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A AT 3523 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=555.6788;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.29;MQ0=0;QD=24.81;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.193e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,133:142:99:3523,384,0 chrI 29283 . CT C 1743.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=49.6762;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.51;MQ0=0;QD=15.43;RPA=10,9;RU=T;SB=-7.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,91:113:99:1786,236,0 chrI 29977 . AT A 2624.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=1027.1613;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.16;MQ0=0;QD=33.23;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:79:99:2667,214,0 chrI 29982 . TG T 1602.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=1116.8892;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.98;MQ0=0;QD=21.66;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,58:74:99:1645,204,0 chrI 30076 . A AT 2005.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=1058.0388;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.65;MQ0=0;QD=24.46;RPA=4,5;RU=T;SB=-7.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,77:82:99:2048,234,0 chrI 30097 . A ATAAATTTTTT,ATAAATTTTT 3891 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=694.7820;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=28.61;MQ0=0;QD=53.30;SB=-1.540e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:52,8,9:73:99:3891,284,125,287,0,128 chrI 30098 . T TAAA 2409.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.045;DP=83;FS=3.344;HaplotypeScore=956.9938;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.791;QD=29.04;ReadPosRankSum=4.536;SB=-1.143e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,28:83:64:2452,64,0 chrI 30157 . CA C 342.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=161.7487;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.94;MQ0=0;QD=18.05;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,14:19:42:385,42,0 chrI 30405 . T TACTTCTTG 2684.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=531.0281;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.99;MQ0=0;QD=49.72;RPA=2,3;RU=ACTTCTTG;SB=-3.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,29:54:87:2727,87,0 chrI 30771 . T TA 4023 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=781.7703;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.40;MQ0=0;QD=29.36;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.406e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,131:137:99:4023,382,0 chrI 31483 . C CCACA 2434.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=120.8033;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.24;MQ0=0;QD=26.18;RPA=11,13;RU=CA;SB=-1.027e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,54:93:99:2477,166,0 chrI 32999 . C CT 3613 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=353.0538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.184;QD=23.01;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=1.283;SB=-1.362e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,151:157:99:3613,413,0 chrI 35127 . AAG A 2518.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=216.1718;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.52;MQ0=0;QD=25.19;SB=-1.182e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,75:100:99:2561,243,0 chrI 36436 . CT C 1482.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=96.9569;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.470;QD=17.45;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.630;SB=-5.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,75:85:99:1525,194,0 chrI 42154 . TA T 4291 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=251.7269;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.16;MQ0=0;QD=27.16;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.429e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,153:158:99:4291,418,0 chrI 42776 . TA T 1251.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=34.6080;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.64;MQ0=0;QD=18.69;RPA=5,4;RU=A;SB=-4.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,61:67:99:1294,150,0 chrI 45263 . C CT 1968.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.181;DP=131;FS=3.935;HaplotypeScore=128.1449;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.185;QD=15.03;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.649;SB=-8.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,105:131:99:2011,180,0 chrI 45537 . GT G 3767 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=183;FS=0.000;HaplotypeScore=406.7554;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.30;MQ0=0;QD=20.58;RPA=7,6;RU=T;SB=-9.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,163:183:99:3767,466,0 chrI 51804 . AAT A 3332 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=408.3909;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.20;MQ0=0;QD=28.72;RPA=7,6;RU=AT;SB=-1.410e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,105:116:99:3332,292,0 chrI 62611 . AAT A 2773.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=303.8811;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.04;MQ0=0;QD=23.31;RPA=6,5;RU=AT;SB=-1.145e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,92:119:99:2816,252,0 chrI 65614 . A AT 836.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.034;DP=83;FS=10.647;HaplotypeScore=46.2244;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=1.928;QD=10.08;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=-1.213;SB=-3.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,42:83:43:879,43,0 chrI 65761 . A AT 1295.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.683;DP=89;FS=3.754;HaplotypeScore=46.9659;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.803;QD=14.56;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.682;SB=-1.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,65:89:99:1338,131,0 chrI 68621 . AT A 5091 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=171;FS=0.000;HaplotypeScore=81.8271;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;QD=29.77;SB=-2.407e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,151:171:99:5091,475,0 chrI 69727 . AT A 2155.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=528.8717;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.43;MQ0=0;QD=25.67;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.039e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,74:84:99:2198,222,0 chrI 69734 . TGG T 2786.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=498.3582;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.68;MQ0=0;QD=32.03;RPA=8,6;RU=G;SB=-1.405e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,76:87:99:2829,226,0 chrI 70193 . A AAAG 7863 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=192;FS=0.000;HaplotypeScore=91.7524;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.39;MQ0=0;QD=40.95;SB=-2.790e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,174:192:99:7863,488,0 chrI 70443 . C CA 2895.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=314.0158;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.99;MQ0=0;QD=20.54;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.333e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,118:141:99:2938,356,0 chrI 70524 . CA C 2945.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=395.1108;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.63;MQ0=0;QD=26.07;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.248e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,106:112:99:2988,312,0 chrI 70999 . A AG 1842.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=186.3753;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.77;MQ0=0;QD=29.73;SB=-9.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,54:62:99:1885,162,0 chrI 71116 . GAAA G 2629.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=46.5340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.61;MQ0=0;QD=27.98;RPA=12,9;RU=A;SB=-7.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,74:94:99:2672,204,0 chrI 71530 . TAAAA T 4171 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=83.2330;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.70;MQ0=0;QD=40.89;RPA=13,9;RU=A;SB=-1.768e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,84:102:99:4171,244,0 chrI 71673 . CT C 3013.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=102.4628;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.15;MQ0=0;MQRankSum=1.671;QD=23.92;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=1.702;SB=-1.315e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,119:126:99:3056,338,0 chrI 73454 . AC A 2070.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=121.3792;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=28.37;RPA=2,1;RU=C;SB=-2.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:73:99:2113,201,0 chrI 74999 . A AT 403.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.059;DP=53;FS=8.066;HaplotypeScore=72.5773;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.023;QD=7.62;RPA=14,15;RU=T;ReadPosRankSum=2.265;SB=-1.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,31:53:72:443,0,72 chrI 77505 . AAGAAGG A 7863 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.310;DP=173;FS=0.000;HaplotypeScore=577.4032;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.11;MQ0=0;MQRankSum=0.011;QD=45.45;ReadPosRankSum=0.218;SB=-3.024e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,150:173:99:7863,438,0 chrI 79567 . A ATT 6163 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=424.2374;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.44;MQ0=1;QD=41.09;SB=-3.056e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,131:148:99:6163,418,0 chrI 79586 . CT C 4697 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=670.6298;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.14;MQ0=0;QD=28.99;RPA=3,2;RU=T;SB=-2.217e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,157:162:99:4697,451,0 chrI 81518 . CT C 4006 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=178;FS=0.000;HaplotypeScore=107.0602;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.66;MQ0=0;QD=22.51;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.777e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,171:178:99:4006,447,0 chrI 84701 . C CT 1902.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.295;DP=119;FS=5.170;HaplotypeScore=56.9644;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.34;MQ0=0;MQRankSum=0.628;QD=15.99;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.571;SB=-6.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,100:119:99:1945,204,0 chrI 92300 . GT G 1757.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=254.3379;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.27;MQ0=0;QD=17.58;RPA=7,6;RU=T;SB=-6.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,86:100:99:1800,221,0 chrI 92602 . CT C 1516.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.162;DP=116;FS=3.178;HaplotypeScore=198.5722;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=1.206;QD=13.08;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.504;SB=-7.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,80:116:99:1559,210,0 chrI 92803 . A AC 4494 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=124.6201;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.95;MQ0=0;QD=32.33;SB=-1.979e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,116:139:99:4494,367,0 chrI 99863 . C CA 2196.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=229.7011;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;QD=21.54;RPA=7,8;RU=A;SB=-8.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,91:102:99:2239,281,0 chrI 100007 . AT A 778.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.115;DP=92;FS=2.643;HaplotypeScore=301.0856;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.107;QD=8.47;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=2.663;SB=-1.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,41:92:70:821,70,0 chrI 101450 . TAA T,TA 1091.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.885;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=280.7054;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.174;QD=14.56;RPA=13,11,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.432;SB=-2.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:10,9,0:75:99:1170,260,146,257,0,99 chrI 110520 . AT A 2632.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=109.0947;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=17.10;RPA=9,8;RU=T;SB=-6.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,132:154:99:2675,346,0 chrI 110713 . GAGA G 2737.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=163.2702;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.22;MQ0=3;QD=37.00;SB=-1.128e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,68:71:99:2780,198,0 chrI 113050 . CGTTGTT C 9002 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.639;DP=237;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=117.0254;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.52;MQ0=2;MQRankSum=-0.686;QD=37.98;RPA=9,7;RU=GTT;ReadPosRankSum=0.198;SB=-3.970e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:53,182:235:99:9002,430,0 chrI 113285 . ATGCTGCTGT A 16266 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=217;FS=0.000;HaplotypeScore=444.9256;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.02;MQ0=0;QD=74.96;RPA=2,1;RU=TGCTGCTGT;SB=-5.935e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,193:217:99:16266,556,0 chrI 128233 . TA T 2041.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=53.4072;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.08;MQ0=0;QD=20.84;RPA=6,5;RU=A;SB=-6.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,88:98:99:2084,243,0 chrI 139263 . T TA 2324.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=320.5035;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.30;MQ0=0;QD=29.43;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2367,204,0 chrI 139387 . T TAGA 3225.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=269.6359;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.50;MQ0=0;QD=43.58;RPA=1,2;RU=AGA;SB=-1.223e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,64:74:99:3267,199,0 chrI 139404 . GTATA G 2818.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=321.5679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.41;MQ0=0;QD=39.70;RPA=7,5;RU=TA;SB=-5.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,54:71:99:2861,165,0 chrI 142298 . CTT C 3556 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.703;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=86.9408;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.933;QD=22.36;RPA=12,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.341;SB=-1.698e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,123:159:99:3556,344,0 chrI 142779 . T TGAC 10344 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=209;FS=0.000;HaplotypeScore=395.1615;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.65;MQ0=0;QD=49.49;SB=-4.142e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,203:209:99:10344,599,0 chrI 143265 . T TA 1964.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.236;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=55.4763;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.98;MQ0=0;MQRankSum=0.763;QD=18.03;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.406;SB=-6.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,94:109:99:2007,228,0 chrI 151618 . CT C 548.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=10.0655;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.39;MQ0=0;QD=19.61;RPA=8,7;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,27:28:72:591,72,0 chrI 152105 . C CT,CTT 692.95 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.248;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=180.5034;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=51.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.477;QD=7.70;RPA=19,20,21;RU=T;ReadPosRankSum=0.858;SB=-1.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:65,7,13:86:68:771,384,330,68,0,73 chrI 156451 . TG T 5460 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=170;FS=0.000;HaplotypeScore=66.1170;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.41;MQ0=0;QD=32.12;RPA=2,1;RU=G;SB=-2.034e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,167:170:99:5460,487,0 chrI 160074 . AT A 2672.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=125.5170;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.78;MQ0=0;QD=25.70;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.340e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,100:104:99:2715,285,0 chrI 166148 . ATTTCTATTCCAACAGG A 5686 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=1090.6196;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.66;MQ0=0;QD=132.23;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:5686,120,0 chrI 169227 . CAT C 2222.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=39.2427;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=0;QD=23.90;RPA=7,6;RU=AT;SB=-1.036e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,74:93:99:2265,202,0 chrI 171961 . AT A 2677.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=255.8897;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.12;MQ0=0;QD=28.19;RPA=3,2;RU=T;SB=-9.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,91:95:99:2720,265,0 chrI 175578 . C CA 3465 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=60.2266;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.18;MQ0=0;QD=22.50;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.179e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,137:154:99:3465,402,0 chrI 175856 . TG T 3769 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=471.2873;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.01;MQ0=0;QD=30.15;SB=-1.445e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,123:125:99:3769,349,0 chrI 176540 . TGC T 850.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=14.9601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.62;MQ0=0;QD=29.34;RPA=2,1;RU=GC;SB=-1.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,26:26:63:893,63,0 chrI 179139 . A ATT 3288 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.589;DP=127;FS=3.596;HaplotypeScore=276.5805;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.08;MQ0=0;MQRankSum=0.252;QD=25.89;RPA=8,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.429;SB=-1.470e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,93:127:99:3288,275,0 chrI 179980 . G GT 3734 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.140;DP=198;FS=7.715;HaplotypeScore=617.1328;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.905;QD=18.86;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.625;SB=-1.576e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,171:198:99:3734,451,0 chrI 180829 . T TC 3786 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.814;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=1709.6587;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.381;QD=26.66;ReadPosRankSum=2.709;SB=-1.409e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,128:142:99:3786,393,0 chrI 181085 . T TA 3594 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=605.9909;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.00;MQ0=0;QD=26.62;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.382e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,124:135:99:3594,364,0 chrI 181277 . T TA 3525 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=206.4539;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;QD=29.38;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.606e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,118:120:99:3525,330,0 chrI 181957 . TTA T 3545 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=90.2301;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.14;MQ0=0;QD=30.30;RPA=4,3;RU=TA;SB=-1.584e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,105:117:99:3545,301,0 chrI 183387 . AC A 1782.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=168.5418;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.76;MQ0=0;QD=27.86;RPA=2,1;RU=C;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:60:99:1825,168,0 chrI 183624 . A AG 317.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.827;DP=28;FS=8.846;HaplotypeScore=286.4482;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.83;MQ0=1;MQRankSum=1.665;QD=11.32;ReadPosRankSum=2.672;SB=1.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,18:25:17:356,0,17 chrI 183626 . A AG 299.99 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.827;DP=30;FS=8.653;HaplotypeScore=291.4675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.25;MQ0=1;MQRankSum=1.898;QD=10.00;ReadPosRankSum=2.363;SB=1.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,18:26:20:339,0,20 chrI 183931 . G GC 149.99 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=341.1336;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.38;MQ0=0;QD=2.34;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,46:8:24:192,24,0 chrI 183934 . C CTG 184.99 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=337.6619;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.10;MQ0=0;QD=3.85;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,46:8:24:227,24,0 chrI 183938 . AT A 85 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=347.6995;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.22;MQ0=0;QD=1.85;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:8:23:127,23,0 chrI 183941 . CCT C 257.99 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=330.3336;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.22;MQ0=0;QD=5.61;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:8:24:300,24,0 chrI 186208 . T TA 344.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=447.5985;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.59;MQ0=0;QD=24.64;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42:387,42,0 chrI 186211 . T TTATG 652.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=524.1122;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.77;MQ0=0;QD=38.41;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,13:17:42:695,42,0 chrI 186876 . A AT 2350.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.471;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=1175.4075;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.78;MQ0=0;MQRankSum=0.862;QD=22.61;ReadPosRankSum=3.058;SB=-1.053e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,88:104:99:2393,260,0 chrI 186890 . G GAA 2480.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=1059.3694;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.89;MQ0=0;QD=28.19;RPA=5,7;RU=A;SB=-1.038e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,72:88:99:2523,217,0 chrI 186922 . G GAA 1985.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=825.1472;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=30.09;RPA=4,6;RU=A;SB=-5.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,55:66:99:2028,166,0 chrI 189044 . G GT 609.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.188;DP=96;DS;FS=7.759;HaplotypeScore=428.0283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.05;MQ0=0;MQRankSum=1.379;QD=6.35;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=1.318;SB=-1.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,48:45:99:649,0,163 chrI 189576 . TC T 3364 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.402;DP=224;FS=47.808;HaplotypeScore=636.3410;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.04;MQ0=8;MQRankSum=7.719;QD=15.02;ReadPosRankSum=0.141;SB=-1.381e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,123:198:99:3364,0,2120 chrI 190135 . C CCACGACAATAACCA 12287 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=215;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=433.9957;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.80;MQ0=0;QD=57.15;RPA=2,3;RU=CACGACAATAACCA;SB=-3.325e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:123,87:215:99:12287,262,0 chrI 192291 . T TTAC 3320 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.876;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=148.5187;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.836;QD=21.56;RPA=10,11;RU=TAC;ReadPosRankSum=1.284;SB=-1.332e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:61,90:154:99:3320,213,0 chrI 192551 . CA C 1076.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.632;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=166.6045;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.99;MQ0=0;MQRankSum=0.462;QD=11.34;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=2.309;SB=-3.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,50:95:99:1119,133,0 chrI 192602 . T TCACCCCTCCA 13068 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=127.5522;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.36;MQ0=0;QD=91.38;RPA=1,2;RU=CACCCCTCCA;SB=-2.271e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,110:143:99:13068,358,0 chrI 193984 . G GATA 2215.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.005;DP=111;FS=9.402;HaplotypeScore=217.5848;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.830;QD=19.96;RPA=7,8;RU=ATA;ReadPosRankSum=1.276;SB=-7.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:62,48:111:99:2258,99,0 chrI 194020 . T TATG 4543 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=302.9629;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.56;MQ0=0;QD=34.42;RPA=5,6;RU=ATG;SB=-1.023e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,112:132:99:4543,319,0 chrI 196362 . G GT 1742.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=114.0278;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.86;MQ0=0;QD=20.75;RPA=6,7;RU=T;SB=-7.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,78:84:99:1785,219,0 chrI 196460 . C CAA 1245.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=285.7996;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.14;MQ0=0;QD=19.47;RPA=11,13;RU=A;SB=-3.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,30:64:99:1288,140,0 chrI 197611 . G GA 1536.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=510.5337;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.11;MQ0=0;QD=21.35;RPA=4,5;RU=A;SB=-5.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,63:72:99:1579,183,0 chrI 197919 . G GA 2243.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=522.8803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.78;MQ0=0;QD=28.40;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.098e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,72:79:99:2286,219,0 chrI 198618 . TC T 374.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=1013.3078;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.29;MQ0=0;QD=8.52;SB=-2.100e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,18:44:51:417,51,0 chrI 198633 . G GGA 539.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=577.9952;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.72;MQ0=0;QD=31.76;SB=-2.000e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:17:51:582,51,0 chrI 198699 . C CG 226.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=66.9864;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=32.29;SB=-3.593e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21:268,21,0 chrI 198708 . CT C 267.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=94.6132;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=24.36;RPA=3,2;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,10:11:30:310,30,0 chrI 199000 . A AAT 1438.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=979.4732;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.09;MQ0=0;QD=44.97;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:96:1481,96,0 chrI 199005 . T TA 960.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=1062.2559;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.82;MQ0=0;QD=29.12;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,32:33:96:1003,96,0 chrI 199058 . T TC 237.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=409.8172;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.71;MQ0=0;QD=18.31;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:13:24:280,24,0 chrI 202607 . T TG 362.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=400.2017;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.70;MQ0=0;QD=24.20;RPA=1,2;RU=G;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,14:15:42:405,42,0 chrI 202668 . G GAA 1065.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=720.3777;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=31.35;RPA=4,6;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,32:34:93:1108,93,0 chrI 202896 . TCCTC T 5664 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=264.8391;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.30;MQ0=0;QD=57.80;SB=-1.680e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,97:98:99:5664,274,0 chrI 203091 . CA C 2913.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=652.7627;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.07;MQ0=0;QD=24.28;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.161e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,117:120:99:2956,327,0 chrI 222330 . A ACTGCATCCG 9739 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=259.6115;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.23;MQ0=26;QD=38.96;RPA=2,3;RU=CTGCATCCG;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:99,147:180:99:9739,388,0 chrI 223028 . A AT 3426 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=245;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=225.5403;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.23;MQ0=62;QD=13.98;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.642e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,224:165:99:3426,396,0 chrI 223170 . C CT 1717.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.354;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=506.5566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.88;MQ0=32;MQRankSum=1.330;QD=12.92;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=-0.671;SB=-2.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:48,83:83:99:1760,210,0 chrI 223232 . G GAAT 4541 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=1168.3418;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.51;MQ0=6;QD=30.07;RPA=2,3;RU=AAT;SB=-4.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,107:136:99:4541,298,0 chrI 226868 . A ACC 4131 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=240.2717;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.55;MQ0=14;QD=29.93;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,132:88:99:4131,262,0 chrI 227042 . G GTAT 3177.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=2048.9525;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.46;MQ0=0;QD=37.39;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:69:99:3220,186,0 chrI 227366 . CCGCCG C 501.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=174.9182;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=62.75;RPA=2,1;RU=CGCCG;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24:544,24,0 chrI 227421 . A ATAAAAGC 1201.73 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.441;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=405.6134;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=1.071;QD=60.09;ReadPosRankSum=0.189;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,9:20:6:1242,6,0 chrI 227422 . A AAAAG 714.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.561;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=446.4569;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.041;QD=35.75;ReadPosRankSum=0.173;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,6:20:42:757,42,0 chrI 227574 . A AC 674.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=59.6889;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.51;MQ0=0;QD=30.68;RPA=1,2;RU=C;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,21:21:63:717,63,0 chrI 228855 . CA C 899.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=301.2040;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.69;MQ0=7;QD=12.86;RPA=5,4;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,45:53:99:942,105,0 chrI 228869 . ATAT A 1655.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=177.7006;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.90;MQ0=6;QD=36.80;RPA=2,1;RU=TAT;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:35:99:1698,105,0 chrI 229320 . G GA 418.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=301.3230;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.64;MQ0=0;QD=19.95;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:17:51:461,51,0 chrI 229947 . TG T 69.73 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=74.1524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.18;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=8.72;RPA=4,3;RU=G;ReadPosRankSum=0.742;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:8:0:107,0,0 chrI 229957 . TG T 133.09 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=97.8824;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=16.64;ReadPosRankSum=-0.742;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,6:8:1:171,1,0 chrI 229978 . T TA 345.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=446.7068;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.06;MQ0=0;QD=17.30;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,9:17:43:388,43,0 chrI 229981 . GT G 331.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=448.1716;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.06;MQ0=0;QD=16.60;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,9:17:41:374,41,0 chrI 229993 . T TGGTTG 1182.96 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.097;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=626.0878;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.679;QD=43.81;ReadPosRankSum=-0.574;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,11:24:60:1225,60,0 chrI 230000 . G GTAT 1192.96 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=486.7984;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.55;MQ0=0;QD=45.88;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,23:23:69:1235,69,0 chrI 230002 . G GTT 1001.96 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=505.9692;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.55;MQ0=0;QD=38.54;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:23:69:1044,69,0 chrI 230091 . TC T 163.06 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=72.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.18;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=16.31;ReadPosRankSum=0.742;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,8:7:14:202,0,14 chrII 178 . ATAC A 2759.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=411.0825;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.47;MQ0=0;QD=48.42;RPA=3,2;RU=TAC;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,56:57:99:2802,169,0 chrII 312 . ATAG A 1411.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=162.6148;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.85;MQ0=0;QD=48.69;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:87:1454,87,0 chrII 2019 . T TA 550.37 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.171;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=444.3724;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.656;QD=10.01;ReadPosRankSum=1.656;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,14:34:13:592,13,0 chrII 2025 . AG A 159.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.427;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=580.0483;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.76;MQ0=2;MQRankSum=0.427;QD=3.02;ReadPosRankSum=4.427;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,14:29:99:199,0,589 chrII 5847 . TACCC T 188.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.733;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=512.6397;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.733;QD=6.75;ReadPosRankSum=0.000;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,10:21:80:228,0,80 chrII 5852 . TAACACTACC T 598.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.637;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=496.0348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.89;MQ0=0;MQRankSum=0.929;QD=23.96;ReadPosRankSum=1.239;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,10:12:99:638,0,143 chrII 5869 . TACCC T 229.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.416;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=688.7065;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.107;QD=6.57;ReadPosRankSum=3.416;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,10:17:99:269,0,388 chrII 5878 . TCAACCC T 323.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.416;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=679.2047;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.818;QD=9.26;ReadPosRankSum=3.416;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,10:17:99:363,0,238 chrII 5885 . TTCCA TGTCCA,T 417.94 filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=723.5402;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=17.90;MQ0=0;QD=11.00;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,0,10:19:99:496,247,222,260,0,353 chrII 5911 . CA C 3138.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=1268.2834;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.37;MQ0=0;QD=23.78;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,132:83:99:3181,249,0 chrII 6186 . CACAT C 2855.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.294;DP=64;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=819.0625;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.73;MQ0=2;MQRankSum=-2.005;QD=44.62;ReadPosRankSum=3.586;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,40:56:99:2895,0,141 chrII 6259 . AC A 770.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=496.7709;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.93;MQ0=1;QD=22.03;SB=-8.100e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,31:26:61:813,61,0 chrII 6264 . CA C 536.14 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.693;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=498.9840;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.06;MQ0=1;MQRankSum=-0.063;QD=13.75;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.441;SB=-7.113e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,27:25:11:575,0,11 chrII 6282 . ACATTC A 1565.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.411;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=579.1140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.28;MQ0=3;MQRankSum=-1.739;QD=29.00;ReadPosRankSum=0.917;SB=-2.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,21:30:80:1605,0,80 chrII 6307 . TC T 1042.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.583;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=781.2311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=15.86;MQ0=3;MQRankSum=-4.050;QD=13.72;ReadPosRankSum=1.317;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,32:39:99:1082,0,242 chrII 6324 . ACT A 1016.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.153;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=912.6353;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=15.93;MQ0=3;MQRankSum=-1.809;QD=10.82;ReadPosRankSum=0.123;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,34:47:99:1056,0,119 chrII 6328 . A AT 806.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.557;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=830.6810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=15.75;MQ0=4;MQRankSum=-2.890;QD=8.68;ReadPosRankSum=0.013;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,34:43:99:846,0,361 chrII 7109 . GT G 633.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=531.9846;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.63;MQ0=0;QD=17.13;RPA=2,1;RU=T;SB=-6.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,30:21:60:676,60,0 chrII 7113 . C CAT 832.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=498.1553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.17;MQ0=0;QD=25.24;SB=-8.500e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,30:20:60:875,60,0 chrII 7204 . C CG 447.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=280.9767;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.61;MQ0=0;QD=18.67;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:12:36:490,36,0 chrII 7285 . AAG A 902.10 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.203;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=249.8935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.41;MQ0=1;MQRankSum=-0.722;QD=23.13;ReadPosRankSum=-0.048;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,25:29:12:941,0,12 chrII 7380 . TATTACCGTC T 1118.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=256.4172;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=15.72;MQ0=1;QD=44.76;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,12:11:33:1161,33,0 chrII 7424 . CT C 137.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.652;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=350.2010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.82;MQ0=1;MQRankSum=-2.416;QD=8.12;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=-1.473;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,6:15:99:177,0,286 chrII 7597 . A AC 3581 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=722.7542;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.31;MQ0=9;QD=30.35;SB=-5.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:87,31:108:99:3581,324,0 chrII 7599 . CA C 2978.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=781.1959;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.31;MQ0=9;QD=25.03;SB=-5.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:88,31:109:99:3021,324,0 chrII 8163 . A AT 1150.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=748.8303;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.89;MQ0=6;QD=18.87;RPA=1,2;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,39:37:99:1193,111,0 chrII 8302 . CGG C 1923.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=1009.4485;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.17;MQ0=1;QD=39.26;RPA=6,4;RU=G;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,45:46:99:1966,135,0 chrII 9520 . A AC 1649.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=236.7771;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.01;MQ0=0;QD=31.73;RPA=1,2;RU=C;SB=-3.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,50:52:99:1692,138,0 chrII 10584 . 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G GTTTCTGTTATT 15858 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=57.0563;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.01;MQ0=0;QD=127.89;SB=-6.430e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:124:99:15858,370,0 chrII 23803 . A AG 5478 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;FS=0.000;HaplotypeScore=285.2478;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.00;MQ0=0;QD=33.61;RPA=1,2;RU=G;SB=-2.235e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,144:163:99:5478,454,0 chrII 24920 . CA C 1472.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.615;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=292.9266;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=1.173;QD=16.93;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.447;SB=-6.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,44:87:99:1515,160,0 chrII 24938 . G GA 1697.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=192.7649;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=20.96;RPA=6,7;RU=A;SB=-6.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,50:81:99:1740,189,0 chrII 40590 . CATATATATATATATAT C 1594.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=88.0821;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.91;MQ0=2;QD=31.27;RPA=13,5;RU=AT;SB=-7.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,24:49:45:1637,45,0 chrII 40802 . CA C 1843.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=51.6868;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.98;MQ0=0;QD=22.49;RPA=8,7;RU=A;SB=-7.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,76:82:99:1886,219,0 chrII 43225 . A AT 2712.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=173.1746;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.19;MQ0=0;QD=23.19;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.052e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,105:117:99:2755,288,0 chrII 45241 . G GA 2745.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.039;DP=161;FS=1.813;HaplotypeScore=605.5036;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.52;MQ0=0;MQRankSum=0.814;QD=17.06;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.214;SB=-1.005e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,117:161:99:2788,251,0 chrII 45954 . TCA T 1391.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.734;DP=86;FS=21.359;HaplotypeScore=180.9375;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.459;QD=16.19;ReadPosRankSum=-0.553;SB=-6.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:50,34:85:99:1434,126,0 chrII 59405 . CT C 3900 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=55.0642;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.87;MQ0=0;QD=24.68;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.559e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,144:158:99:3900,406,0 chrII 60579 . T TTTAGCGTC 10445 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=483.0502;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.65;MQ0=0;QD=73.04;RPA=1,2;RU=TTAGCGTC;SB=-4.062e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,110:143:99:10445,325,0 chrII 61038 . A AAAT 4335 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=905.9362;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.25;MQ0=0;QD=46.61;SB=-1.614e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,70:93:99:4335,259,0 chrII 61054 . G GT 2206.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=1140.4654;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.02;MQ0=0;QD=25.37;RPA=5,6;RU=T;SB=-9.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,78:87:99:2249,237,0 chrII 62747 . A AG 2612.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.226;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=322.5540;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=0.490;QD=21.24;RPA=8,9;RU=G;ReadPosRankSum=-0.339;SB=-1.226e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,86:123:99:2655,248,0 chrII 62776 . GA G 1276.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.065;DP=98;FS=4.092;HaplotypeScore=291.0108;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.093;QD=13.03;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.093;SB=-5.915e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,61:98:67:1319,67,0 chrII 63002 . GGAGCC G 8380 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=274.5555;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.95;MQ0=0;QD=59.43;RPA=2,1;RU=GAGCC;SB=-3.423e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,119:141:99:8380,364,0 chrII 63167 . C CA 4528 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=535.7195;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.30;MQ0=0;QD=31.44;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.414e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,133:144:99:4528,403,0 chrII 63527 . T TG 3168.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=44.8653;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.18;MQ0=0;QD=26.41;RPA=7,8;RU=G;SB=-1.125e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,113:120:99:3211,319,0 chrII 72368 . A ACAACAG 7498 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-9.280;DP=248;DS;FS=4.984;HaplotypeScore=1197.6639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.574;QD=30.23;ReadPosRankSum=-1.180;SB=-2.820e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:184,63:247:99:7498,0,761 chrII 74876 . C CA 3933 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=169;FS=0.000;HaplotypeScore=670.7353;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.61;MQ0=0;QD=23.27;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.795e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,148:169:99:3933,437,0 chrII 80263 . C CT 1140.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.824;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=20.9356;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.099;QD=18.11;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.039;SB=-2.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,53:63:82:1183,82,0 chrII 84398 . C CAAAA,CAAA 1804.99 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.661;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=188.5025;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.35;MQ0=0;MQRankSum=0.661;QD=25.42;RPA=14,18,17;RU=A;ReadPosRankSum=-0.094;SB=-5.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:20,27,9:69:99:1883,267,167,308,0,181 chrII 88125 . CT C 1234.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.053;DP=110;FS=3.865;HaplotypeScore=514.0513;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.640;QD=11.23;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.542;SB=-5.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,66:110:76:1277,76,0 chrII 88484 . GGAGAA G 6490 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=25.3210;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.80;MQ0=0;QD=58.47;RPA=2,1;RU=GAGAA;SB=-2.527e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,101:111:99:6490,286,0 chrII 89351 . CT C 2915.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=236.1084;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.73;MQ0=0;QD=23.52;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.176e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,112:124:99:2958,306,0 chrII 90281 . T TG 4930 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=1000.6683;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.68;MQ0=0;QD=35.72;SB=-2.426e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,131:138:99:4930,400,0 chrII 92272 . C CT 1743.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.113;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=28.5996;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.585;QD=18.17;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.310;SB=-8.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,67:96:99:1786,131,0 chrII 93471 . C CT 2115.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=342.3051;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.50;MQ0=0;QD=24.60;RPA=4,5;RU=T;SB=-3.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,73:86:99:2158,219,0 chrII 96034 . GA G 1387.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.567;DP=90;FS=3.522;HaplotypeScore=47.7972;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.687;QD=15.42;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.467;SB=-6.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,69:90:99:1430,163,0 chrII 96287 . GA G 1395.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.118;DP=69;FS=6.463;HaplotypeScore=218.9098;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=0.112;QD=20.23;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.335;SB=-2.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,62:69:99:1438,160,0 chrII 101289 . T TA 2459.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=84.8243;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=24.60;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.229e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,87:100:99:2502,264,0 chrII 101340 . C CA 1407.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.589;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=148.5406;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.285;QD=16.00;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.323;SB=-6.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,50:88:99:1450,155,0 chrII 111645 . T TCTC 11216 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=229;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=714.7505;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.34;MQ0=0;QD=48.98;RPA=1,2;RU=CTC;SB=-5.256e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,218:229:99:11216,650,0 chrII 115246 . GAT G 5967 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=254.7120;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.71;MQ0=0;QD=47.36;SB=-2.346e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,123:126:99:5967,367,0 chrII 117293 . GA G 2641.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=439.3229;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.22;MQ0=0;QD=18.87;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.039e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,115:140:99:2684,321,0 chrII 122381 . 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ATT A 3150.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=35.0176;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.01;MQ0=1;QD=27.88;RPA=10,8;RU=T;SB=-1.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,97:112:99:3193,279,0 chrII 137648 . ATAAAAT A 377.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.838;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=64.1510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.528;QD=10.80;ReadPosRankSum=1.232;SB=-1.300e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,9:35:99:417,0,225 chrII 138274 . A AT 1068.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.123;DP=151;FS=2.747;HaplotypeScore=90.5783;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.345;QD=7.08;RPA=15,16;RU=T;ReadPosRankSum=-1.000;SB=-3.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,45:151:99:1108,0,104 chrII 142029 . A AT 2083.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.671;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=51.6800;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;MQRankSum=2.149;QD=17.22;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.656;SB=-1.062e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,90:121:99:2126,219,0 chrII 142103 . G GTT 2478.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=111.4697;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.31;MQ0=0;QD=25.30;RPA=10,12;RU=T;SB=-1.169e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,61:98:99:2521,233,0 chrII 143245 . A AGGTAT 6820 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=25.3013;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.96;MQ0=0;QD=69.59;RPA=1,2;RU=GGTAT;SB=-2.918e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,93:98:99:6820,283,0 chrII 143864 . G GA 491.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.701;DP=46;FS=3.296;HaplotypeScore=36.0098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=0.359;QD=10.69;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-1.795;SB=-2.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,27:46:99:531,0,122 chrII 145924 . A AAT 292.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.868;DP=55;FS=18.983;HaplotypeScore=104.2665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQ0=1;MQRankSum=3.303;QD=5.33;ReadPosRankSum=-1.889;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:54:99:332,0,188 chrII 150403 . TA T 1740.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=24.7197;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.38;MQ0=0;QD=20.24;RPA=9,8;RU=A;SB=-4.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,80:86:99:1783,213,0 chrII 160046 . AT A 3731 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=31.6069;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.85;MQ0=0;QD=35.53;SB=-1.718e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:105:99:3731,310,0 chrII 165010 . CT C 2438.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.383;DP=154;FS=11.546;HaplotypeScore=63.9954;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.852;QD=15.84;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.644;SB=-9.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,115:154:99:2481,269,0 chrII 165680 . A AC 4101 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.328;DP=143;FS=3.774;HaplotypeScore=356.0219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=2.115;QD=28.68;RPA=1,2;RU=C;ReadPosRankSum=-0.266;SB=-1.718e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,132:143:99:4101,354,0 chrII 166219 . G GTGATGT 3708 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=13.3108;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.41;MQ0=0;QD=60.79;RPA=1,2;RU=TGATGT;SB=-6.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,51:61:99:3708,147,0 chrII 172371 . CT C 2314.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=556.1761;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.07;MQ0=0;QD=20.13;RPA=9,8;RU=T;SB=-9.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,98:115:99:2357,282,0 chrII 174714 . ATT A 782.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.171;DP=81;FS=32.993;HaplotypeScore=72.8676;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=9.67;RPA=17,15;RU=T;ReadPosRankSum=1.317;SB=-9.659e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,31:81:36:825,36,0 chrII 184206 . A AT 1850.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.178;DP=99;FS=3.979;HaplotypeScore=547.6045;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.65;MQ0=0;MQRankSum=0.670;QD=18.70;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.132;SB=-7.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,79:99:99:1893,200,0 chrII 193546 . C CAAT 10401 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=219;FS=0.000;HaplotypeScore=814.9475;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.93;MQ0=0;QD=47.49;RPA=1,2;RU=AAT;SB=-4.935e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,203:218:99:10401,599,0 chrII 193715 . G GA 3693 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.291;DP=199;FS=3.003;HaplotypeScore=81.5009;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.717;QD=18.56;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.733;SB=-1.652e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:52,134:198:99:3693,414,0 chrII 203623 . GCGTCAAGACGTCGGCTGATCAGGCATA G 19806 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=145.8550;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.38;MQ0=0;QD=181.71;SB=-8.419e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,106:109:99:19806,313,0 chrII 212519 . T TA 1083.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.152;DP=82;FS=1.909;HaplotypeScore=65.6021;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=2.138;QD=13.22;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-2.138;SB=-4.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,51:82:64:1126,64,0 chrII 220815 . TTC T 3721 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=285.4856;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.86;MQ0=0;QD=32.36;SB=-1.382e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,84:115:99:3721,306,0 chrII 221288 . AGT A 480.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=114.3007;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=14.58;MQ0=15;QD=6.50;RPA=2,1;RU=GT;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,59:12:36:523,36,0 chrII 237032 . G GTA 1516.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=13.6341;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.91;MQ0=0;QD=27.09;RPA=5,6;RU=TA;SB=-7.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,37:56:99:1559,120,0 chrII 237725 . TAACAA T 6755 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=426.7992;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.16;MQ0=0;QD=74.23;SB=-2.884e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:91:99:6755,259,0 chrII 245763 . G GA 2388.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.480;DP=120;FS=3.388;HaplotypeScore=52.2389;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.397;QD=19.91;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.227;SB=-1.097e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,97:120:99:2431,263,0 chrII 258733 . T TAC 6418 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=172;FS=0.000;HaplotypeScore=47.9812;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.56;MQ0=0;QD=37.31;RPA=2,3;RU=AC;SB=-2.619e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,146:172:99:6418,469,0 chrII 258993 . CAT C 2318.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.527;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=34.1300;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.29;MQ0=1;MQRankSum=-0.427;QD=24.67;RPA=8,7;RU=AT;ReadPosRankSum=1.381;SB=-1.028e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,71:93:99:2361,168,0 chrII 266319 . TG T 1775.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=160.1135;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.27;MQ0=0;QD=37.00;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1818,141,0 chrII 266457 . TG T 1593.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=13.5068;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;QD=30.65;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1636,150,0 chrII 270387 . CCAG C 8512 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=243;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=138.6416;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.19;MQ0=0;QD=35.03;RPA=5,4;RU=CAG;SB=-3.754e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:49,188:243:99:8512,554,0 chrII 270660 . GA G 1583.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.205;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=90.7806;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.04;MQ0=0;MQRankSum=1.611;QD=12.28;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.963;SB=-4.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,92:129:99:1626,106,0 chrII 272537 . TTCATCA T 13170 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=247;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=64.3501;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.49;MQ0=0;QD=53.32;RPA=8,6;RU=TCA;SB=-5.997e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,203:246:99:13170,578,0 chrII 274140 . CTTT C 3175.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=572.8219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.86;MQ0=0;QD=46.71;RPA=4,1;RU=T;SB=-1.137e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,63:68:99:3218,187,0 chrII 274217 . C CT 515.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.348;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=475.0609;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.733;QD=12.00;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=0.835;SB=-1.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,13:42:64:558,64,0 chrII 274310 . TAAA T 973.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=339.8396;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.95;MQ0=0;QD=29.51;SB=-5.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,22:33:81:1016,81,0 chrII 274314 . TATA T 931.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.058;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=307.8823;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.74;MQ0=0;MQRankSum=0.651;QD=33.28;ReadPosRankSum=3.058;SB=-4.500e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,22:28:47:974,47,0 chrII 274390 . GA G 1189.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=295.9556;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.98;MQ0=0;QD=23.33;RPA=6,5;RU=A;SB=-2.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,48:51:99:1232,132,0 chrII 280999 . CT C 2500.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=131.8959;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;QD=19.09;RPA=10,9;RU=T;SB=-8.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,100:131:99:2543,309,0 chrII 288704 . A ATT 3297 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=512.4126;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.25;MQ0=0;QD=32.32;RPA=7,9;RU=T;SB=-1.512e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,91:102:99:3297,268,0 chrII 292118 . G GA 1417.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.221;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=128.4560;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.927;QD=13.77;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.486;SB=-7.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,71:103:99:1460,140,0 chrII 292524 . T TC 6555 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=183;FS=0.000;HaplotypeScore=252.5814;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.81;MQ0=0;QD=35.82;SB=-2.937e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,175:183:99:6555,500,0 chrII 292608 . G GT 3744 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=1043.1850;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.89;MQ0=0;QD=23.85;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.643e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,138:157:99:3744,417,0 chrII 294163 . T TAA 1699.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=69.0802;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.60;MQ0=0;QD=23.61;RPA=10,12;RU=A;SB=-4.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,41:71:99:1742,156,0 chrII 294365 . C CA 1838.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=34.3414;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.17;MQ0=0;QD=20.21;RPA=8,9;RU=A;SB=-5.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,77:91:99:1881,218,0 chrII 296282 . AG A 2075.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=17.5409;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.44;RPA=3,2;RU=G;SB=-6.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,63:64:99:2118,184,0 chrII 299551 . A AGTG 9164 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.852;DP=207;FS=7.499;HaplotypeScore=2041.8176;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.01;MQ0=1;MQRankSum=-1.878;QD=44.27;ReadPosRankSum=2.424;SB=-3.825e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:64,142:205:99:9164,501,0 chrII 299554 . G GGAGGAAGAGAGC 20620 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=198;FS=0.000;HaplotypeScore=851.0016;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.69;MQ0=1;QD=104.14;SB=-8.574e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,11:196:99:20620,551,0 chrII 301355 . TTC T 4923 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=502.3896;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.32;MQ0=0;QD=35.16;SB=-8.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,136:128:99:4923,354,0 chrII 307442 . T TA 1146.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.781;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=196.7996;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.35;MQ0=0;MQRankSum=0.306;QD=14.16;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.257;SB=-4.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,42:80:99:1189,128,0 chrII 307517 . C CA 3012.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=492.3023;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.49;MQ0=0;QD=34.24;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.201e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,82:88:99:3055,247,0 chrII 307654 . AT A 1129.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.034;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=392.4326;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.11;MQ0=0;MQRankSum=0.848;QD=13.95;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.391;SB=-5.196e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,50:81:99:1172,119,0 chrII 308121 . A AC 4610 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=199.4980;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.60;MQ0=0;QD=36.88;SB=-2.036e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,123:125:99:4610,353,0 chrII 310328 . G GT 4599 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=167;FS=0.000;HaplotypeScore=114.8631;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.54;MQ0=0;QD=27.54;RPA=3,4;RU=T;SB=-2.194e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,157:167:99:4599,448,0 chrII 311639 . G GTT 3126.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=368.2458;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.25;MQ0=0;QD=30.36;RPA=6,8;RU=T;SB=-1.377e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,79:102:99:3169,256,0 chrII 311665 . TA T 3204.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=503.2703;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.96;MQ0=0;QD=29.68;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.323e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,98:108:99:3247,292,0 chrII 316945 . C CA 1098.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.696;DP=80;FS=6.492;HaplotypeScore=649.4734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.78;MQ0=0;MQRankSum=0.316;QD=13.74;RPA=3,4;RU=A;ReadPosRankSum=2.973;SB=-3.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,32:80:27:1138,0,27 chrII 321859 . C CTTA 5873 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=766.2006;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.58;MQ0=0;QD=42.56;RPA=2,3;RU=TTA;SB=-1.822e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,110:138:99:5873,346,0 chrII 324754 . A ATAGGACGT 15576 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=221;FS=0.000;HaplotypeScore=447.3515;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=70.48;RPA=1,2;RU=TAGGACGT;SB=-5.476e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:56,164:221:99:15576,488,0 chrII 326158 . C CT 3830 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=492.2849;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.50;MQ0=0;QD=27.16;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.723e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,137:141:99:3830,388,0 chrII 333254 . TC T 4310 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=548.3293;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.45;MQ0=0;QD=32.41;RPA=2,1;RU=C;SB=-2.026e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,125:132:99:4310,355,0 chrII 338476 . GT G 5532 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=175;FS=0.000;HaplotypeScore=56.5440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.87;MQ0=0;QD=31.61;RPA=3,2;RU=T;SB=-2.682e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,159:175:99:5532,484,0 chrII 341168 . AC A 6077 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=191;FS=0.000;HaplotypeScore=511.0817;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=31.82;RPA=3,2;RU=C;SB=-2.263e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,181:191:99:6077,524,0 chrII 341546 . GT G 3939 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=607.4877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.51;MQ0=0;QD=26.09;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.597e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,140:151:99:3939,409,0 chrII 342967 . A AT 655.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=12.2088;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.96;MQ0=0;QD=20.50;RPA=7,8;RU=T;SB=-5.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,28:32:78:698,78,0 chrII 343434 . A AT 4502 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=185;FS=0.000;HaplotypeScore=683.6280;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.76;MQ0=0;QD=24.34;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.868e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,169:185:99:4502,489,0 chrII 349449 . TA T 2268.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=869.1298;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.55;MQ0=0;QD=20.44;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.029e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,95:111:99:2311,276,0 chrII 349816 . A AAT 4439 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=611.0677;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=43.52;SB=-2.204e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,87:102:99:4439,288,0 chrII 349818 . CA C 3103.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=665.7026;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.19;MQ0=0;QD=33.38;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.538e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,87:93:99:3146,271,0 chrII 350216 . T TG 8612 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=240;FS=0.000;HaplotypeScore=3804.3839;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.25;MQ0=0;QD=35.88;RPA=1,2;RU=G;SB=-3.563e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,202:240:99:8612,701,0 chrII 350378 . A AC 7084 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=207;FS=0.000;HaplotypeScore=667.8796;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.80;MQ0=0;QD=34.22;RPA=1,2;RU=C;SB=-2.577e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,184:207:99:7084,569,0 chrII 351083 . CA C 2444.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=35.7910;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.35;MQ0=0;QD=26.87;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.040e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,89:91:99:2487,258,0 chrII 351230 . CA C 2084.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.385;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=45.2444;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.269;QD=16.29;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.578;SB=-5.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,100:128:99:2127,244,0 chrII 351456 . GC G 750.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.530;DP=162;FS=6.015;HaplotypeScore=2435.2461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.77;MQ0=0;MQRankSum=-3.867;QD=4.64;ReadPosRankSum=8.436;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,68:162:99:790,0,574 chrII 351458 . TGTGGTTTGCCTTGTAAGC T 12001 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.218;DP=155;FS=8.599;HaplotypeScore=1275.5405;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.671;QD=77.43;ReadPosRankSum=9.294;SB=-5.019e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,68:155:99:12001,0,703 chrII 351945 . C CTAAGTAAATAAA 6686 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=216.7045;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.95;MQ0=0;QD=70.38;RPA=1,2;RU=TAAGTAAATAAA;SB=-3.075e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:60,31:95:99:6686,180,0 chrII 353485 . 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TA T 2821.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=40.3748;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.96;MQ0=0;QD=21.06;RPA=10,9;RU=A;SB=-1.420e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,123:134:99:2864,350,0 chrII 380871 . A AAAC 7471 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=189;FS=0.000;HaplotypeScore=324.6160;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.54;MQ0=0;QD=39.53;RPA=1,2;RU=AAC;SB=-2.887e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,160:189:99:7471,452,0 chrII 381140 . G GT 2859.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=36.3859;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.87;MQ0=0;QD=21.34;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.080e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,111:134:99:2902,315,0 chrII 381537 . CAACTCCGTGTGTACCCCT C 25293 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=210;FS=0.000;HaplotypeScore=53.0375;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.32;MQ0=0;QD=120.44;RPA=2,1;RU=AACTCCGTGTGTACCCCT;SB=-1.005e+04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:60,149:210:99:25293,430,0 chrII 382925 . T TG 2914.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=27.2885;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.35;MQ0=0;QD=29.44;RPA=2,3;RU=G;SB=-1.454e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,85:99:99:2957,265,0 chrII 383052 . TA T 1784.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=96.1153;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.11;MQ0=0;QD=18.03;RPA=12,11;RU=A;SB=-9.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,74:99:99:1827,233,0 chrII 383176 . C CG 2660.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=204.6300;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=30.94;RPA=2,3;RU=G;SB=-1.065e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,81:86:99:2703,232,0 chrII 386207 . C CAA 238.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.820;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=21.5501;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=1.175;QD=4.60;RPA=19,21;RU=A;ReadPosRankSum=-2.585;SB=-1.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,13:52:69:278,0,69 chrII 389425 . TC T 2488.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.745;DP=106;FS=14.185;HaplotypeScore=631.9039;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.59;MQ0=0;MQRankSum=1.133;QD=23.48;ReadPosRankSum=2.929;SB=-8.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,92:105:99:2531,247,0 chrII 389429 . CG C 2398.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=632.2532;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.59;MQ0=0;QD=24.23;SB=-8.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,92:98:99:2441,290,0 chrII 391492 . GA G 4423 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=196;FS=0.000;HaplotypeScore=50.6180;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.57;MQ0=0;QD=22.57;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.891e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,180:196:99:4423,516,0 chrII 395042 . G GAA 599.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=45.4242;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.47;MQ0=0;QD=16.67;RPA=12,14;RU=A;SB=-3.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,13:35:60:642,60,0 chrII 395476 . TGCTGGAGTA T 8800 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=258.2160;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.31;MQ0=0;QD=63.77;RPA=2,1;RU=GCTGGAGTA;SB=-4.347e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,107:138:99:8800,310,0 chrII 406235 . G GA 3565 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=329.7144;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.42;MQ0=0;QD=24.42;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.619e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,134:146:99:3565,375,0 chrII 406430 . GA G 1771.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.702;DP=108;FS=2.976;HaplotypeScore=40.4465;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=1;MQRankSum=-1.418;QD=16.41;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.100;SB=-8.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,75:107:99:1814,209,0 chrII 407734 . CT C 2710.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=37.5446;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.13;MQ0=0;QD=18.19;RPA=10,9;RU=T;SB=-1.081e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,119:149:99:2753,335,0 chrII 415720 . TA T 3820 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=625.3157;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.39;MQ0=0;QD=31.31;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.234e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,119:122:99:3820,356,0 chrII 419386 . CA C 4430 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;FS=0.000;HaplotypeScore=55.8004;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.23;MQ0=0;QD=27.18;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.847e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,155:163:99:4430,454,0 chrII 420372 . TGTA T 5628 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=175;FS=0.000;HaplotypeScore=375.7492;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.19;MQ0=0;QD=32.16;RPA=7,6;RU=GTA;SB=-2.511e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,127:175:99:5628,376,0 chrII 423400 . T TA 1949.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.279;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=207.1913;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=0.601;QD=20.31;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.310;SB=-7.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,77:96:99:1992,188,0 chrII 423438 . GAA G 3202.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=197.7084;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.49;MQ0=0;QD=30.22;RPA=9,7;RU=A;SB=-1.089e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,93:106:99:3245,277,0 chrII 431364 . CT C 5609 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=200;FS=0.000;HaplotypeScore=62.1110;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.43;MQ0=0;QD=28.05;RPA=4,3;RU=T;SB=-2.204e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,192:200:99:5609,550,0 chrII 434300 . CAA C 2741.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.653;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=165.3623;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=0.856;QD=23.04;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.896;SB=-1.220e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,90:119:99:2784,257,0 chrII 436904 . GA G 4805 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=371.6183;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.35;MQ0=0;QD=31.82;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.525e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,142:151:99:4805,412,0 chrII 444706 . GT G 3347 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=229.8239;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.22;MQ0=0;QD=21.88;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.543e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,140:153:99:3347,399,0 chrII 452274 . G GA 1104.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.377;DP=70;FS=3.093;HaplotypeScore=142.1495;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.677;QD=15.79;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.210;SB=-5.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,38:70:99:1147,106,0 chrII 452394 . G GAAGA 4468 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=551.6795;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.92;MQ0=0;QD=51.95;RPA=1,2;RU=AAGA;SB=-2.151e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,72:86:99:4468,226,0 chrII 453266 . TA T 2215.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=264.4121;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.11;MQ0=0;QD=24.62;RPA=5,4;RU=A;SB=-8.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,87:90:99:2258,234,0 chrII 454635 . A AT 2208.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.693;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=31.5957;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=1.538;QD=19.04;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.915;SB=-1.098e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,78:116:99:2251,244,0 chrII 455756 . GGCAACA G 11973 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=249;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=421.4400;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.06;MQ0=0;QD=48.08;RPA=5,4;RU=GCAACA;SB=-5.884e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:76,171:249:99:11973,512,0 chrII 460258 . C CTATTTGTTGGTTCTA 16093 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=27.5572;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.24;MQ0=0;QD=130.84;SB=-6.111e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,75:123:99:16093,307,0 chrII 464028 . T TTTTTGC 9391 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.983;DP=250;DS;FS=1.987;HaplotypeScore=1003.7187;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.16;MQ0=5;MQRankSum=2.885;QD=37.56;ReadPosRankSum=5.354;SB=-2.603e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:77,156:244:99:9391,249,0 chrII 465696 . CTGCTGTTGTTGT C 9273 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=245.2661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.26;MQ0=0;QD=61.82;RPA=2,1;RU=TGCTGTTGTTGT;SB=-3.044e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:56,90:150:99:9273,259,0 chrII 466490 . G GA 4324 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.164;DP=231;DS;FS=8.195;HaplotypeScore=107.5877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.440;QD=18.72;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.064;SB=-1.729e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,183:231:99:4324,376,0 chrII 467073 . CT C 2995.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=290.7478;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.20;RPA=10,9;RU=T;SB=-9.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,121:156:99:3038,371,0 chrII 467104 . TA T 3790 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=288.1139;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.27;MQ0=0;QD=23.40;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.380e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,155:162:99:3790,438,0 chrII 477015 . G GT 4067 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.752;DP=181;FS=0.000;HaplotypeScore=705.4244;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.81;MQ0=0;MQRankSum=0.365;QD=22.47;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.068;SB=-1.651e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,151:181:99:4067,430,0 chrII 477089 . GTATATATATA G 9929 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=193.9085;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.25;MQ0=0;QD=75.79;RPA=10,5;RU=TA;SB=-3.809e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:52,77:131:99:9929,268,0 chrII 477609 . GT G 2959.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=49.3011;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.00;MQ0=0;QD=20.70;RPA=9,8;RU=T;SB=-6.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,128:143:99:3002,365,0 chrII 479153 . AG A 2359.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=180.6678;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.55;MQ0=0;QD=25.65;RPA=7,6;RU=G;SB=-5.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,80:91:99:2402,237,0 chrII 479272 . CAAA C 2406.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=99.5647;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.69;MQ0=0;QD=33.43;RPA=14,11;RU=A;SB=-1.224e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,54:72:99:2449,177,0 chrII 486949 . C CTCATATTCATAT 10342 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=89.8649;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.66;MQ0=0;QD=94.88;RPA=3,5;RU=TCATAT;SB=-4.616e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,87:109:99:10342,262,0 chrII 490686 . A AGGGGCCTTCCGTCCACGGCAC 32767 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=215;FS=0.000;HaplotypeScore=222.0927;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.34;MQ0=0;QD=152.40;SB=-9.954e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:129,84:215:99:32767,572,0 chrII 491090 . C CT 1999.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.569;DP=183;DS;FS=4.874;HaplotypeScore=137.7162;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=0.558;QD=10.93;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.838;SB=-5.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,83:183:99:2039,0,138 chrII 492950 . GAA G,GA 635.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.031;DP=108;FS=4.756;HaplotypeScore=116.1677;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.234;QD=5.89;RPA=19,17,18;RU=A;ReadPosRankSum=1.216;SB=-3.626e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:65,14,1:107:99:714,156,562,144,0,238 chrII 494315 . GA G 2335.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=26.6801;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.66;MQ0=0;QD=20.31;RPA=9,8;RU=A;SB=-8.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,100:115:99:2378,282,0 chrII 499336 . GA G 1506.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.293;DP=72;FS=3.078;HaplotypeScore=83.9818;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=1.093;QD=20.93;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.679;SB=-7.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,65:72:99:1549,174,0 chrII 499600 . ATAAATTTGGAGGCAGTCAATG A 9985 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=57.0854;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.64;MQ0=0;QD=181.55;SB=-4.885e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,46:55:99:9985,138,0 chrII 501489 . GA G 7399 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=204;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=244.1623;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.95;MQ0=0;QD=36.27;SB=-2.245e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,201:204:99:7399,596,0 chrII 504355 . CCA C 2828.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=48.5903;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.40;MQ0=0;QD=27.73;RPA=10,9;RU=CA;SB=-9.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,72:102:99:2871,241,0 chrII 505412 . CAA C 2097.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=295.8763;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.00;MQ0=0;QD=18.57;RPA=14,12;RU=A;SB=-4.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,67:112:99:2140,184,0 chrII 533263 . A ACC 4506 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=1409.5274;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.44;MQ0=0;QD=43.75;SB=-2.091e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:103:99:4506,301,0 chrII 533393 . TG T 3744 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;FS=0.000;HaplotypeScore=1159.6079;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.14;MQ0=0;QD=22.55;SB=-1.865e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,145:166:99:3744,434,0 chrII 533396 . CT C 4303 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=985.7448;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.14;MQ0=0;QD=28.69;SB=-2.089e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,145:150:99:4303,441,0 chrII 533610 . C CCAGA 6546 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.984;DP=150;FS=3.114;HaplotypeScore=761.3980;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.69;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=43.64;ReadPosRankSum=1.295;SB=-3.266e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,110:150:99:6546,378,0 chrII 533611 . T TTA 3478 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.190;DP=150;FS=9.969;HaplotypeScore=1034.7812;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.69;MQ0=0;MQRankSum=2.905;QD=23.19;ReadPosRankSum=6.780;SB=-1.706e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,110:150:99:3478,0,428 chrII 539767 . T TA 2445.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=226.1206;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=23.52;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.242e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,95:104:99:2488,261,0 chrII 541062 . A ATCT 6503 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=401.4828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.89;MQ0=0;QD=50.80;RPA=1,2;RU=TCT;SB=-2.218e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,126:128:99:6503,367,0 chrII 541503 . A ATTG 2243.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=450.1579;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.68;MQ0=0;QD=45.80;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:2286,147,0 chrII 553305 . CT C 2293.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=34.5419;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.54;MQ0=0;QD=21.85;RPA=7,6;RU=T;SB=-6.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,96:105:99:2336,261,0 chrII 553512 . G GA 1303.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.138;DP=91;FS=1.769;HaplotypeScore=33.7075;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.479;QD=14.33;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.458;SB=-4.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,61:91:63:1346,63,0 chrII 556210 . GAT G 3342 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.327;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=44.7606;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.474;QD=28.08;RPA=7,6;RU=AT;ReadPosRankSum=-0.700;SB=-1.230e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,94:118:99:3342,244,0 chrII 559930 . C CA 1166.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.817;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=163.9261;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.013;QD=19.13;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.948;SB=-2.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,50:61:99:1209,133,0 chrII 571328 . C CAA 364.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.464;DP=77;FS=24.860;HaplotypeScore=36.2403;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.40;MQ0=0;MQRankSum=1.654;QD=4.74;RPA=18,20;RU=A;ReadPosRankSum=-2.403;SB=-6.801e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,16:72:40:404,0,40 chrII 576030 . TAA T 1639.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=37.7162;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=16.57;RPA=16,14;RU=A;ReadPosRankSum=0.334;SB=-6.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,48:99:99:1682,166,0 chrII 589544 . AT A 2126.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.506;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=38.5144;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.64;MQ0=0;MQRankSum=1.506;QD=18.18;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.054;SB=-1.036e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,96:117:99:2169,249,0 chrII 593186 . A AT 1919.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=98.4162;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.57;MQ0=0;QD=25.26;RPA=5,6;RU=T;SB=-6.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,73:76:99:1962,204,0 chrII 595348 . TG T 4159 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=284.4045;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.80;MQ0=0;QD=34.66;SB=-1.584e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,110:118:99:4159,322,0 chrII 595518 . T TA 3697 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=465.9203;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.23;MQ0=0;QD=31.07;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.722e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,101:117:99:3697,304,0 chrII 610424 . T TA 4110 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=37.3807;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.45;MQ0=0;QD=27.77;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.724e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,138:148:99:4110,394,0 chrII 618809 . T TA 4705 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=919.2309;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.83;MQ0=0;QD=32.23;RPA=1,2;RU=A;SB=-2.336e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,132:146:99:4705,394,0 chrII 628558 . GT G 420.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.047;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=40.7065;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.980;QD=5.40;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.714;SB=-2.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,27:78:99:460,0,149 chrII 642993 . CA C 2339.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.723;DP=133;FS=3.053;HaplotypeScore=54.4276;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.429;QD=17.59;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.757;SB=-1.148e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,111:133:99:2382,282,0 chrII 643272 . T TC 3112.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=24.6183;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.69;MQ0=0;QD=29.65;RPA=2,3;RU=C;SB=-1.221e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,97:104:99:3155,274,0 chrII 643369 . GT G 952.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.367;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=46.9499;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.043;QD=25.08;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=2.281;SB=-2.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,25:38:57:995,57,0 chrII 646128 . AT A 68.48 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4643;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=11.41;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:12:110,12,0 chrII 647590 . AT A 2084.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.502;DP=118;FS=2.994;HaplotypeScore=35.3062;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.16;MQ0=0;MQRankSum=0.338;QD=17.67;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.259;SB=-9.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,93:118:99:2127,241,0 chrII 649337 . TCAG T 5568 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=185;FS=0.000;HaplotypeScore=357.0598;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.80;MQ0=0;QD=30.10;RPA=9,8;RU=CAG;SB=-2.062e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,140:185:99:5568,394,0 chrII 650261 . C CACACACACACATATATAT 2641.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=20.4280;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.57;MQ0=0;QD=91.10;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,12:29:81:2684,81,0 chrII 655336 . T TCA 5816 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=43.1624;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.66;MQ0=0;QD=45.09;SB=-2.320e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,123:129:99:5816,364,0 chrII 655555 . G GAA 3387 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=27.6894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.78;MQ0=0;QD=36.42;RPA=3,5;RU=A;SB=-1.348e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,77:93:99:3387,250,0 chrII 679399 . C CTAT 4223 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=27.5235;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=40.22;RPA=2,3;RU=TAT;SB=-1.401e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,80:105:99:4223,247,0 chrII 680339 . TAA T 4567 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.945;DP=194;DS;FS=4.055;HaplotypeScore=75.3285;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.91;MQ0=0;MQRankSum=-1.543;QD=23.54;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.656;SB=-1.768e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,147:194:99:4567,393,0 chrII 694611 . T TA 450.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.624;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=17.0690;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.069;QD=12.88;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.763;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,17:35:49:493,49,0 chrII 694777 . T TA 571.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.800;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=49.4681;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.267;QD=19.72;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.400;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,27:29:53:614,53,0 chrII 698052 . CA C 2152.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=209.7257;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.12;MQ0=0;QD=20.12;RPA=7,6;RU=A;SB=-9.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,85:107:99:2195,254,0 chrII 698074 . AG A 492.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.981;DP=110;FS=135.544;HaplotypeScore=556.0231;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.957;QD=4.48;ReadPosRankSum=1.831;SB=-6.774e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,28:110:99:532,0,600 chrII 698250 . TCTGTTAACA T 7842 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=20.1201;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.48;MQ0=0;QD=93.36;SB=-3.720e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,82:84:99:7842,238,0 chrII 700146 . C CT 1337.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=300.4147;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.51;MQ0=0;QD=20.27;RPA=6,7;RU=T;SB=-2.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,53:66:99:1380,150,0 chrII 700448 . CT C 2098.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=204.0874;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.21;MQ0=0;QD=20.18;RPA=9,8;RU=T;SB=-5.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,96:104:99:2141,257,0 chrII 701871 . C CTA 2804.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=198.9950;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.79;MQ0=0;QD=29.22;RPA=5,6;RU=TA;SB=-8.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,72:95:99:2847,214,0 chrII 704437 . T TTC 3485 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=300.9039;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.33;MQ0=0;QD=36.68;SB=-1.472e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,77:95:99:3485,264,0 chrII 707509 . CA C 2685.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=235.2232;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.32;MQ0=0;QD=25.34;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.165e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,99:106:99:2728,282,0 chrII 712763 . A AAT 3895 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=422.9556;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.85;MQ0=0;QD=40.57;SB=-1.222e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,77:96:99:3895,271,0 chrII 712783 . ACTAATATATAGG A 4637 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=368.3020;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.75;MQ0=0;QD=57.96;RPA=4,3;RU=CTAATATATAGG;SB=-2.251e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,36:80:99:4637,114,0 chrII 714480 . GT G 3701 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=191.5279;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.48;MQ0=0;QD=28.25;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.327e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,128:131:99:3701,361,0 chrII 714609 . TA T 1599.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.020;DP=94;FS=3.582;HaplotypeScore=201.9175;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.163;QD=17.02;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.925;SB=-6.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,76:94:99:1642,192,0 chrII 718967 . TGTTTGCCA T 10844 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=126.3946;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.31;MQ0=0;QD=88.16;SB=-4.840e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,113:123:99:10844,331,0 chrII 720641 . C CT 1296.38 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.782;DP=110;FS=2.914;HaplotypeScore=217.7081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.068;QD=11.79;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.762;SB=-5.714e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,60:110:7:1335,0,7 chrII 721119 . CA C 3974 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=1095.8963;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.24;MQ0=0;QD=32.57;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.724e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,118:122:99:3974,337,0 chrII 721265 . GA G 1980.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.429;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=66.4406;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.30;MQ0=0;MQRankSum=1.485;QD=14.46;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.598;SB=-8.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,93:137:99:2023,190,0 chrII 723663 . CAAAA C 4429 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.097;DP=105;FS=7.935;HaplotypeScore=47.3376;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.176;QD=42.18;RPA=15,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.955;SB=-1.733e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,88:105:99:4429,240,0 chrII 726988 . GAT G 5903 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=397.0893;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.18;MQ0=0;QD=38.33;RPA=3,2;RU=AT;SB=-2.692e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,141:154:99:5903,424,0 chrII 727085 . GT G 5456 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=210;FS=0.000;HaplotypeScore=64.5726;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=25.98;RPA=5,4;RU=T;SB=-2.582e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,202:210:99:5456,565,0 chrII 732523 . AT A 1348.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=193.7217;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;QD=16.86;RPA=11,10;RU=T;SB=-6.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,64:80:99:1391,173,0 chrII 736139 . G GT 3924 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=565.2189;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.67;MQ0=0;QD=29.28;SB=-1.829e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,125:134:99:3924,370,0 chrII 738469 . C CA 1807.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.138;DP=100;FS=12.895;HaplotypeScore=42.3866;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.863;QD=18.08;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.188;SB=-5.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,78:100:99:1850,182,0 chrII 742040 . C CATAT 1712.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=107.4583;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.82;MQ0=0;QD=32.94;RPA=5,7;RU=AT;SB=-5.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,23:52:99:1755,102,0 chrII 742690 . TC T 4049 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=501.6297;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;QD=32.39;SB=-1.826e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,120:125:99:4049,340,0 chrII 746362 . CATCTGCA C 10604 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=32.4009;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.03;MQ0=0;QD=74.15;RPA=2,1;RU=ATCTGCA;SB=-4.688e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,127:143:99:10604,373,0 chrII 761081 . A AAT 2962.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=1439.2468;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.09;MQ0=0;QD=33.67;SB=-1.420e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,64:88:99:3005,225,0 chrII 761111 . A AT 2647.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=1275.2167;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.39;MQ0=0;QD=27.30;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.272e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,85:97:99:2690,256,0 chrII 767793 . GA G 1546.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.431;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=46.6235;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.607;QD=12.78;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.800;SB=-7.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,75:121:99:1589,130,0 chrII 768073 . A AT 3453 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=159.2030;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.12;MQ0=0;QD=25.77;RPA=4,5;RU=T;SB=-8.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,122:134:99:3453,352,0 chrII 768183 . TA T 2591.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=202.0816;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;QD=20.90;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.202e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,103:124:99:2634,297,0 chrII 773703 . C CA 2264.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.094;DP=150;FS=9.625;HaplotypeScore=54.9561;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=3;MQRankSum=2.265;QD=15.10;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.248;SB=-1.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,107:146:99:2307,170,0 chrII 773801 . A ATTT 1261.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=98.7494;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;QD=22.94;RPA=11,14;RU=T;SB=-2.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,21:55:99:1304,104,0 chrII 777906 . ATTT A 2503.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=201.4566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.29;MQ0=0;QD=26.92;RPA=15,12;RU=T;SB=-1.162e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,54:93:99:2546,188,0 chrII 779864 . A ACAACAGTCC 21312 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=244;FS=0.000;HaplotypeScore=432.0468;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.92;MQ0=0;QD=87.34;SB=-8.206e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:58,178:244:99:21312,659,0 chrII 780398 . GCAA G 8699 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.245;DP=235;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=2633.3869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.60;MQ0=2;MQRankSum=-1.363;QD=37.02;ReadPosRankSum=0.546;SB=-3.064e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:141,94:232:99:8699,520,0 chrII 784713 . C CT 882.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.845;DP=92;FS=7.151;HaplotypeScore=89.7269;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.58;MQ0=0;MQRankSum=1.443;QD=9.60;RPA=14,15;RU=T;ReadPosRankSum=-0.429;SB=-4.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:57,28:88:40:925,40,0 chrII 784824 . G GAA,GA 1009.98 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=232.5332;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=47.35;MQ0=0;QD=17.72;RPA=12,14,13;RU=A;SB=-4.309e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:11,34,8:57:56:1088,166,56,636,0,529 chrII 785532 . G GA 3955 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=226.2534;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=24.87;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.838e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,132:159:99:3955,397,0 chrII 785659 . G GA 4802 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=350.9856;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;QD=30.98;RPA=2,3;RU=A;SB=-2.372e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,152:155:99:4802,433,0 chrII 786732 . A AT 2684.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=369.0882;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.94;MQ0=0;QD=20.50;RPA=8,9;RU=T;SB=-9.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,107:131:99:2727,306,0 chrII 788591 . G GT 2399.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=36.0898;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.96;MQ0=0;QD=22.86;RPA=7,8;RU=T;SB=-9.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,93:105:99:2442,270,0 chrII 796572 . A ACT 1441.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=534.4097;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=36.97;RPA=2,3;RU=CT;SB=-4.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,36:39:99:1484,108,0 chrII 796611 . ATGG A 2492.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=566.7688;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.00;MQ0=0;QD=53.04;SB=-9.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:47:99:2535,135,0 chrII 799093 . CT C 2816.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=418.3253;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=23.47;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.065e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,97:120:99:2859,309,0 chrII 799164 . TA T 3908 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=378.1037;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.92;MQ0=0;QD=32.84;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.717e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,114:119:99:3908,328,0 chrII 799394 . A AT 3094.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=29.8396;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=0;QD=23.99;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.347e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,115:129:99:3137,330,0 chrII 799916 . ATATCTATT A 8825 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=278.2957;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.41;MQ0=0;QD=88.25;SB=-3.776e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,85:100:99:8825,271,0 chrII 799959 . AT A 3577 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.497;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=1122.0099;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.555;QD=31.94;ReadPosRankSum=0.992;SB=-1.750e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,96:112:99:3577,306,0 chrII 802026 . GTTC G 12069 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=337.4940;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.09;MQ0=0;QD=48.28;RPA=2,1;RU=TTC;SB=-5.953e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,240:250:99:12069,695,0 chrII 802300 . TAA T 7319 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=244;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1241.2567;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.94;MQ0=0;QD=30.00;RPA=10,8;RU=A;SB=-3.231e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,223:244:99:7319,638,0 chrII 808116 . A AG 2113.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.290;DP=134;FS=20.553;HaplotypeScore=250.8387;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.29;MQ0=37;MQRankSum=3.115;QD=15.78;RPA=2,3;RU=G;ReadPosRankSum=1.290;SB=-2.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,106:76:88:2156,88,0 chrII 808291 . TA T 2340.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=363.1155;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.33;MQ0=19;QD=27.54;RPA=2,1;RU=A;SB=-2.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,83:66:99:2383,199,0 chrII 809423 . C CTGAT 8071 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.525;DP=194;DS;FS=39.753;HaplotypeScore=225.9956;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.94;MQ0=12;MQRankSum=2.679;QD=41.60;RPA=1,2;RU=TGAT;ReadPosRankSum=3.104;SB=-1.546e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,148:174:99:8071,0,970 chrII 809484 . CT C 987.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.586;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=344.3425;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.55;MQ0=10;MQRankSum=0.264;QD=7.26;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.831;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:77,43:68:87:1030,87,0 chrII 809667 . T TG 418.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.470;DP=39;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=66.8303;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.06;MQ0=20;MQRankSum=-1.470;QD=10.72;ReadPosRankSum=1.470;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,33:17:18:460,18,0 chrII 812984 . T TG 150.94 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=155.5506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.13;MQ0=2;MQRankSum=0.742;QD=11.61;RPA=2,3;RU=G;ReadPosRankSum=0.742;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,6:7:3:189,0,3 chrII 812994 . T TAGA 331.03 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=139.2599;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.09;MQ0=0;QD=30.09;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,6:7:21:373,21,0 chrII 813002 . GA G 84.13 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=164.0132;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.64;MQ0=2;QD=6.01;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,7:7:17:126,17,0 chrII 813004 . GAT G 127.17 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=140.9798;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.86;MQ0=2;QD=9.78;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,7:6:16:169,16,0 chrII 813056 . TG T 363.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=179.6248;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.64;MQ0=9;QD=11.74;RPA=4,3;RU=G;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,23:12:36:406,36,0 chrIII 129 . A AC 1080.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.405;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=479.5103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.33;MQ0=5;MQRankSum=0.093;QD=8.65;RPA=1,2;RU=C;ReadPosRankSum=-1.783;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,49:103:99:1120,0,878 chrIII 363 . C CT 891.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.133;DP=88;FS=5.919;HaplotypeScore=1179.0009;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.30;MQ0=0;MQRankSum=1.044;QD=10.14;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=0.449;SB=-6.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,25:74:99:931,0,187 chrIII 438 . TC T 2607.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.161;DP=250;DS;FS=98.186;HaplotypeScore=2780.6589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.16;MQ0=3;MQRankSum=2.272;QD=10.43;ReadPosRankSum=3.903;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:146,96:206:99:2647,0,1297 chrIII 609 . G GT 311.09 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.614;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=416.5770;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.94;MQ0=1;MQRankSum=-0.420;QD=8.64;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=1.581;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,21:25:5:351,5,0 chrIII 612 . C CT 693.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.083;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=532.5134;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.03;MQ0=1;MQRankSum=1.609;QD=14.46;ReadPosRankSum=2.593;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,12:37:65:736,65,0 chrIII 630 . GT G 305.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.165;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=1290.4746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.74;MQ0=1;MQRankSum=4.949;QD=2.59;ReadPosRankSum=1.103;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,33:91:99:345,0,761 chrIII 633 . T TA 799.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=1267.1217;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.74;MQ0=1;QD=6.78;RPA=1,2;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:85,32:91:99:842,178,0 chrIII 682 . C CAT 2492.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.448;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=3535.4120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.58;MQ0=4;MQRankSum=3.746;QD=9.97;ReadPosRankSum=0.045;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:162,86:215:99:2532,0,6015 chrIII 748 . GTA G 437.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.572;DP=58;DS;FS=20.808;HaplotypeScore=1285.2438;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.96;MQ0=2;MQRankSum=1.491;QD=7.55;RPA=3,2;RU=TA;ReadPosRankSum=0.971;SB=-6.001e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,15:56:99:477,0,503 chrIII 757 . A AC 453.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.574;DP=37;DS;FS=30.065;HaplotypeScore=825.2007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.63;MQ0=2;MQRankSum=1.776;QD=12.27;ReadPosRankSum=0.241;SB=-5.001e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,16:35:99:493,0,386 chrIII 761 . CA C 469.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.955;DP=32;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=693.4541;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.86;MQ0=2;MQRankSum=0.151;QD=14.69;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=1.457;SB=-1.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,19:30:37:509,0,37 chrIII 1365 . AG A 6056 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=206;FS=0.000;HaplotypeScore=2861.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.82;MQ0=0;QD=29.40;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,201:201:99:6056,559,0 chrIII 1483 . CCAACAATTATAAA C 18054 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=236.4234;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.23;MQ0=0;QD=112.84;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,120:160:99:18054,376,0 chrIII 1904 . C CAA 3489 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.133;DP=196;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=306.9969;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.45;MQ0=0;MQRankSum=0.933;QD=17.80;RPA=10,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.400;SB=-9.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:50,128:195:99:3489,366,0 chrIII 2128 . GTA G 7427 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=225;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=2438.5519;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.10;MQ0=0;QD=33.01;RPA=3,2;RU=TA;SB=-3.634e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,193:225:99:7427,569,0 chrIII 3705 . TG T 7959 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=584.5404;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.48;MQ0=0;QD=31.84;SB=-2.497e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,237:250:99:7959,673,0 chrIII 4087 . A AC 3102.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=2944.7697;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.63;MQ0=0;QD=25.64;RPA=2,3;RU=C;SB=-4.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,120:121:99:3145,358,0 chrIII 4144 . GT G 2404.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=2677.4544;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.52;MQ0=0;QD=24.29;RPA=4,3;RU=T;SB=-2.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,84:99:99:2447,249,0 chrIII 5120 . C CATT 510.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=146.5806;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.14;MQ0=2;QD=3.38;RPA=1,2;RU=ATT;SB=-5.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,116:12:33:553,33,0 chrIII 5432 . T TCA 1193.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.580;DP=165;FS=0.000;HaplotypeScore=461.6271;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.13;MQ0=1;MQRankSum=0.057;QD=7.24;ReadPosRankSum=3.580;SB=-9.900e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,143:44:79:1236,79,0 chrIII 5433 . T TCTC 1782.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;FS=0.000;HaplotypeScore=419.0309;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.66;MQ0=1;QD=10.81;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,143:46:99:1825,132,0 chrIII 6444 . C CTTTTT 4825 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.700;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=995.7731;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.81;MQ0=6;MQRankSum=1.700;QD=33.28;ReadPosRankSum=1.020;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:61,57:111:99:4825,306,0 chrIII 6454 . TGCCC T 2058.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.254;DP=186;FS=0.000;HaplotypeScore=1392.2108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.61;MQ0=6;MQRankSum=-0.026;QD=11.07;ReadPosRankSum=-0.723;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:128,36:126:99:2098,0,1500 chrIII 8352 . C CTTT,CTT 1113.94 filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.031;DP=76;FS=3.358;HaplotypeScore=300.0491;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=33.75;MQ0=15;MQRankSum=0.157;QD=14.66;ReadPosRankSum=-0.850;SB=-5.249e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:22,6,40:61:99:1192,222,106,298,0,182 chrIII 8575 . CAAA C 1649.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=640.6043;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.66;MQ0=2;QD=16.50;RPA=20,17;RU=A;SB=-1.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,57:83:99:1692,126,0 chrIII 9181 . A AT,ATT 424.94 filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=52.2063;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=45.51;MQ0=9;QD=4.88;RPA=15,16,17;RU=T;SB=-4.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:61,13,9:69:98:503,164,98,182,0,131 chrIII 11324 . AG A 1373.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=573.7938;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.58;MQ0=0;QD=29.87;SB=-9.800e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:46:99:1416,132,0 chrIII 11495 . A AG 3697 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=108.8995;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.02;MQ0=2;QD=30.81;SB=-1.620e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,117:110:99:3697,322,0 chrIII 14115 . A ATAG 3005.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=484.3964;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.30;MQ0=0;QD=52.74;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,52:57:99:3048,172,0 chrIII 14236 . T TG 2711.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=542.8959;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.73;MQ0=0;QD=28.85;RPA=2,3;RU=G;SB=-8.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,85:94:99:2754,256,0 chrIII 14303 . CA C 1858.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=509.1365;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.07;MQ0=0;QD=19.78;RPA=9,8;RU=A;SB=-6.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,80:94:99:1901,239,0 chrIII 14590 . GA G 1948.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=490.5688;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.26;MQ0=0;QD=30.45;RPA=3,2;RU=A;SB=-5.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,63:64:99:1991,186,0 chrIII 15038 . T TC 2090.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=570.7272;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.67;MQ0=0;QD=22.73;RPA=4,5;RU=C;SB=-9.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,86:92:99:2133,225,0 chrIII 17192 . AT A 4897 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=177;FS=0.000;HaplotypeScore=63.7409;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.53;MQ0=0;QD=27.67;RPA=3,2;RU=T;SB=-2.382e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,171:177:99:4897,463,0 chrIII 18468 . T TCTGAAC 10399 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=54.8998;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.19;MQ0=0;QD=78.19;SB=-2.217e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,120:133:99:10399,382,0 chrIII 19674 . TTCA T 5548 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=120.7587;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.30;MQ0=0;QD=37.23;RPA=4,3;RU=TCA;SB=-2.338e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,133:149:99:5548,370,0 chrIII 29458 . ATTTGTTTATTTAT A 2960.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=97.7302;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.59;MQ0=0;QD=72.22;SB=-1.088e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,16:41:96:3003,96,0 chrIII 29470 . ATTTGTTGATTTGT ATTGTTGATTTGT,A 597.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.179;DP=38;FS=3.485;HaplotypeScore=303.7147;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=36.53;MQ0=0;MQRankSum=0.777;QD=15.74;ReadPosRankSum=1.494;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:24,0,0:38:99:676,199,315,372,0,1321 chrIII 29631 . C CTT 1998.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=372.7884;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.07;MQ0=0;QD=35.07;RPA=3,5;RU=T;SB=-4.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,54:57:99:2041,163,0 chrIII 37788 . C CAT 2274.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.624;DP=69;FS=7.648;HaplotypeScore=56.9887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.13;MQ0=0;MQRankSum=1.137;QD=32.97;RPA=4,5;RU=AT;ReadPosRankSum=1.570;SB=-3.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,65:69:99:2317,180,0 chrIII 39640 . C CG 2133.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=166.5057;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.72;MQ0=0;QD=23.45;RPA=5,6;RU=G;SB=-1.082e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,77:91:99:2176,234,0 chrIII 40884 . C CCAAAAAAAAAAAA 3054.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=167.4548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.44;MQ0=0;QD=50.08;SB=-5.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,24:60:99:3097,132,0 chrIII 41096 . A AG 5604 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=204;FS=0.000;HaplotypeScore=108.8905;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.81;MQ0=0;QD=27.47;RPA=3,4;RU=G;SB=-1.963e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,195:203:99:5604,559,0 chrIII 41571 . T TCCAAATGCTACGCAG 3090.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=170;FS=0.000;HaplotypeScore=64.4101;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.42;MQ0=0;QD=18.18;RPA=2,3;RU=CCAAATGCTACGCAG;SB=-1.119e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:104,66:170:99:3133,176,0 chrIII 48582 . A AT 1526.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=153.8825;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.96;MQ0=0;QD=16.60;RPA=7,8;RU=T;SB=-7.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,75:92:99:1569,186,0 chrIII 52436 . TATAC T 1526.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=99.3452;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.57;MQ0=0;QD=41.27;RPA=2,1;RU=ATAC;SB=-2.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,35:37:87:1569,87,0 chrIII 54924 . CA C 842 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.197;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=63.8206;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.069;QD=10.53;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.087;SB=-3.789e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,45:80:23:884,23,0 chrIII 57085 . CAT C 352.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=16.3576;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.73;MQ0=0;QD=27.15;SB=-1.967e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,10:13:31:395,31,0 chrIII 57237 . AAC A 589.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.124;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=116.4649;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.124;QD=18.44;ReadPosRankSum=0.124;SB=-4.400e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,20:32:58:632,58,0 chrIII 62746 . C CATATATATAT 397.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=81.1858;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=66.14;MQ0=0;QD=13.27;SB=-1.129e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,6:30:42:440,42,0 chrIII 63401 . CG C 5189 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=199;FS=0.000;HaplotypeScore=877.7023;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.84;MQ0=0;QD=26.08;SB=-1.961e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,185:199:99:5189,542,0 chrIII 70629 . TCAAGGTCAAGGTCAAGGA T 13774 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=205;FS=0.000;HaplotypeScore=74.6300;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.21;MQ0=0;QD=67.19;SB=-6.576e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:83,122:205:99:13774,355,0 chrIII 71391 . T TC 4080 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=470.0040;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.77;MQ0=0;QD=27.38;RPA=2,3;RU=C;SB=-1.383e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,133:149:99:4080,394,0 chrIII 71427 . AT A 1639.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=325.5389;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.86;MQ0=0;QD=15.92;RPA=9,8;RU=T;SB=-6.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,78:103:99:1682,210,0 chrIII 71752 . CT C 3949 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=189;FS=0.000;HaplotypeScore=76.6891;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.56;MQ0=0;QD=20.89;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.869e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,168:189:99:3949,453,0 chrIII 75470 . CT C 3812 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=592.9714;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.41;MQ0=0;QD=28.45;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.773e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,126:134:99:3812,370,0 chrIII 76009 . CT C 2691.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=61.5314;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.56;MQ0=0;QD=17.71;RPA=10,9;RU=T;SB=-1.026e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,133:152:99:2734,352,0 chrIII 78524 . CA C 2251.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=78.2505;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=17.46;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.125e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,106:129:99:2294,289,0 chrIII 78799 . A AT 2096.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.248;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=283.6490;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.009;QD=15.65;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.206;SB=-7.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,105:134:99:2139,213,0 chrIII 82273 . T TAAA 1585.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=248.8837;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.22;MQ0=0;QD=28.84;RPA=8,11;RU=A;SB=-1.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,26:55:99:1628,126,0 chrIII 82364 . TG T 306.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=121.3496;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.40;MQ0=0;QD=16.16;SB=-1.489e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,10:19:33:349,33,0 chrIII 82451 . GAAA G 443.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=135.6421;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.14;MQ0=0;QD=26.12;RPA=10,7;RU=A;SB=-1.779e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,11:17:33:486,33,0 chrIII 82577 . T TAA 466.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=141.1808;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.50;MQ0=0;QD=29.18;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:16:45:509,45,0 chrIII 84551 . A AC 843.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.467;DP=107;FS=53.040;HaplotypeScore=158.0789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=12.87;MQ0=75;MQRankSum=-2.335;QD=7.89;ReadPosRankSum=1.557;SB=-3.011e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,30:32:86:883,0,86 chrIII 90670 . A AT 530.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=759.2155;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=9.73;MQ0=138;QD=3.38;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:137,19:19:57:573,57,0 chrIII 90673 . TC T 451.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=760.8178;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=9.86;MQ0=134;QD=2.95;RPA=2,1;RU=C;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:134,19:19:57:494,57,0 chrIII 90696 . A AG 741.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.378;DP=206;FS=119.298;HaplotypeScore=1090.0168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=14.80;MQ0=127;MQRankSum=2.011;QD=3.60;ReadPosRankSum=6.378;SB=6.047e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:177,25:56:99:781,0,986 chrIII 90717 . GC G 211.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.308;DP=176;FS=83.899;HaplotypeScore=1109.7123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=15.86;MQ0=98;MQRankSum=1.557;QD=1.20;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=-0.331;SB=-7.870e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:161,14:55:99:251,0,924 chrIII 90725 . A ACG 421.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.308;DP=154;FS=83.899;HaplotypeScore=723.6345;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=15.26;MQ0=86;MQRankSum=1.434;QD=2.74;ReadPosRankSum=-4.989;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:137,14:45:99:461,0,1187 chrIII 92744 . TA T 1532.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.427;DP=114;FS=2.169;HaplotypeScore=222.9529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=0.378;QD=13.45;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.232;SB=-7.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,75:114:99:1575,174,0 chrIII 101285 . C CACTT 5995 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=46.0077;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.20;MQ0=0;QD=49.55;RPA=1,2;RU=ACTT;SB=-2.219e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,106:121:99:5995,316,0 chrIII 101876 . CTT C 594.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.589;DP=97;FS=31.996;HaplotypeScore=139.4845;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.01;MQ0=0;MQRankSum=1.076;QD=6.13;RPA=19,17;RU=T;ReadPosRankSum=0.548;SB=-4.027e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:62,26:97:15:636,15,0 chrIII 104471 . C CA 2182.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.171;DP=184;FS=16.893;HaplotypeScore=698.2855;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.96;MQ0=0;MQRankSum=0.320;QD=11.86;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=-0.540;SB=-1.108e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:77,96:184:99:2225,152,0 chrIII 105664 . T TGTTTTCG 20454 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=247;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=90.7756;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.20;MQ0=0;QD=82.81;SB=-6.004e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,202:247:99:20454,659,0 chrIII 108894 . C CATAT 383.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=59.4148;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.40;MQ0=0;QD=14.77;RPA=8,10;RU=AT;SB=-1.688e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,6:26:26:426,26,0 chrIII 112966 . ATTTTGAT A 11181 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=374.0515;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.11;MQ0=0;QD=84.70;SB=-4.489e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,124:132:99:11181,370,0 chrIII 114186 . CT C 2702.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=422.0557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.80;MQ0=0;QD=30.72;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.210e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,84:88:99:2745,250,0 chrIII 114918 . AT A 2862.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=94.8183;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.82;MQ0=0;QD=27.53;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.014e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,93:104:99:2905,271,0 chrIII 115204 . A AT 2733.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=283.9836;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=21.87;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.061e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,111:125:99:2776,321,0 chrIII 123478 . C CA 3451 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.332;DP=170;FS=0.000;HaplotypeScore=349.4678;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.55;MQ0=0;MQRankSum=0.897;QD=20.30;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.192;SB=-1.424e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,149:170:99:3451,399,0 chrIII 126767 . A AG 6345 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=176;FS=0.000;HaplotypeScore=318.4201;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.78;MQ0=0;QD=36.05;SB=-2.169e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,174:176:99:6345,518,0 chrIII 127172 . T TACCC 9965 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=169;FS=0.000;HaplotypeScore=306.2433;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.74;MQ0=0;QD=58.96;SB=-3.899e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,164:169:99:9965,497,0 chrIII 127804 . CT C 639.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.154;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=60.7066;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.668;QD=10.49;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.027;SB=-3.109e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,29:61:49:682,49,0 chrIII 128128 . A AT 625.24 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.521;DP=56;FS=1.845;HaplotypeScore=74.6263;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.85;MQ0=0;MQRankSum=1.635;QD=11.16;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=1.456;SB=-2.258e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,33:56:9:664,0,9 chrIII 128174 . GTGT G 3033.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=212.4933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.48;MQ0=0;QD=34.87;RPA=6,5;RU=TGT;SB=-9.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,72:87:99:3076,212,0 chrIII 128418 . CA C 2016.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=681.2113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.19;MQ0=0;QD=18.17;RPA=9,8;RU=A;SB=-8.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,91:111:99:2059,260,0 chrIII 128435 . G GATTTT 3681 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=479.8987;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.68;MQ0=0;QD=37.56;RPA=2,3;RU=ATTTT;SB=-1.823e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,57:98:99:3681,178,0 chrIII 130514 . TAAA T 2008.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=41.7914;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.10;MQ0=0;QD=29.12;RPA=12,9;RU=A;SB=-8.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,57:69:99:2051,147,0 chrIII 133281 . AG A 4049 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=57.4557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.65;MQ0=0;QD=27.17;RPA=3,2;RU=G;SB=-2.010e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,138:149:99:4049,397,0 chrIII 139499 . TTTC T 3663 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=55.7653;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.03;MQ0=0;QD=30.02;RPA=7,6;RU=TTC;SB=-1.799e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,90:122:99:3663,266,0 chrIII 142564 . 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C CT 1562.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=523.4859;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.57;MQ0=0;QD=21.71;RPA=4,5;RU=T;SB=-2.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,59:71:99:1605,174,0 chrIII 149691 . TC T 595.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=124.4401;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.51;MQ0=0;QD=29.80;RPA=2,1;RU=C;SB=-1.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:20:57:638,57,0 chrIII 149895 . G GC 2588.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=345.6790;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.37;MQ0=0;QD=35.96;SB=-6.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2631,217,0 chrIII 151108 . A AG 5439 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=224.6455;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.21;MQ0=0;QD=37.00;SB=-2.265e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,145:147:99:5439,424,0 chrIII 151274 . GA G 1833.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=31.1640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.72;MQ0=0;QD=19.30;RPA=6,5;RU=A;SB=-7.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,80:93:99:1876,213,0 chrIII 151492 . 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C CA 3736 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=212.8388;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.37;MQ0=0;QD=32.21;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.633e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,101:116:99:3736,325,0 chrIII 158486 . ATT A 2949.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=264.9243;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.37;MQ0=0;QD=25.43;RPA=11,9;RU=T;SB=-1.289e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,97:116:99:2992,279,0 chrIII 162712 . TA T 2775.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.253;DP=141;FS=3.823;HaplotypeScore=89.6257;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.141;QD=19.69;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.099;SB=-1.145e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,124:141:99:2818,342,0 chrIII 163192 . A AT 3430 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=45.4033;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.79;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.410e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,119:133:99:3430,349,0 chrIII 163371 . T TG 2494.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=156.1387;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;QD=27.42;RPA=2,3;RU=G;SB=-1.232e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,76:91:99:2537,246,0 chrIII 163395 . GA G 1681.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.847;DP=92;FS=2.931;HaplotypeScore=220.5527;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.464;QD=18.28;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.601;SB=-7.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,76:92:99:1724,190,0 chrIII 164232 . ATGC A 7401 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=228;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=674.7644;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.82;MQ0=0;QD=32.46;RPA=6,5;RU=TGC;SB=-3.115e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:52,175:228:99:7401,517,0 chrIII 164372 . A ATCG 9236 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=232;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=101.3335;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.21;MQ0=0;QD=39.81;RPA=2,3;RU=TCG;SB=-3.454e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:52,178:232:99:9236,590,0 chrIII 167039 . C CAG 5687 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=828.3222;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.58;MQ0=0;QD=40.91;RPA=1,2;RU=AG;SB=-2.230e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,136:139:99:5687,400,0 chrIII 168615 . T TAA 1161.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.799;DP=39;FS=22.974;HaplotypeScore=840.7215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.24;MQ0=3;MQRankSum=-2.858;QD=29.79;ReadPosRankSum=0.795;SB=-3.012e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,32:35:36:1201,0,36 chrIII 168619 . GAGAT G 1775.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.799;DP=39;FS=22.974;HaplotypeScore=779.3580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.24;MQ0=3;MQRankSum=-2.858;QD=45.54;ReadPosRankSum=0.972;SB=-3.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,32:35:92:1815,0,92 chrIII 169637 . A ATGAGG 6928 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=122.6520;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.55;MQ0=0;QD=57.73;RPA=1,2;RU=TGAGG;SB=-2.579e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,103:120:99:6928,310,0 chrIII 170412 . G GA 1890.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.150;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=915.3797;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.791;QD=19.49;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.321;SB=-9.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,81:97:99:1933,218,0 chrIII 170501 . TTC T 6015 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=1023.6834;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.10;MQ0=0;QD=37.83;SB=-2.840e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,144:159:99:6015,433,0 chrIII 172819 . G GT 2395.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=37.4381;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.44;MQ0=0;QD=24.45;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.105e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,92:98:99:2438,258,0 chrIII 173551 . CT C 2706.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.030;DP=163;FS=6.863;HaplotypeScore=336.8903;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.013;QD=16.61;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.328;SB=-1.196e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,130:163:99:2749,324,0 chrIII 178604 . T TAG 3889 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=48.3639;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.77;MQ0=0;QD=31.11;RPA=2,3;RU=AG;SB=-1.863e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,102:124:99:3889,295,0 chrIII 179498 . C CAA 4319 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=73.0704;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.17;MQ0=0;QD=27.86;RPA=9,11;RU=A;SB=-1.737e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,128:155:99:4319,406,0 chrIII 190273 . TTATA T 398.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=12.7753;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.02;MQ0=0;QD=16.62;RPA=7,5;RU=TA;SB=-1.489e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,14:24:27:441,27,0 chrIII 197465 . A AGATTACATCTGATAAAG 14658 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=276.7346;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.28;MQ0=0;QD=132.05;SB=-5.499e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,42:111:99:14658,292,0 chrIII 204418 . TCTTCCC T 10166 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=189;FS=0.000;HaplotypeScore=64.6046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.93;MQ0=0;QD=53.79;SB=-3.969e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,178:186:99:10166,498,0 chrIII 205530 . A AT 2638.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=286.6353;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.08;MQ0=0;QD=25.13;RPA=3,4;RU=T;SB=-8.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,95:105:99:2681,271,0 chrIII 205674 . CTTT C 2564.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=485.9842;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.25;MQ0=0;QD=37.17;RPA=12,9;RU=T;SB=-4.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,60:69:99:2607,184,0 chrIII 207966 . T TG 4224 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=48.1672;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=32.00;SB=-1.373e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,112:132:99:4224,349,0 chrIII 208086 . TTGACA T 9475 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=174;FS=0.000;HaplotypeScore=684.2188;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.40;MQ0=0;QD=54.45;RPA=2,1;RU=TGACA;SB=-4.424e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,151:174:99:9475,433,0 chrIII 209732 . G GT 1608.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=467.8842;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.58;MQ0=0;QD=18.49;RPA=8,9;RU=T;SB=-7.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,67:87:99:1651,200,0 chrIII 210472 . ATTC A 6151 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=199;FS=0.000;HaplotypeScore=1284.2271;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.19;MQ0=0;QD=30.91;RPA=5,4;RU=TTC;SB=-2.353e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:55,141:199:99:6151,421,0 chrIII 210517 . G GA 4526 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=181;FS=0.000;HaplotypeScore=829.2194;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.63;MQ0=0;QD=25.01;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.680e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,167:181:99:4526,486,0 chrIII 211722 . GA G 1549.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.624;DP=140;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=89.4222;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.11;MQ0=0;MQRankSum=0.050;QD=11.07;RPA=15,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.089;SB=-6.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,85:140:99:1592,181,0 chrIII 212106 . ACT A 2649.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.163;DP=183;DS;FS=8.681;HaplotypeScore=2998.7811;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.85;MQ0=0;MQRankSum=0.469;QD=14.48;ReadPosRankSum=8.750;SB=-1.303e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,138:183:99:2689,0,304 chrIII 212109 . GAAGGAGTGGAGTCGAC G 21443 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=7.657;DP=173;DS;FS=1.773;HaplotypeScore=1092.0126;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.043;QD=123.95;ReadPosRankSum=7.775;SB=-9.395e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,138:173:5:21443,5,0 chrIII 213869 . C CTA 754.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=170.4133;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.85;MQ0=0;QD=11.98;RPA=5,6;RU=TA;SB=-2.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,18:63:66:797,66,0 chrIII 213958 . CT C 2048.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=403.4793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.49;MQ0=0;QD=20.09;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,99:102:99:2091,263,0 chrIII 216599 . GT G 3659 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=178;FS=0.000;HaplotypeScore=604.1806;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.75;MQ0=0;QD=20.56;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.700e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,158:178:99:3659,432,0 chrIII 220216 . A ATT 2010.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=161.1785;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.25;MQ0=0;QD=20.52;RPA=11,13;RU=T;SB=-6.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,64:98:99:2053,205,0 chrIII 223344 . CT C 1931.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=125.9206;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=16.23;RPA=12,11;RU=T;SB=-7.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,92:119:99:1974,269,0 chrIII 224261 . T TTC 3458 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=171.5349;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.19;MQ0=0;QD=35.29;SB=-4.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,70:98:99:3458,261,0 chrIII 224310 . A ATG 1668.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=158.3761;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.02;MQ0=0;QD=27.36;SB=-6.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,27:61:99:1711,141,0 chrIII 224791 . A ATGTGTG 550.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=66.0264;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.27;MQ0=0;QD=55.10;SB=-8.099e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30:593,30,0 chrIII 225348 . G GT 2376.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=264.6865;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.52;MQ0=0;QD=23.77;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.143e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,89:100:99:2419,255,0 chrIII 228226 . G GA 2103.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.576;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=122.2478;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.214;QD=17.98;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.499;SB=-9.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,95:117:99:2146,256,0 chrIII 228964 . G GTTT,GTTTT 2564.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=114;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=124.6846;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.95;MQ0=0;QD=22.50;RPA=14,17,18;RU=T;SB=-1.321e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:50,19,31:113:99:2643,659,461,370,0,173 chrIII 229272 . CAA C 1713.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.285;DP=101;FS=3.395;HaplotypeScore=87.6452;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.34;MQ0=0;MQRankSum=-2.351;QD=16.97;RPA=14,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.250;SB=-8.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,60:101:99:1756,167,0 chrIII 231005 . CTTT CT,C 1840.29 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.405;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=128.4334;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.63;MQ0=0;MQRankSum=1.023;QD=18.22;RPA=19,17,16;RU=T;ReadPosRankSum=2.064;SB=-9.553e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:50,0,31:99:47:1918,902,744,188,0,47 chrIII 234912 . A AAGAAGAAGAATAAGT 11592 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=389.1628;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.42;MQ0=0;QD=99.08;SB=-5.759e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,52:117:99:11592,295,0 chrIII 236778 . G GT,GTT 1539.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.197;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=146.6546;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=1.513;QD=15.40;RPA=11,12,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.504;SB=-6.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:41,45,9:100:69:1618,277,69,1029,0,949 chrIII 236804 . CT C 1591.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.046;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=214.4938;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=1.170;QD=14.47;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.296;SB=-7.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,80:110:99:1634,191,0 chrIII 242447 . AT A 459.38 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.070;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=59.4652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=1.654;QD=7.07;RPA=16,15;RU=T;ReadPosRankSum=1.187;SB=-1.796e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,32:65:7:498,0,7 chrIII 247176 . AGCAGTGGTAGTG A 20099 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=234;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=325.1009;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.17;MQ0=0;QD=85.89;SB=-7.380e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:49,184:233:99:20099,541,0 chrIII 247984 . A ATT 1110.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.849;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=173.6415;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.03;MQ0=0;MQRankSum=0.344;QD=31.74;RPA=1,3;RU=T;ReadPosRankSum=-1.409;SB=-5.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,32:35:70:1153,70,0 chrIII 264978 . TA T 5048 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=175;FS=0.000;HaplotypeScore=246.1538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.92;MQ0=0;QD=28.85;RPA=2,1;RU=A;SB=-2.409e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,164:175:99:5048,457,0 chrIII 267200 . A AT 5502 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=169;FS=0.000;HaplotypeScore=866.9044;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.59;MQ0=0;QD=32.56;RPA=1,2;RU=T;SB=-2.084e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,156:169:99:5502,475,0 chrIII 267373 . C CA 5557 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;FS=0.000;HaplotypeScore=238.9482;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.88;MQ0=0;QD=34.09;SB=-2.651e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,159:163:99:5557,448,0 chrIII 269995 . CACTCAAGTGTCTGCT C 18540 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.248;DP=233;DS;FS=18.734;HaplotypeScore=1152.2932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.94;MQ0=0;MQRankSum=0.229;QD=79.57;ReadPosRankSum=3.056;SB=-6.127e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:107,121:233:99:18540,0,9342 chrIII 271193 . ACAT A 8058 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=240;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=475.5748;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.213;QD=33.58;RPA=6,5;RU=CAT;ReadPosRankSum=0.380;SB=-1.957e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,196:240:99:8058,557,0 chrIII 271474 . TTCATCATCA T 16410 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=92.1963;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.23;MQ0=0;QD=65.64;RPA=9,6;RU=TCA;SB=-7.123e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:65,183:250:99:16410,533,0 chrIII 273025 . GAAA G 1182.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.294;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=203.4766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.948;QD=17.40;RPA=19,16;RU=A;ReadPosRankSum=-0.425;SB=-6.036e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,27:68:71:1225,71,0 chrIII 273357 . C CA 2631.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=471.2841;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.28;MQ0=0;QD=34.18;SB=-1.071e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,71:77:99:2674,220,0 chrIII 273383 . A AT 2670.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=507.3842;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.95;MQ0=0;QD=35.61;SB=-1.165e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,74:75:99:2713,223,0 chrIII 289515 . G GT 3541 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=40.1872;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=31.62;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.680e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,107:112:99:3541,304,0 chrIII 290527 . A ATT 3486 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=124.8921;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.72;MQ0=1;QD=27.45;RPA=7,9;RU=T;SB=-1.715e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,102:124:99:3486,297,0 chrIII 290589 . TA T 2955.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=365.0521;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.85;MQ0=0;QD=22.39;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.368e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,121:132:99:2998,354,0 chrIII 291201 . G GA 2720.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=1015.5157;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.45;MQ0=0;QD=24.08;SB=-1.116e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,91:113:99:2763,286,0 chrIII 291227 . C CAA,CA 1937.07 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.585;DP=129;FS=2.097;HaplotypeScore=1308.3183;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=37.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.500;QD=15.02;RPA=10,12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.479;SB=-9.631e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:32,14,81:129:51:2015,1455,1426,263,0,51 chrIII 291257 . TG T 4160 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=1041.9588;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.63;MQ0=0;QD=29.71;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.930e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,125:140:99:4160,364,0 chrIII 292718 . G GAAC 2768.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=135.9893;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.49;MQ0=0;QD=48.58;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,53:57:99:2811,165,0 chrIII 294996 . TC T 3690 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=391.8597;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;QD=28.17;RPA=2,1;RU=C;SB=-1.320e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,130:131:99:3690,358,0 chrIII 295557 . T TTC 4400 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=41.0456;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.65;MQ0=0;QD=42.31;SB=-1.948e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,103:104:99:4400,307,0 chrIII 297004 . AG A 2345.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=637.3676;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.37;MQ0=0;QD=28.96;SB=-7.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:81:99:2388,231,0 chrIII 299751 . TAA T 3546 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=495.2894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.01;MQ0=0;QD=32.83;RPA=6,4;RU=A;SB=-1.648e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,101:108:99:3546,289,0 chrIII 299933 . AATGGCGATTATATTC A 9540 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=232.3750;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.41;MQ0=0;QD=80.17;RPA=2,1;RU=ATGGCGATTATATTC;SB=-4.367e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,77:119:99:9540,220,0 chrIII 301272 . CA C 4168 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;FS=0.000;HaplotypeScore=170.1076;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=25.26;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.917e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,163:165:99:4168,427,0 chrIII 302535 . T TC 4163 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=570.1491;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.14;MQ0=0;QD=27.94;RPA=3,4;RU=C;SB=-1.604e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,143:149:99:4163,412,0 chrIII 304078 . C CACTAAGTCTTT 3551 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=203.6192;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.25;MQ0=0;QD=114.55;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:31:90:3551,90,0 chrIII 304284 . TA T 362.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.691;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=135.5030;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.29;MQ0=0;MQRankSum=0.055;QD=11.68;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.382;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,22:31:21:404,21,0 chrIII 304338 . GA G 562.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=219.5696;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.50;MQ0=0;QD=18.16;RPA=5,4;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,26:27:66:605,66,0 chrIII 306368 . ATTT A 1253.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=252.5652;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.59;MQ0=0;QD=41.80;RPA=5,2;RU=T;SB=-4.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,27:27:75:1296,75,0 chrIII 307440 . GCGT G 1763.96 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.205;DP=244;DS;FS=5.167;HaplotypeScore=1582.0048;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.49;MQ0=16;MQRankSum=1.643;QD=7.23;ReadPosRankSum=3.367;SB=-7.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:124,20:104:99:1806,213,0 chrIII 307441 . CGT C 4060 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1356.2092;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.23;MQ0=18;QD=16.24;SB=-1.303e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:141,108:103:99:4060,292,0 chrIII 307442 . GTA G,GA 1892.94 SnpCluster;filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.053;DP=249;DS;FS=2.607;HaplotypeScore=1530.9710;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=18.24;MQ0=18;MQRankSum=1.011;QD=7.60;ReadPosRankSum=2.927;SB=-6.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:158,0,0:102:99:1971,319,114,683,0,484 chrIII 315658 . T TG 401.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=268.8204;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.55;MQ0=0;QD=18.27;RPA=1,2;RU=G;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:13:39:444,39,0 chrIII 316163 . A AGT 469.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.510;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=510.6603;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.45;MQ0=0;MQRankSum=1.327;QD=11.75;ReadPosRankSum=0.306;SB=-9.100e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,22:23:40:512,40,0 chrIII 316167 . T TAC 1160.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=612.2559;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.32;MQ0=1;QD=18.14;SB=-5.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,17:34:99:1203,102,0 chrIII 316266 . T TA 2880.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=171;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=886.6392;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.48;MQ0=7;QD=16.85;SB=-9.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,131:99:99:2923,229,0 chrIII 316374 . T TG 731.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.793;DP=59;FS=31.652;HaplotypeScore=848.7891;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.34;MQ0=1;MQRankSum=-1.291;QD=12.39;RPA=2,3;RU=G;ReadPosRankSum=-4.075;SB=-4.001e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,34:52:5:771,5,0 chrIII 316375 . GGAT G 757.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.523;DP=72;FS=17.672;HaplotypeScore=1071.0547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.45;MQ0=2;MQRankSum=-1.280;QD=10.53;ReadPosRankSum=3.445;SB=-4.300e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,16:64:99:797,0,205 chrIII 316446 . TG T 1364.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.974;DP=97;FS=58.269;HaplotypeScore=1568.5559;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.77;MQ0=2;MQRankSum=1.087;QD=14.07;RPA=4,3;RU=G;ReadPosRankSum=0.157;SB=-3.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,64:82:87:1404,0,87 chrIII 316463 . GT G 1969.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.246;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=1275.3692;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.60;MQ0=1;MQRankSum=1.611;QD=23.73;ReadPosRankSum=-0.760;SB=-9.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,74:70:99:2012,139,0 chrIV 81 . CA C 31.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.597;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=177.7167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.68;MQ0=2;MQRankSum=-1.356;QD=0.91;ReadPosRankSum=-0.163;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,7:28:71:71,0,173 chrIV 212 . CA C 1407.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.555;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=976.0711;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.63;MQ0=0;MQRankSum=1.288;QD=28.16;ReadPosRankSum=-1.200;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,46:40:85:1450,85,0 chrIV 226 . TC T 729.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.180;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=1037.1520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.769;QD=14.60;RPA=4,3;RU=C;ReadPosRankSum=-0.017;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,30:40:75:769,0,75 chrIV 257 . T TA 1350.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.452;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=907.5499;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.86;MQ0=2;MQRankSum=0.890;QD=21.79;ReadPosRankSum=1.545;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,55:40:99:1393,99,0 chrIV 287 . T TTTC 375.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.197;DP=41;FS=6.690;HaplotypeScore=536.2754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.62;MQ0=2;MQRankSum=0.854;QD=9.17;ReadPosRankSum=-0.263;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,14:25:99:415,0,124 chrIV 296 . A AC 250.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.176;DP=41;FS=10.447;HaplotypeScore=474.7800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.32;MQ0=3;MQRankSum=1.232;QD=6.12;RPA=2,3;RU=C;ReadPosRankSum=-1.655;SB=1.355e-03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,16:25:61:290,0,61 chrIV 17297 . TC T 3052.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=111.2896;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.51;MQ0=2;QD=27.75;RPA=2,1;RU=C;SB=-1.354e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,103:108:99:3095,285,0 chrIV 19036 . T TAA 3649 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=257.7471;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.88;MQ0=0;QD=33.79;RPA=4,6;RU=A;SB=-1.250e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,102:108:99:3649,295,0 chrIV 19322 . A ATTT 5276 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=541.4824;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.44;MQ0=0;QD=38.23;RPA=4,7;RU=T;SB=-2.375e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,114:138:99:5276,343,0 chrIV 19355 . T TA 2751.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=716.6977;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.15;MQ0=0;QD=21.33;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.374e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,114:129:99:2794,333,0 chrIV 19768 . C CAAATTATAGCTACA 8098 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=308.5869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.83;MQ0=0;QD=77.12;RPA=1,2;RU=AAATTATAGCTACA;SB=-1.857e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:52,53:105:99:8098,159,0 chrIV 21056 . AT A 3067.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=1226.7569;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.16;MQ0=0;QD=22.07;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.169e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,126:139:99:3110,351,0 chrIV 21075 . TATA T 5746 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=1196.3485;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.82;MQ0=0;QD=42.88;RPA=2,1;RU=ATA;SB=-2.601e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,116:134:99:5746,340,0 chrIV 28838 . C CT 3049.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=441.4480;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.65;MQ0=0;QD=26.99;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.181e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,106:113:99:3092,315,0 chrIV 29129 . CTCTT C 4766 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.196;DP=180;FS=5.265;HaplotypeScore=1363.6966;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.20;MQ0=0;MQRankSum=1.704;QD=26.48;ReadPosRankSum=9.148;SB=-1.786e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,116:180:99:4766,0,614 chrIV 29134 . GCA G 2367.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.612;DP=176;FS=6.370;HaplotypeScore=1582.5730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.21;MQ0=0;MQRankSum=0.683;QD=13.45;ReadPosRankSum=8.680;SB=-7.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,116:176:99:2407,0,816 chrIV 32139 . TTC T 3931 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.088;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=251.2026;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.644;QD=30.71;ReadPosRankSum=0.587;SB=-1.460e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,87:128:99:3931,343,0 chrIV 32246 . C CA 2812.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=222.4699;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.23;MQ0=0;QD=21.64;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.114e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,119:130:99:2855,336,0 chrIV 33328 . CATAT C 299.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=31.2442;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=14.24;RPA=8,6;RU=AT;SB=-3.993e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,6:21:21:341,21,0 chrIV 38352 . AC A 3836 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=44.8308;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.84;MQ0=0;QD=27.40;RPA=5,4;RU=C;SB=-1.915e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,124:140:99:3836,376,0 chrIV 42506 . A AT 2002.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=267.1402;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=19.83;RPA=7,8;RU=T;SB=-9.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,82:101:99:2045,240,0 chrIV 42590 . TAC T 5513 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=184.7626;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.31;MQ0=0;QD=35.34;RPA=3,2;RU=AC;SB=-2.292e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,147:156:99:5513,412,0 chrIV 43855 . TC T 991.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.995;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=261.2717;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.627;QD=17.10;ReadPosRankSum=-0.332;SB=-5.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,23:58:99:1034,130,0 chrIV 43887 . G GA 628.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.841;DP=74;FS=2.519;HaplotypeScore=235.6163;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.88;MQ0=0;MQRankSum=2.086;QD=8.50;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=0.163;SB=-2.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,34:74:67:668,0,67 chrIV 46248 . C CT 2393.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=305.2316;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;QD=23.47;RPA=5,6;RU=T;SB=-7.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,95:102:99:2436,270,0 chrIV 49338 . GT G 2455.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.854;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=43.9526;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.57;MQ0=0;MQRankSum=1.297;QD=18.75;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.009;SB=-1.161e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,117:131:99:2498,283,0 chrIV 50515 . C CA 2293.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=526.0158;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.19;MQ0=0;QD=24.15;RPA=5,6;RU=A;SB=-9.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,86:95:99:2336,258,0 chrIV 50590 . A AT 1176.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.741;DP=114;FS=9.747;HaplotypeScore=453.0217;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.99;MQ0=0;MQRankSum=0.171;QD=10.32;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-2.072;SB=-5.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:52,58:114:56:1219,56,0 chrIV 57073 . GA G 585.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=27.1190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;QD=15.81;RPA=13,12;RU=A;SB=-2.495e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,26:37:91:627,91,0 chrIV 62172 . C CT 3339 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.289;DP=215;FS=6.954;HaplotypeScore=332.9533;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=0.226;QD=15.53;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.651;SB=-1.219e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:69,142:215:99:3339,264,0 chrIV 66048 . G GAA,GA 2802.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.018;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=126.8474;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.07;MQ0=0;MQRankSum=0.761;QD=21.73;RPA=12,14,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.513;SB=-9.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:18,85,16:129:94:2881,311,94,1736,0,1491 chrIV 67849 . A AT 1577.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.626;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=375.0616;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.45;MQ0=0;MQRankSum=0.027;QD=20.23;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-1.626;SB=-7.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,61:78:99:1620,170,0 chrIV 67976 . T TC 3495 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=261.1708;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.39;MQ0=0;QD=33.93;SB=-1.339e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:3495,307,0 chrIV 73916 . CATTCTTT C 9922 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=46.1482;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.98;MQ0=0;QD=67.50;RPA=2,1;RU=ATTCTTT;SB=-3.799e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,123:147:99:9922,361,0 chrIV 76735 . AT A 1020.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.422;DP=89;FS=4.481;HaplotypeScore=38.5124;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.476;QD=11.47;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.728;SB=-5.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,53:89:62:1063,62,0 chrIV 76825 . CA C 2005.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.808;DP=118;FS=3.745;HaplotypeScore=60.3216;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.654;QD=17.00;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.962;SB=-8.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,96:118:99:2048,243,0 chrIV 79409 . ACGTATGAAAATCTCCCGGATTCGT A 18267 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=474.5604;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.92;MQ0=0;QD=177.35;SB=-5.968e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:103:99:18267,226,0 chrIV 80699 . AG A 5146 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=301.2689;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.69;MQ0=0;QD=36.50;SB=-1.870e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,136:141:99:5146,406,0 chrIV 80995 . C CA 3330 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=518.2879;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;QD=24.85;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.346e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,127:134:99:3330,351,0 chrIV 82419 . AT A 1755.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.978;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=134.6485;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=2.220;QD=13.01;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.638;SB=-4.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,95:135:99:1798,223,0 chrIV 83425 . AG A 1719.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.782;DP=185;FS=389.218;HaplotypeScore=181.5654;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.89;MQ0=0;MQRankSum=0.471;QD=9.30;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=0.622;SB=-3.011e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:120,64:185:99:1759,0,3322 chrIV 88140 . G GTT 3968 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=34.0454;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.87;MQ0=0;QD=38.90;RPA=2,4;RU=T;SB=-1.358e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:3968,292,0 chrIV 89922 . T TA 2861.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=43.9063;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.42;MQ0=0;QD=23.27;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.131e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,115:123:99:2904,300,0 chrIV 99366 . CT C 2921.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=335.2099;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.29;MQ0=0;QD=28.65;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.448e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,95:102:99:2964,277,0 chrIV 99407 . G GA 1032.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.194;DP=96;FS=3.429;HaplotypeScore=396.8772;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.065;QD=10.76;RPA=14,15;RU=A;ReadPosRankSum=0.022;SB=-5.184e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:49,42:96:52:1075,52,0 chrIV 101105 . AT A 1778.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=1094.2169;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.27;MQ0=0;QD=14.70;RPA=10,9;RU=T;SB=-6.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,89:121:99:1821,258,0 chrIV 101116 . GT G 3746 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=916.6680;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.40;MQ0=0;QD=34.69;SB=-1.299e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,99:108:99:3746,313,0 chrIV 101199 . C CT 3452 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.396;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=419.5410;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.629;QD=21.99;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=-0.207;SB=-1.649e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,132:157:99:3452,375,0 chrIV 101273 . A AT 2887.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=210.0438;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.40;MQ0=0;QD=22.92;RPA=5,6;RU=T;SB=-7.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,111:126:99:2930,321,0 chrIV 103400 . A AT 2734.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=261.3481;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=25.80;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.336e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,88:106:99:2777,285,0 chrIV 103533 . GA G 3498 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=115.0570;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.78;MQ0=0;QD=25.72;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.402e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,132:136:99:3498,378,0 chrIV 105314 . A ACAG 6150 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=640.1403;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.63;MQ0=0;QD=45.90;RPA=1,2;RU=CAG;SB=-2.769e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,120:134:99:6150,364,0 chrIV 115974 . TAA T 4312 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=196.8322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.58;MQ0=0;QD=31.71;RPA=7,5;RU=A;SB=-2.002e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,126:136:99:4312,355,0 chrIV 116063 . C CT 3338 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=244.2276;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.07;MQ0=0;QD=23.67;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.425e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,119:141:99:3338,375,0 chrIV 126523 . T TTTTTTTT,TCTTTTTC 1911.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.512;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=381.7993;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=52.89;MQ0=0;MQRankSum=1.790;QD=17.07;ReadPosRankSum=1.095;SB=-9.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:47,8,52:112:99:1990,1410,2405,383,0,417 chrIV 130746 . T TAA 3413 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=190.1199;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.58;MQ0=0;QD=31.31;RPA=4,6;RU=A;SB=-1.549e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,97:109:99:3413,274,0 chrIV 132472 . GT G 2383.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=69.8633;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.22;MQ0=0;QD=24.08;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.175e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,96:99:99:2426,261,0 chrIV 135456 . CTTT C 1319.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.650;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=44.8616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=0.330;QD=15.70;RPA=18,15;RU=T;ReadPosRankSum=1.650;SB=-7.262e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,29:84:99:1361,118,0 chrIV 137865 . A AT 12.24 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.386;DP=22;FS=9.792;HaplotypeScore=30.4825;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=2.083;QD=0.56;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=-0.540;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,6:22:51:51,0,229 chrIV 144354 . CACA C 5805 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=47.3506;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;QD=44.31;RPA=2,1;RU=ACA;SB=-2.131e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,124:131:99:5805,355,0 chrIV 147840 . T TG 3487 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=406.9282;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.48;MQ0=0;QD=23.56;RPA=5,6;RU=G;SB=-1.372e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,130:148:99:3487,378,0 chrIV 149013 . G GAGAAGAAGAAGA 3812 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=179.4695;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.40;MQ0=0;QD=45.93;RPA=8,12;RU=AGA;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:53,27:83:90:3812,90,0 chrIV 156241 . CT C 4708 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=46.7402;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.84;MQ0=0;QD=33.39;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.853e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,135:141:99:4708,397,0 chrIV 157927 . G GC 1684.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=57.7115;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.92;RPA=5,6;RU=C;SB=-7.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,60:65:99:1727,183,0 chrIV 157978 . CT C 1584.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.363;DP=109;FS=2.202;HaplotypeScore=173.2788;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.96;MQ0=0;MQRankSum=1.078;QD=14.54;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.340;SB=-7.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,82:109:99:1627,158,0 chrIV 159425 . A AC 2838.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=546.6636;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.43;MQ0=0;QD=26.05;RPA=2,3;RU=C;SB=-1.324e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,99:109:99:2881,297,0 chrIV 163335 . AC A 4628 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=347.8949;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.04;MQ0=0;QD=30.85;SB=-2.283e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,141:150:99:4628,430,0 chrIV 164943 . C CT 1677.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.602;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=60.7622;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=1.472;QD=13.53;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-1.472;SB=-8.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:52,67:124:99:1720,226,0 chrIV 170362 . C CA 2597.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=42.6126;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.95;RPA=7,8;RU=A;SB=-6.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,105:124:99:2640,312,0 chrIV 174736 . TTTG T 5474 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=40.8549;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.08;MQ0=0;QD=44.50;SB=-1.734e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,119:123:99:5474,346,0 chrIV 184754 . GA G 6189 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=191;FS=0.000;HaplotypeScore=74.7206;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.56;MQ0=0;QD=32.40;RPA=2,1;RU=A;SB=-2.978e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,185:191:99:6189,532,0 chrIV 192640 . A AT 1790.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=107.5025;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.21;MQ0=0;QD=20.35;RPA=7,8;RU=T;SB=-7.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,71:88:99:1833,219,0 chrIV 192678 . AT A 1531.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=128.6403;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.38;MQ0=0;QD=18.91;RPA=9,8;RU=T;SB=-7.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,71:81:99:1574,195,0 chrIV 198376 . TG T 4697 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=46.1752;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.37;MQ0=0;QD=32.62;RPA=2,1;RU=G;SB=-9.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,141:144:99:4697,397,0 chrIV 201643 . A AT 4317 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;FS=0.000;HaplotypeScore=57.8530;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.45;MQ0=0;QD=25.70;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.519e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,159:168:99:4317,462,0 chrIV 210847 . G GT 912.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=19.3460;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.03;RPA=4,5;RU=T;SB=-5.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,30:38:99:955,99,0 chrIV 210984 . T TA 2175.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.400;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=48.4242;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.147;QD=20.92;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.511;SB=-8.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,96:104:99:2218,258,0 chrIV 211214 . GA G 1089.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.752;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=74.1115;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=1.536;QD=15.14;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.144;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,56:71:99:1132,133,0 chrIV 212440 . G GTA 563.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.246;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=45.9543;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.37;MQ0=0;MQRankSum=1.201;QD=13.76;ReadPosRankSum=2.246;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,26:40:63:606,63,0 chrIV 212685 . C CA 1410.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=62.3494;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.93;MQ0=0;QD=18.32;RPA=10,11;RU=A;SB=-2.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,66:77:99:1453,185,0 chrIV 213154 . A AT 3527 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=250.8355;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=26.52;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.755e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,119:133:99:3527,361,0 chrIV 213218 . A AT 3678 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.073;DP=177;FS=0.000;HaplotypeScore=196.2103;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.073;QD=20.78;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.946;SB=-1.781e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,150:177:99:3678,407,0 chrIV 213323 . A ATG 7371 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=194;FS=0.000;HaplotypeScore=61.4204;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.69;MQ0=0;QD=37.99;SB=-2.383e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,182:194:99:7371,508,0 chrIV 217949 . T TAA 2730.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=232.0583;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.39;MQ0=0;QD=32.13;RPA=5,7;RU=A;SB=-1.179e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,79:85:99:2773,235,0 chrIV 226839 . ATATATATATATGTATATATATATATGTG A 1204.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=17.5541;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.17;MQ0=0;QD=44.63;SB=-3.059e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,20:27:42:1247,42,0 chrIV 229706 . A ATTT 4736 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=549.5106;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.38;MQ0=0;QD=42.67;RPA=3,6;RU=T;SB=-1.903e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,95:111:99:4736,298,0 chrIV 236041 . AC A 2613.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=301.2925;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=33.51;SB=-1.008e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:78:99:2656,223,0 chrIV 240005 . CAA C 6247 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=929.3186;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.26;MQ0=0;QD=39.29;RPA=4,2;RU=A;SB=-2.051e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,149:159:99:6247,439,0 chrIV 240138 . CAT C 3120.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.680;DP=145;FS=7.891;HaplotypeScore=600.0864;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.49;MQ0=0;MQRankSum=0.603;QD=21.52;RPA=10,9;RU=AT;ReadPosRankSum=2.039;SB=-1.223e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,93:145:99:3163,249,0 chrIV 242007 . TC T 3643 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=1057.9384;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.12;MQ0=0;QD=32.24;RPA=3,2;RU=C;SB=-1.537e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,105:113:99:3643,319,0 chrIV 242372 . C CT 1151.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.023;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=169.3635;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.214;QD=18.29;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.595;SB=-3.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,54:63:99:1194,107,0 chrIV 244840 . A AGAGCAG 8926 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=56.1561;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.30;MQ0=0;QD=55.79;RPA=1,2;RU=GAGCAG;SB=-4.004e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,120:160:99:8926,358,0 chrIV 245889 . C CA 3164.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=367.4277;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.71;MQ0=0;QD=19.91;RPA=8,9;RU=A;SB=-1.574e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,132:159:99:3207,389,0 chrIV 256579 . TTA T 2526.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=362.9455;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.59;MQ0=0;QD=26.05;RPA=7,6;RU=TA;SB=-9.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,73:97:99:2569,217,0 chrIV 256612 . T TAA 2088.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.020;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=388.2618;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.020;QD=21.32;RPA=9,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.783;SB=-7.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,61:98:99:2131,169,0 chrIV 270194 . C CAA,CAAA 1288.96 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.297;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=56.8617;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=0.548;QD=15.53;RPA=13,15,16;RU=A;ReadPosRankSum=-1.111;SB=-5.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:22,44,7:83:59:1367,133,59,508,0,501 chrIV 271809 . CTGT C 8499 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=83.3599;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.96;MQ0=0;QD=34.00;RPA=5,4;RU=TGT;SB=-3.281e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,209:250:99:8499,598,0 chrIV 272310 . CAAG C 9001 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=204;FS=0.000;HaplotypeScore=563.6700;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.15;MQ0=0;QD=44.12;RPA=2,1;RU=AAG;SB=-2.948e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,194:204:99:9001,551,0 chrIV 275006 . CG C 2502.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=211.0051;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.11;MQ0=0;QD=33.82;RPA=2,1;RU=G;SB=-4.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,70:74:99:2545,208,0 chrIV 275108 . C CA 3224.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=361.9224;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.93;MQ0=0;QD=28.04;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.359e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,110:115:99:3266,310,0 chrIV 285372 . C CATATAT 5193 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=44.8825;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;QD=55.24;RPA=4,7;RU=AT;SB=-1.986e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,72:94:99:5193,223,0 chrIV 292338 . CA C 3924 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;FS=0.000;HaplotypeScore=53.2450;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.69;MQ0=0;QD=23.78;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.777e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,159:165:99:3924,459,0 chrIV 292462 . A AT 3069.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=428.3536;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.17;MQ0=0;QD=26.70;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.492e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,102:115:99:3112,316,0 chrIV 300038 . G GA 1288.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.251;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=58.1595;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.347;QD=11.21;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.681;SB=-4.358e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,68:115:99:1331,122,0 chrIV 303010 . AT A 2200.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.865;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=221.5263;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.109;QD=17.89;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.841;SB=-1.083e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,108:123:99:2243,266,0 chrIV 310246 . T TAA 3673 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=71.0716;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.08;MQ0=0;QD=30.87;RPA=3,5;RU=A;SB=-1.443e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,110:119:99:3673,295,0 chrIV 310657 . AT A 2317.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=139.7048;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.82;MQ0=0;QD=19.64;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.118e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,107:118:99:2360,290,0 chrIV 312518 . C CT 1766.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.594;DP=128;FS=4.977;HaplotypeScore=709.8170;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.534;QD=13.80;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.529;SB=-7.557e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,88:128:73:1809,73,0 chrIV 314192 . CTT C 1781.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=316.6349;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.13;MQ0=0;QD=22.85;RPA=9,7;RU=T;SB=-6.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,52:78:99:1824,162,0 chrIV 314211 . AT A 1175.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=477.5562;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.29;MQ0=0;QD=17.55;RPA=9,8;RU=T;SB=-4.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,49:67:99:1218,150,0 chrIV 314304 . T TA 897.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.500;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=182.9692;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.85;MQ0=0;MQRankSum=1.039;QD=12.65;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.269;SB=-2.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,40:71:99:940,126,0 chrIV 315083 . TC T 2101.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.044;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=185.0967;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.774;QD=19.83;ReadPosRankSum=-0.896;SB=-1.047e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,55:106:99:2144,209,0 chrIV 315175 . AAACTGGTCATAGCGG A 11208 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=354.0684;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.16;MQ0=0;QD=108.82;SB=-5.182e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,98:103:99:11208,282,0 chrIV 321785 . A AT 3109.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=568.2178;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.41;MQ0=0;QD=24.88;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.571e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,112:125:99:3152,333,0 chrIV 321870 . C CT 1906.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.120;DP=145;FS=1.237;HaplotypeScore=777.4379;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.83;MQ0=0;MQRankSum=0.436;QD=13.15;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.072;SB=-6.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:51,84:145:69:1949,69,0 chrIV 323696 . ATATATATATATG A 9261 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=1062.6345;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.64;MQ0=0;QD=73.50;SB=-4.427e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,98:126:99:9261,288,0 chrIV 326416 . AG A 5006 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=438.2237;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.81;MQ0=0;QD=32.51;SB=-2.123e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,153:154:99:5006,439,0 chrIV 330640 . GA G 4015 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=175;FS=0.000;HaplotypeScore=1012.0203;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.13;MQ0=0;QD=22.94;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.907e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,155:175:99:4015,447,0 chrIV 330690 . C CA 6431 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=219;FS=0.000;HaplotypeScore=749.0629;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.84;MQ0=0;QD=29.37;RPA=2,3;RU=A;SB=-2.907e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,211:219:99:6431,604,0 chrIV 333953 . TC T 4208 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=39.2611;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.18;MQ0=0;QD=32.88;RPA=2,1;RU=C;SB=-1.473e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,124:128:99:4208,358,0 chrIV 336148 . CT C 2451.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=92.7950;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=18.03;RPA=10,9;RU=T;SB=-9.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,111:136:99:2494,320,0 chrIV 336206 . CTTTT C 3749 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=150.5437;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.49;MQ0=0;QD=27.77;RPA=18,14;RU=T;SB=-1.599e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:54,66:135:99:3749,224,0 chrIV 338220 . AT A 1806.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=22.7696;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.65;MQ0=0;QD=22.31;RPA=6,5;RU=T;SB=-8.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,74:81:99:1849,207,0 chrIV 340285 . GGATGA G 6175 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;FS=0.000;HaplotypeScore=271.3707;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.15;MQ0=0;QD=37.42;RPA=7,6;RU=GATGA;SB=-2.960e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:55,109:163:99:6175,301,0 chrIV 340378 . GAA G 4648 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=1113.3045;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.01;MQ0=0;QD=37.18;RPA=5,3;RU=A;SB=-2.187e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,113:125:99:4648,349,0 chrIV 340399 . C CAGTACA 9265 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=836.1672;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.68;MQ0=0;QD=71.82;SB=-4.281e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,103:129:99:9265,352,0 chrIV 340869 . GTTT G 5222 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=378.9800;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.20;MQ0=0;QD=49.26;RPA=5,2;RU=T;SB=-2.610e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,99:106:99:5222,295,0 chrIV 341023 . T TAA 3298 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=506.2809;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.24;MQ0=0;QD=33.65;RPA=3,5;RU=A;SB=-1.276e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,86:98:99:3298,265,0 chrIV 341065 . TC T 2620.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=538.3469;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.45;MQ0=0;QD=26.74;RPA=6,5;RU=C;SB=-1.182e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,86:98:99:2663,264,0 chrIV 344004 . GTATATATA G 2148.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=34.1411;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.72;MQ0=0;QD=29.85;RPA=13,9;RU=TA;SB=-8.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,26:72:81:2191,81,0 chrIV 345167 . GA G 7621 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=247;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1065.0546;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.96;MQ0=0;QD=30.85;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.981e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,239:247:99:7621,686,0 chrIV 345261 . G GA 4458 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=188;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=418.0459;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.30;MQ0=0;QD=23.71;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.550e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,155:188:99:4458,474,0 chrIV 350989 . T TGATGAAGAAGATGAC 15475 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=178;FS=0.000;HaplotypeScore=150.9082;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.68;MQ0=0;QD=86.94;SB=-4.528e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,144:178:99:15475,430,0 chrIV 351277 . C CT 1808.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.520;DP=107;FS=1.698;HaplotypeScore=277.0309;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.77;MQ0=0;MQRankSum=0.574;QD=16.91;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.210;SB=-9.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,80:107:99:1851,142,0 chrIV 357118 . CTGTT C 6427 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=54.7568;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=40.17;RPA=5,4;RU=TGTT;SB=-2.932e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,135:160:99:6427,373,0 chrIV 357278 . G GT 2815.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.527;DP=187;FS=3.744;HaplotypeScore=271.4442;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.141;QD=15.06;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.799;SB=-1.036e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:61,118:187:99:2858,268,0 chrIV 359679 . C CTTT 3139.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=214.7411;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.23;MQ0=0;QD=33.05;RPA=7,10;RU=T;SB=-1.275e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,66:92:99:3182,226,0 chrIV 359792 . TA T 1525.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=210.4039;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.78;MQ0=0;QD=17.15;RPA=8,7;RU=A;SB=-6.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,67:89:99:1568,192,0 chrIV 362378 . T TA 847.04 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.878;DP=78;FS=1.533;HaplotypeScore=55.4096;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQ0=0;MQRankSum=1.674;QD=10.86;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.738;SB=-2.766e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,53:78:15:886,0,15 chrIV 365046 . A ATTT 2654.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=222.9453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.26;MQ0=0;QD=32.78;RPA=10,13;RU=T;SB=-7.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,54:80:99:2697,204,0 chrIV 366513 . T TA 2515.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.033;DP=132;FS=3.093;HaplotypeScore=45.8014;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.144;QD=19.06;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.667;SB=-1.182e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,110:132:99:2558,293,0 chrIV 369171 . GA G 1449.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=144.6861;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;QD=17.68;RPA=11,10;RU=A;SB=-6.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,59:82:99:1492,194,0 chrIV 373676 . G GT 3055.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=510.5922;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.39;MQ0=0;QD=21.83;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.082e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,116:140:99:3098,354,0 chrIV 375374 . G GT 3696 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=585.4122;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.56;MQ0=0;QD=25.49;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.595e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,127:145:99:3696,391,0 chrIV 376586 . T TTC 6448 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=174;FS=0.000;HaplotypeScore=275.3414;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.67;MQ0=0;QD=37.06;SB=-2.678e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,154:174:99:6448,476,0 chrIV 378659 . G GT 2042.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=190.7984;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.89;MQ0=0;QD=22.21;RPA=6,7;RU=T;SB=-8.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,82:92:99:2085,240,0 chrIV 381512 . AG A 4120 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=653.9520;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.57;MQ0=0;QD=29.86;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.705e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,132:138:99:4120,376,0 chrIV 381708 . A AT 2548.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=90.8508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.08;MQ0=0;QD=26.28;RPA=2,3;RU=T;SB=-9.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,75:97:99:2591,252,0 chrIV 383397 . CA C 4353 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=5.537;DP=176;DS;FS=9.384;HaplotypeScore=3043.4326;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.49;MQ0=2;MQRankSum=0.765;QD=24.73;ReadPosRankSum=-1.867;SB=-2.065e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,160:171:99:4353,313,0 chrIV 383400 . C CT 3654 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=5.537;DP=176;DS;FS=9.384;HaplotypeScore=3094.2643;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.49;MQ0=2;MQRankSum=1.086;QD=20.76;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=-2.591;SB=-1.831e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,160:171:99:3654,122,0 chrIV 384219 . CA C 1911.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.373;DP=125;DS;FS=111.448;HaplotypeScore=2533.4419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.32;MQ0=0;MQRankSum=1.939;QD=15.30;ReadPosRankSum=5.585;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,64:118:99:1951,0,1791 chrIV 384227 . G GC 1864.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.947;DP=116;DS;FS=55.069;HaplotypeScore=2566.5954;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.71;MQ0=0;MQRankSum=2.671;QD=16.08;ReadPosRankSum=5.709;SB=-2.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,59:109:99:1904,0,1259 chrIV 384381 . CAG C 942.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.061;DP=104;DS;FS=45.208;HaplotypeScore=1565.0296;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.26;MQ0=0;MQRankSum=1.376;QD=9.07;ReadPosRankSum=0.658;SB=-5.000e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,22:104:99:982,0,1702 chrIV 384384 . C CT 395.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.479;DP=93;DS;FS=36.055;HaplotypeScore=1602.4398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.31;MQ0=0;MQRankSum=2.276;QD=4.26;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=1.665;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,24:93:99:435,0,1434 chrIV 384427 . A AGTTT 595.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.450;DP=26;DS;FS=3.617;HaplotypeScore=685.4963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.50;MQ0=0;MQRankSum=1.271;QD=22.92;ReadPosRankSum=-3.752;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,11:26:99:635,0,308 chrIV 384433 . GACTA G 662.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.407;DP=23;FS=3.680;HaplotypeScore=594.2225;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.58;MQ0=0;MQRankSum=0.560;QD=28.82;ReadPosRankSum=-1.418;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,11:23:99:702,0,414 chrIV 385964 . C CTT 1202.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.457;DP=81;FS=4.114;HaplotypeScore=367.5263;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.17;MQ0=0;MQRankSum=1.622;QD=14.85;RPA=7,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.237;SB=-4.263e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,32:81:99:1244,123,0 chrIV 386154 . CAA C 2241.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=724.2562;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.21;MQ0=0;QD=24.91;RPA=10,8;RU=A;SB=-9.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,67:90:99:2284,199,0 chrIV 386402 . G GC 4406 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=43.4528;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=30.81;RPA=2,3;RU=C;SB=-1.773e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,139:143:99:4406,403,0 chrIV 386748 . G GTT 1477.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=169.0276;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.06;MQ0=0;QD=23.84;RPA=10,12;RU=T;SB=-6.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,37:62:99:1520,139,0 chrIV 386778 . G GT 1182.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.461;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=266.3336;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.022;QD=17.92;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.292;SB=-5.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,52:66:99:1225,117,0 chrIV 390559 . TCG T 3138.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.667;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=889.3523;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.59;MQ0=0;MQRankSum=0.706;QD=26.60;ReadPosRankSum=3.298;SB=-7.001e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,104:118:99:3181,264,0 chrIV 390562 . TC T 2060.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.226;DP=121;FS=12.430;HaplotypeScore=1005.0812;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.20;MQ0=0;MQRankSum=3.034;QD=17.03;ReadPosRankSum=5.832;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,101:121:99:2103,246,0 chrIV 392110 . GTTT G 4927 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.703;DP=145;FS=3.160;HaplotypeScore=373.6706;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.793;QD=33.98;RPA=12,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.116;SB=-2.371e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,116:145:99:4927,333,0 chrIV 392146 . GACAC G 5534 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.096;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=470.6073;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.674;QD=35.47;RPA=13,11;RU=AC;ReadPosRankSum=1.123;SB=-2.708e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,96:156:99:5534,321,0 chrIV 392457 . CA C 2590.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=41.1950;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.39;MQ0=0;QD=20.40;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.070e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,116:127:99:2633,326,0 chrIV 394028 . AG A 3645 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.676;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=57.5856;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.944;QD=27.41;ReadPosRankSum=0.662;SB=-1.512e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,110:133:99:3645,359,0 chrIV 403511 . GT G 2424.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=36.1882;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.92;MQ0=0;QD=20.73;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.062e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,107:117:99:2467,305,0 chrIV 407403 . GCC G 7788 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=187;FS=0.000;HaplotypeScore=67.8989;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.32;MQ0=0;QD=41.65;RPA=4,2;RU=C;SB=-3.152e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,182:187:99:7788,533,0 chrIV 408171 . CA C 1251.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.578;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=291.2628;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.34;MQ0=0;MQRankSum=0.100;QD=15.27;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.299;SB=-5.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,62:82:99:1294,138,0 chrIV 409861 . T TC 5381 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=181;FS=0.000;HaplotypeScore=474.2155;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.73;MQ0=0;QD=29.73;RPA=2,3;RU=C;SB=-2.418e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,177:181:99:5381,514,0 chrIV 410149 . T TGCAGTGG 12059 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=140.3561;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.59;MQ0=0;QD=84.33;SB=-6.025e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,117:143:99:12059,409,0 chrIV 410553 . C CAT 5162 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=596.2700;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.80;MQ0=0;QD=34.41;RPA=1,2;RU=AT;SB=-2.403e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,121:149:99:5162,373,0 chrIV 410887 . ATT A,AT 941.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.464;DP=94;FS=4.938;HaplotypeScore=111.4564;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.99;MQ0=0;MQRankSum=2.687;QD=10.02;RPA=14,12,13;RU=T;ReadPosRankSum=1.427;SB=-3.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:32,12,0:94:70:1020,735,919,181,0,70 chrIV 411144 . CTGGGGTT C 14404 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;FS=0.000;HaplotypeScore=164.7833;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.42;MQ0=0;QD=88.37;SB=-6.388e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,149:163:99:14404,467,0 chrIV 411204 . T TA 3570 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=175;FS=0.000;HaplotypeScore=765.3775;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.87;MQ0=0;QD=20.40;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.296e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,143:175:99:3570,420,0 chrIV 411335 . G GA 4882 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=202;FS=0.000;HaplotypeScore=693.6287;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.11;MQ0=0;QD=24.17;RPA=4,5;RU=A;SB=-2.308e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,185:202:99:4882,522,0 chrIV 413191 . TA T 527.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=188.8978;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.88;MQ0=0;QD=17.60;RPA=10,9;RU=A;SB=-4.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,26:30:75:570,75,0 chrIV 413541 . TC T 2154.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=579.6483;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.48;MQ0=0;QD=23.17;SB=-7.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,50:93:99:2197,240,0 chrIV 413545 . A AG 2559.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=551.3494;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.04;MQ0=0;QD=28.76;SB=-9.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,49:89:99:2602,246,0 chrIV 413919 . TA T 2393.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=39.3373;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.37;MQ0=0;QD=18.14;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.040e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,117:132:99:2436,294,0 chrIV 417650 . TA T 2936.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=45.6804;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.49;MQ0=0;QD=22.42;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.121e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,126:131:99:2979,336,0 chrIV 422107 . TA T 3563 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=47.5836;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.35;MQ0=0;QD=23.14;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.349e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,138:154:99:3563,384,0 chrIV 422585 . 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G GA 1228.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=239.2142;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.49;MQ0=0;QD=19.20;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,53:64:99:1271,150,0 chrIV 433113 . AG A 2563.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=388.5560;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.53;MQ0=0;QD=34.65;SB=-4.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,72:74:99:2606,205,0 chrIV 434094 . A ATTT 3815 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=366.4518;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.36;MQ0=0;QD=38.54;RPA=6,9;RU=T;SB=-1.831e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,94:99:99:3815,256,0 chrIV 434239 . T TA 3741 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=370.8012;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.69;MQ0=0;QD=37.04;SB=-1.785e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,95:101:99:3741,289,0 chrIV 434256 . T TA 2606.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=393.4976;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.19;MQ0=0;QD=23.28;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.135e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,96:112:99:2649,294,0 chrIV 434352 . A AT 1831.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=475.0850;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.49;MQ0=0;QD=25.44;RPA=3,4;RU=T;SB=-8.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,62:72:99:1874,186,0 chrIV 434392 . T TC 1700.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=360.8574;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.76;MQ0=0;QD=36.19;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:47:99:1743,132,0 chrIV 435260 . T TCGAATAG 3015.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=445.9717;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.22;MQ0=0;QD=71.81;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,25:42:99:3058,108,0 chrIV 435262 . G GAATA 1420.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=363.8776;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=56.84;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:75:1463,75,0 chrIV 435452 . T TA 2263.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=153.4847;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.83;MQ0=0;QD=25.44;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.023e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,75:89:99:2306,237,0 chrIV 435658 . T TC 4554 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=269.2276;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.98;MQ0=0;QD=35.58;SB=-1.561e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,125:128:99:4554,367,0 chrIV 435928 . TGACC T 5869 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=418.5808;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.29;MQ0=0;QD=48.91;RPA=2,1;RU=GACC;SB=-1.599e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,105:120:99:5869,304,0 chrIV 436303 . GGAAC G 4007 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=581.4542;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.99;MQ0=0;QD=44.52;SB=-1.605e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,60:90:99:4007,202,0 chrIV 436314 . A AGG 2923.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=524.7576;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.06;MQ0=0;QD=45.69;SB=-1.370e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,60:64:99:2966,190,0 chrIV 437148 . A ATAAT 2842.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=287.6752;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.43;MQ0=0;QD=55.74;SB=-8.500e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,40:51:99:2885,141,0 chrIV 437856 . A AT 1777.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=366.7260;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.13;MQ0=0;QD=21.42;RPA=5,6;RU=T;SB=-6.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,68:78:99:1820,201,0 chrIV 441267 . CTGT C 7157 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=234;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=935.0908;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.34;MQ0=0;QD=30.59;RPA=6,5;RU=TGT;SB=-3.443e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:77,149:234:99:7157,493,0 chrIV 441311 . GTTATTA G 12444 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=235;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1209.3585;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.27;MQ0=0;QD=52.95;RPA=5,3;RU=TTA;SB=-5.109e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,195:235:99:12444,585,0 chrIV 443729 . A AC 3202.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=232.5911;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;QD=33.36;SB=-1.235e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,85:96:99:3245,250,0 chrIV 444097 . G GA 3076.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=32.1149;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.49;MQ0=0;QD=30.17;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.208e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,97:102:99:3119,262,0 chrIV 444295 . C CA 1415.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=17.4846;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.48;RPA=5,6;RU=A;SB=-2.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,56:63:99:1458,159,0 chrIV 449720 . T TA 1976.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=469.7762;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.21;MQ0=0;QD=30.89;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,52:64:99:2019,163,0 chrIV 449765 . A AG 525.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.140;DP=52;FS=7.525;HaplotypeScore=573.4124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.81;MQ0=0;MQRankSum=0.391;QD=10.11;ReadPosRankSum=2.961;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:52:99:565,0,411 chrIV 449770 . T TATTTTC 1743.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=459.2667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.39;MQ0=0;QD=34.88;SB=-5.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,18:50:99:1786,127,0 chrIV 449855 . GA G 1742.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=271.2561;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.02;MQ0=0;QD=23.24;RPA=7,6;RU=A;SB=-2.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,71:75:99:1785,207,0 chrIV 450188 . GTATATATA G 6667 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=296.5153;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;QD=64.11;RPA=11,7;RU=TA;SB=-2.078e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,76:104:99:6667,229,0 chrIV 452502 . CT C 2252.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=117.6649;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=20.67;RPA=7,6;RU=T;SB=-6.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,87:109:99:2295,269,0 chrIV 452645 . 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CA C 2375.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.870;DP=152;FS=1.988;HaplotypeScore=65.3662;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=1.599;QD=15.63;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.376;SB=-1.064e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,113:152:99:2418,261,0 chrIV 470708 . G GA 2835.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=244.2928;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.12;MQ0=0;QD=34.58;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.217e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,80:82:99:2878,235,0 chrIV 473042 . C CA 3678 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=50.0396;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.21;MQ0=0;QD=25.02;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.675e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,123:147:99:3678,393,0 chrIV 476218 . TA T 2036.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=24.1287;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=25.46;RPA=4,3;RU=A;SB=-5.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,74:80:99:2079,216,0 chrIV 476326 . A ATT 981.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.238;DP=92;FS=1.015;HaplotypeScore=1583.8132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.54;MQ0=0;MQRankSum=0.721;QD=10.67;RPA=3,5;RU=T;ReadPosRankSum=0.114;SB=-1.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,30:92:99:1021,0,865 chrIV 476521 . TA T 2509.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=265.5441;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.86;MQ0=0;QD=23.46;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.220e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,100:107:99:2552,288,0 chrIV 476652 . T TG 3516 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=278.6535;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.15;MQ0=0;QD=35.52;SB=-1.127e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,90:99:99:3516,280,0 chrIV 482472 . GAAA G 1170.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.636;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=98.9333;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=1.636;QD=20.54;RPA=16,13;RU=A;ReadPosRankSum=1.636;SB=-4.897e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,25:57:98:1213,98,0 chrIV 482676 . AT A 2160.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=30.4054;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.31;MQ0=0;QD=21.61;RPA=8,7;RU=T;SB=-9.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,91:100:99:2203,264,0 chrIV 485654 . CA C 2991.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=257.4078;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.39;MQ0=0;QD=18.82;RPA=10,9;RU=A;SB=-1.190e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,135:159:99:3034,390,0 chrIV 488785 . T TA 2133.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=33.3261;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.20;MQ0=0;QD=19.40;RPA=6,7;RU=A;SB=-9.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,94:110:99:2176,255,0 chrIV 488918 . TA T 3323 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=419.8404;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.16;MQ0=0;QD=25.76;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.603e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,119:129:99:3323,340,0 chrIV 489335 . TA T 775.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=174.4630;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.32;MQ0=0;QD=18.05;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,37:43:99:818,102,0 chrIV 491606 . CTAAAGTAACTTTGCTGATATATATCG C 15832 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=32.6656;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.79;MQ0=0;QD=145.25;SB=-6.811e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,71:109:99:15832,205,0 chrIV 500912 . A AT 5253 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=167;FS=0.000;HaplotypeScore=54.7789;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.69;MQ0=0;QD=31.46;RPA=1,2;RU=T;SB=-2.380e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,160:167:99:5253,436,0 chrIV 504697 . GTA G 5656 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=84.1691;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.82;MQ0=0;QD=35.13;RPA=3,2;RU=TA;SB=-1.762e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,147:161:99:5656,421,0 chrIV 505096 . CG C 2462.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=26.1968;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=37.89;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2505,190,0 chrIV 506579 . TA T 1757.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.510;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=36.2387;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.41;MQ0=0;MQRankSum=0.089;QD=17.41;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.711;SB=-7.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,84:101:99:1800,209,0 chrIV 506937 . TAA T 1709.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.673;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=92.6560;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.17;MQ0=0;MQRankSum=1.314;QD=18.19;RPA=14,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.673;SB=-5.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,61:94:99:1752,169,0 chrIV 509591 . GA G 2035.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=174.0588;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.20;MQ0=0;QD=21.89;RPA=8,7;RU=A;SB=-6.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,85:93:99:2078,252,0 chrIV 509733 . CA C 2973.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=183.1484;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.19;MQ0=0;QD=30.04;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.418e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,98:99:99:3016,274,0 chrIV 512965 . AT A 537.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=221.4591;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.97;MQ0=0;QD=13.79;RPA=7,6;RU=T;SB=-2.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,27:39:69:580,69,0 chrIV 513640 . A AT 495.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=101.9111;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.20;MQ0=0;QD=27.55;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54:538,54,0 chrIV 519493 . AT A 239.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=401.4996;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=10.79;MQ0=56;QD=3.69;RPA=2,1;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:55,9:9:27:282,27,0 chrIV 519521 . CG C 680.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1014.9509;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.91;MQ0=43;QD=10.01;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,23:23:69:723,69,0 chrIV 519537 . A AG 620.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=931.1873;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.24;MQ0=34;QD=10.35;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,21:21:63:663,63,0 chrIV 519541 . TA T 707.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=1109.4185;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.79;MQ0=36;QD=10.11;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,26:26:75:750,75,0 chrIV 519556 . C CA 856.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=1945.9511;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.32;MQ0=36;QD=9.63;RPA=1,2;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:58,30:39:96:899,96,0 chrIV 519559 . CA C 912.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=1299.1145;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.72;MQ0=37;QD=11.13;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:52,30:30:90:955,90,0 chrIV 519899 . GTTTTTTTTTTTT G 2161.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=380.8482;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.77;MQ0=1;QD=108.10;RPA=23,11;RU=T;SB=-3.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,15:19:51:2204,51,0 chrIV 520080 . C CT 297.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=154.4196;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.33;MQ0=0;QD=21.28;SB=-1.609e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,10:14:33:340,33,0 chrIV 520082 . TG T 244.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=131.5972;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.24;MQ0=0;QD=22.27;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.309e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,10:11:33:287,33,0 chrIV 521049 . A AT 1634.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=181.8630;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.18;MQ0=0;QD=19.46;RPA=6,7;RU=T;SB=-8.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,63:84:99:1677,195,0 chrIV 521108 . A AT 1588.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.274;DP=76;FS=3.411;HaplotypeScore=394.8545;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.376;QD=20.91;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.477;SB=-7.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,66:76:99:1631,179,0 chrIV 521126 . G GA 1764.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=385.3673;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.43;MQ0=0;QD=22.34;RPA=6,7;RU=A;SB=-7.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,67:79:99:1807,207,0 chrIV 521186 . AT A 2061.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=887.6890;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.67;MQ0=0;QD=24.84;RPA=5,4;RU=T;SB=-7.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,77:83:99:2104,225,0 chrIV 521206 . CCT C 2939.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=1012.8574;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.04;MQ0=0;QD=32.67;RPA=2,1;RU=CT;SB=-1.012e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,80:90:99:2982,238,0 chrIV 521214 . C CT 3042.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=1079.4124;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=35.80;SB=-9.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,84:85:99:3085,250,0 chrIV 522980 . TGA T 745.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=514.3950;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.67;MQ0=0;QD=33.91;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,21:22:66:788,66,0 chrIV 522985 . TA T 481.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.419;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=539.3417;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.734;QD=21.91;ReadPosRankSum=1.576;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,21:22:51:524,51,0 chrIV 522992 . AT A 605.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=493.4235;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.61;MQ0=0;QD=28.86;RPA=3,2;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:60:648,60,0 chrIV 523034 . T TG 445.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=445.8074;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.48;MQ0=0;QD=27.87;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,13:16:42:488,42,0 chrIV 523065 . GA G 221.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=256.3304;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.66;MQ0=0;QD=27.75;RPA=4,3;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24:264,24,0 chrIV 523072 . GA G 223.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=256.1084;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.66;MQ0=0;QD=28.00;RPA=3,2;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24:266,24,0 chrIV 538149 . TG T 2080.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=2981.3411;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=16.52;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:126:99:2123,278,0 chrIV 538153 . C CG 2239.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=2713.1964;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=24.09;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:2282,278,0 chrIV 538733 . GTATATATATATATA G 1494.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=81.8778;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.97;MQ0=0;QD=65.00;RPA=15,8;RU=TA;SB=-1.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,6:23:33:1537,33,0 chrIV 538818 . AC A 524.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=93.6970;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.32;MQ0=0;QD=26.25;RPA=4,3;RU=C;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,18:20:51:567,51,0 chrIV 538861 . C CAA 1740.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.251;DP=75;FS=207.075;HaplotypeScore=830.1129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.050;QD=23.21;ReadPosRankSum=-0.832;SB=-3.011e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,46:75:99:1780,0,1212 chrIV 538872 . AGG A 1649.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.172;DP=75;FS=196.644;HaplotypeScore=839.5906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.273;QD=22.00;ReadPosRankSum=1.800;SB=-3.011e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,46:75:99:1689,0,1070 chrIV 539002 . CCCGCAAAATGACGCCGCACGGCGATGTTTAAGA C 10182 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=167.9464;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.67;MQ0=0;QD=151.97;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,44:67:99:10182,123,0 chrIV 541844 . C CTT 4175 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=945.6307;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.93;MQ0=0;QD=34.22;RPA=4,6;RU=T;SB=-1.476e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,113:122:99:4175,340,0 chrIV 544142 . A AT 422.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=23.9919;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.47;MQ0=0;QD=13.64;RPA=9,10;RU=T;SB=-1.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,25:31:57:465,57,0 chrIV 544999 . AT A 1875.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=779.9045;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.06;MQ0=0;QD=26.05;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,60:72:99:1918,196,0 chrIV 545017 . A ATTGT 4228 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=754.6898;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.27;MQ0=0;QD=49.16;RPA=1,2;RU=TTGT;SB=-1.441e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,71:86:99:4228,214,0 chrIV 548546 . G GTT 719.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.514;DP=91;FS=13.481;HaplotypeScore=80.0882;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=0.487;QD=7.90;RPA=19,21;RU=T;ReadPosRankSum=-2.281;SB=-1.702e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:55,31:91:17:761,17,0 chrIV 550807 . TA T 2961.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.249;DP=164;FS=0.000;HaplotypeScore=119.8015;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.336;QD=18.06;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.524;SB=-1.462e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,142:164:99:3004,362,0 chrIV 551638 . C CA 2556.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=143;FS=4.246;HaplotypeScore=280.6266;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.175;QD=17.88;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.270;SB=-9.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,112:142:99:2599,302,0 chrIV 551819 . CA C 1216.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.462;DP=122;FS=19.304;HaplotypeScore=208.6260;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.336;QD=9.98;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.748;SB=-5.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:56,54:121:71:1259,71,0 chrIV 553071 . A AT 1123.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.017;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=199.1928;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.341;QD=11.46;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=-0.119;SB=-5.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,55:98:18:1165,18,0 chrIV 558315 . ATG A 65 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.517;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=23.0835;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=4.64;ReadPosRankSum=-1.517;SB=-2.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,5:14:19:104,0,19 chrIV 558681 . G GCTGTGCTGT 9255 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=45.8463;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.17;MQ0=0;QD=66.58;RPA=2,3;RU=CTGTGCTGT;SB=-4.426e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,92:139:99:9255,277,0 chrIV 560869 . C CA 1680.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.377;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=47.0569;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.678;QD=16.64;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.496;SB=-6.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,68:101:99:1723,151,0 chrIV 561184 . C CT 2583.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=107.0915;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.98;MQ0=0;QD=23.49;RPA=7,8;RU=T;SB=-6.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,107:110:99:2626,306,0 chrIV 562609 . GA G 2769.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=63.7075;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.29;MQ0=0;QD=19.37;RPA=9,8;RU=A;SB=-9.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,126:143:99:2812,349,0 chrIV 562897 . G GA 2067.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=198.5966;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.90;MQ0=0;QD=16.54;RPA=9,10;RU=A;SB=-6.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,97:125:99:2110,263,0 chrIV 563111 . CA C 3109.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=146.5480;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;QD=35.75;SB=-1.343e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:3152,253,0 chrIV 563497 . CAA C 2759.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=224.9567;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.269;QD=24.00;RPA=11,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.609;SB=-9.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,90:115:99:2802,236,0 chrIV 564870 . AG A 5460 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;FS=0.000;HaplotypeScore=702.8970;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.80;MQ0=0;QD=33.09;SB=-1.259e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,163:165:99:5460,461,0 chrIV 569035 . GA G 3672 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=415.1623;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.79;MQ0=1;QD=31.38;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.574e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,114:116:99:3672,322,0 chrIV 573796 . T TA 2752.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=203.5800;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;QD=23.53;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.121e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,111:117:99:2795,321,0 chrIV 578273 . C CA 1669.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=360.5615;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.35;MQ0=0;QD=19.42;RPA=7,8;RU=A;SB=-5.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,70:86:99:1712,204,0 chrIV 578282 . TA T 1788.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=416.0035;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.34;MQ0=0;QD=19.88;RPA=7,6;RU=A;SB=-8.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,72:90:99:1831,221,0 chrIV 578295 . G GAA 2157.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=388.4359;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.03;MQ0=0;QD=22.72;RPA=10,12;RU=A;SB=-8.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,55:95:99:2200,214,0 chrIV 578452 . GTT G 2604.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=38.8168;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.41;MQ0=0;QD=28.01;RPA=11,9;RU=T;SB=-8.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,82:93:99:2647,241,0 chrIV 578641 . TC T 3880 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=916.8823;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.40;MQ0=0;QD=28.53;SB=-1.726e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,118:135:99:3880,358,0 chrIV 579236 . 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AGG A 4648 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=44.2243;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.87;MQ0=0;QD=35.75;RPA=6,4;RU=G;SB=-1.468e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,120:129:99:4648,340,0 chrIV 589640 . CT C 1811.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=274.4597;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.23;MQ0=0;QD=25.17;RPA=3,2;RU=T;SB=-5.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,56:72:99:1854,171,0 chrIV 589651 . T TA 821.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.388;DP=66;FS=2.119;HaplotypeScore=370.2571;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.592;QD=12.45;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.674;SB=-2.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,36:66:55:864,55,0 chrIV 589690 . TA T 906.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=224.4587;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.30;MQ0=0;QD=18.51;RPA=9,8;RU=A;SB=-4.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,42:49:99:949,120,0 chrIV 591782 . AT A 3479 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=223.5806;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.25;MQ0=0;QD=23.51;RPA=5,4;RU=T;SB=-8.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,140:148:99:3479,369,0 chrIV 592194 . G GT 2117.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.406;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=1088.4074;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.698;QD=17.80;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.886;SB=-9.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,89:119:99:2160,217,0 chrIV 592206 . T TG 3638 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=912.1196;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.88;MQ0=0;QD=33.07;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.491e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,101:110:99:3638,301,0 chrIV 592243 . A AT 2201.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=936.6916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.55;MQ0=0;QD=18.50;RPA=8,9;RU=T;SB=-9.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,95:119:99:2244,276,0 chrIV 592253 . C CT 2496.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=824.4774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.78;MQ0=0;QD=19.82;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.177e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,105:126:99:2539,297,0 chrIV 592539 . ATGCAAATGCAACTGCAAATGCAAC A 7293 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=210;FS=0.000;HaplotypeScore=177.3014;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.50;MQ0=0;QD=34.73;RPA=4,2;RU=TGCAAATGCAAC;SB=-3.013e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:97,111:210:99:7293,312,0 chrIV 592981 . GTT G 3233.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.954;DP=142;FS=3.051;HaplotypeScore=228.7122;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=0.491;QD=22.77;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.824;SB=-1.599e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,111:142:99:3278,298,0 chrIV 593261 . GC G 7603 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=225;FS=0.000;HaplotypeScore=1279.8361;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.71;MQ0=0;QD=33.79;RPA=2,1;RU=C;SB=-2.204e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,215:225:99:7603,635,0 chrIV 596902 . GA G 2041.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=695.0396;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.83;MQ0=0;QD=22.44;RPA=8,7;RU=A;SB=-8.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,82:91:99:2084,248,0 chrIV 596925 . G GA 2349.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=796.6732;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.52;MQ0=0;QD=21.56;RPA=7,8;RU=A;SB=-8.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,96:109:99:2392,285,0 chrIV 597052 . C CTT 2021.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.250;DP=94;FS=5.378;HaplotypeScore=521.1074;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.74;MQ0=0;MQRankSum=0.417;QD=21.51;RPA=5,7;RU=T;ReadPosRankSum=0.350;SB=-5.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,50:94:99:2064,194,0 chrIV 597101 . C CA 5305 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=1181.9799;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.43;MQ0=0;QD=38.44;SB=-2.128e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,133:138:99:5305,397,0 chrIV 597109 . C CA 4041 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=1318.1229;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.47;MQ0=0;QD=27.49;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.730e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,134:147:99:4041,412,0 chrIV 600480 . A AT 2723.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=342.1676;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.44;MQ0=0;QD=21.45;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.096e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,107:127:99:2766,315,0 chrIV 600768 . AAT A 5259 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=882.5733;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.23;MQ0=0;QD=35.06;SB=-1.976e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,145:150:99:5259,412,0 chrIV 604253 . T TGATGATGATGAC 21496 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=113.1989;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.99;MQ0=2;QD=85.98;SB=-8.076e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,208:246:99:21496,622,0 chrIV 607042 . GA G 415.99 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.753;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=213.5234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.644;QD=5.14;RPA=17,16;RU=A;ReadPosRankSum=2.407;SB=-2.259e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,21:81:21:455,0,21 chrIV 607060 . GAA G 2155.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.947;DP=100;FS=12.667;HaplotypeScore=159.0037;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=1.040;QD=21.56;RPA=8,6;RU=A;ReadPosRankSum=1.147;SB=-6.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,76:98:99:2198,181,0 chrIV 611907 . CGCA C 6534 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=556.5950;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.93;MQ0=0;QD=41.88;RPA=3,2;RU=GCA;SB=-2.281e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,141:156:99:6534,400,0 chrIV 613292 . C CT 1877.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=224.9269;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.87;MQ0=0;QD=22.09;RPA=4,5;RU=T;SB=-7.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,73:85:99:1920,204,0 chrIV 616223 . G GTT 3834 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=289.7577;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.92;MQ0=0;QD=31.95;RPA=4,6;RU=T;SB=-1.871e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,105:120:99:3834,310,0 chrIV 617276 . GTTTAA G 7389 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=53.4070;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.74;MQ0=2;QD=52.04;RPA=2,1;RU=TTTAA;SB=-1.993e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,121:140:99:7389,331,0 chrIV 618428 . A AT 2349.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.229;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=203.3537;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.838;QD=18.80;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.286;SB=-1.125e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,107:125:99:2392,243,0 chrIV 619961 . T TA 1912.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=484.2172;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.01;MQ0=0;QD=20.79;RPA=6,7;RU=A;SB=-6.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,77:92:99:1955,225,0 chrIV 621879 . GAAAAA G 2711.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.874;DP=98;FS=11.193;HaplotypeScore=202.2887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.67;MQ0=0;MQRankSum=0.244;QD=27.67;RPA=19,14;RU=A;ReadPosRankSum=1.934;SB=-1.071e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,57:97:99:2754,128,0 chrIV 624927 . G GA 6161 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=914.5000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.44;MQ0=0;QD=38.75;SB=-1.825e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,150:159:99:6161,460,0 chrIV 626607 . AT A 2576.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=30.3360;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.03;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.213e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,95:99:99:2619,261,0 chrIV 628654 . AT A 1798.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.593;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=113.5599;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=1.754;QD=14.99;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=2.316;SB=-6.992e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,81:120:99:1840,241,0 chrIV 629157 . C CT 2196.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=395.5147;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.76;MQ0=0;QD=21.12;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.088e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,93:104:99:2239,264,0 chrIV 629821 . C CTT 2679.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.346;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=222.0495;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.795;QD=23.10;RPA=9,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.387;SB=-1.169e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,88:116:99:2722,221,0 chrIV 630148 . CA C 5318 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=183;FS=0.000;HaplotypeScore=625.3362;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.88;MQ0=0;QD=29.06;RPA=3,2;RU=A;SB=-2.430e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,169:183:99:5318,481,0 chrIV 630672 . CAAAA C 2936.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=642.7218;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.43;MQ0=0;QD=37.18;RPA=13,9;RU=A;SB=-1.274e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,17:77:99:2979,193,0 chrIV 630833 . G GT 581.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.517;DP=95;FS=3.036;HaplotypeScore=194.6539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.17;MQ0=0;MQRankSum=1.545;QD=6.13;RPA=16,17;RU=T;ReadPosRankSum=-1.623;SB=-1.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,37:93:99:621,0,187 chrIV 637094 . AT A 1490.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.036;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=51.3481;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.28;MQ0=0;MQRankSum=0.442;QD=14.76;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.542;SB=-5.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,80:101:99:1533,183,0 chrIV 643946 . T TG 3735 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=403.3134;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.89;MQ0=0;QD=33.95;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.135e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,106:110:99:3735,310,0 chrIV 645066 . T TTA 3562 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=53.0376;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.39;MQ0=0;QD=35.62;RPA=1,2;RU=TA;SB=-1.751e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,87:100:99:3562,250,0 chrIV 645152 . A AG 3499 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=96.3066;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.29;MQ0=0;QD=30.96;SB=-1.575e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,91:113:99:3499,283,0 chrIV 645240 . TG T 1885.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=151.9745;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.77;MQ0=0;QD=28.15;SB=-4.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,55:67:99:1928,183,0 chrIV 651502 . C CT 2176.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=881.1978;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.85;MQ0=0;QD=34.01;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2219,193,0 chrIV 651554 . CT C 2519.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=1399.8730;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.10;MQ0=0;QD=29.65;RPA=2,1;RU=T;SB=-7.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:85:99:2562,217,0 chrIV 651568 . GC G 2145.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=1313.9955;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.93;MQ0=0;QD=24.67;RPA=7,6;RU=C;SB=-2.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,77:87:99:2188,225,0 chrIV 652146 . T TAA 5512 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=1025.6439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.51;MQ0=0;QD=37.24;RPA=2,4;RU=A;SB=-2.429e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,141:148:99:5512,421,0 chrIV 652961 . CT C 1794.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=31.0907;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=1;QD=18.89;RPA=8,7;RU=T;SB=-8.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,81:93:99:1837,222,0 chrIV 653334 . G GT,GTT 864.71 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.272;DP=73;FS=3.099;HaplotypeScore=405.3177;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=47.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.015;QD=11.85;RPA=1,2,3;RU=T;ReadPosRankSum=-1.460;SB=-2.668e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:23,44,6:73:39:941,153,39,315,0,212 chrIV 654338 . TCAA T 3830 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=44.5816;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;QD=28.58;RPA=6,5;RU=CAA;SB=-1.130e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,100:131:99:3830,274,0 chrIV 654811 . CTACCT C 8936 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=698.9267;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.26;MQ0=0;QD=65.23;RPA=2,1;RU=TACCT;SB=-2.850e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,129:137:99:8936,382,0 chrIV 657606 . TCA T 3901 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=34.6155;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.15;MQ0=0;QD=38.25;RPA=2,1;RU=CA;SB=-1.391e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,95:102:99:3901,277,0 chrIV 665217 . ATT A 3699 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=269.7786;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.41;MQ0=0;QD=30.83;RPA=9,7;RU=T;SB=-1.507e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,107:120:99:3699,319,0 chrIV 667986 . AT A 3314 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=29.7184;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.74;MQ0=0;QD=32.81;SB=-1.196e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:101:99:3314,265,0 chrIV 668814 . AG A 1197.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=64.3228;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.65;MQ0=0;QD=27.23;SB=-4.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,41:44:99:1240,126,0 chrIV 668947 . AT A 1283.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=83.4317;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.80;MQ0=0;QD=20.06;RPA=2,1;RU=T;SB=-5.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,57:64:99:1326,162,0 chrIV 671243 . C CT 2917.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=398.3047;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.31;MQ0=0;QD=25.60;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.241e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,107:114:99:2960,301,0 chrIV 677842 . TGA T 2297.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=192.8108;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.36;MQ0=0;QD=26.41;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,73:87:99:2340,209,0 chrIV 678226 . G GTT 1651.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=73.5801;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.01;MQ0=0;QD=22.94;RPA=11,13;RU=T;SB=-3.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,51:72:99:1694,164,0 chrIV 680128 . CT C 1894.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=576.6086;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.94;MQ0=0;QD=16.20;RPA=11,10;RU=T;SB=-8.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,88:117:99:1937,253,0 chrIV 681887 . T TCCAGTAG 3557 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=166.9855;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.17;MQ0=0;QD=84.69;SB=-9.500e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,35:42:99:3557,111,0 chrIV 683656 . G GT 3625 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=494.7475;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.81;MQ0=0;QD=23.85;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.704e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,131:152:99:3625,405,0 chrIV 683941 . T TA 2486.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=391.1272;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.96;MQ0=0;QD=23.91;RPA=3,4;RU=A;SB=-8.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,85:104:99:2529,261,0 chrIV 688005 . G GA 759.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.119;DP=62;FS=11.161;HaplotypeScore=46.3747;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.024;QD=12.26;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.453;SB=-2.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,43:62:57:802,57,0 chrIV 688062 . C CT 517.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.368;DP=64;FS=4.396;HaplotypeScore=149.0604;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=0.941;QD=8.09;RPA=14,15;RU=T;ReadPosRankSum=-0.286;SB=-2.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,17:64:24:560,24,0 chrIV 691400 . ATT A 302.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3356;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;QD=20.20;RPA=3,1;RU=T;SB=-6.699e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,6:15:33:345,33,0 chrIV 693401 . TAA T 4028 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=47.9454;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.11;MQ0=2;QD=32.75;RPA=5,3;RU=A;SB=-1.618e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,109:120:99:4028,310,0 chrIV 694047 . G GTTA 10256 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=219;FS=0.000;HaplotypeScore=996.2047;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.46;MQ0=0;QD=46.83;RPA=1,2;RU=TTA;SB=-4.893e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,187:219:99:10256,596,0 chrIV 694246 . A AT 4888 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=238;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1526.3978;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.42;MQ0=1;QD=20.54;RPA=2,3;RU=T;SB=-2.438e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,193:237:99:4888,607,0 chrIV 694249 . A ATG 8573 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=219;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1130.3020;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.99;MQ0=1;QD=39.15;SB=-4.088e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,194:218:99:8573,626,0 chrIV 694840 . A ACAG 6467 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.626;DP=195;FS=5.956;HaplotypeScore=628.2300;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=0.952;QD=33.16;RPA=6,7;RU=CAG;ReadPosRankSum=-0.490;SB=-3.041e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,149:195:99:6467,337,0 chrIV 701136 . AGAGTATTTCCCCAGG A 14674 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=240.8637;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.75;MQ0=0;QD=124.36;SB=-5.092e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,116:118:99:14674,316,0 chrIV 701362 . AT A 2914.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=79.3596;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.49;MQ0=0;QD=23.70;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.353e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,116:123:99:2957,333,0 chrIV 704277 . T TA 3080.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=623.6491;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.48;MQ0=0;QD=22.99;SB=-1.454e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,127:134:99:3123,355,0 chrIV 713058 . AG A 3494 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=953.6753;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.25;MQ0=0;QD=32.06;SB=-1.520e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,100:109:99:3494,310,0 chrIV 713187 . T TA 2075.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=321.4833;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.35;MQ0=0;QD=22.08;RPA=4,5;RU=A;SB=-9.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,77:94:99:2118,225,0 chrIV 718490 . GTTATT G 5867 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=247.1856;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.12;MQ0=0;QD=56.96;SB=-2.593e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,96:103:99:5867,262,0 chrIV 718710 . T TG 3366 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=390.9911;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.90;MQ0=0;QD=27.59;RPA=3,4;RU=G;SB=-1.430e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,108:122:99:3366,328,0 chrIV 718747 . TA T 2863.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=492.6162;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.87;MQ0=0;QD=23.28;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.394e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,117:123:99:2906,327,0 chrIV 722250 . T TA 464.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=15.6320;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.30;MQ0=0;QD=12.57;RPA=7,8;RU=A;SB=-9.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,29:37:63:507,63,0 chrIV 727773 . T TA 5620 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=214;FS=0.000;HaplotypeScore=474.8220;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.32;MQ0=0;QD=26.26;RPA=3,4;RU=A;SB=-2.481e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,200:214:99:5620,580,0 chrIV 744180 . TA T 2145.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=46.3461;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.09;MQ0=0;QD=20.83;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.015e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,91:103:99:2188,246,0 chrIV 747108 . AG A 3139.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=13.170;DP=250;DS;FS=12.862;HaplotypeScore=1548.7020;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.89;MQ0=0;MQRankSum=-2.901;QD=12.56;ReadPosRankSum=-0.705;SB=-1.346e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:143,106:249:99:3179,0,4639 chrIV 747115 . A AAC 3091.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=12.744;DP=249;DS;FS=12.247;HaplotypeScore=1568.3674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.86;MQ0=0;MQRankSum=-4.267;QD=12.42;ReadPosRankSum=-1.214;SB=-1.419e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:176,72:248:99:3131,0,5360 chrIV 747516 . AGC A 2558.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.822;DP=207;FS=21.508;HaplotypeScore=1283.6313;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.02;MQ0=0;MQRankSum=0.448;QD=12.36;ReadPosRankSum=6.572;SB=-1.260e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:117,87:207:99:2598,0,124 chrIV 747519 . AGCAG A 5912 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=8.647;DP=207;FS=14.777;HaplotypeScore=985.8017;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.55;MQ0=0;MQRankSum=1.387;QD=28.56;ReadPosRankSum=7.632;SB=-2.940e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:120,87:207:99:5912,240,0 chrIV 748524 . TAA T 629.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=9.6680;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.41;MQ0=0;QD=19.69;RPA=14,12;RU=A;SB=-3.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,22:32:63:672,63,0 chrIV 766575 . A ATTTT 3233.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.886;DP=91;FS=2.846;HaplotypeScore=254.1972;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.921;QD=35.53;RPA=1,5;RU=T;ReadPosRankSum=1.357;SB=-1.257e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,69:91:99:3276,198,0 chrIV 766982 . C CTCA 6664 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.664;DP=185;FS=0.000;HaplotypeScore=361.4913;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=1.329;QD=36.02;RPA=6,7;RU=TCA;ReadPosRankSum=-0.546;SB=-3.139e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,147:185:99:6664,393,0 chrIV 770058 . GC G 4807 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=586.8330;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.87;MQ0=0;QD=34.58;SB=-2.003e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,134:139:99:4807,400,0 chrIV 791925 . CA C 1596.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=165.6732;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.51;MQ0=0;QD=14.39;RPA=12,11;RU=A;SB=-6.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,84:111:99:1639,229,0 chrIV 794603 . T TG 3301 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=59.4296;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.22;MQ0=0;QD=24.09;RPA=4,5;RU=G;SB=-1.481e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,115:137:99:3301,337,0 chrIV 795320 . A AT 4238 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=581.4050;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.55;MQ0=0;QD=26.82;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.770e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,148:158:99:4238,430,0 chrIV 801680 . CTCTTCTTCT C 5011 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=51.5000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.52;MQ0=0;QD=35.29;RPA=13,10;RU=TCT;SB=-1.161e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:60,77:142:99:5011,186,0 chrIV 801927 . TCATCTTCATCTC T 12820 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=237;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=243.0007;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.93;MQ0=0;QD=54.09;SB=-3.153e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,215:237:99:12820,614,0 chrIV 802637 . GTAC G 4670 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=448.0558;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.27;MQ0=0;QD=45.78;SB=-1.630e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,95:102:99:4670,277,0 chrIV 802854 . TAGAGATGA T 2133.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.105;DP=35;FS=18.603;HaplotypeScore=389.8638;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.234;QD=60.97;ReadPosRankSum=2.372;SB=-3.800e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,24:35:75:2176,75,0 chrIV 802863 . CTA C 543.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.688;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=520.7096;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.534;QD=18.13;ReadPosRankSum=3.688;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,24:30:53:583,0,53 chrIV 803097 . T TA 160.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;HaplotypeScore=31.4733;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=32.05;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:202,15,0 chrIV 803106 . GA G 55.93 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;HaplotypeScore=42.0336;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=11.19;RPA=3,2;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:9:97,9,0 chrIV 806485 . CG C 4222 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=193;FS=0.000;HaplotypeScore=1417.0669;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.28;MQ0=0;QD=21.88;SB=-1.967e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,174:193:99:4222,501,0 chrIV 808170 . A AT 2324.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.997;DP=127;FS=3.936;HaplotypeScore=50.9162;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=1.277;QD=18.31;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.102;SB=-9.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,109:127:99:2367,272,0 chrIV 810472 . TTATATATATA T 5496 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=225.4289;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.88;MQ0=0;QD=67.02;RPA=11,6;RU=TA;SB=-2.346e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,56:82:99:5496,153,0 chrIV 810744 . C CATCATT 7150 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=348.7341;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.89;MQ0=0;QD=53.36;SB=-2.426e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,122:134:99:7150,354,0 chrIV 811642 . A AG 6558 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.521;DP=204;FS=0.000;HaplotypeScore=244.2134;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.987;QD=32.15;ReadPosRankSum=1.304;SB=-2.332e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,199:204:99:6558,553,0 chrIV 811899 . TTC T 3950 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.820;DP=102;FS=3.150;HaplotypeScore=114.1840;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.04;MQ0=0;MQRankSum=1.149;QD=38.73;ReadPosRankSum=1.659;SB=-1.767e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,96:102:99:3950,265,0 chrIV 812962 . CATATAT C 4923 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=252.1886;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.44;MQ0=0;QD=63.94;RPA=9,6;RU=AT;SB=-1.268e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,69:77:99:4923,196,0 chrIV 816631 . TAAA T 4643 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=349.2599;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.74;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=31.59;RPA=13,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.583;SB=-2.211e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,114:147:99:4643,333,0 chrIV 816853 . AAGT A 5504 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=170.4812;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.82;MQ0=3;QD=39.04;RPA=4,3;RU=AGT;SB=-2.629e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,129:138:99:5504,358,0 chrIV 817702 . G GC 4041 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=46.5316;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.32;MQ0=0;QD=29.71;RPA=2,3;RU=C;SB=-1.365e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,132:136:99:4041,379,0 chrIV 821075 . T TA 3314 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.291;DP=152;FS=3.042;HaplotypeScore=67.4947;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.56;MQ0=0;MQRankSum=1.151;QD=21.80;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.580;SB=-1.616e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,137:152:99:3314,384,0 chrIV 827498 . AAAC A 5797 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=398.1827;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.94;MQ0=0;QD=40.82;RPA=2,1;RU=AAC;SB=-1.799e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,130:142:99:5797,361,0 chrIV 832605 . C CTA 2562.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=177.8796;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.58;MQ0=0;QD=33.72;RPA=2,3;RU=TA;SB=-1.037e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,63:76:99:2605,193,0 chrIV 832717 . CA C 1571.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=30.3955;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.74;MQ0=0;QD=18.07;RPA=11,10;RU=A;SB=-5.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,77:87:99:1614,209,0 chrIV 835638 . G GA 975.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.300;DP=131;FS=7.707;HaplotypeScore=98.1908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.363;QD=7.45;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-1.653;SB=-4.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,50:131:99:1015,0,351 chrIV 838087 . T TAACAAG 378.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=44.8736;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.55;MQ0=0;QD=22.29;RPA=1,2;RU=AACAAG;SB=-1.649e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,12:17:30:421,30,0 chrIV 838275 . C CA 1213.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=116.3270;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.52;MQ0=0;QD=17.85;RPA=10,11;RU=A;SB=-7.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,56:68:99:1256,161,0 chrIV 840422 . AATATAT A 1318.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=71.7082;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=31.40;RPA=11,8;RU=AT;SB=-1.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,19:42:60:1361,60,0 chrIV 840497 . AT A 1640.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=130.2720;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.78;RPA=5,4;RU=T;SB=-4.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,66:69:99:1683,186,0 chrIV 843519 . TTC T 355.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=106.3247;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.96;MQ0=0;QD=29.66;SB=-9.495e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,9:12:27:398,27,0 chrIV 843550 . A AT 755.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=426.7952;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.49;MQ0=0;QD=22.91;RPA=1,2;RU=T;SB=-7.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,32:33:93:798,93,0 chrIV 843565 . CTTA C 2204.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=381.0570;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.87;MQ0=0;QD=51.28;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:43:99:2247,117,0 chrIV 845132 . T TC 3883 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=428.5370;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.31;MQ0=0;QD=27.74;RPA=2,3;RU=C;SB=-1.436e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,123:140:99:3883,370,0 chrIV 849399 . G GTCT 5121 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=282.6771;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.94;MQ0=0;QD=47.42;RPA=1,2;RU=TCT;SB=-2.275e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,93:108:99:5121,295,0 chrIV 851071 . CTCCCCA C 8172 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=438.3793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.53;MQ0=0;QD=69.85;RPA=2,1;RU=TCCCCA;SB=-2.013e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,107:117:99:8172,316,0 chrIV 854086 . ATT A 2661.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=49.3299;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.63;MQ0=0;QD=26.89;RPA=9,7;RU=T;SB=-8.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,82:99:99:2704,235,0 chrIV 864960 . G GTAA 378.73 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.290;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=56.9481;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.738;QD=27.05;RPA=5,6;RU=TAA;ReadPosRankSum=-1.448;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,10:14:6:419,6,0 chrIV 864990 . C CT 456.76 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.095;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=197.1584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.81;MQ0=0;MQRankSum=0.664;QD=12.02;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.866;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,30:38:4:495,0,4 chrIV 867984 . TA T 2811.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.701;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=369.9204;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.886;QD=17.91;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.119;SB=-8.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,118:157:99:2854,363,0 chrIV 868008 . T TG 4865 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=180;FS=0.000;HaplotypeScore=386.3184;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=27.03;RPA=4,5;RU=G;SB=-1.542e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,168:180:99:4865,496,0 chrIV 870568 . G GT 3173.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=30.1050;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.51;MQ0=0;QD=37.34;SB=-6.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:85:99:3216,247,0 chrIV 870950 . G GT 3896 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.662;DP=198;FS=1.962;HaplotypeScore=306.6984;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.389;QD=19.68;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.500;SB=-1.711e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,174:197:99:3896,420,0 chrIV 877876 . GT G 1516.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=172.3040;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.70;MQ0=0;QD=22.64;RPA=5,4;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,62:58:99:1559,165,0 chrIV 884286 . ATT A 1095.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=156.2802;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.88;MQ0=0;QD=28.10;RPA=11,9;RU=T;SB=-3.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,37:37:99:1138,102,0 chrIV 884500 . CT C 1655.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=194.8513;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.45;MQ0=0;QD=19.95;RPA=9,8;RU=T;SB=-7.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,77:83:99:1698,210,0 chrIV 884692 . TA T 3338 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=275.3830;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=25.10;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.033e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,124:133:99:3338,360,0 chrIV 887046 . AT A 1294.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=178.7329;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.91;MQ0=0;QD=19.62;RPA=11,10;RU=T;SB=-4.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,59:66:99:1337,173,0 chrIV 887096 . G GA 536.24 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.125;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=155.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.97;MQ0=0;MQRankSum=1.236;QD=8.65;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.314;SB=-1.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,29:62:9:575,0,9 chrIV 892532 . CAA C 991.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.036;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=96.4551;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.05;MQ0=0;MQRankSum=1.457;QD=22.04;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.741;SB=-6.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,35:45:97:1034,97,0 chrIV 894993 . CA C 856.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.718;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=25.8367;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.98;MQ0=0;MQRankSum=0.873;QD=15.58;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.873;SB=-2.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,46:55:83:899,83,0 chrIV 905294 . TA T 1951.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=31.4365;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=20.99;RPA=6,5;RU=A;SB=-9.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,83:93:99:1994,225,0 chrIV 911454 . CT C 2664.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=298.7657;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.67;MQ0=0;QD=17.77;RPA=10,9;RU=T;SB=-9.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,123:150:99:2707,349,0 chrIV 911744 . TA T 5004 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=58.3395;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;QD=30.89;RPA=3,2;RU=A;SB=-2.050e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,155:162:99:5004,454,0 chrIV 911876 . T TC 3949 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.170;DP=119;FS=4.119;HaplotypeScore=573.0482;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.25;MQ0=0;MQRankSum=0.265;QD=33.18;ReadPosRankSum=-1.295;SB=-1.572e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,99:119:99:3949,328,0 chrIV 917515 . T TAA,TA 1142.96 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.630;DP=99;FS=4.403;HaplotypeScore=226.2274;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.194;QD=11.55;RPA=11,13,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.679;SB=-5.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:30,9,57:99:59:1221,782,842,150,0,59 chrIV 921648 . C CT 1669.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=23.1779;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.86;MQ0=0;QD=21.97;RPA=5,6;RU=T;SB=-5.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,67:76:99:1712,189,0 chrIV 921813 . CA C 414.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.456;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=199.7039;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.47;MQ0=0;MQRankSum=0.624;QD=8.83;RPA=20,19;RU=A;ReadPosRankSum=1.456;SB=-5.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,28:47:58:457,58,0 chrIV 923047 . A ACTG 4250 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.519;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=514.9008;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.091;QD=30.80;RPA=6,7;RU=CTG;ReadPosRankSum=0.304;SB=-1.102e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,113:138:99:4250,318,0 chrIV 924026 . T TA 3281 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=562.0972;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.51;MQ0=0;QD=21.31;RPA=8,9;RU=A;SB=-1.333e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,134:154:99:3281,395,0 chrIV 927319 . C CT 2272.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.030;DP=141;FS=2.800;HaplotypeScore=72.8794;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.059;QD=16.12;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.012;SB=-9.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,92:141:99:2315,265,0 chrIV 927438 . G GT 3681 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.717;DP=211;FS=2.484;HaplotypeScore=92.5303;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.478;QD=17.45;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.604;SB=-1.401e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,163:211:99:3681,406,0 chrIV 927596 . GC G 1732.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=2554.6877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.22;MQ0=0;QD=24.41;SB=-6.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,70:68:99:1775,180,0 chrIV 927599 . TCATCAACACATGCAGCAGCA T 14137 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=1306.6141;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.54;MQ0=0;QD=201.96;SB=-5.822e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:67:99:14137,202,0 chrIV 929153 . TA T 623.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=76.8319;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=12.00;RPA=11,10;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,42:52:87:666,87,0 chrIV 929171 . GT G 333.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=111.6871;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.72;MQ0=0;QD=8.56;RPA=11,10;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,16:39:50:376,50,0 chrIV 929184 . AT A 226.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=80.9414;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.24;MQ0=0;QD=11.95;RPA=12,11;RU=T;SB=-2.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,13:19:36:269,36,0 chrIV 930309 . T TTTG 3285 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.047;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=33.0950;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.451;QD=31.89;RPA=6,7;RU=TTG;ReadPosRankSum=1.451;SB=-8.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,74:103:99:3285,177,0 chrIV 930964 . CATATATATAT C 5506 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.547;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=344.2986;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=71.51;RPA=11,6;RU=AT;ReadPosRankSum=1.114;SB=-1.511e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,53:77:99:5506,164,0 chrIV 950553 . A AT 4331 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=45.3373;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.35;MQ0=0;QD=31.16;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.695e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,129:139:99:4331,364,0 chrIV 954026 . TA T 3331 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=47.6482;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.18;MQ0=0;QD=26.86;SB=-1.484e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,120:124:99:3331,330,0 chrIV 955062 . CT C 6702 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=246;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=504.4836;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.74;MQ0=0;QD=27.24;RPA=4,3;RU=T;SB=-2.590e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,238:246:99:6702,676,0 chrIV 955682 . C CTTTATT 2756.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=285.5730;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.22;MQ0=0;QD=31.33;RPA=2,3;RU=TTTATT;SB=-1.003e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,57:88:99:2799,141,0 chrIV 955986 . GAAA G 3551 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=289.9840;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=25.55;RPA=16,13;RU=A;SB=-1.786e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,97:138:99:3551,302,0 chrIV 957398 . A ACC 5282 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=722.7604;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.86;MQ0=0;QD=33.86;RPA=5,7;RU=C;SB=-2.571e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,132:156:99:5282,415,0 chrIV 957539 . A AC 2863.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=35.0470;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.52;MQ0=0;QD=24.27;RPA=5,6;RU=C;SB=-1.159e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,100:118:99:2906,309,0 chrIV 957628 . CTTT C 3553 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=56.0738;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.47;MQ0=0;QD=32.90;RPA=12,9;RU=T;SB=-1.467e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,79:108:99:3553,250,0 chrIV 959932 . C CA 4641 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=202;FS=0.000;HaplotypeScore=572.3969;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.68;MQ0=0;QD=22.98;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.599e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,176:202:99:4641,531,0 chrIV 960216 . TG T 4440 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.613;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=723.0513;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.685;QD=28.65;ReadPosRankSum=1.708;SB=-1.307e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,137:155:99:4440,429,0 chrIV 960218 . TGG T 5484 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=623.2652;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.07;MQ0=0;QD=36.56;RPA=3,1;RU=G;SB=-1.437e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,137:150:99:5484,439,0 chrIV 967966 . AT A 2340.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=315.6467;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=21.68;RPA=7,6;RU=T;SB=-9.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,95:108:99:2383,282,0 chrIV 968049 . G GTACTA 6125 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=216.0419;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.59;MQ0=0;QD=61.25;SB=-2.835e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,73:100:99:6125,274,0 chrIV 976412 . G GA 2176.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.694;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=43.2346;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.62;MQ0=0;MQRankSum=0.301;QD=20.73;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.075;SB=-9.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,94:105:99:2219,251,0 chrIV 977331 . ATT A 3888 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=290.4627;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.68;MQ0=0;QD=28.17;RPA=11,9;RU=T;SB=-1.686e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,116:138:99:3888,352,0 chrIV 979570 . TCC T 3949 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=761.9505;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.07;MQ0=0;QD=38.72;RPA=3,1;RU=C;SB=-7.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,93:102:99:3949,268,0 chrIV 979794 . A AT 4307 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=1228.0071;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.13;MQ0=0;QD=33.91;RPA=1,2;RU=T;SB=-7.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,126:127:99:4307,364,0 chrIV 979841 . CAT C 5515 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=1621.1963;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.58;MQ0=0;QD=40.55;RPA=2,1;RU=AT;SB=-1.368e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,125:136:99:5515,376,0 chrIV 980121 . AT A 4243 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=441.7516;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.73;MQ0=0;QD=29.26;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.437e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,141:145:99:4243,385,0 chrIV 980200 . ATT A 2802.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=371.7260;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.05;MQ0=0;QD=28.03;RPA=7,5;RU=T;SB=-1.107e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,85:100:99:2845,241,0 chrIV 980211 . AT A 2615.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=441.7256;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.96;MQ0=0;QD=23.78;RPA=5,4;RU=T;SB=-9.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,99:110:99:2658,285,0 chrIV 980440 . C CA 5451 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=677.8825;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.07;MQ0=0;QD=35.63;RPA=1,2;RU=A;SB=-2.577e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,146:153:99:5451,448,0 chrIV 980959 . AAT A 1661.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=384.2694;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.64;MQ0=0;QD=40.54;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,35:41:99:1704,111,0 chrIV 980968 . T TA 1140.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=413.5968;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.96;MQ0=0;QD=24.80;RPA=5,6;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,31:46:99:1183,132,0 chrIV 993018 . GT G 2920.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=1430.2128;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.73;MQ0=0;QD=21.17;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.351e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,115:138:99:2963,333,0 chrIV 994003 . C CT,CTT 1223.95 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.634;DP=102;FS=1.684;HaplotypeScore=500.2841;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=49.91;MQ0=0;MQRankSum=-1.803;QD=12.00;RPA=3,4,5;RU=T;ReadPosRankSum=-0.074;SB=-3.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:55,41,5:102:62:1302,193,62,389,0,303 chrIV 995565 . AT A 4335 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=434.6549;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;QD=27.79;RPA=4,3;RU=T;SB=-2.151e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,142:156:99:4335,433,0 chrIV 995594 . A AT 4502 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=426.6993;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;QD=35.73;SB=-1.615e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,116:126:99:4502,358,0 chrIV 995816 . A ATATT 1238.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=168.0723;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.10;MQ0=0;QD=33.49;SB=-6.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,17:37:87:1281,87,0 chrIV 1004000 . G GT 5012 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=409.0251;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.87;MQ0=0;QD=35.55;SB=-2.146e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,134:141:99:5012,391,0 chrIV 1008744 . C CAAT 329.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=58.6233;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.25;MQ0=0;QD=17.37;RPA=4,5;RU=AAT;SB=-4.798e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,7:19:27:372,27,0 chrIV 1008805 . A AT 1315.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=383.0936;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.48;MQ0=0;QD=28.61;RPA=1,2;RU=T;SB=-2.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1358,138,0 chrIV 1012110 . A AT 1449.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.129;DP=91;FS=8.500;HaplotypeScore=172.3959;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.400;QD=15.93;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.782;SB=-5.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,57:89:99:1492,165,0 chrIV 1013362 . C CAAA 2980.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=182.4810;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.33;MQ0=0;QD=36.35;RPA=9,12;RU=A;SB=-8.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,69:82:99:3023,239,0 chrIV 1013842 . G GACACCCTAC 9940 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.569;DP=114;FS=4.021;HaplotypeScore=380.6530;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.405;QD=87.19;ReadPosRankSum=1.699;SB=-3.719e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,68:114:99:9940,299,0 chrIV 1013843 . 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G GTA 2071.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=23.8773;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.33;MQ0=0;QD=28.78;RPA=4,5;RU=TA;SB=-7.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,60:72:99:2114,169,0 chrIV 1021881 . G GA 1851.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=25.5596;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;QD=21.79;RPA=6,7;RU=A;SB=-6.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,74:85:99:1894,219,0 chrIV 1022353 . GT G 2551.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=147.0650;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.54;MQ0=0;QD=18.10;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.157e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,119:141:99:2594,320,0 chrIV 1023499 . CA C 1685.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=26.5085;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.54;MQ0=0;QD=24.09;RPA=7,6;RU=A;SB=-4.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,65:70:99:1728,189,0 chrIV 1035649 . CAATGCATCA C 15583 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=172;FS=0.000;HaplotypeScore=1546.0836;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.15;MQ0=0;QD=90.60;SB=-7.334e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,140:172:99:15583,442,0 chrIV 1035661 . TC T 4586 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=2490.6866;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.98;MQ0=0;QD=32.07;RPA=2,1;RU=C;SB=-2.093e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,140:143:99:4586,429,0 chrIV 1037059 . TCC T 5881 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=284.8098;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.24;MQ0=0;QD=39.47;SB=-2.936e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,141:149:99:5881,403,0 chrIV 1038255 . G GT 2816.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=132.3501;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;QD=24.50;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.025e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,102:115:99:2859,306,0 chrIV 1038649 . GTCATCA G 9822 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=212;FS=0.000;HaplotypeScore=376.3517;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.45;MQ0=0;QD=46.33;RPA=10,8;RU=TCA;SB=-4.767e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:57,153:212:99:9822,424,0 chrIV 1043114 . G GTATA 1037.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=144.6014;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.12;MQ0=0;QD=27.31;RPA=7,9;RU=TA;SB=-4.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,19:38:63:1080,63,0 chrIV 1050422 . G GT 4806 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=170;FS=0.000;HaplotypeScore=102.2517;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.20;MQ0=0;QD=28.27;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.980e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,166:170:99:4806,457,0 chrIV 1052356 . AT A 2187.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=33.1006;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.78;MQ0=0;QD=19.89;RPA=6,5;RU=T;SB=-9.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,96:110:99:2230,249,0 chrIV 1054746 . CTT C 2012.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=78.3026;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;QD=29.60;RPA=5,3;RU=T;SB=-3.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,63:68:99:2055,162,0 chrIV 1054847 . A AT 808.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.485;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=159.8396;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.248;QD=13.05;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.743;SB=-4.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,28:62:99:851,100,0 chrIV 1055183 . C CA 2895.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.869;DP=122;FS=3.015;HaplotypeScore=541.7628;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.991;QD=23.74;ReadPosRankSum=2.290;SB=-1.399e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,119:122:99:2938,324,0 chrIV 1059951 . GAAA G 3218.91 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.868;DP=239;DS;FS=1.085;HaplotypeScore=1116.0772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.83;MQ0=0;MQRankSum=-3.848;QD=13.47;RPA=5,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.217;SB=-1.501e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:155,81:239:99:3258,0,6384 chrIV 1067616 . C CA 3093.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.262;DP=154;FS=4.904;HaplotypeScore=62.2481;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.48;MQ0=0;MQRankSum=1.298;QD=20.09;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.735;SB=-1.320e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,134:154:99:3136,310,0 chrIV 1073672 . A AC 4323 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=844.7744;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.57;MQ0=0;QD=32.26;SB=-1.923e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,115:134:99:4323,358,0 chrIV 1075461 . G GA 3801 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.351;DP=165;FS=0.000;HaplotypeScore=420.3301;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.819;QD=23.04;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=0.889;SB=-1.489e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,144:165:99:3801,417,0 chrIV 1078496 . TC T 5716 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=181;FS=0.000;HaplotypeScore=824.8461;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.38;MQ0=0;QD=31.58;SB=-2.452e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,164:181:99:5716,508,0 chrIV 1078546 . A AT 2415.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.292;DP=127;FS=3.141;HaplotypeScore=476.9266;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.532;QD=19.02;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.394;SB=-1.132e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,101:127:99:2458,278,0 chrIV 1078659 . C CT 3757 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=198.9095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=32.67;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.231e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,109:115:99:3757,322,0 chrIV 1078881 . G GA 1672.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=272.4930;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;QD=22.01;RPA=6,7;RU=A;SB=-8.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,68:76:99:1715,195,0 chrIV 1078908 . GA G 1787.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=303.8114;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;QD=22.63;RPA=6,5;RU=A;SB=-8.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,70:79:99:1830,204,0 chrIV 1080944 . GTGTATGTAATGTTAAGCGCTAAATA G 7451 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=103.9632;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.11;MQ0=0;QD=68.99;RPA=2,1;RU=TGTATGTAATGTTAAGCGCTAAATA;SB=-2.895e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,64:108:99:7451,187,0 chrIV 1087004 . G GT 6873 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=184;FS=0.000;HaplotypeScore=53.8917;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.99;MQ0=0;QD=37.35;SB=-3.252e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,180:184:99:6873,524,0 chrIV 1087309 . GT G 5434 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=1299.8281;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.80;MQ0=0;QD=36.23;SB=-2.341e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,142:150:99:5434,421,0 chrIV 1090113 . GAAA G 3430 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.440;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=1268.7308;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.93;MQ0=0;MQRankSum=0.270;QD=30.63;RPA=17,14;RU=A;ReadPosRankSum=0.305;SB=-1.619e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,81:112:99:3430,251,0 chrIV 1092652 . A AAG 5343 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=49.7193;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.40;MQ0=0;QD=36.60;SB=-1.914e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,140:146:99:5343,391,0 chrIV 1095280 . TTACTTCTAAAGTGATCA T 11605 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=374.4741;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.99;MQ0=0;QD=150.71;SB=-2.373e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,65:77:99:11605,193,0 chrIV 1095496 . T TTG 2813.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=489.2583;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.43;MQ0=0;QD=37.52;SB=-9.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,60:75:99:2856,199,0 chrIV 1095562 . GA G 2318.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=442.5020;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.72;MQ0=0;QD=30.92;RPA=3,2;RU=A;SB=-8.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,71:75:99:2361,211,0 chrIV 1101745 . C CT 2304.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=389.5672;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.20;MQ0=0;QD=23.76;RPA=6,7;RU=T;SB=-7.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,87:97:99:2347,261,0 chrIV 1101983 . CT C 1452.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.430;DP=111;FS=4.600;HaplotypeScore=401.9885;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.203;QD=13.09;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.093;SB=-6.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,76:111:99:1495,137,0 chrIV 1108511 . T TC 5443 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=706.9645;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.70;MQ0=0;QD=34.67;SB=-2.282e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,149:156:99:5443,430,0 chrIV 1108600 . GAA G 1877.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=138.1995;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.00;MQ0=0;QD=13.51;RPA=16,14;RU=A;SB=-6.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:59,59:139:99:1920,165,0 chrIV 1109980 . C CT 1658.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=141.7074;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.93;MQ0=0;QD=28.60;RPA=1,2;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,54:58:99:1701,162,0 chrIV 1110074 . 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T TA 3097.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=300.7446;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.99;MQ0=0;QD=24.39;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.206e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,117:127:99:3140,339,0 chrIV 1120539 . T TCTAAAGAAATAAGAC 6501 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=13.4120;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.26;MQ0=0;QD=141.33;SB=-2.342e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:46:99:6501,138,0 chrIV 1126223 . CTA C 4325 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.479;DP=159;FS=3.739;HaplotypeScore=677.0507;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.12;MQ0=0;MQRankSum=1.028;QD=27.20;RPA=7,6;RU=TA;ReadPosRankSum=0.296;SB=-1.790e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,118:159:99:4325,334,0 chrIV 1135519 . AT A 3875 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=59.8913;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=25.49;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.433e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,135:152:99:3875,411,0 chrIV 1135619 . 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GT G 3964 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=739.8167;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.18;MQ0=0;QD=31.46;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.781e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,121:125:99:3964,352,0 chrIV 1150910 . A AG 2914.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=232.3739;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.56;MQ0=0;QD=28.30;RPA=2,3;RU=G;SB=-1.051e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,95:101:99:2957,280,0 chrIV 1151110 . T TA 242.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.750;DP=45;FS=2.808;HaplotypeScore=179.6796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.599;QD=5.40;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=-2.230;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,17:36:99:282,0,561 chrIV 1151676 . AT A 1758.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=350.1394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;QD=26.65;RPA=3,2;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,62:66:99:1801,165,0 chrIV 1153747 . A AT 2749.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=190.0647;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.02;MQ0=0;QD=21.32;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.074e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,118:129:99:2792,333,0 chrIV 1155927 . A AT 414.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8892;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.80;MQ0=22;QD=9.65;RPA=6,7;RU=T;SB=-8.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,37:21:51:457,51,0 chrIV 1156456 . CT C 908.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=280.8423;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.32;MQ0=0;QD=14.20;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,41:64:99:951,132,0 chrIV 1156518 . T TA 1310.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.192;DP=95;FS=1.622;HaplotypeScore=172.9056;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.173;QD=13.80;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-2.068;SB=-5.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,65:94:75:1353,75,0 chrIV 1156743 . T TG 4040 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=316.5931;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.70;MQ0=0;QD=27.86;RPA=3,4;RU=G;SB=-1.921e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,130:144:99:4040,391,0 chrIV 1156783 . CT C 3096.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=435.0006;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.15;MQ0=0;QD=25.18;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.459e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,109:122:99:3139,319,0 chrIV 1157096 . GA G 2502.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=374.9168;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.28;MQ0=0;QD=31.29;RPA=3,2;RU=A;SB=-6.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,77:80:99:2545,223,0 chrIV 1157318 . C CA 3773 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=451.5966;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.47;MQ0=0;QD=33.10;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.618e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,101:114:99:3773,313,0 chrIV 1157818 . CA C 3040.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=519.0168;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;QD=21.57;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.456e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,129:141:99:3083,382,0 chrIV 1159294 . T TC 1570.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=294.6939;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.59;MQ0=0;QD=31.42;SB=-6.000e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:50:99:1613,135,0 chrIV 1159336 . C CT 243.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.992;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=364.0854;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.240;QD=11.62;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.000;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,12:21:30:286,30,0 chrIV 1159346 . C CCTA 631.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=312.4419;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.66;MQ0=0;QD=37.17;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,13:17:39:674,39,0 chrIV 1161342 . AC A 644.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=700.3700;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.68;MQ0=13;QD=16.54;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,21:26:69:687,69,0 chrIV 1161352 . T TAG 1106.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=629.5038;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.51;MQ0=10;QD=31.63;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,23:25:75:1149,75,0 chrIV 1161363 . TC T 1013.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=686.0648;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.87;MQ0=10;QD=22.53;SB=-2.300e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,28:35:92:1056,92,0 chrIV 1161404 . G GT 1691.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=627.9519;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.59;MQ0=0;QD=22.26;RPA=7,8;RU=T;SB=-6.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,67:76:99:1734,204,0 chrIV 1161424 . G GA 2257.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=512.2483;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.97;MQ0=0;QD=24.54;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.091e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,85:92:99:2300,253,0 chrIV 1161612 . T TCTCAATA 6924 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=313.1820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.95;MQ0=0;QD=73.66;SB=-2.950e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,73:94:99:6924,244,0 chrIV 1162000 . C CT 3743 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.709;DP=173;FS=0.000;HaplotypeScore=629.0393;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=1.545;QD=21.64;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.709;SB=-1.415e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,159:173:99:3743,440,0 chrIV 1162329 . GA G 3520 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=552.6379;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.11;MQ0=0;QD=26.47;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.421e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,117:132:99:3520,349,0 chrIV 1162381 . CA C 2424.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=803.9994;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;QD=20.90;RPA=8,7;RU=A;SB=-7.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,103:116:99:2467,297,0 chrIV 1162494 . ATGGTTGG A 7828 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=575.4826;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.04;MQ0=0;QD=65.23;RPA=2,1;RU=TGGTTGG;SB=-3.441e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,91:119:99:7828,268,0 chrIV 1162780 . C CA 1317.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=550.1873;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.89;MQ0=0;QD=25.35;RPA=3,4;RU=A;SB=-3.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,49:52:99:1360,138,0 chrIV 1162787 . G GATACGGAAAATTTGGAAAGAA 7503 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=254.7194;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.77;MQ0=0;QD=147.12;SB=-1.525e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,17:51:99:7503,129,0 chrIV 1164786 . GA G 1782.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=488.1976;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.79;MQ0=0;QD=21.48;RPA=8,7;RU=A;SB=-7.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,70:83:99:1825,219,0 chrIV 1164801 . 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G GT 2369.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=305.8653;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.93;MQ0=0;QD=20.97;RPA=7,8;RU=T;SB=-9.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,94:113:99:2412,285,0 chrIV 1166960 . TTA T 2773.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=633.7254;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.54;MQ0=0;QD=28.31;RPA=6,5;RU=TA;SB=-1.341e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,76:98:99:2816,232,0 chrIV 1166988 . GA G 2333.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=573.6379;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.84;MQ0=0;QD=22.88;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.185e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,89:102:99:2376,252,0 chrIV 1168663 . A ATTT 3436 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=24.3913;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.00;MQ0=0;QD=39.95;RPA=2,5;RU=T;SB=-1.521e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,78:86:99:3436,214,0 chrIV 1171862 . AT A 4017 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=210.9047;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;QD=30.90;SB=-1.373e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,130:130:99:4017,352,0 chrIV 1174453 . TAA T 2535.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=37.4904;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.87;MQ0=0;QD=24.86;RPA=11,9;RU=A;SB=-1.094e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,85:102:99:2578,235,0 chrIV 1174736 . C CA 3085.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=353.3838;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.85;MQ0=0;QD=31.49;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.484e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,83:98:99:3128,259,0 chrIV 1174764 . G GT 2652.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=432.1578;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.26;MQ0=0;QD=24.12;RPA=6,7;RU=T;SB=-9.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,103:110:99:2695,309,0 chrIV 1174994 . CT C 2879.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=809.2790;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.37;MQ0=0;QD=29.09;RPA=4,3;RU=T;SB=-6.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,92:99:99:2922,271,0 chrIV 1175920 . CT C 2040.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=194.5977;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.50;MQ0=0;QD=20.62;RPA=8,7;RU=T;SB=-2.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,87:96:99:2083,252,0 chrIV 1178330 . CT C 731.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.675;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=367.6425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.286;QD=7.10;RPA=16,15;RU=T;ReadPosRankSum=1.471;SB=-2.491e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,43:103:92:773,92,0 chrIV 1186042 . C CG 5917 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=200;FS=0.000;HaplotypeScore=609.4861;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.92;MQ0=0;QD=29.59;RPA=2,3;RU=G;SB=-2.023e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,189:200:99:5917,547,0 chrIV 1189684 . GA G 2915.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=266.0561;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.39;MQ0=0;QD=30.69;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.416e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:95:99:2958,262,0 chrIV 1189983 . TAA T 2609.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=197.3428;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.57;MQ0=0;QD=28.37;RPA=6,4;RU=A;SB=-8.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,89:92:99:2652,222,0 chrIV 1191734 . CA C 3884 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=286.9308;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.90;MQ0=0;QD=27.94;RPA=3,2;RU=A;SB=-9.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,127:139:99:3884,355,0 chrIV 1191893 . T TAA,TA 1265.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;DP=101;FS=2.547;HaplotypeScore=311.4884;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=1.559;QD=12.53;RPA=13,15,14;RU=A;ReadPosRankSum=-1.584;SB=-5.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:30,13,57:101:80:1344,849,858,216,0,80 chrIV 1196605 . C CAA 2141.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.365;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=933.1267;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.33;MQ0=0;MQRankSum=-2.253;QD=23.28;RPA=2,4;RU=A;ReadPosRankSum=-0.608;SB=-1.071e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,61:92:99:2184,186,0 chrIV 1196658 . A AT 3599 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=436.4038;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.43;MQ0=0;QD=26.46;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.079e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,125:136:99:3599,364,0 chrIV 1201847 . A ATT 3206.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=325.2399;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.11;MQ0=0;QD=30.25;RPA=8,10;RU=T;SB=-1.622e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,89:106:99:3249,289,0 chrIV 1201894 . TA T 2889.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=406.3644;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.72;MQ0=0;QD=23.50;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.264e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,110:123:99:2932,315,0 chrIV 1212811 . A AG 1354.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=17.8051;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;QD=26.57;RPA=3,4;RU=G;SB=-6.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,50:51:99:1397,138,0 chrIV 1213754 . G GAA 3455 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=224.2994;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.74;MQ0=0;QD=27.64;RPA=8,10;RU=A;SB=-1.643e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,107:125:99:3455,306,0 chrIV 1214842 . AGC A 3144.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=247.2688;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.91;MQ0=0;QD=37.44;RPA=3,2;RU=GC;SB=-9.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,79:84:99:3187,232,0 chrIV 1219117 . G GC 5085 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=44.8959;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.10;MQ0=0;QD=32.60;SB=-2.339e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,152:156:99:5085,418,0 chrIV 1222748 . TC T 1958.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=267.7194;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.47;MQ0=0;QD=18.14;SB=-5.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,92:108:99:2001,262,0 chrIV 1223338 . TG T 2655.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=273.8151;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.37;MQ0=0;QD=23.93;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,97:111:99:2698,294,0 chrIV 1228495 . A AT 2319.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=41.5796;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.20;RPA=4,5;RU=T;SB=-9.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,87:100:99:2362,252,0 chrIV 1228938 . GA G 3477 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=45.4818;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.49;MQ0=0;QD=26.14;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.513e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,128:133:99:3477,349,0 chrIV 1229214 . TAC T 3068.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=222.1302;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.88;MQ0=0;QD=29.80;RPA=5,4;RU=AC;SB=-7.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,96:103:99:3111,267,0 chrIV 1233618 . GTTAA G 5007 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=562.5938;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.08;MQ0=0;QD=49.09;RPA=3,2;RU=TTAA;SB=-2.079e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,92:102:99:5007,277,0 chrIV 1236229 . A ATAT 4362 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=658.6293;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.30;MQ0=0;QD=44.97;RPA=1,2;RU=TAT;SB=-1.501e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,87:97:99:4362,262,0 chrIV 1236280 . A ATT 2225.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.670;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=571.0999;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.086;QD=21.82;RPA=10,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.901;SB=-9.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,60:102:99:2268,186,0 chrIV 1237589 . CTT C 2268.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=151.1123;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.27;MQ0=0;QD=24.14;RPA=12,10;RU=T;SB=-1.079e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,78:94:99:2311,213,0 chrIV 1240959 . GA G 1128.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.512;DP=95;FS=2.127;HaplotypeScore=39.5277;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.068;QD=11.88;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=1.428;SB=-5.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,58:95:99:1171,118,0 chrIV 1242116 . T TG 2509.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=407.8847;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.68;MQ0=0;QD=23.90;RPA=5,6;RU=G;SB=-1.065e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,87:105:99:2552,267,0 chrIV 1242276 . GAA G 3337 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.665;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=264.8665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=1.261;QD=24.54;RPA=11,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.118;SB=-1.497e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,112:136:99:3337,306,0 chrIV 1252244 . A AG 2473.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.698;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=371.7823;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=0.285;QD=20.62;ReadPosRankSum=1.629;SB=-1.146e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,93:120:99:2516,316,0 chrIV 1252511 . TAAGATA T 7536 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=244.3657;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.39;MQ0=0;QD=67.29;SB=-3.673e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,101:112:99:7536,277,0 chrIV 1257252 . AT A 2352.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=666.9190;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.74;MQ0=0;QD=24.01;RPA=7,6;RU=T;SB=-8.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,91:98:99:2395,276,0 chrIV 1263138 . AT A 2934.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=74.8236;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.34;MQ0=0;QD=19.44;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.381e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,131:151:99:2977,371,0 chrIV 1266982 . A AATC 8174 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=170;FS=0.000;HaplotypeScore=294.7823;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.59;MQ0=0;QD=48.08;RPA=1,2;RU=ATC;SB=-4.021e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,161:170:99:8174,473,0 chrIV 1269508 . G GAA 2328.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=91.0130;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.14;MQ0=0;QD=23.29;RPA=9,11;RU=A;SB=-1.079e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,57:99:99:2371,229,0 chrIV 1269629 . G GC 2352.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=250.8874;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;QD=31.37;RPA=1,2;RU=C;SB=-9.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,68:75:99:2395,202,0 chrIV 1269782 . A AT 1603.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.428;DP=82;FS=3.016;HaplotypeScore=126.9437;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.816;QD=19.56;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.780;SB=-7.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,65:82:99:1646,161,0 chrIV 1272102 . CT C 1350.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.676;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=85.0309;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.68;MQ0=0;MQRankSum=1.676;QD=18.01;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.676;SB=-5.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,61:75:99:1393,181,0 chrIV 1274074 . G GA 2526.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=39.8301;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.03;MQ0=0;QD=20.38;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.121e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,110:124:99:2569,294,0 chrIV 1277186 . AT A 3825 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=183.8227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.19;MQ0=0;QD=29.88;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.812e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,124:128:99:3825,352,0 chrIV 1278545 . G GA 1431.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.990;DP=136;FS=1.345;HaplotypeScore=297.7048;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.11;MQ0=0;MQRankSum=0.690;QD=10.53;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-1.094;SB=-5.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:61,64:136:99:1474,118,0 chrIV 1279164 . AAC A 5699 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=194;FS=0.000;HaplotypeScore=436.0917;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.68;MQ0=0;QD=29.38;RPA=7,6;RU=AC;SB=-2.403e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,164:194:99:5699,481,0 chrIV 1279422 . T TAATGCGCAC 10230 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=345.8742;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.84;MQ0=0;QD=73.60;RPA=1,2;RU=AATGCGCAC;SB=-4.976e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,111:139:99:10230,328,0 chrIV 1283813 . CT C 455.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=145.5754;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.73;MQ0=0;QD=10.60;RPA=8,7;RU=T;SB=-4.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,23:43:63:498,63,0 chrIV 1289138 . A AT 3776 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=392.9939;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=26.04;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.718e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,138:145:99:3776,402,0 chrIV 1302220 . C CTT 2736.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=41.1604;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.09;MQ0=0;QD=25.82;RPA=9,11;RU=T;SB=-7.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,83:106:99:2779,254,0 chrIV 1303168 . CAA C 6841 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=349.8202;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.18;MQ0=0;QD=43.03;RPA=3,1;RU=A;SB=-2.091e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,154:159:99:6841,460,0 chrIV 1305680 . TG T 3528 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=215.6607;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.68;MQ0=0;QD=31.22;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.430e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,101:111:99:3528,316,0 chrIV 1305715 . A AT 2262.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=310.1544;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.55;MQ0=0;QD=23.33;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.082e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,86:96:99:2305,255,0 chrIV 1315228 . C CA 1924.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.033;DP=117;FS=7.424;HaplotypeScore=309.9783;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.330;QD=16.45;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.110;SB=-8.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,77:117:99:1967,222,0 chrIV 1318524 . A AT 3980 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=174;FS=0.000;HaplotypeScore=387.8149;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.83;MQ0=0;QD=22.87;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.556e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,156:174:99:3980,453,0 chrIV 1319345 . TA T 5903 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=197;FS=0.000;HaplotypeScore=633.1501;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.33;MQ0=0;QD=29.96;RPA=2,1;RU=A;SB=-2.829e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,175:197:99:5903,508,0 chrIV 1330090 . C CT 2886.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=179.3422;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=26.98;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.259e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,95:107:99:2929,280,0 chrIV 1330230 . G GT 2680.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=133.8910;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.65;MQ0=0;QD=27.08;RPA=2,3;RU=T;SB=-8.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,94:99:99:2723,261,0 chrIV 1330454 . AT A 2199.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=30.8952;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.26;MQ0=0;QD=21.57;RPA=8,7;RU=T;SB=-7.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,95:102:99:2242,270,0 chrIV 1330700 . C CT 3281 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=165.1163;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=31.55;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.170e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,102:104:99:3281,277,0 chrIV 1334562 . TA T 6532 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=188;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=573.0923;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=34.74;SB=-1.904e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,178:188:99:6532,509,0 chrIV 1334776 . A ACCC 5984 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=167;FS=0.000;HaplotypeScore=90.4596;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.79;MQ0=0;QD=35.83;RPA=7,10;RU=C;SB=-2.242e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,130:167:99:5984,424,0 chrIV 1338120 . GC G 4717 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=179;FS=0.000;HaplotypeScore=124.1131;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.56;MQ0=0;QD=26.35;RPA=7,6;RU=C;SB=-1.108e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,168:179:99:4717,478,0 chrIV 1339443 . AT A 2236.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=137.8217;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.99;MQ0=0;QD=24.05;RPA=5,4;RU=T;SB=-9.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,90:93:99:2279,243,0 chrIV 1340778 . AT A 2256.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=293.6182;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.36;MQ0=0;QD=18.06;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.128e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,108:125:99:2299,284,0 chrIV 1341401 . CTGTTGGGATAATTCAGAAA C 9360 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=27.9182;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.41;MQ0=0;QD=120.00;SB=-4.370e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,59:78:99:9360,169,0 chrIV 1341641 . TCCCCC T 6174 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=307.3611;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.43;MQ0=0;QD=56.13;RPA=11,6;RU=C;SB=-1.711e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,98:110:99:6174,280,0 chrIV 1342277 . A AT 2770.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.588;DP=149;FS=6.738;HaplotypeScore=251.6803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.180;QD=18.60;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.413;SB=-1.004e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,115:149:99:2813,231,0 chrIV 1345190 . G GTA 1485.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.270;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=24.6867;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.577;QD=22.51;RPA=6,7;RU=TA;ReadPosRankSum=0.885;SB=-7.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,43:65:99:1528,99,0 chrIV 1345379 . C CA 4091 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=35.5290;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;QD=39.34;SB=-7.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:4091,301,0 chrIV 1346537 . CTGCTGT C 7664 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;FS=0.000;HaplotypeScore=133.4320;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.07;MQ0=0;QD=46.17;RPA=4,3;RU=TGCTGT;SB=-2.694e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,125:166:99:7664,349,0 chrIV 1352451 . GTT G 2600.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.118;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=228.6601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.43;MQ0=0;MQRankSum=0.165;QD=26.81;RPA=3,1;RU=T;ReadPosRankSum=2.354;SB=-1.119e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,88:97:99:2643,232,0 chrIV 1352723 . GAC G 327.99 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.423;DP=40;FS=10.414;HaplotypeScore=338.2915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=15.27;MQ0=28;MQRankSum=-0.791;QD=8.20;ReadPosRankSum=1.423;SB=-3.024e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,10:11:20:367,0,20 chrIV 1352728 . A AT 254.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=348.6215;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=15.47;MQ0=27;QD=6.54;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,10:11:30:297,30,0 chrIV 1352733 . A AT 239.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=347.4841;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=15.28;MQ0=26;QD=6.67;RPA=1,2;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,10:10:30:282,30,0 chrIV 1352752 . A AT 326.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=482.7618;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.60;MQ0=24;QD=8.60;RPA=2,3;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,11:14:33:369,33,0 chrIV 1352757 . TG T 266.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=368.4875;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=15.81;MQ0=26;QD=7.22;RPA=2,1;RU=G;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,10:11:27:309,27,0 chrIV 1353681 . TC T 3979 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=562.3267;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.46;MQ0=0;QD=34.30;SB=-1.584e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,106:116:99:3979,313,0 chrIV 1353718 . T TC 3539 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=475.4106;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.08;MQ0=0;QD=28.09;RPA=2,3;RU=C;SB=-1.271e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,116:126:99:3539,328,0 chrIV 1359411 . A AT 1894.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=86.9265;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.11;MQ0=0;QD=17.71;RPA=8,9;RU=T;SB=-8.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,87:107:99:1937,234,0 chrIV 1359872 . GT G 3382 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=284.0350;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.21;MQ0=0;QD=23.99;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.544e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,131:141:99:3382,369,0 chrIV 1364938 . 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C CA 2657.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=39.7574;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.10;MQ0=0;QD=24.38;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.090e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,106:109:99:2700,288,0 chrIV 1385310 . C CT 1783.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=167.5449;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.12;MQ0=0;QD=32.44;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,48:55:99:1826,150,0 chrIV 1385858 . T TC 6446 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=238;FS=0.000;HaplotypeScore=1063.9268;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.39;MQ0=0;QD=27.08;RPA=3,4;RU=C;SB=-2.690e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,228:238:99:6446,646,0 chrIV 1385998 . T TTAATA 10093 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=193;FS=0.000;HaplotypeScore=788.6922;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.37;MQ0=0;QD=52.30;RPA=1,2;RU=TAATA;SB=-4.378e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:50,138:193:99:10093,448,0 chrIV 1386670 . T TTTTC 5325 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=535.2709;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.55;MQ0=0;QD=43.29;SB=-2.276e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,71:123:99:5325,306,0 chrIV 1386697 . G GA 2087.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.675;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=706.4490;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.278;QD=17.40;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.232;SB=-8.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,95:120:99:2130,229,0 chrIV 1388815 . A AT 1583.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.153;DP=108;FS=10.790;HaplotypeScore=381.5377;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.722;QD=14.67;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.153;SB=-6.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:60,45:108:99:1626,110,0 chrIV 1388828 . TA T 1826.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=356.5938;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.87;MQ0=0;QD=17.24;RPA=10,9;RU=A;SB=-9.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:56,47:103:99:1869,241,0 chrIV 1398960 . CA C 2640.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=148.3821;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.80;MQ0=0;QD=19.71;RPA=8,7;RU=A;SB=-8.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,124:134:99:2683,324,0 chrIV 1399551 . A AT 2778.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=43.7458;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.05;MQ0=0;QD=25.04;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.011e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,101:111:99:2821,274,0 chrIV 1400688 . T TCTC 8608 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=208;FS=0.000;HaplotypeScore=597.8463;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.72;MQ0=0;QD=41.38;RPA=1,2;RU=CTC;SB=-2.762e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,194:208:99:8608,556,0 chrIV 1401450 . A AC 3309 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=392.3445;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.81;MQ0=0;MQRankSum=0.425;QD=23.64;RPA=3,4;RU=C;ReadPosRankSum=-0.577;SB=-1.162e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,123:140:99:3309,336,0 chrIV 1402036 . A AT 3608 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=50.1295;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.69;MQ0=0;QD=23.43;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.370e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,144:154:99:3608,370,0 chrIV 1402811 . G GT 1256.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.984;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=104.3367;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.533;QD=16.11;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.694;SB=-5.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,57:78:99:1299,118,0 chrIV 1410138 . A AT 4321 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=58.1100;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.93;MQ0=0;QD=26.84;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.255e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,148:161:99:4321,412,0 chrIV 1411307 . GAA G 7826 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=201;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1617.4669;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.48;MQ0=0;QD=38.94;RPA=3,1;RU=A;SB=-3.675e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,185:201:99:7826,548,0 chrIV 1411648 . G GA 2751.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.703;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=923.1609;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.73;MQ0=0;MQRankSum=0.666;QD=21.50;ReadPosRankSum=0.785;SB=-1.296e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,112:128:99:2794,342,0 chrIV 1411840 . CA C 3965 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=174;FS=0.000;HaplotypeScore=308.3130;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.08;MQ0=0;QD=22.79;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.499e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,163:174:99:3965,462,0 chrIV 1412225 . GA G 695.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.880;DP=91;FS=5.463;HaplotypeScore=40.0755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=0.121;QD=7.65;RPA=15,14;RU=A;ReadPosRankSum=1.018;SB=-2.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,48:91:45:738,45,0 chrIV 1418469 . CATATAT C 808.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=13.6332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=25.28;RPA=11,8;RU=AT;SB=-9.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,16:32:39:851,39,0 chrIV 1420281 . T TA 8307 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=245;FS=0.000;HaplotypeScore=772.3707;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.47;MQ0=0;QD=33.91;RPA=1,2;RU=A;SB=-2.616e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,243:245:99:8307,707,0 chrIV 1420993 . TC T 6272 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=199;FS=0.000;HaplotypeScore=297.7738;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=31.52;RPA=2,1;RU=C;SB=-2.039e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,194:199:99:6272,562,0 chrIV 1424802 . T TTA 4468 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=498.3848;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.95;MQ0=0;QD=34.64;RPA=3,4;RU=TA;SB=-1.412e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,113:129:99:4468,340,0 chrIV 1428180 . CT C 2381.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=411.1431;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.82;MQ0=0;QD=21.85;RPA=7,6;RU=T;SB=-7.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,99:109:99:2424,282,0 chrIV 1428237 . A AAACAGAAG 10481 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=202.1809;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.36;MQ0=0;QD=84.52;SB=-3.799e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,85:124:99:10481,340,0 chrIV 1428338 . G GA 2872.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=203.9781;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.60;MQ0=0;QD=24.14;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.030e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,113:119:99:2915,312,0 chrIV 1429311 . GTTT G 10553 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=248;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=740.7301;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.66;MQ0=0;QD=42.55;RPA=7,4;RU=T;SB=-4.488e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,221:248:99:10553,641,0 chrIV 1431941 . C CATATATATAT 1218.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=98.9319;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.36;MQ0=0;QD=27.70;RPA=6,11;RU=AT;SB=-5.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,8:44:42:1261,42,0 chrIV 1434916 . G GA 2540.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=47.9382;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.76;MQ0=0;QD=18.15;RPA=8,9;RU=A;SB=-8.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,113:140:99:2583,313,0 chrIV 1443639 . A AT 1444.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=188.0957;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.69;MQ0=0;QD=17.41;RPA=3,4;RU=T;SB=-5.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,58:83:99:1487,186,0 chrIV 1451259 . GT G 1312.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.589;DP=94;FS=2.635;HaplotypeScore=47.1571;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.095;QD=13.97;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.690;SB=-4.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,60:94:99:1355,149,0 chrIV 1462852 . T TTTTTTCTTGATCTTCTTGGCCTTC 19775 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=38.2796;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.01;MQ0=0;QD=160.77;SB=-5.899e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,77:123:99:19775,295,0 chrIV 1466418 . G GT,GTT 454.08 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.324;DP=82;FS=9.467;HaplotypeScore=40.6105;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.885;QD=5.54;RPA=17,18,19;RU=T;ReadPosRankSum=-0.933;SB=-1.871e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:60,14,5:81:54:532,137,151,54,0,152 chrIV 1473268 . T TA 1811.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=34.5550;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.35;MQ0=0;QD=21.57;RPA=5,6;RU=A;SB=-6.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,76:84:99:1854,207,0 chrIV 1478129 . C CCCTGTTCCTGTT 16427 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=187;FS=0.000;HaplotypeScore=65.0727;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.05;MQ0=0;QD=87.84;RPA=3,5;RU=CCTGTT;SB=-6.903e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,146:187:99:16427,409,0 chrIV 1478581 . C CTCTCTTTTTCAAAGGCACGCA 13420 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=24.2639;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.56;MQ0=0;QD=194.49;SB=-2.290e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:69:99:13420,205,0 chrIV 1483402 . ATTT A 6477 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=464.7799;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.43;MQ0=0;QD=44.36;RPA=7,4;RU=T;SB=-2.616e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,131:146:99:6477,394,0 chrIV 1487384 . CA C 1371.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.061;DP=87;FS=2.011;HaplotypeScore=93.4381;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.209;QD=15.77;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.873;SB=-6.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,66:87:99:1414,120,0 chrIV 1487477 . CG C 3997 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=201.9183;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.35;MQ0=0;QD=34.46;SB=-1.860e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:116:99:3997,319,0 chrIV 1490904 . CT C 2271.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=50.0980;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.39;MQ0=0;QD=18.03;RPA=9,8;RU=T;SB=-6.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,108:126:99:2314,290,0 chrIV 1492428 . AAT A 5432 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=322.7665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.21;MQ0=0;QD=39.94;SB=-1.986e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,125:136:99:5432,373,0 chrIV 1492673 . TATTA T 6164 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=46.8454;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.84;MQ0=0;QD=51.37;RPA=2,1;RU=ATTA;SB=-2.986e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,109:120:99:6164,316,0 chrIV 1494413 . C CAAA 1148.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.298;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=39.7068;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=1.297;QD=18.84;RPA=15,18;RU=A;ReadPosRankSum=-2.616;SB=-1.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,33:61:71:1191,71,0 chrIV 1498006 . CCGGGACCGATTTTTTTTTTTTTA C 17747 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=88.7726;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.97;MQ0=0;QD=179.26;SB=-6.878e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,78:99:99:17747,229,0 chrIV 1500783 . C CTT 3221.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=403.8464;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.80;MQ0=0;QD=30.97;RPA=5,7;RU=T;SB=-1.500e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,94:103:99:3263,268,0 chrIV 1501055 . G GA 1773.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.342;DP=137;FS=3.520;HaplotypeScore=319.1483;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.443;QD=12.95;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.648;SB=-9.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,83:137:99:1816,138,0 chrIV 1504631 . GGTGCCCTGA G 9666 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=1682.3468;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.16;MQ0=0;QD=81.23;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,91:96:99:9666,274,0 chrIV 1504643 . AGAAGTG A 6363 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=6.015;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=2279.4734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=0.689;QD=55.33;ReadPosRankSum=5.892;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,91:115:67:6363,67,0 chrIV 1513956 . C CTT 1889.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.079;DP=98;FS=1.686;HaplotypeScore=60.0062;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.045;QD=19.29;RPA=11,13;RU=T;ReadPosRankSum=1.023;SB=-9.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,68:98:62:1932,62,0 chrIV 1514595 . C CA 3779 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=591.5900;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.83;MQ0=0;QD=24.54;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.531e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,145:154:99:3779,417,0 chrIV 1515034 . TA T 2063.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.371;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=252.8012;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.02;MQ0=0;MQRankSum=0.108;QD=17.49;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.299;SB=-5.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,93:118:99:2106,261,0 chrIV 1515941 . A AATAG 8142 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=618.7192;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.73;MQ0=0;QD=59.43;SB=-3.237e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,130:137:99:8142,394,0 chrIV 1516639 . A AT 4346 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=189;FS=0.000;HaplotypeScore=1937.8501;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.88;MQ0=0;QD=22.99;RPA=2,3;RU=T;SB=-2.061e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,166:189:99:4346,499,0 chrIV 1516655 . AG A 6068 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=190;FS=0.000;HaplotypeScore=1883.3104;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.35;MQ0=0;QD=31.94;SB=-2.881e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,177:190:99:6068,520,0 chrIV 1517858 . G GA 1784.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=162.1548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.43;MQ0=0;QD=20.06;RPA=8,9;RU=A;SB=-6.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,68:89:99:1827,224,0 chrIV 1518000 . AC A 2972.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=213.6278;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.31;MQ0=0;QD=29.44;SB=-1.387e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,99:101:99:3015,265,0 chrIV 1518196 . GTTC G 7300 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=118.6460;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.00;MQ0=0;QD=46.79;SB=-2.740e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,149:156:99:7300,436,0 chrIV 1518948 . G GT 1705.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.252;DP=122;FS=1.769;HaplotypeScore=321.1546;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.405;QD=13.98;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=-0.115;SB=-5.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,85:122:99:1748,145,0 chrIV 1522848 . T TA 134.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;HaplotypeScore=22.8683;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.58;MQ0=0;QD=26.85;RPA=1,2;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:176,15,0 chrIV 1523946 . A AT 212.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.528;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=159.7247;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.24;MQ0=7;MQRankSum=-0.391;QD=2.54;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=-0.036;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,38:21:99:252,0,166 chrIV 1524109 . T TC 431.96 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=574.3807;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.71;MQ0=0;QD=19.63;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,19:21:63:474,63,0 chrIV 1524111 . T TA 424.96 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=549.0390;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.98;MQ0=0;QD=20.24;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,19:20:60:467,60,0 chrIV 1524114 . TA T 568.96 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=469.8416;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.00;MQ0=0;QD=29.95;RPA=2,1;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:18:54:611,54,0 chrIV 1524378 . A AT 1439.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.945;DP=61;DS;FS=16.435;HaplotypeScore=886.2029;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.472;QD=23.61;ReadPosRankSum=1.654;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,60:44:96:1482,96,0 chrIV 1524449 . CA C 4171 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=2284.4297;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.68;MQ0=0;QD=39.72;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:104:99:4171,313,0 chrIV 1524619 . CA C 2971.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.472;DP=169;FS=0.000;HaplotypeScore=1704.3516;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.09;MQ0=0;MQRankSum=1.689;QD=17.59;ReadPosRankSum=1.299;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,162:86:99:3014,229,0 chrIV 1524923 . AG A 1612.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.528;DP=168;DS;FS=31.049;HaplotypeScore=1521.2732;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.70;MQ0=14;MQRankSum=0.372;QD=9.60;ReadPosRankSum=-3.067;SB=-7.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,63:121:99:1652,0,1491 chrIV 1524963 . AG A 2079.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.537;DP=247;DS;FS=112.860;HaplotypeScore=3671.4241;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.12;MQ0=5;MQRankSum=-5.355;QD=8.42;ReadPosRankSum=5.495;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:171,73:221:99:2119,0,3738 chrIV 1524972 . T TA 1748.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=11.490;DP=250;DS;FS=21.985;HaplotypeScore=3785.7507;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.30;MQ0=3;MQRankSum=-3.720;QD=7.00;ReadPosRankSum=4.791;SB=-7.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:134,116:226:99:1788,0,3367 chrIV 1524973 . GATA G 3722 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.969;DP=250;DS;FS=35.550;HaplotypeScore=3509.4541;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.07;MQ0=3;MQRankSum=-3.543;QD=14.89;ReadPosRankSum=4.114;SB=-1.675e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:137,112:223:99:3722,0,2951 chrIV 1524981 . CTG C 2206.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-10.499;DP=250;DS;FS=18.692;HaplotypeScore=3440.7841;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.04;MQ0=2;MQRankSum=5.660;QD=8.83;ReadPosRankSum=5.116;SB=-6.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:181,68:208:99:2246,0,3155 chrIV 1525010 . AGT A 2676.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.420;DP=250;DS;FS=136.690;HaplotypeScore=2871.3136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.19;MQ0=3;MQRankSum=-2.688;QD=10.71;ReadPosRankSum=-6.170;SB=-8.001e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:142,108:185:99:2716,0,4028 chrIV 1525108 . AG A 3671 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=169;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=2005.4420;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.80;MQ0=12;QD=21.72;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,157:113:99:3671,291,0 chrIV 1525146 . G GT 619.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.207;DP=122;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=2434.0009;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.655;QD=5.08;ReadPosRankSum=1.429;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:83,30:114:45:662,45,0 chrIV 1525147 . G GGATGGTAGAA 5224 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.428;DP=115;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=2018.4519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.29;MQ0=0;MQRankSum=3.879;QD=45.43;ReadPosRankSum=5.975;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,30:111:99:5224,0,1596 chrIV 1525376 . TG T 210.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.228;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=335.8447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.65;MQ0=0;MQRankSum=0.228;QD=8.44;RPA=3,2;RU=G;ReadPosRankSum=0.304;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,10:22:99:250,0,127 chrIV 1525386 . GGT G 418.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.650;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=773.6124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.07;MQ0=1;MQRankSum=-0.245;QD=7.76;RPA=3,2;RU=GT;ReadPosRankSum=0.160;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,13:49:99:458,0,646 chrIV 1525403 . TGG T,TG 1167.94 filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.496;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=969.2872;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=25.23;MQ0=4;MQRankSum=1.136;QD=12.42;RPA=3,1,2;RU=G;ReadPosRankSum=-0.144;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:56,18,0:84:99:1246,344,662,621,0,844 chrIV 1525435 . T TG 661.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.596;DP=78;FS=10.925;HaplotypeScore=1016.3736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.32;MQ0=4;MQRankSum=1.875;QD=8.49;RPA=2,3;RU=G;ReadPosRankSum=3.393;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,25:70:99:701,0,362 chrIV 1525460 . T TGTG 538.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.197;DP=51;FS=12.330;HaplotypeScore=602.1845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.57;MQ0=2;MQRankSum=1.032;QD=10.57;ReadPosRankSum=-0.124;SB=0.042 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,10:32:89:578,0,89 chrIX 21252 . C CA 2172.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.251;DP=175;FS=4.166;HaplotypeScore=215.4549;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.91;MQ0=53;MQRankSum=-0.060;QD=12.42;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.542;SB=-4.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,138:115:99:2215,275,0 chrIX 25557 . AAGC A 2071.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.368;DP=108;FS=32.480;HaplotypeScore=1201.1197;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.585;QD=19.18;ReadPosRankSum=2.368;SB=-8.178e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,58:85:64:2114,64,0 chrIX 25562 . GATT G 1975.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.368;DP=83;FS=32.480;HaplotypeScore=1033.1330;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.474;QD=23.81;ReadPosRankSum=1.297;SB=-8.178e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,58:60:64:2018,64,0 chrIX 26542 . A ATT 1346.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=596.9631;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.00;MQ0=0;QD=21.38;RPA=9,11;RU=T;SB=-1.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,38:63:99:1389,123,0 chrIX 26901 . CA C 1877.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=461.2363;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.00;MQ0=0;QD=20.19;RPA=8,7;RU=A;SB=-8.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,82:93:99:1920,234,0 chrIX 27110 . TC T 2076.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=1262.8702;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=35.81;SB=-8.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:2119,174,0 chrIX 27115 . T TG 2096.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=1260.8284;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=36.15;SB=-8.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:2139,174,0 chrIX 27191 . A AT 2781.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=919.6993;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.58;MQ0=0;QD=25.52;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.111e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,100:109:99:2824,300,0 chrIX 27553 . A AGT 4191 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.064;DP=228;FS=22.153;HaplotypeScore=3032.8638;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.13;MQ0=0;MQRankSum=-8.472;QD=18.38;ReadPosRankSum=6.663;SB=-1.653e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:105,121:228:99:4191,0,256 chrIX 27554 . A ATGATTTGAAG 19607 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=5.768;DP=226;FS=5.563;HaplotypeScore=1927.2971;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.00;MQ0=0;MQRankSum=-3.442;QD=86.76;ReadPosRankSum=5.773;SB=-9.100e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:104,121:226:99:19607,377,0 chrIX 27969 . C CGAT 5084 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=644.8002;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.46;MQ0=0;QD=44.21;RPA=1,2;RU=GAT;SB=-2.521e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,103:115:99:5084,310,0 chrIX 28539 . TTA T 1062.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.636;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=339.1788;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.733;QD=14.36;RPA=9,8;RU=TA;ReadPosRankSum=1.636;SB=-5.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,39:74:99:1105,104,0 chrIX 30139 . T TA 3685 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=236.3730;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.82;MQ0=0;QD=32.32;SB=-1.535e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:114:99:3685,304,0 chrIX 30450 . GA G 3381 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=148.7523;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.46;MQ0=0;QD=32.51;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.461e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:104:99:3381,304,0 chrIX 30632 . G GAATATTGACATATATACTAAAA 8113 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=399.3527;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.75;MQ0=0;QD=115.90;SB=-7.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,19:70:99:8113,141,0 chrIX 30791 . G GGCCTTT 3351 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=356.7431;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.26;MQ0=0;QD=53.19;SB=-6.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,19:63:99:3351,180,0 chrIX 30807 . ACTCG A 2909.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=685.1308;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.29;MQ0=0;QD=46.93;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,41:62:99:2952,174,0 chrIX 30858 . A AT 2372.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=707.7322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.78;MQ0=0;QD=20.82;RPA=8,9;RU=T;SB=-8.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,99:113:99:2415,288,0 chrIX 33169 . T TGCGTTATG 11435 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=372.0444;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.89;MQ0=0;QD=89.34;SB=-5.102e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,97:128:99:11435,343,0 chrIX 37322 . C CT 2277.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.418;DP=127;FS=2.800;HaplotypeScore=79.9164;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.685;QD=17.94;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.920;SB=-9.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,107:127:99:2320,261,0 chrIX 49527 . G GCAACAGCAA 13296 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=752.3977;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.65;MQ0=0;QD=90.45;SB=-5.779e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,115:147:99:13296,430,0 chrIX 51318 . ATTT A 5819 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=481.6067;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.10;MQ0=0;QD=40.13;RPA=11,8;RU=T;SB=-2.140e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,130:145:99:5819,385,0 chrIX 56788 . A AAGC 5533 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=199;FS=0.000;HaplotypeScore=72.0864;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.74;MQ0=0;QD=27.80;RPA=8,9;RU=AGC;SB=-2.510e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:62,135:199:99:5533,382,0 chrIX 69128 . TA T 4844 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;FS=0.000;HaplotypeScore=376.0708;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.17;MQ0=0;QD=29.36;SB=-1.949e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,163:165:99:4844,451,0 chrIX 69689 . GT G 1007.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.525;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=300.4323;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.34;MQ0=0;MQRankSum=0.901;QD=13.26;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.139;SB=-3.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,52:76:99:1050,126,0 chrIX 76013 . C CT 839.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.036;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=114.4930;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.19;MQ0=0;MQRankSum=2.446;QD=7.70;RPA=14,15;RU=T;ReadPosRankSum=0.032;SB=-3.228e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:79,27:109:15:881,15,0 chrIX 87969 . A AT 1768.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=25.2008;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.74;MQ0=0;QD=22.39;RPA=5,6;RU=T;SB=-8.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,73:79:99:1811,201,0 chrIX 88738 . AT A 2562.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=651.1306;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.90;MQ0=0;QD=18.85;RPA=10,9;RU=T;SB=-1.249e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,112:136:99:2605,317,0 chrIX 89868 . T TAA 4345 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=112.4471;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.69;MQ0=0;QD=34.21;RPA=2,4;RU=A;SB=-2.098e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,119:126:99:4345,334,0 chrIX 96584 . TAA T 6746 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=194;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=59.7681;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.08;MQ0=1;QD=34.77;RPA=4,2;RU=A;SB=-3.281e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,185:193:99:6746,505,0 chrIX 96848 . GA G 6297 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=185;FS=0.000;HaplotypeScore=719.4833;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.96;MQ0=0;QD=34.04;SB=-2.546e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,183:185:99:6297,526,0 chrIX 97064 . CT C 1585.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=58.5628;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.55;MQ0=0;QD=18.66;RPA=9,8;RU=T;SB=-3.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,73:85:99:1628,206,0 chrIX 97282 . GA G 2021.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=57.6005;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.47;MQ0=0;QD=15.80;RPA=11,10;RU=A;SB=-4.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,105:128:99:2064,271,0 chrIX 99760 . TG T 2668.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=1188.5979;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.44;MQ0=0;QD=24.94;SB=-1.043e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,101:107:99:2711,290,0 chrIX 100530 . A AT 1135.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.326;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=100.3499;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.068;QD=13.05;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.128;SB=-3.834e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,54:87:14:1177,14,0 chrIX 100618 . AG A 2609.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=263.1609;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.82;MQ0=0;QD=28.37;RPA=3,2;RU=G;SB=-1.006e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,87:92:99:2652,256,0 chrIX 102480 . C CT 3889 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=517.7409;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.07;MQ0=0;QD=27.20;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.551e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,127:143:99:3889,385,0 chrIX 102536 . CTTTTT C 4876 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.691;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=452.8767;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.26;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=42.40;RPA=14,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.608;SB=-2.400e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,77:115:99:4876,232,0 chrIX 105433 . A AAAT 669.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=54.9101;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.86;MQ0=0;QD=30.45;RPA=3,4;RU=AAT;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,21:22:48:712,48,0 chrIX 122089 . GTTT G 4094 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=40.0042;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.76;MQ0=0;QD=36.55;RPA=12,9;RU=T;SB=-1.650e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,101:112:99:4094,295,0 chrIX 125862 . ATT A 3335 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=38.4879;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.76;MQ0=0;QD=26.68;RPA=10,8;RU=T;SB=-1.379e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,105:125:99:3335,304,0 chrIX 126008 . TTC T 4746 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=450.7376;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.13;MQ0=0;QD=37.37;SB=-1.980e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,122:127:99:4746,352,0 chrIX 126162 . AAT A 4549 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=48.6177;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.68;MQ0=0;QD=32.73;RPA=3,2;RU=AT;SB=-1.761e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,127:139:99:4549,355,0 chrIX 127338 . GTTT G 4963 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=165.0518;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.95;MQ0=0;QD=30.64;RPA=12,9;RU=T;SB=-1.074e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,134:162:99:4963,379,0 chrIX 127655 . AT A 2986.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=521.8122;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.85;MQ0=0;QD=21.80;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.172e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,122:137:99:3029,333,0 chrIX 127913 . C CT 3624 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.203;DP=172;FS=0.000;HaplotypeScore=71.5663;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.265;QD=21.07;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.350;SB=-1.448e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,149:172:99:3624,383,0 chrIX 128507 . ATCCTCC A 12505 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=245;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=94.1376;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.01;MQ0=0;QD=51.04;RPA=7,5;RU=TCC;SB=-6.144e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:49,188:244:99:12505,527,0 chrIX 128718 . TC T 535.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=689.9845;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=19.14;RPA=2,1;RU=C;SB=-2.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:83:578,83,0 chrIX 128733 . T TA 934.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.634;DP=40;FS=3.136;HaplotypeScore=754.6059;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.634;QD=23.37;ReadPosRankSum=1.535;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,30:40:86:977,86,0 chrIX 128742 . T TCCA 6236 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=841.4472;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.17;MQ0=0;QD=42.42;SB=-2.841e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,143:147:99:6236,415,0 chrIX 130294 . AT A 3600 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=288.6694;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.91;MQ0=0;QD=28.35;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.619e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,124:127:99:3600,349,0 chrIX 133980 . AT A 1657.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.084;DP=113;FS=2.225;HaplotypeScore=56.8264;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.726;QD=14.67;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.488;SB=-7.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,85:113:99:1700,214,0 chrIX 134262 . CA C 2430.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=131.2444;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.74;MQ0=0;QD=21.32;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.050e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,98:114:99:2473,291,0 chrIX 134329 . T TAA 4101 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=108.0481;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.72;MQ0=0;QD=33.34;RPA=7,9;RU=A;SB=-1.319e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,113:123:99:4101,346,0 chrIX 136215 . CT C 1110.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=274.8361;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.46;MQ0=0;QD=25.25;RPA=3,2;RU=T;SB=-3.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,41:44:99:1153,117,0 chrIX 137132 . TTGTTAA T 1944.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.818;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=581.8205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.67;MQ0=0;MQRankSum=-2.126;QD=30.39;ReadPosRankSum=0.758;SB=-9.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,29:64:99:1984,0,1261 chrIX 137150 . T TTAC 747.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.262;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=754.3654;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.73;MQ0=0;MQRankSum=-2.880;QD=11.16;ReadPosRankSum=0.707;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,23:67:99:787,0,975 chrIX 137355 . TTTTCTTTTGCTTGGA T 5939 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=20.2332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.41;MQ0=0;QD=104.19;SB=-2.076e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,48:57:99:5939,138,0 chrIX 137659 . TGAGTTG T 6196 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=154.9409;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=59.58;RPA=2,1;RU=GAGTTG;SB=-2.267e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,88:104:99:6196,256,0 chrIX 138041 . G GAA 1929.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.253;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=232.4251;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.09;MQ0=0;MQRankSum=0.773;QD=22.98;RPA=9,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.679;SB=-9.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,61:84:99:1972,157,0 chrIX 138115 . T TAA 1810.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=232.5883;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.58;MQ0=0;QD=22.64;RPA=9,11;RU=A;SB=-6.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,48:80:99:1853,180,0 chrIX 138429 . ACCCCCCC A 6644 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=371.6804;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.98;MQ0=0;QD=73.01;RPA=14,7;RU=C;SB=-2.611e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,75:91:99:6644,235,0 chrIX 138545 . T TA 4748 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=302.0043;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.15;MQ0=0;QD=32.52;SB=-2.031e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,141:146:99:4748,403,0 chrIX 138776 . TGCTTATATAA T 7541 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=314.8134;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.79;MQ0=0;QD=81.09;SB=-1.020e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,72:93:99:7541,202,0 chrIX 138966 . A AGG 3487 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=953.7359;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.57;MQ0=0;QD=29.55;RPA=4,6;RU=G;SB=-8.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,86:118:99:3487,265,0 chrIX 139173 . A ATT 3441 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=53.2424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.20;MQ0=1;QD=24.40;RPA=8,10;RU=T;SB=-1.552e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,106:140:99:3441,305,0 chrIX 139299 . C CCCGGCCACTT 7714 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=105.1303;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.88;MQ0=0;QD=91.83;SB=-3.662e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,54:84:99:7714,217,0 chrIX 139383 . G GA 2685.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=416.9622;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.85;MQ0=0;QD=24.64;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.315e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,93:109:99:2728,274,0 chrIX 141465 . A AGAT 3843 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.517;DP=179;FS=2.116;HaplotypeScore=1530.6212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.18;MQ0=0;MQRankSum=-3.588;QD=21.47;ReadPosRankSum=7.212;SB=-1.636e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,95:179:99:3843,0,1816 chrIX 141469 . G GAAGAAA 7026 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.031;DP=168;FS=2.702;HaplotypeScore=1065.0837;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.12;MQ0=0;MQRankSum=1.257;QD=41.82;ReadPosRankSum=1.252;SB=-2.965e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,91:168:99:7026,0,205 chrIX 142373 . A ATTT 2112.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.162;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=519.8058;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.215;QD=22.24;RPA=12,15;RU=T;ReadPosRankSum=1.009;SB=-1.000e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:48,35:95:99:2155,162,0 chrIX 142395 . TC T 2753.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=773.6150;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.57;MQ0=0;QD=29.93;RPA=2,1;RU=C;SB=-1.206e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,90:92:99:2796,247,0 chrIX 142495 . TA T 4185 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=1509.9184;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.56;MQ0=0;QD=31.23;RPA=2,1;RU=A;SB=-2.007e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,127:134:99:4185,370,0 chrIX 144100 . A AC 1502.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=180.6663;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.38;MQ0=0;QD=25.47;RPA=1,2;RU=C;SB=-2.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,49:59:99:1545,132,0 chrIX 144117 . TTATATATATATA T 1565.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=121.0458;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.31;MQ0=0;QD=48.94;RPA=12,6;RU=TA;SB=-6.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,13:32:48:1608,48,0 chrIX 146955 . GGAAGGAGTACCAAAAGAGGGCTTACCAAAT G 5615 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.455;DP=221;FS=58.357;HaplotypeScore=1709.2748;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.67;MQ0=0;MQRankSum=-5.695;QD=25.41;ReadPosRankSum=0.224;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,118:219:99:5615,0,14486 chrIX 148730 . AAT A 3723 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=224.6816;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.30;MQ0=0;QD=29.78;RPA=6,5;RU=AT;SB=-1.817e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,114:125:99:3723,322,0 chrIX 148906 . AT A 2201.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=374.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.99;MQ0=0;QD=25.02;RPA=6,5;RU=T;SB=-8.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,87:87:99:2244,258,0 chrIX 149018 . TC T 2838.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=476.1858;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.00;MQ0=0;QD=26.53;RPA=4,3;RU=C;SB=-8.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,98:107:99:2881,289,0 chrIX 149075 . GA G 938.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.783;DP=67;FS=4.025;HaplotypeScore=184.2052;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.46;MQ0=0;MQRankSum=2.046;QD=14.01;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=2.299;SB=-3.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,49:67:99:981,102,0 chrIX 151193 . GA G 1890.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.036;DP=140;FS=5.263;HaplotypeScore=61.9135;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.669;QD=13.51;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.578;SB=-7.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,98:139:99:1933,205,0 chrIX 151474 . A AT 6513 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=178;FS=0.000;HaplotypeScore=816.8259;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.44;MQ0=0;QD=36.59;SB=-2.818e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,169:178:99:6513,503,0 chrIX 151501 . GT G 5793 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=177;FS=0.000;HaplotypeScore=953.1428;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.77;MQ0=0;QD=32.73;SB=-2.466e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,166:177:99:5793,499,0 chrIX 155895 . T TA 3606 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=167.9094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.95;MQ0=0;QD=31.63;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.584e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,107:114:99:3606,319,0 chrIX 155955 . AAG A 3403 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=285.6783;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.68;MQ0=0;MQRankSum=0.896;QD=34.72;ReadPosRankSum=-0.179;SB=-1.441e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,76:98:99:3403,249,0 chrIX 157168 . CTATCCGA C 8563 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=41.3102;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.36;MQ0=0;QD=77.85;SB=-2.531e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,97:110:99:8563,292,0 chrIX 160843 . TA T 1881.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.742;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=71.7742;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.269;QD=13.25;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.084;SB=-7.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,101:142:99:1924,184,0 chrIX 166646 . CAAT C 8758 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=212;FS=0.000;HaplotypeScore=501.5991;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.49;MQ0=0;QD=41.31;RPA=4,3;RU=AAT;SB=-3.707e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,185:212:99:8758,566,0 chrIX 169474 . CTGCTGTTGT C 11216 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;FS=0.000;HaplotypeScore=425.9563;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.34;MQ0=0;QD=68.39;SB=-5.106e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,157:164:99:11216,441,0 chrIX 169788 . TCC T 4320 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=63.7165;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.08;MQ0=0;QD=28.24;RPA=9,7;RU=C;SB=-1.501e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,132:153:99:4320,367,0 chrIX 171637 . GA G 2158.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=994.4892;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.57;MQ0=0;QD=19.63;RPA=10,9;RU=A;SB=-1.007e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,97:110:99:2201,284,0 chrIX 173275 . A AT 3527 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=298.7753;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.90;MQ0=0;QD=26.92;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.579e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,124:131:99:3527,352,0 chrIX 174322 . GA G 5738 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=176;FS=0.000;HaplotypeScore=1042.3581;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.92;MQ0=0;QD=32.60;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.849e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,173:176:99:5738,496,0 chrIX 175122 . TCA T 500.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=341.5277;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.44;MQ0=0;QD=29.47;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:17:36:543,36,0 chrIX 175144 . ACTAAT A 245.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.296;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=354.6573;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.01;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=16.34;ReadPosRankSum=0.546;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,8:15:18:287,18,0 chrIX 175151 . CTCTCTTCAAAAAGATCATTGTATG C 1597.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=146.5930;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=199.75;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24:1640,24,0 chrIX 177464 . CACATATAT C 8035 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=427.0513;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.57;MQ0=0;QD=61.34;SB=-3.210e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,115:131:99:8035,342,0 chrIX 182008 . A AT 2715.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=178.8324;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=27.43;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.263e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,96:99:99:2758,250,0 chrIX 187822 . GAAAAAAAAA G,GA 1539.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.931;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=130.0125;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=52.19;MQ0=0;MQRankSum=0.446;QD=23.69;RPA=26,17,18;RU=A;ReadPosRankSum=1.931;SB=-6.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:39,6,0:65:67:1618,210,250,102,0,67 chrIX 197676 . CTT C 2389.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=31.2160;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.86;MQ0=0;QD=25.98;RPA=10,8;RU=T;SB=-9.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,78:92:99:2432,220,0 chrIX 199527 . G GA 6035 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=208;FS=0.000;HaplotypeScore=108.7921;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.36;MQ0=0;QD=29.01;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.418e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,195:208:99:6035,574,0 chrIX 203425 . T TG 2595.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=38.1024;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=29.17;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.211e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,79:89:99:2638,232,0 chrIX 203507 . ATT A 2823.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.615;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=65.9294;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=0.642;QD=27.15;RPA=11,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.954;SB=-1.154e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,88:104:99:2866,264,0 chrIX 204781 . TAA T,TA 1135.21 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.315;DP=172;FS=4.608;HaplotypeScore=92.6366;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=2.392;QD=6.60;RPA=16,14,15;RU=A;ReadPosRankSum=2.415;SB=-5.833e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:72,14,2:172:48:1213,870,1445,68,0,48 chrIX 206596 . G GA 78.30 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=6.78;MQ0=117;MQRankSum=0.736;QD=0.64;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=0.736;SB=-5.525e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,53:6:8:117,0,8 chrIX 210740 . AT A 2552.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=41.5573;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.64;MQ0=0;QD=21.27;RPA=7,6;RU=T;SB=-6.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,108:120:99:2595,306,0 chrIX 210892 . G GA 2063.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=31.6189;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.36;MQ0=0;QD=19.29;RPA=8,9;RU=A;SB=-9.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,87:107:99:2106,249,0 chrIX 226031 . T TA 1945.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=87.0711;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.12;MQ0=0;QD=24.95;RPA=5,6;RU=A;SB=-9.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,75:78:99:1988,219,0 chrIX 226377 . C CCCA 3387 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=778.0771;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.68;MQ0=0;QD=49.81;SB=-1.291e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,44:68:99:3387,205,0 chrIX 226384 . AAGT A 2016.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=639.9291;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.85;MQ0=0;QD=45.84;SB=-5.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:44:99:2059,130,0 chrIX 232195 . A AC 3533 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=379.9829;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.70;MQ0=0;QD=28.04;RPA=2,3;RU=C;SB=-1.143e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,116:126:99:3533,331,0 chrIX 239757 . GT G 2026.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=1659.1460;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.86;MQ0=0;QD=29.81;SB=-8.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2069,196,0 chrIX 239761 . T TC 1874.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=1690.4203;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.86;MQ0=0;QD=27.17;SB=-7.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1917,204,0 chrIX 240939 . GT G 4023 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=185;FS=0.000;HaplotypeScore=63.4139;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.50;MQ0=0;QD=21.75;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.905e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,169:185:99:4023,476,0 chrIX 247835 . T TAA 5016 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=298.5874;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.83;MQ0=0;QD=34.36;SB=-2.462e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,141:146:99:5016,400,0 chrIX 248941 . TAT T 3158.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=742.5042;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.77;MQ0=0;QD=24.11;SB=-1.479e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:67,0:131:99:3201,361,0 chrIX 249032 . C CG 4249 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=364.6179;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;QD=27.41;RPA=3,4;RU=G;SB=-1.660e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,140:155:99:4249,406,0 chrIX 256952 . A AAAGTTCAAAAT 6636 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=296.2901;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.95;MQ0=0;QD=44.84;RPA=1,2;RU=AAGTTCAAAAT;SB=-2.278e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,104:148:99:6636,285,0 chrIX 268328 . CA C 4294 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=224;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=91.5044;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.76;MQ0=0;QD=19.17;RPA=10,9;RU=A;SB=-1.564e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,199:224:99:4294,558,0 chrIX 270689 . A AG 4034 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=303.3310;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.14;MQ0=0;QD=32.27;SB=-1.270e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,122:125:99:4034,339,0 chrIX 271116 . TA T 2468.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=45.6927;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.84;MQ0=0;QD=18.56;RPA=7,6;RU=A;SB=-8.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,116:133:99:2511,300,0 chrIX 272821 . GA G 1463.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=33.4608;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.68;MQ0=0;QD=15.74;RPA=10,9;RU=A;SB=-4.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,78:93:99:1506,194,0 chrIX 274055 . TG T 2776.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=252.0303;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.36;MQ0=0;QD=26.20;SB=-1.211e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,95:106:99:2819,270,0 chrIX 287679 . G GT 2118.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=37.9391;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.62;RPA=6,7;RU=T;SB=-9.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,81:98:99:2161,249,0 chrIX 287755 . AT A 1181.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.078;DP=99;FS=3.082;HaplotypeScore=116.8852;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.313;QD=11.94;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.392;SB=-5.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,62:99:99:1224,142,0 chrIX 289033 . T TC 3808 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=51.4274;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.82;MQ0=0;QD=26.63;RPA=3,4;RU=C;SB=-1.808e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,134:143:99:3808,367,0 chrIX 290193 . GA G 2282.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=370.7582;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.95;MQ0=0;QD=14.27;RPA=17,16;RU=A;SB=-9.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,115:160:99:2325,327,0 chrIX 292086 . C CT 2421.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=462.1237;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.65;MQ0=0;QD=26.04;RPA=3,4;RU=T;SB=-3.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,81:93:99:2464,249,0 chrIX 292120 . C CTT 2174.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=347.9707;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.56;MQ0=0;QD=25.00;RPA=9,11;RU=T;SB=-6.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,58:87:99:2217,197,0 chrIX 292280 . CT C 1650.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.250;DP=103;FS=4.771;HaplotypeScore=358.3698;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.206;QD=16.03;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.899;SB=-5.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,82:103:99:1693,208,0 chrIX 293856 . C CTCAAATTCAAAT 8668 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=134.5591;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.91;MQ0=0;QD=99.63;RPA=2,4;RU=TCAAAT;SB=-4.143e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,74:87:99:8668,214,0 chrIX 295994 . G GAT 2224.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=127.0868;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.57;MQ0=0;QD=31.79;RPA=5,6;RU=AT;SB=-7.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,64:70:99:2267,190,0 chrIX 300439 . TG T 3080.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=1636.6914;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.91;MQ0=0;QD=26.11;RPA=5,4;RU=G;SB=-1.523e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,109:116:99:3123,318,0 chrIX 300463 . CT C 3052.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=1982.8675;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.82;MQ0=0;QD=30.23;RPA=2,1;RU=T;SB=-9.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,94:100:99:3095,277,0 chrIX 300982 . GA G 2438.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=42.7562;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.37;MQ0=0;QD=21.78;RPA=6,5;RU=A;SB=-9.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,102:112:99:2481,282,0 chrIX 301927 . AC A 7048 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=223;FS=0.000;HaplotypeScore=1303.6194;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.41;MQ0=0;QD=31.61;SB=-2.692e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,215:223:99:7048,629,0 chrIX 302510 . GT G 7188 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=205;FS=0.000;HaplotypeScore=296.1677;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=35.06;SB=-3.501e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,200:205:99:7188,566,0 chrIX 308558 . A AAT 2444.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.147;DP=87;FS=3.741;HaplotypeScore=33.5651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.15;MQ0=0;MQRankSum=0.952;QD=28.10;RPA=5,6;RU=AT;ReadPosRankSum=0.952;SB=-1.012e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,74:87:99:2487,179,0 chrIX 310500 . G GT 1999.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.614;DP=120;FS=13.726;HaplotypeScore=211.6029;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=1.654;QD=16.67;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.021;SB=-9.299e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,88:120:99:2042,114,0 chrIX 313884 . GA G 3569 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=185;FS=0.000;HaplotypeScore=397.0003;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=1.520;QD=19.29;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=1.449;SB=-7.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,156:185:99:3569,423,0 chrIX 316239 . A AT 2991.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.168;DP=139;FS=3.305;HaplotypeScore=752.2581;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.59;MQ0=1;MQRankSum=-0.391;QD=21.52;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=-0.363;SB=-1.365e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,117:138:99:3034,357,0 chrIX 316417 . A AT 2760.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.462;DP=143;FS=5.064;HaplotypeScore=442.5790;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.54;MQ0=0;MQRankSum=0.052;QD=19.31;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.067;SB=-1.171e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,113:143:99:2803,252,0 chrIX 327996 . GA G 2965.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=347.9071;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.97;MQ0=0;QD=20.74;RPA=10,9;RU=A;SB=-8.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,133:143:99:3008,386,0 chrIX 333581 . A AAT 2986.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.266;DP=119;FS=6.909;HaplotypeScore=40.4424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.34;MQ0=0;MQRankSum=0.882;QD=25.10;RPA=5,6;RU=AT;ReadPosRankSum=0.182;SB=-1.283e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,91:119:99:3029,193,0 chrIX 334329 . T TTCTGCTGCTTCA 11664 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=199;FS=0.000;HaplotypeScore=488.8099;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.79;MQ0=0;QD=58.61;RPA=2,3;RU=TCTGCTGCTTCA;SB=-4.834e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:55,139:199:99:11664,408,0 chrIX 334380 . A AAAG 9423 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=232;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=2315.2775;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.29;MQ0=0;QD=40.62;SB=-4.086e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:157,61:232:99:9423,683,0 chrIX 334708 . T TA 2468.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=500.0370;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.25;MQ0=0;QD=21.10;RPA=7,8;RU=A;SB=-7.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,104:117:99:2511,294,0 chrIX 336729 . T TC 3890 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=348.2196;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.23;MQ0=0;QD=30.16;RPA=1,2;RU=C;SB=-1.445e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,125:129:99:3890,368,0 chrIX 337211 . CA C 3619 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=949.8837;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.52;MQ0=0;QD=24.62;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.459e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,143:147:99:3619,411,0 chrIX 337243 . CAAA C 5365 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=839.2913;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.72;MQ0=0;QD=36.25;RPA=8,5;RU=A;SB=-2.657e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,125:148:99:5365,364,0 chrIX 337314 . A AT 4514 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=486.4860;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.00;MQ0=0;QD=33.19;SB=-1.698e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,126:136:99:4514,382,0 chrIX 338225 . A AT 2086.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.468;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=69.7304;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.864;QD=14.70;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.018;SB=-1.013e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:50,90:142:99:2129,130,0 chrIX 339225 . C CTTTT 1065.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.227;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=157.5248;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.59;MQ0=0;MQRankSum=0.650;QD=8.67;RPA=25,29;RU=T;ReadPosRankSum=1.660;SB=-4.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:88,31:121:99:1108,118,0 chrIX 342354 . CT C 2471.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.640;DP=139;FS=4.543;HaplotypeScore=53.2054;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.264;QD=17.78;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.358;SB=-8.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,117:139:99:2514,306,0 chrIX 355607 . TAA T 989.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=178.9101;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.41;MQ0=0;QD=27.50;RPA=6,4;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,33:36:90:1032,90,0 chrIX 355815 . CAA C 923.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=10.8934;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.27;MQ0=1;QD=23.10;RPA=11,9;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,34:38:87:966,87,0 chrIX 363071 . CTTTT C 802.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=18.4103;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.60;MQ0=0;QD=34.91;RPA=13,9;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,22:23:51:845,51,0 chrIX 364876 . A AAACAAAATAACAATG 7021 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=224.4539;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.24;MQ0=0;QD=61.59;RPA=1,2;RU=AACAAAATAACAATG;SB=-3.374e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:61,50:114:99:7021,138,0 chrIX 368430 . AGTCTGTGGCATCATACCAGTT A 5739 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=192;FS=0.000;HaplotypeScore=69.8093;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.47;MQ0=0;QD=29.89;RPA=3,2;RU=GTCTGTGGCATCATACCAGTT;SB=-2.658e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:105,87:192:99:5739,240,0 chrIX 370146 . AT A 4670 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=82.3347;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.75;MQ0=0;QD=35.38;SB=-2.184e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,128:132:99:4670,364,0 chrIX 370195 . ATTT AT,A 1166.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=289.3865;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.55;MQ0=0;QD=10.33;RPA=18,16,15;RU=T;SB=-4.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:55,0,12:113:92:1245,187,92,616,0,833 chrIX 370239 . T TTGTTAATTGATG 8769 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=155.5389;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.07;MQ0=0;QD=86.82;RPA=1,2;RU=TGTTAATTGATG;SB=-2.871e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:49,49:101:99:8769,214,0 chrIX 373045 . AC A 1300.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=244.8924;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.18;MQ0=0;QD=24.09;RPA=3,2;RU=C;SB=-5.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,40:54:99:1343,138,0 chrIX 375819 . CG C 534.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.797;DP=153;FS=0.780;HaplotypeScore=1244.6551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.07;MQ0=0;MQRankSum=-6.305;QD=3.50;ReadPosRankSum=7.155;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,69:153:99:574,0,1573 chrIX 375821 . ACTGCAAATGCG A 7631 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.737;DP=152;FS=10.856;HaplotypeScore=532.8745;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.95;MQ0=0;MQRankSum=-5.770;QD=50.20;ReadPosRankSum=8.415;SB=-1.903e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,69:152:99:7631,0,494 chrIX 376613 . A AACG 5065 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;DP=188;FS=3.047;HaplotypeScore=119.9084;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.888;QD=26.94;RPA=8,9;RU=ACG;ReadPosRankSum=-0.917;SB=-2.437e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:65,121:188:99:5065,315,0 chrIX 379890 . T TAAAA,TAAAAA 2835.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=173.8148;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=52.78;MQ0=0;QD=36.83;RPA=12,16,17;RU=A;SB=-1.439e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:11,38,12:77:99:2914,369,177,707,0,522 chrIX 380950 . ACAAAC A,AATTCAAAC 4982 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=791.2505;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=34.67;MQ0=0;QD=38.32;SB=-2.230e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:42,9,0:130:99:4982,562,236,3921,0,4537 chrIX 380952 . AAAC A 3041.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.527;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=986.9177;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.57;MQ0=0;MQRankSum=1.408;QD=26.92;ReadPosRankSum=1.716;SB=-1.402e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:66,46:113:99:3084,268,0 chrIX 382459 . AC A 3682 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=384.6830;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=23.60;RPA=6,5;RU=C;SB=-1.618e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,144:156:99:3682,399,0 chrIX 382914 . A ATG 3485 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=7.125;DP=246;DS;FS=10.099;HaplotypeScore=1320.7859;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.41;MQ0=0;MQRankSum=0.142;QD=14.17;ReadPosRankSum=9.040;SB=-1.327e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:126,115:246:53:3485,53,0 chrIX 382915 . A AT 1896.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.256;DP=245;DS;FS=4.699;HaplotypeScore=1481.2711;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.39;MQ0=0;MQRankSum=2.614;QD=7.74;ReadPosRankSum=9.305;SB=-6.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:128,115:245:99:1936,0,174 chrIX 384315 . C CA 2216.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.580;DP=188;FS=4.025;HaplotypeScore=298.3285;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=0.480;QD=11.79;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.348;SB=-9.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:77,101:188:99:2259,107,0 chrIX 384371 . A AC 5342 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=188;FS=0.000;HaplotypeScore=442.1791;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=28.41;RPA=2,3;RU=C;SB=-1.961e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,180:188:99:5342,497,0 chrIX 385518 . TTTGGACACC T 6000 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=1233.2749;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.38;MQ0=0;QD=65.93;SB=-2.999e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,59:90:99:6000,193,0 chrIX 385530 . GCC G 1162.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=1678.5421;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.68;MQ0=0;QD=19.71;SB=-5.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1205,141,0 chrIX 385533 . TTTGGTGTTCTCGC T 7421 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=1056.9415;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.68;MQ0=0;QD=125.78;SB=-3.610e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:7421,178,0 chrIX 385542 . CT C 2839.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=1966.9061;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.80;MQ0=0;QD=29.89;SB=-1.096e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:59,36:95:99:2882,267,0 chrIX 385921 . TGTGCTAAACAATA T 21117 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;FS=0.000;HaplotypeScore=808.0255;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.96;MQ0=0;QD=127.98;SB=-8.110e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,157:165:99:21117,469,0 chrIX 386226 . G GATTT 7888 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=536.2706;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.51;MQ0=0;QD=64.66;SB=-3.358e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:122:99:7888,349,0 chrIX 386515 . T TGGA 4633 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=985.8943;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.22;MQ0=0;QD=44.12;RPA=2,3;RU=GGA;SB=-1.719e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,92:105:99:4633,280,0 chrIX 386542 . T TA 2334.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=1401.2326;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.47;MQ0=0;QD=22.03;RPA=5,6;RU=A;SB=-6.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,92:106:99:2377,267,0 chrIX 386612 . A AC 5043 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=917.7066;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.66;MQ0=0;QD=35.51;SB=-2.313e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,132:142:99:5043,406,0 chrIX 388296 . A AC 2490.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=107.0955;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.95;RPA=4,5;RU=C;SB=-1.174e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,82:96:99:2533,252,0 chrIX 388360 . CT C 1640.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=103.6260;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.50;MQ0=0;QD=19.77;RPA=6,5;RU=T;SB=-6.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,78:83:99:1683,195,0 chrIX 389258 . A AG 1877.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.256;DP=89;FS=6.140;HaplotypeScore=382.3446;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.38;MQ0=0;MQRankSum=2.129;QD=21.10;ReadPosRankSum=0.340;SB=-9.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,53:89:99:1920,171,0 chrIX 389397 . TGAA T 4272 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=239.8529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.52;MQ0=0;QD=46.95;RPA=2,1;RU=GAA;SB=-1.882e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,85:91:99:4272,253,0 chrIX 389983 . GGTAGCCGAAGGTGCA G 29762 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=235;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=854.9132;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.51;MQ0=0;QD=126.65;SB=-1.468e+04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,187:235:99:29762,563,0 chrIX 391281 . TTGATGG T 1836.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.041;DP=47;FS=7.906;HaplotypeScore=553.8993;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.62;MQ0=2;MQRankSum=1.613;QD=39.08;ReadPosRankSum=4.811;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,25:39:99:1876,0,1175 chrIX 391290 . TTGG T 1032.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.711;DP=58;FS=3.085;HaplotypeScore=814.8483;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.96;MQ0=2;MQRankSum=1.513;QD=17.81;ReadPosRankSum=5.119;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,25:49:99:1072,0,1293 chrIX 391330 . TGGAGTTGGC T 3925 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.534;DP=105;FS=13.216;HaplotypeScore=1022.2127;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.30;MQ0=1;MQRankSum=0.519;QD=37.38;ReadPosRankSum=1.539;SB=-4.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,41:92:99:3925,0,3966 chrIX 391707 . ATGGGGTTGG A 2087.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.132;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=660.5176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.75;MQ0=16;MQRankSum=-0.042;QD=18.16;ReadPosRankSum=0.780;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,28:70:99:2127,0,2214 chrIX 392408 . GT G 189.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=91.9850;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=27.00;RPA=2,1;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21:231,21,0 chrIX 393716 . T TC 4560 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=926.3173;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.55;MQ0=0;QD=33.04;SB=-1.648e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,132:138:99:4560,373,0 chrIX 393800 . C CTTTT 3827 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=931.0477;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.65;MQ0=0;QD=38.27;RPA=5,9;RU=T;SB=-1.888e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,65:99:99:3827,205,0 chrIX 394080 . T TAAAGA 7483 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=224.7131;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.03;MQ0=0;QD=60.35;SB=-2.870e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,111:124:99:7483,340,0 chrIX 394706 . C CA 2537.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=394.1954;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.05;MQ0=0;QD=21.15;RPA=8,9;RU=A;SB=-1.193e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,111:120:99:2580,308,0 chrIX 394799 . C CT 4297 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=667.8253;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.08;MQ0=0;QD=33.57;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.655e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,119:128:99:4297,361,0 chrIX 394950 . GA G 2774.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=637.4279;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.65;MQ0=0;QD=23.32;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.326e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,108:119:99:2817,306,0 chrIX 395617 . GTT G 5369 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=315.7242;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.44;MQ0=0;QD=38.35;RPA=4,2;RU=T;SB=-2.171e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,134:140:99:5369,382,0 chrIX 397177 . T TA 2771.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.392;DP=130;FS=6.533;HaplotypeScore=411.4651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.723;QD=21.32;ReadPosRankSum=1.932;SB=-1.302e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,118:130:99:2814,331,0 chrIX 399252 . T TG 4431 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=503.6877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.95;MQ0=0;QD=29.54;RPA=2,3;RU=G;SB=-2.039e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,141:150:99:4431,415,0 chrIX 399998 . A ACAACAG 10723 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=823.8674;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.98;MQ0=3;QD=42.89;RPA=1,2;RU=CAACAG;SB=-4.900e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:69,174:226:99:10723,566,0 chrIX 404199 . GAAT G 12035 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=94.7597;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.88;MQ0=0;QD=48.14;SB=-5.871e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,247:250:99:12035,686,0 chrIX 406124 . AT A 3093.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=246.7787;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.81;MQ0=0;QD=32.57;SB=-8.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,93:95:99:3136,256,0 chrIX 419495 . A ATG,ATATG 1543.05 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=198.2343;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.25;MQ0=0;QD=36.74;SB=-5.961e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:16,5,21:42:52:1621,791,692,152,0,52 chrIX 419544 . T TA 1388.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.299;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=459.6851;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.25;MQ0=0;MQRankSum=0.777;QD=21.37;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.538;SB=-4.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,54:65:99:1431,150,0 chrIX 419564 . TTAA T 3752 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=233.7254;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.81;MQ0=0;QD=48.73;SB=-9.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,73:77:99:3752,211,0 chrIX 423632 . C CT 3220.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=178.5258;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.90;MQ0=0;QD=22.68;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.384e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,128:142:99:3262,354,0 chrIX 424966 . G GTAATATGTCC 13469 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=176;FS=0.000;HaplotypeScore=100.9327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.53;MQ0=0;QD=76.53;RPA=1,2;RU=TAATATGTCC;SB=-6.277e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:57,118:176:99:13469,349,0 chrIX 426135 . G GC 4314 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=432.5162;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.52;MQ0=0;QD=31.96;RPA=1,2;RU=C;SB=-1.874e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,121:135:99:4314,370,0 chrIX 427210 . A AT 2587.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=176.4013;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=26.68;RPA=3,4;RU=T;SB=-7.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,93:97:99:2630,267,0 chrIX 428011 . A AGT 6554 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=124.3250;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.03;MQ0=0;QD=40.96;SB=-2.968e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,148:159:99:6554,445,0 chrIX 428325 . AT A 3764 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=339.6809;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.54;MQ0=0;QD=25.26;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.585e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,134:149:99:3764,396,0 chrIX 429716 . T TTA 2199.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=28.6930;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.85;MQ0=0;QD=23.66;RPA=5,6;RU=TA;SB=-7.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,59:93:99:2242,195,0 chrIX 429952 . T TGA 4077 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=128.7664;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.90;MQ0=0;QD=36.73;SB=-1.514e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,104:111:99:4077,303,0 chrIX 432345 . A ATCTC,ATC 1196.94 filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=149.9273;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=33.79;MQ0=35;QD=14.78;RPA=2,4,3;RU=TC;SB=-2.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:24,6,49:42:99:1275,810,752,245,0,149 chrIX 433038 . T TA 735.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=35;FS=5.283;HaplotypeScore=144.8377;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.93;MQ0=6;MQRankSum=1.605;QD=21.03;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=1.091;SB=-2.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,31:29:48:778,48,0 chrIX 433264 . ATT A 1194.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=191.5901;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.10;MQ0=4;MQRankSum=1.644;QD=22.13;RPA=12,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.466;SB=-9.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,44:40:99:1237,113,0 chrIX 433600 . A AC 144.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.303;DP=197;FS=0.000;HaplotypeScore=422.2704;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.85;MQ0=14;MQRankSum=0.263;QD=0.74;RPA=3,4;RU=C;ReadPosRankSum=1.071;SB=-1.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,114:42:99:184,0,627 chrIX 433731 . G GA 304.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.433;DP=94;DS;FS=15.849;HaplotypeScore=178.8315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.23;MQ0=31;MQRankSum=-1.039;QD=3.24;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=1.606;SB=-6.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,23:33:99:344,0,222 chrIX 434501 . AG A 3453 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=208.4502;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;QD=26.36;RPA=4,3;RU=G;SB=-1.066e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,127:131:99:3453,357,0 chrIX 435077 . G GTAGCATGGTAGAT 17196 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=292.6494;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.73;MQ0=0;QD=121.10;SB=-6.530e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,88:142:99:17196,388,0 chrIX 436125 . C CAA 2979.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=72.4711;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.20;MQ0=0;QD=25.91;RPA=10,12;RU=A;SB=-9.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,86:115:99:3022,285,0 chrIX 437019 . G GA 2030.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=230.4057;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.32;MQ0=0;QD=19.16;RPA=7,8;RU=A;SB=-8.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,86:101:99:2073,240,0 chrIX 438181 . T TTC 2533.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.758;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=1737.0503;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.70;MQ0=0;MQRankSum=1.678;QD=37.82;ReadPosRankSum=-1.624;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,59:66:99:2576,150,0 chrIX 438184 . T TAGTGAGATGGC 5731 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=1413.3430;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.70;MQ0=0;MQRankSum=1.662;QD=85.54;RPA=1,2;RU=AGTGAGATGGC;ReadPosRankSum=-1.732;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,41:66:22:5731,22,0 chrIX 438202 . A AG 1491.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=1459.1795;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.81;MQ0=0;QD=30.45;RPA=2,3;RU=G;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1534,147,0 chrIX 438465 . CG C 192.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=303.9019;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.77;MQ0=0;QD=24.12;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24:235,24,0 chrIX 439349 . T TA 1508.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.706;DP=218;DS;FS=3.024;HaplotypeScore=2439.5100;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.97;MQ0=11;MQRankSum=1.224;QD=6.92;ReadPosRankSum=-3.675;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:151,35:149:99:1548,0,1993 chrIX 439366 . AG A 2754.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.563;DP=238;DS;FS=2.933;HaplotypeScore=3014.4399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.25;MQ0=9;MQRankSum=1.028;QD=11.58;ReadPosRankSum=3.640;SB=-7.500e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:109,124:174:99:2794,0,2181 chrIX 439375 . ATGGAG A 7710 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.561;DP=231;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=2573.0365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.65;MQ0=9;MQRankSum=-0.262;QD=33.38;RPA=2,1;RU=TGGAG;ReadPosRankSum=5.018;SB=-1.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:120,110:173:99:7710,0,526 chrIX 439385 . GTGGAA G 6628 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.065;DP=226;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=2857.0737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.74;MQ0=10;MQRankSum=0.670;QD=29.33;ReadPosRankSum=6.231;SB=-9.100e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:176,45:172:99:6628,0,684 chrIX 439414 . AG A 1752.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.214;DP=201;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=3442.5519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.35;MQ0=5;MQRankSum=-1.701;QD=8.72;ReadPosRankSum=-0.100;SB=-3.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:114,59:167:99:1792,0,3168 chrIX 439418 . GTA G 3405 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.956;DP=192;DS;FS=10.122;HaplotypeScore=3190.8400;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.42;MQ0=5;MQRankSum=2.848;QD=17.73;RPA=3,2;RU=TA;ReadPosRankSum=0.258;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:112,79:160:99:3405,0,709 chrIX 439675 . G GGTGGTAGTAA 4042 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.581;DP=162;DS;FS=40.594;HaplotypeScore=1820.4993;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.780;QD=24.95;ReadPosRankSum=0.381;SB=-1.001e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,37:131:99:4042,0,5000 chrIX 439720 . T TGG 2046.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.565;DP=250;DS;FS=2.576;HaplotypeScore=4587.2514;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.46;MQ0=0;MQRankSum=-2.010;QD=8.19;ReadPosRankSum=7.111;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:182,68:213:99:2086,0,5352 chrIX 439742 . TG T 2772.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.162;DP=226;DS;FS=4.337;HaplotypeScore=4474.7979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.86;MQ0=0;MQRankSum=-2.896;QD=12.27;RPA=4,3;RU=G;ReadPosRankSum=1.039;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,131:186:99:2812,0,719 chrIX 439778 . AGGAT A 5472 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.301;DP=243;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=5396.0310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.21;MQ0=0;MQRankSum=-5.425;QD=22.52;ReadPosRankSum=4.516;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:155,81:211:99:5472,0,247 chrIX 439786 . T TAAAGC 5653 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.286;DP=199;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=4901.6637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.59;MQ0=0;MQRankSum=-5.687;QD=28.41;ReadPosRankSum=3.704;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:118,81:179:99:5653,0,3722 chrM 6971 . A AT 84.37 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=13.1416;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.87;MQ0=0;QD=8.44;RPA=4,5;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,6:10:13:126,13,0 chrM 13751 . ATTTTTT A 367.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=14.9847;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.69;MQ0=0;QD=52.44;RPA=11,5;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:18:409,18,0 chrM 20394 . TTATA T 729.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=31.5524;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=60.83;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36:772,36,0 chrM 20446 . A ATTAATATTATATTATATT 9051 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=186;FS=0.000;HaplotypeScore=1275.5269;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.03;MQ0=0;QD=48.66;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:78,11:186:99:9051,381,0 chrM 20450 . TG T 5195 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=233;FS=0.000;HaplotypeScore=1354.6636;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.39;MQ0=0;QD=22.30;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,222:233:99:5195,472,0 chrM 20498 . T TA 4838 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=625.5640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.37;MQ0=0;QD=19.35;RPA=4,5;RU=A;SB=-5.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,212:250:99:4838,478,0 chrM 22282 . A AAATAAG 8309 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=38.9748;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;QD=66.47;SB=-2.100e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,118:125:99:8309,331,0 chrM 23805 . T TA 206.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=13.8053;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.23;MQ0=0;QD=20.70;RPA=3,4;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,9:10:24:249,24,0 chrM 45783 . A ATAATT 360.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7984;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.61;MQ0=0;QD=51.44;RPA=1,2;RU=TAATT;SB=-6.587e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:6:18:402,18,0 chrM 46981 . A ATAAAT 632.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=20.7586;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.87;MQ0=0;QD=52.75;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:12:30:675,30,0 chrM 58195 . A AT 680.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.24;RPA=5,6;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:75:723,75,0 chrM 59508 . TA T 115.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.599;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=40.9636;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.400;QD=3.13;ReadPosRankSum=-3.599;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,14:37:38:155,0,38 chrM 59509 . A AT 443.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=13.6542;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;QD=10.83;RPA=6,7;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,20:41:54:486,54,0 chrM 60725 . A ACAG 2786.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=177.5371;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.65;MQ0=0;QD=32.41;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:86:99:2829,195,0 chrM 61848 . TAC T 1953.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=328.1672;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=47.66;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:1996,123,0 chrM 73675 . TA T 201.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=31.1170;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=20.10;RPA=3,2;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,9:10:21:243,21,0 chrM 74431 . G GCGGAC 10556 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=244;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=5971.0467;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=43.26;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,11:244:99:10556,710,0 chrM 74437 . C CT 5425 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.701;DP=233;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=6285.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=1.665;QD=23.28;ReadPosRankSum=2.969;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,222:233:99:5425,633,0 chrM 79152 . A AT 93.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8167;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.65;RPA=8,9;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:135,15,0 chrV 162 . ATAC A 544.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=70.8630;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.25;MQ0=1;QD=5.14;RPA=3,2;RU=TAC;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,98:13:39:587,39,0 chrV 6649 . TA T 1140.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.060;DP=98;FS=3.566;HaplotypeScore=1247.5749;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.36;MQ0=0;MQRankSum=-2.531;QD=11.64;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=0.459;SB=-9.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,49:94:99:1180,0,531 chrV 6660 . A AT 1692.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=933.4696;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.36;MQ0=0;QD=21.99;RPA=4,5;RU=T;SB=-2.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,57:75:99:1735,186,0 chrV 8831 . GA G 3054.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=49.7912;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.06;MQ0=0;QD=20.23;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.091e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,136:151:99:3097,374,0 chrV 11366 . 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ACC A 4094 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=599.4673;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.14;MQ0=0;QD=36.88;RPA=5,3;RU=C;SB=-1.698e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,102:111:99:4094,304,0 chrV 15170 . T TG 2997.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=557.2953;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.68;MQ0=0;QD=26.30;RPA=2,3;RU=G;SB=-1.089e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,101:114:99:3040,310,0 chrV 19437 . AT A 1987.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=219.0539;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.10;MQ0=0;QD=18.58;RPA=6,5;RU=T;SB=-2.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,91:95:99:2030,237,0 chrV 19574 . CAA C 1145.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.395;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=41.9970;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.18;MQ0=0;MQRankSum=1.479;QD=16.85;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.887;SB=-1.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,45:63:99:1188,119,0 chrV 21321 . T TAA 542.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.818;DP=69;FS=4.357;HaplotypeScore=163.0890;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.91;MQ0=1;MQRankSum=0.241;QD=7.86;RPA=17,19;RU=A;ReadPosRankSum=-0.241;SB=-1.311e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,20:66:20:584,20,0 chrV 33475 . C CT 1113.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.139;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=77.0210;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.145;QD=9.36;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=-0.800;SB=-4.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:70,42:119:91:1156,91,0 chrV 36289 . GT G 863.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.906;DP=117;FS=1.849;HaplotypeScore=66.5491;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.302;QD=7.38;RPA=15,14;RU=T;ReadPosRankSum=0.513;SB=-4.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,61:117:71:906,71,0 chrV 42396 . A AT 2994.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=265.4310;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.96;MQ0=0;QD=23.77;RPA=5,6;RU=T;SB=-9.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,115:126:99:3037,339,0 chrV 42686 . TC T 5953 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=249;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=93.2328;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=23.91;RPA=7,6;RU=C;SB=-2.409e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,219:248:99:5953,646,0 chrV 42839 . G GGT 5651 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.754;DP=216;FS=0.000;HaplotypeScore=112.2094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.055;QD=26.16;RPA=5,6;RU=GT;ReadPosRankSum=0.021;SB=-2.566e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:63,148:214:99:5651,301,0 chrV 52435 . CAA C 2192.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.639;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=214.7128;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=1.264;QD=22.84;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.077;SB=-9.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,75:96:99:2235,217,0 chrV 58201 . CT C 4305 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=176;FS=0.000;HaplotypeScore=348.1889;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.53;MQ0=0;QD=24.46;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.870e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,168:176:99:4305,477,0 chrV 59359 . GT G 701.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.310;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=53.3865;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.211;QD=10.32;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.648;SB=-1.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,53:68:99:744,108,0 chrV 61004 . CT C 2403.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=667.7113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.53;MQ0=0;QD=18.93;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.018e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,108:126:99:2446,308,0 chrV 61016 . TG T 3664 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=638.2432;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.17;MQ0=0;QD=29.31;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.596e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,105:124:99:3664,345,0 chrV 61022 . A ATT 3182.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.518;DP=126;FS=2.965;HaplotypeScore=689.5615;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.127;QD=25.26;RPA=8,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.403;SB=-1.442e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,93:125:99:3225,296,0 chrV 61198 . C CT 2299.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.253;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=284.9350;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.23;MQ0=0;MQRankSum=1.002;QD=19.66;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.422;SB=-1.017e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,98:117:99:2342,260,0 chrV 61876 . TA T 1360.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=138.9828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.00;MQ0=0;QD=19.44;RPA=7,6;RU=A;SB=-2.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,68:70:99:1403,174,0 chrV 62815 . CT C 4457 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=433.7293;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.97;MQ0=0;QD=30.11;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.643e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,144:148:99:4457,427,0 chrV 63589 . AG A 5176 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=176;FS=0.000;HaplotypeScore=89.1630;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.31;MQ0=0;QD=29.41;RPA=2,1;RU=G;SB=-2.353e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,171:175:99:5176,481,0 chrV 64154 . CTT C 1889.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.582;DP=126;FS=3.337;HaplotypeScore=375.4576;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.126;QD=15.00;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.678;SB=-8.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:54,63:126:99:1932,188,0 chrV 65293 . GAAAA G 277.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.758;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=196.5568;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.82;MQ0=0;MQRankSum=2.192;QD=4.88;RPA=21,17;RU=A;ReadPosRankSum=2.758;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,12:57:24:320,24,0 chrV 69153 . G GC 4263 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=479.3410;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.18;MQ0=0;QD=26.31;RPA=3,4;RU=C;SB=-1.526e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,130:162:99:4263,435,0 chrV 69243 . G GT 4365 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=896.6747;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.22;MQ0=0;QD=30.74;RPA=1,2;RU=T;SB=-2.084e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,128:142:99:4365,388,0 chrV 70400 . A AAG 4864 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=188.0076;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=1.400;QD=30.21;ReadPosRankSum=-0.152;SB=-2.277e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,146:160:99:4864,368,0 chrV 79216 . TTCA T 6732 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=113.8410;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.70;MQ0=0;QD=26.93;RPA=6,5;RU=TCA;SB=-3.126e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:52,197:250:99:6732,538,0 chrV 84891 . GAAA G 2119.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.717;DP=95;FS=3.204;HaplotypeScore=1059.8033;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.38;MQ0=0;MQRankSum=0.969;QD=22.32;RPA=4,1;RU=A;ReadPosRankSum=5.708;SB=-9.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,54:95:99:2162,145,0 chrV 84896 . GGA G 1944.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;DP=94;FS=3.846;HaplotypeScore=1158.5136;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.795;QD=20.69;ReadPosRankSum=0.224;SB=-7.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,54:94:99:1987,195,0 chrV 84903 . G GA 1841.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.693;DP=94;FS=4.205;HaplotypeScore=1259.5750;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.97;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=19.60;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.563;SB=-7.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,85:94:99:1884,232,0 chrV 84912 . T TA 2041.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=1373.4384;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.46;MQ0=0;QD=19.26;RPA=8,9;RU=A;SB=-8.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,85:106:99:2084,260,0 chrV 84933 . AC A 3969 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=1215.9576;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.65;MQ0=0;QD=28.76;RPA=2,1;RU=C;SB=-1.362e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,132:138:99:3969,364,0 chrV 86392 . TGCAG T 4245 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=255.8696;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.68;MQ0=0;QD=49.36;RPA=2,1;RU=GCAG;SB=-1.249e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,74:85:99:4245,214,0 chrV 86488 . CAAAAAAAA C,CA 1343.97 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=107.9538;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.54;MQ0=0;QD=26.35;RPA=25,17,18;RU=A;SB=-6.656e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:31,9,0:51:99:1422,142,134,210,0,158 chrV 86696 . C CT 2077.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=221.7881;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.45;MQ0=0;QD=20.37;RPA=8,9;RU=T;SB=-9.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,80:102:99:2120,260,0 chrV 86821 . G GT 3280 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=463.2792;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.67;MQ0=0;QD=27.11;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.339e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,104:121:99:3280,316,0 chrV 89858 . C CA 2642.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.485;DP=106;FS=3.452;HaplotypeScore=251.0401;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.694;QD=24.93;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=2.057;SB=-1.198e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,96:106:99:2685,271,0 chrV 94334 . G GGA 4954 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=195.9712;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.39;MQ0=0;QD=46.30;SB=-2.179e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,99:107:99:4954,310,0 chrV 99584 . G GTCA 9120 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=198;FS=0.000;HaplotypeScore=451.7386;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.64;MQ0=0;QD=46.06;SB=-4.226e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,182:198:99:9120,538,0 chrV 99793 . GA G 4440 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=187;FS=0.000;HaplotypeScore=65.5780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;QD=23.74;RPA=5,4;RU=A;SB=-2.220e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,160:187:99:4440,492,0 chrV 100303 . A AC 2800.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=539.2548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.06;MQ0=0;QD=33.34;SB=-9.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,75:84:99:2843,232,0 chrV 100573 . TA T 727.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.181;DP=78;FS=3.424;HaplotypeScore=326.6414;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.551;QD=9.33;RPA=22,21;RU=A;ReadPosRankSum=-0.079;SB=-3.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,50:78:99:770,115,0 chrV 101704 . A AT 1637.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=184.1831;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.07;MQ0=0;QD=23.74;RPA=5,6;RU=T;SB=-8.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,64:69:99:1680,189,0 chrV 106252 . G GT 4821 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=197;FS=0.000;HaplotypeScore=215.6689;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.90;MQ0=0;QD=24.47;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.861e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,185:197:99:4821,540,0 chrV 106514 . TC T 4359 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=1040.6136;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.55;MQ0=0;QD=30.48;RPA=2,1;RU=C;SB=-1.816e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,124:143:99:4359,394,0 chrV 106565 . G GA 2683.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=950.7376;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.52;MQ0=0;QD=21.47;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.076e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,109:125:99:2726,323,0 chrV 115960 . CT C 1100.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.234;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=251.8268;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.34;MQ0=0;MQRankSum=0.874;QD=11.84;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.569;SB=-4.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,51:93:99:1143,117,0 chrV 118179 . AG A 4255 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=1309.1816;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.32;MQ0=0;QD=30.39;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.404e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,126:140:99:4255,385,0 chrV 118197 . C CG 4876 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=1525.9362;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.02;MQ0=0;QD=31.06;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.695e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,146:157:99:4876,445,0 chrV 118206 . ATG A 6072 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=167;FS=0.000;HaplotypeScore=1471.1568;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.48;MQ0=0;QD=36.36;RPA=2,1;RU=TG;SB=-1.905e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,153:167:99:6072,448,0 chrV 118414 . A AC 1879.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=220.3871;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.28;MQ0=0;QD=32.41;RPA=1,2;RU=C;SB=-1.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,56:58:99:1922,165,0 chrV 120370 . CT C 2569.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=789.3282;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.03;MQ0=0;QD=20.89;RPA=8,7;RU=T;SB=-9.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,113:123:99:2612,332,0 chrV 122439 . C CAA 2124.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=51.4004;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.15;MQ0=2;QD=23.35;RPA=9,11;RU=A;SB=-4.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,72:88:99:2167,198,0 chrV 122728 . GAAAAA G 6692 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.702;DP=128;FS=4.586;HaplotypeScore=276.3461;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.401;QD=52.28;RPA=16,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.551;SB=-2.271e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,105:128:99:6692,326,0 chrV 124293 . A ACTT 4745 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=55.7269;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.30;MQ0=0;QD=33.89;RPA=4,5;RU=CTT;SB=-1.837e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,103:140:99:4745,307,0 chrV 124754 . TC T 8382 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=560.7580;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.45;MQ0=0;QD=33.53;SB=-3.927e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,247:250:99:8382,680,0 chrV 126489 . G GT 979.04 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.194;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=62.0203;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=0.355;QD=9.41;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.081;SB=-5.011e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,40:104:15:1018,0,15 chrV 128407 . TATA T 5611 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=46.5410;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.73;MQ0=0;QD=39.24;RPA=2,1;RU=ATA;SB=-1.678e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,129:143:99:5611,349,0 chrV 128646 . G GT 1487.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=37.3726;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;QD=19.32;RPA=9,10;RU=T;SB=-6.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,63:77:99:1530,202,0 chrV 132558 . G GCACACACA 12606 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=201;FS=0.000;HaplotypeScore=2085.0680;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.86;MQ0=0;QD=62.72;RPA=4,8;RU=CA;SB=-4.625e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:81,5:201:99:12606,535,0 chrV 133007 . GTCTA G 9105 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=182;FS=0.000;HaplotypeScore=365.1730;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.02;MQ0=1;QD=50.03;RPA=2,1;RU=TCTA;SB=-3.283e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,163:181:99:9105,476,0 chrV 135374 . C CAG 2593.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=270.8310;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.74;MQ0=0;QD=36.53;RPA=2,3;RU=AG;SB=-8.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,60:70:99:2636,190,0 chrV 135416 . G GAAA 2705.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=201.5065;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.32;MQ0=0;QD=39.22;RPA=5,8;RU=A;SB=-1.361e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,59:68:99:2748,184,0 chrV 136506 . TA T 2295.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=430.6375;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.37;MQ0=0;QD=22.08;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.078e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,99:104:99:2338,264,0 chrV 137815 . G GA 3738 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=357.4202;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.21;MQ0=0;QD=25.43;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.803e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,138:147:99:3738,399,0 chrV 138737 . GTT G 3383 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=82.4774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.03;MQ0=0;QD=30.75;RPA=8,6;RU=T;SB=-8.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,103:110:99:3383,298,0 chrV 140075 . CTAA C 2161.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=108.1550;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.24;MQ0=0;QD=40.04;RPA=3,2;RU=TAA;SB=-9.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,47:54:99:2204,138,0 chrV 140380 . A AT 2237.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=315.5416;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.46;MQ0=0;QD=26.02;RPA=4,5;RU=T;SB=-9.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,84:86:99:2280,246,0 chrV 141103 . GT G 1842.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.718;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=255.1533;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=0.105;QD=14.63;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.335;SB=-7.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,90:126:99:1885,178,0 chrV 152126 . G GAA 1686.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=392.4372;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.19;MQ0=0;QD=31.83;RPA=5,7;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,49:53:99:1729,150,0 chrV 152924 . G GA 886.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.205;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=159.6320;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.020;QD=10.31;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-1.364;SB=-3.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,39:86:58:929,58,0 chrV 153026 . GA G 2790.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.958;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=72.6639;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.67;MQ0=0;MQRankSum=1.031;QD=17.89;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.936;SB=-1.370e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,133:156:99:2833,339,0 chrV 155858 . G GA 3804 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=125.1542;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.16;MQ0=0;QD=29.49;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.495e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,124:129:99:3804,361,0 chrV 156646 . AT A 1877.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=105.2757;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.37;MQ0=0;QD=17.72;RPA=9,8;RU=T;SB=-8.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,95:106:99:1920,251,0 chrV 159027 . CAA C 91.02 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.138;DP=75;FS=17.160;HaplotypeScore=29.9209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.52;MQ0=0;MQRankSum=0.702;QD=1.21;RPA=18,16;RU=A;ReadPosRankSum=1.639;SB=-3.323e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,6:75:99:130,0,201 chrV 162567 . GT G 2396.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.835;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=59.7306;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.02;MQ0=0;MQRankSum=0.055;QD=15.46;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.275;SB=-1.019e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,129:155:99:2439,285,0 chrV 167423 . GA G 3410 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=46.1136;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.55;MQ0=0;QD=21.58;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.316e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,147:158:99:3410,399,0 chrV 175080 . G GA 3829 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=185;FS=0.000;HaplotypeScore=453.8304;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.00;MQ0=0;QD=20.70;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.256e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,148:185:99:3829,438,0 chrV 177603 . C CGATTTGTAA 11990 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=38.5657;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.67;MQ0=0;QD=103.36;SB=-4.522e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,84:116:99:11990,325,0 chrV 187784 . A AC 2042.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=636.0857;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.74;MQ0=0;QD=27.24;RPA=2,3;RU=C;SB=-9.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,71:75:99:2085,204,0 chrV 187920 . TTGCCTAGAACAA T 14489 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=491.4574;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.56;MQ0=0;QD=110.60;SB=-4.458e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,115:131:99:14489,328,0 chrV 196609 . TA T 567.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.648;DP=73;FS=8.389;HaplotypeScore=208.5975;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.71;MQ0=0;MQRankSum=1.080;QD=7.78;RPA=16,15;RU=A;ReadPosRankSum=-0.095;SB=-2.789e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,37:73:29:610,29,0 chrV 198592 . GTATA G 951.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=80.5209;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;QD=23.80;RPA=11,9;RU=TA;SB=-4.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,18:40:57:994,57,0 chrV 198800 . T TC 4797 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=125.3181;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.09;MQ0=0;QD=34.76;SB=-7.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,133:138:99:4797,397,0 chrV 217705 . AC A 1680.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.510;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=252.3807;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.84;MQ0=0;MQRankSum=1.377;QD=19.32;ReadPosRankSum=1.688;SB=-6.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:57,28:87:99:1723,201,0 chrV 219941 . C CTCATCA 9050 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.359;DP=209;FS=0.000;HaplotypeScore=894.4810;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.695;QD=43.30;RPA=5,7;RU=TCA;ReadPosRankSum=0.259;SB=-4.475e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,164:209:99:9050,489,0 chrV 221394 . TA T 1390.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.521;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=86.8958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.138;QD=11.31;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.585;SB=-6.713e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,76:123:99:1433,151,0 chrV 221815 . CA C 2406.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=601.0141;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.52;MQ0=0;QD=17.83;RPA=11,10;RU=A;SB=-1.025e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,112:135:99:2449,331,0 chrV 223127 . A ATTT 1963.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=182.2278;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.17;MQ0=0;QD=24.86;RPA=11,14;RU=T;SB=-9.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,32:79:99:2006,169,0 chrV 223235 . T TTA 3098.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=432.5813;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.80;MQ0=0;QD=33.68;RPA=2,3;RU=TA;SB=-1.300e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,78:92:99:3141,232,0 chrV 225425 . A ATT 1232.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=285.4786;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.38;MQ0=0;QD=21.63;RPA=9,11;RU=T;SB=-5.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,34:57:99:1275,121,0 chrV 225444 . TC T 1372.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=429.2203;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.12;MQ0=0;QD=24.52;RPA=6,5;RU=C;SB=-5.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,50:56:99:1415,150,0 chrV 225467 . A AT 1762.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=425.8623;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.75;MQ0=0;QD=29.88;RPA=2,3;RU=T;SB=-6.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,57:59:99:1805,171,0 chrV 232281 . CTTT C 3102.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=99.4262;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.14;MQ0=0;QD=33.73;RPA=12,9;RU=T;SB=-1.507e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,79:92:99:3145,232,0 chrV 237191 . T TG 5080 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=46.7026;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.77;MQ0=0;QD=33.20;SB=-2.094e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,147:153:99:5080,418,0 chrV 238196 . C CT 2078.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.704;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=76.4802;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.70;MQ0=0;MQRankSum=1.888;QD=16.37;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.847;SB=-9.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,102:127:99:2121,223,0 chrV 241578 . G GA 1262.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.295;DP=110;FS=3.396;HaplotypeScore=191.9089;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.041;QD=11.48;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.262;SB=-5.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,59:110:86:1305,86,0 chrV 241704 . TA T 1412.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=205.6403;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.88;MQ0=0;QD=19.09;RPA=8,7;RU=A;SB=-4.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,62:74:99:1455,183,0 chrV 241867 . GT G 237.08 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.198;DP=48;FS=22.047;HaplotypeScore=602.7484;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.27;MQ0=0;MQRankSum=-2.719;QD=4.94;ReadPosRankSum=1.338;SB=-1.171e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,17:48:13:276,0,13 chrV 241869 . AAAATAGAAAATAG A 2080.94 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.023;DP=48;FS=14.892;HaplotypeScore=416.4772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.27;MQ0=0;MQRankSum=-3.026;QD=43.35;ReadPosRankSum=3.706;SB=-1.038e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,17:48:3:2119,0,3 chrV 241882 . G GA 811.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=539.9779;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.51;MQ0=0;QD=17.65;RPA=4,5;RU=A;SB=-4.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,17:46:99:854,102,0 chrV 241934 . A AG 2367.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=487.5432;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.04;MQ0=0;QD=26.91;RPA=1,2;RU=G;SB=-2.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,86:88:99:2410,216,0 chrV 242437 . GT G 7662 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=211;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1956.3058;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.74;MQ0=0;QD=36.31;SB=-3.232e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,201:211:99:7662,608,0 chrV 242690 . TG T 6550 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=218;FS=0.000;HaplotypeScore=564.3146;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.30;MQ0=0;QD=30.05;RPA=3,2;RU=G;SB=-2.424e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,211:218:99:6550,628,0 chrV 243735 . C CCGCTT 2309.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=94.5188;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;QD=66.00;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,32:35:99:2352,99,0 chrV 246872 . A AT 5227 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=634.7185;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.92;MQ0=0;QD=37.07;SB=-2.049e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,131:141:99:5227,406,0 chrV 248256 . C CAATGG 13172 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=219;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=580.0738;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.19;MQ0=0;QD=60.15;RPA=1,2;RU=AATGG;SB=-6.062e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,188:219:99:13172,575,0 chrV 248362 . G GC 5988 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=233;FS=0.000;HaplotypeScore=646.8239;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.04;MQ0=0;QD=25.70;RPA=4,5;RU=C;SB=-2.139e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,216:233:99:5988,634,0 chrV 248412 . C CTGCAACTGAAGAA 21018 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=176;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=311.6209;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.80;MQ0=0;QD=119.42;SB=-5.192e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:73,101:176:99:21018,472,0 chrV 249037 . TA T 2070.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=401.9802;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.23;MQ0=0;QD=25.57;SB=-9.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,75:81:99:2113,210,0 chrV 249753 . G GGTATACCTT 6562 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=334.7067;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.76;MQ0=0;QD=61.33;RPA=1,2;RU=GTATACCTT;SB=-9.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:64,43:107:99:6562,202,0 chrV 249929 . A AC 654.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=295.0113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.64;MQ0=0;QD=27.29;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,21:23:63:697,63,0 chrV 250490 . C CTTA 3821 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=287.2472;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.20;MQ0=0;QD=39.80;RPA=3,4;RU=TTA;SB=-1.252e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,80:96:99:3821,235,0 chrV 251348 . C CT 2820.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=454.4251;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.32;MQ0=0;QD=24.75;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.183e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,101:114:99:2863,292,0 chrV 253919 . A AG 3449 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.281;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=527.8998;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.894;QD=28.50;ReadPosRankSum=2.092;SB=-1.170e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,120:121:99:3449,343,0 chrV 254468 . G GA 4425 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=90.9795;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.51;MQ0=0;QD=30.10;RPA=2,3;RU=A;SB=-2.208e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,144:147:99:4425,421,0 chrV 256303 . GTATATATA G 3533 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.380;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=25.3818;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=1.564;QD=57.92;RPA=12,8;RU=TA;ReadPosRankSum=0.465;SB=-1.724e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,41:61:99:3533,104,0 chrV 258177 . G GAA 1187.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.020;DP=87;FS=2.628;HaplotypeScore=62.8858;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.432;QD=13.65;RPA=13,15;RU=A;ReadPosRankSum=1.413;SB=-4.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,43:87:67:1230,67,0 chrV 259747 . 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T TA 2640.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=199.3733;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.34;MQ0=0;QD=21.65;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.188e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,111:122:99:2683,312,0 chrV 261627 . G GT 2011.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.201;DP=107;FS=5.543;HaplotypeScore=46.8743;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.09;MQ0=0;MQRankSum=1.370;QD=18.80;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.088;SB=-5.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,81:106:99:2054,234,0 chrV 261803 . CT C 3786 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=304.6567;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.19;MQ0=0;QD=25.93;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.871e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,140:146:99:3786,394,0 chrV 263748 . TG T 3755 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=243.6342;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.99;MQ0=0;QD=30.04;SB=-1.293e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:125:99:3755,337,0 chrV 264585 . T TA 2885.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=309.1449;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.37;MQ0=0;QD=22.37;RPA=5,6;RU=A;SB=-9.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,101:129:99:2928,327,0 chrV 264757 . A AT 2348.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=212.3491;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.96;MQ0=0;QD=24.73;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.114e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,81:95:99:2391,229,0 chrV 264848 . A AT 3527 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=36.7230;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.03;MQ0=0;QD=29.89;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.101e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,95:118:99:3527,307,0 chrV 268848 . C CTT 1792.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.324;DP=102;FS=1.811;HaplotypeScore=56.6786;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.083;QD=17.58;RPA=11,13;RU=T;ReadPosRankSum=-1.212;SB=-6.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,65:102:35:1835,35,0 chrV 269159 . GAA G 2264.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.487;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=675.2980;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.276;QD=24.35;RPA=12,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.303;SB=-1.044e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,74:93:99:2307,217,0 chrV 270453 . CT C 2050.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.013;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=445.2264;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.82;MQ0=0;MQRankSum=0.449;QD=15.78;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.218;SB=-8.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,94:130:99:2093,254,0 chrV 271593 . T TA 3049.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=553.5376;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.84;MQ0=0;QD=24.60;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.100e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,110:124:99:3092,325,0 chrV 272558 . GT G 2127.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.579;DP=171;FS=3.386;HaplotypeScore=113.3918;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.697;QD=12.44;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.450;SB=-8.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:59,107:171:99:2170,196,0 chrV 274156 . GAA G 3945 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.696;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=227.9973;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=0.887;QD=25.95;RPA=11,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.241;SB=-1.807e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,129:152:99:3945,360,0 chrV 278274 . GAT G 3218.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=260.5160;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.70;MQ0=0;QD=28.23;RPA=5,4;RU=AT;SB=-9.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,91:111:99:3260,268,0 chrV 287402 . CT C 2911.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=227.3287;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.19;MQ0=0;QD=23.30;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.166e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,114:125:99:2954,306,0 chrV 288270 . AT A 2792.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.262;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=338.6826;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.697;QD=26.10;ReadPosRankSum=-0.717;SB=-1.251e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,83:107:99:2835,291,0 chrV 288434 . TA T 1962.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=46.1953;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;QD=17.68;RPA=8,7;RU=A;SB=-9.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,96:111:99:2005,253,0 chrV 288942 . CACGTGAATT C 21290 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=211;FS=0.000;HaplotypeScore=78.7969;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.67;MQ0=0;QD=100.90;SB=-8.975e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,203:211:99:21290,608,0 chrV 289244 . AT A 1450.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.367;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=333.9843;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.169;QD=9.87;RPA=15,14;RU=T;ReadPosRankSum=-0.254;SB=-6.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:63,64:147:99:1493,144,0 chrV 292652 . A AT 3233.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.552;DP=173;FS=3.043;HaplotypeScore=57.7710;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.09;MQ0=0;MQRankSum=1.039;QD=18.69;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.706;SB=-1.632e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,141:173:99:3278,381,0 chrV 292851 . A AT 1477.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.581;DP=119;FS=4.544;HaplotypeScore=221.0851;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=0.010;QD=12.42;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.693;SB=-5.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,76:119:99:1520,124,0 chrV 301647 . A ATTC 4527 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=71.1145;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.68;MQ0=0;QD=44.38;SB=-2.030e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,92:102:99:4527,259,0 chrV 303745 . C CT 1983.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.154;DP=117;FS=2.083;HaplotypeScore=44.1288;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.027;QD=16.96;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.463;SB=-1.004e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,100:117:99:2026,199,0 chrV 305799 . C CTTT 1428.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=57.7783;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.34;MQ0=0;QD=17.64;RPA=16,19;RU=T;SB=-3.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,36:79:99:1471,148,0 chrV 305935 . TA T 3181.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=355.5097;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.66;MQ0=0;QD=28.93;RPA=3,2;RU=A;SB=-9.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,105:109:99:3224,301,0 chrV 306780 . GT G 2992.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=172.6333;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.70;MQ0=0;QD=19.95;RPA=6,5;RU=T;SB=-9.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,131:150:99:3035,354,0 chrV 308000 . GTTT G 7389 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;FS=0.000;HaplotypeScore=51.5612;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.14;MQ0=0;QD=44.78;RPA=6,3;RU=T;SB=-2.653e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,155:165:99:7389,463,0 chrV 308181 . GT G 1990.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=522.9772;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.73;MQ0=0;QD=18.27;RPA=9,8;RU=T;SB=-9.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,99:109:99:2033,263,0 chrV 309019 . A ATCATCATCG 14579 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=189;FS=0.000;HaplotypeScore=674.8537;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.55;MQ0=0;QD=77.14;SB=-6.995e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,166:189:99:14579,505,0 chrV 311724 . CTGGTT C 10807 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;FS=0.000;HaplotypeScore=52.0683;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;QD=65.90;SB=-4.183e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,160:164:99:10807,454,0 chrV 311995 . AG A 4824 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=930.0338;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.43;MQ0=0;QD=30.34;SB=-1.905e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,157:159:99:4824,448,0 chrV 313529 . GTA G 6070 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=600.1082;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.94;MQ0=0;QD=38.18;SB=-2.798e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,148:159:99:6070,424,0 chrV 314042 . CA C 3063.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=1047.7246;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.87;MQ0=0;QD=23.04;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.369e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,115:133:99:3106,340,0 chrV 314091 . C CA 4221 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=982.9762;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.59;MQ0=0;QD=29.31;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.853e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,133:144:99:4221,403,0 chrV 316709 . AT A 1209.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.448;DP=96;FS=6.508;HaplotypeScore=321.9839;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.01;MQ0=0;MQRankSum=-2.300;QD=12.60;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.776;SB=-3.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,72:96:99:1252,133,0 chrV 322493 . G GA 1645.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=94.0352;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.10;MQ0=0;QD=21.38;RPA=6,7;RU=A;SB=-6.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,65:77:99:1688,192,0 chrV 324168 . CA C 1273.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=289.4481;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=17.94;RPA=10,9;RU=A;SB=-3.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,62:71:99:1316,176,0 chrV 324247 . G GT 1011.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.480;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=138.4605;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.177;QD=15.33;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.288;SB=-3.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,41:66:99:1054,102,0 chrV 326031 . G GTTTC 4664 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=30.6135;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.95;MQ0=0;QD=57.58;SB=-2.323e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,76:81:99:4664,229,0 chrV 328457 . TCAATTACA T 12871 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=56.1735;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.50;MQ0=0;QD=85.81;SB=-3.034e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,140:150:99:12871,412,0 chrV 330543 . C CT 2878.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=297.1307;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.60;MQ0=0;QD=22.15;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.235e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,119:130:99:2921,348,0 chrV 332992 . GA G 2616.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.701;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=34.0410;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.06;MQ0=0;MQRankSum=1.640;QD=21.45;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=1.640;SB=-5.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,116:122:99:2659,322,0 chrV 337452 . GA G 1418.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.859;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=44.7131;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.712;QD=14.94;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.546;SB=-6.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,73:95:99:1461,182,0 chrV 339604 . CA C 1982.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=273.4552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.69;MQ0=0;QD=21.55;RPA=6,5;RU=A;SB=-5.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,84:92:99:2025,240,0 chrV 342667 . A AT 4119 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=407.9438;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.00;MQ0=0;QD=25.43;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.997e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,151:162:99:4119,424,0 chrV 348690 . TG T 3883 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.275;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=388.3292;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=1.155;QD=24.27;RPA=4,3;RU=G;ReadPosRankSum=1.492;SB=-1.319e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,150:160:99:3883,421,0 chrV 349345 . ATT A 5252 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.711;DP=203;FS=0.000;HaplotypeScore=343.6727;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.299;QD=25.87;RPA=10,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.727;SB=-2.177e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,174:203:99:5252,482,0 chrV 351386 . AC A 4516 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=51.9303;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.92;MQ0=0;QD=31.14;RPA=3,2;RU=C;SB=-1.916e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,141:145:99:4516,400,0 chrV 351576 . GT G 3951 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;FS=0.000;HaplotypeScore=1042.2956;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.77;MQ0=0;QD=23.95;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.882e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,146:165:99:3951,441,0 chrV 351607 . AAAAAAGAAT A 15934 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=316.0805;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.31;MQ0=0;QD=100.21;SB=-7.889e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,142:159:99:15934,466,0 chrV 355025 . AGTG A 5225 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=1342.6234;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.39;MQ0=0;QD=37.86;SB=-2.382e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,96:138:99:5225,329,0 chrV 355030 . A ACAC 4817 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=1255.4578;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.90;MQ0=0;QD=46.77;SB=-1.940e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,96:103:99:4817,310,0 chrV 355237 . T TG 3780 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=409.6399;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.06;MQ0=0;QD=34.05;SB=-1.836e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,96:111:99:3780,301,0 chrV 355240 . G GC 2257.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=559.8951;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.95;MQ0=0;QD=21.50;RPA=8,9;RU=C;SB=-1.092e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,88:105:99:2300,272,0 chrV 357894 . C CT 1552.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.521;DP=104;FS=8.209;HaplotypeScore=272.6783;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.43;MQ0=0;MQRankSum=0.599;QD=14.93;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.677;SB=-6.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,66:104:99:1595,143,0 chrV 358045 . AT A 2718.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=403.2913;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.86;MQ0=0;QD=21.41;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.120e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,118:127:99:2761,344,0 chrV 360499 . A AT 3213.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=275.8440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.13;MQ0=0;QD=26.34;RPA=3,4;RU=T;SB=-6.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,119:122:99:3256,334,0 chrV 362360 . AAT A 4694 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=1488.6627;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.85;MQ0=0;QD=32.83;RPA=3,2;RU=AT;SB=-1.639e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,122:143:99:4694,358,0 chrV 362649 . C CTTA 9457 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=205;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=782.0459;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.17;MQ0=0;QD=46.13;RPA=1,2;RU=TTA;SB=-3.530e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,193:205:99:9457,551,0 chrV 366655 . A ATT 7024 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=68.5161;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.15;MQ0=0;QD=45.61;SB=-2.020e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,143:154:99:7024,430,0 chrV 372082 . C CT 2535.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=27.8791;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.14;MQ0=0;QD=27.56;RPA=2,3;RU=T;SB=-9.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,88:92:99:2578,247,0 chrV 372265 . A AG 2333.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=434.0064;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.20;MQ0=0;QD=32.87;RPA=1,2;RU=G;SB=-7.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,67:71:99:2376,208,0 chrV 374814 . TGCA T 3753 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.297;DP=107;FS=4.102;HaplotypeScore=538.6678;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.932;QD=35.07;ReadPosRankSum=2.516;SB=-1.386e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,85:107:99:3753,265,0 chrV 382501 . CA C 1519.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=218.6917;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.91;MQ0=0;QD=26.21;RPA=3,2;RU=A;SB=-4.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,56:58:99:1562,144,0 chrV 384833 . A ATGT 5914 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.021;DP=197;FS=0.000;HaplotypeScore=61.7385;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.261;QD=30.02;RPA=5,6;RU=TGT;ReadPosRankSum=0.049;SB=-2.604e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:57,140:197:99:5914,314,0 chrV 386354 . AT A 2856.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=129.5273;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.22;MQ0=0;QD=29.76;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.339e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:96:99:2899,262,0 chrV 390254 . C CA 531 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.214;DP=69;FS=9.583;HaplotypeScore=73.3286;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.378;QD=7.70;RPA=14,15;RU=A;ReadPosRankSum=-1.267;SB=-2.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,19:69:18:570,0,18 chrV 394082 . T TA 422.10 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.620;DP=97;FS=14.520;HaplotypeScore=427.6731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.56;MQ0=0;MQRankSum=1.357;QD=4.35;ReadPosRankSum=1.623;SB=-1.806e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,55:97:12:461,0,12 chrV 395202 . CA C 1724.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.454;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=343.3293;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.94;MQ0=0;MQRankSum=1.176;QD=13.27;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.006;SB=-8.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,91:130:99:1767,132,0 chrV 396428 . A AT 2968.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=333.7655;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;QD=20.20;RPA=7,8;RU=T;SB=-9.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,122:147:99:3011,354,0 chrV 400988 . CT C 3798 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.136;DP=241;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=96.6904;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=0.309;QD=15.76;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-2.161;SB=-1.895e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,179:241:99:3798,500,0 chrV 404684 . G GT 3536 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=47.8086;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.85;MQ0=0;QD=21.96;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.576e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,146:161:99:3536,414,0 chrV 406411 . C CT 2500.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=285.5673;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.78;MQ0=0;QD=21.38;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.054e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,81:117:99:2543,294,0 chrV 406418 . C CTT 2168.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.315;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=378.4855;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.939;QD=16.94;RPA=11,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.146;SB=-1.099e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:66,50:128:99:2211,206,0 chrV 410181 . GA G 2729.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.673;DP=133;FS=4.187;HaplotypeScore=48.0404;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.088;QD=20.53;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=1.468;SB=-1.045e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,122:133:99:2772,344,0 chrV 412105 . TAAG T 7665 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=182;FS=0.000;HaplotypeScore=57.9578;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.70;MQ0=0;QD=42.12;SB=-3.252e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,176:182:99:7665,490,0 chrV 412968 . T TG 1130.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=14.8623;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=27.58;SB=-4.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,32:41:99:1173,111,0 chrV 413363 . TAAA T 2121.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=56.8603;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.69;MQ0=0;QD=22.10;RPA=14,11;RU=A;SB=-8.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,54:96:99:2164,164,0 chrV 414432 . CA C 4036 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=342.8440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.25;MQ0=0;QD=28.03;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.799e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,133:144:99:4036,379,0 chrV 415753 . C CTT 1515.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.990;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=73.1806;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.633;QD=15.62;RPA=12,14;RU=T;ReadPosRankSum=-0.990;SB=-4.151e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:61,26:97:99:1557,161,0 chrV 420744 . ATGTTAATCAGATATATGGTAGAAAGCTCTAACTTTTTACCCT A 11512 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=35.4358;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.79;MQ0=0;QD=104.65;SB=-7.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:66,42:110:99:11512,117,0 chrV 422990 . C CAG 3883 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=59.5989;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.75;MQ0=0;QD=34.67;SB=-1.289e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,96:112:99:3883,300,0 chrV 423672 . AT A 3396 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=48.7808;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.49;MQ0=0;QD=23.26;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.619e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,132:146:99:3396,375,0 chrV 430559 . C CA 870.04 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.072;DP=114;FS=2.907;HaplotypeScore=103.4869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.076;QD=7.63;RPA=15,16;RU=A;ReadPosRankSum=-1.586;SB=-4.131e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,39:114:15:909,0,15 chrV 431808 . A AT 114.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.546;DP=36;FS=5.229;HaplotypeScore=23.5052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.00;MQ0=6;MQRankSum=0.731;QD=3.19;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=1.580;SB=7.778e-03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,15:11:47:154,0,47 chrV 433011 . C CT 985.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.133;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=63.8302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=1.399;QD=12.96;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-1.666;SB=-3.132e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,39:76:99:1027,131,0 chrV 433177 . TC T 952.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=198.8524;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;QD=15.88;SB=-4.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,21:60:99:995,156,0 chrV 433180 . A AAT 990.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.582;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=193.9808;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.180;QD=17.09;ReadPosRankSum=-1.181;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,20:58:99:1033,112,0 chrV 434529 . T TA 1502.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=19.8075;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.44;MQ0=0;QD=22.43;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,60:67:99:1545,180,0 chrV 434834 . CT C 2490.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=250.4380;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.47;MQ0=5;QD=25.68;RPA=4,3;RU=T;SB=-3.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,91:92:99:2533,264,0 chrV 435946 . TG T 1207.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.984;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=412.6368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.95;MQ0=0;MQRankSum=0.193;QD=16.55;ReadPosRankSum=-1.140;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,40:70:99:1247,0,664 chrV 436448 . GCTCATATATATAACTTC G 6583 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=328.8600;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.24;MQ0=0;QD=80.28;RPA=2,1;RU=CTCATATATATAACTTC;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,53:82:99:6583,153,0 chrV 438774 . A AT 2484.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.030;DP=153;FS=1.662;HaplotypeScore=215.6508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.432;QD=16.24;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.775;SB=-1.263e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,118:153:99:2527,232,0 chrV 441934 . GT G 5340 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=524.8604;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.14;MQ0=0;QD=35.84;SB=-2.581e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,145:149:99:5340,421,0 chrV 442844 . G GA 4221 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=173;FS=0.000;HaplotypeScore=113.6920;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=24.40;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.823e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,159:173:99:4221,453,0 chrV 443199 . A AG 3022.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=40.4153;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.69;MQ0=0;QD=30.85;SB=-1.203e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,92:98:99:3065,264,0 chrV 450306 . C CA 3110.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=203.0950;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.41;MQ0=0;QD=37.94;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:82:99:3153,241,0 chrV 451284 . G GA 4077 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=41.7821;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;QD=33.42;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.891e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,119:122:99:4077,343,0 chrV 451544 . CA C 3511 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.427;DP=179;FS=4.241;HaplotypeScore=67.4307;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.552;QD=19.61;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=1.327;SB=-1.293e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,163:179:99:3511,435,0 chrV 455098 . A AT 918.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.511;DP=83;FS=7.585;HaplotypeScore=32.5594;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.469;QD=11.07;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.383;SB=-2.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,53:83:82:961,82,0 chrV 456074 . TA T 3414 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=788.0843;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.00;MQ0=0;QD=23.54;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.698e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,136:145:99:3414,399,0 chrV 460341 . G GA 3373 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=169;FS=0.000;HaplotypeScore=58.5963;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.76;MQ0=0;QD=19.96;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.094e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,139:169:99:3373,390,0 chrV 461877 . C CCACCGCTTCCACCGCTTT 31342 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=193;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=66.8350;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.12;MQ0=0;QD=162.39;SB=-1.310e+04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:86,89:193:99:31342,530,0 chrV 462951 . C CTTTTTTTT,CTTTTTTTTTT 4734 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=182.6735;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=49.25;MQ0=0;QD=42.27;RPA=13,21,23;RU=T;SB=-6.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:61,5,45:111:99:4734,700,480,427,0,210 chrV 464847 . T TTC 5788 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=145.9269;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.65;MQ0=0;QD=39.92;SB=-1.637e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,137:145:99:5788,391,0 chrV 467872 . AC A 5284 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=59.4580;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.52;MQ0=0;QD=32.82;SB=-1.629e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,161:161:99:5284,445,0 chrV 469569 . CTCTG C 6078 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=394.0443;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.97;MQ0=0;QD=48.24;RPA=2,1;RU=TCTG;SB=-2.229e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,109:126:99:6078,331,0 chrV 469607 . CTATCG C 6347 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=543.3801;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.60;MQ0=0;QD=49.98;SB=-2.778e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,79:127:99:6347,345,0 chrV 472423 . A ATTT 4877 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=434.0693;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.05;MQ0=0;QD=32.30;RPA=8,11;RU=T;SB=-1.301e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,112:151:99:4877,353,0 chrV 482870 . G GT 3026.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.728;DP=167;FS=2.192;HaplotypeScore=321.2109;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=0.097;QD=18.13;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.269;SB=-1.022e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,134:167:99:3069,312,0 chrV 487274 . T TA 1811.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=25.9051;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.25;MQ0=0;QD=20.36;RPA=8,9;RU=A;SB=-9.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,71:86:99:1854,225,0 chrV 487465 . A AT 2409.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=1414.2931;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.89;MQ0=0;QD=21.14;RPA=3,4;RU=T;SB=-9.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,105:111:99:2452,315,0 chrV 487470 . A AT 3639 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.405;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=1520.8611;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.73;MQ0=0;MQRankSum=0.503;QD=30.07;ReadPosRankSum=2.338;SB=-1.274e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,114:118:99:3639,315,0 chrV 487514 . GCTGCCAAAGTAGTGATCA G 21065 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=600.8929;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.30;MQ0=0;QD=164.57;SB=-6.726e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,104:128:99:21065,316,0 chrV 487609 . 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A AT 1636.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=147.2331;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.00;MQ0=0;QD=24.07;RPA=4,5;RU=T;SB=-8.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,61:68:99:1679,174,0 chrV 498937 . G GA 1419.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.652;DP=88;FS=2.938;HaplotypeScore=387.0872;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.526;QD=16.14;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.236;SB=-6.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,61:88:99:1462,159,0 chrV 503930 . C CA 935.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.006;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=352.1945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.79;MQ0=0;MQRankSum=1.443;QD=7.74;RPA=14,15;RU=A;ReadPosRankSum=-1.034;SB=-3.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,66:121:71:975,0,71 chrV 504449 . AT A 4688 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=230;FS=0.000;HaplotypeScore=89.1363;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.68;MQ0=0;MQRankSum=0.583;QD=20.38;RPA=8,7;RU=T;ReadPosRankSum=1.558;SB=-2.296e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,210:230:99:4688,591,0 chrV 510328 . CA C 1205.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.020;DP=82;FS=6.240;HaplotypeScore=41.0375;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.600;QD=14.71;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.506;SB=-5.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,66:82:99:1248,140,0 chrV 517533 . TAAGCCTTAG T 7804 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=324.9022;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.63;MQ0=0;QD=54.57;RPA=3,2;RU=AAGCCTTAG;SB=-2.895e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,98:143:99:7804,271,0 chrV 522810 . T TG 3179.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=129.7963;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.83;MQ0=0;QD=26.72;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.094e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,112:119:99:3222,301,0 chrV 522970 . A AT,ATT 1315.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.177;DP=97;FS=1.909;HaplotypeScore=262.4232;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=48.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.332;QD=13.57;RPA=16,17,18;RU=T;ReadPosRankSum=-0.199;SB=-4.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:56,18,18:97:99:1394,550,427,368,0,334 chrV 526638 . T TC 3565 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=83.8363;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.53;MQ0=0;QD=29.22;RPA=2,3;RU=C;SB=-1.686e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,116:122:99:3565,337,0 chrV 536020 . AT A 3783 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=178.2224;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.41;MQ0=0;QD=24.73;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.614e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,146:153:99:3783,420,0 chrV 545194 . GGGGGGGGGA G 10409 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=169.6767;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.49;MQ0=0;QD=88.97;SB=-4.307e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,100:117:99:10409,315,0 chrV 545373 . TA T 1749.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=58.6962;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.61;MQ0=0;QD=14.96;RPA=11,10;RU=A;SB=-8.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,92:117:99:1792,247,0 chrV 546453 . G GA 1512.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.548;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=461.6763;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=0.027;QD=14.27;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.000;SB=-5.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,78:106:99:1555,157,0 chrV 548081 . TA T 4797 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=171;FS=0.000;HaplotypeScore=319.6463;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.29;MQ0=0;QD=28.05;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.102e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,155:171:99:4797,451,0 chrV 550748 . CA C 2563.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=50.6467;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.38;MQ0=0;QD=23.52;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.106e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,102:109:99:2606,264,0 chrV 559301 . C CA 4661 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=178;FS=0.000;HaplotypeScore=96.0217;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.48;MQ0=0;QD=26.19;RPA=3,4;RU=A;SB=-2.218e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,165:178:99:4661,475,0 chrV 563829 . C CT 3184.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=36.5646;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.51;MQ0=0;QD=25.48;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.403e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,110:125:99:3227,333,0 chrV 566974 . A AG 2083.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=12.484;DP=225;FS=131.432;HaplotypeScore=787.6448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.25;MQ0=0;MQRankSum=-12.486;QD=9.26;ReadPosRankSum=5.092;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:126,98:219:99:2123,0,2907 chrV 566982 . AC A 1828.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=12.579;DP=241;FS=133.398;HaplotypeScore=817.2445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.12;MQ0=0;MQRankSum=-12.581;QD=7.59;ReadPosRankSum=6.856;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:143,98:235:99:1868,0,3844 chrV 567763 . G GA 6734 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=173;FS=0.000;HaplotypeScore=1430.8213;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.78;MQ0=0;QD=38.92;SB=-3.021e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,157:173:99:6734,500,0 chrV 567811 . AG A 4012 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=1959.8866;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.73;MQ0=0;QD=25.88;RPA=3,2;RU=G;SB=-1.899e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,135:155:99:4012,403,0 chrV 569950 . TGTA T 1630.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.500;DP=250;DS;FS=5.988;HaplotypeScore=1194.9691;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.04;MQ0=2;MQRankSum=-7.236;QD=6.52;RPA=2,1;RU=GTA;ReadPosRankSum=-5.593;SB=-2.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:188,53:200:99:1670,0,4170 chrV 570083 . T TG 2688.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=12.274;DP=250;DS;FS=130.334;HaplotypeScore=1871.1262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.45;MQ0=1;MQRankSum=-10.483;QD=10.76;RPA=2,3;RU=G;ReadPosRankSum=-1.026;SB=-2.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:127,123:230:99:2728,0,2595 chrVI 4831 . C CT 154.60 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=409.0889;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.71;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=11.04;ReadPosRankSum=0.322;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,8:12:11:196,11,0 chrVI 4833 . TC T 229.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=403.2807;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.71;MQ0=0;QD=16.43;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,8:12:35:272,35,0 chrVI 4856 . T TGC,TG 905.97 filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=862.1103;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=26.44;MQ0=0;QD=21.07;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,14,8:35:99:984,299,250,584,0,505 chrVI 4895 . TC T 541.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.534;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=880.2435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.465;QD=9.19;RPA=4,3;RU=C;ReadPosRankSum=-0.761;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,17:48:99:581,0,257 chrVI 4932 . CA C 478.75 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.362;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=190.1789;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.90;MQ0=0;MQRankSum=0.553;QD=22.80;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=-0.452;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,17:21:10:520,10,0 chrVI 5534 . G GA 415.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=427.2946;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.94;MQ0=0;QD=26.00;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:13:39:458,39,0 chrVI 5705 . TA T 764.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.312;DP=114;FS=82.302;HaplotypeScore=1423.1889;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.28;MQ0=2;MQRankSum=-0.366;QD=6.71;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=-2.881;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,35:98:99:804,0,535 chrVI 6416 . A AC 1208.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.047;DP=109;FS=7.286;HaplotypeScore=2115.4027;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.884;QD=11.09;ReadPosRankSum=0.631;SB=-8.943e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,54:104:50:1251,50,0 chrVI 6417 . T TGCCATCTCAC 5766 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.354;DP=77;FS=6.208;HaplotypeScore=1027.8363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.758;QD=74.88;ReadPosRankSum=1.826;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,54:75:99:5766,0,871 chrVI 8304 . TAAAA T 2474.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.724;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=219.1452;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.19;MQ0=32;MQRankSum=-0.283;QD=24.03;RPA=17,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.724;SB=-1.051e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,67:66:99:2517,160,0 chrVI 8640 . GTT G 1236.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.042;DP=115;FS=9.345;HaplotypeScore=299.9119;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.83;MQ0=27;MQRankSum=-0.648;QD=10.76;RPA=12,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.254;SB=-9.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,82:74:94:1279,94,0 chrVI 8694 . T TAA 667.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=240.7663;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.61;MQ0=25;QD=10.44;RPA=10,12;RU=A;SB=-1.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,35:38:69:710,69,0 chrVI 11068 . CT C 1883.48 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.167;DP=218;FS=7.406;HaplotypeScore=937.0564;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.45;MQ0=9;MQRankSum=-1.821;QD=8.64;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=2.430;SB=-9.465e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:68,144:170:12:1925,12,0 chrVI 14286 . CA C 1148.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.808;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=34.0177;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.30;MQ0=1;MQRankSum=0.850;QD=11.97;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.920;SB=-4.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,57:95:84:1191,84,0 chrVI 19303 . AACCTCTTG A 7039 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=153.9419;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.14;MQ0=0;QD=83.80;SB=-3.059e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,77:84:99:7039,220,0 chrVI 19423 . AG A 2838.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=418.3024;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.16;MQ0=0;QD=30.20;SB=-1.245e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:2881,279,0 chrVI 20257 . ATTGACAAC A 7202 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=281.3613;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.87;MQ0=0;QD=86.77;SB=-1.840e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,69:83:99:7202,220,0 chrVI 20314 . G GA 1700.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=641.0513;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.27;MQ0=0;QD=21.26;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,67:80:99:1743,189,0 chrVI 20484 . T TATA 2206.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=361.1465;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.57;MQ0=0;QD=45.98;SB=-7.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,36:48:99:2249,126,0 chrVI 20506 . T TCA 998.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.708;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=696.7096;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.659;QD=23.78;ReadPosRankSum=4.176;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,24:42:68:1038,0,68 chrVI 20508 . T TTTCCATAC 2853.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=396.8571;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=79.28;SB=-7.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,24:36:99:2896,102,0 chrVI 20630 . A ATT 2341.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=465.2762;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.30;MQ0=0;QD=31.65;RPA=4,6;RU=T;SB=-1.064e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,61:74:99:2384,190,0 chrVI 20836 . G GA 2529.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=597.4749;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;QD=26.35;RPA=4,5;RU=A;SB=-9.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,91:96:99:2572,267,0 chrVI 25313 . A AT 2327.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=189.1111;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.92;MQ0=0;QD=22.38;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.134e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,87:104:99:2370,255,0 chrVI 25479 . ATAG A 5284 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=244.3949;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.79;MQ0=0;QD=55.04;SB=-2.331e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,92:96:99:5284,280,0 chrVI 25825 . C CA 2275.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.046;DP=123;FS=11.802;HaplotypeScore=517.8538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.076;QD=18.50;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.474;SB=-1.091e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,95:122:99:2318,198,0 chrVI 25929 . AG A 3209.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=908.6390;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.94;MQ0=0;QD=34.15;SB=-1.468e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,91:93:99:3252,271,0 chrVI 26165 . CT C 3085.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=167;FS=0.000;HaplotypeScore=855.5659;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.50;MQ0=0;QD=18.48;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.315e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,136:167:99:3128,395,0 chrVI 26591 . G GT 3723 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.488;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=677.9921;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.80;MQ0=0;MQRankSum=0.488;QD=25.33;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=1.415;SB=-1.664e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,141:147:99:3723,419,0 chrVI 29834 . A AT,ATT 1431.05 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.479;DP=130;FS=5.148;HaplotypeScore=511.9434;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=47.16;MQ0=0;MQRankSum=-2.662;QD=11.01;RPA=3,4,5;RU=T;ReadPosRankSum=-1.971;SB=-5.841e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:74,48,5:129:52:1509,211,52,454,0,347 chrVI 29920 . TA T 4793 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=365.1926;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.64;MQ0=0;QD=34.99;SB=-1.986e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,130:137:99:4793,385,0 chrVI 31532 . AT A 2812.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.882;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=62.7216;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.971;QD=17.47;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.730;SB=-8.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,134:161:99:2855,313,0 chrVI 32524 . CTT C 3877 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=496.1879;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.75;MQ0=0;QD=33.14;RPA=5,3;RU=T;SB=-1.929e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,106:117:99:3877,304,0 chrVI 42653 . CT C 1743.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=156.1083;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.73;MQ0=0;QD=20.52;RPA=7,6;RU=T;SB=-7.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,81:85:99:1786,213,0 chrVI 47992 . CTA C 9101 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=221;FS=0.000;HaplotypeScore=1592.3963;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.57;MQ0=0;QD=41.18;SB=-4.113e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,210:221:99:9101,623,0 chrVI 54482 . GA G 2339.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=308.7481;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.45;MQ0=0;QD=20.00;RPA=4,3;RU=A;SB=-9.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,93:117:99:2382,246,0 chrVI 54493 . AG A 1250.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.468;DP=108;FS=3.074;HaplotypeScore=469.3512;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.478;QD=11.58;ReadPosRankSum=-0.056;SB=-6.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,64:108:99:1293,167,0 chrVI 57967 . TA T 144.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5072;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=0;QD=11.15;RPA=14,13;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,12:13:27:187,27,0 chrVI 66238 . C CGAT 8082 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=216;FS=0.000;HaplotypeScore=278.2994;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=37.42;RPA=4,5;RU=GAT;SB=-3.000e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,174:216:99:8082,515,0 chrVI 68948 . CATATAT C 480.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=48.9381;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.72;MQ0=0;QD=26.67;RPA=10,7;RU=AT;SB=-7.393e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,8:18:21:522,21,0 chrVI 69076 . T TTC 1894.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=67.7745;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.51;MQ0=0;QD=37.16;RPA=1,2;RU=TC;SB=-2.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,47:51:99:1937,138,0 chrVI 74485 . G GA 1079.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.196;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=251.2694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.014;QD=8.93;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.641;SB=-4.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,53:121:28:1119,0,28 chrVI 74592 . G GTA 1756.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.247;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=68.6855;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.09;MQ0=0;MQRankSum=0.554;QD=21.17;RPA=6,7;RU=TA;ReadPosRankSum=1.039;SB=-4.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,48:83:99:1799,116,0 chrVI 75085 . C CTTGTCTTCTT 14611 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;FS=0.000;HaplotypeScore=872.2760;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.74;MQ0=0;QD=88.02;RPA=1,2;RU=TTGTCTTCTT;SB=-1.757e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:79,76:166:99:14611,436,0 chrVI 78010 . CATATATATATAT C 8844 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.235;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=201.8032;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.262;QD=79.68;RPA=12,6;RU=AT;ReadPosRankSum=1.005;SB=-4.354e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,87:111:99:8844,228,0 chrVI 80386 . T TCTATGTCATGGG 10437 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=169.7634;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.99;MQ0=0;QD=92.36;RPA=1,2;RU=CTATGTCATGGG;SB=-3.759e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,73:113:99:10437,250,0 chrVI 92733 . AT A 1897.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=7.083;DP=137;FS=19.926;HaplotypeScore=890.5608;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.97;MQ0=0;MQRankSum=-2.067;QD=13.85;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=5.137;SB=-8.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,107:136:84:1940,84,0 chrVI 92736 . ATG A 3118.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=6.770;DP=137;FS=17.497;HaplotypeScore=780.8625;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.684;QD=22.77;ReadPosRankSum=6.272;SB=-1.464e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,107:136:83:3161,83,0 chrVI 95460 . AT A 1923.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.009;DP=165;FS=1.481;HaplotypeScore=105.5827;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.93;MQ0=0;MQRankSum=0.754;QD=11.66;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.997;SB=-7.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,129:165:99:1966,156,0 chrVI 96024 . C CAT 939.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.407;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=24.3952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQ0=0;MQRankSum=1.407;QD=13.62;RPA=6,7;RU=AT;ReadPosRankSum=0.469;SB=-3.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,38:69:41:979,0,41 chrVI 97864 . C CTT 2897.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.335;DP=127;FS=3.649;HaplotypeScore=106.6938;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.68;MQ0=0;MQRankSum=0.361;QD=22.82;RPA=10,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.371;SB=-1.313e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,91:125:99:2940,244,0 chrVI 98707 . G GGATGACCTGTC 13410 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=856.5432;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.10;MQ0=0;QD=104.77;SB=-6.543e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:52,76:128:99:13410,349,0 chrVI 98766 . AT A 2119.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.096;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=801.2684;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.485;QD=18.60;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.237;SB=-1.067e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,96:114:99:2162,267,0 chrVI 100391 . G GA 2707.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.637;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=140.2250;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.810;QD=22.57;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.207;SB=-1.280e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,114:120:99:2750,304,0 chrVI 101021 . GC G 4691 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=104.0308;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.43;MQ0=0;QD=35.01;SB=-2.245e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,132:134:99:4691,376,0 chrVI 106277 . C CTT 1413.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.681;DP=110;FS=6.163;HaplotypeScore=77.1810;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.40;MQ0=0;MQRankSum=1.112;QD=12.85;RPA=13,15;RU=T;ReadPosRankSum=-1.732;SB=-4.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,63:110:99:1456,178,0 chrVI 106881 . GGGAAAA G 7309 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=248.0349;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.47;MQ0=0;QD=45.68;RPA=4,3;RU=GGAAAA;SB=-3.119e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,112:159:99:7309,325,0 chrVI 107185 . GA G 2859.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=145;FS=3.261;HaplotypeScore=70.8958;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=1.677;QD=19.72;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=1.704;SB=-1.317e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,133:145:99:2902,359,0 chrVI 107808 . A AATGTATGTATGT 8171 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=82.0138;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.55;MQ0=0;QD=99.65;RPA=3,6;RU=ATGT;SB=-2.156e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,65:82:99:8171,205,0 chrVI 110299 . TCAGC T 4964 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=254.4972;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.69;MQ0=0;QD=51.71;RPA=2,1;RU=CAGC;SB=-1.998e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,87:96:99:4964,250,0 chrVI 111733 . CCTCAT C 10024 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;FS=0.000;HaplotypeScore=515.2737;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.20;MQ0=0;QD=61.12;RPA=2,1;RU=CTCAT;SB=-4.087e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,150:164:99:10024,448,0 chrVI 112326 . C CA 1669.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=275.4134;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.93;MQ0=0;QD=24.20;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,67:69:99:1712,192,0 chrVI 114125 . AT A 2998.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=157.9701;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.22;MQ0=0;QD=27.77;SB=-1.273e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,107:108:99:3041,297,0 chrVI 114954 . GT G 2520.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=191.4387;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.06;MQ0=0;QD=20.01;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.063e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,116:126:99:2563,308,0 chrVI 118418 . C CTCGTCG 5528 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=62.6565;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.50;MQ0=0;QD=61.42;RPA=3,5;RU=TCG;SB=-2.479e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,73:90:99:5528,220,0 chrVI 118644 . AG A 2249.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=219.7436;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.18;MQ0=0;QD=26.79;RPA=3,2;RU=G;SB=-9.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,81:84:99:2292,219,0 chrVI 118895 . G GT 2513.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=110.9631;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.39;MQ0=0;QD=25.92;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.177e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,94:97:99:2556,264,0 chrVI 119125 . AC A 2624.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.407;DP=121;FS=3.044;HaplotypeScore=566.8062;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.87;MQ0=0;MQRankSum=1.867;QD=21.69;ReadPosRankSum=2.169;SB=-1.313e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,108:121:99:2667,312,0 chrVI 119127 . TAG T 3776 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.364;DP=124;FS=3.046;HaplotypeScore=458.6658;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.57;MQ0=0;MQRankSum=2.022;QD=30.45;ReadPosRankSum=2.214;SB=-1.853e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,108:124:99:3776,317,0 chrVI 119284 . GA G 1616.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.337;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=746.9364;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.439;QD=11.98;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.202;SB=-8.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,74:135:99:1659,194,0 chrVI 131288 . T TA 1695.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=27.6419;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.14;MQ0=0;QD=22.03;RPA=6,7;RU=A;SB=-8.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,68:77:99:1738,192,0 chrVI 143798 . A AT 797.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.595;DP=81;FS=13.979;HaplotypeScore=698.0134;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.37;MQ0=54;MQRankSum=-1.733;QD=9.85;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=1.595;SB=-1.907e-03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:56,24:25:39:840,39,0 chrVI 143823 . T TA 556.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.542;DP=41;FS=12.553;HaplotypeScore=590.3869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.16;MQ0=18;MQRankSum=-1.735;QD=13.58;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=-1.735;SB=-1.804e-02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,17:21:27:599,27,0 chrVI 155963 . AT A 2481.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=273.5697;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.14;MQ0=0;QD=20.18;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.164e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,109:123:99:2524,303,0 chrVI 155985 . GTTT G 2925.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=310.8768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.46;MQ0=0;QD=21.67;RPA=16,13;RU=T;SB=-1.470e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,71:135:99:2967,232,0 chrVI 157828 . A ATCT 3493 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=40.4427;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.80;MQ0=0;QD=42.60;RPA=1,2;RU=TCT;SB=-1.534e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,72:82:99:3493,208,0 chrVI 162157 . TC T 4214 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=38.5369;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.07;MQ0=0;QD=34.26;SB=-1.596e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,119:123:99:4214,337,0 chrVI 162350 . TA T 2911.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=26.3582;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.28;MQ0=0;QD=32.00;SB=-9.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:2954,253,0 chrVI 168319 . TTTTGCATGCACCGTGATCCTGTTAC T 14658 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=177;FS=0.000;HaplotypeScore=53.3378;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.82;MQ0=0;QD=82.81;RPA=2,1;RU=TTTGCATGCACCGTGATCCTGTTAC;SB=-3.615e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:94,82:177:99:14658,229,0 chrVI 169660 . GGT G 2773.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.583;DP=117;FS=1.152;HaplotypeScore=2703.6358;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.108;QD=23.71;ReadPosRankSum=4.848;SB=-1.012e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,94:117:43:2816,43,0 chrVI 169663 . ATGGCGG A 6194 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-5.489;DP=115;FS=6.805;HaplotypeScore=2309.2680;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.314;QD=53.86;ReadPosRankSum=5.359;SB=-2.211e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,94:115:31:6194,31,0 chrVI 172412 . TA T 3233.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;FS=0.000;HaplotypeScore=69.0309;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;QD=19.24;RPA=10,9;RU=A;SB=-1.631e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,151:168:99:3277,432,0 chrVI 179312 . TTTCTTCTTCTTCTTC T 12058 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=42.0745;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.81;MQ0=0;QD=97.24;RPA=10,5;RU=TTC;SB=-3.352e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,101:124:99:12058,271,0 chrVI 180960 . CT C 2718.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=388.1333;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.91;MQ0=0;QD=26.92;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.248e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,97:101:99:2761,264,0 chrVI 181927 . A AAC 5319 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=325.1315;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.57;MQ0=0;QD=38.82;SB=-2.393e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,129:137:99:5319,370,0 chrVI 182885 . T TGTGCGTGTGTGC 21707 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=201;FS=0.000;HaplotypeScore=312.8122;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.44;MQ0=1;QD=108.00;SB=-2.272e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,164:200:99:21707,532,0 chrVI 182995 . CAT C 1253.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=285.8316;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.10;MQ0=0;MQRankSum=1.056;QD=13.48;RPA=9,8;RU=AT;ReadPosRankSum=1.310;SB=-5.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:49,41:93:99:1296,114,0 chrVI 191470 . TTTA T 4074 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=449.1986;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.98;MQ0=0;QD=40.74;RPA=2,1;RU=TTA;SB=-1.264e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,89:100:99:4074,259,0 chrVI 193508 . T TA 2276.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.069;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=191.6693;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=0.480;QD=14.69;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.814;SB=-1.126e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,108:155:99:2319,241,0 chrVI 194606 . ATT A 2887.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.167;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=258.3603;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.18;MQ0=0;MQRankSum=1.819;QD=23.48;RPA=12,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.150;SB=-1.317e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,101:123:99:2930,257,0 chrVI 199343 . GTACATTCTCCAAATGTGGTGATATAAACAC G 9104 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=192.9294;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.01;MQ0=0;QD=123.03;SB=-2.930e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,53:74:99:9104,135,0 chrVI 199527 . AT A 2576.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=742.4103;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.57;MQ0=0;QD=25.51;RPA=4,3;RU=T;SB=-7.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,94:101:99:2619,270,0 chrVI 203444 . AC A 4379 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=43.8590;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.15;MQ0=0;QD=34.21;SB=-2.149e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,124:128:99:4379,355,0 chrVI 203706 . G GT 2757.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=236.0513;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.638;QD=19.99;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.550;SB=-1.183e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,118:138:99:2800,319,0 chrVI 204889 . AG A 4003 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=1026.8833;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.68;MQ0=0;QD=29.01;SB=-1.747e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,119:137:99:4003,352,0 chrVI 204901 . CA C 2055.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=1111.6303;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.57;MQ0=0;QD=17.42;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.037e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,99:118:99:2098,260,0 chrVI 210067 . A ATTT 638.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=56.3545;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.89;MQ0=0;MQRankSum=0.763;QD=14.20;RPA=16,19;RU=T;ReadPosRankSum=0.624;SB=-2.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,21:45:68:681,68,0 chrVI 210514 . TAGTCACAGA T 10525 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=293.5420;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.11;MQ0=0;QD=72.59;RPA=2,1;RU=AGTCACAGA;SB=-3.271e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,117:145:99:10525,346,0 chrVI 220315 . A AAGGGG 8904 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;FS=0.000;HaplotypeScore=598.4842;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.69;MQ0=0;QD=54.29;RPA=1,2;RU=AGGGG;SB=-1.419e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,122:164:99:8904,415,0 chrVI 220404 . T TA 2460.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=53.2295;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.16;MQ0=0;QD=23.44;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.212e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,84:105:99:2503,270,0 chrVI 221916 . T TG 4733 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=1094.8209;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.91;MQ0=0;QD=35.86;SB=-1.655e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,117:132:99:4733,373,0 chrVI 221931 . GA G 2776.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=1006.8188;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.35;MQ0=0;QD=23.14;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.094e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,109:120:99:2819,324,0 chrVI 222196 . ACTGGCG A 7833 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=51.2611;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.12;MQ0=1;QD=53.65;RPA=3,2;RU=CTGGCG;SB=-3.520e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,121:145:99:7833,346,0 chrVI 223995 . T TA 870.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.029;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=248.1267;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=0.548;QD=15.84;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=1.298;SB=-2.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,38:55:89:913,89,0 chrVI 224009 . C CA 1169.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.389;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=309.8159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.19;MQ0=0;MQRankSum=0.672;QD=17.46;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.450;SB=-2.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,41:67:99:1212,129,0 chrVI 224135 . T TGCTCC 2676.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=173.0755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.18;MQ0=0;QD=56.96;RPA=1,2;RU=GCTCC;SB=-7.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,33:47:99:2719,123,0 chrVI 224892 . A AGTAG 12526 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=240;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=166.9763;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.63;MQ0=0;QD=52.19;RPA=1,2;RU=GTAG;SB=-6.106e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,197:240:99:12526,623,0 chrVI 224997 . A AG 9191 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=449.5583;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.55;MQ0=0;QD=36.76;SB=-3.222e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,244:250:99:9191,704,0 chrVI 226131 . CAA C 2285.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.692;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=68.2168;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.52;MQ0=0;MQRankSum=1.410;QD=15.24;RPA=15,13;RU=A;ReadPosRankSum=1.692;SB=-6.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,89:150:99:2328,224,0 chrVI 226671 . AG A 2933.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=43.9555;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;QD=32.97;SB=-1.136e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,85:89:99:2976,247,0 chrVI 226825 . AT A 2255.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=556.9119;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.91;MQ0=0;QD=21.08;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.061e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,99:106:99:2298,267,0 chrVI 233626 . C CA 3093.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.130;DP=138;FS=6.877;HaplotypeScore=43.2710;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.92;MQ0=0;MQRankSum=1.750;QD=22.42;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.930;SB=-1.402e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,127:138:99:3136,319,0 chrVI 234207 . G GA 2220.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=157.5209;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;QD=20.76;RPA=8,9;RU=A;SB=-1.126e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,77:107:99:2263,268,0 chrVI 241524 . C CT 2259.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.101;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=56.0184;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.367;QD=17.38;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.333;SB=-1.016e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,88:130:99:2302,217,0 chrVI 242064 . C CTT 3839 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=274.0784;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.84;MQ0=0;QD=29.53;RPA=6,8;RU=T;SB=-1.284e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,116:130:99:3839,337,0 chrVI 245165 . ATT A 4266 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.706;DP=181;FS=0.000;HaplotypeScore=76.1580;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.362;QD=23.57;RPA=12,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.060;SB=-1.031e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,136:180:99:4266,398,0 chrVI 245313 . GC G 4924 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=136.2662;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;QD=33.50;SB=-2.044e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,133:147:99:4924,403,0 chrVI 248918 . AT A 1866.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=104.5378;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.78;MQ0=0;QD=17.78;RPA=9,8;RU=T;SB=-6.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,88:105:99:1909,242,0 chrVI 249979 . TC T 4209 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=467.1405;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.25;MQ0=0;QD=30.95;SB=-1.342e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,122:136:99:4209,346,0 chrVI 250031 . TA T 3530 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=1137.8048;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.86;MQ0=0;QD=25.77;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.447e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,115:137:99:3530,366,0 chrVI 250046 . T TAAC 6520 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=822.5842;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.91;MQ0=0;QD=47.25;SB=-2.843e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,108:138:99:6520,388,0 chrVI 252064 . T TA 3602 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=48.2759;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.91;MQ0=0;QD=23.24;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.693e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,134:155:99:3602,390,0 chrVI 252309 . C CT 2936.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=936.3883;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.84;MQ0=0;QD=23.50;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.251e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,112:125:99:2979,330,0 chrVI 256343 . CT C 2767.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.730;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=415.6948;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.589;QD=18.45;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.129;SB=-1.115e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,128:150:99:2810,336,0 chrVI 258036 . CTGCATCTAA C 13736 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=446.1361;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.06;MQ0=0;QD=96.73;SB=-6.234e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,129:142:99:13736,388,0 chrVI 258735 . TAGTGGTGGTTAAAGAA T 23861 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=178;FS=0.000;HaplotypeScore=77.9538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.59;MQ0=0;QD=134.05;SB=-8.170e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,150:178:99:23861,436,0 chrVI 259963 . A AGGAATCT 8445 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=920.5970;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.63;MQ0=0;QD=72.80;SB=-3.765e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,76:116:99:8445,292,0 chrVI 260324 . C CTAA 7918 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;FS=0.000;HaplotypeScore=283.6408;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.77;MQ0=0;QD=48.28;RPA=1,2;RU=TAA;SB=-3.846e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,149:164:99:7918,446,0 chrVI 262225 . TC T 3741 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=624.0585;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.71;MQ0=0;QD=32.25;SB=-1.673e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:116:99:3741,307,0 chrVI 262258 . AT A 2481.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=1065.6987;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.84;MQ0=0;QD=22.16;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.132e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:55,52:112:99:2524,287,0 chrVI 262949 . C CA 3550 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=213.1343;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.85;MQ0=0;QD=25.36;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.281e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,128:140:99:3550,370,0 chrVI 265378 . C CT,CTT 2197.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.773;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=140.0867;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.699;QD=18.95;RPA=10,11,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.388;SB=-6.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:50,11,50:115:75:2276,1348,1198,186,0,75 chrVI 265477 . G GT 5493 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=213.1766;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=36.87;SB=-2.614e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,147:149:99:5493,415,0 chrVI 267078 . G GT 1130.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=1050.9105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.58;MQ0=0;QD=24.59;RPA=2,3;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,41:46:99:1173,121,0 chrVI 267115 . TA T 603.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=976.6198;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=30.20;RPA=2,1;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60:646,60,0 chrVII 354 . C CGG 253.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=175.6092;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.27;MQ0=0;QD=31.75;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24:296,24,0 chrVII 356 . AATC A 367.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=164.1799;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.27;MQ0=0;QD=46.00;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24:410,24,0 chrVII 475 . CCAT C 589.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=297.0700;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.02;MQ0=0;QD=15.53;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,15:20:54:632,54,0 chrVII 478 . TCTC T 1016.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=254.4109;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.88;MQ0=0;QD=25.42;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,23:20:58:1059,58,0 chrVII 1016 . GA G 5687 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=195;FS=0.000;HaplotypeScore=2851.0695;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.23;MQ0=0;QD=29.16;RPA=3,2;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,179:181:99:5687,502,0 chrVII 6063 . AC A 411.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=104.2055;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.20;MQ0=0;QD=34.33;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36:454,36,0 chrVII 6846 . A AT 1148.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.509;DP=211;DS;FS=15.054;HaplotypeScore=702.1448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.33;MQ0=19;MQRankSum=4.187;QD=5.45;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=-5.662;SB=-5.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:137,73:105:99:1188,0,1624 chrVII 6977 . A AG 2495.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.252;DP=216;FS=0.000;HaplotypeScore=2713.6977;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.04;MQ0=4;MQRankSum=5.238;QD=11.56;RPA=3,4;RU=G;ReadPosRankSum=4.225;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,128:125:99:2535,0,215 chrVII 7303 . TA T 567.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.347;DP=43;FS=4.771;HaplotypeScore=223.5662;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.00;MQ0=2;MQRankSum=1.155;QD=13.21;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.271;SB=-1.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,28:36:64:610,64,0 chrVII 7539 . A AT 1689.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.607;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=452.3768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.50;MQ0=1;MQRankSum=3.178;QD=11.82;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=1.701;SB=-7.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,91:101:99:1729,0,535 chrVII 8026 . CA C 111.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.793;DP=45;FS=28.987;HaplotypeScore=87.4839;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.59;MQ0=26;MQRankSum=-1.461;QD=2.49;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=-1.309;SB=-2.943e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,12:15:99:151,0,104 chrVII 8145 . G GA 97.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=93.1601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=14.35;MQ0=6;QD=3.89;RPA=4,5;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,16:5:15:139,15,0 chrVII 8153 . C CAT 255.02 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.733;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=152.8595;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.78;MQ0=6;MQRankSum=-1.733;QD=8.79;RPA=2,3;RU=AT;ReadPosRankSum=1.271;SB=-8.004e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,19:11:16:294,0,16 chrVII 8188 . CA C 121.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.592;DP=64;FS=7.521;HaplotypeScore=255.9115;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.63;MQ0=36;MQRankSum=-3.592;QD=1.91;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=0.950;SB=-1.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,16:21:99:161,0,255 chrVII 8244 . G GA 492.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.981;DP=112;FS=16.823;HaplotypeScore=801.7554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.02;MQ0=50;MQRankSum=-6.000;QD=4.40;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.028;SB=-7.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,23:57:99:532,0,1070 chrVII 8255 . G GTT 809.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.245;DP=111;FS=22.583;HaplotypeScore=857.6945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.42;MQ0=42;MQRankSum=-5.418;QD=7.30;ReadPosRankSum=-0.025;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,28:59:99:849,0,1466 chrVII 8284 . A ACG 591.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.228;DP=98;FS=37.533;HaplotypeScore=968.3081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.15;MQ0=27;MQRankSum=-4.183;QD=6.04;ReadPosRankSum=0.266;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,24:56:99:631,0,1398 chrVII 8286 . CAG C 465.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.703;DP=91;FS=50.470;HaplotypeScore=763.3395;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.05;MQ0=28;MQRankSum=-3.581;QD=5.12;ReadPosRankSum=1.334;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,25:50:99:505,0,1360 chrVII 8311 . T TC 231.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.190;DP=64;FS=31.410;HaplotypeScore=578.2312;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.16;MQ0=20;MQRankSum=-1.080;QD=3.62;ReadPosRankSum=1.555;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,16:32:99:271,0,416 chrVII 8541 . AAG A 567.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.477;DP=56;FS=38.249;HaplotypeScore=500.4746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.32;MQ0=10;MQRankSum=3.813;QD=10.14;ReadPosRankSum=4.434;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,17:45:99:607,0,1133 chrVII 8549 . A AG 489.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.282;DP=56;FS=27.238;HaplotypeScore=480.6751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.66;MQ0=12;MQRankSum=3.611;QD=8.75;ReadPosRankSum=4.801;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,17:43:99:529,0,713 chrVII 8617 . TTC T 132.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.708;DP=39;FS=32.048;HaplotypeScore=193.1845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.84;MQ0=14;MQRankSum=1.236;QD=3.41;ReadPosRankSum=-2.639;SB=-1.974e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,7:24:99:172,0,736 chrVII 8627 . A AG 65.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.708;DP=38;FS=32.048;HaplotypeScore=163.1373;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.91;MQ0=14;MQRankSum=1.236;QD=1.74;ReadPosRankSum=-2.906;SB=-2.745e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,7:23:99:105,0,544 chrVII 8841 . G GC 2496.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=710.9107;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.29;MQ0=0;QD=28.06;RPA=2,3;RU=C;SB=-6.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,83:88:99:2539,243,0 chrVII 9095 . G GA 4964 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;FS=0.000;HaplotypeScore=303.7116;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.00;MQ0=0;QD=29.55;RPA=2,3;RU=A;SB=-2.217e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,162:168:99:4964,469,0 chrVII 9807 . TA T 2669.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.704;DP=159;FS=4.087;HaplotypeScore=116.2503;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.98;MQ0=0;MQRankSum=1.281;QD=16.79;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.408;SB=-1.016e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,132:159:99:2712,342,0 chrVII 10682 . T TA 1517.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.268;DP=118;FS=39.970;HaplotypeScore=318.9910;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.43;MQ0=20;MQRankSum=0.210;QD=12.86;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=0.108;SB=-3.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,71:91:99:1557,0,99 chrVII 10864 . TC T 921.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=671.4985;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.48;MQ0=1;QD=25.61;SB=-4.000e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:30:75:964,75,0 chrVII 10894 . AT A 342.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=346.2387;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.97;MQ0=3;QD=14.91;RPA=10,9;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,21:19:48:385,48,0 chrVII 11071 . A AT 3685 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=683.4031;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.10;MQ0=10;QD=26.32;RPA=2,3;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,135:124:99:3685,349,0 chrVII 16782 . CT C 2925.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=268.5349;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.74;MQ0=0;QD=22.51;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.106e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,120:130:99:2968,348,0 chrVII 20027 . A AT 1987.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=613.8798;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.04;MQ0=0;QD=27.61;RPA=1,2;RU=T;SB=-4.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,59:72:99:2030,186,0 chrVII 20579 . C CA 2278.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.248;DP=159;FS=2.301;HaplotypeScore=1064.8566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.06;MQ0=0;MQRankSum=0.598;QD=14.33;ReadPosRankSum=1.400;SB=-1.057e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,100:159:99:2321,294,0 chrVII 20824 . T TATGA 4573 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.149;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=594.2861;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.46;MQ0=0;MQRankSum=0.055;QD=41.95;ReadPosRankSum=0.966;SB=-2.064e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,94:109:99:4573,280,0 chrVII 20916 . A AC 2589.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=1392.3770;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.80;MQ0=0;QD=22.52;SB=-1.150e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,91:115:99:2632,328,0 chrVII 23115 . ACACG A 10939 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=207;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=68.9411;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.80;MQ0=0;QD=52.85;RPA=2,1;RU=CACG;SB=-4.276e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,194:207:99:10939,554,0 chrVII 23642 . C CACGACGACGACGACG 9195 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=48.1250;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.08;MQ0=0;QD=87.57;RPA=5,10;RU=ACG;SB=-3.378e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,68:105:99:9195,203,0 chrVII 25552 . TTA T 2886.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=209.0510;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.76;MQ0=0;QD=33.57;RPA=3,2;RU=TA;SB=-1.166e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,77:86:99:2929,226,0 chrVII 32762 . A AT 2876.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=38.4396;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.79;MQ0=0;QD=24.18;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.080e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,111:119:99:2919,300,0 chrVII 43266 . CAAA C 1468.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=101.2269;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=30.60;RPA=15,12;RU=A;SB=-4.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,37:48:99:1511,111,0 chrVII 52694 . C CT 4143 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;FS=0.000;HaplotypeScore=55.9771;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.71;MQ0=0;QD=24.96;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.952e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,160:166:99:4143,436,0 chrVII 61961 . A AT 1606.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.311;DP=96;FS=2.313;HaplotypeScore=337.5570;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.068;QD=16.74;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.879;SB=-7.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,69:96:99:1649,161,0 chrVII 65726 . CATG C 8305 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=179;FS=0.000;HaplotypeScore=486.2971;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.17;MQ0=0;QD=46.40;SB=-3.792e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,166:179:99:8305,490,0 chrVII 69352 . TACACACACACACACAC T 6526 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.644;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=362.3898;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.28;MQ0=0;MQRankSum=0.666;QD=61.57;RPA=17,9;RU=AC;ReadPosRankSum=1.644;SB=-2.062e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:68,36:106:99:6526,110,0 chrVII 69394 . ATC A 3033.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=721.0131;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.91;MQ0=2;QD=37.00;SB=-7.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,81:75:99:3076,220,0 chrVII 74824 . C CT 4189 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.759;DP=207;FS=4.994;HaplotypeScore=243.6654;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.03;MQ0=0;MQRankSum=0.571;QD=20.24;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.591;SB=-1.756e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,169:207:99:4189,434,0 chrVII 75475 . AG A 3452 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=7.743;DP=220;DS;FS=5.310;HaplotypeScore=1954.7036;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.19;MQ0=0;MQRankSum=1.209;QD=15.69;ReadPosRankSum=6.953;SB=-1.691e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,179:220:99:3452,406,0 chrVII 75477 . AGAGAG A 11071 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=7.803;DP=215;DS;FS=2.896;HaplotypeScore=1179.2580;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.289;QD=51.49;ReadPosRankSum=7.398;SB=-5.192e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,179:215:99:11071,346,0 chrVII 75686 . ATGTT A 7624 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=568.4522;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.52;MQ0=0;QD=56.47;SB=-8.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,128:135:99:7624,370,0 chrVII 76620 . CG C 4685 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=186.0283;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.37;MQ0=0;QD=34.20;SB=-2.160e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,135:137:99:4685,391,0 chrVII 76709 . GA G 1559.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.123;DP=115;FS=2.202;HaplotypeScore=190.9934;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=13.56;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.667;SB=-7.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,77:115:99:1602,172,0 chrVII 77930 . AT A 1138.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.932;DP=91;FS=3.680;HaplotypeScore=296.8053;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.54;MQ0=0;MQRankSum=1.496;QD=12.52;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.846;SB=-4.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,58:91:99:1181,142,0 chrVII 84763 . C CT 755.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.972;DP=93;FS=6.633;HaplotypeScore=148.3351;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.46;MQ0=0;MQRankSum=0.260;QD=8.13;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=0.315;SB=-2.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:54,30:93:57:798,57,0 chrVII 87586 . CT C 1390.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=35.2500;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.40;MQ0=0;QD=17.83;RPA=10,9;RU=T;SB=-6.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,63:78:99:1433,182,0 chrVII 87755 . G GT 1459.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.019;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=33.1958;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=1.627;QD=17.59;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.393;SB=-6.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,59:83:99:1502,150,0 chrVII 89346 . C CT 1761.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.639;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=36.4235;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.983;QD=16.94;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.655;SB=-1.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,72:104:99:1804,198,0 chrVII 89490 . GA G 191.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6231;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=12.80;RPA=11,10;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,7:15:30:234,30,0 chrVII 89813 . A AT 461.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=12.3419;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.48;RPA=10,11;RU=T;SB=-2.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,20:25:63:504,63,0 chrVII 89899 . A AC 1314.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.641;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=16.6429;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.730;QD=33.72;ReadPosRankSum=0.365;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,37:39:99:1357,110,0 chrVII 92431 . T TAA 2759.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.739;DP=130;FS=3.044;HaplotypeScore=385.1866;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.17;MQ0=0;MQRankSum=0.470;QD=21.23;RPA=11,13;RU=A;ReadPosRankSum=1.028;SB=-1.340e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,88:130:99:2802,224,0 chrVII 94684 . AT A 2538.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=482.3079;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.56;MQ0=0;QD=19.23;RPA=10,9;RU=T;SB=-1.042e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,117:132:99:2581,329,0 chrVII 98613 . A ATTTTC 8867 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=53.7615;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.81;MQ0=0;QD=59.11;SB=-4.169e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,126:150:99:8867,382,0 chrVII 107991 . G GT 2385.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=26.1629;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;QD=26.51;RPA=3,4;RU=T;SB=-9.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,82:90:99:2428,246,0 chrVII 117640 . AT A 1695.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=187.8439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;QD=20.43;RPA=6,5;RU=T;SB=-8.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,73:83:99:1738,195,0 chrVII 121032 . G GA 1696.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.144;DP=128;FS=1.379;HaplotypeScore=57.8735;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.623;QD=13.26;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.048;SB=-7.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,79:128:99:1739,100,0 chrVII 124375 . G GA 1775.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.429;DP=173;FS=6.820;HaplotypeScore=60.6351;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.049;QD=10.26;RPA=14,15;RU=A;ReadPosRankSum=-0.021;SB=-8.893e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:97,62:173:99:1817,184,0 chrVII 131462 . T TA 4149 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=564.2777;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.02;MQ0=0;QD=25.77;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.541e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,151:161:99:4149,429,0 chrVII 145380 . C CTA 219.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=16.1053;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=21.90;RPA=6,7;RU=TA;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,7:10:21:261,21,0 chrVII 149154 . GT G 3111.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=408.6849;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.23;MQ0=0;QD=21.46;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.483e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,131:145:99:3154,360,0 chrVII 149266 . C CT 2209.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=1181.1218;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.72;MQ0=0;QD=21.67;RPA=6,7;RU=T;SB=-4.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,84:102:99:2252,258,0 chrVII 149286 . TCT T,TT 2679.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=1136.3343;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=29.90;MQ0=0;QD=28.51;SB=-6.554e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:10,0,0:94:96:2758,342,96,418,0,170 chrVII 150208 . CG C 4940 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=1428.1439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.42;MQ0=0;QD=34.79;SB=-1.880e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,139:142:99:4940,403,0 chrVII 150216 . G GTGCA 7229 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=1182.4142;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.82;MQ0=0;QD=56.92;SB=-2.553e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,106:127:99:7229,358,0 chrVII 150559 . A AT 3045.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=171.1523;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.79;MQ0=0;QD=25.17;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.295e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,113:121:99:3088,339,0 chrVII 154579 . TAAA T 2373.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.243;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=81.2835;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.52;MQ0=0;MQRankSum=0.168;QD=24.73;RPA=16,13;RU=A;ReadPosRankSum=1.627;SB=-1.105e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,55:96:99:2416,164,0 chrVII 156105 . GTATATATATGTATATA G 178.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=92.9441;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.74;MQ0=0;QD=4.97;SB=-4.196e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,9:36:9:220,9,0 chrVII 158865 . GCAGCAA G 14444 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=236;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=776.1452;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.05;MQ0=0;QD=61.20;RPA=3,2;RU=CAGCAA;SB=-4.721e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,199:236:99:14444,608,0 chrVII 163031 . CT C 1189.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=33.8566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.79;RPA=5,4;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,42:48:99:1232,135,0 chrVII 163100 . TA T 270.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=19.8510;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.58;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,10:12:30:313,30,0 chrVII 165436 . C CT 4459 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;FS=0.000;HaplotypeScore=629.8284;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.86;MQ0=0;QD=27.02;RPA=3,4;RU=T;SB=-2.063e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,157:165:99:4459,454,0 chrVII 166201 . G GGA 4319 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=342.3889;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.69;MQ0=0;QD=39.99;SB=-2.140e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,100:108:99:4319,306,0 chrVII 167483 . C CT 2899.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=187.7791;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;QD=23.39;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.466e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,113:124:99:2942,330,0 chrVII 167622 . CAA C 889.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.948;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=297.5245;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.10;MQ0=1;MQRankSum=0.270;QD=9.57;RPA=17,15;RU=A;ReadPosRankSum=3.145;SB=-4.539e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:63,18:90:39:932,39,0 chrVII 170636 . C CA 1380.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.437;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=298.2626;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.969;QD=16.06;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=1.462;SB=-5.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,59:86:99:1423,178,0 chrVII 173154 . A ATTG 6449 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=527.3416;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.23;MQ0=0;QD=44.78;RPA=2,3;RU=TTG;SB=-2.575e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,132:144:99:6449,394,0 chrVII 180364 . G GAA 3601 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=480.8440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.09;MQ0=0;QD=25.72;RPA=9,11;RU=A;SB=-1.544e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,96:140:99:3601,331,0 chrVII 180412 . CAA C 6732 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=265.3946;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.10;MQ0=0;QD=41.81;SB=-2.675e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,153:161:99:6732,439,0 chrVII 185677 . A ATG 3689 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=670.3233;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.94;MQ0=0;QD=38.43;SB=-1.682e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,79:96:99:3689,256,0 chrVII 185796 . GA G 1518.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=254.9382;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.81;MQ0=0;QD=20.53;RPA=5,4;RU=A;SB=-5.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,62:71:99:1561,168,0 chrVII 185978 . TC T 1877.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=659.1660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.42;MQ0=0;QD=22.90;SB=-5.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,60:79:99:1920,217,0 chrVII 185989 . GTT G 3202.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=492.1943;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.59;MQ0=0;QD=42.71;SB=-1.134e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,71:75:99:3245,208,0 chrVII 190778 . GAAA G 5603 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.708;DP=182;FS=0.000;HaplotypeScore=76.8223;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.37;MQ0=0;MQRankSum=1.118;QD=30.79;RPA=14,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.970;SB=-1.815e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,144:182:99:5603,402,0 chrVII 192193 . T TTTCTTCTTCTTC 15503 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=213;FS=0.000;HaplotypeScore=553.3732;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.73;MQ0=0;QD=72.78;RPA=6,10;RU=TTC;SB=-5.529e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:134,69:212:99:15503,433,0 chrVII 193646 . A AC 2356.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=229.7545;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.33;MQ0=0;QD=24.81;RPA=6,7;RU=C;SB=-1.177e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,91:95:99:2399,267,0 chrVII 196669 . CT C 3501 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=176.9592;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.21;MQ0=0;QD=24.14;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.112e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,133:145:99:3501,375,0 chrVII 197816 . G GT 2697.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=42.3372;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=20.13;RPA=8,9;RU=T;SB=-1.342e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,111:134:99:2740,326,0 chrVII 204038 . G GA 1180.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.664;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=188.6832;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.84;MQ0=0;MQRankSum=0.618;QD=18.75;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-2.267;SB=-1.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,51:63:99:1223,127,0 chrVII 204597 . TCAAAAATC T 6855 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=335.2132;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.86;MQ0=0;QD=76.17;SB=-2.766e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,75:90:99:6855,223,0 chrVII 204827 . CA C 2275.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=631.7167;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.66;MQ0=0;QD=22.99;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.137e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,92:99:99:2318,270,0 chrVII 204933 . GTTGAAT G 5224 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=589.3999;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.55;MQ0=0;QD=81.63;SB=-1.410e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:64:99:5224,181,0 chrVII 204970 . C CAA 2606.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=971.0810;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.46;MQ0=0;QD=26.60;RPA=1,3;RU=A;SB=-1.022e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,73:98:99:2649,244,0 chrVII 205637 . ATT A 3680 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=286.5002;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.98;MQ0=0;QD=31.19;RPA=6,4;RU=T;SB=-1.303e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,108:110:99:3680,298,0 chrVII 206341 . G GT 1005.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.315;DP=76;FS=2.325;HaplotypeScore=28.5648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=0.982;QD=13.24;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.389;SB=-5.024e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,34:76:96:1048,96,0 chrVII 206497 . TG T 2122.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=209.1660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.09;MQ0=0;QD=29.08;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.052e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,58:73:99:2165,193,0 chrVII 206617 . A ATT 2178.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.501;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=34.0784;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.51;MQ0=0;MQRankSum=1.086;QD=22.94;RPA=10,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.640;SB=-7.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,57:95:99:2221,186,0 chrVII 206912 . GT G 5370 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=519.1724;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.43;MQ0=0;QD=35.80;SB=-2.678e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,141:150:99:5370,412,0 chrVII 208767 . G GTCGGCCGAATTTATAGAAAT 10319 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=35.0088;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.51;MQ0=0;QD=124.33;SB=-3.216e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,17:83:99:10319,181,0 chrVII 210107 . T TA 1620.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=398.0475;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.54;MQ0=0;QD=20.26;RPA=6,7;RU=A;SB=-7.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,70:80:99:1663,189,0 chrVII 213794 . AT A 3125.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=93.8308;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.91;MQ0=0;QD=28.42;SB=-1.511e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,104:110:99:3168,308,0 chrVII 224872 . GTTGTTT G 13035 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=246;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=2085.0566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.82;MQ0=0;QD=52.99;SB=-3.500e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,239:245:99:13035,672,0 chrVII 226332 . GCAT G 12001 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=245;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=242.3091;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.94;MQ0=0;QD=48.98;RPA=2,1;RU=CAT;SB=-5.097e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,235:245:99:12001,704,0 chrVII 245641 . TCAACAACAACAACAACAACAACAA T 11050 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=31.4611;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.87;MQ0=0;QD=115.10;RPA=13,5;RU=CAA;SB=-5.269e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,58:96:99:11050,160,0 chrVII 254321 . C CA 2647.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=929.1128;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.99;MQ0=0;QD=31.90;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.114e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,74:83:99:2690,232,0 chrVII 254373 . T TA 1759.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=983.9037;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.03;MQ0=0;QD=19.13;RPA=3,4;RU=A;SB=-7.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,73:92:99:1802,209,0 chrVII 269178 . T TATTA 829.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=56.1732;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.16;MQ0=0;QD=29.64;SB=-4.079e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,11:28:48:872,48,0 chrVII 269179 . TC T 380.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=101.7082;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.88;MQ0=0;QD=12.70;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,14:30:56:423,56,0 chrVII 270311 . A ATG 2572.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=207.3632;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.92;MQ0=0;QD=24.27;RPA=6,7;RU=TG;SB=-7.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,91:106:99:2615,243,0 chrVII 272322 . GTA G 317.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=24.3033;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.05;MQ0=0;QD=17.66;RPA=7,6;RU=TA;SB=-3.599e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,16:18:30:360,30,0 chrVII 274363 . AC A 3311 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=529.1872;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.39;MQ0=0;QD=25.87;RPA=7,6;RU=C;SB=-1.067e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,116:128:99:3311,345,0 chrVII 274400 . ATTT A 4189 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=580.4654;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.20;MQ0=0;QD=31.50;RPA=13,10;RU=T;SB=-1.875e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,96:133:99:4189,310,0 chrVII 274526 . C CT 1152.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=386.4478;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.01;MQ0=0;QD=17.47;RPA=8,9;RU=T;SB=-2.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,46:66:99:1195,141,0 chrVII 276935 . T TG 6768 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=180;FS=0.000;HaplotypeScore=335.3280;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.75;MQ0=0;QD=37.60;SB=-3.158e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,172:180:99:6768,524,0 chrVII 280081 . G GC 531.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=841.4240;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.64;MQ0=0;QD=11.82;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,39:45:99:574,117,0 chrVII 280085 . G GT 24.11 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;DP=39;DS;FS=7.539;HaplotypeScore=862.0231;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.628;QD=0.62;ReadPosRankSum=-0.017;SB=-7.003e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,38:39:1:62,1,0 chrVII 280087 . TGTTGA T 988.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=762.7091;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=26.03;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:99:1031,114,0 chrVII 280102 . TGAG T 695.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=792.0280;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=18.31;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:76:738,76,0 chrVII 280126 . TGAG T 2116.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.396;DP=95;DS;FS=6.655;HaplotypeScore=2531.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.818;QD=22.28;ReadPosRankSum=2.313;SB=-6.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,44:95:99:2156,0,101 chrVII 280138 . TGAG T 4223 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=12.142;DP=205;FS=5.368;HaplotypeScore=4336.9270;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.31;MQ0=0;MQRankSum=1.244;QD=20.60;ReadPosRankSum=0.988;SB=-1.486e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:115,90:205:99:4223,0,5554 chrVII 280164 . CGCGA C 6672 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.508;DP=250;DS;FS=0.493;HaplotypeScore=4651.6843;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.868;QD=26.69;ReadPosRankSum=-1.125;SB=-2.129e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:149,101:250:99:6672,0,8398 chrVII 280171 . TC T 2366.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=11.062;DP=250;DS;FS=1.667;HaplotypeScore=5072.6478;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.59;MQ0=0;MQRankSum=1.057;QD=9.47;ReadPosRankSum=-2.934;SB=-7.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:146,99:250:99:2406,0,4153 chrVII 280173 . TG T 1844.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=12.072;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=5148.5859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.40;MQ0=0;MQRankSum=0.020;QD=7.38;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=-1.287;SB=-6.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:150,99:250:99:1884,0,3390 chrVII 280176 . T TTGC 8555 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.384;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=4372.5655;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.161;QD=34.22;RPA=1,2;RU=TGC;ReadPosRankSum=0.434;SB=-2.606e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:119,130:249:99:8555,653,0 chrVII 280179 . C CTGT 8616 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.806;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=3851.3349;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.641;QD=34.46;RPA=4,5;RU=TGT;ReadPosRankSum=0.079;SB=-2.689e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:174,76:250:99:8616,604,0 chrVII 280618 . A AT 3606 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=551.0993;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.73;MQ0=0;QD=23.26;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.646e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,139:155:99:3606,387,0 chrVII 281605 . ATTT A 1488.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.648;DP=60;FS=6.585;HaplotypeScore=54.0722;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=1.479;QD=24.82;RPA=15,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.648;SB=-3.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,44:60:99:1531,116,0 chrVII 284086 . G GA 2185.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.084;DP=110;FS=2.957;HaplotypeScore=43.1047;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.97;MQ0=0;MQRankSum=0.361;QD=19.87;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.620;SB=-9.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,96:110:99:2228,227,0 chrVII 286031 . A AT 2212.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=207.6992;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.08;MQ0=0;QD=25.15;RPA=4,5;RU=T;SB=-8.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,86:88:99:2255,240,0 chrVII 286296 . CA C 4020 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=82.2766;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=27.92;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.746e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,140:144:99:4020,409,0 chrVII 287219 . GA G 2525.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=494.4406;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.79;MQ0=0;QD=17.79;RPA=10,9;RU=A;SB=-8.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,124:141:99:2568,326,0 chrVII 287343 . T TA 2941.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=417.0041;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.53;MQ0=0;QD=20.72;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.096e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,115:141:99:2984,342,0 chrVII 288375 . GAT G 4398 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=43.2632;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=33.32;RPA=4,3;RU=AT;SB=-1.581e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,124:132:99:4398,355,0 chrVII 291647 . TA T 2142.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=450.1654;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.47;MQ0=0;QD=18.80;RPA=8,7;RU=A;SB=-9.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,96:114:99:2185,264,0 chrVII 298093 . C CAT 2039.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.030;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=26.0172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=0.977;QD=22.67;RPA=7,8;RU=AT;ReadPosRankSum=-1.801;SB=-1.029e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,66:90:51:2079,0,51 chrVII 301531 . A AT 2813.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=314.4753;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.86;MQ0=0;QD=23.26;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.190e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,109:121:99:2856,303,0 chrVII 303588 . CA C 3107.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=175.7263;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.19;MQ0=0;QD=21.73;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.120e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,130:143:99:3150,369,0 chrVII 307066 . TA T 2388.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=401.5015;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.08;MQ0=0;QD=23.19;RPA=5,4;RU=A;SB=-5.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,89:103:99:2431,264,0 chrVII 310295 . A AATATAT 10601 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;FS=0.000;HaplotypeScore=56.4100;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.00;MQ0=0;QD=63.10;RPA=2,5;RU=AT;SB=-4.991e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,139:166:99:10601,436,0 chrVII 311210 . G GT 8581 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=224;FS=0.000;HaplotypeScore=66.3644;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.08;MQ0=0;QD=38.31;SB=-4.152e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,220:224:99:8581,638,0 chrVII 318676 . T TC 5225 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=242.5412;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;QD=35.07;SB=-1.862e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,135:149:99:5225,400,0 chrVII 319852 . A AT 3721 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=54.2759;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.56;MQ0=0;QD=23.70;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.852e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,146:157:99:3721,420,0 chrVII 320838 . TA T 4882 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;FS=0.000;HaplotypeScore=623.4486;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.21;MQ0=0;QD=29.77;RPA=3,2;RU=A;SB=-2.273e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,158:164:99:4882,451,0 chrVII 321049 . G GAAAA,GAAA 3497 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=923.6502;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=39.44;MQ0=0;QD=30.41;RPA=4,8,7;RU=A;SB=-1.600e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:10,8,82:115:49:3497,515,225,341,0,49 chrVII 323364 . T TGTTTTG 2936.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.819;DP=98;FS=7.259;HaplotypeScore=532.8702;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.68;MQ0=1;MQRankSum=1.311;QD=29.97;ReadPosRankSum=2.614;SB=-1.039e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,43:95:68:2979,68,0 chrVII 323575 . AT A 403.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=294.0208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.33;MQ0=0;QD=19.24;RPA=6,5;RU=T;SB=-7.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,17:21:54:446,54,0 chrVII 323711 . G GTATTTCAT 543.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=104.5867;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.77;MQ0=0;QD=67.89;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,5:8:18:585,18,0 chrVII 323727 . C CA 121.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=94.3910;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.37;MQ0=0;QD=20.20;RPA=2,3;RU=A;SB=-3.075e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,5:6:15:163,15,0 chrVII 323927 . T TTA 429.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=209.9782;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.18;MQ0=0;QD=25.29;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,9:17:33:472,33,0 chrVII 324160 . G GCGCA 2963.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=607.1825;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.53;MQ0=0;QD=52.00;SB=-6.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,46:57:99:3006,163,0 chrVII 324162 . G GCAGG 1821.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=710.4664;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.22;MQ0=0;QD=33.13;SB=-4.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,6:55:99:1864,162,0 chrVII 324207 . CTTTCGCTCATGGCTTAT C 873.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=281.0647;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.54;MQ0=0;QD=48.51;SB=-3.633e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,5:18:15:915,15,0 chrVII 324233 . CCTTTT C 276.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=161.9988;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.75;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=46.02;ReadPosRankSum=0.736;SB=-1.315e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,5:6:1:314,1,0 chrVII 324464 . TA T 1005.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=609.5379;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.78;MQ0=0;QD=21.40;RPA=8,7;RU=A;SB=-2.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,39:47:99:1048,117,0 chrVII 324564 . ACAAT A 956.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.357;DP=47;FS=3.035;HaplotypeScore=615.7948;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.18;MQ0=0;MQRankSum=0.987;QD=20.36;ReadPosRankSum=4.276;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,20:47:99:996,0,244 chrVII 324572 . CAAG C 932.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.967;DP=45;FS=5.439;HaplotypeScore=589.2127;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.14;MQ0=0;MQRankSum=0.682;QD=20.71;ReadPosRankSum=2.679;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,20:45:19:974,19,0 chrVII 325122 . G GA 1577.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=915.2743;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.46;MQ0=0;QD=18.14;RPA=7,8;RU=A;SB=-3.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,74:87:99:1620,191,0 chrVII 325265 . CTTTT C 3295 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=1634.3078;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.19;MQ0=0;QD=34.68;RPA=10,6;RU=T;SB=-9.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,64:95:99:3295,193,0 chrVII 325276 . C CA 2442.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=1545.7379;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.27;MQ0=0;QD=30.92;RPA=1,2;RU=A;SB=-6.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2485,229,0 chrVII 326260 . T TA 224.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=50.1540;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.93;MQ0=0;QD=11.84;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.089e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,17:19:30:267,30,0 chrVII 326625 . C CT 1827.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.334;DP=99;FS=5.347;HaplotypeScore=35.1051;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=0.032;QD=18.46;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=2.400;SB=-7.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,80:99:99:1870,148,0 chrVII 328324 . T TAAAAAGAAAAA 1843.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=237.3462;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.59;MQ0=0;QD=73.76;SB=-9.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,16:25:51:1886,51,0 chrVII 328408 . AC A 568.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=265.9564;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.92;MQ0=0;QD=25.86;RPA=3,2;RU=C;SB=-9.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:22:57:611,57,0 chrVII 328696 . T TTATG 3904 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=426.1671;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.09;MQ0=0;QD=54.22;RPA=1,2;RU=TATG;SB=-1.745e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,56:72:99:3904,196,0 chrVII 328725 . G GA 2505.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=744.4069;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.28;MQ0=0;QD=30.56;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.176e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,78:82:99:2548,238,0 chrVII 341879 . TA T 1184.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=90.4229;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.92;MQ0=0;QD=19.43;RPA=8,7;RU=A;SB=-5.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,56:61:99:1227,150,0 chrVII 345521 . GAA G 6517 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=191;FS=0.000;HaplotypeScore=217.8742;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.32;MQ0=0;QD=34.12;RPA=5,3;RU=A;SB=-3.119e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,179:191:99:6517,508,0 chrVII 346016 . T TA 4858 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=78.7337;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.98;MQ0=0;QD=33.27;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.980e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,142:146:99:4858,406,0 chrVII 349503 . C CA 1157.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.224;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=52.6239;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=1.227;QD=11.82;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-1.084;SB=-6.138e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,64:98:50:1200,50,0 chrVII 350484 . T TCA 1186.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.359;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=1070.8246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.49;MQ0=0;MQRankSum=-2.085;QD=9.97;ReadPosRankSum=5.468;SB=-5.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,44:119:99:1226,0,742 chrVII 350485 . T TATGTTCATATC 8226 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.093;DP=122;FS=1.560;HaplotypeScore=672.5496;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.12;MQ0=0;MQRankSum=-2.036;QD=67.43;ReadPosRankSum=3.458;SB=-3.500e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:78,44:122:99:8226,161,0 chrVII 352895 . GA G 2748.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=243.2663;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.40;MQ0=0;QD=22.35;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.140e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,116:123:99:2791,330,0 chrVII 357322 . AT A 2562.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.905;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=111.2392;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=1.332;QD=27.86;ReadPosRankSum=1.332;SB=-1.181e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,88:92:99:2605,250,0 chrVII 358116 . CAGAAGAAAA C 13459 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=182;FS=0.000;HaplotypeScore=551.2811;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.37;MQ0=0;QD=73.95;SB=-4.887e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,166:182:99:13459,475,0 chrVII 361971 . AT A 1969.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=39.0141;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.46;MQ0=0;QD=17.59;RPA=10,9;RU=T;SB=-1.002e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,96:112:99:2012,257,0 chrVII 365718 . A AATTTGGT 4711 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=249.5108;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.91;MQ0=0;QD=85.65;SB=-1.783e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:55:99:4711,151,0 chrVII 366199 . ATATATAT A 6031 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=559.6240;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.72;MQ0=0;QD=67.01;SB=-2.341e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,59:86:99:6031,235,0 chrVII 368206 . TTC T 8380 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=223;FS=0.000;HaplotypeScore=81.1680;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.61;MQ0=0;QD=37.58;SB=-3.127e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,218:223:99:8380,635,0 chrVII 368551 . G GA 5091 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.521;DP=179;FS=3.227;HaplotypeScore=456.3250;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.098;QD=28.44;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=1.331;SB=-2.373e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,168:179:99:5091,459,0 chrVII 374887 . C CCT 5192 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=85.2019;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.76;MQ0=0;QD=42.91;RPA=1,2;RU=CT;SB=-2.456e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,119:121:99:5192,355,0 chrVII 376066 . AT A 3312 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=257.1062;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.98;MQ0=0;QD=20.44;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.374e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,146:162:99:3312,410,0 chrVII 378026 . AATGATG A 12426 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=223;FS=0.000;HaplotypeScore=332.9497;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.60;MQ0=0;QD=55.72;RPA=6,4;RU=ATG;SB=-5.675e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,180:223:99:12426,530,0 chrVII 379162 . TCAGCAGCAG T 16717 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=216;FS=0.000;HaplotypeScore=70.0006;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.86;MQ0=0;QD=77.39;RPA=8,5;RU=CAG;SB=-7.846e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,168:216:99:16717,506,0 chrVII 383519 . G GTA 6465 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.685;DP=198;FS=0.000;HaplotypeScore=1562.5832;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.524;QD=32.65;RPA=4,5;RU=TA;ReadPosRankSum=1.511;SB=-2.445e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,171:198:99:6465,497,0 chrVII 383535 . G GAC 8586 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=201;FS=0.000;HaplotypeScore=1472.5545;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.40;MQ0=0;QD=42.72;SB=-3.177e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,184:201:99:8586,560,0 chrVII 388854 . AAT A 2946.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=52.1090;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.35;MQ0=0;QD=28.34;SB=-1.254e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,86:104:99:2989,261,0 chrVII 394474 . 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TA T 819.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.141;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=243.0996;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.67;MQ0=0;MQRankSum=1.564;QD=13.23;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.296;SB=-1.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,43:62:99:862,107,0 chrVII 400450 . A AT 172.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.159;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=25.9514;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.869;QD=9.08;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.159;SB=-1.028e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,12:19:11:214,11,0 chrVII 402039 . GA G 662.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.014;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=768.9014;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.51;MQ0=5;MQRankSum=0.457;QD=15.78;ReadPosRankSum=2.766;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,26:35:67:702,0,67 chrVII 402042 . 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AT A 1056.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.612;DP=67;FS=10.682;HaplotypeScore=1646.2352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.10;MQ0=2;MQRankSum=-0.163;QD=15.78;ReadPosRankSum=3.165;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,33:62:99:1096,0,870 chrVII 402518 . G GC 823.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.312;DP=66;FS=3.865;HaplotypeScore=1631.9562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.22;MQ0=6;MQRankSum=-0.483;QD=12.48;ReadPosRankSum=6.245;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,33:57:99:863,0,710 chrVII 402525 . GA G 730.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.069;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=1587.5303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.35;MQ0=6;MQRankSum=-1.296;QD=12.82;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=5.069;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,33:47:99:770,0,314 chrVII 404472 . G GA 844.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=107.9120;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.33;MQ0=3;QD=24.85;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,30:31:84:887,84,0 chrVII 404522 . T TG 767.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=82.5233;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.52;MQ0=0;QD=32.00;RPA=1,2;RU=G;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,23:24:69:810,69,0 chrVII 412208 . CAA C 4382 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=42.5548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.08;MQ0=0;QD=30.43;RPA=9,7;RU=A;SB=-1.423e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,137:144:99:4382,385,0 chrVII 413017 . AGC A 7534 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=192;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=73.5127;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.44;MQ0=1;QD=39.24;RPA=2,1;RU=GC;SB=-3.331e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,185:191:99:7534,542,0 chrVII 413965 . AGA A,AA 3847 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=107.2580;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.88;MQ0=1;QD=25.65;SB=-1.104e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:79,0,0:148:99:3847,1700,1373,562,0,177 chrVII 419519 . GT G 3359 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=169;FS=0.000;HaplotypeScore=293.3187;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.21;MQ0=0;QD=19.88;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.466e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,152:169:99:3359,418,0 chrVII 421669 . T TA 3782 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=301.0979;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.74;MQ0=0;QD=28.65;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.786e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,123:132:99:3782,361,0 chrVII 422403 . A ATT 2807.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=606.7731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.32;MQ0=0;QD=18.97;RPA=11,13;RU=T;SB=-1.188e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:55,71:147:99:2850,296,0 chrVII 422624 . AG A 5307 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=720.8311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.62;MQ0=0;QD=35.38;SB=-2.440e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,138:149:99:5307,406,0 chrVII 423259 . G GA 3629 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=259.2342;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.10;MQ0=0;QD=24.86;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.619e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,135:146:99:3629,382,0 chrVII 423701 . AT A 2704.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=78.4682;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.42;MQ0=0;QD=21.81;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.340e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,110:124:99:2747,309,0 chrVII 428255 . C CT 147.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3328;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.58;MQ0=0;QD=18.50;RPA=11,12;RU=T;SB=-2.397e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24:190,24,0 chrVII 428408 . TTA T 473.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=181.1222;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.38;MQ0=1;QD=12.81;RPA=5,4;RU=TA;SB=-1.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,23:36:42:516,42,0 chrVII 429793 . G GTAC 7593 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.536;DP=195;FS=3.277;HaplotypeScore=814.3784;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.887;QD=38.94;RPA=5,6;RU=TAC;ReadPosRankSum=-0.206;SB=-3.417e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,167:195:99:7593,460,0 chrVII 430869 . A AAGC 7547 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=248;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=852.1423;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.57;MQ0=0;QD=30.43;RPA=5,6;RU=AGC;SB=-2.924e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:89,154:248:99:7547,503,0 chrVII 433202 . G GA 1665.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.433;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=500.8641;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.602;QD=15.57;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.039;SB=-5.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,70:107:99:1708,222,0 chrVII 433681 . CTA C 5238 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=41.8408;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.33;MQ0=3;QD=36.63;RPA=2,1;RU=TA;SB=-1.346e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,131:140:99:5238,391,0 chrVII 434433 . A AT 4660 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=176;FS=0.000;HaplotypeScore=1054.7660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.63;MQ0=0;QD=26.48;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.733e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,165:176:99:4660,475,0 chrVII 434600 . GA G 5405 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=1307.9351;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.58;MQ0=0;QD=35.10;SB=-2.028e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,153:154:99:5405,460,0 chrVII 434708 . TC T 2449.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=1393.7188;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.24;MQ0=0;QD=22.90;SB=-4.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,94:107:99:2492,268,0 chrVII 434947 . AT A 3510 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=237.2694;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.85;MQ0=0;QD=23.72;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.507e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,137:148:99:3510,396,0 chrVII 435398 . CG C 4493 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=524.3551;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.19;MQ0=0;QD=31.42;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.490e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,137:143:99:4493,394,0 chrVII 436559 . G GGA 6223 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=253.3707;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.36;MQ0=0;QD=41.49;SB=-1.768e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,136:150:99:6223,424,0 chrVII 437973 . G GA 1808.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.303;DP=118;FS=3.625;HaplotypeScore=250.8789;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=1.726;QD=15.33;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.137;SB=-8.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,86:118:99:1851,125,0 chrVII 438101 . CT C 2997.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=127.9955;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.83;MQ0=0;QD=23.24;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.417e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,116:129:99:3040,324,0 chrVII 438696 . C CA 1570.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.202;DP=133;FS=4.821;HaplotypeScore=738.8307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.89;MQ0=0;MQRankSum=-2.010;QD=11.81;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.211;SB=-2.696e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,81:133:49:1610,0,49 chrVII 440454 . AAAT A 2133.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.498;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=62.0732;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.281;QD=24.81;ReadPosRankSum=-0.468;SB=-7.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:64,22:86:99:2176,200,0 chrVII 440628 . AG A 2436.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=1042.0577;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.47;MQ0=0;QD=32.07;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.221e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,72:75:99:2479,214,0 chrVII 440764 . G GT 2093.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.507;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=163.9566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.98;MQ0=2;MQRankSum=1.690;QD=21.81;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=-1.732;SB=-6.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,84:93:99:2136,220,0 chrVII 440925 . T TC 2775.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=650.5016;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.07;MQ0=0;QD=28.33;SB=-1.079e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,86:98:99:2818,276,0 chrVII 440967 . TA T 2661.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=501.7062;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.35;MQ0=0;QD=22.37;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.247e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,104:119:99:2704,294,0 chrVII 443342 . A AT 1564.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.149;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=182.2542;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.22;MQ0=0;MQRankSum=0.021;QD=21.44;ReadPosRankSum=2.195;SB=-6.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,52:73:99:1607,148,0 chrVII 465811 . GT G 1434.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.000;DP=96;FS=1.992;HaplotypeScore=41.9975;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.20;MQ0=0;MQRankSum=1.200;QD=14.95;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.466;SB=-6.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,73:96:99:1477,121,0 chrVII 466985 . T TAGA 6112 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=46.7559;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.19;MQ0=0;QD=44.61;RPA=1,2;RU=AGA;SB=-2.728e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,120:137:99:6112,352,0 chrVII 469254 . GTTGTTGTTGTTGTTA G 18121 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=188;FS=0.000;HaplotypeScore=60.7085;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.38;MQ0=0;QD=96.39;SB=-4.799e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,165:188:99:18121,463,0 chrVII 479633 . G GGT 1655.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.071;DP=74;FS=7.194;HaplotypeScore=93.5144;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.309;QD=22.38;RPA=8,9;RU=GT;ReadPosRankSum=-0.690;SB=-6.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,49:74:85:1698,85,0 chrVII 479689 . G GGT 2019.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.597;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=244.0109;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.89;MQ0=0;MQRankSum=1.380;QD=27.67;RPA=5,6;RU=GT;ReadPosRankSum=-0.803;SB=-6.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,56:73:99:2062,106,0 chrVII 484095 . CT C 1640.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.840;DP=126;FS=3.926;HaplotypeScore=73.2671;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.916;QD=13.02;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.053;SB=-7.666e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,87:126:99:1683,140,0 chrVII 487930 . T TA 1379.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.974;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=193.6621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.704;QD=17.04;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=0.108;SB=-6.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,68:81:99:1422,175,0 chrVII 496729 . T TAA,TAAA 858.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=107.2163;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.57;MQ0=0;QD=22.60;RPA=13,15,16;RU=A;SB=-2.448e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:12,7,17:38:76:937,359,280,154,0,76 chrVII 496995 . C CT 256.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=34.2763;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.44;MQ0=0;QD=19.77;RPA=5,6;RU=T;SB=-2.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:33:299,33,0 chrVII 498008 . ATCGGAG A 7746 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=146.6803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=60.52;RPA=3,2;RU=TCGGAG;SB=-1.856e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,107:128:99:7746,319,0 chrVII 508600 . TTATC T 6498 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=189.6174;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.85;MQ0=0;QD=49.98;RPA=2,1;RU=TATC;SB=-3.214e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,95:130:99:6498,334,0 chrVII 508636 . TC T 2309.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=540.7751;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.29;MQ0=0;QD=23.57;RPA=7,6;RU=C;SB=-1.051e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,86:98:99:2352,246,0 chrVII 508694 . T TGA 5448 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=158.9700;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.78;MQ0=0;QD=45.40;SB=-2.500e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,112:120:99:5448,343,0 chrVII 517548 . G GTCA 10743 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=243;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=627.7508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.78;MQ0=0;QD=44.21;RPA=1,2;RU=TCA;SB=-3.254e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,193:243:99:10743,632,0 chrVII 523519 . GTT G 3496 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.701;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=52.4180;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.102;QD=23.78;RPA=12,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.535;SB=-1.724e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,109:147:99:3496,327,0 chrVII 523740 . CA C 3089.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.289;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=823.3652;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.39;MQ0=0;MQRankSum=0.367;QD=19.19;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=1.417;SB=-1.305e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,137:161:99:3132,370,0 chrVII 526675 . C CT 3460 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.627;DP=143;FS=5.408;HaplotypeScore=331.7372;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.14;MQ0=0;MQRankSum=1.102;QD=24.20;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=1.155;SB=-9.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,128:143:99:3460,390,0 chrVII 526818 . TAA T 2196.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=203.9404;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.22;MQ0=0;QD=22.65;RPA=12,10;RU=A;SB=-1.028e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,63:97:99:2239,208,0 chrVII 527617 . AT A 5276 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=495.6235;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.24;MQ0=0;QD=35.89;SB=-1.907e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,143:147:99:5276,424,0 chrVII 528674 . C CG 3083.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=71.5869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=19.52;RPA=5,6;RU=G;SB=-6.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,131:158:99:3126,348,0 chrVII 529602 . TTCA T 12147 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1047.9244;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.97;MQ0=0;QD=48.59;SB=-4.542e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,248:250:99:12147,683,0 chrVII 529936 . TA T 990.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.552;DP=241;DS;FS=3.553;HaplotypeScore=3199.8248;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.27;MQ0=0;MQRankSum=-7.333;QD=4.11;ReadPosRankSum=-4.766;SB=-4.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:165,74:241:99:1030,0,5713 chrVII 529941 . ATC A 1796.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.844;DP=249;DS;FS=2.665;HaplotypeScore=3390.0913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.02;MQ0=0;MQRankSum=-7.991;QD=7.22;ReadPosRankSum=-0.765;SB=-8.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:174,74:249:99:1836,0,5229 chrVII 529943 . C CATCCTCATCCCA 25218 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=246;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1211.7557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.74;MQ0=0;QD=102.51;SB=-9.287e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:99,140:246:99:25218,653,0 chrVII 529977 . CTCCTCATTTTCATCA C 14635 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-13.104;DP=250;DS;FS=55.471;HaplotypeScore=3784.5935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.992;QD=58.54;ReadPosRankSum=12.849;SB=-5.521e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:178,70:250:99:14635,0,3198 chrVII 530377 . G GC 3794 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=133.7728;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.49;MQ0=0;QD=24.64;RPA=6,7;RU=C;SB=-1.474e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,144:154:99:3794,423,0 chrVII 531506 . CACAAATGGAA C 12575 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=33.2186;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.24;MQ0=0;QD=107.48;SB=-5.944e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,105:117:99:12575,313,0 chrVII 535209 . G GTAA 1496.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=68.4742;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.29;MQ0=0;QD=48.29;SB=-4.900e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,26:31:90:1539,90,0 chrVII 535541 . CA C 40.04 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;DP=13;FS=6.990;HaplotypeScore=33.7621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.14;MQ0=2;MQRankSum=0.731;QD=3.08;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=-0.731;SB=-2.563e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,6:11:15:79,0,15 chrVII 545194 . A AG 3635 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=374.2397;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.57;MQ0=0;QD=27.96;RPA=3,4;RU=G;SB=-1.796e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,121:130:99:3635,364,0 chrVII 547489 . A AGG 9366 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=95.9945;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.10;MQ0=0;QD=37.46;RPA=2,4;RU=G;SB=-4.455e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,239:250:99:9366,695,0 chrVII 548070 . CTT C 2043.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.288;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=269.6689;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.652;QD=21.52;RPA=11,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.076;SB=-8.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,77:95:99:2086,189,0 chrVII 555175 . CA C 3146.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=302.1134;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.49;MQ0=0;QD=34.97;SB=-9.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,85:90:99:3189,253,0 chrVII 555222 . T TC 1704.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.163;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=205.6179;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.144;QD=27.95;RPA=1,2;RU=C;ReadPosRankSum=-0.229;SB=-6.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,44:61:99:1747,153,0 chrVII 556068 . A AT 2567.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=227.4948;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=25.43;RPA=5,6;RU=T;SB=-9.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,97:101:99:2610,285,0 chrVII 560115 . C CTA 4108 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=48.4189;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.82;MQ0=0;QD=29.34;RPA=4,5;RU=TA;SB=-1.654e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,109:140:99:4108,325,0 chrVII 561841 . GGT G 1889.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=18.4942;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.38;MQ0=0;QD=30.98;SB=-4.300e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,56:61:99:1932,141,0 chrVII 568357 . C CT 3290 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=44.9387;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.81;MQ0=0;QD=24.01;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.432e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,132:137:99:3290,372,0 chrVII 577405 . AT A 3449 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=191;FS=0.000;HaplotypeScore=74.8498;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.58;MQ0=0;QD=18.06;RPA=10,9;RU=T;SB=-1.481e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,162:191:99:3449,442,0 chrVII 580129 . G GAATAATGAT 12315 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=189;FS=0.000;HaplotypeScore=343.4240;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.16;MQ0=0;QD=65.16;RPA=1,2;RU=AATAATGAT;SB=-4.149e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,140:189:99:12315,391,0 chrVII 582027 . T TA 1089.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=144.7522;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.87;RPA=6,7;RU=A;SB=-4.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,44:61:99:1132,129,0 chrVII 582104 . TC T 1624.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=151.1060;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.17;MQ0=0;QD=25.00;RPA=6,5;RU=C;SB=-3.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,58:65:99:1667,171,0 chrVII 582331 . GA G 2218.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=113.8896;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.54;MQ0=0;QD=23.11;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.106e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,87:96:99:2261,243,0 chrVII 582538 . A AAC 2788.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.563;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=259.4262;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.10;MQ0=0;MQRankSum=0.606;QD=30.65;ReadPosRankSum=0.693;SB=-1.264e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,55:91:99:2831,234,0 chrVII 582696 . C CT 2041.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=28.6175;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;QD=22.69;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.018e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,76:90:99:2084,228,0 chrVII 582806 . A AT 2514.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=272.6584;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.35;MQ0=0;QD=22.06;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.034e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,100:114:99:2557,288,0 chrVII 584200 . A AT 3411 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=227.3737;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.37;MQ0=0;QD=31.58;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.379e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,107:108:99:3411,292,0 chrVII 592741 . CG C 8685 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=239;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=116.0801;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.57;MQ0=0;QD=36.34;SB=-4.300e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,238:239:99:8685,689,0 chrVII 593369 . TATATATATATA T 9681 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=42.4334;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.59;MQ0=0;QD=84.18;SB=-3.635e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,93:115:99:9681,277,0 chrVII 596039 . AC A 6264 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=172;FS=0.000;HaplotypeScore=131.6450;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;QD=36.42;SB=-2.307e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,169:172:99:6264,493,0 chrVII 596337 . AT A 4009 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=439.8302;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.17;MQ0=0;QD=31.08;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.759e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,129:129:99:4009,367,0 chrVII 598939 . C CTCCGTAAGCCG 12512 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=33.4493;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.38;MQ0=0;QD=120.31;SB=-4.382e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:104:99:12512,310,0 chrVII 606005 . A AT 2724.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.608;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=140.9341;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.701;QD=20.18;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.701;SB=-1.106e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,119:135:99:2767,294,0 chrVII 607346 . C CT 3625 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=316.4685;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.43;MQ0=0;QD=31.25;RPA=1,2;RU=T;SB=-9.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,106:116:99:3625,313,0 chrVII 607474 . T TG 2027.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=366.8836;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.29;MQ0=0;QD=29.82;RPA=2,3;RU=G;SB=-6.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,65:68:99:2070,201,0 chrVII 609109 . T TA 669.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.717;DP=65;FS=1.652;HaplotypeScore=42.7469;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=0.813;QD=10.31;RPA=14,15;RU=A;ReadPosRankSum=-0.972;SB=-3.276e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,44:65:9:711,9,0 chrVII 609723 . G GA 1637.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.531;DP=90;FS=3.310;HaplotypeScore=207.5693;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.624;QD=18.20;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.224;SB=-7.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,62:90:99:1680,199,0 chrVII 611510 . CAA C 2111.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=460.9136;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=1.163;QD=20.31;RPA=14,12;RU=A;ReadPosRankSum=-1.112;SB=-1.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,74:104:99:2154,185,0 chrVII 611534 . C CA 1327.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=468.9702;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.11;MQ0=0;QD=17.03;RPA=7,8;RU=A;SB=-5.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,49:78:99:1370,162,0 chrVII 611579 . CT C 268.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.578;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=142.9137;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.349;QD=8.97;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=1.156;SB=-2.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,12:30:32:311,32,0 chrVII 611762 . TATAC T 63.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7986;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=68.12;MQ0=0;QD=12.79;RPA=2,1;RU=ATAC;SB=-4.196e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:9:105,9,0 chrVII 616171 . ATT A,AT 850.99 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.656;DP=130;FS=1.140;HaplotypeScore=73.2195;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=1.000;QD=6.55;RPA=17,15,16;RU=T;ReadPosRankSum=1.164;SB=-4.105e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:53,15,2:130:58:929,532,1008,58,0,111 chrVII 617893 . TC T 4605 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=322.2777;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=31.98;RPA=2,1;RU=C;SB=-1.465e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,135:144:99:4605,388,0 chrVII 621936 . AT A 2978.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=214.3529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.74;MQ0=0;QD=23.46;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.341e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,121:127:99:3021,327,0 chrVII 627706 . C CA 1566.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.050;DP=85;FS=4.393;HaplotypeScore=230.1862;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.525;QD=18.43;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.575;SB=-5.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,78:85:99:1609,172,0 chrVII 630357 . G GC 2978.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=971.9950;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.00;MQ0=0;QD=28.92;SB=-1.183e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,84:103:99:3021,300,0 chrVII 630359 . CA C 2668.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=909.7541;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.63;MQ0=0;QD=28.39;SB=-1.136e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,84:94:99:2711,282,0 chrVII 635565 . TC T 279.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=41.5941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=23.33;RPA=4,3;RU=C;SB=-3.299e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,11:12:30:322,30,0 chrVII 636966 . C CT 2937.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=52.8851;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.33;RPA=8,9;RU=T;SB=-1.256e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,117:152:99:2980,353,0 chrVII 637679 . A AT 1548.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.186;DP=137;FS=6.796;HaplotypeScore=184.5391;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.72;MQ0=0;MQRankSum=1.372;QD=11.31;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=1.633;SB=-6.078e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,70:137:99:1588,0,116 chrVII 639673 . GAAAA G 2369.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.064;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=455.5533;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.788;QD=21.16;RPA=23,19;RU=A;ReadPosRankSum=1.172;SB=-9.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:58,44:112:99:2412,149,0 chrVII 640463 . AT A 3153.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=467.0007;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.44;MQ0=0;QD=23.02;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.267e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,123:137:99:3196,357,0 chrVII 640541 . C CA 4525 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=115.9180;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.49;MQ0=0;QD=30.17;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.931e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,146:150:99:4525,424,0 chrVII 640797 . CT C 2146.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=6.134;DP=158;FS=13.402;HaplotypeScore=1166.2856;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.34;MQ0=0;MQRankSum=2.027;QD=13.59;ReadPosRankSum=4.532;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,130:158:99:2189,240,0 chrVII 640799 . CATT C 4900 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.796;DP=154;FS=11.826;HaplotypeScore=879.1802;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.50;MQ0=0;MQRankSum=0.837;QD=31.82;ReadPosRankSum=4.842;SB=-1.256e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,130:154:99:4900,223,0 chrVII 643888 . AC A 5258 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=182;FS=0.000;HaplotypeScore=55.0848;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.25;MQ0=0;QD=28.89;RPA=4,3;RU=C;SB=-2.419e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,176:182:99:5258,493,0 chrVII 646854 . C CT 3803 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=201.5655;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.04;MQ0=0;QD=27.96;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.211e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,125:136:99:3803,361,0 chrVII 646945 . GA G 2290.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.233;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=211.3006;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=0.999;QD=17.62;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.266;SB=-6.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,106:130:99:2333,286,0 chrVII 647108 . TG T 2991.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=128.9214;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.40;MQ0=0;QD=25.14;RPA=4,3;RU=G;SB=-8.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,107:119:99:3034,289,0 chrVII 649092 . TA T 2516.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=554.3472;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.65;MQ0=0;QD=23.52;RPA=5,4;RU=A;SB=-9.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,94:107:99:2559,276,0 chrVII 649124 . TA T 2421.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=866.6577;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.55;MQ0=0;QD=21.25;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.232e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,105:114:99:2464,291,0 chrVII 649191 . C CGTTT 6543 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=493.3061;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.80;MQ0=0;QD=61.15;SB=-2.982e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,95:107:99:6543,310,0 chrVII 649255 . G GA 1830.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=160.9458;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.32;MQ0=0;QD=20.81;RPA=7,8;RU=A;SB=-8.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,73:88:99:1873,219,0 chrVII 649342 . TA T 2236.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=153.2228;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.07;MQ0=0;QD=21.51;RPA=8,7;RU=A;SB=-7.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,85:104:99:2279,275,0 chrVII 649438 . G GA 1314.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.587;DP=83;FS=1.749;HaplotypeScore=459.9858;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.339;QD=15.84;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.587;SB=-6.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,60:83:86:1357,86,0 chrVII 649464 . A AT 2045.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=88;FS=3.064;HaplotypeScore=560.7816;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.45;MQ0=0;MQRankSum=0.321;QD=23.25;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=-1.689;SB=-1.006e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,75:88:99:2088,217,0 chrVII 649555 . G GTT 1626.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.622;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=264.3735;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.622;QD=15.95;RPA=13,15;RU=T;ReadPosRankSum=-1.643;SB=-5.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:65,28:102:99:1669,175,0 chrVII 650957 . G GAA,GA 1644.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=179.5223;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.46;MQ0=0;QD=17.13;RPA=13,15,14;RU=A;SB=-5.099e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:20,55,15:96:99:1723,302,123,1013,0,839 chrVII 651268 . G GTT 5477 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=663.8176;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.78;MQ0=0;QD=36.27;RPA=3,5;RU=T;SB=-2.138e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,138:151:99:5477,415,0 chrVII 653814 . TA T 2067.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=668.8631;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.67;MQ0=0;QD=18.46;RPA=9,8;RU=A;SB=-9.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,94:112:99:2110,260,0 chrVII 656821 . GT G 2404.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=549.1329;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.52;MQ0=0;QD=22.90;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.020e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,87:105:99:2447,273,0 chrVII 660399 . A ATG 5392 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=480.2825;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.00;MQ0=0;QD=41.80;SB=-1.763e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,119:129:99:5392,364,0 chrVII 660440 . A AT 3465 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=717.7713;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.07;MQ0=0;QD=27.72;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.301e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,112:125:99:3465,328,0 chrVII 660964 . G GA 7978 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=245;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=133.9312;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.90;MQ0=0;QD=32.56;RPA=1,2;RU=A;SB=-3.566e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,235:245:99:7978,674,0 chrVII 661145 . GAACGT G 11545 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=192;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1252.6802;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.40;MQ0=0;QD=60.13;SB=-2.860e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,166:192:99:11545,506,0 chrVII 661205 . AT A 4607 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=1700.7800;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.50;MQ0=0;QD=37.15;SB=-1.469e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,123:124:99:4607,355,0 chrVII 661245 . T TTCC 6051 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=1491.3858;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.12;MQ0=0;QD=48.41;SB=-1.895e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,91:125:99:6051,343,0 chrVII 661427 . T TC 3181.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=255.6307;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.43;MQ0=0;QD=35.36;SB=-1.421e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:90:99:3224,265,0 chrVII 661832 . ATC A 3700 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=147.4222;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=31.09;RPA=2,1;RU=TC;SB=-1.540e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,115:119:99:3700,298,0 chrVII 666167 . C CT 1840.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=102.0815;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.95;MQ0=0;QD=20.92;RPA=8,9;RU=T;SB=-5.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,79:88:99:1883,225,0 chrVII 670014 . CAT C 1500.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=364.3797;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.46;MQ0=0;QD=21.14;RPA=7,6;RU=AT;SB=-7.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,43:71:99:1543,135,0 chrVII 675526 . A AAT 117.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.495;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=41.4568;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.02;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=6.94;RPA=9,10;RU=AT;ReadPosRankSum=0.922;SB=-3.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,5:17:49:157,0,49 chrVII 676489 . G GA 2501.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.470;DP=139;FS=6.061;HaplotypeScore=521.7939;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.923;QD=18.00;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=2.108;SB=-1.232e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,103:139:99:2544,276,0 chrVII 677723 . GA G 2116.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=63.7432;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.29;MQ0=0;QD=19.60;RPA=9,8;RU=A;SB=-9.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,97:108:99:2159,269,0 chrVII 678100 . A AT 1296.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=249.7548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.62;MQ0=0;QD=19.36;RPA=3,4;RU=T;SB=-3.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,54:67:99:1339,138,0 chrVII 678338 . AT A 1965.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.237;DP=114;FS=4.276;HaplotypeScore=295.0562;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.313;QD=17.25;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.047;SB=-7.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,96:114:99:2008,247,0 chrVII 687677 . TG T 4363 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=252.6172;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;QD=33.05;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.896e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,126:132:99:4363,376,0 chrVII 690138 . AG A 4004 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=537.5688;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.94;MQ0=0;QD=31.04;RPA=3,2;RU=G;SB=-1.851e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,124:129:99:4004,361,0 chrVII 694409 . T TAA 5053 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;FS=0.000;HaplotypeScore=55.7989;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.37;MQ0=0;QD=30.81;RPA=7,9;RU=A;SB=-1.647e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,146:164:99:5053,434,0 chrVII 697261 . CAA C 4313 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=37.7236;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.80;MQ0=0;QD=36.24;RPA=5,3;RU=A;SB=-1.958e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,111:119:99:4313,331,0 chrVII 698446 . C CA 3384 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=220.8510;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.30;MQ0=0;QD=38.90;SB=-1.366e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,84:87:99:3384,256,0 chrVII 700000 . A ATT 575.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.310;DP=115;FS=24.073;HaplotypeScore=247.9695;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.84;MQ0=0;MQRankSum=0.210;QD=5.00;RPA=23,25;RU=T;ReadPosRankSum=-0.454;SB=-2.325e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:75,37:111:7:616,7,0 chrVII 701814 . C CTTAACGG 11730 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=180;FS=0.000;HaplotypeScore=60.8048;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.83;MQ0=0;QD=65.17;RPA=1,2;RU=TTAACGG;SB=-3.248e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,137:180:99:11730,403,0 chrVII 702069 . A ATT 3794 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=506.9187;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.43;MQ0=0;QD=32.71;RPA=6,8;RU=T;SB=-1.802e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,106:116:99:3794,316,0 chrVII 702451 . G GA 3848 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=42.6182;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;QD=27.88;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.237e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,128:138:99:3848,367,0 chrVII 702711 . 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G GA 1051.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.085;DP=250;DS;FS=9.069;HaplotypeScore=143.2922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.01;MQ0=51;MQRankSum=1.812;QD=4.21;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=-1.493;SB=-4.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:145,104:152:99:1091,0,1507 chrVII 712998 . AC A 2931.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=377.9002;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.36;MQ0=0;QD=24.85;RPA=8,7;RU=C;SB=-1.317e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,106:118:99:2974,309,0 chrVII 715716 . GAAA G 4540 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.117;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=526.7173;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.53;MQ0=0;MQRankSum=0.923;QD=31.75;RPA=14,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.304;SB=-1.427e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,115:143:99:4540,323,0 chrVII 718139 . T TCGAGGAACACACAAGAAA 6418 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=169;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=54.1750;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.06;MQ0=2;QD=37.98;RPA=1,2;RU=CGAGGAACACACAAGAAA;SB=-2.726e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:122,46:167:99:6418,132,0 chrVII 719963 . AAT A 4855 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=925.1983;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.14;MQ0=0;QD=32.58;RPA=3,2;RU=AT;SB=-2.292e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,137:149:99:4855,388,0 chrVII 720390 . T TACACAAGG 16149 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=171;FS=0.000;HaplotypeScore=406.9911;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.79;MQ0=0;QD=94.44;SB=-4.457e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,138:171:99:16149,491,0 chrVII 724964 . AGAAATTTTTTTCACTAATGAGAAG A 12059 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=275.4635;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.13;MQ0=0;QD=165.19;SB=-3.264e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,54:73:99:12059,159,0 chrVII 725670 . G GTCA 10940 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=219;FS=0.000;HaplotypeScore=198.2724;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.97;MQ0=0;QD=49.95;RPA=1,2;RU=TCA;SB=-4.681e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,207:219:99:10940,623,0 chrVII 726535 . C CTT 1965.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=173.8865;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.45;MQ0=0;QD=18.90;RPA=11,13;RU=T;SB=-8.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,49:104:99:2008,197,0 chrVII 726604 . AC A 3562 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=957.5606;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.55;MQ0=0;QD=37.49;SB=-1.606e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:95:99:3562,277,0 chrVII 726618 . T TTA 4000 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=918.3613;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.06;MQ0=0;QD=38.10;SB=-1.995e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,92:105:99:4000,274,0 chrVII 727060 . TA T 3000.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=187.7348;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.94;MQ0=0;QD=18.99;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.192e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,135:158:99:3043,368,0 chrVII 727338 . GT G 2457.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.962;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=837.8710;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.476;QD=16.84;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.449;SB=-1.249e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,119:141:99:2500,297,0 chrVII 729929 . AT A 3485 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=257.0275;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=26.81;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.396e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,124:130:99:3485,355,0 chrVII 731073 . A AC 3168.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=342.3751;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.76;MQ0=0;QD=29.90;RPA=1,2;RU=C;SB=-1.065e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,95:106:99:3211,283,0 chrVII 733167 . T TTCTTCTTCTCTTCTTCTCTTCTTC 12402 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=200.0468;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.36;MQ0=0;QD=167.59;RPA=1,4;RU=TCTTCTTC;SB=-3.115e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:52,20:74:99:12402,162,0 chrVII 733567 . TA T 4833 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=357.0831;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.83;MQ0=0;QD=30.21;RPA=2,1;RU=A;SB=-2.157e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,142:160:99:4833,406,0 chrVII 735220 . A AT 2676.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=375.5836;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.99;MQ0=0;QD=23.28;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.138e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,98:115:99:2719,288,0 chrVII 735400 . CT C 1880.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.949;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=417.7644;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.35;MQ0=0;MQRankSum=0.907;QD=17.91;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.330;SB=-7.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,90:103:99:1923,227,0 chrVII 736420 . T TAA 2766.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=284.0827;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.56;MQ0=0;QD=43.92;SB=-1.152e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:63:99:2809,178,0 chrVII 736553 . TA T 819.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.155;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=218.9029;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.92;MQ0=0;MQRankSum=1.380;QD=10.93;RPA=15,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.648;SB=-3.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,49:75:97:862,97,0 chrVII 738524 . A AT 3048.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=529.0662;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.38;MQ0=0;QD=32.44;SB=-1.374e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:94:99:3091,255,0 chrVII 738874 . TA T 2577.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.598;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=849.0810;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.97;MQ0=0;MQRankSum=0.084;QD=22.61;ReadPosRankSum=1.564;SB=-1.075e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,97:114:99:2620,304,0 chrVII 738876 . TC T 2524.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.698;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=841.4573;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.31;MQ0=0;MQRankSum=1.460;QD=23.16;ReadPosRankSum=1.664;SB=-1.049e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,97:109:99:2567,286,0 chrVII 739245 . CACTT C 8100 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=1073.5079;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.56;MQ0=0;QD=51.27;RPA=2,1;RU=ACTT;SB=-3.795e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,149:158:99:8100,424,0 chrVII 741881 . CT C 1673.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=25.3821;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.91;MQ0=0;QD=19.69;RPA=7,6;RU=T;SB=-4.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,76:83:99:1716,201,0 chrVII 742247 . A AAG 3545 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=685.2715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.51;MQ0=0;QD=42.20;SB=-1.674e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,82:84:99:3545,244,0 chrVII 745750 . CACA C 4904 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=729.7909;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.29;MQ0=0;QD=44.58;RPA=2,1;RU=ACA;SB=-2.094e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,100:110:99:4904,295,0 chrVII 746575 . CTTTTTTTTTTT C 4073 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.991;DP=94;FS=3.862;HaplotypeScore=439.7967;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.100;QD=43.33;RPA=25,14;RU=T;ReadPosRankSum=2.420;SB=-1.774e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,41:94:32:4073,32,0 chrVII 753296 . AGACGAT A 8443 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=111.5543;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.74;MQ0=0;QD=33.77;RPA=6,5;RU=GACGAT;SB=-2.175e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:97,150:250:99:8443,412,0 chrVII 754390 . C CT 3401 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=253.5673;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=26.57;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.484e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,121:128:99:3401,343,0 chrVII 757682 . A AT 3078.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=241.6441;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.56;MQ0=0;QD=26.09;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.539e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,115:118:99:3121,330,0 chrVII 763406 . A AT 4883 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=581.2657;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.92;MQ0=0;QD=37.85;SB=-2.388e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,123:129:99:4883,373,0 chrVII 763583 . C CAAT 3878 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=277.4276;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.12;MQ0=0;QD=34.63;RPA=2,3;RU=AAT;SB=-6.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,73:112:99:3878,238,0 chrVII 765774 . GA G 594.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=19.8405;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.87;MQ0=1;QD=14.87;RPA=14,13;RU=A;SB=-3.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,33:39:91:637,91,0 chrVII 765920 . CA C 2189.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=78.7162;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.58;MQ0=0;QD=22.81;RPA=7,6;RU=A;SB=-2.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,95:96:99:2232,261,0 chrVII 767446 . G GT 4718 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=174;FS=0.000;HaplotypeScore=431.4003;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.46;MQ0=0;QD=27.11;RPA=3,4;RU=T;SB=-2.285e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,169:174:99:4718,472,0 chrVII 772172 . T TTTTCGGTTCTGCAAC 10558 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=184.3457;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.14;MQ0=0;QD=135.36;SB=-4.619e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:78:99:10558,214,0 chrVII 774766 . CT C 2641.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.701;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=42.4417;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.150;QD=19.72;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.671;SB=-1.130e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,111:134:99:2684,317,0 chrVII 777580 . G GTTTGTTTTA 9449 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=41.4466;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.34;MQ0=0;QD=92.64;SB=-4.532e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,71:102:99:9449,268,0 chrVII 778063 . T TC 2186.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=516.2649;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.56;MQ0=0;QD=30.80;RPA=1,2;RU=C;SB=-8.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,65:71:99:2229,201,0 chrVII 778177 . C CA 2718.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=533.8173;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.38;MQ0=0;QD=24.28;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.195e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,96:112:99:2761,277,0 chrVII 778763 . G GA 2223.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=294.7188;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.74;MQ0=0;QD=20.40;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.011e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,89:108:99:2266,264,0 chrVII 778931 . TC T 3057.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=781.0373;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.98;MQ0=0;QD=32.19;SB=-1.191e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,86:91:99:3100,253,0 chrVII 778937 . AATATT A 5242 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=536.9693;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.31;MQ0=0;QD=58.90;SB=-1.914e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,73:85:99:5242,226,0 chrVII 779694 . C CT 2749.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=374.4669;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.27;MQ0=0;QD=19.23;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.111e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,111:142:99:2792,318,0 chrVII 779788 . AC A 1938.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=800.4937;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.72;MQ0=0;QD=26.93;RPA=5,4;RU=C;SB=-8.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,65:72:99:1981,192,0 chrVII 779839 . GA G 1809.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=704.7436;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.62;MQ0=0;QD=30.68;RPA=2,1;RU=A;SB=-6.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,55:58:99:1852,156,0 chrVII 779845 . C CA 1652.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=706.1479;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.14;MQ0=0;QD=27.55;RPA=2,3;RU=A;SB=-6.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,55:59:99:1695,159,0 chrVII 779886 . GT G 1770.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=602.0449;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.82;MQ0=0;QD=22.70;RPA=6,5;RU=T;SB=-7.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,70:77:99:1813,204,0 chrVII 779991 . GT G 1416.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=409.8129;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.69;MQ0=0;QD=17.49;RPA=9,8;RU=T;SB=-3.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,63:81:99:1459,180,0 chrVII 780065 . C CT 1818.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=441.1364;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.07;MQ0=0;QD=23.93;RPA=5,6;RU=T;SB=-7.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,69:76:99:1861,204,0 chrVII 780146 . TA T 1789.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=433.4301;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.58;MQ0=0;QD=22.10;RPA=6,5;RU=A;SB=-7.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,72:81:99:1832,210,0 chrVII 780355 . T TAG 3633 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=592.3637;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.82;MQ0=0;QD=37.84;RPA=1,2;RU=AG;SB=-1.306e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,82:96:99:3633,256,0 chrVII 780395 . C CA 3501 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=710.9590;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.56;MQ0=0;QD=24.65;RPA=4,5;RU=A;SB=-9.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,128:142:99:3501,370,0 chrVII 780540 . GTC G 6602 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=181;FS=0.000;HaplotypeScore=556.7570;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.64;MQ0=0;QD=36.48;RPA=3,2;RU=TC;SB=-2.320e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,172:181:99:6602,496,0 chrVII 781647 . GA G 1461.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=324.5040;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.66;MQ0=0;QD=18.27;RPA=11,10;RU=A;SB=-4.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,68:80:99:1504,194,0 chrVII 784027 . G GT 1210.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.032;DP=98;FS=1.715;HaplotypeScore=257.1723;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.80;MQ0=0;MQRankSum=2.907;QD=12.36;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=1.012;SB=-5.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,55:98:87:1253,87,0 chrVII 784113 . G GTT 2268.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=261.1670;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.54;MQ0=0;QD=24.66;RPA=12,14;RU=T;SB=-6.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,54:92:99:2311,224,0 chrVII 785333 . G GA 2102.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.989;DP=125;FS=2.126;HaplotypeScore=72.4672;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.248;QD=16.82;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.065;SB=-1.045e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,91:125:99:2145,209,0 chrVII 790386 . C CTA 3646 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.443;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=258.6428;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.25;MQ0=0;MQRankSum=0.632;QD=27.01;RPA=6,7;RU=TA;ReadPosRankSum=0.047;SB=-1.684e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,98:135:99:3646,218,0 chrVII 790438 . T TAA 5186 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=255.7224;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.19;MQ0=1;QD=34.12;RPA=2,4;RU=A;SB=-2.247e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,132:151:99:5186,394,0 chrVII 807204 . G GTCT 6789 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.616;DP=184;FS=1.923;HaplotypeScore=57.2314;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=1.652;QD=36.90;RPA=4,5;RU=TCT;ReadPosRankSum=-1.145;SB=-2.881e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,150:184:99:6789,272,0 chrVII 808485 . TA T 766.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=82.6876;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;QD=18.71;RPA=9,8;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,22:41:99:809,102,0 chrVII 808498 . T TA 585.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.203;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=114.9702;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=1.206;QD=10.65;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.206;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,20:55:55:628,55,0 chrVII 823555 . A AT 2991.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.926;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=524.9697;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=21.84;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=-0.956;SB=-1.439e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,118:137:99:3034,323,0 chrVII 823734 . AT A 1911.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.694;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=199.6226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=0.920;QD=15.93;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.411;SB=-5.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,95:120:99:1954,211,0 chrVII 823785 . CT C 1861.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=153.8652;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.72;MQ0=0;QD=18.44;RPA=9,8;RU=T;SB=-8.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,74:101:99:1904,239,0 chrVII 828719 . A AAT 4701 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=38.3728;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.88;MQ0=0;QD=37.02;SB=-2.049e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,118:127:99:4701,328,0 chrVII 832769 . G GTGCGCC 14475 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=199;FS=0.000;HaplotypeScore=316.4902;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.00;MQ0=0;QD=72.74;SB=-6.409e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,158:199:99:14475,542,0 chrVII 836033 . C CA 5116 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=176;FS=0.000;HaplotypeScore=57.9196;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.25;MQ0=0;QD=29.07;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.658e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,170:176:99:5116,487,0 chrVII 836865 . A AT 917.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.685;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=210.7661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.96;MQ0=0;MQRankSum=0.201;QD=15.56;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.685;SB=-4.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,25:59:99:960,110,0 chrVII 836877 . T TA 1196.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=242.1265;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.02;MQ0=0;QD=18.41;RPA=9,10;RU=A;SB=-4.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,53:65:99:1239,150,0 chrVII 842650 . GT G 4337 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=448.3480;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.63;MQ0=0;QD=30.54;RPA=3,2;RU=T;SB=-2.104e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,129:142:99:4337,391,0 chrVII 845307 . A AT 3056.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=512.9506;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.79;MQ0=0;QD=27.79;SB=-1.462e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:110:99:3099,298,0 chrVII 845880 . TGACCC T 9235 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=725.0849;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.22;MQ0=0;QD=65.04;RPA=2,1;RU=GACCC;SB=-2.885e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,135:142:99:9235,397,0 chrVII 846682 . T TATCA 4180 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=923.4203;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.31;MQ0=0;QD=46.97;RPA=1,2;RU=ATCA;SB=-4.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,74:89:99:4180,208,0 chrVII 846870 . TAA T 2457.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.418;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=243.1875;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.84;MQ0=0;MQRankSum=1.312;QD=28.92;RPA=10,8;RU=A;ReadPosRankSum=1.470;SB=-3.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,79:85:99:2500,209,0 chrVII 848452 . AT A 1580.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.592;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=37.0858;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=0.328;QD=17.57;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.685;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,75:90:99:1623,195,0 chrVII 848540 . GA G 74.04 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.480;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=20.9904;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.480;QD=4.94;RPA=16,15;RU=A;ReadPosRankSum=0.898;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,6:14:15:113,0,15 chrVII 850800 . GA G 803.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.440;DP=76;FS=2.657;HaplotypeScore=64.6887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=1.063;QD=10.58;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=1.731;SB=-3.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,46:76:77:846,77,0 chrVII 856944 . AG A 6609 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=248;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=78.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.55;MQ0=0;QD=26.65;RPA=5,4;RU=G;SB=-2.084e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,230:248:99:6609,649,0 chrVII 858669 . T TA 4189 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=294.2505;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.13;MQ0=0;QD=32.98;RPA=1,2;RU=A;SB=-9.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,127:127:99:4189,364,0 chrVII 859452 . G GCA 6015 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.971;DP=203;FS=8.557;HaplotypeScore=84.4572;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.569;QD=29.63;RPA=6,7;RU=CA;ReadPosRankSum=-0.339;SB=-2.780e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,163:201:99:6015,278,0 chrVII 866055 . TA T 2858.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=34.0172;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.49;MQ0=0;QD=25.76;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.240e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,103:111:99:2901,303,0 chrVII 870130 . G GT 2275.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.475;DP=105;FS=2.983;HaplotypeScore=254.0213;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.244;QD=21.68;ReadPosRankSum=-0.013;SB=-1.068e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,87:105:99:2318,262,0 chrVII 874249 . ATTC A 5007 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=33.6400;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.22;MQ0=0;QD=43.16;RPA=2,1;RU=TTC;SB=-1.807e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,109:116:99:5007,292,0 chrVII 876474 . TTTC T 2814.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=32.5434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.01;MQ0=0;QD=42.01;SB=-4.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,61:64:99:2857,181,0 chrVII 878684 . GA G 1399.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.095;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=440.7350;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.956;QD=14.58;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=2.033;SB=-5.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:59,34:96:99:1442,175,0 chrVII 878701 . A AT 2745.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=319.6057;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.75;MQ0=0;QD=27.46;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.231e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:52,46:100:99:2788,249,0 chrVII 879568 . G GA 1674.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=139.0242;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.71;MQ0=0;QD=18.61;RPA=7,8;RU=A;SB=-8.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,70:90:99:1717,198,0 chrVII 880029 . ATT A 5261 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=56.4685;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.29;MQ0=0;QD=32.68;RPA=7,5;RU=T;SB=-2.171e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,150:161:99:5261,436,0 chrVII 882240 . ATATGAGC A 8818 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=39.5030;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.28;MQ0=0;QD=72.28;SB=-3.281e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,110:122:99:8818,316,0 chrVII 885740 . A AT 2792.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.966;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=451.7346;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.19;MQ0=0;MQRankSum=1.496;QD=21.00;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=2.192;SB=-1.404e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,120:133:99:2835,333,0 chrVII 885994 . GAT G 4186 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=493.5616;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.78;MQ0=0;QD=27.36;RPA=6,5;RU=AT;SB=-2.072e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,128:153:99:4186,349,0 chrVII 887887 . T TA 5193 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=42.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.63;MQ0=0;QD=35.57;SB=-2.583e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,142:146:99:5193,400,0 chrVII 888108 . TG T 2799.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=860.4231;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.55;MQ0=0;QD=27.45;RPA=4,3;RU=G;SB=-9.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,92:102:99:2842,274,0 chrVII 888552 . G GAA 633.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=305.5941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.57;MQ0=0;QD=24.38;RPA=2,4;RU=A;SB=-1.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,14:26:63:676,63,0 chrVII 888556 . A ATATATATG 1823.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.037;DP=32;FS=13.780;HaplotypeScore=344.4311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.83;MQ0=0;MQRankSum=0.648;QD=56.97;ReadPosRankSum=2.013;SB=-3.432e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,14:32:16:1865,16,0 chrVII 888577 . TA T 1366.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=474.5215;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.88;MQ0=0;QD=29.72;RPA=2,1;RU=A;SB=-2.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,45:46:99:1409,126,0 chrVII 894236 . CA C 3497 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=180;FS=0.000;HaplotypeScore=124.6455;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.16;MQ0=0;QD=19.43;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.746e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,163:180:99:3497,434,0 chrVII 904952 . AT A 4157 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=98.2788;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.10;MQ0=1;QD=30.12;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.752e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,136:137:99:4157,382,0 chrVII 905227 . C CA 3679 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=196;FS=0.000;HaplotypeScore=555.1164;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;QD=18.77;RPA=8,9;RU=A;SB=-1.123e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,150:196:99:3679,442,0 chrVII 908884 . T TA 4742 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=563.7848;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.69;MQ0=0;QD=34.87;SB=-1.735e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,130:136:99:4742,382,0 chrVII 908890 . GTT G 4218 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=633.7786;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.10;MQ0=0;QD=29.09;RPA=8,6;RU=T;SB=-1.396e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,123:145:99:4218,355,0 chrVII 910112 . CTTTTTTT C,CT 1760.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.019;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=140.0668;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.96;MQ0=0;MQRankSum=1.189;QD=17.44;RPA=24,17,18;RU=T;ReadPosRankSum=1.657;SB=-4.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:69,19,0:101:99:1839,411,483,197,0,146 chrVII 911769 . T TAA 2112.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=133.6079;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.62;MQ0=0;QD=23.74;RPA=9,11;RU=A;SB=-6.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,70:89:99:2155,199,0 chrVII 920086 . T TA 2112.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=319.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;QD=20.72;RPA=6,7;RU=A;SB=-9.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,80:102:99:2155,246,0 chrVII 920124 . A AT 3882 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=375.1722;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.33;MQ0=0;QD=33.76;SB=-1.587e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,113:115:99:3882,307,0 chrVII 920914 . G GAA,GAAA 1761.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=138.4055;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.48;MQ0=0;QD=20.98;RPA=11,13,14;RU=A;SB=-8.332e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:16,51,8:84:66:1840,250,66,914,0,791 chrVII 922075 . AT A 4252 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=702.8389;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.52;MQ0=0;QD=28.35;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.748e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,145:150:99:4252,427,0 chrVII 930949 . A AAAAGG 4280 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=419.2356;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.97;MQ0=0;QD=50.35;SB=-1.343e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,52:85:99:4280,195,0 chrVII 931063 . G GT 2554.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=416.0752;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.38;MQ0=0;QD=24.81;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.229e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,97:103:99:2597,273,0 chrVII 931280 . TG T 1024.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.172;DP=57;FS=46.119;HaplotypeScore=221.1642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.43;MQ0=22;MQRankSum=-1.517;QD=17.98;ReadPosRankSum=0.359;SB=-3.015e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:34:28:1064,0,28 chrVII 932019 . A AAT 210.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;HaplotypeScore=12.3848;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.84;MQ0=0;QD=42.05;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:252,15,0 chrVII 939703 . AT A 3303 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=895.9649;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.65;MQ0=0;QD=26.01;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.422e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,109:127:99:3303,339,0 chrVII 939794 . AT A 1998.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.501;DP=116;FS=3.522;HaplotypeScore=153.4449;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.424;QD=17.23;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.308;SB=-8.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,92:116:99:2041,244,0 chrVII 940845 . CAT C 3120.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=35.4609;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.93;MQ0=0;QD=26.67;RPA=6,5;RU=AT;SB=-1.116e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,99:117:99:3163,265,0 chrVII 947127 . G GAA 2505.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=148.9719;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.85;MQ0=0;QD=26.95;RPA=9,11;RU=A;SB=-1.111e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,69:92:99:2548,233,0 chrVII 947344 . G GA 3410 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=187.1724;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.31;MQ0=0;QD=25.07;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.364e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,128:136:99:3410,375,0 chrVII 949059 . CT C 1237.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=281.9891;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.69;MQ0=0;QD=19.34;RPA=7,6;RU=T;SB=-2.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,54:64:99:1280,150,0 chrVII 949254 . T TATATATATAC 254.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1957;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.00;MQ0=0;QD=16.95;SB=-1.333e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,7:15:15:296,15,0 chrVII 951885 . AG A 3789 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=238.6079;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.34;MQ0=0;QD=34.14;SB=-1.359e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,106:111:99:3789,304,0 chrVII 953791 . G GCA 5027 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=1095.5866;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.27;MQ0=0;QD=34.91;RPA=2,3;RU=CA;SB=-2.244e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,124:144:99:5027,379,0 chrVII 953920 . T TA 4632 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=174;FS=0.000;HaplotypeScore=1181.2139;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.23;MQ0=0;QD=26.62;RPA=3,4;RU=A;SB=-2.138e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,164:174:99:4632,469,0 chrVII 957467 . G GTTA 3705 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=239.5387;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.26;MQ0=0;QD=33.38;RPA=3,4;RU=TTA;SB=-1.738e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,96:111:99:3705,268,0 chrVII 959202 . A AT 3089.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=83.8005;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.78;MQ0=0;QD=21.91;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.343e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,128:141:99:3132,345,0 chrVII 963056 . G GT 4606 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=50.8978;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.66;MQ0=0;QD=34.63;RPA=1,2;RU=T;SB=-2.233e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,131:133:99:4606,382,0 chrVII 968722 . ATT A 3509 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.607;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=229.6588;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.25;MQ0=0;MQRankSum=0.743;QD=23.87;RPA=12,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.100;SB=-8.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,106:147:99:3509,326,0 chrVII 968778 . GA G 1935.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=377.6289;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.34;MQ0=0;QD=18.09;RPA=10,9;RU=A;SB=-7.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,88:107:99:1978,251,0 chrVII 968902 . T TG 3414 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.218;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=61.8979;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.638;QD=28.45;ReadPosRankSum=0.851;SB=-1.130e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,85:120:99:3414,275,0 chrVII 970657 . G GA 2401.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=27.8298;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.31;MQ0=0;QD=24.51;RPA=5,6;RU=A;SB=-8.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,96:98:99:2444,267,0 chrVII 973759 . T TA 3843 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=370.3632;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.42;MQ0=0;QD=33.71;SB=-1.887e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:114:99:3843,307,0 chrVII 974135 . G GA 959.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.652;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=114.1370;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.84;MQ0=0;MQRankSum=0.604;QD=15.74;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.766;SB=-5.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,49:61:99:1002,103,0 chrVII 977255 . T TA 2187.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.796;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=74.6387;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=1.401;QD=16.58;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.255;SB=-9.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,88:132:99:2230,170,0 chrVII 977899 . TAA T 550.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=83.0716;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.47;MQ0=0;QD=18.37;RPA=14,12;RU=A;SB=-1.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,20:30:60:593,60,0 chrVII 979753 . C CTCTAG 11123 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=167;FS=0.000;HaplotypeScore=164.4485;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.51;MQ0=0;QD=66.60;SB=-4.634e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,137:167:99:11123,454,0 chrVII 987105 . G GT 1697.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.091;DP=149;FS=7.994;HaplotypeScore=185.8912;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=2.319;QD=11.40;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.030;SB=-6.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:79,59:149:99:1740,109,0 chrVII 987321 . T TC 2428.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=269.7472;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.20;MQ0=0;QD=25.57;RPA=4,5;RU=C;SB=-1.062e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,85:95:99:2471,261,0 chrVII 987689 . G GA 2226.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=174.8374;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.47;MQ0=0;QD=23.20;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.048e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,91:96:99:2269,255,0 chrVII 988894 . CCAG C 6737 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=202;FS=0.000;HaplotypeScore=1498.1033;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.66;MQ0=0;QD=33.35;RPA=7,6;RU=CAG;SB=-3.182e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,155:202:99:6737,468,0 chrVII 989675 . AT A 648.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.528;DP=88;FS=4.919;HaplotypeScore=116.5180;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.629;QD=7.37;RPA=16,15;RU=T;ReadPosRankSum=0.469;SB=-3.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,40:88:75:688,0,75 chrVII 992297 . TTC T 4070 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=1864.6968;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.12;MQ0=0;QD=29.07;SB=-1.673e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,107:140:99:4070,328,0 chrVII 992301 . ATGCCACATGAACCC A 16600 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=592.9786;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.79;MQ0=0;QD=145.61;SB=-6.640e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,107:114:99:16600,342,0 chrVII 995086 . AT A 2970.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=551.3653;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.24;MQ0=0;QD=29.13;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.098e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,95:102:99:3013,271,0 chrVII 996829 . C CA 3121.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=193.5383;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.78;MQ0=0;QD=25.38;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.113e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,119:123:99:3164,333,0 chrVII 999847 . C CA 5078 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=202;FS=0.000;HaplotypeScore=290.1835;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.06;MQ0=0;QD=25.14;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.972e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,192:202:99:5078,535,0 chrVII 1004519 . T TAAATATATAC 568.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=31.0846;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.53;MQ0=0;QD=51.73;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:11:27:611,27,0 chrVII 1006142 . AC A 3783 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=809.2398;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.37;MQ0=0;QD=32.33;SB=-1.719e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:117:99:3783,331,0 chrVII 1006278 . CG C 3573 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.279;DP=159;FS=2.250;HaplotypeScore=857.1388;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.49;MQ0=0;MQRankSum=1.054;QD=22.47;ReadPosRankSum=3.337;SB=-8.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:115,40:159:99:3573,426,0 chrVII 1010897 . C CTTT,CTT 1649.35 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.367;DP=105;FS=4.339;HaplotypeScore=359.0075;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=52.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.138;QD=15.71;RPA=13,16,15;RU=T;ReadPosRankSum=-0.444;SB=-3.584e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:71,20,5:102:46:1727,139,46,797,0,676 chrVII 1010962 . G GA 1011.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.386;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=318.0681;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.50;MQ0=0;MQRankSum=1.247;QD=16.32;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.386;SB=-4.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,39:62:99:1054,130,0 chrVII 1010989 . G GA 718.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.566;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=367.3047;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.090;QD=10.73;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.531;SB=-3.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,26:67:67:761,67,0 chrVII 1011178 . T TTC 2826.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.553;DP=117;FS=4.142;HaplotypeScore=828.4051;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.22;MQ0=0;MQRankSum=-2.352;QD=24.16;RPA=4,5;RU=TC;ReadPosRankSum=1.953;SB=-5.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,80:117:86:2869,86,0 chrVII 1011803 . GTTT G 1672.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.281;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=126.1616;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.356;QD=30.42;RPA=15,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.657;SB=-2.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,40:54:99:1715,115,0 chrVII 1012220 . A ATT 2170.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.476;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=50.2020;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.47;MQ0=0;MQRankSum=0.953;QD=23.10;RPA=10,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.779;SB=-9.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,56:94:99:2213,199,0 chrVII 1012425 . TA T 1791.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.106;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=85.0607;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=1.482;QD=15.06;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.647;SB=-6.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,83:119:99:1834,223,0 chrVII 1014104 . A AC 2358.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=213.0736;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.00;MQ0=0;QD=27.11;RPA=3,4;RU=C;SB=-5.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,80:87:99:2401,240,0 chrVII 1017880 . TAAA T 5859 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=46.1729;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.77;MQ0=0;QD=43.08;RPA=4,1;RU=A;SB=-2.109e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,130:136:99:5859,346,0 chrVII 1022224 . CT C 3208.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=1310.4285;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.27;MQ0=0;QD=30.86;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.410e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,102:104:99:3251,278,0 chrVII 1022231 . CCTTTTGAA C 8985 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=711.2152;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.38;MQ0=0;QD=89.85;SB=-3.865e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,87:100:99:8985,268,0 chrVII 1024876 . G GA 1296.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.631;DP=96;FS=1.829;HaplotypeScore=47.7237;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.651;QD=13.51;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.486;SB=-4.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,59:96:89:1339,89,0 chrVII 1024993 . A ATTT 3597 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=175.4778;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.32;MQ0=0;QD=29.73;RPA=11,14;RU=T;SB=-1.121e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,85:121:99:3597,292,0 chrVII 1030807 . ACTG A 6602 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=310.0066;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.37;MQ0=0;QD=48.19;SB=-3.225e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,132:137:99:6602,370,0 chrVII 1031609 . GTA G 3443 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=264.0201;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.83;MQ0=1;QD=30.20;RPA=4,3;RU=TA;SB=-1.401e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,98:113:99:3443,274,0 chrVII 1050199 . G GA 1455.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.626;DP=89;FS=2.723;HaplotypeScore=88.8548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.236;QD=16.36;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.153;SB=-5.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,54:89:99:1498,166,0 chrVII 1050785 . ATT A 3456 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.427;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=51.1793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.67;MQ0=0;MQRankSum=0.288;QD=27.00;RPA=11,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.668;SB=-1.367e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,108:128:99:3456,313,0 chrVII 1051813 . AT A 1433.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=113.8430;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=15.59;RPA=12,11;RU=T;SB=-6.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,46:92:99:1476,201,0 chrVII 1061618 . CT C 3592 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;FS=0.000;HaplotypeScore=224.0138;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;QD=21.38;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.625e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,140:168:99:3592,420,0 chrVII 1067115 . CA C 2552.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=318.4491;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.16;MQ0=0;QD=18.63;RPA=10,9;RU=A;SB=-1.068e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,116:137:99:2595,323,0 chrVII 1069273 . CG C 4802 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=370.4230;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.31;MQ0=0;QD=32.45;SB=-2.097e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,137:148:99:4802,418,0 chrVII 1073937 . CA C 1022.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.655;DP=92;FS=4.885;HaplotypeScore=49.7174;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.155;QD=11.12;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=2.536;SB=-3.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,52:92:45:1065,45,0 chrVII 1079364 . A AG 3102.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-11.294;DP=250;DS;FS=94.332;HaplotypeScore=798.9987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.72;MQ0=22;MQRankSum=-0.570;QD=12.41;RPA=2,3;RU=G;ReadPosRankSum=-3.684;SB=-7.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,163:200:99:3142,0,1537 chrVII 1079540 . AC A 2196.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.929;DP=246;DS;FS=0.560;HaplotypeScore=782.2182;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.36;MQ0=16;MQRankSum=-2.340;QD=8.93;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=1.847;SB=-9.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,145:184:99:2236,0,2751 chrVII 1080716 . G GAAAA 1030.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.055;DP=177;FS=58.841;HaplotypeScore=453.6455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.46;MQ0=15;MQRankSum=-2.397;QD=5.82;RPA=4,8;RU=A;ReadPosRankSum=-1.938;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:119,30:107:99:1070,0,3613 chrVII 1081039 . ATTT AT,A 3762 filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.848;DP=235;DS;FS=3.071;HaplotypeScore=285.8576;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=40.20;MQ0=18;MQRankSum=1.015;QD=16.01;RPA=16,14,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.036;SB=-1.799e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:92,0,32:203:99:3762,661,378,1901,0,2059 chrVII 1082736 . T TAGTGAGATGGC 5697 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.242;DP=228;DS;FS=48.396;HaplotypeScore=587.8162;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.77;MQ0=0;MQRankSum=-5.565;QD=24.99;RPA=1,2;RU=AGTGAGATGGC;ReadPosRankSum=3.355;SB=-2.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:128,100:133:99:5697,0,5346 chrVII 1083000 . CT C 1736.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=1298.5874;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.59;MQ0=0;QD=26.32;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,49:62:99:1779,166,0 chrVII 1083455 . GT G 1575.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.612;DP=139;FS=163.436;HaplotypeScore=1588.6047;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.12;MQ0=0;MQRankSum=1.002;QD=11.34;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=4.661;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,74:131:99:1615,0,1377 chrVII 1084031 . A AT 2222.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.209;DP=247;DS;FS=132.621;HaplotypeScore=3468.1602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.74;MQ0=9;MQRankSum=1.146;QD=9.00;ReadPosRankSum=-6.349;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:171,75:209:99:2262,0,4129 chrVII 1084039 . A AG 1545.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.934;DP=230;DS;FS=84.991;HaplotypeScore=3544.2923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.90;MQ0=12;MQRankSum=0.789;QD=6.72;ReadPosRankSum=-0.783;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:154,75:190:99:1585,0,3253 chrVII 1084040 . T TG 1335.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.250;DP=232;DS;FS=78.613;HaplotypeScore=3597.8440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.88;MQ0=12;MQRankSum=1.665;QD=5.76;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=0.937;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:153,75:191:99:1375,0,2900 chrVII 1084052 . ATTAGAGTGGCAGGG A,ATAGAGTGGCAGGG 5959 filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.524;DP=241;DS;FS=67.854;HaplotypeScore=2806.7464;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=24.58;MQ0=8;MQRankSum=1.247;QD=24.73;ReadPosRankSum=2.447;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:25,0,0:169:99:5959,5017,18697,1158,0,841 chrVII 1084142 . CA C 7110 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=239;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=2321.2411;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.38;MQ0=2;QD=29.75;RPA=2,1;RU=A;SB=-7.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,230:208:99:7110,617,0 chrVII 1084213 . CA C 2360.96 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=2056.2284;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.48;MQ0=0;QD=19.51;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,85:108:99:2403,228,0 chrVII 1084216 . G GTTA 3390 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1544.5871;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.05;MQ0=0;QD=39.88;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,82:76:99:3390,229,0 chrVII 1084223 . ATGT ACTGT,A 1443.94 SnpCluster;filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=88;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1802.4639;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=26.03;MQ0=0;QD=16.41;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:21,0,21:79:99:1522,756,609,491,0,556 chrVII 1084225 . GTGG GATGG,G 1748.94 SnpCluster;filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=57;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1296.0678;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=26.15;MQ0=0;QD=30.68;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:36,0,0:55:99:1827,1078,1061,800,0,1079 chrVII 1084263 . TGG T 432.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=601.9771;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.51;MQ0=0;QD=20.62;RPA=4,2;RU=G;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,13:20:39:475,39,0 chrVIII 5082 . CACA C 2197.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.082;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=1691.7973;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=15.27;MQ0=0;MQRankSum=2.097;QD=24.15;ReadPosRankSum=-1.258;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,48:58:52:2240,52,0 chrVIII 5111 . TTG T 1982.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.654;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=2683.9183;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=15.24;MQ0=0;MQRankSum=1.682;QD=14.69;ReadPosRankSum=1.834;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,65:88:99:2022,0,954 chrVIII 5152 . A AC 931.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.414;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=2007.4920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=15.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.784;QD=10.59;ReadPosRankSum=-1.578;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,32:57:99:971,0,377 chrVIII 5154 . ACCAC A 1430.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.303;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=1252.0942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=14.84;MQ0=0;MQRankSum=0.433;QD=21.04;ReadPosRankSum=-1.646;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,32:41:99:1470,0,475 chrVIII 5680 . TA T 257.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.949;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=174.4287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.92;MQ0=6;MQRankSum=-0.036;QD=4.23;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=-3.873;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,15:23:99:297,0,204 chrVIII 5867 . A AGGTTTT 1333.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.181;DP=64;FS=89.463;HaplotypeScore=542.1374;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.12;MQ0=0;MQRankSum=0.076;QD=20.84;ReadPosRankSum=2.963;SB=0.134 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,19:39:99:1373,0,1198 chrVIII 5933 . A ATT 1283.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=456.1448;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.07;MQ0=0;QD=40.12;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:29:84:1326,84,0 chrVIII 7237 . GATGA G 370.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=1006.1124;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.53;MQ0=0;QD=16.09;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:22:21:412,21,0 chrVIII 7942 . C CTT 618.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=353.6842;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.29;MQ0=0;QD=22.92;RPA=9,11;RU=T;SB=-2.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,19:27:60:661,60,0 chrVIII 8308 . A AT 2480.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=784.3008;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.03;MQ0=0;QD=23.86;RPA=6,7;RU=T;SB=-9.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,96:104:99:2523,285,0 chrVIII 10240 . C CT 3488 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.348;DP=152;FS=3.475;HaplotypeScore=640.0114;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=0.411;QD=22.95;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=2.227;SB=-1.559e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,133:152:99:3488,401,0 chrVIII 11853 . C CA 1382.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.593;DP=113;FS=12.234;HaplotypeScore=347.4884;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.59;MQ0=0;MQRankSum=0.525;QD=12.24;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.365;SB=-6.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,75:99:99:1425,100,0 chrVIII 11865 . CTTT C 2195.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=320.6911;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.48;MQ0=0;QD=18.45;RPA=12,9;RU=T;SB=-1.056e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,84:83:99:2238,165,0 chrVIII 12488 . A AT 491.98 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.309;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=722.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.02;MQ0=1;MQRankSum=1.833;QD=16.40;RPA=3,4;RU=T;ReadPosRankSum=-2.008;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,26:25:23:531,0,23 chrVIII 12540 . T TC 2154.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=1707.6679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.41;MQ0=0;QD=36.52;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,57:58:99:2197,169,0 chrVIII 12558 . AG A 1950.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=1683.1286;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.84;MQ0=0;QD=31.98;RPA=2,1;RU=G;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,55:60:99:1993,171,0 chrVIII 13000 . G GA 2366.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=450.0731;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.30;MQ0=0;QD=23.21;SB=-1.119e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,95:102:99:2409,279,0 chrVIII 13116 . A ATGGTATTAATAGT 6133 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=43.4121;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.80;MQ0=0;QD=59.54;RPA=1,2;RU=TGGTATTAATAGT;SB=-2.108e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:68,34:103:99:6133,156,0 chrVIII 15408 . TG T 2930.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=88.2394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.208;QD=24.84;ReadPosRankSum=-0.346;SB=-1.333e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,113:118:99:2973,297,0 chrVIII 17134 . G GA 2867.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=1052.1668;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.46;MQ0=0;QD=24.94;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.188e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,100:115:99:2910,295,0 chrVIII 17534 . A AT 1692.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.181;DP=106;FS=4.718;HaplotypeScore=59.7812;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.861;QD=15.97;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.670;SB=-7.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,79:106:99:1735,171,0 chrVIII 18166 . T TG 4910 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;FS=0.000;HaplotypeScore=932.9547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.30;MQ0=0;QD=30.12;RPA=2,3;RU=G;SB=-1.316e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,151:163:99:4910,439,0 chrVIII 18379 . G GT 6697 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=244;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=373.3027;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.28;MQ0=0;QD=27.45;RPA=3,4;RU=T;SB=-3.288e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,223:243:99:6697,682,0 chrVIII 18411 . CT C 3976 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=207;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=523.1946;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.31;MQ0=0;QD=19.21;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.953e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,165:206:99:3976,488,0 chrVIII 18612 . GA G 3323 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=178;FS=0.000;HaplotypeScore=425.7380;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.87;MQ0=0;QD=18.67;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.175e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,139:178:99:3323,401,0 chrVIII 18667 . TC T 5977 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=187;FS=0.000;HaplotypeScore=543.8783;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.90;MQ0=0;QD=31.96;SB=-2.558e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,179:187:99:5977,526,0 chrVIII 21357 . AAT A 6480 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=180;FS=0.000;HaplotypeScore=1067.7841;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.87;MQ0=0;QD=36.00;RPA=2,1;RU=AT;SB=-2.851e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,164:180:99:6480,472,0 chrVIII 32861 . GT G 66.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=47.0690;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=9.46;RPA=9,8;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,5:7:15:108,15,0 chrVIII 32871 . AT A 136.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=57.0535;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.58;MQ0=0;QD=9.79;RPA=10,9;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:24:179,24,0 chrVIII 34608 . T TC 4102 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=337.9239;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;QD=26.64;RPA=4,5;RU=C;SB=-1.020e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,138:154:99:4102,391,0 chrVIII 36202 . AG A 1613.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=268.3646;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.04;MQ0=0;QD=28.82;SB=-6.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,52:56:99:1656,150,0 chrVIII 36227 . GAA G 1667.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=377.6700;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.27;MQ0=0;QD=27.34;RPA=12,10;RU=A;SB=-2.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,53:61:99:1710,162,0 chrVIII 38627 . C CT 1771.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=432.3615;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.96;MQ0=0;QD=19.91;RPA=7,8;RU=T;SB=-8.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,69:89:99:1814,213,0 chrVIII 38647 . C CTTT 2881.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=523.8716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.75;MQ0=0;MQRankSum=0.855;QD=26.20;RPA=12,15;RU=T;ReadPosRankSum=-1.513;SB=-1.373e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:48,49:110:99:2924,229,0 chrVIII 38662 . ATT A 2161.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.766;DP=104;FS=8.409;HaplotypeScore=555.9754;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.21;MQ0=0;MQRankSum=0.855;QD=20.79;RPA=7,5;RU=T;ReadPosRankSum=1.918;SB=-7.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,70:104:99:2204,156,0 chrVIII 39528 . CTAGT C 7578 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=513.0237;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.99;MQ0=0;QD=48.27;RPA=2,1;RU=TAGT;SB=-2.738e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,132:157:99:7578,394,0 chrVIII 39562 . C CT 2868.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.375;DP=168;FS=3.527;HaplotypeScore=752.5634;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.831;QD=17.08;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.237;SB=-1.449e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:51,117:168:99:2911,240,0 chrVIII 39756 . G GC 3609 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=672.5621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.01;MQ0=0;QD=29.10;RPA=1,2;RU=C;SB=-1.346e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,112:124:99:3609,338,0 chrVIII 48241 . AACAGC A 12929 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=236;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1468.7719;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.72;MQ0=0;QD=54.78;SB=-2.646e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,212:236:99:12929,656,0 chrVIII 49483 . T TCAA 8837 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=464.4373;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.34;MQ0=0;QD=35.35;RPA=1,2;RU=CAA;SB=-2.738e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:119,131:250:99:8837,672,0 chrVIII 52025 . A ACAGCAGCAGCAG 19852 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=173;FS=0.000;HaplotypeScore=73.1277;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.54;MQ0=0;QD=114.75;RPA=3,7;RU=CAG;SB=-5.815e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:49,114:173:99:19852,458,0 chrVIII 54383 . AT A 2552.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=68.0034;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.64;MQ0=0;QD=19.34;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.280e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,119:132:99:2595,329,0 chrVIII 55882 . A ACTT 8015 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=175;FS=0.000;HaplotypeScore=57.5563;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.59;MQ0=0;QD=45.80;RPA=1,2;RU=CTT;SB=-3.872e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,158:175:99:8015,472,0 chrVIII 58394 . T TAAC 5567 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=191;FS=0.000;HaplotypeScore=438.4448;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;QD=29.15;RPA=8,9;RU=AAC;SB=-2.314e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:51,138:189:99:5567,391,0 chrVIII 62601 . CT C 3029.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.363;DP=163;FS=2.828;HaplotypeScore=53.1954;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.699;QD=18.59;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.080;SB=-1.197e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,148:163:99:3072,366,0 chrVIII 62830 . ATT A 2449.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=429.2132;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.74;MQ0=0;QD=29.88;RPA=7,5;RU=T;SB=-5.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,69:80:99:2492,210,0 chrVIII 62843 . TGTA T 2525.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=551.3966;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.09;MQ0=0;QD=28.38;SB=-7.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,7:87:99:2568,225,0 chrVIII 62845 . TA T 1729.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=629.0519;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.31;MQ0=0;QD=20.12;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,59:85:99:1772,219,0 chrVIII 71906 . CTT C 1514.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.022;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=192.4401;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.45;MQ0=0;MQRankSum=0.155;QD=13.53;RPA=16,14;RU=T;ReadPosRankSum=0.861;SB=-6.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,56:111:99:1557,132,0 chrVIII 74371 . GC G 6268 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=179;FS=0.000;HaplotypeScore=927.3948;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.27;MQ0=0;QD=35.02;SB=-2.144e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,170:179:99:6268,494,0 chrVIII 74964 . A AG 3197.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=523.7646;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.50;MQ0=0;QD=25.18;RPA=3,4;RU=G;SB=-1.305e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,94:127:99:3240,323,0 chrVIII 75188 . G GAA 3722 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=41.2132;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.26;MQ0=0;QD=30.51;RPA=6,8;RU=A;SB=-1.783e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,97:122:99:3722,319,0 chrVIII 76067 . T TTCA 1671.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=154.1614;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.79;MQ0=0;QD=50.67;RPA=1,2;RU=TCA;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:99:1714,99,0 chrVIII 76082 . AT A 868.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=265.8175;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.36;MQ0=0;QD=20.69;RPA=6,5;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,40:42:99:911,105,0 chrVIII 80499 . G GA 2182.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.480;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=43.9549;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.17;MQ0=0;MQRankSum=0.086;QD=19.15;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.332;SB=-1.039e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,99:114:99:2225,251,0 chrVIII 85273 . GAAA G 1926.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=81.5791;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.81;MQ0=0;QD=32.66;RPA=12,9;RU=A;SB=-8.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,48:59:99:1969,141,0 chrVIII 85511 . TA T 395.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=109.8710;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.71;MQ0=0;QD=30.46;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,12:13:36:438,36,0 chrVIII 92580 . A ATTT 3157.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=602.5223;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.98;MQ0=0;QD=26.10;RPA=9,12;RU=T;SB=-1.287e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:62,47:121:99:3200,285,0 chrVIII 93898 . C CT 1436.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=1842.1381;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=25.66;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,55:56:99:1479,168,0 chrVIII 93906 . TC T 2114.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=2194.0740;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=31.10;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2157,204,0 chrVIII 94728 . TAC T 1022.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=270.4294;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=35.27;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:84:1065,84,0 chrVIII 94737 . T TGC 1067.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=265.9855;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=36.83;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:87:1110,87,0 chrVIII 98248 . AT A 1355.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.158;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=367.5306;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.41;MQ0=0;MQRankSum=1.043;QD=12.44;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.615;SB=-4.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,87:109:99:1398,151,0 chrVIII 100505 . AT A 1060.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.533;DP=110;FS=1.969;HaplotypeScore=47.5215;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.388;QD=9.65;RPA=15,14;RU=T;ReadPosRankSum=1.212;SB=-5.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,62:110:99:1103,103,0 chrVIII 111530 . CTATATATATA C 3991 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=129.1733;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.51;MQ0=0;QD=64.37;RPA=13,8;RU=TA;SB=-1.699e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,40:62:99:3991,108,0 chrVIII 115390 . ATT A 4649 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=170;FS=0.000;HaplotypeScore=558.5698;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.45;MQ0=0;QD=27.35;RPA=13,11;RU=T;SB=-1.619e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,144:170:99:4649,424,0 chrVIII 116358 . C CT 1610.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=339.6749;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.09;MQ0=0;QD=32.88;SB=-4.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:49:99:1653,129,0 chrVIII 116430 . GGT G 359.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.488;DP=16;FS=11.461;HaplotypeScore=375.4559;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.00;MQ0=2;MQRankSum=-1.736;QD=22.47;ReadPosRankSum=-0.496;SB=-3.544e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,13:14:2:398,2,0 chrVIII 116435 . A AC 246.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.488;DP=16;FS=11.461;HaplotypeScore=386.7844;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.00;MQ0=2;MQRankSum=-0.496;QD=15.44;ReadPosRankSum=-1.488;SB=-3.015e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,13:14:3:286,3,0 chrVIII 116455 . ATTC A 399.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.751;DP=16;FS=9.542;HaplotypeScore=386.5389;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.74;MQ0=2;MQRankSum=-0.751;QD=25.00;ReadPosRankSum=0.751;SB=-2.978e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,8:14:33:439,0,33 chrVIII 116838 . GT G 2424.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=401.7648;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.80;MQ0=0;QD=22.66;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.143e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,98:107:99:2467,282,0 chrVIII 116904 . GT G 2235.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=559.1973;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.67;MQ0=0;QD=18.79;RPA=10,9;RU=T;SB=-7.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,103:119:99:2278,298,0 chrVIII 117231 . TA T 3709 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=547.4710;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.17;MQ0=0;QD=25.23;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.737e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,137:147:99:3709,382,0 chrVIII 117456 . 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G GA 2519.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=39.8071;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.80;MQ0=0;QD=22.30;RPA=2,3;RU=A;SB=-6.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,102:113:99:2562,249,0 chrVIII 122633 . T TAA 6907 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;FS=0.000;HaplotypeScore=745.9516;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.53;MQ0=0;QD=41.11;SB=-1.229e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,161:168:99:6907,485,0 chrVIII 123640 . TAGC T 9516 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=206;FS=0.000;HaplotypeScore=71.2851;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.45;MQ0=0;QD=46.19;RPA=2,1;RU=AGC;SB=-3.972e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,194:206:99:9516,572,0 chrVIII 123771 . C CT 1822.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.546;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=64.6981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=1.129;QD=15.19;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.318;SB=-6.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,72:120:99:1865,129,0 chrVIII 123956 . 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C CA 1794.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=491.3598;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.57;MQ0=0;QD=23.93;RPA=4,5;RU=A;SB=-3.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,63:75:99:1837,195,0 chrVIII 149140 . T TC 2473.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=195.6854;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.99;MQ0=0;QD=34.36;SB=-1.167e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,60:72:99:2516,199,0 chrVIII 149257 . C CATAT 3200.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=351.9889;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.16;MQ0=0;QD=50.01;RPA=4,6;RU=AT;SB=-1.535e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,59:64:99:3243,172,0 chrVIII 150606 . AT A 1822.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=437.7454;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.06;MQ0=0;QD=20.26;RPA=9,8;RU=T;SB=-6.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,81:90:99:1865,236,0 chrVIII 150670 . C CA 1357.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.021;DP=103;FS=7.528;HaplotypeScore=280.7491;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.985;QD=13.18;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.305;SB=-7.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,61:103:36:1400,36,0 chrVIII 150847 . AT A 3204.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=170;FS=0.000;HaplotypeScore=138.3426;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=18.85;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.256e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,142:170:99:3247,398,0 chrVIII 151383 . G GGA 4775 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=170.2043;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.02;MQ0=0;QD=43.41;SB=-2.193e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,102:109:99:4775,312,0 chrVIII 151579 . CT C 2550.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=143.6872;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.11;MQ0=0;QD=18.22;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.097e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,123:140:99:2593,329,0 chrVIII 161688 . A ATT 1319.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=12.1112;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.11;MQ0=0;QD=34.74;RPA=5,7;RU=T;SB=-1.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:99:1362,111,0 chrVIII 167558 . CA C 2249.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=408.0340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.30;MQ0=0;QD=33.58;RPA=2,1;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,65:67:99:2292,196,0 chrVIII 168373 . CT C 3577 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=56.1482;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.58;MQ0=0;QD=23.38;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.374e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,146:153:99:3577,393,0 chrVIII 168780 . GTA G 2541.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.640;DP=88;FS=3.565;HaplotypeScore=196.9882;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=0.254;QD=28.89;RPA=7,6;RU=TA;ReadPosRankSum=1.547;SB=-1.126e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,76:88:99:2584,189,0 chrVIII 170523 . CT C 1581.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=65.1828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.83;RPA=9,8;RU=T;SB=-6.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,69:84:99:1624,206,0 chrVIII 173119 . GA G 454.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.605;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=51.2185;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.22;MQ0=0;MQRankSum=0.064;QD=5.76;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.835;SB=-6.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,33:79:62:497,62,0 chrVIII 174970 . CA C 5339 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=238;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=377.5548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.54;MQ0=0;QD=22.43;RPA=7,6;RU=A;SB=-2.383e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,225:238:99:5339,632,0 chrVIII 176845 . TAAA T 2080.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=68.5674;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.82;MQ0=0;QD=22.14;RPA=17,14;RU=A;SB=-6.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,56:94:99:2123,172,0 chrVIII 184019 . AAACTTTGGC A 13454 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=70.2816;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.88;MQ0=0;QD=104.29;SB=-6.538e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,125:129:99:13454,367,0 chrVIII 187695 . T TG 4826 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=235.8591;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;QD=36.84;SB=-2.334e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,123:131:99:4826,376,0 chrVIII 187717 . G GA 2211.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.685;DP=147;FS=13.712;HaplotypeScore=464.0435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=0.805;QD=15.05;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.228;SB=-8.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,104:147:99:2254,188,0 chrVIII 189097 . G GAAAA,GAAA 3739 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=176;FS=0.000;HaplotypeScore=313.7187;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.40;MQ0=0;QD=21.24;RPA=13,17,16;RU=A;SB=-1.858e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:45,8,105:176:99:3739,1069,739,476,0,113 chrVIII 189768 . GA G 3432 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.195;DP=203;DS;FS=3.661;HaplotypeScore=75.4888;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.686;QD=16.91;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.686;SB=-1.489e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,160:203:99:3432,431,0 chrVIII 193558 . T TA 1219.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.324;DP=77;FS=8.359;HaplotypeScore=243.4998;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.83;MQ0=0;MQRankSum=1.038;QD=15.84;ReadPosRankSum=2.493;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,54:77:99:1262,110,0 chrVIII 195369 . TGTATC T 8155 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=139.1571;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.14;MQ0=1;QD=58.25;RPA=2,1;RU=GTATC;SB=-3.160e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,124:139:99:8155,361,0 chrVIII 198474 . GT G 1035.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.461;DP=117;FS=6.309;HaplotypeScore=55.4529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.53;MQ0=0;MQRankSum=0.092;QD=8.85;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=1.814;SB=-4.969e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,73:117:41:1078,41,0 chrVIII 201764 . 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AT A 1467.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.145;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=166.6746;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.27;MQ0=0;MQRankSum=1.540;QD=13.72;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.092;SB=-6.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,78:107:99:1510,159,0 chrVIII 212265 . C CT 1476.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.281;DP=80;FS=6.359;HaplotypeScore=155.5234;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.22;MQ0=0;MQRankSum=2.301;QD=18.46;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.291;SB=-6.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,66:80:99:1519,152,0 chrVIII 218178 . CAT C 8874 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=229;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=497.2580;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.78;MQ0=0;QD=38.75;SB=-4.112e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,219:229:99:8874,620,0 chrVIII 222559 . T TA 2411.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.080;DP=130;FS=3.141;HaplotypeScore=44.4008;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.83;MQ0=0;MQRankSum=0.120;QD=18.55;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.429;SB=-1.182e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,113:130:99:2454,278,0 chrVIII 222991 . G GCCGTTTCCGCTACCACCA 14835 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=213;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=75.0105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.57;MQ0=0;QD=69.65;RPA=1,2;RU=CCGTTTCCGCTACCACCA;SB=-5.902e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:125,85:213:99:14835,259,0 chrVIII 229162 . A AT 1780.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=317.6693;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.63;MQ0=0;QD=20.24;RPA=5,6;RU=T;SB=-7.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,74:88:99:1823,204,0 chrVIII 230956 . G GA 5063 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;FS=0.000;HaplotypeScore=191.4225;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.77;MQ0=0;QD=31.06;RPA=1,2;RU=A;SB=-2.022e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,159:163:99:5063,445,0 chrVIII 233314 . GA G 894.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.545;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=215.3811;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.16;MQ0=0;MQRankSum=0.421;QD=10.41;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.238;SB=-2.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,58:86:55:937,55,0 chrVIII 234753 . ATTT A 2957.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.089;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=115.2385;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=1.199;QD=24.86;RPA=15,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.844;SB=-1.190e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,75:119:99:3000,212,0 chrVIII 236817 . GAT G 2473.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=174.9088;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.52;MQ0=0;QD=36.38;RPA=2,1;RU=AT;SB=-4.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,60:68:99:2516,181,0 chrVIII 237735 . CTT C 981.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.501;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=184.4534;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.14;MQ0=0;MQRankSum=0.448;QD=13.45;RPA=16,14;RU=T;ReadPosRankSum=0.817;SB=-2.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,31:73:99:1024,105,0 chrVIII 237816 . TA T 523.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=75.6368;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.29;MQ0=0;QD=15.88;RPA=12,11;RU=A;SB=-1.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,25:33:80:566,80,0 chrVIII 242058 . G GT 2224.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.181;DP=117;FS=3.147;HaplotypeScore=290.4155;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.42;MQ0=0;MQRankSum=1.002;QD=19.02;RPA=3,4;RU=T;ReadPosRankSum=-0.374;SB=-1.081e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,82:117:99:2267,282,0 chrVIII 242157 . CA C 2697.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=41.8552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.70;MQ0=0;QD=22.48;RPA=6,5;RU=A;SB=-9.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,116:120:99:2740,315,0 chrVIII 242492 . T TG 3192.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=262.2644;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.80;MQ0=0;QD=24.75;RPA=6,7;RU=G;SB=-1.461e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,115:129:99:3235,331,0 chrVIII 245626 . T TA 993.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.875;DP=97;FS=6.782;HaplotypeScore=778.3687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.62;MQ0=0;MQRankSum=0.246;QD=10.25;ReadPosRankSum=5.774;SB=-4.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,58:97:99:1033,0,204 chrVIII 245627 . T TTTC 2427.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.950;DP=86;FS=10.909;HaplotypeScore=568.1628;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.42;MQ0=0;MQRankSum=1.763;QD=28.23;ReadPosRankSum=1.818;SB=-9.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,58:86:99:2470,151,0 chrVIII 248394 . T TA 3793 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=463.7043;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.20;MQ0=0;QD=31.35;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.234e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,117:121:99:3793,319,0 chrVIII 252929 . ATCATCG A 10152 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=886.5296;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.43;MQ0=0;QD=40.61;RPA=3,2;RU=TCATCG;SB=-3.628e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:50,198:250:99:10152,565,0 chrVIII 255909 . GA G 1776.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.710;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=73.8165;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=1.031;QD=13.56;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=-1.914;SB=-7.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,83:131:99:1819,226,0 chrVIII 262100 . CTT C 1589.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.906;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=355.0860;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.775;QD=15.59;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.440;SB=-7.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,72:102:99:1632,167,0 chrVIII 271769 . GTT G 1175.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=118.8635;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.35;MQ0=0;QD=22.61;RPA=12,10;RU=T;SB=-5.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,36:52:99:1218,117,0 chrVIII 271840 . C CT 990.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.863;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=318.1383;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.648;QD=15.73;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.785;SB=-2.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,41:63:98:1033,98,0 chrVIII 271867 . T TA 2462.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=385.6237;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.18;MQ0=0;QD=30.04;RPA=2,3;RU=A;SB=-9.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,74:82:99:2505,232,0 chrVIII 271875 . GT G 1615.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=507.4318;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.58;MQ0=0;QD=18.16;RPA=7,6;RU=T;SB=-6.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,64:89:99:1658,198,0 chrVIII 271942 . CT C 1816.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=311.5127;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.41;MQ0=0;QD=21.13;RPA=6,5;RU=T;SB=-5.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,74:86:99:1859,213,0 chrVIII 277807 . CT C 2245.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=219.1079;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;QD=18.26;RPA=10,9;RU=T;SB=-1.134e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,101:123:99:2288,296,0 chrVIII 280619 . A AC 3769 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=239.6380;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.14;MQ0=0;QD=27.71;RPA=4,5;RU=C;SB=-1.545e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,130:136:99:3769,364,0 chrVIII 282569 . CT C 364.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.576;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=30.7282;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=1.419;QD=11.06;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.576;SB=-4.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,20:33:60:407,60,0 chrVIII 282652 . GT G 725.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=139.5818;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.20;MQ0=1;MQRankSum=-0.644;QD=11.71;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.453;SB=-2.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,38:61:77:768,77,0 chrVIII 283683 . A AT 6202 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;FS=0.000;HaplotypeScore=473.9748;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.04;MQ0=0;QD=36.92;SB=-2.372e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,166:168:99:6202,481,0 chrVIII 287001 . A AT 1795.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=77.7658;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.19;MQ0=0;QD=24.27;RPA=3,4;RU=T;SB=-8.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,66:73:99:1838,186,0 chrVIII 287895 . ACTG A 3171.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=12.198;DP=250;DS;FS=220.761;HaplotypeScore=3399.9614;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.37;MQ0=0;MQRankSum=-10.498;QD=12.69;ReadPosRankSum=5.243;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:143,79:250:99:3211,0,6942 chrVIII 287900 . A ACCG 3126.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=12.280;DP=229;DS;FS=230.392;HaplotypeScore=2645.1671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.20;MQ0=0;MQRankSum=-10.825;QD=13.65;ReadPosRankSum=5.642;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:150,79:229:99:3166,0,7540 chrVIII 287944 . C CA 1876.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=11.938;DP=208;DS;FS=258.819;HaplotypeScore=3076.6612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.70;MQ0=0;MQRankSum=-10.603;QD=9.02;ReadPosRankSum=6.768;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:122,85:208:99:1916,0,3665 chrVIII 287946 . CT C 1683.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=12.055;DP=209;DS;FS=252.672;HaplotypeScore=3090.4298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.91;MQ0=0;MQRankSum=-10.062;QD=8.06;ReadPosRankSum=7.048;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:123,85:209:99:1723,0,3829 chrVIII 289334 . GA G 197.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=84.2284;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.71;MQ0=0;QD=13.20;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.187e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,11:15:30:240,30,0 chrVIII 290559 . TAA T 4942 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=594.9264;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.88;MQ0=0;QD=35.55;RPA=5,3;RU=A;SB=-2.118e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,127:138:99:4942,376,0 chrVIII 290621 . A AT 3751 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=379.4126;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.50;MQ0=0;QD=26.42;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.203e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,128:142:99:3751,379,0 chrVIII 290749 . C CA 3782 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=677.2556;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.03;MQ0=0;QD=36.02;SB=-1.004e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,93:104:99:3782,298,0 chrVIII 291329 . CG C 3394 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=2630.2864;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.82;MQ0=3;QD=33.27;SB=-1.401e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,92:99:99:3394,274,0 chrVIII 291336 . A AG 3364 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=2810.7822;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.51;MQ0=4;QD=31.74;SB=-1.310e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,93:102:99:3364,274,0 chrVIII 291365 . AT A 1223.96 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.689;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=3249.6901;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.51;MQ0=4;MQRankSum=-1.048;QD=11.55;ReadPosRankSum=1.689;SB=-9.100e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,81:102:99:1266,219,0 chrVIII 291367 . 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A AT 1869.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=123.7075;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.38;MQ0=0;QD=25.62;RPA=3,4;RU=T;SB=-5.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,66:73:99:1912,195,0 chrVIII 293785 . G GT 1960.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=228.3484;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.85;MQ0=0;QD=23.63;RPA=4,5;RU=T;SB=-7.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,73:83:99:2003,213,0 chrVIII 294449 . TGA T 3455 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=724.3512;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.13;MQ0=0;QD=42.65;SB=-1.627e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,80:81:99:3455,240,0 chrVIII 296602 . T TC 2220.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=449.4097;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.42;MQ0=0;QD=31.28;SB=-5.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,65:71:99:2263,180,0 chrVIII 314033 . AT A 3618 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=264.4711;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;QD=28.49;RPA=3,2;RU=T;SB=-8.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,120:127:99:3618,343,0 chrVIII 314725 . C CATAT 950.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=25.4112;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.92;MQ0=0;QD=21.13;RPA=8,10;RU=AT;SB=-2.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,15:45:59:993,59,0 chrVIII 316080 . AG A 7769 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=243;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=892.1254;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.68;MQ0=0;QD=31.97;RPA=2,1;RU=G;SB=-3.462e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,236:243:99:7769,680,0 chrVIII 316509 . C CA 4849 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=217;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=605.8278;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.63;MQ0=0;QD=22.35;RPA=5,6;RU=A;SB=-2.132e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,197:217:99:4849,534,0 chrVIII 323234 . GA G 1128.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=31.5466;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;QD=16.85;RPA=12,11;RU=A;SB=-5.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,56:67:99:1171,161,0 chrVIII 323398 . AT A 2370.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=332.6341;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.67;MQ0=0;QD=22.16;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.203e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,102:107:99:2413,285,0 chrVIII 324636 . TG T 3799 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=193.5571;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=27.53;RPA=5,4;RU=G;SB=-1.672e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,121:138:99:3799,370,0 chrVIII 324722 . GAT G 7771 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=197;FS=0.000;HaplotypeScore=1339.4401;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.97;MQ0=0;QD=39.45;RPA=2,1;RU=AT;SB=-2.525e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,183:197:99:7771,551,0 chrVIII 326640 . G GTTTT 5707 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=165.3220;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.01;MQ0=0;QD=45.29;RPA=3,7;RU=T;SB=-1.265e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,117:126:99:5707,316,0 chrVIII 326720 . C CAT 2248.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.462;DP=90;FS=3.438;HaplotypeScore=233.4207;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.10;MQ0=0;MQRankSum=0.974;QD=24.99;RPA=5,6;RU=AT;ReadPosRankSum=-0.108;SB=-9.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,57:89:99:2291,155,0 chrVIII 340068 . A AG 433.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=76.6192;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;QD=24.11;SB=-3.800e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,10:18:39:476,39,0 chrVIII 340070 . A AG 207.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=72.1822;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.24;MQ0=0;QD=16.00;SB=-3.799e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,7:13:30:250,30,0 chrVIII 344320 . G GT 3398 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=39.9403;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.77;MQ0=0;QD=27.18;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.502e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,122:125:99:3398,328,0 chrVIII 352526 . CT C 2407.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=1065.3482;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.77;MQ0=0;QD=21.50;RPA=8,7;RU=T;SB=-7.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,101:112:99:2450,276,0 chrVIII 359320 . CT C 3823 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=298.9384;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.40;MQ0=0;QD=29.87;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.659e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,120:128:99:3823,343,0 chrVIII 359606 . CT C 870.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=114.2779;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.53;MQ0=0;QD=24.19;RPA=5,4;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,32:36:90:913,90,0 chrVIII 360504 . G GAA 3066.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=399.7648;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.24;MQ0=0;QD=30.67;RPA=5,7;RU=A;SB=-1.266e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,90:100:99:3109,265,0 chrVIII 360784 . G GAA,GAAA 2359.01 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=194.0008;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.73;MQ0=0;QD=23.59;RPA=11,13,14;RU=A;SB=-1.079e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:30,10,56:100:54:2437,1064,861,232,0,54 chrVIII 361897 . C CT 1314.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=45.4209;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=17.53;RPA=8,9;RU=T;SB=-5.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,51:75:99:1357,162,0 chrVIII 365415 . G GTCATCA 2267.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.265;DP=118;DS;FS=0.924;HaplotypeScore=1248.1868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.91;MQ0=0;MQRankSum=4.032;QD=19.22;ReadPosRankSum=-3.463;SB=-7.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,61:118:99:2307,0,285 chrVIII 368026 . CT C 1708.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.305;DP=127;FS=6.922;HaplotypeScore=53.1711;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=0.561;QD=13.46;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.842;SB=-7.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,87:127:99:1751,158,0 chrVIII 371618 . A AT 1707.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.116;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=48.7690;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.819;QD=18.17;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.159;SB=-7.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,78:94:99:1750,157,0 chrVIII 372612 . CG C 4795 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=389.4659;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.26;MQ0=0;QD=32.40;RPA=2,1;RU=G;SB=-2.218e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,146:148:99:4795,415,0 chrVIII 375406 . G GA 1108.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.785;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=46.6794;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.637;QD=10.77;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-1.200;SB=-3.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,64:102:88:1151,88,0 chrVIII 377809 . GC G 3466 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=636.3025;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.98;MQ0=0;QD=27.51;RPA=6,5;RU=C;SB=-1.572e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,108:126:99:3466,343,0 chrVIII 377829 . 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G GAA 2857.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.740;DP=157;FS=1.384;HaplotypeScore=471.1522;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.82;MQ0=0;MQRankSum=0.297;QD=18.20;RPA=11,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.794;SB=-1.285e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,91:157:99:2900,111,0 chrVIII 380087 . TA T 3558 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=488.7222;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.93;MQ0=0;QD=24.88;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.567e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,131:143:99:3558,364,0 chrVIII 386095 . ACTT A 6409 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=232;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=95.8194;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.26;MQ0=0;QD=27.63;RPA=9,8;RU=CTT;SB=-2.634e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:65,159:232:99:6409,460,0 chrVIII 392120 . GAAATTCCAAAA G 6584 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=83.2978;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.81;MQ0=0;QD=131.68;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:6584,151,0 chrVIII 392248 . TA T 4008 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=142.7288;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.37;MQ0=0;QD=35.47;SB=-1.947e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:113:99:4008,322,0 chrVIII 396945 . GA G 152.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.505;DP=68;FS=2.807;HaplotypeScore=103.5810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.106;QD=2.25;RPA=19,18;RU=A;ReadPosRankSum=-0.200;SB=-9.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,12:68:99:192,0,270 chrVIII 399235 . GA G 2280.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=175.2747;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.36;MQ0=0;QD=26.22;RPA=4,3;RU=A;SB=-9.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,83:87:99:2323,237,0 chrVIII 402060 . AT A 1720.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=86;FS=3.294;HaplotypeScore=252.9779;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=20.01;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.513;SB=-7.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,78:86:99:1763,211,0 chrVIII 402076 . A ATT 2555.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=209.5838;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.14;MQ0=0;QD=28.09;RPA=8,10;RU=T;SB=-1.271e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,71:91:99:2598,232,0 chrVIII 417913 . C CTTTTGGAGG 19379 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=197;FS=0.000;HaplotypeScore=69.3812;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.84;MQ0=0;QD=98.37;SB=-9.060e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,150:197:99:19379,548,0 chrVIII 420550 . CTGTTGTGGTTGCTGT C 10050 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.441;DP=186;FS=1.278;HaplotypeScore=381.8572;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.46;MQ0=0;MQRankSum=-4.525;QD=54.03;ReadPosRankSum=-0.504;SB=-4.999e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:58,125:186:99:10050,235,0 chrVIII 423045 . T TAGTCTAAC 12610 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=472.2856;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.67;MQ0=0;QD=97.75;SB=-3.190e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,100:129:99:12610,370,0 chrVIII 436963 . A AT 2068.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.932;DP=138;FS=8.233;HaplotypeScore=186.3333;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.618;QD=14.99;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.322;SB=-8.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,99:138:99:2111,211,0 chrVIII 440164 . G GA 4250 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=329.5673;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.51;MQ0=0;QD=33.20;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.528e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,124:128:99:4250,358,0 chrVIII 443755 . A AG 5752 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=60.3981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.19;MQ0=0;QD=36.64;SB=-2.352e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,153:157:99:5752,439,0 chrVIII 447736 . A AT 2496.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=896.0032;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.16;MQ0=0;QD=21.53;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.237e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,99:116:99:2539,291,0 chrVIII 450838 . A AT 3941 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=795.2618;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.61;MQ0=0;QD=25.93;SB=-1.915e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,131:152:99:3941,424,0 chrVIII 451138 . TA T 1305.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.758;DP=78;FS=5.757;HaplotypeScore=157.5906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.299;QD=16.74;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.920;SB=-3.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,67:78:99:1348,166,0 chrVIII 453634 . T TC 2839.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=381.5041;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.13;MQ0=0;QD=23.67;RPA=7,8;RU=C;SB=-1.343e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,107:120:99:2882,303,0 chrVIII 453858 . TATTTAATTATATA T 17326 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=627.1401;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.86;MQ0=0;QD=117.86;SB=-7.822e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,115:147:99:17326,379,0 chrVIII 456028 . T TA 1877.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=216.2570;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.19;MQ0=0;QD=19.98;RPA=9,10;RU=A;SB=-9.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,83:94:99:1920,239,0 chrVIII 458020 . T TC 5180 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=174;FS=0.000;HaplotypeScore=1169.4735;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;QD=29.77;RPA=1,2;RU=C;SB=-2.123e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,160:174:99:5180,490,0 chrVIII 461760 . ATC A 907.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=162.4935;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.08;MQ0=0;QD=23.28;SB=-4.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,21:39:78:950,78,0 chrVIII 464533 . T TGGCCTTAGATTTATA 11198 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=393.6404;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.03;MQ0=0;QD=104.65;RPA=1,2;RU=GGCCTTAGATTTATA;SB=-3.738e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:63,42:107:99:11198,232,0 chrVIII 464743 . C CT 2450.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=291.3313;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.59;MQ0=0;QD=33.12;RPA=1,2;RU=T;SB=-7.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,72:74:99:2493,208,0 chrVIII 464932 . A AATAT 407.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=112.3641;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.09;MQ0=0;QD=14.57;RPA=7,9;RU=AT;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,8:28:25:450,25,0 chrVIII 465802 . CTATATATATATATATATATATA C 8499 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.756;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=472.8329;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.24;MQ0=0;MQRankSum=1.193;QD=80.18;RPA=18,7;RU=TA;ReadPosRankSum=0.672;SB=-4.149e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,61:106:99:8499,144,0 chrVIII 466216 . GT G 3938 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=1031.8656;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.56;MQ0=0;QD=32.28;RPA=3,2;RU=T;SB=-3.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,120:122:99:3938,355,0 chrVIII 466481 . T TTAA 4448 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=548.8128;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.06;MQ0=0;QD=48.88;SB=-2.057e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,80:90:99:4448,250,0 chrVIII 466974 . C CA 4652 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=700.9871;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.19;MQ0=0;QD=33.47;RPA=1,2;RU=A;SB=-2.237e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,131:139:99:4652,394,0 chrVIII 472611 . CTT C 1762.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.466;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=94.3179;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.33;MQ0=2;MQRankSum=-0.296;QD=21.50;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.170;SB=-3.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,61:80:99:1805,172,0 chrVIII 474628 . CA C 877.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=164.3809;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=20.90;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,38:42:99:920,99,0 chrVIII 475601 . GA G 2158.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=272.9810;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.85;MQ0=0;QD=18.61;RPA=8,7;RU=A;SB=-9.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,97:116:99:2201,272,0 chrVIII 488382 . AC A 2959.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.120;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=520.8113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.012;QD=24.67;ReadPosRankSum=-1.115;SB=-1.045e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,75:120:99:3002,294,0 chrVIII 488426 . G GA 2649.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=653.1555;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.60;MQ0=0;QD=22.84;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.184e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,101:116:99:2692,309,0 chrVIII 492996 . A AAAG 4866 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=40.3762;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.86;MQ0=0;QD=39.24;RPA=4,5;RU=AAG;SB=-2.058e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,102:124:99:4866,307,0 chrVIII 497405 . 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A AAAAAT 2778.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=47.5388;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.85;MQ0=0;QD=25.97;SB=-1.202e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,65:107:99:2821,254,0 chrVIII 512228 . AGT A 3712 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.060;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=751.5533;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.61;MQ0=1;MQRankSum=-1.661;QD=35.02;ReadPosRankSum=1.096;SB=-1.611e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,74:104:99:3712,289,0 chrVIII 516616 . GAA G 2963.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=176.2152;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.71;MQ0=0;QD=26.00;RPA=10,8;RU=A;SB=-1.428e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,93:114:99:3006,270,0 chrVIII 518737 . TCC T 2365.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=59.0965;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.78;MQ0=0;QD=31.55;RPA=8,6;RU=C;SB=-9.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,48:75:99:2408,195,0 chrVIII 519135 . A AT 7456 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=205;FS=0.000;HaplotypeScore=913.6848;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.92;MQ0=0;QD=36.37;SB=-2.785e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,190:205:99:7456,563,0 chrVIII 521345 . CAG C 9333 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=237;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=739.6378;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.37;MQ0=0;QD=39.38;SB=-3.932e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,233:237:99:9333,667,0 chrVIII 525717 . G GT 1752.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.607;DP=130;FS=104.165;HaplotypeScore=2892.9193;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.70;MQ0=37;MQRankSum=-2.998;QD=13.48;ReadPosRankSum=0.609;SB=-3.011e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,48:83:44:1792,0,44 chrVIII 525725 . GC G 942.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.912;DP=102;FS=70.889;HaplotypeScore=1757.2248;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.59;MQ0=46;MQRankSum=-1.044;QD=9.24;ReadPosRankSum=1.574;SB=-3.011e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,48:49:99:982,0,99 chrVIII 553517 . AT A 7085 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=239;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=373.5238;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.42;MQ0=5;QD=29.64;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.883e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,230:234:99:7085,656,0 chrVIII 554064 . CGAAAAAATAA C 15995 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.914;DP=203;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1903.7209;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.028;QD=78.79;ReadPosRankSum=1.085;SB=-3.256e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,182:192:99:15995,540,0 chrVIII 554132 . T TTC 5505 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.941;DP=219;DS;FS=32.703;HaplotypeScore=4407.7375;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.55;MQ0=0;MQRankSum=2.042;QD=25.14;ReadPosRankSum=-0.667;SB=-1.897e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,158:189:99:5505,265,0 chrVIII 554135 . GC G 3344 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.585;DP=174;DS;FS=32.388;HaplotypeScore=3780.5984;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.39;MQ0=0;MQRankSum=1.390;QD=19.22;ReadPosRankSum=0.087;SB=-1.294e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,158:152:99:3344,212,0 chrVIII 556710 . T TG 109.94 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.227;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=340.2693;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.91;MQ0=1;MQRankSum=-1.516;QD=5.24;RPA=2,3;RU=G;ReadPosRankSum=-1.371;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,8:17:3:148,0,3 chrVIII 556782 . TG T 726.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.934;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=1144.9113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.77;MQ0=1;MQRankSum=0.478;QD=10.10;RPA=4,3;RU=G;ReadPosRankSum=-0.326;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,35:61:99:766,0,358 chrVIII 556799 . GT G 2015.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.155;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=985.6970;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.219;QD=29.65;ReadPosRankSum=-0.642;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,62:60:99:2058,132,0 chrVIII 556827 . T TC 225.98 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.457;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=554.6374;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.240;QD=10.27;ReadPosRankSum=-0.849;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,5:20:22:265,0,22 chrVIII 556857 . T TG 197.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.110;DP=40;FS=5.071;HaplotypeScore=223.7967;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.15;MQ0=6;MQRankSum=0.110;QD=4.95;RPA=2,3;RU=G;ReadPosRankSum=-1.601;SB=-6.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,6:30:99:237,0,309 chrVIII 562385 . ATTTT A 257.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=99.7351;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.79;MQ0=0;QD=16.07;RPA=12,8;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,9:9:18:299,18,0 chrX 19409 . C CT 1207.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=559.4269;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=15.87;MQ0=116;QD=7.46;RPA=5,6;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:120,40:45:99:1250,120,0 chrX 21581 . T TA 600.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.133;DP=139;FS=64.305;HaplotypeScore=195.2328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.40;MQ0=0;MQRankSum=-7.720;QD=4.32;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.101;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,42:139:99:640,0,1487 chrX 28818 . G GA 146.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;HaplotypeScore=56.3173;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.90;MQ0=0;QD=29.25;RPA=1,2;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:188,15,0 chrX 33346 . CT C 1087.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.412;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=33.1341;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.12;MQ0=0;MQRankSum=0.876;QD=15.54;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.482;SB=-5.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,56:70:99:1130,115,0 chrX 36381 . G GAA,GA 1228.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.226;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=570.1714;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.258;QD=9.04;RPA=9,11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.172;SB=-6.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:75,11,48:136:99:1307,269,275,215,0,126 chrX 37825 . GT G 2827.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.093;DP=178;FS=6.002;HaplotypeScore=62.0090;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=1.336;QD=15.89;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=2.122;SB=-1.367e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,119:178:99:2870,349,0 chrX 37982 . T TTG 6888 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=171;FS=0.000;HaplotypeScore=471.2962;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.47;MQ0=0;QD=40.28;RPA=1,2;RU=TG;SB=-3.194e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,158:171:99:6888,481,0 chrX 41329 . AT A 2128.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.695;DP=142;FS=4.049;HaplotypeScore=35.8199;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.42;MQ0=0;MQRankSum=0.479;QD=14.99;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.000;SB=-8.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,113:142:99:2171,255,0 chrX 47535 . GA G 3230.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.164;DP=155;FS=6.691;HaplotypeScore=123.4573;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.55;MQ0=0;MQRankSum=0.286;QD=20.84;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.268;SB=-1.484e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,145:155:99:3273,372,0 chrX 50370 . G GA 2100.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.626;DP=157;FS=13.153;HaplotypeScore=315.4753;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.92;MQ0=0;MQRankSum=0.005;QD=13.38;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-1.227;SB=-9.758e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,110:157:99:2143,126,0 chrX 59054 . G GAA,GAAA 504.47 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.186;DP=53;FS=4.715;HaplotypeScore=30.8861;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.134;QD=9.52;RPA=21,23,24;RU=A;ReadPosRankSum=-1.293;SB=-1.484e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:33,5,13:53:49:582,148,129,50,0,49 chrX 59582 . GA G 4113 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=669.3506;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.98;MQ0=0;QD=29.59;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.855e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,136:139:99:4113,403,0 chrX 59692 . AG A 4033 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=1078.8195;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.68;MQ0=0;QD=29.65;RPA=4,3;RU=G;SB=-1.998e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,126:136:99:4033,358,0 chrX 59852 . AT A 6045 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=188;FS=0.000;HaplotypeScore=392.8137;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.05;MQ0=0;QD=32.15;RPA=2,1;RU=T;SB=-2.355e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,179:188:99:6045,506,0 chrX 71018 . 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T TG 4857 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.507;DP=186;FS=0.000;HaplotypeScore=701.2022;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.379;QD=26.11;ReadPosRankSum=1.445;SB=-2.396e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,167:186:99:4857,498,0 chrX 96818 . C CAT 1998.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=92.6655;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;QD=21.04;RPA=7,8;RU=AT;SB=-9.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,47:95:99:2041,165,0 chrX 97348 . GA G 4976 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=176;FS=0.000;HaplotypeScore=362.3438;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.51;MQ0=0;QD=28.27;RPA=4,3;RU=A;SB=-2.478e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,170:176:99:4976,487,0 chrX 99586 . T TA 992.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.853;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=52.3001;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=0.238;QD=16.83;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.016;SB=-1.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,42:59:63:1035,63,0 chrX 101045 . G GAA 2733.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=206.8001;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.79;MQ0=0;QD=22.23;RPA=11,13;RU=A;SB=-1.242e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,79:123:99:2776,259,0 chrX 109915 . G GA 1770.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.840;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=136.7490;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=0.737;QD=15.40;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.674;SB=-5.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,71:115:99:1813,163,0 chrX 111163 . C CA 3043.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.188;DP=138;FS=3.119;HaplotypeScore=103.9058;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.387;QD=22.06;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.131;SB=-1.497e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,115:138:99:3086,336,0 chrX 111408 . A AT 4010 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=226.0203;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.74;MQ0=0;QD=25.22;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.289e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,152:159:99:4010,421,0 chrX 113474 . AT A 1059.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.123;DP=114;FS=5.485;HaplotypeScore=187.0901;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.790;QD=9.30;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=2.193;SB=-5.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,69:114:40:1102,40,0 chrX 114765 . T TTTC 5892 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=201.0414;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.35;MQ0=0;QD=40.92;RPA=3,4;RU=TTC;SB=-2.444e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,122:144:99:5892,358,0 chrX 114880 . CTGTTGCTGT C 11558 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.754;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=1395.8945;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.44;MQ0=0;MQRankSum=0.187;QD=72.24;ReadPosRankSum=1.440;SB=-4.119e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:54,105:160:99:11558,375,0 chrX 119134 . TA T 3442 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=1307.1704;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.55;MQ0=0;QD=26.27;SB=-1.390e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,117:131:99:3442,347,0 chrX 119760 . CA C 3907 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=175;FS=0.000;HaplotypeScore=223.4275;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.55;MQ0=0;QD=22.33;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.565e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,163:175:99:3907,467,0 chrX 122104 . T TAA 1168.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=23.9560;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.90;MQ0=0;QD=21.25;RPA=10,12;RU=A;SB=-5.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,38:55:99:1211,109,0 chrX 123779 . GA G 1723.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.367;DP=116;FS=2.266;HaplotypeScore=75.1909;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.122;QD=14.86;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.145;SB=-7.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,83:116:99:1766,206,0 chrX 126726 . ATT A 4971 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=376.9739;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.14;MQ0=0;QD=37.95;RPA=5,3;RU=T;SB=-2.181e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,128:131:99:4971,376,0 chrX 129078 . CT C 1909.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.354;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=201.4315;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.102;QD=16.05;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.905;SB=-9.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,85:119:99:1952,238,0 chrX 129177 . TA T 2564.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=436.3589;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.58;MQ0=0;QD=22.90;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.185e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,104:112:99:2607,297,0 chrX 131054 . GT G 2605.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=30.3137;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.01;MQ0=0;QD=20.05;RPA=9,8;RU=T;SB=-9.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,115:130:99:2648,326,0 chrX 134041 . T TC 4055 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.703;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=225.7936;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=0.528;QD=30.72;ReadPosRankSum=1.703;SB=-1.340e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,101:131:99:4055,348,0 chrX 134112 . GAAA GA,G 1401.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.734;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=343.2825;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.26;MQ0=0;MQRankSum=1.734;QD=14.60;RPA=17,15,14;RU=A;ReadPosRankSum=1.854;SB=-6.063e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:50,0,8:96:87:1480,237,87,853,0,836 chrX 134179 . GAAA G 2567.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=156.8829;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.33;MQ0=0;QD=31.70;RPA=12,9;RU=A;SB=-9.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,62:81:99:2610,186,0 chrX 134261 . T TAGG 4069 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=186.7256;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=46.24;RPA=1,2;RU=AGG;SB=-1.905e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,72:88:99:4069,232,0 chrX 135953 . GA G 4534 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=207;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=769.6564;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=21.90;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.561e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,191:207:99:4534,545,0 chrX 136311 . A AG 6688 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=235;FS=0.000;HaplotypeScore=67.4900;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.88;MQ0=0;QD=28.46;RPA=2,3;RU=G;SB=-2.396e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,217:235:99:6688,610,0 chrX 136911 . GAAAAAA G 2204.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.205;DP=91;FS=3.203;HaplotypeScore=171.7450;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.130;QD=24.23;RPA=19,13;RU=A;ReadPosRankSum=1.281;SB=-1.046e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,37:91:99:2247,130,0 chrX 139826 . T TA 2351.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.379;DP=109;FS=3.285;HaplotypeScore=472.8545;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.060;QD=21.58;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.424;SB=-1.090e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,87:109:99:2394,269,0 chrX 143025 . C CA 5408 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=685.4674;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.44;MQ0=0;QD=33.59;SB=-2.562e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,152:161:99:5408,445,0 chrX 144785 . C CT 3003.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=356.0107;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.88;MQ0=0;QD=28.88;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.093e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,96:104:99:3046,283,0 chrX 144800 . A AT 2737.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=332.0385;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.48;MQ0=0;QD=28.52;RPA=2,3;RU=T;SB=-8.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,85:96:99:2780,259,0 chrX 144923 . C CT 1836.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.964;DP=103;FS=1.868;HaplotypeScore=308.8677;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=0.057;QD=17.83;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=2.477;SB=-7.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,68:103:99:1879,132,0 chrX 145019 . GAA G 2824.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=85.9320;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.96;MQ0=0;QD=28.25;RPA=11,9;RU=A;SB=-1.172e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,84:100:99:2867,259,0 chrX 146986 . AT A 3085.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=230.7298;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;QD=24.89;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.331e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,116:124:99:3128,333,0 chrX 147955 . CA C 4793 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=174;FS=0.000;HaplotypeScore=248.8844;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.06;MQ0=0;QD=27.55;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.367e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,170:174:99:4793,469,0 chrX 150145 . C CTGT 7214 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.718;DP=250;DS;FS=5.038;HaplotypeScore=162.2839;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=63.04;MQ0=0;MQRankSum=1.533;QD=28.86;RPA=5,6;RU=TGT;ReadPosRankSum=0.168;SB=-2.240e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:57,190:250:99:7214,452,0 chrX 157414 . GA G 4300 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=698.9759;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.76;MQ0=0;QD=36.75;SB=-1.382e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,114:117:99:4300,331,0 chrX 159480 . TA T 3333 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=435.6493;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.45;MQ0=0;QD=31.74;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.353e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,94:105:99:3333,280,0 chrX 159507 . GA G 2656.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=331.5673;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=24.15;RPA=5,4;RU=A;SB=-9.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,99:110:99:2699,285,0 chrX 159945 . T TA 4282 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=381.6540;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.84;MQ0=0;QD=31.72;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.856e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,127:135:99:4282,361,0 chrX 160130 . A AC 3012.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=48.2661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.96;MQ0=0;QD=23.91;RPA=7,8;RU=C;SB=-1.487e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,97:126:99:3055,318,0 chrX 161835 . T TA 1186.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.360;DP=88;FS=1.940;HaplotypeScore=51.0852;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.95;MQ0=0;MQRankSum=0.496;QD=13.49;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.979;SB=-5.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,58:88:84:1229,84,0 chrX 165551 . AT A 2154.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=206.3190;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.14;MQ0=0;QD=23.94;RPA=6,5;RU=T;SB=-4.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,82:90:99:2197,243,0 chrX 173179 . GTT G 4255 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.770;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=476.0451;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.517;QD=26.27;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=2.215;SB=-2.053e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,128:162:99:4255,397,0 chrX 173313 . C CT 7864 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=225;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1414.6648;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.66;MQ0=0;QD=34.95;SB=-2.126e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,212:225:99:7864,647,0 chrX 173515 . TAA T 6711 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.699;DP=249;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=547.8274;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.149;QD=26.95;RPA=12,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.899;SB=-2.650e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,206:249:99:6711,620,0 chrX 174131 . G GTTTTCT 8306 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=293.6132;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.95;MQ0=7;QD=33.22;RPA=3,4;RU=TTTTCT;SB=-2.931e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:169,77:239:99:8306,370,0 chrX 175756 . G GTCATCATCA 16802 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=244;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=172.8354;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.01;MQ0=0;QD=68.86;RPA=5,8;RU=TCA;SB=-4.866e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:70,162:244:99:16802,506,0 chrX 177910 . GAT G 835 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.829;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=48.7689;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.758;QD=10.06;RPA=6,5;RU=AT;ReadPosRankSum=0.491;SB=-3.896e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,34:83:23:877,23,0 chrX 178042 . CT C 3946 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.570;DP=183;FS=0.000;HaplotypeScore=289.5459;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.30;MQ0=0;MQRankSum=1.384;QD=21.56;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.325;SB=-2.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,171:183:99:3946,444,0 chrX 180134 . A AT 8386 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=351.2498;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.81;MQ0=0;QD=33.54;RPA=1,2;RU=T;SB=-3.307e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,243:250:99:8386,701,0 chrX 181281 . A AT 5780 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=165.9786;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.04;MQ0=0;QD=23.12;RPA=7,8;RU=T;SB=-2.772e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,237:250:99:5780,642,0 chrX 181829 . G GTACATTTTT 19982 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=232;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=201.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.45;MQ0=0;QD=86.13;SB=-7.104e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:74,155:232:99:19982,593,0 chrX 184238 . A AT 5354 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=222;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1657.4577;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.73;MQ0=0;QD=24.12;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.746e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,180:222:99:5354,568,0 chrX 191578 . GA G 3473 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.638;DP=207;DS;FS=3.185;HaplotypeScore=278.3510;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.205;QD=16.78;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.182;SB=-1.634e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,159:207:99:3473,428,0 chrX 195285 . TA T 4488 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=203;FS=0.000;HaplotypeScore=58.7805;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.89;MQ0=0;QD=22.11;RPA=7,6;RU=A;SB=-2.238e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,191:203:99:4488,530,0 chrX 197541 . ATC A 146.17 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.107;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=126.8561;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.82;MQ0=10;MQRankSum=-0.474;QD=1.72;ReadPosRankSum=-1.739;SB=-1.470e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:74,6:30:16:188,16,0 chrX 198579 . TA T 2023.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=26.4114;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.83;MQ0=20;QD=16.73;RPA=7,6;RU=A;SB=-2.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,88:99:99:2066,252,0 chrX 204114 . A AT 2310.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.577;DP=82;FS=59.818;HaplotypeScore=790.0113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.93;MQ0=3;MQRankSum=-0.818;QD=28.18;ReadPosRankSum=3.141;SB=-3.011e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,63:75:99:2350,0,108 chrX 204132 . TA T 2925.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.242;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=1060.9785;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.83;MQ0=5;MQRankSum=-0.805;QD=24.18;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=1.196;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,111:95:99:2968,169,0 chrX 204259 . GTAGAAA G 5962 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=430.1907;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.15;MQ0=27;QD=47.70;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,92:78:99:5962,217,0 chrX 207452 . GGCATT G 14216 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=64.2595;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.94;MQ0=0;QD=56.86;RPA=2,1;RU=GCATT;SB=-3.165e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,226:250:99:14216,638,0 chrX 207759 . AAT A 8107 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=245;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=769.0554;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.91;MQ0=1;QD=33.09;SB=-3.916e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:76,158:243:99:8107,620,0 chrX 207815 . TAC T 9462 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=230;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=820.2771;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.15;MQ0=0;QD=41.14;SB=-2.724e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,212:230:99:9462,632,0 chrX 209539 . TA T 6060 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=246;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=69.0017;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.70;MQ0=0;QD=24.63;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.884e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,236:246:99:6060,678,0 chrX 211751 . GA G 6709 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=238;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1078.9128;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.21;MQ0=0;QD=28.19;RPA=4,3;RU=A;SB=-3.265e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,222:238:99:6709,652,0 chrX 211991 . CT C 4936 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=242;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=448.6354;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.48;MQ0=0;QD=20.40;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.895e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,220:242:99:4936,594,0 chrX 217454 . GAA G 5558 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.535;DP=231;FS=0.000;HaplotypeScore=149.1408;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.86;MQ0=1;MQRankSum=0.886;QD=24.06;RPA=12,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.433;SB=-1.687e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:61,159:228:99:5558,523,0 chrX 217532 . GA G 5093 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.697;DP=232;FS=3.166;HaplotypeScore=198.0106;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.93;MQ0=1;MQRankSum=1.175;QD=21.95;RPA=7,6;RU=A;ReadPosRankSum=1.245;SB=-2.459e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,207:229:99:5093,577,0 chrX 218872 . C CA 6406 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=246;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=78.8483;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=26.04;RPA=4,5;RU=A;SB=-3.187e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,234:246:99:6406,649,0 chrX 220402 . C CT 6121 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=239;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1212.1036;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.49;MQ0=0;QD=25.61;RPA=4,5;RU=T;SB=-2.115e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,212:239:99:6121,616,0 chrX 223657 . C CTTCTTCTT 19379 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=198;FS=0.000;HaplotypeScore=59.8442;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.19;MQ0=0;QD=97.87;SB=-9.528e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,175:198:99:19379,575,0 chrX 231029 . A AT 6365 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=183;FS=0.000;HaplotypeScore=45.9886;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.64;MQ0=0;QD=34.78;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.834e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,178:183:99:6365,515,0 chrX 233869 . C CT 4131 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=604.3817;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.12;MQ0=0;QD=25.66;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.948e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,147:161:99:4131,421,0 chrX 234128 . A AT 1981.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=26.5087;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.37;MQ0=0;QD=21.31;RPA=9,10;RU=T;SB=-9.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,75:92:99:2024,234,0 chrX 236429 . A AT 4554 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=171;FS=0.000;HaplotypeScore=422.0909;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.08;MQ0=0;QD=26.63;RPA=4,5;RU=T;SB=-2.016e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,156:171:99:4554,460,0 chrX 245297 . TTAATAACAATAA T 1025.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=47.6535;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.85;MQ0=0;QD=46.63;SB=-4.409e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,18:22:33:1068,33,0 chrX 251756 . GATGACGGA G 9979 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=313.3621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=73.38;RPA=2,1;RU=ATGACGGA;SB=-3.439e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,114:136:99:9979,339,0 chrX 256880 . CA C 6697 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=185;FS=0.000;HaplotypeScore=513.7098;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.04;MQ0=0;QD=36.20;SB=-2.810e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,176:185:99:6697,514,0 chrX 265859 . A AT 2086.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.081;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=584.7948;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.91;MQ0=0;MQRankSum=0.291;QD=20.07;RPA=3,4;RU=T;ReadPosRankSum=0.384;SB=-8.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,76:104:99:2129,234,0 chrX 265872 . GTTTTT G 2869.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.250;DP=91;FS=6.186;HaplotypeScore=539.9652;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.35;MQ0=0;MQRankSum=0.117;QD=31.54;RPA=18,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.183;SB=-1.399e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:51,32:90:99:2912,139,0 chrX 269905 . TA T 1849.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.299;DP=116;FS=3.061;HaplotypeScore=156.3174;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.334;QD=15.95;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.259;SB=-9.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,99:116:99:1892,234,0 chrX 278045 . A AG 3989 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=125;FS=3.332;HaplotypeScore=173.5093;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.495;QD=31.91;ReadPosRankSum=1.268;SB=-1.825e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,102:125:99:3989,329,0 chrX 278205 . C CT 1926.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.393;DP=115;FS=2.225;HaplotypeScore=230.1763;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=0.107;QD=16.76;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.131;SB=-9.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,75:115:99:1969,190,0 chrX 278257 . AC A 4306 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=179.0465;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.14;MQ0=0;QD=33.12;SB=-1.860e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,124:130:99:4306,361,0 chrX 280770 . CT C 551.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.688;DP=86;FS=6.368;HaplotypeScore=236.3176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.81;MQ0=0;MQRankSum=1.178;QD=6.42;RPA=15,14;RU=T;ReadPosRankSum=1.773;SB=-2.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,33:86:58:591,0,58 chrX 283419 . AT A 1993.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.633;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=145.4933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.376;QD=17.49;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.101;SB=-6.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,96:114:99:2036,184,0 chrX 283503 . T TA 1911.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.915;DP=125;FS=15.634;HaplotypeScore=619.5197;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.96;MQ0=0;MQRankSum=0.895;QD=15.30;ReadPosRankSum=3.128;SB=-6.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:56,63:125:99:1954,271,0 chrX 283506 . TA T 1300.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.631;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=639.6031;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.28;MQ0=0;MQRankSum=1.689;QD=10.93;ReadPosRankSum=4.606;SB=-5.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:49,69:119:99:1343,184,0 chrX 285366 . GTTTCGTCGTCTTCTCCA G 15688 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=49.0180;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.30;MQ0=0;QD=132.95;SB=-3.506e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,96:118:99:15688,286,0 chrX 289587 . T TAA,TAAA 1034.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.438;DP=67;FS=2.270;HaplotypeScore=128.7239;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.08;MQ0=0;MQRankSum=0.188;QD=15.45;RPA=17,19,20;RU=A;ReadPosRankSum=-1.147;SB=-3.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:24,7,31:67:99:1113,320,246,159,0,109 chrX 291152 . C CA 5131 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=426.5639;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.78;MQ0=0;QD=34.67;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.502e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,144:148:99:5131,415,0 chrX 293091 . A AGAAGTAGTACTG 24190 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=207;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1487.9559;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.43;MQ0=0;QD=116.86;SB=-7.979e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:66,133:207:99:24190,536,0 chrX 293472 . G GGAC 7655 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.959;DP=195;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1741.4835;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.95;MQ0=0;MQRankSum=-2.973;QD=39.26;ReadPosRankSum=3.419;SB=-1.980e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,163:194:99:7655,511,0 chrX 294488 . T TC 6054 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1128.0741;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.58;MQ0=0;QD=36.47;SB=-2.038e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,165:166:99:6054,478,0 chrX 294905 . A AG 6241 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=188;FS=0.000;HaplotypeScore=1234.2604;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.05;MQ0=0;QD=33.20;SB=-2.845e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,157:188:99:6241,514,0 chrX 294918 . A AT 5302 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=1232.5222;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;QD=32.73;SB=-2.610e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,131:162:99:5302,443,0 chrX 295081 . G GT 4247 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;FS=0.000;HaplotypeScore=490.9061;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.38;MQ0=0;QD=25.28;RPA=4,5;RU=T;SB=-2.121e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,147:168:99:4247,430,0 chrX 309995 . TGTA T 5529 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=38.6257;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.26;MQ0=0;QD=42.53;RPA=4,3;RU=GTA;SB=-2.021e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,115:130:99:5529,343,0 chrX 314905 . TTTC T 6378 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=57.1195;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.03;MQ0=0;QD=42.52;SB=-2.912e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,139:150:99:6378,382,0 chrX 315657 . GA G 2046.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.114;DP=131;FS=8.571;HaplotypeScore=76.5539;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.333;QD=15.63;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.073;SB=-9.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,95:131:99:2089,229,0 chrX 317080 . GTATATA G 7276 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=45.3300;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;QD=50.53;RPA=9,6;RU=TA;SB=-3.099e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,116:144:99:7276,313,0 chrX 317205 . G GA 2650.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=225.9663;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.46;MQ0=0;QD=22.09;RPA=8,9;RU=A;SB=-1.125e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,92:120:99:2693,306,0 chrX 319847 . GA G 2008.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.179;DP=120;FS=3.603;HaplotypeScore=444.3489;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.921;QD=16.74;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.627;SB=-8.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,94:120:99:2051,254,0 chrX 322779 . C CA 3928 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=857.0125;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.44;MQ0=0;QD=29.98;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.548e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,126:131:99:3928,355,0 chrX 332667 . TGATTATTAGAATTATACGTTGCAGTATCATTATATTTTGTTAATGACG T 2781.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=30.9685;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.17;MQ0=0;QD=22.99;SB=-9.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:79,36:121:81:2824,81,0 chrX 337388 . TA T 1583.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=107;FS=12.602;HaplotypeScore=33.9840;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=1.163;QD=14.80;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.543;SB=-7.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,84:107:99:1626,116,0 chrX 342348 . ATTTTT A,AT 775.11 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.060;DP=71;FS=9.165;HaplotypeScore=80.0174;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.52;MQ0=0;MQRankSum=2.285;QD=10.92;RPA=23,18,19;RU=T;ReadPosRankSum=3.060;SB=-2.536e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:45,6,0:70:50:853,249,375,85,0,50 chrX 354332 . A AT 1732.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=132.6992;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;QD=21.94;RPA=7,8;RU=T;SB=-8.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,70:79:99:1775,198,0 chrX 354681 . GT G 931.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=279.3467;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.97;MQ0=0;QD=17.92;RPA=4,3;RU=T;SB=-3.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,36:36:87:974,87,0 chrX 358212 . GTTT G 1015.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.072;DP=93;FS=19.848;HaplotypeScore=87.5228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.75;MQ0=0;MQRankSum=2.647;QD=10.92;RPA=19,16;RU=T;ReadPosRankSum=2.931;SB=-3.169e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:67,16:91:66:1058,66,0 chrX 359824 . GAA G 2786.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.343;DP=152;FS=3.026;HaplotypeScore=142.5209;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.623;QD=18.34;RPA=15,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.760;SB=-1.326e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:57,77:152:99:2829,263,0 chrX 361643 . ACCG A 10235 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=240;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=72.3697;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.92;MQ0=0;QD=42.65;SB=-4.983e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,229:240:99:10235,661,0 chrX 367464 . G GA 275.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.620;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=728.1484;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.606;QD=7.24;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=-0.592;SB=-1.554e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,10:35:21:317,21,0 chrX 367469 . A AAG 408.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=304.5631;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=31.46;SB=-2.069e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,10:13:38:451,38,0 chrX 367479 . C CT 155.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=91.3627;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.76;MQ0=0;QD=19.39;RPA=1,2;RU=T;SB=-6.162e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,7:8:18:197,18,0 chrX 377813 . A ATT 4649 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=1115.3770;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.41;MQ0=0;QD=34.69;RPA=1,3;RU=T;SB=-2.253e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,119:134:99:4649,358,0 chrX 377910 . C CTT 3740 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=1592.8206;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.25;MQ0=0;QD=34.00;RPA=4,6;RU=T;SB=-1.822e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,95:109:99:3740,286,0 chrX 377943 . TGA T 3741 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=1670.3842;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.52;MQ0=0;QD=32.53;SB=-1.758e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:114:99:3741,304,0 chrX 388260 . C CA 640.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.626;DP=86;FS=8.118;HaplotypeScore=116.4138;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.997;QD=7.45;RPA=15,16;RU=A;ReadPosRankSum=-2.004;SB=-2.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,17:86:33:680,0,33 chrX 391256 . AG A 5436 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=169;FS=0.000;HaplotypeScore=686.5097;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.01;MQ0=0;QD=32.17;SB=-1.789e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,158:168:99:5436,463,0 chrX 391437 . CT C 5823 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=248;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=69.3527;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.70;MQ0=0;QD=23.48;RPA=7,6;RU=T;SB=-2.159e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,242:247:99:5823,675,0 chrX 393952 . C CA 4738 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=44.5118;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.14;MQ0=0;QD=35.89;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,126:132:99:4738,364,0 chrX 395708 . A AC 3504 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=23.8708;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.67;MQ0=0;QD=36.12;SB=-1.604e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,94:97:99:3504,274,0 chrX 396952 . CT C 1775.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.094;DP=100;FS=5.364;HaplotypeScore=44.9462;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.424;QD=17.76;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=2.189;SB=-7.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,83:100:99:1818,182,0 chrX 404066 . ACAG A 5333 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=50.3362;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;QD=34.19;RPA=8,7;RU=CAG;SB=-2.181e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:48,107:156:99:5333,349,0 chrX 414136 . T TA 2537.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=376.4200;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.65;MQ0=0;QD=23.07;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.239e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,101:110:99:2580,282,0 chrX 415909 . CA C 3776 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=191;FS=0.000;HaplotypeScore=282.0123;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.57;MQ0=0;QD=19.77;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.306e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,162:191:99:3776,455,0 chrX 417192 . C CA 3498 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=101.3789;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.77;MQ0=0;QD=24.99;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.568e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,127:140:99:3498,355,0 chrX 423016 . CT C 2639.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=32.5119;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.52;MQ0=0;QD=21.64;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.102e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,112:122:99:2682,312,0 chrX 424743 . GTTC G 2587.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=243.9018;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.75;MQ0=0;QD=42.43;RPA=4,3;RU=TTC;SB=-4.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,56:61:99:2630,163,0 chrX 436334 . G GT 630.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=11.2194;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=14.67;RPA=7,8;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,23:43:75:673,75,0 chrX 436461 . T TA 792.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=209.1439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.89;MQ0=0;QD=28.32;RPA=1,2;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,27:27:81:835,81,0 chrX 436489 . AT A 574.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=323.8517;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.18;MQ0=0;QD=15.13;RPA=10,9;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,26:37:78:617,78,0 chrX 436504 . T TTTTG 1683.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=207.6500;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.22;MQ0=0;QD=38.27;RPA=1,2;RU=TTTG;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,20:43:93:1726,93,0 chrX 436624 . G GTT 968 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=54;FS=5.607;HaplotypeScore=229.3935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.04;MQ0=0;MQRankSum=0.520;QD=17.93;RPA=11,13;RU=T;ReadPosRankSum=-1.299;SB=-2.755e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,30:54:76:1010,76,0 chrX 448869 . T TAC,TATAC 2291.27 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=62.5922;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=61.03;MQ0=0;QD=42.43;SB=-8.753e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,6,44:54:47:2369,1028,913,202,0,47 chrX 457903 . CAAAA C 184.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=11.1174;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.46;MQ0=0;QD=16.74;RPA=21,17;RU=A;SB=-1.387e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,6:11:18:226,18,0 chrX 458442 . G GT 2942.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=36.3719;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.80;MQ0=0;QD=21.80;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.280e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,118:135:99:2985,333,0 chrX 462616 . TC T 6067 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=211;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1352.9409;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.92;MQ0=0;QD=28.75;RPA=4,3;RU=C;SB=-2.559e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,184:211:99:6067,541,0 chrX 469207 . G GTTT 7052 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=37.1169;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.74;MQ0=0;QD=47.01;RPA=1,4;RU=T;SB=-3.069e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,147:150:99:7052,403,0 chrX 469702 . A AG 5629 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.768;DP=183;FS=0.000;HaplotypeScore=88.5596;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.46;MQ0=0;MQRankSum=0.239;QD=30.76;ReadPosRankSum=0.793;SB=-2.611e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,166:183:99:5629,468,0 chrX 472080 . ATT A 1085.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.255;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=84.2289;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.033;QD=16.71;RPA=14,12;RU=T;ReadPosRankSum=2.059;SB=-4.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,42:65:99:1128,105,0 chrX 483972 . A AT 337.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=39.3270;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.22;MQ0=1;QD=16.90;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,6:19:30:380,30,0 chrX 491023 . GA G 2119.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=183.0659;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.98;MQ0=0;QD=19.45;RPA=9,8;RU=A;SB=-9.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,99:109:99:2162,266,0 chrX 503590 . A AG 5644 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=37.4022;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.75;MQ0=0;QD=36.41;SB=-2.497e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,154:155:99:5644,451,0 chrX 517985 . A AT 6099 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=173;FS=0.000;HaplotypeScore=859.6962;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.30;MQ0=0;QD=35.25;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.778e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,166:173:99:6099,491,0 chrX 519255 . CGTGTGTGTGT C 7046 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=75.2686;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.80;MQ0=0;QD=60.74;RPA=20,15;RU=GT;SB=-2.108e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:48,62:116:99:7046,199,0 chrX 523904 . TAA T 1782.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.307;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=122.7039;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.213;QD=16.82;RPA=16,14;RU=A;ReadPosRankSum=-1.441;SB=-8.298e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,70:106:99:1824,197,0 chrX 525702 . GA G 561.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.206;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=249.3721;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.563;QD=7.92;RPA=17,16;RU=A;ReadPosRankSum=0.214;SB=-7.975e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,22:71:27:604,27,0 chrX 525750 . G GA 648.24 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.362;DP=56;FS=4.176;HaplotypeScore=384.5506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.478;QD=11.58;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.217;SB=-1.325e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:56:9:687,0,9 chrX 526276 . AG A 7256 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=205;FS=0.000;HaplotypeScore=349.5392;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.51;MQ0=0;QD=35.40;SB=-2.649e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,201:205:99:7256,575,0 chrX 526799 . TTA T 4435 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=105.2981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.45;MQ0=0;QD=36.96;SB=-1.959e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,111:120:99:4435,312,0 chrX 528517 . AT A 4758 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=233;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=64.1151;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.61;MQ0=0;QD=20.42;RPA=9,8;RU=T;SB=-2.301e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,210:232:99:4758,587,0 chrX 529525 . T TA 3417 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=1106.0427;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.90;MQ0=0;QD=35.23;SB=-1.690e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,77:97:99:3417,276,0 chrX 529537 . A AT 3362 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=1064.4126;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.01;MQ0=0;QD=33.62;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.665e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,89:100:99:3362,274,0 chrX 529735 . 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C CT 2054.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=246.3919;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.97;MQ0=0;QD=38.05;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:54:99:2097,160,0 chrX 539490 . CAAGTTTGTGACACCTTATAATAA C 11698 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=137.6693;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.45;MQ0=0;QD=139.26;SB=-4.861e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,54:84:99:11698,159,0 chrX 540531 . ATTTAG A 7838 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=29.0875;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.89;MQ0=0;QD=61.72;SB=-3.467e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,119:127:99:7838,334,0 chrX 541424 . A AAC 139.08 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=30.9328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.51;MQ0=2;MQRankSum=0.736;QD=17.38;RPA=1,2;RU=AC;ReadPosRankSum=0.736;SB=-2.205e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:6:13:178,0,13 chrX 543092 . 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C CAA 984.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=67.8060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.97;MQ0=0;QD=14.47;RPA=14,16;RU=A;SB=-4.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,12:66:99:1026,118,0 chrX 586466 . C CT 1708.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.793;DP=81;FS=2.255;HaplotypeScore=105.2277;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.51;MQ0=0;MQRankSum=1.237;QD=21.10;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.292;SB=-7.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,71:81:99:1751,158,0 chrX 594187 . ATTGTTGTTG A 11802 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=215;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=241.9060;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.20;MQ0=0;QD=54.89;RPA=10,7;RU=TTG;SB=-5.900e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:64,147:215:99:11802,403,0 chrX 604429 . CATATATATACCTATATATAAT C 15556 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=35.7983;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.50;MQ0=0;QD=138.89;SB=-7.493e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,90:112:99:15556,259,0 chrX 608049 . A AT 2598.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.207;DP=140;FS=3.522;HaplotypeScore=51.8061;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.143;QD=18.56;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.065;SB=-1.145e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,111:140:99:2641,301,0 chrX 612980 . AT A 3095.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=416.9033;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.40;MQ0=0;QD=32.59;RPA=2,1;RU=T;SB=-6.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,90:95:99:3138,268,0 chrX 613110 . AT A 2643.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=693.9202;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.90;MQ0=0;QD=25.18;RPA=8,7;RU=T;SB=-9.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,99:105:99:2686,294,0 chrX 613221 . C CA 3993 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=251.7472;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.14;MQ0=0;QD=38.39;SB=-1.019e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,101:104:99:3993,298,0 chrX 617534 . A AG 4529 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=97.6351;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.35;MQ0=0;QD=36.23;SB=-2.116e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,121:125:99:4529,352,0 chrX 618029 . G GCT,GCTT 3824 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.166;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=384.3969;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=49.35;MQ0=0;MQRankSum=1.009;QD=31.60;ReadPosRankSum=0.587;SB=-1.783e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:11,86,5:117:75:3824,381,75,561,0,277 chrX 620086 . C CT 3671 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=92.3478;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.58;MQ0=0;QD=37.85;SB=-1.559e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,92:97:99:3671,280,0 chrX 620162 . TTCTA T 4161 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=470.1030;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.24;MQ0=0;QD=51.37;RPA=2,1;RU=TCTA;SB=-1.547e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,72:81:99:4161,211,0 chrX 620341 . AAAAT A 3467 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=163.6368;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.10;MQ0=0;QD=53.34;SB=-1.605e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,60:65:99:3467,186,0 chrX 620479 . C CA 2183.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=24.2476;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.82;MQ0=0;QD=25.39;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.005e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,76:86:99:2226,225,0 chrX 633389 . TC T 3744 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=296.6298;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.81;MQ0=0;QD=32.00;SB=-1.530e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,97:117:99:3744,313,0 chrX 637007 . A AAAAAAG,AAG 3385 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=480.4243;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=51.23;MQ0=0;QD=22.72;SB=-1.270e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:38,7,75:149:99:3385,1894,1999,397,0,115 chrX 639688 . G GT 3447 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.116;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=1348.8255;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.59;MQ0=0;MQRankSum=1.497;QD=24.80;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=-1.380;SB=-1.622e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,117:139:99:3447,326,0 chrX 639708 . ACCCCCCCCCCCCC A 13070 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=571.5334;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.02;MQ0=0;QD=102.91;RPA=19,6;RU=C;SB=-5.559e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,90:127:99:13070,283,0 chrX 639990 . AACACACACACAC A 2605.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=361.4210;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.06;MQ0=0;QD=40.09;RPA=19,13;RU=AC;SB=-1.314e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,18:65:60:2648,60,0 chrX 640552 . G GA 4383 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=191;FS=0.000;HaplotypeScore=298.5685;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.45;MQ0=0;QD=22.95;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.600e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,169:191:99:4383,486,0 chrX 640784 . GA G 2397.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.468;DP=133;FS=4.488;HaplotypeScore=118.3755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.082;QD=18.03;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.171;SB=-8.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,117:133:99:2440,289,0 chrX 641890 . T TA 1605.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.547;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=435.1771;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.877;QD=15.01;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.339;SB=-7.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,62:107:99:1648,109,0 chrX 641916 . GA G 2691.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=423.7387;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.05;MQ0=0;QD=24.70;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.323e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,97:109:99:2734,291,0 chrX 646562 . A AG 5020 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=974.8710;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.31;MQ0=0;QD=34.62;RPA=1,2;RU=G;SB=-2.201e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,134:145:99:5020,403,0 chrX 646596 . 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C CT 2560.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=316.9602;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.75;MQ0=0;QD=24.62;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.262e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,90:104:99:2603,273,0 chrX 654355 . A ATG 4576 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=710.2953;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.77;MQ0=0;QD=40.50;SB=-1.605e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,98:113:99:4576,310,0 chrX 654375 . A AG 3688 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=781.1287;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.23;MQ0=0;QD=31.79;SB=-1.261e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,108:116:99:3688,325,0 chrX 663134 . C CAT 9301 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=219;FS=0.000;HaplotypeScore=639.8270;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.34;MQ0=0;QD=42.47;RPA=1,2;RU=AT;SB=-3.609e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,211:219:99:9301,629,0 chrX 663646 . GA G 1982.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=284.6858;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.10;MQ0=0;QD=19.25;RPA=10,9;RU=A;SB=-7.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,84:103:99:2025,259,0 chrX 663739 . G GA 2355.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=151.7687;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.35;MQ0=0;QD=21.81;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.063e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,81:108:99:2398,264,0 chrX 663939 . A ATT 2698.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=175.5408;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.37;MQ0=0;QD=24.10;RPA=8,10;RU=T;SB=-1.116e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:63,47:112:99:2741,256,0 chrX 672798 . CT C 1788.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.987;DP=101;FS=3.178;HaplotypeScore=225.8378;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.022;QD=17.71;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.460;SB=-8.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,85:101:99:1831,210,0 chrX 673680 . TA T 6941 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=213;FS=0.000;HaplotypeScore=155.1837;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.49;MQ0=0;QD=32.59;RPA=2,1;RU=A;SB=-2.953e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,204:213:99:6941,590,0 chrX 677390 . TTA T 2107.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.624;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=382.5738;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.79;MQ0=0;MQRankSum=0.217;QD=23.42;RPA=8,7;RU=TA;ReadPosRankSum=-1.624;SB=-5.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,65:90:99:2150,154,0 chrX 697010 . CT C 2049.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.722;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=49.5475;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.480;QD=16.53;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.010;SB=-8.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,95:124:99:2092,258,0 chrX 701765 . CACACACACACACACAT C 14472 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.049;DP=155;FS=3.136;HaplotypeScore=262.9279;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.30;MQ0=0;MQRankSum=1.509;QD=93.37;ReadPosRankSum=1.163;SB=-6.261e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,143:155:99:14472,405,0 chrX 702817 . G GA 3170.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=252.4925;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.12;MQ0=0;QD=21.28;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.032e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,114:148:99:3213,348,0 chrX 702908 . T TG 3898 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=877.2996;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.08;MQ0=0;QD=31.95;RPA=1,2;RU=G;SB=-9.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,113:114:99:3898,316,0 chrX 703480 . G GA 2521.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.439;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=698.1764;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=0.274;QD=18.54;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.141;SB=-1.215e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,102:136:99:2564,218,0 chrX 708494 . A AC 1912.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=453.6246;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.21;MQ0=0;QD=32.98;RPA=2,3;RU=C;SB=-6.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,57:58:99:1955,171,0 chrX 708513 . CT C 1722.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=449.5645;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.94;MQ0=0;QD=30.77;RPA=3,2;RU=T;SB=-5.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,52:56:99:1765,153,0 chrX 709746 . G GCT 1858.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.333;DP=174;FS=2.704;HaplotypeScore=1844.3406;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.53;MQ0=0;MQRankSum=-10.734;QD=10.68;ReadPosRankSum=5.625;SB=-9.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,58:174:99:1898,0,1824 chrX 709747 . A ACACTTTTATCTGC 10404 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.630;DP=158;FS=1.428;HaplotypeScore=631.1954;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.710;QD=65.85;ReadPosRankSum=2.605;SB=-4.799e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:97,58:158:99:10404,300,0 chrX 714673 . C CGTA 6143 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.872;DP=250;DS;FS=2.965;HaplotypeScore=435.3969;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.605;QD=24.57;RPA=4,5;RU=GTA;ReadPosRankSum=-0.289;SB=-1.691e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,201:184:99:6143,300,0 chrX 715144 . TGTAGGAGTG T 3154.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.754;DP=102;DS;FS=17.747;HaplotypeScore=2416.4070;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.28;MQ0=0;MQRankSum=1.053;QD=30.93;ReadPosRankSum=1.263;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,32:102:99:3194,0,298 chrX 715177 . AGTAGTCGAT A 3303 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.560;DP=49;DS;FS=4.002;HaplotypeScore=859.2538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.81;MQ0=0;MQRankSum=0.122;QD=67.41;ReadPosRankSum=-0.306;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,34:49:99:3303,0,418 chrX 715231 . AGTAGTCGAT A 1436.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.134;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=425.0676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.08;MQ0=2;MQRankSum=0.804;QD=44.91;ReadPosRankSum=-0.749;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:30:99:1476,0,878 chrX 717235 . TAA T 2598.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.292;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=366.7090;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.876;QD=22.40;RPA=12,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.084;SB=-1.191e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,89:116:99:2641,223,0 chrX 718506 . T TA 5705 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=195;FS=0.000;HaplotypeScore=750.6494;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.23;MQ0=0;QD=29.26;RPA=3,4;RU=A;SB=-2.669e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,177:195:99:5705,562,0 chrX 718558 . G GA 6134 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=180;FS=0.000;HaplotypeScore=648.5332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.96;MQ0=0;QD=34.08;RPA=1,2;RU=A;SB=-2.840e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,168:180:99:6134,499,0 chrX 719648 . T TA 3336 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.528;DP=180;FS=0.000;HaplotypeScore=72.0848;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.68;MQ0=0;MQRankSum=1.162;QD=18.53;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.118;SB=-1.387e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,146:180:99:3336,321,0 chrX 721663 . A AT 4922 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=1018.6545;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.45;MQ0=0;QD=35.16;SB=-2.245e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,132:140:99:4922,378,0 chrX 724234 . TA T 2946.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=350.8236;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.29;MQ0=0;QD=20.61;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.058e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,126:143:99:2989,357,0 chrX 724826 . CT C 3765 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=700.6828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.79;MQ0=0;QD=31.38;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.747e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,113:120:99:3765,325,0 chrX 725725 . AC A 6657 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=188;FS=0.000;HaplotypeScore=1230.5580;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.19;MQ0=0;QD=35.41;SB=-1.806e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,180:188:99:6657,509,0 chrX 727054 . AC A 5049 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=611.8027;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.40;MQ0=0;QD=31.75;RPA=3,2;RU=C;SB=-2.425e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,149:159:99:5049,439,0 chrX 728432 . T TA 1601.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=803.8467;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.60;MQ0=0;QD=17.23;RPA=3,4;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,80:69:99:1644,168,0 chrX 744863 . C CT 232.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=77.5010;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=14.98;MQ0=0;QD=19.42;RPA=3,4;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24:275,24,0 chrX 745315 . G GT 256.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.670;DP=51;FS=5.425;HaplotypeScore=637.1294;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.66;MQ0=6;MQRankSum=1.653;QD=5.04;ReadPosRankSum=-1.683;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,10:40:99:296,0,875 chrX 745443 . A AG 322.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.604;DP=26;FS=6.923;HaplotypeScore=341.9137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.03;MQ0=0;MQRankSum=0.817;QD=12.42;ReadPosRankSum=0.391;SB=-1.019e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,11:22:99:362,0,119 chrX 745496 . TGG TGGG,T 649.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.481;DP=76;FS=3.385;HaplotypeScore=1112.1716;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=27.18;MQ0=1;MQRankSum=0.493;QD=8.55;ReadPosRankSum=-2.402;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:38,0,14:70:99:728,182,440,423,0,1185 chrX 745497 . GGAT G 1624.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.957;DP=74;FS=19.101;HaplotypeScore=1023.2688;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.13;MQ0=1;MQRankSum=2.063;QD=21.96;ReadPosRankSum=2.864;SB=-5.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,33:68:24:1667,24,0 chrX 745535 . GA G 606.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.793;DP=78;FS=21.835;HaplotypeScore=1278.3293;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.21;MQ0=0;MQRankSum=0.389;QD=7.78;ReadPosRankSum=-3.055;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,21:66:99:646,0,971 chrX 745568 . TG T 607.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;DP=50;FS=11.913;HaplotypeScore=926.5911;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.87;MQ0=0;MQRankSum=0.774;QD=12.16;RPA=4,3;RU=G;ReadPosRankSum=-1.196;SB=0.042;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,32:35:76:647,0,76 chrX 745608 . T TA 510.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.658;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=673.4489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.503;QD=14.19;ReadPosRankSum=0.658;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,27:24:35:550,0,35 chrXI 123 . CA C 426.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=243.6352;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.60;MQ0=0;QD=30.50;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:12:36:469,36,0 chrXI 137 . TC T 242.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.376;DP=19;FS=23.181;HaplotypeScore=383.7660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.212;QD=12.79;ReadPosRankSum=1.482;SB=-2.745e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,9:17:99:282,0,145 chrXI 199 . TG T 134.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.751;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=271.8644;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.37;MQ0=0;MQRankSum=0.751;QD=11.17;ReadPosRankSum=0.751;SB=-3.347e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,5:12:19:176,19,0 chrXI 201 . T TCCTAC 429.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=208.9461;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.03;MQ0=0;QD=43.00;SB=-1.119e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,5:10:27:472,27,0 chrXI 395 . CA C 495.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.224;DP=20;FS=3.140;HaplotypeScore=182.8287;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.671;QD=24.78;ReadPosRankSum=2.162;SB=-2.745e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,16:19:4:535,4,0 chrXI 526 . C CTA 240.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=61.7034;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.04;MQ0=2;MQRankSum=0.742;QD=21.85;ReadPosRankSum=0.742;SB=-9.696e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:7:13:282,13,0 chrXI 1394 . TC T 136.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.442;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=72.8025;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=12.83;MQ0=74;MQRankSum=-0.272;QD=1.10;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=-0.906;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,25:22:99:176,0,296 chrXI 1472 . C CA 187.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.620;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=126.6956;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=15.87;MQ0=71;MQRankSum=0.045;QD=1.27;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=-0.760;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:111,37:42:99:227,0,592 chrXI 1725 . CA C 106.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.689;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=70.1739;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.25;MQ0=12;MQRankSum=-0.984;QD=2.18;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.295;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,17:29:99:146,0,391 chrXI 3352 . CA C 1962.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=153.1801;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.83;MQ0=0;QD=20.03;RPA=8,7;RU=A;SB=-7.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,91:98:99:2005,234,0 chrXI 8331 . TA T 1808.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.929;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=488.3293;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=1.865;QD=13.60;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.210;SB=-8.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,85:133:99:1851,138,0 chrXI 13741 . CT C 4021 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=259.8957;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.73;MQ0=0;QD=31.41;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.854e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,126:128:99:4021,355,0 chrXI 14273 . T TA 5025 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=38.1836;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.59;MQ0=0;QD=35.89;SB=-2.486e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,137:140:99:5025,394,0 chrXI 18399 . GT G 2125.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=25.5041;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.56;MQ0=0;QD=22.15;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.037e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,85:96:99:2168,252,0 chrXI 21247 . A AT 1857.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.468;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=453.9151;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.429;QD=15.75;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=0.989;SB=-7.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,75:118:99:1900,234,0 chrXI 24728 . G GA 3886 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=172;FS=0.000;HaplotypeScore=45.2059;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.41;MQ0=0;QD=22.59;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.856e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,158:172:99:3886,441,0 chrXI 24905 . TA T 4775 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=38.9978;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.04;MQ0=0;QD=33.16;SB=-1.667e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,143:144:99:4775,394,0 chrXI 26591 . CATATATATATATATATATAT C 13224 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=29.0930;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.70;MQ0=0;QD=124.75;RPA=16,6;RU=AT;SB=-6.487e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,80:106:99:13224,229,0 chrXI 34159 . T TAC 5882 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.272;DP=174;FS=8.265;HaplotypeScore=355.8267;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.218;QD=33.80;ReadPosRankSum=1.318;SB=-2.149e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,162:174:99:5882,422,0 chrXI 36588 . CATATATATAT C 1262.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=46.3822;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.52;MQ0=0;QD=57.41;RPA=15,10;RU=AT;SB=-1.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,10:21:36:1305,36,0 chrXI 36666 . GT G 1211.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=176.8420;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.12;MQ0=0;QD=22.44;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,51:54:99:1254,141,0 chrXI 38637 . A AAGAAGAAG,AAGAAGAAGAAG 14115 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=49.2114;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=49.62;MQ0=0;QD=91.06;SB=-5.176e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:5,9,123:155:99:14115,3222,2792,557,0,126 chrXI 66439 . T TTTC 4830 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=32.7075;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.94;MQ0=0;QD=44.31;RPA=1,2;RU=TTC;SB=-2.326e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,102:109:99:4830,292,0 chrXI 67700 . C CT 3310 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=624.2853;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.91;MQ0=0;QD=37.19;SB=-9.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:3310,259,0 chrXI 67822 . G GCC 2089.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=782.4517;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.94;MQ0=0;QD=38.00;SB=-1.023e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:55:99:2132,163,0 chrXI 67823 . T TC 1439.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=834.9667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.92;MQ0=0;QD=26.67;RPA=1,2;RU=C;SB=-7.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1482,162,0 chrXI 67892 . TCCGTGCTGAAAC T 2681.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=465.5995;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.74;MQ0=0;QD=72.49;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,19:37:72:2724,72,0 chrXI 68106 . A AAAAAT 1067.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=153.1531;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.91;MQ0=0;QD=48.54;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,18:22:57:1110,57,0 chrXI 68355 . GGAA G 3770 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.752;DP=128;FS=3.441;HaplotypeScore=1712.5835;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.66;MQ0=0;MQRankSum=-2.284;QD=29.45;ReadPosRankSum=6.239;SB=-1.746e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,73:128:99:3770,0,360 chrXI 68361 . TGCGGAA T 5889 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.003;DP=125;FS=8.412;HaplotypeScore=1549.9019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.563;QD=47.11;ReadPosRankSum=7.931;SB=-2.834e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,73:125:9:5889,0,9 chrXI 68454 . G GCC 8133 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=177;FS=0.000;HaplotypeScore=991.0471;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.80;MQ0=0;QD=45.95;SB=-3.580e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,162:177:99:8133,509,0 chrXI 68468 . T TG 7043 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=191;FS=0.000;HaplotypeScore=1063.7433;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.47;MQ0=0;QD=36.87;SB=-3.380e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,177:191:99:7043,560,0 chrXI 74916 . T TAGTGC 8098 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=33.8957;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.94;MQ0=0;QD=64.27;SB=-2.371e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,114:126:99:8098,355,0 chrXI 78838 . TA T 489.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=18.7176;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=17.50;RPA=10,9;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,26:28:66:532,66,0 chrXI 80060 . G GAT,GATAT 1735.95 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=19.0028;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.50;MQ0=0;QD=31.00;RPA=6,7,8;RU=AT;SB=-7.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:19,5,32:56:63:1814,1121,1016,165,0,63 chrXI 80839 . C CT 3623 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=589.2242;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.34;MQ0=0;QD=23.53;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.499e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,132:154:99:3623,399,0 chrXI 80905 . CT C 2525.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.308;DP=154;FS=3.048;HaplotypeScore=289.8746;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.138;QD=16.40;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.495;SB=-1.236e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,113:154:99:2568,297,0 chrXI 83811 . A AC 1979.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.360;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=986.3154;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.92;MQ0=0;MQRankSum=1.668;QD=21.29;ReadPosRankSum=2.029;SB=-8.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,73:93:99:2022,234,0 chrXI 83970 . C CA 2181.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=400.6947;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.30;MQ0=0;QD=31.17;RPA=1,2;RU=A;SB=-7.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,64:70:99:2224,198,0 chrXI 84114 . TA T 1601.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=475.2487;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.18;MQ0=0;QD=29.67;RPA=3,2;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:51:99:1644,147,0 chrXI 84295 . ATTT A 2990.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=287.8097;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.43;MQ0=1;QD=37.86;RPA=11,8;RU=T;SB=-1.365e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,66:75:99:3033,207,0 chrXI 88936 . T TC 3395 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=304.7543;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.82;MQ0=0;QD=28.77;RPA=1,2;RU=C;SB=-1.417e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,99:118:99:3395,301,0 chrXI 89104 . CA C 2499.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=499.4848;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.34;MQ0=0;QD=24.27;RPA=5,4;RU=A;SB=-6.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,92:103:99:2542,264,0 chrXI 89276 . G GTAAA 6167 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.505;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=789.6506;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.67;MQ0=0;MQRankSum=1.700;QD=51.82;ReadPosRankSum=0.275;SB=-1.651e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,75:119:99:6167,314,0 chrXI 92108 . C CA 2249.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=432.3030;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.61;MQ0=0;QD=24.72;RPA=4,5;RU=A;SB=-6.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,79:91:99:2292,243,0 chrXI 92266 . ATG A 2872.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=828.5744;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.35;MQ0=0;QD=41.64;SB=-1.243e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:69:99:2915,195,0 chrXI 92298 . G GT 2241.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=983.5898;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.64;MQ0=0;QD=26.07;RPA=3,4;RU=T;SB=-7.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,80:86:99:2284,237,0 chrXI 92655 . A AT 1370.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.977;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=212.6988;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.44;MQ0=0;MQRankSum=1.811;QD=16.93;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.352;SB=-5.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,62:81:99:1413,115,0 chrXI 96630 . C CT 3523 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=78.3135;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.84;MQ0=0;QD=24.81;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.621e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,124:142:99:3523,372,0 chrXI 98218 . CA C 3437 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=834.7171;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.72;MQ0=0;QD=33.05;RPA=2,1;RU=A;SB=-2.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,100:104:99:3437,292,0 chrXI 98349 . AT A 617.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=258.8551;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.14;MQ0=0;QD=11.44;RPA=7,6;RU=T;SB=-7.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,37:54:75:660,75,0 chrXI 106973 . A AT 2011.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=261.8022;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.08;MQ0=0;QD=27.19;RPA=2,3;RU=T;SB=-7.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,64:74:99:2054,195,0 chrXI 106992 . AT A 1650.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=346.5837;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.91;MQ0=0;QD=20.38;RPA=9,8;RU=T;SB=-5.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,71:81:99:1693,204,0 chrXI 109847 . A AT 2542.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=1069.8561;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.13;MQ0=0;QD=21.02;RPA=8,9;RU=T;SB=-1.130e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,108:121:99:2585,309,0 chrXI 113003 . GA G 1602.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=24.6634;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.48;MQ0=0;QD=23.92;RPA=7,6;RU=A;SB=-6.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,65:67:99:1645,186,0 chrXI 126103 . G GGAAGAAGAAGAA 6961 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=48.6708;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.02;MQ0=0;QD=49.72;RPA=10,14;RU=GAA;SB=-2.012e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:63,74:139:99:6961,241,0 chrXI 136103 . CATATATAT C 706.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=61.6513;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=27.19;RPA=12,8;RU=AT;SB=-1.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,13:26:36:749,36,0 chrXI 141600 . TA T 1223.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=17.3403;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.85;MQ0=0;QD=19.43;RPA=8,7;RU=A;SB=-2.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,60:63:99:1266,153,0 chrXI 142856 . G GT 1659.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.020;DP=95;FS=8.055;HaplotypeScore=28.2771;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.19;MQ0=0;MQRankSum=0.557;QD=17.47;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.974;SB=-6.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,77:95:99:1702,116,0 chrXI 144725 . A ACCG 4516 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.034;DP=247;DS;FS=1.701;HaplotypeScore=1038.5289;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.52;MQ0=1;MQRankSum=-3.847;QD=18.28;ReadPosRankSum=0.448;SB=-2.085e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:153,89:233:99:4516,0,5152 chrXI 145727 . T TA 2607.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=30.9004;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.09;MQ0=0;QD=23.93;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.293e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,99:109:99:2650,291,0 chrXI 146380 . T TG 7490 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=198;FS=0.000;HaplotypeScore=60.6010;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.53;MQ0=0;QD=37.83;SB=-3.733e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,195:198:99:7490,569,0 chrXI 152884 . GC G 3138.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=189.6762;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.96;MQ0=0;QD=33.75;SB=-1.421e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,81:93:99:3181,259,0 chrXI 158529 . ATC A 5182 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=763.6574;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.07;MQ0=0;QD=37.01;RPA=2,1;RU=TC;SB=-2.262e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,126:140:99:5182,376,0 chrXI 162425 . TA T 4309 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=301.0779;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.18;MQ0=0;QD=36.21;SB=-1.366e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:119:99:4309,340,0 chrXI 162682 . G GT 2485.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=46.3935;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.96;MQ0=0;QD=22.00;RPA=8,9;RU=T;SB=-9.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,107:113:99:2528,310,0 chrXI 164844 . CTATATATATATATATATA C 8195 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.660;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=117.9503;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.24;MQ0=0;MQRankSum=1.227;QD=94.20;RPA=17,8;RU=TA;ReadPosRankSum=1.372;SB=-2.948e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,41:87:99:8195,127,0 chrXI 165087 . TAGA T 10566 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=222;FS=0.000;HaplotypeScore=60.9310;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.28;MQ0=0;QD=47.59;RPA=2,1;RU=AGA;SB=-5.087e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,213:222:99:10566,608,0 chrXI 171227 . G GA 3406 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=291.2726;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=24.68;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.353e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,121:138:99:3406,360,0 chrXI 173898 . C CAT 1542.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=259.3990;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.69;MQ0=0;QD=20.04;RPA=6,7;RU=AT;SB=-6.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,38:77:99:1585,132,0 chrXI 173943 . A AAC 3125.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=297.3696;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.93;MQ0=0;QD=34.73;RPA=3,4;RU=AC;SB=-1.253e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,84:90:99:3168,250,0 chrXI 179184 . GA G 1395.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=298.3496;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.92;MQ0=0;QD=18.86;RPA=8,7;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,64:74:99:1438,168,0 chrXI 180295 . CAA C 2556.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=74.5202;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.83;MQ0=0;QD=36.01;RPA=3,1;RU=A;SB=-1.287e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,69:71:99:2599,186,0 chrXI 182668 . G GTT 2024.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.442;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=71.5127;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.442;QD=19.66;RPA=11,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.416;SB=-7.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,50:101:99:2067,128,0 chrXI 184503 . A AATAATAATAATAATT 947.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=9.1632;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=27.88;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,15:34:30:990,30,0 chrXI 188972 . 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GGC G 4238 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=225.4735;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.24;MQ0=0;QD=39.98;RPA=2,1;RU=GC;SB=-5.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,102:106:99:4238,295,0 chrXI 203079 . T TTA 3057.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=467.0155;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.50;MQ0=0;QD=35.15;SB=-7.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,67:87:99:3100,226,0 chrXI 203124 . C CAT 5048 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=376.9350;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.51;MQ0=0;QD=46.31;SB=-1.412e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,102:109:99:5048,319,0 chrXI 212350 . GT G 1039.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=19.7502;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=18.24;RPA=8,7;RU=T;SB=-2.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,41:57:99:1082,126,0 chrXI 213285 . G GC 6672 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=203;FS=0.000;HaplotypeScore=472.4699;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.07;MQ0=0;QD=32.87;RPA=1,2;RU=C;SB=-3.102e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,199:203:99:6672,581,0 chrXI 213592 . C CCG 4462 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=681.8666;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.29;MQ0=0;QD=42.50;SB=-1.548e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,97:105:99:4462,295,0 chrXI 215325 . T TA 2731.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=31.9486;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=23.55;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.092e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,98:116:99:2774,297,0 chrXI 216942 . AG A 2418.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=956.1053;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.44;MQ0=0;QD=24.68;SB=-1.109e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,91:98:99:2461,266,0 chrXI 217107 . GA G 828.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.717;DP=104;FS=1.795;HaplotypeScore=102.3224;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.16;MQ0=0;MQRankSum=0.639;QD=7.97;RPA=16,15;RU=A;ReadPosRankSum=-0.521;SB=-4.328e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:58,34:104:58:871,58,0 chrXI 219888 . G GA 4018 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=223.6576;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.94;MQ0=0;QD=33.21;SB=-1.851e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,109:121:99:4018,316,0 chrXI 223251 . T TG 4464 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=378.8507;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;QD=29.37;RPA=3,4;RU=G;SB=-2.176e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,145:152:99:4464,428,0 chrXI 230043 . GA G 2674.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=347.2245;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.18;MQ0=0;QD=17.95;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.256e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,117:149:99:2717,326,0 chrXI 230054 . AT A 3104.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=450.4851;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.23;MQ0=0;QD=20.03;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.229e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,129:155:99:3147,369,0 chrXI 230875 . GA G 4399 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=180;FS=0.000;HaplotypeScore=382.3948;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.58;MQ0=0;QD=24.44;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.931e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,172:180:99:4399,495,0 chrXI 231380 . GA G 2573.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=58.5903;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.48;MQ0=0;QD=22.98;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.035e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,107:112:99:2616,303,0 chrXI 232543 . GTAA G 4056 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=589.8817;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.10;MQ0=0;QD=30.27;RPA=7,6;RU=TAA;SB=-1.938e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,86:134:99:4056,289,0 chrXI 232606 . AAAT A 5510 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=537.4476;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.27;MQ0=0;QD=47.91;SB=-2.350e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,107:115:99:5510,319,0 chrXI 234032 . C CA 691.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.692;DP=52;FS=2.370;HaplotypeScore=129.8552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.73;MQ0=0;MQRankSum=0.681;QD=13.31;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.154;SB=-2.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,34:52:33:734,33,0 chrXI 234086 . AT A 1019.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=186.3456;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=1.655;QD=18.89;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.039;SB=-3.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,45:54:99:1062,125,0 chrXI 234157 . A AT 767.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.821;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=126.9790;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.368;QD=15.36;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.638;SB=-2.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,39:50:85:810,85,0 chrXI 235323 . AATGGTTACG A 15612 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=174;FS=0.000;HaplotypeScore=440.7440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.93;MQ0=0;QD=89.72;SB=-7.121e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,153:174:99:15612,445,0 chrXI 246028 . ATT A 1911.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.509;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=185.5459;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.43;MQ0=0;MQRankSum=1.397;QD=22.49;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.006;SB=-9.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,64:85:99:1954,181,0 chrXI 247692 . C CTTGTT 7584 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=33.6185;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.63;MQ0=0;QD=62.16;SB=-3.615e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,102:121:99:7584,334,0 chrXI 247965 . T TC 3467 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.677;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=610.2885;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.85;MQ0=0;MQRankSum=0.880;QD=23.27;ReadPosRankSum=0.330;SB=-1.294e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,128:149:99:3467,370,0 chrXI 255584 . C CT 2026.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.543;DP=139;FS=1.173;HaplotypeScore=68.1672;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=0.709;QD=14.58;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.000;SB=-6.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,92:139:28:2069,28,0 chrXI 258411 . C CT 5384 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=75.5251;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=21.54;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.568e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,206:250:99:5384,629,0 chrXI 259074 . T TA 1693.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.431;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=64.4210;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.393;QD=14.36;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.431;SB=-7.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,72:118:99:1736,171,0 chrXI 259245 . G GA 4382 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.781;DP=205;FS=0.000;HaplotypeScore=57.9647;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.089;QD=21.38;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.863;SB=-1.427e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,186:205:99:4382,488,0 chrXI 260061 . C CT 3871 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=480.7075;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.21;MQ0=0;QD=28.46;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.807e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,130:136:99:3871,367,0 chrXI 260957 . A AC 4769 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=365.1991;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.92;MQ0=0;QD=33.12;SB=-1.644e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,134:144:99:4769,384,0 chrXI 266089 . T TA 834.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.578;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=47.0676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=2.015;QD=12.83;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.193;SB=-4.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,38:65:62:876,62,0 chrXI 271769 . TA T 2595.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=39.0030;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.50;MQ0=0;QD=18.03;RPA=11,10;RU=A;SB=-1.293e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,119:144:99:2638,338,0 chrXI 277081 . CT C 2714.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=265.2338;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.22;MQ0=0;QD=24.03;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.307e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,101:113:99:2757,285,0 chrXI 277968 . C CT 4159 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.413;DP=183;FS=3.708;HaplotypeScore=45.6433;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.464;QD=22.73;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=-0.168;SB=-1.723e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,154:183:99:4159,437,0 chrXI 278242 . GA G 2645.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=951.8098;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.49;MQ0=0;QD=21.00;RPA=10,9;RU=A;SB=-1.260e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,109:126:99:2688,315,0 chrXI 278266 . T TAAA 4850 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=643.3692;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.93;MQ0=0;QD=39.43;RPA=7,10;RU=A;SB=-2.073e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,102:123:99:4850,340,0 chrXI 278806 . G GC 5568 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=992.3864;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.57;MQ0=0;QD=37.12;SB=-1.570e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,138:150:99:5568,439,0 chrXI 279085 . 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GAT G 169.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=91.0865;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=6.07;RPA=9,8;RU=AT;SB=-3.497e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,5:28:24:212,24,0 chrXI 280994 . TCTA T 741.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=75.2387;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.98;MQ0=0;QD=35.33;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,17:21:51:784,51,0 chrXI 284617 . TTA T 1873.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=109.9498;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.02;MQ0=0;QD=23.72;RPA=7,6;RU=TA;SB=-8.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,63:79:99:1916,165,0 chrXI 284765 . G GA 2500.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=306.8353;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.34;MQ0=0;QD=21.19;RPA=7,8;RU=A;SB=-8.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,98:118:99:2543,297,0 chrXI 286448 . TA T 734.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.577;DP=55;FS=2.730;HaplotypeScore=65.7809;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=0.426;QD=13.36;RPA=15,14;RU=A;ReadPosRankSum=0.175;SB=-3.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,35:55:73:777,73,0 chrXI 302194 . G GAGTTTCTGATCCTCACTAA 18446 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=52.4898;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.86;MQ0=0;QD=179.09;SB=-7.221e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,55:103:99:18446,286,0 chrXI 303028 . C CTT 3314 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=34.7096;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.13;MQ0=2;QD=31.26;RPA=7,9;RU=T;SB=-1.518e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,97:104:99:3314,286,0 chrXI 304852 . T TC 2693.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=226.0321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.37;MQ0=0;QD=28.36;RPA=3,4;RU=C;SB=-1.060e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,92:95:99:2736,265,0 chrXI 306688 . GA G 3739 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=859.9936;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.27;MQ0=0;QD=28.11;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.733e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,127:133:99:3739,370,0 chrXI 306853 . A ATTTG 6120 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=452.6536;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.48;MQ0=0;QD=58.85;SB=-2.479e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,96:104:99:6120,298,0 chrXI 306980 . AT A 4568 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=231.5282;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.53;MQ0=0;QD=32.63;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.689e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,139:140:99:4568,376,0 chrXI 307256 . G GA 2965.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.097;DP=167;FS=0.000;HaplotypeScore=121.6463;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.23;MQ0=0;MQRankSum=0.436;QD=17.76;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.362;SB=-1.298e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,131:167:99:3008,365,0 chrXI 307855 . G GC 5163 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=120.1990;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.20;MQ0=0;QD=33.97;RPA=1,2;RU=C;SB=-1.932e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,148:152:99:5163,433,0 chrXI 308786 . TGCACC T 11342 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=173;FS=0.000;HaplotypeScore=283.3469;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.11;MQ0=0;QD=65.56;RPA=2,1;RU=GCACC;SB=-3.656e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,168:173:99:11342,497,0 chrXI 309621 . A ATT 2232.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=44.8260;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.89;MQ0=0;QD=27.57;RPA=8,10;RU=T;SB=-9.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,60:81:99:2275,207,0 chrXI 309693 . GT G 1336.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=192.3494;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.81;MQ0=0;QD=15.37;RPA=13,12;RU=T;SB=-6.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,67:87:99:1379,187,0 chrXI 310035 . GA G 2949.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=44.3701;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;QD=18.55;RPA=10,9;RU=A;SB=-1.127e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,128:159:99:2992,365,0 chrXI 310563 . T TTAATAACAA 12401 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=360.4599;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.39;MQ0=0;QD=82.13;SB=-4.925e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,131:151:99:12401,376,0 chrXI 313387 . G GAAA 3228.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=481.1134;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.16;MQ0=0;QD=46.12;SB=-4.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,66:70:99:3271,184,0 chrXI 313664 . T TA 710.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=161.5887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.26;MQ0=3;QD=32.32;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:19:57:753,57,0 chrXI 314144 . C CA 1506.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=282.5817;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.16;MQ0=0;QD=21.22;RPA=7,8;RU=A;SB=-6.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,62:71:99:1549,180,0 chrXI 315394 . TA T 2430.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=136.8950;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.31;MQ0=0;QD=21.90;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.050e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,100:111:99:2473,291,0 chrXI 316240 . CT C 1521.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.735;DP=82;FS=4.578;HaplotypeScore=744.8350;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.04;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=18.56;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.417;SB=-5.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,67:82:99:1564,175,0 chrXI 316288 . A AAAT 2518.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=918.1451;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.99;MQ0=0;QD=32.29;SB=-1.267e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,53:78:99:2561,198,0 chrXI 316294 . AAG AATAG,A 2644.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=928.0085;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=35.13;MQ0=0;QD=31.87;SB=-1.228e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:10,0,67:83:99:2723,330,135,377,0,185 chrXI 316401 . TA T 2689.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=340.8663;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.19;MQ0=0;QD=29.89;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.145e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,87:90:99:2732,232,0 chrXI 317063 . T TTG 4615 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=305.9626;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.53;MQ0=0;QD=43.95;SB=-1.758e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,89:105:99:4615,280,0 chrXI 317104 . G GA 4272 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=346.9797;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.08;MQ0=0;QD=27.21;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.767e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,152:157:99:4272,430,0 chrXI 320823 . GTTT GT,G 634.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.920;DP=99;FS=1.880;HaplotypeScore=53.8081;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.61;MQ0=0;MQRankSum=1.203;QD=6.41;RPA=20,18,17;RU=T;ReadPosRankSum=4.170;SB=-2.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:62,0,16:99:99:713,163,173,152,0,465 chrXI 321747 . G GTT 3972 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.753;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=1237.4758;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.653;QD=24.67;RPA=9,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.280;SB=-1.664e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,110:161:99:3972,340,0 chrXI 321765 . ACTGCACAGCTTGCTATCCCG A 7778 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=645.5631;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.38;MQ0=0;QD=64.82;RPA=2,1;RU=CTGCACAGCTTGCTATCCCG;SB=-3.309e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:80,37:120:99:7778,111,0 chrXI 323140 . G GAATTATA 8017 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=173.3990;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.37;MQ0=0;QD=79.38;SB=-3.187e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,98:101:99:8017,280,0 chrXI 325448 . ATT A 1624.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=16.7708;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.60;MQ0=0;QD=31.25;RPA=6,4;RU=T;SB=-5.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,44:52:99:1667,129,0 chrXI 327725 . A AT 1431.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.060;DP=115;FS=11.475;HaplotypeScore=152.7134;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=0.159;QD=12.45;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.795;SB=-4.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,79:115:99:1474,120,0 chrXI 335037 . A AT 1095.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=165.5322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.44;MQ0=0;MQRankSum=0.672;QD=16.36;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.167;SB=-7.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,52:67:99:1138,136,0 chrXI 335103 . G GAA 263.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.673;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=79.2848;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.06;MQ0=0;MQRankSum=-2.691;QD=9.43;RPA=16,18;RU=A;ReadPosRankSum=-0.673;SB=-7.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,7:28:46:303,0,46 chrXI 335138 . A AT 97.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=75.1760;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.25;MQ0=0;QD=8.86;SB=-3.854e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,5:11:12:139,12,0 chrXI 335175 . AGTTTT A 1506.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=74.6321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.60;MQ0=0;QD=65.52;RPA=2,1;RU=GTTTT;SB=-6.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:69:1549,69,0 chrXI 335227 . G GA 948.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=180.6512;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.59;MQ0=0;QD=21.09;RPA=8,9;RU=A;SB=-7.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,37:45:99:991,119,0 chrXI 336362 . GTA G 2927.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=36.1841;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.92;MQ0=0;QD=28.15;RPA=6,5;RU=TA;SB=-1.313e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,87:103:99:2970,247,0 chrXI 337278 . C CTGTGATTGAGGTTGT 8709 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=206;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=207.9350;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.22;MQ0=0;QD=42.28;RPA=2,3;RU=TGTGATTGAGGTTGT;SB=-2.614e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:123,76:206:99:8709,211,0 chrXI 337489 . TGTA T 2669.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.656;DP=228;DS;FS=8.195;HaplotypeScore=2843.4682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.91;MQ0=1;MQRankSum=0.116;QD=11.71;ReadPosRankSum=5.343;SB=-1.040e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:148,79:221:99:2709,0,794 chrXI 337509 . TTGTGGTTGC T 10589 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-5.052;DP=248;DS;FS=3.025;HaplotypeScore=3148.5529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.34;MQ0=1;MQRankSum=-0.444;QD=42.70;ReadPosRankSum=-3.449;SB=-5.050e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:183,61:241:99:10589,408,0 chrXI 337556 . G GTTC 8742 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.980;DP=236;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=4991.5604;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.638;QD=37.04;ReadPosRankSum=0.619;SB=-2.765e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:80,155:236:99:8742,604,0 chrXI 337569 . TTGC T 4375 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.101;DP=236;DS;FS=0.874;HaplotypeScore=5047.5292;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.643;QD=18.54;ReadPosRankSum=1.814;SB=-1.245e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:108,128:231:99:4375,0,106 chrXI 337592 . GGGA G 10101 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=244;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=3954.7446;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.10;MQ0=0;QD=41.40;SB=-2.790e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,184:239:99:10101,634,0 chrXI 338912 . G GTGAATATGT 9688 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=422.9010;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.88;MQ0=0;QD=98.86;SB=-3.289e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,76:98:99:9688,268,0 chrXI 340673 . G GAA 3869 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.330;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=86.1420;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.58;MQ0=0;MQRankSum=0.275;QD=26.32;RPA=10,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.017;SB=-1.911e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,110:147:99:3869,332,0 chrXI 341027 . G GA 1622.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.027;DP=114;FS=1.737;HaplotypeScore=58.1422;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.963;QD=14.24;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.221;SB=-4.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,75:114:99:1665,117,0 chrXI 342782 . C CA 1392.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=229.3694;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.83;MQ0=0;QD=26.28;RPA=4,5;RU=A;SB=-2.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,51:53:99:1435,153,0 chrXI 347097 . C CTA 2092.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=25.1450;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.86;MQ0=1;QD=26.16;RPA=5,6;RU=TA;SB=-8.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,55:79:99:2135,175,0 chrXI 349220 . TC T 4876 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=179;FS=0.000;HaplotypeScore=915.1382;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.75;MQ0=0;QD=27.24;SB=-1.999e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,157:179:99:4876,476,0 chrXI 351197 . CT C 1294.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.023;DP=89;FS=12.357;HaplotypeScore=169.6857;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.010;QD=14.55;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=2.115;SB=-6.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,60:89:88:1337,88,0 chrXI 355182 . GA G 1837.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=432.1147;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.20;MQ0=0;QD=15.58;RPA=15,14;RU=A;SB=-9.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,85:117:99:1880,242,0 chrXI 355272 . A AT 2880.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=116.3801;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.00;MQ0=0;QD=23.23;RPA=6,7;RU=T;SB=-8.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,117:124:99:2923,330,0 chrXI 355968 . G GCA 7375 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=183;FS=0.000;HaplotypeScore=341.5763;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.04;MQ0=2;QD=40.30;SB=-3.366e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,175:181:99:7375,514,0 chrXI 356100 . C CAACCG 11506 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.606;DP=177;FS=0.000;HaplotypeScore=1021.4700;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.892;QD=65.01;ReadPosRankSum=1.711;SB=-2.371e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,152:177:99:11506,474,0 chrXI 356150 . G GT 3151.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=170;FS=0.000;HaplotypeScore=1656.4048;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.24;MQ0=0;QD=18.54;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.346e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,125:170:99:3194,375,0 chrXI 356653 . C CTCT 6121 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=287.7745;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.06;MQ0=0;QD=41.08;RPA=2,3;RU=TCT;SB=-3.026e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,127:149:99:6121,382,0 chrXI 358089 . G GA 3165.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=98.0905;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.19;MQ0=0;QD=32.31;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.301e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,95:98:99:3208,277,0 chrXI 359572 . T TA 3864 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;FS=0.000;HaplotypeScore=48.2920;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.23;MQ0=0;QD=23.56;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.256e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,149:164:99:3864,429,0 chrXI 362447 . T TAGGAG 9148 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=44.1420;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.47;MQ0=0;QD=62.23;SB=-4.157e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,129:147:99:9148,400,0 chrXI 364491 . GT G 1302.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=531.2783;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.96;MQ0=0;QD=15.51;RPA=12,11;RU=T;SB=-1.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,59:84:99:1345,173,0 chrXI 371457 . G GT 1924.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.224;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=393.0794;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.245;QD=16.89;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.117;SB=-8.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,67:114:99:1967,210,0 chrXI 379084 . A AAT 1250.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=7.4384;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.05;MQ0=0;QD=37.91;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:33:78:1293,78,0 chrXI 379623 . GC G 6655 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=203;FS=0.000;HaplotypeScore=1246.7674;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.84;MQ0=0;QD=32.78;RPA=3,2;RU=C;SB=-3.044e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,198:203:99:6655,584,0 chrXI 381505 . C CTGT 7951 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.002;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1006.9061;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.339;QD=31.80;RPA=5,6;RU=TGT;ReadPosRankSum=1.077;SB=-3.459e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:108,139:250:99:7951,551,0 chrXI 381523 . C CTGT,CTGC 8401 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.203;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=881.4285;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.41;MQ0=0;MQRankSum=0.567;QD=33.60;ReadPosRankSum=1.520;SB=-3.625e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:49,188,9:250:95:8401,620,95,4178,0,3551 chrXI 382140 . G GGA 7500 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=248;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=94.1129;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.64;MQ0=0;QD=30.24;RPA=5,6;RU=GA;SB=-2.578e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,202:248:99:7500,599,0 chrXI 382477 . T TTC 4286 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.267;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=1518.9859;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.790;QD=38.96;ReadPosRankSum=3.312;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,88:110:99:4286,202,0 chrXI 382489 . CTT C 3971 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.739;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=1450.6798;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.792;QD=42.70;ReadPosRankSum=2.257;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,88:93:33:3971,33,0 chrXI 385420 . C CT 4180 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=336.0033;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.51;MQ0=0;QD=30.74;RPA=2,3;RU=T;SB=-2.034e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,127:136:99:4180,394,0 chrXI 407997 . C CA 3228.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=197.0862;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=24.09;RPA=5,6;RU=A;SB=-6.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,128:134:99:3270,360,0 chrXI 427231 . AAAAGAATTAATGTGT A 13523 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=335.8408;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.78;MQ0=0;QD=100.92;RPA=2,1;RU=AAAGAATTAATGTGT;SB=-5.124e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:51,82:134:99:13523,256,0 chrXI 427266 . GT G 4375 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=1403.1783;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.55;MQ0=0;QD=33.40;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.914e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,131:131:99:4375,371,0 chrXI 428955 . GA G 1115.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=29.8523;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.30;MQ0=0;QD=17.44;RPA=12,11;RU=A;SB=-1.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,49:64:99:1158,149,0 chrXI 429098 . GT G 2699.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=200.6322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.18;MQ0=0;QD=23.89;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.366e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,104:113:99:2742,297,0 chrXI 431507 . A AT 2891.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=31.5196;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.61;MQ0=0;QD=23.51;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.394e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,118:123:99:2934,324,0 chrXI 436965 . GC G 5179 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=470.5945;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.77;MQ0=0;QD=36.99;SB=-1.710e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,138:140:99:5179,412,0 chrXI 439682 . C CGTACCGT 13897 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=475.4673;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.87;MQ0=0;QD=85.78;SB=-5.443e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,145:162:99:13897,470,0 chrXI 439972 . AG A 2111.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=564.9945;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.34;MQ0=0;QD=27.79;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,62:76:99:2154,222,0 chrXI 446769 . G GT 1728.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=21.8558;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.76;MQ0=0;QD=20.34;RPA=7,8;RU=T;SB=-7.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,73:85:99:1771,207,0 chrXI 448269 . A AT 3920 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=449.0428;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.63;MQ0=0;QD=32.67;SB=-1.545e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,99:120:99:3920,325,0 chrXI 448283 . T TG 3888 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.521;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=511.8268;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.377;QD=31.87;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=0.557;SB=-1.330e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,114:122:99:3888,308,0 chrXI 451568 . GGAACAC G 13595 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=222;FS=0.000;HaplotypeScore=66.9666;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;QD=61.24;RPA=2,1;RU=GAACAC;SB=-5.752e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,193:222:99:13595,545,0 chrXI 454128 . A ACC 5179 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=37.7472;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.60;MQ0=0;QD=41.10;RPA=1,3;RU=C;SB=-2.376e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,119:126:99:5179,358,0 chrXI 463841 . AT A 2991.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=6.646;DP=179;FS=4.997;HaplotypeScore=662.7255;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.027;QD=16.71;ReadPosRankSum=6.538;SB=-1.455e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,137:179:99:3034,216,0 chrXI 463843 . AT A 3084.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=6.664;DP=177;FS=6.632;HaplotypeScore=666.6972;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.98;MQ0=0;MQRankSum=0.587;QD=17.43;ReadPosRankSum=6.259;SB=-1.405e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,137:177:99:3127,287,0 chrXI 464456 . A AACT 7601 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.893;DP=250;DS;FS=23.428;HaplotypeScore=1412.1277;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.45;MQ0=0;MQRankSum=-2.530;QD=30.40;RPA=3,4;RU=ACT;ReadPosRankSum=-2.100;SB=-3.800e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,163:250:99:7601,0,1568 chrXI 465041 . T TTA 3300 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=275.6816;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.52;MQ0=0;QD=30.56;RPA=2,3;RU=TA;SB=-7.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,92:108:99:3300,250,0 chrXI 465117 . C CAT 3429 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=186.0786;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.93;MQ0=0;QD=40.34;RPA=1,2;RU=AT;SB=-1.401e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,75:85:99:3429,235,0 chrXI 465173 . TATATATATATATATATATAA T 4988 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=117.7655;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.32;MQ0=0;QD=99.76;SB=-2.459e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,22:50:81:4988,81,0 chrXI 466696 . T TTTG 7445 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;FS=0.000;HaplotypeScore=40.5099;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.91;MQ0=0;QD=45.40;RPA=1,2;RU=TTG;SB=-3.629e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,149:164:99:7445,436,0 chrXI 469271 . C CA 3316 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=41.5712;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=24.03;RPA=5,6;RU=A;SB=-9.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,128:138:99:3316,366,0 chrXI 469623 . TA T 3987 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;FS=0.000;HaplotypeScore=293.4813;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.43;MQ0=0;QD=24.31;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.743e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,158:164:99:3987,418,0 chrXI 473688 . T TA 3383 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.923;DP=166;FS=0.000;HaplotypeScore=388.8610;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.822;QD=20.38;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.277;SB=-1.515e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,149:166:99:3383,385,0 chrXI 476160 . TTA T 4469 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=340.5825;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.97;MQ0=0;QD=28.28;RPA=6,5;RU=TA;SB=-1.563e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,133:158:99:4469,364,0 chrXI 479147 . G GCAA 7534 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=170;FS=0.000;HaplotypeScore=249.2137;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.23;MQ0=0;QD=44.32;RPA=2,3;RU=CAA;SB=-2.702e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,160:170:99:7534,469,0 chrXI 485106 . AT A 2118.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=64.4080;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.12;MQ0=0;QD=20.18;RPA=9,8;RU=T;SB=-6.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,97:105:99:2161,258,0 chrXI 489991 . AC A 1043.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=1121.6147;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.37;MQ0=0;QD=17.11;SB=-3.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,48:61:99:1086,144,0 chrXI 489993 . TAATCGTTATCTATTAC T 8198 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=381.4386;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.66;MQ0=0;QD=163.96;SB=-2.892e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,48:50:99:8198,150,0 chrXI 490239 . T TA 2502.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=506.0663;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.74;MQ0=0;QD=33.37;SB=-1.123e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,69:75:99:2545,211,0 chrXI 490453 . C CTA 3805 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=155.1637;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.57;MQ0=0;QD=37.67;RPA=1,2;RU=TA;SB=-1.449e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,93:101:99:3805,271,0 chrXI 491247 . T TA 2178.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=112.4716;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.79;MQ0=0;QD=21.36;RPA=8,9;RU=A;SB=-1.077e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,97:102:99:2221,269,0 chrXI 493698 . C CTG 3101.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.531;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=36.4827;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=1.102;QD=26.07;RPA=6,7;RU=TG;ReadPosRankSum=0.013;SB=-1.491e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,96:119:99:3144,209,0 chrXI 495887 . T TACA 7722 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=252.4765;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.26;MQ0=0;QD=50.47;SB=-3.434e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,151:153:99:7722,442,0 chrXI 499527 . A ATTGAGGTTGCTT 12394 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=205;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=59.0628;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.63;MQ0=0;MQRankSum=1.706;QD=60.46;RPA=1,2;RU=TTGAGGTTGCTT;ReadPosRankSum=1.055;SB=-5.764e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:59,145:205:99:12394,379,0 chrXI 509743 . A AATATGC 16979 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=227;FS=0.000;HaplotypeScore=66.7916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.59;MQ0=0;QD=74.80;SB=-6.371e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,210:227:99:16979,641,0 chrXI 511837 . A AT 2500.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.351;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=305.7807;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.72;MQ0=0;MQRankSum=0.906;QD=20.17;ReadPosRankSum=1.255;SB=-5.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,101:124:99:2543,312,0 chrXI 513237 . TA T 4814 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=188;FS=0.000;HaplotypeScore=222.4156;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.74;MQ0=0;QD=25.61;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.186e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,177:188:99:4814,505,0 chrXI 513418 . A AT 2052.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=24.8711;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.58;MQ0=0;QD=22.07;RPA=6,7;RU=T;SB=-9.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,86:93:99:2095,237,0 chrXI 513774 . C CT 4554 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=362.1091;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.49;MQ0=0;QD=29.01;RPA=2,3;RU=T;SB=-2.034e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,148:157:99:4554,433,0 chrXI 514543 . GATATTTTTATTAATAATTATTATTTATTTTTTTTTAT G 24143 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=46.7418;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.75;MQ0=0;QD=162.03;SB=-5.876e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:67,81:149:99:24143,238,0 chrXI 518072 . CTTTTTT C 4003 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=137.1459;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.82;MQ0=0;QD=48.23;RPA=13,7;RU=T;SB=-1.645e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,62:83:99:4003,178,0 chrXI 519666 . CTGT C 8845 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=190;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=65.7192;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.71;MQ0=0;QD=46.55;RPA=2,1;RU=TGT;SB=-3.207e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,181:190:99:8845,527,0 chrXI 523661 . T TTGCTGCTGTTGC 22732 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=248;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=235.5260;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.93;MQ0=0;QD=91.66;SB=-5.543e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,200:248:99:22732,639,0 chrXI 525302 . C CAT 1617.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=21.6848;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=29.42;RPA=5,6;RU=AT;SB=-5.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,48:55:99:1660,138,0 chrXI 527743 . T TAA 5758 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=637.0442;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.86;MQ0=0;QD=39.71;RPA=1,3;RU=A;SB=-2.486e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,131:145:99:5758,397,0 chrXI 549470 . CT C 2295.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=803.3438;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.48;MQ0=0;QD=19.62;RPA=9,8;RU=T;SB=-8.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,104:117:99:2338,279,0 chrXI 556431 . G GA 294.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=70.8892;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.23;MQ0=0;QD=16.39;RPA=13,14;RU=A;SB=-2.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,14:18:47:337,47,0 chrXI 557487 . GA G 1362.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=165.2750;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.69;MQ0=0;QD=19.20;RPA=11,10;RU=A;SB=-4.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,47:71:99:1405,181,0 chrXI 557499 . GA G 1378.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.767;DP=78;FS=4.236;HaplotypeScore=214.1664;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.880;QD=17.68;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.448;SB=-4.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,62:78:99:1421,156,0 chrXI 567100 . T TGCAGCA 10171 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.619;DP=226;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=666.2158;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=3;MQRankSum=-1.576;QD=45.00;RPA=8,10;RU=GCA;ReadPosRankSum=0.965;SB=-3.080e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:72,146:222:99:10171,424,0 chrXI 570166 . TA T 1842.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=33.8343;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.18;MQ0=0;QD=17.39;RPA=10,9;RU=A;SB=-7.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,85:106:99:1885,231,0 chrXI 570304 . GA G 2069.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.472;DP=118;FS=3.424;HaplotypeScore=36.2668;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.551;QD=17.54;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.157;SB=-9.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,96:118:99:2112,239,0 chrXI 576163 . GA G 1959.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=28.2243;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.42;MQ0=0;QD=25.13;RPA=5,4;RU=A;SB=-9.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,74:78:99:2002,207,0 chrXI 576492 . ATCGTCGTCGTCG A 8143 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=186;FS=0.000;HaplotypeScore=66.2704;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.48;MQ0=0;QD=43.78;RPA=13,9;RU=TCG;SB=-1.875e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:60,124:185:99:8143,348,0 chrXI 577635 . ATCT A 8625 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=172;FS=0.000;HaplotypeScore=47.0693;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.80;MQ0=0;QD=50.15;SB=-4.118e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,168:172:99:8625,485,0 chrXI 578955 . GA G 4079 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=371.5916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.99;MQ0=0;QD=33.71;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.918e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,118:121:99:4079,340,0 chrXI 579730 . CAT C 1215.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=81.2079;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.97;MQ0=1;QD=18.42;RPA=9,8;RU=AT;SB=-4.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,40:65:99:1258,120,0 chrXI 580897 . ATATG A 2397.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=165.4857;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.03;MQ0=0;QD=48.94;SB=-1.029e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,33:49:99:2440,141,0 chrXI 580931 . C CT 1101.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.551;DP=51;FS=3.424;HaplotypeScore=200.4838;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=0.157;QD=21.61;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=0.709;SB=-4.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,45:51:99:1144,104,0 chrXI 581078 . GA G 656.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=291.5234;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.20;MQ0=0;QD=11.94;RPA=13,12;RU=A;SB=-3.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,30:55:94:699,94,0 chrXI 581290 . C CG 1785.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=131.3503;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.57;MQ0=0;QD=23.50;RPA=6,7;RU=G;SB=-8.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,64:76:99:1828,201,0 chrXI 581891 . CTT C 4228 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=1413.6415;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.58;MQ0=0;QD=27.82;RPA=11,9;RU=T;SB=-1.736e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,126:152:99:4228,376,0 chrXI 596999 . A AT 2067.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=453.1068;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.54;MQ0=0;QD=21.54;RPA=2,3;RU=T;SB=-6.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,86:96:99:2110,255,0 chrXI 611177 . AG A 5247 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=370.6848;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.57;MQ0=0;QD=33.42;RPA=2,1;RU=G;SB=-2.017e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,155:157:99:5247,451,0 chrXI 613087 . C CAGA 6246 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=266.1429;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.67;MQ0=0;QD=41.09;RPA=2,3;RU=AGA;SB=-3.075e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,131:152:99:6246,379,0 chrXI 613373 . CGAACCTGATTCTGATTCT C 12233 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=115.7082;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.91;MQ0=0;QD=140.61;SB=-5.821e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:12233,247,0 chrXI 613646 . AGAT A 6329 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;FS=0.000;HaplotypeScore=1132.9943;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.66;MQ0=0;QD=38.13;RPA=3,2;RU=GAT;SB=-2.322e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,116:166:99:6329,424,0 chrXI 613691 . ACTGCTGCTGCTGCTGCTG A 23096 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=198;FS=0.000;HaplotypeScore=656.3666;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.74;MQ0=0;QD=116.65;RPA=11,5;RU=CTG;SB=-1.147e+04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:61,134:198:99:23096,421,0 chrXI 613967 . AT A 1668.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=195.6494;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.85;MQ0=0;QD=16.86;RPA=11,10;RU=T;SB=-6.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,76:99:99:1711,215,0 chrXI 613990 . G GAAAA,GAAA 2286.21 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.673;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=186.9618;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=49.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.015;QD=26.28;RPA=12,16,15;RU=A;ReadPosRankSum=-0.597;SB=-8.202e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:40,29,13:87:48:2364,197,48,786,0,623 chrXI 614489 . ACCTTTGTCCT A 17063 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=167;FS=0.000;HaplotypeScore=504.4906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.01;MQ0=0;QD=102.17;SB=-7.761e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,145:167:99:17063,424,0 chrXI 617880 . A AG 2727.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=61.9121;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.90;MQ0=0;QD=29.02;RPA=2,3;RU=G;SB=-1.320e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,92:94:99:2770,259,0 chrXI 618691 . T TA 5865 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=178;FS=0.000;HaplotypeScore=46.7400;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.69;MQ0=0;QD=32.95;RPA=1,2;RU=A;SB=-2.354e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,172:178:99:5865,490,0 chrXI 618946 . GAAA G 3778 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.201;DP=130;FS=3.793;HaplotypeScore=62.1166;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.75;MQ0=0;MQRankSum=2.021;QD=29.06;RPA=14,11;RU=A;ReadPosRankSum=2.075;SB=-1.487e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,93:130:99:3778,267,0 chrXI 625237 . AGAG A 8221 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=184;FS=0.000;HaplotypeScore=973.0201;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.65;MQ0=0;QD=44.68;SB=-3.113e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,166:184:99:8221,502,0 chrXI 626218 . C CCA 7147 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=176;FS=0.000;HaplotypeScore=50.0713;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.84;MQ0=0;QD=40.61;SB=-1.931e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,169:175:99:7147,500,0 chrXI 626765 . C CA 3590 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=39.2282;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.36;MQ0=0;QD=33.24;SB=-1.602e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,104:108:99:3590,295,0 chrXI 627495 . G GACA 7559 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.940;DP=226;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=144.8351;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.83;MQ0=0;MQRankSum=0.693;QD=33.45;RPA=5,6;RU=ACA;ReadPosRankSum=0.322;SB=-2.732e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,186:226:99:7559,448,0 chrXI 632832 . C CAA 722.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.578;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=68.4575;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.21;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=11.48;RPA=14,16;RU=A;ReadPosRankSum=-0.193;SB=-2.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,28:63:59:765,59,0 chrXI 638299 . G GA 3534 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.332;DP=174;FS=0.000;HaplotypeScore=68.2482;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.281;QD=20.31;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.593;SB=-6.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,145:174:99:3534,411,0 chrXI 638422 . AT A 919.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.155;DP=107;FS=2.477;HaplotypeScore=56.2567;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=0.803;QD=8.60;RPA=15,14;RU=T;ReadPosRankSum=1.733;SB=-3.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:56,40:107:84:962,84,0 chrXI 640376 . C CT 3023.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=35.8051;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.11;MQ0=0;QD=24.19;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.175e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,117:125:99:3066,336,0 chrXI 642822 . AT A 4073 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=809.5383;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.70;MQ0=0;QD=31.82;SB=-1.267e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,117:128:99:4073,343,0 chrXI 642846 . A AT 5050 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=641.1292;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.13;MQ0=0;QD=35.56;SB=-1.759e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,127:142:99:5050,391,0 chrXI 643022 . C CA 4025 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=51.4056;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.45;MQ0=0;QD=25.97;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.982e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,149:155:99:4025,412,0 chrXI 643871 . TTACTCCCGGTG T 13530 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=134.8345;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.20;MQ0=0;QD=106.54;SB=-5.502e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,114:127:99:13530,331,0 chrXI 644727 . AT A 2490.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.086;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=130.4146;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=1.240;QD=16.83;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=2.764;SB=-1.024e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,115:148:99:2533,247,0 chrXI 645928 . CAA C 5692 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=192.4376;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.17;MQ0=0;QD=43.12;RPA=3,1;RU=A;SB=-2.261e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,128:132:99:5692,373,0 chrXI 649942 . TTTAC T 7023 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=114.1836;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.78;MQ0=0;QD=54.44;SB=-1.940e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,126:129:99:7023,346,0 chrXI 650625 . A AT 6721 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=176;FS=0.000;HaplotypeScore=384.1299;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.71;MQ0=0;QD=38.19;SB=-3.234e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,173:176:99:6721,503,0 chrXI 651317 . G GA 3079.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=734.5484;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.71;MQ0=0;QD=25.67;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.321e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,119:120:99:3122,333,0 chrXI 652114 . T TA 2384.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=54.2578;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.67;MQ0=0;QD=24.59;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.052e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,92:97:99:2427,246,0 chrXI 652349 . AT A 1554.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.112;DP=86;FS=3.637;HaplotypeScore=113.2325;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.577;QD=18.08;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.284;SB=-6.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,68:86:99:1597,175,0 chrXI 652551 . TA T 1693.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=197.0287;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=19.93;RPA=9,8;RU=A;SB=-6.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,79:85:99:1736,209,0 chrXI 654674 . TG T 3312 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=826.1729;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.65;MQ0=0;QD=27.83;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.396e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:119:99:3312,318,0 chrXI 658095 . C CAAAAAA,CAAAAA 1941.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=237.5145;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=50.52;MQ0=0;QD=35.31;RPA=10,16,15;RU=A;SB=-8.258e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:23,19,9:55:99:2020,217,115,319,0,217 chrXI 660577 . C CAAA 361.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=12.6632;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.48;MQ0=3;QD=17.24;RPA=14,17;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,10:17:34:404,34,0 chrXI 661186 . AT A 1567.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=373.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.48;MQ0=15;QD=18.45;RPA=9,8;RU=T;SB=-5.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,80:67:99:1610,192,0 chrXI 661242 . A AG 147.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=90.6166;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.46;MQ0=1;QD=9.81;RPA=1,2;RU=G;SB=-2.087e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,12:9:18:189,18,0 chrXI 661401 . G GAAA 478.93 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.300;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=148.2083;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.62;MQ0=14;MQRankSum=1.018;QD=8.40;RPA=14,17;RU=A;ReadPosRankSum=-0.419;SB=-9.820e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,5:34:9:520,9,0 chrXI 662402 . A AT 279.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.294;DP=120;FS=2.742;HaplotypeScore=17.2289;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.11;MQ0=53;MQRankSum=-0.411;QD=2.33;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.382;SB=-1.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,45:65:99:319,0,430 chrXI 663312 . G GAAAA 351.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=90.5821;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.13;MQ0=5;QD=9.78;SB=-4.988e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,20:12:26:394,26,0 chrXI 663485 . G GTAAAAACTCAGCGTCAC 605.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=193.3540;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.26;MQ0=9;QD=15.15;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,12:27:36:648,36,0 chrXI 663640 . A AG 469.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=73.5098;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.73;MQ0=13;QD=10.22;RPA=1,2;RU=G;SB=-5.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,38:22:49:512,49,0 chrXI 664003 . GC G 279.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.448;DP=52;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=80.4944;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.29;MQ0=32;MQRankSum=1.448;QD=5.38;ReadPosRankSum=1.448;SB=-1.940e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,25:18:32:322,32,0 chrXI 664005 . TGC T 327.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.606;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=76.9294;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.26;MQ0=30;MQRankSum=3.059;QD=6.83;ReadPosRankSum=3.059;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,24:18:99:367,0,122 chrXI 664634 . G GATA 668.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=270.1038;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.91;MQ0=14;QD=10.45;RPA=1,2;RU=ATA;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,33:45:51:711,51,0 chrXI 665429 . G GGATA 758.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=198.2957;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.65;MQ0=0;QD=39.95;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:17:39:801,39,0 chrXI 666183 . T TA 174.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.377;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=225.0840;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.28;MQ0=1;MQRankSum=0.000;QD=11.66;ReadPosRankSum=-2.262;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,8:12:70:214,0,70 chrXI 666185 . TGG T 259.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.566;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=201.8111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.07;MQ0=1;MQRankSum=-0.382;QD=18.57;ReadPosRankSum=-2.262;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,8:11:62:299,0,62 chrXI 666238 . GT G 410.29 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.273;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=306.7871;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.73;MQ0=1;MQRankSum=1.042;QD=25.64;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=1.504;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,15:15:14:452,14,0 chrXI 666245 . AG A 434.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=290.6748;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.64;MQ0=1;QD=29.00;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,12:14:36:477,36,0 chrXI 666321 . GGGA G 255.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.308;DP=22;FS=13.570;HaplotypeScore=189.3205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.84;MQ0=1;MQRankSum=-0.271;QD=11.63;ReadPosRankSum=2.874;SB=-8.142e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,8:18:99:295,0,144 chrXI 666379 . C CA 760.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=149.7674;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.07;MQ0=1;QD=31.71;RPA=1,2;RU=A;SB=-2.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:22:66:803,66,0 chrXI 666448 . G GATA 929.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.953;DP=31;FS=4.260;HaplotypeScore=350.9007;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.20;MQ0=1;MQRankSum=-1.553;QD=30.00;ReadPosRankSum=1.553;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,16:26:47:972,47,0 chrXI 666503 . GA G 1170.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.472;DP=135;FS=28.042;HaplotypeScore=2598.7704;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.16;MQ0=1;MQRankSum=2.046;QD=8.67;ReadPosRankSum=1.329;SB=-3.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,38:114:99:1210,0,1183 chrXI 666536 . T TG,TA 1861.94 SnpCluster AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.768;DP=148;FS=30.761;HaplotypeScore=3815.5859;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=25.02;MQ0=0;MQRankSum=1.085;QD=12.58;ReadPosRankSum=-0.868;SB=-6.900e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:51,44,53:127:99:1940,203,549,251,0,1014 chrXI 666540 . GA G 1874.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.597;DP=136;FS=11.328;HaplotypeScore=3577.8181;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.44;MQ0=0;MQRankSum=2.047;QD=13.79;ReadPosRankSum=0.025;SB=-9.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,77:119:99:1914,0,154 chrXI 666541 . A AG 1699.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.183;DP=136;FS=6.800;HaplotypeScore=3656.0840;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.44;MQ0=0;MQRankSum=0.134;QD=12.50;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=-0.338;SB=-3.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:105,31:119:99:1742,136,0 chrXI 666556 . GT G 4824 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;FS=0.000;HaplotypeScore=3949.7205;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.49;MQ0=0;QD=29.60;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,145:140:99:4824,376,0 chrXI 666576 . T TA 1674.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.458;DP=136;FS=1.817;HaplotypeScore=3724.9348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.20;MQ0=0;MQRankSum=0.418;QD=12.32;ReadPosRankSum=-0.656;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,74:114:99:1714,0,802 chrXI 666607 . T TAG 707.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.876;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=1389.1926;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.06;MQ0=0;MQRankSum=-2.264;QD=11.06;ReadPosRankSum=-0.145;SB=-6.900e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,21:54:99:747,0,313 chrXI 666610 . T TTA 422.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.911;DP=66;FS=33.163;HaplotypeScore=1422.8009;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.50;MQ0=2;MQRankSum=1.673;QD=6.41;ReadPosRankSum=2.525;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,20:54:99:462,0,478 chrXI 666614 . TG T 295.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.793;DP=64;FS=46.596;HaplotypeScore=956.8998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.90;MQ0=2;MQRankSum=1.756;QD=4.62;ReadPosRankSum=2.180;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,21:51:99:335,0,506 chrXII 11372 . AC A 637.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=592.7581;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.83;MQ0=0;QD=22.00;RPA=4,3;RU=C;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:21:63:680,63,0 chrXII 11389 . G GC 461.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.833;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=1052.2347;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.482;QD=9.83;ReadPosRankSum=0.921;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,25:38:99:501,0,409 chrXII 11428 . TC T 972.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.979;DP=94;FS=46.742;HaplotypeScore=1348.4921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.68;MQ0=7;MQRankSum=-0.757;QD=10.35;ReadPosRankSum=1.813;SB=-6.774e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,43:66:99:1012,0,360 chrXII 11490 . T TTTC,TTAC 1441.94 filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.392;DP=89;FS=6.808;HaplotypeScore=751.4721;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=21.38;MQ0=14;MQRankSum=1.093;QD=16.20;ReadPosRankSum=0.797;SB=-6.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:39,24,15:49:99:1520,477,511,215,0,129 chrXII 11499 . A AC 556.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.581;DP=66;FS=13.337;HaplotypeScore=655.9979;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.67;MQ0=8;MQRankSum=1.466;QD=8.44;RPA=2,3;RU=C;ReadPosRankSum=1.411;SB=-2.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,38:37:26:599,26,0 chrXII 11560 . C CCTGCCATTCAT 1156.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.115;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=501.8917;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.35;MQ0=0;MQRankSum=0.690;QD=48.21;ReadPosRankSum=-1.221;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,6:22:99:1196,0,117 chrXII 11667 . C CCCA 813.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.472;DP=40;FS=19.194;HaplotypeScore=268.7992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.33;MQ0=8;MQRankSum=0.586;QD=20.35;RPA=1,2;RU=CCA;ReadPosRankSum=0.390;SB=-2.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,22:27:88:853,0,88 chrXII 11730 . TAC T 3867 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.775;DP=120;FS=1.352;HaplotypeScore=947.0468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.55;MQ0=3;MQRankSum=3.022;QD=32.23;ReadPosRankSum=6.382;SB=-7.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,101:112:99:3867,0,341 chrXII 11743 . AC A 3845 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.698;DP=109;FS=7.076;HaplotypeScore=880.6963;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.50;MQ0=2;MQRankSum=-1.528;QD=35.28;ReadPosRankSum=1.698;SB=-6.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,105:104:99:3845,279,0 chrXII 13640 . A AT 1541.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.576;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=1096.2817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.63;MQ0=10;MQRankSum=-0.113;QD=13.29;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=3.022;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,85:70:99:1581,0,122 chrXII 13802 . TGC T 5165 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=199;FS=0.000;HaplotypeScore=960.7846;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.09;MQ0=8;QD=25.95;RPA=4,3;RU=GC;SB=-9.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,152:136:99:5165,409,0 chrXII 20609 . TG T 4142 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=791.8003;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.24;MQ0=0;QD=25.57;SB=-1.534e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,143:162:99:4142,448,0 chrXII 22811 . GATTTCTTC G 14636 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=186;FS=0.000;HaplotypeScore=74.6193;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=78.69;RPA=2,1;RU=ATTTCTTC;SB=-6.585e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,167:186:99:14636,485,0 chrXII 27269 . G GGCCAAGA 13515 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=176;FS=0.000;HaplotypeScore=49.8701;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.64;MQ0=0;QD=76.79;RPA=1,2;RU=GCCAAGA;SB=-5.290e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,156:176:99:13515,464,0 chrXII 32015 . AC A 3489 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=676.1447;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.11;MQ0=0;QD=32.61;SB=-7.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,103:107:99:3489,295,0 chrXII 32053 . AC A 2962.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=497.9238;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.26;MQ0=0;QD=29.63;RPA=4,3;RU=C;SB=-8.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,95:100:99:3005,283,0 chrXII 32319 . CA C 1387.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=374.6925;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.22;MQ0=0;QD=14.61;RPA=11,10;RU=A;SB=-5.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,80:95:99:1430,222,0 chrXII 35378 . C CA 934.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.846;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=211.9697;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.94;MQ0=0;MQRankSum=1.168;QD=15.58;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.249;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,41:60:99:977,109,0 chrXII 35406 . G GA 496.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=170.7408;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;QD=15.53;RPA=5,6;RU=A;SB=-2.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,22:32:60:539,60,0 chrXII 36038 . G GAAACACCAGCA 18424 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=184;FS=0.000;HaplotypeScore=157.8789;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.16;MQ0=0;QD=100.13;SB=-6.484e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,141:184:99:18424,476,0 chrXII 36336 . TC T 5092 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=179;FS=0.000;HaplotypeScore=719.3650;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.33;MQ0=0;QD=28.45;SB=-1.973e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,178:179:99:5092,493,0 chrXII 36595 . C CT 1000.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.974;DP=82;FS=4.657;HaplotypeScore=326.4648;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.23;MQ0=0;MQRankSum=0.611;QD=12.21;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=1.040;SB=-4.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,39:82:99:1043,106,0 chrXII 36723 . GAA G 2027.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.683;DP=86;FS=5.088;HaplotypeScore=347.3099;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.12;MQ0=0;MQRankSum=0.952;QD=23.58;RPA=11,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.683;SB=-6.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,67:86:99:2070,194,0 chrXII 46519 . G GAAAAAAA 4741 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=137.9952;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.48;MQ0=0;QD=68.71;RPA=4,11;RU=A;SB=-2.266e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,49:69:99:4741,166,0 chrXII 46679 . G GAA 2548.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=242.4720;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.42;MQ0=0;QD=34.92;RPA=2,4;RU=A;SB=-1.079e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,62:73:99:2591,190,0 chrXII 46703 . A ATT 1228.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=245.0941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.54;MQ0=0;QD=18.91;RPA=12,14;RU=T;SB=-6.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,29:65:99:1271,138,0 chrXII 47551 . TG T 2803.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.402;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=812.8101;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.24;MQ0=0;MQRankSum=0.777;QD=25.72;ReadPosRankSum=2.378;SB=-1.309e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,100:109:99:2846,289,0 chrXII 47553 . TATG T 4453 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.666;DP=108;FS=3.407;HaplotypeScore=630.2720;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.699;QD=41.23;ReadPosRankSum=1.666;SB=-1.994e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,99:108:99:4453,292,0 chrXII 48661 . GA G 2758.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=308.5490;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.92;MQ0=0;QD=19.03;RPA=5,4;RU=A;SB=-8.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,122:142:99:2801,336,0 chrXII 48673 . TAA T 2862.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.840;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=348.9884;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.311;QD=20.90;RPA=12,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.613;SB=-9.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,108:134:99:2905,288,0 chrXII 48850 . G GT 1165.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=538.2642;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.99;MQ0=0;QD=26.50;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,28:44:99:1208,102,0 chrXII 48853 . GCC G 930.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.306;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=449.9752;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.29;MQ0=0;MQRankSum=-2.086;QD=24.50;ReadPosRankSum=2.306;SB=-9.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,18:38:93:973,93,0 chrXII 50102 . T TAATAAC 10121 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=205;FS=0.000;HaplotypeScore=689.0821;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.86;MQ0=0;QD=49.37;SB=-4.906e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,164:205:99:10121,530,0 chrXII 52019 . AAT A 336.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=125.5561;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.36;MQ0=0;QD=9.36;RPA=10,9;RU=AT;SB=-1.849e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,13:36:36:379,36,0 chrXII 52606 . TG T 1562.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=313.4913;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.56;MQ0=0;QD=25.21;SB=-4.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,48:62:99:1605,159,0 chrXII 52618 . CT C 765.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.344;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=485.4530;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.534;QD=9.95;RPA=15,14;RU=T;ReadPosRankSum=0.710;SB=-8.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,42:77:99:808,105,0 chrXII 53039 . AAAT A 4069 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=350.5622;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.63;MQ0=0;QD=30.83;RPA=5,4;RU=AAT;SB=-1.944e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,104:132:99:4069,298,0 chrXII 54011 . 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TA T 2885.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=413.1785;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.03;MQ0=0;QD=24.05;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.439e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,114:120:99:2928,327,0 chrXII 80216 . CT C 1475.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=157.1977;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.39;MQ0=0;QD=17.57;RPA=9,8;RU=T;SB=-4.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,79:84:99:1518,217,0 chrXII 80323 . GT G 2297.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=386.2761;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.85;MQ0=0;QD=17.15;RPA=9,8;RU=T;SB=-8.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,120:134:99:2340,330,0 chrXII 80478 . A AC 2966.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=696.1182;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.66;MQ0=0;QD=27.99;RPA=4,5;RU=C;SB=-9.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,93:106:99:3009,298,0 chrXII 81192 . 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T TGTGGATGCGGAC 15163 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=664.1838;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.51;MQ0=0;QD=98.46;SB=-6.024e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,63:154:99:15163,433,0 chrXII 84327 . G GGAAGGA 1943.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.588;DP=106;FS=13.765;HaplotypeScore=1737.4992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.29;MQ0=0;MQRankSum=-4.413;QD=18.34;ReadPosRankSum=5.069;SB=-8.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,28:106:99:1983,0,1839 chrXII 84519 . CT C 1417.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.433;DP=128;FS=4.360;HaplotypeScore=335.7370;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.397;QD=11.08;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.694;SB=-7.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,90:128:99:1460,136,0 chrXII 84759 . C CT 2778.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.271;DP=156;FS=11.850;HaplotypeScore=64.7209;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=0.320;QD=17.81;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.242;SB=-9.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,121:156:99:2821,281,0 chrXII 85031 . A AGAGGT 13008 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=210;FS=0.000;HaplotypeScore=396.5731;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.85;MQ0=0;QD=61.94;RPA=1,2;RU=GAGGT;SB=-6.032e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,186:210:99:13008,569,0 chrXII 86842 . AT A 1054.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.195;DP=68;FS=3.053;HaplotypeScore=24.0573;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.28;MQ0=0;MQRankSum=1.519;QD=15.51;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.802;SB=-5.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,59:68:99:1097,133,0 chrXII 88338 . AG A 2673.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=40.8855;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;QD=28.15;RPA=3,2;RU=G;SB=-1.158e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,91:95:99:2716,250,0 chrXII 91744 . C CAT 3590 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=277.6300;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.93;MQ0=0;QD=30.68;RPA=4,5;RU=AT;SB=-1.565e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,102:117:99:3590,313,0 chrXII 91769 . TA T 3347 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=369.4643;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.64;MQ0=0;QD=24.25;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.541e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,131:138:99:3347,372,0 chrXII 95322 . CT C 111.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=25.4942;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.65;MQ0=0;QD=11.11;RPA=5,4;RU=T;SB=-5.062e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,7:10:18:153,18,0 chrXII 95382 . AT A 37.48 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=43.5696;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=4.68;RPA=11,10;RU=T;SB=-1.854e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,5:8:12:79,12,0 chrXII 97490 . TA T 4227 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=122.1858;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.53;MQ0=0;QD=26.58;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.011e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,151:159:99:4227,421,0 chrXII 99028 . A AT 4885 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=185;FS=0.000;HaplotypeScore=48.7297;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.64;MQ0=0;QD=26.41;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.516e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,175:185:99:4885,505,0 chrXII 100550 . CTT C 3431 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=549.5803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.44;MQ0=0;QD=25.99;RPA=9,7;RU=T;SB=-1.556e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,113:132:99:3431,328,0 chrXII 105616 . TA T 949.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.903;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=64.5296;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=0.525;QD=11.87;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=1.903;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,61:80:99:992,112,0 chrXII 108046 . CT C 1382.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.145;DP=130;FS=3.487;HaplotypeScore=308.6260;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.648;QD=10.64;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.572;SB=-6.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,86:130:99:1425,126,0 chrXII 108352 . C CAA 4942 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=34.8034;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.02;MQ0=0;QD=42.97;SB=-2.178e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,109:115:99:4942,328,0 chrXII 109188 . T TGG 3999 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=500.4466;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.34;MQ0=0;QD=40.39;SB=-1.846e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,44:99:99:3999,271,0 chrXII 109190 . TCC T 3545 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=517.1889;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.28;MQ0=0;QD=42.20;SB=-1.757e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,44:84:99:3545,250,0 chrXII 109269 . TAAGAA T 4689 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=543.7140;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.87;MQ0=0;QD=59.35;SB=-1.648e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,72:79:99:4689,208,0 chrXII 109468 . A AT 2868.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.393;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=534.6182;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.539;QD=20.35;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.451;SB=-1.051e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,124:141:99:2911,336,0 chrXII 112176 . GAAA G 4520 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.109;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=45.1703;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.72;MQ0=0;MQRankSum=0.466;QD=28.07;RPA=14,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.279;SB=-2.141e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,125:161:99:4520,331,0 chrXII 112502 . CT C 3338 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=53.5771;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.96;MQ0=0;QD=21.82;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.217e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,141:153:99:3338,399,0 chrXII 121181 . C CT 3215.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=242.4027;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.08;MQ0=0;QD=24.93;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.494e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,122:129:99:3258,351,0 chrXII 122008 . GAAA GA,G 506.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.302;DP=86;FS=4.959;HaplotypeScore=474.5561;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=48.81;MQ0=3;MQRankSum=-0.323;QD=5.89;RPA=30,28,27;RU=A;ReadPosRankSum=3.329;SB=-1.976e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:61,0,11:83:71:585,184,158,71,0,101 chrXII 124986 . GT G 1867.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.522;DP=122;FS=3.329;HaplotypeScore=42.8327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.43;MQ0=0;MQRankSum=1.487;QD=15.31;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.592;SB=-8.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,105:122:99:1910,268,0 chrXII 127407 . AT A 2227.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=28.1738;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.62;MQ0=0;QD=19.89;RPA=7,6;RU=T;SB=-8.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,106:112:99:2270,299,0 chrXII 129169 . GA G 965.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=118.1077;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;QD=14.64;RPA=10,9;RU=A;SB=-4.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,54:66:99:1008,148,0 chrXII 130122 . T TTGTGAC 14673 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1436.6592;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.30;MQ0=0;QD=58.69;RPA=1,2;RU=TGTGAC;SB=-4.618e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:48,201:250:99:14673,646,0 chrXII 130905 . T TG 6113 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=192;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=905.8495;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.21;MQ0=0;QD=31.84;SB=-3.055e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,143:192:99:6113,519,0 chrXII 130928 . GA G 3191.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.523;DP=179;FS=0.000;HaplotypeScore=1121.4504;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.45;MQ0=0;MQRankSum=0.942;QD=17.83;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=1.151;SB=-1.560e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,157:179:99:3234,431,0 chrXII 131536 . CT C 3548 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=180;FS=0.000;HaplotypeScore=44.4357;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.84;MQ0=0;QD=19.71;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.293e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,168:180:99:3548,463,0 chrXII 132259 . AAAG AGAAG,A 5376 SnpCluster AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.113;DP=199;FS=3.088;HaplotypeScore=2260.2370;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=33.32;MQ0=3;MQRankSum=-1.179;QD=27.02;ReadPosRankSum=-0.174;SB=-2.494e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:78,0,28:188:99:5376,1599,1220,1836,0,1375 chrXII 132262 . G GAA 5667 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.377;DP=198;FS=0.000;HaplotypeScore=2213.3916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.53;MQ0=3;MQRankSum=-1.984;QD=28.62;ReadPosRankSum=0.378;SB=-2.784e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:110,87:184:99:5667,364,0 chrXII 132268 . GGAA G 2640.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.503;DP=204;FS=7.385;HaplotypeScore=2439.9960;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.35;MQ0=3;MQRankSum=0.808;QD=12.95;ReadPosRankSum=2.433;SB=-1.135e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:135,67:190:44:2683,44,0 chrXII 132271 . A AGAG 6310 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=203;FS=0.000;HaplotypeScore=2104.2515;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.36;MQ0=3;QD=31.08;RPA=2,3;RU=GAG;SB=-2.942e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:116,87:189:99:6310,448,0 chrXII 136433 . AT A 2899.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=195.5073;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.08;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.461e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,129:152:99:2942,374,0 chrXII 137918 . AT A 2521.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=31.1108;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.37;MQ0=0;QD=22.12;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.158e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,112:114:99:2564,306,0 chrXII 150978 . T TC 1605.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=428.3000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.44;MQ0=0;QD=30.88;RPA=1,2;RU=C;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,50:52:99:1648,147,0 chrXII 151080 . AT A 1490.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=571.9773;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.89;MQ0=0;QD=22.94;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,57:65:99:1533,171,0 chrXII 151141 . ATTTG A 4343 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=564.9160;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.14;MQ0=0;QD=46.20;RPA=2,1;RU=TTTG;SB=-1.437e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,84:94:99:4343,247,0 chrXII 157591 . ACGTCAT A 7491 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=32.7010;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.18;MQ0=0;QD=60.41;RPA=2,1;RU=CGTCAT;SB=-3.483e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,114:124:99:7491,312,0 chrXII 161651 . T TAA 404.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=62.6028;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.14;MQ0=0;QD=12.65;RPA=16,18;RU=A;SB=-2.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,13:32:49:447,49,0 chrXII 168774 . CTATTTTATGCTATTTTTTGTATCT C 32767 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=203;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=371.2725;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.86;MQ0=0;QD=161.41;SB=-1.127e+04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,199:203:99:32767,567,0 chrXII 169774 . GAGTACAA G 5946 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=131.3125;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.60;MQ0=0;QD=67.57;RPA=2,1;RU=AGTACAA;SB=-2.085e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,67:88:99:5946,220,0 chrXII 169862 . AT A 3315 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=200.3264;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;QD=33.48;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.048e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,93:99:99:3315,277,0 chrXII 170280 . A AT 3413 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=262.9130;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.01;MQ0=0;QD=27.09;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.434e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,115:126:99:3413,343,0 chrXII 170322 . A AT 2764.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=719.5876;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.96;MQ0=0;QD=24.91;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.399e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,99:111:99:2807,297,0 chrXII 170747 . G GAA 1256.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=241.1685;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.59;MQ0=0;QD=40.55;SB=-4.300e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,28:31:87:1299,87,0 chrXII 171179 . C CATATT 5732 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=46.6153;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.65;MQ0=0;QD=65.14;SB=-2.791e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,85:88:99:5732,247,0 chrXII 171936 . GA G 1372.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=805.9774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.68;MQ0=0;QD=18.81;RPA=9,8;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,69:73:99:1415,205,0 chrXII 177574 . G GAA 6059 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=194;FS=0.000;HaplotypeScore=83.7098;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.76;MQ0=0;QD=31.23;RPA=8,10;RU=A;SB=-2.671e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,172:194:99:6059,524,0 chrXII 179751 . C CT 605.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.302;DP=60;FS=7.213;HaplotypeScore=358.5147;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.048;QD=10.10;ReadPosRankSum=2.064;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,20:60:63:648,63,0 chrXII 181518 . AC A 1731.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=23.9928;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.30;MQ0=0;QD=22.20;RPA=8,7;RU=C;SB=-2.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,67:78:99:1774,189,0 chrXII 185314 . T TA 1026.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.132;DP=77;FS=7.551;HaplotypeScore=24.5068;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.98;MQ0=0;MQRankSum=1.818;QD=13.34;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.079;SB=-3.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,54:77:99:1069,101,0 chrXII 187137 . AT A 4244 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=322.7401;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.57;MQ0=0;QD=29.27;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.542e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,138:145:99:4244,400,0 chrXII 187501 . C CT 2558.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.120;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=172.2922;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.491;QD=18.68;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.380;SB=-1.244e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,94:137:99:2601,264,0 chrXII 195201 . GA G 2188.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.247;DP=135;FS=4.260;HaplotypeScore=40.0922;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.959;QD=16.21;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.577;SB=-8.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,117:135:99:2231,307,0 chrXII 195306 . CT C 922.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.170;DP=77;FS=2.960;HaplotypeScore=61.6810;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.43;MQ0=0;MQRankSum=0.898;QD=11.99;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.995;SB=-4.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,48:77:99:965,111,0 chrXII 196591 . ATTTT A 3369 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.685;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=48.5645;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.64;MQ0=0;MQRankSum=0.925;QD=32.71;RPA=15,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.685;SB=-1.152e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,70:103:99:3369,216,0 chrXII 196743 . T TC 2202.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.598;DP=109;FS=5.809;HaplotypeScore=905.3220;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.62;MQ0=0;MQRankSum=1.485;QD=20.21;ReadPosRankSum=1.959;SB=-9.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,60:109:99:2245,239,0 chrXII 198532 . TA T 2022.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=297.2437;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;QD=18.39;RPA=6,5;RU=A;SB=-7.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,100:110:99:2065,269,0 chrXII 201844 . TA T 1054.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=122.5516;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;QD=14.26;RPA=11,10;RU=A;SB=-2.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,65:74:99:1097,168,0 chrXII 202974 . AC A 4001 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=1092.6191;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.24;MQ0=0;QD=31.50;RPA=2,1;RU=C;SB=-1.893e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,121:127:99:4001,358,0 chrXII 204055 . A AT 3726 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=126.4491;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=28.02;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.733e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,118:133:99:3726,349,0 chrXII 204794 . AT A 3458 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=384.9924;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.92;MQ0=0;QD=23.52;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.210e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,140:147:99:3458,402,0 chrXII 208656 . 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A ATG 132.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.467;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=87.5653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.13;MQ0=2;MQRankSum=0.533;QD=8.31;ReadPosRankSum=-2.133;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,6:14:99:172,0,140 chrXII 221524 . AT A 4184 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=48.7878;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.90;MQ0=0;QD=27.17;RPA=3,2;RU=T;SB=-2.088e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,148:154:99:4184,409,0 chrXII 222490 . GAAC G 4666 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=308.1841;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.92;MQ0=0;QD=44.02;SB=-1.991e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,104:106:99:4666,292,0 chrXII 223058 . A AT 2863.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.962;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=527.5343;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.281;QD=19.89;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.104;SB=-1.103e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,121:141:99:2906,332,0 chrXII 224124 . GA G 4437 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=181;FS=0.000;HaplotypeScore=913.9111;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.41;MQ0=0;QD=24.51;RPA=4,3;RU=A;SB=-2.178e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,168:181:99:4437,492,0 chrXII 229882 . GT G 941.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=126.9811;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.66;MQ0=0;QD=14.27;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,59:66:99:984,143,0 chrXII 232112 . CT C 2349.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.269;DP=149;FS=3.241;HaplotypeScore=558.5469;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.77;MQ0=0;MQRankSum=1.643;QD=15.77;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.567;SB=-1.128e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,122:149:99:2392,320,0 chrXII 232144 . G GTT 3039.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.423;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=367.1937;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.04;MQ0=0;MQRankSum=0.326;QD=22.69;RPA=10,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.223;SB=-1.502e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,80:134:99:3082,276,0 chrXII 232239 . AGCCTAACCAG A 14384 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=677.9871;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.52;MQ0=0;QD=104.99;SB=-4.653e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,126:137:99:14384,376,0 chrXII 238603 . C CCT 1336.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=1501.7173;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=41.78;SB=-6.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:96:1379,96,0 chrXII 238608 . T TTC 1371.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=1498.2353;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=42.87;SB=-6.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:96:1414,96,0 chrXII 238610 . A ACTT 1570.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=1478.2994;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=49.09;SB=-7.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:96:1613,96,0 chrXII 238616 . GAAA G 1586.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=1476.6988;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=49.59;SB=-8.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:96:1629,96,0 chrXII 238622 . CGA C 1346.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=1500.6751;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=42.09;SB=-6.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:96:1389,96,0 chrXII 238628 . CGA C 1335.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=1501.8313;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=41.75;SB=-6.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:96:1378,96,0 chrXII 238634 . G GCTT 1865.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=1479.1643;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.73;MQ0=0;QD=49.10;SB=-8.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,32:38:99:1908,111,0 chrXII 241569 . CT C 2039.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=23.7280;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.06;MQ0=0;QD=20.82;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.025e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,94:98:99:2082,249,0 chrXII 241798 . TC T 3882 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=264.5982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.77;MQ0=0;QD=25.71;RPA=3,2;RU=C;SB=-1.800e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,148:151:99:3882,402,0 chrXII 242475 . ACTT A 5384 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=36.3417;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.30;MQ0=0;QD=43.77;RPA=2,1;RU=CTT;SB=-2.492e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,117:123:99:5384,325,0 chrXII 243644 . C CT 477.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=104.0372;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=17.70;RPA=10,11;RU=T;SB=-1.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,19:27:70:520,70,0 chrXII 243752 . CA C 784.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=160.4707;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.03;MQ0=0;QD=28.03;SB=-4.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:28:72:827,72,0 chrXII 245256 . AATAT A,AAT 1730.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.276;DP=90;FS=6.240;HaplotypeScore=37.8480;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=0.466;QD=19.23;RPA=10,8,9;RU=AT;ReadPosRankSum=-0.830;SB=-8.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:27,5,0:90:71:1809,1380,1476,190,0,71 chrXII 263050 . CA C 4539 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=38.9838;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.96;MQ0=0;QD=31.09;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.646e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,145:146:99:4539,418,0 chrXII 263307 . CA C 1507.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.676;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=124.2185;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.631;QD=11.34;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.718;SB=-6.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,98:133:99:1550,165,0 chrXII 282688 . TTTTTA T 3537 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=312.7395;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.03;MQ0=0;QD=41.61;SB=-1.491e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,48:85:99:3537,211,0 chrXII 282706 . GT G 1172.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.299;DP=91;FS=3.148;HaplotypeScore=597.4186;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.89;MQ0=0;MQRankSum=1.570;QD=12.89;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.462;SB=-5.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,68:91:99:1215,178,0 chrXII 292024 . G GAA 779.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.014;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=216.1176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.571;QD=8.76;RPA=17,19;RU=A;ReadPosRankSum=1.754;SB=-3.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,20:89:91:819,0,91 chrXII 292044 . TC T 1805.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=185.6409;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.89;MQ0=0;QD=19.85;RPA=3,2;RU=C;SB=-6.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,41:91:99:1848,195,0 chrXII 292153 . G GA 1598.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.707;DP=94;FS=2.623;HaplotypeScore=39.9939;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.147;QD=17.01;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.560;SB=-6.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,77:94:99:1641,163,0 chrXII 302122 . GA G 4989 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=197;FS=0.000;HaplotypeScore=1453.9952;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.05;MQ0=0;QD=25.32;RPA=4,3;RU=A;SB=-2.012e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,186:197:99:4989,543,0 chrXII 322104 . AT A 834.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.345;DP=117;FS=2.512;HaplotypeScore=163.1494;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=0.250;QD=7.14;RPA=15,14;RU=T;ReadPosRankSum=2.060;SB=-3.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:52,56:117:99:877,105,0 chrXII 322222 . T TC 4072 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;FS=0.000;HaplotypeScore=1086.3567;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.74;MQ0=0;QD=24.53;RPA=4,5;RU=C;SB=-7.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,149:166:99:4072,409,0 chrXII 339717 . A AT 779.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=16.9148;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.92;MQ0=0;QD=22.28;RPA=5,6;RU=T;SB=-8.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,33:35:90:822,90,0 chrXII 341070 . C CAACA 12081 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=237;FS=0.000;HaplotypeScore=63.5514;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.00;MQ0=1;QD=50.97;RPA=1,2;RU=AACA;SB=-3.896e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,219:236:99:12081,638,0 chrXII 342883 . A ATG 4144 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=346.6542;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.13;MQ0=0;QD=28.58;SB=-2.043e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,137:145:99:4144,389,0 chrXII 343851 . G GT 1938.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.352;DP=134;FS=3.842;HaplotypeScore=470.1946;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.66;MQ0=0;MQRankSum=1.602;QD=14.47;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=2.177;SB=-8.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,78:134:99:1981,190,0 chrXII 345332 . C CATT 9973 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=207;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1136.1182;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.66;MQ0=0;QD=48.18;SB=-2.944e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,188:207:99:9973,569,0 chrXII 346105 . G GA 2976.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=754.2763;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.68;MQ0=0;QD=19.98;RPA=9,10;RU=A;SB=-1.386e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,124:149:99:3019,368,0 chrXII 348919 . G GT 356.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.526;DP=62;FS=1.718;HaplotypeScore=150.9077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.113;QD=5.76;RPA=17,18;RU=T;ReadPosRankSum=-1.003;SB=-6.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,18:61:93:396,0,93 chrXII 350810 . CCAGGTTCGTCGTTTTCATTAT C 29610 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=200;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1421.2980;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.10;MQ0=0;QD=148.05;SB=-1.463e+04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,184:200:99:29610,536,0 chrXII 366045 . GT G 1432.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=283.0250;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.71;MQ0=0;QD=30.49;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1475,135,0 chrXII 369387 . AT A 1242.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.424;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=25.7556;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-2.008;QD=15.16;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.571;SB=-4.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,68:82:99:1285,158,0 chrXII 369566 . GAATA G 1922.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=94.0911;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.52;MQ0=0;QD=43.70;RPA=2,1;RU=AATA;SB=-4.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,36:44:99:1965,105,0 chrXII 369580 . TA T 601.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=265.8276;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.64;MQ0=0;QD=14.33;RPA=11,10;RU=A;SB=-2.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,35:42:98:644,98,0 chrXII 371365 . GA G 2227.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.578;DP=158;FS=2.432;HaplotypeScore=45.7661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.414;QD=14.10;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-2.265;SB=-6.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,131:158:99:2270,270,0 chrXII 373457 . TAC T 2626.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=651.3140;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.19;MQ0=0;QD=34.12;SB=-1.017e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,71:77:99:2669,220,0 chrXII 373555 . T TTG 5803 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=941.3759;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.53;MQ0=0;QD=40.02;SB=-2.639e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,133:145:99:5803,391,0 chrXII 373665 . A ACG 2708.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.898;DP=132;FS=22.755;HaplotypeScore=1135.4925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.78;MQ0=0;MQRankSum=2.124;QD=20.52;ReadPosRankSum=5.842;SB=-1.335e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,84:132:99:2748,0,160 chrXII 373666 . T TGGAC 4546 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.765;DP=135;FS=19.211;HaplotypeScore=1037.1347;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.611;QD=33.67;ReadPosRankSum=4.279;SB=-2.202e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,84:135:42:4546,0,42 chrXII 375382 . A AGTG 5669 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.092;DP=203;DS;FS=160.395;HaplotypeScore=4023.4050;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.72;MQ0=0;MQRankSum=0.590;QD=27.93;ReadPosRankSum=7.878;SB=-1.784e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,114:203:99:5669,0,921 chrXII 377750 . T TG 4865 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=370.6745;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.27;MQ0=0;QD=38.01;SB=-1.825e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,123:128:99:4865,367,0 chrXII 380619 . CA C 4077 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=222.9789;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.70;MQ0=0;QD=25.32;RPA=4,3;RU=A;SB=-2.014e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,151:161:99:4077,441,0 chrXII 380677 . C CA 4462 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=193.9891;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=31.65;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.998e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,135:141:99:4462,400,0 chrXII 385536 . G GA 4794 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=176;FS=0.000;HaplotypeScore=368.9818;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.74;MQ0=0;QD=27.24;RPA=3,4;RU=A;SB=-2.036e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,156:176:99:4794,472,0 chrXII 385575 . GAA G 5186 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=346.8510;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.64;MQ0=0;QD=32.41;RPA=5,3;RU=A;SB=-2.494e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,144:160:99:5186,427,0 chrXII 386315 . G GA 1773.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.163;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=394.0473;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.068;QD=20.87;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.210;SB=-6.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,75:85:99:1816,199,0 chrXII 390717 . A AC 5603 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=169;FS=0.000;HaplotypeScore=645.2354;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.10;MQ0=0;QD=33.15;SB=-1.952e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,164:169:99:5603,490,0 chrXII 391836 . G GA 2197.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.410;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=457.3760;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.709;QD=17.04;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.336;SB=-7.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,83:129:99:2240,267,0 chrXII 392360 . GTGT G 4952 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=666.7607;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.61;MQ0=0;QD=44.21;SB=-1.483e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,108:112:99:4952,298,0 chrXII 392460 . T TA 4736 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=1719.9418;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.88;MQ0=0;QD=33.35;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.551e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,138:142:99:4736,415,0 chrXII 392489 . AC A 3434 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=1413.0149;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.24;MQ0=0;QD=27.04;RPA=2,1;RU=C;SB=-1.441e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,114:127:99:3434,337,0 chrXII 392732 . G GT 2254.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=533.4527;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.75;MQ0=0;QD=21.48;RPA=7,8;RU=T;SB=-9.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,86:105:99:2297,264,0 chrXII 392749 . A AC 2856.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=539.7853;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.15;MQ0=0;QD=27.47;RPA=3,4;RU=C;SB=-1.077e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,92:104:99:2899,280,0 chrXII 392810 . GTT G 2465.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=348.8279;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.99;MQ0=0;QD=24.91;RPA=9,7;RU=T;SB=-9.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,83:99:99:2508,240,0 chrXII 392954 . CA C 2191.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=34.1590;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;QD=17.97;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.074e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,111:122:99:2234,296,0 chrXII 393993 . TAA T 2889.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.135;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=276.8125;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.442;QD=22.94;RPA=12,10;RU=A;ReadPosRankSum=2.235;SB=-1.148e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,105:126:99:2932,298,0 chrXII 394523 . G GA 3131.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=336.2236;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.323;QD=19.33;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.310;SB=-1.082e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,136:162:99:3174,287,0 chrXII 402605 . GC G 3116.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=26.0760;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.39;MQ0=0;QD=28.86;RPA=3,2;RU=C;SB=-1.577e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,102:108:99:3159,289,0 chrXII 402737 . ATT A 2134.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.592;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=44.3071;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=0.441;QD=18.09;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.582;SB=-1.055e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,85:117:99:2177,208,0 chrXII 404328 . G GA 3678 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=287.6891;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=25.37;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.085e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,138:145:99:3678,396,0 chrXII 408382 . G GT 3132.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.133;DP=173;FS=2.706;HaplotypeScore=532.6981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.102;QD=18.11;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.531;SB=-1.152e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,135:173:99:3175,355,0 chrXII 412549 . TA T 2264.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=812.2415;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.71;MQ0=0;QD=29.04;SB=-1.113e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,73:78:99:2307,216,0 chrXII 412561 . C CGT 2372.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=873.1034;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.36;MQ0=0;QD=31.64;SB=-9.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,60:75:99:2415,204,0 chrXII 412563 . T TG 1271.18 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.474;DP=74;FS=8.286;HaplotypeScore=965.5443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.53;MQ0=0;MQRankSum=0.105;QD=17.18;ReadPosRankSum=4.474;SB=-3.992e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,60:74:10:1310,0,10 chrXII 412958 . A AT 1946.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.684;DP=124;FS=11.211;HaplotypeScore=1992.0909;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.430;QD=15.70;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=5.968;SB=-5.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:71,52:124:99:1989,196,0 chrXII 412960 . G GTCACTTTACGATT 11640 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=528.5761;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.11;MQ0=0;QD=123.83;SB=-3.029e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,52:94:99:11640,262,0 chrXII 413197 . G GA 4709 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=204.6003;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.44;MQ0=0;QD=29.43;RPA=2,3;RU=A;SB=-2.010e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,152:160:99:4709,439,0 chrXII 415714 . GA G 1080.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.203;DP=98;FS=2.476;HaplotypeScore=125.9023;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=0.203;QD=11.03;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.016;SB=-4.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,63:98:99:1123,117,0 chrXII 421496 . AGGGG A 4740 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=374.1034;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.47;MQ0=0;QD=50.97;RPA=11,7;RU=G;SB=-1.343e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,84:93:99:4740,253,0 chrXII 422166 . G GGAT 6525 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.173;DP=183;FS=5.066;HaplotypeScore=441.0997;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.59;MQ0=0;MQRankSum=0.360;QD=35.66;ReadPosRankSum=1.367;SB=-2.473e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,157:183:99:6525,373,0 chrXII 424618 . CGAAAATCAAGAAAATCAA C 17635 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=248;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=537.1929;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.14;MQ0=0;QD=71.11;RPA=4,2;RU=GAAAATCAA;SB=-4.558e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:94,152:248:99:17635,439,0 chrXII 425324 . G GCCT 8310 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=167;FS=0.000;HaplotypeScore=62.5319;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.75;MQ0=0;QD=49.76;SB=-3.454e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,151:167:99:8310,470,0 chrXII 426672 . A AT 1718.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=68.7511;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.73;MQ0=0;QD=29.64;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,54:58:99:1761,153,0 chrXII 427070 . CTA C 3582 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=783.8777;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.87;MQ0=0;QD=43.16;SB=-1.508e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:83:99:3582,226,0 chrXII 432101 . G GGA 4597 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=38.8220;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.18;MQ0=0;QD=41.41;SB=-2.100e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,105:111:99:4597,304,0 chrXII 434097 . AAT A 729.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.595;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=96.8660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.208;QD=17.80;RPA=7,6;RU=AT;ReadPosRankSum=-0.069;SB=-2.769e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,27:41:43:772,43,0 chrXII 442818 . TCC T 2883.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=24.1867;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=1;QD=31.35;RPA=8,6;RU=C;SB=-1.341e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,80:91:99:2926,223,0 chrXII 444646 . G GT 3172.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=432.0235;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.43;MQ0=0;QD=24.60;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.571e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,114:129:99:3215,336,0 chrXII 448371 . G GTTT 7286 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=181;FS=0.000;HaplotypeScore=857.0075;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.41;MQ0=0;QD=40.25;RPA=4,7;RU=T;SB=-1.816e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,142:181:99:7286,470,0 chrXII 448398 . GGTT G 6519 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=790.3342;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.48;MQ0=0;QD=41.00;RPA=3,2;RU=GTT;SB=-1.586e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,139:158:99:6519,406,0 chrXII 448598 . TA T 1422.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.328;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=148.3851;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.80;MQ0=0;MQRankSum=0.375;QD=14.67;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.170;SB=-6.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,77:96:99:1465,195,0 chrXII 448641 . C CA 2256.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.039;DP=104;FS=4.260;HaplotypeScore=124.8660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.89;MQ0=0;MQRankSum=0.551;QD=21.70;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=1.024;SB=-8.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,85:103:99:2299,241,0 chrXII 448768 . CT C 2934.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=451.6964;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.92;MQ0=0;QD=19.18;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.240e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,141:153:99:2977,394,0 chrXII 449594 . CT C 1399.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.377;DP=98;FS=3.736;HaplotypeScore=42.6620;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.133;QD=14.29;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.711;SB=-5.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,77:98:99:1442,204,0 chrXII 449950 . C CTT 2389.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.704;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=52.4014;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.780;QD=18.66;RPA=11,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.857;SB=-9.094e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,78:128:99:2431,232,0 chrXII 451572 . CAAATAGT C 1323.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=80.2964;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.45;MQ0=81;QD=13.11;RPA=2,1;RU=AAATAGT;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,95:20:57:1366,57,0 chrXII 460002 . CAAAAAA C 9765 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=246;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=711.5641;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.93;MQ0=0;QD=39.70;RPA=17,11;RU=A;SB=-1.981e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,153:239:99:9765,432,0 chrXII 460191 . ACCGCGTCGCCGCGTCG A 32767 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=237;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=802.4932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.98;MQ0=0;QD=138.26;RPA=3,1;RU=CCGCGTCG;SB=-1.624e+04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,209:236:99:32767,632,0 chrXII 460262 . G GTA 4146 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=850.5666;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.73;MQ0=0;QD=16.58;RPA=3,4;RU=TA;SB=-7.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:186,63:250:99:4146,429,0 chrXII 460383 . TAAAAAAA T 10858 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=5.295;DP=247;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1345.3852;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.17;MQ0=1;MQRankSum=1.172;QD=43.96;RPA=22,15;RU=A;ReadPosRankSum=5.523;SB=-2.394e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:80,121:244:99:10858,281,0 chrXII 460477 . AT A 2998.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=112.3863;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.16;MQ0=0;QD=12.00;RPA=8,7;RU=T;SB=-6.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:153,97:245:99:3041,400,0 chrXII 460682 . AAAAAAAAAAAT A 21154 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.234;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1881.4935;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.02;MQ0=34;MQRankSum=-0.094;QD=84.62;ReadPosRankSum=3.746;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:105,144:216:99:21154,509,0 chrXII 460709 . CAAATAGT C 16927 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=245;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1112.1970;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.84;MQ0=30;QD=69.09;RPA=2,1;RU=AAATAGT;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,231:215:99:16927,611,0 chrXII 475966 . A AGAGT 345.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=38.9299;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.22;MQ0=0;QD=57.52;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18:387,18,0 chrXII 494419 . TG T 3970 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=315.4640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.19;MQ0=0;QD=31.51;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.839e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,121:126:99:3970,352,0 chrXII 494429 . C CT 2808.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=419.3148;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.90;MQ0=0;QD=23.02;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.399e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,104:122:99:2851,321,0 chrXII 507450 . G GAAGAAGGAC 9372 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;FS=0.000;HaplotypeScore=49.5433;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.31;MQ0=0;QD=55.79;RPA=1,2;RU=AAGAAGGAC;SB=-1.955e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,132:168:99:9372,382,0 chrXII 511539 . GCAGCAGCAGCAA G 15905 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=188;FS=0.000;HaplotypeScore=79.4733;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.04;MQ0=0;QD=84.60;SB=-6.251e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,174:188:99:15905,519,0 chrXII 513102 . T TC 790.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=68.6880;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.85;MQ0=0;QD=30.42;RPA=1,2;RU=C;SB=-9.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:72:833,72,0 chrXII 513997 . 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CT C 2295.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=692.3770;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.38;MQ0=0;QD=20.14;RPA=6,5;RU=T;SB=-8.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,104:114:99:2338,293,0 chrXII 536950 . C CTT 4017 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=147.2429;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.82;MQ0=1;QD=34.63;RPA=4,6;RU=T;SB=-1.263e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,100:114:99:4017,316,0 chrXII 537107 . CT C 1923.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=277.8897;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.46;MQ0=0;QD=21.14;RPA=5,4;RU=T;SB=-7.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,77:91:99:1966,234,0 chrXII 537220 . CA C 4230 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=1371.4734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.19;MQ0=0;QD=34.96;SB=-9.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:121:99:4230,355,0 chrXII 539598 . 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C CTCT 7066 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=195.1043;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.51;MQ0=0;QD=49.76;RPA=1,2;RU=TCT;SB=-1.998e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,134:142:99:7066,412,0 chrXII 553693 . A ATGTGTGTG 14742 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=228;FS=0.000;HaplotypeScore=327.3307;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.81;MQ0=0;QD=64.66;RPA=6,10;RU=TG;SB=-6.100e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:52,165:228:99:14742,505,0 chrXII 555332 . C CACA 8481 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=245;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=69.5300;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.50;MQ0=0;QD=34.62;RPA=3,4;RU=ACA;SB=-3.237e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,203:245:99:8481,575,0 chrXII 555558 . GCAA G 7643 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=240;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=482.4060;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.05;MQ0=0;QD=31.85;RPA=5,4;RU=CAA;SB=-3.353e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:72,162:240:99:7643,512,0 chrXII 556193 . CACAACAGCA C 16549 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=224;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=77.3844;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.96;MQ0=0;QD=73.88;SB=-4.892e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,198:224:99:16549,571,0 chrXII 556591 . GT G 1453.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=15.5804;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.21;MQ0=0;QD=24.23;RPA=4,3;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,58:60:99:1496,165,0 chrXII 563476 . TACAC T 2207.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=50.7137;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.06;MQ0=0;QD=31.54;RPA=11,9;RU=AC;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,57:70:99:2250,144,0 chrXII 566355 . T TA 4953 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=970.3814;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.52;MQ0=0;QD=33.02;RPA=1,2;RU=A;SB=-2.269e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,142:150:99:4953,424,0 chrXII 566362 . ATTAT A 6623 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=884.2138;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.60;MQ0=0;QD=43.29;RPA=2,1;RU=TTAT;SB=-2.902e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,113:153:99:6623,364,0 chrXII 566428 . T TA 4801 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.479;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=647.9709;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.62;MQ0=3;MQRankSum=-1.952;QD=30.97;ReadPosRankSum=2.952;SB=-2.290e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,138:151:99:4801,424,0 chrXII 573339 . AT A 3923 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=100.5834;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.24;MQ0=0;QD=28.85;SB=-1.571e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,132:136:99:3923,385,0 chrXII 574096 . A AT 3946 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=167;FS=0.000;HaplotypeScore=53.9614;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=23.63;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.891e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,149:167:99:3946,444,0 chrXII 579119 . C CTCT 4526 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=88.4399;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.85;MQ0=0;QD=40.77;RPA=1,2;RU=TCT;SB=-2.011e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,93:111:99:4526,277,0 chrXII 585646 . T TA 2293.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=235.6473;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;QD=21.85;RPA=8,9;RU=A;SB=-1.105e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,94:105:99:2336,276,0 chrXII 586241 . C CT 3186.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=175;FS=0.000;HaplotypeScore=605.7775;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.38;MQ0=0;QD=18.21;RPA=8,9;RU=T;SB=-1.480e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,126:175:99:3229,378,0 chrXII 589085 . CA C 1354.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=354.4151;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.85;MQ0=0;QD=19.36;RPA=6,5;RU=A;SB=-5.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,60:70:99:1397,179,0 chrXII 589114 . A AT 1970.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=380.2877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.59;MQ0=0;QD=27.00;RPA=3,4;RU=T;SB=-8.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,71:73:99:2013,207,0 chrXII 592509 . CA C 2047.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=240.6332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=17.96;RPA=6,5;RU=A;SB=-8.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,103:114:99:2090,263,0 chrXII 599083 . G GC 2379.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=160.8964;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.22;MQ0=0;QD=35.52;SB=-7.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,60:67:99:2422,196,0 chrXII 599354 . ATAATG A 6317 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=115.5662;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.42;MQ0=0;QD=58.49;SB=-2.973e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,86:108:99:6317,286,0 chrXII 599489 . T TAAC 6065 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=356.6441;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.23;MQ0=0;QD=43.63;RPA=1,2;RU=AAC;SB=-2.589e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,128:139:99:6065,370,0 chrXII 602122 . C CTGT 7287 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=230;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=617.0694;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.01;MQ0=0;QD=31.68;RPA=5,6;RU=TGT;SB=-1.918e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:74,154:230:99:7287,508,0 chrXII 602909 . T TATAG 7464 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=48.4677;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.88;MQ0=0;QD=47.24;RPA=1,2;RU=ATAG;SB=-3.009e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,137:158:99:7464,400,0 chrXII 603373 . T TA 2786.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.104;DP=149;FS=4.054;HaplotypeScore=387.5518;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.78;MQ0=0;MQRankSum=0.044;QD=18.70;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.643;SB=-1.070e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,109:149:99:2829,330,0 chrXII 603693 . A AC 3610 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=76.8580;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.43;MQ0=0;QD=29.35;RPA=2,3;RU=C;SB=-1.217e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,118:123:99:3610,337,0 chrXII 605064 . C CACTTT 9716 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=169;FS=0.000;HaplotypeScore=178.3925;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.92;MQ0=0;QD=57.49;RPA=1,2;RU=ACTTT;SB=-4.094e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,143:169:99:9716,439,0 chrXII 605228 . C CA 4355 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;FS=0.000;HaplotypeScore=1189.6940;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.91;MQ0=0;QD=26.39;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.637e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,156:165:99:4355,460,0 chrXII 605282 . T TA 1817.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.233;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=679.9063;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.96;MQ0=0;MQRankSum=0.167;QD=14.90;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.415;SB=-6.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:49,70:122:99:1860,203,0 chrXII 605685 . TAAG T 4999 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=461.7540;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.10;MQ0=0;QD=40.98;SB=-1.958e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,114:122:99:4999,342,0 chrXII 605689 . TA T 2932.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.237;DP=125;FS=10.648;HaplotypeScore=674.2852;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.95;MQ0=0;MQRankSum=2.720;QD=23.46;ReadPosRankSum=5.165;SB=-1.345e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,114:125:99:2975,269,0 chrXII 612158 . GAA G 1750.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=381.4347;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.81;MQ0=0;QD=19.90;RPA=13,11;RU=A;SB=-4.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,60:88:99:1793,195,0 chrXII 614333 . T TA 1578.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.986;DP=84;FS=10.238;HaplotypeScore=274.5486;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.250;QD=18.80;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.868;SB=-7.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,72:84:99:1621,161,0 chrXII 616278 . TA T 2949.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=56.4172;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.92;MQ0=0;QD=19.28;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.318e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,142:153:99:2992,397,0 chrXII 625064 . T TA 1787.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.213;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=56.0086;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.05;MQ0=0;MQRankSum=0.719;QD=16.56;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.638;SB=-7.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,82:108:99:1830,185,0 chrXII 626434 . G GAA,GA 929.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.395;DP=58;FS=4.087;HaplotypeScore=183.4941;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=52.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.056;QD=16.03;RPA=14,16,15;RU=A;ReadPosRankSum=1.395;SB=-3.862e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:18,30,9:58:90:1008,173,90,590,0,491 chrXII 636551 . GTT G 969.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.105;DP=83;FS=1.501;HaplotypeScore=102.5966;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=0.597;QD=11.69;RPA=16,14;RU=T;ReadPosRankSum=0.304;SB=-4.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,38:83:74:1012,74,0 chrXII 640114 . G GC 1972.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=135.3431;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=31.32;RPA=1,2;RU=C;SB=-7.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,60:63:99:2015,171,0 chrXII 642429 . AT A 2378.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=29.6118;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.80;MQ0=0;QD=19.82;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.134e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,113:120:99:2421,305,0 chrXII 644385 . A AC 4422 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=276.1979;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.27;MQ0=0;QD=34.55;SB=-1.993e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,124:128:99:4422,358,0 chrXII 645754 . T TTC 3720 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.748;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=67.1041;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.15;MQ0=1;MQRankSum=-0.058;QD=26.20;RPA=7,8;RU=TC;ReadPosRankSum=-0.633;SB=-1.529e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,108:141:99:3720,253,0 chrXII 646385 . G GA 1985.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.083;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=171.7422;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.327;QD=12.41;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.268;SB=-8.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,104:160:99:2028,169,0 chrXII 647287 . TGCCGCTGCC T 21660 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=240;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=131.1545;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.31;MQ0=0;QD=90.25;SB=-7.709e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,224:240:99:21660,668,0 chrXII 656919 . C CA 2492.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=217.7755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.34;MQ0=0;QD=22.06;RPA=6,7;RU=A;SB=-2.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,101:113:99:2535,288,0 chrXII 657926 . GT G 1369.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.010;DP=114;FS=2.016;HaplotypeScore=47.5210;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.294;QD=12.02;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=2.057;SB=-6.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,81:114:99:1412,153,0 chrXII 661756 . CA C 2848.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=332.0003;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;QD=20.21;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.336e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,133:141:99:2891,379,0 chrXII 665555 . G GTT 4296 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=54.0370;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.82;MQ0=0;QD=29.03;RPA=7,9;RU=T;SB=-1.831e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,121:148:99:4296,370,0 chrXII 666013 . ACAACATCAGTAGAACTAGCTTTCAAAG A 9704 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=200;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=60.8067;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.09;MQ0=0;QD=48.52;RPA=2,1;RU=CAACATCAGTAGAACTAGCTTTCAAAG;SB=-3.125e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:130,69:200:99:9704,190,0 chrXII 668002 . GTTT G 4605 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=29.9925;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.59;MQ0=0;QD=41.86;RPA=5,2;RU=T;SB=-2.208e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,105:110:99:4605,301,0 chrXII 669849 . CCAAGA C 5733 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.430;DP=131;FS=1.506;HaplotypeScore=1360.0542;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.630;QD=43.76;ReadPosRankSum=5.222;SB=-1.637e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,87:131:99:5733,279,0 chrXII 669866 . AAGCCG A 5924 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.159;DP=134;FS=11.922;HaplotypeScore=1542.0971;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.66;MQ0=0;MQRankSum=0.262;QD=44.21;ReadPosRankSum=1.666;SB=-1.558e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,87:134:99:5924,309,0 chrXII 670221 . ATCACATCATTCGCAAAACAT A 20272 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=176;FS=0.000;HaplotypeScore=45.1718;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.37;MQ0=0;QD=115.18;SB=-7.480e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,141:176:99:20272,412,0 chrXII 672902 . ATC A 3768 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=318.9754;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.10;MQ0=0;QD=38.06;SB=-1.730e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,96:99:99:3768,289,0 chrXII 672979 . A AT 1159.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.165;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=260.3709;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.669;QD=14.50;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-1.165;SB=-5.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,49:80:99:1202,145,0 chrXII 673632 . CA C 2284.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=266.0590;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.98;MQ0=0;QD=21.35;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.153e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,101:107:99:2327,284,0 chrXII 680023 . A AT 2373.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.012;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=54.7052;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.99;MQ0=0;MQRankSum=1.446;QD=20.82;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.801;SB=-9.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,100:114:99:2416,271,0 chrXII 681144 . T TG 4892 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=180;FS=0.000;HaplotypeScore=335.3445;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=27.18;RPA=2,3;RU=G;SB=-1.796e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,133:180:99:4892,470,0 chrXII 682671 . A AG 4632 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=340.9441;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.81;MQ0=0;QD=31.73;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.984e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,142:146:99:4632,409,0 chrXII 685663 . C CCGT 8949 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=163.3169;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.20;MQ0=0;QD=55.93;SB=-3.828e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,151:160:99:8949,461,0 chrXII 687408 . CT C 1322.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=58.2034;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.54;MQ0=0;QD=22.81;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,54:58:99:1365,162,0 chrXII 687472 . GA G 521.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.337;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=209.1531;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.149;QD=10.44;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=-1.040;SB=-9.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,34:50:77:564,77,0 chrXII 687559 . A ATT 749.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=139.5202;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.04;MQ0=0;QD=23.44;RPA=3,5;RU=T;SB=-2.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,20:31:63:792,63,0 chrXII 687563 . A AT 279.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=165.5898;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.34;MQ0=0;QD=10.77;RPA=9,10;RU=T;SB=-1.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,14:25:39:322,39,0 chrXII 687601 . A ATATG 391.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=90.5587;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.32;MQ0=0;QD=24.50;SB=-6.000e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,5:16:33:434,33,0 chrXII 688560 . G GT 2128.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=294.1357;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.266;QD=26.61;ReadPosRankSum=1.155;SB=-8.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,77:79:99:2171,229,0 chrXII 696960 . AATGAG A 5717 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=275.0202;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;QD=39.16;RPA=5,4;RU=ATGAG;SB=-2.766e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,103:146:99:5717,310,0 chrXII 699901 . TA T 1345.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=386.2579;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.25;MQ0=0;QD=19.79;RPA=7,6;RU=A;SB=-5.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,64:68:99:1388,185,0 chrXII 699927 . TA T 870.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;DP=77;FS=9.870;HaplotypeScore=439.8346;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.55;MQ0=0;MQRankSum=1.596;QD=11.31;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.157;SB=-1.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,46:77:99:913,123,0 chrXII 701373 . CGATGATGACGAAGAAGAA C 6226 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=78.3395;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.10;MQ0=0;QD=88.94;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,46:70:99:6226,132,0 chrXII 704138 . TAA T,TA 541.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.856;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=45.5275;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=1.123;QD=4.52;RPA=19,17,18;RU=A;ReadPosRankSum=1.026;SB=-2.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:64,18,1:120:99:620,181,338,265,0,200 chrXII 706157 . GTATATTGTGTGTGCGTTT G 26966 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=176;FS=0.000;HaplotypeScore=52.0495;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.26;MQ0=0;QD=153.22;SB=-1.150e+04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,151:176:99:26966,433,0 chrXII 708692 . TCTGAGCTTGTACTAC T 19885 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=249;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=78.7240;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.96;MQ0=0;QD=79.86;RPA=2,1;RU=CTGAGCTTGTACTAC;SB=-8.016e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:85,163:249:99:19885,487,0 chrXII 709123 . T TGAAGCAGATGTAGTA 12534 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=41.9085;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.98;MQ0=0;QD=93.54;SB=-4.395e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,112:134:99:12534,349,0 chrXII 710494 . G GT 2625.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.409;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=355.7732;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.539;QD=18.24;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.539;SB=-1.121e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,116:144:99:2668,284,0 chrXII 710800 . G GTA 5235 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=176;FS=0.000;HaplotypeScore=51.0509;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.02;MQ0=0;QD=29.74;RPA=3,4;RU=TA;SB=-2.190e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,141:174:99:5235,439,0 chrXII 712186 . G GTT 2098.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.783;DP=101;FS=4.162;HaplotypeScore=169.4170;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.65;MQ0=0;MQRankSum=1.637;QD=20.78;RPA=12,14;RU=T;ReadPosRankSum=-1.495;SB=-7.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,61:101:99:2141,186,0 chrXII 713307 . AT A 1993.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.610;DP=141;FS=8.098;HaplotypeScore=189.0122;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.64;MQ0=0;MQRankSum=0.233;QD=14.14;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.144;SB=-7.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,110:141:99:2036,275,0 chrXII 713359 . ATT A 4751 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=169;FS=0.000;HaplotypeScore=164.2061;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.83;MQ0=2;QD=28.11;RPA=7,5;RU=T;SB=-2.287e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,147:166:99:4751,433,0 chrXII 718114 . T TAA,TAAA 830.96 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=42.6575;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.24;MQ0=0;QD=23.74;RPA=12,14,15;RU=A;SB=-2.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:7,7,20:35:59:909,341,266,134,0,59 chrXII 723168 . C CAAA 2187.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=192.6474;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.08;MQ0=0;QD=19.89;RPA=14,17;RU=A;SB=-7.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,62:110:99:2230,221,0 chrXII 728213 . C CA 2720.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=38.6090;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.94;MQ0=0;QD=22.49;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.343e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,111:121:99:2763,309,0 chrXII 732227 . CA C 4094 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=603.8822;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.68;MQ0=0;QD=27.29;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.655e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,148:150:99:4094,444,0 chrXII 732527 . A AC 3620 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=51.9984;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.96;MQ0=0;QD=24.46;RPA=5,6;RU=C;SB=-1.067e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,129:148:99:3620,381,0 chrXII 734884 . TA T 792.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=584.7713;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.22;MQ0=0;QD=24.03;RPA=3,2;RU=A;SB=-2.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,31:33:90:835,90,0 chrXII 734892 . ACCGTCTGACAGACGGTG A 5001 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=163.5272;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.36;MQ0=0;QD=161.32;SB=-1.550e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,25:31:81:5001,81,0 chrXII 734923 . ATTT A 1507.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.479;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=578.8691;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.87;MQ0=0;MQRankSum=1.438;QD=24.72;RPA=15,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.627;SB=-5.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,42:61:99:1550,121,0 chrXII 747476 . GT G 2869.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=487.1988;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.41;MQ0=0;QD=21.26;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.131e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,115:134:99:2912,345,0 chrXII 747497 . C CA 4217 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=524.2886;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.20;MQ0=0;QD=30.56;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.915e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,133:137:99:4217,400,0 chrXII 747710 . G GT 3890 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=32.1445;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;QD=29.92;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.942e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,127:130:99:3890,370,0 chrXII 757478 . T TAGAG 3366 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.412;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=57.2670;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.893;QD=36.99;RPA=10,12;RU=AG;ReadPosRankSum=0.627;SB=-1.587e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,57:91:99:3366,186,0 chrXII 757586 . G GT 1735.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.266;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=52.6219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.241;QD=18.08;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.709;SB=-8.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,78:96:99:1778,194,0 chrXII 759341 . GA G 2548.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.599;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=39.4340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.250;QD=16.44;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.008;SB=-8.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,136:155:99:2591,321,0 chrXII 760762 . GCC G 5502 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=177.1072;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.06;MQ0=0;QD=44.02;SB=-2.541e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,122:125:99:5502,355,0 chrXII 769162 . CAT C 396.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.810;DP=41;FS=3.979;HaplotypeScore=11.7326;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=0.116;QD=9.67;RPA=9,8;RU=AT;ReadPosRankSum=0.579;SB=-1.473e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,18:41:14:438,14,0 chrXII 770972 . G GCAT 8506 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.138;DP=235;FS=0.000;HaplotypeScore=62.0774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.33;MQ0=0;MQRankSum=0.019;QD=36.20;RPA=4,5;RU=CAT;ReadPosRankSum=0.692;SB=-3.409e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,200:235:99:8506,499,0 chrXII 771882 . A AAGTC 7241 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=71.1338;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.78;MQ0=1;QD=60.34;SB=-3.271e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:119:99:7241,334,0 chrXII 777943 . GT G 1736.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.435;DP=151;FS=2.266;HaplotypeScore=59.4654;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=1.408;QD=11.50;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.469;SB=-7.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:50,93:151:99:1779,232,0 chrXII 779107 . A AAT 5251 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=179;FS=0.000;HaplotypeScore=52.3399;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.14;MQ0=0;QD=29.34;RPA=3,4;RU=AT;SB=-1.611e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,161:179:99:5251,457,0 chrXII 781653 . GA G 3965 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=1134.2507;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.03;MQ0=0;QD=26.09;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.470e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,148:152:99:3965,432,0 chrXII 784382 . G GC 2700.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=42.7230;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.51;MQ0=0;QD=28.73;RPA=2,3;RU=C;SB=-9.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,88:93:99:2743,253,0 chrXII 784523 . G GT 1424.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.140;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=250.6783;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.58;MQ0=0;MQRankSum=0.091;QD=14.69;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.345;SB=-6.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,60:97:99:1467,111,0 chrXII 784855 . GA G 1677.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=290.0299;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.13;MQ0=0;QD=16.78;RPA=9,8;RU=A;SB=-6.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,88:100:99:1720,244,0 chrXII 786255 . G GT 1821.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=450.0676;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.70;MQ0=0;QD=17.35;RPA=9,10;RU=T;SB=-8.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,78:105:99:1864,230,0 chrXII 786353 . T TA 2623.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=908.2530;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.22;MQ0=0;QD=22.82;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.171e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,102:115:99:2666,300,0 chrXII 809313 . A AT 2800.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=300.4802;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.45;MQ0=0;QD=20.01;RPA=9,10;RU=T;SB=-9.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,108:140:99:2843,343,0 chrXII 819020 . TG T 5149 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=553.9942;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.66;MQ0=0;QD=32.18;SB=-2.181e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,145:160:99:5149,445,0 chrXII 819069 . CTT C 3665 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.355;DP=159;FS=3.018;HaplotypeScore=470.3624;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.566;QD=23.05;RPA=12,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.663;SB=-1.750e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,132:159:99:3665,370,0 chrXII 822123 . G GAA 2974.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=33.4609;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.61;MQ0=0;QD=28.61;RPA=8,10;RU=A;SB=-1.489e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,87:104:99:3017,261,0 chrXII 823381 . TGG T 2086.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=18.9856;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.96;MQ0=0;QD=29.39;RPA=9,7;RU=G;SB=-3.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,59:71:99:2129,168,0 chrXII 826869 . A AT 4239 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=47.3925;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.71;MQ0=0;QD=30.94;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.729e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,136:137:99:4239,379,0 chrXII 828601 . C CAT 4822 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.492;DP=174;FS=0.000;HaplotypeScore=336.8445;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.529;QD=27.71;RPA=4,5;RU=AT;ReadPosRankSum=0.842;SB=-2.026e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,148:174:99:4822,396,0 chrXII 829398 . CATATATGT C 5700 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=1013.1794;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.01;MQ0=0;QD=40.43;SB=-2.438e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:89,43:141:99:5700,312,0 chrXII 829429 . ATG A 1603.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.312;DP=132;FS=17.181;HaplotypeScore=1407.1877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.77;MQ0=0;MQRankSum=0.735;QD=12.15;ReadPosRankSum=4.288;SB=-5.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:80,50:132:99:1646,112,0 chrXII 829433 . ATG A 1194.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.714;DP=130;FS=5.885;HaplotypeScore=1331.3761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.53;MQ0=0;MQRankSum=-2.770;QD=9.19;RPA=2,1;RU=TG;ReadPosRankSum=4.209;SB=-5.556e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,46:130:35:1234,0,35 chrXII 830629 . AT A 2483.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=563.5466;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.58;MQ0=0;QD=17.74;RPA=9,8;RU=T;SB=-8.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,117:140:99:2526,357,0 chrXII 835608 . CAAG C 6897 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=178;FS=0.000;HaplotypeScore=100.9431;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.70;MQ0=0;QD=38.75;RPA=2,1;RU=AAG;SB=-3.331e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,166:178:99:6897,466,0 chrXII 837516 . CAT C 453.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=108.6111;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.65;MQ0=0;QD=16.81;RPA=10,9;RU=AT;SB=-1.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,14:27:49:496,49,0 chrXII 837962 . A AT 2534.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=26.6819;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.43;MQ0=0;QD=28.48;SB=-8.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:89:99:2577,219,0 chrXII 840092 . G GTCTT 10044 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=183;FS=0.000;HaplotypeScore=1359.1308;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.68;MQ0=0;QD=54.89;RPA=1,2;RU=TCTT;SB=-4.294e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,158:183:99:10044,506,0 chrXII 856203 . T TA 6413 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=181;FS=0.000;HaplotypeScore=460.4788;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.00;MQ0=0;QD=35.43;SB=-2.643e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,180:181:99:6413,509,0 chrXII 856361 . AT A 3845 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=194;FS=0.000;HaplotypeScore=93.4579;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.90;MQ0=0;QD=19.82;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.884e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,181:194:99:3845,510,0 chrXII 861593 . A AT 2877.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=30.7578;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.38;MQ0=0;QD=25.25;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.098e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,109:114:99:2920,303,0 chrXII 862572 . AT A 2210.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.518;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=65.7958;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.36;MQ0=0;MQRankSum=0.536;QD=15.68;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.843;SB=-8.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,120:141:99:2253,311,0 chrXII 863696 . CTCA C 5102 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=338.0818;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=35.19;RPA=8,7;RU=TCA;SB=-2.331e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,124:145:99:5102,355,0 chrXII 872807 . G GT 3436 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=174;FS=0.000;HaplotypeScore=179.9148;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.48;MQ0=0;QD=19.75;RPA=8,9;RU=T;SB=-1.563e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,142:174:99:3436,407,0 chrXII 875035 . C CA 2515.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.503;DP=144;FS=1.718;HaplotypeScore=246.6456;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.138;QD=17.47;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.490;SB=-9.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,98:144:99:2558,221,0 chrXII 877207 . G GT 3686 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=120.0763;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=25.25;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.654e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,135:146:99:3686,399,0 chrXII 885247 . AT A 4664 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=759.4272;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.49;MQ0=0;QD=31.73;SB=-1.276e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,146:147:99:4664,424,0 chrXII 899161 . GA G 1544.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=897.4849;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.77;MQ0=0;QD=16.09;SB=-7.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,82:96:99:1587,227,0 chrXII 915075 . CGT C 3197.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=51.5671;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.93;MQ0=0;QD=26.43;RPA=8,7;RU=GT;SB=-1.501e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,93:119:99:3240,283,0 chrXII 929693 . T TA 2742.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.701;DP=125;FS=4.771;HaplotypeScore=164.6353;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.94;MQ0=0;MQRankSum=1.170;QD=21.94;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.295;SB=-9.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,115:125:99:2785,315,0 chrXII 932243 . ATT A 5505 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=206;FS=0.000;HaplotypeScore=3050.7756;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.05;MQ0=0;QD=26.72;RPA=8,6;RU=T;SB=-2.169e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,180:206:99:5505,513,0 chrXII 932270 . GTACGGA G 7270 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.286;DP=168;FS=4.044;HaplotypeScore=2791.1082;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.640;QD=43.27;ReadPosRankSum=6.809;SB=-2.339e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,101:168:99:7270,0,553 chrXII 932282 . GGATGTATACT G 11439 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.258;DP=150;FS=3.835;HaplotypeScore=2074.9969;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.258;QD=76.26;ReadPosRankSum=-0.047;SB=-3.884e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:49,101:150:99:11439,367,0 chrXII 932631 . C CT 2292.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.429;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=231.1677;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.23;MQ0=0;MQRankSum=0.263;QD=18.20;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.527;SB=-9.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,102:126:99:2335,211,0 chrXII 933763 . CT C 2577.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=281.6993;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=19.24;RPA=8,7;RU=T;SB=-9.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,121:134:99:2620,356,0 chrXII 941016 . AC A 2561.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=309.8663;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.27;MQ0=0;QD=30.87;SB=-7.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2604,241,0 chrXII 948003 . G GA 4367 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=157.8275;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.98;MQ0=0;QD=36.39;SB=-1.558e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,118:120:99:4367,343,0 chrXII 950226 . TA T 4510 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=227.9626;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.99;MQ0=0;QD=32.92;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.476e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,135:137:99:4510,385,0 chrXII 950305 . CT C 1662.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.522;DP=130;FS=1.765;HaplotypeScore=318.5136;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=2.072;QD=12.79;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.585;SB=-7.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,84:130:99:1705,178,0 chrXII 950992 . A AT 1811.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.687;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=27.7900;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=1.687;QD=19.28;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.550;SB=-8.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,74:94:99:1854,215,0 chrXII 954521 . A AG 4220 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.940;DP=182;FS=0.000;HaplotypeScore=534.2141;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.03;MQ0=0;MQRankSum=0.577;QD=23.19;RPA=7,8;RU=G;ReadPosRankSum=-0.872;SB=-2.003e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,155:182:99:4220,430,0 chrXII 962958 . TA T 1555.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=29.0066;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.62;MQ0=0;QD=14.82;RPA=10,9;RU=A;SB=-5.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,92:96:99:1598,232,0 chrXII 963500 . AC A 3387 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=210.0856;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.86;MQ0=0;QD=28.23;SB=-1.268e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:120:99:3387,328,0 chrXII 975700 . G GT 2276.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=872.0782;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.68;MQ0=0;QD=26.79;RPA=3,4;RU=T;SB=-8.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,78:85:99:2319,234,0 chrXII 976101 . T TAATATAATTTAG 791.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=38.0836;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.43;MQ0=0;QD=49.50;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:16:24:834,24,0 chrXII 981544 . TC T 781.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=178;FS=0.000;HaplotypeScore=494.7700;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=9.66;MQ0=148;QD=4.39;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:155,23:23:69:824,69,0 chrXII 981839 . AC A 1691.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=647.7624;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.90;MQ0=0;QD=21.15;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,74:80:99:1734,201,0 chrXII 993474 . T TTAATAA 2777.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=34.6635;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=44.81;RPA=5,7;RU=TAA;SB=-1.046e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,44:62:99:2820,129,0 chrXII 1000203 . ACATTATTTTT A 7650 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=219.7760;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.70;MQ0=0;QD=64.83;RPA=2,1;RU=CATTATTTTT;SB=-2.754e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:48,68:118:99:7650,223,0 chrXII 1000245 . A ATTT 5073 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=753.5998;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.04;MQ0=0;QD=36.76;RPA=8,11;RU=T;SB=-2.510e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,106:138:99:5073,352,0 chrXII 1002214 . GAAAA G,GA 1291.15 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;DP=82;FS=14.698;HaplotypeScore=198.0808;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=0.518;QD=15.75;RPA=19,15,16;RU=A;ReadPosRankSum=1.957;SB=-4.024e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:28,6,0:81:49:1369,645,792,94,0,49 chrXII 1006047 . T TGAA 1925.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.865;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=212.7076;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.780;QD=25.68;ReadPosRankSum=1.933;SB=-5.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,52:75:99:1968,162,0 chrXII 1006331 . C CA 3327 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=725.3965;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.22;MQ0=0;QD=28.68;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.294e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,114:116:99:3327,334,0 chrXII 1011372 . CTTT C 3502 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=468.5597;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.42;MQ0=0;QD=27.79;RPA=15,12;RU=T;SB=-1.749e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,88:126:99:3502,262,0 chrXII 1011933 . GC G 2938.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=7.214;DP=196;DS;FS=20.356;HaplotypeScore=882.0072;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.34;MQ0=0;MQRankSum=0.171;QD=14.99;ReadPosRankSum=7.483;SB=-1.118e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:66,127:196:99:2981,222,0 chrXII 1011935 . TGC T 4653 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=6.394;DP=194;DS;FS=17.071;HaplotypeScore=705.1327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.590;QD=23.98;ReadPosRankSum=7.113;SB=-1.833e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:65,126:194:99:4653,176,0 chrXII 1012199 . G GA 4606 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=210;FS=0.000;HaplotypeScore=1053.7993;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.84;MQ0=0;QD=21.93;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.240e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:52,155:210:99:4606,525,0 chrXII 1012226 . T TAC 7708 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=185;FS=0.000;HaplotypeScore=1244.0778;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.70;MQ0=0;QD=41.66;SB=-1.925e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,169:185:99:7708,521,0 chrXII 1012321 . C CG 5222 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=216;FS=0.000;HaplotypeScore=1928.1342;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.96;MQ0=0;QD=24.18;RPA=2,3;RU=G;SB=-2.027e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,180:216:99:5222,536,0 chrXII 1012324 . C CG 5797 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=190;FS=0.000;HaplotypeScore=1685.1641;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.49;MQ0=0;QD=30.51;RPA=1,2;RU=G;SB=-2.377e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,181:190:99:5797,559,0 chrXII 1012328 . A AGCC 8760 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=206;FS=0.000;HaplotypeScore=1437.4359;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.17;MQ0=0;QD=42.52;RPA=1,2;RU=GCC;SB=-4.218e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,161:206:99:8760,524,0 chrXII 1014199 . T TTG 6227 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.621;DP=244;DS;FS=2.037;HaplotypeScore=97.3488;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.55;MQ0=0;MQRankSum=1.391;QD=25.52;RPA=7,8;RU=TG;ReadPosRankSum=0.337;SB=-1.810e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,196:244:99:6227,414,0 chrXII 1015482 . A AAT 196.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=15.8957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.07;MQ0=0;MQRankSum=0.133;QD=6.57;RPA=10,11;RU=AT;ReadPosRankSum=0.000;SB=-1.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,9:30:95:236,0,95 chrXII 1019116 . GAA G 1457.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.371;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=88.0910;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.88;MQ0=0;MQRankSum=1.255;QD=16.02;RPA=15,13;RU=A;ReadPosRankSum=2.371;SB=-3.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,59:91:99:1500,174,0 chrXII 1025009 . GT G 186.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.085;DP=54;FS=6.690;HaplotypeScore=102.9886;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.10;MQ0=0;MQRankSum=2.123;QD=3.46;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=1.444;SB=-2.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,15:54:33:229,33,0 chrXII 1026016 . G GT 3859 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=28.6633;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;QD=31.63;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.725e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,114:122:99:3859,337,0 chrXII 1026565 . AG A 1207.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=129.3572;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.38;MQ0=0;QD=23.69;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,48:51:99:1250,141,0 chrXII 1028428 . A AT 2675.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.775;DP=149;FS=2.547;HaplotypeScore=451.1772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.380;QD=17.95;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.039;SB=-7.621e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,126:149:99:2717,343,0 chrXII 1028974 . C CT 4029 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=714.6241;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.10;MQ0=0;QD=25.02;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.850e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,150:161:99:4029,426,0 chrXII 1030472 . A ATC 7783 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=186;FS=0.000;HaplotypeScore=270.6505;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.86;MQ0=0;QD=41.84;SB=-2.742e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,171:186:99:7783,503,0 chrXII 1032618 . C CA 6434 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=217;FS=0.000;HaplotypeScore=58.5866;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.17;MQ0=0;QD=29.65;RPA=2,3;RU=A;SB=-2.432e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,203:217:99:6434,628,0 chrXII 1038916 . TA T 2623.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=209.2033;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.14;MQ0=0;QD=20.18;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.045e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,122:130:99:2666,335,0 chrXII 1043537 . G GT 2991.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=244.1830;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.73;MQ0=0;QD=29.62;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.412e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,96:101:99:3034,286,0 chrXII 1052059 . TA T 2143.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=30.5530;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;QD=17.57;RPA=8,7;RU=A;SB=-6.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,108:122:99:2186,298,0 chrXII 1053291 . TTA T 309.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.639;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=177.5827;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.23;MQ0=0;MQRankSum=0.456;QD=9.12;ReadPosRankSum=-1.369;SB=-3.900e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,9:33:38:352,38,0 chrXII 1053323 . TAATC T 1369.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=132.5610;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.58;MQ0=0;QD=47.24;RPA=2,1;RU=AATC;SB=-1.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,28:29:75:1412,75,0 chrXII 1059677 . TAAAA T 461.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.923;DP=144;FS=27.288;HaplotypeScore=334.6339;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.713;QD=3.21;RPA=16,12;RU=A;ReadPosRankSum=-1.713;SB=-6.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,30:110:99:501,0,2858 chrXII 1062370 . A AT 1119.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.249;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=540.4852;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.52;MQ0=23;MQRankSum=-1.181;QD=8.12;ReadPosRankSum=4.144;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,82:94:99:1159,0,404 chrXII 1062372 . A AT 2594.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=382.6058;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.39;MQ0=22;QD=19.66;RPA=2,3;RU=T;SB=-9.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:92,40:90:99:2637,262,0 chrXII 1062467 . C CAG 2193.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=440.7943;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.08;MQ0=22;QD=15.45;SB=-7.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,117:56:99:2236,151,0 chrXII 1062550 . A ATG,ACT 1086.94 filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=320.5684;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=18.63;MQ0=24;QD=10.66;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:14,48,32:38:99:1165,263,195,925,0,943 chrXII 1062721 . G GA 527.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.287;DP=80;DS;FS=39.428;HaplotypeScore=574.4102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.02;MQ0=5;MQRankSum=-2.981;QD=6.60;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=1.980;SB=6.047e-03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,55:33:99:567,0,224 chrXII 1063494 . GGATGGTAAT G 2261.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.352;DP=65;FS=107.326;HaplotypeScore=658.5649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.45;MQ0=0;MQRankSum=-2.985;QD=34.80;ReadPosRankSum=1.765;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,22:65:99:2301,0,2885 chrXII 1063546 . AGCGC A 662.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.002;DP=76;FS=39.740;HaplotypeScore=793.2512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.11;MQ0=7;MQRankSum=-0.163;QD=8.72;ReadPosRankSum=2.831;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,7:52:99:702,0,1861 chrXII 1063563 . CA C 623.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.807;DP=125;FS=59.377;HaplotypeScore=1091.7791;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.65;MQ0=15;MQRankSum=0.887;QD=4.99;ReadPosRankSum=-1.007;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:104,21:71:99:663,0,1241 chrXII 1063605 . A AT 266.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.665;DP=120;FS=72.139;HaplotypeScore=580.9657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.85;MQ0=37;MQRankSum=-0.555;QD=2.22;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=-2.179;SB=9.101e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,42:55:99:306,0,471 chrXII 1063687 . CG C 129.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=57.2625;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=8.64;MQ0=25;QD=4.31;RPA=2,1;RU=G;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,7:5:15:171,15,0 chrXII 1063931 . C CTA 1904.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=11.803;DP=232;FS=0.000;HaplotypeScore=3333.2781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.25;MQ0=27;MQRankSum=-4.173;QD=8.21;ReadPosRankSum=1.796;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:156,75:205:99:1944,0,5185 chrXII 1063934 . ATT A 1794.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=11.792;DP=238;FS=0.000;HaplotypeScore=3333.5287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.17;MQ0=30;MQRankSum=-3.646;QD=7.54;ReadPosRankSum=3.321;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:161,75:208:99:1834,0,4635 chrXII 1064589 . ATGGAG A 5802 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.592;DP=180;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=750.3461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.66;MQ0=4;MQRankSum=-0.490;QD=32.23;RPA=2,1;RU=TGGAG;ReadPosRankSum=6.601;SB=-4.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,101:127:99:5802,0,1176 chrXII 1064621 . G GT 2185.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.290;DP=184;DS;FS=117.862;HaplotypeScore=1373.6623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.43;MQ0=6;MQRankSum=4.254;QD=11.88;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=-4.140;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,87:136:99:2225,0,1353 chrXII 1064702 . GAT G 1871.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.645;DP=242;FS=21.239;HaplotypeScore=2000.7585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.50;MQ0=1;MQRankSum=0.765;QD=7.74;ReadPosRankSum=1.000;SB=-7.001e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:187,46:126:99:1911,0,1899 chrXII 1064920 . TG T 1177.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.926;DP=219;FS=115.312;HaplotypeScore=2013.7565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.41;MQ0=7;MQRankSum=2.478;QD=5.38;RPA=3,2;RU=G;ReadPosRankSum=1.237;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:167,51:137:99:1217,0,1983 chrXII 1064959 . G GT 2246.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.828;DP=212;FS=48.435;HaplotypeScore=2730.6232;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.56;MQ0=0;MQRankSum=3.673;QD=10.60;ReadPosRankSum=-1.250;SB=-6.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:129,70:165:99:2286,0,883 chrXII 1064961 . A AG 3156.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-5.358;DP=198;FS=26.007;HaplotypeScore=2472.4029;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.63;MQ0=0;MQRankSum=1.209;QD=15.94;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=1.715;SB=-1.398e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:124,70:157:99:3199,310,0 chrXII 1064995 . T TA 1642.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.051;DP=145;FS=25.969;HaplotypeScore=2242.5793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.54;MQ0=0;MQRankSum=0.292;QD=11.33;ReadPosRankSum=-2.602;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,54:122:99:1682,0,1110 chrXII 1065031 . T TA 219.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.254;DP=26;FS=17.268;HaplotypeScore=505.6796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.498;QD=8.46;ReadPosRankSum=2.547;SB=-8.143e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,6:24:99:259,0,249 chrXII 1065151 . GT G 825.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.254;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=510.2836;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.06;MQ0=4;MQRankSum=0.148;QD=6.77;ReadPosRankSum=1.881;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,57:74:99:865,0,200 chrXII 1065389 . AT A 394.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=101.8471;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.97;MQ0=4;QD=18.81;RPA=5,4;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,17:17:51:437,51,0 chrXIII 5545 . AC A 177.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.708;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=124.9928;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.22;MQ0=3;MQRankSum=-2.293;QD=4.81;RPA=3,2;RU=C;ReadPosRankSum=-1.122;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,11:19:92:217,0,92 chrXIII 8440 . C CA 1077.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=477.9219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.41;MQ0=0;QD=25.07;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,40:43:99:1120,114,0 chrXIII 8643 . A AT 2614.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=575.8833;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.96;MQ0=0;QD=24.21;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.067e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,89:108:99:2657,291,0 chrXIII 8882 . T TA 4973 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=746.5971;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.62;MQ0=0;QD=37.39;SB=-2.359e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,124:133:99:4973,376,0 chrXIII 9134 . A AG 3886 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=312.2396;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.36;MQ0=1;QD=34.70;SB=-1.900e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,97:111:99:3886,304,0 chrXIII 9226 . CA C 2416.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=342.7657;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.17;MQ0=1;QD=22.17;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.140e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,91:108:99:2459,270,0 chrXIII 9528 . AT A 1300.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.244;DP=103;FS=1.928;HaplotypeScore=533.8291;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.860;QD=12.63;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.091;SB=-5.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,64:103:99:1343,123,0 chrXIII 10148 . TA T 1999.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=391.1886;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.96;MQ0=0;QD=19.80;RPA=8,7;RU=A;SB=-8.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,89:101:99:2042,240,0 chrXIII 13785 . GTATGTATA G 15713 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=178;FS=0.000;HaplotypeScore=606.0071;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.13;MQ0=0;QD=88.28;SB=-7.030e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,161:178:99:15713,482,0 chrXIII 14024 . CG C 4336 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=196.5628;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.24;MQ0=0;QD=32.60;RPA=3,2;RU=G;SB=-1.738e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,133:133:99:4336,382,0 chrXIII 14911 . GA G 6048 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=204;FS=0.000;HaplotypeScore=1401.0714;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.25;MQ0=0;QD=29.65;RPA=2,1;RU=A;SB=-2.420e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,195:204:99:6048,566,0 chrXIII 21958 . GTATATATATATATA G 7189 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=46.0290;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.47;MQ0=2;QD=95.85;RPA=11,4;RU=TA;SB=-2.388e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,68:73:99:7189,195,0 chrXIII 23878 . A AGAGAG 10437 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;FS=0.000;HaplotypeScore=1541.6455;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.24;MQ0=0;QD=63.64;RPA=1,2;RU=GAGAG;SB=-2.988e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,135:164:99:10437,443,0 chrXIII 24874 . AATT A 10612 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=201;FS=0.000;HaplotypeScore=68.1726;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.22;MQ0=0;QD=52.80;SB=-5.010e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,196:201:99:10612,560,0 chrXIII 26538 . CTT C 524.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.582;DP=46;FS=4.031;HaplotypeScore=90.5609;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.25;MQ0=0;MQRankSum=1.691;QD=11.41;RPA=11,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.927;SB=-1.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,17:45:28:567,28,0 chrXIII 26551 . A AT 353.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.873;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=188.3517;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.786;QD=8.61;RPA=14,15;RU=T;ReadPosRankSum=-0.611;SB=-1.149e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,18:40:5:393,5,0 chrXIII 26591 . C CT 611.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.281;DP=41;FS=2.783;HaplotypeScore=183.2379;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.603;QD=14.93;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.683;SB=-2.666e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,27:40:46:654,46,0 chrXIII 26716 . A ATT 371.30 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.913;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=88.5104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.096;QD=10.04;RPA=17,19;RU=T;ReadPosRankSum=-2.296;SB=-5.425e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,11:34:8:410,0,8 chrXIII 26795 . G GAA 3135.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=406.7707;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.87;MQ0=0;QD=41.26;RPA=2,4;RU=A;SB=-7.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,73:75:99:3178,223,0 chrXIII 26816 . GACCCT G 4927 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=326.3149;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.84;MQ0=0;QD=55.36;RPA=2,1;RU=ACCCT;SB=-1.152e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,64:89:99:4927,226,0 chrXIII 28003 . G GAT 2495.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=114.9105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.71;MQ0=0;QD=28.36;RPA=5,6;RU=AT;SB=-1.266e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,69:88:99:2538,205,0 chrXIII 33815 . GT G 3533 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=474.4628;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.55;MQ0=0;QD=23.09;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.475e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,124:153:99:3533,396,0 chrXIII 33870 . C CT 4928 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=338.5874;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;QD=35.97;SB=-2.258e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,130:137:99:4928,391,0 chrXIII 43866 . CTT C 2714.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.020;DP=115;FS=3.203;HaplotypeScore=213.6637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.119;QD=23.60;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.490;SB=-1.281e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,76:115:99:2756,270,0 chrXIII 43908 . A ATT 2822.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=370.8654;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.80;MQ0=0;QD=20.61;RPA=12,14;RU=T;SB=-1.172e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:60,61:137:99:2865,283,0 chrXIII 49837 . C CT 602.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.609;DP=49;FS=2.057;HaplotypeScore=71.1885;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.113;QD=12.31;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=-0.273;SB=-1.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,36:49:35:645,35,0 chrXIII 53771 . T TGAACTG 10654 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=199.4039;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.92;MQ0=0;QD=80.71;SB=-4.120e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,107:132:99:10654,376,0 chrXIII 54642 . C CT 848.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=82.7067;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.10;MQ0=0;QD=22.34;RPA=9,10;RU=T;SB=-1.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,37:38:99:891,105,0 chrXIII 56769 . C CA 2333.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=166.2302;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.78;MQ0=0;QD=24.31;RPA=4,5;RU=A;SB=-5.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,90:96:99:2376,240,0 chrXIII 58770 . A AT 1495.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.025;DP=120;FS=14.069;HaplotypeScore=141.5816;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=1.874;QD=12.47;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=-0.630;SB=-6.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,79:120:81:1538,81,0 chrXIII 62475 . G GA 3490 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.845;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=245.9325;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=1.206;QD=24.58;RPA=5,6;RU=A;ReadPosRankSum=-1.538;SB=-1.109e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,118:142:99:3490,348,0 chrXIII 65927 . CTGTTGTTGT C 9282 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=69.7624;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.12;MQ0=1;QD=63.14;RPA=9,6;RU=TGT;SB=-3.565e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,105:146:99:9282,292,0 chrXIII 67691 . C CAT 4329 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=46.0950;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.47;MQ0=0;QD=32.07;RPA=3,4;RU=AT;SB=-1.536e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,116:133:99:4329,334,0 chrXIII 68092 . TG T 3658 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=1787.8853;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=29.50;RPA=5,4;RU=G;SB=-1.661e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,115:124:99:3658,349,0 chrXIII 68119 . G GA 2809.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=1625.9468;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.92;MQ0=0;QD=21.78;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.421e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,101:129:99:2852,318,0 chrXIII 68164 . T TATA 6960 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=508.7788;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.82;MQ0=0;QD=49.36;SB=-2.388e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,128:141:99:6960,385,0 chrXIII 70292 . A AC 3738 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=52.5075;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.31;MQ0=0;QD=26.89;RPA=4,5;RU=C;SB=-1.575e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,129:139:99:3738,364,0 chrXIII 97583 . AT A 2563.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.857;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=418.8039;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.187;QD=19.13;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.527;SB=-9.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,106:134:99:2606,282,0 chrXIII 97608 . GGC G 5104 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=259.1744;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.19;MQ0=0;QD=40.83;SB=-2.063e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,102:125:99:5104,361,0 chrXIII 97876 . AT A 1936.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.210;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=33.1664;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=0.154;QD=17.29;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.946;SB=-6.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,92:112:99:1979,217,0 chrXIII 99274 . C CA 1226.98 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.996;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=63.9490;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.58;MQ0=0;MQRankSum=1.550;QD=10.14;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-1.131;SB=-5.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,80:121:22:1266,0,22 chrXIII 99599 . CAT C 1026.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=150.6476;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.08;MQ0=0;QD=18.02;RPA=9,8;RU=AT;SB=-4.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,34:57:96:1069,96,0 chrXIII 108637 . C CA 2167.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.364;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=57.3577;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.30;MQ0=0;MQRankSum=0.222;QD=15.94;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.489;SB=-8.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,103:136:99:2210,201,0 chrXIII 110970 . A AAAAAGCAGGC 7806 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=41.9933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.65;MQ0=0;QD=85.78;SB=-2.767e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,72:91:99:7806,232,0 chrXIII 135265 . G GAT 1595.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=80;FS=4.960;HaplotypeScore=330.3902;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.63;MQ0=0;MQRankSum=0.258;QD=19.95;RPA=6,7;RU=AT;ReadPosRankSum=-0.184;SB=-4.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,43:80:99:1638,106,0 chrXIII 141600 . GT G 2746.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=539.8860;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.51;MQ0=0;QD=27.75;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.317e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,95:99:99:2789,277,0 chrXIII 141811 . AG A 1802.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.698;DP=110;FS=4.159;HaplotypeScore=299.0352;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.55;MQ0=0;MQRankSum=1.019;QD=16.39;ReadPosRankSum=1.460;SB=-7.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:68,41:110:99:1845,257,0 chrXIII 141812 . GC G 3292 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=169.1006;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.84;MQ0=0;QD=29.66;RPA=4,3;RU=C;SB=-1.368e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:50,61:111:99:3292,313,0 chrXIII 141967 . C CA 3915 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=74.7276;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.32;MQ0=0;QD=28.37;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.230e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,132:138:99:3915,379,0 chrXIII 143064 . A AGAAGAAGAAGAAGAC 14948 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.679;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=91.9807;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.373;QD=101.00;ReadPosRankSum=0.506;SB=-5.488e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,114:147:99:14948,387,0 chrXIII 146099 . AC A 1093.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.575;DP=106;FS=22.230;HaplotypeScore=917.4287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.144;QD=10.32;ReadPosRankSum=6.927;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,71:106:99:1133,0,350 chrXIII 146101 . ACCATAC A 5169 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.341;DP=102;FS=2.482;HaplotypeScore=500.9965;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.20;MQ0=0;MQRankSum=1.470;QD=50.68;ReadPosRankSum=6.601;SB=-1.142e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,71:102:77:5169,77,0 chrXIII 148796 . C CA 3224.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=466.8935;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;QD=24.80;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.453e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,116:130:99:3266,334,0 chrXIII 159085 . GT G 1985.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=466.6021;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.37;MQ0=0;QD=19.28;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.000e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,87:103:99:2028,243,0 chrXIII 159852 . CATATATATAT C 6036 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=40.7127;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.45;MQ0=0;QD=67.07;RPA=12,7;RU=AT;SB=-2.858e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,72:90:99:6036,189,0 chrXIII 163441 . AT A 2559.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=38.0921;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.27;MQ0=0;QD=21.88;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.145e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,107:117:99:2602,300,0 chrXIII 165375 . TTC T 1458.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=17.9933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.38;MQ0=0;QD=29.18;RPA=7,6;RU=TC;SB=-4.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,47:50:99:1501,123,0 chrXIII 167431 . GA G 4311 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=45.1150;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.45;MQ0=0;QD=30.36;RPA=3,2;RU=A;SB=-2.037e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,135:142:99:4311,379,0 chrXIII 167530 . G GC 5722 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=177;FS=0.000;HaplotypeScore=63.7947;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.33;RPA=1,2;RU=C;SB=-2.431e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,151:177:99:5722,493,0 chrXIII 168772 . T TA 3919 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.004;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=911.5980;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.975;QD=31.60;ReadPosRankSum=1.616;SB=-1.515e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,116:124:99:3919,354,0 chrXIII 168885 . A AT 1661.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.990;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=420.0779;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.02;MQ0=2;MQRankSum=-0.643;QD=18.06;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.297;SB=-4.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,57:88:99:1704,205,0 chrXIII 169103 . A ATT 3094.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=101.8059;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.78;MQ0=0;QD=27.39;RPA=8,10;RU=T;SB=-5.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,77:113:99:3137,284,0 chrXIII 169489 . TTGTTGTTGTTGATGATGA T 7022 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=355.2421;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.60;MQ0=0;QD=74.70;SB=-2.132e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,78:94:99:7022,213,0 chrXIII 178325 . T TA 3901 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=173;FS=0.000;HaplotypeScore=130.0784;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.93;MQ0=0;QD=22.55;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.258e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,155:173:99:3901,423,0 chrXIII 179698 . CTACTACTACTACTAG C 6032 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=235.2737;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.42;MQ0=1;QD=84.96;SB=-2.464e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,55:68:99:6032,165,0 chrXIII 179862 . CT C 1516.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=18.2251;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.76;MQ0=0;QD=21.37;RPA=8,7;RU=T;SB=-3.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,69:71:99:1559,183,0 chrXIII 183702 . AT A 563.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=107.3695;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.24;MQ0=0;QD=29.68;RPA=3,2;RU=T;SB=-3.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,18:19:54:606,54,0 chrXIII 183720 . G GA 777.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=186.9334;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.65;MQ0=0;QD=28.81;RPA=3,4;RU=A;SB=-3.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,25:27:78:820,78,0 chrXIII 183886 . T TA 1307.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.409;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=326.2141;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.228;QD=18.17;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.787;SB=-3.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,57:72:99:1350,140,0 chrXIII 184027 . A ATTT 3398 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=36.0222;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.95;MQ0=0;QD=48.54;SB=-1.015e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,54:70:99:3398,181,0 chrXIII 192005 . T TCA 558.08 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.047;DP=25;FS=8.016;HaplotypeScore=105.5254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.74;MQ0=0;MQRankSum=1.370;QD=22.32;ReadPosRankSum=-1.181;SB=-2.143e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,5:25:13:597,0,13 chrXIII 192137 . C CA 1021.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=154.4426;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.06;MQ0=0;QD=23.23;RPA=8,9;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,41:44:99:1064,120,0 chrXIII 192469 . C CT 1051.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.639;DP=99;FS=1.456;HaplotypeScore=663.3488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.759;QD=10.63;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.400;SB=-3.916e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,53:99:27:1091,0,27 chrXIII 192547 . T TC 1047.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.151;DP=66;FS=1.796;HaplotypeScore=197.3255;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.261;QD=15.88;RPA=6,7;RU=C;ReadPosRankSum=0.482;SB=-4.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,41:66:81:1090,81,0 chrXIII 195892 . T TAAG 4345 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=294.8557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.70;MQ0=0;QD=48.28;SB=-1.920e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,81:88:99:4345,238,0 chrXIII 196231 . CTACAA C 7475 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=30.4372;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.09;MQ0=0;QD=61.78;SB=-2.738e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,110:121:99:7475,328,0 chrXIII 196332 . T TA 136.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=109.5664;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.25;MQ0=2;QD=6.85;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,8:18:30:179,30,0 chrXIII 196334 . T TACC 337.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=77.7975;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.31;MQ0=2;QD=26.00;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,5:11:26:380,26,0 chrXIII 196344 . A AT 243.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=48.7746;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=34.72;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21:285,21,0 chrXIII 201934 . C CTA 1288.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=704.4072;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.29;MQ0=2;QD=44.45;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,27:27:81:1331,81,0 chrXIII 206136 . A AT 4651 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=1414.2668;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.83;MQ0=0;QD=39.08;SB=-1.183e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:119:99:4651,343,0 chrXIII 208862 . A AT 2539.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=36.4262;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;QD=20.16;RPA=8,9;RU=T;SB=-7.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,111:126:99:2582,294,0 chrXIII 209069 . CTTTT C 2536.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=203.8646;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.13;MQ0=0;QD=35.73;RPA=14,10;RU=T;SB=-1.118e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,50:71:99:2579,150,0 chrXIII 209199 . AC A 2400.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=227.6017;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.28;MQ0=0;QD=28.93;RPA=5,4;RU=C;SB=-8.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,73:83:99:2443,232,0 chrXIII 209248 . GAT G 2849.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=317.8308;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.42;MQ0=0;QD=31.67;RPA=5,4;RU=AT;SB=-9.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,80:90:99:2892,238,0 chrXIII 209858 . GATGATGTAAGTA G 18987 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=196;FS=0.000;HaplotypeScore=76.4924;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.44;MQ0=0;QD=96.87;SB=-8.827e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,168:196:99:18987,509,0 chrXIII 211518 . A AT 1565.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.245;DP=85;FS=4.638;HaplotypeScore=278.9295;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.678;QD=18.42;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.516;SB=-5.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,62:85:99:1608,168,0 chrXIII 216270 . C CA 4569 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=188;FS=0.000;HaplotypeScore=318.8499;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;QD=24.30;RPA=5,6;RU=A;SB=-2.218e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,172:188:99:4569,478,0 chrXIII 216359 . AG A 5621 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=169;FS=0.000;HaplotypeScore=951.5652;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.99;MQ0=0;QD=33.26;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.649e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,160:169:99:5621,466,0 chrXIII 216368 . T TG 5571 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=169;FS=0.000;HaplotypeScore=906.1954;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.00;MQ0=0;QD=32.96;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.632e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,150:169:99:5571,463,0 chrXIII 221252 . TTA T 3771 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=50.1107;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.90;MQ0=0;QD=26.37;RPA=6,5;RU=TA;SB=-1.528e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,113:143:99:3771,328,0 chrXIII 223434 . T TCA 4893 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=37.8356;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;QD=37.35;RPA=2,3;RU=CA;SB=-1.890e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,119:131:99:4893,352,0 chrXIII 225560 . AT A 2673.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=845.6952;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.16;MQ0=0;QD=22.85;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.060e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,108:117:99:2716,300,0 chrXIII 229617 . G GA 3119.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=33.0666;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.16;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.475e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,106:124:99:3162,333,0 chrXIII 233276 . TA T 2346.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.470;DP=117;FS=4.100;HaplotypeScore=502.1280;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=2.766;QD=20.06;ReadPosRankSum=2.579;SB=-1.113e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,81:117:99:2389,256,0 chrXIII 233278 . TTTA T 3397 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.744;DP=119;FS=4.146;HaplotypeScore=397.6749;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=1.803;QD=28.55;ReadPosRankSum=3.043;SB=-1.368e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,81:119:99:3397,235,0 chrXIII 233447 . CA C 3308 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=101.6784;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.21;MQ0=0;QD=21.91;RPA=8,7;RU=A;SB=-9.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,143:151:99:3308,390,0 chrXIII 234752 . AT A 871.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.959;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=41.5538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=1.902;QD=12.46;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=1.537;SB=-1.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,50:70:73:914,73,0 chrXIII 236125 . TA T 2996.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=158.8762;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.56;MQ0=0;QD=26.06;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.518e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,104:115:99:3039,304,0 chrXIII 238303 . TACA T 1779.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=92.2868;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=26.18;RPA=7,6;RU=ACA;SB=-1.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,48:68:99:1822,126,0 chrXIII 239353 . CATATATATAT C 519.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7650;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.24;MQ0=0;QD=27.33;RPA=16,11;RU=AT;SB=-2.233e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,5:19:15:561,15,0 chrXIII 241854 . C CTTT 1384.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=77.0822;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQ0=0;QD=28.26;RPA=13,16;RU=T;SB=-5.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,33:49:99:1427,117,0 chrXIII 247502 . TTA T 2696.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=269.7490;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.69;MQ0=0;QD=26.97;RPA=6,5;RU=TA;SB=-7.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,82:100:99:2739,238,0 chrXIII 251659 . A AT 2773.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.489;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=692.3694;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.464;QD=26.67;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=2.536;SB=-1.313e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,79:104:99:2816,216,0 chrXIII 251662 . A AAG 2990.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.328;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=616.4725;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.776;QD=31.48;ReadPosRankSum=2.115;SB=-1.256e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,53:95:99:3033,214,0 chrXIII 253534 . CT C 2989.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=339.4383;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.54;MQ0=0;QD=21.21;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.012e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,122:141:99:3032,318,0 chrXIII 263068 . A AAT 7789 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=186;FS=0.000;HaplotypeScore=628.0566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.77;MQ0=0;QD=41.88;SB=-3.623e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,167:186:99:7789,527,0 chrXIII 264337 . A AT 3954 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=33.4904;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.15;SB=-1.680e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,105:123:99:3954,325,0 chrXIII 267972 . GTTAAATAAAGCGA G 4382 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=221.8285;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.47;MQ0=0;QD=121.72;SB=-8.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,29:36:90:4382,90,0 chrXIII 268048 . CA C 929.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=270.0490;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.62;MQ0=0;QD=25.83;RPA=4,3;RU=A;SB=-3.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,30:36:96:972,96,0 chrXIII 268058 . A AT 838.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=288.2912;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.43;MQ0=0;QD=19.07;RPA=5,6;RU=T;SB=-4.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,29:44:93:881,93,0 chrXIII 268170 . A AT 1238.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=353.2792;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.33;MQ0=0;QD=23.38;RPA=5,6;RU=T;SB=-2.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,46:53:99:1281,135,0 chrXIII 272762 . GT G 3384 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=38.3019;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.40;MQ0=0;QD=25.83;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.591e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,127:131:99:3384,352,0 chrXIII 287260 . G GA 2350.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=28.0912;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.35;MQ0=0;QD=22.82;RPA=5,6;RU=A;SB=-9.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,90:103:99:2393,252,0 chrXIII 287916 . A ACC 4238 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=643.9245;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.41;MQ0=0;QD=36.53;RPA=5,7;RU=C;SB=-1.873e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,105:116:99:4238,319,0 chrXIII 289726 . C CTT 4823 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=291.3590;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.93;MQ0=0;QD=42.68;RPA=1,3;RU=T;SB=-2.399e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,101:113:99:4823,322,0 chrXIII 289729 . A AT 2553.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=512.9641;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.75;MQ0=0;QD=23.65;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.208e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,97:108:99:2596,291,0 chrXIII 297065 . T TG 3481 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=29.2142;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.57;MQ0=0;QD=36.64;SB=-1.480e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,94:95:99:3481,268,0 chrXIII 300587 . T TA 3797 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=31.2979;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.47;MQ0=0;QD=34.83;SB=-1.397e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,107:109:99:3797,295,0 chrXIII 305187 . CTTT C 10431 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=244;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=595.5528;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.80;MQ0=0;QD=42.75;RPA=7,4;RU=T;SB=-4.674e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,221:244:99:10431,653,0 chrXIII 305332 . GCTGGGATTGCAGTTGCTGTTGAGA G 18111 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=212;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=350.0599;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.91;MQ0=0;QD=85.43;SB=-7.812e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,182:212:99:18111,522,0 chrXIII 305685 . G GT 1704.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.693;DP=140;FS=2.967;HaplotypeScore=216.8460;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.147;QD=12.18;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=1.735;SB=-8.038e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:53,78:140:64:1747,64,0 chrXIII 307308 . A AT 4054 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=59.9653;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=32.69;SB=-1.700e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,119:123:99:4054,325,0 chrXIII 308767 . GAA G 2744.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=822.3653;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.40;MQ0=0;QD=27.45;RPA=10,8;RU=A;SB=-1.343e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,86:100:99:2787,249,0 chrXIII 308989 . G GAGGGT 4560 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=231.4671;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.12;MQ0=0;QD=50.67;RPA=1,2;RU=AGGGT;SB=-1.724e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,69:90:99:4560,205,0 chrXIII 309045 . T TCTA 3836 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=428.0821;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.52;MQ0=0;QD=44.09;RPA=1,2;RU=CTA;SB=-1.124e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,71:87:99:3836,226,0 chrXIII 309395 . TAA T 3377 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.275;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=396.9745;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.562;QD=28.14;RPA=11,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.705;SB=-1.260e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,100:120:99:3377,302,0 chrXIII 311954 . A AT 4314 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=689.9572;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.20;MQ0=0;QD=34.51;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.722e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,114:125:99:4314,358,0 chrXIII 312171 . G GA 3593 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=43.9317;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.26;MQ0=0;QD=26.61;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.780e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,126:135:99:3593,349,0 chrXIII 315088 . A AT 2931.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=34.0120;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.38;MQ0=0;QD=29.62;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.020e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,97:99:99:2974,274,0 chrXIII 321131 . C CAAT 3503 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=957.4624;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.49;MQ0=0;QD=40.26;SB=-6.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,63:87:99:3503,225,0 chrXIII 321140 . T TA 1406.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=1035.5672;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.07;MQ0=0;QD=15.99;RPA=6,7;RU=A;SB=-3.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,57:88:99:1449,156,0 chrXIII 321328 . CATATATATAT C 5041 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=158.1981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.43;MQ0=0;QD=63.81;RPA=11,6;RU=AT;SB=-6.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,55:79:99:5041,150,0 chrXIII 323216 . CAA C 3298 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.548;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=131.5712;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.42;MQ0=0;MQRankSum=0.394;QD=24.80;RPA=12,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.202;SB=-1.274e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,106:133:99:3298,303,0 chrXIII 328637 . A AT 2033.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=28.9858;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.63;MQ0=0;QD=20.34;RPA=9,10;RU=T;SB=-1.018e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,85:100:99:2076,243,0 chrXIII 337486 . AG A 2080.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.356;DP=86;FS=3.041;HaplotypeScore=181.3271;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.98;MQ0=0;MQRankSum=1.662;QD=24.20;ReadPosRankSum=-0.719;SB=-1.050e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,49:86:99:2123,194,0 chrXIII 339298 . G GT 5969 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=171;FS=0.000;HaplotypeScore=297.9312;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.67;MQ0=0;QD=34.91;RPA=1,2;RU=T;SB=-2.844e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,169:171:99:5969,487,0 chrXIII 340845 . T TA 3492 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=143.3517;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.39;MQ0=0;QD=24.42;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.278e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,131:143:99:3492,369,0 chrXIII 343657 . GA G 3603 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=46.6779;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.27;MQ0=0;QD=23.55;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.558e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,142:153:99:3603,399,0 chrXIII 344221 . A AT 1022.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=147.5723;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.27;MQ0=0;QD=23.79;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,39:43:99:1065,114,0 chrXIII 344386 . T TA 1585.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=246.2427;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.90;MQ0=0;QD=23.32;RPA=7,8;RU=A;SB=-4.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,64:68:99:1628,183,0 chrXIII 348323 . A ATT 1778.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=77.0357;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;QD=21.69;RPA=12,14;RU=T;SB=-5.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,52:82:99:1821,174,0 chrXIII 348566 . C CTT 545.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.740;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=99.7004;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.662;QD=13.32;RPA=15,17;RU=T;ReadPosRankSum=-1.907;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,10:40:70:588,70,0 chrXIII 352374 . AT A 3131.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=41.4303;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.34;MQ0=0;QD=20.47;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.393e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,137:153:99:3174,383,0 chrXIII 353678 . ATT A 1956.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.180;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=42.9991;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.05;MQ0=1;MQRankSum=-1.215;QD=22.76;RPA=14,12;RU=T;ReadPosRankSum=2.026;SB=-8.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,61:85:99:1999,184,0 chrXIII 354554 . GCAACAA G 12137 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=244;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=532.3184;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.04;MQ0=0;QD=49.74;RPA=6,4;RU=CAA;SB=-5.155e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,213:244:99:12137,607,0 chrXIII 354901 . C CT 1745.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.107;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=38.2904;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.096;QD=19.40;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.385;SB=-2.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,74:90:99:1788,191,0 chrXIII 355602 . CGAA C 6022 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;FS=0.000;HaplotypeScore=412.3011;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.10;MQ0=0;QD=36.28;RPA=4,3;RU=GAA;SB=-2.800e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,137:166:99:6022,385,0 chrXIII 363140 . CT C 3729 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.709;DP=180;FS=0.000;HaplotypeScore=64.6392;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.95;MQ0=0;MQRankSum=1.618;QD=20.72;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.595;SB=-8.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,161:180:99:3729,430,0 chrXIII 367523 . GAATGTAAAC G 19293 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=247;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=961.8908;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.47;MQ0=0;QD=78.11;SB=-9.245e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:50,195:247:99:19293,572,0 chrXIII 367941 . CA C 5529 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=832.5409;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.14;MQ0=0;QD=37.36;SB=-1.884e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,145:148:99:5529,427,0 chrXIII 368014 . CT C 3938 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=525.1356;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.00;MQ0=0;QD=33.09;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.949e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,115:119:99:3938,334,0 chrXIII 370821 . G GA 1780.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=453.7439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.95;MQ0=0;QD=18.95;RPA=8,9;RU=A;SB=-7.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,72:94:99:1823,207,0 chrXIII 380311 . GAA G 2669.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.943;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=224.2281;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.849;QD=26.70;RPA=14,12;RU=A;ReadPosRankSum=2.059;SB=-8.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,87:100:99:2712,246,0 chrXIII 387095 . ATT A,AT 299.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.901;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=48.5061;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=2.013;QD=3.33;RPA=19,17,18;RU=T;ReadPosRankSum=1.399;SB=-5.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:60,8,0:90:70:378,178,551,93,0,70 chrXIII 388684 . TTATATATATATATA T 12338 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=74.5696;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.31;MQ0=0;QD=80.12;RPA=14,7;RU=TA;SB=-5.737e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,105:154:99:12338,321,0 chrXIII 390899 . G GTT 3610 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=183.8241;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.41;MQ0=1;QD=33.12;RPA=5,7;RU=T;SB=-1.705e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,93:108:99:3610,283,0 chrXIII 396553 . G GA 5073 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=203;FS=0.000;HaplotypeScore=386.1544;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=24.99;RPA=5,6;RU=A;SB=-2.360e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,188:203:99:5073,532,0 chrXIII 399471 . TA T 2788.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=153.0341;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.42;MQ0=0;QD=20.66;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.352e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,120:135:99:2831,333,0 chrXIII 404235 . TA T 1914.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=47.0631;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.51;MQ0=0;QD=22.80;RPA=7,6;RU=A;SB=-9.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,77:84:99:1957,222,0 chrXIII 405653 . C CTT 3427 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.160;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=479.5947;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.47;MQ0=0;MQRankSum=1.059;QD=23.47;RPA=10,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.128;SB=-1.556e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,96:146:99:3427,278,0 chrXIII 406257 . TAA T 2971.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=340.6018;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.024;QD=26.07;RPA=12,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.391;SB=-1.073e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,97:114:99:3014,275,0 chrXIII 407599 . AT A 3310 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.299;DP=170;FS=5.315;HaplotypeScore=349.4386;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=1.681;QD=19.47;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.382;SB=-9.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,149:170:99:3310,381,0 chrXIII 407663 . A AT 2862.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=162.6993;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.74;MQ0=0;MQRankSum=1.669;QD=21.21;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.779;SB=-1.239e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,114:135:99:2905,320,0 chrXIII 408779 . C CT 1951.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.533;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=28.4114;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.977;QD=20.55;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.311;SB=-9.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,80:95:99:1994,209,0 chrXIII 408917 . CTT C 3064.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=183.3219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.92;MQ0=0;QD=36.06;RPA=4,2;RU=T;SB=-1.338e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,68:85:99:3107,223,0 chrXIII 409001 . CA C 1714.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.102;DP=103;FS=2.141;HaplotypeScore=274.3515;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.88;MQ0=0;MQRankSum=0.405;QD=16.65;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.190;SB=-8.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,79:103:99:1757,162,0 chrXIII 409194 . GACAACAGCATCAACA G 12531 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=191;FS=0.000;HaplotypeScore=74.6881;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.12;MQ0=0;QD=65.61;RPA=2,1;RU=ACAACAGCATCAACA;SB=-4.133e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:61,128:191:99:12531,367,0 chrXIII 410428 . CAAT C 6755 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=200;FS=0.000;HaplotypeScore=330.3943;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=33.78;RPA=5,4;RU=AAT;SB=-2.050e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,165:200:99:6755,463,0 chrXIII 411264 . A ATT 6834 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=181;FS=0.000;HaplotypeScore=55.2754;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.34;MQ0=0;QD=37.76;RPA=2,4;RU=T;SB=-3.164e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,169:181:99:6834,495,0 chrXIII 411379 . CTTT C 3935 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.262;DP=154;FS=3.053;HaplotypeScore=314.5752;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.17;MQ0=0;MQRankSum=1.278;QD=25.55;RPA=12,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.606;SB=-1.914e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:70,78:154:99:3935,290,0 chrXIII 420582 . T TA 1860.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=283.4209;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.50;MQ0=0;QD=22.42;RPA=5,6;RU=A;SB=-8.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,74:83:99:1903,201,0 chrXIII 420789 . CTT C 2551.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=80;FS=4.137;HaplotypeScore=309.5809;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.29;MQ0=0;MQRankSum=0.990;QD=31.90;RPA=6,4;RU=T;ReadPosRankSum=0.445;SB=-9.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,72:80:99:2594,187,0 chrXIII 420968 . TC T 1191.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=39.3225;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.28;MQ0=0;QD=27.09;RPA=4,3;RU=C;SB=-2.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,42:44:99:1234,114,0 chrXIII 421112 . TC T 414.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=85.1700;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.33;MQ0=0;QD=24.41;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:17:42:457,42,0 chrXIII 425025 . C CT,CTT 2379.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=1076.6212;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=47.22;MQ0=0;QD=16.41;RPA=7,8,9;RU=T;SB=-8.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:51,81,10:145:99:2458,450,159,587,0,260 chrXIII 426224 . A AT 877.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.557;DP=77;FS=7.837;HaplotypeScore=208.0721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=1.763;QD=11.40;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.444;SB=-3.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,49:77:29:917,0,29 chrXIII 431096 . CA C 2497.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=24.1112;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=26.86;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.198e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,87:93:99:2540,252,0 chrXIII 432230 . TGA T 4279 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=198.3992;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.37;MQ0=0;QD=44.57;SB=-1.975e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,84:96:99:4279,274,0 chrXIII 432244 . TA T 2126.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=414.5265;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.22;MQ0=0;QD=20.26;RPA=8,7;RU=A;SB=-8.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,94:105:99:2169,255,0 chrXIII 432740 . T TTTG 5642 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=90.1925;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.30;MQ0=0;QD=47.41;SB=-2.503e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,107:119:99:5642,333,0 chrXIII 433352 . CGTATCGATT C 15812 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=216;FS=0.000;HaplotypeScore=812.8265;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.85;MQ0=0;QD=73.20;RPA=2,1;RU=GTATCGATT;SB=-6.502e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:54,159:216:99:15812,469,0 chrXIII 434636 . AT A 3513 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=176;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=367.9185;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.41;MQ0=0;QD=19.96;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.090e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,138:176:99:3513,411,0 chrXIII 434658 . T TA 4063 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=345.1427;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.81;MQ0=0;QD=26.91;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.432e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,135:151:99:4063,403,0 chrXIII 442239 . CT C 1502.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.828;DP=88;FS=3.617;HaplotypeScore=104.4503;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.37;MQ0=0;MQRankSum=0.828;QD=17.08;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.481;SB=-6.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,73:88:99:1545,181,0 chrXIII 447601 . G GGGA 5621 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=316.7114;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=36.50;RPA=2,3;RU=GGA;SB=-2.629e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,134:154:99:5621,388,0 chrXIII 462693 . C CCTTTT 3380 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=57.2547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.82;MQ0=0;QD=42.25;SB=-6.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,63:80:99:3380,206,0 chrXIII 463236 . C CA 2224.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=680.9606;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.42;MQ0=0;QD=28.90;RPA=3,4;RU=A;SB=-7.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,75:77:99:2267,219,0 chrXIII 463381 . C CT 298.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=234.1252;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.68;MQ0=0;QD=12.46;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.597e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,17:15:30:341,30,0 chrXIII 463403 . AC A 668.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=401.2732;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.29;MQ0=0;QD=25.73;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:60:711,60,0 chrXIII 463488 . AC A 3652 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=196.5995;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.45;MQ0=0;QD=38.85;SB=-1.696e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:94:99:3652,277,0 chrXIII 463919 . A AT 2117.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=34.9040;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.53;MQ0=0;QD=21.18;RPA=7,8;RU=T;SB=-8.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,93:100:99:2160,240,0 chrXIII 466093 . C CT 2347.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=26.9994;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.95;MQ0=0;QD=22.36;RPA=6,7;RU=T;SB=-8.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,93:105:99:2390,258,0 chrXIII 468236 . CT C 1346.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=141.7870;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.28;MQ0=0;QD=19.52;RPA=7,6;RU=T;SB=-3.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,55:69:99:1389,162,0 chrXIII 468258 . A AT 842.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.876;DP=71;FS=1.595;HaplotypeScore=216.9927;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.31;MQ0=0;MQRankSum=0.876;QD=11.86;RPA=14,15;RU=T;ReadPosRankSum=-0.541;SB=-3.631e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,41:71:20:884,20,0 chrXIII 472604 . C CA 2322.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.857;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=309.9141;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.466;QD=20.93;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.732;SB=-2.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,86:111:99:2365,248,0 chrXIII 472637 . GA G 1183.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.369;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=393.5685;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.150;QD=11.96;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.123;SB=-1.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,68:99:93:1226,93,0 chrXIII 475726 . G GAAAAA 1258.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.175;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=35.4303;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=63.59;MQ0=0;MQRankSum=1.623;QD=26.23;RPA=16,21;RU=A;ReadPosRankSum=-2.244;SB=-6.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,28:48:37:1301,37,0 chrXIII 477648 . G GT 3755 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=177.4906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.07;MQ0=0;QD=28.88;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.461e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,119:130:99:3755,340,0 chrXIII 477964 . C CT 7673 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=234;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=118.1604;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.27;MQ0=0;QD=32.79;RPA=1,2;RU=T;SB=-2.032e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,226:234:99:7673,647,0 chrXIII 480268 . CT C 3017.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.159;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=415.3680;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.378;QD=19.35;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=-1.541;SB=-1.375e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,138:156:99:3060,354,0 chrXIII 480739 . TG T 2337.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=179.7533;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.47;MQ0=0;QD=31.17;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.008e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,71:75:99:2380,210,0 chrXIII 481489 . TTA T 3212.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=309.9609;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.95;MQ0=0;QD=34.18;RPA=3,2;RU=TA;SB=-9.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,89:94:99:3255,244,0 chrXIII 481868 . CAACCGATAAACCATTATAAATCTTCGCGGTT C 16122 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=167.9863;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.26;MQ0=0;QD=204.08;SB=-5.375e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,51:79:99:16122,171,0 chrXIII 481989 . C CA 3746 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=131.2967;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.64;MQ0=0;QD=28.82;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.814e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,123:130:99:3746,364,0 chrXIII 482191 . AACC A 2240.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.566;DP=111;FS=243.186;HaplotypeScore=599.9886;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.396;QD=20.19;ReadPosRankSum=1.082;SB=-1.278e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,49:111:99:2280,0,2603 chrXIII 482198 . A ATAG 2307.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.647;DP=110;FS=249.061;HaplotypeScore=628.1278;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.581;QD=20.98;ReadPosRankSum=2.322;SB=0.330 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,48:110:99:2347,0,2744 chrXIII 482358 . G GT 2725.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=25.3048;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.16;MQ0=0;QD=26.99;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.294e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,92:101:99:2768,271,0 chrXIII 483743 . GAAAAA G,GA 1762.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.020;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=133.8287;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.019;QD=22.04;RPA=23,18,19;RU=A;ReadPosRankSum=2.252;SB=-7.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:32,17,0:80:99:1841,399,410,267,0,226 chrXIII 494666 . TA T 3530 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=401.2148;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.33;MQ0=0;QD=27.58;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.408e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,124:128:99:3530,355,0 chrXIII 494984 . TA T 4646 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;FS=0.000;HaplotypeScore=647.8839;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.03;MQ0=0;QD=27.65;SB=-1.079e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,158:168:99:4646,477,0 chrXIII 507326 . GT G 1908.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=282.4189;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.08;MQ0=0;QD=20.31;RPA=8,7;RU=T;SB=-9.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,78:94:99:1951,227,0 chrXIII 507386 . G GTA 3652 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=230.8539;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.11;MQ0=0;QD=30.43;RPA=5,6;RU=TA;SB=-1.175e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,99:120:99:3652,292,0 chrXIII 511310 . T TA 4169 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=177;FS=0.000;HaplotypeScore=210.6726;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.47;MQ0=0;QD=23.55;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.085e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,160:177:99:4169,442,0 chrXIII 512087 . GTT G 3071.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=299.9122;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.66;MQ0=0;QD=24.58;RPA=13,11;RU=T;SB=-1.383e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,94:125:99:3114,293,0 chrXIII 512572 . AT A 3302 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=52.6493;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;QD=20.38;RPA=10,9;RU=T;SB=-1.558e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,143:162:99:3302,407,0 chrXIII 514293 . A AT 1299.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.752;DP=102;FS=1.911;HaplotypeScore=290.5369;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=1.104;QD=12.74;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=-0.587;SB=-5.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,67:102:92:1342,92,0 chrXIII 514628 . CGCAGCA C 10124 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=192;FS=0.000;HaplotypeScore=384.1765;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.61;MQ0=0;QD=52.73;RPA=8,6;RU=GCA;SB=-3.439e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,144:192:99:10124,430,0 chrXIII 515592 . ACTT A 11327 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=239;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=93.1116;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.20;MQ0=0;QD=47.39;SB=-5.425e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,225:238:99:11327,665,0 chrXIII 527683 . G GT 3011.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.474;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=82.8955;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.272;QD=21.36;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.701;SB=-1.339e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,115:141:99:3054,336,0 chrXIII 535671 . G GT 1925.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=143.4930;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=22.39;RPA=7,8;RU=T;SB=-7.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,78:86:99:1968,222,0 chrXIII 536190 . TA T 1144.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.594;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=18.3583;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.65;MQ0=0;MQRankSum=1.317;QD=17.35;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.000;SB=-2.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,60:66:99:1187,126,0 chrXIII 538627 . ACACACTCACTCACACATG A 12943 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=428.1680;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.32;MQ0=0;QD=114.54;SB=-4.418e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,92:113:99:12943,313,0 chrXIII 540509 . GC G 6069 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=181;FS=0.000;HaplotypeScore=1180.0248;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.11;MQ0=0;QD=33.53;RPA=2,1;RU=C;SB=-1.202e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,172:181:99:6069,503,0 chrXIII 540947 . T TA 2582.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=34.0194;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.67;MQ0=0;QD=22.86;RPA=4,5;RU=A;SB=-7.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,96:113:99:2625,270,0 chrXIII 541435 . T TAACAACAACAACAACAAC 20267 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=65.2220;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.09;MQ0=0;QD=128.27;RPA=3,9;RU=AAC;SB=-1.003e+04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,109:158:99:20267,379,0 chrXIII 545146 . G GATAA 8207 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=344.4831;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.71;MQ0=0;QD=60.35;SB=-3.388e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,120:136:99:8207,382,0 chrXIII 550889 . T TA 4183 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=43.8394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.83;MQ0=0;QD=28.07;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.508e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,141:149:99:4183,388,0 chrXIII 551325 . AT A 7333 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=214;FS=0.000;HaplotypeScore=60.2578;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=34.27;SB=-3.092e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,208:214:99:7333,596,0 chrXIII 552134 . ATGTTT A 12311 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=183;FS=0.000;HaplotypeScore=66.5698;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.43;MQ0=0;QD=67.27;SB=-5.288e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,176:183:99:12311,515,0 chrXIII 552461 . G GA 4908 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=174;FS=0.000;HaplotypeScore=405.0164;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.54;MQ0=0;QD=28.21;RPA=2,3;RU=A;SB=-2.044e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,162:174:99:4908,460,0 chrXIII 554567 . CT C 2281.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=330.4257;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.72;MQ0=0;QD=20.94;RPA=8,7;RU=T;SB=-8.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,98:109:99:2324,276,0 chrXIII 559980 . C CT 1587.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.703;DP=125;FS=1.573;HaplotypeScore=74.3471;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=0.983;QD=12.70;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-1.399;SB=-7.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:57,55:125:99:1630,127,0 chrXIII 571250 . C CAA 1051.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.255;DP=92;FS=4.319;HaplotypeScore=121.9360;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=1.255;QD=11.43;RPA=16,18;RU=A;ReadPosRankSum=0.139;SB=-2.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,54:90:99:1094,132,0 chrXIII 588657 . TTGC T 4444 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.797;DP=148;DS;FS=16.641;HaplotypeScore=2492.8213;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.29;MQ0=0;MQRankSum=2.313;QD=30.03;ReadPosRankSum=2.564;SB=-2.164e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,139:148:99:4444,350,0 chrXIII 601230 . AG A 4459 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=171;FS=0.000;HaplotypeScore=954.6566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.04;MQ0=0;QD=26.08;RPA=7,6;RU=G;SB=-1.939e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,159:171:99:4459,451,0 chrXIII 601268 . G GA 2601.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.704;DP=175;FS=0.000;HaplotypeScore=1108.2836;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.49;MQ0=0;MQRankSum=1.031;QD=14.87;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.763;SB=-1.157e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:70,97:175:99:2644,232,0 chrXIII 603551 . TA T 6851 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=187;FS=0.000;HaplotypeScore=714.1221;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.90;MQ0=0;QD=36.64;SB=-2.281e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,183:187:99:6851,536,0 chrXIII 609600 . TTCC T 327.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.089;DP=33;FS=9.890;HaplotypeScore=824.4860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.90;MQ0=0;MQRankSum=1.209;QD=9.94;ReadPosRankSum=0.849;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,8:32:99:367,0,573 chrXIII 609678 . TTCC T 2222.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.203;DP=237;FS=8.269;HaplotypeScore=2860.5202;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.73;MQ0=19;MQRankSum=0.290;QD=9.38;ReadPosRankSum=-3.194;SB=-1.116e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:188,47:183:99:2262,0,6083 chrXIII 609769 . AAGAG A 2171.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.937;DP=173;DS;FS=15.500;HaplotypeScore=3146.5263;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.030;QD=12.55;ReadPosRankSum=-0.340;SB=-9.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:125,48:163:99:2211,0,6885 chrXIII 610010 . ATAT A 5587 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=413.5402;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.61;MQ0=0;QD=42.01;RPA=2,1;RU=TAT;SB=-2.719e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,125:133:99:5587,349,0 chrXIII 611332 . T TGTTA 8696 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=158.3496;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.82;MQ0=0;QD=53.68;SB=-3.481e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,143:162:99:8696,433,0 chrXIII 619398 . CA C 2744.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=138.1219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.06;MQ0=0;QD=23.07;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.215e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,108:119:99:2787,306,0 chrXIII 622133 . GA G 1548.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=645.5555;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.46;MQ0=0;QD=22.78;RPA=4,3;RU=A;SB=-3.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,54:68:99:1591,150,0 chrXIII 623305 . GA G 2411.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=271.5545;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.01;MQ0=0;QD=20.10;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.193e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,102:120:99:2454,279,0 chrXIII 623396 . A AG 2735.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=26.7300;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.83;MQ0=0;QD=35.53;SB=-1.054e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,72:77:99:2778,220,0 chrXIII 625382 . GA G 1518.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.481;DP=101;FS=4.075;HaplotypeScore=181.7757;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=1.632;QD=15.04;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.632;SB=-6.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,75:101:99:1561,196,0 chrXIII 625420 . AAAGAAAAAAAGAAAAAAAG A 3860 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=296.8127;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.22;MQ0=0;QD=46.51;SB=-9.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:50,7:79:99:3860,204,0 chrXIII 625633 . A AT 779.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=28.9312;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.65;MQ0=0;QD=17.73;RPA=10,11;RU=T;SB=-2.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,30:44:99:822,99,0 chrXIII 625915 . A AG 6164 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=172;FS=0.000;HaplotypeScore=1215.0073;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.80;MQ0=0;QD=35.84;SB=-7.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,156:172:99:6164,481,0 chrXIII 626754 . G GAAA 2106.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=46.1721;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=31.45;RPA=11,14;RU=A;SB=-9.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,46:67:99:2149,164,0 chrXIII 628843 . TAA T 1111.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=155.2792;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;QD=31.77;RPA=11,9;RU=A;SB=-1.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:99:1154,102,0 chrXIII 632332 . G GA 3017.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=92.2327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.85;MQ0=0;QD=24.54;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.270e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,114:123:99:3060,321,0 chrXIII 646855 . CATATATATATATATAT C 13596 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=46.1735;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.88;MQ0=0;QD=99.97;RPA=15,7;RU=AT;SB=-5.957e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,86:136:99:13596,253,0 chrXIII 649714 . TG T 5100 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=65.0048;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=36.69;SB=-2.442e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,136:139:99:5100,400,0 chrXIII 652533 . CTT C 4066 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.431;DP=176;FS=0.000;HaplotypeScore=60.0834;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.04;MQ0=2;MQRankSum=-0.200;QD=23.10;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.744;SB=-1.076e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,126:174:99:4066,379,0 chrXIII 652950 . G GTACAGT 5919 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.829;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=757.3290;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.149;QD=43.20;ReadPosRankSum=1.932;SB=-1.814e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,82:137:99:5919,0,307 chrXIII 652952 . A ATATT 3884 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.644;DP=139;FS=3.762;HaplotypeScore=964.4881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.573;QD=27.94;ReadPosRankSum=6.722;SB=-1.141e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,83:139:99:3884,0,1518 chrXIII 654160 . TATA T 8133 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=196;FS=0.000;HaplotypeScore=217.6658;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.75;MQ0=0;QD=41.49;RPA=2,1;RU=ATA;SB=-2.982e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,178:196:99:8133,512,0 chrXIII 654916 . AATATATAT A 8181 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=347.7585;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.96;MQ0=0;QD=69.33;RPA=9,5;RU=AT;SB=-2.725e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,82:118:99:8181,283,0 chrXIII 661888 . A AT 5104 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=172;FS=0.000;HaplotypeScore=56.2726;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.56;MQ0=0;QD=29.67;RPA=2,3;RU=T;SB=-2.388e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,160:172:99:5104,466,0 chrXIII 667202 . CAAA C 2550.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.537;DP=151;FS=1.934;HaplotypeScore=301.0780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.04;MQ0=0;MQRankSum=0.690;QD=16.89;RPA=17,14;RU=A;ReadPosRankSum=1.354;SB=-8.514e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:82,48:151:88:2593,88,0 chrXIII 671796 . TA T 2023.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=24.6918;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.43;MQ0=0;QD=20.24;RPA=9,8;RU=A;SB=-9.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,89:100:99:2066,249,0 chrXIII 674863 . GA G 81.94 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.114;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=190.5273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.159;QD=1.06;RPA=17,16;RU=A;ReadPosRankSum=-0.867;SB=-8.497e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,11:77:99:120,0,425 chrXIII 675387 . GT G 3377 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=294.2412;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.04;MQ0=0;QD=21.11;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.504e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,142:160:99:3377,407,0 chrXIII 687366 . GT G 1323.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.574;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=254.3714;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.67;MQ0=0;MQRankSum=0.603;QD=14.55;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.221;SB=-5.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,67:91:99:1366,149,0 chrXIII 688905 . ATT A 2749.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=41.5827;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.82;MQ0=1;MQRankSum=0.730;QD=27.50;RPA=11,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.021;SB=-1.257e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,84:99:99:2792,245,0 chrXIII 688993 . C CA 2726.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=524.7015;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.24;MQ0=0;QD=25.49;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.324e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,93:107:99:2769,285,0 chrXIII 695281 . T TGTA 8736 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=200;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=434.8409;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.72;MQ0=0;QD=43.68;RPA=2,3;RU=GTA;SB=-2.876e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,177:200:99:8736,521,0 chrXIII 698679 . TAA T 1399.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=41.9637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQ0=0;QD=19.71;RPA=17,15;RU=A;SB=-7.064e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,45:71:99:1439,140,0 chrXIII 701569 . A AT 2312.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=212.9262;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.652;QD=18.80;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.366;SB=-9.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,103:123:99:2355,257,0 chrXIII 703444 . ATTT A 1966.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=189.6780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.78;MQ0=0;QD=40.98;RPA=5,2;RU=T;SB=-3.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,47:48:99:2009,120,0 chrXIII 703560 . CTTTCTGAAATACG C 4704 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=223.4553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.68;MQ0=0;QD=112.00;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,32:42:96:4704,96,0 chrXIII 718367 . AT A 1440.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.566;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=42.2893;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.276;QD=16.37;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.418;SB=-4.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,69:88:99:1483,149,0 chrXIII 739163 . G GC 3493 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=219.4096;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.89;MQ0=0;QD=32.95;RPA=1,2;RU=C;SB=-1.317e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:106:99:3493,301,0 chrXIII 739845 . CT C 3301 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=32.2882;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.93;MQ0=0;QD=32.05;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.264e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,97:103:99:3301,286,0 chrXIII 740083 . A AT 2461.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=32.9147;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.30;MQ0=0;QD=21.60;RPA=8,9;RU=T;SB=-1.199e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,104:114:99:2504,288,0 chrXIII 741627 . TCTTCCTCGTCCTCGC T 16192 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;FS=0.000;HaplotypeScore=46.3396;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.44;MQ0=0;QD=99.34;SB=-7.144e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,151:163:99:16192,424,0 chrXIII 749705 . GT G 2829.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=28.8247;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.40;MQ0=0;QD=26.45;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.260e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,99:107:99:2872,283,0 chrXIII 751553 . CA C 2421.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.266;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=285.5535;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.266;QD=19.53;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.366;SB=-1.065e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,109:124:99:2464,285,0 chrXIII 752958 . ATT A 1942.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.621;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=152.0621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.112;QD=26.26;RPA=12,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.726;SB=-7.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,59:74:99:1985,182,0 chrXIII 756533 . CAT C 4890 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=1106.0161;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.49;MQ0=0;QD=30.75;RPA=4,3;RU=AT;SB=-2.084e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,139:159:99:4890,398,0 chrXIII 756608 . A AT 2275.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=891.7335;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.89;MQ0=0;QD=20.69;RPA=8,9;RU=T;SB=-1.078e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,83:110:99:2318,264,0 chrXIII 756991 . A AT 718.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.118;DP=48;FS=5.909;HaplotypeScore=299.0348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.26;MQ0=0;MQRankSum=1.118;QD=14.98;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=-4.183;SB=-1.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,28:48:94:758,0,94 chrXIII 756996 . T TA 1192.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=207.1417;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.45;MQ0=0;QD=31.39;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,36:38:99:1235,99,0 chrXIII 758401 . GA G 2322.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=349.4883;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.92;MQ0=0;QD=22.12;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.173e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,96:105:99:2365,270,0 chrXIII 758843 . T TA 7265 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=215;FS=0.000;HaplotypeScore=1015.3337;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.53;MQ0=0;QD=33.79;RPA=1,2;RU=A;SB=-2.871e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,207:215:99:7265,596,0 chrXIII 758921 . GTA G 3910 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.182;DP=236;DS;FS=3.756;HaplotypeScore=1456.8056;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.61;MQ0=0;MQRankSum=1.606;QD=16.57;ReadPosRankSum=8.722;SB=-1.676e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,136:236:99:3910,0,515 chrXIII 758925 . GTA G 3762 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.196;DP=234;DS;FS=0.591;HaplotypeScore=1379.3808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.99;MQ0=0;MQRankSum=3.523;QD=16.08;ReadPosRankSum=8.932;SB=-1.548e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,135:234:99:3762,0,415 chrXIII 759081 . C CG 5134 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.220;DP=242;FS=6.408;HaplotypeScore=923.5231;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.058;QD=21.21;ReadPosRankSum=2.313;SB=-1.520e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,208:242:99:5134,620,0 chrXIII 759082 . A AT 4670 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.575;DP=242;FS=5.935;HaplotypeScore=959.6796;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.60;MQ0=0;MQRankSum=1.564;QD=19.30;ReadPosRankSum=4.464;SB=-1.308e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,208:242:99:4670,519,0 chrXIII 759285 . AG A 4705 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=556.7379;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.84;MQ0=0;QD=29.97;SB=-2.188e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,140:157:99:4705,439,0 chrXIII 759298 . TA T 4595 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=627.6663;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.65;MQ0=0;QD=29.65;RPA=3,2;RU=A;SB=-2.270e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,141:155:99:4595,412,0 chrXIII 759679 . C CT 4061 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=35.8659;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.58;MQ0=0;QD=27.82;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.984e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,139:146:99:4061,394,0 chrXIII 762557 . CAA C 3151.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=45.9296;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.75;MQ0=0;QD=33.89;RPA=6,4;RU=A;SB=-1.287e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,88:92:99:3194,253,0 chrXIII 762845 . AGGG A 8400 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=1087.7949;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.40;MQ0=0;QD=51.85;SB=-3.399e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,148:162:99:8400,436,0 chrXIII 763192 . G GA 2125.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=323.9008;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;QD=24.16;RPA=6,7;RU=A;SB=-8.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,83:88:99:2168,234,0 chrXIII 763221 . G GA 2503.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=289.6741;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;QD=29.12;RPA=2,3;RU=A;SB=-9.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,76:86:99:2546,232,0 chrXIII 768170 . G GT 2189.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.020;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=540.9988;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.76;MQ0=0;MQRankSum=1.334;QD=21.68;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.896;SB=-1.015e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,88:101:99:2232,236,0 chrXIII 768214 . G GA 4059 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=768.7680;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.03;MQ0=0;QD=34.40;SB=-1.784e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,115:118:99:4059,347,0 chrXIII 768315 . AT A 2961.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=746.1221;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.48;MQ0=0;QD=29.92;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.400e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,86:99:99:3004,262,0 chrXIII 768605 . AT A 745.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=229.3069;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.78;MQ0=23;QD=17.35;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,20:20:60:788,60,0 chrXIII 768617 . GT G 627.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=241.0724;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.92;MQ0=27;QD=13.36;RPA=2,1;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,20:20:60:670,60,0 chrXIII 768621 . G GA 582.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=245.5875;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.72;MQ0=28;QD=12.14;RPA=2,3;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,20:20:60:625,60,0 chrXIII 768698 . TC T 226.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=84.4652;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=10.31;MQ0=38;QD=5.02;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,7:7:21:268,21,0 chrXIII 769250 . CATGAT C 9083 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=1068.3463;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.46;MQ0=0;QD=65.82;SB=-1.751e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,129:138:99:9083,382,0 chrXIII 774423 . AGCGCCGCCGCGGCGCCCGTTTCCCAATAGGGAG A 15557 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=36.5449;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.37;MQ0=0;QD=160.38;SB=-5.473e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,57:97:99:15557,169,0 chrXIII 774724 . CAA C 2250.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.693;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=563.6826;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.267;QD=23.21;RPA=12,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.220;SB=-1.074e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,74:97:99:2293,211,0 chrXIII 774965 . A AAG 2605.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=48.8167;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.46;MQ0=0;QD=35.22;RPA=2,3;RU=AG;SB=-5.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,60:74:99:2648,187,0 chrXIII 775114 . GAAA G 1466.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=34.3443;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=32.60;RPA=12,9;RU=A;SB=-2.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,30:45:99:1509,108,0 chrXIII 775274 . T TG 2856.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=26.3529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.27;MQ0=0;QD=35.27;RPA=1,2;RU=G;SB=-2.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2899,241,0 chrXIII 777598 . CT C 6008 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=230;FS=0.000;HaplotypeScore=1023.7563;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.86;MQ0=0;QD=26.12;RPA=4,3;RU=T;SB=-2.872e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,205:230:99:6008,595,0 chrXIII 777667 . GA G 5431 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=212;FS=0.000;HaplotypeScore=404.6713;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.91;MQ0=0;QD=25.62;RPA=5,4;RU=A;SB=-2.222e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,198:212:99:5431,562,0 chrXIII 777921 . CA C 4272 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=1425.6711;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.44;MQ0=0;QD=31.41;SB=-1.684e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,127:136:99:4272,376,0 chrXIII 779300 . CTT C 2024.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=99.6939;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.89;MQ0=0;MQRankSum=0.879;QD=21.54;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.826;SB=-7.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,58:94:99:2067,191,0 chrXIII 779631 . A ACTC 4203 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=27.9676;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.52;MQ0=0;QD=38.92;RPA=3,4;RU=CTC;SB=-1.813e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,90:108:99:4203,265,0 chrXIII 782253 . G GA 3091.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=437.9318;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.86;MQ0=0;QD=27.36;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.040e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,101:113:99:3134,304,0 chrXIII 782521 . GA G 3472 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=300.8757;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.02;MQ0=0;QD=29.93;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.530e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,105:116:99:3472,301,0 chrXIII 782582 . C CA 3301 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=330.5307;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.27;MQ0=0;QD=28.96;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.485e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,110:114:99:3301,319,0 chrXIII 784362 . A AG 3835 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=375.6745;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.71;MQ0=0;QD=26.82;RPA=4,5;RU=G;SB=-1.559e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,124:143:99:3835,379,0 chrXIII 784454 . G GA 3446 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=410.9442;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.18;MQ0=0;QD=26.71;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.578e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,122:129:99:3446,349,0 chrXIII 789974 . G GAA 3554 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=212.7909;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.24;MQ0=0;QD=29.37;RPA=8,10;RU=A;SB=-1.766e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,102:120:99:3554,303,0 chrXIII 795047 . C CAAT 1691.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=153.9274;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.21;MQ0=0;QD=26.03;RPA=6,7;RU=AAT;SB=-4.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,43:65:99:1734,123,0 chrXIII 798261 . GT G 2782.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=233.2520;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.23;MQ0=0;QD=22.09;RPA=7,6;RU=T;SB=-9.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,112:126:99:2825,324,0 chrXIII 798468 . G GT 3358 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=1195.3769;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.81;MQ0=0;QD=26.65;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.157e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,108:126:99:3358,343,0 chrXIII 798498 . A AGCAAGG 7341 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=726.5653;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.58;MQ0=0;QD=66.14;RPA=1,2;RU=GCAAGG;SB=-3.108e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,85:111:99:7341,301,0 chrXIII 801577 . GTTT G 4885 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=90.0063;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.81;MQ0=0;QD=37.87;RPA=9,6;RU=T;SB=-1.460e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,114:129:99:4885,325,0 chrXIII 804926 . TAAG T 6277 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=180;FS=0.000;HaplotypeScore=1169.5801;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.42;MQ0=0;QD=34.87;RPA=6,5;RU=AAG;SB=-2.789e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,136:179:99:6277,418,0 chrXIII 805223 . T TA 2327.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=589.0250;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.63;MQ0=0;QD=23.05;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.033e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,81:101:99:2370,243,0 chrXIII 805306 . TA T 2649.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=603.2154;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.16;MQ0=0;QD=23.04;RPA=8,7;RU=A;SB=-5.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,109:115:99:2692,318,0 chrXIII 807691 . TTATG T 5841 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=405.0237;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.46;MQ0=0;QD=52.62;RPA=2,1;RU=TATG;SB=-2.591e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,102:111:99:5841,304,0 chrXIII 808194 . C CCAAA,CCAAAA 3967 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=286.2724;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=50.71;MQ0=0;QD=55.10;SB=-1.539e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:1,12,45:72:99:3967,833,632,307,0,105 chrXIII 808538 . G GCAA 348.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=44.3330;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.78;MQ0=1;QD=29.08;SB=-7.898e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,8:11:30:391,30,0 chrXIII 809074 . AC A 5521 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;FS=0.000;HaplotypeScore=447.9607;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.25;MQ0=0;QD=33.66;RPA=2,1;RU=C;SB=-2.358e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,160:164:99:5521,472,0 chrXIII 810832 . G GA 3183.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.773;DP=174;FS=4.116;HaplotypeScore=63.2893;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.87;MQ0=0;MQRankSum=1.226;QD=18.30;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.719;SB=-1.230e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,123:174:99:3226,365,0 chrXIII 811237 . GGTT G 7734 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=245;FS=0.000;HaplotypeScore=152.5745;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.22;MQ0=0;QD=31.57;RPA=9,8;RU=GTT;SB=-3.374e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:54,185:245:99:7734,553,0 chrXIII 811696 . A AG 1583.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.491;DP=191;FS=1.186;HaplotypeScore=2071.4108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.00;MQ0=0;MQRankSum=-5.438;QD=8.29;ReadPosRankSum=0.734;SB=-7.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,101:191:99:1623,0,2676 chrXIII 815480 . C CA 808.98 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.512;DP=81;FS=6.041;HaplotypeScore=89.3281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=0.307;QD=9.99;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.830;SB=-2.459e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,31:81:25:848,0,25 chrXIII 818603 . G GAC 7132 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=214;FS=0.000;HaplotypeScore=446.1130;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.18;MQ0=0;QD=33.33;RPA=4,5;RU=AC;SB=-2.979e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,184:213:99:7132,536,0 chrXIII 822635 . GT G 952.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.541;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=335.0615;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.58;MQ0=0;MQRankSum=0.500;QD=12.54;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.500;SB=-1.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,50:76:94:995,94,0 chrXIII 822673 . T TC 2527.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=170.4149;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=26.33;RPA=3,4;RU=C;SB=-1.171e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,93:96:99:2570,241,0 chrXIII 828323 . TTCGTTTTGCATC T 10288 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=738.3547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.30;MQ0=0;QD=80.38;SB=-3.928e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,114:128:99:10288,327,0 chrXIII 831469 . GT G 3051.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=28.8981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.15;MQ0=0;QD=29.35;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.261e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,99:104:99:3094,280,0 chrXIII 840038 . T TG 4275 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=866.6719;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.14;MQ0=0;QD=33.93;SB=-1.313e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:126:99:4275,361,0 chrXIII 841879 . A AG 6274 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=174;FS=0.000;HaplotypeScore=940.1472;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.17;MQ0=0;QD=36.06;SB=-3.067e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,174:174:99:6274,487,0 chrXIII 852310 . GA G 1443.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=38.5355;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=15.04;RPA=11,10;RU=A;SB=-4.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,71:96:99:1486,188,0 chrXIII 852529 . T TGTC 8042 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=45.9077;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.97;MQ0=0;QD=51.55;SB=-2.565e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,147:156:99:8042,439,0 chrXIII 854422 . CT C 2295.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.266;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=142.5703;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.633;QD=17.53;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.000;SB=-5.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,95:131:99:2338,284,0 chrXIII 854478 . CTT C 1703.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.776;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=217.7851;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.70;MQ0=0;MQRankSum=0.914;QD=19.81;RPA=14,12;RU=T;ReadPosRankSum=2.191;SB=-6.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,51:86:99:1746,135,0 chrXIII 856903 . C CA 1715.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.210;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=59.6786;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.126;QD=13.41;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-1.013;SB=-6.299e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:52,71:128:48:1758,48,0 chrXIII 859174 . TTA T 2196.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=299.0174;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.51;MQ0=0;QD=25.25;RPA=5,4;RU=TA;SB=-1.040e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,67:87:99:2239,190,0 chrXIII 860894 . C CTT 2718.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.132;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=80.4893;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.73;MQ0=0;MQRankSum=1.455;QD=22.11;RPA=11,13;RU=T;ReadPosRankSum=-1.306;SB=-8.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,67:123:99:2761,210,0 chrXIII 861205 . CA C 824.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.252;DP=73;FS=6.264;HaplotypeScore=51.2016;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=1.115;QD=11.30;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.251;SB=-3.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,45:73:67:867,67,0 chrXIII 865450 . CAT C 2679.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=102.8285;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.97;MQ0=0;QD=29.13;RPA=8,7;RU=AT;SB=-8.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,79:92:99:2722,238,0 chrXIII 867234 . G GAAAAAA,GAAAAAAA 2682.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=78.6782;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.86;MQ0=0;QD=33.96;RPA=13,19,20;RU=A;SB=-1.240e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:35,6,31:78:99:2761,327,187,270,0,130 chrXIII 874559 . CTTTT C,CT 2063.05 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.875;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=325.1977;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.30;MQ0=0;MQRankSum=1.674;QD=17.48;RPA=20,16,17;RU=T;ReadPosRankSum=2.875;SB=-9.204e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:64,36,0:118:52:2141,106,52,857,0,709 chrXIII 886520 . TA T 2573.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.986;DP=164;FS=0.000;HaplotypeScore=200.4177;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.283;QD=15.69;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.011;SB=-8.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,123:164:99:2616,295,0 chrXIII 886585 . CT C 3827 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=409.9522;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.98;MQ0=0;QD=27.53;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.404e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,131:139:99:3827,382,0 chrXIII 886952 . A AT 3600 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=49.8382;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.81;MQ0=0;QD=24.16;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.357e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,136:149:99:3600,388,0 chrXIII 892733 . CTA C 1922.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=21.0425;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.16;MQ0=0;QD=25.99;RPA=5,4;RU=TA;SB=-8.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,58:74:99:1965,165,0 chrXIII 892823 . G GA 786.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.587;DP=67;FS=1.988;HaplotypeScore=40.8427;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=0.928;QD=11.75;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.208;SB=-3.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,40:67:24:829,24,0 chrXIII 901415 . GAAA G 4351 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=591.7116;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.00;MQ0=0;QD=35.96;RPA=11,8;RU=A;SB=-1.801e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,110:121:99:4351,304,0 chrXIII 901519 . T TA 2376.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=273.6553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.36;MQ0=0;QD=23.08;RPA=6,7;RU=A;SB=-8.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,88:103:99:2419,264,0 chrXIII 904192 . GAT G 3971 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=44.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.02;MQ0=0;QD=31.27;RPA=5,4;RU=AT;SB=-1.336e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,119:127:99:3971,334,0 chrXIII 914814 . AT A 1487.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.600;DP=94;FS=3.058;HaplotypeScore=537.1456;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.49;MQ0=0;MQRankSum=1.422;QD=15.83;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.182;SB=-7.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,67:94:99:1530,190,0 chrXIII 915305 . AT A 5915 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=199;FS=0.000;HaplotypeScore=583.0665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.26;MQ0=0;QD=29.72;RPA=3,2;RU=T;SB=-2.400e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,192:199:99:5915,538,0 chrXIII 915934 . AT A 5389 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=225;FS=0.000;HaplotypeScore=747.6709;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.79;MQ0=0;QD=23.95;RPA=6,5;RU=T;SB=-2.260e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,207:225:99:5389,591,0 chrXIII 916037 . TC T 5947 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=176;FS=0.000;HaplotypeScore=1396.3125;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.85;MQ0=0;QD=33.79;SB=-2.646e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,164:176:99:5947,481,0 chrXIII 916071 . C CTCCG 9998 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;FS=0.000;HaplotypeScore=1634.7539;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.71;MQ0=0;QD=59.51;SB=-4.605e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,144:168:99:9998,452,0 chrXIII 916082 . ATT A 5812 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;FS=0.000;HaplotypeScore=2557.5222;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.67;MQ0=0;QD=35.01;RPA=7,5;RU=T;SB=-2.565e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,146:166:99:5812,439,0 chrXIII 916135 . G GGA 6062 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;FS=0.000;HaplotypeScore=3077.0629;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.59;MQ0=0;QD=36.08;SB=-2.630e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,140:167:99:6062,459,0 chrXIII 917449 . T TA 3892 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=51.6249;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.66;MQ0=0;QD=24.48;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.870e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,147:159:99:3892,435,0 chrXIII 918033 . C CA 888.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.121;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=245.9675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.03;MQ0=6;MQRankSum=0.835;QD=7.11;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.414;SB=-7.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,37:111:70:928,0,70 chrXIII 919420 . CT C 3204.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=215.8475;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.36;MQ0=17;QD=22.41;RPA=3,2;RU=T;SB=-6.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,136:110:99:3247,292,0 chrXIII 919743 . T TCG 4849 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.316;DP=243;DS;FS=49.318;HaplotypeScore=679.0905;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.21;MQ0=0;MQRankSum=-4.043;QD=19.95;ReadPosRankSum=1.913;SB=-1.013e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,155:203:99:4849,0,2902 chrXIII 921418 . CT C 2524.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.748;DP=209;DS;FS=4.767;HaplotypeScore=120.2978;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.19;MQ0=24;MQRankSum=2.126;QD=12.08;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=1.325;SB=-3.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:71,119:156:99:2567,233,0 chrXIII 922469 . G GGA 2511.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1014.1223;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.72;MQ0=0;QD=29.21;SB=-7.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,23:81:99:2554,205,0 chrXIII 923953 . T TGA 1145.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.465;DP=250;DS;FS=23.563;HaplotypeScore=4234.0589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.17;MQ0=12;MQRankSum=0.880;QD=4.58;ReadPosRankSum=3.797;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:188,50:206:99:1185,0,5092 chrXIII 923964 . GTATAA G 13680 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.457;DP=232;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=3048.7235;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.39;MQ0=11;MQRankSum=1.549;QD=58.97;ReadPosRankSum=0.724;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:84,143:194:99:13680,562,0 chrXIII 923966 . ATAAAG A 5253 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.072;DP=225;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=3841.3384;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.23;MQ0=11;MQRankSum=0.939;QD=23.35;ReadPosRankSum=-0.112;SB=-7.400e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:176,0:189:99:5253,515,0 chrXIII 924178 . T TG 456.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.282;DP=120;DS;FS=16.448;HaplotypeScore=1072.3752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.72;MQ0=12;MQRankSum=2.282;QD=3.81;RPA=2,3;RU=G;ReadPosRankSum=1.623;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,30:76:99:496,0,983 chrXIII 924213 . TG T 586.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.370;DP=54;FS=7.678;HaplotypeScore=882.8038;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.12;MQ0=3;MQRankSum=0.133;QD=10.87;RPA=4,3;RU=G;ReadPosRankSum=2.350;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:42:99:626,0,178 chrXIII 924282 . GGGT G 425.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.331;DP=32;FS=4.135;HaplotypeScore=666.5240;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.68;MQ0=0;MQRankSum=0.047;QD=13.31;ReadPosRankSum=0.331;SB=-2.900e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,22:25:78:465,0,78 chrXIII 924287 . GGGT G 436.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.236;DP=28;FS=4.135;HaplotypeScore=565.2339;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.181;QD=15.61;ReadPosRankSum=0.236;SB=-2.900e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,21:21:64:476,0,64 chrXIII 924302 . T TA 765.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.619;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=756.0849;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.913;QD=18.24;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=-0.088;SB=-7.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,32:33:50:808,50,0 chrXIII 924305 . G GGT 751.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.919;DP=52;FS=2.669;HaplotypeScore=839.6128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.41;MQ0=0;MQRankSum=-2.311;QD=14.46;RPA=2,3;RU=GT;ReadPosRankSum=3.460;SB=-9.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,25:41:99:791,0,115 chrXIII 924322 . T TG 585.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.200;DP=97;FS=8.122;HaplotypeScore=990.3921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.49;MQ0=1;MQRankSum=-3.511;QD=6.04;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=4.826;SB=-7.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,25:72:99:625,0,526 chrXIII 924339 . TG T 326.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.488;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=1136.2583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.96;MQ0=3;MQRankSum=-4.760;QD=2.79;RPA=3,2;RU=G;ReadPosRankSum=0.764;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,23:86:99:366,0,1202 chrXIV 6675 . AC A 152.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.927;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=163.7302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.96;MQ0=1;MQRankSum=-1.415;QD=5.46;RPA=3,2;RU=C;ReadPosRankSum=0.049;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,7:22:99:192,0,141 chrXIV 6724 . G GC 66.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.212;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=327.5501;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.80;MQ0=0;MQRankSum=0.685;QD=3.35;ReadPosRankSum=0.053;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,8:17:99:106,0,247 chrXIV 6763 . TC T 527.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.925;DP=52;FS=3.802;HaplotypeScore=588.1309;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.40;MQ0=2;MQRankSum=0.128;QD=10.15;RPA=4,3;RU=C;ReadPosRankSum=3.177;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,24:40:99:567,0,136 chrXIV 6892 . A AC 157.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.380;DP=20;FS=15.563;HaplotypeScore=163.2617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.05;MQ0=0;MQRankSum=1.309;QD=7.90;ReadPosRankSum=2.367;SB=-2.874e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,13:12:99:197,0,131 chrXIV 7071 . AGT A 168.13 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=208.9827;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.37;MQ0=0;QD=28.02;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,5:6:17:210,17,0 chrXIV 10214 . TAAAA T 544.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=90.9065;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.12;MQ0=32;QD=8.01;RPA=17,13;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,37:21:42:587,42,0 chrXIV 10549 . G GT 2455.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.618;DP=136;FS=3.551;HaplotypeScore=479.3719;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.74;MQ0=27;MQRankSum=-1.265;QD=18.06;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.735;SB=-4.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,126:107:99:2498,241,0 chrXIV 10600 . T TA 1475.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.353;DP=121;FS=7.993;HaplotypeScore=457.9963;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.24;MQ0=25;MQRankSum=-0.325;QD=12.20;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.433;SB=-2.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,81:85:99:1518,170,0 chrXIV 14333 . G GC 512.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=53.7756;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.25;MQ0=2;QD=17.69;RPA=1,2;RU=C;SB=-1.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,22:25:48:555,48,0 chrXIV 23552 . CA C 2728.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=427.5232;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.33;MQ0=0;QD=18.07;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.263e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,127:151:99:2771,356,0 chrXIV 23902 . G GT 2020.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.347;DP=132;FS=8.734;HaplotypeScore=110.4255;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.84;MQ0=0;MQRankSum=0.936;QD=15.31;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.141;SB=-8.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,105:132:99:2063,130,0 chrXIV 51868 . ATATC A 7888 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=179;FS=0.000;HaplotypeScore=57.0458;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;QD=44.07;RPA=2,1;RU=TATC;SB=-3.769e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,158:179:99:7888,418,0 chrXIV 56038 . CT C 1336.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=258.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.14;MQ0=0;QD=21.22;RPA=6,5;RU=T;SB=-5.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,59:63:99:1379,162,0 chrXIV 56333 . A AT 952.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=131.5041;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;QD=20.72;RPA=8,9;RU=T;SB=-2.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,44:46:99:995,117,0 chrXIV 58892 . CT C 2782.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=51.5798;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.16;MQ0=0;QD=19.88;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.097e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,127:140:99:2825,347,0 chrXIV 59729 . G GTCC 11316 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=202;FS=0.000;HaplotypeScore=511.0042;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.10;MQ0=0;QD=56.02;SB=-3.316e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,188:202:99:11316,578,0 chrXIV 62523 . TA T 3387 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=839.8229;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.70;MQ0=0;QD=25.85;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.628e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,126:131:99:3387,375,0 chrXIV 62542 . CT C 3726 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=879.9361;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.51;MQ0=0;QD=26.43;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.856e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,131:141:99:3726,382,0 chrXIV 62762 . G GT 4339 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=487.0960;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=28.93;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.849e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,138:150:99:4339,400,0 chrXIV 62810 . G GA 3531 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=676.7430;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.76;MQ0=0;QD=26.95;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.390e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,119:131:99:3531,346,0 chrXIV 63297 . G GTA 5971 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=178;FS=0.000;HaplotypeScore=723.2686;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.53;MQ0=0;QD=33.54;RPA=2,3;RU=TA;SB=-2.740e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,152:178:99:5971,451,0 chrXIV 63342 . GA G 3042.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=1960.5231;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.01;MQ0=0;QD=19.26;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.374e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,131:158:99:3085,383,0 chrXIV 63356 . A AATGCTTTGTG 15123 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=789.6677;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.30;MQ0=0;QD=108.80;SB=-7.518e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,104:139:99:15123,397,0 chrXIV 64425 . AT A 3104.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=99.7785;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.08;MQ0=0;QD=28.75;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.250e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,105:108:99:3147,295,0 chrXIV 65024 . AC A 3065.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=190.4010;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.20;MQ0=0;QD=28.39;RPA=4,3;RU=C;SB=-1.250e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,102:108:99:3108,301,0 chrXIV 65561 . G GTATA 5802 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=620.2132;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.09;MQ0=0;QD=44.29;RPA=4,6;RU=TA;SB=-2.454e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,97:131:99:5802,299,0 chrXIV 65588 . T TA 4297 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=724.6438;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.93;MQ0=0;QD=35.81;SB=-1.895e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,116:120:99:4297,328,0 chrXIV 66362 . TAA T 4228 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.324;DP=170;FS=8.300;HaplotypeScore=70.0345;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=0.368;QD=24.87;RPA=12,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.175;SB=-1.595e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,141:170:99:4228,401,0 chrXIV 68786 . C CT 4198 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=54.1512;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.88;MQ0=0;QD=26.57;RPA=3,4;RU=T;SB=-2.079e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,147:158:99:4198,415,0 chrXIV 70051 . GCAA G 9281 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=246;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=291.2866;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=63.92;MQ0=0;QD=37.73;RPA=2,1;RU=CAA;SB=-3.681e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,237:246:99:9281,687,0 chrXIV 84037 . ATT A 2558.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=195.1499;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.26;MQ0=0;QD=27.22;RPA=11,9;RU=T;SB=-1.169e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,78:94:99:2601,249,0 chrXIV 84081 . A ATTTT 4603 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=215.9581;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.66;MQ0=0;QD=43.02;RPA=7,11;RU=T;SB=-2.216e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,84:107:99:4603,268,0 chrXIV 86089 . C CTT 2291.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.243;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=143.0859;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.387;QD=20.28;RPA=12,14;RU=T;ReadPosRankSum=-1.162;SB=-1.070e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,74:113:99:2334,214,0 chrXIV 89730 . TA T 2244.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=156.4565;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.86;MQ0=0;QD=19.87;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.022e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,100:113:99:2287,287,0 chrXIV 90529 . ATAACGGCGG A 19955 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=246;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=398.5757;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.37;MQ0=0;QD=81.12;SB=-9.534e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,221:246:99:19955,665,0 chrXIV 95116 . C CA 1399.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.777;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=74.6282;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.254;QD=16.87;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.358;SB=-5.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,62:83:99:1442,151,0 chrXIV 102523 . AGTGTT A 4466 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=49.1315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.68;MQ0=2;QD=60.35;SB=-2.525e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,60:66:62:4434,62,0 chrXIV 105026 . ATGGTCGGTACTGTTCACTTTATCTATATT A 15543 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=172.3087;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.65;MQ0=0;QD=140.03;SB=-5.175e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,87:111:99:15543,237,0 chrXIV 107426 . CAA C 5852 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;FS=0.000;HaplotypeScore=1033.9786;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.01;MQ0=0;QD=34.83;RPA=5,3;RU=A;SB=-1.714e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,154:168:99:5852,454,0 chrXIV 116713 . T TGTGCCA 6099 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=366.1711;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.27;MQ0=0;QD=68.53;RPA=1,2;RU=GTGCCA;SB=-2.912e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,68:89:99:6099,232,0 chrXIV 117125 . C CATAT 1625.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=227.2002;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.46;MQ0=0;QD=24.27;RPA=7,9;RU=AT;SB=-3.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,26:67:94:1668,94,0 chrXIV 117208 . CG C 2569.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=155.8721;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.78;MQ0=0;QD=29.88;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.224e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,80:86:99:2612,223,0 chrXIV 117326 . GA G 1663.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=52.9331;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;QD=21.61;RPA=7,6;RU=A;SB=-2.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,71:77:99:1706,207,0 chrXIV 118938 . TAG T 6035 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=1144.7445;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.58;MQ0=0;QD=41.05;SB=-2.731e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,129:147:99:6035,403,0 chrXIV 118942 . AG A 4750 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=1272.0808;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.29;MQ0=0;QD=33.45;SB=-2.096e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,129:142:99:4750,412,0 chrXIV 118987 . GAAAAAA G 4811 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.085;DP=137;FS=3.162;HaplotypeScore=1526.4810;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.486;QD=35.12;RPA=17,11;RU=A;ReadPosRankSum=3.583;SB=-1.747e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:61,70:137:95:4811,95,0 chrXIV 119033 . C CT 3170.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=1229.7623;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.69;MQ0=0;QD=26.87;RPA=3,4;RU=T;SB=-8.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,106:118:99:3213,316,0 chrXIV 129315 . G GCA 2803.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=220.3348;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.83;MQ0=1;QD=32.60;RPA=2,3;RU=CA;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,76:85:99:2846,208,0 chrXIV 129422 . A ATCAT 1404.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.142;DP=34;FS=30.065;HaplotypeScore=88.7634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.190;QD=41.32;ReadPosRankSum=-2.532;SB=-2.798e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,16:34:99:1444,0,171 chrXIV 135894 . AC A 4466 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-4.055;DP=148;FS=6.337;HaplotypeScore=799.0710;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.65;MQ0=4;MQRankSum=2.958;QD=30.18;ReadPosRankSum=5.497;SB=-1.742e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,106:140:99:4466,339,0 chrXIV 135899 . C CAT 4019 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=849.0592;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.51;MQ0=5;QD=27.53;RPA=4,5;RU=AT;SB=-1.489e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:65,81:137:99:4019,359,0 chrXIV 137507 . G GCAT 7907 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=191;FS=0.000;HaplotypeScore=66.1059;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.79;MQ0=0;QD=41.40;RPA=2,3;RU=CAT;SB=-3.839e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,176:191:99:7907,502,0 chrXIV 138052 . GA G 2837.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=721.0382;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.08;MQ0=0;QD=17.52;RPA=10,9;RU=A;SB=-1.234e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,135:162:99:2880,387,0 chrXIV 138260 . GA G 3083.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=71.6541;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.93;MQ0=0;QD=20.03;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.392e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,141:154:99:3126,395,0 chrXIV 138448 . G GA 3023.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.126;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=282.0296;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=0.866;QD=22.23;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.346;SB=-1.338e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,122:136:99:3066,334,0 chrXIV 140453 . T TAGCC 4721 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=685.3759;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.54;MQ0=0;QD=54.90;RPA=1,2;RU=AGCC;SB=-1.699e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,74:86:99:4721,235,0 chrXIV 144140 . AT A 66.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=24.0335;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=68.43;MQ0=0;QD=11.04;RPA=2,1;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:15:108,15,0 chrXIV 145389 . GT G 1233.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.734;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=194.4818;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.556;QD=16.68;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.264;SB=-5.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,62:74:99:1276,150,0 chrXIV 145535 . TA T 1596.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.688;DP=101;FS=3.680;HaplotypeScore=32.4861;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.72;MQ0=0;MQRankSum=1.421;QD=15.81;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.155;SB=-6.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,80:101:99:1639,205,0 chrXIV 148000 . GA G 4992 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=206;FS=0.000;HaplotypeScore=856.0067;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.91;MQ0=0;QD=24.23;RPA=5,4;RU=A;SB=-2.400e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,198:206:99:4992,555,0 chrXIV 154923 . GAAAAAA G,GA 2331.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.652;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=457.9103;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=48.43;MQ0=0;MQRankSum=0.201;QD=23.55;RPA=25,19,20;RU=A;ReadPosRankSum=1.652;SB=-3.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:54,11,0:99:99:2410,277,154,266,0,141 chrXIV 157417 . GT G 1689.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=199.2544;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.05;MQ0=0;QD=17.98;RPA=8,7;RU=T;SB=-8.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,76:94:99:1732,201,0 chrXIV 157983 . C CA 3449 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=387.8721;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.07;MQ0=0;QD=21.42;RPA=8,9;RU=A;SB=-1.599e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,126:161:99:3449,404,0 chrXIV 158024 . G GA 3993 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=181;FS=0.000;HaplotypeScore=311.7819;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.94;MQ0=0;QD=22.06;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.949e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,155:181:99:3993,447,0 chrXIV 167808 . C CT 3376 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=445.5733;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.73;MQ0=0;QD=21.78;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.239e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,124:155:99:3376,369,0 chrXIV 168003 . C CA 7085 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=191;FS=0.000;HaplotypeScore=385.4590;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.16;MQ0=0;QD=37.09;SB=-1.695e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,179:191:99:7085,539,0 chrXIV 169749 . AT A 3593 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=539.5199;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.87;MQ0=0;QD=28.29;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.598e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,119:127:99:3593,316,0 chrXIV 169970 . A AT 4272 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=701.5474;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.35;MQ0=0;QD=29.46;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.965e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,142:145:99:4272,394,0 chrXIV 172233 . G GGCAGTT 5375 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=44.7054;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.32;MQ0=0;QD=52.18;RPA=2,3;RU=GCAGTT;SB=-2.132e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,62:103:99:5375,229,0 chrXIV 172362 . T TTTCA 5057 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=557.0771;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.96;MQ0=0;QD=43.59;SB=-2.505e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,91:115:99:5057,285,0 chrXIV 172492 . CA C 1572.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.393;DP=119;FS=8.510;HaplotypeScore=153.2160;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=0.577;QD=13.22;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.518;SB=-7.459e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,76:119:99:1615,110,0 chrXIV 174733 . C CA 2435.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.278;DP=141;FS=3.246;HaplotypeScore=92.9526;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=1.106;QD=17.28;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.005;SB=-1.114e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,110:141:99:2478,185,0 chrXIV 175206 . C CA 1710.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.293;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=205.5132;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=0.878;QD=13.37;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.743;SB=-7.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,86:128:53:1753,53,0 chrXIV 179405 . GA G 4748 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=49.1935;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.63;MQ0=0;QD=31.03;RPA=3,2;RU=A;SB=-2.152e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,152:153:99:4748,430,0 chrXIV 181319 . A ACC 3761 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=102.4484;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.08;MQ0=0;QD=35.82;RPA=2,4;RU=C;SB=-1.318e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,87:105:99:3761,291,0 chrXIV 196146 . ATC A 2282.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=664.6530;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.28;MQ0=0;QD=28.18;RPA=2,1;RU=TC;SB=-1.035e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,74:81:99:2325,201,0 chrXIV 197764 . GTCC G 8048 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=178;FS=0.000;HaplotypeScore=514.5450;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.05;MQ0=0;QD=45.21;RPA=3,2;RU=TCC;SB=-3.650e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,166:178:99:8048,493,0 chrXIV 198221 . AT A 1870.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=406.1560;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.07;MQ0=0;QD=15.99;RPA=10,9;RU=T;SB=-9.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,92:116:99:1913,256,0 chrXIV 198236 . ATT A 2305.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=443.4766;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.62;MQ0=0;QD=20.59;RPA=13,11;RU=T;SB=-1.050e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,77:112:99:2348,232,0 chrXIV 214098 . G GAGA 6154 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=587.5996;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.09;MQ0=0;QD=53.05;SB=-2.965e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,112:116:99:6154,340,0 chrXIV 218712 . CA C 3731 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=165.4659;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.99;MQ0=0;QD=24.55;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.861e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,143:152:99:3731,414,0 chrXIV 218946 . CAA C 4072 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=296.1486;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.24;MQ0=0;QD=35.10;RPA=4,2;RU=A;SB=-2.016e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,108:116:99:4072,298,0 chrXIV 220510 . GA G 1985.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.654;DP=97;FS=3.208;HaplotypeScore=538.8363;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.924;QD=20.47;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.808;SB=-9.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,93:97:99:2028,243,0 chrXIV 224579 . C CAA 3524 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=632.6176;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.11;MQ0=0;QD=32.33;RPA=6,8;RU=A;SB=-1.537e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,94:109:99:3524,287,0 chrXIV 229899 . AT A 2332.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=311.3186;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.62;MQ0=0;QD=21.40;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.136e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,99:109:99:2375,288,0 chrXIV 229977 . A ATG 4386 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=61.4151;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.64;MQ0=0;QD=43.00;SB=-1.213e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,98:102:99:4386,295,0 chrXIV 230680 . T TAA 3331 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.615;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=417.7011;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.229;QD=27.76;ReadPosRankSum=1.798;SB=-1.069e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,88:120:99:3331,294,0 chrXIV 230801 . GA G 1683.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.022;DP=95;FS=3.925;HaplotypeScore=193.9986;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.153;QD=17.73;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.373;SB=-6.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,82:95:99:1726,210,0 chrXIV 230941 . CT C 4904 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=478.2359;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.19;MQ0=0;QD=36.06;SB=-2.015e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,134:136:99:4904,385,0 chrXIV 235955 . G GT 784.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.109;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=297.6915;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.29;MQ0=0;MQRankSum=1.495;QD=11.38;ReadPosRankSum=0.353;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,26:69:85:827,85,0 chrXIV 246437 . AAT A 4360 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=92.6081;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.59;MQ0=0;QD=32.30;RPA=3,2;RU=AT;SB=-2.039e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,123:135:99:4360,343,0 chrXIV 251874 . AT A 1457.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.763;DP=117;FS=9.363;HaplotypeScore=120.8201;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.763;QD=12.46;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.313;SB=-6.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,88:117:99:1500,165,0 chrXIV 258264 . GA G 2899.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=390.2013;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;QD=20.71;RPA=10,9;RU=A;SB=-7.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,134:140:99:2942,388,0 chrXIV 263349 . ATT A 2809.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=59.0168;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.480;QD=19.93;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.750;SB=-1.413e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,104:141:99:2852,259,0 chrXIV 268808 . TTGTTGTGGC T 12944 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=194;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=256.5033;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.32;MQ0=0;QD=66.72;RPA=2,1;RU=TGTTGTGGC;SB=-4.382e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,148:193:99:12944,430,0 chrXIV 270187 . C CCTTTCCTTTCCTTT 11055 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=451.4005;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.57;MQ0=0;QD=116.37;SB=-3.641e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,78:95:99:11055,262,0 chrXIV 271068 . TCAA T 4837 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=275.6149;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.73;MQ0=0;QD=47.42;SB=-1.973e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,99:102:99:4837,280,0 chrXIV 272060 . AT A 6760 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=249;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=877.0980;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.31;MQ0=0;QD=27.15;RPA=3,2;RU=T;SB=-2.850e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,228:249:99:6760,632,0 chrXIV 272684 . A AG 3627 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=686.7648;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.01;MQ0=0;QD=25.36;RPA=3,4;RU=G;SB=-1.176e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,134:143:99:3627,375,0 chrXIV 273762 . GT G 4058 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=41.6667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.31;MQ0=0;QD=30.51;RPA=2,1;RU=T;SB=-2.017e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,125:133:99:4058,358,0 chrXIV 280309 . G GA 2071.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=100;FS=3.979;HaplotypeScore=36.6495;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.30;MQ0=0;MQRankSum=1.689;QD=20.72;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.130;SB=-8.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,86:100:99:2114,230,0 chrXIV 281793 . GA G 2854.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=62.4752;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.32;MQ0=0;QD=21.15;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.199e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,127:135:99:2897,362,0 chrXIV 281884 . GAA G 3399 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=138;FS=3.424;HaplotypeScore=62.9869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.58;MQ0=0;MQRankSum=0.724;QD=24.63;RPA=12,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.291;SB=-1.539e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,101:138:99:3399,324,0 chrXIV 283073 . AC A 3297 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=226.9162;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.99;MQ0=0;QD=25.17;RPA=7,6;RU=C;SB=-1.554e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,121:131:99:3297,346,0 chrXIV 293082 . T TA 2352.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=135.0237;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.84;MQ0=0;QD=24.01;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.115e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,91:98:99:2395,267,0 chrXIV 297859 . G GCTCGTTAA 13598 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=48.2013;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.04;MQ0=0;QD=96.44;SB=-5.431e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,131:141:99:13598,412,0 chrXIV 299634 . CT C 3563 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=243.1196;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.81;MQ0=0;QD=24.74;RPA=5,4;RU=T;SB=-9.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,137:144:99:3563,396,0 chrXIV 300772 . G GA 2225.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.402;DP=128;FS=7.148;HaplotypeScore=367.0993;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.13;MQ0=0;MQRankSum=0.194;QD=17.39;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.557;SB=-9.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,97:128:99:2268,240,0 chrXIV 300943 . AAAAATAAAAAAAAAAG A 6690 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.979;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=423.9891;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.91;MQ0=0;MQRankSum=2.312;QD=50.30;ReadPosRankSum=2.805;SB=-2.341e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,110:133:99:6690,295,0 chrXIV 302223 . G GC 5762 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=169;FS=0.000;HaplotypeScore=739.0424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.98;MQ0=0;QD=34.09;RPA=1,2;RU=C;SB=-2.023e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,163:169:99:5762,493,0 chrXIV 302331 . TG T 1458.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=649.3672;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.14;MQ0=0;QD=15.86;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,68:92:99:1501,198,0 chrXIV 302458 . AG A 1817.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.632;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=238.6073;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.46;MQ0=0;MQRankSum=0.326;QD=23.61;ReadPosRankSum=-0.126;SB=-8.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,58:77:99:1860,203,0 chrXIV 302656 . TA T 3153.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=573.6721;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.09;MQ0=0;QD=25.03;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.100e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,114:126:99:3196,333,0 chrXIV 303631 . A AT 3323 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.327;DP=129;FS=2.582;HaplotypeScore=632.3251;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.445;QD=25.76;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=1.794;SB=-1.117e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,115:129:99:3323,346,0 chrXIV 304694 . C CTT 3953 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=305.1751;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.91;MQ0=0;QD=38.01;RPA=2,4;RU=T;SB=-1.821e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,91:104:99:3953,286,0 chrXIV 304898 . C CTT 3115.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.866;DP=106;FS=3.649;HaplotypeScore=214.1605;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.696;QD=29.40;RPA=9,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.613;SB=-1.258e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,81:106:99:3158,250,0 chrXIV 306260 . GAGA G 7483 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=194;FS=0.000;HaplotypeScore=1829.5923;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.45;MQ0=0;QD=38.57;RPA=2,1;RU=AGA;SB=-2.072e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,171:194:99:7483,481,0 chrXIV 306439 . GATAGTGATA G 20381 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=238;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=173.9895;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.25;MQ0=0;QD=85.63;SB=-1.772e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,226:238:99:20381,653,0 chrXIV 307228 . C CT 521.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.483;DP=124;FS=1.075;HaplotypeScore=116.9384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=2.543;QD=4.21;RPA=16,17;RU=T;ReadPosRankSum=-2.297;SB=-2.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,43:124:99:561,0,188 chrXIV 308655 . CT C 5249 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;FS=0.000;HaplotypeScore=686.6669;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.33;MQ0=0;QD=31.81;SB=-2.477e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,158:165:99:5249,459,0 chrXIV 312328 . AACG A 6588 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=331.7400;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.98;MQ0=0;QD=41.43;RPA=3,2;RU=ACG;SB=-2.218e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,139:159:99:6588,406,0 chrXIV 317360 . A ATCT 7727 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=52.9986;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.83;MQ0=0;QD=47.70;SB=-2.856e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,152:162:99:7727,439,0 chrXIV 319853 . G GTGA 6797 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=191;FS=0.000;HaplotypeScore=222.0560;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.46;MQ0=0;QD=35.59;RPA=4,5;RU=TGA;SB=-2.392e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,158:191:99:6797,442,0 chrXIV 326497 . C CTT 4784 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=141.1057;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.17;MQ0=0;QD=42.71;SB=-2.242e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,88:112:99:4784,310,0 chrXIV 331790 . CT C 1919.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=742.7430;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.83;MQ0=0;QD=17.94;RPA=6,5;RU=T;SB=-8.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,92:98:99:1962,231,0 chrXIV 331802 . CATTAGTACG C 7665 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=218.2552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.56;MQ0=0;QD=78.21;SB=-3.120e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,84:88:99:7665,217,0 chrXIV 332683 . TCAA T 7302 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=227;FS=0.000;HaplotypeScore=216.5077;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.35;MQ0=0;QD=32.17;RPA=5,4;RU=CAA;SB=-3.324e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,184:227:99:7302,502,0 chrXIV 333286 . ACAG A 9034 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=227;FS=0.000;HaplotypeScore=105.9586;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.84;MQ0=0;QD=39.80;SB=-4.420e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,218:227:99:9034,628,0 chrXIV 337997 . CA C 5083 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=271.5601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.85;MQ0=0;QD=36.05;SB=-2.460e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,136:141:99:5083,400,0 chrXIV 338071 . AC A 4068 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=124.0144;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=27.30;RPA=5,4;RU=C;SB=-1.951e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,142:149:99:4068,403,0 chrXIV 343407 . CA C 1753.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=206.9139;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.75;MQ0=0;QD=19.27;RPA=8,7;RU=A;SB=-6.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,79:91:99:1796,221,0 chrXIV 344026 . C CTGT 8770 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.052;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=423.1437;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.157;QD=35.08;RPA=3,4;RU=TGT;ReadPosRankSum=-1.032;SB=-2.778e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,209:249:99:8770,549,0 chrXIV 346206 . C CTT 9341 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=224;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=84.4588;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.68;MQ0=0;QD=41.70;SB=-3.415e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,217:224:99:9341,599,0 chrXIV 348899 . TC T 3616 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=1211.2477;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.54;MQ0=0;QD=26.99;SB=-1.394e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:134:99:3616,340,0 chrXIV 349160 . T TCA 6877 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=185;FS=0.000;HaplotypeScore=312.1539;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.40;MQ0=1;QD=37.17;RPA=2,3;RU=CA;SB=-3.345e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,172:184:99:6877,506,0 chrXIV 349826 . A AT 3046.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.015;DP=170;FS=9.272;HaplotypeScore=607.5455;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.32;MQ0=0;MQRankSum=0.121;QD=17.92;ReadPosRankSum=4.365;SB=-1.507e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,126:170:99:3089,290,0 chrXIV 349827 . A AC 3087.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.836;DP=173;FS=28.371;HaplotypeScore=617.4986;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.28;MQ0=0;MQRankSum=0.796;QD=17.85;ReadPosRankSum=4.806;SB=-1.406e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,126:173:99:3130,315,0 chrXIV 350686 . A AT 2743.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.140;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=529.4774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.996;QD=18.42;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.464;SB=-1.170e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,124:149:99:2786,302,0 chrXIV 351512 . A AT 3059.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.420;DP=150;FS=4.143;HaplotypeScore=428.1626;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.028;QD=20.40;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.227;SB=-1.182e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,124:150:99:3102,342,0 chrXIV 352764 . A AT 1448.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.921;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=200.1374;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.83;MQ0=0;MQRankSum=0.137;QD=15.92;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.216;SB=-5.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,68:91:99:1491,145,0 chrXIV 354445 . TGGAATGGTG T 11853 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=84.5054;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.65;MQ0=0;QD=87.80;SB=-4.451e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,116:135:99:11853,346,0 chrXIV 355289 . AT A 3553 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=46.6532;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.31;MQ0=0;QD=25.75;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.314e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,132:138:99:3553,384,0 chrXIV 356923 . GT G 4208 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=180;FS=0.000;HaplotypeScore=1528.4366;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.37;MQ0=0;QD=23.38;RPA=7,6;RU=T;SB=-6.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,164:180:99:4208,500,0 chrXIV 357286 . C CAGT 6698 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=281.6129;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.74;MQ0=0;QD=44.36;RPA=2,3;RU=AGT;SB=-3.023e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,132:151:99:6698,406,0 chrXIV 359095 . C CT 3196.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=398.6794;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.19;MQ0=0;QD=30.74;RPA=2,3;RU=T;SB=-8.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,101:103:99:3239,298,0 chrXIV 359583 . GAAAAA G 4968 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.569;DP=99;FS=4.243;HaplotypeScore=56.7676;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=1.488;QD=50.18;RPA=10,5;RU=A;ReadPosRankSum=1.569;SB=-1.748e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,92:99:99:4968,236,0 chrXIV 373628 . AT A 4363 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=199;FS=0.000;HaplotypeScore=799.8780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.93;MQ0=0;QD=21.92;RPA=8,7;RU=T;SB=-2.085e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,172:199:99:4363,504,0 chrXIV 373682 . GCAA G 6787 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=184;FS=0.000;HaplotypeScore=820.9592;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.52;MQ0=0;QD=36.89;SB=-2.965e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,158:184:99:6787,473,0 chrXIV 374964 . 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T TA 832.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.854;DP=85;FS=2.965;HaplotypeScore=148.8127;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.488;QD=9.80;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.374;SB=-3.017e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,34:85:46:872,0,46 chrXIV 392462 . C CG 411.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.338;DP=102;FS=145.306;HaplotypeScore=39.6996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.93;MQ0=0;MQRankSum=5.922;QD=4.04;RPA=5,6;RU=G;ReadPosRankSum=-2.310;SB=-3.011e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,44:102:99:451,0,633 chrXIV 397798 . AT A 3518 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=552.7091;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.00;MQ0=0;QD=26.06;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.618e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,125:135:99:3518,361,0 chrXIV 400712 . TA T 4902 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=170;FS=0.000;HaplotypeScore=626.3186;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.93;MQ0=0;QD=28.84;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.625e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,166:170:99:4902,469,0 chrXIV 412447 . G GA 2359.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=755.2639;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.15;MQ0=0;QD=22.06;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.053e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,89:107:99:2402,267,0 chrXIV 412493 . A AT 3629 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=524.0647;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.15;MQ0=0;QD=32.99;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.793e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,103:110:99:3629,310,0 chrXIV 412573 . AT A 1805.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=885.4082;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.28;MQ0=0;QD=26.56;RPA=2,1;RU=T;SB=-3.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,56:68:99:1848,168,0 chrXIV 412585 . C CG 2424.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=864.9593;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.95;MQ0=0;QD=35.14;SB=-7.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,64:69:99:2467,204,0 chrXIV 412651 . TG T 2934.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=490.7812;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.96;MQ0=0;QD=31.22;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.439e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,83:94:99:2977,268,0 chrXIV 415096 . CTTT C 406.60 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.709;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=87.0691;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.61;MQ0=0;MQRankSum=1.449;QD=12.32;RPA=14,11;RU=T;ReadPosRankSum=-2.457;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,22:33:11:448,11,0 chrXIV 415775 . AG A 2750.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=757.6796;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.09;MQ0=0;QD=27.51;RPA=5,4;RU=G;SB=-8.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,95:100:99:2793,282,0 chrXIV 416362 . A AT 3865 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=38.3630;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.71;MQ0=0;MQRankSum=1.697;QD=33.03;ReadPosRankSum=1.697;SB=-1.659e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,111:117:99:3865,297,0 chrXIV 416703 . A ATG 3952 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=81.9318;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.22;MQ0=0;QD=42.04;SB=-9.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,91:94:99:3952,250,0 chrXIV 418915 . G GTA 784.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.324;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=23.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.974;QD=15.70;RPA=8,9;RU=TA;ReadPosRankSum=-0.854;SB=-3.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,22:50:50:824,0,50 chrXIV 424825 . A AAG 4976 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=55.3471;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=37.13;SB=-2.423e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,124:134:99:4976,351,0 chrXIV 430018 . G GA 1941.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=233.5419;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.72;MQ0=0;QD=22.07;RPA=8,9;RU=A;SB=-6.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,71:88:99:1984,228,0 chrXIV 437227 . C CA 3585 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=86.0552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;QD=28.23;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.789e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,125:127:99:3585,349,0 chrXIV 437493 . C CTT 5949 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=351.6491;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.87;MQ0=0;QD=43.42;RPA=1,3;RU=T;SB=-2.284e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,131:136:99:5949,394,0 chrXIV 437525 . TG T 4284 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=675.2365;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.08;MQ0=0;QD=31.97;RPA=3,2;RU=G;SB=-1.571e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,128:134:99:4284,385,0 chrXIV 438549 . A AT 1683.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.217;DP=103;FS=10.798;HaplotypeScore=711.9199;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.857;QD=16.35;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.352;SB=-7.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,74:103:99:1726,109,0 chrXIV 439397 . G GT 4587 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=190;FS=0.000;HaplotypeScore=236.1967;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.56;MQ0=0;QD=24.14;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.150e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,173:190:99:4587,501,0 chrXIV 440569 . A ATT 3848 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.208;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=70.0585;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.069;QD=25.32;RPA=9,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.289;SB=-1.525e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,116:152:99:3848,332,0 chrXIV 441274 . GATATATATATATGTAGCTAAGAT G 12889 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=390.4214;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.75;MQ0=0;QD=114.06;SB=-4.692e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:59,53:113:99:12889,196,0 chrXIV 441295 . GATATATATATATGTATATATTCG G,GATATATATATGTATATATTCG 6098 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=996.4124;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=33.65;MQ0=0;QD=67.01;SB=-2.208e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:53,0,0:91:99:6098,1098,4587,4272,0,4062 chrXIV 441344 . C CG 4992 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=898.2932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.82;MQ0=0;QD=32.00;RPA=1,2;RU=G;SB=-2.141e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,151:156:99:4992,436,0 chrXIV 442493 . CTCTT C 6266 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=55.1817;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.11;MQ0=0;QD=44.44;RPA=3,2;RU=TCTT;SB=-2.970e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,126:141:99:6266,355,0 chrXIV 443122 . AT A 1726.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=461.2706;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.12;MQ0=1;QD=17.27;RPA=8,7;RU=T;SB=-3.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,84:97:99:1769,230,0 chrXIV 444651 . CT C 1218.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.741;DP=160;FS=8.035;HaplotypeScore=472.6503;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.32;MQ0=0;MQRankSum=2.177;QD=7.62;RPA=15,14;RU=T;ReadPosRankSum=2.094;SB=-6.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:88,65:160:79:1261,79,0 chrXIV 447205 . G GGT 9653 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=238;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=80.3336;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.84;MQ0=0;QD=40.56;RPA=1,2;RU=GT;SB=-3.944e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,230:238:99:9653,680,0 chrXIV 449681 . AT A 3377 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=185.1713;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.27;MQ0=0;QD=29.11;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.273e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,113:116:99:3377,319,0 chrXIV 450759 . AT A 4149 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=225.3066;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.04;MQ0=0;QD=34.29;SB=-2.014e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,118:121:99:4149,331,0 chrXIV 452175 . C CTT 5134 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=208.7246;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.29;MQ0=0;QD=42.78;SB=-2.350e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:120:99:5134,322,0 chrXIV 457141 . T TA 2510.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=192.1005;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.96;MQ0=0;QD=21.10;RPA=8,9;RU=A;SB=-5.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,107:119:99:2553,291,0 chrXIV 462386 . TA T 2515.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=680.6451;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.53;MQ0=0;QD=18.50;RPA=9,8;RU=A;SB=-9.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,118:136:99:2558,332,0 chrXIV 472575 . AG A 3497 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=650.1771;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.04;MQ0=2;QD=23.79;RPA=9,8;RU=G;SB=-1.741e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,126:144:99:3497,372,0 chrXIV 474635 . T TACTTGTGAAGGA 19703 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;FS=0.000;HaplotypeScore=566.7634;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.35;MQ0=0;QD=119.41;SB=-8.713e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:54,108:165:99:19703,446,0 chrXIV 476709 . GT G 2239.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=200.6570;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;QD=19.31;RPA=7,6;RU=T;SB=-5.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,99:116:99:2282,278,0 chrXIV 476823 . A ATTGAGAAC 6661 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=187.1642;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.84;MQ0=0;QD=82.23;SB=-6.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,62:81:99:6661,205,0 chrXIV 478368 . T TA 5389 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=197;FS=0.000;HaplotypeScore=420.6551;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.24;MQ0=0;QD=27.36;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.436e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,179:197:99:5389,526,0 chrXIV 479911 . CACAAAT C 12430 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=200;FS=0.000;HaplotypeScore=645.1128;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.81;MQ0=1;QD=62.15;SB=-5.357e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,194:193:99:12430,514,0 chrXIV 480999 . A AC 3964 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.009;DP=181;FS=0.000;HaplotypeScore=79.7437;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.673;QD=21.90;RPA=7,8;RU=C;ReadPosRankSum=-1.346;SB=-1.602e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,160:181:99:3964,322,0 chrXIV 483057 . CT C 2492.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=371.9266;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.77;MQ0=0;QD=20.95;RPA=7,6;RU=T;SB=-8.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,113:119:99:2535,311,0 chrXIV 490189 . T TA 4470 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.706;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=337.1436;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=1.137;QD=28.65;ReadPosRankSum=1.706;SB=-2.155e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,142:156:99:4470,395,0 chrXIV 493065 . A AT 518.16 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.389;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=194.4615;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.47;MQ0=0;MQRankSum=0.477;QD=14.39;ReadPosRankSum=2.084;SB=-1.051e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:36:2:556,0,2 chrXIV 493546 . TA T 1928.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=25.6853;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.25;MQ0=0;QD=22.69;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,80:85:99:1971,222,0 chrXIV 495472 . T TTTGAAGAAA 13283 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=146.2696;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.37;MQ0=0;QD=101.40;SB=-6.277e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,102:131:99:13283,358,0 chrXIV 498360 . GTTTTT G 7129 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;FS=0.000;HaplotypeScore=74.8421;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.30;MQ0=0;QD=43.21;RPA=16,11;RU=T;SB=-2.715e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,119:165:99:7129,379,0 chrXIV 498639 . AT A 2793.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=132.0332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.19;MQ0=0;QD=20.25;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.190e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,129:138:99:2836,359,0 chrXIV 499497 . A ATT 2228.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=563.9770;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.17;MQ0=0;QD=26.54;RPA=9,11;RU=T;SB=-9.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,63:84:99:2271,196,0 chrXIV 499556 . GAA G 3851 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=795.6569;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.83;MQ0=0;QD=29.17;RPA=10,8;RU=A;SB=-1.665e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,120:131:99:3851,355,0 chrXIV 500770 . GT G 2053.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=408.2984;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.17;MQ0=0;QD=18.50;RPA=9,8;RU=T;SB=-9.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,101:111:99:2096,269,0 chrXIV 501129 . ATT A 3102.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=283.9133;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.28;MQ0=0;QD=25.43;RPA=12,10;RU=T;SB=-1.300e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,101:121:99:3145,298,0 chrXIV 502927 . C CAA 3828 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=165.3603;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.48;MQ0=0;QD=39.88;RPA=1,3;RU=A;SB=-1.353e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,82:96:99:3828,262,0 chrXIV 503013 . CAA C 1074.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.909;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=108.0474;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.227;QD=16.54;RPA=14,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.355;SB=-4.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,35:65:99:1117,109,0 chrXIV 503040 . CT C 287.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=160.9194;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.56;MQ0=0;QD=5.14;RPA=14,13;RU=T;SB=-1.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,20:56:49:330,49,0 chrXIV 506861 . G GCCACCAGCA 9821 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=208.6762;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.49;MQ0=0;QD=78.57;RPA=1,2;RU=CCACCAGCA;SB=-4.519e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,92:125:99:9821,283,0 chrXIV 507334 . TAG T 3899 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=387.0121;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.78;MQ0=0;QD=40.20;RPA=2,1;RU=AG;SB=-1.731e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,94:97:99:3899,271,0 chrXIV 510229 . AG A 2090.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=1093.7685;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.82;MQ0=0;QD=19.54;SB=-6.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,90:107:99:2133,277,0 chrXIV 510328 . CTT C 1321.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=583.5529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=12.47;RPA=15,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.804;SB=-6.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,53:106:99:1364,126,0 chrXIV 512431 . G GT 950.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=142.6730;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;QD=22.64;RPA=4,5;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,36:42:99:993,102,0 chrXIV 515416 . C CG 3987 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=467.7266;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.19;MQ0=0;QD=28.48;RPA=2,3;RU=G;SB=-1.548e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,128:140:99:3987,373,0 chrXIV 515710 . TA T 1775.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=420.0965;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.39;MQ0=0;QD=16.91;RPA=11,10;RU=A;SB=-4.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,85:105:99:1818,249,0 chrXIV 515752 . TG T 5098 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=515.9235;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.30;MQ0=0;QD=33.54;SB=-1.523e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,140:151:99:5098,424,0 chrXIV 515985 . CTCT C 6525 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.125;DP=223;FS=3.363;HaplotypeScore=320.0071;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.86;MQ0=2;MQRankSum=0.832;QD=29.26;RPA=9,8;RU=TCT;ReadPosRankSum=0.382;SB=-2.976e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:56,164:221:99:6525,440,0 chrXIV 516865 . AT A 928.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=123.0494;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.02;MQ0=0;QD=15.23;RPA=12,11;RU=T;SB=-3.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,50:61:99:971,134,0 chrXIV 517141 . TA T 2360.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=37.9960;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.64;MQ0=0;QD=20.53;RPA=8,7;RU=A;SB=-8.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,107:115:99:2403,305,0 chrXIV 517916 . AG A 4503 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=324.7883;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.67;MQ0=0;QD=32.40;SB=-1.956e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,139:139:99:4503,400,0 chrXIV 525277 . G GA 1863.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=783.5710;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.36;MQ0=0;QD=35.17;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,52:53:99:1906,159,0 chrXIV 525301 . G GTTT 3411 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=859.7353;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.97;MQ0=0;QD=51.68;RPA=2,5;RU=T;SB=-8.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,60:66:99:3411,196,0 chrXIV 525319 . T TAAG 3798 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=927.8970;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.62;MQ0=0;QD=47.48;RPA=1,2;RU=AAG;SB=-1.476e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,68:80:99:3798,223,0 chrXIV 525354 . C CT 3140.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=820.3667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.66;MQ0=0;QD=31.10;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.288e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,97:101:99:3183,292,0 chrXIV 525442 . GT G 3574 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=900.1095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.71;MQ0=0;QD=29.54;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.402e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,110:121:99:3574,328,0 chrXIV 525464 . T TG 3867 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=925.6626;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.38;MQ0=0;QD=29.30;RPA=2,3;RU=G;SB=-1.713e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,121:132:99:3867,361,0 chrXIV 527489 . CCAG C 4725 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=305.4893;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;QD=36.07;RPA=5,4;RU=CAG;SB=-2.110e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,91:131:99:4725,316,0 chrXIV 529352 . T TGACGATGACGACCGCAATGGCGGTGAA 24277 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=312.2985;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.65;MQ0=0;QD=164.03;SB=-9.605e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,19:148:99:24277,388,0 chrXIV 532456 . A AC 1164.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=45.3692;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.48;MQ0=0;QD=21.57;RPA=6,7;RU=C;SB=-4.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,43:53:99:1207,129,0 chrXIV 532584 . 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G GA 3485 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=495.6067;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.90;MQ0=0;QD=22.78;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.405e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,138:153:99:3485,381,0 chrXIV 559420 . GA G 4242 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=199;FS=0.000;HaplotypeScore=950.9141;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.69;MQ0=0;QD=21.32;RPA=7,6;RU=A;SB=-9.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,159:196:99:4242,521,0 chrXIV 559470 . CG C 6171 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=195;FS=0.000;HaplotypeScore=1176.6063;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.68;MQ0=0;QD=31.65;SB=-2.004e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,180:195:99:6171,536,0 chrXIV 559575 . G GTCA 9595 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=210;FS=0.000;HaplotypeScore=84.4301;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.03;MQ0=0;QD=45.69;RPA=1,2;RU=TCA;SB=-3.708e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,168:207:99:9595,563,0 chrXIV 560599 . AG A 3320 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=1161.6936;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.87;MQ0=0;QD=26.77;SB=-1.557e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,98:124:99:3320,350,0 chrXIV 560604 . TC T 4407 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=1131.9576;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.33;MQ0=0;QD=33.90;SB=-2.091e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,123:130:99:4407,364,0 chrXIV 560681 . GA G 3769 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=181;FS=0.000;HaplotypeScore=933.1514;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.24;MQ0=0;QD=20.82;RPA=8,7;RU=A;SB=-5.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,163:181:99:3769,473,0 chrXIV 567978 . A AT 178.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.849;DP=44;FS=18.543;HaplotypeScore=62.6424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.00;MQ0=31;MQRankSum=0.849;QD=4.07;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=2.700;SB=-4.675e-01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,10:13:64:218,0,64 chrXIV 568313 . TA T 2261.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.996;DP=141;FS=3.371;HaplotypeScore=64.9797;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.61;MQ0=1;MQRankSum=-0.843;QD=16.04;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.812;SB=-1.032e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,110:140:99:2304,309,0 chrXIV 570466 . TC T 142.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.666;DP=64;FS=15.563;HaplotypeScore=40.2992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=12.08;MQ0=36;MQRankSum=0.762;QD=2.23;ReadPosRankSum=1.179;SB=-2.943e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,42:9:49:182,0,49 chrXIV 573928 . CT C 243.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=166.0354;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=15.85;MQ0=8;QD=3.64;RPA=3,2;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,57:13:27:286,27,0 chrXIV 573991 . A AT 1579.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=684.4544;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.53;MQ0=0;QD=25.08;RPA=1,2;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,59:51:99:1622,151,0 chrXIV 573997 . C CG 1744.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=744.6918;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.43;MQ0=0;QD=26.85;RPA=2,3;RU=G;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,60:57:99:1787,165,0 chrXIV 574111 . TA T 1734.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=206.1947;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.73;MQ0=0;QD=14.58;RPA=7,6;RU=A;SB=-4.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,112:85:99:1777,216,0 chrXIV 577027 . TTCGGTGGTTAAACAA T 8116 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=32.5239;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.24;MQ0=0;QD=76.57;RPA=2,1;RU=TCGGTGGTTAAACAA;SB=-2.006e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,76:101:99:8116,193,0 chrXIV 598230 . G GC 1845.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=783.2893;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.55;MQ0=0;QD=27.97;RPA=2,3;RU=C;SB=-3.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,58:66:99:1888,174,0 chrXIV 598236 . G GA 1917.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=784.3785;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.01;MQ0=0;QD=30.44;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:63:99:1960,183,0 chrXIV 599354 . GA G 3800 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=227;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=386.9864;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.27;MQ0=6;QD=16.74;RPA=10,9;RU=A;SB=-1.746e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,189:221:99:3800,502,0 chrXIV 601783 . CG C 1387.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.752;DP=216;DS;FS=11.225;HaplotypeScore=247.5605;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.92;MQ0=53;MQRankSum=-3.136;QD=6.43;ReadPosRankSum=0.083;SB=-5.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:146,67:146:99:1427,0,2760 chrXIV 601858 . G GT 1113.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.156;DP=221;FS=4.380;HaplotypeScore=349.2823;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.45;MQ0=31;MQRankSum=1.036;QD=5.04;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.210;SB=-3.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:124,89:146:99:1153,0,1245 chrXIV 602388 . C CTT 1744.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=513.7858;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.61;MQ0=5;QD=16.46;RPA=7,9;RU=T;SB=-2.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:53,51:76:99:1787,155,0 chrXIV 602399 . TTTC T 3308 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=457.6871;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.83;MQ0=2;QD=50.12;SB=-4.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:63:99:3308,190,0 chrXIV 604387 . T TA 603.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=10.5864;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.57;MQ0=0;QD=15.89;RPA=10,11;RU=A;SB=-1.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,27:38:78:646,78,0 chrXIV 604649 . A AT 1769.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=21.6854;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.92;RPA=8,9;RU=T;SB=-6.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,68:74:99:1812,207,0 chrXIV 611709 . C CT 2428.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=38.6328;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.28;MQ0=0;QD=21.50;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.156e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,99:113:99:2471,273,0 chrXIV 619134 . A ACCAT 4188 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.332;DP=241;DS;FS=90.120;HaplotypeScore=2916.9812;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.90;MQ0=0;MQRankSum=-4.110;QD=17.38;ReadPosRankSum=0.780;SB=-1.113e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:144,2:241:99:4188,0,6071 chrXIV 627317 . GTACA G 4770 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=31.4464;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.49;MQ0=0;QD=50.74;RPA=2,1;RU=TACA;SB=-1.987e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,86:94:99:4770,250,0 chrXIV 627417 . C CATTAGATACTTTT 13973 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=36.0858;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.10;MQ0=0;QD=124.76;SB=-5.022e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,63:112:99:13973,298,0 chrXIV 628805 . A AC 302.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.085;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=148.6489;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.085;QD=13.17;RPA=1,2;RU=C;ReadPosRankSum=1.085;SB=-9.798e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,14:23:39:345,39,0 chrXIV 631823 . A AT 2758.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=380.9748;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.10;MQ0=0;QD=34.06;SB=-1.233e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:79:99:2801,223,0 chrXIV 632112 . ATTC A 2524.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=280.8397;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.53;MQ0=0;QD=41.39;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,51:58:99:2567,154,0 chrXIV 632246 . AT A 198.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.437;DP=47;FS=4.771;HaplotypeScore=136.0369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.86;MQ0=11;MQRankSum=2.186;QD=4.23;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=-1.003;SB=-3.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,15:28:99:238,0,573 chrXIV 635717 . GT G 1549.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.062;DP=129;FS=3.301;HaplotypeScore=333.7722;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.99;MQ0=0;MQRankSum=0.682;QD=12.02;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.216;SB=-4.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,88:129:47:1592,47,0 chrXIV 643444 . A ACC 4987 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=49.4208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.12;MQ0=0;QD=33.47;RPA=5,7;RU=C;SB=-2.164e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,134:149:99:4987,397,0 chrXIV 644217 . CTATA C 2815.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=110.3928;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;QD=34.76;RPA=10,8;RU=TA;SB=-7.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,51:81:99:2858,165,0 chrXIV 647314 . AT A 1513.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.392;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=62.4991;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.141;QD=11.65;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=1.057;SB=-7.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,89:130:99:1556,143,0 chrXIV 651855 . C CTT 950.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.595;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=123.4148;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.67;MQ0=0;MQRankSum=1.456;QD=27.17;ReadPosRankSum=1.595;SB=-4.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,20:34:71:993,71,0 chrXIV 651928 . A AAT 1688.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=552.1594;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.74;MQ0=0;QD=36.72;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,38:45:99:1731,123,0 chrXIV 651949 . G GTAT 2513.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=735.0746;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.53;MQ0=0;QD=46.55;RPA=1,2;RU=TAT;SB=-4.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,48:53:99:2556,156,0 chrXIV 651987 . TA T 1384.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=1056.5837;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.52;MQ0=0;QD=23.08;RPA=7,6;RU=A;SB=-3.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,58:59:99:1427,171,0 chrXIV 652015 . T TCCA 2207.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=913.5732;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.90;MQ0=0;QD=38.74;RPA=1,2;RU=CCA;SB=-6.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,42:56:99:2250,147,0 chrXIV 652058 . TC T 345.04 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.478;DP=45;FS=2.464;HaplotypeScore=836.7243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.11;MQ0=0;MQRankSum=0.064;QD=7.67;ReadPosRankSum=3.959;SB=-2.443e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,30:45:15:384,0,15 chrXIV 652060 . TGCTCGCTCTC T 2941.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.701;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=508.1975;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.07;MQ0=0;MQRankSum=1.015;QD=71.76;ReadPosRankSum=4.357;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,30:41:48:2981,0,48 chrXIV 652547 . A ACAGAAG 5440 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=112.4957;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.45;MQ0=0;QD=48.57;RPA=1,2;RU=CAGAAG;SB=-7.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,82:111:99:5440,244,0 chrXIV 653160 . T TATAC 8732 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=213;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=69.9975;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.99;MQ0=0;QD=41.00;RPA=3,4;RU=ATAC;SB=-2.535e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,167:213:99:8732,478,0 chrXIV 653306 . G GA 3509 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=425.4568;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.63;MQ0=0;QD=22.79;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.603e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,128:154:99:3509,384,0 chrXIV 654586 . A AATAT 1115.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.156;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=42.7772;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.300;QD=27.20;RPA=5,7;RU=AT;ReadPosRankSum=0.000;SB=-4.811e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,18:41:15:1157,15,0 chrXIV 661560 . G GA 3009.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=41.4880;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.82;MQ0=0;QD=23.70;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.429e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,102:127:99:3052,324,0 chrXIV 661737 . TA T 2334.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=88.8671;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.46;MQ0=0;QD=19.46;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.164e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,101:120:99:2377,288,0 chrXIV 661809 . G GT 3504 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=100.1429;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.08;MQ0=0;QD=24.50;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.740e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,135:143:99:3504,381,0 chrXIV 662249 . G GTTGTTC 9228 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.148;DP=235;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=90.8912;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.965;QD=39.27;RPA=5,6;RU=TTGTTC;ReadPosRankSum=0.272;SB=-2.792e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:92,142:235:99:9228,348,0 chrXIV 662666 . CA C 2244.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=55.2169;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.46;MQ0=0;QD=21.18;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.063e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,93:106:99:2287,287,0 chrXIV 662768 . GAAA G 3564 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=704.0468;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.92;MQ0=0;QD=31.54;RPA=16,13;RU=A;SB=-1.037e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,88:113:99:3564,262,0 chrXIV 662793 . TC T 3771 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=900.2214;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.45;MQ0=0;QD=29.46;RPA=2,1;RU=C;SB=-1.417e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,117:128:99:3771,361,0 chrXIV 662853 . GA G 2248.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.297;DP=148;FS=2.676;HaplotypeScore=635.7672;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.59;MQ0=0;MQRankSum=0.743;QD=15.20;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=2.051;SB=-8.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,116:148:99:2291,289,0 chrXIV 663597 . ACTCT A 5430 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=47.7633;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.42;MQ0=0;QD=44.88;RPA=7,5;RU=CT;SB=-2.596e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,84:120:99:5430,301,0 chrXIV 663746 . C CA 2491.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.070;DP=133;FS=3.560;HaplotypeScore=63.0251;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.139;QD=18.74;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.670;SB=-1.261e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,116:133:99:2534,195,0 chrXIV 664062 . C CT 5329 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=550.7016;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.66;MQ0=0;QD=33.94;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.735e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,154:157:99:5329,445,0 chrXIV 664986 . G GTCTTT 5656 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=680.4027;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.65;MQ0=0;QD=49.61;RPA=1,2;RU=TCTTT;SB=-2.494e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,89:114:99:5656,256,0 chrXIV 665296 . C CAG 8758 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=231;FS=0.000;HaplotypeScore=474.6098;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.36;MQ0=0;QD=37.91;RPA=1,2;RU=AG;SB=-2.888e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,216:231:99:8758,617,0 chrXIV 667313 . A AT 184.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=64.3449;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.81;MQ0=0;QD=6.85;RPA=9,10;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,12:27:27:227,27,0 chrXIV 668115 . AT A 2635.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=305.9562;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.17;MQ0=0;MQRankSum=0.770;QD=21.09;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=-0.834;SB=-1.000e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:76,45:125:99:2678,315,0 chrXIV 668274 . G GA 2432.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.293;DP=136;FS=9.533;HaplotypeScore=170.1941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=0.104;QD=17.89;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.481;SB=-1.118e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,98:136:99:2475,253,0 chrXIV 674780 . AT A 2325.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.008;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=79.3102;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=1.229;QD=15.20;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.059;SB=-9.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,119:153:99:2368,281,0 chrXIV 678603 . GAAAAA G 1955.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=19.8711;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.54;MQ0=0;QD=54.33;RPA=15,10;RU=A;SB=-1.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,34:36:99:1998,102,0 chrXIV 687218 . CAA C 2840.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.295;DP=125;FS=4.906;HaplotypeScore=215.1340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.40;MQ0=0;MQRankSum=1.338;QD=22.73;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.045;SB=-1.246e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,96:125:99:2883,273,0 chrXIV 690071 . ATTT A 2943.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=43.3816;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.00;MQ0=1;QD=28.86;RPA=14,11;RU=T;SB=-1.271e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,72:101:99:2986,225,0 chrXIV 691292 . TA T 2737.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=297.3424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.01;MQ0=0;QD=21.39;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.067e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,116:128:99:2780,338,0 chrXIV 691436 . A AT 2536.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=34.9507;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;QD=26.15;RPA=4,5;RU=T;SB=-8.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,84:97:99:2579,261,0 chrXIV 691534 . G GA 1864.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=96.7419;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.46;MQ0=0;QD=23.31;RPA=7,8;RU=A;SB=-5.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,67:80:99:1907,213,0 chrXIV 692520 . CAAA C 4563 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=75.3452;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=31.25;RPA=14,11;RU=A;SB=-1.800e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,113:146:99:4563,366,0 chrXIV 692960 . CTTT C 4610 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=65.1063;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.23;MQ0=0;QD=30.73;RPA=13,10;RU=T;SB=-1.728e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,123:150:99:4610,345,0 chrXIV 694232 . TG T 1053.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=151.4651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.14;MQ0=0;QD=22.42;SB=-7.900e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,46:47:90:1096,90,0 chrXIV 697531 . A AT,ATT 2994.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.588;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=60.3105;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=0.254;QD=21.55;RPA=11,12,13;RU=T;ReadPosRankSum=1.184;SB=-1.089e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:25,25,86:139:99:3073,1739,1487,416,0,198 chrXIV 701530 . GGGA G 6670 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=231;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=456.2939;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.92;MQ0=0;QD=28.87;RPA=6,5;RU=GGA;SB=-2.932e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:55,173:231:99:6670,469,0 chrXIV 703106 . TTTTTC T 6409 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=378.2035;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.18;MQ0=0;QD=44.51;RPA=4,3;RU=TTTTC;SB=-2.288e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,121:143:99:6409,334,0 chrXIV 708439 . C CG 7578 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=224;FS=0.000;HaplotypeScore=77.4473;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.67;MQ0=0;QD=33.83;SB=-3.243e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,214:224:99:7578,614,0 chrXIV 711232 . AT A 928.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.067;DP=95;FS=3.938;HaplotypeScore=184.4294;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.133;QD=9.78;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.333;SB=-3.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,53:95:99:971,128,0 chrXIV 711251 . AT A 1790.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.535;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=165.2280;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.364;QD=19.68;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=-1.518;SB=-9.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,77:91:99:1833,216,0 chrXIV 711336 . A ATC 5476 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=228.7729;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.34;MQ0=0;QD=39.97;SB=-2.141e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,126:137:99:5476,385,0 chrXIV 711615 . AT A 3983 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=189;FS=0.000;HaplotypeScore=64.7685;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=21.07;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.743e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,172:189:99:3983,485,0 chrXIV 713938 . GT G 1335.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.278;DP=112;FS=12.498;HaplotypeScore=194.6456;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.84;MQ0=0;MQRankSum=0.099;QD=11.93;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.219;SB=-6.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,77:112:99:1378,113,0 chrXIV 716022 . G GA 3510 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=295.5493;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;QD=27.64;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.751e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,124:127:99:3510,358,0 chrXIV 716416 . CTT C 1270.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.655;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=32.0045;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=0.192;QD=17.90;RPA=14,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.193;SB=-2.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,48:71:99:1313,115,0 chrXIV 716653 . AT A 1076.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=102.3313;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.45;MQ0=0;QD=20.71;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,45:52:99:1119,132,0 chrXIV 716675 . GT G 716.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=146.4669;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.71;MQ0=0;QD=15.25;RPA=9,8;RU=T;SB=-7.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,35:47:99:759,99,0 chrXIV 716710 . AT A 660.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=97.6310;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.09;MQ0=0;QD=15.02;RPA=11,10;RU=T;SB=-3.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,37:44:95:703,95,0 chrXIV 718580 . CAAA C 2541.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=60.6213;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.77;MQ0=0;QD=33.89;RPA=11,8;RU=A;SB=-1.015e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,65:75:99:2584,189,0 chrXIV 718835 . CT C 3499 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=273.0650;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.53;MQ0=0;QD=32.10;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.426e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,108:109:99:3499,319,0 chrXIV 719304 . C CTT 3140.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=63.6492;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.01;MQ0=0;QD=23.80;RPA=10,12;RU=T;SB=-1.059e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,92:131:99:3183,290,0 chrXIV 720276 . CTGTTGCTGCTGTTGT C 15484 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.431;DP=243;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=120.8312;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.84;MQ0=0;MQRankSum=0.512;QD=63.72;RPA=2,1;RU=TGTTGCTGCTGTTGT;ReadPosRankSum=0.605;SB=-7.473e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:99,141:243:99:15484,128,0 chrXIV 721059 . GA G 1132.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=61.5673;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.61;MQ0=0;QD=16.42;RPA=10,9;RU=A;SB=-5.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,53:69:99:1175,158,0 chrXIV 721791 . GAA G 2849.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.056;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=293.1328;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.056;QD=25.00;RPA=11,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.317;SB=-6.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,93:114:99:2892,274,0 chrXIV 721916 . T TAAAAA 1405.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=143.4548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.39;MQ0=0;QD=20.38;RPA=15,20;RU=A;SB=-6.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,25:67:99:1448,118,0 chrXIV 722231 . GA G 2171.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=274.1863;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.76;MQ0=0;QD=20.69;RPA=10,9;RU=A;SB=-8.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,96:105:99:2214,275,0 chrXIV 725343 . GCCAAA G 6488 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=442.0777;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.94;MQ0=0;QD=56.42;RPA=2,1;RU=CCAAA;SB=-2.431e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,103:113:99:6488,298,0 chrXIV 725530 . T TA 3761 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=624.5477;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.28;MQ0=0;QD=28.93;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.824e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,120:130:99:3761,349,0 chrXIV 725644 . A ATT 2774.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=99.2277;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.20;MQ0=1;QD=21.51;RPA=10,12;RU=T;SB=-1.243e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:48,70:127:99:2817,281,0 chrXIV 726121 . TA T 1825.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.190;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=279.6405;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.397;QD=18.44;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=1.690;SB=-7.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,88:97:99:1868,234,0 chrXIV 726426 . GCATGAT G 698.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=309.7287;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.98;MQ0=0;QD=58.25;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,11:9:27:741,27,0 chrXIV 726437 . AT A 155.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=364.0349;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.50;MQ0=4;QD=9.75;RPA=4,3;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,11:9:26:198,26,0 chrXIV 726445 . TAA T 298.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=349.7459;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.02;MQ0=9;QD=14.95;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,11:9:27:341,27,0 chrXIV 727428 . G GT 2365.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=210.1370;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.41;MQ0=0;QD=28.51;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.061e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,81:83:99:2408,223,0 chrXIV 727482 . A AT 1461.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=278.2820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.27;MQ0=0;QD=24.78;RPA=1,2;RU=T;SB=-6.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,47:59:99:1504,129,0 chrXIV 733250 . CA C 4173 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=221;FS=0.000;HaplotypeScore=1050.3334;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.49;MQ0=0;QD=18.88;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.477e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,190:221:99:4173,521,0 chrXIV 742505 . C CA 2470.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=665.2095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.46;MQ0=0;QD=21.87;RPA=6,7;RU=A;SB=-9.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,94:113:99:2513,273,0 chrXIV 742787 . AG A 5491 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=174;FS=0.000;HaplotypeScore=750.8330;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.28;MQ0=0;QD=31.56;SB=-2.739e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,168:174:99:5491,478,0 chrXIV 743946 . G GA 2000.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=623.3226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.66;MQ0=0;QD=26.68;RPA=4,5;RU=A;SB=-7.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,72:75:99:2043,210,0 chrXIV 744080 . GCA G 1409.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=407.8083;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.96;MQ0=0;QD=28.20;RPA=3,2;RU=CA;SB=-2.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,36:50:99:1452,111,0 chrXIV 746165 . CT C 2438.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=129.9933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.54;MQ0=0;QD=29.74;RPA=3,2;RU=T;SB=-8.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,79:82:99:2481,229,0 chrXIV 746279 . AT A 1170.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=949.6924;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.33;MQ0=0;QD=16.73;RPA=11,10;RU=T;SB=-2.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,54:70:99:1213,147,0 chrXIV 746408 . A AGC 2141.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=1090.5671;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.14;MQ0=0;QD=31.50;SB=-9.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,49:68:99:2184,189,0 chrXIV 746410 . T TGCACTA 3809 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=674.6251;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=73.25;SB=-1.858e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:52:99:3809,148,0 chrXIV 746780 . T TA 1953.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.345;DP=121;FS=5.870;HaplotypeScore=420.0138;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.560;QD=16.15;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.250;SB=-9.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,95:121:99:1996,189,0 chrXIV 751266 . GT G 170.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.030;DP=22;FS=39.035;HaplotypeScore=136.7045;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.48;MQ0=2;MQRankSum=3.200;QD=7.77;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=1.464;SB=-3.002e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,8:20:99:210,0,174 chrXIV 751271 . G GA 182.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.468;DP=19;FS=38.085;HaplotypeScore=118.4770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.02;MQ0=2;MQRankSum=3.308;QD=9.63;ReadPosRankSum=0.473;SB=-2.977e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,8:16:99:222,0,264 chrXIV 755112 . T TA 2436.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.552;DP=122;FS=3.590;HaplotypeScore=39.9395;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.35;MQ0=1;MQRankSum=0.217;QD=19.98;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.263;SB=-1.051e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,107:111:99:2479,268,0 chrXIV 755314 . TG T 3167.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=353.1698;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.19;MQ0=0;QD=28.04;RPA=4,3;RU=G;SB=-1.385e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,106:113:99:3210,307,0 chrXIV 755415 . G GATTTGT 6013 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=753.8194;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.18;MQ0=3;QD=52.75;SB=-2.549e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,99:80:99:6013,223,0 chrXIV 759613 . TTAAG T 7868 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=476.2066;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.78;MQ0=0;QD=57.43;SB=-3.401e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,133:137:99:7868,391,0 chrXIV 763294 . G GT 3551 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=199.2041;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.97;MQ0=0;QD=24.66;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.477e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,134:144:99:3551,378,0 chrXIV 764741 . GAT G 1487.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=65.7009;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.37;MQ0=0;QD=25.22;RPA=9,8;RU=AT;SB=-7.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,44:59:99:1530,132,0 chrXIV 769584 . TATG T 5450 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=172.5245;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.65;MQ0=0;QD=41.60;RPA=3,2;RU=ATG;SB=-2.419e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,116:131:99:5450,334,0 chrXIV 771494 . T TC 7994 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=248;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=527.3964;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=1.641;QD=32.23;ReadPosRankSum=1.656;SB=-3.310e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,241:248:99:7994,665,0 chrXIV 772580 . G GTAT 2808.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=436.9285;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.66;MQ0=0;QD=41.31;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,66:64:99:2851,162,0 chrXIV 774549 . A AT 107.98 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.589;DP=22;FS=6.021;HaplotypeScore=39.5801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.36;MQ0=4;MQRankSum=1.109;QD=4.91;RPA=18,19;RU=T;ReadPosRankSum=-0.370;SB=0.499;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,10:15:22:147,0,22 chrXIV 776300 . TA T 1751.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.712;DP=114;FS=93.119;HaplotypeScore=317.8184;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.57;MQ0=2;MQRankSum=1.477;QD=15.37;ReadPosRankSum=1.661;SB=-5.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,57:110:99:1791,0,731 chrXIV 776346 . CTGATTATTTT C 4280 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=378.4631;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.15;MQ0=1;QD=65.85;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,45:64:99:4280,159,0 chrXIV 776990 . A AG 4107 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=66.4445;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;QD=31.84;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.719e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,125:129:99:4107,355,0 chrXIV 777553 . AATATATAT A 1334.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=15.4919;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.86;MQ0=0;QD=43.06;RPA=13,9;RU=AT;SB=-9.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,14:31:45:1377,45,0 chrXIV 778850 . TGCA T 5874 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=825.2153;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.79;MQ0=0;QD=42.57;RPA=2,1;RU=GCA;SB=-2.490e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,123:138:99:5874,355,0 chrXIV 779308 . CA C 923.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.551;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=1019.1070;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.417;QD=7.83;RPA=24,23;RU=A;ReadPosRankSum=0.617;SB=-3.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:52,55:118:99:966,140,0 chrXIV 779375 . GAA G 4127 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=473.9819;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.62;MQ0=0;QD=31.99;RPA=6,4;RU=A;SB=-1.936e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,116:129:99:4127,337,0 chrXIV 781185 . AG A 462.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=281.5106;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=17.15;RPA=7,6;RU=G;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:27:57:505,57,0 chrXIV 781252 . A AATT 1147.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=135.6292;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.43;MQ0=0;QD=52.18;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:21:63:1190,63,0 chrXIV 781719 . G GA 1978.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.192;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=1419.2544;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.87;MQ0=4;MQRankSum=1.934;QD=21.98;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.731;SB=-3.193e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,72:85:21:2020,21,0 chrXIV 783577 . AG A 3424 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.028;DP=165;FS=0.000;HaplotypeScore=2187.0493;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.46;MQ0=19;MQRankSum=-0.602;QD=20.75;ReadPosRankSum=2.269;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,145:111:99:3424,210,0 chrXIV 783594 . GAGTGC G 5874 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.700;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=1800.7150;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.47;MQ0=13;MQRankSum=0.335;QD=43.51;ReadPosRankSum=2.102;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,94:99:99:5874,235,0 chrXIV 783618 . G GT 1131.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.892;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=1946.4588;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.02;MQ0=6;MQRankSum=2.862;QD=11.92;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=-0.927;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,42:79:99:1171,0,959 chrXIV 783627 . GTA G 659.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.977;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=1679.8687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.09;MQ0=3;MQRankSum=2.349;QD=8.92;RPA=3,2;RU=TA;ReadPosRankSum=-1.983;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,20:65:99:699,0,1005 chrXIV 783767 . T TA 5423 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=590.3406;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.70;MQ0=4;QD=35.44;SB=-1.492e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,150:140:99:5423,418,0 chrXIV 783875 . T TG 1653.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.371;DP=189;FS=1.361;HaplotypeScore=4862.8432;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.82;MQ0=1;MQRankSum=-0.393;QD=8.75;RPA=2,3;RU=G;ReadPosRankSum=1.038;SB=-6.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:124,65:164:78:1693,0,78 chrXIV 783877 . G GC 1743.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.320;DP=199;FS=2.082;HaplotypeScore=5125.3331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.98;MQ0=1;MQRankSum=1.279;QD=8.76;ReadPosRankSum=3.527;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:146,49:172:99:1783,0,1006 chrXIV 783879 . T TGGTGGTAGTA 8786 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.271;DP=195;FS=165.678;HaplotypeScore=4998.9047;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.98;MQ0=1;MQRankSum=-6.878;QD=45.06;ReadPosRankSum=2.509;SB=-5.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:150,45:169:99:8786,0,2772 chrXIV 783883 . G GGTA 7578 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.282;DP=225;FS=9.904;HaplotypeScore=5841.6804;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.89;MQ0=1;MQRankSum=-2.020;QD=33.68;RPA=1,2;RU=GTA;ReadPosRankSum=0.602;SB=-2.084e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:132,92:196:99:7578,446,0 chrXIV 783908 . T TG 4710 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.034;DP=250;DS;FS=125.265;HaplotypeScore=5957.6933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.22;MQ0=0;MQRankSum=-3.712;QD=18.84;RPA=2,3;RU=G;ReadPosRankSum=-0.675;SB=-1.011e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,184:218:99:4710,0,353 chrXIV 783943 . TG T 4553 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.305;DP=250;DS;FS=118.303;HaplotypeScore=6184.7713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.34;MQ0=0;MQRankSum=0.765;QD=18.21;RPA=4,3;RU=G;ReadPosRankSum=3.150;SB=-1.419e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,170:231:99:4553,0,245 chrXIV 783983 . TTATCA TATATCA,T 4845 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.642;DP=236;DS;FS=96.798;HaplotypeScore=6052.2711;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=26.95;MQ0=0;MQRankSum=2.090;QD=20.53;ReadPosRankSum=0.412;SB=-1.506e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:46,0,16:215:99:4845,813,1800,3971,0,6134 chrXIV 784036 . TAGTG T,TTG 1388.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.355;DP=117;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=2450.8504;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=24.61;MQ0=1;MQRankSum=2.014;QD=11.87;ReadPosRankSum=0.487;SB=-6.927e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:78,27,0:105:99:1467,400,693,720,0,662 chrXIV 784039 . T TGG 1606.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.995;DP=117;DS;FS=25.183;HaplotypeScore=2422.0347;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.50;MQ0=1;MQRankSum=2.209;QD=13.73;RPA=1,3;RU=G;ReadPosRankSum=0.790;SB=-4.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,26:104:99:1646,0,364 chrXIV 784072 . TG T 471.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.877;DP=96;DS;FS=1.594;HaplotypeScore=1130.5382;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.68;MQ0=4;MQRankSum=0.089;QD=4.92;RPA=3,2;RU=G;ReadPosRankSum=0.877;SB=-9.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,23:81:99:511,0,464 chrXV 84 . A AC 329.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.595;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=976.1633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.81;MQ0=1;MQRankSum=1.443;QD=6.73;RPA=2,3;RU=C;ReadPosRankSum=-2.051;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,12:46:99:369,0,386 chrXV 96 . CA C 189.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.719;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=884.5760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.50;MQ0=1;MQRankSum=0.218;QD=4.87;ReadPosRankSum=0.099;SB=-8.001e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,9:36:99:229,0,204 chrXV 98 . C CA 932.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=754.9318;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.36;MQ0=1;QD=26.66;SB=-1.000e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,14:33:82:975,82,0 chrXV 108 . AC A 22 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.170;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=729.3037;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.41;MQ0=0;MQRankSum=0.864;QD=0.81;ReadPosRankSum=3.923;SB=-1.000e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,9:27:61:61,0,348 chrXV 113 . C CT 290.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.561;DP=26;FS=10.000;HaplotypeScore=744.0155;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.21;MQ0=0;MQRankSum=0.867;QD=11.19;ReadPosRankSum=1.561;SB=-3.300e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,10:26:35:333,35,0 chrXV 136 . G GA 499.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.183;DP=44;FS=9.936;HaplotypeScore=915.6187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.22;MQ0=0;MQRankSum=0.117;QD=11.36;ReadPosRankSum=0.183;SB=-2.695e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,18:36:99:539,0,168 chrXV 211 . CA C 2067.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.924;DP=134;FS=39.564;HaplotypeScore=2802.9991;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.50;MQ0=0;MQRankSum=-4.176;QD=15.43;ReadPosRankSum=1.421;SB=-2.435e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,83:107:12:2109,12,0 chrXV 492 . CTA C 3233.06 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.564;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=1075.3164;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.72;MQ0=2;MQRankSum=-0.303;QD=30.79;RPA=2,1;RU=TA;ReadPosRankSum=5.240;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,89:92:50:3275,0,50 chrXV 548 . TC T 3280 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-9.939;DP=184;FS=2.705;HaplotypeScore=1738.9070;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.63;MQ0=3;MQRankSum=0.060;QD=17.83;ReadPosRankSum=2.026;SB=-5.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,106:162:99:3280,0,1910 chrXV 564 . T TGCC 2462.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.472;DP=192;FS=3.918;HaplotypeScore=1946.3995;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.35;MQ0=3;MQRankSum=1.193;QD=12.83;ReadPosRankSum=-7.348;SB=-6.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:120,65:167:99:2502,0,5339 chrXV 722 . A AC 736.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=413.7514;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.72;MQ0=2;QD=26.32;SB=-3.800e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,25:20:60:779,60,0 chrXV 11266 . GT G 172.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=196.7325;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.51;MQ0=8;QD=10.76;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,7:8:18:214,18,0 chrXV 11472 . C CA 201.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=54.2732;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.46;MQ0=1;QD=20.20;RPA=7,8;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:9:27:244,27,0 chrXV 11483 . GT G 196.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=54.7327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.46;MQ0=1;QD=19.70;RPA=6,5;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,9:9:27:239,27,0 chrXV 24742 . GC G 581.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.321;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=1355.0692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.082;QD=5.88;ReadPosRankSum=-0.023;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,26:75:99:621,0,1809 chrXV 24746 . A AAT 753.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.682;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=1397.1939;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.22;MQ0=0;MQRankSum=1.461;QD=7.54;RPA=1,2;RU=AT;ReadPosRankSum=0.976;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,26:78:99:793,0,1945 chrXV 24768 . GA G 1412.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.790;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=1717.2292;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.06;MQ0=0;MQRankSum=0.780;QD=12.08;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=2.542;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,56:108:99:1452,0,1281 chrXV 24820 . T TTC 5395 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=1850.9930;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.94;MQ0=0;QD=41.18;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,110:122:99:5395,343,0 chrXV 24850 . CT C 1177.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=1574.1089;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.96;MQ0=0;QD=11.11;RPA=8,7;RU=T;SB=-2.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,76:83:99:1220,152,0 chrXV 24868 . AG A 1548.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=1277.2200;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.35;MQ0=0;QD=17.21;RPA=4,3;RU=G;SB=-7.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,79:66:99:1591,147,0 chrXV 24899 . G GAC 954.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.040;DP=57;FS=5.915;HaplotypeScore=1209.0524;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.97;MQ0=0;MQRankSum=1.834;QD=16.75;ReadPosRankSum=2.781;SB=-1.335e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,10:40:12:996,12,0 chrXV 24905 . T TC 271.99 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.791;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=376.1476;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=1.107;QD=22.67;ReadPosRankSum=1.423;SB=-3.997e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,11:12:24:314,24,0 chrXV 24911 . A AC 59.01 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=416.8921;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=5.36;SB=-1.695e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:11:22:101,22,0 chrXV 24912 . ATGTAAACTC A 660.99 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=291.9521;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=82.62;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:8:24:703,24,0 chrXV 24933 . A AT 2097.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.306;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=1658.8501;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.83;MQ0=0;MQRankSum=0.453;QD=30.41;ReadPosRankSum=0.879;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,66:68:99:2140,163,0 chrXV 24994 . C CA 2346.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.385;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=1929.6647;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.243;QD=29.71;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=1.022;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,74:79:99:2389,181,0 chrXV 31253 . A AGGG 279.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1962;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.01;MQ0=0;QD=46.52;RPA=1,4;RU=G;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18:321,18,0 chrXV 31521 . CTGT C 10714 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=220;FS=0.000;HaplotypeScore=461.8325;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.58;MQ0=0;QD=48.70;SB=-4.084e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,213:220:99:10714,605,0 chrXV 32096 . A AT 5270 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=178;FS=0.000;HaplotypeScore=348.4728;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.69;MQ0=1;QD=29.61;RPA=2,3;RU=T;SB=-2.336e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,162:177:99:5270,478,0 chrXV 32161 . GA G 5172 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=184;FS=0.000;HaplotypeScore=780.9806;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.10;MQ0=1;QD=28.11;RPA=5,4;RU=A;SB=-2.512e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,171:183:99:5172,487,0 chrXV 32351 . TA T 3761 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=167;FS=0.000;HaplotypeScore=1601.5049;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.14;MQ0=0;QD=22.52;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.605e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,136:167:99:3761,414,0 chrXV 32396 . G GT 3020.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.376;DP=111;FS=6.833;HaplotypeScore=1456.6482;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.490;QD=27.22;ReadPosRankSum=1.971;SB=-1.449e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,105:111:99:3063,310,0 chrXV 32775 . G GTTCT 6021 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=676.3842;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.63;MQ0=0;QD=52.82;RPA=1,2;RU=TTCT;SB=-2.861e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,94:114:99:6021,304,0 chrXV 32815 . C CTT 4875 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=1160.5308;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.84;MQ0=0;QD=41.31;RPA=1,3;RU=T;SB=-1.783e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,106:118:99:4875,337,0 chrXV 37833 . ACCGCTTGACT A 20090 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=201;FS=0.000;HaplotypeScore=60.5527;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.97;MQ0=0;QD=99.95;SB=-8.330e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,177:201:99:20090,515,0 chrXV 43012 . TGTTTCTTCCAAATATATCCATGCTCTCGGTGTGCCACTTCTGGG T 5711 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=96.5540;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.48;MQ0=0;QD=63.46;SB=-2.539e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:58,30:90:81:5711,81,0 chrXV 43492 . TG T 2885.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=732.2411;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.37;MQ0=0;QD=27.75;SB=-1.283e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:104:99:2928,283,0 chrXV 45897 . AATT A 896.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=32.6968;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.31;MQ0=0;QD=25.63;RPA=7,6;RU=ATT;SB=-4.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,25:35:63:939,63,0 chrXV 48857 . AGAAAG A 10400 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=40.4132;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=67.10;SB=-5.006e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,148:155:99:10400,433,0 chrXV 54269 . AATC A 8413 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=184;FS=0.000;HaplotypeScore=534.8166;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.93;MQ0=0;QD=45.72;RPA=2,1;RU=ATC;SB=-3.551e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,172:184:99:8413,491,0 chrXV 55102 . CATACTGCGTT C 6033 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=96.4392;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.60;MQ0=0;QD=42.79;RPA=4,3;RU=ATACTGCGTT;SB=-7.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:80,61:141:99:6033,184,0 chrXV 60061 . GTT G 2749.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=539.7900;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.09;MQ0=0;QD=25.94;RPA=13,11;RU=T;SB=-8.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,83:104:99:2792,262,0 chrXV 63080 . AT A 1378.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.832;DP=144;FS=1.522;HaplotypeScore=894.0011;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=1.166;QD=9.58;ReadPosRankSum=7.357;SB=-6.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,90:144:99:1418,0,451 chrXV 63082 . CAT C 2389.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.392;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=796.2726;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.22;MQ0=0;MQRankSum=1.065;QD=16.60;ReadPosRankSum=6.955;SB=-1.210e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,90:144:99:2429,0,156 chrXV 70751 . CT C 3121.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.404;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=165.8620;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.53;MQ0=0;MQRankSum=0.404;QD=19.51;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.524;SB=-1.303e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,139:160:99:3164,384,0 chrXV 77349 . GAT G 3826 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=625.3936;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.14;MQ0=0;QD=36.44;RPA=3,2;RU=AT;SB=-1.666e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,91:105:99:3826,283,0 chrXV 77390 . TA T 3100.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=966.2652;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.85;MQ0=0;QD=26.50;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.261e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,111:117:99:3143,336,0 chrXV 79301 . AG A 5078 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=199;FS=0.000;HaplotypeScore=1888.3041;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.20;MQ0=0;QD=25.52;SB=-1.225e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,170:198:99:5078,548,0 chrXV 79305 . T TA 5626 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=187;FS=0.000;HaplotypeScore=1724.1421;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.21;MQ0=0;QD=30.09;SB=-1.672e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,170:186:99:5626,544,0 chrXV 79521 . C CT 3053.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.279;DP=181;DS;FS=1.871;HaplotypeScore=170.5685;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.36;MQ0=0;MQRankSum=0.775;QD=16.87;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.979;SB=-1.226e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,143:181:99:3096,289,0 chrXV 81284 . GC G 3154.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=322.6748;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.02;MQ0=0;QD=35.45;SB=-8.000e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:3197,253,0 chrXV 81378 . AT A 1914.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=699.4622;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.52;MQ0=0;QD=30.40;RPA=3,2;RU=T;SB=-6.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,58:63:99:1957,171,0 chrXV 81640 . ATG A 4114 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.595;DP=174;FS=0.000;HaplotypeScore=98.7093;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=0.852;QD=23.64;RPA=9,8;RU=TG;ReadPosRankSum=0.935;SB=-1.422e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,134:174:99:4114,358,0 chrXV 83124 . TG T 3325 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=100.7200;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.27;MQ0=0;QD=34.28;SB=-9.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:97:99:3325,283,0 chrXV 83323 . CCGTAT C 6659 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=525.3755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.10;MQ0=0;QD=60.54;SB=-3.313e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,88:110:99:6659,283,0 chrXV 83362 . C CGA 4418 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=660.9027;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.65;MQ0=0;QD=38.75;RPA=2,3;RU=GA;SB=-1.911e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,105:114:99:4418,316,0 chrXV 85382 . CTTT C 1189.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.634;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=55.0585;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.040;QD=20.88;RPA=15,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.644;SB=-5.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,39:57:81:1232,81,0 chrXV 94096 . AT A 4426 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=203.4511;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.51;MQ0=0;QD=30.52;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.803e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,142:145:99:4426,400,0 chrXV 94613 . GAA G 1971.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.566;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=620.7263;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.713;QD=22.16;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.718;SB=-7.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,62:89:99:2014,192,0 chrXV 94666 . A AT 3211.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=1057.7609;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.04;MQ0=0;QD=29.74;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.588e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,103:106:99:3254,301,0 chrXV 94815 . ACCCCCC A 5189 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=457.6950;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.92;MQ0=0;QD=58.30;RPA=14,8;RU=C;SB=-1.628e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,65:87:99:5189,205,0 chrXV 103993 . GTTT G 6018 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=451.2043;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.96;MQ0=0;QD=39.08;RPA=9,6;RU=T;SB=-2.422e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,139:154:99:6018,409,0 chrXV 106323 . AAT A 2661.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=81.0276;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.55;MQ0=0;QD=27.16;RPA=7,6;RU=AT;SB=-1.044e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,79:98:99:2704,223,0 chrXV 110848 . A ATAG 784.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=243.9113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.11;MQ0=0;QD=49.06;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:16:48:827,48,0 chrXV 113874 . AT A 940.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=80.8677;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.32;MQ0=0;QD=15.18;RPA=9,8;RU=T;SB=-4.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,41:62:99:983,123,0 chrXV 113935 . CA C 2429.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=74.0824;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=32.40;RPA=3,2;RU=A;SB=-9.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:75:99:2472,214,0 chrXV 135891 . G GT 3353 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=44.0617;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.12;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.601e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,120:139:99:3353,372,0 chrXV 141471 . G GAA,GA 1275.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=55.6859;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.05;MQ0=0;QD=14.02;RPA=15,17,16;RU=A;SB=-4.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:36,36,12:91:99:1354,241,103,718,0,572 chrXV 145176 . C CT 807.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.034;DP=57;FS=6.562;HaplotypeScore=51.7655;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.148;QD=14.17;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=-0.148;SB=-3.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,30:57:92:850,92,0 chrXV 160743 . CT C 3717 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=181;FS=0.000;HaplotypeScore=52.3941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=20.54;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.570e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,163:181:99:3717,446,0 chrXV 180517 . AT A 3603 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=390.2380;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.92;MQ0=0;QD=27.09;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.570e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,130:133:99:3603,364,0 chrXV 185731 . A AAAC 4305 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=26.9074;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.55;MQ0=0;QD=45.32;RPA=1,2;RU=AAC;SB=-1.997e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,87:95:99:4305,256,0 chrXV 189467 . ATT A 1625.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.328;DP=80;FS=3.054;HaplotypeScore=219.4823;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.58;MQ0=0;MQRankSum=0.141;QD=20.32;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=2.109;SB=-7.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,61:80:99:1668,153,0 chrXV 193685 . T TTTC 6489 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=188;FS=0.000;HaplotypeScore=271.4707;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.49;MQ0=0;QD=34.52;RPA=1,2;RU=TTC;SB=-2.980e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,130:187:99:6489,445,0 chrXV 194895 . C CAA 2315.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=91.7335;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.68;MQ0=0;QD=21.44;RPA=12,14;RU=A;SB=-8.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,71:108:99:2358,229,0 chrXV 200319 . TC T 1974.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=88.0846;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.98;MQ0=0;QD=25.32;RPA=5,4;RU=C;SB=-5.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,63:78:99:2017,198,0 chrXV 205949 . CT C 4224 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=1008.2449;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.65;MQ0=0;QD=32.49;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.842e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,123:130:99:4224,352,0 chrXV 213870 . C CA 880.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.764;DP=62;FS=3.099;HaplotypeScore=152.3745;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.77;MQ0=0;MQRankSum=0.237;QD=14.21;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=0.975;SB=-2.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,32:62:99:923,113,0 chrXV 216270 . GGTC G 7614 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=483.3420;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.38;MQ0=0;QD=47.00;RPA=2,1;RU=GTC;SB=-3.446e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,148:162:99:7614,439,0 chrXV 216898 . ATTT AT,A 462.94 filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.595;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=30.0214;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.43;MQ0=0;MQRankSum=0.795;QD=6.26;RPA=18,16,15;RU=T;ReadPosRankSum=3.595;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:43,0,8:74:87:541,122,87,198,0,225 chrXV 224209 . A ATGTG 2583.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=191.9532;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.80;MQ0=0;QD=57.42;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,42:45:99:2626,129,0 chrXV 226770 . T TC 771.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.497;DP=84;FS=194.681;HaplotypeScore=599.5145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.58;MQ0=0;MQRankSum=-2.552;QD=9.19;ReadPosRankSum=-2.837;SB=-3.011e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,29:84:99:811,0,1389 chrXV 226773 . C CA 698.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.438;DP=85;FS=197.431;HaplotypeScore=613.6285;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.587;QD=8.22;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=-3.092;SB=-3.011e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,30:85:99:738,0,659 chrXV 227300 . CGATGATGATGATGAT C 5886 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=376.1442;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.28;MQ0=0;QD=68.44;RPA=12,7;RU=GAT;SB=-2.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,70:86:99:5886,195,0 chrXV 228425 . C CT 1654.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.279;DP=101;FS=8.710;HaplotypeScore=33.1277;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.155;QD=16.39;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.060;SB=-7.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,66:101:99:1697,125,0 chrXV 229886 . GT G 2987.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=370.8091;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.66;MQ0=0;QD=24.10;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.005e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,116:124:99:3030,330,0 chrXV 231806 . GA G 2966.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;FS=0.000;HaplotypeScore=49.5859;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.52;MQ0=0;QD=18.20;RPA=10,9;RU=A;SB=-8.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,138:163:99:3009,382,0 chrXV 233005 . G GT 5105 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=194;FS=0.000;HaplotypeScore=460.0333;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.61;MQ0=0;QD=26.31;RPA=3,4;RU=T;SB=-2.385e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,174:194:99:5105,515,0 chrXV 233686 . AT A 4764 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=238.2209;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=29.59;SB=-1.873e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,160:161:99:4764,430,0 chrXV 233807 . C CTT 3733 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=48.5478;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.78;MQ0=1;QD=35.55;RPA=4,6;RU=T;SB=-1.740e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,92:103:99:3733,289,0 chrXV 236076 . C CCAA 8847 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.070;DP=250;DS;FS=4.195;HaplotypeScore=113.8371;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.070;QD=35.39;RPA=5,6;RU=CAA;ReadPosRankSum=-0.884;SB=-1.837e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:55,190:250:99:8847,490,0 chrXV 236286 . GCAAGCA G 6799 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=88.1841;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=63.47;MQ0=0;QD=27.20;RPA=5,4;RU=CAAGCA;SB=-2.902e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:78,168:250:99:6799,429,0 chrXV 237009 . GCAA G 5832 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.499;DP=235;DS;FS=9.463;HaplotypeScore=1950.2785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.33;MQ0=0;MQRankSum=1.878;QD=24.82;RPA=3,2;RU=CAA;ReadPosRankSum=4.505;SB=-2.740e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,163:235:99:5832,0,1033 chrXV 238200 . CATACTTTTG C 4639 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=21.4827;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.99;MQ0=0;QD=79.98;RPA=2,1;RU=ATACTTTTG;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,51:58:99:4639,157,0 chrXV 238354 . AAT A 100.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=14.7963;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.91;MQ0=0;QD=7.18;RPA=8,7;RU=AT;SB=-3.654e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,8:14:12:142,12,0 chrXV 242800 . GTAA G 2076.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=266.5500;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.33;MQ0=0;QD=24.73;RPA=6,5;RU=TAA;SB=-7.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,50:84:99:2119,156,0 chrXV 242848 . G GT 2087.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=178.8637;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;QD=24.28;RPA=3,4;RU=T;SB=-5.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,80:86:99:2130,210,0 chrXV 243129 . TAA T 3345 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=244.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.24;MQ0=0;QD=25.93;RPA=11,9;RU=A;SB=-1.470e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,108:129:99:3345,304,0 chrXV 253989 . T TAA 4317 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=651.2164;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.67;MQ0=0;QD=27.32;RPA=6,8;RU=A;SB=-1.850e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,119:158:99:4317,349,0 chrXV 254811 . C CA 469.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=38.2011;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.56;MQ0=0;QD=17.41;RPA=10,11;RU=A;SB=-1.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,18:27:63:512,63,0 chrXV 256152 . TA T 3558 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=44.4098;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.39;MQ0=0;QD=24.71;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.618e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,134:144:99:3558,384,0 chrXV 259218 . CT C 2185.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.451;DP=137;FS=5.872;HaplotypeScore=69.5673;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.937;QD=15.96;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.063;SB=-1.002e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,102:137:99:2228,260,0 chrXV 269437 . C CGCTTCTTCATCTTCT 22323 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=223;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=568.2390;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.84;MQ0=0;QD=100.10;RPA=1,2;RU=GCTTCTTCATCTTCT;SB=-7.614e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:48,171:223:99:22323,506,0 chrXV 269653 . CG C 3469 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=609.0659;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.95;MQ0=0;QD=33.04;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,87:105:99:3469,292,0 chrXV 269751 . C CATATATACTT 1780.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=25.1418;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.06;MQ0=0;QD=98.94;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,16:18:48:1823,48,0 chrXV 270663 . T TA 3935 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=355.5237;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.28;MQ0=0;QD=25.22;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.458e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,144:156:99:3935,397,0 chrXV 271953 . CT C 985.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.751;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=769.5612;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.34;MQ0=0;MQRankSum=0.924;QD=12.48;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.520;SB=-4.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,31:79:99:1028,148,0 chrXV 271963 . T TAG 575.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.855;DP=103;FS=8.824;HaplotypeScore=1029.4635;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.461;QD=5.59;ReadPosRankSum=3.847;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,29:103:99:615,0,1790 chrXV 271964 . T TTTTTTTC 3376 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.623;DP=103;FS=1.833;HaplotypeScore=928.4861;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=32.78;ReadPosRankSum=-0.785;SB=-1.414e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,29:103:99:3376,0,360 chrXV 274784 . TTG T 3800 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=532.4737;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.74;MQ0=0;QD=25.00;RPA=2,1;RU=TG;SB=-1.552e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,135:113:99:3800,313,0 chrXV 277875 . TCATATA T 5350 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=403.9937;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.52;MQ0=0;QD=62.94;SB=-2.422e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:85:99:5350,228,0 chrXV 281886 . A AG 5010 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=658.4445;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.74;MQ0=0;QD=37.11;SB=-1.636e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,134:135:99:5010,397,0 chrXV 282006 . A AG 3497 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=440.9334;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.61;MQ0=0;QD=29.64;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.617e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,98:118:99:3497,304,0 chrXV 288064 . TA T 1571.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=211.6901;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.12;MQ0=0;QD=19.41;RPA=10,9;RU=A;SB=-6.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,74:81:99:1614,206,0 chrXV 290573 . CT C 1291.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=55.4264;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.87;MQ0=0;QD=12.92;RPA=13,12;RU=T;SB=-6.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,64:100:99:1334,185,0 chrXV 292246 . CAA C 3591 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=243.1057;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.19;MQ0=0;QD=26.60;RPA=10,8;RU=A;SB=-1.594e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,113:135:99:3591,325,0 chrXV 296474 . CCA C 6885 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.709;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=574.9750;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.13;MQ0=0;MQRankSum=0.247;QD=43.58;ReadPosRankSum=1.709;SB=-3.373e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,154:158:99:6885,420,0 chrXV 298968 . AT A 2794.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=1182.2280;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.94;MQ0=0;QD=23.10;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.186e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,106:120:99:2837,318,0 chrXV 298998 . CTGCTACAACAGACTAGTT C 15123 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=296.7840;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.64;MQ0=0;QD=152.76;SB=-6.607e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,74:99:99:15123,294,0 chrXV 299706 . AT A 3628 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=1509.6122;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.34;MQ0=0;QD=22.40;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.351e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,136:162:99:3628,426,0 chrXV 301070 . GTC G 4925 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=715.4577;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.24;MQ0=0;QD=41.39;SB=-1.471e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,106:119:99:4925,325,0 chrXV 301214 . A AAATAG 6747 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=138.8679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.97;MQ0=0;QD=69.56;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,83:97:99:6747,271,0 chrXV 301346 . TA T 730.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=14.1246;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.76;MQ0=0;QD=20.88;RPA=8,7;RU=A;SB=-2.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,33:34:96:773,96,0 chrXV 303175 . GT G 1560.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=200.1416;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.45;MQ0=0;QD=17.15;RPA=10,9;RU=T;SB=-7.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,72:91:99:1603,211,0 chrXV 304940 . C CT 3328 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.008;DP=202;DS;FS=3.612;HaplotypeScore=355.6301;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.700;QD=16.48;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.680;SB=-1.607e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,152:202:99:3328,290,0 chrXV 307241 . GTCATCGTCTTCA G 13727 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=167;FS=0.000;HaplotypeScore=52.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.28;MQ0=0;QD=82.20;RPA=2,1;RU=TCATCGTCTTCA;SB=-6.827e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,140:167:99:13727,397,0 chrXV 312985 . CTA C 3404 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=111.6170;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.70;MQ0=0;QD=32.11;RPA=3,2;RU=TA;SB=-1.487e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,97:106:99:3404,268,0 chrXV 315600 . A AT 2105.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=193.7068;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.20;MQ0=0;QD=28.85;RPA=1,2;RU=T;SB=-8.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,69:73:99:2148,186,0 chrXV 315630 . CTTTT C 1029.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.106;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=359.3447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.207;QD=13.92;RPA=18,14;RU=T;ReadPosRankSum=1.383;SB=-4.876e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:48,16:74:31:1072,31,0 chrXV 316429 . GCT G 2560.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.444;DP=117;FS=19.763;HaplotypeScore=1633.4951;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.975;QD=21.89;ReadPosRankSum=6.525;SB=-4.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,65:117:99:2600,0,747 chrXV 316433 . ACCGACGAGGCT A 8368 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.251;DP=109;FS=32.509;HaplotypeScore=980.4796;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.792;QD=76.77;ReadPosRankSum=7.570;SB=-1.701e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,65:109:44:8368,44,0 chrXV 323107 . GAGGT G 8634 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=169;FS=0.000;HaplotypeScore=341.7617;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.72;MQ0=0;QD=51.09;RPA=2,1;RU=AGGT;SB=-3.237e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,154:169:99:8634,436,0 chrXV 325064 . GT G 1807.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.516;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=28.5118;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.169;QD=18.83;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.516;SB=-8.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,85:96:99:1850,213,0 chrXV 326500 . TGAAAATTACTTTCACATGTTTTAGTG T 9728 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=153.7159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.94;MQ0=0;QD=149.66;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,61:65:99:9728,168,0 chrXV 326639 . TA T 76.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=107.8689;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=8.47;RPA=7,6;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,6:9:15:118,15,0 chrXV 326668 . T TG 677.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=140.0521;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.56;MQ0=0;QD=30.82;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:57:720,57,0 chrXV 333248 . A AT 2611.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=275.0474;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.67;MQ0=0;QD=24.18;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.167e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,100:108:99:2654,282,0 chrXV 333432 . G GA 1288.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.262;DP=127;FS=3.385;HaplotypeScore=321.8253;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.05;MQ0=0;MQRankSum=0.693;QD=10.15;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-2.045;SB=-5.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:70,50:126:62:1331,62,0 chrXV 340289 . T TAA 2279.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=195.4688;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.66;MQ0=0;QD=25.91;RPA=8,10;RU=A;SB=-9.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,61:88:99:2322,207,0 chrXV 340510 . A AT 3126.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=84.7654;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.82;MQ0=0;QD=30.07;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.500e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,96:104:99:3169,292,0 chrXV 343483 . CG C 6267 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=177;FS=0.000;HaplotypeScore=171.4473;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.38;MQ0=0;QD=35.41;SB=-3.042e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,175:177:99:6267,499,0 chrXV 344930 . CCGT C 3162.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.206;DP=196;DS;FS=97.425;HaplotypeScore=3179.6142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.36;MQ0=0;MQRankSum=1.137;QD=16.14;ReadPosRankSum=-4.738;SB=-1.029e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:120,71:196:99:3202,0,2719 chrXV 345038 . CCGT C 4293 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=2200.7115;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.35;MQ0=0;QD=41.68;SB=-5.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,88:103:99:4293,250,0 chrXV 347482 . AT A 3575 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=116.0611;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.93;MQ0=0;QD=25.72;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.752e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,134:139:99:3575,361,0 chrXV 347956 . T TG 4664 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=454.5210;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.14;MQ0=0;QD=37.31;SB=-2.137e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,122:125:99:4664,355,0 chrXV 348630 . GA G 2319.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.544;DP=133;FS=4.897;HaplotypeScore=373.6350;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.280;QD=17.44;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.148;SB=-7.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,111:133:99:2362,288,0 chrXV 349257 . C CT 4805 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=201;FS=0.000;HaplotypeScore=228.0356;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.42;MQ0=0;QD=23.91;RPA=6,7;RU=T;SB=-2.001e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,186:201:99:4805,528,0 chrXV 356864 . AT A 2961.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=70.5816;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.46;MQ0=0;QD=20.86;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.322e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,128:142:99:3004,373,0 chrXV 357337 . G GA 1734.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.170;DP=123;FS=9.426;HaplotypeScore=276.5558;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.879;QD=14.11;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.141;SB=-8.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,84:123:97:1777,97,0 chrXV 368065 . G GTT 3566 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.480;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=552.1028;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.866;QD=32.42;ReadPosRankSum=1.371;SB=-1.571e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,92:110:99:3566,284,0 chrXV 370433 . A AT 1820.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.538;DP=102;FS=6.085;HaplotypeScore=35.6567;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=1.338;QD=17.85;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.413;SB=-9.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,74:102:99:1863,171,0 chrXV 370888 . C CG 5361 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=46.8214;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.37;MQ0=0;QD=36.47;SB=-2.570e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,141:147:99:5361,418,0 chrXV 372343 . A AT 1696.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.519;DP=77;FS=4.705;HaplotypeScore=406.3831;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.54;MQ0=0;MQRankSum=1.093;QD=22.04;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=0.133;SB=-5.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,67:77:99:1739,179,0 chrXV 383126 . G GA 1864.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.049;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=64.0417;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.60;MQ0=0;MQRankSum=0.598;QD=15.54;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.470;SB=-8.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,86:120:99:1907,105,0 chrXV 384807 . A AT 1683.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.517;DP=115;FS=1.407;HaplotypeScore=157.6860;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.60;MQ0=0;MQRankSum=0.327;QD=14.64;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.704;SB=-8.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,87:115:98:1726,98,0 chrXV 386646 . CT C 2552.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=40.8060;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.32;MQ0=0;QD=18.63;RPA=10,9;RU=T;SB=-1.078e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,118:137:99:2595,332,0 chrXV 392113 . G GA 2046.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.513;DP=140;FS=1.432;HaplotypeScore=59.9088;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.79;MQ0=0;MQRankSum=0.525;QD=14.62;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.661;SB=-9.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,102:140:99:2089,129,0 chrXV 397394 . TA T 2936.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=41.8802;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.03;MQ0=0;QD=20.12;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.090e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,135:146:99:2979,371,0 chrXV 397478 . GAA G 2878.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.681;DP=143;FS=3.054;HaplotypeScore=337.6089;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.486;QD=20.13;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.845;SB=-1.380e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,84:143:99:2921,268,0 chrXV 410742 . G GT 2800.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=262.2603;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.07;MQ0=0;QD=21.55;RPA=7,8;RU=T;SB=-6.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,112:130:99:2843,321,0 chrXV 412675 . ATT A 1377.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.940;DP=86;FS=9.912;HaplotypeScore=32.8312;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=1.797;QD=16.02;RPA=15,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.980;SB=-3.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,53:86:99:1420,120,0 chrXV 414171 . G GT 4923 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=374.9612;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.34;MQ0=0;QD=36.74;SB=-1.598e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,128:134:99:4923,376,0 chrXV 414229 . CG C 4009 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=595.4620;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.78;MQ0=0;QD=31.08;RPA=3,2;RU=G;SB=-1.355e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,116:129:99:4009,343,0 chrXV 414240 . C CT 4120 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=491.0588;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.63;MQ0=0;QD=33.77;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.361e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,113:122:99:4120,337,0 chrXV 417837 . T TC 3297 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=31.8947;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.18;MQ0=0;QD=29.70;RPA=3,4;RU=C;SB=-1.298e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,107:111:99:3297,310,0 chrXV 418256 . G GA 2637.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=391.6206;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.11;MQ0=0;QD=20.77;RPA=8,9;RU=A;SB=-1.292e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,109:127:99:2680,309,0 chrXV 426400 . T TA 1769.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.871;DP=94;FS=3.006;HaplotypeScore=31.2944;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=2.318;QD=18.83;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.543;SB=-8.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,80:94:99:1812,178,0 chrXV 427962 . ATCGTCG A 6194 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=246;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=106.5971;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.81;MQ0=0;QD=25.18;RPA=13,11;RU=TCG;SB=-1.371e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:122,122:243:99:6194,328,0 chrXV 429940 . C CT 2604.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.183;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=217.1927;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.154;QD=20.19;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.595;SB=-1.243e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,101:127:99:2647,278,0 chrXV 436846 . C CT 2579.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=193.6176;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=25.80;RPA=4,5;RU=T;SB=-8.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,89:100:99:2622,270,0 chrXV 443755 . A AT 2752.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=358.8869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=25.97;RPA=3,4;RU=T;SB=-9.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,99:106:99:2795,274,0 chrXV 444498 . AT A 207.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.474;DP=119;FS=2.678;HaplotypeScore=68.9450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=0.678;QD=1.75;RPA=18,17;RU=T;ReadPosRankSum=1.517;SB=-1.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,20:119:99:247,0,515 chrXV 463620 . C CA 3610 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=297.8811;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.08;MQ0=0;QD=24.90;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.126e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,133:145:99:3610,384,0 chrXV 464193 . AT A 1101.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=593.1882;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.38;MQ0=0;QD=20.04;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,40:55:99:1144,129,0 chrXV 464204 . AT A 819.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.636;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=612.3343;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.674;QD=17.45;RPA=8,7;RU=T;ReadPosRankSum=1.540;SB=-4.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,36:47:99:862,104,0 chrXV 464228 . TA T 1414.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=686.3990;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.50;MQ0=0;QD=23.58;RPA=5,4;RU=A;SB=-3.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,58:60:99:1457,156,0 chrXV 464325 . G GA 3643 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=324.9684;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.69;MQ0=0;QD=37.95;SB=-1.260e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:96:99:3643,277,0 chrXV 464395 . T TTATTAAAATAGAGC 5180 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=249.4893;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.54;MQ0=0;QD=103.60;SB=-4.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,18:50:99:5180,114,0 chrXV 464600 . TTA T 2459.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.162;DP=82;FS=3.066;HaplotypeScore=56.4350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.112;QD=30.00;ReadPosRankSum=-0.496;SB=-1.231e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,51:82:99:2502,208,0 chrXV 467927 . A AT 7967 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=223;FS=0.000;HaplotypeScore=63.3681;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.60;MQ0=0;QD=35.73;SB=-3.960e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,216:223:99:7967,617,0 chrXV 479254 . A AT 725.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=69.5065;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.57;MQ0=0;QD=16.13;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,23:45:81:768,81,0 chrXV 479263 . T TTA 529.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=102.2143;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.49;MQ0=0;QD=15.14;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,13:35:56:572,56,0 chrXV 486976 . CG C 5235 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=43.8671;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;QD=36.61;SB=-2.575e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,141:143:99:5235,403,0 chrXV 487289 . T TG 1151.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.822;DP=130;FS=322.476;HaplotypeScore=223.9271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.40;MQ0=0;MQRankSum=1.279;QD=8.86;ReadPosRankSum=0.098;SB=-3.011e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,42:130:99:1191,0,2634 chrXV 487932 . T TATGAAGC 14173 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=204;FS=0.000;HaplotypeScore=68.7346;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.86;MQ0=0;QD=69.48;RPA=1,2;RU=ATGAAGC;SB=-5.716e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,160:204:99:14173,485,0 chrXV 489778 . C CATAT 281.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;DP=18;FS=3.680;HaplotypeScore=8.3820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=15.67;RPA=9,11;RU=AT;ReadPosRankSum=0.742;SB=-1.075e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,6:18:35:321,0,35 chrXV 491013 . CAA C 1686.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.682;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=50.8353;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.57;MQ0=0;MQRankSum=1.080;QD=17.56;RPA=14,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.481;SB=-7.968e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,53:96:99:1728,169,0 chrXV 493262 . GTGA G 5975 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=42.6382;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.74;MQ0=0;QD=40.92;RPA=2,1;RU=TGA;SB=-2.226e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,131:146:99:5975,361,0 chrXV 504676 . G GCA 7459 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=177.4406;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.24;MQ0=0;QD=47.21;SB=-2.796e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,148:158:99:7459,449,0 chrXV 504751 . T TA 5864 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=685.6867;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.24;MQ0=0;QD=36.88;SB=-2.653e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,142:159:99:5864,433,0 chrXV 506076 . CTA C 7996 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=184;FS=0.000;HaplotypeScore=62.5921;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.29;MQ0=0;QD=43.46;SB=-3.479e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,178:184:99:7996,524,0 chrXV 507897 . A AAT 5320 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=40.5986;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.62;MQ0=0;QD=35.95;RPA=4,5;RU=AT;SB=-2.107e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,131:148:99:5320,397,0 chrXV 511735 . G GCT 4761 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=291.9044;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.97;MQ0=0;QD=38.40;SB=-2.219e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,118:124:99:4761,340,0 chrXV 514857 . C CT 6565 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=171;FS=0.000;HaplotypeScore=87.5181;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=38.39;SB=-1.638e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,169:171:99:6565,487,0 chrXV 522252 . G GA 4119 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=43.6607;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.57;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.984e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,131:155:99:4119,409,0 chrXV 524973 . CTG C 4023 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=318.0594;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.90;MQ0=0;QD=38.68;RPA=3,2;RU=TG;SB=-1.062e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,100:104:99:4023,289,0 chrXV 533639 . C CTAG 7492 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;FS=0.000;HaplotypeScore=683.5811;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.64;MQ0=0;QD=45.96;RPA=1,2;RU=TAG;SB=-3.160e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,136:163:99:7492,439,0 chrXV 535166 . T TAAC 7091 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.141;DP=231;FS=0.000;HaplotypeScore=74.5882;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.232;QD=30.70;RPA=8,9;RU=AAC;ReadPosRankSum=-0.444;SB=-3.407e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:62,169:231:99:7091,449,0 chrXV 544538 . T TAC 7102 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;FS=0.000;HaplotypeScore=61.2008;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.98;MQ0=0;QD=43.04;SB=-2.787e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,161:165:99:7102,481,0 chrXV 548566 . GC G 3999 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=229.4582;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.07;MQ0=0;QD=32.25;RPA=2,1;RU=C;SB=-1.356e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,121:124:99:3999,343,0 chrXV 550576 . TA T 2677.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=1136.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.35;MQ0=0;QD=25.26;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.313e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,101:106:99:2720,282,0 chrXV 560701 . G GA 5044 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;FS=0.000;HaplotypeScore=53.9871;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.45;MQ0=0;QD=30.39;RPA=2,3;RU=A;SB=-2.342e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,162:166:99:5044,463,0 chrXV 571640 . G GA 3727 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=229.6978;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;QD=24.20;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.675e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,132:154:99:3727,396,0 chrXV 572170 . G GTTT 2437.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=92.4666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.32;MQ0=0;QD=26.50;RPA=13,16;RU=T;SB=-7.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,41:92:99:2480,196,0 chrXV 577841 . C CT 3294 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=434.8994;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=27.92;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.207e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,113:118:99:3294,325,0 chrXV 578511 . T TA 4787 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.140;DP=180;FS=0.000;HaplotypeScore=54.7438;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.48;MQ0=0;MQRankSum=1.250;QD=26.59;RPA=3,4;RU=A;ReadPosRankSum=0.373;SB=-2.254e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,168:180:99:4787,445,0 chrXV 579517 . ACAT A 7415 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=234;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=188.5856;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.98;MQ0=0;QD=31.69;RPA=8,7;RU=CAT;SB=-2.690e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:61,170:234:99:7415,494,0 chrXV 581669 . C CAA,CAAA 753.95 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.650;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=43.6567;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=0.866;QD=17.14;RPA=15,17,18;RU=A;ReadPosRankSum=0.000;SB=-3.018e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:15,5,22:44:61:832,300,221,141,0,61 chrXV 589865 . A ATT 2918.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=451.6649;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.07;MQ0=0;QD=35.17;RPA=5,7;RU=T;SB=-1.480e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,80:83:99:2961,238,0 chrXV 594280 . T TAA 3306 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=614.9516;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.70;MQ0=0;QD=34.80;RPA=3,5;RU=A;SB=-1.404e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,80:95:99:3306,253,0 chrXV 594301 . GA G 1913.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=742.3353;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.15;MQ0=0;QD=22.52;RPA=9,8;RU=A;SB=-7.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,70:85:99:1956,207,0 chrXV 601001 . CG C 3220.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=266.6459;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.60;MQ0=0;QD=37.88;SB=-8.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:3262,250,0 chrXV 606459 . C CT 3497 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.477;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=199.9422;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.790;QD=21.59;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.630;SB=-1.667e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,144:162:99:3497,384,0 chrXV 608649 . A AT 2076.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.826;DP=104;FS=13.197;HaplotypeScore=345.5392;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.52;MQ0=0;MQRankSum=1.696;QD=19.97;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.754;SB=-3.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,89:104:99:2119,206,0 chrXV 609382 . TATTAGAAGC T 13457 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;FS=0.000;HaplotypeScore=362.7848;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.33;MQ0=0;QD=80.10;RPA=2,1;RU=ATTAGAAGC;SB=-6.367e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,116:168:99:13457,397,0 chrXV 618731 . C CCA 6307 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=185;FS=0.000;HaplotypeScore=257.1532;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09;RPA=4,5;RU=CA;SB=-3.107e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,168:185:99:6307,502,0 chrXV 619509 . TA T 3838 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=178;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=53.2177;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.36;MQ0=0;QD=21.56;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.577e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,163:178:99:3838,447,0 chrXV 619677 . GA G 3101.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=238.4203;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.69;MQ0=0;QD=22.64;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.198e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,126:137:99:3144,351,0 chrXV 624475 . AT A 1657.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=314.2759;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.19;MQ0=0;QD=17.45;RPA=10,9;RU=T;SB=-7.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,76:95:99:1700,215,0 chrXV 628059 . TAA T 7281 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=204;FS=0.000;HaplotypeScore=71.9576;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.57;MQ0=0;QD=35.69;RPA=3,1;RU=A;SB=-3.575e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,196:204:99:7281,521,0 chrXV 630938 . A AAATATACTT 5579 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=33.2463;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.04;MQ0=0;QD=61.31;RPA=1,2;RU=AATATACTT;SB=-2.296e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,55:91:99:5579,163,0 chrXV 636852 . G GA 1447.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=17.5249;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.76;MQ0=0;QD=20.39;RPA=6,7;RU=A;SB=-5.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,60:71:99:1490,165,0 chrXV 639264 . AC A 7131 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=208;FS=0.000;HaplotypeScore=1482.1096;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.64;MQ0=0;QD=34.28;SB=-2.668e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,196:208:99:7131,560,0 chrXV 639384 . T TA 3786 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=859.1659;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.08;MQ0=0;QD=26.11;RPA=3,4;RU=A;SB=-8.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,128:145:99:3786,370,0 chrXV 639510 . T TA 2173.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=495.6135;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.37;MQ0=0;QD=18.90;RPA=7,8;RU=A;SB=-8.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,87:114:99:2216,252,0 chrXV 642299 . T TG 4667 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=628.0359;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.35;MQ0=0;QD=31.11;RPA=2,3;RU=G;SB=-2.007e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,142:150:99:4667,409,0 chrXV 644403 . AT A 3604 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=570.0844;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.47;MQ0=0;QD=22.96;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.657e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,144:157:99:3604,420,0 chrXV 649129 . GA G 2027.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=37.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.50;MQ0=0;QD=18.78;RPA=10,9;RU=A;SB=-8.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,93:108:99:2070,266,0 chrXV 657168 . C CG 3751 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=1631.4267;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.24;MQ0=0;QD=26.99;RPA=5,6;RU=G;SB=-1.633e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,122:139:99:3751,372,0 chrXV 657250 . T TG 6512 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.347;DP=178;FS=0.000;HaplotypeScore=1287.8337;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.53;MQ0=0;MQRankSum=0.679;QD=36.58;ReadPosRankSum=-0.618;SB=-2.987e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,168:178:99:6512,510,0 chrXV 663806 . T TAA 2600.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=210.4774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.34;MQ0=0;QD=23.86;RPA=5,7;RU=A;SB=-9.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,65:109:99:2643,220,0 chrXV 663944 . AACCGG A 7244 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=465.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.12;MQ0=0;QD=65.26;RPA=2,1;RU=ACCGG;SB=-2.486e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,102:111:99:7244,310,0 chrXV 665146 . A ATAC 449.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=11.5364;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.36;MQ0=6;QD=30.00;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,8:9:24:492,24,0 chrXV 665416 . GA G 2550.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=370.8421;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.46;MQ0=0;QD=23.40;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.215e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,106:109:99:2593,300,0 chrXV 667458 . T TA 1929.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=179.3566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=35.09;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:55:99:1972,159,0 chrXV 667734 . TAA T 547.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=66.7700;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.50;MQ0=0;QD=22.83;RPA=15,13;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,19:24:58:590,58,0 chrXV 668879 . G GA 2270.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=7.424;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=1631.0104;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.55;MQ0=0;MQRankSum=-4.657;QD=14.84;ReadPosRankSum=6.420;SB=-1.010e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:51,75:153:99:2313,156,0 chrXV 668880 . G GGAGGAGGA 8233 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=684.0163;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.01;MQ0=0;QD=63.33;SB=-3.759e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:53,75:130:99:8233,360,0 chrXV 669123 . C CTTTTCCTTTTCGTTTTCG 16752 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=36.9171;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.63;MQ0=0;QD=136.20;SB=-8.060e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,56:123:99:16752,292,0 chrXV 670429 . GA G 1772.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=210.0349;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;QD=20.15;RPA=8,7;RU=A;SB=-8.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,82:88:99:1815,219,0 chrXV 670723 . G GAAAAAA,GAAAAA 3555 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=125.6463;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.93;MQ0=0;QD=45.58;RPA=11,17,16;RU=A;SB=-1.219e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:35,5,36:78:99:3555,582,402,364,0,184 chrXV 673205 . A AT 1533.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.174;DP=115;FS=15.570;HaplotypeScore=312.8948;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.128;QD=13.34;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.853;SB=-4.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,65:115:62:1576,62,0 chrXV 673631 . G GC 4807 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=266.0319;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.32;MQ0=0;QD=36.69;SB=-2.366e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,126:131:99:4807,361,0 chrXV 674205 . AC A 2275.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=723.8040;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.20;MQ0=0;QD=29.95;SB=-5.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:76:99:2318,214,0 chrXV 674313 . AT A 2141.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=569.8094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.25;MQ0=0;QD=22.79;RPA=6,5;RU=T;SB=-8.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,87:94:99:2184,246,0 chrXV 678393 . GAA G 2435.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=25.4560;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.55;MQ0=0;QD=22.98;RPA=12,10;RU=A;SB=-1.114e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,85:104:99:2478,228,0 chrXV 682436 . G GA 3000.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=43.9993;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.57;MQ0=0;QD=21.59;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.430e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,124:139:99:3043,345,0 chrXV 682707 . GTA G 7524 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=201;FS=0.000;HaplotypeScore=1170.8350;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.01;MQ0=0;QD=37.43;SB=-2.179e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,183:201:99:7524,548,0 chrXV 698289 . AT A 1602.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.198;DP=138;FS=4.842;HaplotypeScore=508.8580;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.049;QD=11.62;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.739;SB=-4.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:50,81:138:99:1645,165,0 chrXV 700712 . AAAGAAAAAAGAG A 6959 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=29.3973;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.98;MQ0=0;QD=66.91;RPA=2,1;RU=AAGAAAAAAGAG;SB=-3.470e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,69:104:99:6959,196,0 chrXV 701762 . AT A 4794 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=185;FS=0.000;HaplotypeScore=203.0278;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.74;MQ0=0;QD=25.91;RPA=4,3;RU=T;SB=-2.217e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,176:185:99:4794,484,0 chrXV 703028 . GT G 4259 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=176;FS=0.000;HaplotypeScore=439.9738;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;QD=24.20;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.450e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,165:176:99:4259,474,0 chrXV 710273 . AT A 1756.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=328.0703;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.25;MQ0=0;QD=21.96;RPA=7,6;RU=T;SB=-4.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,72:78:99:1799,210,0 chrXV 710308 . TC T 2938.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=430.2785;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.31;MQ0=0;QD=30.61;RPA=2,1;RU=C;SB=-1.084e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,90:94:99:2981,268,0 chrXV 710359 . T TA 1949.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=336.0437;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.05;MQ0=0;QD=17.41;RPA=10,11;RU=A;SB=-7.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,85:110:99:1992,245,0 chrXV 715336 . A AT 1534.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=19.1351;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.92;MQ0=0;QD=22.57;RPA=7,8;RU=T;SB=-6.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,61:68:99:1577,177,0 chrXV 718634 . A AT 1604.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=253.3005;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.02;MQ0=0;QD=21.40;RPA=7,8;RU=T;SB=-7.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,68:75:99:1647,189,0 chrXV 720202 . GAAAA G 6491 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=56.9223;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.22;MQ0=0;QD=42.99;RPA=13,9;RU=A;SB=-3.027e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,131:151:99:6491,388,0 chrXV 721800 . ATT A 2973.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.356;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=620.8761;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.075;QD=24.58;RPA=11,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.000;SB=-9.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,92:121:99:3016,273,0 chrXV 721829 . C CTT 3522 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.052;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=589.6160;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.155;QD=26.48;RPA=9,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.711;SB=-1.419e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,102:133:99:3522,292,0 chrXV 724863 . AT A 1353.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=148.3122;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=20.21;RPA=8,7;RU=T;SB=-6.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,60:67:99:1396,168,0 chrXV 724940 . GT G 1136.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.756;DP=68;FS=3.068;HaplotypeScore=171.6491;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=0.435;QD=16.72;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.252;SB=-5.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,47:68:99:1179,110,0 chrXV 727374 . A AT 2814.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=41.5106;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.10;MQ0=0;QD=22.89;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.053e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,113:123:99:2857,317,0 chrXV 736324 . G GT 2608.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=35.3101;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=23.72;RPA=7,8;RU=T;SB=-7.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,98:110:99:2651,300,0 chrXV 738194 . T TA 2357.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=225.2547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=22.46;RPA=8,9;RU=A;SB=-1.197e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,90:105:99:2400,279,0 chrXV 738211 . G GA 2062.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.423;DP=119;FS=3.208;HaplotypeScore=366.2978;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.61;MQ0=0;MQRankSum=1.540;QD=17.34;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.077;SB=-1.000e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,90:119:99:2105,246,0 chrXV 738716 . AT A 1058.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.810;DP=74;FS=14.456;HaplotypeScore=215.7312;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.43;MQ0=0;MQRankSum=2.254;QD=14.31;ReadPosRankSum=2.211;SB=-5.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,45:74:99:1101,135,0 chrXV 738719 . AT A 1124.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.268;DP=71;FS=14.575;HaplotypeScore=207.2465;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.13;MQ0=0;MQRankSum=1.886;QD=15.84;ReadPosRankSum=3.103;SB=-5.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,45:71:99:1167,103,0 chrXV 741753 . T TA 4157 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=284.4647;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.82;MQ0=0;QD=29.69;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.940e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,135:140:99:4157,385,0 chrXV 741984 . G GT 3125.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=52.0654;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.11;MQ0=0;QD=22.98;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.212e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,113:136:99:3168,348,0 chrXV 742445 . TA T 2509.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=351.2393;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.37;MQ0=0;QD=20.24;RPA=8,7;RU=A;SB=-9.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,106:124:99:2552,308,0 chrXV 742492 . T TA 4098 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=457.6463;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.98;MQ0=0;QD=32.27;SB=-1.471e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,117:127:99:4098,356,0 chrXV 744448 . G GA 3768 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=329.5849;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.96;MQ0=0;QD=26.72;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.848e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,132:141:99:3768,373,0 chrXV 745306 . C CAA 1580.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.083;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=166.6850;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.500;QD=18.38;RPA=14,16;RU=A;ReadPosRankSum=-0.817;SB=-4.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,50:86:99:1623,136,0 chrXV 751669 . TTGG T 8572 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=218;FS=0.000;HaplotypeScore=77.2656;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.83;MQ0=0;QD=39.32;RPA=4,3;RU=TGG;SB=-3.339e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,189:218:99:8572,554,0 chrXV 759531 . GT G 2116.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=35.0279;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.25;RPA=9,8;RU=T;SB=-5.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,89:110:99:2159,269,0 chrXV 759633 . A AG 1596.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=502.3220;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.44;MQ0=0;QD=23.84;RPA=2,3;RU=G;SB=-6.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,48:67:99:1639,194,0 chrXV 759644 . ATAT A 2573.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=426.6736;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.86;MQ0=0;QD=36.77;SB=-1.105e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,58:70:99:2616,188,0 chrXV 761366 . G GA 1254.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.242;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=179.8925;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.145;QD=13.94;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-1.817;SB=-4.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,54:90:80:1297,80,0 chrXV 762569 . GT G 6172 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=190;FS=0.000;HaplotypeScore=355.2483;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.88;MQ0=0;QD=32.48;RPA=2,1;RU=T;SB=-2.447e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,187:190:99:6172,541,0 chrXV 766698 . G GT 1540.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=141.9894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=22.33;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,60:69:99:1583,174,0 chrXV 768281 . TA T 1288.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=144.8402;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.85;MQ0=0;QD=13.15;RPA=12,11;RU=A;SB=-5.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,54:98:99:1331,178,0 chrXV 768666 . TGAC T 7312 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=238;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=433.3068;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.85;MQ0=0;QD=30.72;RPA=7,6;RU=GAC;SB=-2.276e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:50,186:238:99:7312,508,0 chrXV 770624 . GTTT GT,G 2098.98 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=175.9330;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.44;MQ0=0;QD=19.08;RPA=18,16,15;RU=T;SB=-6.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:52,0,40:110:56:2177,1027,834,224,0,56 chrXV 775403 . CTT C 4556 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=411.4651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.00;MQ0=0;QD=38.94;RPA=4,2;RU=T;SB=-1.368e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,107:117:99:4556,310,0 chrXV 775469 . 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GA G 1329.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=139.2527;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.68;MQ0=0;QD=34.10;RPA=2,1;RU=A;SB=-3.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:39:99:1372,114,0 chrXV 787005 . GA G 2602.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=483.3428;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.98;MQ0=0;QD=21.51;RPA=9,8;RU=A;SB=-9.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,111:121:99:2645,331,0 chrXV 798499 . GA G 1074.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.374;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=30.4584;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.713;QD=14.14;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.306;SB=-3.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,61:76:99:1117,126,0 chrXV 804922 . A AT 574.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.007;DP=117;FS=2.430;HaplotypeScore=257.1283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=1.510;QD=4.91;RPA=16,17;RU=T;ReadPosRankSum=-1.045;SB=-3.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,43:117:99:614,0,220 chrXV 807247 . A AATAG 8183 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=403.2891;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.96;MQ0=0;QD=53.48;SB=-3.383e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,129:153:99:8183,391,0 chrXV 815967 . CCACTCT C 6223 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=174.6003;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;QD=64.15;RPA=2,1;RU=CACTCT;SB=-2.368e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,89:97:99:6223,262,0 chrXV 823308 . ATCT A 9530 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=226;FS=0.000;HaplotypeScore=76.1017;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.71;MQ0=0;QD=42.17;RPA=2,1;RU=TCT;SB=-3.969e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,205:226:99:9530,574,0 chrXV 825953 . AT A 1675.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.455;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=78.8412;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=0.254;QD=17.64;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.254;SB=-8.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,79:95:99:1718,198,0 chrXV 830600 . G GT 1962.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.438;DP=127;FS=2.861;HaplotypeScore=55.5728;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.29;MQ0=0;MQRankSum=0.563;QD=15.46;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.200;SB=-8.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,89:127:73:2005,73,0 chrXV 830833 . CTT C 1108.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.013;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=256.0844;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.229;QD=21.33;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.732;SB=-9.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,31:52:99:1151,106,0 chrXV 834319 . TA T 1741.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.176;DP=109;FS=3.900;HaplotypeScore=38.9198;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.08;MQ0=0;MQRankSum=0.962;QD=15.98;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.561;SB=-7.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,90:109:99:1784,215,0 chrXV 834805 . TC T 5945 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=223;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=64.6795;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.63;MQ0=0;QD=26.66;RPA=5,4;RU=C;SB=-2.490e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,204:223:99:5945,559,0 chrXV 850190 . TA T 2490.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.314;DP=161;FS=1.951;HaplotypeScore=67.6623;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.855;QD=15.47;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.607;SB=-1.097e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,124:161:99:2533,254,0 chrXV 850738 . GA G 3924 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=191.9517;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.53;MQ0=0;QD=30.90;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.507e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,116:127:99:3924,343,0 chrXV 850792 . AT A 2825.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=434.0272;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;QD=22.98;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.375e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,115:123:99:2868,330,0 chrXV 865208 . GCGA G 7233 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=44.7244;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.99;MQ0=0;QD=46.66;RPA=2,1;RU=CGA;SB=-3.023e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,145:155:99:7233,433,0 chrXV 867573 . CT C 3732 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=169;FS=0.000;HaplotypeScore=54.2423;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=22.08;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.381e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,159:169:99:3732,438,0 chrXV 868065 . T TAC 3552 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.498;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=875.4620;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.697;QD=37.39;ReadPosRankSum=1.215;SB=-1.689e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,83:95:99:3552,243,0 chrXV 869003 . C CT 2324.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.317;DP=113;FS=3.452;HaplotypeScore=33.5599;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=1.509;QD=20.57;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.726;SB=-1.060e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,91:113:99:2367,255,0 chrXV 874716 . CA C 2297.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=171.5915;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.46;MQ0=0;QD=18.84;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.027e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,107:122:99:2340,290,0 chrXV 889755 . A AAAAAAAAC 3812 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=168.7495;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.84;MQ0=0;QD=54.46;SB=-9.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,48:70:99:3812,171,0 chrXV 892379 . C CTTT 7581 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=177;FS=0.000;HaplotypeScore=270.8953;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.13;MQ0=0;QD=42.83;RPA=4,7;RU=T;SB=-3.694e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,152:177:99:7581,479,0 chrXV 892648 . G GTTT,GTT 1797.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.577;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=124.1821;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.982;QD=22.47;RPA=10,13,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.444;SB=-9.183e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:13,8,53:80:82:1876,812,690,227,0,82 chrXV 894338 . A AT 1229.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.315;DP=99;FS=25.876;HaplotypeScore=94.3192;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=1.067;QD=12.42;RPA=14,15;RU=T;ReadPosRankSum=-0.685;SB=-2.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,62:98:99:1272,100,0 chrXV 895720 . CCTT C 4900 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=440.7823;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.30;MQ0=0;QD=38.58;RPA=5,4;RU=CTT;SB=-1.936e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,107:127:99:4900,316,0 chrXV 901655 . AT A 2128.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=189.0396;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.61;MQ0=0;QD=20.08;RPA=10,9;RU=T;SB=-5.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,97:106:99:2171,275,0 chrXV 903142 . C CT 4024 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=469.6174;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.32;MQ0=0;QD=28.14;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.842e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,126:143:99:4024,373,0 chrXV 903654 . TA T 5808 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=177;FS=0.000;HaplotypeScore=729.1952;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.82;MQ0=1;QD=32.81;RPA=2,1;RU=A;SB=-2.674e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,168:176:99:5808,490,0 chrXV 904139 . C CAAA 1949.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.279;DP=84;FS=3.254;HaplotypeScore=123.9506;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.019;QD=23.21;RPA=11,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.846;SB=-9.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,48:84:99:1992,158,0 chrXV 905844 . G GT 1354.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.374;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=203.5220;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.717;QD=17.15;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.119;SB=-4.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,58:79:99:1397,150,0 chrXV 907234 . CG C 5658 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=222;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=70.9149;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.29;MQ0=0;QD=25.49;RPA=6,5;RU=G;SB=-1.782e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,200:222:99:5658,559,0 chrXV 907843 . GT G 2372.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=135.2842;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.94;MQ0=0;QD=20.28;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.035e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,103:117:99:2415,291,0 chrXV 908347 . AT A 1395.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=148.1734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;QD=18.86;RPA=9,8;RU=T;SB=-5.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,67:74:99:1438,179,0 chrXV 908671 . A AG 6883 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=214;FS=3.054;HaplotypeScore=311.0944;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.37;MQ0=0;MQRankSum=1.680;QD=32.16;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=1.247;SB=-3.318e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,208:214:99:6883,579,0 chrXV 909301 . TA T 2758.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=103.7468;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=1.664;QD=22.43;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=-1.629;SB=-9.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,110:123:99:2801,285,0 chrXV 911625 . 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C CA 664.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.290;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=116.2849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQ0=0;MQRankSum=0.626;QD=6.72;RPA=15,16;RU=A;ReadPosRankSum=-1.756;SB=-2.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,49:99:99:704,0,180 chrXV 930504 . A AG 1713.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.072;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=235.9991;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.672;QD=19.70;ReadPosRankSum=1.844;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,47:87:99:1756,172,0 chrXV 931340 . G GA 2184.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=242.4151;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.77;MQ0=0;QD=22.30;RPA=6,7;RU=A;SB=-9.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,67:98:99:2227,248,0 chrXV 931347 . T TA 1890.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=330.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.10;MQ0=0;QD=17.84;RPA=9,10;RU=A;SB=-8.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,77:106:99:1933,229,0 chrXV 931680 . T TCATC 7445 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=731.0132;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.94;MQ0=0;QD=52.43;SB=-3.547e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,119:142:99:7445,382,0 chrXV 944458 . CT C 1279.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.229;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=249.1460;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.09;MQ0=0;MQRankSum=1.565;QD=11.23;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.509;SB=-2.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,65:113:99:1322,177,0 chrXV 949236 . T TA 1949.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.680;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=123.2250;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=0.285;QD=19.50;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.548;SB=-7.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,76:100:99:1992,213,0 chrXV 949440 . CT C 4350 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=178;FS=0.000;HaplotypeScore=557.7573;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.45;MQ0=0;QD=24.44;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.491e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,165:178:99:4350,468,0 chrXV 954193 . A AC 1957.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=153.5215;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=33.76;RPA=1,2;RU=C;SB=-8.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,54:58:99:2000,162,0 chrXV 960334 . A AT 2434.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=363.2760;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.44;MQ0=0;QD=22.14;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.210e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,93:110:99:2477,279,0 chrXV 960639 . GA G 3100.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=309.8594;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;QD=35.24;SB=-5.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,86:88:99:3143,247,0 chrXV 960775 . TAA T,TA 502.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=24.7528;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.40;MQ0=0;QD=11.43;RPA=15,13,14;RU=A;SB=-1.702e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:9,7,0:44:67:581,396,459,150,0,67 chrXV 966334 . ATT A 3112.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=954.9339;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.12;MQ0=0;QD=27.79;RPA=9,7;RU=T;SB=-1.156e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,90:112:99:3155,271,0 chrXV 966571 . C CT 1202.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=242.9391;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.70;MQ0=0;QD=23.13;RPA=6,7;RU=T;SB=-2.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,50:52:99:1245,135,0 chrXV 968122 . G GA 3335 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=460.4491;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.46;MQ0=0;QD=25.85;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.487e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,114:129:99:3335,348,0 chrXV 968269 . G GGTGCGTGGGC 7676 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=297.6321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.70;MQ0=0;QD=56.03;RPA=1,2;RU=GTGCGTGGGC;SB=-3.746e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:65,38:137:99:7676,242,0 chrXV 968715 . T TG 3381 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=42.2886;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.16;MQ0=0;QD=28.18;RPA=2,3;RU=G;SB=-1.675e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,110:120:99:3381,310,0 chrXV 969417 . A ATTC 3737 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=206.8229;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.49;MQ0=0;QD=51.90;RPA=1,2;RU=TTC;SB=-1.134e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,69:72:99:3737,211,0 chrXV 969636 . AT A 5406 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=180;FS=0.000;HaplotypeScore=540.2687;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.81;MQ0=0;QD=30.03;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.809e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,164:179:99:5406,478,0 chrXV 969713 . TA T 3597 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=464.2609;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.53;MQ0=0;QD=23.51;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.329e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,129:152:99:3597,393,0 chrXV 969875 . C CG 4121 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.244;DP=215;DS;FS=137.190;HaplotypeScore=5157.0787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.800;QD=19.17;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=-0.022;SB=-1.726e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,125:215:99:4121,0,1224 chrXV 969888 . C CA 2443.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.170;DP=192;DS;FS=117.171;HaplotypeScore=5292.0505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.301;QD=12.73;ReadPosRankSum=1.022;SB=-8.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,109:192:99:2483,0,1587 chrXV 969889 . CGT C 3119.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.598;DP=171;DS;FS=110.856;HaplotypeScore=4715.0639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.690;QD=18.25;ReadPosRankSum=2.541;SB=-1.064e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,109:171:99:3159,0,2255 chrXV 976272 . A AT 2232.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=205.8648;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.45;MQ0=0;QD=30.18;RPA=3,4;RU=T;SB=-7.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,69:74:99:2275,214,0 chrXV 976495 . TA T 2785.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=366.0906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.46;MQ0=0;QD=29.96;SB=-1.391e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:2828,250,0 chrXV 976779 . A AT 1610.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=32.5635;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.07;MQ0=0;QD=20.92;RPA=9,10;RU=T;SB=-3.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,71:77:99:1653,195,0 chrXV 976990 . AT A 1137.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.884;DP=75;FS=2.591;HaplotypeScore=271.0227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.33;MQ0=0;MQRankSum=0.684;QD=15.17;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.050;SB=-4.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,48:75:99:1180,126,0 chrXV 977029 . C CTTT 1905.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=250.6131;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.41;MQ0=0;QD=21.17;RPA=12,15;RU=T;SB=-7.494e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:54,23:90:99:1947,170,0 chrXV 978149 . CAA C 2767.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=48.6058;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.14;MQ0=1;MQRankSum=-0.984;QD=23.46;RPA=12,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.535;SB=-1.326e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,94:117:99:2810,261,0 chrXV 979485 . A AATAC 8570 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=695.4014;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.99;MQ0=0;QD=54.94;RPA=1,2;RU=ATAC;SB=-3.099e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,142:156:99:8570,421,0 chrXV 979898 . AG A 2020.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=192.9384;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.96;MQ0=0;QD=29.72;SB=-4.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2063,195,0 chrXV 980787 . CT C 1989.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=52.1950;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.20;MQ0=0;QD=20.52;RPA=7,6;RU=T;SB=-8.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,86:97:99:2032,240,0 chrXV 981539 . ATTTT A 4162 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=843.5011;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.96;MQ0=0;QD=49.55;RPA=10,6;RU=T;SB=-1.518e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,73:84:99:4162,229,0 chrXV 981552 . AC A 2333.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=1069.2053;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.83;MQ0=0;QD=29.17;SB=-9.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,75:80:99:2376,231,0 chrXV 984799 . A AC 3145.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.655;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=123.8312;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.14;MQ0=0;MQRankSum=1.655;QD=32.77;ReadPosRankSum=1.655;SB=-1.212e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,89:96:99:3188,251,0 chrXV 986677 . AAAGAAAAAAGGAAACCAAAAGG A 9560 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=70.0828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.15;MQ0=0;QD=99.58;SB=-4.691e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,73:96:99:9560,207,0 chrXV 988847 . G GA 2051.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.086;DP=133;FS=3.372;HaplotypeScore=340.3237;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.134;QD=15.43;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.912;SB=-8.968e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,78:133:99:2094,220,0 chrXV 989706 . G GAA 1271.17 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.012;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=238.4416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.25;MQ0=0;MQRankSum=-2.049;QD=13.52;RPA=13,15;RU=A;ReadPosRankSum=0.316;SB=-4.562e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,50:94:2:1309,0,2 chrXV 994943 . C CTTTTT,CTTTTTT 2365.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.216;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=119.0078;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.59;MQ0=0;MQRankSum=0.184;QD=31.13;RPA=12,17,18;RU=T;ReadPosRankSum=-1.069;SB=-6.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:32,30,6:76:90:2444,222,90,451,0,329 chrXV 998345 . AATAT A 370.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=60.7642;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=12.79;RPA=10,8;RU=AT;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,11:28:24:413,24,0 chrXV 1003553 . CT C 4127 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=308.7087;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.83;MQ0=0;QD=35.58;SB=-1.584e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,112:116:99:4127,331,0 chrXV 1004260 . T TA 1163.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=272.8512;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.20;MQ0=0;QD=17.37;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,32:67:99:1206,147,0 chrXV 1004261 . T TA 822.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.939;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=298.2284;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.31;MQ0=0;MQRankSum=0.855;QD=13.49;ReadPosRankSum=2.064;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,31:61:99:865,105,0 chrXV 1004274 . A AT 772.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=297.2534;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.35;MQ0=0;QD=14.58;RPA=8,9;RU=T;SB=-3.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,34:51:96:815,96,0 chrXV 1004485 . AT A 1242.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=227.1381;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.40;MQ0=0;QD=19.73;RPA=10,9;RU=T;SB=-3.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,57:63:99:1285,164,0 chrXV 1005030 . A AT 1940.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=26.5946;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.58;MQ0=0;QD=21.57;RPA=8,9;RU=T;SB=-7.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,77:90:99:1983,231,0 chrXV 1012866 . T TAAC 3130.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=17.5039;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.03;MQ0=0;QD=46.04;RPA=1,2;RU=AAC;SB=-1.085e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,61:68:99:3173,181,0 chrXV 1013025 . CTATATA C 1912.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=10.8722;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=57.97;RPA=9,6;RU=TA;SB=-4.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,22:33:81:1955,81,0 chrXV 1016055 . T TTCTTGG 11007 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=242.1846;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.82;MQ0=0;QD=81.53;SB=-5.338e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,114:135:99:11007,376,0 chrXV 1019100 . G GAAAGCCAGTGATCA 18385 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=639.0274;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.58;MQ0=0;QD=140.34;SB=-6.653e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:49,82:131:99:18385,379,0 chrXV 1019122 . A AC 4958 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=1352.5722;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.78;MQ0=0;QD=33.50;RPA=1,2;RU=C;SB=-2.349e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,135:148:99:4958,415,0 chrXV 1019971 . T TA 250.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.678;DP=17;FS=3.123;HaplotypeScore=167.9777;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.25;MQ0=0;MQRankSum=1.283;QD=14.76;ReadPosRankSum=1.875;SB=-1.442e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,11:17:25:293,25,0 chrXV 1019972 . T TA 143.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.869;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=213.2025;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.10;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=7.53;RPA=3,4;RU=A;ReadPosRankSum=1.159;SB=-8.609e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,10:19:21:185,21,0 chrXV 1019999 . A ATTT 1530.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.636;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=322.7234;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.26;MQ0=0;MQRankSum=0.963;QD=41.38;RPA=3,6;RU=T;ReadPosRankSum=0.096;SB=-1.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,33:37:99:1573,104,0 chrXV 1023212 . T TG 5552 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=234.7339;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.35;MQ0=0;QD=37.77;SB=-2.630e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,145:147:99:5552,421,0 chrXV 1023318 . C CG 4362 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=32.1878;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.62;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.686e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,119:126:99:4362,346,0 chrXV 1031350 . C CT 2160.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=267.0260;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.96;MQ0=0;QD=22.99;RPA=7,8;RU=T;SB=-9.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,86:94:99:2203,249,0 chrXV 1036136 . CTGT C 4253 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=201;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=579.6534;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.88;MQ0=0;QD=21.16;RPA=11,10;RU=TGT;SB=-1.610e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:88,107:201:99:4253,301,0 chrXV 1036615 . GT G 2412.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.487;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=274.9335;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.96;MQ0=0;MQRankSum=1.166;QD=15.18;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.059;SB=-1.170e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,116:159:99:2455,292,0 chrXV 1037549 . ATAG A 57.93 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=113.8232;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.24;MQ0=0;QD=3.86;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,11:15:9:99,9,0 chrXV 1039487 . CT C 5542 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=200;FS=0.000;HaplotypeScore=76.7474;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.30;MQ0=0;QD=27.71;RPA=4,3;RU=T;SB=-2.589e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,188:200:99:5542,553,0 chrXV 1039718 . TG T 3301 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=252.3016;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;QD=22.61;RPA=8,7;RU=G;SB=-1.078e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,125:146:99:3301,345,0 chrXV 1044946 . TA T 3548 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=183;FS=0.000;HaplotypeScore=277.2316;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.75;MQ0=0;QD=19.39;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.719e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,159:183:99:3548,443,0 chrXV 1045479 . CA C 5482 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=653.6843;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.56;MQ0=0;QD=34.92;RPA=2,1;RU=A;SB=-2.493e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,153:157:99:5482,454,0 chrXV 1045626 . TA T 3611 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=512.7965;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.11;MQ0=0;QD=30.86;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.423e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,116:117:99:3611,343,0 chrXV 1051056 . T TAAG 6154 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=204.2933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.18;MQ0=0;QD=45.59;RPA=1,2;RU=AAG;SB=-2.788e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,120:135:99:6154,349,0 chrXV 1053326 . G GAA 2689.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=560.6122;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.09;MQ0=0;QD=34.05;RPA=3,5;RU=A;SB=-5.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,74:79:99:2732,211,0 chrXV 1053458 . G GAA 1060.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=219.9184;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.70;MQ0=0;QD=30.31;RPA=5,7;RU=A;SB=-3.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,29:35:87:1103,87,0 chrXV 1053604 . AG A 370.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=200.7023;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.84;MQ0=0;QD=24.73;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45:413,45,0 chrXV 1053607 . CT C 424.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=202.1477;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.73;MQ0=0;QD=26.56;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,15:16:48:467,48,0 chrXV 1053904 . GCGCAT G 5881 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=446.6401;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.07;MQ0=0;QD=58.23;RPA=2,1;RU=CGCAT;SB=-2.315e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,84:101:99:5881,259,0 chrXV 1053972 . TG T 3448 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=479.7295;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.27;MQ0=0;QD=31.93;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.378e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,98:108:99:3448,283,0 chrXV 1054203 . TC T 2968.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=373.1803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.17;MQ0=0;QD=27.24;SB=-1.270e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,105:109:99:3011,300,0 chrXV 1054689 . C CT 3286 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=34.8925;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.43;MQ0=0;QD=26.08;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.519e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,111:126:99:3286,339,0 chrXV 1055368 . G GA 3350 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=597.7660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.62;MQ0=0;QD=28.39;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.483e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,109:118:99:3350,328,0 chrXV 1055376 . CT C 2651.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=725.7950;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.43;MQ0=0;QD=20.72;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.308e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,114:128:99:2694,329,0 chrXV 1058392 . T TA 3103.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=770.5126;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.84;MQ0=0;QD=23.16;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.557e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,112:133:99:3146,366,0 chrXV 1058396 . T TA 3726 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.218;DP=133;FS=2.166;HaplotypeScore=708.4704;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.59;MQ0=0;MQRankSum=1.750;QD=28.02;ReadPosRankSum=2.912;SB=-1.769e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,113:132:99:3726,342,0 chrXV 1058879 . AT A 2228.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.149;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=307.5873;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.463;QD=16.76;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.423;SB=-9.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,113:133:99:2271,276,0 chrXV 1060154 . T TTCA 755.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=335.9413;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.93;MQ0=0;QD=21.00;RPA=4,5;RU=TCA;SB=-4.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,18:36:51:798,51,0 chrXV 1060374 . G GA 2279.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=404.8930;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.97;MQ0=0;QD=22.14;RPA=6,7;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,88:102:99:2322,261,0 chrXV 1060403 . T TA 3160.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=504.6828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.10;MQ0=0;QD=24.69;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,122:128:99:3203,345,0 chrXV 1060555 . G GGAA 9641 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=216;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=272.0310;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.99;MQ0=0;QD=44.63;RPA=2,3;RU=GAA;SB=-4.108e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,193:215:99:9641,575,0 chrXV 1061185 . CA C 1952.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.953;DP=129;FS=1.585;HaplotypeScore=91.3126;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=0.225;QD=15.14;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.410;SB=-9.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,105:129:99:1995,150,0 chrXV 1063875 . A AAT 5063 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=409.9254;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.00;MQ0=0;QD=39.25;RPA=1,2;RU=AT;SB=-2.488e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,121:129:99:5063,358,0 chrXV 1065920 . AGAAAC A 8410 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=1517.6467;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.13;MQ0=0;QD=52.24;SB=-3.828e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,140:161:99:8410,438,0 chrXV 1066059 . G GAGATTATA 11603 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=644.0407;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.11;MQ0=0;QD=94.33;SB=-4.631e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,91:123:99:11603,337,0 chrXV 1068540 . TAACGTCTCCTG T 8268 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=620.6931;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.75;MQ0=0;QD=113.26;SB=-3.376e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,65:73:99:8268,190,0 chrXV 1070277 . C CA 2490.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=318.6780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.11;MQ0=14;QD=21.66;RPA=2,3;RU=A;SB=-7.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,111:79:99:2533,226,0 chrXV 1070484 . TG T 1832.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=987.2217;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.55;MQ0=0;QD=27.77;SB=-6.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,65:50:99:1875,147,0 chrXV 1071028 . TAA T 1909.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=811.8194;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.62;MQ0=2;QD=21.22;RPA=13,11;RU=A;SB=-7.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,65:85:99:1952,192,0 chrXV 1071491 . GAGCC G 2374.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.628;DP=124;FS=62.428;HaplotypeScore=1406.4482;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.64;MQ0=14;MQRankSum=4.125;QD=19.15;ReadPosRankSum=1.712;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,51:94:99:2414,0,1390 chrXV 1071499 . TTCCAGAA T 4027 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.043;DP=106;FS=97.244;HaplotypeScore=1045.2067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.87;MQ0=14;MQRankSum=6.512;QD=37.99;ReadPosRankSum=-0.564;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,51:76:99:4027,0,2233 chrXV 1071687 . AT A 291.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.609;DP=131;FS=1.285;HaplotypeScore=252.6596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.77;MQ0=19;MQRankSum=-2.734;QD=2.23;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=-0.350;SB=-1.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,58:53:99:331,0,829 chrXV 1072156 . CT C 510.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.264;DP=246;DS;FS=1.371;HaplotypeScore=100.5678;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.98;MQ0=71;MQRankSum=-0.498;QD=2.08;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=1.998;SB=-5.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:132,108:89:99:550,0,985 chrXV 1074021 . T TA 1709.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=254.4805;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;QD=20.12;RPA=8,9;RU=A;SB=-2.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,68:85:99:1752,201,0 chrXV 1074077 . TA T 1367.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.397;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=530.4775;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.486;QD=13.82;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.692;SB=-5.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,76:99:99:1410,131,0 chrXV 1074705 . C CCAG 5114 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-4.982;DP=133;FS=5.333;HaplotypeScore=153.6334;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.73;MQ0=5;MQRankSum=3.308;QD=38.45;ReadPosRankSum=1.734;SB=-1.896e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,114:128:73:5114,73,0 chrXV 1076153 . GATTATGAAGTT G 2327.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=198.1977;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.01;MQ0=0;QD=31.89;SB=-4.800e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,68:30:63:2370,63,0 chrXV 1077950 . CTTTTTTT C 2517.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=536.3554;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.49;MQ0=10;QD=21.52;RPA=19,12;RU=T;SB=-1.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,66:70:99:2560,120,0 chrXVI 6601 . CT C 1648.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=1109.2357;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=15.01;MQ0=24;QD=20.36;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,56:44:99:1691,132,0 chrXVI 6637 . C CA 1007.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.209;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=1073.9947;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.58;MQ0=2;MQRankSum=-0.360;QD=19.02;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.752;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,45:39:83:1050,83,0 chrXVI 12828 . TAA T 3842 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=180;FS=0.000;HaplotypeScore=435.7350;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.98;MQ0=23;QD=21.34;RPA=13,11;RU=A;SB=-4.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,145:151:99:3842,384,0 chrXVI 13174 . TAA T 433.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=113.2466;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.37;MQ0=3;QD=20.66;RPA=13,11;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:16:48:476,48,0 chrXVI 15500 . A AGC 211.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.166;DP=17;FS=20.792;HaplotypeScore=42.2169;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.61;MQ0=2;MQRankSum=2.166;QD=12.47;ReadPosRankSum=2.166;SB=-2.943e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,6:14:56:251,0,56 chrXVI 16367 . CTGGTGG C 6875 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-9.851;DP=198;FS=5.305;HaplotypeScore=473.3988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.49;MQ0=8;MQRankSum=4.235;QD=34.72;RPA=8,6;RU=TGG;ReadPosRankSum=3.676;SB=-2.988e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:104,94:190:99:6875,0,2286 chrXVI 17897 . A AT 3214.93 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=632.1506;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.22;MQ0=19;QD=26.14;RPA=2,3;RU=T;SB=-5.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,117:104:99:3257,307,0 chrXVI 19181 . TA T 95.48 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=55.2278;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=12.97;MQ0=20;QD=3.82;RPA=3,2;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,10:5:12:137,12,0 chrXVI 19619 . A AT 2708.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=1061.6700;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.39;MQ0=0;QD=33.44;SB=-8.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:80:99:2751,232,0 chrXVI 19887 . G GT 2184.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=502.9017;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.93;MQ0=0;QD=20.81;RPA=7,8;RU=T;SB=-8.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,84:105:99:2227,258,0 chrXVI 19930 . CTT C 1765.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=493.9389;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.32;MQ0=0;QD=22.07;RPA=11,9;RU=T;SB=-7.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,55:80:99:1808,162,0 chrXVI 20166 . A ATTTATGACGCCAGT 9097 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=556.1022;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.77;MQ0=0;QD=124.62;SB=-4.512e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:73:99:9097,208,0 chrXVI 20703 . G GT 1386.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.956;DP=71;FS=3.245;HaplotypeScore=544.2918;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.51;MQ0=0;MQRankSum=1.613;QD=19.53;ReadPosRankSum=0.478;SB=-6.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,55:71:99:1429,154,0 chrXVI 20873 . C CA 1555.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=399.5849;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.39;MQ0=0;QD=26.37;RPA=4,5;RU=A;SB=-5.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,56:59:99:1598,168,0 chrXVI 21432 . CAA C 6536 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=173;FS=0.000;HaplotypeScore=214.1813;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.19;MQ0=0;QD=37.78;RPA=5,3;RU=A;SB=-2.952e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,167:173:99:6536,488,0 chrXVI 22264 . 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TA T 5550 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=199;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1757.2030;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.87;MQ0=0;QD=27.89;RPA=4,3;RU=A;SB=-2.516e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,180:199:99:5550,559,0 chrXVI 29000 . GA G 5513 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=189;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1864.5267;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.53;MQ0=0;QD=29.17;RPA=3,2;RU=A;SB=-2.672e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,159:189:99:5513,490,0 chrXVI 29604 . CA C 2998.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=348.1092;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.64;MQ0=0;QD=20.13;RPA=10,9;RU=A;SB=-1.407e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,136:149:99:3041,385,0 chrXVI 38889 . G GAAC 2834.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=367.8474;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.77;MQ0=0;QD=41.09;SB=-6.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,61:69:99:2877,183,0 chrXVI 40127 . G GAA 2667.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.492;DP=121;FS=3.397;HaplotypeScore=64.4747;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=1.076;QD=22.05;RPA=10,12;RU=A;ReadPosRankSum=-1.112;SB=-1.206e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,82:121:99:2710,229,0 chrXVI 41010 . G GA 4934 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=182;FS=0.000;HaplotypeScore=947.5097;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.85;MQ0=0;QD=27.11;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.985e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,174:182:99:4934,496,0 chrXVI 42940 . A AT 1575.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=106.7760;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.07;MQ0=0;QD=26.27;RPA=3,4;RU=T;SB=-7.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1618,165,0 chrXVI 44495 . TAAA T 3786 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=137.5240;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.51;MQ0=0;QD=34.42;RPA=12,9;RU=A;SB=-1.563e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,100:110:99:3786,265,0 chrXVI 46581 . A AT 897.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.657;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=508.8855;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.31;MQ0=0;MQRankSum=0.488;QD=10.95;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.286;SB=-4.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,39:82:63:940,63,0 chrXVI 46594 . ATTTTTT A 4088 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.569;DP=102;FS=4.771;HaplotypeScore=392.1490;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.005;QD=40.08;RPA=16,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.088;SB=-1.289e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,68:102:99:4088,199,0 chrXVI 51233 . T TA 3915 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=36.3517;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.31;MQ0=0;QD=33.18;SB=-1.550e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,110:118:99:3915,310,0 chrXVI 53077 . T TG 898.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=229.1028;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.08;MQ0=0;QD=23.05;RPA=1,2;RU=G;SB=-2.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,31:39:84:941,84,0 chrXVI 53084 . A AATATAT 503.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=223.0448;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.38;MQ0=0;QD=17.38;RPA=6,9;RU=AT;SB=-2.558e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,6:29:27:546,27,0 chrXVI 53165 . A ACG 3324 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=229.2277;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.18;MQ0=0;QD=46.17;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:3324,211,0 chrXVI 55604 . CAT C 5615 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=268.4725;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.24;MQ0=0;QD=41.59;SB=-2.471e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,125:135:99:5615,370,0 chrXVI 56116 . A AG 1266.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=160.5656;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.87;MQ0=0;QD=34.24;SB=-6.100e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:99:1309,111,0 chrXVI 56354 . A AT 253.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=94.7576;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.75;MQ0=0;QD=14.11;RPA=1,2;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,14:14:30:296,30,0 chrXVI 62951 . T TA 2407.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=836.2560;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.45;MQ0=0;QD=30.87;RPA=1,2;RU=A;SB=-9.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,71:78:99:2450,208,0 chrXVI 62973 . C CT 3305 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=959.3151;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.23;MQ0=0;QD=39.35;SB=-1.481e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:3305,253,0 chrXVI 63240 . TC T 3471 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.348;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=231.0066;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.966;QD=25.71;RPA=4,3;RU=C;ReadPosRankSum=0.071;SB=-1.582e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,124:135:99:3471,355,0 chrXVI 64173 . TAACTGCTA T 5987 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=691.1886;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.70;MQ0=0;QD=93.55;SB=-1.084e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,56:64:99:5987,169,0 chrXVI 64240 . C CA 4413 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=1140.8028;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.57;MQ0=0;QD=29.42;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.983e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,141:150:99:4413,412,0 chrXVI 64353 . TTTCTTTGAAAACACCAG T 7968 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=594.9050;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.87;MQ0=0;QD=110.67;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,38:72:99:7968,172,0 chrXVI 73060 . G GT 5458 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;FS=0.000;HaplotypeScore=350.1050;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.38;MQ0=0;QD=33.48;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.755e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,160:163:99:5458,469,0 chrXVI 73929 . GT G 2059.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;DP=111;FS=7.286;HaplotypeScore=77.5984;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.362;QD=18.56;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.742;SB=-3.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,95:111:99:2102,247,0 chrXVI 76354 . C CCT 4620 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.051;DP=215;DS;FS=2.276;HaplotypeScore=472.0716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.60;MQ0=0;MQRankSum=-2.159;QD=21.49;RPA=9,10;RU=CT;ReadPosRankSum=-0.287;SB=-1.365e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,146:215:99:4620,0,152 chrXVI 76572 . AAAAC A 9096 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=218;FS=0.000;HaplotypeScore=862.5747;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.816;QD=41.72;ReadPosRankSum=1.530;SB=-2.949e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,207:218:99:9096,563,0 chrXVI 79147 . A ATTTTCCTCG 16394 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=167;FS=0.000;HaplotypeScore=490.0158;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.31;MQ0=0;QD=98.17;SB=-6.528e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:52,106:167:99:16394,461,0 chrXVI 79445 . CT C 2662.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.299;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=202.4691;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.24;MQ0=0;MQRankSum=1.577;QD=18.75;RPA=8,7;RU=T;ReadPosRankSum=1.052;SB=-1.212e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,114:141:99:2705,323,0 chrXVI 79513 . G GC 4458 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=414.9418;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.38;MQ0=0;QD=35.66;SB=-2.003e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,118:125:99:4458,355,0 chrXVI 85401 . TCAAAA T 5607 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.187;DP=115;FS=3.100;HaplotypeScore=610.2084;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.286;QD=48.76;ReadPosRankSum=1.530;SB=-2.611e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,96:115:99:5607,288,0 chrXVI 88075 . G GT 6033 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=212;FS=0.000;HaplotypeScore=582.9901;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.29;MQ0=0;QD=28.46;RPA=2,3;RU=T;SB=-2.908e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,191:212:99:6033,571,0 chrXVI 88155 . T TC 4892 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=306.6593;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.83;MQ0=0;QD=30.77;RPA=1,2;RU=C;SB=-1.825e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,136:159:99:4892,421,0 chrXVI 96159 . C CA 2101.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=374.9164;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.00;MQ0=0;QD=19.83;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.005e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,92:106:99:2144,249,0 chrXVI 96421 . CTTAT C 8876 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=174;FS=0.000;HaplotypeScore=678.0492;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.35;MQ0=0;QD=51.01;RPA=2,1;RU=TTAT;SB=-3.996e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,164:174:99:8876,469,0 chrXVI 99015 . A AGGG 554.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.387;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=187.4672;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.28;MQ0=0;MQRankSum=0.347;QD=13.21;RPA=1,4;RU=G;ReadPosRankSum=-1.214;SB=-2.719e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,21:42:47:597,47,0 chrXVI 99456 . G GA 2293.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.060;DP=131;FS=2.673;HaplotypeScore=50.9896;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.19;MQ0=0;MQRankSum=1.523;QD=17.51;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.158;SB=-8.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,103:131:99:2336,253,0 chrXVI 101482 . A AG 3478 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=32.3706;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;QD=34.78;SB=-1.716e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,99:100:99:3478,286,0 chrXVI 104922 . A AT,ATT 569.40 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.600;DP=38;FS=5.699;HaplotypeScore=70.2019;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=0.800;QD=14.98;RPA=12,13,14;RU=T;ReadPosRankSum=1.333;SB=-1.474e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:9,7,20:37:40:646,370,322,86,0,40 chrXVI 105744 . C CA 4657 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=275.6821;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.10;MQ0=0;QD=32.80;RPA=1,2;RU=A;SB=-2.156e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,131:142:99:4657,397,0 chrXVI 105983 . GA G 3520 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=927.7680;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.52;MQ0=0;QD=22.71;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.706e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,139:155:99:3520,408,0 chrXVI 108395 . AT A 3008.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.679;DP=155;FS=4.838;HaplotypeScore=190.7131;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.49;MQ0=0;MQRankSum=1.441;QD=19.41;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.150;SB=-9.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,139:155:99:3051,366,0 chrXVI 115021 . C CT 1997.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=129.8547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.18;RPA=5,6;RU=T;SB=-9.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,76:99:99:2040,225,0 chrXVI 115228 . G GA 2895.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=124.3069;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.41;MQ0=0;QD=22.98;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.334e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,116:126:99:2938,333,0 chrXVI 117204 . G GCAACAGCAACAACAACAGCACCTA 20999 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=47.9237;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.77;MQ0=0;QD=167.99;SB=-5.764e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,14:125:99:20999,322,0 chrXVI 120046 . C CA 1333.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.113;DP=76;FS=2.655;HaplotypeScore=142.2365;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-2.015;QD=17.55;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.916;SB=-2.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,60:76:99:1376,114,0 chrXVI 120080 . A AT 1498.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.758;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=237.4261;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=0.541;QD=19.99;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.974;SB=-4.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,62:75:99:1541,166,0 chrXVI 120119 . GTAA G 1423.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=160.9144;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.94;MQ0=0;QD=24.55;RPA=5,4;RU=TAA;SB=-7.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,40:58:99:1466,102,0 chrXVI 125440 . G GC 6781 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=198;FS=0.000;HaplotypeScore=63.1342;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.85;MQ0=0;QD=34.25;SB=-3.037e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,192:198:99:6781,560,0 chrXVI 125711 . T TTATG 7106 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=119.9303;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.64;MQ0=1;QD=54.66;RPA=1,2;RU=TATG;SB=-2.728e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,121:129:99:7106,352,0 chrXVI 126540 . TATAC T 863.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=26.4309;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.28;MQ0=0;QD=37.56;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,18:23:57:906,57,0 chrXVI 128033 . T TAAC 9312 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=201;FS=0.000;HaplotypeScore=287.7547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.06;MQ0=0;QD=46.33;RPA=1,2;RU=AAC;SB=-3.315e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,178:201:99:9312,536,0 chrXVI 132456 . T TAA 684.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.890;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=20.4150;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.35;MQ0=0;MQRankSum=0.421;QD=13.17;RPA=16,18;RU=A;ReadPosRankSum=-0.515;SB=-5.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,9:52:73:727,73,0 chrXVI 138306 . TTA T 174.98 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.262;DP=17;FS=5.643;HaplotypeScore=16.4956;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.38;MQ0=0;MQRankSum=0.978;QD=10.29;ReadPosRankSum=-2.262;SB=0.259 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,11:16:26:214,0,26 chrXVI 138809 . AT A 2318.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=43.5049;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.26;MQ0=0;QD=18.70;RPA=11,10;RU=T;SB=-9.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,108:124:99:2361,307,0 chrXVI 139592 . ATG A 357.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=144.7724;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.77;MQ0=0;QD=17.05;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,7:21:39:400,39,0 chrXVI 139607 . TATAC T 845.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=151.0950;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;QD=26.44;SB=-5.000e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,25:32:72:888,72,0 chrXVI 143516 . C CG 5361 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=264.3790;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.70;MQ0=0;QD=36.47;SB=-2.083e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,144:147:99:5361,421,0 chrXVI 144689 . AGGAAACGTCGGAAACGTC A 15828 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=227.0319;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.96;MQ0=0;QD=98.31;RPA=4,2;RU=GGAAACGTC;SB=-7.153e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:68,92:161:99:15828,274,0 chrXVI 156310 . T TTTTC 7769 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=618.7999;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.16;MQ0=0;QD=55.10;SB=-3.646e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,130:141:99:7769,412,0 chrXVI 162389 . TA T 124.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.504;DP=26;FS=7.761;HaplotypeScore=187.2370;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.810;QD=4.81;ReadPosRankSum=3.510;SB=-3.100e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,14:26:99:164,0,117 chrXVI 162391 . TATA T 476.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.528;DP=29;FS=1.971;HaplotypeScore=184.5693;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.619;QD=16.41;ReadPosRankSum=1.693;SB=-1.389e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,14:29:22:518,22,0 chrXVI 162466 . TC T 1026.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=368.1095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.49;MQ0=0;QD=22.82;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,27:45:99:1069,123,0 chrXVI 162602 . C CAGA 2923.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=159.2981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.12;MQ0=0;QD=44.30;RPA=1,2;RU=AGA;SB=-8.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:66:99:2966,183,0 chrXVI 164197 . GA G 2654.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=66.0732;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.77;MQ0=0;QD=26.03;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.039e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,91:102:99:2697,270,0 chrXVI 166016 . T TA 2314.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=29.9260;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.84;MQ0=0;QD=27.23;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,76:85:99:2357,222,0 chrXVI 167408 . AC A 3824 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=40.6486;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.00;MQ0=0;QD=30.11;RPA=2,1;RU=C;SB=-1.409e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,124:127:99:3824,340,0 chrXVI 167763 . CTGATCTCA C 6501 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=78.0848;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.77;MQ0=0;QD=82.29;RPA=2,1;RU=TGATCTCA;SB=-2.603e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,72:79:99:6501,205,0 chrXVI 169567 . TGTTCTTTCTATTTTTTC T 10428 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=789.9349;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.96;MQ0=0;QD=97.46;SB=-4.334e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,90:107:99:10428,252,0 chrXVI 171259 . AGT A 4293 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=320.6534;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.96;MQ0=0;QD=36.08;RPA=3,2;RU=GT;SB=-2.129e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,105:119:99:4293,307,0 chrXVI 171314 . T TA 2019.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.864;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=350.5896;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.05;MQ0=0;MQRankSum=1.090;QD=18.20;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.581;SB=-9.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,81:111:99:2062,225,0 chrXVI 176002 . GT G 3172.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=361.9678;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.00;MQ0=0;QD=27.12;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.145e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,112:117:99:3215,322,0 chrXVI 176072 . CTT C 4062 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=505.6555;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.56;MQ0=0;QD=36.59;RPA=5,3;RU=T;SB=-1.893e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,104:111:99:4062,307,0 chrXVI 176140 . GA G 2103.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=394.9135;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.59;MQ0=0;QD=17.68;RPA=10,9;RU=A;SB=-6.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,89:119:99:2146,269,0 chrXVI 181192 . GT G 509.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.455;DP=108;FS=1.979;HaplotypeScore=42.4463;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.698;QD=4.72;RPA=15,14;RU=T;ReadPosRankSum=1.164;SB=-2.388e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:62,36:108:3:549,3,0 chrXVI 182597 . T TA 2301.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=47.9063;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.14;MQ0=0;QD=18.56;RPA=9,10;RU=A;SB=-9.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,105:124:99:2344,287,0 chrXVI 185395 . CTGTTGT C 9511 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=247;FS=0.000;HaplotypeScore=1125.3169;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.76;MQ0=0;QD=38.51;RPA=8,6;RU=TGT;SB=-2.835e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:56,186:247:99:9511,543,0 chrXVI 187313 . C CCTTCTTCTTCTT 11054 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=213;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=893.8283;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.24;MQ0=0;QD=51.90;RPA=10,14;RU=CTT;SB=-3.199e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:80,131:213:99:11054,385,0 chrXVI 188685 . GA G 3214.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=207.6263;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=29.49;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.451e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,98:109:99:3257,301,0 chrXVI 188703 . C CA 1881.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.618;DP=107;FS=3.055;HaplotypeScore=340.6728;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.015;QD=17.59;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.663;SB=-9.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,76:107:99:1924,190,0 chrXVI 188788 . TA T 3535 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=344.1202;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.65;MQ0=0;QD=26.38;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.268e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,120:134:99:3535,369,0 chrXVI 192986 . A AG 684.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.702;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=46.1582;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.17;MQ0=0;MQRankSum=0.234;QD=11.05;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=0.140;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,45:62:92:727,92,0 chrXVI 195615 . AT A 2754.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=279.2548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.36;MQ0=0;QD=23.55;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.378e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,110:117:99:2797,318,0 chrXVI 195889 . T TAC 4882 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.273;DP=150;FS=4.804;HaplotypeScore=606.6350;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.63;MQ0=0;MQRankSum=0.482;QD=32.55;RPA=5,6;RU=AC;ReadPosRankSum=-1.159;SB=-1.574e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,133:150:99:4882,362,0 chrXVI 197824 . GA G 1154.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.640;DP=77;FS=3.067;HaplotypeScore=170.6279;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=0.066;QD=15.00;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.243;SB=-5.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,56:77:99:1197,119,0 chrXVI 198912 . AT A 2118.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.546;DP=109;FS=3.250;HaplotypeScore=40.2236;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.173;QD=19.44;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.540;SB=-9.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,95:109:99:2161,253,0 chrXVI 209962 . ATT A 2508.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=181.5916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.85;MQ0=0;QD=30.97;RPA=11,9;RU=T;SB=-1.100e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,78:81:99:2551,229,0 chrXVI 211972 . A ATAAGTGCTTAT 4962 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=318.2565;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.82;MQ0=0;QD=99.24;RPA=1,2;RU=TAAGTGCTTAT;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,28:50:99:4962,129,0 chrXVI 212033 . TTA T 3634 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=453.5193;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.03;MQ0=0;QD=38.25;RPA=2,1;RU=TA;SB=-1.368e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,86:94:99:3634,262,0 chrXVI 212045 . A AC 3898 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=475.8499;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.87;MQ0=0;QD=37.48;SB=-1.513e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,91:103:99:3898,301,0 chrXVI 212901 . TAAAAA T,TA 1439.15 filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=17.1412;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.56;MQ0=0;QD=37.87;RPA=18,13,14;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:5,26,0:38:49:1517,116,49,501,0,417 chrXVI 215231 . A ATAT 6537 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=448.1591;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.71;MQ0=0;QD=48.78;SB=-3.192e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,105:134:99:6537,352,0 chrXVI 215286 . C CA 2845.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=261.1333;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.96;MQ0=0;QD=26.85;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.139e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,93:106:99:2888,294,0 chrXVI 215689 . GA G 877.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.239;DP=87;FS=2.235;HaplotypeScore=156.0483;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=0.895;QD=10.09;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.448;SB=-2.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,46:87:63:920,63,0 chrXVI 228815 . G GA 4619 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=176;FS=0.000;HaplotypeScore=333.3892;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.15;MQ0=0;QD=26.24;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.370e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,166:176:99:4619,469,0 chrXVI 230929 . A AT 2244.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.138;DP=121;FS=2.999;HaplotypeScore=206.1153;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.364;QD=18.55;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.967;SB=-1.053e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,103:121:99:2287,244,0 chrXVI 239118 . GTATA G 494.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=11.7314;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.22;MQ0=0;QD=24.75;RPA=10,8;RU=TA;SB=-2.269e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,10:20:33:537,33,0 chrXVI 241565 . G GTGT 8412 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=173;FS=0.000;HaplotypeScore=400.1149;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.33;MQ0=0;QD=48.62;SB=-3.630e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,146:173:99:8412,475,0 chrXVI 241780 . A AT 3030.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=90.0278;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.03;MQ0=0;QD=22.45;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.490e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,113:135:99:3073,351,0 chrXVI 241882 . TA T 4782 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=186;FS=0.000;HaplotypeScore=59.5532;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.36;MQ0=0;QD=25.71;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.476e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,173:186:99:4782,484,0 chrXVI 246835 . GA G 1120.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.079;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=73.4998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=0.303;QD=10.78;RPA=15,14;RU=A;ReadPosRankSum=0.843;SB=-5.859e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,63:104:90:1163,90,0 chrXVI 246962 . TA T 2249.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=477.5811;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.85;MQ0=0;QD=17.86;RPA=8,7;RU=A;SB=-8.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,103:126:99:2292,276,0 chrXVI 250580 . C CT 2140.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=21.3806;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.80;MQ0=0;QD=31.95;RPA=1,2;RU=T;SB=-7.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,66:67:99:2183,187,0 chrXVI 252294 . CATCATCATT C 10232 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.668;DP=175;FS=3.230;HaplotypeScore=2711.2077;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.17;MQ0=0;MQRankSum=1.069;QD=58.47;ReadPosRankSum=0.171;SB=-4.921e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:112,61:175:99:10232,452,0 chrXVI 252300 . CATT C 7250 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.192;DP=167;FS=3.242;HaplotypeScore=2868.0978;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.20;MQ0=0;MQRankSum=0.292;QD=43.41;ReadPosRankSum=0.045;SB=-3.557e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:69,91:167:99:7250,438,0 chrXVI 252331 . A ATCT 8868 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.120;DP=193;FS=0.000;HaplotypeScore=2748.9652;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.61;MQ0=0;MQRankSum=0.794;QD=45.95;ReadPosRankSum=-0.756;SB=-4.337e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,147:193:99:8868,531,0 chrXVI 254324 . T TA 4801 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=352.5539;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.78;MQ0=0;QD=32.01;SB=-2.329e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,143:150:99:4801,412,0 chrXVI 254760 . TG T 2532.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=562.3139;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.84;MQ0=0;QD=26.11;RPA=5,4;RU=G;SB=-1.061e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,87:97:99:2575,255,0 chrXVI 260986 . CT C 1087.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.053;DP=71;FS=4.523;HaplotypeScore=94.9703;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.89;MQ0=0;MQRankSum=0.442;QD=15.32;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.597;SB=-3.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,63:71:99:1130,128,0 chrXVI 279885 . TA T 2618.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=147.9373;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.20;MQ0=0;QD=21.29;RPA=9,8;RU=A;SB=-8.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,112:122:99:2661,329,0 chrXVI 292535 . A AG 3656 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=44.4186;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.33;MQ0=0;QD=30.21;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.499e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,118:121:99:3656,334,0 chrXVI 296837 . CT C 1520.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.501;DP=163;FS=4.744;HaplotypeScore=127.7362;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=1.589;QD=9.33;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=1.011;SB=-5.392e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:73,73:162:60:1562,60,0 chrXVI 299725 . GA G 3095.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=456.1476;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.88;MQ0=0;QD=21.65;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.129e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,136:143:99:3138,377,0 chrXVI 301276 . TA T 2349.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=649.7928;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.85;MQ0=0;QD=19.75;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.122e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,106:119:99:2392,288,0 chrXVI 302994 . GA G 478.73 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.176;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=132.2564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.02;MQ0=0;MQRankSum=0.628;QD=7.98;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.381;SB=-1.915e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,34:60:0:516,0,0 chrXVI 304088 . A AGTT 7023 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=46.5259;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.10;MQ0=0;QD=47.45;RPA=1,2;RU=GTT;SB=-3.257e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,136:148:99:7023,409,0 chrXVI 306362 . 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C CG 6334 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=176;FS=0.000;HaplotypeScore=401.5539;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.18;MQ0=0;QD=35.99;SB=-2.752e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,164:176:99:6334,479,0 chrXVI 323885 . T TC 3515 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=489.3047;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.55;MQ0=0;QD=28.81;RPA=2,3;RU=C;SB=-1.234e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,118:122:99:3515,340,0 chrXVI 323994 . ATT A 3554 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=514.0760;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.47;MQ0=0;QD=39.49;RPA=4,2;RU=T;SB=-1.280e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,80:90:99:3554,244,0 chrXVI 324163 . CAA C 3128.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=292.8862;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.78;MQ0=0;QD=30.68;RPA=9,7;RU=A;SB=-1.008e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,93:102:99:3171,274,0 chrXVI 324360 . G GA 1913.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=568.3393;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.93;MQ0=0;QD=17.24;RPA=7,8;RU=A;SB=-8.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,90:111:99:1956,230,0 chrXVI 326293 . G GT 2474.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=724.8551;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.80;MQ0=0;QD=20.62;SB=-1.102e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,91:120:99:2517,294,0 chrXVI 326300 . C CT 2894.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=716.8267;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.93;MQ0=0;QD=26.81;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.369e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,95:108:99:2937,292,0 chrXVI 327668 . GA G 1922.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=29.1252;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.00;MQ0=0;QD=18.31;RPA=10,9;RU=A;SB=-6.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,90:105:99:1965,248,0 chrXVI 329095 . GA G 1547.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.377;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=204.3706;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.226;QD=16.83;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.226;SB=-7.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,79:92:99:1590,182,0 chrXVI 329390 . GT G 2079.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.398;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=321.1535;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.88;MQ0=0;MQRankSum=1.273;QD=20.19;RPA=7,6;RU=T;ReadPosRankSum=1.649;SB=-8.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,88:103:99:2122,245,0 chrXVI 345518 . C CA 2813.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.209;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=52.9990;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.548;QD=20.10;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.341;SB=-1.414e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,123:140:99:2856,306,0 chrXVI 347675 . AG A 2999.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=474.3125;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.66;MQ0=0;QD=23.44;RPA=9,8;RU=G;SB=-9.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,115:128:99:3042,340,0 chrXVI 348398 . G GA 3355 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.517;DP=189;FS=0.000;HaplotypeScore=267.5708;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.936;QD=17.75;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.749;SB=-1.336e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,153:189:99:3355,341,0 chrXVI 352495 . C CG 3157.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.935;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=265.8331;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.98;MQ0=0;MQRankSum=1.351;QD=28.45;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=1.559;SB=-1.537e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,104:111:99:3200,295,0 chrXVI 359454 . G GTT 2433.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=491.8217;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.92;MQ0=0;QD=32.45;RPA=2,4;RU=T;SB=-6.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,60:75:99:2476,207,0 chrXVI 359486 . C CT 503.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.423;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=527.4471;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.46;MQ0=0;MQRankSum=0.423;QD=6.54;ReadPosRankSum=1.611;SB=-4.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,27:77:69:546,69,0 chrXVI 359549 . GA G 1213.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=312.2040;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.06;MQ0=0;QD=17.34;RPA=10,9;RU=A;SB=-1.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,59:70:99:1256,159,0 chrXVI 359654 . ATT A 1255.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=249.2219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.41;MQ0=0;QD=26.72;RPA=10,8;RU=T;SB=-5.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,42:47:99:1298,117,0 chrXVI 359898 . C CA 2937.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=646.9772;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.70;MQ0=0;QD=21.93;RPA=6,7;RU=A;SB=-9.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,113:134:99:2980,336,0 chrXVI 378890 . G GCAATTTTACAC 9010 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=202.6466;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.36;MQ0=0;QD=108.55;SB=-7.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,55:83:99:9010,220,0 chrXVI 386559 . AT A 1415.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.782;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=119.1644;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.144;QD=12.53;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.371;SB=-6.269e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,75:113:99:1458,133,0 chrXVI 393885 . GCCGGTT G 9314 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=58.8165;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=75.11;SB=-4.122e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,120:124:99:9314,352,0 chrXVI 396604 . CT C 1823.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.748;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=46.5191;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.34;MQ0=0;MQRankSum=0.279;QD=19.00;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.689;SB=-6.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,83:96:99:1866,200,0 chrXVI 398024 . GTTC G 4544 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=176;FS=0.000;HaplotypeScore=56.3673;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.92;MQ0=0;QD=25.82;RPA=9,8;RU=TTC;SB=-2.034e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:62,111:176:99:4544,313,0 chrXVI 398265 . T TA 1233.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=135.9540;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.01;MQ0=0;QD=15.42;RPA=9,10;RU=A;SB=-4.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,59:80:99:1276,163,0 chrXVI 404723 . TA T 1519.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=326.7211;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.95;MQ0=0;QD=17.88;RPA=7,6;RU=A;SB=-5.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,60:85:99:1562,183,0 chrXVI 404733 . AT A 1384.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=461.1242;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.96;MQ0=0;QD=17.10;RPA=8,7;RU=T;SB=-5.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,56:81:99:1427,180,0 chrXVI 404759 . GTTTT G 1652.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.148;DP=80;FS=2.462;HaplotypeScore=491.9517;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.77;MQ0=0;MQRankSum=1.738;QD=20.66;RPA=19,15;RU=T;ReadPosRankSum=2.441;SB=-6.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,26:80:93:1695,93,0 chrXVI 405194 . TAGA T 4751 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=257.1736;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.71;MQ0=0;QD=46.13;RPA=2,1;RU=AGA;SB=-1.587e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,96:103:99:4751,286,0 chrXVI 406826 . G GA 4362 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=35.3130;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.00;MQ0=0;QD=37.28;SB=-1.997e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,104:117:99:4362,340,0 chrXVI 406959 . G GT 3408 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.026;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=914.4108;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.74;MQ0=0;MQRankSum=0.026;QD=21.99;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.318;SB=-1.415e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,128:155:99:3408,377,0 chrXVI 407659 . CAT C 6412 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=186.8938;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.46;MQ0=0;QD=41.10;RPA=2,1;RU=AT;SB=-2.826e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,150:156:99:6412,439,0 chrXVI 409092 . TA T 5036 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=194.1565;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.02;MQ0=0;QD=33.57;SB=-2.501e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,146:150:99:5036,424,0 chrXVI 411655 . GC G 4378 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=93.0154;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.41;MQ0=0;QD=34.20;RPA=2,1;RU=C;SB=-1.854e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,124:128:99:4378,367,0 chrXVI 425242 . A AG 2867.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.233;DP=138;FS=5.976;HaplotypeScore=395.7896;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.673;QD=20.78;ReadPosRankSum=-0.453;SB=-1.449e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:56,70:138:99:2910,278,0 chrXVI 426048 . 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T TA 4278 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=172;FS=0.000;HaplotypeScore=870.2392;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.12;MQ0=0;QD=24.87;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.505e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,159:172:99:4278,436,0 chrXVI 432333 . G GAT 6415 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=285.6235;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.18;MQ0=0;QD=45.18;SB=-2.906e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,124:142:99:6415,379,0 chrXVI 444542 . C CT 3685 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=51.1297;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.13;MQ0=0;QD=24.90;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.681e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,138:148:99:3685,402,0 chrXVI 450415 . AC A 3568 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=256.5011;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.86;MQ0=0;QD=27.24;RPA=2,1;RU=C;SB=-1.460e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,99:131:99:3568,331,0 chrXVI 451141 . T TG 5351 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=304.6393;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.44;MQ0=0;QD=37.16;SB=-2.469e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,136:144:99:5351,397,0 chrXVI 451496 . TTA T 238.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=36.9188;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.48;MQ0=0;QD=7.97;RPA=8,7;RU=TA;SB=-7.090e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,15:30:24:281,24,0 chrXVI 451649 . G GA 512.18 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.507;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=53.0020;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.389;QD=10.67;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.146;SB=-5.519e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,27:48:10:551,0,10 chrXVI 451804 . A AT 1738.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.882;DP=109;FS=2.086;HaplotypeScore=126.2172;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=0.691;QD=15.95;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.542;SB=-8.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,83:109:99:1781,152,0 chrXVI 453463 . G GA 2002.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=165.4119;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.00;MQ0=0;QD=16.28;RPA=9,10;RU=A;SB=-8.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,98:123:99:2045,251,0 chrXVI 453577 . GCGCGA G 2687.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=88.3961;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.90;MQ0=0;QD=41.35;RPA=4,3;RU=CGCGA;SB=-1.312e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,38:65:99:2730,123,0 chrXVI 453758 . TA T 4209 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=222.4442;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=32.13;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.601e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,128:131:99:4209,355,0 chrXVI 455090 . GA G 4175 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=182;FS=0.000;HaplotypeScore=1099.7522;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.99;MQ0=0;QD=22.94;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.993e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,166:182:99:4175,489,0 chrXVI 455694 . CTACTAT C 3496 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=343.9053;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.32;MQ0=0;QD=43.16;RPA=3,2;RU=TACTAT;SB=-1.169e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,62:81:99:3496,177,0 chrXVI 456671 . GC G 4006 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=326.9343;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.67;MQ0=0;QD=29.67;RPA=4,3;RU=C;SB=-1.228e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,125:135:99:4006,373,0 chrXVI 456724 . A ATT 6183 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=267.5145;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.41;MQ0=0;QD=42.35;RPA=1,3;RU=T;SB=-1.212e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,142:146:99:6183,436,0 chrXVI 458616 . A AT 2456.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=391.4686;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.81;MQ0=1;QD=17.30;RPA=9,10;RU=T;SB=-1.195e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,96:141:99:2499,307,0 chrXVI 458665 . T TA 3114.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=367.6123;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.11;MQ0=1;QD=23.42;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.511e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,124:132:99:3157,357,0 chrXVI 462405 . AGT A 4088 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=124;FS=3.254;HaplotypeScore=53.4003;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.315;QD=32.97;RPA=5,4;RU=GT;ReadPosRankSum=-1.323;SB=-1.860e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,113:124:99:4088,310,0 chrXVI 462794 . T TTTGTGC 11108 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.024;DP=250;DS;FS=4.140;HaplotypeScore=773.1148;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.84;MQ0=0;MQRankSum=1.739;QD=44.43;RPA=2,3;RU=TTGTGC;ReadPosRankSum=-1.300;SB=-4.259e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:55,193:250:99:11108,520,0 chrXVI 467069 . CT C 2650.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=290.7603;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;QD=19.93;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.046e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,117:133:99:2693,333,0 chrXVI 481304 . AT A 512.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.208;DP=42;FS=4.371;HaplotypeScore=31.8575;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.291;QD=12.21;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.122;SB=-8.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,32:42:42:555,42,0 chrXVI 482069 . CT C 2461.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.699;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=45.5453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.68;MQ0=0;MQRankSum=1.699;QD=17.59;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.699;SB=-1.167e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,120:140:99:2504,311,0 chrXVI 485926 . TCA T 3124.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.490;DP=139;FS=4.437;HaplotypeScore=155.5747;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.11;MQ0=2;MQRankSum=-0.866;QD=22.48;RPA=13,12;RU=CA;ReadPosRankSum=-0.831;SB=-1.027e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,98:136:99:3167,259,0 chrXVI 488778 . CA C 1180.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=20.5492;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.51;MQ0=0;QD=18.75;RPA=9,8;RU=A;SB=-5.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,55:63:99:1223,150,0 chrXVI 503408 . A AG 1453.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.574;DP=111;FS=2.092;HaplotypeScore=216.2528;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.96;MQ0=0;MQRankSum=2.905;QD=13.10;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=0.902;SB=-6.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,76:110:99:1496,196,0 chrXVI 510161 . CT C 2463.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=32.9263;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.55;MQ0=0;QD=21.24;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.084e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,104:116:99:2506,291,0 chrXVI 520684 . T TA 3932 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=51.8330;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.84;MQ0=0;QD=33.04;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.065e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,109:119:99:3932,337,0 chrXVI 521152 . AGCACAGGCC A 532.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;HaplotypeScore=81.7333;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=106.45;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:574,15,0 chrXVI 522083 . A AACAACC 10162 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.149;DP=250;DS;FS=1.324;HaplotypeScore=3111.9473;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.99;MQ0=0;MQRankSum=-2.653;QD=40.65;ReadPosRankSum=8.706;SB=-3.622e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:133,117:247:99:10162,0,156 chrXVI 522093 . AAAT A 2598.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.510;DP=218;DS;FS=4.104;HaplotypeScore=3416.0618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.73;MQ0=0;MQRankSum=0.763;QD=11.92;ReadPosRankSum=1.006;SB=-9.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:156,60:217:99:2638,0,6191 chrXVI 526860 . T TGTAGAAGCGGTGACAACA 31685 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=214;FS=0.000;HaplotypeScore=750.4080;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.02;MQ0=0;QD=148.06;SB=-1.033e+04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,164:214:99:31685,578,0 chrXVI 527471 . AT A 5424 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=199;FS=0.000;HaplotypeScore=1216.7263;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.31;MQ0=0;QD=27.26;RPA=4,3;RU=T;SB=-2.474e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,188:197:99:5424,544,0 chrXVI 528974 . TC T 2232.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=123.1658;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.38;MQ0=0;QD=19.25;RPA=2,1;RU=C;SB=-9.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:61,46:114:99:2275,243,0 chrXVI 529418 . GTA G 4547 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=175.3553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.63;MQ0=1;QD=33.93;RPA=3,2;RU=TA;SB=-1.976e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,125:133:99:4547,346,0 chrXVI 536704 . CTTT C 3036.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.538;DP=159;DS;FS=5.119;HaplotypeScore=398.6521;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=0.327;QD=19.10;RPA=5,2;RU=T;ReadPosRankSum=1.369;SB=-9.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,142:159:99:3079,416,0 chrXVI 544447 . C CTA 5332 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=912.4795;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.52;MQ0=0;QD=39.79;RPA=1,2;RU=TA;SB=-2.225e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,117:134:99:5332,376,0 chrXVI 551902 . A AAT 6215 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=46.5391;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.98;MQ0=0;QD=42.57;SB=-2.695e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,145:146:99:6215,424,0 chrXVI 555771 . AG A 1047.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=91.0427;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.85;MQ0=0;QD=37.43;SB=-4.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:81:1090,81,0 chrXVI 555793 . TA T 770.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=116.6957;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.14;MQ0=0;QD=30.84;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:25:69:813,69,0 chrXVI 555919 . G GAT 772.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=53.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.25;MQ0=0;QD=36.81;RPA=2,3;RU=AT;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,20:21:60:815,60,0 chrXVI 556007 . T TC 186.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=68.1288;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=23.25;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:21:228,21,0 chrXVI 556091 . AC A 1336.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=356.4724;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.13;MQ0=0;QD=22.28;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,56:60:99:1379,165,0 chrXVI 557969 . TC T 3512 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=114.1168;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.31;MQ0=0;QD=36.58;SB=-1.686e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,92:96:99:3512,268,0 chrXVI 558046 . T TTC 1975.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=194.4990;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=29.94;RPA=2,3;RU=TC;SB=-6.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,41:66:99:2018,174,0 chrXVI 560138 . A AT 898.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.693;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=117.5643;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.520;QD=18.73;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=-1.473;SB=-3.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,45:48:99:941,111,0 chrXVI 560347 . ATGGG A 3470 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=386.2687;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.42;MQ0=0;QD=54.22;SB=-9.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,59:64:99:3470,177,0 chrXVI 560812 . A AT 110 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=33.2175;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=18.33;ReadPosRankSum=0.731;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:18:149,0,18 chrXVI 563527 . C CTTGTATTAT 8403 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=223;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=252.9462;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.97;MQ0=0;QD=37.68;RPA=3,4;RU=TTGTATTAT;SB=-4.198e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:79,139:223:99:8403,390,0 chrXVI 564015 . AT A 2790.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=82.5355;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.84;MQ0=0;QD=27.36;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.143e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,98:102:99:2833,259,0 chrXVI 565687 . G GC 2612.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=377.0613;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.01;MQ0=0;QD=31.48;SB=-8.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,74:83:99:2655,231,0 chrXVI 569007 . CTAGAAAAGTCGAAATCGATATTA C 20407 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=290.4684;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.84;MQ0=0;QD=185.52;SB=-9.569e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,87:110:99:20407,256,0 chrXVI 572049 . T TC 2004.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=1429.3174;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.69;MQ0=0;QD=32.34;SB=-5.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,55:62:99:2047,166,0 chrXVI 572203 . ATT A 3045.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=408.6705;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.01;MQ0=0;QD=30.77;RPA=6,4;RU=T;SB=-5.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,85:92:99:3088,247,0 chrXVI 572340 . A AT 3612 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=460.4217;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.99;MQ0=0;QD=24.08;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.610e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,138:149:99:3612,405,0 chrXVI 572731 . G GAAA 2531.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=56.4162;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;QD=26.37;RPA=10,13;RU=A;SB=-1.270e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,57:96:99:2573,185,0 chrXVI 572996 . G GA 2466.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.162;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=75.1443;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.100;QD=17.50;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.208;SB=-1.001e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,97:141:99:2509,288,0 chrXVI 575156 . C CAT 1115.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.221;DP=81;FS=2.863;HaplotypeScore=44.2086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=1;MQRankSum=0.035;QD=13.78;RPA=8,9;RU=AT;ReadPosRankSum=0.407;SB=-5.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,42:80:99:1155,0,256 chrXVI 575799 . T TC 2744.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=502.9646;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.40;MQ0=0;QD=27.73;RPA=4,5;RU=C;SB=-8.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,91:99:99:2787,274,0 chrXVI 575833 . A ATACTGCTCACT 5337 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=409.0946;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.12;MQ0=0;QD=74.13;RPA=1,2;RU=TACTGCTCACT;SB=-2.051e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,35:72:99:5337,166,0 chrXVI 576354 . AT A 2740.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=538.8050;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.89;MQ0=0;QD=22.84;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.114e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,115:120:99:2783,330,0 chrXVI 577212 . C CA 2803.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.536;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=560.1144;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.94;MQ0=0;MQRankSum=0.445;QD=21.91;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=-1.150;SB=-1.414e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,117:128:99:2846,313,0 chrXVI 581372 . C CA 1106.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=479.6557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.37;MQ0=0;QD=23.55;RPA=2,3;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,44:47:99:1149,123,0 chrXVI 581587 . AC A 1338.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=872.2293;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.71;MQ0=0;QD=25.26;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:53:99:1381,143,0 chrXVI 581589 . TCG T 1812.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=796.2267;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.61;MQ0=0;QD=37.00;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1855,147,0 chrXVI 581621 . C CT 1377.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=950.7497;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.67;MQ0=0;QD=22.59;RPA=6,7;RU=T;SB=-8.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,56:61:99:1420,159,0 chrXVI 581678 . CT C 2407.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=925.5218;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.34;MQ0=0;QD=29.37;RPA=3,2;RU=T;SB=-4.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,81:82:99:2450,229,0 chrXVI 582137 . C CTT 3435 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=216.7292;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.19;MQ0=1;QD=30.67;RPA=6,8;RU=T;SB=-1.303e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,97:110:99:3435,289,0 chrXVI 584400 . T TACATAAAAAATATTAAGGATGGATAGC 17154 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=394.3275;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.49;MQ0=0;QD=173.27;SB=-5.109e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:71,18:99:99:17154,223,0 chrXVI 587000 . T TTA 3710 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=308.2397;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.37;MQ0=0;QD=28.76;SB=-1.816e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,125:129:99:3710,337,0 chrXVI 587301 . C CT 4897 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=49.3576;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;QD=31.59;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.749e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,134:155:99:4897,418,0 chrXVI 587395 . C CT 2402.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=39.5143;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=0;QD=19.54;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.090e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,97:123:99:2445,276,0 chrXVI 588707 . T TTCTGTAAATCATTTATCAGCGC 14912 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=33.6078;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.25;MQ0=0;QD=129.67;SB=-7.341e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,17:115:99:14912,325,0 chrXVI 589192 . AG A 5154 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;FS=0.000;HaplotypeScore=499.4330;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.17;MQ0=0;QD=31.43;RPA=3,2;RU=G;SB=-2.240e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,152:164:99:5154,454,0 chrXVI 589297 . TGA T 3783 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=2420.5599;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.91;MQ0=0;QD=26.09;SB=-1.073e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,93:145:99:3783,289,0 chrXVI 589310 . G GTC 3571 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=2180.1867;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=38.40;SB=-1.006e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:3571,280,0 chrXVI 589365 . A AATGTT 9944 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=5.228;DP=201;FS=0.000;HaplotypeScore=3068.8396;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.69;MQ0=0;MQRankSum=-2.510;QD=49.47;ReadPosRankSum=5.475;SB=-4.422e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:84,114:201:99:9944,406,0 chrXVI 589367 . C CATG 6119 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.163;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=1657.5309;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.27;MQ0=0;MQRankSum=1.212;QD=42.79;ReadPosRankSum=0.940;SB=-2.470e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,114:143:99:6119,404,0 chrXVI 589866 . G GT 4239 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=2293.4034;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.12;MQ0=0;QD=26.49;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.736e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,133:160:99:4239,409,0 chrXVI 589884 . TAC T 5804 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=1531.7840;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.20;MQ0=0;QD=40.87;SB=-2.459e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,125:142:99:5804,364,0 chrXVI 589896 . CT C 1609.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.050;DP=138;FS=5.276;HaplotypeScore=1735.7621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.19;MQ0=0;MQRankSum=-2.654;QD=11.67;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.591;SB=-6.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,76:138:99:1652,191,0 chrXVI 589924 . A AT 4200 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=842.2540;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.35;MQ0=0;QD=32.81;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.591e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,120:128:99:4200,355,0 chrXVI 591382 . G GCT 4624 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=171.9382;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=37.59;RPA=1,2;RU=CT;SB=-2.230e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,109:123:99:4624,325,0 chrXVI 591720 . CATATAT C 4089 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=383.3625;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.70;MQ0=0;QD=44.93;RPA=11,8;RU=AT;SB=-1.807e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,52:91:99:4089,172,0 chrXVI 592129 . G GA 851.04 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.541;DP=101;FS=1.358;HaplotypeScore=573.0303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.522;QD=8.43;RPA=14,15;RU=A;ReadPosRankSum=-1.388;SB=-3.119e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,54:101:15:890,0,15 chrXVI 595701 . AGG A 4145 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=6.159;DP=182;FS=3.269;HaplotypeScore=899.1162;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.42;MQ0=0;MQRankSum=1.680;QD=22.77;ReadPosRankSum=6.867;SB=-1.629e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:49,126:182:99:4145,219,0 chrXVI 595704 . AG A 2166.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=8.263;DP=175;FS=12.423;HaplotypeScore=1090.4146;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.00;MQ0=0;MQRankSum=1.187;QD=12.38;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=8.324;SB=-7.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,126:175:55:2209,55,0 chrXVI 600560 . GAA G 1377.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.303;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=163.1610;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.08;MQ0=0;MQRankSum=0.129;QD=22.23;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.246;SB=-9.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,49:62:99:1420,119,0 chrXVI 600610 . TAC T 610.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=139.1871;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.56;MQ0=0;QD=19.71;SB=-9.100e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,15:31:51:653,51,0 chrXVI 606364 . ATTGTTG A,ATTG 6913 filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=576.4568;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=40.71;MQ0=6;QD=44.03;RPA=7,5,6;RU=TTG;SB=-2.289e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:55,85,0:141:99:6913,708,358,3304,0,2964 chrXVI 606386 . CTGT C 5648 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.486;DP=164;FS=4.493;HaplotypeScore=867.6205;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.00;MQ0=6;MQRankSum=-2.000;QD=34.44;ReadPosRankSum=3.935;SB=-1.960e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,133:148:99:5648,354,0 chrXVI 607467 . GAAAA G 3126.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.529;DP=76;FS=2.658;HaplotypeScore=181.6587;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.53;MQ0=0;MQRankSum=2.008;QD=41.14;RPA=14,10;RU=A;ReadPosRankSum=2.155;SB=-1.140e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,66:76:99:3169,159,0 chrXVI 607677 . T TA 3649 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=212.1779;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.29;MQ0=0;QD=35.09;SB=-1.681e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,94:103:99:3649,295,0 chrXVI 607820 . CTTT C 2850.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=194.9417;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.49;MQ0=0;QD=25.92;RPA=15,12;RU=T;SB=-1.139e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,64:109:99:2893,219,0 chrXVI 607997 . CTTT C 4313 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=431.3543;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.02;MQ0=0;QD=30.16;RPA=14,11;RU=T;SB=-2.134e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,99:143:99:4313,316,0 chrXVI 608311 . TA T 5389 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=183;FS=0.000;HaplotypeScore=458.7044;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.71;MQ0=0;QD=29.45;RPA=3,2;RU=A;SB=-2.163e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,177:183:99:5389,493,0 chrXVI 608694 . G GC 6231 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=176;FS=0.000;HaplotypeScore=58.1469;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=35.40;SB=-2.011e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,169:176:99:6231,490,0 chrXVI 610111 . GT G 5961 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=214;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=654.6114;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.35;MQ0=0;QD=27.86;RPA=4,3;RU=T;SB=-2.417e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,203:214:99:5961,589,0 chrXVI 613333 . C CTA 844.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=15.6872;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.22;MQ0=0;QD=19.65;RPA=7,8;RU=TA;SB=-4.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,28:42:72:887,72,0 chrXVI 614823 . A AG 5539 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;FS=0.000;HaplotypeScore=211.5268;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;QD=33.37;RPA=1,2;RU=G;SB=-2.609e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,165:166:99:5539,478,0 chrXVI 615022 . CA C 4681 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;FS=0.000;HaplotypeScore=57.6349;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.72;MQ0=0;QD=27.86;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.941e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,160:168:99:4681,463,0 chrXVI 619088 . G GAT 2217.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=275.2039;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.40;MQ0=0;QD=29.18;RPA=4,5;RU=AT;SB=-1.068e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,64:76:99:2260,172,0 chrXVI 619145 . T TC 1727.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.472;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=692.5875;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.41;MQ0=0;MQRankSum=0.129;QD=21.07;ReadPosRankSum=2.873;SB=-7.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,63:82:99:1770,171,0 chrXVI 619148 . T TTC 2245.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.395;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=631.0918;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.626;QD=28.07;ReadPosRankSum=1.636;SB=-9.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,63:80:99:2288,201,0 chrXVI 619424 . AT A 2184.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=412.6071;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.91;MQ0=0;QD=22.76;RPA=6,5;RU=T;SB=-9.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,88:96:99:2227,249,0 chrXVI 619604 . AT A 2404.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=624.3670;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.29;MQ0=0;QD=22.69;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.172e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,93:106:99:2447,264,0 chrXVI 619782 . TG T 3733 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=643.9361;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.10;MQ0=0;QD=35.55;SB=-1.615e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:105:99:3733,304,0 chrXVI 619939 . ATCGTCCCCAGTTTTTCC A 13638 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=694.2695;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.66;MQ0=0;QD=125.12;SB=-5.735e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,93:109:99:13638,274,0 chrXVI 622396 . AT A 2475.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=776.4342;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.89;MQ0=0;QD=28.14;RPA=4,3;RU=T;SB=-8.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,85:87:99:2518,241,0 chrXVI 623272 . AT A 2250.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=526.5202;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.31;MQ0=0;QD=22.29;RPA=7,6;RU=T;SB=-9.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,91:101:99:2293,267,0 chrXVI 623394 . A AT 1855.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.622;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=43.1254;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.567;QD=22.91;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=-1.127;SB=-8.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,43:81:99:1898,184,0 chrXVI 627564 . C CT 1984.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.709;DP=110;FS=2.600;HaplotypeScore=398.7962;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.41;MQ0=0;MQRankSum=1.175;QD=18.05;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.593;SB=-7.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,86:110:99:2027,186,0 chrXVI 631286 . A ATATATATATATATG 1531.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=24.7781;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.38;MQ0=0;QD=69.63;SB=-6.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,7:22:39:1574,39,0 chrXVI 631326 . T TACCTATGCTAGTTTCC 6392 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=155.3448;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.05;MQ0=0;QD=163.90;SB=-2.014e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,29:39:99:6392,105,0 chrXVI 633860 . T TA 2934.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=41.7352;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.07;MQ0=0;QD=23.48;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.322e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,118:125:99:2977,327,0 chrXVI 637321 . A AT 2618.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=427.6375;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.67;MQ0=0;QD=23.38;RPA=5,6;RU=T;SB=-9.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,100:112:99:2661,294,0 chrXVI 637334 . C CAT 4637 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=281.6837;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.23;MQ0=0;QD=40.32;RPA=1,2;RU=AT;SB=-1.746e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,109:115:99:4637,319,0 chrXVI 639362 . A AAG 5335 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=252.1184;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.78;MQ0=0;QD=38.66;SB=-2.268e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,134:138:99:5335,390,0 chrXVI 643570 . C CT 696.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.485;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=18.7852;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.33;MQ0=0;MQRankSum=0.104;QD=17.00;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.380;SB=-1.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,30:41:61:739,61,0 chrXVI 643732 . GA G 908.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.221;DP=75;FS=3.136;HaplotypeScore=179.3150;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.20;MQ0=0;MQRankSum=1.181;QD=12.12;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.902;SB=-2.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,50:75:99:951,101,0 chrXVI 645576 . G GCCTGCCGAAAACCA 8225 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=60.6211;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.39;MQ0=0;QD=64.26;RPA=1,2;RU=CCTGCCGAAAACCA;SB=-3.471e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:64,60:128:99:8225,189,0 chrXVI 646415 . T TTAC 2959.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=159.6632;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.18;MQ0=0;QD=40.55;RPA=1,2;RU=TAC;SB=-5.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,67:73:99:3002,195,0 chrXVI 649928 . AG A 3372 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=47.0685;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.90;MQ0=0;QD=25.74;RPA=5,4;RU=G;SB=-7.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,120:131:99:3372,334,0 chrXVI 650390 . GA G 1014.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=29.3388;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.91;MQ0=0;QD=17.50;RPA=12,11;RU=A;SB=-4.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,49:58:99:1057,142,0 chrXVI 653857 . A ATT 2866.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=597.1306;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.31;MQ0=0;QD=30.50;RPA=7,9;RU=T;SB=-1.066e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,84:94:99:2909,247,0 chrXVI 653958 . A ATTTTT 4752 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=372.7757;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.04;MQ0=0;QD=54.00;SB=-2.252e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,53:88:99:4752,228,0 chrXVI 653959 . A AT 931.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.638;DP=87;FS=2.136;HaplotypeScore=753.0377;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.22;MQ0=0;MQRankSum=0.224;QD=10.71;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.121;SB=-4.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,44:87:99:974,141,0 chrXVI 653978 . G GA 2459.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=534.4525;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.51;MQ0=0;QD=25.36;RPA=3,4;RU=A;SB=-9.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,85:97:99:2502,255,0 chrXVI 654929 . GT G 551.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=90.6237;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.20;MQ0=0;QD=20.44;RPA=6,5;RU=T;SB=-2.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:66:594,66,0 chrXVI 655100 . A AC 645.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.639;DP=50;FS=5.493;HaplotypeScore=50.9783;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=1.932;QD=12.92;RPA=2,3;RU=C;ReadPosRankSum=1.981;SB=-3.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,37:50:66:688,66,0 chrXVI 657438 . GA G 2209.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=608.1653;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.79;MQ0=0;MQRankSum=1.449;QD=18.57;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.697;SB=-6.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,98:119:99:2252,288,0 chrXVI 659091 . TA T 2088.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.122;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=50.8004;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=1.277;QD=16.58;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.032;SB=-6.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,100:126:99:2131,270,0 chrXVI 672218 . AT A 4652 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.936;DP=172;FS=0.000;HaplotypeScore=639.6308;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.06;MQ0=0;MQRankSum=0.252;QD=27.05;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=-1.620;SB=-2.086e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,152:172:99:4652,445,0 chrXVI 672254 . G GAAAA 5535 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=161;FS=3.621;HaplotypeScore=394.4543;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.84;MQ0=0;MQRankSum=0.866;QD=34.38;RPA=10,14;RU=A;ReadPosRankSum=-1.704;SB=-2.352e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:71,67:161:99:5535,349,0 chrXVI 677053 . C CTT 2412.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.151;DP=134;FS=8.033;HaplotypeScore=309.4306;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.835;QD=18.01;RPA=11,13;RU=T;ReadPosRankSum=-2.313;SB=-8.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:74,50:134:99:2455,189,0 chrXVI 677138 . C CTTT 6266 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=572.0782;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.47;MQ0=0;QD=46.76;RPA=2,5;RU=T;SB=-2.430e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,122:134:99:6266,382,0 chrXVI 679448 . GTT G 3003.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.622;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=43.0274;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.069;QD=27.06;RPA=12,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.848;SB=-1.446e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,94:111:99:3046,279,0 chrXVI 679998 . A ACGG 6715 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.367;DP=178;FS=16.199;HaplotypeScore=650.6258;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.720;QD=37.72;ReadPosRankSum=2.202;SB=-2.797e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:50,126:178:99:6715,446,0 chrXVI 680943 . T TA 1247.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=27.0200;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=21.89;RPA=4,5;RU=A;SB=-2.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,52:57:99:1290,135,0 chrXVI 681149 . T TTTA 2863.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=157.4891;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.80;MQ0=0;QD=40.34;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:71:99:2906,183,0 chrXVI 685736 . GA G 3356 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=121.9950;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.07;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.649e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,102:108:99:3356,298,0 chrXVI 687888 . GTAGA G 4698 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=686.6758;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.90;MQ0=0;QD=43.10;SB=-1.501e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,93:109:99:4698,267,0 chrXVI 689666 . T TA 3472 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=32.1757;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.33;MQ0=0;QD=30.73;SB=-1.640e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,109:113:99:3472,277,0 chrXVI 690066 . TA T 3954 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=41.8433;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.22;MQ0=0;QD=30.18;SB=-1.734e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,129:130:99:3954,358,0 chrXVI 692459 . C CA 3486 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=358.7168;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.18;MQ0=0;QD=25.08;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.489e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,133:139:99:3486,381,0 chrXVI 695616 . TAAA T 2960.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=402.3174;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.02;MQ0=0;QD=29.91;RPA=15,12;RU=A;SB=-1.340e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,73:99:99:3003,225,0 chrXVI 711293 . C CT 1318.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.427;DP=112;FS=5.298;HaplotypeScore=254.9764;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.21;MQ0=0;MQRankSum=0.671;QD=11.78;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.319;SB=-4.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,63:112:43:1361,43,0 chrXVI 711365 . CAT C 4152 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=97.2748;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.76;MQ0=0;QD=30.53;RPA=6,5;RU=AT;SB=-1.206e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,116:136:99:4152,340,0 chrXVI 718612 . C CA 2819.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=835.6901;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.81;MQ0=0;QD=24.52;RPA=5,6;RU=A;SB=-9.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,109:115:99:2862,312,0 chrXVI 719419 . GA G 2122.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=474.9526;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.58;MQ0=0;QD=18.14;RPA=9,8;RU=A;SB=-8.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,104:117:99:2165,282,0 chrXVI 724865 . TTC T 4911 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=47.3053;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.63;MQ0=0;QD=35.59;SB=-2.137e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,130:137:99:4911,370,0 chrXVI 725072 . C CT 4468 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=216.9448;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.20;MQ0=0;QD=27.58;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.657e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,155:162:99:4468,451,0 chrXVI 728633 . CTTTATTCGTT C 5976 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=158.0573;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.23;MQ0=0;QD=87.88;RPA=2,1;RU=TTTATTCGTT;SB=-2.371e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,57:68:99:5976,169,0 chrXVI 741423 . CCAG C 4907 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=205.2004;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.70;MQ0=0;QD=47.18;SB=-2.386e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,91:104:99:4907,286,0 chrXVI 744003 . GA G 2937.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=414.9672;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.75;MQ0=0;QD=26.71;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.458e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,100:110:99:2980,295,0 chrXVI 746899 . AT A 2410.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=72.6546;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=22.32;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.140e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,100:108:99:2453,279,0 chrXVI 747276 . AAT A 6342 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=55.9563;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.82;MQ0=0;QD=40.14;RPA=2,1;RU=AT;SB=-3.160e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,149:158:99:6342,436,0 chrXVI 753208 . G GA 2496.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=691.8524;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.71;MQ0=0;QD=21.90;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.117e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,88:114:99:2539,279,0 chrXVI 753245 . GCCCCC G 7580 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=487.5312;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.30;MQ0=0;QD=61.13;RPA=11,6;RU=C;SB=-3.198e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,113:124:99:7580,346,0 chrXVI 754378 . TGG T 3958 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=156.6460;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.86;MQ0=0;QD=28.89;RPA=10,8;RU=G;SB=-1.950e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,115:137:99:3958,325,0 chrXVI 767576 . ATT A 2405.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=210.7049;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.98;MQ0=0;QD=27.98;RPA=10,8;RU=T;SB=-1.016e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,77:86:99:2448,217,0 chrXVI 769066 . A AT 1544.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.938;DP=115;FS=4.292;HaplotypeScore=82.1697;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.17;MQ0=0;MQRankSum=1.591;QD=13.43;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.959;SB=-7.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,91:99:99:1587,120,0 chrXVI 770513 . G GA 5200 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=190;FS=0.000;HaplotypeScore=53.5765;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.52;MQ0=0;QD=27.37;RPA=3,4;RU=A;SB=-2.393e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,170:189:99:5200,523,0 chrXVI 770637 . T TA 5392 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=711.3722;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.47;MQ0=0;QD=34.56;RPA=1,2;RU=A;SB=-2.312e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,152:155:99:5392,454,0 chrXVI 770676 . 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A AT 7011 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=209;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=65.5258;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.52;MQ0=0;QD=33.55;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.759e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,207:209:99:7011,599,0 chrXVI 775729 . TG T 3555 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=47.0947;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.26;MQ0=0;QD=35.55;SB=-1.614e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,97:100:99:3555,288,0 chrXVI 775872 . T TAA 898.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.769;DP=80;FS=0.949;HaplotypeScore=779.7267;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.011;QD=11.24;ReadPosRankSum=-1.684;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,27:80:99:938,0,349 chrXVI 775873 . T TATCTCAATATCTCA 4464 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.077;DP=82;FS=0.881;HaplotypeScore=441.6309;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.93;MQ0=0;MQRankSum=-2.874;QD=54.44;ReadPosRankSum=0.965;SB=-2.104e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,27:82:99:4464,0,696 chrXVI 776566 . ATT A 4431 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=182.7574;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.28;MQ0=0;QD=29.74;RPA=10,8;RU=T;SB=-2.061e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,133:149:99:4431,388,0 chrXVI 776966 . T TG 1894.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=194.6570;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.25;MQ0=0;QD=37.16;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:51:99:1937,144,0 chrXVI 777053 . C CTTG 2956.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=441.3918;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.30;MQ0=0;QD=45.49;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,55:65:99:2999,172,0 chrXVI 777058 . A AG 1351.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=538.9533;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.21;MQ0=0;QD=24.14;RPA=3,4;RU=G;SB=-6.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,47:56:99:1394,141,0 chrXVI 780364 . C CA 2567.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=213.5161;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=24.69;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.280e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,93:104:99:2610,276,0 chrXVI 786020 . T TA 6569 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=175;FS=0.000;HaplotypeScore=443.2145;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.26;MQ0=0;QD=37.54;SB=-1.900e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,168:175:99:6569,497,0 chrXVI 786508 . A AGCATGTCAGACATGTCAG 17581 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=77.9682;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.29;MQ0=0;QD=111.98;SB=-8.582e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,133:157:99:17581,424,0 chrXVI 787516 . CA C 2772.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=899.5548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.39;MQ0=0;QD=20.54;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.111e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,114:135:99:2815,336,0 chrXVI 787565 . G GA 2434.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.340;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=967.8825;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.408;QD=19.64;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=-1.732;SB=-1.223e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,98:124:99:2477,287,0 chrXVI 790072 . G GC 2672.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.900;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=569.3197;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.18;MQ0=0;MQRankSum=1.578;QD=21.21;ReadPosRankSum=2.734;SB=-1.015e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,115:126:99:2715,312,0 chrXVI 798028 . G GC 4740 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=225.4466;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.77;MQ0=0;QD=35.37;SB=-1.974e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,130:134:99:4740,370,0 chrXVI 802209 . GA G 890.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.861;DP=80;FS=5.870;HaplotypeScore=82.3081;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=0.180;QD=11.14;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.500;SB=-4.569e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,51:79:79:933,79,0 chrXVI 804552 . T TGAG 584.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5642;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.00;MQ0=0;QD=45.00;SB=-5.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:36:627,36,0 chrXVI 804692 . TA T 192.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=146.9464;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.68;MQ0=0;QD=21.34;RPA=3,2;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,7:8:21:234,21,0 chrXVI 804717 . GA G 102.48 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=85.4140;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.51;MQ0=0;QD=12.81;RPA=2,1;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,7:5:12:144,12,0 chrXVI 810562 . A AATTAT 818.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=1177.6354;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.32;MQ0=0;QD=28.24;SB=-4.500e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,26:29:84:861,84,0 chrXVI 810751 . A AT 1263.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=169.0343;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.97;MQ0=0;QD=19.75;RPA=6,7;RU=T;SB=-4.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,53:64:99:1306,147,0 chrXVI 812473 . 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A AT 1891.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=166.2891;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.04;MQ0=0;QD=22.00;RPA=7,8;RU=T;SB=-7.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,79:86:99:1934,228,0 chrXVI 819239 . C CT 2101.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=118.2089;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.36;MQ0=0;QD=26.27;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.051e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,78:80:99:2144,225,0 chrXVI 819415 . TTC T 1428.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=355.4204;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.13;MQ0=0;QD=31.75;RPA=2,1;RU=TC;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,39:45:99:1471,105,0 chrXVI 819514 . C CCA 2119.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=247.9861;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.19;MQ0=0;QD=43.26;SB=-5.100e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,47:47:99:2162,135,0 chrXVI 819626 . TC T 2147.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=330.9372;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.43;MQ0=0;QD=30.69;RPA=2,1;RU=C;SB=-9.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,59:69:99:2190,204,0 chrXVI 819664 . ATT A 2430.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=443.7668;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.23;MQ0=0;QD=24.07;RPA=15,13;RU=T;SB=-1.045e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,83:99:99:2473,241,0 chrXVI 821527 . T TTC 2075.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=335.4965;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.59;MQ0=0;QD=27.68;SB=-8.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,35:75:99:2118,180,0 chrXVI 821625 . C CT 1893.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.197;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=242.7592;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.022;QD=19.73;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.294;SB=-9.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,84:96:99:1936,212,0 chrXVI 825001 . AT A 1883.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.762;DP=111;FS=2.614;HaplotypeScore=629.4575;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.53;MQ0=0;MQRankSum=1.447;QD=16.97;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.759;SB=-6.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,85:111:99:1926,221,0 chrXVI 828203 . CT C 3158.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=382.7108;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.36;MQ0=0;QD=23.57;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.053e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,129:134:99:3201,375,0 chrXVI 829386 . TA T 3717 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=643.0612;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.88;MQ0=0;QD=25.46;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.100e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,133:146:99:3717,387,0 chrXVI 829673 . CT C 1333.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=354.8965;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.40;MQ0=0;QD=21.87;RPA=6,5;RU=T;SB=-4.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,53:61:99:1376,150,0 chrXVI 829696 . C CT 768.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.817;DP=55;FS=3.021;HaplotypeScore=365.9635;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.197;QD=13.98;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=0.592;SB=-3.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,37:54:95:811,95,0 chrXVI 830692 . ATATTAT A 650.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=28.0531;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.51;MQ0=0;QD=31.00;RPA=9,7;RU=TAT;SB=-1.719e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,10:21:30:693,30,0 chrXVI 830861 . GT G 589.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=56.4539;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;QD=24.58;RPA=6,5;RU=T;SB=-2.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,23:24:69:632,69,0 chrXVI 830975 . C CTAT 751.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=12.6233;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.41;MQ0=0;QD=22.79;RPA=7,8;RU=TAT;SB=-3.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,15:33:54:794,54,0 chrXVI 832918 . CTTCGT C 3583 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.177;DP=145;FS=0.691;HaplotypeScore=1127.8981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.19;MQ0=0;MQRankSum=-7.739;QD=24.71;ReadPosRankSum=6.848;SB=-1.562e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,71:145:99:3583,0,3270 chrXVI 832925 . TTCCTCCC T 4851 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.744;DP=129;FS=1.416;HaplotypeScore=916.4526;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.39;MQ0=0;MQRankSum=-8.571;QD=37.60;ReadPosRankSum=5.515;SB=-2.181e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,71:129:99:4851,0,3035 chrXVI 835077 . C CCAACAA 8241 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=178;FS=0.000;HaplotypeScore=79.4674;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.83;MQ0=0;QD=46.30;RPA=8,10;RU=CAA;SB=-3.851e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:48,121:178:99:8241,364,0 chrXVI 837643 . AT A 861.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.079;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=233.1322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.77;MQ0=0;MQRankSum=0.551;QD=12.68;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.024;SB=-3.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,44:68:99:904,111,0 chrXVI 837812 . ATATGTTTGCT A 2369.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=44.0975;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.21;MQ0=0;QD=42.32;RPA=3,2;RU=TATGTTTGCT;SB=-4.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,19:56:75:2412,75,0 chrXVI 837870 . A AT 1788.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=203.6537;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.47;MQ0=0;QD=23.23;RPA=5,6;RU=T;SB=-9.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,74:77:99:1831,201,0 chrXVI 843022 . G GA 2144.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.174;DP=120;FS=8.426;HaplotypeScore=40.7301;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=1.403;QD=17.87;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.128;SB=-9.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,95:120:99:2187,191,0 chrXVI 844169 . T TA 3309 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=214.7029;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.20;MQ0=0;QD=29.81;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.638e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,93:110:99:3309,286,0 chrXVI 844218 . T TAA 2553.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=327.0150;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.46;MQ0=0;QD=28.07;RPA=8,10;RU=A;SB=-1.289e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,74:90:99:2596,230,0 chrXVI 850613 . C CCA 4891 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=28.9689;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.79;MQ0=0;QD=47.95;SB=-4.900e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:102:99:4891,289,0 chrXVI 856885 . AAT A 2061.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=122.5477;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.69;MQ0=0;QD=43.87;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:2104,132,0 chrXVI 856998 . C CA 1120.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=18.2128;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.07;MQ0=0;QD=22.42;RPA=4,5;RU=A;SB=-2.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,42:50:99:1163,123,0 chrXVI 860017 . G GTT 1752.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=47.6350;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.60;MQ0=0;QD=23.07;RPA=11,13;RU=T;SB=-8.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,46:76:99:1795,174,0 chrXVI 864021 . G GT 2191.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=261.3116;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.98;MQ0=0;QD=18.12;RPA=8,9;RU=T;SB=-9.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,94:121:99:2234,266,0 chrXVI 868371 . ATT A 935.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.653;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=120.5421;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.30;MQ0=0;MQRankSum=1.083;QD=15.10;RPA=16,14;RU=T;ReadPosRankSum=-0.217;SB=-1.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,33:62:74:978,74,0 chrXVI 870179 . G GA 2713.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.414;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=43.9674;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.76;MQ0=0;MQRankSum=0.397;QD=19.52;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.938;SB=-1.326e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,121:139:99:2756,302,0 chrXVI 870388 . CA C 3649 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=206.7768;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.99;MQ0=0;QD=23.54;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.552e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,143:155:99:3649,408,0 chrXVI 876085 . C CT 2040.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=300.4787;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.31;MQ0=0;QD=19.44;RPA=7,8;RU=T;SB=-2.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,88:105:99:2083,243,0 chrXVI 876797 . G GA 6330 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=223;FS=0.000;HaplotypeScore=608.5701;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.44;MQ0=0;QD=28.39;RPA=2,3;RU=A;SB=-3.129e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,215:223:99:6330,607,0 chrXVI 877950 . T TC 2960.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=49.2506;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.58;MQ0=0;QD=26.68;RPA=6,7;RU=C;SB=-1.409e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,105:111:99:3003,309,0 chrXVI 878555 . AT A 1850.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=267.7786;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.29;MQ0=0;QD=23.73;RPA=5,4;RU=T;SB=-9.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,70:78:99:1893,204,0 chrXVI 878564 . A AT 1666.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=340.7186;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.79;MQ0=0;QD=20.58;RPA=8,9;RU=T;SB=-7.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,67:81:99:1709,206,0 chrXVI 880281 . GAA G 3084.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.337;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=478.2072;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.55;MQ0=0;MQRankSum=1.515;QD=30.24;RPA=3,1;RU=A;ReadPosRankSum=2.252;SB=-6.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,87:96:99:3127,239,0 chrXVI 880286 . AG A 2530.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.867;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=534.5654;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.50;MQ0=0;MQRankSum=0.861;QD=24.10;ReadPosRankSum=1.549;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,85:99:99:2573,251,0 chrXVI 880672 . GT G 1552.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=302.5453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.93;MQ0=0;MQRankSum=0.247;QD=14.12;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=0.672;SB=-3.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,107:55:99:1595,116,0 chrXVI 881242 . C CAAATTATA 10325 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=304.0021;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.25;MQ0=0;QD=75.92;RPA=1,2;RU=AAATTATA;SB=-3.058e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,104:136:99:10325,349,0 chrXVI 882369 . C CA 7444 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=217;FS=0.000;HaplotypeScore=453.9464;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.69;MQ0=0;QD=34.30;SB=-3.596e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,209:217:99:7444,590,0 chrXVI 883061 . ATGC A 6487 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;FS=0.000;HaplotypeScore=422.7703;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.29;MQ0=0;QD=39.80;RPA=2,1;RU=TGC;SB=-1.651e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,140:163:99:6487,385,0 chrXVI 886454 . GTT G 1319.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=89.1999;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;QD=12.45;RPA=16,14;RU=T;SB=-3.438e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,60:106:99:1360,113,0 chrXVI 895946 . A AG 6149 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=171;FS=0.000;HaplotypeScore=296.1804;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.35;MQ0=0;QD=35.96;SB=-2.590e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,165:171:99:6149,490,0 chrXVI 897038 . C CA 1508.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.650;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=146.1136;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.58;MQ0=0;MQRankSum=0.920;QD=19.85;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.624;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,66:76:99:1551,167,0 chrXVI 899774 . CT C 4285 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=201;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=258.3804;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.60;MQ0=0;QD=21.32;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.720e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,166:201:99:4285,480,0 chrXVI 899836 . A AG 5665 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=196;FS=0.000;HaplotypeScore=465.2069;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.79;MQ0=0;QD=28.90;RPA=2,3;RU=G;SB=-2.149e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,184:196:99:5665,526,0 chrXVI 900545 . AT A 2967.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.410;DP=173;DS;FS=4.116;HaplotypeScore=401.5503;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=0.819;QD=17.16;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.282;SB=-1.143e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,135:173:99:3010,361,0 chrXVI 901903 . TC T 2657.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=37.6377;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.19;MQ0=0;QD=21.44;RPA=7,6;RU=C;SB=-1.313e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,98:122:99:2700,291,0 chrXVI 909432 . T TA 3002.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=345.5222;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=21.15;RPA=5,6;RU=A;SB=-6.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,118:142:99:3045,333,0 chrXVI 909481 . C CA 2034.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.742;DP=106;FS=2.810;HaplotypeScore=312.0134;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.241;QD=19.20;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.600;SB=-8.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,87:106:99:2077,213,0 chrXVI 909513 . GA G 1595.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=236.6236;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=18.14;RPA=9,8;RU=A;SB=-6.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,69:88:99:1638,201,0 chrXVI 909621 . A AT 1791.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=140.1149;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.99;MQ0=0;QD=25.97;RPA=3,4;RU=T;SB=-8.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,64:69:99:1834,183,0 chrXVI 909717 . TA T 1124.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=29.0854;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=14.06;RPA=12,11;RU=A;SB=-4.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,58:80:99:1167,155,0 chrXVI 911146 . A AT 987.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.401;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=28.3961;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.35;MQ0=0;MQRankSum=0.470;QD=12.20;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=-0.371;SB=-4.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,57:81:99:1030,134,0 chrXVI 911942 . TA T 2174.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=141.5901;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.02;MQ0=0;QD=23.14;RPA=6,5;RU=A;SB=-9.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,89:94:99:2217,249,0 chrXVI 912589 . CAACT C 6986 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=63.3550;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.20;MQ0=0;QD=48.51;RPA=2,1;RU=AACT;SB=-3.231e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,129:144:99:6986,355,0 chrXVI 919140 . A AT 2267.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=36.0904;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.04;MQ0=0;QD=21.81;RPA=7,8;RU=T;SB=-9.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,92:104:99:2310,267,0 chrXVI 922863 . A AT 2209.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=49.5065;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.96;MQ0=0;QD=17.68;RPA=11,12;RU=T;SB=-1.022e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,106:125:99:2252,290,0 chrXVI 924009 . GC G 1991.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=533.0654;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.28;MQ0=0;QD=18.44;RPA=2,1;RU=C;SB=-9.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,86:108:99:2034,252,0 chrXVI 924193 . T TA 4157 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=346.5031;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.16;MQ0=0;QD=32.22;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.952e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,121:129:99:4157,352,0 chrXVI 924260 . GA G 2259.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=337.1006;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.75;MQ0=0;QD=20.55;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.074e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,98:110:99:2302,282,0 chrXVI 927079 . AT A 1991.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=641.7312;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.31;MQ0=0;QD=20.97;RPA=6,5;RU=T;SB=-5.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,78:95:99:2034,225,0 chrXVI 927218 . AT A 2353.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=208.3010;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;QD=19.45;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.023e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,109:121:99:2396,290,0 chrXVI 927314 . AATTGTAAAAGAACGCTATTATT A 8594 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=85.9228;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.01;MQ0=0;QD=104.80;SB=-1.387e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,33:82:99:8594,147,0 chrXVI 927565 . GT G 6008 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;FS=0.000;HaplotypeScore=537.5205;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.37;MQ0=0;QD=36.19;SB=-2.613e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,163:166:99:6008,472,0 chrXVI 928775 . G GA 3704 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=234.9307;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.57;MQ0=0;QD=28.94;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.613e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,123:128:99:3704,352,0 chrXVI 928861 . A AT 3375 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=1149.0307;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.28;MQ0=0;QD=25.38;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.423e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,120:133:99:3375,357,0 chrXVI 928896 . G GT 3400 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=960.7619;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.49;MQ0=0;QD=25.95;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.587e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,120:131:99:3400,340,0 chrXVI 929480 . A AT 1643.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.251;DP=93;FS=2.906;HaplotypeScore=494.2927;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.18;MQ0=0;MQRankSum=1.970;QD=17.68;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.257;SB=-7.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,65:93:99:1686,179,0 chrXVI 929702 . CGG C 3393 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=1571.2737;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.17;MQ0=0;QD=34.62;RPA=6,4;RU=G;SB=-7.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,88:98:99:3393,256,0 chrXVI 929728 . AGTG A 2069.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.025;DP=82;FS=3.960;HaplotypeScore=1652.3933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.505;QD=25.24;ReadPosRankSum=5.194;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,53:82:91:2109,0,91 chrXVI 929734 . GA G 1212.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.740;DP=67;FS=4.390;HaplotypeScore=1488.5296;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.71;MQ0=0;MQRankSum=0.193;QD=18.10;ReadPosRankSum=5.482;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,53:67:98:1252,0,98 chrXVI 929990 . G GA 4988 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=553.7117;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.31;MQ0=0;QD=33.48;RPA=1,2;RU=A;SB=-2.476e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,145:149:99:4988,424,0 chrXVI 930099 . TACG T 4449 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=6.360;DP=152;FS=10.458;HaplotypeScore=1987.9535;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.94;MQ0=0;MQRankSum=1.175;QD=29.27;ReadPosRankSum=6.246;SB=-1.166e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,122:152:16:4449,16,0 chrXVI 930104 . TACTAC T 7352 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.531;DP=168;FS=12.005;HaplotypeScore=1841.7990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.484;QD=43.76;ReadPosRankSum=7.357;SB=-1.729e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,122:168:99:7352,0,290 chrXVI 933177 . TAG T 5878 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=762.8921;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.54;MQ0=0;QD=37.44;SB=-2.344e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,150:157:99:5878,430,0 chrXVI 936612 . T TA 2265.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=187.0112;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.18;MQ0=0;QD=21.18;RPA=4,5;RU=A;SB=-9.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,92:107:99:2308,255,0 chrXVI 937343 . TTACTA T 7035 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=428.1118;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.63;MQ0=0;QD=54.12;SB=-3.021e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,119:130:99:7035,343,0 chrXVI 937565 . AG A 5573 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=180;FS=0.000;HaplotypeScore=334.8650;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.23;MQ0=0;QD=30.96;SB=-2.109e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,179:180:99:5573,493,0 chrXVI 937780 . A AG 5701 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=204;FS=0.000;HaplotypeScore=1218.6998;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.29;MQ0=0;QD=27.95;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.965e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,192:204:99:5701,558,0 chrXVI 939038 . T TA 3349 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=289.0784;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.32;MQ0=0;QD=36.80;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:91:99:3349,253,0 chrXVI 939183 . G GAAA 677.47 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=97.2644;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.58;MQ0=0;QD=23.36;RPA=16,19;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,7:29:51:719,51,0 chrXVI 941354 . GA G 4198 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=503.2299;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.86;MQ0=0;QD=34.98;SB=-2.025e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:120:99:4198,346,0 chrXVI 942358 . AG A 2088.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=524.1649;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.33;MQ0=1;QD=28.23;RPA=3,2;RU=G;SB=-1.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,67:70:99:2131,190,0 chrXVI 942432 . A AT 1426.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.570;DP=85;FS=22.945;HaplotypeScore=998.3804;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.20;MQ0=9;MQRankSum=-2.087;QD=16.79;RPA=5,6;RU=T;ReadPosRankSum=0.362;SB=-1.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,64:65:99:1469,126,0 chrXVI 942667 . AT A 383.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.360;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=276.4791;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.28;MQ0=2;MQRankSum=0.858;QD=8.93;ReadPosRankSum=3.845;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,16:40:29:423,0,29 chrXVI 942749 . G GTA 332.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=197.0902;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.39;MQ0=0;QD=19.59;RPA=1,2;RU=TA;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,6:9:27:375,27,0 chrXVI 942776 . G GATGT 724.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.073;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=444.1681;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.342;QD=12.72;ReadPosRankSum=-1.683;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,12:27:99:764,0,634