 chrXV 566769 . AAT A 3792 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=25.7975;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=43.59;SB=-9.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:3792,244,0 chrXV 571814 . 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C CT 1587.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=190.1271;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.661;QD=27.38;RPA=3,4;RU=T;ReadPosRankSum=-1.228;SB=-5.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,56:56:99:1630,155,0 chrXV 578511 . T TA 2886.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=41.8071;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.13;MQ0=0;QD=27.49;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.049e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,101:105:99:2929,295,0 chrXV 579517 . ACAT A 2853.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=34.9000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;QD=28.83;RPA=8,7;RU=CAT;SB=-1.289e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,66:99:99:2896,196,0 chrXV 581681 . A AAAAG 495.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=24.3197;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=24.80;RPA=1,2;RU=AAAG;SB=-1.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,11:20:39:538,39,0 chrXV 594280 . 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A AT 1389.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=214.1636;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;QD=20.75;RPA=8,9;RU=T;SB=-1.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,57:67:99:1432,168,0 chrXV 609382 . TATTAGAAGC T 5704 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=120.6674;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.25;MQ0=0;QD=75.05;RPA=2,1;RU=ATTAGAAGC;SB=-2.430e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,62:76:99:5704,178,0 chrXV 618738 . C CATATAT 2551.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=198.9878;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.84;MQ0=0;QD=41.84;RPA=4,7;RU=AT;SB=-1.192e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,32:61:99:2594,102,0 chrXV 619447 . AC A 2571.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=565.8639;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.41;MQ0=0;QD=31.37;RPA=3,2;RU=C;SB=-1.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2614,238,0 chrXV 619646 . TTATTATCATA T 3474 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=213.4859;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.03;MQ0=0;QD=99.26;SB=-6.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,28:35:84:3474,84,0 chrXV 619765 . T TAG 1032.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=166.8699;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.66;MQ0=0;QD=35.62;RPA=1,2;RU=AG;SB=-1.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:29:75:1075,75,0 chrXV 624475 . AT A 642.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=11.0728;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.28;MQ0=0;QD=16.92;RPA=10,9;RU=T;SB=-2.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,33:38:87:685,87,0 chrXV 626533 . T TTGAGCAC 5970 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=483.7499;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.91;MQ0=0;QD=80.68;SB=-2.744e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,47:74:99:5970,205,0 chrXV 626541 . G GA 1883.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=762.6495;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.50;MQ0=0;QD=26.17;RPA=6,7;RU=A;SB=-9.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,71:72:99:1926,210,0 chrXV 636852 . G GA 1313.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=108.3746;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.18;MQ0=0;QD=22.27;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,52:59:99:1356,153,0 chrXV 639384 . T TA 1939.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=554.5089;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.22;MQ0=0;QD=23.09;RPA=3,4;RU=A;SB=-4.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,71:84:99:1982,198,0 chrXV 642299 . T TG 2741.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=215.6995;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.60;MQ0=0;QD=30.47;RPA=2,3;RU=G;SB=-1.326e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,84:90:99:2784,250,0 chrXV 642737 . C CA 3057.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=44.8504;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.90;MQ0=0;QD=24.66;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.376e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,115:124:99:3100,324,0 chrXV 644403 . 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AAGACCACTTG A 6450 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=149.0153;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.43;MQ0=0;QD=87.16;RPA=2,1;RU=AGACCACTTG;SB=-2.904e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,64:74:99:6450,184,0 chrXV 698289 . AT A 704.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.386;DP=71;FS=4.440;HaplotypeScore=140.8102;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.22;MQ0=0;MQRankSum=0.586;QD=9.93;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.843;SB=-2.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,43:71:9:746,9,0 chrXV 700712 . AAAGAAAAAAGAG A 5596 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=34.9585;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.30;MQ0=0;QD=56.53;RPA=2,1;RU=AAGAAAAAAGAG;SB=-1.464e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,57:99:99:5596,160,0 chrXV 701735 . ACACTTTTTAC A 6274 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=27.1030;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.43;MQ0=0;QD=102.85;SB=-2.878e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,56:61:99:6274,163,0 chrXV 710308 . TC T 1975.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=192.1326;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.18;MQ0=0;QD=31.36;RPA=2,1;RU=C;SB=-4.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,58:63:99:2018,180,0 chrXV 710359 . T TA 952.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.066;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=161.0974;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.85;MQ0=0;MQRankSum=0.849;QD=16.43;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.500;SB=-1.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,48:58:71:995,71,0 chrXV 715336 . A AT 1051.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=12.8855;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;QD=21.47;RPA=7,8;RU=T;SB=-3.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,46:49:99:1094,126,0 chrXV 717016 . CA C 2445.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=218.2989;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.09;MQ0=0;QD=26.02;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.057e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,93:94:99:2488,270,0 chrXV 720202 . GAAAA G 3437 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.683;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=45.9821;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.08;MQ0=0;MQRankSum=1.586;QD=36.56;RPA=13,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.683;SB=-1.309e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,69:94:99:3437,207,0 chrXV 721800 . ATT A 2850.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.993;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=568.4109;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.41;MQ0=0;MQRankSum=1.693;QD=27.68;RPA=11,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.265;SB=-1.241e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,85:103:99:2893,263,0 chrXV 721829 . C CTT 2359.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.107;DP=96;FS=3.367;HaplotypeScore=562.1625;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.25;MQ0=0;MQRankSum=0.192;QD=24.58;RPA=9,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.262;SB=-1.064e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,73:96:99:2402,197,0 chrXV 724863 . AT A 1472.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=30.0029;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=20.75;RPA=8,7;RU=T;SB=-7.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,64:71:99:1515,183,0 chrXV 724940 . GT G 993.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=111.0574;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.14;RPA=10,9;RU=T;SB=-4.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,43:58:99:1036,132,0 chrXV 727374 . A AT 1660.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=138.1368;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;QD=23.39;RPA=6,7;RU=T;SB=-6.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,66:71:99:1703,192,0 chrXV 736324 . G GT 1459.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=35.4607;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.80;MQ0=0;QD=24.33;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,56:60:99:1502,171,0 chrXV 741753 . T TA 2139.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=27.1448;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;QD=29.31;RPA=2,3;RU=A;SB=-8.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,71:73:99:2182,207,0 chrXV 741984 . G GT 1685.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=26.4838;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;QD=22.78;RPA=6,7;RU=T;SB=-4.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,63:74:99:1728,192,0 chrXV 742445 . TA T 1217.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=143.1610;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.27;MQ0=0;QD=18.18;RPA=8,7;RU=A;SB=-2.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,58:67:99:1260,153,0 chrXV 742492 . T TA 1205.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=168.1155;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.11;MQ0=0;QD=26.22;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,36:46:99:1248,114,0 chrXV 744448 . G GA 1795.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=141.7063;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=25.66;RPA=3,4;RU=A;SB=-8.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,61:70:99:1838,183,0 chrXV 745306 . C CAA 329.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.569;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=31.7739;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.578;QD=11.38;RPA=14,16;RU=A;ReadPosRankSum=-1.073;SB=-1.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,13:29:32:372,32,0 chrXV 746559 . C CA 124.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.107;DP=22;FS=3.979;HaplotypeScore=31.0266;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=0.474;QD=5.65;RPA=15,16;RU=A;ReadPosRankSum=1.107;SB=-5.620e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,7:22:14:166,14,0 chrXV 751669 . TTGG T 2359.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=31.0061;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.99;MQ0=0;QD=36.87;RPA=4,3;RU=TGG;SB=-9.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,53:64:99:2402,153,0 chrXV 759644 . ATAT A 1104.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=218.4119;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.93;MQ0=0;QD=20.09;SB=-5.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,6:55:99:1147,113,0 chrXV 759646 . AT A 548.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.821;DP=53;FS=5.701;HaplotypeScore=258.1312;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.60;MQ0=0;MQRankSum=2.514;QD=10.36;ReadPosRankSum=3.984;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,25:53:31:591,31,0 chrXV 761551 . GA G 1438.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=22.0213;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.46;MQ0=0;QD=20.56;RPA=10,9;RU=A;SB=-1.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,64:70:99:1481,188,0 chrXV 762569 . GT G 2489.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=160.0564;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.46;MQ0=0;QD=27.98;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.025e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,79:89:99:2532,225,0 chrXV 763037 . A AAAT 2640.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=21.9322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.03;MQ0=0;QD=34.30;RPA=1,2;RU=AAT;SB=-1.314e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,53:77:99:2683,163,0 chrXV 768266 . GAA G 1112.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.926;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=166.3956;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.06;MQ0=0;MQRankSum=-1.577;QD=19.53;RPA=14,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.025;SB=-3.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,29:57:99:1155,107,0 chrXV 768281 . TA T 539.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.538;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=207.0211;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.85;MQ0=0;MQRankSum=0.418;QD=10.00;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.299;SB=-2.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,37:54:75:582,75,0 chrXV 768666 . TGAC T 4296 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=246.7247;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.17;MQ0=0;QD=33.05;RPA=7,6;RU=GAC;SB=-9.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,109:130:99:4296,310,0 chrXV 769810 . 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CTT C 4223 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=212.5427;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.98;MQ0=0;QD=41.00;RPA=4,2;RU=T;SB=-1.367e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,101:103:99:4223,295,0 chrXV 775469 . AT A 1629.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=244.7083;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.26;MQ0=0;QD=21.73;RPA=5,4;RU=T;SB=-7.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,60:75:99:1672,183,0 chrXV 779815 . A AT 1264.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=281.9370;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.93;MQ0=0;QD=30.12;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:1307,102,0 chrXV 781913 . C CTG 3737 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=337.7999;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.00;MQ0=0;QD=42.47;RPA=1,2;RU=TG;SB=-1.651e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,84:88:99:3737,256,0 chrXV 783508 . GA G 429.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=45.5214;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.44;MQ0=0;QD=33.07;RPA=2,1;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39:472,39,0 chrXV 787005 . GA G 2410.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=525.5401;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.76;MQ0=0;QD=20.26;RPA=9,8;RU=A;SB=-9.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,106:119:99:2453,308,0 chrXV 795455 . G GGA 1773.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.070;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=26.4565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=1.704;QD=32.24;ReadPosRankSum=1.004;SB=-6.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,45:55:99:1815,132,0 chrXV 798499 . GA G 898.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.571;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=28.8872;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.168;QD=12.84;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.524;SB=-4.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,53:70:99:941,124,0 chrXV 804279 . AG A 1372.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=143.5854;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.28;MQ0=0;QD=28.02;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,47:49:99:1415,135,0 chrXV 804922 . A AT 467.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.017;DP=78;FS=2.406;HaplotypeScore=119.1331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQ0=0;MQRankSum=1.001;QD=6.00;RPA=16,17;RU=T;ReadPosRankSum=0.885;SB=-1.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,30:78:99:507,0,198 chrXV 807247 . A AATAG 3328 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=102.2099;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.61;MQ0=0;QD=50.42;SB=-1.251e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,56:66:99:3328,160,0 chrXV 813962 . TC T 2214.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=233.5057;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.41;MQ0=0;QD=22.60;RPA=8,7;RU=C;SB=-6.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,78:98:99:2257,228,0 chrXV 815967 . CCACTCT C 2658.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=93.7354;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.28;MQ0=0;QD=59.09;RPA=2,1;RU=CACTCT;SB=-1.289e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,39:45:99:2701,111,0 chrXV 818557 . C CA 2042.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=128.9129;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.73;MQ0=0;QD=34.63;SB=-6.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,56:59:99:2085,156,0 chrXV 820810 . AT A 1552.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=112.3934;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.18;MQ0=0;QD=25.46;RPA=4,3;RU=T;SB=-3.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,59:61:99:1595,159,0 chrXV 822924 . GTGT G 1023.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=240.5771;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.56;MQ0=0;QD=9.39;RPA=21,20;RU=TGT;SB=-4.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:77,29:109:93:1066,93,0 chrXV 830852 . A AT 127.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=45.3576;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.64;MQ0=1;QD=11.55;RPA=10,11;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,10:10:21:169,21,0 chrXV 832293 . A ATT 2250.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=94.0714;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.26;MQ0=0;QD=32.16;RPA=6,8;RU=T;SB=-1.045e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,65:70:99:2293,190,0 chrXV 832712 . CT C 2056.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=149.8166;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.42;MQ0=0;QD=34.28;SB=-9.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:60:99:2099,162,0 chrXV 834319 . TA T 1249.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.050;DP=79;FS=6.394;HaplotypeScore=107.8973;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.679;QD=15.82;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.544;SB=-5.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,66:79:99:1292,148,0 chrXV 849334 . C CA 1778.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=654.3408;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.69;MQ0=0;QD=22.81;SB=-7.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:78:99:1821,192,0 chrXV 850190 . TA T 1325.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=34.0108;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=17.68;RPA=11,10;RU=A;SB=-3.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,62:75:99:1368,179,0 chrXV 860398 . AC A 2592.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=87.5694;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;QD=30.87;RPA=2,1;RU=C;SB=-1.313e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:84:99:2635,235,0 chrXV 860890 . T TTA 129.02 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=10.4658;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=6.14;RPA=6,7;RU=TA;ReadPosRankSum=0.736;SB=-7.604e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,7:21:16:168,0,16 chrXV 867008 . A AC 3878 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=253.8019;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.85;MQ0=0;QD=33.15;RPA=1,2;RU=C;SB=-1.090e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,104:117:99:3878,337,0 chrXV 868057 . C CAT 534.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.582;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=293.6566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.209;QD=14.86;RPA=7,8;RU=AT;ReadPosRankSum=-0.672;SB=-2.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,16:36:78:574,0,78 chrXV 869003 . C CT 952.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.650;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=25.8052;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.908;QD=17.33;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.485;SB=-3.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,45:55:99:995,109,0 chrXV 874716 . CA C 1587.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=246.7254;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.49;MQ0=0;QD=18.25;RPA=9,8;RU=A;SB=-6.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,70:87:99:1630,203,0 chrXV 877718 . G GT 2211.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=226.0196;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.43;MQ0=0;QD=24.58;RPA=4,5;RU=T;SB=-8.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,76:90:99:2254,237,0 chrXV 892648 . G GTT 1101.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=47.4368;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.54;MQ0=0;QD=23.96;RPA=10,12;RU=T;SB=-4.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,28:46:99:1144,109,0 chrXV 894338 . A AT,ATT 575.58 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=49.3074;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.43;MQ0=0;MQRankSum=1.300;QD=13.08;RPA=14,15,16;RU=T;ReadPosRankSum=0.758;SB=-1.041e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:10,27,6:43:44:653,116,44,361,0,335 chrXV 895720 . CCTT C 1403.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=142.0823;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.71;MQ0=0;QD=32.65;RPA=5,4;RU=CTT;SB=-6.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,38:43:99:1446,99,0 chrXV 901655 . AT A 1976.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=162.8144;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.10;MQ0=0;QD=20.17;RPA=10,9;RU=T;SB=-3.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,91:98:99:2019,257,0 chrXV 903142 . C CT 1662.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=235.7883;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.97;MQ0=0;QD=26.82;RPA=2,3;RU=T;SB=-3.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,54:62:99:1705,162,0 chrXV 903654 . TA T 2967.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=415.5668;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.59;MQ0=0;QD=33.73;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.342e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,85:88:99:3010,256,0 chrXV 905844 . G GT 1084.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.155;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=156.7566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.650;QD=19.37;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.794;SB=-3.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,49:56:99:1127,120,0 chrXV 907919 . 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C CAA,CA 780.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.093;DP=59;FS=2.776;HaplotypeScore=59.7305;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.86;MQ0=0;MQRankSum=1.024;QD=13.24;RPA=15,17,16;RU=A;ReadPosRankSum=0.838;SB=-3.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:14,11,29:59:99:859,149,114,404,0,336 chrXV 930498 . CA C 1051.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-4.316;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=343.1981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.19;MQ0=0;MQRankSum=1.292;QD=14.41;RPA=7,6;RU=A;ReadPosRankSum=2.823;SB=-1.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,35:72:75:1094,75,0 chrXV 930508 . G GAAA 2027.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.516;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=289.8963;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.547;QD=27.40;RPA=11,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.610;SB=-1.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,25:73:99:2070,132,0 chrXV 931340 . 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TA T 2103.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=592.9504;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.58;MQ0=0;QD=28.82;RPA=2,1;RU=A;SB=-6.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,68:73:99:2146,187,0 chrXV 954193 . A AC 1043.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=71.6824;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=32.62;RPA=1,2;RU=C;SB=-3.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:32:93:1086,93,0 chrXV 956882 . A AT 1956.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.288;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=213.2790;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.36;MQ0=0;MQRankSum=0.577;QD=19.97;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.266;SB=-3.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,72:98:99:1999,208,0 chrXV 960639 . GA G 787.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=152.5731;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.49;MQ0=0;QD=32.83;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:24:66:830,66,0 chrXV 960775 . TA T 203.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=13.8828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=8.87;RPA=15,14;RU=A;SB=-1.069e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,12:23:36:246,36,0 chrXV 966334 . ATT A 1105.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=178.7326;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.19;MQ0=0;QD=31.60;RPA=9,7;RU=T;SB=-3.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,34:35:99:1148,99,0 chrXV 966571 . C CT 1091.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=228.0718;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;QD=23.74;RPA=6,7;RU=T;SB=-2.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1134,126,0 chrXV 967942 . A AT 338.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.806;DP=49;FS=18.097;HaplotypeScore=51.4476;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.413;QD=6.92;RPA=15,16;RU=T;ReadPosRankSum=-1.675;SB=-1.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:49:81:378,0,81 chrXV 968269 . G GGTGCGTGGGC 2921.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=78.9216;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.29;MQ0=0;QD=66.41;RPA=1,2;RU=GTGCGTGGGC;SB=-1.049e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,26:44:78:2964,78,0 chrXV 969378 . TA T 1517.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=471.7770;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.33;MQ0=0;QD=33.00;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:46:99:1560,123,0 chrXV 969636 . AT A 3087.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=275.2913;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.92;MQ0=0;QD=29.69;RPA=3,2;RU=T;SB=-6.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,98:104:99:3130,286,0 chrXV 969715 . AT A 2338.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=95.7815;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.87;MQ0=0;QD=24.62;RPA=5,4;RU=T;SB=-8.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,82:95:99:2381,261,0 chrXV 970202 . 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A AG 1033.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=265.5931;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.68;MQ0=0;QD=27.21;RPA=6,7;RU=G;SB=-2.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,35:38:99:1076,114,0 chrXV 976687 . G GATA 921.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=11.8289;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.79;MQ0=0;QD=23.64;RPA=2,3;RU=ATA;SB=-4.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,12:39:63:964,63,0 chrXV 976990 . AT A 438.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.576;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=148.2981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.103;QD=13.30;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.419;SB=-2.149e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,24:32:48:481,48,0 chrXV 977029 . C CTT 286.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=111.4791;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.72;MQ0=0;QD=10.63;RPA=12,14;RU=T;SB=-1.419e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,6:27:36:329,36,0 chrXV 978149 . 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C CT 562.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.155;DP=57;FS=4.611;HaplotypeScore=78.5065;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.289;QD=9.87;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.466;SB=-1.886e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,24:57:11:604,11,0 chrXV 1003290 . A AGTAC 5609 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=34.9607;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.30;MQ0=0;QD=56.09;RPA=1,2;RU=GTAC;SB=-2.477e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,95:100:99:5609,283,0 chrXV 1004065 . CT C 266.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=27.7979;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=33.37;SB=-1.178e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24:309,24,0 chrXV 1004260 . T TA 433.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.569;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=92.4234;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.083;QD=14.96;ReadPosRankSum=1.569;SB=-4.300e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,14:29:58:476,58,0 chrXV 1004261 . 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T TTCTTGG 5703 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=67.8002;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.36;MQ0=0;QD=81.47;SB=-1.954e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,61:70:99:5703,196,0 chrXV 1019100 . G GAAAGCCAGTGATCA 7398 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=275.9866;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.57;MQ0=0;QD=137.00;SB=-3.541e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,38:54:99:7398,151,0 chrXV 1019122 . A AC 2378.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=685.8709;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.52;MQ0=0;QD=31.72;RPA=1,2;RU=C;SB=-1.000e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,70:75:99:2421,202,0 chrXV 1019588 . CTT C 601.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.921;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=50.7842;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=1.604;QD=16.27;RPA=15,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.034;SB=-1.759e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,23:37:35:644,35,0 chrXV 1023212 . T TG 2401.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=110.5323;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=33.83;SB=-1.104e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,64:71:99:2444,190,0 chrXV 1031350 . C CT 748.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=95.9459;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=0;QD=19.20;RPA=7,8;RU=T;SB=-3.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,33:39:93:791,93,0 chrXV 1034772 . TA T 1128.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=28.4268;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.16;MQ0=0;QD=16.85;RPA=10,9;RU=A;SB=-3.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,55:67:99:1171,152,0 chrXV 1036136 . CTGTTGT C 2073.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=247.9528;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.73;MQ0=0;QD=32.92;RPA=11,9;RU=TGT;SB=-9.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,35:63:99:2116,105,0 chrXV 1039487 . CT C 2460.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=135.3562;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.27;MQ0=0;QD=22.58;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.138e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,100:109:99:2503,252,0 chrXV 1039718 . TG T 900.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=48.3271;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=21.97;RPA=8,7;RU=G;SB=-3.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,34:41:99:943,99,0 chrXV 1044946 . TA T 1468.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=27.1835;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.30;MQ0=0;QD=20.40;RPA=9,8;RU=A;SB=-5.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,71:72:99:1511,191,0 chrXV 1045479 . CA C 3296 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=406.4417;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.20;MQ0=0;QD=33.98;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.472e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,94:97:99:3296,277,0 chrXV 1045626 . TA T 2712.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=391.1125;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.16;MQ0=0;QD=29.49;RPA=4,3;RU=A;SB=-9.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,91:92:99:2755,271,0 chrXV 1048412 . C CT 972.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.904;DP=84;FS=2.207;HaplotypeScore=252.9145;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.67;MQ0=0;MQRankSum=0.499;QD=11.58;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.499;SB=-1.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,45:84:41:1015,41,0 chrXV 1053326 . G GAA 1420.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=457.3710;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.14;MQ0=0;QD=33.83;RPA=3,5;RU=A;SB=-7.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,37:42:99:1463,111,0 chrXV 1053604 . AGT A 443.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=83.7615;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.23;MQ0=0;QD=27.75;SB=-7.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:16:39:486,39,0 chrXV 1053904 . GCGCAT G 2505.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=221.9898;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.75;MQ0=0;QD=54.48;RPA=2,1;RU=CGCAT;SB=-4.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,38:46:99:2548,111,0 chrXV 1055368 . G GA 2782.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=476.0730;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.61;MQ0=0;QD=27.83;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.165e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,94:100:99:2825,280,0 chrXV 1055376 . CT C 2186.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=605.7493;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.19;MQ0=0;QD=19.35;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.084e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,92:113:99:2229,272,0 chrXV 1057980 . AT A 924.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=404.0579;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.04;MQ0=0;QD=26.43;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,32:35:99:967,99,0 chrXV 1058392 . T TA 1406.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=383.6315;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.08;MQ0=0;QD=21.00;RPA=2,3;RU=A;SB=-5.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,52:67:99:1449,171,0 chrXV 1058396 . T TA 1854.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=350.8247;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.40;MQ0=0;QD=27.69;SB=-7.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,60:67:99:1897,191,0 chrXV 1058879 . AT A 1069.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.667;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=231.5795;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.49;MQ0=0;MQRankSum=1.667;QD=15.51;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.667;SB=-3.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,53:69:99:1112,136,0 chrXV 1060154 . T TTCA 1453.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=569.6157;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.00;MQ0=0;QD=29.08;RPA=4,5;RU=TCA;SB=-4.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,34:50:99:1496,99,0 chrXV 1060374 . 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A AAT 3468 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=445.3152;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.98;MQ0=0;QD=38.11;RPA=1,2;RU=AT;SB=-1.294e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,83:91:99:3468,250,0 chrXV 1063905 . TA T 1894.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=491.6794;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.34;MQ0=0;QD=20.38;RPA=7,6;RU=A;SB=-7.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,73:93:99:1937,234,0 chrXV 1064109 . AT A 3007.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=115.4362;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=35.81;SB=-1.463e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:84:99:3050,244,0 chrXV 1064789 . GA G 525.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.779;DP=112;FS=94.121;HaplotypeScore=455.9677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.74;MQ0=0;MQRankSum=-7.609;QD=4.70;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=1.546;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,30:112:99:565,0,1943 chrXV 1064800 . TC T 565.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.928;DP=117;FS=89.397;HaplotypeScore=513.0881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.40;MQ0=0;MQRankSum=-7.928;QD=4.84;RPA=4,3;RU=C;ReadPosRankSum=0.591;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,30:117:99:605,0,2005 chrXV 1064914 . A AT 2302.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=925.9753;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.41;MQ0=0;QD=25.31;RPA=5,6;RU=T;SB=-8.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,84:91:99:2345,252,0 chrXV 1065907 . AG A 2081.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-4.091;DP=154;FS=12.510;HaplotypeScore=1201.6732;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.23;MQ0=0;MQRankSum=2.654;QD=13.52;ReadPosRankSum=-1.360;SB=-6.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:92,59:154:99:2124,137,0 chrXV 1065931 . CAGAAAT C 3801 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.301;DP=133;FS=43.137;HaplotypeScore=1226.7227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.92;MQ0=0;MQRankSum=-2.309;QD=28.58;ReadPosRankSum=0.179;SB=-1.699e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,55:133:99:3801,0,3133 chrXV 1065967 . TG T 1065.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.128;DP=114;FS=100.018;HaplotypeScore=1442.1973;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.743;QD=9.35;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=-0.827;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,40:114:99:1105,0,1935 chrXV 1066059 . G GAGATTATA 8711 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=755.3003;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.36;MQ0=0;QD=90.74;SB=-3.004e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,68:96:99:8711,265,0 chrXV 1070663 . A AT 169.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.752;DP=41;FS=14.564;HaplotypeScore=102.8373;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.97;MQ0=12;MQRankSum=-0.953;QD=4.15;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=2.011;SB=-7.958e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,20:23:99:209,0,135 chrXV 1070833 . CG C 975.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.370;DP=35;FS=8.189;HaplotypeScore=195.4276;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.85;MQ0=2;MQRankSum=2.120;QD=27.88;ReadPosRankSum=0.208;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,29:33:62:1018,62,0 chrXV 1071028 . TAAAA T 1048.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=228.9338;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.35;MQ0=1;QD=40.34;RPA=13,9;RU=A;SB=-3.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,22:24:63:1091,63,0 chrXV 1071491 . GAGCC G 574.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.248;DP=48;FS=49.618;HaplotypeScore=461.9636;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.99;MQ0=3;MQRankSum=2.060;QD=11.98;ReadPosRankSum=1.594;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,14:45:99:614,0,1652 chrXV 1071499 . TTCCAGAA T 1024.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.248;DP=46;FS=52.547;HaplotypeScore=387.2933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.93;MQ0=3;MQRankSum=2.346;QD=22.28;ReadPosRankSum=0.661;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,14:43:99:1064,0,2731 chrXV 1071687 . AT A 777.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.850;DP=76;FS=21.314;HaplotypeScore=291.5434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.90;MQ0=25;MQRankSum=2.195;QD=10.22;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=-0.904;SB=-2.306e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,39:34:22:819,22,0 chrXV 1071763 . A AT 90.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.495;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=20.2075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=11.09;MQ0=50;MQRankSum=1.495;QD=1.44;ReadPosRankSum=0.198;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,20:8:58:130,0,58 chrXV 1073283 . GAAA G 2944.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=277.9196;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.33;MQ0=5;QD=33.47;RPA=7,4;RU=A;SB=-9.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,77:77:99:2987,193,0 chrXV 1074077 . TA T 431.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=91.1655;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.17;MQ0=0;QD=15.43;RPA=11,10;RU=A;SB=-1.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,22:27:63:474,63,0 chrXV 1074149 . TA T 593.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.168;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=191.5185;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.65;MQ0=0;MQRankSum=0.950;QD=13.50;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.509;SB=-1.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,32:42:87:636,87,0 chrXV 1077950 . CTTTTTTT C 388.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=38.1269;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.24;MQ0=4;QD=24.26;RPA=19,12;RU=T;SB=-1.036e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,10:7:18:430,18,0 chrXV 1079486 . AT A 164.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=69.2263;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.29;MQ0=2;QD=13.75;RPA=11,10;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,9:10:27:207,27,0 chrXV 1083566 . GTT G 118.48 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=22.3665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.81;MQ0=1;QD=11.85;RPA=3,1;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,9:8:12:160,12,0 chrXVI 11522 . T TA 37.75 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=13.2997;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=13.42;MQ0=22;QD=1.14;RPA=3,4;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,14:6:10:79,10,0 chrXVI 12828 . TA T 52.61 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=26.8483;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.52;MQ0=4;MQRankSum=-0.736;QD=2.19;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.736;SB=-2.131e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,7:19:5:91,0,5 chrXVI 13174 . TAA T 977.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.208;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=226.7071;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.39;MQ0=2;MQRankSum=1.628;QD=19.18;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.473;SB=-1.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,34:44:95:1020,95,0 chrXVI 16367 . CTGGTGG C 2868.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=16.2119;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.01;MQ0=8;QD=47.82;RPA=8,6;RU=TGG;SB=-7.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,46:51:99:2911,123,0 chrXVI 16995 . CTTT C 830.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.680;DP=52;FS=3.522;HaplotypeScore=221.8718;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.107;QD=15.98;RPA=17,14;RU=T;ReadPosRankSum=2.113;SB=-2.129e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,19:50:43:873,43,0 chrXVI 17276 . ATTTGTT A 4889 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=51.7813;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.41;MQ0=0;QD=61.89;SB=-2.380e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,76:68:99:4889,190,0 chrXVI 17897 . A AT 2372.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=313.9005;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.31;MQ0=3;QD=26.08;RPA=2,3;RU=T;SB=-7.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,88:80:99:2415,229,0 chrXVI 19619 . A AT 523.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=221.0187;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=32.75;SB=-3.800e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48:566,48,0 chrXVI 19887 . G GT 1039.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=278.6670;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.91;MQ0=0;QD=16.77;RPA=7,8;RU=T;SB=-4.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,43:62:99:1082,126,0 chrXVI 19930 . CT C 524.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.605;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=278.3798;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.17;MQ0=0;MQRankSum=0.578;QD=12.21;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.476;SB=-2.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,31:43:57:567,57,0 chrXVI 20166 . A ATTTATGACGCCAGT 4544 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=308.6761;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.30;MQ0=0;QD=122.81;SB=-7.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:37:99:4544,99,0 chrXVI 20445 . CTA C 1281.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=55.2424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.00;MQ0=0;QD=37.70;RPA=2,1;RU=TA;SB=-5.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,31:34:93:1324,93,0 chrXVI 20703 . G GT 1094.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=445.4510;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.29;MQ0=0;QD=19.91;SB=-5.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,42:55:99:1137,131,0 chrXVI 20873 . C CA 870.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=308.4488;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.57;MQ0=0;QD=26.39;RPA=4,5;RU=A;SB=-3.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:96:913,96,0 chrXVI 21432 . CAA C 2173.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=180.8989;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.37;MQ0=0;QD=32.94;RPA=5,3;RU=A;SB=-6.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,61:66:99:2216,169,0 chrXVI 22264 . C CT 2009.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=181.2041;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.02;MQ0=0;QD=26.10;RPA=3,4;RU=T;SB=-9.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,67:77:99:2052,204,0 chrXVI 22349 . G GT 2419.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=450.3764;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.84;MQ0=0;QD=31.03;RPA=1,2;RU=T;SB=-9.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,72:78:99:2462,214,0 chrXVI 22664 . T TAA 1904.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=131.2178;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.01;MQ0=0;QD=25.74;RPA=9,11;RU=A;SB=-7.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,47:74:99:1947,190,0 chrXVI 24803 . AG A 1248.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.548;DP=118;FS=1.683;HaplotypeScore=413.1281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.10;MQ0=0;MQRankSum=1.282;QD=10.58;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=0.954;SB=-4.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,50:118:99:1288,0,1786 chrXVI 24935 . A AT 701.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.098;DP=126;FS=1.745;HaplotypeScore=1487.0204;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.43;MQ0=0;MQRankSum=-5.869;QD=5.57;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=0.422;SB=-2.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,41:126:99:741,0,1160 chrXVI 24948 . G GA 927.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.487;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=1367.2644;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.35;MQ0=0;MQRankSum=-5.154;QD=9.19;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=1.200;SB=-4.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,38:101:99:967,0,538 chrXVI 24982 . A AC 1749.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.882;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=1330.3065;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.88;MQ0=0;MQRankSum=-8.182;QD=12.41;ReadPosRankSum=-0.077;SB=-8.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,64:141:99:1789,0,2143 chrXVI 26069 . G GT 3336 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=401.7634;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.93;MQ0=0;QD=22.39;RPA=5,6;RU=T;SB=-5.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,130:143:99:3336,375,0 chrXVI 26191 . C CT 3071.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=767.3341;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.14;MQ0=0;QD=24.00;RPA=3,4;RU=T;SB=-4.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,111:117:99:3114,318,0 chrXVI 28263 . TC T 1576.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=378.9089;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.53;MQ0=0;QD=26.28;RPA=6,5;RU=C;SB=-6.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,57:60:99:1619,168,0 chrXVI 28407 . C CA 1613.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.026;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=184.9912;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.76;MQ0=0;MQRankSum=0.328;QD=22.73;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=2.141;SB=-7.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,57:71:99:1656,181,0 chrXVI 28988 . TA T 2647.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=790.1850;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.59;MQ0=0;QD=26.22;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.273e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,94:101:99:2690,279,0 chrXVI 29000 . GA G 3139.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=868.7114;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.45;MQ0=0;QD=29.35;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.531e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,94:107:99:3182,286,0 chrXVI 29604 . CA C 1677.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=240.0241;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.31;MQ0=0;QD=16.95;RPA=10,9;RU=A;SB=-7.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,81:99:99:1720,224,0 chrXVI 38889 . G GAAC 1192.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=209.5936;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.52;MQ0=0;QD=29.82;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,34:40:99:1235,111,0 chrXVI 40127 . G GAA 2078.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.881;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=64.4151;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.233;QD=21.66;RPA=10,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.240;SB=-1.034e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,61:96:99:2121,158,0 chrXVI 41010 . G GA 2351.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=511.1792;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.40;MQ0=0;QD=28.00;RPA=3,4;RU=A;SB=-9.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,81:84:99:2394,243,0 chrXVI 42940 . A AT 564.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=30.9788;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.90;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63:607,63,0 chrXVI 44495 . TAAA T 2033.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=99.5107;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.11;MQ0=0;QD=31.78;RPA=12,9;RU=A;SB=-9.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,57:64:99:2076,150,0 chrXVI 46594 . ATTTTTT A 1581.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=140.1391;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.23;MQ0=0;QD=38.58;RPA=16,10;RU=T;SB=-7.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,20:41:81:1624,81,0 chrXVI 46996 . G GC 1350.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=37.4801;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=24.12;RPA=4,5;RU=C;SB=-4.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,46:56:99:1393,138,0 chrXVI 53077 . T TG 1183.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=240.5151;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.89;MQ0=0;QD=31.16;RPA=1,2;RU=G;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,36:38:99:1226,108,0 chrXVI 53165 . A ACG 2589.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=111.3335;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.47;MQ0=0;QD=43.90;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:2632,172,0 chrXVI 55604 . CAT C 2575.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=141.2881;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.31;MQ0=0;QD=39.03;SB=-1.123e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,60:66:99:2618,175,0 chrXVI 64013 . A AAT 298.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=29.5781;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.95;MQ0=0;QD=33.22;RPA=1,2;RU=AT;SB=-4.297e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:9:24:341,24,0 chrXVI 64099 . GA G 1395.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=533.3701;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=33.24;RPA=2,1;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:42:99:1438,120,0 chrXVI 64173 . TAACTGCTA T 3604 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=734.3908;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=85.81;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:42:99:3604,102,0 chrXVI 64240 . C CA 1694.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=560.3373;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.04;MQ0=0;QD=28.73;RPA=2,3;RU=A;SB=-2.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,55:59:99:1737,165,0 chrXVI 64353 . TTTCTTTGAAAACACCAG T 4776 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=267.1119;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.54;MQ0=0;QD=113.71;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,26:42:99:4776,102,0 chrXVI 64707 . AT A 1069.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=105.4621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.99;MQ0=0;QD=18.45;RPA=8,7;RU=T;SB=-3.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,49:58:99:1112,138,0 chrXVI 73060 . G GT 2239.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=165.9839;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.25;MQ0=0;QD=31.55;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,68:71:99:2282,202,0 chrXVI 73929 . GT G 1534.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.940;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=42.4023;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.099;QD=16.50;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.643;SB=-2.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,75:93:99:1577,184,0 chrXVI 74072 . C CA 518.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=57.7065;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;QD=17.30;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,19:30:66:561,66,0 chrXVI 74183 . T TA 726.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.133;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=45.4303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.222;QD=9.44;RPA=15,16;RU=A;ReadPosRankSum=-0.356;SB=-7.699e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,40:77:67:769,67,0 chrXVI 76354 . CCT C 2545.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=126.8499;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.67;MQ0=1;QD=27.38;RPA=9,8;RU=CT;SB=-6.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,76:92:99:2588,234,0 chrXVI 79147 . A ATTTTCCTCG 5404 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=63.9118;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.28;MQ0=0;QD=98.25;SB=-2.220e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,39:55:99:5404,156,0 chrXVI 79445 . CT C 1192.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=182.6924;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.70;MQ0=0;QD=20.22;RPA=8,7;RU=T;SB=-5.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,54:59:99:1235,155,0 chrXVI 79513 . G GT 2119.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.271;DP=68;FS=5.274;HaplotypeScore=238.2692;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.462;QD=31.18;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=1.407;SB=-5.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,60:68:99:2162,174,0 chrXVI 85401 . 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G GA 1294.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.142;DP=83;FS=2.987;HaplotypeScore=42.0633;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=1.154;QD=15.60;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.385;SB=-6.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,53:83:99:1337,136,0 chrXVI 99954 . TGAA T 2085.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=17.8714;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.42;MQ0=1;QD=34.20;RPA=2,1;RU=GAA;SB=-1.040e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,53:60:99:2128,144,0 chrXVI 101482 . A AG 2255.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=28.3284;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.13;MQ0=0;QD=31.33;SB=-4.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:72:99:2298,195,0 chrXVI 104922 . A ATT 121.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=17.3456;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.00;MQ0=0;QD=10.08;RPA=12,14;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,7:12:22:163,22,0 chrXVI 105744 . C CA 1145.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=176.6155;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.28;MQ0=0;QD=30.16;RPA=1,2;RU=A;SB=-3.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,34:38:99:1188,105,0 chrXVI 105755 . A AT 1034.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=240.5422;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.45;MQ0=0;QD=20.70;RPA=9,10;RU=T;SB=-4.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,46:50:99:1077,132,0 chrXVI 105983 . GA G 1621.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=412.2665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.87;MQ0=0;QD=20.53;RPA=7,6;RU=A;SB=-6.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,68:79:99:1664,198,0 chrXVI 115228 . G GA 932.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.222;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=36.2483;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.933;QD=22.21;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=1.200;SB=-3.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,39:42:92:975,92,0 chrXVI 115881 . C CCAA 2975.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.130;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=25.9324;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=0.929;QD=35.01;RPA=3,4;RU=CAA;ReadPosRankSum=1.331;SB=-1.253e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,70:85:99:3018,187,0 chrXVI 117204 . G GCAACAGCAACAACAACAGCACC 4318 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=111.3857;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.51;MQ0=0;QD=119.94;SB=-1.347e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,1:36:90:4318,90,0 chrXVI 120046 . C CA 958.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=82.4974;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=19.18;RPA=9,10;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,30:50:99:1001,125,0 chrXVI 120080 . A AT 934.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=94.3464;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;QD=20.78;RPA=8,9;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,39:45:99:977,117,0 chrXVI 125440 . G GC 3001.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=70.6841;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;QD=32.99;SB=-1.429e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,83:91:99:3044,253,0 chrXVI 126538 . TATATAC T 535.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=10.8138;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=64.94;MQ0=0;QD=21.44;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,19:25:36:578,36,0 chrXVI 132310 . G GT 319.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=20.9999;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.77;MQ0=0;QD=32.00;RPA=1,2;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30:362,30,0 chrXVI 135687 . A AT 1121.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.672;DP=63;FS=3.680;HaplotypeScore=108.7018;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.01;MQ0=0;MQRankSum=1.308;QD=17.81;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.096;SB=-4.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,51:63:99:1164,124,0 chrXVI 137446 . GATA G 3339 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=211.4589;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.82;MQ0=0;QD=51.37;SB=-1.530e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,62:65:99:3339,187,0 chrXVI 138308 . A AT 127.09 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.751;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6561;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.751;QD=9.78;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.751;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,11:13:5:167,5,0 chrXVI 138809 . A AT 899.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.566;DP=63;FS=3.715;HaplotypeScore=65.8753;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.49;MQ0=0;MQRankSum=0.458;QD=14.29;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.027;SB=-2.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,46:63:92:942,92,0 chrXVI 143516 . C CG 2127.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=132.7311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.50;MQ0=0;QD=35.47;SB=-1.065e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:2170,171,0 chrXVI 144689 . AGGAAACGTC A 3132.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=86.1359;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.56;MQ0=0;QD=52.22;RPA=4,3;RU=GGAAACGTC;SB=-1.380e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,34:60:99:3175,102,0 chrXVI 153278 . GAAA G 1695.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=32.4584;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.41;MQ0=0;QD=25.70;RPA=13,10;RU=A;SB=-5.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,54:66:99:1738,146,0 chrXVI 156310 . T TTTTC 3543 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=284.0800;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.75;MQ0=0;QD=56.24;SB=-1.463e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,57:63:99:3543,186,0 chrXVI 162602 . C CAGA 2652.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=154.5479;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.99;MQ0=0;QD=44.22;RPA=1,2;RU=AGA;SB=-1.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,57:60:99:2695,165,0 chrXVI 166016 . T TA 861.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=11.7568;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.40;MQ0=0;QD=24.63;RPA=1,2;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,31:35:84:904,84,0 chrXVI 167763 . CTGATCTCA C 4246 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=26.2743;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.98;MQ0=0;QD=77.20;RPA=2,1;RU=TGATCTCA;SB=-1.090e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,46:55:99:4246,135,0 chrXVI 169530 . A AT 410.06 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.825;DP=44;FS=4.041;HaplotypeScore=151.8762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.175;QD=9.32;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.625;SB=-2.008e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,19:44:14:449,0,14 chrXVI 176002 . GT G 2903.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=403.3247;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.00;MQ0=0;QD=26.16;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.019e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,106:111:99:2946,301,0 chrXVI 176140 . GA G 1040.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=113.6800;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;QD=15.31;RPA=10,9;RU=A;SB=-4.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,49:68:99:1083,140,0 chrXVI 181192 . GT G 217.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.128;DP=47;FS=5.780;HaplotypeScore=41.0958;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=0.298;QD=4.63;RPA=15,14;RU=T;ReadPosRankSum=0.724;SB=-8.447e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,14:47:11:259,11,0 chrXVI 182597 . T TAA 1930.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=32.4384;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.76;MQ0=0;QD=28.40;RPA=9,11;RU=A;SB=-9.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,61:68:99:1973,179,0 chrXVI 185389 . CTGTTGCTGTTGT C 6965 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=127.7711;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.78;MQ0=0;QD=69.65;SB=-1.379e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,97:100:99:6965,273,0 chrXVI 187313 . C CCTT 1738.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.567;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=296.5494;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.00;MQ0=0;MQRankSum=2.803;QD=16.40;RPA=10,11;RU=CTT;ReadPosRankSum=0.049;SB=-6.224e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:54,52:106:12:1780,12,0 chrXVI 188685 . GA G 955.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=70.5987;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.97;RPA=3,2;RU=A;SB=-3.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,32:33:93:998,93,0 chrXVI 188703 . C CA 658.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.231;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=102.0376;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.693;QD=19.38;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.809;SB=-2.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,29:34:67:701,67,0 chrXVI 188788 . TA T 1233.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=26.0248;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;QD=24.68;RPA=4,3;RU=A;SB=-2.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,47:50:99:1276,141,0 chrXVI 192966 . 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AT A 1512.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=85;FS=3.198;HaplotypeScore=85.9376;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.11;MQ0=0;MQRankSum=0.464;QD=17.80;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.683;SB=-7.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,75:85:99:1555,187,0 chrXVI 202644 . C CT 796.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.193;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=60.6976;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.578;QD=16.60;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.289;SB=-3.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,38:48:85:839,85,0 chrXVI 209962 . ATTT A 2390.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=145.1663;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.26;MQ0=0;QD=38.56;RPA=11,8;RU=T;SB=-8.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,58:62:99:2433,172,0 chrXVI 210284 . T TC 2235.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=291.7247;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.24;MQ0=0;QD=32.88;SB=-7.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:68:99:2278,187,0 chrXVI 210518 . CA C 1277.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=28.5101;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.14;MQ0=0;QD=18.26;RPA=9,8;RU=A;SB=-5.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,66:70:99:1320,170,0 chrXVI 211972 . A ATAAGTGCTTAT 4147 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=369.4475;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.57;MQ0=0;QD=78.25;RPA=1,2;RU=TAAGTGCTTAT;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,22:53:99:4147,129,0 chrXVI 212033 . TTA T 2357.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=303.1328;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.31;MQ0=0;QD=38.03;RPA=2,1;RU=TA;SB=-7.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,56:62:99:2400,178,0 chrXVI 212045 . A AC 2691.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=331.4108;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.41;MQ0=0;QD=34.96;SB=-8.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:77:99:2734,217,0 chrXVI 215231 . A ATAT 3060.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=210.3734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.24;MQ0=0;QD=51.02;SB=-1.486e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,50:60:99:3103,169,0 chrXVI 215286 . C CA 2026.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=189.4940;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.99;MQ0=0;QD=27.39;RPA=3,4;RU=A;SB=-7.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,69:73:99:2069,210,0 chrXVI 215359 . AT A 1281.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=126.7915;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.56;MQ0=0;QD=27.87;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,37:46:99:1324,120,0 chrXVI 215689 . G GA 323 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.606;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=151.1305;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.664;QD=7.02;RPA=14,15;RU=A;ReadPosRankSum=0.779;SB=-1.262e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,13:45:18:362,0,18 chrXVI 228815 . G GA 2676.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=358.6335;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;QD=26.77;RPA=3,4;RU=A;SB=-6.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,87:100:99:2719,276,0 chrXVI 228832 . G GA 3959 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=300.0813;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=35.99;SB=-8.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,105:110:99:3959,313,0 chrXVI 239118 . GTATATATA G 2095.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=22.5183;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.62;MQ0=0;QD=43.67;RPA=10,6;RU=TA;SB=-8.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,28:48:78:2138,78,0 chrXVI 241565 . G GTGT 4923 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=234.5712;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.96;MQ0=0;QD=51.82;SB=-1.613e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,91:95:99:4923,274,0 chrXVI 241882 . TA T 2370.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=217.6555;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.48;MQ0=0;QD=26.64;RPA=4,3;RU=A;SB=-6.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,84:89:99:2413,235,0 chrXVI 246835 . GA G 378.42 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.769;DP=47;FS=7.718;HaplotypeScore=46.5215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.370;QD=8.05;RPA=15,14;RU=A;ReadPosRankSum=0.199;SB=-7.245e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,25:46:1:416,0,1 chrXVI 246962 . TA T 893.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=20.1409;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=15.15;RPA=8,7;RU=A;SB=-3.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,50:59:99:936,117,0 chrXVI 250580 . C CT 1052.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=13.6670;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.77;MQ0=0;QD=25.07;RPA=1,2;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:96:1095,96,0 chrXVI 252265 . ATCATCT A 205.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.065;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=1056.8105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.540;QD=3.27;ReadPosRankSum=2.232;SB=-9.800e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,16:63:99:245,0,104 chrXVI 252297 . CATCATT C 3734 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.190;DP=82;FS=26.301;HaplotypeScore=1250.1875;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.079;QD=45.54;ReadPosRankSum=-2.080;SB=-8.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,56:82:62:3734,62,0 chrXVI 252331 . A ATCT 4262 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.746;DP=117;FS=26.581;HaplotypeScore=1446.4158;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.308;QD=36.43;ReadPosRankSum=2.119;SB=-8.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,86:117:24:4262,24,0 chrXVI 254324 . T TA 2295.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=183.6760;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.44;MQ0=0;QD=27.66;SB=-1.063e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,74:83:99:2338,207,0 chrXVI 254760 . TG T 1422.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=369.7555;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.29;MQ0=0;QD=26.35;RPA=5,4;RU=G;SB=-6.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,49:54:99:1465,147,0 chrXVI 260986 . CT C 936.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=25.4952;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;QD=17.68;RPA=11,10;RU=T;SB=-2.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,47:53:99:979,132,0 chrXVI 276079 . CAT C 1123.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=20.5467;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=20.07;RPA=7,6;RU=AT;SB=-5.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,38:56:99:1166,102,0 chrXVI 276662 . T TTTC 1586.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.982;DP=82;FS=4.731;HaplotypeScore=26.7505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.10;MQ0=1;MQRankSum=-0.214;QD=19.35;RPA=9,10;RU=TTC;ReadPosRankSum=1.501;SB=-7.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,47:80:27:1626,0,27 chrXVI 281798 . TTTC T 2100.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=106.3872;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.71;MQ0=0;QD=35.61;RPA=2,1;RU=TTC;SB=-5.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,55:57:99:2143,165,0 chrXVI 282651 . CT C 994.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.247;DP=97;FS=8.491;HaplotypeScore=52.1758;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.421;QD=10.26;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.369;SB=-2.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,59:97:98:1037,98,0 chrXVI 286154 . TA T 1648.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=232.0248;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.45;MQ0=0;QD=21.42;RPA=8,7;RU=A;SB=-8.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,73:77:99:1691,210,0 chrXVI 292532 . C CG 1782.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=391.1904;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.89;MQ0=0;QD=25.11;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,66:71:99:1825,180,0 chrXVI 296837 . CT C 774.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.524;DP=88;FS=2.043;HaplotypeScore=66.1254;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.753;QD=8.81;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.788;SB=-4.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,41:88:56:817,56,0 chrXVI 298478 . A AT 642.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=320.4880;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.494;QD=22.17;ReadPosRankSum=-1.614;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,28:29:71:685,71,0 chrXVI 299725 . GA G 1041.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=189.8511;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.37;MQ0=0;QD=17.66;RPA=8,7;RU=A;SB=-3.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,48:59:99:1084,135,0 chrXVI 301276 . TA T 1654.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=439.5739;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.23;MQ0=0;QD=19.24;RPA=8,7;RU=A;SB=-7.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,81:86:99:1697,209,0 chrXVI 302994 . 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ATT A 2231.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=313.5615;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.67;MQ0=0;QD=36.00;RPA=4,2;RU=T;SB=-9.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,54:62:99:2274,162,0 chrXVI 324163 . CAA C 1064.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=236.1039;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.86;MQ0=0;QD=29.58;RPA=9,7;RU=A;SB=-3.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,33:36:99:1107,99,0 chrXVI 326302 . T TTA 2498.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=458.2165;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.85;MQ0=0;QD=36.22;SB=-5.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,60:69:99:2541,184,0 chrXVI 327668 . GA G 1209.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=88.6188;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=18.61;RPA=10,9;RU=A;SB=-3.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,57:65:99:1252,166,0 chrXVI 329095 . GA G 276.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=27.9176;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=14.58;RPA=10,9;RU=A;SB=-1.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,17:19:42:319,42,0 chrXVI 338812 . GA G 1458.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=127.0954;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.36;MQ0=0;QD=20.55;RPA=8,7;RU=A;SB=-7.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,68:71:99:1501,188,0 chrXVI 345518 . C CA 1796.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.363;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=27.5535;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.640;QD=22.18;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.594;SB=-7.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,76:81:99:1839,201,0 chrXVI 347675 . AG A 1241.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=206.0777;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.56;MQ0=0;QD=19.71;RPA=9,8;RU=G;SB=-2.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,51:63:99:1284,147,0 chrXVI 348398 . G GA 1897.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.601;DP=105;FS=2.792;HaplotypeScore=186.3792;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.396;QD=18.08;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.191;SB=-5.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,86:105:99:1940,205,0 chrXVI 359454 . G GTT 1047.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=215.1818;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.07;MQ0=0;QD=33.81;RPA=2,4;RU=T;SB=-3.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,29:31:90:1090,90,0 chrXVI 359487 . G GTT 473.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.114;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=220.1201;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.867;QD=12.47;RPA=13,15;RU=T;ReadPosRankSum=0.495;SB=-2.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,8:38:43:516,43,0 chrXVI 359549 . GA G 614.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=177.7287;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.47;MQ0=0;QD=15.37;RPA=10,9;RU=A;SB=-9.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,32:40:87:657,87,0 chrXVI 359654 . ATT A 659.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=199.1695;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.50;MQ0=0;QD=18.33;RPA=10,8;RU=T;SB=-3.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,23:36:66:702,66,0 chrXVI 359898 . C CA 1341.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=139.6860;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.97;MQ0=0;QD=20.97;RPA=6,7;RU=A;SB=-2.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,54:64:99:1384,159,0 chrXVI 361642 . A ATT 2622.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=123.9588;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.77;MQ0=0;QD=28.82;RPA=7,9;RU=T;SB=-7.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,81:91:99:2665,232,0 chrXVI 370796 . CT C 1649.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=44.8711;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.70;MQ0=0;QD=16.18;RPA=11,10;RU=T;SB=-6.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,80:102:99:1692,226,0 chrXVI 373283 . A ACAT 1727.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=34.4782;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.68;MQ0=0;QD=42.15;RPA=3,4;RU=CAT;SB=-9.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,37:41:99:1770,111,0 chrXVI 377078 . C CTT 1287.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.205;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=98.6835;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.20;MQ0=0;MQRankSum=0.753;QD=24.77;RPA=9,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.506;SB=-1.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,38:52:96:1330,96,0 chrXVI 378890 . G GCAATTTTACAC 5184 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=99.7182;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.69;MQ0=0;QD=112.70;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,32:46:99:5184,132,0 chrXVI 379426 . ATTG A 3468 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=187.2481;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.93;MQ0=0;QD=26.88;RPA=5,4;RU=TTG;SB=-1.364e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,83:129:99:3468,241,0 chrXVI 381613 . AC A 359.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=27.5584;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.89;MQ0=0;QD=30.00;SB=-3.900e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:33:402,33,0 chrXVI 383323 . GA G 1647.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.959;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=170.6026;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.96;MQ0=0;MQRankSum=1.720;QD=17.91;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.020;SB=-8.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,79:92:99:1690,192,0 chrXVI 386559 . AT A 538.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.584;DP=43;FS=2.872;HaplotypeScore=32.3647;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.63;MQ0=0;MQRankSum=0.895;QD=12.53;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.428;SB=-2.484e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,29:43:46:581,46,0 chrXVI 393885 . GCCGGTT G 5187 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=35.1310;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;QD=76.28;SB=-1.226e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,65:68:99:5187,196,0 chrXVI 396604 . CT C 1054.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=19.1044;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.94;MQ0=0;QD=19.90;RPA=10,9;RU=T;SB=-2.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:53:99:1097,141,0 chrXVI 404730 . AT A 516.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=72.3389;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.53;MQ0=0;QD=21.54;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,19:24:59:559,59,0 chrXVI 404733 . AT A 200.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=103.9108;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.53;MQ0=0;QD=8.37;RPA=8,7;RU=T;SB=-9.396e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,12:24:35:243,35,0 chrXVI 406582 . GA G 3058.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=44.4708;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=25.28;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.347e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,115:121:99:3101,316,0 chrXVI 406826 . G GA 3016.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=244.7975;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.33;MQ0=0;QD=32.79;SB=-9.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,77:92:99:3059,250,0 chrXVI 406959 . G GT 2805.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=504.9584;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.52;MQ0=0;QD=23.98;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.189e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,112:117:99:2848,333,0 chrXVI 407659 . CAT C 6142 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=150.4479;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;QD=40.95;RPA=2,1;RU=AT;SB=-2.605e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,145:150:99:6142,427,0 chrXVI 409092 . TA T 2630.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=30.0915;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.24;MQ0=0;QD=30.95;SB=-9.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,83:85:99:2673,244,0 chrXVI 411655 . GC G 1664.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=26.9430;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=32.02;RPA=2,1;RU=C;SB=-7.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:52:99:1707,147,0 chrXVI 426048 . GA G 1625.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=45.2039;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.37;MQ0=0;QD=19.13;RPA=9,8;RU=A;SB=-6.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,72:85:99:1668,212,0 chrXVI 427810 . GA G 552.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=24.8316;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.84;RPA=7,6;RU=A;SB=-2.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,25:31:72:595,72,0 chrXVI 431638 . CA C 1174.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=274.2591;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.05;MQ0=0;QD=16.79;RPA=9,8;RU=A;SB=-5.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,64:70:99:1217,155,0 chrXVI 431787 . T TA 1853.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=322.3581;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.98;MQ0=0;QD=26.11;RPA=3,4;RU=A;SB=-7.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1896,192,0 chrXVI 432333 . G GAT 2490.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=130.6539;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.46;MQ0=0;QD=45.29;SB=-9.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:55:99:2533,154,0 chrXVI 436384 . A AT 2146.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=242.7476;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.62;MQ0=0;QD=33.03;SB=-1.042e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,62:65:99:2189,177,0 chrXVI 436612 . A AC 1322.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=23.4173;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.97;MQ0=0;QD=25.44;RPA=4,5;RU=C;SB=-5.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,47:52:99:1365,138,0 chrXVI 444542 . C CT 1802.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=28.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.13;MQ0=0;QD=24.36;RPA=5,6;RU=T;SB=-4.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,70:74:99:1845,201,0 chrXVI 450415 . AC A 2485.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=396.9430;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.23;MQ0=0;QD=29.25;RPA=2,1;RU=C;SB=-4.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,70:85:99:2528,231,0 chrXVI 451141 . T TG 2522.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=126.6466;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.29;MQ0=0;QD=36.56;SB=-1.107e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,68:69:99:2565,202,0 chrXVI 451804 . A AT 726.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.968;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=74.3387;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.96;MQ0=0;MQRankSum=0.725;QD=17.73;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.863;SB=-7.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,35:41:61:769,61,0 chrXVI 453577 . GCGCGA G 615.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=16.4025;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.11;MQ0=0;QD=41.06;RPA=4,3;RU=CGCGA;SB=-1.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,10:15:30:658,30,0 chrXVI 453643 . G GGGGGAA 906.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=70.8043;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.24;MQ0=0;QD=69.77;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:13:39:949,39,0 chrXVI 453822 . GTAGTCGCTTTCC G 4220 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=72.8180;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.41;MQ0=0;QD=72.76;RPA=2,1;RU=TAGTCGCTTTCC;SB=-1.788e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,44:58:99:4220,126,0 chrXVI 455066 . TC T 3368 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=632.4561;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.16;MQ0=0;QD=30.90;SB=-1.572e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,94:109:99:3368,274,0 chrXVI 455090 . GA G 1269.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=648.9009;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.21;MQ0=0;QD=19.24;RPA=8,7;RU=A;SB=-3.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,55:66:99:1312,156,0 chrXVI 455132 . CT C 885.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=293.2353;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.29;MQ0=0;QD=17.04;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,45:52:99:928,117,0 chrXVI 455694 . CTACTAT C 598.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=99.9980;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.51;MQ0=0;QD=23.04;RPA=3,2;RU=TACTAT;SB=-4.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,18:26:42:641,42,0 chrXVI 456671 . GC G 1451.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=152.8286;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=29.04;RPA=4,3;RU=C;SB=-5.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,45:50:99:1494,144,0 chrXVI 456724 . A ATT 2375.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=72.6186;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.93;MQ0=0;QD=39.60;RPA=1,3;RU=T;SB=-2.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,55:60:99:2418,172,0 chrXVI 458616 . A AT 1311.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.538;DP=97;FS=9.457;HaplotypeScore=167.4356;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=1.373;QD=13.53;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.263;SB=-3.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,56:97:99:1354,99,0 chrXVI 462407 . TGTGTGTGTGAGTGC T 7090 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=26.4252;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.79;MQ0=1;QD=109.08;SB=-1.375e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,57:64:99:7090,166,0 chrXVI 462794 . T TTTGTGC 5442 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.360;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=374.3751;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.062;QD=44.98;RPA=2,3;RU=TTGTGC;ReadPosRankSum=-0.466;SB=-2.428e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:56,64:121:99:5442,269,0 chrXVI 466439 . CT C 2973.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=432.6138;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.07;MQ0=0;QD=31.64;SB=-1.018e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,92:94:99:3016,268,0 chrXVI 480185 . GT G 2840.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=82.9572;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.02;MQ0=0;QD=29.29;RPA=3,2;RU=T;SB=-4.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,86:97:99:2883,265,0 chrXVI 480253 . CA C 1861.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=315.8599;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.82;MQ0=0;QD=19.00;RPA=8,7;RU=A;SB=-4.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,88:98:99:1904,242,0 chrXVI 480290 . AC A 1825.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.956;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=189.5077;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.62;MQ0=0;MQRankSum=0.400;QD=22.27;ReadPosRankSum=-0.191;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,41:82:99:1868,203,0 chrXVI 480503 . CA C 2416.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=289.6932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.70;MQ0=0;QD=32.66;RPA=2,1;RU=A;SB=-4.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2459,213,0 chrXVI 481223 . GCA G 1803.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=22.0104;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.84;MQ0=0;QD=36.82;RPA=2,1;RU=CA;SB=-1.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,48:49:99:1846,141,0 chrXVI 481304 . AT A 242.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.898;DP=25;FS=2.695;HaplotypeScore=23.1334;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQ0=0;MQRankSum=0.520;QD=9.72;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.331;SB=-8.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,15:25:34:282,0,34 chrXVI 482069 . CT C 707.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=11.7498;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=17.70;RPA=9,8;RU=T;SB=-3.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,33:40:96:750,96,0 chrXVI 482409 . G GA 713.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.457;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=39.9978;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.249;QD=14.00;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.746;SB=-3.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,40:51:59:756,59,0 chrXVI 482775 . CT C 1292.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.298;DP=87;FS=2.783;HaplotypeScore=39.8187;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=0.855;QD=14.86;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.399;SB=-5.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,59:87:99:1335,144,0 chrXVI 485926 . T TGA 1549.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=476.4807;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.42;MQ0=0;QD=29.24;SB=-6.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,29:53:99:1592,144,0 chrXVI 485941 . C CACACAA 3048.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.734;DP=65;FS=2.126;HaplotypeScore=409.5499;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.102;QD=46.91;ReadPosRankSum=2.375;SB=-1.374e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,46:65:99:3091,143,0 chrXVI 488778 . CA C 516.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=9.1894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.46;RPA=9,8;RU=A;SB=-4.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,26:28:72:559,72,0 chrXVI 490095 . A ATTGGGCTTGAGC 5204 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=101.0824;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.84;MQ0=0;QD=70.32;RPA=1,2;RU=TTGGGCTTGAGC;SB=-1.660e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,58:74:99:5204,166,0 chrXVI 491607 . A ACT 1685.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=18.7161;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;QD=33.72;RPA=2,3;RU=CT;SB=-3.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,40:50:99:1728,129,0 chrXVI 500407 . C CT 3199.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=248.9273;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.99;MQ0=0;QD=32.00;SB=-1.211e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:100:99:3242,292,0 chrXVI 500581 . G GAAAA 3687 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=138.2239;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.52;MQ0=0;QD=38.41;RPA=8,12;RU=A;SB=-1.183e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,44:96:99:3687,237,0 chrXVI 503384 . AG A 88.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.206;DP=31;FS=29.863;HaplotypeScore=78.7808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=1.608;QD=2.87;ReadPosRankSum=-2.103;SB=-3.002e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,13:29:96:128,0,96 chrXVI 510161 . CT C 1050.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=20.8209;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.59;MQ0=0;QD=19.11;RPA=7,6;RU=T;SB=-4.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,49:55:99:1093,132,0 chrXVI 511831 . TA T 929.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=10.4449;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.05;MQ0=0;QD=27.35;SB=-7.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,32:34:93:972,93,0 chrXVI 520684 . T TA 2034.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=24.2600;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.47;MQ0=0;QD=27.13;RPA=1,2;RU=A;SB=-3.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,72:75:99:2077,183,0 chrXVI 521078 . CCAATAACAATAA C 1426.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=28.9339;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.95;MQ0=0;QD=118.91;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36:1469,36,0 chrXVI 522083 . A AACAACC 4916 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.883;DP=121;FS=8.904;HaplotypeScore=1281.1830;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.27;MQ0=0;MQRankSum=1.281;QD=40.63;ReadPosRankSum=-4.262;SB=-1.574e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,43:121:99:4916,0,498 chrXVI 526860 . T TGTAGAAGCGGTGACAACA 11491 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=202.6736;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.26;MQ0=0;QD=149.23;SB=-2.968e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,60:77:99:11491,196,0 chrXVI 529418 . GTA G 2156.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=92.1980;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.82;MQ0=0;QD=31.26;RPA=3,2;RU=TA;SB=-5.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,62:68:99:2199,168,0 chrXVI 535682 . T TTA 379.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=12.3304;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.34;MQ0=0;QD=10.00;RPA=5,6;RU=TA;SB=-7.699e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,17:38:33:422,33,0 chrXVI 536756 . C CTCT 2244.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;DP=71;FS=3.382;HaplotypeScore=261.5103;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.07;MQ0=0;MQRankSum=1.810;QD=31.62;RPA=7,8;RU=TCT;ReadPosRankSum=-1.207;SB=-1.024e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,61:71:99:2287,144,0 chrXVI 544046 . CA C 2166.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=118.5132;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.33;MQ0=0;QD=27.09;RPA=4,3;RU=A;SB=-7.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,79:80:99:2209,228,0 chrXVI 555919 . G GAT 399.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=26.3404;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.00;MQ0=0;QD=33.33;RPA=2,3;RU=AT;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,11:12:33:442,33,0 chrXVI 556007 . T TC 70.48 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=66.4611;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.07;MQ0=0;QD=11.75;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,5:6:12:112,12,0 chrXVI 556031 . 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TG T 175.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.747;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=391.7784;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.54;MQ0=11;MQRankSum=-0.747;QD=9.26;ReadPosRankSum=0.747;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,7:8:3:215,3,0 chrXVI 560565 . T TG 227.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=376.0371;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.60;MQ0=12;QD=11.95;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,7:7:21:269,21,0 chrXVI 560570 . TA T 224.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=376.3583;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.60;MQ0=12;QD=11.79;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,7:7:21:266,21,0 chrXVI 560577 . AG A 224.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=376.3753;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.27;MQ0=12;QD=10.18;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,7:7:21:266,21,0 chrXVI 560586 . CG C 232.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=375.4821;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.19;MQ0=11;QD=8.92;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,7:7:21:274,21,0 chrXVI 560591 . T TG 221.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=376.6453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.15;MQ0=10;QD=7.89;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,7:7:21:263,21,0 chrXVI 560602 . TG T 192.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=379.5548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.16;MQ0=8;QD=6.62;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,7:7:21:234,21,0 chrXVI 560812 . A AT 126.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=35.8574;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.65;MQ0=0;QD=18.03;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:7:15:168,15,0 chrXVI 563511 . C CGTATTACTT 5922 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=222.0258;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.29;MQ0=0;QD=38.21;RPA=2,3;RU=GTATTACTT;SB=-2.571e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,118:155:99:5922,342,0 chrXVI 564015 . AT A 1464.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=21.5562;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.37;MQ0=0;QD=25.26;RPA=3,2;RU=T;SB=-2.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,53:58:99:1507,141,0 chrXVI 565213 . CATATACA C 4079 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=182.8030;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.09;MQ0=0;QD=71.56;SB=-1.382e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,53:57:99:4079,147,0 chrXVI 565687 . G GC 1159.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=164.2506;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.84;MQ0=0;QD=32.22;SB=-5.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,34:35:99:1202,105,0 chrXVI 569007 . CTAGAAAAGTCGAAATCGATATTA C 7848 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=98.3510;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.34;MQ0=0;QD=174.40;SB=-3.352e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,36:45:99:7848,108,0 chrXVI 572340 . A AT 1060.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=109.3138;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.05;MQ0=0;QD=18.29;RPA=5,6;RU=T;SB=-2.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,57:43:99:1103,123,0 chrXVI 572731 . G GAAA 476.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=10.7271;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.70;MQ0=0;QD=22.71;RPA=10,13;RU=A;SB=-1.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,15:21:42:519,42,0 chrXVI 572996 . G GA 1105.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.109;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=30.8404;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.66;MQ0=0;MQRankSum=0.139;QD=17.55;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.386;SB=-3.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,52:63:99:1148,127,0 chrXVI 575799 . T TC 1265.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=273.7566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.63;MQ0=0;QD=25.32;RPA=4,5;RU=C;SB=-4.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,44:50:99:1308,129,0 chrXVI 575833 . A ATACTGCTCACT 3122.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=209.5913;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.53;MQ0=0;QD=82.18;RPA=1,2;RU=TACTGCTCACT;SB=-1.184e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,21:38:93:3165,93,0 chrXVI 576354 . AT A 1216.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=195.6765;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.03;MQ0=0;QD=21.73;RPA=8,7;RU=T;SB=-4.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,54:56:99:1259,156,0 chrXVI 581372 . C CA 639.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=250.2415;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.45;MQ0=0;QD=24.61;RPA=2,3;RU=A;SB=-5.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:72:682,72,0 chrXVI 581587 . AC A 743.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=561.1369;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.92;MQ0=0;QD=24.00;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:31:84:786,84,0 chrXVI 581589 . TCG T 1023.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=504.7590;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=36.57;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:84:1066,84,0 chrXVI 581621 . C CT 1103.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=744.7429;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.38;MQ0=0;QD=22.08;RPA=6,7;RU=T;SB=-2.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,47:50:99:1146,129,0 chrXVI 581678 . CT C 1093.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=455.7122;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.60;MQ0=0;QD=26.05;RPA=3,2;RU=T;SB=-3.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,39:42:99:1136,108,0 chrXVI 582137 . C CT 1314.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=233.4063;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.90;MQ0=0;QD=21.92;RPA=6,7;RU=T;SB=-5.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,53:60:99:1357,153,0 chrXVI 585589 . AT A 1955.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=235.8292;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;QD=28.76;RPA=3,2;RU=T;SB=-9.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,66:68:99:1998,189,0 chrXVI 586599 . GAA G 1056.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=66.5132;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.99;MQ0=0;QD=22.49;RPA=13,11;RU=A;SB=-4.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,36:47:99:1099,108,0 chrXVI 587000 . T TTTA 2330.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=139.3684;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.74;MQ0=0;QD=42.38;SB=-1.174e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:2373,153,0 chrXVI 587301 . C CT 1540.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=17.4635;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.16;MQ0=0;QD=30.82;RPA=1,2;RU=T;SB=-7.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,42:49:99:1583,135,0 chrXVI 587395 . C CT 1771.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=24.1175;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.38;MQ0=0;QD=20.14;RPA=6,7;RU=T;SB=-5.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,71:88:99:1814,207,0 chrXVI 589365 . A AATGTT 3508 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.022;DP=87;FS=20.792;HaplotypeScore=698.2925;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.08;MQ0=0;MQRankSum=-3.137;QD=40.32;ReadPosRankSum=4.521;SB=-1.526e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,42:87:99:3508,103,0 chrXVI 589367 . C CATG 2638.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=730.6154;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.86;MQ0=0;QD=36.15;SB=-1.205e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,42:73:99:2681,197,0 chrXVI 589492 . T TG 1722.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=286.8091;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.18;MQ0=0;QD=35.16;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1765,138,0 chrXVI 589866 . G GT 1503.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=746.0234;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.30;MQ0=0;QD=27.34;RPA=2,3;RU=T;SB=-5.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,48:55:99:1546,147,0 chrXVI 589884 . TAC T 1632.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=573.5152;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.77;MQ0=0;QD=31.40;SB=-5.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,37:52:99:1675,108,0 chrXVI 589896 . C CA 1158.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=474.9044;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.29;MQ0=0;QD=22.72;SB=-4.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,23:51:99:1201,128,0 chrXVI 589924 . A AT 1608.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=217.6876;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.30;MQ0=0;QD=29.25;RPA=1,2;RU=T;SB=-7.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,50:55:99:1651,141,0 chrXVI 591382 . G GCT 1546.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=53.2615;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.58;MQ0=0;QD=37.73;RPA=1,2;RU=CT;SB=-6.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,38:41:99:1589,114,0 chrXVI 592129 . G GAA 893.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.155;DP=64;FS=5.517;HaplotypeScore=244.8710;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.254;QD=13.97;RPA=14,16;RU=A;ReadPosRankSum=-1.211;SB=-1.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,24:64:61:936,61,0 chrXVI 600560 . GAA G 1150.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.604;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=98.7736;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=1.007;QD=20.19;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.846;SB=-3.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,46:57:99:1193,122,0 chrXVI 606364 . ATTGTTG A,ATTG 2102.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=177.2833;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=41.98;MQ0=3;QD=37.55;RPA=7,5,6;RU=TTG;SB=-7.395e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:20,26,0:50:94:2181,198,94,1085,0,982 chrXVI 606386 . CTGT C 2292.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.055;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=286.8864;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.90;MQ0=3;MQRankSum=-0.637;QD=34.22;ReadPosRankSum=2.770;SB=-7.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,53:61:99:2335,151,0 chrXVI 607467 . GAAAA G 1838.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=88.9720;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.69;MQ0=0;QD=37.53;RPA=14,10;RU=A;SB=-9.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,39:49:99:1881,120,0 chrXVI 607677 . T TA 1541.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=15.4869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.92;MQ0=0;QD=33.52;SB=-4.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,43:46:99:1584,123,0 chrXVI 607820 . CTTT C 1241.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.314;DP=60;FS=5.027;HaplotypeScore=109.7853;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=2.175;QD=20.70;RPA=15,12;RU=T;ReadPosRankSum=2.314;SB=-3.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,29:60:96:1284,96,0 chrXVI 607997 . CTTT C 1576.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=168.4466;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.03;MQ0=0;QD=28.16;RPA=14,11;RU=T;SB=-6.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,37:56:99:1619,123,0 chrXVI 608694 . G GC 2466.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=178.5618;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.06;MQ0=0;QD=33.34;SB=-7.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2509,202,0 chrXVI 610229 . CT C 1388.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=180.6060;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.31;MQ0=0;QD=21.37;RPA=5,4;RU=T;SB=-6.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,63:65:99:1431,156,0 chrXVI 614770 . G GGTTATT 3385 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=165.1295;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.45;MQ0=0;QD=62.69;RPA=1,2;RU=GTTATT;SB=-1.514e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,40:54:99:3385,132,0 chrXVI 615022 . CA C 2335.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=56.4780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.82;MQ0=0;QD=27.81;RPA=4,3;RU=A;SB=-8.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:84:99:2378,243,0 chrXVI 615257 . T TA 484.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.939;DP=90;FS=1.265;HaplotypeScore=176.3559;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.447;QD=5.39;RPA=17,18;RU=A;ReadPosRankSum=0.570;SB=-1.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,22:90:99:524,0,158 chrXVI 619088 . G GAT 1768.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=295.9407;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.41;MQ0=0;QD=26.80;RPA=4,5;RU=AT;SB=-7.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,44:66:99:1811,138,0 chrXVI 619145 . T TC 1223.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.594;DP=53;FS=3.188;HaplotypeScore=364.5545;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.386;QD=23.09;ReadPosRankSum=1.663;SB=-5.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,45:53:99:1266,131,0 chrXVI 619148 . T TTC 1591.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.257;DP=54;FS=3.096;HaplotypeScore=329.1081;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.24;MQ0=0;MQRankSum=0.510;QD=29.48;ReadPosRankSum=1.597;SB=-8.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,44:54:99:1634,141,0 chrXVI 619424 . AT A 911.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=237.7559;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.59;MQ0=0;QD=21.21;RPA=6,5;RU=T;SB=-4.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,39:43:99:954,111,0 chrXVI 619445 . TA T 734.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=282.2522;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.61;MQ0=0;QD=18.37;RPA=7,6;RU=A;SB=-3.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,35:40:93:777,93,0 chrXVI 619782 . TG T 1464.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=204.5827;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.22;MQ0=0;QD=34.88;SB=-4.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:1507,123,0 chrXVI 619939 . ATCGTCCCCAGTTTTTCC A 5043 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=249.2653;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.20;MQ0=0;QD=102.92;SB=-9.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,41:49:99:5043,120,0 chrXVI 621826 . T TAAAA 2589.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=95.3786;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.38;MQ0=0;QD=45.44;RPA=2,6;RU=A;SB=-5.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,46:57:99:2632,135,0 chrXVI 621903 . CA C 407.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.445;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=112.3426;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.77;MQ0=0;MQRankSum=0.289;QD=8.68;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.000;SB=-2.218e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,24:47:47:450,47,0 chrXVI 622396 . AT A 711.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=215.1942;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.27;MQ0=0;QD=28.48;RPA=4,3;RU=T;SB=-2.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:75:754,75,0 chrXVI 623198 . GA G 451.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.125;DP=55;FS=4.079;HaplotypeScore=104.8439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.867;QD=8.22;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.384;SB=-1.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,34:55:70:491,0,70 chrXVI 623272 . A AT 925.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=205.3953;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.81;MQ0=0;QD=20.13;RPA=7,8;RU=T;SB=-4.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,38:46:99:968,114,0 chrXVI 623394 . A AT 823.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=28.4523;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.31;MQ0=0;QD=18.73;RPA=1,2;RU=T;SB=-3.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,23:44:85:866,85,0 chrXVI 627564 . C CT 682.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.340;DP=45;FS=7.014;HaplotypeScore=175.4888;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.320;QD=15.18;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.189;SB=-2.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,32:45:53:725,53,0 chrXVI 630425 . CAAATGG C 5506 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=270.0324;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.88;MQ0=0;QD=67.98;SB=-2.735e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,77:81:99:5506,232,0 chrXVI 631326 . T TACCTATGCTAGTTTCC 5151 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=35.7420;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=177.62;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,27:29:84:5151,84,0 chrXVI 637334 . C CAT 5560 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=160.7379;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.57;MQ0=0;QD=36.10;RPA=1,2;RU=AT;SB=-1.194e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,147:154:99:5560,397,0 chrXVI 639136 . G GA 669.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.436;DP=51;FS=3.854;HaplotypeScore=79.4936;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=0.842;QD=13.14;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.248;SB=-2.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,25:51:78:712,78,0 chrXVI 639360 . T TA 318.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.730;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=243.4178;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.184;QD=6.93;ReadPosRankSum=1.693;SB=-1.356e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,17:46:6:359,6,0 chrXVI 643570 . CT C 294.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.349;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=44.7539;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.542;QD=12.82;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.771;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,19:23:29:337,29,0 chrXVI 643732 . GAA G 344.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=20.2283;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.27;MQ0=0;QD=12.32;RPA=13,11;RU=A;SB=-3.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,14:28:36:387,36,0 chrXVI 645576 . G GCCTGCCGAAAACCA 1970.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=18.3828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.01;MQ0=0;QD=73.00;RPA=1,2;RU=CCTGCCGAAAACCA;SB=-6.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,13:27:40:2013,40,0 chrXVI 646234 . CTT C 725.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.491;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=81.2744;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.491;QD=24.20;RPA=14,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.223;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,22:30:76:768,76,0 chrXVI 646415 . T TTAC 2060.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=104.9363;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.99;MQ0=0;QD=41.22;RPA=1,2;RU=TAC;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,47:50:99:2103,135,0 chrXVI 650129 . T TA 76 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=6.33;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=0.000;SB=-2.301e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:12:19:115,0,19 chrXVI 650390 . GAA G 374.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=34.8465;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.95;MQ0=0;QD=26.78;RPA=12,10;RU=A;SB=-6.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:39:417,39,0 chrXVI 653960 . T TTTTTA 2461.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=255.2712;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.01;MQ0=0;QD=50.24;SB=-1.165e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,32:49:99:2504,123,0 chrXVI 653978 . G GA 1541.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=391.0795;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.33;MQ0=0;QD=23.36;RPA=3,4;RU=A;SB=-5.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,60:66:99:1584,162,0 chrXVI 654104 . TG T 1955.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=179.2712;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.10;MQ0=0;QD=29.19;RPA=2,1;RU=G;SB=-7.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,64:67:99:1998,189,0 chrXVI 654112 . 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TG T 1891.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=237.9849;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.59;MQ0=0;QD=28.24;RPA=3,2;RU=G;SB=-4.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,66:67:99:1934,192,0 chrXVI 692459 . C CA 2042.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=246.8497;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;QD=24.91;RPA=5,6;RU=A;SB=-9.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,75:82:99:2085,228,0 chrXVI 695616 . TAA T,TA 857.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.353;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=254.0220;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.432;QD=13.20;RPA=15,13,14;RU=A;ReadPosRankSum=0.118;SB=-2.699e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:14,9,0:65:99:936,328,261,214,0,99 chrXVI 696343 . A ATCATCCTCATCGTCT 5699 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=184.7919;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.18;MQ0=0;QD=59.99;RPA=1,2;RU=TCATCCTCATCGTCT;SB=-2.265e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,78:95:99:5699,219,0 chrXVI 698526 . 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CTTTATTCGTT C 2419.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=70.3887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.68;MQ0=0;QD=83.45;RPA=2,1;RU=TTTATTCGTT;SB=-3.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,22:29:66:2462,66,0 chrXVI 741423 . CCAG C 4251 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=145.7202;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.03;MQ0=0;QD=51.22;SB=-1.070e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,81:83:99:4251,244,0 chrXVI 744003 . GA G 1670.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=229.3934;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.32;MQ0=0;QD=26.95;RPA=4,3;RU=A;SB=-7.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:62:99:1713,174,0 chrXVI 746899 . AT A 1371.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=74.6246;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.30;MQ0=0;QD=22.49;RPA=6,5;RU=T;SB=-6.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,56:61:99:1414,165,0 chrXVI 747276 . AAT A 2092.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=23.8226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.14;MQ0=0;QD=34.31;RPA=2,1;RU=AT;SB=-9.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,55:61:99:2135,150,0 chrXVI 753208 . G GA 1072.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=258.9498;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.17;MQ0=0;QD=21.04;RPA=5,6;RU=A;SB=-2.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,36:51:99:1115,126,0 chrXVI 753245 . GCCCCC G 3339 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=116.8732;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.65;MQ0=0;QD=61.83;RPA=11,6;RU=C;SB=-1.123e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,50:54:99:3339,151,0 chrXVI 754378 . TGGG T 2979.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=32.1078;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.22;MQ0=0;QD=35.48;RPA=10,7;RU=G;SB=-8.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,69:84:99:3022,199,0 chrXVI 758471 . G GT 1080.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=154.2116;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.75;MQ0=0;QD=18.96;RPA=6,7;RU=T;SB=-3.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,51:57:99:1123,129,0 chrXVI 767576 . AT A 1104.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=63.7463;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.33;MQ0=0;QD=18.11;RPA=10,9;RU=T;SB=-1.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,52:61:99:1147,152,0 chrXVI 770513 . G GA 1818.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=26.2102;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=25.99;RPA=3,4;RU=A;SB=-8.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,62:70:99:1861,189,0 chrXVI 770637 . T TA 2413.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=444.9468;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.36;MQ0=0;QD=31.35;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.046e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,71:77:99:2456,211,0 chrXVI 770676 . 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TC T 2171.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=435.5520;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.31;MQ0=0;QD=28.21;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,75:77:99:2214,225,0 chrXVI 798028 . G GC 2589.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=22.8685;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=35.00;SB=-7.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,72:74:99:2632,205,0 chrXVI 800320 . TCTGTTG T 3689 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=138.3810;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.33;MQ0=0;QD=67.07;SB=-1.043e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,53:55:99:3689,144,0 chrXVI 802209 . GAA G 482.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.349;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=78.6998;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.58;MQ0=0;MQRankSum=0.964;QD=16.65;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.349;SB=-1.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,23:29:49:525,49,0 chrXVI 804552 . T TGAG 4835 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=74.8976;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.31;MQ0=0;QD=49.85;SB=-2.107e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,91:97:99:4835,271,0 chrXVI 810751 . A AT 511.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=130.5235;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.73;MQ0=0;QD=18.96;RPA=6,7;RU=T;SB=-2.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,21:27:63:554,63,0 chrXVI 812473 . G GT 1048.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=81.2432;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.68;MQ0=0;QD=19.79;RPA=4,5;RU=T;SB=-3.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,38:53:99:1091,117,0 chrXVI 812491 . TA T 684.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=96.5380;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=19.57;RPA=10,9;RU=A;SB=-2.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,32:35:96:727,96,0 chrXVI 814358 . CA C 552.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.502;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=26.8749;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.578;QD=15.80;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.693;SB=-1.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,31:35:65:595,65,0 chrXVI 814896 . A AGAAAGTAAG 5210 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=18.7959;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.73;MQ0=0;QD=98.30;SB=-1.780e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:53:99:5210,156,0 chrXVI 818083 . A AT 1760.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=156.1138;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.51;MQ0=0;QD=23.17;RPA=7,8;RU=T;SB=-5.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,74:76:99:1803,210,0 chrXVI 819415 . TTC T 2296.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=368.1333;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.50;MQ0=0;QD=39.60;RPA=2,1;RU=TC;SB=-8.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,57:58:99:2339,169,0 chrXVI 819619 . 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CT C 1592.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=295.4082;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.60;MQ0=0;QD=20.96;RPA=7,6;RU=T;SB=-5.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,68:76:99:1635,198,0 chrXVI 829386 . TA T 1280.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=228.3188;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.56;MQ0=0;QD=23.29;RPA=4,3;RU=A;SB=-3.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,48:55:99:1323,141,0 chrXVI 830975 . CTATTAT C 3537 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=29.7188;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.58;MQ0=0;QD=49.13;RPA=7,5;RU=TAT;SB=-1.344e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,62:72:99:3537,144,0 chrXVI 832918 . CTTCGT C 2447.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.180;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=833.6280;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.10;MQ0=0;MQRankSum=-4.408;QD=21.86;ReadPosRankSum=6.049;SB=-5.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,54:112:99:2487,0,2432 chrXVI 832925 . TTCCTCCC T 3460 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.651;DP=103;FS=1.950;HaplotypeScore=669.5733;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.74;MQ0=0;MQRankSum=-5.679;QD=33.59;ReadPosRankSum=6.102;SB=-8.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,54:103:99:3460,0,2129 chrXVI 835077 . CCAA C 2113.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=37.2029;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.10;MQ0=0;QD=26.76;RPA=8,7;RU=CAA;SB=-1.006e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,53:79:99:2156,153,0 chrXVI 837643 . AT A 301.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.542;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=55.9761;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=1.542;QD=13.13;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.542;SB=-1.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,19:23:49:344,49,0 chrXVI 837870 . A AT 1102.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=74.2210;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.12;MQ0=0;QD=22.06;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:47:99:1145,129,0 chrXVI 844169 . 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C CA 3300 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=186.8771;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.58;MQ0=0;QD=34.74;SB=-1.345e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:95:99:3300,268,0 chrXVI 883061 . ATGC A 3681 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=250.7154;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.46;MQ0=0;QD=38.34;RPA=2,1;RU=TGC;SB=-1.272e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,78:96:99:3681,223,0 chrXVI 886454 . GTT G 350.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.709;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=42.9315;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.46;MQ0=0;MQRankSum=0.520;QD=10.64;RPA=16,14;RU=T;ReadPosRankSum=1.087;SB=-1.039e-03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,17:33:39:393,39,0 chrXVI 887933 . ATT A,AT 697.58 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.041;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=57.6171;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.75;MQ0=0;MQRankSum=1.223;QD=8.11;RPA=15,13,14;RU=T;ReadPosRankSum=1.333;SB=-3.176e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:43,5,0:86:44:775,553,709,115,0,44 chrXVI 895946 . A AG 2972.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=165.3514;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.99;MQ0=0;QD=36.26;SB=-1.490e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:82:99:3015,235,0 chrXVI 897038 . C CA 1653.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.600;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=31.1428;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.285;QD=20.94;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.017;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,74:79:99:1696,170,0 chrXVI 899836 . A AG 2769.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=44.2569;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=28.56;RPA=2,3;RU=G;SB=-1.043e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,92:97:99:2812,268,0 chrXVI 899972 . TG T 2013.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=481.9280;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.98;MQ0=0;QD=23.42;RPA=6,5;RU=G;SB=-5.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,75:86:99:2056,219,0 chrXVI 900544 . TA T 2533.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=194.4529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.42;MQ0=0;QD=27.85;SB=-1.189e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,71:91:99:2576,243,0 chrXVI 901586 . A AAT 2229.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=287.2645;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.35;MQ0=0;QD=22.30;RPA=1,2;RU=AT;SB=-5.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,47:99:99:2272,174,0 chrXVI 901903 . TC T 1527.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=28.4629;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.08;MQ0=0;QD=23.15;RPA=7,6;RU=C;SB=-6.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,58:66:99:1570,168,0 chrXVI 906734 . C CAT 345.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.738;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=28.4351;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.39;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=8.05;RPA=6,7;RU=AT;ReadPosRankSum=0.000;SB=-1.528e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,11:42:28:388,28,0 chrXVI 907060 . G GA 4443 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=52.7327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;QD=28.12;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.919e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,155:158:99:4443,448,0 chrXVI 909432 . T TA 1522.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=176.2976;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;QD=22.07;RPA=5,6;RU=A;SB=-2.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,57:69:99:1565,171,0 chrXVI 909481 . C CA 1650.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.940;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=242.6254;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.099;QD=19.89;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.148;SB=-1.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,66:83:99:1693,186,0 chrXVI 909513 . GA G 1404.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=170.3473;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.40;MQ0=0;QD=20.07;RPA=9,8;RU=A;SB=-2.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,65:70:99:1447,188,0 chrXVI 909621 . A AT 2100.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=318.4185;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.41;MQ0=0;QD=25.62;RPA=3,4;RU=T;SB=-6.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,75:82:99:2143,216,0 chrXVI 911942 . TA T 505.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2983;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.00;RPA=6,5;RU=A;SB=-2.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,22:23:63:548,63,0 chrXVI 912564 . TA T 1366.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.773;DP=83;FS=3.216;HaplotypeScore=331.2702;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.466;QD=16.47;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.720;SB=-6.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,67:83:99:1409,170,0 chrXVI 912589 . CAACT C 4653 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=186.4685;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.38;MQ0=0;QD=49.50;RPA=2,1;RU=AACT;SB=-2.252e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,79:94:99:4653,244,0 chrXVI 919140 . 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A AT 2022.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.081;DP=124;FS=5.294;HaplotypeScore=847.0328;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.894;QD=16.31;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.206;SB=-7.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,81:124:99:2065,203,0 chrXVI 922883 . C CCTA 4719 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=399.3504;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.52;MQ0=0;QD=50.74;SB=-1.979e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,81:93:99:4719,259,0 chrXVI 924011 . CA C 1255.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.717;DP=70;FS=3.655;HaplotypeScore=49.4242;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.299;QD=17.94;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.896;SB=-5.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,60:70:99:1298,148,0 chrXVI 924193 . T TA 2821.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=167.6900;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.33;MQ0=0;QD=32.81;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.273e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,84:86:99:2864,244,0 chrXVI 927079 . AT A 1833.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=694.2662;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.08;MQ0=0;QD=19.72;RPA=6,5;RU=T;SB=-7.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,79:93:99:1876,216,0 chrXVI 927218 . AT A 1562.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=124.1492;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.37;MQ0=0;QD=18.83;RPA=8,7;RU=T;SB=-5.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,79:83:99:1605,203,0 chrXVI 928775 . G GA 2520.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=174.5926;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=27.40;RPA=2,3;RU=A;SB=-6.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,85:92:99:2563,244,0 chrXVI 928861 . A AT 1753.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=592.7302;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.69;MQ0=0;QD=24.36;RPA=4,5;RU=T;SB=-8.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,64:72:99:1796,192,0 chrXVI 928896 . G GT 1534.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=487.9717;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.46;MQ0=0;QD=23.26;RPA=3,4;RU=T;SB=-6.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,56:66:99:1577,159,0 chrXVI 929289 . AACTTTTTTAT A 2260.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=188.8795;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.56;MQ0=0;QD=77.96;SB=-9.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,19:29:57:2303,57,0 chrXVI 929702 . CGG C 1058.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=449.7681;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.58;MQ0=0;QD=30.26;RPA=6,4;RU=G;SB=-3.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,28:35:84:1101,84,0 chrXVI 929728 . AGTG A 975 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.613;DP=33;FS=13.752;HaplotypeScore=484.1545;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.04;MQ0=0;MQRankSum=0.411;QD=29.55;ReadPosRankSum=0.791;SB=-4.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,25:33:23:1017,23,0 chrXVI 929734 . GA G 548.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.074;DP=28;FS=10.590;HaplotypeScore=443.5719;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.86;MQ0=0;MQRankSum=1.337;QD=19.58;ReadPosRankSum=2.154;SB=-2.403e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,25:28:14:590,14,0 chrXVI 929990 . G GA 2974.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=239.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.69;MQ0=0;QD=31.65;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.297e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,89:94:99:3017,262,0 chrXVI 930099 . TACG T 2182.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.998;DP=72;FS=6.461;HaplotypeScore=910.2561;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.479;QD=30.31;ReadPosRankSum=3.915;SB=-9.051e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,56:72:18:2224,18,0 chrXVI 930104 . TACTAC T 3477 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.745;DP=87;FS=2.262;HaplotypeScore=926.8607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.427;QD=39.97;ReadPosRankSum=5.546;SB=-1.378e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,56:87:99:3477,0,227 chrXVI 932905 . AC A 974.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=31.5295;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.36;MQ0=0;QD=32.50;RPA=2,1;RU=C;SB=-6.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,29:30:87:1017,87,0 chrXVI 933177 . TAG T 2938.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=94.1476;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.56;MQ0=0;QD=36.28;SB=-8.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,80:80:99:2981,226,0 chrXVI 936117 . TC T 3348 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=217.3718;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.67;MQ0=0;QD=36.00;SB=-1.135e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:93:99:3348,265,0 chrXVI 936612 . T TA 1041.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=171.2521;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.35;MQ0=0;QD=22.17;RPA=4,5;RU=A;SB=-4.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,44:47:99:1084,120,0 chrXVI 937343 . TTACTA T 4536 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=277.1865;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.11;MQ0=0;QD=57.42;SB=-2.227e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,77:79:99:4536,211,0 chrXVI 939038 . T TA 2019.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=83.1031;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;QD=34.24;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:2062,162,0 chrXVI 939183 . GA G 288.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=153.1945;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.83;MQ0=0;QD=18.06;RPA=16,15;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:45:331,45,0 chrXVI 941354 . GA G 2602.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=425.8417;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.88;MQ0=0;QD=34.25;SB=-1.321e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,74:76:99:2645,223,0 chrXVI 941962 . GA G 4970 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=331.3444;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.51;MQ0=0;QD=31.26;RPA=2,1;RU=A;SB=-2.330e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,155:159:99:4970,433,0 chrXVI 942668 . TG T 2094.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=1208.8322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.12;MQ0=9;QD=19.05;RPA=4,3;RU=G;SB=-4.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,88:85:99:2137,213,0 chrXVI 942677 . G GGA 1777.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.282;DP=110;FS=45.971;HaplotypeScore=1635.6831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.33;MQ0=3;MQRankSum=-2.202;QD=16.16;ReadPosRankSum=3.858;SB=-9.996e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,50:90:99:1817,0,181 chrXVI 942679 . T TGGA 2510.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.742;DP=106;FS=81.633;HaplotypeScore=1556.9122;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.72;MQ0=3;MQRankSum=-3.900;QD=23.69;ReadPosRankSum=3.041;SB=-2.997e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,50:89:99:2550,0,234 chrXVI 942702 . GT G 2114.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.218;DP=90;FS=53.620;HaplotypeScore=1547.5448;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.75;MQ0=4;MQRankSum=-3.618;QD=23.50;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=3.489;SB=-8.151e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,81:81:71:2157,71,0 chrXVI 942709 . A AG 3004.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=1704.1512;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.40;MQ0=4;QD=30.98;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,92:88:99:3047,247,0 chrXVI 942719 . C CT 1693.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.558;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=2049.5621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.41;MQ0=5;MQRankSum=0.005;QD=15.83;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=4.381;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,61:97:99:1733,0,655 chrXVI 942749 . G GTA 901.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.883;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=2109.3620;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.80;MQ0=2;MQRankSum=0.376;QD=8.35;RPA=1,2;RU=TA;ReadPosRankSum=1.954;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,31:102:99:941,0,1070 chrXVI 942775 . TGGC T 2305.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=1529.8228;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.88;MQ0=0;QD=26.20;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:58,29:84:99:2348,237,0 chrXVI 942786 . GTA G 634.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.306;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=1566.9039;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.31;MQ0=0;MQRankSum=1.050;QD=7.06;ReadPosRankSum=0.084;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,29:84:99:674,0,806 chrXVI 942787 . TAG TAAAG,T 1866.94 SnpCluster;filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.555;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=1484.3103;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=27.31;MQ0=0;MQRankSum=1.911;QD=20.74;ReadPosRankSum=-0.881;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:52,0,0:84:99:1945,519,1046,1476,0,2085 chrXVI 942790 . TG T 454.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.473;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=1594.1473;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.073;QD=5.00;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=0.660;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,29:84:99:494,0,136